【手続補正書】
【提出日】平成24年7月19日(2012.7.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体−細胞傷害性剤抱合体であって、
配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７で示したアミノ酸配列を含むタンパク質に特異的に結合する単離された抗体又はその抗原結合フラグメントと、
前記抗体又はその抗原結合フラグメントに結合された細胞傷害性剤とを含む抗体−細胞傷害性剤抱合体。
【請求項２】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である請求項１に記載の抗体−細胞傷害性剤抱合体。
【請求項３】
前記モノクローナル抗体はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ）に寄託され受諾番号ＰＴＡ−５８０１に指定されたハイブリドーマから得られるＭ１５−６８（２）１８．１．１である請求項２に記載の抗体−細胞傷害性剤抱合体。
【請求項４】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントはヒト抗体、ヒト化抗体又はキメラ抗体である請求項１又は２に記載の抗体−細胞傷害性剤抱合体。
【請求項５】
前記細胞傷害性剤はタキソール、アクチノマイシン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ゲロニン及びカリケアミシンからなる群から選択される化学療法剤である請求項１の抗体−細胞傷害性剤抱合体。
【請求項６】
前記細胞傷害性剤は、ジフテリアトキシン、エノマイシン、フェノマイシン、シュードモナス外毒素（ＰＥ）Ａ、ＰＥ４０、アブリン、アブリンＡ鎖、ミトゲリン、モデッシンＡ鎖及びα‐サルシンからなる群から選択される細胞傷害性剤である請求項１の抗体−細胞傷害性剤抱合体。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体−細胞傷害性剤抱合体と、
医薬的に許容し得る担体とを含む組成物。
【請求項８】
インビトロにおいて皮膚癌細胞の成長を阻害する方法であって、
請求項７に記載の組成物が前記皮膚癌細胞に投与されること、
前記皮膚癌細胞は、配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７で示したアミノ酸配列を含むタンパク質を発現すること、及び、
当該投与によって前記皮膚癌細胞の成長が阻害されることを特徴とする方法。
【請求項９】
配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７で示したアミノ酸配列を含むタンパク質を発現する皮膚癌細胞の成長を阻害する製剤の調製のための請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体−細胞傷害性剤抱合体の使用。
【請求項１０】
インビトロにおいてタンパク質を発現する皮膚癌細胞に抗体−細胞傷害性剤抱合体を送達する方法であって、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体−細胞傷害性剤抱合体を前記細胞に投与すること、及び
当該投与によって、前記細胞に前記抗体−細胞傷害性剤抱合体を送達させることを特徴とする方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６８１】
なお、本発明は、以下の好ましい実施形態も含む。
（形態１）
ａ）図２のタンパク質の８、９、１０又は１１個の連続するアミノ酸からなるペプチド；
ｂ）表５〜表１８のペプチド
ｃ）表２２〜表４５のペプチド；又は
ｄ）表４６〜表４９のペプチド
を含む、から実質的になる、又はからなる組成物。
（形態２）
免疫応答を誘発する形態１の組成物。
（形態３）
図２に示した全アミノ酸配列と少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％相同であるか、又は同一である形態２のタンパク質。
（形態４）
図２のタンパク質と特異的に結合する抗体によって結合される形態２のタンパク質。
（形態５）
図２のタンパク質のアミノ酸配列からの、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）ポリペプチドエピトープ又はその類似体を含むことを特徴とする形態２の組成物。
（形態６）
前記エピトープは図２の全アミノ酸配列ではないという条件によって更に制限される形態５の組成物。
（形態７）
前記ポリペプチドは図２のタンパク質の全アミノ酸配列ではないという条件によって更に制限される形態２の組成物。
（形態８）
図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープを含む形態２の組成物。
（形態９）
前記エピトープは図２の全アミノ酸配列ではないという条件によってされに制限される形態８の組成物。
（形態１０）
前記抗体エピトープは、当該ペプチドの末端まで任意の整数で増加する図２の少なくとも５アミノ酸のペプチド領域を含み、
前記エピトープは、
ａ）図５の親水性プロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｂ）図６の疎水性親水性プロファイルの０．５より小さい値を有するアミノ酸位置、
ｃ）図７のパーセント接触可能残基プロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｄ）図８の平均可撓性プロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｅ）図９のベータ−ターンプロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｆ）前記ａ）〜ｅ）の少なくとも２つの組合せ、
ｇ）前記ａ）〜ｅ）の少なくとも３つの組合せ、
ｈ）前記ａ）〜ｅ）の少なくとも４つの組合せ、
ｉ）前記ａ）〜ｅ）の５つの組合せ、
から選択されるアミノ酸位置を含むことを特徴とする形態８の組成物。
（形態１１）
形態１のタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
（形態１２）
図２に示された核酸分子を含む形態１１のポリヌクレオチド。
（形態１３）
前記コードされたタンパク質は図２の全アミノ酸配列ではないという条件によって更に制限される形態１２のポリヌクレオチド。
（形態１４）
形態１１のポリヌクレオチドに完全に相補的なポリヌクレオチドを含む組成物。
（形態１５）
１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の核酸ＯＲＦ配列又はその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含み、
前記部分配列は長さにおいて１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５連続ＲＮＡヌクレオチドでありかつｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に相補的な配列と非相補的な配列を含むことを特徴とする１５８Ｐ１Ｄ７ｓｉＲＮＡ組成物。
（形態１６）
形態１の付加的ペプチドをコードする付加的ヌクレオチド配列を更に含む形態１３のポリヌクレオチド。
（形態１７）
図２のタンパク質に向けられた哺乳類免疫応答を惹起する方法であって、
該方法は、前記哺乳類の免疫系の細胞を
ａ）１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質及び／又は
ｂ）該１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質をコードするヌクレオチド配列
の一部に接触させることにより、該１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に対する免疫応答が惹起されることを含む方法。
（形態１８）
形態１７の免疫応答惹起方法であって、
少なくとも１つのＴ細胞エピトープ又は少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質を用意すること、及び
前記エピトープを哺乳類免疫系Ｔ細胞又はＢ細胞に接触させることにより、Ｔ細胞又はＢ細胞が活性化されること
を含む方法。
（形態１９）
前記免疫系細胞はＢ細胞であり、そのため活性化されたＢ細胞は、前記１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生することを特徴とする形態１８の方法。
（形態２０）
前記免疫系細胞は細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、そのため活性化されたＣＴＬは、前記１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質を発現する自己細胞を死滅することを特徴とする形態１８の方法。
（形態２１）
前記免疫系細胞はヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、そのため活性化されたＨＴＬは、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞障害活性又はＢ細胞の抗体産生活性を促進するサイトカインを分泌することを特徴とする形態１８の方法。
（形態２２）
サンプル中の図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡの存在を検出する方法であって、
前記サンプルを少なくとも１つの１５８Ｐ１Ｄ７ｃＤＮＡプライマーを用いる逆転写にかけることにより、該サンプル中にｍＲＮＡが存在する場合ｃＤＮＡが産生されること；
産生されたｃＤＮＡを、センスプライマー及びアンチセンスプライマーとしての１５８Ｐ１Ｄ７ポリヌクレオチドを用いて増幅すること；及び
増幅された１５８Ｐ１Ｄ７ｃＤＮＡの存在を検出すること、
この場合、増幅された１５８Ｐ１Ｄ７ｃＤＮＡの存在は、図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡの前記サンプル中における存在の指標であること
を含むことを特徴とする方法。
（形態２３）
サンプル中における１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質又は１５８Ｐ１Ｄ７関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、以下のステップ：
前記サンプルを１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質又は１５８Ｐ１Ｄ７関連ポリヌクレオチドに特異的に結合する物質と接触させて複合体を形成すること；及び、
前記サンプル中における前記複合体の存在又は量を求めること
を含むことを特徴とする方法。
（形態２４）
サンプル中の１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質の存在を検出するための、形態２３の方法であって、以下のステップ：
前記サンプルを何れも１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に特異的に結合する抗体又はそのフラグメントと接触させて、結合した場合複合体を形成すること；及び、
前記サンプル中における前記複合体の存在又は量を求めること
を含むことを特徴とする方法。
（形態２５）
生物学的サンプル中の１又は２以上の１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子産物をモニターするための、形態２３の方法であって、
１つの個体からの組織サンプル中の細胞によって発現された１又は２以上の１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子産物の状態を検出すること；
前記検出された状態と、相応の標準サンプル中の１又は２以上の１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子産物の状態とを比較すること；及び
前記標準サンプルに対する前記組織サンプル中における１５８Ｐ１Ｄ７の異常発現状態の存在を同定すること
を含むことを特徴とする方法。
（形態２６）
１５８Ｐ１Ｄ７ｍＲＮＡ又は１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の１又は２以上の増加された遺伝子産物が存在するか否かを求めるステップを更に含み、前記標準組織サンプルに対する前記試験サンプル中における１又は２以上の増加された遺伝子産物の存在は癌の存在又は状態の指標であることを特徴とする形態２５の方法。
（形態２７）
前記組織は表１に示された組織のセットから選択されることを特徴とする形態２６の方法。
（形態２８）
図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する組成物であって、
ａ）図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する物質、又はｂ）図２のタンパク質によって制御又は生成される分子を含む組成物。
（形態２９）
１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の核酸ＯＲＦ配列又はその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含み、
前記部分配列は長さにおいて１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５連続ＲＮＡヌクレオチドでありかつｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に相補的な配列と非相補的な配列を含むことを特徴とする形態２８の１５８Ｐ１Ｄ７ｓｉＲＮＡ組成物。
（形態３０）
生理学的に許容可能な担体を更に含む形態２８の組成物。
（形態３１）
ヒト最小投薬単位形態の形態２８の組成物を含む医薬組成物。
（形態３２）
前記物質は、図２のタンパク質と特異的に結合する抗体又はそのフラグメントを含むことを特徴とする形態２８の組成物。
（形態３３）
モノクローナルである形態３２の抗体又はそのフラグメント。
（形態３４）
ヒト抗体、ヒト化抗体又はキメラ抗体である形態３２の抗体。
（形態３５）
形態３２の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。
（形態３６）
形態３３の抗体を産生するハイブリドーマ。
（形態３７）
前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の生存能力、成長又は複製状態を減少又は阻害することを特徴とする形態２８の組成物。
（形態３８）
前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の生存能力、成長又は複製状態を増加又は促進することを特徴とする形態２８の組成物。
（形態３９）
前記物質は、
ａ）何れも図２のタンパク質と免疫特異的に結合する抗体又はそのフラグメント；
ｂ）何れも図２のタンパク質と免疫特異的に結合する抗体又はそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド；
ｃ）１５８Ｐ１Ｄ７コード配列を有するポリヌクレオチド切断するリボザイム、又は該リボザイムをコードする核酸分子；及び生理学的に許容可能な担体；
ｄ）特定のＨＬＡ分子と関連して１５８Ｐ１Ｄ７ペプチド部分配列を特異的に認識するヒトＴ細胞；
ｅ）図２のタンパク質、又は図２のタンパク質のフラグメント；
ｆ）図２のタンパク質をコードするヌクレオチド、又は図２のタンパク質のフラグメントをコードするヌクレオチド；
ｇ）図２のタンパク質の８、９、１０又は１１連続アミノ酸のペプチド；
ｈ）表５〜表１８のペプチド；
ｉ）表２２〜表４５のペプチド；
ｊ）表４６〜表４９のペプチド；
ｋ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープ；
ｌ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープをコードするポリヌクレオチド；又は
ｍ）１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の核酸ＯＲＦ配列又はその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含み、該部分配列が長さにおいて１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５連続ＲＮＡヌクレオチドでありかつｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に相補的な配列と非相補的な配列を含む１５８Ｐ１Ｄ７ｓｉＲＮＡ組成物
を含む群から選択されることを特徴とする形態２８の組成物。
（形態４０）
図２のタンパク質を発現する癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害する方法であって、
前記癌細胞に形態２８の組成物を投与して、該癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害すること
を含む方法。
（形態４１）
前記組成物は、何れも１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に特異的に結合する抗体又はそのフラグメントを含むことを特徴とする形態４０の方法。
（形態４２）
前記組成物は、（ｉ）１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質、又は（ｉｉ）１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド若しくは１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質のコード配列に相補的なポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを含むことを特徴とする形態４０の方法。
（形態４３）
前記組成物は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含むことを特徴とする形態４０の方法。
（形態４４）
前記組成物は前記癌細胞に対するヒトＴ細胞であり、該ヒトＴ細胞は図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、該部分配列は前記特定のＨＬＡ分子に関連していることを特徴とする形態４０の方法。
（形態４５）
前記組成物は単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを運搬するベクターを含み、該コードされた単鎖抗体は図２のタンパク質を発現する癌細胞の内部で細胞内発現されることを特徴とする形態４０の方法。
（形態４６）
図２のタンパク質を発現する細胞に剤を送達する方法であって、
形態３２の抗体又はそのフラグメントとコンジュゲートされた剤を与えること；及び
前記細胞と、前記抗体−剤コンジュゲート又はフラグメント−剤コンジュゲートを接触させること
を含む方法。
（形態４７）
図２のタンパク質を発現する癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害する方法であって、
前記癌細胞に形態２８の組成物を投与して、該癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害すること
を含む方法。
（形態４８）
表１に列挙した組織の癌を阻止又は治療するための情報を、当該阻止又は治療の必要な被検体に対しターゲティングする方法であって、
被検体からのサンプル中における、表１に列挙した組織の癌と関連するポリヌクレオチドの発現の有無を検出すること、但し、前記ポリヌクレオチドの発現は、
（ａ）図２のヌクレオチド配列；
（ｂ）図２のヌクレオチド配列によってコードされたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）図２のヌクレオチド配列によってコードされたアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
からなる群から選択される；及び
前記サンプル中における前記ポリヌクレオチドの発現の有無に基づいて、表１に列挙した組織の癌を阻止又は治療するための情報を、当該阻止又は治療の必要な被検体に向けること
を含む方法。
（形態４９）
前記情報は表１に列挙された組織の癌のための検出手順又は治療の記述を含むことを特徴とする形態４８の方法。
（形態５０）
細胞増殖を調節する候補分子を同定するための方法であって、
（ａ）試験分子を
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列；
（ｉｉ）図３に示したアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に示したアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び
（ｉｖ）前記（ｉ）、（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に導入するか、又は
試験分子を前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に導入すること；及び
（ｂ）前記試験分子と前記ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の有無を決定し、該試験分子と該ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の存在により、該試験分子は、細胞増殖を調節する候補分子として同定されること、
を含む方法。
（形態５１）
前記系は動物であることを特徴とする形態５０の方法。
（形態５２）
前記系は細胞であることを特徴とする形態５０の方法。
（形態５３）
前記試験分子は、前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメントを含むことを特徴とする形態５０の方法。
（形態５４）
被検体において表１に列挙された組織の癌を治療するための方法であって、
形態５０の方法によって同定された候補分子を、治療の必要のある被検体に投与することにより、該候補分子が該被検体内の表１に列挙された組織の癌を治療することを特徴とする方法。
（形態５５）
表１に列挙された組織の癌を治療するための候補薬を同定するための方法であって、
（ａ）試験分子を
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列；
（ｉｉ）図３に示したアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に示したアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び
（ｉｖ）前記（ｉ）、（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に導入するか、又は
試験分子を前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に導入すること；及び
（ｂ）前記試験分子と前記ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の有無を決定し、該試験分子と該ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の存在により、該試験分子は、表１に列挙された組織の癌を治療するための候補薬として同定されること、
を含む方法。
（形態５６）
前記系は動物であることを特徴とする形態５５の方法。
（形態５７）
前記系は細胞であることを特徴とする形態５５の方法。
（形態５８）
前記試験分子は、前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメントを含むことを特徴とする形態５５の方法。
更に本発明は、以下の変化形態も含む。
抗体−細胞傷害性剤抱合体であって、配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７で示したアミノ酸配列を含むタンパク質に特異的に結合する単離された抗体又はその抗原結合フラグメントと、前記抗体又はその抗原結合フラグメントに結合された細胞傷害性剤とを含む抗体−細胞傷害性剤抱合体。好ましくは、前記抗体又はその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である。好ましくは、前記モノクローナル抗体はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ）に寄託され受諾番号ＰＴＡ−５８０１に指定されたハイブリドーマから得られるＭ１５−６８（２）１８．１．１である。好ましくは、前記抗体又はその抗原結合フラグメントはヒト抗体、ヒト化抗体又はキメラ抗体である。好ましくは、前記細胞傷害性剤はタキソール、アクチノマイシン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ゲロニン及びカリケアミシンからなる群から選択される化学療法剤である。好ましくは、前記細胞傷害性剤は、ジフテリアトキシン、エノマイシン、フェノマイシン、シュードモナス外毒素（ＰＥ）Ａ、ＰＥ４０、アブリン、アブリンＡ鎖、ミトゲリン、モデッシンＡ鎖及びα‐サルシンからなる群から選択される細胞傷害性剤である。
前記抗体−細胞傷害性剤抱合体と、医薬的に許容し得る担体とを含む組成物。
インビトロにおいて皮膚癌細胞の成長を阻害する方法であって、前記組成物が前記皮膚癌細胞に投与されること、前記皮膚癌細胞は、配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７で示したアミノ酸配列を含むタンパク質を発現すること、及び、当該投与によって前記皮膚癌細胞の成長が阻害されることを特徴とする方法。
配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７で示したアミノ酸配列を含むタンパク質を発現する皮膚癌細胞の成長を阻害する製剤の調製のための前記抗体−細胞傷害性剤抱合体の使用。
インビトロにおいてタンパク質を発現する皮膚癌細胞に抗体−細胞傷害性剤抱合体を送達する方法であって、前記抗体−細胞傷害性剤抱合体を前記細胞に投与すること、及び
当該投与によって、前記細胞に前記抗体−細胞傷害性剤抱合体を送達させることを特徴とする方法。