【事件の表示】
　平成　７年特許願第５１５９４２号「核酸の保護方法および分析方法」拒絶査定不服審判事件〔平成　７年　６月１５日国際公開、ＷＯ９５／１５９７４、平成　９年　６月２４日国内公表、特表平　９−５０６２５５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯　
　本願は、平成６年１１月３０日（パリ条約による優先権主張平成５年１２月６日、英国）に国際出願されたものであって、平成１６年７月１５日付けで拒絶査定がなされ、これに対し、同年８月２６日に拒絶査定に対する審判請求がなされるとともに、同年９月２４日付で願書に添付した明細書について手続補正がなされたものである。　
　
２．平成１６年９月２４日付の手続補正についての補正却下の決定　
　
［補正却下の決定の結論］　
　平成１６年９月２４日付の手続補正を却下する。　
［理由］　
（１）補正後の本願発明　
　本件補正により、特許請求の範囲の請求項１は、次のとおりに補正された。　
「試料中に含まれるある核酸配列の存在を検出する方法であって、該配列が該試料中に存在すれば配列特異的にそれにハイブリダイズすることができる核酸類似体に該試料をハイブリッド形成条件下で接触させて該核酸類似体と該配列を含む該核酸との間に複合体を形成させ、核酸を分解することができる試薬による攻撃から該核酸複合体の該配列は保護されるが該核酸の残りは分解されるような条件下で該核酸を該試薬に接触させ、そして核酸類似体の性質とは異なる核酸−核酸類似体複合体の性質に基づいて該複合体の存在を検出することを含み、該核酸類似体が、連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミド、ポリチオアミド、ポリスルフィンアミド又はポリスルホンアミドのバックボーンである、方法。」　
　
　上記補正は、補正前の請求項１に記載した発明の構成に欠くことができない事項の一部である「核酸類似体」について「連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミド、ポリチオアミド、ポリスルフィンアミド又はポリスルホンアミドのバックボーンである」との限定を付加するものであり、また、当該補正前の発明と補正後の発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題は同一であるといえるから、平成６年改正前の特許法第１７条の２第３項第２号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。　
　そこで、本件補正後の前記請求項１に記載された発明（以下、「本願補正発明」という。）が特許出願の際、独立して特許を受けることができるものであるか（平成６年改正前の特許法第１７条の２第４項において準用する同法第１２６条第３項の規定に適合するか）、どうかについて以下に検討する。　
　
（２）引用例　
　原査定の拒絶の理由に引用された国際公開第９２／２０７０３号（以下、引用例１という。）には、次の記載がある。　
　なお、以下当該引用例１の該当箇所を示す際には、便宜的に、引用例１と実質的に同一内容が記載された特表平６−５０９０６３号公報の頁番号、行番号を用いることとする。　
（２−１）請求の範囲に、　
「一つまたはそれ以上の化学的または微生物的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定または定量化を行うために使用する核酸類縁体であって、かかる類縁体が以下であるもの：即ち、（ａ）主鎖に沿ったそれぞれ空間を置いた異なる位置において複数のリガンドを有するポリアミド主鎖から構成されるペプチド核酸（ＰＮＡ）において、前記リガンドがそれぞれ独立して天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基または核酸塩基結合基であり、前記リガンドは各々前記主鎖の窒素原子に直接または間接に結合せしめられ、かつ前記リガンドが４つから８つまでの介在する原子によって前記主鎖のなかで相互に分離された窒素原子を有するものである、前記ペプチド核酸（ＰＮＡ）、（ｂ）核酸類縁体であって、相補的配列の核酸とハイブリッド形成して、前記類縁体に相当する従来公知のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸との間で形成されたハイブリッドよりも熱による変性に対する安定性がより高いハイブリッドを形成する能力を有する前記核酸類縁体；または（ｃ）核酸類縁体であって、一本鎖が前記類縁体に相補的である配列を有する二重鎖核酸とハイブリッドを形成して、かくして前記一本鎖からもう一方の鎖を置換せしめる能力を有する前記核酸類縁体。」（請求項１）、　
「２．以下の一般式を有する、請求の範囲第１項において請求された核酸類縁体：（ここでは、式は省略）」（請求項２）、　
「３．以下の一般式を有する、請求の範囲第２項において請求されたペプチド核酸：（ここでは、式は省略）」（請求項３）、　
「２０．二本鎖標的核酸を検出し、同定しまたは定量化する方法において、置換されない鎖が置換核酸類縁体に相補的な配列を有する二本鎖標的から一本鎖を置換することができる置換核酸類縁体を該標的核酸にハイブリッドさせるに際して、前記置換核酸類縁体の配列が、自らにハイブリッドするに充分に相補的であって、その結果、一本鎖の形態において前記標的の一本鎖を置換するものであって、かつその後に前記置換された一本鎖を存在を検出するかまたは定量化することから成る、前記検出、同定または定量化する方法。」（請求項２０）、　
「２１．置換された鎖をフラグメントに切断しかつ前記フラグメントの存在を検出する、請求の範囲第２０項において請求された方法。」（請求項２１）、　
「２２．前記置換された鎖がヌクレアーゼの攻撃によって切断される、請求の範囲第２１項において請求された方法。」（同、請求項２２）　
と記載されている。　
（２−２）明細書に、請求項２０〜２２に係る発明について、「本発明は、前記において定義した置換核酸類縁体に相補的な配列を一方の鎖が有する二本鎖標的から他の一本鎖を置換する能力がある前記核酸類縁体を二本鎖標的にハイブリッドさせるに際して、前記置換核酸類縁体が、ハイブリダイゼーションさせるに充分な、前記二本鎖標的の内の前記もう一方の鎖に対する相補的配列を有しており、その結果一本鎖の形態における前記標的の前記一本鎖を置換するものであり、次いで前記二本鎖標的からの置換後に前記一本鎖の存在を検出しまたはこれを定量化することから成る、二本鎖標的核酸を検出し、同定しまたは定量化する方法を包含する。このように置換された一本鎖を断片に破断し、次いで前記斑だ（断片の誤記と思われる）の存在を検出してもよい。置換された一本鎖は好ましくは、ヌクレアーゼによる作用によって破断させてもよい。すなわち、
特異的な二本鎖標的核酸配列の存在の検出を、該標的核酸配列に相補的ＰＮＡをハイブリッドさせて鎖置換を行わしめ、かくして該反応混合物中において一本鎖ＤＮＡを生成せしめ、次いでヌクレアーゼを用いて一本鎖ＤＮＡを消化させてヌクレオチド類を生成させることによって行うことが出来るが、この際かかるヌクレオチドの存在を、当該標的二本鎖ＤＮＡが当初に存在していたという指標・標識として検出することが可能である。
（２−３）具体的には、
二本鎖標的と核酸類縁体とから鎖置換複合体を生成させる
ｄＡ
１０
／ｄＴ
１０
標的配列を含む２４８ｂｐの…標識したＤＮＡフラグメント…を得た。
Ａｃｒ
１
−（Ｔａｅｇ）
１０
−Ｌｙｓ−ＮＨ
２
と２４８ｂｐＤＮＡフラグメントとの複合体を、Ａｃｒ
１
−（Ｔａｅｇ）
１０
−Ｌｙｓ−ＮＨ
２
５０ｎｇを５００ｃｐｓのＰ−標識した２４８ｂｐフラグメントと０．５μ−ｇの子牛胸腺ＤＮＡとともに、
３７℃において６０分間培養することによって形成させた。
　
当該鎖置換複合体をヌクレアーゼ処理することにより、置換された一本鎖の存在を検出する
鎖置換複合体
を２０℃において５分間７５０Ｕ／ｍｌのスタフィロコッカスヌクレアーゼで処理し、この反応をＥＤＴＡを２５ｍＭまで添加することによって停止させた。このＤＮＡを２容量のエタノール−２％酢酸カリウム−で沈澱させ、８０％ホルムアミド、ＴＢＥに再溶解させ、９０℃に加熱し（５分間）、高分解ＰＡＧＥ（１０％アクリルアミド、０．３％ビスアクリルアミド、７Ｍ尿素）とオートラジオグラフィーによって分析した。
ＰＮＡが含有されているので、フットプリントの生成が認められ、この結果スタフィロコッカスヌクレアーゼによって消化を受け易くなることおよび従ってｄｓＤＮＡからｓｓＤＮＡの置換が増大することが判る。
複合体を
生成させ、０．５Ｕ／ｍｌにおいてヌクレアーゼＳ１で２０℃において５分間処理した。反応を停止させ、さらに上記”スタフィロコッカスヌクレアーゼ”項において記載したように処理した。
ＰＮＡで置換されたＴ
１０
ＤＮＡ鎖の開裂が認められる。
　そして、第１２ｂ図から、系にＰＮＡを１２０ｐｍｏｌ含むレーン１０ではＴ１０に対応するフットプリントが多数見られるのに対し、ＰＮＡを含まないレーン８、およびＰＮＡを４０ｐｍｏｌ含むレーン９ではほとんど見られないことが、また、第１２ｃ図から、
ＰＮＡを１２０ｐｍｏｌ含むレーン４、５、６では、ヌクレアーゼを少量しか含まないレーン４を除き、Ｔ
１０
に対応するフットプリントが多数見られるのに対し、ＰＮＡを含まないレーン１〜３では、ヌクレアーゼの量を増やしてもＴ
１０
に対応するフットプリントがほとんど見られない
（２−４）明細書に、
標的ＤＮＡフラグメントのＰＮＡ結合部位がヌクレアーゼによる開裂から保護される
ｄｓＤＮＡの配列特異的認識は、１０のチミン置換２−アミノエチルグリシル単位から成るＰＮＡ
９−Ａｃｒ
１
−（Ｔａｅｇ）
１０
−Ｌｙｓ−ＮＨ
２
がｄＡ
１０
／ｄＴ
１０
標的配列に結合することによって説明される。
合成ジアゾ結合アクリジンは紫外線照射下において、ＤＮＡと相互作用した場合にＤＮＡを開裂させる（但し、ＤＮＡが前記結合性物質で保護されている場合は除く）。
ＰＮＡ結合部位の光開裂に対する保護が明らかとなった（第３ｂ図）。
ＤＮＡ−開裂性酵素であるミクロコッカスヌクレアーゼは、矢張り大抵のＤＮＡ−結合性試薬によってその作用が阻害されるが、Ｔ
１０
−標識における開裂を増大させた（第３ｃ図）。
同種の証明実験において、Ｓ１ヌクレアーゼが持つ一本鎖特異性によって、標的のＴ
１０
−鎖のみが攻撃されたことが判った（第３ｄ図）。
　また、ヌクレアーゼが核酸類縁体に捕捉された一本鎖ＤＮＡの懸垂状態の一重鎖ＤＮＡを消化することについて、「前記において定義された核酸類縁体は、固体支持体に固定化された本発明において用いられる核酸類縁体にハイブリッド形成条件下で核酸に接触せしめることから成る核酸を捕捉する方法において、該固定化核酸類縁体が、補足されるべき前記核酸または核酸類縁体とハイブリッド形成に適したリガントの配列を有している前記核酸捕捉方法に使用してもよい。（・・・中略・・・）捕捉された核酸は、極めて多くの方法によって認識され、検出され、同定されまたは定量化されることが出来る。洗浄後はかかる捕捉された核酸は系内に残留する唯一の核酸であり得るので、捕捉された配列に特異的か否かを問わず、核酸の存在を証明するのに適した試薬系であれば如何なるものによっても検出され得る。即ち、例として挙げれば、
捕捉された核酸がＤＮＡでありかつ比較的短いＰＮＡによって一本鎖の形態で捕捉された場合、懸垂状態の一重鎖ＤＮＡは、ヌクレアーゼによって消化してもよく
（２−５）明細書に、
ＰＮＡ−ＤＮＡハイブリッドがＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドよりも安定であり、ゲル電気泳動において安定して検出することができる
Ａｃｒ
１
−（Ｔａｅｇ）
１０
−Ｌｙｓを２０μｌのＴＥ緩衝液中において５０ｃｐｓの５’−［
３２
Ｐ］−ｅｎｄ−で標識したオリゴヌクレオチドと一緒に室温で１５分間培養した。試料を氷で冷却し（１５分間）、ポリアクリルアミドゲル中でのゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）で分析した。
［
３２
Ｐ］−含有ＤＮＡバンドを
オートラジオグラフィーで可視化した。
第１１ａ図に示した結果によれば、
ＰＮＡが、標識した相補オリゴヌクレオチド（レーン４から６まで）に対してＤＮＡオリゴヌクレオチドと競合・拮抗する能力を有していることが判る。ｄｓＤＮＡに起因するバンドの強度は、ＰＮＡ濃度を上げるに応じてより急速に増大し、泳動速度が遅いＰＮＡ−ＤＮＡハイブリッドを表すバンドで置換される。
このＰＮＡは、相補的でないＴ
１０
オリゴＤＮＡには影響を及ぼさない
第１１ｂ図においては、ＤＮＡ変成条件で行ったものであるが、ＰＮＡ−ＤＮＡ二重らせんが未変成のままである。
（上記引用記載等における下線は、当審によるものである。）　
　
（３）対比　
　本願補正発明は、上述のとおりのものであるところ、上記補正後の本願請求項４、７および９には、本願補正発明を引用する以下のとおりの発明が記載されている。　
【請求項４】　該試薬がヌクレアーゼである、請求項１〜請求項３いずれか１項に記載の方法。　
【請求項７】　核酸類似体が相補的配列の核酸とハイブリダイズして、配列上該類似体に対応する通常のデオキシリボヌクレオチドと該核酸との間のハイブリッドよりも熱変性に対してより安定なハイブリッドを形成することができるものである、請求項１〜請求項６いずれか１項に記載の方法。　
【請求項９】　核酸類似体が一方の鎖が該類似体に相補的な配列を持つ二本鎖核酸にハイブリダイズして一方の鎖から他方の鎖を置換することができるものである、請求項１〜請求項８いずれか１項に記載の方法。　
【請求項１１】該核酸類似体が一般式III、IV又はVの化合物を含むものである、請求項９記載の方法、（一般式III、IV、Vは、ここでは省略）　
　このことからみて、本願補正発明は、　
「試料中に二本鎖核酸の形態で含まれるある核酸配列の存在を検出する方法であって、該配列が該試料中に存在すれば配列特異的にそれにハイブリダイズして該配列を持つ一方の鎖から他方の鎖を置換することができる核酸類似体に該試料をハイブリッド形成条件下で接触させて該核酸類似体と該配列を含む該一方の鎖の核酸との間に複合体を形成させ、核酸を分解することができる試薬であるヌクレアーゼによる攻撃から該核酸複合体の該配列は保護されるが該核酸の残りは分解されるような条件下で該核酸を該ヌクレアーゼに接触させ、そして核酸類似体の性質とは異なる核酸−核酸類似体複合体の性質に基づいて該複合体の存在を検出することを含み、該核酸類似体が、連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミド、ポリチオアミド、ポリスルフィンアミド又はポリスルホンアミドのバックボーンである、方法。」　
を、その一態様として包含する発明であるといえる。　
　これに対し、上記引用例１には、（２−２）で上述したとおり、「本発明は、前記において定義した置換核酸類縁体に相補的な配列を一方の鎖が有する二本鎖標的から他の一本鎖を置換する能力がある前記核酸類縁体を二本鎖標的にハイブリッドさせるに際して、前記置換核酸類縁体が、ハイブリダイゼーションさせるに充分な、前記二本鎖標的の内の前記もう一方の鎖に対する相補的配列を有しており、その結果一本鎖の形態における前記標的の前記一本鎖を置換するものであり、次いで前記二本鎖標的からの置換後に前記一本鎖の存在を検出しまたはこれを定量化することから成る、二本鎖標的核酸を検出し、同定しまたは定量化する方法を包含する。このように置換された一本鎖を断片に破断し、次いで前記斑だ（断片の誤記と思われる）の存在を検出してもよい。置換された一本鎖は好ましくは、ヌクレアーゼによる作用によって破断させてもよい。すなわち、特異的な二本鎖標的核酸配列の存在の検出を、該標的核酸配列に相補的ＰＮＡをハイブリッドさせて鎖置換を行わしめ、かくして該反応混合物中において一本鎖ＤＮＡを生成せしめ、次いでヌクレアーゼを用いて一本鎖ＤＮＡを消化させてヌクレオチド類を生成させることによって行うことが出来るが、この際かかるヌクレオチドの存在を、当該標的二本鎖ＤＮＡが当初に存在していたという指標・標識として検出することが可能である。」（第６頁右下欄７行目〜２６行目）と記載されている。　
　そして、その際に使用される核酸類縁体であるＰＮＡ（核酸ペプチド）は、引用例１の例えば請求項３に記載された化学式により特定されるものと認められるところ、これは、本願補正発明の請求項１１に規定する、請求項９記載の方法に用いられる式IIIの核酸類似体に該当するものであるから、本願補正発明で規定する「連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミドのバックボーンである「核酸類似体」に相当するものである。　
　そうすると、引用例１には、　
「試料中に二本鎖核酸の形態で含まれるある核酸配列の存在を検出する方法であって、該配列が該試料中に存在すれば配列特異的にそれにハイブリダイズして該配列を持つ一方の鎖から他方の鎖を置換することができる核酸類似体に該試料をハイブリッド形成条件下で接触させて該核酸類似体と該配列を含む該一方の鎖の核酸との間に複合体を形成させ、ヌクレアーゼに接触させて、二本鎖の標的核酸配列に核酸類似体をハイブリッドさせて鎖置換を行わしめることにより生じた一本鎖ＤＮＡを該ヌクレアーゼでフラグメントに切断し、当該フラグメントの存在を検出することを含み、該核酸類似体が、連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミド、ポリチオアミド、ポリスルフィンアミド又はポリスルホンアミドのバックボーンである、方法。」　
の発明が記載されているといえる。　
　そこで、本願補正発明の上記態様と引用例１に記載された上記発明を対比すると、　
　両者は、　
「試料中に二本鎖核酸の形態で含まれるある核酸配列の存在を検出する方法であって、該配列が該試料中に存在すれば配列特異的にそれにハイブリダイズして該配列を持つ一方の鎖から他方の鎖を置換することができる核酸類似体に該試料をハイブリッド形成条件下で接触させて該核酸類似体と該配列を含む該一方の鎖の核酸との間に複合体を形成させ、ヌクレアーゼに接触させることを含み、該核酸類似体が、連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミド、ポリチオアミド、ポリスルフィンアミド又はポリスルホンアミドのバックボーンである、方法。」　
である点で一致し、以下の点で相違している。　
［相違点１］　
　「ヌクレアーゼに接触させる」ことについて、本願補正発明の上記態様は、「核酸を分解することができる試薬であるヌクレアーゼによる攻撃から該核酸複合体の該配列は保護されるが該核酸の残りは分解されるような条件下で該核酸を該ヌクレアーゼに接触させる」ものであるのに対し、引用例１に記載された発明は、「ヌクレアーゼに接触させて、二本鎖の標的核酸配列に核酸類似体をハイブリッドさせて鎖置換を行わしめることにより生じた一本鎖ＤＮＡを該ヌクレアーゼでフラグメントに切断する」ものであり、引用例１には、本願補正発明の上記条件下で核酸をヌクレアーゼに接触させるとは記載されていない点。　
［相違点２］　
　本願補正発明は、「核酸類似体の性質とは異なる核酸−核酸類似体複合体の性質に基づいて該複合体の存在を検出する」ことにより、試料中に含まれるある核酸配列の存在を検出するものであるのに対し、引用例１に記載された発明は、「二本鎖の標的核酸配列に核酸類似体をハイブリッドさせて鎖置換を行わしめることにより生じた一本鎖ＤＮＡをヌクレアーゼで切断することにより生じたフラグメントの存在を検出する」ことにより行なうものである点。　
　
（４）判断　
［相違点１］について　
　引用例１に記載された発明の「ヌクレアーゼ処理」は、「二本鎖の標的核酸配列に核酸類似体をハイブリッドさせて鎖置換を行わしめることにより生じた一本鎖ＤＮＡを該ヌクレアーゼでフラグメントに切断する」ために行われるものである。　
　これにつき、引用例１には、（２−３）に示したとおり、核酸類似体であるＰＮＡプローブＡｃｒ１−（Ｔａｅｇ）１０−Ｌｙｓ−ＮＨ２をｄＡ１０／ｄＴ１０標的配列を含む２４８ｂｐの標識したＤＮＡフラグメントとともに培養することにより生成した鎖置換複合体を、スタフィロコッカス・ヌクレアーゼないしＳ１ヌクレアーゼで処理し、これにより得られた反応生成物を高分解ＰＡＧＥとオートラジオグラフィーによって分析し、Ｔ１０に由来するヌクレアーゼ分解生成物のフットプリントが生じたことをもって、標的配列の存在を検出することが記載されている（実施例５７、５８）ところ、これらの実施例においては、ＰＮＡを系に含まない、二本鎖ＤＮＡフラグメントのみからなるものをヌクレアーゼ処理して得た生成物を、対照例としており、このことからみても、上記鎖置換複合体とは、ＰＮＡプローブを標的配列を含む二本鎖ＤＮＡフラグメントとともに培養することにより生じた全てのもの、すなわち、二本鎖ＤＮＡフラグメントにＰＮＡをハイブリッドさせて鎖置換を行わしめることにより生じた一本鎖ＤＮＡのみならず、それにより生じたＰＮＡ−ＤＮＡハイブリッドをも含むものであることは明らかであり、上記実施例では、これらを含む鎖置換複合体をヌクレアーゼ処理していることは明らかである。　
　一方、引用例１には、（２−４）に示したとおり、ヌクレアーゼが一本鎖ＤＮＡを開裂させる条件下において、標的ＤＮＡフラグメントのＰＮＡ結合部位はヌクレアーゼによる開裂から保護されることが記載されている。　
　引用例１のこれらの記載によれば、引用例１の「二本鎖の標的核酸配列に核酸類似体をハイブリッドさせて鎖置換を行わしめることにより生じた一本鎖ＤＮＡを該ヌクレアーゼでフラグメントに切断する」ための「ヌクレアーゼ処理」は、本願補正発明における「核酸を分解することができる試薬であるヌクレアーゼによる攻撃から該核酸複合体の該配列は保護されるが該核酸の残りは分解されるような条件下」で行うことができるということができ、引用例１に記載された発明における「ヌクレアーゼ処理」には、そのような条件下で該核酸を該ヌクレアーゼに接触させる態様が含まれていることは明らかであるといえるから、上記相違点１は、実質的な相違点とはならない。　
［相違点２］について　
　試料中に含まれるある核酸配列の存在をプローブを用いて検出する場合、例えば周知のサザンブロット法（要すれば、社団法人日本生化学会編集、株式会社東京化学同人発行、「新生化学実験講座第２巻、核酸II―構造と性質―」、ｐ．１９７〜２０９、１９９１年１０月１日発行を参照）などでも行われているように、標的核酸とプローブ核酸とのハイブリッド形成により生じた「標的核酸とプローブの複合体」を直接検出することは、ごく一般的な手法であり、当業者がまず最初に想起するものといえる。　
　そして、引用例１に記載された発明において、標的核酸とプローブである核酸類似体とから形成され、鎖置換複合体中に存在する「核酸−核酸類似体複合体」の二重鎖は、熱的にも、また、前述したようにヌクレアーゼに対しても安定であると認められるうえ、当該鎖置換複合体中に遊離の核酸類似体プローブが残っていても、これと「核酸−核酸類似体複合体」は、例えば分子量の点で十分識別が可能であることは明らかであるから、例えば、（２−５）に示したとおり、引用例１において、核酸−核酸類縁体の形成を確認する手段として用いられている（実施例５６及び図１１ａ）ことからみて、系中で核酸−核酸類縁体が安定に存在し得ることが明らかな、ＰＡＧＥゲル電気泳動法などの適宜の手法により、これを識別すること、すなわち、核酸類似体の性質とは異なる核酸−核酸類似体複合体の性質に基づいて該複合体の存在を検出することができることは明らかである。　
　してみると、引用例１に記載された発明において、目的とする核酸配列の存在を検出するにあたり、核酸−核酸類似体複合体の形成に伴い生じた一本鎖をヌクレアーゼにより開裂し、当該開裂された一本鎖を検出することに替えて、核酸類似体の性質とは異なる核酸−核酸類似体複合体の性質に基づいて当該「核酸−核酸類似体複合体」自体を直接検出することは、引用例１に記載された技術的事項及び本願優先日当時の技術常識に基づいて当業者が容易に想到し得ることである。　
　そして、本願補正発明が、引用例１に記載された技術的事項及び本願優先日当時の技術常識から予測しがたい格別の効果を奏するものともいえない。　
　したがって、本願補正発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許出願の際、独立して特許を受けることができないものである。　
　
（５）むすび　
　以上のとおりであるから、本件補正は、平成６年改正前の特許法第１７条の２第４項で準用する同法第１２６条第３項の規定に違反するものであり、平成６年改正前の特許法第１５９条第１項で読み替えて準用する同法第５３条１項の規定により却下されるべきものである。　
　
３．本願発明について　
　平成１６年９月２４日付の手続補正は上記のとおり却下されたので、本願の請求項１に係る発明（以下、これを「本願発明」という。）は、特許法第１８４条の８第１項の規定に基づき平成８年６月５日付で提出されたＰＣＴ条約第３４条に基づく補正書の翻訳文により補正されたと見なされる本願明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１に記載された、以下のとおりのものであると認められる。　
「試料中に含まれるある核酸配列の存在を検出する方法であって、該配列が該試料中に存在すれば配列特異的にそれにハイブリダイズすることができる核酸類似体に該試料をハイブリッド形成条件下で接触させて該核酸類似体と該配列を含む該核酸との間に複合体を形成させ、核酸を分解することができる試薬による攻撃から該核酸複合体の該配列は保護されるが該核酸の残りは分解されるような条件下で該核酸を該試薬に接触させ、そして核酸類似体の性質とは異なる核酸−核酸類似体複合体の性質に基づいて該複合体の存在を検出することを含んでなる方法。」　
　
（１）引用例　
　原査定の拒絶の理由に引用された引用例、および、その記載事項は、前記「２．（２）」に記載したとおりである。　
　
（２）対比・判断　
　本願発明は、前記２．で検討した本願補正発明から「核酸類似体」の限定事項である「連結バックボーン部分からなるバックボーンに結合したリガンドの配列を含むポリマー鎖を含み、バックボーンがポリアミド、ポリチオアミド、ポリスルフィンアミド又はポリスルホンアミドのバックボーンである」との構成要件が除かれた、その上位概念の発明にあたるものである。　
　そうすると、本願発明は本願補正発明をその態様として包含するものであるところ、本願補正発明は、前記「２．（４）」に記載したとおり、引用例１、及び、本願優先日当時の技術常識に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、当該発明を包含する本願発明も、これと同様の理由により、引用例１、及び、本願優先日当時の技術常識に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。　
　
（３）むすび　
　以上のとおりであるから、本願発明は特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。　
　よって、結論のとおり審決する。