【手続補正書】
【提出日】平成24年10月25日(2012.10.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表される核酸を用いてハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の同定を行うことを特徴とするハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
（ｇ）配列番号５に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつハミゲラ属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
（ｈ）配列番号６に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつハミゲラ属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
【請求項２】
同定を行うために、前記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表される核酸中の一部又は全部の領域からなる核酸を遺伝子増幅し、増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項１記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項３】
前記増幅反応をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法によって行うことを特徴とする請求項２記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項４】
前記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の（１）〜（４）の４つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを、核酸プライマーとして用いて遺伝子増幅反応を行うことを特徴とする請求項３記載の検出方法。
（１）ハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が１０塩基前後連続して現れる領域を含む
（２）オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が３０％〜８０％となる
（３）オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
（４）オリゴヌクレオチドのＴｍ値が５５℃〜６５℃となる
【請求項５】
同定を行うために、前記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表される核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする検出用オリゴヌクレオチドを標識化し、得られた検出用オリゴヌクレオチドを検査対象物より抽出した核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせ、ハイブリダイズした検出用オリゴヌクレオチドの標識を測定することを特徴とする請求項１記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項６】
下記（ａ）〜（ｆ）のオリゴヌクレオチドからなる群より選ばれる少なくとも１種を検出用オリゴヌクレオチドとして用いることを特徴とする請求項２〜５のいずれか１項記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
（ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ）配列番号４に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｅ）配列番号７に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号８に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項７】
前記検出用オリゴヌクレオチドを核酸プローブ又は核酸プライマーとして用いることを特徴とする請求項６記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項８】
前記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマー対として用いることを特徴とする請求項６記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及びクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項９】
前記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド並びに／又は前記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマー対として用いることを特徴とする請求項６記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項１０】
前記検出方法において、前記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド並びに／又は前記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマー対として用いて菌種を検出する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項８記載の検出方法。
【請求項１１】
同定を行うために、被検菌のβ‐チューブリン遺伝子領域の塩基配列を決定し、該領域の塩基配列中に前記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列が含まれるか否かを確認することを特徴とする請求項１記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
【請求項１２】
下記（ａ’）及び（ｂ’）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いることを特徴とする、ハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及びクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出方法。
（ａ’）配列番号１に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ’）配列番号２に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１３】
下記（ｃ’）及び（ｄ’）のオリゴヌクレオチド並びに／又は下記（ｅ’）及び（ｆ’）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いることを特徴とする、ハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類の検出方法。
（ｃ’）配列番号３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ’）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｅ’）配列番号７に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ’）配列番号８に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１４】
前記検出方法において、下記（ｃ’）及び（ｄ’）のオリゴヌクレオチド並びに／又は下記（ｅ’）及び（ｆ’）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いて菌種を検出する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項１２に記載の検出方法。
（ｃ’）配列番号３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ’）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｅ’）配列番号７に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ’）配列番号８に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１５】
ハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出に用いるための、下記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表されるＤＮＡ。
（ｇ）配列番号５に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつハミゲラ属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
（ｈ）配列番号６に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつハミゲラ属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
【請求項１６】
下記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表される核酸にハイブリダイズすることができ、ハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類を特異的に検出するための核酸プローブ又は核酸プライマーとして機能し得るハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
（ｇ）配列番号５に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつハミゲラ属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
（ｈ）配列番号６に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつハミゲラ属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
【請求項１７】
前記検出用オリゴヌクレオチドが、前記（ｇ）又は（ｈ）の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の（１）〜（４）の４つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１６記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド。
（１）ハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が１０塩基前後連続して現れる領域を含む
（２）オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が３０％〜８０％となる
（３）オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
（４）オリゴヌクレオチドのＴｍ値が５５℃〜６５℃となる
【請求項１８】
前記検出用オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜４又は７〜８のいずれかに記載の塩基配列若しくはその相補配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ核酸プローブ又は核酸プライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１６又は１７記載のハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
【請求項１９】
下記の（ａ）及び（ｂ）で示されたハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及びクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対。
（ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項２０】
下記の（ｃ）及び（ｄ）又は下記の（ｅ）及び（ｆ）で示されたハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対。
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ）配列番号４に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｅ）配列番号７に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号８に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項２１】
下記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチド対、下記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド、及び下記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも１つを核酸プライマー対として含むハミゲラ（Ｈａｍｉｇｅｒａ）属に属する菌類及び／又はクラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）属に属する菌類検出用キット。
（ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ）配列番号４に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｅ）配列番号７に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号８に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド