【手続補正書】
【提出日】平成23年12月12日(2011.12.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリペプチド類似体のライブラリーであって、以下の：
ポリペプチドのアミノ酸配列の限定領域を選択し；
限定領域内の各アミノ酸位置で置換されるべきアミノ酸残基を確定し；
限定領域をコードする個々のポリヌクレオチドを合成し、ポリヌクレオチドは集合的に以下の判定基準に従って考え得る変異体ポリヌクレオチドを表し：
ｉ）各ポリヌクレオチドが、限定領域中の各コドン位置に、ポリペプチドのアミノ酸残基に必要なコドンまたは予定アミノ酸残基に関するコドンを含有し、
ｉｉ）各ポリヌクレオチドが予定アミノ酸残基に関する1つ以下のコドンを含有する；
それにより、予定アミノ酸残基が限定領域内の各アミノ酸位置に出現するポリヌクレオチドのライブラリーを生成する
ことを包含する方法により調製されるライブラリー。
【請求項２】
所望の構造または性能を有するポリペプチドの同定方法であって、以下の：
ポリペプチドのアミノ酸配列の限定領域を選択し；
限定領域内の各アミノ酸位置で置換されるべきアミノ酸残基を確定し；
限定領域をコードする個々のポリヌクレオチドを合成し、ポリヌクレオチドは集合的
に以下の判定基準に従って考え得る変異体ポリヌクレオチドを表し：
ｉ）各ポリヌクレオチドが、限定領域中の各コドン位置に、ポリペプチドのアミノ酸残基に必要なコドンまたは予定アミノ酸残基に関するコドンを含有し、
ｉｉ）各ポリヌクレオチドが予定アミノ酸残基に関する1つ以下のコドンを含有する；
それにより、ポリヌクレオチドを含有する発現ライブラリーを生成し；
ポリペプチド類似体を生成するために発現ライブラリーを発現し；
そして
所望の構造または機能を有するポリペプチドに関して選択されるポリペプチド類似体をスクリーニングする
ことを包含する方法。
【請求項３】
選定ポリペプチド類似体をコードするポリヌクレオチドを同定する過程をさらに包含する、請求項２記載の方法。
【請求項４】
スクリーニングがポリペプチドを標的基質と接触することを包含し、ポリペプチドがポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと関連づけられ、ポリヌクレオチドが検出可能部分をさらに含み、したがって標的基質を結合し得る変異体ポリペプチドが検出され、それによりポリヌクレオチドによりコードされると同定される、請求項２記載の方法。
【請求項５】
検出可能部分が蛍光部分、ＵＶ部分および可視光吸収部分からなる群から選択される、請求項４記載の方法。
【請求項６】
検出可能部分がビオチン部分、ＧＳＴ部分およびＨｉｓタグ部分からなる群か選択される、請求項４記載の方法。
【請求項７】
ポリヌクレオチドがリボソームディスプレーを用いてポリペプチド類似体と関連づけられる、請求項４記載の方法。
【請求項８】
ポリペプチド内の2つまたはそれ以上の限定領域が突然変異化される、請求項２記載の方法。
【請求項９】
同一予定アミノ酸が2またはそれ以上の各限定領域内での置換のために選択される、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
異なる予定アミノ酸がそれぞれ2またはそれ以上の各限定領域内での置換のために選択される、請求項８記載の方法。
【請求項１１】
ポリペプチドが一本鎖抗体（ｓＦＶ）である、請求項２記載の方法。
【請求項１２】
限定領域がポリペプチドの機能性ドメインを含む、請求項２記載の方法。
【請求項１３】
限定領域がＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＣＤＲ４、ＣＤＲ５、ＣＤＲ６およびその
組合せからなる群から選択されるＣＤＲまたはその部分を含む、請求項２記載の方法。
【請求項１４】
限定領域がＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、ＦＲ４およびその組合せからなる群から選択されるドメインを含む抗体フレームワーク領域である、請求項２記載の方法。
【請求項１５】
限定領域が補体結合部位およびＦｃ結合領域からなる群から選択されるドメインを含む抗体エフェクター領域である、請求項２記載の方法。
【請求項１６】
予定アミノ酸残基がＳｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｔｙｒ、Ｃｙｓ、Ｈｉｓ、Ｇｌｕ、Ａｓｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｐｒｏ、ＴｒｐおよびＶａｌからなる群から選択される、請求項２記載の方法。
【請求項１７】
１つまたは複数の限定領域を含むポリペプチド類似体をコードするポリヌクレオチドのライブラリーであって、予定アミノ酸残基が限定領域内の各アミノ酸位置で置換され、ポリヌクレオチドが集合的に以下の判定基準：
ｉ）各ポリヌクレオチドが、限定領域中の各コドン位置に、ポリペプチドのアミノ酸残基に必要なコドンまたは予定アミノ酸残基に関するコドンを含有し、そして
ｉｉ）各ポリヌクレオチドが予定アミノ酸残基に関する1つ以下のコドンを含有する
に従って考え得る全ての変異体を表すライブラリー。
【請求項１８】
ポリペプチド内の2つまたはそれ以上の限定領域が突然変異化される、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項１９】
同一予定アミノ酸が2またはそれ以上の各限定領域内での置換のために選択される、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項２０】
異なる予定アミノ酸がそれぞれ2またはそれ以上の各限定領域内での置換のために選択される、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項２１】
発現ライブラリーである、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項２２】
発現ライブラリーがファージディスプレーライブラリー、リボソーム／
ポリソームディスプレーライブラリー、酵母ディスプレーライブラリー、細菌ディスプレーライブラリーおよびアレイ化ライブラリーからなる群から選択される、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項２３】
ポリヌクレオチドが１つまたは複数の転写調節素子をさらに含む、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項２４】
ポリヌクレオチドが、in vitroで転写および翻訳される場合、対応するポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドと関連づけられる、請求項２３記載のライブラリー。
【請求項２５】
ポリヌクレオチドがリボソーム／ポリソームディスプレーを用いてポリペプチドと関係づけられる、請求項２４記載のライブラリー。
【請求項２６】
ポリヌクレオチドがＲＮＡを含む、請求項２５記載のライブラリー。
【請求項２７】
ポリヌクレオチドが検出可能部分をさらに含む、請求項２６記載のライブラリー。
【請求項２８】
検出可能部分が蛍光部分を含む、請求項２７記載のライブラリー。
【請求項２９】
少なくとも106の異なるポリヌクレオチドを含む、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３０】
少なくとも45〜1012の異なるポリヌクレオチドを含む、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３１】
ポリペプチドが結合ポリペプチドをコードする、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３２】
結合ポリペプチドが重鎖可変部（ＶH）、軽鎖可変部（ＶL）および一本鎖抗体（ｓＦｖ）からなる群から選択される、請求項３１記載のライブラリー。
【請求項３３】
ポリヌクレオチドが酵素をコードする、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３４】
ポリヌクレオチドが酵素阻害剤をコードする、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３５】
ポリヌクレオチドが触媒ポリペプチドをコードする、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３６】
固体支持体上に固定される、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３７】
固体支持体がマイクロチップである、請求項１７記載のライブラリー。
【請求項３８】
アレイ化ライブラリーである、請求項１７記載のライブラリー。