【手続補正書】
【提出日】平成23年12月26日(2011.12.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（ａ）または（ｂ）に記載の塩基配列で表される核酸を用いてアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌の同定を行うことを特徴とするアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌の検出方法。
（ａ）配列番号１若しくは２に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、又はその相補配列
（ｂ）配列番号１若しくは２に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、又はその相補配列
【請求項２】
同定を行うために、前記（ａ）または（ｂ）に記載の塩基配列で表される核酸中の領域を遺伝子増幅し、遺伝子増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項１記載のアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌の検出方法。
【請求項３】
前記アスペルギルス  フミガタス類縁菌がアスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）、アスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）及びアスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）からなる群より選ばれる少なくとも１種である請求項１又は２記載の検出方法。
【請求項４】
前記アスペルギルス  フミガタス類縁菌がアスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）であって、以下の（ａ−１）または（ｂ−１）に記載の塩基配列で表される核酸中の領域を遺伝子増幅し、遺伝子増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項２又は３記載の検出方法。
（ａ−１）配列番号１に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、若しくはその相補配列
（ｂ−１）配列番号１に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、若しくはその相補配列
【請求項５】
前記アスペルギルス  フミガタス類縁菌がアスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）であって、以下の（ａ−２）または（ｂ−２）に記載の塩基配列で表される核酸中の領域を遺伝子増幅し、遺伝子増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項２又は３記載の検出方法。
（ａ−２）配列番号２に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、若しくはその相補配列
（ｂ−２）配列番号２に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、若しくはその相補配列
【請求項６】
前記遺伝子増幅反応をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法によって行うことを特徴とする請求項２〜５のいずれか１項に記載の検出方法。
【請求項７】
下記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いて増幅反応を行い、アスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）を検出することを特徴とする請求項６記載の検出方法。
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつプライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつプライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項８】
下記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いて増幅反応を行い、アスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）を検出することを特徴とする請求項６記載の検出方法。
（ｅ）配列番号５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつプライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号６に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつプライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項９】
前記遺伝子増幅反応をＬｏｏｐ  ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＬＡＭＰ）法によって行うことを特徴とする請求項２〜５のいずれか１項に記載の検出方法。
【請求項１０】
下記（ｇ）〜（ｊ）のオリゴヌクレオチドセットを核酸プライマーとして用いて増幅反応を行い、アスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）を検出することを特徴とする請求項９記載の検出方法。
（ｇ）配列番号７に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｈ）配列番号８に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｉ）配列番号９に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｊ）配列番号１０に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１１】
請求項１０記載の検出方法であって、さらに下記（ｋ）及び／又は（ｌ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いる請求項１０記載の検出方法。
（ｋ）配列番号１１に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｌ）配列番号１２に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１２】
下記（ｍ）〜（ｐ）のオリゴヌクレオチドセットを核酸プライマーとして用いて増幅反応を行い、アスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）を検出することを特徴とする請求項９記載の検出方法。
（ｍ）配列番号１３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｎ）配列番号１４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｏ）配列番号１５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｐ）配列番号１６に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１３】
請求項１２記載の検出方法であって、さらに下記（ｑ）及び／又は（ｒ）のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いる請求項１２記載の検出方法。
（ｑ）配列番号１７に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｒ）配列番号１８に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項１４】
同定を行うために、被検菌のβ−チューブリン遺伝子の塩基配列を決定し、該遺伝子の塩基配列中に前記（ａ）または（ｂ）に記載の核酸の塩基配列が含まれるか否かを確認することを特徴とする請求項１記載のアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌の検出方法。
【請求項１５】
前記アスペルギルス  フミガタス類縁菌がアスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）、アスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）及びアスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）からなる群より選ばれる少なくとも１種である請求項１４記載の検出方法。
【請求項１６】
アスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌の検出に用いるための、下記（ａ）または（ｂ）に記載の塩基配列で表されるＤＮＡ。
（ａ）配列番号１若しくは２に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、又はその相補配列
（ｂ）配列番号１若しくは２に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、又はその相補配列
【請求項１７】
アスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）の検出に用いるための、下記（ａ−１）または（ｂ−１）に記載の塩基配列で表されるＤＮＡ。
（ａ−１）配列番号１に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、若しくはその相補配列
（ｂ−１）配列番号１に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、若しくはその相補配列
【請求項１８】
アスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）の検出に用いるための、下記（ａ−２）または（ｂ−２）に記載の塩基配列で表されるＤＮＡ。
（ａ−２）配列番号２に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、若しくはその相補配列
（ｂ−２）配列番号２に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、若しくはその相補配列
【請求項１９】
下記（ａ）または（ｂ）に記載の塩基配列で表される核酸にハイブリダイズすることができ、アスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌を特異的に検出するための核酸プローブ又は核酸プライマーとして機能し得るアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌検出用オリゴヌクレオチド。
（ａ）配列番号１若しくは２に記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列、又はその相補配列
（ｂ）配列番号１若しくは２に記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、又はその相補配列
【請求項２０】
前記検出用オリゴヌクレオチドが、配列番号３〜１８のいずれかに記載の塩基配列若しくはその相補配列で表されるオリゴヌクレオチド、または当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有するオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１９記載のアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌検出用オリゴヌクレオチド。
【請求項２１】
下記の（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチドからなるアスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）検出用オリゴヌクレオチド対。
（ｃ）配列番号３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｄ）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項２２】
下記の（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチドからなるアスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）検出用オリゴヌクレオチド対。
（ｅ）配列番号５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号６に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
【請求項２３】
前記オリゴヌクレオチド対が核酸プライマー対であることを特徴とする、請求項２１または２２記載のオリゴヌクレオチド対。
【請求項２４】
核酸プライマー対として請求項２１記載のオリゴヌクレオチド対及び／又は請求項２２記載のオリゴヌクレオチド対を含むアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌検出用キット。
【請求項２５】
下記の（ｇ）〜（ｊ）のプライマーからなるアスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）検出用プライマーセット。
（ｇ）配列番号７に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｈ）配列番号８に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｉ）配列番号９に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｊ）配列番号１０に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
【請求項２６】
請求項２５記載のプライマーセットがさらに下記（ｋ）及び／又は（ｌ）のプライマーを含むことを特徴とする請求項２５記載のアスペルギルス  レンタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｌｕｓ）及び／又はアスペルギルス  フミシネマタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｓｙｎｎｅｍａｔｕｓ）検出用プライマーセット。
（ｋ）配列番号１１に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｌ）配列番号１２に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
【請求項２７】
下記の（ｍ）〜（ｐ）のプライマーからなるアスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）検出用プライマーセット。
（ｍ）配列番号１３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｎ）配列番号１４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｏ）配列番号１５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｐ）配列番号１６に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
【請求項２８】
請求項２７記載のプライマーセットがさらに下記（ｑ）及び／又は（ｒ）のプライマーを含むことを特徴とする請求項２７記載のアスペルギルス  ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）検出用プライマーセット。
（ｑ）配列番号１７に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
（ｒ）配列番号１８に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー
【請求項２９】
アスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌のβ−チューブリン遺伝子の塩基配列から選択される標的領域の配列の５’側から順に、塩基配列領域としてＦ３、Ｆ２及びＦ１を選択し、
前記標的領域の３’側から順に、塩基配列領域としてＢ３ｃ、Ｂ２ｃ及びＢ１ｃを選択し、
前記Ｆ３、Ｆ２及びＦ１の相補的塩基配列を、それぞれＦ３ｃ、Ｆ２ｃ及びＦ１ｃとし、
前記Ｂ３ｃ、Ｂ２ｃ及びＢ１ｃに相補的な塩基配列を、それぞれＢ３、Ｂ２及びＢ１としたとき、
以下の（ａ）〜（ｆ）のいずれかに該当する塩基配列で表されるアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌検出用オリゴヌクレオチド。
（ａ）前記Ｂ２領域を３’側に有し、前記Ｂ１ｃ領域を５’側に有する塩基配列
（ｂ）前記Ｂ３領域を有する塩基配列
（ｃ）前記Ｆ２領域を３’側に有し、前記Ｆ１ｃ領域を５’側に有する塩基配列
（ｄ）前記Ｆ３領域を有する塩基配列
（ｅ）前記Ｂ１領域と前記Ｂ２領域の間の部分と相補的な配列を有する塩基配列
（ｆ）前記Ｆ１領域と前記Ｆ２領域の間の部分と相補的な配列を有する塩基配列
【請求項３０】
請求項２５、２６、２７若しくは２８記載のプライマーセットまたは請求項２９記載のオリゴヌクレオチドと、
ＤＮＡポリメラーゼと、
ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰを含むｄＮＴＰと、
を含むアスペルギルス  フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）類縁菌検出キット。