(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における所定の固形腫瘍癌の有無を示す方法であって：
Ａ．第一の時点の前記個体由来の少なくとも一つの生体試料を提供すること；
Ｂ．第二の時点の前記個体由来の少なくとも一つの生体試料を提供すること；
Ｃ．前記少なくとも二つの生体試料において、前記所定の固形腫瘍癌に関連する少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度を決定すること；
Ｄ．前記少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータを組み合わせて、バイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成すること;
Ｅ．前記動態複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させること；
を含み、ここで、
・第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、前記所定の固形腫瘍癌の典型的な腫瘍体積倍加時間の０．１％から３０％の範囲内であり；
・前記の測定される少なくとも一つのバイオマーカーが、前記の各生体試料において同じバイオマーカーであり；
・前記所定の固形腫瘍癌が前立腺癌（ＰＣａ）である、
方法。
【請求項２】
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、前記所定の固形腫瘍癌の典型的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１５％の範囲、例えば前記所定の固形腫瘍癌の典型的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１２．５％の範囲である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
規定のカットオフ値が、（i）前記所定の固形腫瘍癌の成長に関連しない、少なくとも一つのバイオマーカーの、変動の大きい存在または濃度と、（ii）前記所定の固形腫瘍癌の成長に関連する、少なくとも一つのバイオマーカーの、変動の小さい存在または濃度とを区別する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記固形腫瘍癌が、進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、３日から６ヵ月である、請求項１または４に記載の方法。
【請求項６】
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、約１日から３ヵ月である、請求項１または４に記載の方法。
【請求項７】
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが約１日から７週間であり、第一の時点由来の第一の生体試料および第二の時点由来の第二の生体試料における、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の濃度または存在の約１０％以上の違い（増加または減少）が、ＰＣａの低リスクを示す変化として見なされ、並びに第一の時点由来の第一の生体試料および第二の時点由来の第二の生体試料における前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の濃度の約１０％以下の違いが、前立腺癌発症の高リスクを示す、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、遊離ＰＳＡ、複合型ＰＳＡ、プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、総ＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（ＥＰＣＡ）、βマイクロセミノプロテイン（ＭＳＭＢ）、グルタチオンＳ−転移酵素π（ＧＳＴＰ１）、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、マクロファージ阻害性サイトカイン１（ＭＩＣ−１）からなる群から選択される、請求項４−６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも一つのバイオマーカーが、遊離ＰＳＡ、複合型ＰＳＡ、総ＰＳＡ、ＭＳＭＢ、ＭＩＣ−１からなる群から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも一つのバイオマーカーが、遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢからなる群から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
さらに、
・前記少なくとも二つの生体試料において、複数の、前記所定の固形腫瘍癌に関連するＳＮＰ（ＳＮＰｓｔ）の各々の有無を測定することにより、ＳＮＰｓｔのカテゴリーを解析すること；
・前記ＳＮＰｓｔのカテゴリーに関するデータを組み合わせて、前記所定の固形腫瘍癌発症のＳＮＰｓｔ関連リスクを表すＳＮＰｓｔ複合値を形成すること；
・前記動態複合値および前記ＳＮＰｓｔ複合値を組み合わせて総複合値を形成すること；並びに
・前記総複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させること；
を含む、請求項１−１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも一つのバイオマーカーに関するデータを、動態複合値を形成するための規定の式に従い組み合わせる、請求項１−１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＳＮＰのカテゴリーに関するデータを、ＳＮＰｓｔの複合値を形成するための規定の式に従い組み合わせる、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記動態複合値および前記ＳＮＰｓｔ複合値を、総複合値を形成するための規定の式に従い組み合わせる、請求項１１−１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
請求項１のステップＤおよびＥを実施するためのソフトウエアコード手段を含むことを特徴とする、デジタルコンピューターの内部メモリーに直接ロード可能なコンピュータープログラム製品。
【請求項１６】
ソフトウエアコード手段が、請求項１のステップＡ〜Ｅを実施するためのものである、請求項１５に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項１７】
請求項１１の方法を実施するためのソフトウエアコード手段をさらに含む、請求項１５または１６に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項１８】
個体におけるＰＣａの有無を示す方法であって、
第一の時点の個体由来の第一の生体試料において、ＰＣａ関連バイオマーカーの存在または濃度を測定し、ここで、バイオマーカーはＰＳＡであり、その後、
ｉ）第一の生体試料において、バイオマーカー値が、低前立腺癌リスクを反映して、規定の低リスクレベルより低い、あるいは等しい場合、３〜１０年後に別の試験を行うことを推奨し（青信号）、あるいは
ｉｉ）第一の生体試料において、バイオマーカー値が、高前立腺癌リスクを反映して、規定の高リスクレベルより高い、あるいは等しい場合、個体を確認診断手順、例えば生検に回すことを推奨し（赤信号）、あるいは
ｉｉｉ）第一の生体試料において、バイオマーカー値が、低リスクレベルと高リスクレベルの間の場合、該生体試料をさらなるフォローアップ評価または試験に付して、
ａ）個体が高リスクを有し、確認診断手順、例えば生検に回すべきである（赤信号）かどうか、あるいは
ｂ）個体が前立腺癌の中程度のリスクを有し、１〜３年後に別の試験を行うよう推奨すべきである（黄信号）かどうか、
を決定すること、
ここで、個体が中程度のリスク（黄信号）または高リスク（赤信号）を有するかどうかを、個体に関して得られた結果を全て組み合わせることにより決定しようとするために、第一の時点由来の生体試料で行われるさらなるフォローアップ評価には、該生体試料において、ＰＳＡ、遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢからなる群から選択される一つ以上のバイオマーカーの存在または濃度を測定すること、および／またはｒｓ１３８２１３１９７、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ１０９９３９９４、ｒｓ１２７９３７５９、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ９９１１５１５、ｒｓ１０１６３４３、ｒｓ７１０６７６２、ｒｓ６５７９００２、ｒｓ１６８６０５１３、ｒｓ５９４５６１９、ｒｓ１６９０２０９４、ｒｓ１０８９６４３７、ｒｓ６５１１６４、ｒｓ７６７９６７３、ｒｓ１３２６５３３０、ｒｓ２０４７４０８、ｒｓ１０１０７９８２、ｒｓ６２０８６１、ｒｓ９２９７７４６、ｒｓ１９９２８３３、ｒｓ７２１３７６９、ｒｓ２７１０６４７、ｒｓ８８８５０７、ｒｓ１７０２１９１８、ｒｓ１２５００４２６、ｒｓ２０２８９００、ｒｓ７１０２７５８、ｒｓ１６９０１９２２、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ２６５９０５１、ｒｓ１７８３２２８５、ｒｓ１２５４３６６３、ｒｓ４６９９３１２、ｒｓ１１０９１７６８、ｒｓ３１２０１３７、ｒｓ６７９４４６７、ｒｓ１００８６９０８、ｒｓ７１４１５２９、ｒｓ２３１５６５４、ｒｓ１２１５１６１８、ｒｓ７４７７４５、ｒｓ１００９、ｒｓ２１３２２７６、ｒｓ２７３５８３９、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ９３６４５５４、ｒｓ９８３０２９４、ｒｓ２６６０７５３、ｒｓ１０８０７８４３、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ１７４６７１３９、ｒｓ１２９４７９１９、ｒｓ７２１０４８、ｒｓ３８５８９４、ｒｓ２３３１７８０、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ２１０７１３１、ｒｓ６５４５９６２、ｒｓ１１６４９７４３、ｒｓ７５８６４３、ｒｓ２２９７４３４、ｒｓ９０２７７４、ｒｓ２６４７２６２、ｒｓ１７２２４３４２、ｒｓ５９１８７６２、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ１７１３８４７８、ｒｓ３０１９７７９、ｒｓ１８７３５５５、ｒｓ９４５７９３７、ｒｓ２８３８０５３、ｒｓ１２９４６８６４、ｒｓ１２４７５４３３、ｒｓ３７６５０６５、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ４８７１７７９、ｒｓ１０８７５９４３、ｒｓ１１６０１０３７、ｒｓ６４８９７２１、ｒｓ１１１６８９３６、ｒｓ９２９７７５６、ｒｓ１１９００９５２、ｒｓ６５６９３７１、ｒｓ７７５２０２９、ｒｓ５９３４７０５、ｒｓ３７４５２３３、ｒｓ１４８２６７９、ｒｓ７４９２６４、ｒｓ６６２５７６０、ｒｓ５９７８９４４、ｒｓ２３６６７１１、ｒｓ５９３５０６３、ｒｓ１０１９９７９６、ｒｓ２４７３０５７、ｒｓ４９２５０９４、およびｒｓ３０９６７０２、またはそれらのサブセットからなる群から選択される遺伝子ＳＮＰマーカーの有無を決定することが含まれ；
そしてその後、リスクレベルを決定するために第二の時点で行われるさらなるフォローアップ評価を行うこと、
ここで、第二の時点で行われる前記評価は、直腸診（ＤＲＥ）、前立腺容量の決定、患者の病歴の収集のうちの一つ以上の実施；および第二の時点由来の生体試料のバイオマーカーの存在または濃度の測定を含み；
そしてその後、個体に関して獲得した結果を全て組み合わせ、例えば、第一の時点由来の第一の生体試料における少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に基づく、および／またはフォローアップ評価の一つ以上の結果に基づくデータを組み合わせて、複合値を形成し、それを、前立腺癌の高リスクあるいは中程度のリスク（赤信号または黄信号）を反映する、所定の固形前立腺癌が判っているものおよび良性疾病診断のコントロールサンプルで確立された規定のカットオフ値と比較すること
を含み、ここで、前記少なくとも一つのバイオマーカーが、各生体試料において同じバイオマーカーである、方法。
【請求項１９】
第一の時点の個体由来の第一の生体試料において存在または濃度が最初に測定されるＰＣａ関連バイオマーカーが、ＰＳＡに加えて、少なくとも１つの他のＰＣａ関連バイオマーカーを含み、それらバイオマーカーの存在または濃度の値に関するデータが複合値に組み合わせられ、その後、
ｉ）第一の生体試料において、複合値が、低前立腺癌リスクを反映して、規定の低リスクレベルより低い、あるいは等しい場合、３〜１０年後に別の試験を行うことを推奨し（青信号）、あるいは
ｉｉ）第一の生体試料において、複合値が、高前立腺癌リスクを反映して、規定の高リスクレベルより高い、あるいは等しい場合、個体を確認診断手順、例えば生検に回すことを推奨し（赤信号）、あるいは
ｉｉｉ）第一の生体試料において、複合値が、低リスクレベルと高リスクレベルの間の場合、該生体試料をさらなるフォローアップ評価または試験に付して、
ａ）個体が高リスクを有し、確認診断手順、例えば生検に回すべきである（赤信号）かどうか、あるいは
ｂ）個体が前立腺癌の中程度のリスクを有し、１〜３年後に別の試験を行うよう推奨すべきである（黄信号）かどうか、
が決定される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
追加のフォローアップ評価がさらに、ｒｓ１２４９０２４８、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ１００９４０５９、ｒｓ３０６８０１、ｒｓ２８２３１１８、ｒｓ２０２５６４５、ｒｓ９３５９４２８、ｒｓ１０１７８８０４、ｒｓ６０９０４６１、ｒｓ２２７０７８５、ｒｓ１６９０１８４１、ｒｓ２４６５７９６、ｒｓ１７２５６０５８、ｒｓ１６８４９１４６、ｒｓ２２６９６４０、ｒｓ８０４４３３５、ｒｓ６５３０２３８、ｒｓ７１２２４２、ｒｓ９２６７９１１、ｒｓ１１１３４１４４、ｒｓ１２８８０７７７、ｒｓ７０９０７５５、ｒｓ１３２７７４、ｒｓ１７７７９８２２、ｒｓ３９８１４６、ｒｓ４８４４２２８、ｒｓ４２３７１８５、ｒｓ７１２５４１５、ｒｓ１４３９０２４、ｒｓ６７７０９５５、ｒｓ１１２５３００２、ｒｓ４８２２７６３、ｒｓ２１６２１８５、ｒｓ１２６４０３２０、ｒｓ５９４５６３７、ｒｓ３８１８７１４、ｒｓ６７６２４４３、ｒｓ１０５０８６７８、ｒｓ２２７２６６８、ｒｓ２２２７２７０、ｒｓ６４３７７１５、ｒｓ３７５９１２９、ｒｓ１８９１１５８、ｒｓ７３５８３３５、ｒｓ１２９８８６５２、ｒｓ３７９６５４７、ｒｓ７２３４９１７、ｒｓ６５０９３４５、ｒｓ９６６３０４、ｒｓ１５１５５４２、ｒｓ１１６３１１０９、ｒｓ８７１６８８、ｓ４３８２８４７、ｒｓ９９７２５４１、ｒｓ１３１１３９７５、ｒｓ４１１９４７８、ｒｓ１３８０８６２、ｒｓ７５２９５１８、ｒｓ７８５４３７、ｒｓ１１４０８０９、ｒｓ４８３０４８８、ｒｓ１０４５８３６０、ｒｓ２７３８５７１、ｒｓ１１６３４７４１、ｒｓ１９５０１９８、ｒｓ５３９３５７、ｒｓ１６８８７７３６、ｒｓ７６５８０４８、ｒｓ１１２２２４９６、ｒｓ２２０７７９０、ｒｓ１２５０６８５０、ｒｓ４５１２６４１、ｒｓ２８１３５３２、ｒｓ６９３４８９８、ｒｓ５８２５９８、ｒｓ１０１９１４７８、ｒｓ１０４８６５６２、ｒｓ１７３９５６３１、ｒｓ７５２５１６７、ｒｓ１２６３７０７４、ｒｓ１０８８７９２６、ｒｓ７４８５４４１、ｒｓ１９４４０４７、ｒｓ７１７８０８５、ｒｓ１７３１８６２０、ｒｓ１０４８９８７１、ｒｓ２６９１２７４、ｒｓ６９６２２９７、ｒｓ１８２７６１１、ｒｓ４８０６１２０、ｒｓ７１６４３６４、ｒｓ２２９３７１０、ｒｓ１３０１７３０２、ｒｓ４５７０５８８、ｒｓ２３８６８４１、ｒｓ４０４８５、ｒｓ５２４９０８、ｒｓ１０７９５８４１、ｒｓ４２７３９０７、ｒｓ１２６１２８９１、ｒｓ１０４９６４７０、ｒｓ６７５５９０１、ｒｓ１９４３８２１．ｒｓ１３３１９８７８、ｒｓ６９５７４１６、ｒｓ１２５５２３９７、ｒｓ６４８９７９４、ｒｓ４３４６５３１、ｒｓ７７７７６３１、ｒｓ１０４６０１１、ｒｓ１６９８８２７９、ｒｓ９８６４７２、ｒｓ１０５０８４２２、ｒｓ９４５６４９０、ｒｓ１２９５６８３、ｒｓ２４４９６００、ｒｓ７０７５９４５、ｒｓ９３５８９１３、ｒｓ１４７７８８６、ｒｓ７５３０３２、ｒｓ４０９５５８、ｒｓ４２４６７４２、ｒｓ１００６０５１３、ｒｓ１７０７０２９２、ｒｓ１０８２６３９８、ｒｓ１７７４４０２２、ｒｓ７８０１９１８、ｒｓ８８５４７９、ｒｓ１８６３６１０、ｒｓ３８０５２８４、ｒｓ１０８３２５１４、ｒｓ２５０９８６７、ｒｓ２０７０８７４、ｒｓ２３３９６５４、ｒｓ１２９０３５７９、ｒｓ１１６１０７９９、ｒｓ２２７２３１６、ｒｓ６９６１７７３、ｒｓ２０７８２７７、ｒｓ１７３２４５７３、ｒｓ６７６０４１７、ｒｓ２９１１７５６、ｒｓ１２２３３２４５、ｒｓ８９６６１５、ｒｓ４７６０４４２、ｒｓ２０８７７２４、ｒｓ４３９３７８、ｒｓ４８３３１０３、ｒｓ６５３９３３３、ｒｓ４４２３２５０、ｒｓ１２５９４０１４、ｒｓ１７１２３３５９、ｒｓ１２５０５５４６、およびｒｓ５８５１９７、またはそれらのサブセットからなる群から選択される、一つ以上の遺伝子ＳＮＰマーカーの有無を決定することを含む、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１８に記載される遺伝子ＳＮＰマーカーのサブセットが、請求項１８に挙げられる遺伝子ＳＮＰマーカーの、少なくとも９０％、例えば少なくとも９５％からなる、請求項１８−２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
請求項２０に記載される遺伝子ＳＮＰマーカーのサブセットが、請求項２０に挙げられる遺伝子ＳＮＰマーカーの、少なくとも９０％、例えば少なくとも９５％からなる、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
第二の時点で行われるさらなるフォローアップ評価が、第一の時点および第二の時点由来の生体試料における少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータを組み合わせて、第一の時点と第二の時点の間の生体試料におけるバイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成することを含むリスク評価をさらに含み、ここで、前記少なくとも一つのバイオマーカーが各生体試料において同じバイオマーカーであり、第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが約３ヵ月である、請求項１８−２２のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、広く、診断マーカーとしての潜在的有用性を有する、様々な形態のタンパク質の検出および同定に関する。特に、本発明は、一つ以上のバイオマーカーの繰り返しの試験に関連し、ここでは、時間における差異が固形腫瘍癌、例えば前立腺癌の検出の改善のために用いられる。より具体的には、本発明は、固形腫瘍癌の検出を改善するために、所定のタイプの固形腫瘍癌の、一般的な腫瘍体積倍加時間の約０．５−２５％あるいは特に約０．１％−１５％に相当するタイムピリオド（time period）内に収集される少なくとも二つのバイオマーカー試験を利用することに関する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
血清の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の測定は、前立腺癌（ＰＣａ）の検診および早期検出に、広く用いられている。EUROPEAN UROLOGY 60 (2011) 21-28（参照により本明細書に組み込まれる）に発表された、公的報告書「Polygenic Risk Score Improves Prostate Cancer Risk Prediction: Results from the Stockholm-1 Cohort Study」にてMarkus Aly および共著者により議論されているように、現在の臨床イムノアッセイにより測定可能な血清ＰＳＡは、主に、遊離「非複合」型（遊離ＰＳＡ）、あるいはα１−抗キモトリプシン（ＡＣＴ）との複合体のいずれかとして、存在する。血清中の総ＰＳＡに対する遊離ＰＳＡの比が、ＰＣａの発見を大幅に改善させることが証明されている。年齢や家族歴などの他の因子もまた、ＰＣａの発見をさらに改善し得る。ＰＣａに関連する遺伝子マーカー、特に一塩基多型（ＳＮＰ）の測定は、前立腺癌の検診および早期発見の、新たな様式である。特許公報ＷＯ２０１３１７２７７９（本文献は参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、複数のＰＣａ関連ＳＮＰの解析は、ＰＳＡなどのバイオマーカーおよび患者の一般的な情報と組み合わせることで、いくつかのＳＮＰを組み合わせて遺伝子スコアとすることを通して、リスク評価を改善することができる。
【０００３】
前立腺癌の検診および早期発見は複雑な課題であり、現在まで、男性集団の特異的および高感度なマッピングに十分に優れていることが判明している単一のバイオマーカーはない。それゆえ、ＰＣａの検診および早期発見においてよりパフォーマンスの良い式を作り出すために、バイオマーカーレベルの組み合わせの試みが行われてきた。最も一般的な例は、実際に「遊離」ＰＳＡおよび「総」ＰＳＡを評価する、定期的なＰＳＡ検査である。もう一つのこのような例は、診断の目的での、遊離ＰＳＡ、総ＰＳＡおよび一つ以上の酵素前駆体の形態のＰＳＡの濃度の組み合わせの利用であり、ＷＯ０３１０００７９（ＭＥＴＨＯＤ ＯＦ ＡＮＡＬＹＺＩＮＧ ＰＲＯＥＮＺＹＭＥ ＦＯＲＭＳ ＯＦ ＰＲＯＳＴＡＴＥ ＳＰＥＣＩＦＩＣ ＡＮＴＩＧＥＮ ＩＮ ＳＥＲＵＭ ＴＯ ＩＭＰＲＯＶＥ ＰＲＯＳＴＡＴＥ ＣＡＮＣＥＲ ＤＥＴＥＣＴＩＯＮ）に記載され、本文献は参照により本明細書に組み込まれる。ＰＣａの検診および早期発見のパフォーマンスの改善をもたらし得る、ＰＳＡ濃度および酵素前駆体濃度の可能性のある一つの組み合わせは、ｐｈｉ ｉｎｄｅｘである。Ｐｈｉは、ＰＳＡ、遊離ＰＳＡおよび、ＰＳＡ検査の境界域（例えばＰＳＡが２−１０ｎｇ／ｍＬ）の男性のＰＣａをより良く検出するためのＰＳＡの前駆体の形態［−２］プロＰＳＡ、および疑う余地のない直腸診の組み合わせとして、開発され、Nichol MB および共著者により、BJU Int. 2011 Nov 11. doi: 10.1111/j.1464-410X.2011.10751.x.で発表された「Cost-effectiveness of Prostate Health Index for prostate cancer detection」に記載されており、本文献は参照により本明細書に組み込まれる。別のこのような例には、ｐｓｐ９４およびＰＳＡの組み合わせがあり、ＵＳ２０１２０２１９２５(ＤＩＡＧＮＯＳＴＩＣ ＡＳＳＡＹＳ ＦＯＲ ＰＲＯＳＴＡＴＥ ＣＡＮＣＥＲ ＵＳＩＮＧ ＰＳＰ９４ ＡＮＤ ＰＳＡ ＢＩＯＭＡＲＫＥＲＳ)に記載されている。
【０００４】
患者がＰＣａを患っているかどうかを評価するための、潜在的な診断値または予後値である、ＭＩＣ−１を含む他のバイオマーカーが存在し、これは、Clin Cancer Res 2009;15(21):OF1-7において発表された、David A. Brown および共著者による「Macrophage Inhibitory Cytokine 1: A New Prognostic Marker in Prostate Cancer」の報告に記載されており、本文献は参照により本明細書に組み込まれる。
【０００５】
ＰＣａのリスクに関して個体をモニターするために使用される一つの方法は、「ＰＳＡ倍加時間」を推定すること、すなわち（少なくとも二つの）異なる時点でＰＳＡ値を測定し、これらのＰＳＡ値に基づいて、ＰＳＡ値が１単位（unit）から２単位に増加するのにかかるであろう理論上の時間を計算することである。ＰＣａ診断で個体のＰＳＡ倍加時間を利用する一例が、BJU Int. 2013 Jul 19. doi: 10.1111/bju.12367において発表された、Thomsen FB, Christensen IJ, Brasso K, Roeder MA, and Iversen Pによる「PSA doubling time as a progression criterion in an avtive syrveillance programme for patients with localised prostate cancer.」という論文において記載されており、本文献は参照により本明細書に組み込まれる。手短に述べると、本報告では、積極的監視下で管理された低リスクの前立腺癌の患者における進行の判断基準としての、ＰＳＡ倍加時間の潜在的利用について述べられている。３年未満のＰＳＡ倍加時間は、高リスクと考えられ、３−５年は中程度のリスク、５年を超えるＰＳＡ倍加時間は低リスクと考えられた。高リスク患者には決定的治療が推奨され、中程度のリスクの患者とは治療の選択肢について議論がなされた。しかしながら、本報告では、積極的監視の間の計算上のＰＳＡ倍加時間が不確実なために、進行リスクの規定に従い患者が誤って分類されるという重大なリスクをもたらし、それゆえ、積極的監視下にある患者を管理する上でのその利用は制限されると、結論づけた。それゆえに、疾病の進行リスクを有する個体をモニターする方法には、改良の余地がある。
【０００６】
ＰＳＡ検診および早期発見の現在の成果は、おおよそ８０％の感度と３０％の特異度である。おおよそ６５％が不要な前立腺生検を受け、１５−２０％の臨床的に関連する前立腺癌が現在の検診では見逃されていると推定される。米国のみにおいても、約１００万の生検が毎年行われ、約１９２０００の新たな症例の診断がなされている。それゆえに、診断能が少しでも改善されれば、生検を減らすことにより医療費の大幅な節約をもたらし、かつ、侵襲的診断手順に苦しむヒトを減らすであろう。
【０００７】
（スウェーデンでの）現在の臨床診療は、無症候性および初期前立腺癌の検出のための、バイオマーカーとしての総ＰＳＡの使用である。前立腺生検によるさらなる評価のための一般的なカットオフ値は、３ｎｇ／ｍＬである。しかしながら、ＰＳＡ検診の意義が否定的であるために、今日ヨーロッパまたは北米で推奨される、組織立ったＰＳＡ検診はない。
【０００８】
全体から見て、このことは、定期的に様々な癌の存在を試験する個体の数を増やし、個体に対するストレスを引き起こし、医療制度のコストを増加させる。特定の癌疾病の素因が明らかに高い個体が、現在一般的なものよりもさらに頻繁に医師の診察を受けるべきであるという可能性もある。
【０００９】
個体に治療を早く提供すればするほど、癌が治癒する可能性が高まるため、個体の進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）を正確に同定することは、特に重要である。しかしながら、一つには、統計モデルの開発において十分な数の患者およびコントロールを提供するには、より大きなコホートが必要とされるため、ａＰＣａの同定は困難である。
【発明の概要】
【００１０】
本発明は、個体において繰り返し定量されたバイオマーカーの解析を通して、固形腫瘍癌、例えば前立腺癌（ＰＣａ）、特に進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）を同定するための予測モデルを提供する。本発明は、異なる時点で測定された診断マーカーの組み合わせが、一般集団の中で固形腫瘍癌を検出する能力を改良できるという発見に基づいている。このことは、早期に同定された癌はより簡単に治療可能であるがゆえに、社会に大きな救済をもたらし得る。さらに重要なことに、本発明は、必ずしも腫瘍の存在または成長に由来しない、個体におけるＰＣａ関連バイオマーカーのようなバイオマーカーの短時間の枠内の量または濃度の変化が、固形腫瘍癌、例えばＰＣａを有するリスクが低いことと関連するという発見に基づいている。本発見により、ある個体において、固形腫瘍癌、たとえばＰＣａの有無を示すための、改良されたより信頼のおけるモデルを提供することが可能になった。
【００１１】
本発明は、特に、癌と診断されていない個体について、リスクアセスメントを形成するために異なる時点で取得したバイオマーカーの値の情報を組み合わせる方法である。このリスクアセスメントにより、個体毎に、癌のモニタリングでの次のステップの好適な時期を決定する可能性を改良し、ここでは、次のステップは１、３、６、１２または２４ヵ月後の新たな医師の診察、あるいは即時の侵襲的診断（例えば個体を生検に回すこと）、あるいは、例えばＸ線イメージング、ＣＴイメージング、ＰＥＴ画像法、ＳＰＥＣＴ画像法、ＭＲＩイメージング、あるいは個体の腫瘍を同定する目的に好適な他の任意の画像技術を用いた、即時の個体の画像診断であり得る。本発明はまた、例えば、癌の進行が一般的に遅い状況において、腫瘍が成長しているかどうかを決定するために、癌と診断されている個体に適用されてもよい。
【００１２】
従って、本開示の発見に基づき、本開示のある局面は、個体における所定の固形腫瘍癌の有無を示す方法を提供し、本方法は以下のステップを含む：
Ａ．第一の時点の前記個体由来の少なくとも一つの生体試料を提供し；
Ｂ．第二の時点の前記個体由来の少なくとも一つの生体試料を提供し；
Ｃ．前記少なくとも二つの生体試料において、前記所定の固形腫瘍癌に関連する、少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度を測定し；
Ｄ．少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関する該データを組み合わせて、バイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成し：
Ｅ．前記動態複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させる;
ここでは、
・第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、前記所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の０．５％から２５％の範囲内であり；および
・前記の測定される少なくとも一つのバイオマーカーが、前記の各生体試料において同じバイオマーカーである。
【００１３】
本開示はまた、個体における所定の固形腫瘍癌の有無を示す方法であって、以下のステップを含む方法を提供する：
Ａ．個体の、第一の時点および第二の時点に由来する少なくとも二つの生体試料において、所定の固形腫瘍癌に関連する、個体由来の少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度を決定し；
Ｂ．前記少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータを組み合わせて、バイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成し;
Ｃ．前記動態複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させる;
ここでは、
・第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、前記所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の０．５％から２５％の範囲内であり；および
・前記の測定される少なくとも一つのバイオマーカーが、前記の各生体試料において同じバイオマーカーである。
【００１４】
データを組み合わせるステップは、バイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成するためのデータを作り出すステップと呼ぶこともできる。従って、任意のデータ、値、あるいは複合値に言及する場合、作り出す（generate）および組み合わせる（combine）という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
【００１５】
本明細書に記載の方法の好ましい局面において、第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドは、所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１５％の範囲、例えば所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１２．５％の範囲である。
【００１６】
上述の方法において、規定のカットオフ値は、好ましくは（i）所定の固形腫瘍癌の成長に関連しない、少なくとも一つのバイオマーカーの変動の大きい存在または濃度と、（ii）所定の固形腫瘍癌の成長に関連する、少なくとも一つのバイオマーカーの変動の小さい存在または濃度とを、区別する。従って、上述の方法において、規定のカットオフ値は、好ましくは（i）所定の固形腫瘍癌の低い成長リスクに関連する、少なくとも一つのバイオマーカーの変動の大きい存在または濃度と、（ii）所定の固形腫瘍癌の高い成長リスクに関連する、少なくとも一つのバイオマーカーの変動の小さい存在または濃度とを、区別する。
【００１７】
本方法は、膀胱癌、乳癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、腎臓癌、腎臓細胞癌、肺癌、膵癌、前立腺癌および甲状腺癌からなる群から選択される、所定の固形腫瘍癌に適用されてよい。
【００１８】
現在のところ、本方法は、好ましくは前立腺癌（ＰＣａ）、特に進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）に適用される。
【００１９】
本方法がＰＣａ、例えばａＰＣａに適用される際、第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドは、好ましくは３日〜６ヵ月の範囲から、さらに好ましくは約１日〜３ヵ月の範囲から選択される。約３日〜３ヵ月、約１週間〜３ヵ月、約２週間〜３ヵ月、約１日〜９週間、約３日〜９週間、約１週間〜９週間、約２週間〜９週間、約１日〜７週間、約３日〜７週間、約１週間〜７週間、または約２週間〜７週間、またはＰＣａに関連して本明細書の他の場所で開示されるようなタイムピリオドも有用である。
【００２０】
本方法がＰＣａ、例えばａＰＣａに適用される場合、少なくとも一つのバイオマーカーは、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、遊離ＰＳＡ、複合型ＰＳＡ、プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、総ＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（ＥＰＣＡ）、βマイクロセミノプロテイン（ＭＳＭＢ）、グルタチオンＳ−転移酵素π（ＧＳＴＰ１）、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、マクロファージ阻害性サイトカイン１（ＭＩＣ−１）からなる群から選択され、好ましくは、遊離ＰＳＡ、複合型ＰＳＡ、総ＰＳＡ、ＭＳＭＢ、ＭＩＣ−１からなる群から選択される。
【００２１】
上述の方法はまた、卵巣癌に適用されてもよく、この場合バイオマーカーＣＡ１２５の存在または濃度が決定される。
【００２２】
さらに、本方法は結腸直腸癌に適用されてもよい。その際、調べるバイオマーカーはＣＥＡである。
【００２３】
あるいは、本方法は乳癌に適用され、この場合バイオマーカーはＣＡ１５−３である。
【００２４】
さらに、本方法は膵癌に適用されてもよく、少なくとも一つのバイオマーカーがＣＡ１９−９およびＣＥＡからなる群から選択される。
【００２５】
上述の方法はさらに以下を含んでもよい：
・前記少なくとも二つの生体試料において、複数のＳＮＰｓｔの各々の有無を測定することにより、所定の固形腫瘍癌に関連するＳＮＰ（ＳＮＰｓｔ）のカテゴリーを解析し；
・前記ＳＮＰｓｔのカテゴリーに関するデータを組み合わせて、前記所定の固形腫瘍癌の発症のＳＮＰｓｔ関連リスクを表すＳＮＰｓｔ複合値を形成し；
・動的な複合値およびＳＮＰｓｔ複合値を組み合わせて総複合値を形成し；および
・総複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させること。
【００２６】
ＳＮＰｓｔのカテゴリーに関するデータを組み合わせてＳＮＰｓｔ複合値を形成するステップは、ＳＮＰｓｔ複合値を形成するようにＳＮＰｓｔのカテゴリーに関するデータを作り出すステップと呼ぶこともできる。従って、既に述べたように、任意のデータ、値または複合値に言及する場合、作り出すおよび組み合わせるという用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
【００２７】
上述の方法において、少なくとも一つのバイオマーカーに関するデータを、好ましくは、動態複合値を形成するための規定の式に従って、組み合わせる。
【００２８】
さらに、ＳＮＰの前記カテゴリーに関するデータを、好ましくは、ＳＮＰｓｔ複合値を形成するための規定の式に従って、組み合わせる。
【００２９】
また、動態複合値およびＳＮＰｓｔ複合値を、好ましくは総複合値を形成するための規定の式に従って、組み合わせる。
【００３０】
本開示はさらに、上述の方法のうち少なくともステップＤおよびＥを（あるいは、本方法がステップＡ−Ｃのみを含む場合は、少なくともステップＢおよびＣを）、例えば本方法のステップＡ−Ｅ（あるいはＡ−Ｃ）を実施するためのソフトウエアコード手段を含むことを特徴とする、デジタルコンピューターの内部メモリーに直接ロード可能なコンピュータープログラム製品に関するものである。
【００３１】
好ましくは、コンピュータープログラム製品はさらに、ＳＮＰｓｔ複合値を形成すること、総複合値を形成すること、および総複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させることを含む方法を実施するための、ソフトウエアコード手段を含む。デジタルコンピューターにおけるデータの変換は、現在まで利用できなかった、これまでに知られていない、非常に驚くべき情報を作り出す。
【００３２】
本方法はさらに、少なくとも一つのＳＮＰｂｍの有無を測定することにより、バイオマーカー濃度に関連するＳＮＰ（ＳＮＰｂｍ）のカテゴリーを解析し；前記ＳＮＰｂｍに関するデータを組み合わせてＳＮＰｂｍ複合値を形成し、該ＳＮＰｂｍ複合値を前記総複合値に含めることを含んでもよい。
【００３３】
本方法は、加えてあるいは代わりに、少なくとも一つのＳＮＰｂｍｉの有無を測定することにより個体の肥満度指数（Body Mass Index）に関連するＳＮＰ（ＳＮＰｂｍｉ）のカテゴリーを解析し；前記ＳＮＰｂｍｉに関するデータを組み合わせてＳＮＰｂｍｉ複合値を形成し；および該ＳＮＰｂｍｉ複合値を前記総複合値に含めることを含んでもよい。
【００３４】
本方法において、ＳＮＰの有無を測定することは、一般的にＳＮＰの対立遺伝子の数を測定することを含んでもよい。
【００３５】
本方法はさらに、動態複合値または総複合値がカットオフ値よりも大きい場合、個体に、食習慣を変えること、体重を減らすこと、ＢＭＩ値を３０未満にすること、定期的に運動すること、および／または喫煙をやめることを推奨することを含んでもよい。
【００３６】
本方法はまた、個体から、所定の固形腫瘍癌に関する家族歴、治療歴、身体的データ、および／または併用薬物を収集することを包含してもよく；ここでは、家族歴、治療歴、身体的データおよび／または併用薬物は、総複合値を形成する組み合わせデータに含める。
【図面の簡単な説明】
【００３７】
【図１】図１は、ＰＳＡ値、あるいはＰＳＡ動態と組み合わせたＰＳＡ値を用いた、診断モデルのパフォーマンスを例示する、レシーバー・オペレーター曲線（receiver-operator curve）を示す。
【図２】図２は、個体が進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）を有するリスクを、ＰＳＡ値の変化の関数として示す棒グラフを示している。
【図３】図３は、個体がＰＣａを有するリスクを、ＰＳＡ値の変化の関数として示す棒グラフを示している。
【図４】図４は、個体が進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）を有するリスクを、二つのサンプル間の時間間隔が３５日から６３日であった個体について、ＰＳＡ値の変化の関数として示す棒グラフを示している。
【発明を実施するための形態】
【００３８】
発明の詳細な説明
本出願の目的のため、および明確性のために、以下の定義を行った：
【００３９】
バイオマーカーという用語は、例えば診断目的で、生物学的マーカーとして使用可能である、タンパク質、タンパク質の一部、ペプチド、またはポリペプチドを指す。
【００４０】
「ＰＳＡ」という用語は、一般的に、血清前立腺特異抗原を指す。ＰＳＡは様々な形態で存在し、「遊離ＰＳＡ」という用語は別の分子に非結合性の、あるいは結合していないＰＳＡを指し、「結合ＰＳＡ」は別の分子に結合しているＰＳＡを指し、最後に「総ＰＳＡ」という用語は遊離ＰＳＡと結合ＰＳＡの合計を指す。「Ｆ／Ｔ」という用語は、総ＰＳＡに対する非結合ＰＳＡの割合である。ＰＳＡの分子誘導体もまた存在し、「プロＰＳＡ」という用語はＰＳＡの前駆体で不活性の形態を指し、「インタクトＰＳＡ」は、インタクトで、不活性であるプロＰＳＡのさらなる形態を指す。
【００４１】
カリクレイン様バイオマーカーという用語は、カリクレインファミリーのタンパク質に属する、あるいは関するタンパク質バイオマーカーを指し、本用語には遊離型あるいは複合体型のいずれかの前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（ＰＳＡのアイソフォームのコレクション）、特に切断型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、およびヒトカリクレイン２（ｈＫ２）が含まれるが、これらに限定されない。模擬のバイオマーカーを形成するために、例えばバイオマーカーの商を形成するために、バイオマーカーの値を組み合わせることも、さらに可能である。一般的ではあるが限定されない例としては、(遊離ＰＳＡ)／(総ＰＳＡ)の商または割合を、模擬バイオマーカーとして利用することである。
【００４２】
「一塩基多型」（ＳＮＰ）という用語は、個体の、遺伝コードで定義された遺伝子座の遺伝的特性のことを指す。ＳＮＰはＰＣａのリスクの増加と関連し得、それゆえ個体の診断的あるいは予後の評価に使用され得る。一塩基多型のデータベース（ｄｂＳＮＰ）は、いずれも米国にあるNational Center for Biotechnology Information (NCBI)とNational Human Genome Research Institute (NHGRI)が共同で開発および主催する、様々な種内および様々な種間での遺伝的変異の記録である。データベースの名称は、一つのクラスの多型のみ(すなわち一塩基多型（ＳＮＰ））の収集を意味するが、実際は幅広い範囲の分子変異を含んでいる。提出された固有のＳＮＰ記録は全て、参照ＳＮＰ番号(「rs#」；refSNP cluster」)を受け取る。本出願において、ＳＮＰは主にrs#番号を用いて同定される。従って、本出願内において、ＳＮＰは、一塩基多型のみよりもむしろ、ｄｂＳＮＰに含まれるような分子変異の範囲のことを指すために用いられる。本出願の目的のために、「ＳＮＰ」および「ＳＮＰｓ」は互換的に使用することができ、単一のおよび／または複数の「一塩基多型」を述べるために使用することができる。
【００４３】
「肥満度指数」（ＢＭＩ）という用語は、体重はキログラムで表わされる個体の体重であり、身長はメーターで表される個体の身長である、式ＢＭＩ＝体重／(身長×身長)に従い、個体の体重および身長に基づいたヒトの体脂肪の経験的な代用値（heuristic proxy）を指す。健常なＢＭＩ値は、一般的に１８．５から２５の範囲内と考えられており、ＢＭＩ＞３０を有する個体は、一般的に肥満と考えられている。
【００４４】
「診断検査」という用語は、病態の存在または性質の検出を指す。この用語は、「診断方法」と互換的に使用してもよい。診断検査には、様々な感度および特異度を有するものがある。
【００４５】
診断ツールの有用性の一つの尺度は、ＲＯＣ−ＡＵＣの統計情報として一般的に知られている「受診者動作特性曲線下面積（area under the receiver - operator characteristic curve）」である。広く受け入れられている本尺度は、ツールの感度と特異度を共に考慮している。ＲＯＣ−ＡＵＣの尺度は一般的に、０．５から１．０の範囲であり、０．５の値は、ツールが診断的価値を有さないことを示し、１．０の値は、ツールが１００％の感度と１００％の特異度を有することを示す。
【００４６】
「感度」という用語は、固形腫瘍癌を有する全対象における、正確に固形腫瘍癌として同定された割合を指す（真陽性の数を、真陽性と偽陰性の合計数で割った数に等しい）。
【００４７】
「特異度」という用語は、固形腫瘍癌に関して健常な（すなわち、固形腫瘍癌を持たない）全対象における、正確に固形腫瘍癌に関して健康であると同定された割合を指す（真陰性の数を、真陰性および擬陽性の合計で割った数に等しい）。
【００４８】
「パラメーターカテゴリー」という用語は、予測パフォーマンスの点で、部分的にまたは完全に重複する、関連バイオマーカーまたは関連ＳＮＰなどの、関連パラメーターの群またはファミリーを指す。パラメーターカテゴリーの一例としては、「所定の固形腫瘍癌関連ＳＮＰ」（ＳＮＰｓｔ）がある。本発明の予測モデルにおいて、各カテゴリーが、各カテゴリーのメンバーのサブセットしか利用しなくても予測モデルにおいて意味を持つように、各カテゴリーのメンバーのサブセットの測定結果（データ）を有することが十分であり得る。「パラメーターカテゴリー」という用語は、本出願において時折、「カテゴリー」のみで呼ばれる。
【００４９】
「複合値」という用語は、パラメーターカテゴリーに関するデータを、パラメーターカテゴリーの代表値に組み合わせることを指す。データの組み合わせは、一つ以上の規定の方程式に従って、実行され得る。複合値は、一つ以上の規定の方程式に従ったデータの組み合わせのアウトプットである。パラメーターカテゴリーのメンバーのどのサブセットについてデータが利用可能であるかに応じて、様々な方程式が、様々な測定結果（すなわちデータ）に適用可能である。特定のパラメーターカテゴリーのための複合値を形成する方法の、非限定的な例の一つは、前記カテゴリーのメンバーの利用可能な結果の平均を用いることである。「複合値」という用語は、本出願において時折「スコア」と呼ばれる。複合値の非限定的な例の一つは、「バイオマーカー複合値」である。複合値の非限定的な別の例は、「遺伝複合値」（あるいは「遺伝子スコア」）であり、さらに具体的には「ＳＮＰ複合値」である。
【００５０】
「動態複合値」という用語は、複合値の特別なケースであり、動態複合値には、経時的なバイオマーカー特性の変化の尺度を提供するために、異なる時点での同じバイオマーカーからのデータが含まれる。
【００５１】
癌は、未制御の細胞増殖を伴う、広範囲の疾病のグループである。癌において、細胞は制御不能に分裂および増殖し、悪性腫瘍を形成し、体内の近くの部位に浸潤する。「固形腫瘍癌」という用語は、悪性腫瘍が明確な位置に存在する癌疾病として、定義されている。膀胱癌、乳癌、結腸および直腸癌(結腸直腸癌)、子宮内膜癌、腎臓(腎細胞)癌、肺癌、膵癌、前立腺癌、および甲状腺癌が、様々なタイプの固形腫瘍癌の非限定的な例である。白血病は、固形腫瘍癌ではない癌の一例である。
【００５２】
本明細書において、「所定の固形腫瘍癌」という用語は、固形腫瘍癌の一種を意味する。様々な種類の固形腫瘍癌が、上記に例示されている。
【００５３】
前立腺癌（ＰＣａ）という用語は、前立腺に位置する固形腫瘍癌を指す。
【００５４】
進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）という用語は、平均の前立腺癌疾病よりも重篤な症状のことを指す。ａＰＣａは、様々な方法で規定され、方法には（ａ）グリーソンスコア７を超える前立腺癌、（ｂ）腫瘍ステージ３以上の前立腺癌、（ｃ）１０ｎｇ／ｍＬを超えるＰＳＡ値を有する個体の前立腺癌、（ｄ）増加性のＰＳＡ値を有する個体（一年以内の倍加時間）、および（ｅ）患者集団の四分位より上位の腫瘍サイズを示す、コンピューター支援画像解析（例えば、ポジトロン断層撮影（ＰＥＴ）、単一光子放射型コンピューター断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、コンピューターＸ線断層撮影法（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、超音波画像診断、または他の任意のコンピューター支援画像解析）が含まれるが、これらに限定されない。
【００５５】
病歴という用語は、任意の癌疾病の、検査、診断、および／または治療の歴史に関する情報を指す。病歴の非限定的な例の一つは、対象が前立腺の生検を通して、ＰＣａの存在を以前に検査したかどうかである。
【００５６】
本発明は、対象において、固形腫瘍癌、例えば進行性の前立腺癌の有無の推定、検出および／または決定に役立つ診断方法を提供する。本発明は、必要に応じて、亜集団内の本発明のパフォーマンスおよび有用性を増加させるために、規定された亜集団に合わせて調整することができる。規定された亜集団の非限定的な例の一つは、高い肥満度指数（ＢＭＩ）、例えばＢＭＩ＞３０を有する個体である。
【００５７】
本発明の基本原理は、個体の所定の固形腫瘍癌の診断の質を改良する方法で、異なる時点での複数のバイオマーカーの測定値を使用することである。本方法は、段階的な手順として記述することができ、基本的には以下に従う。
・第一の時点で、前記患者から、第一の生体試料を取得すること。
・第一の生体試料において、少なくとも一つの規定されたバイオマーカーの存在または濃度を定量化すること。
・場合により、前記患者から所定の固形腫瘍癌に関して、家族歴を収集すること。
・場合により、患者の身体的データ、例えば体重、ＢＭＩ、年齢等を収集すること。
・所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の約０．５−２５％に相当するタイムピリオド内の第二の時点で、前記患者から、第二の生体試料を取得すること。
・第二の生体試料において、少なくとも一つの規定されたバイオマーカーの存在または濃度を定量化すること。
・初期前立腺癌の検出に使用する動態複合値を形成するために、前記少なくとも二つの時点由来のバイオマーカーデータを組み合わせること。
・前記動態複合値を単独で用いて、あるいはさらなるデータと組み合わせて、患者が所定の固形腫瘍癌を患う可能性があるかどうかを決定すること。
【００５８】
本方法はまた、以下のように記載されてもよい：
・第一の時点由来の、患者の第一の生体試料において、少なくとも一つの規定のバイオマーカーの存在または濃度を定量化すること。
・場合により、患者から所定の固形腫瘍癌に関する家族歴を収集すること。
・場合により、患者の身体的データ、例えば体重、ＢＭＩ、年齢等を収集すること。
・第二の時点由来の、患者の第二の生体試料において、少なくとも一つの規定のバイオマーカーの存在または濃度を定量化することであって、ここでは第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、所定の固形腫瘍癌の腫瘍体積倍加時間の約０．５−２．５％に相当する。
・第二の生体試料において、少なくとも一つの規定のバイオマーカーの存在または濃度を定量化すること。
・初期前立腺癌の検出に使用する動態複合値を形成するために、前記の少なくとも二つの時点由来のバイオマーカーデータを組み合わせること。
・前記動態複合値を単独で用いて、あるいはさらなるデータと組み合わせて、患者が所定の固形腫瘍癌を患う可能性があるかどうかを決定すること。
【００５９】
好ましい局面において、第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドは、所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１５％の範囲内であり、例えば、所定の固形腫瘍癌の一般的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１２．５％である。
【００６０】
患者からの生体試料の収集には、血漿、血清および尿が含まれるが、これらに限定されない。生体試料には、血漿、血清および尿の試料が含まれるが、これらに限定されない。
【００６１】
生体試料のバイオマーカーの存在または濃度の定量化は、多くの異なる方法でなされ得る。一般的な方法の一つは、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）の使用であり、本方法は、選択されたバイオマーカーの存在および（可能であれば）濃度を評価するために抗体および検量線を使用する。Shiiki N および共著者により、Biomarkers．2011 Sep;16(6):498-503に発表された論文「Association between saliva PSA and serum PSA in conditions with prostate adenocarcinoma.」から明らかであるように、ＥＬＩＳＡアッセイは、一般的で、当業界で知られており、本論文は参照により本明細書に組み込まれる。もう一つの一般的な方法は、生体試料のバイオマーカーの存在または濃度の定量化のためのマイクロアレイアッセイの使用である。一般的なマイクロアレイアッセイには、一つのタイプのバイオマーカーを特異的に捕捉するようにそれぞれ選択された、複数の異なる捕捉試薬（一般的には抗体）が、スライドガラスの片側の非オーバーラップ領域中に取り付けられている平面スライドガラスが含まれる。生体試料を、規定の期間、捕捉試薬が局在する領域と接触させ、その後捕捉試薬の領域を洗浄する。この時点で、求めるバイオマーカーが生体試料に存在した場合は、対応する捕捉試薬が求めるバイオマーカーの画分を捕捉し、洗浄後もまたバイオマーカーがスライドガラスに付着したままになっているであろう。次に、一連の検出試薬を（潜在的にバイオマーカーの結合を保持している）捕捉試薬の領域に添加すると、検出試薬は（i）スライドガラス上に提示されるようにバイオマーカーに結合すること、および（ii）（通常は蛍光色素への結合を通して）検出可能なシグナルを作り出すことができる。一般的には、バイオマーカーごとに一つの検出試薬を、スライドガラスに添加することが必要とされる。バイオマーカーの存在または濃度を定量化できる他の多くの方法が存在し、これらには、いくつかの例を挙げると、免疫沈降アッセイ、免役蛍光アッセイ、放射免疫アッセイ、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）を用いた質量分析法が含まれるが、これらに限定されない。
【００６２】
従って、バイオマーカーの濃度／存在および変化を測定するための手段、および／または、ＳＮＰの存在を定量化／決定するための手段、および／または値を決定するための計算手段、ならびに場合により使用説明書を含む、本発明の方法の実施において使用するための診断キットまたは製品もまた、本発明は提供する。
【００６３】
動態複合値を形成するための少なくとも二つの時点からのバイオマーカーのデータを組み合わせるステップは、多くの異なる方法で行うことができる。一般的に、バイオマーカーデータは、二つの異なる時点で定量化された、少なくとも一部が重複するバイオマーカーのセットを指し、これにより特定のバイオマーカーの濃度変化の計算が可能になる。変化を推定するための実行可能な非限定的方法の一つは、サンプルを取得する二つの時点の、許容される時間間隔の範囲を規定することであり、また、小さな変化と見なされるべきレベルを規定することでもある。その結果、この小さな変化のレベルよりも大きいいずれの変化（増加あるいは減少）も、バイオマーカー濃度の変化を確認するものと見なされる。変化とはまた、本発明において、少なくとも一つのバイオマーカーの変動の大きい存在または濃度ということもできる。少なくとも一つのバイオマーカーの変動の小さい存在または濃度とは、本発明において、該少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に変化がないことを指す。
【００６４】
本方法の、実際の、非限定的な例として、二つのサンプルが１０日から３０日のタイムスパンで取得されなければならない、あるいは由来しなければならないと規定することが可能であり、１０％未満のいずれのバイオマーカー濃度変化も小さな変化と見なされると規定することが可能である。変化を推定するもう一つの可能な非限定的方法は、単位時間当たりの平均変化を計算することである。従って、二つのサンプルが１０日隔てて取得され、第一のサンプルが１０単位のバイオマーカー濃度となり、第二のサンプルは２０単位となった場合、変化は１日当たり１単位である。
【００６５】
「バイオマーカー濃度の変化」をどのように計算するかを規定することは、「短時間」と見なし得る最大時間に影響を与えるであろう。例えば、バイオマーカー濃度の小さな差異を変化（例えば任意の方向に３％の変化）と見なす場合、「短時間」は腫瘍倍加時間のわずか１−４％でなければならない。なぜなら、腫瘍成長のみでもそのような変化をもたらしうるからである。もう一つの例として、バイオマーカー濃度の大きな差異を、変化が生じた（例えば任意の方向に３０％の変化）と見なすことが求められる場合、「短時間」はもっと長くできる（倍加時間の最大２５−３０％）。なぜなら、腫瘍成長のみによりそのような大きな変化がもたらされるまでには、長い時間がかかりうるからである。
【００６６】
それに従い、「バイオマーカー濃度の変化」をどのように計算するかを最初に規定することにより、本明細書で開示される方法の特性を設定することが可能である。その規定は、試料の由来の間（例えば第一の試料と第二の試料の間）の好適なタイムピリオドを決定するための指針であり得る。バイオマーカー濃度の変化とみなし得るもの、および好適なタイムピリオドの例は、さらに本明細書に記載されている。このことは、さらに、本発明の好適なタイムピリオドの一般的な範囲は、本明細書の記載のタイムピリオドに近いが、それよりも広いことを意味する。
【００６７】
それに関連して、以下のシナリオを想定することができる：
・第一の時点由来の生体試料における、バイオマーカー、例えばＰＣａ関連バイオマーカーの濃度または存在が、正常な集団の濃度または存在と比較して上昇している場合、および第二の時点由来の生体試料における、バイオマーカー、例えばＰＣａ関連バイオマーカーの濃度または存在が、第一の時点由来の生体試料と比較して、ほぼ一定である場合、固形腫瘍癌、例えばＰＣａのリスクがより高いことを示す：
・第一の時点由来の生体試料における、バイオマーカー、例えばＰＣａ関連バイオマーカーの濃度または存在が、正常な集団の濃度または存在と比較して上昇している場合、および第二の時点由来の生体試料におけるバイオマーカー、例えばＰＣａ関連バイオマーカーの濃度または存在が、第一の時点由来の生体試料と比較して変化している（増加または減少のいずれか）場合、固形腫瘍癌、例えばＰＣａのリスクがより低いことを示す：
・作り出された動態バイオマーカー値を単独で、あるいは第一の時点または第二の時点の絶対バイオマーカー濃度と組み合わせて用いて推定されるリスクレベルに基づき、調査した個体で得られる結果は、様々である：低リスク推定値に対しては、結果は３〜１０年以内に新たな検査を受けることを推奨することであってよく、中程度のリスク推定値に対しては、結果は１〜３年以内に新たな検査を受けることを推奨することであってよく、高リスク推定値に対しては、結果は直ちに、例えば画像診断または生検の手順などの、確認診断手順に進むことを推奨することであってよい。
【００６８】
上述したように、バイオマーカー濃度の「変化」は、様々に規定されてよい。
【００６９】
二回以上の異なる時点で同じバイオマーカーを評価するのは、そのバイオマーカーが値を変化させるかどうかを決定するためである。生物学的過程が異なれば、時間軸も異なる。前立腺癌は例えば、数ヶ月に渡って、あるいは数年にさえ渡って成長する、一般的に緩慢性の過程（slow process）である。それゆえに、前立腺癌腫瘍は、数日、数週間の経過において、あるいは数ヶ月の経過においてさえ、有意な程度までその特徴を変化させないだろう。個体でＰＳＡ値の上昇が観察された場合、および上昇したＰＳＡ値が比較的短期またはタイムピリオド（さらに以下に規定される）の間にほぼ一定である場合、おそらく腫瘍がＰＳＡ値の上昇の原因であろう。一方で、ＰＳＡ値が、比較的短期またはタイムピリオドの間に、５％を超えて変化した場合、あるいは１０％を超えて変化した場合、あるいはさらに１５−２５％、あるいは１５−３０％変化した場合、他の生物学的過程がＰＳＡ値の上昇の原因であると考えられる理由がある。炎症および運動は、短期でのＰＳＡ値の上昇を引き起こし得る非癌関連の過程の二つの例である。さらには、様々なタイプの薬物療法が、短期のＰＳＡ値に影響を与え得、二つの非限定的な例に言及すれば、例えば、炎症の治療のための非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）の使用、あるいは高血圧の治療のためのスタチンの使用である。同様の推論を、前立腺癌に関係する他のバイオマーカーにも適用することができる。概して、乳癌、結腸直腸癌、卵巣癌および肺癌を含むがこれらに限定されない多くの固形腫瘍癌が、緩慢性（slow-growing）である。したがって、他の緩慢性の固形腫瘍癌に関連する、関連バイオマーカーの存在または濃度の短期の変化もまた、バイオマーカー値の上昇が癌とは異なる状態や過程に関連するかどうかを示すことができる。
【００７０】
非限定的な例として、ＰＣａ関連バイオマーカーＰＳＡに対し、第一および第二の時点由来の第一および第二の生体試料間の、バイオマーカーの濃度または存在の、約１０％以上の違いを、変化として規定してよい。この場合、バイオマーカー濃度中の１０％以下の変化を、ＰＣａのリスクがより高いことを示す、ほぼ一定の濃度または存在（変化なし）と見なす。１０％を超える減少または増加は、ＰＣａのリスクがより低いことの指標である（変化）。変化を、１０％を超える増加または減少と規定する文脈において、第一の時点と第二の時点の間の好適なタイムピリオドは、１日から７週間、３日から７週間、あるいは１週間から７週間の範囲内である。変化と見なすものの規定が異なれば、好適なタイムピリオドも異なるであろう。
【００７１】
さらに、本方法は、比較的短期間に取得したサンプルの少なくとも一つにおけるバイオマーカー濃度が、臨床診療的に低いと見なされる場合に、特に有用である。
【００７２】
癌関連バイオマーカーの存在または濃度の変化は、所定の固形腫瘍癌の一般的な成長の観点から見るべきである。固形腫瘍癌の成長を反映する一つのパラメーターは、腫瘍体積倍加時間である。倍加時間は、固形腫瘍癌の成長が、どの程度速いか、すなわちどの程度進行性で重症かを示し、本パラメーターは、異なる癌の間で、非常に可変的である。従って、「短期の変化」の実際的な意味は、本方法が適用される癌タイプによって、異なり得る。
【００７３】
本明細書において、癌関連バイオマーカーの濃度の変化という文脈において、「短期」という表現は、所定の固形腫瘍癌の体積が倍加する一般的な時間の、最大３０％、より好ましくは最大２５％を意味すると解釈される。より具体的には、「短期」は、固形腫瘍癌の体積が倍加する一般的な時間の、０．１％から３０％の範囲内であり、好ましくは０．５％から２５％の範囲内であり、あるいはより好ましくは０．１％から１５％の範囲内であり、例えば、約０．１％から１２．５％、約０．４％から９％、あるいは約１％から７％、あるいは本文脈で本明細書の他の場所で開示されたものであり、ただし、「短期」は少なくとも１日であり（すなわち、二つの連続したサンプルは、同じ日に採取されるか、あるいは由来するべきでない）；少なくとも１２時間（一晩）が、二つの連続したサンプルの回収、あるいは由来の間に経過するべきである。好適な「短期」の他の例は、固形腫瘍癌の体積が倍加する一般的な時間の、約０．５％から１５％、１％から１５％、２％から１５％、０．５％から１２．５％、１％から１２．５％、２％から１２．５％、０．５％から７％、１％から７％、あるいは２％から７％、あるいは本明細書の他の部分で開示されたものである。より具体的には、「短期」は、固形腫瘍癌の体積が倍加する一般的な時間の０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、または３０％に等しい割合であり、ただし、「短期」は少なくとも１日であり（すなわち、二つの連続したサンプルは同じ日に採取されるべきでない）；二つの連続したサンプルの回収の間に、少なくとも１２時間（一晩）が経過しているべきである。本明細書において、「所定の固形腫瘍癌の体積が倍加する時間」という表現は、所定の固形腫瘍癌の腫瘍体積倍加時間、あるいは所定の固形腫瘍癌の腫瘍体積の倍加時間とも称されうる。
【００７４】
二つの異なるサンプル間の時間を、一般的な固形腫瘍癌の体積の倍加時間に関連させる理由は、次の通りである。一定の細胞サイクル時間を想定すると、一般的な倍加時間の最初の３０％の期間に腫瘍の体積が２２％成長するか、あるいは一般的な倍加時間の最初の２５％の間に腫瘍の体積が１９％成長するだろう。さらに、腫瘍体積が血流のバイオマーカー濃度に関連すると想定すると、バイオマーカー濃度が一般的な倍加時間の最初の３０％の期間に２２％未満変化するか、あるいは倍加時間の最初の２５％の期間に１９％未満変化すると予想される。このことはまた、バイオマーカー濃度が、一般的な倍加時間の最初の３０％の期間に２２％を超えて変化した場合、あるいは倍加時間の最初の２５％の期間に１９％を超えて変化した場合には、それは著しく進行性の腫瘍疾病によるものであるか、あるいは何らかの他の生物学的理由によるものであることを意味する。連続したサンプルの少なくとも一つにおいてバイオマーカー濃度が低い場合は、進行性の癌の可能性は一般的に低く、他の生物学的過程を、観察された差異の最も可能性の高い原因とする。同じ推論が、倍加時間の任意の部分に適応可能である。
【００７５】
Schmidおよび共著者により、Cancer, 1993 Mar 15;71(6):2031-40において発表された報告「Observations on the doubling time of prostate cancer. The use of serial prostate-specific antigen in patients with untreated disease as a measure of increasing cancer volume．」において説明されるように、前立腺癌は、進行の遅い疾病として知られており、本文献は参照により本明細書に組み込まれる。本報告に従えば、腫瘍体積の倍加時間は、調べた前立腺癌の大半で２４ヵ月を上回る。前立腺癌の腫瘍体積に関する別の報告では、２年の倍加時間の前立腺癌は、進行性とみなし得、一方３年および４年の倍加時間は、診断されたほとんどの前立腺癌の一般的な成長速度を表すことが開示されている（Egawaおよび共著者により、Jpn. J. Clin. Oncol. (1997) 27 (6): 394-40において発表された「Impact of Life Expectancy and Tumor Doubling Time on the Clinical Significance of Prostate Cancer in Japan」：本文献は参照により本明細書に組み込まれる）。
【００７６】
ＰＣａの場合、一般的な倍加時間は、従って約２４ヵ月である。それゆえに、倍加時間の２５％（すなわち約６ヵ月）の間に、バイオマーカー濃度が腫瘍成長を原因として、約１９％増加すると予測される。倍加時間の１２．５％（およそ３ヵ月）で見ると、バイオマーカー濃度は腫瘍成長を原因として９％増加すると予測される。それゆえに、約１０ｎｇ／ｍＬよりも小さい総ＰＳＡ値を有する個体、および６ヵ月より短い期間内に１９％を超えてＰＳＡ値が変化する個体において、ＰＳＡ値の変化の最も可能性の高い原因は、腫瘍に関係しないものである。同様に、３ヵ月より短い期間内に、９％を超えて変化する総ＰＳＡ値は、おそらく腫瘍生物学には関係しないであろう。
【００７７】
したがって、本発明は、二つのサンプルが由来するタイムピリオドの間の実際の腫瘍成長を原因とする予想されるバイオマーカー増加にのみ依存するものではない差異の定義を用いて、バイオマーカー、例えばＰＣａ関連バイオマーカーの差異を利用している。これは、バイオマーカー濃度が腫瘍体積に由来し速度または倍加時間は腫瘍体積を表すとの想定がなされるＰＳＡ速度（velocity）またはＰＳＡ倍加時間推定などの一見同様の方法と、極めて対照的である。このことはさらに、短期のバイオマーカーの増加が低い癌リスクを示し、一方で長期のバイオマーカーの増加が、ほぼ確実に高い癌リスクを示すという、相反して見える知見においても見られる。この事実はまた、本明細書においてさらに説明される。
【００７８】
個体におけるいくつかのバイオマーカー、例えばＰＣａ関連バイオマーカーの濃度または存在は、腫瘍の存在または成長のみに依存するのではなく、他の生物学的過程にもまた依存することが知られている。本発明の驚くべき発見は、短い期間の間に由来する二つの生体試料を使用することにより、癌を原因とするバイオマーカー濃度の上昇と、他の生物学的過程を原因とするバイオマーカー濃度の上昇とを、区別できるようになることであって、これにより、個体に対するリスクアセスメントを大きく改良することができるようになる。それゆえ、これは、本明細書において、個体における所定の固形腫瘍癌、特にＰＣａの成長をリスクアセスメントするための独特かつ信頼のおける方法によって説明される。本方法は、最初の二つの生体試料間のタイムピリオドを短縮し、なおかつ個体の健康状態を正確に示すことを可能にする。この方法はまた、所定の固形腫瘍癌、例えばＰＣａのリスク決定の代替方法を提供することにより、診断の最初の段階において高いバイオマーカー濃度または存在を示す患者において、早期の侵襲的な生検の必要性を減らす。
【００７９】
二つの試験間の時間間隔の下限は、バイオマーカーの血清中半減期およびバイオマーカーレベルの上昇に対する腫瘍に関連しない一般的な生物学的原因の持続時間を含む、多くの因子に関係している。ＰＳＡ値の場合、運動、特にサイクリングが、約二日間ＰＳＡ値を上昇させることが知られており、これはKindermannおよび共著者により、Urologe A. 2011 Feb;50(2):188-96において発表された、「Influencing of the PSA concentration in serum by physical exercise (especially bicycle riding)」の報告で開示されている通りであり、本報告は参照により本明細書組み込まれる。根治的前立腺摘除後の血流中のＰＳＡの生物学的半減期は、約二時間以内の該一成分の半分までの最初の急速な減少と、それに続く約２．７日の半減期のゆっくりとした減少の第二のフェーズを有する二相性であり、その全ては、Brandleおよび共著者によるUrology, 1999 Apr;53(4):722-30における報告「Serum half-life time determination of free and total prostate-specific antigen following radical prostatectomy--a critical assessment.」に従っており、本文献は参照により本明細書に組み込まれる。あわせて、運動はＰＳＡの迅速な放出を誘導し、体内から放出したＰＳＡを除去させるのに、少なくとも２日かかる。ＰＳＡの迅速な放出は、同じ日に、１２時間以内に採取した二つのサンプルのＰＳＡ濃度を比較することにより検出可能であるＰＳＡ濃度の変化（増加）をもたらす。しかしながら、体内からのＰＳＡの除去は、よりゆっくりとした過程であり、それ故に、二つのサンプルを同じ日に採取した場合、ＰＳＡ濃度の大幅な変化（減少）は検出されないことがある。従って、ＰＳＡが試験されるバイオマーカーである場合、二つのサンプル間の最短時間は、少なくとも１日であるべきであり、好ましくは２日、３日または４日であるべきである。
【００８０】
上述の規定に従い、短期またはタイムピリオドは、「短期」は少なくとも１日という条件で、固形腫瘍癌の体積が倍加する一般的な時間の、０．１％〜３０％の範囲内であり、好ましくは、０．５％〜２５％、０．１％〜１５％の範囲内であり、あるいは、本明細書の他の箇所で開示したような範囲内である。従って、前立腺癌の文脈で、短期は、結果的に、１日から８ヵ月の範囲内のタイムピリオドに相当し、好ましくは３日から６ヵ月の範囲内に相当するが、さらにより好ましくは約１日から３．５ヵ月、約１日から３ヵ月、約３日から９週間、もしくは約１週間から７週間の範囲内に相当し、あるいは前立腺癌の文脈で本明細書の他の箇所で開示したような範囲内に相当する。より具体的には、個体の前立腺癌の有無を示す方法において、二つの連続した生体試料の回収、あるいは由来の間のタイムピリオドが、１日、２日、３日、４日、５日、１週間、２週間、３週間、１ヵ月、１．５ヵ月、２ヵ月、２．５ヵ月、３ヵ月、３．５ヵ月、４ヵ月、４．５ヵ月、５ヵ月、５．５ヵ月、６ヵ月、７ヵ月、または８ヵ月の範囲内であり、好ましくは、３日、４日、５日、１週間、２週間、３週間、１ヵ月、１．５ヵ月、２ヵ月、２．５ヵ月、３ヵ月、３．５ヵ月、４ヵ月、４．５ヵ月、５ヵ月、５．５ヵ月、または６ヵ月の範囲内である。このような短期またはタイムピリオド内において、腫瘍生物学は大きくは変わらない。その結果、このような短期の間にＰＣａ関連バイオマーカーの濃度が大きく変動する場合、それはおそらく、前立腺癌の成長または腫瘍生物学における変化よりも、他の状態や過程が原因であろう。
【００８１】
既に述べた通り、「バイオマーカー濃度の変化」をどのように計算するかという規定は、本明細書で述べる「短時間」あるいは「タイムピリオド」として見なし得る最大時間に影響を与えるであろう。「短時間」または「タイムピリオド」の非限定的な例は、実施例のセクションで示されており、特に、第一および第二の生体試料の由来の間の１日または数日から最大およそ３ヵ月までのタイムピリオドの有用性を例示している。
【００８２】
肺癌では、一般的な腫瘍体積倍加時間は約１６０日であり、Kanashikiおよび共著者によりOncol Lett. 2012 Sep;4(3):513-516で発表された「Volume doublimg time of lungs detected in a chest radiograph mass screening program: Comparison with CT screening.」において、報告されている（本文献は参照により本明細書に組み込まれる）。このことは、肺癌疾病の文脈における短期が、ほぼ１〜５０日程度であり、例えば１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０日であり、好ましくは１日〜４０日であることを意味している。
【００８３】
ＰＣａ、例えばａＰＣａを診断するための好適なバイオマーカーには、遊離体または複合体のいずれかの前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（ＰＳＡアイソフォームのコレクション）、および特に切断型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、総ＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（ＥＰＣＡ）、前立腺分泌タンパク質（ＰＳＰ９４；βマイクロセミノプロテインおよびＭＳＭＢとしてもまた知られている）、グルタチオンＳ−転移酵素π（ＧＳＴＰ１）、およびα−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）が含まれるが、これらに限定されない。本方法の診断精度を改善させる上で有用であり得る関連バイオマーカーには、マクロファージ阻害性サイトカイン１（ＭＩＣ−１；ＧＤＦ−１５としてもまた知られている）が含まれる。
【００８４】
他のタイプの固形腫瘍癌に対する好適なバイオマーカーには、以下が含まれるが、これらに限定されない。
卵巣癌：ＣＡ−１２５抗原（ＣＡ１２５またはＣＡ−１２５）
結腸直腸癌：癌胎児抗原（ＣＥＡ）
乳癌：ＣＡ１５−３抗原としてもまた知られる、ムチン−１
膵癌：ＣＡ１９−９抗原、ＣＥＡ
【００８５】
既に議論されているように、ＰＣａ検診のパフォーマンスの性能を評価することは、難しい。ＲＯＣ−ＡＵＣ特性は、パフォーマンスに関する何らかの知見を提供するが、さらなる方法が望まれている。ＰＣａ検診のパフォーマンスを評価する別の方法は、所与の感度レベルにおける陽性の生検のパーセンテージを計算して、ＰＳＡ単独を用いた検診のパフォーマンスを、任意の新規の検診方法と比較することである。しかしながら、これは、ＰＳＡのパフォーマンスが正確に規定されていることを必要とする。
【００８６】
ＰＳＡ検診のパフォーマンスを評価する一つの例は、IM Thompson および共著者により、J Natl Cancer Inst. 2006 Apr 19;98(8):529-34で発表された「Assessing prostate cancer risk: results from the Prostate Cancer Prevention Trial.」の報告において、開示されている（本文献は参照により本明細書に組み込まれる）。本報告では、前立腺癌予防試験（Prostate Cancer Prevention Trial）（ＰＣＰＴ）に参加した男性由来の前立腺生検データを、ＰＳＡの感度を決定するために用いた。合計として、前立腺生検を行い、生検前の１年間に少なくとも一つのＰＳＡ測定と直腸診（ＤＲＥ）を行い、前立腺生検前の３年間に、少なくとも二つのＰＳＡ測定を行った、ＰＣＰＴのプラセボ群の５５１９人の男性が含まれていた。本報告は、３ｎｇ／ｍＬのＰＳＡ値をカットオフ値として用いた場合、約４１％の高悪性度の癌（すなわち、グリーソンスコア７以上の癌）が見逃されるであろうことを、開示している。
【００８７】
同じ研究集団を用いた第二の解析が、IM Thompson および共著者により、JAMA. 2005 Jul 6;294(1):66-70で発表された「Operating characteristics of prostate-specific antigen in men with an initial PSA level of 3.0 ng/ml or lower」において、開示されている（本文献は参照により本明細書に組み込まれる）。本報告において、著者らは、グリーソンスコア７＋およびグリーソンスコア８＋の全ての前立腺癌の、ＰＳＡの感度および特異度の推定を提示している。生検のＰＳＡカットオフ値として３．１ｎｇ／ｍＬを用いた場合、グリーソンスコア７＋の腫瘍に対して、５６．７％の感度および８２．３％の特異度が推定された。本報告において、著者らは、健常男性の前立腺癌をモニターする高感度と高特異度とを同時に有するＰＳＡのカットポイント（cut point）はなく、むしろ全てのＰＳＡ値において連続した前立腺癌のリスクが存在すると結論づけた。このことは、ＰＳＡと前立腺癌との関連を認める一方、検診試験としてのＰＳＡの複雑さを例示している。
【００８８】
ＰＣａの検診において、任意の所与の診断的あるいは予後モデルの予測パフォーマンスを正確かつ比較可能に評価することが難しいという必然的な結果は、ＰＳＡ単独を用いた場合と比較した新しい方法の相対的な改善を計算する際、計算される相対的な改善は多くの因子に依存して変動するであろうということである。計算される相対的な改善に影響を与える一つの重要な因子は、いかにしてコントロール群（すなわち既知の陰性）を得るかである。ＰＣａの徴候がない対象に生検を行うことは非倫理的であるため、コントロール群はバイアスを伴って選択されるであろう。それゆえ、新しい方法の相対的な改善は、いかにコントロール群が選択されたかによるであろうし、コントロール群を選択する複数の公正な既知の方法が存在する。それゆえに、報告される改善推定は、そのようなバリアンスを考慮して見られるべきである。我々の経験では、新しい方法の相対的な改善が、ある一つの公正な既知のコントロール群選択方法を用いてＰＳＡ値単独と比較して１５％であると報告されていれば、該新しい方法は、他の公正な既知のコントロール群選択方法を用いるＰＳＡ値単独との比較としての改善がすくなくとも１０％でありうると推定される。
【００８９】
社会に広く普及して用いられるようになるために、検査のパフォーマンスは、合理的な、医療経済上の利点を満たさなければならない。おおまかな推定では、同じ感度レベル（すなわち、集団において同じ数の前立腺癌を検出する）で、現行のＰＳＡ検査よりも約１５％優れたパフォーマンスを有する（すなわち不要な生検の１５％を避ける）検診方法は、公的な保険制度の現行の費用レベルで、広く普及して用いられる可能性があるだろう。しかしながら、限られた個体の亜集団にとっては、新規の検診方法は、ＰＳＡ値パフォーマンスと比較しての改善がより小さくても、経済的な利点を有しうる。かなりの努力がＰＣａのリスクを推定するための組み合わせモデルの発見に注がれてきたとしても（本特許出願におけるいくつかの引用文献で例示されているように）、現在のところヨーロッパにおいてこのような組み合わせの方法で標準的に用いられるものは存在しないことに注目すべきである。従って、既知の多重パラメータ法は、現代の医療において有用となるための社会経済的基準を満足しない。本発明の方法は、既存の組み合わせ方法よりも優れたパフォーマンスを有し、医療制度によって考慮されるべき社会経済的パフォーマンス要件を満たす。
【００９０】
広範囲での使用のための要件を満たすａＰＣａの検診方法を獲得するための一つの可能な方法は、複数の情報源からの情報を組み合わせることである。概要レベルで、このことはバイオマーカー解析（例えばＰＳＡ値）、規定の期間内のバイオマーカーレベルの変化、遺伝子プロファイル（例えば、ＳＮＰプロファイル）、家族歴、および他の情報源から得られた値を組み合わせることを含む。これらの組み合わせは、含まれている因子のいずれか単独よりも、より優れた診断を行う可能性がある。本出願の他の場所で記載されているように、より優れた診断を行うための、多重パラメータモデルに値を組み合わせる試みが、過去に開示されている。
【００９１】
固形腫瘍癌の検診方法はいずれも、個体が固形腫瘍癌のリスクが高いか、低いかを決定するために、一つ以上のカットオフ値、あるいは閾値を有するであろう。これらの一つ以上のカットオフ値の選択は、地域性の因子、例えば、当該癌タイプを治療する医療提供者の収容人数、診療報酬制度（reimbursement system）、および地域における全体の平均余命に、依存するであろう。このことは、最適なカットオフ値を決定する一般的な方法は無いことを意味している。ほとんどの国で望まれるアプローチとは、少なくとも０．６の特異度でありおおよそ０．５５−０．７の範囲の感度、あるいは少なくとも０．２の特異度でありおおよそ０．７−０．９の範囲の感度のいずれかとなるカットオフ値を選択するものであろう。
【００９２】
動態複合値を、個体の遺伝的な状態を表している複合値と組み合わせる場合、生体試料の解析を通した遺伝的な状態の定量化には、一般的に、アレル特異的プライマー伸長法に基づいたＭＡＬＤＩ質量分析解析が含まれるが、他の方法も同様に適用可能である。これは、いずれのタイプの遺伝的な状態にも当てはまる。すなわち、固形腫瘍癌に関するＳＮＰおよびバイオマーカー発現に関するＳＮＰの両方に当てはまる。遺伝的な状態がどのように複合値に変換され得るか、および、さらに他の情報源とどのように組み合わされ得るかの例は、上記で参照した特許出願ＷＯ２０１３１７２７７９に開示されている。
【００９３】
固形腫瘍癌に関連するＳＮＰは、本明細書において、ＰＣａに関連するＳＮＰにより例示されており、これには、ｓ１２６２１２７８（二番染色体、遺伝子座２ｑ３１．１）、ｒｓ９３６４５５４（六番染色体、遺伝子座６ｑ２５．３）、ｒｓ１０４８６５６７（七番染色体、遺伝子座７ｐ１５．２）、ｒｓ６４６５６５７（七番染色体、遺伝子座７ｑ２１．３）、ｒｓ２９２８６７９（八番染色体、遺伝子座８ｐ２１）、ｒｓ６９８３５６１（八番染色体、遺伝子座８ｑ２４．２１）、ｒｓ１６９０１９７９（八番染色体、遺伝子座８ｑ２４．２１）、ｒｓ１６９０２０９４（八番染色体、遺伝子座８ｑ２４．２１）、ｒｓ１２４１８４５１（１１番染色体、遺伝子座１１ｑ１３．２）、ｒｓ４４３０７９６（１７番染色体、遺伝子座１７ｑ１２）、ｒｓ１１６４９７４３（１７番染色体、遺伝子座１７ｑ１２）、ｒｓ２７３５８３９（１９番染色体、遺伝子座１９ｑ１３．３３）、ｒｓ９６２３１１７（２２番染色体、遺伝子座２２ｑ１３．１）、およびｒｓ１３８２１３１９７（１７番染色体、遺伝子座１７ｑ２１）が含まれるが、これらに限定されない。
【００９４】
ＰＣａに関連する好適なＳＮＰにはさらに、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ１１７０４４１６、ｒｓ３８６３６４１、ｒｓ１２１３０１３２、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ７６１１６９４、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ６８６９８４１、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ１６８９６７４２、ｒｓ２２７３６６９、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ１１１３５９１０、ｒｓ３８５０６９９、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ１２７０８８４、ｒｓ８００８２７０、ｒｓ４６４３２５３、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ１１６５０４９４、ｒｓ７２４１９９３、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ１０４１４４９、およびｒｓ２４０５９４２が含まれるが、これらに限定されない。
【００９５】
ＰＣａに関連する好適なＳＮＰにはさらに、Ewing CM および共著者によりN Engl J Med. 2012 Jan 12;366(2):141-9に発表された、報告「Germline mutations in HOXB13 and prostate-cancer risk.」 (本文献は参照により本明細書に組み込まれる)に記載されたrs138213197、Cybulski Cおよび共著者によりCancer Res. 2004 Apr 15;64(8):2677-9に発表された報告「A novel founder CHEK2 mutation is associated with increased prostate cancer risk.」 (本文献は参照により本明細書に組み込まれる)に記載された１１００ｄｅｌＣ（２２ｑ１２．１）およびＩ１５７Ｔ（２２ｑ１２．１）、Cybulski C および共著者によりCancer Res. 2004 Feb 15;64(4):1215-9に発表された報告「NBS1 is a prostate cancer susceptibility gene」 (本文献は参照により本明細書に組み込まれる)に記載された６５７ｄｅｌ５（８ｑ２１）が含まれるが、これらに限定されない。ＰＣａに関連するＳＮＰを含むパラメーターカテゴリーを、「ＰＣａに関連するＳＮＰ」として規定することが可能である。好適なメンバーには、上記に記載したＳＮＰが含まれる（ただし、これらに限定されない）。本カテゴリーのメンバーのサブセットは、予測モデルにおいて、本カテゴリーを代表するのに十分であろう。
【００９６】
ＰＣａの文脈において研究に好適なＳＮＰはさらに、ＰＣａ以外の過程に関連するＳＮＰを包含する。これらのＳＮＰには、ｒｓ３２１３７６４、ｒｓ１３５４７７４、ｒｓ２７３６０９８、ｒｓ４０１６８１、ｒｓ１０７８８１６０、ｒｓ１１０６７２２８が含まれるが、これらに限定されず、これらは全てＰＳＡの発現レベルに関連している。ＰＳＡの濃度または発現レベルに関連するＳＮＰを含むパラメーターカテゴリーを、「ＰＳＡの濃度に関連するＳＮＰ」または「ＰＳＡの発現レベルに関連するＳＮＰ」として規定することが可能である。本カテゴリーのメンバーのサブセットは、予測モデルにおいて、本カテゴリーを代表するのに十分であろう。ＳＮＰｒｓ３２１３７６４およびｒｓ１３５４７７４は、特に遊離ＰＳＡの発現レベルに関連している。
【００９７】
ＰＣａ以外の過程に関連する好適なＳＮＰにはさらに、全て炎症性サイトカインバイオマーカーＭＩＣ１の発現レベルに関連する、ｒｓ１３６３１２０、ｒｓ８８８６６３、ｒｓ１２２７７３２、ｒｓ１０５４５６４が含まれるが、これらに限定されない。ＭＩＣ１の濃度または発現レベルに関連するＳＮＰを含むパラメーターカテゴリーを、「ＭＩＣ１の濃度に関連するＳＮＰ」または「ＭＩＣ１の発現レベルに関連するＳＮＰ」として規定することが可能である。本カテゴリーのメンバーのサブセットは、予測モデルにおいて、本カテゴリーを代表するのに十分であろう。
【００９８】
ＰＣａ関連のバイオマーカー、例えば、遊離体または複合体のいずれかの前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（ＰＳＡアイソフォームのコレクション）、および特に切断型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、総ＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（ＥＰＣＡ）、前立腺分泌タンパク質（ＰＳＰ９４；βマイクロセミノプロテインおよびＭＳＭＢとしてもまた知られている）、グルタチオンＳ−転移酵素π（ＧＳＴＰ１）、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、およびマクロファージ阻害性サイトカイン１（ＭＩＣ−１；ＧＤＦ−１５としてもまた知られている）の、濃度または発現レベルに関連するＳＮＰを含むパラメーターカテゴリーを、「ＰＣａバイオマーカー濃度に関連するＳＮＰ」または「ＰＣａバイオマーカー発現レベルに関連するＳＮＰ」と規定することが可能である。
【００９９】
ＰＣａ以外の他の過程に関連する好適なＳＮＰにはさらに、全て個体のＢＭＩに関連する、ｒｓ３８１７３３４、ｒｓ１０７６７６６４、ｒｓ２２４１４２３、ｒｓ７３５９３９７、ｒｓ７１９０６０３、ｒｓ５７１３１２、ｒｓ２９９４１、ｒｓ２２８７０１９、ｒｓ２８１５７５２、ｒｓ７１３５８６、ｒｓ２８６７１２５、ｒｓ９８１６２２６、ｒｓ１０９３８３９７、およびｒｓ１５５８９０２が含まれるが、これらに限定されない。ＢＭＩに関連する他の好適なＳＮＰは、Maegiおよび共著者によりPLoS One. 2013 Aug 7;8(8):e70735 で発表された「Contribution of 32 GWAS-identified common variants to severe obesity in European adults referred for bariatric surgery 」の報告で開示されている（本文献は参照により本明細書に組み込まれる）。個体のＢＭＩに関連するＳＮＰを含むパラメーターカテゴリーを、「ＢＭＩの発現レベルに関連するＳＮＰ」として規定することが可能である。本カテゴリーのメンバーのサブセットは、予測モデルにおいて、本カテゴリーを代表するのに十分であろう。
【０１００】
対象において、前立腺癌、例えば進行性の前立腺癌の有無の評価において使用される、好ましいＳＮＰのコレクションは、ｒｓ５８２５９８、ｒｓ４３９３７８、ｒｓ２２０７７９０、ｒｓ１０４６０１１、ｒｓ１０４５８３６０、ｒｓ７５２５１６７、ｒｓ１０４８９８７１、ｒｓ７５２９５１８、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ４５１２６４１、ｒｓ１０１７８８０４、ｒｓ１１９００９５２、ｒｓ１８７３５５５、ｒｓ１０１９１４７８、ｒｓ６７５５９０１、ｒｓ６５４５９６２、ｒｓ７２１０４８、ｒｓ２７１０６４７、ｒｓ１２６１２８９１、ｒｓ２０２８９００、ｒｓ１００９、ｒｓ１２２３３２４５、ｒｓ６７６０４１７、ｒｓ１０４９６４７０、ｒｓ１０１９９７９６、ｒｓ１２４７５４３３、ｒｓ１６８６０５１３、ｒｓ１２１５１６１８、ｒｓ３７６５０６５、ｒｓ１３０１７３０２、ｒｓ１２９８８６５２、ｒｓ８７１６８８、ｒｓ７４９２６４、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ４３４６５３１、ｒｓ６７７０９５５、ｒｓ１２６３７０７４、ｒｓ２６６０７５３、ｒｓ１３３１９８７８、ｒｓ６４３７７１５、ｒｓ２１６２１８５、ｒｓ１５１５５４２、ｒｓ２２７０７８５、ｒｓ９８３０２９４、ｒｓ１４３９０２４、ｒｓ６７６２４４３、ｒｓ８８８５０７、ｒｓ６７９４４６７、ｒｓ１２４９０２４８、ｒｓ１４７７８８６、ｒｓ４８３３１０３、ｒｓ３７９６５４７、ｒｓ１７７７９８２２、ｒｓ２３６６７１１、ｒｓ１６８４９１４６、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ１２６４０３２０、ｒｓ３８０５２８４、ｒｓ１２５００４２６、ｒｓ４６９９３１２、ｒｓ１７０２１９１８、ｒｓ７６７９６７３、ｒｓ２０４７４０８、ｒｓ２６４７２６２、ｒｓ１２５０６８５０、ｒｓ７６５８０４８、ｒｓ２０７８２７７、ｒｓ１２５０５５４６、ｒｓ１３１１３９７５、ｒｓ４２４６７４２、ｒｓ２７３６０９８、ｒｓ４０１６８１、ｒｓ１１１３４１４４、ｒｓ１００６０５１３、ｒｓ４０４８５、ｒｓ２０８７７２４、ｒｓ１４８２６７９、ｒｓ１６９０１８４１、ｒｓ１２９５６８３、ｒｓ２０７０８７４、ｒｓ７７５２０２９、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ９３５８９１３、ｒｓ１１４０８０９、ｒｓ４０９５５８、ｒｓ３０９６７０２、ｒｓ９２６７９１１、ｒｓ２０２５６４５、ｒｓ９３５９４２８、ｒｓ６５６９３７１、ｒｓ２８１３５３２、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ７１２２４２、ｒｓ６９３４８９８、ｒｓ９４５６４９０、ｒｓ６５１１６４、ｒｓ３１２０１３７、ｒｓ９３６４５５４、ｒｓ９４５７９３７、ｒｓ１０４８６５６２、ｒｓ１０８０７８４３、ｒｓ７８０１９１８、ｒｓ６９６２２９７、ｒｓ２４６５７９６、ｒｓ６９５７４１６、ｒｓ７７７７６３１、ｒｓ２２７２３１６、ｒｓ６９６１７７３、ｒｓ２１３２２７６、ｒｓ１３２６５３３０、ｒｓ１６８８７７３６、ｒｓ２９１１７５６、ｒｓ２２７２６６８、ｒｓ２３３９６５４、ｒｓ１３８０８６２、ｒｓ９２９７７４６、ｒｓ１２５４３６６３、ｒｓ１００８６９０８、ｒｓ１６９０１９２２、ｒｓ１０１６３４３、ｒｓ１７８３２２８５、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ４８７１７７９、ｒｓ１０１０７９８２、ｒｓ１６９０２０９４、ｒｓ６２０８６１、ｒｓ１７４６７１３９、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ９２９７７５６、ｒｓ１００９４０５９、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ１９９２８３３、ｒｓ９８６４７２、ｒｓ１２５５２３９７、ｒｓ４２７３９０７、ｒｓ４２３７１８５、ｒｓ７５３０３２、ｒｓ１１２５３００２、ｒｓ２３８６８４１、ｒｓ１０７９５８４１、ｒｓ１０５０８４２２、ｒｓ７０７５９４５、ｒｓ１０５０８６７８、ｒｓ５３９３５７、ｒｓ１０８２６３９８、ｒｓ３８１８７１４、ｒｓ７０９０７５５、ｒｓ１０９９３９９４、ｒｓ４３８２８４７、ｒｓ１８９１１５８、ｒｓ１０８８７９２６、ｒｓ１０７８８１６０、ｒｓ６５７９００２、ｒｓ１０８３２５１４、ｒｓ７３５８３３５、ｒｓ１９４４０４７、ｒｓ３０１９７７９、ｒｓ１０８９６４３７、ｒｓ１２７９３７５９、ｒｓ７１０６７６２、ｒｓ７１０２７５８、ｒｓ２４４９６００、ｒｓ５８５１９７、ｒｓ２５０９８６７、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ７１２５４１５、ｒｓ１１６０１０３７、ｒｓ１１２２２４９６、ｒｓ４５７０５８８、ｒｓ６４８９７２１、ｒｓ３２１３７６４、ｒｓ１７３９５６３１、ｒｓ４４２３２５０、ｒｓ１１１６８９３６、ｒｓ１０８７５９４３、ｒｓ３７５９１２９、ｒｓ９０２７７４、ｒｓ１８２７６１１、ｒｓ４７６０４４２、ｒｓ１１６１０７９９、ｒｓ６５３９３３３、ｒｓ１１０６７２２８、ｒｓ７４８５４４１、ｒｓ６４８９７９４、ｒｓ４１１９４７８、ｒｓ１７０７０２９２、ｒｓ２２９３７１０、ｒｓ１７２５６０５８、ｒｓ１９５０１９８、ｒｓ２３３１７８０、ｒｓ７１４１５２９、ｒｓ１２８８０７７７、ｒｓ１７１２３３５９、ｒｓ７８５４３７、ｒｓ５２４９０８、ｒｓ１２９０３５７９、ｒｓ７１７８０８５、ｒｓ７１６４３６４、ｒｓ８９６６１５、ｒｓ１１６３４７４１、ｒｓ９９７２５４１、ｒｓ１２５９４０１４、ｒｓ１１６３１１０９、ｒｓ１５５８９０２、ｒｓ８０４４３３５、ｒｓ２７３８５７１、ｒｓ８８５４７９、ｒｓ３８５８９４、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ４９２５０９４、ｒｓ１７１３８４７８、ｒｓ１１６４９７４３、ｒｓ２１０７１３１、ｒｓ７２１３７６９、ｒｓ１２９４６８６４、ｒｓ３０６８０１、ｒｓ１３８２１３１９７、ｒｓ１８６３６１０、ｒｓ１７２２４３４２、ｒｓ９９１１５１５、ｒｓ１２９４７９１９、ｒｓ９６６３０４、ｒｓ１７７４４０２２、ｒｓ７２３４９１７、ｒｓ１９４３８２１、ｒｓ２２２７２７０、ｒｓ１３６３１２０、ｒｓ８８８６６３、ｒｓ１２２７７３２、ｒｓ１０５４５６４、ｒｓ４８０６１２０、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ７５８６４３、ｒｓ３７４５２３３、ｒｓ６５０９３４５、ｒｓ２６５９０５１、ｒｓ２７３５８３９、ｒｓ１３５４７７４、ｒｓ２６９１２７４、ｒｓ６０９０４６１、ｒｓ２２９７４３４、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ２３１５６５４、ｒｓ２８２３１１８、ｒｓ２８３８０５３、ｒｓ３９８１４６、ｒｓ１６９８８２７９、ｒｓ２２６９６４０、ｒｓ４８２２７６３、ｒｓ１３２７７４、ｒｓ７４７７４５、ｒｓ５９７８９４４、ｒｓ６５３０２３８、ｒｓ５９３４７０５、ｒｓ５９３５０６３、ｒｓ４８３０４８８、ｒｓ１７３１８６２０、ｒｓ５９４５６１９、ｒｓ５９４５６３７、ｒｓ１１０９１７６８、ｒｓ２４７３０５７、ｒｓ５９１８７６２、ｒｓ４８４４２２８、ｒｓ６６２５７６０およびｒｓ１７３２４５７３である。この完全なリストの使用が好ましいが、本リストの任意のサブセットは、対象の進行性の前立腺癌の有無の評価に使用する上で好適である。本明細書で言及したＳＮＰリストのサブセットには、当該リストのＳＮＰの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％が含まれてよい。当該リストには、本明細書で言及した他のさらなるＳＮＰもまた含まれてもよい。当該リストのＳＮＰ（全て、あるいは当該リストのＳＮＰの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％を含むサブセット）は、同じ固体支持体上、例えば同じスライドガラス上に、好適な分析機器による同時検出のために、配置されてもよい。
【０１０１】
ＰＣａに関連するＳＮＰの、もう一つのより好ましいコレクションには、ｒｓ１３８２１３１９７、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ１０９９３９９４、ｒｓ１２７９３７５９、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ９９１１５１５、ｒｓ１０１６３４３、ｒｓ７１０６７６２、ｒｓ６５７９００２、ｒｓ１６８６０５１３、ｒｓ５９４５６１９、ｒｓ１６９０２０９４、ｒｓ１０８９６４３７、ｒｓ６５１１６４、ｒｓ７６７９６７３、ｒｓ１３２６５３３０、ｒｓ２０４７４０８、ｒｓ１０１０７９８２、ｒｓ６２０８６１、ｒｓ９２９７７４６、ｒｓ１９９２８３３、ｒｓ７２１３７６９、ｒｓ２７１０６４７、ｒｓ８８８５０７、ｒｓ１７０２１９１８、ｒｓ１２５００４２６、ｒｓ２０２８９００、ｒｓ７１０２７５８、ｒｓ１６９０１９２２、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ２６５９０５１、ｒｓ１７８３２２８５、ｒｓ１２５４３６６３、ｒｓ４６９９３１２、ｒｓ１１０９１７６８、ｒｓ３１２０１３７、ｒｓ６７９４４６７、ｒｓ１００８６９０８、ｒｓ７１４１５２９、ｒｓ２３１５６５４、ｒｓ１２１５１６１８、ｒｓ７４７７４５、ｒｓ１００９、ｒｓ２１３２２７６、ｒｓ２７３５８３９、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ９３６４５５４、ｒｓ９８３０２９４、ｒｓ２６６０７５３、ｒｓ１０８０７８４３、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ１７４６７１３９、ｒｓ１２９４７９１９、ｒｓ７２１０４８、ｒｓ３８５８９４、ｒｓ２３３１７８０、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ２１０７１３１、ｒｓ６５４５９６２、ｒｓ１１６４９７４３、ｒｓ７５８６４３、ｒｓ２２９７４３４、ｒｓ９０２７７４、ｒｓ２６４７２６２、ｒｓ１７２２４３４２、ｒｓ５９１８７６２、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ１７１３８４７８、ｒｓ３０１９７７９、ｒｓ１８７３５５５、ｒｓ９４５７９３７、ｒｓ２８３８０５３、ｒｓ１２９４６８６４、ｒｓ１２４７５４３３、ｒｓ３７６５０６５、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ４８７１７７９、ｒｓ１０８７５９４３、ｒｓ１１６０１０３７、ｒｓ６４８９７２１、ｒｓ１１１６８９３６、ｒｓ９２９７７５６、ｒｓ１１９００９５２、ｒｓ６５６９３７１、ｒｓ７７５２０２９、ｒｓ５９３４７０５、ｒｓ３７４５２３３、ｒｓ１４８２６７９、ｒｓ７４９２６４、ｒｓ６６２５７６０、ｒｓ５９７８９４４、ｒｓ２３６６７１１、ｒｓ５９３５０６３、ｒｓ１０１９９７９６、ｒｓ２４７３０５７、ｒｓ４９２５０９４、ａおよびｒｓ３０９６７０２、あるいはそれらのサブセットが含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、ＳＮＰの当該コレクションが、本明細書で規定される方法において、ＰＣａの文脈で用いられる場合、当該リストは、ＰＳＡ、遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢからなる群から選択される１つ以上のバイオマーカー、例えば当該群から選択される１、２、３、４、５または６つ、例えば少なくとも３つのバイオマーカー（そのうちの２つがＰＳＡおよび遊離ＰＳＡである）と組み合わせられる。ＳＮＰの完全なリストの使用が好ましいが、本リストの任意のサブセットは、対象の進行性の前立腺癌の有無の評価に使用する上で好適である。本リストには、本明細書で言及した他のさらなるＳＮＰもまた含まれても良い。
【０１０２】
本明細書で言及したＳＮＰリストのサブセットには、リストのＳＮＰの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％が含まれてよい。
【０１０３】
場合により含まれる、さらなるＳＮＰは、ｒｓ１２４９０２４８、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ１００９４０５９、ｒｓ３０６８０１、ｒｓ２８２３１１８、ｒｓ２０２５６４５、ｒｓ９３５９４２８、ｒｓ１０１７８８０４、ｒｓ６０９０４６１、ｒｓ２２７０７８５、ｒｓ１６９０１８４１、ｒｓ２４６５７９６、ｒｓ１７２５６０５８、ｒｓ１６８４９１４６、ｒｓ２２６９６４０、ｒｓ８０４４３３５、ｒｓ６５３０２３８、ｒｓ７１２２４２、ｒｓ９２６７９１１、ｒｓ１１１３４１４４、ｒｓ１２８８０７７７、ｒｓ７０９０７５５、ｒｓ１３２７７４、ｒｓ１７７７９８２２、ｒｓ３９８１４６、ｒｓ４８４４２２８、ｒｓ４２３７１８５、ｒｓ７１２５４１５、ｒｓ１４３９０２４、ｒｓ６７７０９５５、ｒｓ１１２５３００２、ｒｓ４８２２７６３、ｒｓ２１６２１８５、ｒｓ１２６４０３２０、ｒｓ５９４５６３７、ｒｓ３８１８７１４、ｒｓ６７６２４４３、ｒｓ１０５０８６７８、ｒｓ２２７２６６８、ｒｓ２２２７２７０、ｒｓ６４３７７１５、ｒｓ３７５９１２９、ｒｓ１８９１１５８、ｒｓ７３５８３３５、ｒｓ１２９８８６５２、ｒｓ３７９６５４７ｒｓ７２３４９１７、ｒｓ６５０９３４５、ｒｓ９６６３０４、ｒｓ１５１５５４２、ｒｓ１１６３１１０９、ｒｓ８７１６８８、ｓ４３８２８４７、ｒｓ９９７２５４１、ｒｓ１３１１３９７５、ｒｓ４１１９４７８、ｒｓ１３８０８６２、ｒｓ７５２９５１８、ｒｓ７８５４３７、ｒｓ１１４０８０９、ｒｓ４８３０４８８、ｒｓ１０４５８３６０、ｒｓ２７３８５７１、ｒｓ１１６３４７４１、ｒｓ１９５０１９８、ｒｓ５３９３５７、ｒｓ１６８８７７３６、ｒｓ７６５８０４８、ｒｓ１１２２２４９６、ｒｓ２２０７７９０、ｒｓ１２５０６８５０、ｒｓ４５１２６４１、ｒｓ２８１３５３２、ｒｓ６９３４８９８、ｒｓ５８２５９８、ｒｓ１０１９１４７８、ｒｓ１０４８６５６２、ｒｓ１７３９５６３１、ｒｓ７５２５１６７、ｒｓ１２６３７０７４、ｒｓ１０８８７９２６、ｒｓ７４８５４４１、ｒｓ１９４４０４７、ｒｓ７１７８０８５、ｒｓ１７３１８６２０、ｒｓ１０４８９８７１、ｒｓ２６９１２７４、ｒｓ６９６２２９７、ｒｓ１８２７６１１、ｒｓ４８０６１２０、ｒｓ７１６４３６４、ｒｓ２２９３７１０、ｒｓ１３０１７３０２、ｒｓ４５７０５８８、ｒｓ２３８６８４１、ｒｓ４０４８５、ｒｓ５２４９０８、ｒｓ１０７９５８４１、ｒｓ４２７３９０７、ｒｓ１２６１２８９１、ｒｓ１０４９６４７０、ｒｓ６７５５９０１、ｒｓ１９４３８２１、ｒｓ１３３１９８７８、ｒｓ６９５７４１６、ｒｓ１２５５２３９７、ｒｓ６４８９７９４、ｒｓ４３４６５３１、ｒｓ７７７７６３１、ｒｓ１０４６０１１、ｒｓ１６９８８２７９、ｒｓ９８６４７２、ｒｓ１０５０８４２２、ｒｓ９４５６４９０、ｒｓ１２９５６８３、ｒｓ２４４９６００、ｒｓ７０７５９４５、ｒｓ９３５８９１３、ｒｓ１４７７８８６、ｒｓ７５３０３２、ｒｓ４０９５５８、ｒｓ４２４６７４２、ｒｓ１００６０５１３、ｒｓ１７０７０２９２、ｒｓ１０８２６３９８、ｒｓ１７７４４０２２、ｒｓ７８０１９１８、ｒｓ８８５４７９、ｒｓ１８６３６１０、ｒｓ３８０５２８４、ｒｓ１０８３２５１４、ｒｓ２５０９８６７、ｒｓ２０７０８７４、ｒｓ２３３９６５４、ｒｓ１２９０３５７９、ｒｓ１１６１０７９９、ｒｓ２２７２３１６、ｒｓ６９６１７７３、ｒｓ２０７８２７７、ｒｓ１７３２４５７３、ｒｓ６７６０４１７、ｒｓ２９１１７５６、ｒｓ１２２３３２４５、ｒｓ８９６６１５、ｒｓ４７６０４４２、ｒｓ２０８７７２４、ｒｓ４３９３７８、ｒｓ４８３３１０３、ｒｓ６５３９３３３、ｒｓ４４２３２５０、ｒｓ１２５９４０１４、ｒｓ１７１２３３５９、ｒｓ１２５０５５４６、およびｒｓ５８５１９７、またはそれらのサブセットからなる群から選択される。
【０１０４】
データの組み合わせは、結果の任意の種のアルゴリズム的な組み合わせ、例えば線形結合であり得、ここで該線形結合は診断パフォーマンスを改善する（例えば、ＲＯＣ−ＡＵＣを用いて測定される）。診断的推定を生み出すことができるモデルへの他の可能な組み込み方法には、非線形多項式、サポートベクターマシン、ニューラル・ネットワーク分類器、判別分析、ランダムフォレスト、勾配ブースティング、部分最小二乗法、リッジ回帰、ラッソ、エラスティックネット、ｋ近傍法が含まれる（が、これらに限定されない）。さらに、T Hastie, R Tibshirani およびJ FriedmanによりSpringer Series in Statistics, ISBN 978-0387848570において発表された書籍「The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction, Second Edition」（本文献は参照により本明細書に組み込まれる）では、特定のアウトカムを予測または分類するためにデータを組み合わせる好適な方法が、多く記載されている。
【０１０５】
異なるカテゴリーからのデータを、患者が固形腫瘍癌を患う可能性があるかどうかを示す単一の値に変換するアルゴリズムは、好ましくは非線形関数であり、ここでは、異なるカテゴリーの依存が、本方法の診断パフォーマンスをさらに増加させるために、採用される。固形腫瘍癌のリスクを予測するために用いられるアルゴリズムには、さらに、変換された変数を用いること、例えば、ＰＣａに関してｌｏｇ１０（ＰＳＡ）の値を用いることが有利でありうる。変換は、特に、明らかに正規分布から逸脱した分布の変数に有益である。可能な変数変換には、対数、逆数、二乗、および平方根が含まれるが、これらに限定されない。各変数を、ゼロ平均と単位分散にセンタリングすることは、さらに一般的である。
【０１０６】
ＰＣａの場合、一般的な前立腺癌と進行性の前立腺癌とを区別するための多くの合理的な理由がある。たいていの場合、前立腺癌は緩徐進行性の疾患である。大半の男性が人生の後期に診断されるという事実は、前立腺癌と診断される男性の大部分が、他の原因で死亡するということを意味する。従って、生検に先立ち、個体が進行性の前立腺癌を有するリスクが上昇しているかどうかを推定できれば、例えば、個体がライフスタイルを変える動機を与えることができるようになる。禁煙すること、ＢＭＩを３０より低い値にすること、および定期的に運動すること（およそ、一週間に３０分の運動を３−６日）は全て、前立腺癌を含む重篤な疾病の状況における生存を一般的に促進させる因子である。別の重要な局面は、食事の問題である。食事を変えることを通して、ＰＣａの成長は減少されうる。Songおよび共著者により、J Nutr. 2013 Feb;143(2):189-96で発表された論文「Whole milk intake is associated with prostate cancer-specific mortality among U.S. male physicians.」(本文献は参照により本明細書に組み込まれる)で報告されたように、食事の摂取を減らすことにより、ＰＣａの発症リスクを減らすことができることを示唆する証拠がある。同様の証拠が、緑茶の摂取および大豆製品の摂取のプラスの効果に存在する。従って、個体においてａＰＣａのリスクが上昇していることが発見された場合、それは、個体に乳製品の摂取を減らし、緑茶および大豆ベースの製品の摂取を増やすことを提案する理由となる。他の種類の固形腫瘍癌でも、同様の提案を行うことが適当である。
【０１０７】
固形腫瘍癌疾病の生物学と比較して短い時間枠内の、二つ以上の時点で同じバイオマーカーを測定する原則を、臨床治療のロードマップに組み込むことができ、ここでは、個体が固形腫瘍癌疾病を有するかどうかを決定する過程において、規定の一連のことがらが存在する。ＰＣａの場合、例示的なワークフローは、以下の通りであり得る。最初の試験は、ＰＳＡ値を決定する血液サンプルでありうる。この最初の試験は、一般的に医師の診察で行われる。ＰＳＡ値が上限より高い場合、個体はＰＣａを有するリスクが高い。ＰＳＡ値が下限よりも高いが上限よりも低い場合、同じ血液サンプルについてまた、選択された数の他の関連タンパク質バイオマーカー、および選択された数のＳＮＰを解析して、個体のＰＣａのリスクについてのさらなる情報を提供する。最初の試験の結果が、ＰＣａのリスクが非常に高いことを示す場合（ＰＳＡ値のみが用いられたか、あるいはＰＳＡ値と、さらなるタンパク質バイオマーカーおよびＳＮＰの組み合わせが用いられたかどうかに関係なく）、個体を直ちに専門医へ送ることができる。最初の試験の結果が、ＰＣａのリスクが高いことを示す場合、個体に、３〜９週間以内のさらなる医師の診察（経過観察の医師の診察）を勧めることができる。このさらなる医師の診察の間に、個体がＰＣａを有するかどうかを決定する能力をさらに改善する目的で、複数の試験を行ってもよく、これらの試験には、二回目の血液サンプル（これは、最初の時点で測定したバイオマーカーのバイオマーカー動態を決定するための基礎を提供するため、また、さらなるバイオマーカーおよびさらなるＳＮＰの値を提供するため）、直腸診（ＤＲＥ）および／または超音波検査などによる前立腺容積を推定する試験が含まれる（が、これらに限定されない）。いくつかの場合において、一つの測定されたエンティティの値を、第２の測定されたエンティティを用いて補正することが可能でありうる。例えば、ＰＳＡは前立腺組織で産生され、それゆえ大きな前立腺は小さな前立腺よりも多くのＰＳＡを産生することが知られている。従って、前立腺容積の推定を利用することで、異常に大きいまたは小さい前立腺の個体に対して、ＰＳＡ値を補正することができる。このことは、良性前立腺肥大をＰＣａから区別する上で、さらに有用であろう。概して、一回以上のさらなる医師の診察からのさらなる情報があれば、個体がＰＣａのリスクを有するかを、より高い信頼度を持って決定することができるであろう。例えば低リスクの患者には遠い将来に、より高リスクの患者には近い将来に、別の医師の診察を予約すること、個体を迅速に前立腺生検へ送ること、あるいはさらに迅速に治療に送ることなどの、他の好適な行動もまた、とることがでる。
【０１０８】
短期の動態複合値を、実際の状況にあてはめるために、固形腫瘍癌疾病のリスクレベルをモニターするためのプログラムの一部として、記載することができる。このようなプログラムは、任意の固形腫瘍癌のために開発することができるが、非限定的に前立腺癌モニタリングプログラムとして説明する。前立腺癌を含むたいていの固形腫瘍癌疾病は、若年齢では比較的まれである。従って、個体は一般的に、当該疾病がより一般的になる年齢に達した際に、モニタリングプログラムに参加するように招かれる。前立腺癌については、モニタリングプログラムに参加する好適な年齢は、４５歳から５５歳の間である。その個体に対する最も可能性の高い出発点は、生体試料、おそらく血液サンプルの提供であり、ここにおいて、当該疾病のリスクを示すタンパク質バイオマーカーおよび／または遺伝子バイオマーカーが定量化される。前立腺癌においては、ＰＳＡ濃度の決定が非常に好適である。前立腺癌に関連する他のバイオマーカー、例えば、カリクレイン様バイオマーカー、ＭＳＭＢ、ＧＳＴＰ１、ＡＭＡＣＲ、およびＭＩＣ−１の濃度を決定することは、さらに有益であり得る。個体の遺伝的特性の決定、例えば個体が、平均の個体よりも３〜４倍前立腺癌になる可能性が高いことを単独で示すＨＯＸＢ１３ＳＮＰ（ｒｓ１３８２１３１９７）の保有者であるかどうかの決定もまた、好適であり得る。測定値を、患者情報、（いくつかの非限定的な例に言及すれば）例えば年齢、家族歴、および併存症と組み合わせることは、さらに好適であり得る。最初のタンパク質バイオマーカーおよび遺伝子バイオマーカー試験の結果は、当該疾病を有することの個体のリスクの推定値に組み合わせられる。
【０１０９】
リスク推定値に基づき、個体を分類して、異なる方法で扱うことができる。リスク推定値が平均リスクよりもかなり低い値を示していれば、例えば一般的な腫瘍体積倍加時間の２〜５倍の時間の後に別の試験を行うことが推奨され得る。前立腺癌において、一般的な腫瘍倍加時間は約２年であるため、この場合４〜１０年での再試験の推奨が妥当であり得る。リスク推定値が平均リスクを示す場合、例えば一般的な腫瘍体積倍加時間の１〜２倍の時間の後に別の試験を行うことが推奨され、前立腺癌では、２〜４年であろう。リスク推定値が、高いリスクを示していれば、例えば個体を、初期評価のために医師に診せることが推奨され得る。最後に、リスク推定値が非常に高いために、その個体がすぐに次の診断手順（生検、ＰＥＴスキャン、および同様のもの）あるいは治療にさえ回されうる場合があるであろう。前立腺癌の場合、ＰＳＡ値単独が、時に、個体がどのカテゴリーに属すかを決定するために用いられるバイオマーカーとして役立ち、ここでは、低リスク群は１ｎｇ／ｍＬ未満のＰＳＡを有し、平均リスク群は１〜３または４ｎｇ／ｍＬの範囲内のＰＳＡ値を有し、高リスク群は３または４〜約１０ｎｇ／ｍＬの範囲内のＰＳＡを有し、急性のリスクは約１０ｎｇ／Ｌを超えるＰＳＡ値である。ＰＳＡ値単独では中程度の診断パフォーマンスを有し、最近の開示により、例えばＷＯ２０１３１７２７７９およびＷＯ２０１４０７９８６５に開示されているように、診断パフォーマンスは、ＰＳＡ値を他のタンパク質バイオマーカーおよび遺伝子バイオマーカーの値と組み合わせることにより、改善できることが示されている。
【０１１０】
疾病を有するリスクが高いが急性ではない個体について、一般的に医師の診察が倍加時間の約１０％以内、すなわち前立腺癌については約２〜３ヵ月以内に行われることが推奨されるであろう。この診察において、個体はおそらく検査されるであろうし、さらなる試験が行われうる。この診察において、動態複合値に必要なデータを作成するために、最初のリスク評価で用いられたタンパク質バイオマーカーの二回目の試験を行うこともまた、あり得る。前立腺癌の場合、ＰＳＡおよび他のカリクレイン様バイオマーカーの再試験が、短期のＰＳＡ動態複合値を通してリスク推定を改善する上で有用であろう。医師の診察およびそれを補完する試験のアウトプットが、より正確なリスク評価であり、またその結果、個体がさらなる診断手順（例えば生検手順）に進むように、あるいはすぐに治療に進むように推奨し、あるいは個体を固形腫瘍癌の一般的倍加時間の１〜２倍または２〜１０倍の時間後の再試験が正当化される低リスクレベルに分類することができる。
【０１１１】
個体がこのような構造的なモニタリングプログラムに参加する場合、固形腫瘍癌が早期に検出される機会が増加し、それはさらに、（平均して）より穏やかな治療、病気休暇日数の減少、および実際に固形腫瘍癌を発症している個体の生存統計の改善につながる。
【０１１２】
従って、本発明の別の局面は、以下を含む、個体のＰＣａの有無を示す方法である：
Ａ．第一の時点由来の個体からの第一の生体試料において、少なくとも一つのＰＣａ関連バイオマーカー、例えば（総）ＰＳＡの存在または濃度を測定すること、
Ｂ．複数のバイオマーカーが測定される場合、バイオマーカーの存在または濃度の値に関するデータを、複合値またはバイオマーカー値に組み合わせること、およびその後、
ｉ）第一の生体試料において、（単一バイオマーカー測定では）バイオマーカー値が、あるいは（複数のバイオマーカーでは）複合値が、低前立腺癌リスクを反映して、規定の低リスクレベルより低い、あるいは等しい場合、３〜１０年後に別の試験を行うことを推奨し（青信号）、あるいは
ｉｉ）第一の生体試料において、（単一バイオマーカー測定では）バイオマーカー値が、あるいは（複数のバイオマーカーでは）複合値が、高前立腺癌リスクを反映して、規定の高リスクレベルより高い、あるいは等しい場合、個体を確認診断手順、例えば生検に回すことを推奨し（赤信号）、あるいは
ｉｉｉ）第一の生体試料において、（単一バイオマーカー測定では）バイオマーカー値が、あるいは（複数のバイオマーカーでは）複合値が、低リスクレベルと高リスクレベルの間の場合、前記生体試料をさらなるフォローアップ評価または試験に付して、以下を決定すること：
ａ）個体が高リスクを有し、確認診断手順、例えば生検に回すべきである（赤信号）かどうか、あるいは
ｂ）個体が前立腺癌の中程度のリスクを有し、１〜３年後に別の試験を行うよう推奨すべきである（黄信号）かどうか、
ここでは、個体が中程度のリスク（黄信号）または高リスク（赤信号）を有するかどうかを、個体に関して得られた結果を全て組み合わせることにより決定しようとするために、第一の時点由来の生体試料で行われるさらなるフォローアップ評価には、該生体試料において、ＰＳＡ、遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢからなる群から選択される一つ以上のバイオマーカーの存在または濃度を測定すること、および／またはｒｓ１３８２１３１９７、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ１０９９３９９４、ｒｓ１２７９３７５９、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ９９１１５１５、ｒｓ１０１６３４３、ｒｓ７１０６７６２、ｒｓ６５７９００２、ｒｓ１６８６０５１３、ｒｓ５９４５６１９、ｒｓ１６９０２０９４、ｒｓ１０８９６４３７、ｒｓ６５１１６４、ｒｓ７６７９６７３、ｒｓ１３２６５３３０、ｒｓ２０４７４０８、ｒｓ１０１０７９８２、ｒｓ６２０８６１、ｒｓ９２９７７４６、ｒｓ１９９２８３３、ｒｓ７２１３７６９、ｒｓ２７１０６４７、ｒｓ８８８５０７、ｒｓ１７０２１９１８、ｒｓ１２５００４２６、ｒｓ２０２８９００、ｒｓ７１０２７５８、ｒｓ１６９０１９２２、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ２６５９０５１、ｒｓ１７８３２２８５、ｒｓ１２５４３６６３、ｒｓ４６９９３１２、ｒｓ１１０９１７６８、ｒｓ３１２０１３７、ｒｓ６７９４４６７、ｒｓ１００８６９０８、ｒｓ７１４１５２９、ｒｓ２３１５６５４、ｒｓ１２１５１６１８、ｒｓ７４７７４５、ｒｓ１００９、ｒｓ２１３２２７６、ｒｓ２７３５８３９、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ９３６４５５４、ｒｓ９８３０２９４、ｒｓ２６６０７５３、ｒｓ１０８０７８４３、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ１７４６７１３９、ｒｓ１２９４７９１９、ｒｓ７２１０４８、ｒｓ３８５８９４、ｒｓ２３３１７８０、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ２１０７１３１、ｒｓ６５４５９６２、ｒｓ１１６４９７４３、ｒｓ７５８６４３、ｒｓ２２９７４３４、ｒｓ９０２７７４、ｒｓ２６４７２６２、ｒｓ１７２２４３４２、ｒｓ５９１８７６２、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ１７１３８４７８、ｒｓ３０１９７７９、ｒｓ１８７３５５５、ｒｓ９４５７９３７、ｒｓ２８３８０５３、ｒｓ１２９４６８６４、ｒｓ１２４７５４３３、ｒｓ３７６５０６５、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ４８７１７７９、ｒｓ１０８７５９４３、ｒｓ１１６０１０３７、ｒｓ６４８９７２１、ｒｓ１１１６８９３６、ｒｓ９２９７７５６、ｒｓ１１９００９５２、ｒｓ６５６９３７１、ｒｓ７７５２０２９、ｒｓ５９３４７０５、ｒｓ３７４５２３３、ｒｓ１４８２６７９、ｒｓ７４９２６４、ｒｓ６６２５７６０、ｒｓ５９７８９４４、ｒｓ２３６６７１１、ｒｓ５９３５０６３、ｒｓ１０１９９７９６、ｒｓ２４７３０５７、ｒｓ４９２５０９４、およびｒｓ３０９６７０２、またはそれらのサブセットからなる群から選択される一つ以上の遺伝子ＳＮＰマーカーの有無を決定することが含まれ、
ここでは、さらなるフォローアップ評価が、場合により、リスクレベルを決定するのに必要であれば第二の時点で行われ、該評価は、直腸診（ＤＲＥ）（医師の診察）、前立腺容積の決定（医師の診察）、患者の病歴の収集；および／または第二の時点由来の生体試料のバイオマーカーの存在または濃度を測定することのうち一つ以上を含み、その後、個体に関して得られた結果を全て組み合わせ、例えば、第一の時点由来の第一の生体試料における少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に基づく、および／またはフォローアップ評価の結果の一つ以上に基づくデータを組み合わせて、複合値を形成し、それを、前立腺癌の高リスクあるいは中程度のリスク（赤信号または黄信号）を反映する、所定の固形前立腺癌が判っているものおよび良性疾病診断のコントロールサンプルで確立された規定のカットオフ値と比較し、ここでは、前記の決定される少なくとも一つのバイオマーカーが、各生体試料において同じバイオマーカーである。
【０１１３】
前記のさらなるフォローアップ評価はまた、さらにｒｓ１２４９０２４８、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ１００９４０５９、ｒｓ３０６８０１、ｒｓ２８２３１１８、ｒｓ２０２５６４５、ｒｓ９３５９４２８、ｒｓ１０１７８８０４、ｒｓ６０９０４６１、ｒｓ２２７０７８５、ｒｓ１６９０１８４１、ｒｓ２４６５７９６、ｒｓ１７２５６０５８、ｒｓ１６８４９１４６、ｒｓ２２６９６４０、ｒｓ８０４４３３５、ｒｓ６５３０２３８、ｒｓ７１２２４２、ｒｓ９２６７９１１、ｒｓ１１１３４１４４、ｒｓ１２８８０７７７、ｒｓ７０９０７５５、ｒｓ１３２７７４、ｒｓ１７７７９８２２、ｒｓ３９８１４６、ｒｓ４８４４２２８、ｒｓ４２３７１８５、ｒｓ７１２５４１５、ｒｓ１４３９０２４、ｒｓ６７７０９５５、ｒｓ１１２５３００２、ｒｓ４８２２７６３、ｒｓ２１６２１８５、ｒｓ１２６４０３２０、ｒｓ５９４５６３７、ｒｓ３８１８７１４、ｒｓ６７６２４４３、ｒｓ１０５０８６７８、ｒｓ２２７２６６８、ｒｓ２２２７２７０、ｒｓ６４３７７１５、ｒｓ３７５９１２９、ｒｓ１８９１１５８、ｒｓ７３５８３３５、ｒｓ１２９８８６５２、ｒｓ３７９６５４７ｒｓ７２３４９１７、ｒｓ６５０９３４５、ｒｓ９６６３０４、ｒｓ１５１５５４２、ｒｓ１１６３１１０９、ｒｓ８７１６８８、ｓ４３８２８４７、ｒｓ９９７２５４１、ｒｓ１３１１３９７５、ｒｓ４１１９４７８、ｒｓ１３８０８６２、ｒｓ７５２９５１８、ｒｓ７８５４３７、ｒｓ１１４０８０９、ｒｓ４８３０４８８、ｒｓ１０４５８３６０、ｒｓ２７３８５７１、ｒｓ１１６３４７４１、ｒｓ１９５０１９８、ｒｓ５３９３５７、ｒｓ１６８８７７３６、ｒｓ７６５８０４８、ｒｓ１１２２２４９６、ｒｓ２２０７７９０、ｒｓ１２５０６８５０、ｒｓ４５１２６４１、ｒｓ２８１３５３２、ｒｓ６９３４８９８、ｒｓ５８２５９８、ｒｓ１０１９１４７８、ｒｓ１０４８６５６２、ｒｓ１７３９５６３１、ｒｓ７５２５１６７、ｒｓ１２６３７０７４、ｒｓ１０８８７９２６、ｒｓ７４８５４４１、ｒｓ１９４４０４７、ｒｓ７１７８０８５、ｒｓ１７３１８６２０、ｒｓ１０４８９８７１、ｒｓ２６９１２７４、ｒｓ６９６２２９７、ｒｓ１８２７６１１、ｒｓ４８０６１２０、ｒｓ７１６４３６４、ｒｓ２２９３７１０、ｒｓ１３０１７３０２、ｒｓ４５７０５８８、ｒｓ２３８６８４１、ｒｓ４０４８５、ｒｓ５２４９０８、ｒｓ１０７９５８４１、ｒｓ４２７３９０７、ｒｓ１２６１２８９１、ｒｓ１０４９６４７０、ｒｓ６７５５９０１、ｒｓ１９４３８２１．ｒｓ１３３１９８７８、ｒｓ６９５７４１６、ｒｓ１２５５２３９７、ｒｓ６４８９７９４、ｒｓ４３４６５３１、ｒｓ７７７７６３１、ｒｓ１０４６０１１、ｒｓ１６９８８２７９、ｒｓ９８６４７２、ｒｓ１０５０８４２２、ｒｓ９４５６４９０、ｒｓ１２９５６８３、ｒｓ２４４９６００、ｒｓ７０７５９４５、ｒｓ９３５８９１３、ｒｓ１４７７８８６、ｒｓ７５３０３２、ｒｓ４０９５５８、ｒｓ４２４６７４２、ｒｓ１００６０５１３、ｒｓ１７０７０２９２、ｒｓ１０８２６３９８、ｒｓ１７７４４０２２、ｒｓ７８０１９１８、ｒｓ８８５４７９、ｒｓ１８６３６１０、ｒｓ３８０５２８４、ｒｓ１０８３２５１４、ｒｓ２５０９８６７、ｒｓ２０７０８７４、ｒｓ２３３９６５４、ｒｓ１２９０３５７９、ｒｓ１１６１０７９９、ｒｓ２２７２３１６、ｒｓ６９６１７７３、ｒｓ２０７８２７７、ｒｓ１７３２４５７３、ｒｓ６７６０４１７、ｒｓ２９１１７５６、ｒｓ１２２３３２４５、ｒｓ８９６６１５、ｒｓ４７６０４４２、ｒｓ２０８７７２４、ｒｓ４３９３７８、ｒｓ４８３３１０３、ｒｓ６５３９３３３、ｒｓ４４２３２５０、ｒｓ１２５９４０１４、ｒｓ１７１２３３５９、ｒｓ１２５０５５４６、およびｒｓ５８５１９７、またはそのサブセットからなる群から選択される、一つ以上の遺伝子ＳＮＰマーカーの有無を決定することを含む。
【０１１４】
第二の時点由来の生体試料における少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータは、次のステップとして動態複合値を形成するために必要なデータを作成する上で、有用である。
【０１１５】
ＳＮＰのリストのサブセットには、リストの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％が含まれてよい。本リストには、本明細書で言及される他のさらなるＳＮＰもまた含まれてもよい。当該リストのＳＮＰ（全て、あるいは当該リストのＳＮＰの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％を含むサブセット）は、同じ固体支持体上、例えば同じスライドガラス上に、好適な分析機器による同時検出のために、配置されてもよい。
【０１１６】
ある局面では、第二の時点で行われるさらなるフォローアップ評価には、第一の時点および第二の時点に由来するサンプルの、少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータを組み合わせて、第一の時点と第二の時点の間の生体試料におけるバイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成すること、を含むリスク評価がさらに含まれ、ここでは、前記の決定される少なくとも一つのバイオマーカーが、各生体試料において同じバイオマーカーであり、また第一の生体試料と第二の生体試料の由来の間のタイムピリオドが約３ヵ月である。このような動態複合値をどのように計算するかは、本明細書において先に説明した。ＰＣａに関連して本明細書で言及されている他のタイムピリオドもまた、本方法に適用可能である。
【０１１７】
本発明の好ましい態様を次に記載する：
［項１］
個体における所定の固形腫瘍癌の有無を示す方法であって：
Ａ．第一の時点の前記個体由来の少なくとも一つの生体試料を提供すること；
Ｂ．第二の時点の前記個体由来の少なくとも一つの生体試料を提供すること；
Ｃ．前記少なくとも二つの生体試料において、前記所定の固形腫瘍癌に関連する少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度を決定すること；
Ｄ．前記少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータを組み合わせて、バイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成すること;
Ｅ．前記動態複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させること；
を含み、ここで、
・第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、前記所定の固形腫瘍癌の典型的な腫瘍体積倍加時間の０．５％から２５％の範囲内であり；および
・前記の測定される少なくとも一つのバイオマーカーが、前記の各生体試料において同じバイオマーカーである、
方法。
［項２］
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、前記所定の固形腫瘍癌の典型的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１５％の範囲、例えば前記所定の固形腫瘍癌の典型的な腫瘍体積倍加時間の約０．１％から１２．５％の範囲である、上記項１に記載の方法。
［項３］
規定のカットオフ値が、i）前記所定の固形腫瘍癌の成長に関連しない、少なくとも一つのバイオマーカーの、変動の大きい存在または濃度と、（ii）前記所定の固形腫瘍癌の成長に関連する、少なくとも一つのバイオマーカーの、変動の小さい存在または濃度とを区別する、上記項１または２に記載の方法。
［項４］
所定の固形腫瘍癌が、膀胱癌、乳癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、腎臓癌、腎臓細胞癌、肺癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺癌からなる群から選択される、上記項１から３のいずれか一項に記載の方法。
［項５］
前記固形腫瘍癌が前立腺癌（ＰＣａ）である、上記項１−４のいずれかに記載の方法。
［項６］
前記固形腫瘍癌が、進行性の前立腺癌（ａＰＣａ）である、上記項５に記載の方法。
［項７］
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、３日から６ヵ月である、上記項５または６に記載の方法。
［項８］
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが、約１日から３ヵ月である、上記項５または６に記載の方法。
［項９］
第一の時点と第二の時点の間のタイムピリオドが約１日から７週間であり、第一および第二の時点由来の第一および第二の生体試料における、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の濃度または存在の約１０％以上の違い（増加または減少）が、ＰＣａの低リスクを示す変化として見なされ、並びに第一および第二の時点由来の第一および第二の生体試料における前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の濃度の約１０％以下の違いが、前立腺癌発症の高リスクを示す、上記項８に記載の方法。
［項１０］
前記少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、遊離ＰＳＡ、複合型ＰＳＡ、プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、総ＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（ＥＰＣＡ）、βマイクロセミノプロテイン（ＭＳＭＢ）、グルタチオンＳ−転移酵素π（ＧＳＴＰ１）、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、マクロファージ阻害性サイトカイン１（ＭＩＣ−１）からなる群から選択される、上記項６−８のいずれか一項に記載の方法。
［項１１］
前記少なくとも一つの前記バイオマーカーが、遊離ＰＳＡ、複合型ＰＳＡ、総ＰＳＡ、ＭＳＭＢ、ＭＩＣ−１からなる群から選択される、上記項１０に記載の方法。
［項１２］
遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢからなる群から選択される少なくとも一つのバイオマーカーの濃度または存在を、第一の時点および／または第二の時点の個体由来の生体試料において測定する、上記項１０に記載の方法。
［項１３］
固形腫瘍癌が卵巣癌であり、バイオマーカーがＣＡ１２５である、上記項１−４のいずれか一項に記載の方法。
［項１４］
固形腫瘍癌が結腸直腸癌であり、バイオマーカーがＣＥＡである、上記項１−４のいずれか一項に記載の方法。
［項１５］
固形腫瘍癌が乳癌であり、バイオマーカーがＣＡ１５−３である、上記項１−４のいずれか一項に記載の方法。
［項１６］
固形腫瘍癌が膵癌であり、少なくとも一つのバイオマーカーがＣＡ１９−９およびＣＥＡからなる群から選択される、上記項１−４のいずれか一項に記載の方法。
［項１７］
さらに、
・前記少なくとも二つの生体試料において、複数の、前記所定の固形腫瘍癌に関連するＳＮＰ（ＳＮＰｓｔ）の各々の有無を測定することにより、ＳＮＰｓｔのカテゴリーを解析すること；
・前記ＳＮＰｓｔのカテゴリーに関するデータを組み合わせて、前記所定の固形腫瘍癌発症のＳＮＰｓｔ関連リスクを表すＳＮＰｓｔ複合値を形成すること；
・前記動態複合値および前記ＳＮＰｓｔ複合値を組み合わせて総複合値を形成すること；並びに
・前記総複合値を、所定の固形腫瘍癌が判っているものおよび良性疾病の診断のコントロールサンプルにより確立された規定のカットオフ値と比較することにより、前記個体における所定の固形腫瘍癌の有無と相関させること；
を含む、上記項１−１６のいずれか一項に記載の方法。
［項１８］
前記少なくとも一つのバイオマーカーに関するデータを、動態複合値を形成するための規定の式に従い組み合わせる、上記項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
［項１９］
前記ＳＮＰのカテゴリーに関するデータを、ＳＮＰｓｔの複合値を形成するための規定の式に従い組み合わせる、上記項１７または１８に記載の方法。
［項２０］
前記動態複合値および前記ＳＮＰｓｔ複合値を、総複合値を形成するための規定の式に従い組み合わせる、上記項１７−１９のいずれか一項に記載の方法。
［項２１］
上記項１の少なくともステップＤおよびＥを、例えば上記項１のステップＡ〜Ｅを実施するためのソフトウエアコード手段を含むことを特徴とする、デジタルコンピューターの内部メモリーに直接ロード可能なコンピュータープログラム製品。
［項２２］
上記項１７の方法を実施するためのソフトウエアコード手段をさらに含む、上記項２１に記載のコンピュータープログラム製品。
［項２３］
個体におけるＰＣａの有無を示す方法であって、
Ａ．第一の時点由来の第一の生体試料において、少なくとも一つのＰＣａ関連バイオマーカー、例えば（総）ＰＳＡの存在または濃度を測定し、
Ｂ．複数のバイオマーカーが測定される場合、バイオマーカーの存在または濃度の値に関するデータを、複合値またはバイオマーカー値に組み合わせ、およびその後、
ｉ）第一の生体試料において、（単一バイオマーカー測定では）バイオマーカー値が、あるいは（複数のバイオマーカーでは）複合値が、低前立腺癌リスクを反映して、規定の低リスクレベルより低い、あるいは等しい場合、３〜１０年後に別の試験を行うことを推奨し（青信号）、あるいは
ｉｉ）第一の生体試料において、（単一バイオマーカー測定では）バイオマーカー値が、あるいは（複数のバイオマーカーでは）複合値が、高前立腺癌リスクを反映して、規定の高リスクレベルより高い、あるいは等しい場合、個体を確認診断手順、例えば生検に回すことを推奨し（赤信号）、あるいは
ｉｉｉ）第一の生体試料において、（単一バイオマーカー測定では）バイオマーカー値が、あるいは（複数のバイオマーカーでは）複合値が、低リスクレベルと高リスクレベルの間の場合、該生体試料をさらなるフォローアップ評価または試験に付して、
ａ）個体が高リスクを有し、確認診断手順、例えば生検に回すべきである（赤信号）かどうか、あるいは
ｂ）個体が前立腺癌の中程度のリスクを有し、１〜３年後に別の試験を行うよう推奨すべきである（黄信号）かどうか、
を決定すること、
ここで、個体が中程度のリスク（黄信号）または高リスク（赤信号）を有するかどうかを、個体に関して得られた結果を全て組み合わせることにより決定しようとするために、第一の時点由来の生体試料で行われるさらなるフォローアップ評価には、該生体試料において、ＰＳＡ、遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢからなる群から選択される一つ以上のバイオマーカーの存在または濃度を測定すること、および／またはｒｓ１３８２１３１９７、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ１０９９３９９４、ｒｓ１２７９３７５９、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ９９１１５１５、ｒｓ１０１６３４３、ｒｓ７１０６７６２、ｒｓ６５７９００２、ｒｓ１６８６０５１３、ｒｓ５９４５６１９、ｒｓ１６９０２０９４、ｒｓ１０８９６４３７、ｒｓ６５１１６４、ｒｓ７６７９６７３、ｒｓ１３２６５３３０、ｒｓ２０４７４０８、ｒｓ１０１０７９８２、ｒｓ６２０８６１、ｒｓ９２９７７４６、ｒｓ１９９２８３３、ｒｓ７２１３７６９、ｒｓ２７１０６４７、ｒｓ８８８５０７、ｒｓ１７０２１９１８、ｒｓ１２５００４２６、ｒｓ２０２８９００、ｒｓ７１０２７５８、ｒｓ１６９０１９２２、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ２６５９０５１、ｒｓ１７８３２２８５、ｒｓ１２５４３６６３、ｒｓ４６９９３１２、ｒｓ１１０９１７６８、ｒｓ３１２０１３７、ｒｓ６７９４４６７、ｒｓ１００８６９０８、ｒｓ７１４１５２９、ｒｓ２３１５６５４、ｒｓ１２１５１６１８、ｒｓ７４７７４５、ｒｓ１００９、ｒｓ２１３２２７６、ｒｓ２７３５８３９、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ９３６４５５４、ｒｓ９８３０２９４、ｒｓ２６６０７５３、ｒｓ１０８０７８４３、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ１７４６７１３９、ｒｓ１２９４７９１９、ｒｓ７２１０４８、ｒｓ３８５８９４、ｒｓ２３３１７８０、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ２１０７１３１、ｒｓ６５４５９６２、ｒｓ１１６４９７４３、ｒｓ７５８６４３、ｒｓ２２９７４３４、ｒｓ９０２７７４、ｒｓ２６４７２６２、ｒｓ１７２２４３４２、ｒｓ５９１８７６２、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ１７１３８４７８、ｒｓ３０１９７７９、ｒｓ１８７３５５５、ｒｓ９４５７９３７、ｒｓ２８３８０５３、ｒｓ１２９４６８６４、ｒｓ１２４７５４３３、ｒｓ３７６５０６５、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ４８７１７７９、ｒｓ１０８７５９４３、ｒｓ１１６０１０３７、ｒｓ６４８９７２１、ｒｓ１１１６８９３６、ｒｓ９２９７７５６、ｒｓ１１９００９５２、ｒｓ６５６９３７１、ｒｓ７７５２０２９、ｒｓ５９３４７０５、ｒｓ３７４５２３３、ｒｓ１４８２６７９、ｒｓ７４９２６４、ｒｓ６６２５７６０、ｒｓ５９７８９４４、ｒｓ２３６６７１１、ｒｓ５９３５０６３、ｒｓ１０１９９７９６、ｒｓ２４７３０５７、ｒｓ４９２５０９４、およびｒｓ３０９６７０２、またはそれらのサブセットからなる群から選択される遺伝子ＳＮＰマーカーの有無を決定することが含まれ；
そしてその後、リスクレベルを決定するために第二の時点で行われるさらなるフォローアップ評価を行うこと、
ここで、第二の時点で行われる前記評価は、直腸診（ＤＲＥ）、前立腺容量の決定、患者の病歴の収集のうちの一つ以上の実施；および／または第二の時点由来の生体試料のバイオマーカーの存在または濃度の測定を含み；
そしてその後、個体に関して獲得した結果を全て組み合わせ、例えば、第一の時点由来の第一の生体試料における少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に基づく、および／またはフォローアップ評価の一つ以上の結果に基づくデータを組み合わせて、複合値を形成し、それを、前立腺癌の高リスクあるいは中程度のリスク（赤信号または黄信号）を反映する、所定の固形前立腺癌が判っているものおよび良性疾病診断のコントロールサンプルで確立された規定のカットオフ値と比較すること
を含み、ここで、前記少なくとも一つのバイオマーカーが、各生体試料において同じバイオマーカーである、方法。
［項２４］
追加のフォローアップ評価がさらに、ｒｓ１２４９０２４８、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ１００９４０５９、ｒｓ３０６８０１、ｒｓ２８２３１１８、ｒｓ２０２５６４５、ｒｓ９３５９４２８、ｒｓ１０１７８８０４、ｒｓ６０９０４６１、ｒｓ２２７０７８５、ｒｓ１６９０１８４１、ｒｓ２４６５７９６、ｒｓ１７２５６０５８、ｒｓ１６８４９１４６、ｒｓ２２６９６４０、ｒｓ８０４４３３５、ｒｓ６５３０２３８、ｒｓ７１２２４２、ｒｓ９２６７９１１、ｒｓ１１１３４１４４、ｒｓ１２８８０７７７、ｒｓ７０９０７５５、ｒｓ１３２７７４、ｒｓ１７７７９８２２、ｒｓ３９８１４６、ｒｓ４８４４２２８、ｒｓ４２３７１８５、ｒｓ７１２５４１５、ｒｓ１４３９０２４、ｒｓ６７７０９５５、ｒｓ１１２５３００２、ｒｓ４８２２７６３、ｒｓ２１６２１８５、ｒｓ１２６４０３２０、ｒｓ５９４５６３７、ｒｓ３８１８７１４、ｒｓ６７６２４４３、ｒｓ１０５０８６７８、ｒｓ２２７２６６８、ｒｓ２２２７２７０、ｒｓ６４３７７１５、ｒｓ３７５９１２９、ｒｓ１８９１１５８、ｒｓ７３５８３３５、ｒｓ１２９８８６５２、ｒｓ３７９６５４７ｒｓ７２３４９１７、ｒｓ６５０９３４５、ｒｓ９６６３０４、ｒｓ１５１５５４２、ｒｓ１１６３１１０９、ｒｓ８７１６８８、ｓ４３８２８４７、ｒｓ９９７２５４１、ｒｓ１３１１３９７５、ｒｓ４１１９４７８、ｒｓ１３８０８６２、ｒｓ７５２９５１８、ｒｓ７８５４３７、ｒｓ１１４０８０９、ｒｓ４８３０４８８、ｒｓ１０４５８３６０、ｒｓ２７３８５７１、ｒｓ１１６３４７４１、ｒｓ１９５０１９８、ｒｓ５３９３５７、ｒｓ１６８８７７３６、ｒｓ７６５８０４８、ｒｓ１１２２２４９６、ｒｓ２２０７７９０、ｒｓ１２５０６８５０、ｒｓ４５１２６４１、ｒｓ２８１３５３２、ｒｓ６９３４８９８、ｒｓ５８２５９８、ｒｓ１０１９１４７８、ｒｓ１０４８６５６２、ｒｓ１７３９５６３１、ｒｓ７５２５１６７、ｒｓ１２６３７０７４、ｒｓ１０８８７９２６、ｒｓ７４８５４４１、ｒｓ１９４４０４７、ｒｓ７１７８０８５、ｒｓ１７３１８６２０、ｒｓ１０４８９８７１、ｒｓ２６９１２７４、ｒｓ６９６２２９７、ｒｓ１８２７６１１、ｒｓ４８０６１２０、ｒｓ７１６４３６４、ｒｓ２２９３７１０、ｒｓ１３０１７３０２、ｒｓ４５７０５８８、ｒｓ２３８６８４１、ｒｓ４０４８５、ｒｓ５２４９０８、ｒｓ１０７９５８４１、ｒｓ４２７３９０７、ｒｓ１２６１２８９１、ｒｓ１０４９６４７０、ｒｓ６７５５９０１、ｒｓ１９４３８２１．ｒｓ１３３１９８７８、ｒｓ６９５７４１６、ｒｓ１２５５２３９７、ｒｓ６４８９７９４、ｒｓ４３４６５３１、ｒｓ７７７７６３１、ｒｓ１０４６０１１、ｒｓ１６９８８２７９、ｒｓ９８６４７２、ｒｓ１０５０８４２２、ｒｓ９４５６４９０、ｒｓ１２９５６８３、ｒｓ２４４９６００、ｒｓ７０７５９４５、ｒｓ９３５８９１３、ｒｓ１４７７８８６、ｒｓ７５３０３２、ｒｓ４０９５５８、ｒｓ４２４６７４２、ｒｓ１００６０５１３、ｒｓ１７０７０２９２、ｒｓ１０８２６３９８、ｒｓ１７７４４０２２、ｒｓ７８０１９１８、ｒｓ８８５４７９、ｒｓ１８６３６１０、ｒｓ３８０５２８４、ｒｓ１０８３２５１４、ｒｓ２５０９８６７、ｒｓ２０７０８７４、ｒｓ２３３９６５４、ｒｓ１２９０３５７９、ｒｓ１１６１０７９９、ｒｓ２２７２３１６、ｒｓ６９６１７７３、ｒｓ２０７８２７７、ｒｓ１７３２４５７３、ｒｓ６７６０４１７、ｒｓ２９１１７５６、ｒｓ１２２３３２４５、ｒｓ８９６６１５、ｒｓ４７６０４４２、ｒｓ２０８７７２４、ｒｓ４３９３７８、ｒｓ４８３３１０３、ｒｓ６５３９３３３、ｒｓ４４２３２５０、ｒｓ１２５９４０１４、ｒｓ１７１２３３５９、ｒｓ１２５０５５４６、およびｒｓ５８５１９７、またはそれらのサブセットからなる群から選択される、一つ以上の遺伝子ＳＮＰマーカーの有無を決定することを含む、上記項２３に記載の方法。
［項２５］
ＳＮＰのサブセットが、リストのＳＮＰの、少なくとも９０％、例えば少なくとも９５％である、上記項２３または２４に記載の方法。
［項２６］
第二の時点で行われるさらなるフォローアップ評価が、第一の時点および第二の時点由来の生体試料における少なくとも一つのバイオマーカーの存在または濃度に関するデータを組み合わせて、第一の時点と第二の時点の間の生体試料におけるバイオマーカーの存在または濃度の変化を反映する動態複合値を形成することを含むリスク評価をさらに含み、ここで、前記少なくとも一つのバイオマーカーが各生体試料において同じバイオマーカーであり、第一の生体試料と第二の生体試料の間のタイムピリオドが約３ヵ月である、上記項２３−２５のいずれか一項に記載の方法。
本発明は、次の実施例のセクションで、さらに例示される。提示される実施例は、本発明を単に例示するものであり、限定するものではない。
【実施例】
【０１１８】
実施例１
本発明を例示するために、ＳＴＨＬＭ３臨床試験において前立腺癌検診を受けた４３６個体を含むデータセットを調べた。選択した個体は、以下の基準に一致していた。
ａ．最初のＰＳＡ検査の結果が、総ＰＳＡ値１０ｎｇ／ｍＬ未満であった。
ｂ．生検のために選択された個体である。
ｃ．生検の際に、二回目の血液検査を行い、二回目のＰＳＡ検査を行って対応するＰＳＡ値を決定した。
ｄ．ＰＳＡ値の変化は１００％未満である。
個体は、生検および二回目のＰＳＡ検査を一般的に１０〜３０日後に受けたが、いくつかの場合には、最初のＰＳＡ検査と二回目のＰＳＡ検査の間の時間は、２ヵ月または３ヵ月であった。このコホートにおいて、１７５個体で、ＰＳＡ値の変化が１０％未満であった。１２９個体は、最初のＰＳＡ値の１０％および７３％の間で減少したＰＳＡ値を有し、１０１個体は、最初のＰＳＡ値の１０％および１００％の間で増加したＰＳＡ値を有した。本データセットに基づき、最初と二回目のＰＳＡ検査の間で小さな違いを有した個体は、前立腺癌診断において大きな比率を占めていることが観察された。小さなＰＳＡ値の変動を有した１１６個体のうち、１８％がａＰＣａであった。ＰＳＡ値が減少した個体については、１２％がａＰＣａであり、ＰＳＡ値が増加した個体については１２％がａＰＣａであった。
【０１１９】
前立腺癌検診の設定において、どのように本発見を適用し得たかを例示する目的で、個体が生検を受けグリーソンスコア７以上のランクであるリスクを予測することに、二つの異なるモデルを適用させた。グリーソンスコア７以上は、進行前立腺癌（advanced prostate cancer）であることを示す。最初のモデルは、最初のＰＳＡ値のみに基づき、すなわち次の通りである。
【０１２０】
【数１】
0006625061.tif 000002
【０１２１】
Ｙ１モデルを、ＲＯＣグラフを用いて、進行性の前立腺癌（aggressive prostate cancer）を予測する能力を評価しところ、最初のＰＳＡ値を用いた場合のＲＯＣ−ＡＵＣは０．５７と決定された。二番目のモデルにおいては、最初のＰＳＡ値を、ＰＳＡ動態、すなわち繰り返したＰＳＡ検査に基づくＰＳＡ値の変化と組み合わせて、ＰＳＡ濃度の変化を反映する動態複合値Ｙ２を形成した。
【０１２２】
【数２】
0006625061.tif 000003
【０１２３】
式中、ＰＳＡ１ｖａｌｕｅは最初のＰＳＡ検査の結果であり、ＰＳＡ２ｖａｌｕｅは二回目のＰＳＡ検査の結果であり、ＡＢＳ（ｘ）は、独立変数ｘの絶対値を意味する。Ｙ２モデルを進行性の前立腺癌を予測する能力について評価したところ、ＲＯＣ−ＡＵＣは０．６４と決定された。
【０１２４】
二つのモデルのＲＯＣ曲線を図１に示しており、図中、実線の曲線１００がＹ２モデルを表し、破線の曲線１１０はＹ１モデルを表す。
【０１２５】
したがって、ロバストなレベルのＰＳＡを有する個体（約１０％未満の変化）は、変動するＰＳＡ値を有する個体よりも、グリーソンスコア７の前立腺癌（すなわち、進行性の前立腺癌）について高い発症率を有した。二つの試験間でのＰＳＡ値の減少は、進行性の前立腺癌のリスクが低いことを示す。驚くべきことに、２〜１２週間の時間枠内のＰＳＡ値の増加はまた、ロバストなＰＳＡ値と比較して、進行性の前立腺癌のリスクがより低いことを示す。このように、最初のＰＳＡ検査から３ヵ月以内に行われた二回目のＰＳＡ検査を通して、生検を切除すべきかどうかをより良く推定することができる。
【０１２６】
実施例２
本発明が、より一般的な性質であることを例示する目的で、ＳＴＨＬＭ３臨床試験において前立腺癌検診を受けた３２６個体を含むデータセットを調べた。選択した個体は、以下の基準に一致していた：
ａ．最初のＰＳＡ検査の結果が、総ＰＳＡ値１０ｎｇ／ｍＬ未満であった。同時に、ＭＩＣ−１値およびＭＳＢＳ値を決定した。
ｂ．生検のために選択された個体である。
ｃ．生検の際に、二回目の血液検査を行い、二回目の血液検査を行って対応するＰＳＡ、ＭＩＣ−１およびＭＳＢＳの値を決定した。
ｄ．本研究のバイオマーカー値の変化が１００％未満であった。
個体は、生検および二回目のＰＳＡ検査を一般的に一カ月以内に受けたが、いくつかの場合には、最初のＰＳＡ検査と二回目のＰＳＡ検査の間の時間は、２ヵ月または３ヵ月であった。本コホートの約１３％の個体が、ａＰＣａであることが分かった。表１に示した通り、本コホートの三つのバイオマーカーが、癌の状態を原因とする変動パターンに関して、明確な違いを示した。バイオマーカーＭＩＣ−１について、前立腺癌を有さない２１３個体のうち、４３％が、二つの異なる試験の比較において安定したＭＩＣ−１の値（１０％未満の変化として規定される）を示した。これらの個体のうち３７％が明らかな減少値を示した（すなわち、二回目の試験結果を最初の試験結果と比較した際に、ＭＩＣ−１バイオマーカー濃度が１０％を超えて減少していた）。これらの個体のうち残りの２０％は、二回目の試験結果を最初の試験結果と比較した際に、ＭＩＣ−１の濃度が１０％を超えて増加していた。進行性の前立腺癌であることが確認された４４個体について、二回目の試験結果を最初の試験結果と比較した際に、５０％が安定したＭＩＣ−１濃度を示し、これは、前立腺癌ではない個体群よりも大きな割合であった。このことは、安定したＭＩＣ−１値が、ある程度、ａＰＣａであるリスクの増加と相関していることを示している。バイオマーカーＭＳＭＢについて、癌を有さない個体の１７％が、安定なＭＳＭＢ値を示し、一方ａＰＣａの個体の３１％が安定なＭＳＭＢ値を示した。このことは、安定なＭＳＭＢ値がａＰＣａであるリスクの増加と相関していることを示している。同じことが総ＰＳＡ値にも言え、総ＰＳＡ値についてａＰＣａの個体の６０％と比較して、癌を有さない個体の３８％が安定値を示した。概して、本実施例は、１〜３ヵ月の期間にわたる安定なタンパク質バイオマーカーの値は、進行性の前立腺癌であるリスクの増加と相関しているという知見が、ＰＳＡに限定されず、ＭＳＭＢおよびＭＩＣ−１を含む、他のタンパク質バイオマーカーにもまた当てはまることを示している。
【０１２７】
【表１】
0006625061.tif 000004
【０１２８】
実施例３
より長期間に渡って患者のサンプルを回収した後に、実施例１のデータセットは、ＳＴＨＬＭ３臨床試験において前立腺癌検診を受けた１６１６個体を含むように拡張された。これらについての値を調べた。選択した個体は、以下の基準に一致していた：
ａ．最初のＰＳＡ検査の結果が、総ＰＳＡ値１０ｎｇ／ｍＬ未満であった。
ｂ．生検のために選択された個体である。
ｃ．生検の際に、二回目の血液検査を行い、二回目のＰＳＡ検査を行って対応するＰＳＡ値を決定した。
ｄ．ＰＳＡ値の変化が１００％未満であった。
【０１２９】
個体は、生検および二回目のＰＳＡ検査を一般的に１０〜３０日以内に受けたが、いくつかの場合には、最初のＰＳＡ検査と二回目のＰＳＡ検査の間の時間は、２ヵ月または３ヵ月であった。図２は、ａＰＣａ（この場合、グリーソンスコア＝７、８、９または１０として規定される）のリスク（Ｙ軸）を、ＰＳＡ値における変化の程度の関数として示す。ＰＳＡ値がほとんど同じであった、すなわちＰＳＡ値の変化が１０％未満の上昇または１０％未満の減少であった個体では、ａＰＣａを有するリスクは１６％を超えた（すなわち、Ｙ軸目盛りの０．１６）。二つの血液サンプルの間の短時間で、１０％を超えてＰＳＡ値が減少した個体は、ａＰＣａを有するリスクが明らかに１６％より低く、実際には最も減少が大きい個体では３％に近かった。１０％を超えてＰＳＡ値が増加した個体では、ＰＳＡ値の変化が全くないか、あるいはほとんどない個体と比較して、リスクは低かった。ＰＳＡ値の増加に関連するリスクの減少は明らかで顕著であったが、ＰＳＡの減少に関連するリスクの減少ほど激しいものではなかった。
【０１３０】
ａＰＣａを予測する能力という点で最良のパフォーマンスを発揮した時間間隔はどれかを評価すると、最良の時間間隔は１４−４２日であることが認められた。血液サンプル間に１４−４２日を置いた個体では、１０％を超えるＰＳＡ増加におけるオッズ比は、０．６３−０．６６であり、１０％を超えるＰＳＡ減少におけるオッズ比は、０．２９−０．４４であった。より短い時間間隔では、１０％を超えるＰＳＡ値の増加または減少の両方が、ａＰＣａの低リスクに関連するものの、１０％を超えるＰＳＡ値の増加（オッズ比＝０．２９）が、１０％を超えるＰＳＡの減少（オッズ比０．５４）と比較して、低リスクをより強く示した。より長い血液サンプル間の時間間隔では、ａＰＣａの存在を予測する能力は、徐々に減少する。変化を、１０％を超える増加または減少と規定すれば、二つのサンプル間に４９日を置くと、ＰＳＡ値の明確な変化（１０％を超える）とａＰＣａの低リスクとの関連は低くなり、また５６日を置くと、ＰＳＡ値の変化はａＰＣａを予測する能力を有さなかった。
【０１３１】
実施例４
実施例３のデータセットで、全ての前立腺癌を予測する能力について評価した。図３はＰＳＡ値における変化の程度の関数として、ＰＣａ（この場合、グリーソンスコア＝６、７、８、９または１０として規定される）のリスクを示す（Ｙ軸）。安定したＰＳＡ値（１０％未満の上昇または減少の変化と規定される）を有する個体がＰＣａであるリスクは、４０％を超える。１０％を超える増加あるいは１０％を超える減少のいずれかの、変動するＰＳＡ値を有する個体のリスクは約３０％である。このことは、ＰＳＡ値の変動が、全ての前立腺癌で同様に、低リスクを示すことを意味する。
【０１３２】
実施例５
実施例３のデータセットを、異なる変化の規定を用いて、評価した。第一に、ＰＳＡ値の変化の規定を、３０％を超える変化となるように選択した（すなわち、３０％を超える増加あるいは３０％を超える減少）。第二に、第一のサンプルと第二のサンプルの間が３５−６３日である個体を評価した。図４は、第一のサンプルと第二のサンプルの間が３５−６３日である個体のＰＳＡ値における変化の程度の関数として、ａＰＣａ（この場合、グリーソンスコア＝７、８、９または１０として規定される）のリスクを示す（Ｙ軸）。 安定したＰＳＡ値（３０％未満の増加または減少の変化として規定）を有する個体がＰＣａであるリスクは、７−２０％を超える。３０％を超える増加あるいは３０％を超える減少のいずれかの、変動するＰＳＡ値を有する個体のリスクは約５％である。このことは、ＰＳＡ値の大きな変動が、二つのサンプル間において３５−６３日が経過した個体の、進行性の前立腺癌の低リスクを示すことを意味する。
【０１３３】
実施例６
ＳＴＨＬＭ３臨床試験は、前立腺癌モニタリングプログラムを評価する。本実施例は、４７６１０個体が試験に参加し一回目の血液サンプルを取得した、研究の大部分に基づいている。この一回目の血液サンプルを、最初に、ＰＳＡ値および遊離ＰＳＡ値に関して特徴づけた。１ｎｇ／ｍＬよりも低いＰＳＡ値の個体は前立腺癌のリスクが低く、３−１０年後に別のＰＳＡ検査を受けることが推奨された。これは、青信号として、これらの個体に伝えられた。ＰＳＡ値が１０ｎｇ／ｍＬを超えるかあるいは１０ｎｇ／ｍＬと等しいＰＳＡ値の個体は、前立腺癌のリスクが高く、生検を行うことが推奨された。これは、赤信号としてこれらの個体に伝えられた。１〜１０ｎｇ／ｍＬの間のＰＳＡ値の個体は、血液サンプルに対し追加のフォローアップ試験を行い、これらには６個のバイオマーカー(ＰＳＡ、遊離ＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ｈＫ２、ＭＩＣ−１およびＭＳＭＢ)および２５４個の遺伝子ＳＮＰマーカー（ｒｓ１３８２１３１９７、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ１０９９３９９４、ｒｓ１２７９３７５９、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ９９１１５１５、ｒｓ１０１６３４３、ｒｓ７１０６７６２、ｒｓ６５７９００２、ｒｓ１６８６０５１３、ｒｓ５９４５６１９、ｒｓ１６９０２０９４、ｒｓ１０８９６４３７、ｒｓ６５１１６４、ｒｓ７６７９６７３、ｒｓ１３２６５３３０、ｒｓ２０４７４０８、ｒｓ１０１０７９８２、ｒｓ６２０８６１、ｒｓ９２９７７４６、ｒｓ１９９２８３３、ｒｓ７２１３７６９、ｒｓ２７１０６４７、ｒｓ８８８５０７、ｒｓ１７０２１９１８、ｒｓ１２５００４２６、ｒｓ２０２８９００、ｒｓ７１０２７５８、ｒｓ１６９０１９２２、ｒｓ６０６２５０９、ｒｓ２６５９０５１、ｒｓ１７８３２２８５、ｒｓ１２５４３６６３、ｒｓ４６９９３１２、ｒｓ１１０９１７６８、ｒｓ３１２０１３７、ｒｓ６７９４４６７、ｒｓ１００８６９０８、ｒｓ７１４１５２９、ｒｓ２３１５６５４、ｒｓ１２１５１６１８、ｒｓ７４７７４５、ｒｓ１００９、ｒｓ２１３２２７６、ｒｓ２７３５８３９、ｒｓ１１５６８８１８、ｒｓ６８４２３２、ｒｓ９３６４５５４、ｒｓ９８３０２９４、ｒｓ２６６０７５３、ｒｓ１０８０７８４３、ｒｓ１９３３４８８、ｒｓ１７４６７１３９、ｒｓ１２９４７９１９、ｒｓ７２１０４８、ｒｓ３８５８９４、ｒｓ２３３１７８０、ｒｓ１８９４２９２、ｒｓ２１０７１３１、ｒｓ６５４５９６２、ｒｓ１１６４９７４３、ｒｓ７５８６４３、ｒｓ２２９７４３４、ｒｓ９０２７７４、ｒｓ２６４７２６２、ｒｓ１７２２４３４２、ｒｓ５９１８７６２、ｒｓ１１６７２６９１、ｒｓ１７１３８４７８、ｒｓ３０１９７７９、ｒｓ１８７３５５５、ｒｓ９４５７９３７、ｒｓ２８３８０５３、ｒｓ１２９４６８６４、ｒｓ１２４７５４３３、ｒｓ３７６５０６５、ｒｓ２０１８３３４、ｒｓ３７７１５７０、ｒｓ４８７１７７９、ｒｓ１０８７５９４３、ｒｓ１１６０１０３７、ｒｓ６４８９７２１、ｒｓ１１１６８９３６、ｒｓ９２９７７５６、ｒｓ１１９００９５２、ｒｓ６５６９３７１、ｒｓ７７５２０２９、ｒｓ５９３４７０５、ｒｓ３７４５２３３、ｒｓ１４８２６７９、ｒｓ７４９２６４、ｒｓ６６２５７６０、ｒｓ５９���８９４４、ｒｓ２３６６７１１、ｒｓ５９３５０６３、ｒｓ１０１９９７９６、ｒｓ２４７３０５７、ｒｓ４９２５０９４、ｒｓ３０９６７０２、ｒｓ１２４９０２４８、ｒｓ４２４５７３９、ｒｓ１００９４０５９、ｒｓ３０６８０１、ｒｓ２８２３１１８、ｒｓ２０２５６４５、ｒｓ９３５９４２８、ｒｓ１０１７８８０４、ｒｓ６０９０４６１、ｒｓ２２７０７８５、ｒｓ１６９０１８４１、ｒｓ２４６５７９６、ｒｓ１７２５６０５８、ｒｓ１６８４９１４６、ｒｓ２２６９６４０、ｒｓ８０４４３３５、ｒｓ６５３０２３８、ｒｓ７１２２４２、ｒｓ９２６７９１１、ｒｓ１１１３４１４４、ｒｓ１２８８０７７７、ｒｓ７０９０７５５、ｒｓ１３２７７４、ｒｓ１７７７９８２２、ｒｓ３９８１４６、ｒｓ４８４４２２８、ｒｓ４２３７１８５、ｒｓ７１２５４１５、ｒｓ１４３９０２４、ｒｓ６７７０９５５、ｒｓ１１２５３００２、ｒｓ４８２２７６３、ｒｓ２１６２１８５、ｒｓ１２６４０３２０、ｒｓ５９４５６３７、ｒｓ３８１８７１４、ｒｓ６７６２４４３、ｒｓ１０５０８６７８、ｒｓ２２７２６６８、ｒｓ２２２７２７０、ｒｓ６４３７７１５、ｒｓ３７５９１２９、ｒｓ１８９１１５８、ｒｓ７３５８３３５、ｒｓ１２９８８６５２、ｒｓ３７９６５４７ｒｓ７２３４９１７、ｒｓ６５０９３４５、ｒｓ９６６３０４、ｒｓ１５１５５４２、ｒｓ１１６３１１０９、ｒｓ８７１６８８、ｓ４３８２８４７、ｒｓ９９７２５４１、ｒｓ１３１１３９７５、ｒｓ４１１９４７８、ｒｓ１３８０８６２、ｒｓ７５２９５１８、ｒｓ７８５４３７、ｒｓ１１４０８０９、ｒｓ４８３０４８８、ｒｓ１０４５８３６０、ｒｓ２７３８５７１、ｒｓ１１６３４７４１、ｒｓ１９５０１９８、ｒｓ５３９３５７、ｒｓ１６８８７７３６、ｒｓ７６５８０４８、ｒｓ１１２２２４９６、ｒｓ２２０７７９０、ｒｓ１２５０６８５０、ｒｓ４５１２６４１、ｒｓ２８１３５３２、ｒｓ６９３４８９８、ｒｓ５８２５９８、ｒｓ１０１９１４７８、ｒｓ１０４８６５６２、ｒｓ１７３９５６３１、ｒｓ７５２５１６７、ｒｓ１２６３７０７４、ｒｓ１０８８７９２６、ｒｓ７４８５４４１、ｒｓ１９４４０４７、ｒｓ７１７８０８５、ｒｓ１７３１８６２０、ｒｓ１０４８９８７１、ｒｓ２６９１２７４、ｒｓ６９６２２９７、ｒｓ１８２７６１１、ｒｓ４８０６１２０、ｒｓ７１６４３６４、ｒｓ２２９３７１０、ｒｓ１３０１７３０２、ｒｓ４５７０５８８、ｒｓ２３８６８４１、ｒｓ４０４８５、ｒｓ５２４９０８、ｒｓ１０７９５８４１、ｒｓ４２７３９０７、ｒｓ１２６１２８９１、ｒｓ１０４９６４７０、ｒｓ６７５５９０１、ｒｓ１９４３８２１、ｒｓ１３３１９８７８、ｒｓ６９５７４１６、ｒｓ１２５５２３９７、ｒｓ６４８９７９４、ｒｓ４３４６５３１、ｒｓ７７７７６３１、ｒｓ１０４６０１１、ｒｓ１６９８８２７９、ｒｓ９８６４７２、ｒｓ１０５０８４２２、ｒｓ９４５６４９０、ｒｓ１２９５６８３、ｒｓ２４４９６００、ｒｓ７０７５９４５、ｒｓ９３５８９１３、ｒｓ１４７７８８６、ｒｓ７５３０３２、ｒｓ４０９５５８、ｒｓ４２４６７４２、ｒｓ１００６０５１３、ｒｓ１７０７０２９２、ｒｓ１０８２６３９８、ｒｓ１７７４４０２２、ｒｓ７８０１９１８、ｒｓ８８５４���９、ｒｓ１８６３６１０、ｒｓ３８０５２８４、ｒｓ１０８３２５１４、ｒｓ２５０９８６７、ｒｓ２０７０８７４、ｒｓ２３３９６５４、ｒｓ１２９０３５７９、ｒｓ１１６１０７９９、ｒｓ２２７２３１６、ｒｓ６９６１７７３、ｒｓ２０７８２７７、ｒｓ１７３２４５７３、ｒｓ６７６０４１７、ｒｓ２９１１７５６、ｒｓ１２２３３２４５、ｒｓ８９６６１５、ｒｓ４７６０４４２、ｒｓ２０８７７２４、ｒｓ４３９３７８、ｒｓ４８３３１０３、ｒｓ６５３９３３３、ｒｓ４４２３２５０、ｒｓ１２５９４０１４、ｒｓ１７１２３３５９、ｒｓ１２５０５５４６、およびｒｓ５８５１９７）の決定が含まれた。完全なリストの使用が好ましいが、本リストの任意のサブセットが、対象の進行性の前立腺癌の有無の評価における使用に好適である。これらのリストの好ましい部分はまた、本明細書で言及されている。さらに、ＳＮＰリストのサブセットには、前記リストのＳＮＰの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％が含まれてよい。当該リストのＳＮＰ（全て、または当該リストのＳＮＰの約９５％、または９０％、または８５％、または８０％、または７５％、または７０％を含むサブセット）は、同じ固体支持体上、例えば同じスライドガラス上に、好適な分析機器による同時検出のために、配置されてもよい。
【０１３４】
さらに、医師の診察において、直腸診（ＤＲＥ）および前立腺容量の決定が行われた。患者病歴は、ウェブ上のアンケート調査を通じて個体から収集した。追加の測定および検査の結果に基づき、リスクスコアへの寄与を評価した：
【０１３５】
【表２】
0006625061.tif 000005
【０１３６】
ＳＴＨＬＭ３において、参加者のうち４４％が青信号の通知を受け取った、すなわち、１ｎｇ／ｍＬ未満のＰＳＡ値であった。約１％の個体が１０ｎｇ／ｍＬ以上のＰＳＡ値であり、従って赤信号の通知を受け取り、前立腺生検手順の紹介を受けた。残りの５５％の個体が１〜１０ｎｇ／ｍＬの間のＰＳＡ値であり、これらの個体に対し、広範囲のバイオマーカー解析を行った。癌のリスクは、次の式を用いて推定した：
【０１３７】
【数３】
0006625061.tif 000006
【０１３８】
ここでは、ｌｎ（ｐ／（１−ｐ））は進行性の前立腺癌（グリーソンスコア７以上と規定）に関するオッズの対数であり、ＦＵｍｉｃ１、ＦＵｍｓｍｂ、ＦＵｈｋ２、ＦＵｐｓａ、ＦＵｆｒｅｅｐｓａ、ＦＵｉｎｔａｃｔＰＳＡは、フォローアップ測定で取得したＭＩＣ−１、ＭＳＭＢ、ｈＫ２、ＰＳＡ、遊離ＰＳＡ、およびインタクトＰＳＡの（ｎｇ／ｍＬに密接に関連する任意単位での）値を指し、ＦＵｇｅｎｅｔｉｃＳｃｏｒｅは、フォローアップ測定で取得した遺伝子スコアを指し、ＩＮｐｓａおよびＩＮｆｒｅｅｐｓａは、一回目の血液サンプルの一回目の測定で取得したＰＳＡおよび遊離ＰＳＡ値を指し（ｎｇ／ｍＬの単位）、ｄｒｅおよびｖｏｌｕｍｅは、直腸診（１または０）および前立腺容量（ｍＬ）の結果を指し、ａｇｅは個体の年齢（歳）を示し、ｆａｍｉｌｙ ｈｉｓｔｏｒｙは個体の父親または兄弟が前立腺癌を患ったことがあるかどうか（１または０）を示し、ｐｒｅｖｉｏｕｓ ｂｉｏｐｓｙは過去に（陰性の）生検を個体に行ったかどうかを示している（１または０）。
【０１３９】
オッズの対数を計算する上記式は、全体のパフォーマンスを損なうことなく、わずかに変更することができる。異なる情報担体を累積加算した場合にＲＯＣ−ＡＵＣが増加するリストに見られるように、おそらく総ＰＳＡ値を除き、一つの情報担体が絶対的に重要なわけではない。このことは、一つのバイオマーカー（例えばインタクトＰＳＡ）または一つの情報担体（例えば年齢）がデータセットから除外され、オッズの対数を計算する新しい式が作成された場合、全体のパフォーマンスは、本実施例の完全な式で提示されているパフォーマンスとほとんど同様であろうことを意味する。複数のバイオマーカーおよび／または情報担体の除外、特に３個を超えるバイオマーカーおよび／または情報担体の除外は、パフォーマンスに明らかな影響を及ぼしうる。
【０１４０】
個体が前立腺癌の中程度のリスクを有し、その結果１〜３年後に別のＰＳＡ検査を行うことが推奨され、黄信号と通知されるかどうかを決定するために、前立腺癌のオッズの対数をＰＳＡ値と組み合わせた。個体において前立腺癌のリスクが上昇していれば、生検を受けることが推奨され、赤信号と通知された。本実施例で報告される、黄信号を赤信号と区別するために用いられる値は、カットオフ値に頼っている（ＰＳＡ値＞３ｎｇ／ｍＬまたは（オッズの対数）＞−２．２）。その結果得られる感度は、約０．８５であり、特異度は約０．４５である。診療において、個体を生検に回すために用いられる選択されるカットオフ値は、多くの地域要因によって決まる。一つの非限定的な可能性は、例えばＰＳＡ値＞４ｎｇ／ｍＬまたは（オッズの対数）＞−１．３を用いることであり、これは本実施例で用いられるカットオフ値よりも低い感度（約０．６）であるが高い特異度（約０．７６）を有する。
【０１４１】
ＰＳＡが１〜１０ｎｇ／ｍＬのカテゴリー内の２６０００個体のうち、約７０００が、生検を行うことを推奨された。生検は、一回目の血液サンプル後１〜１２週間で行い、最も一般的には、一回目の血液サンプル後２〜７週間で行った。個体が生検を行う際、二回目の血液検査が行われ、上述したフォローアップバイオマーカー測定が行われた。試験において、二回目の血液サンプルのバイオマーカー結果に関係なく、全ての対象に生検が行われ、生検の約６１％が陰性であり、２２％でグリーソンスコア６の前立腺癌が検出され、１７％でグリーソンスコア７以上の進行性の前立腺癌が検出された。
【０１４２】
生検が推奨されるべきかどうかの指標としてＰＳＡ値のみを用いて上記手順が行われた場合、生検を推奨する数は増加し、陰性の生検の数が増加するであろう。生検に回すために、現在の標準的手順としては４．０ｎｇ／ｍＬのＰＳＡカットオフ値を用いているため（これはスウェーデンでの現在の診療である）、本実施例に記載の方法は、進行性の前立腺癌に対する同じ感度レベルにおいて、生検の３７％を削減することになるであろう、すなわち、ＰＳＡ値単独と比較して、同じ数の進行性の癌を同定するのに必要とされるのは３７％少ない生検であろう。このワークフローにおいて、各個体のリスク推定値は、ＰＳＡ短期動態を用いてより正確なものとするために、二回目の血液サンプル（生検時に採取）からの結果を受け取った際に補正されてもよい。ＰＳＡ動態複合値（ＰＳＡｋｃｖ）は、次の方法で構成され得る：
【０１４３】
【数４】
0006625061.tif 000007
【０１４４】
リスクアセスメントにＰＳＡｋｃｖを加えることにより、診断パフォーマンスにおいてＲＯＣ−ＡＵＣの約０．０１−０．０３単位の改善をもたらすことができ、必要とされる生検の数をさらに減らして、ＰＳＡ単独と比較して、進行性の前立腺癌に対し、同じ感度レベルで、追加の生検の割合を削減するあろう。倫理的な観点から、本発明は臨床試験中に想到されたこと、および試験は開始後に変更し得なかったことに言及することが重要である。さらに、試験完了後に後ろ向きデータを利用して初めて、短期ＰＳＡ動態は、確かに前立腺癌リスクの強力な指標であることが確認できた。
【０１４５】
本発明を、本発明者に現在知られている最良の形態を構成する、好ましい実施形態に関して説明したが、当業者に自明であるだろう種々の変更および修正が、添付の特許請求の範囲に記載された本発明の範囲から逸脱することなくなされ得ることが、理解されるべきである。
【図１】
0006625061.tif 000008
【図２】
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【図３】
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【図４】
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