【手続補正書】
【提出日】平成24年5月18日(2012.5.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式ＳＭ−ＢＡＳＥを有するリボヌクレオシドであって、
ＳＭはリボースであり、
ＢＡＳＥは、アデニン、グアニン、シトシンおよびウラシルからなる群より選択され、
該リボースは、該リボースの２’位に、２−ニトロベンジル基、デシル基およびｐ−ヒドロキシフェナシルケージング基からなる群より選択される部分を含み、そして
該リボヌクレオシドは、検出可能な標識で標識されている、
リボヌクレオシド。
【請求項２】
リボヌクレオシド５’リン酸、リボヌクレオシド５’二リン酸およびリボヌクレオシド５’三リン酸からなる群より選択されるリボヌクレオチドである、請求項１に記載のリボヌクレオシド。
【請求項３】
アデノシン５’一リン酸、アデノシン５’二リン酸、アデノシン５’三リン酸、グアノシン５’一リン酸、グアノシン５’二リン酸、グアノシン５’三リン酸、ウリジン５’一リン酸、ウリジン５’二リン酸、ウリジン５’三リン酸、シチジン５’一リン酸、シチジン５’二リン酸、およびシチジン５’三リン酸からなる群より選択されるリボヌクレオチドである、請求項１に記載のリボヌクレオシド。
【請求項４】
前記検出可能な標識が、緑色蛍光タンパク質、青色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、β−ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、β−グルコロニダーゼ、ルシフェラーゼ、ｂ−ラクタマーゼ、ジゴキシゲニン、蛍光色素分子、フルオレセイン、ｃｙ３、ｃｙ５、アルカリホスファターゼおよびホースラディッシュペルオキシダーゼからなる群より選択される部分である、請求項１に記載のリボヌクレオシド。
【請求項５】
以下：
（ａ）式ＳＭ−ＢＡＳＥを有するリボヌクレオシドを提供する工程であって、ＳＭはリボースであり、ＢＡＳＥは、アデニン、グアニン、シトシンおよびウラシルからなる群より選択される、工程；
（ｂ）該リボースの２’位に部分を結合させる工程；ならびに
（ｃ）工程（ｂ）の前または後に、リボヌクレオシドに検出可能な標識を結合させる工程
を包含する、方法であって、ここで、該部分は、２−ニトロベンジル基、デシル基およびｐ−ヒドロキシフェナシルケージング基からなる群より選択される、方法。
【請求項６】
前記リボヌクレオシドが、リボヌクレオシド５’リン酸、リボヌクレオシド５’二リン酸およびリボヌクレオシド５’三リン酸からなる群より選択されるリボヌクレオチドである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記リボヌクレオシドが、アデノシン５’一リン酸、アデノシン５’二リン酸、アデノシン５’三リン酸、グアノシン５’一リン酸、グアノシン５’二リン酸、グアノシン５’三リン酸、ウリジン５’一リン酸、ウリジン５’二リン酸、ウリジン５’三リン酸、シチジン５’一リン酸、シチジン５’二リン酸、およびシチジン５’三リン酸からなる群より選択されるリボヌクレオチドである、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
以下：
（ａ）ＲＮＡポリメラーゼおよび式ＰＭ−ＳＭ−ＢＡＳＥを有する第一のリボヌクレオチドを用いて、プライマー：標的核酸複合体を伸長させて、取り込まれた状態のリボヌクレオチドを形成する工程であって、該プライマー：標的核酸複合体は、標的核酸と複合体化したプライマーを含み、該取り込まれた状態のリボヌクレオチドは、検出可能な標識を含み、ＰＭはリン酸部分であり、ＳＭはリボースであり、ＢＡＳＥはピリミジンまたはプリンであり、該リボースは、該リボースの２’位に部分を含む、工程；ならびに
（ｂ）該検出可能な標識を検出することによって、該取り込まれた状態のリボヌクレオチドを検出し、該標的核酸の配列を決定する工程
を包含する、方法であって、ここで、該部分は、２−ニトロベンジル基、デシル基およびｐ−ヒドロキシフェナシルケージング基からなる群より選択される、方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、さらに、以下：
（ｃ）可逆的結合を切断することによって、前記取り込まれた状態のリボヌクレオチドの鎖終止部分を除去する工程；ならびに
（ｄ）前記第一のリボヌクレオチドとは異なる第二のリボヌクレオチドを用いて工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を繰り返す工程であって、該第二のリボヌクレオチドは、式ＰＭ’−ＳＭ’−ＢＡＳＥ’を有し、ここでＰＭ’はリン酸部分であり、ＳＭ’はリボースであり、ＢＡＳＥ’はピリミジンまたはプリンであり、該第二のリボヌクレオチドの該リボースは、該第二のリボヌクレオチドの該リボースの２’位に可逆的結合によって結合される鎖終止部分を含む、方法。
【請求項１０】
ハイブリダイゼーションまたはＲＮＡポリメラーゼによる合成によって、前記プライマー：標的核酸複合体を形成する工程をさらに包含する、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＲＮＡポリメラーゼが、Ｔ３  ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼおよびＳＰ６  ＲＮＡポリメラーゼからなる群より選択されるファージがコードするＲＮＡポリメラーゼである、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記リボヌクレオチドが、リボヌクレオシド５’リン酸、リボヌクレオシド５’二リン酸およびリボヌクレオシド５’三リン酸からなる群より選択されるリボヌクレオチドである、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
前記リボヌクレオチドが、アデノシン５’一リン酸、アデノシン５’二リン酸、アデノシン５’三リン酸、グアノシン５’一リン酸、グアノシン５’二リン酸、グアノシン５’三リン酸、ウリジン５’一リン酸、ウリジン５’二リン酸、ウリジン５’三リン酸、シチジン５’一リン酸、シチジン５’二リン酸、およびシチジン５’三リン酸からなる群より選択されるリボヌクレオチドである、請求項８に記載の方法。
【請求項１４】
以下：
（ａ）ＲＮＡポリメラーゼおよび第一のリボヌクレオチドを用いて、プライマー：標的核酸複合体を伸長させて、取り込まれた状態のリボヌクレオチドを形成する工程であって、該プライマー：標的核酸複合体は、標的核酸と複合体化したプライマーを含み、該第一のリボヌクレオチドは、ＡＴＰ、ＧＴＰ、ＵＴＰおよびＣＴＰからなる群より選択され、該第一のリボヌクレオチドは、リボースおよび該リボースの２’位に可逆的結合によって結合した鎖終止部分を含み、該取り込まれた状態のリボヌクレオチドは、検出可能な標識で可逆的に標識される、工程；ならびに
（ｂ）該検出可能な標識を検出することによって、該取り込まれた状態のリボヌクレオチドを検出し、該標的核酸の配列を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、さらに以下：
（ｃ）前記鎖終止部分および前記検出可能な標識を前記取り込まれた状態のリボヌクレオチドから除去する工程；ならびに
（ｄ）前記第一のリボヌクレオチドとは異なる第二のリボヌクレオチドを用いて工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を繰り返す工程
を包含する、方法。
【請求項１６】
ハイブリダイゼーションまたはＲＮＡポリメラーゼによる合成によって、前記プライマー：標的核酸複合体を形成する工程をさらに包含する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＮＡポリメラーゼが、Ｔ３  ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼおよびＳＰ６  ＲＮＡポリメラーゼからなる群より選択されるファージがコードするＲＮＡポリメラーゼである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＮＡポリメラーゼが、２’改変型リボヌクレオチドを伸長する核酸に取り込み得る立体的なゲートの欠失を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＲＮＡポリメラーゼが、２’改変型リボヌクレオチドを伸長する核酸に取り込み得るヌクレオチド結合および触媒ポケット中のさらなるアミノ酸置換を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
前記第一のリボヌクレオチドが、リボヌクレオシド５’リン酸、リボヌクレオシド５’二リン酸およびリボヌクレオシド５’三リン酸からなる群より選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
前記第一のリボヌクレオチドが、アデノシン５’一リン酸、アデノシン５’二リン酸、アデノシン５’三リン酸、グアノシン５’一リン酸、グアノシン５’二リン酸、グアノシン５’三リン酸、ウリジン５’一リン酸、ウリジン５’二リン酸、ウリジン５’三リン酸、シチジン５’一リン酸、シチジン５’二リン酸、およびシチジン５’三リン酸からなる群より選択される、請求項１４に記載の方法。