(57)【要約】  新規のＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチドおよび組成物が提供される。そのようなポリペプチドおよび組成物は、免疫療法薬（例えば、がんワクチン）として特に有用である。そのようなポリペプチドおよび組成物を使用して細胞性免疫応答を誘導する方法、そのようなポリペプチドおよび組成物を使用して疾患を治療する方法、そのようなポリペプチドおよび組成物を含むキット、およびそのような組成物を作製する方法も提供される。
2021522239.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｘ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１）のアミノ酸配列を含む熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）結合ペプチドを含む単離されたポリペプチドであって、式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである、単離されたポリペプチド。
【請求項２】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが、
（ａ）ＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号２）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）、
（ｂ）ＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号３）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）、あるいは
（ｃ）ＮＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号４）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）、のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが、配列番号５〜１２、９８〜１１３、２０７、および２１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１または２に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４】
前記ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列が、配列番号５〜１２、９８〜１１３、２０７、および２１２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項３に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが配列番号６のアミノ酸配列を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項６】
前記ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列が配列番号６のアミノ酸配列からなる、請求項５に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項７】
ＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号２３２）のアミノ酸配列を含むＨＳＰ結合ペプチドを含む単離されたポリペプチドであって、式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ＷまたはＫである、単離されたポリペプチド。
【請求項８】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが、配列番号２０４、２０８〜２１１、および２１３〜２１５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項９】
前記ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列が、配列番号２０４、２０８〜２１１、および２１３〜２１５からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＨＳＰ結合ペプチドを含む単離されたポリペプチド。
【請求項１１】
前記ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列が配列番号２０５のアミノ酸配列からなる、請求項１０に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１２】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０以下のアミノ酸の長さである、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１３】
１つ以上の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）結合エピトープを含む抗原性ペプチドをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１４】
前記ＭＨＣ結合エピトープが、５００ｎＭ以下のＩＣ５０でＭＨＣ  Ｉ分子に結合する、請求項１３に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１５】
前記ＭＨＣ結合エピトープが、１０００ｎＭ以下のＩＣ５０でＭＨＣ  ＩＩ分子に結合する、請求項１３に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１６】
前記ＭＨＣ結合エピトープががん細胞に由来する、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１７】
前記ＭＨＣ結合エピトープが、前記がん細胞のアミノ酸変異または遺伝子融合変異を含む、請求項１６に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１８】
前記アミノ酸変異が、置換、欠失、または挿入の変異である、請求項１７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１９】
前記アミノ酸変異または遺伝子融合変異が、前記抗原性ペプチドのアミノ酸配列の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０にある、請求項１７または１８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２０】
前記ＭＨＣ結合エピトープが病原性微生物に由来する、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２１】
前記病原性微生物がウイルスである、請求項２０に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２２】
前記ウイルスがヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）である、請求項２１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２３】
前記抗原性ペプチドが、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２２に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２４】
前記抗原性ペプチドが８〜５０アミノ酸の長さであり、任意選択で８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０アミノ酸の長さである、請求項１３〜２１のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２５】
前記抗原性ペプチドが２０〜３０アミノ酸の長さである、請求項２４に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２６】
前記抗原性ペプチドが２７アミノ酸の長さである、請求項２４に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２７】
ＨＳＰ結合ペプチドと、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗原性ペプチドとを含む単離されたポリペプチド。
【請求項２８】
前記抗原性ペプチドのアミノ酸配列が、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項２７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２９】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが、配列番号１〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、２０７〜２１５、および２３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２７または２８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３０】
前記ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列が、配列番号１〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、２０７〜２１５、および２３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項２９に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３１】
前記ＭＨＣ結合エピトープが修飾アミノ酸残基を含む、請求項１３〜３０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３２】
前記修飾アミノ酸残基が、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されたＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓである、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３３】
前記修飾アミノ酸残基が、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されたＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓアミノ酸の模倣物である、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３４】
前記模倣物がリン酸化残基の非加水分解性類似体である、請求項３３に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３５】
前記修飾アミノ酸残基が、側鎖アミドでグリコシル化されたＡｓｎ、側鎖ヒドロキシルでグリコシル化されたＳｅｒまたはＴｈｒ、側鎖アミノでメチル化されたＬｙｓまたはＡｒｇ、側鎖アミノでアセチル化されたＬｙｓ、α−アミノでアセチル化されたＮ末端残基、またはα−カルボキシルでアミド化されたＣ末端残基である、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３６】
前記修飾アミノ酸残基が、前記抗原性ペプチドのアミノ酸配列の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０にある、請求項３１〜３５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３７】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが化学リンカーを介して抗原性ペプチドに連結されている、請求項１３〜３６のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３８】
前記ＨＳＰ結合ペプチドがペプチドリンカーを介して抗原性ペプチドに連結されている、請求項１３〜３６のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３９】
前記ペプチドリンカーが、ＦＦＲＫ（配列番号１３）またはＦＲのアミノ酸配列を含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４０】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが前記ポリペプチドのＣ末端にある、請求項３８または３９に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４１】
（ａ）ＦＦＲＫＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１４）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）、
（ｂ）ＦＦＲＫＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１５）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）、
（ｃ）ＦＦＲＫＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号１６）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）、
（ｄ）ＦＦＲＫＮＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号１７）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）、あるいは
（ｅ）ＦＦＲＫＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号２３３）（式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ＷまたはＫである）、のアミノ酸配列を、前記ポリペプチドのＣ末端に含む、請求項４０に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４２】
配列番号１８〜２５、７１、７２、７４、７５、１６６、１６７、１７３、および１７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４０に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４３】
前記ＨＳＰ結合ペプチドが前記ポリペプチドのＮ末端にある、請求項３８または３９に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４４】
（ａ）Ｘ１ＬＸ２ＬＴＸ３ＦＦＲＫ（配列番号２６）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）、
（ｂ）ＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３ＦＦＲＫ（配列番号２７）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）、
（ｃ）ＷＬＸ１ＬＴＸ２ＦＦＲＫ（配列番号２８）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）、
（ｄ）ＮＷＬＸ１ＬＴＸ２ＦＦＲＫ（配列番号２９）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）、あるいは
（ｅ）ＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５ＦＦＲＫ（配列番号２３４）（式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ＷまたはＫである）、のアミノ酸配列を、前記ポリペプチドのＮ末端に含む、請求項４３に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４５】
配列番号３０〜３７、および２１６〜２２９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４３に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４６】
前記ペプチドが１２〜５０アミノ酸の長さであり、任意選択で１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０アミノ酸の長さである、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４７】
前記ポリペプチドが２０〜４０アミノ酸の長さである、請求項１〜４６のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４８】
配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜４７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４９】
前記ポリペプチドのアミノ酸配列が、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項４８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５０】
前記ポリペプチドが化学的に合成される、請求項１〜４９のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５１】
請求項１３〜５０のいずれか１項に記載のポリペプチドと、精製されたストレスタンパク質との複合体を含む、組成物。
【請求項５２】
前記ストレスタンパク質が、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体または融合タンパク質からなる群から選択される、請求項５１に記載の組成物。
【請求項５３】
前記ストレスタンパク質がＨｓｃ７０である、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５４】
前記ストレスタンパク質がヒトＨｓｃ７０である、請求項５３に記載の組成物。
【請求項５５】
前記ストレスタンパク質が組換えタンパク質である、請求項５１〜５４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５６】
複数の、請求項１３〜５０のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項５７】
請求項１３〜５０のいずれか１項に記載の２〜２０個の異なるポリペプチドを含む、請求項５１〜５６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５８】
前記異なるポリペプチドのそれぞれが、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む、請求項５７に記載の組成物。
【請求項５９】
前記ポリペプチドのそれぞれの抗原性ペプチドが、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５６〜５８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６０】
前記組成物が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の異なる抗原性ペプチドを含む、請求項５９に記載の組成物。
【請求項６１】
前記ポリペプチドのそれぞれが、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６２】
前記ポリペプチドのそれぞれのアミノ酸配列が、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項５８〜６１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６３】
前記組成物が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の異なるポリペプチドを含む、請求項５８〜６２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６４】
前記組成物中のポリペプチドの総量が約０．１〜２０ｎｍｏｌである、請求項４７〜５９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６５】
前記組成物中のポリペプチドの総量が約３、４、５、または６ｎｍｏｌである、請求項６４に記載の組成物。
【請求項６６】
前記組成物中のストレスタンパク質の量が約１０μｇ〜６００μｇである、請求項５１〜５５および５７〜６５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６７】
前記組成物中のストレスタンパク質の量が約２５０μｇ〜２９０μｇである、請求項６６に記載の組成物。
【請求項６８】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約０．５：１〜５：１である、請求項５１〜５５および５７〜６７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６９】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約１：１〜２：１である、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７０】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約１：１、１．２５：１、または１．５：１である、請求項６９に記載の組成物。
【請求項７１】
前記組成物中の前記ポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量が、約１０μｇ〜６００μｇである、請求項５１〜５５および５７〜７０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７２】
前記組成物中の前記ポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量が約３００μｇである、請求項７１に記載の組成物。
【請求項７３】
前記組成物がアジュバントをさらに含む、請求項５１〜７２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７４】
前記アジュバントがサポニンまたは免疫刺激性核酸を含む、請求項７３に記載の組成物。
【請求項７５】
前記アジュバントがＱＳ−２１を含む、請求項７３に記載の組成物。
【請求項７６】
前記組成物中のＱＳ−２１の量が約１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇである、請求項７５に記載の組成物。
【請求項７７】
前記アジュバントが、ＴＬＲアゴニスト、任意選択でＴＬＲ４アゴニスト、ＴＬＲ５アゴニスト、ＴＬＲ７アゴニスト、ＴＬＲ８アゴニスト、および／またはＴＬＲ９アゴニストを含む、請求項７３〜７６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７８】
薬学的に許容される担体または賦形剤を含む医薬組成物である、請求項５１〜７７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７９】
前記組成物が単位剤形である、請求項５１〜７８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項８０】
対象において抗原性ペプチドに対する細胞性免疫応答を誘導する方法であって、（ａ）有効量の、請求項５１〜７８のいずれか１項に記載の組成物、または（ｂ）請求項７９に記載の単位剤形を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項８１】
前記対象ががんを有する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記対象が病原性微生物に感染している、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
対象の疾患を治療する方法であって、（ａ）有効量の、請求項５１〜７８のいずれか１項に記載の組成物、または（ｂ）請求項７９に記載の単位剤形を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項８４】
前記疾患ががんである、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記疾患が病原性微生物の感染である、請求項８３に記載の方法。
【請求項８６】
前記ＭＨＣ結合エピトープが前記対象のがん細胞に存在する、請求項８１または８４に記載の方法。
【請求項８７】
前記ＭＨＣ結合エピトープが前記病原性微生物に存在する、請求項８２または８５に記載の方法。
【請求項８８】
前記組成物または単位剤形が４週の間週１回前記対象に投与される、請求項８０〜８７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８９】
前記組成物または単位剤形の少なくとも２回のさらなる用量が、４回の週１回の用量の後に隔週に１回前記対象に投与される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記組成物または単位剤形の少なくとも１回の追加免疫用量が、最後の前記週１回または隔週に１回の用量の３ヶ月後に投与される、請求項８８または８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記組成物または単位剤形が、少なくとも１年間、３ヶ月ごとにさらに投与される、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
レナリドマイド、デキサメタゾン、インターロイキン−２、組換えインターフェロンアルファ−２ｂ、またはＰＥＧ−インターフェロンアルファ−２ｂを前記対象に投与することをさらに含む、請求項８０〜９１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９３】
インドールアミンジオキシゲナーゼ−１（ＩＤＯ−１）阻害剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項８０〜９２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９４】
前記ＩＤＯ−１阻害剤が４−アミノ−Ｎ−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−Ｎ’−ヒドロキシ−１，２，５−オキサジアゾール−３−カルボキシミダミドである、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
免疫チェックポイント抗体を前記対象に投与することをさらに含む、請求項８０〜９４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９６】
前記免疫チェックポイント抗体が、アゴニスト抗ＧＩＴＲ抗体、アゴニスト抗ＯＸ４０抗体、アンタゴニスト抗ＰＤ−１抗体、アンタゴニスト抗ＣＴＬＡ−４抗体、アンタゴニスト抗ＴＩＭ−３抗体、アンタゴニスト抗ＬＡＧ−３抗体、アンタゴニスト抗ＴＩＧＩＴ抗体、アゴニスト抗ＣＤ９６抗体、アンタゴニスト抗ＶＩＳＴＡ抗体、アンタゴニスト抗ＣＤ７３抗体、アゴニスト抗ＣＤ１３７抗体、アンタゴニスト抗ＣＥＡＣＡＭ１抗体、アゴニスト抗ＩＣＯＳ抗体、および／またはそれらの抗原結合フラグメントからなる群から選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
請求項１３〜５１のいずれか１項に記載の前記ポリペプチドを含む第１の容器と、前記ポリペプチドに結合することができる精製されたストレスタンパク質を含む第２の容器とを含むキット。
【請求項９８】
前記第１の容器が、請求項１３〜５１のいずれか１項に記載の２〜２０の異なるポリペプチドを含む、請求項９７に記載のキット。
【請求項９９】
前記異なるポリペプチドのそれぞれが、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む、請求項９８に記載のキット。
【請求項１００】
前記第１の容器中の前記ポリペプチドの総量が約０．１〜２０ｎｍｏｌである、請求項９７〜９９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１０１】
前記第１の容器中の前記ポリペプチドの総量が約３、４、５、または６ｎｍｏｌである、請求項１００に記載のキット。
【請求項１０２】
前記ストレスタンパク質が、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体からなる群から選択される、請求項９７〜１０１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１０３】
前記ストレスタンパク質がＨｓｃ７０である、請求項１０２に記載のキット。
【請求項１０４】
前記ストレスタンパク質がヒトＨｓｃ７０である、請求項１０３に記載のキット。
【請求項１０５】
前記ストレスタンパク質が組換えタンパク質である、請求項９７〜１０４のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１０６】
前記第２の容器中の前記ストレスタンパク質の量が約１０μｇ〜６００μｇである、請求項９７〜１０５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１０７】
前記第２の容器中の前記ストレスタンパク質の量が約２５０μｇ〜２９０μｇである、請求項１０６に記載のキット。
【請求項１０８】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約０．５：１〜５：１である、請求項９７〜１０７のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１０９】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約１：１〜２：１である、請求項１０８に記載のキット。
【請求項１１０】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約１：１、１．２５：１、または１．５：１である、請求項１０９に記載のキット。
【請求項１１１】
前記第１の容器中の前記ポリペプチドおよび前記第２の容器中の前記ストレスタンパク質の総量が約１０μｇ〜６００μｇである、請求項９７〜１１０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１１２】
前記第１の容器中の前記ポリペプチドおよび前記第２の容器中の前記ストレスタンパク質の総量が３００μｇである、請求項１１１に記載のキット。
【請求項１１３】
アジュバントを含む第３の容器をさらに含む、請求項９７〜１１２のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１１４】
前記アジュバントがサポニンまたは免疫刺激性核酸を含む、請求項１１３に記載のキット。
【請求項１１５】
前記アジュバントがＱＳ−２１を含む、請求項１１４に記載のキット。
【請求項１１６】
前記第３の容器中のＱＳ−２１の量が約１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇである、請求項１１５に記載のキット。
【請求項１１７】
前記アジュバントが、ＴＬＲアゴニスト、任意選択でＴＬＲ４アゴニスト、ＴＬＲ５アゴニスト、ＴＬＲ７アゴニスト、ＴＬＲ８アゴニスト、および／またはＴＬＲ９アゴニストを含む、請求項１１３〜１１６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１１８】
ワクチンを作製する方法であって、１つ以上の、請求項１３〜５１のいずれか１項に記載のポリペプチドを、精製されたストレスタンパク質と、前記精製されたストレスタンパク質が前記ポリペプチドのうちの少なくとも１つに結合するような適切な条件下で混合することを含む方法。
【請求項１１９】
前記ストレスタンパク質が、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体からなる群から選択される、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記ストレスタンパク質がＨｓｃ７０である、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記ストレスタンパク質がヒトＨｓｃ７０である、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
前記ストレスタンパク質が組換えタンパク質である、請求項１１８〜１２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２３】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約０．５：１〜５：１である、請求項１１８〜１２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２４】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約１：１〜２：１である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記適切な条件が約３７℃の温度を含む、請求項１１８〜１２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２６】
前記ポリペプチド対前記ストレスタンパク質のモル比が約１：１、１．２５：１、または１．５：１である、請求項１１８〜１２５のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
この出願は、２０１８年４月２６日に出願された米国仮特許出願第６２／６６３，０８３号および２０１８年６月２９日に出願された米国仮特許出願第６２／６９２，００９号の優先権を主張し、それぞれの開示の全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）結合ペプチド組成物、および免疫療法薬（例えば、がんワクチン）としてのそのような組成物の使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
免疫療法は、がんの治療において重要なツールになりつつある。免疫療法アプローチの１つは、がん細胞を標的にして破壊するように患者の免疫系を積極的に教育するがん特異的抗原性ペプチドを含む治療用がんワクチンの使用を含む。しかし、そのような治療用がんワクチンの生成は、がん特異的抗原性ペプチドの免疫原性によって制限される。
【０００４】
したがって、当技術分野では、免疫原性の高いがん特異的抗原性ペプチドを生成する改善された方法、およびこれらのペプチドを含む効果的な抗がんワクチンを作成する必要がある。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】米国仮特許出願第６２／６６３，０８３号
【特許文献２】米国仮特許出願第６２／６９２，００９号
【発明の概要】
【０００６】
本開示は、新規のＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチドおよび組成物を提供する。そのようなポリペプチドおよび組成物は、免疫療法薬（例えば、がんワクチン）として特に有用である。そのようなポリペプチドおよび組成物を使用して細胞性免疫応答を誘導する方法、そのようなポリペプチドおよび組成物を使用して疾患を治療する方法、そのようなポリペプチドおよび組成物を含むキット、およびそのような組成物を作製する方法も提供される。
【０００７】
したがって、一態様では、本開示は、Ｘ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１）のアミノ酸配列を含む熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）結合ペプチドを含む単離されたポリペプチドを提供し、式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２はＲまたはＫであり、Ｘ３は、Ｗ、Ｆ、またはＧはである。別の態様では、本開示は、ＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号２３２）のアミノ酸配列を含むＨＳＰ結合ペプチドを含む単離されたポリペプチドを提供し、式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ＷまたはＫである。
【０００８】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号２）のアミノ酸配列を含み、式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧであるか、ＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号３）のアミノ酸配列を含み、式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧであり、あるいはＮＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号４）のアミノ酸配列を含み、式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである。
【０００９】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号５〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、および２０７〜２１５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、および２０７〜２１５からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号６のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０以下のアミノ酸残基の長さである。
【００１０】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、１つ以上の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）結合エピトープを含む抗原性ペプチドをさらに含む。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、５００ｎＭ以下のＩＣ５０でＭＨＣ  Ｉ分子に結合する。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、１０００ｎＭ以下のＩＣ５０でＭＨＣ  ＩＩ分子に結合する。
【００１１】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、がん細胞に由来する。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、がん細胞のアミノ酸変異または遺伝子融合変異を含む。特定の実施形態では、アミノ酸変異は、置換、欠失、または挿入の変異である。特定の実施形態では、アミノ酸変異または遺伝子融合変異は、抗原性ペプチドの中またはその近くにある。特定の実施形態では、アミノ酸変異または遺伝子融合変異は、抗原性ペプチドのアミノ酸配列の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０にある。
【００１２】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、病原性微生物に由来する。特定の実施形態では、病原性微生物はウイルスである。特定の実施形態では、ウイルスは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）である。特定の実施形態では、抗原性ペプチドは、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１３】
別の態様では、本開示は、ＨＳＰ結合ペプチドと、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗原性ペプチドとを含む単離されたポリペプチドを提供する。
【００１４】
特定の実施形態では、抗原性ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、２０７〜２１５、および２３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、２０７〜２１５、および２３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
【００１５】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、修飾アミノ酸残基を含む。特定の実施形態では、修飾アミノ酸は、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されたＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓである。特定の実施形態では、修飾アミノ酸は、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されたＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓアミノ酸の模倣物である。いくつかの実施形態では、模倣物は、リン酸化残基の非加水分解性類似体である。特定の実施形態では、修飾アミノ酸残基は、側鎖アミドでグリコシル化されたＡｓｎ、側鎖ヒドロキシルでグリコシル化されたＳｅｒまたはＴｈｒ、側鎖アミノでメチル化されたＬｙｓまたはＡｒｇであり、側鎖アミノでアセチル化されたＬｙｓ、α−アミノでアセチル化されたＮ末端残基、またはα−カルボキシルでアミド化されたＣ末端残基である。特定の実施形態では、修飾アミノ酸残基は、抗原性ペプチドの中またはその近くにある。特定の実施形態では、修飾アミノ酸残基は、抗原性ペプチドのアミノ酸配列の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０にある。
【００１６】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、化学リンカーを介して抗原性ペプチドに連結されている。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ペプチドリンカーを介して抗原性ペプチドに連結されている。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは、ＦＦＲＫ（配列番号１３）またはＦＲのアミノ酸配列を含む。
【００１７】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ポリペプチドのＣ末端にある。特定の実施形態では、ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列を含む：
（ａ）ＦＦＲＫＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１４）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）；
（ｂ）ＦＦＲＫＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１５）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）；
（ｃ）ＦＦＲＫＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号１６）、（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）；（ｄ）ＦＦＲＫＮＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号１７）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）あるいは
（ｅ）ＦＦＲＫＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号２３３）（式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ポリペプチドのＣ末端にあるＷまたはＫである）。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ポリペプチドのＣ末端に、配列番号１８〜２５、７１〜７５、１６６、１６７、１７３、および１７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１８】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ポリペプチドのＮ末端にある。特定の実施形態では、ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列を含む：
（ａ）Ｘ１ＬＸ２ＬＴＸ３ＦＦＲＫ（配列番号２６）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）；
（ｂ）ＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３ＦＦＲＫ（配列番号２７）（式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである）；
（ｃ）ＷＬＸ１ＬＴＸ２ＦＦＲＫ（配列番号２８）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである）；
（ｄ）ＮＷＬＸ１ＬＴＸ２ＦＦＲＫ（配列番号２９）（式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり；Ｘ２は、ＷまたはＧである）；あるいは
【００１９】
（ｅ）ＦＦＲＫＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号３５）（式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ポリペプチドのＮ末端にあるＷまたはＫである）。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ末端に、配列番号３０〜３７および２１６〜２２９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００２０】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、１２〜５０アミノ酸の長さ（例えば、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０アミノ酸の長さ）である。特定の実施形態では、ポリペプチドは、２０〜４０アミノ酸の長さである。
【００２１】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
【００２２】
特定の実施形態では、ポリペプチドは化学的に合成される。
【００２３】
別の態様では、本開示は、本明細書に開示されるポリペプチドと精製されたストレスタンパク質との複合体を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体または融合タンパク質からなる群から選択される。特定の実施形態では、ストレスタンパク質はＨｓｃ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ヒトＨｓｃ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、組換えタンパク質である。
【００２４】
別の態様において、本開示は、本明細書に開示される複数のポリペプチドを含む組成物を提供し、任意選択で、本明細書に開示される精製されたストレスタンパク質をさらに含む。特定の実施形態では、組成物は、本明細書に開示される２〜２０の異なるポリペプチドを含む。特定の実施形態では、異なるポリペプチドのそれぞれは、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む。
【００２５】
特定の実施形態では、ポリペプチドのそれぞれの抗原性ペプチドは、配列番号３８〜５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の異なる抗原性ペプチドを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのそれぞれは、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのそれぞれのアミノ酸配列は、配列番号５４〜６９からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、組成物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の異なるポリペプチドを含む。特定の実施形態では、組成物中のポリペプチドの総量は、約０．１〜２０ｎｍｏｌである。特定の実施形態では、組成物中のポリペプチドの総量は、約３、４、５、または６ｎｍｏｌである。特定の実施形態では、組成物中のストレスタンパク質の量は、約１０μｇ〜６００μｇである。特定の実施形態では、組成物中のストレスタンパク質の量は、約２５０μｇ〜２９０μｇである。
【００２６】
特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。
【００２７】
特定の実施形態では、組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量は、約１０μｇ〜６００μｇである。特定の実施形態では、組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量は、約３００μｇである。
【００２８】
特定の実施形態では、組成物は、アジュバントをさらに含む。特定の実施形態では、アジュバントは、サポニンまたは免疫刺激性核酸を含む。特定の実施形態では、アジュバントは、ＱＳ−２１を含む。特定の実施形態では、組成物中のＱＳ−２１の量は、約１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇである。特定の実施形態では、アジュバントは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【００２９】
特定の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される担体または賦形剤を含む医薬組成物である。特定の実施形態では、組成物は単位剤形である。
【００３０】
別の態様では、本開示は、対象において抗原性ペプチドに対する細胞性免疫応答を誘導する方法であって、有効量の、本明細書に開示される組成物または単位剤形を対象に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態では、対象はがんを有する。特定の実施形態では、対象は、病原性微生物の感染症を有する。
【００３１】
別の態様では、本開示は、対象の疾患を治療する方法であって、有効量の、本明細書に開示される組成物または単位剤形を対象に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態では、疾患はがんである。特定の実施形態では、疾患は、病原性微生物の感染症である。
【００３２】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、対象のがん細胞に存在する。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、病原性微生物に存在する。
【００３３】
特定の実施形態では、組成物または単位剤形は、４週の間週１回対象に投与される。特定の実施形態では、組成物または単位剤形の少なくとも２回のさらなる用量は、４回の週１回の用量の後に隔週に１回対象に投与される。特定の実施形態では、組成物または単位剤形の少なくとも１つの追加免疫用量は、最後の週１回または隔週に１回の用量の３ヶ月後に投与される。特定の実施形態では、組成物または単位剤形は、少なくとも１年間、３ヶ月ごとにさらに投与される。
【００３４】
特定の実施形態では、方法は、レナリドマイド、デキサメタゾン、インターロイキン−２、組換えインターフェロンアルファ−２ｂ、またはＰＥＧ−インターフェロンアルファ−２ｂを対象に投与することをさらに含む。特定の実施形態では、方法は、インドールアミンジオキシゲナーゼ−１（ＩＤＯ−１）阻害剤を対象に投与することをさらに含む。特定の実施形態では、ＩＤＯ−１阻害剤は、４−アミノ−Ｎ−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−Ｎ’−ヒドロキシ−１，２，５−オキサジアゾール−３−カルボキシミダミドである。特定の実施形態では、この方法は、免疫チェックポイント抗体を対象に投与することをさらに含む。特定の実施形態では、免疫チェックポイント抗体は、アゴニスト抗ＧＩＴＲ抗体、アゴニスト抗ＯＸ４０抗体、アンタゴニスト抗ＰＤ−１抗体、アンタゴニスト抗ＣＴＬＡ−４抗体、アンタゴニスト抗ＴＩＭ−３抗体、アンタゴニスト抗ＬＡＧ−３抗体、アンタゴニスト抗ＴＩＧＩＴ抗体、アゴニスト抗ＣＤ９６抗体、アンタゴニスト抗ＶＩＳＴＡ抗体、アンタゴニスト抗ＣＤ７３抗体、アゴニスト抗ＣＤ１３７抗体、アンタゴニスト抗ＣＥＡＣＡＭ１抗体、アゴニスト抗ＩＣＯＳ抗体、および／またはそれらの抗原結合フラグメントからなる群から選択される。
【００３５】
別の態様では、本開示は、本明細書に開示されるようなポリペプチドを含む第１の容器と、ポリペプチドに結合することができる精製されたストレスタンパク質を含む第２の容器とを含むキットを提供する。
【００３６】
特定の実施形態では、第１の容器は、本明細書に開示される２〜２０の異なるポリペプチドを含む。特定の実施形態では、異なるポリペプチドのそれぞれは、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドの総量は、約０．１〜２０ｎｍｏｌである。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドの総量は、約３、４、５、または６ｎｍｏｌである。
【００３７】
特定の実施形態では、第１の容器は、本明細書で開示される単一のポリペプチドを含む。特定の実施形態では、第１の容器は、本明細書で開示される少なくとも２０の異なるポリペプチドを含む。特定の実施形態では、異なるポリペプチドのそれぞれは、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドの総量は、約０．１〜２０ｎｍｏｌである。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドの総量は、約３、４、５、または６ｎｍｏｌである。
【００３８】
特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体からなる群から選択される。特定の実施形態では、ストレスタンパク質はＨｓｃ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ヒトＨｓｃ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、組換えタンパク質である。特定の実施形態では、第２の容器中のストレスタンパク質の量は、約１０μｇ〜６００μｇである。特定の実施形態では、第２の容器中のストレスタンパク質の量は、約２５０μｇ〜２９０μｇである。
【００３９】
特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドおよび第２の容器中のストレスタンパク質の総量は、約１０μｇ〜６００μｇである。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドおよび第２の容器中のストレスタンパク質の総量は、３００μｇである。
【００４０】
特定の実施形態では、キットは、アジュバントを含む第３の容器をさらに含む。特定の実施形態では、アジュバントは、サポニンまたは免疫刺激性核酸を含む。特定の実施形態では、アジュバントは、ＱＳ−２１を含む。特定の実施形態では、第３の容器中のＱＳ−２１の量は、約１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇである。特定の実施形態では、アジュバントは、ＴＬＲアゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【００４１】
別の態様では、本開示は、ワクチンを作製する方法であって、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチドを、精製されたストレスタンパク質と、精製されたストレスタンパク質がポリペプチドのうちの少なくとも１つに結合するような適切な条件下で混合することを含む方法を提供する。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体からなる群から選択される。特定の実施形態では、ストレスタンパク質はＨｓｃ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ヒトＨｓｃ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、組換えタンパク質である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。特定の実施形態では、適切な条件は、約３７℃の温度を含む。
【図面の簡単な説明】
【００４２】
【図１】非複合体形成Ｈｓｃ７０（上）およびペプチド複合体形成Ｈｓｃ７０（下）のＵＶ吸光度を示す例示的なサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）クロマトグラムである。「Ｃ」、「Ｄ」、「Ｔ」、および「ＨＭＷ」は、それぞれペプチド−Ｈｓｃ７０複合体、Ｈｓｃ７０ダイマー、Ｈｓｃ７０トリマー、および高分子量オリゴマーＨｓｃ７０種に対応するクロマトグラムのセグメントを示す。「Ｍｓｈ」はモノマーショルダーを指す。
【図２】Ｈｓｃ７０と０．２５：１〜３：１の範囲のモル比で混合したＰＥＰ００６のＵＶ吸光度を示すクロマトグラムであり、混合物中の組成物をサイズ排除クロマトグラフィーで分離した。
【図３Ａ】Ｈｓｃ７０と０．１２５：１〜４：１のモル比で混合したＰＥＰ００６を含むポリペプチドのＵＶ吸光度を示すクロマトグラムであり、混合物中の組成物をサイズ排除クロマトグラフィーにより分離した。
【図３Ｂ】図３Ａと同様のサイズ排除クロマトグラフィートレースから計算した、０．１２５：１〜４：１までのポリペプチド：Ｈｓｃ７０モル比の範囲にわたる、ＰＥＰ００６含有ポリペプチドのＨｓｃ７０との複合体形成パーセントを示すグラフである。３つの独立した実験が示されている。
【図４Ａ】５つの異なるペプチドのＨｓｃ７０との複合体形成パーセントを示すグラフであり、５つの異なるペプチドのそれぞれが３つの形態で合成された。１つはＣ末端ＰＥＰ００１配列を有し、１つはＣ末端ＰＥＰ００６配列を有し、１つはＣ末端ＨＳＰ結合ペプチドを有さない（「ネイキッドペプチド」）。
【図４Ｂ】６つの異なるペプチドのＨｓｃ７０との複合体形成パーセントを示すグラフであり、６つの異なるペプチドのそれぞれが２つの形態で合成された。１つはＣ末端ＰＥＰ００１配列を有し、もう１つはＣ末端ＰＥＰ００６配列を有する。
【図５Ａ】遊離ペプチドとして、または２：１または１：１の比率でＨｓｃ７０タンパク質と混合して、ＰＥＰ００１含有ＨＰＶプールペプチドまたはＰＥＰ００６含有ＨＰＶプールペプチド、またはＨＳＰ結合ペプチドに連結されていないＨＰＶプールペプチド（ネイキッドＨＰＶペプチド）を含むワクチンで免疫したマウス由来のＩＦＮγ産生脾細胞の相対数を示すグラフである（ｎ＝３マウス／処理群）。
【図５Ｂ】遊離ペプチドとして、または２：１または１：１の比率でＨｓｃ７０タンパク質と混合して、ＰＥＰ００１含有ＨＰＶプールペプチドまたはＰＥＰ００６含有ＨＰＶプールペプチド、またはＨＳＰ結合ペプチドに連結されていないＨＰＶプールペプチド（ネイキッドＨＰＶペプチド）を含むワクチンで免疫したマウス由来のＩＦＮγ産生脾細胞の相対数を示すグラフである（ｎ＝３マウス／処理群）。
【図６】遊離ペプチドとして、または２：１または１：１の比率でＨｓｃ７０タンパク質と混合して、ＭＣ３８ペプチドの示されたプールで免疫したマウス由来のＩＦＮγ産生脾細胞の相対数を示すグラフである（ｎ＝３マウス／処理群）。
【図７Ａ】同系マウス腫瘍モデルにおける腫瘍の平均体積を示すグラフであり、ＰＥＰ００１含有ＨＰＶペプチド（「ＰＥＰ０６７−０７０」）、ＰＥＰ００６含有ＨＰＶペプチド（「ＰＥＰ０６３−０６６」）、またはネイキッドＨＰＶペプチド（「ＰＥＰ０５９−０６２」）を含むワクチンでマウスを免疫し、それぞれの場合において、本明細書のセクション６．２．２に記載されるＨｓｃ７０タンパク質、または陰性対照としてのＰＢＳと混合した（ｎ＝１０マウス／処理群）。
【図７Ｂ】これら４つの処理群における各マウスの腫瘍体積を示す。
【図７Ｃ】これら４つの処理群における各マウスの腫瘍体積を示す。
【図７Ｄ】これら４つの処理群における各マウスの腫瘍体積を示す。
【図７Ｅ】これら４つの処理群における各マウスの腫瘍体積を示す。
【図７Ｆ】マウスの生存曲線のセットを示す。
【図８Ａ】同系マウス腫瘍モデルにおける腫瘍の平均体積を示すグラフであり、ＰＥＰ００６含有ＨＰＶペプチドの新しいプール（「ＰＥＰ０７１−０８６」）または以前に試験されたＰＥＰ００６含有ＨＰＶペプチドのプール（「ＰＥＰ０６３−０６６」）を含むワクチンでマウスを免疫し、いずれの場合においても、本明細書のセクション６．２．３に記載されるＨｓｃ７０タンパク質、または陰性対照としてのＰＢＳと混合した（ｎ＝１３マウス／処理群、エラーバー：標準偏差）。
【図８Ｂ】マウスの生存曲線のセットを示す。
【図９Ａ】ＰＢＳと比較したＰＥＰ００６を含む１６の異なるＨＰＶペプチドをロードしたＨＳＣ７０ベースのワクチンの２つの異なる製剤で処理した個々のマウスの腫瘍増殖動態を示す一連のグラフである。
【図９Ｂ】同じマウスにおけるマウスの群平均腫瘍増殖動態を示すグラフである。
【図９Ｃ】同じ実験での全生存期間を示すグラフである。
【図１０Ａ】は、ネイキッド配列番号９７）またはＰＥＰ００１（配列番号２３０）もしくはＰＥＰ００６（配列番号２３１）と連結したＯｖａペプチドの化学合成生成物の逆相クロマトグラフィーシグナルを示す一連のクロマトグラムである。矢印は、純粋なペプチドの保持時間を示す。
【図１０Ｂ】図１０Ａのシグナルの定量化を示すグラフである。
【図１１】ネイキッドペプチド（Ａ−Ｙ）とＣ末端ＰＥＰ００６配列を有する同じペプチド（Ａ−Ｙ）の粗純度を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００４３】
本開示は、新規のＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチドおよび組成物を提供する。そのようなポリペプチドおよび組成物は、免疫療法薬（例えば、がんワクチン）として特に有用である。そのようなポリペプチドおよび組成物を使用して細胞性免疫応答を誘導する方法、そのようなポリペプチドおよび組成物を使用して疾患を治療する方法、そのようなポリペプチドおよび組成物を含むキット、およびそのような組成物を作製する方法も提供される。
【００４４】
５．１  定義
本明細書で特に定義されない限り、本明細書で使用される科学用語および技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有する。潜在的なあいまいさが生じた場合、本明細書で提供される定義は、辞書または外部の定義よりも優先される。文脈で特に必要とされない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。「または（ｏｒ）」の使用は、別途記述されない限り、「および／または（ａｎｄ／ｏｒ）」を意味する。用語「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）」、ならびに、「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（〜を含む）」および「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」等の他の形態の使用は、限定的なものではない。
【００４５】
本明細書で使用されるとき、「約」および「およそ」という用語は、数値または数値範囲を修飾するために使用されるとき、記載された値または範囲の、５％から１０％上（例えば、５％から１０％上まで）および５％から１０％下（例えば、５％から１０％下まで）の偏差が、記載された値または範囲の意図された意味内に留まることを示す。
【００４６】
本明細書で使用されるとき、「ポリペプチド」という用語は、６つ以上のアミノ酸残基のペプチドを含む天然に存在しないポリマーを指す。ポリペプチドは、１つ以上の非アミノ酸残基構造をさらに含むことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、化学的リンカーを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ポリペプチドの２つの部分を連結する化学リンカーを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含むタンパク質（例えば、天然に存在するタンパク質）のアミノ酸配列全体を含まない。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含むタンパク質（例えば、天然に存在するタンパク質）のうちの、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００を超える連続するアミノ酸を含むアミノ酸配列を含まない。
【００４７】
本明細書で使用されるとき、「単離されたポリペプチド」という用語は、ポリペプチドの発現（例えば、組換え発現）または合成（例えば、化学合成）の後に存在する１つ以上の分子から分離されるポリペプチドを指す。
【００４８】
本明細書で使用されるとき、「主要組織適合性複合体」および「ＭＨＣ」という用語は互換可能に使用され、ＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子を指す。
【００４９】
本明細書で使用されるとき、「ヒト白血球抗原」および「ＨＬＡ」という用語は互換可能に使用され、ヒトにおける主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を指す。ＨＬＡ分子は、クラスＩ  ＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ）またはクラスＩＩ  ＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲ）であり得る。
【００５０】
本明細書で使用されるとき、「主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）結合エピトープ」という用語は、ＭＨＣ分子に結合するか、または結合すると予測されるペプチドを指す。
【００５１】
本明細書で使用されるとき、「熱ショックタンパク質結合ペプチド」および「ＨＳＰ結合ペプチド」という用語は互換可能に使用され、ＨＳＰに非共有結合するペプチドを指す。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含むタンパク質（例えば、天然に存在するタンパク質）のうちの、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０を超える連続するアミノ酸を含むアミノ酸配列を含まない。
【００５２】
本明細書で使用されるとき、「ペプチドリンカー」という用語は、第１のペプチドのＣ末端アミノ酸残基を第２のペプチドのＮ末端アミノ酸残基に連結するペプチド結合またはペプチド配列を指す。
【００５３】
本明細書で使用されるとき、「化学リンカー」という用語は、２つの分子を連結することができる任意の化学結合または部分を指し、結合または部分はペプチドリンカーではない。
【００５４】
本明細書で使用されるとき、「治療する」、「治療すること」、および「治療」という用語は、本明細書に記載の治療的または予防的手段を指す。「治療」の方法は、疾患または障害を有する、またはそのような疾患または障害を有する素因を有する対象に対し、疾患もしくは障害または再発性の疾患もしくは障害を、予防、治癒、遅延、その重症度の軽減、またはその１つ以上の症状の改善のため、あるいは、そのような治療の非存在下で予想されるものを超えて対象の生存を延長するために、抗体の投与を採用する。
【００５５】
本明細書で使用されるとき、対象への療法の投与の文脈における「有効量」という用語は、所望の予防または治療効果を達成する療法の量を指す。
【００５６】
本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、任意のヒトまたは非ヒト動物を含む。
【００５７】
５．２  熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）−結合ペプチド
一態様では、本開示は、表１に提供されるアミノ酸配列のいずれか１つを含むＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチドを提供する。
【００５８】
【表１−１】
2021522239.tif 000003
【表１−２】
2021522239.tif 000004
【００５９】
一態様では、本開示は、Ｘ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号１）のアミノ酸配列を含むＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチドを提供し、式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３は、Ｗ、Ｆ、またはＧである。別の態様では、本開示は、ＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号２３２）のアミノ酸配列を含むＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチドを提供し、式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２はＬ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ＷまたはＫである。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、または１０−９Ｍより低いＫｄでＨＳＰ（例えば、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０の、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、ＧＰ９６、またはカルレティキュリン）に結合する。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、またはそれ以下のＫｄで、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）に結合する。
【００６０】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ＮＸ１ＬＸ２ＬＴＸ３（配列番号２）のアミノ酸配列を含み、式中、Ｘ１は、ＷまたはＦであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３はＷ、Ｆ、またはＧである。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号３）のアミノ酸配列を含み、式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ＮＷＬＸ１ＬＴＸ２（配列番号４）のアミノ酸配列を含み、式中、Ｘ１は、ＲまたはＫであり、Ｘ２は、ＷまたはＧである。
【００６１】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号５〜１２、９８〜１１３、２０４〜２０５、および２０７〜２１５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号８のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１１のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１２のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号９８のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号９９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１００のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０１のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０２のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０３のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０５のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０６のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０７のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０８のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１０９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１１０のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１１１のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１１３のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２０４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２０５のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２０７のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２０８のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２０９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２１０のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２１１のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２１２のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２１３のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２１４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号２１５のアミノ酸配列を含む。
【００６２】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２３２のアミノ酸配列からなる。
【００６３】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５〜１２、９８〜１１３、２０４、２０５、および２０７〜２１５からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号６のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号７のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号８のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号９のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１１のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１２のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号９８のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号９９のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１００のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０１のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０２のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０３のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０４のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０５のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０６のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０７のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０８のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０９のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１１０のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１１１のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１１２のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１１３のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２０４のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２０５のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２０７のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２０８のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２０９のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２１０のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２１１のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２１２のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２１３のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２１４のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２１５のアミノ酸配列からなる。
【００６４】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、１００以下（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５）のアミノ酸残基の長さである。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、６〜５０（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０）のアミノ酸残基の長さである。
【００６５】
特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列からなる。
【００６６】
特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、リンカーをさらに含む。リンカーは、当技術分野で知られている任意の化学リンカーまたはペプチドリンカーであり得る。
【００６７】
特定の実施形態では、リンカーは、化学的架橋または紫外線（ＵＶ）架橋のための部分を含む。当技術分野で知られている任意の化学的架橋またはＵＶ架橋部分（例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれる、Ｗｏｎｇ，１９９１，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｒｏｓｓ−Ｌｉｎｋｉｎｇ，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ  ｈｅｒｅｉｎ  ｂｙ  ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ｉｎ  ｉｔｓ  ｅｎｔｉｒｅｔｙを参照されたい）を使用することができる。特定の実施形態では、リンカーは、クリックケミストリーハンドルを含む。本明細書で使用されるとき、「クリックケミストリーハンドル」という用語は、クリックケミストリー反応に関与することができる反応物または反応基を指す。例示的なクリックケミストリーハンドルは、米国特許出願公開第２０１３／０２６６５１２号に示され、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００６８】
特定の実施形態では、リンカーはペプチドリンカーを含む。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは、プロテアーゼによって認識および／または切断され得るアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、プロテアーゼは、哺乳動物細胞（例えば、ヒト細胞）において発現する。特定の実施形態では、プロテアーゼは、抗原提示細胞（例えば、Ｂ細胞、マクロファージ、樹状細胞）において発現する。特定の実施形態では、プロテアーゼはセリンプロテアーゼである。特定の実施形態では、プロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシン、パパイン、Ｖ８プロテアーゼ、またはエラスターゼである。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは、ＦＦＲＫ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは、ＦＲのアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
【００６９】
【表２−１】
2021522239.tif 000005
【表２−２】
2021522239.tif 000006
【００７０】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、表２に提供されるアミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。
【００７１】
特定の実施形態では、リンカーは、ＨＳＰ結合ペプチドのＮ末端である。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１４、１５、１６、１７、または２３３のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、７１、７２、７４、７５、１６６、１６７、１７３、または１７４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１４、１５、１６、１７、または２３３のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、７１、７２、７４、７５、１６６、１６７、１７３、または１７４のアミノ酸配列からなる。
【００７２】
特定の実施形態では、リンカーは、ＨＳＰ結合ペプチドのＣ末端である。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号２６、２７、２８、２９、または２３４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、２１６、２１７、２１８、２１９、２２０、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、または２２９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２６、２７、２８、２９、または２３４のアミノ酸配列からなる。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、２１６、２１７、２１８、２１９、２２０、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、または２２９のアミノ酸配列からなる。
【００７３】
５．３  ＨＳＰ結合ペプチドを含むポリペプチド
一態様では、本開示は、本明細書に開示されるようなＨＳＰ結合ペプチドと、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープを含む抗原性ペプチドとを含むポリペプチドを提供する。
【００７４】
ＭＨＣ結合エピトープは、当技術分野で知られている方法によって、例えば、ペプチドのＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ分子）への結合を測定するアッセイによって同定することができる。そのようなアッセイの非限定的な例には、抗原提示の阻害（Ｓｅｔｔｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４１：３８９３，１９９１）、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアセンブリアッセイ（Ｔｏｗｎｓｅｎｄ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ６２：２８５，１９９０）、およびＲＭＡ．Ｓ等の変異細胞を使用するＦＡＣＳベースのアッセイ（Ｍｅｌｉｅｆ，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ．  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２１：２９６３，１９９１）が含まれる。場合によっては、ＭＨＣ結合エピトープは、ソフトウェアプログラム（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ，Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５０，２１３−２１９，１９９９）によって、ＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ分子）に結合すると予測され得る。ＭＨＣ結合エピトープを同定するために使用できる他の方法には、非限定的に、Ｇｕａｎ，Ｐ．ｅｔ  ａｌ．，（２００３）Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２：６３−６６；Ｂｌｙｔｈｅ，Ｍ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，（２００２）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，１８：４３４−４３９；Ｆｌｏｗｅｒ，Ｄ．Ｒ．ａｎｄ  Ｄｏｙｔｃｈｉｎｏｖａ，Ｉ．Ａ．（２００２）．Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，１：１６７−１７６；Ｙｕ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．，（２００２）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，８：１３７−４８；Ｂｒｕｓｉｃ，Ｖ．ｅｔ  ａｌ．，（２００２）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，８０：２８０−２８５；Ｊｕｎｇ，Ｇ．ｅｔ  ａｌ．，（２００１）Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ，２９：１７９−１８１（Ｔ細胞エピトープ予測プログラムＥＰＩＰＲＥＤＩＣＴを記載する）；Ｋｗｏｋ，Ｗ．Ｗ．ｅｔ  ａｌ．，（２００１）Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２２：５８３−５８８；Ｍａｌｌｉｏｓ，Ｒ．Ｒ．（２００１）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，１７：９４２−９４８；Ｒｏｍｉｓｃｈ，Ｋ．（２００１）．Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２６：５３１；Ｓｃｈｉｒｌｅ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，（２００１）Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，２５７：１−１６；Ｓｉｎｇｈ，Ｈ．ａｎｄ  Ｒａｇｈａｖａ，Ｇ．Ｐ．Ｓ．（２００１）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，１７：１２３６−１２３７；Ａｎｄｅｒｓｅｎ，Ｍ．Ｈ．ｅｔ  ａｌ．，（２０００）Ｔｉｓｓｕｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ，５５：５１９−５３１；Ｂｕｕｓ，Ｓ．（１９９９）．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１１：２０９−２１３；Ｍａｌｌｉｏｓ，Ｒ．Ｒ．（１９９９）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，１５：４３２−４３９；Ｍａｆｆｅｉ，Ａ．ａｎｄ  Ｈａｒｒｉｓ，Ｐ．Ｅ．（１９９８）．Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，１９：１７９−１９８；およびＶｉｔａ  Ｒ．ｅｔ  ａｌ．，（２０１５）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，４３：Ｄ４０５−Ｄ４１２  （ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇで入手可能な免疫エピ���ープデータベース（ＩＥＤＢ）３．０を記載する）に開示されているもの（その各々の全体が参照により本明細書に組み込まれる）を含む。
【００７５】
ＭＨＣ分子は、クラスＩ分子またはクラスＩＩ分子のいずれかに分類される。クラスＩＩ  ＭＨＣ分子は、主に樹状細胞、Ｂリンパ球、マクロファージ等の免疫応答の開始と維持に関与する細胞で発現する。クラスＩＩ  ＭＨＣ分子は、ヘルパーＴリンパ球によって認識され、ヘルパーＴリンパ球の増殖と、提示される特定の免疫原性ペプチドに対する免疫応答の増幅とを誘導する。クラスＩ  ＭＨＣ分子は、ほとんど全ての有核細胞で発現し、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）によって認識され、細胞傷害性Ｔリンパ球が抗原保有細胞を破壊する。細胞傷害性Ｔリンパ球は、腫瘍の拒絶反応やウイルス感染との闘いにおいて特に重要である。ＣＴＬは、無傷の外来抗原自体ではなく、ＭＨＣクラスＩ分子に結合したペプチドフラグメントの形で抗原を認識する。ペプチドがＭＨＣ分子に結合する能力は、抗原提示の阻害（Ｓｅｔｔｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：３８９３，１９９１、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアセンブリアッセイ（Ｔｏｗｎｓｅｎｄ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ６２：２８５，１９９０）、およびＲＭＡ．Ｓ等の変異細胞を使用するＦＡＣＳベースのアッセイ（Ｍｅｌｉｅｆ，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２１：２９６３，１９９１、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）等、様々な方法で測定できる。ＭＨＣクラスＩ分子に結合すると予測されるＭＨＣ結合エピトープは通常８〜１１残基であり、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合すると予測されるＭＨＣ結合エピトープは通常１０〜２０残基の範囲である。
【００７６】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、ＨＬＡ結合エピトープである。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、５００ｎＭ以下（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または４５０ｎＭ以下）のＩＣ５０でＭＨＣ  Ｉ分子に結合する。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、１０００ｎＭ以下（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、または９００ｎＭ以下）のＩＣ５０でＭＨＣ  ＩＩ分子に結合する。
【００７７】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープの配列は、対象のがん細胞（例えば、子宮頸癌、腺癌、神経膠芽腫、または多発性骨髄腫の細胞）のうちの１つ以上から同定される。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープのアミノ酸配列は、がん細胞から同定された配列と１００％同一である。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープのアミノ酸配列は、がん細胞から同定された配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、または９５％同一であり、任意選択で、その差異は、アミノ酸の保存的置換を大部分またはそれのみ含む。がん細胞から同定されたアミノ酸配列は、種の集団の最も頻繁な配列と比較して、野生型または変異体のいずれかである可能性がある。がん細胞から同定されたアミノ酸配列が変異体である場合、それは、アミノ酸変異（例えば、置換、欠失、または挿入変異）または遺伝子融合変異（例えば、ゲノム転座または転位の結果として）を含み得る。
【００７８】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープの配列は、病原性微生物から同定される。病原性微生物は、ウイルス、細菌、真菌、原生動物、または寄生虫であり得る。例示的なウイルスには、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、インフルエンザ（例えば、インフルエンザＡまたはインフルエンザＢ）、バリセラ、アデノウイルス、単純ヘルペスＩ型（ＨＳＶ−Ｉ）、単純ヘルペスＩＩ型（ＨＳＶ−ＩＩ）、リンダーペスト、サイウイルス、エコーウイルス、ロタウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、パピローマウイルス（例、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ））、パポバウイルス、サイトメガロウイルス、エキノウイルス、アルボウイルス、ハンタウイルス、コクサッキーウイルス、ムンプスウイルス、はしかウイルス、風疹ウイルス、ポリオウイルス、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、ヒト免疫不全ウイルスＩ型（ＨＩＶ−Ｉ）、ヒト免疫不全ウイルスＩＩ型（ＨＩＶ−ＩＩ）、デング熱ウイルス、スモールポックスウイルス、およびジカウイルスが含まれる。例示的な細菌には、ｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａが含まれる。例示的な真菌には、カンジダ（例えば、Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ）、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ  ｃａｒｉｎｉｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｋｅｒａｔｉｔｉｓ、コクシジウム、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、およびＣｕｒｖｕｌａｒｉａ  ｇｅｎｉｃｕｌａｔａが含まれる。例示的な原生動物には、リーシュマニア、コクシジウム症、トリパノソーマ住血吸虫、およびマラリアが含まれる。例示的な寄生虫には、クラミジアおよびリケッチアが含まれる。
【００７９】
特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、修飾アミノ酸残基を含む。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、リン酸化残基（例えば、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されたＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓ）を含む。特定の実施形態では、ＭＨＣ結合エピトープは、ホスホミメティック基（例えば、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されたＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓアミノ酸の模倣物）を含む。ホスホミメティック基の非限定的な例には、Ｏ−ボラノホスホ、ボロノ、Ｏ−ジチオホスホ、ホスホルアミド、Ｈ−ホスホネート、アルキルホスホネート、ホスホロチオレート、ホスホジチオレート、およびホスホロフルオリデートが含まれ、これらのうちのいずれも、Ｔｙｒ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓ残基で誘導体化され得る。特定の実施形態では、ＡｓｐまたはＧｌｕ残基は、ペプチド中のホスホ−Ｔｙｒ、ホスホ−Ｔｈｒ、ホスホ−Ｓｅｒ、ホスホ−ＡＲｇ、ホスホ−Ｌｙｓ、および／またはホスホ−Ｈｉｓ残基の代わりにホスホミメティックとして使用される。特定の実施形態では、ホスホミメティック残基は、リン酸化残基の非加水分解性類似体である。
【００８０】
抗原性ペプチドは、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープを含み得る。特定の実施形態では、抗原性ペプチドは、１つのＭＨＣ結合エピトープを含む。特定の実施形態では、抗原性ペプチドは、２つ以上（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）のＭＨＣ結合エピトープを含む。２つ以上のＭＨＣ結合エピトープは、化学リンカーまたはペプチドリンカーを介して連結することができ、ペプチドリンカーは、プロテアーゼによって認識および／または切断することができるアミノ酸配列を任意選択で含む。
【００８１】
特定の実施形態では、抗原性ペプチドは、８〜５０アミノ酸（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０アミノ酸）の長さである。特定の実施形態では、抗原性ペプチドは、１２〜５０、２０〜４０、２０〜３５、２５〜４０、２０〜３０、２５〜３５、または３０〜４０アミノ酸の長さである。
【００８２】
ＨＳＰ結合ペプチドは、化学リンカーまたはペプチドリンカーを介して抗原性ペプチドに連結され得る。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、化学リンカーを介して抗原性ペプチドに連結され得る。ＨＳＰ結合ペプチドと抗原性ペプチドを連結するために、任意の化学的リンカーを使用することができる。例示的な化学リンカーには、化学架橋（例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれるＷｏｎｇ，１９９１，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｒｏｓｓ−Ｌｉｎｋｉｎｇ，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ）、ＵＶ架橋、およびクリック化学反応（例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１３／２６６５１２号）によって生成される部分が含まれる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ペプチドリンカー（例えば、セクション５．２に開示されるようなペプチドリンカー）を介して抗原性ペプチドに連結され得る。
【００８３】
ＨＳＰ結合配列は、任意のアミノ酸位置で抗原性ペプチドに結合することができる。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合配列のＣ末端は、化学リンカーを介して抗原性ペプチドのＮ末端に連結されている。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合配列のＮ末端は、化学リンカーを介して抗原性ペプチドのＣ末端に連結されている。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合配列のＣ末端は、ペプチドリンカーを介して抗原性ペプチドのＮ末端に連結されている。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合配列のＮ末端は、ペプチドリンカーを介して抗原性ペプチドのＣ末端に連結されている。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ポリペプチドのＣ末端にある。Ｃ末端にＨＳＰ結合ペプチドを有するポリペプチドは、一般に、固相合成によって生成される場合に改善された純度を有するという点で有利である。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、ポリペプチドのＮ末端にある。特定の実施形態では、熱ショックタンパク質結合ペプチドは、ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端にない。特定の実施形態では、熱ショックタンパク質結合ペプチドは、ポリペプチドの中心にある。
【００８４】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端に向けて、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープを含む抗原性ペプチドと、ペプチドリンカーと、本明細書に開示されるＨＳＰ結合ペプチドとを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１４、１５、１６、１７、または２３３のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、７１、７２、７４、７５、１６６、１６７、１７３、または１７４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、Ｎ末端からＣ末端に向けて、本明細書に開示される抗原性ペプチドのアミノ酸配列と、配列番号１４、１５、１６、１７、または２３３のアミノ酸配列とからなる。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、Ｎ末端からＣ末端に向けて、本明細書に開示される抗原性ペプチドのアミノ酸配列と、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、７１、７２、７４、７５、１６６、１６７、１７３、または１７４のアミノ酸配列とからなる。
【００８５】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端に向けて、本明細書に開示されるＨＳＰ結合ペプチドと、ペプチドリンカーと、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープを含む抗原性ペプチドとを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号２６、２７、２８、２９、または２３４のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、または２１６、２１７、２１８、２１９、２２０、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、または２２９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、Ｎ末端からＣ末端に向けて、配列番号２６、２７、２８、２９、または２３４のアミノ酸配列と、本明細書に開示される抗原性ペプチドのアミノ酸配列とからなる。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、Ｎ末端からＣ末端に向けて、配列番号３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、２１６、２１７、２１８、２１９、２２０、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、または２２９のアミノ酸配列と、本明細書に開示される抗原性ペプチドのアミノ酸配列とからなる。
【００８６】
特定の実施形態では、本明細書に開示されるポリペプチドは、５００アミノ酸以下（例えば、４００、３００、２００、１００、９０、８０、７０、６０、５０、または４０アミノ酸以下）の長さである。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は天然に存在しない。
【００８７】
特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、または１０−９Ｍより低いＫｄで、ＨＳＰ（例えば、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、ＧＰ９６、またはカルレティキュリン）に結合する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、またはそれ以下のＫｄで、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）に結合する。
【００８８】
５．３．１  化学合成によるポリペプチドの生産
本明細書に開示されるポリペプチドは、ペプチドシンセサイザーの使用を含む標準的な化学的方法によって合成することができる。従来のペプチド合成または当技術分野で周知の他の合成プロトコールを使用することができる。
【００８９】
特定の実施形態では、本明細書に開示されるポリペプチドは、ペプチド結合によって連結されたアミノ酸残基からなる。そのようなポリペプチドは、例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれるＭｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，１９６３，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，８５：２１４９によって記載されたものと同様の手順を使用する固相ペプチド合成によって合成することができる。合成中、保護された側鎖を有するＮ−α−保護アミノ酸は、そのＣ末端によって不溶性のポリマー支持体、すなわちポリスチレンビーズに連結された成長中のポリペプチド鎖に段階的に付加される。ポリペプチドは、Ｎ−α−脱保護アミノ酸のアミノ基を、ジシクロヘキシルカルボジイミドまたは２−（６−クロロ−１−Ｈ−ベンゾトリアゾール−１−イル）−１，１，３，３−テトラメチルアミニウムヘキサフルオロホスフェート等の試薬と反応させることによって活性化された、Ｎ−α−保護アミノ酸のα−カルボキシル基に連結することによって合成される。活性化されたカルボキシルへの遊離アミノ基の結合は、ペプチド結合の形成をもたらす。最も一般的に使用されるＮ−α−保護基には、酸に不安定なＢｏｃと塩基に不安定なＦｍｏｃが含まれる。適切な化学物質、樹脂、保護基、保護されたアミノ酸および試薬の詳細は、当技術分野で周知である（それぞれが参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ａｔｈｅｒｔｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、およびＢｏｄａｎｓｚｋｙ，１９９３，Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ，２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇを参照されたい）。
【００９０】
さらに、ポリペプチドの類似体および誘導体は、上述のように化学的に合成することができる。必要に応じて、非古典的アミノ酸または化学アミノ酸類似体を、ペプチド配列へと置換または付加として導入することができる。非古典的アミノ酸には、一般的なアミノ酸のＤ−異性体、α−アミノイソ酪酸、４−アミノ酪酸、ヒドロキシプロリン、サルコシン、シトルリン、シスチン酸、ｔ−ブチルグリシン、ｔ−ブチルアラニン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、β−アラニン、β−メチルアミノ酸、Ｃ−α−メチルアミノ酸、Ｎ−α−メチルアミノ酸等のデザイナーアミノ酸が含まれるが、これらに限定されない。
【００９１】
Ｔｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、およびＨｉｓの側鎖でリン酸化されたポリペプチドは、適切な側鎖で保護されたＦｍｏｃ−ホスホアミノ酸を使用するＦｍｏｃ固相合成で合成できる。このようにして、リン酸化および非リン酸化のＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、およびＨｉｓ残基の組み合わせを有するポリペプチドを合成することができる。例えば、Ｓｔａｅｒｋａｅｒ  ｅｔ  ａｌの方法を適用することができる（１９９１，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ３２：５３８９−５３９２）。他の手順（特定のアミノ酸に関するものもある）は、Ｄｅ  Ｂｏｎｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７，Ｔｒａｖ．Ｃｈｉｍ  Ｐａｙｓ  Ｂａｓ  １０６：６４１，６４２）、Ｂａｎｎｗａｒｔｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅｚｅｃｉａｋ（１９８７，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ  ７０：１７５−１８６）、Ｐｅｒｉｃｈ  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓ（１９８８，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ２９：２３６９−２３７２）、Ｋｉｔａｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５５：４１８１−４１８７）、Ｖａｌｅｒｉｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．３３：４２８−４３８）、Ｐｅｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ３２：４０３３−４０３４）、Ｐｅｎｎｉｎｇｔｏｎ  （１９９４，Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．３５：１９５−２）、およびＰｅｒｉｃｈ  （１９９７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２８９：２４５−２６６、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に詳述される。
【００９２】
リン酸化ポリペプチドは、ポリペプチドのアミノ酸配列をコードする核酸で形質転換された細胞を最初に培養することによっても産生され得る。細胞培養によりこのようなポリペプチドを生成した後、適切なアミノ酸のヒドロキシル基は、有機合成またはリン酸化酵素を用いた酵素的方法を使用してリン酸基で置換される。例えば、セリン特異的リン酸化の場合、セリンキナーゼを使用することができる。
【００９３】
ポリペプチドのリン酸化アミノ酸残基がホスホミメティック基で置き換えられているホスホペプチド模倣物も合成することができる。ホスホミメティック基の非限定的な例には、Ｏ−ボラノホスホ、ボロノ、Ｏ−ジチオホスホ、ホスホルアミド、Ｈ−ホスホネート、アルキルホスホネート、ホスホロチオレート、ホスホジチオレート、およびホスホロフルオリデートが含まれ、これらのうちのいずれも、Ｔｙｒ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓ残基で誘導体化され得る。特定の実施形態では、ＡｓｐまたはＧｌｕ残基は、ホスホミメティックとして使用される。ＡｓｐまたはＧｌｕ残基は、ホスホミメティック基としても機能し、ペプチドのホスホ−Ｔｙｒ、ホスホ−Ｔｈｒ、ホスホ−Ｓｅｒ、ホスホ−Ａｒｇ、ホスホ−Ｌｙｓおよび／またはホスホ−Ｈｉｓ残基の代わりに使用することができる。
【００９４】
得られたペプチドの精製は、逆相、ゲル浸透、分配および／またはイオン交換クロマトグラフィーを使用する分取ＨＰＬＣ等の標準的な手順を使用して達成される。適切なマトリックスおよび緩衝液の選択は当技術分野で周知であり、したがって本明細書では詳細に説明されていない。
【００９５】
５．３．２  組換えＤＮＡ技術を使用するポリペプチドの産生
本明細書に開示されるペプチドはまた、当該分野で公知の組換えＤＮＡ方法によって調製され得る。ポリペプチドをコードする核酸配列は、アミノ酸配列の逆翻訳によって得られ、オリゴヌクレオチドシンセサイザーの使用等の標準的な化学的方法によって合成され得る。代替的に、ポリペプチドのコーディング情報は、特別に設計されたオリゴヌクレオチドプライマーとＰＣＲ方法論を使用してＤＮＡテンプレートから取得できる。ポリペプチドの変異体およびフラグメントは、機能的に同等の分子を提供する置換、挿入、または欠失によって作製することができる。ヌクレオチドコード配列の縮重のために、ポリペプチドの同じものまたは変異体をコードするＤＮＡ配列を、本発明の実施において使用することができる。これらには、配列内の機能的に同等のアミノ酸残基をコードする異なるコドンの置換によって変更され、したがってサイレントまたは保存的な変化をもたらすヌクレオチド配列が含まれるが、これらに限定されない。ポリペプチドをコードする核酸は、宿主細胞での増殖および発現のために発現ベクターに挿入することができる。
【００９６】
本明細書で企図される長さのペプチドのコード配列は、化学的技術、例えば、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０３：３１８５  （１９８１（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）のホスホトリエステル法によって合成することができ、改変は、天然ペプチド配列をコードするものを適切な塩基で置き換えることによって簡単に行うことができる。次いで、コード配列に適切なリンカーを提供し、当技術分野で一般に利用可能な発現ベクターに連結し、ベクターを使用して、適切な宿主を形質転換して、所望のペプチドまたは融合タンパク質を産生することができる。多くのそのようなベクターと適切な宿主システムが現在利用可能である。ペプチドまたは融合タンパク質の発現のために、コード配列は、作動可能に連結された開始および停止コドン、プロモーターおよびターミネーター領域、ならびに通常、所望の細胞宿主における発現のための発現ベクターを提供するための複製システムを備えている。
【００９７】
発現コンストラクトは、適切な宿主細胞におけるペプチドの発現を可能にする、１つ以上の調節領域と作動可能に連結されたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を指す。「作動可能に連結された」は、調節領域と発現されるペプチド配列が、転写、そして最終的には翻訳を可能にするような方法で結合および配置される結合を指す。
【００９８】
ペプチドの転写に必要な調節領域は、発現ベクターによって提供することができる。同族の開始コドンを欠くペプチド遺伝子配列を発現させる場合は、翻訳開始コドン（ＡＴＧ）も提供され得る。互換性のある宿主−コンストラクトシステムでは、ＲＮＡポリメラーゼ等の細胞転写因子が発現コンストラクトの調節領域に結合して、宿主生物のペプチド配列の転写をもたらす。遺伝子発現に必要な調節領域の正確な性質は、宿主細胞ごとに異なる可能性がある。一般に、ＲＮＡポリメラーゼに結合し、作動可能に結合する核酸配列の転写を促進することができるプロモーターが必要である。そのような調節領域は、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列等の、転写および翻訳の開始に関与するそれらの５’非コード配列を含み得る。コード配列の３’側の非コード領域は、ターミネーターおよびポリアデニル化部位等の転写終結調節配列を含み得る。
【００９９】
プロモーター等の調節機能を有するＤＮＡ配列をペプチド遺伝子配列に結合するため、またはペプチド遺伝子配列をベクターのクローニング部位に挿入するために、当技術分野で周知の技術によって適切な適合性制限部位を提供するリンカーまたはアダプターをｃＤＮＡの末端に連結することができる（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷｕ  ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  １５２：３４３−３４９）。制限酵素による切断の後に、ライゲーションの前に消化するか、一本鎖ＤＮＡ末端を埋めることにより、平滑末端を作成するように修飾することができる。代替的に、所望の制限酵素部位を含むプライマーと共にＰＣＲを使用することによるＤＮＡの増幅によって、所望の制限酵素部位をＤＮＡのフラグメントに導入することができる。
【０１００】
調節領域と作動可能に連結されたポリペプチドコード配列を含む発現コンストラクトは、さらなるクローニングなしに、ペプチドの発現および産生のために適切な宿主細胞に直接導入することができる。発現コンストラクトはまた、例えば、相同組換えを介して、宿主細胞のゲノムへのＤＮＡ配列の組み込みを促進するＤＮＡ配列を含むことができる。この場合、宿主細胞においてペプチドを増殖および発現させるために、適切な宿主細胞に適した複製起点を含む発現ベクターを使用する必要はない。
【０１０１】
プラスミド、コスミド、ファージ、ファージミド、または改変ウイルスを含む様々な発現ベクターを使用することができる。典型的には、そのような発現ベクターは、適切な宿主細胞におけるベクターの増殖のための機能的な複製起点、ペプチド遺伝子配列の挿入のための１つ以上の制限エンドヌクレアーゼ部位、および１つ以上の選択マーカーを含む。発現ベクターは、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチドのヌクレオチド配列を運ぶように構築され得る。発現ベクターは、細菌、酵母、昆虫、哺乳動物、およびヒトを含むがこれらに限定されない原核生物または真核生物に由来し得る適合性のある宿主細胞と共に使用されなければならない。そのような宿主細胞は、本明細書に開示されるポリペプチドのいずれかをコードする複数のヌクレオチド配列を含む単一の発現ベクターによる宿主細胞の形質転換によって、または本明細書に開示される異なるポリペプチドをコードする複数の発現ベクターによる宿主細胞の形質転換によって等で、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチドを発現するように形質転換され得る。
【０１０２】
細菌系では、ポリペプチドを産生するために、いくつかの発現ベクターを有利に選択することができる。例えば、医薬組成物の生成のために、そのようなタンパク質を大量に産生する場合、容易に精製される高レベルの融合タンパク質産物の発現を誘導するベクターが望ましい場合がある。そのようなベクターには、ペプチドコード配列が、融合タンパク質が生成されるようにｌａｃＺコード領域とインフレームでベクターに個別に連結され得るＥ．ｃｏｌｉ発現ベクターｐＵＲ２７８（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＲｕｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，ＥＭＢＯ  Ｊ．２，１７９１）、ｐＩＮベクター（そのそれぞれが参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＩｎｏｕｙｅ  ａｎｄ  Ｉｎｏｕｙｅ，１９８５，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１３，３１０１−３１０９；Ｖａｎ  Ｈｅｅｋｅ  ａｎｄ  Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，１９８９，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ  ２６４，５５０３−５５０９）等が含まれる。ｐＧＥＸベクターを使用して、これらのペプチドをグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパク質として発現させることもできる。一般に、そのような融合タンパク質は可溶性であり、グルタチオンアガロースビーズへの吸着に続く遊離グルタチオンの存在下での溶離により溶解細胞から容易に精製することができる。ｐＧＥＸベクターはトロンビンまたはＸａ因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計されているため、ポリペプチドはＧＳＴ部分から放出され得る。
【０１０３】
代替的に、適切に処理されたペプチド複合体の長期の高収率産生のために、哺乳動物細胞における安定した発現が好ましい。ペプチド複合体を安定して発現する細胞株は、選択可能なマーカーを含むベクターを使用して改変することができる。例として、発現コンストラクトの導入後、改変細胞を濃縮培地で１〜２日間増殖させ、次いで選択培地に切り替えることができる。発現コンストラクトの選択可能なマーカーは、選択に対する耐性を付与し、細胞が発現コンストラクトをそれらの染色体に安定して組み込み、培養で増殖し、細胞株に増殖することを最適に可能にする。このような細胞は、ペプチドが継続的に発現している間、長期間培養することができる。
【０１０４】
組換え細胞は、温度、インキュベーション時間、光学密度、および培地組成の標準的な条件下で培養することができる。しかしながら、組換え細胞の増殖の条件は、ポリペプチドの発現の条件とは異なる場合がある。改変された培養条件および培地もまた、ペプチドの産生を増強するために使用され得る。例えば、それらの同族のプロモーターを有するペプチドを含む組換え細胞は、熱または他の環境ストレス、または化学的ストレスにさらされ得る。当技術分野で知られている任意の技法を適用して、ペプチド複合体を生成するための最適な条件を確立することができる。
【０１０５】
本発明の一実施形態では、メチオニンをコードするコドンが、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の５’末端に付加されて、ペプチドの翻訳の開始のためのシグナルを提供する。このメチオニンは、ポリペプチドに結合したままであり得るか、あるいはメチオニンは、ペプチドからのメチオニンの切断を触媒することができる酵素または複数の酵素の添加によって除去され得る。例えば、原核生物と真核生物の両方において、Ｎ末端メチオニンはメチオニンアミノペプチダーゼ（ＭＡＰ）によって除去される（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＴｓｕｎａｓａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，１９８５，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０，５３８２−５３９１）。メチオニンアミノペプチダーゼは、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母、およびラット等のいくつかの生物から分離およびクローン化されている。
【０１０６】
ペプチドは、既知の方法によって、細菌、哺乳動物、または他の宿主細胞タイプから、または培養培地から回収することができる（例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．２，ｃｈａｐｔｅｒ  ８，Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄ．），Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．；Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  ｂｙ  Ｒｏｗｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌｉｔｔｌｅ  Ｂｒｏｗｎ  ＆  Ｃｏ．，Ｊｕｎｅ  １９９４を参照されたい）。
【０１０７】
前述の方法の両方は、本明細書に開示されるポリペプチドを合成するために使用することができる。例えば、ＨＳＰ結合ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドは、化学的に合成され得、そして任意選択で組換えＤＮＡ技術によって産生された抗原性ペプチドに、ペプチド結合を介して結合され得る。
【０１０８】
本発明の範囲内に含まれるのは、翻訳中または翻訳後に、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化（例えば、Ｃ末端カルボキシル基の）、または既知の保護／ブロッキング基による誘導体化、またはタンパク質分解切断によって修飾される、本明細書に開示されるポリペプチドの誘導体または類似体である。多数の化学修飾のいずれも、遊離ＮＨ２、遊離ＣＯＯＨ−基、ＯＨ−基、Ｔｒｐ−、Ｔｙｒ−、Ｐｈｅ−、Ｈｉｓ−、Ａｒｇ−、またはＬｙｓ−の側鎖基の保護または修飾のために有用な試薬、臭化シアン、ヒドロキシルアミン、ＢＮＰＳ−スカトール、酸、またはアルカリ加水分解による特定の化学的切断、トリプシン、キモトリプシン、パパイン、Ｖ８プロテアーゼによる酵素的切断、ＮａＢＨ４、アセチル化、ホルミル化、酸化、還元；ツニカマイシンの存在下での代謝合成等を含むがこれらに限定されない公知の技法によって実施することができる。
【０１０９】
５．４  医薬組成物
別の態様では、本開示は、本明細書に開示されるような１つ以上のポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供する。特定の実施形態では、本開示は、１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、１０以上、または２０以上）の異なる本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供する。特定の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような３０以下の異なるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供する。特定の実施形態では、本開示は、１〜３０（例えば、２〜２０、３〜２０、４〜２０、５〜２０、５〜１５、または５〜１０）の異なる本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供する。特定の実施形態では、異なるポリペプチドはそれぞれ、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む。
【０１１０】
特定の実施形態では、組成物は、精製されたストレスタンパク質をさらに含む。このような組成物は、ワクチン製剤として有用である。ワクチンを作製するための方法であって、精製されたストレスタンパク質がＨＳＰ結合抗原コンジュゲートまたはペプチドの少なくとも１つに結合するように、本明細書に開示される１つ以上の組成物を精製されたストレスタンパク質と混合することを含む、方法も提供される。
【０１１１】
５．４．１  ストレスタンパク質と複合体を形成したポリペプチド
特定の態様では、本開示は、本明細書に開示されるような１つ以上のポリペプチドと精製されたストレスタンパク質とを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供する。特定の実施形態では、精製されたストレスタンパク質の少なくとも一部は、組成物中のポリペプチドに結合する。そのような組成物は、がんまたは病原性微生物の感染症の治療のためのワクチン製剤として有用である。
【０１１２】
特定の実施形態では、精製されたストレスタンパク質との複合体形成の前に、ポリペプチドは、１００％ＤＭＳＯ中で粉末から再構成されることができる。次いで、等モル量のペプチドを、滅菌水で希釈した７５％ＤＭＳＯの溶液中にプールすることができる。
【０１１３】
特定の実施形態では、精製されたストレスタンパク質との複合体形成の前に、ポリペプチドを中性水中で再構成することができる。
【０１１４】
特定の実施形態では、精製されたストレスタンパク質との複合体形成の前に、ポリペプチドは、ＨＣｌを含む酸性水中で再構成することができる。
【０１１５】
特定の実施形態では、精製されたストレスタンパク質との複合体形成の前に、ポリペプチドは、ＮａＯＨを含む塩基性水中で再構成することができる。
【０１１６】
特定の実施形態では、精製されたストレスタンパク質との複合体形成の前に、水における各ポリペプチドの溶解度を試験することができる。ポリペプチドが中性水に可溶である場合、中性水をポリペプチドの溶媒として使用することができる。ポリペプチドが中性水に溶解しない場合、ＨＣｌ、または別の酸、例えば、酢酸、リン酸、または硫酸を含む酸性水への溶解度を試験することができる。ポリペプチドがＨＣｌ（または別の酸）を含む酸性水に可溶である場合、ＨＣｌ（または別の酸）を含む酸性水をポリペプチドの溶媒として使用することができる。ポリペプチドがＨＣｌ（または別の酸）を含む酸性水に溶解しない場合は、ＮａＯＨを含む塩基性水への溶解度を試験することができる。ポリペプチドがＮａＯＨを含む塩基性水に可溶である場合、ＮａＯＨを含む塩基性水をポリペプチドの溶媒として使用することができる。ポリペプチドがＮａＯＨを含む塩基性水に溶解しない場合、ポリペプチドはＤＭＳＯに溶解する可能性がある。ポリペプチドがＤＭＳＯに溶解しない場合、ポリペプチドはワクチンから除外される場合がある。次いで、溶解したポリペプチドを混合して、ポリペプチドのプールを作製することができる。溶解したポリペプチドは等量で混合することができる。溶解したポリペプチドは、等モル量で混合することができる。
【０１１７】
本発明の実施において有用な、本明細書において互換可能に熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）とも呼ばれるストレスタンパク質は、他のタンパク質またはペプチドに結合することができ、アデノシン三リン酸（ＡＴＰ）の存在下または酸性条件下で、結合したタンパク質またはペプチドを放出することができる任意の細胞タンパク質の中から選択することができる。このようなタンパク質の細胞内濃度は、細胞がストレスの多い刺激にさらされると増加する可能性がある。ストレスによって誘発される熱ショックタンパク質に加えて、ＨＳＰ６０、ＨＳＰ７０、ＨＳＰ９０、ＨＳＰ１００、ｓＨＳＰ、およびＰＤＩファミリーには、例えば３５％を超えるアミノ酸の同一性を有する配列類似性でストレス誘発性ＨＳＰに関連するタンパク質も含まれるが、その発現レベルはストレスによって変化しない。したがって、ストレスタンパク質または熱ショックタンパク質は、ストレスの多い刺激に応答して細胞内での発現レベルが増強される、これらのファミリーのメンバーとの少なくとも３５％（例えば、少なくとも４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９％）のアミノ酸同一性を有する他のタンパク質、それらの変異体、類似体、およびバリアントを包含する。したがって、特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ストレスタンパク質のｈｓｐ６０、ｈｓｐ７０、またはｈｓｐ９０ファミリーのメンバー（例えば、Ｈｓｃ７０、ヒトＨｓｃ７０）、またはそれらの変異体、類似体、またはバリアントである。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ｈｓｃ７０、ｈｓｐ７０、ｈｓｐ９０、ｈｓｐ１１０、ｇｒｐ１７０、ｇｐ９６、カルレティキュリン、それらの変異体、およびそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｐ７０（例えば、ヒトＨｓｐ７０）である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質（例えば、ヒトｈｓｃ７０）は、組換えタンパク質である。
【０１１８】
天然に存在するＨＳＰのアミノ酸配列およびヌクレオチド配列は、ＧｅｎＢａｎｋ等の配列データベースで一般的に入手可能である。例えば、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ熱ショックタンパク質ＨＳＰ７０（熱ショック７０ｋＤａタンパク質１Ａ）には、次の識別子ＨＧＮＣ：５２３２；Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ：３３０３；Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００２０４３８９；ＯＭＩＭ：１４０５５０；ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ０８１０７およびＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００５３４５．５を有する。Ｅｎｔｒｅｚ等のコンピュータープログラムを使用して、データベースを参照し、アクセッション番号で目的のアミノ酸配列および遺伝子配列データを取得できる。これらのデータベースを検索して、アラインメントスコアと統計によって類似配列をランク付けするＦＡＳＴＡやＢＬＡＳＴ等のプログラムを使用して、クエリ配列と様々な程度の類似性を持つ配列を特定することもできる。本発明のＨＳＰペプチド結合フラグメントの調製に使用することができるＨＳＰの非限定的な例のヌクレオチド配列は以下の通りである：ヒトＨｓｐ７０、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００５３４５、Ｓａｒｇｅｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，８６：１９６８−１９７２；ヒトＨｓｃ７０：Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｐ１１１４２、Ｙ００３７１；ヒトＨｓｐ９０、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｘ１５１８３、Ｙａｍａｚａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：７１０８；ヒトｇｐ９６：Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｘ１５１８７、Ｍａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．，８７：５６５８−５５６２；ヒトＢｉＰ：Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ１９６４５；Ｔｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，ＤＮＡ  ７：２７５−２８６；ヒトＨｓｐ２７、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ２４７４３；Ｈｉｃｋｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１４：４１２７−４５；マウスＨｓｐ７０：Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ３５０２１、Ｈｕｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｇｅｎｅ，８７：１９９−２０４；マウスｇｐ９６：Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ１６３７０、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８５：３８０７−３８１１；およびマウスＢｉＰ：Ｇｅｎｂａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．Ｕ１６２７７、Ｈａａｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，８５：２２５０−２２５４（これらの参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
【０１１９】
上述の主要なストレスタンパク質ファミリーに加えて、小胞体に存在するタンパク質であるカルレティキュリンも、抗原性分子と複合体形成したときに免疫応答を誘発するのに有用なさらに別の熱ショックタンパク質として同定されている（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＢａｓｕ  ａｎｄ  Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ，１９９９，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８９：７９７−２０２）。本発明で使用できる他のストレスタンパク質には、ｇｒｐ７８（またはＢｉＰ）、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ）、ｈｓｐ１１０、およびｇｒｐ１７０が含まれる（そのそれぞれが参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ，４：１１０９−１１１９；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６５：４９０−４９７）。これらのファミリーの多くのメンバーは、その後、栄養素の欠乏、代謝破壊、酸素ラジカル、低酸素症、および細胞内病原体の感染等、他のストレスの多い刺激に応答して誘発されることが判明した（そのそれぞれが参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｗｅｌｃｈ，Ｍａｙ  １９９３，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  ５６−６４；Ｙｏｕｎｇ，１９９０，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：４０１−４２０；Ｃｒａｉｇ，１９９３，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６０：１９０２−１９０３；Ｇｅｔｈｉｎｇ，ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｎａｔｕｒｅ  ３５５：３３−４５；およびＬｉｎｄｑｕｉｓｔ，ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２２：６３１−６７７を参照されたい）。これらのファミリーの全てに属するＨＳＰ／ストレスタンパク質を本発明の実施に使用できることが企図されている。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ペプチド−ＭＨＣ提示を促進する任意のシャペロンタンパク質を包含する。適切なシャペロンタンパク質には、ＥＲシャペロンおよびタパシン（例えば、ヒトタパシン）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１２０】
主要なストレスタンパク質は、ストレスを受けた細胞では非常に高いレベルで蓄積する可能性があるが、ストレスを受けていない細胞では低レベルから中程度のレベルで発生する。例えば、高誘導性の哺乳動物ｈｓｐ７０は、常温ではほとんど検出できないが、熱ショック時に細胞内で最も活発に合成されるタンパク質の１つとなる（その全体が参照により本明細書に組み込まれるＷｅｌｃｈ，ｅｔ  ａｌ．，１９８５，Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１０１：１１９８−１２１１）。対照的に、ｈｓｐ９０およびｈｓｐ６０タンパク質は、全てではないがほとんどの哺乳動物細胞に常温で豊富に存在し、熱によってさらに誘導される（そのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｌａｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９８４，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．４：２８０２−１０；ｖａｎ  Ｂｅｒｇｅｎ  ｅｎ  Ｈｅｎｅｇｏｕｗｅｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：５２５−３１）。
【０１２１】
様々な実施形態では、ファミリー内の熱ショックタンパク質または熱ショックタンパク質の変異体をコードするヌクレオチド配列は、低から中程度のストリンジェンシーの条件下で、ＨＳＰをコードするヌクレオチド配列を含むプローブとのハイブリダイゼーションによって同定および取得することができる。例として、このような低ストリンジェンシーの条件を使用する手順は次の通りである（Ｓｈｉｌｏ  ａｎｄ  Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：６７８９−６７９２も参照されたい）。ＤＮＡを含むフィルターは、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．１％ＰＶＰ、０．１％Ｆｉｃｏｌｌ、１％ＢＳＡ、および５００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡを含む溶液中で、４０℃で６時間予め処理される。ハイブリダイゼーションは、次の変更を加えた同じ溶液で実行される：０．０２％ＰＶＰ、０．０２％Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％ＢＳＡ、１００μｇ／ｍｌサケ精子ＤＮＡ、１０％（ｗｔ／ｖｏｌ）デキストラン硫酸。フィルターをハイブリダイゼーション混合物中で４０℃で１８〜２０時間インキュベートし、次いで２×ＳＳＣ、２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、および０．１％ＳＤＳを含む溶液中で５５℃で１．５時間洗浄する。洗浄液を新しい溶液と交換し、６０℃でさらに１．５時間インキュベートする。フィルターはブロット乾燥し、シグナル検出のために露光する。必要に応じて、シグナルを検出する前に、フィルターを６５〜６８℃で３回洗浄する。使用され得る低ストリンジェンシーの他の条件は、当技術分野で周知である（例えば、種間ハイブリダイゼーションに使用されるような）。
【０１２２】
ストレスタンパク質が使用される場合、ストレスタンパク質のペプチド結合フラグメントおよび機能的に活性な誘導体、類似体、およびそれらのバリアントも使用することができる。したがって、特定の実施形態では、ストレスタンパク質は全長ＨＳＰである。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ＨＳＰ（例えば、Ｈｓｐ６０、Ｈｓｐ７０、またはＨｓｐ９０ファミリーのメンバー、例えば、Ｈｓｃ７０、特にヒトＨｓｃ７０）のドメインを含むポリペプチドであり、ドメインは、ペプチド（例えば、本明細書に記載のＨＳＰ結合ペプチド）と非共有結合的に会合して複合体を形成し、任意選択で免疫応答を誘発することができ、ストレスタンパク質は全長ＨＳＰではない。
【０１２３】
特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ペプチド（例えば、本明細書に記載のＨＳＰ結合ペプチド）と非共有結合的に会合して複合体を形成し、任意選択で免疫応答を誘発することができるポリペプチドであり、ストレスタンパク質は、野生型ＨＳＰ（例えば、Ｈｓｐ６０、Ｈｓｐ７０、またはＨｓｐ９０ファミリーのメンバー、例えばＨｓｃ７０、特にヒトＨｓｃ７０）との高い程度の配列類似性を共有する。２つのアミノ酸配列または核酸配列間の同一領域を決定するために、配列は、最適な比較目的のために整列される（例えば、ギャップは、第２のアミノ酸または核酸配列との最適な整列のために、第１のアミノ酸または核酸配列の配列に導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第１の配列の位置が、第２の配列の対応する位置と同一のアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められている場合、分子はその位置で同一である。２つの配列間の同一性パーセントは、配列によって共有される同一の位置の数の関数である（すなわち、同一性％＝同一の重複する位置の数／位置の総数×１００％）。一実施形態では、２つの配列は同じ長さである。
【０１２４】
２つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用しても実行できる。２つの配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの非限定的な例は、Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：２２６４−２２６８，のアルゴリズムであり、Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：５８７３−５８７７にあるように改変されている（これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。このようなアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラムに組み込まれる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本発明の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、例えば、スコア＝１００、ワード長＝１２で実行することができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、本発明のタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を得るために、ＸＢＬＡＳＴプログラム、例えば、スコア＝５０、ワード長＝３で実行することができる。比較の目的でギャップ付きの整列を得るには、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２に記載のギャップ付きＢＬＡＳＴを利用できる。代替的に、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴを使用して、分子間の遠い関係を検出する反復検索を実行できる（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７、前出）。ＢＬＡＳＴ、ギャップ付きＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ−Ｂｌａｓｔプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトのパラメーターを使用できる。配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの別の例は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｍｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｍｉｌｌｅｒ，１９８８，ＣＡＢＩＯＳ  ４：１１−１７のアルゴリズムである。このようなアルゴリズムは、ＧＣＧ配列アラインメントソフトウェアパッケージの一部であるＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている。アミノ酸配列を比較するためにＡＬＩＧＮプログラムを利用するとき、ＰＡＭ１２０重量残基表、１２のギャップ長ペナルティ、および４のギャップペナルティを使用できる。２つの配列間の同一性パーセントは、ギャップを許可するかどうかにかかわらず、上記と同様の手法を使用して決定できる。同一性パーセントの計算では、通常、完全一致のみが計数される。
【０１２５】
特定の実施形態では、ストレスタンパク質（例えば、Ｈｓｐ７０およびＨｓｃ７０）の単離されたペプチド結合ドメインが使用される。これらのペプチド結合ドメインは、ストレスタンパク質（例えば、Ｈｓｐ７０およびＨｓｃ７０）のペプチド結合部位の三次元構造のコンピューターモデリングによって同定することができる。例えば、米国特許公開第ＵＳ２００１／００３４０４２号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に開示されているＨＳＰのペプチド結合フラグメントを参照されたい。
【０１２６】
特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、天然のストレスタンパク質よりも大きい標的ポリペプチドに対する親和性を有する変異ストレスタンパク質である。このような変異ストレスタンパク質は、標的ポリペプチドがリン酸化されているか、リン酸化ペプチド模倣物（非加水分解性類似体等）であるか、または他の翻訳後修飾を有する場合に有用であり得る。
【０１２７】
ストレスタンパク質は、組織からの精製、または組換えＤＮＡ技術によって調製できる。ＨＳＰは、ＡＴＰの存在下または酸性条件下（ｐＨ１〜ｐＨ６．９）で組織から精製し、その後１つ以上のポリペプチドとｉｎ  ｖｉｔｒｏで複合体を形成することができる。Ｐｅｎｇ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２０４：１３−２１；Ｌｉ  ａｎｄ  Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ，１９９３，ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：３１４３−３１５１を参照されたい（これらの参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。「精製された」ストレスタンパク質は、細胞内、細胞抽出物中、細胞培養培地中、または個体内のタンパク質に関連する物質を実質的に含まない。特定の実施形態では、組織から精製されるストレスタンパク質は、異なるＨＳＰ、例えば、ｈｓｐ７０およびｈｓｃ７０の混合物である。
【０１２８】
所与のＨＳＰまたはそのペプチド結合ドメインの定義されたアミノ酸またはｃＤＮＡ配列を使用して、宿主細胞にトランスフェクトされて発現する遺伝子コンストラクトを作製することができる。組換え宿主細胞は、ＨＳＰまたはペプチド結合フラグメントをコードする配列を含む核酸配列の１つ以上のコピーを含み得、宿主細胞におけるＨＳＰ核酸配列の発現を駆動する調節領域と作動可能に連結される。組換えＤＮＡ技術は、組換えＨＳＰ遺伝子またはＨＳＰ遺伝子のフラグメントを生成するために容易に利用することができ、標準的な技術を使用して、そのようなＨＳＰ遺伝子フラグメントを発現させることができる。ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含む、ＨＳＰペプチド結合ドメインをコードする任意の核酸配列を使用して、本発明のＨＳＰまたはペプチド結合フラグメントを調製することができる。核酸配列は、野生型または同じアミノ酸配列をコードするコドン最適化バリアントであり得る。ペプチド結合ドメインを含むＨＳＰ遺伝子フラグメントを適切なクローニングベクターに挿入し、宿主細胞に導入して、遺伝子配列の多くのコピーを生成することができる。ラムダ誘導体等のバクテリオファージ、またはｐＢＲ３２２、ｐＵＣプラスミド誘導体、Ｂｌｕｅｓｃｒｉｐｔベクター（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、もしくは以下のｐＥＴシリーズのベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）等のプラスミド等、当技術分野で知られている多数のベクター−宿主系を使用することができる。当技術分野で知られている変異導入のための任意の技術を使用して、発現ペプチド配列にアミノ酸置換を行う目的で、またはさらなる操作を容易にするために制限部位を作成／削除するために、ＤＮＡ配列の個々のヌクレオチドを改変することができる。
【０１２９】
ストレスタンパク質は、それらが発現される細胞からの回収および精製を容易にするために融合タンパク質として発現され得る。例えば、ストレスタンパク質は、培養培地への分泌のために小胞体膜を横切るその移動を指示するためのシグナル配列リーダーペプチドを含み得る。さらに、ストレスタンパク質は、標的ポリペプチド、例えば、カルボキシル末端への結合に関与しないタンパク質の任意の部分に融合された親和性ラベルを含み得る。アフィニティーラベルは、アフィニティーパートナー分子に結合することにより、タンパク質の精製を容易にするために使用できる。当技術分野で知られている様々なアフィニティーラベルを使用することができ、その非限定的な例には、免疫グロブリン定常領域、ポリヒスチジン配列が含まれる（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＰｅｔｔｙ，１９９６，Ｍｅｔａｌ−ｃｈｅｌａｔｅ  ａｆｆｉｎｉｔｙ  ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ，ｉｎ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２，Ｅｄ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈ．Ａｓｓｏｃ．＆  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ；参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＳｍｉｔｈ，１９９３，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．４：２２０−２２９）、Ｅ．ｃｏｌｉマルトース結合タンパク質（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＧｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｇｅｎｅ  ６７：２１−３０）、および様々なセルロース結合ドメイン（そのそれぞれが参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第５，４９６，９３４号；同第５，２０２，２４７号；同第５，１３７，８１９号；Ｔｏｍｍｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．７：１１７−１２３）が含まれる。
【０１３０】
そのような組換えストレスタンパク質は、免疫応答を誘発するそれらの能力に関して、ペプチド結合活性についてアッセイすることができる（例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＫｌａｐｐａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１７：９２７−９３５を参照されたい）。特定の実施形態では、宿主細胞において産生される組換えストレスタンパク質は、免疫原性組成物の意図されたレシピエント（例えば、ヒト）と同じ種のものである。
【０１３１】
ストレスタンパク質は、非共有結合または共有結合でポリペプチドに結合し得る。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ポリペプチドに非共有結合している。そのような複合体を調製する方法は、以下に記載されている。
【０１３２】
総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約０．０１：１、０．０２：１、０．０５：１、０．１：１．０．２：１、０．５：１、１：１、１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、３０：１、４０：１、４９：１、１００：１までを含むがこれらに限定されない、約０．０１：１〜約１００：１までの任意の比であり得る。特定の実施形態では、組成物は、それぞれが本明細書に開示されるポリペプチドおよびストレスタンパク質を含む複数の複合体を含み、各複合体におけるポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、少なくとも約１：１（例えば、約１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、３０：１、４０：１、４９：１、１００：１まで）である。
【０１３３】
特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１である。特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。そのような比率、特に１：１に近い比率は、組成物がストレスタンパク質に結合されていない大過剰の遊離ペプチドを含まないという点で有利である。ＭＨＣ結合エピトープを含む多くの抗原性ペプチドは疎水性領域を含む傾向があるため、過剰量の遊離ペプチドは、組成物の調製および保存中に凝集する傾向がある可能性がある。総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比が１：１に近い（例えば、１：１、１．２５：１、１．５：１、または２：１）ストレスタンパク質との実質的な複合体形成は、ストレスタンパク質に対するポリペプチドの高い結合親和性によって可能となる。したがって、特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、または１０−９Ｍより低いＫｄで、ＨＳＰ（例えば、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、ＧＰ９６、またはカルレティキュリン）に結合する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、またはそれ以下のＫｄで、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）に結合する。
【０１３４】
特定の実施形態では、ストレスタンパク質の少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％が組成物中でポリペプチドに結合する。特定の実施形態では、実質的に全てのストレスタンパク質は、組成物中のポリペプチドに結合する。
【０１３５】
任意の数の異なるポリペプチドを本明細書に開示される単一の組成物に含めることができる。特定の実施形態では、組成物は、１００以下の異なるポリペプチド、例えば、２〜５０、２〜３０、２〜２０、５〜２０、５〜１５、５〜１０、または１０〜１５の異なるポリペプチドを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのそれぞれは、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む。特定の実施形態では、組成物は、単一のストレスタンパク質を含み、ストレスタンパク質は、ＨＳＰ結合ペプチドに結合することができる。本発明の医薬組成物は、増量剤、安定剤、緩衝剤、塩化ナトリウム、カルシウム塩、界面活性剤、抗酸化剤、キレート剤、他の賦形剤、およびそれらの組み合わせを含む、１つ以上の薬学的に許容される担体または賦形剤を含むように製剤化することができる。
【０１３６】
ワクチン組成物の凍結乾燥製剤の調製には、増量剤が好ましい。このような増量剤は、凍結乾燥生成物の結晶部分を形成し、マンニトール、グリシン、アラニン、およびヒドロキシエチルスターチ（ＨＥＳ）からなる群から選択することができる。
【０１３７】
安定剤は、ショ糖、トレハロース、ラフィノース、およびアルギニンからなる群から選択することができる。これらの薬剤は、好ましくは１〜４％の量で存在する。塩化ナトリウムは、好ましくは１００〜３００ｍＭの量で本製剤に含まれ得るか、または前述の増量剤なしで使用される場合、３００〜５００ｍＭのＮａＣｌの量で製剤に含まれ得る。カルシウム塩には、塩化カルシウム、グルコン酸カルシウム、グルビオン酸カルシウム、またはグルセプト酸カルシウムが含まれる。
【０１３８】
緩衝剤は、ヒスチジン、リン酸カリウム、ＴＲＩＳ［ｔｒｉｓ−（ヒドロキシメチル）−アミノメタン］、ＢＩＳ−Ｔｒｉｓプロパン（１）、３−ビス−［トリス−（ヒドロキシメチル）メチルアミノ］−プロパン）、ＰＩＰＥＳ［ピペラジン−Ｎ，Ｎ’−ビス−（２−エタンスルホン酸）］、ＭＯＰＳ［３−（Ｎ−モルホリノ）エタンスルホン酸］、ＨＥＰＥＳ（Ｎ−２−ヒドロキシエチル−ピペラジン−Ｎ’−２−エタンスルホン酸）、ＭＥＳ［２−（Ｎ−モルホリノ）エタンスルホン酸］、およびＡＣＥＳ（Ｎ−２−アセトアミド−２−アミノエタンスルホン酸）を含むがこれらに限定されない、緩衝剤として作用する能力を有する任意の生理学的に許容される化学物質または化学物質の組み合わせであり得る。通常、緩衝剤は１０〜５０ｍＭの濃度で含まれている。塩基緩衝液の具体例には、（ｉ）ＰＢＳ、（ｉｉ）１０ｍＭのＫＰＯ４、１５０ｍＭのＮａＣｌ、（ｉｉｉ）１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、（ｉｖ）１０ｍＭのイミダゾール、１５０ｍＭのＮａＣｌ、（ｖ）２０ｍＭのクエン酸ナトリウムが含まれる。使用できる賦形剤には、（ｉ）グリセロール（１０％、２０％）、（ｉｉ）Ｔｗｅｅｎ５０（０．０５％、０．００５％）、（ｉｉｉ）９％スクロース、（ｉｖ）２０％ソルビトール、（ｖ）１０ｍＭリジン、または（ｖｉ）０．０１ｍＭデキストラン硫酸が含まれる。
【０１３９】
界面活性剤は、存在する場合、好ましくは０．１％以下の濃度であり、ポリソルベート２０、ポリソルベート８０、プルロニック（登録商標）ポリオール、およびＢＲＩＪ３５（ポリオキシエチレン２３ローレルエーテル）を含むがこれらに限定されない群から選択され得る。酸化防止剤は、使用する場合、医薬製剤との使用に適合性がなければならず、好ましくは水溶性である。適切な抗酸化剤には、ホモシステイン、グルタチオン、リポ酸、６−ヒドロキシ−２，５，７，８−テトラメチルクロマン−２−カルボン酸（Ｔｒｏｌｏｘ）、メチオニン、チオ硫酸ナトリウム、白金、グリシン−グリシン−ヒスチジン（トリペプチド）、およびブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）が含まれる。キレート剤は、カルシウム塩が組成物に使用されている場合、カルシウムよりも高い親和性で銅や鉄等の金属に結合することが好ましい。例示的なキレート剤はデフェロキサミンである。
【０１４０】
当技術分野で知られている多くの製剤を使用することができる。例えば、米国特許第５，７６３，４０１号は、１５〜６０ｍＭのスクロース、最大５０ｍＭのＮａＣｌ、最大５ｍＭの塩化カルシウム、６５〜４００ｍＭのグリシン、および最大５０ｍＭのヒスチジンを含む治療製剤を記載している。いくつかの実施形態では、治療用製剤は、リン酸カリウム緩衝液中の９％スクロースの溶液である。
【０１４１】
米国特許第５，７３３，８７３号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）は、０．０１〜１ｍｇ／ｍｌの界面活性剤を含む製剤を開示している。この特許は、以下の範囲の賦形剤を有する製剤を開示している：少なくとも０．０１ｍｇ／ｍｌ、好ましくは０．０２〜１．０ｍｇ／ｍｌの量のポリソルベート２０または８０。少なくとも０．１ＭのＮａＣｌ；少なくとも０．５ｍＭのカルシウム塩；および少なくとも１ｍＭのヒスチジン。より具体的には、以下の具体的な製剤も開示される：（１）１４．７〜５０〜６５ｍＭヒスチジン、０．３１〜０．６ＭのＮａＣｌ、４ｍＭ塩化カルシウム、０．００１〜０．０２〜０．０２５％ポリソルベート８０、０．１％ＰＥＧ４０００または１９．９ｍＭスクロースを含むかまたは含まない、（２）２０ｍｇ／ｍｌマンニトール、２．６７ｍｇ／ｍｌヒスチジン、１８ｍｇ／ｍｌのＮａＣｌ、３．７ｍＭ塩化カルシウム、および０．２３ｍｇ／ｍｌポリソルベート８０。
【０１４２】
低濃度または高濃度の塩化ナトリウムの使用が記載されており、例えば、米国特許第４，８７７，６０８号（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）は、０．５ｍＭ〜１５ｍＭのＮａＣｌ、５ｍＭ塩化カルシウム、０．２ｍＭ〜５ｍＭヒスチジン、０．０１−１０ｍＭ塩酸リジン、および最大１０％マルトース、１０％スクロース、または５％マンニトールを含む製剤等、比較的低濃度の塩化ナトリウムを含む製剤を教示している。
【０１４３】
米国特許第５，６０５，８８４号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）は、比較的高濃度の塩化ナトリウムを含む製剤の使用を教示している。これらの製剤には、０．３５Ｍ〜１．２ＭのＮａＣｌ、１．５〜４０ｍＭの塩化カルシウム、１ｍＭ〜５０ｍＭのヒスチジン、およびマンニトール、スクロース、マルトース等の最大１０％の糖が含まれる。０．４５ＭのＮａＣｌ、２．３ｍＭ塩化カルシウム、および１．４ｍＭヒスチジンを含む製剤が例示されている。
【０１４４】
国際特許出願ＷＯ９６／２２１０７（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）は、糖トレハロースを含む製剤、例えば、（１）０．１ＭのＮａＣｌ、１５ｍＭ塩化カルシウム、１５ｍＭヒスチジン、および１．２７Ｍ（４８％）トレハロース、または（２）０．０１１％塩化カルシウム、０．１２％ヒスチジン、０．００２％ＴＲＩＳ、０．００２％Ｔｗｅｅｎ８０、０．００４％ＰＥＧ３３５０、７．５％トレハロース、および０．１３％または１．０３％のＮａＣｌを含む製剤を記載している。
【０１４５】
米国特許第５，３２８，６９４号（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）は、１００〜６５０ｍＭの二糖および１００ｍＭ〜１．０Ｍのアミノ酸、例えば（１）０．９Ｍのスクロース、０．２５Ｍのグリシン、０．２５Ｍのリジン、および３ｍＭ塩化カルシウム、ならびに（２）０．７Ｍスクロース、０．５Ｍグリシン、および５ｍＭ塩化カルシウムを含む製剤を記載している。医薬組成物は、任意選択で凍結乾燥製品として調製することができ、その後、経口投与用に製剤化するか、または非経口投与用に液体形態に再構成することができる。
【０１４６】
特定の実施形態では、組成物は、組成物が投与される対象において１つ以上のＭＨＣ結合エピトープを含むポリペプチドを発現または提示する細胞に対するＴ細胞応答を刺激する。ポリペプチドを発現する細胞は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む細胞であり得る。ポリヌクレオチドは、細胞のゲノム、エピソームベクター、または細胞に感染したウイルスのゲノムにある。ポリペプチドを提示する細胞は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含まなくてもよく、細胞をポリペプチドまたはその誘導体と接触させることによって生成され得る。
【０１４７】
特定の実施形態では、組成物は、対象から単離された末梢血単核球（ＰＢＭＣ）においてＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性化を誘導する。Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性化には、Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ増殖、Ｔ細胞からのサイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）の産生、およびＴ細胞上の活性化マーカー（例えば、ＣＤ２５、ＣＤ４５ＲＯ）の表面発現の増加が含まれるが、これらに限定されない。
【０１４８】
５．４．２  ポリペプチドとストレスタンパク質の複合体の調製
別の態様では、本開示は、ワクチンを作製する方法であって、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチドを、精製されたストレスタンパク質と、精製されたストレスタンパク質がポリペプチドのうちの少なくとも１つに結合するような適切な条件下で、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで混合することを含む方法を提供する。この方法は、本明細書では複合体形成反応とも呼ばれる。特定の実施形態では、２つ以上の精製されたストレスタンパク質が使用され、各精製されたストレスタンパク質は、ポリペプチドの少なくとも１つに結合する。
【０１４９】
ストレスタンパク質は、非共有結合または共有結合でポリペプチドに結合し得る。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、ポリペプチドに非共有結合している。様々な実施形態では、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで形成された複合体は、任意選択で精製される。ストレスタンパク質とポリペプチドの精製された複合体は、細胞内または細胞抽出物中のそのような複合体に関連する物質を実質的に含まない。精製ストレスタンパク質と精製ポリペプチドがｉｎ  ｖｉｔｒｏ複合体形成反応で使用される場合、「精製された複合体」という用語は、遊離ストレスタンパク質および複合体中にはないコンジュゲートまたはペプチドも含む組成物を除外しない。
【０１５０】
前出の任意のストレスタンパク質を本発明の方法で使用することができる。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、それらの変異体、およびそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される。一実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、例えば、ヒトＨｓｃ７０である。別の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｐ７０、例えば、ヒトＨｓｐ７０である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質（例えば、ヒトＨｓｃ７０またはヒトＨｓｐ７０）は、組換えタンパク質である。
【０１５１】
複合体を形成する前に、ＨＳＰをＡＴＰで前処理するか、酸性条件にさらして、目的のＨＳＰと非共有結合的に会合している可能性のあるペプチドを除去することができる。酸性条件は、ｐＨ１〜ｐＨ２、ｐＨ２〜ｐＨ３、ｐＨ３〜ｐＨ４、ｐＨ４〜ｐＨ５、ｐＨ５〜ｐＨ６、およびｐＨ６〜ｐＨ６．９の範囲を含むｐＨ７未満の任意のｐＨレベルである。ＡＴＰ処理が使用される場合、過剰のＡＴＰは、Ｌｅｖｙ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃｅｌｌ  ６７：２６５−２７４（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）によって記載されるように、アピラナーゼの添加によって調製物から除去される。酸性条件を使用する場合、ｐＨ調整試薬を添加して緩衝液を中性ｐＨに再調整する。
【０１５２】
総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、０．０１：１、０．０２：１、０．０５：１、０．１：１、０．２：１、０．５：１、１：１、１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、３０：１、４０：１、４９：１、１００：１までを含むがこれらに限定されない、０．０１：１〜１００：１の任意の比であり得る。特定の実施形態では、調製される組成物は、それぞれが本明細書に開示されるポリペプチドとストレスタンパク質を含む複数の複合体を含み、複合体形成反応は、ポリペプチドをストレスタンパク質と混合することを含み、各複合体中のポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、少なくとも１：１（例えば、約２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、３０：１、４０：１、４９：１、１００：１まで）である。
【０１５３】
特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１である。特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。そのような比率、特に１：１に近い比率は、組成物がストレスタンパク質に結合されていない大過剰の遊離ペプチドを含まないという点で有利である。ＭＨＣ結合エピトープを含む多くの抗原性ペプチドは疎水性領域を含む傾向があるため、過剰量の遊離ペプチドは、組成物の調製および保存中に凝集する傾向がある可能性がある。総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比が１：１に近い（例えば、１：１、１．２５：１、１．５：１、または２：１）ストレスタンパク質との実質的な複合体形成は、ストレスタンパク質に対するポリペプチドの高い結合親和性によって可能となる。したがって、特定の実施形態では、複合体形成反応で使用されるポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、または１０−９Ｍより低いＫｄで、ＨＳＰ（例えば、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、ＧＰ９６、またはカルレティキュリン）に結合する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、またはそれ以下のＫｄで、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）に結合する。
【０１５４】
本明細書に開示される方法を使用して、組成物（例えば、医薬組成物またはワクチン）を大量（例えば、３０ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、３００ｍｇ、５００ｍｇ、または１ｇ以上の総ペプチドとタンパク質）に調製することができる。次いで、調製された組成物は、単回使用または多回使用の容器に移すか、または単位剤形に配分することができる。代替的に、本明細書に開示される方法を使用して、組成物（例えば、医薬組成物またはワクチン）を少量（例えば、３００μｇ、１ｍｇ、３ｍｇ、１０ｍｇ、３０ｍｇ、または１００ｍｇ以下の総ペプチドとタンパク質）で調製することができる。特定の実施形態では、組成物は、任意選択で単位剤形で、単回使用のために調製される。
【０１５５】
特定の実施形態では、医薬組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量は、約１０μｇ〜６００μｇ（例えば、約５０μｇ、１００μｇ、２００μｇ、３００μｇ、４００μｇ、または５００μｇ）である。特定の実施形態では、医薬組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量は、約３００μｇである。単位剤形中のストレスタンパク質とポリペプチドの量は、以下に開示されている。
【０１５６】
ポリペプチドの集団のストレスタンパク質へのｉｎ  ｖｉｔｒｏでの非共有結合的な複合体形成のための例示的なプロトコールが本明細書に提供される。ポリペプチドの集団は、本発明の異なるポリペプチド種の混合物を含むことができる。次いで、混合物を、精製および／または前処理されたストレスタンパク質と共に、適切な結合緩衝液中、例えば、任意選択で０．０１％ポリソルベート２０を添加したリン酸緩衝生理食塩水ｐＨ７．４；リン酸カリウム緩衝液中の９％スクロースを含む緩衝液；２．７ｍＭリン酸二水素ナトリウム、１．５ｍＭリン酸二水素カリウム、１５０ｍＭのＮａＣｌを含む緩衝液、ｐＨ７．２；２０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ７．２〜７．５、３５０〜５００ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＭｇＣｌ２、および１ｍＭフェニルメチルスルホニルフルオリド（ＰＭＳＦ）を含む緩衝液；および任意選択で１ｍＭのＡＤＰを含む緩衝液中で、４℃〜５０℃（例えば、３７℃）で１５分〜３時間（例えば、１時間）インキュベートする。ストレスタンパク質と互換性のある任意の緩衝液を使用できる。次に、Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ  １０アセンブリ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ；Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ）で遠心分離して未結合のペプチドを全て除去することにより、調製物を任意選択で精製する。タンパク質／ペプチドとＨＳＰの非共有結合的な会合は、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、質量分析（ＭＳ）、混合リンパ球標的細胞アッセイ（ＭＬＴＣ）、または酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）アッセイ（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＴａｇｕｃｈｉ  Ｔ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  １９９０；１２８：６５−７３）によってアッセイできる。複合体が単離および希釈されると、それらは、本明細書に記載の投与プロトコールおよび賦形剤を使用して、任意選択で動物モデルにおいてさらに特性評価することができる（例えば、以下の実施例２を参照されたい）。
【０１５７】
別々の共有結合的および／または非共有結合的な複合体形成反応からのストレスタンパク質とポリペプチドの複合体は、対象に投与する前に組成物を形成するように調製することができる。特定の実施形態では、組成物は、対象への投与前の１、２、３、４、５、６、または７日以内に調製される。特定の実施形態では、組成物は、対象に投与する前の１、２、３、４、５、６、７、または８週間以内に調製される。特定の実施形態では、組成物は、対象に投与する前の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月以内に調製される。組成物は、調製後および使用前に、任意選択で約４℃、−２０℃、または−８０℃で保存することができる。
【０１５８】
特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって調製された複合体は、患者への投与の直前に、ベッドサイドでアジュバントと混合される。特定の実施形態では、アジュバントは、サポニンまたは免疫刺激性核酸を含む。特定の実施形態では、アジュバントは、ＱＳ−２１を含む。特定の実施形態では、ＱＳ−２１の用量は、１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇである。特定の実施形態では、ＱＳ−２１の用量は５０μｇである。特定の実施形態では、アジュバントは、ＴＬＲアゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【０１５９】
ストレスタンパク質とポリペプチドの非共有結合的な複合体を作製する代わりに、ポリペプチドは、例えば、化学的架橋またはＵＶ架橋によって、ストレスタンパク質に共有結合することができる。当技術分野で知られている任意の化学的架橋またはＵＶ架橋の方法（例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｗｏｎｇ，１９９１，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｒｏｓｓ−Ｌｉｎｋｉｎｇ，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ  ｈｅｒｅｉｎ  ｂｙ  ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ｉｎ  ｉｔｓ  ｅｎｔｉｒｅｔｙを参照されたい）を使用することができる。例えば、グルタルアルデヒド架橋（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるＢａｒｒｉｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２：１３６５−１３７２を参照されたい）を使用することができる。例示的なプロトコールでは、１〜２ｍｇのＨＳＰ−ペプチド複合体が０．００２％グルタルアルデヒドの存在下で２時間架橋される。グルタルアルデヒドは、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に対する一晩の透析によって除去される（その全体が参照により本明細書に組み込まれるＬｕｓｓｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２１：２２９７−２３０２）。
【０１６０】
５．４．３  ワクチン
本明細書に開示される組成物は、ワクチンとして有用である。したがって、別の態様では、本開示はワクチン製剤を提供する。ワクチン製剤は、安定した、無菌の、好ましくは注射可能な製剤をもたらす任意の方法によって調製することができる。
【０１６１】
特定の実施形態では、ワクチンは、本明細書に開示される１つ以上の組成物と１つ以上のアジュバントとを含む。例えば、全身アジュバントおよび粘膜アジュバントを含む、様々なアジュバントを使用することができる。全身アジュバントは、非経口的に送達できるアジュバントである。全身アジュバントには、デポー効果を生み出すアジュバント、免疫系を刺激するアジュバント、および両方を行うアジュバントが含まれる。
【０１６２】
デポー効果を生み出すアジュバントは、抗原を体内でゆっくりと放出させ、免疫細胞の抗原への曝露を延長させるアジュバントである。このクラスのアジュバントには、ミョウバン（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム）、または、鉱油、非鉱油、油中水または水中油型の油型エマルジョン、水中油型エマルジョン、例えば、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ａｄｊｕｖａｎｔｓのＳｅｐｐｉｃ  ＩＳＡシリーズ（例えば、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ７２０，ＡｉｒＬｉｑｕｉｄｅ，Ｐａｒｉｓ，Ｆｒａｎｃｅ）、ＭＦ−５９（Ｓｐａｎ８５およびＴｗｅｅｎ８０で安定化された水中スクアレンエマルジョン；Ｃｈｉｒｏｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ，Ｃａｌｉｆ．）、およびＰＲＯＶＡＸ（安定化洗剤とミセル形成剤を含む水中油型エマルジョン；ＩＤＥＣ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が含まれる。
【０１６３】
他のアジュバントは免疫系を刺激し、例えば、免疫細胞にサイトカインまたはＩｇＧを産生および分泌させる。このクラスのアジュバントには、ＣｐＧオリゴヌクレオチド等の免疫刺激性核酸、ＱＳ−２１等のＱ．ｓａｐｏｎａｒｉａの木の樹皮から精製されたサポニン、ポリ［ジ（カルボキシラトフェノキシ）ホスファゼン（ＰＣＰＰポリマー；Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＵＳＡ）；ポリリジンで安定化されたポリイノシン酸：ポリシチジル酸（ポリＩ：Ｃ）またはポリＩ：Ｃ等のＲＮＡ模倣物（ポリＩＣＬＣ［ヒルトノール（登録商標）；Ｏｎｃｏｖｉｒ，Ｉｎｃ．］、モノホスホリルリピドＡ等のリポ多糖（ＬＰＳ）の誘導体（ＭＰＬ；Ｒｉｂｉ  ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｍｏｎｔ．）、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ；Ｒｉｂｉ）、およびスレオニルムラミルジペプチド（ｔ−ＭＤＰ；Ｒｉｂｉ）；ＯＭ−１７４（リピドＡに関連するグルコサミン二糖；ＯＭ  Ｐｈａｒｍａ  ＳＡ，Ｍｅｙｒｉｎ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）、およびリーシュマニア伸長因子（精製されたリーシュマニアタンパク質；Ｃｏｒｉｘａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈ．）が含まれる。
【０１６４】
他の全身アジュバントは、デポー効果を生み出し、免疫系を刺激するアジュバントである。これらの化合物は、全身性アジュバントの上述の両方の機能を有する。このクラスのアジュバントには、ＩＳＣＯＭ（混合サポニン、脂質を含み、抗原を保持できる細孔を有するウイルスサイズの粒子を形成する免疫刺激複合体；ＣＳＬ，Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）、ＭＰＬおよびＱＳ−２１を含むリポソームベースの製剤であるＡＳ０１（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）、ＡＳ０２（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ、ＭＰＬおよびＱＳ−２１を含む水中油型エマルジョンである、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ，Ｒｉｘｅｎｓａｒｔ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）；ＡＳ０４（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ、ミョウバンとＭＰＬを含む；ＧＳＫ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）；ＣｐＧオリゴヌクレオチド、ＭＰＬ、およびＱＳ−２１を含むリポソームベースの製剤であるＡＳ１５（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）、ＣＲＬ  １００５等のミセルを形成する非イオン性ブロックコポリマー（これらは、ポリオキシエチレンの鎖に隣接する疎水性ポリオキシプロピレンの直鎖を含む；Ｖａｘｃｅｌ，Ｉｎｃ．，Ｎｏｒｃｒｏｓｓ，Ｇａ．）、およびＳｙｎｔｅｘアジュバント製剤（ＳＡＦ、Ｔｗｅｅｎ８０および非イオン性ブロックコポリマーを含む水中油型エマルジョン；Ｓｙｎｔｅｘ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｂｏｕｌｄｅｒ，Ｃｏｌｏ．）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１６５】
本発明に従って有用な粘膜アジュバントは、本発明の複合体とコンジュゲートして粘膜表面に投与された場合に、対象において粘膜免疫応答を誘導することができるアジュバントである。粘膜アジュバントには、ＣｐＧ核酸（例えば、ＰＣＴ公開特許出願ＷＯ９９／６１０５６、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、細菌毒素：例えば、コレラ毒素（ＣＴ）、ＣＴ  Ｂサブユニット（ＣＴＢ）、ＣＴＤ５３（ＶａｌからＡｓｐ）、ＣＴＫ９７（ＶａｌからＬｙｓ）、ＣＴＫ１０４（ＴｙｒからＬｙｓ）、ＣＴＤ５３／Ｋ６３（ＶａｌからＡｓｐ、ＳｅｒからＬｙｓ）；ＣＴＨ５４（ＡｒｇからＨｉｓ）；ＣＴＮ１０７（ＨｉｓからＡｓｎ）；ＣＴＥ１１４（ＳｅｒからＧｌｕ）；ＣＴＥ１１２Ｋ（ＧｌｕからＬｙｓ）；ＣＴＳ６１Ｆ（ＳｅｒからＰｈｅ）；ＣＴＳ１０６（ＰｒｏからＬｙｓ）；ＣＴＫ６３（ＳｅｒからＬｙｓ）を含むがこれらに限定されないＣＴ誘導体、Ｚｏｎｕｌａ  ｏｃｃｌｕｄｅｎｓ毒素（ｚｏｔ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉの熱に不安定なエンテロトキシン、不安定な毒素（ＬＴ）、ＬＴ  Ｂサブユニット（ＬＴＢ）、ＬＴ７Ｋ（ＡｒｇからＬｙｓ）、ＬＴ６１Ｆ（ＳｅｒからＰｈｅ）、ＬＴ１１２Ｋ（ＧｌｕからＬｙｓ）、ＬＴ１１８Ｅ（ＧｌｙからＧｌｕ）、ＬＴ１４６Ｅ（ＡｒｇからＧｌｕ）、ＬＴ１９２Ｇ（ＡｒｇからＧｌｙ）、ＬＴＫ６３（ＳｅｒからＬｙｓ）、およびＬＴＲ７２（ＡｌａからＡｒｇ）を含むがこれらに限定されないＬＴ誘導体、百日咳毒素、ＰＴ、ＰＴ−９Ｋ／１２９Ｇを含む、毒素誘導体（下記参照）；リピドＡ誘導体（例えば、モノホスホリルリピドＡ、ＭＰＬ）；ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）誘導体；細菌の外膜タンパク質（例えば、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉの外膜タンパク質Ａ（ＯｓｐＡ）リポタンパク質、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの外膜タンパク質）、水中油型エマルジョン（例えば、ＭＦ５９；アルミニウム塩（Ｉｓａｋａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８，１９９９）、およびサポニン（例えば、ＱＳ−２１、例えば、ＱＳ−２１  ＳＴＩＭＵＬＯＮ（登録商標）、Ａｎｔｉｇｅｎｉｃｓ  ＬＬＣ，Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，Ｍａｓｓ．）、ＩＳＣＯＭ、ＭＦ−５９（Ｓｐａｎ８５およびＴｗｅｅｎ８０で安定化された水中スクアレンエマルジョン；Ｃｈｉｒｏｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ，Ｃａｌｉｆ．）、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ａｄｊｕｖａｎｔのＳｅｐｐｉｃ  ＩＳＡシリーズ（例えば、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ７２０；ＡｉｒＬｉｑｕｉｄｅ，Ｐａｒｉｓ，Ｆｒａｎｃｅ）、ＰＲＯＶＡＸ（安定化界面活性剤とミセル形成剤を含む水中油型エマルジョン；ＩＤＥＣ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、Ｓｙｎｔｅｘｔ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ（ＳＡＦ；Ｓｙｎｔｅｘ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｂｏｕｌｄｅｒ，Ｃｏｌｏ．）；ポリ［ジ（カルボキシラトフェノキシ）］ホスファゼン（ＰＣＰＰポリマー；Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＵＳＡ）、ならびにおよびリーシュマニア伸長因子（Ｃｏｒｉｘａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈ．）が含まれる。
【０１６６】
特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物に添加されるアジュバントは、サポニンおよび／または免疫刺激性核酸を含む。特定の実施形態では、組成物に添加されるアジュバントは、ＱＳ−２１を含むか、またはさらに含む。
【０１６７】
特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物に添加されるアジュバントは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【０１６８】
本明細書に記載の本発明の組成物は、いくつかの方法でアジュバントと組み合わせることができる。例えば、異なるポリペプチドを最初に一緒に混合して混合物を形成し、次いでストレスタンパク質および／またはアジュバントと複合体を形成して組成物を形成することができる。別の例として、異なるポリペプチドは、ストレスタンパク質および／またはアジュバントと個別に複合体化され得、次いで、得られた複合体のバッチは、組成物を形成するために混合され得る。
【０１６９】
アジュバントは、ストレスタンパク質とポリペプチドの複合体を含む組成物の投与前、投与中、または投与後に投与することができる。アジュバントおよび組成物の投与は、同じまたは異なる投与部位で行うことができる。
【０１７０】
５．４．４  単位剤形
別の態様では、本開示は、本明細書に開示される医薬組成物またはワクチンの単位剤形を提供する。
【０１７１】
ポリペプチド、ストレスタンパク質、および／またはアジュバントの量および濃度は、本発明のワクチン製剤の有効性がポリペプチド、ストレスタンパク質、および／またはアジュバントの化学的性質および効力に応じて変化し得る。典型的には、ワクチン製剤中の開始量および濃度は、標準的な投与経路、例えば筋肉内注射を使用して、所望の免疫応答を誘発するために従来から使用されているものである。次いで、ペプチド、コンジュゲート、ストレスタンパク質、および／またはアジュバントの量および濃度を、例えば、希釈剤を使用する希釈によって調整することができ、その結果、当技術分野で知られている標準的な方法を使用して評価されるときに、効果的な防御免疫応答が達成される（例えば、対照製剤と比較したワクチン製剤に対する抗体またはＴ細胞応答によって決定される）。
【０１７２】
特定の実施形態では、医薬組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量は、約１０μｇ〜６００μｇ（例えば、約５０μｇ、１００μｇ、２００μｇ、３００μｇ、４００μｇ、または５００μｇ）である。特定の実施形態では、医薬組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量は、約３００μｇである。特定の実施形態では、組成物中のストレスタンパク質の量は、約２５０μｇ〜２９０μｇである。
【０１７３】
特定の実施形態では、医薬組成物中のストレスタンパク質の量は、約１０μｇ〜６００μｇ（例えば、約５０μｇ、１００μｇ、２００μｇ、３００μｇ、４００μｇ、または５００μｇ）である。特定の実施形態では、医薬組成物中のストレスタンパク質の量は、約３００μｇである。ポリペプチドの量は、指定されたモル比およびポリペプチドの分子量に基づいて計算される。
【０１７４】
特定の実施形態では、医薬組成物の単位剤形におけるポリペプチドの総モル量は、約０．１〜１０ｎｍｏｌ（例えば、約０．１ｎｍｏｌ、０．５ｎｍｏｌ、１ｎｍｏｌ、２ｎｍｏｌ、３ｎｍｏｌ、４ｎｍｏｌ、５ｎｍｏｌ、６ｎｍｏｌ、７ｎｍｏｌ、８ｎｍｏｌ、９ｎｍｏｌ、または１０ｎｍｏｌ）である。特定の実施形態では、医薬組成物の単位剤形中のポリペプチドの総モル量は、約４ｎｍｏｌである。特定の実施形態では、医薬組成物の単位剤形中のポリペプチドの総モル量は、約５ｎｍｏｌである。
【０１７５】
総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約０．０１：１、０．０２：１、０．０５：１、０．１：１．０．２：１、０．５：１、１：１、１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、３０：１、４０：１、４９：１、１００：１までを含むがこれらに限定されない、約０．０１：１〜約１００：１までの任意の比であり得る。特定の実施形態では、組成物は、それぞれがポリペプチドおよびストレスタンパク質を含む複数の複合体を含み、各複合体におけるポリペプチド対ストレスタンパク質のモル比は、少なくとも約１：１（例えば、約１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、３０：１、４０：１、４９：１、１００：１まで）である。特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１である。
【０１７６】
特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。そのような比率、特に１：１に近い比率は、組成物がストレスタンパク質に結合されていない大過剰の遊離ペプチドを含まないという点で有利である。ＭＨＣ結合エピトープを含む多くの抗原性ペプチドは疎水性領域を含む傾向があるため、過剰量の遊離ペプチドは、組成物の調製および保存中に凝集する傾向がある可能性がある。総ポリペプチド対総ストレスタンパク質のモル比が１：１に近い（例えば、１：１、１．２５：１、１．５：１、または２：１）ストレスタンパク質との実質的な複合体形成は、ストレスタンパク質に対するポリペプチドの高い結合親和性によって可能となる。したがって、特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、または１０−９Ｍより低いＫｄで、ＨＳＰ（例えば、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、ＧＰ９６、またはカルレティキュリン）に結合する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、１０−３Ｍ、１０−４Ｍ、１０−５Ｍ、１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、またはそれ以下のＫｄで、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）に結合する。
【０１７７】
単位剤形中の成分の量を計算する方法が提供される。例えば、特定の実施形態では、ポリペプチドは、約３ｋＤの平均分子量を有し、Ｈｓｃ７０の分子量は、約７１ｋＤである。一実施形態では、医薬組成物中のポリペプチドおよびストレスタンパク質の総量が３００μｇであり、ポリペプチド対ｈｓｃ７０のモル比が１．５：１であると仮定する。Ｈｓｃ７０のモル量は３００μｇを７１ｋＤ＋１．５×３ｋＤで割ると約４．０ｎｍｏｌになり、Ｈｓｃ７０の質量はモル量に７１ｋＤをかけると約２８０ｋＤになるように計算できる。ポリペプチドの総モル量は１．５×４．０ｎｍｏｌと計算でき、６．０ｎｍｏｌになる。１０の異なるポリペプチドを使用する場合、各ポリペプチドのモル量は０．６０ｎｍｏｌである。別の実施形態では、３００μｇの用量のＨｓｃ７０が単位剤形に含まれることが意図されており、ポリペプチド対Ｈｓｃ７０のモル比が１．５：１であると仮定する。ポリペプチドの総モル量は、３００μｇを７１ｋＤで割った後、１．５をかけることによって計算でき、６．３ｎｍｏｌになる。１０の異なるポリペプチドを使用する場合、各ポリペプチドのモル量は０．６３ｎｍｏｌである。１つ以上の変数がこの例と異なる場合、ストレスタンパク質およびポリペプチドの量はそれに応じてスケーリングされる。
【０１７８】
単位剤形は、上に開示されるように、１つ以上のアジュバントを任意選択で含むことができることがさらに理解されよう。特定の実施形態では、アジュバントは、サポニンおよび／または免疫刺激性核酸を含む。特定の実施形態では、アジュバントは、ＱＳ−２１を含むか、またはさらに含む。特定の実施形態では、医薬組成物の単位剤形中のＱＳ−２１の量は、１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇである。特定の実施形態では、医薬組成物の単位剤形中のＱＳ−２１の量は、５０μｇである。特定の実施形態では、アジュバントは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【０１７９】
５．５  使用方法
本明細書に開示される組成物（例えば、医薬組成物）、ワクチン製剤、および単位剤形は、細胞免疫応答を誘導するために有用である。ストレスタンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の交差提示経路を介して（例えば、膜受容体（主にＣＤ９１）を介したマクロファージおよび樹状細胞（ＤＣ））、またはＴｏｌｌ様受容体に結合することにより、免疫原性ペプチドを送達することができ、それによってＣＤ８＋およびＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化をもたらす。ストレスタンパク質−ペプチド複合体の内在化により、ケモカインおよびサイトカイン産生を伴うＡＰＣの機能的成熟がもたらされ、ナチュラルキラー細胞（ＮＫ）、単球、Ｔｈ１およびＴｈ−２を介した免疫応答が活性化される。
【０１８０】
したがって、一態様では、本開示は、対象において抗原性ペプチドに対する細胞性免疫応答を誘導する方法であって、有効量の、本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を対象に投与することを含む、方法を提供する。別の態様では、本開示は、対象の疾患（例えば、がんまたは感染症）を治療する方法であって、有効量の、本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を対象に投与することを含む、方法を提供する。本明細書に開示される組成物（例えば、医薬組成物）、ワクチン製剤、および単位剤形はまた、対象の治療のための薬剤またはワクチンを調製する際に使用することができる。
【０１８１】
様々な実施形態では、そのような対象は、動物、例えば、哺乳動物、非ヒト霊長類、およびヒトであり得る。「動物」という用語には、ネコやイヌ等のコンパニオンアニマル、動物園の動物、シカ、キツネ、アライグマ等の野生動物、ウマ、ウシ、ヒツジ、ブタ、シチメンチョウ、アヒル、ニワトリ等の家畜、家畜、家禽、およびげっ歯類、ウサギ、モルモット等の実験動物が含まれる。特定の実施形態では、対象はがんを有する。特定の実施形態では、対象は、病原性微生物の感染症を有する。
【０１８２】
５．５．１  がんの治療
本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形は、単独で、またはがんの治療のための他の治療法と組み合わせて使用することができる。ＨＳＰ結合抗原コンジュゲートまたはペプチド中の１つ以上のＭＨＣ結合エピトープは、対象のがん細胞に存在することができる。特定の実施形態では、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープは、がんのタイプおよび／または病期に共通であるか、または頻繁に見出される。本明細書で使用されるとき、「がんで頻繁に見られる」という用語は、５％を超えるがんで見られる１つ以上の変異型ＭＨＣ結合エピトープを指す。特定の実施形態では、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープは、対象のがんに特異的である。
【０１８３】
本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を使用して治療することができるがんには、固形腫瘍、血液癌（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫、例えば、多発性骨髄腫）、および転移性病変が含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、がんは固形腫瘍である。固形腫瘍の例には、悪性腫瘍、例えば、肉腫および癌腫、例えば、例えば、様々な臓器系の腺癌、例えば、肺、乳房、卵巣、リンパ系、胃腸（例えば、結腸）、肛門、生殖器、および生殖管（例えば、腎、尿路上皮、膀胱細胞、前立腺）、咽頭、ＣＮＳ（例えば、脳、神経またはグリア細胞）、頭頸部、皮膚（例、黒色腫）、および膵臓に影響を与えるもの等、ならびに悪性腫瘍を含む腺癌、例えば、結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝臓癌、肺癌（例えば、非小細胞肺癌または小細胞肺癌）、小腸癌および食道癌が含まれる。がんは、初期、中期、後期、または転移性のがんであり得る。特定の実施形態では、がんは、ＰＤ−１活性の上昇（例えば、ＰＤ−１発現の上昇）に関連している。
【０１８４】
一実施形態では、がんは、肺癌（例えば、肺腺癌または非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）（例えば、扁平上皮および／または非扁平上皮組織を有するＮＳＣＬＣ、またはＮＳＣＬＣ腺癌））、黒色腫（例えば、進行性黒色腫）、腎癌（例えば、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌または肝内胆管細胞癌）、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫）、前立腺癌、乳癌（例えば、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、またはＨｅｒ２／ｎｅｕの１つ、２つ、または全てを発現しない乳癌、例、トリプルネガティブ乳癌）、卵巣癌、結腸直腸癌、膵臓癌、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、肛門癌、胃食道癌（例えば、食道扁平上皮癌）、中皮腫、鼻咽頭癌、甲状腺癌、頸部癌、上皮癌、腹膜癌、またはリンパ増殖性疾患（例えば、移植後のリンパ増殖性疾患）から選択される。一実施形態では、がんはＮＳＣＬＣである。一実施形態では、がんは腎細胞癌である。一実施形態では、がんは卵巣癌であり、任意選択で、卵巣癌はヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染に関連している。特定の実施形態では、卵巣癌は、白金不応性卵巣癌である。
【０１８５】
一実施形態では、癌は、血液癌、例えば、白血病、リンパ腫、または骨髄腫である。一実施形態では、がんは白血病、例えば、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性骨髄芽球性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、または有毛細胞白血病である。一実施形態では、がん癌はリンパ腫、例えば、Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞様（ＡＢＣ）びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、胚中心Ｂ細胞（ＧＣＢ）びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、再発非ホジキンリンパ腫、難治性非ホジキンリンパ腫、再発性濾胞性非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、またはリンパ腫辺縁帯リンパ腫である。一実施形態では、がんは骨髄腫、例えば多発性骨髄腫である。
【０１８６】
別の実施形態では、がんは、癌腫（例えば、進行性または転移性癌腫）、黒色腫、または肺癌腫、例えば、非小細胞肺癌腫から選択される。
【０１８７】
一実施形態では、がんは、肺癌、例えば、肺腺癌、非小細胞肺癌、または小細胞肺癌である。
【０１８８】
一実施形態では、がんは黒色腫、例えば進行性黒色腫である。一実施形態では、がんは、他の治療法に応答しない進行性または切除不能な黒色腫である。他の実施形態では、がんは、ＢＲＡＦ変異（例えば、ＢＲＡＦ  Ｖ６００変異）を伴う黒色腫である。さらに他の実施形態では、本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形は、ＢＲＡＦ阻害剤（例えば、ベムラフェニブまたはダブラフェニブ）を伴うかまたは伴わない抗ＣＴＬＡ−４抗体（例えば、イピリムマブ）による治療後に投与される。
【０１８９】
別の実施形態では、がんは、ウイルス感染、例えば、慢性ウイルス性肝炎を伴うかまたは伴わない、肝細胞癌、例えば、進行性肝癌である。
【０１９０】
別の実施形態では、がんは、前立腺癌、例えば、進行性前立腺癌である。
【０１９１】
さらに別の実施形態では、がんは骨髄腫、例えば多発性骨髄腫である。
【０１９２】
さらに別の実施形態では、がんは、腎癌、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）（例えば、転移性ＲＣＣ、明細胞腎細胞癌（ＣＣＲＣＣ）、または腎臓乳頭状細胞癌）である。
【０１９３】
さらに別の実施形態では、がんは、肺癌、黒色腫、腎臓癌、乳癌、結腸直腸癌、白血病、またはがんの転移性病変から選択される。
【０１９４】
本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形は、がんが検出されたとき、または再発のエピソードの前または最中に投与され得る。
【０１９５】
投与は、がんまたは再発の最初の兆候から開始し、その後、少なくとも症状が実質的に軽減するまで、およびその後の期間、用量を追加することができる。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、組成物は、切除された腫瘍組織から収集された代表的な抗原のセットを含む治療有効量の自己がんワクチンの産生のための不十分な量の切除された腫瘍組織（例えば、７ｇ未満、６ｇ未満、５ｇ未満、４ｇ未満、３ｇ未満、２ｇ未満、または１ｇ未満の切除された腫瘍組織）をもたらす腫瘍切除手術を受けたがんを有する対象に投与することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる  Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．２００９  Ｆｅｂ；９（２）：１７９−８６に記載されているがワクチンを参照されたい。
【０１９７】
本発明の組成物、ワクチン製剤、および単位剤形はまた、がんの再発に対する免疫化に使用することができる。個体への組成物の予防的投与は、がんの将来の再発に対する保護を与えることができる。
【０１９８】
５．５．２  感染症の治療
本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形は、単独で、または微生物感染症（例えば、病原性微生物感染症）の治療のための他の治療法と組み合わせて使用することができる。ＨＳＰ結合抗原コンジュゲートまたはペプチドの１つ以上のＭＨＣ結合エピトープを微生物から同定することができる。特定の実施形態では、１つ以上のＭＨＣ結合エピトープは、微生物または微生物に感染した細胞の表面に存在する。
【０１９９】
本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を使用して治療することができる感染症には、ウイルス感染症、細菌感染症、真菌感染症、原虫感染症、または寄生虫感染症が含まれるが、これらに限定されない。
【０２００】
本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位投与形態によって治療することができるウイルス感染症には、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、インフルエンザ（例えば、インフルエンザＡまたはインフルエンザＢ）、バリセラ、アデノウイルス、単純ヘルペスＩ型（ＨＳＶ−Ｉ）、単純ヘルペスＩＩ型（ＨＳＶ−ＩＩ）、リンダーペスト、サイウイルス、エコーウイルス、ロタウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、パピローマウイルス（例、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ））、パポバウイルス、サイトメガロウイルス、エキノウイルス、アルボウイルス、ハンタウイルス、コクサッキーウイルス、ムンプスウイルス、はしかウイルス、風疹ウイルス、ポリオウイルス、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、ヒト免疫不全ウイルスＩ型（ＨＩＶ−Ｉ）、ヒト免疫不全ウイルスＩＩ型（ＨＩＶ−ＩＩ）、デング熱ウイルス、スモールポックスウイルス、およびジカウイルスによって引き起こされるものが含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載の方法に従って治療することができるこれらのウイルスのいずれかによって引き起こされるウイルス性疾患には、発熱、免疫不全、ウイルス性髄膜炎、および脳炎が含まれるが、これらに限定されない。
【０２０１】
本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形によって治療することができる細菌感染症には、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａによって引き起こされる感染症が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載の方法に従って治療することができるこれらの細菌のいずれかによって引き起こされる細菌性疾患には、マイコバクテリア感染症、マイコプラズマ、ナイセリア、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（ライム病）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｒａｃｉｓ（炭疽病）、破傷風、連鎖状球菌、ブドウ球菌、マイコバクテリウム、百日咳、コレラ、ペスト、ジフテリア、クラミジア、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、およびレジオネラが含まれるが、これらに限定されない。
【０２０２】
本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形によって治療することができる真菌感染症には、カンジダ（例えば、  Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ）、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ  ｃａｒｉｎｉｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｋｅｒａｔｉｔｉｓ、コクシジウム菌、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、およびＣｕｒｖｕｌａｒｉａ  ｇｅｎｉｃｕｌａｔａによって引き起こされる感染症が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載の方法に従って治療できるこれらの細菌のいずれかによって引き起こされる真菌性疾患には、接合真菌症、カンジダ乳房炎、潜在性トリコスポロネミアを伴う進行性播種性トリコスポロノーシス、播種性カンジダ症、肺パラコクシジウム菌症、肺アスペルギルス症、肺糸状菌症、肺炎、クリプトコッカス性髄膜炎、コクシジウム性髄膜脳炎および脳脊髄血管炎、鼻副鼻腔真菌症、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ心内膜炎、脛骨異形成症、Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ膣炎、口腔咽頭カンジダ症、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症、足白癬、皮膚カンジダ症、真菌性胎盤炎、播種性トリコスポロン症、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、真菌性角膜炎、真菌性腹膜炎、ブドウ球菌性眼内炎、スポロトリコーシス、および皮膚糸状菌症が含まれるがこれらに限定されない。
【０２０３】
本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形によって治療することができる原虫感染症には、リーシュマニア、コクシジウム症、トリパノソーマ住血吸虫、およびマラリアによって引き起こされる感染症が含まれるが、これらに限定されない。
【０２０４】
本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形によって治療することができる寄生虫感染症には、クラミジアおよびリケッチアによって引き起こされる感染症が含まれるが、これらに限定されない。
【０２０５】
本発明の組成物、ワクチン製剤、および単位剤形は、当技術分野で知られている任意の医学的方法によって感染症を有すると診断された対象に対する免疫化に使用することができる。それらは、予防のために、病原性微生物に曝露された、病原性微生物に曝露されようとしている、またはそうでなければ感染症にかかるリスクが高い対象に対する免疫化に使用することができる。
【０２０６】
５．５．３  組み合わせ療法
組み合わせ療法は、がんまたは感染症を治療するための第２のモダリティを伴う、第１のモダリティとしての本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形の使用を指す。したがって、特定の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される対象において抗原性ペプチドに対する細胞性免疫応答を誘導する方法、または本明細書に開示される対象において疾患を治療する方法であって、有効量の、（ａ）本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形と、（ｂ）第２のモダリティと、を対象に投与することを含む、方法を提供する。
【０２０７】
一実施形態では、第２のモダリティは、非ＨＳＰモダリティ、例えば、構成要素としてＨＳＰを含まないモダリティである。このアプローチは、一般に、組み合わせ療法、補助療法、または結合療法と呼ばれる（これらの用語は互換可能に使用される）。組み合わせ療法では、相加的効力または相加的治療効果を観察することができる。治療効果が相加的よりも大きい場合、相乗的な結果が求められる。組み合わせ療法の使用はまた、第１または第２のモダリティのいずれかを単独で投与するよりも優れた治療プロファイルを提供することができる。
【０２０８】
相加効果または相乗効果により、いずれかまたは両方のモダリティの投与量および／または投与頻度を減らして、副作用を軽減することができる。特定の実施形態では、単独で投与される第２のモダリティは、対象を治療するのに臨床的に適切ではなく（例えば、対象は単一のモダリティに対して無反応または不応性である）、その結果、対象は追加のモダリティを必要とする。特定の実施形態では、対象は、第２のモダリティに応答したが、副作用、再発、抵抗性の発生等に苦しんでいるため、対象は追加のモダリティを必要とする。本発明の方法は、第２のモダリティの治療効果を改善するために、そのような対象に本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を投与することを含む。治療法の有効性は、当技術分野で知られている方法を使用して、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏでアッセイすることができる。
【０２０９】
一実施形態では、より少ない量の第２のモダリティが対象において治療上の利益を生み出すために必要とされる。特定の実施形態では、第２のモダリティの量の約１０％、２０％、３０％、４０％、および５０％の削減を達成することができる。観察可能な治療上の利益をもたらさない範囲の量を含む第２のモダリティの量は、当技術分野で周知の方法によって動物モデルで実施された用量反応実験によって決定することができる。
【０２１０】
特定の実施形態では、第２のモダリティは、ＴＣＲ、例えば、可溶性ＴＣＲまたはＴＣＲを発現する細胞を含む。特定の実施形態では、第２のモダリティは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現する細胞を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲを発現する細胞は、Ｔ細胞である。特定の実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲは、本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形中の少なくとも１つのＭＨＣ結合エピトープに結合する（例えば、特異的に結合する）。
【０２１１】
特定の実施形態では、第２のモダリティは、ＴＣＲ模倣抗体を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲ模倣抗体は、ペプチド−ＭＨＣ複合体に特異的に結合する抗体である。ＴＣＲ模倣抗体の非限定的な例は、米国特許第９，０７４，０００号、米国特許出願公開第２００９／０３０４６７９Ａ１号およびＵＳ２０１４／０１３４１９１Ａ１に開示されており、これらは全て、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、ＴＣＲ模倣抗体は、本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形中の少なくとも１つのＭＨＣ結合エピトープに結合する（例えば、特異的に結合する）。
【０２１２】
特定の実施形態では、第２のモダリティは、チェックポイント標的薬を含む。特定の実施形態では、チェックポイント標的薬は、アンタゴニスト抗ＣＴＬＡ−４抗体、アンタゴニスト抗ＰＤ−Ｌ１抗体、アンタゴニスト抗ＰＤ−Ｌ２抗体、アンタゴニスト抗ＰＤ−１抗体、アンタゴニスト抗ＴＩＭ−３抗体、アンタゴニスト抗ＬＡＧ−３抗体、アンタゴニストＣＥＡＣＡＭ１抗体、アゴニスト抗ＣＤ１３７抗体、アンタゴニスト抗ＴＩＧＩＴ抗体、アンタゴニストＶＩＳＴＡ抗体、アゴニスト抗ＧＩＴＲ抗体、およびアゴニスト抗ＯＸ４０抗体からなる群から選択される。
【０２１３】
特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、本明細書に開示される方法で第２のモダリティとして使用される。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂによって開発された、ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６としても知られている、ニボルマブである。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｍｅｒｃｋ  ＆  Ｃｏによって開発された、ランブロリズマブまたはＭＫ−３４７５としても知られるペンブロリズマブである。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、ＣｕｒｅＴｅｃｈによって開発された、ＣＴ−０１１としても知られるピディリズマブである。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅによって開発された、ＡＭＰ−５１４としても知られるＭＥＤＩ０６８０である。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されたＰＤＲ００１である。特定の態様では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されたＲＥＧＮ２８１０である。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｐｆｉｚｅｒによって開発されたＰＦ−０６８０１５９１である。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、ＢｅｉＧｅｎｅによって開発されたＢＧＢ−Ａ３１７である。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏおよびＴｅｓａｒｏによって開発されたＴＳＲ−０４２である。特定の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、Ｈｅｎｇｒｕｉによって開発されたＳＨＲ−１２１０である。
【０２１４】
本明細書に開示される治療方法において使用され得る抗ＰＤ−１抗体のさらなる非限定的な例は、以下の特許および特許出願に開示されており、それらの全ては全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる：米国特許第６，８０８，７１０号；米国特許第７，３３２，５８２号；米国特許第７，４８８，８０２号；米国特許第８，００８，４４９号；米国特許第８，１１４，８４５号；米国特許第８，１６８，７５７号；米国特許第８，３５４，５０９号；米国特許第８，６８６，１１９号；米国特許第８，７３５，５５３号；米国特許第８，７４７，８４７号；米国特許第８，７７９，１０５号；米国特許第８，９２７，６９７号；米国特許第８，９９３，７３１号；米国特許第９，１０２，７２７号；米国特許第９，２０５，１４８号；米国公開番号ＵＳ２０１３／０２０２６２３Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１３／０２９１１３６Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１４／００４４７３８Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１４／０３５６３６３Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１６／００７５７８３Ａ１；ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１３／０３３０９１Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／０３６３９４Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／１７９６６４Ａ２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／２０９８０４Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／２０６１０７Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／０５８５７３Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／０８５８４７Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／２００１１９Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／０１５６８５Ａ１；およびＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／０２０８５６Ａ１。
【０２１５】
特定の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、本明細書に開示される方法で第２のモダリティとして使用される。特定の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されたアテゾリズマブである。特定の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、Ｃｅｌｇｅｎｅ、およびＭｅｄｉｍｍｕｎｅによって開発されたデュルバルマブである。特定の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、Ｍｅｒｃｋ  ＳｅｒｏｎｏおよびＰｆｉｚｅｒにより開発された、ＭＳＢ００１０７１８Ｃとしても知られるアベルマブである。特定の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂによって開発されたＭＤＸ−１１０５である。特定の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＡｍｐｌｉｍｍｕｎｅおよびＧＳＫによって開発されたＡＭＰ−２２４である。
【０２１６】
本明細書に開示される治療方法に使用され得る抗ＰＤ−Ｌ１抗体の非限定的な例は、以下の特許および特許出願に開示されており、それらの全ては全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる：米国特許第７，９４３，７４３号；米国特許第８，１６８，１７９号；米国特許第８，２１７，１４９号；米国特許第８，５５２，１５４号；米国特許第８，７７９，１０８号；米国特許第８，９８１，０６３号；米国特許第９，１７５，０８２号；米国公開番号ＵＳ２０１０／０２０３０５６Ａ１；米国公開番号ＵＳ２００３／０２３２３２３Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１３／０３２３２４９Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１４／０３４１９１７Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１４／００４４７３８Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１５／０２０３５８０Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１５／０２２５４８３Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１５／０３４６２０８Ａ１；米国公開番号ＵＳ２０１５／０３５５１８４Ａ１；ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／１０００７９Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／０２２７５８Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／０５５８９７Ａ２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／０６１６６８Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／１０９１２４Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／１９５１６３Ａ１；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／０００６１９Ａ１；およびＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／０３０３５０Ａ１。
【０２１７】
特定の実施形態では、ＩＤＯ（インドールアミン−（２，３）−ジオキシゲナーゼ）および／またはＴＤＯ（トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ）等の免疫調節酵素を標的とする化合物は、本明細書に開示される方法における第２のモダリティとして使用される。したがって、一実施形態では、化合物は、インドールアミン−（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の阻害剤等の免疫調節酵素を標的とする。特定の実施形態では、そのような化合物は、エパカドスタット（Ｉｎｃｙｔｅ  Ｃｏｒｐ；例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ２０１０／００５９５８を参照されたい）、Ｆ００１２８７（Ｆｌｅｘｕｓ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ／Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、インドキシモド（ＮｅｗＬｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、およびＮＬＧ９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）からなる群から選択される。一実施形態では、化合物はエパカドスタットである。別の実施形態では、化合物はＦ００１２８７である。別の実施形態では、化合物はインドキシモドである。別の実施形態では、化合物はＮＬＧ９１９である。特定の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＩＭ−３（例えば、ヒトＴＩＭ−３）抗体は、がんを治療するためのＩＤＯ阻害剤と組み合わせて対象に投与される。がんの治療に使用する本明細書に記載のＩＤＯ阻害剤は、錠剤、丸剤またはカプセルなどの医薬組成物の固体剤形で存在し、医薬組成物はＩＤＯ阻害剤および薬学的に許容される賦形剤を含む。したがって、本明細書に記載の抗体と本明細書に記載のＩＤＯ阻害剤は、別々の剤形として別々に、逐次的に、または同時に投与することができる。一実施形態では、抗体は非経口投与され、ＩＤＯ阻害剤は経口投与される。特定の実施形態では、阻害剤は、エパカドスタット（Ｉｎｃｙｔｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、Ｆ００１２８７（Ｆｌｅｘｕｓ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ／Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、インドキシモド（ＮｅｗＬｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、およびＮＬＧ９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）からなる群から選択される。エパカドスタットは、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１０／００５９５８号に記載されている。一実施形態では、阻害剤はエパカドスタットである。別の実施形態では、阻害剤はＦ００１２８７である。別の実施形態では、阻害剤はインドキシモドである。別の実施形態では、阻害剤はＮＬＧ９１９である。
【０２１８】
特定の実施形態では、第２のモダリティは、がんまたは感染症を治療するための異なるワクチン（例えば、ペプチドワクチン、ＤＮＡワクチン、またはＲＮＡワクチン）を含む。特定の実施形態では、ワクチンは、熱ショックタンパク質ベースの腫瘍ワクチンまたは熱ショックタンパク質ベースの病原体ワクチン（例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ２０１６／１８３４８６に記載されるようなワクチン）である。特定の実施形態では、第２のモダリティは、ストレスタンパク質ベースのワクチンを含む。例えば、特定の実施形態では、第２のモダリティは、第１のモダリティとは異なる、本明細書に開示される組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を含む。特定の実施形態では、第２のモダリティは、ＨＳＰ結合ペプチドの異なる配列を有することを除いて、本明細書に開示されるものと類似の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形を含む。特定の実施形態では、ストレスタンパク質ベースのワクチンは、ワクチンによって誘発される免疫が、各対象のがんによって発現される独特の抗原性ペプチドレパートリーに対して特異的に向けられるように、腫瘍調製物に由来する。
【０２１９】
特定の実施形態では、第２のモダリティは、本明細書に開示されるワクチン製剤に含まれ得る上述に開示されるもの等の１つ以上のアジュバントを含む。特定の実施形態では、第２のモダリティは、サポニン、免疫刺激性核酸、および／またはＱＳ−２１を含む。特定の実施形態では、第２のモダリティは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【０２２０】
特定の実施形態では、第２のモダリティは、レナリドマイド、デキサメタゾン、インターロイキン−２、組換えインターフェロンアルファ−２ｂ、およびペグインターフェロンアルファ−２ｂからなる群から選択される１つ以上の薬剤を含む。
【０２２１】
特定の実施形態では、医薬組成物、ワクチン製剤、または単位剤形が、がんを有する対象を治療するために使用される場合、第２のモダリティは、化学療法剤または放射線療法剤を含む。特定の実施形態では、化学療法剤は低メチル化剤（例えば、アザシチジン）である。
【０２２２】
特定の実施形態では、病原性微生物の感染を有する対象を治療するために医薬組成物、ワクチン製剤、または単位剤形が使用される場合、第２のモダリティは、感染症の治療のための１つ以上の抗感染性介入（例えば、抗ウイルス剤、抗菌剤、抗真菌剤、または抗蠕虫薬）を含む。
【０２２３】
本発明の組成物、ワクチン製剤、または単位剤形は、同じまたは異なる送達経路によって、第２のモダリティ（例えば、化学療法、放射線療法、チェックポイント標的薬、ＩＤＯ阻害剤、ワクチン、アジュバント、可溶性ＴＣＲ、ＴＣＲを発現する細胞、ＣＡＲを発現する細胞、および／またはＴＣＲ模倣抗体）と別に、逐次的に、または同時に投与することができる。
【０２２４】
５．５．４  投与レジメン
本明細書に開示される組成物またはワクチン製剤の投与量、および組み合わせ療法が投与される場合の追加の治療モダリティの投与量は、治療される対象の体重および総合的な健康状態、ならびに治療の頻度および投与経路に大きく依存する。この使用に有効な量は、疾患の病期および重症度、ならびに処方する医師の判断にも依存するが、一般に、初期免疫（すなわち、治療的投与）の範囲は、７０ｋｇの患者について本明細書に開示される組成物のいずれか１つの約１．０μｇ〜約１０００μｇ（１ｍｇ）（例えば、１０、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２４０、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００を含む、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、または１０００μｇ）であり、続いて、患者の血液中の特定のＣＴＬ活性を測定することによる患者の応答と状態に応じて、数週間から数か月にわたる追加免疫レジメンに準拠する、組成物の約１．０μｇ〜約１０００μｇ（例えば、１０、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００を含む、７５０、８００、８５０、９００、９５０、または１０００μｇ）の追加免疫投与量である。部位、用量、頻度を含む継続治療のレジメンは、初期応答と臨床的判断によって導かれる可能性がある。アジュバントの投与量範囲およびレジメンは当業者に知られている。例えば、Ｖｏｇｅｌ  ａｎｄ  Ｐｏｗｅｌｌ，１９９５，Ａ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ａｎｄ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ；Ｍ．Ｆ．Ｐｏｗｅｌｌ，Ｍ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ  （ｅｄｓ．），Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｐａｇｅｓ  １４１−２２８を参照されたい。
【０２２５】
好ましいアジュバントには、ＱＳ−２１、例えば、ＱＳ−２１Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（登録商標）、およびＣｐＧオリゴヌクレオチドが含まれる。ＱＳ−２１の例示的な投与量範囲は、投与あたり１μｇ〜２００μｇである。他の実施形態では、ＱＳ−２１の投与量は、投与あたり１０、２５、および５０μｇであり得る。特定の実施形態では、アジュバントは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含む。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ４のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ７および／またはＴＬＲ８のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ９のアゴニストである。特定の実施形態では、ＴＲＬアゴニストは、ＴＬＲ５のアゴニストである。
【０２２６】
特定の実施形態では、組成物の投与量は、投与経路および組成物中のＨＳＰのタイプに依存する。例えば、組成物中のＨＳＰの量は、例えば、投与あたり５〜１０００μｇ（１ｍｇ）の範囲であり得る。特定の実施形態では、Ｈｓｃ７０−、Ｈｓｐ７０−および／またはＧｐ９６−ポリペプチド複合体を含む組成物の投与量は、例えば、５、１０、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、２５０、３００、４００、５００、６００、７００、７５０、８００、９００、または１０００μｇである。特定の実施形態では、組成物の投与量は、投与あたり約１０〜６００μｇの範囲であり、組成物が皮内投与される場合は約５〜１００μｇの範囲である。特定の実施形態では、組成物の投与量は、約５μｇ〜６００μｇ、約５μｇ〜３００μｇ、約５μｇ〜１５０μｇ、または約５μｇ〜６０μｇである。特定の実施形態では、組成物の投与量は、１００μｇ未満である。特定の実施形態では、組成物の投与量は、約５μｇ、２５μｇ、５０μｇ、または２４０μｇである。特定の実施形態では、ストレスタンパク質とポリペプチドとの複合体を含む組成物は、精製される。
【０２２７】
治療レジメンの一実施形態では、そのような哺乳動物とヒトとの相対的なリンパ節のサイズに基づいて、より小さな非ヒト動物（例えば、マウスまたはモルモット）で有効であると観察されたものと実質的に同等の投与量が、任意選択で５０倍の増加を超えない補正係数を条件として、ヒト投与に有効である。具体的には、ヒト用量の抗原分子に非共有結合または混合されたストレスタンパク質（またはＨＳＰ）の種間用量反応同等性は、マウスで観察された治療用量と単一のスケーリング比の積として推定され、５０倍の増加を超えない。特定の実施形態では、組成物の投与量は、外挿によって推定された投与量よりもはるかに少なくすることができる。
【０２２８】
上述の用量は、毎日または１日おき、毎週、隔週、または毎月等、１年または１年以上までの期間、１回または繰り返し投与することができる。投与は、好ましくは、約５２週間以上の期間、２８日に１回与えられる。
【０２２９】
一実施形態では、組成物は、追加の治療モダリティまたは複数のモダリティと同時に合理的に対象に投与される。この方法は、２つの投与が、例えば、同じ医師への来院において、１分未満から約５分、または互いに最大約６０分の時間枠内で実行されることを提供する。
【０２３０】
別の実施形態では、組成物および追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、まったく同時に投与される。
【０２３１】
さらに別の実施形態では、組成物および追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、本発明の複合体と追加の治療モダリティまたはモダリティとが一緒に作用して、それらが単独で投与された場合よりも増加した利益を提供できるように、逐次的にかつ時間間隔内に投与される。
【０２３２】
別の実施形態では、組成物と追加の治療モダリティまたは複数のモダリティとは、所望の治療的または予防的結果を提供するように、時間的に十分に接近して投与される。それぞれを同時にまたは別々に、適切な形態で、適切な経路で投与することができる。一実施形態では、本発明の複合体および追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、異なる投与経路によって投与される。代替的な実施形態では、それぞれが同じ投与経路によって投与される。組成物は、同じまたは異なる部位、例えば、腕と脚に投与することができる。同時に投与される場合、組成物と追加の治療モダリティまたは複数のモダリティとは、混合して、または同じ投与経路によって同じ投与部位に投与されてもされなくてもよい。
【０２３３】
様々な実施形態では、組成物および追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、１時間未満の間隔で、約１時間間隔で、１時間から２時間間隔で、２時間から３時間間隔で、３時間から４時間間隔で、４時間から５時間間隔で、５時間から６時間間隔で、６時間から７時間間隔で、７時間から８時間間隔で、８時間から９時間間隔で、９時間から１０時間間隔で、１０時間から１１時間間隔で、１１時間から１２時間間隔で、２４時間以下の間隔で、または４８時間以下の間隔で投与される。他の実施形態では、組成物およびワクチン組成物は、２から４日間隔で、４から６日間隔で、１週間間隔で、１から２週間間隔で、２から４週間間隔で、１ヶ月間隔で、１から２ヶ月間隔で、または２か月以上の間隔で投与される。好ましい実施形態では、組成物と追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、両方がまだ活性である時間枠で投与される。当業者は、投与された各成分の半減期を決定することにより、そのような時間枠を決定することができるであろう。
【０２３４】
特定の実施形態では、組成物は、少なくとも４週間、毎週対象に投与される。特定の実施形態では、４週間の投与後、組成物の少なくとも２回（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）のさらなる用量が、対象に隔週で投与される。特定の実施形態では、組成物は、最後の毎週または隔週の投与の３ヶ月後に追加免疫として投与される。３ヶ月の追加免疫は、対象の生涯にわたって投与することができる（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、５０、またはそれ以上の年）。特定の実施形態では、対象に投与される組成物の総投与回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０である。
【０２３５】
一実施形態では、組成物および追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、同じ患者の来院内で投与される。特定の実施形態では、組成物は、追加の治療モダリティまたは複数のモダリティの投与の前に投与される。代替的な特定の実施形態では、組成物は、追加の治療モダリティまたは複数のモダリティの投与に続いて投与される。
【０２３６】
特定の実施形態では、組成物および追加の治療モダリティまたは複数のモダリティは、対象に周期的に投与される。周期的な療法は、一定期間の組成物の投与、続いて一定期間のモダリティの投与、およびこの逐次的投与を繰り返すことを含む。周期的な療法は、１つ以上の療法に対する耐性の発生を低減し、１つの療法の副作用を回避または低減し、および／または治療の有効性を改善することができる。そのような実施形態では、本開示は、組成物の交互投与と、それに続く４〜６日後、好ましくは２〜４日後、より好ましくは１〜２日後のモダリティの投与を企図し、このような周期は、必要に応じて何度も繰り返すことができる。特定の実施形態では、組成物およびモダリティは、３週間未満の周期で、２週間に１回、１０日に１回、または毎週１回交互に投与される。特定の実施形態では、組成物は、モダリティの投与後１時間から２４時間の時間枠内で対象に投与される。徐放型または連続放出型のモダリティ送達システムを使用する場合、時間枠をさらに数日以上に延長することができる。
【０２３７】
５．５．５  投与経路
本明細書に開示される組成物は、任意の所望の投与経路を使用して投与することができる。経口、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、粘膜、鼻腔内、腫瘍内、およびリンパ節内の経路を含むがこれらに限定されない、上述の組成物を導入するために多くの方法を使用することができる。非粘膜投与経路には、皮内投与および局所投与が含まれるが、これらに限定されない。粘膜投与経路には、経口、直腸、および鼻への投与が含まれるが、これらに限定されない。皮内投与の利点には、それぞれ低用量の使用と迅速な吸収が含まれる。皮下または筋肉内投与の利点には、それぞれいくつかの不溶性懸濁液および油性懸濁液への適合性が含まれる。粘膜投与用の調製物は、以下に記載されるような様々な製剤に適している。
【０２３８】
溶解性および投与部位は、組成物の投与経路を選択する際に考慮されるべき因子である。投与方法は、上述の投与経路を含む複数の投与経路間で変えることができる。
【０２３９】
組成物が水溶性である場合、それは、適切な緩衝液、例えば、リン酸緩衝生理食塩水または他の生理学的に適合性のある溶液、好ましくは無菌で処方され得る。代替的に、組成物が水性溶媒への溶解度が低い場合、それは、Ｔｗｅｅｎまたはポリエチレングリコール等の非イオン性界面活性剤で製剤化され得る。したがって、組成物は、吸入または吹送（口または鼻のいずれかを介して）または経口、口腔、非経口、または直腸投与による投与用に製剤化することができる。
【０２４０】
経口投与の場合、組成物は、液体形態、例えば、溶剤、シロップ剤または懸濁剤であり得るか、または使用前に水または他の適切なビヒクルで再構成するための製剤として提供され得る。そのような液体調製物は、懸濁剤（例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体または水素化食用脂肪）、乳化剤（例えば、レシチンまたはアカシアゴム）、非水性ビヒクル（例えば、アーモンドオイル、油性エステル、または画分化植物油）、および保存剤（例えば、メチルまたはプロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸またはソルビン酸）等の薬学的に許容される添加剤を用いた従来の手段によって調製することができる。組成物は、例えば、結合剤（例えばアルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、もしくはヒドロキシプロピルメチルセルロース）；充填剤（例えばラクトース、結晶セルロース、もしくはリン酸水素カルシウム）；潤滑剤（例えばステアリン酸マグネシウム、タルク、もしくはシリカ）；崩壊剤（例えばジャガイモデンプンもしくはデンプングリコール酸ナトリウム）；または湿潤剤（例えばラウリル硫酸ナトリウム）等の薬学的に許容可能な賦形剤と共に従来の手段によって調製された錠剤またはカプセル剤の形態をとることができる。錠剤は、当該技術分野において公知の方法によってコーティングされ得る。
【０２４１】
経口投与用の組成物は、制御されたおよび／または時限的に放出されるように適切に製剤化され得る。
【０２４２】
口腔投与の場合、組成物は、従来の方法で製剤化された錠剤またはロゼンジの形態をとることができる。
【０２４３】
製剤は、注射、例えば、ボーラス注射または持続注入による非経口投与用に製剤化することができる。注射用製剤は、例えば、保存剤を加えたアンプルまたは複数用量容器内に、単位剤形として提供されてもよい。製剤は、油性もしくは水性ビヒクル中の懸濁剤、液剤、または乳剤のような形態を取り得、懸濁剤、安定剤、および／または分散剤のような配合剤を含むことができる。代替的に、有効成分は、使用前に、適切なビヒクル、例えば、無菌のパイロジェンフリー水で構成するための粉末形態であり得る。
【０２４４】
製剤はまた、例えば、カカオバターまたは他のグリセリド等の従来の坐剤基剤を含む、坐剤または保持浣腸等の直腸製剤に製剤化することができる。
【０２４５】
上述の製剤に加えて、製剤はまた、デポー製剤として製剤化され得る。そのような長時間作用型製剤は、移植（例えば、皮下または筋肉内）または筋肉内注射によって投与することができる。したがって、例えば、製剤は、適切なポリマーまたは疎水性材料（例えば、許容可能な油中のエマルジョンとして）またはイオン交換樹脂として、または難溶性誘導体として、例えば、難溶性塩として製剤化され得る。リポソームおよびエマルジョンは、親水性薬物の送達ビヒクルまたは担体のよく知られた例である。
【０２４６】
吸入による投与の場合、組成物は、適切な噴射剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素または他の適切なガスを使用して、加圧パックまたはネブライザーからのエアゾールスプレー提供の形態で都合よく送達される。加圧エアロゾルの場合、用量単位は、計量された量を送達するための弁を提供することによって決定することができる。吸入器または吹送器において使用するための例えばゼラチンのカプセルおよびカートリッジは、化合物とラクトースまたはデンプン等の適切な粉末基剤との粉末混合物を含むように製剤化することができる。
【０２４７】
５．５．６  患者（対象）の評価
本明細書に開示される組成物で治療された患者は、抗腫瘍免疫応答について試験され得る。これに関して、患者からの末梢血を採取し、抗腫瘍免疫のマーカーについてアッセイすることができる。標準的な実験手順を使用して、末梢血から白血球を採取し、様々な免疫細胞の表現型の頻度、ＨＬＡサブタイプ、および抗腫瘍免疫細胞の機能についてアッセイすることができる。
【０２４８】
抗腫瘍反応におけるエフェクター免疫細胞の大部分はＣＤ８＋Ｔ細胞であり、したがってＨＬＡクラスＩに拘束されている。他の腫瘍タイプで免疫療法戦略を使用すると、ＨＬＡクラスＩ拘束抗原を認識するＣＤ８＋細胞の増殖が大多数の患者に見られる。しかしながら、ＣＤ４＋Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞等、抗原提示細胞として機能する可能性のある他の細胞タイプが抗腫瘍免疫応答に関与している。Ｔ細胞（ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、およびＴｒｅｇ細胞）、マクロファージ、および抗原提示細胞の集団は、フローサイトメトリーを使用して決定できる。ＨＬＡタイピングは、Ｂｏｅｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２０１２，４：１０２  （ｓｅｑ２ＨＬＡ）に記載されている方法等、当技術分野の日常的な方法を使用して、またはＴｒｕＳｉｇｈｔ（登録商標）ＨＬＡシーケンシングパネル（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．）を使用して実行できる。ＣＤ８＋Ｔ細胞のＨＬＡサブタイプは、補体依存性微小細胞傷害性試験によって決定できる。
【０２４９】
抗腫瘍Ｔ細胞応答が増加しているかどうかを判断するために、酵素結合免疫スポットアッセイを実行して、ＩＦＮγ産生末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を定量化することができる。この技法は、抗原認識と免疫細胞機能のアッセイを提供する。いくつかの実施形態では、ワクチンに臨床的に応答する対象は、腫瘍特異的Ｔ細胞および／またはＩＦＮγ産生ＰＢＭＣの増加を有し得る。いくつかの実施形態では、免疫細胞頻度は、フローサイトメトリーを使用して評価される。いくつかの実施形態では、抗原認識および免疫細胞機能は、酵素結合免疫スポットアッセイを使用して評価される。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、アッセイのパネルは、組成物に対して単独で、または標準治療（例えば、最大の外科的切除、放射線療法、および多形性膠芽腫に対するテモゾロミドとの併用および補助化学療法）と組み合わせてもたらされる免疫応答を特徴評価するために実施され得る。いくつかの実施形態では、アッセイのパネルは、以下の試験のうちの１つ以上を含む：全血細胞数、絶対リンパ球数、単球数、ＣＤ４＋ＣＤ３＋Ｔ細胞のパーセンテージ、ＣＤ８＋ＣＤ３＋Ｔ細胞のパーセンテージ、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞のパーセンテージ、およびその他のＰＢＬ表面マーカーの表現型、タンパク質レベルで炎症誘発性サイトカインを検出する細胞内サイトカイン染色、ｍＲＮＡレベルでサイトカインを検出するｑＰＣＲ、Ｔ細胞増殖をアッセイするＣＦＳＥ希釈。
【０２５１】
対象を評価する際に、対象の総合的な健康状態を決定するために、他の多くの試験を実施することができる。例えば、血液試料は、対象から採取され、血液学、凝固時間、および血清生化学について分析され得る。ＣＢＣの血液学には、赤血球数、血小板、ヘマトクリット値、ヘモグロビン、白血球（ＷＢＣ）数に加えて、好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球、および単球の絶対数を提供するＷＢＣ百分率検査を含み得る。血清生化学には、アルブミン、アルカリホスファターゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼ、総ビリルビン、ＢＵＮ、グルコース、クレアチニン、カリウム、およびナトリウムが含まれ得る。プロトロンビン時間（ＰＴ）および部分トロンボプラスチン時間（ＰＴＴ）も試験できる。次の検査の１つ以上も実施できる：抗甲状腺（抗ミクロソームまたはサイログロブリン）抗体検査、抗核抗体の評価、およびリウマチ因子。尿検査は、尿中のタンパク質、ＲＢＣ、およびＷＢＣレベルを評価するために実行される場合がある。また、組織適合性白血球抗原（ＨＬＡ）の状態を判断するための採血を行うこともできる。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、放射線学的腫瘍評価は、腫瘍のサイズおよび状態を評価するために、治療全体を通して１回または複数回実行される。例えば、腫瘍評価スキャンは、手術前３０日以内、手術後４８時間以内（例えば、切除率を評価するため）、最初のワクチン接種の１週間（最大１４日）前（例えば、ベースライン評価として）、およびその後の特定の期間に約８週間ごとに実施され得る。ＭＲＩまたはＣＴイメージングを使用できる。通常、ベースライン評価に使用されるのと同じ画像診断法が、各腫瘍評価訪問に使用される。
【０２５３】
５．６  キット
本明細書に開示される予防的および治療的方法を実施するためのキットも提供される。キットは、任意選択で、キットの様々な構成要素を使用する方法に関する使用説明書をさらに含み得る。
【０２５４】
特定の実施形態では、キットは、本明細書に開示される組成物を含む第１の容器と、１つ以上のアジュバントを含む第２の容器とを含む。アジュバントは、本明細書に開示される任意のアジュバント、例えば、サポニン、免疫刺激性核酸、またはＱＳ−２１（例えば、ＱＳ−２１  Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（登録商標））であり得る。特定の実施形態では、キットは、追加の治療モダリティを含む第３の容器をさらに含む。キットは、例えば、本明細書のセクション５．５に開示されるような、組成物、アジュバント、および追加の治療モダリティの適応症、投与レジメン、および投与経路に関する使用説明書をさらに含むことができる。
【０２５５】
代替的に、キットは、本明細書に開示される組成物のストレスタンパク質およびポリペプチドを別々の容器に含むことができる。特定の実施形態では、キットは、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチドを含む第１の容器と、ポリペプチドに結合することができる精製されたストレスタンパク質を含む第２の容器とを含む。
【０２５６】
第１の容器は、任意の数の異なるポリペプチドを含むことができる。例えば、特定の実施形態では、第１の容器は、１００以下の異なるポリペプチド、例えば、２〜５０、２〜３０、２〜２０、５〜２０、５〜１５、５〜１０、または１０〜１５の異なるポリペプチドを含む。特定の実施形態では、異なるポリペプチドのそれぞれは、同じＨＳＰ結合ペプチドと異なる抗原性ペプチドとを含む。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドの総量は、単位投与量に適切な量である。特定の実施形態では、第１の容器中のポリペプチドの総量は、約０．１〜２０ｎｍｏｌ（例えば、３、４、５、または６ｎｍｏｌ）である。
【０２５７】
第２の容器は、本明細書に開示される任意のストレスタンパク質を含むことができる。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、またはカルレティキュリン、およびそれらの変異体または融合タンパク質からなる群から選択される。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）である。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、組換えタンパク質である。特定の実施形態では、第２の容器内のストレスタンパク質の総量は、約１０μｇ〜６００μｇ（例えば、２５０μｇ〜２９０μｇ）である。特定の実施形態では、第２の容器内のストレスタンパク質の総量は、約５０μｇ、１００μｇ、２００μｇ、３００μｇ、４００μｇ、または５００μｇである。特定の実施形態では、医薬組成物中のストレスタンパク質の量は、約３００μｇである。特定の実施形態では、第２の容器中のストレスタンパク質の総モル量は、第１の容器中のポリペプチドの総モル量に基づいて計算され、その結果、ポリペプチド：ストレスタンパク質のモル比は、約０．５：１〜５：１（例えば、約１：１〜２：１、例えば、約１：１、１．２５：１、または１．５：１）となる。特定の実施形態では、第２の容器内のストレスタンパク質の総量は、複数回の投与のための量である（例えば、１ｍｇ、３ｍｇ、１０ｍｇ、３０ｍｇ、または１００ｍｇ以下）。
【０２５８】
特定の実施形態では、キットは、第１の容器内のポリペプチドと第２の容器内のストレスタンパク質とから組成物を調製するための使用説明書（例えば、本明細書のセクション５．４．２に開示される複合体形成反応のための使用説明書）をさらに含む。
【０２５９】
特定の実施形態では、キットは、１つ以上のアジュバントを含む第３の容器をさらに含む。アジュバントは、本明細書に開示される任意のアジュバント、例えば、サポニン、免疫刺激性核酸、またはＱＳ−２１（例えば、ＱＳ−２１  Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（登録商標））であり得る。特定の実施形態では、キットは、追加の治療モダリティを含む第４の容器をさらに含む。キットは、例えば、本明細書のセクション５．５に開示されているような、ポリペプチドおよびストレスタンパク質、アジュバント、および追加の治療モダリティから調製された組成物の適応症、投与レジメン、および投与経路に関する使用説明書をさらに含むことができる。
【０２６０】
特定の実施形態では、容器内の組成物、ポリペプチド、ストレスタンパク質、アジュバント、および追加の治療モダリティは、がんまたは感染症を治療するのに有効な所定の量で存在する。必要に応じて、組成物は、組成物の１つ以上の単位剤形を含み得るパックまたはディスペンサーデバイスで提供することができる。パックは、例えば、ブリスターパック等の金属またはプラスチック箔を含み得る。パックまたはディスペンサーデバイスには、投与のための使用説明書が添付されてもよい。
【０２６１】
５．７  ＨＰＶペプチド
別の態様では、本開示は、ＨＳＰ結合ペプチドとヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）（例えば、ＨＰＶ１６またはＨＰＶ１８）由来のアミノ酸配列とを含むポリペプチドを提供する。このようなアミノ酸配列は、本明細書ではＨＰＶペプチドとも呼ばれる。
【０２６２】
ＨＰＶペプチドは、表３に開示されている任意のアミノ酸配列を含むことができる。特定の実施形態では、ＨＰＶに由来するアミノ酸配列は、配列番号３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、または５３のアミノ酸配列からなる。
【０２６３】
【表３】
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【０２６４】
ＨＳＰ結合ペプチドは、セクション５．２に開示されている任意のＨＳＰ結合ペプチド、または当技術分野で知られている任意のＨＳＰ結合ペプチドであり得る（例えば、そのそれぞれが、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、ＵＳ２０１６／０３３１８２１Ａ１およびＵＳ７３０９４９１Ｂ２を参照されたい）。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号１、２、３、４、または２３２のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号５、６、７、８、９、１０、１１、１２、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、２０４、２０５、２０７、２０８、２０９、２１０、２１１、２１２、２１３、２１４、または２１５のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨＳＰ結合ペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列を含む。
【０２６５】
ＨＰＶペプチドは、本明細書（例えば、セクション５．３に）に開示されている任意のリンカーを介してＨＳＰ結合ペプチドに連結することができる。特定の実施形態では、ＨＰＶペプチドは、ペプチドリンカーを介してＨＳＰ結合ペプチドに連結されている。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは、ＦＲまたはＦＦＲＫのアミノ酸配列（配列番号１３）を含む。
【０２６６】
特定の実施形態では、ＨＰＶペプチドは、配列番号５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、または６９のアミノ酸配列を含む。
【０２６７】
【表４】
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【０２６８】
別の態様では、本開示は、複数の異なるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供し、各ポリペプチドは、ＨＳＰ結合ペプチドとＨＰＶペプチドとを含む。特定の実施形態では、少なくとも１つのＨＰＶペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３８〜５３からなる群から選択される。特定の実施形態では、各ＨＰＶペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３８〜５３からなる群から選択される。特定の実施形態では、組成物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の異なるＨＰＶペプチドを含む。
【０２６９】
特定の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５４〜６９からなる群から選択される。特定の実施形態では、各ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５４〜６９からなる群から選択される。特定の実施形態では、組成物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の異なるポリペプチドを含む。
【０２７０】
特定の実施形態では、組成物は、精製されたストレスタンパク質をさらに含む。本明細書（例えば、セクション５．４）に開示されている任意のストレスタンパク質を使用することができる。例えば、特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１１０、Ｇｒｐ１７０、Ｇｐ９６、カルレティキュリン、およびそれらの変異体または融合タンパク質からなる群から選択される。特定の実施形態では、ストレスタンパク質は、Ｈｓｃ７０（例えば、ヒトＨｓｃ７０）である。
【０２７１】
ポリペプチド対ストレスタンパク質の比率は、本明細書に開示される任意の比率、例えば、約０．５：１〜５：１であり得る。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質の比率は、約１：１〜２：１である。特定の実施形態では、ポリペプチド対ストレスタンパク質の比は、約１：１、１．２５：１、または１．５：１である。また、ポリペプチドおよびストレスタンパク質の量は、本明細書のセクション５．４に開示されている任意の量であり得る。特定の実施形態では、組成物は単位剤形である。
【０２７２】
別の態様では、本開示は、本明細書に開示される組成物を単一の容器または別個の容器のいずれかに含み、任意選択で、本明細書のセクション５．６に開示される、１つ以上のアジュバントおよび追加の治療法を含む容器をさらに含むキットを提供する。
【０２７３】
別の態様では、本開示は、対象においてＨＰＶペプチドに対する細胞性免疫応答を誘導する方法であって、有効量の、このセクションに開示されるような組成物を対象に投与することを含む、方法を提供する。別の態様では、本開示は、対象のＨＰＶ関連疾患を治療する方法であって、有効量の、このセクションに開示されるような有組成物を対象に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態では、ＨＰＶ関連疾患は、がん（例えば、子宮頸癌）である。特定の実施形態では、ＨＰＶはＨＰＶ１６またはＨＰＶ１８である。本明細書のセクション５．５．４に開示されている任意の投与レジメンおよび本明細書のセクション５．５．５に開示されている任意の投与経路を使用することができる。方法は、本明細書のセクション５．５．３に開示されるような追加の治療モダリティをさらに含むことができ、本明細書のセクション５．５．６に開示されるような患者評価ステップをさらに含むことができる。
【実施例】
【０２７４】
このセクション（すなわち、セクション６）の例は、例示のために提供されるものであり、限定のためのものではない。
【０２７５】
６．１  実施例１：Ｈｓｃ７０に高い親和性で結合するペプチドの同定
この実施例は、ＮＬＬＲＬＴＧ（配列番号７０）のアミノ酸配列を有する熱ショックタンパク質結合ペプチドと比較して、ＨＳＰへの結合が改善された熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）結合ペプチドの設計を記載する（全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＵＳ２０１６／０３３１８２１Ａ１として公開された米国特許出願を参照されたい）。
【０２７６】
６．１．１  ペプチドのＨｓｃ７０への結合
ヒトＨｓｃ７０に高い親和性で結合するペプチドを同定するために、ＮＬＬＲＬＴＧ（配列番号７０）配列のバリアントを設計し、ＦＦＲＫ（配列番号１３）のアミノ酸配列を有するリンカーをＮ末端に付加した。合成および試験されたペプチドのアミノ酸配列を表５に示す。
【０２７７】
【表５】
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【０２７８】
ペプチドは、Ｓｙｍｐｈｏｎｙ−Ｘ自動シンセサイザー（Ｇｙｒｏｓ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ）で、ポリスチレンｗａｎｇ（ＰＳ−Ｗａｎｇ）樹脂をプリロードした標準的なＦｍｏｃ固相化学合成を使用して合成した。Ｆｍｏｃで保護されたＬ−アミノ酸は、標準的なＨＣＴＵ／ＮＭＭ活性化化学で適用された。レジン置換に関しては、５倍過剰のアミノ酸、５倍過剰の活性化試薬（ＨＣＴＵ）、および１０倍過剰のＮ−メチルモルホリンを使用して、アミノ酸をカップリングしてペプチド結合を作成した。反応は、合成全体を通して不完全なカップリングに対して二重カップリングサイクルで６分間行った。これらのステップは、所望の配列が得られるまで繰り返された。合成の最後に、樹脂をジクロロメタン（ＤＣＭ）で洗浄し、乾燥させた。ペプチドの組み立てが完了したら、樹脂を別の切断容器に移して、ペプチドを樹脂から切断した。切断カクテル試薬トリフルオロ酢酸：ジチオスレイトール水：トリイソプロピルシラン（８８：５：５：２ｖ／ｗ／ｖ／ｖ）を樹脂と混合し、２５℃で４時間撹拌した。粗ペプチドを濾過により樹脂から単離し、Ｎ２ガスで蒸発させた後、冷却したジエチルエーテルで沈殿させ、−２０℃で１２時間保存した。沈殿したペプチドを遠心分離し、エーテルで２回洗浄し、乾燥させ、選択した溶媒に溶解し、凍結乾燥して、粗乾燥粉末を生成した。粗ペプチドは、水（０．１％ＴＦＡ）−アセトニトリル（０．１％ＴＦＡ）勾配を使用したＣ１８カラム（Ｕｌｔｉｍａｔｅ  ３０００、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用した分取ＨＰＬＣで精製した。ペプチドの純度は、分析用Ｃ１８カラムを使用して試験した。さらなる特性評価は、６５５０  Ｑ−ＴＯＦ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）質量分析によって確認された。
【０２７９】
個々のペプチドを１００％ＤＭＳＯ中に１０ｍｇ／ｍｌで可溶化し、続いて７５％ＤＭＳＯ中に３２０μＭまで２回目の希釈ステップを行った。ペプチド−Ｈｓｃ７０複合体を形成するために、Ｈｓｃ７０を７μＭ（０．５ｍｇ／ｍｌ）の濃度で、最終容量２５μｌの１×ＰＢＳ中の適切な濃度のペプチドと混合した。次いで、混合した試料を３７℃で１時間インキュベートし、氷上で１０分間冷却した。溶液中の複合体の量を評価するために、２０μｌ（１０μｇ）の試料をサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）カラムＴＳＫｇｅｌ  ＳｕｐｅｒＳＷ３０００（Ｔｏｓｏｈ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）に０．２ｍｌ／分の流速でランニング緩衝液としての１×ＰＢＳと共にロードした。データは、２８０ｎｍと２１４ｎｍの両方で吸光度を測定することによって収集した。
【０２８０】
別の実験では、ペプチドＮＬＬＲＬＴＧ（配列番号７０）のさらなるバリアントが生成され、ペプチド−Ｈｓｃ７０複合体を形成するこれらのペプチドの能力が分析された。ペプチドは、上述のように、標準的なＦｍｏｃ固相化学合成を使用して再度合成された。個々のペプチドを２５０μＭの濃度でｐＨ調整水に可溶化し、ポリソルベート２０を最終濃度０．１％までスパイクした。ペプチド−Ｈｓｃ７０複合体を形成するために、Ｈｓｃ７０（１ｍｇ／ｍｌ、０．１％ポリソルベート）をペプチド：Ｈｓｃ７０のモル比０．２５：１、０．５：１、１：１、２：１、および４：１でペプチドと、３０℃で６０分間混合した。インキュベーション後、試料を室温で５分間冷却し、分析のためにＨＰＬＣバイアルに移した。溶液中の複合体の量を評価するために、２０μｌ（１０μｇ）の試料をサイズ排除クロマトグラフィーカラムＴＳＫｇｅｌ  ＳｕｐｅｒＳＷ３０００（Ｔｏｓｏｈ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）に０．２ｍｌ／分の流速でランニング緩衝液としての１×ＰＢＳと共にロードした。データは、２１４ｎｍで吸光度を測定することによって収集した。
【０２８１】
ペプチドに結合したＨｓｃ７０のパーセントはＳＥＣによって計算された。図１に示すＳＥＣクロマトグラムに示されているように、組換えヒト熱ショック同族の７１ｋＤａタンパク質（Ｈｓｃ７０）は、ＳＥＣクロマトグラフィーにかけたとき、モノマー（Ｍ）、ダイマー（Ｄ）、トリマー（Ｔ）、および高次高分子量（ＨＭＷ）オリゴマー種として現れた。ペプチド−Ｈｓｃ７０複合体が特定のペプチドまたはペプチド混合物で形成された程度の分離と評価は、Ｈｓｃ７０モノマーとペプチド（Ｍｓｈ）の複合体の密接な溶出によって複雑になった。モノマーと複合体に対応するピークは重なり合っており、標準的なＳＥＣ媒体では完全には分離されなかった。複合体形成の程度をより正確に計算するために、以下のデータ分析法を使用した。この方法の中心的な特徴は、Ｈｓｃ７０のトリマーおよびダイマーの形態がモノマーペプチド複合体の形成に動員されることが観察されたという観察に基づいていた。これらのタンパク質種のピーク面積の積分は、複合体とモノマーから十分に分離された。さらに、複合体が形成された程度は、トリマーおよびダイマーが複合体形成に動員された程度に反比例するように見えた。この観察のために、トリマーおよびダイマーの変化は、モノマーが複合体の形成に動員された程度を反映していた。したがって、トリマーおよびダイマーのレベルの変化の進行を使用して、重複する複合体およびモノマー種のピーク面積の予想される変化を計算し、これらの計算されたピーク面積を使用して、複合体の正味の形成を計算した。このデータ分析方法を以下に記載する。
【０２８２】
様々なクロマトグラフィー画分に使用される用語には、高分子量（ＨＭＷ）、トリマーおよびその他の中次オリゴマー（Ｔ）、ダイマー（Ｄ）、複合体（Ｃ）、モノマーショルダー（Ｍｓｈ）、およびモノマー（Ｍ）が含まれる（図１を参照されたい）。様々な画分のピーク面積をＳＥＣデータから抽出し、ペプチド−Ｈｓｃ７０複合体形成のパーセンテージを次の一連の方程式を使用して計算した。
【０２８３】
複合体％＝（面積複合体／面積合計）×１００
面積複合体＝面積合計−（面積Ｔ＋Ｄ＋面積Ｍｓｈｘ＋面積Ｍｘ）
面積合計＝面積Ｔ＋Ｄ、Ｃ、Ｍｓｈ、Ｍ＋（面積ＨＤＷ−ｘ−面積ＨＤＷ−０）
面積Ｍｓｈｘ＝面積Ｍｓｈ０×（面積（Ｔ＋Ｄ）ｘ）／（面積（Ｔ＋Ｄ）０）
面積Ｍｘ＝面積Ｍ０×（面積（Ｔ＋Ｄ）ｘ）／（面積（Ｔ＋Ｄ）０）
【０２８４】
面積合計は、トリマー／オリゴマー領域からモノマーピークまでの合計積分ピーク面積の合計であり、最初のＨＭＷピーク面積は含まれないが、ペプチドを添加したときに観察されたＨＭＷピーク面積の過剰な増加が含まれる。ＨＭＷピークは、複合体形成に機能しない凝集タンパク質であることに基づいて、複合体形成の計算から除外された。この修正では、ＨＭＷ面積のわずかな増加の面積合計係数が考慮され、複合体の面積の計算に使用されるベース合計面積に追加された。この調整を含めると、複合体を形成するために使用されるペプチド濃度の範囲全体で、より安定した面積合計が得られた。
【０２８５】
前述の方法を各錯化反応のＳＥＣクロマトグラムに適用し、クロマトグラムに垂直線を適用してＨＭＷ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、およびＭセグメントを生成し（図１を参照されたい）、示されたＨＭＷ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、およびＭセグメントのそれぞれの曲線下面積を計算し、上述の式に値を入力する。この分析の結果を表６に示す。
【表６】
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【０２８６】
ＰＥＰ００６は、さらなる特性評価のために選択された。
【０２８７】
６．１．２  Ｈｓｃ７０とＰＥＰ００６の複合体形成
この例は、サイズ排除クロマトグラフィーによって決定されるときの、０．２５：１〜３：１までのモル比の範囲でＨｓｃ７０に結合するＰＥＰ００６の能力を示す。
【０２８８】
簡潔に述べると、ＰＥＰ００６ペプチドを注射用水（ＷＦＩ）で６４５μＭの濃度に再構成した。組換えヒトＨｓｃ７０（ｒｈＨｓｃ７０）を１．６６ｍｇ／ｍＬの濃度に希釈した。両方の溶液を３７℃のインキュベーターで１０分間予熱し、合わせて３７℃で６０分間インキュベートした。ｒｈＨｓｃ７０の最終濃度は１ｍｇ／ｍＬ（約１４．１μＭ）であり、ＰＥＰ００６対ｒｈＨｓｃ７０のモル比は０．２５：１、０．５：１、１：１、１．５：１、２：１、２．５：１、および３：１であった。１ｍｇ／ｍＬのｒｈＨｓｃ７０のみを含む陰性対照も調製した。
【０２８９】
クロマトグラフィーカラムＴＳＫｇｅｌ  ＳｕｐｅｒＳＷ３０００（Ｔｏｓｏｈ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、カタログ＃１８６７５）を使用するサイズ排除ＨＰＬＣ（Ａｌｌｉａｎｃｅ  ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒｓ  Ｍｏｄｅｌ  ＃２６９５  Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎｓ  Ｍｏｄｕｌｅ；Ｄｕａｌ  Ｗａｖｅｌｅｎｇｔｈ  ＵＶ  Ｄｅｔｅｃｔｏｒ，Ｗａｔｅｒｓ  Ｍｏｄｅｌ  ２４８７）による分離のために、各試料１０μｇを３回ずつニートで注入した。カラム温度は２５℃±５℃に制御され、オートサンプラー温度は５℃±３℃に制御された。移動相は、１０ｍＭリン酸ナトリウムと３００ｍＭ塩化ナトリウム、ｐＨ７．２で構成され、０．２ｍＬ／分の流速で３０分間供給された。ＰＥＰ００６ペプチドとｒｈＨｓｃ７０タンパク質のＵＶ吸光度を、２１４ｎｍと２８０ｎｍの波長で測定した。吸光度データはＷａｔｅｒｓＥｍｐｏｗｅｒ（Ｖ２）ソフトウェアで処理された。
【０２９０】
図２は、ＰＥＰ００６−Ｈｓｃ７０複合体形成生成物のクロマトグラムを示し、ｒｈＨｓｃ７０がＰＥＰ００６に結合すると、カラムの保持時間が短くなった。
【０２９１】
６．１．３  Ｈｓｃ７０とＰＥＰ００６を含むポリペプチドとの複合体形成
この実施例は、ＰＥＰ００６およびと察されたペプチド（ＬＧＶＶＲＰＲＡＬＨＲＥＬＤＬＶＤＤＳＰＴＰＧＳＰＧＳ（配列番号７６））とを含むポリペプチドＬＧＶＶＲＰＲＡＬＨＲＥＬＤＬＶＤＤＳＰＴＰＧＳＰＧＳＦＦＲＫＮＷＬＲＬＴＷ（配列番号７７）へのＨｓｃ７０の結合の特性評価を記載する。この実施例で試験したポリペプチド対Ｈｓｃ７０のモル比は、０．１２５：１、０．２５：１、０．５：１、１：１、１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、３．５：１、および４：１であった。
【０２９２】
図３Ａは、ポリペプチド−Ｈｓｃ７０複合体形成生成物のクロマトグラムを示し、ｒｈＨｓｃ７０がポリペプチドに結合すると、カラムの保持時間が短くなった。図３Ｂは、実施例６．１．１に記載の方法を使用して、図３Ａのものと同様のサイズ排除クロマトグラフィートレースから計算された、０．１２５：１から４：１までのポリペプチド：Ｈｓｃ７０のモル比の範囲にわたるＰＥＰ００６を含むポリペプチドとＨＳＣ７０との複合体形成パーセントを示すグラフである。３つの独立した実験が示されている。
【０２９３】
Ｃ末端ＰＥＰ００６またはＰＥＰ００１を含むポリペプチドへのＨｓｃ７０の結合をさらに特性評価するために、Ｃ末端ＰＥＰ００１、ＰＥＰ００６、および場合によってはＣ末端ＨＳＣ７０結合ペプチドを有しない同じポリペプチドを使用して一連のポリペプチドを生成した。使用したペプチドを以下の表７に示す。ポリペプチドを合成し、複合体形成を実施し、ＳＥＣデータを上述の実施例６．１．１に記載の方法に従って分析した。
【０２９４】
【表７】
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【０２９５】
図４Ａは、５つの異なるペプチドの複合体形成パーセントを示すグラフであり、５つの異なるペプチドのそれぞれが、Ｃ末端ＰＥＰ００１、Ｃ末端ＰＥＰ００６を含んだか、またはＣ末端ＨＳＣ７０結合ペプチドを含まなかった。図４Ｂは、６つの異なるペプチドの複合体形成パーセントを示すグラフであり、６つの異なるペプチドのそれぞれが、Ｃ末端ＰＥＰ００１、またはＣ末端ＰＥＰ００６のいずれかを含んだ。
【０２９６】
６．２  実施例２：ＨＳＰ結合ペプチドによる細胞性免疫の増強
この実施例は、２つの動物モデルでＨＰＶＥ６−Ｅ７ペプチドとＰＥＰ００１またはＰＥＰ００６とを含むポリペプチドの免疫原性と腫瘍抑制活性を示す。
【０２９７】
６．２．１  ＨＳＰ結合ペプチドによる抗原性ペプチド免疫原性の増加
この実施例では、ＰＥＰ００１もしくはＰＥＰ００６に連結しているか、またはＨＳＰ結合ペプチドに結合していない免疫原性ＨＰＶ  Ｅ６またはＥ７ペプチドをそれぞれ含む４つのポリペプチドのプールの免疫原性を、免疫原性動物モデルで分析した。
【０２９８】
簡潔に述べると、表８に示すアミノ酸配列を有する４つのＨＰＶ  Ｅ６またはＥ７ペプチドを単独で、またはＰＥＰ００１またはＰＥＰ００６に連結して化学合成し、２５〜１００ｍｇ／ｍｌの範囲の濃度で１００％ＤＭＳＯに溶解した。これらのＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７のペプチドは、Ｃ５７ＢＬ／６マウスで免疫原性があることが知られていた（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｂａｒｔｋｏｗｉａｋ  ｅｔ  ａｌ．（２０１５）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ．１１２（３８）；およびＭａｎｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｖａｃｃｉｎｅ  ２５（１７）：３３０２−１０を参照されたい）。ＰＥＰ０５９およびＰＥＰ０６０の既知のエピトープ配列はＲＡＨＹＮＩＶＴＦ（配列番号７８）であり、ＰＥＰ０６１およびＰＥＰ０６２の既知のエピトープ配列はＶＹＤＦＡＦＲＤＬ（配列番号７９）であった。
【０２９９】
【表８】
2021522239.tif 000012
【０３００】
組換えヒトＨｓｃ７０（ｒｈＨｓｃ７０）タンパク質は、ｒｈＨｓｃ７０を発現するＥ．ｃｏｌｉから、弱陰イオン性Ｑセファロースカラム、ＡＴＰアガロースアフィニティーカラム、およびＤＥＡＥ−ＦＦ弱陰イオン交換カラムを逐次的に使用するクロマトグラフィーによって精製した。精製したｒｈＨｓｃ７０タンパク質を、０．０１％ポリソルベート２０を添加した濾過ＰＢＳで希釈した。
【０３０１】
ワクチン調製のために、４つのポリペプチドの等モルプールを７５％ＤＭＳＯ中で総濃度３２０μＭで調製した。精製したｒｈＨｓｃ７０タンパク質を３７℃で３０分間プレインキュベートし、ポリペプチドプールをｒｈＨｓｃ７０タンパク質溶液に２：１または１：１のモル比で添加して、ｒｈＨｓｃ７０タンパク質濃度が０．５ｍｇ／ｍｌになるようにした。混合物を３７℃で１時間インキュベートし、０．８μｍと０．２μｍのフィルターを通して逐次的に濾過した。次いで、混合物を氷上に３０分間置き、−８０℃で保存した。
【０３０２】
ワクチン接種のために、ジャクソン研究所から購入した６週齢のメスＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、特定病原体除去環境で維持した。マウスはワクチンの皮下注射によって免疫化された。各注射は、ペプチドプール（１：１比の場合には０．４２ｎｍｏｌ、または２：１比の場合には０．８４  ｎｍｏｌ）と複合体形成したＨｓｃ７０（約０．４２ｎｍｏｌ）を合計で３０μｇ含み、ＢｉｏＸｃｅｌｌ  ＩｎＶｉｖｏＰｕｒｅ  ｐＨ７．０希釈緩衝液中で最終容量２００μｌまで希釈した１０μｇのＱＳ−２１  Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（登録商標）を補充していた。（Ｈｓｃ７０との複合体を含まない）遊離ペプチドグループ内の各注射については、４つのペプチドの等モルプールは、アジュバントＱＳ−２１  ＳＴＩＭＵＬＯＮ（登録商標）１０μｇを補充した１０ｎｍｏｌの総濃度で、０．１％ポリソルベート２０を含む濾過ＰＢＳで最終容量２００μｌまで希釈した。最初の免疫の１週間後、同量のワクチンを含む追加免疫用量を各マウスに皮下注射した。
【０３０３】
２回目の免疫の１週間後、ＩＦＮγ  ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを実施した。簡潔に述べると、免疫したマウスを安楽死させ、脾細胞を穏やかに単離し、そして各マウス由来の５×１０５〜１×１０６生細胞は、予めマウスＩＦＮγ捕捉抗体でコーティングしたプレート上に播種した。ネイキッドペプチド（ＰＥＰ０５９−０６２）を使用して、細胞を一晩再刺激した。細胞を溶解により除去し、捕捉抗体に結合したＩＦＮγを西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）に結合した検出抗体を使用して検出した。各ウェルのＩＦＮγ産生細胞の数を表す各ウェルのスポットの数は、ＣＴＬＳ６  ＩｍｍｕｎｏＳｐｏｔ（登録商標）アナライザーとソフトウェアを使用してカウントされた。
【０３０４】
図５Ａに示すように、Ｈｓｃ７０と複合体形成したＰＥＰ００１またはＰＥＰ００６の連結ペプチドを含むＨＰＶワクチンは、ネイキッドＨＰＶペプチドと比較して免疫原性の増加を示した。これらの特定のＨＰＶペプチドでは、Ｈｓｃ７０と複合体を形成したＰＥＰ００６連結ペプチドを含むワクチンは、使用した条件下で、Ｈｓｃ７０と複合体を形成したＰＥＰ００１連結ペプチドを含むワクチンよりも高い免疫原性を示した。
【０３０５】
ＰＥＰ００１およびＰＥＰ００６を含むワクチンの免疫原性を、同じペプチド用量でネイキッドペプチドを使用するワクチンと比較するために、Ｈｓｃ７０が存在せず、遊離ペプチドの量が２：１の比率の群と１：１の比率の群でそれぞれ０．８４ｎｍｏｌと０．４２ｎｍｏｌであったことを除いて上述と同じ手順を用いて追加の実験を実施した。
【０３０６】
図５Ｂに示すように、Ｈｓｃ７０と複合体形成したＰＥＰ００１またはＰＥＰ００６の連結ペプチドを含むＨＰＶワクチンは、１：１および２：１のモル比でＨｓｃ７０と複合体形成した同等用量のネイキッドペプチドよりも多くの数のＩＦＮγ産生脾細胞を誘発した。Ｈｓｃ７０と複合体形成したＰＥＰ００１およびＰＥＰ００６の連結ペプチドを含むワクチンも、１：１および２：１のモル比でＨｓｃ７０と複合体を形成していない同等用量の遊離ペプチドよりも大きな応答を誘発した。これらの特定のＨＰＶペプチドでは、Ｈｓｃ７０と複合体を形成したＰＥＰ００６連結ペプチドを含むワクチンは、使用した条件下で、Ｈｓｃ７０と複合体を形成したＰＥＰ００１連結ペプチドを含むワクチンよりも高い免疫原性を示した。
【０３０７】
関連する実験では、３つの異なるＭＣ３８ペプチドの３つのプールの免疫原性を、ＨＰＶ  Ｅ６またはＥ７のペプチドについて上述の免疫原性動物モデルおよびプロトコールを使用して評価した。ＭＣ３８ペプチドプールの詳細を表９に示す。図６に示すように、全てのペプチドプールはある程度の免疫応答を誘発した。
【０３０８】
【表９】
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【０３０９】
６．２．２  ＨＳＰ結合ペプチドによる腫瘍ワクチンの有効性の増加
この実施例は、ＴＣ１  ＨＰＶ１６  Ｅ６／Ｅ７同系マウス腫瘍モデルを使用して、セクション６．２．１に記載のＨＰＶワクチンの治療効果を示す。
【０３１０】
ＴＣ１細胞は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５６（１）：２１−２６に開示されているように、腫瘍遺伝子ＨＲＡＳ、ＨＰＶ１６  Ｅ６およびＥ７を発現する。低継代ＴＣ１細胞を無血清ＰＢＳで洗浄し、２×１０６細胞／ｍｌの濃度でＰＢＳに再懸濁した。使用の３日前に脇腹を剃ったＣ５７ＢＬ／６マウスに、剃った領域に１００μｌの容量の２×１０５の細胞を皮下注射した。ワクチンは、セクション６．２．１に記載の方法に従って調製した。ネイキッドペプチド、ＰＥＰ００１連結ペプチド、およびＰＥＰ００６連結ペプチドは、それぞれ１：１、４：１、および２：１の比率でｒｈＨｓｃ７０タンパク質と複合体形成した。ワクチンは、ＴＣ１細胞移植後５、１０、および１５日目にマウスに皮下投与された。
【０３１１】
腫瘍はノギスで３〜４日ごとに測定された。腫瘍体積は、１／２×Ｄ×ｄ２（式中、Ｄは長軸、ｄは短軸である）の式を使用して計算された。腫瘍の非存在を０ｍｍ３として記録したのに対し、任意の触知できるが非測定可能な腫瘍を０．５ｍｍ３として推定した。腫瘍が２０００ｍｍ３に達したとき、または潰瘍形成の際に、マウスを屠殺し、生存曲線をプロットした。
【０３１２】
図７Ａ〜７Ｅに示すように、ＰＥＰ００１またはＰＥＰ００６に連結したＨＰＶペプチドを含むワクチンを注射したマウスの腫瘍増殖は、ネイキッドＨＰＶペプチドを含むワクチンまたはＰＢＳを注射したマウスよりも遅かった。ＰＥＰ００１およびＰＥＰ００６に結連結したＨＰＶペプチドを含むワクチンの同様の治療効果が生存曲線で観察された（図７Ｆ）。
【０３１３】
ｒｈＨｓｃ７０と複合体形成したＰＥＰ００６連結ＨＰＶペプチドを含むワクチンは、ｒｈＨｓｃ７０と複合体形成したＰＥＰ００１連結ＨＰＶペプチドを含むワクチンよりも腫瘍増殖の抑制に強力であった（図７Ａ、７Ｄ、および７Ｅ）。特に、この違いは、これらの実験における死亡に対する実質的な保護に変換された（図７Ｆ）。
【０３１４】
６．２．３  ＰＥＰ００６とＨＰＶペプチドの新規セットを含む腫瘍ワクチンの有効性
この実施例は、ＨＰＶペプチドの新規セットを含むＨＰＶワクチンの治療効果を示す。ワクチンに使用されるポリペプチドの配列を表４に示す。具体的には、ＰＥＰ０７３およびＰＥＰ０７４は、ＥＶＹＤＦＡＦＲＤＬ（配列番号９２）のアミノ酸配列、マウスＨ−２ＤｂおよびヒトＨＬＡ−Ａ＊２４：０２エピトープを含んでいた。ＰＥＰ０８１は、ＹＭＬＤＬＱＰＥＴ（配列番号９３）およびＭＬＤＬＱＰＥＴＴ（配列番号９４）のアミノ酸配列、ヒトＨＬＡ−Ａ＊０２：０１エピトープを含んでいた。ＰＥＰ０８４は、マウスＨ−２ＤｂエピトープであるＲＡＨＹＮＩＶＴＦ（配列番号７８）のアミノ酸配列を含んでいた。ＰＥＰ０８６は、ヒトＨＬＡ−Ａ＊０２：０１エピトープであるＬＬＭＧＴＬＧＩＶＣ（配列番号９５）のアミノ酸配列を含んでいた。各ペプチドは、ＰＥＰ００６のアミノ酸配列も含んでいた。
【０３１５】
ワクチンはセクション６．２．２に記載されている方法で調製され、ＨＰＶペプチドプールのペプチド対ｒｈＨｓｃ７０タンパク質の比率は２：１であった。ワクチンの有効性は、セクション６．２．２に記載したのと同じマウスモデルを使用して評価し、ＰＥＰ０６３−０６６のプールを含むワクチンを比較基準として使用した。
【０３１６】
図８Ａおよび８Ｂに示すように、Ｈｓｃ７０およびＰＥＰ０７１−０８６を含むワクチンは、ＴＣ１  ＨＰＶ１６  Ｅ６／Ｅ７同系腫瘍モデルのＰＢＳ対照と比較して、腫瘍増殖を抑制し、生存率を改善した。
【０３１７】
６．２．４  ＰＥＰ００６を含む腫瘍ワクチンの２つの製剤の有効性
この実施例は、１つは全てのペプチドが最初にＤＭＳＯで再構成され、もう１つは中性、酸性、または塩基性の水に溶解しないペプチドのみが最初にＤＭＳＯで再構成された、２つの異なる製剤を使用するワクチンの治療効果を示す。ＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７腫瘍性タンパク質からの腫瘍関連抗原を含むワクチンで使用されるポリペプチドの配列を表４に示す。具体的には、この実施例で使用されるワクチンは、１６個のペプチドＰＥＰ０７１〜ＰＥＰ０８６を含んだ。各ペプチドは、Ｃ末端にアミノ酸配列ＰＥＰ００６を含む。
【０３１８】
評価のためにワクチンの２つの製剤が生成された。製剤Ａでは、１６個のＨＰＶペプチドのそれぞれが最初に１００％ＤＭＳＯ中に粉末から再構成された。具体的には、ペプチドを２５ｍｇ／ｍｌで１００％ＤＭＳＯに再懸濁し、次いで等モル量の各ペプチドを、最終プール濃度３２０μＭの滅菌水で希釈した７５％ＤＭＳＯの溶液にプールした（各ペプチドは
【数１】
2021522239.tif 000014
２０μＭ）。製剤Ｂでは、各ペプチドの溶解度を中性水で試験した後、必要に応じてｐＨ調整済み（酸性、ＨＣｌを含む、または塩基性、ＮａＯＨを含む）水で試験した。ＤＭＳＯは、ペプチドが水溶性でない場合にのみ使用された。具体的には、１６個のペプチドを中性水溶液、ｐＨ調整水、または１００％ＤＭＳＯ（ペプチドを水溶液に再懸濁できなかった場合）に５００μＭで可溶化した。次に、ペプチドを等量で混合して、５００μＭのワーキングプールを作成した（各ペプチドは
【数２】
2021522239.tif 000015
３１μＭ）。続いて、両方のワクチン製剤について、ペプチドを水性緩衝液で、Ｈｓｃ７０との複合体形成に望ましい濃度に希釈した。
【０３１９】
ＨＳＣ７０の複合体形成のために、滅菌手順に続いて、ｒｈ−Ｈｓｃ７０を３７℃で０．５時間インキュベートし、次いで、１６のペプチドのプールと共に、総ペプチド：タンパク質の２：１モル比で３７℃で１時間さらにインキュベートした。次いで、複合体を氷上で１５分間インキュベートした。複合体を濾過し、等分した。
【０３２０】
Ｃ５７ＢＬ／６マウス（ｎ＝１３／群）の脇腹に２×１０５の生きたＴＣ−１腫瘍細胞を皮下注射した後、Ｅ６およびＥ７のＨＰＶ腫瘍性タンパク質の全長をカバーする同じ１６の重複する長い合成ペプチドを含むか、またはＰＢＳ対照である、ワクチンの２つの製剤で処理した。腫瘍接種後５、１０、および１５日目に、マウスに、腫瘍部位から対角線上にある上腕リンパ節領域の皮下で、（ａ）３０μｇのＨｓｃ７０ベースのワクチン（製剤Ａもしくは製剤Ｂ）＋１０μｇのＱＳ−２１または（ｂ）ＰＢＳを投与した。ワクチンの各用量には、ＱＳ−２１アジュバントと共に３０μｇのＨｓｃ７０と約４μｇの総ペプチド（各ペプチド約２５０ｎｇ）が含まれていた。注射は、Ｓｕｂ−Ｑ  ２６Ｇ×５  ／  ８インチの針を備えた１ｍＬ  ＢＤシリンジを使用して実施された。
【０３２１】
腫瘍増殖動態および生存率をモニターした。腫瘍体積は、腫瘍接種後５日目から開始して、研究の３〜４日ごとにノギスによって測定された。腫瘍の長さは、最長の直線距離に基づいていた。幅は、長さに垂直な最長の直線距離に基づいていた。腫瘍体積が２０００ｍｍ３に達したとき、マウスを安楽死させた。腫瘍体積（ｍｍ３）は、長さ×幅２×０．５として計算された。２つの腫瘍を持つマウスの場合、それぞれを個別に測定し、体積を合計した。腫瘍接種後５日目にマウスを各治療群にランダムに分配した。初期の測定可能な腫瘍のないマウスは研究から除外された。カプランマイヤー法とログランク検定（いずれかのワクチン製剤で処理したマウスの生存率対ＰＢＳで処理したマウスの生存率でｐ≦０．０００１）を使用して、群あたり１０匹のマウスの生存率を追跡した。腫瘍サイズを２〜３日ごとに評価し、各群の平均腫瘍体積を時間の関数としてプロットした。
【０３２２】
ＰＢＳで処理した対照マウスでは腫瘍が急速に増殖した（図９Ａおよび９Ｂ）。対照的に、いずれかのワクチン製剤で処理したマウスでは腫瘍増殖速度の有意な遅延が観察された（図９Ａおよび９Ｂ）（ＰＢＳで処理したマウスの腫瘍増殖と比較した製剤Ａで処理したマウスの腫瘍増殖＊＊ｐ≦０．０１、ＰＢＳで処理したマウスの腫瘍増殖と比較した製剤Ｂで処理した腫瘍増殖マウス＊＊＊＊ｐ≦０．０００１：ウィルコクソン順位和検定）。個々のマウスの腫瘍増殖動態を時間の関数としてプロットした。ＰＢＳで処理したマウスと比較して、製剤Ａまたは製剤Ｂのいずれかで処理したマウスでは、生存期間の延長が観察された（図９Ｃ）。
【０３２３】
ＴＣ−１腫瘍は、免疫編集および腫瘍によって発現されるエピトープの喪失によって引き起こされる可能性のある抗原標的療法に対する耐性表現型を発現することが知られており（Ｓｍａｈｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）、これはおそらく、両方のワクチン製剤について約２８日から開始する腫瘍の最終的な進行を説明する。まとめると、これらのデータは、ＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７腫瘍性タンパク質等の腫瘍関連抗原に対する効率的なワクチン誘発免疫応答が有意な腫瘍制御および生存期間の延長につながる可能性があることを示す。
【０３２４】
６．３  実施例３：Ｈｓｃ７０結合ペプチドによるペプチド合成の改善
この例は、ＰＥＰ００１およびＰＥＰ００６が合成中にペプチドの粗純度を改善する能力を示す。
【０３２５】
６．３．１  ＰＥＰ００１またはＰＥＰ００６の付加によるＯｖａ抗原性ペプチドの粗純度の改善
ネイキッドまたはＰＥＰ００１（ＰＥＰ０５２、配列番号２３０、ＥＶＳＧＬＥＱＬＥＳＩＩＮＦＥＫＬＴＥＷＴＳＳＮＶＭＥＦＦＲＫＮＬＬＲＬＴＧ）もしくはＰＥＰ００６（ＰＥＰ０５４、配列番号２３１、ＥＶＳＧＬＥＱＬＥＳＩＩＮＦＥＫＬＴＥＷＴＳＳＮＶＭＥＦＦＲＫＮＷＬＲＬＴＷ）に連結されたＥＶＳＧＬＥＱＬＥＳＩＩＮＦＥＫＬＴＥＷＴＳＳＮＶＭＥ（ＰＥＰ０５３、配列番号９７）のアミノ酸配列を含むＯｖａ抗原性ペプチドは、セクション６．１．１に記載の方法で合成された。このＯｖａ抗原性ペプチドは、ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号９６）のアミノ酸配列を有するＭＨＣ結合エピトープを含んでいた。ペプチド純度は、Ｃｈｒｏｍｅｌｅｏｎ７．０ソフトウェアパッケージに含まれているＶａｎｑｕｉｓｈ／Ｕｌｔｉｍａｔｅ３０００ユーザーガイドおよびＤａｔａＥｘｐｌｏｒｅｒユーザーガイドに記載されている手順に従って、Ｖａｎｑｕｉｓｈ  ＢｉｏａｎａｌｙｔｉｃａｌおよびＵｌｔｉｍａｔｅ３０００Ｄｉｏｎｅｘワークステーションを使用する逆相クロマトグラフィーによって決定された。
【０３２６】
アミノ酸残基の添加を繰り返した後、合成したペプチドを樹脂から切断し、１：１のアセトニトリル：水（ｖ／ｖ）に１ｍｇ／ｍＬの濃度で溶解した。溶解した試料を、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｃ１８１０μｍ  ４．６×２５０ｍｍカラムを使用する分析ＨＰＬＣで分析した。２０μＬの体積の試料を注入し、表１０の勾配に従って、移動相として溶液Ａ（水中０．１％ＴＦＡ）と溶液Ｂ（アセトニトリル中０．１％ＴＦＡ）の混合物を使用して勾配溶出を行った。カラム温度は３７℃±５℃に維持された。ペプチドは、２１４ｎｍおよび２８０ｎｍの波長でのＵＶ吸光度によって検出された。
【０３２７】
【表１０】
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【０３２８】
溶出曲線では、各ピークは特定の保持時間を有するペプチドを表しており、ピーク下面積はこのペプチドの量を反映している。正しいペプチドのピークは、質量分析によって確認された。ペプチドの粗純度は、正しいペプチドのピーク下面積を曲線全体の下の総面積で割ったものとして計算された。
【０３２９】
図１０Ａに示すように、ネイキッドＯｖａペプチド（中央のパネル）には不均一なシグナルがあった。対照的に、Ｏｖａ−ＰＥＰ００１（上のパネル）とＯｖａ−ＰＥＰ００６（下のパネル）の製剤は、予想される保持時間でほぼ単一のピークを示した。クロマトグラムの定量化により、Ｏｖａ−ＰＥＰ００１およびＯｖａ−ＰＥＰ００６の粗純度が大幅に向上したことも示された（図１０Ｂ）。この結果は、ペプチドが長いほど合成および精製が困難であるという一般的な規則に反しており、ＰＥＰ００１およびＰＥＰ００６がペプチドの化学合成における粗純度を改善することを示唆していた。
【０３３０】
６．３．２  ＰＥＰ００６の付加による一連のペプチドの粗純度の改善
以下の表１１に示す５０のペプチドは、セクション６．１．１で記載した方法で合成した。この５０ペプチドの群には、Ｃ末端ＰＥＰ００６ペプチド配列の付加を伴って、または伴わず（「ネイキッドペプチド」）に合成された２５の固有のペプチド配列（Ａ−Ｙとラベルする）が含まれている。ペプチドの純度は、上述のセクション６．３．１に記載した逆相クロマトグラフィーによって決定された。図１１に示すように、ＰＥＰ００６ペプチド配列を付加すると、対応するネイキッドペプチドと比較して、大部分のペプチドの粗純度が向上した。試料が複雑なため、多くのペプチド分離は多次元であった。最大９５％の標準的な逆相勾配では、Ｃ１８カラムで３つのペプチドは検出されなかった。これらの３つのペプチドでは、勾配全体に積分する検出可能なピークはなく、粗純度はゼロとしてリストされた。３つのペプチドが検出されない原因として考えられるのは、Ｃ１８カラムまたは保存バイアルへの試料の付着、および／または試料の溶液からの脱落等である。
【０３３１】
【表１１−１】
2021522239.tif 000017
【表１１−２】
2021522239.tif 000018
【０３３２】
本発明は、本明細書に記載の特定の実施形態によって範囲が限定されるものではない。実際、説明されたものに加えて、本発明の様々な修正が、上述の説明および添付の図面から当業者に明らかになるであろう。そのような修正は、添付の特許請求の範囲の範囲内に入ることが意図される。
【０３３３】
本明細書に引用される全ての参考文献（例えば、出版物または特許または特許出願）は、各個々の参考文献（例えば、出版物または特許または特許出願）が具体的かつ個々に全ての目的のためにその全体が参照により組み込まれると示されているのと同程度に、全ての目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内にある。
【図１】
2021522239.tif 000019
【図２】
2021522239.tif 000020
【図３Ａ】
2021522239.tif 000021
【図３Ｂ】
2021522239.tif 000022
【図４Ａ】
2021522239.tif 000023
【図４Ｂ】
2021522239.tif 000024
【図５Ａ】
2021522239.tif 000025
【図５Ｂ】
2021522239.tif 000026
【図６】
2021522239.tif 000027
【図７Ａ】
2021522239.tif 000028
【図７Ｂ】
2021522239.tif 000029
【図７Ｃ】
2021522239.tif 000030
【図７Ｄ】
2021522239.tif 000031
【図７Ｅ】
2021522239.tif 000032
【図７Ｆ】
2021522239.tif 000033
【図８Ａ】
2021522239.tif 000034
【図８Ｂ】
2021522239.tif 000035
【図９Ａ】
2021522239.tif 000036
【図９Ｂ】
2021522239.tif 000037
【図９Ｃ】
2021522239.tif 000038
【図１０Ａ】
2021522239.tif 000039
【図１０Ｂ】
2021522239.tif 000040
【図１１】
2021522239.tif 000041
【配列表】
2021522239000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和2年2月26日(2020.2.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
（ｅ）ＦＦＲＫＮＷＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号２３３）（式中、Ｘ１は、ＬまたはＩであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｒ、またはＫであり、Ｘ３は、ＬまたはＩであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｌ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ５は、ポリペプチドのＮ末端にあるＷまたはＫである）。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ末端に、配列番号３０〜３７および２１６〜２２９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０８】
【表９】
2021522239.tif 000042
【国際調査報告】
2021522239.tif 000043
2021522239.tif 000044
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