【事件の表示】
　平成　８年特許願第５１５８０７号「転写因子Ｅ２Ｆ−４」拒絶査定不服審判事件〔平成　８年　５月２３日国際公開、ＷＯ９６／１５２４３、平成１０年　９月　８日国内公表、特表平１０−５０９０３５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　出願の経緯及び本願発明
　本願は，１９９５年４月１８日（パリ条約による優先権主張，１９９４年１１月１５日，イギリス）を国際出願日とする出願であって，その請求項１〜１４に係る発明は，平成１８年８月２８日付けで提出された手続補正書によって補正された明細書の記載からみて，その特許請求の範囲に記載されたとおりのものと認められるところ，その請求項１及び請求項２に係る発明（以下，それぞれ「本願発明１」及び「本願発明２」という。）は次のとおりのものである。
　
「【請求項１】　以下の（ａ）または（ｂ）に記載の単離されたポリペプチド。
(ａ)　下記のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
　（アミノ酸配列は省略する。） 
(ｂ)　(ａ)に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み，かつＤＰ−1タンパク質，ｐＲｂ，ｐ１０７および／またはｐ１３０との複合体形成能を有するポリペプチド
【請求項２】　請求項１に記載のポリペプチドをコードする配列を含んでなる，単離されたポリヌクレオチドまたはその相補体。」
　
第２　当審の拒絶理由
　これに対し，当審において，平成１８年３月１４日付けで通知された拒絶理由の概要は，以下のとおりのものである。
　
「この出願に係る発明は，その出願前に頒布された刊行物であるJ. Virol., 1993, Vol.67(12), p.7641-7（以下，「引用例１」という。）及びMol. Cell Biol., 1993, Vol.13(12), p.7813-25（以下，「引用例２」という。）に記載された発明，並びに，出願時の技術常識に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。」
　
第３　当審の判断
１．本願発明１及び本願発明２について
　本願発明１及び本願発明２は，それぞれ，請求項１に記載のアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド（以下，「Ｅ２Ｆ−４」という。）に係るもの，並びに，該Ｅ２Ｆ−４をコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチド（以下，「Ｅ２Ｆ−４遺伝子」という。）に係るものであり，本願明細書及び図面（以下，「本願明細書等」という。）の記載によれば，Ｅ２Ｆ−４遺伝子は，ｐ１０７と相互作用する蛋白質をコードするｃＤＮＡを単離する目的で，全マウス胚ｃＤＮＡ発現ライブラリーを３２Ｐ標識ｐ１０７蛋白質プローブでスクリーニングして得られたｃＤＮＡクローンの一つに由来し，このｃＤＮＡによりコードされる蛋白質と既知の３種のＥ２Ｆ（Ｅ２Ｆ−１，２及び３）との相同性から「Ｅ２Ｆ−４」と称したものである（本願に係る公表公報である特表平１０−５０９０３５号（以下，「本願公表公報」という。）の第２１頁第１０〜２１行参照）。
　
２．引用文献に記載された発明について
　上記拒絶理由において引用した引用例１及び引用例２，並びに，該拒絶理由において本願優先日当時の技術常識を示すために参照した文献Cell, 1992, Vol.70, p.351-64（以下，「引用例３」という。），Cell, 1992, Vol.70, p.337-50（以下，「引用例４」という。），Mol. Cell Biol., 1992, Vol.12 (12), p.5620-31（以下，「引用例５」という。）には，それぞれ以下の記載がある。
　
（１）引用例１
ア．「
ｐ１０７結合蛋白質の分析：ｐ１０７は，ｐＲＢに結合するＥ２Ｆ−１と異なるＥ２Ｆの一つの型と結合する
イ．「ウイルス性癌遺伝子の細胞蛋白質への結合は，これらの細胞標的の活性を調節するものと考えられる。ｐ１０７蛋白質は，アデノウイルスＥ１Ａ，シミアンウイルス４０ラージＴ抗原，ヒトパピローマウイルスタイプ１６Ｅ７蛋白質を含む多くのウイルス性蛋白質の標的である。抗ｐ１０７モノクローナル抗体のパネルが，in vivoでｐ１０７と相互作用する細胞蛋白質を同定するのに用いられた。ｐ１０７結合蛋白質は，サイクリンＡ，サイクリンＥ，ｃｄｋ２を含んでいた。加えて，ｐ１０７は，ヒト骨髄性白血病細胞株であるＭＬ−１細胞中の６２〜６５及び５０ｋＤａのリン蛋白質と結合することがわかった。
６２〜６５ｋＤａの蛋白質は，転写因子Ｅ２Ｆの多くの特性を有するが，免疫学的及び生化学的特性によって，ｐＲＢに結合するＥ２Ｆ−１と区別された。
ウ．「アデノウイルスＥ１Ａのトランスフォーミング領域，シミアンウイルス４０ラージＴ抗原及びヒトパピローマウイルスタイプ１６Ｅ７遺伝子は，それらの癌遺伝子に本質的な相同性のある配列を含む。変異による分析は，この相同配列は，一組の細胞蛋白質とウイルス産物との安定的な蛋白質−蛋白質複合体を形成させることを示唆する（・・・）。この組は，網膜芽腫蛋白質（ｐＲＢ），サイクリンＡ，ｃｄｋ２，ｐ１３０及び
ｐＲＢ関連蛋白質ｐ１０７
エ．「
ｐ１０７とｐＲＢは，４０％より大きいアミノ酸配列の同一性を有する領域を含
オ．「６２〜６５ｋＤａ及びｐ３３ｃｄｋ２ｐ１０７結合蛋白質は，いくつかの異なる細胞株で検出されたが，Ｅ１Ａを含む２９３細胞由来のｐ１０７免疫沈降物には，６２〜６５ｋＤａ蛋白質は存在しなかった（図２Ｃ）。このことは，６２〜６５ｋＤａ蛋白質は，ｐ１０７のポケット領域（Ｅ１Ａ結合ドメイン）と結合し，２９７細胞中のＥ１Ａの存在により，解離することが示唆される。
これらの特徴は，ｐ１０７−Ｅ２Ｆ相互作用と類似のもの
ｐ１０７と共沈する６２〜６５ｋＤａリン蛋白質の少なくとも一つが，Ｅ２Ｆと同様のＤＮＡ結合特性を有する
カ．「これらの蛋白質をさらに比較する最も直接的な手法は，部分的な蛋白分解である。・・・この分析は，ｐ１０７結合蛋白質とｐＲＢ結合蛋白質は，異なるリン蛋白質であることを示唆するが，分析では，３２Ｐ標識のポリペプチドを使用したため，この結果は，Ｅ２Ｆのこれらのタイプが同一遺伝子産物の異なる改変体であるのか，異なる遺伝子産物であるのか決められない。」（第7645頁左欄第２段落）
キ．「ｐＲＢとｐ１０７の構造的な関係は，これら２つの蛋白質が同様の生化学的な活性を有することを示唆するが，ｐＲＢとｐ１０７は明らかに機能的に異なる。」（第7645頁右欄第１段落第３〜６行）
ク．「ｐＲＢとｐ１０７との違いの一つは，ｐ１０７はサイクリン依存性キナーゼとの複合体を形成し，これは，ｐＲＢを含むサイクリン複合体と比べて，かなりの安定性がある。２つめは，もっと僅かな違いであるが，ｐＲＢとｐ１０７との違いは，転写因子Ｅ２Ｆとの相互関係にある。いくつもの証拠は，転写因子Ｅ２Ｆは，複合的な一連のポリペプチド複合的活性であることを示唆する。Ｅ２Ｆ，Ｅ２Ｆ−１及びＤＰ１の２つの構成要素のｃＤＮＡがクローニングされた（・・・）。これらは，ヘテロダイマーとして最も効率的にＤＮＡに結合し，転写活性に協力して作用する（・・・）。最近の研究では，
Ｅ２Ｆ関連遺伝子の大きなファミリーの存在が示唆されている（４０）。
ケ．「この研究において，我々は，・・・加えて，６２〜６５及び５０ｋＤａのリン蛋白質がｐ１０７と結合することを見出した。６２〜６５ｋＤａポリペプチドは，Ｅ２Ｆの多くの性質を有しているが，物理的及び免疫学的な指標により判断すると，ｐＲＢと結合するＥ２Ｆとは別の型であった。これらの観察は，
ｐＲＢとｐ１０７は，異なる型のＥ２Ｆを特別に制御している
Ｅ２Ｆ部位は，細胞周期の異なる時点で転写される多くの遺伝子の発現を制御する役割を果たしていることが提案されてきている
　
　上記ア．〜ケ．によれば，引用例１には，転写因子Ｅ２Ｆの特性を有し，ｐ１０７と結合する蛋白質が存在することが記載され（ア．，イ．及びオ．を参照。），該蛋白質は，ｐＲＢ結合するＥ２Ｆ−１とは別のＥ２Ｆであることが示唆されているといえる（ア．，イ．，及びク．を参照。）。
　
（２）引用例２
コ．「網膜芽腫蛋白質は，Ｅ２Ｆ転写因子のファミリーに結合する。」（標題）
サ．「
Ｅ２Ｆは，細胞増殖において重要な多くの遺伝子の発現を制御する助けをする転写因子である。
２つのＥ２Ｆ様蛋白質（Ｅ２Ｆ−２及びＥ２Ｆ−３と呼ぶ）をコードするｃＤＮＡをクローニングした。
シ．「これらの発見にかかわらず，多くの実験は，Ｅ２Ｆ−１は観察されたＥ２Ｆの活性を説明できない。第一に，・・・第二に，ｐＲＢ，ｐ１０７に結合する主要なＥ２Ｆ様蛋白質は，異なる蛋白質分解パターンを示す（１１）」（第7814頁第１段落）
ス．「これらの新しい蛋白質は，Ｅ２Ｆ−１の多くの生化学的性質を共有する。・・・対照的に，我々は，
Ｅ２Ｆ−１，Ｅ２Ｆ−２及びＥ２Ｆ−３とｐ１０７との結合を検出できなかった。
これらの３つの蛋白質は，ｐＲＢが主要な調節因子であるＥ２Ｆの区別できる一つのサブクラスを代表している
　
　上記コ．〜ス．によれば，引用例２には，Ｅ２Ｆが細胞増殖において重要な多くの遺伝子の発現を制御しており，既に単離されたＥ２Ｆ−１に加えて，Ｅ２Ｆ様蛋白質であるＥ２Ｆ−２及びＥ２Ｆ−３のｃＤＮＡがクローニングされたことが記載されている（上記サ．を参照。）。また，Ｅ２Ｆ−１，２及び３は，in vivoでｐＲＢに結合するが，ｐ１０７との結合は検出できなかったことが記載されている（上記ス．を参照。）。
　
（３）引用例３
セ．「Ｅ２Ｆ様の性質を有する網膜芽腫結合蛋白質をコードするｃＤＮＡの発現クローニング」（標題）
ソ．「発現ベクターが，精製された３２Ｐ標識グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）−網膜芽腫（ＲＢ）融合蛋白質の迅速な合成のために改良された。その産物は，λｇｔ１１発現ライブラリーをスクリーニングするために用いられ，そこから，網膜芽腫遺伝子産物（ＲＢ）の推定上の機能ドメイン（ポケット）に直接結合することができるポリペプチド（ＲＢＡＰ−１）をコードするｃＤＮＡをクローニングした。ＲＢ「ポケット」は，細胞成長の制御に関与する細胞転写因子Ｅ２Ｆに，直接或いは間接的に結合することが知られている。我々は，Ｅ２Ｆと共に精製したＲＢＡＰ−１が，Ｅ２ＦのＤＮＡ認識配列に特異的に直接結合するアデノウイルスＥ４ＯＲＦ６／７蛋白質と特異的に相互作用をすること，並びに，機能的な転写活性ドメインを含むことを見出した。それゆえ，ＲＢＡＰ−１は，Ｅ２Ｆの一種であり，ＲＢポケットに特異的に結合する。」（抄録）
　
（４）引用例４
タ．「転写因子Ｅ２Ｆの性質を有するｐＲＢ結合蛋白質をコードするｃＤＮＡ」（標題）
チ．「網膜芽腫蛋白質（ｐＲＢ）は，Ｅ２Ｆのような細胞転写因子に結合して制御することにより，細胞の増殖の制御に重要な役割を担っている。この論文では，Ｅ２Ｆの性質を有する蛋白質をコードするｃＤＮＡクローンの特徴について記述する。このクローン，ＲＢＰ３は，ｐＲＢと相互作用する遺伝子産物の能力により同定された。・・・これらの性質は，ＲＢＰ３がＥ２Ｆ或いはＥ２Ｆ様蛋白質をコードすることを示唆する。」（抄録）
ツ．「ＲＢＰ３ｃＤＮＡのクローニング　
・・・
　Ｎａｌｍ６細胞（プレＢ白血病細胞株）由来のλ発現ライブラリーが，Ｅ１Ａ，Ｅ７及びラージＴ抗原結合配列を含むｐＲＢ（ＲＢ６０）フラグメントによって，Defeo-Jones et al. (1991)のスクリーニング手法に従って，スクリーニングされた。ＲＢ６０に特異的に結合する蛋白質を発現するファージが，ｐＲＢに対するモノクローナル抗体（・・・）を用いて同定され，ファージは，標準の手法（・・・）で精製された。」（第338頁右欄第２段落〜第339頁左欄第１段落）
　
（５）引用例５
テ．「網膜芽腫結合蛋白質をコードする細胞遺伝子の分子クローニング：転写因子Ｅ２Ｆの性質を有する遺伝子の同定」（標題）
ト．「網膜芽腫蛋白質は，多くの細胞蛋白質と相互作用し，正常な生理的な機能にとっておそらく不可欠な複合体を形成する。これらの蛋白質を同定するために，我々は，精製したＲＢ蛋白質をプローブとして用い，ｃＤＮＡの発現ライブラリーを直接スクリーニングすることにより，９つの区別されたクローンを単離した。これらの一つのクローンであるＡｐ１２は，細胞周期のＧ１−Ｓの境界とＳ期において，顕著に発現している。・・・これらの結果は，Ａｐ１２は，既に知られている転写因子Ｅ２Ｆの性質を有する蛋白質をコードすることを示唆する。」（抄録）
　
３．対比
　本願発明２と引用例１に記載された事項とを対比する。
　上述のとおり，本願発明２は，ｐ１０７と相互作用する蛋白質であるＥ２Ｆ−４をコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドに係るものであり，一方，引用例１には，Ｅ２Ｆの特性を有し，ｐ１０７と結合する蛋白質が記載されているから，両者は，ｐ１０７に結合するＥ２Ｆ様蛋白質に係る発明である点で一致する。
　一方，本願発明２は，ｐ１０７と相互作用する蛋白質をコードするｃＤＮＡを単離する目的で，全マウス胚ｃＤＮＡ発現ライブラリーを３２Ｐ標識ｐ１０７蛋白質プローブでスクリーニングして得られたＥ２Ｆ−４遺伝子であるのに対し，引用例１には，ｐ１０７に結合するＥ２Ｆ様蛋白質については記載されているものの，Ｅ２Ｆ−４遺伝子を単離することについては記載されていない点で相違する。
　
４．判断
　上記相違点について検討する。
　Ｅ２Ｆが細胞周期又は細胞増殖を制御する主要な転写因子であり，Ｅ２Ｆの転写活性が，ｐＲｂ及びｐＲｂ関連蛋白質であるｐ１０７との相互作用により制御されていることが知られている中（必要であれば，上記ケ．及びコ．を参照。），引用例１及び２に記載のごとく，その存在が明らかであるにもかかわらず，その遺伝子が未だ単離されていないｐ１０７に結合するＥ２Ｆ様蛋白質について，そのｃＤＮＡを単離・同定しようとすることは当業者が自然に想起することであると認められる。
　また，本願発明２において，ｐ１０７に相互作用する蛋白質をコードするｃＤＮＡは，全マウス胚ｃＤＮＡ発現ライブラリーを３２Ｐ標識ｐ１０７蛋白質プローブでスクリーニングすることにより取得しているが，この手法を採用することは当業者にとって困難であるとは認められない。すなわち，そもそもある蛋白質との結合活性を有する目的蛋白質をコードする遺伝子をスクリーニングする方法として，その結合活性を利用して，ｃＤＮＡ発現ライブラリーから取得する方法自体は当業者における常套の手段であって，Ｅ２Ｆ様蛋白質遺伝子の取得においても従来から用いられていたものである（例えば，引用例３〜５を参照。）。特に，引用例３は，本願明細書中でも，Ｅ２Ｆ−１をコードするｃＤＮＡを分子クローニングにより単離したことについて記述された文献として挙げられたものであるが（本願公表公報の第２０頁下から第５〜３行参照），Ｅ２Ｆ様蛋白質をコードするｃＤＮＡを，Ｅ２Ｆ様蛋白質がｐＲＢと結合することを手がかりに，３２Ｐ標識ｐＲＢをプローブとして，ｃＤＮＡ発現ライブラリーをスクリーニングして得たことが記載されている。そうしてみれば，本願発明２において，Ｅ２Ｆ−４遺伝子を取得した方法は，ｐＲＢと結合することの代わりにｐＲＢの関連蛋白質であるｐ１０７との結合を手がかりにしただけのものであって，当業者がその手法を採用することに何ら困難な点は見当たらない。
　そして，得られたＥ２Ｆ−４遺伝子によりコードされる蛋白質が，ｐ１０７と結合し，Ｅ２Ｆ様の特性を有していることは，該Ｅ２Ｆ−４遺伝子がそのような特性を有するＥ２Ｆ様蛋白質をコードするｃＤＮＡを取得することを目的として得られたものであることを考えれば，当業者の予測の範囲を超えるものではない。
　また，本願発明１は，得られたＥ２Ｆ−４遺伝子を発現させて，単離したポリペプチドを含むものであり，一旦，Ｅ２Ｆ−４遺伝子が単離されれば，通常の遺伝子工学的手法により困難性なく得られるものであるから，当業者が適宜なし得たものであると認められる。
したがって，本願発明１及び２は，引用例１及び２に記載された発明，並びに，本願優先日当時の技術常識に基づいて，当業者が容易に発明することができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができない。
　
５．審判請求人の主張
　これに対し，審判請求人は，平成１８年８月２８日付け意見書において，
「引用例１及び２はいずれもさらなるE2F転写因子の存在は示唆していません。E2Fファミリーが４つの独立したメンバーからなることを当業者が知ったのは，本願で初めて提供された情報からであります。引用例１の公開時において，公知のE2F転写因子はE2F-1だけであり，pRBまたはp107に選択的に結合するメンバーを有する拡張されたE2Fファミリーが存在することは知られておりませんでした。このことに鑑みると，当業者は引用例１によって，選択的なp107結合性を有するE2Fをスクリーニングしてみることを動機づけられることはなかったと思料致します。また，引用例１，第7645頁，左欄，第２パラグラフ，第13〜16行には，検出されたタンパク質が同じ遺伝子産物の異なる改変物であるか，異なる遺伝子の産物であるかどうかは実験から明らかでないと記述されています。従って，E2Fポリペプチドに関する先行知識が何らなければ，この記述は，当業者に引用例１のタンパク質が同じ遺伝子の改変物ではなく，むしろ異なる遺伝子の産物であることを示す可能性が高いといえます。引用例２もまた，本願発明の進歩性を否定しうるものではありません。本引用例は単にこの転写因子がE2F-1, E2F-2,およびE2F-3からなることを記載しているだけであります。そのファミリーがそれよりも大きいかもしれないことや，そのファミリーがさらなる転写因子を含むかもしれないことについては示唆すらありません。
　進歩性の有無を判断する手法の一つとして，ある研究計画が開始される前に存在する知識をベースにして，その計画が成功の結果をもたらすことを当業者が合理的に予測できたかどうか，すなわち，「当然の成功の予測性」が存在したか否かを判断するという考え方があります。その研究の属する技術分野が未開発であればあるほど，その成功の結果を予測することは困難であり，結果的に成功の予測性は低くなります。本願優先日当時，E2F転写因子の分野の研究は進んでおりませんでしたので，当業者がまったく新しいE2F転写因子を解明することに着手したときに，成功するという高い予測性があったとはいえません。さらに，当時の先行技術においては適切な手掛かりがなんらなかった状況でありますから，当業者は実際に達成される利益を予測してそれを行ってみることはなかっただろうと考えます。」
と主張している。
　しかしながら，引用例１において，上記ク．のごとく，Ｅ２Ｆ関連遺伝子の大きなファミリーの存在が示唆されていることが記載されている。また，ク．中で引用している参考文献「（４０）」は引用例２であり，引用例２には，Ｅ２Ｆ様蛋白質には，Ｅ２Ｆ−１，Ｅ２Ｆ−２及びＥ２Ｆ−３のファミリー蛋白質が存在し，また，これらの３つの蛋白質は，ｐＲＢが主要な調節因子であるＥ２Ｆのサブクラスの一つとして区別できることが記載されている。これらの記載を参酌すると，引用例１及び引用例２の記載は，Ｅ２Ｆ１〜３以外のファミリーが存在しないことを意味するものではなく，むしろ，Ｅ２Ｆファミリーには，引用例２に記載されたサブクラス以外にも別のＥ２Ｆ様蛋白質のタイプが存在することを意味すると解される。そして，審判請求人自身も本願明細書に記載しているように（本願公表公報第２１頁第２〜４行を参照。），引用例１に記載されたｐ１０７と結合するＥ２Ｆ様蛋白質は，引用例２に記載されたｐＲＢと結合し，ｐ１０７とは結合しないサブクラスとは別のファミリー蛋白質であると解するのが自然である。また，上記審判請求人の主張において，引用例１の記載（「第7645頁，左欄，第２パラグラフ，第13〜16行」）を引用しているが，この記載は，部分的な蛋白質分解による分析では，ｐ１０７に結合するＥ２Ｆ様蛋白質が，ｐＲＢに結合するＥ２Ｆ様蛋白質と，同一遺伝子産物の異なる改変体であるのか，異なる遺伝子産物であるのか決められないと述べているだけであり（上記カ．を参照。），ｐ１０７に結合するＥ２Ｆ様蛋白質の存在を否定するものではない。
　そして，本願発明２は，引用例１に記載のごとく，既にその存在が知られているｐ１０７に結合するＥ２Ｆ様蛋白質をコードするポリヌクレオチドをクローニングしたものであり，その試行を妨げる程の具体的な阻害事由も見当たらず，当業者にとっては，その研究を遂行する十分な示唆があったものと認められる。
　よって，上記主張は受け入れられない。
　
第４　むすび
　したがって，本願発明１及び２は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから，その余の本願の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本特許出願は拒絶すべきものである。
　
　よって，結論のとおり審決する。