(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織における配列番号１を含むヒトインドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１（ＩＤＯ１）の領域に特異的に結合可能な単離された抗体であって、  次の超可変領域（ＨＶＲ）：
（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号３又は配列番号１８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；
（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び
（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３
を含む、抗体。
【請求項２】
（ａ）配列番号１６、配列番号２１、配列番号２３、又は配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号１７、配列番号２２、配列番号２４、又は配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
配列番号１６、配列番号２１、配列番号２３、又は配列番号２５のＶＨ配列を含む、請求項２に記載の抗体。
【請求項４】
配列番号１７、配列番号２２、配列番号２４、又は配列番号２６のＶＬ配列を含む、請求項２に記載の抗体。
【請求項５】
ＩＤＯ１に特異的に結合する単離された抗体であって、次のＨＶＲ：
（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；
（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び
（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３
を含み、
次の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインＦＲ：
（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４；
（ｅ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；
（ｆ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；
（ｇ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び
（ｈ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４
をさらに含み、且つ
配列番号１６のＶＨ配列及び配列番号１７のＶＬ配列を含む、抗体。
【請求項６】
ＩＤＯ１に特異的に結合する単離された抗体であって、次のＨＶＲ：
（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；
（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び
（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３
を含む抗体。
【請求項７】
次の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインＦＲ：
（ａ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４；
（ｅ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；
（ｆ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；
（ｇ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び
（ｈ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４
をさらに含み、且つ
配列番号２１のＶＨ配列及び配列番号２２のＶＬ配列を含む、請求項６に記載の抗体。
【請求項８】
次の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインＦＲ：
（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４；
（ｅ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；
（ｆ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；
（ｇ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び
（ｈ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４
をさらに含み、且つ
配列番号２３のＶＨ配列及び配列番号２４のＶＬ配列を含む、請求項６に記載の抗体。
【請求項９】
次の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインＦＲ：
（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；
（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４；
（ｅ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；
（ｆ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；
（ｇ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び
（ｈ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４
をさらに含み、且つ
配列番号２５のＶＨ配列及び配列番号２６のＶＬ配列を含む、請求項６に記載の抗体。
【請求項１０】
モノクローナル抗体である、請求項１から９のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１１】
ＩＤＯ１に特異的に結合する抗体断片である、請求項１から９のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１２】
抗体断片が、Ｆａｂ、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、Ｆｖ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、及びダイアボディからなる群より選択される、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１３】
生物学的試料中のＩＤＯ１の存在又は発現レベルを検出する方法であって、生物学的試料を請求項１から１２のいずれか一項に記載の抗体と接触させること、及び結合した抗体の存在を免疫組織化学法又は免疫細胞化学法によって検出することを含む、方法。
【請求項１４】
試料が固定組織を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
固定組織がＦＦＰＥ組織である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
試料が、がん又は自己免疫疾患を有する対象、若しくは、がん又は自己免疫疾患にかかりやすい素因を有する対象に由来する、請求項１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
生物学的試料中のＩＤＯ１の存在又は発現レベルを検出するためのキットであって、請求項１から１２のいずれか一項に記載の抗体、及び使用説明書を含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本開示は、その内容全体が参照により本願に援用される、２０１４年５月２９日に出願された米国仮出願第６２／００４５９４号、及び２０１４年１０月２３日に出願された米国仮出願第６２／０６７７４２号の利益を主張する。
【０００２】
本発明は、抗インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１（ＩＤＯ１）抗体及びそれを使用する方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
ヒトインドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１（ＩＤＯ１）は、トリプトファンからＮ−ホルミルキヌレニンへの変換における第１の律速段階をもたらす４０３−アミノ酸一本鎖オキソレダクターゼである。それは、未知の分泌型又は細胞外形を有する細胞質タンパク質である。ＩＤＯ１介在型のトリプトファン異化の下流生成物は、抗増殖性効果及びアポトーシス効果を有すること、及び免疫寛容の誘導にも関与することが知られている。ＩＤＯ１はまた、妊娠維持においても重要でありうる。
【０００４】
ＩＤＯ１は、抗菌及び抗腫瘍防御、神経病理学、免疫調節、及び抗酸化活性を含む、複数の病態生理学的過程に関係している。ＩＤＯ１活性及び／又はｍＲＮＡ発現は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬＬ）、乳がん、肺がん、皮膚がん、結腸がん、膵管腺がん（ＰＤＡ）、肝臓がん、卵巣がん、腎細胞癌（ＲＣＣ）、子宮頸がん、子宮内膜がん、及びブドウ膜メラノーマを含む多くのがんに関連している。さらには、改変されたＩＤＯ１活性又は発現の役割は、炎症性腸疾患、原発性胆汁性肝硬変、ＨＩＶ及びＳＩＶの持続、及び鬱病に想定されている。
【０００５】
これらの過程におけるＩＤＯ１の役割を所与として、ＩＤＯ１タンパク質を検出するためのさらなる材料及び方法が必要とされる。
【発明の概要】
【０００６】
本開示は、抗ＩＤＯ１抗体及びその使用方法に関する。
【０００７】
一態様では、ヒトＩＤＯ１に特異的に結合可能な抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示される。
【０００８】
一態様では、ヒトＩＤＯ１のＣ末端に特異的に結合可能な抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示される。
【０００９】
一実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、抗体は、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合する。
【００１０】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、かつ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、並びに、次の重鎖超可変領域を含む：（Ａ）ＴＮＹＷＩＣ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）ＣＩＹＶＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧ（配列番号３）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（ａ）ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）ＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲ（配列番号７）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）ＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号８）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖ＨＶＲをさらに含む：（ａ）ＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳ（配列番号９）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）ＳＡＳＴＬＡＳ（配列番号１０）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）ＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶ（配列番号１１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖可変ドメインＦＲをさらに含む：（ａ）ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣ（配列番号１２）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｂ）ＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｃ）ＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣ（配列番号１４）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｄ）ＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。幾つかの実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１６を含む又は配列番号１６からなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１７を含む又は配列番号１７からなるＶＬ配列を含む。
【００１１】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、次の重鎖超可変領域を含む：（ａ）ＴＮＹＷＩＣ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）ＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧ（配列番号１８）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（ａ）ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＲＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号１９）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）ＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲ（配列番号７）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）ＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号８）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖ＨＶＲをさらに含む：（ａ）ＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳ（配列番号９）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）ＳＡＳＴＬＡＳ（配列番号１０）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）ＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶ（配列番号１１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖可変ドメインＦＲをさらに含む：（ａ）ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣ（配列番号１２）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｂ）ＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｃ）ＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣ（配列番号１４）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｄ）ＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。幾つかの実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号２１を含む又は配列番号２１からなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は配列番号２２を含む又は配列番号２２からなるＶＬ配列を含む。
【００１２】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、次の重鎖超可変領域を含む：（ａ）ＴＮＹＷＩＣ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）ＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧ（配列番号１８）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（ａ）ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）ＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲ（配列番号７）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）ＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号８）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖ＨＶＲをさらに含む：（ａ）ＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳ（配列番号９）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）ＳＡＳＴＬＡＳ（配列番号１０）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）ＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶ（配列番号１１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖可変ドメインＦＲをさらに含む：（ａ）ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣ（配列番号１２）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｂ）ＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｃ）ＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣ（配列番号１４）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｄ）ＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。幾つかの実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号２３を含む又は配列番号２３からなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号２４を含む又は配列番号２４からなるＶＬ配列を含む。
【００１３】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、次の重鎖超可変領域を含む：（ａ）ＴＮＹＷＩＣ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）ＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧ（配列番号１８）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（ａ）ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）ＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＳＣＡＲ（配列番号２０）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）ＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号８）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖ＨＶＲをさらに含む：（ａ）ＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳ（配列番号９）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）ＳＡＳＴＬＡＳ（配列番号１０）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）ＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶ（配列番号１１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖可変ドメインＦＲをさらに含む：（ａ）ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣ（配列番号１２）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｂ）ＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｃ）ＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣ（配列番号１４）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｄ）ＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。幾つかの実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は配列番号２５を含む又は配列番号２５からなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は配列番号２６を含む又は配列番号２６からなるＶＬ配列を含む。
【００１４】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、次の重鎖超可変領域を含む：（ａ）アミノ酸配列ＴＮＹＷＩＣ（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）アミノ酸配列  ＣＩＹＶＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧ（配列番号３）又は  ＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧ（配列番号１８）を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦ（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｈ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（Ａ）ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号５）又はＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＲＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号１９）を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡ（配列番号６）を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）ＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲ（配列番号７）又はＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＳＣＡＲ（配列番号２０）を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）ＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号８）を含むＦＲ−Ｈ４。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖ＨＶＲをさらに含む：（ａ）ＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳ（配列番号９）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）ＳＡＳＴＬＡＳ（配列番号１０）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）ＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶ（配列番号１１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖可変ドメインＦＲをさらに含む：（ａ）ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣ（配列番号１２）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｂ）ＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｃ）ＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣ（配列番号１４）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｄ）ＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。幾つかの実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号１６、２１、２３、又は２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号１７、２２、２４、又は２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１６、２１、２３、又は２５を含む又はそれらからなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１７、２２、２４、又は２６を含む又はそれらからなるＶＬ配列を含む。
【００１５】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、（ａ）配列番号１６、２１、２３、又は２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号１７、２２、２４、又は２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１６、２１、２３、又は２５を含む又はそれらからなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１７、２２、２４、又は２６を含む又はそれらからなるＶＬ配列を含む。
【００１６】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；及び（ｂ）配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１６を含む又は配列番号１６からなるＶＨ配列、及び配列番号１７を含む又は配列番号１７からなるＶＬ配列を含む。
【００１７】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；及び（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号２１を含む又は配列番号２１からなるＶＨ配列、及び配列番号２２を含む又は配列番号２２からなるＶＬ配列を含む。
【００１８】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；及び（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号２３を含む又は配列番号２３からなるＶＨ配列、及び配列番号２４を含む又は配列番号２４からなるＶＬ配列を含む。
【００１９】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、（ａ）配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；及び（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号２５を含む又は配列番号２５からなるＶＨ配列、及び配列番号２６を含む又は配列番号２６からなるＶＬ配列を含む。
【００２０】
幾つかの実施態様では、抗体、それらの抗原結合断片、又はそれらの組み換えタンパク質が開示され、ここで抗体はＩＤＯ１に特異的に結合することができ、ヒトＩＤＯ１ポリペプチド（配列番号１）のアミノ酸残基３９２〜４０３を含むエピトープに結合し、かつ、重鎖超可変領域（ＨＶＲ）ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３、及び軽鎖超可変領域  ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、ＨＶＲ−Ｌ３を含み、ＨＶＲ−Ｈ３はＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦ（配列番号４）のアミノ酸配列を含む。さらなる実施態様では、ＨＶＲ−Ｈ１は配列番号２を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は配列番号３又は配列番号１８を含む。さらなる実施態様では、ＨＶＲ−Ｌ１は配列番号９を含み；ＨＶＲ−Ｌ２は配列番号１０を含み；ＨＶＲ−Ｌ３は配列番号１１を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（Ａ）ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号５）又はＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＲＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳ（配列番号１９）を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡ（配列番号６）を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）ＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲ（配列番号７）又はＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＳＣＡＲ（配列番号２０）を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）ＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号８）を含むＦＲ−Ｈ４。幾つかの実施態様では、抗体は、次の軽鎖可変ドメインＦＲをさらに含む：（ａ）ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣ（配列番号１２）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｂ）ＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｃ）ＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣ（配列番号１４）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｄ）ＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１５）のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。幾つかの実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号１６、２１、２３、又は２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号１７、２２、２４、又は２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）に記載のＶＨ配列及び（ｂ）に記載のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１６、２１、２３、又は２５を含む又はそれらからなるＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号１７、２２、２４、又は２６を含む又はそれらからなるＶＬ配列を含む。
【００２１】
別の態様では、本発明は、前述の抗体のいずれか１つとＩＤＯ１への結合について競合する単離された抗体を特徴とする。
【００２２】
別の態様では、本発明は、前述の抗体のいずれか１つと同一のエピトープに結合する単離された抗体を特徴とする。
【００２３】
幾つかの実施態様では、前述の抗体のいずれか１つはモノクローナル抗体でありうる。幾つかの実施態様では、モノクローナル抗体はウサギモノクローナル抗体でありうる。
【００２４】
幾つかの実施態様では、前述の抗体のいずれか１つはＩｇＧ抗体（例えば、ＩｇＧ１抗体）でありうる。
【００２５】
幾つかの実施態様では、前述の抗体のいずれか１つは、ＩＤＯ１に特異的に結合する抗体断片でありうる。幾つかの実施態様では、抗体断片は、Ｆａｂ、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、Ｆｖ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、及びダイアボディからなる群より選択される。
【００２６】
別の態様では、本発明は、前述の抗体のいずれか１つを含むイムノコンジュゲートを特徴とする。
【００２７】
別の態様では、本発明は、本明細書に記載の抗体のいずれか、又はそれらの軽鎖又はそれらの重鎖をコードする単離された核酸を特徴とする。別の態様では、本発明は、抗体を発現する核酸を含むベクター（例えば、発現ベクター）を特徴とする。別の態様では、本発明は、前述の核酸及び／又はベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
【００２８】
幾つかの態様では、前述の抗体のいずれか１つは、生物学的試料中のＩＤＯ１の存在又は発現レベルの検出に使用するためでありうる。幾つかの実施態様では、検出することは、免疫組織化学法（ＩＨＣ）、免疫細胞化学法（ＩＣＣ）、免疫蛍光法（ＩＦ）、又は免疫ブロット法による。幾つかの実施態様では、検出することはＩＨＣによる。幾つかの実施態様では、試料は固定組織を含む。幾つかの実施態様では、固定組織はホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織である。幾つかの実施態様では、抗体は、ＦＦＰＥ組織内のＩＤＯ１に特異的に結合する。幾つかの実施態様では、試料は、がん又は自己免疫疾患を有する対象、若しくは、がん又は自己免疫疾患にかかりやすい素因を有する対象に由来する。
【００２９】
本発明のさらなる態様は、生物学的試料を前述の抗体のいずれか１つと接触させること、及び結合した抗体の存在を検出することを含む、生物学的試料中のＩＤＯ１の存在又は発現レベルを検出する方法である。幾つかの実施態様では、検出することは、ＩＨＣ、ＩＦ、又は免疫ブロット法による。幾つかの実施態様では、検出することはＩＨＣによる。幾つかの実施態様では、試料は固定組織を含む。幾つかの実施態様では、固定組織はＦＦＰＥ組織である。幾つかの実施態様では、試料は、がん又は自己免疫疾患を有する対象、若しくは、がん又は自己免疫疾患にかかりやすい素因を有する対象に由来する。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
本願のファイルはカラーで作成された図面を少なくとも一点含む。カラー図面を伴う本特許又は特許出願の複写物は、請求及び必要な料金の納付により特許庁から提供される。
【図１】抗ＩＤＯ１抗体の一般的な抗体産生方法を示す概略図。
【図２】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ＨｅＬａ細胞上、ＳＰ２６０を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）未処理のＨｅｌａ；（Ｂ）ＩＦＮガンマで処理されたＨｅｌａ。
【図３】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織上、ＳＰ２６０を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）扁桃腺、（Ｂ）胸腺、（Ｃ）結腸、（Ｄ）子宮内膜腺がん、（Ｅ）卵巣腺がん、（Ｆ）膵臓腺がん、及び（Ｇ）胃腺がん。
【図４】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ＨｅＬａ細胞上、Ｊ６Ｈ１２Ｌ１６を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）未処理のＨｅｌａ；（Ｂ）ＩＦＮガンマで処理されたＨｅｌａ。
【図５】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織上、Ｊ６Ｈ１２Ｌ１６を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）：（Ａ）扁桃腺、（Ｂ）胸腺、（Ｃ）結腸、（Ｄ）子宮内膜腺がん、（Ｅ）卵巣腺がん、及び（Ｆ）膵臓腺がん。
【図６】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ＨｅＬａ細胞上、Ｊ６Ｈ１５Ｌ１６を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）未処理のＨｅｌａ；（Ｂ）ＩＦＮガンマで処理されたＨｅｌａ。
【図７】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織上、Ｊ６Ｈ１５Ｌ１６を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）扁桃腺、（Ｂ）胸腺、（Ｃ）結腸、（Ｄ）子宮内膜腺がん、（Ｅ）卵巣腺がん、及び（Ｆ）膵臓腺がん。
【図８】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ＨｅＬａ細胞上、Ｊ６Ｈ２０Ｌ１６を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）未処理のＨｅｌａ；（Ｂ）ＩＦＮガンマで処理されたＨｅｌａ。
【図９】ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織上、Ｊ６Ｈ２０Ｌ１６を使用する免疫組織化学法（ＩＨＣ）の結果を示す画像：（Ａ）扁桃腺、（Ｂ）胸腺、（Ｃ）結腸、（Ｄ）子宮内膜腺がん、（Ｅ）卵巣腺がん、及び（Ｆ）膵臓腺がん。
【図１０】ＳＰ２６２（Ｈ１４）、Ｊ６Ｈ１２Ｌ１６、Ｊ６Ｈ１５Ｌ１６、及びＪ６Ｈ２０Ｌ１６の重鎖ＨＶＲとＦＲ間の配列アラインメント。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
Ｉ．定義
用語「抗ＩＤＯ１抗体」、「抗ＩＤＯ１抗体」、「ＩＤＯ１に特異的に結合する抗体」及び「ＩＤＯ１に結合する抗体」とは、ＩＤＯ１を標的とする際に、抗体が診断薬及び／又は治療薬として有用であるように、十分な親和性でＩＤＯ１に結合可能な抗体を指す。一実施態様では、抗ＩＤＯ１抗体の、無関係な、非ＩＤＯ１タンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される場合、抗体のＩＤＯ１への結合の約１０％未満である。ある特定の実施態様では、ＩＤＯ１に結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍまで、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍまで）の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施態様では、抗ＩＤＯ１抗体は、異なる種に由来するＩＤＯ１間で保存されるＩＤＯ１のエピトープに結合する。
【００３２】
本明細書では用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、さまざまな抗体構造を包含し、限定はしないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び、所望の抗原結合活性を示す場合の抗体断片を含む。抗体は、例えばヤギ、ウサギ、ラット、マウス、及びその他のものなど、さまざまな宿主において産生されうる。これらは、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３（例えば、ヒトＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３ＲＳＴＴＥＫＳＬＬＫＥＧ（配列番号１））のＣ末端断片など、免疫原性の特性を有する、標的抗原又はその断片又はオリゴペプチドを注入することによって免疫されうる。宿主の種に応じて、さまざまなアジュバントが免疫応答を高めるために添加され、利用されうる。このようなアジュバントとしては、限定はしないが、フロイント、水酸化アルミニウムなどのゲル状鉱物、及びリゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油エマルション、キーホールリンペットヘモシアニン、及びジニトロフェノールなどの界面活性物質が挙げられる。ヒトに用いられるアジュバントの中でもとりわけ、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌（Bacille Calmette-Guerin））及びコリネバクテリウム‐パルヴム（Corynebacterium parvum）が特に有用である。本開示はまた、単離されたポリペプチド及びアジュバントも提供する。
【００３３】
「抗体断片」とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の部分を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定はしないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；直鎖状抗体；一本鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多特異的抗体が挙げられる。
【００３４】
参照抗体と「同一のエピトープに結合する抗体」とは、参照抗体のその抗原への結合を、競合アッセイにおいて５０％以上ブロックする抗体のことを指し、反対に、参照抗体は抗体のその抗原への結合を競合アッセイにおいて５０％以上ブロックする。例示的な競合アッセイは、本明細書に提供される。
【００３５】
「自己免疫疾患」とは、個別の自己の組織又は臓器若しくはその共分離又は徴候から生じる、それらに対する疾患又は障害、あるいはそこから生じた状態である。自己免疫疾患は、臓器特異的疾患（すなわち、免疫応答は、特に、内分泌系、造血系、皮膚、心肺系、胃腸及び肝臓系、腎臓系、甲状腺、耳、筋神経系、中枢神経系等の臓器系に対するものである）又は多臓器系に影響を及ぼしうる全身性疾患（例えば、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、関節リウマチ（ＲＡ）、多発性筋炎等）でありうる。非限定的な例示的自己免疫疾患としては、自己免疫リウマチ疾患（例えば、ＲＡ、シェーグレン症候群、強皮症、ＳＬＥ及びループス腎炎などの狼瘡、多発性−皮膚筋炎、クリオグロブリン血症、抗リン脂質抗体症候群、及び乾癬性関節炎など）、自己免疫性胃腸及び肝障害（例えば、炎症性腸疾患（例えば、炎症性大腸炎及びクローン病）、自己免疫性胃炎及び悪性貧血、自己免疫性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、及びセリアック病など）、脈管炎（例えば、チャーグストラウス脈管炎、ウェゲナー肉芽腫症、及び顕微鏡的多発血管炎を含む、ＡＮＣＡ陰性脈管炎及びＡＮＣＡ関連脈管炎など）、自己免疫性神経障害（例えば、多発性硬化症、眼球クローヌス・ミオクローヌス症候群、重症筋無力症、視神経脊髄炎、パーキンソン病、アルツハイマー病、及び自己免疫性多発性神経障害など）、腎疾患（例えば、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、及びバージャー病など）、自己免疫性皮膚疾患（例えば、乾癬、じん麻疹（urticaria, hives）、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、及び皮膚エリテマトーデスなど）、血液疾患（例えば、血小板減少性紫斑病、血栓性血小板減少性紫斑病、輸血後紫斑病、及び自己免疫性溶血性貧血など）、アテローム性動脈硬化症、ブドウ膜炎、自己免疫性聴覚疾患（例えば、内耳疾患及び難聴など）、ベーチェット氏病、レイノー症候群、臓器移植、及び自己免疫性内分泌障害（例えば、インスリン依存性糖尿病（ＩＤＤＭ）などの糖尿病関連自己免疫疾患、アディソン病、及び自己免疫性甲状腺疾患（例えば、グレーブス病及び甲状腺炎）など）が挙げられる。さらに好ましいこのような疾患としては、例えば、ＲＡ、潰瘍性大腸炎、ＡＮＣＡ関連脈管炎、狼瘡、多発性硬化症、シェーグレン症候群、グレーブス病、ＩＤＤＭ、悪性貧血、甲状腺炎、及び糸球体腎炎が挙げられる。
【００３６】
「生物学的試料」とは、対象又は患者から入手した同様の細胞の集合を意味する。生物学的試料は、組織又は細胞試料でありうる。組織又は細胞検体の供給源は、フレッシュ、凍結、及び／又は保存された臓器又は組織試料又は生検又は吸引物に由来する固形組織；血液又は任意の血液成分；脳脊髄液、羊水、腹水、又は間質液などの体液；対象の妊娠期又は発生期の任意の時点に由来する細胞でありうる。生物学的試料は、インビトロにおける組織又は細胞の培養から得ることもできる。組織試料は、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などを含む場合がある。本明細書における生物学的試料の例としては、限定はしないが、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、血清又は血漿、循環血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来する又は腫瘍様の特性を示す初代細胞培養物又は細胞株、並びにホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍試料又は凍結腫瘍試料などの保存腫瘍試料が挙げられる。
【００３７】
用語「がん」及び「がん性」とは、典型的には、無秩序な細胞の成長／増殖を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態を指す又は説明する。がんの例としては、限定はしないが、がん腫、リンパ腫（例えば、ホジキン及び非ホジキンリンパ腫）、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が挙げられる。このようながんのさらなる具体例としては、扁平上皮細胞がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺がん、扁平上皮型肺がん、腹膜のがん、肝細胞がん、胃腸がん、膵臓がん、神経膠腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、肝がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓がん、肝臓がん、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝がん、白血病及び他のリンパ増殖性疾患、及びさまざまな種類の頭頚部がんが挙げられる。
【００３８】
用語「キメラ」抗体とは、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の起源又は種に由来し、重鎖及び／又は軽鎖の残りの部分は異なる起源又は種に由来する抗体のことを指す。
【００３９】
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域の種類を指す。抗体には５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭが存在し、これらの幾つかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けられうる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【００４０】
本明細書で使用される場合の用語「細胞傷害性剤」とは、細胞の機能を阻害又は阻止する、及び／又は、細胞死又は細胞破壊を生じる物質を指す。細胞傷害性剤としては、限定はしないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；化学療法剤または化学療法薬（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤）；増殖阻害剤；酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など；抗生物質；小分子毒素などの毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又は変異体を含む）；及び以下に開示されるさまざまな抗腫瘍剤又は抗がん剤が挙げられる。
【００４１】
「エフェクター機能」とは、抗体のアイソタイプにより変化する、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては：Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害；Ｆｃ受容体結合（ＣＤＣ）；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えばＢ細胞受容体）の下方制御；及びＢ細胞活性化が挙げられる。
【００４２】
本明細書では用語「Ｆｃ領域」は、定常領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために用いられる。この用語には、天然配列Ｆｃ領域と変異体Ｆｃ領域が含まれる。一実施態様では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで延在する。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在しても、存在しなくてもよい。本明細書において特に指示がない限り、Ｆｃ領域又は定常領域のアミノ酸残基の番号付けは、Kabat et al. Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed.Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されるＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
【００４３】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」とは、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般に、４つのＦＲドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４で構成される。したがって、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般に、ＶＨ（又はＶＬ）の次の配列に表示される：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
【００４４】
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」は、自然抗体の構造と実質的に同様の構造を有する抗体又は本明細書に定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体について言及するために、本明細書において互換的に用いられる。
【００４５】
用語「発現のレベル」又は「発現レベル」とは、通常互換的に使用され、一般には、生体試料中のポリヌクレオチド、ｍＲＮＡ、又はアミノ酸産物又はタンパク質の量を指す。「発現」とは、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し作動する構造へと変換される過程を指す。したがって、本発明によれば、遺伝子（例えば、ＩＤＯ１遺伝子）の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳語修飾のことまでも指す場合がある。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片もまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来しようが、又は、例えばタンパク質分解による、タンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。幾つかの実施態様では、「発現レベル」とは、免疫細胞化学法（ＩＣＣ）、免疫組織化学法（ＩＨＣ）、免疫ブロット法（例えば、ウェスタンブロット法）、免疫蛍光（ＩＦ）、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）、又はフローサイトメトリーを使用して決定される、生物学的試料中のタンパク質（例えば、ＩＤＯ１）の量のことを指す。
【００４６】
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養物」は互換的に使用され、外因性の核酸が導入された細胞を指し、そのような細胞の子孫を含める。宿主細胞は、「形質転換体」及び「形質転換された細胞」を含み、それには、継代の数に関係なく、一次形質転換細胞及びそれに由来する子孫が含まれる。子孫は親細胞と核酸含量が完全に同一ではないかもしれず、突然変異が含まれる場合がある。本明細書には、元々形質転換された細胞においてスクリーニング又は選択されたものと同一の機能又は生物活性を有する変異型子孫が含まれる。
【００４７】
「ヒト抗体」とは、ヒト抗体レパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用する、ヒト又はヒト細胞によって産生された抗体又は非ヒト起源に由来する抗体のものに対応するアミノ酸配列を有する抗体である。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を明確に除外する。
【００４８】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」とは、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選択において、最も共通して生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列は、可変ドメイン配列のサブグループから選択される。一般に、配列のサブグループとは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition、NIH Publication 91-3242、Bethesda MD、Vols. 1-3、1991に記載されるサブグループである。一実施態様では、ＶＬについて、サブグループはＫａｂａｔらの上記文献に記載されるサブグループカッパＩである。一実施態様では、ＶＨについて、サブグループはＫａｂａｔらの上記文献に記載されるサブグループＩＩＩである。
【００４９】
「ヒト化」抗体とは、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基及びヒトＦＲ由来のアミノ酸残基を含むキメラ抗体のことを指す。ある特定の実施態様では、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインのすべてを実質的に含み、ここで、ＨＶＲ（例えばＣＤＲ）のすべて又は実質的にすべてが非ヒト抗体のものに対応し、かつ、ＦＲのすべて又は実質的にすべてがヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意選択的に、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含みうる。例えば非ヒト抗体などの抗体の「ヒト化型」とは、ヒト化がなされた抗体のことを指す。
【００５０】
本明細書で用いられる用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」とは、配列（「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」）において超可変である、及び／又は構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する、及び／又は抗原と接触する残基（「抗原接触」）を含む、抗体可変ドメインの各領域を指す。一般的に、抗体は、ＶＨに３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、及びＶＬに３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の計６つのＨＶＲを含む。本明細書における例示的なＨＶＲとしては下記のものが挙げられる：
（ａ）アミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる超可変ループ（Chothia et al. J. Mol. Biol. 196: 901-917, 1987）；
（ｂ）アミノ酸残基２４−３４（Ｌ１）、５０−５６（Ｌ２）、８９−９７（Ｌ３）、３１−３５ｂ（Ｈ１）、５０−６５（Ｈ２）、及び９５−１０２（Ｈ３）で生じるＣＤＲ（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed.Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991）；
（ｃ）アミノ酸残基２７ｃ−３６（Ｌ１）、４６−５５（Ｌ２）、８９−９６（Ｌ３）、３０−３５ｂ（Ｈ１）、４７−５８（Ｈ２）、及び９３−１０１（Ｈ３）で生じる抗原接触（MacCallum et al. J. Mol. Biol. 262: 732-745, 1996)；及び
（ｄ）ＨＶＲアミノ酸残基４６−５６（Ｌ２）、４７−５６（Ｌ２）、４８−５６（Ｌ２）、４９−５６（Ｌ２）、２６−３５（Ｈ１）、２６−３５ｂ（Ｈ１）、４９−６５（Ｈ２）、９３−１０２（Ｈ３）、及び９４−１０２（Ｈ３）を含む、（ａ）、（ｂ）、及び／又は（ｃ）の組み合わせ。別途指示がない限り、可変ドメインにおけるＨＶＲ残基及び他の残基（例えばＦＲ残基）は、本明細書では、上記文献に記載されるＫａｂａｔ等の手法に従って番号付けされる。
【００５１】
「イムノコンジュゲート」とは、細胞傷害性剤を含むがそれに限定されない、１つ以上の異種分子にコンジュゲートした抗体である。
【００５２】
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から分離されたものである。いくつかの実施態様において、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）によって決定して、９５％又は９９％を超える純度まで精製される。抗体純度の評価法の総説については、例えば、Flatman et al. J. Chromatogr. B. 848: 79-87, 2007を参照のこと。
【００５３】
「単離された」核酸とは、その自然環境の成分から分離されている核酸分子のことを指す。単離された核酸は、核酸分子を通常含む細胞内に含まれるが、染色体外又はその自然の染色体上の位置とは異なる染色体位置に存在している核酸分子を含む。
【００５４】
「抗ＩＤＯ１抗体をコードする単離された核酸」とは、抗体重鎖及び／又は軽鎖（又はそれらの断片）をコードする１つ以上の核酸分子を指し、単一のベクター又は別々のベクター内にこのような核酸分子、及び宿主細胞内の１つ以上の位置に存在するこのような核酸分子を含む。
【００５５】
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体、すなわち、集団を構成する個々の抗体が同一である、及び／又は同じエピトープに結合する、抗体のことを指し、例えば、自然発生する突然変異を含む又はモノクローナル抗体調製物の生産の間に生じる、一般に少量で存在する変異体の可能性を除外する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。よって修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体集団から得られる抗体の特徴を指しており、特定のいずれかの方法によって抗体を産生する必要があると解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って用いられるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組み換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法、又はこれらの組み合わせを含む、さまざまな手法によって作製されうる。
【００５６】
「参照ポリペプチド配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、最大のパーセント配列同一性を得るために、必要に応じて、配列をアラインメントして間隙を導入した後、いかなる保存的置換も配列同一性の一部とはみなさない、参照ポリペプチド配列のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成可能である。当業者であれば、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインメントするための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテック社によって著作され、ソースコードは、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に所在の米国著作権局に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号第ＴＸＵ５１００８７号の下で登録されている。また、ＡＬＩＧＮ−２は、カリフォルニア州サウスサンフランシスコ所在のジェネンテック社から公的に入手可能であり、又はそのソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸのＶ４．０Ｄを含む、ＵＮＩＸオペレーティングシステム上での使用のためにコンパイルされているはずである。すべての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変動しない。
【００５７】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ａの、所与のアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（或いは、所与のアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して特定の％アミノ酸配列同一性を有する又は含む所与のアミノ酸配列Ａともいえる）は次のように計算される：
１００  ×  分率Ｘ／Ｙ
ここで、Ｘは、そのプログラムにおけるＡとＢのアラインメントにおいて、配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２によって完全一致としてスコアリングされたアミノ酸残基の数であり、ＹはＢにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることが理解されよう。特に断りのない限り、本明細書で使用されるすべての％アミノ酸配列同一性の値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して、直前の段落で説明したように得られる。
【００５８】
本明細書で使用する場合、用語「インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１；インドール２，３−ジオキシゲナーゼ；インドールアミン（indolamine）２，３ジオキシゲナーゼ；インドールアミン−ピロール２，３−ジオキシゲナーゼ、及びＩＤＯ１」とは、別途指示がない限り、霊長類（例えばヒト）などの哺乳動物及び齧歯動物（例えば、マウス及びラット）を含む、脊椎動物起源のいずれかに由来する天然のＩＤＯ１のことを指す。その用語は、「完全長」の未処理のＩＤＯ１、並びに細胞内での過程から生じた任意の形態のＩＤＯ１を包含する。その用語はまた、天然に存在するＩＤＯ１の変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体も包含する。ゲノムＤＮＡ配列を含むヒトＩＤＯ１遺伝子における追加情報は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３６２０の下で確認できる。ゲノムＤＮＡ配列を含むマウスＩＤＯ１遺伝子における追加情報は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１５９３０の下で確認できる。例示的な完全長ヒトＩＤＯ１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号２７に示される。例示的な完全長ヒトＩＤＯ１タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、ＮＣＢＩ寄託番号ＮＰ＿００２１５５．１又はＵｎｉＰｒｏｔ寄託番号Ｐ１４９０２の下で確認でき、また、例示的な完全長マウスＩＤＯ１タンパク質の配列は、例えば、ＮＣＢＩ寄託番号ＮＰ＿０３２３５０．１又はＵｎｉｐｒｏｔ寄託番号Ｐ２８７７６の下で確認できる。
【００５９】
本明細書で使用する場合、用語「〜に特異的に結合する」又は「〜に特異的な」とは、生物学的分子を含む分子の不均一な集団の存在下で、標的の存在を決定するものである、標的と抗体との間の結合などの測定可能かつ再現性のある相互作用のことを指す。例えば、標的に特異的に結合する抗体（例えば、ヒトＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３（配列番号１）などのエピトープでありうる）は、より大きい親和性、結合力を伴って、より容易に、及び／又は他の標的への結合に比べてより長い持続時間、この標的に結合する抗体である。一実施態様では、無関係な標的に対する抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定して、標的に対する抗体の結合の約１０％未満である。ある特定の実施態様では、標的に特異的に結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、又は≦０．１ｎＭの解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施態様では、抗体は、さまざまな種に由来するタンパク質間で保存されているタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施態様では、特異的結合は排他的結合を含みうるが、排他的結合を必要とするわけではない。別の実施態様では、特異的結合は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）及び腫瘍細胞における細胞質染色、及び間質細胞及び他の全ての正常な細胞型（上皮細胞、線維芽細胞、内皮細胞、神経細胞、内分泌細胞、及びリンパ球など）における細胞質、核、及び膜染色の欠如を含めた、ホルマリン固定パラフィン包埋組織（ＦＦＰＥ）における特定の免疫組織化学的染色パターンを含む。
【００６０】
「対象」又は「個体」は哺乳動物である。哺乳動物としては、限定はしないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト、及びサルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、齧歯類（例えば、マウス及びラット）が挙げられる。ある特定の実施態様では、個体又は対象はヒトである。
【００６１】
用語「可変領域」又は「可変ドメイン」は、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖又は軽鎖のドメインを指す。天然型抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれＶＨ及びＶＬ）は一般に、各々が４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つの超可変領域（ＨＶＲ）とを含む類似構造を有する。例えば、Kindt et al. Kuby Immunology. 6th ed., page 91, W. H. Freeman and Co., 2007を参照。単一のＶＨ又はＶＬドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分でありうる。さらには、特定の抗原に結合する抗体は、相補的なＶＬ又はＶＨドメインのライブラリをそれぞれスクリーニングするために、抗原に結合する抗体由来のＶＨ又はＶＬドメインを使用して単離されうる。例えば、Portolano et al. J. Immunol. 150: 880-887, 1993及びClarkson et al. Nature. 352:  624-628, 1991を参照のこと。
【００６２】
本明細書で使用される、用語「ベクター」は、それに結合する別の核酸を伝播することができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、並びにそれが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。ある特定のベクターは、動作可能なように結合された核酸の発現を対象とすることができる。このようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と称される。
【００６３】
［００３］「組織化学法」及び「細胞化学法」とは、顕微鏡上で視認できる方法で、バイオマーカーに特異的に結合する分子で試料を標識化することによって、インタクトな細胞の意味の範囲内でバイオマーカーを同定するためにしばしば利用される手法である。免疫組織化学法（ＩＨＣ）及び免疫細胞化学法（ＩＣＣ）は、抗体を使用してバイオマーカーを標識する、組織化学法及び細胞化学法の種類である。組織環境又は細胞環境の意味においてバイオマーカーを同定することによって、バイオマーカーと細胞又は組織試料の他の形態学的又は分子的特徴との間の空間関係を解明することができ、このことにより、他の分子的又は細胞的手法からは明白ではない情報が明らかになりうる。
【００６４】
ＩＩ．組成物及び方法
本発明は、ヒトＩＤＯ１に結合する新規の抗体を提供する。本発明の抗体は、例えば、ＩＤＯ１の存在又はＩＤＯ１の発現レベル（例えば生物学的試料中）の決定に有用である。
【００６５】
Ａ．例示的な抗ＩＤＯ１抗体
本発明は、例えば、診断的用途（例えば、免疫組織化学法（ＩＨＣ）、免疫蛍光法（ＩＦ）、及び免疫ブロット法（例えば、ウェスタンブロット法））に有用な抗ＩＤＯ１抗体を提供する。一例では、本発明は、タンパク質のＣ末端領域に位置する、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３（例えば、ヒトＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０ＲＳＴＴＥＫＳＬＬＫＥＧ（配列番号１））を含むエピトープに結合する抗ＩＤＯ１抗体を提供する。ＩＤＯ１上のエピトープは、立体構造依存性又は立体構造非依存性の方式で認識されうる。
【００６６】
幾つかの例では、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合する抗ＩＤＯ１抗体は、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、又は６つのＨＶＲを含む。例えば、幾つかの例では、抗ＩＤＯ１抗体は、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。幾つかの例では、抗ＩＤＯ１抗体は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【００６７】
抗ＩＤＯ１抗体がＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合し、かつ、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む幾つかの例では、抗ＩＤＯ１抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；又は（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４。抗ＩＤＯ１抗体がＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合し、かつ、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む幾つかの例では、抗ＩＤＯ１抗体は、次の重鎖可変ドメインフレームワーク領域（ＦＲ）をさらに含む：（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４。
【００６８】
抗ＩＤＯ１抗体がＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合する幾つかの例では、抗体は、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。幾つかの例では、これらの抗ＩＤＯ１抗体は次のＦＲを含む：（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４を含み、追加的に又は代替的に（ｅ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｆ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｇ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｈ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４。
【００６９】
幾つかの例では、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合する抗ＩＤＯ１抗体は、配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％（例えば、少なくとも８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、又は８９％）、少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、又は９４％）、又は少なくとも９５％（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、又は９９％）の配列同一性を有する、又は配列番号１６のアミノ酸配列の配列を有する、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列も含みうる。特定の実施態様において、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列（配列番号１６）に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＩＤＯ１抗体は、ＩＤＯ１に結合する能力を保持する。ある特定の実施態様では、１から１０アミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０  アミノ酸）の合計は、配列番号１６において置換され、挿入され、及び／又は欠失している。ある特定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外（すなわちＦＲ内）の領域で生じる。任意選択的に、抗ＩＤＯ１抗体は、配列番号１６のＶＨ配列を、その配列の翻訳後修飾も含めて、含む。特定の実施態様では、ＶＨは、次から選択される、１つ、２つ、又は３つのＨＶＲを含む：（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３。
【００７０】
幾つかの例では、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合する抗ＩＤＯ１抗体は、配列番号１７のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％（例えば、少なくとも８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、又は８９％）、少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、又は９４％）、又は少なくとも９５％（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、又は９９％）の配列同一性を有する、又は配列番号１７のアミノ酸配列の配列を有する、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）も含みうる。特定の実施態様において、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列（配列番号１７）に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＩＤＯ１抗体は、ＩＤＯ１に結合する能力を保持する。ある特定の実施態様では、１から１０のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０アミノ酸）の合計は、配列番号１７において置換、挿入、及び／又は欠失している。特定の実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外（すなわちＦＲ内）の領域で生じる。任意選択的に、抗ＩＤＯ１抗体は、配列番号１７にＶＬ配列を、その配列の翻訳後修飾を含めて、含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つ、又は３つのＨＶＲを含む。
【００７１】
幾つかの例では、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３に結合する抗ＩＤＯ１抗体は、それぞれ、配列番号１６及び１７のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％（例えば、少なくとも８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、又は８９％）、少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、又は９４％）、又は少なくとも９５％（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、又は９９％）の配列同一性を有する、又は、それぞれ、配列番号１６及び１７のアミノ酸配列の配列を有するＶＨ及びＶＬの両方の配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾を含んでも含まなくてもよい。
【００７２】
他の例では、本発明はＩＤＯ１に特異的に結合する抗体であって、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を提供する。幾つかの例では、これらの抗ＩＤＯ１抗体は次のＦＲ：（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ３；及び（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｈ４を含み、かつ、追加的に又は代替的に（ｅ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ１；（ｆ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ２；（ｇ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ３；及び（ｈ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＦＲ−Ｌ４を含む。幾つかの実施態様では、例えば、抗ＩＤＯ１抗体は、それぞれ、配列番号１６及び１７のアミノ酸配列の配列を含むＶＨ及びＶＬの両方の配列を含み、翻訳後修飾を含んでも含まなくてもよい。
【００７３】
例えば、本発明は、次の重鎖及び軽鎖可変領域配列を有する、抗ＩＤＯ１抗体ＳＰ２６０などの抗ＩＤＯ１抗体を特徴とする。
【００７４】
重鎖可変領域のアミノ酸配列は、次のものである（太字下線付きで示されるＨＶＲ）：
ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳＴＮＹＷＩＣＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡＣＩＹＶＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１６）
【００７５】
軽鎖可変領域のアミノ酸配列は次のものである（太字下線付きで示されるＨＶＲ）：
ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＳＡＳＴＬＡＳＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ
【００７６】
幾つかの例では、本発明の抗ＩＤＯ１抗体は、ＩＤＯ１への結合について、上述の１つ以上の抗ＩＤＯ１抗体と競合する抗体である。幾つかの例では、本発明の抗ＩＤＯ１抗体は、上述の１つ以上の抗ＩＤＯ１抗体と同一のエピトープ又は実質的に同一のエピトープに結合する抗体である。
【００７７】
幾つかの例では、上記実施態様のいずれかに従った抗ＩＤＯ１抗体は、キメラ、ヒト化、又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体でありうる。一実施態様では、抗ＩＤＯ１抗体は抗体断片であり、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様では、抗体は完全長抗体であり、例えば、インタクトなＩｇＧ抗体（例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体）又は本明細書において定義される他のクラス又はアイソタイプの抗体である。
【００７８】
本発明の抗ＩＤＯ１抗体は、下記実施例に例示されるように、生物学的試料におけるＩＤＯ１の存在又は発現レベルの検出に有用であるが、治療的利用のために使用又は適合されてもよいと解されるべきである。
【００７９】
さらなる態様では、上記実施態様のいずれかによる抗ＩＤＯ１抗体は、下記セクション１〜５に記載されるように、特徴のいずれかを単一で又は組み合わせて取り込みうる。
【００８０】
１．抗体親和性
ある特定の実施態様では、本明細書に提供される抗体は、≦１μΜ、≦１００ｎΜ、≦１０ｎΜ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
【００８１】
一実施態様では、Ｋｄは、次のアッセイに記載される目的の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原を用いて行われる放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、標識されていない抗原の滴定系列の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）で標識された抗原でＦａｂを平衡化し、結合した抗原を抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートを用いて捕捉することによって測定される（例えば、Chen et al. J. Mol. Biol. 293: 865-881, 1999を参照）。アッセイ条件を確立するため、マイクロタイター（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）を、５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中、５μｇ／ｍｌの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ  Ｌａｂｓ社）で一晩コーティングし、その後、ＰＢＳ中、２％（ｗ／ｖ））のウシ血清アルブミンを用いて室温（およそ２３℃）で２〜５時間ブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ  ＃２６９６２０）内で、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］−抗原を、段階希釈した目的のＦａｂと混合する（例えば、Presta et. al. Cancer Res. 57: 4593-4599, 1997の抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一致）。次いで、目的のＦａｂを一晩インキュベートする；しかしながら、平衡に達したことを確実するために、より長い期間（例えば約６５時間）、インキュベーションを継続してもよい。その後、混合物を捕捉プレートに移し、室温で（例えば１時間）インキュベートする。次いで、溶液を除去し、プレートをＰＢＳ中、０．１％のｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ  ２０（ＴＷＥＥＮ−２０ＴＭ）で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０ＴＭ；Ｐａｃｋａｒｄ社）を加え、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭガンマカウンター（Ｐａｃｋａｒｄ社）で１０分間カウントする。最大結合の２０％以下の濃度を与えるＦａｂを各々、競合的結合アッセイに用いるために選択する。
【００８２】
別の実施態様によれば、Ｋｄ値は、２５℃でＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，ニュージャージー州ピスカタウェイ所在）を、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定化抗原ＣＭ５チップと共に用いる表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定する。簡潔に説明すると、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、供給業者の指示書に従ってＮ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシニミド（ＮＨＳ）で活性化する。抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム、ｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈した後、結合タンパク質の反応単位（ＲＵ）がおよそ１０に達するように５μｌ／分の流量で注入する。抗原の注入後、未反応の基をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。反応速度論的な測定のために、Ｆａｂの２倍の段階希釈（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、２５℃で、およそ２５μｌ／分の流量で０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０ＴＭ）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳに注入する。会合センサーグラム及び解離センサーグラムを同時にフィットさせることによる単純一対一ラングミュア結合モデル（simple one-to-one Langmuir binding model）（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）評価ソフトウェアバージョン３．２）を用いて、会合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）はｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出される。例えば、Chen et al. J. Mol. Biol. 293: 865-881, 1999を参照。オンレートが上記表面プラズモン共鳴アッセイで１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合、オンレートは、ストップフローを備えた分光光度計（Ａｖｉｖ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ社）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡｍｉｎｃｏＴＭ分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ社）などの分光計で測定して漸増濃度の抗原の存在下、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の２５℃における蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過１６ｎｍ）の上昇又は低下を測定する蛍光消光法を使用して決定することができる。
【００８３】
２．抗体断片
ある特定の実施態様では、本明細書において提供される抗体は抗体断片である。抗体断片としては、限定はしないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、及び以下に記載される他の断片が挙げられる。ある特定の抗体断片の総説については、Hudson et al. Nat. Med. 9: 129-134, 2003を参照。ｓｃＦｖ断片の総説については、例えば、Pluckthun. The Pharmacology of Monoclonal Antibodies. Vol. 113, pp. 269-315, Rosenburg and Moore eds. Springer-Verlag, New York, 1994を参照；また、国際公開第９３／１６１８５号；並びに米国特許第５５７１８９４号及び同第５５８７４５８号も参照のこと。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の論述については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
【００８４】
ダイアボディは、２価又は二重特異性でありうる２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許出願公開第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson et al. Nat. Med. 9: 129-134, 2003；及びHollinger et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90: 6444-6448, 1993を参照。トリアボディ（triabodies）及びテトラボディ（tetrabodies）もHudson et al. Nat. Med. 9: 129-134, 2003に記載されている。
【００８５】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインのすべて又は一部、若しくは軽鎖可変ドメインのすべて又は一部を含む抗体断片である。ある特定の実施態様では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．，マサチューセッツ州ウォルサム所在；例えば、米国特許第６２４８５１６号を参照）。
【００８６】
抗体断片はさまざまな手法で作製することができ、これらの手法としては、限定はしないが、本明細書に記載されるように、インタクトな抗体のタンパク質分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による産生が挙げられる。
【００８７】
３．キメラ抗体及びヒト化抗体
ある特定の実施態様では、本明細書において提供される抗体はキメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 81: 6851-6855, 1984に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）とヒト定常領域とを含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
【００８８】
ある特定の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持しつつ、ヒトに対する免疫原性を低減するようにヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、例えばＣＤＲなどのＨＶＲ（又はその一部）が非ヒト抗体に由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意選択的に、ヒト定常領域の少なくとも一部も含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復又は改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
【００８９】
ヒト化抗体及びそれらの作製方法は、例えば、Almagro et al. Front. Biosci. 13: 1619-1633, 2008に記載されており、さらに、例えば、Riechmann et al. Nature. 332: 323-329, 1988; Queen et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 86: 10029-10033, 1989；米国特許第５８２１３３７号、同第７５２７７９１号、同第６９８２３２１号、及び同第７０８７４０９号；Kashmiri et al.Methods. 36: 25-34, 2005（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングについての説明）；Padlan. Mol. Immunol. 28: 489-498, 1991（「リサーフェシング」についての説明）；DaU’Acqua et al. Methods. 36: 43-60, 2005（「ＦＲシャッフル」についての説明）；及びOsbourn et al. Methods 36: 61-68, 2005及びKlimka et al. Br. J. Cancer. 83: 252-260, 2000（ＦＲシャッフルに対する「誘導選択（guided selection）」手法についての説明）に記載されている。
【００９０】
ヒト化に使用されうるヒトフレームワーク領域としては、限定はしないが次のものが挙げられる：「最良適合」法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims et al.J. Immunol.151:2296, 1993を参照）；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89: 4285, 1992；及びPresta et al. J. Immunol. 151: 2623, 1993を参照）；ヒト成熟（体細胞変異した）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro et al. Front. Biosci. 13: 1619-1633, 2008を参照）；及び、ＦＲライブラリのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Baca et al.J. Biol. Chem. 272: 10678-10684, 1997及びRosok et al. J. Biol. Chem. 271: 22611-22618, 1996を参照）に記載されている。
【００９１】
４．多重特異性抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、例えば二重特異性抗体などの多重特異性抗体である。二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある特定の実施態様では、結合特異性の１つはＩＤＯ１に対するものであり、他の１つは、任意の他の抗原に対するものである。ある特定の実施態様では、二重特異性抗体は、ＩＤＯ１の２つの異なるエピトープに結合されうる。二重特異性抗体はまた、ＩＤＯ１を発現する細胞に対して細胞傷害性剤を局在化するように使用されうる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【００９２】
多重特異性抗体を作製する手法としては、限定はしないが、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組み換え共発現（Milstein et al. Nature. 305: 537, 1983、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker et al. EMBO J. 10: 3655、1991を参照）、及び「ノブ・イン・ホール」改変（例えば、米国特許第５７３１１６８号を参照）が挙げられる。多重特異性抗体はまた、抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子の作製用に静電ステアリング効果を改変すること（国際公開第２００９／０８９００４号（Ａ１））；２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば、米国特許第４６７６９８０号、及びBrennan et al. Science. 229: 81, 1985を参照）；ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を産生すること（例えば、Kostelny et al. J. Immunol. 148(5): 1547-1553, 1992を参照）；二重特異性抗体断片の作製のために「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 90: 6444-6448, 1993を参照）；及び、単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること（例えばGruber et al. J. Immunol. 152: 5368, 1994を参照）；及び、例えば、Tutt et al. J. Immunol. 147: 60, 1991に記載される三重特異性抗体を調製することによっても作製されうる。
【００９３】
「オクトパス抗体（Octopus antibodies）」を含む３つ以上の機能的抗原結合部位を有する改変抗体も本明細書に含まれる（例えば、米国特許第２００６／００２５５７６号（Ａ１）を参照）。
【００９４】
本明細書の抗体又は断片には、ＩＤＯ１並びに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用（Dual Acting）ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」も含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００８／００６９８２０を参照）。
【００９５】
５．抗体変異体
ある特定の実施態様では、本明細書に提示される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、又はペプチド合成により調製されうる。このような改変としては、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／又は残基内への挿入、及び／又は残基の置換が挙げられる。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合性を有していることを条件として、最終コンストラクトへの到達のために、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせがなされうる。
【００９６】
ａ）置換、挿入、及び欠失変異体
ある特定の実施態様では、１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換突然変異の対象となる部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。保存的置換を「好ましい置換」と題して表１に示す。より実質的な変更が、表１の「例示的置換」という見出しの列に与えられ、アミノ酸側鎖のクラスを参照して以下にさらに説明される。アミノ酸置換は、目的の抗体、及び、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の低下、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされたその産生物に導入されうる。
【００９７】
0006605591.tif 000002
【００９８】
アミノ酸は共通の側鎖特性に従ってグループ化されうる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ；
【００９９】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの一つの成員を別のクラスの成員と交換することを必要とするであろう。
【０１００】
置換変異体の１種は、親抗体（例えばヒト化又はヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基の置換を包含する。一般的には、さらなる研究のために選択された変異体は、親抗体と比較して、ある特定の生物学的特性に修飾（例えば、改善）（例えば、親和性の上昇、免疫原性の低下）を有する、及び／又は、親抗体のある特定の生物学的特性を実質的に保持するであろう。例示的な置換型変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるものなど、ファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を使用するなどして、簡便に生成されうる。簡潔に言えば、１つ以上のＨＶＲ残基が突然変異され、変異体抗体がファージ上に表示され、かつ、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
【０１０１】
改変（例えば、置換）は、例えば抗体の親和性を改善するために、ＨＶＲにおいて行われうる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟過程の間に高頻度で突然変異誘発を受けるコドンによってコードされる残基（例えば、Chowdhury. Methods Mol. Biol. 207: 179-196、2008を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）においてなされてもよく、得られた変異体ＶＨ又はＶＬは結合親和性について試験される。二次ライブラリから構築及び再選択することによる親和性の成熟は、例えば、Hoogenboom et al. Methods in Molecular Biology. 178: 1-37, O’Brien et al. eds., Human Press, Totowa, NJ, 2001に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様では、多様性が、さまざまな方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチドを標的とした突然変異誘発）のいずれかにより、成熟のために選択された可変遺伝子内に導入される。次いで、二次ライブラリが作出される。次いで、ライブラリは、所望の親和性を有する抗体変異体の同定のためにスクリーニングされる。多様性を導入する別の方法は、幾つかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４から６残基）がランダム化された、ＨＶＲ指向の手法を包含する。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発又はモデリングを使用して、特異的に同定されうる。具体的にはＨＶＲ−Ｈ３及びＨＶＲ−Ｌ３がしばしば標的化される。
【０１０２】
ある特定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、 そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限りにおいて、１つ以上のＨＶＲ内で生じうる。例えば、実質的に結合親和性を低下させない保存的改変（例えば本明細書で提示される保存的置換）はＨＶＲ内で行われうる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外であってもよい。上記変異体ＶＨ又はＶＬ配列のある特定の実施態様では、各ＨＶＲは非改変であるか、若しくは１つ、２つ、又は３つ以下のアミノ酸置換を含む。
【０１０３】
突然変異誘発の標的とされうる抗体の残基または領域の同定に有用な方法は、Cunningham et al. Science. 244: 1081-1085, 1989に記載されるように「アラニンスキャニング突然変異誘発」と呼ばれる。この方法では、標的残基（例えば、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＧｌｕなどの荷電残基）の１つの残基又は基が同定され、抗原と抗体との相互作用が影響を受けるかどうかを決定するために、中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）で置換される。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の位置に導入されうる。代替的に又は追加的に、抗原抗体複合体の結晶構造が、抗体と抗原との接触点を同定する。そのような接触残基及び隣接残基は、置換の候補として標的とされる又は排除される。変異体は、それらが所望の特性を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされうる。
【０１０４】
アミノ酸配列挿入には、 長さが１残基から、１００以上の残基を有するポリペプチドに及ぶアミノ末端及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例には、Ｎ−末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体には、抗体の血清半減期を延長させる酵素（例えばＡＤＥＰＴのための）又はポリペプチドに対する抗体のＮ末端又はＣ末端への融合が含まれる。
【０１０５】
ｂ）グリコシル化変異体
ある特定の実施態様では、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される度合いを高める又は減じるために改変される。抗体へのグリコシル化部位の結合又は欠損は、１つ以上のグリコシル化部位が作出又は除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって簡便に達成されうる。
【０１０６】
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに結合する炭水化物を改変してもよい。哺乳動物細胞によって産生される自然抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合によって一般に結合する、枝分かれした二分岐オリゴ糖を含む。例えば、Wright et al. TIBTECH. 15: 26-32, 1997を参照。オリゴ糖は、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、並びに二分岐オリゴ糖構造の「幹（stem）」においてＧｌｃＮＡｃに結合したフコースなど、さまざまな炭水化物を含みうる。幾つかの実施態様では、ある特定の改善された特性を有する抗体変異体を作出するために、本発明の抗体にオリゴ糖の修飾がなされうる。
【０１０７】
一実施態様では、Ｆｃ領域に結合する（直接的または間接的に）フコースを欠いた炭水化物構造を有する抗体変異体が提示される。例えば、このような抗体におけるフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、又は２０％から４０％でありうる。フコースの量は、例えば国際公開第２００８／０７７５４６号に記載される、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析によって測定して、Ａｓｎ２９７に結合したすべての糖構造体（例えば、複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計に対する、糖鎖内のＡｓｎ２９７におけるフコースの平均量を算出することによって決定される。Ａｓｎ２９７とは、Ｆｃ領域の約２９７位に位置するアスパラギン残基を指す（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）；しかしながら、Ａｓｎ２９７は、抗体のわずかな配列の差異に起因して、２９７位の上流又は下流の約±３アミノ酸、すなわち、位置２９４から３００の間に位置していてもよい。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を向上させうる。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号及び米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号を参照。「非フコシル化」又は「フコース欠乏」抗体変異体に関する刊行物の例としては、次のものが挙げられる：米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号；米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号；米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号；米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号；米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；国際公開第２００５／０５３７４２号；国際公開第２００２／０３１１４０号；Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336: 1239-1249, 2004；及びYamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004。脱フコシル化抗体を産生可能な細胞株の例としては、タンパク質のフコシル化を欠損しているＬｅｃｌ３  ＣＨＯ細胞（Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249: 533-545, 1986；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；及び国際公開第２００４／０５６３１２号、特に実施例１１）、及び、α−１，６‐フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞などのノックアウト細胞株（例えば、Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004; Kanda et al. Biotechnol. Bioeng. 94(4) 680-688, 2006；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が挙げられる。
【０１０８】
抗体変異体は、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分された、二分されたオリゴ糖をさらに備えていてもよい。このような抗体変異体は、フコシル化を低減及び／又はＡＤＣＣ機能を向上しうる。このような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号；米国特許第６６０２６８４号；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体もまた提供される。このような抗体変異体は、向上したＣＤＣ機能を有しうる。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号；国際公開第１９９８／５８９６４号；及び国際公開第１９９９／２２７６４号に記載されている。
【０１０９】
ｃ）Ｆｃ領域変異体
ある特定の実施態様では、本明細書に提示される本発明の抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）のＦｃ領域に１つ以上のアミノ酸修飾が導入され、それによってＦｃ領域変異体を生じさせてもよい。Ｆｃ領域変異体は、１つ以上のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含む、ヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４Ｆｃ領域）を含みうる。
【０１１０】
ある特定の実施態様では、本発明は、すべてではないが一部、エフェクター機能を有する抗体変異体を企図しており、これは、抗体のインビボでの半減期が重要であり、しかも、ある特定のエフェクター機能（補体及びＡＤＣＣなど）が不必要又は有害となる用途にとって望ましい候補となる。ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低下又は喪失を確認するために、インビトロ及び／又はインビボでの細胞傷害性アッセイを行うことができる。抗体がＦｃｙＲ結合を欠く（したがってＡＤＣＣ活性を欠失しやすい）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にするために、例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを行うことができる。単球がＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現するのに対し、ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現する。造血細胞におけるＦｃＲ発現は、Ravetch et al. Annu. Rev. Immunol. 9: 457-492, 1991の４６４頁の表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロでのアッセイの非限定的な例は、米国特許第５５００３６２号及び同第５８２１３３７号；Hellstrom et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 83: 7059-7063, 1986; Hellstrom et al. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 82: 1499-1502, 1985；及びBruggemann et al. J. Exp. Med. 166: 1351-1361, 1987に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法を用いてもよい（例えば、フローサイトメトリー用のＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，カリフォルニア州マウンテンビュー所在）；及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ社、ウィスコンシン州マディソン所在））。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。代替的に又は追加的に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Clynes et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95: 652-656, 1998に開示されるように、例えば動物モデルにおいて、インビボで評価してもよい。Ｃ１ｑに結合できず、したがってＣＤＣ活性を欠く抗体を確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを行ってもよい。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するため、ＣＤＣアッセイを行ってもよい（例えば、Gazzano-Santoro et al. J. Immunol. Methods. 202: 163, 1996；Cragg et al. Blood. 101: 1045-1052, 2003；及びCragg et al. Blood 103: 2738-2743, 2004を参照）。ＦｃＲｎ結合及びインビボにおけるクリアランス／半減期の決定もまた、当該技術分野で知られた方法を用いて行うことができる（例えば、Petkova et al. Intl. Immunol. 18(12): 1759-1769, 2006を参照）。
【０１１１】
エフェクター機能が低下した抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、及び３２９のうち、１つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。このようなＦｃ突然変異体には、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ突然変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７のうち２つ以上における置換を有するＦｃ突然変異体が含まれる（米国特許第７３３２５８１号）。
【０１１２】
ＦｃＲへの結合が向上又は低下した、ある特定の抗体変異体が記載されている。例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号；及びShields et al. J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604, 2001を参照。
【０１１３】
ある特定の実施態様では、抗体変異体は、ＡＤＣＣが改善された、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４（残基のＥＵ番号付け）における置換など、１つ以上のアミノ酸置換を有するＦｃ領域を含む。
【０１１４】
幾つかの実施態様では、改変はＦｃ領域においてなされ、結果として、例えば、米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184, 2000に記載されるように、改変された（すなわち、向上又は低下のいずれか）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる。
【０１１５】
半減期が延長し、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が向上した抗体は、母体ＩｇＧの胎児への移行に関与し（Guyer et al. J. Immunol. 117: 587, 1976及びKim et al, J. Immunol. 24: 249, 1994）、このような抗体は米国特許出願公開第２００５／００１４９３４号に記載される。こうした抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合性を向上させる、１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体には、次のＦｃ領域残基の１つ以上において置換を有するものが含まれる：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、又は４３４、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換（米国特許第７３７１８２６号）。Ｆｃ領域変異体の他の例に関するDuncan et al. Nature. 322: 738-740, 1988；米国特許第５６４８２６０号及び同第５６２４８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
【０１１６】
ｄ）システイン改変抗体変異体
ある特定の実施態様では、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換された、例えば「チオＭＡｂ」などの、システイン改変抗体を作出することが望ましい場合がある。特定の実施態様では、置換残基は抗体の接触しやすい部位で生じる。これらの残基をシステインで置換することにより、反応性のチオール基が抗体の接触しやすい部位に位置づけられ、これは、抗体を薬物部分又はリンカー−薬物部分などの他の部分にコンジュゲートして、本明細書にさらに記載されるイムノコンジュゲートを作出するために用いられうる。ある特定の実施態様では、次の残基のいずれか１つ以上がシステインで置換されうる：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン改変抗体は、例えば米国特許第７５２１５４１号に記載されるように生成されうる。
【０１１７】
ｅ）抗体誘導体
ある特定の実施態様では、本明細書に提供される本発明の抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）は、当技術分野で知られ、容易に入手可能な追加的な非タンパク性部分を含むようにさらに修飾されうる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定はしないが、水溶性ポリマーが挙げられる。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、限定しないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキソラン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体）及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物が挙げられる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性の理由から、製造上の利点を有しうる。ポリマーは任意の分子量のものであってよく、分枝鎖又は非分枝鎖でありうる。抗体に結合するポリマーの数は変化してもよく、２つ以上のポリマーが結合する場合、それらは同一の分子であっても異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／又は種類は、限定はしないが、改良すべき抗体の具体的な特性又は機能、その抗体誘導体が定められた条件下で治療に使用されるかどうか等を含む検討事項に基づいて決定されうる。
【０１１８】
別の実施態様では、放射線への曝露によって選択的に加熱されてもよい非タンパク質部分と抗体とのコンジュゲートが提供される。一実施態様では、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである（Kam et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102: 11600-11605, 2005）。放射線は、任意の波長のものであって差し支えなく、限定はしないが、通常の細胞に害を与えないが抗体−非タンパク性部分に近い細胞が死滅する温度に非タンパク性部分を加熱する波長が含まれる。
【０１１９】
Ｂ．組み換え方法及び組成物
抗体は、例えば米国特許第４８１６５６７号に記載されるような、組み換え法及び組成物を使用して産生されうる。一実施態様では、本明細書に記載の抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）をコードする単離された核酸が提供される。このような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／又はＶＨを含むアミノ酸配列（例えば抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードしうる。さらなる実施態様では、このような核酸を含む１つ以上のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。さらなる実施態様では、このような核酸を含む宿主細胞が提供される。このような実施態様の１つでは、宿主細胞は、（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクターと、抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクターとを含む（例えば、それらで形質転換されている）。一実施態様では、宿主細胞は、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞又はリンパ球細胞（例えばＹ０、ＮＳＯ、Ｓｐ２０細胞）などの真核細胞である。一実施態様では、抗ＩＤＯ１抗体の作製方法が提供され、ここで、本方法は、上記提示される抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を抗体の発現に適した条件下で培養すること、及び任意選択的に、宿主細胞（又は宿主細胞培養培地）から抗体を回収することを含む。
【０１２０】
抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）の組み換え産生のため、例えば上述のような、抗体をコードする核酸は、単離され、さらなるクローニング及び／又は宿主細胞における発現のために１つ以上のベクター内に挿入される。このような核酸は、容易に単離され、通常の手順を用いて（例えば、抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定されうる。
【０１２１】
抗体をコードするベクターのクローニング又は発現に適した宿主細胞としては、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞が挙げられる。例えば、抗体は、特にグリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合には、細菌内で産生されうる。細菌内での抗体断片及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５６４８２３７号、同第５７８９１９９号、及び同第５８４０５２３号を参照のこと。大腸菌における抗体断片の発現について記載される、Charlton. Methods in Molecular Biology. Vol. 248, pp. 245-254, B.K.C.Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003も参照されたい。発現の後、抗体は可溶性画分において細菌の細胞ペーストから単離されてもよく、さらに精製することができる。
【０１２２】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、抗体をコードするベクターに適したクローニング宿主又は発現宿主であり、菌類や酵母菌株を含み、そのグリコシル化経路が「ヒト化」されており、部分的又は完全なヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の産生をもたらす。Gerngross. Nat. Biotech.22: 1409-1414, 2004及びLi et al. Nat. Biotech. 24: 210-215, 2006を参照。
【０１２３】
グリコシル化抗体の発現に適した宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）にも由来する。無脊椎動物細胞の例には、植物細胞及び昆虫細胞が含まれる。多数のバキュロウイルス株が同定されており、これらは特にヨトウガ（Spodoptera frugiperda）細胞のトランスフェクション用に、昆虫細胞と組み合わせて使用されうる。
【０１２４】
植物細胞培養物もまた宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５９５９１７７号、同第６０４０４９８号、同第６４２０５４８号、同第７１２５９７８号及び同第６４１７４２９号（トランスジェニック植物における抗体の産生のためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術について記載）を参照。
【０１２５】
脊椎動物細胞も宿主として用いることができる。例えば、懸濁液中で増殖するように適応された哺乳動物細胞株は有用でありうる。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０で形質転換したサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７）；ヒト胎児由来腎臓株（例えばGraham et al. J. Gen Virol. 36: 59, 1977に記載される２９３又は２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えば、Mather. Biol. Reprod. 23: 243-251, 1980に記載されるＴＭ４細胞）；サル腎細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト頸部がん細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えば、Mather et al. Annals N.Y. Acad. Sci. 383: 44-68, 1982に記載されるＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株には、ＤＨＦＲ”ＣＨＯ細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Urlaub et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 77: 4216, 1980）；及びＹ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が含まれる。抗体の産生に適したある特定の哺乳動物宿主細胞株の総説については、例えば、Yazaki et al. Methods in Molecular Biology. Vol. 248, pp. 255-268, B.K.C.Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003を参照。
【０１２６】
Ｃ．アッセイ
本明細書に提示される抗ＩＤＯ１抗体は、同定され、当技術分野で既知のさまざまなアッセイによってそれらの物理的／化学的性質及び／又は生物学的活性についてスクリーニングされ、又は特徴付けされる。
【０１２７】
１．結合アッセイ及び他のアッセイ
一態様では、本発明の抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット法、免疫組織化学、免疫蛍光などの既知の方法によって、その抗原結合活性について試験される。
【０１２８】
別の態様では、競合アッセイは、ＩＤＯ１への結合について本発明の抗体のいずれか１つ（例えば、抗ＩＤＯ１抗体ＳＰ２６０）と競合する抗体を同定するために使用されうる。ある特定の実施態様では、このような競合する抗体は、本発明の抗体のいずれか１つ（例えば、抗ＩＤＯ１抗体ＳＰ２６０）に結合する同一のエピトープ（例えば、直鎖状エピトープ又は配座エピトープ）に結合する。抗体が結合するエピトープをマッピングするための典型的な方法の詳細は、MorrisのMethods in Molecular Biology Vol. 66の“Epitope Mapping Protocols”（Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ社、ニュージャージー州トトワ所在）に提示されている。
【０１２９】
例示的な競合アッセイでは、ＩＤＯ１に結合する第１の標識された抗体（例えば抗ＩＤＯ１抗体ＳＰ２６０）、及びＩＤＯ１への結合について第一の抗体と競合するその能力について試験されている第２の未標識抗体を含む溶液中で、固定化ＩＤＯ１をインキュベートする。第２の抗体はハイブリドーマ上清中に存在しうる。コントロールとして、第１の標識された抗体を含むが第２の未標識抗体は含まない溶液中で、固定化ＩＤＯ１をインキュベートする。第１の抗体のＩＤＯ１への結合を許容する条件下でインキュベートした後、過剰な未結合抗体を除去し、固定化されたＩＤＯ１に結合した標識の量を測定する。固定化ＩＤＯ１に結合した標識の量がコントロール試料と比較して試験試料中で実質的に低減している場合、それは、第２の抗体が、ＩＤＯ１に対する結合について第１の抗体と競合していることを示している。例えば、Harlow et al. Antibodies: A Laboratory Manual. Ch.14 (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY, 1988）を参照。
【０１３０】
２．検出アッセイ
一態様では、アッセイは、例えば、免疫組織化学法（ＩＨＣ）又は免疫蛍光（ＩＦ）測定法において、ＩＤＯ１の存在を検出するのに有用な抗ＩＤＯ１抗体を同定するために提供される。ある特定の実施態様では、本発明の抗体は、このような活性について試験される。
【０１３１】
Ｄ．イムノコンジュゲート
本発明はまた、１つ以上の標識及び／又は薬剤、例えば放射性同位体などとコンジュゲートする抗ＩＤＯ１抗体を含む、イムノコンジュゲートを提供する。
【０１３２】
一実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性原子にコンジュゲートして放射性コンジュゲートを形成する、本明細書に記載の抗体を含む。さまざまな放射性同位体が放射性コンジュゲートの生成のために入手可能である。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２、及びＬｕの放射性同位体が挙げられる。放射性コンジュゲートが検出に使用される場合、この放射性コンジュゲートはシンチグラフ検査用の放射性原子、例えばｔｃ９９ｍ若しくはＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像法（磁気共鳴画像法、ＭＲＩとしても知られている）のためのスピン標識、例えば、またもヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含みうる。
【０１３３】
抗ＩＤＯ１抗体と標識又は薬剤とのコンジュゲートは、さまざまな二官能性タンパク質カップリング剤、例えばＮ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオナート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシラート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステル類の二官能性誘導体（例えばジメチルアジピミダートＨＣＬ）、活性エステル類（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド類（例えば、グルタルアルデヒド）、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート類（例えば、トルエン−２，６−ジイソシアネート）、及び二活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）を使用して作製されうる。例えば、リシンイムノトキシンは、Vitetta et al., Science 238: 1098 (1987)に記載されるように調製することができる。炭素−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性核種の抗体へのコンジュゲーションのキレート剤の例である。国際公開第９４／１１０２６号を参照。リンカーは、標識又は薬剤の放出を促進する「開裂可能なリンカー」でありうる。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari et al., Cancer Res. 52: 127-131(1992)；米国特許第５２０８０２０号）が使用されうる。
【０１３４】
本明細書のイムノコンジュゲートは、限定はしないが、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）を含む、市販されている（例えば、米国イリノイ州ロックフォード所在のＰｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から）架橋剤を用いて調製されたこのようなコンジュゲートを明確に企図している。
【０１３５】
Ｅ．診断及び検出のための方法及び組成物
ある特定の実施態様では、ここに提供される抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）は、生物学的試料中のＩＤＯ１の存在を検出するのに有用である。本明細書で用いられる用語「検出すること」は、定量的又は定性的検出を包含する。
【０１３６】
一例では、診断又は検出の方法における使用のための抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）が提供される。一例では、例えば、後述される、生物学的試料中のＩＤＯ１の存在を検出する方法が提供される。ある特定の実施態様では、本方法は、抗ＩＤＯ１抗体がＩＤＯ１に結合可能な条件下で、生物学的試料を本明細書に記載の抗ＩＤＯ１抗体と接触させること、及び抗ＩＤＯ１抗体とＩＤＯ１との間に複合体が形成されるかどうかを検出することを含む。このような方法は、インビトロ又はインビボにおける方法でありうる。本発明の抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）は、例えば、免疫組織化学法（ＩＨＣ）、免疫蛍光法（ＩＦ）、免疫ブロット法（例えば、ウェスタンブロット法）、フローサイトメトリー、及び酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を含む、例えばイムノアッセイにおいて使用することができる。一実施態様では、抗ＩＤＯ１抗体は、例えば、ＩＤＯ１が患者選択用のバイオマーカーである場合、抗ＩＤＯ１抗体を用いた治療にふさわしい対象を選択するために用いられる。
【０１３７】
ある特定の例では、標識された抗ＩＤＯ１抗体が提示される。標識としては、限定はしないが、直接検出される標識又は部分（蛍光標識、発色団標識、電子高密度標識、化学発光標識、及び放射性の標識など）、並びに、例えば、酵素反応又は分子間相互作用を通して間接的に検出される酵素又はリガンドなどの部分が挙げられる。例示的な標識としては、限定はしないが、放射性同位体３２Ｐ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ、及び１３１Ｉ、フルオロフォア、例えば希土類キレート又はフルオレセイン及びその誘導体、ローダミン及びその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ（米国特許第４７３７４５６号）などのルセリフェラーゼ（luceriferase）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン類、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼなどの糖類オキシダーゼ、ＨＲＰなどの色素前駆体を酸化するために過酸化水素を用いる酵素と結合する、ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼなどの複素環式オキシダーゼ、ラクトペルオキシダーゼ、又はミクロペルオキシダーゼ、ビオチン／アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定なフリーラジカル、及び同様のものが挙げられる。
【０１３８】
診断及び／又は検出のための上記方法は、非コンジュゲート抗ＩＤＯ１抗体の代わりに、又は非コンジュゲート抗ＩＤＯ１抗体に加えて、上述のような本発明のイムノコンジュゲートを使用して行われうることも理解される。
【０１３９】
Ｆ．生物学的試料
ある特定の実施態様では、本発明の抗ＩＤＯ１抗体（例えばＳＰ２６０）は、当技術分野で既知の方法又は本明細書に記載の方法を使用して、生物学的試料中のＩＤＯ１の存在を検出するために用いることができる。
【０１４０】
幾つかの例では、生物学的試料は組織又は細胞試料を含む。例えば、生物学的試料は、例えば、乳房、結腸、肺、腎臓、骨、脳、筋肉、胃、膵臓、膀胱、卵巣、子宮、並びに心臓、胎児、及び胎盤の正常及びがん性の組織など、正常又はがん患者に由来する細胞又は組織を含みうる。
【０１４１】
ある特定の例では、組織又は細胞試料の供給源は、フレッシュ、凍結、及び／又は保存された臓器又は組織試料又は生検又は吸引物に由来する固形組織；血液又は任意の血液成分；脳脊髄液、羊水、腹水、又は間質液などの体液；対象の妊娠期又は発生期の任意の時点に由来する細胞でありうる。幾つかの実施態様では、生物学的試料は、インビトロにおける組織又は細胞培養から得られる。本明細書における生物学的試料の例としては、限定はしないが、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、血清又は血漿、循環血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来する又は腫瘍様の特性を示す初代細胞培養物又は細胞株、並びにホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍試料又は凍結腫瘍試料などの保存腫瘍試料が挙げられる。
【０１４２】
幾つかの実施態様では、生物学的試料は、本来、組織とは自然に混在しない化合物、例えば、保存剤、抗凝血剤、緩衝剤、栄養剤、抗生物質などを含む。ある特定の実施態様では、生物学的試料は、１つ以上の固定剤に曝露されている、及び／又は、１つ以上の固定剤を含む。本発明の方法及び組成物と共に用いることができる固定剤としては、ホルマリン、グルタルアルデヒド、四酸化オスミウム、酢酸、エタノール、アセトン、ピクリン酸、クロロホルム、重クロム酸カリウム及び塩化第二水銀、及び／又は、マイクロ波加熱又は凍結による安定化が挙げられる。
【０１４３】
幾つかの実施態様では、生物学的試料は、自己免疫疾患を有する、自己免疫疾患にかかりやすい、又は自己免疫疾患について試験される対象に由来する。ある特定の実施態様では、自己免疫疾患は、自己免疫性リウマチ疾患（関節リウマチ、シェーグレン症候群、強皮症、ＳＬＥ及びループス腎炎などの狼瘡、多発性−皮膚筋炎、クリオグロブリン血症、抗リン脂質抗体症候群、及び乾癬性関節炎を含む）、自己免疫性胃腸及び肝障害（炎症性腸疾患（例えば、炎症性大腸炎及びクローン病）、自己免疫性胃炎及び悪性貧血、自己免疫性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、及びセリアック病を含む）、脈管炎（チャーグストラウス脈管炎、ウェゲナー肉芽腫症、及び顕微鏡的多発血管炎を含む、ＡＮＣＡ陰性脈管炎及びＡＮＣＡ関連脈管炎を含む）、自己免疫性神経障害（多発性硬化症、眼球クローヌス・ミオクローヌス症候群、重症筋無力症、視神経脊髄炎、パーキンソン病、アルツハイマー病、及び自己免疫性多発性神経障害を含む）、腎疾患（糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、及びバージャー病を含む）、自己免疫性皮膚疾患（乾癬、じん麻疹（urticaria, hives）、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、及び皮膚エリテマトーデスを含む）、血液疾患（血小板減少性紫斑病、血栓性血小板減少性紫斑病、輸血後紫斑病、及び自己免疫性溶血性貧血を含む）、アテローム性動脈硬化症、ブドウ膜炎、自己免疫性聴覚疾患（内耳疾患及び難聴を含む）、ベーチェット氏病、レイノー症候群、臓器移植、又は自己免疫性内分泌障害（インスリン依存性糖尿病（ＩＤＤＭ）などの糖尿病関連自己免疫疾患、アディソン病、及び自己免疫性甲状腺疾患（グレーブス病及び甲状腺炎を含む）を含む）である。
【０１４４】
他の実施態様では、生物学的試料は、がんを有する、がんにかかりやすい、又はがんについて試験される対象に由来する。ある特定の実施態様では、がんは、カルシノーマ、リンパ腫（ホジキン及び非ホジキンリンパ腫を含む）、芽細胞腫、肉腫、白血病、扁平上皮細胞がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺がん、扁平上皮型肺がん、腹膜のがん、肝細胞がん、胃腸がん、膵臓がん、神経膠腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓がん、肝臓がん、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝細胞癌、白血病及び他のリンパ増殖性疾患、又はさまざまな種類の頭頚部がんである。
【実施例】
【０１４５】
ＩＩＩ．実施例
以下は本発明の方法及び組成物の実施例である。上記提供された一般的な説明を所与として、他のさまざまな実施態様が実施されうることが理解される。
【０１４６】
実施例１  抗ＩＤＯ１抗体の生成
抗ＩＤＯ１ウサギモノクローナル抗体を、図１に概略的に示されるように生成した。簡潔には、ＲＳＴＴＥＫＳＬＬＫＥＧ（配列番号１）のペプチド断片（ヒトＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３）を合成した。免疫化を目的とする１２−アミノ酸断片を、抗体の産生を介して、実質的な免疫応答を刺激するために広く用いられるキャリアタンパク質である、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）にコンジュゲートした。配列の天然に存在するＮ末端への２つのアミノ酸（Ｃｙｓ−Ｇｌｙ）の結合は、キャリアタンパク質ＫＬＨへのコンジュゲーションを可能にした。ニュージーランド・ホワイトウサギを、完全フロイントアジュバントでエマルション化したＩＤＯ１抗原をコンジュゲートしたＫＬＨで免疫し、その後、不完全フロイントアジュバントでエマルション化した一連のＩＤＯ１抗原の追加免疫（booster）を行った。抗体発現細胞を、ＩＤＯ１のアミノ酸残基３９２−４０３（配列番号１）を使用する酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によってスクリーニングした。全てのＥＬＩＳＡ陽性クローンを免疫組織化学法（ＩＨＣ）によってさらにスクリーニングし、最も高い特異性を有する抗体を産生するクローンを選択した。抗ＩＤＯ１抗体の組み換え産生のため、抗体の重鎖及び軽鎖配列をコードするｃＤＮＡをクローニングし、共トランスフェクションによって発現させ、ＩＨＣ法によってＩＤＯ１への結合についてスクリーニングした。これらの方法を使用してモノクローナル抗体を産生し、その後、プロテインＡアフィニティークロマトグラフィーで精製した。
【０１４７】
実施例２  抗ＩＤＯ１抗体の診断的使用
実施例１で生成した抗ＩＤＯ１抗体をさらなるＩＨＣ分析に使用した。ＩＨＣ分析のため、組織切片を抗体と共に１６分間インキュベートし、その後、標準的な洗浄を行い、Ｏｐｔｉｖｉｅｗ  ＤＡＢ  ＩＨＣ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍ，Ｉｎｃ．，アリゾナ州ツーソン所在）を用いて二次的検出を行った。各抗体の特異性について、異なるＩＤＯ１発現レベルを有するホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）細胞上で評価した（コントロール（陰性）として未処理のまま、又はインターフェロン−γで処理した（高発現）のいずれかである、ヒト頸部がんＨｅＬａ細胞；図２Ａ−２ｂ参照）、又は異なる組織の種類に由来する（扁桃腺、胸腺、結腸、子宮内膜腺がん、卵巣腺がん、膵臓腺がん、及び胃腺がん；図３Ａ−３Ｇ参照）。
【０１４８】
図２及び３から分かるように、ＳＰ２６０で表される抗体は優れた特異性及び染色レベルを示した。
【０１４９】
図４から９から分かるように、Ｊ６Ｈ１２Ｌ１６、Ｊ６Ｈ１５Ｌ１６、及びＪ６Ｈ２０Ｌ１６で表される抗体は、核染色を伴う、強い細胞質染色を示した。
【０１５０】
ＳＰ２６０抗体の重鎖及び軽鎖可変領域配列は次の通りである。
重鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳＴＮＹＷＩＣＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡＣＩＹＶＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１６）
軽鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＳＡＳＴＬＡＳＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号１７）
【０１５１】
Ｊ６Ｈ１２Ｌ１６抗体の重鎖及び軽鎖可変領域配列は次の通りである：
重鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＲＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳＴＮＹＷＩＣＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２１）
軽鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＳＡＳＴＬＡＳＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号２２）
【０１５２】
Ｊ６Ｈ１５Ｌ１６抗体の重鎖及び軽鎖可変領域配列は次の通りである：
重鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳＴＮＹＷＩＣＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＦＣＡＲＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２３）
軽鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＳＡＳＴＬＡＳＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号２４）
【０１５３】
Ｊ６Ｈ２０Ｌ１６抗体の重鎖及び軽鎖可変領域配列は次の通りである：
重鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＱＥＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＥＧＳＬＴＬＴＣＴＡＳＧＦＳＦＳＴＮＹＷＩＣＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＴＡＣＩＹＩＧＧＲＧＳＩＹＹＡＳＷＡＫＧＲＦＴＩＳＫＴＳＳＴＴＶＴＬＱＭＴＳＬＴＡＡＤＴＡＴＹＳＣＡＲＤＬＴＴＡＹＧＡＴＤＬＲＦＷＧＰＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２５）
軽鎖可変領域（太字下線で示されるＨＶＲ）：
ＤＶＶＭＴＱＴＰＳＰＶＳＡＡＶＧＧＴＶＳＩＳＣＱＳＳＱＳＶＧＤＮＮＲＬＳＷＦＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＳＡＳＴＬＡＳＧＶＰＳＲＦＫＧＳＧＳＧＴＥＹＴＬＴＩＳＧＶＱＣＤＤＡＡＴＹＹＣＬＧＥＦＳＧＳＤＥＤＶＦＧＧＧＴＥＶＶＶＫ（配列番号２６）
【０１５４】
その他の実施態様
前述の発明は、明確な理解の目的のために例示及び実施例によってある程度詳細に説明されてきたが、これらの説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書に引用されるすべての特許及び科学文献の開示内容は、参照によりその全体が本明細書に明確に取り込まれる。
【図１】
0006605591.tif 000003
【図２】
0006605591.tif 000004
【図３】
0006605591.tif 000005
【図４】
0006605591.tif 000006
【図５】
0006605591.tif 000007
【図６】
0006605591.tif 000008
【図７】
0006605591.tif 000009
【図８】
0006605591.tif 000010
【図９】
0006605591.tif 000011
【図１０】
0006605591.tif 000012
【配列表】
0006605591000001.app