【事件の表示】
　特願２００３−１１８０２９「ヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年１１月１８日出願公開、特開２００４−３２１０４１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 ・本願発明
　本願は，平成１５年４月２３日の出願であって，平成１７年３月１４日付けで特許請求の範囲について補正がなされ，同年９月１６日付けで拒絶査定がなされ（同年９月２７日発送），同年１０月２７日に拒絶査定不服審判の請求がなされたものであり，その請求項１に係る発明は，同年３月１４日付けで補正された本願明細書の記載からみて，その特許請求の範囲の請求項１に記載された次のとおりのものと認める。（以下「本願発明」という。） 
　「ヒトミトコンドリアＤＮＡにおいて、血管病変を伴う糖尿病患者に頻出し、健康長寿者には発生し難い多型であるT515C, G171A, G193A, G15497A, A15860G, A3221G, T5826C, A12172G, A211G, -451T, T16154C, C16234T, C16257A, C16261T, G16274A, A16497G  の塩基の変異に基づいて、その者が血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓを有するか否かについての判断資料を与えることを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。」
　
第２　引用刊行物記載の発明
　これに対して，原査定の拒絶の理由において引用文献１〜１１及び１３として引用された，本願の出願の日前に頒布された文献（以下それぞれを「引用例１」乃至「引用例１３」という。）には，次の事項が記載されている。
　
１．引用例１：全国大学保健管理研究会プログラム・抄録集，2001年9月，39th，p.57(B-4)
（１）「肥満学生におけるミトコンドリア遺伝子（MtDNA）の単塩基置換（SNPs）」（表題）
（２）「【目的】子供のBMIは母親のBMIに影響を受けると指適されており，MtDNAは母型遺伝するという。そこで，肥満学生おけるMtDNAの単塩基置換（SNPs）を解析し，検討を加えた。【方法】対象は肥満男子学生９６名であり，蛍光自動塩基配列決定法によってATP合成酵素遺伝子（ATP6/8）塩基配列を決定し，非肥満学生と比較した。【結果】肥満学生において３０カ所にSNPsがみられ，出現頻度は２１％であった（非肥満学生は８％）。そのうちアミノ酸置換を伴うSNPsは１３カ所であり，なかでも8584G→A（Ala→Thr）transitionは非肥満学生の３％に対して，肥満学生が７％と高い出現率を示した。アミノ酸置換を伴い，１名のみにみられたSNPsは，非肥満学生が2カ所であったのに対して，肥満学生では８カ所に確認された。【結語】MtDNAにコードされているATP合成酵素遺伝子（ATP6/8）のSNPsは肥満学生に多い傾向にあり，肥満の発症・進展との関連性が示唆された。」（本文）
　
２．引用例２：生化学（第７５回日本生化学会大会発表抄録集），2002年8月25日，74[8]，p.825(2P-723)
（１）「肥満者におけるミトコンドリアCytochrome bおよびATP6遺伝子多型の解析」（表題）
（２）「【目的】肥満者におけるミトコンドリアDNA（mtDNA）にコードされているCytochrome b（Cytb）およびATPase subunit 6（ATP6）遺伝子の一塩基多型（SNPs）を解析した。【方法】対象は９６名の肥満者，健常者および百寿者であり，Cytb およびATP6遺伝子の全塩基配列を蛍光を利用した自動塩基配列決定法によって解析した。【結果】肥満者においてCytb遺伝子に４４カ所のSNPsを認め，そのうち非同義置換は１６カ所であった。ATP6遺伝子では２６カ所にSNPsを認め，そのうち非同義置換は１１カ所であった。Cytb遺伝子において同義置換Mt14783T→C，Mt15043G→AおよびMt15301G→Aは互いに連鎖しており，この多型頻度は百寿者（26：70）に比し肥満者（39：57）で有意な低値であった（p=0.03）。また，Mt15524A→G（Asn260Asp）の頻度は，健常者＋百寿者（11/192名）より肥満者（6/96名）で有意な低値であった（p=0.05）。Mt14783T→C多型を代表とする３つの塩基置換は，ATP6遺伝子の非同義置換Mt8701A→G（Thr59Ala）と強く連鎖しており，この頻度は百寿者（28：68）に比し肥満者（44：52）で有意に低かった（p=0.01）。肥満者において標準アミノ酸配列からの逸脱度の指標であるGrantham値は，Cytb遺伝子よりATP6遺伝子で高値を示したが（p=0.03），健常者および百寿者においては両遺伝子間でGrantham値に違いを認めなかった。【結語】肥満者においてミトコンドリアCytbおよびATP6遺伝子に多様なSNPsを認めた。その内，Cytb遺伝子の４カ所，ATP6遺伝子の１カ所は肥満と関連する可能性が示唆された。また，健常者のATP6遺伝子はCytb遺伝子より機能的多様性が大きかった。」
　
３．引用例３：生化学（第７５回日本生化学会大会発表抄録集），2002年8月25日，74[8]，p.674(3S53-7)
（１）「長寿・糖尿病・パーキンソン病に関連するミトコンドリアDNA多型の探索」（表題）
（２）「ミトコンドリアDNA（mtDNA）の塩基配列は個体群における多様性が高い。我々は日本人の標準mtDNA多型データベースを構築している。百寿者にパーキンソン病・糖尿病が稀であることに注目し，百寿者・パーキンソン病患者・一般の糖尿病患者・血管障害を伴った糖尿病患者・若年肥満者・若年非肥満者，計６群，各９６名のmtDNAの全塩基配列を解析している。」（１〜５行）
（３）「今回の分析で新たに見いだされた遺伝子多型の頻度は１％〜数％であり，糖尿病および長寿に関与する遺伝的要因であることを証明するには，さらに多くの個体集団における遺伝疫学的解析が必要である。」（１９〜２１行）
　
４．引用例４：遺伝，1998年2月，52[2]，p.32-37
（１）「ミトコンドリア遺伝子（mtDNA）の多様な変異が，神経変性疾患，循環器疾患，内分泌疾患などの病因として報告されている。また，体細胞のmtDNAに対する酸化的損傷と，それに起因するmtDNA変異の蓄積が，加齢における重要な因子として注目されている。mtDNAは，母親のみから伝えられ，その進化速度が核遺伝子の進化速度の５〜１０倍高いため，個体間における遺伝的多様性が高い。したがって，それぞれの個体のもつmtDNA多型が，活性酸素種に対する抵抗性，疾患に対する感受性，あるいは個体の寿命などに影響を与えている可能性が考えられる。この仮説を検証するために，百寿者のmtDNAの塩基配列を解析した。その結果，長寿に関連するmtDNA多型を見いだした。パーキンソン病やアルツハイマー病のような成人発症性の疾患に罹患しにくいmtDNA多型を有することが，長寿となる遺伝的因子の一つであると結論された。」（３２頁左欄１〜１８行）
（２）「１３．生活習慣病における遺伝的素因　肥満・高血圧・糖尿病・動脈硬化症などは従来成人病と呼ばれていた。しかし，…生活習慣病と呼ぶようになった。…この中で，これらの生活習慣病が，どの程度遺伝的要因によって支配されているのか，どの程度生活習慣の改善によって克服できるのかを科学的に評価していかなくてはいけない。」（３７頁左欄１７〜３２行）
　
５．引用例５：実験医学，1998年，16[18]，p.31-37
（１）「ミトコンドリア遺伝子（mtDNA）の多様な変異が，神経変性疾患，循環器疾患，内分泌疾患などの病因として報告されている。また，体細胞のmtDNAに対する酸化的損傷と，それに起因するmtDNA変異の蓄積が，加齢における重要な因子として注目されている。mtDNAは，母親のみから伝えられ，その進化速度が各遺伝子の進化速度の５〜１０倍高いため，個体間における遺伝的多様性が高い。従って，それぞれの個体のもつmtDNA多型が，活性酸素種に対する抵抗性，疾患に対する感受性，あるいは個体の寿命などに影響を与えている可能性が考えられる。この仮説を検証するために百寿者のmtDNAの塩基配列を解析した。その結果，長寿に関連するmtDNA多型を見いだした。パーキンソン病やアルツハイマー病のような成人発症性の疾患に罹患しにくいmtDNA多型を有することが，長寿となる遺伝的因子の一つであると決論された。」（３１頁上欄）
（２）「肥満・高血圧・糖尿病・動脈硬化症などは従来成人病と呼ばれていた。しかし，…生活習慣病と呼ぶようになった。…この中で，これらの生活習慣病が，どの程度遺伝的要因によって支配されているのか，どの程度生活習慣の改善によって克服できるのかを科学的に評価していかなくてはいけない。」（３６頁右欄下から４行〜３７頁左欄１１行）
　
６．引用例６：日本鑑識科学技術学会誌，2002年，7，p.78
（１）「ミトコンドリアＳＮＰｓのハプロタイプにおける集団間差異」（表題）
（２）「【目的】昨年の本集会において，ミトコンドリアＤＮＡの一塩基多型（SNPs）部位１３ヶ所（…）の同時検査法を報告した。今回，この方法を用いて日本人，台湾人，タイ人，ドイツ人集団のハプロタイプ分析を行い，出現頻度の違いから集団間の識別が可能かどうか検討を行った。」（１〜５行）
（３）「一方，コード領域のSNPsは集団間で大きく異なり，各集団に特徴的なハプロタイプを形成することから，集団識別には特に有効と考えられた。」（下から７〜６行）
　
７．引用例７：糖尿病，2002年4月，45[supplement 2]，p.S-54 左欄
（１）「糖尿病に関連するミトコンドリアDNA多型の探索」（表題）
（２）「ミトコンドリアDNA（mtDNA）の塩基配列は多様性が高い。非翻訳領域のMt16198T→C多型が２型糖尿病に関連すると報告されているが，翻訳領域の多型に関しては十分な探索が行われていない。我々は日本人の標準mtDNA多型データベースの構築を開始した。百寿者にパーキンソン病・糖尿病が稀であることに注目し，百寿者・パーキンソン病患者・一般の糖尿病患者・血管障害を伴った糖尿病患者・若年肥満者・若年非肥満者，計６群，各９６名のmtDNAの全塩基配列を解析している。」（下から１６〜７行）
　
８．引用例８：特開平１１−２２１０７７号公報
（１）「なかでもミトコンドリア遺伝子の異常は、ミトコンドリアによる酸化的リン酸化がグルコース反応性インスリン分泌に重要な役割を果たしていることから、糖尿病の発症に極めて密接な関係があるものとして注目されている。」（【０００９】）
（２）「【課題を解決するための手段】　本発明者らは、ヒトミトコンドリア遺伝子異常と糖尿病との関連を解明すべく、糖尿病患者のミトコンドリア遺伝子の塩基配列を健常人のそれと比較検討していたところ、糖尿病患者のミトコンドリア遺伝子に、有意な頻度でもって新規異常が存在することを見出し、本発明を開発するに至った。」（【００１２】）
　
９．引用例９：特許第３２５１２１９号公報
（１）「一方、ｍｔＤＮＡの突然変異が特定の疾患と結びつくことが、分子生物学的研究の成果から明らかにされつつある（…）。」（【０００３】）
（２）「ところで、近年の日本人の美食化及び過食化傾向に伴い、加齢するにつれて、ガン・心臓病・高血圧・糖尿病・脳疾患等のいわゆる成人病が増加している。
【発明が解決しようとする課題】　このような成人病とヒトｍｔＤＮＡとの因果関係については、明確にされたものはない。もし、ヒトｍｔＤＮＡの塩基置換に基づいて、成人病に罹患しやすい人を予め診断することができれば、その人が食生活や運動量等の生活態度を改善することによって、成人病の罹患率を減少させることが可能となる。
　本発明は、上記事情に鑑みてなされたもので、その目的は成人病に罹患する確率の高いグループをヒトｍｔＤＮＡを用いた遺伝子診断により決定する方法を提供するところにある。」（【０００４】〜【０００６】）
　
１０．引用例１０：国際公開第００／０６３４４１号パンフレット
（１）「発明の背景　多くの変性疾患は、ミトコンドリアの機能における変化によって引き起こされるか、または関連するものと思われる。これらの疾患としては、アルツハイマー病、糖尿病、パーキンソン病、ハンティングトン病、失調症、レーバー遺伝性視神経障害、精神分裂病ならびに筋変性障害（例えば、「ミトコンドリア脳障害、乳酸アシドーシスおよび発作」（ＭＥＬＡＳ）、ならびに「ミオクローヌスてんかん赤筋線維症候群（ｍｙｏｃｌｏｎｉｃ  ｅｐｉｌｅｐｓｙ  ｒａｇｇｅｄ  ｒｅｄ  ｆｉｂｅｒ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）」（ＭＥＲＲＦ））が挙げられる。細胞内の変更された代謝または呼吸を含む他の疾患はまた、変更されたミトコンドリア機能と関連する疾患として見なされ得る。」（１頁７〜１５行）
　
１１．引用例１１：Electrophoresis，2001年10月，22，p.3533-3538
（１）「ミトコンドリアＤＮＡ変異型を迅速に検出する多重増幅産物多型分析」（表題）
（２）「ミトコンドリアＤＮＡ（mtDNA）において，翻訳領域と非翻訳領域の両方で多くの突然変異が研究されている。…日本人，韓国人，中国人，及びドイツ人からなる２０の集団からの２４７１名のmtDNAの変異型を検出し，１８のハプロタイプに分類した。…しかしながら，ハプロタイプA1，A2，B2，B3及びC2は，ほぼモンゴロイドに限定されていたのに対して，ハプロタイプB5とC5は，ほとんど排他的にドイツ人に出現した。」（３５３３頁要約１〜９行）
１２．引用例１３：糖尿病，2002年4月，45[supplement 2]，p.S-260（III-G404-1）
（１）「糖尿病患者におけるミトコンドリアcytochrome b遺伝子のＳＮＰｓの解析−百寿者との比較−」（表題）
（２）「【目的】２型糖尿病（ＤＭ）患者におけるミトコンドリアcytochrome b（Cytb）遺伝子の一塩基多型（SNPs）を解析した。【方法】対象はＤＭ患者９６名および百寿者（ＣＮ）であり，Cytb 遺伝子の塩基配列を蛍光法によｌ解析した。」（本文１〜４行）
（３）「【結語】ＤＭ群ではCytb 遺伝子に多数のＳＮＰｓを保有しており，標準アミノ酸配列からの逸脱度もCN群よりむ高かった。」（本文１３〜１５行）
　
第３　本願発明の進歩性について
　
１．本願の出願時の周知技術
　上記の引用例１〜１１及び１３の記載事項からも明らかなように，本願の出願時点において，長寿（百寿）や血管病変を伴う糖尿病を含む各種の疾患等とミトコンドリア遺伝子（ＤＮＡ）の変異との関係を調べるために，疾患等のグループに属する個体のミトコンドリアＤＮＡの全塩基配列を決定しそれらを対照グループのものと比較すること，その比較により疾患等に関係する，すなわち，例えば特定の疾患の患者で頻出するようなミトコンドリアＤＮＡの変異を決定すること，およびそのような変異が検出されれば各種の疾患等の診断，予知を行い得ること，すなわち，特定の疾患に関与するＳＮＰｓを有するか否かの判断資料となること，は周知であったと認められる。
　
２．対比
　本願明細書には，「なお、第２の発明において，好ましくは，…A211G ，…A3221G ，…T586C ，…A12172G ，…G15497A ，…A15860G，…C16234T，…C16257A，…C16261T，…G16274A，…A16497，…のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づくことができる。本発明者らの解析によれば、百寿者に比べて糖尿病患者に多く確認された３２１ヶ所の変異の有無を確認することにより、その者が血管病変を伴う糖尿病患者となる可能性が高いか否かについての判断資料を与えることができる。」（【００１２】），及び「また、第２の発明において、好ましくは、…-451T，…T16154C，…のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づくことができる。本発明者らの解析によれば、百寿者群には認められず、糖尿病患者にのみ確認された２０７ヶ所の変異の有無を確認することにより、その者が血管病変を伴う糖尿病患者となる可能性が高いか否かについての判断資料を与えることができる。」（【００１３】）と記載されていることからも明らかなように，本願発明は，請求項１に記載された１６種類の変異（なお，このうちT151C，G171A及びG193Aについては，本件の発明の詳細な説明には，出願当初から記載がない。）のうちの一つのみの変異に基づいて，その者が血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓを有するか否かについての判断資料を与える方法を包含するものである。
　このような理解の上で，本願発明を上記の周知技術と比較すると，両者は，
「ヒトミトコンドリアＤＮＡにおいて、特定の疾患の患者に頻出し対照のグループには認め難い多型の塩基の変異に基づいて、その者が特定の疾患に関与するＳＮＰｓを有するか否かについての判断資料を与えることを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。」である点で一致し，
（１）その多型が，本願発明では「血管病変を伴う糖尿病患者に頻出し，健康長寿者には発生し難い」ものであるのに対し，周知技術は，血管病変を伴う糖尿病患者と健康長寿者とを比較するものではない点，
（２）塩基の変異が，本願発明では，「T515C, G171A, G193A, G15497A, A15860G, A3221G, T5826C, A12172G, A211G, -451T, T16154C, C16234T, C16257A, C16261T, G16274A, A16497G 」というものであるのに対し，周知技術は，該変異について具体的に示すものではない点，
で相違する。
　
３．判断
　
（１）相違点（１）について
　引用例３，７には，疾患に関連するミトコンドリアDNAの多型を探索するために，百寿者及び血管病変を伴う糖尿病患者を含む計６群，各９６名のミトコンドリアDNA の全塩基配列を解析していること，及び，日本人の標準ミトコンドリアDNA多型データベースを構築していることが記載されている。
　また，引用例４，５，８，９，１０，１３には，ミトコンドリアDNA多型の変異と糖尿病との関連について記載され，特に，引用例４及び５には，百寿者のmtDNAの塩基配列を解析し患者のものと比較したこと，及び糖尿病などの生活習慣病について，どの程度遺伝的要因によって支配されているのかを科学的に評価する必要があることが記載されており，引用例８には，糖尿病患者のミトコンドリア遺伝子の塩基配列を健常人のそれと比較検討し糖尿病患者のミトコンドリア遺伝子に、有意な頻度でもって新規異常が存在することを見出したこと，引用例１３には，百寿者との間で同様の比較を行い，糖尿病で変異が多くみられたことが記載されている。
　とすれば，ミトコンドリアDNA多型の変異と糖尿病との関連については周知であると認められ，当業者は，引用例3及び７において，すでにミトコンドリアDNA の全塩基配列を解析しており，日本人の標準ミトコンドリアDNA多型データベースを構築していることが記載されている６群のグループのうちの，百寿者及び血管病変を伴う糖尿病患者につき同様のデータを取得し，そのデータに基づいて，血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓ，すなわち，血管病変を伴う糖尿病患者には頻出し，健康長寿者には発生し難い多型を見いだそうとすることは当業者であれば容易に想到しうることである。
　
（２）相違点（２）について
本願発明で特定されている多型である「T515C, G171A, G193A, G15497A, A15860G, A3221G, T5826C, A12172G, A211G, -451T, T16154C, C16234T, C16257A, C16261T, G16274A, A16497G 」という変異については，上記（１）で言及したように，当業者は，引用例１〜１１の記載及び周知技術によれば，健康長寿者及び血管病変を伴う糖尿病患者のデータに基づいて，血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓ，すなわち，血管病変を伴う糖尿病患者には頻出し，健康長寿者には発生し難い多型をみいだそうとすることに容易に想到しうるのであり，そのような容易に想到しうる解析の結果として得られた変異を特定したものに過ぎない。したがって，このような変異を特定することは当業者が容易に行うことができることである。
　
（３）本願発明の効果について
ア　請求人は，審判請求書の【請求の理由】において，「これらの多型セットの有無を確認することにより、その者が、血管病変を伴う糖尿病になりやすいか否か、或いは血管病変を伴う糖尿病となり難いか否か等の判断資料を提供できるという画期的なものである。…この点について、本願発明を考察すれば、上記多型セットが、血管病変を伴う糖尿病患者について、或いは健康長寿者について、非常に高頻度に見出されることからすると、これらの多型が認められた場合には、その者が血管病変を伴う糖尿病となるか否か，或いは血管病変を伴う糖尿病となり難いか否かについて、高度の蓋然性を持つ判断材料とできるものと確信する。このような効果は、引用例１−１２及び本願出願前の技術常識に基づいて、当業者が容易になし得たものとは認められないことから、格別顕著な効果を奏するものであると考える。」と，本願発明が顕著な効果を奏するものであることを主張している。そこで，以下この点について検討する。
イ　前述のように本願発明は請求項１に記載された１６種類の変異のうちの一の変異のみを、血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓを有するか否かについての判断資料とする方法も包含しているものと認められる。したがって，本願発明の効果が顕著であるというためには，これらの変異のいずれを血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓを有するか否かについての判断資料とした場合であっても，従来技術からは予期できない顕著な効果が奏される必要がある。
ウ　そして，本願発明の効果が顕著であるというための前提として，まず，請求項１に記載された変異と血管病変を伴う糖尿病との間に有意な関係がある必要がある。そもそもそのような関係がないのであれば，本願発明には何ら技術的意義が存在しないことになるからである。
エ　そこで，請求項１に記載された各変異のうち，T515C, G171A,及び G193Aについては, 発明の詳細な説明にその変異自体について何ら記載がない。したがって，それ以外の１３種類の変異であるG15497A, A15860G（表13）, A3221G, T5826C, A12172G（表15）, A211G（表17）, -451T（表18）, T16154C, C16234T, C16257A, C16261T, G16274A（表19）, A16497G （表20）のＰ値を計算すると，それぞれ０．０５９，０．０５９，０．１２３，０．１２３，０．１２３，０．１２３，０．１２３，０．１２３，０．０８５，０．０２９，０．０１４，０．１０６，０．００９である。一般的に，統計的に有意な差があるといえるのは，Ｐ値が５％以下，又は１％以下の場合であり，C16257A，C16261T及びA16497G以外の１０種の変異はいずれもこの基準を明らかに満たしていない。
オ　また，これらの変異と血管病変を伴う糖尿病との間に関連がある確率はそれぞれ１−０．０５９，１−０．０５９，１−０．１２３，１−０．１２３，１−０．１２３，１−０．１２３，１−０．１２３，１−０．１２３，１−０．０８５，１−０．０２９，１−０．０１４，１−０．１０６，及び１−０．００９であるから，これらのいずれかの変異が血管病変を伴う糖尿病と関連しない確率は１−０．０９４１×０．９４１×０．８７７×０．８７７×０．８７７×０．８７７×０．８７７×０．８７７×０．９１５×０．９７１×０．９８６×０．８９４×０．９９１＝０．６８７であって，７割弱の確率で，顕著な効果どころか全く効果がない発明を含んでいることになる。
カ　さらに，本願明細書の記載によれば，健康長寿者群に比べて血管病変を伴う糖尿病患者に多く確認された変異は３２１ヶ所であり（【００１２】），これらの変異と血管病変を伴う糖尿病との間に全く関係がない場合であっても，データとして有意な差異を示す変異は確率的に必ず存在するものと認められる。すなわち，本願発明で特定された変異が血管病変を伴う糖尿病と関係しているかどうかは，本願明細書に記載された単なるデータの解析からは不明である。
本願の出願後に頒布された文献も含むが，
（ア）鎌谷直之「ポストゲノム時代の遺伝統計学」羊土社，２００２．３．１０，２２８〜２３０頁には多重検定の問題について記載され，特にその２２８頁３〜１２行には，「しかし，複数の遺伝子座や複数のＳＮＰなどを検定する場合には，多重検定の問題が生じる。多重検定の問題とは，検定を繰り返すことで，偽陽性（第１種の過誤）が起こる確率が高まるこをいう。例えば，有意水準０．０２５で片側検定を４０回行えば（各２個の対立遺伝子をもつ２０個の遺伝子座を検定すれば），そのうち１回ぐらいは偽陽性が起こってしまう。このような事態を防ぐためには，有意水準ａを０．０５よりも厳しく設定する必要がある。独立なｘ回の両側検定を行う研究であれば（各２個の対立遺伝子を持つｘ個の遺伝子座を検定すれば），ａ＝０．０５／２ｘを有意水準として採用し，偽陽性が起こる確率を０．０５以内におさえるのが一般的である。」と，
（イ）実験医学Vol.24 No.10（増刊）2006　ｐ．１８５左欄１０行~右欄８行には，「また有意水準ｐ＜０．０５では２０個調べたら1個はエラーであるので、関連があるといってもエラーを検出しているだけのことが多い。・・・かりに全遺伝子３０，０００個調べても５%エラーにおさえるために、有意水準をｐ＜１０−６（５％／３０，０００）くらいとするのが近年の傾向である（Bonferroniの補正）。このためには通常の多因子遺伝性疾患遺伝子の相対危険度は１．５〜２くらいと考えられるため、患者対照各５００〜２，０００人のサンプル数が必要である。」と，
（ウ）実験医学 Vol.23 No.4（増刊）2005 ｐ．６１右欄下から１行~ｐ．６２左欄１２行には，「SNPごとに疾患との関連性を検定するというように、検定を何回も繰り返す場合、有意水準を厳しく設定しないと偽陽性が出現する確率が高まることが問題とされている。・・・従って、仮にゲノム全域で２０万SNPを検索すると、１万個もの偽陽性SNPが生じうる。この場合、一般に、有意水準を０．０５／２０００，０００＝２．５×１０−７に設定することにより、偽陽性SNPが出現する確率を０．０５以内に抑える手法がとられる。」と，
記載されていることからも明らかなように，個別の変異と疾患との関係が有意（例えばｐ＜０．０５）であるとしても，多数の変異についてのその疾患との関係が有意であるとはいえず，この場合には有意水準をさらに小さい数値に補正する必要があることは技術常識である。
例えば，本願明細書に記載されているような３２１ヶ所の変異（【００１２】）については，５％すなわち約１６ヶ所の変異については，疾患との間に全く関係がない場合でもＰ＜０．０５という結果が得られるのであり，有意水準はより厳しく，例えば０．０５／３２１＝１．６×１０−４に設定しなければならない。
キ　すなわち，本願の請求項１に記載された変異は，いずれも単に血管病変を伴う糖尿病に関連する変異の候補であるに過ぎず，真に血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓであるか否かを決定するためには大規模症例・対照比較研究および長期縦断疫学研究が必要であるというべきである。
ク　したがって本願発明が，従来技術からは予測できない顕著な効果を奏するものであるということはできない。
　
４．小括
　したがって，本願発明は，引用例１〜１１及び１３に記載された事項及び周知技術に基づいて，当業者が容易に発明することができたものである。
　
第４　むすび
　以上の通り，本願発明は，引用例に記載された事項及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。
　
第５　付言
　なお，原審では拒絶理由として指適されていないが，本願の請求項１に記載された変異のような，血管病変を伴う糖尿病患者と健康長寿者との間で有意な差のない変異は，血管病変を伴う糖尿病に関与するＳＮＰｓを有するか否かについての判断資料とはなり得ないものであるから，本願発明の方法は，そもそも特許法第３６条第６項第１号のサポート要件又は特許法第３６条第４項の実施可能要件を満たさないものである点を付言する。