(57)【要約】起源組織を、サンプル中の核酸、例えばヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡに確率論的に割り当てるための方法が提供される。ヒドロキシメチル化プロファイルが、前記サンプルＤＮＡについて作成され、次いでヒドロキシメチル化プロファイルベクトルの参照データセット全体にわたって比較され、ここで各ヒドロキシメチル化プロファイルベクトルは、特定の参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイル、前記参照遺伝子座に関連する組織特異的遺伝子、および前記遺伝子および参照遺伝子座と関連する前記組織を識別する。起源組織は、前記比較の結果を用いて、前記サンプル核酸に確率論的に割り当てることができる。他の使用方法も提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
起源組織を、ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中の核酸に確率論的に割り当てるための方法であって、
（ａ）核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）前記核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するゲノム領域内に含まれる参照遺伝子座に対応すること；
（ｃ）（ａ）において検出されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的に類似する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
（ｄ）（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および対応する組織特異的遺伝子に基づいて、少なくとも１つの起源組織を前記核酸に割り当てること
を含む、方法。
【請求項２】
各参照遺伝子座が、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域内に含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記参照セットが、複数の組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
（ｃ）と（ｄ）の間に、（Ｃ’）前記実質的な類似性から、前記核酸が、前記少なくとも１つの参照遺伝子座に対応する起源組織を有する確率を決定することをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記実質的な類似性が、前記作成された核酸のヒドロキシメチル化プロファイルと、前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれとの間で識別される差異を含むヒドロキシメチル化差異データセットから検出される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ヒドロキシメチル化可変ゲノム領域が、前記対応する組織特異的遺伝子と機能的に関連する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記参照セットが、少なくとも、特定の参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイル；前記参照遺伝子座に関連する前記組織特異的遺伝子；および前記遺伝子および参照遺伝子座と関連する前記組織を識別する、ヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
各参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイルが、
前記参照遺伝子座内のヒドロキシメチル化密度；
前記参照遺伝子座内の全５−ヒドロキシメチルシトシン残基；
前記参照遺伝子座内の前記５−ヒドロキシメチルシトシン残基の位置；
半ヒドロキシメチル化または完全ヒドロキシメチル化としてのヒドロキシメチル化部位の識別；および
前記参照遺伝子座内の５−ヒドロキシメチルシトシン残基の相対位置
のうちの少なくとも１つを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
各参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイルが、ヒドロキシメチル化密度を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ヒドロキシメチル化密度が、前記参照遺伝子座内の、全修飾シトシン残基および非修飾シトシン残基に対する５−ヒドロキシメチルシトシン残基の比率を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ヒドロキシメチル化密度が、ヒドロキシメチル化されるＣｐＧ部位におけるシトシンの割合を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、遺伝子本体またはその構成要素の中に含まれる、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、イントロンまたはエクソンの中に含まれる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、前記遺伝子本体の外にあるゲノムアノテーション特徴の中に含まれる、請求項８に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、プロモーター、エンハンサー、転写開始部位、転写停止部位、ＤＮＡ結合部位、またはそれらの組み合わせの中に含まれる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、ＤＮＡ結合部位を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡ結合部位が、発現抑制領域を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＤＮＡ結合部位が、転写因子結合部位を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記転写因子結合部位が、転写抑制因子結合部位を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＤＮＡ結合部位が、ＣＴＣＦ結合部位を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
核酸の長さ；核酸フラグメント分布；メチル化プロファイル；およびヌクレオソームの位置のうちの少なくとも１つを決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記参照セット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、脂肪；副腎；膀胱；骨髄；脳；胸；結腸；大脳皮質；頸部；子宮；消化；子宮内膜；精巣上体；食道；卵管；胆嚢；胃腸；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；副甲状腺；胎盤；前立腺；唾液腺；精嚢；骨格筋；平滑筋；皮膚；脾臓；胃；精巣；甲状腺；扁桃；またはそれらの組み合わせを含むヒト組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記参照セット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、膀胱；骨髄；脳；胸；結腸；胃腸；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；胎盤；前立腺；皮膚；平滑筋；精巣；またはそれらの組み合わせを含むヒト組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記参照セット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、複数のヒト組織タイプのそれぞれについて、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれに関連する少なくとも１つの参照遺伝子座を含む、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記参照セットが、少なくとも３つの組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項２６】
前記参照セットが、少なくとも５つの組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記参照セットが、少なくとも１０の組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記参照セットが、少なくとも３０の組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記参照セットが、組織タイプあたり、少なくとも５つの遺伝子についてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】
前記参照セットが、組織タイプあたり、少なくとも２０の遺伝子についてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
各参照遺伝子座が、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＡＮＡＰＣ７、ＡＰＣＤＤ１Ｌ−ＡＳ１、ＡＰＯＡ１ＢＰ、ＣＡＬＨＭ２、ＣＡＳＣ３、ＣＬＥＣ２Ｌ、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＦＡＨＤ２Ｂ、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＯＰＮＬ、ＧＮＧ１１、ＧＳＮ、ＧＳＴＴＰ２、ＧＴＳＦ１、ＩＡＨ１、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６４４、ＬＡＭＣ１、ＬＩＮＣ００３１０、ＬＯＣ１００５０６３９４、ＬＯＣ１００５０７０６６、ＬＯＣ４９３７５４、ＭＡＰ１Ｂ、ＭＧＣ２７３８２、ＭＩＲ５６９５、ＮＥＮＦ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＲＰＬ３０、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＰＡＴＡ４、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＶＰＳ７２、ＷＦＤＣ３、ＺＮＦ７９１、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＦＦ２、ＡＮＫＲＤ１８Ｂ、ＡＮＫＲＤ１８ＤＰ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ５Ｐ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ８Ｐ、ＡＮＫＲＤ２６Ｐ１、ＡＮＫＲＤ３０ＢＰ２、ＡＮＫＲＤ３４Ｂ、ＡＮＫＲＤ３４Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＯＬＬ、ＢＲＩＰ１、Ｃ５ｏｒｆ６３、ＣＡ１、ＣＡＬＢ１、ＣＡＬＣＲ、ＣＣＤＣ３９、ＣＣＤＣ９６、ＣＤＣＡ５、ＣＤＨ１２、ＣＤＨ９、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＥＮＰＥ、ＣＥＮＰＫ、ＣＦＬ１、ＣＨＡＴ、ＣＯＭＭＤ５、ＣＯＭＭＤ８、ＣＲＩＳＰ１、ＣＲＩＳＰ２、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ１Ｓ２ＡＰ、ＣＴ６４、ＣＸＣＲ２、ＣＸｏｒｆ３０、ＤＡＺＬ、ＤＣＤＣ１、ＤＲＧＸ、ＤＳＧ１、ＤＵＴ、ＤＵＸ２、ＤＵＸ４Ｌ２、ＤＵＸ４Ｌ３、ＤＹＴＮ、ＥＤＡ２Ｒ、ＥＦＣＡＢ３、ＥＰＯＲ、ＥＶＸ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＣＡＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＯＸＡ２、ＧＡＢＰＢ１−ＡＳ１、ＧＡＢＲＡ１、ＧＡＢＲＡ４、ＧＡＢＲＧ１、ＧＡＬＮＴＬ６、ＧＦＥＲ、ＧＦＩ１、ＧＰＲ１５２、ＧＰＲ１５８−ＡＳ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＧＲＭ１、ＧＲＰ、ＧＲＸＣＲ１、ＧＹＰＡ、ＨＡＧＨＬ、ＨＣＲＴＲ２、ＨＥＰＨＬ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＫ３、ＨＭＢＳ、ＨＯＲＭＡＤ２、ＩＤ４、ＩＬ１７ＲＡ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＫＣＮＣ２、ＫＣＮＫ１８、ＫＩＦ１８Ａ、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＬＨＬ１、ＬＥＦ１−ＡＳ１、ＬＨＸ１、ＬＨＸ３、ＬＨＸ８、ＬＩＮＣ００２７３、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＮＣ００６４５、ＬＩＮＣ００６４８、ＬＬＰＨ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ１００２７０６７９、ＬＯＣ１００５０５７７６、ＬＯＣ１００５０６４２２、ＬＯＣ２８４８０１、ＬＯＣ３９２２３２、ＬＯＣ３９９８１５、ＬＯＣ４０１０７４、ＬＯＣ４０１１３４、ＬＯＣ４４００４０、ＬＯＣ４４０９７０、ＬＯＣ６４２２３６、ＬＯＣ７２７９２４、ＬＯＣ７２８０１２、ＬＰＯ、ＬＲＲＩＱ１、ＭＡＧＥＡ１１、ＭＡＧＯＨＢ、ＭＥＦＶ、ＭＩＦ４ＧＤ、ＭＩＲ５４８Ａ３、ＭＩＲ５６９２Ａ１、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＲＮ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＳ４Ａ３、ＭＳＲＢ１、ＭＹＯ３Ａ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ４、ＮＨＬＲＣ４、ＮＯＸＲＥＤ１、ＮＰＡＰ１、ＮＵＦ２、ＯＲ８Ｇ１、ＯＲ８Ｕ８、ＯＲＣ６、ＯＳＭ、ＯＴＸ２、ＰＡＸ３、ＰＢＫ、ＰＣＤＨ８、ＰＤＣＬ２、ＰＯＴＥＡ、ＰＲＯＫ２、ＰＲＲ７、ＲＡＢ２４、ＲＡＸ、ＲＢＭ４６、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ１９、ＲＩＭＳ２、ＲＮＦ１７５、ＲＲＭ２、ＳＡＴＢ２−ＡＳ１、ＳＣＮ１１Ａ、ＳＣＲＴ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＧＯＬ２、ＳＩＸ１、ＳＫＡ３、ＳＫＯＲ１、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＬＣ４Ａ１０、ＳＬＣ５Ａ７、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＮＡＰ９１、ＳＰＡＧ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＤＬ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＴＰＧ２、ＳＴＸＢＰ５Ｌ、ＴＡＲＭ１、ＴＤＲＤ５、ＴＥＸ１５、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＲＩＭ５８、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＵＮＣ１３Ｃ、ＵＳＰ６、ＶＲＫ１、ＶＳＴＭ１、ＶＷＤＥ、ＷＤＲ４９、ＷＦＤＣ８、ＷＦＤＣ９、ＺＩＣ５、ＺＮＦ２３０、ＺＮＦ３００Ｐ１、ＺＮＦ４７０、ＺＮＦ５０２、ＺＮＦ５９９、ＺＰＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ１５９、ＣＣＤＣ４２Ｂ、ＣＣＤＣ８、ＣＤ２４８、ＣＥＲＣＡＭ、ＣＮＴＮ２、ＣＲＢ２、ＥＶＩ５Ｌ、ＦＺＤ９、ＨＡＰＬＮ２、ＨＰＤＬ、ＬＩＮＣ００５７５、ＬＯＣ２８４９５０、ＬＯＣ３３９６６６、ＬＲＩＴ１、ＰＬＥＫＨＨ１、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ４６Ａ２、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＺＦＰ３６、Ｃ１ｏｒｆ１０９、ＣＡＣＮＡ１Ｆ、ＣＯＸ７Ｂ、ＥＦＮＢ１、ＦＧＬ２、ＦＬＪ３４２０８、ＧＮＲＨ１、ＧＳＴＴ１、ＩＬ１２Ａ、ＫＣＮＤ１、ＫＤＥＬＲ１、ＬＡＴ、ＬＯＣ１００１３０９９２、ＬＯＣ１００２８７０４２、ＬＯＣ４０１２４２、ＭＲＰＬ１０、ＮＴ５Ｃ３Ｂ、ＰＤＺＤ４、ＰＰＹＲ１、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＢＭＸＬ３、ＲＥＮＢＰ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＬＣ９Ａ６、ＸＢＰ１、ＺＮＦ１８９、ＡＢＲ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＣＤＣ７４Ａ、ＣＤＨ１３、ＣＨＲＮＡ１０、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＤＡＰ１Ｌ１、ＧＪＡ３、ＧＬＵＤ１Ｐ３、ＧＰＲＣ５Ｂ、ＬＯＣ１００５０６３４３、ＬＲＲＣ３７Ａ６Ｐ、ＬＲＲＣ４、ＭＵＬ１、ＭＹＯＭ２、ＮＤＵＦＢ８、ＮＴ５ＤＣ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ４、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＨＰＮ１−ＡＳ１、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＩＭＭ２１、ＴＮＮＴ１、ＴＯＲ４Ａ、ＵＢＡＣ１、ＷＤＲ３７、ＺＮＦ１２、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ５５０、ＺＮＦ８４３、ＺＮＦ８４４、ＡＧＡＰ６、ＡＳＴＮ１、ＢＢＳ２、Ｃ１８ｏｒｆ５６、Ｃ１９ｏｒｆ４５、ＣＩＮＰ、ＤＧＫＩ、ＤＰＹ３０、ＤＲＯＳＨＡ、ＦＡＭ１６９Ａ、ＦＡＭ６６Ｄ、ＦＯＮＧ、ＧＡＬＮＴ１５、ＧＤＡＰ１、ＧＨＲＨ、ＧＵＳＢＰ４、ＨＩＦ１ＡＮ、ＩＦＩＴ１Ｂ、ＩＮＴＳ２、ＪＡＫＭＩＰ２−ＡＳ１、ＫＧＦＬＰ２、ＬＩＮＣ００２９７、ＬＩＮＣ００７０７、ＬＯＣ１００２８８０６９、ＬＯＣ１００５０７１４０、ＬＰＨＮ３、ＬＹＰＤ１、ＬＺＩＣ、ＭＩＲ５４８Ｔ、ＭＲＡＰ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＰＰ１Ｒ１７、ＰＲＳＳ５４、ＰＲＳＳ５５、ＰＴＰＲＡ、ＲＧＳ７、ＳＮＲＮＰ３５、ＳＵＧＴ１Ｐ１、ＵＢＥ２Ｚ、ＷＤＲ４７、ＷＤＹＨＶ１、ＺＮＦ１１４、ＺＮＦ５５６、ＺＮＦ６１０、ＡＢＰ１、ＡＧＰＡＴ９、ＡＰＨ１Ｂ、ＡＳＡＰ２、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ａ、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、Ｃ１１ｏｒｆ６３、Ｃ１３ｏｒｆ３５、Ｃ１６ｏｒｆ９６、Ｃ１９ｏｒｆ２１、ＣＡ１２、ＣＣＤＣ６４、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＦＵＴ３、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＧＵＳＢＰ１１、ＨＡＶＣＲ１、ＨＯＸＣ５、ＩＮＡＤＬ、ＫＡＴＮＡ１、Ｌ２ＨＧＤＨ、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＬＯＣ１００５０６３０５、ＬＯＣ２８４１００、ＬＯＣ６５４４３３、ＬＹＧ１、ＭＯＲＮ４、ＭＴＮＲ１Ａ、ＰＡＱＲ５、ＰＡＲＧ、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＲＫＡＢ１、ＲＮＦ１１３Ｂ、ＳＥＮＰ８、ＳＥＴＤ３、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３０、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＢＣ１Ｄ７、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＣ１１、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＣＳＭ５、ＡＧＭＯ、ＡＧＸＴ２Ｌ１、ＡＫＲ１Ｃ２、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＫＲ１Ｄ１、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＨ、ＡＰＯＭ、ＡＱＰ９、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＳＧＲ２、ＡＳＰＧ、ＡＴＰ２Ｂ２、ＢＣＯ２、ＢＤＨ１、Ｃ３、Ｃ３Ｐ１、Ｃ５、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ８ｏｒｆ７４、ＣＡ５Ａ、ＣＡＢＰ２、ＣＡＬＲ３、ＣＤ７、ＣＤＫ１０、ＣＥＡＣＡＭ１６、ＣＥＳ１、ＣＦＨ、ＣＦＨＲ４、ＣＨＰ１、ＣＩＤＥＢ、ＣＬＰＴＭ１Ｌ、ＣＬＲＮ３、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＲＯＣＣＰ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ１８、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＣＹＰ７Ａ１、ＤＧＡＴ２、ＤＨＯＤＨ、ＤＰＹＳ、ＤＲＧ２、ＥＣＨＳ１、ＥＤＣ４、ＥＩ２４、ＥＮＯ１、Ｆ１３Ｂ、Ｆ２、Ｆ７、Ｆ９、ＦＡＳＮ、ＦＥＴＵＢ、ＧＣＨ１、ＧＣＫＲ、ＧＤＰＤ４、ＧＦＲＡ１、ＧＨＲ、ＧＬＴ１Ｄ１、ＧＰＡＭ、ＧＳＤＭＢ、ＨＡＬ、ＨＡＯ１、ＨＡＰＬＮ４、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＨＹＬＳ１、ＩＧＦ２、ＩＧＦ２−ＡＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＳＹ１−ＲＡＢ４３、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ４、ＩＶＤ、ＫＬＣ４、ＬＢＰ、ＬＥＦＴＹ１、ＬＩＰＧ、ＬＯＣ１００２８８１２２、ＬＯＣ２８４８６５、ＬＰＡＬ２、ＬＲＲＣ１６Ｂ、ＭＡＳＰ１、ＭＧＭＴ、ＭＳＴ１、ＭＴＴＰ、ＮＡＴ９、ＮＢＲ２、ＮＥＬＦＥ、ＮＲ１Ｉ２、ＮＵＰ８８、ＯＳＧＩＮ１、ＰＡＨ、ＰＡＲＤ６Ａ、ＰＣＳＫ９、ＰＥＸ１９、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＨＧＤＨ、ＰＨＹＨ、ＰＫＬＲ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ｂ、ＰＬＧ、ＰＮＰＬＡ３、ＰＯＦＵＴ１、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＮ１、ＰＰＬ、ＰＲＡＰ１、ＰＲＫＡＧ３、ＰＲＯＣ、ＰＵＳ３、ＲＡＮＢＰ１０、ＲＣＥ１、ＲＮＤ１、ＲＮＦ１２３、ＲＯＲＣ、ＲＰＵＳＤ４、ＳＡＡ２−ＳＡＡ４、ＳＣＰ２、ＳＥＣ１６Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＫＩＶ２Ｌ、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ２５、ＳＬＣ２５Ａ２０、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＳＭＬＲ１、ＳＮＡＰＣ５、ＳＰＰ２、ＳＲＤ５Ａ１、ＳＴＡＴ２、ＳＴＥＡＰ３、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＨＮＳＬ２、ＴＩＡＦ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＴＭＰＲＳＳ６、ＴＴＣ３１、ＴＴＣ３８、ＵＲＯＣ１、ＸＹＬＢ、ＺＣＣＨＣ９、ＺＳＣＡＮ２２、ＡＤＡＭ９、ＡＮＫＲＤ５０、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＬ６、ＡＲＳＪ、ＢＭＰ５、ＢＭＰＲ２、ＢＴＧ３、Ｃ１ｏｒｆ１４０、ＣＡＬＭ２、ＣＣＤＣ１０２Ｂ、ＣＣＮＬ１、ＣＣＲ５、ＣＤ３６、ＣＨＮ１、ＣＬＩＣ２、ＣＰＥＢ２、ＣＲＢＮ、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＣＹＹＲ１、ＤＡＣＨ１、ＤＧＫＥ、ＤＧＫＨ、ＤＩＳＰ１、ＤＯＣＫ４、ＥＴＶ１、ＥＸＯＣ１、ＦＡＭ２０４Ａ、ＦＡＴ４、ＦＧＤ５−ＡＳ１、ＦＬＪ３４５０３、ＦＲＹＬ、ＧＢＰ１Ｐ１、ＧＮＢ４、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１６、ＨＭＣＮ１、ＨＭＧＮ１、ＩＦＩ４４、ＩＬ１５、ＩＴＧＡ２、ＫＡＬ１、ＫＤＲ、ＫＩＴＬＧ、ＫＬＨＬ４１、ＬＤＢ２、ＬＩＮＣ０００３２、ＬＩＮＣ００２４０、ＬＩＮＣ００５５１、ＬＩＮＣ００６５７、ＬＯＣ１００１３１２３４、ＬＯＣ１００５０５４９５、ＬＯＣ１００５０７２１７、ＬＯＣ６４３７３３、ＬＰＡＲ６、ＭＧＰ、ＯＤＦ２Ｌ、ＰＥＡＫ１、ＰＫＩＡ、ＰＬＥＫＨＡ１、ＰＬＥＫＨＧ７、ＰＴＰＲＢ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＬＡ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＣＣ１、ＳＡＭＤ１２、ＳＥＳＴＤ１、ＳＨ３ＧＬＢ１、ＳＫＡＰ２、ＳＬＣ３５Ａ５、ＳＭＵＲＦ２、ＳＰＲＥＤ１、ＳＲＳＦ１、ＴＣＦ４、ＴＩＧＤ４、ＴＭＥＭ２０７、ＴＭＯＤ３、ＵＨＭＫ１、ＶＥＧＦＣ、ＸＩＳＴ、ＹＩＰＦ５、ＺＣ２ＨＣ１Ａ、ＺＥＢ１、ＡＫＮＡ、ＡＮＫＲＤ３４Ａ、Ｃ１４ｏｒｆ１８３、ＣＣＤＣ１０７、ＣＤ１８０、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ７４、ＣＤＣ４２ＳＥ２、ＣＨＭＰ７、ＣＯＴＬ１、ＣＹＴＨ１、ＦＡＩＭ３、ＦＡＭ６５Ｂ、ＧＰＸ４、ＧＳＴＰ１、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＶＣＮ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＬ６、ＩＴＧＢ７、ＬＯＣ１００１３０５５７、ＭＤＭ４、ＭＥＴＴＬ２１Ｄ、ＭＧＣ１６２７５、ＭＩＲ５４８ＡＮ、ＮＡＰＳＢ、ＲＰＬ３９Ｌ、ＲＰＳ１１、ＳＥＰＴ６、ＳＨ２Ｄ３Ｃ、ＴＡＰ１、ＴＥＡＤ２、ＴＭＥＭ６０、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＡＦ１、ＵＢＡＣ２、ＵＣＰ２、ＷＤＲ８７、ＡＣＴＡ２、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、ＡＴＰ１Ｂ２、ＢＩＣＤ１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＯＬ１４Ａ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＫＬＦ４、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＩＮＣ００６７２、ＬＯＣ１００１２９６１７、ＬＯＣ３３９２９８、ＬＲＲＣ１７、ＮＤ
Ｐ、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＲＯＢＯ４、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＹＴＬ４、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＵＢＸＮ８、ＺＮＦ９３、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＵＮ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＢＩＰ１、Ｃ６ｏｒｆ２０１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＣＤＣ６５、ＣＤＫ１４、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＨＲＮＡ７、ＣＬＣＮ３、ＣＬＤＮ１、ＣＰＡ３、ＣＵＺＤ１、ＤＮＡＪＣ１０、ＤＮＡＪＣ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＯ１ＬＢ、ＦＡＩＭ、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ２２１Ａ、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＧＡＲＳ、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＨＳＰＡ１３、ＩＦＲＤ１、ＩＮＴＳ６、ＫＣＴＤ１６、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＭＡＮ１、ＬＯＣ１５４０９２、ＬＯＣ２０１６５１、ＬＯＣ６４４８３８、ＬＹＰＤ６Ｂ、ＭＡＮ１Ａ２、ＭＧＣ７２０８０、ＭＫＮＫ１、ＭＰＰ６、ＭＳＲＢ２、ＮＡＡ１６、ＮＯＭＯ２、ＯＳＴＣ、ＰＥＸ７、ＰＧＲＭＣ２、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＰＰ１Ｒ９Ａ、ＰＲＲＣ１、ＰＲＳＳ３、ＲＮＰＣ３、ＳＣＦＤ１、ＳＣＲＮ３、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ１６Ａ７、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＯＲＢＳ２、ＳＲＢＤ１、ＳＳＲ１、ＴＤＨ、ＴＤＰ２、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＭＥＭ６５、ＴＲＨＤＥ、ＴＲＩＭ４４、ＵＧＴ２Ａ３、ＵＭＯＤ、ＷＤＦＹ２、ＷＨＡＭＭ、ＸＰＯＴ、ＡＣＥＲ２、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＣＹ１０、ＡＤＣＹ７、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＡＩＭ１Ｌ、ＡＫＮＡＤ１、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＡＭＯＴ、ＡＮＧＰＴ２、ＡＰＯＬＤ１、ＡＴＦ３、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＡＴＲＩＰ、ＢＣＡＲ３、ＢＣＡＲ４、ＢＥＡＮ１、ＢＰＧＭ、ＢＴＢＤ１９、Ｃ１１ｏｒｆ７０、Ｃ１６ｏｒｆ４６、Ｃ１６ｏｒｆ７４、Ｃ１７ｏｒｆ９８、Ｃ１ＱＴＮＦ６、Ｃ２ｏｒｆ６２、Ｃ２ｏｒｆ８３、Ｃ３ｏｒｆ５２、Ｃ４ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ５１、Ｃ６ｏｒｆ９９、Ｃ７ｏｒｆ７１、Ｃ９ｏｒｆ１２９、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３−ＡＳ１、ＣＡＰＮ６、ＣＣＤＣ１２５、ＣＥＰ４１、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＰＡ４、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＳＬ３Ｐ、ＣＸｏｒｆ５６、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＤＸ５９、ＤＬＸ３、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６−ＡＳ１、ＤＮＭＴ１、ＤＵＳＰ４、ＥＢＩ３、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＰＡＳ１、ＥＰＳ８Ｌ１、ＥＲＶＦＲＤ−１、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＸＴＬ１、ＥＺＲ、ＦＡＭ１８４Ａ、ＦＡＭ８９Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＦＢＬＮ１、ＦＢＮ２、ＦＨＤＣ１、ＦＯＬＲ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＢＡ、ＧＣＭ１、ＧＤＰＤ３、ＧＬＤＮ、ＧＭ２Ａ、ＧＰＲ１５６、ＧＳＧ１、ＧＳＴＡ３、ＧＳＴＡ４、ＨＥＬＬＳ、ＨＯＰＸ、ＨＳＤ１１Ｂ２、ＨＳＰＢＡＰ１、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＡＴＮＢＬ１、ＫＩＡＡ１４６７、ＫＩＡＡ１６０９、ＫＩＳＳ１、ＫＬＲＧ２、Ｌ１ＴＤ１、ＬＣＭＴ１、ＬＣＴＬ、ＬＩＮ２８Ｂ、ＬＩＮＣ００４３９、ＬＯＣ１００１３１５６４、ＬＯＣ１００５０６７４６、ＬＯＣ１００５２７９６４、ＬＯＣ１５１４７５、ＬＯＣ１５２５７８、ＬＯＣ２８４５５１、ＬＯＣ６４３４４１、ＭＢ２１Ｄ２、ＭＥＤ１２、ＭＥＴＴＬ２１Ｃ、ＭＦＳＤ２Ｂ、ＭＧＣ１６１２１、ＭＩＮＡ、ＭＯＲＣ４、ＭＳＡＮＴＤ３、ＭＵＴＹＨ、ＮＯＳ３、ＮＶＬ、ＮＸＦ１、ＯＬＲ１、ＯＳＣＰ１、ＯＳＴＣＰ１、Ｐ２ＲＹ６、ＰＣＢＰ１−ＡＳ１、ＰＤＥ６Ａ、ＰＧＣ、ＰＧＦ、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡＣ４、ＰＰＰ１Ｒ１４Ｄ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＰＴＧＥＳ、ＰＶＲＬ３−ＡＳ１、ＰＶＲＬ４、ＰＷＷＰ２Ｂ、ＲＡＢ３６、ＲＨＯ、ＲＮＦ２２２、ＲＰＳＡＰ５８、ＲＳ１、ＳＢＦ２−ＡＳ１、ＳＣＩＮ、ＳＤＣ１、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＥＰＴ１２、ＳＨ２Ｄ７、ＳＨ３ＧＬＢ２、ＳＬＣ１３Ａ４、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＬＣ２Ａ１−ＡＳ１、ＳＭＡＧＰ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＩＭ１３、ＳＮＸ１２、ＳＰ６、ＳＰＥＳＰ１、ＳＰＩＲＥ２、ＳＴ３ＧＡＬ６−ＡＳ１、ＳＶＥＰ１、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ３、ＴＭＥＭ２１６、ＴＭＥＭ２１８、ＴＭＥＭ５２Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＰ６３、ＴＰＲＸＬ、ＴＲＩＭ２９、ＴＲＰＶ５、ＴＵＦＴ１、ＵＳＨＢＰ１、ＶＡＭＰ５、ＶＧＬＬ１、ＷＢＰ２ＮＬ、ＸＲＣＣ２、ＺＤＨＨＣ１、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ３５４Ｂ、ＺＮＦ４６８、ＺＮＦ５２５、ＺＮＦ７０２Ｐ、ＺＮＦ９０、ＺＰ３、ＺＳＷＩＭ２、ＺＳＷＩＭ７、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＤＨ１Ａ２、ＡＮＫＲＤ６６、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ１ｏｒｆ８５、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＱ７、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＬＪ３９０８０、ＧＤＥＰ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＩＳＸ、ＫＬＫＰ１、ＭＣＣＣ２、ＭＥＡＦ６、ＭＦＳＤ４、ＭＲＰＳ２３、ＮＣＡＰＤ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＡＺ３、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＣＡＴ１、ＰＩ１５、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＳＭＡ４、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２６Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＴＣ１２、ＵＳＰ５０、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ５８９、ＡＫＩＰ１、ＡＲＨＧＥＦ２６−ＡＳ１、ＡＴＧ４Ａ、ＢＯＬＡ３、ＣＨＭＰ４Ａ、ＤＨＨ、ＥＰＰＫ１、ＦＣＨＳＤ１、ＧＡＤＬ１、ＧＣＣ１、ＧＩＰＣ３、ＨＩＧＤ２Ｂ、ＨＴＲ３Ｃ、ＬＩＮＣ００６５４、ＬＯＣ９１９４８、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＺＮＦ２０２、ＺＮＦ２０５−ＡＳ１、ＺＮＦ４２６、ＡＣＯＴ１、Ｃ１２ｏｒｆ５４、ＣＲＥＢ３、ＤＤＮ、ＦＡＭ５０Ａ、ＦＮＤＣ４、ＧＯＲＡＳＰ１、ＧＵＣＡ１Ｂ、ＩＭＰＤＨ２、ＬＩＮＣ００２８４、ＬＯＣ１００１２８０７６、ＬＯＣ１００１２８６８２、ＬＯＣ１００１３１４３４、ＬＲＰ１０、ＬＲＲＣ５５、ＬＲＲＣ７３、ＮＯＴＯ、ＲＮＦ１１２、ＲＴＢＤＮ、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＮ、ＴＲＩＭ５０、ＵＢＥ２Ｔ、ＺＮＦ３９１、ＺＮＦ７９２、ＡＬＸ４、ＡＱＰ２、ＡＴＡＤ３Ｂ、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＣＤＣ１１４、ＣＣＤＣ２７、ＣＣＮＦ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＩＬＰ、ＤＥＳ、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＢ８−ＡＳ１、ＤＲＤ４、ＥＦＣＡＢ６−ＡＳ１、ＦＡＭ１５３Ｂ、ＦＡＭ１６３Ｂ、ＦＧＤ２、ＨＳＤ１７Ｂ３、ＩＦＩ２７Ｌ１、ＩＧＦＮ１、ＩＴＰＲ３、ＫＣＮＫ１５、ＫＩＦＣ２、ＫＲＴ７８、ＫＲＴ８２、ＬＯＣ１００５０６３８５、ＬＯＣ２８３９１４、ＬＯＣ２８４６６１、ＬＯＣ３９９８２９、ＬＯＣ６５３７１２、ＬＯＣ７２８７１６、ＭＡＧＥＤ２、ＭＹＨ１６、ＭＹＬＫ２、ＮＰＴＸ２、ＰＬＫ５、ＰＭＳ２ＣＬ、ＰＮＰＬＡ１、ＰＯＤＮＬ１、ＰＯＬＤ１、ＰＲＭＴ８、ＰＴＰＲＶＰ、ＲＤ３、ＲＩＭＳ４、ＲＮＵ６−８１、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＳＡＬＬ４、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＰＡＴＡ３１Ｅ１、ＳＴＡＢ１、ＳＵＬＴ４Ａ１、ＴＣＥＲＧ１Ｌ、ＴＥＫＴ４Ｐ２、ＴＨＥＧ、ＴＭＥＭ１３０、ＴＰＯ、ＵＰＫ３Ｂ、ＷＡＳＨ３Ｐ、ＷＲＡＰ５３、ＺＮＦ２８０Ｂ、またはＺＮＦ７９３を含む、異なって表現される遺伝子の中に含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
各参照遺伝子座が、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＧＴＳＦ１、ＫＣＮＭＢ１、ＭＡＰ１Ｂ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＷＦＤＣ３、ＡＢＣＡ１３、ＡＺＵ１、ＣＡ１、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＬＥＣ６Ａ、ＤＡＺＬ、ＤＲＧＸ、ＤＹＴＮ、ＥＬＡＮＥ、ＦＣＡＲ、ＧＦＩ１、ＧＹＰＡ、ＨＫ３、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＬＩＮＣ００３３３、ＬＩＮＣ００５５０、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＰＮ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ４４２０２８、ＬＰＯ、ＭＥＦＶ、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＰＯ、ＭＳ４Ａ３、ＭＹＢ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＭＥ８、ＯＲ８Ｕ８、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＲＰＢＰ、ＰＡＸ３、ＰＤＣＬ２、ＰＲＤＭ１３、ＰＲＯＫ２、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ２１、ＲＲＭ２、ＲＸＦＰ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＩ１、ＳＰＴＡ１、ＴＡＲＭ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＲＩＭ５８、ＶＳＴＭ１、ＸＫＲ３、ＡＳＰＨＤ１、ＢＲＳＫ１、ＣＣＤＣ１７７、ＣＮＴＮ２、ＨＡＰＬＮ２、ＫＣＮＪ１０、ＫＩＦ１Ａ、ＬＧＩ３、ＮＣＡＮ、ＮＲ２Ｅ１、ＲＨＢＤＬ３、ＴＭＥＭ１５１Ａ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＭＥＭ５９Ｌ、ＺＮＦ４８８、ＦＧＬ２、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＤＨ１３、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＪＡ３、ＭＹＯＭ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＮＮＴ１、ＡＳＴＮ１、ＤＧＫ１、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、ＣＡ１２、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＨＡＶＣＲ１、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＰＡＱＲ５、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＨＳＧ、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＨ、ＡＳＧＲ１、ＡＳＧＲ２、Ｃ３Ｐ１、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ９、ＣＡ５Ａ、ＣＦＨＲ４、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＨＯＤＨ、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ７、ＧＣ、ＨＡＬ、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＩＮＨＢＣ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＫＮＧ１、ＬＢＰ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＯＤＨ２、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ４７、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＭＰＲＳＳ６、ＵＲＯＣ１、ＡＮＸＡ３、ＢＭＰ５、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＤＲＡＭ１、ＦＭＯ２、ＧＮＡ１５、ＩＤＯ１、ＫＣＮＳ３、ＬＩＭＣＨ１、ＭＢＩＰ、ＰＡＰＳＳ２、ＰＣＤＨ１７、ＲＳＰＨ４Ａ、ＲＴＫＮ２、ＴＲＰＣ６、ＡＣＡＰ１、ＡＫＮＡ、ＡＲＨＧＡＰ９、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＩＲＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＤ１８０、ＣＤ３７、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４０、ＣＥＴＰ、ＣＩＩＴＡ、ＣＬＥＣ２Ｄ、ＣＮＲ２、ＣＸＣＲ５、ＤＯＣＫ１０、ＥＴＳ１、ＧＰＲ１３２、ＧＰＲ１８、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ７、ＩＴＫ、ＫＩＡＡ１５５１、ＫＬＨＬ６、ＬＣＫ、ＬＩＮＣ００４２６、ＬＹ８６、ＭＤＳ２、ＭＥＯＸ２、ＭＸ２、ＮＡＰＳＢ、ＰＡＴＬ２、ＰＣＥＤ１Ｂ−ＡＳ１、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＬＶＡＰ、ＰＯＵ２Ｆ２、ＳＣＩＭＰ、ＳＣＭＬ４、ＳＬＦＮ１２Ｌ、ＳＭＡＰ２、ＳＰ１１０、ＳＰＩＢ、ＴＬＲ１０、ＴＭＣ８、ＴＭＥＭ１５６、ＴＮＦＡＩＰ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２２、ＵＣＰ２、ＺＣ３Ｈ１２Ｄ、ＡＢＣＡ１０、ＡＣＳＳ３、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＬＤＮ１１、ＣＯＬ１４Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＥＳＲ２、ＦＡＭ１９８Ｂ、ＦＺＤ３、ＧＡＬＮＴ１０、ＧＬＩ２、ＧＳＴＭ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＨＸ９、ＬＲＲＣ１７、ＭＣＨＲ１、ＭＲＣ２、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＰＫＮＯＸ２、ＰＴＣＨ２、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＩＭＣ１、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＵＬＦ２、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＴＴＣ８、ＵＢＸＮ８、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＮＳ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＣＡＴ１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＬＤＮ１、ＣＮＩＨ３、ＣＯＣＨ、ＣＵＺＤ１、ＤＥＦＢ１、ＥＧＦ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＰ２７、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＦＢＸＷ１２、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＫＣＴＤ１６、ＫＩＡＡ１３２４、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＮＸ２、ＭＫＮＫ１、ＮＡＡ１６、ＮＰＨＳ１、ＰＡＩＰ２Ｂ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＲＳＳ３、ＳＣＧＮ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＴＣ２Ｎ、ＴＤＨ、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＲＨＤＥ、ＵＭＯＤ、ＡＤＡＭ１２、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＢＣＡＲ４、ＢＭＰ１、ＢＰＧＭ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＥＰＤＣ１Ｂ、ＤＬＸ５、ＥＢＩ３、ＧＣＭ１、ＧＰＲ７８、ＧＳＴＡ３、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＩＳＳ１、ＫＲＴ２３、ＬＩＮ２８Ｂ、ＭＭＰ１１、ＰＧＦ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ３、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＳＰＴＬＣ３、ＴＰＲＸＬ、ＺＦＡＴ、ＺＮＦ５５４、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＯＸ１５Ｂ、ＡＮＯ７、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＡＮＴ１、ＣＡＳＺ１、ＣＢＦＡ２Ｔ２、ＣＨＲＭ１、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＬ２６Ａ１、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＡＭ１３５Ａ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＫＬＫ２、ＫＬＫＰ１、ＭＭＥ、ＭＰＰＥＤ２、ＭＵＣ１２、ＮＡＮＳ、ＮＣＡＰＤ３、ＮＥＦＨ、ＮＩＰＡＬ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＤＥ９Ａ、ＰＩ１５、ＰＭＥＰＡ１、ＰＯＴＥＦ、ＲＤＨ１１、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＩＭ２、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２２Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＰＤＥＦ、ＳＴＥＡＰ２、ＴＨＳＤ４、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＸＮＤＣ１６、ＵＲＢ１、ＶＩＰＲ１、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ６１３、ＺＮＦ６４９、ＺＮＦ７６１、ＺＮＦ８２７、ＧＡＤＬ１、ＧＩＰＣ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＣＣＤＣ２７、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＣ５Ｇ、ＦＢＸＯ２４、ＩＧＬＬ１、ＭＯＶ１０Ｌ１、ＳＥＰＴ１４、ＴＨＥＧ、またはＴＴＣ１６を含む、異なって表現され、異なって発現される遺伝子の中に含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記無細胞流体サンプル中の複数のＤＮＡフラグメントの起源組織を決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
（ａ）ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、（ｉ）組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座、および（ｉｉ）特定の組織または器官の状態に関連すること；および
（ｃ）前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較した、前記対象について作成されたヒドロキシメチル化プロファイル基づいて、前記対象における特定の組織または器官の状態を識別すること
を含む、前記ヒト対象における組織または器官の状態を検出するための方法。
【請求項３５】
前記参照セットが、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれにおける少なくとも１つの参照遺伝子座を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
検出された状態に基づいて、診断、処置の判断、または予後を行うことをさらに含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
（ａ）ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座における初期ヒドロキシメチル化プロファイルを作成することであって、前記ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織または器官の初期状態に関連すること；
（ｂ）その後の時点において、前記対象から得た無細胞流体サンプル中の前記と同一の１またはそれを超える遺伝子座における、その後のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
（ｃ）前記その後のヒドロキシメチル化プロファイルを前記初期ヒドロキシメチル化プロファイルと比較して、組織または器官の状態の変化を検出すること
を含む、前記ヒト対象における組織または器官の状態の変化を検出するための方法。
【請求項３８】
前記組織または器官に関連する状態、疾患、または障害の進行をモニタリングするために、ステップ（ｂ）を、さらに１またはそれを超える回数繰り返すことを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
治療的介入の有効性をアセスメントすることを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
経時的に遺伝子発現の変化をモニタリングすることを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
検出された状態の変化に基づいて、診断、処置の判断、または予後を行うことをさらに含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
ヒト血漿から得た無細胞ＤＮＡサンプルを分析するための改良された方法であって、前記サンプル中の無細胞ＤＮＡフラグメントが、単離、増幅、およびシーケンシングされ、前記改良が、
（ａ）前記無細胞サンプル中のＤＮＡフラグメントのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは組織特異的遺伝子に対応する参照遺伝子座に関連し、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは少なくとも１つの末梢血単核球（ＰＢＭＣ）ヒドロキシメチル化プロファイルを含むこと；および
（ｃ）前記比較から、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別すること
によって、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別することを含む、改良された方法。
【請求項４３】
（ｂ）および（ｃ）から、ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルを推定することをさらに含む、請求項４２の改良された方法。
【請求項４４】
前記ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルに基づいて、前記サンプルが無細胞ＤＮＡ分析に適しているか否かについて判定することをさらに含む、請求項４３の改良された方法。
【請求項４５】
前記参照セットが、それぞれがＰＢＭＣサブタイプに関連する遺伝子座に対応する、複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのベクトルを含む、請求項４２の改良された方法。
【請求項４６】
前記無細胞サンプル中のＰＢＭＣコンタミネーションをオフセットするために、前記ベクトルを使用することをさらに含む、請求項４５の改良された方法。
【請求項４７】
前記無細胞サンプル中のＰＢＭＣコンタミネーションのオフセットが、修正ベクトルを使用して、変異負荷、フラグメントカウント、バリアントアレル頻度、およびマイナーアレル頻度のうちの少なくとも１つをキャリブレーションおよび正規化することを含む、請求項４６の改良された方法。
【請求項４８】
起源組織を、ヒト対象から得たサンプル中の無細胞ＤＮＡに確率論的に割り当てるための方法であって、
（ａ）
（ｉ）前記無細胞ＤＮＡ中の５−ヒドロキシメチルシトシン残基のみにアフィニティータグを付加すること；
（ｉｉ）支持体に結合させることによって、アフィニティータグでタグづけされたＤＮＡ分子を富化すること；
（ｉｉｉ）前記富化されたＤＮＡ分子をシーケンシングし、各５−ヒドロキシメチルシトシン部位が識別されたマップを提供すること
によって、前記サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域中の参照遺伝子座に関連すること；
（ｃ）前記作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的に類似する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する前記参照データセット中の少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
（ｄ）少なくとも１つの起源組織を、（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および前記対応する組織特異的遺伝子に基づいて、シーケンシングされた各ＤＮＡ分子に割り当てること
を含む、方法。
【請求項４９】
前記参照セットが、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれに関連する少なくとも１つの参照遺伝子座を含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記アフィニティータグが、ビオチンである、請求項４８または請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＤＮＡの末端にアダプター配列を付加すること；前記アダプター結合ＤＮＡを、ＤＮＡβーグルコシルトランスフェラーゼ、および化学選択的基で修飾されたＵＤＰグルコースとインキュベートし、それによって前記ＤＮＡ中のヒドロキシメチル化ＤＮＡ分子を、前記化学選択的基で共有結合により標識すること；付加環化反応によって、ビオチン部分を前記化学選択的に修飾されたＤＮＡに結合すること；ビオチン結合支持体によって前記ビオチン化ＤＮＡ分子を富化すること；前記アダプターに結合するプライマーを用いて、前記富化されたＤＮＡを増幅すること；および前記増幅されたＤＮＡをシーケンシングし、複数の配列読み取りデータを得ること、を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
（ａ）（ｉｉ）の前に、さらに、前記サンプルから、非修飾ＤＮＡおよび非修飾５−メチルシトシン残基を含むＤＮＡを残して、前記タグづけされた５−ヒドロキシメチルシトシン含有ＤＮＡを除去する、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記非修飾５−メチルシトシン残基を含むＤＮＡのメチル化状態を確認することをさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
ヒト対象が、組織または器官の異常な状態を生じやすいか否かを判定するための方法であって、
（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座におけるヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）前記検出されたヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれ（ｉ）組織特異的遺伝子上の参照遺伝子座、および（ｉｉ）前記特定の組織または器官の異常な状態の生じやすさを示す前記組織の状態に関連する、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
（ｃ）（ｂ）における比較から、前記組織の異常な状態の生じやすさを識別すること
を含む、方法。
【請求項５５】
ヒト対象から得た無細胞ＤＮＡのサンプル中の、異なる起源組織に関連する核酸を鑑別するための方法であって、
（ａ）前記無細胞ＤＮＡサンプル中の、複数の核酸のそれぞれのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）各ヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれが組織特異的遺伝子上の特定の参照遺伝子座に関連する、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
（ｃ）（ｂ）における比較に基づいて、異なる組織を起源とする核酸を鑑別すること
を含む、方法。
【請求項５６】
前記参照セットが、セット３Ａ、セット３Ｂ、セット３Ｃ、セット３Ｄ、セット３Ｅ、セット３Ｆ、セット３Ｇ、セット３Ｈ、セット３Ｉ、セット３Ｊ、セット３Ｋ、セット３Ｌ、セット３Ｍ、セット３Ｎ、セット３Ｏ、セット３Ｐ、セット３Ｑ、セット３Ｒ、およびセット３Ｓから選択される、２またはそれを超える参照セットを含む、請求項５５の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
技術分野
本発明は、一般に、バイオテクノロジーに関し、より具体的には、無細胞ＤＮＡのエピジェネティック分析の利用方法に関する。本発明は、ゲノム学、医学、診断、およびエピジェネティック研究の分野で使用することができる。
【背景技術】
【０００２】
背景
医学に関連する多くの分野、例えば診断、セラノスティクス、および患者モニタリングにおいて、生物学的サンプルを分析し、その分析から有用な情報を抽出する、より高精度な方法が現在も要求されているが、この要求は、多くの場合に正確度（ａｃｃｕｒａｃｙ）および効率という目的と競合する。分析方法は、高速処理および自動化に適し、迅速かつコストパフォーマンスよく必要な結果が得られ、また高い感受性と特異性を実現すべきである。さらに、分析方法によって得られる情報は、最大限に有用であるべきである。患者のＤＮＡを分析するための方法において、例えば、病理学的段階の存在を診断するのに十分な情報を迅速に提供することができれば理想的であろう。
【０００３】
近時、エピジェネティクス分野の研究者は、ＤＮＡが特定の組織または器官に由来するものである可能性を突き止めるために、患者のＤＮＡのメチル化状態を用いる試験方法を提案している。例えば、種々の組織のメチル化プロファイルを得るためにゲノム範囲にわたるバイサルファイトシーケンシングを使用することを記述しているＳｕｎら（２０１５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１１２（４０）：Ｅ５５０３−Ｅ５５１２、および腫瘍由来のＤＮＡの起源組織を識別するためにＤＮＡメチル化パターンを使用することを記述しているＫａｎｇら（２０１７）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １８：５３を参照のこと。
【０００４】
無細胞ＤＮＡ分析は、非侵襲的で、手術を必要とせずに患者サンプルを評価することを可能にするという利点を有する、比較的最近のものである。しかしながら、特に無細胞ＤＮＡはとても少量で、概して血漿１ｍＬあたり数ナノグラムのＤＮＡしか含まれていないため、無細胞ＤＮＡの分析には固有の問題もある。この問題は、比較的まれなＤＮＡ修飾（例えば５−メチルシトシンと、さらにまれな５−ヒドロキシメチルシトシン）を検出しなければならないエピジェネティック分析に関連して無細胞ＤＮＡを用いるとき、いっそう大きなものとなる。
よって、得られる情報に特定の遺伝子本体（ｇｅｎｅ  ｂｏｄｙ）またはそのフラグメントの起源である組織または器官が含まれる、無細胞ＤＮＡに利用できるエピジェネティック分析方法の技術分野における必要性が現在も存在している。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｓｕｎら（２０１５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１１２（４０）：Ｅ５５０３−Ｅ５５１２
【非特許文献２】Ｋａｎｇら（２０１７）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １８：５３
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
発明の要旨
エピジェネティクス分野が発展するにつれて、まれなＤＮＡ修飾である５−ヒドロキシメチルシトシン（５ｈｍＣ）の検出が、メチル化されたアナログ、すなわち５−メチルシトシンの検出と同じくらい重要である可能性が明らかとなった。
【化１】
2021527436.tif 000002
【０００７】
５ｈｍＣの出現頻度は、５ｍＣよりも大幅に低く、組織タイプによるが、典型的な比率は約１０：１であり（Ｎｅｓｔｏｒら（２０１２）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １３：Ｒ８４参照）、５ｍＣは、全ＤＮＡ塩基の約１％に相当する。バイサルファイトシーケンシングでは、５ｍＣと５ｈｍＣとを識別できず、よって、５ｍＣおよび５ｈｍＣ残基を個別に検出できる他の方法が必要である。５ｈｍＣは、５ｍＣよりも非常に少ないことが多いため、どのような５ｈｍＣ検出方法にせよ、識別される全５ｈｍＣ残基の割合に関して、高い効率ならびに高い選択性を発揮する必要がある。これは、実際上、５ｈｍＣとして識別される実質的に全ての残基が５ｈｍＣ残基であるべきであることを意味する。５ｈｍＣが転写、ＤＮＡ脱メチル化などの種々のプロセスに関係し、異常な５ｈｍＣパターンの場合は腫瘍発生に関係することは確立されているにも関わらず、５ｈｍＣの分子的機能は、理解され始めたばかりである。Ｔａｈｉｌｉａｎｉら（２００９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３２４（５９２９）：９３０−０３５（２００９）；Ｇｕｏら（２０１１）Ｃｅｌｌ  １４５：４２３−４３４；Ｗｕら（２０１１）Ｇｅｎｅｓ＆Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ２５：６７９−６８４；Ｋｏら（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ  ４６８：８３９−８４３；およびＲｏｂｅｒｔｓｏｎら（２０１１）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．４１１（１）：４０−３を参照のこと。５ｈｍＣは、安定的なＤＮＡ修飾であり、ＴＥＴ１などのＴＥＴ（Ｔｅｎ−Ｅｌｅｖｅｎ  Ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ）酵素による５ｍＣの酵素的酸化から生じることも知られている。
【０００８】
本発明は、５−ヒドロキシメチル化（「ヒドロキシメチル化」）プロファイルを使用して、起源組織を、サンプル中の核酸、一般的にはヒト対象から得たサンプル液中のＤＮＡに、確率論的に割り当てることに基づいている。本方法は、サンプル核酸について作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと、複数の参照遺伝子座のそれぞれにおける参照ヒドロキシメチル化プロファイルを含む参照データセットとの比較を含む。各参照遺伝子座は、組織特異的遺伝子に関連するゲノム領域内に含まれる。前記した部位は、本明細書において、「バイオマーカー部位」、「ヒドロキシメチル化バイオマーカー部位」、または「ヒドロキシメチル化バイオマーカー」と呼ばれることがある。
【０００９】
ヒドロキシメチル化状態が決定される各部位は、ちょうど説明したように、それぞれが特定の組織に関連するゲノム領域内に含まれるヒドロキシメチル化バイオマーカー部位であり、それぞれの相関性の程度（すなわち特異性）は異なっている。すなわち、ある特定の遺伝子は、全ての細胞において類似したヒドロキシメチル化パターンを示す（すなわち、ハウスキーピング遺伝子）が、他の遺伝子は、全身の種々の組織において異なって表現されるヒドロキシメチル化パターンを示し、ここでは、主に、これらの「異なって表現される」（ＤＲ）遺伝子に関連する参照遺伝子座が重要である。その理由は、特定の組織で高度に表現される遺伝子に関連するヒドロキシメチル化パターンが、組織の確定に最も有用だからである。
【００１０】
いくつかの実施形態において、参照遺伝子座は、ＤＲ遺伝子と関連しており、このＤＲ遺伝子は、遺伝子発現レベルもまた特定の組織に対して特異性がある。すなわち、ＤＲ遺伝子は、同時に「異なって発現され」（ＤＥ）ている、異なって表現される遺伝子である。
【００１１】
参照データセット中の情報は、複数のヒドロキシメチル化ベクトルの形態である（各ヒドロキシメチル化ベクトルによって、少なくとも以下のもの、すなわち特定の参照遺伝子座におけるヒドロキシメチル化状態；前記参照遺伝子座に関連する組織特異的遺伝子；および前記遺伝子および参照遺伝子座と関連する組織が識別される）。したがって、本発明は、まず核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを作成し、次いで参照データセットを構成する幅広いヒドロキシメチロームデータセット全体にわたって類似性をアセスメントすることによって、サンプル中の核酸を分析することを含む。参照データセット中のヒドロキシメチル化ベクトル全体にわたってサンプルのヒドロキシメチル化プロファイルを詳細に比較することによって、組織タイプに関する情報が得られる。この情報は、その核酸が特定の組織タイプに由来する確率でありうる、または分析した核酸が、２またはそれを超える対応する組織タイプを起源とすることを示す２またはそれを超える確率の形態でありうる。対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの場合のように、複数の核酸を分析する場合、情報は、分析するＤＮＡフラグメントに対応する組織タイプの全体的な比率の推定を含んでいてもよい。
【００１２】
そして、一実施形態において、起源組織を、ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中の核酸に確率論的に割り当てるための方法が提供される。この方法は、以下の（ａ）〜（ｄ）を含む。
【００１３】
（ａ）前記核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
【００１４】
（ｂ）前記核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するゲノム領域内に含まれる参照遺伝子座に対応する）；
【００１５】
（ｃ）（ａ）において検出されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的に類似する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
【００１６】
（ｄ）（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および対応する組織特異的遺伝子に基づいて、少なくとも１つの起源組織を前記核酸に確率論的に割り当てること。
【００１７】
実施形態の一態様において、前記方法は、少なくとも１つの起源組織を、無細胞流体サンプル中の複数のＤＮＡフラグメントのそれぞれに確率論的に割り当てることを含む。
【００１８】
本実施形態の別の態様において、前記参照データセットは、複数の組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む。
【００１９】
実施形態の別の態様において、各参照遺伝子座は、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域内に含まれる。異なってヒドロキシメチル化された複数の領域は、ヒドロキシメチル化プロファイルに関して、例えば密度、パターンなどの１またはそれを超える点に関して互いに異なっていてもよく、また、一般的に、対応する組織特異的遺伝子と機能的に関連する。
【００２０】
実施形態の追加の態様において、少なくとも１つの参照遺伝子座は、遺伝子本体またはその構成要素の中に含まれる。
【００２１】
実施形態の追加の態様において、少なくとも１つの参照遺伝子座は、遺伝子の外にあるゲノムアノテーション特徴（例えば、プロモーター、エンハンサー、転写開始部位、転写停止部位、ＤＮＡ結合部位（発現抑制領域（例えば、ＳＴＲまたはＥＲＶ領域）など）、または転写因子結合部位（例えば、転写抑制因子結合部位または転写促進因子結合部位））の中に含まれる。
【００２２】
実施形態のさらなる態様において、参照セット中の参照遺伝子座のうちの少なくとも１つは、ＣＴＣＦ結合部位の中に含まれる。
【００２３】
実施形態のさらなる態様において、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含み、前記組織特異的遺伝子は、ヒト組織タイプ（すなわち、消化器、脳、および骨髄またはリンパ由来などの種類の、機能的な、器官の、解剖学的な、および関連する細胞系統グループ）に関連し、前記ヒト組織タイプには、脂肪；副腎；膀胱；骨髄；脳；胸；結腸；大脳皮質；頸部；子宮；消化器；子宮内膜；精巣上体；食道；卵管；胆嚢；胃腸；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；副甲状腺；胎盤；前立腺；唾液腺；精嚢；骨格筋；平滑筋；皮膚；脾臓；胃；精巣；甲状腺；および扁桃が含まれる。
【００２４】
実施形態の別の態様において、各参照遺伝子座は、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＡＮＡＰＣ７、ＡＰＣＤＤ１Ｌ−ＡＳ１、ＡＰＯＡ１ＢＰ、ＣＡＬＨＭ２、ＣＡＳＣ３、ＣＬＥＣ２Ｌ、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＦＡＨＤ２Ｂ、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＯＰＮＬ、ＧＮＧ１１、ＧＳＮ、ＧＳＴＴＰ２、ＧＴＳＦ１、ＩＡＨ１、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６４４、ＬＡＭＣ１、ＬＩＮＣ００３１０、ＬＯＣ１００５０６３９４、ＬＯＣ１００５０７０６６、ＬＯＣ４９３７５４、ＭＡＰ１Ｂ、ＭＧＣ２７３８２、ＭＩＲ５６９５、ＮＥＮＦ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＲＰＬ３０、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＰＡＴＡ４、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＶＰＳ７２、ＷＦＤＣ３、ＺＮＦ７９１、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＦＦ２、ＡＮＫＲＤ１８Ｂ、ＡＮＫＲＤ１８ＤＰ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ５Ｐ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ８Ｐ、ＡＮＫＲＤ２６Ｐ１、ＡＮＫＲＤ３０ＢＰ２、ＡＮＫＲＤ３４Ｂ、ＡＮＫＲＤ３４Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＯＬＬ、ＢＲＩＰ１、Ｃ５ｏｒｆ６３、ＣＡ１、ＣＡＬＢ１、ＣＡＬＣＲ、ＣＣＤＣ３９、ＣＣＤＣ９６、ＣＤＣＡ５、ＣＤＨ１２、ＣＤＨ９、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＥＮＰＥ、ＣＥＮＰＫ、ＣＦＬ１、ＣＨＡＴ、ＣＯＭＭＤ５、ＣＯＭＭＤ８、ＣＲＩＳＰ１、ＣＲＩＳＰ２、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ１Ｓ２ＡＰ、ＣＴ６４、ＣＸＣＲ２、ＣＸｏｒｆ３０、ＤＡＺＬ、ＤＣＤＣ１、ＤＲＧＸ、ＤＳＧ１、ＤＵＴ、ＤＵＸ２、ＤＵＸ４Ｌ２、ＤＵＸ４Ｌ３、ＤＹＴＮ、ＥＤＡ２Ｒ、ＥＦＣＡＢ３、ＥＰＯＲ、ＥＶＸ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＣＡＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＯＸＡ２、ＧＡＢＰＢ１−ＡＳ１、ＧＡＢＲＡ１、ＧＡＢＲＡ４、ＧＡＢＲＧ１、ＧＡＬＮＴＬ６、ＧＦＥＲ、ＧＦＩ１、ＧＰＲ１５２、ＧＰＲ１５８−ＡＳ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＧＲＭ１、ＧＲＰ、ＧＲＸＣＲ１、ＧＹＰＡ、ＨＡＧＨＬ、ＨＣＲＴＲ２、ＨＥＰＨＬ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＫ３、ＨＭＢＳ、ＨＯＲＭＡＤ２、ＩＤ４、ＩＬ１７ＲＡ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＫＣＮＣ２、ＫＣＮＫ１８、ＫＩＦ１８Ａ、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＬＨＬ１、ＬＥＦ１−ＡＳ１、ＬＨＸ１、ＬＨＸ３、ＬＨＸ８、ＬＩＮＣ００２７３、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＮＣ００６４５、ＬＩＮＣ００６４８、ＬＬＰＨ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ１００２７０６７９、ＬＯＣ１００５０５７７６、ＬＯＣ１００５０６４２２、ＬＯＣ２８４８０１、ＬＯＣ３９２２３２、ＬＯＣ３９９８１５、ＬＯＣ４０１０７４、ＬＯＣ４０１１３４、ＬＯＣ４４００４０、ＬＯＣ４４０９７０、ＬＯＣ６４２２３６、ＬＯＣ７２７９２４、ＬＯＣ７２８０１２、ＬＰＯ、ＬＲＲＩＱ１、ＭＡＧＥＡ１１、ＭＡＧＯＨＢ、ＭＥＦＶ、ＭＩＦ４ＧＤ、ＭＩＲ５４８Ａ３、ＭＩＲ５６９２Ａ１、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＲＮ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＳ４Ａ３、ＭＳＲＢ１、ＭＹＯ３Ａ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ４、ＮＨＬＲＣ４、ＮＯＸＲＥＤ１、ＮＰＡＰ１、ＮＵＦ２、ＯＲ８Ｇ１、ＯＲ８Ｕ８、ＯＲＣ６、ＯＳＭ、ＯＴＸ２、ＰＡＸ３、ＰＢＫ、ＰＣＤＨ８、ＰＤＣＬ２、ＰＯＴＥＡ、ＰＲＯＫ２、ＰＲＲ７、ＲＡＢ２４、ＲＡＸ、ＲＢＭ４６、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ１９、ＲＩＭＳ２、ＲＮＦ１７５、ＲＲＭ２、ＳＡＴＢ２−ＡＳ１、ＳＣＮ１１Ａ、ＳＣＲＴ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＧＯＬ２、ＳＩＸ１、ＳＫＡ３、ＳＫＯＲ１、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＬＣ４Ａ１０、ＳＬＣ５Ａ７、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＮＡＰ９１、ＳＰＡＧ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＤＬ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＴＰＧ２、ＳＴＸＢＰ５Ｌ、ＴＡＲＭ１、ＴＤＲＤ５、ＴＥＸ１５、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＲＩＭ５８、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＵＮＣ１３Ｃ、ＵＳＰ６、ＶＲＫ１、ＶＳＴＭ１、ＶＷＤＥ、ＷＤＲ４９、ＷＦＤＣ８、ＷＦＤＣ９、ＺＩＣ５、ＺＮＦ２３０、ＺＮＦ３００Ｐ１、ＺＮＦ４７０、ＺＮＦ５０２、ＺＮＦ５９９、ＺＰＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ１５９、ＣＣＤＣ４２Ｂ、ＣＣＤＣ８、ＣＤ２４８、ＣＥＲＣＡＭ、ＣＮＴＮ２、ＣＲＢ２、ＥＶＩ５Ｌ、ＦＺＤ９、ＨＡＰＬＮ２、ＨＰＤＬ、ＬＩＮＣ００５７５、ＬＯＣ２８４９５０、ＬＯＣ３３９６６６、ＬＲＩＴ１、ＰＬＥＫＨＨ１、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ４６Ａ２、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＺＦＰ３６、結腸ＵＲ：Ｃ１ｏｒｆ１０９、ＣＡＣＮＡ１Ｆ、ＣＯＸ７Ｂ、ＥＦＮＢ１、ＦＧＬ２、ＦＬＪ３４２０８、ＧＮＲＨ１、ＧＳＴＴ１、ＩＬ１２Ａ、ＫＣＮＤ１、ＫＤＥＬＲ１、ＬＡＴ、ＬＯＣ１００１３０９９２、ＬＯＣ１００２８７０４２、ＬＯＣ４０１２４２、ＭＲＰＬ１０、ＮＴ５Ｃ３Ｂ、ＰＤＺＤ４、ＰＰＹＲ１、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＢＭＸＬ３、ＲＥＮＢＰ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＬＣ９Ａ６、ＸＢＰ１、ＺＮＦ１８９、ＡＢＲ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＣＤＣ７４Ａ、ＣＤＨ１３、ＣＨＲＮＡ１０、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＤＡＰ１Ｌ１、ＧＪＡ３、ＧＬＵＤ１Ｐ３、ＧＰＲＣ５Ｂ、ＬＯＣ１００５０６３４３、ＬＲＲＣ３７Ａ６Ｐ、ＬＲＲＣ４、ＭＵＬ１、ＭＹＯＭ２、ＮＤＵＦＢ８、ＮＴ５ＤＣ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ４、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＨＰＮ１−ＡＳ１、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＩＭＭ２１、ＴＮＮＴ１、ＴＯＲ４Ａ、ＵＢＡＣ１、ＷＤＲ３７、ＺＮＦ１２、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ５５０、ＺＮＦ８４３、ＺＮＦ８４４、ＡＧＡＰ６、ＡＳＴＮ１、ＢＢＳ２、Ｃ１８ｏｒｆ５６、Ｃ１９ｏｒｆ４５、ＣＩＮＰ、ＤＧＫＩ、ＤＰＹ３０、ＤＲＯＳＨＡ、ＦＡＭ１６９Ａ、ＦＡＭ６６Ｄ、ＦＯＮＧ、ＧＡＬＮＴ１５、ＧＤＡＰ１、ＧＨＲＨ、ＧＵＳＢＰ４、ＨＩＦ１ＡＮ、ＩＦＩＴ１Ｂ、ＩＮＴＳ２、ＪＡＫＭＩＰ２−ＡＳ１、ＫＧＦＬＰ２、ＬＩＮＣ００２９７、ＬＩＮＣ００７０７、ＬＯＣ１００２８８０６９、ＬＯＣ１００５０７１４０、ＬＰＨＮ３、ＬＹＰＤ１、ＬＺＩＣ、ＭＩＲ５４８Ｔ、ＭＲＡＰ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＰＰ１Ｒ１７、ＰＲＳＳ５４、ＰＲＳＳ５５、ＰＴＰＲＡ、ＲＧＳ７、ＳＮＲＮＰ３５、ＳＵＧＴ１Ｐ１、ＵＢＥ２Ｚ、ＷＤＲ４７、ＷＤＹＨＶ１、ＺＮＦ１１４、ＺＮＦ５５６、ＺＮＦ６１０、ＡＢＰ１、ＡＧＰＡＴ９、ＡＰＨ１Ｂ、ＡＳＡＰ２、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ａ、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、Ｃ１１ｏｒｆ６３、Ｃ１３ｏｒｆ３５、Ｃ１６ｏｒｆ９６、Ｃ１９ｏｒｆ２１、ＣＡ１２、ＣＣＤＣ６４、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＦＵＴ３、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＧＵＳＢＰ１１、ＨＡＶＣＲ１、ＨＯＸＣ５、ＩＮＡＤＬ、ＫＡＴＮＡ１、Ｌ２ＨＧＤＨ、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＬＯＣ１００５０６３０５、ＬＯＣ２８４１００、ＬＯＣ６５４４３３、ＬＹＧ１、ＭＯＲＮ４、ＭＴＮＲ１Ａ、ＰＡＱＲ５、ＰＡＲＧ、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＲＫＡＢ１、ＲＮＦ１１３Ｂ、ＳＥＮＰ８、ＳＥＴＤ３、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３０、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＢＣ１Ｄ７、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＣ１１、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＣＳＭ５、ＡＧＭＯ、ＡＧＸＴ２Ｌ１、ＡＫＲ１Ｃ２、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＫＲ１Ｄ１、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＨ、ＡＰＯＭ、ＡＱＰ９、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＳＧＲ２、ＡＳＰＧ、ＡＴＰ２Ｂ２、ＢＣＯ２、ＢＤＨ１、Ｃ３、Ｃ３Ｐ１、Ｃ５、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ８ｏｒｆ７４、ＣＡ５Ａ、ＣＡＢＰ２、ＣＡＬＲ３、ＣＤ７、ＣＤＫ１０、ＣＥＡＣＡＭ１６、ＣＥＳ１、ＣＦＨ、ＣＦＨＲ４、ＣＨＰ１、ＣＩＤＥＢ、ＣＬＰＴＭ１Ｌ、ＣＬＲＮ３、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＲＯＣＣＰ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ１８、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＣＹＰ７Ａ１、ＤＧＡＴ２、ＤＨＯＤＨ、ＤＰＹＳ、ＤＲＧ２、ＥＣＨＳ１、ＥＤＣ４、ＥＩ２４、ＥＮＯ１、Ｆ１３Ｂ、Ｆ２、Ｆ７、Ｆ９、ＦＡＳＮ、ＦＥＴＵＢ、ＧＣＨ１、ＧＣＫＲ、ＧＤＰＤ４、ＧＦＲＡ１、ＧＨＲ、ＧＬＴ１Ｄ１、ＧＰＡＭ、ＧＳＤＭＢ、ＨＡＬ、ＨＡＯ１、ＨＡＰＬＮ４、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＨＹＬＳ１、ＩＧＦ２、ＩＧＦ２−ＡＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＳＹ１−ＲＡＢ４３、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ４、ＩＶＤ、ＫＬＣ４、ＬＢＰ、ＬＥＦＴＹ１、ＬＩＰＧ、ＬＯＣ１００２８８１２２、ＬＯＣ２８４８６５、ＬＰＡＬ２、ＬＲＲＣ１６Ｂ、ＭＡＳＰ１、ＭＧＭＴ、ＭＳＴ１、ＭＴＴＰ、ＮＡＴ９、ＮＢＲ２、ＮＥＬＦＥ、ＮＲ１Ｉ２、ＮＵＰ８８、ＯＳＧＩＮ１、ＰＡＨ、ＰＡＲＤ６Ａ、ＰＣＳＫ９、ＰＥＸ１９、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＨＧＤＨ、ＰＨＹＨ、ＰＫＬＲ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ｂ、ＰＬＧ、ＰＮＰＬＡ３、ＰＯＦＵＴ１、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＮ１、ＰＰＬ、ＰＲＡＰ１、ＰＲＫＡＧ３、ＰＲＯＣ、ＰＵＳ３、ＲＡＮＢＰ１０、ＲＣＥ１、ＲＮＤ１、ＲＮＦ１２３、ＲＯＲＣ、ＲＰＵＳＤ４、ＳＡＡ２−ＳＡＡ４、ＳＣＰ２、ＳＥＣ１６Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＫＩＶ２Ｌ、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ２５、ＳＬＣ２５Ａ２０、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＳＭＬＲ１、ＳＮＡＰＣ５、ＳＰＰ２、ＳＲＤ５Ａ１、ＳＴＡＴ２、ＳＴＥＡＰ３、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＨＮＳＬ２、ＴＩＡＦ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＴＭＰＲＳＳ６、ＴＴＣ３１、ＴＴＣ３８、ＵＲＯＣ１、ＸＹＬＢ、ＺＣＣＨＣ９、ＺＳＣＡＮ２２、ＡＤＡＭ９、ＡＮＫＲＤ５０、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＬ６、ＡＲＳＪ、ＢＭＰ５、ＢＭＰＲ２、ＢＴＧ３、Ｃ１ｏｒｆ１４０、ＣＡＬＭ２、ＣＣＤＣ１０２Ｂ、ＣＣＮＬ１、ＣＣＲ５、ＣＤ３６、ＣＨＮ１、ＣＬＩＣ２、ＣＰＥＢ２、ＣＲＢＮ、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＣＹＹＲ１、ＤＡＣＨ１、ＤＧＫＥ、ＤＧＫＨ、ＤＩＳＰ１、ＤＯＣＫ４、ＥＴＶ１、ＥＸＯＣ１、ＦＡＭ２０４Ａ、ＦＡＴ４、ＦＧＤ５−ＡＳ１、ＦＬＪ３４５０３、ＦＲＹＬ、ＧＢＰ１Ｐ１、ＧＮＢ４、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１６、ＨＭＣＮ１、ＨＭＧＮ１、ＩＦＩ４４、ＩＬ１５、ＩＴＧＡ２、ＫＡＬ１、ＫＤＲ、ＫＩＴＬＧ、ＫＬＨＬ４１、ＬＤＢ２、ＬＩＮＣ０００３２、ＬＩＮＣ００２４０、ＬＩＮＣ００５５１、ＬＩＮＣ００６５７、ＬＯＣ１００１３１２３４、ＬＯＣ１００５０５４９５、ＬＯＣ１００５０７２１７、ＬＯＣ６４３７３３、ＬＰＡＲ６、ＭＧＰ、ＯＤＦ２Ｌ、ＰＥＡＫ１、ＰＫＩＡ、ＰＬＥＫＨＡ１、ＰＬＥＫＨＧ７、ＰＴＰＲＢ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＬＡ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＣＣ１、ＳＡＭＤ１２、ＳＥＳＴＤ１、ＳＨ３ＧＬＢ１、ＳＫＡＰ２、ＳＬＣ３５Ａ５、ＳＭＵＲＦ２、ＳＰＲＥＤ１、ＳＲＳＦ１、ＴＣＦ４、ＴＩＧＤ４、ＴＭＥＭ２０７、ＴＭＯＤ３、ＵＨＭＫ１、ＶＥＧＦＣ、ＸＩＳＴ、ＹＩＰＦ５、ＺＣ２ＨＣ１Ａ、ＺＥＢ１、ＡＫＮＡ、ＡＮＫＲＤ３４Ａ、Ｃ１４ｏｒｆ１８３、ＣＣＤＣ１０７、ＣＤ１８０、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ７４、ＣＤＣ４２ＳＥ２、ＣＨＭＰ７、ＣＯＴＬ１、ＣＹＴＨ１、ＦＡＩＭ３、ＦＡＭ６５Ｂ、ＧＰＸ４、ＧＳＴＰ１、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＶＣＮ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＬ６、ＩＴＧＢ７、ＬＯＣ１００１３０５５７、ＭＤＭ４、ＭＥＴＴＬ２１Ｄ、ＭＧＣ１６２７５、ＭＩＲ５４８ＡＮ、ＮＡＰＳＢ、ＲＰＬ３９Ｌ、ＲＰＳ１１、ＳＥＰＴ６、ＳＨ２Ｄ３Ｃ、ＴＡＰ１、ＴＥＡＤ２、ＴＭＥＭ６０、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＡＦ１、ＵＢＡＣ２、ＵＣＰ２、ＷＤＲ８７、ＡＣＴＡ２、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、ＡＴＰ１Ｂ２、ＢＩＣＤ１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＯＬ１４Ａ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＫＬＦ４、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＩＮＣ００６７２、ＬＯＣ１００１２９６１７、ＬＯＣ３３９２
９８、ＬＲＲＣ１７、ＮＤＰ、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＲＯＢＯ４、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＹＴＬ４、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＵＢＸＮ８、ＺＮＦ９３、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＵＮ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＢＩＰ１、Ｃ６ｏｒｆ２０１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＣＤＣ６５、ＣＤＫ１４、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＨＲＮＡ７、ＣＬＣＮ３、ＣＬＤＮ１、ＣＰＡ３、ＣＵＺＤ１、ＤＮＡＪＣ１０、ＤＮＡＪＣ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＯ１ＬＢ、ＦＡＩＭ、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ２２１Ａ、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＧＡＲＳ、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＨＳＰＡ１３、ＩＦＲＤ１、ＩＮＴＳ６、ＫＣＴＤ１６、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＭＡＮ１、ＬＯＣ１５４０９２、ＬＯＣ２０１６５１、ＬＯＣ６４４８３８、ＬＹＰＤ６Ｂ、ＭＡＮ１Ａ２、ＭＧＣ７２０８０、ＭＫＮＫ１、ＭＰＰ６、ＭＳＲＢ２、ＮＡＡ１６、ＮＯＭＯ２、ＯＳＴＣ、ＰＥＸ７、ＰＧＲＭＣ２、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＰＰ１Ｒ９Ａ、ＰＲＲＣ１、ＰＲＳＳ３、ＲＮＰＣ３、ＳＣＦＤ１、ＳＣＲＮ３、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ１６Ａ７、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＯＲＢＳ２、ＳＲＢＤ１、ＳＳＲ１、ＴＤＨ、ＴＤＰ２、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＭＥＭ６５、ＴＲＨＤＥ、ＴＲＩＭ４４、ＵＧＴ２Ａ３、ＵＭＯＤ、ＷＤＦＹ２、ＷＨＡＭＭ、ＸＰＯＴ、ＡＣＥＲ２、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＣＹ１０、ＡＤＣＹ７、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＡＩＭ１Ｌ、ＡＫＮＡＤ１、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＡＭＯＴ、ＡＮＧＰＴ２、ＡＰＯＬＤ１、ＡＴＦ３、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＡＴＲＩＰ、ＢＣＡＲ３、ＢＣＡＲ４、ＢＥＡＮ１、ＢＰＧＭ、ＢＴＢＤ１９、Ｃ１１ｏｒｆ７０、Ｃ１６ｏｒｆ４６、Ｃ１６ｏｒｆ７４、Ｃ１７ｏｒｆ９８、Ｃ１ＱＴＮＦ６、Ｃ２ｏｒｆ６２、Ｃ２ｏｒｆ８３、Ｃ３ｏｒｆ５２、Ｃ４ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ５１、Ｃ６ｏｒｆ９９、Ｃ７ｏｒｆ７１、Ｃ９ｏｒｆ１２９、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３−ＡＳ１、ＣＡＰＮ６、ＣＣＤＣ１２５、ＣＥＰ４１、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＰＡ４、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＳＬ３Ｐ、ＣＸｏｒｆ５６、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＤＸ５９、ＤＬＸ３、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６−ＡＳ１、ＤＮＭＴ１、ＤＵＳＰ４、ＥＢＩ３、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＰＡＳ１、ＥＰＳ８Ｌ１、ＥＲＶＦＲＤ−１、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＸＴＬ１、ＥＺＲ、ＦＡＭ１８４Ａ、ＦＡＭ８９Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＦＢＬＮ１、ＦＢＮ２、ＦＨＤＣ１、ＦＯＬＲ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＢＡ、ＧＣＭ１、ＧＤＰＤ３、ＧＬＤＮ、ＧＭ２Ａ、ＧＰＲ１５６、ＧＳＧ１、ＧＳＴＡ３、ＧＳＴＡ４、ＨＥＬＬＳ、ＨＯＰＸ、ＨＳＤ１１Ｂ２、ＨＳＰＢＡＰ１、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＡＴＮＢＬ１、ＫＩＡＡ１４６７、ＫＩＡＡ１６０９、ＫＩＳＳ１、ＫＬＲＧ２、Ｌ１ＴＤ１、ＬＣＭＴ１、ＬＣＴＬ、ＬＩＮ２８Ｂ、ＬＩＮＣ００４３９、ＬＯＣ１００１３１５６４、ＬＯＣ１００５０６７４６、ＬＯＣ１００５２７９６４、ＬＯＣ１５１４７５、ＬＯＣ１５２５７８、ＬＯＣ２８４５５１、ＬＯＣ６４３４４１、ＭＢ２１Ｄ２、ＭＥＤ１２、ＭＥＴＴＬ２１Ｃ、ＭＦＳＤ２Ｂ、ＭＧＣ１６１２１、ＭＩＮＡ、ＭＯＲＣ４、ＭＳＡＮＴＤ３、ＭＵＴＹＨ、ＮＯＳ３、ＮＶＬ、ＮＸＦ１、ＯＬＲ１、ＯＳＣＰ１、ＯＳＴＣＰ１、Ｐ２ＲＹ６、ＰＣＢＰ１−ＡＳ１、ＰＤＥ６Ａ、ＰＧＣ、ＰＧＦ、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡＣ４、ＰＰＰ１Ｒ１４Ｄ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＰＴＧＥＳ、ＰＶＲＬ３−ＡＳ１、ＰＶＲＬ４、ＰＷＷＰ２Ｂ、ＲＡＢ３６、ＲＨＯ、ＲＮＦ２２２、ＲＰＳＡＰ５８、ＲＳ１、ＳＢＦ２−ＡＳ１、ＳＣＩＮ、ＳＤＣ１、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＥＰＴ１２、ＳＨ２Ｄ７、ＳＨ３ＧＬＢ２、ＳＬＣ１３Ａ４、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＬＣ２Ａ１−ＡＳ１、ＳＭＡＧＰ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＩＭ１３、ＳＮＸ１２、ＳＰ６、ＳＰＥＳＰ１、ＳＰＩＲＥ２、ＳＴ３ＧＡＬ６−ＡＳ１、ＳＶＥＰ１、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ３、ＴＭＥＭ２１６、ＴＭＥＭ２１８、ＴＭＥＭ５２Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＰ６３、ＴＰＲＸＬ、ＴＲＩＭ２９、ＴＲＰＶ５、ＴＵＦＴ１、ＵＳＨＢＰ１、ＶＡＭＰ５、ＶＧＬＬ１、ＷＢＰ２ＮＬ、ＸＲＣＣ２、ＺＤＨＨＣ１、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ３５４Ｂ、ＺＮＦ４６８、ＺＮＦ５２５、ＺＮＦ７０２Ｐ、ＺＮＦ９０、ＺＰ３、ＺＳＷＩＭ２、ＺＳＷＩＭ７、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＤＨ１Ａ２、ＡＮＫＲＤ６６、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ１ｏｒｆ８５、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＱ７、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＬＪ３９０８０、ＧＤＥＰ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＩＳＸ、ＫＬＫＰ１、ＭＣＣＣ２、ＭＥＡＦ６、ＭＦＳＤ４、ＭＲＰＳ２３、ＮＣＡＰＤ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＡＺ３、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＣＡＴ１、ＰＩ１５、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＳＭＡ４、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２６Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＴＣ１２、ＵＳＰ５０、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ５８９、ＡＫＩＰ１、ＡＲＨＧＥＦ２６−ＡＳ１、ＡＴＧ４Ａ、ＢＯＬＡ３、ＣＨＭＰ４Ａ、ＤＨＨ、ＥＰＰＫ１、ＦＣＨＳＤ１、ＧＡＤＬ１、ＧＣＣ１、ＧＩＰＣ３、ＨＩＧＤ２Ｂ、ＨＴＲ３Ｃ、ＬＩＮＣ００６５４、ＬＯＣ９１９４８、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＺＮＦ２０２、ＺＮＦ２０５−ＡＳ１、ＺＮＦ４２６、ＡＣＯＴ１、Ｃ１２ｏｒｆ５４、ＣＲＥＢ３、ＤＤＮ、ＦＡＭ５０Ａ、ＦＮＤＣ４、ＧＯＲＡＳＰ１、ＧＵＣＡ１Ｂ、ＩＭＰＤＨ２、ＬＩＮＣ００２８４、ＬＯＣ１００１２８０７６、ＬＯＣ１００１２８６８２、ＬＯＣ１００１３１４３４、ＬＲＰ１０、ＬＲＲＣ５５、ＬＲＲＣ７３、ＮＯＴＯ、ＲＮＦ１１２、ＲＴＢＤＮ、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＮ、ＴＲＩＭ５０、ＵＢＥ２Ｔ、ＺＮＦ３９１、ＺＮＦ７９２、ＡＬＸ４、ＡＱＰ２、ＡＴＡＤ３Ｂ、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＣＤＣ１１４、ＣＣＤＣ２７、ＣＣＮＦ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＩＬＰ、ＤＥＳ、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＢ８−ＡＳ１、ＤＲＤ４、ＥＦＣＡＢ６−ＡＳ１、ＦＡＭ１５３Ｂ、ＦＡＭ１６３Ｂ、ＦＧＤ２、ＨＳＤ１７Ｂ３、ＩＦＩ２７Ｌ１、ＩＧＦＮ１、ＩＴＰＲ３、ＫＣＮＫ１５、ＫＩＦＣ２、ＫＲＴ７８、ＫＲＴ８２、ＬＯＣ１００５０６３８５、ＬＯＣ２８３９１４、ＬＯＣ２８４６６１、ＬＯＣ３９９８２９、ＬＯＣ６５３７１２、ＬＯＣ７２８７１６、ＭＡＧＥＤ２、ＭＹＨ１６、ＭＹＬＫ２、ＮＰＴＸ２、ＰＬＫ５、ＰＭＳ２ＣＬ、ＰＮＰＬＡ１、ＰＯＤＮＬ１、ＰＯＬＤ１、ＰＲＭＴ８、ＰＴＰＲＶＰ、ＲＤ３、ＲＩＭＳ４、ＲＮＵ６−８１、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＳＡＬＬ４、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＰＡＴＡ３１Ｅ１、ＳＴＡＢ１、ＳＵＬＴ４Ａ１、ＴＣＥＲＧ１Ｌ、ＴＥＫＴ４Ｐ２、ＴＨＥＧ、ＴＭＥＭ１３０、ＴＰＯ、ＵＰＫ３Ｂ、ＷＡＳＨ３Ｐ、ＷＲＡＰ５３、ＺＮＦ２８０Ｂ、またはＺＮＦ７９３を含む、異なって表現される遺伝子の中に含まれる。
【００２５】
関連する態様において、各参照遺伝子座は、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＧＴＳＦ１、ＫＣＮＭＢ１、ＭＡＰ１Ｂ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＷＦＤＣ３、ＡＢＣＡ１３、ＡＺＵ１、ＣＡ１、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＬＥＣ６Ａ、ＤＡＺＬ、ＤＲＧＸ、ＤＹＴＮ、ＥＬＡＮＥ、ＦＣＡＲ、ＧＦＩ１、ＧＹＰＡ、ＨＫ３、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＬＩＮＣ００３３３、ＬＩＮＣ００５５０、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＰＮ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ４４２０２８、ＬＰＯ、ＭＥＦＶ、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＰＯ、ＭＳ４Ａ３、ＭＹＢ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＭＥ８、ＯＲ８Ｕ８、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＲＰＢＰ、ＰＡＸ３、ＰＤＣＬ２、ＰＲＤＭ１３、ＰＲＯＫ２、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ２１、ＲＲＭ２、ＲＸＦＰ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＩ１、ＳＰＴＡ１、ＴＡＲＭ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＲＩＭ５８、ＶＳＴＭ１、ＸＫＲ３、ＡＳＰＨＤ１、ＢＲＳＫ１、ＣＣＤＣ１７７、ＣＮＴＮ２、ＨＡＰＬＮ２、ＫＣＮＪ１０、ＫＩＦ１Ａ、ＬＧＩ３、ＮＣＡＮ、ＮＲ２Ｅ１、ＲＨＢＤＬ３、ＴＭＥＭ１５１Ａ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＭＥＭ５９Ｌ、ＺＮＦ４８８、ＦＧＬ２、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＤＨ１３、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＪＡ３、ＭＹＯＭ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＮＮＴ１、ＡＳＴＮ１、ＤＧＫ１、  ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、ＣＡ１２、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＨＡＶＣＲ１、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＰＡＱＲ５、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＨＳＧ、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＨ、ＡＳＧＲ１、ＡＳＧＲ２、Ｃ３Ｐ１、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ９、ＣＡ５Ａ、ＣＦＨＲ４、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＨＯＤＨ、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ７、ＧＣ、ＨＡＬ、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＩＮＨＢＣ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＫＮＧ１、ＬＢＰ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＯＤＨ２、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ４７、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＭＰＲＳＳ６、ＵＲＯＣ１、ＡＮＸＡ３、ＢＭＰ５、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＤＲＡＭ１、ＦＭＯ２、ＧＮＡ１５、ＩＤＯ１、ＫＣＮＳ３、ＬＩＭＣＨ１、ＭＢＩＰ、ＰＡＰＳＳ２、ＰＣＤＨ１７、ＲＳＰＨ４Ａ、ＲＴＫＮ２、ＴＲＰＣ６、ＡＣＡ���１、ＡＫＮＡ、ＡＲＨＧＡＰ９、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＩＲＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＤ１８０、ＣＤ３７、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４０、ＣＥＴＰ、ＣＩＩＴＡ、ＣＬＥＣ２Ｄ、ＣＮＲ２、ＣＸＣＲ５、ＤＯＣＫ１０、ＥＴＳ１、ＧＰＲ１３２、ＧＰＲ１８、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ７、ＩＴＫ、ＫＩＡＡ１５５１、ＫＬＨＬ６、ＬＣＫ、ＬＩＮＣ００４２６、ＬＹ８６、ＭＤＳ２、ＭＥＯＸ２、ＭＸ２、ＮＡＰＳＢ、ＰＡＴＬ２、ＰＣＥＤ１Ｂ−ＡＳ１、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＬＶＡＰ、ＰＯＵ２Ｆ２、ＳＣＩＭＰ、ＳＣＭＬ４、ＳＬＦＮ１２Ｌ、ＳＭＡＰ２、ＳＰ１１０、ＳＰＩＢ、ＴＬＲ１０、ＴＭＣ８、ＴＭＥＭ１５６、ＴＮＦＡＩＰ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２２、ＵＣＰ２、ＺＣ３Ｈ１２Ｄ、ＡＢＣＡ１０、ＡＣＳＳ３、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＬＤＮ１１、ＣＯＬ１４Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＥＳＲ２、ＦＡＭ１９８Ｂ、ＦＺＤ３、ＧＡＬＮＴ１０、ＧＬＩ２、ＧＳＴＭ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＨＸ９、ＬＲＲＣ１７、ＭＣＨＲ１、ＭＲＣ２、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＰＫＮＯＸ２、ＰＴＣＨ２、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＩＭＣ１、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＵＬＦ２、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＴＴＣ８、ＵＢＸＮ８、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＮＳ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＣＡＴ１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＬＤＮ１、ＣＮＩＨ３、ＣＯＣＨ、ＣＵＺＤ１、ＤＥＦＢ１、ＥＧＦ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＰ２７、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＦＢＸＷ１２、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＫＣＴＤ１６、ＫＩＡＡ１３２４、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＮＸ２、ＭＫＮＫ１、ＮＡＡ１６、ＮＰＨＳ１、ＰＡＩＰ２Ｂ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＲＳＳ３、ＳＣＧＮ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＴＣ２Ｎ、ＴＤＨ、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＲＨＤＥ、ＵＭＯＤ、ＡＤＡＭ１２、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＢＣＡＲ４、ＢＭＰ１、ＢＰＧＭ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＥＰＤＣ１Ｂ、ＤＬＸ５、ＥＢＩ３、ＧＣＭ１、ＧＰＲ７８、ＧＳＴＡ３、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＩＳＳ１、ＫＲＴ２３、ＬＩＮ２８Ｂ、ＭＭＰ１１、ＰＧＦ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ３、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＳＰＴＬＣ３、ＴＰＲＸＬ、ＺＦＡＴ、ＺＮＦ５５４、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＯＸ１５Ｂ、ＡＮＯ７、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＡＮＴ１、ＣＡＳＺ１、ＣＢＦＡ２Ｔ２、ＣＨＲＭ１、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＬ２６Ａ１、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＡＭ１３５Ａ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＫＬＫ２、ＫＬＫＰ１、ＭＭＥ、ＭＰＰＥＤ２、ＭＵＣ１２、ＮＡＮＳ、ＮＣＡＰＤ３、ＮＥＦＨ、ＮＩＰＡＬ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＤＥ９Ａ、ＰＩ１５、ＰＭＥＰＡ１、ＰＯＴＥＦ、ＲＤＨ１１、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＩＭ２、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２２Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＳＬＣ３���Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＰＤＥＦ、ＳＴＥＡＰ２、ＴＨＳＤ４、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＸＮＤＣ１６、ＵＲＢ１、ＶＩＰＲ１、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ６１３、ＺＮＦ６４９、ＺＮＦ７６１、ＺＮＦ８２７、ＧＡＤＬ１、ＧＩＰＣ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＣＣＤＣ２７、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＣ５Ｇ、ＦＢＸＯ２４、ＩＧＬＬ１、ＭＯＶ１０Ｌ１、ＳＥＰＴ１４、ＴＨＥＧ、またはＴＴＣ１６を含む、異なって表現され、異なって発現される遺伝子の中に含まれる。
【００２６】
実施形態の関連する態様において、前記参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、複数のヒト組織タイプのそれぞれについて、前記ヒト組織タイプに関連する複数の組織特異的遺伝子ごとに、少なくとも１つの参照遺伝子座を含む。
【００２７】
核酸サンプルについて作成されたヒドロキシメチル化プロファイルおよび参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、上述したように、一般的にはヒドロキシメチル化密度を含み、前記ヒドロキシメチル化密度は、全シトシン（修飾シトシンと非修飾シトシンの両方を含む）に対する５ｈｍＣ残基の比率として算出してもよい。上記の比較は、検出された５ｈｍＣ密度と参照５ｈｍＣ密度の類似性の程度に着目して行ってもよい。検出された５ｈｍＣ密度が、当技術分野で知られているか用いられている確立した基準で決定して、１またはそれを超える組織特異的部位において参照５ｈｍＣ密度と十分に類似している場合、起源組織は確率論的に前記核酸に割り当てられる。分析を精緻化し、算出された組織割り当てに内在する不確実性を減らすために、サンプルと参照とのさらなる比較を、他のヒドロキシメチル化構造に関して行ってもよい。例えば、検出されたヒドロキシメチル化プロファイルと参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、５ｈｍＣ出現パターンに関しても行ってもよく、このパターンは、前記部位内の２またはそれを超える５ｈｍＣ残基の相対位置および／または前記部位内の５ｈｍＣ残基の個別の位置であってもよい。さらに、５ｍＣ残基の総数、２またはそれを超える５ｈｍＣ残基の相対位置、および／または５ｈｍＣ部位が半ヒドロキシメチル化か完全ヒドロキシメチル化かという識別に関して、前記プロファイル同士を比較してもよい。
【００２８】
本発明の別の実施形態において、ヒト対象における組織または器官の状態を検出するための方法が提供され、前記組織または器官の状態は、対象から採取された無細胞流体サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルに関連する。すなわち、前記組織または器官の状態は、前記ヒドロキシメチル化プロファイルに由来しうる。この方法は、以下の（ａ）〜（ｃ）を含む。
【００２９】
（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡについてのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
【００３０】
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、（ｉ）組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座、および（ｉｉ）特定の組織または器官の状態に対応する）；および
【００３１】
（ｃ）前記サンプルについて作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルとの比較に基づいて、前記対象における前記特定の組織または器官の状態を識別すること。
【００３２】
さらなる実施形態において、ヒト対象における組織または器官の状態の変化をモニタリングするための方法が提供される。この方法は、以下の（ａ）〜（ｃ）を含む。
【００３３】
（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座における初期ヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること（前記ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織または器官の初期状態に関連する）；
【００３４】
（ｂ）その後の時点において、前記対象から得た無細胞流体サンプル中の前記と同一の１またはそれを超える遺伝子座における、その後のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
【００３５】
（ｃ）前記その後のヒドロキシメチル化プロファイルを前記初期ヒドロキシメチル化プロファイルと比較して、組織または器官の状態の変化を検出すること。
【００３６】
本実施形態の一態様において、組織または器官の状態の変化は、改善または低下でありうる。
【００３７】
本実施形態の別の態様において、組織または器官の状態の変化は、治療的介入の有効性をアセスメントする過程で評価してもよい。
【００３８】
本実施形態のさらなる態様において、組織または器官の状態の変化は、経時的な遺伝子発現の変化に関連していてもよい。
【００３９】
実施形態の関連する態様において、前記方法は、延長された評価期間中の別々の時点で評価を繰り返すことをさらに含む。すなわち、組織または器官に関する状態、疾患、または障害の進行をモニタリングするように、ステップ（ｂ）は、追加して、１またはそれを超える回数繰り返される。
【００４０】
実施形態の別の関連する態様において、前記方法は、検出された状態の変化に基づいて、診断、処置の判断、または予後を行うことをさらに含む。
【００４１】
実施形態の別の関連する態様において、前記方法は、初期ヒドロキシメチル化プロファイル、その後のヒドロキシメチル化プロファイル、または初期およびその後のヒドロキシメチル化プロファイルの両方を、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較することをさらに含み、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域内に含まれる参照遺伝子座に対応する。
【００４２】
本発明の別の実施形態において、ヒト血漿から得た無細胞ＤＮＡサンプルを分析するための改善された方法が提供され、前記サンプル中の無細胞ＤＮＡフラグメントは、単離、増幅、およびシーケンシングされる。前記改善は、以下の（ａ）〜（ｃ）によって、サンプルへの末梢血単核球（ＰＢＭＣ、ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ  ｃｅｌｌ）を起源とするゲノム材料のコンタミネーションを識別することを含む。
【００４３】
（ａ）無細胞サンプル中のＤＮＡフラグメントのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
【００４４】
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に対応する参照遺伝子座に関連する）を含み、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、少なくとも１つのＰＢＭＣヒドロキシメチル化プロファイルを含む；および
【００４５】
（ｃ）前記比較から、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別すること。
【００４６】
実施形態の一態様において、前記方法は、ステップ（ｂ）における比較から、ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションレベルを推定することをさらに含む。ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションは、ｅｘ  ｖｉｖｏ採取後（すなわちサンプル採取後の）ＰＢＭＣ溶解の結果として、無細胞サンプル中に見られうることが理解されよう。よって、本方法は、サンプル品質の測定方法、および特定のサンプルが無細胞ＤＮＡ分析に用いるのに適しているか否かに関するアセスメント方法として有用である。
【００４７】
実施形態の別の態様において、前記方法は、知られているＰＢＭＣ  ＤＮＡについてのヒドロキシメチル化ベクトル基づいて、無細胞ＤＮＡ分析についての修正ベクトルを提供することをさらに含み、前記ヒドロキシメチル化ベクトルは、ＰＢＭＣ  ＤＮＡに対応する複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルを含む。前記修正ベクトルは、例えば採取後のＰＢＭＣ溶解による、ＰＢＭＣ  ＤＮＡコンタミネーションによる低いサンプル品質を、オフセットするため、低減させるため、または減じるために使用しうる。前記修正ベクトルは、そのベクトルにＰＢＭＣサブタイプヒドロキシメチル化データが含まれる場合は、無細胞ＤＮＡコンタミネーション中のＰＢＭＣサブタイプの割合、ならびにその活性化または状態を特異的に識別するために使用することもできる。
【００４８】
実施形態の追加の態様において、上述の修正ベクトルは、計数したままの量（例えば、変異負荷またはフラグメントカウントなど）を、キャリブレーションおよび正規化するために使用される。
【００４９】
実施形態のさらなる態様において、前記修正ベクトルは、特定の分子種の相対的な割合をキャリブレーションおよび正規化するために、例えば、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ、ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  ｔｕｍｏｒ  ＤＮＡ）、胎児ＤＮＡ、または病原体ＤＮＡについて決定されたバリアントアレル頻度（ＶＡＦ、ｖａｒｉａｎｔ  ａｌｌｅｌｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）およびマイナーアレル頻度（ＭＡＦ、ｍｉｎｏｒ  ａｌｌｅｌｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）値を調節するため使用される。
【００５０】
別の実施形態において、本発明は、起源組織を、ヒト対象から得たサンプル中の無細胞ＤＮＡに確率論的に割り当てるための方法を提供し、前記方法は、以下の（ａ）〜（ｄ）を含む。
【００５１】
（ａ）以下の（ｉ）〜（ｉｉｉ）によって、サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること、
【００５２】
（ｉ）無細胞ＤＮＡ中の５−ヒドロキシメチルシトシン残基のみにアフィニティータグを付加すること、
【００５３】
（ｉｉ）支持体に結合させることによって、前記アフィニティータグでタグづけされたＤＮＡ分子を富化すること、および
【００５４】
（ｉｉｉ）前記富化されたＤＮＡ分子をシーケンシングし、各５−ヒドロキシメチルシトシン部位が識別されたマップを提供すること；
【００５５】
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域中の参照遺伝子座に関連する）；
【００５６】
（ｃ）前記の作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的に類似する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する参照データセット中の少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
【００５７】
（ｄ）少なくとも１つの起源組織を、（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および対応する組織特異的遺伝子に基づいて、シーケンシングされた各ＤＮＡ分子に割り当てること。
【００５８】
本発明の別の実施形態において、ヒト対象が、組織または器官の異常な状態を生じやすいか否かを判定するために記載の方法が提供され、前記組織または器官の異常な状態は、核酸のヒドロキシメチル化プロファイルに関連する。こに記載の方法は、以下の（ａ）〜（ｃ）を含む。
【００５９】
（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座におけるヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
【００６０】
（ｂ）検出されたヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれ（ｉ）組織特異的遺伝子上の参照遺伝子座、および（ｉｉ）特定の組織または器官の異常な状態の生じやすさを示す組織の状態に関連する、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
【００６１】
（ｃ）（ｂ）における比較から、前記組織の異常な状態の生じやすさを識別すること。
【００６２】
本発明のさらなる実施形態において、ヒト対象から得た無細胞ＤＮＡのサンプル中の、異なる起源組織に関連するＤＮＡフラグメントを区別するための方法が提供される。この方法は、以下の（ａ）〜（ｃ）を含む。
【００６３】
（ａ）無細胞ＤＮＡサンプル中の、複数の核酸のそれぞれのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
【００６４】
（ｂ）各ヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれが組織特異的遺伝子上の特定の参照遺伝子座に関連する、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
【００６５】
（ｃ）（ｂ）における比較に基づいて、異なる組織を起源とする核酸を鑑別すること。
【００６６】
上述の実施形態の例示的な態様において、前記参照セットは、以下の表１〜１９に記載する、セット３Ａ、セット３Ｂ、セット３Ｃ、セット３Ｄ、セット３Ｅ、セット３Ｆ、セット３Ｇ、セット３Ｈ、セット３Ｉ、セット３Ｊ、セット３Ｋ、セット３Ｌ、セット３Ｍ、セット３Ｎ、セット３Ｏ、セット３Ｐ、セット３Ｑ、セット３Ｒ、およびセット３Ｓから選択される２またはそれを超える参照セットを含む。
【００６７】
さらなる実施形態において、上述のいずれの方法も、さらに、核酸の長さ；核酸フラグメント分布；メチル化パターン；およびヌクレオソームの位置のうちの少なくとも１つを決定することを含む。
【発明を実施するための形態】
【００６８】
発明の詳細な説明
本発明は、起源組織を、無細胞流体サンプル、例えばヒト患者から得た無細胞ＤＮＡサンプル中の核酸に確率論的に割り当てるための方法を提供する。診断、予後、患者モニタリング、およびその他の方法を含む、関連する方法およびシステムもまた提供される。本発明は、複数の組織タイプについて、幅広いヒドロキシメチル化プロファイルの参照セット全体にわたって、すなわち、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれにおける複数の部位に関するヒドロキシメチル化データを含むヒドロキシメチロームデータセット全体にわたって、検出された核酸のヒドロキシメチル化プロファイルの類似性をアセスメントする。
【００６９】
１．用語
別段の定めがないかぎり、本明細書で使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって通常理解される意味を有する。本発明を説明するために特に重要な特定の用語は、以下に定義する。その他の関連用語は、国際特許出願公開ＷＯ２０１７／１７６６３０（Ｑｕａｋｅら、発明の名称「Ｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ｂｙ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ５−Ｈｙｄｒｏｘｙｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ  Ｃｅｌｌ−Ｆｒｅｅ  ＤＮＡ」）に定義されている。本明細書で参照されている上記の特許公報ならびに他の全ての特許文献および刊行物は、参照により明示的に援用される。
【００７０】
本明細書および添付の特許請求の範囲において、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、明らかに文脈に反しないかぎり、複数形への言及を含む。よって、例えば、「部位（ａ  ｌｏｃｕｓ）」は、１つの部位（ｌｏｃｕｓ）だけではなく、２またはそれを超える異なる部位（ｌｏｃｉ）も指し、「構成要素（ａ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）」は、１つの構成要素、ならびに２またはそれを超える構成要素の組み合わせも指す、などである。
【００７１】
数値範囲には、その範囲を規定している数値が含まれる。別段の定めがないかぎり、それぞれ、核酸は、５’から３’の方向に、左から右に記述され；アミノ酸配列は、アミノ末端からカルボキシ末端の方向に、左から右に記述される。
【００７２】
本明細書に示される見出しは、本発明の種々の態様または実施形態を限定するものではない。したがって、このすぐ後に定義されている用語は、明細書を全体として参照することによって、より完全に定義される。
【００７３】
用語「ヒドロキシメチル化」は、核酸に、少なくとも１つの５−ヒドロキシメチルシトシン（５ｈｍＣ）残基が存在すること、すなわち５’炭素にヒドロキシメチル基が付加されたシトシン残基が存在することを指す。
【００７４】
用語「ヒドロキシメチル化プロファイル」は、核酸、核酸フラグメント、または核酸領域中の、５−ヒドロキシメチルシトシンの密度、位置、相対配置、および／またはパターンを指す。
【００７５】
用語「サンプル」は、本明細書で用いられる場合、ヒト対象の体液、細胞、組織、または器官に由来するサンプルに関し、核酸または核酸の混合物を含む。必ずではないが、前記サンプルは、一般に、全血サンプル、血清サンプル、または血漿サンプルなどの血液サンプルである。本明細書において、核酸サンプルは、核酸配列を含有する複数の異なる分子を含んでいてもよいという点で、複合的であってもよい。
【００７６】
用語「サンプル」は、本明細書で用いる場合、物質または複数の物質の混合物を指し、必ずではないが、典型的には液状であり、関心のある１またはそれを超える分析対象物を含む。
【００７７】
用語「生物学的サンプル」は、本明細書で用いる場合、ヒト対象の体液、細胞、組織、または器官に由来するサンプルを指し、生体分子（タンパク質、ペプチド、脂質、核酸などが含まれる）の混合物を含む。必ずではないが、前記サンプルは、一般に、全血サンプル、血清サンプル、または血漿サンプルなどの血液サンプルである。
【００７８】
用語「核酸サンプル」は、本明細書で用いられる場合、核酸を含有する生物学的サンプルを指す。核酸サンプルは、ヌクレオソームを含む無細胞核酸サンプルであってもよく、その場合、核酸サンプルは、本明細書において、「ヌクレオソームサンプル」と呼ばれることがある。核酸サンプルは、サンプル中にヒストンおよび他のタンパク質を実質的に含まない無細胞ＤＮＡから構成されていてもよく、例えば無細胞ＤＮＡ精製後の場合があてはまるであろう。核酸サンプルは、本明細書において、無細胞ＲＮＡも含んでいてもよい。
【００７９】
「サンプルフラクション」は、元の生物学的サンプルのサブセットを指し、血液サンプルを複数の等しいフラクションに分けた場合のように、その生物学的サンプルの組成的に等しい部分であってもよい。あるいは、サンプルフラクションは、組成的に異なっていてもよく、例えば、生物学的サンプルのある特定の成分を除去した場合（無細胞核酸の抽出がその一例である）があてはまるであろう。
【００８０】
本明細書で用いられる場合、用語「無細胞核酸」は、無細胞ＤＮＡと無細胞ＲＮＡの両方を包含し、この無細胞ＤＮＡおよび無細胞ＲＮＡは、体液を含む生物学的サンプルの無細胞フラクション中に存在していてもよい。前記体液は、全血、血清、もしくは血漿を含む血液であってもよく、または尿、嚢胞液、もしくは別の体液であってもよい。多くの例において、生物学的サンプルは血液サンプルであり、無細胞核酸サンプルは、それらのサンプルから、当業者に知られている、および／または関連する書籍および文献に説明されている、現在普通に用いられている手段で抽出され、無細胞核酸抽出を行うためのキットは市販されている（例えば、ＡｌｌＰｒｅｐ（登録商標）ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＭｉｎｉキットおよびＱＩＡｍｐ  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄ  Ｍｉｎｉキット（両方ともＱｉａｇｅｎ社から入手できる）、またはＭａｇＭＡＸ無細胞全核酸キット（Ｃｅｌｌ−Ｆｒｅｅ  Ｔｏｔａｌ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  Ｋｉｔ）およびＭａｇＭＡＸ  ＤＮＡ単離キット（ＤＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ）（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社から入手できる））。例えば、Ｈｕｉら、Ｆｏｎｇら（２００９）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．５５（３）：５８７−５９８も参照のこと。
【００８１】
本明細書で用いられる場合、用語「無細胞ＤＮＡ」（ｃｆＤＮＡ）は、無細胞フラクション中のＤＮＡ、または体液を含む生物学的サンプルの抽出物中のＤＮＡを指す。無細胞ＤＮＡは、高度に断片化されていてもよく、その大きさの中央値は、一般に、１ｋｂ未満（例えば、５０ｂｐ〜５００ｂｐ、８０ｂｐ〜４００ｂｐ、または１００ｂｐ〜１，０００ｂｐの範囲内）であるが、大きさの中央値がこの範囲外であるフラグメントも存在しうる（Ｎｅｗｍａｎら（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２０：５４８−５４には、大きさが１６５ｂｐ〜２５０ｂｐのフラグメントが報告されている）。無細胞ＤＮＡは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ、ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  ｔｕｍｏｒ  ＤＮＡ）、すなわちがん患者の血液中を自由に循環している腫瘍ＤＮＡ、または循環している胎児ＤＮＡ（対象が妊婦の場合）を含んでいてもよい。ｃｆＤＮＡは、全血を遠心分離にかけて全細胞を除去し、次いで、残った血漿または血清からＤＮＡを単離することによって得ることができる。このような方法は周知である（例えば、Ｌｏら（１９９８）Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１６２：７６８−７５を参照のこと）。無細胞ＤＮＡは、大部分が二本鎖であるが、変性によって一本鎖にすることができる。
【００８２】
用語「ヌクレオチド」は、知られているプリンおよびピリミジン塩基だけではなく、他の修飾された複素環塩基も含有するような部分を含むことを意図している。このような修飾は、メチル化プリンまたはピリミジン、アシル化プリンまたはピリミジン、アルキル化リボース、または他のアルキル化複素環を含む。また、用語「ヌクレオチド」は、ハプテンまたは蛍光標識を含有し、通常のリボース糖およびデオキシリボース糖だけではなく、他の糖も含有するような部分を含む。修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドには、糖部位の修飾も含まれ、糖部位の修飾においては、例えば、１またはそれを超えるヒドロキシル基が、ハロゲン原子または脂肪族基で置換されているか、エーテル、アミンなどとして官能基化されている。本明細書において特に重要なものは、５−メチルシトシンおよびその酸化形態（例えば、５−ヒドロキシメチルシトシン、５−ホルミルシトシン、および５−カルボキシメチルシトシン）を含む、修飾シトシン残基である。
【００８３】
用語「核酸」および「ポリヌクレオチド」は、本明細書において、ヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドからなる、任意の長さ、例えば、約２塩基超、約１０塩基超、約１００塩基超、約５００塩基超、１０００塩基超、および最長で約１０，０００またはそれを超える塩基数のポリマーを記述するために、互換的に用いられる。核酸は、酵素的に生成されたものでもよく、化学的に合成したものでもよく、天然に生じたものでもよい。
【００８４】
用語「オリゴヌクレオチド」は、本明細書で用いる場合、長さが約２〜２００ヌクレオチド、最長で５００ヌクレオチドの、ヌクレオチドの一本鎖マルチマーを表す。
【００８５】
オリゴヌクレオチドは、合成でも、酵素的に合成してもよく、いくつかの実施形態において、長さは３０〜１５０ヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドモノマーを含んでいてもよく（すなわち、オリゴリボヌクレオチドであってもよい）、および／またはデオキシリボヌクレオチドモノマーを含んでいてもよい。オリゴヌクレオチドは、例えば、長さが１０〜２０、２１〜３０、３１〜４０、４１〜５０、５１〜６０、６１〜７０、７１〜８０、８０〜１００、１００〜１５０、または１５０〜２００ヌクレオチドである。
【００８６】
用語「ハイブリダイゼーション」は、当該技術分野で知られているように、塩基対形成によって核酸鎖を相補鎖と接合させるプロセスを指す。ある核酸と参照核酸配列が、中程度から高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件において、互いに特異的にハイブリダイズする場合、その核酸は、前記参照核酸配列と「選択的にハイブリダイズできる」ものとみなされる。中程度から高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は知られている（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ  ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  １９９５、およびＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．を参照のこと）。
【００８７】
用語「二本鎖（ｄｕｐｌｅｘ）」および「二重化した（ｄｕｐｌｅｘｅｄ）」は、本明細書において、塩基対を形成した、すなわち互いにハイブリダイズした２つの相補的ポリヌクレオチドを記述するために、互換的に用いられる。ＤＮＡ二本鎖は、本明細書において、「二本鎖ＤＮＡ」または「ｄｓＤＮＡ」と呼ばれ、インタクトな分子または分子のセグメントでありうる。例えば、本明細書において、バーコード化およびアダプター結合と呼ばれるｄｓＤＮＡは、インタクトな分子であるのに対し、近接伸長アッセイにおける各近接プローブの核酸末端配列間に形成されるｄｓＤＮＡは、ｄｓＤＮＡセグメントである。
【００８８】
用語「鎖（ｓｔｒａｎｄ）」は、本明細書で用いる場合、共有結合、例えばホスホジエステル結合によって互いに共有結合したヌクレオチドからなる核酸の１本の鎖を指す。細胞において、ＤＮＡは、たいてい二本鎖形態で存在し、それ自体は、本明細書において「トップ」および「ボトム」鎖と呼ばれる２つの相補鎖を有する。ある特定のケースにおいて、染色体領域の相補鎖は、「プラス」および「マイナス」鎖、「ポジティブ」および「ネガティブ」鎖、「第１」および「第２」鎖、「コード」および「非コード」鎖、「ワトソン」および「クリック」鎖、または「センス」および「アンチセンス」鎖と呼ばれることがある。ある鎖をトップまたはボトム鎖のどちらと定めるかは任意であり、何らかの特定の向き、機能、または構造を意味するものではない。いくつかの例示的な哺乳類の染色体領域（例えば、ＢＡＣ、アセンブリー、染色体など）の第１鎖のヌクレオチド配列が知られており、例えばＮＣＢＩのＧｅｎｂａｎｋデータベース中に存在することがある。
【００８９】
用語「プライマー」は、合成オリゴヌクレオチドを指し、プライマーがポリヌクレオチドテンプレートと二本鎖を形成すると、核酸合成の開始点として働くことができ、３’末端からテンプレートに沿って伸長して、伸長した二本鎖を形成することができる。伸長プロセスの間に付加されるヌクレオチドの配列は、テンプレートポリヌクレオチドの配列によって決定される。通常、プライマーは、ＤＮＡポリメラーゼによって伸長する。プライマーは、一般に、プライマー伸長産物の合成における使用に適合する長さを有し、通常の長さは８〜１００ヌクレオチドの範囲内、例えば１０〜７５、１５〜６０、１５〜４０、１８〜３０、２０〜４０、２１〜５０、２２〜４５、２５〜４０ヌクレオチドといった範囲内である。典型的なプライマーの長さは、１０〜５０ヌクレオチドの範囲内、例えば１５〜４５、１８〜４０、２０〜３０、２１〜２５といった範囲内であってもよく、上記した範囲内のどのような長さであってもよい。いくつかの実施形態において、プライマーの長さは、通常、約１０、１２、１５、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、または７０ヌクレオチドを超えない。
【００９０】
ＤＮＡ複製反応の開始に用いられる「プライマー」のように、「アダプター」も、生物学的分析における特定の目的にかなう、短い合成オリゴヌクレオチドである。アダプターは一本鎖または二本鎖でありうるが、本明細書において好ましいアダプターは二本鎖である。一実施形態において、アダプターは、ヘアピンアダプター（すなわち、分子内で塩基対を形成して二本鎖ステムとループを有する構造を形成する１つの分子であり、この分子の３’および５’末端は、それぞれ、二本鎖ＤＮＡ分子の５’および３’末端に結合する）であってもよい。別の実施形態において、アダプターは、Ｙ字アダプターであってもよい。別の実施形態において、アダプターは、それ自体が、互いに塩基対を形成している２つの異なるオリゴヌクレオチド分子から形成されていてもよい。明らかであろうが、アダプターの結合可能な末端は、制限酵素による切断で形成されるオーバーハングに適合するように設計されていてもよく、または平滑末端もしくは５’Ｔ突出末端を有していてもよい。用語「アダプター」は、二本鎖ならびに一本鎖の分子を指す。アダプターは、ＤＮＡもしくはＲＮＡ、またはこれら２つの混合物であってもよい。ＲＮＡを含むアダプターは、ＲＮａｓｅ処理またはアルカリ加水分解によって切断されうる。アダプターは、１５〜１００塩基、例えば５０〜７０塩基であってもよいが、この範囲外のアダプターも考えられる。
【００９１】
用語「アダプター結合」は、本明細書で用いられる場合、アダプターに結合した核酸を指す。アダプターは、核酸分子の５’末端および／または３’末端に結合しうる。本明細書で用いられる場合、用語「アダプター配列付加」は、アダプターを、サンプル中のフラグメントの末端に付加する行為を指す。これは、ポリメラーゼを用いてフラグメントの末端を充填すること、末端Ａ配列を付加すること、次いでこの末端Ａ配列を有するフラグメントにＴ突出を含むアダプターを結合させることによって行われうる。アダプターは、通常、リガーゼを用いてＤＮＡ二本鎖に結合されるが、ＲＮＡでは、ｃＤＮＡ二本鎖の少なくとも１つの末端に、好ましくはリガーゼ不存在下で、共有結合または他の形で結合される。用語「アダプター結合サンプル」は、ｃｆＤＮＡがアダプターに結合しているサンプルを指す。上記の定義を考慮すれば理解されるであろうが、非対称アダプターに結合したサンプルは、５’および３’末端に非相補配列を有する鎖を含む。
【００９２】
用語「非対称アダプター」は、本明細書で用いられる場合、二本鎖核酸フラグメントの両末端に結合された場合に、３’末端のタグ配列と同じではない、または相補的ではない５’タグ配列を含むトップ鎖を生じさせるであろうアダプターを指す。非対称アダプターの例は、米国特許第５，７１２，１２６号および第６，３７２，４３４号（Ｗｅｉｓｓｍａｎら）、および国際特許出願公開ＷＯ２００９／０３２１６７（Ｂｉｇｎｅｌｌら）に記載されている。非対称にタグがつけられたフラグメントは、２つのプライマー、すなわち鎖の３’末端に付加された第１のタグ配列とハイブリダイズする第１のプライマー；およびもう一方の、鎖の５’末端に付加された第２のタグ配列の相補鎖とハイブリダイズする第２のプライマーによって増幅されうる。Ｙ字アダプターおよびヘアピンアダプター（ヘアピンアダプターは、ライゲーション後に切断することによって、「Ｙ字アダプター」を生じうる）は、非対称アダプターの例である。
【００９３】
用語「Ｙ字アダプター」は、二本鎖領域と、対向する配列が相補的ではない一本鎖領域とを含むアダプターを指す。二本鎖領域の末端は、例えばライゲーションまたはトランスポザーゼ触媒反応によって、ゲノムＤＮＡの二本鎖フラグメントなどの標的分子に結合できる。Ｙ字アダプターに結合した、アダプタータグがついた二本鎖ＤＮＡのそれぞれの鎖は、一方の末端にＹ字アダプターの一方の鎖の配列を有し、他方の末端にＹ字アダプターの他方の鎖の配列を有するという点で、非対称にタグがつけられている。両方の末端がＹ字アダプターに結合した核酸分子を増幅することによって、非対称にタグがつけられた核酸、すなわち、あるタグ配列を含む５’末端と、別のタグ配列を含む３’末端とを有する核酸が生じる。
【００９４】
用語「ヘアピンアダプター」は、ヘアピン形状のアダプターを指す。一実施形態において、ライゲーション後に、ヘアピンループを切断し、各末端に非相補タグを有する鎖を生じさせることができる。いくつかのケースにおいて、ヘアピンアダプターのループは、ウラシル残基を含んでいてもよく、そのようなループは、他の方法も知られているが、ウラシルＤＮＡグリコシラーゼおよびエンドヌクレアーゼＶＩＩＩによって切断することができる。
【００９５】
用語「増幅」は、本明細書で用いられる場合、テンプレート核酸の１またはそれを超えるコピーまたは「アンプリコン」を作成することを指し、任意の核酸増幅技術を用いて実施することができる。核酸増幅技術は、例えば、ＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）増幅法（ネステッドＰＣＲ法およびマルチプレックスＰＣＲ法を含む）、ＲＣＡ法（ｒｏｌｌｉｎｇ  ｃｉｒｃｌｅ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）、ＮＡＳＢＡ法（ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｂａｓｅｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）、ＴＭＡ法（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  ｍｅｄｉａｔｅｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）、およびＳＤＡ法（ｓｔｒａｎｄ  ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）などの技術である。複数の増幅技術の組み合わせ、例えば、ＲＣＡと組み合わせたマルチプレックスＰＣＲ法（例えば、Ｇｏｎｇら（２０１８）ＲＳＣ  Ａｄｖ．８：２７３７５を参照のこと）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）と組み合わせたＲＣＡ法（例えば、Ｌｉｕら（２０１６）Ａｎａｌ  Ｓｃｉ．３２：９６３−９６８を参照のこと）などが、ある状況において有利に用いられうることが理解されるであろう。
【００９６】
用語「富化する」および「富化」は、ある特定の特徴を有するテンプレート分子（例えば、５−ヒドロキシメチルシトシンを含む核酸）を、そのような特徴を持たない分析対象物（例えば、５−ヒドロキシメチルシトシンを含まない核酸）から部分精製することを指す。富化は、典型的には、前記の特徴を有する分析対象物の濃度を、前記特徴を持たない分析対象物に対して、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高める。富化後、サンプル中の分析対象物の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％が、富化に用いた特徴を有しうる。例えば、富化した組成物中の核酸分子の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％は、キャプチャータグを含むように修飾された１またはそれを超える５−ヒドロキシメチルシトシンを有する鎖を含んでいてもよい。
【００９７】
用語「シーケンシング」は、本明細書で用いられる場合、その方法によって、ポリヌクレオチドの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドが識別される（例えば、少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも１００、もしくは少なくとも２００、またはそれを超える連続したヌクレオチドが識別される）ような方法を指す。
【００９８】
用語「次世代シーケンシング（ＮＧＳ、ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）」または「ハイスループットシーケンシング」は、本明細書で用いられる場合、現在Ｉｌｌｕｍｉｎａ社、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、Ｒｏｃｈｅ社などによって採用されている、いわゆるパラレルＳＢＳ（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）またはＳＢＬ（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｌｉｇａｔｉｏｎ）プラットフォームを指す。次世代シーケンシング法としては、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社によって商業化された方法などのナノポアシーケンシング法、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社によって商業化されたＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ技術などの電子的検出方法、およびＰａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社によって商業化された方法などの単分子蛍光に基づく方法などもあげられうる。
【００９９】
用語「読み取りデータ（ｒｅａｄ）」は、本明細書で用いられる場合、シーケンシングシステム（例えば、超並列シーケンシングなど）の生の出力または加工された出力を指す。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている方法の出力は、読み取りデータである。いくつかの実施形態において、それらの読み取りデータは、トリミング、フィルター、およびアライメントが必要であることがあり、結果として、生の読み取りデータ、トリミングされた読み取りデータ、アライメントされた読み取りデータが得られる。
【０１００】
「ＵＦＩ」は、核酸分子のグループを特徴づける固有特性識別子（ｕｎｉｑｕｅ  ｆｅａｔｕｒｅ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）である。ＵＦＩは、「バーコード」（本明細書において、「ＵＦＩ配列」または「ＵＦＩバーコード」と呼ばれることがある）と呼ばれることがある核酸の特定の配列であってもよく、または、グリコシル化、ビオチン化などの結果として生じるであろうような化学的タグであってもよい。ＵＦＩは、追加された、または組み込まれた部分などの特定の特徴の欠如であってもよく、例えば、ＵＦＩは、特定のバーコードの欠如であってもよく、グリコシル化またはビオチン化された部分の欠如などであってもよい。ＵＦＩ配列は、典型的には、核酸分子の特徴を識別するために有用な比較的短い核酸配列である。ＵＦＩを含有する核酸テンプレート分子およびそのアンプリコンは、本明細書において、「バーコード化」テンプレート分子またはアンプリコンと呼ばれることがある。ＵＦＩ配列の種類としては、限定するものではないが、例えば以下のものがあげられる。
【０１０１】
「分子ＵＦＩ配列」（または「分子バーコード」）は、サンプル中のあらゆる核酸テンプレート分子に追加される、核酸の短い配列であり、ＵＦＩ配列の長さが十分である場合は、全ての核酸テンプレート分子は固有のＵＦＩ配列に結合する。分子ＵＦＩ配列は、通常、不規則なヌクレオチド、部分的に変性したヌクレオチド、または、いくつかの場合、すなわちテンプレート分子の数が限られている場合には、所定のヌクレオチドの連続として設計される。分子ＵＦＩ配列は、当該技術分野で知られているように、増幅エラーおよびシークエンサーエラーを補償およびオフセットするため、ユーザーが重複を追跡して下流の分析から除外することを可能にするため、分子数の計測とそれに続く分析対象物濃度の決定を可能にするために使用することができる。例えば、Ｃａｓｂｏｎら（２０１１）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．３９（１２）：１−８を参照のこと。
【０１０２】
「サンプルＵＦＩ配列」（または「サンプルバーコード」もしくは「インデックス化ＵＦＩ」）は、複数のサンプルが、組み合わされ、処理され、一緒にシーケンシングされるように、サンプル中のあらゆる核酸テンプレート分子に追加される核酸配列であり、サンプルＵＦＩ配列は、サンプルによる読み取りデータの分類およびグループ分け（すなわち多重分離）を可能にする。サンプルＵＦＩ配列によって、サンプルを採取した個体が識別される。
【０１０３】
「ソース識別子配列」（または「ソースＵＦＩ」もしくは「ソースバーコード」）によって、起源のソースが識別される。ソースＵＦＩは、通常はサンプルＵＦＩであろう。しかしながら、ある特定の例では、例えば異なる種類のサンプルを同じ個体から得た場合（例えば、血液サンプル、嚢胞液など）は、ソースＵＦＩは、そのサンプルを採取した患者ではなくて、そのサンプルの生理学的なソースを示すであろう。１つの個体から得た２またはそれを超える種類のサンプルを含む複数のサンプルが組み合わされている場合、サンプルバーコードとソースバーコードの両方を使用すべきである。
【０１０４】
「フラグメント識別子配列」（または「フラグメントＵＦＩ」もしくは「フラグメントバーコード」）とは、以下のようなものである。すなわち、核酸が多くのフラグメントの集団を含む核酸サンプル（無細胞ＤＮＡにおいて天然に存在するような核酸サンプル、または多くのすでに知られている断片化技術（例えば、物理的方法、超音波処理法、酵素的方法など）によって作成された核酸サンプル）において、サンプル中の各フラグメントは、対応するフラグメント識別子配列によってバーコード化される。互いに重なり合わないフラグメント識別子配列を有する複数の配列読み取りデータは、核酸テンプレート分子の起源が異なることを示すのに対し、同じフラグメント識別子配列、または実質的に重なり合うフラグメント識別子配列を有する複数の読み取りデータは、同じテンプレート分子のフラグメントを示す可能性がある。ここで識別される固有の特徴は、フラグメントの起源であるテンプレート核酸分子である。
【０１０５】
「鎖識別子配列」（または「鎖ＵＦＩ」もしくは「鎖バーコード」）によって、ＤＮＡ二本鎖の２つの鎖がそれぞれ独立してタグづけされ、それによって読み取りデータの起源である鎖が判定できる（すなわち、ＷストランドまたはＣストランドとして判定できる）。
【０１０６】
「５ｈｍＣ識別子配列」（または「５ｈｍＣバーコード」）によって、サンプル中の５ｈｍＣ含有無細胞ＤＮＡテンプレート分子を起源とするＤＮＡフラグメント、すなわち「ヒドロキシメチル化」ＤＮＡが識別される。
【０１０７】
「５ｍＣ識別子配列」（または「５ｍＣバーコード」）によって、５ｈｍＣを含まない５ｍＣ含有無細胞ＤＮＡテンプレート分子を起源とするＤＮＡフラグメントが識別される。
【０１０８】
いくつかの実施形態において、ＵＦＩの長さは、１〜約３５ヌクレオチドの範囲内、例えば２〜３０ヌクレオチド、４〜３０ヌクレオチド、４〜２４ヌクレオチド、４〜１６ヌクレオチド、４〜１２ヌクレオチド、６〜２０ヌクレオチド、６〜１６ヌクレオチド、６〜１２ヌクレオチドなどであってもよい。ある特定のケースでは、上述したように、ＵＦＩはエラー検出性および／またはエラー訂正性であってもよく、これは、たとえエラーが存在したとしても（例えば、分子バーコード配列に合成ミスがある場合、分子バーコード配列の読み取りミスがある場合、または分子バーコード配列を決定するための種々の処理工程のいずれかの間に分子バーコード配列が歪められた場合）、それにもかかわらず、そのコードが正しく解釈されうることを意味する。エラー訂正性配列の使用については、文献に記載されている（例えば、米国特許出願公開第２０１０／０３２３３４８号（Ｈａｍａｔｉら）および米国特許出願公開第２００９／０１０５９５９号（Ｂｒａｖｅｒｍａｎら）（どちらも、参照により本明細書に援用される）を参照のこと）。
【０１０９】
本明細書におけるＵＦＩ配列として働くオリゴヌクレオチドは、任意の有効な方法によってＤＮＡ分子中に組み込まれてもよく、「〜の中に組み込まれる（ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ  ｉｎｔｏ）」は、本明細書において、前記ＵＦＩがＤＮＡ分子の末端、ＤＮＡ分子の末端付近、またはＤＮＡ分子内に設けられるかぎり、「〜に付加される（ａｄｄｅｄ  ｔｏ）」および「〜に追加される（ａｐｐｅｎｄｅｄ  ｔｏ）」と互換的に用いられる。例えば、複数のＵＦＩが、選ばれたリガーゼを用いてＤＮＡの末端に結合されてもよく、この場合、最後に結合されたＵＦＩだけが分子の「末端」に存在する。
【０１１０】
より一般的には、用語「検出」は、任意の形態の測定を指すために、用語「決定すること（ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ）」、「測定すること（ｍｅａｓｕｒｉｎｇ）」、「評価すること（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）」、「アセスメントすること（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）」、「アッセイすること（ａｓｓａｙｉｎｇ）」、および「分析すること（ａｎａｌｙｚｉｎｇ）」と互換的に用いられ、ある要素が存在するか否かを決定することも含まれる。これらの用語は、定量的および／または定性的決定の両方を含む。アセスメントすることは、相対的であっても絶対的であってもよい。よって、「〜の存在をアセスメントすること」には、存在する部分の量を決定することも、その部分が存在するか存在しないかを決定することも含まれる。ヒドロキシメチル化バイオマーカー部位におけるレベルをアセスメントすることとは、そのような部位におけるヒドロキシメチル化の程度を決定することを指す。
【０１１１】
「正確度（ａｃｃｕｒａｃｙ）」は、測定または算出された量（試験で記録された値）と、その正確な（または真の）値との一致度を指す。臨床的な正確度は、誤って分類された結果（偽陽性（ＦＰ、ｆａｌｓｅ  ｐｏｓｉｔｉｖｅ）または偽陰性（ＦＮ、ｆａｌｓｅ  ｎｅｇａｔｉｖｅ））に対する、真の結果（真陽性（ＴＰ、ｔｒｕｅ  ｐｏｓｉｔｉｖｅ）または真陰性（ＴＮ、ｔｒｕｅ  ｎｅｇａｔｉｖｅ））の割合に関し、感受性、特異性、陽性予測値（ＰＰＶ、ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  ｖａｌｕｅ）、もしくは陰性予測値（ＮＰＶ、ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  ｖａｌｕｅ）と呼ばれることがあり、または、確からしさ、もしくは、他の尺度もあるが、オッズ比と呼ばれることもある。
【０１１２】
本明細書で用いられる場合、フラグメントの特定の鎖（例えば、トップまたはボトム鎖）「に対応する」配列読み取りデータに関して、用語「〜に対応する」は、前記の鎖またはその増幅産物に由来する配列読み取りデータを指す。
【０１１３】
用語「相関性」は、本明細書で変数（例えば、ある値、値のセット、疾病段階、疾病段階に関連するリスクなど）について用いられる場合、２またはそれを超える変数が互いに変動する程度の尺度である。
【０１１４】
「ヒドロキシメチル化レベル」または「ヒドロキシメチル化状態」は、ヒドロキシメチル化バイオマーカー部位内のヒドロキシメチル化の程度である。ヒドロキシメチル化の程度は、通常、ヒドロキシメチル化密度、例えば、核酸領域内の、全シトシン（修飾と非修飾の両方）に対する５ｈｍＣ残基の比として測定される。ヒドロキシメチル化密度の他の尺度、例えば、核酸領域中の全ヌクレオチドに対する５ｈｍＣ残基の比率もありうる。
【０１１５】
「ヒドロキシメチル化プロファイル」または「ヒドロキシメチル化シグネチャー」は、複数のヒドロキシメチル化バイオマーカー部位のそれぞれにおけるヒドロキシメチル化レベルを含むデータセットを指す。ヒドロキシメチル化プロファイルは、少なくとも１つの共通する特徴を有する個体集団、例えば、がんと診断されたことがない個体群、画像走査で識別される病変を生じたことがない個体群、６５歳を超える個体群、女性の個体群などについての混成されたヒドロキシメチル化プロファイルを含む参照ヒドロキシメチル化プロファイルであってもよい。
【０１１６】
「式」、「アルゴリズム」、または「モデル」は、１またはそれを超える連続的またはカテゴライズされた入力を受け取って出力値を算出する、任意の数学的な等式、アルゴリズム的な、分析的な、もしくはプログラムされたプロセス、または統計的手法であり、「インデックス」、「インデックス値」、「予測変数（ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ）」、「予測値」、「確率」、または「確率スコア」と呼ばれることがある。「式」の非限定的な例としては、合計、比、および回帰演算子（例えば、係数または指数）、バイオマーカー値の変換または正規化（限定するものではないが、臨床的パラメーター、例えば性別、年齢、または民族性に基づく正規化スキーム）、ルールおよびガイドライン、統計的分類モデル、歴史的集団で学習させたニューラルネットワークなどがあげられる。パネルおよび組み合わせの構成において、特に重要なものは、なかでも、構造的および構文的な統計的分類アルゴリズム、ならびにパターン認識特性を利用したリスクインデックス構成方法であり、確立された技術、例えば、相互相関、主成分分析（ＰＣＡ、Ｐｒｉｎｃｉｐａｌ  Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）、因子回転、ロジスティック回帰（ＬｏｇＲｅｇ）、線形判別分析（ＬＤＡ）、Ｅｉｇｅｎｇｅｎｅ線形判別分析（ＥＬＤＡ）、サポートベクトルマシン（Ｓｕｐｐｏｒｔ  Ｖｅｃｔｏｒ  Ｍａｃｈｉｎｅ）（ＳＶＭ）、ランダムフォレスト（ＲＦ）、再帰的パーティショニングツリー（ＲＰＡＲＴ）、ならびに、他にもあるが、その他の関連するディシジョンツリー分類技術、収縮重心法（ＳＣ、Ｓｈｒｕｎｋｅｎ  Ｃｅｎｔｒｏｉｄｓ）、ＳｔｅｐＡＩＣ、Ｋ近傍、ブースティング、ディシジョンツリー、ニューラルネットワーク、ベイジアンネットワーク、サポートベクトルマシン（Ｓｕｐｐｏｒｔ  Ｖｅｃｔｏｒ  Ｍａｃｈｉｎｅ）、および隠れマルコフモデルが含まれる。多くのこのようなアルゴリズム技法が、特徴（部位）選択と正則化（例えば、他にもあるが、Ｒｉｄｇｅ回帰、Ｌａｓｓｏ、およびｅｌａｓｔｉｃ  ｎｅｔにおいて）の両方を実行するためにさらに実装されている。当業者に周知のＣｏｘモデル、ＷｅｉｂｕｌｌモデルＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒモデル、およびＧｒｅｅｎｗｏｏｄモデルを含むその他の技術が、生存およびイベントまでの時間のハザード分析に用いられてもよい。多くのこのような技術が有用であり、ヒドロキシメチル化バイオマーカー選択技術（例えば、変数増加法、変数減少法、または変数増減法）、所定のサイズの全潜在的バイオマーカーセットまたはパネルの完全調査、遺伝的アルゴリズムと組み合わされるか、あるいはこのような技術自体がバイオマーカー選択技法を含む。これらの方法は、追加のバイオマーカーとモデルの改善の間のトレードオフを定量するために、および過剰適合を最小にするために、情報規準、例えば赤池情報量規準（ＡＩＣ、Ａｋａｉｋｅ’ｓ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ）またはベイズ情報量規準（ＢＩＣ、Ｂａｙｅｓ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ）と組み合わせてもよい。得られる予見モデルは、Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ、ＬＯＯ（Ｌｅａｖｅ−Ｏｎｅ−Ｏｕｔ）、および１０−Ｆｏｌｄ  ＣＶ（１０−Ｆｏｌｄ  ｃｒｏｓｓ−ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ）などの技術を用いて、他の研究において検証してもよく、またはもともとそれらを学習させた研究において交差検証してもよい。種々のステップにおいて、当該技術分野で知られている技術による値置換によって、ＦＤＲ（ｆａｌｓｅ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｒａｔｅ）を推定してもよい。
【０１１７】
種々のタイプのアルゴリズムが、本明細書において、有意義なセット（例えば、特定の組織タイプにおいてより一般に表現され、またはより一般に表現およびより一般に発現される遺伝子のグループなど）を導くために用いられる。２またはそれを超えるデータセット（例えば１またはそれを超える標準的な（または「正常な」）ヒドロキシメチル化プロファイルと、患者サンプルからのヒドロキシメチル化プロファイルなど）の間の統計的相関性を決定するために、同じまたは異なるアルゴリズムを用いてもよい。回帰分析は、種々の比較アルゴリズムの基礎となる一般的な統計的手法であり、一般に用いられる回帰モデルとしては、例えばＲｉｄｇｅ、Ｌａｓｓｏ、およびＥｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔがあげられる。線形単回帰（通常の最小二乗法（ｏｒｄｉｎａｒｙ  ｌｅａｓｔ  ｓｑｕａｒｅｓ）、または「ＯＬＳ」）は、変数間に関係性があるために、一般的に不十分であり、代わりに、関係性を補償およびオフセットするためにペナルティを追加する（Ｌ１正則化（Ｌａｓｓｏ回帰）、Ｌ２正則化（Ｒｉｄｇｅ回帰）、または両方）。ｇｌｍｎｅｔモデル（ＬａｓｓｏおよびＥｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔ正則化一般化線型モデル）は、ペナルティの重み付けとＬ１およびＬ２寄与の両方を変化させる、デフォルトの最適化した適合度を与え、この最適化適合度がＬ２に優先的に重み付けする場合、予測変数は複数の特性によってサポートされる傾向になるであろう。ｇｌｍｎｅｔ２は、Ｌ１だけがペナルティに寄与するＬａｓｓｏ適合を指し、典型的には、少数の特徴によってサポートされる低密度モデルをもたらす。Ｅｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔは、Ｌ１およびＬ２正則化の両方からのペナルティを、Ｌ１とＬ２の関係が最適化された比率で組み込む。本明細書において例示的な手法（本明細書においてｇｌｍｎｅｔ１Ａと呼ばれることがある）は、Ｌ１とＬ２が５５／４５の比率で重み付けされた修正ｇｌｍｎｅｔモデルを使用することを含む。
【０１１８】
２．起源組織の割り当て
一実施形態において、起源組織を、ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中の核酸に確率論的に割り当てるための方法が提供され、起源組織の「確率論的」割り当ては、核酸が特定の組織を起源とする確率の決定を含む。起源組織とは、核酸のソースとなる組織であり、用語「組織」は、同じ種類かつ、器官に関係する場合は、同じ器官の細胞のグループまたは集団を記述するために用いられる。すなわち、未知の組織由来のＤＮＡなどの核酸を含有する、ヒト対象からの無細胞流体サンプルの場合、本方法は組織特異的なデータを生成するために使用することができ、また、起源組織のサンプルＤＮＡへの確率論的割り当てを可能にする。本方法は、サンプル核酸についてのヒドロキシメチル化プロファイルを作成し、次いでそのヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することを含み、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するゲノム領域内に含まれる参照遺伝子座に対応する。参照遺伝子座を含むゲノム領域は、特異的にヒドロキシメチル化された領域（ＤｈＭＲ、ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ  ｈｙｄｒｏｘｙｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ  ｒｅｇｉｏｎ）であり、このＤｈＭＲは、ここでは基本的にバイオマーカーとして働き、特定の起源組織、組織タイプ、組織状態、およびその他の要因に応じて変化する傾向があるヒドロキシメチル化プロファイルを有するものとして選択される。各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、特定の参照遺伝子座またはバイオマーカーについての以下の情報を有するヒドロキシメチル化ベクトルの中に含まれており、前記情報とは、特定の参照遺伝子座における、正常な、または対照のヒドロキシメチル化プロファイル；前記参照遺伝子座に関連する組織特異的遺伝子；ならびに前記遺伝子および参照遺伝子座と関連する組織である。
【０１１９】
（ａ）ヒドロキシメチル化プロファイルの検出
【０１２０】
前記方法の最初のステップは、サンプル（典型的には、ヒト対象から得た無細胞ＤＮＡサンプル）中の核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを検出することを含み、前記「核酸」は、１またはそれを超える核酸分子、核酸フラグメント、もしくは核酸領域、またはそれらの組み合わせであってもよく、前記「ヒドロキシメチル化プロファイル」は、ヒドロキシメチル化密度、例えば、核酸領域内の、全シトシン（修飾シトシンと非修飾シトシンの両方）に対する５ｈｍＣ残基の比率でありうる。５ｈｍＣ密度の他の尺度、例えば部位内における、全ヌクレオチドに対する５ｈｍＣ残基の比率も考えられ、さらに他の種類の評価、例えば部位内における、５ｍＣに対する５ｈｍＣの比率も有用でありうる。
【０１２１】
５ｈｍＣ密度に加えて、ヒドロキシメチル化プロファイルは、ヒドロキシメチル化情報（例えばヒドロキシメチル化パターン、核酸領域内の全５ｈｍＣ残基、核酸領域内の５ｈｍＣ残基の位置、核酸領域内の５ｈｍＣ残基の相対位置、および／または半ヒドロキシメチル化または完全ヒドロキシメチル化としてのヒドロキシメチル化部位の識別など）も含んでいてもよい。５ｈｍＣは、哺乳動物システムのエピジェネティック制御における基礎的な役割を果たす、鍵となるエピジェネティック修飾として最近になって識別されたところであるため、研究者は、核酸、核酸フラグメント、および核酸領域（すなわち、核酸またはフラグメント内の部位）のヒドロキシメチル化プロファイルを突き止めるための技術の開発に取り組んできた。
【０１２２】
核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを検出するための好ましい方法は、国際特許出願公開ＷＯ２０１７／１７６６３０（Ｑｕａｋｅら）に記載されており、その全体が参照により本明細書に援用される。この方法は、シーケンシングスキームの過程のうちで、無細胞ＤＮＡ中の５−ヒドロキシメチルシトシンパターンの検出に関わる。アフィニティータグは、無細胞ＤＮＡのサンプル中の５ｈｍＣ残基に付加され、このタグがつけられたＤＮＡ分子は、次いで富化およびシーケンシングされ、５ｈｍＣの位置が識別される。この方法の例は、Ｑｕａｋｅらの文献に記載されているように、まず無細胞サンプル中の末端が平滑で、アダプターが結合した二本鎖ＤＮＡフラグメントを修飾して、アフィニティータグとしてビオチンを５ｈｍＣ残基に共有結合で結合することを含む。これは、６位がアジド基で官能基化されたウリジン二リン酸（ＵＤＰ）グルコースで、５ｈｍＣ残基を選択的にグルコシル化することによって行われてもよく、このステップの後に「クリックケミストリー」反応によるアルキン官能化ビオチンの自発的な１，３−環化付加反応が起こる。これらのビオチン化５ｈｍＣ残基を含む前記ＤＮＡフラグメントは、「富化」ステップにおいて、ストレプトアビジンビーズによって捕獲されうる。
【０１２３】
富化されたＤＮＡサンプルは、付加されたアダプターまたはその相補鎖にハイブリダイズする１またはそれを超えるプライマーを用いて増幅されてもよい。Ｙ字アダプターが付加された実施形態において、このアダプター結合核酸は、２つのプライマー、すなわちアダプターのトップ鎖の一本鎖領域にハイブリダイズする第１のプライマーと、Ｙ字アダプター（または、ループ切断後のヘアピンアダプター）のボトム鎖の一本鎖領域の相補鎖にハイブリダイズする第２のプライマーを用いて、ＰＣＲによって増幅されてもよい。例えば、いくつかの実施形態において、使用されるＹ字アダプターは、Ｐ５およびＰ７アーム（それらの配列は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のシーケンシングプラットフォームに適合している）を有していてもよく、その増幅産物は、一方の端部にＰ５配列、他方にＰ７配列を有するであろう。これらの増幅産物は、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシング基質にハイブリダイズし、シーケンシングされうる。別の実施形態において、増幅に用いられる前記の一対のプライマーは、Ｙ字アダプターにハイブリダイズする３’末端、およびＰ５配列またはＰ７配列のいずれかを有する５’テールを有していてもよい。これらの実施形態において、その増幅産物もまた、一方の端部にＰ５配列、他方にＰ７配列を有するであろう。これらの増幅産物は、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシング基質にハイブリダイズし、シーケンシングされうる。この増幅ステップは、制限された回数のＰＣＲ（例えば、５〜２０サイクル）によって行われてもよい。
【０１２４】
シーケンシングステップは、任意の使いやすい次世代シーケンシング法を用いて行ってもよく、その結果、少なくとも１０，０００、少なくとも５０，０００、少なくとも１００，０００、少なくとも５００，０００、少なくとも１Ｍ、少なくとも１０Ｍ、少なくとも２５Ｍ、少なくとも５０Ｍ、少なくとも１００Ｍ、または少なくとも１Ｂの配列読み取りデータが得られうる。多くのケースにおいて、前記読み取りデータは、ｐａｉｒｅｄ−ｅｎｄの読み取りデータである。増幅に用いられるプライマーは、プライマー伸長が用いられる任意の次世代シーケンシングプラットフォーム、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のｒｅｖｅｒｓｉｂｌｅ  ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ法、Ｒｏｃｈｅ社（４５４社）のパイロシーケンシング法、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社のライゲーションによるシーケンシング法（ＳＯＬｉＤプラットフォーム）、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社のＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔプラットフォーム、またはＰａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社のｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｂａｓｅ−ｃｌｅａｖａｇｅ法における使用に適合していてもよい。このような方法の例は以下の文献、すなわちＭａｒｇｕｌｉｅｓら（２００５）Ｎａｔｕｒｅ  ４３７：３７６−８０；Ｒｏｎａｇｈｉら（１９９６）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２４２：８４−９；Ｓｈｅｎｄｕｒｅ（２００５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０９：１７２８）；Ｉｍｅｌｆｏｒｔら（２００９）  Ｂｒｉｅｆ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ．１０：６０９−１８；Ｆｏｘら（２００９）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．５５３：７９−１０８；Ａｐｐｌｅｂｙら（２００９）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．５１３：１９−３９；Ｅｎｇｌｉｓｈ（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ．２０１２  ７：ｅ４７７６８）；およびＭｏｒｏｚｏｖａ（２００８）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ９２：２５５−６４）に記載されており、これらは、その方法および方法の特定のステップ（各ステップの全ての出発原料、試薬、および最終産物を含む）の全般的な説明について、参照によって援用される。
【０１２５】
ある特定の実施形態において、シーケンシングされるサンプルは、複数のサンプルからのＤＮＡ分子のプールを含んでいてもよく、この場合、サンプル中の核酸は、それらのソースを示す分子バーコードを有する。いくつかの実施形態において、分析される核酸は、単一のソース（例えば、１つの生物体、ウイルス、組織、細胞、対象など）に由来してもよいが、別の実施形態においては、核酸サンプルは、複数のソースからの核酸のプール（例えば、複数の生物体、組織、細胞、対象などからの核酸のプール）であってもよい。したがって、ある特定の実施形態において、無細胞核酸サンプルは、最小で２またはそれを超えるソース、３またはそれを超えるソース、５またはそれを超えるソース、１０またはそれを超えるソース、５０またはそれを超えるソース、１００またはそれを超えるソース、５００またはそれを超えるソース、１０００またはそれを超えるソース、５０００またはそれを超えるソース、最大で約１０，０００またはそれを超えるソース（この値を含む）からの核酸を含んでいてもよい。分子バーコードによって、異なるソースからの配列を、分析後に識別することが可能になりうる。
【０１２６】
配列読み取りデータは、コンピューターで解析されてもよく、したがって、以下に記載するステップを実行するための指示は、適切なコンピューター可読記憶媒体に記録することができるプログラムとして記述されてもよい。
【０１２７】
いくつかの実施形態において、配列読み取りデータを分析して、ｃｆＤＮＡにおけるヒドロキシメチル化されている配列を定量的に決定してもよい。これは、配列読み取りデータをカウントすることによって、または、それに代えて、増幅の前に、配列の断片化切断点および／または配列が同様のインデクサ−配列を有するかどうかに基づいて、元の出発分子の数をカウントすることによって行ってもよい。分子バーコードを、フラグメントの他の特徴（例えば、切断点を規定する、フラグメントの末端配列）と共に用いた、各フラグメントの識別が知られている。分子バーコードおよび個々の分子をカウントするための例示的な方法は、他にもあるが、Ｃａｓｂｏｎ（２０１１）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２２  ｅ８１およびＦｕら（２０１１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １０８：９０２６−３１に記載されている。分子バーコードは、米国特許出願公開第２０１５／００４４６８７号、第２０１５／００２４９５０号、および第２０１４／０２２７７０５号、および米国特許第８，８３５，３５８号および第７，５３７，８９７号、ならびに他の種々の刊行物に記載されている。
【０１２８】
５ｈｍＣの位置が識別されているシーケンシングされた核酸は、その核酸のヒドロキシメチル化プロファイルに関して必要とされる情報を提供する。
【０１２９】
無細胞サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを確認するための他の方法は、２０１８年２月１４日に出願された米国特許仮出願第６２／６３０，７９８号（Ａｒｅｎｓｄｏｒｆ、発明の名称「Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ＤＮＡ，ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ  Ｃｅｌｌ−Ｆｒｅｅ  ＤＮＡ」）、および米国特許出願公開第２０１７／０２９８４２２号（Ｓｏｎｇら）に記載されており、どちらも参照により本明細書に援用される。これらの参考文献は、本方法がサンプルＤＮＡメチル化プロファイルの検出をさらに含む場合の本発明の実施形態、および拡張された比較におけるその使用に関しても有用であり、この拡張された比較においては、ヒドロキシメチル化分析に加えて、メチル化プロファイルもまた、ヒドロキシメチル化プロファイル参照セットに類似したメチル化プロファイルの参照セットを用いて、比較される。すなわち、これらの参考文献には、１つのＤＮＡサンプルからの、メチル化プロファイルとヒドロキシメチル化プロファイルの作成が記載されている。
【０１３０】
（ｂ）参照データセット
【０１３１】
サンプル核酸のヒドロキシメチル化プロファイルの作成に続いて、その検出されたヒドロキシメチル化プロファイルは、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較される。ここで、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座に関連する。好ましい実施形態において、前記参照セットは、幅広いヒドロキシメチロームデータセットであり、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれに関連する複数の参照遺伝子座のそれぞれについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む。すなわち、前記ヒドロキシメチロームデータセットは、少なくとも３つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、または少なくとも３０の組織タイプと、典型的には、組織タイプあたり少なくとも３つの遺伝子、または組織タイプあたり少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも２５、またはそれを超える遺伝子についての情報を含んでいてもよい。前記ヒドロキシメチル化ベクトルは、各参照遺伝子座について、少なくとも下記の情報、すなわち参照遺伝子座の識別；前記部位に関連する組織特異的遺伝子；前記組織特異的遺伝子に対応する起源組織；および前記ヒドロキシメチル化プロファイルの情報を含む。前記したヒドロキシメチル化プロファイルは、参照遺伝子座内のヒドロキシメチル化密度、ならびに他の項目の情報、例えば、前記部位内の全５ｈｍＣ残基、前記部位内の５ｈｍＣ残基の位置、前記部位内の５ｈｍＣ残基の相対位置、および半ヒドロキシメチル化または完全ヒドロキシメチル化としてのヒドロキシメチル化部位の識別を含む。
【０１３２】
前記参照遺伝子座は、遺伝子本体またはその構成要素内、例えば、イントロンまたはエクソンの中に含まれていてもよい。前記参照遺伝子座は、遺伝子本体の外にあるゲノムアノテーション特徴の中、例えば、プロモーター、エンハンサー、転写開始部位、転写停止部位、ＤＮＡ結合部位、またはそれらの組み合わせの中に含まれていてもよい。１またはそれを超える参照遺伝子座を含んでいてもよいＤＮＡ結合部位は、例えば、発現抑制領域、転写因子結合部位、転写抑制因子結合部位、およびＣＴＣＦ結合部位（トランスポゾン反復領域）を含む。ＣＴＣＦ結合部位内の参照遺伝子座は、そのＣＴＣＦ遺伝子が転写抑制因子ＣＴＣＦ（１１ジンクフィンガータンパク質またはＣＣＣＴＣ結合因子としても知られている）をコードしており、その転写抑制因子ＣＴＣＦが、さらに、転写制御およびクロマチン構造の制御を含む多くの細胞プロセス関係しているかぎり、特に重要である。例えば、Ｊｕａｎら（２０１６）Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  １４（５）：１２４６−１２５７；およびＥｓｃｅｄｉら（２０１８）Ｅｐｉｇｅｎｏｍｅｓ  ２（１）：３を参照のこと。
【０１３３】
よって、参照データセット中の各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、特定の組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する参照遺伝子座に対応する。一実施形態において、前記参照セット中の各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、ある種類のヒト組織（すなわち、例えば消化器系、脳、および骨髄またはリンパ由来など、機能的、器官的、解剖学的、および関連する種々の細胞系統グループ）を起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する参照遺伝子座に対応し、前記ヒト組織には、脂肪；副腎；骨髄；脳；胸；結腸；大脳皮質；頸部；子宮；消化；子宮内膜；精巣上体；食道；卵管；胆嚢；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；副甲状腺；胎盤；前立腺；唾液腺；精嚢；骨格筋；平滑筋；皮膚；脾臓；胃；精巣；甲状腺；扁桃；膀胱；およびそれらの組み合わせが含まれる。前記のリストは例示にすぎず、限定することを意図するものではない。
【０１３４】
多くのヒト組織（上に列挙したものを含む）は、２またはそれを超えるサブタイプからなり、前記のリストは、任意のおよび全てのそのようなサブタイプを含むことを意図している。例えば、脂肪組織は、褐色脂肪組織（ＢＡＴ）または白色脂肪組織（ＷＡＴ）であってもよく、白色脂肪組織である場合、皮下白色脂肪組織（ＳＷＡＴ）または腹腔内内臓白色脂肪組織（ＶＷＡＴ）であってもよい（Ｇｉｌら（２０１１）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｄｉａｔｒ．Ｏｂｅｓ．６  Ｓｕｐｐｌ．１：１３−２０を参照のこと）。副腎組織は、副腎髄質または副腎皮質起源でありうる。骨髄には、骨髄組織、すなわち赤色骨髄および脂肪骨髄すなわち黄色骨髄が含まれ、本発明の方法は、血液細胞の骨髄由来系統と血液細胞のリンパ由来系統の識別において、潜在的に有用である。
【０１３５】
消化器組織は、主要な４種の組織タイプ、すなわち上皮組織、結合組織、筋肉組織、および神経組織を全て含み、これには粘膜下の結合組織、食道の横紋筋組織、および杯細胞組織、すなわち消化器全面を覆う粘液分泌上皮細胞が含まれる。多くのさらなる組織のサブタイプが、当該技術分野で知られており、および／または関連する書籍および文献を参照して容易に識別することができる。
【０１３６】
参照遺伝子座と関連する組織特異的遺伝子は、さまざまな程度の相関性または特異性で、特定の組織と相関する遺伝子である。ある特定の遺伝子は、全ての細胞において類似したヒドロキシメチル化プロファイルを示す（すわわち、ハウスキーピング遺伝子）が、他の遺伝子は、人体全体にわたる種々の組織において、異なって表現されるヒドロキシメチル化パターンを示す。特定の組織において高い表現を示す遺伝子に関連するヒドロキシメチル化パターンが組織確定において最も有用であるため、異なって発現される遺伝子に関連する参照遺伝子座が最も重要である。さらに重要なのは異なって表現されるヒドロキシメチル化された遺伝子であり、その表現は特定の組織に対する特異性も有する遺伝子発現レベルと相関があり、さまざまな程度の相関性または特異性で、前記組織中で異なって発現される。異なって発現される遺伝子に関する情報は、当業者に知られているであろうし、関連する書籍および文献に記載されており、膨大な遺伝子−組織発現データベースも利用可能である。例えば、ｗｗｗ．ｐｒｅｏｔｅｉｎａｔｌａｓ．ｏｒｇのＨｕｍａｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｔｌａｓの「ｈｕｍａｎ  ｔｉｓｓｕｅ  ｐｒｏｔｅｏｍｅ」を参照し、またＵｈｌｅｎら（２０１５），“Ｔｉｓｓｕｅ−ｂａｓｅｄ  ｍａｐ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｐｒｏｔｅｏｍｅ”，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４７（６２２０）も参照のこと。前記Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｔｌａｓにおいて、組織特異的遺伝子は、他の組織と比較した、特定の組織で観察されるｍＲＮＡレベルの比率によって以下のように分類されている：ある限られた数の組織中で発現され、他の全ての組織に対して少なくとも５倍高いｍＲＮＡレベルを示す「ｔｉｓｓｕｅ  ｅｎｒｉｃｈｅｄ」遺伝子、ある遺伝子グループ内で、他の２〜７個の遺伝子に対して少なくとも５倍高いｍＲＮＡレベルを示す「ｇｒｏｕｐ  ｅｎｒｉｃｈｅｄ」遺伝子、および全ての組織の平均レベルに対して、特定の組織中で少なくとも５倍高いｍＲＮＡレベルを示す「ｔｉｓｓｕｅ  ｅｎｈａｎｃｅｄ」遺伝子。
【０１３７】
組織特異的遺伝子の例を、以下のセクション（ｃ）、（ｄ）、および（ｅ）に示す。セクション（ｃ）中の遺伝子、すなわちセット１は、それぞれ５個体から得た１７の組織タイプを分析することによって得られた。異なって表現される組織特異的遺伝子を識別するために、Ｓｏｎｇら（２０１１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２９：６８−７２の「５ｈｍＣ  Ｓｅａｌ」法を用いて処理を行った。セクション（ｄ）中の、異なって表現され、異なって発現される組織特異的遺伝子、すなわちセット２を識別するために、ＲＮＡｓｅｑを用いてさらに処理を行った。Ｌｏｇ−ＣＰＭ変換を行い、（１）対象の組織と、他の全ての組織全体の最大値の間のＬｏｇ−ＣＰＭの差、および（２）対象の組織と、他の全ての組織全体の最大値について得たＬｏｇ−ＣＰＭの比、の両方について分析を行った。セクション（ｅ）中の組織特異的遺伝子、すなわちセット３は、複数の個体から得た１９の組織タイプ（Ｓ字および横行結腸、６ドナーのサンプル；視床下部、４ドナーのサンプル；および他の全ての組織、それぞれ５ドナーのサンプル）を用いて識別し、本明細書中で前に説明したｇｌｍｎｅｔ１Ａ法によって分析した。
【０１３８】
（ｃ）異なって表現される組織特異的遺伝子−セット１：
【０１３９】
既に説明したように、参照遺伝子座と関連する組織特異的遺伝子は異なって表現されるので、分かっている組織の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較することによって、起源が未知の組織または細胞サンプルが識別されうる。ここで、「識別される」とは、起源組織が、例えば、無細胞流体サンプル中の核酸に、確率論的に割り当てられることを指す。異なって発現される遺伝子の第１のセットが、前述した方法、すなわち、ＲＮＡｓｅｑと、それに続くｌｏｇ−ＣＰＭ変換および比較によって識別された。セット１の遺伝子は、起源組織を、起源が未知の組織または細胞サンプルに確率論的に割り当てるための参照セットにおいて特に有用である。
【０１４０】
セット１：
【０１４１】
膀胱：ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＡＮＡＰＣ７、ＡＰＣＤＤ１Ｌ−ＡＳ１、ＡＰＯＡ１ＢＰ、ＣＡＬＨＭ２、ＣＡＳＣ３、ＣＬＥＣ２Ｌ、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＦＡＨＤ２Ｂ、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＯＰＮＬ、ＧＮＧ１１、ＧＳＮ、ＧＳＴＴＰ２、ＧＴＳＦ１、ＩＡＨ１、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６４４、ＬＡＭＣ１、ＬＩＮＣ００３１０、ＬＯＣ１００５０６３９４、ＬＯＣ１００５０７０６６、ＬＯＣ４９３７５４、ＭＡＰ１Ｂ、ＭＧＣ２７３８２、ＭＩＲ５６９５、ＮＥＮＦ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＲＰＬ３０、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＰＡＴＡ４、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＶＰＳ７２、ＷＦＤＣ３、およびＺＮＦ７９１。
【０１４２】
骨髄：ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＦＦ２、ＡＮＫＲＤ１８Ｂ、ＡＮＫＲＤ１８ＤＰ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ５Ｐ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ８Ｐ、ＡＮＫＲＤ２６Ｐ１、ＡＮＫＲＤ３０ＢＰ２、ＡＮＫＲＤ３４Ｂ、ＡＮＫＲＤ３４Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＯＬＬ、ＢＲＩＰ１、Ｃ５ｏｒｆ６３、ＣＡ１、ＣＡＬＢ１、ＣＡＬＣＲ、ＣＣＤＣ３９、ＣＣＤＣ９６、ＣＤＣＡ５、ＣＤＨ１２、ＣＤＨ９、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＥＮＰＥ、ＣＥＮＰＫ、ＣＦＬ１、ＣＨＡＴ、ＣＯＭＭＤ５、ＣＯＭＭＤ８、ＣＲＩＳＰ１、ＣＲＩＳＰ２、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ１Ｓ２ＡＰ、ＣＴ６４、ＣＸＣＲ２、ＣＸｏｒｆ３０、ＤＡＺＬ、ＤＣＤＣ１、ＤＲＧＸ、ＤＳＧ１、ＤＵＴ、ＤＵＸ２、ＤＵＸ４Ｌ２、ＤＵＸ４Ｌ３、ＤＹＴＮ、ＥＤＡ２Ｒ、ＥＦＣＡＢ３、ＥＰＯＲ、ＥＶＸ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＣＡＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＯＸＡ２、ＧＡＢＰＢ１−ＡＳ１、ＧＡＢＲＡ１、ＧＡＢＲＡ４、ＧＡＢＲＧ１、ＧＡＬＮＴＬ６、ＧＦＥＲ、ＧＦＩ１、ＧＰＲ１５２、ＧＰＲ１５８−ＡＳ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＧＲＭ１、ＧＲＰ、ＧＲＸＣＲ１、ＧＹＰＡ、ＨＡＧＨＬ、ＨＣＲＴＲ２、ＨＥＰＨＬ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＫ３、ＨＭＢＳ、ＨＯＲＭＡＤ２、ＩＤ４、ＩＬ１７ＲＡ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＫＣＮＣ２、ＫＣＮＫ１８、ＫＩＦ１８Ａ、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＬＨＬ１、ＬＥＦ１−ＡＳ１、ＬＨＸ１、ＬＨＸ３、ＬＨＸ８、ＬＩＮＣ００２７３、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＮＣ００６４５、ＬＩＮＣ００６４８、ＬＬＰＨ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ１００２７０６７９、ＬＯＣ１００５０５７７６、ＬＯＣ１００５０６４２２、ＬＯＣ２８４８０１、ＬＯＣ３９２２３２、ＬＯＣ３９９８１５、ＬＯＣ４０１０７４、ＬＯＣ４０１１３４、ＬＯＣ４４００４０、ＬＯＣ４４０９７０、ＬＯＣ６４２２３６、ＬＯＣ７２７９２４、ＬＯＣ７２８０１２、ＬＰＯ、ＬＲＲＩＱ１、ＭＡＧＥＡ１１、ＭＡＧＯＨＢ、ＭＥＦＶ、ＭＩＦ４ＧＤ、ＭＩＲ５４８Ａ３、ＭＩＲ５６９２Ａ１、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＲＮ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＳ４Ａ３、ＭＳＲＢ１、ＭＹＯ３Ａ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ４、ＮＨＬＲＣ４、ＮＯＸＲＥＤ１、ＮＰＡＰ１、ＮＵＦ２、ＯＲ８Ｇ１、ＯＲ８Ｕ８、ＯＲＣ６、ＯＳＭ、ＯＴＸ２、ＰＡＸ３、ＰＢＫ、ＰＣＤＨ８、ＰＤＣＬ２、ＰＯＴＥＡ、ＰＲＯＫ２、ＰＲＲ７、ＲＡＢ２４、ＲＡＸ、ＲＢＭ４６、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ１９、ＲＩＭＳ２、ＲＮＦ１７５、ＲＲＭ２、ＳＡＴＢ２−ＡＳ１、ＳＣＮ１１Ａ、ＳＣＲＴ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＧＯＬ２、ＳＩＸ１、ＳＫＡ３、ＳＫＯＲ１、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＬＣ４Ａ１０、ＳＬＣ５Ａ７、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＮＡＰ９１、ＳＰＡＧ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＤＬ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＴＰＧ２、ＳＴＸＢＰ５Ｌ、ＴＡＲＭ１、ＴＤＲＤ５、ＴＥＸ１５、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＲＩＭ５８、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＵＮＣ１３Ｃ、ＵＳＰ６、ＶＲＫ１、ＶＳＴＭ１、ＶＷＤＥ、ＷＤＲ４９、ＷＦＤＣ８、ＷＦＤＣ９、ＺＩＣ５、ＺＮＦ２３０、ＺＮＦ３００Ｐ１、ＺＮＦ４７０、ＺＮＦ５０２、ＺＮＦ５９９、およびＺＰＢＰ。
【０１４３】
脳組織：Ｃ１ｏｒｆ１５９、ＣＣＤＣ４２Ｂ、ＣＣＤＣ８、ＣＤ２４８、ＣＥＲＣＡＭ、ＣＮＴＮ２、ＣＲＢ２、ＥＶＩ５Ｌ、ＦＺＤ９、ＨＡＰＬＮ２、ＨＰＤＬ、ＬＩＮＣ００５７５、ＬＯＣ２８４９５０、ＬＯＣ３３９６６６、ＬＲＩＴ１、ＰＬＥＫＨＨ１、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ４６Ａ２、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＮＦＲＳＦ１８、およびＺＦＰ３６。
【０１４４】
結腸：Ｃ１ｏｒｆ１０９、ＣＡＣＮＡ１Ｆ、ＣＯＸ７Ｂ、ＥＦＮＢ１、ＦＧＬ２、ＦＬＪ３４２０８、ＧＮＲＨ１、ＧＳＴＴ１、ＩＬ１２Ａ、ＫＣＮＤ１、ＫＤＥＬＲ１、ＬＡＴ、ＬＯＣ１００１３０９９２、ＬＯＣ１００２８７０４２、ＬＯＣ４０１２４２、ＭＲＰＬ１０、ＮＴ５Ｃ３Ｂ、ＰＤＺＤ４、ＰＰＹＲ１、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＢＭＸＬ３、ＲＥＮＢＰ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＬＣ９Ａ６、ＸＢＰ１、およびＺＮＦ１８９。
【０１４５】
心筋組織：ＡＢＲ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＣＤＣ７４Ａ、ＣＤＨ１３、ＣＨＲＮＡ１０、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＤＡＰ１Ｌ１、ＧＪＡ３、ＧＬＵＤ１Ｐ３、ＧＰＲＣ５Ｂ、ＬＯＣ１００５０６３４３、ＬＲＲＣ３７Ａ６Ｐ、ＬＲＲＣ４、ＭＵＬ１、ＭＹＯＭ２、ＮＤＵＦＢ８、ＮＴ５ＤＣ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ４、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＨＰＮ１−ＡＳ１、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＩＭＭ２１、ＴＮＮＴ１、ＴＯＲ４Ａ、ＵＢＡＣ１、ＷＤＲ３７、ＺＮＦ１２、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ５５０、ＺＮＦ８４３、およびＺＮＦ８４４。
【０１４６】
視床下部：ＡＧＡＰ６、ＡＳＴＮ１、ＢＢＳ２、Ｃ１８ｏｒｆ５６、Ｃ１９ｏｒｆ４５、ＣＩＮＰ、ＤＧＫＩ、ＤＰＹ３０、ＤＲＯＳＨＡ、ＦＡＭ１６９Ａ、ＦＡＭ６６Ｄ、ＦＯＮＧ、ＧＡＬＮＴ１５、ＧＤＡＰ１、ＧＨＲＨ、ＧＵＳＢＰ４、ＨＩＦ１ＡＮ、ＩＦＩＴ１Ｂ、ＩＮＴＳ２、ＪＡＫＭＩＰ２−ＡＳ１、ＫＧＦＬＰ２、ＬＩＮＣ００２９７、ＬＩＮＣ００７０７、ＬＯＣ１００２８８０６９、ＬＯＣ１００５０７１４０、ＬＰＨＮ３、ＬＹＰＤ１、ＬＺＩＣ、ＭＩＲ５４８Ｔ、ＭＲＡＰ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＰＰ１Ｒ１７、ＰＲＳＳ５４、ＰＲＳＳ５５、ＰＴＰＲＡ、ＲＧＳ７、ＳＮＲＮＰ３５、ＳＵＧＴ１Ｐ１、ＵＢＥ２Ｚ、ＷＤＲ４７、ＷＤＹＨＶ１、ＺＮＦ１１４、ＺＮＦ５５６、およびＺＮＦ６１０。
【０１４７】
腎臓：ＡＢＰ１、ＡＧＰＡＴ９、ＡＰＨ１Ｂ、ＡＳＡＰ２、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ａ、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、Ｃ１１ｏｒｆ６３、Ｃ１３ｏｒｆ３５、Ｃ１６ｏｒｆ９６、Ｃ１９ｏｒｆ２１、ＣＡ１２、ＣＣＤＣ６４、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＦＵＴ３、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＧＵＳＢＰ１１、ＨＡＶＣＲ１、ＨＯＸＣ５、ＩＮＡＤＬ、ＫＡＴＮＡ１、Ｌ２ＨＧＤＨ、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＬＯＣ１００５０６３０５、ＬＯＣ２８４１００、ＬＯＣ６５４４３３、ＬＹＧ１、ＭＯＲＮ４、ＭＴＮＲ１Ａ、ＰＡＱＲ５、ＰＡＲＧ、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＲＫＡＢ１、ＲＮＦ１１３Ｂ、ＳＥＮＰ８、ＳＥＴＤ３、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３０、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＢＣ１Ｄ７、およびＴＳＰＡＮ３３。
【０１４８】
肝臓：ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＣ１１、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＣＳＭ５、ＡＧＭＯ、ＡＧＸＴ２Ｌ１、ＡＫＲ１Ｃ２、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＫＲ１Ｄ１、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＨ、ＡＰＯＭ、ＡＱＰ９、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＳＧＲ２、ＡＳＰＧ、ＡＴＰ２Ｂ２、ＢＣＯ２、ＢＤＨ１、Ｃ３、Ｃ３Ｐ１、Ｃ５、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ８ｏｒｆ７４、ＣＡ５Ａ、ＣＡＢＰ２、ＣＡＬＲ３、ＣＤ７、ＣＤＫ１０、ＣＥＡＣＡＭ１６、ＣＥＳ１、ＣＦＨ、ＣＦＨＲ４、ＣＨＰ１、ＣＩＤＥＢ、ＣＬＰＴＭ１Ｌ、ＣＬＲＮ３、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＲＯＣＣＰ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ１８、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＣＹＰ７Ａ１、ＤＧＡＴ２、ＤＨＯＤＨ、ＤＰＹＳ、ＤＲＧ２、ＥＣＨＳ１、ＥＤＣ４、ＥＩ２４、ＥＮＯ１、Ｆ１３Ｂ、Ｆ２、Ｆ７、Ｆ９、ＦＡＳＮ、ＦＥＴＵＢ、ＧＣＨ１、ＧＣＫＲ、ＧＤＰＤ４、ＧＦＲＡ１、ＧＨＲ、ＧＬＴ１Ｄ１、ＧＰＡＭ、ＧＳＤＭＢ、ＨＡＬ、ＨＡＯ１、ＨＡＰＬＮ４、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＨＹＬＳ１、ＩＧＦ２、ＩＧＦ２−ＡＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＳＹ１−ＲＡＢ４３、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ４、ＩＶＤ、ＫＬＣ４、ＬＢＰ、ＬＥＦＴＹ１、ＬＩＰＧ、ＬＯＣ１００２８８１２２、ＬＯＣ２８４８６５、ＬＰＡＬ２、ＬＲＲＣ１６Ｂ、ＭＡＳＰ１、ＭＧＭＴ、ＭＳＴ１、ＭＴＴＰ、ＮＡＴ９、ＮＢＲ２、ＮＥＬＦＥ、ＮＲ１Ｉ２、ＮＵＰ８８、ＯＳＧＩＮ１、ＰＡＨ、ＰＡＲＤ６Ａ、ＰＣＳＫ９、ＰＥＸ１９、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＨＧＤＨ、ＰＨＹＨ、ＰＫＬＲ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ｂ、ＰＬＧ、ＰＮＰＬＡ３、ＰＯＦＵＴ１、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＮ１、ＰＰＬ、ＰＲＡＰ１、ＰＲＫＡＧ３、ＰＲＯＣ、ＰＵＳ３、ＲＡＮＢＰ１０、ＲＣＥ１、ＲＮＤ１、ＲＮＦ１２３、ＲＯＲＣ、ＲＰＵＳＤ４、ＳＡＡ２−ＳＡＡ４、ＳＣＰ２、ＳＥＣ１６Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＫＩＶ２Ｌ、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ２５、ＳＬＣ２５Ａ２０、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＳＭＬＲ１、ＳＮＡＰＣ５、ＳＰＰ２、ＳＲＤ５Ａ１、ＳＴＡＴ２、ＳＴＥＡＰ３、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＨＮＳＬ２、ＴＩＡＦ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＴＭＰＲＳＳ６、ＴＴＣ３１、ＴＴＣ３８、ＵＲＯＣ１、ＸＹＬＢ、ＺＣＣＨＣ９、およびＺＳＣＡＮ２２。
【０１４９】
肺：ＡＤＡＭ９、ＡＮＫＲＤ５０、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＬ６、ＡＲＳＪ、ＢＭＰ５、ＢＭＰＲ２、ＢＴＧ３、Ｃ１ｏｒｆ１４０、ＣＡＬＭ２、ＣＣＤＣ１０２Ｂ、ＣＣＮＬ１、ＣＣＲ５、ＣＤ３６、ＣＨＮ１、ＣＬＩＣ２、ＣＰＥＢ２、ＣＲＢＮ、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＣＹＹＲ１、ＤＡＣＨ１、ＤＧＫＥ、ＤＧＫＨ、ＤＩＳＰ１、ＤＯＣＫ４、ＥＴＶ１、ＥＸＯＣ１、ＦＡＭ２０４Ａ、ＦＡＴ４、ＦＧＤ５−ＡＳ１、ＦＬＪ３４５０３、ＦＲＹＬ、ＧＢＰ１Ｐ１、ＧＮＢ４、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１６、ＨＭＣＮ１、ＨＭＧＮ１、ＩＦＩ４４、ＩＬ１５、ＩＴＧＡ２、ＫＡＬ１、ＫＤＲ、ＫＩＴＬＧ、ＫＬＨＬ４１、ＬＤＢ２、ＬＩＮＣ０００３２、ＬＩＮＣ００２４０、ＬＩＮＣ００５５１、ＬＩＮＣ００６５７、ＬＯＣ１００１３１２３４、ＬＯＣ１００５０５４９５、ＬＯＣ１００５０７２１７、ＬＯＣ６４３７３３、ＬＰＡＲ６、ＭＧＰ、ＯＤＦ２Ｌ、ＰＥＡＫ１、ＰＫＩＡ、ＰＬＥＫＨＡ１、ＰＬＥＫＨＧ７、ＰＴＰＲＢ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＬＡ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＣＣ１、ＳＡＭＤ１２、ＳＥＳＴＤ１、ＳＨ３ＧＬＢ１、ＳＫＡＰ２、ＳＬＣ３５Ａ５、ＳＭＵＲＦ２、ＳＰＲＥＤ１、ＳＲＳＦ１、ＴＣＦ４、ＴＩＧＤ４、ＴＭＥＭ２０７、ＴＭＯＤ３、ＵＨＭＫ１、ＶＥＧＦＣ、ＸＩＳＴ、ＹＩＰＦ５、ＺＣ２ＨＣ１Ａ、およびＺＥＢ１。
【０１５０】
リンパ節：ＡＫＮＡ、ＡＮＫＲＤ３４Ａ、Ｃ１４ｏｒｆ１８３、ＣＣＤＣ１０７、ＣＤ１８０、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ７４、ＣＤＣ４２ＳＥ２、ＣＨＭＰ７、ＣＯＴＬ１、ＣＹＴＨ１、ＦＡＩＭ３、ＦＡＭ６５Ｂ、ＧＰＸ４、ＧＳＴＰ１、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＶＣＮ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＬ６、ＩＴＧＢ７、ＬＯＣ１００１３０５５７、ＭＤＭ４、ＭＥＴＴＬ２１Ｄ、ＭＧＣ１６２７５、ＭＩＲ５４８ＡＮ、ＮＡＰＳＢ、ＲＰＬ３９Ｌ、ＲＰＳ１１、ＳＥＰＴ６、ＳＨ２Ｄ３Ｃ、ＴＡＰ１、ＴＥＡＤ２、ＴＭＥＭ６０、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＡＦ１、ＵＢＡＣ２、ＵＣＰ２、およびＷＤＲ８７。
【０１５１】
卵巣組織：ＡＣＴＡ２、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、ＡＴＰ１Ｂ２、ＢＩＣＤ１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＯＬ１４Ａ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＫＬＦ４、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＩＮＣ００６７２、ＬＯＣ１００１２９６１７、ＬＯＣ３３９２９８、ＬＲＲＣ１７、ＮＤＰ、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＲＯＢＯ４、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＹＴＬ４、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＵＢＸＮ８、およびＺＮＦ９３。
【０１５２】
膵臓：ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＵＮ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＢＩＰ１、Ｃ６ｏｒｆ２０１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＣＤＣ６５、ＣＤＫ１４、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＨＲＮＡ７、ＣＬＣＮ３、ＣＬＤＮ１、ＣＰＡ３、ＣＵＺＤ１、ＤＮＡＪＣ１０、ＤＮＡＪＣ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＯ１ＬＢ、ＦＡＩＭ、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ２２１Ａ、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＧＡＲＳ、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＨＳＰＡ１３、ＩＦＲＤ１、ＩＮＴＳ６、ＫＣＴＤ１６、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＭＡＮ１、ＬＯＣ１５４０９２、ＬＯＣ２０１６５１、ＬＯＣ６４４８３８、ＬＹＰＤ６Ｂ、ＭＡＮ１Ａ２、ＭＧＣ７２０８０、ＭＫＮＫ１、ＭＰＰ６、ＭＳＲＢ２、ＮＡＡ１６、ＮＯＭＯ２、ＯＳＴＣ、ＰＥＸ７、ＰＧＲＭＣ２、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＰＰ１Ｒ９Ａ、ＰＲＲＣ１、ＰＲＳＳ３、ＲＮＰＣ３、ＳＣＦＤ１、ＳＣＲＮ３、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ１６Ａ７、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＯＲＢＳ２、ＳＲＢＤ１、ＳＳＲ１、ＴＤＨ、ＴＤＰ２、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＭＥＭ６５、ＴＲＨＤＥ、ＴＲＩＭ４４、ＵＧＴ２Ａ３、ＵＭＯＤ、ＷＤＦＹ２、ＷＨＡＭＭ、およびＸＰＯＴ。
【０１５３】
胎盤：ＡＣＥＲ２、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＣＹ１０、ＡＤＣＹ７、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＡＩＭ１Ｌ、ＡＫＮＡＤ１、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＡＭＯＴ、ＡＮＧＰＴ２、ＡＰＯＬＤ１、ＡＴＦ３、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＡＴＲＩＰ、ＢＣＡＲ３、ＢＣＡＲ４、ＢＥＡＮ１、ＢＰＧＭ、ＢＴＢＤ１９、Ｃ１１ｏｒｆ７０、Ｃ１６ｏｒｆ４６、Ｃ１６ｏｒｆ７４、Ｃ１７ｏｒｆ９８、Ｃ１ＱＴＮＦ６、Ｃ２ｏｒｆ６２、Ｃ２ｏｒｆ８３、Ｃ３ｏｒｆ５２、Ｃ４ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ５１、Ｃ６ｏｒｆ９９、Ｃ７ｏｒｆ７１、Ｃ９ｏｒｆ１２９、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３−ＡＳ１、ＣＡＰＮ６、ＣＣＤＣ１２５、ＣＥＰ４１、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＰＡ４、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＳＬ３Ｐ、ＣＸｏｒｆ５６、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＤＸ５９、ＤＬＸ３、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６−ＡＳ１、ＤＮＭＴ１、ＤＵＳＰ４、ＥＢＩ３、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＰＡＳ１、ＥＰＳ８Ｌ１、ＥＲＶＦＲＤ−１、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＸＴＬ１、ＥＺＲ、ＦＡＭ１８４Ａ、ＦＡＭ８９Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＦＢＬＮ１、ＦＢＮ２、ＦＨＤＣ１、ＦＯＬＲ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＢＡ、ＧＣＭ１、ＧＤＰＤ３、ＧＬＤＮ、ＧＭ２Ａ、ＧＰＲ１５６、ＧＳＧ１、ＧＳＴＡ３、ＧＳＴＡ４、ＨＥＬＬＳ、ＨＯＰＸ、ＨＳＤ１１Ｂ２、ＨＳＰＢＡＰ１、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＡＴＮＢＬ１、ＫＩＡＡ１４６７、ＫＩＡＡ１６０９、ＫＩＳＳ１、ＫＬＲＧ２、Ｌ１ＴＤ１、ＬＣＭＴ１、ＬＣＴＬ、ＬＩＮ２８Ｂ、ＬＩＮＣ００４３９、ＬＯＣ１００１３１５６４、ＬＯＣ１００５０６７４６、ＬＯＣ１００５２７９６４、ＬＯＣ１５１４７５、ＬＯＣ１５２５７８、ＬＯＣ２８４５５１、ＬＯＣ６４３４４１、ＭＢ２１Ｄ２、ＭＥＤ１２、ＭＥＴＴＬ２１Ｃ、ＭＦＳＤ２Ｂ、ＭＧＣ１６１２１、ＭＩＮＡ、ＭＯＲＣ４、ＭＳＡＮＴＤ３、ＭＵＴＹＨ、ＮＯＳ３、ＮＶＬ、ＮＸＦ１、ＯＬＲ１、ＯＳＣＰ１、ＯＳＴＣＰ１、Ｐ２ＲＹ６、ＰＣＢＰ１−ＡＳ１、ＰＤＥ６Ａ、ＰＧＣ、ＰＧＦ、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡＣ４、ＰＰＰ１Ｒ１４Ｄ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＰＴＧＥＳ、ＰＶＲＬ３−ＡＳ１、ＰＶＲＬ４、ＰＷＷＰ２Ｂ、ＲＡＢ３６、ＲＨＯ、ＲＮＦ２２２、ＲＰＳＡＰ５８、ＲＳ１、ＳＢＦ２−ＡＳ１、ＳＣＩＮ、ＳＤＣ１、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＥＰＴ１２、ＳＨ２Ｄ７、ＳＨ３ＧＬＢ２、ＳＬＣ１３Ａ４、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＬＣ２Ａ１−ＡＳ１、ＳＭＡＧＰ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＩＭ１３、ＳＮＸ１２、ＳＰ６、ＳＰＥＳＰ１、ＳＰＩＲＥ２、ＳＴ３ＧＡＬ６−ＡＳ１、ＳＶＥＰ１、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ３、ＴＭＥＭ２１６、ＴＭＥＭ２１８、ＴＭＥＭ５２Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＰ６３、ＴＰＲＸＬ、ＴＲＩＭ２９、ＴＲＰＶ５、ＴＵＦＴ１、ＵＳＨＢＰ１、ＶＡＭＰ５、ＶＧＬＬ１、ＷＢＰ２ＮＬ、ＸＲＣＣ２、ＺＤＨＨＣ１、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ３５４Ｂ、ＺＮＦ４６８、ＺＮＦ５２５、ＺＮＦ７０２Ｐ、ＺＮＦ９０、ＺＰ３、ＺＳＷＩＭ２、およびＺＳＷＩＭ７。
【０１５４】
前立腺組織：ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＤＨ１Ａ２、ＡＮＫＲＤ６６、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ１ｏｒｆ８５、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＱ７、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＬＪ３９０８０、ＧＤＥＰ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＩＳＸ、ＫＬＫＰ１、ＭＣＣＣ２、ＭＥＡＦ６、ＭＦＳＤ４、ＭＲＰＳ２３、ＮＣＡＰＤ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＡＺ３、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＣＡＴ１、ＰＩ１５、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＳＭＡ４、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２６Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＴＣ１２、ＵＳＰ５０、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、およびＺＮＦ５８９。
【０１５５】
平滑筋組織：ＡＫＩＰ１、ＡＲＨＧＥＦ２６−ＡＳ１、ＡＴＧ４Ａ、ＢＯＬＡ３、ＣＨＭＰ４Ａ、ＤＨＨ、ＥＰＰＫ１、ＦＣＨＳＤ１、ＧＡＤＬ１、ＧＣＣ１、ＧＩＰＣ３、ＨＩＧＤ２Ｂ、ＨＴＲ３Ｃ、ＬＩＮＣ００６５４、ＬＯＣ９１９４８、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＺＮＦ２０２、ＺＮＦ２０５−ＡＳ１、およびＺＮＦ４２６。
【０１５６】
胃：ＡＣＯＴ１、Ｃ１２ｏｒｆ５４、ＣＲＥＢ３、ＤＤＮ、ＦＡＭ５０Ａ、ＦＮＤＣ４、ＧＯＲＡＳＰ１、ＧＵＣＡ１Ｂ、ＩＭＰＤＨ２、ＬＩＮＣ００２８４、ＬＯＣ１００１２８０７６、ＬＯＣ１００１２８６８２、ＬＯＣ１００１３１４３４、ＬＲＰ１０、ＬＲＲＣ５５、ＬＲＲＣ７３、ＮＯＴＯ、ＲＮＦ１１２、ＲＴＢＤＮ、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＮ、ＴＲＩＭ５０、ＵＢＥ２Ｔ、ＺＮＦ３９１、およびＺＮＦ７９２。
【０１５７】
精巣：ＡＬＸ４、ＡＱＰ２、ＡＴＡＤ３Ｂ、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＣＤＣ１１４、ＣＣＤＣ２７、ＣＣＮＦ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＩＬＰ、ＤＥＳ、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＢ８−ＡＳ１、ＤＲＤ４、ＥＦＣＡＢ６−ＡＳ１、ＦＡＭ１５３Ｂ、ＦＡＭ１６３Ｂ、ＦＧＤ２、ＨＳＤ１７Ｂ３、ＩＦＩ２７Ｌ１、ＩＧＦＮ１、ＩＴＰＲ３、ＫＣＮＫ１５、ＫＩＦＣ２、ＫＲＴ７８、ＫＲＴ８２、ＬＯＣ１００５０６３８５、ＬＯＣ２８３９１４、ＬＯＣ２８４６６１、ＬＯＣ３９９８２９、ＬＯＣ６５３７１２、ＬＯＣ７２８７１６、ＭＡＧＥＤ２、ＭＹＨ１６、ＭＹＬＫ２、ＮＰＴＸ２、ＰＬＫ５、ＰＭＳ２ＣＬ、ＰＮＰＬＡ１、ＰＯＤＮＬ１、ＰＯＬＤ１、ＰＲＭＴ８、ＰＴＰＲＶＰ、ＲＤ３、ＲＩＭＳ４、ＲＮＵ６−８１、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＳＡＬＬ４、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＰＡＴＡ３１Ｅ１、ＳＴＡＢ１、ＳＵＬＴ４Ａ１、ＴＣＥＲＧ１Ｌ、ＴＥＫＴ４Ｐ２、ＴＨＥＧ、ＴＭＥＭ１３０、ＴＰＯ、ＵＰＫ３Ｂ、ＷＡＳＨ３Ｐ、ＷＲＡＰ５３、ＺＮＦ２８０Ｂ、およびＺＮＦ７９３。
【０１５８】
（ｄ）異なって表現され、異なって発現される組織特異的遺伝子−セット２：
【０１５９】
いくつかの実施形態において、参照遺伝子座と関連する組織特異的遺伝子は、異なって発現されるだけでなく、異なって表現される。これらの遺伝子も、起源組織を、起源が未知の組織または細胞サンプルに確率論的に割り当てる際に有用であり、例えばヒト対象から得た無細胞流体サンプルの場合があてはまりうる。代表的な異なって表現され、異なって発現される組織特異的遺伝子、すなわちセット２は、以下の通りである。
【０１６０】
膀胱：ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＧＴＳＦ１、ＫＣＮＭＢ１、ＭＡＰ１Ｂ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、およびＷＦＤＣ３。
【０１６１】
骨髄：ＡＢＣＡ１３、ＡＺＵ１、ＣＡ１、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＬＥＣ６Ａ、ＤＡＺＬ、ＤＲＧＸ、ＤＹＴＮ、ＥＬＡＮＥ、ＦＣＡＲ、ＧＦＩ１、ＧＹＰＡ、ＨＫ３、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＬＩＮＣ００３３３、ＬＩＮＣ００５５０、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＰＮ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ４４２０２８、ＬＰＯ、ＭＥＦＶ、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＰＯ、ＭＳ４Ａ３、ＭＹＢ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＭＥ８、ＯＲ８Ｕ８、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＲＰＢＰ、ＰＡＸ３、ＰＤＣＬ２、ＰＲＤＭ１３、ＰＲＯＫ２、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ２１、ＲＲＭ２、ＲＸＦＰ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＩ１、ＳＰＴＡ１、ＴＡＲＭ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＲＩＭ５８、ＶＳＴＭ１、およびＸＫＲ３。
【０１６２】
脳組織：ＡＳＰＨＤ１、ＢＲＳＫ１、ＣＣＤＣ１７７、ＣＮＴＮ２、ＨＡＰＬＮ２、ＫＣＮＪ１０、ＫＩＦ１Ａ、ＬＧＩ３、ＮＣＡＮ、ＮＲ２Ｅ１、ＲＨＢＤＬ３、ＴＭＥＭ１５１Ａ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＭＥＭ５９Ｌ、およびＺＮＦ４８８。
【０１６３】
結腸：ＦＧＬ２およびＳＣＮＮ１Ｂ。
【０１６４】
心筋組織：ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＤＨ１３、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＪＡ３、ＭＹＯＭ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、およびＴＮＮＴ１。
【０１６５】
視床下部：ＡＳＴＮ１およびＤＧＫ１。
【０１６６】
腎臓：ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、ＣＡ１２、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＨＡＶＣＲ１、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＰＡＱＲ５、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、およびＴＳＰＡＮ３３。
【０１６７】
肝臓：ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＨＳＧ、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＨ、ＡＳＧＲ１、ＡＳＧＲ２、Ｃ３Ｐ１、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ９、ＣＡ５Ａ、ＣＦＨＲ４、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＨＯＤＨ、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ７、ＧＣ、ＨＡＬ、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＩＮＨＢＣ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＫＮＧ１、ＬＢＰ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＯＤＨ２、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ４７、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＵＲＯＣ１。
【０１６８】
肺：ＡＮＸＡ３、ＢＭＰ５、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＤＲＡＭ１、ＦＭＯ２、ＧＮＡ１５、ＩＤＯ１、ＫＣＮＳ３、ＬＩＭＣＨ１、ＭＢＩＰ、ＰＡＰＳＳ２、ＰＣＤＨ１７、ＲＳＰＨ４Ａ、ＲＴＫＮ２、およびＴＲＰＣ６。
【０１６９】
リンパ節：ＡＣＡＰ１、ＡＫＮＡ、ＡＲＨＧＡＰ９、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＩＲＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＤ１８０、ＣＤ３７、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４０、ＣＥＴＰ、ＣＩＩＴＡ、ＣＬＥＣ２Ｄ、ＣＮＲ２、ＣＸＣＲ５、ＤＯＣＫ１０、ＥＴＳ１、ＧＰＲ１３２、ＧＰＲ１８、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ７、ＩＴＫ、ＫＩＡＡ１５５１、ＫＬＨＬ６、ＬＣＫ、ＬＩＮＣ００４２６、ＬＹ８６、ＭＤＳ２、ＭＥＯＸ２、ＭＸ２、ＮＡＰＳＢ、ＰＡＴＬ２、ＰＣＥＤ１Ｂ−ＡＳ１、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＬＶＡＰ、ＰＯＵ２Ｆ２、ＳＣＩＭＰ、ＳＣＭＬ４、ＳＬＦＮ１２Ｌ、ＳＭＡＰ２、ＳＰ１１０、ＳＰＩＢ、ＴＬＲ１０、ＴＭＣ８、ＴＭＥＭ１５６、ＴＮＦＡＩＰ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２２、ＵＣＰ２、およびＺＣ３Ｈ１２Ｄ。
【０１７０】
卵巣：ＡＢＣＡ１０、ＡＣＳＳ３、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＬＤＮ１１、ＣＯＬ１４Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＥＳＲ２、ＦＡＭ１９８Ｂ、ＦＺＤ３、ＧＡＬＮＴ１０、ＧＬＩ２、ＧＳＴＭ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＨＸ９、ＬＲＲＣ１７、ＭＣＨＲ１、ＭＲＣ２、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＰＫＮＯＸ２、ＰＴＣＨ２、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＩＭＣ１、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＵＬＦ２、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＴＴＣ８、およびＵＢＸＮ８。
【０１７１】
膵臓：ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＮＳ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＣＡＴ１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＬＤＮ１、ＣＮＩＨ３、ＣＯＣＨ、ＣＵＺＤ１、ＤＥＦＢ１、ＥＧＦ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＰ２７、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＦＢＸＷ１２、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＫＣＴＤ１６、ＫＩＡＡ１３２４、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＮＸ２、ＭＫＮＫ１、ＮＡＡ１６、ＮＰＨＳ１、ＰＡＩＰ２Ｂ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＲＳＳ３、ＳＣＧＮ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＴＣ２Ｎ、ＴＤＨ、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＲＨＤＥ、およびＵＭＯＤ。
【０１７２】
胎盤：ＡＤＡＭ１２、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＢＣＡＲ４、ＢＭＰ１、ＢＰＧＭ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＥＰＤＣ１Ｂ、ＤＬＸ５、ＥＢＩ３、ＧＣＭ１、ＧＰＲ７８、ＧＳＴＡ３、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＩＳＳ１、ＫＲＴ２３、ＬＩＮ２８Ｂ、ＭＭＰ１１、ＰＧＦ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ３、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＳＰＴＬＣ３、ＴＰＲＸＬ、ＺＦＡＴ、およびＺＮＦ５５４。
【０１７３】
前立腺：ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＯＸ１５Ｂ、ＡＮＯ７、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＡＮＴ１、ＣＡＳＺ１、ＣＢＦＡ２Ｔ２、ＣＨＲＭ１、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＬ２６Ａ１、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＡＭ１３５Ａ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＫＬＫ２、ＫＬＫＰ１、ＭＭＥ、ＭＰＰＥＤ２、ＭＵＣ１２、ＮＡＮＳ、ＮＣＡＰＤ３、ＮＥＦＨ、ＮＩＰＡＬ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＤＥ９Ａ、ＰＩ１５、ＰＭＥＰＡ１、ＰＯＴＥＦ、ＲＤＨ１１、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＩＭ２、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２２Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＰＤＥＦ、ＳＴＥＡＰ２、ＴＨＳＤ４、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＸＮＤＣ１６、ＵＲＢ１、ＶＩＰＲ１、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ６１３、ＺＮＦ６４９、ＺＮＦ７６１、およびＺＮＦ８２７。
【０１７４】
平滑筋：ＧＡＤＬ１、ＧＩＰＣ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、およびＷＳＣＤ２。
【０１７５】
精巣：ＣＣＤＣ２７、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＣ５Ｇ、ＦＢＸＯ２４、ＩＧＬＬ１、ＭＯＶ１０Ｌ１、ＳＥＰＴ１４、ＴＨＥＧ、およびＴＴＣ１６。
【０１７６】
（ｅ）異なって表現される組織特異的遺伝子−セット３：
【０１７７】
セット３中の遺伝子は、識別された（ｇｌｍｎｅｔ１Ａを用いて決定された）相対的寄与率と合わせて、組織タイプに応じてセット３Ａ〜３Ｓとして表１〜１９にまとめられており、各遺伝子は、名称および染色体位置によって特定されている。セット１および２の遺伝子が、ヒドロキシメチル化プロファイルに由来する適合モデルを用いて未知の組織または細胞サンプルを識別するための例であったのに対し、これらセット３の遺伝子は、複数の組織入手源からのヒドロキシメチル化プロファイルのセットを用いた、組織タイプ間の識別に最も有用である。
【０１７８】
セット３：
表１−セット３Ａ：
【表１】
2021527436.tif 000003
【０１７９】
表２−セット３Ｂ：
【表２−１】
2021527436.tif 000004
【表２−２】
2021527436.tif 000005
【０１８０】
表３−セット３Ｃ：
【表３−１】
2021527436.tif 000006
【表３−２】
2021527436.tif 000007
【０１８１】
表４−セット３Ｄ：
【表４】
2021527436.tif 000008
【０１８２】
表５−セット３Ｅ：
【表５−１】
2021527436.tif 000009
【表５−２】
2021527436.tif 000010
【０１８３】
表６−セット３Ｆ：
【表６−１】
2021527436.tif 000011
【表６−２】
2021527436.tif 000012
【０１８４】
表７−セット３Ｇ：
【表７】
2021527436.tif 000013
【０１８５】
表８−セット３Ｈ：
【表８−１】
2021527436.tif 000014
【表８−２】
2021527436.tif 000015
【０１８６】
表９−セット３Ｉ：
【表９】
2021527436.tif 000016
【０１８７】
表１０−セット３Ｊ：
【表１０−１】
2021527436.tif 000017
【表１０−２】
2021527436.tif 000018
【０１８８】
表１１−セット３Ｋ：
【表１１】
2021527436.tif 000019
【０１８９】
表１２−セット３Ｌ：
【表１２−１】
2021527436.tif 000020
【表１２−２】
2021527436.tif 000021
【０１９０】
表１３−セット３Ｍ：
【表１３】
2021527436.tif 000022
【０１９１】
表１４−セット３Ｎ：
【表１４】
2021527436.tif 000023
【０１９２】
表１５−セット３Ｏ：
【表１５】
2021527436.tif 000024
【０１９３】
表１６−セット３Ｐ：
【表１６−１】
2021527436.tif 000025
【表１６−２】
2021527436.tif 000026
【０１９４】
表１７−セット３Ｑ：
【表１７−１】
2021527436.tif 000027
【表１７−２】
2021527436.tif 000028
【０１９５】
表１８−セット３Ｒ：
【表１８】
2021527436.tif 000029
【０１９６】
表１９−セット３Ｓ：
【表１９−１】
2021527436.tif 000030
【表１９−２】
2021527436.tif 000031
【０１９７】
（ｆ）サンプルヒドロキシメチル化プロファイルと参照プロファイルとの比較：
【０１９８】
組織割り当て方法は、次に（ａ）において検出されたヒドロキシメチル化プロファイルと、参照データセット中の参照プロファイルとを比較することを含む。比較を容易にするために、検出されたヒドロキシメチル化プロファイルは、プロファイル中のデータの種類、量、およびフォーマットに関して、参照ヒドロキシメチル化プロファイルの形式と同じ形式で作成するべきである。
【０１９９】
サンプルＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルと、参照データセット中のヒドロキシメチル化プロファイルの比較は、データセット中の複数のヒドロキシメチル化ベクトル全体にわたるサンプルヒドロキシメチル化プロファイルの分析を含む。個々のデータポイントは、例えば、サンプルおよび１またはそれを超える参照ヒドロキシメチル化プロファイルの両方における、特定の部位におけるヒドロキシメチル化の存在または不存在；サンプル中の特定の部位におけるヒドロキシメチル化密度が、１またはそれを超える参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較して高いまたは低いこと；などである。
【０２００】
参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイル全体にわたるサンプルヒドロキシメチル化プロファイルの比較は、当該術分野で認識されている、複数の特性全体にわたって類似性をアセスメントする方法を用いて行うことができ、任意の適切な最新の数学的方法を使用することができる。データセット間の相関性を立証するための周知の数学的方法は、本明細書中で前に説明したように、判別分析（ＤＡ）（例えば、線形判別分析、２次判別分析、および正則化判別分析）、判別関数分析（ＤＦＡ）、カーネル法（例えば、ＳＶＭ）、多次元尺度構成法（ＭＤＳ、Ｍｕｌｔｉｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  Ｓｃａｌｉｎｇ）、ノンパラメトリックな方法（例えば、ｋ近傍判別法（ｋ−Ｎｅａｒｅｓｔ−Ｎｅｉｇｈｂｏｒ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ））、ＰＬＳ（部分的最小二乗法）、ツリーに基づく方法（例えば、論理回帰、ＣＡＲＴ、ランダムフォレスト法、ブースティング／バギング法）、一般化線型モデル（例えば、ロジスティック回帰）、主成分分析に基づく方法（例えば、ＳＩＭＣＡ）、一般化加法モデル、ファジー論理に基づく方法、ニューラルネットワークおよび遺伝的アルゴリズムに基づく方法のような方法を採用している。参照ヒドロキシメチル化ベクトルの幅広い参照セット全体にわたる比較において検出されたヒドロキシメチル化プロファイルを評価するための適切な数学的方法の選択は、当該技術分野の技術の範囲内であり、よって、詳細な説明は省く。
【０２０１】
これらの統計的方法に関する詳細は、以下の参考文献、すなわちＲｕｃｚｉｎｓｋｉら（２００３）Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  ａｎｄ  Ｇｒａｐｈｉｃａｌ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  １２：４７５−５１１（２００３）；Ｆｒｉｅｄｍａｎ（１９８９）Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃ．８４：１６５−１７５；Ｈａｓｔｉｅら、Ｔｈｅ  Ｅｌｅｍｅｎｔｓ  ｏｆ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｓｅｒｉｅｓ  ｉｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ（２００１）；Ｂｒｅｉｍａｎら、Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｒｅｅｓ（Ｗａｄｓｗｏｒｔｈ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，１９８４）；Ｂｒｅｉｍａｎ（２００１）Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  ４５：５−３２；Ｐｅｐｅ、Ｔｈｅ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｔｅｓｔｓ  ｆｏｒ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｓｅｒｉｅｓ，２８（２００３）；およびＤｕｄａら、Ｐａｔｔｅｒｎ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ（Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１）中に見いだされる。いくつかの技術において、ＤＮＡサンプルのヒドロキシメチル化プロファイルと、複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれとの間で識別される差異を含む、ヒドロキシメチル化差異データセットを作成することが望ましい。
【０２０２】
このようにして、ＤＮＡサンプルのヒドロキシメチル化プロファイルと、参照ヒドロキシメチル化プロファイルのセットとの間の類似性および差異が分析され、その分析に基づいて、起源組織がサンプルＤＮＡに確率論的に割り当てられる。結果は、起源組織が特定の組織、例えば骨髄組織、肺組織などであるという尤度（％）の形式の確率であってもよい。結果は、それぞれ起源組織が異なる組織に由来するといいう尤度（％）の形式の、２またはそれを超える確率の形式であってもよい。後者の結果は、組織と、対応する対応する確率のリストの形式をとっていてもよく、例えば、１つのＤＮＡサンプルについての結果は、以下のように、すなわち胸部組織、７９％；子宮組織、１１％；子宮内膜組織、１０％、と記述されていてもよい。得られた結果（単数または複数）を示すための他の方法も、特定の目的のために、当業者によって考えられ、かつ適合されうる。
【０２０３】
参照データセット中のヒドロキシメチル化プロファイルが十分に組織特異的である場合、および／またはヒドロキシメチル化プロファイルの組み合わせが、サンプルＤＮＡヒドロキシメチル化プロファイルとの比較によって統計的に有意な結果をもたらす場合、本発明の方法は、高い感受性かつ高い特異性で、起源組織を特徴づける。
【０２０４】
３．関連する使用方法
参照セット内のヒドロキシメチル化ベクトルは、「正常な」ヒドロキシメチル化プロファイル、すなわち特定の参照遺伝子座と関連する特定の組織または器官に関して、いかなる病変も示していない対象における組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座についてのヒドロキシメチル化プロファイルを含んでいてもよい。前記ヒドロキシメチル化ベクトルは、以下のものに関連するヒドロキシメチル化プロファイルも含んでいてもよい：
【０２０５】
特定の組織の有害な状態、障害、または疾患、例えば腫瘍、新生物、またはがんの存在；
【０２０６】
特定の組織の有害な状態、障害、または疾患、例えば腫瘍、新生物、またはがんを発症する可能性（この場合、本方法は、前癌状態を検出するために実施されうる）；
【０２０７】
特定の状態、疾患、または障害による有害な影響を受けている対象が、特定のコースの処置に対するレスポンダーである可能性；および／または
【０２０８】
特定の状態、疾患、または障害による有害な影響を受けている対象が、特定のコースの処置に対して反応を示している可能性。
【０２０９】
よって、本発明のさらなる実施形態において、ヒト対象における組織または器官の状態を検出するための方法が提供され、前記方法は、（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、（ｉ）組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座、および（ｉｉ）特定の組織または器官の状態に関連する）；および（ｃ）前記対象について作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルとの比較に基づいて、前記対象における特定の組織または器官の状態を識別することを含む。
【０２１０】
この方法は、前記対象における特定の組織または器官の識別された状態に基づいて、診断、処置の判断、予後を行うことをさらに含んでいてもよい。
【０２１１】
関連する実施形態において、本発明は、ヒト対象における組織または器官の状態の変化を検出するための方法を提供し、前記方法は、（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座における初期ヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること（前記ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織または器官の初期状態に関連する）；（ｂ）その後の時点において、前記対象から得た無細胞流体サンプル中の前記と同一の１またはそれを超える遺伝子座における、その後のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および（ｃ）前記その後のヒドロキシメチル化プロファイルを前記初期ヒドロキシメチル化プロファイルと比較して、組織または器官の状態の変化を検出することを含む。
【０２１２】
前記の方法は、前記組織または器官に関連する状態、疾患、または障害の進行をモニターするために、すなわち進行性の患者に関して、ステップ（ｂ）をさらに１またはそれを超える回数繰り返すことを含んでいてもよい。この方法は、罹患した組織または器官の状態、疾患、または障害に対する治療的介入（例えば継続中の薬物療法など）の有効性に関する素早いアセスメントを可能にする。この方法は、経時的に、すなわち患者評価期間を通して、遺伝子発現の変化をモニタリングすることも含んでいてもよい。
【０２１３】
別の関連する実施形態において、本発明は、対象が特定の組織または器官の有害な状態、疾患、または障害を生じる可能性を判定するための方法を提供し、前記方法は、（ａ）前記対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座におけるヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること（前記ヒドロキシメチル化プロファイルは、特定の組織または器官の有害な状態、疾患、または障害が生じる可能性に関連する）；（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、（ｉ）組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座、および（ｉｉ）特定の組織または器官の有害な状態、疾患、または障害が生じる可能性に関連する）；および（ｃ）対象について作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルとの比較に基づいて、前記対象が前記特定の組織または器官の有害な状態、疾患、または障害を生じる可能性を識別することを含む。
【０２１４】
特に重要な用途としては、米国特許出願公開第２０１７／０２９８４２２号（Ｓｏｎｇら）（すでに参照により本明細書に援用されている）に詳述されているように、特定の組織のがんを、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、芽細胞腫などとして特徴づけることを含む。
【０２１５】
癌腫としては、限定するものではないが、上皮新生物、扁平上皮新生物扁平上皮癌、基底細胞新生物基底細胞癌、移行上皮乳頭腫および癌、腺腫および腺癌（腺）、腺腫、腺癌、ｌｉｎｉｔｉｓ  ｐｌａｓｔｉｃａ型インスリノーマ、グルカゴン産生腫瘍、ガストリン産生腫瘍、ビポーマ、肝内胆管癌、肝細胞癌、腺様嚢胞癌、虫垂のカルチノイド腫瘍、プロラクチン産生腫瘍、膨大細胞腫、ヒュルトレ細胞腺腫、腎細胞癌、グラウィッツ腫瘍、多発性内分泌腺腫、類内膜腺腫、付属器および皮膚付属器新生物、粘膜表皮新生物、嚢腫性、粘液性および漿液性新生物、嚢腺腫、腹膜偽粘液腫、管、小葉および髄様新生物、腺房細胞新生物、複合上皮性新生物、ワルティン腫瘍、胸腺腫、特殊性腺新生物、性索間質性腫瘍、莢膜細胞腫、顆粒膜細胞腫瘍、男性化細胞腫、セルトリ・ライディッヒ細胞腫、グロムス腫瘍、傍神経節腫、褐色細胞腫、グロムス腫瘍、母斑および黒色腫、色素性母斑、悪性黒色腫、黒色腫、結節型黒色腫、異型母斑、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、ならびに悪性末端黒子型黒色腫があげられる。肉腫としては、限定するもではないが、アスキン腫瘍、ブドウ状肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性血管内皮腫、悪性シュワン腫、骨肉腫、軟部組織肉腫（胞巣状軟部肉腫を含む）、血管肉腫、葉状嚢肉腫、皮膚線維肉腫、類腱腫、線維形成型小円形細胞腫瘍、類上皮肉腫、骨外性軟骨肉腫、骨外性骨肉腫、線維肉腫、血管外皮細胞腫、血管肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、リンパ肉腫、悪性線維性組織球腫、神経線維肉腫、横紋筋肉腫、ならびに滑膜肉腫があげられる。リンパ腫および白血病としては、限定するものではないが、慢性リンパ性白血病／小リンパ球性リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫（ワルデンストレームマクログロブリン血症など）、脾臓辺縁層リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、単クローン性免疫グロブリン沈着症、重鎖病、節外性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＭＡＬＴリンパ腫とも呼ばれる）、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ｎｍｚｌ）、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、バーキットリンパ腫／白血病、Ｔ細胞前リンパ球性白血病、Ｔ細胞大顆粒リンパ球性白血病、急性進行性ＮＫ細胞白血病、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫、節外性ＮＫ／Ｔ細胞リンパ腫、鼻型、腸症型Ｔ細胞リンパ腫、脾臓Ｔ細胞リンパ腫、芽球性ＮＫ細胞リンパ腫、菌状息肉症、セザリー症候群、原発性皮膚ＣＤ３０陽性リンパ増殖性障害、原発性皮膚未分化大細胞型リンパ腫、リンパ腫様丘疹症、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、末梢Ｔ細胞性リンパ腫、不特定未分化大細胞リンパ腫、古典的ホジキンリンパ腫（結節硬化型、混合細胞型、リンパ球豊富型、リンパ球減少型、またはリンパ球非減少型）、ならびに結節性リンパ球優位型ホジキンリンパ腫があげられる。胚細胞腫瘍としては、限定するものではないが、胚細胞腫、未分化胚細胞腫、セミノーマ、非ジャーミノーマ胚細胞腫瘍、胎児性癌、内胚葉洞腫瘍、絨毛癌、奇形腫、多胚腫、および性腺芽細胞腫があげられる。芽細胞腫としては、���定するものではないが、腎芽細胞腫、髄芽細胞腫、および網膜芽細胞腫があげられる。他のがんとしては、限定するものではないが、口唇癌、喉頭癌、下咽頭癌、舌癌、唾液腺癌、胃癌、腺癌、甲状腺がん（甲状腺髄様癌および乳頭状癌）、腎癌、腎臓実質癌、子宮頚癌、子宮体部癌、子宮内膜癌、絨毛癌、精巣癌、泌尿器癌、黒色腫、脳腫瘍（膠芽腫、星状細胞腫、硬膜腫、髄芽細胞腫、および末梢神経外胚葉性腫瘍など）、胆嚢癌、気管支癌、多発性骨髄腫、基底細胞腫、奇形腫、網膜芽細胞腫、脈絡膜黒色腫、セミノーマ、横紋筋肉腫、頭蓋咽頭腫（ｃｒａｎｉｏｐｈａｒｙｎｇｅｏｍａ）、骨肉腫、軟骨肉腫、筋肉腫、脂肪肉腫、線維肉腫、ユーイング肉腫、および形質細胞腫があげられる。
【０２１６】
さらなる実施形態において、分析されるがんは、肺がん（非小細胞肺癌および小細胞肺がん（小細胞癌（燕麦細胞がん）、混合型小細胞癌／大細胞癌、および混合型小細胞癌を含む）を含む）、大腸がん、乳がん、前立腺がん、肝臓がん、脳がん、腎臓がん、卵巣がん、胃がん、皮膚がん、骨がん、胃がん、乳がん、膵臓がん、神経膠腫、膠芽腫、肝細胞癌、乳頭状腎癌、頭頸部扁平上皮癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、または固形腫瘍であってもよい。
【０２１７】
がんは、急性リンパ性白血病；急性骨髄性白血病；副腎皮質癌；ＡＩＤＳ関連がん；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；肛門がん；虫垂がん；星状細胞腫；異型性テラトイド／ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱がん；脳幹膠腫；脳腫瘍（脳幹膠腫、中枢神経性異型性テラトイド／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胎児性腫瘍、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽細胞腫、上衣腫、髄芽細胞腫、髄上皮腫、中分化型松果体実質腫瘍、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、および松果体芽細胞腫）；乳がん；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；原発部位不明のがん；カルチノイド腫瘍；原発部位不明の癌腫；中枢神経性異型性テラトイド／ラブドイド腫瘍；中枢神経系胎児性腫瘍；子宮頚がん；小児がん；脊索腫；慢性リンパ性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性疾患；大腸がん；結腸直腸がん；頭蓋咽頭腫；皮膚Ｔ細胞リンパ腫；内分泌性膵島細胞腫瘍；子宮内膜がん；上衣芽細胞腫；上衣腫；食道がん；鼻腔神経芽細胞腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管がん；胆嚢癌；胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ（ｓｔｏｍａｃｈ）ｃａｎｃｅｒ）；胃腸カルチノイド腫瘍；消化管間葉系細胞腫瘍；胃腸管間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）；妊娠性栄養膜腫瘍；神経膠腫；ヘアリー細胞白血病；頭頸部がん；心臓がん；ホジキンリンパ腫；下咽頭がん；眼球内黒色腫；膵島細胞腫瘍；カポジ肉腫；腎臓がん；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭がん；口唇がん；肝臓がん；悪性線維性組織球腫骨腫；髄芽細胞腫；髄上皮腫；黒色腫；メルケル細胞がん；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫；原発不明の頸部転移性扁平上皮がん；口腔がん；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫；多発性骨髄腫／形質細胞新生物；菌状息肉症；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性新生物；鼻腔がん；鼻咽腔がん；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚がん；非小細胞肺癌；口腔がん；口腔がん；中咽頭がん；骨肉腫；他の脳脊髄腫瘍；卵巣がん；卵巣上皮がん；卵巣胚細胞腫瘍；低悪性度卵巣腫瘍；膵臓がん；乳頭腫症；副鼻腔がん；副甲状腺がん；骨盤がん；陰茎がん；咽頭がん；中分化型松果体実質腫瘍；松果体芽細胞腫；下垂体腫瘍；形質細胞新生物／多発性骨髄腫；胸膜肺芽腫；原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫；原発性肝細胞がん；前立腺がん；直腸がん；腎臓がん；腎細胞（腎臓）がん；腎細胞がん；気道がん；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺がん；セザリー症候群；小細胞肺がん；小腸がん；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮がん；胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ（ｇａｓｔｒｉｃ）ｃａｎｃｅｒ）；テント上未分化神経外胚葉性腫瘍；Ｔ細胞リンパ腫；精巣がん；咽頭がん；腺癌；胸腺腫；甲状腺がん；移行上皮がん；腎盂および尿管の移行上皮がん；栄養膜腫瘍；尿管がん；尿道がん；子宮がん；子宮肉腫；腟がん；外陰がん；ワルデンストレームマクログロブリン血症；またはウィルムス腫瘍でありうる。本発明の方法は、対象のヒドロキシメチル化プロファイルが１またはそれを超える上述のがんを表す可能性を定めるために使用することができる。
【０２１８】
本実施形態の一態様は、原発不明癌腫（ＣＵＰ、Ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  Ｕｎｋｎｏｗｎ  Ｐｒｉｍａｒｙ）、すなわち、体内に悪性細胞が観察される（すなわち、転移が起きている）が、原発がんの起源組織が不明である疾患に適する。本発明の方法は、起源組織が、ＣＵＰに確率論的に割り当てられるため、このような関係において有用である。
【０２１９】
サンプルＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルと、参照データセット中の組織特異的ヒドロキシメチル化プロファイルとの比較は、心血管系疾患、例えばアテローム性動脈硬化症、うっ血性心不全、不安定プラーク、卒中、または虚血についての情報ももたらしうる。前記心血管系疾患または状態は、高血圧、狭窄症、血管閉塞、または血栓性イベントでありうる。前記比較によって、器官毒性学に関する情報ももたらされる。一例として、肝臓または腎臓におけるＵＲ遺伝子の存在は、薬理学的に活性な特定の薬剤の毒性を示しうる。別の例として、ＵＲ遺伝子は、器官内の細胞死の程度を確認するために有用である。追加の例として、ＵＲ遺伝子とＤＥ遺伝子の組み合わせは、器官内の細胞機能障害の識別に有用である。
【０２２０】
組織特異的なその他の有害な状態、障害、および疾患もまた、本明細書において重要であり、そのようなものとしては、限定するものではないが、米国特許出願公開第２０１７／０２９８４２２号（Ｓｏｎｇら）に記載されている炎症性疾患、免疫病、自己免疫疾患、神経系疾患、および感染症があげられる。
【０２２１】
さらなる実施形態において、上述の任意の方法を、メチル化分析と組み合わせうる。メチル化プロファイルを決定するための方法は知られている。この実施形態には、拡張された比較における、サンプルＤＮＡメチル化プロファイルの決定およびその使用が含まれ、その場合、ヒドロキシメチル化分析に加えて、ヒドロキシメチル化プロファイル参照セットに類似したメチル化プロファイルの参照セットを用いて、メチル化プロファイルもまた比較される。好ましい方法としては、米国特許仮出願第６２／６３０，７９８（Ａｒｅｎｓｄｏｒｆ）および米国特許出願公開第２０１７／０２９８４２２号（Ｓｏｎｇら）（すでに参照により本明細書に援用されている）に記載されているように、１つのＤＮＡサンプルからＤＮＡメチル化プロファイルおよびヒドロキシメチル化プロファイルを作成することがあげられる。
【０２２２】
別の実施形態において、ヒト血漿から得た無細胞ＤＮＡサンプルを分析するための改良された方法が提供され、その際、サンプル中の無細胞ＤＮＡフラグメントは、単離され、増幅され、およびシーケンシングされる。前記改良には、サンプルへの末梢血単核球（ＰＢＭＣ、ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ  ｃｅｌｌ）を起源とするゲノム材料のコンタミネーションを識別することが含まれ、前記識別は、以下の（ａ）〜（ｃ）、すなわち（ａ）無細胞サンプル中のＤＮＡフラグメントのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に対応する参照遺伝子座に関連し、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、少なくとも１つのＰＢＭＣヒドロキシメチル化プロファイルを含む）；および（ｃ）前記比較から、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別すること、によって行われる。前記方法は、（ｂ）および（ｃ）からＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルを推定すること、および前記ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベル基づいて、サンプルが無細胞ＤＮＡ分析に適しているか否かについて判定することを含んでいてもよい。この実施形態において、前記参照セットは、必要に応じて、それぞれがＰＢＭＣサブタイプ（すなわち、Ｔ細胞、Ｂ細胞、およびＮＫ細胞を含むリンパ球；単球；ならびに樹状細胞）に関連する遺伝子部位に対応する、複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのベクトルを含む。
【手続補正書】
【提出日】令和3年2月25日(2021.2.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
起源組織を、ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中の核酸に確率論的に割り当てるための方法であって、
（ａ）核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）前記核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するゲノム領域内に含まれる参照遺伝子座に対応すること；
（ｃ）（ａ）において検出されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的な類似性を有する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
（ｄ）（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および対応する組織特異的遺伝子に基づいて、少なくとも１つの起源組織を前記核酸に割り当てること
を含む、方法。
【請求項２】
前記ゲノム領域が、前記組織特異的遺伝子に機能的に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ｃ）と（ｄ）の間に、（ｃ’）前記実質的な類似性から、前記核酸が、前記少なくとも１つの参照遺伝子座に対応する起源組織を有する確率を決定することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記実質的な類似性が、前記作成された核酸のヒドロキシメチル化プロファイルと、前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれとの間で識別される差異を含むヒドロキシメチル化差異データセットから検出される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記参照データセット中の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれが、少なくとも、前記参照遺伝子座に関連する前記組織特異的遺伝子；および前記遺伝子および参照遺伝子座と関連する前記組織、も識別する、ヒドロキシメチル化ベクトル内に含まれる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
各参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイルが、
前記参照遺伝子座内のヒドロキシメチル化密度；
前記参照遺伝子座内の全５−ヒドロキシメチルシトシン残基；
前記参照遺伝子座内の前記５−ヒドロキシメチルシトシン残基の位置；
半ヒドロキシメチル化または完全ヒドロキシメチル化としてのヒドロキシメチル化部位の識別；および
前記参照遺伝子座内の５−ヒドロキシメチルシトシン残基の相対位置
のうちの少なくとも１つを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、遺伝子本体またはその構成要素の中に含まれる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、前記遺伝子本体の外にあるゲノムアノテーション特徴の中に含まれる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、プロモーター、エンハンサー、転写開始部位、転写停止部位、ＤＮＡ結合部位、またはそれらの組み合わせの中に含まれる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
核酸の長さ；核酸フラグメント分布；メチル化プロファイル；およびヌクレオソームの位置のうちの少なくとも１つを決定することをさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記参照データセット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、脂肪；副腎；膀胱；骨髄；脳；胸；結腸；大脳皮質；頸部；子宮；消化管；子宮内膜；精巣上体；食道；卵管；胆嚢；胃腸；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；副甲状腺；胎盤；前立腺；唾液腺；精嚢；骨格筋；平滑筋；皮膚；脾臓；胃；精巣；甲状腺；扁桃；またはそれらの組み合わせを含むヒト組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記参照データセット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、膀胱；骨髄；脳；胸；Ｓ字結腸；横行結腸；胃腸；心臓；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；胎盤；前立腺；皮膚；平滑筋；精巣；またはそれらの組み合わせを含むヒト組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記参照データセットが、セット３Ａ、セット３Ｂ、セット３Ｃ、セット３Ｄ、セット３Ｅ、セット３Ｆ、セット３Ｇ、セット３Ｈ、セット３Ｉ、セット３Ｊ、セット３Ｋ、セット３Ｌ、セット３Ｍ、セット３Ｎ、セット３Ｏ、セット３Ｐ、セット３Ｑ、セット３Ｒ、およびセット３Ｓから選択される、２またはそれを超える参照データセットを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記参照データセットが、少なくとも５つの組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記参照データセットが、組織タイプあたり、少なくとも５つの遺伝子についてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
各参照遺伝子座が、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＡＮＡＰＣ７、ＡＰＣＤＤ１Ｌ−ＡＳ１、ＡＰＯＡ１ＢＰ、ＣＡＬＨＭ２、ＣＡＳＣ３、ＣＬＥＣ２Ｌ、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＦＡＨＤ２Ｂ、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＯＰＮＬ、ＧＮＧ１１、ＧＳＮ、ＧＳＴＴＰ２、ＧＴＳＦ１、ＩＡＨ１、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６４４、ＬＡＭＣ１、ＬＩＮＣ００３１０、ＬＯＣ１００５０６３９４、ＬＯＣ１００５０７０６６、ＬＯＣ４９３７５４、ＭＡＰ１Ｂ、ＭＧＣ２７３８２、ＭＩＲ５６９５、ＮＥＮＦ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＲＰＬ３０、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＰＡＴＡ４、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＶＰＳ７２、ＷＦＤＣ３、ＺＮＦ７９１、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＦＦ２、ＡＮＫＲＤ１８Ｂ、ＡＮＫＲＤ１８ＤＰ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ５Ｐ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ８Ｐ、ＡＮＫＲＤ２６Ｐ１、ＡＮＫＲＤ３０ＢＰ２、ＡＮＫＲＤ３４Ｂ、ＡＮＫＲＤ３４Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＯＬＬ、ＢＲＩＰ１、Ｃ５ｏｒｆ６３、ＣＡ１、ＣＡＬＢ１、ＣＡＬＣＲ、ＣＣＤＣ３９、ＣＣＤＣ９６、ＣＤＣＡ５、ＣＤＨ１２、ＣＤＨ９、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＥＮＰＥ、ＣＥＮＰＫ、ＣＦＬ１、ＣＨＡＴ、ＣＯＭＭＤ５、ＣＯＭＭＤ８、ＣＲＩＳＰ１、ＣＲＩＳＰ２、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ１Ｓ２ＡＰ、ＣＴ６４、ＣＸＣＲ２、ＣＸｏｒｆ３０、ＤＡＺＬ、ＤＣＤＣ１、ＤＲＧＸ、ＤＳＧ１、ＤＵＴ、ＤＵＸ２、ＤＵＸ４Ｌ２、ＤＵＸ４Ｌ３、ＤＹＴＮ、ＥＤＡ２Ｒ、ＥＦＣＡＢ３、ＥＰＯＲ、ＥＶＸ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＣＡＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＯＸＡ２、ＧＡＢＰＢ１−ＡＳ１、ＧＡＢＲＡ１、ＧＡＢＲＡ４、ＧＡＢＲＧ１、ＧＡＬＮＴＬ６、ＧＦＥＲ、ＧＦＩ１、ＧＰＲ１５２、ＧＰＲ１５８−ＡＳ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＧＲＭ１、ＧＲＰ、ＧＲＸＣＲ１、ＧＹＰＡ、ＨＡＧＨＬ、ＨＣＲＴＲ２、ＨＥＰＨＬ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＫ３、ＨＭＢＳ、ＨＯＲＭＡＤ２、ＩＤ４、ＩＬ１７ＲＡ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＫＣＮＣ２、ＫＣＮＫ１８、ＫＩＦ１８Ａ、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＬＨＬ１、ＬＥＦ１−ＡＳ１、ＬＨＸ１、ＬＨＸ３、ＬＨＸ８、ＬＩＮＣ００２７３、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＮＣ００６４５、ＬＩＮＣ００６４８、ＬＬＰＨ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ１００２７０６７９、ＬＯＣ１００５０５７７６、ＬＯＣ１００５０６４２２、ＬＯＣ２８４８０１、ＬＯＣ３９２２３２、ＬＯＣ３９９８１５、ＬＯＣ４０１０７４、ＬＯＣ４０１１３４、ＬＯＣ４４００４０、ＬＯＣ４４０９７０、ＬＯＣ６４２２３６、ＬＯＣ７２７９２４、ＬＯＣ７２８０１２、ＬＰＯ、ＬＲＲＩＱ１、ＭＡＧＥＡ１１、ＭＡＧＯＨＢ、ＭＥＦＶ、ＭＩＦ４ＧＤ、ＭＩＲ５４８Ａ３、ＭＩＲ５６９２Ａ１、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＲＮ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＳ４Ａ３、ＭＳＲＢ１、ＭＹＯ３Ａ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ４、ＮＨＬＲＣ４、ＮＯＸＲＥＤ１、ＮＰＡＰ１、ＮＵＦ２、ＯＲ８Ｇ１、ＯＲ８Ｕ８、ＯＲＣ６、ＯＳＭ、ＯＴＸ２、ＰＡＸ３、ＰＢＫ、ＰＣＤＨ８、ＰＤＣＬ２、ＰＯＴＥＡ、ＰＲＯＫ２、ＰＲＲ７、ＲＡＢ２４、ＲＡＸ、ＲＢＭ４６、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ１９、ＲＩＭＳ２、ＲＮＦ１７５、ＲＲＭ２、ＳＡＴＢ２−ＡＳ１、ＳＣＮ１１Ａ、ＳＣＲＴ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＧＯＬ２、ＳＩＸ１、ＳＫＡ３、ＳＫＯＲ１、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＬＣ４Ａ１０、ＳＬＣ５Ａ７、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＮＡＰ９１、ＳＰＡＧ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＤＬ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＴＰＧ２、ＳＴＸＢＰ５Ｌ、ＴＡＲＭ１、ＴＤＲＤ５、ＴＥＸ１５、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＲＩＭ５８、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＵＮＣ１３Ｃ、ＵＳＰ６、ＶＲＫ１、ＶＳＴＭ１、ＶＷＤＥ、ＷＤＲ４９、ＷＦＤＣ８、ＷＦＤＣ９、ＺＩＣ５、ＺＮＦ２３０、ＺＮＦ３００Ｐ１、ＺＮＦ４７０、ＺＮＦ５０２、ＺＮＦ５９９、ＺＰＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ１５９、ＣＣＤＣ４２Ｂ、ＣＣＤＣ８、ＣＤ２４８、ＣＥＲＣＡＭ、ＣＮＴＮ２、ＣＲＢ２、ＥＶＩ５Ｌ、ＦＺＤ９、ＨＡＰＬＮ２、ＨＰＤＬ、ＬＩＮＣ００５７５、ＬＯＣ２８４９５０、ＬＯＣ３３９６６６、ＬＲＩＴ１、ＰＬＥＫＨＨ１、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ４６Ａ２、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＺＦＰ３６、Ｃ１ｏｒｆ１０９、ＣＡＣＮＡ１Ｆ、ＣＯＸ７Ｂ、ＥＦＮＢ１、ＦＧＬ２、ＦＬＪ３４２０８、ＧＮＲＨ１、ＧＳＴＴ１、ＩＬ１２Ａ、ＫＣＮＤ１、ＫＤＥＬＲ１、ＬＡＴ、ＬＯＣ１００１３０９９２、ＬＯＣ１００２８７０４２、ＬＯＣ４０１２４２、ＭＲＰＬ１０、ＮＴ５Ｃ３Ｂ、ＰＤＺＤ４、ＰＰＹＲ１、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＢＭＸＬ３、ＲＥＮＢＰ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＬＣ９Ａ６、ＸＢＰ１、ＺＮＦ１８９、ＡＢＲ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＣＤＣ７４Ａ、ＣＤＨ１３、ＣＨＲＮＡ１０、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＤＡＰ１Ｌ１、ＧＪＡ３、ＧＬＵＤ１Ｐ３、ＧＰＲＣ５Ｂ、ＬＯＣ１００５０６３４３、ＬＲＲＣ３７Ａ６Ｐ、ＬＲＲＣ４、ＭＵＬ１、ＭＹＯＭ２、ＮＤＵＦＢ８、ＮＴ５ＤＣ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ４、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＨＰＮ１−ＡＳ１、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＩＭＭ２１、ＴＮＮＴ１、ＴＯＲ４Ａ、ＵＢＡＣ１、ＷＤＲ３７、ＺＮＦ１２、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ５５０、ＺＮＦ８４３、ＺＮＦ８４４、ＡＧＡＰ６、ＡＳＴＮ１、ＢＢＳ２、Ｃ１８ｏｒｆ５６、Ｃ１９ｏｒｆ４５、ＣＩＮＰ、ＤＧＫＩ、ＤＰＹ３０、ＤＲＯＳＨＡ、ＦＡＭ１６９Ａ、ＦＡＭ６６Ｄ、ＦＯＮＧ、ＧＡＬＮＴ１５、ＧＤＡＰ１、ＧＨＲＨ、ＧＵＳＢＰ４、ＨＩＦ１ＡＮ、ＩＦＩＴ１Ｂ、ＩＮＴＳ２、ＪＡＫＭＩＰ２−ＡＳ１、ＫＧＦＬＰ２、ＬＩＮＣ００２９７、ＬＩＮＣ００７０７、ＬＯＣ１００２８８０６９、ＬＯＣ１００５０７１４０、ＬＰＨＮ３、ＬＹＰＤ１、ＬＺＩＣ、ＭＩＲ５４８Ｔ、ＭＲＡＰ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＰＰ１Ｒ１７、ＰＲＳＳ５４、ＰＲＳＳ５５、ＰＴＰＲＡ、ＲＧＳ７、ＳＮＲＮＰ３５、ＳＵＧＴ１Ｐ１、ＵＢＥ２Ｚ、ＷＤＲ４７、ＷＤＹＨＶ１、ＺＮＦ１１４、ＺＮＦ５５６、ＺＮＦ６１０、ＡＢＰ１、ＡＧＰＡＴ９、ＡＰＨ１Ｂ、ＡＳＡＰ２、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ａ、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、Ｃ１１ｏｒｆ６３、Ｃ１３ｏｒｆ３５、Ｃ１６ｏｒｆ９６、Ｃ１９ｏｒｆ２１、ＣＡ１２、ＣＣＤＣ６４、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＦＵＴ３、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＧＵＳＢＰ１１、ＨＡＶＣＲ１、ＨＯＸＣ５、ＩＮＡＤＬ、ＫＡＴＮＡ１、Ｌ２ＨＧＤＨ、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＬＯＣ１００５０６３０５、ＬＯＣ２８４１００、ＬＯＣ６５４４３３、ＬＹＧ１、ＭＯＲＮ４、ＭＴＮＲ１Ａ、ＰＡＱＲ５、ＰＡＲＧ、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＲＫＡＢ１、ＲＮＦ１１３Ｂ、ＳＥＮＰ８、ＳＥＴＤ３、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３０、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＢＣ１Ｄ７、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＣ１１、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＣＳＭ５、ＡＧＭＯ、ＡＧＸＴ２Ｌ１、ＡＫＲ１Ｃ２、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＫＲ１Ｄ１、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＨ、ＡＰＯＭ、ＡＱＰ９、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＳＧＲ２、ＡＳＰＧ、ＡＴＰ２Ｂ２、ＢＣＯ２、ＢＤＨ１、Ｃ３、Ｃ３Ｐ１、Ｃ５、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ８ｏｒｆ７４、ＣＡ５Ａ、ＣＡＢＰ２、ＣＡＬＲ３、ＣＤ７、ＣＤＫ１０、ＣＥＡＣＡＭ１６、ＣＥＳ１、ＣＦＨ、ＣＦＨＲ４、ＣＨＰ１、ＣＩＤＥＢ、ＣＬＰＴＭ１Ｌ、ＣＬＲＮ３、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＲＯＣＣＰ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ１８、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＣＹＰ７Ａ１、ＤＧＡＴ２、ＤＨＯＤＨ、ＤＰＹＳ、ＤＲＧ２、ＥＣＨＳ１、ＥＤＣ４、ＥＩ２４、ＥＮＯ１、Ｆ１３Ｂ、Ｆ２、Ｆ７、Ｆ９、ＦＡＳＮ、ＦＥＴＵＢ、ＧＣＨ１、ＧＣＫＲ、ＧＤＰＤ４、ＧＦＲＡ１、ＧＨＲ、ＧＬＴ１Ｄ１、ＧＰＡＭ、ＧＳＤＭＢ、ＨＡＬ、ＨＡＯ１、ＨＡＰＬＮ４、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＨＹＬＳ１、ＩＧＦ２、ＩＧＦ２−ＡＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＳＹ１−ＲＡＢ４３、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ４、ＩＶＤ、ＫＬＣ４、ＬＢＰ、ＬＥＦＴＹ１、ＬＩＰＧ、ＬＯＣ１００２８８１２２、ＬＯＣ２８４８６５、ＬＰＡＬ２、ＬＲＲＣ１６Ｂ、ＭＡＳＰ１、ＭＧＭＴ、ＭＳＴ１、ＭＴＴＰ、ＮＡＴ９、ＮＢＲ２、ＮＥＬＦＥ、ＮＲ１Ｉ２、ＮＵＰ８８、ＯＳＧＩＮ１、ＰＡＨ、ＰＡＲＤ６Ａ、ＰＣＳＫ９、ＰＥＸ１９、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＨＧＤＨ、ＰＨＹＨ、ＰＫＬＲ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ｂ、ＰＬＧ、ＰＮＰＬＡ３、ＰＯＦＵＴ１、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＮ１、ＰＰＬ、ＰＲＡＰ１、ＰＲＫＡＧ３、ＰＲＯＣ、ＰＵＳ３、ＲＡＮＢＰ１０、ＲＣＥ１、ＲＮＤ１、ＲＮＦ１２３、ＲＯＲＣ、ＲＰＵＳＤ４、ＳＡＡ２−ＳＡＡ４、ＳＣＰ２、ＳＥＣ１６Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＫＩＶ２Ｌ、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ２５、ＳＬＣ２５Ａ２０、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＳＭＬＲ１、ＳＮＡＰＣ５、ＳＰＰ２、ＳＲＤ５Ａ１、ＳＴＡＴ２、ＳＴＥＡＰ３、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＨＮＳＬ２、ＴＩＡＦ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＴＭＰＲＳＳ６、ＴＴＣ３１、ＴＴＣ３８、ＵＲＯＣ１、ＸＹＬＢ、ＺＣＣＨＣ９、ＺＳＣＡＮ２２、ＡＤＡＭ９、ＡＮＫＲＤ５０、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＬ６、ＡＲＳＪ、ＢＭＰ５、ＢＭＰＲ２、ＢＴＧ３、Ｃ１ｏｒｆ１４０、ＣＡＬＭ２、ＣＣＤＣ１０２Ｂ、ＣＣＮＬ１、ＣＣＲ５、ＣＤ３６、ＣＨＮ１、ＣＬＩＣ２、ＣＰＥＢ２、ＣＲＢＮ、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＣＹＹＲ１、ＤＡＣＨ１、ＤＧＫＥ、ＤＧＫＨ、ＤＩＳＰ１、ＤＯＣＫ４、ＥＴＶ１、ＥＸＯＣ１、ＦＡＭ２０４Ａ、ＦＡＴ４、ＦＧＤ５−ＡＳ１、ＦＬＪ３４５０３、ＦＲＹＬ、ＧＢＰ１Ｐ１、ＧＮＢ４、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１６、ＨＭＣＮ１、ＨＭＧＮ１、ＩＦＩ４４、ＩＬ１５、ＩＴＧＡ２、ＫＡＬ１、ＫＤＲ、ＫＩＴＬＧ、ＫＬＨＬ４１、ＬＤＢ２、ＬＩＮＣ０００３２、ＬＩＮＣ００２４０、ＬＩＮＣ００５５１、ＬＩＮＣ００６５７、ＬＯＣ１００１３１２３４、ＬＯＣ１００５０５４９５、ＬＯＣ１００５０７２１７、ＬＯＣ６４３７３３、ＬＰＡＲ６、ＭＧＰ、ＯＤＦ２Ｌ、ＰＥＡＫ１、ＰＫＩＡ、ＰＬＥＫＨＡ１、ＰＬＥＫＨＧ７、ＰＴＰＲＢ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＬＡ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＣＣ１、ＳＡＭＤ１２、ＳＥＳＴＤ１、ＳＨ３ＧＬＢ１、ＳＫＡＰ２、ＳＬＣ３５Ａ５、ＳＭＵＲＦ２、ＳＰＲＥＤ１、ＳＲＳＦ１、ＴＣＦ４、ＴＩＧＤ４、ＴＭＥＭ２０７、ＴＭＯＤ３、ＵＨＭＫ１、ＶＥＧＦＣ、ＸＩＳＴ、ＹＩＰＦ５、ＺＣ２ＨＣ１Ａ、ＺＥＢ１、ＡＫＮＡ、ＡＮＫＲＤ３４Ａ、Ｃ１４ｏｒｆ１８３、ＣＣＤＣ１０７、ＣＤ１８０、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ７４、ＣＤＣ４２ＳＥ２、ＣＨＭＰ７、ＣＯＴＬ１、ＣＹＴＨ１、ＦＡＩＭ３、ＦＡＭ６５Ｂ、ＧＰＸ４、ＧＳＴＰ１、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＶＣＮ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＬ６、ＩＴＧＢ７、ＬＯＣ１００１３０５５７、ＭＤＭ４、ＭＥＴＴＬ２１Ｄ、ＭＧＣ１６２７５、ＭＩＲ５４８ＡＮ、ＮＡＰＳＢ、ＲＰＬ３９Ｌ、ＲＰＳ１１、ＳＥＰＴ６、ＳＨ２Ｄ３Ｃ、ＴＡＰ１、ＴＥＡＤ２、ＴＭＥＭ６０、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＡＦ１、ＵＢＡＣ２、ＵＣＰ２、ＷＤＲ８７、ＡＣＴＡ２、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、ＡＴＰ１Ｂ２、ＢＩＣＤ１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＯＬ１４Ａ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＫＬＦ４、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＩＮＣ００６７２、ＬＯＣ１００１２９６１７、ＬＯＣ３３９２９８、ＬＲＲＣ１７、ＮＤＰ、ＮＴＦ３、Ｏ
ＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＲＯＢＯ４、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＹＴＬ４、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＵＢＸＮ８、ＺＮＦ９３、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＵＮ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＢＩＰ１、Ｃ６ｏｒｆ２０１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＣＤＣ６５、ＣＤＫ１４、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＨＲＮＡ７、ＣＬＣＮ３、ＣＬＤＮ１、ＣＰＡ３、ＣＵＺＤ１、ＤＮＡＪＣ１０、ＤＮＡＪＣ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＯ１ＬＢ、ＦＡＩＭ、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ２２１Ａ、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＧＡＲＳ、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＨＳＰＡ１３、ＩＦＲＤ１、ＩＮＴＳ６、ＫＣＴＤ１６、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＭＡＮ１、ＬＯＣ１５４０９２、ＬＯＣ２０１６５１、ＬＯＣ６４４８３８、ＬＹＰＤ６Ｂ、ＭＡＮ１Ａ２、ＭＧＣ７２０８０、ＭＫＮＫ１、ＭＰＰ６、ＭＳＲＢ２、ＮＡＡ１６、ＮＯＭＯ２、ＯＳＴＣ、ＰＥＸ７、ＰＧＲＭＣ２、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＰＰ１Ｒ９Ａ、ＰＲＲＣ１、ＰＲＳＳ３、ＲＮＰＣ３、ＳＣＦＤ１、ＳＣＲＮ３、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ１６Ａ７、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＯＲＢＳ２、ＳＲＢＤ１、ＳＳＲ１、ＴＤＨ、ＴＤＰ２、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＭＥＭ６５、ＴＲＨＤＥ、ＴＲＩＭ４４、ＵＧＴ２Ａ３、ＵＭＯＤ、ＷＤＦＹ２、ＷＨＡＭＭ、ＸＰＯＴ、ＡＣＥＲ２、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＣＹ１０、ＡＤＣＹ７、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＡＩＭ１Ｌ、ＡＫＮＡＤ１、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＡＭＯＴ、ＡＮＧＰＴ２、ＡＰＯＬＤ１、ＡＴＦ３、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＡＴＲＩＰ、ＢＣＡＲ３、ＢＣＡＲ４、ＢＥＡＮ１、ＢＰＧＭ、ＢＴＢＤ１９、Ｃ１１ｏｒｆ７０、Ｃ１６ｏｒｆ４６、Ｃ１６ｏｒｆ７４、Ｃ１７ｏｒｆ９８、Ｃ１ＱＴＮＦ６、Ｃ２ｏｒｆ６２、Ｃ２ｏｒｆ８３、Ｃ３ｏｒｆ５２、Ｃ４ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ５１、Ｃ６ｏｒｆ９９、Ｃ７ｏｒｆ７１、Ｃ９ｏｒｆ１２９、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３−ＡＳ１、ＣＡＰＮ６、ＣＣＤＣ１２５、ＣＥＰ４１、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＰＡ４、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＳＬ３Ｐ、ＣＸｏｒｆ５６、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＤＸ５９、ＤＬＸ３、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６−ＡＳ１、ＤＮＭＴ１、ＤＵＳＰ４、ＥＢＩ３、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＰＡＳ１、ＥＰＳ８Ｌ１、ＥＲＶＦＲＤ−１、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＸＴＬ１、ＥＺＲ、ＦＡＭ１８４Ａ、ＦＡＭ８９Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＦＢＬＮ１、ＦＢＮ２、ＦＨＤＣ１、ＦＯＬＲ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＢＡ、ＧＣＭ１、ＧＤＰＤ３、ＧＬＤＮ、ＧＭ２Ａ、ＧＰＲ１５６、ＧＳＧ１、ＧＳＴＡ３、ＧＳＴＡ４、ＨＥＬＬＳ、ＨＯＰＸ、ＨＳＤ１１Ｂ２、ＨＳＰＢＡＰ１、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＡＴＮＢＬ１、ＫＩＡＡ１４６７、ＫＩＡＡ１６０９、ＫＩＳＳ１、ＫＬＲＧ２、Ｌ１ＴＤ１、ＬＣＭＴ１、ＬＣＴＬ、ＬＩＮ２８Ｂ、ＬＩＮＣ００４３９、ＬＯＣ１００１３１５６４、ＬＯＣ１００５０６７４６、ＬＯＣ１００５２７９６４、ＬＯＣ１５１４７５、ＬＯＣ１５２５７８、ＬＯＣ２８４５５１、ＬＯＣ６４３４４１、ＭＢ２１Ｄ２、ＭＥＤ１２、ＭＥＴＴＬ２１Ｃ、ＭＦＳＤ２Ｂ、ＭＧＣ１６１２１、ＭＩＮＡ、ＭＯＲＣ４、ＭＳＡＮＴＤ３、ＭＵＴＹＨ、ＮＯＳ３、ＮＶＬ、ＮＸＦ１、ＯＬＲ１、ＯＳＣＰ１、ＯＳＴＣＰ１、Ｐ２ＲＹ６、ＰＣＢＰ１−ＡＳ１、ＰＤＥ６Ａ、ＰＧＣ、ＰＧＦ、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡＣ４、ＰＰＰ１Ｒ１４Ｄ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＰＴＧＥＳ、ＰＶＲＬ３−ＡＳ１、ＰＶＲＬ４、ＰＷＷＰ２Ｂ、ＲＡＢ３６、ＲＨＯ、ＲＮＦ２２２、ＲＰＳＡＰ５８、ＲＳ１、ＳＢＦ２−ＡＳ１、ＳＣＩＮ、ＳＤＣ１、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＥＰＴ１２、ＳＨ２Ｄ７、ＳＨ３ＧＬＢ２、ＳＬＣ１３Ａ４、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＬＣ２Ａ１−ＡＳ１、ＳＭＡＧＰ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＩＭ１３、ＳＮＸ１２、ＳＰ６、ＳＰＥＳＰ１、ＳＰＩＲＥ２、ＳＴ３ＧＡＬ６−ＡＳ１、ＳＶＥＰ１、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ３、ＴＭＥＭ２１６、ＴＭＥＭ２１８、ＴＭＥＭ５２Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＰ６３、ＴＰＲＸＬ、ＴＲＩＭ２９、ＴＲＰＶ５、ＴＵＦＴ１、ＵＳＨＢＰ１、ＶＡＭＰ５、ＶＧＬＬ１、ＷＢＰ２ＮＬ、ＸＲＣＣ２、ＺＤＨＨＣ１、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ３５４Ｂ、ＺＮＦ４６８、ＺＮＦ５２５、ＺＮＦ７０２Ｐ、ＺＮＦ９０、ＺＰ３、ＺＳＷＩＭ２、ＺＳＷＩＭ７、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＤＨ１Ａ２、ＡＮＫＲＤ６６、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ１ｏｒｆ８５、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＱ７、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＬＪ３９０８０、ＧＤＥＰ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＩＳＸ、ＫＬＫＰ１、ＭＣＣＣ２、ＭＥＡＦ６、ＭＦＳＤ４、ＭＲＰＳ２３、ＮＣＡＰＤ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＡＺ３、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＣＡＴ１、ＰＩ１５、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＳＭＡ４、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２６Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＴＣ１２、ＵＳＰ５０、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ５８９、ＡＫＩＰ１、ＡＲＨＧＥＦ２６−ＡＳ１、ＡＴＧ４Ａ、ＢＯＬＡ３、ＣＨＭＰ４Ａ、ＤＨＨ、ＥＰＰＫ１、ＦＣＨＳＤ１、ＧＡＤＬ１、ＧＣＣ１、ＧＩＰＣ３、ＨＩＧＤ２Ｂ、ＨＴＲ３Ｃ、ＬＩＮＣ００６５４、ＬＯＣ９１９４８、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＺＮＦ２０２、ＺＮＦ２０５−ＡＳ１、ＺＮＦ４２６、ＡＣＯＴ１、Ｃ１２ｏｒｆ５４、ＣＲＥＢ３、ＤＤＮ、ＦＡＭ５０Ａ、ＦＮＤＣ４、ＧＯＲＡＳＰ１、ＧＵＣＡ１Ｂ、ＩＭＰＤＨ２、ＬＩＮＣ００２８４、ＬＯＣ１００１２８０７６、ＬＯＣ１００１２８６８２、ＬＯＣ１００１３１４３４、ＬＲＰ１０、ＬＲＲＣ５５、ＬＲＲＣ７３、ＮＯＴＯ、ＲＮＦ１１２、ＲＴＢＤＮ、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＮ、ＴＲＩＭ５０、ＵＢＥ２Ｔ、ＺＮＦ３９１、ＺＮＦ７９２、ＡＬＸ４、ＡＱＰ２、ＡＴＡＤ３Ｂ、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＣＤＣ１１４、ＣＣＤＣ２７、ＣＣＮＦ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＩＬＰ、ＤＥＳ、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＢ８−ＡＳ１、ＤＲＤ４、ＥＦＣＡＢ６−ＡＳ１、ＦＡＭ１５３Ｂ、ＦＡＭ１６３Ｂ、ＦＧＤ２、ＨＳＤ１７Ｂ３、ＩＦＩ２７Ｌ１、ＩＧＦＮ１、ＩＴＰＲ３、ＫＣＮＫ１５、ＫＩＦＣ２、ＫＲＴ７８、ＫＲＴ８２、ＬＯＣ１００５０６３８５、ＬＯＣ２８３９１４、ＬＯＣ２８４６６１、ＬＯＣ３９９８２９、ＬＯＣ６５３７１２、ＬＯＣ７２８７１６、ＭＡＧＥＤ２、ＭＹＨ１６、ＭＹＬＫ２、ＮＰＴＸ２、ＰＬＫ５、ＰＭＳ２ＣＬ、ＰＮＰＬＡ１、ＰＯＤＮＬ１、ＰＯＬＤ１、ＰＲＭＴ８、ＰＴＰＲＶＰ、ＲＤ３、ＲＩＭＳ４、ＲＮＵ６−８１、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＳＡＬＬ４、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＰＡＴＡ３１Ｅ１、ＳＴＡＢ１、ＳＵＬＴ４Ａ１、ＴＣＥＲＧ１Ｌ、ＴＥＫＴ４Ｐ２、ＴＨＥＧ、ＴＭＥＭ１３０、ＴＰＯ、ＵＰＫ３Ｂ、ＷＡＳＨ３Ｐ、ＷＲＡＰ５３、ＺＮＦ２８０Ｂ、またはＺＮＦ７９３を含む、異なって表現される遺伝子の中に含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
各参照遺伝子座が、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＧＴＳＦ１、ＫＣＮＭＢ１、ＭＡＰ１Ｂ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＷＦＤＣ３、ＡＢＣＡ１３、ＡＺＵ１、ＣＡ１、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＬＥＣ６Ａ、ＤＡＺＬ、ＤＲＧＸ、ＤＹＴＮ、ＥＬＡＮＥ、ＦＣＡＲ、ＧＦＩ１、ＧＹＰＡ、ＨＫ３、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＬＩＮＣ００３３３、ＬＩＮＣ００５５０、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＰＮ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ４４２０２８、ＬＰＯ、ＭＥＦＶ、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＰＯ、ＭＳ４Ａ３、ＭＹＢ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＭＥ８、ＯＲ８Ｕ８、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＲＰＢＰ、ＰＡＸ３、ＰＤＣＬ２、ＰＲＤＭ１３、ＰＲＯＫ２、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ２１、ＲＲＭ２、ＲＸＦＰ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＩ１、ＳＰＴＡ１、ＴＡＲＭ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＲＩＭ５８、ＶＳＴＭ１、ＸＫＲ３、ＡＳＰＨＤ１、ＢＲＳＫ１、ＣＣＤＣ１７７、ＣＮＴＮ２、ＨＡＰＬＮ２、ＫＣＮＪ１０、ＫＩＦ１Ａ、ＬＧＩ３、ＮＣＡＮ、ＮＲ２Ｅ１、ＲＨＢＤＬ３、ＴＭＥＭ１５１Ａ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＭＥＭ５９Ｌ、ＺＮＦ４８８、ＦＧＬ２、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＤＨ１３、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＪＡ３、ＭＹＯＭ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＮＮＴ１、ＡＳＴＮ１、ＤＧＫ１、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、ＣＡ１２、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＨＡＶＣＲ１、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＰＡＱＲ５、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＨＳＧ、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＨ、ＡＳＧＲ１、ＡＳＧＲ２、Ｃ３Ｐ１、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ９、ＣＡ５Ａ、ＣＦＨＲ４、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＨＯＤＨ、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ７、ＧＣ、ＨＡＬ、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＩＮＨＢＣ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＫＮＧ１、ＬＢＰ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＯＤＨ２、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ４７、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＭＰＲＳＳ６、ＵＲＯＣ１、ＡＮＸＡ３、ＢＭＰ５、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＤＲＡＭ１、ＦＭＯ２、ＧＮＡ１５、ＩＤＯ１、ＫＣＮＳ３、ＬＩＭＣＨ１、ＭＢＩＰ、ＰＡＰＳＳ２、ＰＣＤＨ１７、ＲＳＰＨ４Ａ、ＲＴＫＮ２、ＴＲＰＣ６、ＡＣＡＰ１、ＡＫＮＡ、ＡＲＨＧＡＰ９、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＩＲＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＤ１８０、ＣＤ３７、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４０、ＣＥＴＰ、ＣＩＩＴＡ、ＣＬＥＣ２Ｄ、ＣＮＲ２、ＣＸＣＲ５、ＤＯＣＫ１０、ＥＴＳ１、ＧＰＲ１３２、ＧＰＲ１８、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ７、ＩＴＫ、ＫＩＡＡ１５５１、ＫＬＨＬ６、ＬＣＫ、ＬＩＮＣ００４２６、ＬＹ８６、ＭＤＳ２、ＭＥＯＸ２、ＭＸ２、ＮＡＰＳＢ、ＰＡＴＬ２、ＰＣＥＤ１Ｂ−ＡＳ１、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＬＶＡＰ、ＰＯＵ２Ｆ２、ＳＣＩＭＰ、ＳＣＭＬ４、ＳＬＦＮ１２Ｌ、ＳＭＡＰ２、ＳＰ１１０、ＳＰＩＢ、ＴＬＲ１０、ＴＭＣ８、ＴＭＥＭ１５６、ＴＮＦＡＩＰ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２２、ＵＣＰ２、ＺＣ３Ｈ１２Ｄ、ＡＢＣＡ１０、ＡＣＳＳ３、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＬＤＮ１１、ＣＯＬ１４Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＥＳＲ２、ＦＡＭ１９８Ｂ、ＦＺＤ３、ＧＡＬＮＴ１０、ＧＬＩ２、ＧＳＴＭ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＨＸ９、ＬＲＲＣ１７、ＭＣＨＲ１、ＭＲＣ２、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＰＫＮＯＸ２、ＰＴＣＨ２、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＩＭＣ１、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＵＬＦ２、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＴＴＣ８、ＵＢＸＮ８、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＮＳ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＣＡＴ１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＬＤＮ１、ＣＮＩＨ３、ＣＯＣＨ、ＣＵＺＤ１、ＤＥＦＢ１、ＥＧＦ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＰ２７、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＦＢＸＷ１２、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＫＣＴＤ１６、ＫＩＡＡ１３２４、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＮＸ２、ＭＫＮＫ１、ＮＡＡ１６、ＮＰＨＳ１、ＰＡＩＰ２Ｂ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＲＳＳ３、ＳＣＧＮ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＴＣ２Ｎ、ＴＤＨ、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＲＨＤＥ、ＵＭＯＤ、ＡＤＡＭ１２、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＢＣＡＲ４、ＢＭＰ１、ＢＰＧＭ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＥＰＤＣ１Ｂ、ＤＬＸ５、ＥＢＩ３、ＧＣＭ１、ＧＰＲ７８、ＧＳＴＡ３、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＩＳＳ１、ＫＲＴ２３、ＬＩＮ２８Ｂ、ＭＭＰ１１、ＰＧＦ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ３、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＳＰＴＬＣ３、ＴＰＲＸＬ、ＺＦＡＴ、ＺＮＦ５５４、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＯＸ１５Ｂ、ＡＮＯ７、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＡＮＴ１、ＣＡＳＺ１、ＣＢＦＡ２Ｔ２、ＣＨＲＭ１、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＬ２６Ａ１、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＡＭ１３５Ａ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＫＬＫ２、ＫＬＫＰ１、ＭＭＥ、ＭＰＰＥＤ２、ＭＵＣ１２、ＮＡＮＳ、ＮＣＡＰＤ３、ＮＥＦＨ、ＮＩＰＡＬ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＤＥ９Ａ、ＰＩ１５、ＰＭＥＰＡ１、ＰＯＴＥＦ、ＲＤＨ１１、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＩＭ２、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２２Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＰＤＥＦ、ＳＴＥＡＰ２、ＴＨＳＤ４、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＸＮＤＣ１６、ＵＲＢ１、ＶＩＰＲ１、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ６１３、ＺＮＦ６４９、ＺＮＦ７６１、ＺＮＦ８２７、ＧＡＤＬ１、ＧＩＰＣ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＣＣＤＣ２７、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＣ５Ｇ、ＦＢＸＯ２４、ＩＧＬＬ１、ＭＯＶ１０Ｌ１、ＳＥＰＴ１４、ＴＨＥＧ、またはＴＴＣ１６を含む、異なって表現され、異なって発現される遺伝子の中に含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
ヒト血漿から得た無細胞ＤＮＡサンプルを分析するための改良された方法であって、前記サンプル中の無細胞ＤＮＡフラグメントが、単離、増幅、およびシーケンシングされ、前記改良が、
（ａ）前記無細胞サンプル中のＤＮＡフラグメントのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは組織特異的遺伝子に対応する参照遺伝子座に関連し、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは少なくとも１つの末梢血単核球（ＰＢＭＣ）ヒドロキシメチル化プロファイルを含むこと；および
（ｃ）前記比較から、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別すること
によって、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別することを含む、改良された方法。
【請求項１９】
（ｂ）および（ｃ）から、ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルを推定することをさらに含む、請求項１８の改良された方法。
【請求項２０】
前記参照データセットが、それぞれがＰＢＭＣサブタイプに関連する遺伝子座に対応する、複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのベクトルを含む、請求項１８または請求項１９の改良された方法。
【請求項２１】
前記無細胞サンプル中のＰＢＭＣコンタミネーションをオフセットすること、前記ベクトルに変異負荷、フラグメントカウント、バリアントアレル頻度、およびマイナーアレル頻度のうちの少なくとも１つをキャリブレーションおよび正規化することをさらに含む、請求項１８〜２０のいずれか一項の改良された方法。
【請求項２２】
ヒト対象から得られた無細胞流体サンプル中のヒドロキシメチル化プロファイルを、前記ヒト対象が、組織または器官の異常な状態を生じやすいか否かを判定するための指標とする方法であって、
（ａ）前記ヒト対象から得た前記無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
（ｂ）前記検出されたヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれ（ｉ）組織特異的遺伝子上の参照遺伝子座、および（ｉｉ）前記特定の組織または器官の異常な状態の生じやすさを示す前記組織の状態に関連する、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較することを含み、
前記検出されたヒドロキシメチル化プロファイルを、（ｂ）の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較することが、前記ヒト対象が、前記組織または器官の異常な状態を生じやすいか否を示す、方法。
【請求項２３】
ヒト対象から得た無細胞ＤＮＡのサンプル中の、異なる起源組織に関連する核酸を鑑別するための方法であって、
（ａ）前記無細胞ＤＮＡサンプル中の、複数の核酸のそれぞれのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）各ヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれが組織特異的遺伝子上の特定の参照遺伝子座に関連する、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
（ｃ）（ｂ）における比較に基づいて、異なる組織を起源とする核酸を鑑別すること
を含む、方法。
【請求項２４】
前記参照データセットが、セット３Ａ、セット３Ｂ、セット３Ｃ、セット３Ｄ、セット３Ｅ、セット３Ｆ、セット３Ｇ、セット３Ｈ、セット３Ｉ、セット３Ｊ、セット３Ｋ、セット３Ｌ、セット３Ｍ、セット３Ｎ、セット３Ｏ、セット３Ｐ、セット３Ｑ、セット３Ｒ、およびセット３Ｓから選択される、２またはそれを超える参照データセットを含む、請求項２３の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２２】
別の実施形態において、ヒト血漿から得た無細胞ＤＮＡサンプルを分析するための改良された方法が提供され、その際、サンプル中の無細胞ＤＮＡフラグメントは、単離され、増幅され、およびシーケンシングされる。前記改良には、サンプルへの末梢血単核球（ＰＢＭＣ、ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ  ｃｅｌｌ）を起源とするゲノム材料のコンタミネーションを識別することが含まれ、前記識別は、以下の（ａ）〜（ｃ）、すなわち（ａ）無細胞サンプル中のＤＮＡフラグメントのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較すること（各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に対応する参照遺伝子座に関連し、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、少なくとも１つのＰＢＭＣヒドロキシメチル化プロファイルを含む）；および（ｃ）前記比較から、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別すること、によって行われる。前記方法は、（ｂ）および（ｃ）からＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルを推定すること、および前記ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベル基づいて、サンプルが無細胞ＤＮＡ分析に適しているか否かについて判定することを含んでいてもよい。この実施形態において、前記参照セットは、必要に応じて、それぞれがＰＢＭＣサブタイプ（すなわち、Ｔ細胞、Ｂ細胞、およびＮＫ細胞を含むリンパ球；単球；ならびに樹状細胞）に関連する遺伝子部位に対応する、複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのベクトルを含む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
起源組織を、ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中の核酸に確率論的に割り当てるための方法であって、
（ａ）核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）前記核酸のヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するゲノム領域内に含まれる参照遺伝子座に対応すること；
（ｃ）（ａ）において検出されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的に類似する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
（ｄ）（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および対応する組織特異的遺伝子に基づいて、少なくとも１つの起源組織を前記核酸に割り当てること
を含む、方法。
（項目２）
各参照遺伝子座が、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域内に含まれる、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記参照セットが、複数の組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
（ｃ）と（ｄ）の間に、（Ｃ’）前記実質的な類似性から、前記核酸が、前記少なくとも１つの参照遺伝子座に対応する起源組織を有する確率を決定することをさらに含む、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記実質的な類似性が、前記作成された核酸のヒドロキシメチル化プロファイルと、前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれとの間で識別される差異を含むヒドロキシメチル化差異データセットから検出される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記ヒドロキシメチル化可変ゲノム領域が、前記対応する組織特異的遺伝子と機能的に関連する、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記参照セットが、少なくとも、特定の参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイル；前記参照遺伝子座に関連する前記組織特異的遺伝子；および前記遺伝子および参照遺伝子座と関連する前記組織を識別する、ヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
各参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイルが、
前記参照遺伝子座内のヒドロキシメチル化密度；
前記参照遺伝子座内の全５−ヒドロキシメチルシトシン残基；
前記参照遺伝子座内の前記５−ヒドロキシメチルシトシン残基の位置；
半ヒドロキシメチル化または完全ヒドロキシメチル化としてのヒドロキシメチル化部位の識別；および
前記参照遺伝子座内の５−ヒドロキシメチルシトシン残基の相対位置
のうちの少なくとも１つを含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
各参照遺伝子座における前記ヒドロキシメチル化プロファイルが、ヒドロキシメチル化密度を含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記ヒドロキシメチル化密度が、前記参照遺伝子座内の、全修飾シトシン残基および非修飾シトシン残基に対する５−ヒドロキシメチルシトシン残基の比率を含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記ヒドロキシメチル化密度が、ヒドロキシメチル化されるＣｐＧ部位におけるシトシンの割合を含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、遺伝子本体またはその構成要素の中に含まれる、項目８に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、イントロンまたはエクソンの中に含まれる、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、前記遺伝子本体の外にあるゲノムアノテーション特徴の中に含まれる、項目８に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、プロモーター、エンハンサー、転写開始部位、転写停止部位、ＤＮＡ結合部位、またはそれらの組み合わせの中に含まれる、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも１つの参照遺伝子座が、ＤＮＡ結合部位を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１７）
前記ＤＮＡ結合部位が、発現抑制領域を含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記ＤＮＡ結合部位が、転写因子結合部位を含む、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記転写因子結合部位が、転写抑制因子結合部位を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ＤＮＡ結合部位が、ＣＴＣＦ結合部位を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
核酸の長さ；核酸フラグメント分布；メチル化プロファイル；およびヌクレオソームの位置のうちの少なくとも１つを決定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記参照セット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、脂肪；副腎；膀胱；骨髄；脳；胸；結腸；大脳皮質；頸部；子宮；消化；子宮内膜；精巣上体；食道；卵管；胆嚢；胃腸；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；副甲状腺；胎盤；前立腺；唾液腺；精嚢；骨格筋；平滑筋；皮膚；脾臓；胃；精巣；甲状腺；扁桃；またはそれらの組み合わせを含むヒト組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記参照セット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、膀胱；骨髄；脳；胸；結腸；胃腸；心筋；視床下部；腎臓；肝臓；肺；リンパ節；卵巣；膵臓；胎盤；前立腺；皮膚；平滑筋；精巣；またはそれらの組み合わせを含むヒト組織タイプを起源とする少なくとも１つの遺伝子に関連する少なくとも１つの参照遺伝子座のヒドロキシメチル化プロファイルを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記参照セット中の前記複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルが、複数のヒト組織タイプのそれぞれについて、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれに関連する少なくとも１つの参照遺伝子座を含む、項目２２または２３に記載の方法。
（項目２５）
前記参照セットが、少なくとも３つの組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目７に記載の方法。
（項目２６）
前記参照セットが、少なくとも５つの組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記参照セットが、少なくとも１０の組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記参照セットが、少なくとも３０の組織タイプについてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記参照セットが、組織タイプあたり、少なくとも５つの遺伝子についてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目２４に記載の方法。
（項目３０）
前記参照セットが、組織タイプあたり、少なくとも２０の遺伝子についてのヒドロキシメチル化ベクトルを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
各参照遺伝子座が、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＡＮＡＰＣ７、ＡＰＣＤＤ１Ｌ−ＡＳ１、ＡＰＯＡ１ＢＰ、ＣＡＬＨＭ２、ＣＡＳＣ３、ＣＬＥＣ２Ｌ、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＦＡＨＤ２Ｂ、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＯＰＮＬ、ＧＮＧ１１、ＧＳＮ、ＧＳＴＴＰ２、ＧＴＳＦ１、ＩＡＨ１、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６４４、ＬＡＭＣ１、ＬＩＮＣ００３１０、ＬＯＣ１００５０６３９４、ＬＯＣ１００５０７０６６、ＬＯＣ４９３７５４、ＭＡＰ１Ｂ、ＭＧＣ２７３８２、ＭＩＲ５６９５、ＮＥＮＦ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＲＰＬ３０、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＰＡＴＡ４、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＶＰＳ７２、ＷＦＤＣ３、ＺＮＦ７９１、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＦＦ２、ＡＮＫＲＤ１８Ｂ、ＡＮＫＲＤ１８ＤＰ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ５Ｐ、ＡＮＫＲＤ２０Ａ８Ｐ、ＡＮＫＲＤ２６Ｐ１、ＡＮＫＲＤ３０ＢＰ２、ＡＮＫＲＤ３４Ｂ、ＡＮＫＲＤ３４Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＯＬＬ、ＢＲＩＰ１、Ｃ５ｏｒｆ６３、ＣＡ１、ＣＡＬＢ１、ＣＡＬＣＲ、ＣＣＤＣ３９、ＣＣＤＣ９６、ＣＤＣＡ５、ＣＤＨ１２、ＣＤＨ９、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＥＮＰＥ、ＣＥＮＰＫ、ＣＦＬ１、ＣＨＡＴ、ＣＯＭＭＤ５、ＣＯＭＭＤ８、ＣＲＩＳＰ１、ＣＲＩＳＰ２、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ１Ｓ２ＡＰ、ＣＴ６４、ＣＸＣＲ２、ＣＸｏｒｆ３０、ＤＡＺＬ、ＤＣＤＣ１、ＤＲＧＸ、ＤＳＧ１、ＤＵＴ、ＤＵＸ２、ＤＵＸ４Ｌ２、ＤＵＸ４Ｌ３、ＤＹＴＮ、ＥＤＡ２Ｒ、ＥＦＣＡＢ３、ＥＰＯＲ、ＥＶＸ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＣＡＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＯＸＡ２、ＧＡＢＰＢ１−ＡＳ１、ＧＡＢＲＡ１、ＧＡＢＲＡ４、ＧＡＢＲＧ１、ＧＡＬＮＴＬ６、ＧＦＥＲ、ＧＦＩ１、ＧＰＲ１５２、ＧＰＲ１５８−ＡＳ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＧＲＭ１、ＧＲＰ、ＧＲＸＣＲ１、ＧＹＰＡ、ＨＡＧＨＬ、ＨＣＲＴＲ２、ＨＥＰＨＬ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＫ３、ＨＭＢＳ、ＨＯＲＭＡＤ２、ＩＤ４、ＩＬ１７ＲＡ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＫＣＮＣ２、ＫＣＮＫ１８、ＫＩＦ１８Ａ、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＬＨＬ１、ＬＥＦ１−ＡＳ１、ＬＨＸ１、ＬＨＸ３、ＬＨＸ８、ＬＩＮＣ００２７３、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＮＣ００６４５、ＬＩＮＣ００６４８、ＬＬＰＨ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ１００２７０６７９、ＬＯＣ１００５０５７７６、ＬＯＣ１００５０６４２２、ＬＯＣ２８４８０１、ＬＯＣ３９２２３２、ＬＯＣ３９９８１５、ＬＯＣ４０１０７４、ＬＯＣ４０１１３４、ＬＯＣ４４００４０、ＬＯＣ４４０９７０、ＬＯＣ６４２２３６、ＬＯＣ７２７９２４、ＬＯＣ７２８０１２、ＬＰＯ、ＬＲＲＩＱ１、ＭＡＧＥＡ１１、ＭＡＧＯＨＢ、ＭＥＦＶ、ＭＩＦ４ＧＤ、ＭＩＲ５４８Ａ３、ＭＩＲ５６９２Ａ１、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＲＮ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＳ４Ａ３、ＭＳＲＢ１、ＭＹＯ３Ａ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ４、ＮＨＬＲＣ４、ＮＯＸＲＥＤ１、ＮＰＡＰ１、ＮＵＦ２、ＯＲ８Ｇ１、ＯＲ８Ｕ８、ＯＲＣ６、ＯＳＭ、ＯＴＸ２、ＰＡＸ３、ＰＢＫ、ＰＣＤＨ８、ＰＤＣＬ２、ＰＯＴＥＡ、ＰＲＯＫ２、ＰＲＲ７、ＲＡＢ２４、ＲＡＸ、ＲＢＭ４６、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ１９、ＲＩＭＳ２、ＲＮＦ１７５、ＲＲＭ２、ＳＡＴＢ２−ＡＳ１、ＳＣＮ１１Ａ、ＳＣＲＴ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＧＯＬ２、ＳＩＸ１、ＳＫＡ３、ＳＫＯＲ１、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＬＣ４Ａ１０、ＳＬＣ５Ａ７、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＮＡＰ９１、ＳＰＡＧ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＤＬ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＴＰＧ２、ＳＴＸＢＰ５Ｌ、ＴＡＲＭ１、ＴＤＲＤ５、ＴＥＸ１５、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＲＩＭ５８、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＵＮＣ１３Ｃ、ＵＳＰ６、ＶＲＫ１、ＶＳＴＭ１、ＶＷＤＥ、ＷＤＲ４９、ＷＦＤＣ８、ＷＦＤＣ９、ＺＩＣ５、ＺＮＦ２３０、ＺＮＦ３００Ｐ１、ＺＮＦ４７０、ＺＮＦ５０２、ＺＮＦ５９９、ＺＰＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ１５９、ＣＣＤＣ４２Ｂ、ＣＣＤＣ８、ＣＤ２４８、ＣＥＲＣＡＭ、ＣＮＴＮ２、ＣＲＢ２、ＥＶＩ５Ｌ、ＦＺＤ９、ＨＡＰＬＮ２、ＨＰＤＬ、ＬＩＮＣ００５７５、ＬＯＣ２８４９５０、ＬＯＣ３３９６６６、ＬＲＩＴ１、ＰＬＥＫＨＨ１、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ４６Ａ２、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＺＦＰ３６、Ｃ１ｏｒｆ１０９、ＣＡＣＮＡ１Ｆ、ＣＯＸ７Ｂ、ＥＦＮＢ１、ＦＧＬ２、ＦＬＪ３４２０８、ＧＮＲＨ１、ＧＳＴＴ１、ＩＬ１２Ａ、ＫＣＮＤ１、ＫＤＥＬＲ１、ＬＡＴ、ＬＯＣ１００１３０９９２、ＬＯＣ１００２８７０４２、ＬＯＣ４０１２４２、ＭＲＰＬ１０、ＮＴ５Ｃ３Ｂ、ＰＤＺＤ４、ＰＰＹＲ１、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＢＭＸＬ３、ＲＥＮＢＰ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＬＣ９Ａ６、ＸＢＰ１、ＺＮＦ１８９、ＡＢＲ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＣＤＣ７４Ａ、ＣＤＨ１３、ＣＨＲＮＡ１０、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＤＡＰ１Ｌ１、ＧＪＡ３、ＧＬＵＤ１Ｐ３、ＧＰＲＣ５Ｂ、ＬＯＣ１００５０６３４３、ＬＲＲＣ３７Ａ６Ｐ、ＬＲＲＣ４、ＭＵＬ１、ＭＹＯＭ２、ＮＤＵＦＢ８、ＮＴ５ＤＣ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ４、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＨＰＮ１−ＡＳ１、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＩＭＭ２１、ＴＮＮＴ１、ＴＯＲ４Ａ、ＵＢＡＣ１、ＷＤＲ３７、ＺＮＦ１２、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ５５０、ＺＮＦ８４３、ＺＮＦ８４４、ＡＧＡＰ６、ＡＳＴＮ１、ＢＢＳ２、Ｃ１８ｏｒｆ５６、Ｃ１９ｏｒｆ４５、ＣＩＮＰ、ＤＧＫＩ、ＤＰＹ３０、ＤＲＯＳＨＡ、ＦＡＭ１６９Ａ、ＦＡＭ６６Ｄ、ＦＯＮＧ、ＧＡＬＮＴ１５、ＧＤＡＰ１、ＧＨＲＨ、ＧＵＳＢＰ４、ＨＩＦ１ＡＮ、ＩＦＩＴ１Ｂ、ＩＮＴＳ２、ＪＡＫＭＩＰ２−ＡＳ１、ＫＧＦＬＰ２、ＬＩＮＣ００２９７、ＬＩＮＣ００７０７、ＬＯＣ１００２８８０６９、ＬＯＣ１００５０７１４０、ＬＰＨＮ３、ＬＹＰＤ１、ＬＺＩＣ、ＭＩＲ５４８Ｔ、ＭＲＡＰ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＰＰ１Ｒ１７、ＰＲＳＳ５４、ＰＲＳＳ５５、ＰＴＰＲＡ、ＲＧＳ７、ＳＮＲＮＰ３５、ＳＵＧＴ１Ｐ１、ＵＢＥ２Ｚ、ＷＤＲ４７、ＷＤＹＨＶ１、ＺＮＦ１１４、ＺＮＦ５５６、ＺＮＦ６１０、ＡＢＰ１、ＡＧＰＡＴ９、ＡＰＨ１Ｂ、ＡＳＡＰ２、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ａ、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、Ｃ１１ｏｒｆ６３、Ｃ１３ｏｒｆ３５、Ｃ１６ｏｒｆ９６、Ｃ１９ｏｒｆ２１、ＣＡ１２、ＣＣＤＣ６４、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＦＵＴ３、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＧＵＳＢＰ１１、ＨＡＶＣＲ１、ＨＯＸＣ５、ＩＮＡＤＬ、ＫＡＴＮＡ１、Ｌ２ＨＧＤＨ、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＬＯＣ１００５０６３０５、ＬＯＣ２８４１００、ＬＯＣ６５４４３３、ＬＹＧ１、ＭＯＲＮ４、ＭＴＮＲ１Ａ、ＰＡＱＲ５、ＰＡＲＧ、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＲＫＡＢ１、ＲＮＦ１１３Ｂ、ＳＥＮＰ８、ＳＥＴＤ３、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３０、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＢＣ１Ｄ７、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＣ１１、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＣＳＭ５、ＡＧＭＯ、ＡＧＸＴ２Ｌ１、ＡＫＲ１Ｃ２、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＫＲ１Ｄ１、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＨ、ＡＰＯＭ、ＡＱＰ９、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＳＧＲ２、ＡＳＰＧ、ＡＴＰ２Ｂ２、ＢＣＯ２、ＢＤＨ１、Ｃ３、Ｃ３Ｐ１、Ｃ５、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ８ｏｒｆ７４、ＣＡ５Ａ、ＣＡＢＰ２、ＣＡＬＲ３、ＣＤ７、ＣＤＫ１０、ＣＥＡＣＡＭ１６、ＣＥＳ１、ＣＦＨ、ＣＦＨＲ４、ＣＨＰ１、ＣＩＤＥＢ、ＣＬＰＴＭ１Ｌ、ＣＬＲＮ３、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＲＯＣＣＰ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ１８、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＣＹＰ７Ａ１、ＤＧＡＴ２、ＤＨＯＤＨ、ＤＰＹＳ、ＤＲＧ２、ＥＣＨＳ１、ＥＤＣ４、ＥＩ２４、ＥＮＯ１、Ｆ１３Ｂ、Ｆ２、Ｆ７、Ｆ９、ＦＡＳＮ、ＦＥＴＵＢ、ＧＣＨ１、ＧＣＫＲ、ＧＤＰＤ４、ＧＦＲＡ１、ＧＨＲ、ＧＬＴ１Ｄ１、ＧＰＡＭ、ＧＳＤＭＢ、ＨＡＬ、ＨＡＯ１、ＨＡＰＬＮ４、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＨＹＬＳ１、ＩＧＦ２、ＩＧＦ２−ＡＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＳＹ１−ＲＡＢ４３、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ４、ＩＶＤ、ＫＬＣ４、ＬＢＰ、ＬＥＦＴＹ１、ＬＩＰＧ、ＬＯＣ１００２８８１２２、ＬＯＣ２８４８６５、ＬＰＡＬ２、ＬＲＲＣ１６Ｂ、ＭＡＳＰ１、ＭＧＭＴ、ＭＳＴ１、ＭＴＴＰ、ＮＡＴ９、ＮＢＲ２、ＮＥＬＦＥ、ＮＲ１Ｉ２、ＮＵＰ８８、ＯＳＧＩＮ１、ＰＡＨ、ＰＡＲＤ６Ａ、ＰＣＳＫ９、ＰＥＸ１９、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＨＧＤＨ、ＰＨＹＨ、ＰＫＬＲ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ｂ、ＰＬＧ、ＰＮＰＬＡ３、ＰＯＦＵＴ１、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＮ１、ＰＰＬ、ＰＲＡＰ１、ＰＲＫＡＧ３、ＰＲＯＣ、ＰＵＳ３、ＲＡＮＢＰ１０、ＲＣＥ１、ＲＮＤ１、ＲＮＦ１２３、ＲＯＲＣ、ＲＰＵＳＤ４、ＳＡＡ２−ＳＡＡ４、ＳＣＰ２、ＳＥＣ１６Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＫＩＶ２Ｌ、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ２５、ＳＬＣ２５Ａ２０、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＳＭＬＲ１、ＳＮＡＰＣ５、ＳＰＰ２、ＳＲＤ５Ａ１、ＳＴＡＴ２、ＳＴＥＡＰ３、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＨＮＳＬ２、ＴＩＡＦ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＴＭＰＲＳＳ６、ＴＴＣ３１、ＴＴＣ３８、ＵＲＯＣ１、ＸＹＬＢ、ＺＣＣＨＣ９、ＺＳＣＡＮ２２、ＡＤＡＭ９、ＡＮＫＲＤ５０、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＬ６、ＡＲＳＪ、ＢＭＰ５、ＢＭＰＲ２、ＢＴＧ３、Ｃ１ｏｒｆ１４０、ＣＡＬＭ２、ＣＣＤＣ１０２Ｂ、ＣＣＮＬ１、ＣＣＲ５、ＣＤ３６、ＣＨＮ１、ＣＬＩＣ２、ＣＰＥＢ２、ＣＲＢＮ、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＣＹＹＲ１、ＤＡＣＨ１、ＤＧＫＥ、ＤＧＫＨ、ＤＩＳＰ１、ＤＯＣＫ４、ＥＴＶ１、ＥＸＯＣ１、ＦＡＭ２０４Ａ、ＦＡＴ４、ＦＧＤ５−ＡＳ１、ＦＬＪ３４５０３、ＦＲＹＬ、ＧＢＰ１Ｐ１、ＧＮＢ４、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１６、ＨＭＣＮ１、ＨＭＧＮ１、ＩＦＩ４４、ＩＬ１５、ＩＴＧＡ２、ＫＡＬ１、ＫＤＲ、ＫＩＴＬＧ、ＫＬＨＬ４１、ＬＤＢ２、ＬＩＮＣ０００３２、ＬＩＮＣ００２４０、ＬＩＮＣ００５５１、ＬＩＮＣ００６５７、ＬＯＣ１００１３１２３４、ＬＯＣ１００５０５４９５、ＬＯＣ１００５０７２１７、ＬＯＣ６４３７３３、ＬＰＡＲ６、ＭＧＰ、ＯＤＦ２Ｌ、ＰＥＡＫ１、ＰＫＩＡ、ＰＬＥＫＨＡ１、ＰＬＥＫＨＧ７、ＰＴＰＲＢ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＬＡ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＣＣ１、ＳＡＭＤ１２、ＳＥＳＴＤ１、ＳＨ３ＧＬＢ１、ＳＫＡＰ２、ＳＬＣ３５Ａ５、ＳＭＵＲＦ２、ＳＰＲＥＤ１、ＳＲＳＦ１、ＴＣＦ４、ＴＩＧＤ４、ＴＭＥＭ２０７、ＴＭＯＤ３、ＵＨＭＫ１、ＶＥＧＦＣ、ＸＩＳＴ、ＹＩＰＦ５、ＺＣ２ＨＣ１Ａ、ＺＥＢ１、ＡＫＮＡ、ＡＮＫＲＤ３４Ａ、Ｃ１４ｏｒｆ１８３、ＣＣＤＣ１０７、ＣＤ１８０、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ７４、ＣＤＣ４２ＳＥ２、ＣＨＭＰ７、ＣＯＴＬ１、ＣＹＴＨ１、ＦＡＩＭ３、ＦＡＭ６５Ｂ、ＧＰＸ４、ＧＳＴＰ１、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＶＣＮ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＬ６、ＩＴＧＢ７、ＬＯＣ１００１３０５５７、ＭＤＭ４、ＭＥＴＴＬ２１Ｄ、ＭＧＣ１６２７５、ＭＩＲ５４８ＡＮ、ＮＡＰＳＢ、ＲＰＬ３９Ｌ、ＲＰＳ１１、ＳＥＰＴ６、ＳＨ２Ｄ３Ｃ、ＴＡＰ１、ＴＥＡＤ２、ＴＭＥＭ６０、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＡＦ１、ＵＢＡＣ２、ＵＣＰ２、ＷＤＲ８７、ＡＣＴＡ２、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、ＡＴＰ１Ｂ２、ＢＩＣＤ１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＯＬ１４Ａ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＫＬＦ４、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＩＮＣ００６７２、ＬＯＣ１００１２９６１７、ＬＯＣ３３９２９８、ＬＲＲＣ１７、ＮＤ
Ｐ、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＲＯＢＯ４、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＹＴＬ４、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＵＢＸＮ８、ＺＮＦ９３、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＵＮ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＢＩＰ１、Ｃ６ｏｒｆ２０１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＣＤＣ６５、ＣＤＫ１４、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＨＲＮＡ７、ＣＬＣＮ３、ＣＬＤＮ１、ＣＰＡ３、ＣＵＺＤ１、ＤＮＡＪＣ１０、ＤＮＡＪＣ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＯ１ＬＢ、ＦＡＩＭ、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ２２１Ａ、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＧＡＲＳ、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＨＳＰＡ１３、ＩＦＲＤ１、ＩＮＴＳ６、ＫＣＴＤ１６、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＭＡＮ１、ＬＯＣ１５４０９２、ＬＯＣ２０１６５１、ＬＯＣ６４４８３８、ＬＹＰＤ６Ｂ、ＭＡＮ１Ａ２、ＭＧＣ７２０８０、ＭＫＮＫ１、ＭＰＰ６、ＭＳＲＢ２、ＮＡＡ１６、ＮＯＭＯ２、ＯＳＴＣ、ＰＥＸ７、ＰＧＲＭＣ２、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＰＰ１Ｒ９Ａ、ＰＲＲＣ１、ＰＲＳＳ３、ＲＮＰＣ３、ＳＣＦＤ１、ＳＣＲＮ３、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ１６Ａ７、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＯＲＢＳ２、ＳＲＢＤ１、ＳＳＲ１、ＴＤＨ、ＴＤＰ２、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＭＥＭ６５、ＴＲＨＤＥ、ＴＲＩＭ４４、ＵＧＴ２Ａ３、ＵＭＯＤ、ＷＤＦＹ２、ＷＨＡＭＭ、ＸＰＯＴ、ＡＣＥＲ２、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＣＹ１０、ＡＤＣＹ７、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＡＩＭ１Ｌ、ＡＫＮＡＤ１、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＡＭＯＴ、ＡＮＧＰＴ２、ＡＰＯＬＤ１、ＡＴＦ３、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＡＴＲＩＰ、ＢＣＡＲ３、ＢＣＡＲ４、ＢＥＡＮ１、ＢＰＧＭ、ＢＴＢＤ１９、Ｃ１１ｏｒｆ７０、Ｃ１６ｏｒｆ４６、Ｃ１６ｏｒｆ７４、Ｃ１７ｏｒｆ９８、Ｃ１ＱＴＮＦ６、Ｃ２ｏｒｆ６２、Ｃ２ｏｒｆ８３、Ｃ３ｏｒｆ５２、Ｃ４ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ５１、Ｃ６ｏｒｆ９９、Ｃ７ｏｒｆ７１、Ｃ９ｏｒｆ１２９、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３−ＡＳ１、ＣＡＰＮ６、ＣＣＤＣ１２５、ＣＥＰ４１、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＰＡ４、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＳＬ３Ｐ、ＣＸｏｒｆ５６、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＤＸ５９、ＤＬＸ３、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６−ＡＳ１、ＤＮＭＴ１、ＤＵＳＰ４、ＥＢＩ３、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＰＡＳ１、ＥＰＳ８Ｌ１、ＥＲＶＦＲＤ−１、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＸＴＬ１、ＥＺＲ、ＦＡＭ１８４Ａ、ＦＡＭ８９Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＦＢＬＮ１、ＦＢＮ２、ＦＨＤＣ１、ＦＯＬＲ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＢＡ、ＧＣＭ１、ＧＤＰＤ３、ＧＬＤＮ、ＧＭ２Ａ、ＧＰＲ１５６、ＧＳＧ１、ＧＳＴＡ３、ＧＳＴＡ４、ＨＥＬＬＳ、ＨＯＰＸ、ＨＳＤ１１Ｂ２、ＨＳＰＢＡＰ１、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＡＴＮＢＬ１、ＫＩＡＡ１４６７、ＫＩＡＡ１６０９、ＫＩＳＳ１、ＫＬＲＧ２、Ｌ１ＴＤ１、ＬＣＭＴ１、ＬＣＴＬ、ＬＩＮ２８Ｂ、ＬＩＮＣ００４３９、ＬＯＣ１００１３１５６４、ＬＯＣ１００５０６７４６、ＬＯＣ１００５２７９６４、ＬＯＣ１５１４７５、ＬＯＣ１５２５７８、ＬＯＣ２８４５５１、ＬＯＣ６４３４４１、ＭＢ２１Ｄ２、ＭＥＤ１２、ＭＥＴＴＬ２１Ｃ、ＭＦＳＤ２Ｂ、ＭＧＣ１６１２１、ＭＩＮＡ、ＭＯＲＣ４、ＭＳＡＮＴＤ３、ＭＵＴＹＨ、ＮＯＳ３、ＮＶＬ、ＮＸＦ１、ＯＬＲ１、ＯＳＣＰ１、ＯＳＴＣＰ１、Ｐ２ＲＹ６、ＰＣＢＰ１−ＡＳ１、ＰＤＥ６Ａ、ＰＧＣ、ＰＧＦ、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡＣ４、ＰＰＰ１Ｒ１４Ｄ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＰＴＧＥＳ、ＰＶＲＬ３−ＡＳ１、ＰＶＲＬ４、ＰＷＷＰ２Ｂ、ＲＡＢ３６、ＲＨＯ、ＲＮＦ２２２、ＲＰＳＡＰ５８、ＲＳ１、ＳＢＦ２−ＡＳ１、ＳＣＩＮ、ＳＤＣ１、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＥＰＴ１２、ＳＨ２Ｄ７、ＳＨ３ＧＬＢ２、ＳＬＣ１３Ａ４、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＬＣ２Ａ１−ＡＳ１、ＳＭＡＧＰ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＩＭ１３、ＳＮＸ１２、ＳＰ６、ＳＰＥＳＰ１、ＳＰＩＲＥ２、ＳＴ３ＧＡＬ６−ＡＳ１、ＳＶＥＰ１、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ３、ＴＭＥＭ２１６、ＴＭＥＭ２１８、ＴＭＥＭ５２Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＰ６３、ＴＰＲＸＬ、ＴＲＩＭ２９、ＴＲＰＶ５、ＴＵＦＴ１、ＵＳＨＢＰ１、ＶＡＭＰ５、ＶＧＬＬ１、ＷＢＰ２ＮＬ、ＸＲＣＣ２、ＺＤＨＨＣ１、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ３５４Ｂ、ＺＮＦ４６８、ＺＮＦ５２５、ＺＮＦ７０２Ｐ、ＺＮＦ９０、ＺＰ３、ＺＳＷＩＭ２、ＺＳＷＩＭ７、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＤＨ１Ａ２、ＡＮＫＲＤ６６、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ１ｏｒｆ８５、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＱ７、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＬＪ３９０８０、ＧＤＥＰ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＩＳＸ、ＫＬＫＰ１、ＭＣＣＣ２、ＭＥＡＦ６、ＭＦＳＤ４、ＭＲＰＳ２３、ＮＣＡＰＤ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＡＺ３、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＣＡＴ１、ＰＩ１５、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＳＭＡ４、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２６Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＴＣ１２、ＵＳＰ５０、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ５８９、ＡＫＩＰ１、ＡＲＨＧＥＦ２６−ＡＳ１、ＡＴＧ４Ａ、ＢＯＬＡ３、ＣＨＭＰ４Ａ、ＤＨＨ、ＥＰＰＫ１、ＦＣＨＳＤ１、ＧＡＤＬ１、ＧＣＣ１、ＧＩＰＣ３、ＨＩＧＤ２Ｂ、ＨＴＲ３Ｃ、ＬＩＮＣ００６５４、ＬＯＣ９１９４８、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＺＮＦ２０２、ＺＮＦ２０５−ＡＳ１、ＺＮＦ４２６、ＡＣＯＴ１、Ｃ１２ｏｒｆ５４、ＣＲＥＢ３、ＤＤＮ、ＦＡＭ５０Ａ、ＦＮＤＣ４、ＧＯＲＡＳＰ１、ＧＵＣＡ１Ｂ、ＩＭＰＤＨ２、ＬＩＮＣ００２８４、ＬＯＣ１００１２８０７６、ＬＯＣ１００１２８６８２、ＬＯＣ１００１３１４３４、ＬＲＰ１０、ＬＲＲＣ５５、ＬＲＲＣ７３、ＮＯＴＯ、ＲＮＦ１１２、ＲＴＢＤＮ、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＮ、ＴＲＩＭ５０、ＵＢＥ２Ｔ、ＺＮＦ３９１、ＺＮＦ７９２、ＡＬＸ４、ＡＱＰ２、ＡＴＡＤ３Ｂ、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＣＤＣ１１４、ＣＣＤＣ２７、ＣＣＮＦ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＩＬＰ、ＤＥＳ、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＢ８−ＡＳ１、ＤＲＤ４、ＥＦＣＡＢ６−ＡＳ１、ＦＡＭ１５３Ｂ、ＦＡＭ１６３Ｂ、ＦＧＤ２、ＨＳＤ１７Ｂ３、ＩＦＩ２７Ｌ１、ＩＧＦＮ１、ＩＴＰＲ３、ＫＣＮＫ１５、ＫＩＦＣ２、ＫＲＴ７８、ＫＲＴ８２、ＬＯＣ１００５０６３８５、ＬＯＣ２８３９１４、ＬＯＣ２８４６６１、ＬＯＣ３９９８２９、ＬＯＣ６５３７１２、ＬＯＣ７２８７１６、ＭＡＧＥＤ２、ＭＹＨ１６、ＭＹＬＫ２、ＮＰＴＸ２、ＰＬＫ５、ＰＭＳ２ＣＬ、ＰＮＰＬＡ１、ＰＯＤＮＬ１、ＰＯＬＤ１、ＰＲＭＴ８、ＰＴＰＲＶＰ、ＲＤ３、ＲＩＭＳ４、ＲＮＵ６−８１、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＳＡＬＬ４、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＰＡＴＡ３１Ｅ１、ＳＴＡＢ１、ＳＵＬＴ４Ａ１、ＴＣＥＲＧ１Ｌ、ＴＥＫＴ４Ｐ２、ＴＨＥＧ、ＴＭＥＭ１３０、ＴＰＯ、ＵＰＫ３Ｂ、ＷＡＳＨ３Ｐ、ＷＲＡＰ５３、ＺＮＦ２８０Ｂ、またはＺＮＦ７９３を含む、異なって表現される遺伝子の中に含まれる、項目１に記載の方法。
（項目３２）
各参照遺伝子座が、ＡＡＲＤ、ＡＤＡＲＢ１、ＡＫＲ１Ｂ１０、ＣＲＹＭ−ＡＳ１、ＥＰＨＡ３、ＧＴＳＦ１、ＫＣＮＭＢ１、ＭＡＰ１Ｂ、ＮＴ５ＤＣ３、Ｐ２ＲＸ１、ＰＣＰ４、ＰＧＭ５、ＰＬＣＤ４、ＰＴＧＦＲ、ＲＢＦＯＸ３、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＩＴ３、ＳＮＸ２９Ｐ１、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＴＢＸ４、ＴＸＮＲＤ１、ＶＣＬ、ＷＦＤＣ３、ＡＢＣＡ１３、ＡＺＵ１、ＣＡ１、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＬＥＣ６Ａ、ＤＡＺＬ、ＤＲＧＸ、ＤＹＴＮ、ＥＬＡＮＥ、ＦＣＡＲ、ＧＦＩ１、ＧＹＰＡ、ＨＫ３、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＬＩＮＣ００３３３、ＬＩＮＣ００５５０、ＬＩＮＣ００５５８、ＬＩＰＮ、ＬＯＣ１００１２９６２０、ＬＯＣ４４２０２８、ＬＰＯ、ＭＥＦＶ、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＰＯ、ＭＳ４Ａ３、ＭＹＢ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＣＯＲ１Ｐ１、ＮＭＥ８、ＯＲ８Ｕ８、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＲＰＢＰ、ＰＡＸ３、ＰＤＣＬ２、ＰＲＤＭ１３、ＰＲＯＫ２、ＲＧＳ１８、ＲＧＳ２１、ＲＲＭ２、ＲＸＦＰ２、ＳＥＲＰＩＮＢ１０、ＳＬＣ２２Ａ１６、ＳＰＡＴＡ１６、ＳＰＩ１、ＳＰＴＡ１、ＴＡＲＭ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＲＩＭ５８、ＶＳＴＭ１、ＸＫＲ３、ＡＳＰＨＤ１、ＢＲＳＫ１、ＣＣＤＣ１７７、ＣＮＴＮ２、ＨＡＰＬＮ２、ＫＣＮＪ１０、ＫＩＦ１Ａ、ＬＧＩ３、ＮＣＡＮ、ＮＲ２Ｅ１、ＲＨＢＤＬ３、ＴＭＥＭ１５１Ａ、ＴＭＥＭ２３５、ＴＭＥＭ５９Ｌ、ＺＮＦ４８８、ＦＧＬ２、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＡＤＰＲＨＬ１、ＡＳＢ１８、ＡＴＰ１Ａ３、ＣＤＨ１３、ＣＯＲＯ６、ＦＳＤ２、ＧＡＬＮＴ１６、ＧＪＡ３、ＭＹＯＭ２、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ１０、ＰＣＤＨＧＡ１１、ＰＣＤＨＧＡ１２、ＰＣＤＨＧＡ２、ＰＣＤＨＧＡ３、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＣＤＨＧＡ５、ＰＣＤＨＧＡ６、ＰＣＤＨＧＡ７、ＰＣＤＨＧＡ８、ＰＣＤＨＧＡ９、ＰＣＤＨＧＢ１、ＰＣＤＨＧＢ２、ＰＣＤＨＧＢ３、ＰＣＤＨＧＢ５、ＰＣＤＨＧＢ６、ＰＣＤＨＧＢ７、ＰＸＤＮＬ、ＲＰＬ３Ｌ、ＳＧＣＧ、ＴＮＮＴ１、ＡＳＴＮ１、ＤＧＫ１、ＢＢＯＸ１、ＢＣＲＰ３、ＣＡ１２、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＸＣＬ１４、ＣＹＳ１、ＥＶＣ、ＦＩＧＮＬ２、ＧＡＬＮＴ１４、ＧＬＩＳ２、ＨＡＶＣＲ１、ＬＯＣ１００１３０２３８、ＰＡＱＲ５、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＰＬＡ２Ｇ１５、ＳＬＣ２２Ａ２、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＵＬＴ１Ｃ２、ＴＳＰＡＮ３３、ＡＢＣＣ２、ＡＢＣＧ５、ＡＢＣＧ８、ＡＨＳＧ、ＡＫＲ１Ｃ４、ＡＭＤＨＤ１、ＡＰＯＨ、ＡＳＧＲ１、ＡＳＧＲ２、Ｃ３Ｐ１、Ｃ８Ａ、Ｃ８Ｂ、Ｃ９、ＣＡ５Ａ、ＣＦＨＲ４、ＣＰＮ２、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ２Ｃ９、ＣＹＰ２Ｅ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＨＯＤＨ、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ７、ＧＣ、ＨＡＬ、ＨＰＤ、ＨＰＸ、ＩＮＨＢＣ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＫＮＧ１、ＬＢＰ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＯＤＨ２、ＳＥＲＰＩＮＡ６、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＬＣ１３Ａ５、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ４７、ＳＬＣ２７Ａ５、ＳＵＬＴ２Ａ１、ＴＦＲ２、ＴＭＰＲＳＳ６、ＵＲＯＣ１、ＡＮＸＡ３、ＢＭＰ５、ＣＹＰ４Ｚ２Ｐ、ＤＲＡＭ１、ＦＭＯ２、ＧＮＡ１５、ＩＤＯ１、ＫＣＮＳ３、ＬＩＭＣＨ１、ＭＢＩＰ、ＰＡＰＳＳ２、ＰＣＤＨ１７、ＲＳＰＨ４Ａ、ＲＴＫＮ２、ＴＲＰＣ６、ＡＣＡＰ１、ＡＫＮＡ、ＡＲＨＧＡＰ９、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＩＲＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＤ１８０、ＣＤ３７、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４０、ＣＥＴＰ、ＣＩＩＴＡ、ＣＬＥＣ２Ｄ、ＣＮＲ２、ＣＸＣＲ５、ＤＯＣＫ１０、ＥＴＳ１、ＧＰＲ１３２、ＧＰＲ１８、ＩＣＡＭ２、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ７、ＩＴＫ、ＫＩＡＡ１５５１、ＫＬＨＬ６、ＬＣＫ、ＬＩＮＣ００４２６、ＬＹ８６、ＭＤＳ２、ＭＥＯＸ２、ＭＸ２、ＮＡＰＳＢ、ＰＡＴＬ２、ＰＣＥＤ１Ｂ−ＡＳ１、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＬＶＡＰ、ＰＯＵ２Ｆ２、ＳＣＩＭＰ、ＳＣＭＬ４、ＳＬＦＮ１２Ｌ、ＳＭＡＰ２、ＳＰ１１０、ＳＰＩＢ、ＴＬＲ１０、ＴＭＣ８、ＴＭＥＭ１５６、ＴＮＦＡＩＰ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２２、ＵＣＰ２、ＺＣ３Ｈ１２Ｄ、ＡＢＣＡ１０、ＡＣＳＳ３、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＱＰ１１、Ｃ７、ＣＤＨ３、ＣＤＯＮ、ＣＬＤＮ１１、ＣＯＬ１４Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＥＳＲ２、ＦＡＭ１９８Ｂ、ＦＺＤ３、ＧＡＬＮＴ１０、ＧＬＩ２、ＧＳＴＭ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＬＥＭＤ１−ＡＳ１、ＬＨＸ９、ＬＲＲＣ１７、ＭＣＨＲ１、ＭＲＣ２、ＮＴＦ３、ＯＭＤ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＧＲ、ＰＫＮＯＸ２、ＰＴＣＨ２、ＲＷＤＤ４、ＳＣＤ５、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＩＭＣ１、ＳＬＣ２５Ａ１７、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＵＬＦ２、ＴＥＮＭ４、ＴＳＰＡＮ５、ＴＴＣ８、ＵＢＸＮ８、ＡＬＤＨ１Ｌ２、ＡＮＫＥＦ１、ＡＳＮＳ、Ｂ３ＧＡＬＮＴ２、ＢＣＡＴ１、ＣＡＳＰ９、ＣＣＤＣ１１０、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＥＬＡ３Ｂ、ＣＦＴＲ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＬＤＮ１、ＣＮＩＨ３、ＣＯＣＨ、ＣＵＺＤ１、ＤＥＦＢ１、ＥＧＦ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＥＲＰ２７、ＦＡＭ２４Ｂ−ＣＵＺＤ１、ＦＢＸＷ１２、ＧＵＣＡ１Ｃ、ＫＣＴＤ１６、ＫＩＡＡ１３２４、ＬＩＮＣ００３３９、ＬＮＸ２、ＭＫＮＫ１、ＮＡＡ１６、ＮＰＨＳ１、ＰＡＩＰ２Ｂ、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＲＳＳ３、ＳＣＧＮ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＨ３ＹＬ１、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ４、ＴＣ２Ｎ、ＴＤＨ、ＴＭＥＭ５１−ＡＳ１、ＴＲＨＤＥ、ＵＭＯＤ、ＡＤＡＭ１２、ＡＴＧ９Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ２、ＢＣＡＲ４、ＢＭＰ１、ＢＰＧＭ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＣＹＰ１９Ａ１、ＤＡＣＴ２、ＤＥＰＤＣ１Ｂ、ＤＬＸ５、ＥＢＩ３、ＧＣＭ１、ＧＰＲ７８、ＧＳＴＡ３、ＩＧＦ２ＢＰ３、ＩＧＳＦ５、ＩＳＭ２、ＫＩＳＳ１、ＫＲＴ２３、ＬＩＮ２８Ｂ、ＭＭＰ１１、ＰＧＦ、ＰＳＧ１１、ＰＳＧ２、ＰＳＧ３、ＰＳＧ６、ＰＳＧ７、ＰＳＧ８、ＳＰＴＬＣ３、ＴＰＲＸＬ、ＺＦＡＴ、ＺＮＦ５５４、ＡＢＣＣ４、ＡＣＰＰ、ＡＬＯＸ１５Ｂ、ＡＮＯ７、ＡＰ１Ｂ１Ｐ１、ＡＲＧ２、ＢＥＮＤ４、Ｃ６ｏｒｆ１３２、Ｃ６ｏｒｆ５２、ＣＡＮＴ１、ＣＡＳＺ１、ＣＢＦＡ２Ｔ２、ＣＨＲＭ１、ＣＨＲＮＡ２、ＣＯＬ２６Ａ１、ＥＶＸ１、ＥＹＡ２、ＦＡＭ１３５Ａ、ＨＭＧＮ２Ｐ４６、ＫＬＫ２、ＫＬＫＰ１、ＭＭＥ、ＭＰＰＥＤ２、ＭＵＣ１２、ＮＡＮＳ、ＮＣＡＰＤ３、ＮＥＦＨ、ＮＩＰＡＬ３、ＯＡＣＹＬＰ、ＯＲ５１Ｅ２、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＤＥ９Ａ、ＰＩ１５、ＰＭＥＰＡ１、ＰＯＴＥＦ、ＲＤＨ１１、ＳＣＮＮ１Ｇ、ＳＩＭ２、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２２Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１２、ＳＬＣ３０Ａ４、ＳＬＣ３５Ｆ２、ＳＬＣ３７Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＰＤＥＦ、ＳＴＥＡＰ２、ＴＨＳＤ４、ＴＭＥＭ７９、ＴＰＭ３Ｐ９、ＴＸＮＤＣ１６、ＵＲＢ１、ＶＩＰＲ１、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ６１３、ＺＮＦ６４９、ＺＮＦ７６１、ＺＮＦ８２７、ＧＡＤＬ１、ＧＩＰＣ３、ＰＴＧＥＳ３Ｌ、ＷＳＣＤ２、ＣＣＤＣ２７、ＤＭＲＴ１、ＤＮＡＪＣ５Ｇ、ＦＢＸＯ２４、ＩＧＬＬ１、ＭＯＶ１０Ｌ１、ＳＥＰＴ１４、ＴＨＥＧ、またはＴＴＣ１６を含む、異なって表現され、異なって発現される遺伝子の中に含まれる、項目１に記載の方法。
（項目３３）
前記無細胞流体サンプル中の複数のＤＮＡフラグメントの起源組織を決定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３４）
（ａ）ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、（ｉ）組織特異的遺伝子に関連する参照遺伝子座、および（ｉｉ）特定の組織または器官の状態に関連すること；および
（ｃ）前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較した、前記対象について作成されたヒドロキシメチル化プロファイル基づいて、前記対象における特定の組織または器官の状態を識別すること
を含む、前記ヒト対象における組織または器官の状態を検出するための方法。
（項目３５）
前記参照セットが、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれにおける少なくとも１つの参照遺伝子座を含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
検出された状態に基づいて、診断、処置の判断、または予後を行うことをさらに含む、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
（ａ）ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座における初期ヒドロキシメチル化プロファイルを作成することであって、前記ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織または器官の初期状態に関連すること；
（ｂ）その後の時点において、前記対象から得た無細胞流体サンプル中の前記と同一の１またはそれを超える遺伝子座における、その後のヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
（ｃ）前記その後のヒドロキシメチル化プロファイルを前記初期ヒドロキシメチル化プロファイルと比較して、組織または器官の状態の変化を検出すること
を含む、前記ヒト対象における組織または器官の状態の変化を検出するための方法。
（項目３８）
前記組織または器官に関連する状態、疾患、または障害の進行をモニタリングするために、ステップ（ｂ）を、さらに１またはそれを超える回数繰り返すことを含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
治療的介入の有効性をアセスメントすることを含む、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
経時的に遺伝子発現の変化をモニタリングすることを含む、項目３８に記載の方法。
（項目４１）
検出された状態の変化に基づいて、診断、処置の判断、または予後を行うことをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
ヒト血漿から得た無細胞ＤＮＡサンプルを分析するための改良された方法であって、前記サンプル中の無細胞ＤＮＡフラグメントが、単離、増幅、およびシーケンシングされ、前記改良が、
（ａ）前記無細胞サンプル中のＤＮＡフラグメントのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；および
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは組織特異的遺伝子に対応する参照遺伝子座に関連し、前記参照ヒドロキシメチル化プロファイルは少なくとも１つの末梢血単核球（ＰＢＭＣ）ヒドロキシメチル化プロファイルを含むこと；および
（ｃ）前記比較から、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別すること
によって、ＰＢＭＣを起源とするゲノム材料の存在を識別することを含む、改良された方法。
（項目４３）
（ｂ）および（ｃ）から、ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルを推定することをさらに含む、項目４２の改良された方法。
（項目４４）
前記ＰＢＭＣゲノムコンタミネーションのレベルに基づいて、前記サンプルが無細胞ＤＮＡ分析に適しているか否かについて判定することをさらに含む、項目４３の改良された方法。
（項目４５）
前記参照セットが、それぞれがＰＢＭＣサブタイプに関連する遺伝子座に対応する、複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのベクトルを含む、項目４２の改良された方法。
（項目４６）
前記無細胞サンプル中のＰＢＭＣコンタミネーションをオフセットするために、前記ベクトルを使用することをさらに含む、項目４５の改良された方法。
（項目４７）
前記無細胞サンプル中のＰＢＭＣコンタミネーションのオフセットが、修正ベクトルを使用して、変異負荷、フラグメントカウント、バリアントアレル頻度、およびマイナーアレル頻度のうちの少なくとも１つをキャリブレーションおよび正規化することを含む、項目４６の改良された方法。
（項目４８）
起源組織を、ヒト対象から得たサンプル中の無細胞ＤＮＡに確率論的に割り当てるための方法であって、
（ａ）
（ｉ）前記無細胞ＤＮＡ中の５−ヒドロキシメチルシトシン残基のみにアフィニティータグを付加すること；
（ｉｉ）支持体に結合させることによって、アフィニティータグでタグづけされたＤＮＡ分子を富化すること；
（ｉｉｉ）前記富化されたＤＮＡ分子をシーケンシングし、各５−ヒドロキシメチルシトシン部位が識別されたマップを提供すること
によって、前記サンプル中のＤＮＡのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）（ａ）において作成された前記ヒドロキシメチル化プロファイルを、参照データセット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルのそれぞれと比較することであって、各参照ヒドロキシメチル化プロファイルは、組織特異的遺伝子に関連するヒドロキシメチル化可変ゲノム領域中の参照遺伝子座に関連すること；
（ｃ）前記作成されたヒドロキシメチル化プロファイルと実質的に類似する参照ヒドロキシメチル化プロファイルを有する前記参照データセット中の少なくとも１つの参照遺伝子座を識別すること；および
（ｄ）少なくとも１つの起源組織を、（ｃ）において識別された少なくとも１つの参照遺伝子座および前記対応する組織特異的遺伝子に基づいて、シーケンシングされた各ＤＮＡ分子に割り当てること
を含む、方法。
（項目４９）
前記参照セットが、複数の組織特異的遺伝子のそれぞれに関連する少なくとも１つの参照遺伝子座を含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記アフィニティータグが、ビオチンである、項目４８または項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記ＤＮＡの末端にアダプター配列を付加すること；前記アダプター結合ＤＮＡを、ＤＮＡβーグルコシルトランスフェラーゼ、および化学選択的基で修飾されたＵＤＰグルコースとインキュベートし、それによって前記ＤＮＡ中のヒドロキシメチル化ＤＮＡ分子を、前記化学選択的基で共有結合により標識すること；付加環化反応によって、ビオチン部分を前記化学選択的に修飾されたＤＮＡに結合すること；ビオチン結合支持体によって前記ビオチン化ＤＮＡ分子を富化すること；前記アダプターに結合するプライマーを用いて、前記富化されたＤＮＡを増幅すること；および前記増幅されたＤＮＡをシーケンシングし、複数の配列読み取りデータを得ること、を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
（ａ）（ｉｉ）の前に、さらに、前記サンプルから、非修飾ＤＮＡおよび非修飾５−メチルシトシン残基を含むＤＮＡを残して、前記タグづけされた５−ヒドロキシメチルシトシン含有ＤＮＡを除去する、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記非修飾５−メチルシトシン残基を含むＤＮＡのメチル化状態を確認することをさらに含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
ヒト対象が、組織または器官の異常な状態を生じやすいか否かを判定するための方法であって、
（ａ）前記ヒト対象から得た無細胞流体サンプル中のＤＮＡフラグメントの１またはそれを超える遺伝子座におけるヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）前記検出されたヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれ（ｉ）組織特異的遺伝子上の参照遺伝子座、および（ｉｉ）前記特定の組織または器官の異常な状態の生じやすさを示す前記組織の状態に関連する、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
（ｃ）（ｂ）における比較から、前記組織の異常な状態の生じやすさを識別すること
を含む、方法。
（項目５５）
ヒト対象から得た無細胞ＤＮＡのサンプル中の、異なる起源組織に関連する核酸を鑑別するための方法であって、
（ａ）前記無細胞ＤＮＡサンプル中の、複数の核酸のそれぞれのヒドロキシメチル化プロファイルを作成すること；
（ｂ）各ヒドロキシメチル化プロファイルを、それぞれが組織特異的遺伝子上の特定の参照遺伝子座に関連する、参照セット中の複数の参照ヒドロキシメチル化プロファイルと比較すること；および
（ｃ）（ｂ）における比較に基づいて、異なる組織を起源とする核酸を鑑別すること
を含む、方法。
（項目５６）
前記参照セットが、セット３Ａ、セット３Ｂ、セット３Ｃ、セット３Ｄ、セット３Ｅ、セット３Ｆ、セット３Ｇ、セット３Ｈ、セット３Ｉ、セット３Ｊ、セット３Ｋ、セット３Ｌ、セット３Ｍ、セット３Ｎ、セット３Ｏ、セット３Ｐ、セット３Ｑ、セット３Ｒ、およびセット３Ｓから選択される、２またはそれを超える参照セットを含む、項目５５の方法。
【国際調査報告】
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