(57)【要約】  本発明は、前立腺癌を検出する方法、前立腺癌が安定であるか進行性であるか、低悪性度であるか高悪性度であるかを判定する方法、良性前立腺肥大（BPH）を前立腺癌から区別する方法、手術の完全性を判定する方法、前立腺癌療法に対する反応を評価する方法に向けられる。【選択図】図１Ａ
2021514624.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
必要とする対象において前立腺癌を検出する方法であって、
試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPCおよびハウスキーピング遺伝子を含み；
前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして
前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、対象において前立腺癌の存在を確定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象において前立腺癌の非存在を確定することを含む方法。
【請求項２】
対象において前立腺癌が安定であるか進行性であるかを判定する方法であって、
試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；
前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして
前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が進行性であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が安定であると判定することを含む方法。
【請求項３】
対象において前立腺癌が低悪性度であるか高悪性度であるかを判定する方法であって、
試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC およびハウスキーピング遺伝子を含み；
前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして
前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高悪性度であると判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低悪性度であると判定することを含む方法。
【請求項４】
前立腺癌を有する対象において手術の完全性を決定する方法であって、
試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC およびハウスキーピング遺伝子を含み；
前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして
前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が完全に除去されていないと判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が完全に除去されていると判定することを含む方法。
【請求項５】
前立腺肥大を有する対象において良性前立腺肥大を前立腺癌から区別する方法であって、
試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC およびハウスキーピング遺伝子を含み；
前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして
前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、対象における前立腺癌の存在を確定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象における良性前立腺肥大の存在を確定することを含む方法。
【請求項６】
前立腺癌を有する対象の一次療法に対する反応を評価する方法であって、
(1) 第一の時点で：
(a) 試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1を含むHNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_2、TRPR2、TMPRSS2 XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；
(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化することにより、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
(c) 前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第一のスコアを生成し；
(2) 第二の時点であって、第一の時点の後でありそして対象に第一の治療法を施した後である第二の時点で：
(d) 少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と試験サンプルとを接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し；
(e) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；
(f) 前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第二のスコアを生成し；
(3) 第一のスコアを第二のスコアと比較し；そして
(4) 第二のスコアが第一のスコアと比較して有意に減少している場合に対象を一次療法に反応すると判定し、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意には減少しない場合に対象を一次療法に反応しないと判定することを含む方法。
【請求項７】
必要とする対象において前立腺癌を治療する方法であって、
試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを測定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPCおよびハウスキーピング遺伝子を含み；
前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の正規化発現レベルを取得し；
前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして
前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、対象に少なくとも一次療法を施し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象において前立腺癌の不在を確定することを含む方法。
【請求項８】
前記ハウスキーピング遺伝子が、ALG9、SEPN、YWHAQ、VPS37A、PRRC2B、DOPEY2、NDUFB11、ND4、MRPL19、PSMC4、SF3A1、PUM1、ACTB、GAPD、GUSB、RPLP0、TFRC、MORF4L1、18S、PPIA、PGK1、RPL13A、B2M、YWHAZ、SDHA、HPRT1、TOX4、およびTPT1から成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記ハウスキーピング遺伝子がTOX4である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記第一の所定のカットオフ値が０〜100％のスケールで少なくとも33％である、請求項１〜５または７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記第一の所定のカットオフ値が０〜100％のスケールで少なくとも50％である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも92％の感度を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも95％の特異度を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも38個のバイオマーカーの少なくとも１つがRNA、cDNAまたはタンパク質である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオマーカーがRNAであり、該RNAが逆転写されてcDNAを産生し、産生されたcDNAの発現レベルが検出される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記バイオマーカーの発現レベルが、該バイオマーカーと標識プローブまたはプライマーとの間で複合体を形成させることによって検出される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記第一の所定のカットオフ値が、腫瘍性疾患をもたないかまたは腫瘍性疾患と診断されていない対象から得られた複数の参照サンプルから導出される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記腫瘍性疾患が前立腺癌である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記試験サンプルが血液、血清、血漿または腫瘍性組織である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
各参照サンプルが血液、血清、血漿または非腫瘍性組織である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前立腺癌を有すると判定された対象を、少なくとも１つの治療法を施すことによって治療することを更に含み、ここで前記少なくとも１つの治療法が積極的監視、手術、放射線療法、凍結療法、ホルモン療法、化学療法、ワクチン療法、骨転移治療、またはその組み合わせを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの治療法がホルモン療法を含む場合、そのホルモン療法がアンドロゲン抑制療法を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１つの治療法が化学療法を含む場合、その化学療法がドセタキセル、カバジタキセル、ミトキサントロン、エストラムスチンまたはその組み合わせを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１つの治療法がワクチン療法を含む場合、そのワクチン療法がシプロイセルＴを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも１つの治療法が骨転移治療を含む場合、その骨転移治療がビスホスホネート、デノスマブ、コルチコステロイドまたはその組み合わせを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
前記アルゴリズムがXGB、RF、glmnet、cforest、CART、treebag、knn、nnet、SVM-ラジアル、SVM-線形、NBまたはmlpである、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記アルゴリズムがXGBである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第一の時点が対象への一次療法の施行前である、請求項６に記載の方法。
【請求項２９】
前記第一の時点が対象への一次療法の施行後である、請求項６に記載の方法。
【請求項３０】
前記第二のスコアが第一のスコアより少なくとも25％低い場合に、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意に減少している、請求項６に記載の方法。
【請求項３１】
前記第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少している場合、対象に一次療法の施行を続けることを更に含む、請求項６または２８〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少していない場合、対象への一次療法の施行を中止することを更に含む、請求項６または２８〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少していない場合、対象に二次療法を施すことを更に含む、請求項６、３０または３２のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
〔関連出願への相互参照〕
本出願は、2018年２月22日出願の米国仮出願第62/633,675号への優先権および利益を主張し、その全内容が参照により本明細書に援用される。
【０００２】
〔配列表〕
本出願は、EFS-Web経由でASCII形式で提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。2019年２月19日に作成された上記ASCIIコピーの名称は
「LBIO-005_001WO_SeqList.txt」であり、サイズは299 KBである。
【０００３】
〔発明の分野〕
本発明は前立腺癌の検出に関する。
【背景技術】
【０００４】
前立腺癌（PCA）は、世界中で４番目に多い頻度で診断される癌であり、男性では２番目に多く見られる癌である。発生数と有病数は徐々に減少してきているが、米国では年間約200,000人の男性がPCAと診断される。年齢と家族構成、遺伝的感受性および民族性といった多数の要因が、いずれも該疾病の高発生率に寄与している。PCAの90％は限局性（非播種性）であると診断されるが、腫瘍の臨床的挙動は高度に変動性であり、経過観察または積極的監視（例えばバイオマーカーや６か月に１度の直腸指診）を通してモニタリングできる無痛性のものから、悪性進化およびアンドロゲン耐性疾患、転移性の播種および死亡にまで及ぶ。
【０００５】
臨床データと病理学的情報、例えばグリーソン（Gleason）スコアとを組み合わせた様々なリスク層別化システムが開発されている。最近開発された次世代ツールを含むそれらのシステムは、アウトカムを予測するのに約70％の正確さ（精度）しかない。
【０００６】
分子遺伝学情報は、病理やより良性の亜型の癌の情報を知らせるためにますます多く利用されている。この情報は、予後予測ツールとしてだけでなく、様々な治療介入のために患者を層別化するためにも利用されている。前立腺癌については、調査され、突然変異、DNAコピー数の変化、再配列、遺伝子融合がすべて同定されている。これらは、いくつかの病理学的特徴と相関がある。例えば、低Gleaonスコアの腫瘍は、DNAコピー数の変化がほとんどないのに対し、高悪性度の腫瘍は全ゲノムで有意なコピー数の変化を示す。対照的に、体細胞点突然変異は比較的まれであり、突然変異の頻度は１％（IDH1）から11％（SPOP）の範囲である。最も一般的な異常は、ERGと他のETSファミリーメンバーとのアンドロゲン調節性融合である（腫瘍の約50％）。しかしながら、融合を担持する腫瘍は、前立腺切除後の融合陰性の腫瘍に対比して有意に異なる予後を示さない。対照的に、アンドロゲン受容体バリアント７（AR-V7）は、去勢抵抗性前立腺癌（CRPC）への進行に関与しており、治療法選択バイオマーカーとして潜在的に有用であると考えられる。しかしながら、全体的には、PCAの病因の基盤となる分子メカニズムの解明は不完全であり、治療薬に対する感度を予測するために使用できる分子ベースのバイオマーカーは存在しない。従って、疾患の状態をより正確に定義し、治療に対する感度を特定し、最終的には疾患の進行をより適切にモニタリングするために使用できる診断方法の開発が非常に重要である。
【０００７】
監視（サーベイランス）は、相変わらずPCAをモニタリングし、早期に再発を検出するための基盤となるアプローチである。潜在的に治癒性の切除を行った後、無症候の転移性疾患を早期に検出するために、血中バイオマーカーの測定および／またはCTのような画像診断を通じてモニタリングを行うことができる。モニタリングに用いられている現在のバイオマーカーは、前立腺特異抗原（PSA）（γ-セミノプロテインまたはカリクレイン-３も）である。この糖タンパク質酵素は、KLK3遺伝子によってコードされ、前立腺の上皮細胞から分泌される。しかしながら、それは前立腺癌特有の指標ではなく、前立腺炎や良性前立腺肥大（BPH）も検出する可能性がある。独立してPSAを使用すると、癌をもたない男性に不必要な生検が行われたり、重大な疾患をもつ男性の不十分な診断を生じたりする。これは、低感度（20〜40％）および低特異度（70〜90％）の範囲に基づき、結果としてわずか25〜40％の陽性予測値（陽性的中率）となる。米国予防医学作業部会USPSTF（United States Preventive Services Task Force）は、前立腺癌に対するPSAの使用を推奨していない。しかしながら、PSAは、臨床ノモグラフ（計算図表）、例えば術後の無病生存率を予測するのにある程度の有用性がある前立腺癌リスクのUCSF-CAPRAスコアに含まれている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
PCAを正確に診断するためのバイオマーカーベースのツールが依然として必要とされ続けている。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本開示は、必要とされる対象において前立腺癌を検出する方法であって、複数の試験サンプルを、少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーがAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPCおよびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、対象において前立腺癌の存在を確定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象において前立腺癌の非存在を確定することを含む方法を提供する。
【００１０】
本開示は、必要とされる対象において前立腺癌を検出する方法であって、（a）試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；（b）前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；（c）その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；（d）前記スコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして（e）レポートを作成し、ここで前記レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、対象における前立腺癌の存在を確定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象における前立腺癌の非存在を確定することを含む方法を提供する。
【００１１】
本開示はまた、対象において前立腺癌が安定であるか進行性であるかを決定するための方法を提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC およびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして前記スコアが第一の所定のカットオフ値以下である場合、前立腺癌が進行性であると識別し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が安定であると識別することを含む。
【００１２】
本開示は、対象において前立腺癌が安定であるか進行性であるかを決定する方法を提供し、該方法は、（a）試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC およびハウスキーピング遺伝子を含み；（b）前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；（c）前記各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして（e）レポートを作成し、ここで前記レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が進行性であると判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が安定であると判定することを含む。
【００１３】
本開示は、対象における前立腺癌が低悪性度であるか高悪性度であるかを決定する方法も提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを作成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高悪性度であると判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低悪性度であると判定することを含む。
【００１４】
本開示は、対象における前立腺癌が低悪性度であるか高悪性度であるかを決定する方法を提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し；ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そしてレポートを作成し、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高悪性度であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低悪性度であると判定することを含む。
【００１５】
本開示は、対象における前立腺癌が低Gleasonスコア（≦６）の前立腺癌であるか高Gleasonスコア（≧７）の前立腺癌であるかを決定する方法を提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) 前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高Gleasonスコアの前立腺癌であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低Gleasonスコアの前立腺癌であると判定することを含む。
【００１６】
本開示は、対象における前立腺癌が低Gleasonスコア（≦６）の前立腺癌であるか高Gleasonスコア（≧７）の前立腺癌であるかを決定する方法を提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) レポートを作成し、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高悪性度であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低悪性度であると判定することを含む。
【００１７】
本開示はまた、前立腺癌を有する対象において手術の完全性を決定する方法も提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、手術後の対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が完全に除去されていないと判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が完全に除去されていると判定することを含む。
【００１８】
本開示は、前立腺癌を有する対象において手術の完全性を決定する方法を提供し、該方法は（a）試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、手術後の対象からの試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS245、PRPR2_2TR 、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；（b）前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、 REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；（c）その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；（d）そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして（e）レポートを作成し、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上の場合に前立腺癌が完全に除去されていないと判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に前立腺癌が完全に除去されていると判定することを含む。
【００１９】
本開示は、前立腺肥大を有する対象において良性の前立腺肥大から前立腺癌を区別する方法を提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象からの試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、 REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上の場合に対象における前立腺癌の存在を判別し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に対象における良性前立腺肥大の存在を判別することを含む。
【００２０】
本開示は、前立腺肥大を有する対象において良性前立腺肥大を前立腺癌から区別する方法を提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、手術後の対象からの試験試料からの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS245、PRPR2_2TR 、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；（b）前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、 REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；（c）その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；（d）そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして（e）レポートを作成し、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上の場合に対象における前立腺癌の存在を判別し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に対象における良性前立腺肥大の存在を判別することを含む。
【００２１】
本開示は、一次療法に対する前立腺癌を有する対象の応答を評価する方法であって、(1) 第一の時点で：(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1を含むHNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_2、TRPR2、TMPRSS2 XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化することにより、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し； (c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第一のスコアを生成し；(2) 第二の時点であって第一の時点の後でありそして対象に一次療法を施した後である、第二の時点で：(d) 少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と試験サンプルとを接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し；(e) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの正規化発現レベルを取得し；(f) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第二のスコアを生成し；(3) 第一のスコアを第二のスコアと比較し；そして(4) 第二のスコアが第一のスコアと比較して有意に減少している場合、対象を一次療法に反応すると判定し、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意には減少しない場合、対象を一次療法に反応しない（非応答性である）と判定することを含む。
【００２２】
上記方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少している場合、対象に一次療法を施し続けることを更に含み得る。上記方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少しない場合、対象への一次療法の施行を中止することを更に含み得る。
【００２３】
本開示は、前立腺癌を有する対象の一次療法に対する反応を評価する方法を提供し、該方法は、(1) 第一の時点で：(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーは、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SQL1ARC、SLC18A2、SMC4 、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、 REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第一のスコアを生成し；(2) 第二の時点であって、第一の時点より後であり対象への該療法の施行後である第二の時点で：(d) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し；(e) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(f) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第二のスコアを生成し；(3) 第一のスコアを第二のスコアと比較し；そして(4) レポートを作成し、ここで該レポートは、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意に減少している場合に対象を一次療法に反応すると判定し、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意には減少しない場合に対象を一次療法に反応しない（非応答性である）と判定することを含む。
【００２４】
上記方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少している場合、対象に一次療法を施し続けることを更に含みうる。上記方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少しない場合、対象への一次療法の施行を中止することを更に含み得る。上記方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少しない場合、対象に二次療法を施すことを更に含み得る。
【００２５】
本開示は、必要とする対象において前立腺癌を治療する方法を提供し、該方法は、試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを測定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーは、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPCおよびハウスキーピング遺伝子を含み；前記ハウスキーピング遺伝子の発現に対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の正規化発現レベルを取得し；その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを作成し；そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合に対象に少なくとも一次療法を施し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象において前立腺癌の不在を確定することを含む。
【００２６】
本開示の方法では、ハウスキーピング遺伝子は、ALG9、SEPN、YWHAQ、VPS37A、PRRC2B、DOPEY2、NDUFB11、ND4、MRPL19、PSMC4、SF3A1、PUM1、ACTB、GAPD、GUSB、RPLP0、TFRC、MORF4L1、18S、PPIA、PGK1、RPL13A、B2M、YWHAZ、SDHA、HPRT1、TOX4、およびTPT1から成る群より選択することができる。ハウスキーピング遺伝子はTOX4であることができる。
【００２７】
本開示の方法では、所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで少なくとも33％、または０〜100％のスケールで少なくとも50％、または０〜100％のスケールで少なくとも50％である。
【００２８】
本開示の方法は、対象に療法を施すことを更に含み得る。本開示の方法は、対象に一次療法を施すことを更に含み得る。本開示の方法は、対象に二次療法を施すことを更に含み得る。
【００２９】
本開示の方法では、療法は積極的監視、放射線療法、手術、凍結療法、ホルモン療法、化学療法、ワクチン療法、骨転移治療、またはその任意組み合わせを含むことができる。一次療法は、積極的監視、放射線療法、手術、凍結療法、ホルモン療法、化学療法、ワクチン療法、骨転移治療またはその任意組み合わせを含むことができる。二次療法は、積極的監視、放射線療法、手術、凍結療法、ホルモン療法、化学療法、ワクチン療法、骨転移治療またはその任意組み合わせを含むことができる。
【００３０】
幾つかの態様では、ホルモン療法は、アンドロゲン抑制療法を含み得る。幾つかの態様では、化学療法は、ドセタキセル、カバジタキセル、ミトキサントロン、エストラムスチンまたはその組み合わせを含み得る。幾つかの態様では、ワクチン療法は、シプロイセルＴを含み得る。幾つかの態様では、骨転移治療は、ビスホスホネート、デノスマブ、コルチコステロイド、またはその組み合わせを含み得る。
【００３１】
本開示の方法では、アルゴリズムはXGB、RF、glmnet、cforest、CART、teebag、knn、nnet、SVM-radial、SVM-linear、NBまたはmlpであることができる。アルゴリズムはXGBであることができる。
【００３２】
本開示の方法では、第一の時点は、対象に治療を施す前または後のいずれかであることができる。第一の時点は対象への一次療法の施行の前または後のいずれかであることができる。
【００３３】
本開示の方法では、第二のスコアは、第二のスコアが第一のスコアより少なくとも25％未満である場合、第一のスコアと比較して有意に減少している。
【００３４】
本開示の方法は、少なくとも92％の感度を有しうる。本開示の方法は少なくとも95％の特異度を有しうる。
【００３５】
本開示の方法では、少なくとも38個のバイオマーカーの少なくとも１つがRNA、cDNAまたはタンパク質であり得る。
【００３６】
本開示の方法では、バイオマーカーがRNAである場合、RNAを逆転写してcDNAを産生し、産生されたcDNAの発現レベルを検出することができる。
【００３７】
本開示の方法では、バイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーと標識プローブまたはプライマーとの間で複合体を形成させることにより検出することができる。
【００３８】
本開示の方法では、バイオマーカーがタンパク質である場合、タンパク質は、タンパク質と標識抗体との間で複合体を形成させることにより検出することができる。
【００３９】
本開示の方法では、バイオマーカーがRNAまたはcDMAである場合、RNAまたはcDNAは、該RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間で複合体を形成させることにより検出することができる。例えば、標識は蛍光標識でありうる。RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間の複合体は、ハイブリダイゼーション複合体でありうる。
【００４０】
本開示の方法では、所定のカットオフ値は、腫瘍性疾患をもたないまたは腫瘍性疾患と診断されていない対象から得られた複数の参照（リファレンス）サンプルより導き出すことができる。腫瘍性疾患は前立腺癌でありうる。
【００４１】
本開示の方法では、試験サンプルは血液、血清、血漿、または腫瘍組織でありうる。参照サンプルは血液、血清、血漿、または非腫瘍性組織でありうる。
【００４２】
本開示の方法では、対象は少なくとも１つの前立腺癌の症状を有する。本開示の方法では、対象は、前立腺癌を発症する素因または家族歴を有することができる。
【００４３】
本開示の方法では、対象は前立腺癌と以前に診断されていてよく、または前立腺癌再発について試験されている。
【００４４】
本開示の方法では、対象はヒトであり得る。
【００４５】
上記態様のいずれも他の任意態様と組み合わせることができる。
【００４６】
特に断らない限り、本明細書中に使用される全ての技術用語と学術用語は、本発明の属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書では、文脈が明らかに異なるように示さない限り、複数形も包含する。例として、「１つの（a、an）」および「その（the）」という用語は、単数または複数であると解釈され、そして「または（or）」は包含的であると解釈される。一例として、「ある１要素（an element）」は、１つまたは複数の要素を意味する。本明細書全体を通して、「含んでいる（comprising）」という用語または「含む（comprise）」もしくは「含むこと（comprising）」という変形は、指摘した要素、整数もしくは工程、または要素、整数もしくは工程の群の包含を意味しており、任意の他の要素、整数もしくは工程、または要素、整数または工程の群の除外を意味するものでないと理解すべきである。「約」は、指摘した数値の10％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、0.5％、0.1％、0.05％、または0.01％以内であると解釈することができる。文脈から明らかに異ならない限り、本明細書に与えられる全ての数値は「約」という用語により修飾される。
【００４７】
本明細書に記載のものと同様または同等である方法と材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、例示的な方法と材料について記載することにする。他の特徴、目的および利点は詳細な説明および特許請求の範囲から明らかであろう。明細書と添付の特許請求の範囲では、文脈が明らかにそうでないと示さない限り、単数形は複数形も包含する。特に異なって定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語と科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。この明細書で引用される全ての特許および刊行物は、その全内容が参照により本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００４８】
【図１Ａ】図１Ａは、ｎ＝595の組織標本の導出コホートにおいてランダムフォレスト（Random Forest）アルゴリズムにより同定された30個の推定マーカー遺伝子の可視化を示すグラフである。（図１Ａ）E-GEOD-46691での発現。
【図１Ｂ】図１Ａと同様。（図１Ｂ）E-GEOD-46602での発現。
【００４９】
【図２】図２は、平均予測重要度対クラスカルワリスのp値の散布図である。垂直線と水平線は0.05のｐ値と、予測重要度の中央値をそれぞれ表す。
【００５０】
【図３】図３は、PCA腫瘍組織と対照組織が別々にクラスター化されたことを明らかに示す遺伝子発現の階層的クラスタリングを示すグラフである。遺伝子発現はPCA組織において有意に高かった。
【００５１】
【図４】図４は、正規化された遺伝子発現のクラスタリングが前立腺由来細胞系をその起源の組織に（すなわち正常、限局性、転移性の組織に）分離することを示すグラフである。
【００５２】
【図５】図５は、CON（対照、ｎ＝201）、BPH（前立腺肥大、ｎ＝26）およびPCA（前立腺癌症例、ｎ＝125）における遺伝子発現を示すグラフである。同定された発現レベルは、良性前立腺肥大（BPH：17±13％）および対照（CONT：8±9％）に対して症例（PCA：63±19％）において有意に（p＜0.0001）上昇した。
【００５３】
【図６】図６は、受容者動作特性曲線分析を示すグラフである。AUROCは0.97であり、Youden Ｊ指標は0.94であった。Ｚ統計量は高度に有意であった（38.9；p＜0.0001）。
【００５４】
【図７】図７は、92〜99％の範囲でPCAを確定するためのProstaTestのメトリックを示すグラフである。
【００５５】
【図８】図８は、ProstaTestスコア＞30が、血液サンプルにおいて前立腺癌を予測するのに60％の正確さ（的中率）であったことを確定する、プロビット解析リスク評価プロットである。これは、テストスコア≧34では＞80％に増加した。点線は95％信頼区間を表す。
【００５６】
【図９】図９は、低悪性度（Gleasonスコア５と６）腫瘍に比較して高悪性度（≧Gleasonスコア７）を予測するため、ProstaTestをPSAの測定値と比較する受容者動作特性曲線分析を示すグラフである。ProstaTestのAUROCは0.98であり、Youden Ｊ指数は0.87であった。PSAの場合、AUROCは0.64であり、Youden Ｊ指数は0.42であった。悪性度の予測については、ProstaTestはPSAよりも有意に優れていた（Ｚ統計量：3.05、p＝0.002）。
【００５７】
【図１０】図１０は、ProstaTestに対する手術の効果を示すグラフである。手術前のレベルが高くなる（80±18％）。手術は22±7％にレベルを低下させた（p＜0.0001）が、それは対照レベルに対比して相違がなかった。
【００５８】
【図１１】図１１は、ProstaTestに対する治療の効果を示すグラフである。治療前のレベルが高くなっている（74±18％）。ホルモン療法に応答した患者では、レベルが18±7％に減少した（p＜0.0001）。化学療法を必要とする患者では、レベルは27±10％に減少した（p＜0.001）。
【発明を実施するための形態】
【００５９】
本発明の詳細は、以下の付随する説明に記載される。
【００６０】
循環している前立腺癌分子シグネチャーを高感度でかつ高特異度で定量する（スコア付けする）方法が本明細書に記載され、該方法は、限定されないが、前立腺癌を検出し、前立腺癌が安定であるか進行性であるかを決定し、良性前立腺肥大（BPH）を前立腺癌から区別し、手術の完全性を判定し、そして前立腺癌療法に対する反応を評価することを含む目的で使用される。具体的には、本発明は、ハウスキーピング遺伝子の発現レベルにより正規化された、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの発現レベルが、健全対象またはBPHを有する対象に比較して前立腺癌を有する対象において高められるという発見に基づいている。
【００６１】
前立腺癌の症状には、排尿の問題、尿中または精液中への出血、勃起障害、臀部、背中（脊椎）、胸部（肋骨）の痛み、または骨にまで及んだ癌の患部の痛み、下肢もしくは足の脱力または無感覚、あるいは更に脊髄を圧迫する癌からの膀胱または腸の調節不能が含まれる。
【００６２】
実施例に記載される通り、循環中の前立腺癌転写物の測定法である「ProstaTest」は、前立腺癌を診断する方法であり、ProstaTestスコアの減少は手術や化学療法などの治療介入の効果と相関する。前立腺癌RNAの標的遺伝子発現プロファイルは、患者の末梢血から単離することができる。発現プロファイルはアルゴリズムで評価され、アウトプット（スコア）に変換される。それは活動性疾患を診断および特定し、そして標準的な臨床評価およびイメージングと協働して治療反応の評価を提供する。
【００６３】
従って、本発明は、それを必要とする対象において前立腺癌を検出する方法を提供し、該方法は、(a) 少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と試験サンプルとを接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_2、TRPR2、TMPRSS2 XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、 REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) 前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合に対象における前立腺癌の存在を確定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に対象における前立腺癌の非存在を確定することを含む。
【００６４】
前述の方法の幾つかの態様では、レポートを作成する工程(e)を含むことができ、該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合に対象における前立腺癌の存在を確定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に対象における前立腺癌の非存在を確定する。
【００６５】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで33％であることができる。
【００６６】
幾つかの態様では、前述の方法は、対象に一次療法を施すことを更に含み得る。前述の方法は、前記スコアが所定のカットオフ値以上である場合に一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。
【００６７】
本開示はまた、前述の方法は、対象における前立腺癌が安定であるか進行性であるかを判定する方法を提供し、該方法は、（a）試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC およびハウスキーピング遺伝子を含み；（b）前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；（c）その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；（d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして（e）前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が進行性であると判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が安定であると判定することを含む。
【００６８】
前述の方法の幾つかの態様において、レポートを作成する工程（e）を含むことができ、該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合に前立腺癌が進行性であると判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に前立腺癌が安定であると判定する。
【００６９】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで50％であることができる。
【００７０】
幾つかの態様では、前述の方法は、一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。前述の方法は、前記スコアが所定のカットオフ値以上である場合に一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。
【００７１】
本発明はまた、対象における前立腺癌が低悪性度であるか高悪性度であるかを判定する方法を提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) 前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高悪性度であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低悪性度であると判定することを含む。
【００７２】
前述の方法の幾つかの実施形態では、レポートを作成する工程（e）を含むことができ、該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合に前立腺癌が高悪性度であると判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に前立腺癌が低悪性度であると判定する。
【００７３】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで50％であることができる。
【００７４】
幾つかの態様では、前述の方法は、一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。前述の方法は、前記スコアが所定のカットオフ値以上である場合に一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。
【００７５】
幾つかの態様では、低悪性度の前立腺癌は、６以下であるGleasonスコアを有する前立腺癌である。幾つかの態様では、高悪性度の前立腺癌は、７以上であるGleasonスコアを有する前立腺癌である。
【００７６】
Gleason等級付け法は、予後のパラメータとして当業界で汎用されており、しばしば前立腺癌の他の予後因子または試験と組み合わせて用いられる。前立腺生検標本（サンプル）は、例えば顕微鏡により検査され、そして前立腺腫瘍の構造パターンに基づいて病理学者によりGleasonスコアが決定さ得る。Gleasonスコアは、正常な腺組織構造（すなわち形状、サイズおよび腺の分化）の喪失の程度に基づいている。サンプルは、最も一般的な腫瘍パターンにグレード１が割り当てられ、次に一般的なパターンにグレード２が割り当てられる。第一パターンすなわち最も一般的なパターンに続き、第２パターンすなわち２番目に一般的なパターンがあり、それらは識別することができ；あるいは、それらは単一のグレードのみであってもよい。Gleasonパターンは、次の機能に関連付けられている。パターン１―癌性前立腺は正常な前立腺組織に非常によく似ている。腺は小さく、形がよく、密に詰まっている。パターン２―組織はまだ形のよい腺をもつが、より大きく、それらの間に多くの組織が認められる。パターン３―組織はまだ識別可能な腺をもつが、細胞はより黒くなっている。高倍率では、これらの細胞の一部が腺から離れ、周囲の組織に侵入し始めている。パターン４―組織に識別可能な腺がほとんど認められない。多くの細胞が周囲の組織に侵入している。パターン５―組織には識別可能な腺が全くない。しばしば周囲の組織全体に細胞のシートだけが認められる。２つのグレードを加算してGleason和とも呼ばれるGleasonスコアが得られる。
【００７７】
本開示は、対象における前立腺癌が低Gleasonスコア（≦６）の前立腺癌であるか高Gleasonスコア（≧７）の前立腺癌であるかを決定する方法も提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) 前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高Gleasonスコアの前立腺癌であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低Gleasonスコアの前立腺癌であると判定することを含む。
【００７８】
前述の方法の幾つかの態様では、レポートを作成する工程（e）を含むことができ、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が高Gleasonスコアの前立腺癌であると判定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が低Gleasonスコアの前立腺癌であると判定することを含む。
【００７９】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで50％であることができる。
【００８０】
幾つかの態様では、前述の方法は、一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。前述の方法は、前記スコアが所定のカットオフ値以上である場合に一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。
【００８１】
本開示は、前立腺癌を有する対象において手術の完全性を決定する方法も提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、手術後の対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで前記少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) 前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が完全に除去されていないと判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が完全に除去されていると判定することを含む。
【００８２】
前述の方法の幾つかの態様では、レポートを作成する工程（e）を含むことができ、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、前立腺癌が完全に除去されていないと判定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、前立腺癌が完全に除去されていると判定することを含む。
【００８３】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで33％であることができる。
【００８４】
幾つかの態様では、前述の方法は、一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。前述の方法は、前記スコアが所定のカットオフ値以上である場合に一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。
【００８５】
前立腺肥大を有する対象において良性前立腺肥大を前立腺癌から区別する方法を提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、手術後の対象からの試験試料からの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS245、PRPR2_2TR 、XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；（b）前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、 REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；（c）その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；（d）そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして（e）前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上の場合に対象における前立腺癌の存在を確定し、前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合に対象における良性前立腺肥大の存在を確定することを含む。
【００８６】
前述の方法の幾つかの態様では、レポートを作成する工程（e）を含むことができ、ここで該レポートは、前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合、対象における前立腺癌の存在を確定し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象における良性前立腺肥大の存在を確定することを含む。
【００８７】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで33％であることができる。
【００８８】
幾つかの態様では、前述の方法は、一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。前述の方法は、前記スコアが所定のカットオフ値以上である場合に一次療法を対象に施すことを更に含むことができる。
【００８９】
本開示は、それを必要とする対象において前立腺癌を治療する方法を提供し、該方法は、(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを測定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーは、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、XPCおよびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子に対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPC の各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを作成し；(d) そのスコアを第一の所定のカットオフ値と比較し；そして(e) 前記スコアが第一の所定のカットオフ値以上である場合に対象に少なくとも一次療法を施し、または前記スコアが第一の所定のカットオフ値未満である場合、対象において前立腺癌の不在を確定することを含む。
【００９０】
本開示は、一次療法に対する前立腺癌を有する対象の反応を評価する方法を提供し、該方法は、(1) 第一の時点で：(a) 試験サンプルを少なくとも38個のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の薬剤と接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで少なくとも38個のバイオマーカーはAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_2、TRPR2、TMPRSS2 XPC、およびハウスキーピング遺伝子を含み；(b) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の発現レベルを正規化することにより、AAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REP1、REPIN1 、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(c) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第一のスコアを生成し；(2) 第二の時点であって第一の時点の後でありそして対象に第一療法を施した後である、第二の時点で：(d) 少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルの検出に特異的な複数の剤と試験サンプルとを接触させることにより、対象の試験サンプルからの少なくとも38個のバイオマーカーの発現レベルを決定し；(e) 前記ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対してAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45AおよびXPCの各々の発現レベルを正規化し、それによりAAMP、ANO7、AR、AR-V7、C16orf89、CHTOP、COL1A1、EDC4、FGFR2、FXYD7、FYCO1、HNRNPU、HPN、KRT15、KRT23、MAN2B2、MAX、MRPS25、NDUFS2、PPARGC1A、PPRC1、RAD23A、REPIN1、SDR39U1、SETBP1、SLC14A1、SLC18A2、SMC4、SPARC、SQLE、STRIP1、STX12、TMPRSS2_1、TMPRSS2_2、TRIM29、UNC45A、およびXPCの各々の正規化発現レベルを取得し；(f) その各々の正規化発現レベルをアルゴリズムに入力して第二のスコアを生成し；(3) 第一のスコアを第二のスコアと比較し；そして(4) 第二のスコアが第一のスコアと比較して有意に減少している場合、対象を一次療法に反応すると判定し、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意には減少しない場合、対象を一次療法に反応しない（非応答性である）と判定することを含む。
【００９１】
前述の方法の幾つかの態様では、レポートを作成する工程(e)を含むことができ、該レポートは、前記第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少している場合、対象が一次療法に応答すると判定し、第二のスコアが第一のスコアと比較して有意には減少しない場合に対象を一次療法に応答しない（非応答性である）と判定することを含む。
【００９２】
幾つかの態様では、前記第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少している場合、対象に一次療法の施行を続けることを更に含むことができる。前述の方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少していない場合、対象への一次療法の施行を中止することを更に含むことができる。前述の方法は、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少していない場合、対象に二次療法を施すことを更に含むことができる。
【００９３】
前述の方法の幾つかの態様では、第二のスコアが第一のスコアよりも少なくとも約10％未満である場合、第一のスコアよりも少なくとも約20％小さい場合、第一のスコアよりも少なくとも約25％小さい場合、または第一のスコアよりも少なくとも約30％小さい場合、または第一のスコアよりも少なくとも約40％小さい場合、または第一のスコアよりも少なくとも約50％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも約60％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも約75％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも約80％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも約90％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも95％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも約99％小さい場合、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少しているとされる。幾つかの態様では、第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少していない場合、対象が該療法に対して反応しない（非応答性である）と見なされる。
【００９４】
前述の方法の幾つかの態様では、第一の時点は、対象に一次療法を施す前であることができる。第一の時点は、対象に一次療法を施した後であることができる。
【００９５】
本開示の方法の幾つかの態様では、ハウスキーピング遺伝子には、限定されないが、ALG9、SEPN、YWHAQ、VPS37A、PRRC2B、DOPEY2、NDUFB11、ND4、MRPL19、PSMC4、SF3A1、PUM1、ACTB、GAPD、GUSB、RPLP0、TFRC、MORF4L1、18S、PPIA、PGK1、RPL13A、B2M、YWHAZ、SDHA、HPRT1、TOX4およびTPT1が含まれる。いくつかの態様では、ハウスキーピング遺伝子はTOX4である。
【００９６】
本開示の方法のいくつかの態様では、所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで約33％であることができる。本開示の方法のいくつかの態様では、所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで約50％であり得る。所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで約60％であり得る。所定のカットオフ値は、０〜100％のスケールで約10％、または約20％、または約30％、または約40％、または約70％、または約80％、または約90％であり得る。
【００９７】
本開示の方法は、少なくとも約50％、または少なくとも約60％、または少なくとも約70％、または少なくとも約75％、または少なくとも約80％、または少なくとも約85％、または少なくとも約90％、または少なくとも約95％、または少なくとも約99％の感度を有することができる。本開示の方法は、約50％超、または約60％超、または約70％超、または約75％超、または約80％超、または約85％超、または約90％超、または約95％超、または約99％超の感度を有することができる。
【００９８】
本開示の方法は、少なくとも約50％、または少なくとも約60％、または少なくとも約70％、または少なくとも約75％、または少なくとも約80％、または少なくとも約85％、または少なくとも約90％、または少なくとも約95％、または少なくとも約99％の特異度を有することができる。本開示の方法は、約50％超、または約60％超、または約70％超、または約75％超、または約80％超、または約85％超、または約90％超、または約95％超、または約99％超の特異度を有することができる。
【００９９】
本開示の方法は、少なくとも約50％、または少なくとも約60％、または少なくとも約70％、または少なくとも約75％、または少なくとも約80％、または少なくとも約85％、または少なくとも約90％、または少なくとも約95％、または少なくとも約99％の正確さ（精度）を有することができる。本開示の方法は、約50％超、または約60％超、または約70％超、または約75％超、または約80％超、または約85％超、または約90％超、または約95％超、または約99％超の正確さを有することができる。
【０１００】
本開示の方法のいくつかの態様では、所定のカットオフ値、例えば第一の所定のカットオフ値は、腫瘍性疾患をもたないかまたは腫瘍性疾患と診断されていない対象から得られた複数の参照サンプルから導出される。複数の参照サンプルは、約2〜500、2〜200、10〜100、または20〜80であることができる。各参照サンプルは、アルゴリズムを使ってスコアを生成し、そして第一の所定のカットオフ値は、例えばそれらのスコアの算術平均であることができる。各参照サンプルは血液、血清、血漿または非腫瘍性組織であることができる。幾つかの態様では、各参照サンプルは血液である。幾つかの態様では、各参照サンプルは試験サンプルと同じタイプのものである。
【０１０１】
本開示の方法の幾つかの態様では、試験（検査）サンプルは、対象から得られた任意の生物学的液体を含むことができる。幾つかの態様では、試験サンプルは血液、血清、血漿、腫瘍性組織またはその任意組み合わせを含むことができる。幾つかの態様では、試験サンプルは血液を含む。幾つかの態様では、試験サンプルは血清を含む。幾つかの態様では、試験サンプルは血漿を含む。
【０１０２】
本開示の方法の幾つかの態様では、参照サンプルは、対象から得られた任意の生物学的液体を含むことができる。幾つかの態様では、参照サンプルは血液、血清、血漿、腫瘍性組織またはその任意組み合わせを含む。幾つかの態様では、参照サンプルは血液を含む。幾つかの態様では、参照サンプルは血清を含む。幾つかの態様では、参照サンプルは血漿を含む。
【０１０３】
本明細書に開示される各バイオマーカーは、１以上の転写物バリアントを有することがある。本明細書に開示の方法は、各バイオマーカーについてのそのような転写物バリアントのいずれか１つの発現レベルを測定することができる。
【０１０４】
発現レベルは様々な方法で測定することができ、例えば限定されないが、特定の遺伝子によりコードされるmRNAを測定すること；特定の遺伝子によりコードされるタンパク質の量を測定すること；および特定の遺伝子によりコードされるタンパク質の活性を測定することを含む。
【０１０５】
バイオマーカーはRNA、cDNAまたはタンパク質であることができる。バイオマーカーがRNAである場合、RNAを逆転写してcDNAを生成させ（例えばRT-PCRにより）、そして生成されたcDNAの発現レベルを検出する。バイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーと標識プローブまたはプライマーとの間で複合体を形成させることにより検出することができる。バイオマーカーがRNAまたはcDNAである場合、RNAまたはcDNAは、そのRNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間で複合体を形成させることにより検出される。RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間の複合体は、ハイブリダイゼーション複合体であることができる。
【０１０６】
遺伝子発現はマイクロアレイ解析により検出することもできる。差次的遺伝子発現もマイクロアレイ技術を使って同定または確認することができる。よって、発現プロファイルバイオマーカーは、新鮮な組織または固定組織のいずれかにおいて、マイクロアレイ技術を使って測定することができる。この方法では、着目のポリヌクレオチド配列（cDNAおよびオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロチップ基板の上に塗布または整列させる。整列された配列を、次いで着目の細胞または組織由来の特異的なDNAプローブとハイブリダイズさせる。mRNAの起源は、典型的には生物学的サンプルから単離された全RNAであり、そして対応する正常組織または細胞系を用いて差次的発現を測定することができる。
【０１０７】
マイクロアレイ技術の幾つかの実施形態では、PCR増幅されたcDNAクローンの挿入断片（インサート）が、高密度アレイの形で基板に適用される。幾つかの実施形態では、少なくとも10,000個のヌクレオチド配列が基板に適用される。各10,000要素の密度でマイクロチップ上に固定されたマイクロアレイ遺伝子は、ストリンジェント条件下でのハイブリダイゼーションに適当である。着目の組織から抽出したRNAの逆転写による蛍光ヌクレオチドの取り込みを通して、蛍光標識されたcDNAプローブを作製することができる。チップに固定された標識cDNAプローブは、アレイ上のDNAの各スポットに対して特異的にハイブリダイズする。非特異的に結合したプローブを除去するためのストリンジェント洗浄の後、マイクロアレイチップが共焦点レーザー顕微鏡のような装置により、またはCCDカメラのような別の検出法により、スキャンされる。各アレイ要素のハイブリダイゼーションの定量により、対応するmRNAの存在量の評価が可能になる。二色蛍光を使うことで、２つの起源のRNAから生成された別々に標識されたcDNAプローブが、前記アレイとペア形式でハイブリダイズされる。このようにして、各特定の遺伝子に対応する２つの起源からの転写産物の相対的存在量が同時に決定される。マイクロアレイ解析は、市販の装置により、製造業者のプロトコルに従って実施することができる。
【０１０８】
幾つかの実施形態では、バイオマーカーはqRT-PCRを使って生物学的サンプルにおいて検出することができる。RT-PCRによる遺伝子発現プロファイリングの第一段階は、生物学的サンプルからRNAを抽出し、続いてRNA鋳型をcDNAに逆転写し、そしてPCR反応により増幅させることである。逆転写反応段階は、一般に、発現プロファイリングの最終目的に応じて、特異的プライマー、ランダムヘキサマーまたはオリゴdTプライマーを使って感作される。２つの汎用される逆転写酵素は、トリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（AMV-RT）およびモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（MLV-RT）である。
【０１０９】
バイオマーカーがタンパク質である場合、タンパク質はそのタンパク質と標識抗体との間で複合体を形成させることにより検出することができる。標識は例えば蛍光標識、化学発光標識、放射性標識などの任意標識であることができる。典型的なタンパク質検出方法としては、限定されないが、酵素免疫測定法（EIA）、放射免疫測定法（ラジオイムノアッセイ、RIA）、ウエスタンブロット分析およびエンザイムリンクドイムノソルベントアッセイ（ELISA）が挙げられる。例えば、バイオマーカーは、バイオマーカー抗体が固相に結合されそして酵素−抗体複合体を用いてサンプル中に存在するバイオマーカーを検出および／または定量するというELISAにおいて検出することができる。あるいは、可溶化されて分離されたバイオマーカーをニトロセルロース紙に結合させるウエスタンブロットアッセイを使用することができる。高度に特異的で安定な液状の複合体と、高感度の発色性基質との組み合わせにより、サンプルの迅速でかつ正確な同定が可能になる。
【０１１０】
本開示の方法の幾つかの態様では、本明細書に記載の方法は少なくとも75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％の特異度、感度および／または精度を有することができる。
【０１１１】
本開示の方法の幾つかの態様では、標識プローブ、標識プライマー、標識抗体または標識核酸は蛍光標識を含むことができる。
【０１１２】
サンプルにスコアを付与することのできる任意のアルゴリズムを本開示の方法で使用することができるが、該アルゴリズムは、前記サンプルの数値が種々の技術、例えば決定木を使って構築される予測モデルの範囲に収まる点を評価することにより、作出することができる。アルゴリズムはデータ（すなわち発現レベル）を解析し、次いでスコアを割り当てる。幾つかの実施形態では、アルゴリズムは機械学習アルゴリズムであることができる。本開示の方法で使用できる例示的なアルゴリズムとしては、限定されないが、XGBoost（XGB）、ランダムフォレスト（RF）、glmnet、cforest、機械学習用の分類木と回帰木（CART）、treebag、K-Neaest Neighbors（kNN）、ニューラル・ネットワーク（nnet）、サポートベクターマシン・ラジアル（SVM-ラジアル）、サポートベクターマシン・線形（SVM-線形）、ナイーブベイズ（NB）、重層化パーセプトロン（mlp）、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０１１３】
本開示の方法の幾つかの態様では、アルゴリズムはXGB（XGBoostとも呼ばれる）であることができる。XGBは、解析速度と性能の向上のために設計された勾配ブースティング決定木の実装である。
【０１１４】
本開示の方法の幾つかの態様では、療法、例えば一次療法または二次療法は、積極的監視、手術、放射線療法、凍結療法、ホルモン療法、化学療法、ワクチン療法、骨転移治療、免疫療法またはその任意組み合わせを含むことができる。
【０１１５】
本開示の方法の幾つかの態様では、積極的監視は、約６か月毎の前立腺特異的抗原の血液検査と直腸指診を伴う医師の診察を含むことができる。積極的監視は、毎年実施可能な前立腺生検を含むこともできる。
【０１１６】
本開示の方法の幾つかの態様では、手術は前立腺全摘出術を含み得る。
【０１１７】
本開示の方法の幾つかの態様では、放射線療法は、外照射放射線療法および小線源療法を含むことができる。
【０１１８】
凍結手術または冷凍アブレーションとも称される凍結療法は、前立腺癌細胞を凍結させて致死させるための極低温の使用である。
【０１１９】
本開示の方法の幾つかの態様では、ホルモン療法は、アンドロゲン遮断療法またはアンドロゲン抑制療法を含むことができる。目標は、アンドロゲンと呼ばれる男性ホルモンの体内レベルを低下させること、またはそれらのホルモンが前立腺癌細胞に作用するのを停止させることである。ホルモン療法は精巣摘除術を含み得る。ホルモン療法は、アンドロゲンのレベルを低下させる化合物、例えば黄体形成ホルモン放出ホルモン（LHRH）アゴニスト、LHRHアンタゴニストおよびCYP17阻害薬の投与を含むこともできる。既知のLHRHアゴニストには、限定されないが、ロイプロリド、ゴセレリン、トリプトレリン、およびヒストレリンが含まれる。既知のLHRHアンタゴニストには、デガレリクスが含まれる。既知のCYP17阻害薬にはアビラテロンがある。ホルモン療法は、抗アンドロゲン、例えばフルタミド、ビカルタミド、ニルタミドおよびエンザルタミドの投与を含むこともできる。ホルモン療法は、アンドロゲン抑制薬、例えばエストロゲンおよびケトコナゾールの投与を含むこともできる。
【０１２０】
本開示の方法の幾つかの態様では、化学療法はドセタキセル、カバジタキセル、ミトキサントロン、エストラムスチン、またはその組み合わせを含むことができる。
【０１２１】
本開示の方法の幾つかの態様では、ワクチン療法はシプロイセルＴ（Sipuleucel-T）を含み得る。
【０１２２】
癌が前立腺の外側にまで成長している場合、癌の骨への転移を防止または遅延させることが治療の主目的である。骨転移治療は、ビスホスホネート（例えばゾレドロン酸）、デノスマブ、コルチコステロイド、外部放射線療法、放射性医薬品（例えばストロンチウム-89、サマリウム-153、またはラジウム-223）および鎮痛薬を含むことができる。
【０１２３】
前立腺癌を有する対象の療法に対する反応は、その療法の異なる時点で同一アルゴリズムによって決定されたスコアを比較することにより評価することもできる。例えば、第一の時点は対象への療法の施行前または施行後であることができ；第二の時点は第一の時点の後でありかつ対象への療法の施行後である。第一の時点で第一のスコアが作成され、そして第二の時点で第二のスコアが作成される。第二のスコアが第一のスコアに比較して有意に減少している場合、対象はその療法に反応していると見なされる。幾つかの実施形態では、第二のスコアが第一のスコアより少なくとも10％小さい、第一のスコアより少なくとも20％小さい、第一のスコアよりも少なくとも25％小さい、第一のスコアよりも少なくとも40％小さい、第一のスコアよりも少なくとも50％小さい、第一のスコアよりも少なくとも75％小さい、または第一のスコアよりも少なくとも90％小さい場合、第一のスコアに比較して有意に減少している。第二のスコアが第一のスコアに比較して有意には減少していない場合、対象はその療法に反応しない（非応答性である）と見なされる。
【０１２４】
前立腺癌バイオマーカーおよびハウスキーピング遺伝子の配列情報は下記の表１に示される。
【０１２５】
表１．前立腺癌バイオマーカー／ハウスキーピング配列情報
【表１−１】
2021514624.tif 000003
【表１−２】
2021514624.tif 000004
【表１−３】
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【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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【表１−９】
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【表１−１０】
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【表１−１１】
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【表１−１２】
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【表１−１３】
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【表１−１４】
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【表１−１５】
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【表１−１６】
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【表１−１７】
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【表１−１８】
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【表１−１９】
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【表１−２０】
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【表１−２１】
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【表１−２２】
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【表１−２３】
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【表１−２４】
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【表１−２５】
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【表１−２６】
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【表１−２７】
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【表１−２８】
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【表１−２９】
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【表１−３０】
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【表１−３１】
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【表１−３２】
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【表１−３３】
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【表１−３４】
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【表１−３５】
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【表１−３６】
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【表１−３７】
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【表１−３８】
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【表１−３９】
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【表１−４０】
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【表１−４１】
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【表１−４２】
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【表１−４３】
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【表１−４４】
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【表１−４５】
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【表１−４６】
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【表１−４７】
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【表１−４８】
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【表１−４９】
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【表１−５０】
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【表１−５１】
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【表１−５２】
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【表１−５３】
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【表１−５４】
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【表１−５５】
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【表１−５６】
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【表１−５７】
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【表１−５８】
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【表１−５９】
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【表１−６０】
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【表１−６１】
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【表１−６２】
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【表１−６３】
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【表１−６４】
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【表１−６７】
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【表１−６８】
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【表１−６９】
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【表１−７０】
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【表１−７１】
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【表１−７２】
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【表１−７３】
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【表１−７４】
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【表１−７５】
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【０１２６】
〔定義〕
冠詞「a」および「an」は、その冠詞の文法上の目的語の１または複数（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。例として、「１つの要素（an element）」は、１つの要素または２つ以上の要素を意味する。
【０１２７】
用語「および／または」は、本明細書において別に示されない限り、「および」と「または」のいずれかを意味するために用いられる。
【０１２８】
本明細書で用いる場合、用語「ポリヌクレオチド」および「核酸分子」は、リボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチドのいずれか、またはそのいずれかの型のヌクレオチドの修飾形の、長さが少なくとも10塩基もしくは塩基対のヌクレオチドのポリマー形を意味するために互換的に用いられ、そしてDNAの一本鎖形または二本鎖形を包含することを意味する。本明細書で用いる場合、マイクロアレイ解析でプローブとして働く核酸分子または核酸配列は、好ましくはヌクレオチドの鎖、より好ましくはDNAおよび／またはRNA鎖を含む。別の実施形態では、核酸分子または核酸配列は、他の種の核酸構造、例えばDNA／RNAヘリックス、ペプチド核酸（PNA）、ロック核酸（LNA）および／またはリボザイムを含む。よって、本明細書中で用いる場合、「核酸分子」という用語は、天然ヌクレオチドと同じ機能を示す、非天然ヌクレオチド、修飾ヌクレオチドおよび／または非ヌクレオチド構成単位を含む鎖も包含する。
【０１２９】
本明細書中で用いる場合、ポリヌクレオチドに関して用いられる「ハイブリダイズする」、「ハイブリダイズしている」、「ハイブリダイズ」などの用語は、通常のハイブリダイゼーション条件、例えば50％ホルムアミド／6×SSC／0.1％SDS／100μg/mL ssDNA中でのハイブリダイゼーションを指し、ここでハイブリダイゼーション温度は約37℃（摂氏度）より上であり、そして0.1×SSC／0.1％SDS中での洗浄温度は約55℃より上であり、そして好ましくは緊縮（ストリンジェント）ハイブリダイゼーション条件を指す意味である。
【０１３０】
本明細書中で用いる場合、「正規化」または「正規化群」という用語は、サンプル中のバイオマーカー濃度の生物学的偏差よりもむしろサンプルの取り扱い、サンプル調製および測定法が原因の技術的偏差から生じる影響に対して調整するための標準値に関する微分値の表現を指す。例えば、差次的に発現されるタンパク質（発現変動タンパク質）の発現を測定する場合、タンパク質の発現の絶対値は、発現の間実質的に一定である標準タンパク質の発現の絶対値に関して表わすことができる。
【０１３１】
用語「診断」および「診断法」は、用語「予後」および「予後予測法」をそれぞれ包含し、加えて一定時間にわたり診断および／または予後をモニタリングするための２以上の時点にわたるそのような手順の適用、およびそれに基づく統計学的モデル化を包含する。更に、診断という用語は、a．予測（患者が侵攻性疾患（高増殖性／侵略性）を発症する傾向があるかどうかを判断する）、b．予後（患者が将来の予め決められた時点で良性または悪性のアウトカムを有する傾向があるかどうかを推測する）、c．治療法選択、d．治療薬モニタリング、およびe．再発モニタリングを包含する。
【０１３２】
「正確さ（精度）」は、実際の（または真の）値に対する実測量または計算量（試験報告値）の適合の程度を指す。臨床的正確さは、誤って分類されたアウトカム（偽陽性（FP）または偽陰性（FN））に対する真のアウトカム（真陽性（TP）または真陰性（TN））の比率を指し、それは他の尺度の中でも特に、感度、特異度、陽性予測値（陽性的中率；PPV）もしくは陰性予測値（陰性的中率；NPV）として提示され、または尤度、オッズ比としても提示される。
【０１３３】
本明細書中で使用する場合の「生物学的サンプル」という用語は、１つ以上のバイオマーカーを潜在的に含有する生物学的起源の任意サンプルを指す。生物学的サンプルの例としては、組織、臓器、または体液、例えば全血、血漿、血清、組織、洗浄液、または病気の検出に用いられる他の任意の検体が挙げられる。
【０１３４】
本明細書中で使用する場合の「対象」という用語は、哺乳動物、特にヒトを指す。幾つかの実施形態では、対象は少なくとも１つの前立腺癌の症状を有する。幾つかの実施形態では、対象は前立腺癌を発症する傾向または家族歴を有する。対象は、前立腺癌であると予め診断されていてもよく、癌の再発について試験される。幾つかの実施形態では、対象は良性前立腺肥大を有する。
【０１３５】
状態に関して本明細書中で使用する場合の「治療（処置）する」または「治療（処置）」という用語は、その状態の開始または発達速度を遅らせること、その状態の発生のリスクを減少させること、その状態に伴う症状の発生を防止または遅らせること、その状態に伴う症状を減弱または終結させること、その状態の完全もしくは部分的退縮を生じさせること、またはそれらの幾つかの組み合わせを指すことができる。
【０１３６】
バイオマーカーレベルは、疾患の治療によって変化しうる。バイオマーカーレベルの変化は、本開示の方法により測定することができる。バイオマーカーレベルの変化は、病気の進行または治療法をモニタリングするために利用することができる。
【０１３７】
「変化した」、「改変した」または「有意に異なる」とは、ほぼ同等の状態、プロファイル、測定などからの検出可能な変化または差異を指す。そのような変化は、全か無かであり得る。それらは漸増であってよく、線形である必要はない。それらは大きさの桁によることができる。変化は、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％、またはそれ以上の増加または減少であることができ、または0％〜100％の間の任意の値の増加または減少であることができる。あるいは、変化は、１倍、1.5倍、２倍、３倍、４倍、５倍以上、または１倍〜５倍の間の任意の値であり得る。変化は0.1、0.05、0.001、または0.0001のp値で統計的に有意であることができる。
【０１３８】
用語「安定疾患」は、前立腺癌の存在の診断を指すが、前立腺癌が治療されておりかつ安定な状態を維持しており、すなわち画像データおよび／または最善の臨床判断により判定した時に進行性でないものを指す。
【０１３９】
用語「進行性疾患」は、高活性状態の前立腺癌の存在の診断を指し、すなわち、画像データおよび／または最善の臨床判断により判定した時に、対象は治療されておらず安定でないか、治療されているが治療に反応していないか、または治療されているが活動性疾患が残存していることを指す。
【０１４０】
用語「腫瘍性疾患」は、良性（非癌性）または悪性（癌性）のいずれかである細胞または組織の任意の異常増殖を指す。例えば、腫瘍性疾患は前立腺癌であり得る。
【０１４１】
用語「腫瘍性組織」は、異常に増殖する細胞の塊を指す。
【０１４２】
用語「非腫瘍性組織」は、正常に増殖する細胞の塊を指す。
【０１４３】
用語「免疫療法」は免疫賦活療法または免疫抑制療法を指すことができる。当業者により理解される通り、免疫賦活療法は、免疫応答、例えばＴ細胞応答を誘導、増強または亢進する治療薬の使用を指し、一方で免疫抑制療法は、免疫応答、例えばＴ細胞応答を干渉、抑制または阻害する治療薬の使用を指す。免疫賦活療法は、チェックポイント阻害薬の使用を含むことができる。免疫賦活療法は、対象に刺激性チェックポイント分子を活性化する治療薬を投与することを含み得る。刺激性チェックポイント分子としては、限定されないが、CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITRおよびICOSが挙げられる。刺激性チェックポイント分子を活性化する治療薬としては、MEDI0562、TGN1412、CDX-1127、リポカリンが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１４４】
「抗体」という用語は、本明細書において最も広範な意味で使用され、様々な抗体構造、例えば限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、および、所望の抗原結合活性を示す限りにおいて抗体フラグメントを包含する。標的に結合する抗体とは、該抗体が標的をターゲティングすることで診断薬および／または治療薬として有用であるような十分な親和性で標的に結合することができる抗体を指す。一実施形態では、無関係の非標的タンパク質への抗標的抗体の結合の程度は、例えばラジオイムノアッセイ（RIA）またはBiacore（登録商標）アッセイにより測定した場合に、標的への抗体の結合の約10％未満である。ある特定の実施形態では、標的に結合する抗体は、＜1μM、＜100 nM、＜10 nM、＜1 nM、＜0.1 nM、＜0.01 nM、または＜0.001 nMの解離定数（Kd）（例えば10-8Ｍ以下、例えば10-8Ｍから10-13Ｍ、例えば10-9Ｍから10-13Ｍ）を有する。特定の実施形態では、抗標的抗体は、異なる種間で保存されている標的のエピトープに結合する。
【０１４５】
「遮断抗体」または「アンタゴニスト抗体」は、それが結合する抗原の正常な生物学的活性を部分的にまたは完全に遮断し、阻害し、干渉し、または中和する。例えば、アンタゴニスト抗体は、免疫細胞受容体（例えばＴ細胞受容体）を介したシグナル伝達を遮断して、抗原へのＴ細胞による機能的応答（例えば増殖、サイトカイン産生、標的細胞殺傷）を、機能不全状態から回復させることができる。
【０１４６】
「アゴニスト抗体」または「活性化抗体」は、それが結合する抗原の正常な生物学的活性を模倣する、促進する、刺激する、または増強する抗体である。アゴニスト抗体は、それが結合する抗原によるシグナル伝達を増強または開始することもできる。幾つかの実施形態では、アゴニスト抗体は生来のリガンドの存在なしにシグナル伝達を惹起または活性化する。例えば、アゴニスト抗体は記憶Ｔ細胞増殖を増大させ、記憶Ｔ細胞によるサイトカイン産生を増加し、調節性Ｔ細胞機能を阻害し、そして／またはエフェクターＴ細胞機能、例えばエフェクターＴ細胞増殖および／またはサイトカイン産生の調節性Ｔ細胞抑制を阻害することができる。
【０１４７】
「抗体フラグメント」は、完全抗体が結合する抗原と結合する完全抗体の一部分を含む、完全抗体ではない分子を指す。抗体フラグメントの例としては、限定されないが、Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F（ab'）2；ダイアボディ；線形抗体；一本鎖抗体分子（例scFv）；および抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が挙げられる。
【０１４８】
対象への化学療法の施行は、少なくとも１つの化学療法薬の治療有効量を投与することを含むことができる。化学療法薬としては、限定されないが、13-cis-レチノイン酸、2-CdA、2-クロロデオキシアデノシン、5-アザシチジン、5-フルオロウラシル(5-FU)、6-メルカプトプリン(6-MP)、6-チオグアニン(6-TG)、アベマシクリブ、酢酸アビラテロン、アブラキサン、アキュテイン、アクチノマイシンD、アドセトリス、アドトラスツズマブ、エムタンシン、アドリアマイシン、アドルシル、アファチニブ、アフィニトール、アグリリン、アラコート、アルデスロイキン、アレムツズマブ、アレセンサ、アレクチニブ、アリムタ、アリトレチノイン、アルカバン-AQ、アルケラン、オールトランスレチノイン酸、α-インターフェロン、アルトレタミン、アルンブリグ、アメトプテリン、アミフォスチン、アミノグルテチミド、アナグレリド、アナンドロン、アナストロゾール、アパルタミド、アラビノシルシトシン、Ara-C、アラネスプ、アレディア、アリミデックス、アロマシン、アラノン、三酸化ヒ素、アルゼラ、アスパラギナーゼ、アテゾリズマブ、アトラ、アバスチン、アベルマブ、アキシカブタゲンシロロイセル、アキシチニブ、アザシチジン、バベンシオ、Bcg、ベレオダク、ベリノスタット、ベンダムスチン、ベンデカ、ベスポンサ、ベバシズマブ、ベキサロテン、ベキサール、ビカルタミド、BiCNU、ブレノキサン、ブレオマイシン、ブリナツモマブ、ブリンシト、ボルテゾミブ、ボスリフ、ボスチニブ、ブレンツキシマブヴェドチン、ブリガチニブ、ブスルファン、ブスルフェクス、C225、カバジタキセル、カボザンチニブ、カルシウムロイコボリン、カンパス、カンプトサール、カンプトテシン-11、カペシタビン、カプレルサ、カラック、カルボプラチン、カルフィルゾミブ、カルムスチン、カルムスチンウエハース、カソデックス、CCI-779、Ccnu、Cddp、Ceenu、セリチニブ、セルビジン、セツキシマブ、クロラムブシル、シスプラチン、シトロボラム因子、クラドリビン、クロファラビン、クロラー、コビメチニブ、コメトリク、コルチゾン、コスメゲン、コテリック、Cpt-11、クリゾチニブ、シクロホスファミド、シラムザ、シタドレン、シタラビン、シタラビンリポソーム、サイトサールＵ、シトキサン、ダブラフェニブ、ダカルバジン、ダコゲン、ダクチノマイシン、ダラツムマブ、ダルベポエチンα、ダルザレックス、ダサチニブ、ダウノマイシン、ダウノルビシン、ダウノルビシンシタラビン（リポソーム）、ダウノルビシン塩酸塩、ダウノルビシンリポソーム、ダウノキソーム、デカドロン、デシタビン、デガレリクス、δ-コルテフ、デルタゾン、デニロイキンジフチトックス、デノスマブ、DepoCyt、デキサメタゾン、デキサメタゾン酢酸塩、デキサメタゾンリン酸ナトリウム、デキサゾン、デクスラゾキサン、Dhad、Dic、ジオデックス、ドセタキセル、ドキシル、ドキソルビシン、ドキソルビシンリポソーム、ドロキシア、DTIC、Dtic-Dome、デュラロン、デュルバルマブ、エクリズマブ、エフデックス、エレンス、エロツズマブ、エロキサチン、エルスパー、エルトロンボパグ、Emcyt、エンプリシティ、エナシデニブ、エンザルタミド、エピルビシン、エポエチンα、エルビタックス、エリブリン、エリベッジ、エルリーダ、エルロチニブ、エルウィニアL-アスパラギナーゼ、エストラムスチン、エチオール、エトポフォス、エトポシド、エトポシドリン酸塩、ユーレキシン、エベロリムス、エビスタ、エキセメスタン、ファレストン、ファリーダック、ファスロデクス、フェマラ、フィルグラスチム、フィルマゴン、フロクスウリジン、フルダラ、フルダラビン、フルオプレックス、フルオロウラシル、フルオロウラシル（クリーム）、フルオキシメステロン、フルタミド、フォリン酸、フォロチン、Fudr、フルベストラント、G-Csf、ガザイバ、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツズマブオゾガマイシン、ジェムザール、ギロトリフ、グリーベック、グレオスチン、グリアデルウエハー、Gm-Csf、ゴセレリン、グラニクス（GRANIX）、顆粒球コロニー刺激因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ハラヴェン、ハロテスチン、ハーセプチン、ヘキサドロール、ヘキサレン、ヘキサメチルメラミン、Hmm、ハイカムチン、ハイドレア、酢酸ヒドロコート、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾンリン酸ナトリウム、ヒドロコルチゾンコハク酸ナトリウム、リン酸ヒドロコルトン、ヒドロキシ尿素、イブランス、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、イブルチニブ、イクルシグ、イダマイシン、イダルビシン、イデラリシブ、イディファ、イフェックス、IFN-α、イフォスファミド、IL-11、IL-2、イムブルビカ、イマチニブメシレート、イムフィンジ、イミダゾールカルボキサミド、イムリジック、インリタ、イノツズマブオゾガマイシン、インターフェロン-α、インターフェロンα-2b（PEGコンジュゲート）、インターロイキン-2、インターロイキン-11、イントロンA（インターフェロンα-2b）、イピリムマブ、イレッサ、イリノテカン、イリノテカン（リポソーム）、イソトレチノイン、イストダックス、イクサベピロン、イクサゾミブ、イクセンプラ、ジャカフィ、ジェブタナ、カドサイラ、キートルダ、キドロラーゼ、キスカリ、キムリア、カイプロリス、ラナコート、ランレオチド、ラパチニブ、ラートルボ、L-アスパラギナーゼ、ルブランス、Lcr、レナリドミド、レンバチニブ、レンビマ、レトロゾール、ロイコボリン、ロイケラン、ロイキン、ロイプロリド、ロイロクリスチン、ロイスタチン、リポソームAra-C、液体プレド、ロムスチン、ロンサーフ、L-PAM、L-サルコリシン、ルプロン、ルプロンデポ、リンパルザ、マルキボ、マチュラン、マキシデックス、メクロレタミン、メクロレタミン塩酸塩、メドラロン、メドロール、メガス、メゲストロール、酢酸メゲストロール、メキニスト、メルカプトプリン、メスナ、メスネックス、メトトレキサート、メトトレキサートナトリウム、メチルプレドニゾロン、メチコルテン、ミドスタウリン、マイトマイシン、マイトマイシン-C、ミトキサントロン、M-プレドニゾール、MTC、MTX、ムスタルジェン、ムスチン、ムタマイシン、ミレラン、ミロセル、マイロターグ、ナベルビン、ネシツムマブ、ネララビン、ネオサル、ネラチニブ、ネルリンクス、ノイラスタ、ノイメガ、ノイポジェン、ネクサバール、ニランドロン、ニロチニブ、ニルタミド、ニンラロ、ニペント、ニラパリブ、ナイトロジェンマスタード、ニボルマブ、ノルバデックス、ノバントロン、エヌプレート、オビヌツズマブ、オクトレオチド、酢酸オクトレオチド、オドムゾ、オファツムマブ、オラパリブ、オララツマブ、オマセタキシン、オンコスパー、オンコビン、オニバイド、オンタック、オンキサール、オプジーボ、オプレルベキン、オラプレド、オラゾン、オシメルチニブ、オトレクサップ、オキサリプラチン、パクリタキセル、パクリタキセル蛋白結合型、パルボシクリブ、パミドロネート、パニツムマブ、パノビノスタット、パンレチン、パラプラチン、パゾパニブ、ペディアプレド、ペグインターフェロン、ペグアスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペグイントロン、PEG-L-アスパラギナーゼ、ペンブロリズマブ、ペメトレキセド、ペントスタチン、パージェタ、ペルツズマブ、フェニルアラニンマスタード、プラチノール、プラチノール-AQ、ポマリドミド、ポマリスト、ポナチニブ、ポートラザ、プララトレキサート、プレドニゾロン、プレドニゾン、プレロン、プロカルバジン、プロクリット、プロロイキン、プロリア、カルムスチンインプラント含有プロリフェプロスパン20、プロマクタ、プロベンジェ、プリネトール、ラジウム223ジクロリド、ラロキシフェン、ラムシルマブ、ラスボ、レゴラフェニブ、レブリミド、リウマトレクス、リボシクリブ、リツキサン、リツキサンハイセラ、リツキシマブ、リツキシマブヒアルロジナーゼ、ロフェロン-A（インターフェロンα-2a）、ロミデプシン、ロミプロスチム、ルベックス、ルビドマイシン塩酸塩、ルブラカ、ルカパリブ、ルクソリチニブ、ライダプト、サンドスタチン、サンドスタチンLAR、サルグラモスチム、シルツキシマブ、シプロイセルT、ソリリス、ソル-コルテフ、ソル-メドロール、ソマツリン、ソニデギブ、ソラフェニブ、スプリセル、Sti-571、スチバルガ、ストレプトゾシン、SU11248、スニチニブ、ステント、シルバント、シンリボ、タフィンラル、タグリッソ、タリモジェンラヘルパレプベク、タモキシフェン、タルセバ、タルグレチン、タシグナ、タキソール、タキソテレ、テセントリク、テモダール、テモゾロミド、テムシロリムス、テニポシド、テスパ、タリドミド、タロミド、テラシス、チオグアニン、チオグアニンタブロイド、チオホスホアミド、チオプレックス、チオテパ、タイス、ティサゲンレクロイセル、トポサール、トポテカン、トレミフェン、トリセル、トシツモマブ、トラベクテジン、トラメチニブ、トラスツズマブ、トレアンダ、トレルスター、トレチノイン、トレキサール、トリフルリジン／チピリシル、トリプトレリンパモエート、トリセノックス、Tspa、T-VEC、タイケルブ、バルルビシン、バルスター、バンデタニブ、VCR、ベクチビックス、ベルバン、ベルケード、ベムラフェニブ、ベンクレクスタ、ベネトクラクス、ベプシド、ベーゼニオ、ベサノイド、Viadur、ビダーザ、ビンブラスチン、ビンブラスチン硫酸塩、ビンカサールPfs、ビンクリスリン、ビンクリスチンリポソーム、ビノレルビン、ビノレルビン酒石酸塩、ビスモデギブ、Vlb、VM-26、ボリノスタット、ボトリエント、VP-16、Vumon、Vyxeos、キサルコリカプセル、キセローダ、キシゲバ、Xofigo、キシタンジ、ヤーボイ、エスカータ、ヨンデリス、ザルトラップ、ザノサー、ザルキシオ、ゼジュラ、ゼルボラフ、ゼバリン、ジネカード、Ziv-アフリベルセプト、ゾラデックス、ゾレドロン酸、ゾリンザ、ゾメタ、ザイデリグ、ジカディア、ザイティガ、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０１４９】
薬剤または化合物の「有効量」と「治療有効量」という用語は、所望の効果またはベネフィットを提供するために、活性剤または化合物の非毒性であるが十分である量を指すために最も広義に使用される。
【０１５０】
用語「ベネフィット」とは、最も広義で使用され、任意の望ましい効果を指し、具体的には本明細書で定義される臨床的ベネフィットを含む。臨床的ベネフィットは、様々なエンドポイント、例えば、疾患の進行のある程度の阻害、例えば減速および完全な停止、病気のエピソードおよび／または症状の数の減少；病巣サイズの減少；近隣の末梢器官および／または組織への罹患細胞浸潤の阻害（すなわち減少、減速または完全な停止）；病気の拡大の阻害（すなわち減少、減速または完全な停止）；病巣の退縮または切除をもたらし得るが必ずしもその必要はない、自己免疫反応の減少；障害に関連する１以上の症状のある程度の緩和；治療後の無病提示期間の長さの増加、例えば無病生存率の増加；全生存率の増加；高い反応率；および／または治療後の所定の時点での死亡率の減少をはじめとするエンドポイントを評価することにより測定することができる。
【０１５１】
用語「癌」および「癌性」は、典型的には無秩序な細胞増殖により特徴づけられる、哺乳動物の生理学的状態を指すまたは説明する。この定義には、良性の癌と悪性の癌が含まれる。癌の例としては、限定されないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫および白血病が挙げられる。そのような癌の更に具体的な例としては、副腎皮質癌、膀胱尿路上皮癌、浸潤性乳癌、子宮頸部扁平上皮癌、頸部扁平上皮癌、子宮頸管腺癌、胆管癌、結腸腺癌、リンパ系腫瘍性びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、食道癌、多形性神経膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、色素嫌性腎細胞癌、腎明細胞癌、腎臓腎乳頭状細胞癌、急性骨髄性白血病、脳低悪性度神経膠腫、肝臓肝細胞癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、中皮腫、卵巣漿液性嚢胞腺癌、膵臓腺癌、褐色細胞腫、傍神経節腫、前立腺腺癌、直腸腺癌、肉腫、皮膚黒色腫、胃腺癌、精巣胚細胞腫瘍、甲状腺癌、胸腺腫、子宮癌肉腫、ブドウ膜黒色腫が挙げられる。他の例には、乳癌、肺癌、リンパ腫、黒色腫、肝臓癌、結腸直腸癌、卵巣癌、膀胱癌、腎臓癌または胃癌が含まれる。癌のさらなる例には、神経内分泌癌、非小細胞肺癌（NSCLC）、小細胞肺癌、甲状腺癌、子宮内膜癌、胆管癌、食道癌、肛門癌、唾液腺癌、外陰癌、または子宮頸癌が含まれる。
【０１５２】
用語「腫瘍」は、悪性または良性に関係なく、全ての腫瘍形成性の細胞成長および増殖、並びに全ての前癌性および癌性の細胞と組織を指す。「癌」、「癌性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」および「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるように相互に排他的ではない。
【０１５３】
本明細書中で数値および／または範囲と連結して使用される場合の「約」という用語は、一般的に記載の数値および／または範囲に近いそれらの数値および／または範囲を指す。場合によっては、「約」という用語は、記載された値の±10％以内を意味することができる。例えば、場合により、「約100［単位］」とは、100の±10％以内（例えば、90から110まで）を意味し得る。
【実施例】
【０１５４】
本開示をさらに下記の実施例により説明するが、それはこの開示を本明細書に記載の特定の手順に範囲または精神の面で限定するものであると解釈してはならない。実施例は特定の実施形態を例示するために提供され、それによって本開示の範囲に対する限定は何ら意図されていないことを理解されたい。さらに、本開示の精神および／または添付の特許請求の範囲から逸脱することなく、当業者に示唆され得る他の様々な実施形態、改変、およびそれらの均等物に頼る必要がある場合があることを理解されたい。
【０１５５】
実施例１．38マーカー遺伝子パネルの導出
【０１５６】
二つのマイクロアレイデータセット（E-GEOD-46691およびE-GEOD-46602、表２）を導出コホート（n＝595サンプル）として使用した。各データセットにランダムフォレスト（Random Forest）アルゴリズムを適用して、各セット内の表現型多様性の予測因子である最も重要な転写産物のセットを同定した。各マイクロアレイデータセットは、それぞれ22,011個および54,675個のプローブセットで構成された。ランダムフォレストを駆動するマーカー選択アルゴリズムは、２つのデータセットに渡る病気進行の予測因子としてn＝129の転写産物を特定した。これらのうち、n＝30は、両データセット内で高い予測重要度スコアを表示した（図１Ａ〜１Ｂ）。次に、３つのマイクロアレイデータセット（E-GEOD-62116、E-GEOD-62667、E-GEOD-72220、表２）を使用して、前立腺癌予測シグネチャー（特性）を検証した。検証コホート全体に渡る各転写産物（n＝564サンプル）について、予測重要度とクラスカルワリスのｐ値を取得し、３つのデータセットで平均化した（図２）。文献の調査により、ARv7バリアント、ERG-TRMS22融合遺伝子およびAR1/AR2シグナリングが、包含および評価すべき追加の遺伝子セットとして同定された。
【０１５７】
前立腺癌からの血液サンプル（n＝20）およびマッチングした正常血液（n＝20）の予備データセットにおける転写産物の評価（n＝20）の結果、PCAのマーカーとして37個の遺伝子の発現が確証された（表３）。これらの遺伝子は、正常な前立腺と比較してPCA腫瘍組織において高度に発現されることが実証され、この事実を使用して腫瘍を対照から効果的に区別することができた（図３）。それらの遺伝子は、また、７つの異なるPCA細胞株、すなわち、22Rv1およびE006AA-hT（限局性）；VCaP；PC-3；LNCaP；２つの正常前立腺上皮細胞系PWR-1EとRWPE-1からのDU145およびMDA PCa2b（すべて転移性）も識別した（図４）。これらのデータは、候補の標的転写産物が、腫瘍性に形質転換された前立腺上皮細胞によって産生されること、そして血中に検出可能であることを実証する。
【０１５８】
対照（n＝100）およびPCA（n＝21）サンプルからの全血中でのそれらの37個のマーカーの正規化遺伝子発現を利用して、前立腺癌疾患の人工知能モデルを構築した。データセットは、モデルの構築と検証のために、トレーニング区分とテスト区分にランダムに分割された。12種のアルゴリズムを評価した（XGB、RF、glmnet、cforest、CART、treebag、knn、nnet、SVM-radial、SVM-linear、NB、およびmlp）。最高の性能を発揮するアルゴリズム（XGB - 「勾配ブースティング」）は、トレーニングデータを最良に予測した。テストセットでは、XGBはサンプルを予測する確率スコアを生成した。各確率スコアは、未知のサンプルが「対照（コントロール）」または「PCA」クラスのいずれに属するかのアルゴリズムの「確実性」を反映している。例えば、未知のサンプルＳ１は、以下の確率ベクトルを有しうる〔対照＝20％、PCA＝80％〕。このサンプルはPCAサンプルと見なされる。
【０１５９】
表２．前立腺癌特異的遺伝子シグネチャーを導出するために使用した全ての公開マイクロアレイデータセットの要約。
【表２】
2021514624.tif 000078
【０１６０】
表３．37個のPCAマーカー遺伝子パネル（ハウスキーピング遺伝子は含まず）。
【表３−１】
2021514624.tif 000079
【表３−２】
2021514624.tif 000080
【表３−３】
2021514624.tif 000081
【０１６１】
実施例２．臨床的有用性
【０１６２】
ProstaTestスコアは、良性前立腺肥大を有する男性（17±13％）および対照（８±９％）に比較して、PCA患者（63±19％）において有意に（p＜0.001）上昇した（図５）。対照と肥大患者との間には全く差が認められなかった。検証における対照（n＝201）から前立腺癌患者（n＝125）を区別するためのテストの有用性についてのデータ（受信者動作特性曲線分析およびメトリックデータ）は、図６に含まれる。スコアは0.97の曲線下面積（AUROC）を示した。メトリック（測定基準）は、感度：92％および特異度：99％である（図７）。Youden指標Ｊは0.94であり、そして対照を識別するためのＺ統計量は38.9であった。
【０１６３】
プロビット-リスク評価プロットは、ProstaTestスコア＞30が、血液サンプル中でPCAを予測するのに50％の正確さ（精度）であったことを特定した（図８）。これは、≧32のProstaTestスコアでは60％に増加し、＞34のスコアでは＞80％に増加した。従って、このツールは、対照と前立腺癌疾患とを正確に判別することができる。
【０１６４】
ProstaTestスコアは、低悪性度（Gleasonスコア５＋６）のPCA（41±７％）に比較して、高悪性度（Gleasonスコア≧７；70±19％）のPCAでは有意に（ｐ＜0.001）上昇した。低悪性度スコアから高悪性度スコアを区別するためのテストの有用性に関するデータ（受容者動作特性曲線分析およびメトリックデータ）は、図９に与えられる。スコアは0.98の曲線下面積（AUROC）を示した。メトリック（測定基準）は感度：100％および特異度：88％である。Youden指数Ｊは0.87である。PSAレベルは、比較すると、64％のAUROCを示した。感度と特異度はそれぞれ54％と87％であった。PSAからProstaTestを区別するためのＺ統計量は3.05（ｐ＝0.002）であった。
【０１６５】
術前と術後のPCAコホートの具体的評価は、腫瘍の完全な除去と病気のエビデンスの不在が、ProstaTestにおける有意な減少（ｐ＜0.0001）と関連付けられることを確定した。対照または前立腺肥大を有する患者との間にはレベルの有意な差は認められなかった。別のコホートの評価は、治療を受けてそれに反応した患者が、病気と診断されたものより有意に低いスコア（ｐ＜0.001）を示すことを明らかにした（図１１）。治療法はホルモン療法と化学療法を含んだ。従って、このツールは、前立腺癌における治療反応を正確に同定することができる。
【０１６６】
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均等物
【０１９７】
本発明を上記記載の特定の実施形態に関連して説明してきたが、多くの代替、改変および他の変形が当業者には明らかであろう。そのようなすべての代替、修正、および変形は、本発明の精神および範囲内にあることが意図される。
【図１Ａ】
2021514624.tif 000082
【図１Ｂ】
2021514624.tif 000083
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
2021514624.tif 000087
【図６】
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【図７】
2021514624.tif 000089
【図８】
2021514624.tif 000090
【図９】
2021514624.tif 000091
【図１０】
2021514624.tif 000092
【図１１】
2021514624.tif 000093
【配列表】
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【国際調査報告】
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2021514624.tif 000095
2021514624.tif 000096
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