(57)【要約】細胞または動物におけるＡＴＸＮ３  ＲＮＡの量または活性を低減し、ある特定の実施形態では、細胞または動物におけるＡＴＸＮ３タンパク質の量を低減するための化合物、方法、及び医薬組成物が提供される。かかる化合物、方法、及び医薬組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。かかる症状及び特徴には、運動機能障害、凝集形成、及びニューロン死が含まれる。かかる神経変性疾患には、脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）が含まれる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ３核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖、糖サロゲート、及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
【請求項２】
１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１５〜２７８７の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
【請求項３】
１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなり、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記部分が、
配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５の等長部分、
配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６の等長部分、
配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６の等長部分、
配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２の等長部分、
配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８の等長部分、
配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１の等長部分、
配列番号１の核酸塩基５９９７〜６０２１の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３９８８３〜３９９０４の等長部分、または
配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８の等長部分と相補的である、前記オリゴマー化合物。
【請求項４】
前記ＡＴＸＮ３核酸が、配列番号１、２、３、４、または５のうちのいずれかの核酸塩基配列を有する、請求項１〜３のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項５】
一本鎖の修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、請求項１〜４のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項６】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、請求項１〜５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項７】
前記修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項６に記載のオリゴマー化合物。
【請求項８】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、請求項１〜５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項９】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項８に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１０】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項１〜７のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１１】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかである、請求項１〜７及び１０のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１２】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が、修飾された核酸塩基を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１３】
前記修飾された核酸塩基が、５−メチルシトシンである、請求項１２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１４】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１５】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１４に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１６】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋が、−Ｏ−ＣＨ２−及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、請求項１５に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１７】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１〜１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項１８】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む修飾された非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１９】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各修飾されたヌクレオシドが、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む修飾された非二環式糖部分を含む、請求項１８に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２０】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１〜１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項２１】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項２０に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２２】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ギャップマーである、請求項１〜１８及び２０〜２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項２３】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１〜６個の結合された５’ヌクレオシドからなる５’領域、
６〜１０個の結合された中心領域ヌクレオシドからなる中心領域、及び
１〜６個の結合された５’ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、前記５’領域ヌクレオシドの各々及び前記３’領域ヌクレオシドの各々が、修飾された糖部分を含み、前記中心領域ヌクレオシドの各々が、２’−デオキシリボシル糖部分を含む、請求項１〜１８及び２０〜２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項２４】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、以下のヌクレオシド間モチーフｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ここで、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項１〜７または１０〜２３に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２５】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１２〜２２、１２〜２０、１４〜２０、１６〜２０、１８〜２０、または１８〜２２個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１〜２３のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２６】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１６、１７、１８、１９、または２０個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１〜２３及び２５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２７】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、請求項１〜２６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項２８】
コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、請求項１〜２６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項２９】
前記コンジュゲート基が、１〜３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２８に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３０】
前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、請求項２８または２９に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３１】
前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、請求項２８に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３２】
前記コンジュゲートリンカーが、１〜３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項２８に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３３】
前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合している、請求項２８〜３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項３４】
前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合している、請求項２８〜３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項３５】
末端基を含む、請求項１〜２６または２８〜３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項３６】
前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１〜３５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項３７】
前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、請求項１〜３１または３３〜３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【請求項３８】
請求項１〜３５及び３７のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む、オリゴマー二本鎖。
【請求項３９】
請求項１〜３７のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３８に記載のオリゴマー二本鎖を含むか、またはそれらからなる、アンチセンス化合物。
【請求項４０】
１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１５〜２７８７の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項４１】
請求項１〜３７のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３８に記載のオリゴマー二本鎖、請求項３９に記載のアンチセンス化合物、または請求項４０に記載の修飾されたオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤のうちの少なくとも１つと、を含む、医薬組成物。
【請求項４２】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩である、請求項４１に記載の医薬組成物。
【請求項４３】
請求項４１〜４２のいずれかに記載の医薬組成物を動物に投与することを含む、方法。
【請求項４４】
前記動物が、ヒトである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ＡＴＸＮ３に関連する疾患を治療する方法であって、ＡＴＸＮ３に関連する疾患を有するか、またはそれを発症する危険性のある個体に、請求項４１及び４２に記載の医薬組成物の治療有効量を投与し、それにより、ＡＴＸＮ３に関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
【請求項４６】
ＡＴＸＮ３に関連する前記疾患が、神経変性疾患である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記神経変性疾患が、ＳＣＡ３である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記症状または特徴が、運動失調、神経障害、及び凝集体形成である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
以下の化学構造：
【化１】
2021522800.tif 000152
に従う修飾されたオリゴヌクレオチド
またはその塩。
【請求項５１】
以下の化学構造：
【化２】
2021522800.tif 000153
に従う修飾されたオリゴヌクレオチド
またはその塩。
【請求項５２】
以下の化学構造：
【化３】
2021522800.tif 000154
に従う修飾されたオリゴヌクレオチド
またはその塩。
【請求項５３】
以下の化学構造：
【化４】
2021522800.tif 000155
に従う修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項５４】
以下の化学構造： 
【化５】
2021522800.tif 000156
に従う修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
以下の化学構造： 
【化６】
2021522800.tif 000157
に従う修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
前記式のナトリウム塩である、請求項５０、５２、または５４のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項５７】
請求項５０〜５６いずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
【請求項５８】
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、請求項５７に記載の医薬組成物。
【請求項５９】
前記医薬組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、請求項５７に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
以下の化学表記法（５’から３’に）、Ｇｅｓ  ｍＣｅｏ  Ｔｅｏ  ｍＣｅｏ  Ａｅｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｄｓ  Ａｅｏ  Ｇｅｏ  Ｔｅｓ  Ａｅｓ  ｍＣｅ（配列番号４２３）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記化合物。
【請求項６１】
以下の化学表記法（５’から３’に）、Ｇｅｓ  ｍＣｅｏ  Ａｅｏ  ｍＣｅｏ  ｍＣｅｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｅｏ  Ａｅｏ  Ｇｅｓ  Ａｅｓ  Ａｅ（配列番号１２２６）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記化合物。
【請求項６２】
以下の化学表記法（５’から３’に）、Ｇｅｓ  Ｔｅｏ  Ｔｅｏ  Ａｅｏ  Ａｅｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｅｏ  Ｇｅｏ  ｍＣｅｓ  ｍＣｅｓ  Ｔｅ（配列番号１６７３）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記化合物。
【請求項６３】
コンジュゲート基に共有結合した前記修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、請求項６０〜６２のいずれかに記載の化合物。
【請求項６４】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、キラル的に制御されている、請求項１〜６３のいずれかに記載の化合物。
【請求項６５】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ステレオランダムである、請求項１〜６４のいずれかに記載の化合物。
【請求項６６】
請求項６０〜６５のいずれかに記載の化合物と、薬学的に許容される希釈剤または担体と、を含む、医薬組成物。
【請求項６７】
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、請求項６６に記載の医薬組成物。
【請求項６８】
前記医薬組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、請求項６６に記載の医薬組成物。
【請求項６９】
請求項５０〜５５のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、特定の配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル的に濃縮された集団。
【請求項７０】
前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６９に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７１】
前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６９に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７２】
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６９に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７３】
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７４】
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７５】
前記集団が、１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有し、かつ残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の各々において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７６】
前記集団が、５’から３’の方向に、Ｓｐ配置、Ｓｐ配置、及びＲｐ配置で少なくとも３個の隣接するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６９または請求項７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項７７】
請求項５０〜５５のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合が全てステレオランダムである、前記キラル的に濃縮された集団。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、電子形式で配列表と共に出願されている。配列表は、サイズが６８０ＫＢである、２０１９年４月２４日に作成されたＢＩＯＬ０３３１ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔのファイル名で提供される。配列表の電子形式での情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
細胞または動物におけるＡＴＸＮ３  ＲＮＡの量または活性を低減し、ある特定の例では、細胞または動物におけるアタキシン−３タンパク質の量を低減するための化合物、方法、及び医薬組成物が提供される。かかる化合物、方法、及び医薬組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。かかる症状及び特徴には、運動失調、神経障害、及び凝集体形成が含まれる。かかる神経変性疾患には、脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）が含まれる。
【背景技術】
【０００３】
脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）、別名、マチャド・ジョセフ病（ＭＪＤ）は、ＡＴＸＮ３遺伝子における突然変異によって引き起こされ、進行性小脳性運動失調症及び様々な所見、例えば、ジストニア硬直症候群、パーキンソン症候群、またはジストニアと末梢性神経障害との組み合わせ症候群を特徴とする。ＳＣＡ３は、常染色体優性様式で遺伝する。罹患した個体の子孫が突然変異の遺伝を受け継ぐ確率は５０％である。ＳＣＡ３の診断は、ＡＴＸＮ３における異常なＣＡＧトリヌクレオチドリピート伸長を検出するための分子遺伝子検査の使用に基づく。罹患した個体は、５２〜８６のＣＡＧトリヌクレオチドリピートを有する対立遺伝子を有する。かかる検査は、罹患した個体の１００％を検出する。ＡＴＸＮ３遺伝子における伸長したＣＡＧリピートは、アタキシン−３タンパク質における伸長したポリグルタミンリピート（ポリＱ）に翻訳され、この有毒なアタキシン−３タンパク質は、凝集体に関連する。これらの凝集体におけるポリグルタミン伸長アタキシン−３タンパク質はユビキチン化され、凝集体は、熱ショックタンパク質及び転写因子を含む他のタンパク質を含有する。凝集体は、ＳＣＡ３患者の脳組織内で頻繁に観察される。疾患の経過を遅らせる薬剤が存在しないため、ＳＣＡ３の管理は対症的であり、パーキンソニズムに似た下肢静止不能症候群及び錐体外路症候群は、レボドパまたはドーパミン作動薬に応答する可能性があり、痙縮、流涎、及び睡眠障害は、リオレサール、アトロピン様薬物、及び睡眠薬に可変的に応答し、ボツリヌス毒素は、ジストニア及び痙縮に使用されており、日中疲労は、モダフィニルなどの精神刺激薬に応答する可能性があり、随伴するうつ病が治療されるはずである。Ｒｉｅｓｓ，Ｏ．，Ｒｕｂ，Ｕ．，Ｐａｓｔｏｒｅ、Ａ．ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｒｅｂｅｌｌｕｍ（２００８）７：１２５。
【０００４】
現在、ＳＣＡ３などの神経変性疾患を治療するための許容される選択肢が不足している。したがって、かかる疾患を治療するための化合物、方法、及び医薬組成物を提供することが本明細書の目的である。
【発明の概要】
【０００５】
ＡＴＸＮ３  ＲＮＡの量または活性を低減し、ある特定の実施形態では、細胞または動物におけるアタキシン−３タンパク質の量を低減するための化合物、方法、及び医薬組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、動物は、神経変性疾患を有する。ある特定の実施形態では、動物は、ＳＣＡ３を有する。ある特定の実施形態では、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡの発現を低減するのに有用な化合物は、オリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。
【０００６】
神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用な方法もまた提供される。ある特定の実施形態では、神経変性疾患は、ＳＣＡ３である。ある特定の実施形態では、症状及び特徴には、運動失調、神経障害、及び凝集体形成が含まれる。ある特定の実施形態では、これらの症状の改善は、改善された運動機能、低減された神経障害、及び凝集体の数の低減をもたらす。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
前述の概要及び以下の詳細な説明はいずれも、例示的かつ説明的であるにすぎず、制限するものではないことを理解されたい。本明細書において、単数の使用は、明示的に別段の定めがない限り、複数形を含む。本明細書で使用される場合、「または」の使用は、別段の定めがない限り、「及び／または」を意味する。さらに、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語、ならびに「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」などの他の形態の使用は、制限するものではない。また、「要素」または「構成要素」などの用語は、明示的に別段の定めがない限り、１つのユニットを含む要素及び構成要素、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び構成要素の両方を包含する。
【０００８】
本明細書で使用される項の見出しは、組織的目的のためのみであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。特許、特許出願、論説、書物、及び論文を含むが、これらに限定されない、本出願に列挙される全ての書類、または書類の部分は、本明細書で論じられる書類の部分ならびにそれらの全体が参照により本明細書に明確に組み込まれる。
【０００９】
定義
具体的な定義が提供されない限り、本明細書に記載される分析化学、有機合成化学、ならびに医薬的及び薬学的化学に関連して使用される命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、当該技術分野で周知のものであり、一般に使用されている。許容される場合、本開示全体において参照される全ての特許、出願、公開された出願、ならびに他の出版物及び他のデータは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【００１０】
別段の指示がない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
本明細書で使用される場合、「２’−デオキシヌクレオシド」とは、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られる２’−Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、２’−デオキシヌクレオシドは、修飾された核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
【００１１】
本明細書で使用される場合、「２’置換ヌクレオシド」とは、２’置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される場合、糖部分に関して「２’置換」とは、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’置換基を含む糖部分を意味する。
【００１２】
本明細書で使用される場合、「５−メチルシトシン」とは、５位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５−メチルシトシンは、修飾された核酸塩基である。
【００１３】
本明細書で使用される場合、「投与すること」とは、動物に医薬品を提供することを意味する。
【００１４】
本明細書で使用される場合、「動物」とは、ヒトまたは非ヒト動物を意味する。
【００１５】
本明細書で使用される場合、「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因し得る任意の検出可能な及び／または測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物の不在下で標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはかかる標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の低減である。
【００１６】
本明細書で使用される場合、「アンチセンス化合物」とは、少なくとも１つのアンチセンス活性を達成することができるオリゴマー化合物を意味する。
【００１７】
本明細書で使用される場合、治療に関して「改善する」とは、治療の不在下で同じ症状に対する少なくとも１つの症状における改善を意味する。ある特定の実施形態では、改善は、症状の重症度もしくは頻度の低減、または症状の発症の遅延、または症状の重症度もしくは頻度の進行の遅延である。ある特定の実施形態では、症状または特徴は、運動失調、神経障害、及び凝集体形成である。ある特定の実施形態では、これらの症状の改善は、改善された運動機能、低減された神経障害、または凝集体の数の低減をもたらす。
【００１８】
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される場合、「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、２つの環を含む修飾された糖部分を意味し、第２の環は、第１の環内の原子のうちの２個を連結する架橋を介して形成され、それにより、二環式構造を形成する。ある特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
【００１９】
本明細書で使用される場合、「切断可能な部分」とは、生理学的条件下、例えば、細胞、動物、またはヒト内で切断される原子の結合または群を意味する。
【００２０】
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関して「相補的」とは、オリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基及び別の核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基の少なくとも７０％は、オリゴヌクレオチド及び他方の核酸の核酸塩基配列が反対の方向に整列されている場合に、互いに水素結合することができることを意味する。相補的核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することができる核酸塩基を意味する。相補的核酸塩基対は、アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、５−メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）を含む。相補的オリゴヌクレオチド及び／または核酸は、各ヌクレオシドで核酸塩基相補性を有する必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが耐容される。本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関して「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドで別のオリゴヌクレオチドまたは核酸と相補的であることを意味する。
【００２１】
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート基」とは、オリゴヌクレオチドに直接または間接的に結合している原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーを含む。
【００２２】
本明細書で使用される場合、「コンジュゲートリンカー」とは、単結合またはコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結する少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
【００２３】
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート部分」とは、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している原子団を意味する。
【００２４】
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドの文脈における「隣接する」とは、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「隣接する核酸塩基」とは、配列において互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
【００２５】
本明細書で使用される場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」または「ｃＥｔで修飾された糖」とは、β−Ｄリボシル二環式糖部分を意味し、二環式糖の第２の環は、β−Ｄリボシル糖部分の４’−炭素及び２’−炭素を連結する架橋を介して形成され、この架橋は、式４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有し、この架橋のメチル基は、Ｓ配置にある。
【００２６】
本明細書で使用される場合、「ｃＥｔヌクレオシド」とは、ｃＥｔで修飾された糖を含むヌクレオシドを意味する。
【００２７】
本明細書で使用される場合、「キラル的に濃縮された集団」とは、同一の分子式の複数の分子を意味し、特定のキラル中心で特定の立体化学的配置を含む集団内の分子の数または割合は、特定のキラル中心がステレオランダムであった場合に、集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定の立体化学的配置を含むことが予想される分子の数または割合よりも大きい。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル的に濃縮された集団は、１つ以上のステレオランダムキラル中心を含み得る。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物である。
【００２８】
本明細書で使用される場合、ヌクレオシド間結合に関して「キラル的に制御された」とは、キラリティーがその結合において特定の立体化学的配置について濃縮されていることを意味する。
【００２９】
本明細書で使用される場合、「ギャップマー」とは、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置するＲＮａｓｅ  Ｈ切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含む修飾されたオリゴヌクレオチドを意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドまたは外部領域を含むヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップ」と称され得、外部領域は、「ウイング」と称され得る。別段の指示がない限り、「ギャップマー」とは、糖モチーフを指す。別段の指示がない限り、ギャップマーのギャップのヌクレオシドの糖部分は、修飾されていない２’−デオキシリボシルである。したがって、「ＭＯＥギャップマー」という用語は、２’−デオキシヌクレオシドのウイング及びギャップの両方において２’−ＭＯＥヌクレオシドの糖モチーフを有するギャップマーを指す。別段の指示がない限り、ＭＯＥギャップマーは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合及び／または修飾された核酸塩基を含み得、かかる修飾は、必ずしも糖修飾のギャップマーのパターンに従うわけではない。
【００３０】
本明細書で使用される場合、「ホットスポット領域」とは、標的核酸の量または活性のオリゴマー化合物媒介低減に従順な標的核酸の核酸塩基の範囲である。
【００３１】
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的オリゴヌクレオチド及び／または核酸の対合またはアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されないが、ハイブリダイゼーションの最も一般定なメカニズムは、相補的核酸塩基の間のワトソン・クリック、フーグスティーン、または逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合に関与する。
【００３２】
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間結合」という用語は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間の共有結合である。本明細書で使用される場合、「修飾されたヌクレオシド間結合」とは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子のうちの１つが硫黄原子で置き換えられる修飾されたヌクレオシド間結合である。
【００３３】
本明細書で使用される場合、「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に直接または間接的のいずれかで結合するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、それらがオリゴヌクレオチドと隣接していても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部とはみなされない。
【００３４】
本明細書で使用される場合、「非二環式の修飾された糖部分」とは、糖の２つの原子間に架橋を形成せず第２の環を形成する、置換などの修飾を含む修飾された糖部分を意味する。
【００３５】
本明細書で使用される場合、「ミスマッチ」または「非相補的」とは、第１及び第２のオリゴヌクレオチドが整列されている場合に、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的ではない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
【００３６】
本明細書で使用される場合、「ＭＯＥ」とは、メトキシエチルを意味する。「２’−ＭＯＥ」または「２’−ＭＯＥで修飾された糖」とは、リボシル糖部分の２’−ＯＨ基の代わりに２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。
【００３７】
本明細書で使用される場合、「２’−ＭＯＥヌクレオシド」とは、２’−ＭＯＥで修飾された糖を含むヌクレオシドを意味する。
【００３８】
本明細書で使用される場合、「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチドにおける修飾されていない及び／または修飾された糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【００３９】
本明細書で使用される場合、「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチドにおける修飾されていない及び／または修飾された糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【００４０】
本明細書で使用される場合、「神経変性疾患」とは、ニューロン死を含むニューロンの機能または構造の進行性喪失を特徴とする状態を意味する。ある特定の実施形態では、神経変性疾患は、脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）である。
【００４１】
本明細書で使用される場合、「核酸塩基」とは、修飾されていない核酸塩基または修飾された核酸塩基を意味する。本明細書で使用される場合、「修飾されていない核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）である。本明細書で使用される場合、「修飾された核酸塩基」とは、少なくとも１つの修飾されていない核酸塩基と対合することができる修飾されていないＡ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、またはＧ以外の原子団である。「５−メチルシトシン」は、修飾された核酸塩基である。一般的な塩基は、５つの修飾されていない核酸塩基のうちのいずれか１つと対になることができる修飾された核酸塩基である。本明細書で使用される場合、「核酸塩基配列」とは、任意の糖またはヌクレオシド間結合修飾とは無関係の核酸またはオリゴヌクレオチドにおける隣接する核酸塩基の順番を意味する。
【００４２】
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分はそれぞれ独立して、修飾されていないか、または修飾されている。本明細書で使用される場合、「修飾されたヌクレオシド」とは、修飾された核酸塩基及び／または修飾された糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾されたヌクレオシドは、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドを含む。「結合されたヌクレオシド」とは、連続した配列において連結されている（すなわち、結合されているものの間に追加のヌクレオシドが存在しない）ヌクレオシドである。
【００４３】
本明細書で使用される場合、「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチド、及び任意に、コンジュゲート基または末端基などの１つ以上の追加の特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物と相補的な第２のオリゴマー化合物と対になっていてもよく、または対になっていなくてもよい。「一本鎖オリゴマー化合物」は、不対オリゴマー化合物である。「オリゴマー二本鎖」という用語は、相補的核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物によって形成される二本鎖を意味する。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物は、「二本鎖オリゴマー化合物」と称され得る。
【００４４】
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合を介して連結されている結合されたヌクレオシドの鎖を意味し、ヌクレオシド結合及びヌクレオシド間結合は各々、修飾されていても修飾されていなくてもよい。別段の指示がない限り、オリゴヌクレオチドは、８〜５０個の結合されたヌクレオシドからなる。本明細書で使用される場合、「修飾されたオリゴヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドを意味し、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合は、修飾されている。本明細書で使用される場合、「修飾されていないオリゴヌクレオチド」とは、任意のヌクレオシド修飾またはヌクレオシド間修飾を含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
【００４５】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体または希釈剤」とは、動物に投与することにおいて使用するのに好適な任意の物質を意味する。ある特定のかかる担体は、医薬組成物が、例えば、対象による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液体、ゲル、シロップ剤、スラリー、懸濁液、及びトローチ剤として製剤化されることを可能にする。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌食塩水、滅菌緩衝溶液、または滅菌人工脳脊髄液である。
【００４６】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される塩」とは、化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩を意味する。薬学的に許容される塩は、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、それに対する望ましくない毒物学的影響を与えない。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「医薬組成物」とは、対象に投与するのに好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、オリゴマー化合物及び滅菌水溶液を含み得る。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、ある特定の細胞株において自由取り込みアッセイで活性を示す。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「リン部分」とは、リン原子を含む原子団を意味する。ある特定の実施形態では、リン部分は、モノホスフェート、ジホスフェート、もしくはトリホスフェート、またはホスホロチオエートを含む。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「プロドラッグ」とは、動物またはその細胞内の異なる形態に変換される体外の形態である治療剤を意味する。典型的には、動物内のプロドラッグの変換は、酵素（例えば、内因性またはウイルス性酵素）または細胞もしくは組織中に存在する化学物質の作用によって及び／または生理的状態によって促進される。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「量または活性を低減または阻害する」とは、未処理の試料または対照試料における転写発現または活性に対する転写発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも転写発現または活性の全排除を示すわけではない。
【００５１】
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡ」とは、ＲＮＡ転写物を意味し、別段の定めがない限り、プレｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡを含む。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉ化合物」とは、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して作用し、標的核酸及び／または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びｍｉｃｒｏＲＮＡ模倣物を含むｍｉｃｒｏＲＮＡを含むが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は、標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物という用語は、ＲＮａｓｅ  Ｈを介して作用するアンチセンス化合物を除外する。
【００５３】
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関して「自己相補的」とは、それ自体に少なくとも部分的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
【００５４】
本明細書で使用される場合、「標準細胞アッセイ」とは、実施例１に記載されるアッセイ及びその合理的な変形を意味する。
【００５５】
本明細書で使用される場合、「標準インビボアッセイ」とは、実施例４に記載される実験、及びその合理的な変形を意味する。
【００５６】
本明細書で使用される場合、同一の分子式の分子の集団の文脈における「ステレオランダム」とは、ランダム立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムキラル中心を含む分子の集団において、ステレオランダムキラル中心の（Ｓ）配置を有する分子の数は、ステレオランダムキラル中心の（Ｒ）配置を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じであるとは限らない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成方法の結果である場合に、ランダムとみなされる。ある特定の実施形態では、ステレオランダムキラル中心は、ステレオランダムホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【００５７】
本明細書で使用される場合、「糖部分」とは、修飾されていない糖部分または修飾された糖部分を意味する。本明細書で使用される場合、「修飾されていない糖部分」とは、ＲＮＡに見られる２’−ＯＨ（Ｈ）リボシル部分（「修飾されていないＲＮＡ糖部分」）、またはＤＮＡに見られる２’−Ｈ（Ｈ）部分（「修飾されていないＤＮＡ糖部分」）を意味する。修飾されていない糖部分は、１’、３’、及び４’位の各々に１つの水素を有し、３’位に酸素を有し、５’位に２つの水素を有する。本明細書で使用される場合、「修飾された糖部分」または「修飾された糖」とは、修飾されたフラノシル糖部分または糖サロゲートを意味する。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「糖サロゲート」とは、核酸塩基を、オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基などの別の基に結合し得るフラノシル部分以外を有する修飾された糖部分を意味する。糖サロゲートを含む修飾されたヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内で１つ以上の位置に組み込まれ得、かかるオリゴヌクレオチドは、相補的オリゴマー化合物または核酸にハイブリダイズすることができる。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「症状または特徴」とは、疾患または障害の存在または程度を示す任意の身体的特徴または検査結果を意味する。ある特定の実施形態では、症状は、対象またはその対象を診察または検査する医療専門家に明らかである。ある特定の実施形態では、特徴は、死後検査を含むが、これに限定されない侵襲的診断検査時に明らかになる。
【００６０】
本明細書で使用される場合、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」とは、アンチセンス化合物が影響するように設計されている核酸を意味する。
【００６１】
本明細書で使用される場合、「標的領域」とは、オリゴマー化合物がハイブリダイズするように設計されている標的核酸の部分を意味する。
【００６２】
本明細書で使用される場合、「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合した化学基または原子団を意味する。
【００６３】
本明細書で使用される場合、「治療有効量」とは、動物に治療効果を提供する医薬品の量を意味する。例えば、治療有効量は、疾患の症状を改善する。
【００６４】
ある特定の実施形態
本開示は、以下の非限定的な番号付きの実施形態を提供する。
実施形態１．１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ３核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖、糖サロゲート、及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
【００６５】
実施形態２．１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１５〜２７８７の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
【００６６】
実施形態３．１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなり、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記部分が、
配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５の等長部分、
配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６の等長部分、
配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６の等長部分、
配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２の等長部分、
配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８の等長部分、
配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１の等長部分、
配列番号１の核酸塩基５９９７〜６０２１の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３９８８３〜３９９０４の等長部分、または
配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８の等長部分と相補的である、前記オリゴマー化合物。
【００６７】
実施形態４．前記ＡＴＸＮ３核酸が、配列番号１、２、３、４、または５のうちのいずれかの核酸塩基配列を有する、実施形態１〜３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００６８】
実施形態５．一本鎖の修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、実施形態１〜４のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００６９】
実施形態６．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、実施形態１〜５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００７０】
実施形態７．前記修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態６に記載のオリゴマー化合物。
【００７１】
実施形態８．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、実施形態１〜５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００７２】
実施形態９．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態８に記載のオリゴマー化合物。
【００７３】
実施形態１０．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態１〜７のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００７４】
実施形態１１．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかである、実施形態１〜７及び１０のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００７５】
実施形態１２．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が、修飾された核酸塩基を含む、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００７６】
実施形態１３．前記修飾された核酸塩基が、５−メチルシトシンである、実施形態１２に記載のオリゴマー化合物。
【００７７】
実施形態１４．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１〜１３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００７８】
実施形態１５．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４に記載のオリゴマー化合物。
【００７９】
実施形態１６．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋が、−Ｏ−ＣＨ２−及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、実施形態１５に記載のオリゴマー化合物。
【００８０】
実施形態１７．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１〜１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００８１】
実施形態１８．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む修飾された非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
【００８２】
実施形態１９．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各修飾されたヌクレオシドが、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む修飾された非二環式糖部分を含む、実施形態１８に記載のオリゴマー化合物。
【００８３】
実施形態２０．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１〜１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００８４】
実施形態２１．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２０に記載のオリゴマー化合物。
【００８５】
実施形態２２．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ギャップマーである、実施形態１〜１８及び２０〜２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。実施形態のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００８６】
実施形態２３．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１〜６個の結合された５’ヌクレオシドからなる５’領域、
６〜１０個の結合された中心領域ヌクレオシドからなる中心領域、及び
１〜６個の結合された５’ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、前記５’領域ヌクレオシドの各々及び前記３’領域ヌクレオシドの各々が、修飾された糖部分を含み、前記中心領域ヌクレオシドの各々が、２’−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１〜１８及び２０〜２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００８７】
実施形態２４．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２０個の結合されたヌクレオシドからなり、以下のヌクレオシド間モチーフｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ここで、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態１〜７または１０〜２３に記載のオリゴマー化合物。
【００８８】
実施形態２５．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１２〜２２、１２〜２０、１４〜２０、１６〜２０、１８〜２０、または１８〜２２個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１〜２３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００８９】
実施形態２６．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１６、１７、１８、１９、または２０個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１〜２３及び２５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
【００９０】
実施形態２７．前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、実施形態１〜２６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００９１】
実施形態２８．コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態１〜２６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００９２】
実施形態２９．前記コンジュゲート基が、１〜３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、実施形態２８に記載のオリゴマー化合物。
【００９３】
実施形態３０．前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、実施形態２８または２９に記載のオリゴマー化合物。
【００９４】
実施形態３１．前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、実施形態２８に記載のオリゴマー化合物。
【００９５】
実施形態３２．前記コンジュゲートリンカーが、１〜３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態２８に記載のオリゴマー化合物。
【００９６】
実施形態３３．前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合している、実施形態２８〜３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００９７】
実施形態３４．前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合している、実施形態２８〜３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００９８】
実施形態３５．末端基を含む、実施形態１〜２６または２８〜３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【００９９】
実施形態３６．前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態１〜３５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【０１００】
実施形態３７．前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、実施形態１〜３１または３３〜３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
【０１０１】
実施形態３８．実施形態１〜３５及び３７のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む、オリゴマー二本鎖。
【０１０２】
実施形態３９．実施形態１〜３７のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態３８に記載のオリゴマー二本鎖を含むか、またはそれらからなる、アンチセンス化合物。
【０１０３】
実施形態４０．１２〜５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１５〜２７８７の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾されたオリゴヌクレオチド。
【０１０４】
実施形態４１．実施形態１〜３７のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３８に記載のオリゴマー二本鎖、実施形態３９に記載のアンチセンス化合物、または実施形態４０に記載の修飾されたオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤のうちの少なくとも１つと、を含む、医薬組成物。
【０１０５】
実施形態４２．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩である、実施形態４１に記載の医薬組成物。
【０１０６】
実施形態４３．実施形態４１〜４２のいずれかに記載の医薬組成物を動物に投与することを含む、方法。
【０１０７】
実施形態４４．前記動物が、ヒトである、実施形態４３に記載の方法。
【０１０８】
実施形態４５．ＡＴＸＮ３に関連する疾患を治療する方法であって、ＡＴＸＮ３に関連する疾患を有するか、またはそれを発症する危険性のある個体に、実施形態４１及び４２に記載の医薬組成物の治療有効量を投与し、それにより、ＡＴＸＮ３に関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
【０１０９】
実施形態４６．ＡＴＸＮ３に関連する前記疾患が、神経変性疾患である、実施形態４５に記載の方法。
【０１１０】
実施形態４７．前記神経変性疾患が、ＳＣＡ３である、実施形態４６に記載の方法。
【０１１１】
実施形態４８．前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、実施形態４７に記載の方法。
【０１１２】
実施形態４９．前記症状または特徴が、運動失調、神経障害、及び凝集体形成である、実施形態４８に記載の方法。
【０１１３】
実施形態５０．以下の化学構造に従う修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号４２３）、またはその塩。
【化１】
2021522800.tif 000002
【０１１４】
実施形態５１．以下の化学構造に従う修飾されたオリゴヌクレオチド、（配列番号１２２６）またはその塩。
【化２】
2021522800.tif 000003
【０１１５】
実施形態５２．以下の化学構造に従う修飾されたオリゴヌクレオチド、（配列番号１６７３）またはその塩。
【化３】
2021522800.tif 000004
【０１１６】
実施形態５３．以下の化学構造に従う修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号４２３）。
【化４】
2021522800.tif 000005
【０１１７】
実施形態５４．以下の化学構造に従う修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１２２６）。
【化５】
2021522800.tif 000006
【０１１８】
実施形態５５．以下の化学構造に従う修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１６７３）。
【化６】
2021522800.tif 000007
【０１１９】
実施形態５６．前記式のナトリウム塩である、実施形態５０、５２、または５４のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
【０１２０】
実施形態５７．実施形態５０〜５６いずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
【０１２１】
実施形態５８．前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、実施形態５７に記載の医薬組成物。
【０１２２】
実施形態５９．前記医薬組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、実施形態５７に記載の医薬組成物。
【０１２３】
実施形態６０．以下の化学表記法（５’から３’に）、Ｇｅｓ  ｍＣｅｏ  Ｔｅｏ  ｍＣｅｏ  Ａｅｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｄｓ  Ａｅｏ  Ｇｅｏ  Ｔｅｓ  Ａｅｓ  ｍＣｅ（配列番号４２３）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記化合物。
【０１２４】
実施形態６１．以下の化学表記法（５’から３’に）、Ｇｅｓ  ｍＣｅｏ  Ａｅｏ  ｍＣｅｏ  ｍＣｅｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｅｏ  Ａｅｏ  Ｇｅｓ  Ａｅｓ  Ａｅ（配列番号１２２６）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記化合物。
【０１２５】
実施形態６２．以下の化学表記法（５’から３’に）、Ｇｅｓ  Ｔｅｏ  Ｔｅｏ  Ａｅｏ  Ａｅｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｅｏ  Ｇｅｏ  ｍＣｅｓ  ｍＣｅｓ  Ｔｅ（配列番号１６７３）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記化合物。
【０１２６】
実施形態６３．コンジュゲート基に共有結合した前記修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、実施形態６０〜６２のいずれかに記載の化合物。
【０１２７】
実施形態６４．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、キラル的に制御されている、実施形態１〜６３のいずれかに記載の化合物。
【０１２８】
実施形態６５．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ステレオランダムである、実施形態１〜６４のいずれかに記載の化合物。
【０１２９】
実施形態６６．実施形態６０〜６５のいずれかに記載の化合物と、薬学的に許容される希釈剤または担体と、を含む、医薬組成物。
【０１３０】
実施形態６７．前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、実施形態６６に記載の医薬組成物。
【０１３１】
実施形態６８．前記医薬組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、実施形態６６に記載の医薬組成物。
【０１３２】
実施形態６９．実施形態５０〜５５のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル的に濃縮された集団。
【０１３３】
実施形態７０．前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６９に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１３４】
実施形態７１．前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６９に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１３５】
実施形態７２．前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６９に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１３６】
実施形態７３．前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１３７】
実施形態７４．前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１３８】
実施形態７５．前記集団が、１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有し、かつ残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の各々において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１３９】
実施形態７６．前記集団が、５’から３’の方向に、Ｓｐ配置、Ｓｐ配置、及びＲｐ配置で少なくとも３個の隣接するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６９または実施形態７３に記載のキラル的に濃縮された集団。
【０１４０】
実施形態７７．実施形態５０〜５５のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合が全てステレオランダムである、前記キラル的に濃縮された集団。
【０１４１】
Ｉ．ある特定のオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、結合されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドが本明細書に提供される。オリゴヌクレオチドは、修飾されていないオリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得るか、または修飾されたオリゴヌクレオチドであり得る。修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていないＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（修飾された糖部分及び／または修飾された核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む。
【０１４２】
Ａ．ある特定の修飾されたヌクレオシド
修飾されたヌクレオシドは、修飾された糖部分または修飾された核酸塩基または修飾された糖部分及び修飾された核酸塩基の両方を含む。
【０１４３】
１．ある特定の糖部分
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、非二環式の修飾された糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。かかる糖サロゲートは、修飾された糖部分の他の種類のものに対応する１つ以上の置換を含み得る。
【０１４４】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、そのいずれもフラノシル環の２つの原子を架橋して二環式構造を形成しない１つ以上の置換基を有するフラノシル環を含む非二環式の修飾された糖部分である。かかる非架橋置換基は、２’位、４’位、及び／または５’位の置換基を含むが、これらに限定されないフラノシルの任意の位置にあり得る。ある特定の実施形態では、非二環式の修飾された糖部分の１つ以上の非架橋置換基は、分岐である。非二環式の修飾された糖部分に好適な２’−置換基の例には、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）、及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリル、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択され、式中、Ｒｍ及びＲｎは各々独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルであり、２’−置換基は、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７に記載されている。これらの２’−置換基のある特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルから独立して選択される１つ以上の置換基でさらに置換され得る。非二環式の修飾された糖部分に好適な４’−置換基の例には、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ  ２０１５／１０６１２８に記載されるものが挙げられるが、これらに限定されない。非二環式の修飾された糖部分に好適な５’−置換基の例には、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、及び５’−メトキシが挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、非二環式の修飾された糖部分は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’−Ｆ−５’−メチル糖部分、ならびにＭｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載される修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシドを含む。
【０１４５】
ある特定の実施形態では、２’置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋２’−置換基を含む糖部分を含み、Ｒｍ及びＲｎは各々独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。
【０１４６】
ある特定の実施形態では、２’置換ヌクレオシド非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１４７】
ある特定の実施形態では、２’置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１４８】
ある特定の修飾された糖部分は、フラノシル環の２つの原子を架橋して第２の環を形成する置換基を含み、二環式糖部分をもたらす。ある特定のかかる実施形態では、二環式糖部分は、４’及び２’フラノース環原子の間に架橋を含む。かかる４’から２’への架橋糖置換基の例には、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と称される）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照のこと）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５及びＡｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照のこと）、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、ならびに４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’が挙げられるが、これらに限定されず、式中、Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは各々独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１−Ｃ１２アルキルである（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，４２７，６７２を参照のこと）。
【０１４９】
ある特定の実施形態では、かかる４’から２’への架橋は独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１〜４個の結合された基を含み、
式中、
ｘは、０、１、または２であり、
ｎは、１、２、３、または４であり、
Ｒａ及びＲｂは各々独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、
Ｊ１及びＪ２は各々独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
【０１５０】
さらなる二環式糖部分は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、Ａｌｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００１７，１２９，８３６２−８３７９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２、及びＲａｍａｓａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５、ならびに米国特許公開第ＵＳ２００８／００３９６１８号（Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）及び同第ＵＳ２０１５／０１９１７２７号（Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．）を参照されたい。
【０１５１】
ある特定の実施形態では、二環式糖部分及びかかる二環式糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載される）は、α−Ｌ配置またはβ−Ｄ配置にあり得る。
【化７】
2021522800.tif 000008
α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）またはα−Ｌ−ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な説明は、両方の異性体配置を含む。特定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が本明細書に例示される実施形態で特定される場合、別段の定めがない限り、それらはβ−Ｄ配置にある。
【０１５２】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’置換及び４’−２’架橋糖）を含む。
【０１５３】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。ある特定のかかる実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素、または窒素原子で置き換えられる。ある特定のかかる実施形態では、かかる修飾された糖部分は、本明細書に記載される架橋及び／または非架橋置換基も含む。例えば、ある特定の糖サロゲートは、４’−硫黄原子ならびに２’位（例えば、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照のこと）及び／または５’位での置換を含む。
【０１５４】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個の原子以外を有する環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。かかるテトラヒドロピランは、さらに修飾されているか、または置換されていてもよい。かかる修飾されたテトラヒドロピランを含むヌクレオシドには、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マンニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照のこと）、フルオロＨＮＡ：
【化８】
2021522800.tif 000009
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照されたく、Ｆ−ＨＮＡはＦ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランとも称される）、及び以下の式を有する追加の修飾されたＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されず、
【化９】
2021522800.tif 000010
式中、独立して、この修飾されたＴＨＰヌクレオシドの各々について、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は各々独立して、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、またはＴ３及びＴ４の一方は、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合されたコンジュゲート基、または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は各々独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２は各々独立して、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮから選択され、式中、Ｘは、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。
【０１５５】
ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は各々、Ｈである。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、Ｈ以外である。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、メチルである。ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、Ｒ１及びＲ２の一方は、Ｆである。ある特定の実施形態では、Ｒ１は、Ｆであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
【０１５６】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個を超える原子及び２個以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２、４１，４５０３−４５１０及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．、Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４、ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照のこと）。本明細書で使用される場合、「モルホリノ」という用語は、以下の構造を有する糖サロゲートを意味する。
【化１０】
2021522800.tif 000011
【０１５７】
ある特定の実施形態では、モルホリノは、例えば、上記のモルホリノ構造から様々な置換基を付加または改変することによって修飾され得る。かかる糖サロゲートは、本明細書で「修飾されたモルホリノ」と称される。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、非環式部分を含む。かかる非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例には、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照のこと）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５９】
多くの他の二環式及び三環式糖ならびに糖サロゲート環系は、修飾されたヌクレオシドで使用され得る当該技術分野で既知である。
【０１６０】
２．ある特定の修飾された核酸塩基
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていない核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
【０１６１】
ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、５置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキル、またはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２、Ｎ−６、及びＯ−６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−プロピニル（−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザ及び他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシル、及び５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、一般的な塩基、疎水性塩基、無差別塩基、サイズ拡張された塩基、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾された核酸塩基には、１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オン、及び９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）などの三環式ピリミジンが挙げられる。修飾された核酸塩基は、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドンで置き換えられるものも含み得る。さらなる核酸塩基は、Ｍｅｒｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されるもの、及びＣｈａｐｔｅｒｓ  ６  ａｎｄ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ  Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６  ａｎｄ  ４４２−４４３に開示されるものを含む。
【０１６２】
上記の修飾された核酸塩基、ならびに他の修飾された核酸塩基のある特定の調製を教示する出版物には、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３、Ｕｒｄｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６が含まれるが、これらに限定されない。
【０１６３】
３．ある特定の修飾されたヌクレオシド間結合
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合されてもよい。ヌクレオシド間結合基の２つの主な分類は、リン原子の存在または不在下によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（修飾されていないまたは天然型結合とも称される）を含むホスフェート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）が含まれるが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基には、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル、チオノカルバメート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）、シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）、及びＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が含まれるが、これらに限定されない。修飾されたヌクレオシド間結合は、天然型ホスフェート結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変、典型的には増加するために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物、または別個のエナンチオマーとして調製され得る。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
【０１６４】
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合は、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートを含むが、これらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドとして、または特定の立体化学的配置にあるホスホロチオエート結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ステレオランダムである。かかる修飾されたオリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学的配置のランダム選択をもたらす合成方法を使用して生成され得る。それにもかかわらず、当業者によって十分に理解されるように、各個々のオリゴヌクレオチド分子の各個々のホスホロチオエートは、定義される立体配置を有する。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、特定の独立して選択される立体化学的配置にある１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも６５％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも７０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも８０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９９％の分子に存在する。修飾されたオリゴヌクレオチドのかかるキラル的に濃縮された集団は、当該技術分野で既知の合成方法、例えば、Ｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，ＪＡＣＳ  １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５に記載される方法を使用して生成され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）配置にある少なくとも１つの示されるホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）配置にある少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている。ある特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、それぞれ、以下の式のうちの１つ以上を含み、式中、「Ｂ」は、核酸塩基を示す。
【化１１】
2021522800.tif 000012
別段の指示がない限り、本明細書に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムであり得るか、または特定の立体化学的配置にあり得る。
【０１６５】
中性ヌクレオシド間結合には、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が含まれるが、これらに限定されない。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル、及びアミドを含む非イオン結合が含まれる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ  ａｎｄ  Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ  ３  ａｎｄ  ４，４０−６５を参照のこと）。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、Ｎ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２の混合構成部分を含む非イオン性結合が含まれる。
【０１６６】
Ｂ．ある特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。かかる実施形態では、修飾された、修飾されていない、及び異なって修飾された糖部分、核酸塩基、及び／または修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、パターンまたはモチーフを定義する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ、互いに無関係である。したがって、修飾されたオリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって説明され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係である核酸塩基に対する修飾を説明する）。
【０１６７】
１．ある特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたは糖モチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される１つ以上の種類の修飾された糖及び／または修飾されていない糖部分を含む。ある特定の例では、かかる糖モチーフは、本明細書で論じられる糖修飾のうちのいずれかを含むが、これらに限定されない。
【０１６８】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２つの外部領域または「ウイング」及び中心もしくは内部領域または「ギャップ」によって定義されるギャップマーモチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’−ウイング、ギャップ、及び３’−ウイング）は、ヌクレオシドの連続する配列を形成し、ウイングの各々のヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部とは異なる。具体的には、ギャップに最も隣接する各ウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分（５’−ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’−ウイングの最も５’側のヌクレオシド）は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、したがって、ウイングとギャップとの間の境界（すなわち、ウイング／ギャップジャンクション）を定義する。ある特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同じである。ある特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同じである（対称ギャップマー）。ある特定の実施形態では、５’−ウイングの糖モチーフは、３’−ウイングの糖モチーフとは異なる（非対称ギャップマー）。
【０１６９】
ある特定の実施形態では、ギャップマーのウイングは、１〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも２つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも３つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも４つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。
【０１７０】
ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、７〜１２個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは、修飾されていない２’−デオキシヌクレオシドである。
【０１７１】
ある特定の実施形態では、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。実施形態では、各ウイング／ギャップジャンクションのギャップ側のヌクレオシドは、修飾されていない２’−デオキシヌクレオシドであり、各ウイング／ギャップジャンクションのウイング側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは、修飾されていない２’−デオキシヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。
【０１７２】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。かかる実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの完全に修飾された領域の各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなり、完全に修飾された領域内の各ヌクレオシドは、本明細書で均一に修飾された糖モチーフと称される同じ修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドは、均一に修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、均一に修飾されたものの各ヌクレオシドは、同じ２’−修飾を含む。
【０１７３】
本明細書において、ギャップマーの３つの領域の長さ（ヌクレオシドの数）は、表記法［５’−ウイングにおけるヌクレオシドの数］−［ギャップにおけるヌクレオシドの数］−［３’−ウイングにおけるヌクレオシドの数］を使用して提供され得る。したがって、５−１０−５ギャップマーは、各ウイングにおける５個の結合されたヌクレオシド及びギャップにおける１０個の結合されたヌクレオシドからなる。かかる命名法の後に特定の修飾が続く場合、その修飾は、各ウイングの各糖部分における修飾であり、ギャップヌクレオシドは、修飾されていないデオキシヌクレオシド糖を含む。したがって、５−１０−５ＭＯＥギャップマーは、５’−ウイングにおける５個の結合されたＭＯＥ修飾されたヌクレオシド、ギャップにおける１０個のデオキシヌクレオシド、及び３’−ウイングにおける５個の結合されたＭＯＥヌクレオシドからなる。
【０１７４】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ＢＮＡギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ＬＮＡギャップマーである。
【０１７５】
２．ある特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたはモチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾された及び／または修飾されていない核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基は、修飾されている。ある特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドにおけるシトシン核酸塩基のいくつかまたは全ては、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、シトシン核酸塩基は全て、５−メチルシトシンであり、修飾されたオリゴヌクレオチドの他の核酸塩基は全て、修飾されていない核酸塩基である。
【０１７６】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基のブロックを含む。ある特定のかかる実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド以内にある。
【０１７７】
ある特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。ある特定のかかる実施形態では、修飾された核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中心ギャップにある。ある特定のかかる実施形態では、そのヌクレオシドの糖部分は、２’−デオキシリボシル部分である。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２−チオピリミジン及び５−プロピンピリミジンから選択される。
【０１７８】
３．ある特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたはモチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾された及び／または修飾されていないヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は独立して、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は独立して、ステレオランダムホスホロチオエート、（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから選択される。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は全て修飾されている。ある特定のかかる実施形態では、ウイングにおけるヌクレオシド間結合のうちのいくつかまたは全ては、修飾されていないホスホジエステルヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウイングにおいて少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定のかかる実施形態では、ホスホロチオエート結合は全て、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、ウイングにおける全てのホスホロチオエート結合は、（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは、少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、かかるヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。
【０１７９】
Ｃ．ある特定の長さ
オリゴヌクレオチドの長さを、活性を排除することなく増加または減少させることが可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７３０５−７３０９，１９９２）では、１３〜２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注射モデルにおいて標的ＲＮＡの切断を誘導するそれらの能力について試験された。オリゴヌクレオチドの末端付近に８個または１１個のミスマッチ塩基を有する２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりも低い程度ではあるが、標的ＲＮＡの特異的切断を指示することができた。同様に、標的特異的切断は、１つまたは３つのミスマッチを有するものを含む１３個の核酸塩基オリゴヌクレオチドを使用して達成された。
【０１８０】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されたオリゴヌクレオチドを含む）は、様々な長さ範囲のうちのいずれかを有し得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｘ〜Ｙ個の結合されたヌクレオシドからなり、ここで、Ｘは、その範囲内の最小数のヌクレオシドを表し、Ｙは、その範囲内の最大数のヌクレオシドを表す。ある特定のかかる実施形態では、Ｘ及びＹは各々独立して、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から選択されるが、但し、ＸがＹ以下であることを条件とする。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２〜１３、１２〜１４、１２〜１５、１２〜１６、１２〜１７、１２〜１８、１２〜１９、１２〜２０、１２〜２１、１２〜２２、１２〜２３、１２〜２４、１２〜２５、１２〜２６、１２〜２７、１２〜２８、１２〜２９、１２〜３０、１３〜１４、１３〜１５、１３〜１６、１３〜１７、１３〜１８、１３〜１９、１３〜２０、１３〜２１、１３〜２２、１３〜２３、１３〜２４、１３〜２５、１３〜２６、１３〜２７、１３〜２８、１３〜２９、１３〜３０、１４〜１５、１４〜１６、１４〜１７、１４〜１８、１４〜１９、１４〜２０、１４〜２１、１４〜２２、１４〜２３、１４〜２４、１４〜２５、１４〜２６、１４〜２７、１４〜２８、１４〜２９、１４〜３０、１５〜１６、１５〜１７、１５〜１８、１５〜１９、１５〜２０、１５〜２１、１５〜２２、１５〜２３、１５〜２４、１５〜２５、１５〜２６、１５〜２７、１５〜２８、１５〜２９、１５〜３０、１６〜１７、１６〜１８、１６〜１９、１６〜２０、１６〜２１、１６〜２２、１６〜２３、１６〜２４、１６〜２５、１６〜２６、１６〜２７、１６〜２８、１６〜２９、１６〜３０、１７〜１８、１７〜１９、１７〜２０、１７〜２１、１７〜２２、１７〜２３、１７〜２４、１７〜２５、１７〜２６、１７〜２７、１７〜２８、１７〜２９、１７〜３０、１８〜１９、１８〜２０、１８〜２１、１８〜２２、１８〜２３、１８〜２４、１８〜２５、１８〜２６、１８〜２７、１８〜２８、１８〜２９、１８〜３０、１９〜２０、１９〜２１、１９〜２２、１９〜２３、１９〜２４、１９〜２５、１９〜２６、１９〜２９、１９〜２８、１９〜２９、１９〜３０、２０〜２１、２０〜２２、２０〜２３、２０〜２４、２０〜２５、２０〜２６、２０〜２７、２０〜２８、２０〜２９、２０〜３０、２１〜２２、２１〜２３、２１〜２４、２１〜２５、２１〜２６、２１〜２７、２１〜２８、２１〜２９、２１〜３０、２２〜２３、２２〜２４、２２〜２５、２２〜２６、２２〜２７、２２〜２８、２２〜２９、２２〜３０、２３〜２４、２３〜２５、２３〜２６、２３〜２７、２３〜２８、２３〜２９、２３〜３０、２４〜２５、２４〜２６、２４〜２７、２４〜２８、２４〜２９、２４〜３０、２５〜２６、２５〜２７、２５〜２８、２５〜２９、２５〜３０、２６〜２７、２６〜２８、２６〜２９、２６〜３０、２７〜２８、２７〜２９、２７〜３０、２８〜２９、２８〜３０、または２９〜３０個の結合されたヌクレオシドからなる。
【０１８１】
Ｄ．ある特定の修飾されたオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾されたオリゴヌクレオチドに組み込まれる。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、それらの修飾、モチーフ、及び全体の長さによって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、かかるパラメータはそれぞれ、互いに無関係である。したがって、別段の指示がない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っていても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じであっても異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じであっても異なっていてもよい。同様に、かかる糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは無関係の１つ以上の修飾された核酸塩基を含み得る。別段の指示がない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列とは無関係である。
【０１８２】
Ｅ．修飾されたオリゴヌクレオチドのある特定の集団
集団の修飾されたオリゴヌクレオチドが全て同じ分子式を有する修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダム集団またはキラル的に濃縮された集団であり得る。全ての修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル中心は全て、ステレオランダム集団においてステレオランダムである。キラル的に濃縮された集団において、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾されたオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムではない。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β−Ｄリボシル糖部分について濃縮されており、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は全て、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β−Ｄリボシル糖部分及び特定の立体化学的配置にある少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮されている。
【０１８３】
Ｆ．核酸塩基配列
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されていないまたは修飾されたオリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によってさらに説明される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの同定された参照核酸と相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のかかる実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの同定された参照核酸と相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全体の長さの核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの核酸と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
【０１８４】
ＩＩ．ある特定のオリゴマー化合物
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されたまたは修飾されていない）、ならびに任意に１つ以上のコンジュゲート基及び／または末端基からなるオリゴマー化合物が本明細書に提供される。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端及び／または任意の内部位置に結合していてもよい。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合していてもよい。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に結合しているコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’末端及び／または５’末端に結合している。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合している。
【０１８５】
末端基の例には、コンジュゲート基、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、修飾されたまたは修飾されていないヌクレオシド、及び独立して修飾されたまたは修飾されていない２つ以上のヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１８６】
Ａ．ある特定のコンジュゲート基
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態学、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷、及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、結合したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を修飾する。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチド、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基に新しい特性を与える。ある特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分は、以前に説明されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０、５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド−デカン−ジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールまたはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４、Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ＆  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
【０１８７】
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分には、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれるが、これらに限定されない。
【０１８８】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性薬原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬、または抗生物質を含む。
【０１８９】
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは、単一の化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合している）。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位などの繰り返し単位のオリゴマーを含む。
【０１９０】
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのホスフェート基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
【０１９１】
ある特定の実施形態では、上に記載されるコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば、コンジュゲート基を本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドなどの親化合物に結合するのに有用であることが当該技術分野で既知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２つの官能性基を含む。官能基の一方は、親化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方は、コンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性結合部分で使用される官能性基の例には、求核基と反応させるための求電子剤及び求電子基と反応させるための求核剤が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
【０１９２】
コンジュゲートリンカーの例には、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、及び６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が含まれるが、これらに限定されない。他のコンジュゲートリンカーには、置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２−Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換Ｃ２−Ｃ１０アルキニルが含まれ、好ましい置換基の非限定的リストには、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが含まれるが、これらに限定されない。
【０１９３】
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１〜１０個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２〜５個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、正確に３個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ＴＣＡモチーフを含む。ある特定の実施形態では、かかるリンカーヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、かかるリンカーヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、修飾されていない。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換されているプリン、ピリミジン、または置換されているピリミジンから選択される任意に保護された複素環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドが、標的組織に到達した後にオリゴマー化合物から切断されることが典型的には望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは、典型的には、互いに及び切断可能な結合によってオリゴマー化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、かかる切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
【０１９４】
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部であるとはみなされない。したがって、オリゴマー化合物が、特定の数または範囲の結合されたヌクレオシド及び／または参照核酸との特定のパーセントの相補性からなるオリゴヌクレオチドを含み、かつそのオリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含む実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さには算入されず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性パーセントを決定する際に使用されない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８〜３０個のヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチド、及び（２）修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドと隣接する１〜１０個のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基を含み得る。かかるオリゴマー化合物における隣接する結合されたヌクレオシドの総数は、３０個を超える。あるいは、オリゴマー化合物は、８〜３０個のヌクレオシドからなり、かつコンジュゲート基が存在しない修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得る。かかるオリゴマー化合物における隣接する結合されたヌクレオシドの総数は、３０個以下である。別段の指示がない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカーヌクレオシドを含む。
【０１９５】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基をオリゴヌクレオチドから切断させることが望ましい。例えば、ある特定の状況では、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞型によってより良好に取り込まれるが、オリゴマー化合物が取り込まれると、コンジュゲート基が切断されて、コンジュゲートされていないオリゴヌクレオチドまたは親オリゴヌクレオチドを放出することが望ましい。したがって、ある特定のコンジュゲートリンカーは、１つ以上の切断可能な部分を含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１、２、３、４、または５個以上の切断可能な結合を有する原子団を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リソソームなど細胞または細胞内コンパートメントの内側で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ヌクレアーゼなどの内因性酵素によって選択的に切断される。
【０１９６】
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、ホスフェートエステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方または両方のエステルである。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のホスフェート結合である。
【０１９７】
ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか、またはそれからなる。ある特定のかかる実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、互いに及び／または切断可能な結合によってオリゴマー化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、かかる切断可能な結合は、修飾されていないホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’または５’末端ヌクレオシドのいずれかに結合しており、かつホスフェート結合またはホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合している２’−デオキシヌクレオシドである。ある特定のかかる実施形態では、切断可能な部分は、２’−デオキシアデノシンである。
【０１９８】
Ｂ．ある特定の末端基
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。ある特定のかかる実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’−ホスフェートを含む。安定化された５’−ホスフェートには、５’−ビニルホスホネートを含むがこれに限定されない５'−ホスファネート（５'−ｐｈｏｓｐｈａｎａｔｅ）が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または逆ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’−結合ヌクレオシドを含む。ある特定のかかる実施形態では、２’−結合ヌクレオシドは、脱塩基ヌクレオシドである。
【０１９９】
ＩＩＩ．オリゴマー二本鎖
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、標的核酸の配列と相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、第２のオリゴマー化合物と対合して、オリゴマー二本鎖を形成する。かかるオリゴマー二本鎖は、標的核酸と相補的な領域を有する第１の第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物と相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー二本鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾されたまたは修飾されていないオリゴヌクレオチド、及び任意にコンジュゲート基と、（２）第２の修飾されたまたは修飾されていないオリゴヌクレオチド、及び任意にコンジュゲート基とを含むか、またはそれらからなる。オリゴマー二本鎖のオリゴマー化合物のいずれかまたは両方は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的突出ヌクレオシドを含み得る。
【０２００】
ＩＶ．アンチセンス活性
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらし、かかるオリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、それらが標準細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を２５％以上低減または阻害する場合に、アンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、選択的に１つ以上の標的核酸に影響を与える。かかるアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列を含み、１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、重大な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような方法で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか、または１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない。
【０２０１】
ある特定のアンチセンス活性では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、標的核酸のＲＮａｓｅ  Ｈ媒介切断をもたらす。ＲＮａｓｅ  Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。かかるＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＤＮＡは、修飾されていないＤＮＡである必要はない。ある特定の実施形態では、ＲＮａｓｅ  Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物が本明細書に記載される。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップにおける１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは、耐容される。
【０２０２】
ある特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の部分は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に取り込まれ、最終的に標的核酸の切断をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、Ａｒｇｏｎａｕｔｅによって標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣに取り込まれたアンチセンス化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
【０２０３】
ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの改変をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の改変をもたらす。
【０２０４】
アンチセンス活性は、直接または間接的に観察され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸もしくはかかる標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化、及び／または細胞もしくは動物の表現型変化の観察または検出を含む。
【０２０５】
Ｖ．ある特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のかかる実施形態では、標的核酸は、イントロン、エキソン、及び非翻訳領域を含む成熟ＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、成熟ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。ある特定のかかる実施形態では、標的領域は、全体的にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エキソンジャンクションにわたる。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内で少なくとも５０％である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、レトロ遺伝子のＲＮＡ転写産物である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、非コードＲＮＡである。ある特定のかかる実施形態では、標的非コードＲＮＡは、長い非コードＲＮＡ、短い非コードＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子から選択される。
【０２０６】
Ａ．標的核酸との相補性／ミスマッチ
ミスマッチ塩基を、活性を排除することなく導入することが可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ  ２００１）は、ｂｃｌ−２  ｍＲＮＡとの１００％相補性を有し、ｂｃｌ−ｘＬ  ｍＲＮＡとの３つのミスマッチを有し、インビトロ及びインビボでｂｃｌ−２及びｂｃｌ−ｘＬの両方の発現を低減するオリゴヌクレオチドの能力を示した。さらに、このオリゴヌクレオチドは、インビボで強力な抗腫瘍活性を示した。Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチド、ならびに、それぞれ、タンデムオリゴヌクレオチドのうちの２つまたは３つの配列から成る、２８及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドを、ウサギ網赤血球アッセイにおいてヒトＤＨＦＲの翻訳を停止するそれらの能力について試験した。３個の１４核酸塩基オリゴヌクレオチドの各々は単独で、２８または４２核酸塩基オリゴヌクレオチドよりも適度なレベルではあるが、翻訳を阻害することができた。
【０２０７】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたって標的核酸と相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたって標的核酸と少なくとも８０％相補的であり、標的核酸と１００％または完全に相補的な領域を含む。ある特定の実施形態では、完全な相補性の領域は、６〜２０、１０〜１８、または１８〜２０核酸塩基長である。
【０２０８】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、標的に対するアンチセンス活性は、かかるミスマッチによって低減されるが、非標的に対する活性は、より大きな量によって低減される。したがって、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの選択性が改善される。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に配置される。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７、または８位にある。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、１位にある。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ウイング領域の５’末端から１、２、３、または４位にある。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ウイング領域の３’末端から４、３、２、または１位にある。
【０２０９】
Ｂ．ＡＴＸＮ３
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、標的核酸は、ＡＴＸＮ３である。ある特定の実施形態では、ＡＴＸＮ３核酸は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００４９９３．５）、配列番号２（ヌクレオチド９２，０５６，００１〜９２，１１０，０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＣ＿００００１４．９の相補体）、配列番号３（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００１１６４７８１．１）、配列番号４（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００１１２７６９７．２）、及び配列番号５（アンサンブル転写物番号ＥＮＳＴ０００００５５８１９０．５）に記載の配列を有する。
【０２１０】
ある特定の実施形態では、細胞を配列番号１〜５のうちのいずれかと相補的なオリゴマー化合物と接触させることにより、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡの量が低減され、ある特定の実施形態では、アタキシン−３タンパク質の量が低減される。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、動物における細胞を配列番号１〜５のうちのいずれかと相補的なオリゴマー化合物と接触させることにより、神経変性疾患の１つ以上の症状または特徴が改善される。ある特定の実施形態では、症状または特徴は、運動失調、神経障害、及び凝集体形成である。ある特定の実施形態では、動物における細胞を配列番号１〜５のうちのいずれかと相補的なオリゴヌクレオチドと接触させることにより、改善された運動機能、軽減された神経障害、及び／または凝集体の数の低減がもたらされる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。
【０２１１】
Ｃ．ある特定の組織中のある特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、標的核酸は、薬理学的に関連する組織中に発現される。ある特定の実施形態では、薬理学的に関連する組織は、脊髄、大脳皮質、小脳、脳幹、及び脳橋を含む、中枢神経系（ＣＮＳ）を含む細胞及び組織である。
【０２１２】
ＶＩ．ある特定の医薬組成物
ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物を含む医薬組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物はそれぞれ、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容される希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌食塩水溶液及び１つ以上のオリゴマー化合物を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌食塩水は、医薬品等級の生理食塩水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌水は、医薬品等級の水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは、医薬品等級のＰＢＳを含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品等級である。
【０２１３】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品等級である。
【０２１４】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の賦形剤を含む。ある特定の実施形態では、賦形剤は、水、塩類溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
【０２１５】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、医薬組成物または配合物の調製のために薬学的に許容される活性及び／または不活性物質と混合されてもよい。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与の経路、疾患の程度、または投与される用量を含むが、これらに限定されない、いくつかの基準に依存する。
【０２１６】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、またはかかるエステルの塩を包含する。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物への投与の際に、生物学的に活性な代謝産物またはその残基を提供する（直接または間接的に）ことができる。したがって、例えば、本開示は、オリゴマー化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、かかるプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的等価物も対象とする。好適な薬学的に許容される塩には、ナトリウム塩及びカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合している１つ以上のコンジュゲート基を含み、このコンジュゲート基は、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断される。
【０２１７】
脂質部分は、様々な方法で核酸療法において使用されている。ある特定のかかる方法では、オリゴマー化合物などの核酸は、予め形成されたリポソームまたはカチオン性脂質及び中性脂質の混合物で作成されたリポプレックスに導入される。ある特定の方法では、モノ−またはポリ−カチオン性脂質とのＤＮＡ錯体は、中性脂質の存在なしで形成される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織に対する医薬品の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織に対する医薬品の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、筋組織に対する医薬品の分布を増加させるように選択される。
【０２１８】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、送達系を含む。送達系の例には、リポソーム及びエマルジョンが挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の送達系は、疎水性化合物を含むものを含むある特定の医薬組成物を調製するのに有用である。ある特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどのある特定の有機溶媒が使用される。
【０２１９】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の組織または細胞型に本発明の１つ以上の医薬品を送達するように設計された１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物は、組織特異的抗体でコーティングされたリポソームを含む。
【０２２０】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、共溶媒系を含む。ある特定のかかる共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水性相を含む。ある特定の実施形態では、かかる共溶媒系は、疎水性化合物に使用される。かかる共溶媒系の非限定的な例は、ＶＰＤ共溶媒系であり、これは、３ｗ／ｖ％のベンジルアルコール、８ｗ／ｖ％の非極性界面活性剤Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ  ８０（商標）、及び６５ｗ／ｖ％のポリエチレングリコール３００を含む無水エタノール溶液である。かかる共溶媒系の割合は、それらの溶解性及び毒性特性を著しく改変することなく、かなり変化し得る。さらに、共溶媒構成成分の同一性は、変化してもよく、例えば、他の界面活性剤は、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ８０（商標）の代わりに使用されてもよく、ポリエチレングリコールの画分サイズは変化してもよく、他の生体適合性ポリマーは、ポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンを置き換えてもよく、他の糖または多糖類は、デキストロースを置換してもよい。
【０２２１】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、経口投与のために調製される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、頬側投与のために調製される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内（ＩＴ）、脳室内（ＩＣＶ）など）による投与のために調製される。ある特定のかかる実施形態では、医薬組成物は、担体を含み、水などの水溶液中、またはハンクス溶液、リンガー溶液、もしくは生理食塩水緩衝剤などの生理学的に適合する緩衝剤で製剤化される。ある特定の実施形態では、他の成分が含まれる（例えば、溶解性を補助するか、または防腐剤として役立つ成分）。ある特定の実施形態では、注射可能な懸濁液は、適切な液体担体、懸濁液などを使用して調製される。注射のためのある特定の医薬組成物は、単位剤形、例えば、アンプルまたは複数回投与容器内にある。注射のためのある特定の医薬組成物は、油性または水性ビヒクルにおいて懸濁液、溶液、またはエマルジョンであり、懸濁液、安定化剤、及び／または分散剤などの処方剤を含み得る。注射のための医薬組成物での使用に好適なある特定の溶媒には、ゴマ油などの親油性溶媒及び脂肪油、オレイン酸エチルまたはトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、ならびにリポソームが含まれるが、これらに限定されない。水性注射懸濁液が含み得る。
【０２２２】
ある特定の条件下で、本明細書に開示されるある特定の化合物は、酸として作用する。かかる化合物は、プロトン化（遊離酸）形態、イオン化（アニオン）形態、またはイオン化及びカチオン（塩）と関連する形態で描写または記載され得るが、かかる化合物の水溶液は、かかる形態の中でも均衡状態で存在する。例えば、水溶液中のオリゴヌクレオチドのホスフェート結合は、遊離酸、アニオン、及び塩形態の中でも均衡状態で存在する。別段の指示がない限り、本明細書に開示される化合物は、全てのかかる形態を含むよう意図されている。さらに、ある特定のオリゴヌクレオチドは、いくつかのかかる結合を有し、その各々は均衡状態にある。したがって、溶液中のオリゴヌクレオチドは、全て均衡状態で複数の位置でアンサンブルの形態で存在する。「オリゴヌクレオチド」という用語は、全てのかかる形態を含むよう意図されている。描写される構造は、必ず単一の形態を示す。それにもかかわらず、別段の指示がない限り、かかる描写は、同様に対応する形態を含むよう意図されている。本明細書では、「またはその塩」という用語が後に続く化合物の遊離酸を示す構造は、完全または部分的にプロトン化／脱プロトン化／カチオンと関連し得る全てのかかる形態を明らかに含む。ある特定の例では、１つ以上の特定のカチオンが特定される。
【０２２３】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ナトリウムを含む水溶液中にある。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、カリウムを含む水溶液中にある。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ＰＢＳ中にある。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、水中にある。ある特定のかかる実施形態では、溶液のｐＨは、ＮａＯＨ及び／またはＨＣｌで調整され、所望のｐＨを達成する。
【０２２４】
ＶＩＩ．ある特定の組成物
１．化合物番号１１００６７３
ある特定の実施形態では、化合物番号１１００６７３は、（５’から３’に）ＧＣＴＣＡＴＴＴＡＴＴＣＴＣＡＡＧＴＡＣ（配列番号４２３）の配列を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０（５’から３’に）は各々、２’−ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオシド６〜１５は各々、２’−β−Ｄ−デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２と３との間、３と４との間、４と５との間、１６と１７との間、及び１７と１８との間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１と２との間、５と６との間、６と７との間、７と８との間、８と９との間、９と１０との間、１０と１１との間、１１と１２との間、１２と１３との間、１３と１４との間、１４と１５との間、１５と１６との間、１８と１９との間、及び１９と２０との間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。
【０２２５】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１００６７３は、以下の化学表記法（５’から３’に）：Ｇｅｓ  ｍＣｅｏ  Ｔｅｏ  ｍＣｅｏ  Ａｅｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｄｓ  Ａｅｏ  Ｇｅｏ  Ｔｅｓ  Ａｅｓ  ｍＣｅ（配列番号４２３）によって表され、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
【０２２６】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１００６７３は、以下の化学構造によって表される。
【化１２】
2021522800.tif 000013
（配列番号４２３）
構造１．化合物番号１１００６７３
【０２２７】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１００６７３のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される。
【化１３】
2021522800.tif 000014
（配列番号４２３）
構造２．化合物番号１１００６７３のナトリウム塩
【０２２８】
２．化合物番号１１０１６５７
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０１６５７は、（５’から３’に）ＧＣＡＣＣＡＴＡＴＡＴＡＴＣＴＣＡＧＡＡ（配列番号１２２６）の配列を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０（５’から’に）は各々、２’−ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオシド６〜１５は各々、２’−β−Ｄ−デオキシヌクレオシド（５’から３’に）であり、ヌクレオシド２と３との間、３と４との間、４と５との間、１６と１７との間、及び１７と１８との間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（５’から３’に）であり、ヌクレオシド１と２との間、５と６との間、６と７との間、７と８との間、８と９との間、９と１０との間、１０と１１との間、１１と１２との間、１２と１３との間、１３と１４との間、１４と１５との間、１５と１６との間、１８と１９との間、及び１９と２０との間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’から３’に）であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。
【０２２９】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０１６５７は、以下の化学表記法（５’から３’に）：Ｇｅｓ  ｍＣｅｏ  Ａｅｏ  ｍＣｅｏ  ｍＣｅｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｅｏ  Ａｅｏ  Ｇｅｓ  Ａｅｓ  Ａｅ（配列番号１２２６）によって表され、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
【０２３０】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０１６５７は、以下の化学構造によって表される。
【化１４】
2021522800.tif 000015
（配列番号１２２６）
構造３．化合物番号１１０１６５７
【０２３１】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０１６５７のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される。
【化１５】
2021522800.tif 000016
（配列番号１２２６）
構造４．化合物番号１１０１６５７のナトリウム塩
【０２３２】
３．化合物番号１１０２１３０
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０２１３０は、（５’から３’に）ＧＴＴＡＡＴＡＣＴＴＴＴＴＣＣＡＧＣＣＴ（配列番号１６７３）の配列を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０（５’から３’に）は各々、２’−ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオシド６〜１５は各々、２’−β−Ｄ−デオキシヌクレオシド（５’から３’に）であり、ヌクレオシド２と３との間、３と４との間、４と５との間、１６と１７との間、及び１７と１８との間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（５’から３’に）であり、ヌクレオシド１と２との間、５と６との間、６と７との間、７と８との間、８と９との間、９と１０との間、１０と１１との間、１１と１２との間、１２と１３との間、１３と１４との間、１４と１５との間、１５と１６との間、１８と１９との間、及び１９と２０との間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’から３’に）であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。
【０２３３】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０２１３０は、以下の化学表記法（５’から３’に）：Ｇｅｓ  Ｔｅｏ  Ｔｅｏ  Ａｅｏ  Ａｅｓ  Ｔｄｓ  Ａｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｅｏ  Ｇｅｏ  ｍＣｅｓ  ｍＣｅｓ  Ｔｅ（配列番号１６７３）によって表され、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５−メチルシトシンであり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’ＭＯＥ糖部分であり、
ｄが、２’−β−Ｄデオキシリボシル糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
【０２３４】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０２１３０は、以下の化学構造によって表される。
【化１６】
2021522800.tif 000017
（配列番号１６７３）
構造５．化合物番号１１０２１３０
【０２３５】
ある特定の実施形態では、化合物番号１１０２１３０のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される。
【化１７】
2021522800.tif 000018
（配列番号１６７３）
構造６．化合物番号１１０２１３０のナトリウム塩
【０２３６】
ＶＩＩＩ．ある特定のコンパレータ組成物
ある特定の実施形態では、Ｍｏｏｒｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１７，７：２００−２１０（Ｍｏｏｒｅ，２０１７）（「ＡＳＯ−５」）、ＷＯ２０１８／０８９８０５、及びＭｃＬｏｕｇｈｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．，２０１８，８４：６４−７７（ＭｃＬｏｕｇｈｌｉｎ，２０１８）（これらは各々、参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている化合物番号６５０５２８は、コンパレータ化合物として使用された。化合物番号６５０５２８は、配列（５’から３’に）ＧＣＡＴＣＴＴＴＴＣＡＴＡＣＴＧＧＣ（配列番号２７８８）を有する５−８−５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５’−メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、式中、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、ヌクレオシド１〜５及び１４〜１８は各々、２’−ＭＯＥ糖部分を含む。
【０２３７】
ある特定の実施形態では、Ｍｏｏｒｅ，２０１７（「ＡＳＯ−２」）、ＷＯ２０１８／０８９８０５、及びＭｃＬｏｕｇｈｌｉｎ，２０１８に記載されている化合物番号６５０６６８は、コンパレータ化合物として使用された。化合物番号６５０６６８は、配列（５’から３’に）ＡＧＣＣＡＴＴＡＡＴＣＴＡＴＡＣＴＧ（配列番号２７９２）を有する５−８−５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５’−メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、式中、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、ヌクレオシド１〜５及び１４〜１８は各々、２’−ＭＯＥ糖部分を含む。
【０２３８】
化合物番号６５０５２８及び化合物番号６５０６６８は、Ｍｏｏｒｅ，２０１７によれば、これらの化合物が有効かつ耐容性のある「上位のＡＳＯ候補」であるため、コンパレータ化合物として選択された。例えば、２０６貢の第２欄の段落１を参照されたい。フォローアップ論文において、化合物番号６５０５２８は、「…この短期安全性及び有効性試験から…最高のＡＳＯ候補…」として特徴付けられた。ＭｃＬｏｕｇｈｌｉｎ，２０１８を参照されたい。
【０２３９】
ある特定の実施形態では、ＷＯ２０１３／１３８３５３（参照により組み込まれる）に記載されている化合物番号１２４４４６３（「ＳＨ０６」）は、コンパレータ化合物である。化合物番号１２４４４６３は、配列（５’から３’に）ＡＴＡＧＧＴＣＣＣＧＣＴＧＣＴ（配列番号２７９３）を有する３−９−３ＬＮＡギャップマーであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２４０】
ある特定の実施形態では、ＷＯ２０１３／１３８３５３に記載されている化合物番号１２４４４６４（「ＳＨ１０」）は、コンパレータ化合物である。化合物番号１２４４４６４は、配列（５’から３’に）ＴＧＡＴＡＧＧＴＣＣＣＧＣＴＧＣ（配列番号２７９４）を有する３−１０−３ＬＮＡギャップマーであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２４１】
ある特定の実施形態では、ＷＯ２０１３／１３８３５３に記載されている化合物番号１２４４４６５（「ＳＨ１３」）は、コンパレータ化合物である。化合物番号１２４４４６５は、配列（５’から３’に）ＣＴＧＡＴＡＧＧＴＣＣＣＧＣＴＧ（配列番号２７９５）を有する３−１０−３ＬＮＡギャップマーであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２４２】
ある特定の実施形態では、ＷＯ２０１３／１３８３５３に記載されている化合物番号１２４４４６６（「ＳＨ１６」）は、コンパレータ化合物である。化合物番号１２４４４６６は、配列（５’から３’に）ＣＴＧＡＴＡＧＧＴＣＣＣＧＣＴ（配列番号２７９６）を有する３−９−３ＬＮＡギャップマーであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２４３】
ある特定の実施形態では、ＷＯ２０１３／１３８３５３に記載されている化合物番号１２４４４６７（「ＳＨ２０」）は、コンパレータ化合物である。化合物番号１２４４４６７は、配列（５’から３’に）ＣＴＧＡＴＡＧＧＴＣＣＣＧＣ（配列番号２７９７）を有する２−９−３ＬＮＡギャップマーであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２４４】
化合物番号１２４４４６３、化合物番号１２４４４６４、化合物番号１２４４４６５、化合物番号１２４４４６６、及び化合物番号１２４４４６７は、ＷＯ２０１３／１３８３５３の実施例２によれば、これらの化合物がさらなる研究のために選択されたため、コンパレータ化合物として選択された。したがって、これらの化合物は、さらなる研究で試験された。
【０２４５】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、それらが効力及び耐容性などの１つ以上の改善された特性を示すため、Ｍｏｏｒｅ，２０１７、ＷＯ２０１８／０８９８０５、及びＷＯ２０１３／１３８３５３に記載される化合物と比較して優れている。
【０２４６】
例えば、本明細書に記載されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０が、本明細書の以下の実施例７において、それぞれ、０．１０μＭ、０．６９μＭ、及び０．４７μＭのＩＣ５０を達成した一方で、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）は、本明細書の以下の実施例７において、２．０３μＭのＩＣ５０を達成し、化合物番号６５０６６８（「ＡＳＯ−２」）は、ＷＯ２０１８／０８９８０５の実施例２において、１．７μＭのＩＣ５０を達成した。したがって、本明細書に記載されるある特定の化合物は、このアッセイにおいて、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）及び化合物番号６５０６６８（「ＡＳＯ−２」）よりも強力である。
【０２４７】
例えば、本明細書に記載されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０は、インビボで、コンパレータ化合物よりも有効かつ強力である。例えば、本明細書の以下の実施例４、６、及び９を参照されたい。例えば、実施例４及び６に提供されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０が、トランスジェニックマウスの脊髄において、それぞれ、１３％、２３％、及び２７％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した一方で、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）は、トランスジェニックマウスの脊髄において、３２％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した。例えば、実施例４及び６に提供されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０が、トランスジェニックマウスの大脳皮質において、それぞれ、１３％、２３％、及び４２％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した一方で、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）は、トランスジェニックマウスの大脳皮質において、４３％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した。例えば、実施例４及び６に提供されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０が、トランスジェニックマウスの小脳において、それぞれ、６０％、６２％、及び６８％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した一方で、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）は、トランスジェニックマウスの小脳において、７５％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した。例えば、実施例４及び６に提供されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０が、トランスジェニックマウスの脳幹において、それぞれ、１４％、２６％、及び２３％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した一方で、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）は、トランスジェニックマウスの脳幹において、３５％の平均発現レベル（対照に対する％）を達成した。したがって、本明細書に記載されるある特定の化合物は、このアッセイにおいて、コンパレータ化合物、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）よりも有効である。具体的には、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０は、このアッセイで試験された全ての組織において、化合物番号６５０５２８（「ＡＳＯ−５」）よりも有効である。
【０２４８】
例えば、本明細書に記載されるように、ある特定の化合物、化合物番号１１００６７３、化合物番号１１０１６５７、及び化合物番号１１０２１３０が、マウスにおいて、それぞれ、１．００（表９）及び０．００（表２０）、１．００（表９）及び０．００（表２０）、ならびに０．００（表８及び表２０）の３時間ＦＯＢスコアを達成した一方で、コンパレータ化合物化合物番号１２４４４６３、化合物番号１２４４４６４、化合物番号１２４４４６５、化合物番号１２４４４６６、及び化合物番号１２４４４４７は各々、マウスにおいて、７．００（表２６）の３時間ＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載されるある特定の化合物は、このアッセイにおいて、コンパレータ化合物、化合物番号１２４４４６３、化合物番号１２４４４６４、化合物番号１２４４４６５、化合物番号１２４４４６６、及び化合物番号１２４４４４７よりも耐容性が高い。
【０２４９】
ＩＸ．ある特定のホットスポット領域
１．配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
【０２５０】
配列番号１０６０、１０６１、１０６２、１０６３、１０６４、及び１０６５の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５と相補的である。
【０２５１】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１３８〜１７５と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも７９％の低減を達成する。
【０２５２】
２．配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２５３】
配列番号１９６、１９７、１９８、１９９、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６と相補的である。
【０２５４】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基３９２〜４３６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの平均７７％の低減を達成する。
【０２５５】
３．配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２５６】
配列番号３１３、３１４、３１５、３１６、及び３１７の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６と相補的である。
【０２５７】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１１２０〜１１４６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも６０％の低減を達成する。
【０２５８】
４．配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２５９】
配列番号４１３〜４２３の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２と相補的である。
【０２６０】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１８２３〜１８８２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも６０％の低減を達成する。
【０２６１】
５．配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２６２】
配列番号４３、４４、４５、及び６３５〜６５３の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８と相補的である。
【０２６３】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基３０４２〜３０９８と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも６４％の低減を達成する。
【０２６４】
６．配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２６５】
配列番号７１９〜７３２の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１と相補的である。
【０２６６】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基３７４９〜３８０１と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも５２％の低減を達成する。
【０２６７】
７．配列番号１の核酸塩基５９９７〜６０２１
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基５９９７〜６０２１は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基５９９７〜６０２１と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２６８】
配列番号９２０〜９２４の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基５９９７〜６０２１と相補的である。
【０２６９】
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基５９９７〜６０２１と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも７５％の低減を達成する。
【０２７０】
８．配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２７１】
配列番号１６７１、１６７２、１６７３、及び１６７４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６と相補的である。
【０２７２】
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９４３７〜１９４７６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも８３％の低減を達成する。
【０２７３】
９．配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２７４】
配列番号２２３３、２２３４、２２３５、２２３６、及び２２３７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６と相補的である。
【０２７５】
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３４４４０〜３４４８６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも７１％の低減を達成する。
【０２７６】
１０．配列番号２の核酸塩基３９８８３〜３９９０４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３９８８３〜３９９０４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３９８６０〜３９９０４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２７７】
配列番号２５１０、２５１１、及び２５１２の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３９８８３〜３９９０４と相補的である。
【０２７８】
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３９８８３〜３９９０４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも８９％の低減を達成する。
【０２７９】
１１．配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合されている。
【０２８０】
配列番号１２２６、１２２７、及び１２２８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８と相補的である。
【０２８１】
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基６５９７〜６６１８と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡの少なくとも７５％の低減を達成する。
【０２８２】
参照による非限定的開示及び組み込み
本明細書に列記される文献及び特許公開は各々、参照によりその全体が組み込まれる。
【０２８３】
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が、ある特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例証するものにすぎず、それを限定するようには意図されていない。本出願に列挙される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号などは各々、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０２８４】
この出願に添付している配列表は、必要に応じて「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして各配列、実際には、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る配列を同定する。当業者は、修飾されたオリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」としての指定は、ある特定の例では、恣意的であることを容易に理解するであろう。例えば、２’−ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾された糖（ＤＮＡの１つの２’−Ｈの代わりに２’−ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾された塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりにチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして記載され得る。したがって、配列表にあるものを含むが、これらに限定されない、本明細書に提供される核酸配列は、修飾された核酸塩基を有するかかる核酸を含むが、これらに限定されない、天然もしくは修飾されたＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含む核酸を包含するよう意図されている。さらなる例であって、限定するものではなく、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物は、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの、ならびにいくつかのＤＮＡ塩基及び「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」などのいくつかのＲＮＡ塩基を有するものなどのＲＮＡ塩基を含む化合物、ならびに「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などの他の修飾された核酸塩基を有するオリゴマー化合物を含むが、これらに限定されない、修飾されているか修飾されていないかにかかわらず、かかる核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含し、式中、ｍＣは、５位にメチル基を含むシトシン塩基を示す。
【０２８５】
本明細書に記載されるある特定の化合物（例えば、修飾されたオリゴヌクレオチド）は、１つ以上の不斉中心を有し、したがってエナンチオマー、ジアステレオマー、及び（Ｒ）または（Ｓ）として、糖アノマーなどのαもしくはβとして、またはアミノ酸などの（Ｄ）もしくは（Ｌ）として、絶対立体化学に関して定義され得る他の立体異性体配置を生じさせる。ある特定の立体異性体配置を有するものとして描写または記載される本明細書に提供される化合物には、示される化合物のみが含まれる。定義されていない立体化学で描写または記載される本明細書に提供される化合物には、別途指定されない限り、全てのかかる可能な異性体（それらのステレオランダム及び光学的に純粋な形態など）が含まれる。同様に、別段の指示がない限り、本明細書の化合物の互変異性形態も含まれる。別段の指示がない限り、本明細書に開示される化合物は、対応する塩形態を含むよう意図されている。
【０２８６】
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、示される要素の非放射性アイソトープまたは放射性アイソトープで置き換えられる変形を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々に対して全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書における化合物によって包含される同位体置換には、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓが含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、治療または研究ツールとしての使用に有益なオリゴマー化合物に新しい特性を与え得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物を、画像化などの研究または診断目的に好適にし得る。
【実施例】
【０２８７】
以下の実施例は、本開示のある特定の実施形態を例証するものであり、限定するものではない。さらに、具体的な実施形態が提供される場合、発明者らは、それらの具体的な実施形態の一般的適用を企図した。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、同じまたは類似のモチーフを有する追加のオリゴヌクレオチドに対する合理的な支持を提供する。さらに、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置に出現する場合、同じ位置での他の高親和性修飾は、別段の指示がない限り、好適であるとみなされる。
【０２８８】
実施例１：インビトロ、単回投与でのヒトＡＴＸＮ３への混合ヌクレオシド間結合を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーの影響
ヒトＡＴＸＮ３核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＡＴＸＮ３  ＲＮＡへのそれらの影響について試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有した一連の実験で試験した。
【０２８９】
１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で培養したＡ４３１細胞を、未処理の対照に対して４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みによりトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９２０（本明細書で配列番号６と指定されるフォワード配列ＣＴＡＴＣＡＧＧＡＣＡＧＡＧＴＴＣＡＣＡＴＣＣ、本明細書で配列番号７と指定されるリバース配列ＧＴＴＴＣＴＡＡＡＧＡＣＡＴＧＧＴＣＡＣＡＧＣ、本明細書で配列番号８と指定されるプローブ配列ＡＡＡＧＧＣＣＡＧＣＣＡＣＣＡＧＴＴＣＡＧＧ）を使用して、ＲＮＡレベルを測定した。ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルを、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルパーセントとして以下の表に提示する。アスタリスク（＊）で印付けられた修飾されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットのアンプリコン領域を標的とする。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域を標的とするオリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定してもよい。
【０２９０】
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、２０核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、各々が５個の２’−ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、式中、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥで修飾された糖を表す。各ギャップマーにわたって全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホジエステル及びホスホロチオエート結合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、ここで、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列において相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列において相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０２９１】
以下の表に列記される修飾されたオリゴヌクレオチドは各々、示されるように、ヒトＡＴＸＮ３核酸配列の配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、または配列番号５と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的ではないことを示す。以下に示されるように、ヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＡＴＸＮ３  ＲＮＡの量を低減した。
【表１−１】
2021522800.tif 000019
【表１−２】
2021522800.tif 000020
【表１−３】
2021522800.tif 000021
【表１−４】
2021522800.tif 000022
【表１−５】
2021522800.tif 000023
【表２−１】
2021522800.tif 000024
【表２−２】
2021522800.tif 000025
【表２−３】
2021522800.tif 000026
【表２−４】
2021522800.tif 000027
【表２−５】
2021522800.tif 000028
【表２−６】
2021522800.tif 000029
【表２−７】
2021522800.tif 000030
【表２−８】
2021522800.tif 000031
【表２−９】
2021522800.tif 000032
【表２−１０】
2021522800.tif 000033
【表２−１１】
2021522800.tif 000034
【表２−１２】
2021522800.tif 000035
【表２−１３】
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【表２−１４】
2021522800.tif 000037
【表２−１５】
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【表２−１６】
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【表２−１７】
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【表２−１８】
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【表２−１９】
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【表２−２０】
2021522800.tif 000043
【表２−２１】
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【表２−２２】
2021522800.tif 000045
【表２−２３】
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【表２−２４】
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【表２−２５】
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【表２−２６】
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【表２−２７】
2021522800.tif 000050
【表２−２８】
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【表２−２９】
2021522800.tif 000052
【表２−３０】
2021522800.tif 000053
【表２−３１】
2021522800.tif 000054
【表２−３２】
2021522800.tif 000055
【表２−３３】
2021522800.tif 000056
【表２−３４】
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【表２−３５】
2021522800.tif 000058
【表２−３６】
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【表２−３７】
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【表２−３８】
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【表２−３９】
2021522800.tif 000062
【表２−４０】
2021522800.tif 000063
【表２−４１】
2021522800.tif 000064
【表２−４２】
2021522800.tif 000065
【表２−４３】
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【表２−４４】
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【表２−４５】
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【表２−４６】
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【表２−４７】
2021522800.tif 000070
【表２−４８】
2021522800.tif 000071
【表２−４９】
2021522800.tif 000072
【表２−５０】
2021522800.tif 000073
【表２−５１】
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【表２−５２】
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【表２−５３】
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【表２−５４】
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【表２−５５】
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【表２−５６】
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【表２−５７】
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【表２−５８】
2021522800.tif 000081
【表２−５９】
2021522800.tif 000082
【表２−６０】
2021522800.tif 000083
【表３−１】
2021522800.tif 000084
【表３−２】
2021522800.tif 000085
【表３−３】
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【表３−４】
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【表４】
2021522800.tif 000088
【表５】
2021522800.tif 000089
【表６−１】
2021522800.tif 000090
【表６−２】
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【表６−３】
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【表６−４】
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【０２９２】
実施例２：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ３への混合ヌクレオシド間結合を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーの影響
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、自由取り込みによりＡ４３１細胞中様々な用量で試験した。ＷＯ２０１８／０８９８０５に記載される化合物番号６５０５２８も試験した。化合物番号６５０５２８は、配列（５’から３’に）ＧＣＡＴＣＴＴＴＴＣＡＴＡＣＴＧＧＣ（配列番号２７８８として本明細書に組み込まれる）を有する５−８−５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５−メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、ここで、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、ヌクレオシド１〜５及び１４〜１８は各々、２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む。
【０２９３】
以下の表に指定されるように、１０９．４ｎＭ、４３７．５ｎＭ、１，７５０．０ｎＭ、及び７，０００．０ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで、細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種した。約４８時間の処理期間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルをＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ３プライマープローブセットＲＴＳ３８９２０（本明細書の上の実施例１に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルを、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルパーセントとして以下の表に提示する。以下の表で説明されるように、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド処理細胞において用量依存的様式で減少した。ＩＣ５０を、Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用した「ｌｏｇ（阻害剤）対応答−可変スロープ（４パラメータ）」式を使用して計算した。
【表７−１】
2021522800.tif 000094
【表７−２】
2021522800.tif 000095
【表７−３】
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【表７−４】
2021522800.tif 000097
【表７−５】
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【表７−６】
2021522800.tif 000099
【０２９４】
実施例３：野生型マウスにおけるヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを野生型雌Ｃ５７／Ｂｌ６マウスで試験して、オリゴヌクレオチドの耐容性を評価した。野生型雌Ｃ５７／Ｂｌ６マウスは各々、以下の表に列記される７００μｇの修飾されたオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶ投与を受けた。各処理群は、２匹のマウスからなった。２匹のマウスの群は、陰性対照としてＰＢＳを受けた。注射後３時間時点で、マウスを７つの異なる基準に従って評価した。基準は、（１）マウスは、明るく、警戒し、反応性があった、（２）マウスは、刺激なしで起立または背を丸めていた、（３）マウスは、刺激なしで任意の動きを示した、（４）マウスは、持ち上げられた後に前方への動きを示した、（５）マウスは、持ち上げられた後に任意の動きを示した、（６）マウスは、尾部をつまむことに対して反応した、（７）正常な呼吸、である。７つの基準の各々について、マウスに、基準を満たした場合に０のサブスコアを与え、基準を満たさなかった場合に１のサブスコアを与えた（機能観察バッテリースコアまたはＦＯＢスコア）。全ての７つの基準を評価した後、スコアを各マウスについて合計し、各処理群内で平均化した。結果を以下の表に提示する。
【０２９５】
【表８】
2021522800.tif 000100
【表９−１】
2021522800.tif 000101
【表９−２】
2021522800.tif 000102
【０２９６】
実施例４：トランスジェニックマウスにおけるヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの活性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを、伸長したＣＡＧリピート（ＣＡＧ８４、Ｑ８４）を持つ全長ヒトＡＴＸＮ３疾患遺伝子を有するＡＴＸＮ３  ＹＡＣトランスジェニックマウスモデルで試験した。半接合性ＳＣＡ３−Ｑ８４．２マウスをｗｔ／Ｑ８４と指定し、これは、Ｃｏｓｔａ  Ｍｄｏ  Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｗａｒｄ  ＲＮＡｉ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｇｌｕｔａｍｉｎｅ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｍａｃｈａｄｏ−Ｊｏｓｅｐｈ  Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ，２０１３．２１（１０）：１８９８−９０８に記載されている。本明細書の上及びＷＯ２０１８／０８９８０５に記載される化合物番号６５０５２８も試験した。
【０２９７】
ＡＴＸＮ３トランスジェニックマウスを、各々３匹のマウス群に分けた。各群のマウスに、３００μｇの用量でオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶボーラスを与え、２週間後に屠殺した。４〜６匹のマウス群にＰＢＳを注射し、オリゴヌクレオチド処理群と比較した対照群とした。２週間後、マウスを屠殺し、ＲＮＡを、プライマープローブセットＲＴＳ３９５４０（本明細書で配列番号１２と指定されるフォワード配列ＣＣＴＴＣＴＴＣＣＴＧＣＧＣＣＴＴＡＴＴ、本明細書で配列番号１３と指定されるリバース配列ＴＣＡＴＧＧＴＧＧＧＴＡＣＧＴＡＴＧＴＴＴＡＧ、本明細書で配列番号１４と指定されるプローブ配列ＡＧＴＡＴＧＣＡＧＧＣＡＡＧＴＣＴＣＣＴＴＣＴＧＴ）を使用したＡＴＸＮ３のＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のために脳組織から抽出した。結果を、シクロフィリンＡで正規化したＰＢＳ対照と比較したＲＮＡの変化パーセントとして提示する。以下の表に示されるように、ヒトＡＴＸＮ３  ＲＮＡは、様々な組織で低減された。
【表１０】
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【表１１】
2021522800.tif 000104
【表１２】
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【表１３】
2021522800.tif 000106
【表１４】
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【表１５】
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【表１６】
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【表１７】
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【表１８】
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【０２９８】
実施例５：野生型マウスにおけるヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを野生型雌Ｃ５７／Ｂｌ６マウスで試験して、オリゴヌクレオチドの耐容性を評価した。野生型雌Ｃ５７／Ｂｌ６マウスは各々、以下の表に列記される７００μｇの修飾されたオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶ投与を受けた。各処理群は、４匹のマウスからなった。３〜４匹のマウス群は、陰性対照としてＰＢＳを受けた。コンパレータ化合物番号６５０５２８（本明細書の上及びＷＯ２０１８／０８９８０５に記載されるヒトＡＴＸＮ３と相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する５−８−５ＭＯＥギャップマー）、ならびにＷＯ２０１３／１３８３５３に記載される以下のＬＮＡ  コンパレータ化合物：化合物番号１２４４４６３（ヒトＡＴＸＮ３と相補的な均一ＰＳヌクレオシド間結合を有する３−９−３ＬＮＡギャップマー）、化合物番号１２４４４６４（ヒトＡＴＸＮ３と相補的な均一ＰＳヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ＬＮＡギャップマー）、化合物番号１２４４４６５（ヒトＡＴＸＮ３と相補的な均一ＰＳヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ＬＮＡギャップマー）、化合物番号１２４４４６６（ヒトＡＴＸＮ３と相補的な均一ＰＳヌクレオシド間結合を有する３−９−３ＬＮＡギャップマー）、及び化合物番号１２４４４６７（ヒトＡＴＸＮ３と相補的な均一ＰＳヌクレオシド間結合を有する２−９−３ＬＮＡギャップマー）もいくつかの研究で試験した。
【０２９９】
注射後３時間時点で、マウスを７つの異なる基準に従って評価した。基準は、（１）マウスは、明るく、警戒し、反応性があった、（２）マウスは、刺激なしで起立または背を丸めていた、（３）マウスは、刺激なしで任意の動きを示した、（４）マウスは、持ち上げられた後に前方への動きを示した、（５）マウスは、持ち上げられた後に任意の動きを示した、（６）マウスは、尾部をつまむことに対して反応した、（７）正常な呼吸、である。７つの基準の各々について、マウスに、基準を満たした場合に０のサブスコアを与え、基準を満たさなかった場合に１のサブスコアを与えた（機能観察バッテリースコアまたはＦＯＢスコア）。全ての７つの基準を評価した後、スコアを各マウスについて合計し、各処理群内で平均化した。結果を以下の表に提示する。
【表１９】
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【表２０】
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【表２１】
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【表２２】
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【表２３】
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【表２４】
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【表２５】
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【表２６】
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【０３００】
実施例６：トランスジェニックマウスにおけるヒトＡＴＸＮ３  ＲＮＡと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの活性
修飾されたオリゴヌクレオチドを、伸長したＣＡＧリピート（ＣＡＧ８４、Ｑ８４）を持つ全長ヒトＡＴＸＮ３疾患遺伝子を有するＡＴＸＮ３  ＹＡＣトランスジェニックマウスモデルで試験した。半接合性ＳＣＡ３−Ｑ８４．２マウスをｗｔ／Ｑ８４と指定し、これは、Ｃｏｓｔａ  Ｍｄｏ  Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｗａｒｄ  ＲＮＡｉ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｇｌｕｔａｍｉｎｅ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｍａｃｈａｄｏ−Ｊｏｓｅｐｈ  Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ，２０１３．２１（１０）：１８９８−９０８に記載されている。
【０３０１】
ＡＴＸＮ３トランスジェニックマウスを、各２〜３匹のマウス群に分けた。各群のマウスに、３００μｇの用量でオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶボーラスを与え、２週間後に屠殺した。２〜５匹のマウス群にＰＢＳを注射し、オリゴヌクレオチド処理群と比較した対照群とした。２週間後、マウスを屠殺し、ＲＮＡを中枢神経系の様々な領域から抽出した。ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルを、ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４３９８１（本明細書で配列番号２７９８と指定されるフォワード配列ＴＧＡＣＡＣＡＧＡＣＡＴＣＡＧＧＴＡＣＡＡＡＴＣ、本明細書で配列番号２７９９と指定されるリバース配列ＴＧＣＴＧＣＴＧＴＴＧＣＴＧＣＴＴ、本明細書で配列番号２８００と指定されるプローブ配列ＡＧＣＴＴＣＧＧＡＡＧＡＧＡＣＧＡＧＡＡＧＣＣＴＡ）を使用して定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定した。結果を、マウスプライマープローブセットｍ＿ｃｙｃｌｏ２４（本明細書で配列番号２８０１と指定されるフォワード配列ＴＣＧＣＣＧＣＴＴＧＣＴＧＣＡ、本明細書で配列番号２８０２と指定されるリバース配列ＡＴＣＧＧＣＣＧＴＧＡＴＧＴＣＧＡ、本明細書で配列番号２８０３と指定されるプローブ配列ＣＣＡＴＧＧＴＣＡＡＣＣＣＣＡＣＣＧＴＧＴＴＣ）を使用して測定したマウスシクロフィリンＡに対して正規化したＰＢＳ対照と比較したＲＮＡの変化パーセントとして提示する。コンパレータ化合物番号６５０５２８（本明細書の上及びＷＯ２０１８／０８９８０５に記載されるヒトＡＴＸＮ３と相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する５−８−５ＭＯＥギャップマー）もいくつかの研究で試験した。以下の表に示されるように、ヒトＡＴＸＮ３  ＲＮＡは、様々な組織で低減された。
【表２７】
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【表２８】
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【表２９】
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【表３０】
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【表３１】
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【表３２】
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【表３３】
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【表３４】
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【表３５】
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【表３６】
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【表３７】
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【表３８】
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【表３９】
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【０３０２】
実施例７：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ３への混合ヌクレオシド間結合を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーの影響
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、自由取り込みによりＡ４３１細胞中様々な用量で試験した。本明細書の上及びＷＯ２０１８／０８９８０５に記載されるコンパレータ化合物番号６５０５２８（ヒトＡＴＸＮ３と相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する５−８−５ＭＯＥギャップマー）も試験した。
【０３０３】
細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、以下の表に指定されるように、１０９．４ｎＭ、４３７．５ｎＭ、１，７５０．０ｎＭ、及び７，０００．０ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで処理した。約４８時間の処理期間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルをＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ３プライマープローブセットＲＴＳ３８９２０（本明細書の上の実施例１に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルを、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含有量に従って調整した。加えて、ＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルも、ヒトＧＡＰＤＨプライマープローブセットＲＴＳ１０４（本明細書で配列番号２８０４と指定されるフォワード配列ＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＧＡＧＴＣ、本明細書で配列番号２８０５と指定されるリバース配列ＧＡＡＧＡＴＧＧＴＧＡＴＧＧＧＡＴＴＴＣ、本明細書で配列番号２８０６と指定されるプローブ配列ＣＡＡＧＣＴＴＣＣＣＧＴＴＣＴＣＡＧＣＣ）によって測定されるヒトＧＡＰＤＨレベルに対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するＡＴＸＮ３  ＲＮＡレベルパーセントとして以下の表に提示する。ＩＣ５０を、Ｐｒｉｓｍ７．０１ソフトウェアを使用した「ｌｏｇ（阻害剤）対正規化応答−可変スロープ」式を使用して計算した。ある場合には、ＩＣ５０を容易に計算することができず、データ点を「Ｎ．Ｃ．」と印付けた。
【表４０】
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【０３０４】
実施例８：３ｍｇ用量でのラットにおけるヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドをラットで試験して、オリゴヌクレオチドの耐容性を評価した。Ｓｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙラットは各々、以下の表に列記される３ｍｇのオリゴヌクレオチドの単回髄腔内（ＩＴ）投与を受けた。各処理群は、４匹のラットからなった。４匹のラット群は、陰性対照としてＰＢＳを受けた。注射後３時間時点で、各ラットについて７つの異なる身体部分の動きを評価した。７つの身体部分は、（１）ラットの尾部、（２）ラットの後方姿勢、（３）ラットの後肢、（４）ラットの後足、（５）ラットの前足、（６）ラットの前方姿勢、（７）ラットの頭部である。７つの異なる身体部分の各々について、各ラットに、身体部分が動いていた場合に０のサブスコアを与え、または身体部分が麻痺していた場合に１のサブスコアを与えた。７つの身体部分の各々を評価した後、各ラットのサブスコアを合計し、その後、各群で平均化した。例えば、ラットの尾部、頭部、及び全ての他の評価した身体部分が３ｍｇのＩＴ投与の３時間後に動いていた場合、合計スコア０とした。別のラットが３ｍｇのＩＴ投与の３時間後に尾部を動かしていなかったが、他の評価した身体部分が動いていた場合、スコア１とした。結果を、各処理群の平均スコアとして提示する。コンパレータ化合物６５０５２８（本明細書の上及びＷＯ２０１８／０８９８０５に記載されるヒトＡＴＸＮ３と相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する５−８−５ＭＯＥギャップマー）も試験した。
【表４１】
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【表４２】
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【表４３】
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【表４４】
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【表４５】
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【表４６】
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【表４７】
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【表４８】
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【表４９】
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【表５０】
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【表５１】
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【表５２】
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【表５３】
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【表５４】
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【表５５】
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【表５６】
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【０３０５】
実施例９：複数回投与でのトランスジェニックマウスにおけるヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの活性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを、本明細書の上に記載される伸長したＣＡＧリピート（ＣＡＧ８４、Ｑ８４）を持つ全長ヒトＡＴＸＮ３疾患遺伝子を有するＡＴＸＮ３  ＹＡＣトランスジェニックマウスモデルで試験した。
【０３０６】
ＡＴＸＮ３トランスジェニックマウスを、各４匹のマウス群に分けた。各群のマウスに、１０μｇ、３０μｇ、１００μｇ、３００μｇ、または７００μｇの用量でオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶボーラスを与え、２週間後に屠殺した。３〜４匹のマウス群にＰＢＳを注射し、オリゴヌクレオチド処理群と比較した対照群とした。２週間後、マウスを屠殺し、ＲＮＡを、プライマープローブセットＲＴＳ４３９８１を使用したＡＴＸＮ３のＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のために、大脳皮質、脊髄、脳幹、及び／または小脳から抽出した。結果を、本明細書の上に記載されるマウスプライマープローブセットｍ＿ｃｙｃｌｏ２４を使用して測定したマウスシクロフィリンＡに対して正規化したＰＢＳ対照と比較したＲＮＡの変化パーセントとして提示する。以下の表に示されるように、ヒトＡＴＸＮ３  ＲＮＡは、様々な組織で低減された。ＥＤ５０を、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  ７．０１における「変換ＥＤ５０の非線形当てはめ」式を使用してこれらの化合物について計算した。ある場合には、ＥＤ５０を容易に計算することができず、「Ｎ．Ｃ．」（計算されず）と印付けた。
【表５７】
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【表５８】
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【０３０７】
実施例１０：１３週間研究における反復投与髄腔内注射後のカニクイザルにおけるヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの影響
カニクイザルを修飾されたオリゴヌクレオチドで処理して、４週間の間隔を空けて投与した３回の腰椎髄腔内ボーラス注射後の１用量レベルでの局所的及び全身的耐容性ならびに薬物動態を決定する。４匹のカニクイザル群を、人工ＣＳＦまたは修飾されたオリゴヌクレオチドのいずれかで処理する。組織を最後の注射の１週間後に収集する。
【０３０８】
耐容性の評価は、臨床的観察、体重、食料消費、身体診察及び神経学的診察、例えば、感覚運動反射、脳反射、及び脊髄反射、凝固、血液学、臨床化学（血液及び脳脊髄液（ＣＳＦ））、細胞計数、ならびに解剖病理学評価に基づく。いずれの肉眼的異常の記録を伴う完全剖検を行う。臓器重量を測定し、顕微鏡検査を行う。血液を補体分析のために収集した。加えて、血液、ＣＳＦ、及び組織（剖検時）を毒物動態評価のために収集する。
【０３０９】
修飾されたオリゴヌクレオチドの活性を、カニクイザルＡＴＸＮ３  ＲＮＡを測定することによって脳組織及び脊髄組織で分析する。脳試料及び脊髄試料を収集し、液体窒素中で急速凍結し、凍結した状態で保管した（−６０℃〜−９０℃）。試料採取時に、２ｍｍの生検パンチを使用して、ＲＮＡ分析のために試料を凍結組織から収集する。パンチを、複数の脳領域及び脊髄領域から採取する。
【０３１０】
実施例１１．ヒトＡＴＸＮ３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを用いたヒト臨床試験
漸増用量の修飾されたオリゴヌクレオチドをランダム化二重盲検試験で評価して、ＳＣＡ３における遺伝子突然変異が確認された患者における安全性、耐容性、薬物動態及び薬力学、ならびに臨床効果を評価する。本試験中、患者の安全性を注意深く監視する。安全性及び耐容性の評価には、身体診察及び標準神経学的評価、バイタルサイン、ＥＣＧ、ＡＥ及び併用薬、コロンビア自殺評価スケール（Ｃ−ＳＳＲＳ）、ＣＳＦ安全性検査、血漿実験室試験、検尿、ならびに神経画像検査が含まれる。
【配列表】
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【国際調査報告】
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