(57)【要約】本発明は、広くは、がん患者を処置するための治療用組成物及び方法に関する。本組成物及び方法は、抗がん療法の効力を増大させるか、または抗がん療法によって誘発される腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）を処置、防止、もしくは阻害することができる。治療用組成物は、微生物組成物と、場合により、抗がん治療剤とを含む。本発明の方法は、微生物組成物を含む治療用組成物を投与することと、抗がん療法を投与することとを含む。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物調製物を含む治療用組成物を対象に投与することを含む、抗がん療法によって誘発される腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）を処置または防止する方法であって、
前記対象は、前記抗がん療法で処置され、
前記微生物組成物は、ヒトドナーの糞便微生物叢を含む、
前記方法。
【請求項２】
前記対象は、前記抗がん療法による処置後に前記治療用組成物を投与される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１日後に投与される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも３日後に投与される、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも５日後に投与される、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１週間後に投与される、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも４週間後に投与される、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも８週間後に投与される、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記対象は、前記抗がん療法による処置前に前記治療用組成物を投与される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１日前に投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも３日前に投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも５日前に投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１週間前に投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも４週間前に投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも８週間前に投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
前記治療用組成物は、前記ＯＴＩＣを防止または阻害する、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記対象は、前記抗がん療法と同時に前記治療用組成物を投与される、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記抗がん療法は、化学療法であり、前記対象は、連続的な化学療法投与間に前記治療用組成物を投与される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗がん療法は、放射線療法であり、前記対象は、連続的な放射線療法投与間に前記治療用組成物を投与される、前記治請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法の効力を増大させる、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法剤の投与、幹細胞移植療法、または標的療法を含む、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記抗がん療法は、放射線療法である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記抗がん療法は、腫瘍または癌性細胞を含む臓器／組織を切除する手術である、請求項２１または請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記抗がん療法は、化学療法剤の投与を含む、請求項２１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記化学療法剤は、アルキル化剤、スルホン酸アルキル、アジリジン、エチレンイミン、メチラメラミン、アセトゲニン、カンプトテシンブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ−１０６５、クリプトフィシン、ドラスタチン、デュオカルマイシン、エリュテロビン、パンクラチスタチン、サルコジクチイン、スポンギスタチン、ナイトロジェンマスタード、ニトロソウレア、抗生物質、ジネミシン；ビスホスホネート、エスペラミシン、ネオカルチノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン代謝拮抗薬、葉酸類似体、プリン類似体、ピリミジン類似体、アンドロゲン、抗副腎剤、葉酸補給剤、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビスアントレン、エダトレキサート、デメコルチン、ジアジコン、エルフォルミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダイニン、マイタンシノイド、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダンモール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２−エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ多糖複合体、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジコン、２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、タキソイド、パクリタキセルのアルブミン工学操作ナノ粒子製剤であるＣｒｅｍｏｐｈｏｒ不含ＡＢＲＡＸＡＮＥ、及びＴＡＸＯＴＥＲＥドキセタキセル、クロラムブシル、ＧＥＭＺＡＲゲムシタビン、６−チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキサート、白金類似体、ビンブラスチン、白金、エトポシド（ＶＰ−１６）、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ、ビノレルビン、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）、レチノイド、カペシタビン、コンブレタスタチン、ロイコボリン（ＬＶ）、オキサリプラチン、ビニメチニブ（Ｍｅｋｔｏｖｉ）、エンコラフェニブ（Ｂｒａｆｔｏｖｉ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ）、ＰＫＣ−αの阻害剤、Ｒａｆの阻害剤、Ｈ−Ｒａｓの阻害剤、ＥＧＦＲの阻害剤、ＶＥＧＦ−Ａの阻害剤、それらの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記抗がん療法は、末梢血移植、骨髄移植、臍帯血移植、または皮膚由来幹細胞移植を含む幹細胞移植療法である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２７】
前記抗がん療法は、標的療法である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２８】
前記標的療法は、免疫腫瘍学療法である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる少なくとも１つの化合物の前記対象への投与を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる前記少なくとも１つの化合物は、工学操作されたタンパク質、融合タンパク質、抗体、またはサイトカインである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原は、２Ｂ４、４１ＢＢ、Ａ２ＡＲ、ＡＬＫ、Ｂ−７ファミリーリガンド、ＢＲＡＦ、ＢＴＫ、ＢＴＬＡ、ＣＣＲ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ５０、ＣＤ７３、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０／Ｂｙ５５、ＣＤ１７２ａ／ＳＩＲＰα、ＣＤ２００、ＣＤ２２３、ＣＤ２４４、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＨＫ１キナーゼ、ＣＨＫ２キナーゼ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＬＡ−４、ＣＸＣＲ、ＤＮＭＴ、ＥＧＦｒ、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＤＡＣ、ＨＥＲ−２、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＫＲＡＳ、ＬＡＧ３、ＭＥＫ、ｍＴｏｒ、ＮＫＧ２Ａ、ＯＸ４０、ＰＡＲＰ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＳＴＡＴ３、ＴＧＦ−ベータ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＫＩ、ＴＬＲ（Ｔｏｌｌ様受容体）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも１つの化合物は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、ＲＭＰ１−１４、ＡＧＥＮ２０３４、セミプリマブ、イピリムマブ、９Ｄ９、トレメリムマブ、ＡＧＥＮ１８８４、ＲＧ２０７７、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗体である、請求項３０または請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記免疫腫瘍学療法は、細胞ベースの免疫腫瘍学療法である、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
前記細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、前記対象への養子細胞移入（ＡＣＴ）を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記ＡＣＴは、自家性または同種異系である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記細胞ベースの免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）または工学操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、請求項３３〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
前記免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である、請求項３３〜３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を阻害する、請求項２９〜３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を増強する、請求項２９〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
標的療法は、ＳＴＩＮＧアゴニストの投与を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記標的療法は、インターロイキンの投与を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記対象は、がんを有する、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
前記がんは、基底細胞癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳及び中枢神経系のがん、乳癌、腹膜のがん、子宮頸癌、絨毛癌、結腸直腸癌、結合組織癌、消化器系のがん、子宮内膜癌、食道癌、眼癌、頭頸部のがん、胃癌、神経膠芽腫、肝細胞癌、肝細胞腫、上皮内腫瘍、腎臓癌もしくは腎癌、喉頭癌、白血病、肝癌、肺癌、黒色腫、骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、直腸癌、呼吸器系のがん、唾液腺癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、胃のがん、精巣癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、子宮癌もしくは子宮内膜癌、泌尿器系のがん、外陰癌、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非分割細胞ＮＨＬ、巨大腫瘤病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリーセル白血病、慢性骨髄芽球性白血病、他の癌腫及び肉腫、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記がんは、膀胱癌、頭頸部癌、結腸直腸癌、腎臓癌もしくは腎癌、黒色腫、非小細胞肺癌、トリプルネガティブ乳癌、または尿路上皮癌である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記がんは、ＰＤＬ−１＋及び／またはＣＴＬＡ４＋と分類される、請求項４３または請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象は、前記抗がん療法に対して治療抵抗性及び／または不応性である、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
前記抗がん療法は、チェックポイント分子を対象とする、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記抗がん療法は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、またはイピリムマブのうちの少なくとも１つの投与を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記対象は、以前に前記ＯＴＩＣと診断されたことがない、請求項１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
前記ＯＴＩＣは、前記抗がん療法に起因する、請求項１〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
前記対象は、前記抗がん療法の投与の直前に前記ＯＴＩＣの症状を示さなかったものである、請求項１〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
前記対象は、前記抗がん療法の投与の直前に前記ＯＴＩＣの症状を示したものであり、前記ＯＴＩＣは、前記抗がん療法により増悪する、請求項１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記対象は、前記ＯＴＩＣを発症するリスクがある、請求項１〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＯＴＩＣは、前記対象の出血を含む、請求項１〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＯＴＩＣは、前記対象の腸運動障害を含む、請求項１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
前記対象は、悪心、嘔吐、腹部膨満、及び／または栄養不良を経験する、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＯＴＩＣは、がん消耗性／栄養不良症候群である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記がん消耗性／栄養不良症候群は、悪液質または筋肉減少症である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記ＯＴＩＣは、腸脳軸に関連する障害である、請求項１〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
前記腸脳軸に関連する前記障害は、鬱または不安である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記ＯＴＩＣは、感染である、請求項１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
前記感染は、ウイルス感染である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記ウイルス感染は、がん関連ウイルスによるものである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記対象に抗ウイルス化合物を投与することをさらに含む、請求項６２または６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記感染は、細菌感染である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６６】
前記細菌感染は、抗生物質耐性Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、広域スペクトルベータラクタマーゼ生成Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＥＳＢＬ−Ｅ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質耐性菌に起因する、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記ＯＴＩＣは、脱毛症である、請求項１〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６８】
前記抗がん療法は、化学療法剤の投与を含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記ＯＴＩＣは、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）である、請求項１〜６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７０】
前記抗がん療法は、幹細胞移植療法または細胞ベースの免疫腫瘍学療法を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記ＯＴＩＣは、心血管疾患、皮膚疾患、自己免疫性甲状腺疾患、甲状腺機能低下症、甲状腺機能亢進症、下垂体炎、甲状腺炎、甲状腺中毒症、副腎不全、１型真性糖尿病、膵外分泌関連疾患、炎症性腸疾患、大腸炎、下痢、肝炎、急性膵炎、血液疾患、発熱、悪寒、そう痒、低血圧症、呼吸困難、胸部不快感、発疹、蕁麻疹、血管浮腫、喘鳴、頻拍、アナフィラキシー、神経疾患、眼科疾患、肺疾患、間質性肺炎、腎疾患、リウマチ性疾患、筋骨格系疾患、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜７０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７２】
前記治療用組成物の前記投与の後に前記抗がん療法の第２の用量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１〜７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７３】
前記抗がん療法の前記第２の用量は、前記治療用組成物の前記投与の前に投与される前記抗がん療法の第１の用量と少なくとも同じ高さである、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記抗がん療法の前記第２の用量は、前記治療用組成物の前記投与の前に投与される前記抗がん療法の第１の用量よりも高い、請求項７２に記載の方法。
【請求項７５】
前記第１の用量及び第２の用量の投与間の間隔は、前記治療用組成物を投与されない第２の対象における前記抗がん療法の連続した投薬間の間隔と比較して低減する、請求項７３または請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記対象のがんを処置するために前記治療用組成物を前記抗がん療法と組み合わせる、請求項１〜７５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７７】
微生物組成物を含む治療用組成物を対象に投与することを含む、抗がん療法の効力を増大させる方法であって、
前記対象は、前記抗がん療法で処置され、
前記微生物組成物は、ヒトドナーの糞便微生物叢を含む、
前記方法。
【請求項７８】
前記治療用組成物の前記投与は、前記抗がん療法に対する前記対象の腫瘍の応答性を維持または誘導する、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記治療用組成物の前記投与は、免疫系の細胞型の数または活性を増大させる、請求項７７または請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記細胞型は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、好中球、ＮＫ細胞、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記治療用組成物の前記投与は、腫瘍の成長を抑制することができる細胞型に有利になるように前記対象における免疫細胞の比を変化させる、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
腫瘍の成長を抑制することができる前記細胞型は、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球、Ｔヘルパー細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、抗腫瘍マクロファージ、Ｂ細胞、樹状細胞、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記治療用組成物の前記投与は、腫瘍を保護することができる細胞型に不利になるように前記対象における免疫細胞の比を変化させる、請求項７９に記載の方法。
【請求項８４】
腫瘍を保護することができる前記細胞型は、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、腫瘍関連好中球（ＴＡＮ）、Ｍ２マクロファージ、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記抗がん療法は、免疫腫瘍学療法を含む、請求項７７〜８４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８６】
前記免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる少なくとも１つの化合物の前記対象への投与を含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる前記少なくとも１つの化合物は、工学操作されたタンパク質、融合タンパク質、抗体、またはサイトカインである、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原は、２Ｂ４、４１ＢＢ、Ａ２ＡＲ、ＡＬＫ、Ｂ−７ファミリーリガンド、ＢＲＡＦ、ＢＴＫ、ＢＴＬＡ、ＣＣＲ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ５０、ＣＤ７３、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０／Ｂｙ５５、ＣＤ１７２ａ／ＳＩＲＰα、ＣＤ２００、ＣＤ２２３、ＣＤ２４４、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＨＫ１キナーゼ、ＣＨＫ２キナーゼ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＬＡ−４、ＣＸＣＲ、ＤＮＭＴ、ＥＧＦｒ、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＤＡＣ、ＨＥＲ−２、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＫＲＡＳ、ＬＡＧ３、ＭＥＫ、ｍＴｏｒ、ＮＫＧ２Ａ、ＯＸ４０、ＰＡＲＰ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＳＴＡＴ３、ＴＧＦ−ベータ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＫＩ、ＴＬＲ（Ｔｏｌｌ様受容体）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記少なくとも１つの化合物は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、ＲＭＰ１−１４、ＡＧＥＮ２０３４、セミプリマブ、イピリムマブ、９Ｄ９、トレメリムマブ、ＡＧＥＮ１８８４、ＲＧ２０７７、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗体である、請求項８７または８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記免疫腫瘍学療法は、細胞ベースの免疫腫瘍学療法である、請求項８５〜８９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９１】
前記細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、前記対象への養子細胞移入（ＡＣＴ）を含む、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記ＡＣＴは、自家性または同種異系である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記細胞ベースの免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）または工学操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、請求項９０〜９２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９４】
前記免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である、請求項９０〜９３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９５】
前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を阻害する、請求項８６〜９４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９６】
前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、前記腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を増強する、請求項８６〜９５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９７】
前記抗がん療法による処置は、前記対象への前記抗がん療法の複数用量の投与を含む、請求項７７〜９６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９８】
前記抗がん療法の第１及び第２の用量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記抗がん療法の前記第１の用量は、前記治療用組成物の前記投与の前に前記対象に投与される、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記抗がん療法の前記第２の用量は、前記治療用組成物の前記投与の後に前記対象に投与される、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記第２の用量は、前記第１の用量と少なくとも同じ高さである、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記第２の用量は、前記第１の用量よりも高い、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
前記第１及び第２の用量の投与間の間隔は、前記治療用組成物を投与されない第２の対象における前記抗がん療法の連続した投薬間の間隔と比較して低減する、請求項９８〜１０２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０４】
前記対象は、前記抗がん療法による処置後に前記治療用組成物を投与される、請求項７７〜１０３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０５】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１日後に投与される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも３日後に投与される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０７】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも５日後に投与される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０８】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１週間後に投与される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０９】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも４週間後に投与される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１１０】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも８週間後に投与される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１１１】
前記対象は、前記抗がん療法による処置前に前記治療用組成物を投与される、請求項７７〜１０３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１日前に投与される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも３日前に投与される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１４】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも５日前に投与される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１５】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも１週間前に投与される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１６】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも４週間前に投与される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１７】
前記治療用組成物は、前記抗がん療法による処置の少なくとも８週間前に投与される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１８】
前記対象は、前記抗がん療法と同時に前記治療用組成物を投与される、請求項７７〜１０３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１９】
前記対象は、がんを有する、請求項７７〜１１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２０】
前記がんは、基底細胞癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳及び中枢神経系のがん、乳癌、腹膜のがん、子宮頸癌、絨毛癌、結腸直腸癌、結合組織癌、消化器系のがん、子宮内膜癌、食道癌、眼癌、頭頸部のがん、胃癌、神経膠芽腫、肝細胞癌、肝細胞腫、上皮内腫瘍、腎臓癌もしくは腎癌、喉頭癌、白血病、肝癌、肺癌、黒色腫、骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、直腸癌、呼吸器系のがん、唾液腺癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、胃のがん、精巣癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、子宮癌もしくは子宮内膜癌、泌尿器系のがん、外陰癌、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非分割細胞ＮＨＬ、巨大腫瘤病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリーセル白血病、慢性骨髄芽球性白血病、他の癌腫及び肉腫、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記がんは、膀胱癌、頭頸部癌、結腸直腸癌、腎臓癌もしくは腎癌、黒色腫、非小細胞肺癌、トリプルネガティブ乳癌、または尿路上皮癌である、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
前記がんは、ＰＤＬ−１＋及び／またはＣＴＬＡ４＋と分類される、請求項１２０または請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記対象は、前記抗がん療法に対して治療抵抗性及び／または不応性である、請求項７７〜１２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２４】
前記治療用組成物の前記投与は、腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）の処置または阻害をもたらす、請求項７７〜１２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２５】
前記糞便微生物叢は、前記ヒトドナーの便試料から得られる、請求項１〜１２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２６】
前記糞便微生物叢は、単一のヒトドナーに由来する、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
前記微生物組成物は、複数のヒトドナーに由来する糞便微生物叢を含む、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２８】
前記糞便微生物叢は、実質的に完全な糞便微生物叢である、請求項１２５〜１２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２９】
前記微生物組成物は、繊維を実質的に欠いている、請求項１２５〜１２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３０】
前記微生物組成物は、少なくとも１つの培養細菌株をさらに含む、請求項１〜１２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３１】
前記ヒトドナーは、がんから回復したことがあり、がんの寛解期にあり、及び／または以前に抗がん療法に応答したものである、請求項１〜１３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３２】
前記ヒトドナーは、前記対象であり、前記糞便微生物叢は、前記抗がん療法による処置前の前記対象から得られる、請求項１〜１３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３３】
前記対象は、前記糞便微生物叢が得られるときにがんの症状を示していない、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記ヒトドナーは、健康なヒトドナーである、請求項１〜１３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３５】
前記微生物組成物は、凍結乾燥された細菌を含む、請求項１〜１３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３６】
前記治療用組成物は、薬学的に許容される結合剤、崩壊剤、充填剤、及び／または保存剤をさらに含む、請求項１〜１３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３７】
前記治療用組成物は、前記微生物組成物の腸内送達用に製剤化される、請求項１〜１３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３８】
前記治療用組成物は経口投与される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記治療用組成物は、前記微生物組成物を封入するカプセルを含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
前記カプセルは、前記対象の回腸または結腸内に前記微生物組成物を放出する外部腸溶コーティングを含む、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
前記カプセルは、前記対象の前記回腸内に前記微生物組成物を放出する、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４２】
前記外部腸溶コーティングは、メタクリル酸コポリマー、酢酸フタル酸セルロース（ＣＡＰ）、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリ酢酸フタル酸ビニル、カルボキシメチルエチルセルロース、及びＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）タイプのポリマー（ポリ（メタクリル酸メチルメタクリレート）、酢酸コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、セルロースアセテートトリメリテート、ヒプロメロース（ＩＮＮ）ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、シェラック、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される化合物を含む、請求項１４０または請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
前記対象は、前記治療用組成物の投与前に抗生物質及び／またはプレバイオティクスを投与される、請求項１〜１４２のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、広くは、抗がん療法の効力を増大させるための治療用組成物及び方法に関する。本発明はさらに、抗がん療法によって誘発される腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ：ｏｎｃｏｌｏｇｙ−ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の処置、防止、または阻害に関する。
【０００２】
優先権
本願は、２０１８年２月２３日に出願された米国仮出願第６２／６３４，５０３号、２０１８年１０月１０日に出願された米国仮出願第６２／７４３，７９２号、及び２０１８年１０月１０日に出願された米国仮出願第６２／７４３，７９４号に基づく利益及び優先権を主張する。前述の出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００３】
がんは、手術、化学療法（ホルモン療法を含む）、放射線療法、及び／または標的療法（免疫療法を含む）によって処置され得る。多くのがんは、そのような処置に応答しないか、もしくは応答が不十分であるか、または処置の終了後に再発する。さらに、多くの抗がん療法は、処置される患者の健康への有害な影響をもたらすか、またはそれに関連している。例えば、チェックポイント阻害剤療法に関連する免疫系の活性化は、大腸炎などの炎症に関連する状態の発症または増悪に関連している。したがって、改善された抗がん治療用組成物及び処置、ならびに抗がん処置に関連する状態の発症または重症度を処置または阻害する組成物及び処置が継続的に必要とされている。
【発明の概要】
【０００４】
一態様において、本開示は、微生物調製物を含む治療用組成物を対象に投与することを含む、抗がん療法によって誘発される腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）を処置または防止する方法であって、対象は、抗がん療法で処置され、微生物組成物は、ヒトドナーの糞便微生物叢を含む、方法を提供する。
【０００５】
場合によっては、対象は、抗がん療法による処置後に治療用組成物を投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１日後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも３日後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも５日後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１週間後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも４週間後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも８週間後に投与される。
【０００６】
場合によっては、対象は、抗がん療法による処置前に治療用組成物を投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１日前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも３日前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも５日前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１週間前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも４週間前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも８週間前に投与される。
【０００７】
場合によっては、治療用組成物は、ＯＴＩＣを防止または阻害する。場合によっては、対象は、抗がん療法と同時に治療用組成物を投与される。場合によっては、抗がん療法は、化学療法であり、対象は、連続的な化学療法投与間に治療用組成物を投与される。場合によっては、抗がん療法は、放射線療法であり、対象は、連続的な放射線療法投与間に治療用組成物を投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法の効力を増大させる。場合によっては、抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法剤の投与、幹細胞移植療法、または標的療法を含む。場合によっては、抗がん療法は、放射線療法である。場合によっては、抗がん療法は、腫瘍または癌性細胞を含む臓器／組織を切除する手術である。場合によっては、抗がん療法は、化学療法剤の投与を含む。場合によっては、化学療法剤は、アルキル化剤、スルホン酸アルキル、アジリジン、エチレンイミン、メチラメラミン、アセトゲニン、カンプトテシンブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ−１０６５、クリプトフィシン、ドラスタチン、デュオカルマイシン、エリュテロビン、パンクラチスタチン、サルコジクチイン、スポンギスタチン、ナイトロジェンマスタード、ニトロソウレア、抗生物質、ジネミシン；ビスホスホネート、エスペラミシン、ネオカルチノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン代謝拮抗薬、葉酸類似体、プリン類似体、ピリミジン類似体、アンドロゲン、抗副腎剤、葉酸補給剤、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビスアントレン、エダトレキサート、デメコルチン、ジアジコン、エルフォルミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダイニン、マイタンシノイド、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダンモール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２−エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ多糖複合体、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジコン、２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、タキソイド、パクリタキセルのアルブミン工学操作ナノ粒子製剤であるＣｒｅｍｏｐｈｏｒ不含ＡＢＲＡＸＡＮＥ、及びＴＡＸＯＴＥＲＥドキセタキセル、クロラムブシル、ＧＥＭＺＡＲゲムシタビン、６−チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキサート、白金類似体、ビンブラスチン、白金、エトポシド（ＶＰ−１６）、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ、ビノレルビン、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）、レチノイド、カペシタビン、コンブレタスタチン、ロイコボリン（ＬＶ）、オキサリプラチン、ビニメチニブ（Ｍｅｋｔｏｖｉ）、エンコラフェニブ（Ｂｒａｆｔｏｖｉ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ）、ＰＫＣ−αの阻害剤、Ｒａｆの阻害剤、Ｈ−Ｒａｓの阻害剤、ＥＧＦＲの阻害剤、ＶＥＧＦ−Ａの阻害剤、それらの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【０００８】
場合によっては、抗がん療法は、末梢血移植、骨髄移植、臍帯血移植、または皮膚由来幹細胞移植を含む幹細胞移植療法である。場合によっては、抗がん療法は、標的療法である。場合によっては、標的療法は、免疫腫瘍学療法である。場合によっては、免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる少なくとも１つの化合物の対象への投与を含む。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる少なくとも１つの化合物は、工学操作されたタンパク質、融合タンパク質、抗体、またはサイトカインである。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原は、２Ｂ４、４１ＢＢ、Ａ２ＡＲ、ＡＬＫ、Ｂ−７ファミリーリガンド、ＢＲＡＦ、ＢＴＫ、ＢＴＬＡ、ＣＣＲ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ５０、ＣＤ７３、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０／Ｂｙ５５、ＣＤ１７２ａ／ＳＩＲＰα、ＣＤ２００、ＣＤ２２３、ＣＤ２４４、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＨＫ１キナーゼ、ＣＨＫ２キナーゼ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＬＡ−４、ＣＸＣＲ、ＤＮＭＴ、ＥＧＦｒ、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＤＡＣ、ＨＥＲ−２、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＫＲＡＳ、ＬＡＧ３、ＭＥＫ、ｍＴｏｒ、ＮＫＧ２Ａ、ＯＸ４０、ＰＡＲＰ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＳＴＡＴ３、ＴＧＦ−ベータ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＫＩ、ＴＬＲ（Ｔｏｌｌ様受容体）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。場合によっては、少なくとも１つの化合物は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、ＲＭＰ１−１４、ＡＧＥＮ２０３４、セミプリマブ、イピリムマブ、９Ｄ９、トレメリムマブ、ＡＧＥＮ１８８４、ＲＧ２０７７、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗体である。場合によっては、免疫腫瘍学療法は、細胞ベースの免疫腫瘍学療法である。
【０００９】
場合によっては、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、対象への養子細胞移入（ＡＣＴ）を含む。場合によっては、ＡＣＴは、自家性または同種異系である。場合によっては、細胞ベースの免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）または工学操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。場合によっては、免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を阻害する。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を増強する。場合によっては、標的療法は、ＳＴＩＮＧアゴニストの投与を含む。場合によっては、標的療法は、インターロイキンの投与を含む。
【００１０】
場合によっては、対象は、がんを有する。場合によっては、がんは、基底細胞癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳及び中枢神経系のがん、乳癌、腹膜のがん、子宮頸癌、絨毛癌、結腸直腸癌、結合組織癌、消化器系のがん、子宮内膜癌、食道癌、眼癌、頭頸部のがん、胃癌、神経膠芽腫、肝細胞癌、肝細胞腫、上皮内腫瘍、腎臓癌もしくは腎癌、喉頭癌、白血病、肝癌、肺癌、黒色腫、骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、直腸癌、呼吸器系のがん、唾液腺癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、胃のがん、精巣癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、子宮癌もしくは子宮内膜癌、泌尿器系のがん、外陰癌、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非分割細胞ＮＨＬ、巨大腫瘤病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリーセル白血病、慢性骨髄芽球性白血病、他の癌腫及び肉腫、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される。場合によっては、がんは、膀胱癌、頭頸部癌、結腸直腸癌、腎臓癌もしくは腎癌、黒色腫、非小細胞肺癌、トリプルネガティブ乳癌、または尿路上皮癌である。場合によっては、がんは、ＰＤＬ−１＋及び／またはＣＴＬＡ４＋と分類される。場合によっては、対象は、抗がん療法に対して治療抵抗性及び／または不応性である。場合によっては、抗がん療法は、チェックポイント分子を対象とする。場合によっては、抗がん療法は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、またはイピリムマブのうちの少なくとも１つの投与を含む。
【００１１】
場合によっては、対象は、以前にＯＴＩＣと診断されたことがない。場合によっては、ＯＴＩＣは、抗がん療法に起因する。場合によっては、対象は、抗がん療法の投与の直前にＯＴＩＣの症状を示さなかったものである。場合によっては、対象は、抗がん療法の投与の直前にＯＴＩＣの症状を示したものであり、ＯＴＩＣは、抗がん療法によって増悪する。場合によっては、対象は、ＯＴＩＣを発症するリスクがある。場合によっては、ＯＴＩＣは、対象の出血を含む。場合によっては、ＯＴＩＣは、対象の腸運動障害を含む。場合によっては、対象は、悪心、嘔吐、腹部膨満、及び／または栄養不良を経験する。場合によっては、ＯＴＩＣは、がん消耗性／栄養不良症候群である。場合によっては、がん消耗性／栄養不良症候群は、悪液質または筋肉減少症である。場合によっては、ＯＴＩＣは、腸脳軸に関連する障害である。場合によっては、腸脳軸に関連する障害は、鬱または不安である。
【００１２】
場合によっては、ＯＴＩＣは、感染である。場合によっては、感染は、ウイルス感染である。場合によっては、ウイルス感染は、がん関連ウイルスによるものである。場合によっては、本方法は、対象に抗ウイルス化合物を投与することをさらに含む。場合によっては、感染は、細菌感染である。場合によっては、細菌感染は、抗生物質耐性Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、広域スペクトルベータラクタマーゼ生成Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＥＳＢＬ−Ｅ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質耐性菌に起因する。場合によっては、ＯＴＩＣは、脱毛症である。場合によっては、抗がん療法は、化学療法剤の投与を含む。
【００１３】
場合によっては、ＯＴＩＣは、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）である。場合によっては、抗がん療法は、幹細胞移植療法または細胞ベースの免疫腫瘍学療法を含む。場合によっては、ＯＴＩＣは、心血管疾患、皮膚疾患、自己免疫性甲状腺疾患、甲状腺機能低下症、甲状腺機能亢進症、下垂体炎、甲状腺炎、甲状腺中毒症、副腎不全、１型真性糖尿病、膵外分泌関連疾患、炎症性腸疾患、大腸炎、下痢、肝炎、急性膵炎、血液疾患、発熱、悪寒、そう痒、低血圧症、呼吸困難、胸部不快感、発疹、蕁麻疹、血管浮腫、喘鳴、頻拍、アナフィラキシー、神経疾患、眼科疾患、肺疾患、間質性肺炎、腎疾患、リウマチ性疾患、筋骨格系疾患、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００１４】
場合によっては、本方法は、治療用組成物の投与の後に抗がん療法の第２の用量を対象に投与することをさらに含む。場合によっては、抗がん療法の第２の用量は、治療用組成物の投与の前に投与される抗がん療法の第１の用量と少なくとも同じ高さである。場合によっては、抗がん療法の第２の用量は、治療用組成物の投与の前に投与される抗がん療法の第１の用量よりも高い。場合によっては、第１の用量及び第２の用量の投与間の間隔は、治療用組成物を投与されない第２の対象における抗がん療法の連続した投薬間の間隔と比較して低減する。場合によっては、対象のがんを処置するために治療用組成物を抗がん療法と組み合わせる。
【００１５】
別の態様において、本開示は、微生物組成物を含む治療用組成物を対象に投与することを含む、抗がん療法の効力を増大させる方法であって、対象は、抗がん療法で処置され、微生物組成物は、ヒトドナーの糞便微生物叢を含む、方法を提供する。
【００１６】
場合によっては、治療用組成物の投与は、抗がん療法に対する対象の腫瘍の応答性を維持または誘導する。場合によっては、治療用組成物の投与は、免疫系の細胞型の数または活性を増大させる。場合によっては、細胞型は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、好中球、ＮＫ細胞、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。場合によっては、治療用組成物の投与は、腫瘍の成長を抑制することができる細胞型に有利になるように対象における免疫細胞の比を変化させる。場合によっては、腫瘍の成長を抑制することができる細胞型は、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球、Ｔヘルパー細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、抗腫瘍マクロファージ、Ｂ細胞、樹状細胞、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。場合によっては、治療用組成物の投与は、腫瘍を保護することができる細胞型に不利になるように対象における免疫細胞の比を変化させる。場合によっては、腫瘍を保護することができる細胞型は、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、腫瘍関連好中球（ＴＡＮ）、Ｍ２マクロファージ、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００１７】
場合によっては、抗がん療法は、免疫腫瘍学療法を含む。場合によっては、免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる少なくとも１つの化合物の対象への投与を含む。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することができる少なくとも１つの化合物は、工学操作されたタンパク質、融合タンパク質、抗体、またはサイトカインである。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原は、２Ｂ４、４１ＢＢ、Ａ２ＡＲ、ＡＬＫ、Ｂ−７ファミリーリガンド、ＢＲＡＦ、ＢＴＫ、ＢＴＬＡ、ＣＣＲ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ５０、ＣＤ７３、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０／Ｂｙ５５、ＣＤ１７２ａ／ＳＩＲＰα、ＣＤ２００、ＣＤ２２３、ＣＤ２４４、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＨＫ１キナーゼ、ＣＨＫ２キナーゼ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＬＡ−４、ＣＸＣＲ、ＤＮＭＴ、ＥＧＦｒ、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＤＡＣ、ＨＥＲ−２、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＫＲＡＳ、ＬＡＧ３、ＭＥＫ、ｍＴｏｒ、ＮＫＧ２Ａ、ＯＸ４０、ＰＡＲＰ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＳＴＡＴ３、ＴＧＦ−ベータ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＫＩ、ＴＬＲ（Ｔｏｌｌ様受容体）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。場合によっては、少なくとも１つの化合物は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、ＲＭＰ１−１４、ＡＧＥＮ２０３４、セミプリマブ、イピリムマブ、９Ｄ９、トレメリムマブ、ＡＧＥＮ１８８４、ＲＧ２０７７、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗体である。場合によっては、免疫腫瘍学療法は、細胞ベースの免疫腫瘍学療法である。場合によっては、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、対象への養子細胞移入（ＡＣＴ）を含む。場合によっては、ＡＣＴは、自家性または同種異系である。場合によっては、細胞ベースの免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）または工学操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。場合によっては、免疫腫瘍学療法に使用される細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を阻害する。場合によっては、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を認識することは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を増強する。
【００１８】
場合によっては、抗がん療法による処置は、対象への抗がん療法の複数用量の投与を含む。場合によっては、本方法は、抗がん療法の第１及び第２の用量を対象に投与することをさらに含む。場合によっては、抗がん療法の第１の用量は、治療用組成物の投与の前に対象に投与される。場合によっては、抗がん療法の第２の用量は、治療用組成物の投与の後に対象に投与される。場合によっては、第２の用量は、第１の用量と少なくとも同じ高さである。場合によっては、第２の用量は、第１の用量よりも高い。場合によっては、第１及び第２の用量の投与間の間隔は、治療用組成物を投与されない第２の対象における抗がん療法の連続した投薬間の間隔と比較して低減する。
【００１９】
場合によっては、対象は、抗がん療法による処置後に治療用組成物を投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１日後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも３日後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも５日後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１週間後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも４週間後に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも８週間後に投与される。場合によっては、対象は、抗がん療法による処置前に治療用組成物を投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１日前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも３日前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも５日前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも１週間前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも４週間前に投与される。場合によっては、治療用組成物は、抗がん療法による処置の少なくとも８週間前に投与される。場合によっては、対象は、抗がん療法と同時に治療用組成物を投与される。
【００２０】
場合によっては、対象は、がんを有する。場合によっては、がんは、基底細胞癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳及び中枢神経系のがん、乳癌、腹膜のがん、子宮頸癌、絨毛癌、結腸直腸癌、結合組織癌、消化器系のがん、子宮内膜癌、食道癌、眼癌、頭頸部のがん、胃癌、神経膠芽腫、肝細胞癌、肝細胞腫、上皮内腫瘍、腎臓癌もしくは腎癌、喉頭癌、白血病、肝癌、肺癌、黒色腫、骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、直腸癌、呼吸器系のがん、唾液腺癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、胃のがん、精巣癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、子宮癌もしくは子宮内膜癌、泌尿器系のがん、外陰癌、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非分割細胞ＮＨＬ、巨大腫瘤病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリーセル白血病、慢性骨髄芽球性白血病、他の癌腫及び肉腫、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される。場合によっては、がんは、膀胱癌、頭頸部癌、結腸直腸癌、腎臓癌もしくは腎癌、黒色腫、非小細胞肺癌、トリプルネガティブ乳癌、または尿路上皮癌である。場合によっては、がんは、ＰＤＬ−１＋及び／またはＣＴＬＡ４＋と分類される。
【００２１】
場合によっては、対象は、抗がん療法に対して治療抵抗性及び／または不応性である。場合によっては、治療用組成物の投与は、腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）の処置または阻害をもたらす。
【００２２】
場合によっては、糞便微生物叢は、ヒトドナーの便試料から得られる。場合によっては、糞便微生物叢は、単一のヒトドナーに由来する。場合によっては、微生物組成物は、複数のヒトドナーに由来する糞便微生物叢を含む。場合によっては、糞便微生物叢は、実質的に完全な糞便微生物叢である。場合によっては、微生物組成物は、繊維を実質的に欠いている。場合によっては、微生物組成物は、少なくとも１つの培養細菌株をさらに含む。場合によっては、ヒトドナーは、がんから回復したことがあり、がんの寛解期にあり、及び／または以前に抗がん療法に応答したものである。場合によっては、ヒトドナーは、対象であり、糞便微生物叢は、抗がん療法による処置前の対象から得られる。場合によっては、対象は、糞便微生物叢が得られるときにがんの症状を示していない。場合によっては、ヒトドナーは、健康なヒトドナーである。
【００２３】
場合によっては、微生物組成物は、凍結乾燥された細菌を含む。場合によっては、治療用組成物は、薬学的に許容される結合剤、崩壊剤、充填剤、及び／または保存剤をさらに含む。場合によっては、治療用組成物は、微生物組成物の腸内送達用に製剤化される。場合によっては、治療用組成物は経口投与される。場合によっては、治療用組成物は、微生物組成物を封入するカプセルを含む。場合によっては、カプセルは、対象の回腸または結腸内に微生物組成物を放出する外部腸溶コーティングを含む。場合によっては、カプセルは、対象の回腸内に微生物組成物を放出する。場合によっては、外部腸溶コーティングは、メタクリル酸コポリマー、酢酸フタル酸セルロース（ＣＡＰ）、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリ酢酸フタル酸ビニル、カルボキシメチルエチルセルロース、及びＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）タイプのポリマー（ポリ（メタクリル酸メチルメタクリレート）、酢酸コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、セルロースアセテートトリメリテート、ヒプロメロース（ＩＮＮ）ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、シェラック、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される化合物を含む。
【００２４】
場合によっては、対象は、治療用組成物の投与前に抗生物質及び／またはプレバイオティクスを投与される。
【００２５】
本開示のさらなる態様及び利点は、本開示の例示的な実施形態のみを示し記載している以下の詳細な説明から当業者に容易に明らかになる。理解されるように、本開示は他の実施形態及び異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、すべて本開示の範囲から逸脱することなく、様々な自明の点において改変が可能である。
【００２６】
したがって、この説明は、本質的に例示的と見なされるべきであり、限定と見なされるべきではない。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
本明細書では、がん患者に投与されると患者に特定の好ましい効果または治療効果をもたらし得る微生物組成物を含む医薬組成物が記載される。本明細書において「微生物組成物」とは、患者に投与すると治療効果をもたらし得る生きた微生物（例えば細菌）の複数の株の調製された混合物を指す。典型的には、本明細書に記載される微生物組成物は、糞便微生物叢に由来する生細菌を含む。
【００２８】
諸実施形態において、本明細書に記載される微生物調製物を含む治療用組成物の投与は、抗がん療法の効力を増大させることにより、がん患者における治療効果をもたらす。他の実施形態では、本明細書に記載される微生物調製物を含む治療用組成物の投与は、抗がん療法に関連または起因する腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）を処置、阻害、防止、または低減することにより、がん患者における治療効果をもたらす。
【００２９】
抗がん療法の効力の増大
本明細書では、抗がん療法の効力を増大させるための組成物及び方法が記載される。一例における方法は、微生物組成物（抗がん治療剤ありまたはなし）を含む治療用組成物を投与することと、抗がん療法を投与することとを含む。例えば、抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法剤の投与（ホルモン療法を含む）、幹細胞移植療法、または標的療法（免疫療法を含む）を含む。
【００３０】
諸実施形態において、微生物組成物は、例えば、腸脳軸を介して生じる、直接的な腫瘍治療効果、及び／または健康な微生物叢とがん処置との間の相乗的効果をもたらす。腸脳軸における微生物叢の役割は、例えば、Ｃａｒａｂｏｔｔｉ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｈｅ  ｇｕｔ−ｂｒａｉｎ  ａｘｉｓ：ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｅｎｔｅｒｉｃ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ，ｃｅｎｔｒａｌ  ａｎｄ  ｅｎｔｅｒｉｃ  ｎｅｒｖｏｕｓ  ｓｙｓｔｅｍｓ”Ａｎｎａｌｓ  ｏｆ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２８（２）２０２−２０９（２０１５）に記載されており、この全内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００３１】
諸実施形態において、微生物組成物は、抗がん療法に対する腫瘍応答性を維持または誘導する。例えば、抗がん療法の有効性が時間とともに衰えることにより、所望のレベルの治療効果を達成するために療法（例えば化学療法剤）の用量増大が必要になる場合がある。この実施形態では、本明細書において開示される方法は、抗がん療法に対してがん／腫瘍を維持及び誘導、例えば、再感作する。これにより、用量の低減、または所望の治療効果を得るのに必要な以前の用量への復帰が可能になる。諸実施形態において、治療用組成物は、無効または有害な抗がん療法を救援する。ここで、がんには多剤耐性があり、対象は、実質的な応答を伴わずに化学療法の１回以上のサイクルを受けた場合がある。したがって、本明細書において開示される方法は、不必要で有害な可能性がある抗がん療法の投与を回避または限定する。
【００３２】
諸実施形態において、微生物組成物は免疫系を強化する。一例として、本明細書において開示される方法は、抗がん療法のみによる処置と比べて、自然免疫系の応答を増大させる。また、本発明の方法は、抗がん療法のみによる処置と比べて、体液性免疫及び細胞性免疫の一方または両方などの適応免疫系の応答を増大させる。さらに、本発明の方法は、抗がん療法のみによる処置と比べて、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、好中球、ＮＫ細胞のうちの１つ以上の数または活性を増大させ得る。本発明の方法は、抗がん療法のみによる処置と比べて、腫瘍を殺滅及び／または抑制することができる細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球、Ｔヘルパー細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、抗腫瘍マクロファージ（例えば、Ｍ１マクロファージ）、Ｂ細胞、樹状細胞、またはそれらのサブセット））に有利になるように、かつ腫瘍を保護する細胞（例えば、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、腫瘍関連好中球（ＴＡＮ）、Ｍ２マクロファージ、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、またはそれらのサブセット）に対抗するように、免疫細胞の比を変化させ得る。例えば、本発明の方法は、エフェクターＴ細胞の制御性Ｔ細胞に対する比を増大させる。本発明の方法は、抗がん療法のみによる処置と比べて、炎症誘発性サイトカイン（例えば、インターロイキン−１（ＩＬ−１）、ＩＬ−１２、及びＩＬ−１８、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−ガンマ）、及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子）の分泌を増大させ、及び／または抗炎症性サイトカイン（例えば、インターロイキン（ＩＬ）−１受容体アンタゴニスト、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１３、インターフェロンアルファ（ＩＦＮ−アルファ、及びトランスフォーミング増殖因子−ベータ（ＴＧＦ−ベータ））の分泌を減少させ得る。
【００３３】
諸実施形態において、抗がん療法の効力を増大させるための本明細書に記載される組成物の投与は、抗がん療法と同時に実行することができる。例えば、本明細書に記載される微生物調製物または組成物を含む医薬組成物は、患者が抗がん療法で処置されている間（例えば、化学療法または放射線処置計画の期間中、例えば連続的な化学療法または放射線療法の投与間）に患者に投与され得る。他の実施形態では、抗がん療法の効力を増強するための組成物は、抗がん療法の後に投与され得る。例えば、本明細書に記載される微生物調製物または組成物を含む医薬組成物は、患者が抗がん療法による処置を終えた後（例えば、化学療法処置計画の完了時）に患者に投与され得る。他の例では、抗がん療法の効力を増強するための組成物は、抗がん療法の前に投与することができる。例えば、本明細書に記載される微生物調製物または組成物を含む医薬組成物は、患者が抗がん療法で処置される前（例えば化学療法処置計画の開始前）に患者に投与され得る。
【００３４】
諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与と同じ日に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の前日に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも２日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも３日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも４日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも５日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも６日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の少なくとも１週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも１週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも２週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも３週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも４週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも５週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも６週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも７週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも８週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の翌日に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも２日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも３日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも４日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも５日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも６日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも１週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも２週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも３週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも４週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも５週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも６週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも７週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、抗がん療法の効力を増強するために、抗がん療法の投与の少なくとも８週間後に対象に投与される。
【００３５】
本明細書で使用される場合、抗がん療法の「効力を増大させる」とは、少なくとも、抗がん療法の所望の治療効果の促進及び／または抗がん療法の所望の治療アウトカムに向けた推進を意味する。例として、効力を増大させることは、抗がん療法のみによる処置と比較して、腫瘍サイズを縮小させること（部分的応答または完全応答を含む）、がん細胞（例えば、血液試料中の血液癌細胞）の数を低減させること、転移を減少させる／排除すること、がん細胞の増殖を停止させること、再発リスクを軽減すること、がんの臨床ステージ及び／またはグレードを低下させること、がん細胞の数もしくは増殖の低減に関連する１つ以上のバイオマーカーの発現を増大させること、及び／または生活の質の指標（無病生存期間）を改善することのうちの１つ以上を含み得る。諸実施形態において、本明細書において開示される方法は、例えば、ＴＮＭ（腫瘍（Ｔｕｍｏｒ）、リンパ節転移（Ｎｏｄｅ  ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ）、及び転移の広がり（Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  ｓｐｒｅａｄ））ステージ分類システムに従う腫瘍グレードにおいて、抗がん療法のみを含む方法による低減よりも大きな低減をもたらす。例えば、ある処置の過程において、ステージＩＶ腫瘍はステージＩＩ腫瘍に低減し得るが、抗がん療法のみを含む処置の過程では、ステージＩＶ腫瘍はステージＩＩＩ腫瘍にしか低減しない場合がある。同様に、本明細書において開示される方法は、がんステージ（がん細胞が異常に見える程度、増殖する速度、及び転移する可能性に関連する）において、抗がん療法のみを含む方法よりも大きな低減をもたらす。また、本明細書において開示される方法は、抗がん療法のみを含む処置よりも速く、かつより大きな程度まで腫瘍のサイズを縮小し得る。
【００３６】
腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）
本明細書では、抗がん療法に関連または起因するＯＴＩＣを処置、防止、阻害、または低減するための組成物及び方法が記載される。一例における方法は、微生物組成物（抗がん治療剤ありまたはなし）を含む治療用組成物を投与することと、抗がん療法を投与することとを含む。例えば、抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法剤の投与（ホルモン療法を含む）、幹細胞移植療法、または標的療法（免疫療法を含む）を含む。諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、腸内毒素症に起因する。
【００３７】
諸実施形態において、ヒト対象は、抗がん療法を受けたことがあり、及び／または抗がん療法を受けており、かつ抗がん療法のＯＴＩＣを有する。諸実施形態において、ヒト対象は、抗がん療法を受けたことがあり、及び／または抗がん療法を受けており、かつ抗がん療法のＯＴＩＣを発症するリスクがある。諸実施形態において、ヒト対象は、抗がん療法を受ける予定であり、かつ抗がん療法のＯＴＩＣを発症するリスクがある。
【００３８】
諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、がんに関連する出血である。
【００３９】
諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、消化器系における筋肉の収縮障害を引き起こす、例えば、悪心、嘔吐、腹部膨満、及び／または栄養不良を引き起こす腸運動障害である。
【００４０】
諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、がん消耗性／栄養不良症候群、例えば、悪液質または筋肉減少症である。
【００４１】
諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、大腸炎、例えば、直腸炎である。諸実施形態において、直腸炎は、放射線療法に起因する放射線直腸炎である。
【００４２】
諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、腸脳軸に関連する障害である。諸実施形態において、腸脳軸に関連する障害は、鬱または不安である。諸実施形態において、腸脳軸に関連する障害は、疲労である。当技術分野で公知であるように、疲労は、抗がん療法のＯＴＩＣで最も一般的なものの１つであり、抗プログラム細胞死受容体１（ＰＤ−１）剤及び抗プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）剤では１６〜２４パーセント、イピリムマブ（例えば、ＹＥＲＶＯＹ）で処置されたものではおよそ４０パーセントの全体的頻度で疲労を経験すると推定される。
【００４３】
諸実施形態において、抗がん療法のＯＴＩＣは、感染であり、及び／または腸内毒素症に関連する。諸実施形態において、感染は、ウイルス感染、例えば、ウイルスががん関連ウイルスであるものである。諸実施形態において、対象は、抗ウイルス化合物をさらに投与される。
【００４４】
諸実施形態において、感染は、例えば、抗生物質耐性Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、または広域スペクトルベータラクタマーゼ生成Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＥＳＢＬ−Ｅ）から選択される抗生物質耐性菌に起因する細菌感染である。
【００４５】
諸実施形態において、手術のＯＴＩＣは、手術創及び／または手術に関連する出血である。
【００４６】
諸実施形態において、化学療法剤のＯＴＩＣは、脱毛症である。
【００４７】
諸実施形態において、幹細胞移植療法のＯＴＩＣは、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）である。
【００４８】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法のＯＴＩＣは、心血管関連；皮膚及び粘膜関連；内分泌疾患、例えば、自己免疫性甲状腺疾患、甲状腺機能低下症、甲状腺機能亢進症、下垂体炎、甲状腺炎、甲状腺中毒症、副腎不全、及び１型真性糖尿病；膵外分泌関連；胃腸管、例えば、大腸炎、下痢、肝炎、及び急性膵炎；血液関連；肝毒性；輸注反応、例えば、発熱、悪寒、そう痒、低血圧症、呼吸困難、胸部不快感、発疹、蕁麻疹、血管浮腫、喘鳴または頻拍、及びアナフィラキシー；神経関連；眼科関連；肺関連、例えば、間質性肺炎及びサルコイドーシス；間質性肺炎；腎臓関連；ならびにリウマチまたは筋骨格関連から選択される。諸実施形態において、細胞ベースの免疫腫瘍学療法のＯＴＩＣは、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）である。
【００４９】
諸実施形態において、抗がん療法に関連または起因するＯＴＩＣの処置または防止は、抗がん療法と同時に実行することができる。例えば、本明細書に記載される微生物調製物または組成物を含む医薬組成物は、患者が抗がん療法で処置されている間（例えば、化学療法または放射線処置計画の期間中、例えば連続的な化学療法または放射線の投与間）に患者に投与され得る。他の実施形態では、抗がん療法に関連または起因するＯＴＩＣの処置または防止は、抗がん療法に続けて実行することができる。例えば、本明細書に記載される微生物調製物または組成物を含む医薬組成物は、患者が抗がん療法による処置を終えた後（例えば、化学療法処置計画の完了時）に患者に投与され得る。他の例では、抗がん療法に関連または起因するＯＴＩＣの処置または防止は、抗がん療法の前に実行することができる。例えば、本明細書に記載される微生物調製物または組成物を含む医薬組成物は、患者が抗がん療法で処置される前（例えば化学療法処置計画の開始前）に患者に投与され得る。そのような場合、本明細書に記載される組成物の投与は、抗がん療法の結果としてのＯＴＩＣの発症に対する患者の感受性を低下させ得る。
【００５０】
諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与と同じ日に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の前日に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも２日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも３日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも４日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも５日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも６日前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の少なくとも１週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも１週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも２週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも３週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも４週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも５週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも６週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも７週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも８週間前に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の翌日に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも２日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも３日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも４日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも５日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも６日後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも１週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも２週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも３週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも４週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも５週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも６週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも７週間後に対象に投与される。諸実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、ＯＴＩＣを処置または防止するために、抗がん療法の投与の少なくとも８週間後に対象に投与される。
【００５１】
本明細書で使用される場合、抗がん療法の「腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）」とは、少なくとも、抗がん療法に起因もしくは関連する望ましくない帰結及び／または非治療効果を意味する。ＯＴＩＣは、対象をＯＴＩＣがない場合と比べて不健康な状態にする。この不健康な状態は、対象の身体ががんと闘うのに理想的な状態ではないため、抗がん療法の所望の治療アウトカムに向けた推進を阻害し、回復までに必要な処置時間を長引かせ、及び／または抗がん療法の用量／処置回数を増大させる場合がある。諸実施形態において、ＯＴＩＣは「副作用」と同義である。さらに、ＯＴＩＣは、がんが処置された後も持続する長期的な影響をもたらし得る。そのような長期的な影響の例としては、心血管障害（うっ血性心不全（ＣＨＦ）、冠動脈疾患、及び高血圧症を含む）、肺障害、内分泌（ホルモン）系障害（糖尿病、甲状腺機能低下症、閉経、及びメタボリックシンドロームを含む）、骨、関節、及び軟組織の障害、消化器障害、毛髪喪失、腎障害、歯及び口腔の問題、脳、脊髄、及び神経の障害、ならびに二次がんが挙げられる。
【００５２】
本明細書に記載されるＯＴＩＣは、対象への抗がん療法の投与によって対象において誘発される状態を指す。本明細書において、抗がん療法とＯＴＩＣとの間の関係に関して使用される場合の「誘発される」という用語は、抗がん療法の投与に起因する状態または抗がん療法によって増悪する対象の既存の状態の両方を包含する。諸実施形態において、抗がん療法で処置される対象は、抗がん療法の投与前にＯＴＩＣの症状を示さなかったものである。諸実施形態において、抗がん療法で処置される対象は、以前にＯＴＩＣと診断されたことがない。諸実施形態において、本明細書に記載されるＯＴＩＣは、対象への抗がん療法の投与に起因する。他の実施形態では、抗がん療法で処置される対象は、抗がん療法の投与前にＯＴＩＣの症状を示したものであり、抗がん療法の投与は、１つ以上の症状を増悪もしくは悪化させたか、または抗がん療法前には存在しなかったさらなる症状の出現をもたらしたものである。諸実施形態において、抗がん療法を投与される対象は、抗がん療法による処置の直前にＯＴＩＣの症状を示さず、過去にＯＴＩＣの症状を示したものである。例えば、諸実施形態において、抗がん療法を投与される対象は、抗がん療法による処置の直前にＯＴＩＣの症状を示さなかったが、ＯＴＩＣの症状を過去６か月間、１年間、１．５年間、２年間、３年間、または５年間に示したものである。諸実施形態において、抗がん療法での処置によって誘発されるＯＴＩＣは、対象における潜伏状態の再燃または再出現をもたらす。
【００５３】
諸実施形態において、抗がん療法を投与される対象のＯＴＩＣを処置するための本明細書に記載される組成物の投与は、抗がん療法のさらなる投与の効力を増強し得る。諸実施形態において、微生物組成物を含む治療用組成物により、微生物組成物を含む治療用組成物の投与の経験または予定がない対象と比べて、（ｉ）処置毎の抗がん療法の用量の維持もしくは用量の増大、（ｉｉ）抗がん療法の処置投薬回数の増大、及び／または（ｉｉｉ）抗がん療法の投薬間の間隔の低減が可能になる。がん処置の用量規制毒性を低減させることにより、対象は、より強力／攻撃性の高い抗がん治療薬に耐えることができる。他の実施形態では、第１の抗がん療法を投与された対象のＯＴＩＣを処置するための本明細書に記載される組成物の投与は、第１の抗がん療法とは異なる第２の抗がん療法の投与を可能にし得る。
【００５４】
抗がん療法
諸実施形態において、抗がん療法は、腫瘍または癌性細胞を含む臓器／組織を切除する手術であり得る。
【００５５】
諸実施形態において、抗がん療法は、化学療法剤の投与を含む。化学療法剤は、チオテパ及びシトキサンシクロスホスファミドなどのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル；ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパなどのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド及びトリメチロロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン；アセトゲニン（例えば、ブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビセレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（例えば、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体のＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムヌスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）などのニトロソウレア；エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマＩＩ及びカリケアマイシンオメガＩＩ）などの抗生物質；ジネミシンＡを含むジネミシン；クロドロネートなどのビスホスホネート；エスペラミシン；ネオカルチノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗薬；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなどのピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；ミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤；フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）などの葉酸補給剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトラキサート；デメコルチン；ジアジコン；エルフォルミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；マイタンシン及びアンサミトシンなどのマイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（例えば、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬパクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、パクリタキセルのアルブミン工学操作ナノ粒子製剤であるＣｒｅｍｏｐｈｏｒ不含ＡＢＲＡＸＡＮＥ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，１１１．）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥドキセタキセル（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロランブシル；ＧＥＭＺＡＲゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチン及びカルボプラチンなどの白金類似体；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ．ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）（イリノテカンと５−ＦＵ及びロイコボリンの処置レジメンを含む）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸などのレチノイド；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキサリプラチン処置レジメン（ＦＯＬＦＯＸ）を含むオキサリプラチン；ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ）；細胞増殖を低減させるＰＫＣ−α、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲ（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ））またはＶＥＧＦ−Ａの阻害剤、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体から選択され得る。
【００５６】
諸実施形態において、抗がん療法は、末梢血移植、骨髄移植、臍帯血移植、または皮膚由来幹細胞移植を含む幹細胞移植療法である。
【００５７】
諸実施形態において、抗がん療法は、標的療法である。例えば、標的療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することができる少なくとも１つの分子を含む免疫腫瘍学療法であってもよく、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することができる少なくとも１つの分子は、工学操作されたタンパク質、融合タンパク質、抗体、またはサイトカインであってもよい。諸実施形態において、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原は、２Ｂ４、４１ＢＢ、Ａ２ＡＲ、ＡＬＫ、Ｂ−７ファミリーリガンド（Ｂ７−１、Ｂ７−２、Ｂ７−ＤＣ、Ｂ７−Ｈ１、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ５、Ｂ７−Ｈ６及びＢ７−Ｈ７を含むがこれらに限定されない）、ＢＲＡＦ、ＢＴＫ、ＢＴＬＡ、ＣＣＲ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ５０、ＣＤ７３、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０／Ｂｙ５５、ＣＤ１７２ａ／ＳＩＲＰα、ＣＤ２００、ＣＤ２２３、ＣＤ２４４、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＨＫ１及びＣＨＫ２キナーゼ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＬＡ−４、ＣＸＣＲ、ＤＮＭＴ、ＥＧＦｒ、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＤＡＣ、ＨＥＲ−２、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＫＲＡＳ、ＬＡＧ３、ＭＥＫ、ｍＴｏｒ、ＮＫＧ２Ａ、ＯＸ４０、ＰＡＲＰ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＳＴＡＴ３、ＴＧＦ−ベータ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＫＩ、ＴＬＲ（Ｔｏｌｌ様受容体、例えば、ＴＬＲ９  ＆  ＴＬＲ８）、ＴＭＩＧＤ２、ＶＥＧＦ、ＶＩＳＴＡ／ＶＳＩＧ８、ならびにそのリガンドまたはそれらの受容体である。諸実施形態において、少なくとも１つの分子は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２から選択される腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原に結合し、及び／またはそれを認識する。
【００５８】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、ニボルマブ（ＯＮＯ  ４５３８、ＢＭＳ  ９３６５５８、ＭＤＸ１１０６、ＯＰＤＩＶＯ（Ｂｒｉｓｔｏｌ  Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ））、ペムブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ／ＭＫ  ３４７５、Ｍｅｒｃｋ）、ピジリズマブ（ＣＴ  ０１１、Ｃｕｒｅ  Ｔｅｃｈ）、ＲＭＰ１−１４、ＡＧＥＮ２０３４（Ａｇｅｎｕｓ）、及びセミプリマブ（（ＲＥＧＮ−２８１０）、イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ）、９Ｄ９、トレメリムマブ（旧称チシリムマブ、ＣＰ−６７５，２０６；ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＡＧＥＮ１８８４、及びＲＧ２０７７からなる群から選択される抗体を含む。諸実施形態において、抗体は、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（ペムブロリズマブ）、ＯＰＤＩＶＯ（ニボルマブ）、またはＹＥＲＶＯＹ（イピリムマブ）である。
【００５９】
諸実施形態において、抗がん療法は、例えば、チェックポイント分子、例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＩＣＯＳ、ＩＣＯＳＬ、及びＣＴＬＡ−４を結合及び／または認識することを含む、免疫腫瘍学療法を含む。諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（ペムブロリズマブ）、ＯＰＤＩＶＯ（ニボルマブ）、またはＹＥＲＶＯＹ（イピリムマブ）の投与を含む。
【００６０】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、例えば、養子細胞移入（ＡＣＴ）に関連する、細胞ベースの免疫腫瘍学療法を含む。諸実施形態において、ＡＣＴは、自家性または同種異系である。諸実施形態において、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法であるか、抗原提示細胞（ＡＰＣ）関連療法であるか、工学操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の使用を含むか、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の使用を含む。
【００６１】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を遮断及び／または防止する、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することを含む。
【００６２】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を活性化及び／または刺激する、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することを含む。
【００６３】
諸実施形態において、標的療法は、ＳＴＩＮＧアゴニスト、例えば、５，６−ジメチルキサンテノン−４−酢酸（ＤＭＸＡＡ）、ＭＩＷ８１５（ＡＤＵ−Ｓ１００）、またはＭＫ−１４５４を含む。
【００６４】
諸実施形態において、標的療法は、インターロイキン、例えば、ＩＬ−２１またはＩＬ−１５を含む。
【００６５】
諸実施形態において、対象は、例えば、チェックポイント分子を対象とし、場合により、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（ペムブロリズマブ）、ＯＰＤＩＶＯ（ニボルマブ）、またはＹＥＲＶＯＹ（イピリムマブ）の投与を含む、抗がん療法に対して治療抵抗性及び／または不応性である。
【００６６】
諸実施形態において、標的療法は、腫瘍成長を阻害するための抗体ではない小分子の投与を含む。小分子の例としては、アキシチニブ（Ｉｎｌｙｔａ）、バチマスタット（ＢＢ−９４）、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ）、ボスチニブ（Ｂｏｓｕｌｉｆ）、カボザンチニブ（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ）、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ）、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ）、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ）、エベロリムス（ａｆｉｎｉｔｏｒ）、ガネテスピブ、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ）、イブルチニブ（Ｉｍｂｒｕｖｉｃａ）、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ）、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）、マリマスタット（ＢＢ−２５１６）、マリゾミブ（ＮＰＩ−００５２）、ナビトクラクス（ＡＢＴ−２６３）、ネオバスタット（ＡＥ−９４１）、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ）、ＮＶＰ−ＡＵＹ９２２、オバトクラクス（ＧＸ１５−０７０）、パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ）、ペリフォシン、ポナチニブ（Ｉｃｌｕｓｉｇ）、プリノマスタット（ＡＧ−３３４０）、レビマスタット（ＢＭＳ−２７５２９１）、レゴラフェニブ（Ｓｔｉｖａｇｒａ）、ルキソリチニブ（ｊａｆａｋｉ）、セリシクリブ（ロスコビチンまたはＣＹＣ２０２）、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ）、スニチニブ（ｓｕｔｅｎｔ）、テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９）、トラメチニブ（Ｍｅｋｉｎｉｓｔ）、及びバンデテニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６７】
ドナーの事前スクリーニング
諸実施形態において、本明細書において開示される糞便微生物叢を含む微生物組成物の出発材料は、１名のスクリーニングされたヒトドナーまたは２名以上のスクリーニングされたヒトドナー（例えば、複数のヒトドナー）からドナー提供される糞便である。
【００６８】
諸実施形態において、潜在的なドナーは、以下を介してスクリーニングされる：（１）初期予備スクリーニング［登録前に、潜在的なドナー（例えば、約１８歳〜約５０歳）に、ドナー健康質問票（ＤＨＱ）から選択される質問のサブセットを含む予備スクリーニングを受けさせ、適格性を評価する］、及び／または（２）ドナーの対面式面談。潜在的なドナーが初期予備スクリーニングに合格した場合、当人は、医療従事者との対面式面談及び臨床評価を実施する。この面談の一環として、潜在的なドナーは、インフォームドコンセントと、真実、正確、かつ完全な情報を提供することを保証するドナー宣誓供述書とに記入する。ＤＨＱ、対面式面談、及び臨床評価により、潜在的なドナーのドナー適格性が決まる。
【００６９】
ＤＨＱ及び臨床評価は、ドナーになることを妨げる（例えば一時的及び恒久的に）関連性のある判定基準を特定する。ＤＨＱの対象となる判定基準には、次の３つのカテゴリがある：（１）感染リスク因子、例えば、多剤耐性生物（ＭＤＲＯ）、抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）、高リスクの性的行動、違法薬物使用を含む社会歴、高リスクの旅行歴（現在のインターナショナルＳＯＳ（ＩＳＯＳ）ガイドラインにより定義されている高リスクまたは非常に高リスクの地域に潜在的なドナーが旅行した場合の１２か月の除外を含む）の因子のリスク、（２）マイクロバイオームが媒介する可能性のある状態及び全体的健康状態、例えば、胃腸管併存症、代謝併存症、神経学的併存症、精神医学的併存症、慢性疼痛症候群、感染性疾患、自己免疫疾患、アトピー、喘息、及びアレルギー（食品及びその他）、悪性病変、手術／他の治療歴、現在の症状（排便習慣を含む）、抗菌療法を含む薬物療法、食事、及び家族歴、ならびに（３）潜在的な女性のドナーについては妊娠及び母乳育児の状態。諸実施形態において、臨床評価は、例として、体温、血圧、心拍数、呼吸数、胴囲、及び肥満度指数（ＢＭＩ）を含むバイタルサインの決定を含む。
【００７０】
諸実施形態において、ＤＨＱは、潜在的な血液ドナーをスクリーニングするために赤十字によって使用されるものと類似している（必要に応じて質問の数は減少または増加する）。
【００７１】
ＤＨＱ、対面式面談の結果、及び臨床評価に基づいてドナーになるのに適格である潜在的なドナーは、その後、血清学、便、及び鼻腔スワブの一連のスクリーニング／検査を受ける。血清学、便、及び鼻腔スワブ検査／スクリーニングは、診断検査室、例えば、Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ  Ａｍｅｎｄｍｅｎｔｓ（ＣＬＩＡ）の認定を受けた診断検査室と協力して行う。
【００７２】
表１は、諸実施形態のドナースクリーニングプロセスの一環として実施した例示的な血清学、便、及び鼻腔スワブスクリーニング／検査の概要を提示する。スクリーニング／検査は、当技術分野で周知の条件下で行う。例えば、非限定的な例として、Ｃ型肝炎は、イムノアッセイ（ＩＡ）によって検出することができ、Ｓｈｉｇａは、エンザイムイムノアッセイ（ＥＩＡ）によって検出することができ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅは、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によって検出することができる。
【００７３】
【表１】
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【００７４】
諸実施形態において、潜在的なドナーは、例えば、表１に挙げた病原体のうちの１つに起因する感染性疾患についての検査／スクリーニングで陽性結果を示した場合に除外される。諸実施形態において、ＨＩＶ−１／２、Ｂ型肝炎、またはＣ型肝炎の検査で陽性を示す潜在的なドナーは、ドナー提供から無期限に除外される。
【００７５】
諸実施形態において、Ａ型肝炎、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはＳｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓの検査で陽性を示す潜在的なドナーは、奏功する処置が完了し、症状が解消し、症状の再発が起こらなくなってから８週間後までドナー提供を保留される。
【００７６】
諸実施形態において、アデノウイルス、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ及びＩｓｏｓｐｏｒａ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ、ノロウイルス、卵及び寄生虫、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ、Ｓｈｉｇａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ、またはＶｉｂｒｉｏ  ｓｐｐの検査で陽性を示す潜在的なドナーは、直ちに留保され、症状の解消、処置の完了、及び無再発確認から８週間にわたって保留される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、症状の解消、処置の完了、及び無再発確認から８週間にわたって保留されたドナーは、組み入れの可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【００７７】
諸実施形態において、ロタウイルスの検査で陽性を示す潜在的なドナーは直ちにドナー提供を留保され、繰り返し確認検査を受ける。陽性と確認された場合、これらのドナーは８週間にわたってドナー提供に不適格となる。スクリーニングされ、ロタウイルスを理由として８週間にわたって保留されたドナーは、組み入れの可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【００７８】
諸実施形態において、多剤耐性生物（ＭＤＲＯ）または抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）、例えば、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＦＲＥ）、及び広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）の検査で陽性を示す潜在的なドナーは、直ちに留保され、処置／脱コロニー化（ｄｅｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ）が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留されたドナーは、組み入れの可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【００７９】
諸実施形態において、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）の検査で陽性を示す潜在的なドナーは、直ちに留保され、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留されたドナーは、組み入れの可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【００８０】
諸実施形態において、潜在的なドナーは、肝機能パネル、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）、アルブミン、ビリルビン（総、直接、または間接）、及び白血球分画を含む全血球数（ＣＢＣ）のアッセイを含み得る追加スクリーニングに試料を提出し得る。これらの追加スクリーニングアッセイの結果が正常範囲（例えば表２を参照されたい）の外にあるドナーは、便をドナー提供するのに不適格である可能性が高い。
【００８１】
【表２】
2021514968.tif 000003
【００８２】
異常なアッセイ結果の原因が感染性であるか、さもなければドナーまたはＦＭＴレシピエントの健康を損ない得ることが見出された場合、そのドナーは、臨床用途のために便をドナー提供することから除外される可能性がある。例として、異常な測定値の原因が臨床的に有意でなく、ＦＭＴレシピエントを驚異にさらさないと判断された場合や、結果が偶発的な人為的結果である場合や、またはジルベール症候群に起因する場合は、ドナーは登録／再登録の検討対象となり得る。
【００８３】
他のスクリーニングまたは検査を使用して、潜在的なドナーの除外または組み入れを行ってもよい。
【００８４】
諸実施形態において、潜在的なドナーは、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）及びエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）の一方または両方に対して陽性であり得る。大規模な一連の免疫不全患者（Ｋｅｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．２０１４）及び実質臓器移植患者（Ｆｉｓｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．２０１７）を含む成人ドナー（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．２０１６）からＦＭＴを受けたものの間で、ＣＭＶまたはＥＢＶ感染の症例は報告されていない。
【００８５】
諸実施形態において、潜在的なドナーは、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓに対して陽性であり得る。諸実施形態において、ドナーがＬ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ感染の症状を示さない限り、ドナー提供される材料及び／または血清学的試料をＬ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓについて検査しない。
【００８６】
諸実施形態において、潜在的なドナーにより提供された糞便試料または血液試料を特定の微生物、代謝物、及び／またはバイオマーカーの存在について分析することにより、このドナーをさらにスクリーニングする。代謝物及び／またはバイオマーカーの例としては、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、ＴＮＦ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１、神経伝達物質（例えば、セロトニン及びＧＡＢＡ）、レプチン、アディポネクチン、及びグリカン生合成または胆汁酸生合成に関与するタンパク質が挙げられる。
【００８７】
諸実施形態において、潜在的なドナーにより提供された糞便試料をがんの処置に関連する特定の細菌株の存在について分析することにより、このドナーをさらにスクリーニングする。
【００８８】
諸実施形態において、潜在的なヒトドナーは、がんから回復したことがあるか、またはがんの寛解期にある。諸実施形態において、潜在的なヒトドナーは、がんの寛解期にあり、かつ以前に抗がん療法に応答したものである。
【００８９】
諸実施形態において、対象は、抗がん療法による処置を受ける前に対象から収集された糞便微生物叢を投与される（すなわち、対象は、投与される糞便微生物叢のドナーである）。この実施形態では、対象が抗がん療法を受ける前に対象の糞便微生物叢を収集し、「バンク」し、抗がん療法の施行中または施行後に糞便微生物叢を対象に投与する。言い換えれば、この投与は、抗がん療法による処置の前に収集された糞便微生物叢を使用する自家投与である。ここでの目標は、対象のマイクロバイオームを抗がん療法前に存在した多様性に戻すことである。
【００９０】
ドナー提供プロセス
いくつかの実施形態では、便のドナー提供事象の前または後に、事前スクリーニングされたドナーはＤＨＱに記入する。ドナーがこの質問票において肯定的な回答をした場合、ドナーの適格性をさらに評価する。ドナーの回答が除外基準に関わる健康状態の変化を示す場合、ドナー提供材料は処分される。ドナーのＤＨＱ結果が除外事由を示さない場合、容器及びその中に収容された便材料を処理する。
【００９１】
諸実施形態において、糞便微生物叢の供給源として使用される糞便は、概して、外観、力価、ｐＨ、含水量、及び特定の感染因子の非存在の１つ以上の検査に合格したものである。
【００９２】
いくつかの実施形態では、ドナーが健康であることを保証するために、ドナーは、便のドナー提供の時間前後に対面式の臨床健康チェックを完了する場合がある。ドナーが良好／最適な健康状態にない場合、ドナー提供材料は処分される場合がある。
【００９３】
いくつかの実施形態では、ドナーは概して良好な健康状態にあり、そのような良好な健康状態と一致する微生物叢を有する。多くの場合、ドナーは、便のドナー提供前の一定期間内に抗生物質化合物を投与されていない。
【００９４】
いくつかの実施形態では、ドナーは、過敏性腸疾患（例えば、クローン病及び潰瘍性大腸炎）、過敏性腸症候群、セリアック病、結腸直腸癌、またはこれらの疾患の家族歴を有しない。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ある特定の属または種を含む治療用組成物の効力の増大をもたらすような属及び／または種の存在についてドナーを選択する。いくつかの実施形態では、好ましいドナーは、比較的高い濃度の胞子を有する便材料をドナー提供する。いくつかの実施形態では、好ましいドナーは、増大した効力を有する胞子を含む便材料をドナー提供する。
【００９６】
いくつかの実施形態では、抗がん療法のＯＴＩＣを防止または低減させる特定の属及び／または種の存在についてドナーを選択する。いくつかの実施形態では、好ましいドナーは、比較的高い濃度の胞子を有する便材料をドナー提供する。いくつかの実施形態では、好ましいドナーは、抗がん療法のＯＴＩＣを防止または低減させるものを含む便材料をドナー提供する。
【００９７】
いくつかの実施形態では、ドナー提供された便材料またはドナー提供された便の試料が追加スクリーニングに使用され得る。追加スクリーニングは、肝機能パネル、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）、アルブミン、ビリルビン（総、直接、間接）、及び白血球分画を含む全血球数（ＣＢＣ）のアッセイを含み得る。これらの追加スクリーニングアッセイの結果が正常範囲（例えば表２を参照されたい）の外にあるドナーの場合、ドナー提供材料は処分される場合がある。
【００９８】
他のスクリーニングまたは検査を使用して、ドナーを一時的または恒久的に除外してもよい。
【００９９】
諸実施形態において、ドナー提供材料は、感染因子の存在について、標準的な微生物学的アッセイを使用してスクリーニングされる。感染因子を含むドナー提供材料は処分される場合がある。
【０１００】
いくつかの実施形態では、Ａ型肝炎、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはＳｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓの検査で陽性を示すドナーは、奏功する処置が完了し、症状が解消し、症状の再発が起こらなくなってから８週間後までドナー提供を保留される。影響を受けたドナー提供材料は廃棄される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、症状の解消、処置の完了、及び無再発確認から８週間にわたって保留されたドナーは、ドナーとしての復帰の可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、アデノウイルス、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ及びＩｓｏｓｐｏｒａ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ、ノロウイルス、卵及び寄生虫、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ、Ｓｈｉｇａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ、またはＶｉｂｒｉｏ  ｓｐｐの検査で陽性を示すドナーは、直ちに留保され、症状の解消、処置の完了、及び無再発確認から８週間にわたって保留される。影響を受けたドナー提供材料は処分される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、症状の解消、処置の完了、及び無再発確認から８週間にわたって保留されたドナーは、ドナーとしての復帰の可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ロタウイルスの検査で陽性を示すドナーは直ちにドナー提供を留保され、繰り返し確認検査を行う。陽性と確認された場合、これらのドナーは各自のドナー提供材料を処分され、８週間にわたってドナー提供に不適格となる。スクリーニングされ、ロタウイルスを理由として８週間にわたって保留されたドナーは、ドナーとしての復帰の可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【０１０３】
多剤耐性生物（ＭＤＲＯ）または抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）、例えば、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＦＲＥ）、及び広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）の検査で陽性を示すドナーは、直ちに留保され、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留される。影響を受けたドナー提供材料は処分される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留されたドナーは、ドナーとしての復帰の可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）の検査で陽性を示すドナーは、直ちに留保され、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留される。影響を受けたドナー提供材料は処分される。スクリーニングされ、上記のいずれかを理由として、処置／脱コロニー化が奏功して症状または再発がなくなってから８週間にわたって保留されたドナーは、ドナーとしての復帰の可否を評価するために繰り返し全スクリーニングを受ける場合がある。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、ドナーは、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）及びエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）の一方または両方に対して陽性であり得る。大規模な一連の免疫不全患者（Ｋｅｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）及び実質臓器移植患者（Ｆｉｓｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１７）を含む成人ドナー（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）からＦＭＴを受けたものの間で、ＣＭＶまたはＥＢＶ感染の症例は報告されていない。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ドナーは、ＨＩＶセロコンバージョンを考慮して、各自の最後のドナー提供から約２１日、例えば２週間から１か月またはそれ以上後に血液検査を受ける。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ドナーは、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓに対して陽性であり得る。諸実施形態において、ドナーがＬ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ感染の症状を示さない限り、ドナー提供される材料及び／または血清学的試料をＬ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓについて検査しない。
【０１０８】
ドナーは、容器、例えば便器検体収集器に便を入れて引き渡す場合がある。いくつかの実施形態では、容器の蓋を封止し、及び／または二次収容手段として再封止可能なプラスチック袋に入れる。
【０１０９】
ドナー提供物の提出時、ドナーは各自、便を引き渡したことを保証する。
【０１１０】
ドナー提供物の提出時、ドナーは、ドナーの識別コードを含む識別カードを提示し、この識別コードは、ドナーによるドナー提供物に関連するすべての記録に相関付けられる。
【０１１１】
各容器は、少なくとも容器をドナー及びドナーからの特定のドナー提供物と関連付ける数字、文字、記号、もしくはそれらの組み合わせ、マーク、マイクロチップ、及び／またはバーコードの集合によって識別可能である。
【０１１２】
ドナー提供の日時及び／または好適な施設への提出日時が記録される。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、容器は、二次収容手段（例えばバッグ）及び／または三次収容手段内に保管される。諸実施形態において、二次及び／または三次収容手段は、タンパーエビデント性輸送バッグであり得る。
【０１１４】
ドナー提供材料の質量は、例えば、ドナー提供材料を含む容器及び収容手段から、空の容器及び二次または三次収容手段（例えば１つまたは複数のバッグ）の質量を差し引くことによって測定され得る。
【０１１５】
諸実施形態において、ドナー提供材料の処理は、便材料の引き渡しから６時間以内に始まる。便の処理までの経過時間が記録される場合がある。
【０１１６】
諸実施形態において、ドナー提供材料を含む容器は、バイオセーフティキャビネット、例えば、広域スペクトル消毒剤（殺胞子薬として機能し得る）で清掃／滅菌され、及び／またはＵＶで滅菌されている衛生処理されたバイオセーフティキャビネットに移され得る。諸実施形態において、ブリストル便スケールを使用し、及び／または血便、メレナ、粘液、及び／または脂肪便について、バイオセーフティキャビネット内でドナー提供材料を目視検査する。ドナー提供材料からの試料収集は、バイオセーフティキャビネットの中で行ってもよい。
【０１１７】
諸実施形態において、ブリストル便スケールを使用し、及び／または血便、メレナ、粘液、及び／または脂肪便について、バイオセーフティキャビネットの外でドナー提供材料を評価する。ドナー提供材料からの試料収集は、バイオセーフティキャビネットの外で行ってもよい。
【０１１８】
ブリストルタイプ３未満の便及びブリストルタイプ５を超える便は処分される。
【０１１９】
血便、メレナ、粘液、及び／または脂肪便の兆候を呈する便は処分される場合がある。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、ドナー提供材料は、約６０日間、例えば、３０〜９０日間の「収集期間」にわたり、かつドナーが第２のＤＨＱ、第２の対面式臨床評価、及び／または第２の血清学、便、及び／または鼻腔スワブ検査一式（上述のとおり）に合格するまで隔離される（すなわち、原薬に含まれず、及び／または製剤に含まれない）。表３を参照されたい。
【０１２１】
【表３】
2021514968.tif 000004
【０１２２】
【表４】
2021514968.tif 000005
【０１２３】
いくつかの実施形態では、ドナー提供された便の微生物叢の生存能は、ドナー提供された便、別様に精製された形態のドナー提供された便、濾液、均質化された生成物、解凍凍結された中間体、プールされた材料、及び／または原薬の試料を培養することによって確認され得る。便または便由来生成物から微生物叢を培養する方法は、当技術分野で周知である。いくつかの実施形態では、偏好性で増殖の遅い絶対的嫌気性の細菌の単離及び培養を可能にする、一般的に「ＣＤＣ嫌気性菌５％ヒツジ血液寒天プレート」と呼ばれるＣｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ（ＣＤＣ）プレートか、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの特異的な指標種培地であるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ胆汁エスクリン寒天（ＢＢＥ）プレートか、またはＧＩＦＵ嫌気性培地寒天（ＧＡＡ）を使用して、微生物叢を培養する。いくつかの実施形態では、便または便由来生成物中の生存可能で培養可能な細胞の数は、例えばドロッププレートＣＦＵアッセイによるコロニー形成単位（ＣＦＵ）数の存在によって確認することができる。便中または便由来生成物における生きた微生物の多様性をアッセイしてもよい。存在する微生物の混合または微生物の多様性は、ドナー提供された便及び原薬の質のさらなる尺度である。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、ドナー提供された便の微生物叢の生存能は、ＰＭＡｓｅｑによって確認することができる［Ｃｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｕｓｉｎｇ  Ｐｒｏｐｏｄｉｕｍ  Ｍｏｎｏａｚｉｄｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＰＭＡ−Ｓｅｑ）ｔｏ  Ｄｅｖｅｌｏｐ  Ｄａｔａ−Ｄｒｉｖｅｎ  Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔｉｃｅｓ  ｉｎ  Ｆｅｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎｓ．”Ｏｐｅｎ  Ｆｏｒｕｍ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ．Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ；２０１５）］。簡潔に述べると、このアプローチは、細胞生存能の高スループットで培養に依存しない測定を提供する。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、便または便由来生成物は、少なくとも約１０６個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０７個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０８個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０９個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０１０個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０１１個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０１２個の生存可能細胞／ｇ、少なくとも約１０１３個の生存可能細胞／ｇ、または少なくとも約１０１４個の生存可能細胞／ｇを含む。いくつかの実施形態では、便または便由来生成物は、少なくとも約１０６個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０７個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０８個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０９個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０１０個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０１１個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０１２個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０１３個のＣＦＵ／ｍＬ、または少なくとも約１０１４個のＣＦＵ／ｍＬを含む。いくつかの実施形態では、便または便由来生成物は、少なくとも約１０２個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０３個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０４個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０５個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０６個のＣＦＵ／ｍＬ、少なくとも約１０７個のＣＦＵ／ｍＬ、または少なくとも約１０８個のＣＦＵ／ｍＬの胞子数を含む。
【０１２６】
諸実施形態において、例示的な治療用組成物は、ドナー由来の出発材料を含む。諸実施形態において、例示的な治療用組成物は、１名以上の健康なドナーに由来する材料を含む。諸実施形態において、例示的な治療用組成物は、規定されたドナープールに由来する出発材料を含む。諸実施形態において、ドナーは成人男性である。諸実施形態において、ドナーは成人女性である。諸実施形態において、ドナーは青年期の男性である。諸実施形態において、ドナーは青年期の女性である。諸実施形態において、ドナーは女性の幼児である。諸実施形態において、ドナーは男性の幼児である。諸実施形態において、ドナーは健康である。諸実施形態において、ヒトドナーは、年齢が約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の子供である。諸実施形態において、ヒトドナーは高齢者である。諸実施形態において、ヒトドナーは約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳超の個体である。諸実施形態において、ドナーは、約１〜５歳、２〜１０歳、３〜１８歳、２１〜５０歳、２１〜４０歳、２１〜３０歳、５０〜９０歳、６０〜９０歳、７０〜９０歳、６０〜８０歳、または６５〜７５歳である。諸実施形態において、ドナーは前期高齢者（６５〜７４歳）である。諸実施形態において、ドナーは中期高齢者（７５〜８４歳）である。諸実施形態において、ドナーは高齢者（８５歳超）である。諸実施形態において、ドナーは、スクリーニングされた健康な定型発達のヒトである。
【０１２７】
諸実施形態において、スクリーニングされたドナーは、治療歴及び身体の検査を受ける。ドナーは、感染因子のリスクを有する場合は除外される。さらなる除外判定基準は、次のうちの１つ以上を含む。
１．Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、またはＨＩＶのウイルス感染の既往
２．ＨＩＶまたはウイルス肝炎への曝露の既往（時期を問わない）
３．高リスクの行動、例えば、薬物または金銭のための性行為、男性と性交渉をもつ男性、過去１２か月に複数の性的パートナー、静脈内薬物または鼻腔内コカインの過去における使用、収監歴。
４．１２か月以内のタトゥーまたはボディピアス。
５．世界において旅行者の下痢のリスクが米国より高い地域への旅行。
６．伝染性疾患、例えば、ウイルス性上気道感染が現在あること。
７．過敏性腸症候群の病歴。特定の症状は、頻繁な腹部疝痛、過剰なガス、腹部膨満、腹部膨隆、便の切迫感、下痢、便秘を含み得る。
８．クローン病、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎などの炎症性腸疾患の病歴。
９．慢性下痢。
１０．慢性便秘または下剤の使用。
１１．胃腸管悪性病変または結腸ポリープ症の既往歴。
１２．腹部手術、例えば、胃バイパス、腸切除、虫垂切除、胆嚢摘出術などの既往。
１３．消化を調節する目的で潜在的なドナーが使用するプロバイオティクスまたは任意の他の市販の補助剤の使用。ヨーグルト及びケフィア製品は、栄養補助食品ではなく単に食品として摂取される場合にのみ許可される。
１４．過去６か月以内の何らかの適応症に対する抗生物質。
１５．免疫抑制剤または抗悪性腫瘍薬の処方。
１６．既存または新規発生のメタボリックシンドローム。ここでの定義に使用される判定基準は、確立されたあらゆる判定基準よりも厳格である。これらには、血圧上昇の既往、糖尿病の既往、または耐糖能障害が含まれる。
１７．全身性自己免疫、例えば、結合組織疾患、多発性硬化症の既往。
１８．喘息または湿疹を含むアトピー性疾患の既往。
１９．線維筋痛症などの慢性疼痛症候群、慢性疲労症候群。
２０．吸入器または局所用クリーム及び軟膏などの処方薬の継続的使用（断続的であっても）。
２１．自閉症、パーキンソン病を含む神経障害、神経発達障害、及び神経変性障害。
２２．全般。肥満度指数＞２６ｋｇ／ｍ２、ウエスト：ヒップ比＞０．８５（男性）及び＞０．８０（女性）によって定義される中心性肥満。
２３．血圧＞１３５ｍｍＨｇ（収縮期）及び＞８５ｍｍＨｇ（拡張期）。
２４．皮膚−発疹の存在、１年以内に施術されたタトゥーもしくはボディピアス、または黄疸
２５．リンパ節肥大。
２６．聴診における喘鳴。
２７．肝腫大または肝疾患の徴候。
２８．腫れまたは圧痛のある関節。筋力低下。
２９．神経学的検査による異常。
３０．ＰＣＲ検査によりＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂ陽性の便。
３１．Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｅ．ｃｏｌｉ  ０１５７：Ｈ７を含む通常の病原体のいずれかが陽性の便培養物。
３２．卵及び寄生虫検査による異常。
３３．Ｇｉａｒｄｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ、またはＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ抗原陽性。
３４．ＨＩＶ１及び２、Ａ型肝炎ウイルスＩｇＭ、肝炎表面抗原、ならびにコアＡｂなどのウイルス性疾患のスクリーニングで陽性。
３５．ＲＰＲ（梅毒のスクリーニング）による異常。
３６．アルカリホスファターゼ、アスパラギン酸アミノトランスアミナーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼを含む肝機能検査による異常。
３７．高い血清トリグリセリド＞１５０ｍｇ／Ｄｌ
３８．ＨＤＬコレステロール＜４０ｍｇ／ｄＬ（男性）及び＜５０ｍｇ／ｄＬ（女性）
３９．高感度ＣＲＰ＞２．４ｍｇ／Ｌ
４０．高い空腹時血糖値（＞１００ｍｇ／ｄＬ）
【０１２８】
微生物組成物
諸態様において、微生物組成物は、例えば、１名のヒトドナーの１つの便試料もしくは複数の便試料、または２名以上のヒトドナー（例えば複数のヒトドナー）の便試料から得られた、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する、糞便微生物叢を含む。
【０１２９】
諸実施形態において、糞便微生物叢における実質的に各々の細菌株は、１名のヒトドナーの１つの便試料または複数の便試料から得られる、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する。諸実施形態において、糞便微生物叢における各々の細菌株は、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する。諸実施形態において、微生物組成物は、例えば、ドナーの１つの便試料または複数の便試料に含まれるような、実質的に完全なヒト糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株をさらに補充されるか、スパイク添加されるか、またはそれで増強される。
【０１３０】
諸実施形態において、１名のヒトドナーは、抗がん療法による処置を受ける前の対象である。この実施形態では、対象は抗がん療法を受ける前に各自の糞便を「バンク」し、抗がん療法の施行中または施行後に各自の糞便微生物叢を投与される。ここでの目標は、対象のマイクロバイオームを抗がん療法前に存在した多様性に戻すことである。諸実施形態において、微生物組成物は、抗がん療法による処置を受ける前の対象の１つの便試料または複数の便試料に含まれるような、実質的に完全なヒト糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株をさらに補充されるか、スパイク添加されるか、またはそれで増強される。
【０１３１】
諸実施形態において、糞便微生物叢における実質的に各々の細菌株は、２名以上のヒトドナーの便試料から得られる、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する。概して、２名以上のヒトドナーの糞便微生物叢の形態にあるかまたはそれに由来する、かかる微生物組成物は、１名の健康なヒトドナーの１つの便試料もしくは複数の便試料における糞便微生物叢の形態にあるかまたはそれに由来する微生物組成物と比較すると、増大した細菌多様性を有する。諸実施形態において、糞便微生物叢における各々の細菌株は、１つの便試料または複数の便試料から得られる、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する。諸実施形態において、微生物組成物は、２名以上のヒトドナーの各々による便試料に含まれるような、実質的に完全なヒト糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株をさらに補充されるか、スパイク添加されるか、またはそれで増強される。
【０１３２】
諸実施形態において、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便は、胞子及び／または生きた栄養細胞を含む。
【０１３３】
諸実施形態において、細菌株、微生物組成物、糞便微生物叢、便試料（複数可）、及び／または糞便を、凍結乾燥によって、例えば新鮮または凍結した糞便をエタノール及びクロロホルムで処理することによって乾燥させる。
【０１３４】
諸実施形態において、微生物組成物は、１つ以上の薬学的に許容される水溶液、結合剤、崩壊剤、充填剤、及び／または保存剤をさらに含む。１つ以上の薬学的に許容される水溶液、結合剤、崩壊剤、充填剤、及び／または保存剤を微生物組成物に混合して、望ましい特性、例えば、乾燥度対水分、及び固さ対柔らかさを促進することができる。
【０１３５】
例示的な水溶液としては、水、クレブス−ヘンゼライト重炭酸塩緩衝液、ハンクス重炭酸塩緩衝液、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、トリス緩衝食塩水（ＴＢＳ）、及びＴＢＳＴ（トリス緩衝食塩水及びＴＷＥＥＮ（登録商標）−２０）が挙げられる。
【０１３６】
例示的な結合剤としては、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、または他のデンプン、ゼラチン、アカシアなどの天然及び合成のガム、アルギン酸ナトリウム、アルギン酸、他のアルギン酸塩、トラガント末、グアーガム、セルロース及びその誘導体（例えば、エチルセルロース、酢酸セルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム）、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、アルファ化デンプン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、微結晶性セルロース、ならびにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３７】
例示的な充填剤としては、タルク、炭酸カルシウム（例えば、顆粒または粉末）、微結晶性セルロース、粉末状セルロース、デキストレート、カオリン、マンニトール、ケイ酸、ソルビトール、デンプン、アルファ化デンプン、及びそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３８】
水性環境に曝露されたときのその崩壊を促進するように、崩壊剤を微生物組成物に添加してもよい。例示的な崩壊剤としては、寒天、アルギン酸、炭酸カルシウム、微結晶性セルロース、クロスカルメロースナトリウム、クロスポビドン、ポラクリリンカリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ジャガイモもしくはタピオカデンプン、他のデンプン、アルファ化デンプン、他のデンプン、粘土、他のアルギン、他のセルロース、ガム、またはそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３９】
諸実施形態において、微生物組成物は、１名のヒトドナーまたは２名以上のヒトドナーの最小限に処理された糞便物質を含む。
【０１４０】
諸実施形態において、微生物組成物は、生物学的材料の重量に対して０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％以下の重量の非生体材料を含む糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、生物学的材料の重量に対して２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％以下の重量の非生体材料を含む糞便微生物叢を含む。
【０１４１】
諸実施形態において、微生物組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．３３ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、または０．２ｍｍのふるいサイズ、排除サイズ、または粒子フィルターサイズを有するふるい、カラム、または同様の濾過デバイスを通過する糞便試料の非生体材料の粒子及び／または生物学的材料の粒子を含むか、それらからなるか、それらから本質的になる。「非生体材料」は、処理された糞便物質に添加される賦形剤、例えば、凍結保護剤などの薬学的に不活性な物質を含まない。「生物学的材料」とは、糞便物質中の生体材料を指し、細菌及び古細菌（例えば、生きた原核細胞及び胞子形成して生きた原核細胞になることができる胞子）などの原核細胞、原生動物及び真菌などの真核細胞、ならびにウイルスを含む微生物を含む。諸実施形態において、「生物学的材料」とは、正常で健康なヒトの結腸に存在する生体材料、例えば、微生物、真核細胞、及びウイルスを指す。諸実施形態において、糞便微生物叢は、例えば、ふるい分けの前、後、または前及び後に精密濾過を行うようにさらに処理することができる。諸実施形態において、大分子は除去するが、治療用ミクロフローラ、例えば細菌は保持するように、高度に精製された糞便微生物叢生成物を限界濾過する。
【０１４２】
諸実施形態において、微生物組成物は、ヒトの糞便の抽出物を含み、この組成物は実質的に無臭である。
【０１４３】
諸実施形態において、微生物組成物は、凍結乾燥、粗製、半精製、または精製された製剤中に、糞便物質または糞便フローラ性調製物を含む。
【０１４４】
諸実施形態において、微生物組成物は、高度に洗練または精製された糞便フローラを含み、例えば、非フローラ性（ｎｏｎ−ｆｌｏｒａｌ）糞便物質を実質的に含まない。
【０１４５】
諸実施形態において、微生物組成物は、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株をさらに補充されるか、スパイク添加されるか、またはそれで増強される。
【０１４６】
諸実施形態において、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株は、がんから回復したことがあるか、またはがんの寛解期にある対象の糞便及び／または糞便微生物叢中に存在する。諸実施形態において、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株は、がんの寛解期にあり、かつ以前に抗がん療法に応答した対象の糞便及び／または糞便微生物叢中に存在する。
【０１４７】
諸実施形態において、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株は、がんの処置またはがんの症状の低減に関連することが公知である。
【０１４８】
諸実施形態において、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株は、抗がん療法の効力の増大に関連することが公知である。
【０１４９】
諸実施形態において、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、少なくとも１つの細菌株は、抗がん療法に起因する副作用、例えば、抗がん療法の腫瘍学的処置誘発状態（ＯＴＩＣ）の低減に関連することが公知である。
【０１５０】
諸実施形態において、微生物組成物は、糞便微生物叢中の細菌株の少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％が、１名のヒトドナーもしくは２名以上のヒトドナーの糞便の形態にあるか、またはそれに由来する、実質的に全体的な微生物叢を含むか、またはそれから本質的になる。諸実施形態において、微生物組成物は、実験室ストックから得られた、またはその原材料から単離／精製された、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％または１．０％以下の細菌株を含む。
【０１５１】
諸実施形態において、微生物組成物は、ＳａｄｏｗｓｋｙらのＷＯ２０１２／１２２４７８に記載されているような、またはＢｏｒｏｄｙらのＷＯ２０１２／０１６２８７に記載されているような、実質的に全体的な微生物叢を含むか、またはそれから本質的になる（これらの文献の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる）。
【０１５２】
諸実施形態において、微生物組成物は、ドナーの実質的に全体的または非選択的な糞便微生物叢、再構成された糞便物質、または合成糞便物質を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、抗生物質耐性集団を含まない。諸実施形態において、微生物組成物は、糞便微生物叢を含み、外来物質（例えば、残存繊維、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルスコート物質、及び非生存可能物質などの無細胞物質を含む非生命体、ならびに糞便物質のドナーの真核細胞などの生命体）をほとんど含まない。諸実施形態において、微生物組成物は、便試料由来の繊維を実質的に欠いている。
【０１５３】
諸実施形態において、本明細書において開示される処置に使用される微生物組成物は、無菌糞便濾液または非細胞性糞便濾液を含む。諸実施形態において、無菌糞便濾液は、ドナーの便に由来する。諸実施形態において、無菌糞便濾液は、培養微生物に由来する。諸実施形態において、無菌糞便濾液は、非細胞性、非粒子状の糞便構成成分を含む。諸実施形態において、無菌糞便濾液は、ＷＯ２０１４／０７８９１１に記載されるように作製される。諸実施形態において、無菌糞便濾液は、Ｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １５２：７９９−９１１（２０１７）に記載されるように作製される。
【０１５４】
諸実施形態において、糞便濾液は、分泌された、抽出された、または別様に液体の構成成分または微生物叢、例えば、抗生物質または抗炎症薬であり得る生物活性分子（ＢＡＭ）を含み、フローラ抽出物中に保存されるか、保持されるか、または再構成される。
【０１５５】
諸実施形態において、微生物組成物に含まれる細菌株は、健康かつ好適なドナーの糞便微生物叢及び／または糞便に含まれ、健康かつ好適なドナーのヒト糞便微生物叢及び／または糞便に存在することが公知である複数の単離、精製、及び／または培養された細菌株と合わされる（例えば、それを補充されるか、スパイク添加されるか、またはそれで増強される）。
【０１５６】
諸実施形態において、微生物組成物に含まれる細菌株は、ヒトの糞便から間接的に得られる。ここでは、ヒトの糞便由来の細菌株を培養し、細菌を増殖させ、次いで単離及び／または精製する。単離／精製された細菌は、ヒトの糞便から直接的に得られた細菌株を含む微生物組成物に導入することができる。あるいは、複数の単離／精製された細菌を、ヒトの糞便から間接的に得られた、またはヒトの糞便とは無関係に得られた細菌株のみを含む微生物組成物に合わせてもよい。
【０１５７】
諸実施形態において、微生物組成物に含まれる細菌株は、１名以上のヒトから単離または精製された細菌を含む。諸実施形態において、微生物組成物中の細菌株は、１名以上のヒトから単離または精製される。例えば、単離または精製は、１名以上のヒトの糞便からであり得る。さらに、単離または精製は、胃腸管内の流体の吸引液または胃腸管内のある部位の粘膜生検からであり得る。
【０１５８】
諸実施形態において、微生物組成物に含まれる細菌株は、その原材料から単離または精製される、すなわち、最初に生成されたときに会合していた構成成分のうちの少なくともいくつかから（例えば、天然に（糞便から）または実験的設定（実験室ストック）において）分離され、及び／または人間によって生成、調製、精製、及び／または製造される。細菌株は、最初に会合していた他の構成成分の少なくとも約１０％、または約２０％、または約３０％、または約４０％、または約５０％、または約６０％、または約７０％、または約８０％、または約９０％、またはそれ以上から分離され得る。諸実施形態において、細菌株は、約８０％超、または約８５％、または約９０％、または約９１％、または約９２％、または約９３％、または約９４％、または約９５％、または約９６％、または約９７％、または約９８％、または約９９％、または約９９％超純粋である。
【０１５９】
諸実施形態において、原材料は、１名のドナーまたは複数のドナーの便である。この便を遠心分離し、次いで、例えば金属ふるいもしくはＭｉｌｌｉｐｏｒｅフィルター、または均等物のいずれかを使用した、非常に高レベルの濾過によって濾過し、最終的に、例えば、多くの場合で直径約５マイクロメートル未満の細菌由来の細胞のみを残す。最初の遠心分離の後、固形物を液体から分離し、次いでこの固体を、例えばＭｉｌｌｉｐｏｒｅ濾過を使用して、場合によりナノ膜濾過の使用も含め、漸減するサイズのフィルター及び接線フィルターで濾過する。濾過は、ＷＯ２０１２／１２２４７８に記載されるようなふるいによって行うこともできるが、対照的に、０．０１２０ｍｍよりも小さく、約０．０１１０ｍｍまでのふるいを使用すると、最終的には細菌細胞のみが存在することになる。
【０１６０】
遠心分離中に分離された上清を、濾過、例えば、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ濾過システムまたは均等のシステムで漸進的に濾過し、約０．２２μＭのフィルターを通して精密に濾過された液体を残してもよい。これにより、細胞及びウイルスなどのすべての生命体を含むすべての粒子状物質が除去される。この生成物はこれで無菌だが、この目的は、細菌を除去し、しかしそれらの分泌物、特に抗菌バクテリオシン、細菌由来サイトカイン様生成物、及びすべての付随する生物活性分子（ＢＡＭ）、例えばツリシン（ｔｈｕｒｉｃｉｎ）（ドナーの便中の桿菌によって分泌される）、バクテリオシン（コリシン、トロウデュリキシン（ｔｒｏｕｄｕｌｉｘｉｎｅ）もしくはプタインディシン（ｐｕｔａｉｎｄｉｃｉｎｅ）、またはミクロシンもしくはサブチロシンＡを含む）、ランバイオティクス（ｌａｎｂｉｏｔｉｃｓ）（ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、シンナマイシンを含む）、ラクチシン及び他の抗菌もしくは抗炎症性化合物、及び／または、微生物叢の細菌もしくは他の微生物によって生成され、及び／または微生物叢の「液体構成成分」に見出されるさらなる生物活性分子（ＢＡＭ）を保持することである。
【０１６１】
諸実施形態において、微生物組成物は、精製された糞便微生物叢と非細胞性糞便濾液との組み合わせから本質的になる再構成された糞便フローラを含む。諸実施形態において、微生物組成物は、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分を補充された精製された糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分を含む。諸実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、合成分子、糞便微生物によって生成される生物活性分子、またはその両方を含む。実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、生物活性のあるタンパク質もしくはペプチド、微量栄養素、脂肪、糖、小炭水化物、微量元素、無機塩、灰、粘液、アミノ酸、栄養素、ビタミン、ミネラル、またはそれらの任意の組み合わせを含む。諸実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、バクテリオシン、ランバイオティクス、及びラクチシンから選択される１つ以上の生物活性分子を含む。諸実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、コリシン、トロウデュリキシン、プタインディシン、ミクロシン、及びサブチロシンＡから選択される１つ以上のバクテリオシンを含む。諸実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、ツリシン、ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、及びシンナマイシンから選択される１つ以上のランバイオティクスを含む。諸実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、抗胞子化合物、抗菌化合物、抗炎症性化合物、またはそれらの任意の組み合わせを含む。諸実施形態において、１種以上の非細胞性の非粒子状糞便構成成分は、インターロイキン、サイトカイン、ロイコトリエン、エイコサノイド、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
【０１６２】
諸実施形態において、ドナー提供された便材料から細菌胞子を精製するために、ドナー提供された便材料を１回以上の溶媒処理に供する。溶媒は、水及び／またはアルコール、例えば、メタノール、エタノール、イソプロパノール、ブタノール、プロパンジオール、及びブタンジオールを含み得る。水と予め合わせたアルコール、例えば、１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８９％、８５％、９０％、９５％、または９５％超を含む溶液を用意してもよい。溶媒処理は、非胞子形成細菌種の生存能を１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、９９．９％、９９．９９％、９９．９９９％、または９９．９９９９％低減させ、場合により、混入原生生物、寄生虫及び／またはウイルスの生存能を低減させ得る。
【０１６３】
諸実施形態において、健康かつ好適なドナーは、多剤耐性生物（ＭＤＲＯ）、抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）、高リスクの性的行動、違法薬物使用を含む社会歴、及び／または直近の高リスクの旅行歴の因子のリスクといった感染リスク因子を有しない。諸実施形態において、健康かつ好適なドナーは、胃腸管併存症、代謝併存症、神経学的併存症、精神医学的併存症、慢性疼痛症候群、感染性疾患、自己免疫疾患、アトピー、喘息及びアレルギー（食品及びその他）、悪性病変、関連性のある手術／他の治療歴、現在の症状、抗菌療法を含む薬物療法、及び／または関連性のある家族歴といった、マイクロバイオームが媒介する可能性のある状態を有しない。諸実施形態において、健康かつ好適なドナー由来の試料は、アデノウイルス、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、カルバペネム耐性ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ、Ｅ．ｃｏｌｉ  ０１５７、広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ＨＩＶ−１／２、Ｉｓｏｓｐｏｒａ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ、多剤耐性生物（ＭＤＲＯ）、抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）、ノロウイルス、ロタウイルス、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｓｈｉｇａ毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、及び／またはＶｉｂｒｉｏ  ｓｐｐのうちの１つ以上の検査で陽性を示さない。
【０１６４】
他の実施形態では、微生物組成物に含まれる細菌株は、ヒトの糞便とは無関係に（例えば、細菌細胞バンクから、または実験室ストックから）得られる。
【０１６５】
他の実施形態では、微生物組成物に含まれる細菌株は、共生細菌株である。
【０１６６】
諸実施形態において、微生物組成物は、生きた栄養細胞、及び／または胞子を含む。諸実施形態において、細菌株は、胞子の形態にあり、微生物組成物は、生きた栄養細胞を実質的に含まない。諸実施形態において、細菌株は、生きた栄養細胞の形態にあり、微生物組成物は、胞子を実質的に含まない。
【０１６７】
諸実施形態において、微生物組成物は、生きた栄養細胞、胞子、及び凍結乾燥された細胞のうちの１つ以上を含む。
【０１６８】
諸実施形態において、細菌株は、凍結乾燥された細胞の形態にある。
【０１６９】
諸実施形態において、細菌株は、患者の胃腸管に生着するその能力のために、微生物組成物に含まれる。細菌株が糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）ドナーに豊富であり、かつＦＭＴレシピエント患者においても該患者のＦＭＴ前のベースラインと比較して増大している場合に、その細菌株は生着に成功したと見なされる。諸実施形態において、選択された細菌株は、粘膜にコロニーを形成する能力の増強を呈する。
【０１７０】
諸実施形態において、細菌株は、患者の粘膜バリアにコロニーを形成するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１７１】
諸実施形態において、細菌株は、患者の粘膜バリアの完全性及び機能を維持及び／または増強するその能力のために、微生物組成物に含まれる。したがって、諸実施形態において、微生物組成物は、様々な胃腸管障害に関連する粘液の厚さの損失を防止及び／または低減する細菌株を含む。例えば、諸実施形態において、細菌株は、粘膜治癒を可能にし、粘膜バリア機能を改善し、及び／または炎症を低減させるその能力に基づいて選択されてもよい。
【０１７２】
諸実施形態において、微生物組成物は、粘液における細菌侵入及び／または細菌負荷の低減をもたらす細菌株を含む。理論に束縛されることを望むものではないが、そのような細菌株の包含は、病原性粘液分解微生物に取って代わり、粘膜修復をサポートすることにより、粘膜の構造的及び化学的なバリア機能の両方を強化すると考えられる。諸実施形態において、そのような細菌株の包含は、不適切な微生物曝露に関連する多数の炎症経路に影響を与える。
【０１７３】
諸実施形態において、細菌株は、病原性感染因子を脱コロニー化するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１７４】
諸実施形態において、細菌株は、病原性細菌を根絶するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１７５】
諸実施形態において、細菌株は、資源（例えば、ニッチ及び／または栄養素）について病原性感染因子と競合するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１７６】
諸実施形態において、細菌株は、分泌産物の生成を通じて病原性細菌を直接阻害するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１７７】
諸実施形態において、微生物組成物は、対象の硫酸塩還元菌（ＳＲＢ）を脱コロニー化及び／または根絶する細菌株を含む。
【０１７８】
諸実施形態において、細菌株は、腸バリアの維持及び／または腸バリアの欠損の修復を助けるその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１７９】
諸実施形態において、細菌株は、酪酸、酢酸、及びプロピオン酸のうちの１つ以上の生成を増強するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８０】
諸実施形態において、細菌株は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を生成するその能力のために、微生物組成物に含まれる。短鎖脂肪酸は、粘液層の厚さを増大させ、結腸細胞の健康を維持し、一酸化窒素シンターゼ活性を阻害し、腸内の宿主由来の硝酸塩の濃度レベルを低下させ、ＩｇＡ生成を誘導する。諸実施形態において、微生物組成物は、ＳＣＦＡ生成を補足する１つ以上の細菌株を含む。本明細書で使用される場合、ＳＣＦＡは、６個未満の炭素原子の脂肪族尾部を有する脂肪酸を指す。例示的なＳＣＦＡとしては、ギ酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、イソ酪酸、吉草酸、及びイソ吉草酸が挙げられるが、これらに限定されない。理論に束縛されることを望むものではないが、ＳＣＦＡは、胃腸管炎症の媒介に関与しており、ＳＣＦＡ生成菌は、例えば潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者における持続的な臨床的寛解に関連している。したがって、諸実施形態において、上昇したレベルのＳＣＦＡを生成するその能力に基づいて、細菌株が含まれる。さらに、諸実施形態において、機能的に欠陥のある微生物の群集（例えば、病原性細菌に感染及び／またはコロニー形成された患者の微生物群集）が健康な個体に匹敵するレベルのＳＣＦＡを生成する能力を補完するその能力のために、細菌株が含まれる。
【０１８１】
諸実施形態において、細菌株は、ＴＮＦ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１、神経伝達物質（例えば、セロトニン及びＧＡＢＡ）、レプチン、アディポネクチン、及びグリカン生合成または胆汁酸生合成に関与するタンパク質を誘導するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８２】
諸実施形態において、細菌株は、Ｆｏｘｐ３＋細胞、例えば制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積を誘導するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８３】
諸実施形態において、細菌株は、多くのヒト細菌性病原体を標的とする抗菌ペプチドの生成を調整するＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を活性化させるその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８４】
諸実施形態において、細菌株は、抗菌ペプチド生成の増大を誘導するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８５】
諸実施形態において、細菌株は、インターロイキン−１０（ＩＬ−１０）ＴＮＦ、ＩＬ−１、神経伝達物質（例えば、セロトニン及びＧＡＢＡ）、レプチン、アディポネクチン、及びグリカン生合成または胆汁酸生合成に関与するタンパク質の発現及び／または蓄積を誘導するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８６】
諸実施形態において、細菌株は、インターロイキン−１２（ＩＬ−１２）、インターロイキン−４（ＩＬ−４）、及び／またはガンマインターフェロン（ＩＦＮ−γ）を発現する細胞の増殖及び／または蓄積を低減させるその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８７】
諸実施形態において、細菌株は、タイトジャンクションの完全性の改善を誘導するその能力のために、微生物組成物に含まれる。
【０１８８】
諸実施形態において、細菌株は、奏功する糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）のために便が使用されるドナーにおけるその存在量に基づいて、微生物組成物に含まれる。
【０１８９】
諸実施形態において、細菌株は、例えば、以前または現在の抗がん療法に起因する腸内毒素症障害を患う患者において、治療上有効な結果をもたらしたＦＭＴのために便が使用されたドナーの便試料におけるその存在に基づいて、微生物組成物に含まれる。
【０１９０】
諸実施形態において、細菌株は、患者の全身性炎症及び免疫調節効果を低減させるその能力に基づいて、微生物組成物に含まれる。
【０１９１】
微生物組成物に含める細菌株を選択するために利用され得るさらなる判定基準としては、ＩｇＡ分解菌を阻害する細菌株の能力、セロトニン生成菌及びセロトニン誘導菌を阻害する細菌株の能力、トリプトファン可用性を増強する細菌株の能力、抗炎症性双性イオン多糖を生成する細菌株の能力、アリール炭化水素受容体と相互作用するシグナル伝達分子を改変する細菌株の能力、及び／またはビタミンＤ受容体（ＶＣＤ）もしくはビタミンＤシグナル伝達を遮断する細菌株の能力が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１９２】
諸実施形態において、微生物組成物は、投与前の患者の胃腸管に検出可能なレベルで存在しない少なくとも１種類の細菌の増殖を増補する。
【０１９３】
本明細書で使用される場合、細菌株は、特定の単離／精製された細菌株を微生物組成物に選択的に添加することにより、微生物組成物に「含まれる」場合がある。さらに、またはあるいは、細菌株は、特定の細菌株を糞便微生物叢及び／または糞便中に有するドナーを選択することにより、微生物組成物に「含まれる」場合がある。
【０１９４】
諸実施形態において、微生物組成物に含まれる細菌株は、共生細菌株である。
【０１９５】
諸実施形態において、細菌株は非病原性である。諸実施形態において、細菌株は、生物または実体を含む宿主生物の疾患、障害もしくは状態を引き起こすこと、またはそれに影響を与えることができる生物または実体を実質的に含まない。
【０１９６】
諸実施形態において、微生物組成物は、個別に、または混合物中で合わさったときに、病原性細菌に対する細胞傷害性または細胞増殖抑制性効果を及ぼす、１つ以上の単離または精製された細菌株を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、患者の胃腸管に存在するか、またはそれに入る病原性細菌に対して、阻害効果を発揮する。諸実施形態において、微生物組成物は、病原性細菌に対して細胞傷害性または細胞増殖抑制性効果を及ぼすように相乗的に相互作用する１つ以上の単離または精製された細菌株を含む。
【０１９７】
諸実施形態において、本明細書で使用される治療用組成物中の糞便微生物叢は、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％もしくは９９．９％単離されているもしくは純粋であるか、もしくは約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％もしくは１．０％以下もしくはそれ以上の非糞便フローラ性材料を有する糞便フローラの単離物である（もしくはそれを含む）、実質的に単離もしくは精製された糞便フローラ、または全体的な（もしくは実質的に全体的な）微生物叢か、あるいは、ＳａｄｏｗｓｋｙらのＷＯ２０１２／１２２４７８Ａ１に記載されているような、もしくはＢｏｒｏｄｙらのＷＯ２０１２／０１６２８７に記載されているような（これらの文献の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる）、実質的に単離された、精製された、もしくは実質的に全体的な微生物叢を含むか、またはそれから本質的になる。
【０１９８】
諸実施形態において、本明細書に記載される治療用組成物は、精製、単離、もしくは培養された生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、及び／またはＣｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１つ以上の属に由来する複数の精製、単離、もしくは培養された生存可能な非病原性微生物をさらに補充されるか、スパイク添加されるか、またはそれで増強される。諸実施形態において、治療用組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１つ以上の属に由来する複数の精製、単離、もしくは培養された生存可能な非病原性微生物を含む。
【０１９９】
諸実施形態において、治療用組成物（例えば、糞便微生物叢を含む）は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される２つ以上の属を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される２つ以上の属を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｄｒｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の種を含む。
【０２００】
諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物（例えば、糞便微生物叢を含む）は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  ＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ  ＩＩＩ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  Ｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  ＩＩＩ−Ｆ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＡＲ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＣＨ−１、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＬ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＴ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＵ−１��Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ、−ｓｓｐ．ｄ、−ｓｓｐ．ｆ；Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ−１、Ｌ−５；Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  Ｇ、−ＡＵ−２；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＣＯ  Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  Ｘ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＨ、−ＣＣ；Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｇ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  Ａ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、または少なくとも７つの糞便微生物を含む。
【０２０１】
諸実施形態において、治療用組成物（例えば、糞便微生物叢を含む）は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｂｓｏｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｒｇｅｎｔｉｎｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒａｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｄａｖｅｒｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｒｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｈａｕｖｏｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆａｌｌａｘ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｅｌｓｉｎｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｓｔｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｏｖｙｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｉｌｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｅｐｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｒｔｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｗｅｌｃｈｉｉ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｌｌｏｓｕｍからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、または４つ以上のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種の非病原性胞子を含む。
【０２０２】
諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の異なるファミリーに由来する糞便細菌を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の異なるファミリーに由来する糞便細菌を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の異なるファミリーに由来する糞便細菌を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０の異なるファミリーに由来する糞便細菌を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０の異なるファミリーに由来する糞便細菌を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、１〜１０、１０〜２０、２０〜３０、３０〜４０、４０〜５０の異なるファミリーに由来する糞便細菌を含む。諸実施形態において、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、生物学的材料の重量に対して０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％以下の重量の非生体材料を含む糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、生物学的材料の重量に対して２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％以下の重量の非生体材料を含む糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．３３ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、または０．００２ｍｍのふるいサイズ、排除サイズ、または粒子フィルターサイズを有するふるい、カラム、または同様の濾過デバイスを通過する糞便試料の非生体材料の粒子及び／または生物学的材料の粒子を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる。「非生体材料」は、処理された糞便物質に添加される賦形剤、例えば、凍結保護剤などの薬学的に不活性な物質を含まない。「生物学的材料」とは、糞便物質中の生体材料を指し、細菌及び古細菌（例えば、生きた原核細胞及び胞子形成して生きた原核細胞になることができる胞子）などの原核細胞、原生動物及び真菌などの真核細胞、ならびにウイルスを含む微生物を含む。一実施形態において、「生物学的材料」とは、正常で健康なヒトの結腸に存在する生体材料、例えば、微生物、真核細胞、及びウイルスを指す。諸実施形態において、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、ヒトの糞便の抽出物を含み、この組成物は実質的に無臭である。諸実施形態において、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、凍結乾燥、粗製、半精製、または精製された製剤中に、糞便物質または糞便フローラ性調製物を含む。
【０２０３】
諸実施形態において、治療用組成物中の糞便微生物叢は、高度に洗練または精製された糞便フローラを含み、例えば、非フローラ性糞便物質を実質的に含まない。諸実施形態において、糞便微生物叢は、例えば、ふるい分けの前、後、または前及び後に精密濾過を行うようにさらに処理することができる。諸実施形態において、大分子は除去するが、治療用ミクロフローラ、例えば細菌は保持するように、高度に精製された糞便微生物叢生成物を限界濾過する。
【０２０４】
諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、生存可能なＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｏｎｉｌｉａ、またはそれらの任意の組み合わせを含まない。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、生存可能なＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  ＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ  ＩＩＩ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  Ｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  ＩＩＩ−Ｆ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＡＲ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＣＨ−１、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＬ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒ���ｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＴ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＵ−１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ、−ｓｓｐ．ｄ、−ｓｓｐ．ｆ；Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ−１、Ｌ−５；Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  Ｇ、−ＡＵ−２；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＣＯ  Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  Ｘ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＨ、−ＣＣ；Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｇ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  Ａ、またはそれらの組み合わせを含まない。
【０２０５】
諸実施形態において、本明細書で使用される治療用組成物中の糞便微生物叢は、疾患でスクリーニングされた新鮮な相同の糞便または均等のフリーズドライ及び再構成された糞便に由来する。諸実施形態において、新鮮な相同の糞便は、抗生物質耐性集団を含まない。諸実施形態において、治療用組成物中の糞便微生物叢は、合成糞便組成物に由来する。諸実施形態において、合成糞便組成物は、好ましくは比例的な含有量で、抗生物質耐性集団を含まない正常で健康なヒト糞便フローラに似ている生存可能なフローラの調製物を含む。好適な微生物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓから選択され得る。
【０２０６】
諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、本明細書で使用される糞便微生物叢の調製は、エタノール処理、界面活性物質処理、熱処理、照射、及び超音波処理からなる群から選択される処理を含む。諸実施形態において、本明細書で使用される糞便微生物叢の調製は、エタノール処理、界面活性物質処理、熱処理、照射、及び超音波処理からなる群から選択される処理を含まない。諸実施形態において、本明細書で使用される糞便微生物叢の調製は、密度勾配、濾過（例えば、ふるい、ナイロンメッシュ）、及びクロマトグラフィーからなる群から選択される分離ステップを含む。諸実施形態において、本明細書で使用される糞便微生物叢の調製は、密度勾配、濾過（例えば、ふるい、ナイロンメッシュ）、及びクロマトグラフィーからなる群から選択される分離ステップを含まない。諸実施形態において、本明細書で使用される糞便微生物叢は、ドナーの全体的な糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便微生物叢のドナー由来の真核細胞を実質的に含まない糞便微生物叢を含む。
【０２０７】
諸実施形態において、ここで提供される処置方法は、糞便細菌細胞、例えば、ヒトの胃腸微生物叢を部分的または完全に表すものと、フローラ（微生物叢）の単離、処理、濾過、濃縮、再構成された及び／または人工の液体構成成分（例えば、糞便濾液）との両方の使用を含む。この液体構成成分は、数ある成分の中でもとりわけ、例えば、バクテリオシン（コリシン、トロウデュリキシンもしくはプタインディシン、またはミクロシンもしくはサブチロシンＡを含む、細菌により生成されるタンパク質性毒素）、ランバイオティクス（特徴的な多環式チオエーテルアミノ酸のランチオニンまたはメチルランチオニン、ならびに不飽和アミノ酸のデヒドロアラニン及び２−アミノイソ酪酸を含むペプチド抗生物質のクラスであり、ツリシン（ドナーの便中の桿菌によって分泌される）、ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、シンナマイシンを含む）、ラクチシン（胞子形成ペプチド毒素のファミリー）及び他の抗菌または抗炎症性化合物といった細菌分泌生成物、及び／または、微生物叢の細菌もしくは他の微生物によって生成される、及び／または微生物叢の「液体構成成分」に見出される、さらなる生物活性分子（ＢＡＭ）を含む。
【０２０８】
諸実施形態において、糞便細菌ベースの治療用組成物は、糞便非細胞性濾液ベースの治療用組成物と同時に使用される。諸実施形態において、患者は、第２の糞便細菌ベースの治療用組成物を与えられる前に、第１の糞便非細胞性濾液ベースの治療用組成物で処置されるか、またはその逆である。諸実施形態において、処置方法は、第１に、感染性病原体（複数可）を非選択的に除去するための抗生物質による前処置と、第２に、選択された感染性病原体（複数可）をさらに抑制するための糞便非細胞性濾液ベースの処置ステップと、第３に、機能的な腸管内マイクロバイオームを再確立するための糞便細菌ベースの治療用組成物を患者に与えることという、３つのステップを含む。
【０２０９】
諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便細菌を含む。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、及びＭｏｎｉｌｉａからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の単離、精製、または培養された微生物を含む。
【０２１０】
諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便微生物をさらに補充されたか、スパイク添加されたか、またはそれで増強された糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、糞便微生物叢は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｄｏｒｅａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｃｉｌｌｕｓ、またはそれらの組み合わせの非病原性の（または病原性が減弱した）細菌を補充される。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、もしくはそれらの組み合わせの種をさらに補充されたか、スパイク添加されたか、またはそれで増強された糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便細菌胞子をさらに補充された糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、糞便細菌胞子は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ胞子、Ｂａｃｉｌｌｕｓ胞子、またはその両方である。
【０２１１】
例示的な病原性細菌としては、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．、腸管病原性Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ及びＥ．ｃｏｌｉなどの多剤耐性菌、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、広域スペクトルベータラクタム耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＥＳＢＬ）、ならびにバンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）が挙げられる。さらなる例示的な細菌としては、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、Ｖｉｂｒｉｏ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、Ｏｒｉｅｎｔｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｘｉｅｌｌａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、多剤耐性菌、広域スペクトルベータラクタム耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＥＳＢＬ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、及びバンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）が挙げられる。例示的な病原性細菌としては、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、腸管凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、腸管出血性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、腸管侵入性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、腸内毒素原性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（例えばＬＴ及び／またはＳＴだがこれらに限定されない）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ０１５７：Ｈ７、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｌｙｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｐａｒａｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、バンコマイシン耐性ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、及びＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａが挙げられる。特に関連する病原性細菌としては、抗生���質耐性Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、及び広域スペクトルベータラクタマーゼ生成Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＥＳＢＬ−Ｅ）が挙げられる。
【０２１２】
諸実施形態において、本明細書に記載される微生物組成物は、０．３以上、０．４以上、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上、０．９以上、１．０以上、１．１以上、１．２以上、１．３以上、１．４以上、１．５以上、１．６以上、１．７以上、１．８以上、１．９以上、２．０以上、２．１以上、２．２以上、２．３以上、２．４以上、２．５以上、３．０以上、３．１以上、３．２以上、３．３以上、３．４以上、３．５以上、３．６以上、３．７以上、３．８以上、３．９以上、４．０以上、４．１以上、４．２以上、４．３以上、４．４以上、４．５以上、または５．０以上のシャノンの多様性指数を含む糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、微生物組成物は、０．１〜３．０、０．１〜２．５、０．１〜２．４、０．１〜２．３、０．１〜２．２、０．１〜２．１、０．１〜２．０、０．４〜２．５、０．４〜３．０、０．５〜５．０、０．７〜５．０、０．９〜５．０、１．１〜５．０、１．３〜５．０、１．５〜５．０、１．７〜５．０、１．９〜５．０、２．１〜５．０、２．３〜５．０、２．５〜５．０、２．７〜５．０、２．９〜５．０、３．１〜５．０、３．３〜５．０、３．５〜５．０、３．７〜５．０、３１．９〜５．０、または４．１〜５．０のシャノンの多様性指数を含む糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、シャノンの多様性指数は、門レベルで計算される。諸実施形態において、シャノンの多様性指数は、科レベルで計算される。諸実施形態において、シャノンの多様性指数は、属レベルで計算される。諸実施形態において、シャノンの多様性指数は、種レベルで計算される。諸実施形態において、微生物組成物は、正常で健康なヒトの糞便フローラに似ている比例的な含有量でフローラの調製物を含む。
【０２１３】
本明細書で使用される場合、「シャノンの多様性指数」とは、次式を使用して所与の群集中に存在する種の存在量及び均一性を説明する多様性指数を指し、
【０２１４】
【数１】
2021514968.tif 000006
【０２１５】
式中、Ｈは、シャノンの多様性指数であり、Ｒは、群集中の種の総数であり、ｐｉは、ｉ番目の種で構成されるＲの割合である。より高い値は、多様で均等に分布した群集を示し、０の値は、所与の群集中に１つの種のみが存在することを示す。詳細については、Ｓｈａｎｎｏｎ  ａｎｄ  Ｗｅａｖｅｒ，（１９４９）Ｔｈｅ  ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ  ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ．Ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｌｌｉｎｏｉｓ  Ｐｒｅｓｓ，Ｕｒｂａｎａ．１１７ｐｐ．を参照されたい。
【０２１６】
治療用組成物、投与、及び投与量
本明細書では、抗がん療法の効力を増大させる方法が開示される。例えば、本方法は、微生物組成物を含む治療用組成物を対象に投与することを含む。微生物組成物は、１名のヒトドナーの１つの便試料もしくは複数の便試料、または２名以上のヒトドナー（例えば、複数のヒトドナー）の便試料から得られた、ヒト糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、糞便微生物叢は、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する場合がある。対象は、抗がん療法による処置を受けたことがあるか、受けているか、または受ける予定である。
【０２１７】
本明細書では、抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣを処置、防止、低減、または阻害する方法が開示される。例えば、本方法は、抗がん療法による処置を受けたことがある、受けている、または受ける予定である対象に、微生物組成物を含む治療用組成物を投与することを含む。微生物組成物は、１名のヒトドナーの１つの便試料もしくは複数の便試料、または２名以上のヒトドナー（例えば、複数のヒトドナー）の便試料から得られた、ヒト糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、糞便微生物叢は、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する場合がある。
【０２１８】
別の態様は、がんを処置する方法である。例えば、本方法は、例えば、１名のヒトドナーの１つの便試料もしくは複数の便試料または２名以上のヒトドナーの便試料から得られた、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する糞便微生物叢を含む微生物組成物を含む治療用組成物を、対象に経口投与することを含む。経口投与用に製剤化する場合、微生物組成物が対象の腸管、例えば結腸内でカプセルから放出されるように、腸溶コーティングでコーティングされたカプセル中に治療用組成物を封入してもよい。
【０２１９】
本明細書ではさらに、抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣを処置、防止、または低減するための治療用組成物が開示される。治療用組成物は、例えば、１名のヒトドナーの１つの便試料もしくは複数の便試料または２名以上のヒトドナーの便試料から得られた、新鮮な、凍結した、乾燥した、処理された、もしくは再構成された糞便の形態にあるか、またはそれに由来する糞便微生物叢を含む微生物組成物を含む。経口投与用に製剤化する場合、微生物組成物が対象の腸管、例えば結腸内でカプセルから放出されるように、腸溶コーティングでコーティングされたカプセル中に治療用組成物を封入してもよい。
【０２２０】
本開示に従って投与される治療用組成物の実際の用量が、例えば、特定の剤形に従って異なることは理解されよう。当業者であれば、治療用組成物の作用を変化させ得る多くの要素（例えば、体重、性別、食事、投与時間、投与経路、排泄率、対象の状態、薬物の組み合わせ、遺伝的素因、及び反応感度）を考慮に入れることができる。投与は、連続的に、または最大耐量内の１回以上の別個の用量で実行することができる。当業者であれば、従来の投与量投与試験を使用して、所与の一連の条件に対する最適な投与速度を確認することができる。
【０２２１】
諸実施形態において、治療用組成物は、経腸（例えば、経口及び非経口（ａｂｏｒａｌ））投与用に製剤化される。
【０２２２】
諸実施形態において、経腸投与は、経口投与または非経口投与である。
【０２２３】
諸実施形態において、経腸投与は、治療用組成物を封入するカプセルを介する、または内視鏡的送達系を介する（例えば経鼻胃管を介する）、経口投与である。諸実施形態において、経口投与は、治療用組成物を封入するカプセルを介し、かつ内視鏡的送達系を介するものである。内視鏡的送達系を介して投与される場合、治療用組成物は、非固体フォーマット、例えば半固体、懸濁液、及び液体の形態にある。
【０２２４】
諸実施形態において、経腸投与は、坐薬を介する、または結腸内視鏡的送達系を介する（例えば、Ｓ状結腸鏡デバイスを介する）非経口投与である。結腸内視鏡的送達系を介して投与される場合、治療用組成物は、非固体フォーマット、例えば半固体、懸濁液、及び液体の形態にある。
【０２２５】
諸実施形態において、経腸投与は、経口投与及び非経口投与である。諸実施形態において、経口投与は、内視鏡的送達系を介するものであり、非経口投与は、結腸内視鏡的送達系を介するものである。諸実施形態において、経口投与は、治療用組成物を封入するカプセルを介するものであり、非経口投与は、結腸内視鏡的送達系を介するものである。諸実施形態において、経口投与は、治療用組成物を封入するカプセルを介し、かつ内視鏡的送達系を介するものであり、非経口投与は、結腸内視鏡的送達系を介するものである。
【０２２６】
諸実施形態において、対象は、微生物組成物を含む最初の治療用組成物を経口投与され、微生物組成物を含む後続の治療用組成物を経口投与される。諸実施形態において、後続の治療用組成物の用量は、最初の治療用組成物の用量より多いか、それと等しいか、またはそれより少ない。
【０２２７】
諸実施形態において、経腸（例えば、経口及び非経口）投与用に製剤化される治療用組成物は、微生物組成物と、さらなる治療剤、例えば、抗がん治療剤とを含む。
【０２２８】
諸実施形態において、微生物組成物を含む治療用組成物は、経腸（例えば、経口及び非経口）投与用に製剤化され、非経口的投与では、抗がん治療剤が投与される。非経口的投与の例としては、筋肉内、真皮下、皮下、静脈内、及び皮内注射が挙げられる。
【０２２９】
諸実施形態において、微生物組成物の用量は、抗がん療法の効力を増大させるのに有効である。
【０２３０】
諸実施形態において、微生物組成物の用量は、抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣを防止または低減するのに有効である。
【０２３１】
諸実施形態において、微生物組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、少なくとも約１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、または１０１５のコロニー形成単位（ＣＦＵ）または細菌（例えば、発芽可能な細菌胞子）を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬学的に活性な治療有効用量は、最大で約１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、または１０１５ｃｆｕを含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬理学的に活性な治療有効用量は、１０８ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１３ｃｆｕ、１０１０ｃｆｕ〜１０１２ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１２ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１１ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１０ｃｆｕ、１０１０ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０１０ｃｆｕ〜１０１３ｃｆｕ、１０１１ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０１１ｃｆｕ〜１０１３ｃｆｕ、１０１２ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、及び１０１３ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕから選択される。諸実施形態において、治療用組成物は、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位体積における、前述の薬学的活性用量または治療有効用量を含む。
【０２３２】
諸実施形態において、治療用組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、少なくとも約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、または１０１５個の細胞または胞子を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、最大で合計約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、または１０１５個の細胞または胞子を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬理学的活性用量または治療有効用量は、細胞または胞子１０８〜１０１４、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１２、１０９〜１０１４、１０９〜１０１２、１０９〜１０１１、１０９〜１０１０、１０１０〜１０１４、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１４、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１４、及び１０１３〜１０１４個から選択される。諸実施形態において、細胞数は生細胞を対象とする。諸実施形態において、治療用組成物は、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位体積における、前述の薬学的活性用量または治療有効用量の治療用組成物を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、１０１０〜１０１２個の細胞を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、カプセル１つ当たり１０１０〜１０１２個の細胞を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、１０９〜１０１２個の細胞を含む。諸実施形態において、治療用組成物の薬学的活性用量または治療有効用量は、カプセル１つ当たり１０９〜１０１２個の細胞を含む。
【０２３３】
諸実施形態において、約２００ｍｇの治療用組成物ごとに、薬理学的に活性な用量が含まれる。諸実施形態において、約７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００ｍｇの治療用組成物ごとに、薬理学的に活性な用量が含まれる。
【０２３４】
治療用組成物の個々の用量は、例えば、単位剤形当たり、微生物組成物約０．０１ｍｇ〜約５，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約４，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約３，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約２，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約１，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約９５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約９００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約８５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約８００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約７５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約７００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約６５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約６００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約５５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約５００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約４５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約４００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約３５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約３００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約２００ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約１５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約１００ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約９０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約８０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約７０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約６０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約５０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約４０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約３０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約２０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約１０ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約５ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約３ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約１ｍｇの有効成分、または単位剤形当たり約５ｍｇ〜約８０ｍｇを含む単位剤形（例えば、カプセル）において投与することができる。例えば、単位剤形は、約０．０１ｍｇの微生物組成物、約０．０２ｍｇ、約０．０３ｍｇ、約０．０４ｍｇ、約０．０５ｍｇ、約０．０６ｍｇ、約０．０７ｍｇ、約０．０８ｍｇ、約０．０９ｍｇ、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．７ｍｇ、約０．８ｍｇ、約０．９ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約６ｍｇ、約７ｍｇ、約８ｍｇ、約９ｍｇ約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１，０００ｍｇ、約２，０００ｍｇ、約３，０００ｍｇ、約４，０００ｍｇ、または約５，０００ｍｇの有効成分（この間のすべての値及び範囲を含む）を含むことができる。
【０２３５】
諸実施形態において、治療用組成物は、微生物組成物約０．０１ｍｇ〜約１００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約５，０００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約４，０００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約３，０００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約２，０００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約１，０００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約９５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約９００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約８５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約８００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約７５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約７００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約６５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約６００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約５５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約５００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約４５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約４００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約３５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約３００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約２５０ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約２００ｍｇの一日量、約０．０１ｍｇ〜約１５０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約１００ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約９５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約９０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約８５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約８０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約７５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約７０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約６５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約６０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約５５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約５０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約４５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約４０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約３５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約３０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約２５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約２０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約１５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約１０ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約５ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約３ｍｇの一日量、約０．１ｍｇ〜約１ｍｇの一日量、または約５ｍｇ〜約８０ｍｇの一日量で投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、約０．０１ｍｇ、約０．０２ｍｇ、約０．０３ｍｇ、約０．０４ｍｇ、約０．０５ｍｇ、約０．０６ｍｇ、約０．０７ｍｇ、約０．０８ｍｇ、約０．０９ｍｇ、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．７ｍｇ、約０．８ｍｇ、約０．９ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約６ｍｇ、約７ｍｇ、約８ｍｇ、約９ｍｇ約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１，０００ｍｇ、約２，０００ｍｇ、約３，０００ｍｇ、約４，０００ｍｇ、または約５，０００ｍｇ（この間のすべての値及び範囲を含む）一日用量で投与される。
【０２３６】
諸実施形態において、治療用組成物の好適な投与量は、対象の体重１ｋｇ当たり微生物組成物約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇの範囲内、例えば、約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．０２ｍｇ／ｋｇ、約０．０３ｍｇ／ｋｇ、約０．０４ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．０６ｍｇ／ｋｇ、約０．０７ｍｇ／ｋｇ、約０．０８ｍｇ／ｋｇ、約０．０９ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．６ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ、約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．９ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ、約１．１ｍｇ／ｋｇ、約１．２ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ、約１．４ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．８ｍｇ／ｋｇ、１．９ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約６ｍｇ／ｋｇ、約７ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約９ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約３０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約４０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約５０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約６０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約７０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約８０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約９０ｍｇ／ｋｇ（体重）、または約１００ｍｇ／ｋｇ（体重）（この間のすべての値及び範囲を含む）である。
【０２３７】
諸実施形態において、治療用組成物の好適な投与量は、微生物組成物約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約９０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約８０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約７０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約６０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約９ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約８ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約７ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約６ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約４ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約３ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約２ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１．５ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内、または約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲内である。
【０２３８】
諸実施形態において、本開示は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの処置、防止、もしくは低減を必要とする対象において、それを行う方法を提供し、本方法は、生きた非病原性細菌を含む治療用組成物を治療有効量／用量で対象に投与することを含む。諸実施形態において、本開示は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの処置、防止、もしくは低減を必要とする対象において、それを行う方法を提供し、本方法は、生きた非病原性糞便細菌を含む治療用組成物を治療有効量／用量で対象に連日投与することを含む。諸実施形態において、治療用組成物は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの防止もしくは低減を必要とする患者に、１日または１週間に少なくとも１回、少なくとも２日連続または２週連続で投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも１回、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも１回、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも１回、最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも１回、最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した週数または月数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも１回、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した月数または年数にわたって、対象の全寿命にわたって慢性的に、または無期限に投与される。
【０２３９】
諸実施形態において、治療用組成物は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの防止もしくは低減を必要とする患者に、１日または１週間に少なくとも２回、少なくとも２日連続または２週連続で投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも２回、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも２回、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも２回、最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも２回、最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した週数または月数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも２回、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した月数または年数にわたって、対象の全寿命にわたって慢性的に、または無期限に投与される。
【０２４０】
諸実施形態において、治療用組成物は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの防止もしくは低減を必要とする患者に、１日または１週間に少なくとも３回、少なくとも２日連続または２週間連続で投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも３回、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日または１週間に少なくとも３回、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日に少なくとも３回、最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０の連続した日数または週数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、１日に少なくとも３回、最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した週数または月数にわたって投与される。諸実施形態において、治療用組成物は、少なくとも３回、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の連続した月数または年数にわたって、対象の全寿命にわたって慢性的に、または無期限に投与される。
【０２４１】
諸実施形態において、本開示は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの処置、防止、もしくは低減を必要とする対象において、それを行う方法を提供し、本方法は、生きた非病原性の合成細菌混合物または生きた非病原性の精製もしくは抽出された糞便微生物叢を含む治療用組成物を治療有効量／用量で対象に経口投与することを含み、この用量は、１日または１週間に少なくとも１回または２回、少なくとも３日連続または３週連続の投薬スケジュールで投与される。諸実施形態において、この用量は、１日または１週間に少なくとも１回、２回、または３回、１〜１２週間、２〜１２週間、３〜１２週間、４〜１２週間、５〜１２週間、６〜１２週間、７〜１２週間、８〜１２週間、９〜１２週間、１０〜１２週間、１〜２週間、２〜３週間、３〜４週間、４〜５週間、５〜６週間、６〜７週間、７〜８週間、８〜９週間、９〜１０週間、または１０〜１１週間の期間にわたって投与される。
【０２４２】
諸実施形態において、本開示は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの処置、防止、もしくは低減を必要とする対象において、それを行う方法を提供し、本方法は、第１の投薬スケジュールと、それに続く第２の投薬スケジュールを含む。諸実施形態において、第１の投薬スケジュールは、処置または誘導用量を含む。諸実施形態において、第１の投薬スケジュールは、連続投薬スケジュールを含む。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、第１の投薬スケジュールの治療有効量／用量以下の維持用量を含む。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６か月にわたって持続する。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、恒久的に、処置される対象の全寿命にわたって、または無期限に持続する。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、連続投薬スケジュールである。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、間欠的投薬スケジュールである。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の処置期間と、それに続く少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の休止期間を含む間欠的投薬スケジュールである。諸実施形態において、第２の投薬スケジュールは、１日おき、２日おき、または３、４、５、６、７、８日おきに第２の用量（例えば、維持用量）を投与することを含む。諸実施形態において、維持用量は、用量設定（または別様の投与量もしくは投薬スケジュールの変更）ありまたはなしで長期間にわたって投与される。諸実施形態において、第１の投薬スケジュールと第２の投薬スケジュールとの間の間隔は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間である。諸実施形態において、第２の投薬スケジュール（例えば、維持用量）は、第１の投薬スケジュールで使用される投与量（例えば、初期処置用量）よりも約２、５、１０、５０、１００、２００、４００、８００、１０００、５０００またはそれ以上の倍率だけ低い投与量を含む。諸実施形態において、第２の投薬スケジュール（例えば、維持投薬スケジュール）は、第１の投薬スケジュール（例えば、初期処置投薬スケジュール）以下の投薬頻度を有する。諸実施形態において、第２の投薬スケジュール（例えば、維持投薬スケジュール）は、第１の投薬スケジュール（例えば、初期処置投薬スケジュール）よりも大きな投薬間隔を有する。
【０２４３】
諸実施形態において、方法で使用される第１または第２の投薬スケジュールは、週に１回、週に２回、または週に３回であり得る。「週に１回」という用語は、用量が１週間に１回、好ましくは各週の同じ日に投与されることを意味する。「週に２回」とは、用量が１週間に２回、好ましくは各１週間の同じ２日に投与されることを意味する。「週に３回」とは、用量が１週間に３回、好ましくは各１週間の同じ３日に投与されることを意味する。
【０２４４】
諸実施形態において、微生物組成物は、例えば、１日１回より多く、約１日１回、約１日おき、約３日毎、約１週間に１回、約２週間に１回、約１か月に１回、約２か月に１回、約３か月に１回、約６か月に１回、または約１年に１回投与されてもよい。
【０２４５】
諸実施形態において、処置方法は、抗がん療法の効力の増大、または抗がん療法の効力によって誘発されるＯＴＩＣの防止もしくは低減をもたらす。フローラの変化は、可能な限り「ほぼ完全」であることが好ましく、フローラは、残っている元のフローラを押しのける生存可能な生物によって置き換えられる。典型的には、腸内フローラの変化は、所定のフローラの一群の胃腸管系への導入を含み、したがって好ましい形態では、処置方法は、そのような処置を必要とする患者の病原性腸内フローラを実質的または完全に置き換えることを含む。
【０２４６】
諸実施形態において、複数のスクリーニングされた健康なドナーの糞便微生物叢を含む治療用組成物が、それを必要とする対象に投与される。諸実施形態において、対象は、ある投薬期間にわたって治療用組成物を投与され、ここで、第１の用量は、単一のドナーの糞便微生物叢を含む少なくとも１つの治療用組成物を含み、治療用組成物の第２の用量は、第１の用量のドナーとは異なる単一のドナーの糞便微生物叢を含む。諸実施形態において、第１の用量は、単一のドナーの糞便微生物叢を含む治療用組成物を含み、第２の用量は、ドナープールの糞便微生物叢を含む。第１及び第２の用量は、対象への投与順序を示すものではなく、むしろ、別々のドナーに由来する糞便微生物叢がブレンドされていない形態で使用され得ることを示す。
【０２４７】
諸実施形態において、本開示は、単一のドナーの糞便微生物叢を含む治療用組成物を含むカプセルを用い、処置を必要とする対象を処置する方法を提供する。諸実施形態において、カプセルは、複数のドナーに由来する糞便微生物叢を含む治療用組成物を含む。諸実施形態において、対象は、単一だが異なるドナーに由来する糞便微生物叢を含む２つ以上の丸剤を投与される。
【０２４８】
諸実施形態において、本開示は、経口的に、または結腸鏡、浣腸、もしくは経鼻空腸管を介した注入により治療用組成物を投与することを含む、処置を必要とする対象を処置する方法を提供する。諸実施形態において、各投与は、処置期間における以前の投与と同様または異なる単一のドナーの糞便微生物叢を含む治療用組成物を含む。諸実施形態において、処置期間は、単一のドナーの糞便微生物叢を含む治療用組成物を含む第１の用量の投与と、複数のドナーの糞便微生物叢を含む治療用組成物を含む第２の用量の投与とを含む。
【０２４９】
諸実施形態において、治療用組成物は、薬学的に許容される担体と併せて用意することができる。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」は、非毒性の溶媒、分散剤、賦形剤、アジュバント、または、治療用組成物、例えば、患者に投与することができる剤形の形成を可能にするために生菌と混合される他の物質を指す。薬学的に許容される担体は、液体（例えば、食塩水）、ゲル、または固体形態の希釈剤、アジュバント、賦形剤、もしくは耐酸性の封入された成分であり得る。好適な希釈剤及び賦形剤としては、医薬品グレードの生理食塩水、デキストロース、グリセロール、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなど、及びそれらの組み合わせが挙げられる。諸実施形態において、治療用組成物は、湿潤剤または乳化剤、安定剤またはｐＨ緩衝剤などの補助物質を含み得る。諸実施形態において、治療用組成物は、約１％〜５％、５％〜１０％、１０％〜１５％、１５〜２０％、２０％〜２５％、２５〜３０％、３０〜３５％、４０〜４５％、５０％〜５５％、１％〜９５％、２％〜９５％、５％〜９５％、１０％〜９５％、１５％〜９５％、２０％〜９５％、２５％〜９５％、３０％〜９５％、３５％〜９５％、４０％〜９５％、４５％〜９５％、５０％〜９５％、５５％〜９５％、６０％〜９５％、６５％〜９５％、７０％〜９５％、４５％〜９５％、８０％〜９５％、または８５％〜９５％の有効成分を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、約２％〜７０％、５％〜６０％、１０％〜５０％、１５％〜４０％、２０％〜３０％、２５％〜６０％、３０％〜６０％、または３５％〜６０％の有効成分を含む。
【０２５０】
諸実施形態において、方法は、経口的に、浣腸によって、または直腸坐薬を介して治療用組成物を投与することを含む。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、腸溶コーティングされた（及び／または耐酸性の）カプセルもしくはマイクロカプセルとして製剤化されるか、あるいは、食品、食品添加剤、乳製品ベースの製品、ダイズベースの製品もしくはその誘導体、ゼリー、風味のある液体、アイスブロック、アイスクリーム、もしくはヨーグルトの一部として製剤化されるか、またはそれと一緒に投与される。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、耐酸性の腸溶コーティングされたカプセルとして製剤化される。治療用組成物は、食品または飲料と組み合わせて販売するための粉末として用意することができる。食品または飲料は、乳製品ベースの製品またはダイズベースの製品であり得る。諸実施形態において、食品または栄養補助食品は、治療用組成物を含む腸溶コーティングされた及び／または耐酸性のマイクロカプセルを含む。
【０２５１】
諸実施形態において、治療用組成物は、適切な希釈剤で再構成することができる浣腸組成物；腸溶コーティングされたカプセル；腸溶コーティングされたマイクロカプセル；耐酸性錠剤；耐酸性カプセル；耐酸性マイクロカプセル；経鼻栄養注入もしくは結腸内視鏡的注入のために適切な希釈剤で再構成される粉末；経口摂取のために適切な希釈剤、風味剤及び胃酸抑制剤で再構成される粉末；食品もしくは飲料で再構成される粉末；あるいは組成物、粉末、ゼリー、もしくは液体の腸溶コーティングされた及び／または耐酸性のマイクロカプセルを含む食品もしくは栄養補助食品の形態にある。
【０２５２】
諸実施形態において、治療用組成物は、液体培養物を含む。諸実施形態において、治療用組成物は、均質化され、凍結乾燥され、粉砕され、粉末化される。これを次いで浣腸剤として食塩水などに溶解して注入してもよい。あるいは、経口投与用の腸溶コーティングされた及び／または耐酸性の遅延放出カプセルに粉末を封入してもよい。諸実施形態において、経口投与用の耐酸性／遅延放出カプセルを用いて粉末を二重封入してもよい。これらのカプセルは、腸溶コーティングされた及び／または耐酸性の遅延放出マイクロカプセルの形態をとることができる。粉末は、好ましくは、飲用に再構成するため、または食品添加剤として再構成するために、口当たりのよい形態で用意することができる。諸実施形態において、食品はヨーグルトである。諸実施形態において、粉末は、経鼻十二指腸注入を介して注入されるように再構成され得る。
【０２５３】
諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、液体形態、凍結形態、フリーズドライ形態、噴霧乾燥形態、泡沫乾燥形態、凍結乾燥形態、または粉末形態にある。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、遅延または段階的な腸内放出形態として製剤化される。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、賦形剤、食塩水、緩衝液、緩衝剤、または流体グルコースセルビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地を含む。諸実施形態において、本明細書において投与される治療用組成物は、凍結保護剤を含む。諸実施形態において、凍結保護剤は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、またはそれらの組み合わせを含む。
【０２５４】
諸実施形態において、治療用組成物は、還元剤をさらに含む凍結乾燥製剤を含む。ある特定の実施形態において、還元剤は、Ｄ−システイン及びＬ−システインからなる群から選択されるシステインを含む。諸実施形態において、システインは、少なくとも約０．０２５％の濃度で存在する。諸実施形態において、システインは、約０．０２５％の濃度で存在する。諸実施形態において、システインは、０．０２５％の濃度で存在する。諸実施形態において、システインの代わりに、またはシステインと組み合わせて、システイン以外の別の還元剤が使用される。諸実施形態において、別の還元剤は、アスコルビン酸、アスコルビン酸ナトリウム、チオグリコール酸、亜硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸カリウム、グルタチオン、メチオニン、チオグリセロール、及びアルファトコフェロールを含む群から選択される。
【０２５５】
諸実施形態において、システインは、少なくとも約０．００５％、少なくとも約０．０１％、少なくとも約０．０１５％、少なくとも約０．０２％、少なくとも約０．０２５％、少なくとも約０．０３％、少なくとも約０．０３５％、少なくとも約０．０４％、少なくとも約０．０４５％、少なくとも約０．０５％、少なくとも約０．０５５％、少なくとも約０．０６％、少なくとも約０．０６５％、少なくとも約０．０７％、少なくとも約０．０７５％、少なくとも約０．０８％、少なくとも約０．０８５％、少なくとも約０．０９％、少なくとも約０．０９５％、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１２％、少なくとも約０．１４％、少なくとも約０．１６％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２５％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約４％、少なくとも約６％、少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１４％、少なくとも約１６％、少なくとも約１８％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２％、少なくとも約２４％、または少なくとも約２６％の濃度で存在する。
【０２５６】
諸実施形態において、治療用組成物は、凍結保護剤を含む。本明細書で使用される場合、「凍結保護剤」は、凍結中に有効成分を保護するために製剤に添加される物質を指す。諸実施形態において、凍結保護剤は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、またはそれらの組み合わせを含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。本開示の諸実施形態において、凍結保護剤は、５％スクロース、１０％スクロース、１０％スキムミルク、１０％トレハロースと２．５％スクロース、５％トレハロースと２．５％スクロース、５％マンニトール、５％マンニトールと０．１％ポリソルベート８０、１０％マンニトール、１０％マンニトールと０．１％ポリソルベート８０、５％トレハロース、５％トレハロースと０．１％ポリソルベート８０、１０％トレハロース、及び１０％トレハロースと０．１％ポリソルベート８０を含む群から選択することができる。
【０２５７】
諸実施形態において、治療用組成物は、リオプロテクタントを含む。本明細書で使用される場合、「リオプロテクタント」は、凍結乾燥（フリーズドライとしても知られる）プロセスの乾燥段階中に有効成分を保護するために製剤に添加される物質を指す。諸実施形態において、同じ物質または同じ物質の組み合わせが、凍結保護剤及びリオプロテクタントの両方として使用される。例示的なリオプロテクタントとしては、スクロースまたはトレハロースなどの糖；グルタミン酸ナトリウムまたはヒスチジンなどのアミノ酸；ベタインなどのメチルアミン；硫酸マグネシウムなどのリオトロピック塩；三価以上の糖アルコールなどのポリオール、例えば、グリセリン、エリスリトール、グリセロール、アラビトール、キシリトール、ソルビトール、及びマンニトール；プロピレングリコール；ポリエチレングリコール；Ｐｌｕｒｏｎｉｃｓ；ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。諸実施形態において、リオプロテクタントは、トレハロースまたはスクロースなどの非還元糖である。諸実施形態において、凍結保護剤またはリオプロテクタントは、本段落及び上記段落で言及した１種以上の物質から本質的になるか、またはそれらからなる。
【０２５８】
諸実施形態において、凍結保護剤またはリオプロテクタントは、細胞内に浸透して、膜の破裂をもたらし得る氷晶の形成を防止する細胞内作用因子、例えば、ＤＭＳＯ、グリセロール、またはＰＥＧを含む。諸実施形態において、凍結保護剤またはリオプロテクタントは、細胞膜に浸透することはないが凍結中に生じる浸透圧の不均衡を改善するように作用する細胞外作用因子、例えば、スクロース、トレハロース、またはデキストロースを含む。
【０２５９】
諸実施形態において、本開示は、少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む、凍結乾燥された糞便微生物調製物を含む治療用組成物を提供する。
【０２６０】
諸実施形態において、凍結乾燥製剤は、少なくとも約５％、少なくとも約７．５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２．５％、少なくとも約１３％、少なくとも約１３．５％、少なくとも約１４％、少なくとも約１４．５％、少なくとも約１５％、少なくとも約１５．５％、少なくとも約１６％、少なくとも約１６．５％、少なくとも約１７％、少なくとも約１７．５％、少なくとも約１８％、少なくとも約１８．５％、少なくとも約１９％、少なくとも約１９．５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、または少なくとも約６０％のトレハロースを含む。
【０２６１】
諸実施形態において、処置される対象は、ヒト患者である。諸実施形態において、患者は男性患者である。諸実施形態において、患者は女性患者である。諸実施形態において、患者は早産児である。諸実施形態において、患者は正期産児である。諸実施形態において、患者は新生児である。諸実施形態において、患者は乳児である。諸実施形態において、患者は幼児である。諸実施形態において、患者は若年児である。諸実施形態において、患者は子供である。諸実施形態において、患者は青年である。諸実施形態において、患者は小児患者である。諸実施形態において、患者は老年期患者である。諸実施形態において、ヒト患者は、年齢が約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の小児患者である。諸実施形態において、ヒト患者は成人患者である。諸実施形態において、ヒト患者は高齢患者である。諸実施形態において、ヒト患者は、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える患者である。諸実施形態において、患者は、約１〜５、２〜１０、３〜１８、２１〜５０、２１〜４０、２１〜３０、５０〜９０、６０〜９０、７０〜９０、６０〜８０、または６５〜７５歳である。諸実施形態において、患者は前期高齢患者（６５〜７４歳）である。諸実施形態において、患者は中期高齢患者（７５〜８４歳）である。諸実施形態において、患者は高齢患者（８５歳超）である。
【０２６２】
プレバイオティクス
諸実施形態において、対象は、本明細書に記載される微生物組成物を含む治療用組成物の投与の前に、それと同時に、及び／またはその後に、微生物組成物を含む治療用組成物または微生物組成物を欠いている治療用組成物のいずれかにおいて、プレバイオティクスを投与される。
【０２６３】
プレバイオティクスとは、宿主微生物によって選択的に使用され、対象／患者に健康上の利益をもたらす基質である。理論に束縛されることを望むものではないが、プレバイオティクスは、例えば、１つ以上の有益な細菌株の成長または活性を刺激するため、マイクロバイオーム及び／または微生物組成物中の細菌に栄養補給を行うために添加される。さらに、プレバイオティクスは、細菌株の単離または精製、凍結、フリーズドライ、噴霧乾燥、溶液中での再構成などに続く細菌株への「ショック」を防止するために添加されてもよい。
【０２６４】
プレバイオティクスの例としては、アミノ酸、硝酸アンモニウム、アミロース、オオムギマルチ、ビオチン、炭酸塩、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、フルクトース、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、ホモ多糖、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、マンノオリゴ糖、単糖、タガトース、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース濃縮イヌリン、オリゴ糖、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、カリ、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トランスガラクトオリゴ糖、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、及び／またはキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）が挙げられる。
【０２６５】
諸実施形態において、本明細書に記載される微生物組成物にプレバイオティクスを（例えば、乾燥形態または液体形態で）添加することができる。
【０２６６】
プレバイオティクスは、単回用量または複数用量で提供してもよい。単一の組成物として提供する場合、単一の組成物は、単一のプレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含み得る。複数の組成物において提供する場合、各組成物は、単一のプレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含み得る。
【０２６７】
例として、複数用量を提供するとき、プレバイオティクスを含む第１の組成物が、１つの特定のプレバイオティクス、例えば、イヌリンを含んでもよく、第２の組成物が、第２の特定のプレバイオティクス、例えば、ペクチンを含んでもよい。あるいは、第１の組成物が、プレバイオティクスの混合物、例えば、イヌリン及びペクチンを含んでもよく、第２の組成物が、異なるプレバイオティクスの混合物、例えば、イヌリン及びＦＯＳを含んでもよい。第１の組成物が、プレバイオティクスの混合物を含んでもよく、第２の組成物が、１つの特定のプレバイオティクスを含んでもよい。
【０２６８】
あるいは、またはさらに、微生物組成物を欠いている別個の治療用組成物にプレバイオティクスを（例えば、乾燥形態または液体形態で）含めることができる。そのような別個の組成物は、微生物組成物を含む本明細書に記載される治療用組成物の投与の前に、それと同時に、またはその後に対象に投与することができる。
【０２６９】
対象／患者に提供される及び／または組成物に含まれるプレバイオティクスの量は、特定のプレバイオティクス、有益な細菌の特定の細菌株、及び／または対象／患者の病態によって決まる。
【０２７０】
プレバイオティクスは、微生物組成物を含む治療用組成物の前に、それと同時に、及び／またはその後に、微生物組成物を含む治療用組成物または微生物組成物を欠いている治療用組成物のいずれかにおいて、対象に提供されてもよい。
【０２７１】
プレバイオティクスは、単回用量または複数用量で提供してもよい。単一の組成物として提供する場合、単一の組成物は、単一のプレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含み得る。複数の組成物において提供する場合、各組成物は、単一のプレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含み得る。
【０２７２】
例として、複数用量を提供するとき、プレバイオティクスを含む第１の組成物が、１つの特定のプレバイオティクス、例えば、イヌリンを含んでもよく、第２の組成物が、第２の特定のプレバイオティクス、例えば、ペクチンを含んでもよい。あるいは、第１の組成物が、プレバイオティクスの混合物、例えば、イヌリン及びペクチンを含んでもよく、第２の組成物が、異なるプレバイオティクスの混合物、例えば、イヌリン及びＦＯＳを含んでもよい。第１の組成物が、プレバイオティクスの混合物を含んでもよく、第２の組成物が、１つの特定のプレバイオティクスを含んでもよい。
【０２７３】
対象／患者に提供される及び／または組成物に含まれるプレバイオティクスの量は、特定のプレバイオティクス、有益な細菌の特定の細菌株、及び／または対象の病態によって決まる。
【０２７４】
諸実施形態において、対象は、治療用組成物による処置の前にプレバイオティック栄養素で前処置されない。諸実施形態において、治療用組成物は、プレバイオティック栄養素を補充されない。
【０２７５】
諸実施形態において、対象は、微生物組成物を含む治療用組成物を投与される前に、抗生物質または抗生物質組成物を投与される。諸実施形態において、対象は、微生物組成物を含む治療用組成物を投与されている間に、抗生物質または抗生物質組成物を投与される。諸実施形態において、本明細書において投与される抗生物質組成物は、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。諸実施形態において、本明細書において投与される抗生物質組成物は、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダマイシン、ムタマイシン、シソマイシン、ネチルマイシン、レチミシン（ｒｅｔｙｍｉｃｉｎ）、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、アジスロマイシン、次サリチル酸ビスマス、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソマイシン、アミカシン、アルベカシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。諸実施形態において、対象は、治療用細菌または微生物叢組成物を投与する前に抗生物質組成物で前処置されない。諸実施形態において、治療用組成物は、抗生物質組成物を補充されない。諸実施形態において、方法は、治療用細菌または微生物叢組成物の投与前に抗炎症薬で対象を前処置することをさらに含む。諸実施形態において、対象は、治療用細菌または微生物叢組成物を投与する前に抗炎症薬で前処置されない。諸実施形態において、治療用細菌または微生物叢組成物は、抗炎症薬を補充されない。
【０２７６】
諸実施形態において、対象は、微生物組成物を含む治療用組成物を投与される前に、非抗生物質抗菌薬を投与される。諸実施形態において、対象は、微生物組成物を含む治療用組成物を投与されている間に、非抗生物質抗菌薬または非抗生物質抗菌組成物を投与される。諸実施形態において、非抗生物質抗菌薬は、抗真菌薬、抗ウイルス薬、または抗寄生虫薬である。諸実施形態において、抗真菌薬は、アバファンギン、アルバコナゾール、アモロルフィン、アンホテリシンＢ、アニデュラファンギン、ビホナゾール、ブテナフィン、ブトコナゾール、カンジシジン、カスポファンギン、クロトリマゾール、エコナゾール、エフィナコナゾール、エポキシコナゾール、フェンチコナゾール、フィリピン、フルコナゾール、ハマイシン、イサブコナゾール、イソコナゾール、イトラコナゾール、ケトコナゾール、ルリコナゾール、ミカファンギン、ミコナゾール、ナフチフィン、ナタマイシン、ナイスタチン、オモコナゾール、オキシコナゾール、ポサコナゾール、プロピコナゾール、ラブコナゾール、リモシジン、セルタコナゾール、スルコナゾール、テルビナフィン、テルコナゾール、チオコナゾール、及びボリコナゾールから選択される。諸実施形態において、抗ウイルス薬は、アバカビル、アシクロビル（Ａｃｙｃｌｏｖｉｒ、Ａｃｉｃｌｏｖｉｒ）、アデホビル、アマンタジン、アンプレナビル（アゲネラーゼ）、アンプリジェン、アルビドール、アタザナビル、アトリプラ、バラビル（Ｂａｌａｖｉｒ）、シドホビル、コンビビル、ドルテグラビル、ダルナビル、デラビルジン、ジダノシン、ドコサノール、エドクスジン、エファビレンツ、エムトリシタビン、エンフビルチド、エンテカビル、エコリエベル（Ｅｃｏｌｉｅｖｅｒ）、ファムシクロビル、多剤混合薬（抗レトロウイルス薬）、ホミビルセン、ホスアンプレナビル、ホスカルネット、ホスホネット、融合阻害剤、ガンシクロビル、イバシタビン、イムノビル、イドクスウリジン、イミキモド、インジナビル、イノシン、インテグラーゼ阻害剤、インターフェロンＩＩＩ型、インターフェロンＩＩ型、インターフェロンＩ型、インターフェロン、ラミブジン、ロピナビル、ロビリド、マラビロク、モロキシジン、メチサゾン、ネルフィナビル、ネビラピン、ネキサビル、ニタゾキサニド、ヌクレオシド類似体、ノービア、オセルタミビル（タミフル）、ペグインターフェロンアルファ−２ａ、ペンシクロビル、ペラミビル、プレコナリル、ポドフィロトキシン、プロテアーゼ阻害剤（薬理学）、ラルテグラビル、逆転写酵素阻害剤、リバビリン、リマンタジン、リトナビル、ピラミジン（Ｐｙｒａｍｉｄｉｎｅ）、サキナビル、ソホスブビル、スタブジン、相乗的エンハンサー（抗レトロウイルス薬）、テラプレビル、テノホビル、テノホビルジソプロキシル、チプラナビル、トリフルリジン、トリジビル、トロマンタジン、ツルバダ、バラシクロビル（バルトレックス）、バルガンシクロビル、ビクリビロック、ビダラビン、ビラミジン、ザルシタビン、ザナミビル（リレンザ）、及びジドブジンから選択される。諸実施形態において、抗寄生虫薬は、アルベンダゾール、アンホテリシンＢ、駆虫薬、ジエチルカルバマジン、エフロルニチン、イベルメクチン、メベンダゾール、メラルソプロール、メトロニダゾール、ミルテホシン、ニクロサミド、ニタゾキサニド、プラジカンテル、プラジカンテル、ピランテルパモ酸塩、リファンピン、チアベンダゾール、及びチニダゾールから選択される。諸実施形態において、対象は、治療用細菌または微生物叢組成物を投与する前に非抗生物質抗菌薬で前処置されない。
【０２７７】
諸実施形態において、対象の腸は、微生物組成物を含む治療用組成物を投与される前に準備される。諸実施形態において、腸は、例えば、約１日〜約３日にわたる絶食によって準備される。諸実施形態において、腸は、薬剤、例えば、過量な食物繊維、ハーブ、果汁、茶、酵素、マグネシウム、栄養補助食品、プレバイオティクス、及び／または下剤を経口投与することにより、及び／または非経口結腸清浄剤を非経口投与することにより、例えば、結腸水治療法、結腸洗浄、もしくは腸洗浄を介して準備される。諸実施形態において、対象の腸は、絶食、経口剤、及び／または非経口結腸清浄の組み合わせによって準備されてもよい。諸実施形態において、微生物組成物を含む治療用組成物を投与する前に、対象の腸の準備を行わない。
【０２７８】
さらなる治療剤を含む治療用組成物
本明細書では、微生物組成物及び１種以上のさらなる治療剤を含む治療用組成物が記載される。
【０２７９】
微生物組成物を含む治療用組成物は、１種以上のさらなる治療剤をさらに含み得る。１種以上のさらなる治療剤と、微生物組成物とを合わせて、カプセルに一緒に封入してもよい。あるいは、微生物組成物を封入するカプセルをコーティングする層に、１種以上のさらなる治療剤を含めてもよい。
【０２８０】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、ステロイド性抗炎症剤または非ステロイド性抗炎症剤（ＮＳＡＩＤＳ）などの抗炎症剤である。ステロイド、特に副腎コルチコステロイド、及びそれらの合成類似体は、当技術分野で周知である。有用であり得るコルチコステロイドの例は、限定されるものではないが、ヒドロキシルトリアムシノロン、アルファ−メチルデキサメタゾン、ベータ−メチルベタメタゾン、ジプロピオン酸ベクロメタゾン、安息香酸ベタメタゾン、ジプロピオン酸ベタメタゾン、吉草酸ベタメタゾン、吉草酸クロベタゾール、デソニド、デスオキシメタゾン、デキサメタゾン、二酢酸ジフロラゾン、吉草酸ジフルコルトロン、フルアドレノロン、フルクロロロンアセトニド、ピバル酸フルメタゾン、フルオシノロンアセトニド、フルオシノニド、フルコルチンブチルエステル、フルオコルトロン、フルプレドニデン（フルプレドニリデン）アセテート、フルランドレノリド、ハルシノニド、酢酸ヒドロコルチゾン、酪酸ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、トリアムシノロンアセトニド、コルチゾン、コルトドキソン、フルセトニド、フルドロコルチゾン、ジフルオロゾンジアセテート、フルラドレノロンアセトニド、メドリゾン、アムシナフェル（ａｍｃｉｎａｆｅｌ）、アムシナフィド、ベタメタゾン及びそのエステルのバランス、クロロプレドニゾン、クロコルテロン、クレシノロン（ｃｌｅｓｃｉｎｏｌｏｎｅ）、ジクロリゾン、ジフルプレドナート、フルクロニド、フルニソリド、フルオロメトロン、フルペロロン、フルプレドニゾロン、ヒドロコルチゾン、メプレドニゾン、パラメタゾン、プレドニゾロン、プレドニゾン、ジプロピオン酸ベクロメタゾンを含む。使用することができる（ＮＳＡＩＤＳ）としては、サリチル酸、アセチルサリチル酸、サリチル酸メチル、サリチル酸グリコール、サリチルミド（ｓａｌｉｃｙｌｍｉｄｅｓ）、ベンジル−２，５−ジアセトキシ安息香酸、イブプロフェン、フリンダク（ｆｕｌｉｎｄａｃ）、ナプロキセン、ケトプロフェン、エトフェナメート、フェニルブタゾン、及びインドメタシンが挙げられるが、これらに限定されない。さらなる抗炎症剤は、例えば、全内容が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第４，５３７，７７６号に記載されている。
【０２８１】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２アンタゴニスト、プロトンポンプ阻害剤、またはそれらの組み合わせである。諸実施形態において、治療用組成物は、胃における細菌の不活性化を抑える制酸薬などの他のアジュバント（例えば、Ｍｙｌａｎｔａ、Ｍｕｃａｉｎｅ、及びＧａｓｔｒｏｇｅｌ）と組み合わされる。諸実施形態において、胃における酸分泌は、Ｈ２アンタゴニストまたはプロトンポンプ阻害剤を使用して薬理学的に抑制することもできる。Ｈ２アンタゴニストの例はラニチジンである。プロトンポンプ阻害剤の例はオメプラゾールである。諸実施形態において、酸抑制剤は、治療用組成物の投与前に投与されるか、または治療用組成物と共投与される。
【０２８２】
諸実施形態において、投与される治療用組成物は、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２アンタゴニスト、プロトンポンプ阻害剤、またはそれらの組み合わせを含まない。諸実施形態において、投与される治療用組成物は、酸抑制剤を含まない。諸実施形態において、投与される治療用組成物は、制酸薬を含まない。諸実施形態において、投与される治療用組成物は、Ｈ２アンタゴニストを含まない。諸実施形態において、投与される治療用組成物は、プロトンポンプ阻害剤を含まない。諸実施形態において、投与される治療用組成物は、メトクロプラミドを含まない。
【０２８３】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、プロバイオティクスである。使用に好適なプロバイオティクスとしては、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｕｌａｒｄｉｉ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＧ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ２９９ｖ；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ  Ｍ５８８；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ  ＶＰ２０６２１（無毒のＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ株）；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓの組み合わせ（Ｂｉｏ−Ｋ＋ＣＬ１２８５）；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓの組み合わせ（Ａｃｔｉｍｅｌ）；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍの組み合わせ（Ｆｌｏｒａｊｅｎ３）；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ  ｓｕｂｓｐ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ｓｕｂｓｐ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓの組み合わせ（ＶＳＬ＃３））が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２８４】
諸実施形態において、本開示は、非選択的な糞便微生物叢を含む治療用組成物を投与する前に、プロバイオティクスを投与することを提供する。諸実施形態において、本開示は、プロバイオティクスと非選択的な糞便微生物叢を含む治療用組成物とを共投与することを提供する。諸実施形態において、プロバイオティクスは、１種以上のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。諸実施形態において、プロバイオティクスは、２種以上のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。諸実施形態において、プロバイオティクスは、３種以上のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。諸実施形態において、プロバイオティクスは、４種以上のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。諸実施形態において、プロバイオティクスは、５種以上のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。諸実施形態において、プロバイオティクスは、６種以上のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。諸実施形態において、プロバイオティクスは、１〜３、３〜５、５〜８、または８〜１０種のＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種からなる群から選択される。プロバイオティクスは、単回用量または複数用量で提供してもよい。単一の組成物として提供する場合、単一の組成物は、単一のプロバイオティクスまたはプロバイオティクスの混合物を含み得る。複数の組成物において提供する場合、各組成物は、単一のプロバイオティクスまたはプロバイオティクスの混合物を含み得る。
【０２８５】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、本明細書の他の箇所に記載されているようなプレバイオティクスである。諸実施形態において、本明細書に記載される治療用組成物にプレバイオティクスを（例えば、乾燥形態または液体形態で）添加することができる。対象／患者に提供される及び／または組成物に含まれるプレバイオティクスの量は、特定のプレバイオティクス、有益な細菌の特定の細菌株、及び／または対象／患者の病態によって決まる。
【０２８６】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、止痢薬または抗便秘剤である。使用に好適な止痢剤としては、ＤＰＰ−ＩＶ阻害剤、アヘンのチンキ剤、パレゴリック、及びコデインなどの天然オピオイド、ジフェノキシラート、ジフェノキシン、及びロペラミドなどの合成オピオイド、次サリチル酸ビスマス、ランレオチド、バプレオチド及びオクトレオチド、モチリンアンタゴニスト、セレコキシブのようなＣＯＸ２阻害剤、グルタミン、サリドマイドならびにカオリン、ペクチン、ベルベリン、及びムスカリン性薬物などの従来の止痢治療薬が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２８７】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、鎮痛薬である。使用に好適な鎮痛薬としては、モルヒネ、コデイン、ヘロイン、メサドン及び関連する化合物、テバイン、オリパビン（ｏｒｐｉａｖｉｎｅ）、及びそれらの誘導体、ブプレノルフィン、ピペリジン、モルフィナン、ベンゾモルファン、テトラヒドロイソキノリン、チアムブタン（ｔｈｉａｍｂｕｔａｎｅｓ）、ベンジルアミン、チリジン、ビミノール、ネホパム、カプサイシン（８−メチル−Ｎ−バニリル−６Ｅ−ノネンアミド）、「合成」カプサイシン（Ｎ−バニリルノナミド）、ならびに関連する化合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２８８】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、抗菌剤である。使用に好適な抗菌剤としては、セファロスポリン抗生物質（セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、及びセフトビプロール）、フルオロキノロン抗生物質（シプロ、Ｌｅｖａｑｕｉｎ、フロキン、テキン（ｔｅｑｕｉｎ）、アベロックス、及びノルフロックス）、テトラサイクリン抗生物質（テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びドキシサイクリン）、ペニシリン抗生物質（アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、及びメチシリン）、モノバクタム抗生物質（アズトレオナム）、ならびにカルバペネム抗生物質（エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、及びメロペネム）が挙げられるが、これらに限定されない。諸実施形態において、抗菌剤は、ペニシリン、セファロスポリン、モノバクタム、及びカルバペネム抗生物質のうちのいずれかであり得る。
【０２８９】
諸実施形態において、さらなる治療剤としては、短鎖脂肪酸、酪酸塩、プロピオン酸塩、酢酸塩、ＩＬ−２、ＩＬ−２２、スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）、ＧＬＰ−２及び類似体、ＧＬＰ−１、ＩＬ−１０、ＩＬ−２７、ＴＧＦ−β１、ＴＧＦ−β２、Ｎ−アシルホスファチジルエタノールアミン（ＮＡＰＥ）、エラフィン（別称ペプチダーゼ阻害剤３及びＳＫＡＬＰ）、トレフォイル因子、メラトニン、トリプトファン、ＰＧＤ２、及びキヌレン酸、インドール代謝物、ならびに他のトリプトファン代謝物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２９０】
諸実施形態において、さらなる治療剤は、抗がん治療剤である。抗がん治療剤は、本明細書の他の箇所に記載されているような化学療法剤であり得る。
【０２９１】
本明細書に記載される治療用組成物では、経口投与用に製剤化され得る化学療法剤と、微生物組成物とを合わせて、カプセルに一緒に封入してもよい。あるいは、微生物組成物を封入するカプセルをコーティングする層に、化学療法剤を含めてもよい。諸実施形態において、化学療法剤と、微生物組成物を含む治療用組成物とは、別々の剤形である。
【０２９２】
諸実施形態において、経口投与用に製剤化され得る任意の化学療法剤を使用してよい。そのような化学療法剤の例としては、Ａｆｉｎｉｔｏｒ（エベロリムス）、Ａｌｅｃｅｎｓａ（アレクチニブ）、Ａｌｋｅｒａｎ（メルファラン）、Ａｌｕｎｂｒｉｇ（ブリガチニブ）、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（アナストロゾール）、Ａｒｏｍａｓｉｎ（エキセメスタン）、ビニメチニブ（Ｍｅｋｔｏｖｉ）、Ｂｏｓｕｌｉｆ（ボスチニブ）、Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（カボザンチニブ）、Ｃａｐｒｅｌｓａ（バンデタニブ）、Ｃａｓｏｄｅｘ（ビカルタミド）、Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（カボザンチニブ）、Ｃｏｔｅｌｌｉｃ（コビメチニブ）、シクロホスファミド（シクロホスファミドカプセル）、シトキサン（シクロホスファミド）、Ｄｒｏｘｉａ（ヒドロキシ尿素）、Ｅｍｃｙｔ（エストラムスチン）、エンコラフェニブ（Ｂｒａｆｔｏｖｉ）、Ｅｒｉｖｅｄｇｅ（ビスモデギブ）、エトポシド、Ｆａｒｅｓｔｏｎ（クエン酸トレミフェン）、Ｆａｒｙｄａｋ（パノビノスタット）、Ｆｅｍａｒａ（レトロゾール）、フルタミド、Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（アファチニブ）、Ｇｌｅｅｖｅｃ（イマチニブ）、Ｇｌｅｏｓｔｉｎｅ（ロムスチン）、Ｈｅｘａｌｅｎ（アルトレタミン）、Ｈｙｃａｍｔｉｎ（トポテカン）、Ｈｙｄｒｅａ（ヒドロキシ尿素）、Ｉｂｒａｎｃｅ（パルボシクリブ）、Ｉｃｌｕｓｉｇ（ポナチニブ）、Ｉｄａｍｙｃｉｎ（イダルビシン）、Ｉｄｈｉｆａ（エナシデニブ）、Ｉｍｂｒｕｖｉｃａ（イブルチニブ）、Ｉｎｌｙｔａ（アキシチニブ）、Ｉｒｅｓｓａ（ゲフィチニブ）、Ｊａｋａｆｉ（ルキソリチニブ）、Ｋｉｓｑａｌｉ（リボシクリブ）、Ｋｉｓｑａｌｉ  Ｆｅｍａｒａ  Ｃｏ−Ｐａｃｋ（リボシクリブ及びレトロゾール）、Ｌｅｎｖｉｍａ（レンバチニブ）、ロイコボリン、Ｌｅｕｋｅｒａｎ（クロラムブシル）、Ｌｏｎｓｕｒｆ（トリフルリジン／チピラシル）、Ｌｙｎｐａｒｚａ（オラパリブ）、Ｌｙｓｏｄｒｅｎ（ミトタン）、Ｍａｔｕｌａｎｅ（プロカルバジン）、Ｍｅｇａｃｅ（酢酸メゲストロール）、Ｍｅｋｉｎｉｓｔ（トラメチニブ）、メルカプトプリン、Ｍｅｓｎｅｘ（メスナ）、メトトレキサート、Ｍｙｌｅｒａｎ（ブスルファン）、Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（ビノレルビン）、Ｎｅｒｌｙｎｘ（ネラチニブ）、Ｎｅｘａｖａｒ（ソラフェニブ）、Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（ニルタミド）、Ｎｉｎｌａｒｏ（イキサゾミブ）、Ｏｄｏｍｚｏ（ソニデギブ）、Ｐｏｍａｌｙｓｔ（ポマリドミド）、Ｐｕｒｉｘａｎ（メルカプトプリン懸濁液）、Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（レナリドミド）、Ｒｕｂｒａｃａ（ルカパリブ）、Ｒｙｄａｐｔ（ミドスタウリン）、Ｓｏｌｔａｍｏｘ（クエン酸タモキシフェン）、Ｓｐｒｙｃｅｌ（ダサチニブ）、Ｓｔｉｖａｒｇａ（レゴラフェニブ）、Ｓｕｔｅｎｔ（スニチニブ）、Ｔａｂｌｏｉｄ（チオグアニン）、Ｔａｆｉｎｌａｒ（ダブラフェニブ）、Ｔａｇｒｉｓｓｏ（オシメルチニブ）、タモキシフェン、Ｔａｒｃｅｖａ（エルロチニブ）、Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（ベキサロテン）、Ｔａｓｉｇｎａ（ニロチニブ）、Ｔｅｍｏｄａｒ（テモゾロミド）、Ｔｈａｌｏｍｉｄ（サリドマイド）、Ｔｏｐｏｓａｒ（エトポシド）、トレチノイン、Ｔｒｅｘａｌｌ（メトトレキサート）、Ｔｙｋ��ｒｂ（ラパチニブ）、Ｖｅｎｃｌｅｘｔａ（ベネトクラクス）、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（パゾパニブ）、Ｘａｌｋｏｒｉ（クリゾチニブ）、Ｘａｔｍｅｐ（メトトレキサート溶液）、ゼローダ（カペシタビンａ）、Ｘｔａｎｄｉ（エンザルタミド）、Ｚｅｊｕｌａ（ニラパリブ）、Ｚｅｌｂｏｒａｆ（ベムラフェニブ）、Ｚｏｌｉｎｚａ（ボリノスタット）、Ｚｙｄｅｌｉｇ（イデラリシブ）、Ｚｙｋａｄｉａ（セリチニブ）、またはＺｙｔｉｇａ（アビラテロン）、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
【０２９３】
諸実施形態において、治療用組成物は化学療法剤を欠いているが、化学療法剤及び治療用組成物は同時に投与される。本明細書で使用される「同時に」という用語は、化学療法剤及び治療用組成物が、約６０分以下、例えば約３０分以下、約２０分以下、約１０分以下、約５分以下、または約１分以下の時間をおいて投与されることを意味する。あるいは、「同時に」とは、化学療法剤を欠いている治療用組成物と化学療法剤とが異なる時間に投与されているが、いずれも対象の身体から完全に代謝及び／または排泄されていないことを意味する場合がある。
【０２９４】
諸実施形態において、化学療法剤と、微生物組成物を含む治療用組成物とは、対象に同時に投与されるが、胃腸管における化学療法剤及び微生物組成物のそれぞれの剤形（または共製剤化されている場合は単一の単位剤形）からの放出は順次起こる。
【０２９５】
治療用組成物及び抗がん療法の投与
諸実施形態において、治療用組成物は、抗がん療法と同時に（本明細書に記載されるように）投与される。
【０２９６】
あるいは、治療用組成物及び抗がん療法は、順次投与される。本明細書で使用される「順次」という用語は、抗がん療法及び治療用組成物が約６０分超の時間をおいて投与されることを意味する。例えば、抗がん療法と治療用組成物との順次投与の間の時間は、約６０分超、約２時間超、約５時間超、約１０時間超、約１日超、約２日超、約３日超、約１週間超の間隔、１か月超の間隔、またはそれ以上であり得る。最適な投与時間は、特定の抗がん療法及び投与される治療用組成物によって決まる。抗がん療法または治療用組成物のどちらを最初に投与してもよい。諸実施形態において、対象に、抗がん療法の前に治療用組成物を投与し、これにより、対象が抗がん療法を受ける前に健康な腸バイオームを有することを確実にするのを助ける。あるいは、対象に、抗がん療法の後に治療用組成物を投与し、これにより、対象が抗がん療法を受けた後の腸バイオームを修復／再生息させるのを助ける。
【０２９７】
諸実施形態において、抗がん療法は、放射線療法である。
【０２９８】
諸実施形態において、抗がん療法は、手術、すなわち、腫瘍または癌性細胞を含む臓器／組織の切除である。
【０２９９】
諸実施形態において、抗がん療法は、化学療法剤の投与を含む。化学療法剤の例としては、５−ＦＵ（フルオロウラシル）、アベマシクリブ、酢酸アビラテロン、アビトレキサート（メトトレキサート）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（パクリタキセルアルブミン安定化ナノ粒子製剤）、ＡＢＶＤ、ＡＢＶＥ、ＡＢＶＥ−ＰＣ、ＡＣ、アカラブルチニブ、ＡＣ−Ｔ、ＡＤＥ、Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（ドキソルビシン）、アファチニブ二マレイン酸塩、Ａｆｉｎｉｔｏｒ（エベロリムス）、Ａｆｉｎｉｔｏｒ  Ｄｉｆｓｐｅｒｚ（エベロリムス）、Ａｋｙｎｚｅｏ（ネツピタント及びパロノセトロン）、Ａｌｄａｒａ（イミキモド）、アルデスロイキン、Ａｌｅｃｅｎｓａ（アレクチニブ）、アレクチニブ、Ａｌｉｍｔａ（ペメトレキセド）、Ａｌｉｑｏｐａ（コパンリシブ塩酸塩）、Ａｌｋｅｒａｎ（メルファラン）、Ａｌｏｘｉ（パロノセトロン塩酸塩）、Ａｌｕｎｂｒｉｇ（ブリガチニブ）、Ａｍｂｏｃｈｌｏｒｉｎ（クロラムブシル）、Ａｍｂｏｃｌｏｒｉｎ（クロラムブシル）、アミホスチン、アミノレブリン酸、アナストロゾール、アプレピタント、Ａｒｅｄｉａ（パミドロネート）、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（アナストロゾール）、Ａｒｏｍａｓｉｎ（エキセメスタン）、Ａｒｒａｎｏｎ（ネララビン）、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼＥｒｗｉｎｉａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ、アキシカブタゲンシロロイセル、アキシチニブ、アザシチジン、ＢＥＡＣＯＰＰ、Ｂｅｃｅｎｕｍ（カルムスチン）、Ｂｅｌｅｏｄａｑ（ベリノスタット）、ベリノスタット、ベンダムスチン塩酸塩、ＢＥＰ、ベキサロテン、ビカルタミド、ＢｉＣＮＵ（カルムスチン）、ビニメチニブ（Ｍｅｋｔｏｖｉ）、Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ（ブレオマイシン）、ボルテゾミブ、Ｂｏｓｕｌｉｆ（ボスチニブ）、ボスチニブ、ブリガチニブ、ＢｕＭｅｌ、ブスルファン、Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（ブスルファン）Ｃ、カバジタキセル、Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（カボザンチニブ）、カボザンチニブ−Ｓ−リンゴ酸塩、ＣＡＦ、Ｃａｌｑｕｅｎｃｅ（アカラブルチニブ）、Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（イリノテカン塩酸塩）、カペシタビン、ＣＡＰＯＸ、Ｃａｐｒｅｌｓａ（バンデタニブ）、Ｃａｒａｃ（フルオロウラシル局所用）、カルボプラチン、カルボプラチン−ＴＡＸＯＬ、カルフィルゾミブ、Ｃａｒｍｕｂｒｉｓ（カルムスチン）、カルムスチン、Ｃａｓｏｄｅｘ（ビカルタミド）、ＣｅｅＮＵ（ロムスチン）、ＣＥＭ、セリチニブ、セルビジン（ダウノルビシン）、Ｃｅｒｖａｒｉｘ（組換えＨＰＶ二価ワクチン）、ＣＥＶ、クロラムブシル、クロラムブシル−プレドニゾン、ＣＨＯＰ、シスプラチン、クラドリビン、Ｃｌａｆｅｎ（シクロホスファミド）、クロファラビン、Ｃｌｏｆａｒｅｘ（クロファラビン）、Ｃｌｏｌａｒ（クロファラビン）、ＣＭＦ、コビメチニブ、Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（カボザンチニブ）、コパンリシブ塩酸塩、ＣＯＰＤＡＣ、ＣＯＰＰ、ＣＯＰＰ−ＡＢＶ、Ｃｏｓｍｅｇｅｎ（ダクチノマイシン）、Ｃｏｔｅｌｌｉｃ（コビメチニブ）、クリゾチニブ、ＣＶＰ、シクロホスファミド、Ｃｙｆｏｓ（イホスファミド）、シタラビン、シタラビンリポソーム、Ｃｙｔｏｓａｒ−Ｕ（シタラビン）、シトキサン（シクロホスファミド）、シトキサン（シト��サン）、ダブラフェニブ、ダカルバジン、Ｄａｃｏｇｅｎ（デシタビン）、ダクチノマイシン、ダサチニブ、ダウノルビシン塩酸塩、ダウノルビシン塩酸塩及びシタラビンリポソーム、ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（ダウノルビシン脂質複合体）、Ｄｅｃａｄｒｏｎ（デキサメタゾン）、デシタビン、デフィブロチドナトリウム、Ｄｅｆｉｔｅｌｉｏ（デフィブロチドナトリウム）、デガレリクス、デニロイキンジフチトクス、ＤｅｐｏＣｙｔ（シタラビンリポソーム）、デキサメタゾン、デキサメタゾンＩｎｔｅｎｓｏｌ（デキサメタゾン）、Ｄｅｘｐａｋ  Ｔａｐｅｒｐａｋ（デキサメタゾン）、塩酸デクスラゾキサン、Ｄｏｃｅｆｒｅｚ（ドセタキセル）、ドセタキセル、Ｄｏｘｉｌ（ドキソルビシン塩酸塩リポソーム）、ドキソルビシン塩酸塩、ドキソルビシン塩酸塩リポソーム、Ｄｏｘ−ＳＬ（ドキソルビシン塩酸塩リポソーム）、Ｄｒｏｘｉａ（ヒドロキシ尿素）、ＤＴＩＣ（デカルバジン）、ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ（ダカルバジン）、エンコラフェニブ（Ｂｒａｆｔｏｖｉ）、Ｅｆｕｄｅｘ（フルオロウラシル局所用）、Ｅｌｉｇａｒｄ（リュープロリド）、Ｅｌｉｔｅｋ（ラスブリカーゼ）、Ｅｌｌｅｎｃｅ（Ｅｌｌｅｎｃｅ（エピルビシン））、Ｅｌｏｘａｔｉｎ（オキサリプラチン）、Ｅｌｓｐａｒ（アスパラギナーゼ）、エルトロンボパグオラミン、Ｅｍｃｙｔ（エストラムスチン）、Ｅｍｅｎｄ（アプレピタント）、エナシデニブメシル酸塩、エンザルタミド、エピルビシン塩酸塩、ＥＰＯＣＨ、エリブリンメシル酸塩、Ｅｒｉｖｅｄｇｅ（ビスモデギブ）、エルロチニブ塩酸塩、Ｅｒｗｉｎａｚｅ（アスパラギナーゼＥｒｗｉｎｉａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ）、Ｅｔｈｙｏｌ（アミホスチン）、Ｅｔｏｐｏｐｈｏｓ（リン酸エトポシド）、エトポシド、リン酸エトポシド、Ｅｕｌｅｘｉｎ（フルタミド）、Ｅｖａｃｅｔ（ドキソルビシン塩酸塩リポソーム）、エベロリムス、Ｅｖｉｓｔａ（ラロキシフェン塩酸塩）、Ｅｖｏｍｅｌａ（メルファラン塩酸塩）、エキセメスタン、Ｆａｒｅｓｔｏｎ（トレミフェン）、Ｆａｒｙｄａｋ（パノビノスタット）、Ｆａｓｌｏｄｅｘ（フルベストラント）、ＦＥＣ、Ｆｅｍａｒａ（レトロゾール）、フィルグラスチム、Ｆｉｒｍａｇｏｎ（デガレリクス）、ＦｌｏＰｒｅｄ（プレドニゾロン）、Ｆｌｕｄａｒａ（フルダラビン）、リン酸フルダラビン、Ｆｌｕｏｒｏｐｌｅｘ（フルオロウラシル）、フルオロウラシル、フルタミド、Ｆｏｌｅｘ（メトトレキサート）、Ｆｏｌｅｘ  ＰＦＳ（メトトレキサート）、ＦＯＬＦＩＲＩ、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ、ＦＯＬＦＯＸ、Ｆｏｌｏｔｙｎ（プララトレキサート）、ＦＵＤＲ（ＦＵＤＲ（フロクスウリジン））、ＦＵ−ＬＶ、フルベストラント、Ｇａｒｄａｓｉｌ（組換えＨＰＶ四価ワクチン）、Ｇａｒｄａｓｉｌ  ９（組換えＨＰＶ九価ワクチン）、ゲフィチニブ、ゲムシタビン塩酸塩、ゲムシタビン−シスプラチン、ゲムシタビン−オキサリプラチン、Ｇｅｍｚａｒ（ゲムシタビン）、Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（アファチニブ二マレイン酸塩）、Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（アファチニブ）、Ｇｌｅｅｖｅｃ（イマチニブメシル酸塩）、Ｇｌｉａｄｅｌ（カルムスチン）、グルカルピダーゼ、酢酸ゴセレリン、Ｈａｌａｖｅｎ（エリブリンメシル酸塩）、Ｈｅｍａｎｇｅｏｌ（プロプラノロール塩酸塩）、Ｈｅｘａｌｅｎ（アルトレタミン）、ＨＰＶ二価ワクチン（組換え）、ＨＰＶ九価ワクチン（組換え）、ＨＰＶ四価ワクチン（組換え）、Ｈｙｃａｍｔｉｎ（トポテカン塩酸塩）、Ｈｙｃａｍｔｉｎ（トポテカン）、Ｈｙｄｒｅａ（ヒドロキシ尿素）、ヒドロキシ尿素、Ｈｙｐｅｒ−ＣＶＡＤ、Ｉｂｒａｎｃｅ（パルボシクリブ）、イブルチニブ、ＩＣＥ、Ｉｃｌｕｓｉｇ（ポナチニブ）、Ｉｄａｍｙｃｉｎ  ＰＦＳ（イダルビシン）、イダルビシン塩酸塩、イデラリシブ、Ｉｄｈｉｆａ（エナシデニブ）、Ｉｆｅｘ（イホスファミド）、イホスファミド、Ｉｆｏｓｆａｍｉｄｕｍ（イホスファミド）、イマチニブメシル酸塩、Ｉｍｂｒｕｖｉｃａ（イブルチニブ）、イミキモド、Ｉｍｌｙｇｉｃ（タリモジーンラハーパレプベック）、Ｉｎｌｙｔａ（アキシチニブ）、Ｉｒｅｓｓａ（ゲフィチニブ）、イリノテカン塩酸塩、イリノテカン塩酸塩リポソーム、Ｉｓｔｏｄａｘ（ロミデプシン）、イクサベピロン、クエン酸イキサゾミブ、Ｉｘｅｍｐｒａ（イクサベピロン）、Ｊａｋａｆｉ（ルキソリチニブリン酸塩）、Ｊａｋａｆｉ（ルキソリチニブ）、ＪＥＢ、Ｊｅｖｔａｎａ（カバジタキセル）、Ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ（ラロキシフェン塩酸塩）、Ｋｅｐｉｖａｎｃｅ（パリフェルミン）、Ｋｉｓｑａｌｉ（リボシクリブ）、Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（カルフィルゾミブ）、ランレオチド酢酸塩、Ｌａｎｖｉｍａ（レンバチニブ）、ラパチニブジトシレート  、レナリドミド、レンバチニブメシル酸塩、Ｌｅｎｖｉｍａ（レンバチニブメシル酸塩）、レトロゾール、ロイコボリンカルシウム、Ｌｅｕｋｅｒａｎ（クロラムブシル）、Ｌｅｕｋｉｎｅ（サルグラモスチム）、リュープロリド酢酸塩、Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（クラドリビン）、Ｌｅｖｕｌａｎ（アミノレブリン酸）、Ｌｉｎｆｏｌｉｚｉｎ（クロラムブシル）、ＬｉｐｏＤｏｘ（ドキソルビシン塩酸塩リポソーム）、ロムスチン、Ｌｏｎｓｕｒｆ（トリフルリジン及びチピラシル）、Ｌｕｐｒｏｎ（リュープロリド）、Ｌｙｎｐａｒｚａ（オラパリブ）、Ｌｙｓｏｄｒｅｎ（ミトタン）、Ｍａｒｑｉｂｏ（ビンクリスチン硫酸塩リポソーム）、Ｍａｒｑｉｂｏ  Ｋｉｔ（ビンクリスチン脂質複合体）、Ｍａｔｕｌａｎｅ（プロカルバジン）、メクロレタミン塩酸塩、Ｍｅｇａｃｅ（メゲストロール）、酢酸メゲストロール、Ｍｅｋｉｎｉｓｔ（トラメチニブ）、メルファラン、メルファラン塩酸塩、メルカプトプリン、Ｍｅｓｎｅｘ（メスナ）、Ｍｅｔａｓｔｒｏｎ（塩化ストロンチウム８９）、メタゾラストン（テモゾロミド）、メトトレキサート、メトトレキサートＬＰＦ（メトトレキサート）、メチルナルトレキソン臭化物、Ｍｅｘａｔｅ（メトトレキサート）、Ｍｅｘａｔｅ−ＡＱ（メトトレキサート）、ミドスタウリン、マイトマイシンＣ、ミトキサントロン塩酸塩、Ｍｉｔｏｚｙｔｒｅｘ（マイトマイシンＣ）、ＭＯＰＰ、Ｍｏｓｔａｒｉｎａ（プレドニムスチン）、Ｍｏｚｏｂｉｌ（プレリキサホル）、Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（メクロレタミン）、Ｍｕｔａｍｙｃｉｎ（マイトマイシン）、Ｍｙｌｅｒａｎ（ブスルファン）、Ｍｙｌｏｓａｒ（アザシチジン）、ナノ粒子パクリタキセル（パクリタキセルアルブミン安定化ナノ粒子製剤）、Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（ビノレルビン）、ネララビン、Ｎｅｏｓａｒ（シクロホスファミド）、ネラチニブマレイン酸塩、Ｎｅｒｌｙｎｘ（ネラチニブ）、ネツピタント及びパロノセトロン塩酸塩、Ｎｅｕｌａｓｔａ（フィルグラスチム）、Ｎｅｕｌａｓｔａ（ペグフィルグラスチム）、Ｎｅｕｐｏｇｅｎ（フィルグラスチム）、Ｎｅｘａｖａｒ（ソラフェニブ）、Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（ニルタミド）、ニロチニブ、ニルタミド、Ｎｉｎｌａｒｏ（イキサゾミブ）、Ｎｉｐｅｎｔ（ペントスタチン）、ニラパリブトシレート一水和物、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（タモキシフェン）、ノバントロン（ミトキサントロン）、Ｎｐｌａｔｅ（ロミプロスチム）、Ｏｄｏｍｚｏ（ソニデギブ）、ＯＥＰＡ、ＯＦＦ、オラパリブ、オマセタキシンメペサクシネート、Ｏｎｃａｓｐａｒ（ペグアスパルガーゼ）、Ｏｎｃｏｖｉｎ（ビンクリスチン）、オンダンセトロン塩酸塩、Ｏｎｉｖｙｄｅ（イリノテカン塩酸塩リポソーム）、Ｏｎｔａｋ（デニロイキンジフチトクス）、Ｏｎｘｏｌ（パクリタキセル）、ＯＰＰＡ、Ｏｒａｐｒｅｄ（プレドニゾロン）、オシメルチニブ、オキサリプラチン、パクリタキセル、パクリタキセルアルブミン安定化ナノ粒子製剤、ＰＡＤ、パルボシクリブ、パリフェルミン、パロノセトロン塩酸塩、パロノセトロン塩酸塩及びネツピタント、パミドロネート二ナトリウム、パノビノスタット、Ｐａｎｒｅｔｉｎ（アリトレチノイン）、Ｐａｒａｐｌａｔ（カルボプラチン）、パゾパニブ塩酸塩、ＰＣＶ、ＰＥＢ、Ｐｅｄｉａｐｒｅｄ（プレドニゾロン）、ペグアスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、Ｐｌａｔｉｎｏｌ（シスプラチン）、ＰｌａｔｉｎｏｌＡＱ（シスプラチン）、プレリキサホル、Ｐｏｍａｌｙｓｔ（ポマリドミド）、ポナチニブ塩酸塩、プララトレキサート、プレドニゾン、プロカルバジン塩酸塩、Ｐｒｏｌｅｕｋｉｎ（アルデスロイキン）、Ｐｒｏｍａｃｔａ（エルトロンボパグオラミン）、プロプラノロール塩酸塩、Ｐｕｒｉｎｅｔｈｏｌ（メルカプトプリン）、Ｐｕｒｉｘａｎ（メルカプトプリン）、塩化ラジウム２２３、ラロキシフェン塩酸塩、ラスブリカーゼ、Ｒ−ＣＨＯＰ、Ｒ−ＣＶＰ、Ｒｅｃｌａｓｔ（ゾレドロン酸）、組換えヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）二価ワクチン、組換えヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）九価ワクチン、組換えヒトパピローマ
ウイルス（ＨＰＶ）四価ワクチン、レゴラフェニブ、Ｒｅｌｉｓｔｏｒ（メチルナルトレキソン臭化物）、Ｒ−ＥＰＯＣＨ、Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（レナリドミド）、Ｒｈｅｕｍａｔｒｅｘ（メトトレキサート）、リボシクリブ、Ｒ−ＩＣＥ、ロラピタント塩酸塩、ロミデプシン、ロミプロスチム、Ｒｕｂｅｘ（ドキソルビシン）、Ｒｕｂｉｄｏｍｙｃｉｎ（ダウノルビシン塩酸塩）、Ｒｕｂｒａｃａ（ルカパリブ）、ルカパリブカンシル酸塩、ルキソリチニブリン酸塩、Ｒｙｄａｐｔ（ミドスタウリン）、Ｓａｎｄｏｓｔａｔｉｎ（オクトレオチド）、Ｓａｎｄｏｓｔａｔｉｎ  ＬＡＲ  Ｄｅｐｏｔ（オクトレオチド）、Ｓｃｌｅｒｏｓｏｌ胸膜内エアロゾル（タルク）、Ｓｏｌｔａｍｏｘ（タモキシフェン）、Ｓｏｍａｔｕｌｉｎｅ  Ｄｅｐｏｔ（ランレオチド酢酸塩）、ソニデギブ、ソラフェニブトシレート、Ｓｐｒｙｃｅｌ（ダサチニブ）、ＳＴＡＮＦＯＲＤ  Ｖ、Ｓｔｅｒａｐｒｅｄ（プレドニゾン）、Ｓｔｅｒａｐｒｅｄ  ＤＳ（プレドニゾン）、滅菌タルク粉末（タルク）、Ｓｔｅｒｉｔａｌｃ（タルク）、Ｓｔｅｒｅｃｙｓｔ（プレドニムスチン）、Ｓｔｉｖａｒｇａ（レゴラフェニブ）、スニチニブリンゴ酸塩、Ｓｕｐｐｒｅｌｉｎ  ＬＡ（ヒストレリン）、Ｓｕｔｅｎｔ（スニチニブリンゴ酸塩）、Ｓｕｔｅｎｔ（スニチニブ）、Ｓｙｎｒｉｂｏ（オマセタキシンメペサクシネート）、Ｔａｂｌｏｉｄ（チオグアニン）、ＴＡＣ、Ｔａｆｉｎｌａｒ（ダブラフェニブ）、Ｔａｇｒｉｓｓｏ（オシメルチニブ）、タルク、タリモジーンラハーパレプベック、クエン酸タモキシフェン、Ｔａｒａｂｉｎｅ  ＰＦＳ（シタラビン）、Ｔａｒｃｅｖａ（エルロチニブ）、Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（ベキサロテン）、Ｔａｓｉｇｎａ（デカルバジン）、Ｔａｓｉｇｎａ（ニロチニブ）、Ｔａｘｏｌ（パクリタキセル）、Ｔａｘｏｔｅｒｅ（ドセタキセル）、Ｔｅｍｏｄａｒ（テモゾロミド）、テモゾロミド、テムシロリムス、Ｔｅｐａｄｉｎａ（チオテパ）、サリドマイド、Ｔｈａｌｏｍｉｄ（サリドマイド）、ＴｈｅｒａＣｙｓ  ＢＣＧ（ＢＣＧ）、チオグアニン、Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（チオテパ）、チオテパ、ＴＩＣＥ  ＢＣＧ（ＢＣＧ）、チサゲンレクルユーセル、Ｔｏｌａｋ（フルオロウラシル局所用）、Ｔｏｐｏｓａｒ（エトポシド）、トポテカン塩酸塩、トレミフェン、Ｔｏｒｉｓｅｌ（テムシロリムス）、Ｔｏｔｅｃｔ（塩酸デクスラゾキサン）、ＴＰＦ、トラベクテジン、トラメチニブ、Ｔｒｅａｎｄａ（ベンダムスチン塩酸塩）、Ｔｒｅｌｓｔａｒ（トリプトレリン）、Ｔｒｅｘａｌｌ（メトトレキサート）、トリフルリジン及びチピラシル塩酸塩、Ｔｒｉｓｅｎｏｘ（三酸化ヒ素）、Ｔｙｋｅｒｂ（ラパチニブ）、ウリジントリアセテート、ＶＡＣ、バルルビシン、Ｖａｌｓｔａｒ（バルルビシン膀胱内用）、Ｖａｌｓｔａｒ（バルルビシン）、ＶＡＭＰ、バンデタニブ、Ｖａｎｔａｓ（ヒストレリン）、Ｖａｒｕｂｉ（ロラピタント）、ＶｅＩＰ、Ｖｅｌｂａｎ（ビンブラスチン）、Ｖｅｌｃａｄｅ（ボルテゾミブ）、Ｖｅｌｓａｒ（ビンブラスチン硫酸塩）、ベムラフェニブ、Ｖｅｎｃｌｅｘｔａ（ベネトクラクス）、Ｖｅｐｅｓｉｄ（エトポシド）、Ｖｅｒｚｅｎｉｏ（アベマシクリブ）、Ｖｅｓａｎｏｉｄ（トレチノイン）、Ｖｉａｄｕｒ（リュープロリド酢酸塩）、Ｖｉｄａｚａ（アザシチジン）、ビンブラスチン硫酸塩、Ｖｉｎｃａｓａｒ  ＰＦＳ（ビンクリスチン）、Ｖｉｎｃｒｅｘ（ビンクリスチン）、ビンクリスチン硫酸塩、ビンクリスチン硫酸塩リポソーム、ビノレルビン酒石酸塩、ＶＩＰ、ビスモデギブ、Ｖｉｓｔｏｇａｒｄ（ウリジントリアセテート）、Ｖｏｒａｘａｚｅ（グルカルピダーゼ）、ボリノスタット、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（パゾパニブ）、Ｖｕｍｏｎ（テニポシド）、Ｖｙｘｅｏｓ（ダウノルビシン塩酸塩及びシタラビンリポソーム）、Ｗ、Ｗｅｌｌｃｏｖｏｒｉｎ（ロイコボリンカルシウム）、Ｗｅｌｌｃｏｖｏｒｉｎ  ＩＶ（ロイコボリン）、Ｘａｌｋｏｒｉ（クリゾチニブ）、ＸＥＬＩＲＩ、ゼローダ（カペシタビン）、ＸＥＬＯＸ、Ｘｏｆｉｇｏ（塩化ラジウム２２３）、Ｘｔａｎｄｉ（エンザルタミド）、Ｙｅｓｃａｒｔａ（アキシカブタゲンシロロイセル）、Ｙｏｎｄｅｌｉｓ（トラベクテジン）、Ｚａｌｔｒａｐ（Ｚｉｖ−アフリベルセプト）、Ｚａｎｏｓａｒ（ストレプトゾシン）、Ｚａｒｘｉｏ（フィルグラスチム）、Ｚｅｊｕｌａ（ニラパリブ）、Ｚｅｌｂｏｒａｆ（ベムラフェニブ）、Ｚｉｎｅｃａｒｄ（塩酸デクスラゾキサン）、Ｚｉｖ−アフリベルセプト、Ｚｏｆｒａｎ（オンダンセトロン塩酸塩）、Ｚｏｌａｄｅｘ（ゴセレリン）、ゾレドロン酸、Ｚｏｌｉｎｚａ（ボリノスタット）、Ｚｏｍｅｔａ（ゾレドロン酸）、Ｚｏｒｔｒｅｓｓ（エベロリムス）、Ｚｙｄｅｌｉｇ（イデラリシブ）、Ｚｙｋａｄｉａ（セリチニブ）、Ｚｙｔｉｇａ（酢酸アビラテロン）、及びＺｙｔｉｇａ（アビラテロン）が挙げられる。
【０３００】
諸実施形態において、抗がん療法は、免疫腫瘍学療法である。免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することができる少なくとも１つの分子を含む。腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の例としては、炭酸脱水酵素ＩＸ（ＣＡＩＸ）、５Ｔ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３８、ＣＤ４７、ＣＳ１、ＣＤ１３８、Ｌｅｗｉｓ−Ｙ、Ｌ１−ＣＡＭ、ＭＵＣ１６、ＲＯＲ−１、ＩＬ１３Ｒα２、ｇｐ１００、前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、Ｂ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）、ヒトパピローマウイルス１６型Ｅ６（ＨＰＶ−１６  Ｅ６）、ＣＤ１７１、葉酸受容体アルファ（ＦＲ−α）、ＧＤ２、ヒト上皮増殖因子受容体２（ＨＥＲ２）、メソテリン、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）、癌胎児抗原（ＣＥＡ）、及び血管内皮増殖因子受容体２（ＶＥＧＦ−Ｒ２）、ならびに当技術分野で周知の他の腫瘍抗原が挙げられるが、これらに限定されない。さらなる例示的な腫瘍抗原としては、ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ、ｇｐ１００、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ（ＤＰＰＩＶ）、アデノシンデアミナーゼ結合タンパク質（ＡＤＡｂｐ）、シクロフィリンｂ、結腸直腸関連抗原（ＣＲＣ）−００１７−１Ａ／ＧＡ７３３、癌胎児抗原（ＣＥＡ）ならびにその免疫原性エピトープであるＣＡＰ−１及びＣＡＰ−２、ｅｔｖ６、ａｍｌ１、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）ならびにその免疫原性エピトープであるＰＳＡ−１、ＰＳＡ−２、及びＰＳＡ−３、Ｔ細胞受容体／ＣＤ３−ゼータ鎖、腫瘍抗原のＭＡＧＥファミリー（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｃ４、ＭＡＧＥ−Ｃ５）、腫瘍抗原のＧＡＧＥファミリー（例えば、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＧＡＧＥ−９）、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＬＡＧＥ−１、ＮＡＧ、ＧｎＴ−Ｖ、ＭＵＭ−１、ＣＤＫ４、チロシナーゼ、ｐ５３、ＭＵＣファミリー、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｐ２１ｒａｓ、ＲＣＡＳ１、α−フェトプロテイン、Ｅ−カドヘリン、α−カテニン、β−カテニン及びγ−カテニン、ｐ１２０ｃｔｎ、ｇｐ１００  Ｐｍｅｌ１１７、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｃｄｃ２７、大腸腺腫症タンパク質（ＡＰＣ）、フォドリン、コネキシン３７、Ｉｇ−イディオタイプ、ｐ１５、ｇｐ７５、ＧＭ２及びＧＤ２ガングリオシド、ヒトパピローマウイルスタンパク質などのウイルス産物、腫瘍抗原のＳｍａｄファミリー、ｌｍｐ−１、ＮＡ、ＥＢＶコード核内抗原（ＥＢＮＡ）−１、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−１ＣＴ−７、ｃ−ｅｒｂＢ−２、ＣＤ１９、ＣＤ３７、ＣＤ５６、��Ｄ７０、ＣＤ７４、ＣＤ１３８、ＡＧＳ１６、ＭＵＣ１、ＧＰＮＭＢ、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＰＤ−Ｌ１、ならびにＰＤ−Ｌ２が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３０１】
諸実施形態において、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原は、チェックポイント分子である。チェックポイント分子は、刺激性チェックポイント分子、例えば、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、及びＩＣＯＳであり得る。チェックポイント分子は、阻害性チェックポイント分子、例えば、２Ｂ４、Ａ２ＡＲ、Ｂ−７ファミリーリガンド（Ｂ７−１、Ｂ７−２、Ｂ７−ＤＣ、Ｂ７−Ｈ１、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ５、Ｂ７−Ｈ６、及びＢ７−Ｈ７を含むが、これらに限定されない）、ＢＴＬＡ、ＣＤ１１５、ＣＤ１６０／Ｂｙ５５、ＣＤ１７２ａ／ＳＩＲＰα、ＣＤ２００、ＣＤ２２３、ＣＤ２４４、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＨＫ１及びＣＨＫ２キナーゼ、ＣＴＬＡ−４、ＧＡＬ９、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＭＩＧＤ２、ならびにＶＩＳＴＡ／ＶＳＩＧ８であってもよい。
【０３０２】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、タンパク質ベース、例えば、抗体、融合タンパク質、及び／またはサイトカインである。
【０３０３】
諸実施形態において、抗体は、アドセトリス（ブレンツキシマブベドチン）、アド−トラスツズマブエムタンシン、アレムツズマブ、Ａｒｚｅｒｒａ（オファツムマブ）、アテゾリズマブ、Ａｖａｓｔｉｎ（ベバシズマブ）、アベルマブ、Ｂａｖｅｎｃｉｏ（アベルマブ）、Ｂｅｓｐｏｎｓａ（イノツズマブオゾガマイシン）、ベバシズマブ、Ｂｅｘｘａｒ（トシツモマブ）、ブリナツモマブ、Ｂｌｉｎｃｙｔｏ（ブリナツモマブ）、ＢＭＳ  ９３６５５９、ブレンツキシマブベドチン、Ｃａｍｐａｔｈ（アレムツズマブ）、セツキシマブ、Ｃｉｎｑａｉｒ（レスリズマブ）、Ｃｙｒａｍｚａ（ラムシルマブ）、ダラツムマブ、Ｄａｒｚａｌｅｘ（ダラツムマブ）、デノスマブ、ジヌツキシマブ、デュルバルマブ、エロツズマブ、Ｅｍｐｌｉｃｉｔｉ（エロツズマブ）、Ｅｒｂｉｔｕｘ（セツキシマブ）、フォルフィリ−ベバシズマブ、フォルフィリ−セツキシマブ、Ｇａｚｙｖａ（オビヌツズマブ）、ゲムツズマブオゾガマイシン、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（トラスツズマブ）、イブリツモマブチウキセタン、Ｉｍｆｉｎｚｉ（デュルバルマブ）、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、Ｋａｄｃｙｌａ（アド−トラスツズマブエムタンシン）、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（ペムブロリズマブ）、Ｌａｒｔｒｕｖｏ（オララツマブ）、ＭＫ−３４７５、ＭＰＤＬ３２８ＯＡ、Ｍｙｌｏｔａｒｇ（ゲムツズマブオゾガマイシン）、ネシツムマブ、ニボルマブ、オビヌツズマブ、オファツムマブ、オララツマブ、ＯＰＤＩＶＯ（ニボルマブ）、パニツムマブ、Ｐｅｒｊｅｔａ（ペルツズマブ）、ペルツズマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（ネシツムマブ）、Ｐｒｏｌｉａ（デノスマブ）、ラムシルマブ、Ｒｉｔｕｘａｎ（リツキシマブ）、リツキシマブ及びヒアルロニダーゼ（ヒト用）、シルツキシマブ、Ｓｙｌｖａｎｔ（シルツキシマブ）、Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（アテゾリズマブ）、トラスツズマブ、Ｕｎｉｔｕｘｉｎ（ジヌツキシマブ）、Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（パニツムマブ）、Ｘｇｅｖａ（デノスマブ）、ＹＥＲＶＯＹ（イピリムマブ）、及びＺｅｖａｌｉｎ（イブリツモマブチウキセタン）である。
【０３０４】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、工学操作されたタンパク質または融合タンパク質を含む。諸実施形態において、工学操作されたタンパク質または融合タンパク質は、１つ以上の腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原に結合する。諸実施形態において、融合タンパク質は、１つ以上の腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原に結合し、化学療法剤（本明細書に記載のとおり）にコンジュゲートされる。
【０３０５】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、例えば、１つ以上の腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原に結合するサイトカインを含む。諸実施形態において、サイトカインは、インターフェロンアルファ−２ｂ、インターロイキン−２（アルデスロイキン）、イントロンＡアルファｂ（インターフェロンアルファ−２ａ）、ペグインターフェロンアルファ−２ｂ、ＰＥＧ−イントロン（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）、組換えインターフェロンアルファ−２ｂ、ＲｏｆｅｒｏｎＡアルファａ（インターフェロンアルファ−２ａ）、及びＳｙｌａｔｒｏｎ（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）である。
【０３０６】
諸実施形態において、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を遮断及び／または防止する。あるいは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原を結合及び／または認識することは、腫瘍細胞抗原及び／またはがん細胞抗原の下流シグナル伝達を活性化及び／または刺激する。
【０３０７】
諸実施形態において、免疫腫瘍学療法は、例えば、養子細胞移入（ＡＣＴ）に関する、細胞ベースの免疫腫瘍学療法である。ＡＣＴは、自家性であっても同種異系であってもよい。
【０３０８】
諸実施形態において、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞の使用を含む。例示的なＣＡＲ  Ｔ細胞療法としては、ＪＣＡＲ０１４（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＪＣＡＲ０１５（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＪＣＡＲ０１７（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＪＣＡＲ０１８（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＪＣＡＲ０２０（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＪＣＡＲ０２３（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＪＣＡＲ０２４（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＣＴＬ０１９（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｋｙｍｒｉａｈ（またはチサゲンレクルユーセル；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＫＴＥ−Ｃ１９（Ｋｉｔｅ  Ｐｈａｒｍａ）、ＢＰＸ−４０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＢＰＸ−５０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＢＰＸ−６０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ｂｂ２１２１（Ｂｌｕｅｂｉｒｄ  Ｂｉｏ）、ＣＤ−１９スリーピングビューティー細胞（Ｚｉｏｐｈａｒｍ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、ＵＣＡＲＴ１９（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）、ＵＣＡＲＴ１２３（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）、ＵＣＡＲＴ３８（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）、ＵＣＡＲＴＣＳ１（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）、ＯＸＢ−３０２（Ｏｘｆｏｒｄ  ＢｉｏＭｅｄｉｃａ、ＭＢ−１０１（Ｍｕｓｔａｎｇ  Ｂｉｏ）、及びＩｎｎｏｖａｔｉｖｅ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓによって開発されたＣＡＲ  Ｔ細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３０９】
諸実施形態において、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の使用を含む。諸実施形態において、ＡＰＣ関連療法は、腫瘍細胞抗原もしくはがん細胞抗原（本明細書に記載のとおり）を発現する樹状細胞または他のＡＰＣの使用を含む。一例において、ＡＰＣは、シプロイセル−Ｔ（ＡＰＣ８０１５、商品名Ｐｒｏｖｅｎｇｅ；Ｄｅｎｄｒｅｏｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）である。
【０３１０】
諸実施形態において、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、腫瘍細胞抗原またはがん細胞抗原（本明細書に記載のとおり）を認識する工学操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の使用を含む。
【０３１１】
諸実施形態において、細胞ベースの免疫腫瘍学療法は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の使用、例えば、腫瘍細胞抗原またはがん細胞抗原（本明細書に記載のとおり）を認識するＴＩＬの養子移入を含む。
【０３１２】
諸実施形態において、標的療法は、ＳＴＩＮＧアゴニスト、例えば、５，６−ジメチルキサンテノン−４−酢酸（ＤＭＸＡＡ）、ＭＩＷ８１５（ＡＤＵ−Ｓ１００）、またはＭＫ−１４５４を含む。
【０３１３】
諸実施形態において、標的療法は、インターロイキン、例えば、ＩＬ−２１またはＩＬ−１５を含む。
【０３１４】
諸実施形態において、抗がん療法は、末梢血移植、骨髄移植、臍帯血移植、または皮膚由来幹細胞移植を含む幹細胞移植療法である。
【０３１５】
がん
がんとは、細胞の制御されない増殖、及び／または細胞生存率の異常な増大、及び／または身体の臓器及び系の正常な機能を妨げるアポトーシスの阻害を指す。良性がん及び悪性がん、ポリープ、過形成、ならびに休止状態の腫瘍または微小転移が含まれる。また、免疫系によって妨害されずに異常に増殖する細胞（例えば、ウイルス感染細胞）も含まれる。がんは、原発癌または転移癌であり得る。原発癌は、臨床的に検出可能となる原発部位におけるがん細胞の領域であり得、原発腫瘍であり得る。対照的に、転移癌は、１つの臓器または部分から別の隣接していない臓器または部分への疾患の伝播であり得る。転移癌は、局所領域の周囲の正常組織に浸透及び浸潤して新しい腫瘍を形成する能力を獲得するがん細胞に起因し得、これは局所転移であり得る。がんは、リンパ管及び／または血管の壁を貫通する能力を獲得するがん細胞に起因する場合もあり、その後がん細胞は、血流を介して体内の他の部位及び組織に循環する（それによって循環腫瘍細胞になる）ことができる。がんは、リンパ性または血行性の伝播などのプロセスに起因し得る。がんは、別の部位に留まり、血管または壁を再度貫通して増殖し続け、最終的に別の臨床的に検出可能な腫瘍を形成する腫瘍細胞に起因する場合もある。がんは、この転移性（または続発性）腫瘍であり得る新しい腫瘍であり得る。
【０３１６】
がんは、続発性または転移性腫瘍であり得る転移した腫瘍細胞に起因し得る。腫瘍の細胞は、元の腫瘍の細胞と似ている場合がある。一例として、乳癌または結腸癌が肝臓に転移する場合、続発性腫瘍は肝臓内に存在するが、異常な肝臓細胞からではなく、異常な乳房または結腸細胞から構成される。したがって、肝臓内の腫瘍は、肝癌ではなく、転移性乳癌または転移性結腸癌であり得る。
【０３１７】
がんは、あらゆる組織に由来する可能性がある。がんは、黒色腫、結腸、乳房、または前立腺に由来する可能性があり、したがって、元々はそれぞれ皮膚、結腸、乳房、または前立腺であった細胞から構成されている可能性がある。がんは、白血病またはリンパ腫であり得る血液学的悪性病変である場合もある。がんは、肝臓、肺、膀胱、または腸などの組織に浸潤し得る。
【０３１８】
代表的ながん及び／または腫瘍は、基底細胞癌、胆道癌；膀胱癌；骨癌；脳及び中枢神経系のがん；乳癌（トリプルネガティブ乳癌を含む）；腹膜のがん；子宮頸癌；絨毛癌；結腸直腸癌；結合組織癌；消化器系のがん；子宮内膜癌；食道癌；眼癌；頭頸部のがん（頭頸部癌を含む）；胃癌（胃腸癌を含む）；神経膠芽腫；肝細胞癌；肝細胞腫；上皮内腫瘍；腎臓癌もしくは腎癌；喉頭癌；白血病；肝癌；肺癌（例えば、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、及び肺扁平上皮癌）；黒色腫；骨髄腫；神経芽細胞腫；口腔癌（唇、舌、口、及び咽頭）；卵巣癌；膵癌；前立腺癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；直腸癌；呼吸器系のがん；唾液腺癌；肉腫；皮膚癌；扁平上皮癌；胃のがん；精巣癌；甲状腺癌；尿路上皮癌；子宮癌もしくは子宮内膜癌；泌尿器系のがん；外陰癌；リンパ腫、例えばホジキンリンパ腫及び非ホジキンリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫（例えば低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ；中悪性度／濾胞性ＮＨＬ；中悪性度びまん性ＮＨＬ；高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ；高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ；高悪性度小型非分割細胞ＮＨＬ；巨大腫瘤病変ＮＨＬ；マントル細胞リンパ腫；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；及びワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症；慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）；急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）；ヘアリーセル白血病；慢性骨髄芽球性白血病；他の癌腫及び肉腫；ならびに移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、母斑症に関連する異常血管増殖、浮腫（例えば脳腫瘍に関連するもの）、及びメイグス症候群を含むか、またはこれらに関連する。諸実施形態において、がんは、膀胱癌、頭頸部癌、結腸直腸癌、腎臓癌もしくは腎癌、黒色腫、非小細胞肺癌、トリプルネガティブ乳癌、または尿路上皮癌である。
【０３１９】
諸実施形態において、がんは、ＰＤＬ−１＋及び／またはＣＴＬＡ４＋と分類される。
【０３２０】
カプセル
本明細書に記載される治療用組成物のカプセルは、任意の好適な材料を含み得る。当業者には、本明細書の教示に基づいて、カプセルという用語が、例えば、米国薬局方（ＵＳＰ）に記載されているカプセルを含み得るが、かかるカプセルのタイプに限定されることを意図するものではなく、本明細書に記載される微生物組成物などの材料及び／または液体を被包及び／または封入する任意の容器または層を指すことが理解されよう。
【０３２１】
諸実施形態において、カプセルは、治療用組成物に機械的安定性をもたらすように設計及び選択される。例えば、諸実施形態において、カプセルは、微生物組成物がカプセルから漏出することなく封入されるように、特定の形状（例えば、半球状の端部を有する円筒）を維持する。
【０３２２】
諸実施形態において、カプセルは、ポリマー材料を含む。好適なポリマー材料の非限定的な例としては、ゼラチン、ポリメチルメタクリレート、ポリ（Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド）、ポリオクサマー（ｐｏｌｙｏｘａｍｅｒ）、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、多糖（例えば、スクロース、トレハロース、グルコース、タピオカ及びクズウコンなどのデンプン、キトサン、アルギン酸塩、グアーガム）、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリビニルアルコール、ポリアルキレングリコール、ポリアクリルアミド、ポリビニルピロリドン、ポリウレタン、ポリラクチド、ラクチド／グリコリドコポリマー、ポリカプロラクトン、ポリジオキサノン、ポリ酸無水物、ポリヒドロキシ酪酸、ポリシロキサン、ポリトリメチレンカーボネート、ポリアルキレングリコール、ならびにそれらの組み合わせ及び／またはコポリマーが挙げられる。諸実施形態において、カプセルは、ゼラチンを含む。
【０３２３】
諸実施形態において、カプセルは、ムチンなどの生体付着性ポリマーを含み得る。
【０３２４】
諸実施形態において、カプセルは、特定の形状またはサイズを有する。例えば、場合によっては、カプセルは、＃０００カプセル、＃００カプセル、＃０カプセル、＃１カプセル、＃２カプセル、＃３カプセル、＃４カプセル、または＃５カプセルを含むがこれらに限定されない、ＵＳＰに記載される形状またはサイズを有する。他のカプセル形状及び／またはサイズも可能である。
【０３２５】
カプセルは、可逆的に取り付け可能なカプセル本体及びカプセルキャップを含む。カプセルは、内面及び外面を有する。諸実施形態において、カプセルの外面は、腸溶性ポリマーを含む外部コーティングでコーティングされる。諸実施形態において、腸溶性ポリマーを含む外部コーティングの外側には、化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を収容するための少なくとも１つの区画を作り出す１つ以上のさらなるコーティングがある。
【０３２６】
コーティング
諸実施形態において、カプセルは、コーティングを含む。ある特定の実施形態において、コーティングは、カプセルを外部環境から分離し、それにより、カプセルの溶解を阻害し、及び／またはカプセルの安定性を促進する。諸実施形態において、カプセルは、順次適用される２つ以上のコーティングを含む。例えば、第１のコーティングが適用され風乾された後、第２のコーティングが適用される。文脈上特に明記されていない限り、本明細書で使用される「コーティング」という用語は、少なくとも１つのコーティング、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上のコーティングを含む。さらに、第１のコーティングは、少なくとも第２のコーティングと同一の構成成分を含んでもよく、または第１のコーティングは、少なくとも第２のコーティングとは異なる構成成分を含んでもよい。諸実施形態において、コーティングは、カプセルの外側をコーティングする、すなわち外部コーティングである。
【０３２７】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、摂取してもすぐに微生物組成物を放出しない。むしろ、コーティングされたカプセルが胃腸管の下方に来るまで微生物組成物の放出が延期される。例えば、結腸の盲腸、上行部分、横行部分、下行部分またはＳ状部分、及び直腸を含む結腸（すなわち、大腸）において放出される。例えば、コーティングされたカプセルは、大腸に達するまで微生物組成物の実質的な放出を遅延させるように腸溶コーティングされていてもよい。
【０３２８】
諸実施形態において、カプセルは、対象の回腸または対象の結腸に達するまで微生物組成物がカプセルから放出されないように設計された外部腸溶コーティングでコーティングされる。
【０３２９】
諸実施形態において、微生物組成物は、結腸ミクロフローラによって分泌される酵素及び／または例えば約ｐＨ７以上もしくは約ｐＨ７．４以上のｐＨのうちの一方または両方によって、コーティングされたカプセルから放出される。前者の場合、結腸酵素の影響を受けやすい材料への攻撃によるコーティングの破壊によって微生物組成物が放出され、後者の場合、ｐＨ感受性（腸溶性）ポリマーへの攻撃によるコーティングの破壊によって微生物組成物が放出される。
【０３３０】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、コーティングされたカプセルの微生物組成物の少なくとも６０％を大腸で放出する。例えば、コーティングされたカプセルは、微生物組成物の少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％を大腸（例えば、結腸の盲腸、上行部分、横行部分、下行部分またはＳ状部分、及び直腸のうちの１つ以上）で放出する。
【０３３１】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、直腸前で微生物組成物の実質的に完全な放出をもたらす。
【０３３２】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、特定のｐＨで微生物組成物を放出する。例えば、諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、酸性環境で実質的に安定であり、中性付近からアルカリ性の環境で実質的に不安定である（例えば、急速に溶解するか、または物理的に不安定である）。諸実施形態において、安定性は、微生物組成物を実質的に放出しないことを示し、一方、不安定性は、微生物組成物を実質的に放出することを示す。例えば、諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、約７．０以下、または約６．５以下、または約６．０以下、または約５．５以下、または約５．０以下、または約４．５以下、または約４．０以下、または約３．５以下、または約３．０以下、または約２．５以下、または約２．０以下、または約１．５以下、または約１．０以下のｐＨで実質的に安定である。このコーティングされたカプセルは約４〜約５以下のｐＨで実質的に安定であるため、微生物組成物は、胃及び／または小腸（例えば、十二指腸、空腸、及び回腸のうちの１つ以上）では実質的に放出されない。これらの実施形態において、コーティングされたカプセルは、微生物組成物を大腸（例えば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、及びＳ状結腸のうちの１つ以上）で実質的に放出する。諸実施形態において、本明細書で列挙するｐＨ値は、対象の状態、例えば、空腹の状態であるか食後の状態であるかを考慮して、当技術分野で公知のように調整され得る。
【０３３３】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、結腸液中または模擬結腸液中で不安定である。これらのコーティングされたカプセルは、その微生物組成物の約７０重量％以上を、結腸液または模擬結腸液において、約１５、または約３０、または約４５、または約６０、または約９０分で放出する。諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、中性付近からアルカリ性の環境では不安定である。これらのコーティングされたカプセルは、その微生物組成物の約７０重量％以上を、ｐＨ約７以上（すなわち、約ｐＨ７．４）の腸液、またはｐＨ約７以上（すなわち、約ｐＨ７．４）の模擬腸液において、約１５、または約３０、または約４５、または約６０、または約９０分で放出する。中性付近またはアルカリ性の環境で不安定であるコーティングされたカプセルは、その微生物組成物の７０重量％以上を、約７．０超のｐＨを有する流体（例えば、約７〜約１４のｐＨを有する流体、約７．４のｐＨを有する流体、約８〜約１４のｐＨを有する流体、約９〜約１４のｐＨを有する流体、約１０〜約１４のｐＨを有する流体、または約１１〜約１４のｐＨを有する流体）において、約５分〜約９０分、または約１０分〜約９０分、または約１５分〜約９０分、または約２０分〜約９０分、または約２５分〜約９０分、または約３０分〜約９０分、または約５分〜約６０分、または約１０分〜約６０分、または約１５分〜約６０分、または約２０分〜約６０分、または約２５分〜約９０分、または約３０分〜約６０分で放出し得る。
【０３３４】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、胃液中で安定であるか、または酸性環境で安定である。これらのコーティングされたカプセルは、その微生物組成物の約３０重量％以下を、ｐＨ約４〜約５以下の胃液、またはｐＨ約４〜約５以下の模擬胃液において、約１５、または約３０、または約４５、または約６０、または約９０分で放出する。コーティングされたカプセルは、その微生物組成物の約０重量％〜約３０重量％、約０重量％〜約２５重量％、約０重量％〜約２０重量％、約０重量％〜約１５重量％、約０重量％〜約１０重量％、約５重量％〜約３０重量％、約５重量％〜約２５重量％、約５重量％〜約２０重量％、約５重量％〜約１５重量％、約５重量％〜約１０重量％を、ｐＨ４〜５以下の胃液またはｐＨ４〜５以下の模擬胃液において、約１５、または約３０、または約４５、または約６０、または約９０分で放出し得る。コーティングされたカプセルは、その微生物組成物の約１重量％、約２重量％、約３重量％、約４重量％、約５重量％、約６重量％、約７重量％、約８重量％、約９重量％、または約１０重量％を、ｐＨ５以下の胃液またはｐＨ５以下の模擬胃液において、約１５、または約３０、または約４５、または約６０、または約９０分で放出し得る。
【０３３５】
カプセル（例えばコーティングされたカプセル）からの微生物組成物の放出を数量化または分析する場合、２００５年薬局方２３ＮＦ／２８ＵＳＰの２８５８頁、Ｔｅｓｔ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓに開示されている模擬胃液、模擬小腸液、及び／または模擬結腸液を使用することができる。当業者には、他の模擬流体、例えば、酵素ありまたはなしで調製された模擬胃液及び／または模擬結腸液が公知である。
【０３３６】
諸実施形態において、コーティングは、酸性環境で実質的に安定であり、かつ中性付近の環境からアルカリ性環境で実質的に不安定である、腸溶剤（例えば、腸溶性ポリマー）を含む。諸実施形態において、コーティングは、胃液またはその模擬液中で実質的に安定である腸溶剤を含む。腸溶剤は、例えば、メタクリル酸コポリマー、酢酸フタル酸セルロース（ＣＡＰ）、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリ酢酸フタル酸ビニル、カルボキシメチルエチルセルロース、及びＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）タイプのポリマー（ポリ（メタクリル酸メチルメタクリレート）、酢酸コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、セルロースアセテートトリメリテート、ヒプロメロース（ＩＮＮ）ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、シェラックもしくは他の好適な腸溶コーティングポリマーの溶液または分散液から選択することができる。同様のポリマーには、Ｋｏｌｌｉｃｏａｔ（登録商標）ＭＡＥ  ３０  ＤＰ及びＫｏｌｌｉｃｏａｔ（登録商標）ＭＡＥ  １００  Ｐが含まれる。諸実施形態において、腸溶剤は、前述の溶液または分散液の組み合わせであってもよい。
【０３３７】
諸実施形態において、腸溶性ポリマーは、（メタ）アクリル酸と（メタ）アクリル酸Ｃ１〜４アルキルエステルとのコポリマー、例えば、メタクリル酸とメタクリル酸メチルエステルとのコポリマーである。そのようなポリマーは、ポリ（メタクリル酸／メチルメタクリレート）コポリマーとして公知である。そのようなコポリマーの例は通常アニオン性である。アニオン性ポリ（メタクリル酸／メチルメタクリレート）コポリマーの例としては、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）Ｌ、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）Ｓ、及びＥｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）ＦＳが挙げられる。
【０３３８】
諸実施形態において、腸溶剤は、メタクリル酸とアクリル酸エチルとのコポリマーを含む。
【０３３９】
諸実施形態において、腸溶剤は、任意のＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）タイプのポリマー、その誘導体、及びそのコポリマーを含む。ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ポリマーは、Ｅｖｏｎｉｋ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ  ＡＧ（Ｅｓｓｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）から入手可能である。
【０３４０】
諸実施形態において、コーティングは、特定のｐＨで所与の時間の後（例えば、特定のｐＨに少なくとも１時間曝露された後）に溶解及び／または分解する材料を含む。諸実施形態において、コーティングは、対象の結腸内で少なくとも部分的に分解及び／または少なくとも部分的に溶解するように設計される。したがって、コーティングは、７．０以上のｐＨ、すなわち、ｐＨ７．４で少なくとも部分的に溶解及び／または少なくとも部分的に分解する腸溶性ポリマー（例えば、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）Ｓ１００、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）Ｓ１２、５、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＦＳ  ３０Ｄ、Ｐｈｌｏｒａｌ（登録商標））を含む。例えば、ＵＳ９，０２３，３６８、ＵＳ２０１５０１５０８３７、及びＵＳ２０１５０２０２１６２を参照されたい。
【０３４１】
諸実施形態において、腸溶性ポリマーは、ｐＨとは無関係に時間制御された分解及び／または溶解を呈するように選択される。そのような腸溶性ポリマーの非限定的な例としては、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＬ  ３０Ｄ、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＬ  ＰＯ、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＬ  １００、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＬ  １２、５、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＳ  ３０Ｄ、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＳ  ＰＯ、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＳ  １００、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＲＳ  １２、５、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＮＥ  ３０Ｄ、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＮＥ  ４０Ｄ、及びＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＮＭ  ３０Ｄが挙げられる。
【０３４２】
ある特定の実施形態において、コーティングは、本明細書に記載されるように、２種以上の腸溶性ポリマーのコポリマーを含む。
【０３４３】
諸実施形態において、コーティングは腸溶性エラストマーを含む。諸実施形態において、腸溶性エラストマーは、２種以上のポリマーが互いに水素結合を形成し、腸溶性及び弾性の両方の特性を有するように、カルボキシル官能基を有する２種以上のポリマーの混合物を含む。ある特定の実施形態において、腸溶性エラストマーは、式（Ｉ）における構造を含む第１のポリマー：
【０３４４】
【化１】
2021514968.tif 000007
【０３４５】
またはその薬学的に許容される塩（式中、各Ｒ１は、同じかまたは異なり、場合により置換されているアルキレン、場合により置換されているヘテロアルキレン、場合により置換されているアリーレン、及び場合により置換されているヘテロアリーレンから選択され、各Ｒ２は、同じかまたは異なり、水素、場合により置換されているアルキル、及び場合により置換されているヘテロアルキルから選択され、各Ｒ３は、同じかまたは異なり、場合により置換されているアルキレン及び場合により置換されているヘテロアルキレンから選択され、ｎは、２５〜２５０，０００の整数である）と、第１のポリマーに水素結合した式（ＩＩ）における構造を含む第２のポリマー：
【０３４６】
【化２】
2021514968.tif 000008
【０３４７】
またはその薬学的に許容される塩（式中、各Ｒ４は、同じかまたは異なり、場合により置換されているアルキレン及び場合により置換されているヘテロアルキレンから選択され、各Ｒ５は、同じかまたは異なり、場合により置換されているアルキレン及び場合により置換されているヘテロアルキレンから選択され、各Ｒ６は、同じかまたは異なり、水素、場合により置換されているアルキル、及び場合により置換されているヘテロアルキルから選択され、各Ｒ７は、同じかまたは異なり、水素、場合により置換されているアルキル、及び場合により置換されているヘテロアルキルから選択され、各Ｒ８は、同じかまたは異なり、場合により置換されているアルキルであり、ｐは、１〜１０の整数であり、ｑは、１〜１０の整数であり、ｚは、１〜１５０，０００の整数であるが、但し、（ｐ＋ｑ）＊ｚは２０以上であることを条件とする）とを含む。好適な腸溶性エラストマー及びそのような腸溶性エラストマーを作製する方法は、参照により全体が本明細書に組み込まれる国際特許公開第ＷＯ２０１５１９１９２２号により詳細に記載されている。
【０３４８】
諸実施形態において、コーティングは、食品グレードの触媒（例えばカフェイン）の存在下で１つ以上のモノマーの反応によって形成されるポリマーを含む。食品グレードの触媒の存在下で形成される好適なポリマーは、参照により全体が本明細書に組み込まれる国際特許公開第ＷＯ２０１５／１６８２９７号により詳細に記載されている。
【０３４９】
諸実施形態において、コーティングは、水溶液中にある場合、ｐＨ及び／または溶液中の酵素の存在にかかわらず、時間に応じて分解し得る。そのようなコーティングは、非水溶性ポリマーを含み得る。したがって、水溶液へのその溶解度は、ｐＨに非依存的である。本明細書で使用される「ｐＨ非依存的」という用語は、ポリマーの水透過性及び微生物組成物を放出するその能力がｐＨに応じない、及び／または非常にわずかにしかｐＨに依存しないことを意味する。好適な非水溶性ポリマーには、媒体のｐＨに非依存的に水性媒体（例えば水）において実質的に不溶性である、薬学的に許容される非毒性ポリマーが含まれる。好適なポリマーとしては、セルロースエーテル、セルロースエステル、またはセルロースエーテルエステル、すなわち、セルロース骨格上のヒドロキシ基のいくつかがアルキル基で置換され、いくつかがアルカノイル基で修飾されているセルロース誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。例としては、エチルセルロース、アセチルセルロース、ニトロセルロースが挙げられる。不溶性ポリマーの他の例としては、ラッカー、ならびにアクリル酸エステル及び／またはメタクリル酸エステルポリマー、四級アンモニウム含有量の低いアクリレートもしくはメタクリレートのポリマーもしくはコポリマー、またはそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。不溶性ポリマーの他の例としては、ＥＵＤＲＡＧＩＴ  ＲＳ（登録商標）、ＥＵＤＲＡＧＩＴ  ＲＬ（登録商標）、及びＥＵＤＲＡＧＩＴ  ＮＥ（登録商標）が挙げられる。有用であり得る不溶性ポリマーとしては、ポリビニルエステル、ポリビニルアセタール、ポリアクリル酸エステル、ブタジエンスチレンコポリマーが挙げられる。諸実施形態において、結腸内放出は、ゆっくりと侵食するワックスプラグ（例えば、様々なＰＥＧＳ、例えば、ＰＥＧ６０００など）の使用によって達成される。
【０３５０】
諸実施形態において、コーティングは、結腸酵素の影響を受けやすい材料を含み得る。ここでこの材料は、結腸細菌によって分泌される酵素を介し、腸内フローラによって分解される。諸実施形態において、コーティングは、大腸に存在する細菌によって分解され得る。そのようなコーティングは、結腸酵素の影響を受けやすい（すなわち、結腸細菌による攻撃の影響を受けやすい）材料と、約ｐＨ７以上の溶解度閾値を有する腸溶性ポリマー（例示的な腸溶性ポリマーは上述してある）との混合物を含み得る。
【０３５１】
結腸酵素の影響を受けやすい材料は、アミロペクチン、アミロース、カラゲナン、キチン、キトサン、コンドロイチン硫酸、カードラン、シクロデキストリン、デキストラン、レバン、プルラン、スクレログルカン、及びデンプン、またはそれらの組み合わせから選択される高分子炭水化物を含み得る。
【０３５２】
諸実施形態において、高分子炭水化物は、デンプン、アミロース、及び／またはアミロペクチンである。
【０３５３】
諸実施形態において、デンプンは、約２０重量％〜約３０重量％のアミロースを有し、残りは少なくとも実質的にアミロペクチンで構成されていてもよい。諸実施形態において、デンプンは、少なくとも０．１重量％、例えば、少なくとも１０％または１６％、及び少なくとも３５重量％のアミロースを有し得る。諸実施形態において、デンプンは、少なくとも５０重量％のアミロースを有し得る。特に好適なデンプンは、約６５重量％〜約７５重量％、例えば、約７０重量％のアミロースを有する。
【０３５４】
諸実施形態において、デンプンは、最大１００％のアミロペクチン、例えば、約０．１重量％〜約９９．９重量％のアミロペクチンを有し得る。諸実施形態において、デンプンは、５０重量％以下のアミロース及び少なくとも５０重量％のアミロペクチンを有し得、例えば、最大７５重量％のアミロペクチン、さらには最大９９重量％までのアミロペクチンが好適である。デンプンは、例えば、未修飾のワキシーコーンデンプンであってよい。このデンプン及び他の同様のデンプンは、約１００％のアミロペクチンを含む。諸実施形態において、デンプンは、５０重量％以下のアミロペクチンを有し得る。特に好適なデンプンは、約２５重量％〜約３５重量％のアミロペクチン、例えば、約３０重量％のアミロペクチンを有する。
【０３５５】
諸実施形態において、コーティングにおける、結腸酵素の影響を受けやすい材料の、腸溶性ポリマーに対する比は、約１５：８５〜約９９：１である。
【０３５６】
諸実施形態において、他の結腸特異的送達アプローチが使用され得る。例えば、コーティングされたカプセルは、例えば、全内容が参照により本明細書に組み込まれるＬｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＡＡＰＳ  ＰｈａｒｍＳｃｉＴｅｃｈ（２００２），３（４）：１−９に記載されているような、結腸特異的薬物送達系（ＣＯＤＥＳ）を使用して製剤化され得る。
【０３５７】
諸実施形態において、医薬品のコーティングは、可塑剤をさらに含んでもよい。諸実施形態において、可塑剤はクエン酸トリエチルである。コーティングは、約１〜２０％のクエン酸トリエチル、例えば約５〜１５％のクエン酸トリエチルを含み得る。特に好適なコーティングは、約１２％のクエン酸トリエチルを含む。
【０３５８】
諸実施形態において、医薬品のコーティングは、コーティング添加剤をさらに含んでもよい。コーティング添加剤はタルクであってもよい。コーティング添加剤は、例えば、モノステアリン酸グリセロールのモノグリセリド及び／またはジグリセリドならびにクエン酸トリエチルを含む「添加剤組成物」であってもよい。添加剤組成物の一例は、ＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）である。例えば、１つ以上のＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）添加剤を粘着防止剤コーティング添加剤として使用してもよい。例示的なＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）添加剤としては、ＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）ＨＴＰ２０及びＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）Ｔ２０が挙げられるが、これらに限定されない。コーティングは、約１〜１５％の添加剤組成物、例えば、約５〜１０％の添加剤組成物を含み得る。特に好適なコーティングは、約８％の添加剤組成物を含む。
【０３５９】
ある特定の実施形態において、コーティングは、ムチンなどの生体付着性ポリマーを含み得る。
【０３６０】
諸実施形態において、コーティングは、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）Ｓ１００（ポリ（メタクリル酸メチルメタクリレート）約５６％と、デンプン約２４％と、クエン酸トリエチル約１２％と、モノステアリン酸グリセロールのモノグリセリド及び／またはジグリセリドならびにクエン酸トリエチルを含む添加剤組成物、例えば、ＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）Ｔ２０約８％とを含み得る。
【０３６１】
諸実施形態において、カプセルは、上述の構成成分を含む内部コーティングを有する。したがって、コーティングは、内部及び外部の両方の腸溶コーティングであり得る。カプセルは、外部腸溶コーティングのみを有してもよい。あるいは、カプセルは、内部腸溶コーティングのみを有してもよい。
【０３６２】
諸実施形態において、カプセルは、水相（例えば、本開示の微生物組成物）とカプセル（またはカプセル材料）との接触を防止または妨害する疎水性特性を有する内部コーティングを含む。
【０３６３】
諸実施形態において、内部コーティングは、疎水性コーティングを含む。疎水性コーティングは、シェラック、ゼイン、多糖、絹、ポリカプロラクトン、油、ペクチン、ワックス、ポリマー、シェラック、及びそれらの誘導体、ならびにそれらの組み合わせから選択される材料を含み得る。好適な多糖の非限定的な例としては、アルギン酸塩、ヒアルロン酸、及びキトサンが挙げられる。好適な油の非限定的な例としては、アボカド油、植物油、ヒマシ油、オリーブ油、ホホバ油、カカオバター、ココナッツ油が挙げられる。好適なワックスの非限定的な例としては、ミツロウ、カルナウバロウ、及びパラフィンワックスが挙げられる。諸実施形態において、疎水性コーティングはシェラックである。したがって、カプセルは、外部の腸溶コーティング及び内部の疎水性コーティングを有し得る。
【０３６４】
諸実施形態において、コーティングされたカプセルは、米国特許第４，１９６，５６４号、同第４，１９６，５６５号、同第４，２４７，００６号、同第４，２５０，９９７号、同第４，２６８，２６５号、同第５，３１７，８４９号、同第６，５７２，８９２号、同第７，７１２，６３４号、同第８，０７４，８３５号、同第８，３９８，９１２号、同第８，４４０，２２４号、同第８，５３５，７１３号、同第８，５５７，２９４号、同第８，６４６，５９１号、同第８，７３９，８１２号、同第８，８１０，２５９号、同第８，８５２，６３１号、同第８，９１１，７７７号、及び同第８，９１１，７８８号、米国特許公開第２００６／００１８９６号、同第２００７／０２９２５２３号、同第２００８／００２００１８号、同第２００８／０１１３０３１号、同第２０１０／０２０３１２０号、同第２０１０／０２５５０８７号、同第２０１０／０２９７２２１号、同第２０１１／００５２６４５号、同第２０１２／０１４１５３１号、同第２０１２／０１４１５８５号、同第２０１３／０１８４２９０号、同第２０１３／０２４３８７３号、同第２０１３／０２８７８４２号、同第２０１３／０２９５１８８号、同第２０１３／０３０７９６２号、同第２０１３／０３３０４１１号、同第２０１４／００１７３１３号、同第２０１４／００８８２０２号、同第２０１４／０２２７３５７号、同第２０１４／０２３４４１８号、及び同第２０１４／０３０２１３２号、ならびに国際特許公開第ＷＯ２００８／１３５０９０号のうちの１つ以上に記載されている特徴を含む。前述の特許及び特許出願の内容は、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
【０３６５】
諸実施形態において、経口投与用に製剤化され得る化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を微生物組成物と合わせ、カプセルに封入してもよい。
【０３６６】
諸実施形態において、カプセル（微生物組成物を封入する）は、腸溶性ポリマーを含む第１の外部コーティングでコーティングされ、第１の外部コーティングの外側には、経口投与用に製剤化され得る化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を含む１つ以上のさらなるコーティングがある。ここでは、化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を結合剤と合わせ、微生物組成物を封入する第１の腸溶コーティングされたカプセル上にスプレーコーティングした。そのようなコーティングされたカプセルには、消化器系の結腸前の領域における化学療法剤及び／またはさらなる治療剤（複数可）の放出を可能にする第２の腸溶コーティングを（化学療法剤及び／またはさらなる治療剤（複数可）の外側に）施しておいてもよい。あるいは、化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を第２の腸溶性ポリマー及び結合剤と合わせ、微生物組成物を封入する第１の腸溶コーティングされたカプセル上にスプレーコーティングした。ここでは、第２の腸溶性ポリマーが、消化器系の結腸前の領域における化学療法剤及び／またはさらなる治療剤（複数可）の放出を可能にする。
【０３６７】
諸実施形態において、治療用組成物は、カプセル、錠剤、または丸剤の形態にあり得る。諸実施形態において、カプセル、錠剤、または丸剤は、長期作用の利点をもたらす剤形となるようにコーティングまたは別様に化合することができる。例えば、カプセル、錠剤、または丸剤は、内側投与構成成分（例えば、微生物組成物）と外側投与構成成分（例えば、化学療法剤及び／またはさらなる治療剤）とを含み得、後者は前者を覆う外被の形態にある。２つの構成成分は、腸溶層によって分離することができ、この腸溶層は、胃における分解に耐えるように機能し、かつ内側構成成分が十二指腸もしくは結腸に入ること及び／または遅延放出されることを可能にする。かかる腸溶層またはコーティング（本明細書に記載のとおり）には、多様な材料を使用することができる。例示的な材料としては、いくつかのポリマー酸、ならびにポリマー酸とシェラック、セチルアルコール、及び酢酸セルロースなどの材料との混合物が挙げられる。
【０３６８】
製造方法
本明細書に記載される治療用組成物は、任意の好適な方法を使用して製造され得る。概して、カプセルを微生物組成物で充填し、次いで微生物組成物がカプセルに封入されるように閉じる／密封する。
【０３６９】
諸実施形態において、治療用組成物の製造は、（１）切り離された（すなわち、別個のカプセル本体及びカプセルキャップを含む）カプセルの外部を外部腸溶コーティングでコーティングするステップと、（２）カプセル本体を微生物組成物で充填するステップと、（３）カプセルキャップをカプセル本体にかぶせて閉じることにより、外部腸溶コーティングされたカプセルに微生物組成物を封入するステップとを含み得る。
【０３７０】
場合により、治療用組成物の製造は、（１）切り離された（すなわち、別個のカプセル本体及びカプセルキャップを含む）カプセルの外部を外部腸溶コーティングでコーティングするステップと、（２）切り離されたカプセルの内部を内部コーティングでコーティングするステップと、（３）カプセル本体を微生物組成物で充填するステップと、（４）カプセルキャップをカプセル本体にかぶせて閉じることにより、二重コーティングされたカプセルに微生物組成物を封入するステップとを含み得る。
【０３７１】
あるいは、治療用組成物の製造は、（１）切り離された（すなわち、別個のカプセル本体及びカプセルキャップを含む）カプセルの内部を内部コーティングでコーティングするステップと、（２）切り離されたカプセルの外部を外部腸溶コーティングでコーティングするステップと、（３）カプセル本体を微生物組成物で充填するステップと、（４）カプセルキャップをカプセル本体にかぶせて閉じることにより、二重コーティングされたカプセルに微生物組成物を封入するステップとを含み得る。
【０３７２】
諸実施形態において、経口投与用に製剤化され得る化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を微生物組成物と合わせ、カプセルに封入してもよい。
【０３７３】
諸実施形態において、ゼラチンカプセル（例えば、サイズ＃００）の本体及びキャップは分離している。１種以上の腸溶コーティングポリマーを他の構成成分とともに溶液に分散させることにより、外部腸溶コーティング懸濁液を調製する。分離したカプセル本体及びキャップの外部に、例えば、流動床Ｗｕｒｓｔｅｒカラムコーター、流動床コーター、または均等物を使用して、外部腸溶コーティング懸濁液を適用する。カプセルを製品ボウル内で流動化し、外部腸溶コーティング懸濁液を噴霧して、約２ｍｇ／ｃｍ２〜６ｍｇ／ｃｍ２、例えば、３ｍｇ／ｃｍ２を標的とする外側コーティングを生成する。このステップの完了後、例えば、約８時間〜２４時間にわたってカプセルを乾燥させる。乾燥後、例示的なカプセルを秤量して、外部腸溶コーティングによる重量増加を計算する。カプセルに不規則性がないか検査してもよい。
【０３７４】
一実施形態では、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）Ｓ１００（ポリ（メタクリル酸メチルメタクリレート））、デンプン、クエン酸トリエチル、及びＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）Ｔ２０を水、エタノール、及びｎ−ブタノールの溶液に溶解し、混合し、次いで好適な噴霧デバイスに投入する。次いで、この溶液をカプセル本体及びカプセルキャップの外面にスプレーコーティングして、標的の重量増加を達成する。カプセル本体及びカプセルキャップを、さらなる処理、例えば微生物組成物の充填の前に、約８時間〜約２４時間、またはそれ以上、例えば、１週間、１か月、またはそれ以上にわたって乾燥させる。
【０３７５】
諸実施形態において、微生物組成物をカプセルの本体に供給することに加えて、ある量の微生物組成物をカプセルのキャップに供給することが望ましい場合がある。この実施形態では、より多くの微生物組成物がカプセルに含まれ、及び／または閉じたカプセルにより少ない空気が含まれる。
【０３７６】
諸実施形態において、カプセルの内面に内部コーティングが施される。
【０３７７】
諸実施形態において、カプセルは、腸溶性ポリマーを含む第１の外部コーティングでコーティングされ、第１の外部コーティングの外側には、経口投与用に製剤化され得る化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を含む１つ以上のさらなるコーティングが適用される。ここでは、化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を結合剤と合わせ、微生物組成物を封入する第１の腸溶コーティングされたカプセル上にスプレーコーティングする。そのような治療用組成物には、消化器系の結腸前の領域における化学療法剤及び／またはさらなる治療剤（複数可）の放出を可能にする第２の腸溶コーティングを（化学療法剤及び／またはさらなる治療剤（複数可）の外側に）施してもよい。あるいは、化学療法剤及び／または１種以上のさらなる治療剤を第２の腸溶性ポリマー及び結合剤と合わせ、微生物組成物を封入する第１の腸溶コーティングされたカプセル上にスプレーコーティングする。ここでは、第２の腸溶性ポリマーが、消化器系の結腸前の領域における化学療法剤及び／またはさらなる治療剤（複数可）の放出を可能にする。
【０３７８】
諸実施形態において、治療用組成物は、カプセル、錠剤、または丸剤の形態で調製することができる。諸実施形態において、カプセル、錠剤、または丸剤は、長期作用の利点をもたらす剤形となるようにコーティングまたは別様に化合される。例えば、カプセル、錠剤、または丸剤は、内側投与構成成分（例えば、微生物組成物）と外側投与構成成分（例えば、化学療法剤及び／またはさらなる治療剤）とを備えて調製され、後者は前者を覆う外被の形態にある。２つの構成成分は、これらの構成成分を分離する腸溶層を加えることによって調製してもよく、この腸溶層は、胃における分解に耐えるように機能し、かつ内側構成成分が十二指腸もしくは結腸に入ること及び／または遅延放出されることを可能にする。かかる腸溶層またはコーティング（本明細書に記載のとおり）には、多様な材料を使用することができる。例示的な材料としては、いくつかのポリマー酸、ならびにポリマー酸とシェラック、セチルアルコール、及び酢酸セルロースなどの材料との混合物が挙げられる。
【０３７９】
諸実施形態において、治療用組成物を錠剤、ドレンチ、ボーラス、カプセル、またはプレミックスに組み込むことができる。これらの有効成分のそのような剤形への製剤化は、医薬製剤分野で周知の方法によって達成することができる。例えば、米国特許第４，３９４，３７７号を参照されたい。ゼラチンカプセルに任意の所望の形態の有効成分を充填すると、カプセルが容易に生成される。必要に応じて、これらの材料を糖、デンプン、粉乳、精製結晶セルロースなどの不活性粉末希釈剤で希釈して、カプセルを充填する便宜のために体積を増大させてもよい。
【０３８０】
諸実施形態において、従来の製剤化プロセスを使用して、治療用組成物を含む錠剤を調製することができる。有効成分に加えて、錠剤は、基剤、崩壊剤、吸収剤、結合剤、及び滑沢剤を含み得る。典型的な基剤としては、ラクトース、糖、塩化ナトリウム、デンプン、及びマンニトールが挙げられる。デンプンもアルギン酸と同様に良好な崩壊剤である。ラウリル硫酸ナトリウム及びジオクチルソジウムスルホサクシネートなどの表面活性剤も使用される場合がある。一般的に使用される吸収剤には、デンプン及びラクトースが含まれる。炭酸マグネシウムも油性物質に有用である。結合剤としては、例えば、ゼラチン、ガム、デンプン、デキストリン、ポリビニルピロリドン、及び様々なセルロース誘導体を使用することができる。一般的に使用される滑沢剤には、ステアリン酸マグネシウム、タルク、パラフィンワックス、様々な金属セッケン、及びポリエチレングリコールがある。
【０３８１】
諸実施形態において、錠剤などの固体組成物を調製するには、薬学的担体、例えば、トウモロコシデンプン、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、リン酸二カルシウム、もしくはガムなどの従来の錠剤化成分、または他の薬学的希釈剤、例えば水と有効成分を混合して、本明細書に記載される組成物の均質混合物を含む固体の予備製剤（ｐｒｅｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）組成物を形成する。こうした予備製剤組成物を均質という場合、組成物が錠剤、丸剤、及びカプセルなどの等しく有効な単位剤形に容易に細分され得るように、有効成分が組成物全体に均一に分散していることを意味する。この固体の予備製剤組成物は、次いで、所望の量の有効成分（例えば、少なくとも約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、または１０１３ｃｆｕ）を含む上述のタイプの単位剤形に細分される。本明細書で使用される治療用組成物は、風味付けされていてもよい。
【０３８２】
諸実施形態において、治療用組成物は、錠剤または丸剤であり得る。諸実施形態において、錠剤または丸剤は、長期作用の利点をもたらす剤形となるようにコーティングまたは別様に化合され得る。例えば、錠剤または丸剤は、内側投与構成成分及び外側投与構成成分を含み得、後者は前者を覆う外被の形態にある。２つの構成成分は、腸溶層によって分離することができ、この腸溶層は、胃における分解に耐えるように機能し、かつ内側構成成分が十二指腸に入ることまたは遅延放出されることを可能にする。かかる腸溶層またはコーティングには、多様な材料を使用することができ、そのような材料は、いくつかのポリマー酸、ならびにポリマー酸とシェラック、セチルアルコール、及び酢酸セルロースなどの材料との混合物を含む。
【０３８３】
上述の内側コーティング、カプセル、錠剤、または丸剤、及び外側コーティングのうちの任意のものを組み合わせて、本明細書に記載される治療用組成物にしてもよい。当業者であれば、特定の微生物組成物及び／または対象において（すなわち結腸において）微生物組成物が放出されるべき場所に基づく各自の必要性に従って、内側コーティング、カプセル錠剤、または丸剤フォーマット、及び外側コーティングを選択する方法が分かるであろう。
【０３８４】
本開示に関連するさらなる教示は、参照により全体が本明細書に組み込まれるＷＯ２００７１２２３７４に開示されている。
【０３８５】
諸実施形態において、治療用組成物は、ドレンチであり得る。諸実施形態において、食塩水に懸濁した形態の治療用組成物を選択することにより、ドレンチを調製する。一方の成分を、他方の成分の水溶液に懸濁した懸濁液を調製することにより、一方の成分の水溶性形態を、他方の成分の非水溶性形態と併せて使用することができる。いずれかの有効成分の非水溶性形態は、懸濁液として、またはポリエチレングリコールなどの生理学的に許容されるいくつかの溶媒中で調製することができる。いずれかの有効成分の非水溶性形態の懸濁液は、特定の有効成分の溶解性に応じて、ピーナッツ油、トウモロコシ油、ゴマ油などの油中、プロピレングリコールもしくはポリエチレングリコールなどのグリコール中、または水中で調製することができる。有効成分を懸濁状態に保つために、好適な生理学的に許容されるアジュバントが必要である場合がある。アジュバントは、カルボキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、及びアルギン酸塩などの増粘剤を含み、それらの中から選択することができる。界面活性剤は、一般に、有効成分、特に脂溶性プロピオネート増強化合物を懸濁させるのに役立つ。液体非溶媒中の懸濁液を作製するのに最も有用なものは、アルキルフェノールポリエチレンオキシド付加物、ナフタレンスルホネート、アルキルベンゼン−スルホネート、及びポリオキシエチレンソルビタンエステルである。さらに、液体の親水性、密度、及び表面張力に影響を与える多くの物質が、個々のケースで懸濁液を作製するのに役立ち得る。例えば、シリコーン消泡剤、グリコール、ソルビトール、及び糖は、有用な懸濁剤であり得る。
【０３８６】
諸実施形態において、治療用組成物の望ましい特性を促進するために、治療用組成物の製造中に、薬学的に許容される水溶液、結合剤、崩壊剤、充填剤、及び／または保存剤を微生物組成物に混合してもよい。諸実施形態において、治療用組成物の望ましい特性を促進するために、化学療法剤（微生物組成物ありまたはなし）を含む治療用組成物の製造中に、薬学的に許容される水溶液、結合剤、崩壊剤、充填剤、及び／または保存剤を化学療法剤（微生物組成物ありまたはなし）と混合してもよい。
【０３８７】
例示的な結合剤としては、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、または他のデンプン、ゼラチン、アカシアなどの天然及び合成のガム、アルギン酸ナトリウム、アルギン酸、他のアルギン酸塩、トラガント末、グアーガム、セルロース及びその誘導体（例えば、エチルセルロース、酢酸セルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム）、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、アルファ化デンプン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、微結晶性セルロース、ならびにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３８８】
例示的な充填剤としては、タルク、炭酸カルシウム（例えば、顆粒または粉末）、微結晶性セルロース、粉末状セルロース、デキストレート、カオリン、マンニトール、ケイ酸、ソルビトール、デンプン、アルファ化デンプン、及びそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３８９】
水性環境に曝露されたときのその崩壊を促進するように、崩壊剤を微生物組成物に添加してもよい。例示的な崩壊剤としては、寒天、アルギン酸、炭酸カルシウム、微結晶性セルロース、クロスカルメロースナトリウム、クロスポビドン、ポラクリリンカリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ジャガイモもしくはタピオカデンプン、他のデンプン、アルファ化デンプン、他のデンプン、粘土、他のアルギン、他のセルロース、ガム、またはそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３９０】
定義
本明細書で使用される場合、「単離された」または「精製された」とは、細菌または他の実体もしくは物質で、（１）最初に生成されたときにそれが会合していた構成成分のうちの少なくともいくつかから分離されているもの（天然においてか、もしくは実験環境においてかを問わない）、及び／または（２）人間の手によって生成、調製、精製、及び／または製造されているものを指す。単離または精製された細菌は、それらが最初に会合していた他の構成成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、またはそれ以上から分離されていてよい。
【０３９１】
本明細書で使用される場合、「真核」は、核及び膜結合オルガネラを含む細胞に属することを指す。
【０３９２】
本明細書で使用される場合、「細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）」、「細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）」、及び「古細菌」は、膜結合核を欠き、オルガネラを欠いている単細胞原核生物を指す。
【０３９３】
本明細書で使用される場合、「コロニー形成単位」（ｃｆｕ）は、所与の試料中の生存可能な微生物細胞の推定数を指す。
【０３９４】
本明細書で使用される場合、「生存可能」とは、増殖する能力を有することを意味する。
【０３９５】
本明細書で使用される場合、「糞便細菌」とは、糞便物質中に見出され得る細菌を指す。
【０３９６】
本明細書で使用される場合、「細胞傷害性」活性または細菌は、病原性細菌細胞などの細菌細胞を殺滅する能力を含む。「細胞増殖抑制性」活性または細菌は、病原性細菌細胞などの細菌細胞の成長、代謝、及び／または増殖を部分的または完全に阻害する能力を含む。
【０３９７】
本明細書で使用される場合、細菌または任意の他の生物もしくは実体に関する「病原体」及び「病原性」という用語は、その生物もしくは実体を含む宿主生物の疾患、障害、もしくは状態を引き起こすか、または影響を及ぼすことができる、任意のかかる生物または実体を含む。
【０３９８】
本明細書で使用される場合、「胞子」または「胞子」の集団は、概して生存可能であり、同じ細菌の栄養型よりも熱及び殺菌剤などの環境的影響に対する耐性が高く、典型的には発芽及び増生が可能である細菌（または他の単細胞生物）を含む。「胞子菌」または「胞子を形成することができる」細菌は、好適な環境条件下で胞子を生成する遺伝子及び他の必要な能力を含む細菌である。
【０３９９】
本明細書で使用される場合、２つ以上の細菌の「組み合わせ」には、同じ材料もしくは生成物または物理的に接続された生成物のいずれかにおける２つの細菌の物理的共存、及び２つの細菌の一時的な共投与または共局在が含まれる。
【０４００】
本明細書で使用される場合、「微生物叢」及び「フローラ」は、真核生物、古細菌、細菌、及びウイルス（細菌ウイルス（すなわちファージ）を含む）を含む、持続的及び一過的の両方で対象の体内または身体上に住む微生物の群集を指す。「糞便微生物叢」とは、対象の便もしくは糞便物質中に住んでいるか、またはそれに由来する微生物叢を指す。「非選択的な」または「実質的に完全な」糞便微生物叢とは、選択を行っていないドナーの糞便試料に由来し、かかる糞便試料に見出される微生物構成物（例えば、細菌構成物）及び集団構造に実質的に類似する糞便微生物の群集または混合物を指す。
【０４０１】
本明細書で使用される場合、「シャノンの多様性指数」とは、次式を使用して所与の群集中に存在する種の存在量及び均一性を説明する多様性指数を指し、
【０４０２】
【数２】
2021514968.tif 000009
【０４０３】
式中、Ｈは、シャノンの多様性指数であり、Ｒは、群集中の種の総数であり、ｐｉは、ｉ番目の種で構成されるＲの割合である。より高い値は、多様で均等に分布した群集を示し、０の値は、所与の群集中に１つの種のみが存在することを示す。詳細については、Ｓｈａｎｎｏｎ  ａｎｄ  Ｗｅａｖｅｒ，（１９４９）Ｔｈｅ  ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ  ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ．Ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｌｌｉｎｏｉｓ  Ｐｒｅｓｓ，Ｕｒｂａｎａ．１１７ｐｐを参照されたい。
【０４０４】
本明細書で使用される場合、「腸内毒素症」とは、対象の消化器系における微生物叢の不均衡、適応不全、及び／または多様性の低減を指す。例えば、腸内フローラの一部が不均衡になり、抑制されていた種（例えば病原性及び／または抗生物質耐性菌）が不足分を埋めるために増殖することによって、通常優勢な種、すなわち有益な細菌が提示不足になり（及び／または代謝活性が低くなり）、劣勢になる。
【０４０５】
本明細書で使用される場合、「無菌糞便濾液」または「非細胞性糞便濾液」とは、糞便物質の液体構成成分であり、細胞ベースの生命体（例えば細菌、真菌、またはそれらの胞子）を含まないかまたは実質的に含まないが、バクテリオファージ及び非細胞性生物学的材料を保持している液体構成成分を指す。真核宿主細胞の場合、非細胞性または無菌糞便濾液は、ウイルスも含まないことが好ましい。
【０４０６】
本明細書で使用される場合、「抗生物質」とは、細菌を殺滅するか、細菌の増殖を阻害するか、もしくは細菌の生存能を低減させることにより、細菌感染を処置及び／または防止するために使用される物質を指す。
【０４０７】
本明細書で使用される場合、「間欠的投薬スケジュール」は、治療用組成物が一定期間にわたって投与され（処置期間）、その後、かかる治療用組成物による処置が差し控えられる期間（休止期間）が続くことを意味する。間欠的投薬レジメンは、処置期間の日数または週数／休止期間の日数または週数として表される場合がある。例えば、４／１間欠的投薬スケジュールとは、処置期間が４週／日であり、休止期間が１週／日である間欠的投薬スケジュールを指す。
【０４０８】
本明細書で使用される場合、「連続投薬スケジュール」とは、休止期間なしで治療用組成物が処置期間中に投与される投薬スケジュールを指す。連続投薬スケジュールの処置期間を通して、治療用組成物は、例えば、毎日、または１日おき、または３日毎に投与することができる。治療用組成物が投与される日には、治療用組成物を単回用量で投与しても、または１日を通して複数用量で投与してもよい。
【０４０９】
本明細書で使用される場合、「投薬頻度」は、所与の時間内に治療用組成物の用量を投与する頻度を指す。投薬頻度は、例えば、１日１回、１週間に１回、または２週間に１回など、所与の時間当たりの投薬回数として示される場合がある。
【０４１０】
本明細書で使用される場合、「投薬間隔」は、対象に投与される複数回の投薬の間に経過する時間の長さを指す。
【０４１１】
本明細書で使用される場合、抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣの例には、腹痛、貧血及び低い血球数、食欲喪失、自己免疫作用、出血及び皮下出血（血小板減少症）、がん、気分もしくは思考の変化、便秘、咳、脱水症、せん妄、糖尿病関連症状、下痢、口渇もしくは口内乾燥、摂食の問題、浮腫、転倒、疲労、妊孕性の問題、発熱、インフルエンザ様症状、腹部の流体もしくは腹水、胃腸粘膜炎、毛髪喪失（脱毛症）、手足症候群もしくは手掌足底発赤知覚異常、頭痛、聴覚の問題、高血圧もしくは低血圧、ホルモン変化、しゃっくり、高カルシウム血症、感染及び好中球減少症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、下肢痙攣、リンパ浮腫、記憶もしくは集中力の問題、口及び喉の問題、悪心及び嘔吐、神経の問題（末梢神経障害）、肥満、骨粗鬆症、オストミー、疼痛、てんかん発作、性的健康の問題、息切れ、副鼻腔うっ血、皮膚及び爪の変化、睡眠の問題、便もしくは尿の変化、発汗、腫脹、潰瘍性大腸炎、尿及び膀胱の問題、体液貯留による体重増加、及び／または脱力感が含まれる。諸実施形態において、抗がん治療剤及び／または抗がん療法のＯＴＩＣは、腸内毒素症に起因する。例えば、化学療法は、腸内マイクロバイオームの多様性の低減に関連すると報告されている。したがって、「ＯＴＩＣを処置、防止、または低減する」とは、例えば、部分的には、抗がん治療剤及び／または抗がん療法を受けた後の腸内マイクロバイオームを修復／再生息させることにより、ＯＴＩＣの重症度を減少させ、ＯＴＩＣを排除することまでを指す。
【０４１２】
本明細書で使用される場合、「治療有効量／用量」は、指定された疾患、障害、もしくは状態を処置すること、または場合によっては抗がん療法によって誘発されるＯＴＩＣを防止もしくは低減させることにおいて有効な組成物の量を指す。
【０４１３】
本明細書で使用される場合、「抗がん療法の効力を増大させる［こと］」とは、微生物組成物またはそれを使用する方法が、抗がん治療剤及び／または抗がん療法の有益かつ所望の効果、すなわち、がん細胞の殺滅、腫瘍サイズの低減、及び／またはがん細胞もしくは腫瘍に対する免疫応答の模倣を促進する能力を指す。
【０４１４】
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒトまたは動物などの個々の生物を指す。諸実施形態において、対象は、哺乳動物（例えば、ヒト、非ヒト霊長類、もしくは非ヒト哺乳動物）、脊椎動物、実験動物、家畜、農業用動物、または愛玩動物である。諸実施形態において、対象は、ヒト（例えばヒト患者）である。諸実施形態において、対象は、げっ歯類、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、七面鳥、ニワトリ、またはブタである。
【０４１５】
諸実施形態において、対象、例えばヒトは、チェックポイント分子を対象とする処置に対して治療抵抗性及び／または不応性である。諸実施形態において、チェックポイント分子を対象とする処置は、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（ペムブロリズマブ）、ＯＰＤＩＶＯ（ニボルマブ）、またはＹＥＲＶＯＹ（イピリムマブ）の投与を含む。
【０４１６】
本明細書で使用される場合、「処置する」という用語は、（ｉ）疾患、障害、もしくは状態を完全もしくは部分的に阻害すること、例えば、その発生を阻止すること、（ｉｉ）疾患、障害、もしくは状態を完全もしくは部分的に緩和すること、例えば、疾患、障害及び／または状態の軽減を引き起こすこと、または（ｉｉｉ）疾患、障害及び／または状態にかかりやすい素因を有し得るがそれを有するとの診断を未だ受けていない患者において、該疾患、障害、もしくは状態が生じることを完全もしくは部分的に防止することを指す。同様に、「処置」は、治療的処置と予防措置または防止措置との両方を指す。
【０４１７】
本明細書で使用される場合、「実質的に」という用語は、質を修飾するために使用されるとき、概して、その質を失わないある程度の変化を許容する。例えば、ある特定の態様において、そのような変化の程度は、０．１％未満、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、１〜２％、２〜３％、３〜４％、４〜５％、または５％超であり得る。
【０４１８】
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」という単数形は、文脈上特に明記されていない限り、複数形の参照対象を含む。
【０４１９】
明記されているか、または文脈から自明でない限り、本明細書で使用される場合、「または」という用語は、包括的であり、「または」及び「及び」の両方を含むことが理解される。
【０４２０】
パーセンテージ、密度、体積などの測定可能な値に言及するときに本明細書で使用される「約」及び「およそ」という用語は、指定された値の２０％、１０％、５％、１％、０．５％、またはさらには０．１％の変動を含むことが意図される。
【０４２１】
記載される範囲は、記載される範囲の間及びその両限界値における任意の値であると理解される。例として、１〜５の範囲は、１、２、３、４、及び５を含み、１〜１０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、及び１０を含み、１〜１００の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００を含む。
【０４２２】
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者に一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと同様または均等の他のプローブ、組成物、方法、及びキットを本発明の主題の実践において使用することができるが、本明細書には好ましい材料及び方法を記載している。本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明するためのものに過ぎず、限定を意図しないことを理解されたい。
【０４２３】
本明細書に記載される任意の態様または実施形態は、本明細書において開示される任意の他の態様または実施形態と組み合わせることができる。
【実施例】
【０４２４】
実施例１：免疫療法に応答しなかった転移性黒色腫を有する２５歳男性を処置するための糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）の使用。
この実施例では、転移性黒色腫のヒト患者に、ペムブロリズマブの補助として糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）を投与した。
【０４２５】
この患者は、最初に肛門病変の切除生検で悪性黒色腫と診断された２５歳の男性であった。その時の病変は３．７５ｍｍで、潰瘍形成は黒色腫を示唆しており、表在拡大のエビデンス及びリンパ管浸潤の疑いがあった。生検スライドを分析したところ、悪性黒色腫が確認され（粘膜黒子型／パジェット様パターン、ＢＲＡＦ突然変異体、腫瘍原性及び分裂促進性、Ｂｒｅｓｌｏｗ厚３．７ｍｍ、ＣｌａｒｋのレベルＩＶ）、リンパ浸潤の可能性及び血管浸潤の可能性があった。
【０４２６】
この患者はステージ４の黒色腫を患っていたため、鼠径部リンパ節、肝臓、及び脳を含む身体の他の部分に患者のがんが広がっていたことが初めに理解された。そのため、患者の長期予後は不良であり、寛解の可能性は極めて低かった。
【０４２７】
患者は、３サイクルにわたり、ＰＤ−１チェックポイント阻害剤免疫療法であるペムブロリズマブで処置された。これは、疾患進行、間質性肺炎、及び大腸炎の可能性（ＰＤ−１免疫療法の中止により解消された）のために早期に中止された。その後、患者はダブラフェニブ／トラメチニブで処置された。この時までに、患者の疾患は進行し、高度画像法に基づいて鼠径部リンパ節、肝臓、及び脳への転移の広がりが認められた。具体的には、患者はＣＴスキャンで悪性病変に関連するいくつかの肝臓病変を有し、最大のものは１．８ｃｍであり、１．８ｃｍの右中頭蓋窩病変及び３ｍｍの右頭頂葉病変が脳ＭＲＩで見られた。患者はガンマナイフ処置を受けた。
【０４２８】
潜在的に患者の予後を改善し、大腸炎などのＯＴＩＣの出現を阻害するための補助として、ＦＭＴと併せてペムブロリズマブを患者に投与した。
【０４２９】
最初のＦＭＴ手技の投与の一日前に、患者は、標準治療のＰＥＧベースの調製物を用いた腸準備を完了した。患者には、最初のＦＭＴ投与日の午前中、及びその後のすべてのＦＭＴ投与日の午前中（ＦＭＴの最低２時間前）に絶飲食（ＮＰＯ）を指示した。新たに移入された微生物叢に抗生物質が影響を及ぼさないことを確かにするために、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ  ｊｉｒｏｖｅｃｉ肺炎（ＰＪＰ）予防に使用されるＴＭＰ−ＳＭＺを含むすべての抗菌薬をＦＭＴの４８時間前までに中止した。ＦＭＴ後の抗生物質の使用は必要に応じて許容できると見なしたが、ＦＭＴ後少なくとも７２時間（理想的には７日間）にわたって抗菌薬の使用を回避することで、生着が成功する可能性が高まると予想された。抗ウイルス薬は、ＦＭＴ手技前の２４時間及びＦＭＴ後の７日間にわたって中止した。臨床的に必要な場合、抗真菌予防を許可した。
【０４３０】
次の３つのＦＭＴ製剤（ＯｐｅｎＢｉｏｍｅ，Ｓｏｍｅｒｖｉｌｌｅ，ＭＡから入手）を使用して患者を処置した：（１）結腸内視法を介して患者に送達された、健康なドナーの便に由来する２５０ｍｌの液体糞便微生物叢調製物、（２）内視法（幽門後）を介して患者に送達された、健康なドナーの便に由来する３０ｍｌの液体糞便微生物叢調製物、及び（３）健康なドナーの便に由来する凍結乾燥した糞便微生物叢調製物を含む二重封入（ＤＥ）カプセル。
【０４３１】
結腸内視法によって液体糞便微生物叢調製物２５０ｍｌの単回用量を患者に投与し、同じ内視法セッション中に上部内視法（幽門後）によって液体糞便微生物叢調製物３０ｍｌを２回投与した。次の７週間にわたり、１週間当たりカプセル３０個の用量で維持用量のＤＥカプセルを患者に投与した。維持用量は、ペムブロリズマブ免疫療法と同時に投与した。
【０４３２】
ＣＩ免疫療法の強化の基礎となる機構が、小腸または大腸内の微生物と宿主の免疫との相互作用に起因するかどうかは明らかではなかった。したがって、この患者では、上部胃腸管送達（内視法）及び下部胃腸管送達（結腸内視法）を介するＦＭＴの投与が、成功の最大の機会を提供すると予想された。この二重送達方法は、レシピエントへのドナー微生物の生着を最大にすることが予想された。他の患者、例えば、既定の患者ほど重度に疾患が進行しなかった患者では、カプセル単独の投与が抗がん療法の効力増大及び／またはＯＴＩＣの低減もしくは処置に十分であり得ると予想される。
【０４３３】
最初の結腸内視鏡的投与の目的は、回腸末端に材料を注入すること、または技術的もしくは解剖学的理由から不可能である場合は、材料を結腸の最も近位側に送達することであった。同様に、内視法によって送達した２回の投与（６０ｍＬ、内視鏡医によりゆっくり注入）の目的は、誤嚥のリスクを最小限に抑えるために上部内視鏡によって十二指腸（幽門後）の最も遠位側に材料を滴下注入することであった。材料が内視鏡を確実に通過するように、標準的な生理食塩水フラッシュを使用した。
【０４３４】
理論に束縛されることを望むものではないが、パイエル板は免疫系及び腸内細菌の免疫調節性複合体の主要なドライバーであるため、回腸のパイエル板はＦＭＴの治療効果を達成するために重要であり得ると考えられる。したがって、結腸内視法中に回腸末端を標的とすることが目的であった。また、２回の用量を（単回用量ではなく）注入して、最大限の生存可能な細菌が回腸（小腸の最後の部分）で遠位に作用することを確実にすることも目的であった。以前のＦＭＴデータは、最大５００ｍＬの幽門後送達が安全であることを示唆している。したがって、幽門後に３０ｍｌを２回注入することが実行可能であると予想された。
【０４３５】
内視鏡的及び結腸内視鏡的なＦＭＴ投与に続き、最初の内視鏡的／結腸内視鏡的ＦＭＴの７日（＋／−２日）後から始めて合計１２週間にわたり、１回３０個のＤＥカプセルを毎週患者に投与した。ＤＥカプセル単独で処置される他の患者には、同量またはそれ以上のＤＥカプセルを投与してもよい。あるいは、３週間毎に４回用量を投薬する標準的なＣＩ免疫療法に合わせて、１２週間のコースを患者に提供してもよい。上述のように、回腸はＦＭＴ処置にとって最も重要な部位であり得る。したがって、上部胃腸管送達をもたらすカプセルは、内視鏡的投与に関連する不快感及び課題を伴わず、頻回の経鼻胃のＦＭＴ投与よりも有効であり得る。
【０４３６】
患者の経過は７回目の経口ＤＥカプセル処置の時点で適度に良好であった。３週間前に、頭痛のため、患者の抗がん療法をペムブロリズマブからエンコラフェニブ及びビニメチニブに切り替えた。頭痛は、ペムブロリズマブに起因した可能性もあれば、またはＣＳＦの播種に起因した可能性もある。
【０４３７】
ＦＭＴ導入のための腸準備の前（−２日目または−３日目）及び最初のＦＭＴの日に便試料を収集し、その後は便試料を毎週収集した。便は、後の特性評価のために標準的な方法によって収集及び保管した。マイクロバイオームシーケンシング（１６Ｓ及び／またはショットガンメタゲノミクス）を含むがこれに限定されない分子特性評価を実施した。
【０４３８】
がんの進行が進み、おそらく少なくとも鼠径部リンパ節、肝臓、及び脳に転移が広がったことに起因して、ＦＭＴの開始から２か月後に患者が死亡した。
【０４３９】
実施例２：治療抵抗性多発性骨髄腫を有する６５歳男性の慢性下痢を処置するための糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）の使用。
この実施例では、化学療法誘発性の慢性下痢の低減に役立てるために、治療抵抗性多発性骨髄腫のヒト患者を糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）で処置した。
【０４４０】
この患者は、多発性骨髄腫を有する６５歳の男性である。骨髄腫を処置するために、患者は以前に化学療法剤であるフルダラビン及びシトキサンを投与され、その後ＣＡＲ−Ｔ細胞の注入を受けていた。患者の多発性骨髄腫の状態は治療抵抗性が高いと考えられる。
【０４４１】
患者はウイルス感染のために１年以上にわたって慢性下痢を有し、そのため体重減少及び筋肉の消耗があった。化学療法後、患者の下痢は、典型的に７〜８リットルの下痢が２週間にわたって毎日排出される程度まで実質的かつ顕著に悪化した。その結果、患者は、低血圧症、電解質異常、及び重度の疲労を発現した。
【０４４２】
ＦＭＴ処置の直前に、患者は重度の症状を示し、身体の不快感があり、下痢及び関連症状の重症度のために入院を続けた。
【０４４３】
結腸内視法を介して、２回のＦＭＴ（各々、健康なヒトドナーの便から調製された２５０ｍｌの液体糞便微生物叢組成物からなった）を患者に投与した。投与前に、感染性病原体（ウイルス性病原体を含む）の幅広いパネルについて糞便微生物叢をスクリーニングした。
【０４４４】
微生物叢組成物の投与後、患者の発熱、下痢の頻度、量、及び重症度の変化をモニタリングし、細菌性病原体及びウイルス性病原体の存在について患者の便をアッセイした。
【０４４５】
患者の状態は、ＦＭＴ処置後に顕著に改善された。特に、患者は退院することができ、快適さが増したことを報告した。便のアッセイは、ウイルス感染の低減を示した。
【０４４６】
実施例３：７１歳の男性がん患者におけるペムブロリズマブ誘発性大腸炎を処置するための糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）の使用。
この実施例では、濾胞性リンパ腫及び胃腺癌の病歴があるヒト患者に、ペムブロリズマブ誘発性大腸炎の処置に役立てるために糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）を投与した。
【０４４７】
この患者は、濾胞性リンパ腫（６年前に診断された）及び胃腺癌（３年前に診断された）の病歴がある７１歳男性である。これらのがんは、手術及び後続のペムブロリズマブ処置で処置された。ペムブロリズマブによる処置後、２回のＳ状結腸鏡検査により、重度の大腸炎が示された。
【０４４８】
大腸炎を処置するため、結腸内視法を介して、疾患でスクリーニングされた健康なヒトドナーの便から調製された２５０ｍｌの液体糞便微生物叢組成物を患者に投与した。投与後、患者の大腸炎は改善された。
【０４４９】
参照による組み込み
本明細書において参照される特許及び公開文献はすべて、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０４５０】
本明細書において言及する公開文献は、本願の出願日前におけるそれらの開示内容に関して提供したものに過ぎない。本明細書のいかなる内容も、本開示が先行発明によりかかる公開文献に先行する資格がないことを認めるものと解釈されるべきではない。
【０４５１】
本明細書で使用される見出しはすべて、整理のためのものに過ぎず、決して本開示を限定することを意図するものではない。個々のセクションの内容は、すべてのセクションに等しく適用され得る。
【０４５２】
均等物
本発明をその特定の実施形態に関連して開示したが、さらなる改変が可能であること、また、本願が、本発明の原理に概して従う本発明の任意の変化形態、使用、または適応形態を網羅するものであり、かつ、本発明が属する技術分野において公知または慣習的である慣例に含まれるものや、上文に記載した本質的な特徴に適用され得るもの、添付の特許請求の範囲に含まれるもののような本開示からの展開形態を含むことを理解されたい。
【０４５３】
当業者であれば、単なる日常的な実験を使用して、本明細書において明確に開示される特定の実施形態の多数の均等物を認識するか、または確認することができよう。かかる均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図される。
【国際調査報告】
2021514968.tif 000010
2021514968.tif 000011