(57)【要約】  本開示は、代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法を開示する。また、休眠細胞の存在を検出するためのインビトロ方法も開示されている。本開示は、がんの存在を検出および予測するためのインビトロ方法を開示する。本開示は、抗がん治療に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法を開示する。本開示は、がんを検出または予測またはモニタリングするために、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を分析する。多能性幹細胞マーカーの少なくとも１つのバイオマーカーの関連する使用が、検出または予測のインビトロ方法を含む処置の方法とともに、本明細書で開示されている。【特許請求の範囲】
【請求項１】
代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、
ａ）血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、
サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの増加が、代謝的に改変された細胞の存在を検出するためには、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較して、少なくとも２倍である、方法。
【請求項２】
休眠細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、
ａ）血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、
サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの増加が、休眠細胞の存在を検出するためには、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較して、多くとも１．９倍である、方法。
【請求項３】
がんを検出するためのインビトロ方法であって、
ａ）血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、
サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの増加が、がんを検出するためには、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較して、少なくとも１０倍である、方法。
【請求項４】
がんを予測するためのインビトロ方法であって、
ａ）血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、
サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加が、がんを予測するためには、少なくとも６倍である、方法。
【請求項５】
配列に基づくアッセイを行うことによって核酸を分析する工程をさらに含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
配列に基づくアッセイによって核酸を分析する工程により、がんの種類を検出する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも２倍である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも３倍である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも５倍である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、４０〜５０倍の範囲である、請求項１、３、または４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
抗がん治療に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、
ａ）抗がん治療中のある時点において、血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それにより抗がん治療に対する応答をモニタリングする工程であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照物における発現レベルと比較した減少が、抗がん治療に対する肯定的な応答を示すためには、少なくとも２倍であり、参照物が、（ｉ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｉｉ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、工程と
を含む、方法。
【請求項１５】
参照物が、（ａ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｂ）請求項１４の工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、（ｃ）請求項１４の工程（ａ）において言及された時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプル、および（ｄ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
抗がん治療に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、
ａ）抗がん治療の投与の前に、血液サンプル−Ｉを得る工程と、
ｂ）抗がん治療の投与の後に、血液サンプル−ＩＩを得る工程と、
ｃ）血液サンプル−Ｉから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物−Ｉを得る工程と、
ｄ）血液サンプル−ＩＩから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物−ＩＩを得る工程と、
ｅ）混合物−Ｉから核酸−Ｉを得る工程と、
ｆ）混合物−ＩＩから核酸−ＩＩを得る工程と、
ｇ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸−Ｉおよび核酸−ＩＩに独立してアッセイを行う工程と、
ｈ）核酸−ＩＩから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、核酸−Ｉから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、
核酸−ＩＩから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、核酸−Ｉから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較した減少が、がん処置に対する肯定的な応答を検出するためには、少なくとも２倍である、方法。
【請求項１７】
がんを検出するためのインビトロ方法であって、
ａ）血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加が、がんの存在を示すためには、少なくとも１０倍である、工程と、
ｆ）配列に基づくアッセイを核酸に行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異について分析する、工程とを含み、
少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、方法。
【請求項１８】
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｏｃｔ−４ａ、Ｏｃｔ−４ｂ、Ｏｃｔ−４ｂ１、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１から４、１４、１６、または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、請求項１から４、１４、１６、または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、請求項１から４、１４、１６、または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、請求項１から４、１４、または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、
ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、
ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、
ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程と
を含む、請求項１から４、１４、１６、または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
第２の混合物を処理する工程が、（ａ）抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
がん関連マーカーが、がんと関連することが確立されている周知のマーカーからなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２５】
方法が、侵襲的技法に依存しない、請求項１から４、１４、１６、または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
血液サンプルからがんを検出するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用。
【請求項２７】
血液サンプルからがんを予測するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用。
【請求項２８】
血液サンプルからがんのステージをグレード付けするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用。
【請求項２９】
血液サンプルから抗がん治療の進行をモニタリングするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用。
【請求項３０】
がんを処置するための方法であって、
ａ）対象から血液サンプルを得る工程と、
ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、
ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、
ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、
ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加が、がんを検出するためには、少なくとも６倍である、工程と、
ｆ）がんを処置するために、対象に抗がん治療を投与する工程と
を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
[0001]  本開示は、広義に、多能性幹細胞バイオマーカーの分野に関し、特に、血液サンプルにおいて多能性幹細胞バイオマーカーを使用してがんを検出および予測するためのインビトロ方法を提供する。
【背景技術】
【０００２】
[0002]  がんは、世界中で主要な健康上の懸念となっており、何百万人もの死亡の原因となっている。世界中で１年間におよそ１１００万人もの人が、腫瘍を有する患者として診断されていることが報告されており、この数は、２０２０年までに１６００万を上回るまで増えるであろうと予測されている（Ferlay et al. International journal of cancer 136.5 E359-E386. 2015）。この疾患の生物学的不均一性およびそれを罹患する人口の多さから、いつおよび誰をどの治療で処置するかという中心的問題が生じる。これらの重要な問題は、より正確かつ有益なバイオマーカーの開発を通じてのみ対処することができる。
【０００３】
[0003]  がんの処置は、疾患が診断されるステージに非常に依存する。世界規模で起こっている技術改良により、がんを処置する機会は、過去数十年間で増加している。要点は、疾患が検出されるステージである。がんが進行したステージで検出された場合、がんを処置することができないある特定の状況が存在する。がんが非常に早いステージで診断されれば、処置が成功する確率は増加する。検出の方法は、この側面で重要な役割を果たし、特異的バイオマーカーの使用は、研究が活発な分野である。
【０００４】
[0004]  がん症状の不定形な性質により、診断が困難となっている。ある特定の事例では、患者は無症状のままである。したがって、がんの早期兆候および症状は、患者に無視されることが多く、これにより、いずれの医療介入も存在しない状態でがんが拡がる機会が生じてしまう。患者が医療措置を求めるときまでに、がんは、利用可能な臨床処置では手が出ない状態となっている場合がある。さらに、良好なバイオマーカーが利用可能でないことは、がん処置の別の障害である。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
[0005]  がんは、医療イメージング、組織生検、および液体生検を含むいくつかの手段によって検出することができる。可能性のあるがんが検出される場合、通常、組織生検から得られた組織サンプルの顕微鏡検査によって診断される。がんを早期に検出および診断することは、処置の予後および生存に関して、特に、悪性度の高い腫瘍の場合、重要である。数十年前から、腫瘍の小さな一部分を外科手術により摘出し、それを顕微鏡で検査して、組織内のがん細胞を探すことが、ヒトにおけるがんを検出するための唯一の方法となっている。残念なことに、この外科手術による介入は、腫瘍が、ある特定の体積に到達しているか、機能障害の原因となり始めた場合にのみ、行うことができる。この方法は、臨床症状が存在する場合にしか使用することができないため、がんの早期診断の最良の方法と考えることができず、換言すると、がんの何らかの臨床兆候よりも前に日常的に行われるスクリーニング試験として使用することはできない。したがって、上記および他の問題を克服するための、単純でありながら、感度および特異度が高いがんの検出システムおよび方法を開発する必要性がある。
【０００６】
[0006]  バイオマーカーは、診断目的で重要であるだけでなく、優れた予後診断価値もあり得る。正しいバイオマーカーを特定することにより、がんの進行ならびに化学療法薬の効果および成功を、非常に詳細に評価することができる。異なるがんのための信頼できるバイオマーカーを特定し、またがんならびに／または代謝的に改変された細胞および／もしくは休眠細胞の効率的な検出ならびに予測のための方法を開発する、早急な必要性が存在する。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
[0007]  本開示の態様において、代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、代謝的に改変された細胞の存在を検出する、方法が、提供される。
【０００８】
[0008]  本開示の第２の態様において、休眠細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、休眠細胞の存在を検出する、方法が、提供される。
【０００９】
[0009]  本開示の第３の態様において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出する、方法が、提供される。
【００１０】
[0010]  本開示の第４の態様において、がんを予測するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを予測する、方法が、提供される。
【００１１】
[0011]  本開示の第５の態様において、がん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療中のある時点において血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較して、がん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含む、方法が、提供される。
【００１２】
[0012]  本開示の第６の態様において、がん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療の投与の前に、血液サンプル−Ｉを得る工程と、（ｂ）抗がん治療の投与の後に、血液サンプル−ＩＩを得る工程と、（ｃ）血液サンプル−Ｉから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物−Ｉを得る工程と、（ｄ）血液サンプル−ＩＩから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物−ＩＩを得る工程と、（ｅ）混合物−Ｉから核酸−Ｉを得る工程と、（ｆ）混合物−ＩＩから核酸−ＩＩを得る工程と、（ｇ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸−Ｉおよび核酸−ＩＩに独立してアッセイを行う工程と、（ｈ）核酸−ＩＩから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、核酸−Ｉから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、核酸−ＩＩから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、核酸−Ｉから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較した減少により、がん処置に対する肯定的な応答を検出する、方法が、提供される。
【００１３】
[0013]  本開示の第７の態様において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含む、方法が提供される。
【００１４】
[0014]  本開示の第８の態様において、血液サンプルからがんを検出するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【００１５】
[0015]  本開示の第９の態様において、血液サンプルからがんを予測するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【００１６】
[0016]  本開示の第１０の態様において、血液サンプルからがんのステージをグレード付けするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【００１７】
[0017]  本開示の第１１の態様において、血液サンプルから抗がん治療の進行をモニタリングするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【００１８】
[0018]  本開示の第１２の態様において、がんを処置するための方法であって、（ａ）対象から血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出する工程と、（ｆ）がんを処置するために、対象に抗がん治療を投与する工程とを含む、方法が、提供される。
【００１９】
[0019]  本主題のこれらおよび他の特性、態様、および利点は、以下の説明および添付の特許請求の範囲を参照してより良好に理解されるであろう。この概要は、単純化された形式で概念の抜粋を紹介するために提供されている。この概要は、特許請求される主題の重要な特徴または必須の特徴を特定することを意図するものでも、特許請求される主題の範囲を制限するために使用されることを意図するものでもない。
【００２０】
[0020]  以下の図面は、本明細書の一部をなし、本開示の態様をさらに例示するために含まれる。本開示は、本明細書に提示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせて、図面を参照することにより、より良好に理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１】[0021]図１は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、Ｓｏｘ  ２の倍数変化値を示す。
【図２】[0022]図２は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、Ｎａｎｏｇの倍数変化値を示す。
【図３】[0023]図３は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、Ｏｃｔ−４ａの倍数変化値を示す。
【図４】[0024]図４は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、Ｓｉｒｔ  １の倍数変化値を示す。
【図５】[0025]図５は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、Ｓｉｒｔ  ６の倍数変化値を示す。
【図６】[0026]図６は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、ＮＦκＢの倍数変化値を示す。
【図７】[0027]図７は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、Ｏｃｔ−４の倍数変化値を示す。
【図８】[0028]図８は、本開示の実施形態による、２０個の異なるサンプルを分析することにより得られた、ｐ５３の倍数変化値を示す。
【図９】[0029]図９は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個のコホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第１のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１０】[0030]図１０は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個のコホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第２のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１１】[0031]図１１は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第３のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１２】[0032]図１２は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第４のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１３】[0033]図１３は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個のコホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第５のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１４】[0034]図１４は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第６のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１５】[0035]図１５は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第７のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１６】[0036]図１６は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第８のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１７】[0037]図１７は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第９のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【図１８】[0038]図１８は、本開示の実施形態による、サンプル１０００個の研究コホートでの本研究において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化値を示す代表的な第１０のグラフを示す。下にある緑色のチェックマークは、盲検における独立した評価者による実際の臨床ステータスとの一致を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
[0039]  当業者であれば、本開示が、具体的に記載されているもの以外の変化および修正を受けることを認識するであろう。本開示が、そのような変化形および修正形をすべて含むことを理解されたい。本開示はまた、個別または集合的に、本明細書において参照されるかまたは示されるすべての工程、特性、組成物、および化合物、ならびにそのような工程または特性のうちのいずれかまたはそれ以上のありとあらゆる組合せを含む。
【００２３】
定義
[0040]  便宜上、本開示のさらなる説明の前に、本明細書において用いられているある特定の用語および例を、ここで説明する。これらの定義は、本開示の残りの部分に照らして読まれるべきであり、当業者によって理解されるべきである。本明細書において使用される用語は、当業者に認識され、知られている意味を有するが、しかしながら、便宜上かつ完全性のために、特定の用語およびそれらの意味を、以下に記載する。
【００２４】
[0041]  「１つの（a）」、「１つの（an）」、および「その（the）」という冠詞は、１つまたは１つを上回る（すなわち、少なくとも１つの）その冠詞の文法上の目的物を指して使用される。
【００２５】
[0042]  「含む（comprise）」および「含むこと（comprising）」という用語は、包含的な広い意味で使用され、追加の要素を含めることができることを意味する。これは、「のみからなる（consists of only）」と解釈されることを意図するものではない。
【００２６】
[0043]  本明細書全体を通じて、文脈により別途必要とされない限り、「含む（comprise）」という言葉、ならびに「含む（comprises）」および「含むこと（comprising）」などの変化形は、示された要素もしくは工程または要素もしくは工程の群の包含を意味するが、任意の他の要素もしくは工程または要素もしくは工程の群の除外を意味するものではないことが理解されるであろう。
【００２７】
[0044]  「含む（including）」という用語は、「含むがそれに限定されない（including but not limited to）」ことを意味して使用される。「含む」および「含むがそれに限定されない」は、互換可能に使用される。
【００２８】
[0045]  比、濃度、量、および他の数値データは、範囲の形式で本明細書に提示され得る。そのような範囲の形式は、単純に便宜性および簡潔性のために使用され、範囲の限界として明示的に列挙された数値のみではなく、その範囲内に含まれるすべての個々の数値または部分範囲も、それぞれの数値および部分範囲が明示的に列挙されているかのように含めて柔軟に解釈されるべきである。例えば、約１：１〜１：２０という比は、約１：１から約１：２０までの明示的に列挙された限界だけでなく、部分範囲、例えば、１：２〜１：１０、１：２〜１：１５など、ならびに示された範囲内の分数量を含めた個々の量、例えば、１：２．５および１：１６．３なども含めて解釈されるべきである。
【００２９】
[0046]  「がん」という用語は、無制御な細胞成長を特徴とする、動物における生理学的状態を指す。「がん」という用語は、本開示において使用される場合、良性および悪性のがん、休眠腫瘍、または微小転移を含むことを意図する。がんの種類としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫および網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫および滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、および膵島細胞がんを含む）、中皮腫、神経鞘腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、黒色腫、ならびに白血病またはリンパ系悪性腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。がんのより具体的な例としては、乳がん、肝臓がん、卵巣がん、肺がん、白血病、前立腺がん、リンパ腫、膵臓がん、子宮頸がん、結腸がん、骨肉腫、精巣がん、甲状腺がん、胃がん、ユーイング肉腫、膀胱がん、消化管間質腫瘍（GIST）、腎臓がん（例えば、腎細胞癌）、扁平細胞がん（例えば、上皮扁平細胞がん）、肺がん（例えば、小細胞肺がん（SCLC）、非小細胞肺がん（NSCLC）、肺の腺癌、肺の扁平上皮癌を含む）、腹膜の癌、肝細胞癌、消化管がんを含む胃（gastric）または胃（stomach）がん、膵臓がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、肝臓癌、乳がん（転移性乳がんを含む）、膀胱がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝癌、肛門癌、陰茎癌、メルケル細胞がん、菌状息肉腫、精巣がん、食道がん、胆管の腫瘍、頭頸部がん、ならびにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（NHL）；小リンパ球（SL）ＮＨＬ；中悪性度／濾胞性ＮＨＬ；中悪性度びまん性ＮＨＬ；高悪性度免疫芽細胞性ＮＨＬ；高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ；高悪性度非切断型細胞ＮＨＬ；巨大腫瘤性病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；およびワルデンシュトレームマクログロブリン血症；慢性リンパ球性白血病（CLL）；急性リンパ芽球性白血病（ALL）；有毛細胞性白血病；慢性骨髄芽細胞性白血病；および移植後リンパ増殖性障害（PTLD）を含む、ならびに母斑症と関連する異常な血管増殖、浮腫（例えば、脳腫瘍と関連するもの）、およびメイグス症候群が挙げられる。
【００３０】
[0047]  「進行したがんのステージ」または「進行したステージのがん」という用語は、局所起源または転移のいずれかによって、起源となる器官の部位以外に拡がったがんを指す。「ステージＩ」、「ステージＩＩ」、「ステージＩＩＩ」、および「ステージＩＶ」という用語は、患者が罹患しているがんのグレードを指して使用される周知の用語である。「前がん」という用語は、がんの症状が確認できないがんのステージを指して使用される。前がんステージは、ＰＥＴスキャンによって検出することができない。「早期検出」という用語は、がんに関連する場合、ステージＩまたはステージＩＩのがんの検出を指して使用されている。「初期発症」という用語は、当該技術分野における従来的な方法のうちのいずれかによってまだ検出することができないステージにおけるがんを指す。「検出する」または「検出」という用語は、患者／対象から得られたサンプルを使用して、患者／対象の外部で行われた検出を指す。
【００３１】
[0048]  「予測する」または「予測」という用語は、将来的にまたは今後起こるであろう何かの可能性を指す。
【００３２】
[0049]  「血液サンプル」という用語は、対象から得られた全血サンプルを指す。本明細書において開示される方法の範囲は、獲得の起源に関係なく、血液サンプルを得る段階から開始され、本方法は、対象に対するいずれの侵襲的技法または手術も含まない。「血液サンプル」という用語は、処理された血液サンプルの任意の形態も包含する。「処理すること」により、本開示は、特定の細胞集団を濃縮するための任意の方法、または血液サンプルを「インビトロ」方法による試験に使用できるようにするための単純な処理を包含することを意図する。
【００３３】
[0050]  「インビトロ」という用語は、作業または方法または実験が、試験管、培養皿、または生きている生物の外部のどこかで行われるかまたは生じることを指す。
【００３４】
[0051]  「参照物」という用語は、（ａ）抗がん治療を投与する前に得られた血液サンプル、（ｂ）研究下の血液サンプルが得られる時点よりも前に得られた血液サンプル、（ｃ）研究下の血液サンプルが得られた後の時点で得られた血液サンプル、および（ｄ）対照から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つを指す。「参照レベル」という用語は、参照物から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を指す。「対照サンプル」という用語は、非がん対象から得られた血液サンプルを指し、「対照サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現」という用語は、本明細書において開示される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を指し、この発現は、本明細書において開示される血液サンプルにおけるバイオマーカーの発現を研究するためのものと類似の工程を使用して研究される。対照サンプルにおけるバイオマーカーの発現を処理および分析するための工程は、血液サンプルにおけるバイオマーカーの発現を実行および分析するための工程と類似であると理解され、血液サンプルから得られたバイオマーカーの発現レベルは、対照サンプルから得られた発現レベルと比較される。
【００３５】
[0052]  「発現レベル」という用語は、核酸の具体的な発現レベルを指す。核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得る。ＤＮＡは、ｃＤＮＡを含むことが意図され、ＲＮＡは、ｍＲＮＡを含むすべての種類のＲＮＡを含むことが意図される。「発現レベルの増加」という用語は、対照、例えば、疾患もしくは障害（例えば、がん）を罹患していない個体、内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）、または治療の投与前に得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルと比べた個体におけるバイオマーカーの発現の増加またはレベルの増加を指す。
【００３６】
[0053]  「代謝的に改変された細胞」という用語は、正常な状況下では環境に存在するはずのない形態に代謝的に改変されている任意の細胞を指す。改変は、増殖の増加の形態であってもよい。
【００３７】
[0054]  「休眠細胞」という用語は、制御されている細胞分裂周期に従って増殖しない休眠細胞を指す。
【００３８】
[0055]  「多能性幹細胞」という用語は、自己複製および対象におけるすべての種類の細胞を生じる能力を有する細胞を指す。
【００３９】
[0056]  「バイオマーカー」という用語は、本明細書において使用される場合、核酸であり、特定の細胞集団を特徴付けるために使用される、生体分子を指す。この用語は、ＤＮＡおよびＲＮＡの両方の形態の核酸を包含することを意図する。「多能性幹細胞バイオマーカー」という用語は、多能性幹細胞の集団を特徴付けるために使用することができる、任意のバイオマーカーを指す。
【００４０】
[0057]  「対象」という用語は、本開示のインビトロ方法を使用した分析のために血液サンプルが採取された、任意の哺乳動物を指す。例は、対象として使用されているヒトに基づく。
【００４１】
[0058]  「がんを有さない」という用語は、がんと診断されていない対象を指す。「肯定的な応答」という用語は、本明細書において使用される場合、抗がん治療に対する対象の肯定的な応答を指し、これは、その治療が、がん性細胞の集団を低減させるのに有効であることを意味する。「否定的な応答」という用語は、本明細書において使用される場合、抗がん治療が、がん性細胞の集団を低減させることができないか、または対象のがんを治癒することができないことを指す。
【００４２】
[0059]  「侵襲的」という用語は、切開または機器の挿入による生体内への進入を伴う任意の技法を指す。
【００４３】
[0060]  「少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカー」という用語は、Ｏｃｔ−４（オクタマー結合転写因子４）、Ｓｏｘ−２（性決定領域Ｙボックス２）、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１（サーチュイン１）、Ｓｉｒｔ−６（サーチュイン６）、ＮＡＤ（ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド）、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２（Ｅｒｂ−Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２）、ＡＢＬ（エーベルソンマウス白血病）、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される遺伝子を指す。Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬのサブセット、およびこれらの組合せもまた、本開示の一部である。
【００４４】
[0061]  「がん関連マーカー」という用語は、がん研究の分野におけるすべての周知のがん関連マーカーを含む。がん関連マーカーの非限定的なリストは、本明細書で言及されており、これには、ＡＢＬ１、ＥＶＩ１、ＭＹＣ、ＡＰＣ、ＩＬ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＢＬ２、ＥＷＳＲ１、ＭＹＣＬ１、ＡＲＨＧＥＦ１２、ＪＡＫ２、ＴＰ５３、ＡＫＴ１、ＦＥＶ、ＭＹＣＮ、ＡＴＭ、ＭＡＰ２Ｋ４、ＴＳＣ１、ＡＫＴ２、ＦＧＦＲ１、ＮＣＯＡ４、ＢＣＬ１１Ｂ、ＭＤＭ４、ＴＳＣ２、ＡＴＦ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＮＦＫＢ２、ＢＬＭ、ＭＥＮ１、ＶＨＬ、ＢＣＬ１１Ａ、ＦＧＦＲ２、ＮＲＡＳ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＭＬＨ１、ＷＲＮ、ＢＣＬ２、ＦＵＳ、ＮＴＲＫ１、ＢＲＣＡ１、ＭＳＨ２、ＷＴ１、ＢＣＬ３、ＧＯＬＧＡ５、ＮＵＰ２１４、ＢＲＣＡ２、ＮＦ１、ＢＣＬ６、ＧＯＰＣ、ＰＡＸ８、ＣＡＲＳ、ＮＦ２、ＢＣＲ、ＨＭＧＡ１、ＰＤＧＦＢ、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＮＯＴＣＨ１、ＢＲＡＦ、ＨＭＧＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＤＨ１、ＮＰＭ１、ＣＡＲＤ１１、ＨＲＡＳ、ＰＩＭ１、ＣＤＨ１１、ＮＲ４Ａ３、ＣＢＬＢ、ＩＲＦ４、ＰＬＡＧ１、ＣＤＫ６、ＮＵＰ９８、ＣＢＬＣ、ＪＵＮ、ＰＰＡＲＧ、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＰＡＬＢ２、ＣＣＮＤ１、ＫＩＴ、ＰＴＰＮ１１、ＣＥＢＰＡ、ＰＭＬ、ＣＣＮＤ２、ＫＲＡＳ、ＲＡＦ１、ＣＨＥＫ２、ＰＴＥＮ、ＣＣＮＤ３、ＬＣＫ、ＲＥＬ、ＣＲＥＢ１、ＲＢ１、ＣＤＸ２、ＬＭＯ２、ＲＥＴ、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＵＮＸ１、ＣＴＮＮＢ１、ＭＡＦ、ＲＯＳ１、ＣＹＬＤ、ＳＤＨＢ、ＤＤＢ２、ＭＡＦＢ、ＳＭＯ、ＤＤＸ５、ＳＤＨＤ、ＤＤＩＴ３、ＭＡＭＬ２、ＳＳ１８、ＥＸＴ１、ＳＭＡＲＣＡ４、ＤＤＸ６、ＭＤＭ２、ＴＣＬ１Ａ、ＥＸＴ２、ＳＭＡＲＣＢ１、ＤＥＫ、ＭＥＴ、ＴＥＴ２、ＦＢＸＷ７、ＳＯＣＳ１、ＥＧＦＲ、ＭＩＴＦ、ＴＦＧ、ＦＨ、ＳＴＫ１１、ＥＬＫ４、ＭＬＬ、ＴＬＸ１、ＦＬＴ３、ＳＵＦＵ、ＥＲＢＢ２、ＭＰＬ、ＴＰＲ、ＦＯＸＰ１、ＳＵＺ１２、ＥＴＶ４、ＭＹＢ、ＵＳＰ６、ＧＰＣ３、ＳＹＫ、ＥＴＶ６、ＩＤＨ１、ＴＣＦ３、およびこれらの組合せが挙げられる。本明細書において提供されるリストは、当業者に周知であり、当業者には一般的である、がん関連マーカーのリストを指す。省略形は、当業者に公知であると解釈される。
【００４５】
[0062]  「投与すること」という用語は、投薬量の化合物（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト）または組成物（ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む医薬組成物）を患者に提供する方法を指す。投与は、筋肉内、静脈内、皮内、経皮、動脈内、腹腔内、病変内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、髄腔内、鼻内、膣内、直腸内、局所、腫瘍内、腹膜内、皮下、結膜下、小胞内、粘膜、心膜内、臍帯内、眼内、眼窩内、硝子体内、経口であり得る。
【００４６】
[0063]  「抗がん治療」という用語は、がんを治癒／処置するための当該技術分野において公知の任意の治療を指す。
【００４７】
[0064]  「化学療法剤」という用語は、がんの処置において有用な化学的化合物を指す。
【００４８】
[0065]  本開示による「濃縮すること」という用語は、必要とされる細胞集団が、そのような集団におけるバイオマーカーの分析に有益であろう単離された混合物中に高い集団で存在する様式で、必要とされる細胞集団を単離するためのプロセスを指す。本開示は、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの分析および／またはそのような多能性幹細胞集団から得られた核酸における突然変異の分析のための研究を行うことができるように、特定の種類の多能性幹細胞の濃度を増加させるプロセスに言及することを暗示する文脈において「濃縮すること」に言及する。
【００４９】
[0066]  別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。本明細書において記載されるものと類似または同等の任意の方法および材料を、本開示の実施または試験において用いることができるが、好ましい方法および材料が、ここに記載されている。本明細書において言及されるすべての刊行物は、参照により本明細書に組み込まれる。
【００５０】
[0067]  現在がんの検出に利用可能な方法は、付随するいくつかの欠点を有する。ポジトロン放出断層撮影法（PET）および循環腫瘍細胞（CTC）と関連する制限は、以下に説明されている。
【００５１】
ＰＥＴスキャンによる制限
[0068]  ポジトロン放出断層撮影法（PET）は、その最初の開発から現在でほぼ４５年となり、がんの診断に特に有用であることが証明されている確立された核イメージングモダリティとなっている。ＰＥＴは、１８Ｆ−２−フルオロ−２−デオキシ−Ｄ−グルコース（FDG）（グルコースの類似体）として知られているトレーサー分子を利用する。ＦＤＧを使用したグルコース代謝速度の撮影は、悪性細胞が正常な組織よりも高い好気性解糖速度を有するという観察を利用する（Griffeth 2005, BUMC Proceedings, 18:321-330）。したがって、悪性細胞は、そのエネルギーの必要性を満たすために、より多くのグルコースを利用する。ＦＤＧは、現在、腫瘍学の研究にＦｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（FDA）によって承認されている唯一の薬剤である。幸運なことに、ＦＤＧは、完璧な造影剤ではないが（一部の腫瘍はＦＤＧアビディティが悪く、一部の良性プロセスは高いＦＤＧアビディティを示す）、ＦＤＧは、臨床的に重要なほとんどの悪性腫瘍において非常に良好に機能し、最大の例外は前立腺がんである。
【００５２】
[0069]  いくつかの因子により、ＰＥＴ研究の解釈が困難となる可能性がある。日常的な実施におけるこれらの因子の中でも主要なものとしては、正常組織によるＦＤＧの生理学的取り込みの変動性、炎症または感染に関連するＦＤＧの取り込み、時折あるＦＤＧに対するアビディティが低い悪性病変部、珍しい腫瘍部位、小さい病変部の限定的な分解能、高血糖または高インスリン血症に関連するＦＤＧの生体分布の改変、がん患者が多く遭遇する骨髄活性化、および動作によるアーチファクトがある。残念なことに、グルコース取り込みは、悪性細胞以外の身体の細胞において広く行われている。一部の正常な組織における生理学的取り込みは、高度に変動性であり得る。多くは、予測可能な程度にＦＤＧを蓄積するが、取り込みが予測できない他のものが存在する。例えば、脳は、典型的に、グルコースを排他的に代謝するため、ＦＤＧの強い取り込みを示すが、心筋での取り込みは、絶食させていない患者では強いが絶食させた患者では変動性が高い。脂肪組織は、典型的に、最小のＦＤＧ取り込みを示すが、熱産生において役割を果たすある特定の脂肪堆積物（いわゆる「褐色脂肪」）は、低体温または神経質な患者において、劇的に活性化され得る。ときには、比較的予測可能な活性でさえも、混乱する可能性がある。例えば、グルコースとは異なり、ＦＤＧは、腎臓の近位尿細管によって十分に再吸収されない。したがって、強い活性が腎臓および膀胱において見られると予測することができる。しかしながら、尿管での排泄活性の限局的プールは、代謝亢進性腸骨リンパ節転移と区別できない可能性がある。炎症性細胞、特にマクロファージは、ときにはＦＤＧを相当な程度まで蓄積する場合があるため、炎症部位または感染部位は、ＰＥＴで可視化されることがある。肉芽腫性状態、例えば、サルコイドーシス、真菌感染症、結核、およびマイコバクテリウム・アビウム細胞内感染は、肺病変部またはリンパ節のＰＥＴ評価において特定の問題を引き起こし得る。治療手技、例えば、外科手術または放射線療法に関連する炎症ですら、相当な取り込みをもたらし得る。臨床的に可能な場合には、通常、ＦＤＧの炎症性取り込みとの混乱を回避するために、ＰＥＴ研究を行う前には放射線療法の完了後少なくとも３カ月間待機することが賢明である。したがって、がん処置を受けている患者の応答を調べるために短い間隔でＰＥＴを行うことは不可能であり、患者が処置に応答しているかどうかを調べるために最低３カ月の期間待機しなければない。患者が応答していない場合、貴重な時間を失うことは、患者にとって致命的となることがわかるはずである。
【００５３】
[0070]  前立腺、気管支肺胞細胞癌、低悪性度の肉腫、ある特定の低悪性度の非ホジキンリンパ腫、およびさらにはいくつかの十分に分類されている肺の腺癌など、一部の悪性病変部は、ＦＤＧに対して低いアビディティを有し、これらは、低いＦＤＧ濃度を示し得る。ほとんどの神経内分泌腫瘍は、ＦＤＧ−ＰＥＴではうまく確認されない。小さな病変部または普通でない現れ方／位置は、常に、腫瘍の検出およびステージ決定の作業をより困難にしている。ＰＥＴ単独では、小さな腫瘍の位置を決定することも、普通でない部位でのＦＤＧの取り込みが腫瘍を反映するか非腫瘍を反映するかを確認することもできないことが多い。
【００５４】
循環腫瘍細胞による制限
[0071]  がん患者におけるＣＴＣ検出に関する科学的刊行物の多さにもかかわらず、医師は、このバイオマーカーを日常的な診療には使用しない。これは、ＣＴＣ検出に利用できる方法の多さ、ならびに医師および生物学者が最適な方法を選択することの難しさによって説明することができる（Huang T et al, Biosens Bioelectron 2014; 51:213-8）。この文脈において、ＦＤＡに承認されている唯一のＣＴＣ検出方法であるＣｅｌｌＳｅａｒｃｈ方法（Ｊａｎｓｓｅｎ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ、ＵＳＡ）が、転移性乳がん、前立腺がん、および結腸がんの患者におけるＣＴＣ検出に承認されているのは、注目すべきことである。これに反して、ＣＴＣは、乳がん、前立腺がん、および結腸がんの検出において偽陽性および偽陰性をもたらすことが報告されているが（Lori M. Millner et al, Ann Clin Lab Sci. 2013 43（3））、これは、上皮間葉転換を受けたＣＴＣが、上皮バイオマーカーを発現することができないためであり、ＣｅｌｌＳｅａｒｃｈシステムは、確実に、複数のがん患者における目的のＣＴＣの部分集団の検出に失敗し得る（Hofman VJ et al, Am J Clin Pathol 2011;135）。がんにおけるＣＴＣ検出のための直接的な技術は、確かに非常に魅力的であるが、異なるチームによって得られた結果は、おそらく、独立した大規模な多施設研究において検証する必要がある。ＣＴＣの機能的評価および悪性細胞の部分集団の特徴付けを可能にする方法など、多数の他の方法が、現在、ＣＴＣの特徴付けのために開発されている（Yao X et al, Integr Biol （Camb） 2014;6:388-98）。現在のところ、これらの新しい方法は、臨床での日常的な実施への移行は困難であると見られる。これらのアプローチは、多施設評価プログラムが欠如しており、したがって、それらの再生産性、それらの感度、およびそれらの特異度を評価することは困難である。
【００５５】
[0072]  がんを検出するための既存の技法は、罹患した組織から単離される特定のがんバイオマーカーに基づき、したがって、この方法は、がんの存在を検出するために罹患した組織を単離する侵襲的方法を伴う。現時点で利用可能な技法は、侵襲的技法を伴うがんの検出を提供し、明白な理由から、この技法は、がんの存在を調べるために患者に頻繁に行うことはできない。したがって、既存の技法は、実施の難しさという点で欠点を有し、患者に１回実施することによりがんの可能性を正確に予測することができず、患者のフォローアップ治療には適していない。既存の技法は、ある特定の種類のがんが進行したステージに到達している場合にそれを検出するために使用することができるだけであり、疾患の進行ステージに到達している患者は、処置で生存する確率が非常に低く、これは、既存の技法のもっとも大きな欠点の１つである。
【００５６】
[0073]  すべての種類のがんを早いステージで検出するために行うことができ、がんのステージをモニタリングするために頻繁に行うことができる、単純な試験の利用可能性という点で、欠陥が存在する。本開示は、問題となる対象の血液サンプルを分析することによって、がんを検出および予測するためのプロセスを開示する。本開示は、単純な血液サンプルを用いて、対象が罹患しているがんのグレードを検出するためのプロセスを開示する。本開示は、単純な血液サンプルを利用し、それによって生検などの任意の侵襲的技法を使用することなく、がんの種類を正確に検出する。本開示のプロセスは、血液サンプルのみを用いて、対象ががんを罹患する可能性を予測する。本開示は、いずれの症状も出現し始める前でさえ、前がんステージを検出し、したがって、がんが身体においてある特定のレベルに達した後にしかがんを検出することができない従来的な検出方法にまさる重大な利点を提供する。本開示はまた、さらに多能性幹細胞（PSC）上の幹細胞マーカーを評価するために使用することができる、ＰＳＣを濃縮するためのプロセスを開示する。したがって、本開示は、対象から得られた単純な血液サンプルを分析することによって、がんを検出および予測するための単純で効率的かつ正確性の高いプロセスを開示する。
【００５７】
[0074]  本開示は、がんの存在を検出するため、がんを罹患する確率を予測するため、がんのステージをグレード付けするため、がんの進行をモニタリングするため、抗がん処置に対する応答をモニタリングするため、がんが問題の対象から根絶されているかどうかを確認するためのフォローアップチェックのための、インビトロ方法を開示する。本明細書において開示されるインビトロ方法はまた、血液サンプルのみを用い、いずれの侵襲的技法も伴うことなく、特定の種類のがんに関する正確な情報を提供する。本明細書において開示される方法は、ＰＥＴスキャンなどの公知の技法によって検出することができる状態の顕在化よりもかなり前に、がんの種類に関する情報を提供し、それによって、生検の実施を必要とすることなく、特定の種類のがんの存在を検出する。また、医師が生検を実施するための特定の起源組織を標的とすることが可能となるためには、患者は、特定の症状を示している必要があるが、がんの場合、症状は、進行したステージで出現する可能性があり、それによって患者の生存の確率が低減されるが、本開示のインビトロ方法では、血液サンプルのみを用いて、がんの存在を検出するだけでなく、がんの原発部位およびその種類を、症状の顕在化よりもかなり前に検出する。本開示において開示される方法は、上述のすべての使用を血液サンプルのみを用いて機能させる。本方法の単純さは、最短でも６カ月間隔でしか行えないＰＥＴスキャンの使用に対して、患者にがんの処置を行いながらこの方法を頻繁に使用することができる利点をもたらす。本明細書において開示される方法は、インビトロ方法であり、いずれの侵襲的技法も含まない。本開示において開示される方法は、対象の血液サンプルを分析することによって、対象における任意のがんを検出／予測することができ、この方法は、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照と比較する工程とを含み、少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加により、がんを検出／予測する。本開示において開示される方法は、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照と比較する工程とを含み、少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加により、代謝的に改変された細胞の存在を検出する方法により、血液サンプルを分析することによって、代謝的に改変された細胞／休眠細胞の存在を検出することができる。本開示において開示される方法は、血液サンプルを分析することによって、がん処置に対する応答をモニタリング���ることができ、この方法は、（ａ）抗がん治療後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それによりがん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含む。
【００５８】
[0075]  本開示は、がんの存在を検出するため、およびさらには血液サンプルから特定の種類のがんを検出するための方法を開示し、この方法は、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照と比較する工程であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加が、がんの存在を示す、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含む。
【００５９】
[0076]  本開示において開示される方法は、前がんステージ、ステージＩのがん、ステージＩＩのがん、ステージＩＩＩのがん、およびステージＩＶのがんを検出および予測するために使用され、ここで、がんは、卵巣がん、乳がん、前立腺がん、肺がん、肝臓がん、結腸がん、白血病、リンパ腫、膀胱がん、腎臓がん、甲状腺がん、膵臓がんからなる非限定的な群から選択される。他の様々ながんの種類もまた、本開示に含まれ得ることが企図される。
【００６０】
[0077]  本開示は、本明細書に記載される具体的な実施形態によって範囲が制限されるものではなく、これらの実施形態は、例示の目的のみが意図される。機能的に同等な製品、組成物、および方法は、本明細書に記載されるように、本開示の範囲内に含まれることは明らかである。
【００６１】
[0078]  本主題は、特定の実施形態を参照して記載されているが、この説明は、制限する意味で解釈されることを意味するものではない。開示される実施形態の様々な修正形、ならびに本主題の別の実施形態が、本主題の説明を参照すれば、当業者には明らかであろう。したがって、そのような修正形は、定義される本主題の趣旨または範囲から逸脱することなくなされ得ることが企図される。
【００６２】
[0079]  本開示の実施形態において、代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、代謝的に改変された細胞の存在を検出する、方法が、提供される。
【００６３】
[0080]  本開示の実施形態において、代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、代謝的に改変された細胞の存在を検出する、方法が、提供され、ここで、本方法は、配列に基づくアッセイを行うことによって核酸を分析する工程をさらに含む。
【００６４】
[0081]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも３倍である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも５倍である。
【００６５】
[0082]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲である。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、４０〜５０倍の範囲である。
【００６６】
[0083]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ａである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ｂである。
【００６７】
[0084]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｏｘ−２である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｎａｎｏｇである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｐ５３である。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−１である。別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−６である。さらに別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−３である。
【００６８】
[0085]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が、提供される。
【００６９】
[0086]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【００７０】
[0087]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、方法が、提供される。
【００７１】
[0088]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含む、方法が、提供される。
【００７２】
[0089]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、第２の混合物を処理する工程が、（ａ）抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、方法が、提供される。
【００７３】
[0090]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、侵襲的技法に依存しない、方法が、提供される。
【００７４】
[0091]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、核酸が、ＤＮＡである、方法が、提供される。別の実施形態において、核酸は、ＲＮＡである。
【００７５】
[0092]  本開示の実施形態において、休眠細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、休眠細胞の存在を検出する、方法が、提供される。
【００７６】
[0093]  本開示の実施形態において、休眠細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、休眠細胞の存在を検出する、方法が、提供され、ここで、本方法は、配列に基づくアッセイを行うことによって核酸を分析する工程をさらに含む。
【００７７】
[0094]  本開示の実施形態において、休眠細胞の存在を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、休眠細胞の存在を検出し、増加が、多くとも１．９倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、増加は、０．１〜１．９倍の範囲である。さらに別の実施形態において、増加は、０．２〜１．８倍の範囲である。
【００７８】
[0095]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出する、方法が、提供される。
【００７９】
[0096]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、発現レベルの増加が、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲であり、ステージＩのがんを検出する、方法が、提供される。
【００８０】
[0097]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、発現レベルの増加が、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲であり、ステージＩＩのがんを検出する、方法が、提供される。
【００８１】
[0098]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、発現レベルの増加が、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲であり、ステージＩＩＩのがんを検出する、方法が、提供される。
【００８２】
[0099]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、発現レベルの増加が、対照と比較して、４０倍以上であり、ステージＩＶのがんを検出する、方法が、提供される。
【００８３】
[0100]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、発現レベルの増加が、対照と比較して、６〜１０倍の範囲であり、前がんステージを検出する、方法が、提供される。
【００８４】
[0101]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出する、方法が、提供され、ここで、本方法は、配列に基づくアッセイを行うことによって核酸を分析する工程をさらに含む。本開示の別の実施形態において、配列に基づくアッセイによって核酸を分析する工程により、がんの種類を検出する。
【００８５】
[0102]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも３倍である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも５倍である。
【００８６】
[0103]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも６倍、または７倍、または８倍、または９倍、または１０倍である、方法が、提供される。
【００８７】
[0104]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲である。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、４０倍以上である。
【００８８】
[0105]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４およびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ａである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ｂである。
【００８９】
[0106]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｏｘ−２およびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｎａｎｏｇおよびそのサブセットである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｐ５３およびそのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−１およびそのサブセットである。なおも代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−６およびそのサブセットである。１つの別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−３およびそのサブセットである。
【００９０】
[0107]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＮＡＤおよびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＲＡＳおよびそのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＥＲＣおよびそのサブセットである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｅｒｂＢ−２およびそのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＡＢＬおよびそのサブセットである。
【００９１】
[0108]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が、提供される。
【００９２】
[0109]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、核酸が、ＤＮＡである、方法が、提供される。別の実施形態において、核酸は、ＲＮＡである。
【００９３】
[0110]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【００９４】
[0111]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、方法が、提供される。
【００９５】
[0112]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを検出し、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、第２の混合物を処理する工程が、（１）抽出プロセス、（２）洗浄プロセス、（３）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、方法が、提供される。別の実施形態において、遠心分離プロセスは、多能性幹細胞を得るための連続遠心分離を含み得る。
【００９６】
[0113]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含む、方法が提供される。
【００９７】
[0114]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４およびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ａである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ｂである。
【００９８】
[0115]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｏｘ−２およびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｎａｎｏｇおよびそのサブセットである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｐ５３およびそのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−１およびそのサブセットである。なおも代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−６およびそのサブセットである。さらなる代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−３およびそのサブセットである。
【００９９】
[0116]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＮＡＤおよびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＲＡＳおよびそのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＥＲＣおよびそのサブセットである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｅｒｂＢ−２およびそのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＡＢＬおよびそのサブセットである。
【０１００】
[0117]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、配列に基づくアッセイが、核酸の全ゲノムシーケンシングまたはトランスクリプトームシーケンシングのいずれかである、方法が提供される。当該技術分野において周知の任意のシーケンシング技法を、シーケンシングに使用することができることが企図される。実施形態のうちの１つにおいて、配列に基づくアッセイは、次世代シーケンシングを使用して行われる。
【０１０１】
[0118]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程とを含み、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が提供される。
【０１０２】
[0119]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程とを含み、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【０１０３】
[0120]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程とを含み、対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、方法が提供される。
【０１０４】
[0121]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含む、方法が、提供される。別の実施形態において、第２の混合物を処理する工程は、（１）抽出プロセス、（２）洗浄プロセス、（３）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの塩溶液は、塩化ナトリウムであり、少なくとも１つの中性緩衝液は、Ｆｉｃｏｌｌ  ｈｙｐａｑｕｅ溶液である。
【０１０５】
[0122]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を、５〜２０分間の範囲の期間、１０００〜６０００ｒｐｍの範囲の速度で遠心分離して、上清およびペレットを得る工程と、（ｉｖ）ペレットまたは上清を洗浄および抽出して、第３の混合物を得る工程と、（ｖ）第３の混合物に、１０００〜１００００ｒｐｍの範囲の変動する速度で２〜８回の連続遠心分離を行って、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、少なくとも１つの塩溶液が、塩化ナトリウムであり、少なくとも１つの中性緩衝液が、Ｆｉｃｏｌｌ  ｈｙｐａｑｕｅ溶液である、方法が、提供される。
【０１０６】
[0123]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を、５〜２０分間の範囲の期間、１０００〜６０００ｒｐｍの範囲の速度で遠心分離して、上清およびペレットを得る工程と、（ｉｖ）ペレットまたは上清を、洗浄および抽出して、第３の混合物を得る工程と、（ｖ）第３の混合物に、１０００〜１００００ｒｐｍの範囲の変動する速度で２〜８回の連続遠心分離を行って、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、少なくとも１つの塩溶液が、塩化ナトリウムであり、少なくとも１つの中性緩衝液が、Ｆｉｃｏｌｌ  ｈｙｐａｑｕｅ溶液である、方法が、提供される。
【０１０７】
[0124]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、がん関連マーカーが、当該技術分野において周知のがん関連マーカーから選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、がん関連マーカーは、ＡＢＬ１、ＥＶＩ１、ＭＹＣ、ＡＰＣ、ＩＬ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＢＬ２、ＥＷＳＲ１、ＭＹＣＬ１、ＡＲＨＧＥＦ１２、ＪＡＫ２、ＴＰ５３、ＡＫＴ１、ＦＥＶ、ＭＹＣＮ、ＡＴＭ、ＭＡＰ２Ｋ４、ＴＳＣ１、ＡＫＴ２、ＦＧＦＲ１、ＮＣＯＡ４、ＢＣＬ１１Ｂ、ＭＤＭ４、ＴＳＣ２、ＡＴＦ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＮＦＫＢ２、ＢＬＭ、ＭＥＮ１、ＶＨＬ、ＢＣＬ１１Ａ、ＦＧＦＲ２、ＮＲＡＳ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＭＬＨ１、ＷＲＮ、ＢＣＬ２、ＦＵＳ、ＮＴＲＫ１、ＢＲＣＡ１、ＭＳＨ２、ＷＴ１、ＢＣＬ３、ＧＯＬＧＡ５、ＮＵＰ２１４、ＢＲＣＡ２、ＮＦ１、ＢＣＬ６、ＧＯＰＣ、ＰＡＸ８、ＣＡＲＳ、ＮＦ２、ＢＣＲ、ＨＭＧＡ１、ＰＤＧＦＢ、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＮＯＴＣＨ１、ＢＲＡＦ、ＨＭＧＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＤＨ１、ＮＰＭ１、ＣＡＲＤ１１、ＨＲＡＳ、ＰＩＭ１、ＣＤＨ１１、ＮＲ４Ａ３、ＣＢＬＢ、ＩＲＦ４、ＰＬＡＧ１、ＣＤＫ６、ＮＵＰ９８、ＣＢＬＣ、ＪＵＮ、ＰＰＡＲＧ、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＰＡＬＢ２、ＣＣＮＤ１、ＫＩＴ、ＰＴＰＮ１１、ＣＥＢＰＡ、ＰＭＬ、ＣＣＮＤ２、ＫＲＡＳ、ＲＡＦ１、ＣＨＥＫ２、ＰＴＥＮ、ＣＣＮＤ３、ＬＣＫ、ＲＥＬ、ＣＲＥＢ１、ＲＢ１、ＣＤＸ２、ＬＭＯ２、ＲＥＴ、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＵＮＸ１、ＣＴＮＮＢ１、ＭＡＦ、ＲＯＳ１、ＣＹＬＤ、ＳＤＨＢ、ＤＤＢ２、ＭＡＦＢ、ＳＭＯ、ＤＤＸ５、ＳＤＨＤ、ＤＤＩＴ３、ＭＡＭＬ２、ＳＳ１８、ＥＸＴ１、ＳＭＡＲＣＡ４、ＤＤＸ６、ＭＤＭ２、ＴＣＬ１Ａ、ＥＸＴ２、ＳＭＡＲＣＢ１、ＤＥＫ、ＭＥＴ、ＴＥＴ２、ＦＢＸＷ７、ＳＯＣＳ１、ＥＧＦＲ、ＭＩＴＦ、ＴＦＧ、ＦＨ、ＳＴＫ１１、ＥＬＫ４、ＭＬＬ、ＴＬＸ１、ＦＬＴ３、ＳＵＦＵ、ＥＲＢＢ２、ＭＰＬ、ＴＰＲ、ＦＯＸＰ１、ＳＵＺ１２、ＥＴＶ４、ＭＹＢ、ＵＳＰ６、ＧＰＣ３、ＳＹＫ、ＥＴＶ６、ＩＤＨ１、ＴＣＦ３、およびこれらの組合せからなる群から選択される。検出されるがんの種類は、突然変異について分析され、望ましい突然変異が発���された場合のがん関連マーカーに基づくものであることが企図され得る。本実施形態により、がんの種類およびがんのステージに関する情報が、生検または他の侵襲的な手技を行うことを必要とせずに、血液サンプルのみにより得ることができることもまた、理解される。
【０１０８】
[0125]  本開示の実施形態において、がんを検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんの存在を検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも３倍である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも５倍である。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲である。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲である。別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲である。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、４０倍以上である。
【０１０９】
[0126]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、侵襲的技法に依存しない、方法が、提供される。
【０１１０】
[0127]  本開示の実施形態において、がんを予測するためのインビトロ方法であって、（ａ）血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）サンプルにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照サンプルにおける少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較した増加により、がんを予測する、方法が、提供される。
【０１１１】
[0128]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも３倍である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも５倍である。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、２倍、または３倍、または４倍、または５倍、または６倍、または７倍、または８倍、または９倍、または１０倍である。
【０１１２】
[0129]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲である。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、４０〜５０倍の範囲である。
【０１１３】
[0130]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ａである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ｂである。
【０１１４】
[0131]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｏｘ−２およびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｎａｎｏｇおよびそのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｐ５３およびそのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−１およびそのサブセットである。別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−６およびそのサブセットである。なおも別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−３およびそのサブセットである。
【０１１５】
[0132]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＮＡＤおよびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＲＡＳおよびそのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＥＲＣおよびそのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｅｒｂＢ−２およびそのサブセットである。別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＡＢＬおよびそのサブセットである。
【０１１６】
[0133]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が、提供される。
【０１１７】
[0134]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【０１１８】
[0135]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、方法が、提供される。
【０１１９】
[0136]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含む、方法が、提供される。
【０１２０】
[0137]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、少なくとも１つの塩溶液が、塩化ナトリウムであり、中性緩衝液が、Ｆｉｃｏｌｌ−ｈｙｐａｑｕｅ溶液である、方法が、提供される。別の実施形態において、第２の混合物を処理する工程は、（ａ）抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む。
【０１２１】
[0138]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、当該技術分野において公知のすべての種類のがんを予測する、方法が、提供される。
【０１２２】
[0139]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、侵襲的技法に依存しない、方法が、提供される。
【０１２３】
[0140]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、配列に基づくアッセイを行うことによって核酸を分析する工程をさらに含む、方法が、提供される。
【０１２４】
[0141]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、配列に基づくアッセイを行うことによって核酸を分析する工程をさらに含み、配列に基づくアッセイによって核酸を分析する工程により、がんの種類を検出する、方法が、提供される。
【０１２５】
[0142]  本開示の実施形態において、化学療法剤の効果を評価するためのインビトロ方法であって、（ａ）化学療法剤の投与後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）化学療法剤の効果を評価するために、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含む、方法が、提供される。
【０１２６】
[0143]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される化学療法剤の効果を評価するためのインビトロ方法であって、参照物が、（ｉ）化学療法剤の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、（ｉｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｖ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、方法が、提供される。本開示の別の実施形態において、参照物は、化学療法剤の投与の前に得られた血液サンプルである。さらに別の実施形態において、参照物は、工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプルである。代替的な実施形態において、参照物は、がんを有さない対象から得られた血液サンプルである。別の代替的な実施形態において、参照物は、工程（ａ）において言及された時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプルである。
【０１２７】
[0144]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される化学療法剤の効果を評価するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照レベルと比較した減少が、がん処置に対する肯定的な応答を示し、参照物が、（ｉ）化学療法剤の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｉｉ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される、方法が、提供される。本開示の別の実施形態において、参照物は、化学療法剤の投与の前に得られた血液サンプルである。さらに別の実施形態において、参照物は、工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプルである。代替的な実施形態において、参照物は、がんを有さない対象から得られた血液サンプルである。
【０１２８】
[0145]  本開示の実施形態において、がん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それによりがん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含む、方法が、提供される。
【０１２９】
[0146]  本開示の実施形態において、がん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それによりがん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含み、参照物が、（ｉ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、（ｉｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｖ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、方法が、提供される。本開示の別の実施形態において、参照物は、抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプルである。さらに別の実施形態において、参照物は、工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプルである。代替的な実施形態において、参照物は、がんを有さない対象から得られた血液サンプルである。別の代替的な実施形態において、参照物は、工程（ａ）において言及された時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプルである。
【０１３０】
[0147]  本開示の実施形態において、がん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それによりがん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照レベルと比較した減少が、がん処置に対する肯定的な応答を示し、参照物が、（ｉ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｉｉ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、方法が、提供される。本開示の別の実施形態において、参照物は、抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプルである。さらに別の実施形態において、参照物は、工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプルである。代替的な実施形態において、参照物は、がんを有さない対象から得られた血液サンプルである。
【０１３１】
[0148]  本開示の実施形態において、がん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それによりがん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照レベルと比較した減少が、がん処置に対する肯定的な応答を示し、参照物が、（ｉ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｉｉ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つであり、発現レベルの減少が、参照レベルと比較して、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、発現レベルの減少は、参照レベルと比較して、少なくとも３倍である。さらに別の実施形態において、発現レベルの減少は、参照レベルと比較して、少なくとも４倍である。代替的な実施形態において、発現レベルの減少は、参照レベルと比較して、少なくとも５倍である。
【０１３２】
[0149]  本開示の実施形態において、がん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療後のある時点において、血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それによりがん処置に対する応答をモニタリングする工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照レベルと比較した増加が、がん処置に対する否定的な応答を示し、参照物が、（ｉ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｉｉ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、方法が、提供される。
【０１３３】
[0150]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ａである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ｂである。
【０１３４】
[0151]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｏｘ−２、そのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｎａｎｏｇ、そのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｐ５３、そのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−１、そのサブセットである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−６、そのサブセットである。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−３、そのサブセットである。
【０１３５】
[0152]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＮＡＤ、そのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＲＡＳ、そのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＥＲＣ、そのサブセットである。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｅｒｂＢ−２、そのサブセットである。第２の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＡＢＬ、そのサブセットである。
【０１３６】
[0153]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が、提供される。
【０１３７】
[0154]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【０１３８】
[0155]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、方法が、提供される。
【０１３９】
[0156]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含む、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの塩溶液は、塩化ナトリウムであり、中性緩衝液は、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ溶液である。
【０１４０】
[0157]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、第２の混合物を処理する工程が、（ａ）抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、方法が、提供される。
【０１４１】
[0158]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、侵襲的技法に依存しない、方法が、提供される。
【０１４２】
[0159]  本開示の実施形態において、がん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、（ａ）抗がん治療の投与の前に、血液サンプル−Ｉを得る工程と、（ｂ）抗がん治療の投与の後に、血液サンプル−ＩＩを得る工程と、（ｃ）血液サンプル−Ｉから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物−Ｉを得る工程と、（ｄ）血液サンプル−ＩＩから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物−ＩＩを得る工程と、（ｅ）混合物−Ｉから核酸−Ｉを得る工程と、（ｆ）混合物−ＩＩから核酸−ＩＩを得る工程と、（ｇ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸−Ｉおよび核酸−ＩＩに独立してアッセイを行う工程と、（ｈ）核酸−ＩＩにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、核酸−Ｉにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較する工程とを含み、核酸−ＩＩにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、核酸−Ｉにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較した減少により、がん処置に対する肯定的な応答を検出する、方法が、提供される。
【０１４３】
[0160]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、核酸−ＩＩにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、核酸−Ｉにおける少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較した減少が、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、減少は、少なくとも３倍である。別の実施形態において、減少は、少なくとも４倍である。別の実施形態において、減少は、少なくとも５倍である。
【０１４４】
[0161]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ａである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｏｃｔ−４ｂである。
【０１４５】
[0162]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｏｘ−２およびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｎａｎｏｇおよびそのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｐ５３およびそのサブセットである。１つの代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−１およびそのサブセットである。別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−６およびそのサブセットである。さらに別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、Ｓｉｒｔ−３およびそのサブセットである。
【０１４６】
[0163]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＮＡＤおよびそのサブセットである。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＲＡＳおよびそのサブセットである。なおも別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＥＲＣおよびそのサブセットである。１つの代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ｅｒｂＢ−２およびそのサブセットである。別の代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーは、ＡＢＬおよびそのサブセットである。
【０１４７】
[0164]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が、提供される。
【０１４８】
[0165]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【０１４９】
[0166]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含む、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの塩溶液は、塩化ナトリウムであり、中性緩衝液は、Ｆｉｃｏｌｌ−ｈｙｐａｑｕｅ溶液である。
【０１５０】
[0167]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ｉ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｉｉ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｉｉｉ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、第２の混合物を処理する工程が、（ａ）抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、方法が、提供される。
【０１５１】
[0168]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがん処置に対する肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、侵襲的技法に依存しない、方法が、提供される。
【０１５２】
[0169]  本開示の実施形態において、血液サンプルからがんを検出するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【０１５３】
[0170]  本開示の実施形態において、血液サンプルからがんを検出するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用であって、血液サンプルが、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、多能性幹細胞を含む処理された第２の混合物を得る工程とを含む方法を使用して処理され、多能性幹細胞マーカーが、血液サンプルから得られた処理された第２の混合物から分析される、使用が、提供される。
【０１５４】
[0171]  本開示の実施形態において、血液サンプルからがんを予測するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【０１５５】
[0172]  本開示の実施形態において、血液サンプルからがんを予測するための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用であって、血液サンプルが、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、多能性幹細胞を含む処理された第２の混合物を得る工程とを含む方法を使用して処理され、多能性幹細胞マーカーが、血液サンプルから得られた処理された第２の混合物から分析される、使用が、提供される。
【０１５６】
[0173]  本開示の実施形態において、血液サンプルからがんのステージをグレード付けするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【０１５７】
[0174]  本開示の実施形態において、血液サンプルからがんのステージをグレード付けするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用であって、血液サンプルが、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、多能性幹細胞を含む処理された第２の混合物を得る工程とを含む方法を使用して処理され、多能性幹細胞マーカーが、血液サンプルから得られた処理された第２の混合物から分析される、使用が、提供される。
【０１５８】
[0175]  本開示の実施形態において、血液サンプルから抗がん治療の進行をモニタリングするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用が、提供される。
【０１５９】
[0176]  本開示の実施形態において、血液サンプルから抗がん治療の進行をモニタリングするための、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、ＮＦκＢ、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される多能性幹細胞バイオマーカーの使用であって、血液サンプルが、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、多能性幹細胞を含む処理された第２の混合物を得る工程とを含む方法を使用して処理され、多能性幹細胞マーカーが、血液サンプルから得られた処理された第２の混合物から分析される、使用が、提供される。
【０１６０】
[0177]  本開示の実施形態において、がんを処置するための方法であって、（ａ）対象から血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照と比較する工程であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加により、がんを検出する、工程と、（ｆ）がんを処置するために、対象に抗がん治療を投与する工程とを含む、方法が、提供される。
【０１６１】
[0178]  本開示の実施形態において、がんを処置するための方法であって、（ａ）対象から血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照と比較する工程であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加により、がんを検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程と、（ｇ）がんを処置するために、対象に抗がん治療を投与する工程とを含む、方法が、提供される。
【０１６２】
[0179]  本開示の実施形態において、がんを処置するための方法であって、（ａ）対象から血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）工程（ｂ）の混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、対照と比較する工程であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加により、がんを検出する、工程と、（ｆ）核酸に配列に基づくアッセイを行い、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異を分析する工程であって、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける突然変異の存在が、分析されたがん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、工程と、（ｇ）がんを処置するために、対象に抗がん治療を投与する工程とを含み、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーが、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択され、がん関連マーカーが、がん検出に関連する任意のマーカーを指す、方法が、提供される。別の実施形態において、がん関連マーカーは、ＡＢＬ１、ＥＶＩ１、ＭＹＣ、ＡＰＣ、ＩＬ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＢＬ２、ＥＷＳＲ１、ＭＹＣＬ１、ＡＲＨＧＥＦ１２、ＪＡＫ２、ＴＰ５３、ＡＫＴ１、ＦＥＶ、ＭＹＣＮ、ＡＴＭ、ＭＡＰ２Ｋ４、ＴＳＣ１、ＡＫＴ２、ＦＧＦＲ１、ＮＣＯＡ４、ＢＣＬ１１Ｂ、ＭＤＭ４、ＴＳＣ２、ＡＴＦ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＮＦＫＢ２、ＢＬＭ、ＭＥＮ１、ＶＨＬ、ＢＣＬ１１Ａ、ＦＧＦＲ２、ＮＲＡＳ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＭＬＨ１、ＷＲＮ、ＢＣＬ２、ＦＵＳ、ＮＴＲＫ１、ＢＲＣＡ１、ＭＳＨ２、ＷＴ１、ＢＣＬ３、ＧＯＬＧＡ５、ＮＵＰ２１４、ＢＲＣＡ２、ＮＦ１、ＢＣＬ６、ＧＯＰＣ、ＰＡＸ８、ＣＡＲＳ、ＮＦ２、ＢＣＲ、ＨＭＧＡ１、ＰＤＧＦＢ、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＮＯＴＣＨ１、ＢＲＡＦ、ＨＭＧＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＤＨ１、ＮＰＭ１、ＣＡＲＤ１１、ＨＲＡＳ、ＰＩＭ１、ＣＤＨ１１、ＮＲ４Ａ３、ＣＢＬＢ、ＩＲＦ４、ＰＬＡＧ１、ＣＤＫ６、ＮＵＰ９８、ＣＢＬＣ、ＪＵＮ、ＰＰＡＲＧ、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＰＡＬＢ２、ＣＣＮＤ１、ＫＩＴ、ＰＴＰＮ１１、ＣＥＢＰＡ、ＰＭＬ、ＣＣＮＤ２、ＫＲＡＳ、ＲＡＦ１、ＣＨＥＫ２、ＰＴＥＮ、ＣＣＮＤ３、ＬＣＫ、ＲＥＬ、ＣＲＥＢ１、ＲＢ１、ＣＤＸ２、ＬＭＯ２、ＲＥＴ、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＵＮＸ１、ＣＴＮＮＢ１、ＭＡＦ、ＲＯＳ１、ＣＹＬＤ、ＳＤＨＢ、ＤＤＢ２、ＭＡＦＢ、ＳＭＯ、ＤＤＸ５、ＳＤＨＤ、ＤＤＩＴ３、ＭＡＭＬ２、ＳＳ１８、ＥＸＴ１、ＳＭＡＲＣＡ４、ＤＤＸ６、ＭＤＭ２、ＴＣＬ１Ａ、ＥＸＴ２、ＳＭＡＲＣＢ１、ＤＥＫ、ＭＥＴ、ＴＥＴ２、ＦＢＸＷ７、ＳＯＣＳ１、ＥＧＦＲ、ＭＩＴＦ、ＴＦＧ、ＦＨ、ＳＴＫ１１、ＥＬＫ４、ＭＬＬ、ＴＬＸ１、ＦＬＴ３、ＳＵＦＵ、ＥＲＢＢ２、ＭＰＬ、ＴＰＲ、ＦＯＸＰ１、ＳＵＺ１２、ＥＴＶ４、ＭＹＢ、ＵＳＰ６、ＧＰＣ３、ＳＹＫ、ＥＴ���６、ＩＤＨ１、ＴＣＦ３、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つである。
【０１６３】
[0180]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、処置されるがんが、従来的な方法によって検出することができず、そのため従来的な抗がん治療によって処置することができない、初期発症のがんである、方法が、提供される。本明細書に記載される処置の方法は、生検のようないずれの侵襲的技法も伴わない。
【０１６４】
[0181]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、混合物から核酸を得る工程が、（ａ）グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離方法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウムブロミド核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂に基づく抽出、および（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択されるいずれか１つの方法によるものである、方法が、提供される。
【０１６５】
[0182]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を分析するために核酸にアッセイを行う工程が、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、および次世代シーケンシング（NGS）からなる群から選択される技法によって行われる、方法が、提供される。
【０１６６】
[0183]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、対照が、がんを有さない対象から得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルである、方法が、提供される。
【０１６７】
[0184]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含む、方法が、提供される。
【０１６８】
[0185]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮する工程が、（ａ）血液サンプルを、１：１〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得る工程と、（ｂ）少なくとも１つの塩溶液を、１：２〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得る工程と、（ｃ）第２の混合物を処理して、濃縮された多能性幹細胞を得る工程とを含み、第２の混合物を処理する工程が、（ａ）抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、方法が、提供される。
【０１６９】
[0186]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、少なくとも２倍である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも３倍である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、少なくとも５倍である。代替的な実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、２倍、または３倍、または４倍、または５倍、または６倍、または７倍、または８倍、または９倍、または１０倍である。
【０１７０】
[0187]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを処置するための方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加が、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲である、方法が、提供される。別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲である。さらに別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲である。１つの別の実施形態において、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの増加は、対照と比較して、４０倍以上である。
【０１７１】
[0188]  本開示の実施形態において、がんを処置するための方法であって、（ａ）抗がん治療後のある時点において、対象から血液サンプルを得る工程と、（ｂ）血液サンプルから多能性幹細胞を濃縮して、前記多能性幹細胞を含む混合物を得る工程と、（ｃ）混合物から核酸を得る工程と、（ｄ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを分析するために、核酸にアッセイを行う工程と、（ｅ）少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを、参照物における少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルと比較し、それにより抗がん治療に対する応答をモニタリングする工程であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照物と比較した増加が、抗がん治療に対する否定的な応答を示す、工程と、（ｆ）がんを処置するために、代替的な抗がん治療を投与する工程とを含み、代替的な抗がん治療を投与する工程により、がんを処置し、参照物が、（ｉ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｉｉ）工程（ａ）において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｉｉｉ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである、方法が、提供される。
【０１７２】
[0189]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、ラテラルフローアッセイを用いることによって行われる、方法が、提供される。
【０１７３】
[0190]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、チップに基づくアッセイを使用して行われる、方法が、提供される。
【０１７４】
[0191]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを検出するためのインビトロ方法であって、チップに基づくアッセイにおいて実行するために最適化されている、方法が、提供される。
【０１７５】
[0192]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、ラテラルフローアッセイを用いることによって行われる、方法が、提供される。
【０１７６】
[0193]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、チップに基づくアッセイを使用して行われる、方法が、提供される。
【０１７７】
[0194]  本開示の実施形態において、本明細書に記載されるがんを予測するためのインビトロ方法であって、チップに基づくアッセイにおいて実行するために最適化されている、方法が、提供される。
【０１７８】
[0195]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、ラテラルフローアッセイを用いることによって行われる、方法が、提供される。
【０１７９】
[0196]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、チップに基づくアッセイを使用して行われる、方法が、提供される。
【０１８０】
[0197]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される代謝的に改変された細胞を検出するためのインビトロ方法であって、チップに基づくアッセイにおいて実行するために最適化されている、方法が、提供される。
【０１８１】
[0198]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される休眠細胞を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、ラテラルフローアッセイを用いることによって行われる、方法が、提供される。
【０１８２】
[0199]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される休眠細胞を検出するためのインビトロ方法であって、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を評価するために核酸にアッセイを行う工程が、チップに基づくアッセイを使用して行われる、方法が、提供される。
【０１８３】
[0200]  本開示の実施形態において、本明細書に記載される休眠細胞を検出するためのインビトロ方法であって、チップに基づくアッセイにおいて実行するために最適化されている、方法が、提供される。
【０１８４】
[0201]  本開示の実施形態において、本開示において記載されるインビトロ方法を実行するために、関連する成分で最適化されている、キットが、提供される。
【０１８５】
[0202]  本主題は、特定の実施形態を参照して記載されているが、この説明は、制限する意味で解釈されることを意味するものではない。開示される実施形態の様々な修正形、ならびに本主題の別の実施形態が、本主題の説明を参照すれば、当業者には明らかであろう。したがって、そのような修正形は、定義される本主題の趣旨または範囲から逸脱することなくなされ得ることが企図される。
【実施例】
【０１８６】
[0203]  本開示を、これより実施例によって例証するが、実施例は、本開示の実施を例示することを意図するものであり、本開示の範囲に何らかの制限を課すように限定的に解釈されることを意図するものではない。別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者に広く理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものに類似するかまたはそれと同等の方法および材料を、開示される方法および組成物の実施において使用することができるが、例示的な方法、デバイス、および材料が、本明細書に記載されている。本開示は、記載される特定の方法および実験条件に制限されるものではなく、したがって、そのような方法および条件は変動し得ることを、理解されたい。
【０１８７】
[0204]  以下の段落では、本開示において記載される方法の実施を示す例を説明する。
【０１８８】
実施例１
研究デザイン
[0205]  診断的ヒト臨床研究を、前向きとして、以下の番号：ＣＴＲＩ／２０１９／０１／０１７１６６下においてＩｎｄｉａｎ  Ｃｏｕｎｃｉｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＩＣＭＲ）−Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｒｉａｌ  Ｒｅｇｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｉｎｄｉａ（CTRI）に登録された。この研究は、インド全体にわたる主要施設から得た血液サンプルの二重盲検であった。この研究は、１０００個のサンプルを用いて行い、本研究の結果では、１０００個のサンプルのうち、５００個のサンプルが健常な対象から得られたものであったことがわかった。
【０１８９】
実施例２
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を研究するためのインビトロ方法の詳細
[0206]  血液サンプル（５〜１０ｍｌ）を、登録された研究の一部として得た。サンプルから核酸を抽出する前に、サンプルを公知の技法で処理した。処理したサンプルを、多能性幹細胞を濃縮するためのプロセスに供した後、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現分析を行った。以下に列挙されているプロセスを、対象におけるがんの検出、予測、およびモニタリングのために使用した。適用した詳細なプロセスを、以下に記載する。
１．血液サンプル（試験サンプル）を、研究の一部として、ある時点で得た。
２．血液サンプルを、１：１（血液サンプル：中性緩衝液）〜１：２０の範囲の比で、中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得た。
３．少なくとも１つの塩溶液を、１：２（塩溶液：第１の混合物）〜１：１０の範囲の比で、第１の混合物と接触させて、第２の混合物を得た。
４．第２の混合物を処理して、多能性幹細胞を含む、処理された第２の混合物を得た。
５．核酸を、当該技術分野において周知の方法によって、多能性幹細胞から得た。本例証の目的で、全ｍＲＮＡを、当該技術分野において周知の方法によって、多能性幹細胞から単離した。
６．発現研究を、ｍＲＮＡサンプルを使用して行い、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現を、定量的ＰＣＲ法を使用して、試験した。発現研究は、当該技術分野において周知の手法によって行った。発現は、ＮＧＳまたはｑＰＣＲ研究のいずれかによって行った。
７．研究の目的が、検出目的または予測目的であった場合には、前の工程で得られた発現レベルを、対照と比較したが、ここで、対照は、がんを有さない対象から単離された血液サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルを表す。
７Ａ．研究の目的が、がんのモニタリングであった場合には、得られた発現レベルを、参照レベルと比較したが、ここで、参照レベルは、（ａ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｂ）第１の工程において言及された時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、（ｃ）第１の工程において言及された時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプル、および（ｄ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである。
【０１９０】
[0207]  上述の方法を達成するために使用される手法および試薬を、以下に記載している。
【０１９１】
ＲＮＡ単離および発現の分析（工程５および６）
[0208]  ＲＮＡ  Ｐｌｕｓ（ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、Ｉｒｖｉｎｅ、ＣＡ）を製造業者の説明書に従って使用して、全ＲＮＡを単離した。Ｒｅｖｅｒｔ  Ａｉｄ第１鎖ｃＤＮＡ合成キット（Ｔｈｅｒｍｏ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＫ）を製造業者の説明書に従って使用して、第１鎖ｃＤＮＡを合成した。簡単に述べると、１μｇの全ＲＮＡを、５倍反応緩衝液および逆転写酵素ミックスとともにインキュベートした。反応は、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）サーマルサイクラー９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏ−ｓｙｓｔｅｍｓ、ＵＳＡ）を製造業者の説明書に従って使用して行った。遺伝子転写産物の発現レベルを、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｍａｘｉｍａ  ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ／ＲＯＸ  ｑＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘキット（Ｔｈｅｒｍｏ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＫ）を使用して、リアルタイムＰＣＲシステムＡＢＩ  ７５００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏ−ｓｙｓｔｅｍｓ、ＵＳＡ）によって推測した。１８Ｓ  ｒＲＮＡをハウスキーピング遺伝子として使用した。増幅条件は、以下の通りであった：９４℃で３分間の初回変性に続いて、９４℃で１０秒間の変性、２０秒間のアニーリング、および７２℃で３０秒間の伸長から構成されるサイクルを４０回、その後に融解曲線分析を行った。放出される蛍光を、それぞれのサイクルの伸長工程中に収集した。ＰＣＲアンプリコンの均質性を、産物を２％アガロースゲルに泳動させることによって、および融解曲線の研究によっても検証した。すべてのＰＣＲ増幅は、三連に行った。７５００  Ｍａｎａｇｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、ＵＫ）を使用してそれぞれの実験において生成された平均Ｃｔ値を、ｍＲＮＡ発現レベルの計算に使用した。ΔΔＣｔ法を使用して、倍数変化を計算した。それぞれの遺伝子の相対発現レベルを、一緒に取得したベースラインレベルと比較した。ＮＧＳ技術もまた、バイオマーカーまたはがん関連バイオマーカーの発現および／または突然変異の分析に使用した。
【０１９２】
多能性幹細胞を含む第２の混合物の処理（工程４）
[0209]  第２の混合物を処理する工程は、前記多能性幹細胞を含む処理された第２の混合物を得るための、抽出プロセス、洗浄プロセス、および遠心分離プロセスの組合せを含んでいた。
【０１９３】
[0210]  本例証の目的で、処理する工程は、以下を含む：
１．第２の混合物を、５〜２０分間の範囲の期間、１０００〜６０００ｒｐｍの範囲の速度で遠心分離に供して、上清およびペレットを得た。
２．上清を抽出に供するかまたはペレットを洗浄に供して、第３の混合物を得た。
３．第３の混合物を、１０００〜１００００ｒｐｍの範囲の変動する速度で２〜８回の連続遠心分離に供して、前記多能性幹細胞を含む処理された混合物を得た。
【０１９４】
塩溶液（工程３）
[0211]  工程３において使用した塩溶液は、塩化ナトリウムである。任意の適切な塩溶液も使用することができることを理解されたい。
【０１９５】
中性緩衝液（工程２）
[0212]  工程２において使用した中性緩衝液は、ｆｉｃｏｌｌ  ｈｙｐａｑｕｅからなる群から選択した。任意の適切な中性緩衝液も使用することができることを理解されたい。
【０１９６】
実施例３
実施例２において研究した発現レベルの分析
[0213]  実施例２に記載されるインビトロ方法は、サンプルにおけるがんの検出ならびに予測を行うことができる。また、この方法は、がんの進行をモニタリングして、対象が抗がん処置に対して肯定的な応答をもたらしているかどうかを調べることができる。さらに、この方法は、処置が終了した後にフォローアップケアの性能をモニタリングして、がんの任意の再発の可能性を調べることができる。本開示の方法に基づき得る異なる種類の分析を、以下に提供している。
【０１９７】
[0214]  発現レベルの比較の分析
１．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加が、５〜５０倍の範囲であった場合、サンプルが、がん陽性であることが示された。
２．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、対照と比較した増加が、２倍を下回った場合、サンプルが、がん陰性であることが示された。
【０１９８】
[0215]  がんの異なるステージのグレード付け：本開示において開示される方法はまた、がんの異なるステージをグレード付けするためにも使用することができる。実行された研究において、がんの異なるステージは、以下に示されるように決定した。
１．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルが、対照と比較して、６〜１０倍の範囲で増加していた場合、前がんステージである。
２．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルが、対照と比較して、１０〜２０倍の範囲で増加していた場合、ステージＩのがんである。
３．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルが、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲で増加していた場合、ステージＩＩのがんである。
４．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルが、対照と比較して、３０〜４０倍の範囲で増加していた場合、ステージＩＩＩのがんである。
５．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルが、対照と比較して、４０倍以上の範囲で増加していた場合、ステージＩＶのがんである。
少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現の倍数増加と、本開示において開示されるインビトロ方法の結果との相関関係を、以下の表１に捕捉した。
【０１９９】
【表１】
2021526812.tif 000002
本開示において示される「ＨｒＣ範囲」または「倍数変化の範囲」という用語は、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの倍数変化の範囲を指して、互換可能に使用される。「値」または「ＨｒＣ値」または「倍数変化」という用語は、特定の範囲内の具体的な値を指して、互換可能に使用されている。発現レベルの倍数変化の分析から得られた提案が、本明細書に言及されている。表に提供されている範囲は、本開示において定義される「対照」、または場合によっては本開示において定義される「参照物」に関連している。
【０２００】
[0216]  がん進行をモニタリングするための分析：
１．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照物と比較した減少は、抗がん治療に対する肯定的な応答を示し、ここで、参照物は、（ａ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｂ）試験血液サンプルの時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、および（ｃ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される。
２．試験サンプルから得られた少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの、参照物と比較した増加は、抗がん治療に対する否定的な応答を示し、ここで、参照物は、（ａ）抗がん治療の投与の前に得られた血液サンプル、（ｂ）試験血液サンプルの時点と比較して、前の時点で得られた血液サンプル、（ｃ）試験血液サンプルの時点と比較して、後の時点で得られた血液サンプル、および（ｄ）がんを有さない対象から得られた血液サンプルからなる群から選択される少なくとも１つである。
【０２０１】
実施例４
Ｓｏｘ  ２バイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0217]  本研究デザインの一部として得られたサンプルのうち、２０個のサンプルを、それぞれの血液サンプルから得られた多能性細胞からのＳｏｘ  ２（遺伝子識別子：６６５７）の発現レベルの倍数変化について研究した。図１は、Ｓｏｘ  ２の発現レベルの倍数変化のグラフを示す。サンプル１〜１１が、Ｓｏｘ  ２の発現に２０以内の倍数変化値を有したことを、図１から観察することができる。サンプル２および４は、６を下回る発現の倍数変化値を有し、したがって、がんを有さないサンプルと相関しており、一方で１〜１１のすべての他のサンプルは、前がんステージと相関する値を有していた。サンプル１３〜２０は、５０倍よりも高い発現の倍数変化を有し、これは、本開示によると、ステージＩＶのがんと相関している。本開示の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２０２】
実施例５
Ｎａｎｏｇバイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0218]  ２０個の異なる（実施例４に選択されたものとは異なる）サンプルを、バイオマーカーとしてＮａｎｏｇ（遺伝子識別子：７９９２３）の発現を研究するために検討した。図２は、２０個のサンプルのＮａｎｏｇの発現における倍数変化を示す。サンプル１〜１１が、２以内の倍数変化値を有し、これは、本開示によると、非がんサンプルおよびがんを有さない対象に由来するサンプルと相関することを、観察することができる。サンプル１２および１８は、１０〜２０倍の範囲の倍数変化値を有し、したがって、ステージＩのがんと相関しており、一方でサンプル１３〜１７、１９、および２０は、対照と比較して、２０〜３０倍の範囲の倍数変化値を有し、したがって、ステージＩＩのがんと相関していた。本実施例の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２０３】
実施例６
Ｏｃｔ−４ａバイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0219]  ２０個の異なる（実施例４および５において言及されたものとは異なる）サンプルを、本実施例のため、バイオマーカーとしてＯｃｔ−４ａ（遺伝子識別子：６４２５５９）の発現を研究するために検討した。図３は、２０個のサンプルの倍数変化値を有するグラフを示す。サンプルの倍数変化値が、がんを有さない場合およびがんが存在する場合の両方の観察を裏付けたことを、観察することができる。サンプル１〜４、９、１０、１５〜１７は、２以内の値を有し、したがって、がんを有さない観察と相関しており、一方で他のサンプルは、値に応じて、ステージＩ、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ、またはステージＩＶのいずれかのがんと相関していた。本実施例の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２０４】
実施例７
Ｓｉｒｔ−１バイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0220]  ２０個の異なる（実施例４〜６において言及されたものとは異なる）サンプルを、本実施例のため、バイオマーカーとしてＳｉｒｔ−１（遺伝子識別子：２３４１１）の発現を研究するために検討した。
【０２０５】
[0221]  図４は、２０個のサンプルの倍数変化値を有するグラフを示す。２倍よりも低い倍数変化値を有したサンプルはなかったため、がんの不在と相関するサンプルはなかった。サンプル６、９、１３〜２０は、５０を上回る倍数変化値を有し、したがって、ステージＩＶのがんの存在と相関していた。本実施例の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２０６】
実施例８
Ｓｉｒｔ  ６バイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0222]  本研究デザインの一部として得られたサンプルのうち、２０個の異なる（実施例４〜７とは異なる）サンプルを、それぞれの血液サンプルから得られた多能性細胞からのＳｉｒｔ  ６（遺伝子識別子：５１５４８）の発現レベルの倍数変化について研究した。がんの存在を検出するための方法は、本開示によるものであり、実施例２に記載されているものであった。
【０２０７】
[0223]  図５は、Ｓｉｒｔ  ６の発現レベルの倍数変化のグラフを示す。サンプル５〜９が、０〜２以内の倍数変化値を有し、健常なサンプルと相関していることを、図５から観察することができる。サンプル１１〜２０は、がんの範囲内の倍数変化値を有し、したがって、がん陽性サンプルとして記録した。本開示の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２０８】
実施例９
ＮＦκＢバイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0224]  ２０個の異なる（実施例４〜８に選択されたものとは異なる）サンプルを、バイオマーカーとしてＮＦκＢ（遺伝子識別子：４７９１）の発現を研究するために検討した。がんの存在を検出するための方法は、本開示によるものであり、実施例２に記載されているものであった。
【０２０９】
[0225]  図６は、２０個のサンプルのＮＦκＢの発現における倍数変化を示す。サンプル１〜９が、ステージＩのがんまたはステージＩＩのがんに指定される範囲内の倍数変化値を有したことを、観察することができる。サンプル１０〜２０は、２以内の倍数変化値を有し、したがって、がんではない解釈と相関していた。本実施例の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２１０】
実施例１０
Ｏｃｔ−４バイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0226]  ２０個の異なる（実施例３〜８において言及されたものとは異なる）サンプルを、本実施例のため、バイオマーカーとしてＯｃｔ−４（遺伝子識別子：６４２５５９）の発現を研究するために検討した。がんの存在を検出するための方法は、本開示によるものであり、実施例２に記載されているものであった。
【０２１１】
[0227]  図７は、２０個のサンプルの倍数変化値を有するグラフを示す。サンプル１〜１２が、対照と比較して、５以内の倍数変化値を有し、したがって、がんの不在と相関していることを、観察することができる。２を上回る値を有するサンプル７、８、１０、および１２は、炎症の存在下に分類され、対象の身体の少なくとも一部において炎症をもたらす、ある特定の種類の異常または状態を有することが疑われる。４０〜５０倍の範囲の倍数変化値を有したサンプル１３〜１９は、ステージＩＶのがんを有するサンプルと相関しており、サンプル２０は、倍数変化値が２０〜３０倍の範囲であったため、ステージＩＩのがんの存在と相関していた。本実施例の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２１２】
実施例１１
ｐ５３バイオマーカーの発現を評価することによって得られた臨床研究の結果
[0228]  ２０個の異なる（実施例４〜１０において言及されたものとは異なる）サンプルを、本実施例のため、バイオマーカーとしてｐ５３（遺伝子識別子：７１５７）の発現を研究するために検討した。がんの存在を検出するための方法は、本開示によるものであり、実施例２に記載されているものであった。
【０２１３】
[0229]  図８は、２０個のサンプルの倍数変化値を有するグラフを示す。サンプル５、８、９、１６、および１７は、２以内の倍数変化値を有し、したがって、がんを有さないサンプルとなっている。サンプル２、３、６、７、１５、１９、および２０は、５０を上回る値の倍数変化値を有し、したがって、進行したステージのがん（ステージＩＶ）と相関していた。本実施例の観察は、二重盲検の一部として得られたそれぞれのサンプルの医療記録と相関しており、したがって、がんの存在を検出する本開示の方法の能力を証明した。
【０２１４】
実施例１２
本研究デザインの一部として収集された全サンプルの結果
[0230]  本実施例は、本開示において開示されるインビトロ方法の実施を確立するために行ったサンプル１０００個の研究の結果を示す。図９〜１８は、Ｏｃｔ−４、Ｓｏｘ−２、Ｎａｎｏｇ、ｐ５３、Ｓｉｒｔ−１、Ｓｉｒｔ−６、Ｓｉｒｔ−３、ＮＡＤ、ＲＡＳ、ＥＲＣ、ｅｒｂＢ−２、ＡＢＬ、これらのサブセット、およびこれらの組合せからなる群から選択される、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現の倍数変化（ＨｒＣ値）を示す。倍数変化値を得るために使用した方法は、実施例２に記載される本開示のインビトロ方法によるものであった。図９〜１８のそれぞれは、１００個ずつのサンプルのデータを示す。緑色のバーは、本開示のプロセスにより健常であると分析されたサンプルを表し、赤色のバーは、がん陽性サンプルを表し、黄色のバーは、高リスクの切迫がんのカテゴリーに入るサンプルを示す。
【０２１５】
[0231]  いくつかの事例研究を、本開示の方法の評価の一部として行った。数個の選択した事例研究を、本実施例の一部として本明細書で以下に提示する。「ＨｒＣ試験」という用語は、本開示において開示されるインビトロプロセスを指す。
【０２１６】
事例研究１
[0232]  対象の詳細−６８歳の男性の血液サンプルを、本研究の一部として、いずれの他の詳細を知ることなく受容し、ＨｒＣ試験をサンプルに行った。
【０２１７】
[0233]  ０日目におけるＨｒＣ試験の結果は、９．７８の読取り値を示し、これにより、個体が、高リスク候補であることが示された。高リスクカテゴリー以外に、ＨｒＣ試験により、リスクのある器官が、ｈｏｘｂ１３遺伝子における突然変異の存在に起因して、前立腺であることも、具体的に検出された。この段階では、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）は存在していなかった。結果を、個体に共有し、彼はさらなる分析を受け、それによって、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）のレベルが高く、前立腺が腫れていることが明らかとなった（７日目）。腫瘍専門医の診察により、個体は生検を受け、それによって、ｈｏｘｂ１３突然変異が示され（４５日目）、患者は前立腺切除術を受けた（６５日目）。手術の日に、ＨｒＣ値は１０．８９であり、これにより、がんが実際に進行していることが判明した。７５日目に、前立腺組織からの遺伝子発現の結果により、ＨｒＣ試験（血液サンプルにより行われた）から得られた遺伝子発現の結果および突然変異の結果が、組織から得られた結果とほぼ同一であったことが明らかとなった。したがって、ＨｒＣ試験は、生検により得ることができる情報を提供し、それをより早期のステージでいずれの侵襲的な技法も使用することなく行う能力を有する。腫瘍の摘出から６週間後（９５日目）に、ＨｒＣ試験は、２．１の読取り値を示し、これにより、個体ががんを有さないことが示された。
【０２１８】
[0234]  本開示により得られる利点−本事例研究は、ＨｒＣ試験が、がんの診断および予後診断に成功したという根拠を提供する。遺伝子発現および突然変異の結果は、（がん）組織と血液でほぼ同一であった。ＨｒＣ試験は、ＣＴＣが存在する前ですら、血液サンプルのみからがんを検出することができる。
【０２１９】
[0235]  医療記録−対象の医療記録により、以下の詳細が開示された：酸性、脂肪肝、および糖尿病状態。
【０２２０】
事例研究２
[0236]  対象の詳細−３９歳の女性の血液サンプルを、本研究の一部として受容した。対象は、子宮頸部腺癌と診断されており、腫瘍の摘出のための外科手術を受けることが予定されていた。
【０２２１】
[0237]  外科手術の日（０日目）、ＨｒＣ値は、３２．１１６であり、ＣＴＣは陽性であった。外科手術の１０日後（１０日目）に、ＨｒＣ値は、腫瘍の摘出に起因して２０．１４２まで低下した。外科手術後、彼女は、６回のアジュバント化学療法を受け（２０日目から１６０日目まで）、化学療法処置の完了後、ＣＴＣの試験は、陰性であり、ＰＥＴスキャンも病変の不在を示していた。イメージング技法により、患者は、がんを有さないと宣言されたが、ＨｒＣ値は、６．４８の読取り値（高リスクカテゴリー）を示しており（１６７日目）、本開示のインビトロ方法により、患者が高リスクカテゴリーにあり、再発のリスクがあることが、適切に検出された。本研究により得られた情報に付け加えると、彼女は、現在、さらに３回のサイクルの化学療法を受けている。
【０２２２】
[0238]  本開示により得られる利点−ＨｒＣ試験は、腫瘍専門医が、非侵襲的な技法により疾患の進行および再発のリスクをモニタリングすることを補助するのに成功した。したがって、ＨｒＣ試験により、ＣＴＣが存在するよりも前に、がんおよび再発のリスクを検出することができる。
【０２２３】
事例研究３
[0239]  対象の詳細−６５歳の女性の血液サンプルを、本研究の一部として受容した。
【０２２４】
[0240]  医療記録−対象は、卵巣上の腫瘍が診断されていた。
【０２２５】
[0241]  ＨｒＣ値は、４１．２８であり（０日目）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）は、１９８．８であり、腹部に疼痛もあった（３日目）。診断後、患者は、両卵巣、子宮、および卵管の摘出のための外科手術を受けた（７日目）。摘出した組織の免疫組織化学分析（１０日目）により、がんの原発部位は、組織がＣＫ−２０、ＣＤＸ２／ＳＡＴＢ２マーカーに陽性であったことから胃にあることが示唆された。医師らは、がんの原発部位を検出することができず、処置過程にさらに影響を及ぼした（３０日目）。ＨｒＣ試験は、がんの原発部位を虫垂と正確に検出することができた（４４日目）。
【０２２６】
[0242]  本開示により得られる利点−ＨｒＣ試験は、原発部位を従来的な方法を使用して検出することができない事例において、がんの診断およびがんの原発部位の検出に成功した。したがって、ＨｒＣ試験は、原発部位が検出されない事例において、腫瘍専門医ががんの処置過程を計画することに役立ち、それによって、対象の生存確率を増加させた。
【０２２７】
[0243]  サンプル１０００個の研究の概要：本研究の一部として検出、予測、モニタリングしたがんの種類を、以下の表にまとめている。
【０２２８】
【表２】
2021526812.tif 000003
【０２２９】
[0244]  表２から推測することができるように、サンプルの入手可能性により、本開示において開示される方法は、広範ながんを、効果的かつ正確に、検出または予測またはモニタリングすることができた。
【０２３０】
[0245]  本開示の利点−本実施例において言及した事例研究により、本開示において開示されるインビトロ方法が、現在使用されている技法、例えば、ＰＥＴ、ＣＴ、および液体生検よりも多くの利点を提供し、より多用途かつ包括的であることが、明確に証明される。利点を以下に列挙する。
【０２３１】
[0246]  がんの検出−本開示において開示される方法は、ＣＴＣが出現する前およびＰＥＴもしくはＣＴスキャンが機能し得る前であっても、単純に血液サンプルを分析することによってがんを検出することができ、それによって、がんを罹患した患者の生存確率を増加させることができる。
【０２３２】
[0247]  がんの予測−本開示において開示される方法は、単純に血液サンプルを分析することによって、対象におけるがんの顕在化の可能性を予測することができる。本方法は、対象において顕在化するかもしれないがんの種類を正確に予測することができ、現時点でこれができる技法は存在しない。
【０２３３】
[0248]  がん処置のモニタリング−本明細書に開示される方法は、単純な血液分析によって、抗がん治療を受けている対象におけるがんの進行をモニタリングする。本開示の方法によって得られる具体的な利点は、本方法が、６カ月間隔に１回しか行うことができないＰＥＴスキャンと比較して、非常に高頻度に行うことができ、それによって、抗がん治療の貴重な時間を節約することができることである。本方法はまた、がんの再発を調べ、時間を無駄にすることなく、腫瘍専門医を、必要性に応じて任意の代替的ながん治療法に導くことができる。
【０２３４】
[0249]  生検を行うことを必要としない特定の種類のがんの検出：本開示において開示される方法は、少なくとも１つの多能性幹細胞バイオマーカーの発現レベルの分析を、がん関連マーカーの突然変異研究と組み合わせて、血液サンプルから、特定の種類のがんおよびがんのステージを正確に検出することができ、それによって、生検などの任意の侵襲的技法の使用を回避することができる。また、生検には、対象におけるがん関連活性を活性化するリスクという問題があるため、本開示において開示される方法は、任意のそのようなリスクを伴わないという特定の利点を有する。
【０２３５】
[0250]  以下の表３は、ＰＥＴスキャン、ＣＴスキャン、ならびに従来的な血液および組織生検研究などの周知の技法と比較して、本開示のインビトロ方法によって得られる利点を示す。
【０２３６】
[0251]
【０２３７】
【表３−１】
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【０２３８】
【表３−２】
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【０２３９】
[0252]  本開示は、対象から得られた単純な血液サンプルから、対象におけるがんを検出、予測、およびモニタリングし、がん突然変異を検出するための単純で効率的で有害でなく、高感度な方法を開示する。本方法は、血液サンプルからの多能性幹細胞の濃縮および多能性幹細胞マーカーの発現の分析を含む。
【０２４０】
[0253]  本開示において開示される方法の重要な利点は、いずれの侵襲的技法も使用することなく、本方法により、対象におけるがんを予測および／または検出することができることである。１つの他の重要な利点は、本明細書において開示される方法により、がんを罹患している器官を効果的に推測することができるある特定の遺伝子セットにおける突然変異を分析することができることである。当該技術分野において公知の他の方法で、単純な血液検査によってがんに罹患している器官を効果的に推測することができるものはない。本開示のプロセスは、血液サンプルのみから、がんが存在している器官を効果的に推測する。従来的な方法では、罹患している器官を確認するためには、放射性同位体の使用を伴うＰＥＴスキャンが必要である。本方法は、従来的に行われている組織生検とは対照的に、対象から得られた血液サンプルのみを使用して行われるアッセイを含む。したがって、本方法は、いずれの放射性同位体の使用も伴わず、がんの処置を受けている対象に頻繁に行うことができる。したがって、処置が機能しているかどうかを調べるためにすら使用することができる。本方法は、感度が高い様式であるため、対象から得られた血液サンプルを使用することによって、対象が近い将来がんと診断されることになる確率を予測することができる。本開示において開示される方法を、従来的な技法と併せて使用して、対象におけるがんを検出または予測またはモニタリングするための有効なコンビナトリアル手技を提供することができる。本開示において開示される方法は、すべての種類のがんに適用可能であり、非限定的なリストが、本開示において開示されている。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【国際調査報告】
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