(57)【要約】  本発明は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出するための方法であって、（ａ）１つ以上のＨＳＶ変異であって、（ｉ）２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、０Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１０７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるチミジンキナーゼ（ＴＫ）変異；及び（ｉｉ）１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異から選択される１つ以上のＨＳＶ変異を特定することを含み、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を確認し、前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、方法を対象とする。【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出するための方法であって、
ａ．１つ以上のＨＳＶ変異であって、
ｉ．２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるチミジンキナーゼ（ＴＫ）変異；及び
ｉｉ．１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異
から選択される１つ以上のＨＳＶ変異を特定すること
を含み、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を確認し、前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、方法。
【請求項２】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出するための方法であって、
ａ．１つ以上のＨＳＶ多型であって、
ｉ．Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｈ２１４Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ｅ１４６ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｄ２２８＊（ＨＳＶ−１）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｈ５８ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｐ１５４ｆｓ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）及びＥ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ多型；及び
ｉｉ．Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｆ９６５＿ｌ９６６ｉｎｓＦ（ＨＳＶ−１）及びＩ９６６＊（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ多型
から選択される１つ以上のＨＳＶ多型を特定すること
を含み、前記１つ以上のＨＳＶ多型の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を確認し、及び前記１つ以上のＨＳＶ多型の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、方法。
【請求項３】
ａ．１１０Ｃ＞Ｔ、２０５Ｃ＞Ａ、１０７２Ａ＞Ｃ、１０７２Ａ＞Ｔ、５７４Ｇ＞Ａ及び７６６Ｃ＞Ｔから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＴＫ変異を特定すること；
ｂ．３７３Ｇ＞Ａ、６３９Ａ＞Ｃ又は６３９Ａ＞Ｔ及び１０９４Ｔ＞Ｃから選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＴＫ変異を特定すること；
ｃ．６４Ｇ＞Ａ、１６０Ａ＞Ｇ、２４８Ａ＞Ｃ、３６１Ｇ＞Ａ、４１５Ｇ＞Ａ又は４１５Ｇ＞Ｃ、７１６Ｃ＞Ｔ、１２５５Ｃ＞Ａ、２０３９Ａ＞Ｃ、２０４２Ｇ＞Ａ、２２４９Ａ＞Ｃ、２５４８Ｇ＞Ｃ、２７３２Ｇ＞Ａ、２７４１Ｃ＞Ｔ、２９１５Ｃ＞Ｔ、２９５４Ｇ＞Ａ、２９７４Ｇ＞Ａ、２９７７Ｃ＞Ｔ、３１３７Ａ＞Ｃ、３３４３Ｇ＞Ａ、３３５９Ａ＞Ｃ、３５０５Ｇ＞Ａ及び３５９５Ｃ＞Ａから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を特定すること；及び／又は
ｄ．５２０Ｇ＞Ｔ、１３３９Ａ＞Ｃ又は１３３９Ａ＞Ｔ、１４８１Ｔ＞Ｃ、２１４１Ａ＞Ｇ、２２８１Ｇ＞Ａ、２３２３Ｃ＞Ｔ、２３２５Ｃ＞Ｇ及び２３２６Ｇ＞Ｃから選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を特定すること
をさらに含み、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
ａ．Ａ３７Ｖ、Ｌ６９Ｍ、Ｉ３５８Ｌ、Ａ１９２Ｔ及びＲ２５６Ｗから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＴＫ多型を特定すること；
ｂ．Ａ１２５Ｔ、Ｅ２１３Ｄ及びＬ３６５Ｐから選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＴＫ多型を特定すること；
ｃ．Ｇ２２Ｒ、Ｔ５４Ａ、Ｄ８３Ａ、Ｇ１２１Ｓ、Ｇ１３９Ｒ、Ｓ２３９Ｌ、Ｌ４１９Ｉ、Ｅ６８０Ａ、Ｒ６８１Ｑ、Ｋ７５０Ｔ、Ｅ８５０Ｑ、Ｓ９１１Ｎ、Ｓ９１４Ｌ、Ａ９７２Ｖ、Ｇ９８５Ｅ、Ｅ９９２Ｋ、Ｒ９９３Ｃ、Ｎ１０４６Ｔ、Ａ１１１５Ｔ、Ｅ１１２０Ａ、Ａ１１６９Ｔ及びＰ１１９９Ｔから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＤＮＡ  Ｐｏｌ多型を特定すること；及び／又は
ｄ．Ｄ１７４Ｙ、Ｍ４４７Ｌ、Ｍ４９４Ｔ、Ｈ７１４Ｒ、Ｅ７６１Ｋ、Ｒ７７５Ｃ、Ｒ７７５Ｗ及びＥ７７６Ｑから選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＤＮＡ  Ｐｏｌ多型を特定すること
をさらに含み、前記１つ以上のＨＳＶ多型の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット薬物、シドフォビル薬物及びドコサノール薬物から選択される薬物；又は他の非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法。
【請求項６】
対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物；又は他の非ホスカルネット薬物、非シドフォビル薬物、非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法。
【請求項７】
対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｈ２１４Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ｅ１４６ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｄ２２８＊（ＨＳＶ−１）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｈ５８ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｐ１５４ｆｓ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）及びＥ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット薬物、シドフォビル薬物及びドコサノール薬物から選択される薬物；又は他の非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法。
【請求項８】
対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｆ９６５＿ｌ９６６ｉｎｓＦ（ＨＳＶ−１）及びＩ９６６＊（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物；又は他の非ホスカルネット薬物、非シドフォビル薬物、非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法。
【請求項９】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット、シドフォビル薬物及びドコサノールから選択される薬物；又は他の非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬。
【請求項１０】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物；又は他の非ホスカルネット薬物、非シドフォビル薬物、非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬。
【請求項１１】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｈ２１４Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ｅ１４６ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｄ２２８＊（ＨＳＶ−１）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｈ５８ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｐ１５４ｆｓ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）及びＥ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット、シドフォビル薬物及びドコサノールから選択される薬物；又は他の非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬。
【請求項１２】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｆ９６５＿ｌ９６６ｉｎｓＦ（ＨＳＶ−１）及びＩ９６６＊（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物；又は他の非ホスカルネット薬物、非シドフォビル薬物、非ペンシクロビル及び／又は非アシクロビル薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬。
【請求項１３】
前記ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異、及び／又はＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ多型は、ＨＳＶウイルス内に含まれる、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項１４】
前記ＨＳＶは、ＨＳＶ−１である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項１５】
前記ＨＳＶは、ＨＳＶ−２である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項１６】
前記ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、参照（例えば、野生型）ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ配列を欠いているか；又は前記ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ多型は、参照（例えば、野生型）ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ配列を欠いており；
好ましくは、前記参照配列を含むＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌは、１つ以上の抗ウイルス薬によって阻害される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項１７】
前記ＴＫ変異及び／又はＴＫ多型は、参照（野生型）ＨＳＶ  ＴＫ配列に関連しており、前記参照ＨＳＶ−１  ＴＫ配列は、
ａ．配列番号１の核酸配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列；及び／又は
ｂ．配列番号２のポリペプチド配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列
を含む、請求項１〜１４又は１６のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項１８】
前記ＤＮＡ  Ｐｏｌ変異及び／又はＤＮＡ  Ｐｏｌ多型は、参照（野生型）ＨＳＶ  ＤＮＡ  Ｐｏｌ配列に関連しており、前記参照ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  Ｐｏｌ配列は、
ａ．配列番号３の核酸配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列；及び／又は
ｂ．配列番号４のポリペプチド配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列
を含む、請求項１〜１４又は１６のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項１９】
前記ＴＫ変異及び／又はＴＫ多型は、参照（野生型）ＨＳＶ  ＴＫ配列に関連しており、前記参照ＨＳＶ−２  ＴＫ配列は、
ａ．配列番号５の核酸配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列；及び／又は
ｂ．配列番号６のポリペプチド配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列
を含む、請求項１〜１３、１５又は１６のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項２０】
前記ＤＮＡ  Ｐｏｌ変異及び／又はＤＮＡ  Ｐｏｌ多型は、参照（野生型）ＨＳＶ  ＤＮＡ  Ｐｏｌ配列に関連しており、前記参照ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  Ｐｏｌ配列は、
ａ．配列番号７の核酸配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列；及び／又は
ｂ．配列番号８のポリペプチド配列又はそれと少なくとも９０％の相同性を有する配列
を含む、請求項１〜１３、１５又は１６のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項２１】
前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶは、アシクロビル、ペンシクロビル、ホスカルネット又はシドフォビルから選択される１つ以上の抗ウイルス薬に対して耐性であるか；又は
前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶは、アシクロビル及びペンシクロビルに対して耐性である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項２２】
前記変異の１つ以上を、前記変異と関連する対応する耐性表現型と相関させて、前記変異を含む前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの抗ウイルス薬耐性のレベルを決定することであって、抗ウイルス薬耐性のレベルは、弱い（例えば、中程度の）耐性及び強い耐性から選択される、決定することをさらに含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項２３】
前記相関させるステップは、アルゴリズムと共に／それを使用して実施され、好ましくは、前記アルゴリズムは、前記変異の１つ以上についての前記対応する耐性表現型に対して訓練される、請求項２２に記載の方法又は使用。
【請求項２４】
前記対応する耐性表現型は、プラーク減少アッセイを介して決定される耐性表現型である、請求項２２又は２３に記載の方法又は使用。
【請求項２５】
試料中の抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出することを含み、好ましくは、前記１つ以上のＨＳＶ変異及び／又はＨＳＶ多型は、対象から得られた単離された試料において特定される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項２６】
前記試料は、病変部若しくはその部分、ウイルス懸濁液、脳脊髄液、皮膚、粘膜、血液、血清、痰、尿及び／又は滑液の１つ以上から選択される、請求項２５に記載の方法又は使用。
【請求項２７】
前記試料は、免疫不全の対象から得られる、請求項２５又は２６に記載の方法又は使用。
【請求項２８】
前記１つ以上のＨＳＶ変異及び／又はＨＳＶ多型は、ＤＮＡ配列決定、シーケンスキャプチャ、質量分析、ウエスタンブロット、酵素活性アッセイ及び／又は酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によって特定される、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項２９】
前記１つ以上のＨＳＶ変異は、ＤＮＡ配列決定によって特定される、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項３０】
前記１つ以上のＨＳＶ変異及び／又はＨＳＶ多型は、質量分析によって特定される、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項３１】
１つ以上のＨＳＶ変異及び／又はＨＳＶ多型を特定する前記ステップで得られたデータを好適なデータ担体上に記録するステップをさらに含む、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項３２】
請求項１〜３１のいずれか一項に記載の１つ以上のＨＳＶ変異及び／又はＨＳＶ多型を特定するステップで得られたデータを含むデータ担体。
【請求項３３】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を診断するための方法において使用するための、請求項３２に記載のデータ担体。
【請求項３４】
（ｉ）１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異；及び（ｉｉ）１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択される変異を含む組換えＨＳＶ又はその断片。
【請求項３５】
（ｉ）１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異；及び（ｉｉ）１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択される１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するための試薬と；その使用のための説明書とを含むキット。
【請求項３６】
前記試薬は、ＤＮＡ配列決定、シーケンスキャプチャ、質量分析、ウエスタンブロット、酵素活性アッセイ及び／又は酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）により、１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するためのものである、請求項３５に記載のキット。
【請求項３７】
前記試薬は、ＤＮＡ配列決定により、１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するためのものである、請求項３５又は３６に記載のキット。
【請求項３８】
前記試薬は、質量分析により、１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するためのものである、請求項３５〜３７のいずれか一項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＨＳＶ変異／多型の使用を含む、抗ウイルス薬耐性単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）を検出するための、且つ抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を診断するための方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
単純ヘルペスは、単純ヘルペスウイルスによって引き起こされるウイルス性疾患であり、感染した体の部分に基づいて分類される。口腔ヘルペスは、顔又は口を侵す。口腔ヘルペスは、単純疱疹又は熱性疱疹と多くの場合に呼ばれる小さい疱疹の集合体をもたらし得るか、又は咽喉痛を引き起こすのみであり得る。性器ヘルペスは、破裂して小さい潰瘍をもたらす疱疹を形成し得る。ＨＳＶを伴う感染症は、重大な不快をもたらし、また発熱、筋痛、リンパ節腫脹及び頭痛をもたらし得る。
【０００３】
ＨＳＶは、１型（ＨＳＶ−１）及び２型（ＨＳＶ−２）を含む。ＨＳＶ−１は、より一般的には、口の周囲の感染を引き起こすが、ＨＳＶ−２は、より一般的には、性器感染を引き起こす。これらは、感染した個人の体液又は病変部との直接的接触によって伝染し得る、伝染は、症状が存在しない場合にも起こり得る。性器ヘルペスは、性行為感染症として分類される。性器ヘルペスは、出産時に乳児に伝染し得る。感染後、ウイルスは、感覚神経に沿って神経細胞体に運ばれ、その場所に生涯存在する。ウイルス感染症の再発は、免疫抑制中、例えば骨髄若しくは臓器移植、抗癌療法を受けている患者又は高リスク群の個人、例えば妊婦、新生児及び高齢者において起こり得る。
【０００４】
英国における成人集団の７０％超は、ＨＳＶに感染している。この感染症は、免疫不全の個人、特に骨髄移植（ＢＭＴ）を受けている個人において臨床的に重要であり、また抗ウイルス薬、例えばアシクロビル（ＡＣＶ）及びペンシクロビル（ＰＣＶ）（第一選択薬）並びにホスカルネット及びシドフォビル（第二選択薬）で治療される。しかし、ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）は、これらの薬物の１つ以上に対する耐性を生じ得、またこれらの治療に対する耐性が増加しているという証拠が存在する。
【０００５】
ＡＣＶ及びＰＣＶは、鎖終結剤として作用し、またウイルスＤＮＡポリメラーゼを阻害することによってウイルス複製を阻止する、グアニン類似体である。どちらの薬物も、活性となるために三リン酸化される必要があり、ＨＳＶチミジンキナーゼ（ＴＫ）によって第１のリン酸化ステップが実施される。薬物に対する耐性は、通常、ＴＫ遺伝子（ＵＬ２３）の、時折ウイルスＤＮＡポリメラーゼ遺伝子（ＵＬ３０）の変異（例えば、非同義変異）の発生を介して生じる。耐性変異は変動し、置換、欠失及び挿入からなる。後の２つの型の変異は、ホモポリマー領域（通常、Ｃ又はＧの連続）において多くの場合に起こり、未成熟終止コドンを多くの場合にもたらす。置換は、対応するアミノ酸配列置換多型を多くの場合にもたらす。抗ウイルス薬ホスカルネット（ＦＯＳ）及びシドフォビル（ＣＤＶ）は、ウイルスＴＫによる活性化を必要としない（第二選択療法として多くの場合に使用される）ウイルスＤＮＡポリメラーゼ阻害剤である。したがって、これらの２種の薬物に対する耐性は、通常、ウイルスＤＮＡポリメラーゼの変異の出現を介して生じ、ＡＣＶ及びＰＣＶに対する交差耐性をもたらし得る。
【０００６】
現在、配列分析（例えば、変異／多型を検出すること）に基づく薬物耐性ＨＳＶについての信頼できる検査は、存在しない。抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症の診断は、ウイルスの表現型を評価することに基づく分析に依存している。ゴールドスタンダードの分析は、プラーク減少アッセイを使用する、表現型による薬物感受性試験を伴う。これは、ウイルス（例えば、損なわれていない完全なウイルス）の単離を必要とし、これは、困難且つ時間がかかる。したがって、この分析は、数週という長い所要時間がかかる。しかし、これは、十分に標準化されている。それにもかかわらず、必要とされる費用及び専門技術に起因して、これは、通常、基準研究所によって実施されるに過ぎない。
【０００７】
遺伝子型による方法による、いずれかの変異／多型の耐性を引き起こす潜在的効果の解釈は、複雑である。置換変異／多型は、耐性を引き起こす変異／多型（例えば、置換）の数を大きく上回る、薬物耐性をもたらさない、ＨＳＶにおける「天然の」変異／多型の数として解釈することが特に難しく、その結果、ＴＫ又はＤＮＡ  ｐｏｌ単独の配列に基づいて耐性を決定することは、非常に難しい。したがって、いずれか１つの変異（例えば、置換）が耐性を引き起こすであろうことは、それほど期待されない。この問題は、分かっている及び表現型的に特徴付けられる薬物耐性関連の変異／多型の公開データベースが存在しないという事実により深刻化している。いくつかの耐性関連の変異が以前に報告されているが、これらの変異は、標準化された分析を介して解釈／検証されなかったため、これらの変異と関連する耐性は、直接的に比較可能でない。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、上に言及した問題の少なくとも１つを解決する。
【０００９】
一態様では、（例えば、対象における）抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを検出するための方法であって、
ａ．１つ以上のＨＳＶ変異であって、
ｉ．１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるチミジンキナーゼ（ＴＫ）変異；及び
ｉｉ．１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９Ｔ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０Ｔ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１Ｔ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異
から選択される１つ以上のＨＳＶ変異を特定すること
を含み、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を確認し、及び前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、方法が提供される。
【００１０】
「前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する」ことに関連して使用される用語「示唆する」は、ＨＳＶが、前記変異を含むＨＳＶと比較した場合、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶである可能性が低いことがあり得ることを意味する。当業者は、抗ウイルス薬耐性が（それにもかかわらず）代替変異によって与えられ得ることを理解するであろう。
【００１１】
その後にカッコ内の「ＨＳＶ−１」が続く変異は、ＨＳＶ−１ウイルスにおいて特定することができる。その後にカッコ内の「ＨＳＶ−２」が続く変異は、ＨＳＶ−２ウイルスにおいて特定することができる。
【００１２】
驚くべきことに、これらの変異は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを検出するための堅固なマーカーとしての有用性がある。さらに、所与の変異又は変異プロフィールに起因する表現型を解釈するためのアルゴリズムと共に、こうした変異の包括的データベース（関連するＨＳＶ表現型が含まれる）が提供される。
【００１３】
初めて、本発明者らは、標準化された分析を用いて、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを含む多数の臨床分離株の遺伝子型を特定し、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの検出の使用及び抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の診断に特に適している変異の広範なリストを作成した。有利には、これらの変異（及び以前に特定された変異）は、それぞれゴールドスタンダードのプラーク減少アッセイによって検証されており、その結果、得られた表現型は、直接的に比較可能である。同じ分析を使用して、抗ウイルス薬耐性（例えば、天然の）変異／多型と関連しない多数の変異の表現型も検証した。
【００１４】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【００１５】
好ましい実施形態では、前記ＴＫ多型は、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｈ２１４Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ｅ１４６ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｄ２２８＊（ＨＳＶ−１）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｈ５８ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｐ１５４ｆｓ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）及びＥ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｆ９６５＿ｌ９６６ｉｎｓＦ（ＨＳＶ−１）及び１９６６＊（ＨＳＶ−１）である。
【００１６】
一実施形態では、変異は、ピリジンからピリジンへの置換である。一実施形態では、変異は、ピリミジンからピリミジンへの置換である。
【００１７】
本明細書で使用される変異／多型の命名法は、例えば、参照によって本明細書に組み込まれるJ. T. den Dunnen, S. E. Antonarakis: Hum Genet 109 (1): 121-124 (2001)に記載されている。変異は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ又はＲＮＡにおいて検出され得る。任意選択的に、それぞれＤＮＡ、ｃＤＮＡ又はＲＮＡにおける変異の識別を表すために、変異の記載の前に、ｇ．、ｃ．及びｒから選択される記号が付くこともある。例えば、ゲノムＤＮＡにおける変異７４８Ｇ＞Ｃは、ｇ．７４８Ｇ＞Ｃと称することができる。
【００１８】
この方法は、ＨＳＶ配列内に含まれる（例えば、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ配列内に含まれる）配列（例えば、核酸配列）に対して実施することができる。前記配列は、本発明の方法を実施する前又は本発明の方法を実施するのと同時に決定する（例えば、得る）ことができる。一実施形態では、この方法は、配列、好ましくはＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ配列中における前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を特定することを含む。一実施形態では、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在は、ＨＳＶ変異のデータベース中で検出され、ここで、前記データベースは、前記１つ以上のＨＳＶ変異を含む。
【００１９】
本発明の方法は、コンピュータで、例えばＨＳＶ配列を参照ＨＳＶ（例えば、野生型ＨＳＶ）の配列と整列させることによって実施することができる。代わりに、配列を前記ＨＳＶ変異の１つ以上の存在について調べる（例えば、解析する）ことができる。
【００２０】
さらなる態様では、本発明は、対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット、シドフォビル薬物及びドコサノールから選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法を提供する。
【００２１】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【００２２】
適切には、ステップａ．は、前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、抗ウイルス薬に対する耐性と関連するＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含まないことを確認することをさらに含むことができる。一実施形態では、ステップａ．は、前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び／又は２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１））から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含まないことを確認することをさらに含む。
【００２３】
一実施形態では、ステップｂ．は、非アシクロビル及び／又は非ペンシクロビル薬物を対象に投与することを含む。一実施形態では、ステップｂ．は、ホスカルネット、シドフォビル薬物、ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することを含む。
【００２４】
別の態様では、対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法が提供される。
【００２５】
好ましい実施形態では、前記ＤＮＡ  ポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【００２６】
適切には、ステップａ．は、前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、抗ウイルス薬に対する耐性と関連するＴＫ変異を含まないことを確認することをさらに含むことができる。一実施形態では、ステップａ．は、前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）（好ましくは２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び／又は８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１））から選択されるＴＫ変異を含まないことを確認することをさらに含む。
【００２７】
一実施形態では、上のステップｂ．は、非アシクロビル薬物、非ペンシクロビル薬物、非ホスカルネット薬物及び／又は非シドフォビル薬物を対象に投与することを含む。
【００２８】
本発明の方法は、ＨＳＶ感染症のためのすべての公知の治療を包含することが意図される。
【００２９】
一実施形態では、この方法は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）及び２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）（好ましくは２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び／又は２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；シドフォビル薬物を前記対象に投与することとを含む。
【００３０】
一実施形態では、この方法は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）（好ましくは２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１））から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；ホスカルネット及び／又はシドフォビル薬物を前記対象に投与することとを含む。
【００３１】
一実施形態では、この方法は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から（好ましくは２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から）選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；アシクロビル薬物、ペンシクロビル薬物及び／又はホスカルネット薬物を前記対象に投与することとを含む。
【００３２】
一実施形態では、この方法は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２））から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；シドフォビル薬物を前記対象に投与することとを含む。
【００３３】
一実施形態では、この方法は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、本明細書に記載した通りのＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異（例えば、抗ウイルス薬に対する耐性と関連するＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異）を含むことを確認することと；ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を対象に投与することとを含む。
【００３４】
本明細書に記載した通りの１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する。本明細書に記載した１つ以上のＨＳＶ変異の非存在が特定される場合、様々なさらなる耐性関連の変異が存在し、その結果、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在の可能性がある。したがって、前記ＨＳＶ変異の１つ以上の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在の指標である。
【００３５】
一実施形態では、本発明の方法は、１つ以上のさらなるＨＳＶ  ＴＫ及び／又はＨＳＶ変異を特定すること（又はこれらの変異の存在を確認すること）を含む。
【００３６】
一実施形態では、本発明の方法は、１１＿１２ｉｎｓＣ、１２＿１３ｉｎｓＣ、１３＿１４ｉｎｓＣ、１４＿１５ｉｎｓＣ、１５＿１６ｉｎｓＣ、１２２Ｇ＞Ａ、１５１Ｃ＞Ｔ、１５８Ａ＞Ｇ、１５７Ｔ＞Ｇ、１５７Ｔ＞Ｃ、１５９Ｔ＞Ａ、１６３Ｇ＞Ａ、１６６Ｇ＞Ｔ、１７７Ｇ＞Ｃ、１７０Ｃ＞Ａ、１７２Ｃ＞Ａ、１７３Ａ＞Ｇ、１７５Ｇ＞Ｃ、１７５Ｇ＞Ｔ、１８６Ａ＞Ｃ、１８７Ａ＞Ｇ、１８８Ｃ＞Ｔ、１９４Ｃ＞Ａ、１９９Ｃ＞Ｔ、２２１Ｃ＞Ｇ、２２２Ｃ＞Ａ、２３８Ｔ＞Ａ、２４７Ｇ＞Ｔ、２５２Ｃ＞Ｔ、２５０Ｃ＞Ｔ、１８４ｄｅｌＡ、１８５ｄｅｌＡ、１８６ｄｅｌＡ、１８７ｄｅｌＡ、１８０ｄｅｌＧ、１８１ｄｅｌＧ、１８２ｄｅｌＧ、１８３ｄｅｌＧ、２５９Ｔ＞Ｃ、２６２Ｔ＞Ｃ、２６５Ｃ＞Ｔ、２８３Ｇ＞Ａ、３０７Ａ＞Ｃ、３１０Ｃ＞Ｔ、３１２Ａ＞Ｔ、３１０Ｃ＞Ｔ、３１４Ａ＞Ｃ、１８１＿１８２ｉｎｓＧ、１８２＿１８３ｉｎｓＧ、１８３＿１８４ｉｎｓＧ、１８４＿１８５ｉｎｓＧ、１８５＿１８６ｉｎｓＧ、１８６＿１８７ｉｎｓＧ、２７２＿２７３ｉｎｓＧ、２７３＿２７４ｉｎｓＧ、２７４＿２７５ｉｎｓＧ、２７５＿２７６ｉｎｓＧ、２７６＿２７７ｉｎｓＧ、２７７＿２７８ｉｎｓＧ、２７８＿２７９ｉｎｓＧ、３４６Ｇ＞Ａ、２７７ｄｅｌＧ、３６２Ｔ＞Ｇ、３６９Ｃ＞Ａ、３６９Ｃ＞Ｇ、３７５Ｇ＞Ｃ、３８２Ａ＞Ｃ、３８６Ｇ＞Ａ、３９１Ｃ＞Ｔ、４２７Ａ＞Ｇ、４８５Ａ＞Ｃ、４８４Ｇ＞Ｃ、４８４Ｇ＞Ａ、４８８Ｇ＞Ａ、５００Ｇ＞Ｔ、５０２Ｇ＞Ａ、５０９Ｔ＞Ｃ、５１５Ａ＞Ｇ、５１８Ｃ＞Ｔ、５１８Ｃ＞Ｇ、５２０Ｇ＞Ｃ、５２４Ｃ＞Ｔ、５２７Ｇ＞Ａ、５２６Ｃ＞Ｔ、５２６Ｃ＞Ｔ、５２８Ａ＞Ｇ、５３３Ｔ＞Ｇ、５４２Ｇ＞Ａ、４５５ｄｅｌＣ、４５６ｄｅｌＣ、４５７ｄｅｌＣ、４５８ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ、４６１ｄｅｌＣ、４６２ｄｅｌＣ、４６３ｄｅｌＣ、４６４ｄｅｌＣ、４３０ｄｅｌＧ、４３１ｄｅｌＧ、４３２ｄｅｌＧ、４３３ｄｅｌＧ、４３４ｄｅｌＧ、４３５ｄｅｌＧ、４３６ｄｅｌＧ、４２９＿４３０ｉｎｓＧＧ、４３０＿４３１ｉｎｓＧＧ、４３１＿４３２ｉｎｓＧＧ、４３２＿４３３ｉｎｓＧＧ、４３３＿４３４ｉｎｓＧＧ、４３４＿４３５ｉｎｓＧＧ、４３５＿４３６ｉｎｓＧＧ、４３６＿４３７ｉｎｓＧＧ、４３７＿４３８ｉｎｓＧＧ、４３８＿４３９ｉｎｓＧＧ、５５３Ｃ＞Ａ、５５４Ａ＞Ｇ、５５９Ｇ＞Ａ、５６６Ｃ＞Ｔ、５８２＿５８４ｄｅｌ、５９８Ｇ＞Ｔ、５９９Ｇ＞Ａ、５９８Ｇ＞Ｔ、５９９Ｇ＞Ｃ、６０１Ａ＞Ｃ、６１１Ｔ＞Ｇ、６１６Ｇ＞Ａ、６１９Ｇ＞Ｃ、６２２Ｃ＞Ｔ、６２３Ｔ＞Ａ、６４６Ｃ＞Ｔ、６４７Ｇ＞Ａ、６４６Ｃ＞Ｔ、６４７Ｇ＞Ｃ、６５８Ｃ＞Ｔ、６５９Ｇ＞Ａ、６６４Ｃ＞Ｔ、６６５Ｇ＞Ａ、６６６ｄｅｌＣ、６６７ｄｅｌＣ、６６８ｄｅｌＣ、６６９ｄｅｌＣ、６７９Ｃ＞Ｔ、３６３＿３６４ｉｎｓＴ、４２９＿４３０ｉｎｓＧ、４３０＿４３１ｉｎｓＧ、４３１＿４３２ｉｎｓＧ、４３２＿４３３ｉｎｓＧ、４３３＿４３４ｉｎｓＧ、４３４＿４３５ｉｎｓＧ、４３５＿４３６ｉｎｓＧ、４３６＿４３７ｉｎｓＧ、４３７＿４３８ｉｎｓＧ、４５９＿４６０ｉｎｓＣ、４６０＿４６１ｉｎｓＣ、４６１＿４６２ｉｎｓＣ、４６２＿４６３ｉｎｓＣ、４６３＿４６４ｉｎｓＣ、４６４＿４６５ｉｎｓＣ、４６５＿４６６ｉｎｓＣ、５４７＿５４８ｉｎｓＣ、５４８＿５４９ｉｎｓＣ、５４９＿５５０ｉｎｓＣ、５５１＿５５２ｉｎｓＣ、５５２＿５５３ｉｎｓＣ、５５３＿５５４ｉｎｓＣ、６５０＿６５１ｉｎｓＴ、７１６Ａ＞Ｃ、２４５Ｃ＞Ｔ、７３３Ａ＞Ｃ、７４６Ｔ＞Ｃ、７４８Ｃ＞Ｔ、７６６Ｃ＞Ｔ、７６９Ｇ＞Ａ、７８２Ａ＞Ｇ、７８２Ａ＞Ｔ、７８１＿７９３ｄｅｌ、５４８ｄｅｌＣ、５４９ｄｅｌＣ、５５０ｄｅｌＣ、５５１ｄｅｌＣ、５５２ｄｅｌＣ、５５３ｄｅｌＣ、８４１Ｃ＞Ｔ、８５３ｄｅｌＧ、８５４ｄｅｌＣ、８５５ｄｅｌＣ、８５６ｄｅｌＣ、８６０Ｃ＞Ｔ、８６２Ｔ＞Ａ、８７２Ｔ＞Ｇ、８７８ｄｅｌＧ、８７９ｄｅｌＧ、８８０ｄｅｌＧ、８９０Ｔ＞Ｃ、８９６ｄｅｌ、８９７ｄｅｌＧ、８９８ｄｅｌＣ、８９９ｄｅｌＧ、９００ｄｅｌＧ、８９５＿８９６ｉｎｓＧＣＣ、８９６＿８９７ｉｎｓＧＣＣ、６９７＿６９８ｉｎｓＣ、６９８＿６９９ｉｎｓＣ、６９９＿７００ｉｎｓＣ、７００＿７０１ｉｎｓＣ、８３２＿８３３ｉｎｓＣ、８３３＿８３４ｉｎｓＣ、８３４＿８３５ｉｎｓＣ、８３５＿８３６ｉｎｓＣ、８３６＿８３７ｉｎｓＣ、８３７＿８３８ｉｎｓＣ、８３８＿８３９ｉｎｓＣ、９００＿９０１ｉｎｓＡ、９０１＿９０２ｉｎｓＡ、９０２＿９０３ｉｎｓＡ、９０３＿９０４ｉｎｓＡ、９０３＿９０４ｉｎｓＡ、９０４＿９０５ｉｎｓＡ、９０５＿９０６ｉｎｓＡ、９０６＿９０７ｉｎｓＡ、９１９ｄｅｌＧ、９４４Ｔ＞Ｃ、９６５Ｔ＞Ａ、９９６ｄｅｌＧ、１００７Ｇ＞Ａ、１０２４Ｃ＞Ｔ、１０２５Ａ＞Ｇ、１０６０Ａ＞Ｃ、１０６１ｄｅｌＣ、１０６２ｄｅｌＣ、１０６３ｄｅｌＣ、１０６４ｄｅｌＣ、１０６５ｄｅｌＣ、１０６５ｄｅｌＡ、１０３９Ｇ＞Ａ、１１１７ｄｅｌＧ、１１１８ｄｅｌＧ、１１１９ｄｅｌＧ、１１２０ｄｅｌＧ、１１２１ｄｅｌＧ、３６３＿１１２８＋２０１ｄｅｌ、６６５ｉｎｓＣ、６６６ｉｎｓＣ、６６７ｉｎｓＣ、６６８ｉｎｓＣ、６６９ｉｎｓＣ、９１８＿９１９ｉｎｓＧ、９２８＿９２９ｉｎｓＴ、１０６０＿１０６１ｉｎｓＣ、１０６１＿１０６２ｉｎｓＣ、１０６２＿１０６３ｉｎｓＣ、１０６３＿１０６４ｉｎｓＣ、１０６４＿１０６５ｉｎｓＣ及び１０６５＿１０６６ｉｎｓＣから選択される１つ以上のさらなるＨＳＶ−１  ＴＫ変異を特定することを含む。
【００３７】
一実施形態では、本発明の方法は、１＿７４２ｄｅｌ、８＿９ｉｎｓＴ、１００Ｃ＞Ｔ、１５３Ｔ＞Ｃ、１５７Ｔ＞Ａ、２５ｄｅｌＣ、４３ｄｅｌＣ、１７５Ｇ＞Ｃ、１７６Ｇ＞Ｃ、１８１Ｇ＞Ｔ、１８６Ａ＞Ｃ、１９６Ｔ＞Ｃ、１８０ｄｅｌＧ、１８１ｄｅｌＧ、１８２ｄｅｌＧ、１８３ｄｅｌＧ、２１４Ｇ＞Ａ、２１５Ｃ＞Ｇ、２１９ｄｅｌＧ、２２０ｄｅｌＧ、２２１ｄｅｌＧ、２２２ｄｅｌＧ、２８１Ｃ＞Ｔ、２８０ｄｅｌＧ、３０２Ｔ＞Ｇ、３１４Ａ＞Ｃ、３６３＿１１２８＋２０４ｄｅｌ、３９１Ａ＞Ｃ、３９８Ａ＞Ｔ、４０９Ｇ＞Ｔ、４１１Ｃ＞Ａ、４１１Ｃ＞Ｇ、４７２Ｔ＞Ｃ、５２９Ｃ＞Ｔ、５４４Ａ＞Ｇ、５４５Ｇ＞Ａ、５４５Ｇ＞Ｃ、５４９Ｇ＞Ａ、５４９Ｇ＞Ｃ、５４９Ｇ＞Ｕ、４５０ｄｅｌＣ、４５１ｄｅｌＣ、４５２ｄｅｌＣ、４６３ｄｅｌＣ、４６４ｄｅｌＣ、４６５ｄｅｌＣ、４６６ｄｅｌＣ、４６７ｄｅｌＣ、４７０ｄｅｌＣ、４７１ｄｅｌＣ、４７２ｄｅｌＣ、５１９ｄｅｌＣ、５２０ｄｅｌＣ、５２１ｄｅｌＣ、４３３ｄｅｌＧ、４３４ｄｅｌＧ、４３５ｄｅｌＧ、４３６ｄｅｌＧ、４３７ｄｅｌＧ、４３８ｄｅｌＧ、４３９ｄｅｌＧ、４１６ｄｅｌＴ、４１７ｄｅｌＴ、４１８ｄｅｌＴ、４１９ｄｅｌＴ、４８２ｄｅｌＴ、４８３ｄｅｌＴ、４８４ｄｅｌＴ、４８５ｄｅｌＴ、４３２＿４３３ｉｎｓＧＧ、４３３＿４３４ｉｎｓＧＧ、４３４＿４３５ｉｎｓＧＧ、４３５＿４３６ｉｎｓＧＧ、４３６＿４３７ｉｎｓＧＧ、４３７＿４３８ｉｎｓＧＧ、４３８＿４３９ｉｎｓＧＧ、４３９＿４４０ｉｎｓＧＧ、６０２Ｇ＞Ａ、６４９Ｇ＞Ａ、６５８Ａ＞Ｔ、６５８Ａ＞Ｃ、６６４Ｃ＞Ｔ、６６９Ｇ＞Ａ、１１１＿１２７ｄｅｌ、３６５＿３６６ｉｎｓＴ、５５１ｄｅｌＣ、５５２ｄｅｌＣ、５５３ｄｅｌＣ、５５４ｄｅｌＣ、５５５ｄｅｌＣ、５５６ｄｅｌＣ、５５０＿５５１ｉｎｓＣ、５５１＿５５２ｉｎｓＣ、５５２＿５５３ｉｎｓＣ、５５３＿５５４ｉｎｓＣ、５５４＿５５５ｉｎｓＣ、５５５＿５５６ｉｎｓＣ、５５６＿５５７ｉｎｓＣ、５８５＿５８６ｉｎｓＣ、５８６＿５８７ｉｎｓＣ、５８７＿５８８ｉｎｓＣ、５８８＿５８９ｉｎｓＣ、５８６＿５８７ｉｎｓＣ、５８７＿５８８ｉｎｓＣ、５８８＿５８９ｉｎｓＣ、５８９＿５９０ｉｎｓＣ、５９０＿５９１ｉｎｓＣ、４３３ｄｅｌＧ、４３４ｄｅｌＧ、４３５ｄｅｌＧ、４３６ｄｅｌＧ、４３７ｄｅｌＧ、４３８ｄｅｌＧ、４３９ｄｅｌＧ４３２＿４３３ｉｎｓＧ、４３３＿４３４ｉｎｓＧ、４３４＿４３５ｉｎｓＧ、４３５＿４３６ｉｎｓＧ、４３６＿４３７ｉｎｓＧ、４３７＿４３８ｉｎｓＧ、４３８＿４３９ｉｎｓＧ、４３９＿４４０ｉｎｓＧ、４３９＿４４０ｉｎｓＧ、４４０＿４４１ｉｎｓＧ、４４１＿４４２ｉｎｓＧ、４４２＿４４３ｉｎｓＧ、６２５＿６２６ｉｎｓＴ、６２６＿６２７ｉｎｓＴ、６２７＿６２８ｉｎｓＴ、７２０Ｔ＞Ｇ、７２０Ｔ＞Ａ、７７３＿７７４ｉｎｓＧ、７７３＿７７４ｉｎｓＧ、７７４＿７７５ｉｎｓＧ、７７５＿７７６ｉｎｓＧ、５５１＿５５６ｄｅｌ、５５１ｄｅｌＣ、５５２ｄｅｌＣ、５５３ｄｅｌＣ、５５４ｄｅｌＣ、５５５ｄｅｌＣ、５８６ｄｅｌＣ、５８７ｄｅｌＣ、５８８ｄｅｌＣ、５８９ｄｅｌＣ、５９０ｄｅｌＣ、６５１＿６５４ｄｅｌ、７７９ｄｅｌＧ、７８０ｄｅｌＧ、７８１ｄｅｌＧ、７８２ｄｅｌＧ、８１４Ｃ＞Ｇ、８１５Ｇ＞Ｔ、８１４Ｃ＞Ｔ、８２０Ｇ＞Ａ、８２０Ｇ＞Ｃ、８２１Ｃ＞Ｇ、８６３Ｃ＞Ｔ、８６２＿８６３ｄｅｌ、９２１＿９２２ｉｎｓＡ、９９９＿１０００ｉｎｓＣ、１０００＿１００１ｉｎｓＣ、１００１＿１００２ｉｎｓＣ、１００２＿１００３ｉｎｓＣ、１００７Ｇ＞Ａ、８２１＿８３３ｄｅｌ、８０９ｄｅｌＣ、８１０ｄｅｌＣ、８１１ｄｅｌＣ、８１２ｄｅｌＣ、８１６ｄｅｌＣ、８１７ｄｅｌＣ、８１８ｄｅｌＣ、８１９ｄｅｌＣ、８１４＿８２６ｄｅｌ、８５６ｄｅｌＧ、９２３ｄｅｌＴ、９２４ｄｅｌＴ、９２５ｄｅｌＴ、９２６ｄｅｌＴ及び９２７ｄｅｌＴから選択される１つ以上のさらなるＨＳＶ−２  ＴＫ変異を特定することを含む。
【００３８】
一実施形態では、本発明の方法は、１＿７４２ｄｅｌ、８＿９ｉｎｓＴ、１００Ｃ＞Ｔ、１５３Ｔ＞Ｃ、１５７Ｔ＞Ａ、２５ｄｅｌＣ、４３ｄｅｌＣ、１７５Ｇ＞Ｃ、１７６Ｇ＞Ｃ、１８１Ｇ＞Ｔ、１８６Ａ＞Ｃ、１９６Ｔ＞Ｃ、１８０ｄｅｌＧ、１８１ｄｅｌＧ、１８２ｄｅｌＧ、１８３ｄｅｌＧ、２１４Ｇ＞Ａ、２１５Ｃ＞Ｇ、２１９ｄｅｌＧ、２２０ｄｅｌＧ、２２１ｄｅｌＧ、２２２ｄｅｌＧ、２８１Ｃ＞Ｔ、２８０ｄｅｌＧ、３０２Ｔ＞Ｇ、３１４Ａ＞Ｃ、３６３＿１１２８＋２０４ｄｅｌ、３９１Ａ＞Ｃ、３９８Ａ＞Ｔ、４０９Ｇ＞Ｔ、４１１Ｃ＞Ａ、４１１Ｃ＞Ｇ、４７２Ｔ＞Ｃ、５２９Ｃ＞Ｔ、５４４Ａ＞Ｇ、５４５Ｇ＞Ａ、５４５Ｇ＞Ｃ、５４９Ｇ＞Ａ、５４９Ｇ＞Ｃ、５４９Ｇ＞Ｕ、４５０ｄｅｌＣ、４５１ｄｅｌＣ、４５２ｄｅｌＣ、４６３ｄｅｌＣ、４６４ｄｅｌＣ、４６５ｄｅｌＣ、４６６ｄｅｌＣ、４６７ｄｅｌＣ、４７０ｄｅｌＣ、４７１ｄｅｌＣ、４７２ｄｅｌＣ、５１９ｄｅｌＣ、５２０ｄｅｌＣ、５２１ｄｅｌＣ、４３３ｄｅｌＧ、４３４ｄｅｌＧ、４３５ｄｅｌＧ、４３６ｄｅｌＧ、４３７ｄｅｌＧ、４３８ｄｅｌＧ、４３９ｄｅｌＧ、４１６ｄｅｌＴ、４１７ｄｅｌＴ、４１８ｄｅｌＴ、４１９ｄｅｌＴ、４８２ｄｅｌＴ、４８３ｄｅｌＴ、４８４ｄｅｌＴ、４８５ｄｅｌＴ、４３２＿４３３ｉｎｓＧＧ、４３３＿４３４ｉｎｓＧＧ、４３４＿４３５ｉｎｓＧＧ、４３５＿４３６ｉｎｓＧＧ、４３６＿４３７ｉｎｓＧＧ、４３７＿４３８ｉｎｓＧＧ、４３８＿４３９ｉｎｓＧＧ、４３９＿４４０ｉｎｓＧＧ、６０２Ｇ＞Ａ、６４９Ｇ＞Ａ、６５８Ａ＞Ｔ、６５８Ａ＞Ｃ、６６４Ｃ＞Ｔ、６６９Ｇ＞Ａ、１１１＿１２７ｄｅｌ、３６５＿３６６ｉｎｓＴ、５５１ｄｅｌＣ、５５２ｄｅｌＣ、５５３ｄｅｌＣ、５５４ｄｅｌＣ、５５５ｄｅｌＣ、５５６ｄｅｌＣ、５５０＿５５１ｉｎｓＣ、５５１＿５５２ｉｎｓＣ、５５２＿５５３ｉｎｓＣ、５５３＿５５４ｉｎｓＣ、５５４＿５５５ｉｎｓＣ、５５５＿５５６ｉｎｓＣ、５５６＿５５７ｉｎｓＣ、５８５＿５８６ｉｎｓＣ、５８６＿５８７ｉｎｓＣ、５８７＿５８８ｉｎｓＣ、５８８＿５８９ｉｎｓＣ、５８６＿５８７ｉｎｓＣ、５８７＿５８８ｉｎｓＣ、５８８＿５８９ｉｎｓＣ、５８９＿５９０ｉｎｓＣ、５９０＿５９１ｉｎｓＣ、４３３ｄｅｌＧ、４３４ｄｅｌＧ、４３５ｄｅｌＧ、４３６ｄｅｌＧ、４３７ｄｅｌＧ、４３８ｄｅｌＧ、４３９ｄｅｌＧ４３２＿４３３ｉｎｓＧ、４３３＿４３４ｉｎｓＧ、４３４＿４３５ｉｎｓＧ、４３５＿４３６ｉｎｓＧ、４３６＿４３７ｉｎｓＧ、４３７＿４３８ｉｎｓＧ、４３８＿４３９ｉｎｓＧ、４３９＿４４０ｉｎｓＧ、４３９＿４４０ｉｎｓＧ、４４０＿４４１ｉｎｓＧ、４４１＿４４２ｉｎｓＧ、４４２＿４４３ｉｎｓＧ、６２５＿６２６ｉｎｓＴ、６２６＿６２７ｉｎｓＴ、６２７＿６２８ｉｎｓＴ、７２０Ｔ＞Ｇ、７２０Ｔ＞Ａ、７７３＿７７４ｉｎｓＧ、７７３＿７７４ｉｎｓＧ、７７４＿７７５ｉｎｓＧ、７７５＿７７６ｉｎｓＧ、５５１＿５５６ｄｅｌ、５５１ｄｅｌＣ、５５２ｄｅｌＣ、５５３ｄｅｌＣ、５５４ｄｅｌＣ、５５５ｄｅｌＣ、５８６ｄｅｌＣ、５８７ｄｅｌＣ、５８８ｄｅｌＣ、５８９ｄｅｌＣ、５９０ｄｅｌＣ、６５１＿６５４ｄｅｌ、７７９ｄｅｌＧ、７８０ｄｅｌＧ、７８１ｄｅｌＧ、７８２ｄｅｌＧ、８１４Ｃ＞Ｇ、８１５Ｇ＞Ｔ、８１４Ｃ＞Ｔ、８２０Ｇ＞Ａ、８２０Ｇ＞Ｃ、８２１Ｃ＞Ｇ、８６３Ｃ＞Ｔ、８６２＿８６３ｄｅｌ、９２１＿９２２ｉｎｓＡ、９９９＿１０００ｉｎｓＣ、１０００＿１００１ｉｎｓＣ、１００１＿１００２ｉｎｓＣ、１００２＿１００３ｉｎｓＣ、１００７Ｇ＞Ａ、８２１＿８３３ｄｅｌ、８０９ｄｅｌＣ、８１０ｄｅｌＣ、８１１ｄｅｌＣ、８１２ｄｅｌＣ、８１６ｄｅｌＣ、８１７ｄｅｌＣ、８１８ｄｅｌＣ、８１９ｄｅｌＣ、８１４＿８２６ｄｅｌ、８５６ｄｅｌＧ、９２３ｄｅｌＴ、９２４ｄｅｌＴ、９２５ｄｅｌＴ、９２６ｄｅｌＴ及び９２７ｄｅｌＴから選択される１つ以上のさらなるＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異を特定することを含む。
【００３９】
一実施形態では、本発明の方法は、７４８Ｇ＞Ｃ、９１９Ｇ＞Ａ、１８８２Ｃ＞Ｔ、２０３３Ａ＞Ｇ、２０４９＿２０５６ｉｎｓＧＡＡＧＡＣ、２１７０Ｇ＞Ａ、２１７１Ｃ＞Ｔ、２１７３Ａ＞Ｇ、２１８６Ｇ＞Ａ、２１９４Ｃ＞Ａ、２３４７Ｃ＞Ａ、２３５３Ｇ＞Ａ、２４８５Ｃ＞Ａ、２５４８Ｃ＞Ａ、２７２９Ｔ＞Ｃ、２７３４Ｇ＞Ａ、２７３５Ａ＞Ｔ及び２７４４Ｃ＞Ｔから選択される１つ以上のさらなるＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異を特定することを含む。
【００４０】
好ましい実施形態では、前記１つ以上のさらなるＨＳＶ変異（例えば、さらなるＨＳＶ−１  ＴＫ変異、さらなるＨＳＶ−２  ＴＫ変異、さらなるＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異及び／又はさらなるＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異）の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を示唆する。一実施形態では、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を確認する。
【００４１】
好ましい実施形態では、前記１つ以上のさらなるＨＳＶ変異（例えば、さらなるＨＳＶ−１  ＴＫ変異、さらなるＨＳＶ−２  ＴＫ変異、さらなるＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異及び／又はさらなるＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異）の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する。一実施形態では、前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を確認する。
【００４２】
前記１つ以上のさらなるＨＳＶ変異の存在又は非存在は、本発明の（すなわち本発明のステップを構成する）方法内において又は本発明の方法とは無関係の方法で特定することができる。一実施形態では、本発明の方法は、前記１つ以上のさらなるＨＳＶ変異の存在又は非存在を特定するステップを含む。前記１つ以上のさらなるＨＳＶ変異の存在又は非存在は、以前に特定されていることができる。一実施形態では、前記１つ以上のさらなるＨＳＶ変異の存在又は非存在は、本発明の方法とは無関係の方法で特定される。
【００４３】
当業者は、本明細書に記載される、変異（例えば、ヌクレオチド変異）及び多型（例えば、ポリペプチド多型）を記載するために使用される命名法を理解する。ＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ遺伝子のヌクレオチド位置は、それぞれの遺伝子のコード配列の最初のヌクレオチドに対して番号付けされ、ここで、コード配列の最初のヌクレオチド（例えば、ＡＴＧ開始コドンの「アデニン」、すなわちＡ）は、第１位に相当する。好ましくは、ＨＳＶ−１  ＴＫのヌクレオチド位置は、配列番号１（例えば、参照配列）の最初のヌクレオチドに対して番号付けされ；ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌのヌクレオチド位置は、配列番号３（例えば、参照配列）の最初のヌクレオチドに対して番号付けされ；ＨＳＶ−２  ＴＫのヌクレオチド位置は、配列番号５（例えば、参照配列）の最初のヌクレオチドに対して番号付けされ；及び／又はＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌのヌクレオチド位置は、配列番号７（例えば、参照配列）の最初のヌクレオチドに対して番号付けされる。
【００４４】
有利には、感染症及び薬物耐性の深刻性の診断は、ＴＫ又はＤＮＡ  ｐｏｌ配列中の変異の特定によって（例えば、ＤＮＡ配列決定又はポリペプチド配列の配列決定を介して）行うことができる。本発明の診断の方法は、客観的であり、且つ高度に正確である。これは、分子技術における短期間の通例の訓練を受けた非熟練者によって実施することができる。本発明の方法は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを有する対象の感染症を診断するために使用することができる。好ましい実施形態では、前記ＨＳＶ変異の１つ以上の存在又は非存在は、対象から得られた単離された試料において特定される。
【００４５】
したがって、一態様では、対象における抗ウイルス薬耐性単純ヘルペスウイルス（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を診断するための方法であって、
ａ．前記対象から、単離された試料を得ることと；
ｂ．前記試料中の１つ以上のＨＳＶの存在又は非存在を検出することであって、前記１つ以上のＨＳＶ変異は、
ｉ．１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるチミジンキナーゼ（ＴＫ）変異；及び
ｉｉ．１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９Ｔ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０Ｔ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１Ｔ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異
から選択される、検出することと
を含み、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の存在を確認し、及び前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の非存在を示唆する、方法が提供される。
【００４６】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【００４７】
本明細書で使用される用語「診断」は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症の特定、確認及び／又は特徴付けを包含する。本発明による診断の方法は、感染症の存在を確認するのに有用である。診断の方法は、臨床スクリーニング、予後の評価、治療法の選択、治療的利益の評価のための、すなわち薬物スクリーニング及び薬物開発のための方法においても有用である。効率的な診断は、最も適切な治療の迅速な特定（したがって有害な薬物への不必要な曝露の副作用を減らすこと）及び再発率を低下させることを可能にする。
【００４８】
本明細書に記載したＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、例えば、医療機器、手術装置又は環境試料から得られるものなどの非患者試料における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの検出でも有用性がある。
【００４９】
一実施形態では、この方法は、ＨＳＶ変異（例えば、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異）のデータベースにおいて、抗ウイルス薬耐性と関連する前記ＨＳＶ変異の１つ以上の存在又は非存在を検出することを含む。適切には、前記データベースは、本明細書に記載した変異を含む。
【００５０】
好ましい実施形態では、前記データベースは、ＨＳＶ変異と関連する表現型データを含み、好ましくは、前記データは、本明細書に記載した変異を含むＨＳＶの、抗ウイルス薬に対する感受性及び／又は耐性に関するデータである。
【００５１】
別の態様では、対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の予後を決定するための方法であって、対象から得られた試料において、本明細書に記載した１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出することを含む方法が提供される。こうした態様では、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、予後不良と相関し、前記１つ以上のＨＳＶ変異の非存在は、予後良好と相関する。
【００５２】
本明細書で使用される用語「単純ヘルペスウイルス」（ＨＳＶ）は、適切には、ＨＳＶ−１とＨＳＶ−２との両方を包含する。ＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ遺伝子は、ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２を通して高度に保存され、その結果、あるウイルスにおける耐性関連の変異は、該当する位置（例えば、ポリペプチド及び／又は核酸配列の該当する位置）に存在する場合、他のウイルスにおける耐性も引き起こす可能性がある。したがって、一実施形態では、ＨＳＶは、ＨＳＶ−１である。別の実施形態では、ＨＳＶは、ＨＳＶ−２である。
【００５３】
用語「抗ウイルス薬耐性」は、ＨＳＶが、ＨＳＶ感染症を治療するために典型的に使用される抗ウイルス薬に対する耐性を示すことを意味する。用語「耐性」は、１つ以上の抗ウイルス薬に対する弱い（例えば、中程度の）耐性と強い耐性との両方を包含する。弱い（中程度の）及び／又は強い耐性の存在は、以下に記載する通りのプラーク減少アッセイを使用して決定することができる。（例えば、「抗ウイルス薬感受性のＨＳＶ」に関連して用語「感受性の」は、ＨＳＶが、ＨＳＶ感染症を治療するために典型的に使用される１つ以上の抗ウイルス薬に対して耐性でないことを意味する。
【００５４】
好ましい実施形態では、抗ウイルス薬は、ホスカルネット、シドフォビル、ペンシクロビル及びアシクロビル又はその組み合わせから選択される１つ以上のものである。
【００５５】
一実施形態では、抗ウイルス薬は、ホスカルネット、シドフォビル又はその組み合わせから選択される１つ以上のものである。
【００５６】
一実施形態では、抗ウイルス薬は、ペンシクロビル及びアシクロビル又はその組み合わせから選択される１つ以上のものである。
【００５７】
一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶは、抗ウイルス薬に対する弱い／中程度の耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶは、抗ウイルス薬に対する強い耐性を有する。
【００５８】
前記「抗ウイルス薬耐性」の評価は、付随する実施例を参照することによって実証され、実施例（例えば、実施例２）に記載されている方法論を使用して評価することができる。例えば、実施例３は、ＨＳＶに対する薬物の「ＩＣ５０」を測定するプラーク減少アッセイを説明している。
【００５９】
「抗ウイルス薬耐性」の評価は、当業者によって理解される通り、「プラーク減少アッセイ」を使用して行うことができる。プラーク減少アッセイは、例えば、参照によって本明細書に組み込まれるMbisa, Jean Lutamyo (September 2013), Antiviral Resistance Testing. In: elS. John Wiley&Sons, Ltd: Chichesterに記載されている通りに実施することができる。
【００６０】
例として、「プラーク減少アッセイ」は、
ａ．被験試料及び対照試料を規定濃度のＨＳＶと接触させることであって、被験試料及び対照試料は、非ＨＳＶ感染細胞のコンフルエントな単層（例えば、ＨＳＶ感染症が存在しない細胞のコンフルエントな単層）を含む、接触させることと；
ｂ．ステップａ．に加えて又はステップａ．に続いて、被験試料を規定濃度の抗ウイルス薬と接触させ、被験試料を抗ウイルス薬の存在下でインキュベートし、対照試料を抗ウイルス薬の非存在下でインキュベートすることと；
ｃ．被験試料中及び対照試料中のＨＳＶに感染した細胞の数を検出することと；
ｄ．対照試料中のＨＳＶに感染した細胞の数に対する、被験試料中のＨＳＶに感染した細胞の割合を算出することと；
ｅ．ステップ（ａ）〜（ｄ）を、より低い規定濃度の抗ウイルス薬を用いて、少なくとも１回（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０回）、同時に又は別々に繰り返すことと；
ｆ．抗ウイルス薬のＩＣ５０（又はＩＣ２０、ＩＣ４０、ＩＣ６０、ＩＣ８０若しくはＩＣ９０）を算出することと
を含み得る。
【００６１】
「ＩＣ５０」値は、被験試料中のＨＳＶに感染した細胞の割合を、対照試料中のＨＳＶに感染した細胞の数に対して５０％低下させるのに十分な抗ウイルス薬の濃度である。同様に、「ＩＣ２０」、「ＩＣ４０」、「ＩＣ６０」、「ＩＣ８０」及び「ＩＣ９０」値は、被験試料中のＨＳＶに感染した細胞の割合を、対照試料中のＨＳＶに感染した細胞の数に対してそれぞれ２０％、４０％、６０％、８０％又は９０％低下させるのに十分な抗ウイルス薬の濃度を意味する。
【００６２】
被験試料及び対照試料は、典型的には、ステップｂ．で少なくとも１時間（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５時間）インキュベートされる。
【００６３】
ステップｅ．の「より低い規定濃度」は、典型的には、少なくとも２倍（例えば、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５倍）低い。したがって、適切には、ステップａ．〜ｄ．が繰り返されるたびに（すなわちステップｅ．において）、薬物の規定濃度は、低下される。
【００６４】
抗ウイルス薬の特定のＩＣ５０値は、以下に概説する通り、耐性の特定のレベルと相関する。
【００６５】
したがって、一実施形態では、本発明の方法は、検出された抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの、抗ウイルス薬に対する耐性のレベル（例えば、強い耐性、弱い／中程度の耐性又は耐性／感受性なし）を決定することを含む。これは、薬物治療の適切な選択及び／又は治療に必要とされる薬物の投薬量についての情報を与えることができる。例えば、弱い耐性と相関する変異が検出される場合、より高い用量及び／又はより長いクールの治療を選択することができる。
【００６６】
用語「耐性表現型」は、本明細書に記載した変異を含むＨＳＶの、抗ウイルス薬に対する耐性のレベルを意味する。適切には、耐性表現型は、弱い（例えば、中程度の）及び強い耐性から選択される。好ましくは、前記耐性表現型は、プラーク減少アッセイを介して決定される。
【００６７】
ＨＳＶ感染細胞では、ヌクレオシド類似体薬物（例えば、アシクロビル及びペンシクロビル）は、ウイルスのチミジンキナーゼによってリン酸化され、続いて細胞のキナーゼによって活性な代謝産物（例えば、アシクロビル三リン酸及びペンシクロビル三リン酸）に転換され、これは、天然のヌクレオシド（例えば、デオキシグアノシン三リン酸）基質結合と競合することにより、ウイルスのＨＳＶポリメラーゼを競合的に阻害する。結果として、ヘルペスウイルスＤＮＡ合成及び複製は、選択的に阻害される。理論に拘泥されることを望まないが、本明細書に記載した通りの変異／多型を含むＴＫ酵素は、低下したキナーゼ活性を有し、その結果、ヌクレオシド類似体薬物（例えば、アシクロビル及びペンシクロビル）は、有効にリン酸化されず（又は少しもリン酸化されず）、活性な薬物を生じると考えられている。したがって、一実施形態では、本明細書に記載した通りのＴＫ変異／多型を含むＴＫは、低下したキナーゼ（例えば、リン酸化）活性を有する。適切には、本明細書に記載した通りのＴＫ変異／多型を含むＴＫは、ヌクレオシド類似体薬物（例えば、アシクロビル及びペンシクロビル）をリン酸化しない。ＴＫによるリン酸化を必要としない抗ウイルス薬（例えば、シドフォビル及びホスカルネット）は、ウイルスＤＮＡのポリメラーゼ活性を直接的に阻害すると考えられる。適切には、本明細書に記載した通りのＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を含むＤＮＡ  ｐｏｌは、抗ウイルス薬（例えば、シドフォビル及びホスカルネット）によって阻害されない。ドコサノール（PubChem  ＣＩＤ：１２６２０）は、ＨＳＶを治療するために使用されるさらなる抗ウイルス薬である。ヘリカーゼ−プライマーゼ阻害剤（例えば、ＨＳＶ−１の阻害剤）ＢＡＹ  ５４−６３２２（化学式：Ｃ２０Ｈ２１Ｎ３Ｏ３Ｓ２；ＩＵＰＡＣ名：Ｎ−メチル−Ｎ−［４−メチル−５−（メチルスルファモイル）−１，３−チアゾール−２−イル］−２−（４−フェニルフェニル）アセトアミド）は、ＨＳＶを治療するために使用されるさらなる抗ウイルス薬である。アメナメビル（PubChem  ＣＩＤ：１１３９７５２１；分子式：Ｃ２４Ｈ２６Ｎ４Ｏ５Ｓ）としても公知であるヘリカーゼ−プライマーゼ阻害剤（例えば、ＨＳＶ−１の阻害剤）ＡＳＰ２１５１は、ＨＳＶを治療するために使用されるさらなる抗ウイルス薬である。プリテリビル（PubChem  ＣＩＤ：４９１９４１；分子式：Ｃ１８Ｈ１８Ｎ４Ｏ３Ｓ２）としても公知であるヘリカーゼ−プライマーゼ阻害剤（例えば、ＨＳＶ−１の阻害剤）ＢＡＹ  ５７−１２９３は、ＨＳＶを治療するために使用されるさらなる抗ウイルス薬である。
【００６８】
一実施形態では、抗ウイルス薬は、アシクロビル（PubChem  ＣＩＤ：２０２２；ＣＡＳ登録番号：５９２７７−８９−３）である。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、薬物のＩＣ５０が４０μＭを超える（例えば、５０μＭ、６５μＭ、８０μＭ、９５μＭ、１１０μＭ、１２５μＭ又は１４０μＭを超える）場合、アシクロビルに対する強い耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ−１は、薬物のＩＣ５０が約３〜４０μＭ（例えば、約６．５〜４０μＭ、５〜３５μＭ、１０〜３０μＭ又は１５〜２５μＭ）である場合、アシクロビルに対する弱い（中程度の）耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ−２は、薬物のＩＣ５０が約６．５〜４０μＭ（例えば、約１０〜３０μＭ又は１５〜２５μＭ）である場合、アシクロビルに対する弱い（中程度の）耐性を有する。一実施形態では、ＨＳＶ−１は、ＩＣ５０が３μＭ未満（例えば、２．５μＭ、２μＭ、１．５μＭ、１μＭ又は０．５μＭ）である場合、アシクロビルに対して感受性（例えば、非耐性）である。一実施形態では、ＨＳＶ−２は、ＩＣ５０が６．５μＭ未満（例えば、５μＭ、４μＭ、３μＭ、２μＭ又は１μＭ未満）である場合、アシクロビルに対して感受性（例えば、非耐性）である。好ましい実施形態では、ＩＣ５０は、プラーク減少アッセイにおいて（例えば、プラーク減少アッセイを介して）決定される。
【００６９】
一実施形態では、抗ウイルス薬は、ペンシクロビル（PubChem  ＣＩＤ：４７２５；ＣＡＳ登録番号：３９８０９−２５−１）である。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、薬物のＩＣ５０が４０μＭを超える（例えば、５０μＭ、６５μＭ、８０μＭ、９５μＭ、１１０μＭ、１２５μＭ又は１４０μＭを超える）場合、ペンシクロビルに対する強い耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ−１は、薬物のＩＣ５０（例えば、プラーク減少アッセイにおいて決定される場合）が約１０〜４０μＭ（例えば、約１５〜３５μＭ又は２０〜３０μＭ）である場合、ペンシクロビルに対する弱い（例えば、中程度の）耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ−２は、薬物のＩＣ５０が約３８〜４０ｍＭ（例えば、約３９ｍＭ）である場合、ペンシクロビルに対する弱い（例えば、中程度の）耐性を有する。一実施形態では、ＨＳＶ−１は、ＩＣ５０が１０μＭ未満（例えば、８μＭ、６μＭ、４μＭ、２μＭ又は０．５μＭ未満）である場合、ペンシクロビルに対して感受性（例えば、非耐性）である。一実施形態では、ＨＳＶ−２は、ＩＣ５０が３８μＭ未満（例えば、３０μＭ、２５μＭ、２０μＭ、１５μＭ又は１０μＭ未満）である場合、ペンシクロビルに対して感受性（例えば、非耐性）である。好ましい実施形態では、ＩＣ５０は、プラーク減少アッセイにおいて（例えば、プラーク減少アッセイを介して）決定される。
【００７０】
一実施形態では、抗ウイルス薬は、ホスカルネット（PubChem  ＣＩＤ：３４１５）である。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、薬物のＩＣ５０が４００μＭを超える（例えば、４５０μＭ、５００μＭ、５５０μＭ、６００μＭ、６５０μＭ、７００μＭ又は７５０μＭを超える）場合、ホスカルネットに対する強い耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、薬物のＩＣ５０が約２５０〜４００μＭ（例えば、約２７５〜３８５μＭ、３００〜３６０μＭ又は３２５〜３３５μＭ）である場合、ホスカルネットに対する弱い耐性を有する。一実施形態では、ＨＳＶは、ＩＣ５０が２５０μＭ未満（例えば、２００μＭ、１５０μＭ、１００μＭ、５０μＭ又は１０μＭ未満）である場合、ホスカルネットに対して感受性（例えば、非耐性）である。好ましい実施形態では、ＩＣ５０は、プラーク減少アッセイにおいて（例えば、プラーク減少アッセイを介して）決定される。
【００７１】
一実施形態では、抗ウイルス薬は、シドフォビル（PubChem  ＣＩＤ：６０６１３；ＣＡＳ登録番号：１１３８５２−３７−２）である。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、薬物のＩＣ５０が３０μＭを超える（例えば、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ又は１００μＭを超える）場合、シドフォビルに対する強い耐性を有する。一実施形態では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、薬物のＩＣ５０が約２４〜３０μＭ（例えば、約２５〜２９μＭ又は２６〜２８μＭ）である場合、シドフォビルに対する弱い耐性を有する。一実施形態では、ＨＳＶは、ＩＣ５０が２４μＭ未満（例えば、２０μＭ、１５μＭ、１０μＭ、５μＭ又は１μＭ未満）である場合、シドフォビルに対して感受性（例えば、非耐性）である。好ましい実施形態では、ＩＣ５０は、プラーク減少アッセイにおいて（例えば、プラーク減少アッセイを介して）決定される。
【００７２】
好ましい実施形態では、本明細書に記載したＴＫ変異の存在を特定することは、アシクロビル及び／又はペンシクロビル薬物耐性ＨＳＶの存在を確認する。適切には、本明細書に記載したＴＫ変異の非存在を特定することは、アシクロビル及び／又はペンシクロビル薬物耐性ＨＳＶの非存在を示唆する。別の好ましい実施形態では、本明細書に記載したＤＮＡ  ｐｏｌ変異の存在を特定することは、アシクロビル、ペンシクロビル、ホスカルネット及び／又はシドフォビル耐性ＨＳＶの存在を確認する。適切には、本明細書に記載したＤＮＡ  ｐｏｌ変異の非存在を特定することは、アシクロビル、ペンシクロビル、ホスカルネット及び／又はシドフォビル耐性ＨＳＶの非存在を示唆する。
【００７３】
用語「対象」、「個人」及び「患者」は、哺乳類対象を指すために本明細書で互換的に使用される。一実施形態では、「対象」は、ヒト、伴侶動物（例えば、イヌ、ネコ及びウサギなどのペット）、家畜（例えば、ブタ、ヒツジ、ウシ及びヤギ）及びウマである。好ましい実施形態では、対象は、ヒトである。適切には、対象（例えば、ヒト）は、免疫不全である。免疫不全の対象は、妊娠中の対象、他の感染症を含む対象（例えば、ＨＩＶ又は髄膜炎菌感染症）又は血液−腫瘍患者（例えば、骨髄移植療法を受けている）であり得る。適切には、対象は、骨髄移植療法を受けているヒトである。本発明の方法では、対象は、ＨＳＶ感染症を有すると以前に診断されていない可能性がある。代わりに、対象は、ＨＳＶ感染症を有すると以前に診断されている可能性がある。対象は、疾患の危険因子を呈する対象又はＨＳＶ感染症について無症状である対象でもあり得る。対象は、ＨＳＶ感染症を患っている対象又はＨＳＶ感染症を発症するリスクがある対象でもあり得る。したがって、一実施形態では、本発明の方法は、対象におけるＨＳＶ感染症（例えば、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症）の存在を確認するために使用することができる。例えば、対象は、対象が呈する症状の分析を通してＡＳＤと以前に診断されている可能性がある。一実施形態では、対象は、抗ウイルス薬を以前に投与されている。
【００７４】
（例えば、１つ以上のＨＳＶ変異の）「特定する」ステップは、手作業で、例えば核酸及び／又はポリペプチド配列を解析することによって実施することができる。特定するステップは、当技術分野で公知の任意の好適な方法を使用して実施することもできる。変異は、核酸配列又はポリペプチド配列内で特定することができる。一実施形態では、（例えば、ＰＣＲ断片／アンプリコンの）ＤＮＡ配列決定を使用することができる。一実施形態では、ＴＫ配列又はその断片は、増幅される。一実施形態では、ＤＮＡ  ｐｏｌ配列又はその断片は、増幅される。前記断片は、あらゆる長さのものであり得、適切には、前記変異の１つ以上が存在する（且つ任意選択的に３’及び／又は５’非翻訳領域を含む）遺伝子の領域を包含する。したがって、一実施形態では、ＴＫ断片（例えば、アンプリコン）は、少なくとも約０．１キロベース（ｋｂ）、０．２ｋｂ、０．３ｋｂ、０．４ｋｂ、０．５ｋｂ、０．６ｋｂ、０．７ｋｂ、０．８ｋｂ、０．９ｋｂ、１ｋｂ、１．１ｋｂ又は１．２ｋｂを含む。一実施形態では、ＤＮＡ  ｐｏｌ断片（例えば、アンプリコン）は、少なくとも約０．１キロベース（ｋｂ）、０．２ｋｂ、０．３ｋｂ、０．４ｋｂ、０．５ｋｂ、０．６ｋｂ、０．７ｋｂ、０．８ｋｂ、０．９ｋｂ、１ｋｂ、１．１ｋｂ、１．２ｋｂ又は１．３ｋｂを含む。
【００７５】
別の実施形態では、特定するステップは、（例えば、ＰＣＲ検出に使用するための）１つ以上のＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異に特異的な核酸プローブを利用する。一実施形態では、特定するステップは、（例えば、本明細書に記載した変異に起因するポリペプチド配列における多型を検出するための）質量分析によって実施される。別の実施形態では、特定するステップは、イムノアッセイを介して実施される。前記イムノアッセイは、本明細書に記載した多型を含む１つ以上の変異タンパク質に結合する１つ以上の抗体の使用を用いることができる。したがって、一態様では、本明細書に記載した１つ以上のＨＳＶ変異／多型を検出するのに使用するための抗体組成物が提供される。別の態様では、対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の診断に使用するための抗体組成物が提供され、ここで、前記抗体組成物は、本明細書に記載した多型を含む１つ以上の変異タンパク質と結合する。別の実施形態では、検出するステップは、ウエスタンブロット又は酵素活性アッセイによって実施される。本発明の方法は、本発明又はその一部のキットの使用を含むことができる。例えば、この方法は、本明細書に記載した試薬（好ましくは核酸ＰＣＲプライマー）の使用を含むことができる。
【００７６】
本発明の方法又は使用は、本明細書に記載した変異を含むＨＳＶの検出を包含することができる。本発明の方法又は使用は、本明細書に記載した通りの変異を含むＨＳＶがないことを検出することも包含し得る。
【００７７】
本発明の方法は、好ましくは、アルゴリズム又は他のデータに基づく組み合わせ手法の使用を含む。一実施形態では、特定された変異（例えば、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異）が（例えば、本発明の一態様において提供することができるコンピュータソフトウェアプログラムの一部としての）アルゴリズムに入力され、前記アルゴリズムは、好ましくは、その変異が抗ウイルス薬耐性に関連するかどうかを示すことにより、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが存在するかどうかを示す。好ましい実施形態では、前記アルゴリズムは、前記変異が抗ウイルス薬に対する弱い／中程度の又は強い耐性を与えるかどうかをさらに示す。
【００７８】
一実施形態では、アルゴリズムは、１つ以上のＨＳＶ変異を含むデータベースと連係する。好ましい実施形態では、前記データベースは、１つ以上のＨＳＶ変異と関連付けられた表現型データをさらに含み、好ましくは、前記データは、抗ウイルス薬感受性／耐性に関するデータである。一実施形態では、アルゴリズムは、出力として、１つ以上のＨＳＶ変異と関連する耐性のレベル（例えば、大きさ）を提供し、ここで、前記耐性のレベルは、弱い／中程度の耐性、強い耐性及び感受性（例えば、１つ以上の抗ウイルス薬に対して耐性でない）の１つ以上から選択される。
【００７９】
一態様では、本発明のアルゴリズム又は診断方法を提供するように適合されたソフトウェアが提供される。本発明は、前記ソフトウェア、アルゴリズム及び／又は診断方法を提供するように適合されたプロセッサにも及ぶ。
【００８０】
当業者は、（本明細書に記載したアルゴリズムのいずれか１つを含めて）あらゆる好適なアルゴリズムを使用できることを理解するであろう。一実施形態では、アルゴリズムは、解釈アルゴリズムである。一実施形態では、アルゴリズムは、機械学習アルゴリズムである。一実施形態では、アルゴリズムは、ランダムフォレスト、ロジスティック回帰、集合分類、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般線形モデル（ＧＬＭ）及びＧＬＭＮＥＴから選択される１つ以上のものである。
【００８１】
一実施形態では、本発明の方法の「特定する」（例えば、特定）ステップは、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の存在又は非存在を診断するために（又は抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出するために）構成された診断アルゴリズムを使用することを含み、任意選択的に、診断アルゴリズムは、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶに存在する変異に対して訓練される。いくつかの実施形態では、アルゴリズムは、変異と関連する耐性のレベル（例えば、抗ウイルス薬に対する弱い又は強い耐性）を予測／提供する。好ましくは、アルゴリズムは、前記変異の１つ以上についての対応する耐性表現型に対して訓練される。前記実施形態は、予後を決定するための方法などの他の方法に適用され得る。
【００８２】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを治療するのに適した治療法を特定し、且つ抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症の治療法の有効性をモニタリングするための同様の方法も提供される。
【００８３】
抗ウイルス薬耐性ＨＳＶのための治療法を特定するための方法に関連する実施形態では、候補となる治療薬は、被験試料における前記１つ以上の変異を含む前記ＨＳＶのウイルス量が、対照試料（ここで、対照は、抗ウイルス薬の非存在下でインキュベートされる）における前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量よりも低い場合、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症を治療するのに適していると特定され；及び／又は前記候補となる治療法は、被験試料における前記１つ以上の変異を含む前記ＨＳＶのウイルス量が、対照試料（ここで、対照は、抗ウイルス薬の非存在下でインキュベートされる）における前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量と同じである（又はより大きい）場合、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症を治療するのに適していないと特定される。
【００８４】
本発明で使用するための「試料」は、ＨＳＶ（例えば、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ）又はその断片を含む可能性があるあらゆる試料である。適切には、前記試料は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を有することが疑われる対象から単離することができる。いくつかの実施形態では、試料は、ＨＳＶ感染症を有すると診断された対象から単離される。適切には、試料は、病変部、病変部から単離された体液、血液、尿、眼液、リンパ液、唾液、滑液、精液、脳脊髄液、皮脂腺分泌物及び／又は痰の１つ以上から選択され得る。一実施形態では、試料は、好適なウイルス輸送用培地（例えば、CopanからのUniversal Transport Medium）中に任意選択的に懸濁させたウイルス懸濁液である。一実施形態では、試料は、手術又は他の医療機器から得られる。一実施形態では、試料は、環境試料（例えば、水、土壌及び／又は堆積物）である。
【００８５】
好ましくは、試料は、病変部（例えば、疱疹性の病変部）又はその断片である。用語「病変部」は、ＨＳＶ感染症を有するか又は有することが疑われる対象に存在する組織及び／又は器官のあらゆる異常を包含する。適切には、試料は、病変部から単離される体液である。
【００８６】
本発明の方法において病変部又はその断片を使用することの重要な利点は、これらの試料が、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を有することが疑われる対象から容易に得ることができ、また最小限に侵襲的な技術を使用して（例えば、病変部をスワブ又は他の収集装置で触れることによって）得られることである。
【００８７】
一実施形態では、試料は、本明細書に記載した通りの変異を含むＨＳＶの存在又は非存在を検出する前に、試料からＨＳＶを単離するために処理することができる。好ましい実施形態では、ＨＳＶは、本発明の方法の検出ステップ前に試料から培養される。別の実施形態では、ウイルスゲノム又はその断片が最初に増幅され、続いて（例えば、制限酵素を介して又は相同組換えによって）好適なベクターに挿入（例えば、連結）される。この組換えベクターを遺伝子導入によって細胞に導入して、組換えＨＳＶを産生することができる。
【００８８】
一実施形態では、試料は、組換え（例えば、インビトロ組換え）ＨＳＶを含む。適切には、組換えＨＳＶは、本明細書に記載した１つ以上の変異／多型（例えば、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型）を含む。
【００８９】
一態様では、（ｉ）１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異；及び（ｉｉ）１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択される変異を含む組換え（例えば、インビトロ組換え）ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）又はその断片が提供される。
【００９０】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【００９１】
本明細書で使用する場合、用語「変異」は、好ましくは、参照配列に対する核酸のあらゆる変化を指す。適切には、変異は、それによってコードされるＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチドと抗ウイルス薬との相互作用を低下させる（例えば、防止する）。用語「多型」は、好ましくは、参照配列に対するポリペプチド配列のあらゆる変化を指す。適切には、多型は、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌと抗ウイルス薬との相互作用を低下させる（例えば、防止する）。
【００９２】
一実施形態では、変異は、一塩基多型（ＳＮＰ）である。
【００９３】
一実施形態では、ＴＫ  ＳＮＰは、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）及び９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）から選択される。一実施形態では、ＤＮＡ  ｐｏｌ  ＳＮＰは、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）から選択される。一実施形態では、ＴＫ  ＳＮＰは、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）及び９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）から選択され；及びＤＮＡ  ｐｏｌ  ＳＮＰは、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）から選択される。好ましい実施形態では、ＴＫ  ＳＮＰは、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）及び９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）から選択される。当業者は、記号「＞」が、言及された第１のヌクレオチドが、言及された第２のヌクレオチドと／で、言及された位置で置換されることを意味することを理解する。例えば、置換変異が１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）である場合、これは、ＴＫ核酸配列の第１００位（ヌクレオチド番号１００）のシトシン（「Ｃ」）がチミン（「Ｔ」）で置換されることを意味する。
【００９４】
一実施形態では、変異は、（例えば、１つ以上のヌクレオチドの）挿入である。
【００９５】
一実施形態では、ＴＫ挿入は、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）である。一実施形態では、ＤＮＡ  ｐｏｌ挿入は、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０Ｔ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１Ｔ（ＨＳＶ−２）（好ましくは２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び／又は２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１））から選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＴＫ挿入は、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）であり；及びＤＮＡ  ｐｏｌ挿入は、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）（好ましくは２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び／又は２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１））から選択される１つ以上のものである。当業者は、挿入変異に関連して本明細書で使用される記号「ｉｎｓ」が、ヌクレオチドが、言及された位置間のＴＫ／ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸配列内に挿入されることを意味することを理解する。例えば、ＴＫ挿入変異が４３７＿４３８ｉｎｓＡである場合、これは、ヌクレオチドアデニン（「Ａ」）がＴＫ核酸配列の第４３７位の後に挿入されている（前記「Ａ」は、次に、変異した核酸配列の第４３８位を占める）ことを意味する。
【００９６】
一実施形態では、変異は、（例えば、１つ以上のヌクレオチドの）欠失である。
【００９７】
一実施形態では、ＴＫ欠失は、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２９０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）（好ましくは１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び／又は８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１））から選択される。当業者は、欠失多型に関連して本明細書で使用される記号「ｄｅｌ」が、ヌクレオチドが、言及された位置でＴＫ／ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸配列から欠失されることを意味することを理解する。例えば、欠失変異が１６９ｄｅｌＣである場合、これは、シトシン（「Ｃ」）塩基がＴＫ核酸配列の第１６９位から欠失されていることを意味する。
【００９８】
一実施形態では、変異は、終止コドン（例えば、早期終止コドン）をもたらす。
【００９９】
一実施形態では、終止コドンをもたらすＴＫ変異は、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）及び４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）及び／又は４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２））から選択される。一実施形態では、終止コドン（例えば、早期終止コドン）をもたらすＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴから選択される。一実施形態では、終止コドンをもたらすＴＫ変異は、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）及び４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）及び／又は４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２））から選択され；及び終止コドンをもたらすＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１００】
一実施形態では、変異は、ＴＫ又はＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチド配列における置換多型（例えば、アミノ酸置換）をもたらす。
【０１０１】
一実施形態では、置換多型をもたらすＴＫ変異は、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）及び９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）及び／又は９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）から選択される。一実施形態では、置換多型をもたらすＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）及び／又は２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１））から選択される。一実施形態では、置換多型をもたらすＴＫ変異は、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）及び９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）及び／又は９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）から選択され；及び置換多型をもたらすＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）及び２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）（好ましくは１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）及び／又は２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１））から選択される。
【０１０２】
一実施形態では、変異は、（例えば、コード配列の残部における）フレームシフトをもたらす。一実施形態では、フレームシフトをもたらすＴＫ変異は、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１））から選択される。一実施形態では、フレームシフトをもたらすＴＫ変異は、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１０３】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ変異は、１００Ｃ＞Ｔ、３７３Ｃ＞Ｔ、１４６Ｔ＞Ｇ、２５３Ａ＞Ｃ、３６３Ｇ＞Ａ、４９７Ｔ＞Ａ、７１５Ｔ＞Ｃ、９３５Ｔ＞Ｃ、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、１６９ｄｅｌＣ、１７０ｄｅｌＣ、１７１ｄｅｌＣ、１７２ｄｅｌＣ、８８１ｄｅｌＣ、８８２ｄｅｌＣ、８８３ｄｅｌＣ、８８４ｄｅｌＣ及び８８５ｄｅｌＣ（好ましくは１００Ｃ＞Ｔ、３７３Ｃ＞Ｔ、１４６Ｔ＞Ｇ、３６３Ｇ＞Ａ、４９７Ｔ＞Ａ、７１５Ｔ＞Ｃ、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、１６９ｄｅｌＣ、１７０ｄｅｌＣ、１７１ｄｅｌＣ、１７２ｄｅｌＣ、８８１ｄｅｌＣ、８８２ｄｅｌＣ、８８３ｄｅｌＣ、８８４ｄｅｌＣ及び／又は８８５ｄｅｌＣ）から選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ変異は、１００Ｃ＞Ｔ、１４６Ｔ＞Ｇ、３６３Ｇ＞Ａ、３７３Ｃ＞Ｔ、４９７Ｔ＞Ａ、７１５Ｔ＞Ｃ、１６９ｄｅｌＣ、１７０ｄｅｌＣ、１７１ｄｅｌＣ、１７２ｄｅｌＣ、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、８８１ｄｅｌＣ、８８２ｄｅｌＣ、８８３ｄｅｌＣ、８８４ｄｅｌＣ及び８８５ｄｅｌＣから選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ変異は、１４６Ｔ＞Ｇ、４９７Ｔ＞Ａ、１６９ｄｅｌＣ、１７０ｄｅｌＣ、１７１ｄｅｌＣ、１７２ｄｅｌＣ、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、８８１ｄｅｌＣ、８８２ｄｅｌＣ、８８３ｄｅｌＣ、８８４ｄｅｌＣ及び８８５ｄｅｌＣから選択される１つ以上のものである。
【０１０４】
一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＴＫ変異は、２６８Ｃ＞Ｔ、３７６Ｃ＞Ｔ、２５０Ｇ＞Ａ、２５６Ａ＞Ｃ、３６６Ｇ＞Ａ、５００Ｔ＞Ａ、５５８Ｇ＞Ｔ、７１８Ｔ＞Ｃ、９３８Ｔ＞Ｃ、２７６ｄｅｌＧ、２７８ｄｅｌＧ、２７９ｄｅｌＧ、２８０ｄｅｌＧ、４５８ｄｅｌＣ、４５９ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ及び４６１ｄｅｌＣ（好ましくは２６８Ｃ＞Ｔ、２５０Ｇ＞Ａ、５５８Ｇ＞Ｔ、９３８Ｔ＞Ｃ、４５８ｄｅｌＣ、４５９ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ及び／又は４６１ｄｅｌＣ）から選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＴＫ変異は、２５０Ｇ＞Ａ、２５６Ａ＞Ｃ、２６８Ｃ＞Ｔ、５５８Ｇ＞Ｔ、９３８Ｔ＞Ｃ、１０９４Ｃ＞Ｔ、２７６ｄｅｌＧ、２７８ｄｅｌＧ、２７９ｄｅｌＧ、２８０ｄｅｌＧ、４５８ｄｅｌＣ、４５９ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ及び４６１ｄｅｌＣ（好ましくは２５０Ｇ＞Ａ、２６８Ｃ＞Ｔ、５５８Ｇ＞Ｔ、９３８Ｔ＞Ｃ、４５８ｄｅｌＣ、４５９ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ及び／又は４６１ｄｅｌＣ）から選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＴＫ変異は、２５６Ａ＞Ｃ、５５８Ｇ＞Ｔ、９３８Ｔ＞Ｃ、１０９４Ｃ＞Ｔ、２７６ｄｅｌＧ、２７８ｄｅｌＧ及び２７９ｄｅｌＧ（好ましくは５５８Ｇ＞Ｔ及び／又は９３８Ｔ＞Ｃ）から選択される１つ以上のものである。
【０１０５】
一実施形態では、ＴＫ変異は、１００Ｃ＞Ｔ、３７３Ｃ＞Ｔ、１４６Ｔ＞Ｇ、２５３Ａ＞Ｃ、３６３Ｇ＞Ａ、４９７Ｔ＞Ａ、７１５Ｔ＞Ｃ、９３５Ｔ＞Ｃ、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、１６９ｄｅｌＣ、１７０ｄｅｌＣ、１７１ｄｅｌＣ、１７２ｄｅｌＣ、８８１ｄｅｌＣ、８８２ｄｅｌＣ、８８３ｄｅｌＣ、８８４ｄｅｌＣ及び８８５ｄｅｌＣ（好ましくは１００Ｃ＞Ｔ、３７３Ｃ＞Ｔ、１４６Ｔ＞Ｇ、３６３Ｇ＞Ａ、４９７Ｔ＞Ａ、７１５Ｔ＞Ｃ、４３７＿４３８ｉｎｓＡ、１６９ｄｅｌＣ、１７０ｄｅｌＣ、１７１ｄｅｌＣ、１７２ｄｅｌＣ、８８１ｄｅｌＣ、８８２ｄｅｌＣ、８８３ｄｅｌＣ、８８４ｄｅｌＣ及び／又は８８５ｄｅｌＣ）から選択される１つ以上のものであり（ここで、ＨＳＶは、ＨＳＶ−１である）、ＴＫ変異は、２６８Ｃ＞Ｔ、３７６Ｃ＞Ｔ、２５０Ｇ＞Ａ、２５６Ａ＞Ｃ、３６６Ｇ＞Ａ、５００Ｔ＞Ａ、５５８Ｇ＞Ｔ、７１８Ｔ＞Ｃ、９３８Ｔ＞Ｃ、２７６ｄｅｌＧ、２７８ｄｅｌＧ、２７９ｄｅｌＧ、２８０ｄｅｌＧ、４５８ｄｅｌＣ、４５９ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ及び４６１ｄｅｌＣ（好ましくは２６８Ｃ＞Ｔ、２５０Ｇ＞Ａ、５５８Ｇ＞Ｔ、９３８Ｔ＞Ｃ、４５８ｄｅｌＣ、４５９ｄｅｌＣ、４６０ｄｅｌＣ及び／又は４６１ｄｅｌＣ）から選択される１つ以上のものである（ここで、ＨＳＶは、ＨＳＶ−２である）。
【０１０６】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８７９Ｃ＞Ｇ、２４０５Ｔ＞Ｇ、２５００Ｇ＞Ｔ、２５１５Ａ＞Ｇ、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（好ましくは２４０５Ｔ＞Ｇ、２５００Ｇ＞Ｔ、２５１５Ａ＞Ｇ、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ及び／又は２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ）から選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、２４０５Ｔ＞Ｇ、２５００Ｇ＞Ｔ、２５１５Ａ＞Ｇ、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴから選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、２５００Ｇ＞Ｔ、２５１５Ａ＞Ｇ、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴから選択される１つ以上のものである。
【０１０７】
一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ、２４２０Ｔ＞Ｇ、２５１５Ｇ＞Ｔ、２５３０Ａ＞Ｇ、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（好ましくは１８８２Ｃ＞Ｇ）から選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、２４２０Ｔ＞Ｇ、２５１５Ｇ＞Ｔ、２５３０Ａ＞Ｇ、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ、２９１０＿２９１１ｉｎｓＴから選択される１つ以上のものである。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８８２Ｃ＞Ｇである。
【０１０８】
一実施形態では、ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８７９Ｃ＞Ｇ、２４０５Ｔ＞Ｇ、２５００Ｇ＞Ｔ、２５１５Ａ＞Ｇ、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ、好ましくは、２４０５Ｔ＞Ｇ、２５００Ｇ＞Ｔ、２５１５Ａ＞Ｇ、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ及び／又は２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ）から選択される１つ以上のものであり（ここで、ＨＳＶは、ＨＳＶ−１である）、ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ、２４２０Ｔ＞Ｇ、２５１５Ｇ＞Ｔ、２５３０Ａ＞Ｇ、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（好ましくは１８８２Ｃ＞Ｇ）から選択される１つ以上のものである（ここで、ＨＳＶは、ＨＳＶ−２である）。
【０１０９】
前記１つ以上の変異を含むＨＳＶは、改変されたＨＳＶと称することができ、参照（野生型）ＨＳＶ配列に対して改変された核酸及び／又はアミノ酸配列を有する。
【０１１０】
好ましい実施形態では、本明細書に記載した変異の１つ以上（好ましくはすべて）は、参照（例えば、野生型）ＨＳＶ配列中に存在しない。好ましくは、参照配列を含むＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１又はＨＳＶ−２）は、本明細書に記載した通りの抗ウイルス薬に対して耐性でない。好ましい参照ＨＳＶ配列の核酸及びポリペプチド配列は、公的に利用可能である。一実施形態では、参照ＨＳＶ−１配列（例えば、公的に利用可能な配列）は、GenBank上において受入番号ＪＮ５５５５８５．１でアクセスできる。このＨＳＶ−１配列のＴＫ核酸配列、ＴＫポリペプチド配列、ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸配列及びＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチド配列は、それぞれ配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４に対応する。一実施形態では、参照ＨＳＶ−２配列（例えば、公的に利用可能な配列）は、GenBank上において受入番号ＪＮ５６１３２３．２でアクセスできる。このＨＳＶ−２配列のＴＫ核酸配列、ＴＫポリペプチド配列、ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸配列及びＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチド配列は、それぞれ配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８に対応する。
【０１１１】
一実施形態では、参照ＨＳＶ−１  ＴＫ核酸は、配列番号１の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−１  ＴＫポリペプチドは、配列番号２の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸は、配列番号３の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチドは、配列番号４の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−２  ＴＫ核酸は、配列番号５の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−２  ＴＫポリペプチドは、配列番号６の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸は、配列番号７の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。一実施形態では、参照ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチドは、配列番号８の配列又はそれと少なくとも９０％の配列同一性、適切にはそれと少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列を含む（又はこれらの配列からなる）。
【０１１２】
参照ＨＳＶ−１  ＴＫポリペプチドは、Ｇ８ＨＢＤ６、Ｃ０Ｌ３０７、Ｃ０Ｌ３０９、Ａ０Ａ０Ｕ２ＵＺＫ２、Ｉ２ＦＥＹ２、Ｃ０Ｌ３０８、Ｋ４ＪＲ１２及びＣ０Ｌ３１４から選択される、ＵｎｉＰｒｏｔ受入番号で得ることができる配列を含むことができる。参照ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチドは、Ｇ８ＨＢＥ４、Ｅ１Ｂ１Ｕ３、Ｐ０４２９３、Ｉ１ＹＡＤ１、Ｉ１ＹＡＣ１、Ｉ１ＹＡ９８、Ａ０Ａ１Ｃ３Ｋ９９６及びＥ１Ｂ１Ｙ８から選択される、ＵｎｉＰｒｏｔ受入番号で得ることができる配列を含むことができる。参照ＨＳＶ−２  ＴＫポリペプチドは、Ｐ８９４４６、Ｑ６Ｌ７０９、Ｅ１Ｂ１Ｒ４、Ｅ１Ｂ１Ｙ２、Ａ０Ａ０Ｂ４ＷＷ６９、Ａ０Ａ０Ｋ０ＫＮＤ３、Ｅ１Ｂ１Ｙ１及びＡ０Ａ０Ｂ４ＷＵＶ０から選択される、ＵｎｉＰｒｏｔ受入番号で得ることができる配列を含むことができる。参照ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチドは、Ｐ８９４５３、Ｅ１Ｂ１Ｗ８、Ｅ１Ｂ２０２、Ｅ１Ｂ１Ｘ６、Ｅ１Ｂ２１２、Ａ０Ａ１Ｕ９ＺＭＰ４、Ａ０Ａ１Ｕ９ＺＬＷ２、Ｉ１ＹＡＧ２及びＡ０Ａ０Ｋ０ＫＮＢ４から選択される、ＵｎｉＰｒｏｔ受入番号で得ることができる配列を含むことができる。
【０１１３】
参照ＨＳＶ配列は、本発明の（すなわち本発明のステップを構成する）方法内において又は本発明の方法とは無関係の方法で得ることができる。一実施形態では、本発明の方法は、参照ＨＳＶ配列を得るステップを含み、好ましくは、参照ＨＳＶ配列は、本明細書に記載した抗ウイルス薬に対して耐性でないＨＳＶの配列である。一実施形態では、参照ＨＳＶ配列は、本発明の方法とは無関係の方法で得られ、本発明の検出及び／又は特定ステップ中に利用される。
【０１１４】
一実施形態では、本明細書に記載したＴＫ変異に関連して使用される場合の用語「少なくとも１つの」は、ＴＫ多型の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１０、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２個又はすべてを意味する。一実施形態では、本明細書に記載したＤＮＡ  ｐｏｌ変異に関連して使用される場合の用語「少なくとも１つの」は、ＤＮＡ  ｐｏｌ変異の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１０個又はすべてを意味する。
【０１１５】
本明細書に記載した通りの抗ウイルス薬耐性をもたらす変異は、抗ウイルス薬耐性をもたらさない「抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異」（例えば、「非抗ウイルス薬耐性関連の変異」又は「非抗ウイルス薬耐性関連の多型」）と異なる。ＨＳＶは、多数の「抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異」を含むことができ、その多くは、自然に発生し、ＨＳＶポリペプチドの構造及び／又は機能を変えない。本発明者らは、いくつかの「天然の」変異、すなわち非抗ウイルス薬耐性関連の変異を特定した。さらに、本発明者らは、前記「抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異」の１つ以上を含むＨＳＶの表現型、すなわち抗ウイルス薬に対する感受性を解明した。本明細書に記載した通りの「抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異」は、抗ウイルス薬に対する耐性をもたらさないものである。有利には、こうした「天然の」多型の検出により、耐性関連の変異の解釈（例えば、耐性関連の変異のデータベースの解釈及びその検出のためのアルゴリズム）の頑健性が増大する。有利には、こうした「天然の」多型を提供することにより、本発明は、抗ウイルス薬耐性の偽陽性検出の問題を回避する。
【０１１６】
ＨＳＶ−１のＴＫ配列中の、抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異（対応する／得られるアミノ酸置換がカッコ内に示される）は、１１０Ｃ＞Ｔ（Ａ３７Ｖ）、２０５Ｃ＞Ａ（Ｌ６９Ｍ）、１０７２Ａ＞Ｃ又は１０７２Ａ＞Ｔ（Ｉ３５８Ｌ）、５７４Ｇ＞Ａ（Ａ１９２Ｔ）、７６６Ｃ＞Ｔ（Ｒ２５６Ｗ）から選択される１つ以上のものであり得る。
【０１１７】
ＨＳＶ−２のＴＫ配列中の、抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異（対応する／得られるアミノ酸置換がカッコ内に示される）は、１００Ｃ＞Ｔ（Ｒ３４Ｃ）、３７３Ｇ＞Ａ（Ａ１２５Ｔ）、６３９Ａ＞Ｃ若しくは６３９Ａ＞Ｔ（Ｅ２１３Ｄ）又は１０９４Ｔ＞Ｃ（Ｌ３６５Ｐ）（好ましくは３７３Ｇ＞Ａ、６３９Ａ＞Ｃ若しくは６３９Ａ＞Ｔ又は１０９４Ｔ＞Ｃ）から選択される１つ以上のものであり得る。
【０１１８】
ＨＳＶ−１のＤＮＡ  ｐｏｌ配列中の、抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異（対応する／得られるアミノ酸置換がカッコ内に示される）は、６４Ｇ＞Ａ（Ｇ２２Ｒ）、１６０Ａ＞Ｇ（Ｔ５４Ａ）、２４８Ａ＞Ｃ（Ｄ８３Ａ）、３６１Ｇ＞Ａ（Ｇ１２１Ｓ）、４１５Ｇ＞Ａ又は４１５Ｇ＞Ｃ（Ｇ１３９Ｒ）、７１６Ｃ＞Ｔ（Ｓ２３９Ｌ）、１２５５Ｃ＞Ａ（Ｌ４１９Ｉ）、２０３９Ａ＞Ｃ（Ｅ６８０Ａ）、２０４２Ｇ＞Ａ（Ｒ６８１Ｑ）、２２４９Ａ＞Ｃ（Ｋ７５０Ｔ）、２５４８Ｇ＞Ｃ（Ｅ８５０Ｑ）、２７３２Ｇ＞Ａ（Ｓ９１１Ｎ）、２７４１Ｃ＞Ｔ（Ｓ９１４Ｌ）、２９１５Ｃ＞Ｔ（Ａ９７２Ｖ）、２９５４Ｇ＞Ａ（Ｇ９８５Ｅ）、２９７４Ｇ＞Ａ（Ｅ９９２Ｋ）、２９７７Ｃ＞Ｔ（Ｒ９９３Ｃ）、３１３７Ａ＞Ｃ（Ｎ１０４６Ｔ）、３３４３Ｇ＞Ａ（Ａ１１１５Ｔ）、３３５９Ａ＞Ｃ（Ｅ１１２０Ａ）、３５０５Ｇ＞Ａ（Ａ１１６９Ｔ）及び３５９５Ｃ＞Ａ（Ｐ１１９９Ｔ）から選択される１つ以上のものであり得る。
【０１１９】
ＨＳＶ−２のＤＮＡ  ｐｏｌ配列中の、抗ウイルス薬耐性とは関連しない変異（対応する／得られるアミノ酸置換がカッコ内に示される）は、５２０Ｇ＞Ｔ（Ｄ１７４Ｙ）、１３３９Ａ＞Ｃ又は１３３９Ａ＞Ｔ（Ｍ４４７Ｌ）、１４８１Ｔ＞Ｃ（Ｍ４９４Ｔ）、２１４１Ａ＞Ｇ（Ｈ７１４Ｒ）、２２８１Ｇ＞Ａ（Ｅ７６１Ｋ）、２３２３Ｃ＞Ｔ（Ｒ７７５Ｃ）、２３２５Ｃ＞Ｇ（Ｒ７７５Ｗ）及び２３２６Ｇ＞Ｃ（Ｅ７７６Ｑ）から選択される１つ以上のものであり得る。
【０１２０】
代わりに又はさらに（好ましくはさらに）、本発明の方法は、
ａ．１１０Ｃ＞Ｔ、２０５Ｃ＞Ａ、１０７２Ａ＞Ｃ、１０７２Ａ＞Ｔ、５７４Ｇ＞Ａ及び７６６Ｃ＞Ｔから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＴＫ変異（例えば、天然の変異）を特定すること；
ｂ．１００Ｃ＞Ｔ、３７３Ｇ＞Ａ、６３９Ａ＞Ｃ又は６３９Ａ＞Ｔ及び１０９４Ｔ＞Ｃ（好ましくは３７３Ｇ＞Ａ、６３９Ａ＞Ｃ若しくは６３９Ａ＞Ｔ又は１０９４Ｔ＞Ｃ）から選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＴＫ変異（例えば、天然の変異）を特定すること；
ｃ．６４Ｇ＞Ａ、１６０Ａ＞Ｇ、２４８Ａ＞Ｃ、３６１Ｇ＞Ａ、４１５Ｇ＞Ａ又は４１５Ｇ＞Ｃ、７１６０Ｔ、１２５５Ｃ＞Ａ、２０３９Ａ＞Ｃ、２０４２Ｇ＞Ａ、２２４９Ａ＞Ｃ、２５４８Ｇ＞Ｃ、２７３２Ｇ＞Ａ、２７４１Ｃ＞Ｔ、２９１５Ｃ＞Ｔ、２９５４Ｇ＞Ａ、２９７４Ｇ＞Ａ、２９７７Ｃ＞Ｔ、３１３７Ａ＞Ｃ、３３４３Ｇ＞Ａ、３３５９Ａ＞Ｃ、３５０５Ｇ＞Ａ及び３５９５Ｃ＞Ａから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＤＮＡ  Ｐｏｌ変異（例えば、天然の変異）を特定すること；及び／又は
ｄ．５２０Ｇ＞Ｔ、１３３９Ａ＞Ｃ又は１３３９Ａ＞Ｔ、１４８１Ｔ＞Ｃ、２１４１Ａ＞Ｇ、２２８１Ｇ＞Ａ、２３２３Ｃ＞Ｔ、２３２５Ｃ＞Ｇ及び２３２６Ｇ＞Ｃから選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＤＮＡ  Ｐｏｌ変異（例えば、天然の変異）を特定すること
を含み、ここで、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する。
【０１２１】
代わりに又はさらに（好ましくはさらに）、本発明の方法は、
ａ．Ａ３７Ｖ、Ｌ６９Ｍ、Ｉ３５８Ｌ、Ａ１９２Ｔ及びＲ２５６Ｗから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＴＫ多型（例えば、天然の多型）を特定すること；
ｂ．Ｒ３４Ｃ、Ａ１２５Ｔ、Ｅ２１３Ｄ及びＬ３６５Ｐ（好ましくはＡ１２５Ｔ、Ｅ２１３Ｄ又はＬ３６５Ｐ）から選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＴＫ多型（例えば、天然の多型）を特定すること；
ｃ．Ｇ２２Ｒ、Ｔ５４Ａ、Ｄ８３Ａ、Ｇ１２１Ｓ、Ｇ１３９Ｒ、Ｓ２３９Ｌ、Ｌ４１９Ｉ、Ｅ６８０Ａ、Ｒ６８１Ｑ、Ｋ７５０Ｔ、Ｅ８５０Ｑ、Ｓ９１１Ｎ、Ｓ９１４Ｌ、Ａ９７２Ｖ、Ｇ９８５Ｅ、Ｅ９９２Ｋ、Ｒ９９３Ｃ、Ｎ１０４６Ｔ、Ａ１１１５Ｔ、Ｅ１１２０Ａ、Ａ１１６９Ｔ及びＰ１１９９Ｔから選択される１つ以上のＨＳＶ−１  ＤＮＡ  Ｐｏｌ多型（例えば、天然の多型）を特定すること；及び／又は
ｄ．Ｄ１７４Ｙ、Ｍ４４７Ｌ、Ｍ４９４Ｔ、Ｈ７１４Ｒ、Ｅ７６１Ｋ、Ｒ７７５Ｃ、Ｒ７７５Ｗ及びＥ７７６Ｑから選択される１つ以上のＨＳＶ−２  ＤＮＡ  Ｐｏｌ多型（例えば、天然の多型）を特定すること
を含み、ここで、前記１つ以上のＨＳＶ多型の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する。
【０１２２】
一態様では、本発明は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）感染症を治療するのに適した治療薬を特定するための方法であって、
ａ．候補となる治療薬の存在下で被験試料をインキュベートすることであって、前記被験試料は、（ｉ）１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異；及び（ｉｉ）１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択される１つ以上の変異を含むＨＳＶを含む、インキュベートすること；
ｂ．被験試料における前記１つ以上の変異を含む前記ＨＳＶのウイルス量が、対照試料（ここで、対照試料は、抗ウイルス薬の非存在下でインキュベートされる）における前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量よりも低い場合、前記候補となる治療薬を、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症を治療するのに適していると特定すること；又は
ｃ．被験試料における前記１つ以上の変異を含む前記ＨＳＶのウイルス量が、対照試料（ここで、対照試料は、抗ウイルス薬の非存在下でインキュベートされる）における前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量と同じである（又はより大きい）場合、前記候補となる治療薬を、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ感染症を治療するのに適していないと特定する
ことを含む方法を提供する。
【０１２３】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１２４】
当業者は、本発明の方法が２つの試料間の（例えば、「被験試料」と「対照試料」との間の）比較ステップを含む場合、その条件（例えば、その方法中の分析条件）が一定に保たれるべきであることを理解する。例えば、ＨＳＶのウイルス量（例えば、開始ウイルス量）は、被験試料と対照試料において同じであるべきであり、培養条件なども同じであるべきである。
【０１２５】
対照試料中の前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量は、本発明の（すなわち本発明のステップを構成する）方法内において又は本発明の方法とは無関係の方法で決定することができる。一実施形態では、本発明の方法は、抗ウイルス薬の非存在下で対照試料をインキュベートするステップを含む。一実施形態では、対照試料における前記１つ以上の変異を含むＨＳＶの濃度は、本発明の方法とは無関係の方法で得られ、本発明の比較ステップ中に利用される。
【０１２６】
別の態様は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）に感染した対象におけるＨＳＶ治療法の有効性をモニタリングするための方法であって、
ａ．前記治療法を施された患者からの単離された試料を提供すること；
ｂ．（ｉ）１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異；及び（ｉｉ）１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択される前記１つ以上の変異を含むＨＳＶの濃度を検出すること；
ｃ．ステップ（ｂ）において検出された前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量を、より早い時点で対象から得られた単離された試料における前記１つ以上の変異を含むＨＳＶのウイルス量と比較することにより、前記１つ以上の変異を含む前記ＨＳＶのウイルス量の相対的変化を決定し；且つウイルス量が低下した場合に有効性の存在を確認し；且つウイルス量が増大した（又は変化しなかった）場合に有効性の非存在を確認すること
を含む方法を提供する。
【０１２７】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１２８】
用語「より早い時点」は、少なくとも２４時間、少なくとも４８時間、少なくとも７２時間、少なくとも９６時間、少なくとも１２０時間、少なくとも１週、少なくとも２週、少なくとも３週、少なくとも４週、少なくとも８週、少なくとも１２週、少なくとも１６週、少なくとも２０週、少なくとも３０週、少なくとも４０週、少なくとも５２週、少なくとも２年、少なくとも３年又は少なくとも４年前の時点を指すことができる。
【０１２９】
一態様では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット、シドフォビル薬物及びドコサノールから選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬が提供される。
【０１３０】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１３１】
適切には、抗ウイルス薬は、ホスカルネット、シドフォビル薬物、ドコサノール、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される。
【０１３２】
一態様では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ変異を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬が提供される。
【０１３３】
好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１３４】
一態様では、
ａ．試料中の抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出すること；
ｂ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を診断すること；
ｃ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の予後を決定すること；
ｄ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを治療するのに適した治療法を特定すること；又は
ｅ．ＨＳＶ治療法の有効性をモニタリングすること
のための、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異又はその組み合わせの使用が提供される。
【０１３５】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１３６】
別の態様では、
ａ．試料中の抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出すること；
ｂ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を診断すること；
ｃ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の予後を決定すること；
ｄ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを治療するのに適した治療法を特定すること；又は
ｅ．ＨＳＶ治療法の有効性をモニタリングすること
のための、１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異又はその組み合わせの使用が提供される。
【０１３７】
好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１３８】
一態様では、
ａ．試料中の抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出すること；
ｂ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を診断すること；
ｃ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症の予後を決定すること；
ｄ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶを治療するのに適した治療法を特定すること；又は
ｅ．ＨＳＶ治療法の有効性をモニタリングすること
のための、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）由来のＴＫ多型変異；及び１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択されるＨＳＶ変異又はその組み合わせの使用が提供される。
【０１３９】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１４０】
一実施形態では、本発明の方法又は使用は、前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するステップで得られたデータを好適なデータ担体上に記録するステップを含む。
【０１４１】
一態様では、本発明の方法に従って１つ以上のＨＳＶ変異を特定するステップで得られたデータを含むデータ担体が提供される。別の態様では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を診断するための方法において使用するための、本発明の方法に従って前記１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するステップで得られたデータを含むデータ担体が提供される。
【０１４２】
別の態様では、（ｉ）１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、３７６Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、２５３Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、２５６Ａ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、３６６Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５００Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、７１８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、９３５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、２７６ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７８ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２７９ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、２８０ｄｅｌＧ（ＨＳＶ−２）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ変異；及び（ｉｉ）１８７９Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２４２０Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５３０Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２９０７＿２９０８ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０８＿２９０９ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）、２９０９＿２９１０ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）及び２９１０＿２９１１ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  ｐｏｌ変異から選択される１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出する（例えば、特定する）ための試薬と；試薬の使用のための説明書とを含むキットが提供される。
【０１４３】
好ましい実施形態では、前記チミジンキナーゼ（ＴＫ）変異は、２５０Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−２）、１００Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２６８Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、３７３Ｃ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、１４６Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、３６３Ｇ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、４９７Ｔ＞Ａ（ＨＳＶ−１）、５５８Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−２）、６４１Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、７１５Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−１）、９３８Ｔ＞Ｃ（ＨＳＶ−２）、４３７＿４３８ｉｎｓＡ（ＨＳＶ−１）、１６９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、１７２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、４５８ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４５９ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６０ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、４６１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−２）、８８１ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８２ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８３ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）、８８４ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）及び８８５ｄｅｌＣ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、前記ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）変異は、１８８２Ｃ＞Ｇ（ＨＳＶ−２）、２４０５Ｔ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２５００Ｇ＞Ｔ（ＨＳＶ−１）、２５１５Ａ＞Ｇ（ＨＳＶ−１）、２８９２＿２８９３ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９３＿２８９４ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）、２８９４＿２８９５ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）及び２８９５＿２８９６ｉｎｓＴ（ＨＳＶ−１）から選択される。
【０１４４】
一実施形態では、前記キットの試薬は、ＤＮＡ配列決定、シーケンスキャプチャ、質量分析、ウエスタンブロット、酵素活性アッセイ及び／又は酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）（例えば、好ましくはＤＮＡ配列決定）（例えば、好ましくは質量分析）により、１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するためのものである。
【０１４５】
ポリペプチド多型
本発明者らは、本明細書に記載した変異によってもたらされるポリペプチド多型も特定した。
【０１４６】
変異（例えば、核酸配列変異）に関連するすべての態様、実施形態及び定義は、対応する態様／実施形態にも適用可能であり、ここで、「変異」は、対応する「多型」（例えば、ポリペプチド多型）によって単純に置き換えられる。好ましい変異の対応する多型を表１〜３に示す。
【０１４７】
【表１】
2021526362.tif 000002
【０１４８】
【表２】
2021526362.tif 000003
【０１４９】
【表３】
2021526362.tif 000004
【０１５０】
１８８２Ｃ＞ＧのＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ変異は、Ｒ６２８Ｇ多型をもたらす。適切には、前記変異／多型を含むＨＳＶ−２は、アシクロビルに対する弱い／中程度の耐性を有する。
【０１５１】
一態様では、（例えば、対象における）抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在又は非存在を検出するための方法であって、
ａ．１つ以上のＨＳＶ多型であって、
ｉ．Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ１２６＊（ＨＳＶ−２）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｍ８５Ｌ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８６Ｌ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２２Ｉ（ＨＳＶ−２）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６７Ｎ（ＨＳＶ−２）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｙ２４０Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｌ３１２Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ９８＊（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｅ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるチミジンキナーゼ（ＴＫ）多型；及び
ｉｉ．Ｒ６２７Ｇ（ＨＳＶ−１）、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｌ８０７Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３９Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８４４Ａ（ＨＳＶ−２）、Ｉ９６６＊（ＨＳＶ−１）及び１９７１＊（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）多型
から選択される１つ以上のＨＳＶ多型を特定することを含み、前記１つ以上のＨＳＶ多型の存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの存在を確認し、及び前記１つ以上のＨＳＶ多型の非存在は、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの非存在を示唆する、方法が提供される。
【０１５２】
任意選択的に、ポリペプチドにおける多型の識別を表すために、多型の記載の前に記号ｐ．が付くこともある。例えば、多型Ｌ４９Ｒは、ｐ．Ｌ４９Ｒと称することができる。
【０１５３】
一態様では、対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ１２６＊（ＨＳＶ−２）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｍ８５Ｌ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８６Ｌ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２２Ｉ（ＨＳＶ−２）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６７Ｎ（ＨＳＶ−２）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｙ２４０Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｌ３１２Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ９８＊（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｅ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット、シドフォビル薬物及びドコサノールから選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法が提供される。
【０１５４】
一実施形態では、ステップｂ．は、ホスカルネット薬物、シドフォビル薬物、ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することを含む。
【０１５５】
一態様では、対象における抗ウイルス薬耐性ＨＳＶの感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｒ６２７Ｇ（ＨＳＶ−１）、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｌ８０７Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３９Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８４４Ａ（ＨＳＶ−２）、Ｉ９６６＊（ＨＳＶ−１）及び１９７１＊（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法が提供される。
【０１５６】
一態様では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ１２６＊（ＨＳＶ−２）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｍ８５Ｌ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８６Ｌ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２２Ｉ（ＨＳＶ−２）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６７Ｎ（ＨＳＶ−２）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｙ２４０Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｌ３１２Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ９８＊（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｅ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ホスカルネット、シドフォビル薬物及びドコサノールから選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬が提供される。
【０１５７】
一実施形態では、ステップｂ．は、ホスカルネット薬物、シドフォビル薬物、ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することを含む。
【０１５８】
一態様では、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶ（例えば、ＨＳＶ−１及び／又はＨＳＶ−２）の感染症を治療するための方法であって、
ａ．前記抗ウイルス薬耐性ＨＳＶが、Ｒ６２７Ｇ（ＨＳＶ−１）、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｌ８０７Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３９Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８４４Ａ（ＨＳＶ−２）、Ｉ９６６＊（ＨＳＶ−１）及び１９７１＊（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡ  Ｐｏｌ多型を含むことを確認することと；
ｂ．ドコサノール薬物、ＢＡＹ  ５４−６３２２、ＡＳＰ２１５１及びＢＡＹ  ５７−１２９３から選択される薬物を前記対象に投与することと
を含む方法において使用するための抗ウイルス薬が提供される。
【０１５９】
別の態様では、（ｉ）Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ１２６＊（ＨＳＶ−２）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｍ８５Ｌ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８６Ｌ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２２Ｉ（ＨＳＶ−２）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６７Ｎ（ＨＳＶ−２）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｙ２４０Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｌ３１２Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ９８＊（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｅ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択されるＴＫ多型；及び（ｉｉ）Ｒ６２７Ｇ（ＨＳＶ−１）、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｌ８０７Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３９Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８４４Ａ（ＨＳＶ−２）、Ｉ９６６＊（ＨＳＶ−１）及び１９７１＊（ＨＳＶ−２）から選択されるＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡ  ｐｏｌ）多型から選択される１つ以上のＨＳＶ変異の存在又は非存在を検出するための試薬と；試薬の使用のための説明書とを含むキットが提供される。
【０１６０】
好ましい実施形態では、前記ＴＫ多型は、Ｅ８４Ｋ（ＨＳＶ−２）、Ｑ３４＊（ＨＳＶ−１）、Ｑ９０＊（ＨＳＶ−２）、Ｑ１２５＊（ＨＳＶ−１）、Ｌ４９Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ｍ１２１Ｉ（ＨＳＶ−１）、Ｉ１６６Ｎ（ＨＳＶ−１）、Ｑ１８６Ｈ（ＨＳＶ−２）、Ｈ２１４Ｒ（ＨＳＶ−２）、Ｅ１４６ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｄ２２８＊（ＨＳＶ−１）、Ｙ２３９Ｈ（ＨＳＶ−１）、Ｌ３１３Ｓ（ＨＳＶ−２）、Ｔ１８３＊（ＨＳＶ−１）、Ｈ５８ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｍ８５＊（ＨＳＶ−１）、Ｐ１５４ｆｓ（ＨＳＶ−２）、Ｍ１８３＊（ＨＳＶ−２）、Ａ２９４ｆｓ（ＨＳＶ−１）、Ｐ２９５ｆｓ（ＨＳＶ−１）及びＥ２９６ｆｓ（ＨＳＶ−１）から選択される。好ましい実施形態では、Ｒ６２８Ｇ（ＨＳＶ−２）、Ｌ８０２Ｒ（ＨＳＶ−１）、Ａ８３４Ｓ（ＨＳＶ−１）、Ｔ８３９Ａ（ＨＳＶ−１）、Ｆ９６５＿ｌ９６６ｉｎｓＦ（ＨＳＶ−１）及び１９６６＊（ＨＳＶ−１）である。
【０１６１】
本発明の方法は、ＨＳＶの核酸における変異及び／又はＨＳＶのポリペプチド配列における多型を特定することを包含する。したがって、変異又は多型は、核酸変異又は得られるアミノ酸多型によって記載することができる。例えば、ＨＳＶ−１  ＴＫの核酸配列における「６１１Ｔ＞Ｇ」一塩基多型は、前記ＨＳＶ−１  ＴＫのポリペプチド配列におけるアミノ酸多型（例えば、置換）「Ｖ２０４Ｇ」をもたらす。したがって、一実施形態では、核酸変異が特定される。別の実施形態では、ポリペプチド多型が特定される。
【０１６２】
本明細書に記載した変異から得られるポリペプチド多型について以下に概説する。したがって、変異は、ヌクレオチド配列内で直接的に又はポリペプチド配列内で（例えば、得られたポリペプチド多型の存在又は非存在を検出することによって変異の存在又は非存在を推測することにより）検出することができる。本明細書での「１つ以上のＨＳＶ変異を特定すること」に対するすべての言及は、「１つ以上のＨＳＶ多型を特定すること」で置換することができる。
【０１６３】
一実施形態では、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  Ｐｏｌ多型は、終止コドン（例えば、早期終止コドン）である。
【０１６４】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ終止コドン（例えば、早期終止コドン）ポリペプチド多型は、Ｑ３４＊（又はＱ３４Ｘ）、Ｑ１２５＊（又はＱ１２５Ｘ）、Ｍ８５＊（又はＭ８５Ｘ）及びＴ１８３＊（又はＴ１８３Ｘ）から選択される。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＴＫ終止コドン（例えば、早期終止コドン）ポリペプチド多型は、Ｑ１２６＊（又はＱ１２６Ｘ）、Ｑ９０＊（又はＱ９０Ｘ）及びＬ９８＊（又はＬ９８Ｘ）（好ましくはＱ１２６＊）から選択される。
【０１６５】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ終止コドン（例えば、早期終止コドン）ポリペプチド多型は、Ｉ９６６＊（又はＧ９６６Ｘ）である。
【０１６６】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ終止コドン（例えば、早期終止コドン）ポリペプチド多型は、Ｑ３４＊（又はＱ３４Ｘ）、Ｑ１２５＊（又はＱ１２５Ｘ）、Ｍ８５＊（又はＭ８５Ｘ）及びＴ１８３＊（又はＴ１８３Ｘ）から選択され；ＨＳＶ−２  ＴＫ終止コドン（例えば、早期終止コドン）ポリペプチド多型は、Ｑ１２６＊（又はＱ１２６Ｘ）、Ｑ９０＊（又はＱ９０Ｘ）及びＬ９８＊（又はＬ９８Ｘ）から選択され；ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ終止コドン（例えば、早期終止コドン）ポリペプチド多型は、Ｉ９６６＊（又はＩ９６６Ｘ）である。
【０１６７】
当業者は、アスタリスク記号「＊」（又は代替の命名法では「Ｘ」記号）が、言及されたアミノ酸が、それをコードするコドンが終止コドン（例えば、ＴＡＡ、ＴＡＧ又はＴＧＡ）と置換されることから表されないことを示すことを理解する。例えば、終止コドン多型がＱ３４＊（又はＱ３４Ｘ）である場合、これは、ＴＫポリペプチド配列の第３４位のグルタミン（「Ｑ」）が翻訳されないこと及びポリペプチドの翻訳がアミノ酸３３の後で止まることを意味する。したがって、ＴＫポリペプチドは、切り詰められる。
【０１６８】
一実施形態では、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  Ｐｏｌ多型は、（アミノ酸）置換である。
【０１６９】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ置換多型は、Ｌ４９Ｒ、Ｍ８５Ｌ、Ｍ１２１Ｉ、Ｉ１６６Ｎ、Ｙ２３９Ｈ及びＬ３１２Ｓ（好ましくはＬ４９Ｒ、Ｍ１２１Ｉ、Ｉ１６６Ｎ及び／又はＹ２３９Ｈ）から選択される。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＴＫ置換多型は、Ｅ８４Ｋ、Ｍ８６Ｌ、Ｍ１２２Ｉ、Ｉ１６７Ｎ、Ｑ１８６Ｈ、Ｙ２４０Ｈ及びＬ３１３Ｓ（好ましくはＥ８４Ｋ、Ｑ１８６Ｈ及び／又はＬ３１３Ｓ）から選択される。
【０１７０】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ置換多型は、Ｒ６２７Ｇ、Ｌ８０２Ｒ、Ａ８３４Ｓ及びＴ８３９Ａ（好ましくはＬ８０２Ｒ、Ａ８３４Ｓ及び／又はＴ８３９Ａ）から選択される。一実施形態では、ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ置換多型は、Ｒ６２８Ｇ、Ｌ８０７Ｒ、Ａ８３９Ｓ及びＴ８４４Ａ（好ましくはＲ６２８Ｇ）から選択される。
【０１７１】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫ置換多型は、Ｌ４９Ｒ、Ｍ８５Ｌ、Ｍ１２１Ｉ、１１６６Ｎ、Ｙ２３９Ｈ及びＬ３１２Ｓ（好ましくはＬ４９Ｒ、Ｍ１２１Ｉ、Ｉ１６６Ｎ及び／又はＹ２３９Ｈ）から選択され；ＨＳＶ−２  ＴＫ置換多型は、Ｅ８４Ｋ、Ｍ８６Ｌ、Ｍ１２２Ｉ、Ｉ１６７Ｎ、Ｑ１８６Ｈ、Ｙ２４０Ｈ及びＬ３１３Ｓ、好ましくはＥ８４Ｋ、Ｑ１８６Ｈ及び／又はＬ３１３Ｓ）から選択され；ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ置換多型は、Ｒ６２７Ｇ、Ｌ８０２Ｒ、Ａ８３４Ｓ及びＴ８３９Ａ（好ましくはＬ８０２Ｒ、Ａ８３４Ｓ及び／又はＴ８３９Ａ）から選択され；ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ置換多型は、Ｒ６２８Ｇ、Ｌ８０７Ｒ、Ａ８３９Ｓ及びＴ８４４Ａ（好ましくはＲ６２８Ｇ）から選択される。
【０１７２】
当業者は、置換多型に関連して本明細書で使用される命名法を理解する。例えば、置換多型がＬ４９Ｒである場合、これは、ＴＫポリペプチド配列の第４９位のリジン（「Ｌ」）アミノ酸がアルギニン（「Ｒ」）で置換されることを意味する。
【０１７３】
一実施形態では、ＴＫ及び／又はＤＮＡ  Ｐｏｌ多型は、フレームシフトである。
【０１７４】
一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫフレームシフト多型は、Ｅ１４６ＦＳ、Ｈ５８ｆｓ及びＥ２９６ｆｓから選択される。一実施形態では、ＨＳＶ−１  ＴＫフレームシフト多型は、Ａ２９４ｆｓ、Ｐ２９５ｆｓ及びＥ２９６ｆｓから選択される。
【０１７５】
記号「ｆｓ」は、言及されたアミノ酸から始まる（例えば、ポリペプチド配列の残部全体にわたる）フレームシフトを表す。
【０１７６】
好ましい実施形態では、本明細書に記載した多型の１つ以上（好ましくはすべて）が参照（例えば、野生型）ＨＳＶ配列中に存在しない。
【０１７７】
アミノ酸
本発明に関連するアミノ酸について以下に概要を示す。前記アミノ酸についての１文字略号をカッコ内に示す。
塩基性：アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）、ヒスチジン（Ｈ）
酸性：グルタミン酸（Ｅ）、アスパラギン酸（Ｄ）
極性：グルタミン（Ｑ）、アスパラギン（Ｂ）
疎水性：ロイシン（Ｌ）、イソロイシン（Ｉ）、バリン（Ｖ）
芳香族：フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、チロシン（Ｙ）
低分子：グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、メチオニン（Ｍ）
【０１７８】
本発明のポリペプチド中のアミノ酸は、部位特異的変異誘発又はアラニンスキャニング変異誘発など、当技術分野で公知の手順に従って特定することができる(Cunningham and Wells, Science 244: 1081-5, 1989)。推定上の接触部位アミノ酸の変異と併せて、核磁気共鳴、結晶学、電子回折又は光親和性標識などの技術によって決定される構造の物理分析により、生物学的相互作用の部位も決定することができる。例えば、de Vos et al., Science 255: 306-12, 1992；Smith et al., J. Mol. Biol. 224: 899-904, 1992；Wlodaver et al., FEBS Lett. 309: 59-64, 1992を参照されたい。
【０１７９】
Reidhaar-Olson and Sauer (Science 241: 53-7, 1988)又はBowie and Sauer (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 2152-6, 1989)によって開示されているものなど、変異誘発及びスクリーニングの公知の方法を使用して、複数のアミノ酸置換を行い、試験することができる。簡単に言うと、これらの著者は、ポリペプチド中の２つ以上の位置を同時にランダム化し、機能性のポリペプチドについて選択し、次いで変異誘発されたポリペプチドを配列決定して、各位置での許容可能な置換の範囲を決定するための方法を開示している。使用することができる他の方法には、ファージディスプレイ（例えば、Lowman et al., Biochem. 30: 10832-7, 1991；Ladner et al.の米国特許第５，２２３，４０９号；Huseの国際公開第９２／０６２０４号）及び領域特異的変異誘発(Derbyshire et al., Gene 46: 145, 1986；Ner et al., DNA 7: 127, 1988)が含まれる。
【０１８０】
配列同一性
本明細書に記載したいずれかの参照配列は、天然の配列変動に起因して、実質的に相同である（例えば、高い配列同一性を有する）としても、他のあらゆる参照（例えば、野生型）配列と異なる可能性がある。当業者は、こうした配列中で相同の／類似の核酸／ポリペプチド位置を特定するために適切な配列アラインメントを用いる方法も理解する。
【０１８１】
同一性（％）を決定するために、限定はされないが、グローバル方法、ローカル方法及びハイブリッド方法、例えばセグメントアプローチ方法などを含む様々な配列アラインメント方法のいずれかを使用することができる。同一性（％）を決定するためのプロトコルは、当業者の範囲内の通例の手順である。グローバル方法は、分子の先頭から末端までの配列を整列させ、個々の残基対のスコアを合計することにより、またギャップペナルティを課すことにより、最高のアラインメントを決定する。非制限的な方法としては、例えば、CLUSTAL W（例えば、Julie D. Thompson et al., CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position-Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22 (22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994)を参照されたい）；及び反復改善法（例えば、Osamu Gotoh, Significant Improvement in Accuracy of Multiple Protein. Sequence Alignments by Iterative Refinement as Assessed by Reference to Structural Alignments, 264 (4) J .Mol. Biol. 823-838 (1996)を参照されたい）が含まれる。ローカル方法は、入力配列のすべてが共有する１つ以上の保存モチーフを特定することによって配列を整列させる。制限的な方法としては、例えば、Match-box（例えば、Eric Depiereux and Ernest Feytmans, Match-Box: A Fundamentally New Algorithm for the Simultaneous Alignment of Several Protein Sequences, 8 (5) CABIOS 501-509 (1992)を参照されたい）；ギブズサンプリング（例えば、C. E. Lawrence et al., Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, 262  (5131) Science 208-214(1993)を参照されたい）；Align-M（例えば、Ivo Van Walle et al., Align-M -A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, 20 (9) Bioinformatics: 1428-1435 (2004)を参照されたい）が含まれる。
【０１８２】
したがって、配列同一性（％）は、従来の方法によって決定される。例えば、Altschul et al., Bull. Math. Bio. 48: 603-16, 1986及びHenikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915-19, 1992を参照されたい。簡単に言うと、１０のギャップ開始ペナルティ、１のギャップ伸長ペナルティ及び下に示す通りのHenikoff and Henikoff（同上）の「blosum 62」スコア行列を使用するアラインメントスコアが最適化されるように、２つのアミノ酸配列を整列させる（アミノ酸は、標準の１文字略号によって示される）。
【０１８３】
配列同一性を決定するためのアラインメントスコア
【化１】
2021526362.tif 000005
【０１８４】
次いで、同一性（％）を、
【数１】
2021526362.tif 000006
として算出する。
【０１８５】
実質的に相同のポリペプチドは、１つ以上のアミノ酸置換、欠失又は付加を有するとして特徴付けられる。これらの変化は、保存的なアミノ酸置換（以下を参照されたい）及びポリペプチドの折り畳み又は活性に大きく影響を与えない他の置換；典型的には１〜約３０アミノ酸の小さい欠失；及びアミノ末端メチオニン残基などの小さいアミノ若しくはカルボキシル末端伸長、約２０〜２５残基までの小さいリンカーペプチド又はアフィニティタグである、小さいものであることが好ましい。
【０１８６】
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術及び科学用語は、本開示が属する技術分野の技術者によって共通に理解されるのと同じ意味を有する。Singleton, et al., DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY, 20 ED., John Wiley and Sons, New York (1994)及びHale&Marham, THE HARPER COLLINS DICTIONARY OF BIOLOGY, Harper Perennial, NY (1991)は、本開示で使用される用語の多くの一般的辞典を当業者に提供する。
【０１８７】
本開示は、本明細書に開示した例示的な方法及び材料によって限定されず、本明細書に記載したものと類似の又は均等なあらゆる方法及び材料を本開示の実施形態の実施又は試験において使用することができる。数値範囲には、範囲を定義する数字が含まれる。別に示されない限り、あらゆる核酸配列は、それぞれ５’から３’方向に左から右に記述され；アミノ酸配列は、アミノからカルボキシ方向に左から右に記述される。
【０１８８】
本明細書で提供される表題は、本開示の種々の態様又は実施形態の限定ではない。
【０１８９】
アミノ酸は、本明細書では、アミノ酸の名称、３文字略語又は１文字略語を使用して称される。用語「タンパク質」には、本明細書で使用する場合、タンパク質、ポリペプチド及びペプチドが含まれる。本明細書で使用する場合、用語「アミノ酸配列」は、用語「ポリペプチド」及び／又は用語「タンパク質」と同義である。ある種の場合、用語「アミノ酸配列」は、用語「ペプチド」と同義である。ある種の場合、用語「アミノ酸配列」は、用語「酵素」と同義である。用語「タンパク質」及び「ポリペプチド」は、本明細書では互換的に使用される。本開示及び特許請求の範囲では、アミノ酸についての従来の１文字略号及び３文字略号を使用することができる。アミノ酸残基についての３文字略号は、ＩＵＰＡＣＩＵＢ共同生化学命名委員会（ＪＣＢＮ）に準拠して定義される。あるポリペプチドが、遺伝暗号の縮重に起因して、２つ以上のヌクレオチド配列によってコードされる可能性があることも理解されるであろう。
【０１９０】
本明細書全体を通して、用語の他の定義も出現する可能性がある。例示的な実施形態をより詳細に記載する前に、本開示は、記載した特定の実施形態に限定されず、したがって変更され得ることを理解するべきである。本開示の範囲は、添付の特許請求の範囲によってのみ定義されることとなるため、本明細書で使用される用語法は、単に特定の実施形態を説明する目的のものに過ぎず、限定の意図がないことも理解するべきである。
【０１９１】
値の範囲が提供される場合、その範囲の上限と下限との間の、文脈によってそうでないと明確に指示されない限り下限の単位の１０分の１までの間にあるそれぞれの値も具体的に開示されることが理解されるであろう。規定された範囲内の任意の規定された値又は中間値と、その規定された範囲内の任意の他の規定された又は間にある値との間のより小さいそれぞれの範囲は、本開示に包含される。これらのより小さい範囲の上限と下限とは、独立に、範囲内に含めることも除外することもでき、制限の一方がより小さい範囲に含まれるか、若しくはいずれの制限も含まれないか、又は両方とも含まれる場合、それぞれの範囲は、本開示内に包含され、規定された範囲内のいかなる具体的に除外される制限も受ける。規定された範囲が制限の一方又は両方を含む場合、これらの含まれる制限の一方又は両方を除く範囲も本開示に含まれる。
【０１９２】
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用する場合、単数形「１つの（a）」、「１つの（an）」及び「その」には、文脈によってそうでないと明確に指示されない限り、複数の指示物が含まれることに留意しなければならない。したがって、例えば、「変異」に対する言及には、複数のこうした多型が含まれ、「その変異」に対する言及には、１つ以上の多型に対する言及及び当業者に公知のその均等物及びその他が含まれる。
【０１９３】
本明細書に取り上げた刊行物は、専ら本出願の出願日より前のその開示のために提供される。本明細書のいずれの内容も、こうした刊行物が本明細書に添付の特許請求の範囲に対する従来の技術を構成するという了解と解釈されるべきではない。
【０１９４】
図面の簡単な説明
ここで、本発明の実施形態を以下の図及び実施例に関して例示目的でのみ説明する。
【図面の簡単な説明】
【０１９５】
【図１Ａ】抗ウイルス薬耐性と関連するＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を示す概略図を示す。下線が引かれた書体＝本発明の耐性関連の変異／本発明者らによって最初に検出された天然の多型。＊＝終止コドン；ｉ＝挿入；ｄ＝欠失。ＨＳＶ−１  ＴＫ  耐性関連の変異。
【図１Ｂ】抗ウイルス薬耐性と関連するＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を示す概略図を示す。下線が引かれた書体＝本発明の耐性関連の変異／本発明者らによって最初に検出された天然の多型。＊＝終止コドン；ｉ＝挿入；ｄ＝欠失。ＨＳＶ−１  ＴＫ  天然の多型。
【図１Ｃ】抗ウイルス薬耐性と関連するＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を示す概略図を示す。下線が引かれた書体＝本発明の耐性関連の変異／本発明者らによって最初に検出された天然の多型。＊＝終止コドン；ｉ＝挿入；ｄ＝欠失。ＨＳＶ−２  ＴＫ  耐性関連の変異。
【図１Ｄ】抗ウイルス薬耐性と関連するＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を示す概略図を示す。下線が引かれた書体＝本発明の耐性関連の変異／本発明者らによって最初に検出された天然の多型。＊＝終止コドン；ｉ＝挿入；ｄ＝欠失。ＨＳＶ−２  ＴＫ多型。
【図１Ｅ】抗ウイルス薬耐性と関連するＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を示す概略図を示す。下線が引かれた書体＝本発明の耐性関連の変異／本発明者らによって最初に検出された天然の多型。＊＝終止コドン；ｉ＝挿入；ｄ＝欠失。ＨＳＶ−１／ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ  耐性関連の変異。
【図１Ｆ】抗ウイルス薬耐性と関連するＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型を示す概略図を示す。下線が引かれた書体＝本発明の耐性関連の変異／本発明者らによって最初に検出された天然の多型。＊＝終止コドン；ｉ＝挿入；ｄ＝欠失。ＨＳＶ−１／／ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ多型。
【発明を実施するための形態】
【０１９６】
実施例
材料及び方法
対象
耐性について検査及び検証される試料は、アイルランド、ロンドン、イングランドのミッドランド、北部、南部及び東部、スコットランド並びにウェールズから入手した。したがって、提供される結果は、幅広い地理的領域にわたって存在するＨＳＶ系統を代表するものである。試料は、ＨＳＶに感染し、且つ１つ以上の抗ウイルス薬（例えば、アシクロビル、ペンシクロビル、ホスカルネット、シドフォビル）での治療に応答（例えば、十分に応答）しなかった患者から単離した。
【０１９７】
試料調製
ウイルスは、典型的には、患者の病変部から採取した臨床スワブから単離した。ウイルスは、患者試料から直接的に培養するか、又はウイルス又はその関連セグメントを増幅させ、（例えば、特有の制限部位を使用して又は相同組換えによって）組換えベクターにクローニングした。次いで、組換えベクターを典型的には遺伝子導入によって細胞に導入して、組換え型及び／又はシュードタイプウイルスを産生する。
【０１９８】
単離されたウイルスを、典型的には例えばアフリカミドリザル腎臓細胞（ベロ細胞）の単層を使用して力価測定する。
【０１９９】
試料は、例えば、あらゆる患者特定可能情報の除去及び非特異的プロジェクト番号の割り当てによって匿名化した。
【０２００】
変異の検出
変異は、典型的にはＤＮＡ配列決定によって検出した。
【０２０１】
配列決定のためのウイルスＤＮＡを調製するために、コンフルエントな単層の細胞（例えば、ベロ細胞）を、５ＰＦＵ／細胞で、細胞変性効果が明らかになるまで２４から４８時間感染させた。ウイルス上清を凍結融解によって回収し、０．４５μＭフィルターを通過させた。４ｍｌのウイルス上清を２０Ｕ／ｍｌ  DNase（Promega）と共に３７℃で３時間インキュベートし、その後、１．５ｍｌ  ２０％スクロースクッションに添加し、１００，０００ｇで１時間、遠心分離した。ウイルスペレットを、DNaseキレーターを含有するＴＥに再懸濁し、製造者の説明書に従って、Pure-Link Viral RNA/DNA Mini Kit（Invitrogen）で抽出した。代わりに、ウイルスＤＮＡを、QIAamp DNA mini kit（Qiagen）又はPure-Link RNA/DNA mini kit（Invitrogen）を使用して、臨床試料から直接的に抽出した。
【０２０２】
次いで、対象の領域（例えば、ＵＬ２３及び／又はＵＬ３０遺伝子）をＰＣＲによって増幅した。典型的には、ＵＬ２３及び／又はＵＬ３０遺伝子に隣接するプライマーを使用したが、多型が生じることが期待され得る前記遺伝子の断片のみを増幅するように設計されたプライマーも好適であり得る。次いで、得られたアンプリコンを、当業者に利用可能な典型的なＤＮＡ配列決定技術を使用して配列決定した。次いで、このＤＮＡ配列を使用して、対応するポリペプチド配列を決定する。
【０２０３】
増幅された配列中のヌクレオチド及び／又はアミノ酸変化を野生型の参照系統（又は処理前配列）との比較によって検出する。好適な野生型の参照系統には、ＨＳＶ−１についての参照としてのGenBank受入番号ＪＮ５５５５８５．１及びＪＱ６７３４８０．１；並びにＨＳＶ−２についての参照としてのＺ８６０９９．２及びＪＮ５６１３２３．２が含まれる。
【０２０４】
プラーク減少アッセイ
ウイルス試料は、典型的には、プラーク減少アッセイを使用して表現型的に特徴付けた。
【０２０５】
ウイルス単離体を使用して、ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２に対して、それぞれ１ウェルあたり７５又は５０プラーク形成単位（ＰＦＵ）の濃度でサブコンフルエントの単層のベロ細胞を感染させた。３７℃での１時間のインキュベーション後、細胞の表面を、段階希釈の抗ウイルス薬アシクロビル（ＡＣＶ）、ペンシクロビル（ＰＣＶ）、シドフォビル（ＣＤＶ）及びホスカルネット（ＦＯＳ）を含有するＣＭＣ培地（４％カルボキシメチルセルロース（ＰＢＳ中））又は薬物なしの対照としてのＣＭＣ単独で覆い、プラークが明らかになるまでさらに７２時間インキュベートした。典型的には、ＣＭＣ培地を使用して、半固体界面を作り、無差別なウイルスの広がりを防止した。この界面を作るために、他の材料（例えば、寒天）も使用することができる。
【０２０６】
細胞を１０％ホルマリンで固定し、クリスタルバイオレットで染色し、その後、プラークを数え上げた（顕微鏡観察又は検出のための蛍光抗体の使用も適している）。次いで、これらの実験から得られたデータを薬物なしの対照に対するウイルス感染力の阻害（％）として表した。次いで、このデータを使用して、４つすべての薬物についてのＩＣ５０値を、線形回帰を使用して決定した  −  すなわち用量反応曲線を作成し、そこから、ウイルス複製を５０％阻害するために必要とされる薬物濃度（ＩＣ５０）を決定した。
【０２０７】
感受性又は耐性としての表現型による薬物感受性分類の定義は、次の通りであった：ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２についてそれぞれＡＣＶ、＜３μＭ又は＞４０μＭ；ＰＣＶ、＜１０μＭ又は＞４０μＭ；ＣＤＶ、＜２４μＭ又は＞３０μＭ；ＦＯＳ、＜２５０μＭ又は＞４００μＭ；及びＡＣＶ、＜６．５μＭ又は＞４０μＭ；ＰＣＶ、＜３８μＭ又は＞４０μＭ；ＦＯＳ、＜２５０μＭ又は＞４００μＭ。これらの感受性と耐性カットオフとの間に入るあらゆるＩＣ５０値は、中程度の耐性と報告された。
【０２０８】
患者由来のウイルスのＩＣ５０の割合も、変化の倍数を提供して患者由来のウイルスの感受性を決定するために、野生型の参照ウイルス（例えば、研究中の薬物に対して感受性であることが分かっているウイルス）のもので割ることができる。１を超える変化の倍数は、患者由来のウイルスが、野生型ウイルスと比較して、その特定の薬物に対して感受性が低いことを意味し、逆も同様である。
【０２０９】
１を超える変化の倍数は、患者が治療に応答しなくなることを必ずしも意味するとは限らない。したがって、患者由来のウイルスが感受性又は耐性であるとみなされる、ＩＣ５０又は変化の倍数のカットオフ値が各薬物について決定される必要がある。異なる種類のカットオフ値を使用することができるが、最も適しているのは、ＩＣ５０又は変化の倍数値とウイルス学的反応又は臨床転帰との間の関係を考慮に入れる「臨床的カットオフ」である。
【０２１０】
実施例１
変異の検出
ウイルス試料を、抗ウイルス薬耐性ＨＳＶに感染していることが疑われる患者から単離した。上に記載した通りのＤＮＡ配列決定により、耐性をもたらす変異（該当する場合）を検出した。抗ウイルス耐性ウイルスのＴＫ及び／又はＤＮＡ  ｐｏｌ配列を野生型参照配列のものと整列させることにより、該当する変異が示された。
【０２１１】
実施例２
検出されたＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異／多型の表現型
ウイルスの表現型（すなわち薬物に対する反応性）を、上に記載した通りのプラーク減少アッセイによって特徴付けた。本発明者らは、多数のＴＫ及びＤＮＡ  ｐｏｌ変異の、耐性を引き起こす表現型を特徴付けている。多数の天然の多型（これらは、薬物耐性を引き起こさない）も検出及び特徴付けられている。変異、多型及び関連する表現型を表４〜７に示す。
【０２１２】
表現型による薬物感受性分類の定義：それぞれ感受性、中程度及び耐性の試料について、ＨＳＶ−１についてアシクロビル（ＡＣＶ）：＜３ｕＭ、３〜４０ｕＭ、＞４０ｕＭ；ペンシクロビル（ＰＣＶ）：＜１０ｕＭ、１０〜４０ｕＭ、＞４０ｕＭ；ホスカルネット（ＦＯＳ）：＜２５０ｕＭ、２５０〜４００ｕＭ、＞４００ｕＭ；シドフォビル（ＣＤＶ）：＜２４ｕＭ、２４〜３０ｕＭ、＞３０ｕＭ及びＨＳＶ−２についてＡＣＶ：＜６．５μＭ、６．５〜４０μＭ、＞４０μＭ；ＰＣＶ：＜３８μＭ、３８〜４０μＭ、＞４０μＭ；ＦＯＳ：＜２５０μＭ、２５０〜４００μＭ、＞４００μＭ。
【０２１３】
表４は、ＨＳＶ−１  ＴＫ遺伝子における「天然の」多型及び耐性関連の置換及び挿入欠失並びに抗ウイルス感受性に対するその効果を示す。Ｒ＝耐性（ＡＣＶ及びＰＣＶ  ＩＣ５０＞４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞４００μＭ；ＣＤＶ  ＩＣ５０＞３０μＭ）；ＩＲ＝中程度の耐性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＞３μＭ＜４０μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＞１０μＭ＜４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞２５０＜４００μＭ；  ＣＤＶ  ＩＣ５０＞２４μＭ＜３０μＭ）；Ｓ＝感受性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＜３μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＜１０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＜２５０μＭ；ＣＤＶ  ＩＣ５０＜２４μＭ）；ＮＤ＝行われず；ａ耐性と関連する位置でのＴＫ遺伝子中のＹ２３９Ｈも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｂ試料は、ＤＮＡ  ｐｏｌ遺伝子の非保存領域中のＳ９１４Ｌ及びＡ１１６９ＡＴ変異も含有する；ｃ試料は、ＤＮＡ  ｐｏｌ遺伝子の非保存領域中のＡ１１６９ＡＴ変異も含有する；ｄ試料は、ＴＫ遺伝子中の公知の耐性関連の変異Ｔ２８７Ｍも含有する。
【０２１４】
【表４】
2021526362.tif 000007
【０２１５】
【表５】
2021526362.tif 000008
【０２１６】
表５は、ＨＳＶ−２  ＴＫ遺伝子における「天然の」多型及び耐性関連の置換及び挿入欠失並びに抗ウイルス感受性に対するその効果を示す。Ｒ＝耐性（ＡＣＶ及びＰＣＶ  ＩＣ５０＞４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞４００μＭ）；ＩＲ＝中程度の耐性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＞６．５μＭ＜４０μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＞３８μＭ＜４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞２５０＜４００μＭ）；Ｓ＝感受性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＜６．５μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＜３８μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＜２５０μＭ）；ＮＤ＝行われず；ｂウイルス以外のＴＫ遺伝子の非保存領域における変異は、単離されず、したがって表現型による薬物感受性試験は、実施できなかった。
【０２１７】
【表６】
2021526362.tif 000009
【０２１８】
表６は、ＨＳＶ−１  ｐｏｌ遺伝子における「天然の」耐性関連の置換及び挿入欠失並びに抗ウイルス感受性に対するその効果を示す。Ｒ＝耐性（ＡＣＶ及びＰＣＶ  ＩＣ５０＞４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞４００μＭ；ＣＤＶ  ＩＣ５０＞３０μＭ）；ＩＲ＝中程度の耐性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＞３μＭ＜４０μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＞１０μＭ＜４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞２５０＜４００μＭ）；ＣＤＶ  ＩＣ５０＞２４μＭ＜３０μＭ）；Ｓ＝感受性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＜３μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＜１０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＜２５０μＭ；ＣＤＶ  ＩＣ５０＜２４μＭ）。‡非保存領域中にＡ１１６９Ｔ変異も含有する；ａ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の欠失（Ｃ）（ｎｔ８８１〜８８５）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｂＴＫ遺伝子中の変異Ｍ  １２１Ｉも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｃ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ｒ１７６ｓｔｏｐも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｄ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ｑ２６１ｓｔｏｐも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｅ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の欠失（Ｇ）（ｎｔ４３０〜４３６）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｆ耐性と関連するＤＮＡ  ｐｏｌ遺伝子中の変異Ｓ７２４Ｎも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｇＴＫ遺伝子中の変異Ｌ４９Ｒも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｉ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の欠失（Ｃ）（ｎｔ５４８〜５５３）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｊ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の欠失（Ｇ）（ｎｔ４３０〜４３６）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｋ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の欠失（Ｇ）（ｎｔ４３０〜４３６）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｌ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ｒ１７６Ｗも含有する、試料における保存領域中の（及び耐性と関連する部位でのＬ８０２Ｒに対する）変異；ｍ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の欠失（Ｇ）（ｎｔ４３０〜４３６）も含有する、試料における保存領域中の変異；ｎ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ｒ２１６Ｃも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｏ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異欠失（Ｃ）（ｎｔ８９６〜９００）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｐ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ｖ２０４Ｇも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｑ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ａ９３Ｖも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｒ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異挿入（Ｇ）（ｎｔ４３０〜４３６）も含有する、試料における非保存領域中の変異；ｓ耐性と関連するＴＫ遺伝子中の変異Ｔ２８７Ｍも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｔＴＫ遺伝子中の変異欠失（Ｃ）（ｎｔ８８１〜８８５）も含有する、試料における非保存領域中の変異（また、この部位でのＱ置換は、公知の多型である）。
【０２１９】
【表７】
2021526362.tif 000010
【０２２０】
【表８】
2021526362.tif 000011
【０２２１】
表７は、ＨＳＶ−２  ｐｏｌ遺伝子における耐性関連の置換及び抗ウイルス感受性に対するその効果を示す。Ｒ＝耐性（ＡＣＶ及びＰＣＶ  ＩＣ５０＞４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞４００μＭ）；ＩＲ＝中程度の耐性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＞６．５μＭ＜４０μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＞３８μＭ＜４０μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＞２５０＜４００μＭ）；Ｓ＝感受性（ＡＣＶ  ＩＣ５０＜６．５μＭ；ＰＣＶ  ＩＣ５０＜３８μＭ；ＦＯＳ  ＩＣ５０＜２５０μＭ）；ａ耐性と関連するＤＮＡ  ｐｏｌ中の変異Ｓ７２９Ｎも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｂＴＫ遺伝子中の変異Ｑ９０ｓｔｏｐも含有する、試料における非保存領域中の変異；ｃＴＫ遺伝子中の変異欠失（Ｇ）（ｎｔ２７６〜２８０）も含有する、試料における非保存領域中の変異。
【０２２２】
【表９】
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【０２２３】
上の明細書で言及したすべての刊行物を参照によって本明細書に組み込む。本発明の記載した方法及び系の種々の改変形態及び変形形態は、本発明の趣旨及び範囲を逸脱することなく、当業者に明らかであろう。本発明を特定の好ましい実施形態に関して説明してきたが、特許請求される本発明は、こうした具体的実施形態に過度に限定されるべきではないことを理解するべきである。実際、生化学及びバイオテクノロジー又は関連分野の技術者に明らかである、本発明を実施するための説明した方式の種々の改変形態は、以下の特許請求の範囲内であることが意図される。
【０２２４】
配列
配列番号１（ＨＳＶ−１  ＴＫ核酸配列）
【化２】
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配列番号２（ＨＳＶ−１  ＴＫポリペプチド配列）
【化３】
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配列番号３（ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸配列）
【化４】
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【化５】
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配列番号４（ＨＳＶ−１  ＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチド配列）
【化６】
2021526362.tif 000017
配列番号５（ＨＳＶ−２  ＴＫ核酸配列）
【化７】
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配列番号６（ＨＳＶ−２  ＴＫポリペプチド配列）
【化８】
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配列番号７（ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌ核酸配列）
【化９】
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【化１０】
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配列番号８（ＨＳＶ−２  ＤＮＡ  ｐｏｌポリペプチド配列）
【化１１】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図１Ｆ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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