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　特願２００１−３７０７６９「低粘度媒体を用いた高分解ＤＮＡ配列決定法」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年　６月２５日出願公開、特開２００２−１７６９７６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明 
　本願は、平成６年１月１２日を国際出願日（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９３年１月２１日、米国）とする特願平６−５１７０７８号の一部を特許法第４４条第１項の規定により、平成１３年１２月４日に新たな特許出願としたものであって、その請求項１又は２に係る発明は、平成１５年５月２０日付手続補正書により補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１及び２に記載された以下のとおりのものである。 
「【請求項１】ＤＮＡ配列決定の混合物中のＤＮＡフラグメントが大きさによって分離される、標的ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって：
　該方法は、該ＤＮＡフラグメントを、キャピラリー電気泳動のための媒体を含む変性水溶液中でのキャピラリー電気泳動によって分離する工程であって、ここで該溶液が３０℃で約１０〜約３００センチポアズの粘度を有する工程、を包含し、ここで、少なくとも約３００塩基長のフラグメントに対して単一塩基分解が達成される、方法。」（以下、「本願発明１」という。）
 
「【請求項２】ＤＮＡ配列決定の混合物中のＤＮＡフラグメントが大きさによって分離される、標的ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって：
　該方法は、該ＤＮＡフラグメントをキャピラリー電気泳動のための媒体を含む変性水溶液中でのキャピラリー電気泳動によって分離する工程、を包含し、ここで、少なくとも約３００塩基長のフラグメントに対して単一塩基分解が達成される、方法。」（以下、「本願発明２」という。）
　なお、平成１５年５月２０日付手続補正は、補正前の請求項２の「分離する工程を、」を「分離する工程、を」と補正するものであり、平成６年改正前の特許法第１７条の２第１項第５号に該当するものであって、同条第３項第３号の誤記の訂正を目的とするものと認められる。
　 
２．引用例 
　これに対して、原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された本願優先日前の１９９１年に頒布された刊行物Electrophoresis(1991)Vol.12,No.12,p.1056-1058（以下、「引用例１」という。）には、以下の事項が記載されている。 
(i)「線状（非架橋）ポリアクリルアミド（ＰＡＡ）溶液が充填された溶融シリカ分離キャピラリーでの、キャピラリーゾーン電気泳動（ＣＺＥ）によるオリゴヌクレオチドの分離が調査された。時間のかかるキャピラリー内重合ステップはこうして回避され、解析物の迅速で再生可能な反復が保証された。ＰＡＡ溶液は分析後、圧力によってストックからキャピラリーに導入された。ＰＡＡ濃度は３−１０％の範囲で変えられた…」（要約１〜８行）
(ii)「最近、線状、非架橋ポリアクリルアミド（ＰＡＡ）の篩効果が、架橋ＰＡＡのそれに匹敵することが見出された。この研究で我々は、線状ＰＡＡによる分離カラムの再充填の可能性を試験した。」（第１０５６頁左欄２３〜２７行） 
(iii)「手動操作によって、１０％線状ＰＡＡゲルを５０ｃｍ×７５μｍ　内径のキャピラリーに３０秒以内に充填するのに十分な圧力が得られる。しかしながら、実際には、過剰の圧力によるシリンジの破壊を避けるために若干の経験が必要である。」（第１０５６頁右欄１６〜２０行）
(iv)「 このため、我々は、処置されない内壁及びシラン化され線状ＰＡＡでコートされた内壁を持つキャピラリーを用い、キャピラリー内で重合させたＰＡＡ溶液から得られる分離と、圧力再充填により得られる分離を比較した。これらの実験の結果、我々は分離能に差がないことを見出した。」（第１０５７頁左欄４０行〜同頁右欄４行） 
(v)「（図省略）図２。（ａ）３、（ｂ）５及び（ｃ）１０％ＰＡＡでのオリゴデオキシシチジル酸ｐｄ（Ｃ）１０−１５及び２４−３６ｍｅｒの分離。分離条件、キャピラリー７５μｍＩ．Ｄ．、長さ４７ｃｍ、有効長３２ｃｍ；緩衝液：２０ｍＭのホウ酸、７Ｍの尿素、２ｍＭのＥＤＴＡ、トリスでｐＨ８．６に調整。サンプル濃度０．１μｇ／μＬ。電場強度：２０５Ｖ／ｃｍ；電流：（ａ）１４、（ｂ）１１、（ｃ）８μＡ；４秒間８０Ｖ／ｃｍで注入；２６０ｎｍで検出。」（第１０５７頁図２）
(vi)「完全な分離が１０％ＰＡＡで達成された（図２ｃ）。」（第１０５８頁右欄１５〜１６行） 
　また同じく、原査定の拒絶の理由で引用文献２として引用された国際公開第９１／１１７０９号パンフレット（以下、「引用例２」という。）には、(vii)「本発明の特徴のひとつは、核酸が２つの明確な分離機構のいずれかによって高粘度ポリマーマトリックス上で分離できるという発見である。…（略）…。篩分けタイプの分離において有効である例示的なポリマーは、…（略）…、ポリアクリルアミド、…（略）…であり、ポリアクリルアミドと共に、ポリメタクリルアミド及びＥＰＯポリマーが好ましい。上記セクションで述べたように、ポリマーの分子量と濃度の両方の変数がマトリックス中のポリマーのもつれ合うような密度を増加するので、ポリマーの分子量またはポリマー濃度のいずれかが増加するとき、篩分け機構が小さい分子量種の分解を大きくする。」（第２７頁１０〜３０行）と記載されている。 
　また同じく、原査定の拒絶の理由で引用文献３として引用された本願優先日前の１９９２に頒布された刊行物Analytical Chemistry(1992)Vol.64，No.18,p.2149-2154（以下、「引用例３」という。）には、以下の事項が記載されている。
(viii)「キャピラリーアレイの準備．１００μｍ内径及び２００μｍ外径の溶融シリカキャピラリー（ポリミクロ　テクノロジー社，アリゾナ州フェニックス）に、変性剤７Ｍ尿素を含有するトリス、ホウ酸、ＥＤＴＡ緩衝液（ｐＨ８．３）中の非架橋９％Ｔ、０％Ｃポリアクリルアミドゲルが充填された（23,24)。」（第２１４９頁右欄下から４行〜第２１５０頁左欄１行）
(iX)「図３の像は、プライマー以上の１２０塩基までの分解されたＤＮＡバンドを示す。また我々の条件（下記参照）下でこのようなアレイでのキャピラリー毎に、３００−３５０塩基までの配列決定が、一般的に可能であった。
　図４は、アレイの一つの代表的なキャピラリーから得られるより詳細なＤＮＡ配列を示す。二つの検出チャネルからの出力イメージが、ある幅のキャピラリーを横切るシグナルを積算することによって形成される一次元の図形で表される。単一塩基分解は、泳動路のすみからすみまで達成され、配列は３１６塩基まで解読される。」（第２１５２頁右欄７行〜第２１５３頁左欄４行） 
(x)「２色の共焦点蛍光検出と２染料ラベルを組み合わせたキャピラリーアレイ電気泳動は、有用な、高速度、高処理ＤＮＡ配列決定法となる可能性がある。スラブゲルに基づく高速度ＤＮＡ配列決定法以上の重要で特有なキャピラリーアレイ電気泳動の利点は、複数の試料を電気運動的に装填するし易さである（例えば図１参照）。しかしながら、方法は容易に充填すること及びキャピラリーのアレイを容易に操作するように、発展させなければならない。この努力は、低粘度、線状ポリマー分離マトリックスの使用から、利益を得るであろう。我々のシステムの全体の処理に関する器械の限界は、スキャンできるキャピラリーの全体の数、スキャン速度、スキャン反復時間、及びキャピラリーの外径に依存する。もし、外径１５０μｍのキャピラリー、３cm／秒のスキャン速度、２秒のスキャン反復時間を用いれば、そのとき２００のキャピラリーがスキャンできる。配列決定路の長さと塩基決定の信頼度は、ゲルマトリックス、配列決定反応条件、染色ラベル法、及び検出感度に依存する。ここに報告された条件を用いると、キャピラリー当たり３００塩基まで配列決定でき、また１回のキャピラリー泳動で５００塩基あるいはそれ以上の配列決定が報告されている。」（第２１５３頁右欄２０行〜第２１５４頁左欄８行） 
　
３．対比・判断 
（１）本願発明１について
　そこでまず、本願発明１と引用例１に記載された事項を比較すると、上記引用例１記載事項(v)の、１０％ＰＡＡと７Ｍの尿素を含む緩衝液は、本願発明１の「キャピラリー電気泳動のための媒体を含む変性水溶液」に、「オリゴヌクレオチド」は「ＤＮＡフラグメント」にそれぞれに相当し、本願発明１と引用例１に記載された事項は、
 「ＤＮＡフラグメントが大きさによって分離される方法であって、ＤＮＡフラグメントをキャピラリー電気泳動のための媒体を含む変性水溶液中でのキャピラリー電気泳動によって分離する方法 」である点で一致し、
(ａ）キャピラリー電気泳動が、本願発明１では、ＤＮＡ配列決定の混合物のＤＮＡフラグメントを分離して標的ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するために用いられているのに対し、引用例１にはそのような用途について記載のない点、 
（ｂ）単一塩基分解が達成される塩基長について、本願発明１では、少なくとも約３００塩基長のフラグメントと特定しているのに対して、引用例１には１０−３６塩基長のフラグメントの単一塩基分解が達成されたことは記載されているものの、少なくとも約３００塩基長のフラグメントに対して単一塩基分解が達成されるかどうか記載がない点、
及び、 
（ｃ）変性水溶液が、本願発明１では３０℃で約１０〜約３００センチポアズの粘度を有するものであるのに対して、引用例１では線状ＰＡＡの濃度で３〜１０％の範囲のものであり、それらの粘度については記載されていない点、
の３点で相違する。　　　　　　　
　　　
（１−１）相違点（ａ）について
　引用例１に記載された方法は、圧力でキャピラリー内に充填した線状ＰＡＡ溶液を用いたキャピラリー電気泳動により、１０−１５及び２４−３６塩基長のオリゴヌクレオチドについて完全な分離を確認したものであり（記載事項(v)、(vi)）、キャピラリー内で重合させた線状ＰＡＡと、圧力でキャピラリー内に充填した線状ＰＡＡには、分離能に差がないことが結論付けられている（記載事項(iv)）。 
　また、標識を有するＤＮＡフラグメントを電気泳動で分離し、分離したものの標識を検出器で読み取ってＤＮＡのヌクレオチド配列を決定する方法は、Ｓａｎｇｅｒ法として慣用のＤＮＡ配列決定法であり、その標識の１態様として蛍光色素を有するＤＮＡフラグメントをキャピラリー電気泳動で分離し、測定された蛍光シグナルからＤＮＡのヌクレオチド配列を決定することも、引用例３記載事項(ix)、(x)にも記載のように、本願優先日前ＤＮＡ配列決定法として周知のものであった。、 
　してみれば、引用例１に記載されたキャピラリー電気泳動を用いて標識を有するＤＮＡフラグメントを分離し、分離したものの標識を検出器で読み取り、ＤＮＡのヌクレオチド配列を決定することは、当業者がきわめて容易に想到し得ることである。
（１−２）相違点（ｂ）について
　記載事項(ii)にもあるように、線状ＰＡＡの篩効果が架橋ＰＡＡのものに匹敵するものであることは本願優先日前既に周知の事項であり、この架橋ＰＡＡに匹敵する篩効果に着目して、線状ＰＡＡを、ＤＮＡ配列決定のためのＤＮＡフラグメントのキャピラリー電気泳動による分離に用いることも、引用例３にも記載のように同様に周知の手段であった。
　一般に、ＤＮＡ配列決定の対象となるＤＮＡフラグメントの塩基長は短いものに限られず、引用例３記載事項(ix)、(x)にもあるように３００塩基長以上のものも正確に配列決定することは、ＤＮＡ配列決定における周知の技術的課題であるところ、引用例１に記載されている、解析物の迅速で再生可能な反復を保証するキャピラリー電気泳動の手法を、３００塩基長以上のさらに長い塩基長のＤＮＡに対して適用しようとすることは、当業者であれば容易に想到し得ることである。
　そして、引用例２記載事項（vii）にもあるように、電気泳動媒体であるマトリックスにおいては、ポリマーの分子量と濃度の両方の変数がマトリックス中のポリマーのもつれ合うような密度を増加させるので、ポリマーの分子量または濃度のいずれかが増加すると小さい分子量種の分解を大きし、逆に、ポリマーの分子量または濃度のいずれかが減少すると大きい分子量種の分解を大きくすることは、電気泳動の技術分野における本願優先日前周知の技術的事項であった。
　そうすると、引用例１に記載の方法を、引用例３にも記載のような３００塩基長以上の長いオリゴヌクレオチドの分離を必要とするＤＮＡ配列決定に使用する際、その線状ＰＡＡの分子量または濃度を減少させることは、引用例２及び３の記載及び上記周知の技術的事項から、当業者であれば容易になし得ることである。
　なおこのことにつき請求人は、平成１５年５月２０日に提出した意見書において、引用例１には、３％及び５％線状ＰＡＡ溶液を用いた場合の１０〜３６塩基長のヌクレオチドの分離の結果は、１０％線状ＰＡＡ溶液を用いた場合のものより悪いことが記載されており、このことは、引用例１において、より低濃度、低粘度の線状ＰＡＡ溶液を用いることの動機付けを妨げる旨主張している。
　しかしながら、引用例１はキャピラリー内でＰＡＡを重合させる従来方法と、予め重合したＰＡＡゲルを手動操作によって圧力をかけキャピラリーに充填した場合の分離能に差がないことを報告したものであり、キャピラリーに充填しやすい３％、５％、１０％ＰＡＡ濃度の溶液を用いて、数十塩基長のＤＮＡフラグメントの分解能が従来法によるものと同等であることを確認したものであって、その技術をＤＮＡ配列決定のための３００塩基長以上のＤＮＡフラグメントを分離しようとする場合に、上記周知の技術的事項に基づいて、その線状ＰＡＡ濃度を減少させることを阻害するような記載は存在しないので、請求人の上記主張は採用できない。
　
（１−３）相違点（ｃ）について
　上述の如く、引用例１において３００塩基長以上のＤＮＡフラグメントを分離しようとする際に、線状ＰＡＡ濃度を減少させることは当業者であれば容易に想到し得たことであり、このように線状ＰＡＡ濃度を減少させればその溶液の粘度も当然低下するものと認められる。
　また、本願発明１における３０℃で約１０〜約３００センチポアズという粘度の意義については、本願明細書の段落番号００６２に、「本発明のポリマー溶液は容易に流れ、キャピラリーチューブの容易に迅速な充填と再充填を行うことができる。好ましくは、約１００psi以下、好ましくは５０psi以下のチューブを横切る圧力差を用いて、５０cm×内径５０μｍのキャピラリーチューブを３０分以内に充填することができるように粘度は充分に低くする（３０℃で測定して、約１０ないし約３００センチポアズ）。」と記載されており、キャピラリーへの充填し易い粘度範囲であることが記載されている。
　しかしながら、前記記載事項(i)にあるように引用例１においても、キャピラリーへの充填を考慮して、線状ＰＡＡ濃度を３〜１０％としているのであるから、引用例１に記載の線状ＰＡＡ溶液の濃度を、分離するＤＮＡの塩基長にしたがって減少（すなわち、粘度を低下）させる場合、線状ＰＡＡ溶液の充填の容易性を考慮して、その粘度範囲を適切な範囲に調整することは、当業者であれば必要に応じて適宜行うことである。また、３０℃で約１０〜約３００センチポアズという数値にもその臨界的意義は見出せない。
（１−４）本願発明１の効果について
　本願発明１において奏される効果である、長さが約３００塩基以上のＤＮＡ標的配列を決定できる効果（本願明細書段落番号０１０６）は、引用例３及び上記周知事項から予測できるものであり、格別なものとはいえない。
　また、キャピラリーチューブへの迅速な装填と再装填が可能になるという効果（本願明細書段落番号０１０７）は、引用例１の記載から予測可能なものであり、同様に格別なものではない。
 
（１−５）小括
　以上の点からみて、本願発明１は、引用例１〜３の記載及び上記周知事項から当業者が容易になし得たものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
（２）本願発明２について
　本願発明２は、本願発明１と比較して溶液の粘度についての特定がない点で相違しており、引用例１に記載された事項と比較すると、上記相違点（ａ）及び（ｂ）においてのみ相違するものであるから、上記（１−１）及び（１−２）に記載した理由により、本願発明２も、同様に引用例１〜３の記載及び上記周知事項から当業者が容易になし得たものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
４．付記
 　請求人が、平成１９年３月２７日付で提出した回答書に記載の補正案の請求項１は、本願発明１の３０℃で約１０〜約３００センチポアズの粘度を有する変性水溶液を、さらに平均分子量約５５キロダルトンを持つ約４〜約７重量％の線状ＰＡＡ分子を含むものであるものに限定し、かつキャピラリーチューブの内径を２００μｍ以下と限定するものであるので、上記補正案の請求項１に係る発明（以下、「補正案発明」という。）について、その進歩性について考察する。
　ところで、記載事項(viii)、(ix)にあるように引用例３には、線状ＰＡＡ濃度９％ を用いたキャピラリー電気泳動を用いて３１６塩基長また単一塩基分解できたことが記載され、さらに、記載事項(x)には、キャピラリーに容易に充填するために、低粘度の線状ポリマー分離マトリックスを使用することが示唆されており、引用例３には、ＤＮＡ配列決定の混合物中のＤＮＡフラグメントを分離するためのキャピリー電気泳動に用いるための線状ＰＡＡ溶液を、キャピラリーへ充填し易くするため、より低粘度にして用いることが記載されているといえる。
　また、上記記載事項(viii)の最後に２４と参照された参照文献２４は、本願優先日前の１９９０年に頒布された刊行物Ｊ．Chromatogr．(1990)Vol.516,p.33-48（以下、「参考文献」という。）であって、特に第３８頁下から２行〜第３９頁には、線状ＰＡＡゲルを用いたキャピラリー電気泳動について記載され、第３９頁２２〜２３行に、粘度はポリマー含量即ち線状ＰＡＡ濃度に比例すると記載され、同頁１〜５行には、「これら組成の粘度特性は、３％ＰＡＡでのほぼ液体様から１４％ＰＡＡでの粘着性物質様まで広がりがある。いくつかの異なる線状ＰＡＡ組成（即ち６、９、１２％）での、試験混合物としてHaeIII消化ΦX174を用いた分離性能が図３に示されている。これらの電気泳動図は、サイズ選択性はポリマー濃度の機能であることを示す。」と記載され、線状ＰＡＡ濃度をそれぞれ６、９、１２％として異なるサイズのＤＮＡ制限断片をキャピラリー電気泳動して分離した結果が記載されている。引用例１記載事項(v)においても、線状ＰＡＡ濃度を３、５、１０％としたことが記載されており、これら記載からみて、キャピラリー電気泳動に用いる線状ＰＡＡ溶液の濃度を低くすることは、本願優先日前既に広く行われていたものであるので、ＤＮＡ配列決定のＤＮＡフラグメントの分離に用いる線状ＰＡＡ溶液の濃度及び粘度を好適化することは当業者が容易になし得たことである。
　そして、本願明細書には、平均分子量約５５キロダルトンの線状ＰＡＡがそれ以外の平均分子量をもつ線状ＰＡＡに比べて格別なものであることが記載されておらず、ＰＡＡ溶液の粘度は、分子量と濃度に依存するのであるから、用いるＰＡＡの濃度に合わせて平均分子量を好適化することも、当業者が必要に応じて適宜なし得たことにすぎず、補正案発明において、平均分子量約５５キロダルトンの線状ＰＡＡを４〜７％の濃度で用いることにより、引用例１〜３の記載及び上記周知事項から予測できない程の格別の効果も見出せない。 
　以上のように、補正案発明も引用例１〜３及び参考文献の記載から当業者が容易になし得たものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、かかる補正の機会を与える必要は見出せない。
 　 
５．むすび 
　以上のとおりであるから、本願請求項１及び２に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、本願は拒絶をすべきものである。 
　よって、結論のとおり審決する。