【手続補正書】
【提出日】平成24年10月25日(2012.10.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記（ｃ）の塩基配列で表される核酸を用いてビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の同定を行うことを特徴とするビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつビソクラミス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
【請求項２】
同定を行うために、前記（ｃ）の塩基配列で表される核酸中の一部又は全部の領域からなる核酸を遺伝子増幅し、増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項１記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項３】
前記増幅反応をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法によって行うことを特徴とする請求項２記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項４】
前記（ｃ）に記載の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の（１）〜（４）の４つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを、核酸プライマーとして用いて遺伝子増幅反応を行うことを特徴とする請求項３記載の検出方法。
（１）ビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が１０塩基前後連続して現れる領域を含む
（２）オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が３０％〜８０％となる
（３）オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
（４）オリゴヌクレオチドのＴｍ値が５５℃〜６５℃となる
【請求項５】
同定を行うために、前記（ｃ）の塩基配列で表される核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする検出用オリゴヌクレオチドを標識化し、得られた検出用オリゴヌクレオチドを検査対象物より抽出した核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせ、ハイブリダイズした検出用オリゴヌクレオチドの標識を測定することを特徴とする請求項１記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項６】
下記（ａ）及び／又は（ｂ）のオリゴヌクレオチドを検出用オリゴヌクレオチドとして用いることを特徴とする請求項２〜５のいずれか１項記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
（ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項７】
前記検出用オリゴヌクレオチドを核酸プローブ又は核酸プライマーとして用いることを特徴とする請求項６記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項８】
前記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマー対として用いることを特徴とする請求項６記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項９】
同定を行うために、被検菌のβ‐チューブリン遺伝子領域の塩基配列を決定し、該領域の塩基配列中に前記（ｃ）の塩基配列が含まれるか否かを確認することを特徴とする請求項１記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項１０】
下記（ａ’）及び／又は（ｂ’）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いることを特徴とする、ビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出方法。
（ａ’）配列番号１に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ’）配列番号２に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１１】
ビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出に用いるための、下記（ｃ）の塩基配列で表されるＤＮＡ。
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつビソクラミス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
【請求項１２】
下記（ｃ）の塩基配列で表される核酸にハイブリダイズすることができ、ビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類を特異的に検出するための核酸プローブ又は核酸プライマーとして機能し得るビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつビソクラミス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
【請求項１３】
前記検出用オリゴヌクレオチドが、前記（ｃ）に記載の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の（１）〜（４）の４つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１２記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド。
（１）ビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が１０塩基前後連続して現れる領域を含む
（２）オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が３０％〜８０％となる
（３）オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
（４）オリゴヌクレオチドのＴｍ値が５５℃〜６５℃となる
【請求項１４】
前記検出用オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜２のいずれかに記載の塩基配列若しくはその相補配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ核酸プローブ又は核酸プライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１２又は１３記載のビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
下記の（ａ）及び（ｂ）で示されたビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対。
（ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１６】
下記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして含むビソクラミス（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ）属に属する菌類検出用キット。
（ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド