(57)【要約】本実施形態は、ＩＲＦ４発現を阻害するのに有用な方法、化合物、及び組成物を提供し、それらはＩＲＦ４に関連するがんを治療、予防、または改善するのに有用であり得る。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する８〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項２】
配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも９個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する９〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項３】
配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１０〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項４】
配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１１個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１１〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項５】
配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１２〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項６】
配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項７】
配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項８】
配列番号１のヌクレオチド４２２７〜４２４４、４２２７〜４２４２、４２２８〜４２４３、もしくは４２２９〜４２４４内または配列番号２のヌクレオチド９６６７〜９６８２、１１４１１〜１１４２６、もしくは１８０９０〜１８１０５内で相補的な８〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項９】
配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する８〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項１０】
配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項１１】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾された糖、または少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１２】
前記修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１１に記載の化合物。
【請求項１３】
前記修飾された糖が、二環式糖である、請求項１１または１２に記載の化合物。
【請求項１４】
前記二環式糖が、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）、及び４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（ｃＥｔ）からなる群から選択される、請求項１３に記載の化合物。
【請求項１５】
前記修飾された糖が、２’−Ｏ−メトキシエチルである、請求項１１または１２に記載の化合物。
【請求項１６】
前記修飾された核酸塩基が、５−メチルシトシンである、請求項１１〜１５のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１７】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、修飾された糖を含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１８】
配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、修飾された糖を含む、前記化合物。
【請求項１９】
配列番号１３３０または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２０】
配列番号５５９または５６０のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
１個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、前記５’ウイングセグメントが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、前記３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２１】
配列番号１３３０または２０２１のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
４個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、前記５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、前記３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及び２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２２】
配列番号５６０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、前記５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、前記３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２３】
配列番号２０２１に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、前記５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、前記３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２４】
配列番号１５４０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、前記５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、前記３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２５】
配列番号５６０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に配置され、前記５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、前記３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及び２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである、前記化合物。
【請求項２６】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１または２と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項２７】
前記化合物が、一本鎖である、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項２８】
前記化合物が、二本鎖である、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項２９】
前記化合物が、リボヌクレオチドを含む、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項３０】
前記化合物が、デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項３１】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１６〜３０個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１〜３０のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項３２】
前記化合物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、先行請求項のいずれかに記載の化合物。
【請求項３３】
請求項１〜３２に記載の化合物のうちのいずれかの薬学的に許容される塩からなる化合物。
【請求項３４】
前記薬学的に許容される塩が、ナトリウム塩である、請求項３３に記載の化合物。
【請求項３５】
前記薬学的に許容される塩が、カリウム塩である、請求項３３に記載の化合物。
【請求項３６】
以下の式を有する化合物、
【化１】
2021514657.tif 000314
またはその塩。
【請求項３７】
以下の式を有する化合物。
【化２】
2021514657.tif 000315
【請求項３８】
以下の式を有する化合物、
【化３】
2021514657.tif 000316
またはその塩。
【請求項３９】
以下の式を有する化合物。
【化４】
2021514657.tif 000317
【請求項４０】
請求項１〜３９のいずれか１項に記載の化合物及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項４１】
治療に使用するための、先行請求項のいずれかに記載の化合物または修飾されたオリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項４２】
個体におけるがんを治療または改善する方法であって、ＩＲＦ４を標的とする化合物を前記個体に投与し、それにより前記がんを治療または改善することを含む、前記方法。
【請求項４３】
前記化合物が、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記がんが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である、請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記化合物を投与することが、がん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を阻害または低減する、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
細胞内のＩＲＦ４の発現を阻害する方法であって、前記細胞を、ＩＲＦ４を標的とする化合物と接触させて、それにより前記細胞内のＩＲＦ４の発現を阻害することを含む、前記方法。
【請求項４７】
前記細胞が、がん細胞である、請求項４８に記載の方法。
【請求項４８】
前記個体が、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を有する、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
がんを有する個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害する方法であって、ＩＲＦ４を標的とする化合物を前記個体に投与し、それにより前記個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害することを含む、前記方法。
【請求項５０】
前記個体が、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を有する、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記化合物が、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物である、請求項４６〜５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
前記化合物が、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の化合物または請求項４０もしくは４１に記載の組成物である、請求項４６〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記化合物が、非経口的に投与される、請求項４２〜５２のいずれかに記載の方法。
【請求項５４】
ＩＲＦ４に関連するがんを治療、予防、または改善するための、ＩＲＦ４を標的とする化合物の使用。
【請求項５５】
前記がんが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である、請求項５４に記載の使用。
【請求項５６】
前記化合物が、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物である、請求項５４または５５に記載の使用。
【請求項５７】
前記化合物が、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の化合物または請求項４０もしくは４１に記載の組成物である、請求項５４〜５６のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５８】
ＩＲＦ４に関連するがんを治療または改善するための、医薬品の製造におけるＩＲＦ４を標的とする化合物の使用。
【請求項５９】
前記がんが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である、請求項５８に記載の使用。
【請求項６０】
前記化合物が、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物である、請求項５８または５９に記載の使用。
【請求項６１】
前記化合物が、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の化合物または請求項４０もしくは４１に記載の組成物である、請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６２】
ＩＲＦ４に関連するがんを治療または改善するための、医薬品の調製におけるＩＲＦ４を標的とする化合物の使用。
【請求項６３】
前記がんが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である、請求項６２に記載の使用。
【請求項６４】
前記化合物が、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物である、請求項６２または６３に記載の使用。
【請求項６５】
前記化合物が、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の化合物または請求項４０もしくは４１に記載の組成物である、請求項６２〜６４のいずれか１項に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、電子形式で配列表と共に出願されている。配列表は、サイズが７１２ｋｂである、２０１９年１月１４日に作成されたＢＩＯＬ０３３２ＷＯＳＥＱ．ｔｘｔのファイル名で提供される。配列表の電子形式での情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本実施形態は、ＩＲＦ４発現を阻害するのに有用な方法、化合物、及び組成物を提供し、それらはＩＲＦ４に関連するがんを治療、予防、または改善するのに有用であり得る。
【背景技術】
【０００３】
インターフェロン制御因子４（ＩＲＦ４）は、正常Ｂ及びＴ細胞中の免疫応答に関与する転写因子であり、血液悪性腫瘍、特に多発性骨髄腫（ＭＭ）の発達に大いに関係する。高いＩＲＦ４レベルは、ＭＭ患者の全生存期間の予後不良と関連する。セレブロン／ＩＲＦ４経路の上方制御は、ＭＭ及びＢ脂肪悪性腫瘍に承認された、レナリドマイド治療であるＩＭｉＤの失敗を説明する。ＩＲＦ４は、発がん遺伝子ＭＹＣ及びＩＲＦ４の間の正の自己制御ループがＭＭの生存期間を持続させるＭＭ細胞中のスーパーエンハンサーの構成要素である。ＩＲＦ４はまた、皮膚未分化大細胞リンパ腫ＤＬＢＣＬ、Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、ＡＬＬ、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び末梢性Ｔ細胞リンパ腫に関与する。多くのがんにおけるその役割にもかかわらず、ＩＲＦ４は、従来の治療的アプローチによって創薬が困難な標的であると考えられる。
【発明の概要】
【０００４】
本明細書に提供されるある特定の実施形態は、ＩＲＦ４発現を阻害するのに有用である、強力及び耐容性の化合物及び組成物を対象とし、それらはＩＲＦ４に関連するがんの治療、予防、改善、またはその進行を遅延させるのに有用であり得る。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
前述の概要及び以下の詳細な説明は共に、例示的かつ説明的であるに過ぎず、特許請求されるように、実施形態を制限するものではないことを理解されたい。本明細書において、単数の使用は、特に明記されない限り、複数を含む。本明細書で使用される場合、「または（ｏｒ）」の使用は、特に明記されない限り、「及び／または」を意味する。さらに、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語、ならびに「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」などの他の形態の使用は、制限するものではない。
【０００６】
本明細書で使用される項の見出しは、構造的目的のためのみであり、記載される主題を限定するものとして解釈されるべきではない。これらに限定されないが、特許、特許出願、論説、書物、論文、ならびにＧｅｎＢａｎｋ及びＮＣＢＩ参考配列記録を含む、この出願に列挙される全ての書類、または書類の部分は、本明細書で考察される書類の部分、ならびにそれらの全体が参照により本明細書に明確に組み込まれる。
【０００７】
本明細書に含まれる例中の各配列番号に示される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係であることが理解される。そのように、配列番号によって定義される化合物は独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する１つ以上の修飾を含み得る。ＩＯＮ番号によって記載される化合物は、核酸塩基配列、化学修飾、及びモチーフの組み合わせを示す。
【０００８】
別段の指示がない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
「２’−デオキシヌクレオシド」とは、天然発生型のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出されるような、２’−Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、２’−デオキシヌクレオシドは、修飾された核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
【０００９】
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（また２’−ＭＯＥ及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３）は、フラノシル環の２’位でのＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾された糖である。
【００１０】
「２’−ＭＯＥヌクレオシド」（また２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド）とは、２’−ＭＯＥ修飾された糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【００１１】
「２’−置換ヌクレオシド」または「２−修飾ヌクレオシド」とは、２’−置換または２’−修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される場合、糖部分に関連する「２’−置換」または「２−修飾」とは、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’−置換基を含む糖部分を意味する。
【００１２】
「３’標的部位」は、特定の化合物の最も３’側のヌクレオチドと相補的である標的核酸のヌクレオチドを指す。
【００１３】
「５’標的部位」は、特定の化合物の最も５’側のヌクレオチドと相補的である標的核酸のヌクレオチドを指す。
【００１４】
「５−メチルシトシン」とは、５位に結合されたメチル基を有するシトシンを意味する。
【００１５】
「約」とは、値の±１０％内を意味する。例えば、「化合物がＩＲＦ４の約７０％の阻害に影響を与えた」と記載されている場合、それは、ＩＲＦ４レベルが６０％及び８０％の範囲内で阻害されていることを暗示する。
【００１６】
「投与」または「投与する」とは、本明細書に提供される化合物または組成物を個体に導入し、その意図される機能を実行する経路を指す。使用され得る投与の経路の例は、これに限定されないが、皮下、静脈内、または筋肉内注射もしくは注入などの非経口投与を含む。
【００１７】
「同時に投与された」または「同時投与」とは、両方の薬理学的効果が患者において明白である任意の様式での２つ以上の化合物の投与を意味する。同時投与は、同じ剤形で、投与の同じ経路によって、または同時に、単一の医薬組成物において両方の化合物が投与されることを必要としない。両方の化合物の効果は、同時にそれら自体が明白である必要はない。効果は、一定の期間重複している必要があるのみであり、同一の広がりをもつ必要はない。同時投与または（ｃｏｎｃｏｍｉｔａｎｔ  ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）または同時投与（ｃｏ−ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）は、並行または逐次的投与を包含する。
【００１８】
「改善」は、関連する疾患、障害、または状態の少なくとも１つの指標、徴候、または症状の改善または軽減を指す。ある特定の実施形態では、改善は、状態または疾患のうちの１つ以上の指標の進行または重症度の遅延またはそれらを遅らせることを含む。指標の進行または重症度は、当業者に既知である主観的または客観的尺度によって決定され得る。
【００１９】
「動物」とは、ヒト、またはこれらに限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ならびにこれらに限定されないが、サル及びチンパンジーを含む非ヒト霊長類を含む非ヒト動物を指す。
【００２０】
「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因し得る任意の検出可能な及び／または測定可能な活性を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、標的に対するアンチセンス化合物の不在下で標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
【００２１】
「アンチセンス化合物」とは、オリゴヌクレオチド、及び任意に、複合群または末端基などの１つ以上の追加の特徴を含む化合物を意味する。アンチセンス化合物の例としては、オリゴヌクレオチド、リボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、及び占有ベース化合物などの一本鎖及び二本鎖化合物が挙げられる。
【００２２】
「アンチセンス阻害」とは、アンチセンス化合物の不在下で標的核酸レベルと比較した、標的核酸と相補的なアンチセンス化合物の存在下での標的核酸レベルの低減を意味する。
【００２３】
「アンチセンスメカニズム」は、標的核酸を有する化合物のハイブリダイゼーションを含む全てのそれらのメカニズムであり、ハイブリダイゼーションの結果または効果は、例えば、転写またはスプライシングを含む細胞機構の同時に起こる失速を伴う標的分解または標的占有のいずれかである。
【００２４】
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸またはその領域もしくはセグメントと相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸またはその領域もしくはセグメントに特異的にハイブリダイズすることができる。
【００２５】
「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、２つの環を含む修飾された糖部分を意味し、第２の環は、第１の環において原子のうち２つを接続する架橋を介して形成され、それにより二環式構造を形成する。ある特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
【００２６】
「分岐基」とは、共有結合を少なくとも３つの群に形成することができる少なくとも３つの位置を有する原子の群を意味する。ある特定の実施形態では、分岐基は、複合リンカー及び／または切断可能部分を介してテザーリガンドをオリゴヌクレオチドに接続するための複数の反応性部位を提供する。
【００２７】
「細胞標的化部分」とは、複合群、または特定の細胞型（単数または複数）と結合することができる複合群の部分を意味する。
【００２８】
「ｃＥｔ」または「拘束エチル」とは、４’−炭素及び２’−炭素を接続する架橋を含む二環式フラノシル糖部分を意味し、架橋は、式４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有する。
【００２９】
「ｃＥｔヌクレオシド」とは、ｃＥｔ修飾された糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【００３０】
化合物における「化学修飾」は、化合物中のユニットのうちのいずれかの、そのようなユニットの元の状態に対する、化学反応による置換または変化を説明する。「修飾されたヌクレオシド」とは、独立して、修飾された糖部分及び／または修飾された核酸塩基を有するヌクレオシドを意味する。「修飾されたオリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、修飾された糖、及び／または修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
【００３１】
「化学的に異なる領域」は、いくつかの点で同じ化合物の別の領域とは化学的に異なる化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾なしでヌクレオチドを有する領域とは化学的に異なる。
【００３２】
「キメラアンチセンス化合物」とは、各位置が複数のサブユニットを有する少なくとも２つの化学的に異なる領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
【００３３】
「キラル的に濃縮された集団」とは、同一の分子式の複数の分子を意味し、特定のキラル中心で特定の立体化学的配置を含む集団内の分子の数または割合は、特定のキラル中心がステレオランダムであった場合に、集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定の立体化学的配置を含むと予期される分子の数または割合よりも大きい。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル的に濃縮された集団は、１つ以上のステレオランダムキラル中心を含み得る。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物である。
【００３４】
「切断可能な結合」とは、分割されることができる任意の化学結合を意味する。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、ホスフェートエステル、カルバメート、ジ−スルフィド、またはペプチドの中から選択される。
【００３５】
「切断可能な部分」とは、物理学的条件下、例えば、細胞、動物、またはヒト内で切断される原子の結合または群を意味する。
【００３６】
オリゴヌクレオチドに関連する「相補的」とは、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基配列が、２つの核酸塩基配列が反対の方向に整列されている場合に、別のオリゴヌクレオチドまたは核酸もしくはその１つ以上の領域の核酸塩基配列と適合することを意味する。核酸塩基適合または相補的核酸塩基は、本明細書に記載される場合、別段の定めがない限り、以下の対：アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、ならびに５−メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び／または核酸は、各ヌクレオシドで核酸塩基相補性を有する必要はなく、１つ以上の核酸塩基不適合を含み得る。対照的に、オリゴヌクレオチドに関連する「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、そのようなオリゴヌクレオチドが、いずれの核酸塩基不適合もなく、各ヌクレオシドで核酸塩基適合を有することを意味する。
【００３７】
「複合群」とは、オリゴヌクレオチドに結合される原子の群を意味する。複合群は、複合部分及び複合部分をオリゴヌクレオチドに結合する複合リンカーを含む。
【００３８】
「複合リンカー」とは、複合部分をオリゴヌクレオチドに接続する少なくとも１つの結合を含む原子の群を意味する。
【００３９】
「複合部分」とは、複合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される原子の群を意味する。
【００４０】
オリゴヌクレオチドの文脈における「隣接する」とは、ヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、または互いに直接隣接するヌクレオシド間結合を指す。例えば、「隣接する核酸塩基」とは、配列において互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
【００４１】
「設計する」または「するように設計される」は、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズする化合物を設計するプロセスを指す。
【００４２】
「希釈剤」とは、薬理学的活性を欠乏するが、薬学的に必要または望ましい組成物中の成分を意味する。例えば、注射される組成物中の希釈剤は、液体、例えば、食塩水溶液であり得る。
【００４３】
「異なって修飾された」とは、修飾の不在を含む、互いに異なる化学修飾または化学置換基を意味する。したがって、例えば、ＭＯＥヌクレオシド及び修飾されていないＤＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドは修飾されていないが、「異なって修飾され」ている。同様に、ＤＮＡ及びＲＮＡは、両方が天然発生型の修飾されていないヌクレオシドであるが、「異なって修飾され」ている。同じであるが、異なる核酸塩基を含むヌクレオシドは、異なって修飾されていない。例えば、２’−ＯＭｅ修飾された糖及び修飾されていないアデニン核酸塩基を含むヌクレオシド、ならびに２’−ＯＭｅ修飾された糖及び修飾されていないチミン核酸塩基を含むヌクレオシドは、異なって修飾されていない。
【００４４】
「用量」とは、単回投与で、または特定の期間で提供される化合物または医薬品の特定の量を意味する。ある特定の実施形態では、用量は、２つ以上のボーラス投与、錠剤、または注射で投与され得る。例えば、ある特定の実施形態では、皮下投与が所望である場合、所望の用量は、単回注射によっては簡単に収容できない容積を必要とし得る。そのような実施形態では、２つ以上の注射が、所望の用量を達成するために使用され得る。ある特定の実施形態では、用量は、個体における注射部位反応を最小化するために２つ以上の注射で投与され得る。他の実施形態では、化合物または医薬品は、延長された期間にわたって、または連続的に注入によって投与される。用量は、１時間毎、１日毎、１週間毎、または１ヶ月毎の医薬品の量として示され得る。
【００４５】
「用量レジメン」は、１つ以上の所望の効果を達成するように設計された用量の組み合わせである。
【００４６】
「二本鎖アンチセンス化合物」とは、互いに相補的でありかつ二本鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物を意味し、２つの当該オリゴマー化合物のうちの１つは、オリゴヌクレオチドを含む。
【００４７】
「有効量」とは、化合物を必要とする個体において所望の生理学的結果を果たすのに十分な化合物の量を意味する。有効量は、治療される個体の健康及び身体状態、治療される個体の分類群、組成物の配合、個体の医学的状態の評価、ならびに他の関連する要因によって個体間で異なり得る。
【００４８】
「有効性」とは、所望の効果を生み出す能力を意味する。
【００４９】
「発現」は、遺伝子のコードされた情報が細胞内に存在し機能する構造に変換される全ての機能を含む。そのような構造は、これらに限定されないが、転写及び翻訳の生成物を含む。
【００５０】
「ギャップマー」とは、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置するＲＮａｓｅ  Ｈ切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含むオリゴヌクレオチドを意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドまたは外部領域を含むヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップ」と称されてもよく、外部領域は、「ウイング」と称されてもよい。
【００５１】
「ハイブリダイゼーション」とは、オリゴヌクレオチド及び／または核酸のアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されないが、ハイブリダイゼーションの最も一般定なメカニズムは、相補的核酸塩基の間の、Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ、Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎまたは逆Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ水素結合であり得る水素結合に関与する。ある特定の実施形態では、相補性核酸分子は、これらに限定されないが、アンチセンス化合物及び核酸標的を含む。ある特定の実施形態では、相補性核酸分子は、これらに限定されないが、オリゴヌクレオチド及び核酸標的を含む。
【００５２】
「直接隣接する」とは、同じ種類の直接隣接する要素の間に介在する要素がないことを意味する（例えば、直接隣接する核酸塩基の間に介在する核酸塩基がない）。
【００５３】
「個体」とは、治療または療法のために選択されるヒトまたは非ヒト動物を意味する。
【００５４】
「発現または活性を阻害する」は、未処理のまたは対照試料における活性の発現に対する発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも発現または活性の全排除を示すわけではない。
【００５５】
「ヌクレオシド間結合」という用語は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間に共有結合を形成する群または結合を意味する。「修飾されたヌクレオシド間結合」とは、天然発生型のホスフェートヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。非ホスフェート結合は、本明細書で修飾されたヌクレオシド間結合として称される。
【００５６】
「延長されたオリゴヌクレオチド」は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド、例えば、親オリゴヌクレオチドに対して１つ以上の追加のヌクレオシドを有するものである。
【００５７】
「結合されたヌクレオシド」とは、ヌクレオシド間結合によって一緒に結合された隣接するヌクレオシドを意味する。
【００５８】
「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドを複合部分に結合するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、化合物の複合リンカー内に配置される。リンカーヌクレオシドは、たとえそれらがオリゴヌクレオチドと隣接していても、化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部と考えられていない。
【００５９】
「不適合」または「非相補的」とは、第１及び第２のオリゴヌクレオチドが整列されている場合に、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。例えば、これらに限定されないが、一般的な核酸塩基、イノシン、及びヒポキサンチンを含む核酸塩基は、少なくとも１つの核酸塩基とハイブリダイズすることができるが、それがハイブリダイズした核酸塩基に関しては依然として不適合または非相補性である。別の例として、第１及び第２のオリゴヌクレオチドが整列されている場合に、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基にハイブリダイズすることができない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基は、不適合または非相補的核酸塩基である。
【００６０】
「調節する」は、細胞、組織、器官、または生物において特徴を変更または調整することを指す。例えば、ＩＲＦ４  ＲＮＡを調節することは、細胞、組織、器官、または生物におけるＩＲＦ４  ＲＮＡ及び／またはＩＲＦ４タンパク質のレベルを増加または減少させることを意味し得る。「調節因子」は、細胞、組織、器官、または生物における変化に影響を与える。例えば、ＩＲＦ４化合物は、細胞、組織、器官、または生物におけるＩＲＦ４  ＲＮＡ及び／またはＩＲＦ４タンパク質の量を減少させる調節因子であり得る。
【００６１】
「ＭＯＥ」は、メトキシエチルを意味する。
【００６２】
「モノマー」は、オリゴマーの単一ユニットを指す。モノマーには、これらに限定されないが、ヌクレオシド及びヌクレオチドが含まれる。
【００６３】
「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチドにおける修飾されていない及び／または修飾された糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【００６４】
「天然」または「天然発生型の」とは、天然に見つけられることを意味する。
【００６５】
「非二環式の修飾された糖」または「非二環式の修飾された糖部分」とは、糖の２つの原子間に架橋を形成せず第２の環を形成する、置換基などの修飾を含む修飾された糖部分を意味する。
【００６６】
「核酸」は、モノマーヌクレオチドから構成された分子を指す。核酸には、これらに限定されないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、及び二本鎖核酸が含まれる。
【００６７】
「核酸塩基」とは、別の核酸の塩基と対合することができる複素環式部分を意味する。本明細書で使用される場合、「天然発生型の核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）である。「修飾された核酸塩基」は、化学的に修飾された天然発生型の核酸塩基である。「一般的な塩基」または「一般的な核酸塩基」は、天然発生型の核酸塩基及び修飾された核酸塩基以外の核酸塩基であり、任意の核酸塩基と対合することができる。
【００６８】
「核酸塩基配列」とは、任意の糖またはヌクレオシド間結合とは無関係の核酸またはオリゴヌクレオチドにおける隣接する核酸塩基の順番を意味する。
【００６９】
「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分はそれぞれ独立して、修飾されていないか、または修飾されている。「修飾されたヌクレオシド」は、修飾された核酸塩基及び／または修飾された糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾されたヌクレオシドは、核酸塩基を欠乏する脱塩基ヌクレオシドを含む。
【００７０】
「オリゴマー化合物」とは、単一のオリゴヌクレオチド、及び任意に、複合群または末端基などの１つ以上の追加の特徴を含む化合物を意味する。
【００７１】
「オリゴヌクレオチド」とは、その各々が修飾されているかまたは修飾されていない、互いに無関係であり得る、結合されたヌクレオシドのポリマーを意味する。特に指示がない限り、オリゴヌクレオチドは、８〜８０個の結合されたヌクレオシドからなる。「修飾されたオリゴヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドを意味し、少なくとも１つの糖、核酸塩基、またはヌクレオシド間結合は、修飾されている。「修飾されていないオリゴヌクレオチド」とは、任意の糖、核酸塩基、またはヌクレオシド間修飾を含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
【００７２】
「親オリゴヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドを意味し、その配列は、類似の配列であるが、異なる長さ、モチーフ、及び／または化学を有するより多くのオリゴヌクレオチドの設計の基本として使用される。新しく設計されたオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドとして同じまたは重複する配列を有し得る。
【００７３】
「非経口投与」とは、注射または注入による投与を意味する。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または脳内投与、例えば、髄腔内または脳室内投与が含まれる。
【００７４】
「薬学的に許容される担体または希釈剤」とは、個体に投与することにおいて使用するのに好適な任意の物質を意味する。例えば、薬学的に許容される担体は、ＰＢＳまたは注射用水などの減菌水溶液であり得る。
【００７５】
「薬学的に許容される塩」とは、オリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドなどの化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩、すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持する塩を意味し、所望でないそれに対する毒物学的効果を与えない。
【００７６】
「医薬品」とは、個体に投与される際に治療効果を提供する化合物を意味する。
【００７７】
「医薬組成物」とは、個体に投与するのに好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つ以上の化合物またはその塩及び減菌水溶液を含み得る。
【００７８】
「ホスホロチオエート結合」とは、非架橋酸素原子のうちの１つが硫黄原子で置き換えられる修飾されたホスフェート結合を意味する。ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、修飾されたヌクレオシド間結合である。
【００７９】
「リン部分」とは、リン原子を含む原子の群を意味する。ある特定の実施形態では、リン部分は、モノ−、ジ−、もしくはトリ−ホスフェート、またはホスホロチオエートを意味する。
【００８０】
「部分」とは、核酸の隣接する（すなわち、結合された）核酸塩基の定義された数を意味する。ある特定の実施形態では、部分は、標的核酸の隣接する核酸塩基の定義された数である。ある特定の実施形態では、部分は、オリゴマー化合物の隣接する核酸塩基の定義された数である。
【００８１】
「予防する」は、数分から無期限の期間の間、疾患、障害、または状態の発症、発達、または進行を遅延または未然に防ぐことを指す。
【００８２】
「プロドラッグ」とは、個体に投与される際に、体またはその細胞内の別の形態に代謝される体外の形態での化合物を意味する。ある特定の実施形態では、代謝された形態は、化合物（例えば、薬物）の活性、またはより活性な形態である。典型的には、体内のプロドラッグの変換は、酵素（複数可）（例えば、内因性またはウイルス性酵素）または細胞もしくは組織中に存在する化学物質（複数可）の作用によって及び／または生理的状態によって促進される。
【００８３】
「低減する」とは、より小さな程度、サイズ、量、または数をもたらすことを意味する。
【００８４】
「参照配列番号」は、特定の標的転写物（例えば、標的遺伝子）のためのものである配列を示すために配列に割り当てられた文字及び数の唯一の組み合わせである。標的遺伝子遺伝子についてのそのような配列及び情報（まとめると、遺伝子記録）は、遺伝子配列データベースに見出され得る。遺伝子配列データベースは、ＮＣＢＩ参照配列データベース、ＧｅｎＢａｎｋ、欧州ヌクレオチドアーカイブ、及び日本ＤＮＡデータバンク（後の３つは国際塩基配列データベース（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ  Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ）またはＩＮＳＤＣを編成する）を含む。
【００８５】
「領域」は、少なくとも１つの特定可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の部分として定義される。
【００８６】
「ＲＮＡｉ化合物」とは、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介するが、ＲＮａｓｅ  Ｈを介さず作用し、標的核酸及び／または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物は、これらに限定されないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びｍｉｃｒｏＲＮＡ模倣物を含むｍｉｃｒｏＲＮＡを含む。
【００８７】
「セグメント」は、核酸内の領域のより小さなまたはサブ部分として定義される。
【００８８】
「副作用」とは、所望の効果以外の治療に起因し得る生理学的疾患及び／または状態を意味する。ある特定の実施形態では、副作用には、注射部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、ミオパチー、及び倦怠が含まれる。例えば、血清中の増加されたアミノトランスフェラーゼレベルは、肝毒性または肝機能異常を示し得る。例えば、増加されたビリルビンは、肝毒性または肝機能異常を示し得る。
【００８９】
化合物に関連する「一本鎖」とは、１つのオリゴヌクレオチドのみを有する化合物を意味する。「自己相補的」とは、それ自体に少なくとも部分的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。化合物のオリゴヌクレオチドが自己相補的である１つのオリゴヌクレオチドからなる化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖化合物は、相補性化合物に結合して二本鎖を形成することができる場合がある。
【００９０】
「部位」は、標的核酸内の唯一の核酸塩基位置として定義される。
【００９１】
「特異的にハイブリダイズ可能」は、非標的核酸に最小の効果を呈するかまたは効果を全く呈さない一方で、所望の効果を誘発するのに、オリゴヌクレオチド及び標的核酸の間に十分な程度の相補性を有するオリゴヌクレオチドを指す。ある特定の実施形態では、特異的ハイブリダイゼーションは、生理学的条件下で生じる。
【００９２】
標的核酸に関連する「特異的に阻害する」とは、非標的核酸により少ないもしくは最小の効果を呈するかまたは効果を呈さない一方で、標的核酸の発現を低減またはブロックすることを意味する。低減は、標的核酸の発現の全排除を必ずしも示さない。
【００９３】
「標準細胞アッセイ」とは、実施例に記載されるアッセイ（複数可）及びその合理的な変化を意味する。
【００９４】
「標準インビボ実験」とは、実施例（複数可）に記載される手順（複数可）及びその合理的な変化を意味する。
【００９５】
同一の分子式の分子の集団の文脈における「ステレオランダムキラル中心」とは、ランダム立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムキラル中心を含む分子の集団において、ステレオランダムキラル中心の（Ｓ）配置を有する分子の数は、ステレオランダムキラル中心の（Ｒ）配置を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じであるとは限らない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成方法の結果である場合に、ランダムと考えられる。ある特定の実施形態では、ステレオランダムキラル中心は、ステレオランダムホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【００９６】
「糖部分」とは、修飾されていない糖部分または修飾された糖部分を意味する。「修飾されていない糖部分」または「修飾されていない糖」とは、ＲＮＡ（「修飾されていないＲＮＡ糖部分」）中に見出されるような２’−ＯＨ（Ｈ）フラノシル部分、またはＤＮＡ（「修飾されていないＤＮＡ糖部分」）中に見出されるような２’−Ｈ（Ｈ）部分を意味する。修飾されていない糖部分は、１’、３’、及び４’位の各々で１つの水素、３’位で酸素、及び５’位で２つの水素を有する。「修飾された糖部分」または「修飾された糖」とは、修飾されたフラノシル糖部分または糖サロゲートを意味する。「修飾されたフラノシル糖部分」とは、修飾されていない糖部分の少なくとも１つの水素の代わりに非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。ある特定の実施形態では、修飾されたフラノシル糖部分は、２’−置換糖部分である。そのような修飾されたフラノシル糖部分は、二環式糖及び非二環式糖を含む。
【００９７】
「糖サロゲート」とは、核酸塩基を、オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオシド間結合、複合群、または末端基などの別の基に結合し得るフラノシル部分以外を有する修飾された糖部分を意味する。糖サロゲートを含む修飾されたヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内で１つ以上の位置に抱合され得、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的化合物または核酸にハイブリダイズすることができる。
【００９８】
「協調」または「協調させる」は、同じ用量で各構成成分単独の効果の付加よりも大きな組み合わせの効果を指す。
【００９９】
「ＩＲＦ４」とは、ＩＲＦ４の任意の核酸またはタンパク質を意味する。「ＩＲＦ４核酸」とは、ＩＲＦ４をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４核酸は、ＩＲＦ４をコードするＤＮＡ配列、ＩＲＦ４をコードするＤＮＡ（イントロン及びエクソンを含むゲノムＤＮＡを含む）から転写されたＲＮＡ配列、及びＩＲＦ４をコードするｍＲＮＡ配列を含む。「ＩＲＦ４  ｍＲＮＡ」とは、ＩＲＦ４タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。標的は、大文字または小文字のいずれかで参照され得る。
【０１００】
「ＩＲＦ４特異的阻害剤」は、分子レベルでＩＲＦ４  ＲＮＡ及び／またはＩＲＦ４タンパク質発現もしくは活性を特異的に阻害することができる任意の薬剤を指す。例えば、ＩＲＦ４特異的阻害剤は、核酸（アンチセンス化合物を含む）、ペプチド、抗体、小分子、ならびにＩＲＦ４  ＲＮＡ及び／またはＩＲＦ４タンパク質の発現を阻害することができる他の薬剤を含む。
【０１０１】
「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
【０１０２】
「標的化」とは、所望の効果を誘発するための、標的核酸への化合物の特異的ハイブリダイゼーションを意味する。
【０１０３】
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、「標的ＲＮＡ転写物」、及び「核酸標的」とは全て、本明細書に記載される化合物によって標的とされることができる核酸を意味する。
【０１０４】
「標的領域」とは、１つ以上の化合物が標的とする標的核酸の部分を意味する。
【０１０５】
「標的セグメントとは、化合物が標的とする標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する「５’標的部位」は、標的セグメントの最も５’側のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの最も３’側のヌクレオチドを指す。
【０１０６】
「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合された化学基または原子の群を意味する。
【０１０７】
「治療有効量」とは、個体に治療効果を提供する化合物、薬医薬品、または組成物の量を意味する。
【０１０８】
「治療する」は、動物における疾患、障害、または状態の改変または改善に影響を与えるために化合物または医薬組成物を動物に投与することを指す。
【０１０９】
ある特定の実施形態
ある特定の実施形態は、ＩＲＦ４発現を阻害するための方法、化合物、及び組成物を提供する。
【０１１０】
ある特定の実施形態は、ＩＲＦ４核酸を標的とする化合物を提供する。ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４核酸は、参照配列またはＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００２４６０．３もしくはＮＴ＿０３４８８０．３＿ＴＲＵＮＣ＿３２８０００＿３５４０００（それぞれ配列番号１及び配列番号２として本明細書に開示され、参照により組み込まれる）に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。
【０１１１】
ある特定の実施形態は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１１２】
ある特定の実施形態は、９〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも９個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１１３】
ある特定の実施形態は、１０〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１１４】
ある特定の実施形態は、１１〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１１個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１１〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１１５】
ある特定の実施形態は、１２〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１２〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１１６】
ある特定の実施形態は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１１７】
ある特定の実施形態は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。
【０１１８】
ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号１の３’ＵＴＲ内で等長部分と相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の隣接する核酸塩基部分を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、３’ＵＴＲは、配列番号１のヌクレオチド１４８３〜５３３２に対応する。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号１の３’ＵＴＲ内の核酸塩基配列とその全長にわたって少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する１０〜３０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、３’ＵＴＲは、配列番号１のヌクレオチド１４８３〜５３３２に対応する。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号１の３’ＵＴＲ内の核酸塩基配列とその全長にわたって少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する１６〜３０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、３’ＵＴＲは、配列番号１のヌクレオチド１４８３〜５３３２に対応する。
【０１１９】
ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号１のヌクレオチド４２２７〜４２４４、４２２７〜４２４２、４２２８〜４２４３、または４２２９〜４２４４内で等長部分と相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の隣接する核酸塩基部分を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１２０】
ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号２のヌクレオチド９６６７〜９６８２、１１４１１〜１１４２６、または１８０９０〜１８１０５内で等長部分と相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の隣接する核酸塩基部分を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１２１】
ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号１のヌクレオチド４２２７〜４２４４、４２２７〜４２４２、４２２８〜４２４３、または４２２９〜４２４４内で相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１２２】
ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号２のヌクレオチド９６６７〜９６８２、１１４１１〜１１４２６、または１８０９０〜１８１０５内で相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１２３】
ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の隣接する核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１２４】
ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。
【０１２５】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。
【０１２６】
ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４を標的とする化合物は、ＩＯＮ９３５９１８である。以下の実施例部分に記載されるようにスクリーニングされた３，０００超の化合物のうち、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４は、上位のリード化合物として現れた。特に、ＩＯＮ９３５９１８は、３，０００超の化合物のうち有効性及び耐容性に関する特性の最も良好な組み合わせを呈した。
【０１２７】
ある特定の実施形態では、前述の修飾されたオリゴヌクレオチドのうちのいずれかは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾された糖、及び／または少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む。
【０１２８】
ある特定の実施形態では、前述の修飾されたオリゴヌクレオチドのうちのいずれかは、少なくとも１つの修飾された糖を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾された糖は、２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾された糖は、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’基、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’基、または４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’基などの二環式糖である。
【０１２９】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合などの少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む。
【０１３０】
ある特定の実施形態では、前述の修飾されたオリゴヌクレオチドのうちのいずれかは、５−メチルシトシンなどの少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む。
【０１３１】
ある特定の実施形態では、前述の修飾されたオリゴヌクレオチドのうちのいずれかは、
結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列からなる核酸塩基配列を有する１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３２】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３３】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３４】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号１３３０または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３５】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号５５９または５６０のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
１個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３６】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号１３３０または２０２１のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
４個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及び２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３７】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号５６０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３８】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１３９】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５４０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１４０】
ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号５６０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及び２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１４１】
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９１８もしくはその塩を含むか、またはそれからなる。
【０１４２】
【化１】
2021514657.tif 000002
【０１４３】
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９１８のナトリウム塩を含むか、またはそれからなる。
【０１４４】
【化２】
2021514657.tif 000003
【０１４５】
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９６８もしくはその塩を含むか、またはそれからなる。
【０１４６】
【化３】
2021514657.tif 000004
【０１４７】
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９６８のナトリウム塩を含むか、またはそれからなる。
【０１４８】
【化４】
2021514657.tif 000005
【０１４９】
前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物またはオリゴヌクレオチドは、ＩＲＦ４をコードする核酸と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的であり得る。
【０１５０】
前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖であり、リボヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１５１】
前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、８〜８０、１０〜３０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、１６〜５０、１７〜３０、１７〜５０、１８〜２２、１８〜２４、１８〜３０、１８〜５０、１９〜２２、１９〜３０、１９〜５０、または２０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
【０１５２】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物または組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチドの塩を含む。ある特定の実施形態では、塩は、ナトリウム塩である。ある特定の実施形態では、塩は、カリウム塩である。
【０１５３】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、生理食塩水で処理された動物と比較して４倍、３倍、または２倍以下のアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）またはアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）値の増加、または対照の処理された動物と比較して３０％、２０％、１５％、１２％、１０％、５％、もしくは２％以下の肝臓、脾臓、または腎臓重量の増加のうちの少なくとも１つを有することによって示されるように高度に耐容性である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、対照の処理された動物と比較してＡＬＴまたはＡＳＴの増加を有さないことによって示されるように高度に耐容性である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、対照の動物と比較して肝臓、脾臓、または腎臓重量の増加を有さないことによって示されるように高度に耐容性である。
【０１５４】
ある特定の実施形態は、前述の実施形態のうちのいずれかの化合物またはその塩、及び薬学的に許容される担体または希釈剤のうちの少なくとも１つを含む組成物を提供する。ある特定の実施形態では、組成物は、約４０センチポアズ（ｃＰ）未満、約３０センチポアズ（ｃＰ）未満、約２０センチポアズ（ｃＰ）未満、約１５センチポアズ（ｃＰ）未満、または約１０センチポアズ（ｃＰ）未満の粘度を有する。ある特定の実施形態では、前述の粘度のうちのいずれかを有する組成物は、約１００ｍｇ／ｍＬ、約１２５ｍｇ／ｍＬ、約１５０ｍｇ／ｍＬ、約１７５ｍｇ／ｍＬ、約２００ｍｇ／ｍＬ、約２２５ｍｇ／ｍＬ、約２５０ｍｇ／ｍＬ、約２７５ｍｇ／ｍＬ、または約３００ｍｇ／ｍＬの濃度で本明細書に提供される化合物を含む。ある特定の実施形態では、前述の粘度及び／または化合物濃度のうちのいずれかを有する組成物は、室温、または約２０℃、約２１℃、約２２℃、約２３℃、約２４℃、約２５℃、約２６℃、約２７℃、約２８℃、約２９℃、もしくは約３０℃の温度を有する。
【０１５５】
ある特定の適応症
本明細書に提供されるある特定の実施形態は、ＩＲＦ４発現を阻害する方法に関し、それは、ＩＲＦ４を標的とする化合物の投与によって個体におけるＩＲＦ４に関連するがんを治療、予防、または改善するのに有用であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４特異的阻害剤であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物、オリゴマー化合物、またはオリゴヌクレオチドであり得る。
【０１５６】
本明細書に提供される方法で治療可能、予防可能、及び／または改善可能なＩＲＦ４に関連するがんの例としては、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病が挙げられる。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得るＴ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得る白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。
【０１５７】
ある特定の実施形態では、個体においてＩＲＦ４に関連するがんを治療、予防、または改善する方法は、ＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それによりがんを治療、予防、または改善することを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、非経口的に個体に投与される。ある特定の実施形態では、化合物を投与することは、がん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を阻害または低減する。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、がんを治療または改善する方法は、ＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それによりがんを治療または改善することを含む。ある特定の実施形態では、がんは、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得るＴ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得る白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０���２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、非経口的に個体に投与される。ある特定の実施形態では、化合物を投与することは、がん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を阻害または低減する。ある特定の実施形態では、個体は、ＩＲＦ４に関連するがんを有するか、またはそれを有する危険性があるとして確認される。
【０１５９】
ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４に関連するがんを有するか、またはそれを有する危険性がある個体におけるＩＲＦ４の発現を阻害する方法は、ＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより個体におけるＩＲＦ４の発現を阻害することを含む。ある特定の実施形態では、化合物を投与することは、骨髄、リンパ組織、またはリンパ節におけるＩＲＦ４の発現を阻害する。ある特定の実施形態では、個体は、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を有するか、またはそれを有する危険性がある。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得るＴ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得る白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形���のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、非経口的に個体に投与される。ある特定の実施形態では、化合物を投与することは、がん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を阻害または低減する。ある特定の実施形態では、個体は、ＩＲＦ４に関連するがんを有するか、またはそれを有する危険性があるとして確認される。
【０１６０】
ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４の発現を阻害する方法は、細胞を、ＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物と接触させて、それにより細胞内のＩＲＦ４の発現を阻害することを含む。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、細胞は、骨髄、リンパ組織、またはリンパ節細胞である。ある特定の実施形態では、細胞は、骨髄、リンパ組織、またはリンパ節にある。ある特定の実施形態では、細胞は、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病などのがんを有するか、またはそれを有する危険性がある個体の骨髄、リンパ組織、またはリンパ節にある。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１６１】
ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４に関連するがんを有するか、またはそれを有する危険性がある個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害する方法は、ＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害することを含む。ある特定の実施形態では、個体は、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を有するか、またはそれを有する危険性がある。本明細書に提供される方法で治療可能、予防可能、及び／または改善可能なＩＲＦ４に関連するがんの例としては、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病が挙げられる。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得るＴ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得る白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、���合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、非経口的に個体に投与される。ある特定の実施形態では、個体は、ＩＲＦ４に関連するがんを有するか、またはそれを有する危険性があるとして確認される。
【０１６２】
ある特定の実施形態は、がんを治療することにおいて使用するためのＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物に注目する。ある特定の実施形態では、がんは、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得るＴ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得る白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３���である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１６３】
ある特定の実施形態は、がんを有する個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害することにおいて使用するためのＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物に注目する。ある特定の実施形態では、がんは、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１６４】
ある特定の実施形態は、がんを治療するための医薬品の製造または調製のためのＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物の使用に注目する。ある特定の実施形態は、ＩＲＦ４に関連するがんを治療するための医薬品の調製のためのＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物の使用に注目する。ある特定の実施形態では、がんは、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得るＴ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物によって治療され得る白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ���９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１６５】
ある特定の実施形態は、がんを有する個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害するための医薬品の製造または調整のためのＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物の使用に注目する。ある特定の実施形態では、がんは、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である。ある特定の実施形態は、がんを有する個体におけるがん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害するための医薬品の調整のためのＩＲＦ４特異的阻害剤を含む化合物の使用に注目する。ある特定の実施形態では、がんは、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病である。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。ある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、８〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のうちのいず���かでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１０〜３０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４である。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかでは、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１６６】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、ＩＲＦ４を標的とし得る。ある特定の実施形態では、化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチド、例えば、８〜８０結合ヌクレオシド長、１０〜３０結合ヌクレオシド長、１２〜３０結合ヌクレオシド長、または２０結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１及び２に列挙される核酸塩基配列のうちのいずれかと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補性である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾された糖、及び／または少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾された糖は、二環式糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、修飾された核酸塩基は、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、及び結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。
【０１６７】
前述の実施形態のうちのいずれかでは、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１２〜３０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２４、１６〜２４、１７〜２４、１８〜２４、１９〜２４、２０〜２４、１９〜２２、２０〜２２、１６〜２０、または１７〜２０結合ヌクレオシド長であり得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１及び２に列挙される核酸塩基配列のうちのいずれかと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補性である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾された糖、及び／または少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾された糖は、二環式糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、修飾された核酸塩基は、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、結合された２’−デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、及び結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。
【０１６８】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、１６〜８０結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
結合された２’−デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１６９】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号２０２１、５６０、５５９、１３３０、１５４０、または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾された糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７０】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号１３３０または３３０３のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７１】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号５５９または５６０のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
１個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントが、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７２】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号１３３０または２０２１のうちのいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
１０個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
４個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及び２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７３】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号５６０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７４】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号２０２１に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７５】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号１５４０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントは、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及びｃＥｔヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７６】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、配列番号５６０に列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０結合核酸塩基長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾されたオリゴヌクレオチドは、
９個の結合されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の結合されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
５個の結合されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントと、を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に配置され、５’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウイングセグメントが、５’〜３’の方向で、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、及び２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１６結合ヌクレオシド長である。
【０１７７】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９１８またはその塩を含み得るか、またはそれからなり得る。
【０１７８】
【化５】
2021514657.tif 000006
【０１７９】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９１８のナトリウム塩を含み得るか、またはそれからなり得る。
【０１８０】
【化６】
2021514657.tif 000007
【０１８１】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９６８またはその塩を含み得るか、またはそれからなり得る。
【０１８２】
【化７】
2021514657.tif 000008
【０１８３】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ９３５９６８のナトリウム塩を含み得るか、またはそれからなり得る。
【０１８４】
【化８】
2021514657.tif 000009
【０１８５】
前述の方法または使用のうちのいずれかでは、化合物は、非経口的に投与され得る。例えば、ある特定の実施形態では、化合物は、注射または注入によって投与され得る。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または脳内投与、例えば、髄腔内または脳室内投与が含まれる。
【０１８６】
ある特定の組み合わせ及び併用療法
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物を含む第１の薬剤は、１つ以上の二次薬剤と共に同時投与される。ある特定の実施形態では、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載される第１の薬剤と同じ疾患、障害、または状態を治療するように設計されている。ある特定の実施形態では、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載される第１の薬剤と異なる疾患、障害、または状態を治療するように設計されている。ある特定の実施形態では、第１の薬剤は、第２の薬剤の所望でない副作用を治療するように設計されている。ある特定の実施形態では、第２の薬剤は、第１の薬剤の所望でない効果を治療するために第１の薬剤と共に同時投与される。ある特定の実施形態では、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載されるような１つ以上の医薬組成物の所望でない副作用を治療するように設計されている。ある特定の実施形態では、第２の薬剤は、併用効果を生み出すために第１の薬剤と共に同時投与される。ある特定の実施形態では、第２の薬剤は、相乗効果を生み出すために第１の薬剤と共に同時投与される。ある特定の実施形態では、第１及び第２の薬剤の同時投与は、薬剤が独立した療法として投与された場合に治療または予防効果を達成するために必要とされるより低い投与量の使用を可能にする。
【０１８７】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される１つ以上の化合物または組成物は、１つ以上の二次薬剤と共に同時投与される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される１つ以上の化合物または組成物及び１つ以上の二次薬剤は、異なる時間に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される１つ以上の化合物または組成物及び１つ以上の二次薬剤は、単一の製剤中で一緒に調製される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される１つ以上の化合物または組成物及び１つ以上の二次薬剤は、別々に調製される。ある特定の実施形態では、二次薬剤は、これらに限定されないが、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、及びイキサゾミブを含むプロテアソーム阻害剤；これに限定されないが、イブルチニブを含むＢＴＫ阻害剤；これらに限定されないが、サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドミドを含むＩＭｉＤ；これに限定されないが、ベネトクラクスを含むＢＣＬ２阻害剤；これに限定されないが、パノビノスタットを含むＨＤＡＣ阻害剤；これに限定されないが、ディナシクリブを含むＣＤＫ阻害剤；これに限定されないが、セリネクソール（ｓｅｌｉｎｅｘｏｒ）を含むＸＰＯ１阻害剤；これに限定されないが、ＣＰＩ−０６１０を含むＢＥＴ阻害剤；これらに限定されないが、ダラツムマブ、イサツキシマブ、及びＭＯＲ２０２を含む抗ＣＤ３８抗体；これらに限定されないが、エロツズマブを含む抗ＣＤ３１９または抗ＳＬＡＭＦ７抗体；デキサメタゾン、シスプラチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びエトポシドから選択される。
【０１８８】
ある特定の実施形態は、二次薬剤と組み合わせて本明細書に記載されるようなＩＲＦ４を標的とする化合物の使用を対象とする。ある特定の実施形態では、そのような使用は、これらに限定されないが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を含むがんに罹患する患者を治療する方法に用いられる。ある特定の実施形態では、そのような使用は、これらに限定されないが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を含むがんを治療するための医薬品の調製または製造に用いられる。ある特定の実施形態では、Ｂ細胞リンパ腫は、非ホジキンＢ細胞リンパ腫である。本明細書に提供される化合物によって治療され得るある特定の実施形態の非ホジキンＢ細胞リンパ腫の例としては、これらに限定されないが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫（ＭＡＬＴ）、小細胞リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＮＭＺＬ）、脾辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性浸出液リンパ腫、及びリンパ腫様肉芽腫症が挙げられる。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞リンパ腫には、これらに限定されないが、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、及び未分化大細胞型リンパ腫（ＡＬＣＬ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、白血病には、これに限定されないが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）が含まれる。ある特定の実施形態では、二次薬剤は、これらに限定されないが、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、及びイキサゾミブを含むプロテアソーム阻害剤；これに限定されないが、イブルチニブを含むＢＴＫ阻害剤；これらに限定されないが、サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドミドを含むＩＭｉＤ；これに限定されないが、ベネトクラクスを含むＢＣＬ２阻害剤；これに限定されないが、パノビノスタットを含むＨＤＡＣ阻害剤；これに限定されないが、ディナシクリブを含むＣＤＫ阻害剤；これに限定されないが、セリネクソール（ｓｅｌｉｎｅｘｏｒ）を含むＸＰＯ１阻害剤；これに限定されないが、ＣＰＩ−０６１０を含むＢＥＴ阻害剤；これらに限定されないが、ダラツムマブ、イサツキシマブ、及びＭＯＲ２０２を含む抗ＣＤ３８抗体；これらに限定されないが、エロツズマブを含む抗ＣＤ３１９または抗ＳＬＡＭＦ７抗体；デキサメタゾン、シスプラチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びエトポシドから選択される。
【０１８９】
ある特定の実施形態は、本明細書に記載されるようなＩＲＦ４を標的とする化合物と、これらに限定されないが、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、及びイキサゾミブを含むプロテアソーム阻害剤；これに限定されないが、イブルチニブを含むＢＴＫ阻害剤；これらに限定されないが、サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドミドを含むＩＭｉＤ；これに限定されないが、ベネトクラクスを含むＢＣＬ２阻害剤；これに限定されないが、パノビノスタットを含むＨＤＡＣ阻害剤；これに限定されないが、ディナシクリブを含むＣＤＫ阻害剤；これに限定されないが、セリネクソール（ｓｅｌｉｎｅｘｏｒ）を含むＸＰＯ１阻害剤；これに限定されないが、ＣＰＩ−０６１０を含むＢＥＴ阻害剤；デキサメタゾン、サリドマイド、シスプラチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びエトポシドから選択される二次薬剤などの二次薬剤との組み合わせに注目する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるようなＩＲＦ４を標的とする化合物と、これらに限定されないが、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、及びイキサゾミブを含むプロテアソーム阻害剤；これに限定されないが、イブルチニブを含むＢＴＫ阻害剤；これに限定されないが、レナリドマイドを含むＩＭｉＤ；これに限定されないが、ベネトクラクスを含むＢＣＬ２阻害剤；これに限定されないが、パノビノスタットを含むＨＤＡＣ阻害剤；これに限定されないが、ディナシクリブを含むＣＤＫ阻害剤；これに限定されないが、セリネクソール（ｓｅｌｉｎｅｘｏｒ）を含むＸＰＯ１阻害剤；これに限定されないが、ＣＰＩ−０６１０を含むＢＥＴ阻害剤；これらに限定されないが、ダラツムマブ、イサツキシマブ、及びＭＯＲ２０２を含む抗ＣＤ３８抗体；これらに限定されないが、エロツズマブを含む抗ＣＤ３１９または抗ＳＬＡＭＦ７抗体；デキサメタゾン、シスプラチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びエトポシドから選択される二次薬剤などの二次薬剤とのそのような組み合わせ。そのような組み合わせは、がん細胞増殖、腫瘍増殖、または転移を低減または阻害、及び／またはこれらに限定されないが、血液がん、骨髄腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、Ｂ細胞悪性腫瘍、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、または白血病を含むがんを治療するのに有用であり得る。
【０１９０】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるようなＩＲＦ４を標的とする化合物及び二次薬剤は、２つの薬剤を同時に、別個に、または逐次的に投与することによる併用治療において使用される。ある特定の実施形態では、２つの薬剤は、固定用量併用製品として製剤化される。他の実施形態では、２つの薬剤は、同時にまたは連続して（逐次的に）のいずれかで後に取り込まれ得る別個のユニットとして患者に提供される。
【０１９１】
ある特定の化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物であり得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、標的核酸のものと相補的な核酸塩基配列を有する。
【０１９２】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、標的核酸のものと相補的な核酸塩基配列を有する。
【０１９３】
ある特定の実施形態では、化合物またはアンチセンス化合物は、一本鎖である。そのような一本鎖化合物またはアンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、そのようなオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチド、及び任意に複合群を含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。ある特定の実施形態では、一本鎖アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的核酸塩基配列を含む。
【０１９４】
ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖化合物は、標的核酸と相補的な領域を有する第１の修飾されたオリゴヌクレオチド、及び第１の修飾されたオリゴヌクレオチドと相補的な領域を有する第２の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡオリゴヌクレオチドである。そのような実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド中のチミン核酸塩基は、ウラシル核酸塩基によって置き換えられる。ある特定の実施形態では、化合物は、複合群を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのうちの１つは、複合体化されている。ある特定の実施形態では、両方の修飾されたオリゴヌクレオチドは、複合体化されている。ある特定の実施形態では、第１の修飾されたオリゴヌクレオチドは、複合体化されている。ある特定の実施形態では、第２の修飾されたオリゴヌクレオチドは、複合体化されている。ある特定の実施形態では、第１の修飾されたオリゴヌクレオチドは、１２〜３０結合ヌクレオシド長であり、第２の修飾されたオリゴヌクレオチドは、１２〜３０結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのうちの１つは、配列番号３〜３３８３のうちのいずれかの少なくとも８個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。
【０１９５】
ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖アンチセンス化合物は、標的核酸と相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物と相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第１のオリゴマー化合物は、典型的には、修飾されたオリゴヌクレオチド、及び任意に複合群を含むか、またはそれらからなる。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第２のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、修飾されていても、修飾されていなくてもよい。二本鎖アンチセンス化合物のいずれかまたは両方のオリゴマー化合物は、複合群を含み得る。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は、非相補的突出ヌクレオシドを含み得る。
【０１９６】
一本鎖及び二本鎖化合物の例には、これらに限定されないが、小さいヘピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、一本鎖ｓｉＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びｍｉｃｒｏＲＮＡ模倣物などの、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ標的オリゴヌクレオチド、及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物が挙げられる。
【０１９７】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、５’〜３’方向に書かれる場合に、それが標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補を含む核酸塩基配列を有する。
【０１９８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１０〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１２〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１２〜２２結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１４〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１４〜２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１５〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１５〜２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１６〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１６〜２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１７〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１７〜２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１８〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１８〜２１結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１８〜２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、２０〜３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。言い換えると、そのようなオリゴヌクレオチドは、それぞれ１２〜３０結合サブユニット長、１４〜３０結合サブユニット長、１４〜２０サブユニット長、１５〜３０サブユニット長、１５〜２０サブユニット長、１６〜３０サブユニット長、１６〜２０サブユニット長、１７〜３０サブユニット長、１７〜２０サブユニット長、１８〜３０サブユニット長、１８〜２０サブユニット長、１８〜２１サブユニット長、２０〜３０サブユニット長、または１２〜２２結合サブユニット長である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１４結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１６結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１７結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１８結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１９結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。他の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、８〜８０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、１６〜５０、１７〜３０、１７〜５０、１８〜２２、１８〜２４、１８〜３０、１８〜５０、１９〜２２、１９〜３０、１９〜５０、または２０〜３０結合サブユニットのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定のそのような実施形態では、本明細書に記載される化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０結合サブユニット長、または上の値のうちのいずれか２つによって定義された範囲のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、結合されたサブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド、または核酸塩基である。
【０１９９】
ある特定の実施形態では、化合物は、複合群などの、オリゴヌクレオチドに結合されている追加の特徴または要素をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、そのような化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、そのような化合物は、オリゴマー化合物である。複合群がヌクレオシド（すなわち、複合群をオリゴヌクレオチドに結合するヌクレオシド）を含む実施形態では、複合群のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにおいて計数されない。
【０２００】
ある特定の実施形態では、化合物は、短縮または切断され得る。例えば、単一のサブユニットは、５’末端（５’切断）から、または代替的には３’末端（３’切断）から削除され得る。ＩＲＦ４核酸を標的とする短縮または切断された化合物は、化合物の５’末端から削除された２つのサブユニットを有し得、または代替的には３’末端から削除された２つのサブユニットを有し得る。代替的には、削除されたヌクレオシドは、化合物全体に分散され得る。
【０２０１】
単一の追加のサブユニットが延長された化合物に存在する場合、追加のサブユニットは、化合物の５’または３’末端に位置し得る。２つ以上の追加のサブユニットが存在する場合、追加されたサブユニットは、例えば、化合物の５’末端（５’付加）、または代替的には３’末端（３’付加）に付加された２つのサブユニットを有する化合物において、互いに隣接し得る。代替的には、追加されたサブユニットは、化合物全体に分散され得る。
【０２０２】
オリゴヌクレオチドなどの化合物の長さを増加もしくは減少及び／または活性を排除することなく不適合塩基を導入することが可能である（Ｗｏｏｌｆ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １９９２，８９：７３０５−７３０９；Ｇａｕｔｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．Ｍａｒｃｈ  ２００１，９３：４６３−４７１；Ｍａｈｅｒ  ａｎｄ  Ｄｏｌｎｉｃｋ  Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１９９８，１６：３３４１−３３５８）。しかしながら、表面的にはオリゴヌクレオチド配列、化学、及びモチーフの小さな変化は、臨床開発に必要される多くの特性のうちの１つ以上の大きな違いを作ることができる（Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００９，５２，１０；Ｅｇｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１，１３３，１６６４２）。
【０２０３】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）を干渉しており、それは、二本鎖ＲＮＡ化合物（短干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとしても称される）及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物（またはｓｓＲＮＡ）を含む。そのような化合物は、少なくとも部分的にＲＩＳＣ経路をとおして作用し、標的核酸を分解及び／または隔離する（したがって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ／ｍｉｃｒｏＲＮＡ模倣化合物を含む）。本明細書で使用される場合、ｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉ、例えば、短干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ｍｉｃｒｏ−ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短干渉オリゴヌクレオチド、短干渉核酸、短干渉修飾されたオリゴヌクレオチド、化学的に修飾されたｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）、及びその他のものを媒介することができる核酸分子を説明するのに使用される他の用語と同等であることを意味する。加えて、本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉ」という用語は、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティクスなどの配列特異的ＲＮＡ干渉を説明するために使用される他の用語と同等であることを意味する。
【０２０４】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチド配列のうちのいずれかを含み得る。ある特定の実施形態では、化合物は、二本鎖であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の隣接する核酸塩基部分を含む第１の鎖、及び第２の鎖を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む第１の鎖、及び第２の鎖を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、第１の鎖が配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つにおいてチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を有するリボヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、（ｉ）配列番号３〜３３８３のうちのいずれかが標的とするＩＲＦ４の部位と相補的な核酸塩基配列を含む第１の鎖と、（ｉｉ）第２の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、糖における２’位がハロゲン（フッ素基、２’−Ｆなど）を含むか、またはアルコキシ基（メトキシ基、２’−ＯＭｅなど）を含む１つ以上の修飾されたヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾は、ｄｓＲＮＡ化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の隣接する核酸塩基の交互パターンで配列される。ある特定の実施形態では、化合物は、天然発生型ホスホジエステル結合以外に隣接するヌクレオチドの間に１つ以上の結合を含む。そのような結合の例には、ホスホルアミド、ホスホロチオエート、及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物はまた、米国特許第６，６７３，６６１号に教示されるような化学的に修飾された核酸分子であり得る。他の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４によって開示されるような１つまたは２つのキャッピングされた鎖を含む。
【０２０５】
ある特定の実施形態では、化合物の第１の鎖は、ｓｉＲＮＡ誘導鎖であり、化合物の第２の鎖は、ｓｉＲＮＡパッセンジャー鎖である。ある特定の実施形態では、化合物の第２の鎖は、第１の鎖と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物の各鎖は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３結合ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、化合物の第１または第２の鎖は、複合群を含み得る。
【０２０６】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＩＲＦ４を標的とするオリゴヌクレオチド配列のうちのいずれかを含み得る。ある特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、そのような化合物は、一本鎖ＲＮＡｉ（ｓｓＲＮＡｉ）化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の隣接する核酸塩基部分を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ウラシル（Ｕ）が配列番号３〜３３８３のうちのいずれか１つにおいてチミン（Ｔ）の代わりであるリボヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号３〜３３８３のうちのいずれかが標的とするＩＲＦ４の部位と相補的な核酸塩基配列を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、糖における２’位がハロゲン（フッ素基、２’−Ｆなど）を含むか、またはアルコキシ基（メトキシ基、２’−ＯＭｅなど）を含む１つ以上の修飾されたヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾は、化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の隣接する核酸塩基の交互パターンで配列される。ある特定の実施形態では、化合物は、天然発生型ホスホジエステル結合以外に隣接するヌクレオチドの間に１つ以上の結合を含む。そのような結合の例には、ホスホルアミド、ホスホロチオエート、及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物はまた、米国特許第６，６７３，６６１号に教示されるような化学的に修飾された核酸分子であり得る。他の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４によって開示されるようなキャッピングされた鎖を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の結合されたヌクレオシドからなる。ある特定の実施形態では、化合物は、複合群を含み得る。
【０２０７】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の不斉中心を有し、したがってエナンチオマー、ジアステレオマー、及び（Ｒ）または（Ｓ）として、糖アノマーなどのαもしくはβとして、またはアミノ酸などの（Ｄ）もしくは（Ｌ）として、絶対立体化学に関して定義され得る他の立体異性体配置を生じさせる。別段の定めがない限り、それらのラセミ形態及び光学的に純粋な形態を含む全てのそのような可能な異性体が、本明細書に提供される修飾されたオリゴヌクレオチドに含まれる。同様に、全てのシス−及びトランス−異性体ならびに互変異性形態もまた含まれる。
【０２０８】
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、示される要素の非放射性アイソトープまたは放射性アイソトープで置き換えられる変形を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々に対して全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物によって包含される同位体置換は、これらに限定されないが、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓを含む。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、治療または研究ツールとしての使用に有益な化合物に新しい特性を与え得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物を、画像化アッセイなどの研究または診断目的に好適にし得る。
【０２０９】
ある特定のメカニズム
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、オリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、標的核酸にハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらす。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、選択的に１つ以上の標的核酸に影響を与える。そのような化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列を含み、１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、重要な所望でないアンチセンス活性をもたらすような方法で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか、または１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない。
【０２１０】
ある特定のアンチセンス活性では、標的核酸への本明細書に記載される化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、本明細書に記載されるある特定の化合物は、標的核酸のＲＮａｓｅ  Ｈ媒介切断をもたらす。ＲＮａｓｅ  Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。そのようなＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＤＮＡは、修飾されていないＤＮＡである必要はない。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ＲＮａｓｅ  Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」である。さらに、ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップにおける１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは、耐容される。
【０２１１】
ある特定のアンチセンス活性では、本明細書に記載される化合物または化合物の部分は、ＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に取り込まれ、最終的に標的核酸の切断をもたらす。例えば、本明細書に記載されるある特定の化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣに取り込まれた化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
【０２１２】
ある特定の実施形態では、標的核酸への本明細書に記載される化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの改変をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の改変をもたらす。
【０２１３】
アンチセンス活性は、直接または間接的に観察され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化、及び／または細胞もしくは動物の表現型変化の観察または検出を含む。
【０２１４】
標的核酸、標的領域、及びヌクレオチド配列
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エキソン、及び非翻訳領域を含むｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。ある特定のそのような実施形態では、標的領域は、完全にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エキソンジャンクションにわたる。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内で少なくとも５０％である。
【０２１５】
ＩＲＦ４をコードするヌクレオチド配列は、限定することなく、参照配列番号ＮＭ＿００２４６０．３及びＮＴ＿０３４８８０．３＿ＴＲＵＮＣ＿３２８０００＿３５４０００を含む。
【０２１６】
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示される化合物とＩＲＦ４核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的なメカニズムは、核酸分子の相補的核酸塩基の間に水素結合（例えば、Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ、Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎまたは逆Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ水素結合）を含む。
【０２１７】
ハイブリダイゼーションは、異なる条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列依存性であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質及び組成物によって決定される。
【０２１８】
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズすることができるかどうかを決定する方法は、当該技術分野で周知である。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物は、ＩＲＦ４核酸と共に特異的にハイブリダイズすることができる。
【０２１９】
相補性
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基配列が、２つの核酸塩基配列が反対の方向に整列されている場合に、別のオリゴヌクレオチドまたは別の核酸もしくはその１つ以上の領域の核酸塩基配列と適合するときに、別の核酸と相補的であると言われている。核酸塩基適合または相補的核酸塩基は、本明細書に記載される場合、別段の定めがない限り、以下の対：アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、ならびに５−メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び／または核酸は、各ヌクレオシドで核酸塩基相補性を有する必要はなく、１つ以上の核酸塩基不適合を含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドが、いずれの核酸塩基不適合もなく、各ヌクレオシドで核酸塩基適合を有する場合に、完全に相補的または１００％相補的である。
【０２２０】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、オリゴマー化合物を含む。化合物及びＩＲＦ４核酸の間で非相補的な核酸塩基は、耐容され得るが、化合物が標的核酸に特異的にハイブリダイズすることができるままであることを条件とする。さらに、化合物は、介在または隣接するセグメントがハイブリダイゼーションイベント（例えば、ループ構造、不適合、またはヘアピン構造）に関与しないようにＩＲＦ４核酸の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得る。
【０２２１】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物、またはその特定の部分は、ＩＲＦ４核酸、標的領域、標的セグメント、またはその特定の部分と７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的であるか、あるいは少なくともまたは最大７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的である。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物、またはその特定の部分は、ＩＲＦ４核酸、標的領域、標的セグメント、またはその特定の部分と７０％〜７５％、７５％〜８０％、８０％〜８５％、８５％〜９０％、９０％〜９５％、９５％〜１００％、またはこれらの範囲の間の任意の数相補的である。標的核酸を有する化合物の相補性パーセントは、日常的な方法を使用して決定され得る。
【０２２２】
例えば、化合物の２０個中１８個の核酸塩基が標的領域と相補的であり、したがって特異的にハイブリダイズする化合物は、９０パーセントの相補性を表す。この例では、残りの非相補的核酸塩基は、相補的核酸塩基と共にクラスター化または散在され得、互いにまたは相補的核酸塩基に隣接する必要はなくてもよい。そのようにして、標的核酸と完全な相補性の２つの領域に隣接する４個の非相補的核酸塩基を有する１８核酸塩基長である化合物は、標的核酸と全体で７７．８％の相補性を有する。標的核酸の領域を有する化合物の相補性パーセントは、当該技術分野で既知のＢＬＡＳＴプログラム（塩基局所的アラインメント検索ツール（ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌｓ））及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラムを使用して日常的に決定され得る（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３  ４１０；Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９  ６５６）。相同性パーセント、配列同一性または相補性は、例えば、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２  ４８９）を使用するデフォルト設定を使用するギャッププログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８  ｆｏｒ  Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ．）によって決定され得る。
【０２２３】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物、またはその特定の部分は、標的核酸、またはその特定の部分と完全に相補的（すなわち、１００％相補的）である。例えば、化合物は、ＩＲＦ４核酸、または標的領域、または標的セグメントもしくはその標的配列と完全に相補的であり得る。本明細書で使用される場合、「完全に相補的」とは、化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と相補的であることを意味する。例えば、２０個の核酸塩基化合物は、化合物と完全に相補的な標的核酸の対応する２０個の核酸塩基部分が存在する限り、４００核酸塩基長である標的配列と完全に相補的である。完全に相補的はまた、第１及び／または第２の核酸の特定の部分に関して使用され得る。例えば、３０個の核酸塩基化合物の２０個の核酸塩基部分は、４００核酸塩基長の標的配列と「完全に相補的」であり得る。３０個の核酸塩基化合物の２０個の核酸塩基部分は、標的配列が、対応する２０個の核酸塩基部分を有する場合、標的配列と完全に相補的であり、各核酸塩基は、化合物の２０個の核酸塩基部分と相補的である。同時に、全体の３０核酸塩基化合物は、化合物の残りの１０核酸塩基がまた標的配列と相補的であるかどうかに応じて、標的配列と完全に相補的であっても、そうでなくてもよい。
【０２２４】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に対して１つ以上の不適合核酸塩基を含む。ある特定のそのような実施形態では、標的に対するアンチセンス活性は、そのような不適合によって低減されるが、非標的に対する活性は、より大きな量によって低減される。したがって、ある特定のそのような実施形態では、化合物の選択性が改善される。ある特定の実施形態では、不適合は、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に配置される。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、ギャップ領域の５’−末端からの１、２、３、４、５、６、７、または８位にある。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、ギャップ領域の３’−末端からの９、８、７、６、５、４、３、２、１位にある。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、ウイング領域の５’−末端からの１、２、３、または４位にある。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、ウイング領域の３’−末端からの４、３、２、または１位にある。ある特定の実施形態では、不適合は、ギャップマーモチーフを有さないオリゴヌクレオチド内に特異的に配置される。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、オリゴヌクレオチドの５’−末端からの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位にある。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、オリゴヌクレオチドの３’−末端からの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位にある。
【０２２５】
非相補的核酸塩基の位置は、化合物の５’末端または３’末端にあり得る。代替的には、非相補的核酸塩基または核酸塩基は、化合物の内部部分にあり得る。２個以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは隣接しているか（すなわち、結合されている）、または隣接していない。一実施形態では、非相補的核酸塩基は、ギャップマーオリゴヌクレオチドのウイングセグメントに配置される。
【０２２６】
ある特定の実施形態では、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０核酸塩基長である、または最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０核酸塩基長である本明細書に記載される化合物は、ＩＲＦ４核酸などの標的核酸、またはその特定の部分に対して、４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下の非相補的な核酸塩基（複数可）を含む。
【０２２７】
ある特定の実施形態では、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０核酸塩基長である、または最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０核酸塩基長である本明細書に記載される化合物は、ＩＲＦ４核酸などの標的核酸、またはその特定の部分に対して、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下の非相補的な核酸塩基（複数可）を含む。
【０２２８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はまた、標的核酸の部分と相補的なものを含む。本明細書で使用される場合、「部分」は、標的核酸の領域またはセグメント内の隣接する（すなわち、結合された）核酸塩基の定義された数を指す。「部分」はまた、化合物の隣接する核酸塩基の定義された数を指し得る。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも８個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも９個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１０個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１１個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１２個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１３個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１４個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１５個の核酸塩基部分と相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも１６個の核酸塩基部分と相補的である。標的セグメントの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上の核酸塩基部分と、またはこれらの値うちのいずれか２つによって定義された範囲で相補的である化合物もまた企図される。
【０２２９】
同一性
本明細書に提供される化合物はまた、特定のヌクレオチド、配列番号、または特定のＩＯＮ番号によって表される化合物、もしくはその部分との定義された同一性パーセントを有し得る。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドである。本明細書で使用される場合、化合物は、それが同じ核酸塩基対合能力を有する場合、本明細書に開示される配列と同一である。例えば、開示されるＤＮＡ配列中にチミジンの代わりにウラシルを含むＲＮＡは、ウラシル及びチミジンの両方がアデニンと対になるため、ＤＮＡ配列と同一であると考えられる。本明細書に記載される化合物、ならびに本明細書に提供される化合物に対して非同一の塩基を有する化合物の短縮または延長された変形もまた企図される。非同一塩基は、互いに隣接し得るか、または化合物全体に分散され得る。化合物の同一性パーセントは、それが比較されている配列に対して同一の塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
【０２３０】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物、またはその部分は、本明細書に開示される化合物もしくは配列番号、またはその部分のうちの１つ以上と７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％同一であるか、または少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％同一である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号、または化合物が１つ以上の不適合核酸塩基を有するオリゴヌクレオチドを含む特定のＩＯＮ番号によって表される化合物、もしくはその部分と、約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるか、またはそのような値の間のいずれかの割合である。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、オリゴヌクレオチドの５’−末端からの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位にある。ある特定のそのような実施形態では、不適合は、オリゴヌクレオチドの３’−末端からの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位にある。
【０２３１】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物を含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の部分は、標的核酸の等長部分と比較される。ある特定の実施形態では、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の核酸塩基部分は、標的核酸の等長部分と比較される。
【０２３２】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの部分は、標的核酸の等長部分と比較される。ある特定の実施形態では、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の核酸塩基部分は、標的核酸の等長部分と比較される。
【０２３３】
ある特定の修飾された化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、結合されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。オリゴヌクレオチドは、修飾されていないオリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得るか、または修飾されたオリゴヌクレオチドであり得る。修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていないＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む（すなわち、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（修飾された糖部分及び／または修飾された核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む）。
【０２３４】
Ａ．修飾されたヌクレオシド
修飾されたヌクレオシドは、修飾された糖部分または修飾された核酸塩基または糖部分及び修飾された核酸塩基の両方を含む。
【０２３５】
１．修飾された糖部分
ある特定の実施形態では、糖部分は、非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。そのような糖サロゲートは、修飾された糖部分の他の種類のものに対応する１つ以上の置換を含み得る。
【０２３６】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、これらに限定されないが、２’、４’、及び／または５’位における置換基を含む、１つ以上の非環式置換基を有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非環式置換基は、分岐である。非二環式修飾糖部分に好適な２’−置換基群の例には、これらに限定されないが、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）、及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。ある特定の実施形態では、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリール、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、各Ｒｍ及びＲｎは独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルであり、２’−置換基は、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７に記載されている。これらの２’−置換基のある特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基でさらに置換され得る。直鎖状非二環式修飾糖部分に好適な４’−置換基の例には、これらに限定されないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２０１５／１０６１２８に記載されるものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に好適な５’−置換基群の例には、これらに限定されないが、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、及び５’−メトキシが挙げられる。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’−Ｆ−５’−メチル糖部分、ならびにＭｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１０／１９０８３７及びＲａｊｅｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載される修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシドを含む。
【０２３７】
ある特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ−置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される直鎖状２’−置換基を含む糖部分を含み、各Ｒｍ及びＲｎは独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。
【０２３８】
ある特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される直鎖状２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０２３９】
ある特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される直鎖状２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０２４０】
非二環式修飾糖部分などの修飾された糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分の置換（複数可）の位置（複数可）と称される。例えば、２’−置換または２−修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’−置換ヌクレオシドまたは２−修飾ヌクレオシドと称される。
【０２４１】
ある特定の修飾された糖部分は、二環式糖部分をもたらす第２の環を形成する架橋糖置換基を含む。ある特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、４’及び２’フラノース環原子の間に架橋を含む。そのような４’〜２’架橋糖置換基の例には、これらに限定されないが、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（Ｓ配置にある場合に「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と称される）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照のこと）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５及びＡｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照のこと）、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、ならびに４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’が挙げられ、各Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１−Ｃ１２アルキルである（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，４２７，６７２を参照のこと）。
【０２４２】
ある特定の実施形態では、そのような４’から２’架橋は独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１〜４個の結合された基を含み、
式中、
ｘは、０、１、または２であり、
ｎは、１、２、３、または４であり、
各Ｒａ及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、各Ｊ１及びＪ２は独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
【０２４３】
追加の二環式糖部分は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、Ａｌｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８；Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２−８３７９；Ｅｌａｙａｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１；Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７；Ｏｒｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２；及びＲａｍａｓａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０；Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５；Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００８／００３９６１８；及びＭｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１９１７２７を参照のこと。
【０２４４】
ある特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を抱合するヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載される）は、α−Ｌ配置またはβ−Ｄ配置にあり得る。
【０２４５】
【化９】
2021514657.tif 000010
【０２４６】
α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）またはα−Ｌ−ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに抱合されている（Ｆｒｉｅｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な説明は、両方の異性体配置を含む。特定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が本明細書に例示される実施形態で特定される場合、別段の定めがない限り、それらはβ−Ｄ配置にある。
【０２４７】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’−置換及び４’−２架橋糖）を含む。
【０２４８】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。ある特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素、または窒素原子で置き換えられる。ある特定のそのような実施形態では、そのような修飾された糖部分はまた、本明細書に記載されるように、架橋及び／または非架橋置換基を含む。例えば、ある特定の糖サロゲートは、４’−硫黄原子ならびに２’−位（例えば、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照のこと）及び／または５’位での置換を含む。
【０２４９】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個の原子以外を有する環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランは、さらに修飾されているか、または置換されていてもよい。そのような修飾されたテトラヒドロピランを含むヌクレオシドは、これらに限定されないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マンニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照のこと）、フルオロＨＮＡ：
【０２５０】
【化１０】
2021514657.tif 000011
【０２５１】
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照のこと；Ｆ−ＨＮＡはまた、Ｆ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランとも称され得る）、及び以下の式を有する追加の修飾されたＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドを含み、
【０２５２】
【化１１】
2021514657.tif 000012
【０２５３】
式中、独立して、当該修飾されたＴＨＰヌクレオシドの各々について、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は各々独立して、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、またはＴ３及びＴ４の一方は、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合された複合群、または５'もしくは３'−末端基であり、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は各々独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり、Ｒ１及びＲ２の各々は独立して、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から選択され、Ｘは、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである。
【０２５４】
ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７はそれぞれ、Ｈである。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、Ｈ以外である。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、メチルである。ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、Ｒ１及びＲ２のうちの１つは、Ｆである。ある特定の実施形態では、Ｒ１は、Ｆであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
【０２５５】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個を超える原子及び２個以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．、Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４、ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照のこと）。本明細書で使用されるように、「モルホリノ」とは、以下の構造を有する糖サロゲートを意味する。
【０２５６】
【化１２】
2021514657.tif 000013
【０２５７】
ある特定の実施形態では、モルホリノは、例えば、上記のモルホリノ構造から様々な置換基を付加または改変することによって修飾され得る。そのような糖サロゲートは、本明細書で「修飾されたモルホリノ」と称される。
【０２５８】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、非環式部分を含む。そのような非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例には、これらに限定されないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照のこと）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１３／１３０３７８に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
【０２５９】
多くの他の二環式及び三環式糖ならびに糖サロゲート環系は、修飾されたヌクレオシドで使用され得る当該技術分野で既知である。
【０２６０】
２．修飾された核酸塩基
核酸塩基（または塩基）修飾または置換は、天然発生型または合成の修飾されていない核酸塩基とは構造的に区別することができ、さらにそれと機能的に交換可能である。天然及び修飾された核酸塩基の両方は、水素結合に関与することができる。そのような核酸塩基修飾は、アンチセンス化合物に、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性、または対するいくつかの他の有益な生物学的特性を与え得る。
【０２６１】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていない核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
【０２６２】
ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２、Ｎ−６、及びＯ−６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、５−メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−プロピニル（Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザ及び他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシル、及び５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、一般的な塩基、疎水性塩基、無差別塩基、サイズ拡張された塩基、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらに修飾された核酸塩基は、１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オン、及び９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇクランプ）などの三環式ピリミジンを含む。修飾された核酸塩基はまた、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドンで置き換えられるものを含み得る。さらなる核酸塩基は、Ｍｅｒｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されるもの、及びＣｈａｐｔｅｒｓ  ６  ａｎｄ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ  Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６  ａｎｄ  ４４２−４４３に開示されるものを含む。
【０２６３】
確実な上記の修飾された核酸塩基、ならびに他の修飾された核酸塩基の調製を教示する出版物は、限定することなく、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３、Ｕｒｄｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６を含む。
【０２６４】
ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４核酸を標的とする化合物は、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、各シトシンは、５−メチルシトシンである。
【０２６５】
３．修飾されたヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然発生型ヌクレオシド間結合は、３’〜５’ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、１つ以上の修飾された、すなわち、非天然発生型の、ヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載される化合物はしばしば、例えば、高められた細胞取り込み、標的核酸の高められた親和性、及びヌクレアーゼの存在下での増加された安定性などの望ましい特性のために、天然発生型ヌクレオシド間結合を有する化合物より選択される。
【０２６６】
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合は、これらに限定されないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートを含む。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、特定の立体化学的配置において、ステレオランダムヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドとして、またはホスホロチオエート結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ステレオランダムである。そのような修飾されたオリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学的配置のランダム選択をもたらす合成方法を使用して生成され得る。それにもかかわらず、当業者によって十分に理解されるように、各個々のオリゴヌクレオチド分子の各個々のホスホロチオエートは、定義される立体配置を有する。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、特定の、独立して選択される立体化学的配置において１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも６５％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも７０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも８０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９９％の分子に存在する。修飾されたオリゴヌクレオチドのそのようなキラル的に濃縮された集団は、当該技術分野で既知の合成方法、例えば、Ｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，ＪＡＣＳ  １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５に記載される方法を使用して生成され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）配置において少なくとも１つの示されるホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）配置において少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている。ある特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、それぞれ以下の式のうちの１つ以上を含み、「Ｂ」は、核酸塩基を示す。
【０２６７】
【化１３】
2021514657.tif 000014
【０２６８】
特に指示がない限り、本明細書に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムであり得るか、または特定の立体化学的配置にあり得る。
【０２６９】
ある特定の実施形態では、ＩＲＦ４核酸を標的とする化合物は、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２７０】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。修飾されたヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合、ならびにリン原子を有さないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合は、これらに限定されないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、及びホスホロチオエートを含む。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は周知である。
【０２７１】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合されてもよい。ヌクレオシド間結合基の２つの主な分類は、リン原子の存在または不在下によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合は、これらに限定されないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（修飾されていないまたは天然型結合とも称される）を含むホスフェート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）を含む。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基には、これらに限定されないが、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル、チオノカルバメート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）、シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）、及びＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が含まれる。修飾されたヌクレオシド間結合は、天然型ホスフェート結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変、典型的には増加するために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物、または別個のエナンチオマーとして調製され得る。代表的なキラルヌクレオシド間結合は、これらに限定されないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートを含む。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
【０２７２】
中性ヌクレオシド間結合には、限定することなく、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が含まれる。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル、及びアミドを含む非イオン結合が含まれる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ  ａｎｄ  Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ  ３  ａｎｄ  ４，４０−６５を参照のこと）。さらなる中性ヌクレオシド間結合は、混合Ｎ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２構成要素部分を含む非イオン結合を含む。
【０２７３】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたは修飾されたヌクレオシド間結合モチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾されたヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、ヌクレオシド間結合は、ギャップしたモチーフに配列される。そのような実施形態では、２つのウイング領域の各々におけるヌクレオシド間結合は、ギャップ領域におけるヌクレオシド間結合とは異なる。ある特定の実施形態では、ウイングにおけるヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルであり、ギャップにおけるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。ヌクレオシドモチーフは独立して選択され、そのためギャップしたヌクレオシド間結合モチーフを有するそのようなオリゴヌクレオチドは、ギャップしたヌクレオシドモチーフを有しても、有さなくてもよく、それがギャップしたヌクレオシドモチーフを有する場合、ウイング及びギャップ長さは同じであっても、同じでなくてもよい。
【０２７４】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、交互ヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、均一に修飾されたヌクレオシド間結合の領域を含む。ある特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって均一に結合されている領域を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートによって均一に結合されている。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
【０２７５】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの１２個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくともブロックを含む。ある特定のそのような実施形態では、少なくとも１つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に配置される。ある特定のそのような実施形態では、少なくとも１つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に配置される。
【０２７６】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のメチルホスホネート結合を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、１つまたは２つのメチルホスホネート結合を除く全てのホスホロチオエート結合を含む結合モチーフを含む。ある特定の実施形態では、１つのメチルホスホネート結合は、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中心ギャップにある。
【０２７７】
ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を配列し、ヌクレアーゼ耐性を維持することが望ましい。ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数及び位置ならびにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数及び位置を配列し、ヌクレアーゼ耐性を維持することが望ましい。ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数は、減少され得、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、増加され得る。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ耐性を依然として維持しながら、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数は、減少され得、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、増加され得る。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ耐性を保持しながら、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることが望ましい。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ耐性を保持しながら、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることが望ましい。
【０２７８】
ある特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば、修飾されていない及び／または修飾された糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された糖を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾された、修飾されていない、及び異なって修飾された糖部分、核酸塩基、及び／または修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、パターンまたはモチーフを定義する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ、互いに無関係である。したがって、修飾されたオリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって説明され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係である核酸塩基に対する修飾を説明する）。
【０２７９】
ａ．ある特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたは糖モチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される１つ以上の種類の修飾された糖及び／または修飾されていない糖部分を含む。ある特定の例では、そのような糖モチーフは、これらに限定されないが、本明細書に記載される糖修飾うちのいずれかを含む。
【０２８０】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２つの外部領域または「ウイング」及び中心もしくは内部領域または「ギャップ」を含むギャップマーモチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’−ウイング、ギャップ、及び３’−ウイング）は、ヌクレオシドの隣接する配列を形成し、ウイングの各々のヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部とは異なる。具体的には、ギャップに最も近い各ウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分（５’−ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’−ウイングの最も５’側のヌクレオシド）は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、したがって、ウイングとギャップとの間の境界を画定する（すなわち、ウイング／ギャップジャンクション）。ある特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同じである。ある特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同じである（対称ギャップマー）。ある特定の実施形態では、５’−ウイングの糖モチーフは、３’−ウイングの糖モチーフとは異なる（非対称ギャップマー）。
【０２８１】
ある特定の実施形態では、ギャップマーのウイングは、１〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのウイングは、２〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのウイングは、３〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのヌクレオシドは全て、修飾されたヌクレオシドである。
【０２８２】
ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、７〜１２個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、７〜１０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、８〜１０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、１０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは、修飾されていない２’−デオキシヌクレオシドである。
【０２８３】
ある特定の実施形態では、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。そのような実施形態では、各ウイング／ギャップジャンクションのギャップ側のヌクレオシドは、修飾されていない２’−デオキシヌクレオシドであり、各ウイング／ギャップジャンクションのウイング側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは、修飾されていない２’−デオキシヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。
【０２８４】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有し、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなり、領域の各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなり、完全に修飾された領域内の各ヌクレオシドは、本明細書で均一に修飾された糖モチーフと称される同じ修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドは、均一に修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、均一に修飾されたものの各ヌクレオシドは、同じ２’−修飾を含む。
【０２８５】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１０／０１９７７６２、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１４／０１０７３３０、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１８４１５３、及びＳｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１５／０２６７１９５に記載される糖モチーフを含み得、それらの各々は本明細書にその全体が参照により組み込まれる。
【０２８６】
本明細書に提供されるある特定の実施形態は、標的核酸発現を阻害するのに有用である、修飾されたオリゴマー化合物を対象とし、それらはそのような標的核酸に関連する疾患の治療、予防、改善、またはその進行を遅延させるのに有用であり得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴマー化合物は、ある特定の糖モチーフを有するギャップマーであるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供されるギャップマー糖モチーフは、任意の核酸塩基配列及び任意のヌクレオシド間結合モチーフと組み合わされて、強力なアンチセンスオリゴヌクレオチドを形成することができる。
【０２８７】
ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｅｋｋ−ｄ９−ｋｋｅｅを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２８８】
ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｋ−ｄ９−ｋｅｋｅｋｅを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２８９】
ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｋｋｋ−ｄ８−ｋｅｋｅｋを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２９０】
ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｋｋｋ−ｄ９−ｋｅｋｅを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２９１】
ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｋｋ−ｄ９−ｋｄｋｄｋを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２９２】
ある特定の実施形態では、化合物は、モチーフ：ｋｋ−ｄ９−ｅｅｅｋｋを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｋｋ−ｄ９−ｅｅｅｋｋを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２９３】
ある特定の実施形態では、方法は、細胞を接触させることまたはモチーフ：ｋｋ−ｄ９−ｅｋｅｋｅを有する１６結合ヌクレオシド長の修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を対象に投与することを含み、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔヌクレオシドを表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥヌクレオシドを表す。ある特定の実施形態では、細胞は、がん細胞である。ある特定の実施形態では、対象は、がんを有する。ある特定の実施形態では、対象に化合物を投与することは、対象のがんを治療する。
【０２９４】
ｂ．ある特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたはモチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾された及び／または修飾されていない核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基は、修飾されている。ある特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドにおけるシトシン核酸塩基のいくつかまたは全ては、５−メチルシトシンである。
【０２９５】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基のブロックを含む。ある特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’−末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’−末端の３ヌクレオシド以内にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’−末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’−末端の３ヌクレオシド以内にある。
【０２９６】
ある特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。ある特定のそのような実施形態では、修飾された核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中心ギャップにある。ある特定のそのような実施形態では、当該ヌクレオシドの糖部分は、２’−デオキシリボシル部分である。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２−チオピリミジン及び５−プロピンピリミジンから選択される。
【０２９７】
ｃ．ある特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたはモチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾された及び／または修飾されていないヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本質的に各ヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は独立して、ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は全て、修飾されている。ある特定のそのような実施形態では、ウイングにおけるヌクレオシド間結合のうちのいくつかまたは全ては、修飾されていないホスフェート結合である。ある特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。
【０２９８】
４．ある特定の修飾されたオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾されたオリゴヌクレオチドに抱合される。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、それらの修飾、モチーフ、及び全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、そのようなパラメータはそれぞれ、互いに無関係である。したがって、特に指示がない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っていても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じであっても異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じであっても異なっていてもよい。同様に、そのようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは無関係の１つ以上の修飾された核酸塩基を含み得る。さらに、ある特定の例では、オリゴヌクレオチドは、全長または範囲によって、及び２つ以上の領域（例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域）の長さまたは長さ範囲によって説明され、そのような状況では、特定の範囲外に逸脱する全長を有するオリゴヌクレオチドをもたらす各範囲に数を選択することが可能であり得る。そのような状況では、両方の要素が満たされなければならない。例えば、ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１５〜２０個の結合されたヌクレオシドからなり、３つの領域Ａ、Ｂ、及びＣからなる糖モチーフを有し、領域Ａは、特定の糖モチーフを有する２〜６個の結合されたヌクレオシドからなり、領域Ｂは、特定の糖モチーフを有する６〜１０個の結合されたヌクレオシドからなり、領域Ｃは、特定の糖モチーフを有する２〜６個の結合されたヌクレオシドからなる。そのような実施形態は、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が２２であり、それは修飾されたオリゴヌクレオチドの全長の上限（２０）を超えるため、修飾されたオリゴヌクレオチドを含まず、（ヌクレオシドのそれらの数はＡ、Ｂ、及びＣの必要条件内で許容されるが）Ａ及びＣは各々、６個の結合されたヌクレオシドからなり、Ｂは、１０個の結合されたヌクレオシドからなる。本明細書において、オリゴヌクレオチドの説明が１つ以上のパラメータに関して言及していない場合、そのようなパラメータは限定されない。したがって、さらなる説明なしでギャップマー糖モチーフを有するとしてのみ記載される修飾されたオリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ、及び核酸塩基モチーフを有し得る。別段の指示がない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列とは無関係である。
【０２９９】
ある特定の複合体化された化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド（修飾されたまたは修飾されていない）、ならびに任意に１つ以上の複合群及び／または末端基を含むか、またはそれからなる。複合群は、１つ以上の複合部分、及び複合部分をオリゴヌクレオチドに結合する複合リンカーからなる。複合群は、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に、及び／または任意の内部位置で結合され得る。ある特定の実施形態では、複合群は、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’−位置に結合され得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に結合される複合群は、末端基である。ある特定のそのような実施形態では、複合群または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’及び／または５’−末端で結合される。ある特定のそのような実施形態では、複合群（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’−末端で結合される。ある特定の実施形態では、複合群は、オリゴヌクレオチドの３’−末端に近接して結合される。ある特定の実施形態では、複合群（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’−末端で結合される。ある特定の実施形態では、複合群は、オリゴヌクレオチドの５’−末端に近接して結合される。
【０３００】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。ある特定の実施形態では、化合物のオリゴヌクレオチドは、標的核酸と相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）と相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、センス転写物と相補的である。
【０３０１】
末端基の例には、これらに限定されないが、複合群、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、修飾されたまたは修飾されていないヌクレオシド、及び独立して修飾されたまたは修飾されていない２つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
【０３０２】
Ａ．ある特定の複合群
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の複合群に共有結合される。ある特定の実施形態では、複合群は、これらに限定されないが、薬力学、薬物動態学、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷、及びクリアランスを含む、結合されたオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を修飾する。ある特定の実施形態では、複合群は、結合されたオリゴヌクレオチド、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基に新しい特性を与える。
【０３０３】
ある特定の複合群及び複合体部分は、以前に説明されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド−デカン−ジオールもしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４、Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，ｉ，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２及びＮｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
【０３０４】
１．複合部分
複合体部分には、限定することなく、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物（例えば、ＧａｌＮＡｃ）、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれる。
【０３０５】
ある特定の実施形態では、複合部分は、活性薬原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬、または抗生物質を含む。
【０３０６】
２．複合リンカー
複合部分は、複合リンカーによってオリゴヌクレオチドに結合される。ある特定の化合物では、複合群は、単一の化学結合である（すなわち、複合体部分は、単結合によって複合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される）。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位などの繰り返し単位のオリゴマーを含む。
【０３０７】
ある特定の実施形態では、複合リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。ある特定のそのような実施形態では、複合リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、少なくとも１つのホスフェート基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
【０３０８】
ある特定の実施形態では、上に記載される複合リンカーを含む複合リンカーは、二官能性結合部分、例えば、複合群を本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドなどの親化合物に結合するのに有用であることが当該技術分野で既知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２つの官能性基を含む。官能性基のうちの一方は、化合物の特定の部位と結合するように選択され、他方は、複合群と結合するように選択される。二官能性結合部分で使用される官能性基の例には、これらに限定されないが、求核基と反応させるための求電子剤及び求電子基と反応させるための求核剤が含まれる。ある特定の実施形態では、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
【０３０９】
複合リンカーの例には、これらに限定されないが、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、及び６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が含まれる。他の複合リンカーには、これらに限定されないが、置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２−Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換Ｃ２−Ｃ１０アルキニルが含まれ、好ましい置換基の非限定的一覧には、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが含まれる。
【０３１０】
ある特定の実施形態では、複合リンカーは、１〜１０個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、修飾されていない。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換されているプリン、ピリミジン、または置換されているピリミジンから選択される任意に保護された複素環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドが、標的組織に到達した後に化合物から切断されることが典型的には望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは、典型的には、互いに及び切断可能な結合によって化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
【０３１１】
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部であるとは考えられていない。したがって、化合物が、特定の数または範囲の結合されたヌクレオシド及び／または参照核酸との特定のパーセントの相補性からなるオリゴヌクレオチドを含み、化合物もまた、リンカーヌクレオシドを含む複合リンカーを含む複合群を含む実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに計算されず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性パーセントを決定することにおいて使用されない。例えば、化合物は、（１）８〜３０個のヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドと、（２）修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドと隣接する１〜１０個のリンカーヌクレオシドを含む複合群とを含み得る。そのような化合物における隣接する結合されたヌクレオシドの合計数は、３０個を超える。代替的には、化合物は、８〜３０個のヌクレオシドからなりかつ複合群は存在しない修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得る。そのような化合物における隣接する結合されたヌクレオシドの合計数は、３０個以下である。特に指示がない限り、複合リンカーは、１０個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、５個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、３個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、２個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、１個以下のリンカーヌクレオシドを含む。
【０３１２】
ある特定の実施形態では、複合群を、オリゴヌクレオチドから切断させることが望ましい。例えば、ある特定の状況では、特定の複合体部分を含む化合物は、特定の細胞型によってよく取り込まれるが、一旦化合物が取り込まれると、複合群が切断されて非複合体化または親オリゴヌクレオチドを放出することが望ましい。したがって、ある特定の複合体は、１つ以上の切断可能な部分を、典型的には複合リンカー内に含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子の群である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１、２、３、４、または５個以上の切断可能な結合を有する原子の群を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リソソームなど細胞または細胞内コンパートメントの内側で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ヌクレアーゼなどの内因性酵素によって選択的に切断される。
【０３１３】
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、ホスフェートエステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方または両方のエステルである。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチド及び複合部分または複合群の間のホスフェート結合である。
【０３１４】
ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか、またはそれからなる。ある特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、互いに及び／または切断可能な結合によって化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、修飾されていないホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’または５’−末端ヌクレオシドのいずれかに結合され、ホスフェートまたはホスホロチオエート結合によって複合リンカーまたは複合部分の残りに共有結合される２’−デオキシヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、切断可能な部分は、２’−デオキシアデノシンである。
【０３１５】
医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法
本明細書に記載される化合物は、医薬組成物または製剤の調製のために薬学的に許容される活性または不活性物質と混合されてもよい。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、これらに限定されないが、投与の経路、疾患の程度、または投与される用量を含む、いくつかの基準に依存する。
【０３１６】
ある特定の実施形態は、１つ以上の化合物またはその塩を含む医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、好適な薬学的に許容される希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、減菌食塩水溶液及び１つ以上の化合物を含む。ある特定の実施形態では、そのような医薬組成物は、減菌食塩水溶液及び１つ以上の化合物からなる。ある特定の実施形態では、減菌食塩水は、医薬品等級の生理食塩水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上の化合物及び減菌水を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つの化合物及び減菌水からなる。ある特定の実施形態では、減菌水は、医薬品等級の水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上の化合物及びリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上の化合物及び減菌ＰＢＳからなる。ある特定の実施形態では、減菌ＰＢＳは、医薬品等級のＰＢＳを含む。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、これらに限定されないが、投与の経路、疾患の程度、または投与される用量を含む、いくつかの基準に依存する。
【０３１７】
ＩＲＦ４核酸を標的とする本明細書に記載される化合物は、化合物を好適な薬学的に許容される希釈剤または担体と組み合わせることによって、医薬組成物において利用され得る。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤は、注射に好適な減菌水などの水である。したがって、一実施形態では、ＩＲＦ４核酸を標的とする化合物及び薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書で記載される方法において用いられる。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤は、水である。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に提供される修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
【０３１８】
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、任意の薬学的に許容される塩、エステル、もしくはそのようなエステルの塩、またはヒトを含む動物への投与の際に、生物学的に活性な代謝産物またはその残基を提供する（直接または間接的に）ことができる任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。ある特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。したがって、例えば、本開示はまた、化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的同等性にも注目する。好適な薬学的に許容される塩には、これらに限定されないが、ナトリウム及びカリウム塩が含まれる。
【０３１９】
プロドラッグは、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断される化合物の一方または両方の末端で追加のヌクレオシドの抱合を含み、活性化合物を形成し得る。ある特定の実施形態では、化合物または組成物は、薬学的に許容される担体または希釈剤をさらに含む。
【実施例】
【０３２０】
以下の実施例は、ＩＲＦ４を標的とするリード化合物を同定するためのスクリーニングプロセスを説明する。スクリーニングされた３，０００超のオリゴヌクレオチドのうち、ＩＯＮ６９０８９０、９３５６５８、９３５６９６、９３５７６２、９３５９１８、９３５９６８、８８２８００、１０１２７９５、１０１４０９５、及び１０１４８３４は、上位のリード化合物として現れた。特に、ＩＯＮ９３５９１８は、３，０００超のオリゴヌクレオチドのうち有効性及び耐容性に関する特性の最も良好な組み合わせを呈した。
【０３２１】
参照による非限定的開示及び組み込み
この出願に添付している配列表は、必要に応じて「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして各配列、実際には、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る配列を同定する。当業者は、修飾されたオリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」としての指定は、ある特定の例では、恣意的であることを容易に理解するであろう。例えば、２’−ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾された糖（ＤＮＡの天然の２’−Ｈについては２’−ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾された塩基（ＲＮＡの天然のウラシルについてはチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして記載され得る。
【０３２２】
したがって、本明細書に提供される核酸配列は、これらに限定されないが、配列表にあるものを含め、これらに限定されないが修飾された核酸塩基を有するそのような核酸を含む、天然もしくは修飾されたＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含む核酸を包含することが意図される。さらなる例として、限定することなく、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾されているかまたは修飾されていないかにかかわらず、これらに限定されないが、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するものならびにいくつかのＤＮＡ塩基及び「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」などのいくつかのＲＮＡ塩基を有するものなどのＲＮＡ塩基を含むそのような化合物と、「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などの他の修飾された核酸塩基を有する化合物とを含む、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含し、ｍＣは、５−位置でメチル基を含むシトシン塩基を示す。
【０３２３】
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法は、ある特定の実施形態に従って、特異性と共に説明されている一方で、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を説明するためだけに役立ち、それを限定することは意図されていない。本出願に列挙される参考文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０３２４】
実施例１：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０３２５】
１ウェルあたり６０，０００個の細胞の密度で培養したＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞を、未処理の対照に対して２０，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３１１４（配列番号３３８６として本明細書で指定されるフォワード配列ＡＡＧＣＣＴＴＧＧＣＧＴＴＣＴＣＡＧＡＣＴ、配列番号３３８７として本明細書で指定されるリバース配列ＴＣＡＧＣＴＣＣＴＴＣＡＣＧＡＧＧＡＴＴＴＣ、配列番号３３８８として本明細書で指定されるプローブ配列ＣＣＧＧＣＴＧＣＡＣＡＴＣＴＧＣＣＴＧＴＡＣＴＡＣＣ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０３２６】
表１の修飾されたオリゴヌクレオチドは、５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、２０核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５個の２’−ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’−ＭＯＥ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０３２７】
以下の表１に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０３２８】
【表１−１】
2021514657.tif 000015
【０３２９】
【表１−２】
2021514657.tif 000016
【０３３０】
【表１−３】
2021514657.tif 000017
【０３３１】
実施例２：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０３３２】
１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で培養したＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞を、未処理の対照に対して４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０３３３】
表２及び３の修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋであり、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０３３４】
以下の表２及び３に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０３３５】
【表２−１】
2021514657.tif 000018
【０３３６】
【表２−２】
2021514657.tif 000019
【０３３７】
【表２−３】
2021514657.tif 000020
【０３３８】
【表３−１】
2021514657.tif 000021
【０３３９】
【表３−２】
2021514657.tif 000022
【０３４０】
【表３−３】
2021514657.tif 000023
【０３４１】
【表３−４】
2021514657.tif 000024
【０３４２】
【表３−５】
2021514657.tif 000025
【０３４３】
実施例３：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する４−８−４ｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０３４４】
１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で培養したＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞を、未処理の対照に対して４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０３４５】
表４の修飾されたオリゴヌクレオチドは、４−８−４ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、８個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、４個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋｋであり、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０３４６】
以下の表４に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０３４７】
【表４−１】
2021514657.tif 000026
【０３４８】
【表４−２】
2021514657.tif 000027
【０３４９】
【表４−３】
2021514657.tif 000028
【０３５０】
実施例４：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０３５１】
１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で培養したＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞を、未処理の対照に対して４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０３５２】
表５〜表１２の修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋであり、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０３５３】
以下の表５〜表１２に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０３５４】
【表５−１】
2021514657.tif 000029
【０３５５】
【表５−２】
2021514657.tif 000030
【０３５６】
【表５−３】
2021514657.tif 000031
【０３５７】
【表６−１】
2021514657.tif 000032
【０３５８】
【表６−２】
2021514657.tif 000033
【０３５９】
【表７−１】
2021514657.tif 000034
【０３６０】
【表７−２】
2021514657.tif 000035
【０３６１】
【表８−１】
2021514657.tif 000036
【０３６２】
【表８−２】
2021514657.tif 000037
【０３６３】
【表９−１】
2021514657.tif 000038
【０３６４】
【表９−２】
2021514657.tif 000039
【０３６５】
【表１０−１】
2021514657.tif 000040
【０３６６】
【表１０−２】
2021514657.tif 000041
【０３６７】
【表１１−１】
2021514657.tif 000042
【０３６８】
【表１１−２】
2021514657.tif 000043
【０３６９】
【表１１−３】
2021514657.tif 000044
【０３７０】
【表１１−４】
2021514657.tif 000045
【０３７１】
【表１１−５】
2021514657.tif 000046
【０３７２】
【表１２−１】
2021514657.tif 000047
【０３７３】
【表１２−２】
2021514657.tif 000048
【０３７４】
【表１２−３】
2021514657.tif 000049
【０３７５】
実施例５：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０３７６】
１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で培養したＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞を、未処理の対照に対して４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０３７７】
表１３〜表２４の修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋであり、『ｄ』は、２’−デオキシリボース糖を表し、『ｋ』は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０３７８】
以下の表１３〜表２４に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。『Ｎ／Ａ』は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０３７９】
【表１３−１】
2021514657.tif 000050
【０３８０】
【表１３−２】
2021514657.tif 000051
【０３８１】
【表１３−３】
2021514657.tif 000052
【０３８２】
【表１４−１】
2021514657.tif 000053
【０３８３】
【表１４−２】
2021514657.tif 000054
【０３８４】
【表１４−３】
2021514657.tif 000055
【０３８５】
【表１５−１】
2021514657.tif 000056
【０３８６】
【表１５−２】
2021514657.tif 000057
【０３８７】
【表１５−３】
2021514657.tif 000058
【０３８８】
【表１６−１】
2021514657.tif 000059
【０３８９】
【表１６−２】
2021514657.tif 000060
【０３９０】
【表１７−１】
2021514657.tif 000061
【０３９１】
【表１７−２】
2021514657.tif 000062
【０３９２】
【表１７−３】
2021514657.tif 000063
【０３９３】
【表１８−１】
2021514657.tif 000064
【０３９４】
【表１８−２】
2021514657.tif 000065
【０３９５】
【表１８−３】
2021514657.tif 000066
【０３９６】
【表１９−１】
2021514657.tif 000067
【０３９７】
【表１９−２】
2021514657.tif 000068
【０３９８】
【表１９−３】
2021514657.tif 000069
【０３９９】
【表２０−１】
2021514657.tif 000070
【０４００】
【表２０−２】
2021514657.tif 000071
【０４０１】
【表２０−３】
2021514657.tif 000072
【０４０２】
【表２１−１】
2021514657.tif 000073
【０４０３】
【表２１−２】
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【０４０４】
【表２１−３】
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【０４０５】
【表２２−１】
2021514657.tif 000076
【０４０６】
【表２２−２】
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【０４０７】
【表２２−３】
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【０４０８】
【表２３−１】
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【０４０９】
【表２３−２】
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【０４１０】
【表２４−１】
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【０４１１】
【表２４−２】
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【０４１２】
実施例６：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０４１３】
１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で培養したＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞を、未処理の対照に対して４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０４１４】
表２５〜表３６の修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋであり、『ｄ』は、２’−デオキシリボース糖を表し、『ｋ』は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０４１５】
以下の表２５〜表３６に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。『Ｎ／Ａ』は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０４１６】
【表２５−１】
2021514657.tif 000083
【０４１７】
【表２５−２】
2021514657.tif 000084
【０４１８】
【表２５−３】
2021514657.tif 000085
【０４１９】
【表２６−１】
2021514657.tif 000086
【０４２０】
【表２６−２】
2021514657.tif 000087
【０４２１】
【表２６−３】
2021514657.tif 000088
【０４２２】
【表２７−１】
2021514657.tif 000089
【０４２３】
【表２７−２】
2021514657.tif 000090
【０４２４】
【表２８−１】
2021514657.tif 000091
【０４２５】
【表２８−２】
2021514657.tif 000092
【０４２６】
【表２９−１】
2021514657.tif 000093
【０４２７】
【表２９−２】
2021514657.tif 000094
【０４２８】
【表３０−１】
2021514657.tif 000095
【０４２９】
【表３０−２】
2021514657.tif 000096
【０４３０】
【表３０−３】
2021514657.tif 000097
【０４３１】
【表３１−１】
2021514657.tif 000098
【０４３２】
【表３１−２】
2021514657.tif 000099
【０４３３】
【表３１−３】
2021514657.tif 000100
【０４３４】
【表３２−１】
2021514657.tif 000101
【０４３５】
【表３２−２】
2021514657.tif 000102
【０４３６】
【表３２−３】
2021514657.tif 000103
【０４３７】
【表３３−１】
2021514657.tif 000104
【０４３８】
【表３３−２】
2021514657.tif 000105
【０４３９】
【表３３−３】
2021514657.tif 000106
【０４４０】
【表３４−１】
2021514657.tif 000107
【０４４１】
【表３４−２】
2021514657.tif 000108
【０４４２】
【表３４−３】
2021514657.tif 000109
【０４４３】
【表３５−１】
2021514657.tif 000110
【０４４４】
【表３５−２】
2021514657.tif 000111
【０４４５】
【表３５−３】
2021514657.tif 000112
【０４４６】
【表３６−１】
2021514657.tif 000113
【０４４７】
【表３６−２】
2021514657.tif 000114
【０４４８】
【表３６−３】
2021514657.tif 000115
【０４４９】
実施例７：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する混合されたＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０４５０】
１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で培養したＭＭ．１Ｒ細胞を、未処理の対照に対して１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（配列番号３３８９として本明細書で指定されるフォワード配列ＧＧＣＡＡＡＧＡＡＡＧＣＴＣＡＴＣＡＣＡＧ、配列番号３３９０として本明細書で指定されるリバース配列ＧＧＡＴＴＧＣＴＧＡＴＧＴＧＴＴＣＴＧＧＴＡ、配列番号３３９１として本明細書で指定されるプローブ配列ＴＡＧＣＣＣＣＴＣＡＧＧＡＡＡＴＧＴＣＣＡＣＴＧ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０４５１】
表３７の修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーを含むｃＥｔ及び／またはＭＯＥである。修飾されたオリゴヌクレオチドは、５’方向及び３’方向でウイングセグメントに隣接している２’−デオキシヌクレオシドを含む中心ギャップセグメントを有する。５’ウイングセグメントの少なくとも１つのヌクレオシド及び／または３’ウイングセグメントの１つのヌクレオシドは、ＭＯＥ及び／またはｃＥｔ糖修飾を有する。「モチーフ」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を説明する。「ｋ」は、ｃＥｔ糖修飾を示し、「ｄ」は、デオキシリボースを示し、「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０４５２】
以下の表３７に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。『Ｎ／Ａ』は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０４５３】
【表３７−１】
2021514657.tif 000116
【０４５４】
【表３７−２】
2021514657.tif 000117
【０４５５】
【表３７−３】
2021514657.tif 000118
【０４５６】
実施例８：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する混合されたＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０４５７】
１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で培養したＭＭ．１Ｒ細胞を、未処理の対照に対して１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０４５８】
表３８〜表４２の修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーを含むｃＥｔ及び／またはＭＯＥである。修飾されたオリゴヌクレオチドは、５’方向及び３’方向でウイングセグメントに隣接している２’−デオキシヌクレオシドを含む中心ギャップセグメントを有する。５’ウイングセグメントの少なくとも１つのヌクレオシド及び／または３’ウイングセグメントの１つのヌクレオシドは、ＭＯＥ及び／またはｃＥｔ糖修飾を有する。「モチーフ」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を説明する。「ｋ」は、ｃＥｔ糖修飾を示し、「ｄ」は、デオキシリボースを示し、「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０４５９】
以下の表３８〜表４２に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。『Ｎ／Ａ』は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０４６０】
【表３８−１】
2021514657.tif 000119
【０４６１】
【表３８−２】
2021514657.tif 000120
【０４６２】
【表３８−３】
2021514657.tif 000121
【０４６３】
【表３９−１】
2021514657.tif 000122
【０４６４】
【表３９−２】
2021514657.tif 000123
【０４６５】
【表３９−３】
2021514657.tif 000124
【０４６６】
【表４０−１】
2021514657.tif 000125
【０４６７】
【表４０−２】
2021514657.tif 000126
【０４６８】
【表４０−３】
2021514657.tif 000127
【０４６９】
【表４１−１】
2021514657.tif 000128
【０４７０】
【表４１−２】
2021514657.tif 000129
【０４７１】
【表４１−３】
2021514657.tif 000130
【０４７２】
【表４２−１】
2021514657.tif 000131
【０４７３】
【表４２−２】
2021514657.tif 000132
【０４７４】
【表４２−３】
2021514657.tif 000133
【０４７５】
実施例９：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０４７６】
１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で培養したＭＭ．１Ｒ細胞を、未処理の対照に対して１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０４７７】
表４３〜表５２の修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋであり、『ｄ』は、２’−デオキシリボース糖を表し、『ｋ』は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０４７８】
以下の表４３〜表５２に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。『Ｎ／Ａ』は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０４７９】
【表４３−１】
2021514657.tif 000134
【０４８０】
【表４３−２】
2021514657.tif 000135
【０４８１】
【表４３−３】
2021514657.tif 000136
【０４８２】
【表４４−１】
2021514657.tif 000137
【０４８３】
【表４４−２】
2021514657.tif 000138
【０４８４】
【表４５−１】
2021514657.tif 000139
【０４８５】
【表４５−２】
2021514657.tif 000140
【０４８６】
【表４６−１】
2021514657.tif 000141
【０４８７】
【表４６−２】
2021514657.tif 000142
【０４８８】
【表４６−３】
2021514657.tif 000143
【０４８９】
【表４７−１】
2021514657.tif 000144
【０４９０】
【表４７−２】
2021514657.tif 000145
【０４９１】
【表４８−１】
2021514657.tif 000146
【０４９２】
【表４８−２】
2021514657.tif 000147
【０４９３】
【表４９−１】
2021514657.tif 000148
【０４９４】
【表４９−２】
2021514657.tif 000149
【０４９５】
【表５０−１】
2021514657.tif 000150
【０４９６】
【表５０−２】
2021514657.tif 000151
【０４９７】
【表５０−３】
2021514657.tif 000152
【０４９８】
【表５１−１】
2021514657.tif 000153
【０４９９】
【表５１−２】
2021514657.tif 000154
【０５００】
【表５１−３】
2021514657.tif 000155
【０５０１】
【表５２−１】
2021514657.tif 000156
【０５０２】
【表５２−２】
2021514657.tif 000157
【０５０３】
実施例１０：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する混合されたＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０５０４】
１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で培養したＭＭ．１Ｒ細胞を、未処理の対照に対して１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０５０５】
表５３〜表５８の修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーを含むｃＥｔ及び／またはＭＯＥである。修飾されたオリゴヌクレオチドは、５’方向及び３’方向でウイングセグメントに隣接している２’−デオキシヌクレオシドを含む中心ギャップセグメントを有する。５’ウイングセグメントの少なくとも１つのヌクレオシド及び／または３’ウイングセグメントの１つのヌクレオシドは、ＭＯＥ及び／またはｃＥｔ糖修飾を有する。「モチーフ」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を説明する。「ｋ」は、ｃＥｔ糖修飾を示し、「ｄ」は、デオキシリボースを示し、「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０５０６】
以下の表５３〜表５８に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。『Ｎ／Ａ』は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０５０７】
【表５３−１】
2021514657.tif 000158
【０５０８】
【表５３−２】
2021514657.tif 000159
【０５０９】
【表５３−３】
2021514657.tif 000160
【０５１０】
【表５４−１】
2021514657.tif 000161
【０５１１】
【表５４−２】
2021514657.tif 000162
【０５１２】
【表５５−１】
2021514657.tif 000163
【０５１３】
【表５５−２】
2021514657.tif 000164
【０５１４】
【表５６−１】
2021514657.tif 000165
【０５１５】
【表５６−２】
2021514657.tif 000166
【０５１６】
【表５７−１】
2021514657.tif 000167
【０５１７】
【表５７−２】
2021514657.tif 000168
【０５１８】
【表５８−１】
2021514657.tif 000169
【０５１９】
【表５８−２】
2021514657.tif 000170
【０５２０】
実施例１１：インビトロ、単回投与でのヒトＩＲＦ４へのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する混合されたＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーの効果
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＩＲＦ４  ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
【０５２１】
１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で培養したＭＭ．１Ｒ細胞を、未処理の対照に対して１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４５２２（配列番号３３９２として本明細書で指定されるフォワード配列ＣＧＧＡＡＡＴＣＣＣＧＴＡＣＣＡＡＴＧＴ、配列番号３３９３として本明細書で指定されるリバース配列ＴＧＧＣＡＡＣＣＡＴＴＴＴＣＡＣＡＡＧＣＴ、配列番号３３９４として本明細書で指定されるプローブ配列ＴＴＴＧＧＡＣＣＣＣＧＣＧＧＣＣＡＣ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量の対照パーセントとして以下の表に結果を表す。
【０５２２】
表５９〜表６４の修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーを含むｃＥｔ及び／またはＭＯＥである。修飾されたオリゴヌクレオチドは、５’方向及び３’方向でウイングセグメントに隣接している２’−デオキシヌクレオシドを含む中心ギャップセグメントを有する。５’ウイングセグメントの少なくとも１つのヌクレオシド及び／または３’ウイングセグメントの１つのヌクレオシドは、ＭＯＥ及び／またはｃＥｔ糖修飾を有する。「モチーフ」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を説明する。「ｋ」は、ｃＥｔ糖修飾を示し、「ｄ」は、デオキシリボースを示し、「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０５２３】
以下の表５９〜表６４に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＩＲＦ４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＩＲＦ４  ｍＲＮＡの量を低減した。
【０５２４】
【表５９−１】
2021514657.tif 000171
【０５２５】
【表５９−２】
2021514657.tif 000172
【０５２６】
【表６０−１】
2021514657.tif 000173
【０５２７】
【表６０−２】
2021514657.tif 000174
【０５２８】
【表６１−１】
2021514657.tif 000175
【０５２９】
【表６１−２】
2021514657.tif 000176
【０５３０】
【表６１−３】
2021514657.tif 000177
【０５３１】
【表６２−１】
2021514657.tif 000178
【０５３２】
【表６２−２】
2021514657.tif 000179
【０５３３】
【表６２−３】
2021514657.tif 000180
【０５３４】
【表６３−１】
2021514657.tif 000181
【０５３５】
【表６３−２】
2021514657.tif 000182
【０５３６】
【表６３−３】
2021514657.tif 000183
【０５３７】
【表６４−１】
2021514657.tif 000184
【０５３８】
【表６４−２】
2021514657.tif 000185
【０５３９】
【表６４−３】
2021514657.tif 000186
【０５４０】
実施例１２：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で播種し、１８５ｎＭ、５５５ｎＭ、１，６６６ｎＭ、５，０００ｎＭ、及び１５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５４１】
【表６５】
2021514657.tif 000187
【０５４２】
【表６６】
2021514657.tif 000188
【０５４３】
【表６７】
2021514657.tif 000189
【０５４４】
【表６８】
2021514657.tif 000190
【０５４５】
実施例１３：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で播種し、５００ｎＭ、１，０００ｎＭ、２，０００ｎＭ、４，０００ｎＭ、及び８，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５４６】
【表６９】
2021514657.tif 000191
【０５４７】
【表７０】
2021514657.tif 000192
【０５４８】
【表７１】
2021514657.tif 000193
【０５４９】
実施例１４：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＳＫ−ＭＥＬ−２８細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で播種し、２９６ｎＭ、８８８ｎＭ、２，６６６ｎＭ、及び８，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ３１１４（上述の実施例１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５５０】
【表７２】
2021514657.tif 000194
【０５５１】
【表７３】
2021514657.tif 000195
【０５５２】
【表７４】
2021514657.tif 000196
【０５５３】
【表７５】
2021514657.tif 000197
【０５５４】
【表７６】
2021514657.tif 000198
【０５５５】
【表７７】
2021514657.tif 000199
【０５５６】
【表７８】
2021514657.tif 000200
【０５５７】
【表７９】
2021514657.tif 000201
【０５５８】
【表８０】
2021514657.tif 000202
【０５５９】
【表８１】
2021514657.tif 000203
【０５６０】
【表８２】
2021514657.tif 000204
【０５６１】
【表８３】
2021514657.tif 000205
【０５６２】
【表８４】
2021514657.tif 000206
【０５６３】
実施例１５：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、７４ｎＭ、２２２ｎＭ、６６６ｎＭ、及び２，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５６４】
【表８５】
2021514657.tif 000207
【０５６５】
【表８６】
2021514657.tif 000208
【０５６６】
【表８７】
2021514657.tif 000209
【０５６７】
【表８８】
2021514657.tif 000210
【０５６８】
実施例１６：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、７４ｎＭ、２２２ｎＭ、６６６ｎＭ、及び２，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５６９】
【表８９】
2021514657.tif 000211
【０５７０】
【表９０】
2021514657.tif 000212
【０５７１】
【表９１】
2021514657.tif 000213
【０５７２】
【表９２】
2021514657.tif 000214
【０５７３】
【表９３】
2021514657.tif 000215
【０５７４】
【表９４】
2021514657.tif 000216
【０５７５】
実施例１７：ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーの設計
ヒトＩＲＦ４核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計した。表９５の修飾されたオリゴヌクレオチドは、３−１０−３ｃＥｔギャップマーである。ギャップマーは、１６核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３個のｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’〜３’）ｋｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｋであり、「ｄ」は、２’−デオキシリボース糖を表し、「ｋ」は、ｃＥｔ修飾された糖を表す。各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。
【０５７６】
以下の表９５に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＩＲＦ４核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸配列と相補的でないことを示す。
【０５７７】
【表９５】
2021514657.tif 000217
【０５７８】
実施例１８：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、及び４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５７９】
【表９６】
2021514657.tif 000218
【０５８０】
【表９７】
2021514657.tif 000219
【０５８１】
【表９８】
2021514657.tif 000220
【０５８２】
実施例１９：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、及び４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２３（配列番号３３８６として本明細書で指定されるフォワード配列ＡＡＧＣＣＴＴＧＧＣＧＴＴＣＴＣＡＧＡＣＴ、配列番号３３８７として本明細書で指定されるリバース配列ＴＣＡＧＣＴＣＣＴＴＣＡＣＧＡＧＧＡＴＴＴＣ、配列番号３３８８として本明細書で指定されるプローブ配列ＣＣＧＧＣＴＧＣＡＣＡＴＣＴＧＣＣＴＧＴＡＣＴＡＣＣ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５８３】
【表９９】
2021514657.tif 000221
【０５８４】
実施例２０：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、及び４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットｈＩＲＦ４＿ＬＴＳ３４７２６（上述の実施例７に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５８５】
【表１００】
2021514657.tif 000222
【０５８６】
【表１０１】
2021514657.tif 000223
【０５８７】
【表１０２】
2021514657.tif 000224
【０５８８】
【表１０３】
2021514657.tif 000225
【０５８９】
実施例２１：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、及び４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２３（上述の実施例１９に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５９０】
【表１０４】
2021514657.tif 000226
【０５９１】
実施例２２：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＭＭ．１Ｒ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり５，０００個の細胞の密度で播種し、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、及び４，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２２（上述の実施例１１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５９２】
【表１０５】
2021514657.tif 000227
【０５９３】
【表１０６】
2021514657.tif 000228
【０５９４】
実施例２３：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、標的ノックダウン及び細胞株増殖へのそれらの効果についてＫＭＳ１１細胞中様々な用量で試験した。
【０５９５】
標的ノックダウン
以下の表に指定されるように、ＫＭＳ１１細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、８ｎＭ、４０ｎＭ、２００ｎＭ、及び１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２２（上述の実施例１１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０５９６】
【表１０７】
2021514657.tif 000229
【０５９７】
【表１０８】
2021514657.tif 000230
【０５９８】
【表１０９】
2021514657.tif 000231
【０５９９】
【表１１０】
2021514657.tif 000232
【０６００】
増殖
以下の表に指定されるように、ＫＭＳ１１細胞を１ウェルあたり２，０００個の細胞の密度で播種し、８ｎＭ、４０ｎＭ、２００ｎＭ、及び１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。７日後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ−２．０（Ｐｒｏｍｅｇａ）を添加し、ルミネセンスをＧｌｏｍａｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）で測定した。
【０６０１】
【表１１１】
2021514657.tif 000233
【０６０２】
【表１１２】
2021514657.tif 000234
【０６０３】
【表１１３】
2021514657.tif 000235
【０６０４】
【表１１４】
2021514657.tif 000236
【０６０５】
実施例２４：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、標的ノックダウン及び細胞株増殖へのそれらの効果についてＨ９２９細胞中様々な用量で試験した。
【０６０６】
標的ノックダウン
以下の表に指定されるように、Ｈ９２９細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、８ｎＭ、４０ｎＭ、２００ｎＭ、及び１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチド、または０．６７ｎＭ、２ｎＭ、６．６７ｎＭ、もしくは２０ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２２（上述の実施例１１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞のものに対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０６０７】
【表１１５】
2021514657.tif 000237
【０６０８】
【表１１６】
2021514657.tif 000238
【０６０９】
【表１１７】
2021514657.tif 000239
【０６１０】
【表１１８】
2021514657.tif 000240
【０６１１】
増殖
以下の表に指定されるように、Ｈ９２９細胞を１ウェルあたり２，０００個の細胞の密度で播種し、８ｎＭ、４０ｎＭ、２００ｎＭ、及び１，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。７日後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ−２．０（Ｐｒｏｍｅｇａ）を添加し、ルミネセンスをＧｌｏｍａｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）で測定した。
【０６１２】
【表１１９】
2021514657.tif 000241
【０６１３】
【表１２０】
2021514657.tif 000242
【０６１４】
【表１２１】
2021514657.tif 000243
【０６１５】
【表１２２】
2021514657.tif 000244
【０６１６】
実施例２５：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、標的ノックダウン及び細胞株増殖へのそれらの効果についてＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ株Ｕ２９３２及びＴＭＤ８中様々な用量で試験した。
【０６１７】
標的ノックダウン
以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、５０ｎＭ、２００ｎＭ、１，０００ｎＭ、または５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。対照オリゴヌクレオチドＩＯＮ７９２１６９、配列ＣＧＣＣＧＡＴＡＡＧＧＴＡＣＡＣ（配列番号３３８４）を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーもまた含んだ。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２２（上述の実施例１１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０６１８】
【表１２３】
2021514657.tif 000245
【０６１９】
【表１２４】
2021514657.tif 000246
【０６２０】
増殖
以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２，０００個の細胞の密度で播種し、５０ｎＭ、２００ｎＭ、１，０００ｎＭ、または５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。７日後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ−２．０（Ｐｒｏｍｅｇａ）を添加し、ルミネセンスをＧｌｏｍａｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）で測定した。
【０６２１】
【表１２５】
2021514657.tif 000247
【０６２２】
【表１２６】
2021514657.tif 000248
【０６２３】
実施例２６：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、標的ノックダウン及び細胞株増殖へのそれらの効果についてＡＬＣＬ細胞株中様々な用量で試験した。
【０６２４】
標的ノックダウン
以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、１６ｎＭ、８０ｎＭ、もしくは４００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチド、または４０ｎＭ、２００ｎＭ、１，０００ｎＭ、もしくは５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２２（上述の実施例１１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。対照オリゴヌクレオチド５４９１４８、配列ＧＧＣＴＡＣＴＡＣＧＣＣＧＴＣＡ（配列番号３３８５）を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーもまた含んだ。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０６２５】
【表１２７】
2021514657.tif 000249
【０６２６】
【表１２８】
2021514657.tif 000250
【０６２７】
増殖
以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２，０００個の細胞の密度で播種し、５０ｎＭ、２００ｎＭ、１，０００ｎＭ、または５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。７日後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ−２．０（Ｐｒｏｍｅｇａ）を添加し、ルミネセンスをＧｌｏｍａｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）で測定した。
【０６２８】
【表１２９】
2021514657.tif 000251
【０６２９】
【表１３０】
2021514657.tif 000252
【０６３０】
実施例２７：インビトロ、複数回投与でのヒトＩＲＦ４への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、標的ノックダウン及び細胞株増殖へのそれらの効果についてマントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）株ＭＡＶＥＲ１、ＪＶＭ２、Ｇｒａｎｔａ５１９、Ｍｉｎｏ、及びＺ１３８中様々な用量で試験した。
【０６３１】
標的ノックダウン
以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、４０ｎＭ、２００ｎＭ、１，０００ｎＭ、または５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。対照オリゴヌクレオチド５４９１４８、配列ＧＧＣＴＡＣＴＡＣＧＣＣＧＴＣＡ（配列番号３３８５）を有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーもまた含んだ。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトＩＲＦ４プライマープローブセットＲＴＳ４５２２（上述の実施例１１に記載される）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎによって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルを調節した。未処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＩＲＦ４  ｍＲＮＡ転写物のレベルパーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチドにより治療された細胞において用量依存的様式で低減された。
【０６３２】
【表１３１】
2021514657.tif 000253
【０６３３】
【表１３２】
2021514657.tif 000254
【０６３４】
【表１３３】
2021514657.tif 000255
【０６３５】
【表１３４】
2021514657.tif 000256
【０６３６】
【表１３５】
2021514657.tif 000257
【０６３７】
増殖
以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２，０００個の細胞の密度で播種し、５０ｎＭ、２００ｎＭ、１，０００ｎＭ、または５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。７日後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ−２．０（Ｐｒｏｍｅｇａ）を添加し、ルミネセンスをＧｌｏｍａｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）で測定した。
【０６３８】
【表１３６】
2021514657.tif 000258
【０６３９】
【表１３７】
2021514657.tif 000259
【０６４０】
【表１３８】
2021514657.tif 000260
【０６４１】
【表１３９】
2021514657.tif 000261
【０６４２】
【表１４０】
2021514657.tif 000262
【０６４３】
実施例２８：ＭＭ１．Ｒ異種移植モデルにおけるインビボ活性
異種移植ＭＭ１．Ｒモデルを使用して、ヒトＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの活性を評価した。４〜６週齢の雌のＮＯＤ／ＳＣＩＤマウス（ＪＡＸ）に、６百万個のＭＭ１．Ｒ細胞の皮下注射し、異種移植腫瘍を形成した。２週間後、３匹のマウスの群に、２５、５０、または１００ｍｇ／ｋｇ／用量の修飾されたオリゴヌクレオチドを、皮下注射によって１日１回で３日間投与した。マウスの１つの群は、１日１回で３日間ＰＢＳの皮下注射を受けた。対照群として機能した食塩水注射群を、オリゴヌクレオチド治療群と比較した。マウスを、最後の投与の４８時間後に屠殺し、腫瘍をさらなる分析のために回収した。
【０６４４】
ＲＮＡ分析
ＲＮＡを、上に記載されるように行われたＲＴ−ＰＣＲ分析のために腫瘍組織から抽出した。以下の表に示されるように、上の実施例７に記載されるプライマープローブセット３４７２６、またはプライマープローブセット３５６２４（配列番号３３９５として本明細書に指定されるフォワード配列ＴＣＣＣＧＴＧＴＴＧＣＴＴＣＡＡＡＣＴ、配列番号３３９６として本明細書に指定されるリバース配列ＴＡＣＣＴＧＣＴＧＧＣＡＧＴＴＣＴＴＴＣ、配列番号３３９７として本明細書に指定されるプローブ配列ＡＣＡＧＡＴＧＧＧＡＣＴＴＡＡＣＡＧＧＣＡＡＴＧＧＧ）でデータを分析し、それはヒトＩＲＦ４を特異的に検出する。ＰＢＳ対照に対する、ヒト特異的プライマープローブセット５００２（配列番号３３９８として本明細書に指定されるフォワード配列ＣＧＧＡＣＴＡＴＧＡＣＴＴＡＧＴＴＧＣＧＴＴＡＣ、配列番号３３９９として本明細書に指定されるリバース配列ＧＣＣＡＴＧＣＣＡＡＴＣＴＣＡＴＣＴＴＧＴ、配列番号３４００として本明細書に指定されるプローブ配列ＣＣＴＴＴＣＴＴＧＡＣＡＡＡＡＣＣＴＡＡＣＴＴＧＣＧＣＡＧＡ）を使用してヒト腫瘍細胞及びマウス間質細胞からのヒトＢアクチンレベルで正規化された、ｍＲＮＡの変化パーセントとして結果を表す。
【０６４５】
【表１４１】
2021514657.tif 000263
【０６４６】
【表１４２】
2021514657.tif 000264
【０６４７】
【表１４３】
2021514657.tif 000265
【０６４８】
タンパク質分析
ｈＩＲＦ４タンパク質のレベルを、ＷＥＳシステム（ＰｒｏｔｅｉｎＳｉｍｐｌｅ）でヒト特異的ＩＲＦ４抗体（ａｂｃａｍ  ＥＰ５６９９）によって異種移植腫瘍において測定した。
ＭＭの臨床的に関連するバイオマーカーであるＩｇλのレベルもまた、ＷＥＳシステムで測定した。ｈＩＲＦ４及びＩｇλの低減が観察された。
【０６４９】
【表１４４】
2021514657.tif 000266
【０６５０】
実施例２９：ＭＭ１．Ｒ異種移植モデルにおける修飾されたオリゴヌクレオチドの抗腫瘍活性
異種移植ＭＭ１．Ｒモデルを使用して、ヒトＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの活性を評価した。５〜６週齢の雌のＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスに、３百万個のＭＭ１．Ｒ細胞の皮下注射し、異種移植腫瘍を形成した。２３日後、８匹のマウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇ／用量の修飾されたオリゴヌクレオチドを、皮下注射によって１週間に５回で３．５週間投与した。マウスの１つの群は、１週間に５回ＰＢＳの皮下注射を受けた。対照群として機能した食塩水注射群を、オリゴヌクレオチド治療群と比較した。腫瘍体積を、キャリパー測定によって推測した。マウスを、最後の投与の２４時間後に屠殺し、組織をＲＮＡ及びタンパク質分析のために回収した。
【０６５１】
腫瘍体積
【０６５２】
【表１４５】
2021514657.tif 000267
【０６５３】
体重
耐容性の測定値として研究全体において体重を測定した。
【０６５４】
【表１４６】
2021514657.tif 000268
【０６５５】
肝臓機能
肝機能への修飾されたオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定し、ＩＵ／Ｌで表される以下の表に結果を表す。
【０６５６】
【表１４７】
2021514657.tif 000269
【０６５７】
ＲＮＡ及びタンパク質分析
上に記載されるプライマープローブセットＲＴＳ３４７２６を使用して、ＲＴ−ＰＣＲによって腫瘍試料中のＩＲＦ４  ｍＲＮＡを測定した。腫瘍試料中のＩＲＦ４タンパク質を、上の実施例２８に記載されるようにウエスタンブロットによって判定した。
【０６５８】
【表１４８】
2021514657.tif 000270
【０６５９】
実施例３０：骨髄関与を伴う全身的に播種されたＭＭ１．ＲモデルにおけるｈＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの有効性
全身的に播種されたＭＭ１．Ｒモデルを使用して、ヒトＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの活性を評価した。４〜６週齢の雌のｎｏｄ−ｓｃｉｄ  ＩＬ２Ｒγｎｕｌｌマウスにまず、５０ｍｇ／ｋｇのシクロホスファミドを０日目に投与し、１日目に、１０万個ＭＭ１．Ｒ細胞を静脈内注射を介して投与した。１４日目に、血漿ヒトＩｇλを、ＥＬＩＳＡによって試験し、マウスを、これらの結果に基づいて群にランダム化した。２１日目に開始して、４匹のマウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇ／日の修飾されたオリゴヌクレオチドを、１日１回で３日間投与し、最後の投与の４８時間後に屠殺した。ｈＩＲＦ４  ｍＲＮＡのレベルを骨髄中で測定した。腫瘍量を、ｈＡｃｔｉｎ  ｍＲＮＡのレベルを測定することによって測定した。ＰＢＳ対照で処理したマウスに対するｍＲＮＡの変化パーセントとして結果を表す。
【０６６０】
【表１４９】
2021514657.tif 000271
【０６６１】
実施例３１：骨髄関与を伴う全身的に播種されたＭＭ１．ＲモデルにおけるｈＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの有効性
全身的に播種されたＭＭ１．Ｒモデルを使用して、ヒトＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの活性を評価した。４〜６週齢の雌のＮＯＤ−ＳＣＩＤ  ＩＬ２Ｒγｎｕｌｌマウスにまず、５０ｍｇ／ｋｇのシクロホスファミドを０日目に投与し、１日目に、１０万個ＭＭ１．Ｒ細胞を静脈内注射を介して投与した。１４日目に、血清ヒトＩｇλを、ＥＬＩＳＡによって試験し、マウスを、これらの結果に基づいて群にランダム化した。１５日目に開始して、１０匹のマウスの群に、修飾されたオリゴヌクレオチドを、１週間５０ｍｇ／ｋｇ／日の負荷用量、次いで５０ｍｇ／ｋｇ／日で１週間３回の用量で投与し、動物の死亡、＜２０％の体重の減少、または麻痺まで継続した。１０匹のマウスの１つの群に、対照としてＰＢＳを投与し、別の群に、対照オリゴヌクレオチド７９２１６９を投与した。
【０６６２】
【表１５０】
2021514657.tif 000272
【０６６３】
実施例３２：ＴＭＤ８ヒトＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ腫瘍モデルにおけるｈＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの活性
異種移植腫瘍モデルを使用して、ヒトＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの活性を評価した。４百万個のＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ  ＴＭＤ８細胞を、５週齢の雌のＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスの側腹部に移植した。腫瘍が、移植後約２週間で１００ｍｍ３の平均体積に達したとき、８匹のマウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇ／日の修飾されたオリゴヌクレオチドを、２週間投与した。マウスを、最後の投与の後に屠殺し、腫瘍をｍＲＮＡ分析のために回収した。
【０６６４】
腫瘍体積を、キャリパー測定によって推測した。ｈＩＲＦ４  ｍＲＮＡのレベルを腫瘍組織中で測定し、対照動物に正規化した。
【０６６５】
【表１５１】
2021514657.tif 000273
【０６６６】
【表１５２】
2021514657.tif 000274
【０６６７】
実施例３３：Ｂａｌｂ／ｃマウスにおけるｈＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
Ｂａｌｂ／ｃマウスは、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される。マウスを、上に記載される研究から選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理し、様々なプラズマ化学マーカーのレベルの変化について評価した。
【０６６８】
処理
４〜６週齢の雄のＢａｌｂ／ｃマウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾されたオリゴヌクレオチドを、１週間に２回で４週間皮下注射した（１００ｍｇ／ｋｇ／週用量）。雄のＢａｌｂ／ｃマウスの１つの群に、ＰＢＳを、１週間に２回で４週間皮下注射した。マウスを、最後の投与の４８時間後に安楽死させ、器官及び血漿をさらなる分析のために採取した。
【０６６９】
プラズマ化学マーカー
肝臓及び腎臓機能への修飾されたオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼ、ビリルビン、及びＢＵＮの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して測定した。以下の表に結果を表す。修飾されたオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の肝臓または腎臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究において排除した。
【０６７０】
【表１５３】
2021514657.tif 000275
【０６７１】
【表１５４】
2021514657.tif 000276
【０６７２】
【表１５５】
2021514657.tif 000277
【０６７３】
【表１５６】
2021514657.tif 000278
【０６７４】
器官重量
肝臓、腎臓、及び脾臓重量を、研究の終了時に測定し、以下の表にＰＢＳ処理された動物と比較した変化パーセントとして表した。修飾されたオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の器官重量のいかなる変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究から排除した。
【０６７５】
【表１５７】
2021514657.tif 000279
【０６７６】
【表１５８】
2021514657.tif 000280
【０６７７】
【表１５９】
2021514657.tif 000281
【０６７８】
【表１６０】
2021514657.tif 000282
【０６７９】
実施例３４：ＣＤ１マウスにおけるｈＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ，ＭＡ）は、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される。マウスを、上に記載される研究から選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理し、様々なプラズマ化学マーカーのレベルの変化について評価した。
【０６８０】
処理
４〜６週齢の雄のＣＤ１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾されたオリゴヌクレオチドを、１週間に２回で４週間皮下注射した（１００ｍｇ／ｋｇ／週用量）。雄のＣＤ１マウスの１つの群に、ＰＢＳを、１週間に２回で４週間皮下注射した。マウスを、最後の投与の４８時間後に安楽死させ、器官及び血漿をさらなる分析のために採取した。
【０６８１】
プラズマ化学マーカー
肝臓及び腎臓機能への修飾されたオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼ、ビリルビン、及びＢＵＮの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して測定した。以下の表に結果を表す。修飾されたオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の肝臓または腎臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究において排除した。
【０６８２】
【表１６１】
2021514657.tif 000283
【０６８３】
【表１６２】
2021514657.tif 000284
【０６８４】
【表１６３】
2021514657.tif 000285
【０６８５】
【表１６４】
2021514657.tif 000286
【０６８６】
【表１６５】
2021514657.tif 000287
【０６８７】
【表１６６】
2021514657.tif 000288
【０６８８】
【表１６７】
2021514657.tif 000289
【０６８９】
【表１６８】
2021514657.tif 000290
【０６９０】
器官重量
肝臓、腎臓、及び脾臓重量を、研究の終了時に測定し、以下の表にＰＢＳ処理された動物と比較した変化パーセントとして表した。修飾されたオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の器官重量のいかなる変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究から排除した。
【０６９１】
【表１６９】
2021514657.tif 000291
【０６９２】
【表１７０】
2021514657.tif 000292
【０６９３】
【表１７１】
2021514657.tif 000293
【０６９４】
【表１７２】
2021514657.tif 000294
【０６９５】
【表１７３】
2021514657.tif 000295
【０６９６】
【表１７４】
2021514657.tif 000296
【０６９７】
【表１７５】
2021514657.tif 000297
【０６９８】
実施例３５：スプラーグドーリーラットにおけるｈＩＲＦ４を標的とする修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
スプラーグドーリーラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。ラットを、上の実施例に記載される研究からの修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理し、様々なプラズマ化学マーカーのレベルの変化について評価した。
【０６９９】
処理
雄のスプラーグドーリーラットを、１２時間の明暗サイクルで維持し、Ｐｕｒｉｎａ通常ラット用試料である食事５００１を適宜に与えた。４匹のスプラーグドーリーラットの群にそれぞれ、５０ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチド（毎週５０ｍｇ／ｋｇ用量）を、１週間に１回で６週間皮下注射した。最後の投与の４８時間後に、ラットを安楽死させ、器官及び血漿をさらなる分析のために採取した。
【０７００】
肝臓及び腎臓機能
肝機能への修飾されたオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）、ＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、及び総ビリルビンの血漿レベルを測定し、以下の表に結果を表す。ビリルビンの血漿レベルもまた、同じ臨床化学分析装置を使用して測定し、結果もまた以下の表に表す。値は、ＰＢＳ処理された動物に正規化された変化％を表す。アンチセンスオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の肝臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究において排除した。
【０７０１】
【表１７６】
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【０７０２】
【表１７７】
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【０７０３】
【表１７８】
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【０７０４】
【表１７９】
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【０７０５】
血液学アッセイ
全てのラットの群から得られた血液を、ヘマトクリット（ＨＣＴ）測定及び分析、ならびにＷＢＣ、ＲＢＣ、及び総ヘモグロビン含量などの様々な血液細胞の測定のために、Ａｎｔｅｃｈ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓに送った。以下の表に結果を表す。アンチセンスオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の血液学マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究において排除した。
【０７０６】
【表１８０】
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【０７０７】
【表１８１】
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【０７０８】
【表１８２】
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【０７０９】
【表１８３】
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【０７１０】
器官重量
肝臓、心臓、脾臓、及び腎臓重量を、研究の終了時に測定し、以下の表に表す。アンチセンスオリゴヌクレオチドについて予期した範囲外の器官重量のいかなる変化を引き起こした修飾されたオリゴヌクレオチドを、さらなる研究から排除した。
【０７１１】
【表１８４】
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【０７１２】
【表１８５】
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【０７１３】
【表１８６】
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【０７１４】
【表１８７】
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【０７１５】
実施例３６：非ヒト霊長類における修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを、非ヒト霊長類における効力についてさらに評価した。
【０７１６】
処理
雄のカニクイザルを、それぞれ４匹の非ヒト霊長類（ＮＨＰ）の群に分割した。群は、１、３、５、及び７日目、次いで１回／週で６週間、皮下注射によって、４０ｍｇ／ｋｇの修飾されたオリゴヌクレオチドの用量を受けた。ＮＨＰの１つの群は、ＰＢＳの用量を受けた。対照群として機能したＰＢＳ注射群を、オリゴヌクレオチド治療群と比較した。６週間後、ＮＨＰを屠殺し、組織を分析のために回収した。
【０７１７】
耐容性
肝臓及び腎臓機能へのこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、血液、血漿、血清、及び尿の試料を、４４日目に全ての研究の群から回収した。血液試料を、投与の４８時間後、大腿静脈穿刺を介して回収した。サルを、血液採取の前に一晩断食させた。約１．５ｍＬの血液を、血清分離のために抗凝血剤なしで各動物からチューブに回収した。様々なマーカーのレベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して測定した。総尿タンパク質及び尿クレアチニンレベルを測定し、総尿タンパク質対クレアチニンの比率（Ｐ／Ｃ比率）を判定した。
【０７１８】
肝機能へのアンチセンスオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼ（ＡＬＴ、ＡＳＴ）、アルブミン（Ａｌｂ）、及び総ビリルビン（「Ｔ．Ｂｉｌ」）の血漿濃度を測定した。腎臓機能へのアンチセンスオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、血中尿素窒素（ＢＵＮ）及びクレアチニン（Ｃｒｅ）の血漿濃度を測定した。アルブミン（Ａｌｂ）、クレアチニン（Ｃｒｅ）、及び総尿タンパク質（マイクロ総タンパク質（ＭＴＰ））の尿レベルを測定し、総尿タンパク質対クレアチニンの比率（Ｐ／Ｃ比率）を判定した。
【０７１９】
カニクイザルにおけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの任意の炎症作用を評価するために、肝臓中で合成され、かつ炎症のマーカーとして機能するＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を４４日目に測定した。このために、血液試料を断食させたサルから採取し、チューブを最低９０分間室温で維持し、室温で１０分間、３，０００ｒｐｍで遠心分離して、血清を得た。結果を以下の表に表し、ヒトＩＲＦ４を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドのほとんどがカニクイザルにおいて十分に耐容性であったことを示す。ＩＯＮ９３５９１８及び９３５９６８は十分に耐容性であった。
【０７２０】
【表１８８】
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【０７２１】
【表１８９】
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【０７２２】
ＲＮＡ分析
ＲＮＡを、以前の例のように、ＩＲＦ４のｍＲＮＡ発現のリアルタイムＰＣＲ分析のために様々な組織から抽出した。ＰＢＳ対照に対する、ＮＨＰシクロフィリンＡで正規化されたｍＲＮＡの変化パーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、修飾されたオリゴヌクレオチドでの治療は、治療群のうちのいくつかでのＰＢＳ対照と比較して、ＩＲＦ４  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０７２３】
【表１９０】
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【０７２４】
実施例３７：粘度
修飾されたオリゴヌクレオチド溶液の粘度を測定した。９３５９１８の粘度は、毎週の皮下注射と適合性であり、９３５９１８及び９３５９６８の両方の粘度は、ＩＶ投与と適合性である。
【０７２５】
【表１９１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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