(57)【要約】本明細書で開示されるものは、ネオエピトープを含む免疫療法ペプチドを含む免疫療法組成物、免疫療法ペプチドをコードするポリヌクレオチド、免疫療法ペプチドもしくはポリヌクレオチドを含む抗原提示細胞、またはネオエピトープに対して特異的なＴ細胞受容体に関する。免疫療法組成物の使用もまた、本明細書で開示される。個体の腫瘍に独自の突然変異事象から生じるネオ抗原の発見に基づく新たな免疫療法剤およびその使用が、本明細書に記載される。従って、本明細書に記載される本開示は、例えば、腫瘍関連抗原またはネオエピトープに対する免疫応答を刺激するため、疾患を処置する際の使用のための免疫原性組成物またはがんワクチンを創出するために使用され得る、ペプチド、ペプチドをコードするポリヌクレオチド、およびペプチド結合剤を提供する。
2021527426.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）
（ｉ）ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ；
（ｉｉ）ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ；および／または
（ｉｉｉ）ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ
からなる群から選択される２つもしくはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩；または
（ｂ）前記少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項２】
３つまたはそれよりも多くの前記変異型ＲＡＳペプチド配列の混合物を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
（ａ）２つもしくはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩であって、前記変異型ＲＡＳペプチド配列は各々、
（ｉ）Ｇ１２における突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸、および
（ｉｉ）Ｇ１２における前記突然変異
を含み、
さらに、前記変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つもしくはそれよりも多くのアミノ酸残基が、２つもしくはそれよりも多くの前記変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端もしくはＣ末端に連結され、３つもしくはそれよりも多くの前記アミノ酸残基が、細胞における前記変異型ＲＡＳペプチド配列のプロセシングを増強するおよび／もしくは前記変異型ＲＡＳペプチド配列のエピトープの提示を増強する、ポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩；または
（ｂ）前記少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項４】
２つまたはそれよりも多くの前記変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に連結された、前記変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つまたはそれよりも多くの前記アミノ酸残基が、ＣＭＶのタンパク質、例えば、ｐｐ６５、ＨＩＶまたはＭＡＲＴ−１のアミノ酸配列を含む、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
２つまたはそれよりも多くの前記変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に連結された、前記変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つまたはそれよりも多くの前記アミノ酸残基が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０アミノ酸を含む、請求項３または４に記載の組成物。
【請求項６】
２つまたはそれよりも多くの前記変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に連結された、前記変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つまたはそれよりも多くの前記アミノ酸残基が、多くて５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００アミノ酸を含む、請求項３から５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
（ａ）式
（ＸａａＮ）Ｎ−（ＸａａＲＡＳ）Ｐ−（ＸａａＣ）Ｃ
の少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩であって、
式中、
Ｐが、７よりも大きい整数であり；
（ＸａａＲＡＳ）Ｐが、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含む変異型ＲＡＳペプチド配列であり；前記少なくとも８個連続するアミノ酸が、配列
Ｌｙｓ１  Ｌｅｕ２  Ｖａｌ３  Ｖａｌ４  Ｖａｌ５  Ｇｌｙ６  Ａｌａ７  Ｘａａ８  Ｇｌｙ９  Ｖａｌ１０  Ｇｌｙ１１  Ｌｙｓ１２  Ｓｅｒ１３  Ａｌａ１４  Ｌｅｕ１５
のうち少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、
Ｎが、（ｉ）０、もしくは（ｉｉ）２よりも大きい整数であり；
（ＸａａＮ）Ｎが、前記変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の任意のアミノ酸配列であり；
Ｃが、（ｉ）０、もしくは（ｉｉ）２よりも大きい整数であり；
（ＸａａＣ）Ｃが、前記変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の任意のアミノ酸配列であり；
Ｘａａ８が、Ａｓｐ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ、Ａｌａ、ＡｒｇおよびＳｅｒからなる群から選択され；
前記ポリペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬではなく；
Ｎが０である場合にはＣは０ではなく、Ｃが０である場合にはＮは０ではない、少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩；または
（ｂ）前記少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項８】
（Ｘａａ）Ｎおよび／または（ＸａａＣ）Ｃが、ＣＭＶのタンパク質、例えば、ｐｐ６５、ＨＩＶまたはＭＡＲＴ−１のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
Ｎおよび／またはＣが、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０よりも大きい整数である、請求項７または８に記載の組成物。
【請求項１０】
Ｎおよび／またはＣが、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満の整数である、請求項７から９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
Ｎが０である、請求項７から１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
Ｃが０である、請求項７から１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
（ａ）Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｖａｌ３−Ｖａｌ４−Ｖａｌ５−Ｇｌｙ６−Ａｌａ７−Ｘａａ８−Ｇｌｙ９−Ｘａａ１０
のアミノ酸配列を含む少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩であって、
式中、
Ｘａａ１がＡｌａではなく；
ただし、Ｘａａ１がＬｙｓではない場合、Ｘａａ２はＬｅｕであり、および／もしくはＸａａ１０はＧｌｙであり；
Ｘａａ２がＧｌｕではなく；
ただし、Ｘａａ２がＬｅｕではない場合、Ｘａａ１はＬｙｓであり、および／もしくはＸａａ１０はＧｌｙであり；
Ｘａａ８が、Ａｓｐ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ、Ａｌａ、ＡｒｇおよびＳｅｒからなる群から選択され；
ただし、Ｘａａ８がＧｌｕである場合、Ｘａａ１はＴｙｒではなく、および／もしくはＸａａ２はＬｅｕではなく、
ただし、Ｘａａ８がＶａｌである場合、Ｘａａ１はＬｙｓではなく；
Ｘａａ１０が任意のアミノ酸であり；
ただし、Ｘａａ１０がＧｌｙではない場合、Ｘａａ１はＬｙｓであり、および／もしくはＸａａ２はＬｅｕであり；
前記ポリペプチドが、ＨＬＡ−Ａ０２：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０１、ＨＬＡ−Ａ１１：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０２、ＨＬＡ−Ａ３０：０１、ＨＬＡ−Ａ３１：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０３、ＨＬＡ−Ａ６８：０１および／もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１分子に結合するＨＬＡ−Ａ０２：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ０３：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ１１：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ０３：０２拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３０：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３１：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３３：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３３：０３拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ６８：０１拘束性Ｔ細胞エピトープもしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１拘束性Ｔ細胞エピトープを含み、
ＨＬＡ−Ａ０２：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ０２：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ０３：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ１１：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ０３：０２拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３０：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３１：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３３：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３３：０３拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ６８：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導し；
ＨＬＡ−Ａ０２：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０１、ＨＬＡ−Ａ１１：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０２、ＨＬＡ−Ａ３０：０１、ＨＬＡ−Ａ３１：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０３、ＨＬＡ−Ａ６８：０１および／もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１に結合する、少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩；または
（ｂ）前記少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項１４】
（ａ）１つもしくは複数の変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩であって、前記変異型ＲＡＳペプチド配列は各々、
（ｉ）Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２ＳもしくはＧ１２Ｖ突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸、および
（ｉｉ）前記Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２ＳもしくはＧ１２Ｖ突然変異
を含み、
さらに、前記ペプチドが、
（ｉ）がん細胞のゲノムによってコードされない突然変異を含み、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子に対する１５０ｎＭもしくはそれ未満の親和性もしくは予測された親和性および／または２時間もしくはそれよりも長い半減期を有する、あるいは
（ｊ）２時間もしくはそれよりも長い半減期、ならびにＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／もしくはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子に対する１５０ｎＭもしくはそれ未満の親和性もしくは予測された親和性を有する、少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩；または
（ｂ）前記少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項１５】
（ｉ）表３〜１４のうちいずれか１つ中のペプチド配列を含むペプチド、または（ｉｉ）表３〜１４中の配列を含む前記ペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
（ａ）ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、およびＤＩＬＤＴＡＧＫＥからなる群から選択される１つもしくは複数の変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチドもしくはその薬学的に許容される塩；または
（ｂ）前記少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項１７】
（ｉ）表１〜１４のうちいずれか１つ中のペプチド配列を含むペプチド、または
（ｉｉ）表１〜１４中の配列を含む前記ペプチドをコードするポリヌクレオチド
をさらに含む、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも１つが、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０アミノ酸のＮまたはＣ末端アミノ酸配列延長を含み、前記ＮまたはＣ末端延長が、野生型ＲＡＳアミノ酸配列または非異種ＲＡＳアミノ酸配列である、請求項１から１７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１９】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、少なくとも３、４、５、６、７、８、９または１０個の変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、少なくとも２つのポリペプチドを含む、または前記少なくとも１つのポリヌクレオチドが、少なくとも２つのポリヌクレオチドを含む、請求項１から１９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２１】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも１つが、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個連続するアミノ酸を含む、請求項１から２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２２】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０個が、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個連続するアミノ酸を含む、請求項１から２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列の各々または２つもしくはそれよりも多くの前記ＲＡＳペプチド配列の各々が、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個連続するアミノ酸を含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２４】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、請求項１から２３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、
（ａ）ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子およびＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子；
（ｂ）ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子およびＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子；
（ｃ）ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子およびＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子；または
（ｄ）ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および対立遺伝子およびＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子
によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、請求項１から２４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列が、
（ａ）ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される第１の変異型ＲＡＳペプチド配列；ならびに
（ｂ）ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される第２のＲＡＳペプチド配列
を含み、
前記第１の変異型ＲＡＳペプチド配列が、前記第２の変異型ＲＡＳペプチド配列とは異なるＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される、請求項１から２５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２７】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、１０μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満または５０ｎＭ未満の親和性でＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、請求項１から２６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２８】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、２４時間よりも長い、１２時間よりも長い、９時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、４５分よりも長い、３０分よりも長い、１５分よりも長いまたは１０分よりも長い安定性でＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、請求項１から２７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２９】
前記ＨＬＡ対立遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項２７または２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記少なくとも１つのポリペプチドが、以下の配列：ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、およびＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫのうち少なくとも１つを含む、請求項１から２９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３１】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列が、以下の配列：ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＹＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＹＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、およびＭＭＶＶＶＧＡＣＧＶのうち少なくとも１つまたは２つを含む、請求項１から３０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３２】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列が、以下の配列：
（ａ）ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ；
（ｂ）ＷＱＡＧＩＬＡＲＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＱＧＱＮＬＫＹＱ；
（ｃ）ＨＳＹＴＴＡＥＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＩＬＧＶＬＬＬＩ；
（ｄ）ＰＬＴＥＥＫＩＫＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＥＫＥＧＫＩＳＫ；
（ｅ）ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ；
（ｆ）ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ；
（ｇ）ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ；
（ｈ）ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ；
（ｉ）ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ；または
（ｊ）ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ
のうち少なくとも１つまたは２つを含む、請求項１から３１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３３】
（Ｘａａ）Ｎが、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列を含む、請求項１から３２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３４】
（ＸａａＣ）Ｃが、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列を含む、請求項１から３３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３５】
第１の変異型ＲＡＳペプチド配列が変異型ＲＡＳタンパク質の第１のネオエピトープを含み、第２の変異型ＲＡＳペプチド配列が変異型ＲＡＳタンパク質の第２のネオエピトープを含み、前記第１の変異型ＲＡＳペプチド配列が前記変異型ＲＡＳペプチド配列とは異なり、前記第１のネオエピトープが少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含み、前記第２のネオエピトープが同じ突然変異型アミノ酸を含む、請求項１から３４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３６】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも１つが、対象のがん細胞のゲノムによってコードされない突然変異型アミノ酸を含む、請求項１から３５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３７】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列の各々が、少なくとも１μｇ／ｍＬ、少なくとも１０μｇ／ｍＬ、少なくとも２５μｇ／ｍＬ、少なくとも５０μｇ／ｍＬまたは少なくとも１００μｇ／ｍＬの濃度で存在する、請求項１から３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３８】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列の各々が、多くて５０００μｇ／ｍＬ、多くて２５００μｇ／ｍＬ、多くて１０００μｇ／ｍＬ、多くて７５０μｇ／ｍＬ、多くて５００μｇ／ｍＬ、多くて４００μｇ／ｍＬまたは多くて３００μｇ／ｍＬの濃度で存在する、請求項１から３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３９】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列の各々が、１０μｇ／ｍＬ〜５０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜４０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜３０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜２０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜１０００μｇ／ｍＬ、２５μｇ／ｍＬ〜５００μｇ／ｍＬまたは５０μｇ／ｍＬ〜３００μｇ／ｍＬの濃度で存在する、請求項１から３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４０】
Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２ＶまたはＱ６１突然変異を有する異なる変異型ＲＡＳペプチド配列をさらに含む、請求項１から３９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４１】
免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む、請求項１から４０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４２】
前記アジュバントがポリＩＣＬＣである、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
（ａ）請求項１から４２のいずれか一項に記載の組成物、および
（ｂ）薬学的に許容される賦形剤
を含む医薬組成物。
【請求項４４】
１ｍＭ未満または１ｍＭよりも高い濃度で存在するｐＨ改変因子を含む、請求項４３に記載の医薬組成物。
【請求項４５】
ワクチン組成物である、請求項４３または４４に記載の医薬組成物。
【請求項４６】
水性である、請求項４３から４５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４７】
前記少なくとも１つのポリペプチドのうち１つまたは複数が、
（ａ）ｐＩ＞５かつＨＹＤＲＯ＞−６、
（ｂ）ｐＩ＞８かつＨＹＤＲＯ＞−８、
（ｃ）ｐＩ＜５かつＨＹＤＲＯ＞−５、
（ｄ）ｐＩ＞９かつＨＹＤＲＯ＜−８、
（ｅ）ｐＩ＞７かつＨＹＤＲＯ値＞−５．５、
（ｆ）ｐＩ＜４．３かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−８、
（ｇ）ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＜−８、ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＞−４またはｐＩ＞４．３かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−８、
（ｈ）ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＞−４またはｐＩ＞４．３かつＨＹＤＲＯ≦−４．、
（ｉ）ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＞−４またはｐＩ＞４．３かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−９、
（ｊ）５≧ｐＩ≧１２かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−９
を境界とする、請求項４３から４６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４８】
前記ｐＨ改変因子が塩基である、請求項４３から４７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
前記ｐＨ改変因子が、弱酸の共役塩基である、請求項４３から４８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５０】
前記ｐＨ改変因子が、薬学的に許容される塩である、請求項４３から４９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５１】
前記ｐＨ改変因子が、ジカルボン酸塩またはトリカルボン酸塩である、請求項４３から５０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５２】
前記ｐＨ改変因子が、クエン酸および／またはクエン酸塩である、請求項４３から５０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５３】
前記クエン酸塩が、クエン酸二ナトリウムおよび／またはクエン酸三ナトリウムである、請求項５２に記載の医薬組成物。
【請求項５４】
前記ｐＨ改変因子が、コハク酸および／またはコハク酸塩である、請求項４３から５０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５５】
前記コハク酸塩が、コハク酸二ナトリウムおよび／またはコハク酸一ナトリウムである、請求項５４に記載の医薬組成物。
【請求項５６】
前記コハク酸塩が、コハク酸二ナトリウム六水和物である、請求項５５に記載の医薬組成物。
【請求項５７】
前記ｐＨ改変因子が、０．１ｍＭ〜１ｍＭの濃度で存在する、請求項４３から５５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５８】
前記薬学的に許容される担体が、液体を含む、請求項４３から５７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５９】
前記薬学的に許容される担体が、水を含む、請求項４３から５８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
前記薬学的に許容される担体が、糖を含む、請求項４３から５９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
前記糖が、デキストロースを含む、請求項６０に記載の医薬組成物。
【請求項６２】
前記デキストロースが、１〜１０％ｗ／ｖの濃度で存在する、請求項６１に記載の医薬組成物。
【請求項６３】
前記糖が、トレハロースを含む、請求項６０から６２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６４】
前記糖が、スクロースを含む、請求項６０から６３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６５】
前記薬学的に許容される担体が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含む、請求項４３から６４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６６】
前記ＤＭＳＯが、０．１％〜１０％、０．５％〜５％または１％〜３％の濃度で存在する、請求項６５に記載の医薬組成物。
【請求項６７】
前記薬学的に許容される担体が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含まない、請求項４３から６４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６８】
凍結乾燥可能である、請求項４３から６７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６９】
免疫調節因子またはアジュバントをさらに含む、請求項４３から６８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項７０】
前記免疫調節因子またはアジュバントが、ポリ−ＩＣＬＣ、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ＡＲＮＡＸ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＦＬＴ−３Ｌ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）、ベクターシステム、ＰＬＧＡマイクロ粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータ−グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ならびにＡｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎからなる群から選択される、請求項６９に記載の医薬組成物。
【請求項７１】
前記免疫調節因子またはアジュバントが、ポリ−ＩＣＬＣを含む、請求項６９または７０に記載の医薬組成物。
【請求項７２】
前記医薬組成物中のポリ−ＩＣＬＣのペプチドに対する比が、２：１〜１：１０  ｖ：ｖである、請求項７１に記載の医薬組成物。
【請求項７３】
前記医薬組成物中のポリ−ＩＣＬＣのペプチドに対する前記比が、約１：１、１：２、１：３、１：４または１：５  ｖ：ｖである、請求項７２に記載の医薬組成物。
【請求項７４】
前記医薬組成物中のポリ−ＩＣＬＣのペプチドに対する前記比が、約１：３  ｖ：ｖである、請求項７３に記載の医薬組成物。
【請求項７５】
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、請求項４３から７４のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
【請求項７６】
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫの配列を有するペプチドを投与するステップを含み、前記対象が、前記対象のゲノムのＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する、方法。
【請求項７７】
がんを有する対象を処置する方法であって、
前記対象に、変異型ＲＡＳペプチドまたは前記変異型ＲＡＳペプチドをコードする核酸を投与するステップを含み、前記変異型ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２における突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、前記ペプチドが、Ｇ１２における前記突然変異を含み、ＨＬＡ−Ａ１１：０１またはＨＬＡ−Ａ０３：０１に結合し、前記対象が、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現すると同定される、方法。
【請求項７８】
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、配列ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡまたはＧＡＶＧＶＧＫＳＡを含むペプチドを投与するステップを含み；
前記対象が、前記ペプチドに結合する前記対象のゲノムのＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する、方法。
【請求項７９】
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、第１および第２のペプチドまたは前記第１および第２のペプチドをコードする核酸を投与するステップを含み、前記第１および第２のペプチドが、（１）ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ；（２）ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ；および（３）ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫのうち少なくとも２つを含み；前記対象のＨＬＡ対立遺伝子発現が、投与の時点では未知である、方法。
【請求項８０】
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、変異型ＲＡＳペプチドまたは前記変異型ＲＡＳペプチドをコードする核酸を投与するステップを含み、前記変異型ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２Ｃ突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、前記ペプチドが、前記Ｇ１２Ｃ突然変異を含み、さらに、前記ペプチドが、がん細胞のゲノムによってコードされない安定化突然変異を含み、前記対象が、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する、方法。
【請求項８１】
がんを有する対象を治療薬の候補として同定する方法であって、前記対象を、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として同定するステップを含み、前記治療薬が、変異型ＲＡＳペプチドまたは前記変異型ＲＡＳペプチドをコードする核酸であり、前記変異型ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２における突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、前記ペプチドが、Ｇ１２における前記突然変異を含み、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
【請求項８２】
前記対象に前記治療薬を投与するステップをさらに含む、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
がんを有する対象を処置する方法であって、
（ａ）前記対象によって発現される第１のタンパク質を同定するステップであって、前記第１のタンパク質が、前記対象の第１のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされ、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子が、表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供されるＨＬＡ対立遺伝子である、ステップ；および
（ｂ）前記対象に、（ｉ）表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供される前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチドである第１の変異型ＲＡＳペプチド、または（ｉｉ）前記第１の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップ
を含む、方法。
【請求項８４】
前記対象によって発現される第２のタンパク質を同定するステップであって、前記第２のタンパク質が、前記対象の第２のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされ、前記第２のＨＬＡ対立遺伝子が、表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供されるＨＬＡ対立遺伝子である、ステップをさらに含む、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記対象に、（ｉ）表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供される前記第２のＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチドである、第２の変異型ＲＡＳペプチド、または（ｉｉ）前記第２の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップをさらに含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子が、前記第２のＨＬＡ対立遺伝子とは異なる、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記第１の変異型ＲＡＳペプチドが、前記第２の変異型ＲＡＳペプチドとは異なる、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８８】
免疫応答が前記対象において惹起される、請求項７５から８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
前記免疫応答が体液性応答である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記変異型ＲＡＳペプチド配列が、同時に、別々にまたは順次投与される、請求項７５から８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記第１のペプチドが、前記第２のペプチドが第２のＴ細胞を活性化するのに十分な期間の後に順次投与される、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記がんが、肺がん、非小細胞肺がん、膵がん、結腸直腸がん、子宮がんおよび肝臓がんからなる群から選択される、請求項７５から９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
少なくとも１つのさらなる治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む、請求項７５から９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記少なくとも１つのさらなる治療剤またはモダリティが、手術、チェックポイント阻害剤、抗体もしくはその断片、化学療法剤、放射線、ワクチン、小分子、Ｔ細胞、ベクター、およびＡＰＣ、ポリヌクレオチド、腫瘍溶解性ウイルスまたはそれらの任意の組合せである、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記少なくとも１つのさらなる治療剤が、抗ＰＤ−１剤および抗ＰＤ−Ｌ１剤、抗ＣＴＬＡ−４剤、または抗ＣＤ４０剤である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記さらなる治療剤が、前記変異型ＲＡＳペプチド配列を投与するステップの前に、それと同時に、またはその後に投与される、請求項９４または９５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１８年６月１９日出願の米国仮特許出願第６２／６８７，１８８号および２０１９年２月４日出願の米国仮特許出願第６２／８００，７３５号の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
がん免疫療法は、がんを処置するための免疫系の使用である。免疫療法は、がん細胞がそれらの表面上に、腫瘍抗原として公知の、免疫系によって検出され得る分子を有している場合が多く、それらがしばしばタンパク質または他の高分子（例えば、炭水化物）であるという事実を利用している。能動免疫療法は、腫瘍抗原を標的化することによって、免疫系に腫瘍細胞を攻撃するように方向付ける。受動免疫療法は、既存の抗腫瘍応答を増強し、モノクローナル抗体、リンパ球およびサイトカインの使用を含む。腫瘍ワクチンは、典型的には、腫瘍細胞を認識し溶解させるように抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を誘導するように一緒になって作用する腫瘍抗原および免疫刺激分子（例えば、アジュバント、サイトカインまたはＴＬＲリガンド）から構成される。治癒的な腫瘍特異的免疫療法を開発することに対する重大な障壁の１つは、自己免疫を回避するための高度に特異的かつ拘束性の腫瘍抗原の同定および選択である。
【０００３】
悪性細胞内の遺伝子変化（例えば、逆位、転座、欠失、ミスセンス突然変異、スプライス部位突然変異など）の結果として生じる腫瘍ネオ抗原は、最も腫瘍特異的なクラスの抗原を示し、患者特異的であり得るまたは共有され得る。腫瘍ネオ抗原は、突然変異として腫瘍細胞に独自であり、その対応するタンパク質は、腫瘍中にのみ存在する。これらはまた、中枢性免疫寛容を回避し、従って、免疫原性である可能性がより高い。従って、腫瘍ネオ抗原は、体液性免疫および細胞性免疫の両方によるものを含む免疫認識のための優れた標的を提供する。しかし、腫瘍ネオ抗原は、それらを同定すること、最適化された抗原を選択すること、およびワクチンまたは免疫原性組成物における使用のためのネオ抗原を産生することにおける技術的困難に起因して、がんワクチンにおいても免疫原性組成物においてもほとんど使用されてこなかった。従って、さらなるがん治療薬を開発することがなおも必要である。
参照による組み込み
【０００４】
本明細書で言及される全ての刊行物、特許および特許出願は、各個々の刊行物、特許または特許出願が具体的かつ個々に参照により本明細書に組み込まれると示されるのと同じ程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
一部の態様では、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ；ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ；および／またはＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫからなる群から選択される２つもしくはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチド；この少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物が、本明細書で提供される。
【０００６】
一部の実施形態では、組成物は、３つまたはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列の混合物を含む。
【０００７】
一部の態様では、２つもしくはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチドであって、変異型ＲＡＳペプチド配列は各々、Ｇ１２における突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸、およびＧ１２における突然変異を含み、さらに、変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つもしくはそれよりも多くのアミノ酸残基が、２つもしくはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端もしくはＣ末端に連結され、３つもしくはそれよりも多くのアミノ酸残基が、細胞における変異型ＲＡＳペプチド配列のプロセシングを増強するおよび／もしくは変異型ＲＡＳペプチド配列のエピトープの提示を増強する、少なくとも１つのポリペプチド；またはこの少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物が、本明細書で提供される。
【０００８】
一部の実施形態では、２つまたはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に連結された、変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基は、ＣＭＶのタンパク質、例えば、ｐｐ６５、ＨＩＶまたはＭＡＲＴ−１のアミノ酸配列を含む。
【０００９】
一部の実施形態では、２つまたはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に連結された、変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０アミノ酸を含む。
【００１０】
一部の実施形態では、２つまたはそれよりも多くの変異型ＲＡＳペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に連結された、変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の３つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基は、多くて５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００アミノ酸を含む。
【００１１】
一部の態様では、式（ＸａａＮ）Ｎ−（ＸａａＲＡＳ）Ｐ−（ＸａａＣ）Ｃの少なくとも１つのポリペプチドであって、式中、Ｐが、７よりも大きい整数であり；（ＸａａＲＡＳ）Ｐが、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含む変異型ＲＡＳペプチド配列であり；少なくとも８個連続するアミノ酸が、配列Ｌｙｓ１  Ｌｅｕ２  Ｖａｌ３  Ｖａｌ４  Ｖａｌ５  Ｇｌｙ６  Ａｌａ７  Ｘａａ８  Ｇｌｙ９  Ｖａｌ１０  Ｇｌｙ１１  Ｌｙｓ１２  Ｓｅｒ１３  Ａｌａ１４  Ｌｅｕ１５のうち少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、Ｎが、（ｉ）０、もしくは（ｉｉ）２よりも大きい整数であり；（ＸａａＮ）Ｎが、変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の任意のアミノ酸配列であり；Ｃが、（ｉ）０、もしくは（ｉｉ）２よりも大きい整数であり；（ＸａａＣ）Ｃが、変異型ＲＡＳタンパク質に対して異種の任意のアミノ酸配列であり；Ｘａａ８が、Ａｓｐ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ、Ａｌａ、ＡｒｇおよびＳｅｒからなる群から選択され；ポリペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬではなく；ＮおよびＣの両方が０ではない、少なくとも１つのポリペプチド；またはこの少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物が、本明細書で提供される。
【００１２】
一部の実施形態では、（Ｘａａ）Ｎおよび／または（ＸａａＣ）Ｃは、ＣＭＶのタンパク質、例えば、ｐｐ６５、ＨＩＶまたはＭＡＲＴ−１のアミノ酸配列を含む。
【００１３】
一部の実施形態では、Ｎおよび／またはＣは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０よりも大きい整数である。
【００１４】
一部の実施形態では、Ｎおよび／またはＣは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満の整数である。
【００１５】
一部の実施形態では、Ｎは０である。
【００１６】
一部の実施形態では、Ｃは０である。
【００１７】
一部の態様では、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｖａｌ３−Ｖａｌ４−Ｖａｌ５−Ｇｌｙ６−Ａｌａ７−Ｘａａ８−Ｇｌｙ９−Ｘａａ１０のアミノ酸配列を含む少なくとも１つのポリペプチドであって、式中、Ｘａａ１がＡｌａではなく；ただし、Ｘａａ１がＬｙｓではない場合、Ｘａａ２はＬｅｕであり、および／もしくはＸａａ１０はＧｌｙであり；Ｘａａ２がＧｌｕではなく；ただし、Ｘａａ２がＬｅｕではない場合、Ｘａａ１はＬｙｓであり、および／もしくはＸａａ１０はＧｌｙであり；Ｘａａ８が、Ａｓｐ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ、Ａｌａ、ＡｒｇおよびＳｅｒからなる群から選択され；ただし、Ｘａａ８がＧｌｕである場合、Ｘａａ１はＴｙｒではなく、および／もしくはＸａａ２はＬｅｕではなく、ただし、Ｘａａ８がＶａｌである場合、Ｘａａ１はＬｙｓではなく；Ｘａａ１０が任意のアミノ酸であり；ただし、Ｘａａ１０がＧｌｙではない場合、Ｘａａ１はＬｙｓであり、および／もしくはＸａａ２はＬｅｕであり；ポリペプチドが、ＨＬＡ−Ａ０２：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０１、ＨＬＡ−Ａ１１：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０２、ＨＬＡ−Ａ３０：０１、ＨＬＡ−Ａ３１：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０３、ＨＬＡ−Ａ６８：０１および／もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１分子に結合するＨＬＡ−Ａ０２：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ０３：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ１１：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ０３：０２拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３０：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３１：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３３：０１拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ３３：０３拘束性Ｔ細胞エピトープ、ＨＬＡ−Ａ６８：０１拘束性Ｔ細胞エピトープもしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１拘束性Ｔ細胞エピトープを含み；ＨＬＡ−Ａ０２：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ０２：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ０３：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ１１：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ０３：０２拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３０：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３１：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３３：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ３３：０３拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答、ＨＬＡ−Ａ６８：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１拘束性細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導し；ＨＬＡ−Ａ０２：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０１、ＨＬＡ−Ａ１１：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０２、ＨＬＡ−Ａ３０：０１、ＨＬＡ−Ａ３１：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０１、ＨＬＡ−Ａ３３：０３、ＨＬＡ−Ａ６８：０１および／もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１に結合する、少なくとも１つのポリペプチド；またはこの少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物が、本明細書で提供される。
【００１８】
一部の態様では、１つもしくは複数の変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチドであって、変異型ＲＡＳペプチド配列は各々、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２ＳもしくはＧ１２Ｖ突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸、およびＧ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２ＳもしくはＧ１２Ｖ突然変異を含み、さらに、ペプチドが、がん細胞のゲノムによってコードされない突然変異を含み、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子に対する１５０ｎＭもしくはそれ未満の親和性もしくは予測された親和性および／または２時間もしくはそれよりも長い半減期を有する、あるいは２時間もしくはそれよりも長い半減期、ならびにＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／もしくはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子に対する１５０ｎＭもしくはそれ未満の親和性もしくは予測された親和性を有する、少なくとも１つのポリペプチド；またはこの少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物が、本明細書で提供される。
【００１９】
一部の実施形態では、組成物は、（ｉ）表３〜１４のうちいずれか１つ中のペプチド配列を含むペプチド、または（ｉｉ）表３〜１４中の配列を含むペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む。
一部の態様では、（ａ）ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、およびＤＩＬＤＴＡＧＫＥからなる群から選択される１つもしくは複数の変異型ＲＡＳペプチド配列を含む少なくとも１つのポリペプチド；または（ｂ）この少なくとも１つのポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物が、本明細書で提供される。
【００２０】
一部の実施形態では、組成物は、（ｉ）表１〜１４のうちいずれか１つ中のペプチド配列を含むペプチド、または（ｉｉ）表１〜１４中の配列を含むペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む。
【００２１】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも１つは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０アミノ酸のＮまたはＣ末端アミノ酸配列延長を含み、ＮまたはＣ末端延長は、野生型ＲＡＳアミノ酸配列または非異種ＲＡＳアミノ酸配列である。
【００２２】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９または１０個の変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。
【００２３】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、少なくとも２つのポリペプチドを含む、または少なくとも１つのポリヌクレオチドは、少なくとも２つのポリヌクレオチドを含む。
【００２４】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも１つは、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個連続するアミノ酸を含む。
【００２５】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０個は、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個連続するアミノ酸を含む。
【００２６】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列の各々または２つもしくはそれよりも多くのＲＡＳペプチド配列の各々は、変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個連続するアミノ酸を含む。
【００２７】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。
【００２８】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子およびＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子；ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子およびＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子；ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子およびＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子；またはＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および対立遺伝子およびＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子、によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。
【００２９】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列は、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される第１の変異型ＲＡＳペプチド配列；ならびにＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される第２のＲＡＳペプチド配列を含み、第１の変異型ＲＡＳペプチド配列は、第２の変異型ＲＡＳペプチド配列とは異なるＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測される。
【００３０】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、１０μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満または５０ｎＭ未満の親和性でＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。
【００３１】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、２４時間よりも長い、１２時間よりも長い、９時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、４５分よりも長い、３０分よりも長い、１５分よりも長いまたは１０分よりも長い安定性でＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、少なくとも１つの変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。
【００３２】
一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子および／またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【００３３】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、以下の配列：ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、およびＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫのうち少なくとも１つを含む。
【００３４】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列は、以下の配列：ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＹＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＹＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、およびＭＭＶＶＶＧＡＣＧＶのうち少なくとも１つまたは２つを含む。
【００３５】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列は、以下の配列：ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ；ＷＱＡＧＩＬＡＲＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＱＧＱＮＬＫＹＱ；ＨＳＹＴＴＡＥＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＩＬＧＶＬＬＬＩ；ＰＬＴＥＥＫＩＫＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＥＫＥＧＫＩＳＫ；ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ；ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ；ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ；ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ；ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ；またはＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰのうち少なくとも１つまたは２つを含む。
【００３６】
一部の実施形態では、（Ｘａａ）Ｎは、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列を含む。
【００３７】
一部の実施形態では、（ＸａａＣ）Ｃは、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列を含む。
【００３８】
一部の実施形態では、第１の変異型ＲＡＳペプチド配列は、変異型ＲＡＳタンパク質の第１のネオエピトープを含み、第２の変異型ＲＡＳペプチド配列は、変異型ＲＡＳタンパク質の第２のネオエピトープを含み、第１の変異型ＲＡＳペプチド配列は、変異型ＲＡＳペプチド配列とは異なり、第１のネオエピトープは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異型アミノ酸を含む。
【００３９】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列のうち少なくとも１つは、対象のがん細胞のゲノムによってコードされない突然変異型アミノ酸を含む。
【００４０】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列の各々は、少なくとも１μｇ／ｍＬ、少なくとも１０μｇ／ｍＬ、少なくとも２５μｇ／ｍＬ、少なくとも５０μｇ／ｍＬまたは少なくとも１００μｇ／ｍＬの濃度で存在する。
【００４１】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列の各々は、多くて５０００μｇ／ｍＬ、多くて２５００μｇ／ｍＬ、多くて１０００μｇ／ｍＬ、多くて７５０μｇ／ｍＬ、多くて５００μｇ／ｍＬ、多くて４００μｇ／ｍＬまたは多くて３００μｇ／ｍＬの濃度で存在する。
【００４２】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列の各々は、１０μｇ／ｍＬ〜５０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜４０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜３０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜２０００μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ〜１０００μｇ／ｍＬ、２５μｇ／ｍＬ〜５００μｇ／ｍＬまたは５０μｇ／ｍＬ〜３００μｇ／ｍＬの濃度で存在する。
【００４３】
一部の実施形態では、組成物は、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２ＶまたはＱ６１突然変異を有する異なる変異型ＲＡＳペプチド配列をさらに含む。
【００４４】
一部の実施形態では、組成物は、免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む。
【００４５】
一部の実施形態では、アジュバントは、ポリＩＣＬＣである。
【００４６】
一部の態様では、本明細書に記載される組成物および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書で提供される。
【００４７】
一部の実施形態では、医薬組成物は、１ｍＭ未満または１ｍＭよりも高い濃度で存在するｐＨ改変因子を含む。
【００４８】
一部の実施形態では、医薬組成物は、ワクチン組成物である。
【００４９】
一部の実施形態では、医薬組成物は、水性である。
【００５０】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドのうち１つまたは複数は、ｐＩ＞５かつＨＹＤＲＯ＞−６、ｐＩ＞８かつＨＹＤＲＯ＞−８、ｐＩ＜５かつＨＹＤＲＯ＞−５、ｐＩ＞９かつＨＹＤＲＯ＜−８、ｐＩ＞７かつＨＹＤＲＯ値＞−５．５、ｐＩ＜４．３かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−８、ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＜−８、ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＞−４またはｐＩ＞４．３かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−８、ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＞−４またはｐＩ＞４．３かつＨＹＤＲＯ≦−４．、ｐＩ＞０かつＨＹＤＲＯ＞−４またはｐＩ＞４．３かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−９、５≧ｐＩ≧１２かつ−４≧ＨＹＤＲＯ≧−９を境界とする。
【００５１】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は塩基である。
【００５２】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は、弱酸の共役塩基である。
【００５３】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は、薬学的に許容される塩である。
【００５４】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は、ジカルボン酸塩またはトリカルボン酸塩である。
【００５５】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は、クエン酸および／またはクエン酸塩である。
【００５６】
一部の実施形態では、クエン酸塩は、クエン酸二ナトリウムおよび／またはクエン酸三ナトリウムである。
【００５７】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は、コハク酸および／またはコハク酸塩である。
【００５８】
一部の実施形態では、コハク酸塩は、コハク酸二ナトリウムおよび／またはコハク酸一ナトリウムである。
【００５９】
一部の実施形態では、コハク酸塩は、コハク酸二ナトリウム六水和物である。
【００６０】
一部の実施形態では、ｐＨ改変因子は、０．１ｍＭ〜１ｍＭの濃度で存在する。
【００６１】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、液体を含む。
【００６２】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、水を含む。
【００６３】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、糖を含む。
【００６４】
一部の実施形態では、糖は、デキストロースまたはマンニトールを含む。
【００６５】
一部の実施形態では、デキストロースは、１〜１０％ｗ／ｖの濃度で存在する。
【００６６】
一部の実施形態では、糖は、トレハロースを含む。
【００６７】
一部の実施形態では、糖は、スクロースを含む。
【００６８】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含む。
【００６９】
一部の実施形態では、ＤＭＳＯは、０．１％〜１０％、０．５％〜５％または１％〜３％の濃度で存在する。
【００７０】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含まない。
【００７１】
一部の実施形態では、医薬組成物は、凍結乾燥可能である。
【００７２】
一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫調節因子またはアジュバントをさらに含む。
【００７３】
一部の実施形態では、免疫調節因子またはアジュバントは、ポリ−ＩＣＬＣ、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ＡＲＮＡＸ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＦＬＴ−３Ｌ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）、ベクターシステム、ＰＬＧＡマイクロ粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータ−グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ならびにＡｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎからなる群から選択される。
【００７４】
一部の実施形態では、免疫調節因子またはアジュバントは、ポリ−ＩＣＬＣを含む。
【００７５】
一部の実施形態では、医薬組成物中のポリ−ＩＣＬＣのペプチドに対する比は、２：１〜１：１０  ｖ：ｖである。
【００７６】
一部の実施形態では、医薬組成物中のポリ−ＩＣＬＣのペプチドに対する比は、約１：１、１：２、１：３、１：４または１：５  ｖ：ｖである。
【００７７】
一部の実施形態では、医薬組成物中のポリ−ＩＣＬＣのペプチドに対する比は、約１：３  ｖ：ｖである。
【００７８】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含む方法が、本明細書で提供される。
【００７９】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫの配列を有するペプチドを投与するステップを含み、対象が、対象のゲノムのＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する、方法が、本明細書で提供される。
【００８０】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、変異型ＲＡＳペプチドまたは変異型ＲＡＳペプチドをコードする核酸を投与するステップを含み、変異型ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２における突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、ペプチドが、Ｇ１２における突然変異を含み、ＨＬＡ−Ａ１１：０１またはＨＬＡ−Ａ０３：０１に結合し、対象が、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現すると同定される、方法が、本明細書で提供される。
【００８１】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、配列ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡまたはＧＡＶＧＶＧＫＳＡを含むペプチドを投与するステップを含み、対象が、ペプチドに結合する対象のゲノムのＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する、方法が、本明細書で提供される。
【００８２】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、第１および第２のペプチドまたは第１および第２のペプチドをコードする核酸を投与するステップを含み、第１および第２のペプチドが、（１）ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ；（２）ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ；および（３）ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫのうち少なくとも２つを含み；対象のＨＬＡ対立遺伝子発現が、投与の時点では未知である、方法が、本明細書で提供される。
【００８３】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、変異型ＲＡＳペプチドまたは変異型ＲＡＳペプチドをコードする核酸を投与するステップを含み、変異型ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２Ｃ突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、ペプチドが、Ｇ１２Ｃ突然変異を含み、さらに、ペプチドが、がん細胞のゲノムによってコードされない安定化突然変異を含み、対象が、ＨＬＡ−Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ０８：０２対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する、方法が、本明細書で提供される。
【００８４】
一部の態様では、がんを有する対象を治療薬の候補として同定する方法であって、対象を、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として同定するステップを含み、治療薬が、変異型ＲＡＳペプチドまたは変異型ＲＡＳペプチドをコードする核酸であり、変異型ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２における突然変異を含む変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個連続するアミノ酸を含み、ペプチドが、Ｇ１２における突然変異を含み、ＨＬＡ−Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ−Ａ６８：０１対立遺伝子またはＨＬＡ−Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書で提供される。
【００８５】
一部の実施形態では、この方法は、対象に治療薬を投与するステップをさらに含む。
【００８６】
一部の態様では、がんを有する対象を処置する方法であって、（ａ）対象によって発現される第１のタンパク質を同定するステップであって、第１のタンパク質が、対象の第１のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされ、第１のＨＬＡ対立遺伝子が、表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供されるＨＬＡ対立遺伝子である、ステップ；および（ｂ）対象に、（ｉ）表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供される第１のＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチドである第１の変異型ＲＡＳペプチド、または（ｉｉ）第１の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップを含む方法が、本明細書で提供される。
【００８７】
一部の実施形態では、この方法は、対象によって発現される第２のタンパク質を同定するステップであって、第２のタンパク質が、対象の第２のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされ、第２のＨＬＡ対立遺伝子が、表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供されるＨＬＡ対立遺伝子である、ステップをさらに含む。
【００８８】
一部の実施形態では、この方法は、対象に、（ｉ）表１〜１４のうちいずれか１つ中に提供される第２のＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチドである、第２の変異型ＲＡＳペプチド、または（ｉｉ）第２の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップをさらに含む。
【００８９】
一部の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子は、第２のＨＬＡ対立遺伝子とは異なる。
【００９０】
一部の実施形態では、第１の変異型ＲＡＳペプチドは、第２の変異型ＲＡＳペプチドとは異なる。
【００９１】
例えば、一部の実施形態では、対象によって発現される第１のタンパク質は、例えば、表１１中に提供されるＨＬＡ−Ａ０３：０１によってコードされ、方法は、対象に、ＶＶＧＡＳＧＶＧＫの配列を含む第１の変異型ＲＡＳペプチドまたは第１の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップを含む。
【００９２】
例えば、一部の実施形態では、対象によって発現される第１のタンパク質は、例えば、表５中に提供されるＨＬＡ−Ａ０３：０１によってコードされ、方法は、対象に、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫの配列を含む第１の変異型ＲＡＳペプチドまたは第１の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップを含む。
【００９３】
別の例として、一部の実施形態では、対象によって発現される第２のタンパク質は、例えば、表１１中に提供されるＨＬＡ−Ａ１１：０１によってコードされ、方法は、対象に、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫの配列を含む第２の変異型ＲＡＳペプチドまたは第２の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップを含む。
【００９４】
さらに別の例として、一部の実施形態では、対象によって発現される第２のタンパク質は、例えば、表９中に提供されるＨＬＡ−Ｃ０８：０２によってコードされ、方法は、対象に、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬの配列を含む第２の変異型ＲＡＳペプチドまたは第２の変異型ＲＡＳペプチドをコードするポリ核酸を投与するステップを含む。
【００９５】
一部の実施形態では、免疫応答が対象において惹起される。
【００９６】
一部の実施形態では、免疫応答は、体液性応答である。
【００９７】
一部の実施形態では、変異型ＲＡＳペプチド配列は、同時に、別々にまたは順次投与される。
【００９８】
一部の実施形態では、第１のペプチドは、第２のペプチドが第２のＴ細胞を活性化するのに十分な期間の後に順次投与される。
【００９９】
一部の実施形態では、がんは、肺がん、非小細胞肺がん、膵がん、結腸直腸がん、子宮がんおよび肝臓がんからなる群から選択される。
【０１００】
一部の実施形態では、この方法は、少なくとも１つのさらなる治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む。
【０１０１】
一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる治療剤またはモダリティは、手術、チェックポイント阻害剤、抗体もしくはその断片、化学療法剤、放射線、ワクチン、小分子、Ｔ細胞、ベクター、およびＡＰＣ、ポリヌクレオチド、腫瘍溶解性ウイルスまたはそれらの任意の組合せである。
【０１０２】
一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる治療剤は、抗ＰＤ−１剤および抗ＰＤ−Ｌ１剤、抗ＣＴＬＡ−４剤、または抗ＣＤ４０剤である。
【０１０３】
一部の実施形態では、さらなる治療剤は、変異型ＲＡＳペプチド配列を投与するステップの前に、それと同時に、またはその後に投与される。
【０１０４】
本開示の特色は、添付の特許請求の範囲に詳細に示される。本開示の特色および利点のより良い理解は、本開示の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明、および添付の図面を参照して得られる。
【図面の簡単な説明】
【０１０５】
【図１】図１は、ＣＤ８＋および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞を誘導できるＲＡＳエピトープの決定のための例示的なワークフローを示す。
【０１０６】
【図２−１】図２Ａおよび２Ｂは、ＨＬＡ−Ａ１１：０１に対する予測されたＲＡＳ  Ｇ１２Ｃエピトープ（左）、およびＨＬＡ−Ａ１１：０１に対するＲＡＳ  Ｇ１２Ｖエピトープ（右）が、質量分析によって検出され得ることを示す実験の概要を示す。
【図２−２】同上。
【図２−３】同上。
【０１０７】
【図３−１】図３Ａおよび３Ｂは、ＲＡＳ突然変異体特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答の例示的なマルチマープロットを示す。
【図３−２】同上。
【０１０８】
【図３−３】図３Ｃは、ＨＬＡ−Ａ１１：０１上のＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖについての最小のエピトープを含む長いペプチドに対する抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示す結果の例を示す。応答を刺激するために使用した長いペプチドの配列、ならびにマルチマー染色のために使用した最小のエピトープの配列が示される。
【０１０９】
【図４−１】図４Ａは、ＩＦＮγの抗原特異的誘導を示すグラフである。モック形質導入された、または変異型ＲＡＳペプチドをコードするレンチウイルス発現ベクターで形質導入された試料のＩＦＮγレベルが示される。
【０１１０】
【図４−２】図４Ｂは、標的細胞上の活性なカスパーゼ３の上方調節を示すグラフである。モック形質導入された、または変異型ＲＡＳペプチドをコードするレンチウイルス発現ベクターで形質導入された試料のパーセント生存カスパーゼ−Ａ陽性標的細胞が示される。
【０１１１】
【図５−１】図５Ａは、変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を、９マーまたは１１マーの変異型ＲＡＳペプチドで形質導入された標的細胞と共に共培養することによる、ＩＬ−２の抗原特異的誘導を示すグラフである。このデータは、ＲＡＳ特異的Ｔ細胞が突然変異した細胞を認識し、細胞傷害機構を上方調節することを示している。
【０１１２】
【図５−２】図５Ｂは、９マーまたは１１マーの変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を、漸増濃度の変異型ＲＡＳペプチドを負荷した標的細胞と共に共培養することによる、ＩＬ−２の抗原特異的誘導を示すグラフである。このデータは、ＲＡＳ特異的Ｔ細胞が突然変異した細胞を認識し、細胞傷害機構を上方調節することを示している。
【０１１３】
【図５−３】図５Ｃは、変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を、９マーの変異型ＲＡＳペプチドで形質導入された標的細胞と共に共培養することによる、ＩＬ−２の抗原特異的誘導を示すグラフである。このデータは、ＲＡＳ特異的Ｔ細胞が突然変異した細胞を認識し、細胞傷害機構を上方調節することを示している。
【０１１４】
【図５−４】図５Ｄは、９マーの変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を、漸増濃度の変異型ＲＡＳペプチドを負荷した標的細胞と共に共培養することによる、ＩＬ−２の抗原特異的誘導を示すグラフである。このデータは、ＲＡＳ特異的Ｔ細胞が突然変異した細胞を認識し、細胞傷害機構を上方調節することを示している。
【０１１５】
【図５−５】図５Ｅ〜５Ｈは、変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞の抗原特異的細胞傷害活性を示す。このデータは、ＲＡＳ特異的ＴＣＲが、突然変異したペプチドおよび適切なＭＨＣ−Ｉを有する細胞の特異的認識を惹起でき、細胞傷害機構を上方調節できることを示している。
【０１１６】
【図６】図６は、変異型ＲＡＳペプチドを負荷したまたは負荷しなかったＡＰＣで刺激した健康なドナー由来のＣＤ４＋細胞のＩＦＮγレベルの抗原特異的誘導のＦＡＣＳ解析を示す。
【発明を実施するための形態】
【０１１７】
個体の腫瘍に独自の突然変異事象から生じるネオ抗原の発見に基づく新たな免疫療法剤およびその使用が、本明細書に記載される。従って、本明細書に記載される本開示は、例えば、腫瘍関連抗原またはネオエピトープに対する免疫応答を刺激するため、疾患を処置する際の使用のための免疫原性組成物またはがんワクチンを創出するために使用され得る、ペプチド、ペプチドをコードするポリヌクレオチド、およびペプチド結合剤を提供する。
【０１１８】
以下の説明および例は、本開示の実施形態を詳細に示している。本開示が本明細書に記載される特定の実施形態に限定されず、従って、変動し得ることを理解すべきである。当業者は、その範囲内に包含される本開示の多数のバリエーションおよび改変が存在することを認識する。
【０１１９】
全ての用語は、当業者によって理解されるとおりに理解される意図である。他に定義しない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が関する分野の当業者によって一般に理解される意味と同じ意味を有する。
【０１２０】
本明細書で使用されるセクション見出しは、構成を目的としているに過ぎず、記載される主題を限定すると解釈すべきではない。
【０１２１】
本開示の種々の特色は、単一の実施形態の観点から記載され得るが、これらの特色は、別々に、または任意の適切な組合せでも提供され得る。逆に、本開示は、明確にするために別々の実施形態の観点から本明細書に記載され得るが、本開示は、単一の実施形態でも実行され得る。
【０１２２】
以下の定義は、当業者に補足を与え、本出願を対象にしており、いずれの関連の案件にも無関係の案件にも、例えば、いずれの共有に係る特許にも出願にも帰属しない。本明細書に記載される方法および材料と類似または等価な任意の方法および材料が、本開示の試験のために実務において使用され得るが、好ましい材料および方法が本明細書に記載される。従って、本明細書で使用される用語法は、特定の実施形態を記載することのみを目的としており、限定を意図しない。
Ｉ．定義
【０１２３】
本明細書で使用される用語法は、特定の事例を記載することのみを目的としており、限定を意図しない。本出願では、単数形の使用は、他が具体的に述べられない限り、複数形を含む。本明細書で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「この（ｔｈｅ）」は、文脈が明らかに他を示さない限り、複数形も同様に含む意図である。
【０１２４】
本出願では、「または」の使用は、他が述べられない限り、「および／または」を意味する。用語「および／または」および「それらの任意の組合せ」ならびにそれらの文法的等価物は、本明細書で使用される場合、相互交換可能に使用され得る。これらの用語は、任意の組合せが具体的に企図されることを伝え得る。例示目的のみのために、以下の語句「Ａ、Ｂおよび／またはＣ」または「Ａ、Ｂ、Ｃ、またはそれらの任意の組合せ」は、「個々にＡ；個々にＢ；個々にＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；ＡおよびＣ；ならびにＡ、ＢおよびＣ」を意味し得る。用語「または」は、文脈が離接的使用を具体的に指さない限り、接続的または離接的に使用され得る。
【０１２５】
用語「約」または「およそ」は、値が測定または決定される方法、即ち、測定系の制約に一部依存する、当業者によって決定される、特定の値についての許容される誤差範囲内であることを意味し得る。例えば、「約」は、当該分野の実務に従って、１標準偏差以内または１よりも大きい標準偏差以内であることを意味し得る。あるいは、「約」は、所与の値の最大で２０％、最大で１０％、最大で５％または最大で１％の範囲を意味し得る。あるいは、特に、生物システムまたはプロセスに関して、この用語は、ある値の５倍以内、より好ましくは２倍以内の大きさのオーダー以内であることを意味し得る。特定の値が本出願および特許請求の範囲において記載される場合、他に述べられない限り、特定の値についての許容される誤差範囲内であることを意味する「約」という用語を想定すべきである。
【０１２６】
本明細書および特許請求の範囲において使用する場合、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（ならびに含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）の任意の形態、例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」）、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」（ならびに有する（ｈａｖｉｎｇ）の任意の形態、例えば、「有する（ｈａｖｅ）」および「有する（ｈａｓ）」）、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」（ならびに含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）の任意の形態、例えば、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」）または「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」（ならびに含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）の任意の形態、例えば、「含む（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」および「含む（ｃｏｎｔａｉｎ）」）は、包摂的またはオープンエンドであり、さらなる列挙されていない要素または方法ステップを除外しない。本明細書中で議論される任意の実施形態は、本開示の任意の方法または組成物に関して実行され得、その逆もまた同様であることが企図される。さらに、本開示の組成物は、本開示の方法を達成するために使用され得る。
【０１２７】
本明細書での、「一部の実施形態」、「ある実施形態」、「一実施形態」または「他の実施形態」に対する言及は、それらの実施形態に関連して記載される特定の特色、構造または特徴が、本開示の少なくとも一部の実施形態中に含まれるが、全ての実施形態中に必ずしも含まれないことを意味する。本開示の理解を促進するために、いくつかの用語および語句が以下で定義される。
【０１２８】
「主要組織適合複合体」または「ＭＨＣ」は、生理的免疫応答を担う細胞相互作用の制御において役割を果たす遺伝子のクラスターである。ヒトでは、ＭＨＣ複合体は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体としても公知である。ＭＨＣおよびＨＬＡ複合体の詳細な説明については、Ｐａｕｌ，  Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  ３ｒｄ  Ｅｄ．，  Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  （１９９３）を参照のこと。「主要組織適合複合体（ＭＨＣ）のタンパク質または分子」、「ＭＨＣ分子」、「ＭＨＣタンパク質」または「ＨＬＡタンパク質」は、タンパク質抗原のタンパク質分解性切断から生じて潜在的リンパ球エピトープ（例えば、Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープ）を示すペプチドに結合し、それらを細胞表面に輸送し、そこで、特異的細胞、特に、細胞傷害性Ｔリンパ球、Ｔヘルパー細胞またはＢ細胞にそれらを提示することが可能なタンパク質を意味すると理解すべきである。ゲノム中の主要組織適合複合体は、遺伝子領域を含み、細胞表面上で発現されるその遺伝子産物は、内因性および／または外来抗原に結合しそれを提示するため、従って、免疫学的プロセスを調節するために重要である。主要組織適合複合体は、異なるタンパク質をコードする２つの遺伝子群、即ち、ＭＨＣクラスＩの分子およびＭＨＣクラスＩＩの分子に分類される。２つのＭＨＣクラスの細胞生物学および発現パターンは、これらの異なる役割に適応される。
【０１２９】
「ヒト白血球抗原」または「ＨＬＡ」は、ヒトクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合複合体（ＭＨＣ）タンパク質である（例えば、Ｓｔｉｔｅｓ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  ８ｔｈ  Ｅｄ．，  Ｌａｎｇｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，  Ｌｏｓ  Ａｌｔｏｓ，  Ｃａｌｉｆ．  （１９９４）を参照のこと）。
【０１３０】
「ポリペプチド」、「ペプチド」およびそれらの文法的等価物は、本明細書で使用される場合、典型的には、隣接アミノ酸のα−アミノ基とカルボキシル基との間のペプチド結合によって互いに接続された、アミノ酸残基、典型的にはＬ−アミノ酸のポリマーを指す。ポリペプチドおよびペプチドには、突然変異型ペプチド、「ネオ抗原ペプチド」および「ネオ抗原性ペプチド」が含まれるがこれらに限定されない。ポリペプチドまたはペプチドは、改変が本明細書に記載されるポリペプチドの生物活性を破壊しないことを条件として、種々の長さであり得、それらの中性（非荷電）形態または塩である形態のいずれかであり得、かつ改変、例えば、グリコシル化、側鎖酸化もしくはリン酸化を含まない、またはこれらの改変を含むことができる。「成熟タンパク質」は、全長であり、所与の細胞環境においてそのタンパク質に典型的なグリコシル化または他の改変を必要に応じて含む、タンパク質である。本明細書で開示されるポリペプチドおよびタンパク質（その機能的部分および機能的バリアントを含む）は、１つまたは複数の天然に存在するアミノ酸の代わりに、合成アミノ酸を含み得る。かかる合成アミノ酸は、当該分野で公知であり、例えば、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、α−アミノｎ−デカン酸、ホモセリン、Ｓ−アセチルアミノメチル−システイン、トランス−３−ヒドロキシプロリンおよびトランス−４−ヒドロキシプロリン、４−アミノフェニルアラニン、４−ニトロフェニルアラニン、４−クロロフェニルアラニン、４−カルボキシフェニルアラニン、β−フェニルセリン  β−ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、α−ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン−２−カルボン酸、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’−ベンジル−Ｎ’−メチル−リシン、Ｎ’，Ｎ’−ジベンジル−リシン、６−ヒドロキシリシン、オルニチン、α−アミノシクロペンタンカルボン酸、α−アミノシクロヘキサンカルボン酸、α−アミノシクロヘプタンカルボン酸、α−（２−アミノ−２−ノルボルナン）−カルボン酸、α，γ−ジアミノ酪酸、α，β−ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニンならびにα−ｔｅｒｔ−ブチルグリシンが含まれる。本開示は、操作された細胞における本明細書に記載されるポリペプチドの発現が、ポリペプチド構築物の１つまたは複数のアミノ酸の翻訳後改変と関連し得ることをさらに企図する。翻訳後改変の非限定的な例には、リン酸化、アセチル化およびホルミル化を含むアシル化、グリコシル化（Ｎ結合型およびＯ結合型を含む）、アミド化、ヒドロキシル化、メチル化およびエチル化を含むアルキル化、ユビキチン化、ピロリドンカルボン酸の付加、ジスルフィド架橋の形成、硫酸化、ミリストイル化、パルミトイル化、イソプレニル化、ファルネシル化、ゲラニル化、グリピエーション（ｇｌｙｐｉａｔｉｏｎ）、リポイル化ならびにヨウ素化が含まれる。
【０１３１】
ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも１つの隣接配列を含み得る。用語「隣接配列」は、本明細書で使用される場合、エピトープの一部ではないペプチドの断片または領域を指す。
【０１３２】
「免疫原性」ペプチドまたは「免疫原性」エピトープまたは「ペプチドエピトープ」は、そのペプチドがＨＬＡ分子に結合し、細胞媒介性応答または体液性応答、例えば、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋））、ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋））および／またはＢリンパ球応答を誘導するような、対立遺伝子特異的モチーフを含むペプチドである。従って、本明細書に記載される免疫原性ペプチドは、適切なＨＬＡ分子に結合することが可能であり、その後、ペプチドに対するＣＴＬ（細胞傷害性）応答またはＨＴＬ（および体液性）応答を誘導することが可能である。
【０１３３】
「ネオ抗原」は、タンパク質における腫瘍特異的変化から生じる腫瘍抗原のクラスを意味する。ネオ抗原は、例えば、タンパク質配列中の置換、フレームシフト突然変異、融合ポリペプチド、インフレーム欠失、挿入、内因性レトロウイルスポリペプチドの発現、およびポリペプチドの腫瘍特異的過剰発現から生じる腫瘍抗原を包含するが、これらに限定されない。
【０１３４】
用語「残基」は、アミド結合もしくはアミド結合模倣物によってペプチドもしくはタンパク質中に取り込まれるアミノ酸残基もしくはアミノ酸模倣残基、またはアミノ酸もしくはアミノ酸模倣物をコードする核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を指す。
【０１３５】
「ネオエピトープ」、「腫瘍特異的ネオエピトープ」または「腫瘍抗原」は、参照、例えば、非罹患細胞、例えば、非がん性細胞または生殖系列細胞中には存在しないが、罹患細胞、例えば、がん細胞中には見出されるエピトープまたは抗原決定基領域を指す。これは、対応するエピトープが、正常な非罹患細胞または生殖系列細胞中に見出されるが、罹患細胞、例えば、がん細胞における１つまたは複数の突然変異に起因して、エピトープの配列がネオエピトープを生じるように変化される、状況を含む。用語「ネオエピトープ」は、本明細書で使用される場合、ペプチドまたはネオ抗原性ペプチド内の抗原決定基領域を指す。ネオエピトープは、少なくとも１つの「アンカー残基」および少なくとも１つの「アンカー残基隣接領域」を含み得る。ネオエピトープは、「分離領域」をさらに含み得る。用語「アンカー残基」は、ＨＬＡ上の特異的ポケットに結合し、ＨＬＡとの相互作用の特異性を生じる、アミノ酸残基を指す。一部の場合には、アンカー残基は、カノニカルアンカー位置にあり得る。他の場合には、アンカー残基は、非カノニカルアンカー位置にあり得る。ネオエピトープは、ペプチド結合溝におけるポケット中に突出する一次および二次アンカー残基を介してＨＬＡ分子に結合し得る。ペプチド結合溝において、特定のアミノ酸が、提示されたネオエピトープのアンカー残基の対応する側鎖を収容するポケットを構成する。ペプチド結合の優先傾向が、ＨＬＡ  Ｉ分子およびＨＬＡ  ＩＩ分子の両方の異なる対立遺伝子間に存在する。ＨＬＡクラスＩ分子は、短いネオエピトープに結合し、そのＮ末端およびＣ末端は、ネオエピトープ結合溝の終端に位置するポケット中にアンカリングされる。ＨＬＡクラスＩ結合性ネオエピトープの大部分は、約９アミノ酸のものであるが、より長いネオエピトープが、それらの中央部分の出っ張りによって収容され得、約８〜１２アミノ酸の結合性ネオエピトープが結果として生じる。ＨＬＡクラスＩＩタンパク質に結合するネオエピトープは、サイズが制限されず、約１６アミノ酸から２５アミノ酸まで変動し得る。ＨＬＡクラスＩＩ分子におけるネオエピトープ結合溝は、両方の終端において開いており、比較的より長い長さを有するペプチドの結合を可能にする。コア９アミノ酸残基の長いセグメントは、ネオエピトープの認識に最も寄与するが、アンカー残基隣接領域もまた、ＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に対するペプチドの特異性にとって重要である。一部の場合には、アンカー残基隣接領域は、Ｎ末端残基である。別の場合には、アンカー残基隣接領域は、Ｃ末端残基である。さらに別の場合には、アンカー残基隣接領域は、Ｎ末端残基およびＣ末端残基の両方である。一部の場合には、アンカー残基隣接領域には、少なくとも２つのアンカー残基が隣接する。アンカー残基が隣接するアンカー残基隣接領域は、「分離領域」である。
【０１３６】
「参照」は、本開示の方法において腫瘍検体から得られた結果を相関付け比較するために使用され得る。典型的には、「参照」は、１つまたは複数の正常検体、特に、患者または１もしくは複数の異なる個体、例えば、健康な個体、特に、同じ種の個体から得られた、がん疾患に罹患していない検体に基づいて得られ得る。「参照」は、十分に多数の正常検体を試験することによって、経験的に決定され得る。
【０１３７】
「エピトープ」は、例えば、免疫グロブリン、Ｔ細胞受容体、ＨＬＡ分子またはキメラ抗原受容体によって認識される部位を一緒になって形成する、分子の集合的な特色、例えば、一次、二次および三次ペプチド構造、ならびに電荷である。あるいは、エピトープは、特定の免疫グロブリンによる認識に関与するアミノ酸残基のセット、またはＴ細胞の観点からは、Ｔ細胞受容体タンパク質、キメラ抗原受容体および／もしくは主要組織適合複合体（ＭＨＣ）受容体による認識に必要な残基のセットとして定義され得る。「Ｔ細胞エピトープ」は、ペプチド提示ＭＨＣ分子またはＭＨＣ複合体の形態のクラスＩまたはＩＩのＭＨＣ分子によって結合され得、次いで、この形態で、Ｔ細胞、例えば、Ｔリンパ球またはＴヘルパー細胞によって認識および結合され得るペプチド配列を意味すると理解すべきである。エピトープは、天然の供給源からの単離によって調製され得、または当該分野で標準的なプロトコールに従って合成され得る。合成エピトープは、人工アミノ酸残基、「アミノ酸模倣物」、例えば、天然に存在するＬアミノ酸残基のＤ異性体または天然に存在しないアミノ酸残基、例えば、シクロヘキシルアラニンを含み得る。本開示を通じて、エピトープは、一部の場合には、ペプチドまたはペプチドエピトープとも呼ばれ得る。本明細書に記載されるエピトープまたはアナログならびにさらなるアミノ酸（複数可）を含むタンパク質またはペプチドがなおも本開示の範囲内にあることを理解すべきである。ある特定の実施形態では、ペプチドは、抗原の断片を含む。ある特定の実施形態では、本開示のペプチドの長さに対して制限が存在する。長さ制限される実施形態は、本明細書に記載されるエピトープを含むタンパク質またはペプチドが、ネイティブ配列と１００％の同一性を有する領域（即ち、一連の連続するアミノ酸残基）を含む場合に生じる。例えば、天然の分子全体について、エピトープの定義を読むことを回避するために、ネイティブペプチド配列と１００％の同一性を有する任意の領域の長さに対して制限が存在する。従って、本明細書に記載されるエピトープおよびネイティブペプチド配列と１００％の同一性を有する領域を含むペプチドについて、ネイティブ配列と１００％の同一性を有する領域は、一般に、６００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、５００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、４００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、２５０アミノ酸残基未満またはそれと等しい、１００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、８５アミノ酸残基未満またはそれと等しい、７５アミノ酸残基未満またはそれと等しい、６５アミノ酸残基未満またはそれと等しい、および５０アミノ酸残基未満またはそれと等しい長さを有する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される「エピトープ」は、５アミノ酸残基まで下がる任意の増分でネイティブペプチド配列と１００％の同一性を有する５１アミノ酸残基未満；例えば、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１アミノ酸残基を有する領域を有するペプチドによって構成される。
【０１３８】
ペプチドまたはタンパク質を記載するために使用される命名法は、アミノ基が各アミノ酸残基の左側（アミノ末端またはＮ末端）に示され、カルボキシル基が右側（カルボキシ末端またはＣ末端）に示される、従来の実務に従う。アミノ酸残基位置がペプチドエピトープにおいて言及される場合、それらは、エピトープ、またはエピトープがその一部であり得るペプチドもしくはタンパク質のアミノ末端に位置する残基を１とする位置で、アミノからカルボキシルの方向で番号付けされる。本開示の選択された具体的な実施形態を示す式では、アミノ末端基およびカルボキシル末端基は、具体的には示されないが、他に特定しない限り、生理的ｐＨ値においてそれらが取る形態である。アミノ酸構造式では、各残基は、一般に、標準的な３文字または１文字指定によって示される。Ｌ形態のアミノ酸残基は、大文字の１文字または最初を大文字にした３文字記号によって示され、Ｄ形態を有するアミノ酸残基についてのＤ形態は、小文字の１文字または小文字の３文字記号によって示される。しかし、３文字記号または正式名称が大文字なしに使用される場合、それらは、Ｌアミノ酸残基を指し得る。グリシンは、非対称炭素原子を有さず、単に「Ｇｌｙ」または「Ｇ」と呼ばれる。本明細書に示されるペプチドのアミノ酸配列は、一般に、標準的な１文字記号を使用して指定される（Ａ、アラニン；Ｃ、システイン；Ｄ、アスパラギン酸；Ｅ、グルタミン酸；Ｆ、フェニルアラニン；Ｇ、グリシン；Ｈ、ヒスチジン；Ｉ、イソロイシン；Ｋ、リシン；Ｌ、ロイシン；Ｍ、メチオニン；Ｎ、アスパラギン；Ｐ、プロリン；Ｑ、グルタミン；Ｒ、アルギニン；Ｓ、セリン；Ｔ、スレオニン；Ｖ、バリン；Ｗ、トリプトファン；およびＹ、チロシン）。
【０１３９】
用語「突然変異」は、参照と比較した、核酸配列の変化または核酸配列における差異（ヌクレオチド置換、付加または欠失）を指す。「体細胞突然変異」は、胚細胞（精子および卵）を除く身体の細胞のいずれかにおいて生じ得、従って、子供には受け継がれない。これらの変更は、がんまたは他の疾患を（常にではないが）引き起こし得る。一部の実施形態では、突然変異は、非同義突然変異である。用語「非同義突然変異」は、翻訳産物においてアミノ酸置換などのアミノ酸変化を生じる突然変異、例えば、ヌクレオチド置換を指す。「フレームシフト」は、突然変異が遺伝子のコドン周期性の正常な位相（「リーディングフレーム」としても公知）を破壊する場合に生じ、非ネイティブタンパク質配列の翻訳を生じる。同じ変更されたリーディングフレームを達成するために、遺伝子における異なる突然変異が可能である。
【０１４０】
「保存的」アミノ酸置換は、１つのアミノ酸残基が類似の側鎖を有する別のアミノ酸残基で置き換えられるアミノ酸置換である。塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ−分岐側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる、類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが、当該分野で定義されている。例えば、チロシンのフェニルアラニンによる置換は、保存的置換である。ペプチド機能を排除しないヌクレオチドおよびアミノ酸の保存的置換を同定する方法は、当該分野で周知である。
【０１４１】
本明細書で使用される場合、用語「親和性」は、結合対の２つのメンバー間、例えば、ＨＬＡ結合性ペプチドとクラスＩまたはＩＩ  ＨＬＡとの間の結合の強さの尺度を指す。ＫＤは、解離定数であり、モル濃度の単位を有する。親和性定数は、解離定数の逆数である。親和性定数は、時々、この化学的実体を記載するための総称として使用される。これは、結合のエネルギーの直接的な尺度である。親和性は、例えば、市販のＢｉａｃｏｒｅ  ＳＰＲユニットを使用する表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって、実験的に決定され得る。親和性は、ペプチドの５０％が取って代わられる濃度である阻害濃度５０（ＩＣ５０）としても表され得る。同様に、ｌｎ（ＩＣ５０）は、ＩＣ５０の自然対数を指す。Ｋｏｆｆは、例えば、ＨＬＡ結合性ペプチドおよびクラスＩまたはＩＩ  ＨＬＡの解離についての、オフレート（ｏｆｆ−ｒａｔｅ）定数を指す。本開示を通じて、「結合データ」結果は、「ＩＣ５０」の観点から表され得る。ＩＣ５０は、標識された参照ペプチドの結合の５０％阻害が観察される、結合アッセイにおいて試験したペプチドの濃度である。アッセイが実行される条件（即ち、限定的なＨＬＡタンパク質および標識された参照ペプチド濃度）を考慮すると、これらの値は、ＫＤ値に近似する。結合を決定するためのアッセイは、当該分野で周知であり、例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ９４／２０１２７およびＷＯ９４／０３２０５、ならびに他の刊行物、例えば、Ｓｉｄｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １８．３．１  （１９９８）；Ｓｉｄｎｅｙ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５４：２４７  （１９９５）；およびＳｅｔｔｅ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ３１：８１３  （１９９４）に詳細に記載されている。あるいは、結合は、参照標準ペプチドによる結合と比較して表され得る。例えば、参照標準ペプチドのＩＣ５０と比較した、そのＩＣ５０に基づき得る。結合は、以下を使用するものを含む他のアッセイシステムを使用しても決定され得る：生存細胞（例えば、Ｃｅｐｐｅｌｌｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３３９：３９２  （１９８９）；Ｃｈｒｉｓｔｎｉｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６７  （１９９１）；Ｂｕｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２：４４３  （１９９０）；Ｈｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４７：１８９  （１９９１）；ｄｅｌ  Ｇｕｅｒｃｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５４：６８５  （１９９５））、洗剤溶解物を使用する無細胞系（例えば、Ｃｅｒｕｎｄｏｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２１：２０６９  （１９９１））、固定化された精製されたＭＨＣ（例えば、Ｈｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５２，  ２８９０  （１９９４）；Ｍａｒｓｈａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５２：４９４６  （１９９４））、ＥＬＩＳＡシステム（例えば、Ｒｅａｙ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １１：２８２９  （１９９２））、表面プラズモン共鳴（例えば、Ｋｈｉｌｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６８：１５４２５  （１９９３））；高流量可溶相（ｈｉｇｈ  ｆｌｕｘ  ｓｏｌｕｂｌｅ  ｐｈａｓｅ）アッセイ（Ｈａｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．  １８０：２３５３  （１９９４））、およびクラスＩ  ＭＨＣの安定化またはアセンブリの測定（例えば、Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３４６：４７６  （１９９０）；Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ６２：５６３  （１９９０）；Ｔｏｗｎｓｅｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ６２：２８５  （１９９０）；Ｐａｒｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４９：１８９６  （１９９２））。「交差反応性結合」は、ペプチドが１つよりも多くのＨＬＡ分子によって結合されることを示す；同義語は、縮重結合（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ）である。
【０１４２】
用語「誘導された／由来する（ｄｅｒｉｖｅｄ）」およびその文法的等価物は、エピトープを議論するために使用される場合、「調製された」およびその文法的等価物と同義語である。誘導されたエピトープは、天然の供給源から単離され得、または当該分野で標準的なプロトコールに従って合成され得る。合成エピトープは、人工アミノ酸残基  「アミノ酸模倣物」、例えば、天然に存在するＬアミノ酸残基のＤ異性体または非天然のアミノ酸残基、例えば、シクロヘキシルアラニンを含み得る。誘導されたまたは調製されたエピトープは、ネイティブエピトープのアナログであり得る。
【０１４３】
「ネイティブ」または「野生型」配列は、天然に見出される配列を指す。かかる配列は、天然のより長い配列を含み得る。
【０１４４】
「受容体」は、リガンドに結合することが可能な生物分子または分子群を意味すると理解すべきである。受容体は、細胞、細胞形成または生物において情報を伝達するように機能し得る。受容体は、少なくとも１つの受容体ユニットを含み、例えば、このとき、各受容体ユニットは、タンパク質分子からなり得る。受容体は、リガンドの構造を補完する構造を有し、結合パートナーとしてのリガンドと複合体化し得る。情報は、特に、細胞の表面上でのリガンドの複合体化後の受容体のコンフォメーション変化によって伝達される。一部の実施形態では、受容体は、特に、リガンド、特に、適切な長さのペプチドまたはペプチド断片と受容体／リガンド複合体を形成することが可能なＭＨＣクラスＩおよびＩＩのタンパク質を意味すると理解すべきである。
【０１４５】
「リガンド」は、受容体の構造と相補的な構造を有し、この受容体と複合体を形成することが可能な分子を意味すると理解すべきである。一部の実施形態では、リガンドは、ペプチドまたはペプチド断片がＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのタンパク質と複合体を形成することが可能であるように、適切な長さを有し、そのアミノ酸配列中に適切な結合モチーフを有するペプチドまたはペプチド断片を意味すると理解すべきである。
【０１４６】
一部の実施形態では、「受容体／リガンド複合体」はまた、クラスＩまたはクラスＩＩのペプチド提示またはペプチド断片提示ＭＨＣ分子を含む「受容体／ペプチド複合体」または「受容体／ペプチド断片複合体」を意味すると理解すべきである。
【０１４７】
「合成ペプチド」は、非天然の供給源から得られる、例えば、人造のペプチドを指す。かかるペプチドは、化学的合成または組換えＤＮＡテクノロジーなどの方法を使用して産生され得る。「合成ペプチド」は、「融合タンパク質」を含む。
【０１４８】
用語「モチーフ」は、特定のＨＬＡ分子によって認識される、規定された長さのアミノ酸配列、例えば、約１５アミノ酸残基長未満または約１３アミノ酸残基長未満、例えば、クラスＩ  ＨＬＡモチーフについては約８〜約１３アミノ酸残基（例えば、８、９、１０、１１、１２または１３）、クラスＩＩ  ＨＬＡモチーフについては約６〜約２５アミノ酸残基（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５）のペプチド中の残基のパターンを指す。モチーフは、典型的には、所与のヒトＨＬＡ対立遺伝子によってコードされる各ＨＬＡタンパク質について異なる。これらのモチーフは、一次および二次アンカー残基のパターンが異なる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩモチーフは、９、１０または１１アミノ酸残基長のペプチドを同定する。
【０１４９】
用語「天然に存在する」およびその文法的等価物は、本明細書で使用される場合、物体が天然に見出され得るという事実を指す。例えば、生物（ウイルスを含む）中に存在し、天然の供給源から単離され得、実験室において人によって意図的に改変されていないペプチドまたは核酸は、天然に存在する。
【０１５０】
本開示によれば、用語「ワクチン」は、投与の際に、病原体または罹患細胞、例えばがん細胞を認識しそれを攻撃する免疫応答、例えば、細胞性免疫応答または体液性免疫応答を誘導する、医薬調製物（医薬組成物）または製品に関する。ワクチンは、疾患の予防または処置のために使用され得る。用語「個別化がんワクチン」または「個人化がんワクチン」は、特定のがん患者に関し、がんワクチンが個々のがん患者の要求または特殊事情に適応されていることを意味する。
【０１５１】
「防御免疫応答」または「治療的免疫応答」は、疾患症状、副作用または進行を何らかの方法で予防するまたは少なくとも部分的に停止させる、病原性抗原（例えば、腫瘍抗原）に由来する抗原に対するＣＴＬおよび／またはＨＴＬ応答を指す。免疫応答には、ヘルパーＴ細胞の刺激によって促進された抗体応答もまた含まれ得る。
【０１５２】
「抗原プロセシング」または「プロセシング」およびその文法的等価物は、そのポリペプチドまたは抗原の断片であるプロセッション産物へのポリペプチドまたは抗原の分解（例えば、ペプチドへのポリペプチドの分解）、および特異的Ｔ細胞への抗原提示細胞などの細胞による提示のための、ＭＨＣ分子との（例えば、結合を介した）これらの断片のうち１つまたは複数の会合を指す。
【０１５３】
「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）は、その細胞表面上にＭＨＣ分子と会合したタンパク質抗原のペプチド断片を提示する細胞である。一部のＡＰＣは、抗原特異的Ｔ細胞を活性化し得る。専門の抗原提示細胞は、ファゴサイトーシスまたは受容体媒介性エンドサイトーシのいずれかによって抗原を内在化し、次いで、その膜上にクラスＩＩ  ＭＨＣ分子に結合した抗原の断片をディスプレイする際に、非常に効率的である。Ｔ細胞は、抗原提示細胞の膜上の抗原−クラスＩＩ  ＭＨＣ分子複合体を認識し、それと相互作用する。次いで、さらなる共刺激シグナルが、抗原提示細胞によって生成され、Ｔ細胞の活性化をもたらす。共刺激分子の発現は、専門の抗原提示細胞の決定的な特色である。専門の抗原提示細胞の主要な型は、最も広い範囲の抗原提示を有し、おそらくは最も重要な抗原提示細胞である樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、およびある特定の活性化された上皮細胞である。樹状細胞（ＤＣ）は、ＭＨＣクラスＩＩおよびＩの両方の抗原提示経路を介して、末梢組織中に捕捉された抗原をＴ細胞に提示する白血球集団である。樹状細胞が免疫応答の強力な誘導因子であり、これらの細胞の活性化が抗腫瘍免疫の誘導のための重要なステップであることは周知である。樹状細胞は、便宜上「未成熟」および「成熟」細胞としてカテゴリー化され、これらは、２つの十分に特徴付けられた表現型の間を識別するための単純な方法として使用され得る。しかし、この命名法は、分化の全ての可能な中間段階を除外すると解釈すべきではない。未成熟樹状細胞は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）およびマンノース受容体の高い発現と相関する抗原取込みおよびプロセシングの高い能力を有する抗原提示細胞として特徴付けられる。成熟表現型は、典型的には、これらのマーカーのより低い発現によって特徴付けられるが、Ｔ細胞活性化を担う細胞表面分子、例えば、クラスＩおよびクラスＩＩ  ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならびに共刺激分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４−１  ＢＢ）の高い発現によって特徴付けられる。
【０１５４】
２つの核酸配列またはポリペプチドのアミノ酸配列の観点から、本明細書で使用される場合の用語「同一な」およびその文法的等価物、または「配列同一性」は、特定された比較ウインドウにわたって最大の対応を求めてアラインした場合に同じである、２つの配列中の残基を指す。「比較ウインドウ」は、本明細書で使用される場合、２つの配列が最適にアラインされた後に配列が同じ数の連続する位置の参照配列と比較され得る、少なくとも約２０個連続する位置、通常は約５０〜約２００個連続する位置、より通常は約１００〜約１５０個連続する位置のセグメントを指す。比較のための配列のアラインメントの方法は、当該分野で周知である。比較のための配列の最適なアラインメントは、Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ，  Ａｄｖ．  Ａｐｐｌ．  Ｍａｔｈ．，  ２：４８２  （１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって；Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  ４８：４４３  （１９７０）のアラインメントアルゴリズムによって；Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．，  ８５：２４４４  （１９８８）の類似性についての検索法によって；これらのアルゴリズム（Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔｉｃｓ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ  Ｃａｌｉｆ．によるＰＣ／Ｇｅｎｅプログラム中のＣＬＵＳＴＡＬ、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＷｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）、５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．、Ｕ．Ｓ．Ａ．中のＴＦＡＳＴＡが含まれるがこれらに限定されない）のコンピュータ化インプリメンテーションによって実施され得；ＣＬＵＳＴＡＬプログラムは、Ｈｉｇｇｉｎｓ  ａｎｄ  Ｓｈａｒｐ，  Ｇｅｎｅ，  ７３：２３７−２４４  （１９８８）およびＨｉｇｇｉｎｓ  ａｎｄ  Ｓｈａｒｐ，  ＣＡＢＩＯＳ，  ５：１５１−１５３  （１９８９）；Ｃｏｒｐｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  １６：１０８８１−１０８９０  （１９８８）；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，  ８：１５５−１６５  （１９９２）；ならびにＰｅａｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ２４：３０７−３３１  （１９９４）によって十分に記載されている。アラインメントは、目視および手動アラインメントによって実施される場合も多い。実施形態の１つのクラスでは、本明細書のポリペプチドは、例えば、デフォルトパラメーターを使用してＢＬＡＳＴＰ（もしくはＣＬＵＳＴＡＬ、または任意の他の利用可能なアラインメントソフトウェア）によって測定した場合に、参照ポリペプチドまたはその断片に対して、少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。同様に、核酸もまた、出発核酸を参照して記載され得、例えば、核酸は、例えば、デフォルトパラメーターを使用してＢＬＡＳＴＮ（もしくはＣＬＵＳＴＡＬ、または任意の他の利用可能なアラインメントソフトウェア）によって測定した場合に、参照核酸またはその断片に対して、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有し得る。１つの分子が、より大きい分子と、ある特定のパーセンテージの配列同一性を有すると言われる場合、それは、２つの分子が最適にアラインされた場合に、小さい方の分子中の残基のそのパーセンテージが、２つの分子が最適にアラインされる順序に従って大きい方の分子中に一致残基を見出すことを意味する。
【０１５５】
用語「実質的に同一な」およびその文法的等価物は、核酸またはアミノ酸配列に適用される場合、核酸またはアミノ酸配列が、標準的なパラメーターを使用して、上記プログラム、例えばＢＬＡＳＴを使用して参照配列と比較して、少なくとも９０％またはそれよりも高い、少なくとも９５％の、少なくとも９８％の、および少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含むことを意味する。例えば、ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列について）は、デフォルトとして、１１のワード長（Ｗ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両方の鎖の比較を使用する。アミノ酸配列について、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、３のワード長（Ｗ）、１０の期待値（Ｅ）、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを使用する（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ＆  Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８９：１０９１５  （１９９２）を参照のこと）。配列同一性のパーセンテージは、２つの最適にアラインされた配列を比較ウインドウにわたって比較することによって決定され、このとき、比較ウインドウ中のポリヌクレオチド配列の部分は、２つの配列の最適なアラインメントのために、参照配列（これは、付加も欠失も含まない）と比較して、付加または欠失（即ち、ギャップ）を含み得る。パーセンテージは、同一な核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列中に存在する位置の数を決定して一致した位置の数を得、比較のウインドウ中の位置の総数によって一致した位置の数を除算し、結果に１００を乗算して配列同一性のパーセンテージを得ることによって、計算される。実施形態では、実質的な同一性が、少なくとも約５０残基長である配列の領域にわたって、少なくとも約１００残基の領域にわたって存在し、実施形態では、これらの配列は、少なくとも約１５０残基にわたって実質的に同一である。実施形態では、これらの配列は、コード領域の長さ全体にわたって実質的に同一である。
【０１５６】
用語「ベクター」は、本明細書で使用される場合、目的の１つまたは複数の遺伝子または配列を送達することが可能であり、宿主細胞においてそれを発現させることが通常は可能な構築物を意味する。ベクターの例には、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡもしくはＲＮＡ発現ベクター、プラスミド、コスミド、またはファージベクター、カチオン性縮合剤と会合したＤＮＡもしくはＲＮＡ発現ベクター、およびリポソーム中に封入されたＤＮＡもしくはＲＮＡ発現ベクターが含まれるがこれらに限定されない。
【０１５７】
「単離された」ポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物は、天然には見出されない形態のポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物である。単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物には、それらがもはや天然には見出されない形態である程度まで精製された、ポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物が含まれる。一部の実施形態では、単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物は、実質的に純粋である。一部の実施形態では、「単離されたポリヌクレオチド」は、ＰＣＲまたは定量的ＰＣＲ反応において増幅されたポリヌクレオチドを含むＰＣＲまたは定量的ＰＣＲ反応を包含する。
【０１５８】
用語「単離された」、「生物学的に純粋」またはそれらの文法的等価物は、そのネイティブ状態で見出される場合にその材料に通常付随する構成要素を実質的にまたは本質的に含まない材料を指す。従って、本明細書に記載される単離されたペプチドは、そのｉｎ  ｓｉｔｕ環境においてそのペプチドと通常関連する材料の一部または全てを含まない。「単離された」エピトープは、エピトープが由来する抗原の配列全体を含まないエピトープを指す。典型的には、「単離された」エピトープは、ネイティブ配列の長さ全体にわたって１００％の同一性を有する配列を生じるさらなるアミノ酸残基がそれに結合されていない。ネイティブ配列は、エピトープが由来する腫瘍関連抗原などの配列であり得る。従って、用語「単離された」は、材料が、その元の環境（例えば、それが天然に存在する場合には、天然の環境）から取り出されていることを意味する。「単離された」核酸は、その天然の環境から取り出された核酸である。例えば、生きた動物中に存在する天然に存在するポリヌクレオチドまたはペプチドは、単離されていないが、天然の系中に共存する材料の一部または全てから分離された同じポリヌクレオチドまたはペプチドは、単離されている。かかるポリヌクレオチドは、ベクターの一部であり得、および／またはかかるポリヌクレオチドもしくはペプチドは、組成物の一部であり得、かかるベクターまたは組成物がその天然の環境の一部ではないという点で、なおも「単離されて」いると言える。単離されたＲＮＡ分子には、本明細書に記載されるＤＮＡ分子のｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ＲＮＡ転写物が含まれ、合成により産生されたかかる分子がさらに含まれる。
【０１５９】
用語「実質的に精製された」およびその文法的等価物は、本明細書で使用される場合、その核酸、ポリペプチド、タンパク質または他の化合物が天然に関連するポリヌクレオチド、タンパク質、ポリペプチドおよび他の分子を実質的に含まない、即ち、それらを約５０％よりも多く含まない、約７０％よりも多く含まない、約９０％よりも多く含まない、核酸配列、ポリペプチド、タンパク質または他の化合物を指す。
【０１６０】
用語「実質的に純粋」は、本明細書で使用される場合、少なくとも５０％純粋（即ち、夾雑物を含まない）、少なくとも９０％純粋、少なくとも９５％純粋、少なくとも９８％純粋または少なくとも９９％純粋な材料を指す。
【０１６１】
用語「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」、「核酸」、「ポリ核酸」または「オリゴヌクレオチド」およびそれらの文法的等価物は、本明細書で相互交換可能に使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、これには、ＤＮＡおよびＲＮＡ、例えばｍＲＮＡが含まれる。従って、これらの用語には、二本鎖および一本鎖ＤＮＡ、三重鎖ＤＮＡ、ならびに二本鎖および一本鎖ＲＮＡが含まれる。これには、例えば、メチル化および／またはキャッピングによって改変された形態のポリヌクレオチド、ならびに未改変形態のポリヌクレオチドもまた含まれる。この用語はまた、天然に存在しないまたは合成のヌクレオチド、ならびにヌクレオチドアナログを含む分子を含む意味である。本明細書で開示または企図される核酸配列およびベクターは、例えば、トランスフェクション、形質転換または形質導入によって、細胞中に導入され得る。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、改変ヌクレオチドもしくは塩基、および／またはそれらのアナログ、あるいはＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼによってポリマー中に取り込まれ得る任意の基質であり得る。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドおよび核酸は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写されたｍＲＮＡであり得る。一部の実施形態では、本開示の方法を使用して投与されるポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡである。
【０１６２】
「トランスフェクション」、「形質転換」または「形質導入」は、本明細書で使用される場合、物理的または化学的方法を使用することによる、宿主細胞中への１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドの導入を指す。多くのトランスフェクション技術が当該分野で公知であり、これには、例えば、リン酸カルシウムＤＮＡ共沈（例えば、Ｍｕｒｒａｙ  Ｅ．  Ｊ．  （ｅｄ．），  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｖｏｌ．  ７，  Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  ａｎｄ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ  （１９９１）を参照のこと）；ＤＥＡＥ−デキストラン；電気穿孔；カチオン性リポソーム媒介性トランスフェクション；タングステン粒子促進微粒子銃（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，  Ｎａｔｕｒｅ，  ３４６：  ７７６−７７７  （１９９０））；およびリン酸ストロンチウムＤＮＡ共沈（Ｂｒａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．，  ７：  ２０３１−２０３４  （１９８７））が含まれる。ファージまたはウイルスベクターは、その多くが市販される適切なパッケージング細胞中での感染性粒子の成長後に、宿主細胞中に導入され得る。
【０１６３】
核酸および／または核酸配列は、共通の先祖核酸または核酸配列から天然にまたは人工的に誘導されている場合、「相同」である。タンパク質および／またはタンパク質配列は、それらのコードＤＮＡが共通の先祖核酸または核酸配列から天然にまたは人工的に誘導されている場合、「相同」である。相同な分子は、ホモログと呼ばれ得る。例えば、本明細書に記載される任意の天然に存在するタンパク質は、任意の利用可能な突然変異誘発法によって改変され得る。発現されると、この突然変異誘発された核酸は、元の核酸によってコードされるタンパク質と相同なポリペプチドをコードする。相同性は、一般に、２つまたはそれよりも多くの核酸またはタンパク質（またはそれらの配列）間の配列同一性から推測される。相同性を確立する際に有用な配列間の同一性の正確なパーセンテージは、問題となる核酸およびタンパク質によって変動するが、２５％ほどの低い配列同一性が、相同性を確立するために慣用的に使用される。配列同一性のより高いレベル、例えば、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％もしくは９９％またはそれよりも高い配列同一性もまた、相同性を確立するために使用され得る。配列同一性パーセンテージを決定するための方法（例えば、デフォルトパラメーターを使用するＢＬＡＳＴＰおよびＢＬＡＳＴＮ）は、本明細書に記載され、一般に利用可能である。
【０１６４】
用語「対象」は、特定の処置のレシピエントになる、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、げっ歯類などが含まれるがこれらに限定されない任意の動物（例えば、哺乳動物）を指す。典型的には、用語「対象」および「患者」は、ヒト対象に関連して、本明細書で相互交換可能に使用される。
【０１６５】
用語「有効量」または「治療有効量」または「治療効果」は、対象または哺乳動物における疾患もしくは障害を「処置する」のに有効な治療薬の量を指す。治療有効量の薬物は、治療効果を有し、従って、疾患もしくは障害の発生を予防することができる；疾患もしくは障害の発達を減速させることができる；疾患もしくは障害の進行を減速させることができる；疾患もしくは障害と関連する症状のうち１つもしくは複数をある程度まで緩和させることができる；罹患率および死亡率を低減させることができる；生活の質を改善することができる；またはかかる効果の組合せが可能である。
【０１６６】
用語「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」もしくは「処置」もしくは「処置する（ｔｏ  ｔｒｅａｔ）」または「軽減する（ａｌｌｅｖｉａｔｉｎｇ）」もしくは「軽減する（ｔｏ  ａｌｌｅｖｉａｔｅ）」は、（１）診断された病的状態または障害を治癒する、減速させる、その症状を減少させる、および／またはその進行を停止させる治療的手段；ならびに（２）標的化された病的状態または障害の発達を予防または緩徐化する予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）または予防的（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）手段、の両方を指す。従って、処置を必要とする者には、障害を既に有する者；障害を有する傾向がある者；およびその障害が予防される者が含まれる。
【０１６７】
「薬学的に許容される」は、一般に非毒性の、不活性な、および／または生理的に適合性の組成物または組成物の構成要素を指す。
【０１６８】
「医薬賦形剤」または「賦形剤」は、材料、例えば、アジュバント、担体、ｐＨ調整剤および緩衝剤、浸透圧調整剤、湿潤剤、防腐剤などを含む。「医薬賦形剤」は、薬学的に許容される賦形剤である。
ＩＩ．ネオ抗原およびその使用
【０１６９】
治癒的な腫瘍特異的免疫療法を開発するための重大な障壁の１つは、自己免疫を回避するための高度に特異的かつ拘束性の腫瘍抗原の同定および選択である。悪性細胞内の遺伝子変化（例えば、逆位、転座、欠失、ミスセンス突然変異、スプライス部位突然変異など）の結果として生じる腫瘍ネオ抗原は、最も腫瘍特異的なクラスの抗原を示す。ネオ抗原は、それらを同定すること、最適化された抗原を選択すること、およびワクチンまたは免疫原性組成物における使用のためのネオ抗原を産生することにおける技術的困難に起因して、がんワクチンにおいても免疫原性組成物においてもほとんど使用されてこなかった。これらの問題は、以下によって対処され得る：高い割合のがんを有する対象から、腫瘍中にはＤＮＡレベルで存在するが一致した生殖系列試料中には存在しない新生物／腫瘍中の突然変異を同定すること；１つまたは複数のペプチド−ＭＨＣ結合予測アルゴリズムを用いて、同定された突然変異を解析して、新生物／腫瘍内で発現され、高い割合の患者ＨＬＡ対立遺伝子に結合する複数のネオ抗原Ｔ細胞エピトープを生成すること；および高い割合のがんを有する対象を処置するために適切ながんワクチンまたは免疫原性組成物における使用のための、全てのネオ抗原ペプチドおよび予測された結合性ペプチドのセットから選択される複数のネオ抗原性ペプチドを合成すること。
【０１７０】
例えば、ペプチド配列決定情報を治療ワクチンに変換することは、高い割合の個体のＨＬＡ分子に結合できる突然変異したペプチドの予測を含み得る。免疫原として利用するためにどの特定の突然変異を効率的に選択することは、どの突然変異したペプチドが高い割合の患者のＨＬＡ対立遺伝子に効率的に結合するかを予測する能力を必要とする。最近、検証された結合性ペプチドおよび非結合性ペプチドを用いた、ニューラルネットワークベースの学習アプローチが、主要なＨＬＡ−ＡおよびＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子についての予測アルゴリズムの精度を向上させた。しかし、ＨＬＡ−ペプチド結合規則をコードするために、進歩したニューラルネットワークベースのアルゴリズムを使用しても、いくつかの因子が、ＨＬＡ対立遺伝子上に提示されるペプチドを予測する力を制限する。
【０１７１】
ペプチド配列決定情報を治療ワクチンに変換することの別の例には、長いペプチドのマルチエピトープワクチンとして薬物を製剤化することが含まれ得る。実務的に可能な限り多くの突然変異したエピトープを標的化することは、免疫系の大きな能力を利用し、免疫標的化遺伝子産物の下方モジュレーションによる免疫学的エスケープの機会を防止し、エピトープ予測アプローチの既知の不正確さを補償する。合成ペプチドは、複数の免疫原を効率的に調製し、突然変異型エピトープの同定を有効なワクチンに迅速に変換するための有用な手段を提供する。ペプチドは、夾雑する細菌物質も動物物質も含まない試薬を利用して、容易に化学的に合成され得、簡単に精製され得る。小さいサイズは、タンパク質の突然変異した領域に明白に焦点を当てることを可能にし、また、他の構成要素（非突然変異型タンパク質またはウイルスベクター抗原）からの無関係な抗原競合を低減させる。
【０１７２】
ペプチド配列決定情報を治療ワクチンに変換することのさらに別の例には、強いワクチンアジュバントとの組合せが含まれ得る。有効なワクチンは、免疫応答を開始させるために、強いアジュバントを必要とし得る。例えば、ポリ−ＩＣＬＣ、ＴＬＲ３のアゴニスト、ならびにＭＤＡ５およびＲＩＧ３のＲＮＡヘリカーゼドメインは、ワクチンアジュバントにとって望ましいいくつかの特性を示している。これらの特性には、ｉｎ  ｖｉｖｏでの免疫細胞の局所的および全身性の活性化の誘導、刺激性ケモカインおよびサイトカインの産生、ならびにＤＣによる抗原提示の刺激が含まれる。さらに、ポリ−ＩＣＬＣは、ヒトにおいて持続的なＣＤ４＋およびＣＤ８＋応答を誘導することができる。重要なことに、転写およびシグナル伝達経路の上方調節における著しい類似性が、ポリ−ＩＣＬＣでワクチン接種した対象、および高度に有効な複製コンピテントな黄熱病ワクチンを受けたボランティアにおいて見られた。さらに、（Ｍｏｎｔａｎｉｄｅに加えて）ＮＹＥＳＯ−１ペプチドワクチンと組み合わせたポリ−ＩＣＬＣで免疫化した卵巣癌患者の＞９０％は、最近の第１相研究において、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導、ならびにこのペプチドに対する抗体応答を示した。同時に、ポリ−ＩＣＬＣは、これまでに、２５よりも多くの臨床試験において広く試験されており、比較的無害な毒性プロファイルを示した。
【０１７３】
一部の態様では、タンパク質の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２のネオエピトープを含む第２のペプチド、第１のペプチドおよび第２のペプチドをコードするポリヌクレオチド、第１のペプチドおよび第２のペプチドを含む１つもしくは複数のＡＰＣ、またはＨＬＡタンパク質との複合体中の第１のネオエピトープに対して特異的な第１のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）およびＨＬＡタンパク質との複合体中の第２のネオエピトープに対して特異的な第２のＴＣＲを含む組成物が本明細書で提供され；第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。
【０１７４】
一部の態様では、タンパク質のある領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質のその領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドであって、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープが、同じである領域の少なくとも１つのアミノ酸を含む、第１のペプチドおよび第２のペプチド、第１のペプチドおよび第２のペプチドをコードするポリヌクレオチド、第１のペプチドおよび第２のペプチドを含む１つもしくは複数のＡＰＣ、またはＨＬＡタンパク質との複合体中の第１のネオエピトープに対して特異的な第１のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）およびＨＬＡタンパク質との複合体中の第２のネオエピトープに対して特異的な第２のＴＣＲを含む組成物が本明細書で提供され；第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。
【０１７５】
一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。一部の実施形態では、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、異なる分子である。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、同じタンパク質のある領域の第１のネオエピトープを含み、第２のネオエピトープは、同じタンパク質のその領域の第２のネオエピトープを含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、同じである領域の少なくとも１つのアミノ酸を含む。一部の実施形態では、タンパク質のこの領域は、そのタンパク質の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００または１，０００個連続するアミノ酸を含む。一部の実施形態では、タンパク質のこの領域は、そのタンパク質の多くて１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００または１，０００個連続するアミノ酸を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、クラスＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、クラスＩＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、クラスＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、クラスＩＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、第１のペプチドからプロセシングされた第１のネオエピトープペプチドであり、および／または第２のネオエピトープは、第２のペプチドからプロセシングされた第２のネオエピトープペプチドである。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、第１のペプチドよりも短い長さであり、および／または第２のネオエピトープは、第２のペプチドよりも短い長さである。一部の実施形態では、第１のネオエピトープペプチドは、第１のペプチドを含む抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってプロセシングされ、および／または第２のネオエピトープペプチドは、第２のペプチドを含むＡＰＣによってプロセシングされる。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲは、第１または第２のペプチドを含むクラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲは、第１または第２のペプチドを含むクラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲは、第１または第２のペプチドを含むクラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲは、第１または第２のペプチドを含むクラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、１つまたは複数のＡＰＣは、第１のペプチドを含む第１のＡＰＣおよび第２のペプチドを含む第２のＡＰＣを含む。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライス部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、表１または２の遺伝子によってコードされる配列を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、表１または２の遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、突然変異は、表１または２の縦列２の突然変異である。一部の実施形態では、突然変異は、表３〜１４の縦列１の突然変異である。一部の実施形態では、タンパク質は、ＫＲＡＳである。一部の実施形態では、単一のポリペプチドが、第１のペプチドおよび第２のペプチドを含み、または単一のポリヌクレオチドが、第１のペプチドおよび第２のペプチドをコードする。一部の実施形態では、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、同じ転写開始部位から転写される配列によってコードされる。一部の実施形態では、第１のペプチドは、第１の転写開始部位から転写される配列によってコードされ、第２のペプチドは、第２の転写開始部位から転写される配列によってコードされる。一部の実施形態では、単一のポリペプチドは、少なくとも１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；３０；４０；５０；６０；７０；８０；９０；１００；１５０；２００；２５０；３００；３５０；４００；４５０；５００；６００；７００；８００；９００；１，０００；１，５００；２，０００；２，５００；３，０００；４，０００；５，０００；７，５００；または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、第１の対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する第１の配列；および対応する第２の野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する第２の配列を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対応する第１の野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する少なくとも８または９個連続するアミノ酸の第１の配列；および対応する第２の野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する少なくとも１６または１７個連続するアミノ酸の第２の配列を含む。一部の実施形態では、第２のペプチドは、第１のペプチドよりも長い。一部の実施形態では、第１のペプチドは、第２のペプチドよりも長い。一部の実施形態では、第１のペプチドは、少なくとも９；１０；１１；１２；１３；１４；１５；１６；１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；３０；４０；５０；６０；７０；８０；９０；１００；１５０；２００；２５０；３００；３５０；４００；４５０；５００；６００；７００；８００；９００；１，０００；１，５００；２，０００；２，５００；３，０００；４，０００；５，０００；７，５００；または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のペプチドは、少なくとも１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；３０；４０；５０；６０；７０；８０；９０；１００；１５０；２００；２５０；３００；３５０；４００；４５０；５００；６００；７００；８００；９００；１，０００；１，５００；２，０００；２，５００；３，０００；４，０００；５，０００；７，５００；または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する少なくとも９個連続するアミノ酸の配列を含む。一部の実施形態では、第２のペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する少なくとも１７個連続するアミノ酸の配列を含む。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、第１のネオエピトープよりも長い。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、少なくとも８アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、８〜１２アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、少なくとも８個連続するアミノ酸の配列を含み、８個連続するアミノ酸のうち少なくとも２個は、野生型配列の対応する位置において異なっている。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、少なくとも１６アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、１６〜２５アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、少なくとも１６個連続するアミノ酸の配列を含み、１６個連続するアミノ酸のうち少なくとも２個は、野生型配列の対応する位置において異なっている。
【０１７６】
一部の実施形態では、第１のペプチドは、少なくとも１つのさらなる突然変異を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第１のネオエピトープ中の突然変異ではない。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第１のネオエピトープ中の突然変異である。一部の実施形態では、第２のペプチドは、少なくとも１つのさらなる突然変異を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第２のネオエピトープ中の突然変異ではない。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第２のネオエピトープ中の突然変異である。一部の実施形態では、第１のペプチド、第２のペプチドまたはそれら両方は、少なくとも１つの隣接配列を含み、この少なくとも１つの隣接配列は、ネオエピトープの上流または下流である。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、非野生型配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、Ｎ末端隣接配列である。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、Ｃ末端隣接配列である。一部の実施形態では、第１のペプチドの少なくとも１つの隣接配列は、第２のペプチドの少なくとも１つの隣接配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。一部の実施形態では、第１のペプチドの少なくとも１つの隣接領域は、第２のペプチドの少なくとも１つの隣接領域とは異なる。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接残基は、突然変異を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープ、第２のネオエピトープまたはそれら両方は、少なくとも１つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、カノニカルアンカー位置にある。一部の実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、非カノニカルアンカー位置にある。一部の実施形態では、第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、カノニカルアンカー位置にある。一部の実施形態では、第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、非カノニカルアンカー位置にある。一部の実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基とは異なる。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、野生型残基である。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、置換である。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープは、置換なしの対応するネオエピトープよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープは、置換なしの対応する野生型配列よりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、突然変異を含まない。一部の実施形態では、第１のネオエピトープ、第２のネオエピトープまたはそれら両方は、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域を含む。一部の実施形態では、ネオエピトープは、少なくとも１つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、少なくとも２つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのアンカー残基は、少なくとも１アミノ酸を含む分離領域によって分離される。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域は、分離領域内にはない。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域は、少なくとも２つのアンカー残基のＮ末端アンカー残基の上流；少なくとも２つのアンカー残基のＣ末端アンカー残基の下流；または（ａ）および（ｂ）の両方である。
【０１７７】
一部の実施形態では、組成物は、アジュバントを含む。一部の実施形態では、組成物は、１つまたは複数のさらなるペプチドを含み、この１つまたは複数のさらなるペプチドは、第３のネオエピトープを含む。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、対応する野生型配列よりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、１０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、１０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡクラスＩタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、１０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡクラスＩＩタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、対象によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する。一部の実施形態では、突然変異は、対象の非がん細胞中には存在しない。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、対象のがん細胞の遺伝子または発現された遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、組成物は、第１のＴＣＲを含む第１のＴ細胞を含む。一部の実施形態では、組成物は、第２のＴＣＲを含む第２のＴ細胞を含む。一部の実施形態では、第１のＴＣＲは、非ネイティブ細胞内ドメインを含み、および／または第２のＴＣＲは、非ネイティブ細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、第１のＴＣＲは、可溶性ＴＣＲであり、および／または第２のＴＣＲは、可溶性ＴＣＲである。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、ガンマデルタＴ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、ヘルパーＴ細胞である。一部の実施形態では、第１のＴ細胞は、第１のネオエピトープで刺激、拡大増殖もしくは誘導されたＴ細胞であり、および／または第２のＴ細胞は、第２のネオエピトープで刺激、拡大増殖もしくは誘導されたＴ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、自家Ｔ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、同種異系Ｔ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、操作されたＴ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴ細胞は、細胞系のＴ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴＣＲは、１０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の態様では、本明細書に記載される第１および第２のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結している。一部の実施形態では、ベクターは、自己増殖性ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンである。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アルファウイルス、ワクシニアウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルスまたはそれらのシュードタイプに由来する。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、非ウイルスベクターは、ナノ粒子、カチオン性脂質、カチオン性ポリマー、金属含有ナノポリマー、ナノロッド、リポソーム、ミセル、微小気泡、細胞透過性ペプチドまたはリポスフェア（ｌｉｐｏｓｐｈｅｒｅ）である。
【０１７８】
一部の態様では、本明細書に記載される組成物または本明細書に記載されるベクター；および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書で提供される。
【０１７９】
一部の実施形態では、複数の細胞は、自家細胞である。一部の実施形態では、複数のＡＰＣ細胞は、自家細胞である。一部の実施形態では、複数のＴ細胞は、自家細胞である。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む。一部の実施形態では、免疫調節剤は、サイトカインである。一部の実施形態では、アジュバントは、Ｈｉｌｔｏｎｏｌである。
【０１８０】
一部の態様では、がんを処置する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含む方法が、本明細書で提供される。
【０１８１】
一部の態様では、がん治療に対する抵抗性を予防する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含む方法が、本明細書で提供される。
【０１８２】
一部の態様では、免疫応答を誘導する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含む方法が、本明細書で提供される。
【０１８３】
一部の実施形態では、免疫応答は、体液性応答である。一部の実施形態では、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、同時に、別々にまたは順次投与される。一部の実施形態では、第１のペプチドは、第２のペプチドの後に順次投与される。一部の実施形態では、第２のペプチドは、第１のペプチドの後に順次投与される。一部の実施形態では、第１のペプチドは、第２のペプチドがＴ細胞を活性化するのに十分な期間の後に順次投与される。一部の実施形態では、第２のペプチドは、第１のペプチドがＴ細胞を活性化するのに十分な期間の後に順次投与される。一部の実施形態では、第１のペプチドは、Ｔ細胞を再刺激するために第２のペプチドの後に順次投与される。一部の実施形態では、第２のペプチドは、Ｔ細胞を再刺激するために第１のペプチドの後に順次投与される。一部の実施形態では、第１のペプチドが、Ｔ細胞を刺激するために投与され、第２のペプチドが、Ｔ細胞を再刺激するために第１のペプチドの後に投与される。一部の実施形態では、第２のペプチドが、Ｔ細胞を刺激するために投与され、第１のペプチドが、Ｔ細胞を再刺激するために第２のペプチドの後に投与される。一部の実施形態では、対象は、がんを有し、このがんは、黒色腫、卵巣がん、肺がん、前立腺がん、乳房がん、結腸直腸がん、子宮内膜がんおよび慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、対象は、抗エストロゲン治療に対して抵抗性の乳房がんを有する。一部の実施形態では、乳房がんは、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する。一部の実施形態では、対象は、イブルチニブ治療に対して抵抗性のＣＬＬを有する。一部の実施形態では、ＣＬＬは、Ｃ４８１Ｓ突然変異などの突然変異を有するブルトンチロシンキナーゼを発現する。一部の実施形態では、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤に対して抵抗性の肺がんを有する。一部の実施形態では、肺がんは、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ７９２ＦまたはＣ７９７Ｓ突然変異などの突然変異を有する上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）を発現する。一部の実施形態では、第１のペプチドを含む複数のＡＰＣ細胞および第２のペプチドを含む複数のＡＰＣ細胞が、同時に、別々にまたは順次投与される。一部の実施形態では、第１のＴＣＲを含む複数のＴ細胞および第２のＴＣＲを含む複数のＴ細胞が、同時に、別々にまたは順次投与される。一部の実施形態では、この方法は、少なくとも１つのさらなる治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる治療剤またはモダリティは、手術、チェックポイント阻害剤、抗体もしくはその断片、化学療法剤、放射線、ワクチン、小分子、Ｔ細胞、ベクター、およびＡＰＣ、ポリヌクレオチド、腫瘍溶解性ウイルスまたはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる治療剤は、抗ＰＤ−１剤および抗ＰＤ−Ｌ１剤、抗ＣＴＬＡ−４剤、または抗ＣＤ４０剤である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップの前に、それと同時に、またはその後に投与される。
ＩＩＩ．ペプチド
【０１８４】
態様では、本開示は、表１〜１４の腫瘍特異的突然変異を含む単離されたペプチドを提供する。これらのペプチドおよびポリペプチドは、本明細書で「ネオ抗原性ペプチド」または「ネオ抗原性ポリペプチド」と呼ばれる。ポリペプチドまたはペプチドは、改変が本明細書に記載されるポリペプチドの生物活性を破壊しないことを条件として、種々の長さであり得、それらの中性（非荷電）形態または塩である形態のいずれかであり得、かつ改変、例えば、グリコシル化、側鎖酸化もしくはリン酸化を含まない、またはこれらの改変を含むことができる。
表１
【表１−１】
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【表１−２】
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【表１−３】
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【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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【表１−９】
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【表１−１０】
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【表１−１１】
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【表１−１２】
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【表１−１３】
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【表１−１４】
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【表１−１５】
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【表１−１６】
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【表１−１７】
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【表１−１８】
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【表１−１９】
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【表１−２０】
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【表１−２１】
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【表１−２２】
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【表１−２３】
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【表１−２４】
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【表１−２５】
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【表１−２６】
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【表１−２７】
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【表１−２８】
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【表１−２９】
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【表１−３０】
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１下線付きのＡＡは、非ネイティブＡＡを示す。
２太字のＡＡは、２つの融合した遺伝子のうち２番目のものによってコードされるアミノ酸配列のネイティブＡＡを示す。
３太字かつ下線付きのＡＡは、フレームシフトに起因する、２つの融合した遺伝子のうち２番目のものによってコードされるアミノ酸配列の非ネイティブＡＡを示す。
表２
【表２−１】
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【表２−２】
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【表２−３】
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【表２−４】
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【表２−５】
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【表２−６】
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【表２−７】
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【表２−８】
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【表２−９】
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【表２−１０】
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【表２−１１】
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１下線付きのＡＡは、非ネイティブＡＡを示す。
２太字のＡＡは、２つの融合した遺伝子のうち２番目のものによってコードされるアミノ酸配列のネイティブＡＡを示す。
３太字かつ下線付きのＡＡは、フレームシフトに起因する、２つの融合した遺伝子のうち２番目のものによってコードされるアミノ酸配列の非ネイティブＡＡを示す。
【０１８５】
上記表中、例示的な融合物の１つまたは複数について、最初の「：」の前に来る配列は、第１の遺伝子によってコードされるポリペプチドのエクソン配列に属し、２番目の「：」の後に来る配列は、第２の遺伝子によってコードされるポリペプチドのエクソン配列に属し、「：」記号の間にあるアミノ酸は、第１の遺伝子によってコードされるポリペプチドのエクソン配列と第２の遺伝子によってコードされるポリペプチドのエクソン配列との間で分割されるコドンによってコードされる。
【０１８６】
しかし、一部の実施形態、例えば、ＮＡＢ：ＳＴＡＴ６では、ＮＡＢエクソンは、ＳＴＡＴ６の５’ＵＴＲに連結され、接合点の後にある最初のアミノ酸は、ＳＴＡＴ６の通常の開始コドンである（この部位にはフレームは存在しない（通常は翻訳されないため））。
【０１８７】
一部の実施形態では、全長ＡＲ中に見出されるリガンド結合ドメインを欠くタンパク質をコードするＡＲ遺伝子のスプライスバリアントである、上記表中のＡＲ−Ｖ７もまた、検討され得る。
【０１８８】
一部の実施形態では、配列決定法が、腫瘍特異的突然変異を同定するために使用される。任意の適切な配列決定法、例えば、次世代配列決定（ＮＧＳ）テクノロジーが、本開示に従って使用され得る。第三世代配列決定法は、この方法の配列決定ステップをスピードアップするために、将来的にＮＧＳテクノロジーを置換し得る。明確化を目的として：用語「次世代配列決定」または「ＮＧＳ」は、本開示の観点から、Ｓａｎｇｅｒ化学として公知の「従来の」配列決定方法論とは対照的に、ゲノム全体を小片に分割することによって、ゲノム全体に沿って並行してランダムに核酸鋳型を読み取る、全ての新規ハイスループット配列決定テクノロジーを意味する。かかるＮＧＳテクノロジー（超並列配列決定テクノロジーとしても公知）は、非常に短い期間中に、例えば、１〜２週間以内、例えば、１〜７日間以内、または２４時間未満以内に、ゲノム全体、エクソーム、トランスクリプトーム（ゲノムの全ての転写された配列）またはメチローム（ゲノムの全てのメチル化された配列）の核酸配列情報を提供することができ、原理上、単一細胞配列決定アプローチを可能にし得る。市販のまたは文献中で言及される複数のＮＧＳプラットフォーム、例えば、ＷＯ２０１２／１５９６４３中に詳細に記載されるものが、本開示の観点から使用され得る。
【０１８９】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０、約１５０、約２００、約３００、約３５０、約４００、約４５０、約５００、約６００、約７００、約８００、約９００、約１，０００、約１，５００、約２，０００、約２，５００、約３，０００、約４，０００、約５，０００、約７，５００、約１０，０００アミノ酸またはそれよりも多くのアミノ酸残基、およびその中の任意の誘導可能な範囲を含み得るが、これらに限定されない。具体的な実施形態では、ネオ抗原性ペプチド分子は、１００アミノ酸と等しいまたはそれ未満である。
【０１９０】
一部の実施形態では、ペプチドは、約８〜約５０アミノ酸残基長、または約８〜約３０、約８〜約２０、約８〜約１８、約８〜約１５もしくは約８〜約１２アミノ酸残基長であり得る。一部の実施形態では、ペプチドは、約８〜約５００アミノ酸残基長、または約８〜約４５０、約８〜約４００、約８〜約３５０、約８〜約３００、約８〜約２５０、約８〜約２００、約８〜約１５０、約８〜約１００、約８〜約５０もしくは約８〜約３０アミノ酸残基長であり得る。
【０１９１】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０またはそれよりも長いアミノ酸残基長であり得る。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００またはそれよりも長いアミノ酸残基長であり得る。一部の実施形態では、ペプチドは、多くて８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０またはそれ未満のアミノ酸残基長であり得る。一部の実施形態では、ペプチドは、多くて８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００またはそれ未満のアミノ酸残基長であり得る。
【０１９２】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０または少なくとも５００アミノ酸の総長さを有する。
【０１９３】
一部の実施形態では、ペプチドは、多くて８、多くて９、多くて１０、多くて１１、多くて１２、多くて１３、多くて１４、多くて１５、多くて１６、多くて１７、多くて１８、多くて１９、多くて２０、多くて２１、多くて２２、多くて２３、多くて２４、多くて２５、多くて２６、多くて２７、多くて２８、多くて２９、多くて３０、多くて４０、多くて５０、多くて６０、多くて７０、多くて８０、多くて９０、多くて１００、多くて１５０、多くて２００、多くて２５０、多くて３００、多くて３５０、多くて４００、多くて４５０または多くて５００アミノ酸の総長さを有する。
【０１９４】
より長いペプチドは、いくつかの方法で設計され得る。一部の実施形態では、ＨＬＡ結合性ペプチドが予測されるまたは公知の場合、より長いペプチドは、（１）各対応する遺伝子産物のＮ末端およびＣ末端に向かう２〜５アミノ酸の延長を有する個々の結合性ペプチド；または（２）各々について延長された配列を有する結合性ペプチドの一部もしくは全ての連結（ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｉｏｎ）を含む。他の実施形態では、配列決定が、腫瘍中に存在する長い（＞１０残基）ネオエピトープ配列（例えば、新規ペプチド配列をもたらすフレームシフト、リードスルーまたはイントロン含有に起因する）を明らかにする場合、より長いペプチドは、単一のより長いペプチドまたはいくつかの重複するより長いペプチドのいずれかとしての、新規腫瘍特異的アミノ酸のストレッチ全体からなり得る。一部の実施形態では、より長いペプチドの使用は、患者細胞による内因性プロセシングを可能にすると推定され、より有効な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導をもたらし得る。一部の実施形態では、２つまたはそれよりも多くのペプチドが使用され得、このとき、これらのペプチドは、重複し、長いネオ抗原性ペプチドにわたって並べられる。
【０１９５】
一部の実施形態では、ペプチドは、約０．５〜約１２、約２〜約１０または約４〜約８のｐＩ値を有し得る。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５またはそれよりも大きいｐＩ値を有し得る。一部の実施形態では、ペプチドは、多くて４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５またはそれ未満のｐＩ値を有し得る。
【０１９６】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、溶液中にあり得る、凍結乾燥され得る、または結晶形態であり得る。一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、組換えＤＮＡテクノロジーもしくは化学的合成によって合成により調製され得、または天然の供給源、例えば、ネイティブな腫瘍もしくは病原性生物から単離され得る。ネオエピトープは、個々に合成され得、またはペプチド中で直接的もしくは間接的に接合され得る。本明細書に記載されるペプチドは、他の天然に存在する宿主細胞タンパク質およびその断片を実質的に含まないことができるが、一部の実施形態では、ペプチドは、ネイティブ断片または粒子に接合されるように、合成によりコンジュゲートされ得る。
【０１９７】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、広範な種々の方法で調製され得る。一部の実施形態では、ペプチドは、従来技術に従って、溶液中でまたは固体支持体上で合成され得る。種々の自動合成機が市販されており、公知のプロトコールに従って使用され得る。例えば、Ｓｔｅｗａｒｔ  ＆  Ｙｏｕｎｇ，  Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  ２ｄ．  Ｅｄ．，  Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，  １９８４を参照のこと。さらに、個々のペプチドは、本開示の範囲内になおも入るより大きいペプチドを産生するために、化学的ライゲーションを使用して接合され得る。
【０１９８】
あるいは、ペプチドをコードするヌクレオチド配列が発現ベクター中に挿入され、適切な宿主細胞中に形質転換またはトランスフェクトされ、発現のために適切な条件下でカルチベートされる組換えＤＮＡテクノロジーが、使用され得る。これらの手順は、一般に、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９）中に一般に記載されるように、当該分野で公知である、こうして、１つまたは複数の本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを含む組換えペプチドが、適切なＴ細胞エピトープを提示するために使用され得る。
【０１９９】
一部の実施形態では、ペプチドは、ネイティブペプチドのアミノ酸置換を生じる点突然変異を有する遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、ペプチドは、フレームシフト突然変異を生じる点突然変異を有する遺伝子によってコードされる。フレームシフトは、突然変異が遺伝子のコドン周期性の正常な位相（「リーディングフレーム」としても公知）を破壊する場合に生じ、非ネイティブタンパク質配列の翻訳を生じる。同じ変更されたリーディングフレームを達成するために、遺伝子における異なる突然変異が可能である。一部の実施形態では、ペプチドは、融合ポリペプチド、インフレーム欠失、挿入、内因性レトロウイルスポリペプチドの発現、およびポリペプチドの腫瘍特異的過剰発現を生じる突然変異を有する遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、ペプチドは、第１の遺伝子と第２の遺伝子との融合物によってコードされる。一部の実施形態では、ペプチドは、第１の遺伝子と第２の遺伝子とのインフレーム融合物によってコードされる。一部の実施形態では、ペプチドは、第１の遺伝子と、第１の遺伝子のスプライスバリアントのエクソンとの融合物によってコードされる。一部の実施形態では、ペプチドは、第１の遺伝子と、第１の遺伝子の隠れエクソンとの融合物によってコードされる。一部の実施形態では、ペプチドは、第１の遺伝子と第２の遺伝子との融合物によってコードされ、このペプチドは、融合から生じるアウトオブフレーム配列によってコードされるアミノ酸配列を含む。
【０２００】
一部の態様では、本開示は、少なくとも２つの、または２つよりも多くのペプチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも２つの別個のペプチドを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含む。一部の実施形態では、第１および第２のペプチドは、同じタンパク質に由来する。少なくとも２つの別個のペプチドは、長さ、アミノ酸配列またはそれら両方が変動し得る。ペプチドは、腫瘍特異的突然変異を含むことが公知のまたはそれを含むことが見出された任意のタンパク質に由来し得る。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、タンパク質の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１の領域は、第２の領域の少なくとも１つのアミノ酸を含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライス部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０２０１】
一部の実施形態では、ペプチドは、置換突然変異、例えば、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｑ６１ＨもしくはＱ６１Ｌ突然変異、またはＮＲＡＳ  Ｑ６１ＫもしくはＱ６１Ｒ突然変異を有するタンパク質に由来し得る。置換は、ペプチドの長さに沿ったいずれの場所にも位置し得る。例えば、置換は、ペプチドのＮ末端側３分の１、ペプチドの中央部３分の１またはペプチドのＣ末端側３分の１中に位置し得る。別の実施形態では、置換された残基は、Ｎ末端から２〜５残基離れて、またはＣ末端から２〜５残基離れて位置する。ペプチドは、同様に、腫瘍特異的挿入突然変異に由来し得、このとき、ペプチドは、挿入された残基のうち１つもしくは複数、または全てを含む。
【０２０２】
一部の実施形態では、第１のペプチドは、少なくとも１つのさらなる突然変異を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第１のネオエピトープ中の突然変異ではない。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第１のネオエピトープ中の突然変異である。一部の実施形態では、第２のペプチドは、少なくとも１つのさらなる突然変異を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第２のネオエピトープ中の突然変異ではない。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる突然変異のうち１つまたは複数は、第２のネオエピトープ中の突然変異である。
【０２０３】
一部の態様では、本開示は、第１のペプチドおよび第２のペプチドを含む単一のポリペプチドまたは第１のペプチドおよび第２のペプチドをコードする単一のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、１つまたは複数のさらなるペプチドを含み、この１つまたは複数のさらなるペプチドは、第３のネオエピトープを含む。一部の実施形態では、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、同じ転写開始部位から転写される配列によってコードされる。一部の実施形態では、第１のペプチドは、第１の転写開始部位から転写される配列によってコードされ、第２のペプチドは、第２の転写開始部位から転写される配列によってコードされる。一部の実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも２６；２７；２８；２９；３０；４０；５０；６０；７０；８０；９０；１００；１５０；２００；２５０；３００；３５０；４００；４５０；５００；６００；７００；８００；９００；１，０００；１，５００；２，０００；２，５００；３，０００；４，０００；５，０００；７，５００；または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する第１の配列；および対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する第２の配列を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する少なくとも８または９個連続するアミノ酸の第１の配列；および対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する少なくとも１６または１７個連続するアミノ酸の第２の配列を含む。
【０２０４】
一部の実施形態では、第２のペプチドは、第１のペプチドよりも長い。一部の実施形態では、第１のペプチドは、第２のペプチドよりも長い。一部の実施形態では、第１のペプチドは、少なくとも９；１０；１１；１２；１３；１４；１５；１６；１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；３０；４０；５０；６０；７０；８０；９０；１００；１５０；２００；２５０；３００；３５０；４００；４５０；５００；６００；７００；８００；９００；１，０００；１，５００；２，０００；２，５００；３，０００；４，０００；５，０００；７，５００；または１０，０００アミノ酸の長さを有する。部の実施形態では、第２のペプチドは、少なくとも１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；３０；４０；５０；６０；７０；８０；９０；１００；１５０；２００；２５０；３００；３５０；４００；４５０；５００；６００；７００；８００；９００；１，０００；１，５００；２，０００；２，５００；３，０００；４，０００；５，０００；７，５００；または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する少なくとも９個連続するアミノ酸の配列を含む。一部の実施形態では、第２のペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続するアミノ酸の配列を含む。
【０２０５】
一部の実施形態では、第１のペプチド、第２のペプチドまたはそれら両方は、少なくとも１つの隣接配列を含み、この少なくとも１つの隣接配列は、ネオエピトープの上流または下流である。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、非野生型配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、Ｎ末端隣接配列である。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、Ｃ末端隣接配列である。一部の実施形態では、第１のペプチドの少なくとも１つの隣接配列は、第２のペプチドの少なくとも１つの隣接配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。一部の実施形態では、第１のペプチドの少なくとも１つの隣接領域は、第２のペプチドの少なくとも１つの隣接領域とは異なる。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接残基は、突然変異を含む。
【０２０６】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの突然変異型アミノ酸を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸；最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸；および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。
【０２０７】
一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示されるネオ抗原性ペプチド配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示されるネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および少なくとも１つの太字のアミノ酸を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）、最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸、および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。
【０２０８】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸、最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列、および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。
【０２０９】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸、最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列、および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。
【０２１０】
一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）、最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列、および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。
【０２１１】
一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、表１〜１４に示される少なくとも１つの突然変異型アミノ酸（下線付きのアミノ酸）、最少で１つの突然変異型アミノ酸の上流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列、および最少で１つの突然変異型アミノ酸の下流の、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する最少で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれよりも多く連続するアミノ酸を含む配列を含むタンパク質に由来するネオエピトープ配列を含む。
【０２１２】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。
【０２１３】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶのネオエピトープ配列を含む。
【０２１４】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。
【０２１５】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドは、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。
【０２１６】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドは、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ  Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドは、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬのネオエピトープ配列を含む。
【０２１７】
一部の実施形態では、ＮＲＡＳ  Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ  Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドは、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。
【０２１８】
一部の実施形態では、ＮＲＡＳ  Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ  Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドは、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。
【０２１９】
一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合の突然変異を含むペプチドは、ＭＡＬＮＳ：：ＥＡＬＳＶＶＳＥＤＱＳＬＦＥＣＡＹＧＴＰＨＬＡＫＴＥＭＴＡＳＳＳＳＤＹＧＱＴＳＫＭＳＰＲＶＰＱＱＤＷＡＬＮＳＥＡＬＳＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合の突然変異を含むペプチドは、ＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合の突然変異を含むペプチドは、ＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドは、ＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。
【０２２０】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドは、表３中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表３中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表３中の対応する縦列中に提供される。
表３．  ＲＡＳ  Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表３−１】
2021527426.tif 000044
【表３−２】
2021527426.tif 000045
【０２２１】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドは、ＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドは、表４中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表４中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表４中の対応する縦列中に提供される。
表４．  ＲＡＳ  Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表４−１】
2021527426.tif 000046
【表４−２】
2021527426.tif 000047
【０２２２】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドは、ＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドは、表５中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表５中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表５中の対応する縦列中に提供される。
表５．  ＲＡＳ  Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表５−１】
2021527426.tif 000048
【表５−２】
2021527426.tif 000049
【０２２３】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドは、ＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドは、表６中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表６中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表６中の対応する縦列中に提供される。
表６．  ＲＡＳ  Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表６−１】
2021527426.tif 000050
【表６−２】
2021527426.tif 000051
【０２２４】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ａ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ａ突然変異を含むペプチドは、表７中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表７中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表７中の対応する縦列中に提供される。
表７．  ＲＡＳ  Ｇ１２Ａ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表７−１】
2021527426.tif 000052
【表７−２】
2021527426.tif 000053
【０２２５】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは、表８中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表８中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表８中の対応する縦列中に提供される。
表８．  ＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表８−１】
2021527426.tif 000054
【表８−２】
2021527426.tif 000055
【０２２６】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは、表９中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表９中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表９中の対応する縦列中に提供される。
表９．  ＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表９−１】
2021527426.tif 000056
【表９−２】
2021527426.tif 000057
【０２２７】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｒ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｒ突然変異を含むペプチドは、表１０中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表１０中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表１０中の対応する縦列中に提供される。
表１０．  ＲＡＳ  Ｇ１２Ｒ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表１０−１】
2021527426.tif 000058
【表１０−２】
2021527426.tif 000059
【０２２８】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｓ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｓ突然変異を含むペプチドは、表１１中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表１１中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表１１中の対応する縦列中に提供される。
表１１．  ＲＡＳ  Ｇ１２Ｓ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表１１−１】
2021527426.tif 000060
【表１１−２】
2021527426.tif 000061
【０２２９】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは、表１２中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表１２中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表１２中の対応する縦列中に提供される。
表１２．  ＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表１２−１】
2021527426.tif 000062
【表１２−２】
2021527426.tif 000063
【０２３０】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１３Ｃ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１３Ｃ突然変異を含むペプチドは、表１３中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表１３中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表１３中の対応する縦列中に提供される。
表１３．  ＲＡＳ  Ｇ１３Ｃ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表１３−１】
2021527426.tif 000064
【表１３−２】
2021527426.tif 000065
【０２３１】
一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１３Ｄ突然変異を含むペプチドは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ  Ｇ１３Ｄ突然変異を含むペプチドは、表１４中に提供される配列を含む。一部の実施形態では、表１４中に提供されるペプチド配列は、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたは結合すると予測され、その対立遺伝子は、ペプチド配列の隣の、表１４中の対応する縦列中に提供される。
表１４．  ＲＡＳ  Ｇ１３Ｄ突然変異を含むペプチド配列、対応するＨＬＡ対立遺伝子、および結合潜在力のランク
【表１４−１】
2021527426.tif 000066
【表１４−２】
2021527426.tif 000067
Ａ．ペプチド改変
【０２３２】
一部の実施形態では、本開示は、改変ペプチドを含む。改変は、抗原性ペプチド自体の一次アミノ酸配列を変更しない共有結合的化学的改変を含み得る。改変は、所望の特性、例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期を延長させること、安定性を増加させること、クリアランスを低減させること、免疫原性もしくはアレルゲン性を変更すること、特定の抗体の惹起を可能にすること、細胞標的化、抗原取込み、抗原プロセシング、ＨＬＡ親和性、ＨＬＡ安定性または抗原提示を有するペプチドを産生し得る。一部の実施形態では、ペプチドは、例えば、免疫応答の生成のための、ＡＰＣによるエピトープのプロセシングおよび提示を増強する１つまたは複数の配列を含み得る。
【０２３３】
一部の実施形態では、ペプチドは、所望の性状を提供するために改変され得る。例えば、ペプチドがＣＴＬ活性を誘導する能力は、Ｔヘルパー細胞応答を誘導することが可能な少なくとも１つのエピトープを含む配列への連結によって増強され得る。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結される。一部の実施形態では、スペーサーは、生理的条件下で実質的に非荷電の、比較的小さい中性分子、例えば、アミノ酸またはアミノ酸模倣物を含む。スペーサーは、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択され得る。必要に応じて存在するスペーサーは、同じ残基から構成される必要はなく、従って、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが理解される。ネオ抗原性ペプチドは、直接的に、またはペプチドのアミノ末端もしくはカルボキシ末端のいずれかにあるスペーサーを介して、Ｔヘルパーペプチドに連結され得る。ネオ抗原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端は、アシル化され得る。Ｔヘルパーペプチドの例には、破傷風トキソイド残基８３０〜８４３、インフルエンザ残基３０７〜３１９、ならびにマラリアスポロゾイト周囲残基３８２〜３９８および残基３７８〜３８９が含まれる。
【０２３４】
本開示のペプチド配列は、必要に応じて、特に、所望のアミノ酸へと翻訳されるコドンが生成されるように、あらかじめ選択された塩基においてペプチドをコードするＤＮＡを突然変異させることによって、ＤＮＡレベルでの変化を介して変更され得る。
【０２３５】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、得られたペプチドの物理的特性（例えば、安定性または溶解度）を改変する置換を含み得る。例えば、ペプチドは、α−アミノ酪酸（「Ｂ」）によるシステイン（Ｃ）の置換によって改変され得る。その化学的性質に起因して、システインは、ジスルフィド架橋を形成し、結合能を低減させるためにペプチドを構造的に十分に変更する、性向を有する。Ｃをα−アミノ酪酸で置換することは、この問題を軽減するだけでなく、ある特定の場合には結合能および交差結合能を実際に改善する。α−アミノ酪酸によるシステインの置換は、ネオ抗原性ペプチドの任意の残基において、例えば、ペプチド内のエピトープもしくはアナログのアンカー位置もしくは非アンカー位置のいずれか、またはペプチドの他の位置において生じ得る。
【０２３６】
ペプチドは、例えば、アミノ酸の付加または欠失によって、化合物のアミノ酸配列を延長または減少させることによっても改変され得る。ペプチドまたはアナログは、ある特定の残基の順序または組成を変更することによっても改変され得る。生物活性にとって重要なある特定のアミノ酸残基、例えば、重要な接触部位にあるアミノ酸残基、または保存された残基は、一般には、生物活性に対する有害効果なしには変更されない場合があることが、当業者によって理解される。重要でないアミノ酸は、タンパク質中に天然に存在するもの、例えば、Ｌ−α−アミノ酸、またはそれらのＤ−異性体に限定される必要はないが、これには、非天然のアミノ酸、例えば、β−γ−δ−アミノ酸、ならびにＬ−α−アミノ酸の多くの誘導体もまた含まれ得る。
【０２３７】
一部の実施形態では、ペプチドは、ＨＬＡ結合に対する静電電荷、疎水性などの影響を決定するために、単一のアミノ酸置換を有する一連のペプチドを使用して改変され得る。例えば、一連の正に荷電した（例えば、ＬｙｓまたはＡｒｇ）または負に荷電した（例えば、Ｇｌｕ）アミノ酸置換は、種々のＨＬＡ分子およびＴ細胞受容体に対する異なるパターンの感度を示すペプチドの長さに沿ってなされ得る。さらに、小さい比較的中性な部分、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏまたは類似の残基を使用する複数の置換が使用され得る。置換は、ホモオリゴマーまたはヘテロオリゴマーであり得る。置換または付加される残基の数および型は、必須の接触点と求められるある特定の機能的性状（例えば、疎水性とそれに対する親水性）との間の必要な間隔に依存する。親ペプチドの親和性と比較して増加した、ＨＬＡ分子またはＴ細胞受容体に対する結合親和性もまた、かかる置換によって達成され得る。いずれの事象でも、かかる置換は、例えば、結合を破壊し得る立体および荷電干渉を回避するために選択されるアミノ酸残基または他の分子断片を使用すべきである。アミノ酸置換は、典型的には、単一残基の置換である。置換、欠失、挿入またはそれらの任意の組合せは、最終ペプチドに到達するために組み合わされ得る。
【０２３８】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、アミノ酸模倣物または非天然のアミノ酸残基、例えば、Ｄ−もしくはＬ−ナフチルアラニン（ｎａｐｈｙｌａｌａｎｉｎｅ）；Ｄ−もしくはＬ−フェニルグリシン；Ｄ−もしくはＬ−２−チエニルアラニン（ｔｈｉｅｎｅｙｌａｌａｎｉｎｅ）；Ｄ−もしくはＬ−１、−２、３−もしくは４−ピレニルアラニン（ｐｙｒｅｎｅｙｌａｌａｎｉｎｅ）；Ｄ−もしくはＬ−３チエニルアラニン；Ｄ−もしくはＬ−（２−ピリジニル）−アラニン；Ｄ−もしくはＬ−（３−ピリジニル）−アラニン；Ｄ−もしくはＬ−（２−ピラジニル）−アラニン；Ｄ−もしくはＬ−（４−イソプロピル）−フェニルグリシン；Ｄ−（トリフルオロメチル）−フェニルグリシン；Ｄ−（トリフルオロ−メチル）−フェニルアラニン；Ｄ−ρ−フルオロフェニルアラニン；Ｄ−もしくはＬ−ρ−ビフェニル−フェニルアラニン；Ｄ−もしくはＬ−ρ−メトキシビフェニルフェニルアラニン；Ｄ−もしくはＬ−２−インドール（アリル）アラニン；および、そのアルキル基が、置換もしくは非置換のメチル、エチル、プロピル、ヘキシル、ブチル、ペンチル、イソプロピル、イソ−ブチル、ｓｅｃ−イソチル（ｓｅｃ−ｉｓｏｔｙｌ）、イソ−ペンチルであり得る、Ｄ−もしくはＬ−アルキルアラニン、または非酸性アミノ酸残基を含み得る。非天然のアミノ酸の芳香環には、例えば、チアゾリル、チオフェニル、ピラゾリル、ベンズイミダゾリル、ナフチル、フラニル、ピロリルおよびピリジル芳香環が含まれる。種々のアミノ酸模倣物または非天然のアミノ酸残基を有する改変ペプチドは、増加したｉｎ  ｖｉｖｏ安定性を有し得る。かかるペプチドは、改善された保存期間または製造特性もまた有し得る。
【０２３９】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、末端−ＮＨ２アシル化によって、例えば、アルカノイル（Ｃ１〜Ｃ２０）またはチオグリコリルアセチル化、末端−カルボキシルアミド化、例えば、アンモニア、メチルアミンなどによって、改変され得る。一部の実施形態では、これらの改変は、支持体または他の分子への連結のための部位を提供し得る。一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、例えば、グリコシル化、側鎖酸化、ビオチン化、リン酸化、表面活性材料、例えば脂質の付加であるがこれらに限定されない改変を含み得、または例えば、アセチル化など、化学的に改変され得る。さらに、ペプチド中の結合は、ペプチド結合以外のもの、例えば、共有結合、エステルまたはエーテル結合、ジスルフィド結合、水素結合、イオン結合などであり得る。
【０２４０】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、担体、例えば、当該分野で周知のもの、例えば、サイログロブリン、アルブミン、例えば、ヒト血清アルブミン、破傷風トキソイド、ポリアミノ酸残基、例えば、ポリＬ−リシンおよびポリＬ−グルタミン酸、インフルエンザウイルスタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルスコアタンパク質などを含み得る。
【０２４１】
ペプチドは、通常はタンパク質の一部ではないさらなる化学的部分を含むようにさらに改変され得る。それらの誘導体化された部分は、溶解度、生物学的半減期、タンパク質の吸収、または結合親和性を改善し得る。これらの部分はまた、ペプチドなどのいずれの望ましい副作用も低減または排除し得る。これらの部分についての概説は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  ２０ｔｈ  ｅｄ．，  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，  Ｅａｓｔｏｎ，  ＰＡ  （２０００）において見出され得る。例えば、所望の活性を有するネオ抗原性ペプチドは、所望のＨＬＡ分子に結合し適切なＴ細胞を活性化する未改変ペプチドの生物活性の実質的に全てを増加させつつまたは少なくとも保持しつつ、ある特定の所望の性状、例えば、改善された薬理学的特徴を提供するために、必要に応じて改変され得る。例えば、ペプチドは、種々の変化、例えば、保存的または非保存的のいずれかの置換の対象であり得、かかる変化は、それらの使用におけるある特定の利点、例えば、改善されたＨＬＡ結合を提供し得る。かかる保存的置換は、アミノ酸残基を、生物学的および／または化学的に類似の別のアミノ酸残基で置き換えること、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基に、または１つの極性残基を別の極性残基に置き換えることを包含し得る。単一のアミノ酸置換の影響はまた、Ｄ−アミノ酸を使用して探索され得る。かかる改変は、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３２：３４１−３４７  （１９８６）、Ｂａｒａｎｙ  ＆  Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，  Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，  Ｇｒｏｓｓ  ＆  Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，  ｅｄｓ．  （Ｎ．Ｙ．，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ），  ｐｐ．  １−２８４  （１９７９）；およびＳｔｅｗａｒｔ  ＆  Ｙｏｕｎｇ，  Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  （Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，  ＩＩＩ．，  Ｐｉｅｒｃｅ），  ２ｄ  Ｅｄ．  （１９８４）に記載されるような周知のペプチド合成手順を使用してなされ得る。
【０２４２】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、大きい緩徐に代謝される高分子、例えば、タンパク質；多糖、例えば、セファロース、アガロース、セルロース、セルロースビーズ；ポリマー性アミノ酸、例えば、ポリグルタミン酸、ポリリシン；アミノ酸コポリマー；不活性化されたウイルス粒子；不活性化された細菌毒素、例えば、ジフテリア、破傷風、コレラ由来のトキソイド、ロイコトキシン分子；不活性化された細菌；および樹状細胞、にコンジュゲートされ得る。
【０２４３】
ペプチドに対する変化には、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアリル化ＨＥＳ化（ＨＥＳｙｌａｔｉｏｎ）、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子結合、ナノ粒状物封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性材料の付加、アミノ酸模倣物の付加、または非天然のアミノ酸の付加が含まれ得るがこれらに限定されない。
【０２４４】
グリコシル化は、タンパク質の物理的特性に影響を与え得、タンパク質の安定性、分泌および細胞内局在化においても重要であり得る。適切なグリコシル化は、生物活性にとって重要であり得る。実際、真核生物由来の一部の遺伝子は、タンパク質をグリコシル化するための細胞プロセスを欠く細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）において発現される場合、グリコシル化の欠如によって、活性をほとんどまたは全く有さない、回収されたタンパク質を生じる。グリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列を変更することによって達成され得る。ペプチドまたはタンパク質に対する変更は、例えば、１つまたは複数のセリンもしくはスレオニン残基（Ｏ結合型グリコシル化部位について）またはアスパラギン残基（Ｎ結合型グリコシル化部位について）の付加あるいはそれによる置換によって、なされ得る。Ｎ結合型およびＯ結合型オリゴ糖の構造ならびに各型中に見出される糖残基は、異なり得る。両方の上に共通して見出される糖の１つの型は、Ｎ−アセチルノイラミン酸（本明細書で以下、シアル酸と呼ばれる）である。シアル酸は、通常は、Ｎ結合型オリゴ糖およびＯ結合型オリゴ糖の両方の末端残基であり、その負の電荷によって、糖タンパク質に酸性特性を付与し得る。本開示の実施形態は、Ｎ−グリコシル化バリアントの生成および使用を含む。炭水化物の除去は、化学的にもしくは酵素的に、またはグリコシル化されるアミノ酸残基をコードするコドンの置換によって、達成され得る。化学的脱グリコシル化技術は公知であり、ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼの使用によって達成され得る。
【０２４５】
コンジュゲーションのためのさらなる適切な構成要素および分子には、例えば、リンパ系への標的化のための分子、サイログロブリン；アルブミン、例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＡＳ）；破傷風トキソイド；ジフテリアトキソイド；ポリアミノ酸、例えば、ポリ（Ｄ−リシン：Ｄ−グルタミン酸）；ロタウイルスのＶＰ６ポリペプチド；インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルス核タンパク質；キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）；ならびにＢ型肝炎ウイルスのコアタンパク質および表面抗原；または上述の任意の組合せが含まれる。
【０２４６】
別の型の改変は、ポリペプチド配列のＮ末端および／またはＣ末端において、１つまたは複数のさらなる構成要素または分子、例えば、別のタンパク質（例えば、対象タンパク質にとって異種のアミノ酸配列を有するタンパク質）または担体分子をコンジュゲート（例えば、連結）することである。従って、例示的なポリペプチド配列は、別の構成要素または分子とのコンジュゲートとして提供され得る。一部の実施形態では、本開示のペプチドまたはタンパク質へのアルブミンの融合は、例えば、ＨＳＡをコードするＤＮＡまたはその断片が、１つまたは複数のポリペプチド配列をコードするＤＮＡに接合されるような、遺伝子操作によって達成され得る。その後、適切な宿主は、融合ポリペプチドを発現するように、例えば、適切なプラスミドの形態の融合されたヌクレオチド配列で、形質転換またはトランスフェクトされ得る。発現は、例えば、原核生物もしくは真核生物細胞からｉｎ  ｖｉｔｒｏで、または例えば、トランスジェニック生物からｉｎ  ｖｉｖｏで、もたらされ得る。本開示の一部の実施形態では、融合タンパク質の発現は、哺乳動物細胞系、例えば、ＣＨＯ細胞系において実施される。さらに、アルブミン自体が、その循環半減期を延長させるために改変され得る。１つまたは複数のポリペプチドへの改変アルブミンの融合は、上記遺伝子操作技術によって、または化学的コンジュゲーションによって達成され得る；得られた融合分子は、非改変アルブミンとの融合物の半減期を超える半減期を有する（例えば、ＷＯ２０１１／０５１４８９を参照のこと）。コンジュゲートされた脂肪酸鎖（アシル化）を介したアルブミン結合を含む、いくつかのアルブミン結合戦略が、直接的融合の代替法として開発されている。血清アルブミンは、脂肪酸の輸送タンパク質であるので、アルブミン結合活性を有するこれらの天然のリガンドは、小さいタンパク質治療薬の半減期延長のために使用されている。
【０２４７】
コンジュゲーションのためのさらなる候補構成要素および分子には、単離または精製のために適切な構成要素および分子が含まれる。非限定的な例には、結合分子、例えば、ビオチン（ビオチン−アビジン特異的結合対）、抗体、受容体、リガンド、レクチン、または、例えば、プラスチックもしくはポリスチレンのビーズ、プレートもしくはビーズ、磁気ビーズ、試験紙、およびメンブレンを含む、固体支持体を構成する分子、が含まれる。精製方法、例えば、カチオン交換クロマトグラフィーは、コンジュゲートをそれらの種々の分子量へと効果的に分離する電荷の差異によって、コンジュゲートを分離するために使用され得る。カチオン交換クロマトグラフィーによって得られる画分の内容物は、従来の方法、例えば、質量分光法、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、または分子量によって分子実態を分離するための他の公知の方法を使用して、分子量によって同定され得る。
【０２４８】
一部の実施形態では、本開示のペプチドまたはタンパク質配列のアミノ末端またはカルボキシル末端は、融合コンジュゲート（または融合分子）を形成するために、免疫グロブリンＦｃ領域（例えば、ヒトＦｃ）と融合され得る。Ｆｃ融合コンジュゲートは、バイオ医薬品の全身半減期を増加させることが示されており、従って、このバイオ医薬品製品は、より低頻度の投与を必要とし得る。Ｆｃは、血管を裏打ちする内皮細胞中の新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）に結合し、結合により、Ｆｃ融合分子は分解から保護され、循環中に再放出され、分子を循環中でより長く維持する。このＦｃ結合は、内因性ＩｇＧがその長い血漿半減期を保持する機構であると考えられている。より最近のＦｃ融合テクノロジーは、従来のＦｃ融合コンジュゲートと比較して、バイオ医薬品の薬物動態学的特性および薬動力学特性を最適化するために、単一コピーのバイオ医薬品を抗体のＦｃ領域に連結する。
【０２４９】
本開示は、１つまたは複数の特性を改善するための、ペプチドの、現在公知のまたは将来開発される他の改変の使用を企図する。本開示のペプチドの循環半減期を延長させる、安定性を増加させる、クリアランスを低減させる、または免疫原性もしくはアレルゲン性を変更するための１つのかかる方法には、分子の特徴を改変するために他の分子に連結されたヒドロキシエチルデンプン誘導体を利用するＨＥＳ化によるペプチド配列の改変が関与する。ＨＥＳ化の種々の態様は、例えば、米国特許出願公開第２００７／０１３４１９７号および同第２００６／０２５８６０７号に記載されている。
【０２５０】
ペプチド安定性は、いくつかの方法でアッセイされ得る。例えば、ペプチダーゼならびに種々の生物学的媒体、例えば、ヒト血漿および血清が、安定性を試験するために使用されている。例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｅｕｒ．  Ｊ．  Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ  １１：２９１  （１９８６）を参照のこと。本明細書に記載されるペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを使用して簡便に決定される。このプロトコールは、以下のとおりである：プールされたヒト血清（ＡＢ型、非熱不活性化）が、使用前に遠心分離によって壊される。次いで、この血清は、ＲＰＭＩ−１６４０または別の適切な組織培養培地で２５％に希釈される。所定の時間間隔で、少量の反応溶液が取り出され、６％水性トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）またはエタノールのいずれかに添加される。曇った反応試料が、１５分間冷却（４℃）され、次いで、沈殿した血清タンパク質をペレット化するためにスピンされる。次いで、ペプチドの存在が、安定性特異的クロマトグラフィー条件を使用して、逆相ＨＰＬＣによって決定される。
【０２５１】
短い血漿半減期またはプロテアーゼ分解に対する感受性に関連する問題は、ペプチドまたはタンパク質配列を、任意の種々の非タンパク質性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコールまたはポリオキシアルキレンに（例えば、典型的には、タンパク質および非タンパク質性ポリマー、例えばＰＥＧの両方に共有結合した連結部分を介して、を参照のこと）コンジュゲートまたは連結することを含む種々の改変によって克服され得る。かかるＰＥＧコンジュゲートした生体分子は、より良い物理的安定性および熱安定性、酵素的分解に対する感受性からの保護、増加した溶解度、より長いｉｎ  ｖｉｖｏ循環半減期および減少したクリアランス、低減された免疫原性および抗原性、ならびに低減された毒性を含む、臨床的に有用な特性を有することが示されている。
【０２５２】
ポリペプチドまたはタンパク質配列へのコンジュゲーションのために適切なＰＥＧは、一般に、室温で水中で可溶性であり、一般式Ｒ−（Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ２）ｎ−Ｏ−Ｒを有し、式中、Ｒは、水素、またはアルキルもしくはアルカノール基などの保護基であり、ｎは、１〜１０００の整数である。Ｒが保護基である場合、Ｒは、一般に、１〜８個の炭素を有する。ポリペプチド配列にコンジュゲートされるＰＥＧは、直鎖または分枝鎖であり得る。分枝鎖ＰＥＧ誘導体、「星型ＰＥＧ」およびマルチアームＰＥＧが、本開示によって企図される。本開示は、コンジュゲートの組成物もまた企図し、ここで、ＰＥＧは、異なるｎ値を有し、従って、種々の異なるＰＥＧが、特定の比率で存在する。例えば、一部の組成物は、コンジュゲートの混合物を含み、ここで、ｎ＝ｌ、２、３および４である。一部の組成物では、ｎ＝１であるコンジュゲートのパーセンテージは、１８〜２５％であり、ｎ＝２であるコンジュゲートのパーセンテージは、５０〜６６％であり、ｎ＝３であるコンジュゲートのパーセンテージは、１２〜１６％であり、ｎ＝４であるコンジュゲートのパーセンテージは、最大で５％である。かかる組成物は、当該分野で公知の反応条件および精製方法によって産生され得る。例えば、カチオン交換クロマトグラフィーが、コンジュゲートを分離するために使用され得、次いで、例えば、所望の数の結合したＰＥＧを有するコンジュゲートを含む画分が同定され、未改変タンパク質配列および他の数の結合したＰＥＧを有するコンジュゲートを含まないように精製される。
【０２５３】
ＰＥＧは、末端反応性基（「スペーサー」）を介して、本開示のペプチドまたはタンパク質に結合され得る。スペーサーは、例えば、１つまたは複数のポリペプチド配列の遊離アミノ基またはカルボキシル基とＰＥＧとの間の結合を媒介する末端反応性基である。遊離アミノ基に結合され得るスペーサーを有するＰＥＧには、ＰＥＧのコハク酸エステルをＮ−ヒドロキシサクシニルイミドで活性化することによって調製され得るＮ−ヒドロキシサクシニルイミドＰＥＧが含まれる。遊離アミノ基に結合され得る別の活性化されたＰＥＧは、ＰＥＧモノメチルエーテルを塩化シアヌルと反応させることによって調製され得る２，４−ビス（Ｏ−メトキシポリエチレングリコール）−６−クロロ−ｓ−トリアジンである。遊離カルボキシル基に結合される活性化されたＰＥＧには、ポリオキシエチレンジアミンが含まれる。
【０２５４】
スペーサーを有するＰＥＧへの、１つまたは複数の本開示のペプチドまたはタンパク質配列のコンジュゲーションは、種々の従来の方法によって実施され得る。例えば、コンジュゲーション反応は、４：１〜３０：１の、試薬のペプチド／タンパク質に対する分子比を利用して、５〜１０のｐＨの溶液中で、４℃〜室温の温度で、３０分間〜２０時間にわたって実施され得る。反応条件は、所望の程度の置換を優勢に生じるように反応を方向付けるように選択され得る。一般に、低い温度、低いｐＨ（例えば、ｐＨ＝５）および短い反応時間は、結合するＰＥＧの数を減少させる傾向があり、一方で、高い温度、中性〜高いｐＨ（例えば、ｐＨ＞７）およびより長い反応時間は、結合するＰＥＧの数を増加させる傾向がある。当該分野で公知の種々の手段が、反応を終結させるために使用され得る。一部の実施形態では、反応は、反応混合物を酸性化し、例えば、−２０℃で凍結することによって終結される。
【０２５５】
本開示は、ＰＥＧ模倣物の使用もまた企図する。いくつかのさらなる有利な特性を付与しつつ、ＰＥＧの性状（例えば、増強された血清半減期）を保持する組換えＰＥＧ模倣物が開発されている。例として、ＰＥＧと類似の延長されたコンフォメーションを形成することが可能な単純なポリペプチド鎖（例えば、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、ＳｅｒおよびＴｈｒを含む）が、目的のペプチドまたはタンパク質薬物に既に融合されて組換え産生され得る（例えば、Ａｍｕｎｉｘ  ＸＴＥＮテクノロジー；Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ、ＣＡ）。これは、製造プロセスの間のさらなるコンジュゲーションステップの必要性を除去する。さらに、確立された分子生物学の技術が、ポリペプチド鎖の側鎖組成の制御を可能にし、免疫原性および製造特性の最適化を可能にする。
Ｂ．ネオエピトープ
【０２５６】
ネオエピトープは、免疫系によって認識されるネオ抗原性ペプチドまたはネオ抗原性ポリペプチドのネオ抗原決定基部分を含む。ネオエピトープは、参照、例えば、非罹患細胞、例えば、非がん性細胞または生殖系列細胞中には存在しないが、罹患細胞、例えば、がん細胞中には見出されるエピトープを指す。これは、対応するエピトープが、正常な非罹患細胞または生殖系列細胞中に見出されるが、罹患細胞、例えば、がん細胞における１つまたは複数の突然変異に起因して、エピトープの配列がネオエピトープを生じるように変化される、状況を含む。用語「ネオエピトープ」は、典型的には隣接アミノ酸のα−アミノ基とカルボキシル基との間のペプチド結合によって互いに接続された一連の残基、典型的にはＬ−アミノ酸を指定するために、本明細書中で「腫瘍特異的ネオエピトープ」と相互交換可能に使用される。ネオエピトープは、改変が本明細書に記載されるポリペプチドの生物活性を破壊しないことを条件として、種々の長さであり得、それらの中性（非荷電）形態または塩である形態のいずれかであり得、かつ改変、例えば、グリコシル化、側鎖酸化もしくはリン酸化を含まない、またはこれらの改変を含むことができる。本開示は、表１〜１４の腫瘍特異的突然変異を含む単離されたネオエピトープを提供する。
【０２５７】
一部の実施形態では、ＨＬＡクラスＩに対する本明細書に記載されるネオエピトープは、１３残基またはそれ未満の長さであり、通常は、約８残基と約１２残基との間、特に、９または１０残基からなる。一部の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩに対する本明細書に記載されるネオエピトープは、２５残基またはそれ未満の長さであり、通常は、約１６残基と約２５残基との間からなる。
【０２５８】
一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、タンパク質の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１の領域は、第２の領域の少なくとも１つのアミノ酸を含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライス部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０２５９】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、クラスＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、クラスＩＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、クラスＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、クラスＩＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。
【０２６０】
一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、第１のネオエピトープよりもより長い。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、少なくとも８アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、８〜１２アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、少なくとも８個連続するアミノ酸の配列を含み、８個連続するアミノ酸のうち少なくとも１個は、野生型配列の対応する位置において異なっている。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、少なくとも８個連続するアミノ酸の配列を含み、８個連続するアミノ酸のうち少なくとも２個は、野生型配列の対応する位置において異なっている。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、少なくとも１６アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、１６〜２５アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、少なくとも１６個連続するアミノ酸の配列を含み、１６個連続するアミノ酸のうち少なくとも１個は、野生型配列の対応する位置において異なっている。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、少なくとも１６個連続するアミノ酸の配列を含み、１６個連続するアミノ酸のうち少なくとも２個は、野生型配列の対応する位置において異なっている。
【０２６１】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、少なくとも１つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープ、第２のネオエピトープまたはそれら両方は、少なくとも１つのアンカー残基を含む。一実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、カノニカルアンカー位置または非カノニカルアンカー位置にある。別の実施形態では、第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、カノニカルアンカー位置または非カノニカルアンカー位置にある。さらに別の実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は、第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基とは異なる。
【０２６２】
一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、野生型残基である。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、置換である。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、突然変異を含まない。
【０２６３】
一部の実施形態では、第２のネオエピトープまたは両方は、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域を含む。一部の実施形態では、ネオエピトープは、少なくとも１つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は、少なくとも２つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのアンカー残基は、少なくとも１アミノ酸を含む分離領域によって分離される。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域は、分離領域内にはない。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域は、（ａ）少なくとも２つのアンカー残基のＮ末端アンカー残基の上流；（ｂ）少なくとも２つのアンカー残基のＣ末端アンカー残基の下流；または（ａ）および（ｂ）の両方である。
【０２６４】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＨＬＡタンパク質（例えば、ＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩ）に結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、対応する野生型ペプチドよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、５，０００ｎＭ未満、１，０００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満またはそれよりも小さいＩＣ５０を有する。
【０２６５】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、約１ｐＭと約１ｍＭとの間、約１００ｐＭと約５００μＭとの間、約５００ｐＭと約１０μＭとの間、約１ｎＭと約１μＭとの間、または約１０ｎＭと約１μＭとの間のＨＬＡ結合親和性を有し得る。一部の実施形態では、ネオエピトープは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、８００、９００もしくは１，０００ｎＭ、またはそれよりも大きいＨＬＡ結合親和性を有し得る。一部の実施形態では、ネオエピトープは、多くて２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、８００、９００または１，０００ｎＭのＨＬＡ結合親和性を有し得る。
【０２６６】
一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、対応する野生型ネオエピトープよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、１，０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、１，０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡクラスＩタンパク質に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のネオエピトープは、２，０００ｎＭ、１，５００ｎＭ、１，０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡクラスＩＩタンパク質に結合する。
【０２６７】
ある態様では、第１および／または第２のネオエピトープは、対象によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する。別の態様では、突然変異は、対象の非がん細胞中には存在しない。さらに別の態様では、第１および／または第２のネオエピトープは、対象のがん細胞の遺伝子または発現された遺伝子によってコードされる。
【０２６８】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、表１もしくは２の縦列２または表３〜１４の縦列１中に示される突然変異を含む。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、表１もしくは２の縦列２または表３〜１４の縦列１中に示される突然変異を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合タンパク質に由来する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＭＡＬＮＳ：：ＥＡＬＳＶＶＳＥＤＱＳＬＦＥＣＡＹＧＴＰＨＬＡＫＴＥＭＴＡＳＳＳＳＤＹＧＱＴＳＫＭＳＰＲＶＰＱＱＤＷＡＬＮＳＥＡＬＳＶ由来のＳ：：Ｅの配列を含むＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合タンパク質に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶを含み得る。
【０２６９】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＫＲＡＳタンパク質に由来する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＮＲＡＳタンパク質に由来する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｑ６１ＨまたはＱ６１Ｌ置換の突然変異を含むＫＲＡＳタンパク質に由来する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、Ｑ６１ＫまたはＱ６１Ｒ置換の突然変異を含むＮＲＡＳタンパク質に由来する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、置換突然変異、例えば、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｑ６１ＨもしくはＱ６１Ｌ突然変異、またはＮＲＡＳ  Ｑ６１ＫもしくはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＬＶＶＶＧＡＣＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＶＶＧＡＣＧＶＧＫを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫを含み得る。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥＶＶＧＡＤＧＶＧＫのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＬＶＶＶＧＡＤＧＶを含み得る。
【０２７０】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＬＶＶＶＧＡＶＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＶＶＧＡＶＧＶＧＫを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫを含み得る。
【０２７１】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹを含み得る。
【０２７２】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬを含み得る。
【０２７３】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹを含み得る。
【０２７４】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列に由来する。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、配列ＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹを含み得る。
【０２７５】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、およびＤＩＬＤＴＡＧＫＥからなる群から選択される配列を含む。
【０２７６】
置換は、ネオエピトープの長さに沿ったいずれの場所にも位置し得る。例えば、置換は、ペプチドのＮ末端側３分の１、ペプチドの中央部３分の１またはペプチドのＣ末端側３分の１中に位置し得る。別の実施形態では、置換された残基は、Ｎ末端から２〜５残基離れて、またはＣ末端から２〜５残基離れて位置する。ペプチドは、同様に、腫瘍特異的挿入突然変異に由来し得、このとき、ペプチドは、挿入された残基のうち１つもしくは複数、または全てを含む。
【０２７７】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、夾雑する細菌物質も動物物質も含まない試薬を利用して、容易に化学的に合成され得る（Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ  ＲＢ：  Ｓｏｌｉｄ  ｐｈａｓｅ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ．  Ｉ．  Ｔｈｅ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  ａ  ｔｅｔｒａｐｅｐｔｉｄｅ．  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．８５：２１４９−５４，  １９６３）。一部の実施形態では、ペプチドは、（１）均一な合成および切断条件を使用したマルチチャネル機器での並行固相合成；（２）カラムストリッピングを用いたＲＰ−ＨＰＬＣカラムでの精製；および再洗浄であるが、ペプチド間の置き換えはなし；その後の、（３）限定的なセットの最も情報を提供するアッセイを用いた解析、によって調製される。Ｇｏｏｄ  Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ（ＧＭＰ）フットプリントは、個々の患者についてのペプチドのセットの周囲で規定され得、従って、異なる患者についてのペプチドの合成間に、一組の転換手順のみを必要とする。
Ｃ．ポリヌクレオチド
【０２７８】
あるいは、本開示のペプチドをコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）が、ネオ抗原性ペプチドをｉｎ  ｖｉｔｒｏで産生するために使用され得る。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖および／もしくは二本鎖のいずれか、またはネイティブもしくは安定化形態のポリヌクレオチド、例えば、ホスホロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉａｔｅ）骨格を有するポリヌクレオチドなど、あるいはそれらの組合せであり得、それがペプチドをコードする限り、イントロンを含んでも含まなくてもよい。一部の実施形態では、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳が、ペプチドを産生するために使用される。
【０２７９】
本開示中に記載されるネオ抗原性ペプチドの各々をコードするネオ抗原性ポリヌクレオチドが、本明細書で提供される。用語「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」または「核酸」は、本開示中で、「突然変異型ポリヌクレオチド」、「突然変異型ヌクレオチド」、「突然変異型核酸」、「ネオ抗原性ポリヌクレオチド」、「ネオ抗原性ヌクレオチド」または「ネオ抗原性突然変異型核酸」と相互交換可能に使用される。種々の核酸配列が、遺伝コードの冗長性に起因して、同じペプチドをコードし得る。これらの核酸の各々は、本開示の範囲内に入る。ペプチドをコードする核酸は、ＤＮＡもしくはＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡ、またはＤＮＡおよびＲＮＡの組合せであり得る。一部の実施形態では、ペプチドをコードする核酸は、自己増殖性ｍＲＮＡである（Ｂｒｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｄｖ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２０１５；  ８９：１７９−２３３）。本明細書に記載されるペプチドをコードする任意の適切なポリヌクレオチドが、本開示の範囲内に入る。
【０２８０】
用語「ＲＮＡ」は、「ｍＲＮＡ」を含み、一部の実施形態では、「ｍＲＮＡ」に関する。用語「ｍＲＮＡ」は、「メッセンジャー−ＲＮＡ」を意味し、ＤＮＡ鋳型を使用して生成される、ペプチドまたはポリペプチドをコードする「転写物」に関する。典型的には、ｍＲＮＡは、５’−ＵＴＲ、タンパク質コード領域および３’−ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡは、細胞中およびｉｎ  ｖｉｔｒｏで、限定的な半減期のみを有する。一部の実施形態では、ｍＲＮＡは、自己増殖性ｍＲＮＡである。本開示の観点から、ｍＲＮＡは、ＤＮＡ鋳型からｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写によって生成され得る。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写方法論は、当業者に公知である。例えば、種々のｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写キットが市販されている。
【０２８１】
ＲＮＡの安定性および翻訳効率は、必要に応じて改変され得る。例えば、安定化効果を有するおよび／またはＲＮＡの翻訳効率を増加させる１つまたは複数の改変によって、ＲＮＡが安定化され得、その翻訳が増加され得る。かかる改変は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ／ＥＰ２００６／００９４４８に記載されている。本開示に従って使用されるＲＮＡの発現を増加させるために、これは、ｍＲＮＡ安定性を増加させるため、およびコドン最適化を実施し、従って、細胞における翻訳を増強するためにＧＣ含量を増加させるように、発現されるペプチドまたはタンパク質の配列を変更することなしに、コード領域、即ち、発現されるペプチドまたはタンパク質をコードする配列内で改変され得る。
【０２８２】
用語「改変」には、本開示で使用されるＲＮＡの観点から、そのＲＮＡ中に天然には存在しないＲＮＡの任意の改変が含まれる。一部の実施形態では、ＲＮＡは、キャップなしの５’−三リン酸を有さない。かかるキャップなしの５’−三リン酸の除去は、ＲＮＡをホスファターゼで処理することによって達成され得る。他の実施形態では、ＲＮＡは、その安定性を増加させるためおよび／または細胞傷害性を減少させるために、改変リボヌクレオチドを有し得る。一部の実施形態では、５−メチルシチジンは、ＲＮＡ中で、例えば、シチジンを部分的にまたは完全に置換し得る。あるいは、プソイドウリジンは、例えば、ウリジンを部分的にまたは完全に置換する。
【０２８３】
一部の実施形態では、用語「改変」は、ＲＮＡに５’−キャップまたは５’−キャップアナログを提供することに関する。用語「５’−キャップ」は、ｍＲＮＡ分子の５’末端上に見出されるキャップ構造を指し、一般に、異常な５’−５’三リン酸連結を介してｍＲＮＡに接続されたグアノシンヌクレオチドからなる。一部の実施形態では、このグアノシンは、７位置でメチル化される。用語「従来の５’−キャップ」は、天然に存在するＲＮＡ  ５’−キャップである７−メチルグアノシンキャップ（ｍＧ）を指す。本開示の観点から、用語「５’−キャップ」は、ＲＮＡキャップ構造と似ており、ｉｎ  ｖｉｖｏでおよび／または細胞中で、それに結合された場合にＲＮＡを安定化する能力および／またはＲＮＡの翻訳を増強する能力を有するように改変された、５’−キャップアナログを含む。
【０２８４】
ある特定の実施形態では、本開示のネオ抗原性ペプチドをコードするｍＲＮＡは、それを必要とする対象に投与される。一部の実施形態では、本開示は、改変ヌクレオシドを含むＲＮＡ、オリゴリボヌクレオチドおよびポリリボヌクレオチド分子、それを含む遺伝子治療ベクター、それを含む遺伝子治療法および遺伝子転写サイレンシング法を提供する。一部の実施形態では、投与されるｍＲＮＡは、少なくとも１つの改変ヌクレオシドを含む。
【０２８５】
本明細書に記載されるペプチドをコードするポリヌクレオチドは、化学的技術、例えば、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １０３：３１８５  （１９８１）のホスホトリエステル法によって合成され得る。アナログを含むまたはアナログからなるペプチドをコードするポリヌクレオチドは、ネイティブエピトープをコードする核酸塩基（複数可）を適切な所望の核酸塩基（複数可）で置換することによって、簡単に作製され得る。
【０２８６】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、転写される領域中に、１つまたは複数の合成のまたは天然に存在するイントロンを含み得る。哺乳動物細胞におけるｍＲＮＡ安定化配列および複製のための配列の内包もまた、ポリヌクレオチド発現を増加させるために検討され得る。さらに、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、免疫刺激配列（ＩＳＳまたはＣｐＧ）を含み得る。これらの配列は、免疫原性を増強するために、ポリヌクレオチドコード配列の外側で、ベクター中に含まれ得る。
【０２８７】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えば、宿主細胞からのペプチドまたはタンパク質の発現および／または分泌を補助するポリヌクレオチド（例えば、細胞からのポリペプチドの輸送を制御するための分泌配列として機能するリーダー配列）に同じリーディングフレームで融合された、ペプチドまたはタンパク質のコード配列を含み得る。リーダー配列を有するポリペプチドは、プレタンパク質であり、ポリペプチドの成熟形態を形成するために宿主細胞によって切断されるリーダー配列を有し得る。
【０２８８】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えば、個人化疾患ワクチンまたは免疫原性組成物中に次いで取り込まれ得るコードされたペプチドの精製を可能にするマーカー配列に同じリーディングフレームで融合された、ペプチドまたはタンパク質のコード配列を含み得る。例えば、マーカー配列は、細菌宿主の場合には、マーカーに融合された成熟ポリペプチドの精製を提供するためのｐＱＥ−９ベクターによって供給されるヘキサヒスチジンタグであり得、またはマーカー配列は、哺乳動物宿主（例えば、ＣＯＳ−７細胞）が使用される場合には、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するヘマグルチニン（ＨＡ）タグであり得る。さらなるタグには、カルモジュリンタグ、ＦＬＡＧタグ、Ｍｙｃタグ、Ｓタグ、ＳＢＰタグ、Ｓｏｆｔａｇ  １、Ｓｏｆｔａｇ  ３、Ｖ５タグ、Ｘｐｒｅｓｓタグ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ、ＳｐｙＴａｇ、ビオチンカルボキシル担体タンパク質（ＢＣＣＰ）タグ、ＧＳＴタグ、蛍光タンパク質タグ（例えば、緑色蛍光タンパク質タグ）、マルトース結合タンパク質タグ、Ｎｕｓタグ、Ｓｔｒｅｐ−タグ、チオレドキシンタグ、ＴＣタグ、Ｔｙタグなどが含まれるがこれらに限定されない。
【０２８９】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、複数のネオ抗原性ペプチドを産生することが可能な単一のコンカテマー化したネオ抗原性ペプチド構築物を創出するために、同じリーディングフレームで融合された、１つまたは複数の本明細書に記載されるペプチドまたはタンパク質のコード配列を含み得る。
【０２９０】
一部の実施形態では、ＤＮＡ配列は、目的の野生型タンパク質をコードするＤＮＡ配列を単離または合成することによって、組換えテクノロジーを使用して構築される。必要に応じて、配列は、その機能的アナログを提供するために、部位特異的突然変異誘発によって突然変異誘発され得る。例えば、Ｚｏｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ’  ｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８１：５６６２−５０６６  （１９８４）および米国特許第４，５８８，５８５号を参照のこと。別の実施形態では、目的のペプチドまたはタンパク質をコードするＤＮＡ配列は、オリゴヌクレオチド合成機を使用する化学的合成によって構築される。かかるオリゴヌクレオチドは、所望のペプチドのアミノ酸配列に基づき、目的の組換えポリペプチドが産生される宿主細胞において好まれるコドンを選択して設計され得る。標準的な方法が、目的の単離されたポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド配列を合成するために適用され得る。例えば、完全なアミノ酸配列が、逆翻訳された遺伝子を構築するために使用され得る。さらに、特定の単離されたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むＤＮＡオリゴマーが、合成され得る。例えば、所望のポリペプチドの部分をコードするいくつかの小さいオリゴヌクレオチドが合成され得、次いで、ライゲーションされ得る。個々のオリゴヌクレオチドは、典型的には、相補的アセンブリのための５’または３’オーバーハングを含む。
【０２９１】
（例えば、合成、部位特異的突然変異誘発または別の方法によって）アセンブルされると、目的の特定の単離されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、発現ベクター中に挿入され、必要に応じて、所望の宿主におけるタンパク質の発現のために適切な発現制御配列に動作可能に連結される。適切なアセンブリは、ヌクレオチド配列決定、制限酵素地図作成、および適切な宿主における生物学的に活性なポリペプチドの発現によって確認され得る。当該分野で周知のように、宿主におけるトランスフェクトされた遺伝子の高い発現レベルを得るために、遺伝子は、選択された発現宿主において機能的な転写および翻訳発現制御配列に動作可能に連結され得る。
【０２９２】
従って、本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドおよびネオエピトープの産生および投与のために有用なベクターおよび発現ベクター、ならびにかかるベクターを含む宿主細胞にも関する。
ＩＶ．ベクター
【０２９３】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドまたはタンパク質を発現させることが可能な発現ベクターもまた、調製され得る。異なる細胞型のための発現ベクターは、当該分野で周知であり、過度の実験なしに選択することができる。一般に、ＤＮＡは、発現のために適切な配向および正確なリーディングフレームで、プラスミドなどの発現ベクター中に挿入される。必要に応じて、ＤＮＡは、所望の宿主（例えば、細菌）によって認識される適切な転写および翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結され得るが、かかる制御は、一般に、発現ベクターにおいて利用可能である。次いで、ベクターは、標準的な技術を使用するクローニングのために、宿主細菌中に導入される（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．を参照のこと）。
【０２９４】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを産生および投与するのに適切な多数のベクターおよび宿主系が、当業者に公知であり、市販されている。以下のベクターが例として提供される。細菌：ｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０、ｐＱＥ−９（Ｑｉａｇｅｎ）、ｐＢＳ、ｐＤ１０、ｐｈａｇｅｓｃｒｉｐｔ、ｐｓｉＸ１７４、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ  ＳＫ、ｐｂｓｋｓ、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８Ａ、ｐＮＨ４６Ａ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）；ｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫＫ２２３−３、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；ｐＣＲ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）。真核生物：ｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ１、ｐＳＧ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）  ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＬ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；ｐ７５．６（Ｖａｌｅｎｔｉｓ）；ｐＣＥＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）；ｐＣＥＩ（Ｅｐｉｍｍｕｎｅ）。しかし、宿主において複製可能かつ生存可能である限り、任意の他のプラスミドまたはベクターが使用され得る。
【０２９５】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドの発現のために、コード配列には、所望の細胞宿主における発現のための発現ベクターを提供するために、作動可能に連結した開始および停止コドン、プロモーターおよびターミネーター領域、ならびに一部の実施形態では、複製系が提供される。例えば、細菌宿主と適合性のプロモーター配列が、所望のコード配列の挿入のための簡便な制限部位を含むプラスミド中に提供される。得られた発現ベクターは、適切な細菌宿主中に形質転換される。
【０２９６】
哺乳動物発現ベクターは、複製起点、適切なプロモーターおよびエンハンサーを含み、ならびにまた、任意の必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位、転写終結配列、ならびに５’隣接非転写配列を含む。かかるプロモーターはまた、ウイルス供給源、例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ−ＩＥプロモーター）または単純ヘルペスウイルス１型（ＨＳＶ  ＴＫプロモーター）などに由来し得る。ＳＶ４０スプライスに由来する核酸配列、およびポリアデニル化部位が、必要とされる非転写遺伝エレメントを提供するために使用され得る。
【０２９７】
組換え発現ベクターは、本明細書に記載されるペプチドまたはタンパク質をコードするＤＮＡを増幅および発現させるために使用され得る。組換え発現ベクターは、哺乳動物、微生物、ウイルスまたは昆虫遺伝子に由来する適切な転写または翻訳調節エレメントに動作可能に連結した、ペプチドまたは生物学的に等価なアナログをコードする合成またはｃＤＮＡ由来のＤＮＡ断片を有する、複製可能なＤＮＡ構築物である。転写単位は、一般に、本明細書に詳細に記載されるように、（１）遺伝子発現において調節的な役割を果たす遺伝エレメント（単数または複数）、例えば、転写プロモーターまたはエンハンサー、（２）ｍＲＮＡへと転写されタンパク質へと翻訳される構造またはコード配列、ならびに（３）適切な転写および翻訳開始および終結配列、のアセンブリを含む。かかる調節エレメントには、転写を制御するためのオペレーター配列が含まれ得る。複製起点、および形質転換体の認識を促進するための選択遺伝子によって通常は付与される、宿主において複製する能力が、さらに取り込まれ得る。ＤＮＡ領域は、互いに機能的に関連する場合、動作可能に連結している。例えば、シグナルペプチド（分泌リーダー）のためのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に関与する前駆体として発現される場合、ポリペプチドのためのＤＮＡに動作可能に連結している；プロモーターは、配列の転写を制御する場合、コード配列に動作可能に連結している；またはリボソーム結合部位は、翻訳を可能にするような位置にある場合、コード配列に動作可能に連結している。一般に、動作可能に連結したとは、連続していることを意味し、分泌リーダーの場合には、連続しておりインリーディングフレームであることを意味する。酵母発現系における使用のために意図される構造エレメントには、宿主細胞による翻訳されたタンパク質の細胞外分泌を可能にするリーダー配列が含まれる。あるいは、組換えタンパク質がリーダー配列も輸送配列もなしに発現される場合、それは、Ｎ末端メチオニン残基を含み得る。この残基は、必要に応じて、発現された組換えタンパク質から引き続いて切断されて、最終産物を提供し得る。
【０２９８】
一般に、組換え発現ベクターは、複製起点、および宿主細胞の形質転換を可能にする選択可能マーカー、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのアンピシリン耐性遺伝子およびＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ  ＴＲＰ１遺伝子、ならびに下流の構造配列の転写を指示する、高度に発現される遺伝子に由来するプロモーターを含む。かかるプロモーターは、とりわけ、解糖酵素、例えば３−ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）、酸性ホスファターゼ、またはヒートショックタンパク質をコードするオペロンに由来し得る。異種構造配列は、翻訳開始および終結配列、ならびに一部の実施形態では、細胞膜周辺腔または細胞外媒体中への翻訳されたタンパク質の分泌を指示することが可能なリーダー配列と、適切な相でアセンブルされる。必要に応じて、異種配列は、所望の特徴、例えば、発現された組換え産物の安定化または単純化された精製を付与するＮ末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードし得る。
【０２９９】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、ユビキチン化シグナル配列および／または標的化配列、例えば、小胞体中への得られたペプチドの移動を促進する小胞体（ＥＲ）シグナル配列もまた含み得る。
【０３００】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、ウイルスまたは細菌ベクターによっても投与および／または発現され得る。発現ベクターの例には、弱毒ウイルス宿主、例えば、ワクシニアまたは鶏痘が含まれる。このアプローチの例として、ワクシニアウイルスが、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現するためにベクターとして使用される。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクターおよび方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３５１：４５６−４６０  （１９９１）によって記載されている。
【０３０１】
本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドの治療的投与または免疫化のために有用な広範な種々の他のベクター、例えば、アデノおよびアデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍベクター、解毒炭疽毒素ベクター、センダイウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、カナリアポックスベクターならびに鶏痘ベクターなどが、本明細書の記載から当業者に明らかである。一部の実施形態では、ベクターは、改変ワクシニアＡｎｋａｒａ（ＶＡ）（例えば、Ｂａｖａｒｉａｎ  Ｎｏｒｉｄｉｃ（ＭＶＡ−ＢＮ））である。
【０３０２】
本開示の実施において使用され得るベクターでは、細胞の宿主ゲノムにおける組込みが、レトロウイルス遺伝子移入法によって可能であり、挿入された導入遺伝子の長期発現をしばしば生じる。一部の実施形態では、レトロウイルスは、レンチウイルスである。さらに、高い形質導入効率が、多くの異なる細胞型および標的組織において観察されている。レトロウイルスのトロピズムは、外来エンベロープタンパク質を取り込むことによって変更され得、標的細胞の潜在的標的集団を拡大させる。レトロウイルスはまた、ある特定の細胞型のみにレンチウイルスが感染するように、挿入された導入遺伝子の条件的発現を可能にするように、操作され得る。細胞型特異的プロモーターが、特定の細胞型における発現を標的化するために使用され得る。レンチウイルスベクターは、レトロウイルスベクターである（および従って、レンチウイルスベクターおよびレトロウイルスベクターの両方が、本開示の実施において使用され得る）。さらに、レンチウイルスベクターは、非分裂細胞を形質導入することまたはそれに感染することができ、典型的には、高いウイルス力価を生じることができる。従って、レトロウイルス遺伝子移入系の選択は、標的組織に依存し得る。レトロウイルスベクターは、最大で６〜１０ｋｂの外来配列をパッケージングする能力を有する、シス作用性の末端反復配列から構成される。最小のシス作用性のＬＴＲが、ベクターの複製およびパッケージングにとって十分であり、このベクターは次いで、永続的な発現を提供するために標的細胞中に所望の核酸を組み込むために使用される。本開示の実施において使用され得る、広く使用されるレトロウイルスベクターには、マウス白血病ウイルス（ＭｕＬＶ）、テナガザル白血病ウイルス（ＧａＬＶ）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、およびそれらの組合せに基づくレトロウイルスベクターが含まれる（例えば、Ｂｕｃｈｓｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９２）  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ６６：２７３１−２７３９；Ｊｏｈａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９２）  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．６６：１６３５−１６４０；Ｓｏｍｍｎｅｒｆｅｌｔ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９０）  Ｖｉｒｏｌ．１７６：５８−５９；Ｗｉｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９８）  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．６３：２３７４−２３７８；Ｍｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９１）  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．６５：２２２０−２２２４；ＰＣＴ／ＵＳ９４／０５７００を参照のこと）。
【０３０３】
最小の非霊長類レンチウイルスベクター、例えば、ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）に基づくレンチウイルスベクターもまた、本開示の実施において有用である。このベクターは、標的遺伝子の発現を駆動するサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーターを有し得る。従って、本開示は、本開示の実施において有用なベクターのなかでも、レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターを含むウイルスベクターを企図する。
【０３０４】
アデノウイルスベクターもまた、本開示の実施において有用である。１つの利点は、種々の哺乳動物細胞および組織においてｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏで組換え遺伝子を効率的に移入および発現して、移入された核酸の高い発現を生じる、組換えアデノウイルスの能力である。さらに、静止状態の細胞に生産的に感染する能力が、組換えアデノウイルスベクターの有用性を拡張する。さらに、高い発現レベルが、免疫応答を生じるのに十分なレベルで核酸の産物が発現されることを確実にする（例えば、これにより参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７，０２９，８４８号を参照のこと）。
【０３０５】
本開示の実施において有用なアデノウイルスベクターに関しては、米国特許第６，９５５，８０８号が言及される。使用されるアデノウイルスベクターは、Ａｄ５、Ａｄ３５、Ａｄ１１、Ｃ６およびＣ７ベクターからなる群から選択され得る。アデノウイルス５（「Ａｄ５」）ゲノムの配列は、公開されている（Ｃｈｒｏｂｏｃｚｅｋ，  Ｊ．，  Ｂｉｅｂｅｒ，  Ｆ．，  ａｎｄ  Ｊａｃｒｏｔ，  Ｂ．  （１９９２）  Ｔｈｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  ｏｆ  Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ  Ｔｙｐｅ  ５  ａｎｄ  Ｉｔｓ  Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  ｏｆ  Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ  Ｔｙｐｅ  ２，  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １８６，  ２８０−２８５；その内容は、これにより参照により本明細書に組み込まれる）。Ａｄ３５ベクターは、米国特許第６，９７４，６９５号、同第６，９１３，９２２号および同第６，８６９，７９４号に記載されている。Ａｄ１１ベクターは、米国特許第６，９１３，９２２号に記載されている。Ｃ６アデノウイルスベクターは、米国特許第６，７８０，４０７号；同第６，５３７，５９４号；同第６，３０９，６４７号；同第６，２６５，１８９号；同第６，１５６，５６７号；同第６，０９０，３９３号；同第５，９４２，２３５号および同第５，８３３，９７５号に記載されている。Ｃ７ベクターは、米国特許第６，２７７，５５８号に記載されている。Ｅ１が欠損したもしくは欠失した、Ｅ３が欠損したもしくは欠失した、および／またはＥ４が欠損したもしくは欠失したアデノウイルスベクターもまた使用され得る。Ｅ１欠損アデノウイルス突然変異体は、非許容細胞において複製欠損である、または最低でも、高度に弱毒化されるので、Ｅ１領域中に突然変異を有するある特定のアデノウイルスは、改善された安全マージンを有する。Ｅ３領域中に突然変異を有するアデノウイルスは、アデノウイルスがＭＨＣクラスＩ分子を下方調節する機構を破壊することによって、免疫原性が増強されていてもよい。Ｅ４突然変異を有するアデノウイルスは、後期遺伝子発現の抑制に起因して、アデノウイルスベクターの免疫原性が低減されていてもよい。かかるベクターは、同じベクターを利用する反復した再ワクチン接種が所望される場合、特に有用であり得る。Ｅ１、Ｅ３、Ｅ４；Ｅ１およびＥ３；ならびにＥ１およびＥ４において欠失を有するまたはそれらにおいて突然変異したアデノウイルスベクターが、本開示に従って使用され得る。
【０３０６】
さらに、全てのウイルス遺伝子が欠失した「ガットレス（ｇｕｔｌｅｓｓ）」アデノウイルスベクターもまた、本開示に従って使用され得る。かかるベクターは、その複製のためにヘルパーウイルスを必要とし、天然の環境には存在しない状態である、Ｅ１ａおよびＣｒｅの両方を発現する特別なヒト２９３細胞系を必要とする。かかる「ガットレス」ベクターは、非免疫原性であり、従って、このベクターは、再ワクチン接種のために複数回接種され得る。「ガットレス」アデノウイルスベクターは、異種挿入物／遺伝子、例えば、本開示の導入遺伝子の挿入のために使用され得、さらには、多数の異種挿入物／遺伝子の共送達のために使用され得る。
【０３０７】
一部の実施形態では、送達は、単一のブースター用量であり得るアデノウイルスを介する。一部の実施形態では、アデノウイルスは、複数の用量を介して送達される。ｉｎ  ｖｉｖｏ送達に関して、ＡＡＶは、低い毒性、および宿主ゲノム中に組み込まれないことに起因する挿入突然変異誘発を引き起こす可能性の低さに起因して、他のウイルスベクターよりも有利である。ＡＡＶは、４．５または４．７５Ｋｂのパッケージング制限を有する。４．５または４．７５Ｋｂよりも大きい構築物は、顕著に低減されたウイルス産生を生じる。核酸分子発現を駆動するために使用され得る多くのプロモーターが存在する。ＡＡＶ  ＩＴＲは、プロモーターとして機能し得、さらなるプロモーターエレメントの必要性を排除するために有利である。
【０３０８】
遍在性の発現のために、以下のプロモーターが使用され得る：ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＣＢｈ、ＰＧＫ、ＳＶ４０、フェリチン重鎖または軽鎖など。脳での発現のために、以下のプロモーターが使用され得る：全てのニューロンのためにＳｙｎａｐｓｉｎ  Ｉ、興奮性ニューロンのためにＣａＭＫ  ＩＩアルファ、ＧＡＢＡ作動性ニューロンのためにＧＡＤ６７またはＧＡＤ６５またはＶＧＡＴ、など。ＲＮＡ合成を駆動するために使用されるプロモーターには、Ｐｏｌ  ＩＩＩプロモーター、例えば、Ｕ６またはＨ１が含まれ得る。Ｐｏｌ  ＩＩプロモーターおよびイントロンカセットの使用は、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を発現するために使用され得る。本開示の実施において有用なＡＡＶベクターに関しては、米国特許第５６５８７８５号、同第７１１５３９１号、同第７１７２８９３号、同第６９５３６９０号、同第６９３６４６６号、同第６９２４１２８号、同第６８９３８６５号、同第６７９３９２６号、同第６５３７５４０号、同第６４７５７６９号および同第６２５８５９５号、ならびにそれらにおいて引用された文書が言及される。ＡＡＶに関して、ＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５またはそれらの任意の組合せであり得る。標的化される細胞に関してＡＡＶを選択することができる；例えば、脳またはニューロン細胞を標的化するために、ＡＡＶ血清型１、２、５、もしくはハイブリッドカプシドＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、またはそれらの任意の組合せを選択することができ；心臓組織を標的化するために、ＡＡＶ４を選択することができる。ＡＡＶ８は、肝臓への送達のために有用である。一部の実施形態では、送達は、ＡＡＶを介する。投薬量は、任意の副作用に対する治療利益のバランスを取るために、調整され得る。
【０３０９】
一部の実施形態では、ポックスウイルスが、本明細書に記載される組成物において使用される。これらには、オルソポックスウイルス、トリポックス、ワクシニア、ＭＶＡ、ＮＹＶＡＣ、カナリアポックス、ＡＬＶＡＣ、鶏痘、ＴＲＯＶＡＣなどが含まれる（例えば、Ｖｅｒａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｈｕｍ．  Ｖａｃｃｉｎ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  ２０１２  Ｊｕｌ；８（７）：９６１−７０；およびＭｏｓｓ，  Ｖａｃｃｉｎｅ．  ２０１３；  ３１（３９）：  ４２２０−４２２２を参照のこと）。ポックスウイルス発現ベクターは、１９８２年に記載され、ワクチン開発ならびに多数の分野における研究のために、すぐに広く使用されるようになった。このベクターの利点には、単純な構築、大量の外来ＤＮＡを収容する能力、および高い発現レベルが含まれる。本開示の実施において使用され得るポックスウイルス、例えば、とりわけ、コードポックスウイルス亜科のポックスウイルス（脊椎動物のポックスウイルス）、例えば、オルソポックスウイルスおよびトリポックスウイルス、例えば、ワクシニアウイルス（例えば、Ｗｙｅｔｈ株、ＷＲ株（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）ＶＲ−１３５４）、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株、ＮＹＶＡＣ、ＮＹＶＡＣ．１、ＮＹＶＡＣ．２、ＭＶＡ、ＭＶＡ−ＢＮ）、カナリアポックスウイルス（例えば、Ｗｈｅａｔｌｅｙ  Ｃ９３株、ＡＬＶＡＣ）、鶏痘ウイルス（例えば、ＦＰ９株、Ｗｅｂｓｔｅｒ株、ＴＲＯＶＡＣ）、鳩痘（ｄｏｖｅｐｏｘ）、鳩痘（ｐｉｇｅｏｎｐｏｘ）、鶉痘（ｑｕａｉｌｐｏｘ）およびアライグマ痘（ｒａｃｃｏｏｎ  ｐｏｘ）、それらの合成のまたは天然に存在しない組換え体、それらの使用、ならびにかかる組換え体を作成および使用するための方法に関する情報は、科学文献および特許文献中に見出され得る。
【０３１０】
一部の実施形態では、ワクシニアウイルスが、抗原を発現するために疾患ワクチンまたは免疫原性組成物において使用される（Ｒｏｌｐｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｖｉｒｕｓｅｓ  ａｓ  ｖａｃｃｉｎｅｓ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  ｔｏｏｌｓ．  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ９：５１７−５２４，  １９９７）。組換えワクシニアウイルスは、感染宿主細胞の原形質内で複製することができ、従って、目的のポリペプチドが、免疫応答を誘導できる。さらに、ポックスウイルスは、免疫細胞、特に、抗原提示細胞に直接感染することによって、主要組織適合複合体クラスＩ経路によるプロセシングのために、コードされる抗原を標的化するそれらの能力に起因してであるが、自己アジュバント化する（ｓｅｌｆ−ａｄｊｕｖａｎｔ）それらの能力にも起因して、ワクチンまたは免疫原性組成物ベクターとして広く使用されている。
【０３１１】
一部の実施形態では、ＡＬＶＡＣが、疾患ワクチンまたは免疫原性組成物においてベクターとして使用される。ＡＬＶＡＣは、外来導入遺伝子を発現するように改変され得るカナリアポックスウイルスであり、原核生物抗原および真核生物抗原の両方に対するワクチン接種のための方法として使用されている（Ｈｏｒｉｇ  Ｈ，  Ｌｅｅ  ＤＳ，  Ｃｏｎｋｒｉｇｈｔ  Ｗ，  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｓｅ  Ｉ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌ  ｏｆ  ａ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｃａｎａｒｙｐｏｘｖｉｒｕｓ  （ＡＬＶＡＣ）  ｖａｃｃｉｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  ｈｕｍａｎ  ｃａｒｃｉｎｏｅｍｂｒｙｏｎｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｂ７．１  ｃｏ−ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  ２０００；４９：５０４−１４；ｖｏｎ  Ｍｅｈｒｅｎ  Ｍ，  Ａｒｌｅｎ  Ｐ，  Ｔｓａｎｇ  ＫＹ，  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｉｌｏｔ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ａ  ｄｕａｌ  ｇｅｎｅ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ａｖｉｐｏｘ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｂｏｔｈ  ｃａｒｃｉｎｏｅｍｂｒｙｏｎｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  （ＣＥＡ）  ａｎｄ  Ｂ７．１  ｔｒａｎｓｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  ＣＥＡ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．  Ｃｌｉｎ．  Ｃａｎｃｅｒ．  Ｒｅｓ．  ２０００；  ６：２２１９−２８；Ｍｕｓｅｙ  Ｌ，  Ｄｉｎｇ  Ｙ，  Ｅｌｉｚａｇａ  Ｍ，  ｅｔ  ａｌ．  ＨＩＶ−１  ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ  ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ  ｉｎｔｒａｍｕｓｃｕｌａｒｌｙ  ｃａｎ  ｉｎｄｕｃｅ  ｂｏｔｈ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ａｎｄ  ｍｕｃｏｓａｌ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｉｎ  ＨＩＶ−１−ｕｎｉｎｆｅｃｔｅｄ  ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ．  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００３；１７１：１０９４−１０１；Ｐａｏｌｅｔｔｉ  Ｅ．  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｐｏｘ  ｖｉｒｕｓ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｔｏ  ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ：  ａｎ  ｕｐｄａｔｅ．  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ  Ｓ  Ａ  １９９６；９３：１１３４９−５３；米国特許第７，２５５，８６２号）。第Ｉ相臨床試験では、腫瘍抗原ＣＥＡを発現するＡＬＶＡＣウイルスは、優れた安全性プロファイルを示し、選択された患者において、増加したＣＥＡ特異的Ｔ細胞応答を生じた；しかし、客観的な臨床応答は観察されなかった（Ｍａｒｓｈａｌｌ  ＪＬ，  Ｈａｗｋｉｎｓ  ＭＪ，  Ｔｓａｎｇ  ＫＹ，  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｓｅ  Ｉ  ｓｔｕｄｙ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｏｆ  ａ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ  ａｖｉｐｏｘ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｔｈａｔ  ｅｘｐｒｅｓｓｅｓ  ｈｕｍａｎ  ｃａｒｃｉｎｏｅｍｂｒｙｏｎｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ．  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．  １９９９；１７：３３２−７）。
【０３１２】
一部の実施形態では、改変ワクシニアＡｎｋａｒａ（ＭＶＡ）ウイルスが、抗原ワクチンまたは免疫原性組成物のためのウイルスベクターとして使用され得る。ＭＶＡは、オルソポックスウイルス科のメンバーであり、ニワトリ胚線維芽細胞上でのＡｎｋａｒａ株のワクシニアウイルス（ＣＶＡ）の約５７０回の連続継代によって生成された（例えば、Ｍａｙｒ，  Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ３，  ６−１４，  １９７５を参照のこと）。これらの継代の結果として、得られたＭＶＡウイルスは、ＣＶＡと比較して３１キロ塩基少ないゲノム情報を含み、高度に宿主細胞制限される（Ｍｅｙｅｒ，  Ｈ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｇｅｎ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７２，  １０３１−１０３８，  １９９１）。ＭＶＡは、その極度の弱毒化によって、即ち、減少した毒性または感染能によって特徴付けられるが、優れた免疫原性をなおも保持する。種々の動物モデルにおいて試験した場合、ＭＶＡは、免疫抑制された個体においてさえも、無毒性であることが証明された。さらに、ＭＶＡ−ＢＮ（登録商標）−ＨＥＲ２は、ＨＥＲ−２陽性乳房がんの処置のために設計された候補免疫療法であり、現在臨床試験中である（Ｍａｎｄｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  Ｊａｎ  ２０１２；  ６１（１）：  １９−２９）。組換えＭＶＡを作製および使用するための方法は、記載されている（例えば、その全体がこれにより本明細書に組み込まれる米国特許第８，３０９，０９８号および同第５，１８５，１４６号を参照のこと）。
【０３１３】
ポリペプチドの発現のために適切な宿主細胞には、適切なプロモーターの制御下にある原核生物、酵母、昆虫または高等真核生物細胞が含まれる。原核生物には、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたは桿菌が含まれる。高等真核生物細胞には、哺乳動物起源の樹立された細胞系が含まれる。無細胞翻訳系もまた使用され得る。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞宿主との使用のための適切なクローニングベクターおよび発現ベクターは、当該分野で周知である（Ｐｏｕｗｅｌｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｖｅｃｔｏｒｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，  Ｎ．Ｙ．，  １９８５を参照のこと）。
【０３１４】
種々の哺乳動物または昆虫細胞培養系もまた、組換えタンパク質を発現するために有利に使用される。哺乳動物細胞における組換えタンパク質の発現が実施され得るが、それは、かかるタンパク質が、一般に、正確に折り畳まれ、適切に改変され、完全に機能的であるからである。適切な哺乳動物宿主細胞系の例には、Ｇｌｕｚｍａｎ  （Ｃｅｌｌ  ２３：１７５，  １９８１）によって記載されるＣＯＳ−７系のサル腎臓細胞、ならびに例えば、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、２９３、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞系を含む、適切なベクターを発現することが可能な他の細胞系が含まれる。哺乳動物発現ベクターは、非転写エレメント、例えば、複製起点、発現される遺伝子に連結された適切なプロモーターおよびエンハンサー、ならびに他の５’または３’隣接非転写配列、および５’または３’非翻訳配列、例えば、必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位ならびに転写終結配列を含み得る。昆虫細胞における異種タンパク質の産生のためのバキュロウイルス系は、Ｌｕｃｋｏｗ  ａｎｄ  Ｓｕｍｍｅｒｓ，  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：４７  （１９８８）によって概説されている。
【０３１５】
宿主細胞は、例えば、クローニングベクターまたは発現ベクターであり得るベクターで、遺伝子操作（形質導入または形質転換またはトランスフェクト）される。ベクターは、例えば、プラスミド、ウイルス粒子、ファージなどの形態であり得る。操作された宿主細胞は、プロモーターを活性化するため、形質転換体を選択するため、またはポリヌクレオチドを増幅するために、必要に応じて改変された従来の栄養培地中で培養され得る。培養条件、例えば、温度、ｐＨなどは、発現のために選択される宿主細胞で以前から使用されてきたものであり、当業者に明らかである。
【０３１６】
適切な宿主の代表例としては、以下が言及され得る：細菌細胞、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、ならびにＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属内の種々の種；真菌細胞、例えば、酵母；昆虫細胞、例えば、ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａおよびＳｆ９；動物細胞、例えば、Ｇｌｕｚｍａｎ，  Ｃｅｌｌ  ２３：１７５  （１９８１）によって記載されるＣＯＳ−７系のサル腎臓線維芽細胞、ならびに適合性のベクターを発現することが可能な他の細胞系、例えば、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＣＨＯ、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞系、またはＢｏｗｅｓ黒色腫；植物細胞など。適切な宿主の選択は、本明細書中の教示から、当業者の技術範囲内とみなされる。
【０３１７】
酵母、昆虫または哺乳動物細胞宿主もまた、適切なベクターおよび制御配列を使用して使用され得る。哺乳動物発現系の例には、Ｇｌｕｚｍａｎ，  Ｃｅｌｌ  ２３：１７５  （１９８１）によって記載されるＣＯＳ−７系のサル腎臓線維芽細胞、ならびに適合性のベクターを発現することが可能な他の細胞系、例えば、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＣＨＯ、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞系が含まれる。
【０３１８】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、投与され得、ヒト細胞（例えば、樹状細胞を含む免疫細胞）において発現され得る。ヒトコドン用法表が、各アミノ酸のためのコドン選択をガイドするために使用され得る。かかるポリヌクレオチドは、上記されるものなどのエピトープおよび／もしくはアナログ間にスペーサーアミノ酸残基を含み、またはエピトープおよび／もしくはアナログ（ならびに／またはＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋）、Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋）およびＢ細胞エピトープ）に隣接する天然に存在する隣接配列を含み得る。
【０３１９】
当業者に周知の標準的な調節配列が、ヒト標的細胞における発現を確実にするために、ベクター中に含められ得る。いくつかのベクターエレメントが望ましい：ポリヌクレオチド、例えばミニ遺伝子挿入のための下流のクローニング部位を伴うプロモーター；効率的な転写終結のためのポリアデニル化シグナル；Ｅ．ｃｏｌｉ複製起点；およびＥ．ｃｏｌｉ選択可能マーカー（例えば、アンピシリンまたはカナマイシン耐性）。多数のプロモーター、例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ｈＣＭＶ）プロモーターが、この目的のために使用され得る。他の適切なプロモーター配列については、例えば、米国特許第５，５８０，８５９号および同第５，５８９，４６６号を参照のこと。一部の実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶ−ＩＥプロモーターである。
【０３２０】
真核生物宿主、特に、哺乳動物またはヒトのために有用な発現ベクターには、例えば、ＳＶ４０、ウシパピローマウイルス、アデノウイルスおよびサイトメガロウイルス由来の発現制御配列を含むベクターが含まれる。細菌宿主のために有用な発現ベクターには、公知の細菌プラスミド、例えば、ｐＣＲ１、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９およびそれらの誘導体を含む、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ由来のプラスミド、より広い宿主範囲のプラスミド、例えば、Ｍ１３および糸状一本鎖ＤＮＡファージが含まれる。
【０３２１】
ベクターは、いくつかの異なる方法によって、動物組織中に導入され得る。２つの最も一般的なアプローチは、標準的な皮下針を使用した食塩水中のＤＮＡの注射、および遺伝子銃送達である。ＤＮＡワクチンプラスミドの構築およびこれら２つの方法による宿主中へのその引き続く送達の概略的概略は、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  （Ｗｅｉｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  ２８１  （１）：  ３４−４１）において示されている。食塩水中での注射は、通常、骨格筋において筋肉内（ＩＭ）で、または真皮内（ＩＤ）で実施され、ＤＮＡは、細胞外空間に送達される。これは、ミオトキシン（ｍｙｏｔｏｘｉｎ）、例えば、ブピバカインによって、筋線維を一時的に損傷させることによる電気穿孔によって；または食塩水もしくはスクロースの高張溶液を使用することによって、補助され得る（Ａｌａｒｃｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）．  Ａｄｖ．  Ｐａｒａｓｉｔｏｌ．  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｐａｒａｓｉｔｏｌｏｇｙ  ４２：  ３４３−４１０）。この方法の送達に対する免疫応答は、針の型、針の整列、注射の速度、注射の体積、筋肉の型、ならびに注射されている動物の年齢、性別および生理的条件を含む多くの因子によって影響され得る（Ａｌａｒｃｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）．  Ａｄｖ．  Ｐａｒａｓｉｔｏｌ．  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｐａｒａｓｉｔｏｌｏｇｙ  ４２：  ３４３−４１０）。
【０３２２】
送達の他の一般に使用される方法である遺伝子銃送達は、加速剤として圧縮ヘリウムを使用して、金またはタングステン微粒子上に吸着させたプラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）を標的細胞中に弾道学的に加速する（Ａｌａｒｃｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）．  Ａｄｖ．  Ｐａｒａｓｉｔｏｌ．  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｐａｒａｓｉｔｏｌｏｇｙ  ４２：  ３４３−４１０；Ｌｅｗｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）．  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）  ５４：  １２９−８８）。
【０３２３】
代替的送達方法には、粘膜表面、例えば、鼻および肺粘膜上でのネイキッドＤＮＡのエアロゾル滴下注入（Ｌｅｗｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）．  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）  ５４：  １２９−８８）ならびに眼および腟粘膜へのｐＤＮＡの外用投与（Ｌｅｗｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）  ５４：  １２９−８８）が含まれ得る。粘膜表面送達は、カチオン性リポソーム−ＤＮＡ調製物、生分解性ミクロスフェア、腸粘膜への経口投与のための弱毒ＳｈｉｇｅｌｌａまたはＬｉｓｔｅｒｉａベクター、および組換えアデノウイルスベクターを使用しても達成されている。ＤＮＡまたはＲＮＡはまた、細胞を一時的に透過性にする細胞膜の穏やかな機械的破壊の後に、細胞に送達され得る。膜のかかる穏やかな機械的破壊は、細胞を小さい開口部に静かに通過させることによって達成され得る（Ｓｈａｒｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｅｘ  Ｖｉｖｏ  Ｃｙｔｏｓｏｌｉｃ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｔｏ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｃｅｌｌｓ，  ＰＬＯＳ  ＯＮＥ  （２０１５））。
【０３２４】
ポリヌクレオチドを宿主細胞中に導入するための化学的手段には、コロイド分散系、例えば、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、ならびに水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセルおよびリポソームを含む脂質ベースの系が含まれる。ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏでの送達ビヒクルとしての使用のための例示的なコロイド系は、リポソーム（例えば、人工膜小胞）である。非ウイルス送達系が利用される場合、例示的な送達ビヒクルは、リポソームである。「リポソーム」は、閉鎖された脂質二重層または凝集体の生成によって形成される種々の単一および多重層脂質ビヒクルを包含する総称である。リポソームは、リン脂質二重層膜および内部水性媒体を有する小胞構造を有すると特徴付けられ得る。多重層リポソームは、水性媒体によって分離された複数の脂質層を有する。リン脂質が過剰量の水溶液中に懸濁された場合に、これらは自発的に形成する。脂質構成要素は、閉鎖構造の形成前に自己再編成を受け、脂質二重層間に水および溶解された溶質を捕捉する（Ｇｈｏｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ  ５：  ５０５−１０  （１９９１））。しかし、溶液中で通常の小胞構造とは異なる構造を有する組成物もまた包含される。例えば、脂質は、ミセル構造を取り得、または単に、脂質分子の不均一な凝集体として存在し得る。リポフェクタミン−核酸複合体もまた企図される。
【０３２５】
脂質製剤の使用は、宿主細胞中への核酸の導入（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏ）のために企図される。別の態様では、核酸は、脂質と会合し得る。脂質と会合した核酸は、リポソームの水性内部中に封入され得、リポソームの脂質二重層内に散在され得、リポソームおよびオリゴヌクレオチドの両方と会合する連結分子を介してリポソームに結合され得、リポソーム中に捕捉され得、リポソームと複合体化され得、脂質を含む溶液中に分散され得、脂質と混合され得、脂質と組み合わされ得、脂質中に懸濁物として含まれ得、ミセル内に含まれ得もしくはミセルと複合体化され得、または脂質と他の方法で会合し得る。脂質、脂質／ＤＮＡまたは脂質／発現ベクター関連組成物は、溶液中での任意の特定の構造に限定されない。例えば、これらは、二重層構造中に存在し得、ミセルとして存在し得、または「崩壊した」構造で存在し得る。これらはまた、溶液中に単に散在されて、サイズも形状も均一でない凝集体をおそらくは形成し得る。脂質は、天然に存在するまたは合成の脂質であり得る脂肪物質である。例えば、脂質には、原形質中に天然に存在する脂肪滴、ならびに長鎖脂肪族炭化水素ならびにそれらの誘導体を含む化合物のクラス、例えば、脂肪酸、アルコール、アミン、アミノアルコールおよびアルデヒドが含まれる。
【０３２６】
使用のために適切な脂質は、商業的供給源から得ることができる。例えば、ジミリスチルホスファチジルコリン（「ＤＭＰＣ」）は、Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、Ｍｏ．から得ることができ；リン酸ジセチル（「ＤＣＰ」）は、Ｋ＆Ｋ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ、Ｎ．Ｙ．）から得ることができ；コレステロール（「Ｃｈｏｉ」）は、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ−Ｂｅｈｒｉｎｇから得ることができ；ジミリスチルホスファチジルグリセロール（「ＤＭＰＧ」）および他の脂質は、Ａｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓ，Ｉｎｃ．（Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ、Ａｌａ．）から得られ得る。クロロホルムまたはクロロホルム／メタノール中の脂質のストック溶液は、約−２０℃で貯蔵され得る。クロロホルムは、メタノールよりも容易に蒸発するので、唯一の溶媒として使用される。
【０３２７】
一部の実施形態では、ベクターは、第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび第２のネオエピトープを含む第２のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、第１および第２のペプチドは、同じタンパク質に由来する。少なくとも２つの別個のペプチドは、長さ、アミノ酸配列またはそれら両方が変動し得る。ペプチドは、腫瘍特異的突然変異を含むことが公知のまたはそれを含むことが見出された任意のタンパク質に由来する。一部の実施形態では、ベクターは、タンパク質の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、ベクターは、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１の領域は、第２の領域の少なくとも１つのアミノ酸を含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライス部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０３２８】
一部の実施形態では、ベクターは、プロモーターに作動可能に連結したポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ベクターは、自己増殖性ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンである。一部の実施形態では、ベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アルファウイルス、ワクシニアウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルスまたはそれらのシュードタイプに由来する。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、非ウイルスベクターは、ナノ粒子、カチオン性脂質、カチオン性ポリマー、金属含有ナノポリマー、ナノロッド、リポソーム、ミセル、微小気泡、細胞透過性ペプチドまたはリポスフェアである。
Ｖ．Ｔ細胞受容体
【０３２９】
一態様では、本開示は、免疫応答性細胞を活性化するネオ抗原認識受容体（例えば、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ））を発現する細胞、および増強された免疫応答を必要とする疾患の処置のためにかかる細胞を使用する方法を提供する。かかる細胞には、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドのうち１つに結合する抗原認識受容体（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）を発現する遺伝子改変された免疫応答性細胞（例えば、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋））細胞、ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋））細胞）、ならびに抗原特異的免疫応答における増加が所望される新生物および他の病理の処置のためのその使用の方法が含まれる。Ｔ細胞活性化は、抗原に標的化されるＴＣＲまたはＣＡＲによって媒介される。
【０３３０】
本開示は、免疫応答性細胞を活性化する抗原認識受容体（例えば、ＴＣＲ、ＣＡＲ）とキメラ共刺激受容体（ＣＣＲ）との組合せを発現する細胞、および増強された免疫応答を必要とする疾患の処置のためにかかる細胞を使用する方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＣＴＬ細胞または他の免疫応答性細胞は、新生物の処置または予防のための１つまたは複数の共刺激リガンドの選択的富化のためのシャトルとして使用される。かかる細胞は、特定のがんの処置または予防のために、それを必要とするヒト対象に投与される。
【０３３１】
一部の実施形態では、本開示の方法において使用され得る腫瘍抗原特異的ヒトリンパ球には、限定なしに、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子改変された末梢ドナーリンパ球（Ｓａｄｅｌａｉｎ，  Ｍ．，  ｅｔ  ａｌ．  ２００３  Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ  ３：３５−４５）、ａおよびｐヘテロダイマーを含む全長腫瘍抗原認識Ｔ細胞受容体複合体を発現するように遺伝子改変された末梢ドナーリンパ球（Ｍｏｒｇａｎ，  Ｒ．  Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  ２００６  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１４：１２６−１２９）、腫瘍生検中の腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）に由来するリンパ球培養物（Ｐａｎｅｌｌｉ，  Ｍ．  Ｃ．，  ｅｔ  ａｌ．  ２０００  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６４：４９５−５０４；Ｐａｎｅｌｌｉ，  Ｍ．  Ｃ．，  ｅｔ  ａｌ．  ２０００  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６４：４３８２−４３９２）、ならびに人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）またはパルスされた樹状細胞を使用してｉｎ  ｖｉｔｒｏで選択的に拡大増殖された抗原特異的末梢血白血球（Ｄｕｐｏｎｔ，  Ｊ．，  ｅｔ  ａｌ．  ２００５  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：５４１７−５４２７；Ｐａｐａｎｉｃｏｌａｏｕ，  Ｇ．  Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  ２００３  Ｂｌｏｏｄ  １０２：２４９８−２５０５）が含まれる。Ｔ細胞は、自家であり得る、同種異系であり得る、または操作された祖先もしくは幹細胞からｉｎ  ｖｉｔｒｏで誘導され得る。
【０３３２】
一部の実施形態では、免疫療法薬は、操作された受容体である。一部の実施形態では、操作された受容体は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、もしくはＢ細胞受容体（ＢＣＲ）、養子Ｔ細胞治療（ＡＣＴ）、またはそれらの誘導体である。他の態様では、操作された受容体は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である。一部の態様では、ＣＡＲは、第一世代ＣＡＲである。他の態様では、ＣＡＲは、第二世代ＣＡＲである。なお他の態様では、ＣＡＲは、第三世代ＣＡＲである。一部の態様では、ＣＡＲは、細胞外部分、膜貫通部分および細胞内部分を含む。一部の態様では、細胞内部分は、少なくとも１つのＴ細胞共刺激ドメインを含む。一部の態様では、Ｔ細胞共刺激ドメインは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＴＮＦＲＳ９（４−１ＢＢ）、ＴＮＦＲＳＦ４（ＯＸ４０）、ＴＮＦＲＳＦ８（ＣＤ３０）、ＣＤ４０ＬＧ（ＣＤ４０Ｌ）、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ２（ＬＦＡ−１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＫＬＲＣ２（ＮＫＧ２Ｃ）、ＴＮＦＲＳ１８（ＧＩＴＲ）、ＴＮＦＲＳＦ１４（ＨＶＥＭ）、またはそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０３３３】
一部の態様では、操作された受容体は、標的に結合する。一部の態様では、結合は、疾患または状態に罹患している１または複数の対象に特異的なペプチドに対して特異的である。
【０３３４】
一部の態様では、免疫療法薬は、本明細書に詳細に記載される細胞である。一部の態様では、免疫療法薬は、本明細書に記載されるペプチドまたはネオエピトープに特異的に結合する受容体を含む細胞である。一部の態様では、免疫療法薬は、本開示のペプチド／核酸と組み合わせて使用される細胞である。一部の実施形態では、細胞は、患者細胞である。一部の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞である。一部の実施形態では、細胞は、腫瘍浸潤性リンパ球である。
【０３３５】
一部の態様では、状態または疾患を有する対象は、対象のＴ細胞受容体レパートリーに基づいて処置される。一部の実施形態では、ペプチドまたはネオエピトープは、対象のＴ細胞受容体レパートリーに基づいて選択される。一部の実施形態では、対象は、本明細書に記載されるペプチドまたはネオエピトープに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞で処置される。一部の実施形態では、対象は、ＴＣＲ、例えば、対象特異的ＴＣＲに対して特異的なペプチドまたはネオエピトープで処置される。一部の実施形態では、対象は、ＴＣＲ、例えば、対象特異的ＴＣＲを発現するＴ細胞に対して特異的なペプチドまたはネオエピトープで処置される。一部の実施形態では、対象は、対象特異的ＴＣＲに対して特異的なペプチドまたはネオエピトープで処置される。
【０３３６】
一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、１または複数の対象において同定されたＴＣＲに基づいて選択される。一部の実施形態では、Ｔ細胞レパートリーの同定および機能的アッセイにおける試験は、状態または疾患を有する１または複数の対象に投与される組成物を決定するために使用される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載される１つまたは複数のペプチドまたはタンパク質を含む抗原ワクチンである。一部の実施形態では、ワクチンは、対象特異的ネオ抗原性ペプチドを含む。一部の実施形態では、ワクチン中に含まれるペプチドは、ネオエピトープに結合する対象特異的ＴＣＲの定量化に基づいて選択される。一部の実施形態では、ペプチドは、ＴＣＲに対するペプチドの結合親和性に基づいて選択される。一部の実施形態では、選択は、量および結合親和性の両方の組合せに基づく。例えば、ＴＣＲを発現するＴ細胞は有利に増幅されるので、機能的アッセイにおいてネオエピトープに強く結合するが、ＴＣＲレパートリー中に高度に示されないＴＣＲは、抗原ワクチンのための良好な候補であり得る。
【０３３７】
一部の実施形態では、ペプチドまたはタンパク質は、ＴＣＲへの結合に基づいて、１または複数の対象に投与するために選択される。一部の実施形態では、Ｔ細胞、例えば、疾患または状態を有する対象由来のＴ細胞は、拡大増殖され得る。ネオ抗原性ペプチドまたはネオエピトープに対して特異的なＴＣＲを発現する拡大増殖されたＴ細胞は、対象に戻し投与され得る。一部の実施形態では、適切な細胞、例えば、ＰＢＭＣは、ネオ抗原性ペプチドまたはネオエピトープに対して特異的なＴＣＲの発現のために、ポリヌクレオチドで形質導入またはトランスフェクトされ、対象に投与される。ネオ抗原性ペプチドまたはネオエピトープに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞は、拡大増殖され得、対象に戻し投与され得る。一部の実施形態では、自家罹患組織と共にインキュベートした場合に細胞溶解活性を生じる、ネオ抗原性ペプチドまたはネオエピトープに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞は、拡大増殖され得、対象に投与され得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドまたはネオエピトープへの結合を生じる、機能的アッセイにおいて使用されるＴ細胞は、拡大増殖され得、対象に投与され得る。一部の実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドまたはネオエピトープに結合すると決定されたＴＣＲは、Ｔ細胞において発現され得、対象に投与され得る。
【０３３８】
ある実施形態では、本開示は、第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含む組成物を提供し、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、第１のネオエピトープに対して特異的な第１のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む第１のＴ細胞および第２のネオエピトープに対して特異的な第２のＴＣＲを含む第２のＴ細胞を含む。一部の実施形態では、第１および第２のペプチドは、同じタンパク質に由来する。
【０３３９】
別の実施形態では、本開示は、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含む組成物を提供し、第１の領域は、第２の領域の少なくとも１つのアミノ酸を含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、第１のネオエピトープに対して特異的な第１のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む第１のＴ細胞および第２のネオエピトープに対して特異的な第２のＴＣＲを含む第２のＴ細胞を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。
【０３４０】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、クラスＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、クラスＩＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、クラスＩＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、クラスＩ  ＨＬＡタンパク質に結合して、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲは、クラスＩ  ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。
【０３４１】
一部の実施形態では、第１のＴＣＲは、第１のネオエピトープに対して特異的な第１のキメラ抗原受容体であり、第２のＴＣＲは、第２のネオエピトープに対して特異的な第２のキメラ抗原受容体である。一部の実施形態では、第１のＴ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞である。一部の実施形態では、第１のＴ細胞は、ガンマデルタＴ細胞である。一部の実施形態では、第２のＴ細胞は、ヘルパーＴ細胞である。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴＣＲは、１，０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴＣＲは、１，０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡクラスＩ−ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、第１および／または第２のＴＣＲは、２，０００、１，５００、１，０００ｎＭ、９００ｎＭ、８００ｎＭ、７００ｎＭ、６００ｎＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１５０ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭまたは１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡクラスＩＩ−ペプチド複合体に結合する。
ＶＩ．抗原提示細胞
【０３４２】
ネオ抗原性ペプチドまたはタンパク質は、本明細書に記載されるようなペプチド、タンパク質またはポリヌクレオチドを含む抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）として提供され得る。他の実施形態では、かかる抗原提示細胞は、患者における使用のためにＴ細胞を刺激するために使用される。従って、本開示の一実施形態は、本明細書に記載される１つまたは複数のネオ抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドでパルスまたは負荷された少なくとも１つの抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）を含む組成物である。一部の実施形態では、かかるＡＰＣは、自家（例えば、自家樹状細胞）である。あるいは、患者から単離された末梢血単核球（ＰＢＭＣ）には、ｅｘ  ｖｉｖｏでネオ抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドが負荷され得る。関連の実施形態では、かかるＡＰＣまたはＰＢＭＣは、患者中に戻し注射される。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞である。関連の実施形態では、樹状細胞は、ネオ抗原性ペプチドまたは核酸でパルスされた自家樹状細胞である。ネオ抗原性ペプチドは、適切なＴ細胞応答を生じる任意の適切なペプチドであり得る。腫瘍関連抗原由来のペプチドでパルスされた自家樹状細胞を使用するＴ細胞治療は、Ｍｕｒｐｈｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｔｈｅ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  ２９，  ３７１−３８０およびＴｊｕａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｔｈｅ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  ３２，  ２７２−２７８に開示されている。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋）である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋））である。
【０３４３】
一部の実施形態では、本開示は、これもまた対象に投与され得る細胞ベースの免疫原性医薬組成物を含む組成物を提供する。例えば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）ベースの免疫原性医薬組成物は、当該分野で適切であり理解される周知の技術、担体および賦形剤のいずれかを使用して製剤化され得る。ＡＰＣには、単球、単球由来細胞、マクロファージおよび樹状細胞が含まれる。時々、ＡＰＣベースの免疫原性医薬組成物は、樹状細胞ベースの免疫原性医薬組成物であり得る。
【０３４４】
樹状細胞ベースの免疫原性医薬組成物は、当該分野で周知の任意の方法によって調製され得る。一部の場合には、樹状細胞ベースの免疫原性医薬組成物は、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏの方法を介して調製され得る。ｅｘ  ｖｉｖｏの方法は、患者中への投与前にＤＣを活性化または負荷するために、本明細書に記載されるポリペプチドでｅｘ  ｖｉｖｏでパルスされた自家ＤＣの使用を含み得る。ｉｎ  ｖｉｖｏの方法は、本明細書に記載されるポリペプチドとカップリングされた抗体を使用して特異的ＤＣ受容体を標的化することを含み得る。ＤＣベースの免疫原性医薬組成物は、ＤＣ活性化因子、例えば、ＴＬＲ３、ＴＬＲ−７−８およびＣＤ４０アゴニストをさらに含み得る。ＤＣベースの免疫原性医薬組成物は、アジュバントおよび薬学的に許容される担体をさらに含み得る。
【０３４５】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、ヒトおよび非ヒト霊長類、他の哺乳動物ならびに脊椎動物を含む種々の供給源から調製され得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、ヒトまたは非ヒト脊椎動物の血液から調製され得る。ＡＰＣは、白血球の富化集団からも単離され得る。白血球の集団は、当業者に公知の方法によって調製され得る。かかる方法には、典型的には、ヘパリン化血液の収集、アフェレーシスまたは白血球フェレーシス、バフィーコートの調製、ロゼット形成、遠心分離、密度勾配遠心分離（例えば、Ｆｉｃｏｌｌ、コロイドシリカ粒子およびスクロースを使用する）、示差溶解非白血球細胞および濾過が含まれる。白血球集団は、対象から血液を収集し、血小板を除去するために脱線維素化し、赤血球細胞を溶解させることによっても調製され得る。白血球集団は、必要に応じて、単球性樹状細胞前駆体について富化され得る。
【０３４６】
血液細胞集団は、白血球の富化集団の所望の使用に従って、種々の対象から得られ得る。対象は、健康な対象であり得る。あるいは、血液細胞は、免疫刺激を必要とする対象、例えば、免疫刺激が有益であるがん患者または他の患者などから得られ得る。同様に、血液細胞は、免疫抑制を必要とする対象、例えば、自己免疫性障害（例えば、関節リウマチ、糖尿病、ループス、多発性硬化症など）を有する患者などから得られ得る。白血球の集団は、ＨＬＡが一致した健康な個体からも得られ得る。
【０３４７】
血液がＡＰＣの供給源として使用される場合、血液白血球は、それらの生存度を維持する従来の方法を使用して得られ得る。本開示の一態様によれば、血液は、ヘパリンまたは他の適切な抗凝固薬を含んでも含まなくてもよい培地中に希釈され得る。血液の培地に対する体積は、約１対１であり得る。細胞は、４℃で約１，０００ｒｐｍ（１５０ｇ）の、培地中での血液の遠心分離によって濃縮され得る。血小板および赤血球細胞は、赤血球を溶解させることが当該分野で公知のいくつもの溶液、例えば、塩化アンモニウム中に細胞を再懸濁することによって枯渇され得る。例えば、混合物は、体積比約１：１の培地および塩化アンモニウムであり得る。細胞は、遠心分離によって濃縮され得、血小板および赤血球細胞を実質的に含まない白血球の集団が得られるまで、所望の溶液中で洗浄され得る。組織培養において一般に使用される任意の等張溶液が、血液白血球を血小板および赤血球細胞から分離するための培地として使用され得る。かかる等張溶液の例は、リン酸緩衝食塩水、ハンクス平衡塩溶液および完全成長培地であり得る。ＡＰＣおよび／またはＡＰＣ前駆体細胞は、水簸によっても精製され得る。
【０３４８】
一実施形態では、ＡＰＣは、炎症条件または他の方法で活性化された条件下で、非ノミナルＡＰＣであり得る。例えば、非ノミナルＡＰＣには、インターフェロン−ガンマで刺激された上皮細胞、ＡＰＣ活性を誘導する因子または条件によって活性化されたＴ細胞、Ｂ細胞および／または単球が含まれ得る。かかる非ノミナルＡＰＣは、当該分野で公知の方法に従って調製され得る。
【０３４９】
ＡＰＣは、ＡＰＣの型に従って、所望により、培養、拡大増殖、分化および／または成熟化され得る。ＡＰＣは、例えば、培養プレート、フラスコ、培養バッグおよびバイオリアクターなどの任意の適切な培養容器中で培養され得る。
【０３５０】
ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、調製物中のＡＰＣの数を維持および／または拡大増殖するために、適切な培養培地または成長培地中で培養され得る。培養培地は、単離されるＡＰＣの型に従って選択され得る。例えば、成熟ＡＰＣ、例えば、成熟樹状細胞は、それらの維持および拡大増殖のために適切な成長培地中で培養され得る。培養培地には、アミノ酸、ビタミン、抗生物質、二価カチオンなどが補充され得る。さらに、サイトカイン、増殖因子および／またはホルモンが、成長培地中に含められ得る。例えば、成熟樹状細胞の維持および／または拡大増殖のために、サイトカイン、例えば、顆粒球／マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、ＦＭＳ様チロシンキナーゼ３リガンド（ＦＬＴ−３Ｌ）および／またはインターロイキン４（ＩＬ−４）が添加され得る。他の実施形態では、未成熟ＡＰＣが、培養および／または拡大増殖され得る。未成熟樹状細胞は、標的ｍＲＮＡを取り込み、新たな抗原をプロセシングする能力を保持し得る。一部の実施形態では、未成熟樹状細胞は、それらの維持および培養のために適切な培地中で培養され得る。培養培地には、アミノ酸、ビタミン、抗生物質、二価カチオンなどが補充され得る。さらに、サイトカイン、増殖因子および／またはホルモンが、成長培地中に含められ得る。
【０３５１】
他の未成熟ＡＰＣも同様に、培養または拡大増殖され得る。未成熟ＡＰＣの調製物は、成熟ＡＰＣを形成するために成熟化され得る。ＡＰＣの成熟化は、ネオ抗原性ペプチドへの曝露の間またはその後に生じ得る。ある特定の実施形態では、未成熟樹状細胞の調製物が、成熟化され得る。適切な成熟化因子には、例えば、サイトカインＴＮＦ−α、細菌産物（例えば、ＢＣＧ）などが含まれる。別の態様では、単離されたＡＰＣ前駆体が、未成熟ＡＰＣの調製物を調製するために使用され得る。ＡＰＣ前駆体は、培養、分化および／または成熟化され得る。ある特定の実施形態では、単球性樹状細胞前駆体は、単球性樹状細胞前駆体の未成熟樹状細胞への分化を促進するために、アミノ酸、ビタミン、サイトカインおよび／または二価カチオンを補充した適切な培養培地の存在下で培養され得る。一部の実施形態では、ＡＰＣ前駆体は、ＰＢＭＣから単離される。ＰＢＭＣは、ドナー、例えば、ヒトドナーから得られ得、新鮮なまま使用され得るか、または将来的な使用のために凍結され得る。一部の実施形態では、ＡＰＣは、１つまたは複数のＡＰＣ調製物から調製される。一部の実施形態では、ＡＰＣは、第１および第２のネオエピトープを含む第１および第２のネオ抗原性ペプチドまたは第１および第２のネオエピトープを含む第１および第２のネオ抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドが負荷されたＡＰＣを含む。一部の実施形態では、ＡＰＣは、自家ＡＰＣ、同種異系ＡＰＣまたは人工ＡＰＣである。
【０３５２】
ある実施形態では、本開示は、第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含むＡＰＣを含む組成物を提供し、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、第１および第２のペプチドは、同じタンパク質に由来する。別の実施形態では、本開示は、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含むＡＰＣを含む組成物を提供し、第１の領域は、第２の領域の少なくとも１つのアミノ酸を含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。
ＶＩＩ．アジュバント
【０３５３】
アジュバントは、本明細書で提供される組成物を受けている患者において惹起される免疫応答（体液性および／または細胞性）を増強するために使用され得る。時々、アジュバントは、Ｔｈ１型応答を惹起し得る。アジュバントは、Ｔｈ２型応答を惹起し得ることもある。Ｔｈ１型応答は、ＩＬ−４、ＩＬ−５およびＩＬ−１０などのサイトカインの産生によって特徴付けられ得るＴｈ２型応答とは対照的に、ＩＦＮ−γなどのサイトカインの産生によって特徴付けられ得る。
【０３５４】
一部の態様では、脂質ベースのアジュバント、例えば、ＭＰＬＡおよびＭＤＰは、本明細書で開示される免疫原性医薬組成物で使用され得る。例えば、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬＡ）は、特異的Ｔリンパ球へのリポソーム抗原の増加した提示を引き起こすアジュバントである。さらに、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）もまた、本明細書に記載される免疫原性医薬製剤と併せて、適切なアジュバントとして使用され得る。
【０３５５】
適切なアジュバントは、当該分野で公知であり（ＷＯ２０１５／０９５８１１を参照のこと）、これには、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリ−ＩＣＬＣ、Ｈｉｌｔｏｎｏｌ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＦＬＴ−３Ｌ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）．ベクターシステム、ＰＬＧマイクロ粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータ−グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、サポニンに由来するＡｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎ（Ａｑｕｉｌａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．、ＵＳＡ）、ミコバクテリア抽出物および合成細菌細胞壁模倣物、ならびに他の独占所有権のあるアジュバント、例えば、Ｒｉｂｉ’ｓ  Ｄｅｔｏｘ．ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓが含まれるがこれらに限定されない。アジュバントには、フロイント不完全またはＧＭ−ＣＳＦもまた含まれる。樹状細胞およびそれらの調製物に対して特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）が、以前に記載されている（Ｄｕｐｕｉｓ  Ｍ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １９９８；  １８６（１）：１８−２７；Ａｌｌｉｓｏｎ  Ａ  Ｃ；  Ｄｅｖ．  Ｂｉｏｌ．  Ｓｔａｎｄ．  １９９８；  ９２：３−１１）（Ｍｏｓｃａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，  ２００７；  １２：４０５０−４０６０）（Ｇａｍｖｒｅｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ＆  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００４；  ８２：  ５０６−５１６）。サイトカインもまた使用され得る。いくつかのサイトカインは、リンパ系組織への樹状細胞遊走に影響を与えること（例えば、ＴＮＦ−アルファ）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟化を加速させること（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＦＬＴ−３Ｌ、ＰＧＥ１、ＰＧＥ２、ＩＬ−１、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−４、ＩＬ−６およびＣＤ４０Ｌ）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，８４９，５８９号）および免疫アジュバントとして作用すること（例えば、ＩＬ−１２）に、直接関連付けられている（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ  Ｄ  Ｉ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  Ｅｍｐｈａｓｉｓ  Ｔｕｍｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １９９６  （６）：４１４−４１８）。
【０３５６】
アジュバントは、刺激分子、例えば、サイトカインもまた含み得る。サイトカインの非限定的な例には、以下が含まれる：ＣＣＬ２０、ａ−インターフェロン（ＩＦＮ−ａ）、β−インターフェロン（ＩＦＮ−β）、γ−インターフェロン、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ（リンホトキシンアルファ（ＬＴα））、ＧＭ−ＣＳＦ、ＦＬＴ−３Ｌ、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘引性ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２８、ＭＨＣ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１８、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−ｌａ、ＭＩＰ−１−、ＩＬ−８、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、突然変異形態のＩＬ−１８、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲＳ、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩκＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ  Ｋ、ＳＡＰ−Ｉ、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦκＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰＩおよびＴＡＰ２。
【０３５７】
さらなるアジュバントには、以下が含まれる：ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−ｌａ、ＭＩＰ−ｌｐ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、突然変異形態のＩＬ−１８、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、ＩＬ−２２、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩκＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ  Ｋ、ＳＡＰ−１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦκＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２およびそれらの機能的断片。
【０３５８】
一部の態様では、アジュバントは、ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターであり得る。ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターの例には、ＴＬＲ−９アゴニストが含まれ、ｔｏｌｌ様受容体の小分子モジュレーター、例えば、イミキモドに限定されない。本明細書に記載される免疫原性医薬組成物と組み合わせて使用されるアジュバントの他の例には、サポニン、ＣｐＧ  ＯＤＮなどが含まれ得るがこれらに限定されない。時々、アジュバントは、細菌トキソイド、ポリオキシプロピレン−ポリオキシエチレンブロックポリマー、アルミニウム塩、リポソーム、ＣｐＧポリマー、水中油エマルジョン、またはそれらの組合せから選択される。時々、アジュバントは、水中油エマルジョンである。水中油エマルジョンは、少なくとも１種の油および少なくとも１種の界面活性剤を含み得、この油（複数可）および界面活性剤（複数可）は、生分解性（代謝可能）かつ生体適合性である。エマルジョン中の油滴は、直径が５μｍ未満であり得、さらにはサブミクロンの直径を有し得、これらの小さいサイズは、安定なエマルジョンを提供するために、マイクロフリュイダイザーを用いて達成される。２２０ｎｍ未満のサイズを有する液滴は、濾過滅菌に供され得る。
ＶＩＩＩ．処置の方法および医薬組成物
【０３５９】
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬（例えば、ペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含む細胞、ポリペプチドを含むＡＰＣまたは樹状細胞、ポリヌクレオチドを含む樹状細胞、抗体など）は、治療的処置方法、例えば、がんの処置が含まれるがこれらに限定されない種々の適用において有用である。一部の実施形態では、治療的処置方法は、免疫療法を含む。ある特定の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、免疫応答を活性化、促進、増加および／もしくは増強するため、新たな標的に対して既存の免疫応答を再指示するため、腫瘍の免疫原性を増加させるため、腫瘍成長を阻害するため、腫瘍体積を低減させるため、腫瘍細胞アポトーシスを増加させるため、ならびに／または腫瘍の腫瘍形成性を低減させるために有用である。使用の方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏの方法であり得る。
【０３６０】
一部の態様では、本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドまたはタンパク質を使用して、対象における免疫応答を活性化するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを使用して、対象における免疫応答を促進するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを使用して、対象における免疫応答を増加させるための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ネオ抗原性ペプチドを使用して免疫応答を増強するための方法を提供する。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、細胞媒介性免疫を増加させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、Ｔ細胞活性または体液性免疫を増加させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、ＣＴＬまたはＴｈ活性を増加させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、ＮＫ細胞活性を増加させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、Ｔ細胞活性を増加させることおよびＮＫ細胞活性を増加させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、ＣＴＬ活性を増加させることおよびＮＫ細胞活性を増加させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増加および／または増強は、Ｔ調節（Ｔｒｅｇ）細胞の抑制活性を阻害または減少させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、抗原性刺激の結果である。一部の実施形態では、抗原性刺激は、腫瘍細胞である。一部の実施形態では、抗原性刺激は、がんである。
【０３６１】
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを使用して、免疫応答を活性化、促進、増加および／または増強する方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、ネオ抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドを腫瘍細胞に送達するネオ抗原性ペプチドの治療有効量を投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞によって内在化されるネオ抗原性ペプチドの治療有効量を投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞によって内在化されるネオ抗原性ペプチドの治療有効量を投与するステップを含み、このネオ抗原性ペプチドは、細胞によってプロセシングされる。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞によって内在化されるネオ抗原性ポリペプチドの治療有効量を投与するステップを含み、ネオエピトープは、腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞によって内在化され細胞によってプロセシングされるネオ抗原性ポリペプチドの治療有効量を投与するステップを含み、抗原性ペプチドは、腫瘍細胞の表面上に提示される。
【０３６２】
一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドの治療有効量を投与するステップを含み、このネオ抗原性ペプチドに由来する少なくとも１つのネオエピトープは、腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子との複合体で、腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で、腫瘍細胞の表面上に提示される。
【０３６３】
一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞を、少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと接触させるステップを含み、この少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに由来する少なくとも１つのネオエピトープは、腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣクラスＩ分子との複合体で、腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で、腫瘍細胞の表面上に提示される。
【０３６４】
一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの治療有効量を投与するステップを含み、このネオエピトープは、腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍細胞に対する免疫応答が誘導される。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対する免疫応答は、増加される。一部の実施形態では、ネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達し、このネオエピトープは、腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍成長が阻害される。
【０３６５】
一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの治療有効量を投与するステップを含み、この少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに由来するネオエピトープは、腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍細胞に対して方向付けられるＴ細胞死滅が誘導される。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対して方向付けられるＴ細胞死滅は、増強される。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対して方向付けられるＴ細胞死滅は、増加される。
【０３６６】
一部の実施形態では、対象における免疫応答を増加させる方法は、対象に、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原性治療薬を投与するステップを含み、この薬剤は、本明細書に記載されるネオ抗原に特異的に結合する抗体である。一部の実施形態では、対象における免疫応答を増加させる方法は、対象に、治療有効量の抗体を投与するステップを含む。
【０３６７】
本開示は、腫瘍に対して既存の免疫応答を再指示する方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍に対して既存の免疫応答を再指示する方法は、対象に、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップを含む。一部の実施形態では、既存の免疫応答は、ウイルスに対するものである。一部の実施形態では、ウイルスは、麻疹ウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ；水痘ウイルス）、インフルエンザウイルス、ムンプスウイルス、ポリオウイルス、風疹ウイルス、ロタウイルス、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）およびサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、ウイルスは、水痘帯状疱疹ウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは、サイトメガロウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは、麻疹ウイルスである。一部の実施形態では、既存の免疫応答は、天然のウイルス感染後に獲得されたものである。一部の実施形態では、既存の免疫応答は、ウイルスに対するワクチン接種後に獲得されたものである。一部の実施形態では、既存の免疫応答は、細胞媒介性応答である。一部の実施形態では、既存の免疫応答は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）またはＴｈ細胞を含む。
【０３６８】
一部の実施形態では、対象における腫瘍に対して既存の免疫応答を再指示する方法は、（ｉ）ネオ抗原に特異的に結合する抗体、および（ｉｉ）本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含む融合タンパク質を投与するステップを含み、（ａ）この融合タンパク質は、腫瘍関連抗原またはネオエピトープへの結合後に腫瘍細胞によって内在化され；（ｂ）このネオ抗原性ペプチドは、プロセシングされ、ＭＨＣクラスＩ分子と会合して腫瘍細胞の表面上に提示され；および（ｃ）このネオ抗原性ペプチド／ＭＨＣクラスＩ複合体は、細胞傷害性Ｔ細胞によって認識される。一部の実施形態では、細胞傷害性Ｔ細胞は、メモリーＴ細胞である。一部の実施形態では、メモリーＴ細胞は、ネオ抗原性ペプチドによるワクチン接種の結果である。
【０３６９】
本開示は、腫瘍の免疫原性を増加させる方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍の免疫原性を増加させる方法は、腫瘍または腫瘍細胞を、有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬と接触させるステップを含む。一部の実施形態では、腫瘍の免疫原性を増加させる方法は、対象に、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップを含む。
【０３７０】
本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用して、腫瘍の成長を阻害するための方法もまた提供する。ある特定の実施形態では、腫瘍の成長を阻害する方法は、細胞混合物をネオ抗原治療薬とｉｎ  ｖｉｔｒｏで接触させるステップを含む。例えば、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）と混合された不死化細胞系またはがん細胞系は、ネオ抗原性ペプチドが添加された培地中で培養される。一部の実施形態では、腫瘍細胞は、患者試料、例えば、組織生検、胸水貯留または血液試料から単離され、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）と混合され、ネオ抗原治療薬が添加された培地中で培養される。一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、免疫細胞の活性を増加、促進および／または増強する。一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、腫瘍細胞成長を阻害する。一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、腫瘍細胞の死滅を活性化する。
【０３７１】
ある特定の実施形態では、対象は、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は、腫瘍を有する、または対象は、少なくとも部分的に除去された腫瘍を有した。
【０３７２】
一部の実施形態では、腫瘍の成長を阻害する方法は、新たな標的に対して既存の免疫応答を再指示するステップを含み、対象に、治療有効量のネオ抗原治療薬を投与するステップを含み、この既存の免疫応答は、ネオ抗原性ペプチドによって腫瘍細胞に送達される抗原性ペプチドに対するものである。
【０３７３】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、がん幹細胞を含む。ある特定の実施形態では、腫瘍中のがん幹細胞の頻度は、ネオ抗原治療薬の投与によって低減される。一部の実施形態では、対象における腫瘍中のがん幹細胞の頻度を低減させる方法であって、対象に、治療有効量のネオ抗原治療薬を投与するステップを含む方法が、提供される。
【０３７４】
さらに、一部の態様では、本開示は、対象における腫瘍の腫瘍形成性を低減させる方法であって、対象に、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップを含む方法を提供する。ある特定の実施形態では、腫瘍は、がん幹細胞を含む。一部の実施形態では、腫瘍の腫瘍形成性は、腫瘍中のがん幹細胞の頻度を低減させることによって低減される。一部の実施形態では、この方法は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用することを含む。ある特定の実施形態では、腫瘍中のがん幹細胞の頻度は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬の投与によって低減される。
【０３７５】
一部の実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、結腸直腸腫瘍、膵腫瘍、肺腫瘍、卵巣腫瘍、肝臓腫瘍、乳房腫瘍、腎臓腫瘍、前立腺腫瘍、神経内分泌腫瘍、胃腸腫瘍、黒色腫、子宮頸腫瘍、膀胱腫瘍、神経膠芽腫および頭頸部腫瘍からなる群から選択される腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、結腸直腸腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、卵巣腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は、乳房腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は、肺腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、膵腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、黒色腫腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍である。
【０３７６】
本開示は、対象におけるがんを処置するための方法であって、対象に、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップを含む方法をさらに提供する。
【０３７７】
一部の実施形態では、がんを処置する方法は、新たな標的に対して既存の免疫応答を再指示するステップを含み、この方法は、対象に、治療有効量のネオ抗原治療薬を投与するステップを含み、この既存の免疫応答は、ネオ抗原性ペプチドによってがん細胞に送達される抗原性ペプチドに対するものである。
【０３７８】
本開示は、がんを処置する方法であって、対象（例えば、処置を必要とする対象）に、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップを含む方法を提供する。ある特定の実施形態では、対象は、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は、がん性腫瘍を有する。ある特定の実施形態では、対象は、少なくとも部分的に除去された腫瘍を有している。
【０３７９】
対象は、例えば、哺乳動物、ヒト、妊娠女性、高齢成体、成体、青年、青年前、小児、幼児、乳児、新生仔（ｎｅｗｂｏｒｎ）または新生仔（ｎｅｏｎａｔｅ）であり得る。対象は、患者であり得る。一部の場合には、対象は、ヒトであり得る。一部の場合には、対象は、小児（即ち、思春期の年齢を下回る若いヒト）であり得る。一部の場合には、対象は、乳児であり得る。一部の場合には、対象は、人工栄養乳児であり得る。一部の場合には、対象は、臨床研究に登録された個体であり得る。一部の場合には、対象は、実験動物、例えば、哺乳動物またはげっ歯類であり得る。一部の場合には、対象は、マウスであり得る。一部の場合には、対象は、肥満または体重過剰の対象であり得る。
【０３８０】
一部の実施形態では、対象は、１つまたは複数の異なるがん処置モダリティで以前に処置されている。一部の実施形態では、対象は、放射線療法、化学療法または免疫療法のうち１つまたは複数で以前に処置されている。一部の実施形態では、対象は、１、２、３、４または５ラインの以前の治療で処置されている。一部の実施形態では、以前の治療は、細胞傷害性治療である。
【０３８１】
ある特定の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、膵がん、肺がん、卵巣がん、肝臓がん、乳房がん、腎臓がん、前立腺がん、胃腸がん、黒色腫、子宮頸がん、神経内分泌がん、膀胱がん、神経膠芽腫および頭頸部がんからなる群から選択されるがんである。ある特定の実施形態では、がんは、膵がんである。ある特定の実施形態では、がんは、卵巣がんである。ある特定の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。ある特定の実施形態では、がんは、乳房がんである。ある特定の実施形態では、がんは、前立腺がんである。ある特定の実施形態では、がんは、肺がんである。ある特定の実施形態では、がんは、黒色腫である。一部の実施形態では、がんは、固形がんである。一部の実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。
【０３８２】
一部の実施形態では、がんは、血液学的がんである。一部の実施形態では、がんは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、ヘアリー細胞白血病、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、非ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）および皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）からなる群から選択される。
【０３８３】
一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、併用療法として投与される。２つまたはそれよりも多くの治療剤を用いた併用療法は、異なる作用機序によって作用する薬剤を使用するが、これは必須ではない。異なる作用機序を有する薬剤を使用する併用療法は、相加効果または相乗効果を生じ得る。併用療法は、単剤療法において使用される場合よりも低い用量の各薬剤を可能にし得、それによって、毒性副作用を低減させ、および／または薬剤（複数可）の治療指数を増加させる。併用療法は、抵抗性がん細胞が発達する可能性を減少させ得る。一部の実施形態では、併用療法は、免疫応答に影響を与える（例えば、応答を増強または活性化する）治療剤および腫瘍／がん細胞に影響を与える（例えば、阻害または死滅させる）治療剤を含む。
【０３８４】
一部の例では、免疫原性医薬組成物は、さらなる薬剤と共に投与され得る。さらなる薬剤の選択は、少なくとも一部、処置されている状態に依存し得る。さらなる薬剤には、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＣＤ４０もしくは抗ＴＩＭ３剤（例えば、抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＣＤ４０もしくは抗ＴＩＭ３抗体）；または例えば、炎症状態を処置するために使用される薬物、例えば、ＮＳＡＩＤ、例えば、イブプロフェン、ナプロキセン、アセトアミノフェン、ケトプロフェンもしくはアスピリンを含む、病原体感染（例えば、ウイルス感染）に対する治療効果を有する任意の薬剤、が含まれ得る。例えば、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（ＯＮＯ−４５３８／ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ１  １０６、ＯＰＤＩＶＯ）、ペムブロリズマブ（ＭＫ−３４７５、ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ピディリズマブ（ＣＴ−０１１）およびＭＰＤＬ３２８ＯＡ（ＲＯＣＨＥ）からなる群から選択されるＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１アンタゴニストであり得る。別の例として、製剤は、１つまたは複数の補助剤、例えば、ビタミンＣ、Ｅまたは他の抗酸化剤をさらに含み得る。
【０３８５】
本開示の方法は、当該分野で公知の任意の型のがんを処置するために使用され得る。本開示の方法によって処置されるがんの非限定的な例には、黒色腫（例えば、転移性悪性黒色腫）、腎がん（例えば、明細胞癌）、前立腺がん（例えば、ホルモン不応性前立腺腺癌）、膵腺癌、乳房がん、結腸がん、肺がん（例えば、非小細胞肺がん）、食道がん、頭頸部の扁平上皮細胞癌、肝臓がん、卵巣がん、子宮頸がん、甲状腺がん、神経膠芽腫、神経膠腫、白血病、リンパ腫および他の新生物性悪性腫瘍が含まれ得る。
【０３８６】
さらに、本明細書で提供される疾患または状態には、その成長が本開示の処置の方法を使用して阻害され得る、不応性または再発性悪性腫瘍が含まれる。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置されるがんは、癌腫、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、子宮内膜がん、乳房がん、卵巣がん、子宮頸がん、ファロピウス管がん、原発性腹膜がん、結腸がん、結腸直腸がん、肛門生殖器領域の扁平上皮細胞癌、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、非小細胞肺がん、肺の扁平上皮細胞癌、胃がん、膀胱がん、胆嚢がん、肝臓がん、甲状腺がん、喉頭がん、唾液腺がん、食道がん、頭頸部がん、神経膠芽腫、神経膠腫、頭頸部の扁平上皮細胞癌、前立腺がん、膵がん、中皮腫、肉腫、血液学的がん、白血病、リンパ腫、神経腫、およびそれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるがんには、例えば、癌腫、扁平上皮癌（例えば、子宮頸管、眼瞼、結膜、腟、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉頭および食道）および腺癌（例えば、前立腺、小腸、子宮内膜、子宮頸管、大腸、肺、膵臓、食道、直腸、子宮、胃、乳腺および卵巣）が含まれる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるがんには、肉腫（例えば、筋原性肉腫（ｍｙｏｇｅｎｉｃ  ｓａｒｃｏｍａ））、白血症、神経腫、黒色腫およびリンパ腫がさらに含まれる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるがんは、乳房がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置されるがんは、三重陰性乳房がん（ＴＮＢＣ）である。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置されるがんは、卵巣がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置されるがんは、結腸直腸がんである。
【０３８７】
一部の実施形態では、本開示の医薬組成物で処置される患者または患者の集団は、固形腫瘍を有する。一部の実施形態では、固形腫瘍は、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、膀胱がん、乳房がん、子宮頸がん、結腸がん、胆嚢がん、喉頭がん、肝臓がん、甲状腺がん、胃がん、唾液腺がん、前立腺がん、膵がんまたはメルケル細胞癌である。一部の実施形態では、本開示の医薬組成物で処置される患者または患者の集団は、血液学的がんを有する。一部の実施形態では、患者は、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（「ＤＬＢＣＬ」）、ホジキンリンパ腫（「ＨＬ」）、非ホジキンリンパ腫（「ＮＨＬ」）、濾胞性リンパ腫（「ＦＬ」）、急性骨髄性白血病（「ＡＭＬ」）または多発性骨髄腫（「ＭＭ」）などの血液学的がんを有する。一部の実施形態では、処置される患者または患者の集団は、卵巣がん、肺がんおよび黒色腫からなる群から選択されるがんを有する。
【０３８８】
本開示に従って予防および／または処置され得るがんの具体的な例には、以下が含まれるがこれらに限定されない：腎がん、腎臓がん、多形神経膠芽腫、転移性乳房がん；乳房癌；乳房肉腫；神経線維腫；神経線維腫症；小児腫瘍；神経芽腫；悪性黒色腫；表皮の癌腫；例えば、急性白血病、急性リンパ球性白血病、急性骨髄球性白血病、例えば、骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性、赤白血病  白血病および骨髄異形成症候群（ｍｙｃｌｏｄｙｓｐｌａｓｔｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）であるがこれらに限定されない白血病、例えば、慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病、慢性リンパ球性白血病、ヘアリー細胞白血病であるがこれらに限定されない慢性白血病；真性赤血球増加症；例えば、ホジキン病、非ホジキン病であるがこれらに限定されないリンパ腫；例えば、くすぶり型多発性骨髄腫、非分泌型骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、形質細胞白血病、孤立性形質細胞腫および髄外性形質細胞腫であるがこれらに限定されない多発性骨髄腫；ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症；意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症；良性単クローン性ガンマグロブリン血症；重鎖病；例えば、骨肉腫、骨髄腫骨疾患、多発性骨髄腫、真珠腫誘導性骨肉腫、骨ページェット病、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性巨細胞腫瘍、骨の線維肉腫、脊索腫、骨膜肉腫、軟組織肉腫、血管肉腫（ａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ）（血管肉腫（ｈｅｍａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ））、線維肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、神経鞘腫、横紋筋肉腫および滑膜肉腫であるがこれらに限定されない骨がんおよび結合組織肉腫；例えば、神経膠腫、星細胞腫、脳幹神経膠腫、上衣腫、乏突起神経膠腫、非グリア腫瘍、聴神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、髄芽腫、髄膜腫、松果体細胞腫、松果体芽腫および原発性脳リンパ腫であるがこれらに限定されない脳腫瘍；腺癌、小葉（小細胞）癌、乳管内癌、髄様乳房がん、粘液性乳房がん、管状乳房がん、乳頭状乳房がん、ページェット病（若年性ページェット病を含む）および炎症性乳房がんが含まれるがこれらに限定されない乳房がん；例えば、褐色細胞腫および副腎皮質癌であるがこれらに限定されない副腎がん；例えば、乳頭または濾胞性甲状腺がん、髄様甲状腺がんおよび未分化甲状腺がんであるがこれらに限定されない甲状腺がん；例えば、インスリノーマ、ガストリノーマ、グルカゴノーマ、ビポーマ、ソマトスタチン分泌腫瘍、およびカルチノイドまたは島細胞腫瘍であるがこれらに限定されない膵がん；例えば、クッシング病、プロラクチン分泌腫瘍、先端巨大症および尿崩症（ｄｉａｂｅｔｅｓ  ｉｎｓｉｐｉｕｓ）であるがこれらに限定されない下垂体がん；例えば、眼の黒色腫、例えば、虹彩黒色腫、脈絡膜黒色腫および毛様体黒色腫（ｃｉｌｌｉａｒｙ  ｂｏｄｙ  ｍｅｌａｎｏｍａ）、ならびに網膜芽細胞腫であるがこれらに限定されない眼がん；腟がん、例えば、扁平上皮細胞癌、腺癌および黒色腫；外陰部がん、例えば、扁平上皮細胞癌、黒色腫、腺癌、基底細胞癌、肉腫およびページェット病；例えば、扁平上皮細胞癌および腺癌であるがこれらに限定されない子宮頸がん；例えば、子宮内膜癌および子宮肉腫であるがこれらに限定されない子宮がん��例えば、卵巣上皮癌、境界腫瘍、胚細胞腫瘍および間質性腫瘍であるがこれらに限定されない卵巣がん；子宮頸癌；例えば、扁平上皮がん、腺癌、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｉｄ  ｃｙｃｔｉｃ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、粘表皮癌、腺扁平上皮癌、肉腫、黒色腫、形質細胞腫、疣状癌および燕麦細胞（小細胞）癌であるがこれらに限定されない食道がん；例えば、腺癌、菌状（ｆｕｎｇａｔｉｎｇ）（ポリープ状）、潰瘍形成性、表在拡大型、びまん性拡大型（ｄｉｆｆｕｓｅｌｙ  ｓｐｒｅａｄｉｎｇ）、悪性リンパ腫、脂肪肉腫、線維肉腫および癌肉腫であるがこれらに限定されない胃がん；結腸がん；結腸直腸がん、ＫＲＡＳ突然変異した結腸直腸がん；結腸癌；直腸がん；例えば、肝細胞癌および肝芽腫であるがこれらに限定されない肝臓がん、胆嚢がん、例えば、腺癌；例えば、乳頭（ｐａｐｐｉｌｌａｒｙ）、結節性およびびまん性であるがこれらに限定されない胆管細胞癌；肺がん、例えば、ＫＲＡＳ突然変異した非小細胞肺がん、非小細胞肺がん、扁平上皮細胞癌（類表皮癌）、腺癌、大細胞癌および小細胞肺がん；肺癌；例えば、胚腫瘍、精上皮腫、未分化、古典的（典型的）、精母細胞性（ｓｐｅｒｍａｔｏｃｙｔｉｃ）、非精巣上皮腫、胎児性癌、奇形腫癌、絨毛癌（卵黄嚢腫瘍）であるがこれらに限定されない精巣がん、例えば、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、腺癌、平滑筋肉腫および横紋筋肉腫であるがこれらに限定されない前立腺がん；陰茎（ｐｅｎａｌ）がん；例えば、扁平上皮細胞癌であるがこれに限定されない口腔がん；基底がん；例えば、腺癌、粘表皮癌および腺様嚢胞癌であるがこれらに限定されない唾液腺がん；例えば、扁平上皮細胞がんおよび疣状であるがこれらに限定されない咽頭がん；例えば、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌および黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、悪性黒子由来黒色腫、末端黒子型黒色腫であるがこれらに限定されない皮膚がん；例えば、腎細胞がん、腺癌、グラヴィッツ腫瘍、線維肉腫、移行上皮細胞がん（腎盂および／または子宮）であるがこれらに限定されない腎臓がん；腎癌；ウィルムス腫瘍；例えば、移行上皮細胞癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫であるがこれらに限定されない膀胱がん。さらに、がんには、粘液肉腫、骨原性肉腫、内皮肉腫（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、リンパ管内皮肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、中皮腫、滑膜腫、血管芽細胞腫、上皮癌、嚢胞腺癌、気管支原性癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌および乳頭腺癌が含まれる。
【０３８９】
がんには、Ｂ細胞がん、例えば、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、重鎖病、例えば、アルファ鎖病、ガンマ鎖病およびミュー鎖病など、良性単クローン性ガンマグロブリン血症、および免疫球性アミロイドーシス（ｉｍｍｕｎｏｃｙｔｉｃ  ａｍｙｌｏｉｄｏｓｉｓ）、黒色腫、乳房がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん（例えば、転移性、ホルモン不応性前立腺がん）、膵がん、胃がん、卵巣がん、膀胱がん、脳または中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮または子宮内膜がん、口腔または咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸または虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液学的組織のがんなどが含まれるがこれらに限定されない。本開示によって包含される方法に適用可能ながんの型の他の非限定的な例には、ヒトの肉腫および癌腫、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、結腸直腸がん、膵がん、乳房がん、卵巣がん、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、ヘパトーマ、胆管癌、肝臓がん、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、骨がん、脳腫瘍、精巣がん、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ球性白血病および急性骨髄球性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性および赤白血病）；慢性白血病（慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ球性白血病）；ならびに真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病および非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症および重鎖病が含まれる。一部の実施形態では、その表現型が本開示の方法によって決定されるがんは、例えば、膀胱がん、乳房がん、子宮頸がん、結腸がん、婦人科がん、腎がん、喉頭がん、肺がん、口腔がん、頭頸部がん、卵巣がん、膵がん、前立腺がんまたは皮膚がんであるがこれらに限定されない上皮がんである。他の実施形態では、がんは、乳房がん、前立腺がん、肺がんまたは結腸がんである。なお他の実施形態では、上皮がんは、非小細胞肺がん、非乳頭腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌（例えば、漿液性卵巣癌）または乳房癌である。漿液性、類内膜、粘液性、明細胞、ブレンナーまたは未分化型が含まれるがこれらに限定されない上皮がんは、種々の他の方法で特徴付けられ得る。一部の実施形態では、本開示は、リンパ腫、またはマントル細胞リンパ腫が含まれるがこれに限定されないそのサブタイプの処置、診断および／または予後判定において使用される。リンパ増殖性障害も増殖性疾患とみなされる。
【０３９０】
一部の実施形態では、本明細書に記載される薬剤と少なくとも１つのさらなる治療剤との組合せは、相加的結果または相乗的結果を生じる。一部の実施形態では、併用療法は、薬剤の治療指数における増加を生じる。一部の実施形態では、併用療法は、さらなる治療剤（複数可）の治療指数における増加を生じる。一部の実施形態では、併用療法は、薬剤の毒性および／または副作用における減少を生じる。一部の実施形態では、併用療法は、さらなる治療剤（複数可）の毒性および／または副作用における減少を生じる。
【０３９１】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップに加えて、方法または処置は、少なくとも１つのさらなる治療剤を投与するステップをさらに含む。さらなる治療剤は、薬剤の投与の前に、それと同時発生的に、および／またはそれに引き続いて、投与され得る。一部の実施形態では、少なくとも１つのさらなる治療剤は、１、２、３つまたはそれよりも多くのさらなる治療剤を含む。
【０３９２】
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬と組み合わせて投与され得る治療剤には、化学療法剤が含まれる。従って、一部の実施形態では、この方法または処置は、化学療法剤と組み合わせた、または化学療法剤のカクテルと組み合わせた、本明細書に記載される薬剤の投与を含む。薬剤による処置は、化学療法の投与の前に、それと同時発生的に、またはそれに引き続いて、行われ得る。併用投与には、単一の医薬製剤でのもしくは別々の製剤を使用した共投与、またはいずれかの順序であるが、一般には、全ての活性薬剤がそれらの生物活性を同時に発揮できるような期間内での連続的投与が含まれ得る。かかる化学療法剤のための調製物および投薬スケジュールは、製造業者の使用説明書に従って使用され得る、または当業者によって経験的に決定され得る。かかる化学療法のための調製物および投薬スケジュールは、Ｔｈｅ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  Ｓｏｕｒｃｅ  Ｂｏｏｋ，  ４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  ２００８，  Ｍ．  Ｃ．  Ｐｅｒｒｙ，  Ｅｄｉｔｏｒ，  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  ＰＡにも記載されている。
【０３９３】
有用なクラスの化学療法剤には、例えば、抗チューブリン剤、アウリスタチン、ＤＮＡ副溝結合因子、ＤＮＡ複製阻害剤、アルキル化剤（例えば、白金錯体、例えば、シスプラチン、モノ（白金）、ビス（白金）および三核白金錯体ならびにカルボプラチン）、アントラサイクリン、抗生物質、葉酸代謝拮抗薬、代謝拮抗薬、化学療法増感剤、デュオカルマイシン、エトポシド、フッ素化ピリミジン、イオノフォア、レキシトロプシン（ｌｅｘｉｔｒｏｐｓｉｎ）、ニトロソウレア、プラチノール（ｐｌａｔｉｎｏｌ）、プリン代謝拮抗薬、ピューロマイシン、放射線増感剤、ステロイド、タキサン、トポイソメラーゼ阻害剤、ビンカアルカロイドなどが含まれる。ある特定の実施形態では、第２の治療剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、有糸分裂阻害薬、トポイソメラーゼ阻害剤または血管新生阻害剤である。
【０３９４】
本開示において有用な化学療法剤には、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド（ｃｙｃｌｏｓｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）（ＣＹＴＯＸＡＮ）；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン（ｐｉｐｏｓｕｌｆａｎ）；アジリジン、例えば、ベンゾドパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）およびウレドパ（ｕｒｅｄｏｐａ）；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド（ｔｒｉｅｔｙｌｅｎｅｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）、トリエチレンチオホスホラミド（ｔｒｉｅｔｈｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈａｏｒａｍｉｄｅ）およびトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｍｅ）を含むエチレンイミンおよびメチルメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン（ｃｈｌｏｒｎａｐｈａｚｉｎｅ）、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン（ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ）、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン（ｃｈｌｏｒｏｚｏｔｏｃｉｎ）、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質、例えば、アクラシノマイシン（ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎ）、アクチノマイシン、アントラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン（ｃａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎ）、カリケアマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カミノマイシン（ｃａｍｉｎｏｍｙｃｉｎ）、カルジノフィリン（ｃａｒｚｉｎｏｐｈｉｌｉｎ）、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン（ｄｅｔｏｒｕｂｉｃｉｎ）、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン（ｅｓｏｒｕｂｉｃｉｎ）、イダルビシン、マルセロマイシン（ｍａｒｃｅｌｌｏｍｙｃｉｎ）、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、ケラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗薬、例えば、メソトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン（ｄｅｎｏｐｔｅｒｉｎ）、メソトレキセート、プテロプテリン（ｐｔｅｒｏｐｔｅｒｉｎ）、トリメトレキセート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン（ｔｈｉａｍｉｐｒｉｎｅ）、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン（ａｚａｃｉｔｉｄｉｎｅ）、６−アザウリジン、カルモフール、シトシンアラビノシド、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５−ＦＵ；アンドロゲン、例えば、カルステロン（ｃａｌｕｓｔｅｒｏｎｅ）、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎薬、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充薬、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミド（ａｌｄｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）グリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル（ｂｅｓｔｒａｂｕｃｉｌ）；ビサントレン（ｂｉｓａｎｔｒｅｎｅ）；エダトレキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルチン；ジアジコン（ｄｉａｚｉｑｕｏｎｅ）；エルフォルミチン（ｅｌｆｏｒｍｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム（ｅｌｌｉｐｔｉｎｉｕｍ  ａｃｅｔａｔｅ）；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ；ラゾキサン；シゾフィラン（ｓｉｚｏｆｕｒａｎ）；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（Ａｒａ−Ｃ）；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；白金アナログ、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；ＣＰＴ１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；エスペラミシン；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ）；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が含まれるがこれらに限定されない。化学療法剤には、腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば、例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害性４（５）−イミダゾール、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン（ｔｒｉｏｘｉｆｅｎｅ）、ケオキシフェン（ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ）、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン（ｏｎａｐｒｉｓｔｏｎｅ）およびトレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ）を含む抗エストロゲン；ならびに抗アンドロゲン、例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリドおよびゴセレリン；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体もまた含まれる。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、シスプラチンである。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、カルボプラチンである。
【０３９５】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、トポイソメラーゼ阻害剤である。トポイソメラーゼ阻害剤は、トポイソメラーゼ酵素（例えば、トポイソメラーゼＩまたはＩＩ）の作用を妨害する化学療法薬剤である。トポイソメラーゼ阻害剤には、ドキソルビシンＨＣｌ、クエン酸ダウノルビシン、ミトキサントロンＨＣｌ、アクチノマイシンＤ、エトポシド、トポテカンＨＣｌ、テニポシド（ＶＭ−２６）およびイリノテカン、ならびにこれらのいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が含まれるがこれに限定されない。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、イリノテカンである。
【０３９６】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、代謝拮抗薬である。代謝拮抗薬は、正常な生化学的反応に必要な代謝物と類似の構造を有するが、細胞の１つまたは複数の正常機能、例えば、細胞分裂を妨害するのに十分になおも異なる化学物質である。代謝拮抗薬には、ゲムシタビン、フルオロウラシル、カペシタビン、メソトレキセートナトリウム、ラルチトレキセド（ｒａｌｉｔｒｅｘｅｄ）、ペメトレキセド、テガフール、シトシンアラビノシド、チオグアニン、５−アザシチジン、６メルカプトプリン、アザチオプリン、６−チオグアニン、ペントスタチン、フルダラビンリン酸エステルおよびクラドリビン、ならびにこれらのいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が含まれるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、ゲムシタビンである。
【０３９７】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、チューブリンに結合する薬剤が含まれるがこれに限定されない有糸分裂阻害剤である。一部の実施形態では、薬剤は、タキサンである。ある特定の実施形態では、薬剤は、パクリタキセルもしくはドセタキセル、またはパクリタキセルもしくはドセタキセルの薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体である。ある特定の実施形態では、薬剤は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）、ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）、アルブミン結合パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ）、ＤＨＡ−パクリタキセルまたはＰＧ−パクリタキセルである。ある特定の代替的実施形態では、有糸分裂阻害剤は、ビンカアルカロイド、例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビンもしくはビンデシン、またはそれらの薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体を含む。一部の実施形態では、有糸分裂阻害剤は、キネシンＥｇ５の阻害剤、または分裂期キナーゼ、例えば、Ａｕｒｏｒａ  ＡもしくはＰｌｋ１の阻害剤である。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、パクリタキセルである。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、アルブミン結合パクリタキセルである。
【０３９８】
一部の実施形態では、さらなる治療剤は、小分子などの薬剤を含む。例えば、処置は、本開示の薬剤と、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２）および／またはＶＥＧＦが含まれるがこれらに限定されない腫瘍関連抗原に対する阻害剤として作用する小分子との併用投与を含み得る。一部の実施形態では、本開示の薬剤は、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ）、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ）、ラパチニブ（ｌａｐａｔａｎｉｂ）、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ）、ＡＥＥ７８８、ＣＩ−１０３３、セジラニブ（ＲＥＣＥＮＴＩＮ）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ）およびパゾパニブ（ＧＷ７８６０３４Ｂ）からなる群から選択されるタンパク質キナーゼ阻害剤と組み合わせて投与される。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、ｍＴＯＲ阻害剤を含む。別の実施形態では、さらなる治療剤は、Ｔｒｅｇ細胞の数を低減させる化学療法または他の阻害剤である。ある特定の実施形態では、治療剤は、シクロホスファミドまたは抗ＣＴＬＡ４抗体である。別の実施形態では、さらなる治療薬は、骨髄由来サプレッサー細胞の存在を低減させる。さらなる実施形態では、さらなる治療薬は、カルボタキソール（ｃａｒｂｏｔａｘｏｌ）である。別の実施形態では、さらなる治療剤は、細胞を、Ｔヘルパー１応答にシフトさせる。さらなる実施形態では、さらなる治療剤は、イブルチニブである。
【０３９９】
一部の実施形態では、さらなる治療剤は、抗体などの生物分子を含む。例えば、処置は、本開示の薬剤と、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２および／またはＶＥＧＦに結合する抗体が含まれるがこれらに限定されない腫瘍関連抗原に対する抗体との併用投与を含み得る。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、がん幹細胞マーカーに対して特異的な抗体である。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、血管新生阻害剤である抗体（例えば、抗ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体抗体）である。ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ）、ラムシルマブ、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ）、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ）、ニモツズマブ、ザルツムマブまたはセツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ）である。
【０４００】
本明細書で提供される薬剤および組成物は、単独で、または従来の治療レジメン、例えば、手術、照射、化学療法および／もしくは骨髄移植（自家、同系、同種異系または無関係）と組み合わせて、使用され得る。腫瘍抗原のセットは、例えば、大きい割合のがん患者において有用であり得る。
【０４０１】
一部の実施形態では、少なくとも１つまたは複数の化学療法剤が、免疫原性ワクチンを含む組成物に加えて投与され得る。一部の実施形態では、１つまたは複数の化学療法剤は、異なるクラスの化学療法剤に属し得る。
【０４０２】
化学療法薬剤の例には、アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、クロラムブシル、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標））、イホスファミドおよびメルファラン）；ニトロソウレア（例えば、Ｎ−ニトロソ−Ｎ−メチルウレア、ストレプトゾシン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチンおよびセムスチン）；スルホン酸アルキル（例えば、ブスルファン）；テトラジン（例えば、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、ミトゾロミド（ｍｉｔｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）およびテモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標）））；アジリジン（例えば、チオテパ、マイトマイシン（ｍｙｔｏｍｙｃｉｎ）およびジアジコン）；ならびに白金薬物（例えば、シスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチン）；非古典的アルキル化剤、例えば、プロカルバジンおよびアルトレタミン（ヘキサメチルメラミン）；代謝拮抗剤、例えば、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、６−メルカプトプリン（６−ＭＰ）、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、クラドリビン、クロファラビン、シタラビン（Ａｒａ−Ｃ（登録商標））、デシタビン、フロクスウリジン、フルダラビン、ネララビン、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））、ヒドロキシウレア、メソトレキセート、ペメトレキセド（Ａｌｉｍｔａ（登録商標））、ペントスタチン、チオグアニン、Ｖｉｄａｚａ；抗微小管剤、例えば、ビンカアルカロイド（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシンおよびビンフルニン）；タキサン（例えば、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標）））；ポドフィロトキシン（例えば、エトポシドおよびテニポシド）；エポチロン（例えば、イクサベピロン（Ｉｘｅｍｐｒａ（登録商標）））；エストラムスチン（Ｅｍｃｙｔ（登録商標））；抗腫瘍抗生物質、例えば、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標））、エピルビシン、イダルビシン）；アクチノマイシン−Ｄ；ならびにブレオマイシン；トポイソメラーゼＩ阻害剤、例えば、トポテカンおよびイリノテカン（ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えば、エトポシド（ＶＰ−１６）、テニポシド、ミトキサントロン、ノボビオシン、メルバロンおよびアクラルビシン；コルチコステロイド、例えば、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン（Ｓｏｌｕｍｅｄｒｏｌ（登録商標））およびデキサメタゾン（Ｄｅｃａｄｒｏｎ（登録商標））；Ｌ−アスパラギナーゼ；ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））；免疫療法剤、例えば、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、サリドマイド、レナリドミド（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標））、ＢＣＧ、インターロイキン−２、インターフェロン−アルファおよびがんワクチン、例えば、Ｐｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標）；ホルモン治療剤、例えば、フルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、タモキシフェン、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、酢酸メゲストロール（Ｍｅｇａｃｅ（登録商標））、エストロゲン、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、ニルタミド（Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））、リュープロリド（Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標））およびゴセレリン（Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））；分化剤、例えば、レチノイド、トレチノイン（ＡＴＲＡまたはＡｔｒａｌｉｎ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））および三酸化ヒ素（Ａｒｓｅｎｏｘ（登録商標））；ならびに標的化治療剤、例えば、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））およびスニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））が含まれるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、化学療法は、カクテル治療である。カクテル治療の例には、ＣＨＯＰ／Ｒ−ＣＨＯＰ（リツキサン、シクロホスファミド、ヒドロキシドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン）、ＥＰＯＣＨ（エトポシド、プレドニゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、ヒドロキシドキソルビシン）、Ｈｙｐｅｒ−ＣＶＡＤ（シクロホスファミド、ビンクリスチン、ヒドロキシドキソルビシン、デキサメタゾン）、ＦＯＬＦＯＸ（フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、オキサリプラチン）、ＩＣＥ（イホスファミド、カルボプラチン、エトポシド）、ＤＨＡＰ（高用量シタラビン［ａｒａ−Ｃ］、デキサメタゾン、シスプラチン）、ＥＳＨＡＰ（エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン［ａｒａ−Ｃ］、シスプラチン）およびＣＭＦ（シクロホスファミド、メソトレキセート、フルオロウラシル（ｆｌｕｏｕｒａｃｉｌ））が含まれるがこれらに限定されない。
【０４０３】
ある特定の実施形態では、さらなる治療剤は、第２の免疫療法剤を含む。一部の実施形態では、さらなる免疫療法剤には、コロニー刺激因子、インターロイキン、免疫抑制機能を遮断する抗体（例えば、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ３抗体、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体）、免疫細胞機能を増強する抗体（例えば、抗ＧＩＴＲ抗体、抗ＯＸ−４０抗体、抗ＣＤ４０抗体または抗４−１ＢＢ抗体）、ｔｏｌｌ様受容体（例えば、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ９）、可溶性リガンド（例えば、ＧＩＴＲＬ、ＧＩＴＲＬ−Ｆｃ、ＯＸ−４０Ｌ、ＯＸ−４０Ｌ−Ｆｃ、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４０Ｌ−Ｆｃ、４−１ＢＢリガンドまたは４−１ＢＢリガンド−Ｆｃ）、またはＢ７ファミリーのメンバー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６）が含まれるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、さらなる免疫療法剤は、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＯＸ−４０、ＣＤ−４０または４−１ＢＢを標的化する。
【０４０４】
一部の実施形態では、さらなる治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＣＤ２８抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体、抗ＬＡＧ３抗体、抗ＴＩＭ３抗体、抗ＧＩＴＲ抗体、抗４−１ＢＢ抗体または抗ＯＸ−４０抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、抗ＴＩＧＩＴ抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ）、ペムブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ピディリズマブ（ｐｉｄｉｌｚｕｍａｂ）、ＭＥＤＩ０６８０、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−Ａ３１７およびＰＤＲ００１からなる群から選択される抗ＰＤ−１抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、ＢＭＳ９３５５５９（ＭＤＸ−１１０５）、アテゾリズマブ（ａｔｅｘｏｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）およびアベルマブ（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）からなる群から選択される抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ）およびトレメリムマブからなる群から選択される抗ＣＴＬＡ−４抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、ＢＭＳ−９８６０１６およびＬＡＧ５２５からなる群から選択される抗ＬＡＧ−３抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ０５６２およびＭＯＸＲ０９１６からなる群から選択される抗ＯＸ−４０抗体である。一部の実施形態では、さらなる治療剤は、ＰＦ−０５０８２５６６からなる群から選択される抗４−１ＢＢ抗体である。
【０４０５】
一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、アドレノメデュリン（ＡＭ）、アンジオポエチン（Ａｎｇ）、ＢＭＰ、ＢＤＮＦ、ＥＧＦ、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＧＦ、ＧＤＮＦ、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、ＦＬＴ−３Ｌ、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、幹細胞因子（ＳＣＦ）、ＧＤＦ９、ＨＧＦ、ＨＤＧＦ、ＩＧＦ、遊走刺激因子、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、ＮＧＦ、ニューロトロフィン、ＰＤＧＦ、トロンボポエチン、ＴＧＦ−α、ＴＧＦ−β、ＴＮＦ−α、ＶＥＧＦ、ＰｌＧＦ、ガンマ−ＩＦＮ、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５およびＩＬ−１８からなる群から選択される生物分子と組み合わせて投与され得る。
【０４０６】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬による処置には、腫瘍の外科的除去、がん細胞の除去、または処置する医師が必要と考える任意の他の外科的治療が伴い得る。
【０４０７】
ある特定の実施形態では、処置は、放射線治療と組み合わせた本明細書に記載されるネオ抗原治療薬の投与を含む。薬剤による処置は、放射線治療の投与の前に、それと同時発生的に、またはそれに引き続いて、行われ得る。かかる放射線治療のための投薬スケジュールは、熟練の医師によって決定され得る。
【０４０８】
併用投与には、単一の医薬製剤でのもしくは別々の製剤を使用した共投与、またはいずれかの順序であるが、一般には、全ての活性薬剤がそれらの生物活性を同時に発揮できるような期間内での連続的投与が含まれ得る。
【０４０９】
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬と少なくとも１つのさらなる治療剤との組合せは、任意の順序で、または同時発生的に投与され得ることが理解される。一部の実施形態では、薬剤は、第２の治療剤による処置を以前に受けた患者に投与される。ある特定の他の実施形態では、ネオ抗原治療薬および第２の治療剤は、実質的に同時にまたは同時発生的に投与される。例えば、対象には、第２の治療剤（例えば、化学療法）による処置の過程を受けつつ、薬剤が与えられ得る。ある特定の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、第２の治療剤による処置の１年以内に投与される。２つ（またはそれよりも多くの）薬剤または処置は、およそ数時間以内または数分以内に（即ち、実質的に同時に）対象に投与され得ることがさらに理解される。
【０４１０】
疾患の処置のために、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬の適切な投薬量は、処置される疾患の型、疾患の重症度および過程、疾患の応答性、薬剤が治療目的で投与されるか予防目的で投与されるか、以前の治療、患者の臨床歴などに依存し、これらは全て、処置する医師の自由裁量である。ネオ抗原治療薬は、一度に、または数日間から数ヶ月間持続する一連の処置にわたって、または治癒がもたらされるまで、もしくは疾患状態の減少（例えば、腫瘍サイズにおける低減）が達成されるまで、投与され得る。最適な投薬スケジュールは、患者の身体における薬物蓄積の測定値から計算され得、個々の薬剤の相対的なポテンシーに依存して変動する。投与する医師は、最適な投薬量、投薬方法論および繰り返し率を決定することができる。
【０４１１】
一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、初期のより高い「負荷」用量で、その後、１つまたは複数のより低い用量で投与され得る。一部の実施形態では、投与の頻度もまた変化し得る。一部の実施形態では、投薬レジメンは、初期用量と、その後の、１週間に１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回または１ヶ月毎に１回のさらなる用量（または「維持」用量）とを投与することを含み得る。例えば、投薬レジメンは、初期負荷用量と、その後の、例えば、初期用量の２分の１の毎週の維持用量とを投与することを含み得る。または、投薬レジメンは、初期負荷用量と、その後の、例えば、隔週の、初期用量の２分の１の維持用量とを投与することを含み得る。または、投薬レジメンは、３週間にわたる３回の初期用量と、その後の、例えば、隔週の、同じ量の維持用量とを投与することを含み得る。
【０４１２】
当業者に公知のように、任意の治療剤の投与は、副作用および／または毒性をもたらし得る。一部の場合には、副作用および／または毒性は、治療有効用量での特定の薬剤の投与を除外するほどに重症である。一部の場合には、治療を中断すべきであり、他の薬剤が試みられ得る。しかし、同じ治療薬クラス中の多くの薬剤は、類似の副作用および／または毒性を示し、これは、患者が、治療を停止しなければならない、または可能な場合、治療剤と関連する不快な副作用に悩まざるを得ないかのいずれかであることを意味する。
【０４１３】
一部の実施形態では、投薬スケジュールは、特定の数の投与または「サイクル」に限定され得る。一部の実施形態では、薬剤は、３、４、５、６、７、８またはそれよりも多くのサイクルにわたって投与される。例えば、薬剤は、６サイクルにわたって２週間毎に投与され、薬剤は、６サイクルにわたって３週間毎に投与され、薬剤は、４サイクルにわたって２週間毎に投与され、薬剤は、４サイクルにわたって３週間毎に投与される、など。投薬スケジュールは、当業者によって決定され得、引き続いて改変され得る。
【０４１４】
本開示は、対象に、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与する方法であって、薬剤、化学療法剤などの投与と関連する副作用および／または毒性を低減させ得る１つまたは複数の薬剤を投与するために間欠的な投薬戦略を使用することを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、ヒト対象におけるがんを処置するための方法は、対象に、治療有効用量の化学療法剤と組み合わせて、治療有効用量のネオ抗原治療薬を投与するステップを含み、これらの薬剤の一方または両方は、間欠的な投薬戦略に従って投与される。一部の実施形態では、ヒト対象におけるがんを処置するための方法は、対象に、治療有効用量の第２の免疫療法剤と組み合わせて、治療有効用量のネオ抗原治療薬を投与するステップを含み、これらの薬剤の一方または両方は、間欠的な投薬戦略に従って投与される。一部の実施形態では、間欠的な投薬戦略は、対象に、初期用量のネオ抗原治療薬を投与するステップ、および２週間毎に約１回の引き続く用量の薬剤を投与するステップを含む。一部の実施形態では、間欠的な投薬戦略は、対象に、初期用量のネオ抗原治療薬を投与するステップ、および３週間毎に約１回の引き続く用量の薬剤を投与するステップを含む。一部の実施形態では、間欠的な投薬戦略は、対象に、初期用量のネオ抗原治療薬を投与するステップ、および４週間毎に約１回の引き続く用量の薬剤を投与するステップを含む。一部の実施形態では、薬剤は、間欠的な投薬戦略を使用して投与され、さらなる治療剤は、毎週投与される。
【０４１５】
本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を含む組成物を提供する。本開示は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬および薬学的に許容されるビヒクルを含む医薬組成物もまた提供する。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫療法において用途を見出す。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍成長を阻害することにおいて用途を見出す。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象（例えば、ヒト患者）において腫瘍成長を阻害することにおいて用途を見出す。一部の実施形態では、組成物は、がんを処置することにおいて用途を見出す。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象（例えば、ヒト患者）においてがんを処置することにおいて用途を見出す。
【０４１６】
製剤は、本開示のネオ抗原治療薬を、薬学的に許容されるビヒクル（例えば、担体または賦形剤）と組み合わせることによって、貯蔵および使用のために調製される。当業者は、一般に、薬学的に許容される担体、賦形剤および／または安定剤を、製剤または医薬組成物の不活性成分とみなす。例示的な製剤は、ＷＯ２０１５／０９５８１１に列挙されている。
【０４１７】
適切な薬学的に許容されるビヒクルには、非毒性緩衝液、例えば、リン酸、クエン酸および他の有機酸；塩、例えば、塩化ナトリウム；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤、例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール、アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３−ペンタノールおよびｍ−クレゾール；低分子量ポリペプチド（例えば、約１０アミノ酸残基未満）；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリシン；炭水化物、例えば、単糖、二糖、グルコース、マンノースまたはデキストリン；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール；塩形成性対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体、例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体；ならびに非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（登録商標）またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれるがこれらに限定されない（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，  ２２ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  ２０１２，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｌｏｎｄｏｎ．）。一部の実施形態では、ビヒクルは、水中５％のデキストロースである。
【０４１８】
本明細書に記載される医薬組成物は、局所または全身性のいずれかの処置のためにいくつもの方法で投与され得る。投与は、表皮もしくは経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、滴下剤、坐剤、スプレー、液体および粉末による外用；ネブライザー、気管内および鼻腔内によるものを含む、粉末もしくはエアロゾルの吸入もしくはガス注入による肺；経口；または静脈内、動脈内、腫瘍内、皮下、腹腔内、筋肉内（例えば、注射または注入）もしくは頭蓋内（例えば、くも膜下腔内または脳室内）を含む非経口、であり得る。
【０４１９】
治療製剤は、単位投薬形態であり得る。かかる製剤には、錠剤、丸剤、カプセル、粉末、顆粒、水もしくは非水性媒体中の溶液もしくは懸濁物、または坐剤が含まれる。
【０４２０】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドはまた、マイクロカプセル中に捕捉され得る。Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，  ２２ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  ２０１２，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｌｏｎｄｏｎに記載されるように、かかるマイクロカプセル、例えば、それぞれ、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル）中またはマクロエマルジョン中の、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ−（メチルメタクリレート（ｍｅｔｈｙｌｍｅｔｈａｃｙｌａｔｅ））マイクロカプセルは、例えば、コアセルベーション技術によって、または界面重合によって、調製される。
【０４２１】
ある特定の実施形態では、医薬製剤は、リポソームと複合体化した本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を含む。リポソームを産生するための方法は、当業者に公知である。例えば、一部のリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発によって生成され得る。リポソームは、所望の直径を有するリポソームを得るために、規定された孔サイズのフィルターを介して押し出され得る。
【０４２２】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを含む徐放性調製物が産生され得る。徐放性調製物の適切な例には、薬剤を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、このマトリックスは、成形品（例えば、フィルムまたはマイクロカプセル）の形態である。徐放性マトリックスの例には、ポリエステル、ヒドロゲル、例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール）、ポリラクチド、Ｌ−グルタミン酸と７エチル−Ｌ−グルタメートとのコポリマー、非分解性エチレン酢酸ビニル、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、例えば、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマーおよび酢酸リュープロリドから構成された注射可能なミクロスフェア）、イソ酪酸酢酸スクロースおよびポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が含まれる。
【０４２３】
本開示は、免疫原性ワクチンを含む処置の方法を提供する。疾患（例えば、がんまたはウイルス感染）に対する処置の方法が提供される。方法は、対象に、免疫原性抗原を含む組成物の有効量を投与するステップを含み得る。一部の実施形態では、抗原は、ウイルス抗原を含む。一部の実施形態では、抗原は、腫瘍抗原を含む。
【０４２４】
調製され得るワクチンの非限定的な例には、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、抗体ベースのワクチン、Ｔ細胞ベースのワクチンおよび抗原提示細胞ベースのワクチンが含まれる。
【０４２５】
ワクチン組成物は、薬学的に使用され得る調製物への活性薬剤の加工を促進する賦形剤および補助剤を含む１つまたは複数の生理的に許容される担体を使用して製剤化され得る。適切な製剤は、選択される投与経路に依存し得る。周知の技術、担体および賦形剤のいずれかが、当該分野で適切であり理解されるように使用され得る。
【０４２６】
一部の場合には、ワクチン組成物は、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、抗体ベースのワクチンまたは細胞ベースのワクチンとして製剤化される。例えば、ワクチン組成物には、カチオン性脂質製剤中のネイキッドｃＤＮＡ；例えば、ポリ（ＤＬ−ラクチド−コ−グリコリド）（「ＰＬＧ」）ミクロスフェア中に封入された、リポペプチド（例えば、Ｖｉｔｉｅｌｌｏ，  Ａ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．  ９５：３４１，  １９９５）、ネイキッドｃＤＮＡまたはペプチド（例えば、Ｅｌｄｒｉｄｇｅ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２８：２８７−２９４，  １９９１：Ａｌｏｎｓｏ  ｅｔ  ａｌ，  Ｖａｃｃｉｎｅ  １２：２９９−３０６，  １９９４；Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ，  Ｖａｃｃｉｎｅ  １３：６７５−６８１，  １９９５を参照のこと）；免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）中に含まれるペプチド組成物（例えば、Ｔａｋａｈａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ，  Ｎａｔｕｒｅ  ３４４：８７３−８７５，  １９９０；Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ，  Ｃｌｉｎ．  Ｅｘｐ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １１３：２３５−２４３，  １９９８）；または多抗原ペプチドシステム（ＭＡＰ）（例えば、Ｔａｍ，  Ｊ．  Ｐ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８５：５４０９−５４１３，  １９８８；Ｔａｒｎ，  Ｊ．Ｐ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  １９６：１７−３２，  １９９６を参照のこと）が含まれ得る。時々、ワクチンは、ペプチドベースのワクチン、または核酸がポリペプチドをコードする核酸ベースのワクチンとして製剤化される。時々、ワクチンは、抗体ベースのワクチンとして製剤化される。時々、ワクチンは、細胞ベースのワクチンとして製剤化される。
【０４２７】
同定された疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドのアミノ酸配列は、薬学的に許容される組成物を開発するために使用され得る。抗原の供給源は、糖タンパク質、ペプチドおよびスーパー抗原を含む天然のまたは合成のタンパク質；抗体／抗原複合体；リポタンパク質；ＲＮＡまたはその翻訳産物；ならびにＤＮＡまたはＤＮＡによってコードされるポリペプチドであり得るが、これらに限定されない。抗原の供給源は、形質転換されていない、形質転換された、トランスフェクトされたまたは形質導入された細胞または細胞系もまた含み得る。細胞は、組換え抗原を発現するために使用され得る、当業者に公知の種々の発現ベクターまたはレトロウイルスベクターのいずれかを使用して、形質転換、トランスフェクトまたは形質導入され得る。発現は、組換え抗原（複数可）をコードするＤＮＡ分子を含む発現ベクターまたはレトロウイルスベクターで形質転換、トランスフェクトまたは形質導入された任意の適切な宿主細胞においても達成され得る。当業者に公知のいくつものトランスフェクション、形質転換および形質導入プロトコールが使用され得る。組換えワクシニアベクターおよびワクシニアベクターに感染した細胞が、抗原の供給源として使用され得る。
【０４２８】
組成物は、合成疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを含み得る。組成物は、２つまたはそれよりも多くの疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを含み得る。組成物は、疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体（例えば、タンパク質、ペプチド、ＤＮＡおよびＲＮＡ）を含み得る。疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体は、同定された疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを生成し得る、またはそれに対して生成され得る。一部の実施形態では、治療組成物は、免疫原性ペプチドの前駆体を含む。疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体は、プロドラッグであり得る。一部の実施形態では、疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを含む組成物は、アジュバントをさらに含み得る。例えば、ネオ抗原ペプチドは、ワクチンとして利用され得る。一部の実施形態では、免疫原性ワクチンは、薬学的に許容される免疫原性ネオ抗原ペプチドを含み得る。一部の実施形態では、免疫原性ワクチンは、免疫原性ネオ抗原ペプチドの薬学的に許容される前駆体（例えば、タンパク質、ペプチド、ＤＮＡおよびＲＮＡ）を含み得る。一部の実施形態では、処置の方法は、対象に、免疫原性ネオ抗原ペプチドを特異的に認識する抗体の有効量を投与するステップを含む。一部の実施形態では、処置の方法は、対象に、免疫原性ネオ抗原ペプチドを特異的に認識する可溶性ＴＣＲまたはＴＣＲアナログの有効量を投与するステップを含む。
【０４２９】
本明細書に記載される方法は、同じ個体のための治療薬（例えば、ワクチンまたは治療抗体）を開発するために免疫原性ネオ抗原ペプチドが使用される、個人化薬の状況において特に有用である。従って、対象における疾患を処置する方法は、本明細書に記載される方法に従って、対象における免疫原性ネオ抗原ペプチドを同定するステップ；およびペプチド（またはその前駆体）を合成するステップ；および対象に、ペプチドまたはペプチドを特異的に認識する抗体を投与するステップを含み得る。一部の実施形態では、免疫原性ネオ抗原の発現パターンは、患者特異的ワクチンの生成のための不可欠な基礎として機能し得る。一部の実施形態では、免疫原性ネオ抗原の発現パターンは、特定の疾患を有する患者の群のためのワクチンの生成のための不可欠な基礎として機能し得る。こうして、特定の疾患、例えば、特定の型の腫瘍が、患者群において選択的に処置され得る。
【０４３０】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、大きい患者群中の、自家抗疾患Ｔ細胞によって認識され得る構造的に正常な抗原である。一部の実施形態では、その疾患が構造的に正常なネオ抗原を発現する罹患対象の群の抗原発現パターンが決定される。
【０４３１】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、タンパク質の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、突然変異を含み、第２のネオエピトープは、同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、第１の領域は、第２の領域の少なくとも１つのアミノ酸を含み、第１のペプチドは、第２のペプチドとは異なり、第１のネオエピトープは、第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは、第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異および第２の突然変異は、同じである。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライス部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４３２】
免疫原性ネオ抗原を産生するための種々の方法が存在する。タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技術を介したタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドの発現、天然の供給源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳、またはタンパク質もしくはペプチドの化学的合成を含む、当業者に公知の任意の技術によって作製され得る。一般に、かかる疾患特異的ネオ抗原は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏのいずれかで産生され得る。免疫原性ネオ抗原は、個人化ワクチンまたは免疫原性組成物へと次いで製剤化され得、対象に投与され得るペプチドまたはポリペプチドとして、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで産生され得る。免疫原性ネオ抗原のｉｎ  ｖｉｔｒｏ産生は、ペプチド合成、または種々の細菌、真核生物もしくはウイルス組換え発現系のいずれかにおけるＤＮＡもしくはＲＮＡ分子からのペプチド／ポリペプチドの発現と、その後の、発現されたペプチド／ポリペプチドの精製とを含み得る。あるいは、免疫原性ネオ抗原は、免疫原性ネオ抗原をコードする分子（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡおよびウイルス発現系）を対象中に導入することによってｉｎ  ｖｉｖｏで産生され得、その際に、コードされた免疫原性ネオ抗原が発現される。一部の実施形態では、免疫原性ネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、ネオ抗原ペプチドをｉｎ  ｖｉｔｒｏで産生するために使用され得る。
【０４３３】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、免疫原性ネオ抗原をコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
【０４３４】
ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖および／もしくは二本鎖、ネイティブもしくは安定化された形態のポリヌクレオチド、またはそれらの組合せであり得る。免疫原性ネオ抗原ペプチドをコードする核酸は、それがペプチドをコードする限り、イントロンを含んでも含まなくてもよい。一部の実施形態では、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳が、ペプチドを産生するために使用される。
【０４３５】
ネオ抗原をコードする核酸を含む発現ベクター、ならびに発現ベクターを含む宿主細胞もまた企図される。本開示における使用のために適切な発現ベクターは、核酸配列に操作的に連結された少なくとも１つの発現制御エレメントを含み得る。発現制御エレメントは、核酸配列の発現を制御および調節するために、ベクター中に挿入される。発現制御エレメントの例は、当該分野で周知であり、これには、例えば、ｌａｃシステム、ファージラムダのオペレーターおよびプロモーター領域、酵母プロモーター、ならびにポリオーマ、アデノウイルス、レトロウイルスまたはＳＶ４０に由来するプロモーターが含まれる。さらなる操作的なエレメントには、リーダー配列、終結コドン、ポリアデニル化シグナル、ならびに宿主系における核酸配列の適切な転写および引き続く翻訳にとって必要なまたはそのために好ましい任意の他の配列が含まれるがこれらに限定されない。発現制御エレメントの正確な組合せが、選択される宿主系に依存することが、当業者によって理解される。発現ベクターは、宿主系における核酸配列を含む発現ベクターの移入および引き続く複製にとって必要なさらなるエレメントを含むべきであることがさらに理解される。かかるエレメントの例には、複製起点および選択可能マーカーが含まれるがこれらに限定されない。
【０４３６】
ネオ抗原ペプチドは、所望のネオ抗原ペプチドをコードするＲＮＡまたはｃＤＮＡ分子の形態で提供され得る。本開示の１つまたは複数のネオ抗原ペプチドは、単一の発現ベクターによってコードされ得る。一般に、ＤＮＡは、発現のために適切な配向および正確なリーディングフレームで、プラスミドなどの発現ベクター中に挿入され、必要に応じて、ＤＮＡは、所望の宿主（例えば、細菌）によって認識される適切な転写および翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結され得るが、かかる制御は、一般に、発現ベクターにおいて利用可能である。次いで、ベクターは、標準的な技術を使用するクローニングのために、宿主細菌中に導入される。真核生物宿主、特に、哺乳動物またはヒトのために有用な発現ベクターには、例えば、ＳＶ４０、ウシパピローマウイルス、アデノウイルスおよびサイトメガロウイルス由来の発現制御配列を含むベクターが含まれる。細菌宿主のために有用な発現ベクターには、公知の細菌プラスミド、例えば、ｐＣＲ  １、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９およびそれらの誘導体を含むＥ．ｃｏｌｉ由来のプラスミド、より広い宿主範囲のプラスミド、例えば、Ｍ１３および糸状一本鎖ＤＮＡファージが含まれる。
【０４３７】
実施形態では、目的のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列は、オリゴヌクレオチド合成機を使用する化学的合成によって構築され得る。かかるオリゴヌクレオチドは、所望のポリペプチドのアミノ酸配列に基づき、目的の組換えポリペプチドが産生される宿主細胞において好まれるコドンを選択して設計され得る。標準的な方法が、目的の単離されたポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド配列を合成するために適用され得る。
【０４３８】
ポリペプチドの発現のために適切な宿主細胞には、適切なプロモーターの制御下にある原核生物、酵母、昆虫または高等真核生物細胞が含まれる。原核生物には、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたは桿菌が含まれる。高等真核生物細胞には、哺乳動物起源の樹立された細胞系が含まれる。無細胞翻訳系もまた使用され得る。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞宿主との使用のための適切なクローニングベクターおよび発現ベクターは、当該分野で周知である。種々の哺乳動物または昆虫細胞培養系が、組換えタンパク質を発現するために使用され得る。例示的な哺乳動物宿主細胞系には、ＣＯＳ−７、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、２９３、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞系が含まれるがこれらに限定されない。哺乳動物発現ベクターは、非転写エレメント、例えば、複製起点、発現される遺伝子に連結された適切なプロモーターおよびエンハンサー、ならびに他の５’または３’隣接非転写配列、ならびに５’または３’非翻訳配列、例えば、必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位ならびに転写終結配列を含み得る。
【０４３９】
形質転換された宿主によって産生されるタンパク質は、任意の適切な方法に従って精製され得る。かかる標準的な方法には、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、アフィニティーおよびサイジングカラムクロマトグラフィーなど）、遠心分離、示差的溶解度、またはタンパク質精製のための任意の他の標準的な技術によるものが含まれる。アフィニティータグ、例えば、ヘキサヒスチジン、マルトース結合ドメイン、インフルエンザコート配列、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼなどが、適切なアフィニティーカラムを通過させることによる容易な精製を可能にするために、タンパク質に結合され得る。単離されたタンパク質はまた、タンパク質分解、核磁気共鳴およびＸ線結晶解析などの技術を使用して、物理的に特徴付けられ得る。
【０４４０】
ワクチンは、本明細書に記載されるポリペプチド配列に結合する実体を含み得る。実体は、抗体であり得る。抗体ベースのワクチンは、当該分野で適切であり理解されるように、周知の技術、担体および賦形剤のいずれかを使用して製剤化され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、ネオ抗原特異的治療薬、例えば、抗体治療薬を作製するために使用され得る。例えば、ネオ抗原は、ネオ抗原を特異的に認識する抗体を生じさせるためおよび／または同定するために使用され得る。これらの抗体は、治療薬として使用され得る。抗体は、天然の抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体であり得、または抗体断片であり得る。抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドのうち１つまたは複数を認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドに対して多くて４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する配列を有するポリペプチドを認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドに対して少なくとも４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を有するポリペプチドを認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドの長さの少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％であるポリペプチド配列を認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドの長さの多くて３０％、４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％であるポリペプチド配列を認識し得る。
【０４４１】
本開示は、例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡワクチンの形態でそれを必要とする対象にｉｎ  ｖｉｖｏでネオ抗原ペプチド／ポリペプチドを送達するためのビヒクルとしての、核酸分子の使用もまた企図する。
【０４４２】
一部の実施形態では、ワクチンは、核酸ワクチンである。一部の実施形態では、ネオ抗原は、プラスミドの使用によって対象に投与され得る。プラスミドは、いくつかの異なる方法、例えば、注射、または粘膜表面、例えば、鼻および肺粘膜上でのネイキッドＤＮＡのエアロゾル滴下注入によって、動物組織中に導入され得る。一部の実施形態では、例えば「遺伝子銃」による物理的送達が使用され得る。発現ベクターの正確な選択は、発現されるペプチド／ポリペプチドに依存し得、当業者の技術範囲内に十分に入る。
【０４４３】
一部の実施形態では、核酸は、免疫原性ペプチドまたはペプチド前駆体をコードする。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、免疫原性ペプチドまたはペプチド前駆体をコードする配列に隣接する配列を含む。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、１つよりも多くの免疫原性エピトープを含む。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、ＤＮＡベースのワクチンである。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、ＲＮＡベースのワクチンである。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、ｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、ネイキッドｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、改変ｍＲＮＡ（例えば、プロタミンを使用して分解から保護されたｍＲＮＡ、改変５’ＣＡＰ構造を含むｍＲＮＡ、または改変ヌクレオチドを含むｍＲＮＡ）を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、一本鎖ｍＲＮＡを含む。
【０４４４】
ポリヌクレオチドは、実質的に純粋であり得る、または適切なベクターもしくは送達系中に含まれ得る。適切なベクターおよび送達系には、ウイルス、例えば、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルス、または１つよりも多くのウイルスのエレメントを含むハイブリッドに基づく系が含まれる。非ウイルス送達系には、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマー（例えば、カチオン性リポソーム）が含まれる。
【０４４５】
１つまたは複数のネオ抗原ペプチドは、ウイルスベースの系を使用してコードされ得、ｉｎ  ｖｉｖｏで発現され得る。ウイルスベクターは、本開示において組換えベクターとして使用され得、このとき、ウイルスゲノムの一部分は、ウイルスの感染力を破壊することなしに新たな遺伝子を導入するために欠失される。本開示のウイルスベクターは、非病原性ウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、哺乳動物中の特定の細胞型に対するトロピズムを有する。別の実施形態では、本開示のウイルスベクターは、専門の抗原提示細胞、例えば、樹状細胞およびマクロファージに感染することができる。本開示のさらに別の実施形態では、ウイルスベクターは、哺乳動物中の任意の細胞に感染することができる。ウイルスベクターは、腫瘍細胞にも感染し得る。本開示において使用されるウイルスベクターには、ポックスウイルス、例えば、ワクシニアウイルス、トリポックスウイルス、鶏痘ウイルスおよび高度に弱毒化されたワクシニアウイルス（ＡｎｋａｒａまたはＭＶＡ）、レトロウイルス、アデノウイルス、バキュロウイルスなどが含まれるがこれらに限定されない。
【０４４６】
ワクチンは、種々の経路を介して送達され得る。送達経路には、経口（頬側および舌下を含む）、直腸、経鼻、外用、経皮パッチ、肺、腟、坐剤もしくは非経口（筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、真皮内、腹腔内、皮下および静脈内を含む）投与、またはエアロゾル化、吸入もしくはガス注入による投与のために適切な形態のものが含まれ得る。薬物送達系に関する一般情報は、Ａｎｓｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  （Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，  Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ  Ｍｄ．  （１９９９）において見出すことができる。本明細書に記載されるワクチンは、筋肉に投与され得、あるいは真皮内もしくは皮下注射を介して、または例えばイオン導入によって経皮的に、投与され得る。ワクチンの表皮投与が使用され得る。
【０４４７】
一部の例では、ワクチンは、経鼻経路を介した投与のためにも製剤化され得る。担体が固体である、経鼻投与のために適切な製剤には、嗅がれる様式で、即ち、鼻に近づけて維持した粉末のコンテナからの経鼻経路を介した迅速な吸入によって投与される、例えば、約１０〜約５００ミクロンの範囲の粒子サイズを有する粗い粉末が含まれ得る。製剤は、経鼻スプレー、点鼻薬であり得、またはネブライザーによるエアロゾル投与によるものであり得る。製剤には、ワクチンの水性または油性溶液が含まれ得る。
【０４４８】
ワクチンは、液体調製物、例えば、懸濁物、シロップまたはエリキシル剤であり得る。ワクチンはまた、非経口、皮下、真皮内、筋肉内または静脈内投与（例えば、注射可能な投与）のための調製物、例えば、無菌懸濁物またはエマルジョンであり得る。
【０４４９】
ワクチンは、単回の免疫化のための材料を含み得、または複数回の免疫化のための材料を含み得る（即ち、「多用量」キット）。防腐剤の内包が、多用量配置において好ましい。多用量組成物中に防腐剤を含めることの代替法として（またはそれに加えて）、組成物は、材料の取り出しのための無菌的アダプタを有するコンテナ中に含まれ得る。
【０４５０】
ワクチンは、約０．５ｍＬの投薬体積で投与され得るが、半分の用量（即ち、約０．２５ｍＬ）が小児に投与され得る。時々、ワクチンは、より高い用量、例えば、約１ｍｌで投与され得る。
【０４５１】
ワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれよりも多くの用量過程レジメンとして投与され得る。時々、ワクチンは、１、２、３または４用量過程レジメンとして投与される。時々、ワクチンは、１用量過程レジメンとして投与される。時々、ワクチンは、２用量過程レジメンとして投与される。
【０４５２】
第１の用量および第２の用量の投与は、約０日、１日、２日、５日、７日、１４日、２１日、３０日、２ヶ月、４ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１年、１．５年、２年、３年、４年またはそれよりも長く、分離され得る。
【０４５３】
本明細書に記載されるワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれよりも長い年数毎に投与され得る。時々、本明細書に記載されるワクチンは、２、３、４、５、６、７またはそれよりも長い年数毎に投与される。時々、本明細書に記載されるワクチンは、４、５、６、７またはそれよりも長い年数毎に投与される。時々、本明細書に記載されるワクチンは、１回投与される。
【０４５４】
投薬量の例は、限定的ではなく、本明細書に記載されるワクチンを投与するための特定の投薬レジメンを例示するためにのみ使用される。ヒトにおける使用のための有効量は、動物モデルから決定され得る。例えば、ヒトのための用量は、動物において有効であることが見出された循環、肝臓、外用および／または胃腸濃度を達成するように製剤化され得る。動物データおよび他の型の類似のデータに基づいて、当業者は、ヒトに適切なワクチン組成物の有効量を決定できる。
【０４５５】
有効量は、薬剤または薬剤の組合せに言及する場合、医療分野もしくは医薬品分野の種々の規制機関もしくは諮問機関のいずれか（例えば、ＦＤＡ、ＡＭＡ）によって、または製造業者もしくは供給業者によって推奨または承認された用量範囲、投与様式、製剤などを、一般に意味する。
【０４５６】
一部の態様では、本明細書に記載されるワクチンおよびキットは、２℃と８℃との間で貯蔵され得る。一部の例では、ワクチンは、凍結されては貯蔵されない。一部の例では、ワクチンは、例えば、−２０℃または−８０℃の温度で貯蔵される。一部の例では、ワクチンは、日光を避けて貯蔵される。
ＩＸ．キット
【０４５７】
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬は、投与のための使用説明書と一緒に、キット形態で提供され得る。典型的には、キットは、コンテナ中の単位投薬形態の所望のネオ抗原治療薬、および投与のための使用説明書を含む。さらなる治療薬、例えば、サイトカイン、リンホカイン、チェックポイント阻害剤、抗体もまた、キット中に含められ得る。これもまた望まれ得る他のキット構成要素には、例えば、無菌シリンジ、ブースター投薬量および他の所望の賦形剤が含まれる。
【０４５８】
キットおよび製造品はまた、本明細書に記載される１つまたは複数の方法との使用のために、本明細書で提供される。キットは、１つまたは複数のネオエピトープを含む１つまたは複数のネオ抗原性ポリペプチドを含み得る。キットは、本明細書に記載されるペプチドもしくはタンパク質のうち１つもしくは複数をコードする核酸、本明細書に記載されるペプチドのうち１つもしくは複数を認識する抗体、または本明細書に記載されるペプチドのうち１つもしくは複数で活性化されたＡＰＣベースの細胞もまた含み得る。キットは、ワクチンの構成および送達のために必要なアジュバント、試薬および緩衝液をさらに含み得る。
【０４５９】
キットは、１つまたは複数のコンテナ、例えば、バイアル、チューブなどを受けるように区画化された担体、包装またはコンテナもまた含み得、コンテナ（複数可）の各々は、本明細書に記載される方法において使用される別々のエレメント、例えば、ペプチドおよびアジュバントのうち１つを含む。適切なコンテナには、例えば、ビン、バイアル、シリンジおよび試験管が含まれる。コンテナは、種々の材料、例えば、ガラスまたはプラスチックから形成され得る。
【０４６０】
本明細書で提供される製造品は、包装材料を含む。医薬品包装材料の例には、ブリスターパック、ビン、チューブ、バッグ、コンテナ、ビン、ならびに選択された製剤ならびに意図した投与および処置の様式のために適切な任意の包装材料が含まれるがこれらに限定されない。キットは、典型的には、内容物を列挙するラベルおよび／または使用のための使用説明書、ならびに使用のための使用説明書を有する添付文書を含む。使用説明書のセットもまた、典型的には含められる。
【０４６１】
本開示は、具体的な例によってさらに詳細に記載される。以下の実施例は、例示目的のために提供され、本開示を決して限定しない意図である。当業者は、本開示に従う代替的な実施形態を得るために変化または改変され得る種々の重要でないパラメーターを容易に認識する。本明細書で列挙される全ての特許、特許出願および印刷された公報は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【０４６２】
これらの実施例は、例示目的のみのために提供され、本明細書で提供される特許請求の範囲を限定しない。
（実施例１）
ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答の誘導
【０４６３】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞誘導を使用して、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を拡大増殖させる。成熟した専門のＡＰＣを、以下の方法で、これらのアッセイのために調製する。単球を、ビーズベースのキット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して、健康なヒトドナーＰＢＭＣから富化する。富化された細胞を、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−４中にプレートして、未成熟ＤＣを誘導する。富化された細胞を、ＦＬＴ−３ＬおよびＩＬ−４を使用してプレートして、未成熟ＤＣを誘導してもよい。５日後、未成熟ＤＣを、ペプチドのプールと共に３７℃で１時間インキュベートし、その後、サイトカイン成熟化カクテル（ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１β、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＴＮＦα、ＰＧＥ１β）を添加する。成熟化カクテルは、一部の場合には、ＦＬＴ−３Ｌ、ＩＬ−１β、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＴＮＦα、ＰＧＥ１βを含み得る。ペプチドのプールは、複数の突然変異を含み得、ショートマー（ｓｈｏｒｔｍｅｒ）およびロングマー（ｌｏｎｇｍｅｒ）の両方が、それぞれ、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞を拡大増殖させる。図３Ｃにも示されるように、長いペプチドもまた使用して、この設定においてＣＤ８＋細胞を刺激する可能性を実証した。細胞を３７℃でインキュベートして、ＤＣを成熟させる。
【０４６４】
ＤＣの成熟化後、ＰＢＭＣ（バルク、またはＴ細胞について富化されたかのいずれか）を添加して、増殖サイトカインによって樹状細胞を成熟させる。培養物を、機能的アッセイおよび／またはテトラマー染色の組合せを使用して、ペプチド特異的Ｔ細胞についてモニタリングする。改変ペプチドおよび親ペプチドを用いた並行免疫原性アッセイは、ペプチドがペプチド特異的Ｔ細胞を拡大増殖させる相対的効率の比較を可能にした。
（実施例２）
テトラマー染色アッセイ
【０４６５】
ＭＨＣテトラマーを、購入しまたは現場で製造し、免疫原性アッセイにおいてペプチド特異的Ｔ細胞拡大増殖を測定するために使用する。評価のために、テトラマーを、製造業者の使用説明書に従って、１％ＦＣＳおよび０．１％アジ化ナトリウムを含むＰＢＳ（ＦＡＣＳ緩衝液）中、１×１０５細胞に添加する。細胞を、暗中で室温で２０分間インキュベートする。次いで、Ｔ細胞マーカー、例えば、ＣＤ８に対して特異的な抗体を、製造業者によって示唆される最終濃度になるように添加し、細胞を、暗中で４℃で２０分間インキュベートする。細胞を、冷ＦＡＣＳ緩衝液で洗浄し、１％のホルムアルデヒドを含む緩衝液中に再懸濁する。細胞を、ＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）機器で取得し、Ｃｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）の使用によって解析する。テトラマー陽性細胞の解析のために、リンパ球ゲートを、前方散乱および側方散乱プロットから取る。データを、ＣＤ８＋／テトラマー＋であった細胞のパーセンテージとして報告する。
（実施例３）
細胞内サイトカイン染色アッセイ
【０４６６】
抗原特異的Ｔ細胞集団を同定するための十分に確立されたテトラマー染色の非存在下では、抗原特異性は、十分に確立されたフローサイトメトリーアッセイを使用するサイトカイン産生の評価を使用して推定することができる。簡潔に述べると、Ｔ細胞を、目的のペプチドで刺激し、対照に対して比較する。刺激後、ＣＤ４＋Ｔ細胞によるサイトカイン（例えば、ＩＦＮγおよびＴＮＦα）の産生を、細胞内染色によって評価する。これらのサイトカイン、特にＩＦＮγは、刺激された細胞を同定するために使用することができる。変異型ＲＡＳペプチドを負荷したまたは負荷しなかったＡＰＣで刺激した健康なドナー由来のＣＤ４＋細胞のＩＦＮγおよびＴＮＦαレベルの抗原特異的誘導のＦＡＣＳ解析を実施した。
（実施例４）
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ
【０４６７】
ペプチド特異的Ｔ細胞を、単一細胞基準でのＴ細胞からのＩＦＮγの放出を測定するＥＬＩＳＰＯＴアッセイ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、機能的に数え上げる。標的細胞（Ｔ２またはＨＬＡ−Ａ０２０１トランスフェクトされたＣ１Ｒ）を、１０μＭのペプチドで３７℃で１時間パルスし、３回洗浄した。１×１０５のペプチドパルスした標的を、免疫原性培養物から採取した変動する濃度のＴ細胞（５×１０２〜２×１０３）と共に、ＥＬＩＳＰＯＴプレートウェル中で共培養する。プレートを、製造業者のプロトコールに従って発色させ、添付のソフトウェアを用いてＥＬＩＳＰＯＴリーダー（Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｌｔｄ．）で解析する。ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数に対応するスポットを、プレートしたＴ細胞の数当たりのスポットの絶対数として報告する。改変ペプチドで拡大増殖させたＴ細胞を、改変ペプチドでパルスした標的を認識する能力についてだけでなく、親ペプチドでパルスした標的を認識する能力についても試験する。モック形質導入された、または変異型ＲＡＳペプチドをコードするレンチウイルス発現ベクターで形質導入された試料のＩＦＮγレベルを決定した。
（実施例５）
ＣＤ１０７染色アッセイ
【０４６８】
ＣＤ１０７ａおよびｂは、コグネートペプチドによる活性化後に、ＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞表面上で発現される。Ｔ細胞の溶解顆粒は、分子ＣＤ１０７ａおよびｂを含むリソソーム関連膜糖タンパク質（「ＬＡＭＰ」）を含む脂質二重層を有する。細胞傷害性Ｔ細胞がＴ細胞受容体を介して活性化されると、これらの溶解顆粒の膜は動態化し、Ｔ細胞の形質膜と融合する。顆粒内容物が放出され、これは、標的細胞の死をもたらす。顆粒の膜が形質膜と融合すると、Ｃ１０７ａおよびｂは、細胞表面上に曝露され、従って、これらは、脱顆粒のマーカーである。ＣＤ１０７ａおよびｂ染色によって測定される脱顆粒は、単一細胞基準で報告されるので、このアッセイを使用して、ペプチド特異的Ｔ細胞を機能的に数え上げる。アッセイを実施するために、ペプチドを、２０μＭの最終濃度になるように、ＨＬＡ−Ａ０２：０１でトランスフェクトされた細胞Ｃ１Ｒに添加し、細胞を、３７℃で１時間インキュベートし、３回洗浄した。１×１０５のペプチドパルスしたＣ１Ｒ細胞を、チューブ中にアリコート化し、ＣＤ１０７ａおよびｂに対して特異的な抗体を、製造業者（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）によって示唆される最終濃度になるように添加する。ＣＤ１０７分子は、アッセイの過程の間に表面上に一過的に出現するので、ＣＤ１０７分子を「捕捉する」ために、Ｔ細胞の添加前に抗体を添加する。免疫原性培養物由来の１×１０５のＴ細胞を次に添加し、試料を、３７℃で４時間インキュベートした。Ｔ細胞を、さらなる細胞表面分子、例えば、ＣＤ８についてさらに染色し、ＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒ機器（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）で取得する。データを、添付のＣｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェアを使用して解析し、結果を、ＣＤ８＋／ＣＤ１０７ａおよびｂ＋細胞のパーセンテージとして報告する。
（実施例６）
細胞傷害性アッセイ
【０４６９】
細胞傷害活性を、クロム放出アッセイを使用して測定する。標的Ｔ２細胞を、Ｎａ５１Ｃｒで３７℃で１時間標識し、次いで洗浄された５×１０３の標的Ｔ２細胞を、免疫原性培養物由来の変動する数のＴ細胞に添加した。クロム放出を、３７℃で４時間のインキュベーション後に回収した上清において測定する。特異的溶解のパーセンテージを、以下のように計算する：実験的放出−自発的放出／総放出−自発的放出×１００。
【０４７０】
細胞傷害性活性を、フローサイトメトリーによって、標的細胞における切断されたカスパーゼ３の検出を用いて測定する。標的がん細胞を操作して、適切なＭＨＣ−Ｉ対立遺伝子と一緒に突然変異型ペプチドを発現させる。モック形質導入された標的細胞（即ち、突然変異型ペプチドを発現しない）を、陰性対照として使用する。細胞を、ＣＦＳＥで標識して、エフェクター細胞として使用される刺激されたＰＢＭＣからそれらを区別する。標的およびエフェクター細胞を、６時間共培養し、その後回収する。細胞内染色を実施して、ＣＦＳＥ陽性標的がん細胞における切断形態のカスパーゼ３を検出する。特異的溶解のパーセンテージを、以下のように計算する：カスパーゼ３の実験的切断／カスパーゼ３の自発的切断（突然変異型ペプチド発現の非存在下で測定される）×１００。
【０４７１】
一部の例では、細胞傷害性活性は、特異的ＨＬＡ上の変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を、対応するＨＬＡを発現する変異型ＲＡＳペプチドで形質導入された標的がん細胞と共に共培養すること、および標的がん細胞におけるアポトーシスマーカーＡｎｎｅｘｉｎ  Ｖを特異的に測定すると共に、標的細胞の相対的成長を決定することによって、評価する。標的がん細胞を、適切なＭＨＣ−Ｉ対立遺伝子と一緒に突然変異型ペプチドを発現するように操作する。モック形質導入された標的細胞（即ち、突然変異型ペプチドを発現しない）を、陰性対照として使用する。細胞はまた、標的細胞成長の追跡を可能にするＧＦＰを安定に発現するように形質導入する。エフェクター細胞として使用する健康なドナー由来のＰＢＭＣを、変異型ＲＡＳペプチドに対して特異的なＴＣＲを発現するように形質導入する。モック形質導入された細胞を、陰性対照として使用する。標的細胞を、Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ検出試薬を含む培地中で、異なる量のエフェクター細胞と共に７２時間共培養する。ＧＦＰシグナルおよびＡｎｎｅｘｉｎ−Ｖシグナルを、ＩｎｃｕＣｙｔｅ  Ｓ３器具を用いて経時的に測定する。エフェクター細胞に起源するＡｎｎｅｘｉｎ  Ｖシグナルを、サイズ排除によって、フィルタリングして除く。標的細胞の成長および死を、それぞれ、経時的なＧＦＰおよびＡｎｎｅｘｉｎ−Ｖ面積（ｍｍ２）として表現する。
（実施例７）
ロングマーおよびショートマーを順次使用してｉｎ  ｖｉｖｏで増強されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答
【０４７２】
ロングマーペプチドによるワクチン接種は、ペプチドのプロセシングおよび提示に依存して、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答の両方を誘導することができる。最小のショートマーエピトープによるワクチン接種は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を生じさせることに焦点を当てるが、抗原提示前のペプチドプロセシングを必要としない。その結果、専門の抗原提示細胞（ＡＰＣ）だけでなく任意の細胞が、エピトープを容易に提示できる。これは、末梢免疫寛容の一部として、抗原を提示する健康な細胞と接触するＴ細胞の免疫寛容をもたらし得る。これを回避するために、ロングマーによる初回免疫化は、ペプチドをプロセシングし提示することができるＡＰＣのみによるＣＤ８＋Ｔ細胞のプライミングを可能にする。引き続く免疫化は、初回のＣＤ８＋Ｔ細胞応答をブーストする。
ｉｎ  ｖｉｖｏ免疫原性アッセイ
【０４７３】
１９匹の８〜１２週齢の雌性Ｃ５７ＢＬ／６マウス（Ｔａｃｏｎｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を、到着時に、あらかじめランダムに処置群に割り当てた。動物を、研究開始前に、３日間順応させた。動物を、適宜提供されるＬａｂＤｉｅｔ（商標）５０５３無菌げっ歯類飼料および無菌水で維持した。群１中の動物は、アジュバントのみ接種の対照として機能し、０、７および１４日目に皮下注射（ｓ．ｃ．）を介して投与される０．１ｍＬの体積中１００μｇのポリイノシン：ポリシチジル酸（ポリＩ：Ｃ）単独を、それに投与した。群２中の動物には、０、７および１４日目に、０．１ｍＬの体積中１００μｇ  ｓ．ｃ．のポリＩ：Ｃと一緒に、５０μｇの６つのロングマーペプチド（以下に記載される）の各々を投与した。群３中の動物には、０日目に、０．１ｍＬの体積中１００μｇ  ｓ．ｃ．のポリＩ：Ｃと一緒に、５０μｇの６つのロングマーペプチド（以下に記載される）の各々を投与し、７および１４日目に、０．１ｍＬの体積中１００μｇ  ｓ．ｃ．のポリＩ：Ｃと一緒に、対応するショートマーペプチド（以下に記載される）の、モル濃度が一致した等価物を投与した。動物を計量し、総体的な健康について毎日モニタリングした。２１日目の研究完了時、動物が、０日目の体重と比較してその体重の３０％よりも多くを喪失した場合；または動物が瀕死であると見出された場合、ＣＯ２過剰投与によって動物を安楽死させた。屠殺時に、標準的なプロトコールを使用して、脾臓を回収し、処理して単一細胞懸濁物にした。簡潔に述べると、脾臓を、７０μＭフィルターを介して機械的に分解し、ペレット化し、ＡＣＫ溶解緩衝液（Ｓｉｇｍａ）で溶解し、その後、細胞培養培地中に再懸濁した。
ペプチド
【０４７４】
６つの以前に同定されたマウスネオ抗原を、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導するそれらの実証された能力に基づいて使用した。各ネオ抗原について、最小のエピトープに対応するショートマー（８〜１１アミノ酸）が定義されている。突然変異周囲の２０〜２７アミノ酸に対応するロングマーを使用した。
ＥＬＩＳＰＯＴ
【０４７５】
ＥＬＩＳＰＯＴ解析（Ｍｏｕｓｅ  ＩＦＮγ  ＥＬＩＳＰＯＴ  Ｒｅａｓｙ−ＳＥＴ−Ｇｏ；ＥＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を、キットプロトコールに従って実施した。簡潔に述べると、解析日の１日前に、９６ウェルフィルタープレート（０．４５μｍの孔サイズの疎水性ＰＶＤＦメンブレン；ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を、活性化し（３５％ＥｔＯＨ）、洗浄し（ＰＢＳ）、捕捉抗体でコーティングした（１：２５０；４℃で一晩）。解析の当日に、ウェルを洗浄し、ブロッキングした（培地；３７℃で２時間）。１００μＬ中およそ２×１０５の細胞を、１００μＬの１０ｍＭ試験ペプチドプール（ショートマー）、またはＰＭＡ／イオノマイシン陽性対照抗原、またはビヒクルと一緒に、ウェルに添加した。細胞を、抗原と共に３７℃で一晩（１６〜１８時間）インキュベートした。次の日、細胞懸濁物を廃棄し、ウェルをＰＢＳで１回洗浄し、脱イオン水で２回洗浄した。アッセイの残りの全ての洗浄ステップについて、ウェルを、各洗浄ステップにおいて３分間浸漬させた。次いで、ウェルを洗浄緩衝液（ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）−２０）で３回洗浄し、検出抗体（１：２５０）を全てのウェルに添加した。プレートを、室温で２時間インキュベートした。検出抗体溶液を廃棄し、ウェルを洗浄緩衝液で３回洗浄した。アビジン−ＨＲＰ（１：２５０）を全てのウェルに添加し、プレートを室温で１時間インキュベートした。コンジュゲート溶液を廃棄し、ウェルを洗浄緩衝液で３回洗浄し、次いで、ＰＢＳで１回洗浄した。基質（３−アミノ−９−エチル−カルバゾール、０．１Ｍ酢酸緩衝液、Ｈ２Ｏ２）を全てのウェルに添加し、スポット発色をモニタリングした（およそ１０分間）。基質反応を、水でウェルを洗浄することによって停止させ、プレートを一晩風乾させた。プレートを、添付のソフトウェアを用いてＥＬＩＳＰＯＴリーダー（Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｌｔｄ．）で解析した。ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数に対応するスポットを、プレートしたＴ細胞の数当たりのスポットの絶対数として報告する。
（実施例８）
質量分析による変異型ＲＡＳペプチドの検出
【０４７６】
２９３Ｔ細胞を、変異型ＲＡＳペプチドの種々の領域をコードするレンチウイルスベクターで形質導入した。変異型ＲＡＳペプチドによってコードされるペプチドを発現する形質導入された細胞４３００万個を培養し、ペプチドを、酸洗浄を使用して、ＨＬＡ−ペプチド複合体から溶出させた。次いで、溶出されたペプチドを、ＭＳ／ＭＳによって解析した。ＨＬＡ−Ａ１１：０１タンパク質を発現する２９３Ｔ細胞について、ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫが、質量分析によって検出された（図２）。ＨＬＡ−Ａ１１：０１タンパク質を発現する２９３Ｔ細胞について、ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫおよびＶＶＧＡＶＧＶＧＫが、質量分析によって検出された（図２）。
（実施例９）
変異型ＫＲＡＳペプチドは、複数の対立遺伝子に対する強いエピトープを産生する。
【０４７７】
以下の表中のネオエピトープを含む複数のペプチドを、発現させ、または抗原提示細胞（ＡＰＣ）に負荷した。次いで、質量分析を実施し、示されたＨＬＡ対立遺伝子に対するネオエピトープの親和性およびＨＬＡ対立遺伝子と一体となったネオエピトープの安定性を決定した。
（実施例１０）
複数のネオエピトープが、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を惹起する
【０４７８】
ヒトドナー由来のＰＢＭＣ試料を使用して、抗原特異的Ｔ細胞誘導を実施した。ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導を、Ｔ細胞を製造した後に解析した。細胞試料は、解析のために異なる時点で抜き取られ得る。ｐＭＨＣマルチマーを使用して、誘導培養物中の抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合をモニタリングした。図３Ａ〜Ｃは、ＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ、ＲＡＳ  Ｇ１２ＣおよびＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ突然変異型ペプチドで誘導された抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す例示的な結果を示す。図３Ｃに示されるように、長いペプチドもまた使用して、ＣＤ８＋細胞を刺激する可能性を実証した。
【表１５−１】
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【表１５−２】
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（実施例１１）
誘導されたＴ細胞の細胞傷害性アッセイ
【０４７９】
細胞傷害性アッセイを使用して、誘導されたＴ細胞培養物が抗原発現腫瘍系を死滅させることができるかどうかを評価した。この実施例では、生存腫瘍細胞および死腫瘍細胞上の活性なカスパーゼ３の発現を測定して、早期細胞死および死腫瘍細胞を定量化した。図４Ｂにおいて、誘導されたＣＤ８＋応答は、抗原発現腫瘍標的を死滅させることが可能であった。モック形質導入された、または変異型ＲＡＳペプチドをコードするレンチウイルス発現ベクターで形質導入された試料のパーセント生存カスパーゼ−Ａ陽性標的細胞が示される。
（実施例１２）
変異型ＫＲＡＳペプチドステーブルマー（ｓｔａｂｌｅｍｅｒ）は、複数の対立遺伝子に対する強いエピトープを産生する
【０４８０】
以下の表中のネオエピトープを含む複数のペプチドを、発現させ、または抗原提示細胞（ＡＰＣ）に負荷した。次いで、質量分析を実施し、示されたＨＬＡ対立遺伝子に対するネオエピトープの親和性およびＨＬＡ対立遺伝子と一体となったネオエピトープの安定性を決定した。
【表１６−１】
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【表１６−２】
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【図１】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図３−３】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【図５−４】
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【図５−５】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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