(57)【要約】  フェリチンを発現する微生物を含む組成物が開示される。この組成物は、フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％の以上の量の鉄元素も含む。この組成物を含む摂取可能物、食餌性サプリメント、および医薬組成物も開示される。この組成物を対象に投与する工程を含む、対象を処置するための方法も開示される。対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法も開示され、この方法はこの組成物を対象に投与する工程を含む。【選択図】図２０
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）フェリチンを発現する微生物と、
（ｂ）鉄元素と
を含み、
前記鉄元素の量は、前記フェリチンを発現する前記微生物と前記鉄元素との乾燥物質を基準として３重量％以上であり、
前記鉄元素の６０％以上が前記フェリチンと複合体を形成する
組成物。
【請求項２】
前記フェリチンは、哺乳動物Ｈ−フェリチンまたはその相同体を含む
請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記哺乳動物Ｈ−フェリチンは、ヒトＨ−フェリチンまたはその相同体である
請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記相同体は、ヒトＨ−フェリチンと８０％以上の配列相同性を有する
請求項２に記載の組成物。
【請求項５】
前記鉄元素の供給源は鉄塩、有機鉄複合体、鉄元素ナノ粒子、またはその組み合わせである
請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記微生物は、真菌、藻類、細菌、原虫、ウイルス、顕微鏡的蠕虫、微生物（ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ）、地衣類、またはその組み合わせを含む
請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
ある量の１以上の充填剤をさらに含む
請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
（ａ）前記フェリチンを発現する前記微生物と、
（ｂ）前記鉄元素と
から本質的になり、
前記鉄元素の量は、前記フェリチンを発現する前記微生物と前記鉄元素の乾燥重量を基準として、３重量％以上である
請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記微生物は、前記フェリチンと複合体を形成していない細胞内鉄元素をさらに含む
請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
別の微生物、プロバイオティクス、プレバイオティクス、またはその組み合わせをさらに含む
請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記別の微生物はフェリチンを発現しない
請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
請求項１に記載の組成物を含む
摂取可能品。
【請求項１３】
前記摂取可能品は、医療用食品、食品、食品成分、またはその組み合わせである
請求項１２に記載の摂取可能品。
【請求項１４】
請求項１に記載の組成物を含む
食餌性サプリメント。
【請求項１５】
請求項１に記載の組成物を含む
医薬組成物。
【請求項１６】
対象の処置を行うための方法であって、
（ａ）フェリチンを発現する微生物と、
（ｂ）鉄元素と
を含む組成物を、前記フェリチンを発現する前記微生物および前記鉄元素の前記組成物の乾燥物質を基準として３重量％以上となる前記鉄元素の量において、前記対象に投与を行う工程を含む
方法。
【請求項１７】
前記鉄元素の６０％以上が前記フェリチンと複合体を形成する
請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記対象に投与される請求項１に記載の組成物は、１３ｍｇ以上の鉄元素を含む
請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記投与は、単一用量を含む
請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記投与は、順次投与される２以上の用量を含む
請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記投与の１週間以上後に、
（ａ）前記対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さは、前記投与の前の前記対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さと実質的に同じであり、
（ｂ）線形判別分析によって定められる前記対象の腸内のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）の相対存在量は−２以上であり、
（ｃ）線形判別分析によって定められる前記対象の腸内のカンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量は＋２以上であり、
（ｄ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、前記投与の前のレベルに対して１％以上低減し、
（ｅ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、前記投与の前のレベルと比較して５０ｃｐｍ以上低減し、
（ｆ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内の予測細菌走化性は、前記投与の前のレベルに対して１％以上低減し、
（ｇ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内の予測細菌走化性は、前記投与の前の予測ｃｐｍと比較して２００ｃｐｍ以上低減し、
（ｈ）前記対象のヘモグロビン濃度は、前記投与の前のヘモグロビン濃度に対して１％以上増加し、
（ｉ）前記対象のヘモグロビン濃度は、前記投与の前のヘモグロビン濃度に対して０．１ｇ／ｄＬ以上増加し、
（ｊ）前記対象の総鉄結合能は、前記投与の前の総鉄結合能に対して２．５％以上減少し、
（ｋ）前記対象の総鉄結合能は、前記投与の前の総鉄結合能に対して４０μｇ／ｄＬ以上減少し、
（ｌ）前記対象のＦＡＣＩＴ疲労スコアは、前記投与の前のＦＡＣＩＴ疲労スコアに対して５ポイント以上増加し、
（ｍ）前記対象のＳＦ−３６体痛スコアは、前記投与の前のＳＦ−３６体痛スコアに対して５ポイント以上増加し、
（ｎ）前記対象のＳＦ−３６バイタリティスコアは、前記投与の前のＳＦ−３６バイタリティスコアに対し５ポイント以上増加し、かつ／または
（ｏ）１週間当りの前記対象の胃腸管症状の平均発症率は、前記投与の前の１週間当りの前記対象の胃腸管症状の平均発症率に対して２倍未満増加する
請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記投与は、平均で１日当り１３ｍｇ以上の鉄元素を含む
請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記処置は食事管理を含む
請求項１３に記載の方法。
【請求項２４】
前記対象は鉄欠乏ではない
請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法であって、
（ａ）フェリチンを発現する微生物と、
（ｂ）鉄元素と
を含む組成物を、前記フェリチンを発現する前記微生物および前記鉄元素の乾燥重量を基準として３重量％以上となる前記鉄元素の量において、前記対象に投与を行う工程を含む
方法。
【請求項２６】
前記鉄元素の６０％以上が前記フェリチンと複合体を形成する
請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記投与の１週間以上後に、
（ａ）前記対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さは、前記投与の前の前記対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さと実質的に同じであり、
（ｂ）線形判別分析によって定められる前記対象の腸内のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）の相対存在量は−２以上であり、
（ｃ）線形判別分析によって定められる前記対象の腸内のカンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量は＋２以上であり、
（ｄ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、前記投与の前のレベルに対して１％以上低減し、
（ｅ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、前記投与の前のレベルと比較して５０ｃｐｍ以上低減し、
（ｆ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内の予測細菌走化性は、前記投与の前のレベルに対して１％以上低減し、
（ｇ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる前記対象の腸内の予測細菌走化性は、前記投与の前の予測ｃｐｍと比較して２００ｃｐｍ以上低減し、
（ｈ）前記対象のヘモグロビン濃度は、前記投与の前のヘモグロビン濃度に対して１％以上増加し、
（ｉ）前記対象のヘモグロビン濃度は、前記投与の前のヘモグロビン濃度に対して０．１ｇ／ｄＬ以上増加し、
（ｊ）前記対象の総鉄結合能は、前記投与の前の総鉄結合能に対して２．５％以上減少し、
（ｋ）前記対象の総鉄結合能は、前記投与の前の総鉄結合能に対して４０μｇ／ｄＬ以上減少し、
（ｌ）前記対象のＦＡＣＩＴ疲労スコアは、前記投与の前のＦＡＣＩＴ疲労スコアに対して５ポイント以上増加し、
（ｍ）前記対象のＳＦ−３６体痛スコアは、前記投与の前のＳＦ−３６体痛スコアに対して５ポイント以上増加し、
（ｎ）前記対象のＳＦ−３６バイタリティスコアは、前記投与の前のＳＦ−３６バイタリティスコアに対して５ポイント以上増加し、かつ／または
（ｏ）１週間当りの前記対象の胃腸管症状の平均発症率は、前記投与の前の１週間当りの前記対象の胃腸管症状の平均発症率に対して２倍未満増加する
請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記投与は、平均で１日当り１３ｍｇ以上の鉄元素を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記処置は食事管理を含む
請求項２５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［相互参照］
この出願は、２０１８年６月４日に提出された「鉄欠乏症の処置のための組成物および方法（Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｉｒｏｎ  Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ）」と題する米国仮特許出願第６２／６８０，２３８号に対する優先権を主張するものである。
［技術分野］
【０００２】
本開示は、栄養素欠乏症およびその後の症状または疾患の管理と、腸内マイクロバイオームの管理および制御とに関する。
【背景技術】
【０００３】
鉄欠乏症は、最も一般的かつ世界中に蔓延している栄養障害であり、最大２０億人が罹患している。鉄は生命にとって最も重要な非有機物質の１つであり、生命体の生理機能におけるその基本的役割のいくつかを挙げるだけでも酸素輸送、短期的酸素貯蔵、およびエネルギー生成における主要な役割を有する。鉄吸収の欠乏または過剰な鉄損失は、さまざまな症状を伴う不適切な血液および／または組織内鉄レベルをもたらす。
【０００４】
現在の鉄補充の選択肢は明らかに不十分であり、体内の鉄欠乏症の人物に対する新たな戦略が切実に求められている。経口的鉄補給に対する不耐性は一般的であり、それは主にＧＩ副作用の問題によるものである。加えて、鉄欠乏症の多くの（実際にはほとんどの）患者は経口的な鉄の処置に応答せず、鉄欠乏のままとなる。
【０００５】
各個体は独自の胃腸管マイクロバイオーム（本明細書においては腸内マイクロバイオータ、腸管マイクロバイオータ、微生物フローラ、腸内マイクロバイオームとも呼ばれる）を有し、これは推定５００から５０００以上の細菌、真菌、ウイルス、古細菌、およびその他の微生物の種、最大１００兆の個別生命体を含み、それらは消化管に存在して、たとえば消化の補助、大腸に対する栄養素の提供、ビタミンの産生、免疫系の制御、外来性細菌に対する防御の支援、エネルギー代謝の調節、ならびに宿主および／またはその他のマイクロバイオータの細胞または組織に作用する代謝産物およびシグナル伝達分子の産生などを含む多くの有用な共生機能を提供する。ヒトの体内および体表において見出される微生物フローラの不均衡は、胃腸管の状態だけでなく全身状態を含む、たとえばアレルギー、自己免疫、ＣＮＳ状態、肥満、および病原体の易感染性などのさまざまな疾患状態に関連することが知られている。これらの疾患および障害の多くは慢性状態であり、患者の生活の質を顕著に低下させて、最終的には致命的となり得る。腸内マイクロバイオームの「ディスバイオシス」すなわち共生破壊の状況においては、マイクロバイオータの機能が失われるか、または乱される可能性があり、結果として病原体に対する感受性が増加し、それは代謝プロファイルの変化または炎症性シグナルの誘導を含み、それによって局所性または全身性の炎症または自己免疫がもたらされ得る。このため、微生物学の分野においてはマイクロバイオームを調節するか、またはマイクロバイオームのディスバイオシスを処置するための新たな有用な方法が必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本明細書においては、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む組成物が開示される。
【０００７】
加えて本明細書においては、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む摂取可能物が開示される。
【０００８】
加えて、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む食餌性サプリメントが開示される。
【０００９】
加えて、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む医薬組成物が開示される。
【００１０】
加えて、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む組成物を対象に投与する工程を含む、対象を処置するための方法が開示される。
【００１１】
加えて、対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法が開示され、この方法は（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む組成物を対象に投与する工程を含む。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１Ａ】ヒトＨ−フェリチンのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を示す図である。
【図１Ｂ】ヒトＨ−フェリチンのｃＤＮＡ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）を示す図である。開始（ＡＴＧ）および終止（ＴＡＡ）コドンを太字で示し、ＢａｍＨＩ（配列の５’末端）およびＸｈｏＩ（配列の３’末端）制限部位を下線で示している。
【図２】酵母ＴＤＨ３転写プロモーターの制御下でＨ−フェリチンを発現させるための遺伝子カセットの構造を示す図である。Ｈ−フェリチンＯＲＦ  −  ヒトＨ−フェリチンをコードするオープンリーディングフレーム（ｏｐｅｎ−ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ）；ＣＹＣ１ｔｅｒ  −  酵母ＣＹＣ１遺伝子由来の転写ターミネーター（ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ）；塗りつぶされた矩形  −  ＩｏｘＰ部位；ＵＲＡ３  −  選択可能マーカー。
【図３】形質転換した酵母における組み換えＨ−フェリチンの発現に対する染色体の組み込み部位の影響を示すウエスタンブロットを示す図である。レーン１  −  ＲＬＫ３１９０におけるＨ−フェリチン；レーン２および４  −  Ｈ−フェリチン遺伝子の他の染色体組み込み部位を有する酵母株におけるＨ−フェリチン；レーン３  −  マルチコピーの染色体外プラスミドを含有するＲＬＫ３１７７におけるＨ−フェリチン；レーン５  −  サンプルなし；レーン６  −  精製Ｈｉｓ−タグ付きｒＨ−フェリチン；レーン７  −  分子量マーカー。
【図４】実施例１において組成物Ａをテストするために使用された実験プロトコルの概要を示す概略図である。
【図５】実施例１において組成物Ａをテストするために使用された実験に対する調査カレンダーを示す図である。
【図６】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象において測定された平均ヘモグロビン（ｇ／ｄＬ）を報告するグラフの図である。
【図７】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象において測定された平均総鉄結合能（ｔｏｔａｌ  ｉｒｏｎ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｃｉｔｙ）（ＴＩＢＣ；μｇ／ｄＬ）を報告するグラフの図である。
【図８】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象におけるトランスフェリン飽和度（％）（血清鉄／ＴＩＢＣとして算出）を報告するグラフの図である。
【図９】実施例１の期間にわたって対象が毎日または毎週記入したＦＡＣＩＴ疲労質問票を示す図である。この質問票は、ｆａｃｉｔ．ｏｒｇ．から許可を得て使用した。
【図１０】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象における平均ＦＡＣＩＴ疲労スコアを報告するグラフの図である。
【図１１Ａ】実施例１の期間にわたって対象が毎週記入したＳＦ−３６質問票を示す図である。
【図１１Ｂ】実施例１の期間にわたって対象が毎週記入したＳＦ−３６質問票を示す図である。
【図１１Ｃ】実施例１の期間にわたって対象が毎週記入したＳＦ−３６質問票を示す図である。
【図１１Ｄ】実施例１の期間にわたって対象が毎週記入したＳＦ−３６質問票を示す図である。
【図１１Ｅ】実施例１の期間にわたって対象が毎週記入したＳＦ−３６質問票を示す図である。
【図１１Ｆ】実施例１の期間にわたって対象が毎週記入したＳＦ−３６質問票を示す図である。
【図１２】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象における平均ＳＦ−３６バイタリティドメインスコアを報告するグラフの図である。
【図１３】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象における平均ＳＦ−３６疼痛スコアを報告するグラフの図である。
【図１４】対象が実施例１のスクリーニング中（最長約４週間）は毎日／毎週（場合に応じて）、ｗｅｅｋ１〜４（１〜４週）は毎日、次いでｗｅｅｋ５〜１０は毎週記入した胃腸管の症状の質問票を示す図である。
【図１５】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象における胃腸管の症状を報告するグラフの図である。報告される値は、投薬後：投薬前の比率としてのあらゆる報告された症状の平均である。ｗｅｅｋ１における１週間当りの対象当り５．５８３３の発症率を示すバーは、「ガストロエンテラル（Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒａｌ）」２０１４年６月４：１４：１０３においてＦｅＳＯ４で処置された対象について報告されたデータからのものである。
【図１６】実施例１のＷｅｅｋ１〜４において胃腸管の症状を報告した対象（スクリーニングＷｅｅｋ−１からの増加％）を報告するグラフの図である。
【図１７】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオームにおいて観察された種の豊富さの平均を示すグラフの図である。
【図１８】実施例１において２週間にわたって組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオームにおいて観察された種の増菌強度（ＬＤＡスコア）を示すグラフの図である。
【図１９】実施例１において８週間にわたって組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオームにおいて観察された種の増菌強度（ＬＤＡスコア）を示すグラフの図である。
【図２０】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の便サンプル中のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の相対存在量を示すグラフの図である。
【図２１】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の便サンプル中のルミニクロストリジウム（Ｒｕｍｉｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の相対存在量を示すグラフの図である。
【図２２】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の便サンプル中のルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ＤＴＵ０８９の相対存在量を示すグラフの図である。
【図２３】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオーム中のクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の相対存在量を示すグラフの図である。
【図２４】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオーム中の腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の相対存在量を示すグラフの図である。
【図２５】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオームにおけるバイオフィルム形成を示すグラフの図である。
【図２６】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオームにおける細菌走化性を示すグラフの図である。
【図２７Ａ】実施例１において組成物を提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオームにおけるバイオフィルム形成を示す図である。
【図２７Ｂ】実施例１において組成物Ａを提供されて消費した対象の腸内細菌マイクロバイオーム中の腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の存在量を示す図である。
【図２８】実施例２において使用された実験プロトコルの概要を示す概略図である。
【図２９】実施例２において組成物Ｂを提供されて消費した対象において測定された平均ヘモグロビン（ｇ／ｄＬ）を報告するグラフの図である。
【図３０】実施例２において組成物Ｂを提供されて消費した対象において測定された平均総鉄結合能（ＴＩＢＣ；μｇ／ｄＬ）を報告するグラフの図である。
【図３１】実施例３において組成物Ｃを提供されて消費した対象において測定された平均ヘモグロビン（ｇ／ｄＬ）を示すグラフの図である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
以下の詳細な説明の目的に対して、反対のことが明確に示されている場合を除き、本発明はさまざまな代替的変形および工程順序を想定してもよいことが理解されるべきである。さらに、任意の動作実施例または別様に示されている場合以外は、たとえば値、量、パーセンテージ、範囲、部分範囲、およびフラクションを表すものなどのすべての数字は、たとえ「約」という言葉が明確に示されていなくても、あたかもその用語が前置されたかのように読取られてもよい。したがって反対のことが示されていない限り、以下の明細書および添付の請求項において示される数値パラメータは、本発明によって得られるべき所望の結果によって変動し得る近似値である。少なくとも、かつ請求項の範囲に対する均等物の原理の適用を制限するための試みとしてではなく、各々の数値パラメータは少なくとも報告される有効桁の数字および通常の丸め技術を適用することに照らして解釈されるべきである。本明細書においてクローズドエンドまたはオープンエンドの数値範囲が記載されるとき、その数値範囲内にあるか、またはそれに包含されるすべての数字、値、量、パーセンテージ、部分範囲、およびフラクションは、あたかもその数字、値、量、パーセンテージ、部分範囲、およびフラクションがすべて明確に書き出されたかのようにこの出願の元の開示に特定的に含まれてこれに属するものとみなされるべきである。
【００１４】
本発明の広い範囲を示す数値範囲およびパラメータは近似値であるが、特定の実施例において示される数値はできる限り正確に報告している。しかし、任意の数値は本質的に、それぞれのテスト測定値に見出される標準偏差から必然的にもたらされる特定の誤差を含むものである。
【００１５】
別様に示されていない限り、本明細書において用いられる複数形の用語はその単数形の対応語を包含でき、別様に示されていない限りその逆も同様である。たとえば、本明細書において「１（ａ）」種の酵母が参照されていても、これらの構成要素の組み合わせ（すなわち複数）が用いられ得る。加えて、この出願においては特定の場合に「および／または」が明確に用いられることもあるが、「または」の使用は別様に特定的に述べられていない限り「および／または」を意味する。
【００１６】
本明細書において用いられる「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、および類似の用語は、この出願の状況において「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と同意語であることが理解され、したがってこれらの用語はオープンエンドであり、付加的な未記載および／または未記述の構成要素、材料、成分、および／または方法工程の存在を除外しない。
【００１７】
本明細書において用いられる「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」は、この出願の状況において、任意の指定されない構成要素、成分、および／または方法工程の存在を除外することが理解される。
【００１８】
本明細書において用いられる「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」は、この出願の状況において、指定される構成要素、材料、成分、および／または方法工程と、記載されるものの「基本的および新規の特徴（単数または複数）に実質的に影響しないもの」とを含むことが理解される。
【００１９】
本明細書において用いられる「患者」または「対象」とは動物を意味し、それは哺乳動物を含み、それはヒト、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、霊長類、および／または齧歯動物を含む。
【００２０】
本明細書において用いられる「医薬組成物」とは、対象に適切に投与されたときに治療効果を誘導できる任意の化学的または生物学的な組成物、材料、または薬剤などを意味し、それは不活性な形の組成物、材料、または薬剤などおよびその活性の代謝産物を含み、こうした活性の代謝産物はインビボで形成されてもよい。
【００２１】
本明細書において用いられる「鉄欠乏障害」は鉄欠乏、鉄摂取、および／または鉄代謝に関係する障害または疾患を含み、機能性鉄欠乏、鉄欠乏、貧血、および鉄欠乏性貧血が原因であることが公知である障害、疾患、または症状を含む。つまり、鉄欠乏はさまざまな形を取り得る。本明細書において用いられる「機能性鉄欠乏」とは、対象が２０％〜５０％のＴＳＡＴおよび／または５０ｎｇ／ｍＬから７００ｎｇ／ｍＬの血清フェリチン濃度を有するが、健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づくと、疲労の症状か、あるいは鉄欠乏、鉄摂取、および／または鉄代謝に関係する障害または疾患に通常関連しているその他の症状を示している状態を示す。こうした症状は眩暈、低血圧、高心拍数および心臓の動悸、息切れ、青白いかまたは黄みがかった皮膚、および頭痛などを含む。本明細書において用いられる「鉄欠乏」とは、対象が＜２０％のＴＳＡＴおよび＜５０ｎｇ／ｍＬの血清フェリチン濃度を有する状態を示す。健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づくと、対象は鉄欠乏、鉄摂取、および／または鉄代謝に関係する障害または疾患に通常関連する症状を示すことがある。貧血とは、対象が＜１３ｇ／ｄＬのヘモグロビン濃度を有する状態を示す。健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づくと、対象は鉄欠乏、鉄摂取、および／または鉄代謝に関係する障害または疾患に通常関連する症状を示すことがある。本明細書において用いられる「鉄欠乏性貧血」とは、対象が＜２０％のＴＳＡＴと、＜５０ｎｇ／ｍＬの血清フェリチン濃度と、＜１３ｇ／ｄＬのヘモグロビン濃度とを有する状態を示す。健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づくと、対象は鉄欠乏、鉄摂取、および／または鉄代謝に関係する障害または疾患に通常関連する症状を示すことがある。鉄欠乏障害の例は、鉄の不十分な食餌摂取または吸収によって引き起こされる鉄欠乏症を含む。鉄欠乏障害は、たとえば栄養不良、妊娠（産褥期を含む）、重度の子宮出血、慢性疾患（慢性腎疾患を含む）、癌、腎透析、胃バイパス、複数の硬化症、ムズムズ脚症候群、糖尿病（例、Ｉ型およびＩＩ型糖尿病）、インスリン抵抗性、および注意欠陥障害などに関係することがある。
【００２２】
本明細書において用いられる「腸内マイクロバイオーム障害」とは、患者または対象のマイクロバイオームの不均衡を示す。特に、腸内マイクロバイオーム障害とは、たとえばクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）などの腸内マイクロバイオームに悪影響を与える細菌の属の相対存在量の上昇を示す。
【００２３】
本明細書において用いられる「処置する（ｔｒｅａｔ）」、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、または「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」とは、たとえば鉄欠乏障害または腸内マイクロバイオーム障害を含み得る障害からもたらされるものなどの、患者または対象が経験する病態または症状の発生を防止するかまたは変更することを意図して、患者または対象に提供される治療的、予防的、または防止的な方策を意味する。患者または対象に与えられる「処置」は、処置されている患者または対象の状態の任意の臨床的または定量的に測定可能な低減を達成してもよく、その低減は完全な排除に至るまで、および完全な排除を含む。したがって、「処置」とは治療的処置および予防的または防止的な方策の両方を示す。加えて「処置」は緩和ケアとして特定されてもよい。処置を必要とする対象は、すでに１つ以上の鉄欠乏障害を有するものと、その障害を防止すべきものとを含む。
【００２４】
本明細書において用いられる「食事管理」とは、医療用食品、食品成分、または食餌性サプリメントの投与を通じたある状態の処置を意味する。
【００２５】
本明細書において用いられる「摂取可能」とは、経口的に体内に取り入れ得ることを意味する。
【００２６】
本明細書において用いられる「塩」とは、金属カチオンと非金属アニオンとで構成されていて全体の電荷が０であるイオン性化合物を示す。塩は水和されても無水であってもよい。
【００２７】
本明細書において本発明の組成物に関して用いられる「乾燥物質」とは、組成物が組成物の総重量を基準として１０重量％以下の水を有することを意味する。
【００２８】
本明細書において用いられる「乾燥物質を基準として」とは、構成要素の濃度を乾燥物質含有量によって表すことによって組成物の構成要素の濃度を表す方法を意味する。
【００２９】
本明細書において用いられる「有害事象」とは、本発明の組成物を消費する対象における任意の有害な医学的出来事を意味し、この有害事象は必ずしもこうした処置との因果関係を有さない。
【００３０】
本明細書において用いられる「トランスフェリン飽和度（ＴＳＡＴ：ｔｒａｎｓｆｅｒｒｉｎ  ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ）」とは、総鉄結合能（ＴＩＢＣ）に対する血清鉄の比率を意味する。
【００３１】
本明細書において用いられる「総鉄結合能」または「ＴＩＢＣ」とは、血清タンパク質と結合し得る鉄の総量を意味する。
【００３２】
本明細書において用いられる「１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子」とは、環境サンプル内の細菌同定を可能にする可変領域を含む、すべての公知の細菌種において保存されたＤＮＡの部分を意味する。
【００３３】
本明細書において用いられる「アルファ多様性」とは、種の豊富さの評価、またはサンプル内の独特の細菌種の量、および種の均等性、またはサンプル内の各細菌種の存在量分布を通じた、各環境サンプル内の細菌多様性を評価する尺度を意味する。
【００３４】
本明細書において用いられる「ベータ多様性」とは、各環境サンプルの細菌コミュニティの間の系統的距離の評価を通じた、環境サンプル間の細菌多様性を評価する尺度を意味する。
【００３５】
本明細書において用いられる「バイオインフォマティクス」とは、計算科学と生物学的技術との両方を取り入れた研究の方法を意味する。
【００３６】
本明細書において用いられる「ＱＩＩＭＥ２」とは、端末内で微生物存在量データを分析するために使用されるデータ分析パッケージを示す。
【００３７】
本明細書において用いられる「種の豊富さ」とは、コミュニティ内の独特の種の量を意味する。
【００３８】
本明細書において用いられる「分類群」とは、たとえば種、科、または綱などの任意のランクの分類学的グループを意味する。
【００３９】
本発明によると、本明細書においては、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる組成物が開示される。
【００４０】
本発明によると、加えて本明細書においては、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる摂取可能物が開示される。摂取可能物は食品、医療用食品、食品成分、またはその組み合わせであってもよい。
【００４１】
本発明によると、加えて（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる食餌性サプリメントが開示される。
【００４２】
加えて、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる医薬組成物が開示される。
【００４３】
加えて、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素組成物の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる組成物を対象に投与する工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる、対象を処置するための方法が開示される。
【００４４】
加えて、対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法が開示され、この方法は（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥重量を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる組成物を対象に投与する工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる。
【００４５】
任意の栄養性、非病原性、または摂取可能である微生物が用いられてもよい。本明細書において用いられる「非病原性」とは、疾患を引き起こすことができない微生物を意味する。この微生物は鉄補給の目的のために特定的に生育されてもよいし、別のプロセス（例、発酵）の産物であってもよい。
【００４６】
本発明において有用な微生物（ｍｉｃｒｏｂｅｓ）の好適な例は、真菌、藻類、細菌、原虫、ウイルス、顕微鏡的蠕虫、微生物（ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ）、またはその組み合わせを含むが、それに限定されない。たとえば、鉄の栄養補給に好適な組み換え微生物株は、たとえばヒトの消費に対して「一般に安全と認められる」（ＧＲＡＳ：Ｇｅｎｅｒａｌｌｙ  Ｒｅｇａｒｄｅｄ  Ａｓ  Ｓａｆｅ）要求を満たすものなどの、ヒトを含む哺乳動物に対する高い生物学的利用率を有する形で鉄を貯蔵できる。治療用化合物を生産するためのプロセスに用いられ得るその他の微生物も、本発明の組成物に用いられてもよい。真菌は、たとえば酵母などであってもよい。酵母の非限定的な例は、サッカロマイセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）属のさまざまな種、たとえばＳ．セレビシエ（ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、Ｓ．サケ（ｓａｋｅ）、Ｓ．エリプソイデンス（ｅｌｌｉｐｓｏｉｄｅｎｓ）、およびＳ．ポンベ（ｐｏｍｂｅ）など、ならびにピキア（Ｐｉｃｈｉａ）属のさまざまな種を含む。酵母のその他の非限定的な例は、トルロプシ（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉ）属のさまざまな種、たとえばＴ．ユチリス（ｕｔｉｌｉｓ）などを含む。藻類の非限定的な例はクラミドモナス（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ）属のさまざまな種を含み、細菌の非限定的な例はラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）属のさまざまな種を含む。微生物は、本発明の組成物の重量に寄与し得る不純物を含有することがあるが、これらの重量は組成物の総乾燥物質重量から除外されている。
【００４７】
上述のとおり、この微生物はフェリチンを発現する。好適なフェリチンは、哺乳動物Ｈ−フェリチンサブユニットを含む。このＨ−フェリチンサブユニットは、ヒトＨ−フェリチン（ＦＴＨ１）（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、図１Ａを参照、図１Ｂも参照）であってもよい。加えてＨ−フェリチンは、ヒトＨ−フェリチンの自然発生または合成の相同体または変異体であり得る。Ｈ−フェリチン相同体は、ヒトＨ−フェリチンに対する８０％から１００％の配列相同性を有してもよく、たとえばヒトＨ−フェリチンと８０％以上、８１％以上、８２％以上、８３％以上、８４％以上、８５％以上、８６％以上、８７％以上、８８％以上、８９％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上などの配列相同性を有してもよく、鉄と結合して多サブユニットのフェリチン−鉄複合体（以下に説明する）を形成する能力は保持するが、鉄とフェリチンとのさまざまな結合および解離強度を提供するように変異され得る。任意には、フェリチンはＬ−フェリチンをさらに含んでもよい。たとえば、フェリチンサブユニットはＬ−フェリチンと比較して２０％以上のＨ−フェリチンを含んでもよく、たとえばＬ−フェリチンと比較して約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％などのＨ−フェリチンを含んでもよい。任意には、すべてのフェリチンサブユニット（すなわち１００％のフェリチンサブユニット）がＨ−フェリチンであってもよい。
【００４８】
本発明によると、Ｈ−フェリチンは組み換えＨ−フェリチンであり得る。たとえばＨ−フェリチンは、適切なプロモーターの制御下のＨ−フェリチンをコードするポリヌクレオチド配列を含む微生物株において産生された、ヒトＨ−フェリチンまたはその相同体であり得る。フェリチンの発現は染色体外（エピソーム）であってもよいし、染色体に組み込まれていてもよい。
【００４９】
たとえば微生物は、染色体に組み込まれたＨ−フェリチン発現カセットからフェリチンを発現する組み換え微生物の菌株であってもよい。Ｈ−フェリチンをコードする配列は、酵母が鉄補給のための好適な媒体の働きをするために十分に高いレベルの鉄貯蔵タンパク質を産生するための鉄貯蔵発現カセット内の適切な酵母プロモーターの制御下に置かれる。好適な酵母プロモーターは当該技術分野において公知であり、それは高レベルの恒常的発現を誘導するプロモーターと、環境条件によって発現を制御できるプロモーターとを含む。加えて、さまざまな有利であり得る結果を達成するために酵母の遺伝子構成をさらに操作できる。たとえば、鉄貯蔵タンパク質の安定性を高めるためにタンパク質分解が操作されてもよく、またはたとえば特定の細胞コンパートメント中の鉄濃度を変えるなどの望ましい結果を達成するために、細胞表面、空胞、もしくはミトコンドリアのものを含むがそれに限定されない鉄輸送機構が操作され得る。加えて、鉄貯蔵タンパク質または細胞コンパートメント中の鉄のレベルを操作するために、酵母が他の方式で変えられてもよい。酵母の鉄含有量は、酵母を生育する培地に公知の量の鉄化合物を添加することによって制御されてもよい。この組み換え酵母を用いて、酵母の消費または摂取を含むがそれに限定されないいくつかの手段のいずれかによって、ヒトおよびその他の動物に対する鉄補給が達成され得る。酵母は鉄補給の目的のために特定的に生育されてもよいし、別のプロセス（例、発酵）の副産物であってもよい。
【００５０】
本発明の組成物は、任意には第２の微生物をさらに含んでもよい。本明細書において微生物に関して用いられる「第２の」という用語は、別個の異なる微生物を示すものであり、必ずしも２つの微生物のみが存在することを意味しない。第２の微生物は、上記で考察した微生物のいずれかを含んでもよい。第２の微生物は、フェリチンを発現する微生物、フェリチンを発現しない微生物、またはその組み合わせを含んでもよい。第２の微生物は、付加的または代替的にプロバイオティクスを含んでもよい。
【００５１】
本発明の組成物は、任意には腸内マイクロバイオームにおける有益細菌の生育を促進するプレバイオティクスをさらに含んでもよい。
【００５２】
本発明の組成物は、鉄元素も含む。鉄元素は、上述のフェリチンとともにフェリチン−鉄複合体を形成してもよい。鉄元素の供給源は鉄塩、有機鉄複合体、鉄元素ナノ粒子、またはその組み合わせであってもよい。好適な鉄塩の例は硫酸鉄を含むが、それに限定されない。本明細書において用いられる「鉄含有複合体」または「鉄複合体」とは、有機化合物と複合体を形成した（ＩＩ）または（ＩＩＩ）酸化状態の鉄を含有する化合物のことである。好適な鉄複合体の例は鉄ポリマー複合体、鉄炭水化物複合体、および鉄アミノグリコサン（ａｍｉｎｏｇｌｙｃｏｓａｎ）複合体を含むが、これに限定されない。これらの複合体は商業的に入手可能であり、かつ／または当該技術分野において公知の方法によって合成され得る。鉄炭水化物複合体の好適な非限定的な例は、鉄糖複合体、鉄オリゴ糖複合体、および鉄多糖複合体、たとえば鉄カルボキシマルトース、鉄スクロース、鉄ポリイソマルトース（鉄デキストラン）、鉄ポリマルトース（鉄デキストリン）、鉄グルコナート、鉄ソルビタール、および鉄水素化デキストランなどを含み、これはたとえばソルビトール、クエン酸、およびグルコン酸などのその他の化合物とさらに複合体を形成してもよく（たとえば、鉄デキストリン−ソルビトール−クエン酸複合体および鉄スクロース−グルコン酸複合体など）、例はさらにその混合物を含む。鉄アミノグリコサン（ａｍｉｎｏｇｌｙｃｏｓａｎ）複合体の好適な非限定的な例は、鉄コンドロイチン硫酸、鉄デルマチン（ｄｅｒｍａｔｉｎ）硫酸、鉄ケラタン硫酸を含み、その各々は他の化合物とさらに複合体を形成してもよく、例はさらにその混合物を含む。鉄アミノグリコサン（ａｍｉｎｏｇｌｙｃｏｓａｎ）複合体の例は鉄ヒアルロン酸、鉄タンパク質複合体、およびその混合物を含むが、それに限定されない。
【００５３】
鉄元素は、フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量で組成物中に存在してもよく、たとえば５重量％以上など、たとえば５．５重量％以上などであってもよく、かつフェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として１５重量％以下の量で存在してもよく、たとえば１０重量％以下など、たとえば８重量％以下などであってもよい。鉄元素は、フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％から１５重量％の量で組成物中に存在してもよく、たとえば５重量％から１０重量％など、たとえば５．５重量％から８重量％などであってもよい。
【００５４】
鉄元素は１３ｍｇ以上、たとえば５０ｍｇ以上、７５ｍｇ以上などの量で組成物中に存在してもよく、かつ１０００ｍｇ以下、たとえば７００ｍｇ以下など、たとえば３００ｍｇ以下などの量で存在してもよい。鉄元素は１３ｍｇから１０００ｍｇ、５０ｍｇから７００ｍｇ、たとえば７５ｍｇから３００ｍｇなどの量で組成物中に存在してもよい。
【００５５】
本発明によると、６０％以上の鉄元素がフェリチンと複合体を形成してもよく、たとえば７５％以上の鉄元素などであってもよく、かつ１００％の鉄元素がフェリチンと複合体を形成してもよく、たとえば９０％以下などであってもよい。本発明によると、６０％から１００％の鉄元素がフェリチンと複合体を形成してもよく、たとえば７５％から９０％などであってもよい。
【００５６】
本明細書に記載される組成物のいずれかが、摂取可能品に含まれてもよい。いくつかの例において、摂取可能品に微生物が含まれてもよい。たとえば、摂取可能品は医療用食品、食品、食品成分、またはその組み合わせであってもよい。他の例において、本明細書に記載される組成物のいずれかが、坐剤の形であってもよい。他の例において、本明細書に記載される組成物のいずれかが、食餌性または栄養サプリメントであってもよい。他の例において、本明細書に記載される組成物のいずれかが医薬組成物であってもよい。
【００５７】
本明細書に記載される組成物は乾燥粉末、液体中の乾燥粉末の分散物、液体中の乾燥粉末の懸濁物、坐剤、フォーム浣腸剤、または液体浣腸剤などの形であってもよく、かつ経口的または直腸内に投与されるような方式で調合されてもよい。材料が嚥下または喀痰され得るように溶液、分散物、エマルション、マイクロエマルション、懸濁物、シロップ、またはエリキシル剤などを形成するために、本発明の組成物は薬学的に許容可能な担体または希釈剤（本明細書に記載される）を含んでもよい。ｐＨを適切なレベルに調整するためにｐＨ調整剤（すなわち、酸または塩基）が含まれてもよく、かつ／または微生物の作用を防ぐために抗菌剤および抗真菌剤が含まれてもよい。加えて医薬組成物は、身体からの薬剤の放出を制御するか、または遅らせるための調合物を含んでもよい。場合によっては、医薬組成物はたとえばシリンジおよび投薬バイアルなどのディスペンサに含まれてもよい。
【００５８】
摂取可能な希釈剤または担体の例は、たとえば単糖類および二糖類などの糖質、たとえばココアバターおよびワックスなどの賦形剤；たとえば落花生油、綿実油、サフラワー油、ゴマ油、オリーブ油、コーン油、および大豆油などの油；たとえばプロピレングリコールなどのグリコール；たとえばオレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル；寒天；たとえば水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；アルギン酸；発熱物質を含まない水；等張食塩水；リンゲル溶液；エチルアルコール；リン酸緩衝溶液；その他の無毒性の適合性潤滑剤、たとえばラウリル硫酸ナトリウムおよびステアリン酸マグネシウムなど；調合者の判断による着色剤、放出剤、コーティング剤、保存剤、および抗酸化剤である。
【００５９】
本明細書に記載される組成物は、加圧容器から放出されてもよいし、粉末、顆粒、またはトローチ剤の形であってもよい。好適な結合剤および充填剤の例はステアリン酸マグネシウム、結晶セルロース、セルロースゲル、セルロースガム、カルボキシメチルセルロース、木材パルプ、大豆レシチン、グリシン、グルタミン酸ナトリウム、植物性タンパク質、海藻もしくは抽出物、カラゲナン、またはその組み合わせを含むが、それに限定されない。
【００６０】
本明細書において用いられる「薬学的に許容可能」という用語は、薬学および獣医学の技術分野における使用のために許容可能であり、調合物の他の成分と適合性があり、かつ妥当な利益／リスク比に相応して毒性または別様に許容不可能ではないことを意味する。本明細書において用いられる「薬学的に許容可能な担体」は、所望の特定の投薬形に対して好適であるような任意のすべての溶剤、希釈剤、またはその他の液体媒体、分散もしくは懸濁補助剤、界面活性剤、等張剤、増粘剤および乳化剤、安定化剤、保存剤、固体結合剤、ならびに潤滑剤などを含む。「レミントンの薬学（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）」、ジェナロ（Ｇｅｎｎａｒｏ）編、マック・パブリッシング（Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ）、イーストン（Ｅａｓｔｏｎ）、ＰＡ  １９９５は、医薬組成物の調合に用いられるさまざまな担体と、その調製のための公知の技術とを提供している。
【００６１】
患者を効果的に処置するために必要とされる投薬にはさまざまな要素が影響するため、投薬および投与は処置される患者に鑑みて担当医によって選択されてもよく、十分なレベルの活性薬剤（単数または複数）または所望の効果を維持するために調節されてもよいことを当業者は理解している。考慮され得る付加的な要素は、疾患状態の重症度、たとえば疾患の中間段階または進行期など；患者の年齢、体重、性別、および全体的健康状態；投与の食事制限、時間、および頻度；鉄欠乏の形態；投与の経路；薬物の併用；反応感受性；事前処置；ならびに治療に対する耐性／応答を含む。医薬組成物は、たとえば３０分ごと、毎時間、または毎日；１日当り複数回；毎週、１週間当り複数回；隔週；および毎月などに投与されてもよい。
【００６２】
本発明の活性薬剤は、本明細書において開示される疾患または障害などのいずれかを処置するために用いられてもよく、処置される患者または対象に対して適切な治療上有効な用量で投与されてもよい。上述のとおり、本発明の組成物の治療用量は、妥当な医学的判断および経験の範囲内で担当医によって決められてもよい。活性薬剤に対する治療上有効な用量は、最初に細胞培養アッセイまたはたとえばマウス、ラット、ウサギ、イヌ、またはブタなどの動物モデルにおいて推定されてもよい。望ましい濃度および全体の投薬範囲および投与経路を達成または決定するために動物細胞モデルが用いられてもよく、それらを用いてヒトにおける有用な投薬範囲および投与経路が定められてもよい。さらに、臨床研究および個々の患者の応答によって、推奨される治療用量が定められてもよい。
【００６３】
本明細書に記載される組成物のうち１つの治療上有効な用量は、用量当り１３ｍｇ以上の鉄元素、たとえば用量当り５０ｍｇ以上など、たとえば用量当り７５ｍｇ以上などの投薬レベルにて投与されてもよく、かつ用量当り１０００ｍｇ以下、たとえば用量当り７００ｍｇ以下など、たとえば用量当り３００ｍｇ以下などの投薬レベルにて投与されてもよい。本明細書に記載される組成物のうち１つの治療上有効な用量は、用量当り１３ｍｇから１０００ｍｇの鉄元素、たとえば用量当り５０ｍｇから７００ｍｇなど、たとえば用量当り７５ｍｇから３００ｍｇなどの投薬レベルにて投与されてもよい。本明細書に記載されるとおり、この投薬レベルは対象または患者に投与される単一用量として投与されてもよいし、１日全体を通じてその投薬レベルを達成するような複数の投与によって投与されてもよい。加えて投薬レベルは、１週間当り複数回、毎週、隔週、または毎月の投与によって投与される鉄の総量を投与期間の日数で割ったものであってもよく、その用量は１日当りの平均で上述の投薬レベルの鉄を投与するものとなる。
【００６４】
上述のとおり、本明細書に記載される方法は一般的に、本明細書に記載される組成物のいずれかを対象に投与することを含む。この方法は、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる組成物を投与する工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなっていてもよく、ここで鉄元素の６０％以上はフェリチンと複合体を形成する。たとえば、本明細書には、本明細書に記載される組成物のいずれかを対象に投与する工程を含む、対象を処置するための方法が開示される。投与する工程は、本明細書に記載される組成物のうち１つ以上の治療上有効な量を対象に投与する工程を含んでもよい。本明細書において用いられる「治療上有効な量」という用語は、処置（すなわち、鉄欠乏の症状または状態の調節または寛解）のために示される組成物の量である一方で、有害作用をもたらし得る量を超えない量のことである。治療上有効な用量は、処置の過程で増加または減少してもよい。治療処置の有効性または毒性を評価するための方法は当業者に公知であり、それはたとえばＥＤ５０（その用量は集団の５０％に治療上有効である）およびＬＤ５０（その用量は集団の５０％にとって致死性である）などである。毒性効果対治療効果の用量比率が治療指数であり、それはＬＤ５０／ＥＤ５０の比率で表される。なお、ＥＤ５０およびＬＤ５０は対象の年齢または状態によって変動することがある。
【００６５】
組成物は単一用量として投与されてもよいし、複数用量（すなわち第１、第２、第３などの用量）として同時に投与されてもよいし、組成物の第１の用量の投与の後に組成物の第２の用量の投与、またはその逆となるように順次投与されてもよい。第１および第２の用量が順次投与されるとき、この方法は用量組成物の投与の間の期間に待つ工程を含んでもよい。第１、第２、第３などの用量は、同じかまたは異なる量の鉄元素を含んでもよい。本明細書において用いられる「順次」という用語は、本発明の組成物の第１の用量の投与が本発明の組成物の第２の用量の投与に続くような処置プロトコルを示す。本明細書において用いられる「同時」という用語は、本発明の組成物の第１の用量の投与および本発明の組成物の第２の用量の投与を示し、ここで第１および第２の用量は別々であり、かつ実質的に同時に投与される。
【００６６】
本発明によると、対象の鉄欠乏症は、本明細書に記載される組成物のいずれかを対象に投与すること、たとえば本明細書に記載される組成物のいずれかの治療上有効な量を投与することなどによって処置されてもよい。たとえば、対象を処置する方法は、（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥重量を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む組成物を対象に投与する工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなっていてもよい。投与は、経口投与または直腸内投与を含んでもよい。対象は、投与の前に以下のうちの１つ以上を有することが定められてもよい。機能性鉄欠乏、鉄欠乏、貧血、鉄欠乏性貧血、または腸内マイクロバイオーム障害。
【００６７】
本発明によると、ＴＳＡＴ、血清フェリチン、および／もしくはヘモグロビン濃度が測定され、かつ／または健康評価が行われ、これはたとえば対象に健康に関する生活の質の質問票に記入してもらうことなどによって行われる。こうした質問票の例は、ＦＡＣＩＴ疲労スケール（Ｆａｔｉｇｕｅ  Ｓｃａｌｅ）（ｗｗｗ．ｆａｃｉｔ．ｏｒｇ）およびＳＦ−３６質問票（Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅｓ）（ｗｗｗ．ｒａｎｄ．ｏｒｇ）を含む。％ＴＳＡＴ、血清フェリチン濃度、ヘモグロビン濃度の存在、ならびに／または、たとえばＳＦ−３６バイタリティドメイン（Ｖｉｔａｌｉｔｙ  Ｄｏｍａｉｎ）スコア、ＳＦ−３６疼痛（Ｐａｉｎ）スコア、および／もしくはＦＡＣＩＴ疲労（Ｆａｔｉｇｕｅ）スコアなどの健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づくスコアに基づいて、本発明の組成物を投与することが推奨され得る。その後、たとえば治療上有効な量などの本発明の組成物が、鉄欠乏障害を処置するために投与されてもよい。
【００６８】
本発明によると、対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成は、本明細書に記載される組成物のいずれかを対象に投与することによって変更されてもよい。たとえば、対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法は（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥重量を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含む組成物を対象に投与する工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなっていてもよい。投与は、経口または直腸内投与を含んでもよい。たとえば治療上有効な量などの本発明の組成物が、腸内マイクロバイオーム障害を処置するために投与されてもよい。
【００６９】
対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法は、対象の腸内のガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）綱細菌および／またはクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）細菌の相対存在量を調節する工程を含んでもよい。ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）綱細菌は、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、および／またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）属の細菌を含む。クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱細菌は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）属の細菌を含む。以下の実施例に記載されるとおり、線形判別分析によって定められるガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）綱細菌および／またはクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱細菌の相対存在量は、−２以上低減されてもよい。
【００７０】
対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法は、対象の腸内のエリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）細菌および／またはクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱細菌の相対存在量を調節する工程を含んでもよい。エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）細菌は、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）目、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）科、カンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）属、および／またはストケフィクス（Ｓｔｏｑｕｅｆｉｃｈｕｓ）種の細菌を含む。クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱細菌は、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の細菌を含む。以下の実施例に記載されるとおり、線形判別分析によって定められるエリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）細菌および／またはクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱細菌の相対存在量は、＋２以上増加されてもよい。
【００７１】
対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法は、対象の腸内のバイオフィルム形成を低減させる工程を含んでもよい。以下の実施例に記載されるとおり、バイオフィルム形成の低減はＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められてもよい。
【００７２】
対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法は、対象の腸内の細菌走化性を低減させる工程を含んでもよい。以下の実施例に記載されるとおり、細菌走化性の低減はＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められてもよい。
【００７３】
本発明の方法はいずれも、以下の工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなっていてもよい。
（ａ）以下の１つ以上によって、本発明の組成物による処置に好適であるか、またはこの処置を必要とする対象を識別する工程：（ｉ）２０％未満のＴＳＡＴおよび／もしくは５０ｎｇ／ｍＬ未満の血清フェリチン；（ｉｉ）１３ｇ／ｄＬ未満のヘモグロビン；ならびに／または（ｉｉｉ）健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づく、鉄欠乏、鉄摂取、および／もしくは鉄代謝に関係する障害もしくは疾患に通常関連する症状；
（ｂ）（ｉ）フェリチンを発現する微生物と、（ｉｉ）フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量の鉄元素とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる組成物を患者に投与する工程；ならびに
（ｃ）組成物の治療有効性および／または忍容性を評価する工程。
【００７４】
本発明の方法はいずれも、以下の工程を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなっていてもよい。
（ａ）以下の１つ以上によって、本発明の組成物による処置に好適であるか、またはこの処置を必要とする対象を識別する工程：（ｉ）２０％未満のＴＳＡＴおよび／もしくは５０ｎｇ／ｍＬ未満の血清フェリチン；（ｉｉ）８ｇ／ｄＬ未満のヘモグロビン；ならびに／または（ｉｉｉ）健康に関する生活の質の質問票に対する応答に基づく、鉄欠乏、鉄摂取、および／もしくは鉄代謝に関係する障害もしくは疾患に通常関連する症状；
（ｂ）用量当り１３ｍｇ以上の鉄元素の投薬レベルにて、本発明の組成物の１つを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる組成物を対象に投与する工程；ならびに
（ｃ）組成物の治療有効性および／または忍容性を評価する工程。
【００７５】
治療有効性および／または忍容性を評価する工程は、本明細書に記載される血液測定値のいずれかを評価する工程、および／または本明細書に記載される質的な質問票のいずれかに対する対象の応答を評価する工程を含んでもよい。
【００７６】
本発明の方法のいずれかが、食事管理をさらに含んでもよい。いくつかの例において、この方法によって処置されている対象は鉄欠乏ではない。いくつかの例において、この方法によって処置されている対象は鉄欠乏障害を有する。鉄欠乏障害は機能性鉄欠乏、鉄欠乏、貧血、または鉄欠乏性貧血であってもよい。
【００７７】
本発明は、対象に対する生物学的利用能のためのフェリチン／鉄複合体に対する発現プラットフォームとして微生物を用いることによって、鉄が豊富になり、マイクロバイオームが改善され、生活の質が改善され、かつたとえばＦｅＳＯ４などの従来の処置を受ける患者が通常経験する深刻な胃腸管の（「ＧＩ：ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ」）副作用の多くが回避されるという驚くべき発見に基づくものである。本発明の方法による本発明の組成物による処置を受ける患者または対象は、ヘモグロビン濃度の増加および総鉄結合能の減少を含む量的な改善と、ＦＡＣＩＴ疲労質問票、ＳＦ−３６体痛（Ｂｏｄｉｌｙ  Ｐａｉｎ）質問票、およびＳＦ−３６バイタリティ質問票に対する増加によって示されるとおりの患者または対象が経験する生活の質の質的な改善とを経験してもよい。さらに、処置を受ける患者または対象による報告のとおり、患者または対象は、たとえば硫酸鉄などのその他の鉄サプリメントに関連する胃腸管の副作用の経験がなくなるか、または少なくなるという驚くべきことが発見された。発明者らは、胃腸管の副作用がなくなるのは、本発明の方法による本発明の組成物による処置が、患者または対象のマイクロバイオームに対して驚くほどの正の効果を有することによるものかもしれないという驚くべきことを発見した。発明者らはこれらの驚くべき結果を、処置の前、間、および後のすべてで患者または対象のマイクロバイオームを評価することによって実証した。処置は患者または対象のマイクロバイオームの細菌種の豊富さに負の影響を与えず、一方で腸内マイクロバイオームに負の影響を与えない細菌の属の種（例、カンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ））の相対存在量を増加させ、一方で腸内マイクロバイオームに負の影響を与える細菌の属の種（例、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ））の相対存在量を低減させるという驚くべきことが発見された。したがって、本発明の方法による本発明の組成物による処置は、患者または対象の鉄欠乏障害の量的および質的な尺度を改善することに加えて、患者または対象の腸内マイクロバイオーム全体を驚くほど改善する。たとえば本発明によると、本明細書に記載される組成物のいずれかの投与の１週間以上後、たとえば２週間以上後、たとえば４週間以上後、たとえば６週間以上後、たとえば８週間以上後、たとえば１０週間以上後、たとえば１２週間以上後などに、次のとおりとなる。
（ａ）対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さは、投与の前の対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さと実質的に同じであり、ここで細菌種の豊富さに関して「実質的に同じである」とは、ベースラインの平均の観察細菌種に対して２０％未満の変化を意味し、
（ｂ）線形判別分析によって定められる対象の腸内のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）の相対存在量は−２以上であり、
（ｃ）線形判別分析によって定められる対象の腸内のカンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量は＋２以上であり、
（ｄ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成のレベル（ｃｐｍ）は、投与の前のレベルに対して１％以上低減し、たとえば２％以上低減し、たとえば３％以上低減し、たとえば４％以上低減し、
（ｅ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成のレベル（ｃｐｍ）は、投与の前のレベルと比較して５０ｃｐｍ以上低減し、たとえば１００ｃｐｍ以上低減し、たとえば３００ｃｐｍ以上低減し、たとえば４００ｃｐｍ以上低減し、
（ｆ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は、投与の前の予測レベルに対して１％以上低減し、たとえば５％以上低減し、たとえば１０％低減し、たとえば２０％低減し、
（ｇ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は、投与の前の予測ｃｐｍと比較して２００ｃｐｍ以上低減し、たとえば３００ｃｐｍ以上低減し、たとえば５００ｃｐｍ以上低減し、たとえば７００ｃｐｍ以上低減し、
（ｈ）対象のヘモグロビン濃度は、投与の前のヘモグロビン濃度に対して１％以上増加し、たとえば２．５％以上増加し、たとえば５％以上増加し、たとえば７．５％以上増加し、
（ｉ）対象のヘモグロビン濃度は、投与の前のヘモグロビン濃度に対して０．１ｇ／ｄＬ以上増加し、たとえば０．３ｇ／ｄＬ以上増加し、たとえば０．５ｇ／ｄＬ以上増加し、たとえば１．０ｇ／ｄＬ以上増加し、
（ｊ）対象の総鉄結合能は、投与の前の総鉄結合能に対して２．５％以上減少し、たとえば５％以上減少し、たとえば７．５％以上減少し、たとえば１０％以上減少し、
（ｋ）対象の総鉄結合能は、投与の前の総鉄結合能に対して４０μｇ／ｄＬ以上減少し、たとえば６０μｇ／ｄＬ以上減少し、
（ｌ）対象のＦＡＣＩＴ疲労スコアは、投与の前のＦＡＣＩＴ疲労スコアに対して３ポイント以上増加し、
（ｍ）対象のＳＦ−３６体痛スコアは、投与の前のＳＦ−３６体痛スコアに対して５ポイント以上増加し、
（ｎ）対象のＳＦ−３６バイタリティスコアは、投与の前のＳＦ−３６バイタリティスコアに対して５ポイント以上増加し、かつ／または
（ｏ）質的ランク付けスケールによって定められる１週間当りの対象の胃腸管症状の平均発症率は、投与の前の１週間当りの対象の胃腸管症状の平均発症率と比較して２倍未満の増加である。
【００７８】
理論に結び付けられることなく、フェリチンと複合体を形成した鉄は隔離され、まだ同定されていないフェリチン受容体によって腸を横断して能動的に輸送されて、従来の鉄サプリメントの副作用の多くを回避することが仮定される。従来の鉄サプリメントはＦｅ＋２の状態の鉄を送達し、この状態は吸収が悪く、より毒性が高く、腸内の鉄除去細菌（シデロフォア）の迅速な増殖を促進し、ＧＩ障害をもたらすことが公知である。
【００７９】
本発明のその他の態様および利点は、以下の例示的実施例を検討することによって理解されるだろう。実施例は、決してこの発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。当業者は本開示に照らして、開示される特定の実施形態において変更が行われても、本発明の思想および範囲から逸脱することなく同様または類似の結果が得られてもよいことを認識すべきである。
【００８０】
［態様］
態様１。（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）鉄元素とを含む組成物。
【００８１】
態様２。態様１の組成物であり、ここで鉄元素は、フェリチンを発現する微生物および鉄元素の乾燥物質を基準として３重量％以上の量で存在する。
【００８２】
態様３。態様１または２の組成物であり、ここで鉄元素の６０％以上はフェリチンと複合体を形成する。
【００８３】
態様４。先行する態様のいずれかの組成物であり、ここでフェリチンは哺乳動物Ｈ−フェリチンまたはその相同体を含む。
【００８４】
態様５。態様４の組成物であり、ここで哺乳動物Ｈ−フェリチンはヒトＨ−フェリチンまたはその相同体である。
【００８５】
態様６。態様４または５の組成物であり、ここで相同体はヒトＨ−フェリチンと８０％以上の配列相同性を有する。
【００８６】
態様７。先行する態様のいずれかの組成物であり、ここで鉄元素の供給源は鉄塩、有機鉄複合体、鉄元素ナノ粒子、またはその組み合わせである。
【００８７】
態様８。先行する態様のいずれかの組成物であり、ここで微生物（ｍｉｃｒｏｂｅ）は真菌、藻類、ウイルス、顕微鏡的蠕虫、微生物（ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ）、細菌、原虫、またはその組み合わせを含む。
【００８８】
態様９。ある量の１つ以上の充填剤をさらに含む、先行する態様のいずれかの組成物。
【００８９】
態様１０。先行する態様１〜８のいずれかの組成物であり、ここで組成物は（ａ）フェリチンを発現する微生物と、（ｂ）鉄元素とから本質的になる。
【００９０】
態様１１。先行する態様のいずれかの組成物を含む、摂取可能品。
【００９１】
態様１２。態様１１の摂取可能品であり、ここで摂取可能品は医療用食品、食品、食品成分、またはその組み合わせである。
【００９２】
態様１３。先行する態様１〜１０のいずれかの組成物を含む、食餌性サプリメント。
【００９３】
態様１４。先行する態様１〜１０のいずれかの組成物を含む、医薬組成物。
【００９４】
態様１５。先行する態様１〜１０のいずれかの組成物を含む組成物を対象に投与する工程を含む、対象を処置するための方法。
【００９５】
態様１６。態様１５の方法であり、ここで対象に投与される組成物は１３ｍｇ以上の鉄元素を含む。
【００９６】
態様１７。態様１５または１６の方法であり、ここで投与は単一用量を含む。
【００９７】
態様１８。態様１５〜１７のいずれかの方法であり、ここで投与は、順次投与される２つ以上の用量を含む。
【００９８】
態様１９。態様１５〜１８のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ａ）対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さは、投与の前の対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さと実質的に同じである。
【００９９】
態様２０。態様１５〜１９のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｂ）線形判別分析によって定められる対象の腸内のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）の相対存在量は−２以上である。
【０１００】
態様２１。態様１５〜２０のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｃ）線形判別分析によって定められる対象の腸内のカンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量は＋２以上である。
【０１０１】
態様２２。態様１５〜２１のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｄ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、投与の前のレベルに対して１％以上低減する。
【０１０２】
態様２３。態様１５〜２２のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｅ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、投与の前のレベルと比較して５０ｃｐｍ以上低減する。
【０１０３】
態様２４。態様１５〜２３のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｆ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は、投与の前のレベルに対して１％以上低減する。
【０１０４】
態様２５。態様１５〜２４のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｇ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は、投与の前の予測ｃｐｍと比較して２００ｃｐｍ以上低減する。
【０１０５】
態様２６。態様１５〜２５のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｈ）対象のヘモグロビン濃度は、投与の前のヘモグロビン濃度に対して１％以上増加する。
【０１０６】
態様２７。態様１５〜２６のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｉ）対象のヘモグロビン濃度は、投与の前のヘモグロビン濃度に対して０．１ｇ／ｄＬ以上増加する。
【０１０７】
態様２８。態様１５〜２７のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｊ）対象の総鉄結合能は、投与の前の総鉄結合能に対して２．５％以上減少する。
【０１０８】
態様２９。態様１５〜２８のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｋ）対象の総鉄結合能は、投与の前の総鉄結合能に対して４０μｇ／ｄＬ以上減少する。
【０１０９】
態様３０。態様１５〜２９のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｌ）対象のＦＡＣＩＴ疲労スコアは、投与の前のＦＡＣＩＴ疲労スコアに対して３ポイント以上増加する。
【０１１０】
態様３１。態様１５〜３０のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｍ）対象のＳＦ−３６体痛スコアは、投与の前のＳＦ−３６体痛スコアに対して５ポイント以上増加する。
【０１１１】
態様３２。態様１５〜３１のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｎ）対象のＳＦ−３６バイタリティスコアは、投与の前のＳＦ−３６バイタリティスコアに対して５ポイント以上増加する。
【０１１２】
態様３３。態様１５〜３２のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｏ）１週間当りの対象の胃腸管症状の平均発症率は、投与の前の１週間当りの対象の胃腸管症状の平均発症率に対して２倍未満の増加である。
【０１１３】
態様３４。態様１５または１７〜３３のいずれかの方法であり、ここで投与は、平均で１日当り１３ｍｇ以上の鉄元素を含む。
【０１１４】
態様３５。態様１５〜３４のいずれかの方法であり、ここで処置することは食事管理を含む。
【０１１５】
態様３６。態様３５の方法であり、ここで対象は鉄欠乏ではない。
【０１１６】
態様３７。態様３５の方法であり、ここで対象は鉄欠乏障害を有する。
【０１１７】
態様３８。対象における腸内細菌マイクロバイオームの組成を変更する方法であり、この方法は態様１〜１０のいずれかの組成物を含む組成物を対象に投与する工程を含む。
【０１１８】
態様３９。態様３８のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ａ）対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さは、投与の前の対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さと実質的に同じである。
【０１１９】
態様４０。態様３８または３９の方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｂ）線形判別分析によって定められる対象の腸内のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）の相対存在量は−２以上である。
【０１２０】
態様４１。態様３８から４０のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｃ）線形判別分析によって定められる対象の腸内のカンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量は＋２以上である。
【０１２１】
態様４２。態様３８から４１のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｄ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、投与の前のレベルに対して１％以上低減する。
【０１２２】
態様４３。態様３８から４２のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｅ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成のレベルは、投与の前のレベルと比較して５０ｃｐｍ以上低減する。
【０１２３】
態様４４。態様３８から４３のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｆ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は、投与の前のレベルに対して１％以上低減する。
【０１２４】
態様４５。態様３８から４４のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｇ）ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は、投与の前の予測ｃｐｍと比較して２００ｃｐｍ以上低減する。
【０１２５】
態様４６。態様３８から４５のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｈ）対象のヘモグロビン濃度は、投与の前のヘモグロビン濃度に対して１％以上増加する。
【０１２６】
態様４７。態様３８から４６のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｉ）対象のヘモグロビン濃度は、投与の前のヘモグロビン濃度に対して０．１ｇ／ｄＬ以上増加する。
【０１２７】
態様４８。態様３８から４７のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｊ）対象の総鉄結合能は、投与の前の総鉄結合能に対して２．５％以上減少する。
【０１２８】
態様４９。態様３８から４８のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｋ）対象の総鉄結合能は、投与の前の総鉄結合能に対して４０μｇ／ｄＬ以上減少する。
【０１２９】
態様５０。態様３８から４９のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｌ）対象のＦＡＣＩＴ疲労スコアは、投与の前のＦＡＣＩＴ疲労スコアに対して３ポイント以上増加する。
【０１３０】
態様５１。態様３８から５０のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｍ）対象のＳＦ−３６体痛スコアは、投与の前のＳＦ−３６体痛スコアに対して５ポイント以上増加する。
【０１３１】
態様５２。態様３８から５１のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｎ）対象のＳＦ−３６バイタリティスコアは、投与の前のＳＦ−３６バイタリティスコアに対して５ポイント以上増加する。
【０１３２】
態様５３。態様３８から５２のいずれかの方法であり、ここで投与の１週間以上後に、
（ｏ）１週間当りの対象の胃腸管症状の平均発症率は、投与の前の１週間当りの対象の胃腸管症状の平均発症率に対して２倍未満増加する。
【０１３３】
態様５４。態様３８から５３のいずれかの方法であり、ここで投与は、平均で１日当り１３ｍｇ以上の鉄元素を含む。
【０１３４】
態様５５。態様３８から５４のいずれかの方法であり、ここで変更する方法は食事管理を含む。
【０１３５】
［実施例］
［組み換え酵母の構築］
実施例１および２の各々において、酵母の恒常的ＴＤＨ３転写プロモーターの制御下でヒトＨ−フェリチンを発現する、図２に示されるＳ．セレビシエ（ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）に対するＨ−フェリチン発現カセットは、プラスミドＲＬＫ／ｐＬ５６５９からＰＣＲによって生成されたものであり、このプラスミドはｐＡＧ４２６ＧＰＤ−ｃｃｄＢ（アドジーン（ＡｄｄＧｅｎｅ）、ケンブリッジ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ）、マサチューセッツ（Ｍａｓｓ．））にＨ−フェリチンコード配列およびＵＲＡ３遺伝子を挿入することによって得られたものである。たとえばヒネン（Ｈｉｎｎｅｎ）らの「米国科学アカデミー紀要（ＰＮＡＳ  ＵＳＡ）」７５：１９２９−１９３３、１９７８に記載されるものなどの標準的な方法を用いて、ＰＣＲ産物を酵母株ＢＹ４７４１に形質転換し、酵母染色体に組み込ませた。選択可能マーカーを介して発現カセットを含有する酵母形質転換体を回収し、ガラスビーズを用いて５０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ  ＮａＣｌにおいて形質転換酵母の溶菌物を調製した。ＤＣプロテインアッセイ（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｓｓａｙ）（バイオ・ラッド（Ｂｉｏ−Ｒａｄ））によって定めた２５μｇの総タンパク質をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分画し、ニトロセルロースフィルタに移した。１：２０００に希釈したＨ−フェリチンポリクローナル抗体（コーヴァンス（Ｃｏｖａｎｃｅ）ＰＡ  １１９２）によってブロットをプローブした。二次抗体は１：５０００に希釈した抗ウサギＩｇＧ（ＧＥアマシャム（Ａｍｅｒｓｈａｍ））であり、ウエスタンライトニング−ＥＣＬ（Ｗｅｓｔｅｒｎ  Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ−ＥＣＬ）（パーキンエルマー（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ））を用いてシグナルを検出した。図３に示される結果は、組み換えＨ−フェリチンの発現量が染色体組み込みの部位に依存することを示している。染色体組み込みＨ−フェリチン発現カセットを含有する組み換え菌株ＲＬＫ３１９０は、他の染色体組み込み部位と比較して予想外の劇的に高いレベルのヒトＨ−フェリチンを発現した。このレベルは、複数コピーのＨ−フェリチン発現カセットを有する染色体外プラスミドを含有する菌株ＲＬＫ３１７７によって産生されるＨ−フェリチンの量に匹敵するか、またはそれを上回るものである。ＲＬＫ３１９０においては、発現カセット上のＴＤＨ３プロモーターと染色体遺伝子との相同性に基づく相同組み換えによって、ＴＤＨ３の染色体位置に発現カセットが組み込まれた。このカセットおよびその他のカセットは、当該技術分野における標準的な技術を用いて、この部位における挿入のために容易に操作され得る。
【０１３６】
ＲＬＫ３１９０菌株内の発現カセットは、酵母染色体のＴＤＨ３座位に組み込まれたときに高レベルのヒトＨ−フェリチンを恒常的に産生する。酵母形質転換体は、鉄が豊富な培地（６ｍＭ  ＦｅＳｏ４）で生育された。
【０１３７】
実施例１において、組成物は、乾燥物質を基準として５．７重量％の鉄元素を含有する粉末として形成された。この粉末は、消費のための３７５ｍｇカプセルに封入された（組成物Ａ）。
【０１３８】
実施例２において、組成物は、乾燥物質を基準としてで７．４重量％の鉄元素を含有する粉末として形成された。この粉末は、消費のための３７５ｍｇカプセルに封入された（組成物Ｂ）。
【実施例１】
【０１３９】
図４に実験プロトコルが示されている。図５に調査カレンダーが示されている。対象は予めスクリーニングされ、非貧血性の患者（ヘモグロビン≧８ｇ／ｄＬ）のみが調査に参加するように選択された。すべての対象は、調査開始の４週間前から、鉄サプリメントおよび／または鉄を含有するマルチビタミン剤（もしあれば）の服用を停止するように指示された。
【０１４０】
鉄欠乏症（トランスフェリン飽和度（ＴＳＡＴ）＜２０％かつ血清フェリチン＜５０ｎｇ／ｍＬ）を有する３４人の対象（表１に人口統計を報告している）に、４つの３７５ｍｇカプセルとして提供される１．５ｇの組成物Ａ／日を２週間服用するように指示した。カプセルは水とともに直接摂取された。組成物Ａの鉄の含有量は、約５７ｍｇの鉄／１グラムの組成物Ａであり、これによって１日当りの鉄の初期摂取レベルが８５．５ｍｇとなり、これは鉄欠乏症を有する対象に対するたとえば硫酸鉄などの鉄塩に対する治療上の１日の推奨値の基準（１日当り１６５〜１９５ｍｇ）の約５０％である。
【０１４１】
【表１】
2021526854.tif 000003
【０１４２】
組成物Ａの忍容性は、直接質問して有害事象を記録すること、および毎週の胃腸管不快感の質問票を記入することによってモニタした。組成物Ａの忍容性は、対象が用量制限毒性（対象が耐えられないと言うようなＧＩ不快感、または有害事象が重度と分類され、かつ組成物Ａに関係付けられること）を経験しなかったことも意味した。
【０１４３】
すべての対象が１．５ｇ／ｄの組成物Ａに忍容性を示した。次いで、組成物Ａの用量を３ｇ組成物Ａ／日に増やし、８つの３７５カプセルとして６週間提供した。カプセルは水とともに直接摂取された。上記で考察したとおり、組成物Ａの鉄の含有量は約５７ｍｇの鉄／１グラムの組成物Ａであり、これによって１日当りの鉄の摂取レベルが１７１ｍｇとなり、これは鉄欠乏症を有する対象に対するたとえば硫酸鉄などの鉄塩に対する治療上の１日の推奨値の基準（１日当り１６５〜１９５ｍｇ）と一致する。
【０１４４】
［血液サンプルおよび分析］
スクリーニング（Ｗｅｅｋ−１）、ベースライン（Ｗｅｅｋ０）、およびその後の毎週（Ｗｅｅｋ１〜１０）に血液サンプル（１０ｍＬ）を採取して分析し、ヘモグロビンのレベル、総鉄結合能（ＴＢＩＣ）、およびトランスフェリン飽和度（ＴＳＡＴ）を測定した。データを図６〜８に報告しており、これは測定された各時点におけるすべての対象の平均値として示されている。
【０１４５】
図６に示されるとおり、平均ヘモグロビンレベルは、ベースラインレベル（Ｗｅｅｋ０）と比較して１．５ｇ／ｄ組成物Ａによる処置後（Ｗｅｅｋ２）も有意に変化しなかった。しかし、平均ヘモグロビンレベルはＷｅｅｋ２（３ｇ／ｄ組成物Ａの開始）からＷｅｅｋ８（処置の完了）までの間に有意に増加した。Ｗｅｅｋ１０（処置中止の２週間後）にも、平均ヘモグロビンレベルは有意に上昇したままだった。理論に結び付けられることは望まないが、これらのデータは、実験期間の最初に用いられたより低い用量レベルに対する非応答性によるものではなく、鉄レベル増加後のヘモグロビン合成の遅れの結果ではないかと仮定される。
【０１４６】
図７に示されるとおり、ＴＩＢＣは、ベースラインレベル（Ｗｅｅｋ０）と比較して１．５ｇ／ｄ組成物Ａによる処置後（Ｗｅｅｋ２）は有意に減少し、かつＷｅｅｋ２（３ｇ／ｄ組成物Ａの開始）からＷｅｅｋ８（処置の完了）までの間に有意に減少した。Ｗｅｅｋ１０にも、ＴＩＢＣは有意に減少したままだった。
【０１４７】
図８に示されるとおり、％トランスフェリン飽和度は、ベースラインレベル（Ｗｅｅｋ０）と比較して１．５ｇ／ｄ組成物Ａによる処置後（Ｗｅｅｋ２）に増加し、Ｗｅｅｋ６に最大値に達した。％トランスフェリン飽和度はＷｅｅｋ８にも上昇したままだったが、Ｗｅｅｋ１０にはベースラインと類似のレベルに減少した。
【０１４８】
［健康調査］
対象には健康調査の質問を含む記録簿が提供された。対象はスクリーニング（Ｗｅｅｋ−１）、ベースライン（Ｗｅｅｋ０）、およびその後の毎週（Ｗｅｅｋ１〜１０）に、慢性疾患治療の機能性評価（ＦＡＣＩＴ：Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｃｈｒｏｎｉｃ  Ｉｌｌｎｅｓｓ  Ｔｈｅｒａｐｙ）疲労質問票（図９）に記入した。ＦＡＣＩＴ疲労質問票は、自己報告の疲労と、それが日常の活動および機能に与える影響とを評価する１３項目の質問票である。この１３項目の慢性疾患治療の機能性評価−疲労スケール（ＦＡＣＩＴ−Ｆスケール）のスケールは、５ポイントのリッカート（Ｌｉｋｅｒｔ）型のスケール（０＝まったくない、１＝ほとんどない、２＝多少ある、３＝かなりある、および４＝非常にある）を用いる。各質問に対する想起期間は「過去７日間」であった。１３項目のＦＡＣＩＴ−Ｆスケールの各々は０〜４の範囲であるため、可能なスコアの範囲は０〜５２であり、ここで０が可能な最悪のスコアであり、５２が最高のスコアであった。０〜５２スコアを得るために、否定的な表現の各項目の応答は、０が悪い応答で４が良好な応答となるように再符号化された。たとえば、質問１〜６および９〜１３のスコアは反転されて、０の応答がスコア４として記録されるようにした。すべての応答を等しい重みで加算して、合計スコアを得た。いくつかの回答が抜けている場合は、項目の５０％より多く（すなわち、１３のうち７以上）が回答されていれば、回答された項目のスコアから合計スコアを比例配分した。
【０１４９】
データを図１０に報告している。図１０は、ジャーナル・オブ・ペイン・アンド・シムプトム・マネージメント（Ｊ  Ｐａｉｎ  Ｓｙｍｐｔｏｍ  Ｍａｎ）２００２、２４（６）：５４７−６１に報告されているＦＡＣＩＴ−Ｆスケールに対する臨床上重要な差を構成するものに関連するスコアを識別する点線を含む。本明細書において用いられる「臨床上重要な差（Ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ  Ｉｍｐｏｒｔａｎｔ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ）」という用語は、個々の患者が重要と識別するであろう処置成績の最小変化を示しており、これは患者の管理の変更を命じ得るものである。図１０に示されるとおり、臨床上重要な差は、ベースラインのスコア（Ｗｅｅｋ−１；Ｗｅｅｋ０）と比較して、組成物Ａによる１週間以上の処置後にＦＡＣＩＴスコアが３ポイント以上増加したことであった。
【０１５０】
対象はスクリーニング（Ｗｅｅｋ−１）、ベースライン（Ｗｅｅｋ０）、およびその後の毎週（Ｗｅｅｋ１〜１０）に、ＳＦ−３６健康調査（Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｕｒｖｅｙ）（図１１）も記入した。ＳＦ−３６健康調査は、ランド研究所（ＲＡＮＤ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）によって作成された、一般的で整合性がありかつ容易に施行される、生活の質の尺度のセットである。これらの尺度は、患者の自己報告に依拠した。これらの質問は８つの健康ドメインに向けられたものであり、それらは身体機能、体痛、身体的健康問題による役割制限、個人的または感情的問題による役割制限、精神的安定、社会的機能、活力／疲労、および全般的な健康の知覚である。この調査は、知覚される健康の変化の表示を提供する単一項目も含んでいた。
【０１５１】
ＳＦ−３６健康調査のスコア付けは２段階のプロセスであった。第１に、表２に与えられるスコア付けキーごとに予め符号化された数値が再符号化された。すべての項目は、高スコアがより好ましい健康状態を定めるようにスコア付けされた。加えて、各項目は０から１００の範囲にスコア付けされたため、可能な最低および最高スコアはそれぞれ０および１００であった。本明細書において報告されるスコアは、得られた合計可能スコアのパーセンテージを表す。
【０１５２】
第２に、同じスケールの項目をともに平均化して、各健康ドメインに対する８スケールスコアを作成した。表３は、各スケールを作成するためにともに平均化される項目をリストにしたものである。スケールスコアを算出するときには、空白のままの項目（不明データ）は考慮に入れなかった。よって、本明細書において報告されるスケールスコアは、応答者が回答したスケール内の全項目に対する平均値を表す。
【０１５３】
【表２】
2021526854.tif 000004
【０１５４】
【表３】
2021526854.tif 000005
【０１５５】
図１２において、平均ＳＦ−３６バイタリティドメインスコアを報告している。図１２は、ジャーナル・オブ・ペイン・アンド・シムプトム・マネージメント（Ｊ  Ｐａｉｎ  Ｓｙｍｐｔｏｍ  Ｍａｎ）２００２、２４（６）：５４７−６１に報告されているＳＦ−３６健康調査のバイタリティスコアに対する臨床上重要な差を構成するものに関連するスコアを識別する点線を含む。図１２に示されるとおり、平均ＳＦ−３６バイタリティドメインスコアは、ベースライン（Ｗｅｅｋ０）と比較してＷｅｅｋ２に５ポイントより多く増加し、３ｇ／ｄ組成物Ａによる処置後のＷｅｅｋ８（処置の完了）およびＷｅｅｋ１０においても上昇したままだった。
【０１５６】
図１３に疼痛スコアを報告している。図１３に示されるとおり、平均ＳＦ−３６疼痛スコアはＷｅｅｋ６に増加し、Ｗｅｅｋ８（処置の完了）においても上昇したままであり、Ｗｅｅｋ１０（処置後）に有意に増加した。
【０１５７】
対象は、胃腸管症状質問票（図１４）にも記入した。この質問票は、「ニュートリション・アンド・メタボリズム（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ  ＆  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ）」２０１３、１０：１８に使用されている質問票に基づくものである。図１５および図１６にデータを報告している。図１５に示されるとおり、業界報告ではＦｅＳＯ４による処置の結果もたらされた１週間当りの対象当りの症状報告６．７に対してプラセボを与えられた対象の１週間当りの対象当りの症状報告が１．２である（すなわち、５．８ｘの比率）（「ニュートリション・アンド・メタボリズム（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ  ＆  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ）」２０１３、１０：１８を参照）のと比較して、１週間当りの対象当りの症状報告は７．７から９〜１０に推移し、生じた投薬後：投薬前の比は１．１：１．３であった。これらのデータは、組成物Ａを与えられた対象の方が、ＦｅＳＯ４で処置された患者について文献で報告されているものよりも１週間当りの対象当りの症状報告が少なかったことを示している。よって組成物Ａによる処置は、従来のＦｅＳＯ４による処置よりも胃腸管系に対する忍容性が高い。
【０１５８】
図１６は、Ｗｅｅｋ１〜４の間に実施例１の組成物Ａで処置された対象が経験した胃腸管症状の増加％を報告している。対象はいくつかの胃腸管症状を経験したが、４週間の間に経験された症状は組成物Ａの継続的投与によって有意に悪化しなかった。
【０１５９】
［マイクロバイオームサンプルおよび分析］
対象は家庭用便サンプル収集キットを提供され、便分析サービス提供者（ライト・ラボス（Ｗｒｉｇｈｔ  Ｌａｂｓ）、ＬＬＣ）にサンプルを郵送するように指示された。以下により詳細に考察されるとおり、便からのＤＮＡが抽出され、イルミナ（ｉｌｌｕｍｉｎａ）メタゲノミック配列決定を用いて腸内マイクロバイオームの系統的構成が評価された。腸の特定の微生物フローラおよびファウナを同定および定量化するために、選択サンプルを分析して種レベルＤＮＡ配列がさらに評価された。データは、測定された各時点におけるすべての対象に対する平均値として報告される。
【０１６０】
［ＤＮＡ抽出および定量化］
Ｑｉａｇｅｎ  ＤＮｅａｓｙ  Ｐｏｗｅｒｓｏｉｌ  ＤＮＡ単離（Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ）キットを用いて製造者の指示に従って（キアゲン（Ｑｉａｇｅｎ）、フレデリック（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ）、ＭＤ）、約０．２５ｇの各サンプル（またはおよそ５００μＬの液体サンプル）に対して核酸抽出を行った。Ｄｉｓｒｕｐｔｏｒ  Ｇｅｎｉｅ細胞破壊器（サイエンティフィックインダストリーズ（Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ））を用いて溶解工程を行った。最後に、５０μｌの１０ｍＭトリス中にゲノムＤＮＡを溶出した。その後の定量化は、Ｑｕｂｉｔ２．０蛍光光度計（Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ）（ライフテクノロジーズ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、カールズバッド（Ｃａｒｌｓｂａｄ）、ＣＡ）および二本鎖ＤＮＡ高感度アッセイを用いて行った。
【０１６１】
［ＰＣＲ増幅］
地球マイクロバイオームプロジェクト（Ｅａｒｔｈ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ増幅プロトコル（ワルテ（Ｗａｌｔｅ）ＪＧ、フールマン（Ｆｕｈｒｍａｎ）ＪＡ、アプリル（Ａｐｐｒｉｌｌ）Ａ、ナイト（Ｋｎｉｇｈｔ）Ｒ．２０１５。「改善された細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子（Ｉｍｐｒｏｖｅｄ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  Ｇｅｎｅ）」（Ｖ４およびＶ４−５）およびフンルス（Ｆｕｎｒｓ）Ｗ、ハイド（Ｈｙｄｅ）ＥＲ、バーグ−リヨンス（Ｂｅｒｇ−Ｌｙｏｎｓ）Ｄ、アッカーマン（Ａｃｋｅｒｍａｎｎ）Ｇ、ハンフリー（Ｈｕｍｐｈｒｅｙ）Ｇ、パラダ（Ｐａｒａｄａ）Ａ、ギルバート（Ｇｉｌｂｅｒｔ）ＪＡ、ジャンソン（Ｊａｎｓｓｏｎ）ＪＫ、カポラソガル（Ｃａｐｏｒａｓｏｇａｌ）「微生物コミュニティ調査のための内部転写スペーサーマーカー遺伝子プライマー（Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ  Ｓｐａｃｅｒ  Ｍａｒｋｅｒ  Ｇｅｎｅ  Ｐｒｉｍｅｒｓ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  Ｓｕｒｖｅｙｓ）。」ｍＳｙｓｔｅｍｓ１）に基づいて、イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）ｉＴａｇポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ：Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ）を行った。各反応の体積は２５μＬであり、反応当り（最終濃度）１Ｘ  ＰＣＲ緩衝液、０．８ｍＭ  ｄＮＴＰ、０．６２５Ｕ  Ｅｘ  Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（タカラ（Ｔａｋａｒａ））、０．２μＭ  ５１５Ｆバーコードフォワードプライマー、０．２μＭ  ８０６Ｒリバースプライマー、および約１０ｎｇの鋳型ＤＮＡを含んだ。Ｔ１００  Ｔｈｅｒｍａｌ  Ｃｙｃｌｅｒ（バイオ・ラッド、ハーキュリーズ（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ）、ＣＡ）において、以下のサイクリング条件を用いてＰＣＲを行った。９８℃にて３ｍｉｎ；次いで９８℃にて１ｍｉｎ、５５℃にて４０ｓ、および７２℃にて１ｍｉｎの３５サイクル；最終伸長は７２℃にて１０ｍｉｎであり；次いで４℃にて保持した。約４００ｂｐのバンドに対して、２％アガロースＥ−ゲル上でエチジウムブロマイド（サーモフィッシャーサイエンティフィック（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ））によってＰＣＲ産物を可視化した。
【０１６２】
［ライブラリ精製、検証、および配列決定］
次いで、ＰＣＲ産物をほぼ等モルの方式で組み合わせた（プールした）。次いで、プールされたＰＣＲ産物を、可視化のためにＧｅｌ  Ｓｔａｒ核酸ゲル染色（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｇｅｌ  Ｓｔａｉｎ）（ロンザ（Ｌｏｎｚａ））によって２％アガロースゲル上に走らせた。滅菌メスを用いて予期される産物の長さのバンドをゲルから切り出し、その後ＱＩＡｑｕｉｃｋゲル精製キット（Ｇｅｌ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ）（キアゲン（Ｑｉａｇｅｎ）、フレデリック（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ）、ＭＤ）を用いて精製した。次いで、この純ライブラリをＱｕｂｉｔ２．０蛍光光度計二本鎖ＤＮＡ高感度アッセイ（ライフテクノロジーズ、カールズバッド、ＣＡ）を用いて定量化した。最後に、均一な配列決定および被覆度を確実にするために、プロジェクト当りのサンプル数に基づいて各ライブラリの入力を正規化することによって、配列決定実行における各ライブラリを組み合わせて（多重化して）１つの配列決定ライブラリにした。
【０１６３】
配列決定のために提出する前に、２１００バイオアナライザ（Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ）高感度ＤＮＡ分析キット（アジレント・テクノロジーズ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、サンタクララ（Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ）、ＣＡ）を用いてライブラリの品質チェックをした。配列決定ライブラリは、配列決定のためにララゲン社（Ｌａｒａｇｅｎ  Ｉｎｃ）（カルバーシティ（Ｃｕｌｖｅｒ  Ｃｉｔｙ）、ＣＡ）にドライアイス上で発送されるまでは−２０℃にて保存された。
【０１６４】
ＡＢＩ３７３０におけるフラグメントアナライザを用いてライブラリプールのサイズ検証を行い、ＫＡＰＡライブラリ定量（Ｌｉｂｒａｒｙ  ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）キット（カパバイオシステム（Ｋａｐａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ）、ウィルミントン（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ）、ＭＡ、ＵＳＡ）によって定量化した。ＥＢＴ（イルミナ）によって、１５％ＰｈｉＸ  Ｖ３ライブラリコントロール（イルミナ、サンディエゴ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）、ＣＡ、ＵＳＡ）を含む最終濃度２ｎＭに希釈した後、等体積の０．２Ｍ  ＮａＯＨ中でライブラリプールを５分間変性させ、次いでＨＴ１緩衝液（イルミナ）にて８ｐＭまでさらに希釈し、イルミナＭｉＳｅｑ  Ｖ２  ５００サイクルキットカセットを用いて、２５０塩基対のペアエンド読取りに対する１６Ｓ  ｒＲＮＡライブラリ配列決定プライマーセットによって配列決定を行った。品質スコアおよびデータ出力に対するイルミナの仕様に配列決定実行が一致するかどうかを定めることによって、全体の配列決定実行性能が評価される。実際の実行性能は、サンプルのタイプ、品質、およびフィルタを通過するクラスタに基づいて変動した。仕様は、サポートされるクラスタ密度におけるイルミナＰｈｉＸコントロールライブラリに基づくものである。
【０１６５】
［品質フィルタリングおよびノイズ除去］
デマルチプレクスしたペアエンド配列を、最初にＱＩＩＭＥ２ソフトウェア（ｗｗｗ．ｑｉｉｍｅ２．ｏｒｇ）にインポートした。次いで、生配列はＤＡＤＡ２マージ、ノイズ除去、ろ過、およびキメラ除去を受けた（カラハン（Ｃａｌｌａｈａｎ）ＢＪ、マクマーディー（ＭｃＭｕｒｄｉｅ）ＰＪ、ローゼン（Ｒｏｓｅｎ）ＭＪ、ハン（Ｈａｎ）ＡＷ、ジョンソン（Ｊｏｈｎｓｏｎ）ＡＪＡ、ホルムス（Ｈｏｌｍｅｓ）ＳＰ。２０１６。「ＤＡＤＡ２：イルミナ増幅産物データからの高分解能サンプル推論（ＤＡＤＡ２：Ｈｉｇｈ−ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｓａｍｐｌｅ  ｉｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｆｒｏｍ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ａｍｐｌｉｃｏｎ  ｄａｔａ）。」ネイチャー・メソッズ（Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ））。ＤＡＤＡ２内の以下のフィルタリングパラメータを使用した。マージの前に順方向読取りデータは塩基２４８にてトリミングされ、逆方向読取りデータは塩基２２９にてトリミングされた。許容される最大期待誤差は０．５であった。分類同定のために、ＱＩＩＭＥ２は、ＳＩＩＬＶＡデータベース（リリース（Ｒｅｌｅａｓｅ）１３２）に対してデータをマップするためにナイーブベイズ（Ｎａｉｖｅ  Ｂａｙｅｓ）分類子およびアライメントツールに基づいて分類群を割り当てる分類方法を用いる。
【０１６６】
［バイオインフォマティクス］
アルファ多様性比較：非希薄化分類表を用いて、ＱＩＩＭＥ２配列分析パッケージ内でアルファ多様性ボックスプロットを生成した。サンプル当り７，０００配列未満を有するサンプルは、アルファ多様性分析から除外した。すべてのサンプルにわたる配列に対して最大深度７，０００配列まで複数の希薄化を行い、ここでステップサイズは７００、各ステップにおける反復は２０であった。次いで、２サンプルｔ−検定および非パラメトリックモンテカルロ（Ｍｏｎｔｅ  Ｃａｒｌｏ）順列（ｎ＝９９９）を用いて、アルファ多様性を照合およびプロットおよび比較した。
【０１６７】
ベータ多様性比較：ＣＳＳ正規化ＯＴＵテーブルからＱＩＩＭＥ２内で作成した重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離行列から、主座標分析（ＰＣｏＡ：Ｐｒｉｎｃｉｐａｌ  ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ  ａｎａｌｙｓｅｓ）プロットおよび有意性に対するＰＥＲＭＡＮＯＶＡ検定を生成した（ポールソン（Ｐａｕｌｓｏｎ）ＪＮ、スタイン（Ｓｔｉｎｅ）ＯＣ、ブラボ（Ｂｒａｖｏ）ＨＣ、ポップ（Ｐｏｐ）Ｍ。２０１３。「マーカー遺伝子検査における差分存在量分析のためのロバストな方法（Ｒｏｂｕｓｔ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ａｂｕｎｄａｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  ｍａｒｋｅｒ  ｇｅｎｅ  ｓｕｒｖｅｙｓ）。」ネイチャー・メソッズ（Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ）１０：１２００−１２０２）。
【０１６８】
平均の観察された種の豊富さを図１７に示す。示されるとおり、対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さは、組成物Ａによる２週間以上の処置後にも、投与前の対象の腸内の平均の観察細菌種の豊富さと実質的に同じであった。
【０１６９】
分類学的ＬＥｆＳｅ増菌プロット：細菌分類群の相対存在量に百万を掛けて、セガタ（Ｓｅｇａｔａ）らに記載されるとおりの形式にした（セガタ（Ｓｅｇａｔａ）Ｎ、イザード（Ｉｚａｒｄ）Ｊ、ワルドロン（Ｗａｌｄｒｏｎ）Ｌ、ジュベール（Ｇｅｖｅｒｓ）Ｄ、ミロポルスキー（Ｍｉｒｏｐｏｌｓｋｙ）Ｌ、ガレット（Ｇａｒｒｅｔｔ）ＷＳ、フッテンハワー（Ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ）Ｃ。２０１１。「メタゲノミックバイオマーカーの発見および説明（Ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃ  ｂｉｏｍａｒｋｅｒ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎ）。」ゲノムバイオロジー（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ）１２）。主カテゴリー変数（「クラス（Ｃｌａｓｓ）」）としての「時点（Ｔｉｍｅｐｏｉｎｔ）」によって比較を行った。クラスカル−ワリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）に対してアルファレベル０．０５を用い、ウィルコクソン（Ｗｉｌｃｏｘｏｎ）検定に対して０．１０を用いた。２．０よりも大きい線形判別分析（ＬＤＡ：Ｌｉｎｅａｒ  Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）スコアを表示している。
【０１７０】
図１８に示されるとおり、組成物Ａによる２週間以上の処置後の、線形判別分析によって定められる対象の腸内のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アナエロスポロバクター（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、および／またはピグマイオバクター（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ）の相対存在量は−２以上であった。
【０１７１】
図１９に示されるとおり、組成物Ａによる２週間以上の処置後の、線形判別分析によって定められる対象の腸内のカンジダツス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）、エリシペロトリカレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）、エリシペロトリカセアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、および／またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量は＋２以上であった。
【０１７２】
図２０は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の相対存在量を示す棒グラフである。図２１は、ルミニクロストリジウム（Ｒｕｍｉｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の相対存在量を示す棒グラフである。図２２は、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の相対存在量を示す棒グラフである。図２３は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の相対存在量を示す棒グラフである。図２４は、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の相対存在量を示す棒グラフである。
【０１７３】
ＰＩＣＲＵＳｔプロット：ＰＩＣＲＵＳｔ機能予測は、ＱＩＩＭＥ−１．９．０内で生成されたクローズドリファレンスＯＴＵテーブルから生成された（ランギル（Ｌａｎｇｉｌｌｅ）Ｍ、ザネベルド（Ｚａｎｅｖｅｌｄ）Ｊ、カポラソ（Ｃａｐｏｒａｓｏ）ＪＧ、マクドナルド（ＭｃＤｏｎａｌｄ）Ｄ、ナイツ（Ｋｎｉｇｈｔｓ）Ｄ、レイエス（Ｒｅｙｅｓ）Ｊ、クレメンテ（Ｃｌｅｍｅｎｔｅ）Ｊ、バーケパイル（Ｂｕｒｋｅｐｉｌｅ）Ｄ、ベガ・サーバー（Ｖｅｇａ  Ｔｈｕｒｂｅｒ）Ｒ、ナイト（Ｋｎｉｇｈｔ）Ｒ、ベイコ（Ｂｅｉｋｏ）Ｒ、フッテンハワー（Ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ）Ｃ。２０１３。「１６Ｓ  ｒＲＮＡマーカー遺伝子配列を用いた微生物コミュニティの予測的機能プロファイリング（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓ  ｕｓｉｎｇ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  ｍａｒｋｅｒ  ｇｅｎｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ）。」ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ）３１：８１４−２１）。レベル３要約予測機能遺伝子の相対存在量に百万を掛けて、セガタ（Ｓｅｇａｔａ）らに記載されるとおりの形式にした（４）。主カテゴリー変数（「クラス（Ｃｌａｓｓ）」）としての「時点（Ｔｉｍｅｐｏｉｎｔ）」によって比較を行った。クラスカル−ワリスおよび対ごとのウィルコクソン検定の両方に対して、アルファレベル０．０５を用いた。次いで、予測された百万当りのカウント（ＣＰＭ：ｃｏｕｎｔｓ  ｐｅｒ  ｍｉｌｌｉｏｎ）尺度の経時的な可視化のために、ＰＩＣＲＵＳｔ予測をマイクロソフト・エクセル（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌ）にてプロットした。
【０１７４】
図２５に示されるとおり、組成物Ａによる２週間以上の処置後、ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内のバイオフィルム形成は低減した。
【０１７５】
図２６に示されるとおり、組成物Ａによる２週間以上の処置後、ＰＩＣＲＵＳｔ分析によって定められる対象の腸内の予測細菌走化性は低減した。
【０１７６】
図２７（Ａ）に示されるとおり、組成物Ａは、ベースラインと比較して全体的バイオフィルム形成（収集されたサンプルの１０週間の平均）の有意な減少をもたらした。図２７（Ｂ）に示されるとおり、組成物Ａは、（組成物Ａ２週間後の）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の全体的存在量の有意な減少をもたらした。
【実施例２】
【０１７７】
図２８に実験プロトコルが示されている。対象は予めスクリーニングされ、非貧血性の患者（ヘモグロビン≧８ｇ／ｄＬ）のみが調査に参加するように選択された。すべての対象は、調査開始の４週間前から、鉄サプリメントおよび／または鉄を含有するマルチビタミン剤（もしあれば）の服用を停止するように指示された。
【０１７８】
鉄欠乏症を有する６人の妊娠していない産後期でない女性の対象に、８つの３７５ｍｇカプセルとして提供される３．０ｇの組成物Ｂ／日を１２週間服用するように指示した。含有量は約７４ｍｇの鉄／１グラムの組成物Ａであるため、摂取レベルは１日当り２２２ｍｇの鉄となり、これは鉄欠乏症を有する対象に対するたとえば硫酸鉄などの鉄塩に対する治療上の１日の推奨値の基準（１日当り１６５〜１９５ｍｇ）の約１１４％である。
【０１７９】
組成物Ｂの忍容性は、直接質問して有害事象を記録すること、および毎週の胃腸管不快感の質問票を記入することによってモニタした。
【０１８０】
スクリーニング（Ｗｅｅｋ−４）、ベースライン（Ｗｅｅｋ０）、ならびにＷｅｅｋ２、４、８、および１２に血液サンプル（１０ｍＬ）を採取して分析し、ヘモグロビンレベルおよび総鉄結合能（ＴＩＢＣ）を測定した。図２９および図３０にデータを報告している。
【０１８１】
図２９に示されるとおり、平均ヘモグロビンレベルはＷｅｅｋ２までは有意に変化しなかったが、Ｗｅｅｋ４および８において増加し、Ｗｅｅｋ１４（調査完了の２週間後）にも上昇したままだった。
【０１８２】
図３０に示されるとおり、ＴＢＩＣは調査の１２週間にわたって着実に減少し、次いでＷｅｅｋ１４に増加した。
【実施例３】
【０１８３】
鉄欠乏症の標準的な前臨床の動物モデルを用いて、フェリチンを発現する鉄補給酵母は、鉄欠乏症を処置するために硫酸鉄を投与する標準的アプローチよりも優れていることを実証した。
【０１８４】
十分に確立されたラットモデルを用いて、ラットに対する給餌試験を行った。フェリチン強化酵母の有効性と鉄補充（硫酸鉄）に対する標準とを直接比較するように、調査を設計した。２０日齢のラットをケージ当り１匹ずつ収容し、鉄欠乏性（ｉｒｏｎ−ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ）の食餌を与えた（ＩＤ；３ｐｐｍの鉄）。すべてのラットは、１２：１２ｈｒ明／暗サイクル（６：００ａｍから６：００ｐｍまで点灯）が維持された温度（２３±２℃）および湿度（４０％）が制御された室内で、食物および脱イオン蒸留水を自由に与えられた。ＩＤ食餌は、アメリカ栄養学会（ＡＩＮ：Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）−９３Ｇ食餌のレシピに従って、コーンスターチを唯一の炭水化物供給源として調製した。食餌の鉄レベルは、硝酸による湿式分解後に原子吸光光度法を用いることによって確認した。
【０１８５】
ＩＤ食餌の開始後３〜４日ごとに各ラットから合計５０μｌの血液を回収して、ヘマトクリットおよびヘモグロビンレベルをモニタした。鉄欠乏性食餌の給餌２３日後（生後４３日）の平均ヘモグロビンおよびヘマトクリットレベルは、それぞれ約１０２ｇ／ｄＬおよび３４％であった。次いで、ラットをランダムに４つのグループに分けた（ｎ＝６／グループ）。
【０１８６】
各々の食餌は、ＩＤ食餌（３ｐｐｍの鉄）を基本食餌として調製した。鉄補給酵母（組成物Ｄ）、フェリチンを発現する鉄補給酵母（組成物Ｃ）、または硫酸鉄をＩＤ食餌に５０ｐｐｍ添加して、対照食餌を作製した。ラットに割り当てられた食餌を自由に与え、生後（ｐｏｓｔｎａｔａｌ）６１日まで（合計１７日）３〜４日ごとにヘモグロビンおよびヘマトクリットレベルを再び測定した。給餌期間全体にわたって食物摂取量を測定し、グループ間の差はなかった。Ｐ６１にラットを安楽死させて、血液および脳の測定値を定めた。
【０１８７】
図３１にデータを報告している。Ｐ２１から鉄欠乏性食餌（３μｇ／ｇの鉄）をラットに給餌することによって、ラットを鉄欠乏にした。ヘモグロビンレベルが約５ｇ／ｄＬに達したときに、ラットを次の４つの食餌グループに割り当てた。１）組成物Ｃ（Ｈ−フェリチン酵母食餌グループ：３５μｇ鉄／ｇを鉄供給源として給餌、２）組成物Ｄ（酵母グループ：ＹＦＣグループと同じ重量相当の鉄を有さない食餌において酵母を給餌、３）対照（鉄欠乏グループ：鉄欠乏性食餌を維持）、４）硫酸鉄食餌：硫酸鉄（３５μｇ鉄／ｇ）を有する標準的食餌を給餌された基準治療グループ。図３３のデータは、硫酸鉄サプリメントよりも組成物Ｃの方が有意に良好に血液学的鉄パラメータを回復させたことを示す。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１１Ｃ】
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【図１１Ｄ】
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【図１１Ｅ】
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【図１１Ｆ】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７Ａ】
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【図２７Ｂ】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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