【事件の表示】
　特願２００１−５３９９０７「表面上においてＰＮＡ−および／またはＤＮＡ−オリゴマーを用いたオリゴマーアレイ」拒絶査定不服審判事件〔平成１３年　５月３１日国際公開、ＷＯ０１／３８５６５、平成１５年　４月２２日国内公表、特表２００３−５１４５７０〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成１２年１１月２４日（パリ条約による優先権主張１９９９年１１月２５日、独国）の出願であって、平成１７年８月９日付で特許請求の範囲及び発明の詳細な説明について手続補正がなされ，平成１８年８月２２日付（発送同年８月２８日）で拒絶査定がされ、これに対し、同年１１月２７日に拒絶査定不服審判の請求がされるとともに、同年１２月２７日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　
第２　平成１８年１２月２７日付の手続補正についての補正却下の決定
　［補正却下の決定の結論］
　　平成１８年１２月２７日付の手続補正を却下する。
　［理由］
１．補正後の本願明細書の特許請求の範囲
　本件補正により，本願明細書の特許請求の範囲は，補正前の
　「【請求項１】　表面にＰＮＡ（ペプチド核酸）−および／またはＤＮＡ−オリゴマーを用いたオリゴマーアレイであって、各オリゴマーアレイは、それぞれ６から２０個のモノマーあるいは核酸塩基からなるオリゴマーを含み、該オリゴマーの少なくとも７５％は、少なくとも一般式DDCGDD、一般式DDTGDD、一般式HHCGHHまたは一般式HHCAHHの配列を含み、前記Hはアデニン（A）、シトシン（C）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを意味し、 前記Dはアデニン（A）、グアニン（G）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを示し、 前記表面上におけるオリゴマーの位置が該オリゴマーの配列に基づいて決められていることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項２】　請求項１に記載のオリゴマーアレイであって、表面が平面であり、その上でオリゴマーが、座標に沿った割当てが可能である四角形または六角形の格子の形状に配置されることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項３】　前記いずれかの請求項に記載のオリゴマーアレイであって、一般式DDCGDD、一般式DDTGDD、一般式HHCGHHおよび一般式HHCAHHの配列を含むことを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項４】　請求項１又は２に記載のオリゴマーアレイであって、一般式DDCGDD、一般式DDTGDD、一般式HHCGHHおよび一般式HHCAHHの配列を含むことを特徴とするオリゴマー配列。
【請求項５】　前記いずれかの請求項に記載のオリゴマーアレイであって、少なくとも１００の種々のオリゴマーを含むことを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項６】　前記いずれかの請求項に記載のオリゴマーアレイであって、CG−配列を含むそれぞれのオリゴマーに適切に、オリゴマーが固定化され、前記オリゴマーはCG−配列の代わりにTG−またはCA−配列が含まれることによってのみ区別されることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項７】　前記いずれかの請求項に記載のオリゴマーアレイであって、表面がガラスで形成されていることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項８】　請求項１から６のいずれかの請求項に記載のオリゴマーアレイは、表面が金属あるいは他の伝導性の物質で形成されていることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項９】　請求項８に記載のオリゴマーアレイであって、表面がＭＡＬＤＩ質量分析計のターゲットであることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項１０】　予め増幅したＤＮＡ断片をハイブリッド形成することを特徴とする請求項１に記載のオリゴマーアレイの使用法。
【請求項１１】　増幅前のＤＮＡを重亜硫酸溶液（または亜硫酸水素、重亜硫酸水素溶液）で処理したことを特徴とする請求項１０に記載のオリゴマーアレイの使用法。
【請求項１２】　ゲノムＤＮＡにおけるシトシン−メチル化の検出が可能であることを特徴とする請求項１に記載のオリゴマーアレイの使用法。」
から
「【請求項１】　それぞれが６から２０個のモノマーあるいは核酸塩基からなるオリゴマーを含む、表面上にＰＮＡ（ペプチド核酸）−および／またはＤＮＡ−オリゴマーを備えたオリゴマーアレイであって、該オリゴマーアレイは、少なくとも１００種のオリゴマーを含み、
　ａ）前記オリゴマーの配列の少なくとも５０％は一般式
ＤＤＣＧＤＤおよびＤＤＴＧＤＤ、または
　ｂ）前記オリゴマーの配列の少なくとも５０％は一般式
ＨＨＣＧＨＨおよびＨＨＣＡＨＨ
（式中、Ｈは塩基のアデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）もしくはチミン（Ｔ）を意味する、
および
Ｄは、塩基のアデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）もしくはチミン（Ｔ）を意味する）を含み；
および前記表面上におけるオリゴマーの位置は該オリゴマーの配列と相関していることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項２】　それぞれが６から２０個のモノマーあるいは核酸塩基からなるオリゴマーを含む、表面上にＰＮＡ（ペプチド核酸）−および／またはＤＮＡ−オリゴマーを備えたオリゴマーアレイであって、該オリゴマーアレイは、少なくとも１００種のオリゴマーを含み、
　ａ）前記オリゴマーの配列の少なくとも７５％は一般式
ＤＤＣＧＤＤおよびＤＤＴＧＤＤ、または
　ｂ）前記オリゴマーの配列の少なくとも７５％は一般式
ＨＨＣＧＨＨおよびＨＨＣＡＨＨ
（式中、Ｈは塩基のアデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）もしくはチミン（Ｔ）を意味する、
および
Ｄは、塩基のアデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）もしくはチミン（Ｔ）を意味する）を含み；
および前記表面上におけるオリゴマーの位置は該オリゴマーの配列と相関していることを特徴とするオリゴマーアレイ。
【請求項３】　表面が平面であり、その上でオリゴマーが、座標に沿った割当てが可能である矩形または六角形の格子の形状に配置されることを特徴とする請求項１または２に記載のオリゴマーアレイ。
【請求項４】　CG−配列を含むそれぞれのオリゴマーに適合させて、類似のオリゴマーが固定化され、前記類似のオリゴマーはCG−配列の代わりにTG−またはCA−配列が含まれることによってのみ上記のオリゴマーと区別されることを特徴とする先行請求項の一項に記載のオリゴマーアレイ。
【請求項５】　前記表面がガラスで形成されていることを特徴とする、先行請求項の一項に記載のオリゴマーアレイ。
【請求項６】　前記表面が金属またはその他の導電性物質で形成されていることを特徴とする、請求項１〜４の一項に記載のオリゴマーアレイ。
【請求項７】　前記表面がＭＡＬＤＩ質量分析計のターゲットであることを特徴とする、請求項６に記載のオリゴマーアレイ。
【請求項８】　予め増幅させたＤＮＡ断片をハイブリッド形成するための、請求項１に記載のオリゴマーアレイの使用。
【請求項９】　ＤＮＡが増幅前に重亜硫酸溶液（または亜硫酸水素、重亜硫酸水素溶液）で処理されることを特徴とする、請求項８に記載の使用。
【請求項１０】　ゲノムＤＮＡ中でシトシン−メチル化を検出するための、請求項１に記載のオリゴマーアレイの使用。」
に補正された。
　
　ここで，補正前後の請求項の対応について検討すると，補正前請求項１，２，６〜１２は，補正後請求項２，３及び４〜１０に対応し，補正前請求項３〜５は削除されたものと認められる。
　
２．補正後請求項１について
　補正後請求項１は，アレイ上のオリゴマーの少なくとも５０％を特定の一般式のものとすることを発明特定事項としたものであるが，補正前の特許請求の範囲に記載された請求項は，その全てが，アレイ上のオリゴマーの少なくとも７５％を特定の一般式のものとしたものであって，補正後請求項１には，対応する補正前請求項が存在しない。また，仮に対応する請求項があるとしても，「少なくとも５０％」は「少なくとも７５％」を拡張していることは明らかであるから，補正後請求項１は補正前請求項の発明特定事項を限定するものではない。
　したがって，この補正は特許請求の範囲を減縮するものではない。
　また，この補正は，請求項の削除，誤記の訂正，あるいは明りょうでない記載の釈明のいずれにも該当しない。
　
３．補正後請求項４について
　補正後請求項４は，補正前の請求項６に対応するものと認められる。
　そして，補正前の「ＣＧ−配列を含むそれぞれのオリゴマーに適切に，オリゴマーが固定化され」という記載が，補正後は「ＣＧ−配列を含むそれぞれのオリゴマーに適合させて，類似のオリゴマーが固定化され」と補正されている。
　この「類似のオリゴマー」については，平成１７年２月９日付の拒絶理由通知の３．（７）において不明瞭であるとの指摘を受け，平成１７年８月９日付で「類似」を削除したところ，本補正において再び「類似の」という語句を追加したものである。
　このような経緯も踏まえれば，この補正は，請求項の削除，特許請求の範囲の減縮，誤記の訂正あるいは不明りょうな記載の釈明のいずれにも該当しないものと認められる。
　
４．その他特許請求の範囲全体について
　この補正により，各請求項において，補正前と比較して種々の箇所で表現が変更されている。これらは，明りょうでない記載の釈明を目的としているようではあるが，これらは拒絶理由通知に係る拒絶の理由についてしたものであるということはできない。
　
５．小括
　以上の通りであるから，この補正は，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第４項の規定に違反するものであり，同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
第３　本願発明
　平成１８年１２月２７日付の手続補正は上記のとおり却下されたので，本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成１７年８月９日付手続補正書の特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される，以下のとおりのものである。
　
　「表面にＰＮＡ（ペプチド核酸）−および／またはＤＮＡ−オリゴマーを用いたオリゴマーアレイであって、各オリゴマーアレイは、それぞれ６から２０個のモノマーあるいは核酸塩基からなるオリゴマーを含み、該オリゴマーの少なくとも７５％は、少なくとも一般式DDCGDD、一般式DDTGDD、一般式HHCGHHまたは一般式HHCAHHの配列を含み、 前記Hはアデニン（A）、シトシン（C）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを意味し、 前記Dはアデニン（A）、グアニン（G）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを示し、 前記表面上におけるオリゴマーの位置が該オリゴマーの配列に基づいて決められていることを特徴とするオリゴマーアレイ。」　
　
第４　引用例
　
１．引用例の記載
　原査定の拒絶の理由において引用文献２として引用された国際公開第９９／２８４９８号（以下「引用例」という。）には，以下の事項が記載されている。
　
（１）「１．　組織および細胞群の挙動を予知し、発現の変化した遺伝子を同定するための組織および細胞型の特性化、分類および区分方法であって、
　任意の組織試料から得られ、それ自体公知の方法で処理され、断片化処理されるかまたは制限エンドヌクレアーゼにより切断処理されたゲノムDNAにおいて、塩基シトシンがそれ自体公知の方法で重亜硫酸塩溶液による処理でウラシルに変換されるが、5-メチルシトシンは変換されず；
　上記処理ゲノムDNA分画が極めて短い、または縮重オリゴヌクレオチド、または重亜硫酸塩処理の前に切断DNAの末端に連結されたアダプターオリゴヌクレオチドに対して相補性であるオリゴヌクレオチドの使用により増幅され、全体としてグアニンに富んだDNA鎖上の残存シトシン量、および/または増幅分画由来のシトシンに富んだDNA鎖上のグアニン量がハイブリダイゼーションまたはポリメラーゼ反応により検出され、その反応はこの様な分析で得られ、データ処理アルゴリズムに自動的に用いられるデータが、分析された細胞材料の表現型に関する結論を引き出すことを可能にする様な反応であることを特徴とする方法。
…
４．ゲノムＤＮＡがそれ自体公知の方法で重亜硫酸塩溶液で修飾される前に、このゲノムＤＮＡが制限エンドヌクレアーゼで切断し；
　得られた末端は連結反応により、アダプターとも呼ばれる公知の、短い二重鎖ＤＮＡ配列を備え；
　重亜硫酸塩で処理されたアダプターに対し相補性であるオリゴヌクレオチドを、すべてのＤＮＡ断片、またはこの方法で製造された、または全てのフラグメント全体から発生するサブ集団を重亜硫酸塩処理後に増幅する目的で使用することを特徴とする特許請求の範囲第１項記載の方法。
…
１１．　重亜硫酸塩処理ゲノムＤＮＡ試料の増幅のため、２つのクラスのオリゴヌクレオチドが組み合わされる方法であって、１つのクラスのオリゴヌクレオチドは５’−ＣｐＧ−３’の状態での塩基以外は塩基シトシンまたはその類似体を含まないか、極めて僅かな量を含むか、または増幅に必須でないオリゴヌクレオチド領域のみに含み；他のクラスのオリゴヌクレオチドは５’−ＣｐＧ−３’の状態での塩基以外は塩基グアニンまたはその同族体を含まないか、極めて僅かな量を含むか、または増幅に必須でないオリゴヌクレオチド領域、例えば５’−領域等の領域にのみに含み、２つのクラスのオリゴヌクレオチドは
　a)　極めて短いため、それぞれが２つのクラスの１個のみの代表を含む増幅において、１００個以上の異なった断片が増幅されるか、
　b)　いわゆる縮重位置を非常に多く含むため、２つのクラスそれぞれの１個のみの代表による増幅において、１００個以上の異なった断片が増幅されるか、または
　c)　非常に多数が使用されるため、増幅において１００個以上の異なった断片が増幅されることを特徴とする特許請求の範囲第１項記載の方法。
…
２０．　塩基シトシンまたはその類似体を含まない、または５’−ＣｐＧ−３’の状態でのみそれを含む、または試料ＤＮＡとのハイブリダイゼーションに必須でない領域のみにそれを含む表面；または
　塩基グアニンまたはその類似体を含まない、または５’−ＣｐＧ−３’の状態でのみそれを含む、または試料ＤＮＡとのハイブリダイゼーションに必須でない領域のみにそれを含む表面にオリゴヌクレオチドが用いられることを特徴とする特許請求の範囲第１項記載の方法。
２１．　重亜硫酸塩で処理され、請求の範囲第４項または第１１項記載の方法により増幅されたＤＮＡ試料が　表面に固定化されたオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションされ、そのオリゴヌクレオチドは既知の方法で表面の各点毎に既知である様に固定化され、そのオリゴヌクレオチド配列はその点に正確に位置決めされ、ハイブリダイゼーションに必須である領域中でオリゴヌクレオチドと試料ＤＮＡが完全に相補性である場合、増幅された試料ＤＮＡと固定化オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを生じるか、または適当な洗浄工程後のみ残存することを特徴とする特許請求の範囲第２０項記載の方法。」（特許請求の範囲）
（２）「現状の技術では個々の遺伝子のメチル化パターンを研究する方法が可能である。この方法のより最近の進歩では、微量の出発原料の分析も可能であるが、測定点の総数は理論値である少なくとも１０７測定点のうちのせいぜい二桁に止まっている。本発明の方法を用いると、任意の所望数の測定点で必要なゲノムのどのセクションでも調べることが初めて可能になる。従って、本発明の方法は、他のどの方法でも測定することができなかった全てのタイプの遺伝子病の原因を特定することができ、新しい治療戦略と新薬に対する標的タンパク質の同定を可能にする。」（１頁３１行〜２頁８行）
（３）「２．７　メチル化分析
　ゲノム塩基シトシンの５’−メチルシトシンへの変換は、現在最も重要で最も良く調べられた発生遺伝学パラメーターである。現在、細胞と個体の広範囲の遺伝子型を決定する方法が存在するが、大量に発生するエピ表現型の情報を生成し評価するためのこれに匹敵する方法はない。
　原理的には、配列文脈中のシトシンの５−メチル化状態を決定するための原理的に異なる方法は三つある。」（１０頁２５行〜１１頁３行）
（４）「５−メチルシトシンの存在を決めるための新しいＤＮＡ分析法は、重亜硫酸塩とシトシンの特異的反応に基づいている。シトシンは適当な条件でウラシルに変換されるが、ウラシルは塩基対に関するかぎりチミンと等価であり、同時に他の塩基に対応する。５−メチルシトシンは変化しない。その結果、最初はそのハイブリダイゼーション挙動によりシトシンと区別できないメチルシトシンが、「通常の」分子生物学技術で検知できる様に、最初のＤＮＡが変換される。これらの技術の全ては、完全に明らかにされた塩基対に基づいている。感度に関する限り、ＤＮＡの拡散と再構成を防止することを意図し（重亜硫酸塩は単一鎖ＤＮＡのみと反応する）、すべての沈降および精製工程を迅速透析で置き換える（Olek、A.ら、Nucl. Acids. Res. ２４、５０６４−５０６６）、アガロースマトリックス中で分析されるＤＮＡを含む方法により、現状の技術が定義される。この方法を用い、個々の細胞を調べることができるが、それはこの方法の潜在能力を示している。しかしながら、長さで約３０塩基対までの個々の領域のみが調べられているが、数千の可能なメチル化反応を同定するための細胞の分析は不可能である。その上、この方法は少量の試料から微少な断片を高い信頼性で分析することができない。拡散を防止しているにも係わらず、試料はマトリックス中で失われる。
　重亜硫酸塩技術の使用
　現在、いくつかの例外（例えばZeschnigk、M.ら、Eur. J. Hum. Gen. ５、９４−９８；Kubota、T.ら、Nat. Genet. １６、１６−１７）を除いて、重亜硫酸塩技術は研究で用いられているのみである。しかしながら、重亜硫酸塩処理後の既知の遺伝子の短い特定の断片は日常的に増幅され、完全に配列決定されるか（Olek、A.およびWalter、J.、Nat. Genet. １７、２７５−２７６）、または個々のシトシン位置の存在が「プライマー伸長反応」（Gonzalgo、M. L.およびJones、P. A.、Nucl. Acids Res. ２５、２５２９−２５３１）または酵素切断（Xiong、Z.およびLaird、P. W.、Nucl. Acids Res. ２５、２５３２−２５３４）により検出されている。これらの全ての参考文献は１９９７年以後のものである。例えばニューラルネットワーク等の評価アルゴリズムをほとんど経由せず、複合遺伝子病に関係する遺伝子型データと関連付けるために複合メチル化パターンを用いる概念は、これらの文献中で言及されていない。その上、上記の疑念は現状技術の方法論では実行することができない。」（１２頁７行〜１３頁２２行）
（５）「さらに、本発明によれば塩基シトシンまたはその類似体を含まない、または5'-CpG-3'の状態でのみそれを含む、または試料DNAとのハイブリダイゼーションに必須でない領域のみにそれを含む表面；または塩基グアニンまたはその類似体を含まない、または5'-CpG-3'の状態でのみそれを含む、または試料DNAとのハイブリダイゼーションに必須でない領域のみにそれを含む表面にオリゴヌクレオチドが用いられる方法が提供される。
　この意味で、本発明によれば重亜硫酸塩で処理され、増幅されたDNA試料が表面に固定化されたオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションされ、そのオリゴヌクレオチドは既知の方法で表面の各点毎に既知である様に固定化され、そのオリゴヌクレオチド配列はその点に正確に位置決めされ、ハイブリダイゼーションに必須である領域中でオリゴヌクレオチドと試料DNAが完全に相補性である場合、増幅された試料DNAと固定化オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを生じるか、または適当な洗浄工程後のみ残存することを特徴とすることが好ましい。」（２０頁２５行〜２１頁１４行）
（６）「４．４．　CpGジヌクレオチドのメチル化状態の検出
４．４．１．　ＤＮＡチップ上のメチル化CpGの検出
　その最終の形で、本発明による方法がＤＮＡチップの使用に基づくことが可能である。従って、ＤＮＡチップの使用は本発明の方法の好ましい変法である。原理的に、重亜硫酸塩処理ＤＮＡに至るまで、今までに述べた本発明の方法の変法を使用することが可能である。好ましい変法において本発明の方法の実施に用いられたチップは以下の形式を有する：この目的のために提供される少なくとも１０００個、一般に１０万個以上の内の一つの表面上で、オリゴヌクレオチドが公知の方法でその場で合成されるか、またはマイクロピペットまたはナノピペット、またはスタンプ様装置、またはミクロ流体ネットワークで添加される。各オリゴヌクレオチドは１個のCpG位置に特異的である。このことは、オリゴヌクレオチドに含まれるCpG位置がメチル化されている場合のみ、またはこの位置が特異的にメチル化されていない場合のみのいずれかの場合に，各オリゴヌクレオチドが標的ＤＮＡとハイブリダイゼーションすることを意味する。従って、各位置には少なくとも２個のオリゴヌクレオチドが用いられる。異なったオリゴヌクレオチドの数には上限がなく、ゲノムに含まれる全CpGジヌクレオチドの８倍以上であってもよい。ＤＮＡチップの全ての点に対して、どのオリゴヌクレオチド配列がそこに位置するかが正確に知られている。
　本発明による方法から、この様なＤＮＡチップの正常な占有状態に必須の修飾が導かれる。ゲノムまたは発現配列と相補性であるオリゴヌクレオチドが、現状の技術によるＤＮＡチップ上に位置している。このことは、平均して全てのオリゴヌクレオチドがゲノムＤＮＡの塩基組成、または生物の発現配列の塩基組成に対応することを意味している。この様なＤＮＡチップ上に位置するほとんどのオリゴヌクレオチドにとって、すなわち平均してすべての４個の塩基に関して、グアニンとシトシン塩基の割合はゲノムおよび/または発現配列の割合に対応する。
　本発明による方法の内容では、この状況は異なっている。原理的に、８個のクラスのオリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドでカバーされた各配列毎に合成することができる。重亜硫酸塩処理の結果、最初は相補性であった上部および下部鎖（Watson-Crick鎖、またはコードおよび鋳型鎖とも呼ばれる）がもはや相補性でなくなる様な方法で、ＤＮＡが修飾される。このことは、双方の鎖に対するオリゴヌクレオチドを合成し得ることを意味する。２種の鎖をこの方法で相互に内部標準として使用し得るので、この可能性はある。配列の部分的に有意な差異のため、個々の場合で適合するオリゴヌクレオチドを有する２種の異なった鎖のハイブリダイゼーション挙動は異なっている。この結果、双方の鎖上で同じ結果となった場合、このことが独立に確認されたと考え得るという結果となる。試験すべき各点におけるメチルシトシンとシトシンの量を定量する必要がある。個々のCpG位置に対する異なったハイブリダイゼーション反応の結果として、双方の鎖を使用することにより、オリゴヌクレオチドの異なったハイブリダイゼーションパラメーターとは独立のデータの定量が可能になる。これによりバックグラウンド誤差が最少になる。
　重亜硫酸塩処理後、２本の鎖は異なっているが、それは処理後に増幅がそれぞれの場合で行われ、そのために２本の鎖のそれぞれで相補性対立鎖の新たな合成が再び影響されるからである。重亜硫酸塩処理後、最初の鎖が相互に相補性でないことと同様に、２本の対立鎖も相互に相補性でない。増幅中に新たに合成された対立鎖も、最初の異なった鎖（対立鎖が合成されない鎖）と相補性でない。従って、二つの異なったハイブリダイゼーション標的が、個々のCpG位置に対して製造される。これらの４本の鎖はすべて同じ情報を含むが（ここでは対称的メチル化、すなわちCpG位置の両方の鎖でのメチル化を仮定する）、それらは異なった配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションする。この方法で、任意のCpG位置上で得られる全ての情報が独立に４回確認される。それにも係わらず、４個の異なったオリゴヌクレオチドに対する信号強度を直接、ある位置のメチル化度と関連させることはできない（システムの使用により発生する実験値の場合をのぞいて）。実際、酵素増幅において異なった断片も異なった効率で増幅され、従って信号強度は必ずしもメチル化度と関連せず、むしろそれはCpG位置を含む断片の増幅効率にも関連しているという状況である。従って、この場合で４本の鎖に対する二つの可能なオリゴヌクレオチド、すなわち一方では試験すべきCpG位置がメチル化（CpGを含む）されている場合のみハイブリダイゼーションするオリゴヌクレオチド、他方では未メチル化CpG位置（従ってCpGを含まない）の場合のみハイブリダイゼーションするオリゴヌクレオチド、を解析しなければならない。ＤＮＡ鎖の２つの可能な変異体、すなわちメチル化された、およびメチル化されない変異体がほとんど同じ効率で増幅され、比較される。すべての４本の鎖について相補性情報が利用できるので、４本の鎖すべてを全体の結果を確認するために用いることができる。本発明による方法の内容では、オリゴヌクレオチドを他の方法から区別する主な基準は、それぞれの場合でオリゴヌクレオチドが４種の塩基のうちの３種のみを含むということである。最初のＤＮＡに相補性であるオリゴヌクレオチドは塩基Cのみを含み、塩基Gを含まない。これらのオリゴヌクレオチドの半分のみが正確に１個のグアニンを、CpG文脈中のそのメチル化状態を試験すべき正確な位置に含む。最初のＤＮＡの対立鎖に相補性であり、増幅で生成する第２クラスのオリゴヌクレオチドは、反対に塩基シトシンをそのメチル化状態を試験すべき位置のみに含む。それらによって試験される位置がメチル化されていない場合、標的ＤＮＡのみとハイブリダイゼーションするこれらのオリゴヌクレオチドは、シトシンもグアニンも含まない（鎖による）。当然、提案された方法の範囲内では、説明した８個のクラスのオリゴヌクレオチドも他の点に関しては可変である。１つのクラスの数個の代表を、メチル化可能な個々の位置を調べるために同時に使用することも可能である。例えば、オリゴヌクレオチド内の各側上の潜在的メチル位の各側上にいくつの塩基が含まれているかは、全ての場合で明らかでない。メチル化可能な位置は、正確にオリゴヌクレオチドの中央である必要はない。従って、試験すべき各点に関して多くの順列が可能で���る。
　極端な場合、試験すべき位置はオリゴヌクレオチドの一端に位置しているか（これは既に本発明の方法の変法の構成員であるが）、または３’−終点の後ろでもあり得る。従って、シトシンまたはグアニンの存在（従って最初の試料のメチル化の存在）は単純なハイブリダイゼーションでは検出されず、プライマー伸長で検出される。本発明の方法のこの変法では、ヌクレオチド３燐酸が修飾されるが、この様なヌクレオチドを３’−末端に取り込むことは可能であるが、このヌクレオチドを超えて更に伸長することはできない。一般に、４種のヌクレオチドの一つ毎に異なった標識を有する４種のヌクレオチド３燐酸の２’，３’−ジデオキシ類似体が、標的ＤＮＡに加えられ、チップ上でオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションされる。ハイブリダイゼーションを直接検出する代わりに、ポリメラーゼを加え、各点で正確に１個のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドの３’−末端で合成される。ヌクレオチドの３’−末端に取り込まれたヌクレオチドと相補性であるヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの前のオリゴヌクレオチド５’−位置とハイブリダイゼーションした標的ＤＮＡ上に位置するヌクレオチドに正確に対応する。我々の方法では、この位置はメチル化可能な最初のＤＮＡ中の位置である。従って、ＤＮＡ試料中の位置（鎖による）がメチル化された場合、Cはこの位置に有り；Gがオリゴヌクレオチドに加えられる。ｄＧＴＰ（またはこのヌクレオチドの類似体）が明確に標識され、全ての位置のオリゴヌクレオチド配列が既知の場合（これは必須条件である）、グアニン取り込みの検出を最初の試料中のメチル基の存在の検出に使用し得る。アデニンが同じオリゴヌクレオチドに附加した場合、チミンの検出が成功し、同様に、調べた位置がメチル化されていないことが示される。標識ddNTPシトシンおよびチミンを除いて、同じことが増幅で調製した対立鎖上に生じる。本発明のこの変法において、双方の配列クラスのオリゴヌクレオチドはシトシンもグアニンも含まない。それにも係わらず、この規則は例外の場合は破られる（例えば、１つの位置が常にメチル化されているか、常にメチル化されていない場合、またはその位置のメチル化状態がオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーション挙動に影響しない場合）。さらに、オリゴヌクレオチド内の１個または数個の「ミスマッチ位置」が、それらが原理的に有害な効果を有するにも係わらず、本発明の方法の必須の要求に合致する。厳密に言えば配列クラスに属さないが、本発明の方法の必須の構成要素を満たすオリゴヌクレオチドが特許の保護範囲に含まれなければならない。その上、オリゴヌクレオチドのＤＮＡチップの表面上への附加が、表面に附加したオリゴヌクレオチドの遺伝子配列と相補性であるオリゴヌクレオチド上の配列タグを経由して生じることができる。この様なオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ試料とのハイブリダイゼーションが利用できる領域中のみで定義された配列クラスに属する。さらに、ＤＮＡチップの表面上のハイブリダイゼーションパートナーとして用いられるオリゴヌクレオチドも、例えばＰＮＡ（タンパク質−核酸）に基づくオリゴヌクレオチド、化学修飾オリゴヌクレオチド、および天然ヌクレオチド以��のヌクレオチドで合成された修飾、または未修飾オリゴヌクレオチド等の、上記説明中で暗示される塩基対挙動と類似の塩基対挙動を示す場合、本発明の保護の範囲に含まれ得る。」（３７頁１行〜４２頁３３行）
　
２．引用例に記載された発明
　引用例には，特にその前記記載事項（１）及び（４）からみて，重亜硫酸塩で処理したＤＮＡにおいて，シトシンはウラシルに変換されるが５−メチルシトシンは変換されないことを利用し，重亜硫酸塩処理したDNAを増幅したDNA中のCGが，その相補鎖中も含めて変化しなければその部分のシトシンはメチル化されておらず，TG及び相補鎖中においてCAに変化していれば，シトシンがメチル化されていると判断できること，そのハイブリダイゼーション挙動の変化により，試料ＤＮＡのＣｐＧ位置のシトシンがメチル化されているか否かを検出することが記載されている。
　そして，特にその前記記載事項（６）からみて，さらにその検出をＤＮＡチップすなわちオリゴマーアレイにより行うこと，その検出は各ＣｐＧがメチル化されている場合のみ，またはメチル化されていない場合にのみハイブリダイズする少なくとも２個のオリゴヌクレオチドにより行うこと，オリゴヌクレオチドの数には上限がないこと，及び5'-CpG-3'の状態でのみ塩基シトシンを含むオリゴヌクレオチドと5'-CpG-3'の状態でのみ塩基グアニンを含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドのCpG以外の塩基についてみると，前者は本願発明のＤに相当し，後者は本願発明のＨに相当する。）を用いることが記載されている。 
　ここで，ＣｐＧがメチル化されている場合は，重亜硫酸塩処理してもシトシンは変化しないから，増幅された試料ＤＮＡにのみハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列は，ＣＧを含むものになるが，ＣＧ以外の部分の配列は，相補的な二本鎖ＤＮＡの両鎖を考えると，ＤのみからなるかＨのみからなることになる。すなわち，ＣＧに，Ｄのみからなる塩基配列が付加されているか，ＨＤのみからなる塩基配列が付加されているかの二通りとなる。
　また，ＣｐＧがメチル化されていない場合は，重亜硫酸塩処理するとシトシンがウラシルを介してチミジンに変化するから，増幅された試料ＤＮＡにのみハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列は，相補的な二本鎖ＤＮＡの両鎖を考えると，ＴＧを含みそれ以外の塩基がＤのみからなる配列であるか，ＣＡを含み，それ以外の塩基がＨのみからなる配列であるかの二通りとなる（本願の図１に記載されていることは，このことを表したものである。）。そして，この検出の原理から見て，計４通りの配列のオリゴマーを用いるか，あるいはそのうちの１つまたは２つの配列のオリゴマーを用いてメチル化の有無が検出できること（３つであっても可能である。）は，当業者であればきわめて容易に理解できるところである。
　さらに，引用例には，ＰＮＡもＤＮＡと同様に用いることも記載されている。
　また，検出用のＤＮＡチップを作成するに当たっては，チップ上のある位置にどのような配列のオリゴマーを配置するかを決定しなければならないことは当然のことであるから，引用例には，オリゴマーアレイの表面上におけるオリゴマーの位置が該オリゴマーの配列に基づいて決められていることも実質的に記載されていると認められる。
　
　以上のことから，引用例には，本願発明と同様に標的ＤＮＡのシトシンがメチル化されているかいないかを検出するために使うものとして，以下のオリゴマーアレイが記載されていると認められる。
　
「表面にＰＮＡ（ペプチド核酸）−またはＤＮＡ−オリゴマーを用いたオリゴマーアレイであって、
　各オリゴマーアレイは，複数のモノマーあるいは核酸塩基からなるオリゴマーを含み，該オリゴマーは，
　少なくともCG以外の塩基がDからなる一般式，CG以外の塩基がHからなる一般式，ＴG以外の塩基がDからなる一般式，またはCA以外の塩基がHからなる一般式の配列を含み，前記Hはアデニン（A）、シトシン（C）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを意味し、 前記Dはアデニン（A）、グアニン（G）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを示し，
　前記表面上におけるオリゴマーの位置が該オリゴマーの配列に基づいて決められていることを特徴とするオリゴマーアレイ。」（以下，これを「引用発明」という。）
　
第５　対比
　本願発明の「一般式DDCGDD、一般式DDTGDD、一般式HHCGHHまたは一般式HHCAHHの配列を含む」オリゴマーは，引用発明と同様に，「CG以外の塩基がDからなる一般式，CG以外の塩基がHからなる一般式，ＴG以外の塩基がDからなる一般式，またはCA以外の塩基がHからなる一般式の配列を含」むオリゴマーであるから，本願発明と引用記発明とを比較すると，両者は，
「表面にＰＮＡ（ペプチド核酸）−またはＤＮＡ−オリゴマーを用いたオリゴマーアレイであって、
　各オリゴマーアレイは，複数のモノマーあるいは核酸塩基からなるオリゴマーを含み，該オリゴマーは、
　少なくともCG以外の塩基がDからなる一般式，CG以外の塩基がHからなる一般式，ＴG以外の塩基がDからなる一般式，またはCA以外の塩基がHからなる一般式の配列を含み，前記Hはアデニン（A）、シトシン（C）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを意味し、 前記Dはアデニン（A）、グアニン（G）、または、チミン（T）の塩基のいずれか一つを示し，
　前記表面上におけるオリゴマーの位置が該オリゴマーの配列に基づいて決められていることを特徴とするオリゴマーアレイ。」
である点で一致するが，以下の（ａ）〜（ｃ）の点で相違する。
　
（ａ）アレイ上の各オリゴマーの長さが，本願発明では，それぞれ６から２０個のモノマーあるいは核酸塩基からなるのに対し，引用発明では複数個の長さではあるが特に特定されていない点，
（ｂ）アレイ上の「CG以外の塩基がDからなる一般式，CG以外の塩基がHからなる一般式，ＴG以外の塩基がDからなる一般式，またはCA以外の塩基がHからなる一般式の配列を含」むオリゴマーが，本願発明では，その中央にCGに対応する塩基を含み，その両側にDまたはHからなる塩基配列が付加されているものであるのに対し，引用発明では，CGに対応する部分が他のD及びHからなる配列に対してどの位置にあるのかは特定されていない点，
（ｃ）アレイ上のオリゴマーにおける，メチル化の有無により重亜硫酸処理により変化しうる塩基を検出するためのオリゴマーの比率が，本願発明では少なくとも７５％であるのに対し，引用発明では特に特定されていない点。
　
第６　判断
　
１．相違点（ａ）について
　ハイブリダイズにより標的DNAを検出するオリゴヌクレオチドとして，６から２０個のモノマーあるいは核酸塩基からなるものはごく一般的であり，特殊な長さのものではない。したがって，引用発明のオリゴマーアレイにおいて，各オリゴマーの長さをこの程度のものとすることは，当業者の通常の創作能力の発揮にすぎない。
　
２．相違点（ｂ）について
　引用発明のオリゴマーアレイ上のオリゴヌクレオチドについては，引用例の「メチル化可能な位置は、正確にオリゴヌクレオチドの中央である必要はない。従って、試験すべき各点に関して多くの順列が可能である。極端な場合、試験すべき位置はオリゴヌクレオチドの一端に位置しているか（これは既に本発明の方法の変法の構成員であるが）、または３’−終点の後ろでもあり得る。従って、シトシンまたはグアニンの存在（従って最初の試料のメチル化の存在）は単純なハイブリダイゼーションでは検出されず、プライマー伸長で検出される。」（４０頁３３行〜４１頁８行）との記載からも明らかなように，引用例には，CpGの位置を中央に設けても設けなくともよいこと，その位置が３’−終点の後ろであるときはハイブリダイズによる検出ができず，プライマー伸長による検出が必要であることが記載されている。これによれば，引用例２には，CpGの位置をオリゴヌクレオチドの中央に設けて，メチル化をハイブリダイズにより検出することが記載されているものと認められる。
　したがって，この点は実質的な相違点とはいえないか，仮に実質的な相違点であると仮定した場合でも，引用例の上記記載から当業者がきわめて容易に想到し得ることである。
　
３．相違点（ｃ）について
　本願発明は，「該オリゴマーの少なくとも７５％は」という記載からも明らかなように，その１００％が請求項１に記載された条件を満たすものである場合を含んでいる。そして，引用発明も本願発明と同様に，重亜硫酸処理による塩基配列の変化又は不変化によりメチル化をオリゴマーアレイで検出しようとするものであるから，その検出のためのオリゴマーのみによりアレイを構成することは当然のことである。したがって，この相異点は，引用例２の記載から自明の事項であり実質的な相違点ではないか，あるいは，実質的相異点であったとしても，当業者がきわめて容易に想到し得ることである。
　なお，付言すると，そもそも「オリゴマーの少なくとも７５％」についてその配列を特定する本願発明，すなわち２５％は，本願発明の目的とは無関係のオリゴマーを含んでいてもよい本願発明は，この点においてどのような技術的意義があるのか不明である。
　
４．本願発明の効果について
　本願の発明の詳細な説明には，本願発明の具体例についての記載は全くなく，本願発明の効果が引用発明と比較して格別顕著であるということもできない。
　
５．請求人の主張
　請求人は，審判請求書において，概略以下のように主張する。
（１）引用例と本発明によるアレイとの実質的な違いはオリゴヌクレオチドの数にあり、これらは特定のCpG位置の分析に必要である。引用例によれば、このために8個のオリゴヌクレオチド，つまりCpG位置当り４個のオリゴヌクレオチドが必要であるが，本発明によるアレイにおいてはCpG位置当り2個のオリゴヌクレオチドで十分である。
（２）引用例において使用されるオリゴヌクレオチドは，試験すべき位置がその極端にもありうることが記載され，メチル化の証明がハイブリダイゼーションを介して行われるか、またはプライマー伸長を介して行われるか未決定である。それに対して、本発明によれば、一般式 DDCGDD/DDTGDDもしくはHHCGHH/HHCAHHのオリゴヌクレオチド配列が使用され，メチル化の証明はハイブリダイゼーションを介して行われる。
（３）上記の技術的相違により，本発明によるアレイは、引用例に記載されたアレイよりも，簡単で信頼性の高いメチル化分析を可能とする。
（４）学術誌においても，本発明のマイクロアレイに基づくメチル化分析が先駆的であり，重要であると評価されている。
　
主張（１）に対して
　引用例の３７頁２４〜２６行には，DNAチップに関して，各CpG位置に対しては少なくとも２個のオリゴヌクレオチドが用いられることが記載されており，引用例２に記載されているDNAチップがCpG位置当り４個のオリゴヌクレオチドが必要であるという請求人の主張は採用できない。
　そもそも，本願発明で用いるオリゴヌクレオチドの数は，請求項１の「…少なくとも一般式DDCGDD、一般式DDTGDD、一般式HHCGHHまたは一般式HHCAHHの配列を含み，…」という記載からも明らかなように，各４つの一般式の配列の１〜３つを用いる場合も，その全てを用いる場合も，いずれの場合をも包含している。したがって，この主張は，特許請求の範囲の記載に基づかない主張であり，この点においても請求人の主張は採用できない。
　
主張（２）に対して
　上記２．で言及したように，引用例には， CpGの位置を中央に設けても設けなくともよいこと，その位置が３’−終点の後ろであるときはハイブリダイズによる検出ができず，プライマー伸長による検出が必要であることが記載されている。これによれば，引用例には，CpGの位置を中央に設けて，メチル化をハイブリダイズにより検出することが記載されているか，仮に記載されていないと仮定した場合でも，引用例の上記記載から当業者がきわめて容易に想到し得ることである。
　したがって，請求人の主張は採用できない。
　
主張（３）に対して
　請求人が，顕著な効果の根拠として主張する本願発明と引用例記載の発明との相違は，上記のように実質的な相違点とは認められない。
　そもそも本願の発明の詳細な説明においては，本願発明の具体例に相当するものは何ら記載されておらず，単にアイデアが記載されているにすぎない。
　また，請求人の主張するCpG位置当り２個のオリゴヌクレオチドを用いることに基づく顕著な効果は，本願明細書に記載すらないし，その記載から推論することもできない。
　したがって，請求人の主張は，明細書の記載に基づかない主張であり，採用することができない。
　
主張（４）について
　請求人が提出した文献は，いずれも本願発明と引用例に記載の発明とを比較した上で，その相異点が革新的であるとか，重要であるとか記載したものではないから，本願発明が引用例に記載された発明と比較して顕著な効果を奏することを示すものではない。
　したがって，請求人の主張は，採用することができない。
　
６．小括
　以上のことから，本願発明は，引用発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
第７　むすび
　以上のとおり，本願発明は，引用例に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。