【手続補正書】
【提出日】平成24年2月27日(2012.2.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４０】
本明細書に記載される例及び態様は単なる例示目的のためであって、種々の修飾又は変更が当業者に示され、そして本発明の範囲内に包含されることが理解される。
発明の要約
〔項１〕
標的核酸の検出方法であって、
（ａ）標的核酸と、ポリヌクレオチド、ヌクレオチド組及びヌクレオチド組込み生触媒成分とを接触し、ここで、
（i）前記ポリヌクレオチドは5’部分及び3’部分を含んで成り、前記5’部分は１又は複数の連続配列セグメントを含んで成り、ここで個々の配列セグメントは少なくとも３個のヌクレオチド塩基を含んで成り、そして個々の配列セグメントの5’−末端ヌクレオチド塩基は１つの配列セグメント内でユニークであり、そして個々の配列セグメントにおいて同じであり；そして前記3’部分は、標的核酸にハイブリダイズし、そして増幅条件下で延長されるのに、実質的に十分、相補的である配列セグメントを含んで成り；
（ii）前記ヌクレオチド組は、デオキシリボヌクレオチド（dNTP）の形での少なくとも２つのヌクレオチド塩基、及びリボヌクレオチド（rNTP）の形での少なくとも１つのヌクレオチドの大部分を含んで成り、ここで前記リボヌクレオチドの塩基は、前記ポリヌクレオチドの個々の配列セグメントのユニーク5’ヌクレオチド塩基に対して相補的であり；そして
（iii）前記ヌクレオチド組込み生触媒成分は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチド組込み活性を含んで成り；
（ｂ）前記標的核酸を、前記ポリヌクレオチドの5’部分に対して相補的な3’配列セグメントを含んで成るアンプリコンを生成する増幅条件下で増幅し、ここで前記3’配列セグメントは１又は複数の連続配列セグメントを含んで成り、ここで個々の配列セグメントの3’末端ヌクレオチド塩基はヌクレオチド組におけるNTPと同じ塩基を有するヌクレオシド一リン酸（NMP）であり；
（ｃ）個々のNMPの3’側アンプリコンをフラグメントに分解し、前記分解が個々のフラグメントとして配列セグメントを開放し；そして
（ｄ）前記アンプリコンフラグメントを検出し、ここで検出された配列セグメントフラグメントは標的核酸配列の増幅を示し、それにより、前記標的核酸配列を検出することを含んで成る方法。
〔項２〕
前記標的核酸配列とポリヌクレオチド対とを接触し、ここで前記ポリヌクレオチド対における個々のポリヌクレオチド等質量の5’部分配列セグメントを含んで成る項１記載の方法。
〔項３〕
前記標的核酸と、少なくとも１つのポリヌクレオチドとを接触し、ここで前記ポリヌクレオチドの補体からの配列セグメントフラグメントの検出が前記標的核酸配列における多形現象ヌクレオチドの対立遺伝子の存在を示す項１記載の方法。
〔項４〕
前記標的核酸と、少なくとも２種の異なったポリヌクレオチドとを接触し、ここで前記ポリヌクレオチドの3’部分が3’末端ヌクレオチド塩基でのみ異なり、ここで個々のポリヌクレオチドの3’末端ヌクレオチド塩基がユニーク質量の配列セグメントに対応し、そして前記ポリヌクレオチドの少なくとも１つの補対からの配列セグメントフラグメントの検出が標的核酸配列における多形現象ヌクレオチドの対立遺伝子の存在を示す項１記載の方法。
〔項５〕
多くの異なった標的核酸配列が多くの異なったポリヌクレオチドと接触され、前記異なったポリヌクレオチドの個々はユニーク質量の配列セグメントを含んで成り、ここで前記ポリヌクレオチドの配列セグメントは前記多くの異なった標的核酸配列の１つの識別体であり、それにより、前記ポリヌクレオチドの少なくとも１つの補体からの配列セグメントフラグメントの検出が多くの異なった標的核酸配列の少なくとも１つの存在し示す項１記載の方法。
〔項６〕
前記ポリヌクレオチドが、そのポリヌクレオチドの延長を実質的に妨げるブロッキング成分を含んで成り、そして前記方法がさらに、増幅の前、ポリヌクレオチドからのブロッキング成分を除去する段階を含んで成る項１記載の方法。
〔項７〕
ａ）5’部分及び3’部分を含んで成る第１ポリヌクレオチド、ここで前記5’部分は１又は複数の連続配列セグメントを含んで成り、ここで個々の配列セグメントは少なくとも３個のヌクレオチド塩基を含んで成り、そして個々の配列セグメントの5’−末端ヌクレオチド塩基は１つの配列セグメント内でユニークであり、そして個々の配列セグメントにおいて同じであり；そして前記3’部分は、標的核酸にハイブリダイズし、そして増幅条件下で延長されるのに、実質的に十分、相補的である配列セグメントを含んで成り；
ｂ）デオキシリボヌクレオチド（dNTP）の形での少なくとも２つのヌクレオチド塩基、及びリボヌクレオチド（rNTP）の形での少なくとも１つのヌクレオチドの大部分を含んで成るヌクレオチド組、ここでリボヌクレオチドとして供給されるヌクレオチド塩基が個々の配列セグメントのユニーク5’ヌクレオチド塩基に対して相補的であり；及び
ｃ）デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチド組込み活性を含んで成るヌクレオチド組込み生触媒成分、を含んで成る反応混合物。
〔項８〕
ポリヌクレオチド対を形成するために5’部分及び3’部分を含んで成る第２ポリヌクレオチドをさらに含んで成り、ここで前記ポリヌクレオチド対における個々のポリヌクレオチドが等質量の5’部分配列セグメントを含んで成る項７記載の反応混合物。
〔項９〕
ａ）5’部分及び3’部分を含んで成る第１ポリヌクレオチド、ここで前記5’部分は１又は複数の連続配列セグメントを含んで成り、ここで個々の配列セグメントは少なくとも３個のヌクレオチド塩基を含んで成り、そして個々の配列セグメントの5’−末端ヌクレオチド塩基は１つの配列セグメント内でユニークであり、そして個々の配列セグメントにおいて同じであり；そして前記3’部分は、標的核酸にハイブリダイズし、そして増幅条件下で延長されるのに、実質的に十分、相補的である配列セグメントを含んで成り；
ｂ）デオキシリボヌクレオチド（dNTP）の形での少なくとも２つのヌクレオチド塩基、及びリボヌクレオチド（rNTP）の形での少なくとも１つのヌクレオチドの実質的に大部分を含んで成るヌクレオチド組、ここでリボヌクレオチドとして供給されるヌクレオチド塩基が個々の配列セグメントのユニーク5’ヌクレオチド塩基に対して相補的であり；及び
ｃ）デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチド組込み活性を含んで成るヌクレオチド組込み生触媒成分、を含んで成るキット。
〔項１０〕
陽性対照標的核酸配列をさらに含んで成る項９記載のキット。
〔項１１〕
ポリヌクレオチド対を形成するために5’部分及び3’部分を含んで成る第２ポリヌクレオチドをさらに含んで成り、ここで前記ポリヌクレオチド対における個々のポリヌクレオチドが等質量の5’部分配列セグメントを含んで成る項９記載のキット。
〔項１２〕
ａ）5’部分及び3’部分を含んで成る第１鎖、ここで前記5’部分は複数の連続配列セグメントを含んで成り、ここで個々の配列セグメントは少なくとも３個のヌクレオチド塩基を含んで成り、等質量のものであり、そして個々の配列セグメントの5’−末端ヌクレオチド塩基は１つの配列セグメント内でユニークであり、そして個々の配列セグメントにおいて同じであり；そして前記3’部分は、少なくとも５個のヌクレオチドを含んで成り；及び
ｂ）前記第１鎖に対して相補的であり、そして１又は複数の連続配列セグメントを含んで成る配列セグメントを含んで成る3’部分を含んで成る第２鎖（ここで個々の配列セグメントの3’末端ヌクレオチドがNMPである）を含んで成る二本鎖ポリヌクレオチドを含んで成るアンプリコン。
〔項１３〕
ａ）項12記載のアンプリコンを含んで成る組成物；
ｂ）容器における又は支持体上の温度を調節するために、前記容器又は支持体と熱伝達するよう形状化された少なくとも１つの熱モジュレーター；
ｃ）前記容器又は支持体に及び/又はそれから試薬を移行する少なくとも１つの試薬移行成分；及び
ｄ）前記容器において又は支持体上に生成される１又は複数の配列セグメントの質量を検出するよう形状化された少なくとも１つの検出器を含んで成る少なくとも１つの容器又は支持体を含んで成るシステム。
〔項１４〕
−容器における又は支持体上の温度の調節をもたらすための熱モジュレーター、
−容器への及び/又はそれから、又は支持体上への試薬の移行をもたらすための試薬移行成分、及び/又は
−容器において又は支持体上で生成される配列セグメントの質量の検出をもたらすための検出器、に操作可能的に連結される少なくとも１つの制御器をさらに含んで成る項13記載のシステム。
〔項１５〕
ａ）5’部分が複数の連続配列セグメントを含んで成り、ここで個々の配列セグメントは、少なくとも３個のヌクレオチド塩基を含んで成り、等質量のものであり、そして個々の配列セグメントの5’末端ヌクレオチド塩基が１つの配列セグメント内でユニークであり、そして個々の配列セグメントにおいて同じであり；そして
ｂ）3’部分が少なくとも５個のヌクレオチドを含んで成る、5’部分及び3’部分を含んで成る、100個以下の長さの塩基であるポリヌクレオチド。