(57)【要約】【課題】ＣＤＲの生殖細胞系列化および開発クオリティの最適化は複雑で多因子的な課題である。【解決手段】  本明細書において、ＥＲＢＢ３に特異的に結合する抗体分子、ならびにその関連する核酸分子、ベクターおよび宿主細胞が提供される。さらに本明細書において、当該抗体分子の医療用途が提供される。【選択図】図１４Ｅ
2021515544.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分であって、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＴＹＬＳ（配列番号２６１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＳＰＬＴ（配列番号２６２）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＴ（配列番号２６３）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号１９）のＨＣＤＲ２、およびＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し［クローン１５Ｇ１１］、または
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し［クローン１６Ｂ０９］、
（ｅ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｆ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＨ（配列番号２７）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｇ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２８）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＧＹＬＳ（配列番号３０）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｈ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＮＶＫＧ（配列番号３１）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、または
（ｉ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有する、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２】
（ａ）前記ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３６を含み、かつ、前記ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２５を含み、
（ｂ）前記ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３２を含み、かつ、前記ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２１を含み、
（ｃ）前記ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５３を含み、かつ、前記ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５４を含有し、または
（ｄ）前記ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５５を含み、かつ、前記ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５６を含む、請求項１記載の抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３】
抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分であって、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、
（ａ）ＨＣＤＲ１は、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｘ１−Ｍ−Ｓを含み、式中、Ｘ１はＧまたは任意の他のアミノ酸であり（配列番号１）、
（ｂ）ＨＣＤＲ２は、Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｙ−Ｙ−Ｘ５−Ｄ−Ｘ６−Ｖ−Ｋ−Ｇを含み、式中、Ｘ１はＧまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＴまたはＴの保存的置換であり、Ｘ３はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ４はＴまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ５はＰまたは任意の他のアミノ酸であり、またＸ６はＮまたはＮの保存的置換であり（配列番号２）、
（ｃ）ＨＣＤＲ３は、Ｘ１−Ｘ２−Ｇ−Ｄ−Ｘ３−Ｄ−Ｇ−Ｘ４−Ｄ−Ｘ５を含有し、式中、Ｘ１はＥまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＷまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ３はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ４はＦまたは任意の他のアミノ酸であり、またＸ５はＹまたは任意の他のアミノ酸であり（配列番号３）、
（ｄ）ＬＣＤＲ１は、Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｘ１−Ｉ−Ｓ−Ｘ２−Ｙ−Ｌ−Ｘ３を含み、式中、Ｘ１はＥまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＧまたはＧの保存的置換であり、またＸ３はＳまたはＳの保存的置換であり（配列番号７）、
（ｅ）ＬＣＤＲ２は、Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ−Ｘ３−Ｓを含み、式中、Ｘ１はＡまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＴまたはＮの保存的置換であり、またＸ３はＤまたは任意の他のアミノ酸であり（配列番号８）、
（ｆ）ＬＣＤＲ３は、Ｘ１−Ｑ−Ｘ２−Ｘ３−Ｓ−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｔを含み、式中、Ｘ１はＬまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ３はＤまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ４はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ５はＰまたは任意の他のアミノ酸であり、またＸ６はＹまたは任意の他のアミノ酸である（配列番号９）、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分。
【請求項４】
抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分であって、当該抗体または抗原結合部分は、ＥＲＢＢ３への結合を、請求項１から３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分と交差競合し、ならびに
（ａ）完全生殖細胞系列ヒトフレームワークアミノ酸配列を含有し、および／または
（ｂ）ＬＣＤＲ２中に異性化部位を含有せず、および／または
（ｃ）ＨＣＤＲ２中に「ＤＧ」の異性化部位を含有せず、および／または
（ｄ）ＨＣＤＲ３中に２位に酸化部位を含有せず、および／または
（ｅ）そのｖ−ドメイン中の予測される外来性ヒトＴ細胞受容体結合ペプチドの数が、ｈ２４Ｃ０５と比較して少なく、および／または
（ｆ）そのｖ−ドメイン中に予測される外来性ヒトＴ細胞受容体結合ペプチドを含まない、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分。
【請求項５】
前記抗体が、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、請求項１から４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項６】
前記ＶＨ領域、前記ＶＬ領域、または前記ＶＨ領域と前記ＶＬ領域との両方は、１つまたは複数のヒトフレームワーク領域のアミノ酸配列を含有する、請求項１から５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項７】
前記ＶＨ領域、前記ＶＬ領域、または前記ＶＨ領域と前記ＶＬ領域との両方は、前記ＣＤＲが挿入されたヒト可変領域フレームワークスキャホールドのアミノ酸配列を含有する、請求項１から６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項８】
前記ＶＨ領域は、前記ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３のアミノ酸配列が挿入されたＩＧＨＶ３−１１ヒト生殖細胞系列スキャホールドのアミノ酸配列を含有する、請求項１または３に記載の抗体または抗原結合部分
【請求項９】
前記ＶＬ領域は、前記ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列が挿入されたＩＧＫＶ１−３９ヒト生殖細胞系列スキャホールドのアミノ酸配列を含有する、請求項１、３および８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１０】
前記抗体は、免疫グロブリン定常領域を含有する、請求項１から９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１１】
前記免疫グロブリン定常領域は、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡまたはＩｇＹである、請求項１０記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１２】
前記免疫グロブリン定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２である、請求項１１記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１３】
前記免疫グロブリン定常領域は、免疫学的に不活性である、請求項１０記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１４】
前記免疫グロブリン定常領域は、野生型ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ４定常領域、野生型ヒトＩｇＧ１定常領域、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５ＡおよびＧ２３７Ａのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域である、または野生型ヒトＩｇＧ２定常領域である、請求項１０記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１５】
前記免疫グロブリン定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する、請求項１０記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１６】
前記抗体または抗原結合部分は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）、マキシボディ、ミニボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ−ＮＡＲ、またはｂｉｓ−ｓｃＦｖである、請求項１から１５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１７】
前記抗体は、モノクローナルである、請求項１から１６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１８】
前記抗体は、四量体抗体、四価抗体、または多特異性抗体である、請求項１から１７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項１９】
前記抗体は、第一の抗原および第二の抗原に特異的に結合する二特異性抗体であり、前記第一の抗原はＥＲＢＢ３であり、前記第二の抗原はＥＲＢＢ３ではない、請求項１から１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項２０】
前記抗体または抗原結合部分は、（ａ）ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合する、または（ｂ）ヒトＥＲＢＢ３およびアカゲザルＥＲＢＢ３に特異的に結合する、請求項１から１９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分。
【請求項２１】
治療剤に結合された請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分を含有する免疫結合体。
【請求項２２】
前記治療剤が、細胞毒素、放射性同位体、化学療法剤、免疫調節剤、抗血管新生剤、抗増殖剤、アポトーシス促進剤、細胞増殖抑制酵素、細胞溶解性酵素、治療用核酸、抗血管新生剤、抗増殖剤、またはアポトーシス促進剤である、請求項２１に記載の免疫結合体。
【請求項２３】
請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分、または請求項２１もしくは２２に記載の免疫結合体、および薬学的に許容可能な担体、希釈剤または賦形剤を含有する医薬組成物。
【請求項２４】
核酸分子であって、請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分の
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列、
（ｂ）ＶＬ領域のアミノ酸配列、または
（ｃ）ＶＨ領域およびＶＬ領域の両方のアミノ酸配列、をコードする核酸分子。
【請求項２５】
請求項２４に記載の核酸分子を含有する発現ベクター。
【請求項２６】
請求項２４に記載の核酸分子、または請求項２５に記載の発現ベクターを含有する組換え宿主細胞。
【請求項２７】
抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を作製する方法であって、
核酸分子が発現される条件下で、請求項２５に記載の発現ベクターを含有する組換え宿主細胞を培養し、それにより抗体または抗原結合部分を作製すること、および
当該前記宿主細胞または培養物から、前記抗体または抗原結合部分を単離すること、を含む、方法。
【請求項２８】
対象において、免疫反応を強化する方法であって、請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分の、請求項２１もしくは２２に記載の免疫結合体の、または請求項２３に記載の医薬組成物の治療有効量を前記対象に投与することを含む、方法。
【請求項２９】
対象において、癌、自己免疫性疾患、炎症性疾患、心血管疾患、または線維症を治療する方法であって、請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分の、請求項２１もしくは２２に記載の免疫結合体の、または請求項２３に記載の医薬組成物の治療有効量を前記対象に投与することを含む、方法。
【請求項３０】
前記癌が、消化管間質癌（ＧＩＳＴ）、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、肺癌、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳腫瘍または中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、食道癌、子宮頸癌、子宮癌または子宮内膜癌、口腔または咽頭の癌、肝癌、腎癌、精巣癌、胆管癌、小腸癌または虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨肉腫、軟骨肉腫、または血液組織の癌である、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記自己免疫性疾患または前記炎症性疾患は、関節炎、喘息、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス（ｌｕｐｕｓ）、グレーブス病、橋本甲状腺炎、または強直性脊椎炎である、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】
前記心血管疾患が、冠動脈心疾患またはアテローム性動脈硬化症である、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
前記線維症が、心筋梗塞、狭心症、変形性関節症、肺線維症、嚢胞性線維症、気管支炎または喘息である、請求項２９記載の方法。
【請求項３４】
癌、自己免疫性疾患、炎症性疾患、心血管疾患、または線維症の治療における使用のための請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分、請求項２１もしくは２２に記載の免疫結合体、または請求項２３に記載の医薬組成物。
【請求項３５】
前記癌が、消化管間質癌（ＧＩＳＴ）、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、肺癌、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳腫瘍または中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、食道癌、子宮頸癌、子宮癌または子宮内膜癌、口腔または咽頭の癌、肝癌、腎癌、精巣癌、胆管癌、小腸癌または虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨肉腫、軟骨肉腫、または血液組織の癌である、請求項２４に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分、免疫結合体、または医薬組成物。
【請求項３６】
前記自己免疫性疾患または前記炎症性疾患は、関節炎、喘息、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス（ｌｕｐｕｓ）、グレーブス病、橋本甲状腺炎、または強直性脊椎炎である、請求項３４に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分、免疫結合体、または医薬組成物。
【請求項３７】
前記心血管疾患が、冠動脈心疾患またはアテローム性動脈硬化症である、請求項３４に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分、免疫結合体、または医薬組成物。
【請求項３８】
前記線維症が、心筋梗塞、狭心症、変形性関節症、肺線維症、嚢胞性線維症、気管支炎または喘息である、請求項３４に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分、免疫結合体、または医薬組成物。
【請求項３９】
医薬品としての使用のための、請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分、請求項２１もしくは２２に記載の免疫結合体、または請求項２３に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年３月１４日に出願された英国特許出願第１８０４０９４．９号明細書の利益を主張するものであり、この開示内容は、その全体で参照により本明細書に援用される。
【０００２】
電子的に提出されるテキストファイルに関する説明
本明細書とともに電子的に提出される以下のテキストファイルの内容は、その全体で参照により本明細書に援用される：コンピューター読み取り可能な形式の配列表のコピー（ファイルの名称：ＵＬＴＨ＿００１＿０１ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ、データ記録日：２０１９年３月１３日、ファイルサイズは１４１，２２１バイト）。
【０００３】
本発明は、ＥＲＢＢ３（ＥｒｂＢ−３、ＨＥＲ３、ＬＣＣＳ２、ＭＤＡ−ＢＦ−１、ｃ−ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｅｒｂＢ３、ｅｒｂＢ３−Ｓ、ｐ１８０−ＥｒｂＢ３、ｐ４５−ｓＥｒｂＢ３、ｐ８５−ｓＥｒｂＢ３、ｅｒｂ−ｂ２受容体型チロシンキナーゼ３としても知られる）に特異的に結合する抗体分子およびその医療用途に関する。
【背景技術】
【０００４】
ＥＲＢＢ３（ＥｒｂＢ−３、ＨＥＲ３、ＬＣＣＳ２、ＭＤＡ−ＢＦ−１、ｃ−ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｅｒｂＢ３、ｅｒｂＢ３−Ｓ、ｐ１８０−ＥｒｂＢ３、ｐ４５−ｓＥｒｂＢ３、ｐ８５−ｓＥｒｂＢ３およびｅｒｂ−ｂ２受容体型チロシンキナーゼ３としても知られる）は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する膜貫通受容体型チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）タンパク質である。ＥＲＢＢ３は、それ独自の重要なチロシンキナーゼ活性を欠いており、例えばＨＥＲ２、ＥＧＦＲおよびＭＥＴ等の他の関連のＲＴＫとのヘテロ二量体形成によって活性化する。このヘテロ二量体形成は、主にＥＲＢＢ３に対する有力なリガンドによって駆動され、これはニューレグリン１（ＮＲＧ１）としても知られるヘレグリン（ＨＲＧ）である。ＥＲＢＢ３−ＨＲＧ間の相互作用は、ヘテロ二量体のパートナーと、種々の細胞内シグナル伝達ネットワークの活性化とによる、ＥＲＢＢ３のチロシンリン酸化の契機となる。重要なことに、ＥＲＢＢ３は、ＥＧＦＲファミリーにおける、ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴシグナル伝達経路の最も有力な活性化因子である。
【０００５】
ＥＲＢＢ３受容体はしばしば、頭頚部、肺、胸部、卵巣、前立腺、結腸、膵臓、および消化管の腫瘍で、過剰発現する。ＥＲＢＢ３の過剰発現は、予後不良と強く関連し、またＥＲＢＢ３は、放射線療法ならびに種々の化学療法剤および生物学的薬剤に対する耐性機序において影響を及ぼすとされている。ＨＥＲ２の好ましい二量体形成パートナーとしては、ＨＥＲ２＋の乳癌における増幅したＥＲＢＢ３シグナル伝達が、トラスツズマブ療法に対する耐性の一部原因であるとされている。他の重要な受容体が二量体化する能力を遮断することでＥＲＢＢ３シグナル伝達を拮抗する治療用抗体は、以下の２つのメカニズムを介して抗腫瘍効果を介在する可能性がある：１．受容体を、単量体型へと固定させることにより、ＥＲＢＢ３シグナル伝達経路を強力に阻害する。２．抗体エフェクター機能介在性の免疫細胞の会合。
【０００６】
現在承認されている抗体治療剤の大部分は、免疫化されたげっ歯類に由来する。そうした抗体の多くが、マウスの相補性決定領域（ＣＤＲ）のヒトｖ−遺伝子フレームワーク配列への「移植」を介した、「ヒト化」として知られるプロセスを経ている（Ｎｅｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  ９：７６７−７７４を参照のこと）。このプロセスは多くの場合、不正確であり、得られた抗体の標的結合アフィニティの低下が生じる。元の抗体の結合アフィニティに戻すために、通常、移植されたｖ−ドメインの可変ドメインフレームワーク中の重要な位置にマウス残基が導入される（「復帰突然変異（ｂａｃｋ−ｍｕｔａｔｉｏｎ）」としても知られる）。
【０００７】
ＣＤＲ移植および復帰突然変異によりヒト化された抗体は臨床において、完全マウスｖ−ドメインによるものと比較して低い免疫反応率を誘導することが示されているが、この基礎的な移植法を使用してヒト化された抗体は、物理的に不安定である可能性があり、移植ＣＤＲループ内に免疫原性モチーフがいまだ保存されていることから、いまだ重大な臨床開発リスクを負っている。例えば抗ＥＲＢＢ３等である抗体は、それらの作用機序の一部として免疫エフェクター機能を潜在的にもつものであって、ＥＲＢＢ３＋標的細胞の食作用を促進し得るために免疫原性のリスクが特に高く、これは標的細胞に加えて抗体の抗原プロセシングを生じる。タンパク質の免疫原性に関する動物実験は、ヒトでの免疫反応の予測とはならないことが多く、治療用途の抗体操作は、予測されるヒトＴ細胞エピトープ含量、非ヒト生殖細胞系列アミノ酸含量、および精製タンパク質が凝集してしまう可能性を最小化することに焦点が置かれている。
【０００８】
ゆえに理想的なヒト化アンタゴニスト性抗ＥＲＢＢ３抗体は、ｖ−ドメイン中に、詳細に特徴解析されたヒト生殖細胞系列配列のフレームワークとＣＤＲの両方に存在する残基と同一の残基を可能な限り多く有している抗体である。潜在的患者の最大数において高度に発現される、高い安定性の生殖細胞系列との同一性を高レベルにすることで、臨床で望ましくない免疫原性を有する治療用抗体のリスクが最小化され、または異常に高い製造「原価」が最小化される。
【０００９】
Ｔｏｗｎｓｅｎｄら（２０１５；ＰＮＡＳ  １１２：１５３５４−１５３５９）は、抗体の作製方法を記載しており、当該方法においてラット抗体、ウサギ抗体およびマウス抗体に由来するＣＤＲは、好ましいヒトフレームワーク内に移植され、次いで「拡張バイナリー置換（ａｕｇｍｅｎｔｅｄ  ｂｉｎａｒｙ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ）」と呼ばれるヒト生殖細胞系列化（ｈｕｍａｎ  ｇｅｒｍ−ｌｉｎｉｎｇ）方法が行われる。この方法は、元の抗体のパラトープにおいては基礎的な柔軟性を示したが、正確性の高い抗体−抗原の共結晶構造データが無い場合には、任意の所与の抗体のＣＤＲループ中のどの個々の残基がどの組み合わせでヒト生殖細胞系列に転換され得るかを確実に予測することは不可能なままである。さらにＴｏｗｎｓｅｎｄらの研究では、ヒト生殖細胞系列中に存在する残基を超えた、開発リスクモチーフの除去が有益となる可能性がある位置に突然変異誘導を加えることには対処していない。これは技術の限界であり、この限界によってプロセスが本質的に非効率的となり、開始抗体配列を改変する余剰な段階が必要となる。さらに現時点では、個々のｖ−ドメインのタンパク質配列で離れた位置にある改変のいずれが、リスクモチーフを排除しながら、抗原結合のアフィニティと特異性の維持を促進し得るのかは、たとえパートナーｖ−ドメイン上であったとしても正確に予測することはできない。
【００１０】
このようにＣＤＲの生殖細胞系列化および開発クオリティの最適化は複雑で多因子的な課題であるため、本例においては以下をはじめとする複合的な分子の機能特性が維持されることが好ましい：標的結合特異性、ヒトおよび実験動物種（例えばアカゲザルとして知られるリーサスサル、すなわちＭａｃａｃａ  ｍｕｌａｔｔａ）の両方に由来するＥＲＢＢ３に対するアフィニティ、ｖ−ドメインの生物物理的安定性、ならびに／または研究、臨床および商業で使用されるタンパク質発現プラットフォームからのＩｇＧ収率。抗体操作実験から、重要なＣＤＲ中のたった１つの残基位置での突然変異であっても、これら望ましい分子特性のすべてに対し劇的な影響を与え得ることが示されている。
【００１１】
国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号は、「２４Ｃ０５」と名づけられたアンタゴニスト性マウス抗ＥＲＢＢ３  ＩｇＧ分子、ならびにヒト化型（ｈ２４Ｃ０５）の調製を記載している。その２４Ｃ０５のヒト化型は、古典的なヒト化技術、すなわちＫａｂａｔ規定のマウスＣＤＲをヒトの重鎖および軽鎖のフレームワーク配列に移植することにより作製されており、ヒトフレームワーク残基の一部は、対応する位置の２４Ｃ０５マウス残基に復帰突然変異されている可能性がある。上述の理由によって、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号に記載される２４Ｃ０５のヒト化型は理想的ではない。
【発明の概要】
【００１２】
本発明は、多くの抗ＥＲＢＢ３抗体、およびその医療用途を提供する。
【００１３】
本発明の１つの態様によると、ヒトＥＲＢＢ３に、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合する抗体分子、またはその抗原結合部分が提供され、当該抗体分子または抗原結合部分は、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＨＣＤＲ１：Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｇまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｓ等）−Ｍ−Ｓ（配列番号１）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＨＣＤＲ２：Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｇまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｓ，Ｄ等）−Ｇ−ＴまたはＴ（例えば、Ｓ等）−Ｙの保存的置換または任意のアミノ酸（例えば、Ｔ等）−Ｔまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｉ等）−Ｙ−Ｙ−Ｐまたは任意のアミノ酸（例えば、Ａ等）−Ｄ−ＮまたはＮ（例えば、Ｓ等）−Ｖ−Ｋ−Ｇの保存的置換（配列番号２）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＨＣＤＲ３：Ｅまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｍ等）−Ｗまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｆ、Ｌ、Ｍ、ＱまたはＹ等）−Ｇ−Ｄ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＷ等）−Ｄ−Ｇ−Ｆまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｉ、Ｌ、Ｗ、Ｙ等）−Ｄ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ等）  （配列番号３）と、を伴う重鎖可変領域を含む。
【００１４】
本発明の態様において、抗体分子もしくは抗原結合部分のＨＣＤＲ１は、配列ＧＦＴＦＳＤＹＡＭＳ（配列番号４、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＨＣＤＲ１）を除外してもよく、抗体分子もしくは抗原結合部分のＨＣＤＲ２は、配列ＶＳＴＩＳＤＧＧＴＹＴＹＹＰＤＮＶＫＧ（配列番号５、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＨＣＤＲ２）を除外してもよく、および／または抗体分子もしくは抗原結合部分のＨＣＤＲ３は、配列ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号６、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＨＣＤＲ３）を除外してもよい。
【００１５】
抗体分子または抗原結合部分は、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＬＣＤＲ１：Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｅまたは任意のアミノ酸（例えばＳ、Ｉ、Ｎ等）−Ｉ−Ｓ−ＧまたはＧ（例えば、Ｓ，Ｔ等）−Ｙ−Ｌ−Ｓの保存的置換またはＳ（例えば、Ｎ等）の保存的置換（配列番号７）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＬＣＤＲ２：Ａまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｅ等）−Ａ−Ｓ−ＴまたはＴ（例えばＳ、Ｎ等）−Ｌ−Ｄの保存的置換または任意のアミノ酸（例えば、Ｈ、Ｋ、Ｑ等）−ＳまたはＴ（配列番号８）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＬＣＤＲ３：Ｌまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｑ等）−Ｑ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｓ等）−Ｄまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｙ等）−Ｓ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｔ、Ｓ等）−Ｐまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｈ等）−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｌ等）−Ｔ（配列番号９）と、を伴う軽鎖可変領域をさらに含み得る。
【００１６】
本発明の態様において、抗体分子もしくは抗原結合部分のＬＣＤＲ１は、配列ＲＡＳＱＥＩＳＧＹＬＳ（配列番号１０、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＬＣＤＲ１）を除外してもよく、および／または、抗体分子もしくは抗原結合部分のＬＣＤＲ２は、配列ＡＡＳＴＬＤＳ（配列番号１１、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＬＣＤＲ２）を除外してもよく、および／または抗体分子もしくは抗原結合部分のＬＣＤＲ３は、配列ＬＱＹＤＳＹＰＹＴ（配列番号１２、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＬＣＤＲ３）を除外してもよい。
【００１７】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＨＣＤＲ１は、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｘ１−Ｍ−Ｓを含み、式中、Ｘ１はＧまたは任意の他のアミノ酸であり（配列番号１）、
（ｂ）ＨＣＤＲ２は、Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｙ−Ｙ−Ｘ５−Ｄ−Ｘ６−Ｖ−Ｋ−Ｇを含み、式中、Ｘ１はＧまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＴまたはＴの保存的置換であり、Ｘ３はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ４はＴまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ５はＰまたは任意の他のアミノ酸であり、またＸ６はＮまたはＮの保存的置換であり（配列番号２）、
（ｃ）ＨＣＤＲ３は、Ｘ１−Ｘ２−Ｇ−Ｄ−Ｘ３−Ｄ−Ｇ−Ｘ４−Ｄ−Ｘ５を含有し、式中、Ｘ１はＥまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＷまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ３はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ４はＦまたは任意の他のアミノ酸であり、またＸ５はＹまたは任意の他のアミノ酸であり（配列番号３）、
（ｄ）ＬＣＤＲ１は、Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｘ１−Ｉ−Ｓ−Ｘ２−Ｙ−Ｌ−Ｘ３を含み、式中、Ｘ１はＥまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＧまたはＧの保存的置換であり、またＸ３はＳまたはＳの保存的置換であり（配列番号７）、
（ｅ）ＬＣＤＲ２は、Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ−Ｘ３−Ｓを含み、式中、Ｘ１はＡまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＴまたはＴの保存的置換であり、またＸ３はＤまたは任意の他のアミノ酸であり（配列番号８）、
（ｆ）ＬＣＤＲ３は、Ｘ１−Ｑ−Ｘ２−Ｘ３−Ｓ−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｔを含み、式中、Ｘ１はＬまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ２はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ３はＤまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ４はＹまたは任意の他のアミノ酸であり、Ｘ５はＰまたは任意の他のアミノ酸であり、またＸ６はＹまたは任意の他のアミノ酸である（配列番号９）。一部の態様において、ＬＣＤＲ２は、Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ−Ｘ３−Ｓ（配列番号８）を含み、式中、配列中の第７の残基は、Ｓの保存的置換（例えば、Ｔ）である。
【００１８】
一部の態様において、本発明は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を提供するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＴＹＬＳ（配列番号２６１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＳＰＬＴ（配列番号２６２）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＴ（配列番号２６３）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号１９）のＨＣＤＲ２、およびＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｅ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｆ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＨ（配列番号２７）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｇ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２８）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＧＹＬＳ（配列番号３０）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｈ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＮＶＫＧ（配列番号３１）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｉ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有する。
【００１９】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
当該ＶＨ領域のアミノ酸配列は、
（ａ）配列番号１３または２４のＨＣＤＲ１と、
（ｂ）配列番号１４、１９、２５、２８または３１のＨＣＤＲ２と、
（ｃ）配列番号１５、２０、２７または２９のＨＣＤＲ３とを含有し、および
当該ＶＬ領域のアミノ酸配列は、
（ａ’）配列番号１６、２１、３０または２６１のＬＣＤＲ１と、
（ｂ’）配列番号１７、２２、２６または２６３のＬＣＤＲ２と、
（ｃ’）配列番号１８、２３または２６２のＬＣＤＲ３とを含有する。
【００２０】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３６を含み、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２５を含み、
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３２を含み、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２１を含み、
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５３を含み、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５４を含有し、または
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５５を含み、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５６を含む。
【００２１】
さらに本発明により、治療剤に連結された、融合された、または結合された、本明細書に規定される抗体分子またはその抗原結合部分を含有する免疫結合体が提供される。
【００２２】
別の態様において、本発明は、本明細書に規定される抗体分子またはその抗原結合部分をコードする核酸分子を提供する。
【００２３】
さらに、本発明の核酸分子を含有するベクターが提供される。
【００２４】
また、本明細書に規定される本発明の核酸分子またはベクターを含有する宿主細胞も提供される。
【００２５】
さらなる態様において、抗ＥＲＢＢ３抗体および／またはその抗原結合部分を作製する方法も提供され、当該方法は、当該抗体および／もしくはその抗原結合部分の発現ならびに／または産生が生じる条件下で、本発明の宿主細胞を培養することと、当該宿主細胞または培養物から、当該抗体および／またはその抗原結合部分を単離することと、を含む。
【００２６】
本発明の別の態様において、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される本発明の核酸分子、または本明細書に規定される本発明のベクターを含有する医薬組成物が提供される。
【００２７】
さらに、対象において免疫反応を強化する方法が提供され、当該方法は、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される本発明の核酸分子の有効量、または本明細書に規定される本発明のベクターの有効量、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物の有効量を投与することを含む。
【００２８】
さらなる態様において、対象において癌を治療または予防する方法が提供され、当該方法は、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される本発明の核酸分子の有効量、または本明細書に規定される本発明のベクターの有効量、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物の有効量を投与することを含む。
【００２９】
さらに、医薬品としての使用のための、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される免疫結合体、または本明細書に規定される核酸分子、または本明細書に規定されるベクター、または本明細書に規定される医薬組成物が提供される。本発明はさらに、癌の治療における使用のための、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体、または本明細書に規定される本発明の核酸分子、または本明細書に規定される本発明のベクター、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物を提供する。
【００３０】
別の態様において、本発明は、例えば抗癌剤などの第二の治療剤との併用において、別個に使用する、連続して使用する、または同時に使用するための、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、または免疫結合体、または核酸分子、または使用のためのベクター、または治療方法を提供する。
【００３１】
さらなる態様において、癌の治療のための医薬品の製造における、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分の使用、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体の使用、または本明細書に規定される本発明の核酸分子の使用、または本明細書に規定される本発明のベクターの使用、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物の使用が提供される。
【００３２】
本発明はさらに、対象において自己免疫性疾患もしくは炎症性疾患を治療または予防する方法を提供するものであり、当該方法は、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される核酸分子の有効量、または本明細書に規定されるベクターの有効量、または本明細書に規定される医薬組成物の有効量を投与することを含む。
【００３３】
自己免疫性疾患または炎症性疾患は、関節炎、喘息、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス（ｌｕｐｕｓ）、グレーブス病、および橋本甲状腺炎、ならびに強直性脊椎炎からなる群からすべての態様において選択されてもよい。
【００３４】
また、自己免疫性疾患または炎症性疾患の治療における使用のための、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される免疫結合体、または本明細書に規定される核酸分子、または本明細書に規定されるベクター、または本明細書に規定される医薬組成物が提供される。
【００３５】
さらに、自己免疫性疾患または炎症性疾患の治療のための医薬品の製造における、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の使用、または本明細書に規定される免疫結合体の使用、または本明細書に規定される核酸分子の使用、または本明細書に規定されるベクターの使用、または本明細書に規定される医薬組成物の使用が提供される。
【００３６】
本発明はさらに、対象において心血管疾患もしくは線維症を治療または予防する方法を提供するものであり、当該方法は、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される核酸分子の有効量、または本明細書に規定されるベクターの有効量、または本明細書に規定される医薬組成物の有効量を投与することを含む。
【００３７】
また、心血管疾患または線維症の治療における使用のための、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される免疫結合体、または本明細書に規定される核酸分子、または本明細書に規定されるベクター、または本明細書に規定される医薬組成物が提供される。
【００３８】
さらに、自己免疫性疾患、炎症性疾患、または線維症の治療のための医薬品の製造における、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の使用、または本明細書に規定される免疫結合体の使用、または本明細書に規定される核酸分子の使用、または本明細書に規定されるベクターの使用、または本明細書に規定される医薬組成物の使用が提供される。
【００３９】
本発明の任意の態様における心血管疾患は、例えば冠動脈心疾患またはアテローム性動脈硬化症であってもよい。
【００４０】
本発明の任意の態様における線維症は、心筋梗塞、狭心症、変形性関節症、肺線維症、嚢胞性線維症、気管支炎および喘息からなる群から選択されてもよい。
【００４１】
本発明はさらに、ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合し、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合する抗体分子、またはその抗原結合部分を作製する方法を提供するものであり、当該方法は、
（１）非ヒト源由来の抗ＥＲＢＢ３  ＣＤＲをヒトｖ−ドメインフレームワーク内に移植し、ヒト化抗ＥＲＢＢ３抗体分子またはその抗原結合部分を作製する工程、
（２）ＣＤＲ中に１つまたは複数の変異を含有する当該ヒト化抗ＥＲＢＢ３抗体分子またはその抗原結合部分のクローンのファージライブラリーを作製する工程、
（３）ヒトＥＲＢＢ３への結合、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３への結合についても当該ファージライブラリーをスクリーニングする工程、
（４）スクリーニングする工程（３）から、ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合する、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合するクローンを選択する工程、ならびに
（５）工程（４）から選択された、ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合し、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合する抗体分子、またはその抗原結合部分を作製する工程、を含む。
【００４２】
当該方法は、工程（４）で選択されたクローンに基づき、例えば工程（４）で選択されたクローンのＣＤＲ中の特定の位置でのさらなる探索的な突然変異誘導に基づき、追加のクローンを作製して、ヒト化を強化し、および／またはヒトＴ細胞エピトープ含量を最小化し、および／または工程（５）で作製された抗体分子もしくはその抗原結合部分の製造特性を改善するさらなる工程を含んでもよい。
【図面の簡単な説明】
【００４３】
【図１】図１Ａ〜図１Ｂ。ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３−Ｆｃタンパク質に対する、ライブラリー由来の抗ＥＲＢＢ３  Ｆａｂの直接結合ＥＬＩＳＡおよびＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎ競合スクリーニング。複数のファージ選択ブランチからクローンが誘導された。選択ブランチにおいて、ファージ群は、ビオチン化されたヒトまたはアカゲザルのＥＲＢＢ３タンパク質に対し各ラウンドＩＩ〜ＩＶで選択された。「ハンマー−ハグ」ラウンドもまた、別個のラウンドＩＩおよびＩＩＩで実施した。各選択ラウンドの後に、ライブラリー由来クローンは、ＥＬＩＳＡ（図１Ａ）において、およびＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎ（図１Ｂ）によるｈｕＥＲＢＢ３に結合する際の２４Ｃ０５  ＩｇＧの結合の遮断において、ヒト（ｈｕＥＲＢＢ３）およびアカゲザル（ｒｈＥＲＢＢ３）の両方に対して、ペリプラズム発現したＦａｂタンパク質としてスクリーニングされた。各ラウンドの平均±ＳＤ値は、灰色の棒で表されている。
【図２】図２Ａ〜図２Ｂ。生殖細胞系列への変異に関する、ＣＤＲ残基の寛容の分析。ヒトおよびアカゲザルＥＲＢＢ３の交差反応性を示す、ＥＬＩＳＡ陽性の６５８個の固有Ｆａｂクローン群のＣＤＲにおけるマウスアミノ酸保持頻度の図を、それぞれＶＬ（配列番号３２〜３４）ドメイン（図２Ａ）およびＶＨ（配列番号３５〜３７）（図２Ｂ）ドメインについて示す。ＨＣＤＲ３以外では、ヒト／マウス残基の突然変異誘導の標的とされた残基のみプロットされている。Ｘ軸上のカッコ内に記載されるＣＤＲ残基は、移植に使用されたヒト生殖細胞系列（ＩＧＫＶ１−３９およびＩＧＨＶ３−１１）中に存在する残基と同一である。カッコ内には無いがその値が０に設定されているＣＤＲ中の残基は、移植プロセスの間にヒト生殖細胞系列へと変異された。両方の図において、７５％での灰色の破線は、ヒト生殖細胞系列によるマウス残基の置換の寛容性に対するカットオフを表している。
【図３】図３Ａ〜図３Ｂ。ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３タンパク質へのＩｇＧ結合に関する、直接的力価測定ＥＬＩＳＡ。キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１ヌル形式のライブラリー由来クローンおよびデザインクローンが、ヒト（図３Ａ）およびアカゲザル（図３Ｂ）のＥＲＢＢ３−Ｆｃタンパク質に対する直接結合ＥＬＩＳＡにおいて力価測定（単位ｎＭ）された。アイソタイプＩｇＧ１ヌルコントロール以外の全てのクローンは、ＥＲＢＢ３のオルソログ両方に対する結合活性を示した。
【図４】図４。ＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎにおけるＩｇＧ１ヌルタンパク質のエピトープ競合解析。抗ＥＲＢＢ３  ＩｇＧ１ヌルクローンに、Ａｌｐｈａｓｃｒｅｅｎ技術を使用したエピトープ競合解析を行った。このアッセイにおいて、ライブラリー由来ＩｇＧおよびデザインＩｇＧは、溶液中のヒトＥＲＢＢ３タンパク質へのｈ２４Ｃ０５  ＩｇＧ１ヌル結合を競合することにより、ｈ２４Ｃ０５エピトープの保持に関して解析された。解析されたすべてのクローンは、ＥＲＢＢ３に対するｈ２４Ｃ０５結合の、強力で濃度依存性の中和を示した。
【図５】図５Ａ〜図５Ｂ。ライブラリー由来リードおよび初代デザインリードのヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３＋  ＨＥＫ−２９３細胞に対するフローサイトメトリー結合。ヒト（図５Ａ）およびアカゲザル（図５Ｂ）のＥＲＢＢ３トランスフェクトＨＥＫ−２９３細胞に対する特異的結合に関して、キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１ヌル形式のライブラリー由来クローンおよびデザインクローンを検証した。ＩｇＧは、０．００８〜５００ｎＭの範囲の濃度で試験した。すべてのＥＲＢＢ３特異的抗体で、ヒトおよびアカゲザルの細胞株の両方に対し、濃度依存性の結合が観察された。一方でアイソタイプコントロールでは観察されなかった。野生型ＨＥＫ−２９３細胞に対し、バックグラウンドを超える結合シグナルは観察されなかった。
【図６】図６Ａ〜図６Ｂ。リード抗体ｖ−ドメインにおける、Ｔ細胞エピトープペプチド含量。ｈ２４Ｃ０５（図６Ａ）および１５Ｇ１１（図６Ｂ）の抗体のｖ−ドメインを、生殖細胞系列（ＧＥ）、高アフィニティ外来物（ＨＡＦ）、低アフィニティ外来物（ＬＡＦ）およびＴＣＥＤ＋  Ｔ細胞受容体エピトープの存在について検証した。各抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインの両方とも、複数の高リスクなヒトＴ細胞エピトープを含有することが判明した。１５Ｇ１１では、ＣＤＲにおいて、生殖細胞系列フレームワークおよび複数のヒト生殖細胞系列残基の変化があるにもかかわらず、高リスクなエピトープ含量が、予測通りの減少ではなく、ｈ２４Ｃ０５と比較して有意に増加した。
【図７Ａ】図７Ａ〜図７Ｄ。リード抗体ｖ−ドメインにおける、Ｔ細胞エピトープペプチド含量のインシリコでの崩壊。１５Ｇ１１に存在するｖ−ドメインの高アフィニティ外来物（ＨＡＦ）、低アフィニティ外来物（ＬＡＦ）、およびＴＣＥＤ＋  Ｔ細胞受容体エピトープを、除去の標的とした。インシリコ突然変異誘発解析を実施してえ、抗体結合機能を維持する可能性があるが、１または複数の９−ｍｅｒペプチドエピトープを除去する可能性がある非生殖細胞系列アミノ酸の変化を特定した。これら解析を、ＨＣＤＲ−１（図７Ａ）、ＬＣＤＲ−１（図７Ｂ）、ＬＣＤＲ−２（図７Ｃ）およびＬＣＤＲ−３（図７Ｄ）に存在するペプチドに対して実施した。残基は、Ｋａｂａｔのナンバリングスキームに従って番号付けされ、９−ｍｅｒペプチド配列を強調してｐ１およびｐ９位を示した。好ましいエピトープ崩壊変異は灰色矢印で示し、好ましくないものは黒色矢印で示した。１文字で略記したアミノ酸の隣にあるデルタ記号は、新規ペプチドを生殖系列（ＧＥ）ペプチドにさせることとなることを意味する。１文字で略記したアミノ酸の隣にあるアスタリスクは、その残基の使用により新規の異性化開発リスクモチーフ（ＤＧ）を生じることとなるという理由から、好ましくない変異を示す。図７Ａは、配列番号２５７を示す。図７Ｂは、配列番号２５８を示す。図７Ｃは、配列番号２５９を示す。図７Ｄは、配列番号２６０を示す。
【図７Ｂ】同上。
【図７Ｃ】同上。
【図７Ｄ】同上。
【図８】図８Ａ〜図８Ｂ。ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３タンパク質への１５Ｇ１１−ＤＩ  ＩｇＧ結合に関する、直接的力価測定ＥＬＩＳＡ。キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１形式のアイソタイプコントロールＩｇＧ１および１５Ｇ１１−ＤＩ１からＤＩ１１のクローンが、ヒト（図８Ａ）およびアカゲザル（図８Ｂ）のＥＲＢＢ３−Ｆｃタンパク質に対する直接結合ＥＬＩＳＡにおいて力価測定（単位ｎＭ）された。アイソタイプＩｇＧ１コントロール以外の全てのクローンは、ＥＲＢＢ３のオルソログ両方に対する結合活性を示した。
【図９】図９。ＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎにおけるＩｇＧ１タンパク質のエピトープ競合解析。キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１形式のアイソタイプコントロールＩｇＧ１および１５Ｇ１１−ＤＩ１からＤＩ１１のクローンに対して、Ａｌｐｈａｓｃｒｅｅｎ技術を用いたエピトープ競合アッセイを行った。このアッセイにおいて、ＩｇＧは、溶液中のヒトＥＲＢＢ３タンパク質へのｈ２４Ｃ０５  ＩｇＧ１結合を競合することにより、ｈ２４Ｃ０５と同じ機能のエピトープの保持に関して解析された。解析されたすべてのクローンは、１５Ｇ１１−ＤＩ１１を除いては、ＥＲＢＢ３に対するｈ２４Ｃ０５結合の、強力で濃度依存性の中和を示した。
【図１０】図１０Ａ〜図１０Ｂ：ライブラリー由来リードおよび初代デザインリードのヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３＋  ＨＥＫ−２９３細胞に対するフローサイトメトリー結合。ヒト（図１０Ａ）およびアカゲザル（図１０Ｂ）のＥＲＢＢ３トランスフェクトＨＥＫ−２９３細胞に対する特異的結合に関して、キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１形式のアイソタイプコントロールＩｇＧ１および１５Ｇ１１−ＤＩ１からＤＩ１１のクローンを検証した。ＩｇＧは、０．００８〜５００ｎＭの範囲の濃度で試験した。すべてのＥＲＢＢ３特異的抗体で、ヒトおよびアカゲザルトランスフェクト細胞の両方に対し、濃度依存性の結合が観察された。一方でアイソタイプコントロールでは観察されなかった。
【図１１】図１１。開発リスクＥＬＩＳＡ。キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１形式のアイソタイプコントロールＩｇＧ１、臨床段階コントロール抗体および１５Ｇ１１−ＤＩ１からＤＩ１１のクローンが、負の電荷をもつ生体分子インスリンと二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）に対する非特異的結合に関して検証した。すべてのリードクローンは、１０未満の結合スコアを示し（１５Ｇ１１−ＤＩ１０は例外とする）、陰性対照ＩｇＧ１のウステキヌマブ（Ｕｓｔｅｋｉｎｕｍａｂ）およびベバシズマブ（Ｂｅｖａｃｉｚｕｍａｂ）アナログのいずれかよりも有意に低かった。ボコシズマブ（Ｂｏｃｏｃｉｚｕｍａｂ）およびブリアキヌマブ（Ｂｒｉａｋｉｎｕｍａｂ）のアナログに観察されるような、インスリンまたはｄｓＤＮＡに対する強力な非特異的（ｏｆｆ−ｔａｒｇｅｔ）結合は、治療用抗体の貧弱な薬物動態に関する高リスク指標であることがわかっている。
【図１２−１】図１２Ａ〜図１２Ｇ。細胞系ＥｒｂＢ２−ＥｒｂＢ３アンタゴニズムアッセイ。キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１形式のアイソタイプコントロールＩｇＧ１およびクローン１５Ｇ１１（図１２Ａ）、１６Ｂ０９（図１２Ｂ）、１５Ｇ１１−ＤＩ５（図１２Ｃ）、１５Ｇ１１−ＤＩ６（図１２Ｄ）、１５Ｇ１１−ＤＩ７（図１２Ｅ）、１５Ｇ１１−ＤＩ８（図１２Ｆ）および１５Ｇ１１−ＤＩ９（図１２Ｇ）を、ヒトＥｒｂＢ３シグナル伝達レポーターアッセイ（ＤｉｓｃｏｖｅｒＸ  ＰａｔｈＨｕｎｔｅｒ  ｅＸｐｒｅｓｓ  ＥｒｂＢ２−ＥｒｂＢ３アッセイ、製造元の指示に従って実施）において力価測定した。アイソタイプコントロール以外の全てのクローンが、強い、濃度依存性ＥｒｂＢ３アンタゴニズムを誘導し、ｈ２４Ｃ０５に対して高度に類似した有効性を伴っていた。
【図１２−２】同上。
【図１２−３】同上。
【図１２−４】同上。
【図１３】図１３。１５Ｇ１１−ＤＩ９に関する細胞系ＥｒｂＢ２−ＥｒｂＢ３アンタゴニズムアッセイ。キメラおよびヒト化２４Ｃ０５、ヒトＩｇＧ１形式のアイソタイプコントロールＩｇＧ１およびクローン１５Ｇ１１−ＤＩ９を、ヒトＥｒｂＢ３シグナル伝達レポーターアッセイ（ＤｉｓｃｏｖｅｒＸ  ＰａｔｈＨｕｎｔｅｒ  ｅＸｐｒｅｓｓ  ＥｒｂＢ２−ＥｒｂＢ３アッセイ、製造元の指示に従って実施）において力価測定した。アイソタイプコントロール以外の全てのクローンが、シグナルの阻害倍率（ｆｏｌｄ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ）で明示されたとおり、強い、濃度依存性ＥｒｂＢ３アンタゴニズムを誘導した。
【図１４−１】図１４Ａ〜図１４Ｅ。リード抗体ｖ−ドメインにおける、Ｔ細胞エピトープペプチド含量。１５Ｇ１１−ＤＩ５（図１４Ａ）、１５Ｇ１１−ＤＩ６（図１４Ｂ）、１５Ｇ１１−ＤＩ７（図１４Ｃ）、１５Ｇ１１−ＤＩ８（図１４Ｄ）および１５Ｇ１１−ＤＩ９（図１４Ｅ）の抗体のｖ−ドメインを、生殖細胞系列（ＧＥ）、高アフィニティ外来物（ＨＡＦ）、低アフィニティ外来物（ＬＡＦ）およびＴＣＥＤ＋  Ｔ細胞受容体エピトープの存在について検証した。全てのリードクローンにおいて、高リスクエピトープ含量が、連続的に減少し、また生殖細胞系列エピトープ含量は、１５Ｇ１１−ＤＩ５から１５Ｇ１１−ＤＩ９では維持され、１５Ｇ１１−ＤＩ９では予測された外来性エピトープを全く含まず、高ＧＥ含量と結びついた状態であり、これによりこのクローンがヒトにおいて完全に非免疫原性であり得ることが示唆された。
【図１４−２】同上。
【発明を実施するための形態】
【００４４】
本発明の第一の態様によると、ヒトＥＲＢＢ３に、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合する抗体分子、またはその抗原結合部分が提供され、当該抗体分子または抗原結合部分は、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＨＣＤＲ１：Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｇまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｓ等）−Ｍ−Ｓ（配列番号１）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＨＣＤＲ２：Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｇまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｓ，Ｄ等）−Ｇ−ＴまたはＴ（例えば、Ｓ等）−Ｙの保存的置換または任意のアミノ酸（例えば、Ｔ等）−Ｔまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｉ等）−Ｙ−Ｙ−Ｐまたは任意のアミノ酸（例えば、Ａ等）−Ｄ−ＮまたはＮ（例えば、Ｓ等）−Ｖ−Ｋ−Ｇの保存的置換（配列番号２）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＨＣＤＲ３：Ｅまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｍ等）−Ｗまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｆ、Ｌ、Ｍ、ＱまたはＹ等）−Ｇ−Ｄ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＷ等）−Ｄ−Ｇ−Ｆまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｉ、Ｌ、Ｗ、Ｙ等）−Ｄ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ等）  （配列番号３）と、を伴う重鎖可変領域を含む。
【００４５】
一部の態様では、本明細書に提供される抗ＥＲＢＢ３抗体または抗原結合部分は、配列番号２４６もしくは配列番号２４７を含有する、または配列番号２４６もしくは配列番号２４７からなる、ＥＲＢＢ３タンパク質に特異的に結合する。一部の態様では、本明細書に提供される抗ＥＲＢＢ３抗体または抗原結合部分は、配列番号２４６または配列番号２４７に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列を有するＥＲＢＢ３タンパク質に特異的に結合する。
【００４６】
本発明の態様において、抗体分子もしくは抗原結合部分のＨＣＤＲ１は、配列ＧＦＴＦＳＤＹＡＭＳ（配列番号４、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＨＣＤＲ１）を除外してもよく、抗体分子もしくは抗原結合部分のＨＣＤＲ２は、配列ＶＳＴＩＳＤＧＧＴＹＴＹＹＰＤＮＶＫＧ（配列番号５、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＨＣＤＲ２）を除外してもよく、および／または抗体分子もしくは抗原結合部分のＨＣＤＲ３は、配列ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号６、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＨＣＤＲ３）を除外してもよい。
【００４７】
抗体分子または抗原結合部分は、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＬＣＤＲ１：Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｅまたは任意のアミノ酸（例えばＳ、Ｉ、Ｎ等）−Ｉ−Ｓ−ＧまたはＧ（例えば、Ｓ，Ｔ等）−Ｙ−Ｌ−Ｓの保存的置換またはＳ（例えば、Ｎ等）の保存的置換（配列番号７）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＬＣＤＲ２：Ａまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｅ等）−Ａ−Ｓ−ＴまたはＴ（例えばＳ、Ｎ等）−Ｌ−Ｄの保存的置換または任意のアミノ酸（例えば、Ｈ、Ｋ、Ｑ等）−ＳまたはＴ（配列番号８）と、
以下の順序で配列中にアミノ酸を有するＬＣＤＲ３：Ｌまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｑ等）−Ｑ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｓ等）−Ｄまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｙ等）−Ｓ−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｔ、Ｓ等）−Ｐまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｈ等）−Ｙまたは任意のアミノ酸（例えば、Ｌ等）−Ｔ（配列番号９）と、を伴う軽鎖可変領域をさらに含み得る。
【００４８】
本発明の態様において、抗体分子もしくは抗原結合部分のＬＣＤＲ１は、配列ＲＡＳＱＥＩＳＧＹＬＳ（配列番号１０、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＬＣＤＲ１）を除外してもよく、および／または、抗体分子もしくは抗原結合部分のＬＣＤＲ２は、配列ＡＡＳＴＬＤＳ（配列番号１１、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＬＣＤＲ２）を除外してもよく、および／または抗体分子もしくは抗原結合部分のＬＣＤＲ３は、配列ＬＱＹＤＳＹＰＹＴ（配列番号１２、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示される２４Ｃ０５マウス／ヒト化抗体のＬＣＤＲ３）を除外してもよい。
【００４９】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＨＣＤＲ１は、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｘ１−Ｍ−Ｓを含み、式中、Ｘ１はＧまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｓ）であり（配列番号１）、
（ｂ）ＨＣＤＲ２は、Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｙ−Ｙ−Ｘ５−Ｄ−Ｘ６−Ｖ−Ｋ−Ｇを含み、式中、Ｘ１はＧまたは任意の他のアミノ酸（例えば、ＳまたはＤ）であり、Ｘ２はＴまたはＴの保存的置換（例えば、Ｓ）であり、Ｘ３はＹまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｔ）であり、Ｘ４はＴまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｉ）であり、Ｘ５はＰまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ａ）であり、またＸ６はＮまたはＮの保存的置換（例えば、Ｓ）であり（配列番号２）、
（ｃ）ＨＣＤＲ３は、Ｘ１−Ｘ２−Ｇ−Ｄ−Ｘ３−Ｄ−Ｇ−Ｘ４−Ｄ−Ｘ５を含み、式中、Ｘ１はＥまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｍ）であり、Ｘ２はＷまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｆ、Ｌ、Ｍ、ＱまたはＹ）であり、Ｘ３はＹまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＷ）であり、Ｘ４はＦまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｉ、Ｌ、ＷまたはＹ）であり、またＸ５はＹまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、ＶまたはＷ）であり（配列番号３）、
（ｄ）ＬＣＤＲ１は、Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｘ１−Ｉ−Ｓ−Ｘ２−Ｙ−Ｌ−Ｘ３を含み、式中、Ｘ１はＥまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｓ、ＩまたはＮ）であり、Ｘ２はＧまたはＧの保存的置換（例えば、ＳまたはＴ）であり、またＸ３はＳまたはＳの保存的置換（例えば、Ｎ）であり（配列番号７）、
（ｅ）ＬＣＤＲ２は、Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ−Ｘ３−Ｓを含み、式中、Ｘ１はＡまたは任意の他のアミノ酸（例えばＥ）であり、Ｘ２はＴまたはＴの保存的置換（例えばＳまたはＮ）であり、またＸ３はＤまたは任意の他のアミノ酸（例えばＨ、ＫまたはＱ）であり（配列番号８）、
（ｆ）ＬＣＤＲ３は、Ｘ１−Ｑ−Ｘ２−Ｘ３−Ｓ−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｔを含み、式中、Ｘ１はＬまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｑ）であり、Ｘ２はＹまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｓ）であり、Ｘ３はＤまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｙ）であり、Ｘ４はＹまたは任意の他のアミノ酸（例えば、ＴまたはＳ）であり、Ｘ５はＰまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｈ）であり、またＸ６はＹまたは任意の他のアミノ酸（例えば、Ｌ）である（配列番号９）。一部の態様において、ＬＣＤＲ２は、Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ−Ｘ３−Ｓ（配列番号８）を含み、式中、配列中の第７の残基は、Ｓの保存的置換（例えば、Ｔ）である。
【００５０】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、この場合において当該抗体は、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、ＦＲ１−ＨＣＤＲ１−ＦＲ２−ＨＣＤＲ２−ＦＲ３−ＨＣＤＲ３−ＦＲ４を含有する重鎖可変（ＶＨ）領域、およびアミノ末端からカルボキシ末端に向かって、ＦＲ１−ＬＣＤＲ１−ＦＲ２−ＬＣＤＲ２−ＦＲ３−ＬＣＤＲ３−ＦＲ４を含有する軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、ＨＣＤＲ１は、配列番号１であり、ＨＣＤＲ２は、配列番号２であり、ＨＣＤＲ３は、配列番号３であり、ＬＣＤＲ１は、配列番号７であり、ＬＣＤＲ２は、配列番号８であり、そしてＬＣＤＲ３は、配列番号９であり、この場合において当該重鎖のＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４のアミノ酸配列は、配列番号８６（表２を参照のこと）内の重鎖のＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４のアミノ酸配列であり、この場合において当該軽鎖のＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４のアミノ酸配列は、配列番号８８（表２を参照のこと）内の軽鎖のＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４のアミノ酸配列である。
【００５１】
本明細書に詳述されるように、本発明者らは、国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号、米国特許出願公開第２０１１０２５６１５４Ａ１号に開示されるマウス抗ＥＲＢＢ３抗体２４Ｃ０５から誘導されたＣＤＲ配列を使用し、多数の最適化抗ＥＲＢＢ３抗体分子を作製することに初めて成功した。本発明の実施形態において、これら抗体分子は、（適切な動物実験種でのインビボ試験が容易になるように）ヒトＥＲＢＢ３ならびにアカゲザルＥＲＢＢ３の両方に特異的に結合するよう選択された。本明細書に記載される最適化された抗体分子のさらなる改良によって、可変ドメインの安定性の改善、より高い発現収率、および／または免疫原性の低下が提供された。
【００５２】
本発明の好ましい最適化抗ＥＲＢＢ３抗体分子は、対応するマウスＣＤＲまたはその他（例えばフレームワーク）のアミノ酸の位置で、必ずしも最大数のヒト生殖細胞系列の置換を有するとは限らない。以下の実施例の項に詳述されるように、本発明者らは、「最大限にヒト化された」抗体分子は、抗ＥＲＢＢ３結合特性および／または他の望ましい性質に関して、必ずしも「最大限に最適化」されているとは限らないことを見出した。
【００５３】
本発明は、本明細書に記載される抗体分子またはその抗原結合部分のアミノ酸配列に対する改変を包含する。例えば本発明は、その性質に大きな影響を与えない、機能的に同等の可変領域およびＣＤＲを含有する抗体分子およびその対応する抗原結合部分、ならびに活性および／もしくはアフィニティが強化された、または低下したバリアントを包含する。例えばアミノ酸配列は、ＥＲＢＢ３に対し所望の結合アフィニティを有する抗体が得られるように変異されてもよい。１残基から数百以上の残基を含有するポリペプチドの長さの範囲のアミノ末端融合および／またはカルボキシル末端融合を含み、ならびに単一アミノ酸残基または複数のアミノ酸残基の配列間挿入を含む挿入が予期される。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体分子、またはエピトープタグに融合された抗体分子が挙げられる。抗体分子のその他の挿入バリアントとしては、酵素またはポリペプチドの、抗体Ｎ末端または抗体Ｃ末端への融合が挙げられ、それにより血液循環中の抗体の半減期が延長される。
【００５４】
本発明の抗体分子または抗原結合部分は、グリコシル化ポリペプチドおよび非グリコシル化ポリペプチド、ならびに他の翻訳後修飾を有するポリペプチド、例えば異なる糖類でのグリコシル化、アセチル化およびリン酸化を有するポリペプチドを含んでもよい。例えば１つまたは複数のアミノ酸残基を付加、除去または置換させ、グリコシル化部位を形成または除去させることにより、本発明の抗体分子または抗原結合部分を変異させて、当該翻訳後修飾を変化させてもよい。
【００５５】
本発明の抗体分子または抗原結合部分は、例えば抗体中の潜在的なタンパク質分解部位を除去するアミノ酸置換により改変されてもよい。
【００５６】
抗体分子またはその抗原結合部分において、ＨＣＤＲ１は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｅ／Ｇ／Ｈ／Ｎ／Ｒ／Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｖ−Ｍ−Ｓ（配列番号３８）；ＨＣＤＲ２は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｇ／Ｓ／Ｄ−Ｇ−Ｔ／Ｓ−Ｙ／Ｔ−Ｔ／Ｉ−Ｙ−Ｙ−Ｐ／Ａ−Ｄ−Ｎ／Ｓ−Ｖ−Ｋ−Ｇ（配列番号３９）；そしてＨＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｅ／Ｍ−Ｗ／Ｆ／Ｌ／Ｍ／Ｑ／Ｙ−Ｇ−Ｄ−Ｙ／Ａ／Ｄ／Ｅ／Ｈ／Ｌ／Ｍ／Ｎ／Ｑ／Ｓ／Ｔ／Ｗ−Ｄ−Ｇ−Ｆ／Ｉ／Ｌ／Ｗ／Ｙ−Ｄ−Ｙ／Ａ／Ｄ／Ｅ／Ｆ／Ｈ／Ｉ／Ｋ／Ｌ／Ｍ／Ｎ／Ｑ／Ｒ／Ｓ／Ｖ／Ｗ（配列番号４０）。
【００５７】
例えば、ＨＣＤＲ１は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｇ−Ｆ−Ｔ−Ｆ−Ｓ−Ｄ−Ｙ−Ｇ／Ｓ−Ｍ−Ｓ（配列番号４１）；ＨＣＤＲ２は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｖ−Ｓ−Ｔ−Ｉ−Ｓ−Ｄ−Ｇ／Ｓ−Ｇ−Ｓ−Ｙ／Ｔ−Ｔ／Ｉ−Ｙ−Ｙ−Ｐ／Ａ−Ｄ−Ｓ−Ｖ−Ｋ−Ｇ（配列番号４２）；そしてＨＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｅ−Ｗ／Ｌ／Ｙ−Ｇ−Ｄ−Ｙ−Ｄ−Ｇ−Ｆ−Ｄ−Ｙ／Ｅ／Ｆ／Ｈ／Ｎ（配列番号４３）。
【００５８】
抗体分子またはその抗原結合部分において、ＬＣＤＲ１は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｅ／Ｓ／Ｉ／Ｎ−Ｉ−Ｓ−Ｇ／Ｓ−Ｙ−Ｌ−Ｓ／Ｎ（配列番号４４）；ＬＣＤＲ２は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ａ／Ｅ−Ａ−Ｓ−Ｔ／Ｓ／Ｎ−Ｌ−Ｄ／Ｈ／Ｋ／Ｑ−Ｓ（配列番号４５）；そしてＬＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｌ／Ｑ−Ｑ−Ｙ／Ｓ−Ｄ／Ｙ−Ｓ−Ｙ／Ｔ−Ｐ／Ｈ−Ｙ／Ｌ−Ｔ（配列番号４６）。抗体分子またはその抗原結合部分において、ＬＣＤＲ１は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｅ／Ｓ／Ｉ／Ｎ−Ｉ−Ｓ−Ｇ／Ｓ／Ｔ−Ｙ−Ｌ−Ｓ／Ｎ；ＬＣＤＲ２は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ａ／Ｅ−Ａ−Ｓ−Ｔ／Ｓ／Ｎ−Ｌ−Ｄ／Ｈ／Ｋ／Ｑ−Ｓ／Ｔ；そしてＬＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｌ／Ｑ−Ｑ−Ｙ／Ｓ−Ｄ／Ｙ−Ｓ−Ｙ／Ｔ／Ｓ−Ｐ／Ｈ−Ｙ／Ｌ−Ｔ。
【００５９】
例えば、ＬＣＤＲ１は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｅ／Ｓ−Ｉ−Ｓ−Ｇ／Ｓ−Ｙ−Ｌ−Ｓ／Ｎ（配列番号４７）；ＬＣＤＲ２は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ａ−Ａ−Ｓ−Ｔ／Ｓ−Ｌ−Ｄ／Ｑ−Ｓ（配列番号４８）；そしてＬＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｌ−Ｑ−Ｙ−Ｄ／Ｙ−Ｓ−Ｔ−Ｐ−Ｙ／Ｌ−Ｔ（配列番号４９）。例えば、ＬＣＤＲ１は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｒ−Ａ−Ｓ−Ｑ−Ｅ／Ｓ−Ｉ−Ｓ−Ｇ／Ｓ／Ｔ−Ｙ−Ｌ−Ｓ／Ｎ；ＬＣＤＲ２は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ａ−Ａ−Ｓ−Ｔ／Ｓ−Ｌ−Ｄ／Ｑ−Ｓ／Ｔ；そしてＬＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を有してもよい：Ｌ−Ｑ−Ｙ−Ｄ／Ｙ−Ｓ−Ｔ／Ｓ−Ｐ−Ｙ／Ｌ−Ｔ。
【００６０】
本発明の特定の実施形態において、抗体分子または抗原結合部分は、以下を含有してもよい：
（ａ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＮＶＫＧ（配列番号３１；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５；ＨＣＤＲ３）、［クローン１５Ｄ１０］、または
（ｂ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＧＹＬＳ（配列番号３０；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２８；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９；ＨＣＤＲ３）、［クローン１７Ｈ１０］、または
（ｃ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮ（配列番号５０；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２８；ＨＣＤＲ２）、ＥＹＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号５１；ＨＣＤＲ３）、［クローン０９Ｄ１２］、または
（ｄ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＨ（配列番号２７；ＨＣＤＲ３）、［クローン１５Ｄ０３］、または
（ｅ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＩＩＳＳＹＬＳ（配列番号５２；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＹＳＴＰＬＴ（配列番号５３；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号５４；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＮ（配列番号５５；ＨＣＤＲ３）、［クローン１１Ｈ０２］、または
（ｆ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号１９；ＨＣＤＲ２）、ＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０；ＨＣＤＲ３）、［クローン１５Ｇ１１］、または
（ｇ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＴＩＹＹＡＤＮＶＫＧ（配列番号５６；ＨＣＤＲ２）、ＥＹＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号５１；ＨＣＤＲ３）、［クローン１５Ｅ０２］、または
（ｈ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号５７；ＨＣＤＲ２）、ＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０；ＨＣＤＲ３）、［クローン０９ＨＯ２］、または
（ｉ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５；ＨＣＤＲ３）、［クローン１６Ｂ０９］、または
（ｊ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４；ＨＣＤＲ２）、ＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０；ＨＣＤＲ３）、［クローンＭＨ１］、または
（ｋ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５；ＨＣＤＲ３）、［クローンＭＨ２］、または
（ｌ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＴＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号５８；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５；ＨＣＤＲ３）、［クローンＭＨ３］、または
（ｍ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９；ＨＣＤＲ３）、［クローンＭＨ４］、または
（ｎ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＴＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号５８；ＨＣＤＲ２）、ＥＹＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号５１；ＨＣＤＲ３）、［クローンＭＨ５］、または
（ｏ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮ（配列番号５０；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＴＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号５８；ＨＣＤＲ２）、ＥＹＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号５１；ＨＣＤＲ３）、［クローンＴＴＰ］、または
（ｐ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＥＩＳＴＹＬＳ（配列番号２６１；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＳＰＬＴ（配列番号２６２；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５；ＨＣＤＲ３）、［クローン１５Ｇ１１−ＤＩ９］、または
（ｑ）アミノ酸配列ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１；ＬＣＤＲ１）、ＡＡＳＳＬＤＴ（配列番号２６３；ＬＣＤＲ２）、ＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３；ＬＣＤＲ３）、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４；ＨＣＤＲ１）、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５；ＨＣＤＲ２）、ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５；ＨＣＤＲ３）、［クローン１５Ｇ１１−ＤＩ５］。
【００６１】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＴＹＬＳ（配列番号２６１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＳＰＬＴ（配列番号２６２）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＴ（配列番号２６３）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号１９）のＨＣＤＲ２、およびＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｅ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｆ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＨ（配列番号２７）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｇ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２８）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＧＹＬＳ（配列番号３０）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、
（ｈ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＮＶＫＧ（配列番号３１）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、または
（ｉ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ならびにＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有する。
【００６２】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、この場合において当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において当該ＶＨ領域は、表７または８のＶＨ領域アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含有し、当該ＶＬ領域は、表６または８のＶＬ領域アミノ酸配列のいずれか１つを含有する。
【００６３】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３６を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２５を含有し、
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３２を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２１を含有し、
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５３を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５４を含有し、
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５５を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５６を含有し、
（ｅ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２８を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２１７を含有し、
（ｆ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２９を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２１８を含有し、
（ｇ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３０を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２１９を含有し、
（ｈ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３１を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２０を含有し、
（ｉ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３３を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２２を含有し、
（ｊ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３４を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２３を含有し、
（ｋ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３５を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２４を含有し、
（ｌ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３７を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２６を含有し、または
（ｍ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３８を含有し、かつ、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２７を含有する。
【００６４】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域アミノ酸配列は、配列番号２３６に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、ＶＬ領域アミノ酸配列は、配列番号２２５に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である；
（ｂ）ＶＨ領域アミノ酸配列は、配列番号２３２に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、ＶＬ領域アミノ酸配列は、配列番号２２１に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である；
（ｃ）ＶＨ領域アミノ酸配列は、配列番号２５３に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、ＶＬ領域アミノ酸配列は、配列番号２５４に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である；または
（ｄ）ＶＨ領域アミノ酸配列は、配列番号２５５に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、ＶＬ領域アミノ酸配列は、配列番号２５６に対し、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である。
【００６５】
一部の態様において、本明細書に規定される抗体または抗原結合部分は、単離されてもよい。
【００６６】
本明細書に規定される抗体分子または抗原結合部分は、ＥＲＢＢ３への結合を、本明細書に開示されるＣＤＲセットを含有する抗体またはその抗原結合部分と交差競合できる。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗ＥＲＢＢ３抗体又はその抗原結合部分を提供するものであって、当該抗体または抗原結合部分は、本明細書に開示されるＣＤＲセットを含む抗体または抗原結合部分と、ＥＲＢＢ３への結合に関して交差競合して、また（ａ）完全生殖細胞系列ヒトフレームワークアミノ酸配列を含み、および／または（ｂ）ＬＣＤＲ２中に異性化部位を含有せず、および／または（ｃ）ＨＣＤＲ２中に「ＤＧ」異性化部位を含有せず、および／または（ｄ）ＨＣＤＲ３中の２位に酸化部位を含有せず、および／または（ｅ）そのｖ−ドメイン中の予測される外来性ヒトＴ細胞受容体結合ペプチドの数が、ｈ２４Ｃ０５と比較して少なく、および／または（ｆ）そのｖ−ドメイン中に予測される外来性ヒトＴ細胞受容体結合ペプチドを含まない。一部の実施形態では、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分は、ＨＣＤＲ３中の２位（例えば、Ｗ）に酸化部位を含有しない。
【００６７】
「交差競合する」、「交差競合」、「交差遮断する」、「交差遮断される」、および「交差遮断すること」という用語は本明細書において相互交換可能に使用され、抗体またはその部分がもつ、標的ＥＲＢＢ３（例えば、ヒトＥＲＢＢ３）に対する直接結合または本発明の抗ＥＲＢＢ３抗体のアロステリック調節を介した間接的結合を干渉する能力を意味する。抗体またはその部分が、別物質による標的結合に干渉することができる度合、つまり本発明により交差遮断する、または交差競合すると言えるかどうかは、競合結合アッセイを使用して決定され得る。結合競合アッセイの一例は、ＨＴＲＦ法（Ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ  Ｔｉｍｅ  Ｒｅｓｏｌｖｅｄ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ）である。１つの特に適した定量的交差競合アッセイは、ＦＡＣＳ系またはＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎ系の方法を使用して、標識（例えばＨｉｓタグ化、ビオチン化、または放射性標識）された抗体またはその部分と、他の抗体またはその部分との間の、標的への結合に関する競合を測定する。概して、交差競合抗体またはその部分は、例えば、アッセイの間に、および第二の抗体またはその部分の存在下で、本発明の免疫グロブリン単一可変ドメインまたはポリペプチドの記録される変位が、所与の量で存在する潜在的に交差遮断する抗体またはその断片による、（例えばＦＡＣＳ系競合アッセイにおける）理論上の最大変位（例えばコールド（例えば非標識）抗体または交差遮断されるために必要なその断片による変位）の１００％以下となるように、交差競合アッセイにおいて標的に結合することとなるものである。交差競合抗体またはその部分は、１０％〜１００％、または５０％〜１００％の記録される変位を有することが好ましい。
【００６８】
本明細書に規定される抗体分子または抗原結合部分は、１つまたは複数の置換、欠失および／または挿入を含んでもよく、それらにより例えばグリコシル化部位（Ｎ結合型またはＯ結合型）、脱アミノ化部位、リン酸化部位または異性化／断片化部位などの翻訳後修飾（ＰＴＭ：ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）部位が除去される。
【００６９】
３５０を超えるタイプのＰＴＭが公知である。重要なＰＴＭの型としては、リン酸化、グリコシル化（Ｎ結合型およびＯ結合型）、ＳＵＭＯ化、パルミトイル化、アセチル化、硫酸化、ミリストイル化、プレニル化、および（Ｋ残基およびＲ残基の）メチル化が挙げられる。特定のＰＴＭの原因となる推定アミノ酸部位を特定するための統計的手法は、当分野に周知である（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６，Ｎａｔｕｒｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  １：６５８８−１３２１を参照のこと）。例えば置換、欠失および／または挿入によりそうした部位を除去し、次いで任意で（ａ）結合活性、および／または（ｂ）ＰＴＭの消失を検証（実験的に、および／または理論的に）することが予期される。
【００７０】
例えば、２４Ｃ０５マウスＬＣＤＲ２（本明細書に規定される、すなわちアミノ酸配列ＡＡＳＴＬＤＳ（配列番号１１））は、６位の残基に推定異性化部位を有すると特定されている。本発明のＬＣＤＲ２中の同等の位置にあるこの部位を、例えばＤの置換（例えば、Ｑへの）により除去することが予期される（例えばクローンＭＨ２、ならびに表３および４の他のクローンと同様に）。
【００７１】
さらなる例では、２４Ｃ０５マウスＨＣＤＲ２（本明細書に規定される、すなわちアミノ酸配列ＶＳＴＩＳＤＧＧＴＹＴＹＹＰＤＮＶＫＧ（配列番号５））は、６位の残基（Ｄ）に推定異性化部位を有すると特定されている。本発明のＨＣＤＲ２中の同等の位置にあるこの部位の、例えばＧの置換（例えば、ＳまたはＤへの）による、化学修飾リスクにおける還元が予期される（例えばクローン１５Ｇ１１、および表３および表４に見られる他のクローンと同様に）。
【００７２】
さらなる例では、２４Ｃ０５マウスＨＣＤＲ３（本明細書に規定される、すなわちアミノ酸配列ＥＷＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号６））は、２位の残基（Ｗ）に推定酸化部位を有すると特定されている。本発明のＬＣＤＲ１中の同等の位置にあるこの部位を、Ｗの置換（例えば、ＬまたはＹへの）により除去することが予期される（例えばクローン１５Ｇ１１、および表３および表４に見られる他のクローンと同様に）。
【００７３】
抗体分子またはその抗原結合部分は、ヒト、ヒト化またはキメラであってもよい。
【００７４】
抗体分子またはその抗原結合部分は、１つまたは複数のヒト可変ドメインフレームワークスキャホールドを含有してもよく、その中にはＣＤＲが挿入されている。例えば、ＶＨ領域、ＶＬ領域、またはＶＨ領域およびＶＬ領域の両方が、１つまたは複数のヒトフレームワーク領域のアミノ酸配列を含有してもよい。
【００７５】
抗体分子またはその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−１１ヒト生殖細胞系列スキャホールドを含有してもよく、その中には対応するＨＣＤＲ配列が挿入されている。抗体分子またはその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−１１ヒト生殖細胞系列スキャホールドのアミノ酸配列を含有するＶＨ領域を含有してもよく、その中には対応するＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３のアミノ酸配列のセットが挿入されている。
【００７６】
抗体分子またはその抗原結合部分は、ＩＧＫＶ１−３９ヒト生殖細胞系列スキャホールドを含有してもよく、その中には対応するＬＣＤＲ配列が挿入されている。抗体分子またはその抗原結合部分は、ＩＧＫＶ１−３９ヒト生殖細胞系列スキャホールドのアミノ酸配列を含有するＶＬ領域を含有してもよく、その中には対応するＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列のセットが挿入されている。
【００７７】
抗体分子またはその抗原結合部分は、中に対応するＨＣＤＲ配列が挿入されているＩＧＨＶ３−１１ヒト生殖細胞系列スキャホールドと、中に対応するＬＣＤＲ配列が挿入されているＩＧＫＶ１−３９ヒト生殖細胞系列スキャホールドとを含有してもよい。抗体分子またはその抗原結合部分は、中に対応するＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３のアミノ酸配列のセットが挿入されているＩＧＨＶ３−１１ヒト生殖細胞系列スキャホールドのアミノ酸配列を含有するＶＨ領域と、中に対応するＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列のセットが挿入されているＩＧＫＶ１−３９ヒト生殖細胞系列スキャホールドのアミノ酸配列を含有するＶＬ領域とを含有してもよい。ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列は、表４のクローンのいずれか１つのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列であってもよい（６つすべてのＣＤＲ配列が、同じクローン由来である）。
【００７８】
一部の態様では、抗体分子またはその抗原結合部分は、免疫グロブリン定常領域を含有してもよい。一部の実施形態では、免疫グロブリン定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２である。追加的な実施形態では、免疫グロブリン定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ１ヌル、ＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２である。抗体分子またはその抗原結合部分は、免疫学的に不活性な定常領域を含有してもよい。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分は、野生型ヒトＩｇＧ１定常領域か、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、およびＧ２３７Ａのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域か、またはＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７ＡおよびＰ３３１Ｓのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域かを含有する免疫グロブリン定常領域を含有してもよい。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分は、野生型ヒトＩｇＧ２定常領域または野生型ヒトＩｇＧ４定常領域を含有する、免疫グロブリン定常領域を含有してもよい。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、表９のアミノ酸配列のうちのいずれか１つを含有する免疫グロブリン定常領域を含有してもよい。表９のＦｃ領域配列は、ＣＨ１ドメインから始まる。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、ヒトＩｇＧ４、ヒトＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）、ヒトＩｇＧ２、ヒトＩｇＧ１、ヒトＩｇＧ１−３ＭまたはヒトＩｇＧ１−４ＭのＦｃ領域のアミノ酸配列を含有する免疫グロブリン定常領域を含有してもよい。例えば、ヒトＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）のＦｃ領域は、野生型のヒトＩｇＧ４のＦｃ領域と比較して以下の置換を含有する：Ｓ２２８Ｐ。例えば、ヒトＩｇＧ１−３ＭのＦｃ領域は、野生型のヒトＩｇＧ１のＦｃ領域と比較して以下の置換を含有する：Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５ＡおよびＧ２３７Ａ。一方で、ヒトＩｇＧ１−４ＭのＦｃ領域は、野生型のヒトＩｇＧ１のＦｃ領域と比較して以下の置換を含有する：Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７ＡおよびＰ３３１Ｓ。一部の態様では、免疫グロブリン分子の定常領域中のアミノ酸残基の位置は、ＥＵの命名法（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５  Ｔｈｅｒａｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：７７−９４）に従って番号付けされる。一部の態様では、免疫グロブリン定常領域は、ＲＤＥＬＴ（配列番号２４８）モチーフ、またはＲＥＥＭ（配列番号２４９）モチーフ（表９の下線部分）を含有してもよい。ＲＥＥＭ（配列番号２４９）アロタイプは、ＲＤＥＬＴ（配列番号２４８）アロタイプよりも少ないヒト集団に存在する。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する免疫グロブリン定常領域を含有してもよい。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、表４のクローンのいずれか１つの６つのＣＤＲアミノ酸配列、および表９のＦｃ領域アミノ酸配列のいずれか１つを含有してもよい。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、表９のＦｃ領域アミノ酸配列のいずれか１つを含有する免疫グロブリン重鎖定常領域、およびカッパ軽鎖定常領域またはラムダ軽鎖定常領域である免疫グロブリン軽鎖定常領域を含有してもよい。
【００７９】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域、軽鎖可変（ＶＬ）領域、および重鎖定常領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＴＹＬＳ（配列番号２６１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＳＰＬＴ（配列番号２６２）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＴ（配列番号２６３）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号１９）のＨＣＤＲ２、およびＥＬＧＤＹＤＧＦＤＹ（配列番号２０）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＤＳ（配列番号２２）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＳＭＳ（配列番号２４）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＴＹＴＹＹＰＤＳＶＫＧ（配列番号２５）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｅ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｆ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＨ（配列番号２７）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＥＩＳＳＹＬＳ（配列番号２１）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｇ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２８）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＧＹＬＳ（配列番号３０）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＹＴ（配列番号２３）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、 
（ｈ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＧＧＳＹＴＹＹＡＤＮＶＫＧ（配列番号３１）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＦ（配列番号１５）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有し、または
（ｉ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、ＧＦＴＦＳＤＹＧＭＳ（配列番号１３）のＨＣＤＲ１、ＶＳＴＩＳＤＳＧＳＹＩＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１４）のＨＣＤＲ２、およびＥＷＧＤＹＤＧＦＤＥ（配列番号２９）のＨＣＤＲ３を含有し、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＳ（配列番号１６）のＬＣＤＲ１、ＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号１７）のＬＣＤＲ２、およびＬＱＹＤＳＴＰＬＴ（配列番号１８）のＬＣＤＲ３を含有し、ならびに重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する。   
【００８０】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域、軽鎖可変（ＶＬ）領域、および重鎖定常領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３６を含有し、または配列番号２３６からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２５を含有し、または配列番号２２５からなり、および重鎖定常領域は、野生型ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ４定常領域、野生型ヒトＩｇＧ２定常領域、野生型ヒトＩｇＧ１定常領域、またはＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、およびＧ２３７Ａのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域を含有し、
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３２を含有し、または配列番号２３２からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２１を含有し、または配列番号２２１からなり、および重鎖定常領域は、野生型ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ４定常領域、野生型ヒトＩｇＧ２定常領域、野生型ヒトＩｇＧ１定常領域、またはＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、およびＧ２３７Ａのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域を含有し、
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５３を含有し、または配列番号２５３からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５４を含有し、または配列番号２５４からなり、および重鎖定常領域は、野生型ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ４定常領域、野生型ヒトＩｇＧ２定常領域、野生型ヒトＩｇＧ１定常領域、またはＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、およびＧ２３７Ａのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域を含有し、または
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５５を含有し、または配列番号２５５からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５６を含有し、または配列番号２５６からなり、および重鎖定常領域は、野生型ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ４定常領域、野生型ヒトＩｇＧ２定常領域、野生型ヒトＩｇＧ１定常領域、またはＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、およびＧ２３７Ａのアミノ酸置換を含有するヒトＩｇＧ１定常領域を含有する。
【００８１】
一部の態様において、本明細書は、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を開示するものであり、当該抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域、軽鎖可変（ＶＬ）領域、および重鎖定常領域を含有し、この場合において、
（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３６を含有し、または配列番号２３６からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２５を含有し、または配列番号２２５からなり、および重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する； 
（ｂ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２３２を含有し、または配列番号２３２からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２２１を含有し、または配列番号２２１からなり、および重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する； 
（ｃ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５３を含有し、または配列番号２５３からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５４を含有し、または配列番号２５４からなり、および重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する；または
（ｄ）ＶＨ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５５を含有し、または配列番号２５５からなり、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、配列番号２５６を含有し、または配列番号２５６からなり、および重鎖定常領域は、配列番号２３９〜２４５のいずれか１つを含有する。 
【００８２】
一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、免疫エフェクターが無効であってもよい。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分は、免疫エフェクター機能を誘導せず、任意で免疫エフェクター機能を抑制する。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体は、ヒトＦｃγＲＩ受容体、ＦｃγＲＩＩａ受容体、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体、およびＦｃγＲＩＩＩｂ受容体への測定可能な結合を欠いてもよいが、ヒトＦｃγＲＩＩｂ受容体への結合は維持し、任意で、ヒトＦｃＲｎ受容体への結合も維持する。ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩａ、およびＦｃγＲＩＩＩｂは、活性化受容体の例示である。ＦｃγＲＩＩｂは、阻害性受容体の例示である。ＦｃＲｎは、リサイクル受容体の例示である。一部の態様では、抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分のヒトＦｃ受容体への結合アフィニティは、ビアコア（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標））解析により測定されてもよい。一部の態様では、ＨＴＲＦ法（Ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ  Ｔｉｍｅ  Ｒｅｓｏｌｖｅｄ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ）を使用して、ヒトＦｃ受容体への抗ＥＲＢＢ３抗体の結合を試験することができる。ＨＴＲＦ法の１つの例において、ヒトＩｇＧ１（野生型）が標識され、一揃いのＦｃガンマ受容体も同様にされ、次いで組換えＦｃ断片を含む抗体が、力価測定競合に使用される。一部の態様では、ＥＲＢＢ３陽性細胞と、ヒト白血球および抗ＥＲＢＢ３抗体とが混合されてもよく、そしてＣＤＣ、ＡＤＣＣおよび／またはＡＤＣＰによる細胞殺傷が測定されてもよい。一部の態様では、ヒトＩｇＧ１−３Ｍ（表９を参照）のＦｃ領域のアミノ酸配列を含有する抗ＥＲＢＢ３抗体は、エフェクターが無効である。一部の態様では、ヒトＩｇＧ１−３Ｍ（表９を参照）のＦｃ領域のアミノ酸配列を含有する抗ＥＲＢＢ３抗体は、エフェクターが無効でない。
【００８３】
抗体分子またはその抗原結合部分は、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）２断片、Ｆｖ断片、四量体抗体、四価抗体、多特異性抗体（例えば二価抗体）、ドメイン特異的抗体、単一ドメイン抗体、モノクローナル抗体、または融合タンパク質であってもよい。１つの実施形態では、抗体は、第一の抗原と第二の抗原とに特異的に結合する二特異性抗体であってもよく、この場合において第一の抗原はＥＲＢＢ３であり、第二の抗原はＥＲＢＢ３ではない。抗体分子、ならびにその構築方法および使用方法は、例えばＨｏｌｌｉｇｅｒ  ＆  Ｈｕｄｓｏｎ  （２００５，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３（９）：１１２６−１１３６）に記載されている。
【００８４】
本発明の別の態様では、治療剤に結合された、本明細書に規定される本発明の抗体分子またはその抗原結合部分を含有する免疫結合体が提供される。
【００８５】
適切な治療剤の例示としては、細胞毒素、放射性同位体、化学療法剤、免疫調節剤、抗血管新生剤、抗増殖剤、アポトーシス促進剤、ならびに細胞増殖抑制酵素および細胞溶解性酵素（例えば、ＲＮＡｓｅ）が挙げられる。さらなる治療剤としては、例えば免疫調節剤、抗血管新生剤、抗増殖剤またはアポトーシス促進剤をコードする遺伝子などの治療用核酸が挙げられる。これら薬剤の記述子は、相互排他的ではなく、ゆえに治療剤は、上述の用語の１つまたは複数を使用して記載されてもよい。
【００８６】
免疫結合体における使用に適した治療剤の例としては、タキサン、メイタンシン、ＣＣ−１０６５、およびデュオカルマイシン、カリケアミシンおよび他のエンジイン、ならびにオーリスタチン（ａｕｒｉｓｔａｔｉｎ）が挙げられる。他の例としては、抗葉酸剤、ビンカアルカロイド、およびアントラサイクリンが挙げられる。植物毒素、他の生物活性タンパク質、酵素（すなわちＡＤＥＰＴ）、放射性同位体、光増感剤が、免疫結合体において使用されてもよい。さらに結合体は、細胞毒性剤として二次的な担体、例えばリポソームまたはポリマーなどを使用して作製され得る。適切な細胞毒素としては、細胞の機能を阻害または妨害し、および／または細胞の破壊をもたらす薬剤が挙げられる。代表的な細胞毒素としては、抗生物質、チューブリン重合の阻害剤、ＤＮＡに結合し、破壊するアルキル化剤、そしてタンパク質合成を破壊する、または例えばタンパク質キナーゼ、ホスファターゼ、トポイソメラーゼ、酵素およびサイクリンなどの必須の細胞タンパク質の機能を破壊する薬剤が挙げられる。
【００８７】
代表的な細胞毒素としては、以下に限定されないが、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、アクラルビシン、ゾルビシン、ミトキサントロン、エピルビシン、カルビシン、ノガラマイシン、メノガリル、ピタルビシン（ｐｉｔａｒｕｂｉｃｉｎ）、バルルビシン、シタラビン、ゲムシタビン、トリフルリジン、アンシタビン、エノシタビン、アザシチジン、ドキシフルジン（ｄｏｘｉｆｌｕｈｄｉｎｅ）、ペントスタチン、ブロクスジン（ｂｒｏｘｕｈｄｉｎｅ）、カペシタビン、クラドビン（ｃｌａｄｈｂｉｎｅ）、デシタビン、フロクスジン（ｆｌｏｘｕｈｄｉｎｅ）、フルダラビン、グーゲロチン、ピューロマイシン、テガフール、チアゾフン（ｔｉａｚｏｆｕｈｎ）、アダマイシン（ａｄｈａｍｙｃｉｎ）、シスプラチン、カルボプラチン、シクロフォスファミド、ダカルバジン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、メクロレタミン、プレドニゾン、プロカルバジン、メトトレキサート、フルロウラシル（ｆｌｕｒｏｕｒａｃｉｌ）、エトポシド、タキソール、タキソールアナログ、例えばシスプラチンおよびカルボプラチンなどのプラチン類、マイトマイシン、チオテパ、タキサン、ビンクリスチン、ダウノルビシン、エピルビシン、アクチノマイシン、オースラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、タモキシフェン、イダルビシン、ドラスタチン／オーリスタチン（ａｕｒｉｓｔａｔｉｎ）、ヘミアステリン（ｈｅｍｉａｓｔｅｒｌｉｎ）、エスペラミシン、ならびにマイタンシノイドが挙げられる。
【００８８】
適切な免疫調節剤としては、腫瘍に対するホルモンの作用を遮断する抗ホルモン剤、およびサイトカイン産生を抑制する、自己抗原発現を下方制御する、またはＭＨＣ抗原をマスクする免疫抑制剤が挙げられる。
【００８９】
さらに、本明細書に規定される本発明の抗体分子またはその抗原結合部分をコードする核酸分子も提供される。核酸分子は、本明細書に記載される抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分の、（ａ）ＶＨ領域のアミノ酸配列、（ｂ）ＶＬ領域のアミノ酸配列、または（ｃ）ＶＨ領域とＶＬ領域の両方のアミノ酸配列をコードしてもよい。一部の態様では、本明細書に規定される核酸分子が単離されてもよい。
【００９０】
さらに、本明細書に規定される本発明の核酸分子を含有するベクターが提供される。ベクターは、発現ベクターであってもよい。
【００９１】
また、本明細書に規定される本発明の核酸分子またはベクターを含有する宿主細胞も提供される。宿主細胞は、組換え宿主細胞であってもよい。
【００９２】
さらなる態様において、抗ＥＲＢＢ３抗体および／またはその抗原結合部分を作製する方法も提供され、当該方法は、当該抗体および／もしくはその抗原結合部分の発現ならびに／または産生が生じる条件下で、本発明の宿主細胞を培養することと、当該宿主細胞または培養物から、当該抗体および／またはその抗原結合部分を単離することと、を含む。
【００９３】
本発明の別の態様において、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される本発明の核酸分子、または本明細書に規定される本発明のベクターを含有する医薬組成物が提供される。
【００９４】
本発明はまた、細胞においてＥＲＢＢ３シグナル伝達を阻害する方法を提供し、当該方法は、本明細書に記載の抗ＥＲＢＢ３抗体分子またはその抗原結合部分に細胞を接触させることを含む。一部の実施形態では、本発明の抗ＥＲＢＢ３抗体分子または抗原結合部分が、ＥＲＢＢ３を単量体型に固定する。
【００９５】
さらに、対象において免疫反応を強化する方法が提供され、当該方法は、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される本発明の核酸分子の有効量、または本明細書に規定される本発明のベクターの有効量、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物の有効量を当該対象に投与することを含む。一部の実施形態では、本発明の抗ＥＲＢＢ３抗体分子または抗原結合部分は、抗体エフェクター機能が介在する結合を介して対象の免疫細胞を結合する。
【００９６】
さらなる態様において、対象において癌を治療または予防する方法が提供され、当該方法は、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される本発明の核酸分子の有効量、または本明細書に規定される本発明のベクターの有効量、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物の有効量を当該対象に投与することを含む。
【００９７】
例えば、癌は、胃腸間質性癌（ＧＩＳＴ）、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、肺癌、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳腫瘍または中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、食道癌、子宮頸癌、子宮癌または子宮内膜癌、口腔または咽頭の癌、肝癌、腎癌、精巣癌、胆管癌、小腸癌または虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨肉腫、軟骨肉腫、または血液組織の癌であり得る。
【００９８】
本発明はさらに、癌の治療における使用のための、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体、または本明細書に規定される本発明の核酸分子、または本明細書に規定される本発明のベクター、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物を提供する。
【００９９】
別の態様において、本発明は、例えば抗癌剤などの第二の治療剤と組み合わされる併用において、別個に使用する、連続して使用する、または同時に使用するための、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、または免疫結合体、または核酸分子、または使用のためのベクター、または治療方法を提供する。
【０１００】
さらなる態様において、癌の治療のための医薬品の製造における、本明細書に規定される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分の使用、または本明細書に規定される本発明の免疫結合体の使用、または本明細書に規定される本発明の核酸分子の使用、または本明細書に規定される本発明のベクターの使用、または本明細書に規定される本発明の医薬組成物の使用が提供される。
【０１０１】
本発明はさらに、対象において自己免疫性疾患もしくは炎症性疾患を治療または予防する方法を提供するものであり、当該方法は、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される核酸分子の有効量、または本明細書に規定されるベクターの有効量、または本明細書に規定される医薬組成物の有効量を当該対象に投与することを含む。
【０１０２】
例えば、自己免疫性疾患または炎症性疾患は、関節炎、喘息、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス、グレーブス病および橋本甲状腺炎、または強直性脊椎炎であり得る。
【０１０３】
また、自己免疫性疾患または炎症性疾患の治療における使用のための、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される免疫結合体、または本明細書に規定される核酸分子、または本明細書に規定されるベクター、または本明細書に規定される医薬組成物が提供される。
【０１０４】
さらに、自己免疫性疾患または炎症性疾患の治療のための医薬品の製造における、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の使用、または本明細書に規定される免疫結合体の使用、または本明細書に規定される核酸分子の使用、または本明細書に規定されるベクターの使用、または本明細書に規定される医薬組成物の使用が提供される。
【０１０５】
本発明はさらに、対象において心血管疾患もしくは線維症を治療または予防する方法を提供するものであり、当該方法は、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の有効量、または本明細書に規定される免疫結合体の有効量、または本明細書に規定される核酸分子の有効量、または本明細書に規定されるベクターの有効量、または本明細書に規定される医薬組成物の有効量を当該対象に投与することを含む。
【０１０６】
また、心血管疾患または線維症の治療における使用のための、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分、または本明細書に規定される免疫結合体、または本明細書に規定される核酸分子、または本明細書に規定されるベクター、または本明細書に規定される医薬組成物が提供される。
【０１０７】
さらに、心血管疾患または線維症の治療のための医薬品の製造における、本明細書に規定される抗体分子もしくはその抗原結合部分の使用、または本明細書に規定される免疫結合体の使用、または本明細書に規定される核酸分子の使用、または本明細書に規定されるベクターの使用、または本明細書に規定される医薬組成物の使用が提供される。
【０１０８】
本発明の任意の態様における心血管疾患は、例えば冠動脈心疾患またはアテローム性動脈硬化症であってもよい。
【０１０９】
本発明の任意の態様における線維症は、例えば、心筋梗塞、狭心症、変形性関節症、肺線維症、喘息、嚢胞性線維症、または気管支炎であってもよい。
【０１１０】
一実施形態において、本発明は、治療における使用のための本明細書に開示されるアミノ酸配列を含有する抗ＥＲＢＢ３抗体またはその抗原結合部分を提供する。
【０１１１】
本発明の医薬組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含有してもよい。薬学的に許容可能な賦形剤は、二次的な反応を引き起こさない医薬組成物に入れられる化合物または化合物の組み合わせであってもよく、例えば、抗ＥＲＢＢ３抗体分子の投与の促進、その持続期間の延長、および／もしくは体内におけるその有効性の増加、または溶液中の可溶度の上昇を可能にする。これら薬学的に許容可能なビヒクルは周知であり、抗ＥＲＢＢ３抗体分子の投与形態の効果に応じて当業者により適合される。
【０１１２】
一部の実施形態では、抗ＥＲＢＢ３抗体分子は、凍結乾燥されて提供され、投与前に再構成されてもよい。例えば凍結乾燥された抗体分子は、滅菌水で再構成され、個体への投与前に生理食塩水と混合される。
【０１１３】
抗ＥＲＢＢ３抗体分子は通常、医薬組成物の形態で投与され、当該医薬組成物は、抗体分子に加えて少なくとも１つの構成要素を含有してもよい。したがって医薬組成物は、抗ＥＲＢＢ３抗体分子に加えて、薬学的に許容可能な賦形剤、担体、緩衝剤、安定剤、または当業者に周知の他の物質を含有してもよい。そうした物質は、非毒性でなければならず、そして抗ＥＲＢＢ３抗体分子の効能に干渉してはならない。担体または他の物質の正確な性質は、投与経路に依存することとなり、これは、以下に検討されるように、ボーラス、点滴、注射または任意の他の適切な経路であってもよい。
【０１１４】
例えば注射などによる皮下投与または静脈内投与などの非経口投与に関しては、抗ＥＲＢＢ３抗体分子を含有する医薬組成物は、発熱物質を含まず、そして適切なｐＨ、等張性および安定性の非経口に受容可能な水溶液の形態であってもよい。当業者であれば、例えば塩化ナトリウム注射溶液、リンゲル注射溶液、乳酸リンゲル注射溶液などの等張ビヒクルを使用して適切な溶液を調製することができる。保存剤、安定剤、緩衝剤、抗酸化剤、および／または他の添加剤を必要に応じて採用してもよく、例えばリン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤；アスコルビン酸およびメチオニンなどの抗酸化剤；保存剤（例えばオクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルアルコールまたはベンジルアルコール；例えばメチルパラベンまたはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レソルシノール；シクロヘキサノール；３’−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量ポリペプチド；例えば血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリンなどのタンパク質；例えばポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリシンなどのアミノ酸；グルコース、マンノースまたはデキストリンなどの単糖、二糖および他の炭水化物；例えばＥＤＴＡなどのキレート剤；例えばショ糖、マンニトール、トレハロースまたはソルビトールなどの糖類；例えばナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えばＺｎ−タンパク質錯体）；および／または例えばＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤が挙げられる。
【０１１５】
抗ＥＲＢＢ３抗体分子を含有する医薬組成物は、治療される状態に応じて、単独で投与されてもよく、または他の治療と併用されて、同時に、または連続のいずれかで投与されてもよい。
【０１１６】
本明細書に記載の抗ＥＲＢＢ３抗体分子は、ヒトまたは動物の身体の治療方法に使用されてもよく、治療には、予防的または防止的な治療が含まれる（例えば、個体において症状が発生する前に、当該個体において当該症状が発生するリスクを低下させるため、その発生を遅延させるため、または発生後の重症度を低下させるための治療）。治療方法は、抗ＥＲＢＢ３抗体分子を、その必要のある個体に投与することを含んでもよい。
【０１１７】
投与は通常、「治療有効量」でされ、これは、患者に対し有益性を示すのに充分な量である。そうした有益性は、少なくとも１つの症状の少なくとも改善であってもよい。投与される実際の量、投与速度、および投与の経時変化は、治療されるものの、特に治療される哺乳動物の、性質および重症度、個々の患者の臨床状態、障害の原因、組成物の送達部位、投与方法、投与スケジュール、および医療従事者がわかっている他の因子に依存することとなる。例えば用量の決定などの治療の指示は、一般開業医および他の医師の責の範囲内にあり、治療される疾患の症状の重症度、および／または治療される疾患の進行に依存し得る。抗体分子の適切な投与量は、当分野に周知である（Ｌｅｄｅｒｍａｎｎ  Ｊ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ４７：６５９−６６４；Ｂａｇｓｈａｗｅ  Ｋ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ａｎｔｉｂｏｄｙ，Ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ａｎｄ  Ｒａｄｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  ４：９１５−９２２）。具体的な用量は、本明細書において、またはＰｈｙｓｉｃｉａｎ’ｓ  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  （２００３）において示され、投与される薬剤のタイプに応じた用量が、使用され得る。抗体分子の治療有効量または適切な用量は、そのインビトロ活性と、動物モデルにおけるインビボ活性とを比較することにより決定され得る。マウスおよび他の被験動物における有効用量を、ヒトに外挿する方法は公知である。正確な投与量は、抗体が予防用であるかまたは治療用であるか、治療される領域の大きさおよび位置、抗体の正確な性質（例えば全抗体、断片）および抗体に付加された任意の検出可能な標識または他の分子の性質をはじめとする多くの因子に依存することとなる。
【０１１８】
典型的な抗体投与量は、全身投与に対しては１００μｇ〜１ｇ、また局所投与に対しては１μｇ〜１ｍｇの範囲である。初回に高い負荷投与量で、その後は１回または複数回の低投与量が投与されてもよい。典型的には、抗体は、例えばＩｇＧ１アイソタイプ、ＩｇＧ１ヌルアイソタイプまたはＩｇＧ４アイソタイプなどの全抗体である。これは成人患者の単回治療用の投与量であり、小児および幼児に対しては相対的に調整され得、そして分子量に比例して他の抗体形式にも調整され得る。治療は、医師の裁量で毎日、週２回、毎週、または毎月の間隔で繰り返され得る。個々の治療スケジュールは、抗体組成物の薬物動態および薬力学的性質、投与経路、ならびに治療される症状の性質に依存し得る。
【０１１９】
治療は定期的であってもよく、投与の間の期間は、約２週間またはそれ以上であってもよく、例えば約３週間以上、約４週間以上、約１カ月に１回以上、約５週間以上、または約６週間以上であってもよい。例えば、治療は、２週〜４週ごと、または４週〜８週ごとであってもよい。治療は、外科手術の前、および／もしくは後に行われてもよく、ならびに／または外科的治療もしくは浸潤的手順の解剖学的位置に直接投与または適用されてもよい。適切な製剤および投与経路は、上記に記載される。
【０１２０】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＥＲＢＢ３抗体分子は、皮下注射として投与されてもよい。皮下注射は、例えば長期間または短期間の予防／治療用の自己注射器を使用して投与されてもよい。
【０１２１】
一部の実施形態では、抗ＥＲＢＢ３抗体分子の治療効果は、血清抗体半減期の数倍の間、持続し得、投与量に依存する。例えば抗ＥＲＢＢ３抗体分子の単回投与の治療効果は、個体において、１カ月以上、２カ月以上、３カ月以上、４カ月以上、５カ月以上、または６カ月以上、持続し得る。
【０１２２】
本発明はさらに、ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合し、および任意でアカゲザルのＥＲＢＢ３にも特異的に結合する抗体分子、またはその抗原結合部分を作製する方法を提供するものであり、当該方法は、
（１）非ヒト源由来の抗ＥＲＢＢ３  ＣＤＲをヒトｖ−ドメインフレームワーク内に移植し、ヒト化抗ＥＲＢＢ３抗体分子またはその抗原結合部分を作製する工程、
（２）ＣＤＲ中に１つまたは複数の変異を含有する当該ヒト化抗ＥＲＢＢ３抗体分子またはその抗原結合部分のクローンのファージライブラリーを作製する工程、
（３）ヒトＥＲＢＢ３への結合について、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３への結合についても当該ファージライブラリーを選択する工程、
（４）選択する工程（３）から、ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合する、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合するクローンをスクリーニングする工程、ならびに
（５）ヒトＥＲＢＢ３に特異的に結合し、および任意でアカゲザルＥＲＢＢ３にも特異的に結合する抗体分子、またはその抗原結合部分を、工程（４）から選択されたクローンから作製する工程、を含む。
【０１２３】
当該方法は、工程（４）で選択されたクローンに基づき、例えば工程（４）で選択されたクローンのＣＤＲ中の特定の位置でのさらなる探索的な突然変異誘導に基づき、追加のクローンを作製して、ヒト化を強化し、および／またはヒトＴ細胞エピトープ含量を最小化し、および／または工程（５）で作製された抗体分子もしくはその抗原結合部分の製造特性を改善するさらなる工程を含んでもよい。
【０１２４】
上述の方法に適用可能な改善は、以下の実施例１に記載されるとおりである。
【０１２５】
本明細書で用いる場合、“ＥＲＢＢ３”の語は、ＥＲＢＢ３の生物学的活性の少なくとも一部を保持する、ＥＲＢＢ３タンパク質およびそのバリアントを指す。本明細書において使用される場合、ＥＲＢＢ３は、ヒト、ラット、マウスおよびニワトリを含むすべての哺乳動物種のネイティブ配列ＥＲＢＢ３を含む。“ＥＲＢＢ３”の語は、ヒトＥＲＢＢ３のバリアント、アイソフォームおよび種のホモログを含むために使用される。本発明の抗体は、ヒト以外の種に由来するＥＲＢＢ３、特にアカゲザル（Ｍａｃａｃａ  ｍｕｌａｔｔａ）由来のＥＲＢＢ３と交差反応し得る。ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３アミノ酸配列の例を、表１０に提供する。ある実施形態では、抗体は、完全にヒトＥＲＢＢ３に特異的であってもよく、非ヒトとの交差反応性を呈さなくてもよい。
【０１２６】
本明細書において使用される場合、本発明の抗体の文脈において使用される場合の「アンタゴニスト」、または「抗ＥＲＢＢ３アンタゴニスト抗体」（「抗ＥＲＢＢ３抗体」と相互交換可能に称される）とは、ＥＲＢＢ３に結合することができる、ならびにＥＲＢＢ３の生物学的活性を阻害することができる、および／またはＥＲＢＢ３シグナル伝達により介在される下流経路を阻害することができる抗体を指す。抗ＥＲＢＢ３アンタゴニスト抗体には、例えばＥＲＢＢ３に対する受容体結合および／または細胞反応の惹起など、ＥＲＢＢ３シグナル伝達により介在される下流経路を含めた、（有意に）ＥＲＢＢ３の生物学的活性（を含めた）を遮断する、拮抗する、抑制する、または低下させることができる抗体を包含する。本発明の目的に対し、「抗ＥＲＢＢ３アンタゴニスト抗体」という用語は、ＥＲＢＢ３それ自体、およびＥＲＢＢ３の生物学的活性、または活性もしくは生物学的活性の結果が、任意の意義のある程度に実質的に無効化される、減少される、または中和されるすべての用語、タイトル、ならびに機能的状態および機能的特性を包含することが明示的に理解されるであろう。
【０１２７】
他の受容体よりも高いアフィニティ、高いアビディティ、より容易に、および／またはより長い期間、ＥＲＢＢ３と結合する場合、当該抗体は、ＥＲＢＢ３に「特異的に結合する」、「特異的に相互作用する」、「優先的に結合する」、「結合する」または「相互作用する」。
【０１２８】
「抗体分子」は、例えば炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に、免疫グロブリン分子の可変領域中に位置する少なくとも１つの抗原認識部位を介して特異的に結合することができる免疫グロブリン分子である。本明細書において使用される場合、「抗体分子」という用語は、インタクトなポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体のみならず、任意の抗原結合断片（例えば「抗原結合部分」）またはその一本鎖、抗体を含む融合タンパク質、ならびに例えば限定されないが、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体（例えばサメ抗体およびラクダ科抗体）、マキシボディ、ミニボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ−ＮＡＲ、およびｂｉｓ−ｓｃＦｖを含む抗原認識部位を含有する免疫グロブリン分子の任意の他の改変構造体も包含する。
【０１２９】
「抗体分子」は、例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、またはＩｇＭ（またはそのサブクラス）などの任意のクラスの抗体を包含するが、抗体はいずれか特定のクラスのものである必要はない。その重鎖の定常領域の抗体アミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンは、様々なクラスに割り当てられ得る。免疫グロブリンにはＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭの５種類の主要なクラスがある。これらのうちのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）に分けられる場合があり、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２がある。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常領域はそれぞれアルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、およびミューと呼ばれる。このサブユニットの構造、および様々なクラスの免疫グロブリンの三次元構造は周知である。
【０１３０】
抗体分子の「抗原結合部分」という用語は、本明細書において使用される場合、ＥＲＢＢ３に特異的に結合する能力を保持する、インタクトな抗体の１つまたは複数の断片を指す。抗体分子の抗原結合機能は、インタクトな抗体の断片により実現され得る。抗体分子の「抗原結合部分」という用語に包含される結合断片の例示としては、Ｆａｂ；Ｆａｂ’；Ｆ（ａｂ’）２；ＶＨドメインとＣＨ１ドメインとからなるＦｄ断片；抗体の１つのアームのＶＬドメインおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）断片、および単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。
【０１３１】
「Ｆｃ領域」という用語は、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を規定するために使用される。「Ｆｃ領域」は、天然配列のＦｃ領域またはバリアントのＦｃ領域であってもよい。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は変化し得るが、ヒトＩｇＧ重鎖のＦｃ領域は通常、Ｃｙｓ２２６の位置のアミノ酸残基、またはＰｒｏ２３０の位置のアミノ酸残基から、そのカルボキシル末端に及ぶと規定される。Ｆｃ領域中の残基の番号付けは、ＫａｂａｔにあるＥＵインデックスの番号である。免疫グロブリンのＦｃ領域は通常、ＣＨ２とＣＨ３の２つの定常ドメインを含有する。当分野に知られているように、Ｆｃ領域は、二量体型または単量体型で存在し得る。
【０１３２】
抗体の「可変領域」とは、抗体軽鎖の可変領域または抗体重鎖の可変領域の、いずれか単独または組み合わせを指す。当分野に知られているように、重鎖および軽鎖の可変領域は各々、超可変領域としても知られている３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）に繋がる４つのフレームワーク領域（ＦＲ）からなり、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する。ＣＤＲに隣接するＦＲを選択するとき、例えば抗体のヒト化または最適化を行うとき、同じ基準クラスのＣＤＲ配列を含有する抗体由来のＦＲが好ましい。
【０１３３】
本出願において使用されるＣＤＲの定義は、当分野で創出された多くの異質的な、しばしば矛盾するスキームにおいて使用されるドメインを組み合わせており、免疫グロブリンレパートリー分析と、遊離状態および抗原との共結晶状態の抗体の構造分析との組み合わせに基づいている（Ｓｗｉｎｄｅｌｌｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６，ａｂＹｓｉｓ：Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ−Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ，Ａｎａｌｙｓｉｓ，ａｎｄ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．［ＰＭＩＤ：２７５６１７０７；Ｅｐｕｂ  ２２  Ａｕｇｕｓｔ  ２０１６］によるレビューを参照のこと）。本明細書において使用されるＣＤＲの定義（「統合」定義）は、そうしたすべての過去の洞察の教示を組み込んでおり、潜在的に標的−結合の相補性を介在する完全な残基の状況を抽出するために必要なすべての適切なループ位置を含む。
【０１３４】
表１は、本明細書に規定される２４Ｃ０５マウス抗ＥＲＢＢ３抗体のＣＤＲのアミノ酸配列（「統合」スキーム）を、同じＣＤＲを規定する周知の代替的な系と比較して示している。
【０１３５】
本明細書において使用される場合、「保存的置換」という用語は、アミノ酸を、機能活性を大きく有害には変化させない別のアミノ酸で置換することを指す。「保存的置換」の好ましい例は、１つのアミノ酸を、以下のＢＬＯＳＵＭ  ６２置換マトリクス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ＆  Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，１９９２，ＰＮＡＳ  ８９：１０９１５−１０９１９を参照のこと）において０以上の値（≧０）を有する別のアミノ酸で置換することである。
【０１３６】
【化１】
2021515544.tif 000003
【０１３７】
「モノクローナル抗体」（Ｍａｂ）という用語は、例えば任意の真核細胞クローン、原核細胞クローンもしくはファージクローンなどの１つのコピーまたはクローンから誘導された抗体またはその抗原結合部分を指し、それが作製された方法ではない。本発明のモノクローナル抗体は、均質、または実質的に均質な集団で存在することが好ましい。
【０１３８】
「ヒト化」抗体分子とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する配列を最小限に含有するキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはその断片（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、または他の抗原結合性の抗体下位配列）である、非ヒト（例えばマウス）抗体分子またはその抗原結合部分の形態を指す。ヒト化抗体は、レシピエントのＣＤＲ由来の残基が、所望の特異性、アフィニティおよび能力を有する例えばマウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲ由来の残基で置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）であってもよい。
【０１３９】
「ヒト抗体または完全ヒト抗体」とは、ヒト抗体遺伝子を担持するトランスジェニックマウスから誘導された、またはヒト細胞から誘導された抗体分子またはその抗原結合部分を指す。
【０１４０】
「キメラ抗体」という用語は、可変領域配列が１つの種に由来し、定常領域配列は別の種に由来する抗体分子またはその抗原結合部分を指すことが意図され、例えば、可変領域配列はマウス抗体に由来し、定常領域配列はヒト抗体に由来する抗体分子などである。
【０１４１】
「抗体−薬剤結合体」および「免疫結合体」とは、ＥＲＢＢ３に結合する、抗体誘導体を含めた抗体分子またはその抗原結合部分であって、細胞傷害剤、細胞増殖抑制剤、および／または治療剤と結合された抗体分子またはその抗原結合部分を指す。
【０１４２】
本発明の抗体分子、またはその抗原結合部分は、例えば組換え技術、ファージディスプレイ技術、合成技術、またはそうした技術もしくは当分野に既に公知である他の技術との組み合わせなどの当分野に周知の技術を使用して作製され得る。
【０１４３】
「単離された分子」（分子が、例えばポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体である場合）という用語は、その起源または誘導の源によって、（１）自然状態では付随する天然の関連構成要素と関連していない分子、（２）同じ種由来の他の分子を実質的に含まない分子、（３）異なる種由来の細胞により発現された分子、または（４）自然に発生しない分子である。したがって、化学的に合成された分子、または天然での起源である細胞とは異なる細胞系で発現された分子は、その天然の関連構成要素から「単離される」。さらに分子は、当分野に周知の精製技術を使用した単離によって、天然の関連構成要素を実質的に含まない状態にされ得る。分子純度または均質性は、当分野に周知の多くの手段により解析され得る。例えばポリペプチドサンプルの純度は、当分野に周知の技術を使用してポリアクリルアミドゲル電気泳動を使用し、ゲルを染色してポリペプチドを可視化して解析されてもよい。ある目的に対し、ＨＰＬＣ、または精製分野で周知の他の手段を使用することにより、さらに高い分解能が提供される場合がある。
【０１４４】
「エピトープ」という用語は、抗体分子の抗原結合領域のうちの１つまたは複数で抗体分子に認識され、結合されることができる分子の部分、またはその抗原結合部分を指す。エピトープは、一次、二次または三次のタンパク質構造の規定領域からなる場合があり、抗体またはその抗原結合部分の抗原結合領域に認識される標的の二次構造単位または二次構造ドメインの組み合わせを含む。同じくエピトープは、例えばアミノ酸または糖側鎖などの規定の化学的に活性な分子の表面群からなる場合があり、特定の三次元構造特性ならびに特定の電荷特性を有する場合がある。本明細書において使用される場合、「抗原性エピトープ」という用語は、当分野に周知の任意の方法、例えば従来的な免疫アッセイ法、抗体競合結合アッセイ、またはｘ線結晶法もしくは関連する構造決定法（例えばＮＭＲ）により決定されたときに、抗体分子が特異的に結合することができるポリペプチドの部分として規定される。
【０１４５】
「結合アフィニティ」または「ＫＤ」という用語は、特定の抗原−抗体の相互作用の解離速度を指す。ＫＤは、「ｏｆｆ−ｒａｔｅ（ｋｏｆｆ）」とも呼ばれる解離速度の、「ｏｎ−ｒａｔｅ（ｋｏｎ）」、すなわち会合速度に対する比率である。ゆえにＫＤは、ｋｏｆｆ  ／  ｋｏｎに等しく、モル濃度（Ｍ）として表される。従って、ＫＤが小さくなると、結合アフィニティは強くなる。ゆえにＫＤが１μＭであれば、ＫＤが１ｎＭの場合と比較して結合アフィニティが弱いことを示す。抗体のＫＤ値は、当分野に確立された方法を使用して決定され得る。抗体のＫＤの決定方法の１つは、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用するものであり、典型的には、例えばビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））システムなどのバイオセンサーシステムを使用する。
【０１４６】
「有効性」という用語は、生物活性の測定値であり、本明細書に記載のＥＲＢＢ３活性アッセイにおいて測定される活性の５０％を阻害する、抗原ＥＲＢＢ３に対する抗体または抗体薬剤結合体のＩＣ５０すなわち有効濃度として表す場合もある。
【０１４７】
本明細書において使用される場合、「有効量」または「治療有効量」という文言は、所望の治療結果を実現するために必要な（用量での、および期間に対する、および投与手段に対する）量を指す。有効量は、活性剤の、対象に治療上有益な影響を与えるために必要な少なくとも最小量であるが、対象に毒性のある量よりは少ない量である。
【０１４８】
本発明の抗体分子の生物活性に関して本明細書において使用される場合、「阻害する」または「中和する」という用語は、限定されないが、ＥＲＢＢ３に対する抗体分子の生物活性、または抗体分子とＥＲＢＢ３の結合相互作用を含む、阻害されるものの例えば進行または重症度を実質的に拮抗する、妨げる、予防する、抑える、減速させる、破壊する、除去する、停止させる、低下させる、または反転させる抗体の能力を意味する。
【０１４９】
「宿主細胞」には、ポリヌクレオチド挿入物の組み込みのためのベクターに対するレシピエントであってもよく、またはレシピエントである個々の細胞または細胞培養物を含む。宿主細胞は、単一宿主細胞の子孫物を含み、当該子孫物は、自然の、偶発的な、または意図的な変異により、元の親細胞と完全に同一（形態において、またはゲノムＤＮＡの相補体において）であるとは限らない場合がある。宿主細胞には、本発明のポリヌクレオチドをインビボでトランスフェクトされた細胞が含まれる。
【０１５０】
本明細書において使用される場合、「ベクター」とは、宿主細胞において、関心の１つまたは複数の遺伝子または配列を送達することができる、そして好ましくは発現することができる構築物を意味する。ベクターの例としては限定されないが、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡまたはＲＮＡの発現ベクター、プラスミド、コスミドまたはファージベクター、カチオン縮合剤と会合したＤＮＡまたはＲＮＡの発現ベクター、リポソーム中に封入されたＤＮＡまたはＲＮＡの発現ベクター、および例えば産生細胞などの特定の真核細胞が挙げられる。
【０１５１】
本明細書において使用される場合、別段が示唆されない限り、「治療すること」という用語は、そうした用語が適用される障害もしくは症状、またはそうした障害もしくは症状の１つまたは複数症状を反転させる、改善させる、その進行を阻害する、その進行を遅延させる、発症を遅延させる、または予防することを意味する。本明細書において使用される場合、別段の示唆が無い限り、「治療」という用語は、上述に規定される治療の行為を指す。「治療すること」という用語は、対象のアジュバント療法およびネオアジュバント療法も含む。誤解を避けるために、本明細書において「治療」という言及は、治癒的、緩和的、および予防的な治療に対する言及を含む。誤解を避けるために、本明細書において「治療」という言及は、治癒的、緩和的、および予防的な治療に対する言及もさらに含む。
【０１５２】
本明細書において、実施形態は、「含む、含有する」という文言で記載されているか、さもなければ「〜からなる」および／または「本質的に〜からなる」として記載される類似した実施形態も提供されることを理解されたい。
【０１５３】
本発明の態様または実施形態が、マーカッシュ群または他の択一的な群で記載されている場合、本発明は、概して列挙される群全体のみならず、当該群の各メンバーを個々に、および当該主要群のうちの可能性のあるすべての亜群、そして当該群メンバーの１つまたは複数を欠いた主要群も包含する。本発明はさらに、請求される本発明の群メンバーのいずれかの１つまたは複数の明白な除外を予期するものである。
【０１５４】
別段の規定がない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって普遍的に理解される意味と同じ意味を有する。矛盾が生じる場合、本明細書が定義を含めて主導をとるものとする。本明細書および特許請求の範囲の全体を通じて、「含む、含有する」という文言、または例えば「含む、含有する」または「含むこと、含有すること」といった変化形は、記述される整数値の含有、または整数値の群の含有を示唆するが、任意の他の整数値または整数値の群の除外は示唆しないと理解される。文脈により別段であることを要しない限り、単数形の用語は複数を含むものとし、複数形は単数を含むものとする。「例えば」という用語の後に続くあらゆる例示は、包括的または限定であることは意味しない。
【０１５５】
本発明の実施は、別段の示唆が無い限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の従来的な技術を採用し、それら技術は当分野の技術範囲内にある。
【０１５６】
本発明の特定の非限定的な実施形態を、添付の図面を参照しながら記載することとする。
【実施例】
【０１５７】
実施例１．最適化抗ＥＲＢＢ３治療用抗体の作製
イントロダクション
本実施例において、本発明者らは、アンタゴニスト性の最適化抗ＥＲＢＢ３抗体パネルの作製に成功した。これら抗ＥＲＢＢ３抗体は良好に発現され、生物物理的に安定であり、溶解度が高く、そして好ましいヒト生殖細胞系列に対し最大のアミノ酸配列同一性を有している。
【０１５８】
材料及び方法
ＥＲＢＢ３ライブラリーの作製および選択
ＥＲＢＢ３  Ｆａｂ変異誘発レパートリーは、大量オリゴ合成およびＰＣＲにより組み立てられた。このライブラリーは、配列が異なる全ての位置における生殖細胞系列ヒトＣＤＲ残基またはマウスＣＤＲ残基をサンプリングするために設計されただけでなく、例えばＨＣＤＲ１およびＨＣＤＲ３内の重要な選択されたＣＤＲ位置におけるシステイン以外の全てのアミノ酸をサンプリングした。次いで増幅されたＦａｂレパートリーを制限酵素−ライゲーションを介してファージミドベクター内にクローニングし、大腸菌ＴＧ−１細胞内に形質転換した。ファージレパートリーは、原則として過去に詳述されるようにレスキューされた（Ｆｉｎｌａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ６８１：３８３−４０１）。
【０１５９】
ファージ選択は、ストレプトアビジン磁気マイクロビーズをビオチン化ＥＲＢＢ３標的タンパク質（ヒトまたはアカゲザルのいずれか）でコーティングし、ビーズをＰＢＳで３回洗浄して、５％スキムミルクタンパク質を加えたＰＢＳ  ｐＨ７．４中に再懸濁させることにより実施された。これらビーズは、選択のラウンド１では１００ｎＭの標的タンパク質でコーティングされており、その後の３回の連続ラウンドでは抗原濃度は減少した。各ラウンドにおいて、ファージはトリプシンを使用して溶出され、その後、ＴＧ１細胞内に再感染された。
【０１６０】
ペリプラズム抽出物の作製（小スケール）
個々の大腸菌クローンにおいて、可溶性Ｆａｂの産生が行われた。対数増殖期の大腸菌ＴＧ１細胞は、１−チオ−β−Ｄ−ガラクトピラノシドイソプロピルを用いて誘導された。可溶性Ｆａｂを含有するペリプラズム抽出物は、以下の凍結／融解サイクルにより作製された：細菌細胞沈殿物を一晩、−２０℃で凍結させ、その後室温で融解させ、ＰＢＳ  ｐＨ７．４中に再懸濁させた。室温で振とうし、遠心分離を行った後に、可溶性Ｆａｂを含有する上清を収集した。
【０１６１】
ＩｇＧの発現および精製
ｍ２４Ｃ０５およびｈ２４Ｃ０５を合わせたリードパネルの抗ＥＲＢＢ３抗体の重鎖ならびに軽鎖の可変ドメインをコードする哺乳動物コドン最適化合成遺伝子を、ＩｇＧ１ヌル（「ＩｇＧ１ヌル（ＩｇＧ１ｎｕｌｌ）」；正常免疫グロブリンＦｃエフェクター機能を無効にする、下方ヒンジ内にＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ変異を含有するヒトＩｇＧ１）またはＩｇＧ１およびヒトＣκドメインをそれぞれ含有する、哺乳動物発現ベクターにクローン化した。哺乳動物発現系において、重鎖および軽鎖を含有するベクターの共トランスフェクションを実施し、次いでプロテインＡ系のＩｇＧ精製、定量、ならびに変性ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよび非変性ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上でＱＣを行った。
【０１６２】
ＦａｂおよびＩｇＧに対する直接結合ＥＬＩＳＡ
組換えタンパク質に対するリードパネルの結合および交差反応性は、最初に結合ＥＬＩＳＡにより評価された。ヒトＥＲＢＢ３のヒトＦｃタグ化組換えタンパク質、およびアカゲザルＥＲＢＢ３のヒトＦｃタグ化組換えタンパク質で、ＭａｘｉＳｏｒｐ（商標）平底９６ウェルプレートの表面上を１μｇ／ｍｌでコーティングした。精製されたＩｇＧサンプルは、５００ｎＭから始まり０．００８ｎＭまでの２倍連続希釈で漸増して、コーティングされた抗原に結合できるようにした。Ｆａｂは、マウス抗ｃ−ｍｙｃ抗体、次いで西洋ワサビペルオキシダーゼに結合したロバ抗マウスＩｇＧを使用して検出した。ＩｇＧは、西洋ワサビペルオキシダーゼに結合したマウス抗ヒトＩｇＧを使用して検出した。結合シグナルは、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン基質溶液（ＴＭＢ）を用いて可視化され、吸光度は４５０ｎｍで測定した。
【０１６３】
ＩｇＧ１ｎｕｌｌヌル抗体に対する、Ａｌｐｈａｓｃｒｅｅｎエピトープ競合アッセイ
ＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎアッセイ（パーキンエルマー社）は、３８４ウェルの白色マイクロタイタープレート（グライナー社）において２５μｌの最終量で実施した。反応緩衝液は、１ｘＰＢＳ  ｐＨ７．３（Ｏｘｏｉｄ社、カタログ番号ＢＲ００１４Ｇ）および０．０５％（ｖ／ｖ）のＴｗｅｅｎ（登録商標）２０（シグマ社、カタログ番号Ｐ９４１６）を含有した。精製したＩｇＧサンプルは、１００ｎＭの最終濃度で始まる３倍連続希釈で漸増され、室温で２０分間、１ｎＭの最終濃度でビオチン化ヒトＥＲＢＢ３−Ｈｉｓ（Ａｃｒｏｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）とともにインキュベートした。親ＩｇＧおよび抗ヒトＩｇＧ１アクセプタービーズを添加し、混合物を室温で１時間インキュベートした。次いで、ストレプトアビジンドナービーズを添加し、室温で３０分間インキュベートした。発光は、ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルプレートリーダー（パーキンエルマー社）において測定され、ＥｎＶｉｓｉｏｎマネージャーソフトウェアを使用して解析した。値は、１秒当たりのカウント数（ＣＰＳ：Ｃｏｕｎｔｓ  Ｐｅｒ  Ｓｅｃｏｎｄ）として報告され、クロストークに対して補正した。
【０１６４】
単量体型のヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３溶液に対する、ＩｇＧアフィニティのビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））解析
精製したＩｇＧのアフィニティ（ＫＤ）は、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）３０００（ＧＥ社）上で、抗原溶液を用いてＳＰＲを介して決定した。マウス抗ヒト抗体（ＣＨ１特異的）を、２チャンネル用のウィザード指示に従い、ｐＨ４．５の酢酸緩衝液中、アミンカップリングを使用してＣＭ５センサーチップ上に２０００ＲＵレベルにまで固定した。１つのチャンネルは、バックグラウンドシグナルの補正用に使用した。標準的なランニング緩衝液であるＨＢＳ−ＥＰ  ｐＨ７．４を使用した。１０μｌの１０ｍＭグリシンをｐＨ１．５で、２０μｌ／分で単回注入することにより、再生を行った。ＩｇＧサンプルは、３０μｌ／分、５０ｎＭで２分間注入され、その後、６０秒間の解離速度（ｏｆｆ−ｒａｔｅ）が続いた。単量体抗原（ヒトＥＲＢＢ３  ＨｉｓタグしたまたはアカゲザルＥＲＢＢ３  Ｈｉｓタグ）は、３ｎＭから０．２ｎＭへと希釈する２倍連続希釈で、２分間、３０μｌ／分で注入され、次いで３００秒の解離速度が続いた。得られたセンサーグラム（ｓｅｎｓｏｒｇｒａｍ）は、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）  ３０００エバリュエーション（ＢＩＡｅｖａｌｕａｔｉｏｎ社）ソフトウェアを使用して解析した。ＫＤは、１：１のラングミュア結合モデルに対し、会合相および解離相の同時フィッティングを行うことにより算出した。
【０１６５】
ＩｇＧのフローサイトメトリー
精製したＩｇＧを、一過性トランスフェクトＨＥＫ−２９３細胞およびＨＥＫ−２９３野生型細胞上で発現したヒトならびにアカゲザルのＥＲＢＢ３に対する結合に関して、ＦＡＣにおいて試験した。ＩｇＧサンプルは、５００ｎＭに始まり０．００８ｎＭまでの３倍連続希釈で漸増した。ＩｇＧの結合は、ＦＩＴＣに結合したマウス抗ヒトＩｇＧを用いて検出した。結果は、フローサイトメーターのＢＬ−１チャンネル検出器（Ａｔｔｕｎｅ（商標）  ＮｘＴ  Ａｃｏｕｓｔｉｃ  Ｆｏｃｕｓｉｎｇ  Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ／ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）において、１サンプル当たり１００００個の細胞の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を検証することにより解析した。ＥＣ５０値は、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ社、カリフォルニア州ラホヤ）においてＭＦＩ値と、４つのパラメータとを使用して算出した。
【０１６６】
抗体ｖ−ドメインＴ細胞エピトープ含量：インシリコ分析
インシリコ技術（Ａｂｚｅｎａ社（Ａｂｚｅｎａ，Ｌｔｄ．））は、治療用抗体および治療用タンパク質中のＴ細胞エピトープの位置の特定に基づいており、抗体ｖ−ドメイン中の潜在的な免疫原性を評価するために使用した。ｉＴｏｐｅ（商標）を使用して、ヒトＭＨＣクラスＩＩに対して無差別的な高いアフィニティ結合を有するペプチドに関し、重要なリードのＶＬ配列およびＶＨ配列を解析した。無差別的な高いアフィニティのＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、薬剤タンパク質の臨床免疫原性に関する高いリスク指標であるＴ細胞エピトープの存在と相関すると考えられている。ｉＴｏｐｅ（商標）ソフトウェアは、ペプチドのアミノ酸側鎖と、３４種のヒトＭＨＣクラスＩＩアレルの開放末端結合溝（ｇｒｏｏｖｅ）内の特定の結合ポケット（特にポケット位置；ｐ１、ｐ４、ｐ６、ｐ７およびｐ９）との間の有益な相互作用を予測する。これらアレルは、広く存在する最も普遍的なＨＬＡ−ＤＲアレルであり、任意の特定の民族集団で最も多く存在するものによって起こる重み付けはない。当該アレルのうちの２０種が、「開いた」ｐ１構造を含有している。そして１４種が「閉じた」構造を含有しており、８３位のグリシンがバリンで置換されている。重要な結合残基の位置は、被験タンパク質配列にわたり８アミノ酸が重複している９ｍｅｒペプチドのインシリコ生成により取得される。このプロセスによって、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する、または結合しないペプチド同士を高い正確性で識別することに成功した。
【０１６７】
さらに、ＴＣＥＤ（商標）（Ｔ細胞エピトープデータベース（Ｔ  Ｃｅｌｌ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ（商標）））を使用して配列を解析し、過去にインビトロでの他のタンパク質配列のヒトＴ細胞エピトープマッピング解析により特定されたＴ細胞エピトープとの合致を検索した。ＴＣＥＤ（商標）を使用して、非関連タンパク質に由来するペプチドの大きな（１０，０００個を超えるペプチド）データベースに対する任意の被験配列と、抗体配列とを検索する。
【０１６８】
結果および考察
好ましいヒト生殖細胞系列ｖ−遺伝子へのＣＤＲ移植
アンタゴニストマウス抗ＥＲＢＢ３  ＩｇＧ  ２４Ｃ０５（２４Ｃ０５；国際公開第２０１１１３６９１１Ａ２号および表２を参照のこと）のＣＤＲを、ＣＤＲ移植法を使用して、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリンのｖ−ドメインフレームワーク配列スキャホールドに最初に導入した。最適な薬剤様性能を有する最終リード治療用ＩｇＧ化合物に向けて、遺伝子操作の努力を傾けるために、親抗体のＣＤＲを、「好ましい」生殖細胞系列スキャホールドのＩＧＨＶ３−１１およびＩＧＫＶ１−３９に移植することを選択した。それらスキャホールドは、良好な溶解性、高い物理的安定性を有することが知られており、発現されたヒト抗体レパートリーにおいて高頻度に使用されている。
【０１６９】
これらスキャホールドおよび移植されたＣＤＲの定義は、表２に概要を掲載した。このＣＤＲ移植のプロセスは周知であるが、ヒトｖ−ドメイン配列の所与のセットが非ヒトＣＤＲ移植にとって適切なアクセプターフレームワークとして機能するかどうかを予測するのは未だ困難である。不適切なフレームワークの使用は、標的結合機能の減少、タンパク質安定性の問題、さらには最終ＩｇＧの発現の低下につながり得る。そこでＣＤＲ突然変異誘導の鋳型としてＩＧＨＶ３−１１／ＩＧＫＶ１−３９移植が採用され、改善クローンの選択が行われた。
【０１７０】
ライブラリー作製およびスクリーニング
ＣＤＲが移植されたＩＧＫＶ１−３９／ＩＧＨＶ３−１１のｖ−ドメイン配列を、Ｆａｂファージディスプレイ形式に組み込み、突然変異誘導ライブラリーカセットを、オリゴ合成およびアセンブリにより作製した。最終Ｆａｂライブラリーをファージディスプレイベクター内にライゲートし、エレクトロポレーション法を介して大腸菌内に形質転換して、１．２×１０９個の独立したクローンを生成した。ライブラリーの構造品質は、９６個のクローンを配列解析することにより、両ｖ−ドメインにわたって検証された。この配列解析データにより、マウスまたはヒトいずれかの生殖細胞系列の各相違位置の残基をコードする位置は、効率的におよそ５０％の頻度でサンプリングされること、および全てのアミノ酸をコードすることを目的としたその位置が、完全なカバレッジを示すことが示された。ライブラリーは、ヘルパーファージＭ１３を使用してレスキューされ、選択はビオチン化されたヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３−Ｆｃタンパク質に対し、複数の別個のブランチにおいて実施された。
【０１７１】
選択後スクリーニングおよびＤＮＡシーケンシングにより、ＥＬＩＳＡ（図１Ａ）においてヒトおよびアカゲザルＥＲＢＢ３に強い結合と、Ａｌｐｈａｓｃｒｅｅｎアッセイ（図１Ｂ）においてヒトＥＲＢＢ３への２４Ｃ０５  ＩｇＧ１ヌルの結合の＞５０％の阻害とを示した、６５８個のヒトならびにアカゲザルＥＲＢＢ３結合Ｆａｂクローンの存在が明らかになった。これら６５８個のクローンの中で、フレームワーク配列は完全に生殖細胞系列を維持していた一方で、すべてのＣＤＲ中におけるヒト化変異も観察された（表３）。リードクローンは、ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３−Ｆｃの両方への結合に対するＥＬＩＳＡシグナルおよびＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎシグナルと比較したＣＤＲ生殖細胞系列化のレベルに基づき格付けされた。次いでこの格付けの上位９個のクローンのｖ−ドメインをＩｇＧ発現ベクターにサブクローニングし、以下のさらなる検証を行った（表４）。
【０１７２】
生殖細胞系列化変異は、ライブラリー選択から直接誘導されたリードクローンのすべてのＣＤＲにおいて観察されたが、配列解析を行うことで、ヒト化が最大となるようクローンをさらに設計することが可能となる可能性がある。したがって、ヒトおよびアカゲザルのタンパク質に対する結合シグナルを有する６５８個の配列−固有ヒットを使用して、この機能的に特徴解析された集団のＣＤＲにおけるマウスアミノ酸の保持頻度を解析した。位置的なアミノ酸保持頻度は、ＶＬドメインおよびＶＨドメインでの百分率として表されている（それぞれ図２Ａおよび２Ｂ）。ＲＦ＜７５％を有するマウス残基は、一連のコンビナトリアルデザインにおいて、標的−結合パラトープに必須ではない可能性がある位置とみなされ、生殖細胞系列化に対し開かれている可能性がある（表４）。こうした高アフィニティの開始クローンの驚くべき知見では、マウス残基の少数のみが、高度に積極的に選択されるということがわかった。実際には、ＨＣＤＲ１およびＨＣＤＲ２における９個のマウス残基のうち３個のみで、７５％より高い保持頻度を呈した（図２Ａ）。この解析は、ＨＣＤＲ３外側のＶＨ配列が、ＩＧＨＶ３−１１に対して極めて近い生殖系列同一性で与えられる可能性があることを強く示唆した。ＶＬドメインにおいて、ｈ２４Ｃ０５配列由来の１０個のマウスＣＤＲ残基のうち４個のみが、＞７５％の頻度で保持されていた（図３Ａ）。
【０１７３】
ＲＦ＞７５％のそれらマウス残基の、リードクローン集団において多く選択された残基との組合せを含有するデザインには、「ＭＨ」という接頭辞（ＭＨ＝最大限にヒト化（Ｍａｘｉｍａｌｌｙ  Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ））をつけた。合計で、５種のＭＨクローンが生成された。さらに、「ＴＴＰ」（ＴＴＰ＝完全に理論的に可能（Ｔｏｔａｌ  Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌｌｙ  Ｐｏｓｓｉｂｌｅ）クローンが生成され、高機能化した、エピトープ競合Ｆａｂスクリーンに存在する、最もヒト化された６個のＣＤＲ配列を組み合わせた。ＭＨ、ＴＴＰおよびライブラリー由来のクローンのｖ−ドメイン（表４）は、遺伝子合成により生成され、（コントロール抗体に加えて）ヒト発現ベクターにクローニングされ、ＩｇＧ１ヌル形式で作製された。すべてのＩｇＧが、哺乳動物細胞の一過性トランスフェクションから容易に発現され、精製された。
【０１７４】
リードＩｇＧの特異性および有効性の特徴解析
次いで上述の精製ＩｇＧを、直接力価測定ＥＬＩＳＡ形式において、ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３への結合に関して試験した（図３Ａおよび３Ｂ）。この解析により、ライブラリー由来クローンおよびデザイン（ＭＨ）クローンの大半が、ｈ２４Ｃ０５  ＩｇＧ１ヌルと同等またはｈ２４Ｃ０５  ＩｇＧ１ヌルよりも改善した、ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３に対する結合活性を保持することを示した。
【０１７５】
ビオチン化単量体型ヒトＥＲＢＢ３に対するｈ２４Ｃ０５  ＩｇＧ結合とのエピトープ競合に関するＩｇＧの試験が可能であるＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎアッセイを確立した。このアッセイにおいて、上位の性能を有するライブラリー由来ＩｇＧおよびデザインＩｇＧは、より効率的に識別された。全てのクローンは完全に濃度依存性の中和を示し、また多くのクローンはｈ２４Ｃ０５に対して同等または改善されたｈ２４Ｃ０５エピトープに関する競合を示したが（図４）、いくつかは、ＭＨ１を含む弱い作用のエピトープ競合を示した。
【０１７６】
結合アフィニティのビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））解析は、すべてのＩｇＧに関して、液相の単量体型ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３タンパク質に対して実施された。全ての場合において、低いＣｈｉ２値を伴う正確な１：１結合アフィニティが得られた（表５）。これらの解析から、ＦａｂおよびＩｇＧのＥＬＩＳＡならびにＡｌｐｈａｓｃｒｅｅｎアッセイにおいて最も高いＥＣ５０値およびＩＣ５０値を一貫して与えるライブラリー由来クローンは、ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３に対し最も高いアフィニティ結合も示したことが示された（表５）。重要なことは、これらアフィニティにおける改善は、アカゲザルでの結合でも反復され、これらクローンの大多数はヒトＥＲＢＢ３アフィニティの３倍以内のアフィニティを呈した。ヒトおよびアカゲザルの標的オルソログの間で４倍未満のアフィニティ差であることは、前臨床薬剤開発解析において非常に有益であり、これによって例えばサルの安全性試験、ＰＫおよびＰＤのモデリング試験などの有意に良好なデザインおよび解釈が可能となる。
【０１７７】
さらに、ＭＨおよびＴＴＰクローンのアフィニティの比較で、結合アフィニティの維持におけるＬＣＤＲ１の影響が確認されたが、これはそのＣＤＲ内の１１位における残基の「ＳからＮ」への変異が、ヒトＥＲＢＢ３に対して、クローンＭＨ５と比較してクローンＴＴＰに関するＫＤが約２倍欠如することをもたらすからである（表５）。クローンＭＨ２とＭＨ３との比較でもまた、ＭＨ３におけるＨＣＤＲ１の８位の残基の変異（ＡからＳ）と、ＨＣＤＲ２の１０位の残基の変異（ＹからＴ）がまた、クローンＭＨ２と比較して、ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３への結合アフィニティが約３倍欠如することをもたらすことが確認された（表５）。
【０１７８】
上記に概要を示した知見により、複数のクローンは、ＶＨドメインおよびＶＬドメインにおける最小限の非生殖細胞系列のアミノ酸（ＨＣＤＲ３を除くものであり、それには対応する生殖細胞系列がない）のみを保持しながら、ｈ２４Ｃ０５の高い結合アフィニティ（ｐＭ範囲における）、エピトープ特異性および種の交差反応性を保持することができることが確認された。ＶＨドメインのほぼ完全な生殖細胞系列化により、ヒトにおける免疫原性が有意に減少した。さらに、複数のクローンで観察された生殖細胞系列化変異は、抗体分子における製造および臨床開発品質でのわかっているリスクである、以下のｈ２４Ｃ０５のマウスＣＤＲに存在するいくつかのアミノ酸分解モチーフの除去または改善につながる：ＬＣＤＲ２の６位（Ｄ）における推定異性化リスクは、Ｑへの変異を介して除去され、ＨＣＤＲ２の６位および７位にある「ＤＧ」のアスパラギン酸異性化モチーフは、より低リスクのモチーフ「ＤＳ」に変換され、またＨＣＤＲ３の２位（Ｗ）にある推定酸化リスクは、ＹまたはＬへの変異によって除去される。一次配列におけるこれら改善は、経験的に予測することが困難であり、抗体療法の製造および臨床開発の両方における直接の結果であるが、これはそれらがすべて可能性のある安定性リスクモチーフであり、内在性の製品不均一性を導くことによる。こうしたリスクモチーフは、開発予算の問題につながり得、そこでインタクトな抗体の収率を最大化し、製品不均一性を最小限にするために、複数のプロセス改変がなされなくてはならない。分解モチーフはまた、臨床開発リスクでもあるが、これは体内で抗体分解が加速すると、分子の半減期と有効性との両方が低下する可能性があるからである。
【０１７９】
細胞膜でのリードＩｇＧ結合特異性のフローサイトメトリー解析
ＥＲＢＢ３に対する抗体を、フローサイトメトリーを介して、細胞表面での濃度依存性結合に関して分析した。ＨＥＫ−２９３細胞を、ヒトまたはアカゲザルのＥＲＢＢ３完全長ｃＤＮＡのいずれかで一過性トランスフェクトした。次いで抗ＥＲＢＢ３  ＩｇＧおよびアイソタイプコントロールを全て、ヒトトランスフェクト細胞（図５Ａ）およびアカゲザルトランスフェクト細胞（図５Ｂ）への結合に関して、５００〜０．００８ｎＭの濃度範囲にわたってＩｇＧ１ヌル形式で試験した。アイソタイプコントロール以外のすべてのＩｇＧが、ヒトおよびアカゲザルのＥＲＢＢ３＋細胞に対して強い濃度依存性の結合を示した。各ケースにおいて、最大ＭＦＩは、ＩｇＧ１アイソタイプコントロールに関して観察されたバックグラウンドシグナルよりも２０倍超高かった。
【０１８０】
抗体ｖ−ドメインＴ細胞エピトープ解析
インシリコ技術（Ａｂｚｅｎａ，Ｌｔｄ．社）は、治療用抗体および治療用タンパク質中のＴ細胞エピトープの位置の特定に基づいており、ｈ２４Ｃ０５およびリード抗体の１５Ｇ１１  ｖ−ドメイン両方の免疫原性の評価に使用した。ｖ−ドメイン配列の解析は、重複する９ｍｅｒペプチド（各々が最後のペプチドと８残基重複する）を用いて実施され、３４種のＭＨＣクラスＩＩアロタイプの各々に対して試験した。各９ｍｅｒを、ＭＨＣクラスＩＩ分子との潜在的な「適合」および相互作用に基づいてスコア化した。ソフトウェアにより算出されるペプチドスコアは、０〜１の間である。高い平均結合スコアを出したペプチド（ｉＴｏｐｅ（商標）スコアリング機能において＞０．５５）が強調された。ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドの＞５０％（すなわち３４種のアレルのうちの１７種）が高い結合アフィニティ（スコア＞０．６）を有する場合、そうしたペプチドは、「高アフィニティ」ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドとして規定され、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを含有するリスクが高いとみなされる。低アフィニティＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、多くのアレル（＞５０％）に、＞０．５５の結合スコア（しかし大部分は＞０．６ではない）で結合する。配列のさらなる解析は、ＴＣＥＤ（商標）を使用して実施された。この配列を使用して、ＢＬＡＳＴサーチによりＴＣＥＤ（商標）をデータ検索し、過去にＡｂｚｅｎａ  Ｌｔｄ．社で実施されたインビトロＴ細胞エピトープマッピング研究でＴ細胞反応を刺激した非関連タンパク質／抗体由来のペプチド（Ｔ細胞エピトープ）間で任意の高い配列相同性を特定した。
【０１８１】
ペプチドを、以下の４つのクラスに分類した：高アフィニティ外来物（「ＨＡＦ」−高免疫原性リスク）、低アフィニティ外来物（「ＬＡＦ」−低免疫原性リスク）、ＴＣＥＤ＋（過去にＴＣＥＤデータベースにおいて特定されたエピトープ）、および生殖細胞系列エピトープ（「ＧＥ」−高いＭＨＣクラスＩＩ結合アフィニティを有するヒト生殖細胞系列ペプチド配列）。生殖細胞系列エピトープの９ｍｅｒペプチドは、広範な生殖細胞系列ペプチドを用いた過去の研究により立証されたように、Ｔ細胞寛容によって免疫原性である可能性は低い。重要なことは、そうした生殖細胞系列のｖ−ドメインエピトープ（ヒト抗体定常領域中の類似配列によりさらに補助される）は、抗原提示細胞の細胞膜でのＭＨＣクラスＩＩ占有に関しても競合するため、Ｔ細胞刺激に必要とされる「活性化閾値」を達成するのに充分な外来性ペプチド提示のリスクを低下させることである。ゆえにＧＥ含量が高いことは、抗体治療剤の臨床開発において有益な性質である。
【０１８２】
この解析は、重要なリード１５Ｇ１１のＣＤＲにおけるヒト生殖細胞系列の同等物を伴ういくつかのマウス残基との置換にもかかわらず、Ｔｏｗｎｓｅｎｄらの方法では、ｈ２４Ｃ０５と比較して、ペプチドエピトープ含量において有意で有益な変化はもたらさなかった（図６Ａ、図６Ｂ）ことを示した。これに反して、１５Ｇ１１は、ｈ２４Ｃ０５（１０）に対してＧＥ含量（１１）を改善した一方で、１５Ｇ１１は、予期せずに、免疫原性が減少するのではなく増加したが、それが、新規ＬＡＦエピトープを２個含有していただけでなく、ＨＣＤＲ−１において高リスクのＴＣＥＤ＋  ＬＡＦも獲得していたからである。両抗体のｖ−ドメインフレームワーク領域（すなわち、ＣＤＲ配列の外側）は、生殖細胞系列の配列であったため（表２）、１５Ｇ１１における予測された免疫原性の変化の全ては、ＣＤＲ残基の生殖細胞系列化の結果として生じた。
【０１８３】
Ｔｏｗｎｓｅｎｄらの方法は、ｈ２４Ｃ０５に対してリードクローン１５Ｇ１１の有効性または免疫原性リスクのいずれも改善できていなかったため、ＣＤＲにおけるさらなる非ヒト生殖細胞系列の変異誘発の可能性を検証した。特定のアミノ酸変化の選択は、利用可能な生物物理データおよび生化学データにより影響を受けるが、例えば、二次および三次のタンパク質構造のみならず、アミノ酸側鎖のタンパク質のコアとの可能性のある相互作用を踏まえた親１５Ｇ１１配列の改変に対する拘束である。さらに、アミノ酸変化の選択は、ヒトレパートリーにおける任意の所与の位置において任意の特定のアミノ酸の出現の頻度により影響を受けた。そのため、所与の位置で出現することがなく、かつ構造に不利に影響を及ぼす傾向が高いであろうアミノ酸の導入は回避することを目指した。アミノ酸システインは、いつでも、凝集の問題を引き起こす可能性がある非対システイン残基の導入を回避することは考えられていなかった。各エピトープを、別個に解析して、無差別なＭＨＣクラスＩＩ結合を除去または減少する残基を特定し、次いで、提案されたエピトープバリアントを、１５Ｇ１１配列全体の文脈で解析して、可能性のある新規のエピトープが、隣接領域に導入されないことを確実にした。機能的に選択されたＣＤＲ配列群において、忍容されることが観察された変異の使用で、値が増加した（表３）。このプロセスは、予測された４つの重要なエピトープに行った。
【０１８４】
エピトープ１は、特定された最も高いリスクの（ＴＣＥＤ＋）エピトープであり、部分的にＶＨ  ＣＤＲ１と重複した（図７Ａ）。このように、この領域の範囲内での何らかの置換は、抗原への結合に影響を及ぼす可能性を有していた。ｉＴｏｐｅ（商標）解析によれば、この領域は、Ｙ３２（Ｋａｂａｔの番号付け）においてｐ１アンカーをもつ１つのＴ細胞エピトープからなる。限定された数の変化のみが、フレームワーク２に関して評価されたが、これはこの領域が、抗体間で高度に保存されており、幾つかの残基は、ＶＨ：ＶＬ界面を形成する役割を果たしているからである。フレームワーク領域と対照的に、ＣＤＲは、より大きな配列多様性を示すが、この多様性は、ＶＨのＣＤＲ３と比較して、ＶＨのＣＤＲ１および２では実質的にほとんど顕著でなかった。ＶＨのＣＤＲ１領域内では、いくつかの所与の位置に関して、いくつかのアミノ酸置換が、可能性のあるＴ細胞エピトープ結合を完全に無効にすることができるということが観察された。しかしながら、多くの場合では、これらアミノ酸は、その所与の位置でほとんど観察されないため、これらアミノ酸は除外された。提案される配列変化を、図７Ａに示す。このペプチドにおいて、以下の２つのエピトープ除去バリアントが優先された：ＹＳＭＳＷＩＲＱＡ（配列番号２５０）およびＹＧＭＳＷＶＲＱＡ（配列番号２５１）（両ケースにおいて下線を施した変異）。ＧからＳへの第一の変異が、ＴＣＥＤ＋エピトープを無効にした可能性があり、一方で、ＩからＶへの第二の変異が、ペプチド配列ＧＥを与えた可能性がある。
【０１８５】
エピトープ２は主にＶＬ  ＣＤＲ１内に存在するため、この領域の範囲内での何らかの置換を行うことは、抗原への結合に影響を及ぼす可能性を有していた。ｉＴｏｐｅ（商標）解析によれば、この領域は、Ｉ２９においてｐ１アンカーをもつ１つの可能性のあるＴ細胞エピトープからなる。フレームワーク２において、変化は最小限に保たれたが、これはこの領域が、抗体間で高度に保存されており、幾つかの残基は、ＶＨ：ＶＬ界面を形成する役割を果たしているからである。フレームワーク領域と対照的に、ＣＤＲは、より大きな配列多様性を示すが、この多様性は、ＶＨと比較したＶＬでは実質的にほとんど顕著でなく、またＶＬのＣＤＲ３と比較したＶＬのＣＤＲ１および２では実質的にほとんど顕著でない。ＶＬのＣＤＲ１領域内では、いくつかの所与の位置に関して、いくつかのアミノ酸置換が、可能性のあるＴ細胞エピトープ結合を完全に無効にすることができるということが観察された。しかしながら、多くの場合では、これらアミノ酸は、その所与の位置でほとんど観察されず、またそのため、これらアミノ酸は除外された。提案される配列変化を、図７Ｂに示す。
【０１８６】
エピトープ３は部分的にＶＬ  ＣＤＲ２と重複するため、この領域の範囲内での何らかの変異を行うことは、抗原への結合に影響を及ぼす可能性を有していた。ｉＴｏｐｅ（商標）解析によれば、この領域は、Ｉ４８においてｐ１アンカーをもつ１つの可能性のあるＴ細胞エピトープからなる。フレームワーク２に対する変化は最小限に維持されたが、これはこの領域が、抗体間で高度に保存されるからである。フレームワーク領域と対照的に、ＣＤＲは、より大きな配列多様性を示すが、この多様性は、ＶＨのＣＤＲと比較して、ＶＬのＣＤＲではほとんど顕著でなかった。ｉＴｏｐｅ（商標）解析より、コア９−ｍｅｒ内のほぼ全ての位置における大部分のアミノ酸置換が有害であり、ほぼ全ての置換に関して結合の増加が観察されることが観察された。可能性のあるＴ細胞エピトープ結合を無効にする、限定された数のアミノ酸置換が特定されたが、これらアミノ酸は、その所与の位置ではほぼ観察されないため、これらアミノ酸は除外された。提案される配列変化を、図７Ｃに示す。重要なことには、解析において、この領域におけるそうした多数の変化が、有害である可能性があったため、ＬＣＤＲ−２における選択された完全ＣＤＲバリアント（表３および４）を、それらのＴＣＲエピトープリスクについて検証した。驚くべきことに、ＬＣＤＲ−２配列ＡＡＳＴＬＱＳ（配列番号２６）は、このエピトープのＨＡＦペプチドリスク、およびｈ２４Ｃ０５における同様の高リスクＨＡＦエピトープ（ＩＹＡＡＳＴＬＤＳ（配列番号２５２））を完全に無効にすることが判明した。結果として、このＣＤＲ配列は、新規バリアントのサブセットにおいて優先して含有された。
【０１８７】
エピトープ４はＶＬ  ＣＤＲ３内に完全に存在するため、この領域の範囲内での何らかの置換を行うことは、抗原への結合に影響を及ぼす可能性を有していた。ｉＴｏｐｅ（商標）解析によれば、この領域は、Ｌ８９においてｐ１アンカーをもつ１つの可能性のあるＴ細胞エピトープからなる。考慮されるフレームワーク変化はなかった。フレームワーク領域と対照的に、ＣＤＲは、特にＣＤＲ３に関して、より高い配列多様性を示したため、発生に基づいて、そのアミノ酸置換は、この領域において除外されなかった。可能性のあるＴ細胞エピトープ両方の結合を部分的に無効にするいくつかの単一アミノ酸置換が、観察された。エピトープ４に影響をもつ提案する単一アミノ酸置換の変化を、図７Ｄに示す。
【０１８８】
各エピトープにおいてサンプリング対象の可能性のあるバリアントがいくつか存在していたため、有効性を保持するが、完全な脱免疫化クローンをもたらす可能性はある理想的な組み合わせを見出す試みで、１５Ｇ１１の１１個の新規バリアントを設計した。これら１５個のＩｇＧについてＶＬのｖ−ドメイン配列を表６に、ＶＨドメインを表７に示す。これらＩｇＧは、以下の機能的試験の前に、クローン化されてＩｇＧ１形式で発現された。
【０１８９】
１５Ｇ１１−ＤＩバリアント−ＩｇＧの特異性および有効性の特徴解析
はじめに、「ＤＩ」バリアントＩｇＧの１５Ｇ１１−ＤＩ１−１１を、ヒトＥｒｂＢ３（図８Ａ）およびアカゲザルＥｒｂＢ３（図８Ｂ）についてのそれらの結合特性についてＥＬＩＳＡで検証した。ヒトおよびアカゲザルのＥｒｂＢ３両方に対して、１５Ｇ１１−ＤＩ１１以外の全てのクローンが、強い標的結合を示し、曲線がｍ２４Ｃ０５およびｈ２４Ｃ０５両方と重複していた。
【０１９０】
ＥＬＩＳＡ結合が、アビディティ効果により強い影響を受けていたため、次いで、高感度の液相Ａｌｐｈａｓｃｒｅｅｎ競合アッセイを実施し、同時にｈ２４Ｃ０５との標的結合アフィニティおよびエピトープ競合保持について検証した（図９）。このアッセイにおいて、１５Ｇ１１−ＤＩ１１以外の全てのＩｇＧが、ヒトＥｒｂＢ３に対するｈ２４Ｃ０５の完全な濃度依存性阻害を示し、概して、ｈ２４Ｃ０５と同等またはｈ２４Ｃ０５より改善された有効性を伴っていた（図９）。ｍ２４Ｃ０５およびｈ２４Ｃ０５のＩｇＧが、それぞれ０．１６ｎＭおよび１．２５ｎＭのＩＣ５０値を示したが、これは、表５に示すこれら２つのＩｇＧ間のビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））アフィニティ値の相違と相関する。１５Ｇ１１−ＤＩ３、１５Ｇ１１−ＤＩ４、１５Ｇ１１−ＤＩ１０および１５Ｇ１１−ＤＩ１１は例外であり、これらの有効性は、ｈ２４Ｃ０５よりも低いようであった。
【０１９１】
ヒトおよびアカゲザルのＥｒｂＢ３（図１０Ａ、Ｂ）に対する結合のフローサイトメトリー解析において、全てのクローンが、完全飽和の、重複する結合曲線を示した。クローン１５Ｇ１１−ＤＩ５、１５Ｇ１１−ＤＩ６、１５Ｇ１１−ＤＩ７、１５Ｇ１１−ＤＩ８および１５Ｇ１１−ＤＩ９が、ヒトおよびアカゲザル両方のＥｒｂＢ３に対して最も高い結合を示し、ｍ２４Ｃ０５およびｈ２４Ｃ０５の両方とほぼ同等であった。
【０１９２】
治療用途のＣＤＲ組換え抗体における重要な開発可能性因子（ｄｅｖｅｌｏｐａｂｉｌｉｔｙ  ｆａｃｔｏｒ）には、「多反応性（ｐｏｌｙｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ）」が含まれない。多反応性は、任意の抗体の薬物動態学的および安全性の品質にとって重要なリスクである。脱免疫化リード抗体を確実にすることは危険性ではなく、それらを、確立された多反応性結合ＥＬＩＳＡアッセイで、ｄｓＤＮＡおよびヒトインスリンに対して検証した（Ａｖｅｒｙ  ｅｔ  ａｌ．ｍＡｂｓ，２０１８）。このアッセイで試験されたＩｇＧの大部分が（１５Ｇ１１−ＤＩ１０は例外である）、多反応性の結合の徴候を示さなかったが、これは、それらが、リスクのカットオフである１０未満で、かつ、陰性対照である臨床的に成功している抗体ベバシズマブおよびウステキヌマブのシグナルと同じまたは当該シグナル未満であるような、シグナルを示したからである（図１１）。陽性対照抗体のボコシズマブおよびブリアキヌマブは、これらのアッセイにおいて、予期された強いシグナルを示した。
【０１９３】
重要な脱免疫化リードにおいてＥｒｂＢ３阻害の完全な生物学的効果が保持されるか否かを確認するために、クローン１５Ｇ１１、１６Ｂ０９、１５Ｇ１１−ＤＩ５、１５Ｇ１１−ＤＩ６、１５Ｇ１１−ＤＩ７、１５Ｇ１１−ＤＩ８および１５Ｇ１１−ＤＩ９の全てを、幅広い濃度範囲にわたって、ＤｉｓｃｏｖｅｒＸ  ＰａｔｈＨｕｎｔｅｒ  ｅＸｐｒｅｓｓ  ＥｒｂＢ２−ＥｒｂＢ３機能性アッセイにおいて解析した（図１２Ａ〜Ｇ）。これら解析では、クローン１５Ｇ１１（図１２Ａ）、１６Ｂ０９（図１２Ｂ）、１５Ｇ１１−ＤＩ５（図１２Ｃ）および１５Ｇ１１−ＤＩ６（図１２Ｄ）の全てが、ｍ２４Ｃ０５およびｈ２４Ｃ０５両方に対してほぼ同一の有効性を維持することを示した。クローン１５Ｇ１１−ＤＩ７（図１２Ｅ）および１５Ｇ１１−ＤＩ８（図１２Ｆ）は、有効性がわずかに低かった。１５Ｇ１１−ＤＩ９に関しては、そのデータの曲線あてはめが信頼できなかったため（図１２Ｃ）、実験を繰り返し、当てはめが改善されて、１５Ｇ１１−ＤＩ９でもまたｈ２４Ｃ０５およびｍ２４Ｃ０５に対してほぼ同一の有効性を示していたが、これは重複する反応曲線で証明された（図１３）。
【０１９４】
これら重要な脱免疫化リードに関して、ＴＣＲエピトープ含量を再度検証したが（図１４Ａ〜１４Ｅ）、これにより、クローン１５Ｇ１１−ＤＩ８および１５Ｇ１１−ＤＩ９が、ｈ２４Ｃ０５および１５Ｇ１１と比較して有意に低下した免疫原性リスクを示したが、ここで最初の生殖細胞系列化プロセスでは、予期せずに、実際にｈ２４Ｃ０５よりも高いリスクを有していた（図６Ａ、図６Ｂ）。実際に、クローン１５Ｇ１１−ＤＩ９は、完全に不活性であることがわかり、予測された外来性ＴＣＲエピトープを全く含有せず、多数のＧＥペプチドのみを含有していた（１１）。
【０１９５】
本明細書に概要される解析を組み合わせると、驚くべきことに、これら抗体のＣＤＲにおいて、生殖細胞系列と非生殖細胞系列のアミノ酸の両方を深くサンプリングすることで、複数の最終分子において標的結合特異性、免疫原性リスク、有効性、生物物理的安定性および化学的安定性のリスクを同時に最適化することが可能となったことが示された。これら知見はまた、本明細書に記載された有益な脱免疫化の結果が、Ｔｏｗｎｓｅｎｄらの方法を用いて達成されることとならないことを実証した（２０１５；ＰＮＡＳ  １１２：１５３５４−１５３５９）。
【０１９６】
本発明は好ましい実施形態または例示的実施形態を参照して記載されているが、当業者であれば、本発明の主旨および範囲を逸脱することなくそれらに対する様々な改変および変動を行うことが可能であること、およびそうした改変は本明細書において予期されることが明白であると認識するであろう。本明細書に開示される、および添付の請求の範囲に記載される特定の実施形態に関し、限定は意図されておらず、何らの示唆もないものとする。
【０１９７】
本明細書に開示される、および添付の請求の範囲に記載される特定の実施形態に関し、限定は意図されておらず、何らの示唆もないものとする。限定されないが特許、特許出願、記事、書誌、および論文を含む本明細書に引用されるすべての書面、または書面の一部は、その全体ですべての目的に対し、参照により明示的に本明細書に組み込まれる。組み込まれた書面、または書面の一部の１つまたは複数が、本出願の用語定義と矛盾する用語を定義する場合、本出願にある定義が優先される。しかしながら、本明細書に引用されるすべての参照文献、記事、公表文献、特許、公表特許、および特許出願に関する言及は、それらが正当な先行技術を構成する、または世界の任意の国における普遍的で一般的な知識の一部を形成するという承認、または任意の形態の示唆として見なされず、または見なされるべきではない。
【表１】
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【表２】
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【表３−１】
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【表３−２】
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【表３−３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【表９】
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【表１０】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２−１】
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【図１２−２】
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【図１２−３】
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【図１２−４】
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【図１３】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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