【事件の表示】
　平成　８年特許願第５０４１４９号「新規ストレプトグラミン類およびムタ合成によるストレプトグラミン類の製造のための方法」拒絶査定不服審判事件〔平成　８年　１月２５日国際公開、ＷＯ９６／０１９０１、平成１０年　３月１０日国内公表、特表平１０−５０２５３２〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
Ｉ．手続の経緯
　本願は平成７年７月４日（パリ条約による優先権主張１９９４年７月８日，フランス）を国際出願日とする特許出願であって，平成１８年１０月１１日に特許請求の範囲について手続補正がされ，同年１１月２９日付で拒絶理由が通知され，平成１９年８月１６日付で拒絶査定がなされたところ，平成１９年１１月２６日に拒絶査定不服審判が請求されるとともに，同年１２月２６日に特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　
ＩＩ．平成１９年１２月２６日付手続補正についての補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
平成１９年１２月２６日付手続補正を却下する。
［理由］
１．補正の内容
　本件補正は，補正前の特許請求の範囲の請求項３〜５並びに１８における，
「【請求項３】請求項１または２記載の化合物の製造方法であって，Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす少なくとも一つの遺伝子改変を保持するストレプトグラミン産生微生物を利用し，そして前記突然変異株に適切でありかつ生合成が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地中で培養し，そして前記ストレプトグラミンを回収することを特徴とする，上記方法。
【請求項４】突然変異株がＢ群のストレプトグラミン前駆体の生合成に関わる遺伝子の内の一つのものの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子改変を保持することを特徴とする，請求項３記載の方法。
【請求項５】発現が変化を受けている遺伝子（一つもしくは複数）が，Ｌ−２−アミノ酪酸，４−ジメチルアミノ−Ｌ−フェニルアラニン（ＤＭＰＡＰＡ），Ｌ−ピペコリン酸，Ｌ−フェニルグリシン，および／または３−ヒドロキシピコリン酸の生合成にかかわる遺伝子の中から選択されることを特徴とする，請求項４記載の方法。
【請求項１８】（ａ）遺伝子ｐａｐＣ（配列番号２），ｐａｐＢ（配列番号３），ｐｉｐＡ（配列番号５），ｓｎｂＦ（配列番号６），およびｈｐａＡ（配列番号８）の全部もしくは部分，
（ｂ）（ａ）の遺伝子の全部もしくは部分にハイブリダイズする配列，ならびに
（ｃ）遺伝子コードの縮重のために（ａ）および（ｂ）の配列から取得される配列，
の中から選択されることを特徴とする請求項１または２記載の化合物の製造のためのヌクレオチド配列。」との記載における請求項３及び４を削除するとともに，請求項５及び１８の記載を，新たな請求項３及び１５として，補正後の特許請求の範囲の請求項３及び１５に記載される，
「【請求項３】請求項１または２記載の化合物の製造方法であって，Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす少なくとも一つの遺伝子改変を保持するストレプトミセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）属に属するストレプトグラミン産生微生物株を利用し，そして該産生微生物株を適切でありかつ生合成系が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地中で培養し，そして前記ストレプトグラミンを回収することを特徴とし，ここで，該産生微生物株がＢ群のストレプトグラミン前駆体の生合成に関わる遺伝子の中の一つの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子が改変されており，かつ該遺伝子の中の改変された遺伝子の一つもしくは複数が，Ｌ−２−アミノ酪酸，４−ジメチルアミノ−Ｌ−フェニルアラニン（ＤＭＰＡＰＡ），Ｌ−ピペコリン酸，Ｌ−フェニルグリシン，および／または３−ヒドロキシピコリン酸の生合成にかかわる遺伝子の中から選択されることを特徴とする，上記方法。
【請求項１５】（ａ）配列番号２の配列で示されるｐａｐＣ遺伝子，配列番号３の配列で示されるｐａｐＢ遺伝子，配列番号５の配列で示されるｐｉｐＡ遺伝子，配列番号６の配列で示されるｓｎｂＦ遺伝子，および配列番号８の配列で示されるｈｐａＡ遺伝子の全部もしくは一部，
（ｂ）（ａ）の遺伝子の全部もしくは一部にハイブリダイズする配列，ならびに
（ｃ）遺伝子コードの縮重のために（ａ）および（ｂ）の配列から誘導される配列，
からなる群のポリヌクレオチドから選択されるポリヌクレオチドを含む請求項１または２記載の化合物の製造用ポリヌクレオチド調製物。」
に変更する補正を含むものである。
　
２．目的要件について
（１）請求項３について
　補正後の請求項３には，補正前の請求項５に「ストレプトミセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）属に属するストレプトグラミン産生微生物株」という事項が付加されている。そして，ストレプトグラミン産生微生物は，ストレプトミセス属の微生物以外にも知られていることから（必要であれば，国際公開第９４／０８０１４号（後に記す引用例４），第１頁第２４〜２７行及び表１を参照。），上記事項の付加により，補正後の請求項３に係る発明におけるストレプトグラミン産生微生物株は，補正前の請求項５に係る発明におけるストレプトグラミン産生微生物に対して，その種類が減縮されたものとなっている。
　しかしながら，補正後の請求項３における「・・・生合成に関わる遺伝子の中の一つの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子が改変されており」との記載は，「遺伝子の中の一つの範囲内に位置する」の意味が不明であり，前者の「遺伝子」と後者の「遺伝子」との関係も不明である。
　また，「（生合成に）関わる」という語も，その程度を問わず，直接又は間接に関わるもの全てを包含し得るものであって，その範囲が不明確である。
　そして，この記載の不備については，平成１８年１１月２９日付拒絶理由通知書の理由Ｃ．（ハ）において指摘されたものであり，請求人は審判請求書において，上記箇所を「・・・生合成に関わる遺伝子の中の一つに存在する遺伝子に改変を有しており」と訂正し，明瞭になった旨を述べているが，特許請求の範囲の記載は審判請求書の説明のように補正がなされていない。
　さらに，補正後の請求項３は，補正前の請求項３における「ストレプトグラミン産生微生物」，及び「前記突然変異株に適切でありかつ生合成が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体」の記載を，補正後の「ストレプトミセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）属に属するストレプトグラミン産生微生物株」及び「該産生微生物株を適切でありかつ生合成系が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体」に変更したものであり，この記載の変更は，平成１８年１１月２９日付拒絶理由通知書の理由Ｃ．（イ）及び（ロ）において指摘された事項について，明りょうでない記載の釈明をしようとしてなされたものである。
　しかしながら，補正後の「該産生微生物株を適切でありかつ生合成系が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体」との記載は，「適切であり」とはどのようなものを適切とするのか，発明の詳細な説明を参照しても明確に定義されておらず，不明確であるとともに，「適切である」の修飾語句が「前駆体」であるのか，「培地」であるのかも不明確である。
　また，「生合成系が変化を受けている
もの
　
　よって，補正後の請求項３は依然として記載が不明確であり，結果として，本件補正により拒絶理由通知に係る拒絶の理由に示す事項について明りょうでない記載を釈明することができていないため，本件の請求項３についての補正は，明りょうでない記載の釈明を目的としたものとはいえない。
　また，補正後の請求項３に係る発明は不明確であるため，全体として補正前の請求項３に係る発明に対して減縮した範囲のものとなっているか否かも不明であり，本件の請求項３についての補正は，限定的減縮を目的としたものともいえない。
　さらに，本件の請求項３についての補正は，請求項の削除又は誤記の訂正を目的としたものでもない。
　
（２）請求項１５について
　補正前の請求項１８における「遺伝子ｐａｐＣ（配列番号２），ｐａｐＢ（配列番号３），ｐｉｐＡ（配列番号５），ｓｎｂＦ（配列番号６），およびｈｐａＡ（配列番号８）」，「・・・から取得される配列，の中から選択されることを特徴とする」及び「ヌクレオチド配列」の記載を，補正後の請求項１５における「配列番号２の配列で示されるｐａｐＣ遺伝子，配列番号３の配列で示されるｐａｐＢ遺伝子，配列番号５の配列で示されるｐｉｐＡ遺伝子，配列番号６の配列で示されるｓｎｂＦ遺伝子，および配列番号８の配列で示されるｈｐａＡ遺伝子」，「・・・から誘導される配列，からなる群のポリヌクレオチドから選択されるポリヌクレオチドを含む」及び「ポリヌクレオチド調整物」と変更する補正は，平成１８年１１月２９日付拒絶理由通知書の理由Ｃ．（へ），（ト）及び（ル）において指摘された事項について，明りょうでない記載の釈明をしようとして変更されたものである。
　しかしながら，補正後の請求項１５における「ポリヌクレオチド調整物」については，「調整物」が「組成物」であることを意味するのか否か，また，組成物であるとしたら，どのような成分を含むのかといったことが，発明の詳細な説明を参照しても何ら説明がなされておらず，請求項１８は補正後も依然として不明りょうである。
　よって，本件補正により，拒絶理由通知に係る拒絶の理由に示す事項について，明りょうでない記載を釈明することができていないため，本件の請求項１８についての補正は，拒絶理由通知に係る拒絶の理由に示す事項について，明瞭でない記載の釈明を目的としたものとはいえない。
　さらに，補正前の請求項１８は，「・・の中から選択されることを特徴とする・・・ポリヌクレオチド配列」であり，（ａ）〜（ｃ）の中から選択されるもの以外は含まない記載であったのに対し，補正後の請求項１５における「ポリヌクレオチド調整物」は「・・・ポリヌクレオチドを
含む
　したがって，請求項１８についての補正は，限定的減縮を目的としたものではない。
　また，請求項１８についての補正は，請求項の削除及び誤記の訂正を目的としたものでもない。
　
３．独立特許要件違反について
　次に，仮に補正後の請求項３及び１５についての補正は，特許請求の範囲の限定的減縮を目的とするものと認めた場合に，本件補正後の請求項３及び１５に係る発明（以下「補正発明３及び１５」という。）の独立特許要件について以下検討する。
　
（１）本件補正発明３及び１５
　本件補正発明３及び１５は，以下の請求項１及び２を引用して記載されるものである。
「【請求項１】　一般式Ｉ：
【化１】　　　　　　　
により表され，
式中：
　Ｒ２およびＲ４は互いに独立して，水素原子もしくはメチル基を表し，
　Ｒ３は，水素原子もしくは水酸基を表し，
　Ｘは，ＣＯ，ＣＨＯＨ，もしくはＣＨ２基を表し，そしてＲ１は，
【化２】　　
を表すが，ただし，
　メタ誘導体については：
Ａ，Ｃ，Ｄ，およびＥは水素原子を表し，そしてＢはフッ素原子，モノアルキルアミノもしくはジアルキルアミノ基（ここで，アルキルはメチルを表す），エーテル基またはチオエーテル基を表し，
パラ誘導体については：
Ａ，Ｂ，Ｄ，およびＥは水素原子を表し，そしてＣはＣｌ，ＢｒもしくはＩのハロゲン，アミノ基，メチルアミノ基，エチルアミノ基，ジエチルアミノ基，アリルアミノ基，ジアリルアミノ基，アリルエチルアミノ基，エチルプロピルアミノ基，エチルイソプロピルアミノ基，エチルメチルシクロプロピルアミノ基，メトキシ基，エトキシ基，トリフルオロメトキシ基，２−クロロエトキシ基，アリルオキシ基，メチルチオ基，エチルチオ基，アシル基，アルコキシカルボニル基，Ｃ１〜Ｃ６アルキル基およびトリフルオロメチル基から選択される基を表し，
メタ−パラ二置換誘導体については：
Ａ，Ｄ，およびＥは水素原子を表し，そしてＢはフッ素原子を表し，かつ，ＣはＣ１〜Ｃ６アルキル基を表し，そして
オルト−パラ二置換誘導体については：
Ｂ，Ｅ，およびＤは水素原子を表し，そしてＡおよびＣはメチル基を表す，
により表されることを特徴とする化合物。
【請求項２】４ζ−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
５γ−ヒドロキシ−４ζ−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−メチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−メトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メトキシカルボニル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−クロロ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ブロモ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ブロモ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−ヨード−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ヨード−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−トリフルオロメチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−トリフルオロメチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−第三級ブチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−イソプロピル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−イソプロピル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＥ，
４ε−メチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ε−メトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ε−メトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ε−フルオロ−４ζ−メチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシン ＩＡ，
４ζ−エチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ジエチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アリルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ジアリルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アリルエチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルプロピルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルイソプロピルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルメチルシクロプロピルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−トリフルオロメトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アリルオキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メチルチオメチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−（２−クロロエトキシ）−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アセチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ε−ジメチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ε−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，および
４ε−エトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
からなる群より選ばれる，請求項１記載の化合物。」
　
（２）特許法第３６条第６項第２号について
　２．（１）に記載したように，補正後の請求項３における「・・・生合成に関わる遺伝子の中の一つの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子」及び「適切でありかつ生合成系が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地」との記載は不明確である。
　また，２．（２）に記載したように，補正後の請求項１５における「ポリヌクレオチド調整物」は記載が不明確である。
　
（３）特許法第３６条第４項及び第３６条第６項第１号について
ア．本件補正発明３について
　本件補正発明３は，ストレプトグラミン産生微生物株が「Ｂ群のストレプトグラミン前駆体の生合成に関わる遺伝子の中の一つの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子が改変されており，かつ該遺伝子の中の改変された遺伝子の一つもしくは複数が，Ｌ−２−アミノ酪酸，４−ジメチルアミノ−Ｌ−フェニルアラニン（ＤＭＰＡＰＡ），Ｌ−ピペコリン酸，Ｌ−フェニルグリシン，および／または３−ヒドロキシピコリン酸の生合成にかかわる遺伝子の中から選択されること」を発明の特定事項としている。
　一方，発明の詳細な説明には，Ｌ−２−アミノ酪酸，ＤＭＰＡＰＡ，Ｌ−ピペコリン酸，Ｌ−フェニルグリシン，及び３−ヒドロキシピコリン酸がＢ群のストレプトグラミンの前駆体であることが説明され，ｐａｐＡ遺伝子及びｐａｐＭ遺伝子がＤＭＰＡＰＡの生合成に関わること，ｈｐａＡ遺伝子及びｓｎｂＡ遺伝子が３−ヒドロキシピコリン酸の生合成に関わること，ｐｉｐＡ遺伝子がピペコリン酸の生合成に関わることが記載されている。
　しかしながら，Ｌ−２−アミノ酪酸及びＬ−フェニルグリシンの生合成に関わる遺伝子としては，どのような遺伝子があるのか何も説明がなされていない。
　そして，これらの前駆体の生合成に関わる遺伝子は，当該技術分野において技術常識として知られているというものでもない。
　したがって，本願の発明の詳細な説明には，本件補正発明３におけるＬ−２−アミノ酪酸及びＬ−フェニルグリシンの生合成に関わる遺伝子が改変されたストレプトグラミン産生微生物株を利用した態様について，当業者が実施することができるように記載されていない。
　また，Ｌ−２−アミノ酪酸及びＬ−フェニルグリシンの生合成に関わる遺伝子が改変されたストレプトグラミン産生微生物株を利用する態様を含む本件補正発明３は，実施できるものとして，発明の詳細な説明に記載したものではない。
　
イ．本件補正発明１５について　
　本件補正発明１５は，「配列番号２の配列で示されるｐａｐＣ遺伝子，配列番号３の配列で示されるｐａｐＢ遺伝子又は配列番号６の配列で示されるｓｎｂＦ遺伝子」のポリヌクレオチドを含む「請求項１または２記載の化合物の製造用ポリヌクレオチド調整物」を発明の特定事項としている。
　一方，発明の詳細な説明には，ストレプトグラミン前駆体の生合成に関わる遺伝子が改変されたストレプトグラミン産生微生物株を利用して，請求項１又は２に記載の化合物を製造すること，実施例には，ｐａｐＢ遺伝子，ｐａｐＣ遺伝子，ｐｉｐＡ遺伝子，ｓｎｂＦ遺伝子及びｈｐａＡ遺伝子の配列を決定したこと，ｐｉｐＡ遺伝子及びｈｐａＡ遺伝子についてはこれらの遺伝子を改変したストレプトグラミン産生微生物株を作成し，両遺伝子が，ストレプトグラミンの前駆体の生合成に関与することが示されている。
　しかしながら，ｐａｐＢ遺伝子及びｐａｐＣ遺伝子並びにｓｎｂＦ遺伝子については，配列の相同性からそれぞれＤＭＰＡＰＡ並びに３−ヒドロキシピコリン酸の生合成に関与することが予想されると説明されているだけであり，これらの遺伝子を改変したストレプトグラミン産生微生物株を作成していない。
　したがって，ｐａｐＢ遺伝子，ｐａｐＣ遺伝子及びｓｎｂＦ遺伝子については，実際にストレプトグラミンの前駆体の生合成に関与するか否か，また，関与するとしてもどのような経路で関与するかは不明であり，これらの遺伝子を改変したストレプトグラミン産生微生物株を利用して，実際に請求項１または２記載の化合物が製造できるか否かも不明である。
　よって，本願の発明の詳細な説明には，本件補正発明１５における「配列番号２の配列で示されるｐａｐＣ遺伝子，配列番号３の配列で示されるｐａｐＢ遺伝子又は配列番号６の配列で示されるｓｎｂＦ遺伝子」の態様について，当業者が実施することができるように記載されていない。
　また，「配列番号２の配列で示されるｐａｐＣ遺伝子，配列番号３の配列で示されるｐａｐＢ遺伝子又は配列番号６の配列で示されるｓｎｂＦ遺伝子」の態様を含む本件補正発明１５は，実施できるものとして，発明の詳細な説明に記載したものではない。
　
（４）特許法第２９条第２項について
　本件補正発明３における「・・・生合成に関わる遺伝子の中の一つの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子」及び「適切でありかつ生合成系が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地」との記載は，（２）に記載したように，不明確な記載であるため，発明の詳細な説明の実施例等の記載を参照し，上記記載は，「・・・生合成に関わる遺伝子集団の中の少なくとも一つの遺伝子」及び「生合成系が変化を受けることによって生合成が変化又は遮断された天然の前駆体の誘導体又はアナログからなり，天然の前駆体とは異なる，少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体を補足してある培地」を意味するものとして，以下判断を行う。
　
ア．引用例
　原査定の拒絶理由に引用された，本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開第９４／０８０１４号，１９９４年４月１４日（以下「引用例４」という。）には，以下の事項が記載されている。
　
（ア）「ストレプトグラミンを生産する細胞について，少なくとも１つの生合成経路の遺伝子の突然変異がなされていることを特徴とする，ストレプトグラミンの生合成段階でブロックされた細胞を調製する方法。」（請求項１４）
　
（イ）「突然変異がｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕで，少なくとも１つの問題の遺伝子中の塩基のサプレッション，置換，削除かつ／または付加あるいは遺伝子破壊により行われることを特徴とする請求の範囲第１４項記載の方法。」（請求項１５）
　
（ウ）「本発明の別の主題は，ストレプトグラミンの生合成経路の段階でブロックされた細胞の調製法に関し，それによれば突然変異がストレプトグラミンを生産する細胞について少なくとも１つの生合成遺伝子で行われる。
  好ましくは突然変異はin vitroまたはin situで，問題とする遺伝子の１つ以上の塩基のサプレッション，置換，削除および／または付加により行われるか，または遺伝子分断により行われる。
  本発明の別の観点は，実質的にストレプトグラミン生合成の特定段階でブロックされた突然変異体の構築にある。その価値は一方では突然変異タンパク質の機能的研究にあり，他方では生合成中間体を生産する株の生産にある。これらの中間体は分離後に適当なところで，生産媒体に特定の成分を付加することにより，または中間体の基質として作用することにより中間体を修飾できるこのように突然変異した別の遺伝子を株に導入することにより修飾されることができる。これらの中間体はこのように化学的，生化学的，酵素および／または微生物手段により修飾されることができる。」（第１０頁第２０〜３５行）
　
（エ）「９．２  ｓａｍＳ遺伝子が分断されたエス．プリスチナエスピラリス（Ｓ.pristinaespiralis）ＳＰ９２の突然変異体の構築
　この実施例ではｓａｍＳ遺伝子の破壊により，野生型のＳＰ９２株に比較して３５％低いＰＩＡ，および１０倍多いＰＩＢ（その化学構造を第２図に示す）を生産するエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）ＳＰ９２株をどのように構築できるかを説明する。この突然変異体はｓａｍＳ遺伝子にコードされるタンパク質に関して推定されるＳＡＭシンターゼ機能を確証し，そして野生型ＳＰ９２株よりも多いＰＩＢを合成する株を得ることを目的として構築された。・・・ プラスミドｐＶＲＣ７０２は，のｓａｍＳ遺伝子（第２７図）の中央に位置する２つのＳｓｔＩ部位の間に，アムラマイシンおよびゲニチシンに対する耐性をコードするａｍＲ遺伝子を持つカセットを導入することによりプラスミドｐＶＲＣ７０１から派生する。」（第７５頁第２５行〜第７６頁第１５行）
　
（オ）「９．２．２．ｓａｍＳ：：ΩａｍＲ染色体遺伝子を有する株の構築  
　この株はエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）のプロトプラストを１μｇの自殺プラスミドｐＶＲＣ７０２（これはストレプトミセス（Streptomyces）細胞中では複製できない）で形質転換することにより得られた。・・・  このように５００個のゲニチシン−耐性クローンを単離することができ，これは染色体とプラスミドｓａｍＳとの間の単一相同的組換え後のプラスミドｐＶＲＣ７０２の染色体への統合か（単一交叉の場合），あるいは二重相同的組換え後の染色体ｓａｍＳ遺伝子とプラスミドｓａｍＳ：：ΩａｍＲプラスミド遺伝子の交換の結果（二重交叉の場合）のいずれかの結果でありうる。この２つの適例において，ΩａｍＲカセットは株の染色体上に転移され，そして世代にわたって安定なａｍＲ耐性を付与する。
　組換えクローンをプレートにまき，そして最終的に５０μｇ／ｍｌのゲニチシンを含有するＨＴ７培地で生育させ，そしてコロニーハイブリダイゼーション法により単離する。実施例９．１に記載されるように，ｐＶＲＣ７０２および対応するｐＵＣ１８に由来する２．７ｋｂのＢａｍＨＩ−ＥｃｏＲＩ断片から得た第一プローブでのクローンのハイブリダイゼーション，ならびにΩａｍＲカセットを持つ２．２ｋｂのＢａｍＨＩ断片に対応する第２プローブでのハイブリダイゼーションは，単一交叉（両方のプローブとハイブリダイズする）を二重交叉（第２プローブとのみハイブリダイズする）から区別することを可能にする。これにより選択される二重交叉から生じる３つのクローンを，プレートにまいて，そして終濃度が５０ｍｇ／ｍｌのゲニチシンを含有るすＲ２ＹＥ培地で生育させ，そして胞子のストックを得た。
  ３つの二重組換え体のゲノム構造を確認するために，これらのクローンを酵素ＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩで消化した染色体ＤＮＡの様々なサザンブロットを作成し，そして以下の３つのプローブとハイブリダイズさせた：ｐＶＲＣ７０２の２．２ｋｂのＢａｍＨＩ断片から得たΩａｍＲカセットに対応するプローブ，ｐＶＲＣ７０１の２．７ｋｂのＢａｍＨＩ−ＥｃｏＲＩ断片から得たｐＵＣ１８に対応するプローブ，そして最後にｓｎａＢ遺伝子を持ち，かつｓａｍＳの始まりであるｐＶＲＣ７０１の１．３ｋｂのＥｃｏＲＩ−ＳｓｔＩ断片から得たプローブ。これらのハイブリダイゼーションにより試験した３つのクローンがまさに，ΩａｍＲカセットにより妨害された突然変異ｓａｍＳ遺伝子により完全な染色体ｓａｍＳ遺伝子置換を可能にする二重相同的組換えの結果であることを確証することができる。
  これら３つのうちの１つの突然変異クローンをＳＰ９２ｓａｍＳ：：ΩａｍＲと命名した。」（第７６頁第２９行〜第７８頁第１行）
　
（カ）「９．３  ｐａｐＡ遺伝子が破壊されたエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）ＳＰ９２の突然変異体の構築
  この実施例ではｐａｐＡ遺伝子の破壊により，もはやＰＩを生産しないエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）ＳＰ９２株をどのように構築できるかを説明する。この突然変異体はｐａｐＡタンパク質の機能を確認することを目的として構築された。その構築は実施例９．１に記載したように自殺プラスミドｐＤＨ５を使用して行われた。
９．３．１．  プラスミドｐＶＲＣ５０８の構築
  この実施例ではエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）ＳＰ９２中では複製せず，そして単一相同的組換えによりｐａｐＡ遺伝子を破壊するために使用できるプラスミドをどのように構築できるかを説明する。
  プラスミドｐＶＲＣ５０８は実施例７．７に記載されるプラスミドｐＶＲＣ９０３から，ｐａｐＡ遺伝子が破壊されたＳＰ９２染色体突然変異体を作成するように構築された。」（第７８頁第２５行〜第７９頁第６行）
　
（キ）「９．３．２．  相同的組み換えによりｐａｐＡ遺伝子が破壊されたＳＰ９２突然変異体の単離
  この実施例ではｐａｐＡ遺伝子が破壊されたエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）の突然変異体をどのように構築できるかを説明する。この突然変異体は自殺プラスミドｐＶＲＣ５０８によるＳＰ９２株の形質転換により単離した。プロトプラストの調製およびその形質転換は，実施例９．１に記載されているように行った。ＳＰ９２のプロトプラストを形質転換した後，組み換え体を２．６ｍｇ／ｍｌのチオストレプトンを含有するで３ｍｌのＳＮＡ培地を上層させて選択した。１μｇのプラスミドｐＶＲＣ５０８で５回実施した５回の形質転換の中で，１０個のチオストレプトン−耐性クローンが単離された。これは１μｇのＤＮＡあたり約２の組み換え効率である。これらの組み換え体はＳＰ９２株の染色体が持つｐａｐＡ遺伝子と１．４ｋｂの自殺プラスミドｐＶＲＣ５０８の断片との間の単一相同的組み換えの結果である。
  組み換え体の胞子を４００μｇ／ｍｌのチオストレプトンを補充したＲ２ＹＥ培地にまいて生育させ，そして再度同一培地にまいて単離コロニーを得ることにより単離した。・・・これらの中の１つをＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８と命名した。」（第７９頁第２２行〜第８０頁第１７行）
　
（ク）「９．３．３  突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８によるプリスチナマイシンの生産
  この実施例ではプラスミドｐＶＲＣ５０８の統合によりｐａｐＡ遺伝子が破壊されたエス．プリスチナエスピラリス（S.pristinaespiralis）ＳＰ９２の突然変異体が，もはやＰＩを生産しないことをどのように測定するかを説明する。
  突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８，同様に対照としてＳＰ９２株を液体生産培地で培養した。発酵およびプリスチナマイシンＩおよびIIのアッセイは実施例９．１に記載されたように行った。
  結果は，実施した発酵条件下で対照ＳＰ９２株は標準的な量のプリスチナマイシンＩを生産したが，突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８は微量のＩ型プリスチナマイシンも発酵果膠中に検出されなかった。さらに突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８によるプリスチナマイシンIIの生産はＳＰ９２対照と等しかった。突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８はプリスチナマイシンIIのみを生産するようにされた。これらの結果はｐａｐＡ遺伝子がプリスチナマイシンＩの生合成に関与することを明らかに表している。
  突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８中で行われる破壊の有極性が無いことを確認するために，後者をｐ−ジメチルアミノフェニルアラニンの存在下で発酵させた。突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８は上記のように発酵させ，さらに１００ｍｇ／ｍｌのｐ−ジメチルアミノフェニルアラニンを発酵１７時間後に加えた。このような相補性の条件下で，突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８はＳＰ９２株が生産するプリスチナマイシンＩと等量のプリスチナマイシンＩを生産した。プリスチナマイシンIIの生産は両方の株で等量である。これにより突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８のｐ−ジメチルアミノフェニルアラニンの生合成に関わる遺伝子（ｐａｐＡ遺伝子）がまさに破壊されているので，プリスチナマイシンを生産しないことが結論できる。この突然変異体のｐ−ジメチルアミノフェニルアラニンの相補性は，プリスチナマイシンＩを生産する能力を再保有し，この突然変異が他のプリスチナマイシンＩ前駆体，またはこれらの前駆体の縮合に対して極性効果を持たないことを証明する。この実施例では生合成に関与するクローン化遺伝子から出発して，プリスチナマイシン（特にプリスチナマイシンＩ）の生合成段階で突然変異した株が構築できることを示す。」（第８０頁第１８行〜第８１頁第１４行）
　
（ケ）「
」（図２）
　
　記載事項（ア）〜（ケ）によれば，引用例４には，Ｂ群のストレプトグラミンの生合成経路の遺伝子が破壊されているストレプトグラミンを生産する微生物の突然変異体を作出すること，及び，生産媒体に特定の成分を付加する等の方法で，突然変異体の生産する中間体を修飾することが記載され，実施例には，papＡ遺伝子を破壊したＳ．pristinaespiralis突然変異体は，プリスチナマイシンＩの生合成がブロックされるが，生産培地にｐ−ジメチルアミノフェニルアラニンを加えると，プリスチナマイシンＩを生産するようになったことが記載されている。
　
イ．対比・判断
　引用例４の記載事項（ク）にあるように，ｐａｐＡ遺伝子は，Ｂ群のストレプトグラミンであるプリスチナマイシンＩの前駆体であるｐ−ジメチルアミノフェニルアラニン（４−ジメチルアミノ−Ｌ−フェニルアラニン）の生合成に関わる遺伝子であるから，引用例４に記載された「突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８」及び「ｐａｐＡ遺伝子」は，本件補正発明３における「Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす少なくとも一つの遺伝子改変を保持するストレプトミセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）属に属するストレプトグラミン産生微生物株」及び「４−ジメチルアミノ−Ｌ−フェニルアラニン（ＤＭＰＡＰＡ）の生合成に関わる遺伝子」にそれぞれ相当する。
　また，引用例４の記載事項（ク）には，前駆体であるｐ−ジメチルアミノフェニルアラニンを培地に添加することによって，プリスチナマイシンＩを生産させたことが記載されている。
　よって，本件補正発明３と引用例４に記載された発明とは，「Ｂ群のストレプトグラミンの製造方法であって，Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす少なくとも一つの遺伝子改変を保持するストレプトミセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）属に属するストレプトグラミン産生微生物株を利用し，そして該産生微生物株を適切でありかつ生合成系が変化を受けている少なくとも一つのＢ群のストレプトグラミンの前駆体が補足してある培地中で培養し，そして前記ストレプトグラミンを回収することを特徴とし，ここで，該産生微生物株がＢ群のストレプトグラミン前駆体の生合成に関わる遺伝子の中の一つの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子が改変されており，かつ該遺伝子の中の改変された遺伝子が，４−ジメチルアミノ−Ｌ−フェニルアラニン（ＤＭＰＡＰＡ）の生合成にかかわる遺伝子であることを特徴とする，上記方法。」である点で，両発明は一致し，本件補正発明３が，生合成系が変化を受けることによって生合成が変化又は遮断された天然の前駆体の誘導体又はアナログからなり，天然の前駆体とは異なる，本願の請求項１又は２記載の特定のＢ群のストレプトグラミンに対応する天然の前駆体の誘導体又はアナログを培地に補足して，請求項１又は２記載の特定のＢ群のストレプトグラミンを製造するのに対し，引用例４に記載された発明では，生合成系が変化を受けることによって生合成が変化又は遮断された天然の前駆体を培地に補足して天然のＢ群のストレプトグラミンであるプリスチナマイシンＩを製造している点で，両発明は相違する。
　
　上記相違点について検討する。
　引用例４の記載事項（ウ）にあるように，引用例４には，生産媒体に特定の成分を付加することによって，突然変異体により生産される生合成中間体を修飾することが示唆されている。
　一方，生合成が阻害された突然変異株を，天然の前駆体のアナログである非天然の前駆体を補足した培地で培養することにより，新規抗生物質を合成する，いわゆるムタ合成は，本願優先日における周知技術である（必要であれば，Biotransformations， 1984， Vol.6A， p.247-251等を参照。） 。
　また，本願明細書の実施例３３等にも説明されているように，本願優先日当時，ＤＭＰＡＰＡのアナログであるフェニルアラニン誘導体の製造方法は周知技術であり，請求項１に記載の化合物に対応する前駆体となるフェニルアラニン誘導体のうち，市販されているフェニルアラニン誘導体も存在した（明細書第５４〜５６頁，表ＩＩＩを参照。）。
　してみると，引用例４に記載された発明において，天然の前駆体であるＤＭＰＡＰＡを補足することに換えて，ＤＭＰＡＰＡのアナログである種々のフェニルアラニン誘導体を補足することとして，新規なＢ群のストレプトグラミンを製造することは，当業者が容易に想到し得たものである。
　その際に，具体的にどのような置換基を有するアナログを前駆体として使用し，どのようなＢ群のストレプトグラミンを製造するかは，適宜変更し得る設計事項に過ぎない。
　そして，本願の発明の詳細な説明には，本願の請求項１及び２に記載される全ての新規なプリスチナマイシンＩ誘導体を製造したことは記載されておらず，実施例において実際に製造したことが記載されている一部のプリスチナマイシンＩ誘導体についても，その生理活性については測定されていない。
　したがって，本件補正発明３によって製造される，本願の請求項１及び２に記載される新規なＢ群のストレプトグラミンが，引用例４に記載された天然のプリスチナマイシンＩと比較して，格別な効果を奏するものではない。
　ゆえに，引用例４に記載された発明において，補足する前駆体の種類を，請求項１又は２に記載された化合物に対応する前駆体に特定し，製造するＢ群のストレプトグラミンを請求項１又は２に記載されたものに特定することによって，引用例４及び上記周知技術から予測し得ない格別な効果を奏するものではない。
　よって，本件補正発明３は，引用例４及び周知技術に基づき，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により，特許出願の際独立して特許を受けることができない。
　
４．小括
　したがって，本件補正は，平成１４年法律第２４号改正附則第２条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第４項の規定に違反し，また，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので，同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。 
　
ＩＩＩ．本願発明
　平成１９年１２月２６日付手続補正は上記のとおり却下されたので，本願の請求項１〜４，１８，２７及び２８に係る発明（以下「本願発明１〜４，１８，２７及び２８」という。）は，平成１８年１０月１１日付手続補正書によって補正された特許請求の範囲に記載された，以下のとおりのものと認める。
「【請求項１】　一般式Ｉ：
により表され，
式中：
　Ｒ２およびＲ４は互いに独立して，水素原子もしくはメチル基を表し，
　Ｒ３は，水素原子もしくは水酸基を表し，
　Ｘは，ＣＯ，ＣＨＯＨ，もしくはＣＨ２基を表し，そして
　Ｒ１は，
を表すが，ただし，
　メタ誘導体については：
Ａ，Ｃ，Ｄ，およびＥは水素原子を表し，そしてＢはフッ素原子，モノアルキルアミノもしくはジアルキルアミノ基（ここで，アルキルはメチルを表す），エーテル基またはチオエーテル基を表し，
パラ誘導体については：
Ａ，Ｂ，Ｄ，およびＥは水素原子を表し，そしてＣはＣｌ，ＢｒもしくはＩのハロゲン，アミノ基，メチルアミノ基，エチルアミノ基，ジエチルアミノ基，アリルアミノ基，ジアリルアミノ基，アリルエチルアミノ基，エチルプロピルアミノ基，エチルイソプロピルアミノ基，エチルメチルシクロプロピルアミノ基，メトキシ基，エトキシ基，トリフルオロメトキシ基，２−クロロエトキシ基，アリルオキシ基，メチルチオ基，エチルチオ基，アシル基，アルコキシカルボニル基，Ｃ１〜Ｃ６アルキル基およびトリフルオロメチル基から選択される基を表し，
メタ−パラ二置換誘導体については：
Ａ，Ｄ，およびＥは水素原子を表し，そしてＢはフッ素原子を表し，かつ，ＣはＣ１〜Ｃ６アルキル基を表し，そして
オルト−パラ二置換誘導体については：
Ｂ，Ｅ，およびＤは水素原子を表し，そしてＡおよびＣはメチル基を表す，
により表されることを特徴とする化合物。
【請求項２】４ζ−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
５γ−ヒドロキシ−４ζ−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−メチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−メトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メトキシカルボニル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−クロロ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ブロモ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ブロモ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−ヨード−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ヨード−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−トリフルオロメチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−トリフルオロメチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ζ−第三級ブチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−イソプロピル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−イソプロピル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＥ，
４ε−メチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ε−メトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ε−メトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ε−フルオロ−４ζ−メチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシン ＩＡ，
４ζ−エチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ジエチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アリルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−ジアリルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アリルエチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルプロピルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルイソプロピルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルメチルシクロプロピルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−トリフルオロメトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アリルオキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−メチルチオメチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−（２−クロロエトキシ）−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−アセチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ζ−エチル−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＨ，
４ε−ジメチルアミノ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
４ε−メチルチオ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，および
４ε−エトキシ−デ（４ζ−ジメチルアミノ）プリスチナマイシンＩＡ，
からなる群より選ばれる，請求項１記載の化合物。
【請求項３】請求項１または２記載の化合物の製造方法であって，Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす少なくとも一つの遺伝子改変を保持するストレプトグラミン産生微生物を利用し，そして前記突然変異株に適切でありかつ生合成が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地中で培養し，そして前記ストレプトグラミンを回収することを特徴とする，上記方法。
【請求項４】突然変異株がＢ群のストレプトグラミン前駆体の生合成に関わる遺伝子の内の一つのものの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子改変を保持することを特徴とする，請求項３記載の方法。
【請求項１８】（ａ）遺伝子ｐａｐＣ（配列番号２），ｐａｐＢ（配列番号３），ｐｉｐＡ（配列番号５），ｓｎｂＦ（配列番号６），およびｈｐａＡ（配列番号８）の全部もしくは部分，
（ｂ）（ａ）の遺伝子の全部もしくは部分にハイブリダイズする配列，ならびに
（ｃ）遺伝子コードの縮重のために（ａ）および（ｂ）の配列から取得される配列，
の中から選択されることを特徴とする請求項１または２記載の化合物の製造のためのヌクレオチド配列。
【請求項２７】二重相同組換えによるｐａｐＡ遺伝子の破壊である遺伝子改変を保持することを特徴とする請求項１または２記載の化合物の製造のための突然変異体Ｓ．プリスチナエスピラリス（Ｓ．ｐｒｉｓｔｉｎａｅｓｐｉｒａｌｉｓ）株。
【請求項２８】４−トリフルオロメトキシフェニルアラニン，３−メチルアミノフェニルアラニン，３−メチルチオフェニルアラニン，３−フルオロ−４−メチルフェニルアラニン，４−メチルアミノフェニルピルビン酸，３−エトキシフェニルアラニン，４−アリルアミノフェニルアラニン，４−ジアリルアミノフェニルアラニン，４−アリルエチルアミノフェニルアラニン，４−エチルプロピルアミノフェニルアラニン，４−エチルイソプロピルアミノフェニルアラニン，４−エチルメチルシクロプロピルアミノフェニルアラニン，４−（１−ピロリジニル）フェニルアラニン，４−エチルチオメチルフェニルアラニン，４−Ｏ−（２−クロロエチル）チロシン，３−ジメチルアミノフェニルアラニン，および３−エチルアミノフェニルアラニンからなる群より選ばれる請求項１または２記載の化合物の製造のための前駆体化合物。」
　
ＩＶ．特許法第３６条第６項第２号について
１．請求項３について（原審の平成１８年１１月２９日付拒絶理由通知書の理由Ｃの（イ）及び（ロ））
　請求項３には「前記突然変異株に適切でありかつ生合成が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地」と記載されている。
　しかし，この記載の前に「突然変異株」は記載されておらず，「前記突然変異株」が何を引用するのか不明確な記載である。
　そして，「前記突然変異株」が，その前に記載される「Ｂ群のストレプトグラミンの遺伝子改変を保持するストレプトグラミン産生微生物」を指すものと認めたとしても，「前記突然変異株に適切であり」との記載は，どのようなものを「適切である」とするのかは，発明の詳細な説明を参照しても，明確に定義されておらず，不明確であるとともに，「適切である」の修飾語句が「前駆体」であるのか，「培地」であるのかも不明確である。
　また，「生合成が変化を受けているものとは異なる」との記載も，「もの」が何を指すのかが不明確であり，「もの」を「前駆体」であると解釈しても，「生合成が変化を受けているものとは異なる・・・前駆体」との記載が，生合成の変化を受けていない前駆体を指すのか，生合成の変化を受けている前駆体に関連するが，天然の前駆体とは異なる前駆体を指すのか，「異なる」の意味が不明確である。
　よって，請求項３は記載が不明確である。
　
２．請求項４について（原審の平成１８年１１月２９日付拒絶理由通知書の理由Ｃの（ハ））
　請求項４には，「・・・生合成に関わる遺伝子の内の一つのものの範囲内に位置する少なくとも一つの遺伝子改変」と記載されているが，「（遺伝子の）範囲内に位置する」とは，何を意味するのか，発明の詳細な説明を参照しても説明がなされておらず，意味が不明である。
　また，「（生合成に）関わる」という語も，その程度を問わず，直接又は間接に関わるもの全てを包含し得るものであって，その範囲が不明確である。
　よって，請求項４は記載が不明確である。
　
３．請求項１８について（原審の平成１８年１１月２９日付拒絶理由通知書の理由Ｃの（ル））
　本願発明１８は，「ヌクレオチド配列」である。
　しかしながら，「ヌクレオチド配列」とは，ヌクレオチドの塩基の配列，すなわち，塩基の並びであり，化合物を指す用語ではない。
　そのため，本願発明１８は，特許法第２条第３項第１号乃至第３号に定義される，物の発明，方法の発明及び物を生産する発明のいずれの発明にも該当せず，本願発明１８の権利の及ぶ範囲が不明確である。
　よって，請求項１８は記載が不明確である。
　
Ｖ．特許法第２９条第１項第３号について
１．引用例６
　原査定の拒絶の理由に引用された，本願優先日前に頒布された刊行物であるBioorg.Khim.（БИООРГАНИЧЕСКАЯ　ХИМИЯ），１９９０，Vol.16，No.8，p.1024-1027（以下「引用例６」という。）には，以下の事項が記載されている。
「本小論の目的 − それは，ポリフタル・アルキル酸（チオ）誘導体のフェニール・アラニンを保持すること，そしてそれらのエージェント（πx）に対する疎水性の定数，ならびにHammettの定数の間の関係性を規定すること，である。ここで，以下のような化合物が研究された。　
」
　
２．対比・判断
　本願発明２８と引用例６に記載された発明とを対比すると，引用例６に記載された化合物（ＩＶ）は，本願発明２８における「４−トリフルオロメトキシフェニルアラニン」に相当する。
　そして，本願明細書の実施例３３等にも説明されているように，本願優先日当時，種々のフェニルアラニン誘導体の製造方法は周知技術であるから，引用例６に記載された化合物（ＩＶ）が製造できるものであったことは自明である。
　したがって，本願発明２８と引用例６に記載された発明とは，「４−トリフルオロメトキシフェニルアラニン」である点で一致し，本願発明２８は，「請求項１又は２記載の化合物の製造のための前駆体」であるのに対し，引用例６には，４−トリフルオロメトキシフェニルアラニンをそのような前駆体として使用することは記載されていない点で，両発明は一応相違する。
　しかしながら，「請求項１又は２記載の化合物の製造のための前駆体」という化合物の用途限定は，単に化合物の有用性を示したに過ぎず，用途限定のない化合物と物として区別することができないため，上記相違点は実質的な相違点ではない。
　よって，本願発明２８は，引用例６に記載された発明である。
　
ＶＩ．特許法第２９条第２項について
１．引用例
　引用例４には，ＩＩ．３．（４）ア．に記載したとおりの事項が記載されている。
　
２．対比・判断
（１）請求項１について
　引用例４の記載事項（ケ）には，式１〜３の化合物が記載され，これらの化合物は，本願発明１の化合物の一般式ＩにおけるＲ２がメチル基，Ｒ４がメチル基（式１及び２）又は水素原子（式１），ＸがＣ＝Ｏ，Ｒ１が　　　　　
のパラ誘導体であり，Ａ，Ｂ，Ｄ及びＥは水素原子であり，Ｃにジメチルアミノ基（式１及び３）又はメチルアミノ基（式２）を有する化合物が記載されており，引用例４に記載されるプリスチナマイシンＩＢ（式２の化合物）は，本願発明１に包含されるものである。
　よって，本願発明１と引用例４に記載された発明は，プリスチナマイシンＩに関するものである点及びプリスチナマイシンＩＢでは一致し，本願発明１は，プリスチナマイシンＩＢ以外の新規なプリスチナマイシンＩを包含するのに対し，引用例４には，上記式１〜３の化合物以外のプリスチナマイシンＩは記載されていない点で，両発明は相違する。
　
　上記相違点について検討すると，ＩＩ．３．（４）でも検討したように，引用例４には，ＤＭＰＡＰＡの生合成がブロックされたプリスチナマイシンＩ産生微生物の突然変異体が記載されるとともに，突然変異体により生産される中間体を修飾することが示唆されており，ムタ合成及びＤＭＰＡＰＡのアナログとなるフェニルアラニン誘導体の製造方法は，本願優先日当時における周知技術であるから，引用例４に記載された発明において，ＤＭＰＡＰＡのアナログを培地に捕捉して，式１〜３とは異なる置換基を有する新規なプリスチナマイシンＩを製造することは，当業者が容易に想到し得たものである。
　そして，本願発明１に包含される化合物が，引用例４及び周知技術から予測し得ない格別な効果を奏するものでないことも，ＩＩ．３．（４）に記載したとおりである。
　したがって，本願発明１は，引用例４及び周知技術に基づき，当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
（２）請求項３について
　本願発明３における「前記突然変異株に適切でありかつ生合成が変化を受けているものとは異なる少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体が補足してある培地」との記載は，ＩＶ．１に記載したとおり不明確であるため，「前記突然変異株」は，「Ｂ群のストレプトグラミンの遺伝子改変を保持するストレプトグラミン産生微生物」を指すものとし，また，「適切であり・・・培地」の記載については，ＩＩ．３（４）において本件補正発明３について認定したのと同じく，「生合成系が変化を受けることによって生合成が変化又は遮断された天然の前駆体の誘導体又はアナログからなり，天然の前駆体とは異なる，少なくとも一つの請求項１または２記載の化合物に対応する前駆体を補足してある培地」を意味するものとして，以下判断を行う。
　
　引用例４に記載された「突然変異体ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８」は，本願発明３における「Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす遺伝子改変を保持するストレプトグラミン産生微生物」であり，引用例４には，前駆体であるｐ−ジメチルアミノフェニルアラニン（ＤＭＰＡＰＡ）を培地に添加することで，プリスチナマイシンＩを産生させたことも記載されている（記載事項（ク））。
　よって，本願発明３と引用例４に記載された発明とは，「Ｂ群のストレプトグラミンの製造方法であって，Ｂ群のストレプトグラミンの前駆体の生合成に影響を及ぼす少なくとも一つの遺伝子改変を保持するストレプトグラミン産生微生物を利用し，そして前記突然変異株に適切でありかつ生合成が変化を受けている少なくとも一つのＢ群のストレプトグラミンの前駆体が補足してある培地中で培養し，そして前記ストレプトグラミンを回収することを特徴とする方法」である点で一致し，本願発明３が，生合成系が変化を受けることによって生合成が変化又は遮断された天然の前駆体の誘導体又はアナログからなり，天然の前駆体とは異なる，本願の請求項１又は２記載の特定のＢ群のストレプトグラミンに対応する天然の前駆体の誘導体又はアナログを培地に補足して，請求項１又は２記載の特定のＢ群のストレプトグラミンを製造するのに対し，引用例４に記載された発明では，生合成系が変化を受けることによって生合成が変化又は遮断された天然の前駆体を培地に補足して天然のＢ群のストレプトグラミンであるプリスチナマイシンＩを製造している点で，両発明は相違する。
　しかしながら，上記相違点は，ＩＩ．３．（４）で検討した，補正発明３と引用例４に記載された発明との相違点と同じものである。
　よって，本願発明３は，補正発明３と同様，引用例４及び周知技術に基づき，当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
（３）請求項２７について
　引用例４の記載事項（キ）には，単一相同組み換えによりｐａｐＡ遺伝子が破壊された突然変異体Ｓ．プリスチナエスピラリス株ＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８が記載されており，記載事項（ウ）には，生産媒体に特定の成分を付加することにより，突然変異体により生産される中間体の修飾化合物を製造することも示唆されている。
　よって，本願発明２７と，引用例４に記載された発明とは，「相同組換えによるｐａｐＡ遺伝子の破壊である遺伝子改変を保持することを特徴とするプリスチナマイシンＩを製造するための突然変異体Ｓ．プリスチナエスピラリスである点で一致し，以下の点で相違する。
　相違点１：
本願発明２７は，突然変異が二重相同組換えによるものであるのに対し，引用例４に記載された発明では，単一相同組換えによるものである点。
　相違点２：
本願発明２７は，請求項１又は２に記載の特定の化合物の製造のためのものであるのに対し，引用例４に記載された発明では，製造する化合物の種類が特定されていない点。
　
　上記相違点について検討する。
　相違点１については，引用例４の記載事項（オ）に記載されるように，プラスミドを用いて遺伝子組換えを行えば，単一相同組換えか，二重相同組換えのいずれかが生じ，そのいずれにおいても安定な変異体が作出できるものであり，二重相同組換えによる変異体を確認する手法も記載されている。
　したがって，引用例４に記載されたｐａｐＡ遺伝子の単一相同組換えによる変異体に換えて，ｐａｐＡ遺伝子の二重相同組換えによる変異体を作出することは，当業者が容易になし得たものである。
　次に，相違点２について検討すると，突然変異体によって製造されるＢ群のストレプトグラミンの種類は，突然変異体の形質によって変わるのではなく，突然変異体を培養する際に培地に添加するストレプトグラミン前駆体の種類によって変わるものである。すなわち，突然変異体によって製造されるＢ群のストレプトグラミンが異なっていても，製造する際に使用する突然変異体自体には差異がない。
　したがって，相違点２については，実質的な相違点ではない。
　そして，本願発明２７が，引用例４に記載されたＳＰ９２：：ｐＶＲＣ５０８株と比較して，格別な効果を有するものでもない。　
　
　よって，本願発明２７は，引用例４に記載された発明に基づき，当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
ＶＩＩ．むすび
　したがって，本願は特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしておらず，特許を受けることができない。また，本願発明２８は，特許法第２９条第１項第３号に該当し，特許を受けることができない。さらに，本願発明１，３及び２７は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。