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　平成　５年特許願第３４７０１７号「蛋白質とその製造方法並びに用途」拒絶査定不服審判事件〔平成　７年　７月２５日出願公開、特開平　７−１８８２９１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続きの経緯・本願発明
　本願は、平成５年１２月２７日の出願であって、その請求項１〜５に係る発明は、平成１５年１１月１７日付手続補正書によって補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜５に記載されたとおりのものと認められるところ、そのうちの請求項１に係る発明（以下、「本願発明１」という）は次のとおりである。
　
「下記の一般式で表される構造を有するアスパラギン結合型の糖鎖のいずれかが結合している下記（１）乃至（８）の理化学的性質を有することを特徴とするスギ花粉に由来する蛋白質；ただし、式中、（Ｘ、Ｘ′、Ｘ″、Ｙ、Ｙ′）が、それぞれ、（Ｆｕｃα１、ＯＨ、ＯＨ、ＯＨ、ＯＨ）、（ＯＨ、ＯＨ、Ｆｕｃα１、ＯＨ、Ｇａｌβ１）、（Ｆｕｃα１、ＯＨ、Ｆｕｃα１、ＯＨ、Ｇａｌβ１）、又は、（Ｆｕｃα１、Ｆｕｃα１、Ｆｕｃα１、Ｇａｌβ１、Ｇａｌβ１）という組み合わせのものに限る。
一般式：【化１】　（構造式は省略）
（１）分子量
４４，０００乃至５４，０００ダルトン（ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動）
（２）等電点
８．５乃至９．２（等電点電気泳動）
（３）Ｃ末端アミノ酸配列
−Ａｓｎ−Ｇｌｙ−Ａｓｎ−Ａｌａ−Ｔｈｒ−Ｐｒｏ−Ｇｌｎ−Ｌｅｕ−Ｔｈｒ−Ｌｙｓ−Ａｓｎ−Ａｌａ−Ｇｌｙ−Ｖａｌ−Ｌｅｕ−Ｔｈｒ−Ｃｙｓ−Ｓｅｒ−Ｌｅｕ−Ｓｅｒ−Ｌｙｓ−Ａｒｇ−Ｃｙｓで表されるＣ末端アミノ酸配列を有する。
（４）糖含量
分子中に、糖鎖を重量で約５乃至２０％含む。
（５）紫外線吸収スペクトル
２８０ｎｍ付近に吸収極大を有する。
（６）溶剤への溶解性
水、生理食塩水及び燐酸緩衝液に可溶である。
（７）生物作用
花粉症患者の血液から採取したイムノグロブリンＥ抗体に結合する。花粉症を惹起する。
（８）安定性
水溶液（ｐＨ７．２）中、１００℃で１０分間加熱すると失活する。水溶液（ｐＨ７．２）中、４℃で１ヶ月間放置しても、実質的に失活しない。」
　
２．引用刊行物記載の発明
（ａ）原査定の拒絶の理由に引用文献３として引用された、FEBS Letters, Vol.239, No.2, 1988, p.329-332（以下、「引用例３」という。）は、「ニホンスギ花粉の主要アレルゲンであるCryjIのＮ末端アミノ酸配列」と題する論文であって、植物の花粉は、季節的なアレルギー症の原因となる物質であって、日本では、ニホンスギ花粉症を患った患者の数が徐々に増加していること（第329頁左欄2行〜6行）、及び、ニホンスギ花粉から精製された主要アレルゲンであるSBP（CryjI）は、５つのサブフラクションに分離され、すべてのサブフラクションは、ニホンスギ花粉症患者からのIgE抗体と反応することが確認されたことが記載されている（第329頁要約1行〜3行）。（記載事項（ａ１））
　また、CryjIの精製方法は「Yasueda et al.[1]（(1983)J.Allergy Clin.Immunol.71,77-86）」に記載された方法において、ポリサッカライドを除去するためにセタブロンを用いるという若干の修飾を加えたことが記載されており（第330頁左欄2行〜5行）、さらに、pH7.8の20mMTris-HCl緩衝液で平衡化したMonoＳFPLCカラムを用いて、25-100mMTris-HCl、pH7.0による直線勾配で溶出すると、５つのサブフラクションのピークに分かれたことが記載されている（第330頁左欄下27行〜下23行）。（記載事項（ａ２））
　さらに、この５つのサブフラクションをSDS-PAGE分析において均一になるまで精製したところ、５つのサブフラクションのそれぞれは、50〜45kDaの単一のバンドを示したこと（第330頁左欄下19行〜下12行）、そして、５つのサブフラクションのＮ末端のアミノ酸配列を分析したところ、Aspから始まる20アミノ酸残基は、すべて一致することが記載されている（第330頁右欄6行〜12行）。（記載事項（ａ３））。
　また、５つのサブフラクションは、分子量が若干異なるものではあるが、N末端配列分析によると、同一の蛋白質であるかもしれないこと（第331頁右欄6行〜9行）、５つのサブフラクション間の分子量の若干の相違は、部分的なＮ結合型糖鎖の存在によるものであることが記載されている（第332頁左欄下4行〜下1行）。（記載事項（ａ４））
　
（ｂ）原査定の拒絶の理由に引用文献４として引用された、J. Allergy Clin. Immunol.,Vol.71, No.1, Part1,1983,p.77-86（以下、「引用例４」という。）は、ニホンスギ花粉由来の主要アレルゲンの単離と部分的特徴付け」と題する論文であって、ニホンスギ花粉を0.125Mの重炭酸アンモニウム（pH8.0）で20℃で48時間で処理して抽出し、遠心分離により上清を採取し、0.125Mの重炭酸アンモニウムで24時間抽出し、上清を5mMの重炭酸アンモニウムで透析し、凍結乾燥して、素抽出物（CE）を得たことが記載されており（第77頁右欄第5行〜14行）、該素抽出物を0.05MTris-HCl（pH7.8)に溶解し、硫酸アンモニウム８０％飽和になるように加えて塩析し、沈殿を0.05MTris-HCl（pH7.8)に溶解して、同じTris緩衝液で平衡化したDEAEセルロースに負荷し、同じTris緩衝液を通液し、フラクションAとして分画を集め、フラクションAを負圧濾過により濃縮し、0.01M酢酸緩衝液（pH5.0）に透析し、CMセファロースに負荷し、0.3M塩化ナトリウムを含む0.1M燐酸緩衝液で段階的に溶出して得たフラクションDを負圧濾過により濃縮して、さらにゲル濾過したことが記載されている（第78頁左欄第2行〜右欄2行及び図１）。（記載事項（ｂ））
　
（ｃ）原査定の拒絶の理由に引用文献５として引用され、本願の出願日前である平成５年１月２１日に頒布された、国際公開第９３／０１２１３号パンフレット（以下、「引用例５」という。）には、スギ花粉アレルゲン蛋白質CryjIについて、引用例３を参照文献として記載しており（第2頁7行〜14行）、ニホンスギ花粉からRNAを回収してcDNAを調製し、スギ花粉アレルゲン蛋白質CryjIの全長のcDNA配列を決定したことが記載されており（第28頁7行〜13行）、そのcDNA塩基配列及び推定アミノ酸配列は、配列番号１として、第40〜42頁に記載されている。
　また、CryjIには３つのアイソフォームが存在し、これらのアイソフォームの等電点は、約9.5〜8.6であり、平均等電点は9.0であること（第19頁下3行〜第20頁第1行）、そして、３つのアイソフォームの分子量及び等電点がある程度相違するのは、グリコシル化などの翻訳後修飾によるものであるかもしれないことが記載されている（第20頁6行〜7行）。
　
３．当審の判断
（１）対比
　引用例３には、ニホンスギの主要な花粉アレルゲンである「CryjI」が記載されており、精製方法として参照されている文献「Yasueda et al.[1]」は（記載事項（ａ２））、上記２．（ｂ）で認定した引用例４のことである。そして、引用例４に記載されたニホンスギ花粉からの主要アレルゲンの精製方法は、上記記載事項（ｂ）のとおりである。
　また、引用例５は、「CryjI」のcDNAの塩基配列及びアミノ酸配列を記載するものである。
　
　本願発明１と引用例３に記載されたスギ花粉アレルゲン蛋白質「CryjI」を対比する。
　本願発明１の花粉アレルゲン蛋白質の分子量は、44,000〜54,000（SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動）と特定されているが、引用例３に記載された「CryjI」の分子量は、SDS-PAGE（「SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動」と同義）により、45,000〜50,000であって（記載事項（ａ３））、本願発明１で特定する範囲に含まれるものである。
　また、引用例３に記載の「CryjI」は、花粉症患者のＩｇＥ抗体と結合するものであって、ニホンスギ花粉症の原因となる花粉の主要アレルゲンであるから（記載事項（ａ１））、花粉症を惹起するものであるといえる。
　したがって、両者は、「スギ花粉に由来する蛋白質」であって、分子量が「44,000〜54,000（SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動）」であり、「花粉症患者の血液から採取したイムノグロブリンＥ抗体に結合する」、及び、「花粉症を惹起する」という生物作用を有する点で一致し、下記の点で一応相違する。
［相違点］本願発明１は、蛋白質に結合している糖鎖が特定され、理化学的性質として、等電点、Ｃ末端アミノ酸配列、糖含量、紫外線吸収スペクトル、溶剤への溶解性、安定性が特定されているのに対し、引用例３には、それらについて特に記載されていない点において一応相違する。
　
（２）判断
　上記の一応の相違点について検討する。
（２−１）Ｃ末端アミノ酸配列について
　本願発明１に係る蛋白質について、請求項１においてそのＣ末端アミノ酸配列を特定している。
　引用例３には、「CryjI」のＣ末端アミノ酸配列について記載されていないが、「CryjI」の全長アミノ酸配列を開示する引用例５の配列番号１をみると、そのＣ末端配列は、本願発明１で特定するＣ末端アミノ酸配列と完全に一致するものである。したがって、引用例３に記載された「CryjI」は、本願発明１で特定されたＣ末端アミノ酸配列と同一の配列を有するものである。
　以上のとおりであるから、この点は相違点にはならない。
　
（２−２）その他の理化学的性質について
　本願発明１の蛋白質について、本願明細書には、以下の事項が記載されている。
（ア）「【実験例１　蛋白質の精製】
  千葉県産のオモテスギの雄花から採取した花粉１重量部を約１６重量部の０．１２５Ｍ炭酸水素ナトリウム水溶液（ｐＨ８．２）に浮遊させ、撹拌しながら４℃で１時間抽出後、遠心分離により上清を採取した。残渣を同様に再処理し、得られた上清と初回の抽出で得られた上清をプールし、これにセタブロンを０．１％（ｗ／ｖ）加え、遠心分離後、硫酸アンモニウムを８０％飽和になるように加えて蛋白質成分を塩析した。沈澱部分を５０ｍＭトリス−塩酸緩衝液（ｐＨ７．８）に対して１０時間透析し、濾過後、予め５０ｍＭトリス−塩酸緩衝液（ｐＨ７．８）で平衡化させておいたＤＥＡＥ−セファデックスカラムに負荷し、カラムに５０ｍＭトリス−塩酸緩衝液（ｐＨ７．８）を通液して得られる非吸着画分を採取した。
 この非吸着画分に酢酸を加えてｐＨ５．０に調製した後、予め１０ｍＭ酢酸緩衝液（ｐＨ５．０）で平衡化させておいたＣＭ−セファデックスカラムに負荷し、１０ｍＭ酢酸緩衝液（ｐＨ５．０）を通液してカラムを洗浄した後、０．１Ｍ燐酸緩衝液（ｐＨ７．０）と０．３Ｍ塩化ナトリウムからなる溶離液を通液して蛋白質成分を溶出させた。採取した蛋白質成分を含む画分を、今度は、予め１０ｍＭ燐酸緩衝液で平衡化させておいたＭｏｎｏ−Ｓカラムに負荷し、０Ｍから０．５Ｍに上昇する塩化ナトリウムの濃度勾配下でカラムに１０ｍＭトリス−塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を通液したところ、塩化ナトリウムの濃度が０．１乃至０．３Ｍのときに当該蛋白質が溶出した。最後に、常法により、精製蛋白質を含む画分を濃縮し、凍結乾燥して以下の実験に供した。なお、収量は、原料のスギ花粉固形分当たりに換算して約０．０２％であった。」（【００１６】〜【００１７】）。　
（イ）「反応容器に精製蛋白質を１ｍｇとり、・・・０．２Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ８．６）３００μｌに溶解し、トリプシンを１５μｇ加え、３７℃で１７時間インキュベートした。 得られたトリプシン消化物を０．１％（ｖ／ｖ）トリフルオロ酢酸を含む蒸留水で平衡化させたバイダック社製高速液体クロマトグラフィー用カラム『２１８ＴＰ５４』に負荷し、・・・その後、溶出画分からペプチド断片を含む画分を採取し、その一部を試験管にとり、レゾルシノール法により中性糖の有無を調べたところ、２種類のペプチド断片に中性糖が検出された。これらペプチド断片を『ペプチド断片Ａ』又は『ペプチド断片Ｂ』と命名し、常法により、アプライド・バイオシステム社製アミノ酸シーケンサ『４７３Ａ型』を使用してアミノ酸配列を分析した。その結果、ペプチド断片Ａ、Ｂは、下記の表１に示すアミノ酸配列を有することが判明した。
表１
ペプチド断片Ａ：Glu-Ala-Phe-Asn-Val-Glu-Asn-Gly-X-Ala-Thr-Pro-Gln-Leu-Thr-Lys
ペプチド断片Ｂ：Thr-Ala-Thr-Asn-Ile-Trp-Ile-Asp-His-Asn-Ser-Phe-Ser-X-Ser-Ser-Asp-Gly-Leu-Val-Asp-Val-Thr-Leu-Thr-Ser-Thr-Gly-Val-Thr-Ile-Ser-Asn-Asn-Leu-Phe-Phe-Asn-His-His-Lys」（【００２６】〜【００２８】）
　
　上記記載事項（ア）によると、本願発明１の蛋白質の原料である「オモテスギ」の英名は「Japanese cedar」、すなわち、「ニホンスギ」のことであるから、引用例３に記載された「CryjI」の原料と同じである。また、引用例３の蛋白質の精製方法は、引用例４に記載された方法にセタブロンの添加という若干の修飾を加えたものであるが、この精製方法は、本願発明１の蛋白質の精製方法と実質的に同一の工程からなるものである。
　また、記載事項（イ）に示された、本願発明１の蛋白質を分解して生じた部分ペプチド断片Ａ及びＢのアミノ酸配列は、それぞれ、引用例３の「CryjI」の全長アミノ酸配列を示す引用例５の配列番号１における３２５位〜３４０位及び１５７位〜１９７位のアミノ酸配列と完全に一致する。
　さらに、引用例５に記載された「CryjI」の等電点もその数値範囲の大部分で重複している。
　このように、本願発明１と引用例３に記載のスギ花粉アレルゲン蛋白質は、共に花粉の由来がニホンスギであって、その精製方法が実質的に同一であり、上記したように、分子量、Ｃ末端アミノ酸配列、部分ペプチド断片Ａ及びＢのアミノ酸配列が一致し、等電点も実質的に一致していることからみて、両者は同一物質であると認められる。
　そうすると、引用例３には、「CryjI」について、それに結合する糖鎖構造、等電点、Ｃ末端アミノ酸配列、糖含量、紫外線吸収スペクトル、溶剤への溶解性、安定性に関する理化学的性質が特に記載されていないが、同一物質である本願発明１と同じ糖鎖構造をもつ蛋白質であって、同じ理化学的性質を有するものであると認められる。
　したがって、この点も実質的な相違点とはならない。
　
　以上のとおりであるから、本願発明１は引用例３に記載された発明であり、特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができない。
　
　なお、本願出願後の知見であるが、「Progress in Medicine, Vol.20,No12, 2000, p.2458-2463」には、「CryjI」は４つの糖鎖が結合した糖タンパク質であることが記載されており、図２にはその４つの糖鎖構造が記載されているが、それらの糖鎖は、本願明細書において記載する糖鎖Ａ〜Ｄ（【００４５】〜【００４８】）と一致するものである。このことからみて、結局のところ、本願発明１は、「CryjI」自体に係る発明であると認められ、引用例３に記載される「CryjI」と同一物質であることは明らかである。
　
（３）請求人の主張
(i)請求人は、平成１８年１２月４日付回答書において、各参考資料、特に参考資料２（「医学のあゆみ」,Vol.200,No.5,2002,p.358-362）は、「スギ花粉由来の蛋白質は、その糖鎖構造において、決して均一ではないこと」を示すものであって、「参考資料２の３５８頁右欄、２〜４行によれば、『スギ花粉アレルゲン』の一つである『Ｃｒｙｊ１がＳＤＳ−ＰＡＧＥにおいて２本の近接したバンドに分離する』」から、「参考資料２は、『同一の材料から同一の方法で得られＳＤＳ−ＰＡＧＥで単一バンドとなった』としても、糖鎖構造まで含めて必ず蛋白質であるとはいえないということを示すもの」である旨主張する（２．２−１．）。
　
　しかしながら、本願発明１自体、分子量、等電点、糖含量に幅があり、糖鎖も様々な組み合わせのものが包含されることから、そもそも、完全に均一な物質ではない。したがって、参考資料２が「スギ花粉由来の蛋白質は、その糖鎖構造において、決して均一ではないこと」を示していることが、同一材料から同一精製方法で得られた本願発明１の蛋白質と引用例３に記載された「CryjI」が糖鎖も含めて同一蛋白質であることを否定する根拠になるものではない。
　
（ii）また、請求人は、同回答書において、本願明細書段落００４６に記載した「糖鎖Ｂ」は、参考資料１及び３に記載されておらず、新規な糖鎖であり、そのような糖鎖までをも含めて、引用文献に記載されていたとまではいえないものであることを主張する（２．２−１．）。
　
　しかしながら、本願発明１と引用例３に記載のスギ花粉アレルゲン蛋白質は同一物質であって、引用例３に記載された「CryjI」は、本願発明１と同じ糖鎖を有するものと認められることは上記（２）で述べたとおりである。
　そして、「CryjI」が、本来、糖鎖Bが結合したものであったことが、その後に明らかになったからといって、糖鎖Bの特定により、本願発明１がCryjIとは異なる物質となるわけではないから、請求人の主張は失当である。
 
　なお、請求人は、同回答書において、請求項１を特定の「糖鎖構造を有する糖」に係る発明に補正し、請求項２〜５を削除する特許請求の範囲の補正案を提示している。
　しかしながら、本願の発明の詳細な説明には、「糖蛋白質」が花粉症の治療・予防に使用できることが記載されているが（【００９１】〜【０１０４】）、「糖」自体に係る発明の有用性は記載されておらず、自明でもないから、補正案の請求項１に係る発明は、当業者が容易に実施できる程度に、発明の詳細な説明が記載されているとは認められない。
　したがって、当該補正案は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たすものではないから、補正の機会を与える必要性はない。
　
４．むすび
　以上のとおり、本願発明１は、引用例３に記載された発明であって、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができないものであるから、その余の本願請求項に係る発明について判断するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　
　よって、結論のとおり審決する。