(57)【要約】遺伝子治療を提供すると同時に、遺伝子治療によって改変された細胞に対する対象の免疫系による適応免疫応答を防止するための組成物および方法が開示される。一部の実施形態では、本開示の組成物により、疾患または障害に関連するＲＮＡ分子の発現のレベルを改変し、適応免疫応答の成分の発現または活性を阻害して、改変された細胞を対象の免疫系から遮蔽する。本開示は、分子生物学を対象とし、より詳細には、適応免疫応答に関与するＲＮＡ分子の発現および活性を改変するための組成物および方法を対象とする。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ＲＮＡ配列に特異的に結合するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列を含む核酸配列を含む組成物であって、前記標的ＲＮＡ配列が、適応免疫応答のタンパク質成分をコードし、前記ｇＲＮＡ配列が、前記タンパク質成分をコードする核酸配列の一部を含むスペーサー配列を含み、前記タンパク質成分が、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、およびＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）からなる群から選択される、組成物。
【請求項２】
前記適応免疫応答が、Ｉ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  Ｉ）、ＩＩ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  ＩＩ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、共刺激分子およびこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記スペーサー配列が、約２０または２１ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記スペーサー配列と前記標的ＲＮＡ配列が、互いに逆相補物である、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記ｇＲＮＡ配列が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチドまたはその一部に特異的に結合する足場配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチドまたはその一部が、Ｃａｓ９、Ｃｐｆ１、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃおよびＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄからなる群から選択され、前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチドが、ネイティブな活性、低下した活性またはヌル活性を有する、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記核酸配列が、前記ｇＲＮＡ配列の発現を駆動するプロモーターを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
前記プロモーターが、ポリメラーゼＩＩＩプロモーターおよびｔＲＮＡプロモーターからなる群から選択される、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記ポリメラーゼＩＩＩプロモーターが、Ｕ６プロモーターである、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記スペーサー配列が、第１の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第１のスペーサー配列であり、前記組成物が、第２の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第２のスペーサー配列をさらに含み、前記第１のスペーサー配列と前記第２のスペーサー配列が、異なる標的ＲＮＡ配列に結合する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記ｇＲＮＡ配列が第１のｇＲＮＡ配列であり、前記第２のスペーサー配列が第２のｇＲＮＡ配列内に含まれる、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
前記第２の標的ＲＮＡ配列が、適応免疫応答のタンパク質成分をコードする、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１３】
前記第２のスペーサー配列が、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、およびＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）からなる群から選択されるタンパク質成分をコードする核酸配列の一部を含む、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１４】
前記第２のスペーサー配列が、ＣＵＧ（配列番号１８）、ＣＣＵＧ（配列番号１９）、ＣＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＣＣ（配列番号８１）、およびこれらの組合せからなる群から選択される核酸配列の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つのリピートを含む、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１５】
（ａ）第１の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列と、（ｂ）第２の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第２のｇＲＮＡとを含む核酸配列を含む組成物であって、前記第１の標的ＲＮＡ配列が、適応免疫応答のタンパク質成分をコードし、前記第１のｇＲＮＡ配列が、前記タンパク質成分をコードする核酸配列の一部を含むスペーサー配列を含み、前記タンパク質成分が、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、およびＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）からなる群から選択される、組成物。
【請求項１６】
（ａ）請求項１に記載のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列と、（ｂ）融合タンパク質をコードする核酸配列とを含む核酸配列を含む組成物であって、前記融合タンパク質が、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドとを含み、前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物。
【請求項１７】
（ａ）請求項１１に記載の第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列および第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列と、（ｂ）融合タンパク質をコードする核酸配列とを含む核酸配列を含む組成物であって、前記融合タンパク質が、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドとを含み、前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物。
【請求項１８】
（ａ）第１のＲＮＡ分子内の第１の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）であって、前記第１の標的ＲＮＡ配列が、適応免疫応答のタンパク質成分をコードする、第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）と、（ｂ）第２のＲＮＡ分子内の第２の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）と、（ｃ）融合タンパク質をコードする核酸配列とを含む核酸配列を含む組成物であって、前記融合タンパク質が、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドとを含み、前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物。
【請求項１９】
前記第１のｇＲＮＡ配列が、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳＬＧ、ＯＸ４０Ｌ、ＩＬ１２、およびＣＣＲ７からなる群から選択されるタンパク質をコードする核酸配列の一部を含むスペーサー配列を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
前記第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドまたはその一部が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチドまたはその一部である、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２１】
前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチドまたはその一部が、Ｃａｓ９、Ｃｐｆ１、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃおよびＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄからなる群から選択され、前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチドが、ネイティブな活性、低下した活性またはヌル活性を有する、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡと会合する様式でＲＮＡに結合する、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２３】
前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡを切断する様式でＲＮＡと会合する、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記核酸配列が、プロモーターを含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２５】
前記第２のｇＲＮＡが、ＣＵＧ（配列番号１８）、ＣＣＵＧ（配列番号１９）、ＣＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＣＣ（配列番号８１）、およびこれらの組合せからなる群から選択される配列の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つのリピートを含むスペーサー配列を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２６】
前記融合タンパク質が、ＮＬＳ、ＮＥＳまたはタグを含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２７】
請求項１８に記載の組成物を含むベクター。
【請求項２８】
アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、ナノ粒子、ミセル、リポソーム、リポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックス、およびデンドリマーからなる群から選択される、請求項２７に記載のベクター。
【請求項２９】
請求項２８に記載のベクターを含む細胞。
【請求項３０】
前記第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡｓｅ１、ＲＮＡｓｅ４、ＲＮＡｓｅ６、ＲＮＡｓｅ７、ＲＮＡｓｅ８、ＲＮＡｓｅ２、ＲＮＡｓｅ６ＰＬ、ＲＮＡｓｅＬ、ＲＮＡｓｅＴ２、ＲＮＡｓｅ１１、ＲＮＡｓｅＴ２様、ＮＯＢ１、ＥＮＤＯＶ、ＥＮＤＯＧ、ＥＮＤＯＤ１、ｈＦＥＮ１、ｈＳＬＦＮ１４、ｈＬＡＣＴＢ２、ＡＰＥＸ２、ＡＮＧ、ＨＲＳＰ１２、ＺＣ３Ｈ１２Ａ、ＲＩＤＡ、ＰＤＬ６、ＮＴＨＬ、ＫＩＡＡ０３９１、ＡＰＥＸ１、ＡＧＯ２、ＥＸＯＧ、ＺＣ３Ｈ１２Ｄ、ＥＲＮ２、ＰＥＬＯ、ＹＢＥＹ、ＣＰＳＦ４Ｌ、ｈＣＧ＿２００２７３１、ＥＲＣＣ１、ＲＡＣ１、ＲＡＡ１、ＲＡＢ１、ＤＮＡ２、ＦＬＪ３５２２０、ＦＬＪ１３１７３、ＥＲＣＣ４、ＲＮＡｓｅ１（Ｋ４１Ｒ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ、Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ）、ＴＥＮＭ１、ＴＥＮＭ２、ＲＮＡｓｅＫ、ＴＡＬＥＮ、ＺＮＦ６３８、およびｈＳＭＧ６  ＰＩＮからなる群から選択される、請求項１８に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、分子生物学を対象とし、より詳細には、適応免疫応答に関与するＲＮＡ分子の発現および活性を改変するための組成物および方法を対象とする。
関連出願
【０００２】
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる２０１８年６月８日出願の米国特許出願第６２／６８２，２７６号の優先権を主張するものである。２０１９年６月７日出願の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３６０２１号、２０１９年６月７日出願の米国特許出願第１６／４３４，６８９号、および２０１８年６月８日出願の米国特許出願第６２／６８２，２７１号の内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表の組込み
【０００３】
２０１９年６月６日に作成された２．９３ＭＢのサイズの「ＬＯＣＮ＿００３＿００１ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５」という名称のテキストファイルの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００４】
遺伝子治療を提供すると同時に、遺伝子治療が例えばウイルスベクターによって送達された場合に生じる可能性がある適応免疫応答を抑制することにおける、長年にわたるが満たされていない必要性が当技術分野において存在する。本開示は、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける遺伝子治療を提供する一方で、改変された細胞を対象の免疫系から遮蔽し、それにより、改変された細胞に対する適応免疫応答を防止する、配列特異的にＲＮＡ分子を特異的に標的とするための組成物および方法を提供する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本開示は、標的ＲＮＡ配列に特異的に結合するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列を含む核酸配列を含む組成物であって、標的ＲＮＡ配列が、適応免疫応答のタンパク質成分をコードし、ｇＲＮＡ配列が、タンパク質成分をコードする核酸配列の一部を含むスペーサー配列を含み、タンパク質成分が、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、およびＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）からなる群から選択される、組成物を提供する。
【０００６】
本開示は、（ａ）ＲＮＡ分子内の標的配列に特異的に結合するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、（ｂ）第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列と第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列とを含む、融合タンパク質をコードする配列とを含む組成物であって、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物も提供する。
【０００７】
本開示は、（ａ）第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、（ｂ）第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列と、（ｃ）第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列と第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列とを含む、融合タンパク質をコードする配列とを含む組成物であって、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物を提供する。
【０００８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１の標的配列または第２の標的配列は、少なくとも１つのリピート配列（repeated  sequence）を含む。
【０００９】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１の配列は、ｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができる第１のプロモーターを含み、かつ／または、第２の配列は、ｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができる第２のプロモーターを含む。一部の実施形態では、第１のプロモーターと第２のプロモーターは同一である。一部の実施形態では、第１のプロモーターと第２のプロモーターは同一ではない。
【００１０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１の配列および第２の配列は、第１のｇＲＮＡおよび第２のｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含む。
【００１１】
ｇＲＮＡ配列がｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、真核細胞は、動物細胞である。一部の実施形態では、動物細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、動物細胞は、ヒト細胞である。
【００１２】
ｇＲＮＡ配列がｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、プロモーターは、構成的に活性なプロモーターである。
【００１３】
ｇＲＮＡ配列がｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、ＲＮＡポリメラーゼの発現を駆動することができるプロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、プロモーター配列は、Ｕ６プロモーターから単離されるまたはそれに由来する。
【００１４】
ｇＲＮＡ配列がｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、プロモーターは、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）の発現を駆動することができるプロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、プロモーター配列は、アラニンｔＲＮＡプロモーター、アルギニンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギン酸ｔＲＮＡプロモーター、システインｔＲＮＡプロモーター、グルタミンｔＲＮＡプロモーター、グルタミン酸ｔＲＮＡプロモーター、グリシンｔＲＮＡプロモーター、ヒスチジンｔＲＮＡプロモーター、イソロイシンｔＲＮＡプロモーター、ロイシンｔＲＮＡプロモーター、リシンｔＲＮＡプロモーター、メチオニンｔＲＮＡプロモーター、フェニルアラニンｔＲＮＡプロモーター、プロリンｔＲＮＡプロモーター、セリンｔＲＮＡプロモーター、トレオニンｔＲＮＡプロモーター、トリプトファンｔＲＮＡプロモーター、チロシンｔＲＮＡプロモーター、またはバリンｔＲＮＡプロモーターから単離されるまたはそれに由来するものであ。一部の実施形態では、プロモーター配列は、バリンｔＲＮＡプロモーターから単離されるまたはそれに由来する。
【００１５】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のｇＲＮＡを含む配列は、第１の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第１のスペーサー配列をさらに含む。一部の実施形態では、第１のスペーサー配列は、第１の標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する。一部の実施形態では、第１のスペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する。一部の実施形態では、第１のスペーサー配列は、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第１のスペーサー配列は、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第１のスペーサー配列は、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）タンパク質をコードするアミノ酸配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第１のスペーサー配列は、
【化１−１】
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【化１−２】
2021526860.tif 000004
のアミノ酸配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。
【００１６】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のｇＲＮＡを含む配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質に特異的に結合する第１の足場配列をさらに含む。一部の実施形態では、第１の足場配列は、ステムループ構造を含む。一部の実施形態では、足場配列は、９０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、９３ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、配列
【化２】
2021526860.tif 000005
を含む。
【００１７】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のｇＲＮＡを含む配列は、第２の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第２のスペーサー配列をさらに含む。一部の実施形態では、第２のスペーサー配列は、第１の標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する。一部の実施形態では、第２のスペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する。一部の実施形態では、第２のスペーサー配列は、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のスペーサー配列は、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のスペーサー配列は、配列ＣＵＧ（配列番号１８）、ＣＣＵＧ（配列番号１９）、ＣＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＣＣ（配列番号８１）またはこれらの任意の組合せの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つのリピートを含む配列を含むまたはさらに含む。
【００１８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のｇＲＮＡを含む配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質に特異的に結合する第２の足場配列をさらに含む。一部の実施形態では、第２の足場配列は、ステムループ構造を含む。一部の実施形態では、足場配列は、８５ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、配列
【化３】
2021526860.tif 000006
を含む。
【００１９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡは、ＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない。
【００２０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のｇＲＮＡは、第１のＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない。
【００２１】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のｇＲＮＡは、第２のＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない。
【００２２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームは、ＲＮＡ分子を含む。
【００２３】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームは、第１のＲＮＡ分子または第２のＲＮＡ分子を含む。
【００２４】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ９ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃｐｆ１ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ１３ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、低下しているまたは阻害されている。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、増加しているまたは誘導されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性を含み、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性は阻害されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、変異を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質のヌクレアーゼドメインは、変異を含む。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードする核酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードするアミノ酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、置換、挿入、欠失、フレームシフト、逆位、または転位を含む。一部の実施形態では、変異は、ヌクレアーゼドメイン、ヌクレアーゼドメイン内の結合性部位、ヌクレアーゼドメイン内の活性部位、またはヌクレアーゼドメイン内の少なくとも１つの必須アミノ酸残基の欠失を含む。
【００２５】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＰｕｍｉｌｉｏおよびＦＢＦ（ＰＵＦ）タンパク質を含むまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｐｕｍｉｌｉｏに基づくアセンブリ（ＰＵＭＢＹ）タンパク質を含むまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。
【００２６】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ結合活性のために多量体形成を必要としない。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、多量体複合体の単量体ではない。一部の実施形態では、多量体タンパク質複合体は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質を含まない。
【００２７】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の標的配列に選択的に結合する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対する親和性を含まない。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対して高い親和性を含まずそれに選択的に結合しない。一部の実施形態では、ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームは、ＲＮＡ分子を含む。
【００２８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、終点を含めて、２アミノ酸から１３００アミノ酸の間を含む。
【００２９】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードする配列をさらに含む。一部の実施形態では、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードする配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃ末端にＮＬＳを含む。
【００３０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、第１のＮＬＳをコードする第１の配列および第２のＮＬＳをコードする第２の配列をさらに含む。一部の実施形態では、第１のＮＬＳをコードする配列または第２のＮＬＳをコードする配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃ末端に第１のＮＬＳまたは第２のＮＬＳを含む。
【００３１】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ１を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ１タンパク質は、配列番号２０を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ４を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ４タンパク質は、配列番号２１を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ６を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ６タンパク質は、配列番号２２を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ７を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ７タンパク質は、配列番号２３を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ８を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ８タンパク質は、配列番号２４を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ２を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ２は、配列番号２５を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ６ＰＬを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ６ＰＬタンパク質は、配列番号２６を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅＬを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＬタンパク質は、配列番号２７を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅＴ２を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＴ２タンパク質は、配列番号２８を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ１１を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ１１タンパク質は、配列番号２９を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅＴ２様を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＴ２様タンパク質は、配列番号３０を含むまたはそれからなる。
【００３２】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＮＯＢ１ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＮＯＢ１ポリペプチドは、配列番号３１を含むまたはそれからなる。
【００３３】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＶ（ＥＮＤＯＶ）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＮＤＯＶは、配列番号３２を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＧ（ＥＮＤＯＧ）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＮＤＯＧは、配列番号３３を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＤ１（ＥＮＤＯＤ１）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＮＤＯＤ１は、配列番号３４を含むまたはそれからなる。
【００３４】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヒトフラップエンドヌクレアーゼ−１（ｈＦＥＮ１）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＦＥＮ１は、配列番号３５を含むまたはそれからなる。
【００３５】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヒトＳｃｈｌａｆｅｎ１４（ｈＳＬＦＮ１４）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＳＬＦＮ１４は、配列番号３６を含むまたはそれからなる。
【００３６】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヒトベータ−ラクタマーゼ様タンパク質２（ｈＬＡＣＴＢ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＬＡＣＴＢ２は、配列番号３７を含むまたはそれからなる。
【００３７】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、脱プリン／脱ピリミジン（ＡＰ）エンドデオキシリボヌクレアーゼ（ＡＰＥＸ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＰＥＸ２は、配列番号３８を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＰＥＸ２は、配列番号３９を含むまたはそれからなる。
【００３８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、アンジオゲニン（ＡＮＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＮＧは、配列番号４０を含むまたはそれからなる。
【００３９】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、熱応答性タンパク質１２（ＨＲＳＰ１２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＨＲＳＰ１２は、配列番号４１を含むまたはそれからなる。
【００４０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ａ（ＺＣ３Ｈ１２Ａ）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＣ３Ｈ１２Ａは、配列番号４２を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＣ３Ｈ１２Ａは、配列番号４３を含むまたはそれからなる。
【００４１】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、反応性中間体イミンデアミナーゼＡ（ＲＩＤＡ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＩＤＡポリペプチドは、配列番号４４を含むまたはそれからなる。
【００４２】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ホスホリパーゼＤファミリーメンバー６（ＰＤＬ６）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＰＤＬ６ポリペプチドは、配列番号１２６を含むまたはそれからなる。
【００４３】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＮＴＨＬポリペプチドは、配列番号１２３を含むまたはそれからなる。
【００４４】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ミトコンドリアリボヌクレアーゼＰ触媒サブユニット（ＫＩＡＡ０３９１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＫＩＡＡ０３９１ポリペプチドは、配列番号１２７を含むまたはそれからなる。
【００４５】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、脱プリンまたは脱ピリミジン部位リアーゼ（ＡＰＥＸ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＰＥＸ１ポリペプチドは、配列番号１２５を含むまたはそれからなる。
【００４６】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、アルゴノート２（ＡＧＯ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＧＯ２ポリペプチドは、配列番号１２８を含むまたはそれからなる。
【００４７】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ミトコンドリアヌクレアーゼＥＸＯＧ（ＥＸＯＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＸＯＧポリペプチドは、配列番号１２９を含むまたはそれからなる。
【００４８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ｄ（ＺＣ３Ｈ１２Ｄ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＣ３Ｈ１２Ｄポリペプチドは、配列番号１３０を含むまたはそれからなる。
【００４９】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、小胞体から核へのシグナル伝達２（ＥＲＮ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＲＮ２ポリペプチドは、配列番号１３１を含むまたはそれからなる。
【００５０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ぺロタｍＲＮＡサーベイランスおよびリボソームレスキュー因子（ＰＥＬＯ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＰＥＬＯポリペプチドは、配列番号１３２を含むまたはそれからなる。
【００５１】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＹＢＥＹメタロペプチダーゼ（ＹＢＥＹ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＹＢＥＹポリペプチドは、配列番号１３３を含むまたはそれからなる。
【００５２】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、切断およびポリアデニル化特異的因子４様（ＣＰＳＦ４Ｌ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＣＰＳＦ４Ｌポリペプチドは、配列番号１３４を含むまたはそれからなる。
【００５３】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドは、配列番号１３５を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドをコードする配列は、配列番号１３６を含むまたはそれからなる。
【００５４】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、除去修復交差相補群１（ＥＲＣＣ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＲＣＣ１ポリペプチドは、配列番号１３７を含むまたはそれからなる。
【００５５】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１アイソフォーム（ＲＡＣ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＡＣ１ポリペプチドは、配列番号１３８を含むまたはそれからなる。
【００５６】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、リボヌクレアーゼＡＡ１（ＲＡＡ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＡＡ１ポリペプチドは、配列番号１３９を含むまたはそれからなる。
【００５７】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｒａｓ関連タンパク質（ＲＡＢ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＡＢ１ポリペプチドは、配列番号１４０を含むまたはそれからなる。
【００５８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＤＮＡ複製ヘリカーゼ／ヌクレアーゼ２（ＤＮＡ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＤＮＡ２ポリペプチドは、配列番号１４１を含むまたはそれからなる。
【００５９】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＦＬＪ３５２２０ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＦＬＪ３５２２０ポリペプチドは、配列番号１４２を含むまたはそれからなる。
【００６０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＦＬＪ１３１７３ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＦＬＪ１３１７３ポリペプチドは、配列番号１４３を含むまたはそれからなる。
【００６１】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＤＮＡ修復エンドヌクレアーゼＸＰＦ（ＥＲＣＣ４）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＲＣＣ４ポリペプチドは、配列番号１２４を含むまたはそれからなる。
【００６２】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ）ポリペプチドは、配列番号１１６を含むまたはそれからなる。
【００６３】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドは、配列番号１１７を含むまたはそれからなる）。
【００６４】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドは、配列番号１１８を含むまたはそれからなる。
【００６５】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドは、配列番号１１９を含むまたはそれからなる。
【００６６】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドは、配列番号１２０を含むまたはそれからなる。
【００６７】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ、Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドは、配列番号１２１を含むまたはそれからなる。
【００６８】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ））ポリペプチドは、配列番号１２２を含むまたはそれからなる。
【００６９】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、テニューリン膜貫通タンパク質１（ＴＥＮＭ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＴＥＮＭ１ポリペプチドは、配列番号１４４を含むまたはそれからなる。
【００７０】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、テニューリン膜貫通タンパク質１（ＴＥＮＭ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＴＥＮＭ２ポリペプチドは、配列番号１４５を含むまたはそれからなる。
【００７１】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、リボヌクレアーゼカッパ（ＲＮＡｓｅＫ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＫタンパク質は、配列番号２０４を含むまたはそれからなる。
【００７２】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＴＡＬＥＮポリペプチドは、
【化４−１】
2021526860.tif 000007
【化４−２】
2021526860.tif 000008
を含むまたはそれからなる。
一部の実施形態では、ＴＡＬＥＮポリペプチドは、
【化５】
2021526860.tif 000009
を含むまたはそれからなる。
【００７３】
組成物が、第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列とを含むものを含めた本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ジンクフィンガーヌクレアーゼポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＺＮＦ６３８ポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＮＦ６３８ポリペプチドポリペプチドは、
【化６】
2021526860.tif 000010
を含むまたはそれからなる。
【００７４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、組成物は、（ａ）ＲＮＡ分子の内部に特異的に結合するｇＲＮＡを含む配列および（ｂ）ヌクレアーゼをコードする配列をさらに含む。一部の実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質は、Ｉ型、ＩＡ型、ＩＢ型、ＩＣ型、ＩＤ型、ＩＥ型、ＩＦ型、ＩＵ型、ＩＩＩ型、ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、ＩＩＩＤ型、ＩＶ型、ＩＶＡ型、ＩＶＢ型、ＩＩ型、ＩＩＡ型、ＩＩＢ型、ＩＩＣ型、Ｖ型、またはＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質のいずれか１つから単離されるまたはそれに由来する。一部の実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、ＴＡＬＥＮまたはそのヌクレアーゼドメインから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはそのヌクレアーゼドメインから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、標的配列は、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む。
【００７５】
本開示は、本開示の組成物を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、またはレトロウイルスから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ベクターは、複製能力がない。
【００７６】
本開示は、本開示の組成物を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、アデノ随伴ベクター（ＡＡＶ）から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、単離されたＡＡＶである。一部の実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、自己相補性アデノ随伴ウイルス（ｓｃＡＡＶ）である。一部の実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）である。一部の実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、血清型ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、またはＡＡＶ１２であるＡＡＶから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、血清型ＡＡＶ９であるＡＡＶから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、Ａｎｃ８０から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。
【００７７】
本開示は、本開示の組成物を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レトロウイルスである。
【００７８】
本開示は、本開示の組成物を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レンチウイルスである。
【００７９】
本開示は、本開示の組成物を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、非ウイルスベクターは、ナノ粒子、ミセル、リポソームまたはリポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックスまたはデンドリマーを含む。
【００８０】
本開示は、本開示のベクターを含む組成物を提供する。
【００８１】
本開示は、本開示のベクターを含む細胞を提供する。
【００８２】
本開示は、本開示の細胞を含む細胞を提供する。
【００８３】
本開示の細胞の一部の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。
【００８４】
本開示の細胞の一部の実施形態では、細胞は、免疫細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞は、Ｔリンパ球（Ｔ細胞）である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、調節性Ｔ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、粘膜関連インバリアントＴ細胞、またはガンマデルタＴ細胞である。
【００８５】
本開示の細胞の一部の実施形態では、細胞は、免疫細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞は、抗原提示細胞である。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、またはＢ細胞である。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、体細胞である。
【００８６】
本開示の細胞の一部の実施形態では、細胞は、免疫細胞である。一部の実施形態では、細胞は、健康な細胞である。一部の実施形態では、細胞は、健康な細胞ではない。一部の実施形態では、細胞は、疾患または障害を有する対象から単離されるまたはそれに由来する。
【００８７】
本開示は、本開示の細胞を含む組成物を提供する。
【００８８】
本開示は、本開示の複数の細胞を含む組成物を提供する。
【００８９】
本開示は、細胞を適応免疫応答から遮蔽する方法であって、本開示の組成物を細胞と接触させて、改変された細胞を生じさせることを含み、組成物により、改変された細胞のＲＮＡ分子の発現のレベルが改変され、ＲＮＡ分子が、適応免疫応答の成分をコードする、方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある。一部の実施形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏにある。一部の実施形態では、複数の細胞は、細胞を含む。一部の実施形態では、複数の細胞の各細胞を組成物と接触させ、それにより、複数の改変された細胞を生じさせる。一部の実施形態では、方法は、改変された細胞を対象に投与することをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、複数の改変された細胞を対象に投与することをさらに含む。一部の実施形態では、細胞は、自家である。一部の実施形態では、細胞は、同種異系である。一部の実施形態では、複数の改変された細胞は、自家である。一部の実施形態では、複数の改変された細胞は、同種異系である。一部の実施形態では、適応免疫応答の成分は、Ｉ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  Ｉ）、ＩＩ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  ＩＩ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、共刺激分子またはこれらの組合せである成分を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＭＨＣ  Ｉ成分は、α１鎖、α２鎖、α３鎖、またはβ２Ｍタンパク質を含む。一部の実施形態では、適応免疫応答の成分は、ＭＨＣ  Ｉ  β２Ｍタンパク質を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＭＨＣ  ＩＩ成分は、α１鎖、α２鎖、β１鎖、またはβ２鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲ成分は、α鎖およびβ鎖を含む。一部の実施形態では、共刺激分子は、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、またはＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）タンパク質を含む。一部の実施形態では、適応免疫応答のタンパク質成分は、これだけに限定することなく、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、またはＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）である。
【００９０】
本開示は、対象における適応免疫応答を防止または低減する方法であって、本開示の組成物を治療有効量で対象に投与することを含み、組成物が、対象における少なくとも１つの細胞と接触し、それにより、改変された細胞が生じ、組成物により、改変された細胞のＲＮＡ分子の発現のレベルが改変され、ＲＮＡ分子が、適応免疫応答の成分をコードする、方法を提供する。
【００９１】
本開示は、対象における疾患または障害を処置する方法であって、本開示の組成物を治療有効量で対象に投与することを含み、組成物が、対象における少なくとも１つの細胞と接触し、それにより、改変された細胞が生じ、組成物により、改変された細胞のＲＮＡ分子の発現のレベルが改変され、組成物により、改変された細胞に対する適応免疫応答が防止されるまたは低減する、方法を提供する。
【００９２】
本開示の方法の一部の実施形態では、適応免疫応答の成分は、Ｉ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  Ｉ）、ＩＩ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  ＩＩ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、共刺激分子またはこれらの組合せである成分を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＭＨＣ  Ｉ成分は、α１鎖、α２鎖、α３鎖、またはβ２Ｍタンパク質を含む。一部の実施形態では、適応免疫応答の成分は、ＭＨＣ  Ｉ  β２Ｍタンパク質を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＭＨＣ  ＩＩ成分は、α１鎖、α２鎖、β１鎖、またはβ２鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲ成分は、α鎖およびβ鎖を含む。一部の実施形態では、共刺激分子は、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、またはＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）タンパク質を含む。
【００９３】
本開示の疾患または障害を処置する方法の一部の実施形態では、疾患または障害は、遺伝子疾患または障害である。一部の実施形態では、疾患または障害は、単一遺伝子遺伝子疾患または障害である。一部の実施形態では、疾患または障害は、マイクロサテライト不安定性に由来する。一部の実施形態では、マイクロサテライト不安定性は、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つのリピートされるモチーフのＤＮＡ配列に生じる。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子は、ＤＮＡ配列の転写物を含み、組成物は、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのリピートされるモチーフを含むＲＮＡ分子の標的配列に結合する。
【００９４】
本開示の方法の一部の実施形態では、組成物は、全身に投与される。一部の実施形態では、組成物は、静脈内に投与される。一部の実施形態では、組成物は、注射または注入によって投与される。
【００９５】
本開示の方法の一部の実施形態では、組成物は、局所的に投与される。一部の実施形態では、組成物は、骨内、眼内、脳内、または脊髄内経路によって投与される。一部の実施形態では、組成物は、注射または注入によって投与される。
【００９６】
本開示の方法の一部の実施形態では、組成物の治療有効量は、単回用量である。
【００９７】
本開示の方法の一部の実施形態では、組成物は、ゲノムに組み込まれない。
【００９８】
本特許または出願のファイルは、カラーで製作された少なくとも１つの図面を含有する。カラーの図面（複数可）を伴う本特許または特許出願公開のコピーは、要請し、必要な料金を支払えば、特許庁により提供される。
【図面の簡単な説明】
【００９９】
【図１Ａ】図１Ａは、例示的なＲＮＡエンドヌクレアーゼ−Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ  Ｃａｓ９融合タンパク質を示す概略図である。
【０１００】
【図１Ｂ】図１Ｂは、表８に示されている種々のＮＳ５標的化スペーサー配列を含有するｓｇＲＮＡを用いたＥ４３  ＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物の存在下とＥ６７  ＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物の存在下の両方のＺｉｋａ  ＮＳ５の発現レベルの変化を示すグラフである。Ｚｉｋａ  ＮＳ５発現が、対照（ラムダ）スペーサー配列を含有するｓｇＲＮＡが負荷されたエンドヌクレアーゼと比べた倍率変化として示されている。
【０１０１】
【図２Ａ】図２Ａは、Ｚｉｋａ  ＮＳ５標的化スペーサー配列を含有するｓｇＲＮＡを負荷したＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物をトランスフェクトした細胞の蛍光顕微鏡画像である。
【０１０２】
【図２Ｂ】図２Ｂは、適当なＺｉｋａ  ＮＳ５標的化ｓｇＲＮＡを負荷したＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物の存在下での、非Ｚｉｋａ  ＮＳ５標的化ｓｇＲＮＡを負荷したＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物と比較したＺｉｋａ  ＮＳ５の発現の変化を示すグラフである。
【０１０３】
【図３】図３は、本開示の組成物に使用するための例示的なエンドヌクレアーゼの一覧である。
【０１０４】
【図４】図４は、遺伝子治療に関連した免疫応答をモジュレートするための、例示的なＲＮＡエンドヌクレアーゼ−Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ  Ｃａｓ９融合タンパク質および２つのｇＲＮＡ分子をコードする構築物を示す概略図である。本発明は、ＣＲＩＳＰＲに基づく遺伝子治療またはＡＡＶ内にコードされた他の非自己タンパク質を使用してヒト疾患に対処すると同時に、宿主遺伝子発現を変更して非自己タンパク質に対する適応免疫応答を防止するための手段を記載する。一実施形態では、ＡＡＶ粒子（左）は、ガイドＲＮＡの対およびＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質を運搬する。これらのガイドは、それぞれ、適応免疫応答に関連する遺伝子および治療的利益を促進するための遺伝子（または遺伝子産物）を標的とする。標的組織に送達されると、免疫応答を標的とするガイドにより、抗原提示に関連する遺伝子（ベータ２−ミクログロブリン、Ｂ２Ｍ）またはＴ細胞の共刺激に関連する遺伝子（ＩＣＯＳＬＧ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０Ｌ、ＩＬ１２、ＣＣＲ７）の発現が低減する。抗原提示の阻害により、Ｃａｓタンパク質などの治療用導入遺伝子に特異的なヘルパーＴ（Ｔｈ）細胞の形成が防止され、一方、共刺激の阻害により、導入遺伝子に特異的なＴｈ細胞の活性化が防止される。
【発明を実施するための形態】
【０１０５】
本開示は、改変された細胞のＲＮＡ分子を標的とすることによって疾患を処置すると同時に、改変された細胞を適応免疫応答から遮蔽するための組成物および方法を提供する。改変された細胞における適応免疫応答の成分の発現を阻害または低減することにより、改変された細胞が宿主免疫系にとって見えなくなる。例えば、本開示の組成物は、遺伝子疾患または障害に関連するＲＮＡ分子とＭＨＣ  Ｉのβ２ＭサブユニットをコードするＲＮＡ分子を同時に標的とし得る。組成物がＭＨＣ  Ｉのβ２ＭサブユニットをコードするＲＮＡ分子を選択的に標的とすることにより、改変された細胞がＲＮＡ標的化構築物、ベクター、またはこれらの組合せに由来する１つまたは複数の抗原ペプチドを改変された細胞の表面上にディスプレイすることが防止される。その結果、対象の免疫系は、改変された細胞を、外来配列を含有するものとして識別せず、改変された細胞に向けられた免疫応答を開始しようとしない。この方法により、遺伝子疾患または障害の処置の治療有効性が増加する一方で、遺伝子治療の一般的な副作用が回避される。
ＲＮＡ標的化融合タンパク質組成物
【０１０６】
本開示は、（ａ）ＲＮＡ分子内の標的配列に特異的に結合するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む配列と、（ｂ）第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列と第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列とを含む、融合タンパク質をコードする配列とを含む組成物であって、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含み、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物を提供する。
【０１０７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、標的配列は、少なくとも１つのリピート配列を含む。
【０１０８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、ｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含む。
【０１０９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、真核細胞は、動物細胞である。一部の実施形態では、動物細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、動物細胞は、ヒト細胞である。
【０１１０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、プロモーターは、構成的に活性なプロモーターである。一部の実施形態では、プロモーター配列は、ＲＮＡポリメラーゼの発現を駆動することができるプロモーターから単離されるまたはそれに由来する。一部の実施形態では、プロモーター配列は、Ｕ６プロモーターから単離されるまたはそれに由来する。一部の実施形態では、プロモーター配列は、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）の発現を駆動することができるプロモーターから単離されるまたはそれに由来する。一部の実施形態では、プロモーター配列は、アラニンｔＲＮＡプロモーター、アルギニンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギン酸ｔＲＮＡプロモーター、システインｔＲＮＡプロモーター、グルタミンｔＲＮＡプロモーター、グルタミン酸ｔＲＮＡプロモーター、グリシンｔＲＮＡプロモーター、ヒスチジンｔＲＮＡプロモーター、イソロイシンｔＲＮＡプロモーター、ロイシンｔＲＮＡプロモーター、リシンｔＲＮＡプロモーター、メチオニンｔＲＮＡプロモーター、フェニルアラニンｔＲＮＡプロモーター、プロリンｔＲＮＡプロモーター、セリンｔＲＮＡプロモーター、トレオニンｔＲＮＡプロモーター、トリプトファンｔＲＮＡプロモーター、チロシンｔＲＮＡプロモーター、またはバリンｔＲＮＡプロモーターから単離されるまたはそれに由来する。一部の実施形態では、プロモーター配列は、バリンｔＲＮＡプロモーターから単離されるまたはそれに由来する。
【０１１１】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡを含む配列は、標的ＲＮＡ配列に特異的に結合するスペーサー配列をさらに含む。一部の実施形態では、スペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する。一部の実施形態では、スペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する。一部の実施形態では、スペーサー配列は、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、スペーサー配列は、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、スペーサー配列は、配列
【化７−１】
2021526860.tif 000011
【化７−２】
2021526860.tif 000012
を含むまたはそれからなる。
【０１１２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡを含む配列は、標的ＲＮＡ配列に特異的に結合するスペーサー配列をさらに含む。一部の実施形態では、スペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する。
一部の実施形態では、スペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する。一部の実施形態では、スペーサー配列は、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、スペーサー配列は、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、スペーサー配列は、配列
【化８】
2021526860.tif 000013
を含むまたはそれからなる。
【０１１３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡを含む配列は、標的ＲＮＡ配列に特異的に結合するスペーサー配列をさらに含む。一部の実施形態では、スペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する。一部の実施形態では、スペーサー配列は、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する。一部の実施形態では、スペーサー配列は、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、スペーサー配列は、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、スペーサー配列は、配列ＣＵＧ（配列番号１８）、ＣＣＵＧ（配列番号１９）、ＣＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＣＣ（配列番号８１）またはこれらの任意の組合せの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つのリピートを含む配列を含むまたはそれからなる。
【０１１４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡを含む配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質に特異的に結合する足場配列をさらに含む。一部の実施形態では、足場配列は、ステムループ構造を含む。一部の実施形態では、足場配列は、９０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、９３ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、配列
【化９】
2021526860.tif 000014
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、配列
【化１０】
2021526860.tif 000015
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、足場配列は、配列
【化１１】
2021526860.tif 000016
を含むまたはそれからなる。
【０１１５】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ｇＲＮＡは、ＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない。
【０１１６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームは、ＲＮＡ分子を含む。
【０１１７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ９ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、低下しているまたは阻害されている。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、増加しているまたは誘導されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性を含み、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性は阻害されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、変異を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質のヌクレアーゼドメインは、変異を含む。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードする核酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードするアミノ酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、置換、挿入、欠失、フレームシフト、逆位、または転位を含む。一部の実施形態では、変異は、ヌクレアーゼドメイン、ヌクレアーゼドメイン内の結合性部位、ヌクレアーゼドメイン内の活性部位、またはヌクレアーゼドメイン内の少なくとも１つの必須アミノ酸残基の欠失を含む。
【０１１８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃｐｆ１ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、低下しているまたは阻害されている。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、増加しているまたは誘導されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性を含み、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性は阻害されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、変異を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質のヌクレアーゼドメインは、変異を含む。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードする核酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードするアミノ酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、置換、挿入、欠失、フレームシフト、逆位、または転位を含む。一部の実施形態では、変異は、ヌクレアーゼドメイン、ヌクレアーゼドメイン内の結合性部位、ヌクレアーゼドメイン内の活性部位、またはヌクレアーゼドメイン内の少なくとも１つの必須アミノ酸残基の欠失を含む。
【０１１９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ１３ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ１３ｄポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、低下しているまたは阻害されている。一部の実施形態では、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性は、増加しているまたは誘導されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性を含み、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性は阻害されている。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質は、変異を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質のヌクレアーゼドメインは、変異を含む。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードする核酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードするアミノ酸に存在する。一部の実施形態では、変異は、置換、挿入、欠失、フレームシフト、逆位、または転位を含む。一部の実施形態では、変異は、ヌクレアーゼドメイン、ヌクレアーゼドメイン内の結合性部位、ヌクレアーゼドメイン内の活性部位、またはヌクレアーゼドメイン内の少なくとも１つの必須アミノ酸残基の欠失を含む。
【０１２０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＰｕｍｉｌｉｏおよびＦＢＦ（ＰＵＦ）タンパク質を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｐｕｍｉｌｉｏに基づくアセンブリ（ＰＵＭＢＹ）タンパク質を含む。一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ１タンパク質は、
【化１２】
2021526860.tif 000017
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。
一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ３タンパク質は、
【化１３】
2021526860.tif 000018
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ４タンパク質は、
【化１４−１】
2021526860.tif 000019
【化１４−２】
2021526860.tif 000020
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。
一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ５タンパク質は、
【化１５】
2021526860.tif 000021
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ６タンパク質は、
【化１６】
2021526860.tif 000022
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ７タンパク質は、
【化１７】
2021526860.tif 000023
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ８タンパク質は、
【化１８−１】
2021526860.tif 000024
【化１８−２】
2021526860.tif 000025
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＰＵＦ９タンパク質は、
【化１９】
2021526860.tif 000026
のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。
【０１２１】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ結合活性のために多量体形成を必要としない。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、多量体複合体の単量体ではない。一部の実施形態では、多量体タンパク質複合体は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質を含まない。
【０１２２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の標的配列に選択的に結合する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対する親和性を含まない。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対して高い親和性を含まずそれに選択的に結合しない。
【０１２３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームは、ＲＮＡ分子を含む。
【０１２４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、終点を含めて、２アミノ酸から１３００アミノ酸の間を含む。
【０１２５】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む。一部の実施形態では、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードする配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃ末端にＮＬＳを含む。
【０１２６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、第１のＮＬＳをコードする第１の配列および第２のＮＬＳをコードする第２の配列をさらに含む。一部の実施形態では、第１のＮＬＳをコードする配列または第２のＮＬＳをコードする配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃ末端に第１のＮＬＳまたは第２のＮＬＳを含む。
【０１２７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡと会合する様式でＲＮＡに結合する。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡを切断する様式でＲＮＡと会合する。
【０１２８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＲＮＡｓｅを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ１ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ１ポリペプチドは、
【化２０】
2021526860.tif 000027
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ４ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ４ポリペプチドは、
【化２１】
2021526860.tif 000028
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ６ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ６ポリペプチドは、
【化２２】
2021526860.tif 000029
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ７ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ７ポリペプチドは、
【化２３】
2021526860.tif 000030
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ８ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ８ポリペプチドは、
【化２４】
2021526860.tif 000031
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ２ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ２ポリペプチドは、
【化２５】
2021526860.tif 000032
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ６ＰＬポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ６ＰＬポリペプチドは、
【化２６】
2021526860.tif 000033
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅＬポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＬポリペプチドは、
【化２７】
2021526860.tif 000034
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅＴ２ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＴ２ポリペプチドは、
【化２８】
2021526860.tif 000035
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅ１１ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅ１１ポリペプチドは、
【化２９】
2021526860.tif 000036
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡｓｅＴ２様ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＴ２様ポリペプチドは、
【化３０】
2021526860.tif 000037
を含むまたはそれからなる。
【０１２９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型ＲＮＡｓｅを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ）ポリペプチドは、
【化３１】
2021526860.tif 000038
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））は、
【化３２】
2021526860.tif 000039
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドは、
【化３３】
2021526860.tif 000040
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドは、
【化３４】
2021526860.tif 000041
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドは、
【化３５】
2021526860.tif 000042
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ、Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドは、
【化３６】
2021526860.tif 000043
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ））ポリペプチドは、
【化３７】
2021526860.tif 000044
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、
【化３８】
2021526860.tif 000045
を含むまたはそれからなる変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ、Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる。
【０１３０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＮＯＢ１ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＮＯＢ１ポリペプチドは、
【化３９】
2021526860.tif 000046
を含むまたはそれからなる。
【０１３１】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＶ（ＥＮＤＯＶ）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＮＤＯＶポリペプチドは、
【化４０】
2021526860.tif 000047
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＧ（ＥＮＤＯＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＮＤＯＧポリペプチドは、
【化４１】
2021526860.tif 000048
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＤ１（ＥＮＤＯＤ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＮＤＯＤ１ポリペプチドは、
【化４２−１】
2021526860.tif 000049
【化４２−２】
2021526860.tif 000050
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヒトフラップエンドヌクレアーゼ−１（ｈＦＥＮ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＦＥＮ１ポリペプチドは、
【化４３】
2021526860.tif 000051
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＤＮＡ修復エンドヌクレアーゼＸＰＦ（ＥＲＣＣ４）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＲＣＣ４ポリペプチドは、
【化４４】
2021526860.tif 000052
を含むまたはそれからなる。
【０１３２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＮＴＨＬポリペプチドは、
【化４５−１】
2021526860.tif 000053
【化４５−２】
2021526860.tif 000054
を含むまたはそれからなる。
【０１３３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヒトＳｃｈｌａｆｅｎ１４（ｈＳＬＦＮ１４）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＳＬＦＮ１４ポリペプチドは、
【化４６】
2021526860.tif 000055
を含むまたはそれからなる。
【０１３４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ヒトベータ−ラクタマーゼ様タンパク質２（ｈＬＡＣＴＢ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＬＡＣＴＢ２ポリペプチドは、
【化４７】
2021526860.tif 000056
を含むまたはそれからなる。
【０１３５】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、脱プリン／脱ピリミジン（ＡＰ）エンドデオキシリボヌクレアーゼ（ＡＰＥＸ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、脱プリン／脱ピリミジン（ＡＰ）エンドデオキシリボヌクレアーゼ（ＡＰＥＸ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＰＥＸ２ポリペプチドは、
【化４８−１】
2021526860.tif 000057
【化４８−２】
2021526860.tif 000058
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＰＥＸ２ポリペプチドは、
【化４９】
2021526860.tif 000059
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、脱プリンまたは脱ピリミジン部位リアーゼ（ＡＰＥＸ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＰＥＸ１ポリペプチドは、
【化５０】
2021526860.tif 000060
を含むまたはそれからなる。
【０１３６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、アンジオゲニン（ＡＮＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＡＮＧポリペプチドは、
【化５１】
2021526860.tif 000061
を含むまたはそれからなる。
【０１３７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、熱応答性タンパク質１２（ＨＲＳＰ１２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＨＲＳＰ１２ポリペプチドは、
【化５２】
2021526860.tif 000062
を含むまたはそれからなる。
【０１３８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ａ（ＺＣ３Ｈ１２Ａ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＣ３Ｈ１２Ａポリペプチドは、
【化５３】
2021526860.tif 000063
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＣ３Ｈ１２Ａポリペプチドは、
【化５４】
2021526860.tif 000064
を含むまたはそれからなる。
【０１３９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、反応性中間体イミンデアミナーゼＡ（ＲＩＤＡ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＩＤＡポリペプチドは、
【化５５】
2021526860.tif 000065
を含むまたはそれからなる。
【０１４０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ホスホリパーゼＤファミリーメンバー６（ＰＤＬ６）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＰＤＬ６ポリペプチドは、
【化５６】
2021526860.tif 000066
を含むまたはそれからなる。
【０１４１】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ミトコンドリアリボヌクレアーゼＰ触媒サブユニット（ＫＩＡＡ０３９１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＫＩＡＡ０３９１ポリペプチドは、
【化５７】
2021526860.tif 000067
を含むまたはそれからなる。
【０１４２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、アルゴノート２（ＡＧＯ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＡＧＯ２ポリペプチドは、
【化５８】
2021526860.tif 000068
を含むまたはそれからなる。
【０１４３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ミトコンドリアヌクレアーゼＥＸＯＧ（ＥＸＯＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＸＯＧポリペプチドは、
【化５９】
2021526860.tif 000069
を含むまたはそれからなる。
【０１４４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ｄ（ＺＣ３Ｈ１２Ｄ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＺＣ３Ｈ１２Ｄポリペプチドは、
【化６０】
2021526860.tif 000070
を含むまたはそれからなる。
【０１４５】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、小胞体から核へのシグナル伝達２（ＥＲＮ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＲＮ２ポリペプチドは、
【化６１】
2021526860.tif 000071
を含むまたはそれからなる。
【０１４６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ぺロタｍＲＮＡサーベイランスおよびリボソームレスキュー因子（ＰＥＬＯ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＰＥＬＯポリペプチドは、
【化６２−１】
2021526860.tif 000072
【化６２−２】
2021526860.tif 000073
を含むまたはそれからなる。
【０１４７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＹＢＥＹメタロペプチダーゼ（ＹＢＥＹ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＹＢＥＹポリペプチドは、
【化６３】
2021526860.tif 000074
を含むまたはそれからなる。
【０１４８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、切断およびポリアデニル化特異的因子４様（ＣＰＳＦ４Ｌ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＣＰＳＦ４Ｌは、
【化６４】
2021526860.tif 000075
を含むまたはそれからなる。
【０１４９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドは、
【化６５】
2021526860.tif 000076
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドは、
【化６６−１】
2021526860.tif 000077
【化６６−２】
2021526860.tif 000078
を含むまたはそれからなる。
【０１５０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、除去修復交差相補群１（ＥＲＣＣ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＥＲＣＣ１ポリペプチドは、
【化６７】
2021526860.tif 000079
を含むまたはそれからなる。
【０１５１】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１アイソフォーム（ＲＡＣ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＡＣ１ポリペプチドは、
【化６８】
2021526860.tif 000080
を含むまたはそれからなる。
【０１５２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、リボヌクレアーゼＡＡ１（ＲＡＡ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＡＡ１ポリペプチドは、
【化６９】
2021526860.tif 000081
を含むまたはそれからなる。
【０１５３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｒａｓ関連タンパク質（ＲＡＢ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＡＢ１ポリペプチドは、
【化７０】
2021526860.tif 000082
を含むまたはそれからなる。
【０１５４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＤＮＡ複製ヘリカーゼ／ヌクレアーゼ２（ＤＮＡ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＤＮＡ２ポリペプチドは、
【化７１−１】
2021526860.tif 000083
【化７１−２】
2021526860.tif 000084
を含むまたはそれからなる。
【０１５５】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＦＬＪ３５２２０ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＦＬＪ３５２２０ポリペプチドは、
【化７２】
2021526860.tif 000085
を含むまたはそれからなる。
【０１５６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＦＬＪ１３１７３ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＦＬＪ１３１７３ポリペプチドは、
【化７３】
2021526860.tif 000086
を含むまたはそれからなる。
【０１５７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、テニューリン膜貫通タンパク質（ＴＥＮＭ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、テニューリン膜貫通タンパク質１（ＴＥＮＭ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＴＥＮＭ１ポリペプチドは、
【化７４】
2021526860.tif 000087
を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、テニューリン膜貫通タンパク質２（ＴＥＮＭ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＴＥＮＭ２ポリペプチドは、
【化７５】
2021526860.tif 000088
を含むまたはそれからなる。本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、リボヌクレアーゼカッパ（ＲＮＡｓｅＫ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡｓｅＫポリペプチドは、
【化７６】
2021526860.tif 000089
を含むまたはそれからなる。
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ジンクフィンガーヌクレアーゼポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＺＮＦ６３８ポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる。
【０１５８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、一般にテロメラーゼ結合性タンパク質ＥＳＴ１Ａアイソフォーム３、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００１２４３７５６．１としても公知のヒトＳＭＧ６タンパク質に由来するＰＩＮドメインを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ｈＳＭＧ６由来のＰＩＮは、本明細書では、Ｃａｓ融合タンパク質の形態で、内部対照として使用される。
ガイドＲＮＡ
【０１５９】
ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）という用語と単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）という用語は、本開示全体を通して互換的に使用される。
【０１６０】
本開示のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）は、スペーサー配列および足場配列で構成され得る。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、連続したスペーサー配列と足場配列を含む単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である。一部の実施形態では、スペーサー配列と足場配列は、連続している。一部の実施形態では、足場配列は、「ダイレクトリピート」（ＤＲ）配列を含む。ＤＲ配列は、スペーサー配列が散在する、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座（細菌ゲノムまたはプラスミドに天然に存在する）内の反復配列を指す。関連するＣＲＩＳＰＲ遺伝子座の配列が分かっている場合には、対応するＣａｓタンパク質のＤＲ配列を推測することができることが周知である。一部の実施形態では、スペーサー配列と足場配列は連続していない。一部の実施形態では、本開示のガイドＲＮＡをコードする配列は、リンカー配列によって分離されたスペーサー配列と足場配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、リンカー配列は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはその間の任意の数のヌクレオチドを含み得るまたはそれからなり得る。一部の実施形態では、リンカー配列は、少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはその間の任意の数のヌクレオチドを含み得る。
【０１６１】
本開示のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）は、天然に存在しないヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、本開示のガイドＲＮＡまたはガイドＲＮＡをコードする配列は、改変または合成されたＲＮＡヌクレオチドを含むまたはそれからなる。例示的な改変されたＲＮＡヌクレオチドとしては、これだけに限定されないが、プソイドウリジン（Ψ）、ジヒドロウリジン（Ｄ）、イノシン（Ｉ）、および７−メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）、ヒポキサンチン、キサンチン、キサントシン、７−メチルグアニン、５、６−ジヒドロウラシル、５−メチルシトシン、５−メチルシチジン、５−ヒドロキシメチルシトシン（hydropxymethylcytosine）、イソグアニン、およびイソシトシンが挙げられる。
【０１６２】
本開示のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）は、標的配列内の改変されたＲＮＡに結合し得る。本開示のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）は、標的配列内の改変されたＲＮＡに結合し得る。例示的なエピジェネティック的にまたは転写後に改変されたＲＮＡとしては、これだけに限定されないが、２’−Ｏ−メチル化（２’−ＯＭｅ）（リボース部分の遊離の２’−ＯＨの酸素に存在する２’−Ｏ−メチル化）、Ｎ６−メチルアデノシン（ｍ６Ａ）、および５−メチルシトシン（ｍ５Ｃ）が挙げられる。
【０１６３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のガイドＲＮＡは、非コードＣ／Ｄボックス核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）配列をコードする少なくとも１つの配列を含む。一部の実施形態では、ｓｎｏＲＮＡ配列は、標的ＲＮＡと相補的である少なくとも１つの配列を含み、ここで、ＲＮＡ分子の標的配列は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅを含む。一部の実施形態では、ｓｎｏＲＮＡ配列は、標的ＲＮＡと相補的である少なくとも１つの配列を含み、ここで、標的ＲＮＡと相補的である少なくとも１つの配列は、ボックスＣモチーフ（ＲＵＧＡＵＧＡ）およびボックスＤモチーフ（ＣＵＧＡ）を含む。
【０１６４】
本開示のスペーサー配列は、ＲＮＡ分子の標的配列に結合する。本開示のスペーサー配列は、ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を含み得る。本開示のスペーサー配列は、ＲＮＡ分子の標的配列に対して十分な相補性を有して前記標的配列に選択的に結合する配列を含むまたはそれからなる。ＲＮＡ分子の標的配列に結合すると、スペーサー配列は、足場配列および融合タンパク質の１つまたは複数をＲＮＡ分子へガイドする。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列に対して十分な相補性を有して前記標的配列に選択的に結合する配列は、標的配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６、９７％、９８％、９９％、またはその間の任意のパーセンテージ同一性を有する。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列に対して十分な相補性を有して前記標的配列に選択的に結合する配列は、標的配列に対して１００％の同一性を有する。
【０１６５】
本開示の足場配列は、本開示の第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドに結合する。本開示の足場配列は、トランス作用性ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）を含み得る。本開示の足場配列は、ＲＮＡ分子の標的配列に対して十分な相補性を有して前記標的配列に選択的に結合する配列を含むまたはそれからなる。ＲＮＡ分子の標的配列に結合すると、足場配列は、融合タンパク質をＲＮＡ分子へガイドし得る。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列に対して十分な相補性を有して前記標的配列に選択的に結合する配列は、標的配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６、９７％、９８％、９９％、またはその間の任意のパーセンテージ同一性を有する。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列に対して十分な相補性を有して前記標的配列に選択的に結合する配列は、標的配列に対して１００％の同一性を有する。その代わりに、またはそれに加えて、一部の実施形態では、本開示の足場配列は、本開示の融合タンパク質の第１のＲＮＡ結合性タンパク質または第２のＲＮＡ結合性タンパク質に結合する配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、二次構造または三次構造を含む。例示的な二次構造としては、これだけに限定されないが、へリックス、ステムループ、バルジ、テトラループおよびシュードノットが挙げられる。例示的な三次構造としては、これだけに限定されないが、Ａ形態のへリックス、Ｂ形態のへリックス、およびＺ形態のへリックスが挙げられる。例示的な三次構造としては、これだけに限定されないが、ねじれたまたはらせん状になったステムループが挙げられる。例示的な三次構造としては、これだけに限定されないが、ねじれたまたはらせん状になったシュードノットが挙げられる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は少なくとも１つの二次構造または少なくとも１つの三次構造を含む。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、１つまたは複数の二次構造または１つまたは複数の三次構造を含む。
【０１６６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部は、本開示のＲＮＡ分子内のテトラループモチーフに選択的に結合する。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、テトラループモチーフを含む。一部の実施形態では、テトラループモチーフは、ＧＡＡＡ、ＧＵＧＡ、ＧＣＡＡまたはＧＡＧＡである配列の１つまたは複数を含むまたはそれからなる「ＧＲＮＡ」モチーフである。
【０１６７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列に結合するガイドＲＮＡまたはその一部は、ＲＮＡ分子の標的配列とハイブリダイズする。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質または第２のＲＮＡ結合性タンパク質に結合するガイドＲＮＡまたはその一部は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質または第２のＲＮＡ結合性タンパク質に共有結合により結合する。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質または第２のＲＮＡ結合性タンパク質に結合するガイドＲＮＡまたはその一部は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質または第２のＲＮＡ結合性タンパク質に非共有結合により結合する。
【０１６８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部は、終点を含めて、１０個から１００個の間のヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のスペーサー配列は、終点を含めて、１０個から３０個の間のヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個または３０個のヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のスペーサー配列は、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のスペーサー配列は、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、終点を含めて、１０個から１００個の間のヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７６個、８０個、８７個、９０個、９５個、１００個またはその間の任意の数のヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、終点を含めて、８５個から９５個の間のヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、８５ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、９０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示の足場配列は、９３ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。
【０１６９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部は、核局在化配列（ＮＬＳ）を含まない。
【０１７０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部は、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）と相補的な配列を含まない。
【０１７１】
本開示の治療用組成物または医薬組成物は、ＰＡＭｍｅｒオリゴヌクレオチドを含まない。他の実施形態では、必要に応じて、非治療用組成物または非医薬組成物は、ＰＡＭｍｅｒオリゴヌクレオチドを含み得る。「ＰＡＭｍｅｒ」という用語は、ガイドヌクレオチド配列プログラマブルＲＮＡ結合性タンパク質と相互作用することができるＰＡＭ配列を含むオリゴヌクレオチドを指す。ＰＡＭｍｅｒの非限定的な例は、参照により本明細書に組み込まれるO'Connell  et  al.  Nature  516,  pages  263-266  (2014)に記載されている。ＰＡＭ配列は、約２〜約１０個のヌクレオチドを含むプロトスペーサー隣接モチーフを指す。ＰＡＭ配列は、それらが相互作用するガイドヌクレオチド配列プログラマブルＲＮＡ結合性タンパク質に対して特異的であり、また、当技術分野で公知である。例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＰＡＭは、配列５’−ＮＧＧ−３’を有し、ここで、「Ｎ」は、任意の核酸塩基であり、その後に、２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が続く。Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｎｏｖｉｃｉｄａのＣａｓ９は、標準的なＰＡＭ配列５’−ＮＧＧ−３’を認識するが、ＰＡＭ５’−ＹＧ−３’（「Ｙ」はピリミジンである）を認識するように操作されており、したがって、可能なＣａｓ９標的の範囲を増加させる。Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｎｏｖｉｃｉｄａのＣｐｆ１ヌクレアーゼは、５’−ＴＴＴＮ−３’または５’−ＹＴＮ−３’であるＰＡＭを認識する。
【０１７２】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部は、プロトスペーサーフランキング配列（ＰＦＳ）と相補的な配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部がＰＦＳと相補的な配列を含むものを含め、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ１３タンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含み得る。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部がＰＦＳと相補的な配列を含むものを含め、第１のＲＮＡ結合性タンパク質は、Ｃａｓ１３タンパク質またはそのＲＮＡ結合性部分をコードする配列を含み得る。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡまたはその一部は、ＰＦＳと相補的な配列を含まない。
【０１７３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のガイドＲＮＡ配列は、ガイドＲＮＡの発現を駆動するためのプロモーターを含む。一部の実施形態では、本開示のガイドＲＮＡ配列を含むベクターは、ガイドＲＮＡの発現を駆動するためのプロモーターを含む。一部の実施形態では、プロモーターは、構成的プロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、組織特異的かつ／または細胞型特異的プロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、誘導性プロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、ハイブリッドまたは組換えプロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、哺乳動物細胞における発現を駆動することができるプロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、ヒト細胞における発現を可能にするプロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、ガイドＲＮＡ配列を発現させ、発現を細胞の核に制限することができるプロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、ヒトＲＮＡポリメラーゼプロモーターから単離されたまたはそれに由来するヒトＲＮＡポリメラーゼプロモーターまたはプロモーター配列である。一部の実施形態では、プロモーターは、Ｕ６プロモーターまたはＵ６プロモーターをコードする配列から単離されたもしくはそれに由来する配列である。一部の実施形態では、プロモーターは、ヒトｔＲＮＡプロモーター配列から単離されたまたはそれに由来するヒトｔＲＮＡプロモーターまたはプロモーター配列である。一部の実施形態では、プロモーターは、ヒトバリンｔＲＮＡプロモーターから単離されたまたはそれに由来するヒトバリンｔＲＮＡプロモーターまたはプロモーター配列である。
【０１７４】
本開示の組成物の一部の実施形態では、プロモーターは、調節エレメントをさらに含む。一部の実施形態では、プロモーターを含むベクターは、調節エレメントをさらに含む。一部の実施形態では、調節エレメントは、ガイドＲＮＡの発現を増強する。例示的な調節エレメントとしては、これだけに限定されないが、エンハンサーエレメント、イントロン、エクソン、またはこれらの組合せが挙げられる。
【０１７５】
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のベクターは、ガイドＲＮＡの発現を増強するために、ガイドＲＮＡ配列、ガイドＲＮＡの発現を駆動するためのプロモーターおよび調節エレメントのうちの１つまたは複数を含む。本開示の組成物の一部の実施形態では、ベクターは、本開示の融合タンパク質をコードする核酸配列をさらに含む。
融合タンパク質
【０１７６】
本開示の融合タンパク質は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質および第２のＲＮＡ結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする配列に沿って、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、第２のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して５’側に位置する。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする配列に沿って、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、第２のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。
【０１７７】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＲＮＡ分子に結合することができるタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＲＮＡ分子に選択的に結合することができ、ＤＮＡ分子には結合しない、哺乳動物ＤＮＡ分子には結合しない、またはいかなるＤＮＡ分子にも結合しないタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＲＮＡ分子に結合し、ＲＮＡ分子の破壊（ｂｒｅａｋ）を誘導することができるタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＲＮＡ分子に結合し、ＲＮＡ分子の破壊を誘導することができ、ＤＮＡ分子には結合しない、哺乳動物ＤＮＡ分子には結合しない、またはいかなるＤＮＡ分子にも結合しないタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＲＮＡ分子に結合し、ＲＮＡ分子の破壊を誘導することができ、ＤＮＡ分子には結合せず、その破壊も誘導しない、哺乳動物ＤＮＡ分子には結合せず、その破壊も誘導しない、または、いかなるＤＮＡ分子にも結合せず、その破壊も誘導しないタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。
【０１７８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＤＮＡヌクレアーゼ活性を有さないタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。
【０１７９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＤＮＡヌクレアーゼ活性を有するタンパク質であって、本開示の組成物をＲＮＡ分子と接触させるかまたは本開示の細胞もしくは対象に導入したときにＤＮＡヌクレアーゼ活性によりＤＮＡ分子の破壊が誘導されない、哺乳動物ＤＮＡ分子の破壊が誘導されない、またはいかなるＤＮＡ分子の破壊も誘導されない、タンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。
【０１８０】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＤＮＡヌクレアーゼ活性を有するタンパク質であって、ＤＮＡヌクレアーゼ活性が不活化されており、本開示の組成物をＲＮＡ分子と接触させるかまたは本開示の細胞もしくは対象に導入したときにＤＮＡヌクレアーゼ活性によりＤＮＡ分子の破壊が誘導されない、哺乳動物ＤＮＡ分子の破壊が誘導されない、またはいかなるＤＮＡ分子の破壊も誘導されない、タンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、本開示の組成物をＲＮＡ分子と接触させるかまたは本開示の細胞もしくは対象に導入したときにＤＮＡヌクレアーゼ活性によりＤＮＡ分子の破壊が誘導されない、哺乳動物ＤＮＡ分子の破壊が誘導されない、またはいかなるＤＮＡ分子の破壊も誘導されないレベルまでＤＮＡヌクレアーゼ活性を不活化するまたは低下させる変異を含む。一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＤＮＡヌクレアーゼ活性を不活化するまたは低下させる変異を含み、変異は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質またはそのヌクレアーゼドメインをコードする核酸配列またはアミノ酸配列に対する置換、逆位、転位、挿入、欠失、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数を含む。
【０１８１】
本開示の組成物の一部の実施形態では、本明細書に開示されるＲＮＡによりガイドされる融合タンパク質の第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質を含む。一部の実施形態では、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９タンパク質を含む。本開示の例示的なＣａｓ９タンパク質は、これだけに限定されないが、細菌または古細菌を含めた、任意の種から単離され得るまたはそれに由来し得る。本開示の例示的なＣａｓ９タンパク質は、これだけに限定されないが、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｈａｌｏｆｅｒａｘ  ｍｅｄｉｔｅｒａｎｉｉ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ  ｓｕｂｓｐ．ｎｏｖｉｃｉｄａ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ  ＣＦ８９−１２、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇａｌｌｉｓｅｐｔｉｃｕｍ  ｓｔｒ．Ｆ、Ｎｉｔｒａｔｉｆｒａｃｔｏｒ  ｓａｌｓｕｇｉｎｉｓ  ｓｔｒ．ＤＳＭ  １６５１１、Ｐａｒｖｉｂａｃｕｌｕｍ  ｌａｖａｍｅｎｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、ａ  Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｄｉａｚｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ、ａｎ  Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  Ｂ５１０、ａ  Ｓｐｈａｅｒｏｃｈａｅｔａ  ｇｌｏｂｕｓ  ｓｔｒ．Ｂｕｄｄｙ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｌｕｍｎａｒｅ、Ｆｌｕｖｉｉｃｏｌａ  ｔａｆｆｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｍｏｂｉｌｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ａｌｏｃｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ  ｓｔｒ．Ｐａｒｉｓ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、およびＦｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｎｏｖｉｃｉｄａを含めた、任意の種から単離し得るまたはそれに由来し得る。
【０１８２】
本開示の例示的な野生型Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９タンパク質は、アミノ酸配列：
【化７７−１】
2021526860.tif 000090
【化７７−２】
2021526860.tif 000091
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１８３】
ヌクレアーゼが不活化されたＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９タンパク質は、１０位のアスパラギン酸（Ｄ）のアラニン（Ａ）による置換および８４０位のヒスチジン（Ｈ）のアラニン（Ａ）による置換を含み得る。本開示の例示的なヌクレアーゼが不活化されたＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９タンパク質は、アミノ酸配列（Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａは太字で下線が引かれている）：
【化７８−１】
2021526860.tif 000092
【化７８−２】
2021526860.tif 000093
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１８４】
ヌクレアーゼが不活化されたＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９タンパク質は、ＲｕｖＣヌクレアーゼドメインまたはその一部、ＨＮＨドメイン、ＤＮＡｓｅ活性部位、ββα−メタルフォールドまたはＤＮＡｓｅ活性部位を含むその一部またはこれらの任意の組合せの欠失を含み得る。
【０１８５】
他の例示的なＣａｓ９タンパク質またはその一部は、以下のアミノ酸配列を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１８６】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化７９】
2021526860.tif 000094
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１８７】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８０−１】
2021526860.tif 000095
【化８０−２】
2021526860.tif 000096
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１８８】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ  ＣＲＩＳＰＲ１  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８１】
2021526860.tif 000097
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１８９】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８２−１】
2021526860.tif 000098
【化８２−２】
2021526860.tif 000099
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９０】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｐａｒｖｉｂａｃｕｌｕｍ．ｌａｖａｍｅｎｔｉｖｏｒａｎｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８３】
2021526860.tif 000100
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９１】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８４−１】
2021526860.tif 000101
【化８４−２】
2021526860.tif 000102
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９２】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８５】
2021526860.tif 000103
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９３】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８６−１】
2021526860.tif 000104
【化８６−２】
2021526860.tif 000105
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９４】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８７】
2021526860.tif 000106
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９５】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｔ．ｄｅｎｔｉｃｏｌａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８８−１】
2021526860.tif 000107
【化８８−２】
2021526860.tif 000108
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９６】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓ．ｍｕｔａｎｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化８９】
2021526860.tif 000109
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９７】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＲＩＳＰＲ  ３  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９０】
2021526860.tif 000110
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９８】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９１】
2021526860.tif 000111
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０１９９】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９２】
2021526860.tif 000112
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２００】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９３−１】
2021526860.tif 000113
【化９３−２】
2021526860.tif 000114
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０１】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｃｈｎｅｒｉ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９４】
2021526860.tif 000115
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０２】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｉｎｎｏｃｕａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９５−１】
2021526860.tif 000116
【化９５−２】
2021526860.tif 000117
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０３】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌｉａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９６】
2021526860.tif 000118
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０４】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｎ．ｌａｃｔａｍｉｃａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９７】
2021526860.tif 000119
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０５】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９８】
2021526860.tif 000120
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０６】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｂ．ｌｏｎｇｕｍ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化９９】
2021526860.tif 000121
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０７】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化１００−１】
2021526860.tif 000122
【化１００−２】
2021526860.tif 000123
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０８】
一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｏ．ｌａｎｅｕｓ  Ｃａｓ９であり得、アミノ酸配列：
【化１０１】
2021526860.tif 000124
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２０９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質は、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質を含む。一部の実施形態では、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質は、Ｃｐｆ１タンパク質を含む。本開示の例示的なＣｐｆ１タンパク質は、これだけに限定されないが、細菌または古細菌を含めた、任意の種から単離し得るまたはそれに由来し得る。本開示の例示的なＣｐｆ１タンパク質は、これだけに限定されないが、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ  ｓｕｂｓｐ．ｎｏｖｉｃｉｄａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＢＶ３Ｌ６およびＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＤ２００６を含めた、任意の種から単離し得るまたはそれに由来し得る。本開示の例示的なＣｐｆ１タンパク質はヌクレアーゼが不活化されたものであり得る。
【０２１０】
本開示の例示的な野生型Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ  ｓｕｂｓｐ．Ｎｏｖｉｃｉｄａ  Ｃｐｆ１（ＦｎＣｐｆ１）タンパク質は、アミノ酸配列：
【化１０２】
2021526860.tif 000125
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２１１】
本開示の例示的な野生型Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＤ２００６  Ｃｐｆ１（ＬｂＣｐｆ１）タンパク質は、アミノ酸配列：
【化１０３】
2021526860.tif 000126
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２１２】
本開示の例示的な野生型Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＢＶ３Ｌ６  Ｃｐｆ１（ＡｓＣｐｆ１）タンパク質は、アミノ酸配列：
【化１０４】
2021526860.tif 000127
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２１３】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質は、ＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質またはその一部を含む。一部の実施形態では、ＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ１３タンパク質またはその一部を含む。本開示の例示的なＣａｓ１３タンパク質は、これだけに限定されないが、細菌または古細菌を含めた、任意の種から単離し得るまたはそれに由来し得る。本開示の例示的なＣａｓ１３タンパク質は、これだけに限定されないが、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｗａｄｅｉ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ  ｓｅｒｏｖａｒ  １／２ｂ（ｓｔｒａｉｎ  ＡＴＣＣ  ３５９６７／ＤＳＭ  ２０７５１／ＣＩＰ  １００１００／ＳＬＣＣ  ３９５４）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ  ＤＳＭ  １０７１０、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ  ＤＳＭ  ４８４７、Ｐａｌｕｄｉｂａｃｔｅｒ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉｇｅｎｅｓ  ＷＢ４、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｗｅｉｈｅｎｓｔｅｐｈａｎｅｎｓｉｓ  ＦＳＬ  Ｒ９−０３１７、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｗｅｉｈｅｎｓｔｅｐｈａｎｅｎｓｉｓ  ＦＳＬ  Ｒ９−０３１７、ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＦＳＬ  Ｍ６−０６３５（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｎｅｗｙｏｒｋｅｎｓｉｓ）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｗａｄｅｉ  Ｆ０２７９、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｓ  ＳＢ  １００３、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｓ  Ｒ１２１、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｓ  ＤＥ４４２およびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓを含めた、任意の種から単離し得るまたはそれに由来し得る。本開示の例示的なＣａｓ１３タンパク質は、ＤＮＡヌクレアーゼが不活化されたものであり得る。本開示の例示的なＣａｓ１３タンパク質としては、これだけに限定されないが、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄおよびそれらのオルソログが挙げられる。本開示の例示的なＣａｓ１３ｂタンパク質としては、これだけに限定されないが、本明細書ではそれぞれＣｓｘ２７およびＣｓｘ２８と称される亜型１および２が挙げられる。
【０２１４】
例示的なＣａｓ１３ａタンパク質としては、これだけに限定されないが、以下が挙げられる：
【表１−１】
2021526860.tif 000128
【表１−２】
2021526860.tif 000129
【０２１５】
本開示の例示的な野生型Ｃａｓ１３ａタンパク質は、アミノ酸配列：
【化１０５】
2021526860.tif 000130
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２１６】
例示的なＣａｓ１３ｂタンパク質としては、これだけに限定されないが、以下が挙げられる：
【表２−１】
2021526860.tif 000131
【表２−２】
2021526860.tif 000132
【表２−３】
2021526860.tif 000133
【０２１７】
本開示の例示的な野生型Ｂｅｒｇｅｙｅｌｌａ  ｚｏｏｈｅｌｃｕｍ  ＡＴＣＣ  ４３７６７  Ｃａｓ１３ｂ（ＢｚＣａｓ１３ｂ）タンパク質は、アミノ酸配列：
【化１０６】
2021526860.tif 000134
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２１８】
本開示の組成物の一部の実施形態では、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列、またはＲＮＡによりガイドされる標的ＲＮＡ結合性タンパク質は、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄは、ＶＩ−Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系のエフェクターである。一部の実施形態では、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、ＲＮＡを切るまたはそれに結合することができる、ＲＮＡによりガイドされるＲＮＡエンドヌクレアーゼ酵素である。一部の実施形態では、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、１つまたは複数の高等真核生物および原核生物ヌクレオチド結合性（ＨＥＰＮ）ドメインを含み得る。一部の実施形態では、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、野生型ＨＥＰＮドメインまたは変異型ＨＥＰＮドメインのいずれかを含み得る。一部の実施形態では、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、ＲＮＡを切ることはできないが、ガイドＲＮＡをプロセシングすることができる変異型ＨＥＰＮドメインを含む。一部の実施形態では、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、プロトスペーサーフランキング配列を必要としない。
【０２１９】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ６０４９０００２５１：
【化１０７】
2021526860.tif 000135
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２０】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ５４６０００２７５：
【化１０８】
2021526860.tif 000136
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２１】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ４１１４０００３７４：
【化１０９】
2021526860.tif 000137
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２２】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ７２１０００６１９：
【化１１０】
2021526860.tif 000138
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２３】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ２００２０００４１１：
【化１１１】
2021526860.tif 000139
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２４】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ１３５５２０００３１１：
【化１１２】
2021526860.tif 000140
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２５】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ１００３７０００５２７：
【化１１３】
2021526860.tif 000141
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２６】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ２３８０００３２９：
【化１１４】
2021526860.tif 000142
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２７】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ２６４３０００４９２：
【化１１５−１】
2021526860.tif 000143
【化１１５−２】
2021526860.tif 000144
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２８】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ８７４００００５７：
【化１１６】
2021526860.tif 000145
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２２９】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ４７８１０００４８９：
【化１１７】
2021526860.tif 000146
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３０】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ１２１４４０００３５２：
【化１１８】
2021526860.tif 000147
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３１】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ５５９００００４４８：
【化１１９】
2021526860.tif 000148
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３２】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ５２５０００３４９：
【化１２０】
2021526860.tif 000149
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３３】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ７２２９０００３０２：
【化１２１】
2021526860.tif 000150
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３４】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ３２２７０００３４３：
【化１２２】
2021526860.tif 000151
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３５】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｃｏｎｔｉｇ７０３００００４６９：
【化１２３】
2021526860.tif 000152
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３６】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  ｇｕｔ＿ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿Ｐ１７Ｅ０ｋ２１２０１４０９２０、ｃ８７００００４３：
【化１２４】
2021526860.tif 000153
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３７】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＢＶＨ０１００３０３７．１、ヒト腸内メタゲノム配列（ＷＧＳコンティグｅｍｂ｜ＯＢＸＺ０１００００９４．１｜およびｅｍｂ｜ＯＢＪＦ０１００００３３．１｜にも見いだされる）：
【化１２５−１】
2021526860.tif 000154
【化１２５−２】
2021526860.tif 000155
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３８】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｔｐｇ｜ＤＪＸＤ０１０００００２．１｜（培養されていないＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓアセンブリ、ＵＢＡ７０１３、ヒツジ腸内メタゲノム由来）：
【化１２６】
2021526860.tif 000156
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２３９】
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）の例示的なダイレクトリピート配列：コンティグｔｐｇ｜ＤＪＸＤ０１０００００２．１｜（培養されていないＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓアセンブリ、ＵＢＡ７０１３、ヒツジ腸内メタゲノム由来）（配列番号９５）は、核酸配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  ＤＲ：
【化１２７】
2021526860.tif 000157
【０２４０】
（配列番号９６）
を含むまたはそれからなる。
【０２４１】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグＯＧＺＣ０１０００６３９．１（ヒト腸内メタゲノムアセンブリ）：
【化１２８】
2021526860.tif 000158
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４２】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＨＢＭ０１０００７６４．１（ヒト腸内メタゲノムアセンブリ）：
【化１２９−１】
2021526860.tif 000159
【化１２９−２】
2021526860.tif 000160
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４３】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＨＣＰ０１００００４４．１（ヒト腸内メタゲノムアセンブリ）：
【化１３０】
2021526860.tif 000161
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４４】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＧＤＦ０１００８５１４．１|（ヒト腸内メタゲノムアセンブリ）：
【化１３１−１】
2021526860.tif 000162
【化１３１−２】
2021526860.tif 000163
【０２４５】
（配列番号１００）
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４６】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＧＰＮ０１００２６１０．１（ヒト腸内メタゲノムアセンブリ）：
【化１３２】
2021526860.tif 000164
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４７】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＢＬＩ０１０２０２４４およびｅｍｂ｜ＯＢＬＩ０１０３８６７９（ブタ腸内メタゲノム由来）由来：
【化１３３−１】
2021526860.tif 000165
【化１３３−２】
2021526860.tif 000166
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４８】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグＯＩＺＸ０１０００４２７．１：
【化１３４】
2021526860.tif 000167
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２４９】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグＯＣＴＷ０１１５８７２６６．１：
【化１３５−１】
2021526860.tif 000168
【化１３５−２】
2021526860.tif 000169
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５０】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＧＮＦ０１００９１４１．１：
【化１３６】
2021526860.tif 000170
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５１】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅｍｂ｜ＯＩＥＮ０１００２１９６．１：
【化１３７−１】
2021526860.tif 000171
【化１３７−２】
2021526860.tif 000172
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５２】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）：コンティグｅ−ｋ８７＿１１０９２７３６：
【化１３８】
2021526860.tif 000173
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５３】
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄメタゲノムヒット（タンパク質受託なし）の例示的なダイレクトリピート配列：コンティグｅ−ｋ８７＿１１０９２７３６（配列番号１０７）は、核酸配列：ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄダイレクトリピート１：
【化１３９】
2021526860.tif 000174
を含むまたはそれからなる。
【０２５４】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇａ０１２９３０６＿１０００７３５：
【化１４０−１】
2021526860.tif 000175
【化１４０−２】
2021526860.tif 000176
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５５】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇａ０１２９３１７＿１００８０６７：
【化１４１】
2021526860.tif 000177
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５６】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  Ｇａ０２２４４１５＿１００４８７９２：
【化１４２−１】
2021526860.tif 000178
【化１４２−２】
2021526860.tif 000179
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５７】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  １６０５８２９５８＿ｇｅｎｅ４９８３４：
【化１４３】
2021526860.tif 000180
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２５８】
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質の例示的なダイレクトリピート配列は、配列
【０２５９】
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  １６０５８２９５８＿ｇｅｎｅ４９８３４（配列番号１１２）を含み得るまたはそれからなり得、これは、核酸配列：ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  ＤＲ：
【化１４４】
2021526860.tif 000181
を含むまたはそれからなる。
【０２６０】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  ２５０ｔｗｉｎｓ＿３５８３８＿ＧＬ０１１０３００：
【化１４５−１】
2021526860.tif 000182
【化１４５−２】
2021526860.tif 000183
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２６１】
例示的なＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、配列：
ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄ  ２５０ｔｗｉｎｓ＿３６０５０＿ＧＬ０１５８９８５：
【化１４６】
2021526860.tif 000184
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２６２】
Yan  et  al.(2018)  Mol  Cell.  70  (2):  327-339（doi:10.1016/j.molcel.2018.02.2018）およびKonermann  et  al.(2018)Cell  173  (3):  665-676（doi:10.1016/j.cell/2018.02.033）には、ＣａｓＲＸ／Ｃａｓ１３ｄタンパク質について記載されており、これらはどちらもその全体が参照により本明細書に組み込まれる。その全体が参照により本明細書に組み込まれるＷＯ公開第ＷＯ２０１８／１８３７０３号（ＣａｓＭ）および同第ＷＯ２０１９／００６４７１号（Ｃａｓ１３ｄ）も参照されたい。
【０２６３】
本開示の例示的な野生型Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、アミノ酸配列：
Ｃａｓ１３ｄ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ  ＸＰＤ３００２）配列：
【化１４７】
2021526860.tif 000185
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２６４】
本開示の例示的な野生型Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、アミノ酸配列：
【０２６５】
Ｃａｓ１３ｄ（コンティグｅ−ｋ８７＿１１０９２７３６）：
【化１４８−１】
2021526860.tif 000186
【化１４８−２】
2021526860.tif 000187
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２６６】
Ｃａｓ１３ｄの例示的なダイレクトリピート配列（コンティグｅ−ｋ８７＿１１０９２７３６）（配列番号４６）は、核酸配列：
【０２６７】
Ｃａｓ１３ｄ（コンティグｅ−ｋ８７＿１１０９２７３６）ダイレクトリピート配列）：
【化１４９】
2021526860.tif 000188
を含むまたはそれからなる。
【０２６８】
本開示の例示的な野生型Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、アミノ酸配列：
【０２６９】
Ｃａｓ１３ｄ（１６０５８２９５８＿ｇｅｎｅ４９８３４）：
【化１５０】
2021526860.tif 000189
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２７０】
Ｃａｓ１３ｄの例示的なダイレクトリピート配列（１６０５８２９５８＿ｇｅｎｅ４９８３４）（配列番号４８）は、核酸配列：
【０２７１】
Ｃａｓ１３ｄ（１６０５８２９５８＿ｇｅｎｅ４９８３４）ダイレクトリピート配列：
【化１５１】
2021526860.tif 000190
を含むまたはそれからなる。
【０２７２】
本開示の例示的な野生型Ｃａｓ１３ｄタンパク質は、アミノ酸配列：
【０２７３】
Ｃａｓ１３ｄ（コンティグｔｐｇ｜ＤＪＸＤ０１０００００２．１｜；培養されていないＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓアセンブリ、ＵＢＡ７０１３、ヒツジ腸内メタゲノム由来）：
【化１５２】
2021526860.tif 000191
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２７４】
Ｃａｓ１３ｄの例示的なダイレクトリピート配列（コンティグｔｐｇ｜ＤＪＸＤ０１０００００２．１｜；培養されていないＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓアセンブリ、ＵＢＡ７０１３、ヒツジ腸内メタゲノム由来）（配列番号５０）は、核酸配列：
【０２７５】
Ｃａｓ１３ｄ（コンティグｔｐｇ｜ＤＪＸＤ０１０００００２．１｜；培養されていないＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓアセンブリ、ＵＢＡ７０１３、ヒツジ腸内メタゲノム由来）：
【０２７６】
【化１５３】
2021526860.tif 000192
。
【０２７７】
本開示の一部の実施形態では、ＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物およびｇＲＮＡ分子は、
Ｅ４３−ＣｊｅＣａｓ９およびｓｇＲＮＡプラスミド（Ｕ６：Ｎ＝ｓｇＲＮＡスペーサー、Ｅ４３、ＣｊｅＣａｓ９）
【化１５４−１】
2021526860.tif 000193
【化１５４−２】
2021526860.tif 000194
の核酸配列を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２７８】
本開示の一部の実施形態では、ＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物およびｇＲＮＡ分子は、
Ｅ６７−ＣｊｅＣａｓ９およびｓｇＲＮＡプラスミド（Ｕ６：Ｎ＝ｓｇＲＮＡスペーサー、Ｅ６７、ＣｊｅＣａｓ９）
【化１５５−１】
2021526860.tif 000195
【化１５５−２】
2021526860.tif 000196
【化１５５−３】
2021526860.tif 000197
の核酸配列を含み得るまたはそれからなり得る。
ｇＲＮＡ標的配列
【０２７９】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質および／または第２のＲＮＡ結合性タンパク質に対応する配列モチーフを含む。
【０２８０】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、配列モチーフは、疾患または障害のシグネチャーである。
【０２８１】
本開示の配列モチーフは、ゲノム配列内に見いだされる外来または外因性配列の配列から単離し得るまたはそれに由来し得、したがって、本開示のｍＲＮＡ分子または本開示のＲＮＡ配列内に見いだされる外来または外因性配列の配列に翻訳される。
【０２８２】
本開示の配列モチーフは、疾患または障害を引き起こす、内因性配列内の変異を含み得るまたはそれからなり得る。変異は、配列の置換、逆位、欠失、挿入、転位、またはこれらの任意の組合せを含み得るまたはそれからなり得る。
【０２８３】
本開示の配列モチーフは、リピート配列を含み得るまたはそれからなり得る。一部の実施形態では、リピート配列は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）に関連し得る。１つまたは複数の遺伝子座におけるＭＳＩは、本開示の細胞のＤＮＡミスマッチ修復機構が損なわれたことに起因する。ＤＮＡの超可変配列は、超可変配列を含むまたはそれからなる標的配列を含む本開示のｍＲＮＡに転写され得る。
【０２８４】
本開示の配列モチーフは、バイオマーカーを含み得るまたはそれからなり得る。バイオマーカーは、疾患または障害が発生するリスクを示すものであり得る。バイオマーカーは、健康な遺伝子（疾患または障害が発生することの確定可能なリスクが低いまたはリスクがない）を示すものであり得る。バイオマーカーは、編集された遺伝子を示すものであり得る。例示的なバイオマーカーとしては、これだけに限定されないが、一塩基多型（ＳＮＰ）、配列バリエーションまたは変異、エピジェネティックマーク、スプライスアクセプター部位、外因性配列、異種配列、およびこれらの任意の組合せが挙げられる。
【０２８５】
本開示の配列モチーフは、二次構造、三次構造または四次構造を含み得るまたはそれからなり得る。二次構造、三次構造または四次構造は、内因性または天然に存在するものであり得る。二次構造、三次構造または四次構造は、誘導されたまたは天然に存在しないものであり得る。二次構造、三次構造または四次構造は、内因性配列、外因性配列、または異種配列にコードされるものであり得る。
【０２８６】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、終点を含めて、２個から１００個の間のヌクレオチドまたは核酸塩基を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、終点を含めて、２個から５０個の間のヌクレオチドまたは核酸塩基を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、終点を含めて、２個から２０個の間のヌクレオチドまたは核酸塩基を含むまたはそれからなる。
【０２８７】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は連続している。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は連続していない。例えば、ＲＮＡ分子の標的配列は、標的配列のヌクレオチド間に１つまたは複数の断続的なヌクレオチドが位置することに起因して連続していない１つまたは複数のヌクレオチドまたは核酸塩基を含み得るまたはそれからなり得る。
【０２８８】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、天然に存在するものである。一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、天然に存在しないものである。例示的な天然に存在しない標的配列は、配列バリエーションもしくは変異、キメラ配列、外因性配列、異種配列、キメラ配列、組換え配列、改変もしくは合成されたヌクレオチドを含む配列またはこれらの任意の組合せを含み得るまたはそれからなり得る。
【０２８９】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、本開示のガイドＲＮＡに結合する。
【０２９０】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、本開示の第１のＲＮＡ結合性タンパク質に結合する。
【０２９１】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ＲＮＡ分子の標的配列は、本開示の第２のＲＮＡ結合性タンパク質に結合する。
ＲＮＡ分子
【０２９２】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、標的配列を含む。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、少なくとも１つの標的配列を含む。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、１つまたは複数の標的配列を含む。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、２つまたはそれよりも多くの標的配列を含む。
【０２９３】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、天然に存在するＲＮＡ分子である。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、天然に存在しない分子である。例示的な天然に存在しないＲＮＡ分子は、配列のバリエーションまたは変異、キメラ配列、外因性配列、異種配列、キメラ配列、組換え配列、改変または合成されたヌクレオチドを含む配列またはこれらの任意の組合せを含み得るまたはそれからなり得る。
【０２９４】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、ウイルスから単離されたまたはそれに由来する配列を含むまたはそれからなる。
【０２９５】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、原核生物から単離されたまたはそれに由来する配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、古細菌の種もしくは株または細菌の種もしくは株から単離されたまたはそれに由来する配列を含むまたはそれからなる。
【０２９６】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、真核生物から単離されたまたはそれに由来する配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、原生動物、寄生生物、原生生物、藻類、真菌、酵母、アメーバ、蠕虫、微生物、無脊椎動物、脊椎動物、昆虫、齧歯類、マウス、ラット、哺乳動物、または霊長類の種から単離されたまたはそれに由来する配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、ヒトから単離されたまたはそれに由来する配列を含むまたはそれからなる。
【０２９７】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、生物体またはウイルスゲノム由来のコード配列に由来する配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、一次ＲＮＡ転写物、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（プレｍＲＮＡ）またはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、プロセシングされていない遺伝子産物（例えば、転写物）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、転写後プロセシングを受けた遺伝子産物（例えば、５’キャップおよび３’ポリアデニル化シグナルを含む転写物）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、選択的スプライシングを受けた遺伝子産物（例えば、スプライスバリアント）を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、非コード配列および／またはイントロン配列の除去を受けた遺伝子産物（例えば、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ））を含むまたはそれからなる。
【０２９８】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、非コード配列（例えば、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ））に由来する配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、リボソームＲＮＡを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、小さなｎｃＲＮＡ分子を含むまたはそれからなる。本開示の例示的なスモールＲＮＡ分子としては、これだけに限定されないが、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、低分子干渉（ｓｉＲＮＡ）、piwi相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、細胞外またはエキソソームＲＮＡ（ｅｘＲＮＡ）、および低分子カハール体特異的ＲＮＡ（ｓｃａＲＮＡ）が挙げられる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、長いｎｃＲＮＡ分子を含むまたはそれからなる。本開示の例示的な長いＲＮＡ分子としては、これだけに限定されないが、Ｘ−不活性特異的転写物（Ｘｉｓｔ）およびＨＯＸ転写物アンチセンスＲＮＡ（ＨＯＴＡＩＲ）が挙げられる。
【０２９９】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を細胞内空間内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を細胞質ゾル空間内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を核内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を小胞、細胞の膜に結合した区画、または細胞小器官において接触させる。
【０３００】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を細胞外空間内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物をエキソソーム内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物をリポソーム、ポリマーソーム、ミセルまたはナノ粒子内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を細胞外マトリックス内で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物を液滴中で接触させる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子と本開示の組成物をマイクロ流体液滴中で接触させる。
【０３０１】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、一本鎖配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、本開示のＲＮＡ分子は、二本鎖配列を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、二本鎖配列は、２つのＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、二本鎖配列は、ＲＮＡ分子１つとＤＮＡ分子１つを含む。二本鎖配列がＲＮＡ分子１つとＤＮＡ分子１つを含む場合を含めた一部の実施形態では、本開示の組成物は、ＲＮＡ分子に選択的に結合し、必要に応じて、それを選択的に切る。
融合タンパク質
【０３０２】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、組成物は、（ａ）第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列またはその一部と、（ｂ）第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列とを含む標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質をコードする配列を含み、ここで、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドは、標的ＲＮＡに結合し、第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドは、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む。
【０３０３】
一部の実施形態では、標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質は、ＲＮＡによりガイドされる標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質である。ＲＮＡによりガイドされる標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質は、ＲＮＡ結合性ポリペプチドを標的ＲＮＡへガイドするｇＲＮＡに対応する少なくとも１つのＲＮＡ結合性ポリペプチドを含む。ＲＮＡによりガイドされる標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質としては、これだけに限定することなく、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓに基づくＲＮＡ結合性ポリペプチドまたはその一部であるＲＮＡ結合性ポリペプチドが挙げられる。
【０３０４】
一部の実施形態では、標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質は、ＲＮＡによりガイドされる標的ＲＮＡ結合性融合タンパク質ではなく、したがって、対応するｇＲＮＡ配列を有さない標的ＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのＲＮＡ結合性ポリペプチドを含む。そのようなガイドされないＲＮＡ結合性ポリペプチドとしては、限定することなく、ＰＵＦ（ＰｕｍｉｌｉｏおよびＦＢＦホモロジーファミリー）である少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質またはそのＲＮＡ結合性部分が挙げられる。この型のＲＮＡ結合性ポリペプチドを、ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓなどのｇＲＮＡによりガイドされるＲＮＡ結合性タンパク質の代わりに使用することができる。ｍＲＮＡの安定性および翻訳の媒介に関与するＰＵＦタンパク質（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ＰｕｍｉｌｉｏおよびＣ．ｅｌｅｇａｎｓ  ｆｅｍ−３結合因子に由来する）の独特のＲＮＡ認識方式は当技術分野で周知である。同じく当技術分野で公知のヒトＰｕｍｉｌｉｏ１のＰＵＦドメインは同族ＲＮＡ配列に密接に結合し、また、その特異性は改変することができる。ヒトＰｕｍｉｌｉｏ１のＰＵＦドメインは、８つの連続したＲＮＡ塩基を認識する８つのＰＵＦリピートを含有し、各リピートが一塩基を認識する。各リピート内の２つのアミノ酸側鎖は、対応する塩基のワトソン・クリック端を認識し、そのリピートの特異性が決定されるので、ＰＵＦドメインは、最大の８ｎｔのＲＮＡに特異的に結合するように設計することができる。Wang  et  al.,  Nat  Methods.  2009;  6  (11):  825-830。その全体が参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１２／０６８６２７も参照されたい。
【０３０５】
本開示のガイドされないＲＮＡ結合性融合タンパク質の一部の実施形態では、融合タンパク質は、ＰＵＭＢＹ（Ｐｕｍｉｌｉｏに基づくアセンブリ）タンパク質である少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質またはそのＲＮＡ結合性部分を含む。ＲＮＡを標的とするためネイティブな形態および改変された形態で広く使用されているＲＮＡ結合性タンパク質ＰｕｍＨＤ（ＰＵＦファミリーのメンバーであるＰｕｍｉｌｉｏ相同性ドメイン）が操作されて、それぞれが１つのＲＮＡ塩基を標的とする４つの標準的なタンパク質モジュールのセットがもたらされた。これらのモジュール（すなわち、Ｐｕｍｉｌｉｏに基づくアセンブリに関してはＰｕｍｂｙ）を、所望の標的ＲＮＡに結合するように様々な組成および長さの鎖に連結することができる。そのようなＰｕｍｂｙ−ＲＮＡ相互作用の特異性は高く、Ｐｕｍｂｙ鎖の、標的配列から３つまたはそれよりも多くのミスマッチを有するＲＮＡ配列への結合は検出不可能である。Katarzyna  et  al.,  PNAS,  2016;  113  (19):  E2579-E2588。その全体が参照により本明細書に組み込まれるＵＳ２０１６／０２３８５９３も参照されたい。
【０３０６】
本開示の組成物の一部の実施形態では、ＲＮＡ結合性タンパク質またはそのＲＮＡ結合性部分の少なくとも１つは、ＰＰＲタンパク質である。ＰＰＲタンパク質（植物に由来するペンタトリコペプチドリピート（ＰＰＲ）モチーフを有するタンパク質）は、核にコードされ、ＲＮＡレベルで、細胞小器官（葉緑体およびミトコンドリア）、切り取り（cutting）、翻訳、スプライシング、ＲＮＡの編集、ＲＮＡ安定性に特異的に作用する遺伝子を排他的に制御する。ＰＰＲタンパク質は、一般には、３５アミノ酸のモチーフであり、ＰＰＲモチーフが約１０個の連続したアミノ酸である構造を有する。ＰＰＲモチーフの組合せをＲＮＡへの配列選択的結合に使用することができる。ＰＰＲタンパク質は、多くの場合、約１０リピートドメインのＰＰＲモチーフで構成される。ＰＰＲドメインまたはＲＮＡ結合性ドメインは、触媒として不活性になるように構成することができる。その全体が参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１３／０５８４０４。
【０３０７】
一部の実施形態では、本明細書に開示される融合タンパク質は、少なくとも２つのＲＮＡ結合性ポリペプチド間のリンカーを含む。一部の実施形態では、リンカーは、ペプチドリンカーである。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、トリペプチドＧＧＳの１つまたは複数のリピートを含む。他の実施形態では、リンカーは、非ペプチドリンカーである。一部の実施形態では、非ペプチドリンカーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール（ＰＰＧ）、ｃｏ−ポリ（エチレン／プロピレン）グリコール、ポリオキシエチレン（ＰＯＥ）、ポリウレタン、ポリホスファゼン、多糖、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリビニルエチルエーテル、ポリアクリルアミド、ポリアクリレート、ポリシアノアクリレート、脂質ポリマー、キチン、ヒアルロン酸、ヘパリン、またはアルキルリンカーを含む。
【０３０８】
一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ結合活性のために多量体形成を必要としない。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、多量体複合体の単量体ではない。一部の実施形態では、多量体タンパク質複合体は、ＲＮＡ結合性タンパク質を含まない。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の標的配列に選択的に結合する。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対する親和性を含まない。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対して高い親和性を含まずそれに選択的に結合しない。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、終点を含めて、２アミノ酸から１３００アミノ酸の間を含む。
【０３０９】
一部の実施形態では、本明細書に開示される融合タンパク質の少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードする配列をさらに含む。一部の実施形態では、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードする配列は、ＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、ＮＬＳをＣ末端に含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列は、第１のＮＬＳをコードする第１の配列および第２のＮＬＳをコードする第２の配列をさらに含む。一部の実施形態では、第１のＮＬＳをコードする配列または第２のＮＬＳをコードする配列は、ＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、第１のＮＬＳまたは第２のＮＬＳをＣ末端に含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質は、ＮＥＳ（核外輸送シグナル）または他のペプチドタグまたは分泌シグナルをさらに含む。
【０３１０】
一部の実施形態では、本明細書に開示される融合タンパク質は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質として少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質を含み、それと共に、ヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる第２のＲＮＡ結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡと会合する様式でＲＮＡに結合する。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性タンパク質は、ＲＮＡを切断する様式でＲＮＡと会合する。
【０３１１】
一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドは、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドのＣ末端において第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドに対して作動可能に構成されている。一部の実施形態では、第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドは、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドのＮ末端において第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドに対して作動可能に構成されている。
ベクター
【０３１２】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ベクターは、本開示のガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ベクターは、本開示のガイドＲＮＡを少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、ベクターは、本開示のガイドＲＮＡを１つまたは複数含む。一部の実施形態では、ベクターは、本開示のガイドＲＮＡを２つまたはそれよりも多く含む。一部の実施形態では、ベクターは、本開示の融合タンパク質をさらに含む。一部の実施形態では、融合タンパク質は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質と第２のＲＮＡ結合性タンパク質とを含む。
【０３１３】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、第１のベクターが本開示のガイドＲＮＡを含み、第２のベクターが本開示の融合タンパク質を含む。一部の実施形態では、第１のベクターは、本開示のガイドＲＮＡを少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、第１のベクターは、本開示のガイドＲＮＡを１つまたは複数含む。一部の実施形態では、第１のベクターは、本開示のガイドＲＮＡを２つまたはそれよりも多く含む。一部の実施形態では、融合タンパク質は、第１のＲＮＡ結合性タンパク質と第２のＲＮＡ結合性タンパク質とを含む。一部の実施形態では、第１のベクターと第２のベクターは同一である。一部の実施形態では、第１のベクターと第２のベクターは同一ではない。
【０３１４】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ベクターは、（ａ）本開示のＲＮＡ標的化融合タンパク質をコードする核酸配列と、（ｂ）標的ＲＮＡ配列とハイブリダイズするまたはそれに特異的に結合するＲＮＡ配列（例えば、スペーサー配列）を５’末端に含み、融合タンパク質のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質に特異的に結合することまたはそれと会合することができるＲＮＡ配列（例えば、足場配列）を３’末端に含む単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）配列とを含む「２成分ＲＮＡ標的化系」の成分であるかまたはそれを含み、２成分ＲＮＡ標的化系は、ＰＡＭｍｅｒの非存在下で細胞内の標的ＲＮＡを認識し、それを変更する。一部の実施形態では、２成分系の配列は、単一の（例えば、単位）ベクター内に含まれる。一部の実施形態では、２成分系のスペーサー配列は、ＣＵＧ、ＣＣＵＧ、ＣＡＧ、およびＧＧＧＧＣＣからなる群から選択されるリピート配列を標的とする。一部の実施形態では、２成分系のスペーサー配列は、適応免疫応答に関与するＲＮＡ配列を標的とする。一部の実施形態では、２成分系のスペーサー配列は、適応免疫応答のタンパク質成分をコードする核酸配列の一部を含み、タンパク質成分は、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、およびＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）からなる群から選択される。一部の実施形態では、２成分系は、適応免疫応答のタンパク質成分をコードする核酸配列の一部であり、約２０または２１ヌクレオチドの長さであるスペーサーを含む。一部の実施形態では、２成分系は、単数のｇＲＮＡ内に含まれた第１のスペーサーおよび第２のスペーサーを含む。一部の実施形態では、２成分系は、第１のｇＲＮＡ配列および第２のｇＲＮＡ配列内に含まれた第１のスペーサーおよび第２のスペーサー配列を含む。一部の実施形態では、第１のスペーサーはリピート配列を標的とし、第２のスペーサーは適応免疫応答に関与するＲＮＡを標的とする。
【０３１５】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルスから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、レンチウイルスから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスから単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、複製能力がない。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、単離されたものまたは組み換えられたものである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、自己相補的である。
【０３１６】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）から単離されたまたはそれに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、血清型ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１またはＡＡＶ１２であるＡＡＶから単離されたまたはそれに由来する末端逆位反復配列またはカプシド配列を含む。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、複製能力がない。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、単離されたものまたは組み換えられたもの（ｒＡＡＶ）である。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、自己相補的（ｓｃＡＡＶ）である。
【０３１７】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示のベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、ナノ粒子、ミセル、リポソームまたはリポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックスまたはデンドリマーを含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ベクターは、発現ベクターまたは組換え発現系である。本明細書で使用される場合、「組換え発現系」という用語は、組換えによって形成されたある特定の遺伝子材料を発現させるための遺伝子構築物を指す。
【０３１８】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本明細書に提示される発現ベクター、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターは、これだけに限定することなく、発現制御エレメントを含む。「発現制御エレメント」は、本明細書で使用される場合、遺伝子などのコード配列の発現を調節する任意の配列を指す。例示的な発現制御エレメントとしては、これだけに限定されないが、プロモーター、エンハンサー、マイクロＲＮＡ、転写後調節エレメント、ポリアデニル化シグナル配列、およびイントロンが挙げられる。発現制御エレメントは、例えば、構成的、誘導性、抑制性、または組織特異的であり得る。「プロモーター」は、転写の開始および速度が制御されるポリヌクレオチド配列の領域である制御配列である。プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼおよび他の転写因子などの調節性タンパク質および分子が結合することができる遺伝子エレメントを含有し得る。一部の実施形態では、プロモーターによる発現制御は、組織特異的である。非限定的な例示的なプロモーターとしては、ＣＭＶ、ＣＢＡ、ＣＡＧ、Ｃｂｈ、ＥＦ−１ａ、ＰＧＫ、ＵＢＣ、ＧＵＳＢ、ＵＣＯＥ、ｈＡＡＴ、ＴＢＧ、デスミン、ＭＣＫ、Ｃ５−１２、ＮＳＥ、シナプシン、ＰＤＧＦ、ＭｅｃＰ２、ＣａＭＫＩＩ、ｍＧｌｕＲ２、ＮＦＬ、ＮＦＨ、ｎβ２、ＰＰＥ、ＥＮＫ、ＥＡＡＴ２、ＧＦＡＰ、ＭＢＰ、およびＵ６プロモーターが挙げられる。「エンハンサー」は、活性化タンパク質が結合して、転写の尤度または頻度を増加させることができるＤＮＡの領域である。非限定的な例示的なエンハンサーおよび転写後調節エレメントとしては、ＣＭＶエンハンサーおよびＷＰＲＥが挙げられる。
【０３１９】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本明細書に提示される発現ベクター、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターは、これだけに限定することなく、「マルチシストロン性」または「ポリシストロン性」または「バイシストロン性」または「トリシストロン性」構築物の配置（configuration）のためのＩＲＥＳまたは２Ａペプチド部位を含む、すなわち、二重もしくは三重もしくは多重のコード領域またはエクソンなどのベクターエレメントを有し、したがって、単一の構築物から、ｍＲＮＡから２つまたはそれよりも多くのタンパク質を発現させる能力を有する。マルチシストロン性ベクターは、同じｍＲＮＡから２つまたはそれよりも多くの別々のタンパク質を同時に発現させる。マルチシストロン性配置を構築するために最も広く使用されている２つの戦略は、ＩＲＥＳまたは２Ａ自己切断部位を使用することである。「ＩＲＥＳ」は、ポリシストロニックベクター構築物に使用される、ウイルス、原核生物、または真核生物を起源とする配列内リボソーム進入部位またはその一部を指す。一部の実施形態では、ＩＲＥＳは、キャップ依存的に翻訳開始を可能にするＲＮＡエレメントである。「自己切断ペプチド」または「自己切断ペプチドをコードする配列」または「２Ａ自己切断部位」という用語は、リボソームスキッピングを促進するため、したがって、単一のプロモーターから２つのポリペプチドを生成するための部位を組み入れるためにベクター構築物内に使用される連結配列を指す。そのような自己切断ペプチドとしては、これだけに限定することなく、Ｔ２Ａペプチド、およびＰ２Ａペプチドまたは自己切断ペプチドをコードする配列が挙げられる。
【０３２０】
一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、またはレンチウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルス／レトロウイルスキメラベクター、単純ヘルペスウイルスＩもしくはＩＩベクター、パルボウイルスベクター、細網内皮症ウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、乳頭腫ウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、または２つまたはそれよりも多くのウイルスベクターの好都合な側面が組み入れられた任意のハイブリッドもしくはキメラベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、ポリヌクレオチドに作動可能に連結した１つまたは複数の発現制御エレメントをさらに含む。一部の実施形態では、ベクターは、１つまたは複数の選択マーカーをさらに含む。一部の実施形態では、ＡＡＶベクターは低毒性を有する。一部の実施形態では、ＡＡＶベクターは宿主ゲノム内に組み入れられず、それにより、挿入変異誘発が引き起こされる確率が低くなる。一部の実施形態では、ＡＡＶベクターは、４．５ｋｂから４．７５ｋｂまでの範囲の総ポリヌクレオチドをコードし得る。一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物、系、方法、およびキットのいずれかに使用することができる例示的なＡＡＶベクターとしては、ＡＡＶ１ベクター、改変ＡＡＶ１ベクター、ＡＡＶ２ベクター、改変ＡＡＶ２ベクター、ＡＡＶ３ベクター、改変ＡＡＶ３ベクター、ＡＡＶ４ベクター、改変ＡＡＶ４ベクター、ＡＡＶ５ベクター、改変ＡＡＶ５ベクター、ＡＡＶ６ベクター、改変ＡＡＶ６ベクター、ＡＡＶ７ベクター、改変ＡＡＶ７ベクター、ＡＡＶ８ベクター、ＡＡＶ９ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ１０ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ１０ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ３２／３３ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ３２／３３ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ４３ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ４３ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ６４Ｒ１ベクター、および改変ＡＡＶ．ｒｈ６４Ｒ１ベクターおよび任意の組合せまたはその等価物を挙げることができる。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、インテグラーゼコンピテントレンチウイルスベクター（ＩＣＬＶ）である。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、導入遺伝子プラスミドベクターならびに関連するプラスミド（例えば、パッケージングプラスミド、ｒｅｖ発現プラスミド、エンベローププラスミド）と併せた導入遺伝子プラスミドベクターならびにウイルスまたはウイルス様侵入機構によって外因性核酸を細胞に導入することができるレンチウイルスに基づく粒子を指し得る。レンチウイルスベクターは、当技術分野で周知である（例えば、Trono  D.  (2002)  Lentiviral  vectors,  New  York:  Spring-Verlag  Berlin  HeidelbergおよびDurand    et  al.  (2011)  Viruses  3  (2):  132-159  doi:  10.3390/v3020132を参照されたい）。一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物、系、方法、およびキットのいずれかに使用することができる例示的なレンチウイルスベクターとしては、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１ベクター、改変ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１ベクター、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）２ベクター、改変ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）２ベクター、スーティーマンガベイサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＳＭ）ベクター、改変スーティーマンガベイサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＳＭ）ベクター、アフリカミドリザルサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＡＧＭ）ベクター、改変アフリカミドリザルサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＡＧＭ）ベクター、ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）ベクター、改変ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）ベクター、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）ベクター、改変ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）ベクター、ビスナ／マエディウイルス（ＶＮＶ／ＶＭＶ）ベクター、改変ビスナ／マエディウイルス（ＶＮＶ／ＶＭＶ）ベクター、ヤギ関節炎脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）ベクター、改変ヤギ関節炎脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）ベクター、ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）、または改変ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）を挙げることができる。
核酸
【０３２１】
本明細書に記載の遺伝子移入および発現技法における使用のための、本明細書に開示される融合タンパク質をコードする核酸配列が本明細書に提示される。必ずしも明記されていないが、本明細書に提示される配列を使用して、同じ生物学的性質を有するタンパク質を生じさせる発現産物ならびに実質的に同一の配列をもたらすことができることが理解されるべきである。これらの「生物学的に等価の」または「生物活性ある」または「等価の」ポリペプチドは、本明細書に記載の等価のポリヌクレオチドによってコードされる。これらは、デフォルトの条件下で実行される配列同一性方法を使用して比較した場合に、参照ポリペプチドに対して少なくとも６０％、あるいは少なくとも６５％、あるいは少なくとも７０％、あるいは少なくとも７５％、あるいは少なくとも８０％、あるいは少なくとも８５％、あるいは少なくとも９０％、あるいは少なくとも９５％あるいは少なくとも９８％同一の一次アミノ酸配列を有することができる。特定の実施形態の例として特定のポリペプチド配列が提示されている。同様の電荷を有する代替のアミノ酸を用いたアミノ酸への配列の改変。さらに、等価のポリヌクレオチドは、参照ポリヌクレオチドもしくはその相補物とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドである、またはポリペプチドに関しては、参照コードポリヌクレオチドまたはその相補鎖とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドである。あるいは、等価のポリペプチドまたはタンパク質は、等価のポリヌクレオチドから発現されるものである。
【０３２２】
本明細書に開示される核酸配列（例えば、ポリヌクレオチド配列）は、当技術分野で周知の技法であるコドン最適化がなされたものであり得る。本明細書に開示される一部の実施形態では、例えば配列番号４６（Ｃａｓ１３ｄ）などの例示的なＣａｓ配列は、ヒト細胞における発現に関してコドン最適化されている。コドン最適化は、異なる細胞では特定のコドンの使用が異なるという事実を指す。このコドンの偏りは、細胞型における特定のｔＲＮＡの相対的な存在量の偏りに対応する。配列内のコドンを対応するｔＲＮＡの相対的な存在量と釣り合うように変更することにより、発現を増加させることが可能である。対応するｔＲＮＡが特定の細胞型において稀であることが分かっているコドンを故意に選択することによって発現を低減させることも可能である。哺乳動物細胞に関して、ならびに種々の他の生物体に関してコドン使用表が当技術分野で公知である。遺伝暗号に基づいて、例えばＣａｓタンパク質をコードする核酸配列を生成することができる。一部の実施形態では、そのような配列を、例えば、Ｃａｓタンパク質を発現する宿主細胞または開示されている方法が実施される細胞（例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞など）を使用するなど、宿主または標的細胞における発現に関して最適化する。特定の種についてのコドンの選好およびコドン使用表を使用して、その特定の種のコドン使用選好性（codon  usage  preference）を活用する、Ｃａｓタンパク質をコードする単離された核酸分子（例えば、その対応する野生型タンパク質に対する少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％配列同一性を有するタンパク質をコードするものなど）を操作することができる。例えば、本明細書に開示されるＣａｓタンパク質を、目的の特定の生物体によって優先的に使用されるコドンを有するように設計することができる。一実施例では、Ｃａｓ核酸配列は、例えば、その対応する野生型または起源核酸配列に対して少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一性を有するものなど、ヒト細胞における発現に関して最適化されたものである。一部の実施形態では、少なくとも１つのＣａｓタンパク質（ベクターの一部であり得る）をコードする単離された核酸分子は、真核細胞における発現に関してコドン最適化された少なくとも１つのＣａｓタンパク質コード配列、またはヒト細胞における発現に関してコドン最適化された少なくとも１つのＣａｓタンパク質コード配列を含む。一実施形態では、そのようなコドン最適化されたＣａｓコード配列は、その対応する野生型または起源配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％配列同一性を有する。別の実施形態では、真核細胞のコドン最適化された核酸配列は、その対応する野生型または起源タンパク質に対して少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％配列同一性を有するＣａｓタンパク質をコードする。別の実施形態では、配列は異なるが同じＣａｓタンパク質配列をコードする核酸などの、機能的に等価の核酸を含有する種々のクローンを常套的に生成することができる。コード配列内のサイレント変異は、１つよりも多くのコドンが同じアミノ酸残基をコードし得る遺伝暗号の縮退（すなわち、重複性）に起因する。したがって、例えば、ロイシンはＣＴＴ、ＣＴＣ、ＣＴＡ、ＣＴＧ、ＴＴＡ、またはＴＴＧによってコードされ得る；セリンはＴＣＴ、ＴＣＣ、ＴＣＡ、ＴＣＧ、ＡＧＴ、またはＡＧＣによってコードされ得る；アスパラギンはＡＡＴまたはＡＡＣによってコードされ得る；アスパラギン酸はＧＡＴまたはＧＡＣによってコードされ得る；システインはＴＧＴまたはＴＧＣによってコードされ得る；アラニンはＧＣＴ、ＧＣＣ、ＧＣＡ、またはＧＣＧによってコードされ得る；グルタミンはＣＡＡまたはＣＡＧによってコードされ得る；チロシンはＴＡＴまたはＴＡＣによってコードされ得る；およびイソロイシンはＡＴＴ、ＡＴＣ、またはＡＴＡによってコードされ得る。標準の遺伝暗号を示す表は、種々の供給源に見いだすことができる（例えば、Stryer,  1988,  Biochemistry,3.sup.rd  Edition,  W.H.  5  Freeman  and  Co.,  NYを参照されたい）。
【０３２３】
「ハイブリダイゼーション」は、１つまたは複数のポリヌクレオチドが反応して、ヌクレオチド残基の塩基間の水素結合によって安定化される複合体を形成する反応を指す。水素結合は、ワトソン・クリック塩基対合、フーグスティーン結合、または任意の他の配列特異的様式で存在する。複合体は、二重鎖構造を形成する２つの鎖、多重鎖複合体を形成する３つまたはそれよりも多くの鎖、単一の自己ハイブリダイズ鎖、またはこれらの任意の組合せを含み得る。ハイブリダイゼーション反応は、ＰＣ反応の開始、またはリボザイムによるポリヌクレオチドの酵素的切断などのより広範囲にわたるプロセスのステップを構成し得る。
【０３２４】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、インキュベーション温度、約２５℃〜約３７℃；ハイブリダイゼーション緩衝液濃度、約６×ＳＳＣ〜約１０×ＳＳＣ；ホルムアミド濃度、約０％〜約２５％；および洗浄溶液、約４×ＳＳＣ〜約８×ＳＳＣが挙げられる。中程度のハイブリダイゼーション条件の例としては、インキュベーション温度、約４０℃〜約５０℃；緩衝液濃度、約９×ＳＳＣ〜約２×ＳＳＣ；ホルムアミド濃度、約３０％〜約５０％；および洗浄溶液、約５×ＳＳＣ〜約２×ＳＳＣが挙げられる。高ストリンジェンシー条件の例としては、インキュベーション温度、約５５℃〜約６８℃；緩衝液濃度、約１×ＳＳＣ〜約０．１×ＳＳＣ；ホルムアミド濃度、約５５％〜約７５％；および洗浄溶液、約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、または脱イオン水が挙げられる。一般に、ハイブリダイゼーションインキュベーション時間は５分間から２４時間までであり、１回、２回、またはそれよりも多くの洗浄ステップを伴い、洗浄インキュベーション時間は、約１分間、２分間、または１５分間である。ＳＳＣは、０．１５ＭのＮａＣｌおよび１５ｍＭのクエン酸緩衝液である。他の緩衝液系を使用したＳＳＣの等価物を使用することができることが理解される。
「相同性」または「同一性」または「類似性」は、２つのペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性は、比較のためにアラインメントすることができる各配列内の位置を比較することによって決定することができる。比較される配列内の位置を同じ塩基またはアミノ酸が占めている場合、その分子は、その位置において相同である。配列間の相同性程度は、それらの配列が共有するマッチするまたは相同な位置の数に応じる。「関連しない」または「非相同的」配列は、本発明の配列の１つと４０％未満の同一性あるいは２５％未満の同一性を共有する。
細胞
【０３２５】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の細胞は、原核細胞である。
【０３２６】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の細胞は、真核細胞である。一部の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ウシ類、ネズミ類、ネコ類、ウマ類、ブタ類、イヌ類、サル類、またはヒトの細胞である。一部の実施形態では、細胞は、非ヒト霊長類細胞などの非ヒト哺乳動物細胞である。
【０３２７】
一部の実施形態では、本開示の細胞は、体細胞である。一部の実施形態では、本開示の細胞は、生殖細胞系列細胞である。一部の実施形態では、本開示の生殖細胞系列細胞は、ヒト細胞ではない。
【０３２８】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の細胞は、幹細胞である。一部の実施形態では、本開示の細胞は、胚性幹細胞である。一部の実施形態では、本開示の胚性幹細胞は、ヒト細胞ではない。一部の実施形態では、本開示の細胞は、複能性幹細胞または多能性幹細胞である。一部の実施形態では、本開示の細胞は、成体幹細胞である。一部の実施形態では、本開示の細胞は、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）である。一部の実施形態では、本開示の細胞は、造血幹細胞（ＨＳＣ）である。
【０３２９】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、免疫細胞である。一部の実施形態では、本開示の免疫細胞は、リンパ球である。一部の実施形態では、本開示の免疫細胞は、Ｔリンパ球である（本明細書ではＴ細胞とも称される）。本開示の例示的なＴ細胞としては、これだけに限定されないが、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）およびガンマデルタＴ細胞が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の免疫細胞は、Ｂリンパ球である。一部の実施形態では、本開示の免疫細胞は、ナチュラルキラー細胞である。一部の実施形態では、本開示の免疫細胞は、抗原提示細胞である。
【０３３０】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、筋肉細胞である。一部の実施形態では、本開示の筋肉細胞は、筋芽細胞または筋細胞である。一部の実施形態では、本開示の筋肉細胞は、心筋細胞、骨格筋細胞または平滑筋細胞である。一部の実施形態では、本開示の筋肉細胞は、横紋筋細胞である。
【０３３１】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、上皮細胞である。一部の実施形態では、本開示の上皮細胞は、扁平上皮細胞、立方上皮細胞、円柱上皮細胞、重層上皮細胞、多列円柱上皮細胞または移行上皮細胞を形成する。一部の実施形態では、本開示の上皮細胞は、これだけに限定されないが、松果体、胸腺、下垂体、甲状腺、副腎、アポクリン腺、ホロクリン腺、部分分泌腺、漿液腺、粘液腺および脂腺を含めた腺を形成する。一部の実施形態では、本開示の上皮細胞は、これだけに限定されないが、肺、脾臓、胃、膵臓、膀胱、腸、腎臓、胆嚢、肝臓、喉頭または咽頭を含めた器官の外表面と接触している。一部の実施形態では、本開示の上皮細胞は、血管または静脈の外表面と接触している。
【０３３２】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、神経細胞である。一部の実施形態では、本開示の神経細胞は、中枢神経系のニューロンである。一部の実施形態では、本開示の神経細胞は、脳または脊髄のニューロンである。一部の実施形態では、本開示の神経細胞は、網膜のニューロンである。一部の実施形態では、本開示の神経細胞は、脳神経または視神経のニューロンである。一部の実施形態では、本開示の神経細胞は、末梢神経系のニューロンである。一部の実施形態では、本開示の神経細胞は、神経膠細胞またはグリア細胞である。一部の実施形態では、本開示のグリア細胞は、これだけに限定されないが、オリゴデンドロサイト、アストロサイト、上衣細胞、およびミクログリアを含めた、中枢神経系のグリア細胞である。一部の実施形態では、本開示のグリア細胞は、これだけに限定されないが、シュワン細胞およびサテライト細胞を含めた、末梢神経系のグリア細胞である。
【０３３３】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、初代細胞である。
【０３３４】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、培養細胞である。
【０３３５】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある。
【０３３６】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の体細胞は、自家または同種異系である。
本開示の改変された細胞の遮蔽
【０３３７】
本開示の組成物は、遺伝子治療を送達すると同時に、遺伝子治療構築物または関連する送達ベクターに由来する抗原の発現が本開示の改変された細胞の表面上にディスプレイされることを防止する。
【０３３８】
改変された細胞における適応免疫応答の成分の発現を阻害または低減することにより、改変された細胞が宿主免疫系にとって見えなくなる。例えば、本開示の組成物は、遺伝子疾患または障害に関連するＲＮＡ分子とＭＨＣ  Ｉのβ２ＭサブユニットをコードするＲＮＡ分子を同時に標的とし得る。組成物がＭＨＣ  Ｉのβ２ＭサブユニットをコードするＲＮＡ分子を選択的に標的とすることにより、改変された細胞がＲＮＡ標的化構築物、ベクター、またはこれらの組合せに由来する１つまたは複数の抗原ペプチドを改変された細胞の表面上にディスプレイすることが防止される。その結果、対象の免疫系は改変された細胞を、外来配列を含有するものとして識別せず、改変された細胞に向けられた免疫応答を開始しようとしない。この方法により、遺伝子疾患または障害の処置の治療有効性が増加する一方で、遺伝子治療の一般的な副作用が回避される。
【０３３９】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、適応免疫応答の成分は、Ｉ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  Ｉ）、ＩＩ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  ＩＩ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、共刺激分子またはこれらの組合せである成分を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＭＨＣ  Ｉ成分は、α１鎖、α２鎖、α３鎖、またはβ２Ｍタンパク質を含む。一部の実施形態では、適応免疫応答の成分は、ＭＨＣ  Ｉ  β２Ｍタンパク質を含むまたはそれからなる。一部の実施形態では、ＭＨＣ  ＩＩ成分は、α１鎖、α２鎖、β１鎖、またはβ２鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲ成分は、α鎖およびβ鎖を含む。一部の実施形態では、共刺激分子は、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、またはＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）タンパク質を含む。
【０３４０】
ＭＨＣ  Ｉのα鎖は、これだけに限定されないが、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−Ｃを含めたＨＬＡ遺伝子にコードされ得る。
【０３４１】
本開示の組成物は、
【化１５６−１】
2021526860.tif 000198
【化１５６−２】
2021526860.tif 000199
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＨＬＡ−Ａ遺伝子に由来するα鎖をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４２】
本開示の組成物は、
【化１５７−１】
2021526860.tif 000200
【化１５７−２】
2021526860.tif 000201
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＨＬＡ−Ｂ遺伝子に由来するα鎖をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４３】
本開示の組成物は、
【化１５８】
2021526860.tif 000202
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＨＬＡ−Ｃ遺伝子に由来するα鎖をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４４】
本開示の組成物は、
【化１５９】
2021526860.tif 000203
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＨＬＡ−Ｃ遺伝子に由来するα鎖をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４５】
本開示の組成物は、
【化１６０−１】
2021526860.tif 000204
【化１６０−２】
2021526860.tif 000205
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるβ２Ｍタンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４６】
本開示の組成物は、
【化１６１−１】
2021526860.tif 000206
【化１６１−２】
2021526860.tif 000207
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ２８タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４７】
本開示の組成物は、
【化１６２−１】
2021526860.tif 000208
【化１６２−２】
2021526860.tif 000209
【化１６２−３】
2021526860.tif 000210
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ２８タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４８】
本開示の組成物は、
【化１６３−１】
2021526860.tif 000211
【化１６３−２】
2021526860.tif 000212
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ２８タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３４９】
本開示の組成物は、
【化１６４−１】
2021526860.tif 000213
【化１６４−２】
2021526860.tif 000214
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ８０タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５０】
本開示のＣＤ８０タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合する本開示の例示的なｇＲＮＡスペーサー配列は、配列番号３３０〜配列番号３０６７を含む配列のいずれか１つから選択される配列を有する核酸を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３５１】
本開示の組成物は、
【化１６５】
2021526860.tif 000215
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ８６タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５２】
本開示のＣＤ８６タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合する本開示の例示的なｇＲＮＡスペーサー配列は、配列番号３０６８〜配列番号５７８３のいずれか１つから選択される配列を有する核酸を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３５３】
本開示の組成物は、
【化１６６−１】
2021526860.tif 000216
【化１６６−２】
2021526860.tif 000217
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ８６タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５４】
本開示の組成物は、
【化１６７】
2021526860.tif 000218
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ８６タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５５】
本開示の組成物は、
【化１６８】
2021526860.tif 000219
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ８６タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５６】
本開示の組成物は、
【化１６９−１】
2021526860.tif 000220
【化１６９−２】
2021526860.tif 000221
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＤ８６タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５７】
本開示の組成物は、
【化１７０−１】
2021526860.tif 000222
【化１７０−２】
2021526860.tif 000223
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＩＣＯＳＬＧタンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３５８】
本開示のＩＯＳＬＧタンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合する本開示の例示的なｇＲＮＡスペーサー配列は、配列番号５７８４〜配列番号７７８９のいずれか１つから選択される配列を有する核酸を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３５９】
本開示の組成物は、
【化１７１−１】
2021526860.tif 000224
【化１７１−２】
2021526860.tif 000225
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＯＸ４０Ｌタンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３６０】
本開示のＯＸ４０Ｌタンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合する本開示の例示的なｇＲＮＡスペーサー配列は、配列番号７７９０〜配列番号１１２５４のいずれか１つから選択される配列を有する核酸を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３６１】
本開示の組成物は、
【化１７２】
2021526860.tif 000226
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＩＬ１２タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３６２】
本開示のＩＬ１２タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合する本開示の例示的なｇＲＮＡスペーサー配列は、配列番号１１２５５〜配列番号１２６８５のいずれか１つから選択される配列を有する核酸を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３６３】
本開示の組成物は、
【化１７３−１】
2021526860.tif 000227
【化１７３−２】
2021526860.tif 000228
の配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなるＣＣＲ７タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得る。
【０３６４】
本開示のＣＣＲ７タンパク質をコードするＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合する本開示の例示的なｇＲＮＡスペーサー配列は、配列番号１２６８６〜配列番号１４８７２のいずれか１つから選択される配列を有する核酸を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３６５】
本開示の組成物は、ＲＮＡ分子の標的配列に特異的に結合するスペーサー配列を含むｇＲＮＡを含み得、スペーサー配列と標的配列は、互いに逆相補物である。一部の実施形態では、本開示の組成物は、ａ）第１の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第１のスペーサー配列と、ｂ）第２の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第２のスペーサー配列とを含み、第１のスペーサーと第２のスペーサー配列がそれぞれ異なる標的ＲＮＡ配列に結合する、単一の（すなわち、単数の）ｇＲＮＡを含み得る。一部の実施形態では、異なる標的ＲＮＡ配列に結合する第１のスペーサーおよび第２のスペーサー配列は、単一の（すなわち、単数の）ｇＲＮＡ内に含まれるのではなく、第１のスペーサー配列が第１のｇＲＮＡ内に含まれ、第２のスペーサー配列が第２のｇＲＮＡ配列内に含まれる。一部の実施形態では、本明細書に開示されるスペーサー配列は、適応免疫応答のタンパク質成分をコードする核酸配列の一部を含み、タンパク質成分は、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）、ヒト白血球抗原Ａ（ＨＬＡ−Ａ）、ヒト白血球抗原Ｂ（ＨＬＡ−Ｂ）、ヒト白血球抗原Ｃ（ＨＬＡ−Ｃ）、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）、ＯＸ４０Ｌ、インターロイキン１２（ＩＬ１２）、およびＣＣケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）からなる群から選択される。一部の実施形態では、適応免疫応答のタンパク質成分をコードする核酸配列の一部であるスペーサーは、約２０または２１ヌクレオチドの長さである。
【０３６６】
本開示のヌクレオチド配列は全て、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）を互換的に含み得る。
【０３６７】
例示的な、非限定的な、Ｚｉｋａ  ＮＳ５を標的とするｓｇＲＮＡのスペーサー配列としては、これだけに限定されないが、ｇｃａａｔｇａｔｃｔｔｃａｔｇｔｔｇｇｇａｇｃ（配列番号１９６）、ｇａａｃｃｔｔｇｔｔｇａｔｇａａｃｔｃｔｔｃ（配列番号１９７）、ｇｔｔｇｇｔｇａｔｔａｇａｇｃｔｔｃａｔｔｃ（配列番号１９８）、およびｇａｇｔｇａｔｃｃｔｃｇｔｔｃａａｇａａｔｃｃ（配列番号１９９）が挙げられる。
【０３６８】
例示的な、非限定的な、ラムダＮＳ５を標的とするｓｇＲＮＡのスペーサー配列としては、これだけに限定されないが、
【化１７４】
2021526860.tif 000229
が挙げられる。
疾患の処置と免疫応答の防止を同時に行う方法
【０３６９】
本開示は、遺伝子治療を細胞に送達することによる対象における疾患または障害の処置と、遺伝子治療を受ける細胞に対する免疫応答の防止を同時に行う組成物および方法を提供する。例えば、図４に示されている組成物を対象に投与することができ、ここで、ｇＲＮＡ１は、適応免疫応答の成分をコードするＲＮＡ分子内の標的配列に結合し、ｇＲＮＡ２は、疾患または障害に関連するＲＮＡ分子内の標的配列に結合する。ｇＲＮＡ１は、適応免疫応答の成分をコードするＲＮＡ分子を標的とすることにより、組成物または組成物を含むベクターに関連する抗原が細胞の表面上にディスプレイされることを防止し、それにより、細胞を対象の免疫系から遮蔽する。ｇＲＮＡ２が同時に第２のＲＮＡ分子を標的として、本開示の疾患または障害を処置する。
【０３７０】
代替の実施形態では、図４に示されている組成物のｇＲＮＡ１およびｇＲＮＡ２は、例えば、それぞれが、適応免疫応答の成分をコードする別個のＲＮＡ分子を標的とし得る。例えば、ｇＲＮＡ１がβ２ＭポリペプチドをコードするＲＮＡ分子を標的とする一方で、ｇＲＮＡ２は共刺激分子（ＩＣＯＳＬＧ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０Ｌ、ＩＬ１２またはＣＣＲ７）を標的とする。
【０３７１】
一部の実施形態では、本開示の組成物は、少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、または１０種のｇＲＮＡを含み得るまたはそれからなり得る。
【０３７２】
一部の実施形態では、本開示の組成物は、発現が構成的プロモーター（例えば、Ｕ６）の制御下にある少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、または１０種のｇＲＮＡ、および、発現が、必要に応じて構成的であり得るウイルスプロモーター（例えば、ＥＦＳ）の制御下にある、第１のＲＮＡ結合性タンパク質と第２のＲＮＡ結合性タンパク質とを含む融合タンパク質を含み得るまたはそれからなり得る。
【０３７３】
一部の実施形態では、本開示の組成物は、発現が第１のプロモーターの制御下にある少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、または１０種のｇＲＮＡ、および、発現が第２のプロモーターの制御下にある第１のＲＮＡ結合性タンパク質と第２のＲＮＡ結合性タンパク質とを含む融合タンパク質を含み得るかまたはそれからなり得、第１のプロモーターによる少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、または１０種のｇＲＮＡの発現の駆動は、第２のプロモーターによる融合タンパク質の発現の駆動よりも強力である。一部の実施形態では、本開示の組成物は、発現が第１のプロモーターの制御下にある少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、または１０種のｇＲＮＡ、および、発現が第２のプロモーターの制御下にある第１のＲＮＡ結合性タンパク質と第２のＲＮＡ結合性タンパク質とを含む融合タンパク質を含み得るかまたはそれからなり得、第１のプロモーターによる少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、または１０種のｇＲＮＡの発現の駆動は、第２のプロモーターによる融合タンパク質の発現の駆動よりも弱い。本開示の組成物のｇＲＮＡの発現を駆動するプロモーターと融合タンパク質成分の発現を駆動するプロモーターの相対的な強度を変動させることにより、組成物をレシオメトリックな用量で提供する一方で、ｇＲＮＡと融合タンパク質を同じベクターから発現させることができる。したがって、本開示の組成物は、２つまたはそれよりも多くの疾患に関連するＲＮＡ分子ならびに２つまたはそれよりも多くの適応免疫応答の成分に関連するＲＮＡ分子に結合するｇＲＮＡを含み得る。一部の実施形態では、本開示の組成物は、本明細書に開示される融合タンパク質を含み得、融合パートナータンパク質の少なくとも１つは、これだけに限定することなく、ＲＮＡｓｅ１、ＲＮＡｓｅ４、ＲＮＡｓｅ６、ＲＮＡｓｅ７、ＲＮＡｓｅ８、ＲＮＡｓｅ２、ＲＮＡｓｅ６ＰＬ、ＲＮＡｓｅＬ、ＲＮＡｓｅＴ２、ＲＮＡｓｅ１１、ＲＮＡｓｅＴ２様、ＮＯＢ１、ＥＮＤＯＶ、ＥＮＤＯＧ、ＥＮＤＯＤ１、ｈＦＥＮ１、ｈＳＬＦＮ１４、ｈＬＡＣＴＢ２、ＡＰＥＸ２、ＡＮＧ、ＨＲＳＰ１２、ＺＣ３Ｈ１２Ａ、ＲＩＤＡ、ＰＤＬ６、ＮＴＨＬ、ＫＩＡＡ０３９１、ＡＰＥＸ１、ＡＧＯ２、ＥＸＯＧ、ＺＣ３Ｈ１２Ｄ、ＥＲＮ２、ＰＥＬＯ、ＹＢＥＹ、ＣＰＳＦ４Ｌ、ｈＣＧ＿２００２７３１、ＥＲＣＣ１、ＲＡＣ１、ＲＡＡ１、ＲＡＢ１、ＤＮＡ２、ＦＬＪ３５２２０、ＦＬＪ１３１７３、ＥＲＣＣ４、ＲＮＡｓｅ１（Ｋ４１Ｒ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ、Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ）、ＲＮＡｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ）、ＴＥＮＭ１、ＴＥＮＭ２、ＲＮＡｓｅＫ、ＴＡＬＥＮ、ＺＮＦ６３８、またはｈＳＭＧ６のＰＩＮなどのエンドヌクレアーゼである。
使用方法
【０３７４】
本開示は、本開示のＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の発現のレベルを改変する方法であって、組成物とＲＮＡ分子をガイドＲＮＡまたは融合タンパク質（またはその一部）の１つまたは複数がＲＮＡ分子に結合するのに適した条件下で接触させることを含む方法を提供する。
【０３７５】
本開示は、ＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性を改変する方法であって、組成物とＲＮＡ分子をガイドＲＮＡまたは融合タンパク質（またはその一部）の１つまたは複数がＲＮＡ分子に結合するのに適した条件下で接触させることを含む方法を提供する。
【０３７６】
本開示は、本開示のＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の発現のレベルを改変する方法であって、組成物と、ＲＮＡ分子を含む細胞を、ガイドＲＮＡまたは融合タンパク質（またはその一部）の１つまたは複数がＲＮＡ分子に結合するのに適した条件下で接触させることを含む方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある。一部の実施形態では、組成物は、本開示のガイドＲＮＡおよび本開示の融合タンパク質を含む組成物を含むベクターを含む。一部の実施形態では、ベクターは、ＡＡＶである。
【０３７７】
本開示は、ＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性を改変する方法であって、組成物と、ＲＮＡ分子を含む細胞を、ガイドＲＮＡまたは融合タンパク質（またはその一部）の１つまたは複数がＲＮＡ分子に結合するのに適した条件下で接触させることを含む方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある。一部の実施形態では、組成物は、本開示のガイドＲＮＡおよび本開示の融合タンパク質を含む組成物を含むベクターを含む。一部の実施形態では、ベクターは、ＡＡＶである。
【０３７８】
本開示は、本開示のＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の発現のレベルを改変する方法であって、組成物とＲＮＡ分子をＲＮＡヌクレアーゼ活性に適した条件下で接触させることを含み、融合タンパク質によりＲＮＡ分子の破壊が誘導される、方法を提供する。
【０３７９】
本開示は、ＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性を改変する方法であって、組成物とＲＮＡ分子をＲＮＡヌクレアーゼ活性に適した条件下で接触させることを含み、融合タンパク質によりＲＮＡ分子の破壊が誘導される、方法を提供する。
【０３８０】
本開示は、本開示のＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の発現のレベルを改変する方法であって、組成物と、ＲＮＡ分子を含む細胞を、ＲＮＡヌクレアーゼ活性に適した条件下で接触させることを含み、融合タンパク質によりＲＮＡ分子の破壊が誘導される、方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある。一部の実施形態では、組成物は、本開示のガイドＲＮＡおよび本開示の融合タンパク質を含む組成物を含むベクターを含む。一部の実施形態では、ベクターは、ＡＡＶである。
【０３８１】
本開示は、ＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性を改変する方法であって、組成物と、ＲＮＡ分子を含む細胞を、ＲＮＡヌクレアーゼ活性に適した条件下で接触させることを含み、融合タンパク質によりＲＮＡ分子の破壊（ｂｒｅａｋ）が誘導される、方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある。一部の実施形態では、組成物は、本開示のガイドＲＮＡおよび本開示の融合タンパク質を含む組成物を含むベクターを含む。一部の実施形態では、ベクターは、ＡＡＶである。
【０３８２】
本開示は、疾患または障害を処置する方法であって、対象に本開示の組成物を治療有効量で投与することを含む方法を提供する。
【０３８３】
本開示は、疾患または障害を処置する方法であって、対象に本開示の組成物を治療有効量で投与することを含み、組成物が、本開示のガイドＲＮＡおよび本開示の融合タンパク質を含む組成物を含むベクターを含み、組成物により本開示のＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の発現のレベルが改変される、方法を提供する。
【０３８４】
本開示は、疾患または障害を処置する方法であって、対象に本開示の組成物を治療有効量で投与することを含み、組成物が、本開示のガイドＲＮＡおよび本開示の融合タンパク質を含む組成物を含むベクターを含み、組成物によりＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性が改変される、方法を提供する。
【０３８５】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、遺伝子疾患または障害が挙げられる。一部の実施形態では、遺伝子疾患または障害は、単一遺伝子疾患または障害である。一部の実施形態では、単一遺伝子疾患または障害は、常染色体優性疾患もしくは障害、常染色体劣性疾患もしくは障害、Ｘ染色体連鎖（Ｘ連鎖）疾患もしくは障害、Ｘ連鎖優性疾患もしくは障害、Ｘ連鎖劣性疾患もしくは障害、Ｙ連鎖疾患もしくは障害、またはミトコンドリア病もしくは障害である。一部の実施形態では、遺伝子疾患または障害は、多遺伝子疾患または障害である。一部の実施形態では、遺伝子疾患または障害は、多遺伝子疾患または障害である。一部の実施形態では、単一遺伝子疾患または障害は、これだけに限定されないが、ハンチントン病、神経線維腫症１型、神経線維腫症２型、マルファン症候群、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸がん、遺伝性多発性外骨腫症、フォン・ヴィルブランド病、および急性間欠性ポルフィリン症を含めた常染色体優性疾患または障害である。一部の実施形態では、単一遺伝子疾患または障害は、これだけに限定されないが、白皮症、中鎖アシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ欠損症、嚢胞性線維症、鎌状赤血球症、テイ・サックス病、ニーマン・ピック病、脊髄性筋萎縮症、およびロバーツ症候群を含めた常染色体劣性疾患または障害である。一部の実施形態では、単一遺伝子疾患または障害は、これだけに限定されないが、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、血友病、副腎白質ジストロフィー（ＡＬＤ）、レット症候群、および血友病Ａを含めたＸ連鎖疾患または障害である。一部の実施形態では、単一遺伝子疾患または障害は、これだけに限定されないが、レーベル遺伝性視神経症を含めたミトコンドリア障害である。
【０３８６】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、免疫疾患または障害が挙げられる。一部の実施形態では、免疫疾患または障害は、これだけに限定されないが、Ｂ細胞欠損症、Ｔ細胞欠損症、好中球減少症、無脾症、補体欠損症、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）および医療介入に起因する免疫不全（医学的治療の故意の作用または有害作用としての免疫抑制）を含めた免疫不全症または障害である。一部の実施形態では、免疫疾患または障害は、これだけに限定されないが、アカラシア、アジソン病、成人スチル病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、アミロイドーシス、抗ＧＢＭ／抗ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質症候群、自己免疫性血管性浮腫、自己免疫性自律神経障害、自己免疫性脳脊髄炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ）、自己免疫性心筋炎、自己免疫性卵巣炎、自己免疫性精巣炎、自己免疫性膵炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性蕁麻疹、軸索＆ニューロンニューロパチー（ＡＭＡＮ）、バロー病、ベーチェット病、良性粘膜類天疱瘡、水疱性類天疱瘡、キャッスルマン病（ＣＤ）、セリアック病、シャガス病、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー（ＣＩＤＰ）、慢性再発性多巣性骨髄炎（ＣＲＭＯ）、チャーグ・ストラウス症候群（ＣＳＳ）もしくは好酸性肉芽腫症（ＥＧＰＡ）、瘢痕性類天疱瘡、コーガン症候群、寒冷凝集素症、先天性心ブロック、コクサッキー心筋炎、ＣＲＥＳＴ症候群、クローン病、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、デビック病（視神経脊髄炎）、円板状ループス、ドレスラー症候群、子宮内膜症、好酸球性食道炎（ＥｏＥ）、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、本態性混合性クリオグロブリン血症、エバンス症候群、線維筋痛症、線維化肺胞炎、巨細胞性動脈炎（側頭動脈炎）、巨細胞心筋炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、多発血管炎性肉芽腫症、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、妊娠性疱疹もしくは妊娠性類天疱瘡（ＰＧ）、化膿性汗腺炎（ＨＳ）（反対型ざ瘡）、低ガンマグロブリン血症、ＩｇＡ腎症、ＩｇＧ４関連硬化性疾患、免疫血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、封入体筋炎（ＩＢＭ）、間質性膀胱炎（ＩＣ）、若年性関節炎、若年性糖尿病（１型糖尿病）、若年性筋炎（ＪＭ）、川崎病、ランバート・イートン症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、木質性結膜炎、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ループス、ライム病  慢性、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎（ＭＰＡ）、混合性結合組織病（ＭＣＴＤ）、モーレン潰瘍、ムッハ・ハーベルマン病、多巣性運動ニューロパチー（ＭＭＮ）もしくはＭＭＮＣＢ、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、ナルコレプシー、新生児ループス、視神経脊髄炎、好中球減少症、眼部瘢痕性類天疱瘡、視神経炎、回帰性リウマチ（ＰＲ）、ＰＡＮＤＡＳ、傍腫瘍性小脳変性症（ＰＣＤ）、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルク症候群、毛様体扁平部炎（周辺部ぶどう膜炎）、パーソネージ・ターナー症候群、天疱瘡、末梢性ニューロパチー、静脈周囲性脳脊髄炎、悪性貧血（ＰＡ）、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発性動脈炎、多腺性症候群Ｉ���、ＩＩ型、ＩＩＩ型、リウマチ性多発筋痛、多発性筋炎、心筋梗塞後症候群、心膜切開後症候群、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、プロゲステロン皮膚炎、乾癬、乾癬性関節炎、赤芽球ろう（ＰＲＣＡ）、壊疽性膿皮症、レイノー現象、反応性関節炎、反射性交感神経性ジストロフィー、再発性多発性軟骨炎、レストレスレッグス症候群（ＲＬＳ）、後腹膜線維症、リウマチ熱、関節リウマチ、サルコイドーシス、シュミット症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、精子精巣自己免疫、スティッフパーソン症候群（ＳＰＳ）、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、スザック症候群、交感性眼炎（ＳＯ）、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ）、トロサ・ハント症候群（ＴＨＳ）、横断性脊髄炎、１型糖尿病、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、未分化結合組織病（ＵＣＴＤ）、ぶどう膜炎、血管炎、白斑、フォークト・小柳・原田病、またはヴェグナー肉芽腫症を含めた自己免疫疾患または障害である。
【０３８７】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、炎症性疾患または障害が挙げられる。一部の実施形態では、炎症性疾患または障害として、これだけに限定されないが、アルツハイマー病、強直性脊椎炎、関節炎、変形性関節症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、喘息、アテローム性動脈硬化症、クローン病、大腸炎、皮膚炎、憩室炎、線維筋痛症、肝炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、腎炎、パーキンソン病、潰瘍性大腸炎、急性気管支炎、急性虫垂炎、扁桃炎、感染性髄膜炎、副鼻腔炎、喘息、慢性消化性潰瘍、結核、関節リウマチ、歯周炎、痛風、強皮症、血管炎、および筋炎が挙げられる。
【０３８８】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、代謝性疾患または障害が挙げられる。
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、変性または進行性疾患または障害が挙げられる。一部の実施形態では、変性または進行性疾患または障害として、これだけに限定されないが、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ハンチントン病、アルツハイマー病、および老化が挙げられる。
【０３８９】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、感染性疾患または障害が挙げられる。
【０３９０】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、小児もしくは発達疾患または障害が挙げられる。
【０３９１】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、循環器の疾患または障害が挙げられる。
【０３９２】
本開示の組成物および方法の一部の実施形態では、本開示の疾患または障害として、これだけに限定されないが、増殖性疾患または障害が挙げられる。一部の実施形態では、増殖性疾患または障害は、がんである。一部の実施形態では、がんとして、これだけに限定されないが、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連がん、カポジ肉腫（軟部組織肉腫）、ＡＩＤＳ関連リンパ腫（リンパ腫）、ＣＮＳ原発リンパ腫（リンパ腫）、肛門がん、虫垂がん、消化管カルチノイド腫瘍、星状細胞腫、非定型奇形腫様／ラブドイド腫瘍、中枢神経系（脳がん）、基底細胞癌、胆管がん、膀胱がん、骨がん、ユーイング肉腫、骨肉腫、悪性線維性組織球腫、脳腫瘍、乳がん、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、癌、心臓（Ｃａｒｄｉａｃ）（心臓（Ｈｅａｒｔ））腫瘍、胚芽腫、胚細胞性腫瘍、ＣＮＳ原発リンパ腫、子宮頸がん、胆管癌、脊索腫、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄増殖性新生物、結腸直腸がん、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、非浸潤性乳管癌、胚芽腫、子宮体がん（子宮がん）、上衣腫、食道がん、鼻腔神経芽細胞腫（頭頸部がん））、ユーイング肉腫（骨がん）、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、眼がん、小児期眼内黒色腫、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、卵管がん、骨の悪性線維性組織球腫、および骨肉腫、胆嚢がん、胃（ｇａｓｔｒｉｃ）（胃（ｓｔｏｍａｃｈ））がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）（軟部組織肉腫）、小児期消化管間質腫瘍、胚細胞性腫瘍、小児期頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、卵巣胚細胞性腫瘍、精巣がん、妊娠性絨毛疾患、ヘアリー細胞白血病、頭頸部がん、心臓腫瘍、肝細胞（肝臓）がん、組織球増殖症、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん（頭頸部がん）、眼内黒色腫、膵島細胞腫瘍、膵臓神経内分泌腫瘍、カポジ肉腫（軟部組織肉腫）、腎臓（腎細胞）がん、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、喉頭がん（頭頸部がん）、白血病、口唇・口腔がん（頭頸部がん）、肝がん、肺がん（非小細胞および小細胞）、小児期肺がん、リンパ腫、男性乳がん、骨の悪性線維性組織球腫および骨肉腫、黒色腫、メルケル細胞癌（皮膚がん）、中皮腫、原発不明転移性扁平上皮性頸部がん（頭頸部がん）、ＮＵＴ遺伝子の変化を伴う正中線癌、口のがん（Mouth  Cancer）（頭頸部がん）、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫／形質細胞新生物、菌状息肉腫（リンパ腫）、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性新生物、鼻腔・副鼻腔がん（頭頸部がん）、鼻咽頭がん（頭頸部がん）、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、口のがん（Oral  Cancer）、口唇・口腔がんおよび中咽頭がん、骨肉腫および骨の悪性線維性組織球腫、卵巣がん、膵がん、膵臓神経内分泌腫瘍（膵島細胞腫瘍）、乳頭腫症、傍神経節腫、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん（頭頸部がん）、褐色細胞腫、形質細胞新生物／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、妊娠期乳がん、中枢神経系（ＣＮＳ）原発リンパ腫、原発性腹膜がん、前立腺がん、直腸がん、再発性がん、腎細胞（腎臓）がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、小児期（軟部組織肉腫）、唾液腺がん（頭頸部が��）、肉腫、小児期横紋筋肉腫（軟部組織肉腫）、小児期血管腫瘍（軟部組織肉腫）、ユーイング肉腫（骨がん）、カポジ肉腫（軟部組織肉腫）、骨肉腫（骨がん）、子宮肉腫、セザリー症候群、リンパ腫、皮膚がん、小細胞肺がん、小腸がん、軟部組織肉腫、皮膚の扁平上皮癌、扁平上皮性頸部がん、胃（ｓｔｏｍａｃｈ）（胃（ｇａｓｔｒｉｃ））がん、Ｔ細胞リンパ腫、精巣がん、咽喉がん（頭頸部がん）、鼻咽頭がん、中咽頭がん、下咽頭がん、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺がん、腎盂および尿管の移行上皮がん、腎細胞がん、尿道がん、子宮肉腫、膣がん、血管腫瘍（軟部組織肉腫）、外陰がん、ウィルムス腫瘍ならびに他の小児期腎腫瘍が挙げられる。
【０３９３】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、疾患または障害の診断を受けている。一部の実施形態では、本開示の対象は、疾患または障害の徴候または症状を少なくとも１つ示している。一部の実施形態では、対象は、疾患または障害が発生するリスクが予測されるバイオマーカーを有する。一部の実施形態では、バイオマーカーは、遺伝子変異である。
【０３９４】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、女性である。本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、男性である。一部の実施形態では、本開示の対象は、２つの染色体ＸＸまたはＸＹを有する。一部の実施形態では、本開示の対象は、２つの染色体ＸＸまたはＸＹおよび第３の染色体、ＸまたはＹのいずれかを有する。
【０３９５】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、新生児、乳児、小児、成人、年配成人、または高齢成人である。本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、少なくとも１日齢、２日齢、３日齢、４日齢、５日齢、６日齢、７日齢、８日齢、９日齢、１０日齢、１１日齢、１２日齢、１３日齢、１４日齢、１５日齢、１６日齢、１７日齢、１８日齢、１９日齢、２０日齢、２１日齢、２２日齢、２３日齢、２４日齢、２５日齢、２６日齢、２７日齢、２８日齢、２９日齢、３０日齢または３１日齢である。本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、少なくとも１カ月齢、２カ月齢、３カ月齢、４カ月齢、５カ月齢、６カ月齢、７カ月齢、８カ月齢、９カ月齢、１０カ月齢、１１カ月齢または１２カ月齢である。本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、少なくとも１歳、２歳、３歳、４歳、５歳、６歳、７歳、８歳、９歳、１０歳、１５歳、２０歳、２５歳、３０歳、３５歳、４０歳、４５歳、５０歳、５５歳、６０歳、６５歳、７０歳、７５歳、８０歳、８５歳、９０歳、９５歳、１００歳またはその間の任意の年齢または部分年齢である。
【０３９６】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、哺乳動物である。一部の実施形態では、本開示の対象は、非ヒト哺乳動物である。
【０３９７】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の対象は、ヒトである。
【０３９８】
本開示の方法の一部の実施形態では、治療有効量は、単回用量の本開示の組成物を含む。一部の実施形態では、治療有効量は、少なくとも１用量の本開示の組成物を含む。一部の実施形態では、治療有効量は、１用量または複数用量の本開示の組成物を含む。
【０３９９】
本開示の方法の一部の実施形態では、治療有効量は、疾患または障害の徴候または症状を排除するものである。一部の実施形態では、治療有効量は、疾患または障害の徴候または症状の重症度を低下させるものである。
【０４００】
本開示の方法の一部の実施形態では、治療有効量は、疾患または障害を排除するものである。
【０４０１】
本開示の方法の一部の実施形態では、治療有効量は、疾患または障害の発症を防止するものである。一部の実施形態では、治療有効量は、疾患または障害の発症を遅延させるものである。一部の実施形態では、治療有効量は、疾患または障害の徴候または症状の重症度を低下させるものである。一部の実施形態では、治療有効量は、対象の予後を改善するものである。
【０４０２】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の組成物は、対象に全身的に投与される。一部の実施形態では、本開示の組成物は、対象に静脈内経路によって投与される。一部の実施形態では、本開示の組成物は、対象に注射または注入によって投与される。
【０４０３】
本開示の方法の一部の実施形態では、本開示の組成物は、対象に局所的に投与される。一部の実施形態では、本開示の組成物は、対象に骨内、眼内、脳脊髄内または脊髄内経路によって投与される。一部の実施形態では、本開示の組成物は、中枢神経系の脳脊髄液に直接投与される。一部の実施形態では、本開示の組成物は、眼の組織または流体に直接投与され、眼構造の外側では生物学的利用能を有さない。一部の実施形態では、本開示の組成物は、対象に注射または注入によって投与される。
【０４０４】
一部の実施形態では、本明細書に開示されるＲＮＡ結合性融合タンパク質を含む組成物を医薬組成物として製剤化する。簡単に述べると、本明細書に開示される使用のための医薬組成物は、必要に応じて免疫直交性でもある、融合タンパク質（複数可）または必要に応じてＡＡＶ内に含められた融合タンパク質（複数可）をコードするポリヌクレオチドを、１つまたは複数の薬学的にまたは生理的に許容される担体、希釈剤または賦形剤と組み合わせて含み得る。そのような組成物は、緩衝液、例えば、中性緩衝食塩水、リン酸緩衝食塩水など；炭水化物、例えば、グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトール；タンパク質；ポリペプチドまたはアミノ酸、例えば、グリシン；抗酸化剤；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡまたはグルタチオン；アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）；および保存剤を含み得る。本開示の組成物は、経口投与、静脈内投与、局部投与、経腸投与、眼内投与、および／または非経口投与用に製剤化することができる。ある特定の実施形態では、本開示の組成物を静脈内投与用に製剤化する。
【実施例】
【０４０５】
（実施例１）
ウイルスＲＮＡ分子のＲＮＡによりガイドされる切断
Ａ５４９細胞を、１０％ＦＢＳおよび１％ペニシリン／ストレプトマイシン（ＧＩＢＣＯ）を伴うＤＭＥＭ中で培養し、９０％〜１００％の集密度で継代した。細胞を、ＲＮＡ単離のために２４ウェルプレートのウェル当たり細胞１×１０５個で播種したか、またはウェル当たり細胞０．５×１０５個で播種した。細胞に、遺伝子ＮＴＨＬ１（残基３１〜３１２、Ｅ４３）またはＣＰＳＦ４Ｌ（全長、Ｅ６７）と融合したＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ  Ｃａｓ９（ＣｊｅＣａｓ９）をコードするプラスミドをＺｉｋａ  ＮＳ５  ＲＮＡ４つの部位のうち１つをコードするプラスミドと共にトランスフェクトした。ＣｊｅＣａｓ９はＥＦＳプロモーターによって駆動し、ガイドＲＮＡはＵ６プロモーターによって駆動した。ｓｇＲＮＡの配列を表８に示す。この試験に使用した構築物の配列を以下に示す（配列番号１３６５６および配列番号１３６５７）。
【０４０６】
ＲＮＡ単離を、ＲＮＡｅａｓｙカラム（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて製造者のプロトコールに従って行った。Ｎａｎｏｄｒｏｐ分光光度計を使用してＲＮＡの質および濃度を推定した。ｃＤＮＡ調製を、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ（Ｔｈｅｒｍｏ）を使用し、ランダムプライマーを用いて製造者のプロトコールに従って行った。ｑＰＣＲを以下の表７に列挙されているプライマーを用いて行った。
【０４０７】
図１は、Ｅ４３エンドヌクレアーゼおよびＥ６７エンドヌクレアーゼの両方の存在下で、表８に示されている種々のＮＳ５標的化スペーサー配列を含有するｓｇＲＮＡを用いて評価したＺｉｋａ  ＮＳ５の発現レベルを示す。Ｚｉｋａ  ＮＳ５発現が、対照（ラムダ）スペーサー配列を含有するｓｇＲＮＡが負荷されたエンドヌクレアーゼと比べた倍率変化として示されている。
【０４０８】
免疫蛍光顕微鏡法を使用して、ＣｊｅＣａｓ９と融合したＥ４３またはＥ６７エンドヌクレアーゼの存在下でのＺｉｋａ  ＮＳ５発現を可視化した。図２Ａは、Ｚｉｋａ  ＮＳ５標的化スペーサー配列を含有するｓｇＲＮＡを負荷したＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物をトランスフェクトした細胞の蛍光顕微鏡画像を示す。Ｚｉｋａ  ＮＳ５の発現は、適当なＺｉｋａ  ＮＳ５標的化ｓｇＲＮＡを負荷したＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物の存在下では、非Ｚｉｋａ  ＮＳ５標的化ｓｇＲＮＡを負荷したＣｊｅＣａｓ９−エンドヌクレアーゼ融合物と比較して著しく低減した（図２Ａおよび２Ｂ）。図３は、本開示の組成物に使用するための例示的なエンドヌクレアーゼの一覧である。
【０４０９】
【表７】
2021526860.tif 000230
【０４１０】
【表８】
2021526860.tif 000231
【０４１１】
Ｅ４３−ＣｊｅＣａｓ９およびｓｇＲＮＡプラスミドは、配列（Ｕ６：Ｎ＝ｓｇＲＮＡスペーサー、Ｅ４３、ＣｊｅＣａｓ９）：
【化１７５−１】
2021526860.tif 000232
【化１７５−２】
2021526860.tif 000233
【化１７５−３】
2021526860.tif 000234
を含み得るまたはそれからなり得る。
【０４１２】
Ｅ６７−ＣｊｅＣａｓ９およびｓｇＲＮＡプラスミドは、配列（Ｕ６：Ｎ＝ｓｇＲＮＡスペーサー、Ｅ６７、ＣｊｅＣａｓ９）：
【化１７６−１】
2021526860.tif 000235
【化１７６−２】
2021526860.tif 000236
【化１７６−３】
2021526860.tif 000237
を含み得るまたはそれからなり得る。
実施形態例
実施形態１．
（ａ）ＲＮＡ分子内の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、
（ｂ）第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列と第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列とを含む、融合タンパク質をコードする配列と
を含む組成物であって、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物。
実施形態２．
（ａ）第１のＲＮＡ分子内の第１の標的配列に特異的に結合する第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第１の配列であって、第１の標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、第１の配列と、
（ｂ）第２のＲＮＡ分子内の第２の標的配列に特異的に結合する第２のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む第２の配列と、
（ｃ）第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列と第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドをコードする配列とを含む、融合タンパク質をコードする配列と
を含む組成物であって、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドも第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドも有意なＤＮＡヌクレアーゼ活性を含まず、第１のＲＮＡ結合性ポリペプチドと第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが同一ではなく、かつ第２のＲＮＡ結合性ポリペプチドが、ＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、組成物。
実施形態３．第１の標的配列または第２の標的配列が、少なくとも１つのリピート配列を含む、実施形態２に記載の組成物。
実施形態４．第１のｇＲＮＡを含む第１の配列が、ｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができる第１のプロモーターをさらに含み、かつ／または第２のｇＲＮＡを含む第２の配列が、ｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができる第２のプロモーターをさらに含む、実施形態２に記載の組成物。
実施形態５．第１のｇＲＮＡを含む第１の配列と第２のｇＲＮＡを含む第２の配列とを含む配列が、第１のｇＲＮＡおよび第２のｇＲＮＡを真核細胞において発現させることができるプロモーターを含む、実施形態２に記載の組成物。
実施形態６．第１のプロモーターと第２のプロモーターが同一である、実施形態４に記載の組成物。
実施形態７．第１のプロモーターと第２のプロモーターが同一ではない、実施形態４に記載の組成物。
実施形態８．真核細胞が、動物細胞である、実施形態４から７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態９．動物細胞が、哺乳動物細胞である、実施形態８に記載の組成物。
実施形態１０．動物細胞が、ヒト細胞である、実施形態９に記載の組成物。
実施形態１１．プロモーターが、構成的に活性なプロモーターである、実施形態５から１０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１２．プロモーターが、ＲＮＡポリメラーゼの発現を駆動することができるプロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態５から１１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１３．プロモーターが、Ｕ６プロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１２に記載の組成物。
実施形態１４．プロモーターが、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）の発現を駆動することができるプロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態５から１２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１５．プロモーターが、アラニンｔＲＮＡプロモーター、アルギニンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギン酸ｔＲＮＡプロモーター、システインｔＲＮＡプロモーター、グルタミンｔＲＮＡプロモーター、グルタミン酸ｔＲＮＡプロモーター、グリシンｔＲＮＡプロモーター、ヒスチジンｔＲＮＡプロモーター、イソロイシンｔＲＮＡプロモーター、ロイシンｔＲＮＡプロモーター、リシンｔＲＮＡプロモーター、メチオニンｔＲＮＡプロモーター、フェニルアラニンｔＲＮＡプロモーター、プロリンｔＲＮＡプロモーター、セリンｔＲＮＡプロモーター、トレオニンｔＲＮＡプロモーター、トリプトファンｔＲＮＡプロモーター、チロシンｔＲＮＡプロモーター、またはバリンｔＲＮＡプロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１４に記載の組成物。
実施形態１６．プロモーターが、バリンｔＲＮＡプロモーターから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１４に記載の組成物。
実施形態１７．第１のｇＲＮＡを含む配列が、第１の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第１のスペーサー配列をさらに含む、実施形態２から１６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１８．第１のスペーサー配列が、第１の標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する、実施形態１７に記載の組成物。
実施形態１９．第１のスペーサー配列が、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する、実施形態１７に記載の組成物。
実施形態２０．第１のスペーサー配列が、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態１７から１９のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態２１．第１のスペーサー配列が、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態１７から１９のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態２２．第１のスペーサー配列が、ベータ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）タンパク質をコードするアミノ酸配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態２１に記載の組成物。
実施形態２３．第１のスペーサー配列が、
【化１７７】
2021526860.tif 000238
のアミノ酸配列のうちの２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態２２に記載の組成物。
実施形態２４．第１のｇＲＮＡを含む配列が、第１のＲＮＡ結合性タンパク質に特異的に結合する第１の足場配列をさらに含む、実施形態２から２３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態２５．第１の足場配列が、ステムループ構造を含む、実施形態２４に記載の組成物。
実施形態２６．足場配列が、９０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態２４または２５に記載の組成物。
実施形態２７．足場配列が、９３ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態２４または２５に記載の組成物。
実施形態２８．足場配列が、配列
【化１７８】
2021526860.tif 000239
を含む、実施形態２７に記載の組成物。
実施形態２９．第２のｇＲＮＡを含む配列が、第２の標的ＲＮＡ配列に特異的に結合する第２のスペーサー配列をさらに含む、実施形態１から２８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３０．第２のスペーサー配列が、第１の標的ＲＮＡ配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％またはその間の任意のパーセンテージの相補性を有する、実施形態２９に記載の組成物。
実施形態３１．第２のスペーサー配列が、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する、実施形態２９に記載の組成物。
実施形態３２．第２のスペーサー配列が、２０ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態２９から３１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３３．第２のスペーサー配列が、２１ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態２９から３１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３４．第２のスペーサー配列が、配列ＣＵＧ（配列番号１８）、ＣＣＵＧ（配列番号１９）、ＣＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＣＣ（配列番号８１）またはこれらの任意の組合せの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つのリピートを含む配列を含むまたはさらに含む、実施形態２から３４のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３５．第２のｇＲＮＡを含む配列が、第１のＲＮＡ結合性タンパク質に特異的に結合する第２の足場配列をさらに含む、実施形態２から３４のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３６．第２の足場配列が、ステムループ構造を含む、実施形態３５に記載の組成物。
実施形態３７．第２の足場配列が、８５ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、実施形態３５または３６に記載の組成物。
実施形態３８．第２の足場配列が、配列
【化１７９】
2021526860.tif 000240
を含む、実施形態３７に記載の組成物。
実施形態３９．ｇＲＮＡが、ＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない、実施形態１に記載の組成物。
実施形態４０．第１のｇＲＮＡが、第１のＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない、実施形態２から３８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４１．第２のｇＲＮＡが、第２のＲＮＡ分子内の第２の配列に結合しないまたは選択的には結合しない、実施形態２から３８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４２．ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームが、ＲＮＡ分子を含む、実施形態３９に記載の組成物。
実施形態４３．ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームが、第１のＲＮＡ分子または第２のＲＮＡ分子を含む、実施形態４０または４１に記載の組成物。
実施形態４４．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質を含む、実施形態１から４３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４５．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質が、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である、実施形態４４に記載の組成物。
実施形態４６．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｃａｓ９ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む、実施形態４５に記載の組成物。
実施形態４７．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質が、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である、実施形態４４に記載の組成物。
実施形態４８．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｃｐｆ１ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む、実施形態４７に記載の組成物。
実施形態４９．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質が、ＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質である、実施形態４４に記載の組成物。
実施形態５０．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｃａｓ１３ポリペプチドまたはそのＲＮＡ結合性部分を含む、実施形態４９に記載の組成物。
実施形態５１．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質が、ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性を含む、実施形態４４から５０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５２．ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性が低下しているまたは阻害されている、実施形態５１に記載の組成物。
実施形態５３．ネイティブなＲＮＡヌクレアーゼ活性が増加しているまたは誘導されている、実施形態５２に記載の組成物。
実施形態５４．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質が、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性を含み、ネイティブなＤＮＡヌクレアーゼ活性が阻害されている、実施形態４４から５３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５５．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質が変異を含む、実施形態５４に記載の組成物。
実施形態５６．ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質のヌクレアーゼドメインが、変異を含む、実施形態５４または５５に記載の組成物。
実施形態５７．変異が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードする核酸に存在する、実施形態５４から５６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５８．変異が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質をコードするアミノ酸に存在する、実施形態５４から５６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５９．変異が、置換、挿入、欠失、フレームシフト、逆位、または転位を含む、実施形態５４から５８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態６０．変異が、ヌクレアーゼドメイン、ヌクレアーゼドメイン内の結合性部位、ヌクレアーゼドメイン内の活性部位、またはヌクレアーゼドメイン内の少なくとも１つの必須アミノ酸残基の欠失を含む、実施形態５９に記載の組成物。
実施形態６１．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＰｕｍｉｌｉｏおよびＦＢＦ（ＰＵＦ）タンパク質を含む、実施形態１から４３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態６２．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｐｕｍｉｌｉｏに基づくアセンブリ（ＰＵＭＢＹ）タンパク質を含む、実施形態６１に記載の組成物。
実施形態６３．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡ結合活性のために多量体形成を必要としない、実施形態１から５６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態６４．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、多量体複合体の単量体ではない、実施形態６３に記載の組成物
実施形態６５．多量体タンパク質複合体が、第１のＲＮＡ結合性タンパク質を含まない、実施形態６３に記載の組成物。
実施形態６６．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡ分子内の標的配列に選択的に結合する、実施形態１から６５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態６７．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対する親和性を含まない、実施形態６６に記載の組成物。
実施形態６８．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡ分子内の第２の配列に対して高い親和性を含まずそれに選択的に結合しない、実施形態６６または６７に記載の組成物。
実施形態６９．ＲＮＡゲノムまたはＲＮＡトランスクリプトームが、ＲＮＡ分子を含む、実施形態６８に記載の組成物。
実施形態７０．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、終点を含めて、２アミノ酸から１３００アミノ酸の間を含む、実施形態１から６９のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態７１．第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列が、核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、実施形態１から７０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態７２．核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードする配列が、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する、実施形態７１に記載の組成物。
実施形態７３．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｃ末端にＮＬＳを含む、実施形態７２に記載の組成物。
実施形態７４．第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列が、第１のＮＬＳをコードする第１の配列および第２のＮＬＳをコードする第２の配列をさらに含む、実施形態１から７０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態７５．第１のＮＬＳをコードする配列または第２のＮＬＳをコードする配列が、第１のＲＮＡ結合性タンパク質をコードする配列に対して３’側に位置する、実施形態７４に記載の組成物。
実施形態７６．第１のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｃ末端に第１のＮＬＳまたは第２のＮＬＳを含む、実施形態７５に記載の組成物。
実施形態７７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる、実施形態１から７６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態７８．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態７９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ１を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態８０．ＲＮＡｓｅ１タンパク質が、配列番号２０を含むまたはそれからなる、実施形態７９に記載の組成物。
実施形態８１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ４を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態８２．ＲＮＡｓｅ４タンパク質が、配列番号２１を含むまたはそれからなる、実施形態８１に記載の組成物。
実施形態８３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ６を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態８４．ＲＮＡｓｅ６タンパク質が、配列番号２２を含むまたはそれからなる、実施形態８３に記載の組成物。
実施形態８５．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ７を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態８６．ＲＮＡｓｅ７タンパク質が、配列番号２３を含むまたはそれからなる、実施形態８５に記載の組成物。
実施形態８７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ８を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態８８．ＲＮＡｓｅ８タンパク質が、配列番号２４を含むまたはそれからなる、実施形態８７に記載の組成物。
実施形態８９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ２を含むまたはそれからなる、実施形態８８に記載の組成物。
実施形態９０．ＲＮＡｓｅ２タンパク質が、配列番号２５を含むまたはそれからなる、実施形態８９に記載の組成物。
実施形態９１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ６ＰＬを含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態９２．ＲＮＡｓｅ６ＰＬタンパク質が、配列番号２６を含むまたはそれからなる、実施形態９１に記載の組成物。
実施形態９３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅＬを含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態９４．ＲＮＡｓｅＬタンパク質が、配列番号２７を含むまたはそれからなる、実施形態９３に記載の組成物。
実施形態９５．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅＴ２を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態９６．ＲＮＡｓｅＴ２タンパク質が、配列番号２８を含むまたはそれからなる、実施形態９５に記載の組成物。
実施形態９７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅ１１を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態９８．ＲＮＡｓｅ１１タンパク質が、配列番号２９を含むまたはそれからなる、実施形態９７に記載の組成物。
実施形態９９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＲＮＡｓｅＴ２様を含むまたはそれからなる、実施形態７８に記載の組成物。
実施形態１００．ＲＮＡｓｅＴ２様タンパク質が、配列番号３０を含むまたはそれからなる、実施形態９９に記載の組成物。
実施形態１０１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＮＯＢ１ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１０２．ＮＯＢ１ポリペプチドが、配列番号３１を含むまたはそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。
実施形態１０３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、エンドヌクレアーゼを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１０４．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、エンドヌクレアーゼＶ（ＥＮＤＯＶ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態１０３に記載の組成物。
実施形態１０５．ＥＮＤＯＶタンパク質が、配列番号３２を含むまたはそれからなる、実施形態１０４に記載の組成物。
実施形態１０６．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、エンドヌクレアーゼＧ（ＥＮＤＯＧ）を含むまたはそれからなる、実施形態１０３に記載の組成物。
実施形態１０７．ＥＮＤＯＧタンパク質が、配列番号３３を含むまたはそれからなる、実施形態１０６に記載の組成物。
実施形態１０８．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、エンドヌクレアーゼＤ１（ＥＮＤＯＤ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態１０３に記載の組成物。
実施形態１０９．ＥＮＤＯＤ１が、配列番号３４を含むまたはそれからなる、実施形態１０８に記載の組成物。
実施形態１１０．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ヒトフラップエンドヌクレアーゼ−１（ｈＦＥＮ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１１１．ｈＦＥＮ１タンパク質が、配列番号３５を含むまたはそれからなる、実施形態１１０に記載の組成物。
実施形態１１２．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ヒトＳｃｈｌａｆｅｎ１４（ｈＳＬＦＮ１４）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１１３．ｈＳＬＦＮ１４ポリペプチドが、配列番号３６を含むまたはそれからなる、実施形態１１２に記載の組成物。
実施形態１１４．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ヒトベータ−ラクタマーゼ様タンパク質２（ｈＬＡＣＴＢ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１１５．ｈＬＡＣＴＢ２ポリペプチドが、配列番号３７を含むまたはそれからなる、実施形態１１４に記載の組成物。
実施形態１１６．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、脱プリン／脱ピリミジン（ＡＰ）エンドデオキシリボヌクレアーゼ（ＡＰＥＸ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１１７．ＡＰＥＸ２ポリペプチドが、配列番号３８を含むまたはそれからなる、実施形態１１６に記載の組成物。
実施形態１１８．ＡＰＥＸ２ポリペプチドが、配列番号３９を含むまたはそれからなる、実施形態１１６に記載の組成物。
実施形態１１９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、アンジオゲニン（ＡＮＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１２０．ＡＮＧポリペプチドが、配列番号４０を含むまたはそれからなる、実施形態１１９に記載の組成物。
実施形態１２１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、熱応答性タンパク質１２（ＨＲＳＰ１２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１２２．ＨＲＳＰ１２ポリペプチドが、配列番号４１を含むまたはそれからなる、実施形態１２１に記載の組成物。
実施形態１２３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ａ（ＺＣ３Ｈ１２Ａ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１２４．ＺＣ３Ｈ１２Ａポリペプチドが、配列番号４２を含むまたはそれからなる、実施形態１２３に記載の組成物。
実施形態１２５．ＺＣ３Ｈ１２Ａポリペプチドが、配列番号４３を含むまたはそれからなる、実施形態１２４に記載の組成物。
実施形態１２６．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、反応性中間体イミンデアミナーゼＡ（ＲＩＤＡ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１２７．ＲＩＤＡポリペプチドが、配列番号４４を含むまたはそれからなる、実施形態１２６に記載の組成物。
実施形態１２８．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ホスホリパーゼＤファミリーメンバー６（ＰＤＬ６）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１２９．ＰＤＬ６ポリペプチドが、配列番号１２６を含むまたはそれからなる、実施形態１２８に記載の組成物。
実施形態１３０．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１３１．ＮＴＨＬポリペプチドが、配列番号１２３を含むまたはそれからなる、実施形態１３０に記載の組成物。
実施形態１３２．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ミトコンドリアリボヌクレアーゼＰ触媒サブユニット（ＫＩＡＡ０３９１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１３３．ＫＩＡＡ０３９１ポリペプチドが、配列番号１２７を含むまたはそれからなる、実施形態１３２に記載の組成物。
実施形態１３４．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、脱プリンまたは脱ピリミジン部位リアーゼ（ＡＰＥＸ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１３５．ＡＰＥＸ１ポリペプチドが、配列番号１２５を含むまたはそれからなる、実施形態１３４に記載の組成物。
実施形態１３６．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、アルゴノート２（ＡＧＯ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１３７．ＡＧＯ２ポリペプチドが、配列番号１２８を含むまたはそれからなる、実施形態１３６に記載の組成物。
実施形態１３８．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ミトコンドリアヌクレアーゼＥＸＯＧ（ＥＸＯＧ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。
実施形態１３９．ＥＸＯＧポリペプチドが、配列番号１２９を含むまたはそれからなる、実施形態１３８に記載の組成物。
実施形態１４０．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ｄ（ＺＣ３Ｈ１２Ｄ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１４１．ＺＣ３Ｈ１２Ｄポリペプチドが、配列番号１３０を含むまたはそれからなる、実施形態１４０に記載の組成物。
実施形態１４２．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、小胞体から核へのシグナル伝達２（ＥＲＮ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１４３．ＥＲＮ２ポリペプチドが、配列番号１３１を含むまたはそれからなる、実施形態１４２に記載の組成物。
実施形態１４４．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ぺロタｍＲＮＡサーベイランスおよびリボソームレスキュー因子（ＰＥＬＯ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１４５．ＰＥＬＯポリペプチドが、配列番号１３２を含むまたはそれからなる、実施形態１４４に記載の組成物。
実施形態１４６．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＹＢＥＹメタロペプチダーゼ（ＹＢＥＹ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１４７．ＹＢＥＹポリペプチドが、配列番号１３３を含むまたはそれからなる、実施形態１４６に記載の組成物。
実施形態１４８．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、切断およびポリアデニル化特異的因子４様（ＣＰＳＦ４Ｌ）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１４９．ＣＰＳＦ４Ｌポリペプチドが、配列番号１３４を含むまたはそれからなる、実施形態１４８に記載の組成物。
実施形態１５０．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１５１．ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドが、配列番号１３５を含むまたはそれからなる、実施形態１５０に記載の組成物。
実施形態１５２．ｈＣＧ＿２００２７３１ポリペプチドが、配列番号１３６を含むまたはそれからなる、実施形態１５０に記載の組成物。
実施形態１５３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、除去修復交差相補群１（ＥＲＣＣ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１５４．ＥＲＣＣ１ポリペプチドが、配列番号１３７を含むまたはそれからなる、実施形態１５３に記載の組成物。
実施形態１５５．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１アイソフォーム（ＲＡＣ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１５６．ＲＡＣ１ポリペプチドが、配列番号１３８を含むまたはそれからなる、実施形態１５５に記載の組成物。
実施形態１５７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、リボヌクレアーゼＡＡ１（ＲＡＡ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１５８．ＲＡＡ１ポリペプチドが、配列番号１３９を含むまたはそれからなる、実施形態１５７に記載の組成物。
実施形態１５９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、Ｒａｓ関連タンパク質（ＲＡＢ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１６０．ＲＡＢ１ポリペプチドが、配列番号１４０を含むまたはそれからなる、実施形態１５９に記載の組成物。
実施形態１６１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＤＮＡ複製ヘリカーゼ／ヌクレアーゼ２（ＤＮＡ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１６２．ＤＮＡ２ポリペプチドが、配列番号１４１を含むまたはそれからなる、実施形態１６１に記載の組成物。
実施形態１６３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＦＬＪ３５２２０ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１６４．ＦＬＪ３５２２０ポリペプチドが、配列番号１４２を含むまたはそれからなる、実施形態１６３に記載の組成物。
実施形態１６５．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＦＬＪ１３１７３ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１６６．ＦＬＪ１３１７３ポリペプチドが、配列番号１４３を含むまたはそれからなる、実施形態１６５に記載の組成物。
実施形態１６７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ＤＮＡ修復エンドヌクレアーゼＸＰＦ（ＥＲＣＣ４）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１６８．ＥＲＣＣ４ポリペプチドが、配列番号１２４を含むまたはそれからなる、実施形態１６７に記載の組成物。
実施形態１６９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１７０．Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ）ポリペプチドが、配列番号１１６を含むまたはそれからなる、実施形態１６９に記載の組成物。
実施形態１７１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１７２．Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドが、配列番号１１７を含むまたはそれからなる、実施形態１７１に記載の組成物。
実施形態１７３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１７４．Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドが、配列番号１１８を含むまたはそれからなる、実施形態１７３に記載の組成物。
実施形態１７５．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１６６．Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドが、配列番号１１９を含むまたはそれからなる、実施形態１７５に記載の組成物。
実施形態１７７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１７８．Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドが、配列番号１２０を含むまたはそれからなる、実施形態１７７に記載の組成物。
実施形態１７９．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１８０．Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ、Ｋ４１Ｒ、Ｄ１２１Ｅ））ポリペプチドが、配列番号１２１を含むまたはそれからなる、実施形態１７９に記載の組成物。
実施形態１８１．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、変異型Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ、Ｈ１１９Ｎ））ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１８２．Ｒｎａｓｅ１（Ｒｎａｓｅ１（Ｒ３９Ｄ、Ｎ６７Ｄ、Ｎ８８Ａ、Ｇ８９Ｄ、Ｒ９１Ｄ））ポリペプチドが、配列番号１２２を含むまたはそれからなる、実施形態１８１に記載の組成物。
実施形態１８３．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、テニューリン膜貫通タンパク質１（ＴＥＮＭ１）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１８４．ＴＥＮＭ１ポリペプチドが、配列番号１４４を含むまたはそれからなる、実施形態１７３に記載の組成物。
実施形態１８５．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、テニューリン膜貫通タンパク質２（ＴＥＮＭ２）ポリペプチドを含むまたはそれからなる、実施形態７７に記載の組成物。
実施形態１８６．ＴＥＮＭ２ポリペプチドが、配列番号１４５を含むまたはそれからなる、実施形態１８５に記載の組成物。
実施形態１８７．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる、実施形態１から７７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１８８．ＴＡＬＥＮポリペプチドが、
【化１８０−１】
2021526860.tif 000241
【化１８０−２】
2021526860.tif 000242
を含むまたはそれからなる、実施形態１８７に記載の組成物。
実施形態１８９．ＴＡＬＥＮポリペプチドが、
【化１８１】
2021526860.tif 000243
を含むまたはそれからなる、実施形態１８７に記載の組成物。
実施形態１９０．第２のＲＮＡ結合性タンパク質が、ジンクフィンガーヌクレアーゼポリペプチドまたはそのヌクレアーゼドメインを含むまたはそれからなる、実施形態１から７７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１９１．ジンクフィンガーヌクレアーゼポリペプチドが、
【化１８２】
2021526860.tif 000244
を含むまたはそれからなる、実施形態１９０に記載の組成物。
実施形態１９２．
（ａ）ＲＮＡ分子の内部に特異的に結合するｇＲＮＡを含む配列と、
（ｂ）ヌクレアーゼをコードする配列と
をさらに含む、実施形態１から１９１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１９３．ヌクレアーゼが、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質から単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１９２に記載の組成物。
実施形態１９４．ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質が、Ｉ型、ＩＡ型、ＩＢ型、ＩＣ型、ＩＤ型、ＩＥ型、ＩＦ型、ＩＵ型、ＩＩＩ型、ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、ＩＩＩＤ型、ＩＶ型、ＩＶＡ型、ＩＶＢ型、ＩＩ型、ＩＩＡ型、ＩＩＢ型、ＩＩＣ型、Ｖ型、またはＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓタンパク質のいずれか１つから単離されるまたはそれに由来する、実施形態１９３に記載の組成物。
実施形態１９５．ヌクレアーゼが、ＴＡＬＥＮまたはそのヌクレアーゼドメインから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１９２に記載の組成物。
実施形態１９６．ヌクレアーゼが、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはそのヌクレアーゼドメインから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１９２に記載の組成物。
実施形態１９７．標的配列が、適応免疫応答の成分をコードする配列を含む、実施形態１９１から１９６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１９８．実施形態１から１９７のいずれか１つに記載の組成物を含むベクター。
実施形態１９９．ウイルスベクターである、実施形態１９８に記載のベクター。
実施形態２００．レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、またはレトロウイルスから単離されたまたはそれに由来する配列を含む実施形態１９９に記載のベクター。
実施形態２０１．複製能力がない、実施形態１９９または２００に記載のベクター。
実施形態２０２．アデノ随伴ベクター（ＡＡＶ）から単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態１００から２０１のいずれか１つの実施形態に記載のベクター。
実施形態２０３．アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が、単離されたＡＡＶである、実施形態２０２に記載のベクター。
実施形態２０４．アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が、自己相補性アデノ随伴ウイルス（ｓｃＡＡＶ）である、実施形態２０２または２０３に記載のベクター。
実施形態２０５．アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が、組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）である、実施形態２０２から２０４のいずれか１つに記載のベクター。
実施形態２０６．アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が、血清型ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、またはＡＡＶ１２であるＡＡＶから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態２０２から２０５のいずれか１つに記載のベクター。
実施形態２０７．アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が、血清型ＡＡＶ９であるＡＡＶから単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態２０２から２０６のいずれか１つに記載のベクター。
実施形態２０８．アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が、Ａｎｃ８０から単離されたまたはそれに由来する配列を含む、実施形態２０２から２０６のいずれか１つに記載のベクター
実施形態２０９．レトロウイルスである、実施形態１００から２０１のいずれか１つに記載のベクター。
実施形態２１０．レトロウイルスが、レンチウイルスである、実施形態１００から２０１までのいずれか１つに記載のベクター。
実施形態２１１．非ウイルスベクターである、実施形態１９８に記載のベクター。
実施形態２１２．非ウイルスベクターが、ナノ粒子、ミセル、リポソームまたはリポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックスまたはデンドリマーを含む、実施形態２１１に記載のベクター。
実施形態２１３．実施形態１９８から２１２のいずれか１つに記載のベクターを含む組成物。
実施形態２１４．実施形態１９８から２１２のいずれか１つに記載のベクターを含む細胞。
実施形態２１５．実施形態２１４に記載の組成物を含む細胞。
実施形態２１６．哺乳動物細胞である、実施形態２１４または２１５に記載の細胞。
実施形態２１７．ヒト細胞である、実施形態２１６に記載の細胞。
実施形態２１８．免疫細胞である、実施形態２１５から２１７のいずれか１つに記載の細胞。
実施形態２１９．免疫細胞が、Ｔリンパ球（Ｔ細胞）である、実施形態２１８に記載の細胞。
実施形態２２０．Ｔ細胞が、エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、調節性Ｔ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、粘膜関連インバリアントＴ細胞、またはガンマデルタＴ細胞である、実施形態２１９に記載の細胞。
実施形態２２１．免疫細胞が、抗原提示細胞である、実施形態２１５から２１７のいずれか１つに記載の細胞。
実施形態２２２．抗原提示細胞が、樹状細胞、マクロファージ、またはＢ細胞である、実施形態２２１に記載の細胞。
実施形態２２３．抗原提示細胞が、体細胞である、実施形態２２１に記載の細胞。
実施形態２２４．健康な細胞である、実施形態２１５から２２３のいずれか１つに記載の細胞。
実施形態２２５．健康な細胞ではない、実施形態２１５から２２３のいずれか１つに記載の細胞。
実施形態２２６．疾患または障害を有する対象から単離されるまたはそれに由来する、実施形態２２５に記載の細胞。
実施形態２２７．実施形態２１５から２２６のいずれか１つに記載の細胞を含む組成物。
実施形態２２８．細胞を適応免疫応答から遮蔽する方法であって、実施形態１〜１９７、２１３または２２７のいずれか１つに記載の組成物を細胞と接触させて、改変された細胞を生じさせることを含み、組成物により、改変された細胞のＲＮＡ分子の発現のレベルが改変され、ＲＮＡ分子が、適応免疫応答の成分をコードする、方法。
実施形態２２９．細胞が、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕにある、実施形態２２８に記載の方法。
実施形態２３０．細胞が、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏにある、実施形態２２８に記載の方法。
実施形態２３１．複数の細胞が、前記細胞を含む、実施形態２２８から２３０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３２．複数の細胞の各細胞を組成物と接触させ、それにより、複数の改変された細胞を生じさせる、実施形態２３１に記載の方法。
実施形態２３３．改変された細胞を対象に投与することをさらに含む、実施形態２２８から２３０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３４．複数の改変された細胞を対象に投与することをさらに含む、実施形態２３１から２３２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３５．細胞が、自家である、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３６．細胞が、同種異系である、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３７．複数の改変された細胞が、自家である、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３８．複数の改変された細胞が、同種異系である、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３９．適応免疫応答の成分が、Ｉ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  Ｉ）、ＩＩ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  ＩＩ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、共刺激分子またはこれらの組合せである成分を含むまたはそれからなる、実施形態２２８から２３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４０．ＭＨＣ  Ｉ成分が、α１鎖、α２鎖、α３鎖、またはβ２Ｍタンパク質を含む、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４１．適応免疫応答の成分が、ＭＨＣ  Ｉ  β２Ｍタンパク質を含むまたはそれからなる、実施形態２２８から２３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４２．ＭＨＣ  ＩＩ成分が、α１鎖、α２鎖、β１鎖、またはβ２鎖を含む、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４３．ＴＣＲ成分が、α鎖およびβ鎖を含む、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４４．共刺激分子が、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、またはＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）タンパク質を含む、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４５．対象における適応免疫応答を防止または低減する方法であって、実施形態１から１９７まで、２１３または２２７のいずれか１つに記載の組成物を治療有効量で対象に投与することを含み、組成物が、対象における少なくとも１つの細胞と接触し、それにより、改変された細胞が生じ、組成物により、改変された細胞のＲＮＡ分子の発現のレベルが改変され、ＲＮＡ分子が、適応免疫応答の成分をコードする、方法。
実施形態２４６．対象における疾患または障害を処置する方法であって、実施形態１から１９７まで、２１３または２２７のいずれか１つに記載の組成物を治療有効量で対象に投与することを含み、組成物が、対象における少なくとも１つの細胞と接触し、それにより、改変された細胞が生じ、組成物により、改変された細胞のＲＮＡ分子の発現のレベルが改変され、組成物により、改変された細胞に対する適応免疫応答が防止されるまたは低減する、方法。
実施形態２４７．適応免疫応答の成分が、Ｉ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  Ｉ）、ＩＩ型主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ  ＩＩ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、共刺激分子またはこれらの組合せである成分を含むまたはそれからなる、実施形態２４６に記載の方法。
実施形態２４８．ＭＨＣ  Ｉ成分が、α１鎖、α２鎖、α３鎖、またはβ２Ｍタンパク質を含む、実施形態２４７に記載の方法。
実施形態２４９．適応免疫応答の成分が、ＭＨＣ  Ｉ  β２Ｍタンパク質を含むまたはそれからなる、実施形態２４７または２４８に記載の方法。
実施形態２５０．ＭＨＣ  ＩＩ成分が、α１鎖、α２鎖、β１鎖、またはβ２鎖を含む、実施形態２４９に記載の方法。
実施形態２５１．ＴＣＲ成分が、α鎖およびβ鎖を含む、実施形態２４７に記載の方法。
実施形態２５２．共刺激分子が、分化抗原群２８（ＣＤ２８）、分化抗原群８０（ＣＤ８０）、分化抗原群８６（ＣＤ８６）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、またはＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬＧ）タンパク質を含む、実施形態２４７に記載の方法。
実施形態２５３．疾患または障害が、遺伝子疾患または障害である、実施形態２４６から２５２までのいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５４．疾患または障害が、単一遺伝子遺伝子疾患または障害である、実施形態２５３に記載の方法。
実施形態２５５．疾患または障害が、マイクロサテライト不安定性に由来する、実施形態２５４に記載の方法。
実施形態２５６．マイクロサテライト不安定性が、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つのリピートされるモチーフのＤＮＡ配列に生じる、実施形態２５５に記載の方法。
実施形態２５７．ＲＮＡ分子が、ＤＮＡ配列の転写物を含み、組成物が、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのリピートされるモチーフを含むＲＮＡ分子の標的配列に結合する、実施形態２５６に記載の方法。
実施形態２５８．組成物が、全身に投与される、実施形態２４６から２５７までのいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５９．組成物が、静脈内に投与される、実施形態２５９に記載の方法。
実施形態２６０．組成物が、注射または注入によって投与される、実施形態２５８または２５９に記載の方法。
実施形態２６１．組成物が、局所的に投与される、実施形態２４６から２５７までのいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６２．組成物が、骨内、眼内、脳内、または脊髄内経路によって投与される、実施形態２６１に記載の方法。
実施形態２６３．組成物が、注射または注入によって投与される、実施形態２６１または２６２に記載の方法。
実施形態２６４．治療有効量が、単回用量である、実施形態２６５から２６３までのいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６５．組成物が、ゲノムに組み込まれない、実施形態２６５から２６４までのいずれか１つに記載の方法。
参照による組込み
【０４１３】
あらゆる相互参照されるまたは関連する特許または出願を含めた、本明細書において引用されているあらゆる文書は、明白に排除されるまたは他のやり方で限定される場合を除き、これによりその全体が参照により本明細書に組み込まれる。いずれの文書の引用も、それが本明細書に開示されるもしくは特許請求されるあらゆる発明に対して先行技術であること、または、単独で、もしくは任意の他の参考文献（複数可）との任意の組合せで、あらゆるそのような発明を教示、示唆もしくは開示するものであることを認めるものではない。さらに、本文書における用語のいずれかの意味または定義が参照により組み込まれる文書における同じ用語のいずれかの意味または定義と矛盾する範囲では、本文書におけるその用語に割り当てられた意味または定義が支配するものとする。
他の実施形態
【０４１４】
本開示の特定の実施形態を例示し、記載したが、種々の他の変化および改変を本開示の主旨および範囲から逸脱することなく行うことができる。添付の特許請求の範囲は、本開示の範囲内に入るそのような変化および改変の全てを包含する。
【図１Ａ】
2021526860.tif 000245
【図１Ｂ】
2021526860.tif 000246
【図２Ａ】
2021526860.tif 000247
【図２Ｂ】
2021526860.tif 000248
【図３】
2021526860.tif 000249
【図４】
2021526860.tif 000250
【手続補正書】
【提出日】令和3年3月10日(2021.3.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2021526860000001.app
【国際調査報告】
2021526860.tif 000251
2021526860.tif 000252