(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体の卵巣がんを検出するためのデータを収集するin vitroの方法であって、被験体から得た試料における卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、該卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体である該方法。
【請求項２】
被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするためのデータを収集するin vitroの方法であって、被験体から得た試料における卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、該卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体である該方法。
【請求項３】
初期段階の卵巣がんが、ステージIの癌腫である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
被験体における卵巣がんの進行または再発を評価するためのデータを収集するin vitroの方法であって、被験体から得た試料における卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、該卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体である該方法。
【請求項５】
被験体から得た試料における１つ以上のさらなる卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、該１つ以上のさらなる卵巣がん関連自己抗体が、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記試料が、前記被験体の血清、全血、血漿、唾液、口腔スワブ、子宮頸部細胞診検体、便、尿、膀胱洗浄液、子宮洗浄液、痰、リンパ液、脳脊髄液、精液、および一方もしくは両方の卵巣または転移性腫瘍組織からの組織試料からなる群のいずれか１つ以上より選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記試料における前記卵巣がん関連自己抗体の存在を、各卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤により検出する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記薬剤が、各卵巣がん関連自己抗体が由来する抗原である、または各卵巣がん関連自己抗体に特異的な抗体である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記薬剤が検出可能な程度に標識されている、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体の存在を前記試料において検出する、請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体の存在を前記試料において検出する、請求項５〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、および腫瘍関連抗原CA125の存在を前記試料において検出する、請求項５〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
被験体の卵巣がんを検出するための、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするための、および／または被験体における卵巣がんの進行を評価するための組成物であって、該被験体から得た試料における卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤を含み、該卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体である該組成物。
【請求項１４】
各１つ以上のさらなる卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤を含み、該１つ以上のさらなる卵巣がん関連自己抗体が、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
前記薬剤が、各卵巣がん関連自己抗体が由来する抗原である、または前記卵巣がん関連自己抗体に特異的な抗体である、請求項１３または１４に記載の組成物。
【請求項１６】
前記薬剤が検出可能な程度に標識されている、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
前記卵巣がん関連自己抗体には、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体が含まれる、請求項１４〜１６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８】
前記卵巣がん関連自己抗体には、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体が含まれる、請求項１４〜１７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１９】
前記組成物が、腫瘍関連抗原CA125に結合する、またはそれと相互作用する薬剤をさらに含む、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２０】
被験体の卵巣がんを検出するための、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするための、および／または被験体における卵巣がんの進行を評価するためのキットであって、該被験体から得た試料における卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する手段を含み、該卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体である該キット。
【請求項２１】
前記被験体から得た試料における１つ以上のさらなる卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する手段を含み、該１つ以上のさらなる卵巣がん関連自己抗体が、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
前記試料における腫瘍関連抗原CA125を検出する手段をさらに含む、請求項２０または２１に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【優先権主張】
【０００１】
この国際特許出願は、2013年9月18日に出願されたオーストラリア仮特許出願2013903595の優先権を主張し、その内容は参照により本明細書に組み込まれる。
【技術分野】
【０００２】
本発明は、卵巣がんのバイオマーカーの同定に関する。特に、がん関連自己抗体は早期卵巣がんを患う被験体で同定されている。これらの自己抗体は、卵巣がんを検出する方法、早期卵巣がんをスクリーニングする方法、ならびに治療反応および疾患の進行と再発を評価する方法を含む様々な目的のために利用することができる。自己抗体はまた、卵巣がん発症の予後マーカーを表す。
【背景技術】
【０００３】
卵巣がんは、婦人科悪性腫瘍による死亡の主因であり、女性における全てのがん関連死因の第5位である。実際、米国では72人に1人の女性が一生の間に卵巣がんを発症し、96人に1人の女性がその疾患で死亡すると推定されている。例えば、2013年には、米国だけで22,240人が卵巣がんと新たに診断され、14,030人の女性がその疾患で死亡すると推定されている。
【０００４】
最も広く認識されている卵巣がんの危険因子は、月経、生殖およびホルモン因子である。しかし、多くの他の因子も卵巣がんの発症に関連しており、これらにはダイエット、成人身長、体重、および喫煙が含まれる。さらに、卵巣がんの家族集積性に起因する、卵巣がんの危険性の遺伝的要素を示唆する臨床的知見がある。実際、BRCA1およびBRCA2変異を有する女性は、卵巣がんを発症する危険性が高いことが確認されている。
【０００５】
卵巣がんの高い死亡率は、疾患の無症候性の進行に起因して生じ、患者の60%は、がんが腹腔または他の臓器に転移している進行期（国際産婦人科連合（FIGO）III期およびIV期）で診断されることにつながっている。卵巣がんの検出により、まだがんが卵巣に限局されている場合（FIGO I期）では5年生存率は約90%となり、進行性卵巣疾患（FIGO III/IV期）の女性で30%未満とは対照的である。そのため、初期段階での卵巣がんの検出は、疾患の全生存期間を改善するための４５最良の方法である。しかし、現在では、卵巣がんの早期発見およびスクリーニングに利用可能な、臨床的に適用できる検査ならびにバイオマーカーはない。
【０００６】
今日、がん抗原125（CA125）およびHE4は、卵巣病変の良性と悪性を区別するために、疾患の負担を測定するために、および卵巣がん治療を評価するために臨床的に承認されている、たった2つのタンパク質ベースバイオマーカーである。しかし、これらのマーカーは、卵巣がんを患う全ての患者において上昇しているわけではなく、健康な女性または良性疾患を有する女性で増加し得る。したがって、それらは集団ベースの危険性評価または早期発見のための十分な感度と特異性を持っていない。例えば、付属器腫瘤がみられる女性において、35 U/mLより大きいCA125の血清レベルは、検出の現在のゴールドスタンダードである。しかし、高いCA125のレベルは、早期の患者の50%、そして進行期の患者の80%においてのみ観察される。
【０００７】
腫瘍関連抗原に焦点を当てた従来のバイオマーカーの発見に関連するいくつかの深刻な障害がある。例えば、腫瘍が非常に小さく、したがって標的抗原のごく少量のみが生成される初期段階の疾患において、量的な障害がある（現在利用可能な技術では検出できないままであり得る）。マーカーが多くの場合疾患の経過に付随して起こり、そして調べた生物試料の複雑さによりしばしば目立たなくなるような、定性的な問題もある。バイオマーカー発現の自然変動性の高さにより潜在的なバイオマーカーが目立たなくなり得ることになるヒト集団の遺伝的多様性および制御不能な環境因子の影響により、この問題はさらに悪化する。最後に、研究のために初期段階の卵巣がんのヒト試料をかなりの数得ることは、この段階の疾患の希少性により困難である。
【０００８】
早期検出試験の不足および現在の手法の限界を考えると、早期卵巣がんの新しいバイオマーカーを緊急に同定する必要がある。
【０００９】
文書、行為、材料、装置、論文などの検討は、単に本発明の背景を提供する目的で本明細書に含まれている。これらの内容のいずれかもしくは全てが、従来技術基準の一部を形成したこと、または、本出願の各請求項の優先日前に存在したため、本発明に関連する分野の一般的な知識であったことを示唆または意味してはいない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】米国特許第5,831,012号明細書
【特許文献２】国際出願番号PCT/GB91/01134
【特許文献３】国際公開第WO 90/02809号パンフレット
【特許文献４】国際公開第WO 91/10737号パンフレット
【特許文献５】国際公開第WO 92/01047号パンフレット
【特許文献６】国際公開第WO 92/18619号パンフレット
【特許文献７】国際公開第WO 93/11236号パンフレット
【特許文献８】国際公開第WO 95/15982号パンフレット
【特許文献９】国際公開第WO 95/20401号パンフレット
【特許文献１０】米国特許第5,698,426号明細書
【特許文献１１】米国特許第5,223,409号明細書
【特許文献１２】米国特許第5,403,484号明細書
【特許文献１３】米国特許第5,580,717号明細書
【特許文献１４】米国特許第5,427,908号明細書
【特許文献１５】米国特許第5,750,753号明細書
【特許文献１６】米国特許第5,821,047号明細書
【特許文献１７】米国特許第5,571,698号明細書
【特許文献１８】米国特許第5,427,908号明細書
【特許文献１９】米国特許第5,516,637号明細書
【特許文献２０】米国特許第5,780,225号明細書
【特許文献２１】米国特許第5,658,727号明細書
【特許文献２２】米国特許第5,733,743号明細書
【特許文献２３】米国特許第5,969,108号明細書
【特許文献２４】米国特許第4,946,778号明細書
【特許文献２５】米国特許第5,258,498号明細書
【特許文献２６】国際公開第WO 2013/168150号パンフレット
【特許文献２７】国際公開第WO 2009/004576号パンフレット
【特許文献２８】米国特許第6,225,047号明細書
【特許文献２９】米国特許第6,537,749号明細書
【特許文献３０】米国特許第6,329,209号明細書
【特許文献３１】米国特許第5,242,828号明細書
【特許文献３２】国際公開第WO 00/56934号パンフレット
【特許文献３３】国際公開第WO 03/048768号パンフレット
【特許文献３４】米国特許第5,719,060号明細書
【特許文献３５】米国特許第6,225,047号明細書
【特許文献３６】米国特許第6,124,137号明細書
【特許文献３７】国際公開第WO 03/64594号パンフレット
【特許文献３８】国際公開第WO 2011/113085号パンフレット
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】グリーン MRおよびサムブルック J、分子クローニング：実験マニュアル（第4版）、コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、2012年
【非特許文献２】カバットら、1991年（免疫学的に関心のあるタンパク質の配列、第5版、米国保健社会福祉省、米国政府印刷局）
【非特許文献３】マッカファティら、1990年、ネイチャー、348巻、552〜554頁
【非特許文献４】モリソンら、1984年、米国科学アカデミー紀要、81巻、6851〜6855頁
【非特許文献５】モリソンおよびオイ、1988年、アドバンス・イン・イムノロジー、44巻、65〜92頁
【非特許文献６】ヴェルホエイエンら、1988年、サイエンス、239巻、1534〜1536頁
【非特許文献７】パドラン、1991年、モレキュラーイムノロジー、28巻、489〜498頁
【非特許文献８】パドラン、1994年、モレキュラーイムノロジー、31巻、169〜217頁
【非特許文献９】グリーンバーグら、1995年、ネイチャー、374巻、168〜173頁
【非特許文献１０】ナトールら、2001年、モレキュラーイムノロジー、38巻、313〜326頁
【非特許文献１１】ディアツら、2002年、イムノジェネティクス、54巻、501〜512頁
【非特許文献１２】ナトールら、2003年、ユーロピアン・ジャーナル・オブ・バイオケミストリー、270巻、3543〜3554頁
【非特許文献１３】ホリガーおよびハドソン、2005年、ネイチャー・バイオテクノロジー、23巻(1号)、1126〜1136頁
【非特許文献１４】ノード Kら、1997年、ネイチャー・バイオテクノロジー、15巻、772〜777頁
【非特許文献１５】ロンマーク Jら、2002年、ユーロピアン・ジャーナル・オブ・バイオケミストリー、269巻、2647〜2655頁
【非特許文献１６】ケーラーら、1975年、ネイチャー、256巻、495〜497頁
【非特許文献１７】コズボルら、1985年、ジャーナル・オブ・イムノロジカル・メソッド、81巻、31〜42頁
【非特許文献１８】コートら、1983年、米国科学アカデミー紀要、80巻、2026〜2030頁
【非特許文献１９】コールら、1984年、モレキュラー・アンド・セルラー・バイオケミストリー、62巻、109〜120頁
【非特許文献２０】オーランディら、1989年、米国科学アカデミー紀要、86巻、3833〜3837頁
【非特許文献２１】ウインターおよびミルステイン、1991年、ネイチャー、349巻、293〜299頁
【非特許文献２２】ブリンクマンら、1995年、ジャーナル・オブ・イムノロジカル・メソッド、182巻、41〜50頁
【非特許文献２３】アメスら、1995年、ジャーナル・オブ・イムノロジカル・メソッド、184巻、177〜186頁
【非特許文献２４】ケトルボロウら、1994年、ユーロピアン・ジャーナル・オブ・イムノロジー、24巻、952〜958頁
【非特許文献２５】パーシックら、1997年、ジーン、187巻、9〜18頁
【非特許文献２６】Burtonら、1994年、アドバンス・イン・イムノロジー、57巻、191〜280頁
【非特許文献２７】ハストンら、1991年、メソッド・イン・エンザイモノロジー、203巻、46〜88頁
【非特許文献２８】シュウら、1993年、米国科学アカデミー紀要、90巻、7995〜7999頁
【非特許文献２９】スケラら、1988年、サイエンス、240巻、1038〜1040頁
【非特許文献３０】ヒューズら、1989年、サイエンス、246巻、1275〜1281頁
【非特許文献３１】ロンバーグ N, 2008年、ハンドブック・オブ・エクスペリメンタル・ファーマコロジー、69〜97頁
【非特許文献３２】クロー JE ジュニア、2009年、ワクチン、27巻、47〜51頁
【非特許文献３３】デュバル Mら、2011年、mAbs、3巻(2号)、203〜208頁
【非特許文献３４】ペンノ MAら、2012年、リサーチ・イン・ヴェテリナリー・サイエンス、 93巻、611〜617頁
【非特許文献３５】ガスパリ Mおよびクーダ G, 2011年、ナノプロテオミクス：方法およびプロトコル、メソッド・イン・モレキュラー・バイオロジー、790巻、115〜126頁
【非特許文献３６】レミントンズ・ファーマシューティカル・サイエンス、第18版、1990年、マック出版社（イーストン、ペンシルベニア州） および米国薬局方
【非特許文献３７】国民医薬品集、1984年、マック出版社（イーストン、ペンシルベニア州）
【非特許文献３８】ロットシュパイヒ Fおよびケラーマン J、2011年、メソッド・イン・モレキュラー・バイオロジー、753巻、55〜64頁
【非特許文献３９】コンディな MRら、2009年、プロテオミクス、9巻、3047〜3057頁
【非特許文献４０】ブルンナー Aら、2010年、プロテオミクス、10巻、315〜326頁
【非特許文献４１】アヒム・ブルナー JKら、2012年、プロテオミクス バイオインフォマティクス、5巻、279〜282頁
【非特許文献４２】ブルナー Aら、2013年、バイオキミカ エ バイオフィジカ アクタ、doi:10.1016/j.bbapap.2013.02.019
【非特許文献４３】ペドリオーリ PGら、2004年、ネイチャー・バイオテクノロジー、22巻、1459〜1466頁
【非特許文献４４】ケスナー Dら、2008年、バイオインフォマティクス、24巻、2534〜2536頁
【非特許文献４５】ヒューバー Wら、2002年、バイオインフォマティクス 18(付録 1): S96〜S104頁
【非特許文献４６】サンダレシュ Sら、2006年、バイオインフォマティクス、22巻、1760〜1766頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
腫瘍関連抗原に対する自己抗体が卵巣がん検出のための感受性マーカーとして役立ち得ることを、本発明者らは認識していた。腫瘍関連抗原に対する循環自己抗体は、特に疾患の初期段階の低腫瘍量では抗原よりも豊富にあり、そしてまた、血清抗原よりも安定である。さらに、自己抗体は、悪性腫瘍の兆候の前に現れることが観察された。発明者らは、高い感受性および早期卵巣がんへの特異性を示す多くの自己抗体を同定している。
【００１３】
したがって、第一の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを検出する方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００１４】
本発明者らは、前述の卵巣がん関連自己抗体は、卵巣がんの初期段階の患者により生成されたことを証明した。
【００１５】
したがって、第二の態様において、本発明は、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングする方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検査する工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００１６】
一実施形態において、初期段階の卵巣がんは、ステージIの癌腫である。
【００１７】
初期卵巣がん患者における前述の卵巣がん関連自己抗体の同定はまた、被験体におけるがん治療の治療効果を評価する方法を可能にする。
【００１８】
したがって、第三の態様において、本発明は、被験体における卵巣がんの進行または再発を評価する方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００１９】
一実施形態において、前記方法は、
（a）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを検出すること；
（b）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを、該または各卵巣がん関連自己抗体の基準レベルと比較すること；および
（c）被験体における卵巣がんの進行または再発を、比較に基づいて評価すること
を含む。
【００２０】
一実施形態において、被験体は卵巣がんの治療を受けている。いくつかの実施形態において、前記または各卵巣がん関連自己抗体の基準レベルよりも高い被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルは、被験体における卵巣がんの進行または再発の指標となる。
【００２１】
本発明の前述の態様のいくつかの実施形態において、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在またはレベルを、被験体から得た試料中において検出する。いくつかの実施形態において、試料は、被験体の血清、全血、血漿、唾液、口腔スワブ、子宮頸部細胞診検体、便、尿、膀胱洗浄液、子宮洗浄液、痰、リンパ液、脳脊髄液、精液、および一方もしくは両方の卵巣または転移性腫瘍組織からの組織試料からなる群のいずれか1つ以上より選択される。
【００２２】
本発明の前述の態様のいくつかの実施形態において、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在またはレベルを、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤により検出する。一実施形態において、薬剤は、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が由来する抗原である、または1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に特異的な抗体である。一実施形態において、薬剤は検出可能な程度に標識されている。
【００２３】
本発明の前述の態様のいくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体の存在またはレベルを被験体において検出する。いくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体の存在またはレベルを被験体において検出する。いくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、および腫瘍関連抗原CA125の存在またはレベルを被験体において検出する。
【００２４】
第四の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを治療するのに有用な候補治療薬をスクリーニングする方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを低下させる活性について候補治療薬をアッセイする工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００２５】
一実施形態において、前記方法は、
（a）被験体に候補治療薬を投与すること；
（b）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを検出すること；および
（c）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを、卵巣がんを患っている未治療の被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルと比較すること
を含み、
ここで、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルが、未治療の被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルよりも低い場合、候補治療薬は卵巣がんを治療するのに有用である。
【００２６】
一実施形態において、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを、被験体から得た試料中において検出する。試料は、上記のものの1つ以上から選択され得る。
【００２７】
本発明の第四の態様のいくつかの実施形態において、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤により検出する。薬剤は上記のものから選択することができ、検出可能な程度に標識され得る。
【００２８】
本発明の第四の態様のいくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体のレベルを被験体において検出する。いくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体のレベルを被験体において検出する。いくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、および腫瘍関連抗原CA125のレベルを被験体において検出する。
【００２９】
第五の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを検出するための、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするための、および／または被験体における卵巣がんの進行を評価するための組成物であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される組成物を提供する。
【００３０】
一実施形態において、薬剤は、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が由来する抗原である、または1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に特異的な抗体である。一実施形態において、薬剤は検出可能な程度に標識されている。
【００３１】
本発明の第五の態様のいくつかの実施形態において、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体には、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体が含まれる。いくつかの実施形態において、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体には、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体が含まれる。本発明の第五の態様のいくつかの実施形態において、組成物は、腫瘍関連抗原CA125に結合する、またはそれと相互作用する薬剤をさらに含む。
【００３２】
第六の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを検出するための、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするための、および／または被験体における卵巣がんの進行を評価するためのキットであって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する手段を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択されるキットを提供する。一実施形態において、キットは、被験体における腫瘍関連抗原CA125を検出する手段をさらに含む。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
本発明の態様および利点のさらなる理解のために、以下の詳細な説明を、添付の図面と併せて参照されたい。
【００３４】
【図１】本発明の卵巣がんの自己抗体を同定するために使用される免疫プロテオミクスアプローチを説明する概略図。
【図２】2種の自己抗体候補の分化制御を実証する典型的なタンパク質マイクロアレイ。（A）健康、（B）良性、（C）ステージIおよび（D）ステージIIの血清。自己抗体Aのシグナル（平均強度として測定される）をEグラフに示し、そして自己抗体BのシグナルをグラフFに示す。
【図３】タンパク質マイクロアレイの生および変換データのデータプロット。図３Ａは、全試料についての抗原平均／標準偏差を示す。X軸 - 平均（母集団）；Y軸 - 標準偏差（母集団）。図３Ｂ：X軸- 理論分位数；Y軸 - 試料分位数（正規化強度）。図３Ｃ：X軸 - 母平均（vsnデータ）；Y軸 - 母標準偏差（vsnデータ）。図３Ｄ：X軸 - 理論分位数；Y軸 - 試料分位数（正規化強度vsn）。
【図４】初期および末期段階の卵巣疾患において選択された9種の自己抗体の調整パターンを、健康な個人や良性婦人科疾患を有する患者と比較して示すグラフ。
【図５】9種の個々の自己抗体バイオマーカーの受信者動作特性（ROC）曲線。
【図６】組み合わせた自己抗体バイオマーカーパネルの受信者動作特性（ROC）曲線。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
本発明は、卵巣がん細胞上に存在する抗原に特異的な自己抗体数の同定に部分的に基づくものである。これら抗体の卵巣がんへの高い感受性および特異性は、それらが、卵巣がんの診断および予後試験の基礎を形成することができる適切なバイオマーカーであることを示している。
【００３６】
バイオマーカーは、ある表現型状態（例えば、疾患を有する）の被験体から採取された試料中には、別の表現型状態（例えば、疾患を有さない）と比べると異なるように存在する、事実上有機生体分子である。バイオマーカーの平均または中央値のレベルまたは量が、計算するとグループ間で異なる（例えば存在/不在、高い/低い）場合、バイオマーカーは異なる表現型状態のグループ間で異なるように存在する。したがって、バイオマーカーは、単独または組み合わせで、被験体があるまたは別の表現型状態に属することの指標となる。がんの特定のタイプに特異的な自己抗体に関して、一般的に、これらはそのがんを患う被験体において存在するが、そのがんを患っていない「正常」な被験体には存在しないことが予想されるだけである。しかし、本発明のバイオマーカーは卵巣がん発症の初期段階で検出可能であり、したがって、卵巣がんの表現型発現の欠如により自身を「正常」とみなしていた罹患被験体において存在する可能性があることが明確にされるべきである。
【００３７】
したがって、第一の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを検出する方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００３８】
漿液性卵巣がんの様々な段階の被験体における前述の自己抗体の存在についての試験を通じ、本発明者らは、これらバイオマーカーの各々が卵巣疾患の初期段階（ステージIおよびそれ以上）で存在することを明らかにした。
【００３９】
したがって、第二の態様において、本発明は、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングする方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検査する工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００４０】
一実施形態において、初期段階の卵巣がんは、ステージIの癌腫である。がんのステージは、がんが広がっている程度により決定される。ステージIの卵巣がんは、がん細胞が卵巣に局在していることにより定義され、そのがん細胞は骨盤の表面または臓器（ステージ2）、腹腔またはリンパ節（ステージ3）、および遠隔臓器（ステージ4）にまでまだ広まっていない。したがって、ステージIの卵巣がんは、一方または両方の卵巣に局在している。
【００４１】
「卵巣がん」の意味は、当業者により理解されるであろう。誤解を避けるために明記すると、卵巣がんは卵巣から生じるがん性増殖である。卵巣がんの90%以上は、それらが卵巣の表面に由来することを考えると、上皮由来である。しかし、卵管もいくつかの卵巣がんの発生源となり得ると考えられているため、卵管から発現したがんも用語「卵巣がん」に包含される。卵巣がんはまた、婦人科がんに分類される。
【００４２】
上記に示したように、自己抗体は、被験体により、その被験体中に存在するタンパク質（抗原）に応答して産生される抗体である。一般的に、個体はそれら生来のタンパク質に対する免疫応答を引き起こすことはなく、したがって、それらに対する抗体を産生しない。しかしまれに、個体がそれら独自の生来のタンパク質を抗原として認識し、それらに対する抗体を産生する。これは、関節リウマチおよび全身性エリテマトーデスのような種々の自己免疫疾患をもたらす。本発明に関して、本発明の自己抗体は、被験体自身の生来のタンパク質に応答して産生されてはいないが、被験体において、被験体中に存在するがん細胞と特異的に関連しているタンパク質の存在に応答して産生されている。これらタンパク質は、腫瘍関連抗原として知られている。
【００４３】
被験体における自己抗体の存在を検出する、または存在の検査は、当業者により理解されるように、いくつかの方法により達成することができる。一実施形態において、本発明の1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤が使用され得る。薬剤は、自己抗体に直接結合し得るか、または、例えば自己抗体を標的とする1つ以上の中間リガンドに結合することによるなど、間接的な方法で自己抗体と相互作用し得る。薬剤は、調査中の自己抗体を特異的に標的とするいかなる分子、物質または試薬であってもよい。例示的な薬剤を、以下にさらに詳細に記載する。
【００４４】
いくつかの実施形態において、薬剤は、自己抗体が由来する腫瘍関連タンパク質（抗原）であり得る。例えば、ANXA1に対する自己抗体が、ANXA1タンパク質自体を使用することにより検出され得る。しかし、対応する自己抗体に特異的に結合できる抗原のいずれの一部分または部分が、本発明に包含される。そのため、抗原の断片が自己抗体により認識される場合、自己抗体は抗原の断片の使用により検出され得る。これに関して、抗原の断片は、抗原の約5個ほどのアミノ酸残基からなり得る；しかし、断片は、抗原の少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも45個、少なくとも50個、または50個超のアミノ酸残基から構成されていてもよい。好ましくは、抗原の断片は、対応する自己抗体により認識され得るエピトープ配列を表す。エピトープのサイズやタイプは、それが自己抗体により認識される限り、限定されるものではない。本発明の自己抗体が由来する特定の腫瘍関連抗原に関する詳細については後述する。
【００４５】
本明細書に記載の検出方法で利用され得る抗原、またはその抗原性部分は、当技術分野でよく知られている方法を用いて調製することができる。例えば、抗原をコードするDNA分子、またはその一部を遺伝子操作して、抗原の大規模調製に適切な発現ベクターにすることが可能な組換えDNA技術を使用することができる。抗原の標識化、固定化または検出を容易にすることができる融合タンパク質を設計することも有利であり得る。多くの方法はまた、非特許文献１などの標準的な分子生物学の教科書に開示されている。あるいは、抗原は、天然源から精製されてもよく、例えば当技術分野でよく知られているタンパク質分離技術を用いて細胞から精製されてもよい。このような精製技術が挙げられるが、分子ふるいクロマトグラフィーおよび／またはイオン交換クロマトグラフィーに限定されるものではない。
【００４６】
いくつかの実施形態において、薬剤は、自己抗体に特異的に結合する抗体であり得る。本明細書で使用する用語「抗体」は、最も広い意味で使用され、抗体が所望の生物学的活性を示す限り、インタクトポリクローナル抗体、インタクトモノクローナル抗体、抗体断片（例えば、直鎖状抗体、一本鎖抗体分子、FcまたはFc'ペプチド、Fab、Fab'、F(ab')2、およびFv断片など）、単鎖Fv（scFv）突然変異体、少なくとも2つのインタクト抗体から生成された二重特異性抗体などの多重特異性抗体、抗体部分を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含むその他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、免疫グロブリンの5つの主要なクラス：IgA、IgD、IgE、IgG、およびIgM、またはそのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2）のいずれか1つであってよく、それぞれアルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、およびミューと呼ばれるそれらの重鎖定常領域の同一性に基づく。異なるクラスの免疫グロブリンは、種々のよく知られているサブユニット構造および三次元立体配置を有する。抗体は、そのまま（naked）でもよく、または毒素、放射性同位体などの他の分子へ結合させることができる。
【００４７】
天然に存在する免疫グロブリンは、2つの同一軽鎖（約24kD）、および2つの同一重鎖（約55または70kD）が四量体を形成する共通のコア構造を有する。各鎖のアミノ末端部分は可変（V）領域として知られており、各鎖の残りの部分のより保存されている定常（C）領域と区別することができる。軽鎖の可変領域内には、J領域として知られるC末端部分がある。重鎖の可変領域内には、J領域に加えてD領域がある。免疫グロブリンのアミノ酸配列変異のほとんどは、超可変領域としても知られているV領域にある3つの独立した箇所、または抗原結合に直接関与する相補性決定領域（CDR）に限定される。アミノ末端から順に、これらの領域はそれぞれCDR1、CDR2およびCDR3と命名されている。CDRは、より保存されたフレームワーク領域（FR）により適所に保持される。アミノ末端から順に、これらの領域はそれぞれFRI、FR2、FR3、およびFR4と命名されている。CDRおよびFR領域の位置ならびに番号付けシステムは、例えば非特許文献２により定義されている。
【００４８】
抗体は、インタクト免疫グロブリンとして、または、様々なペプチダーゼでの切断により生成される、よく特徴付けられた多数のフラグメントとして存在する。したがって、例えば、ペプシンはヒンジ領域のジスルフィド結合より下で抗体を切断し、それ自体がジスルフィド結合によりVH-CH1に接合した軽鎖であるFabの二量体、F(ab)'2を生成する。F(ab)'2は穏やかな条件下で還元され、ヒンジ領域のジスルフィド結合を破壊し、これによりF(ab)'2二量体をFab'単量体に変換し得る。Fab'単量体は、本質的にヒンジ領域の一部を有するFabである。種々の抗体断片がインタクト抗体の切断の観点から定義されているが、当業者は、そのような断片は化学的に、または組換えDNA技法を使用してde novo合成され得ることを理解するであろう。したがって、本明細書で使用される抗体という用語は、完全な抗体の改良により産生された抗体断片か、または組換えDNA技法（例えば、単鎖Fv）を使用してde novo合成されたものか、もしくはファージディスプレイライブラリーを使用して同定されたもののいずれも含む（非特許文献３を参照）。
【００４９】
「キメラ抗体」は、（a）抗原結合部位（可変領域）が、異なるもしくは改変されたクラス、エフェクター機能、および/もしくは種の定常領域、もしくは、例えば酵素、毒素、ホルモン、成長因子、薬物などキメラ抗体に新たな特性を付与する全く異なる分子に結合するように、定常領域もしくはその一部が改変、置換もしくは交換された抗体分子；または（b）可変領域もしくはその一部が、異なるもしくは改変された抗原特異性を有する可変領域に改変、置換もしくは交換された抗体分子である。キメラ抗体は、一価、二価、または多価の免疫グロブリンであり得る。例えば、一価キメラ抗体は、上述のように、ジスルフィド架橋を介してキメラL鎖と結合したキメラH鎖により形成される二量体（HL）である。二価キメラ抗体は、少なくとも1つのジスルフィド架橋を介して結合した2つのHL二量体により形成される四量体である（H2 L2）。多価キメラ抗体は、鎖の凝集に基づく。
【００５０】
いくつかの実施形態において、抗体はヒト化抗体であってもよい。「ヒト化」抗体は、ヒトにおける免疫原性が低いながら、非ヒト抗体の反応性を保持する抗体である。これは、例えば、非ヒトCDR領域を維持して、抗体の残りの部分をそれらのヒト相対物に置換することにより達成することができる。例えば非特許文献４〜非特許文献８を参照。
【００５１】
いくつかの実施形態において、抗体は完全ヒト抗体であってもよい。当業者により理解されるように、完全ヒト抗体は、可変領域および定常領域の両方がヒト起源である抗体である。そのような抗体を産生または同定する方法を以下に記載する。
【００５２】
さらなる抗体タイプもまた、本発明により検討されている。これらには、軟骨魚類（例えば、サメ）などの非哺乳類動物に由来する抗体、または、i-体などのサメ抗体と同様の機能を提供する改変ヒトタンパク質骨格に由来する抗体が含まれる。サメの抗体はまた、Ig新抗原受容体（IgNAR）と称される。それらは、5つの定常領域（CNAR）、1つの可変領域（VNAR）からなり、軽鎖のないジスルフィド結合ホモ二量体である（非特許文献９〜非特許文献１２）。ラクダ（ラクダ抗体）、ヒトコブラクダおよびラマに由来する抗体も本発明により検討される。このような抗体は2つの重鎖のみからなり、軽鎖を持たない。ラクダ科動物およびサメの抗体の重鎖二量体構造に起因して、それらは時に「重鎖ミニ抗体」（mnHCAb）または「ミニ抗体」（mnAb）と称される（非特許文献１３）。軽鎖がないと、これらの抗体は、その抗原に、Vab（ラクダ抗体）またはV-NAR（サメ抗体）と呼ばれる重鎖免疫グロブリンの可変抗原結合領域である単一の領域で結合する。
【００５３】
アフィボディもまた、本発明により検討されている。アフィボディ分子は、58アミノ酸残基のタンパク質領域に基づくアフィニティータンパク質のクラスであり、ブドウ球菌プロテインAのIgG結合領域のいずれかに由来する。この3つのヘリックスバンドル領域は、コンビナトリアルファージミドライブラリー構築のための骨格として使用され、そこから所望の分子を標的とするアフィボディ変異体を、ファージディスプレイ技術を用いて選択することができる
（非特許文献１４；非特許文献１５）。アフィボディおよびその製造方法に関するさらなる詳細は、特許文献１にも開示されている。
【００５４】
本明細書において言及されるいずれの方法および応用のための抗体は、当技術分野で十分に確立された技術にしたがい製造することができ、例えば、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAH抗原の1つ以上で動物を免疫することにより製造することができる。あるいは、これら抗原のアミノ酸配列が既知であることを考慮すると、関連ポリペプチドを合成および使用し、当該技術分野でよく知られている方法により抗体を生成することができる。例えば、1つ以上の抗原に対するモノクローナル抗体は、連続継代性の培養細胞株による抗体分子の産生を可能にする技術を使用して調製され得る。これらには、ハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術、およびEBVハイブリドーマ技術が含まれるが、限定されるものではない（例えば、非特許文献１６〜非特許文献１９を参照）。
【００５５】
抗体はまた、リンパ球集団におけるin vivo産生を誘導することにより、または、免疫グロブリンライブラリーもしくは高度に特異的な結合試薬のパネルをスクリーニングすることにより、文献に開示されているように（例えば、非特許文献２０；非特許文献２１）製造することができる。抗体はまた、ファージディスプレイを使用して生成され得る。例えば、機能的抗体領域は、それらをコードするポリヌクレオチド配列を持つファージ粒子の表面上に提示される。このようなファージを利用して、レパートリーまたはコンビナトリアル抗体ライブラリー（例えばヒトまたはマウス）から発現される抗原結合領域を提示することができる。前述の抗原の1つ以上に結合する抗原結合領域を発現するファージを、関連抗原を使用して、例えば標識抗原もしくはその一部を使用して、選択または同定することができる。これらの方法で使用されるファージは、典型的には、ファージ遺伝子IIIまたは遺伝子VIIIのタンパク質のどちらかに組換えにより融合したFab、Fvまたはジスルフィド安定化Fv抗体領域を有するファージから発現されるfdおよびMl 3結合領域を含む繊維状ファージである。抗体を作製するために使用することができるファージディスプレイ法の例には、非特許文献２２〜非特許文献２６；特許文献２〜特許文献２３に開示されているものが含まれていてもよく；これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００５６】
一本鎖Fvおよび抗体を含む産生するために用いることができる技術には、特許文献２４および特許文献２５；非特許文献２７〜非特許文献２９に記載されているものが含まれる。
【００５７】
1つ以上の上記の抗原に特異的な結合部位を含む抗体断片は、当技術分野において知られている標準的な技術を用いて生成することができる。例えば、F(ab')2断片は、フライトレスI抗体分子のペプシン切断により産生することができ、そしてFab断片は、F(ab')2断片のジスルフィド架橋を還元することにより生成することができる。あるいは、Fab発現ライブラリーを構成して、所望の特異性を有するモノクローナルFab断片の迅速かつ容易な同定を可能にすることができる（例えば、非特許文献３０を参照）。
【００５８】
完全ヒト抗体は、多くの技術を用いて製造することができる。これらには、上述したような、例えばヒト抗体または抗体断片がファージの表面上に提示されるディスプレイ技術を使用することが含まれる。別の方法（非特許文献３１）において、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAH抗原の1つ以上に対する第一世代のヒト抗体は、ヒト遺伝子由来の抗体を産生するトランスジェニック動物を利用して製造され得る。抗原、またはオリゴペプチド、ペプチド、もしくはその断片でチャレンジした場合、これらの動物は、ヒト化工程なしでヒト抗体を産生する。ヒト抗体はまた、非特許文献３２に記載の技術を使用し、ヒトから単離されたB細胞から産生され得る。ヒト抗体産生のその他の技術は、とりわけ特許文献２６および非特許文献３３に記載されている。例えば、デュバルらは、ヒト扁桃腺組織から単離されたナイーブB細胞からヒトIgG抗体ライブラリーを生成する技術を利用している。その抗体はヒト遺伝子から産生され、したがって100%ヒト抗体である。
【００５９】
上述した薬剤を使用して、被験体における自己抗体の存在を検出する、または存在を検査する方法は、多くの方法で達成することができる。例示的な方法には、タンパク質マイクロアレイ、質量分析ベースの技術（タンデム質量分析（LC-MS/MS）、ナノLC-MS/MS、特許文献２７に記載のようなマトリックス支援レーザー脱離/イオン化質量分析（MALDI-MS）（表面増強レーザー脱離/イオン化質量分析法（SELDI-MS）、特に表面増強アフィニティー捕捉（SEAC）、表面増強ニード脱離（SEND）、または表面増強光標識付着および放出（SEPAR）を含む）、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型（MALDI-TOF）質量分析に連結した液体クロマトグラフィーを含む）、抗体ベース（イムノアッセイベース）検査技術（ウエスタンブロット法、免疫ブロット法、酵素結合免疫吸着アッセイ（ELISA）、「サンドイッチ」免疫アッセイ、放射免疫アッセイ（RIA）、免疫沈降および解離増強ランタニド蛍光免疫アッセイ（DELFIA）、沈降反応、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、免疫放射定量アッセイ、およびプロテインA免疫アッセイ）、プロテオミクス技術、表面プラズモン共鳴（SPR）、汎用ファイバーベースSPR、化学発光、蛍光偏光、燐光、免疫組織化学、免疫蛍光、マイクロサイトメトリー、顕微鏡、蛍光活性化細胞選別（FACS）、およびフローサイトメトリーが含まれるが、これらに限定されるものではない。これらの技術のいくつかは、以下にさらに詳細に記載されている。
【００６０】
上記技術の大部分は、検出可能な程度に標識されている薬剤に依存する。薬剤は、典型的には、共有結合または非共有結合で、検出可能なシグナルの生成を提供もしくは可能にする物質もしくはリガンドと薬剤とを結合させることにより標識される。いくつかの例には、放射性同位元素、酵素、蛍光物質、発光物質、リガンド、微粒子、酸化還元分子、基質、補因子、阻害剤、磁性粒子などが含まれるが、これらに限定されない。放射性同位体の例には、3H、12C、13C、32P、35S、36Cl、51Cr、57Co、58Co、59Fe、90Y、125I、131I、および186Reが含まれるが、これらに限定されない。例えば、薬剤が、自己抗体が由来する抗原である場合、同位体コードタンパク質標識化（ICPL）技術を使用して、12C-ニコチノイルオキシスクシンイミドおよび／または13C-ニコチノイルオキシスクシンイミドを有するタンパク質に見られる第一級アミンを標識することができる。検出標識として使用可能な酵素の例には、β-グルクロニダーゼ、β-グルコシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、ペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ、アセチルコリンエステラーゼ、グルコースオキシダーゼ、ヘキソキナーゼおよびGDPアーゼ、RNアーゼ、グルコースオキシダーゼおよびルシフェラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、ホスフェノールピルビン酸デカルボキシラーゼ、およびβ-ラタマーゼが含まれるが、これらに限定されない。蛍光物質の例には、フルオレセイン、イソチオシアネート、ローダミン、フィコエリトリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、o-フタルアルデヒドおよフルオレスカミンが含まれるが、これらに限定されない。発光物質の例には、アクリジニウムエステル、ルシフェリンおよびルシフェラーゼが含まれるが、これらに限定されない。リガンドの例には、ビオチンおよびその誘導体が含まれるが、これらに限定されない。微粒子の例には、金コロイドおよび着色ラテックスが含まれるが、これらに限定されない。酸化還元分子の例には、フェロセン、ルテニウム錯体、ビオロゲン、キノン、Tiイオン、Csイオン、ジイミド、1,4-ベンゾキノン、ハイドロキノン、K4W(CN)8、[Os(bpy)3]2+、[RU(bpy)3]2+、および[MO(CN)8] 4-が含まれるが、これらに限定されない。
【００６１】
薬剤が、本発明の1つ以上の自己抗体が由来した抗原である場合、抗原-自己抗体相互作用は、上記のような多くの方法を用いて検出することができる。一般に、これらの方法は、免疫特異性抗原-抗体結合反応の発生を可能にする条件下で、被験体から得た試料を、対応する抗原またはその一部を含む試料と接触させることに依存している。抗原は、溶液中に存在していてもよく、またはチップベースもしくはマイクロアレイ検出方法を利用できるように、固体支持体に固定されてもよい。一般に、チップベースまたはマイクロアレイアプローチにおいて、抗原の全てまたはその一部を表すアミノ酸配列を有するペプチドは、基板上の既知の位置を占めている。そして、対象の被験体から得た試料をチップまたはマイクロアレイにハイブリダイズさせ、対応する自己抗体（試料中に存在する場合）の抗原に対する結合を、上述の技術、例えば質量分析法または免疫アッセイベースの技術を用いて検出する。多くのタンパク質マイクロアレイは当技術分野で説明されており、例えばオリジーンテクノロジーズ（メリーランド州ロックビル）、ザイオミックス（カリフォルニア州ヘイワード）、インビトロジェン（カリフォルニア州カールスバッド）、ビアコア（スウェーデン、ウプサラ）および、プロコグニア（英国、バークシャー）により製造されるタンパク質バイオチップが含まれる。そのようなタンパク質バイオチップの例は、特許文献２８〜特許文献３３の特許または公開特許出願に記載されている。
【００６２】
上述の通り、対象の自己抗体の存在は、質量分析法、質量分析計を使用して気相イオンを検出する方法により測定することもできる。質量分析計の例は、飛行時間型、磁場型、四重極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクター分析器およびこれらの掛け合わせである。質量分析計は、レーザー脱離/イオン化（LDI）質量分析計であってもよい。レーザー脱離/イオン化質量分析法において、該自己抗体または検出される自己抗体は質量分析プローブの表面上に配置され、装置は質量分析計のプローブインターフェースに係合するように構成され、そしてイオン化および質量分析計への導入のためのイオン化エネルギーに自己抗体または自己抗体を提示する。レーザー脱離質量分析計は、典型的な紫外レーザーからだけでなく、赤外線レーザーからのレーザーエネルギーも使用し、検体を表面から脱離させ、それらを揮発およびイオン化し、そして質量分析計のイオン光学がそれらを使用できるようにする。LDIによる自己抗体の分析は、後述のように、MALDIまたはSELDIの形態をとることができる。
【００６３】
SELDI方法は、例えば特許文献３４および特許文献３５に記載されており、検体（この場合、検出される1つ以上の自己抗体）がSELDI質量分析プローブの表面に捕捉される脱離/イオン化気相イオン分析（例えば、質量分析）の方法に関する。SELDIはまた、アフィニティー捕捉質量分析、表面増強アフィニティー捕捉（SEAC）および非特許文献３４により説明されているような免疫捕捉質量分析（icMS）を包含する。これらのプラットフォームは、物質と自己抗体との間の非共有結合アフィニティー相互作用（吸着）を介して自己抗体を捕捉することができる物質をプローブ表面上に持つプローブの使用を伴う。物質は、「吸着剤」、「捕捉試薬」、「アフィニティー試薬」または「結合部位」と様々に呼ばれる。そのようなプローブは、「アフィニティー捕捉プローブ」、および「吸着性表面」を有すると呼ぶことができる。捕捉試薬は、自己抗体に結合することが可能ないかなる物質であってよい。捕捉試薬は、物理吸着または化学吸着によりプローブ表面に付着する。機能化バイオチップまたは磁気ビーズの形態をとり得るプローブは、既に表面に付着した捕捉試薬を有していてもよく、またはプローブは予め活性化され、例えば共有結合もしくは配位共有結合を形成する反応を介して捕捉試薬に結合することができる反応性部位を含む。エポキシドおよびアシルイミダゾールは、抗体または細胞受容体などのタンパク質捕捉試薬を共有結合させる有用な反応性部位である。ニトリロ三酢酸およびイミノ二酢酸は、ヒスチジン含有タンパク質と非共有結合的に相互作用する金属イオンに結合するキレート剤として機能する有用な反応性部分である。吸着剤は、一般的に、クロマトグラフィー用吸着剤および生体特異的吸着剤として分類される。
【００６４】
クロマトグラフィー用吸着剤は、一般的にクロマトグラフィーに用いられる吸着物質のことを言う。クロマトグラフィー用吸着剤には、例えば、イオン交換物質、金属キレート剤（例えばニトリロ三酢酸またはイミノ二酢酸）、固定化金属キレート、疎水性相互作用吸着剤、親水性相互作用吸着剤、染料、単純な生体分子（例えばヌクレオチド、アミノ酸、単糖および脂肪酸）ならびに混合モード吸着剤（例えば、疎水性引力/静電反発吸着剤）が含まれる。クロマトグラフィー用吸着剤を使用する1つの方法は、ナノLC-MS/MSを含むタンデム質量分析（LC-MS/MS）に連結された液体クロマトグラフィーである。ナノLC-MS/MS技術は、非特許文献３５に記載されている。
【００６５】
生体特異的吸着剤は、例えば核酸分子（例えばアプタマー）、ポリペプチド、多糖、脂質、ステロイド、またはこれらの複合体（例えば、糖タンパク質、リポタンパク質、糖脂質、核酸（例えば、DNA-タンパク質複合体））などの生体分子を含む吸着剤のことを言う。ある例では、生体特異的吸着剤は、多タンパク質複合体、生体膜またはウイルスなどの巨大分子構造とすることができる。生体特異的吸着剤の例は、抗体、受容体タンパク質および核酸である。生体特異的吸着剤は、典型的には、標的自己抗体に対して、クロマトグラフィー用吸着剤よりも高い特異性を有する。
【００６６】
一般に、吸着剤表面を有するプローブを試料と接触させ、前記自己抗体または調査中の自己抗体が吸着剤に結合するのに十分な期間試験する。インキュベーション期間の後、基板を洗浄して非結合物質を除去する。いずれの適切な洗浄溶液を使用することができ；好ましくは、水溶液が使用される。分子が結合したままの程度は、洗浄のストリンジェンシーを調整することにより操作することができる。洗浄溶液の溶出特性は、例えば、pH、イオン強度、疎水性、カオトロピズムの程度、洗浄剤強度、および温度に依存することができる。プローブがSEACおよびSEND両方の性質（本明細書中に記載のような）を持たない限り、エネルギー吸収分子は結合したバイオマーカーを用いて基板に塗布される。
【００６７】
さらなるアプローチでは、調査中の1つ以上の自己抗体は、該または各自己抗体に特異的に結合する抗体を持つ固相結合免疫吸着剤で捕捉することができる。吸着剤を洗浄して非結合物質を除去した後、1つ以上の自己抗体を固相から溶出し、自己抗体に結合するバイオチップに塗布することにより検出する。
【００６８】
基板に結合している調査中の自己抗体を、飛行時間型質量分析計などの気相イオン分光計において検出する。自己抗体をレーザーなどのイオン化源によりイオン化し、生成したイオンをイオン光学アセンブリにより収集し、その後質量分析器が通過するイオンを分散および分析する。次いで検出器は、検出されたイオンの情報を質量電荷比に変換する。自己抗体の検出は、典型的には、シグナル強度の検出を含む。したがって、自己抗体の数量および質量の両方を決定することができる。
【００６９】
レーザー脱離質量分析の別の方法は、表面増強ニート脱離（SEND）と呼ばれる。SENDは、プローブ表面に化学的に結合するエネルギー吸収分子を含むプローブ（「SENDプローブ」）の使用を伴う。語句「エネルギー吸収分子」（EAM）は、レーザー脱離/イオン化源からエネルギーを吸収することができ、次いで検体分子の脱離およびイオン化にそれらと接触することで寄与する分子を意味する。EAMカテゴリーには、MALDIで用いられ、しばしば「マトリックス」と呼ばれる分子が含まれ、桂皮酸誘導体、シナピン酸（SPA）、シアノ-ヒドロキシ桂皮酸（CHCA）、およびジヒドロキシ安息香酸、フェルラ酸、ならびにヒドロキシアセト-フェノン誘導体により例示される。エネルギー吸収分子を、直鎖状または架橋ポリマー、例えばポリメタクリレート中に組み込むことができる。例えば、その組成物は、α-シアノ-4-メタクリロイルオキシ桂皮酸およびアクリレートの共重合体であってもよい。あるいは、その組成物は、α-シアノ-4-メタクリロイルオキシ桂皮酸、アクリレート、および3-(トリ-エトキシ)シリルプロピルメタクリレートの共重合体であってもよく、またはα-シアノ-4-メタクリロイルオキシ桂皮酸およびオクタデシルメタクリル酸の共重合体（「Cl 8 SEND」）であってもよい。SENDは、特許文献３６および特許文献３７にさらに記載されている。
【００７０】
SEAC/SENDは、捕捉試薬およびエネルギー吸収分子の両方が、表面を提示する試料に付着しているレーザー脱離質量分析の型である。SEAC/SENDプローブは、したがって、アフィニティー捕捉およびイオン化/脱離を通じて、外部マトリックスを適用する必要なしに、調査中の自己抗体の捕捉を可能にする。Cl 8 SENDバイオチップは、捕捉試薬として機能するC18部位、およびエネルギー吸収部位として機能するCHCA部分を含むSEAC/SENDの型である。
【００７１】
LDIの別のバージョンは、表面増強光解離性付着および放出（SEPAR）と呼ばれる。SEPARは、表面に付着した部位を有するプローブの使用を伴い、このプローブは自己抗体と共有結合することができ、そして光、例えばレーザー光へのばく露後、その部位の光解離性結合を切断して自己抗体を放出する。SEPARおよびSELDIのその他の形態は、本発明の方法に必要とされるように、自己抗体の検出へと容易に適合される。
【００７２】
MALDIは、レーザー脱離/イオン化の伝統的な方法である。あるMALDI方法では、検査する試料をマトリックスと混合し、MALDIチップ上に直接置く。検査する試料に応じて、調査中の自己抗体は、好ましくは最初に、樹脂（例えばスピンカラム内の）などの固体支持体に結合した生体特異的物質（例えばその対応する抗原）またはクロマトグラフィー用物質に捕捉される。検出される自己抗体に結合し得る特異的なアフィニティー物質は、上述されている。アフィニティー物質上での精製後、調査中の自己抗体を溶出し、その後MALDIにより検出する。
【００７３】
飛行時間型質量分析法による自己抗体の分析は、飛行時間型スペクトルを生成する。最終的に分析される飛行時間型スペクトルは、一般的に、試料に対するイオン化エネルギーの単一パルスからのシグナルを示すものではなく、むしろ複数のパルスからのシグナルの和を示す。これはノイズを低減し、ダイナミックレンジを増加させる。そしてこの飛行時間データを、専用ソフトウェアを使用してデータ処理にかける。データ処理には、典型的には、質量スペクトルを生成するためのTOF対M/Z変換、機器のオフセットを除去するためのベースライン減算、および高周波ノイズを低減させるための高周波ノイズフィルタリングが含まれる。
【００７４】
自己抗体の脱離および検出により生成されたデータは、プログラム可能なデジタルコンピュータを使用して分析することができる。コンピュータプログラムはデータを分析し、検出された自己抗体の数、ならびに任意で、シグナルの強度および検出された各自己抗体について決定した分子量を示す。データ分析は、自己抗体のシグナル強度を判定する工程および所定の統計的分布から逸脱するデータを除去する工程を含み得る。例えば、観察されたピークは、いくつかの基準に対する各ピークの高さを計算することにより正規化することができる。コンピュータは、得られるデータを表示用の様々なフォーマットに変換することができる。標準スペクトルを表示できるが、ある有用なフォーマットでは、ピーク高さおよび質量情報のみがスペクトルビューから維持され、より明確な画像を生み出し、ほぼ同一の分子量を有する自己抗体をより見えやすくすることを可能にする。これらのフォーマットのいずれかを使用して、特定の自己抗体が試料中に存在するかどうかを容易に判定することができる。
【００７５】
分析は一般的に、自己抗体からのシグナルを示すスペクトルのピークの同定を伴う。ピーク選択は、視覚的に行うことができるが、市販のソフトウェアを使用して、ピークの検出を自動化することができる。一般にこのソフトウェアは、選択された閾値を超えるシグナル対ノイズ比を有するシグナルを同定し、ピークシグナルの重心にピークの質量を表示することにより機能する。ある有用なアプリケーションでは、多くのスペクトルを比較し、質量スペクトルのいくつかの選択された割合で存在する同一のピークを同定する。このソフトウェアのあるバージョンは、一定の質量範囲内の様々なスペクトルに出現する全てのピークをクラスタリングし、質量（M/Z）集団の中間点に近い全てのピークに質量（M/Z）を割り当てる。
【００７６】
データを分析するために使用されるソフトウェアは、シグナルの分析にアルゴリズムを適用するコードを含むことができ、そのシグナルが調査中の自己抗体に対応するシグナルのピークを表すかどうかを判定する。このソフトウェアはまた、観察された自己抗体のピークに関するデータを分類ツリーまたはANN分析にかけることができ、検査中の特定の臨床パラメーターの状態を示す自己抗体ピークまたは自己抗体ピーク（複数）の組み合わせが存在するか否かを判定する。データの分析は、試料の質量分光分析から直接的または間接的に得られる様々なパラメータに対して「調整され（keyed）」てもよい。これらのパラメータには、1つ以上のピークの有無、ピークまたはピーク群の形状、1つ以上のピークの高さ、1つ以上のピークの高さの対数、およびその他のピーク高さデータの計算操作などが含まれるが、これらに限定されない。
【００７７】
自己抗体の存在を検出するためのさらなる技術には、特許文献３８に記載のように、汎用ファイバーベース表面プラズモン共鳴（VeSPR）バイオセンサーが含まれる。従来のSPRは、誘電体基板と薄い金属コーティングとの間の界面での自由電子の励起に依存する非標識バイオセンシングのために十分に確立された方法である。入射光がプラズモン波とカップルする条件は、入射角と入射光の波長だけでなく、センサー自体の物理的特性（誘電率/屈折率）および周囲環境にも依存する。こうした理由から、SPRは、センサー近傍における密度（屈折率）の小さな変動に対してさえ感度が高く、蛍光標識の使用を要しない。自己抗体などの結合生体分子によりセンサー表面上に誘発される屈折率の小さな変動は、入射光の入射角または波長のいずれかを介してカップリング条件をモニターすることにより測定することができる。既存のSPRシステムは、プリズムの一面がプラズモン波を支えることができる金や銀などの金属でコーティングされているクレッチマンプリズム配置を使用する。代替のSPR構造は、ファイバー短片の周りに沈着した金属コーティングを有する光ファイバーに基づいて開発されてきた。このアプローチは、かかるセンサーの複雑さおよびコストを低減し、ディップセンシングなどの別の用途への道を開く。センサー表面の物質を、表面プラズモンへのカップリングにより吸収される広域スペクトル内の波長をモニターすることによりプローブする。これらの技術には、慎重な温度校正の必要性に関連する実施上の制限があり、多数の試料を整合的に分析することを困難にしている。VeSPRとして知られている光ファイバーベースSPRセンサーの新規で強力な改良型が、近年開発されてきた。VeSPRは、既存のSPR技術と比較して多くの実証された利点を有し、これら利点には、（i）より高いシグナル対ノイズ比と、それによる高感度；（ii）変換シグナルの自己参照と、それによる高価な/かさ高い温度調節の回避；および（iii）単一の光ファイバーを使用して、異なる分析物の多重検出を実行する機能が含まれる。
【００７８】
上述したように、自己抗体を、間接的な方法で自己抗体と結合／相互作用する薬剤を用いて検出することができる。上述の抗体ベース検出法を参照して、調査中の自己抗体に特異的な一次抗体の結合を、一次抗体に対して二次抗体または試薬を使用することにより検出することができる。実際には、検出するのは、二次抗体または試薬の一次抗体との結合または相互作用である。二次抗体または試薬を、上記の方法を用いて検出することができる。
【００７９】
さらに、特定の場合では、抗原または自己抗体が試料中に存在する場合、それらに対する結合アフィニティー、例えば自己抗体のFc領域への反応性を有する中間リガンド、または自己抗体の結合領域とは異なる抗原の領域への反応性を有する中間リガンドを使用することにより自己抗体の存在を検出することが有利な場合がある。これらのケースでは、中間薬剤は、上記のように検出可能な標識またはマーカー分子に結合することができる。リガンドは、多くの場合、それ自体が抗体であり、このため二次抗体と呼ぶことができる。典型的には、効果的な条件下で、二次免疫複合体の形成を可能にするのに十分な期間、抗原-自己抗体を標識リガンドまたは二次抗体と接触させる。次いで通常、二次免疫複合体を洗浄して未結合の標識リガンドまたは二次抗体を除去し、そして二次免疫複合体の残っている標識を検出する。
【００８０】
被験体においては、本発明の1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を被験体において直接検出することができ、または別の実施形態では、それらの存在を、被験体から得た試料中において検出することができる。本発明の方法により分析される被験体から得た試料は、前もって被験体から得てもよく、そして、例えば適切な保存場所に保管されていてもよいことは明確にされるべきである。この例では、試料は本発明の方法から独立して被験体から得られたと思われるので、本発明の方法とは区別される。
【００８１】
被験体から得た試料は、被験体の血清、全血、血漿、血清、全血、血漿、唾液、口腔スワブ、子宮頸部細胞診検体、便、尿、膀胱洗浄液、子宮洗浄液、痰、リンパ液、脳脊髄液、精液、および一方もしくは両方の卵巣または転移性腫瘍組織からの組織試料を含み得るが、これらに限定されるものではない。特定の状況では、試料は採取後、試薬での処理、可溶化、または調査中の関連自己抗体などの特定の成分の富化などの任意の方法で操作されてもよい。
【００８２】
一実施形態において、試料は、被験体から得た血清試料である。血清は、血液の黄色液体成分であり、全血の血液細胞が通常浮遊している血漿に由来する。これは全血液量の約55%を占める。それは主に水（90容量%）であり、溶解タンパク質、グルコース、凝固因子、ミネラルイオン、ホルモンおよび二酸化炭素を含有する。新鮮な血液のチューブを、血液細胞がチューブの底に落ちるまで遠心分離器で回転させることにより、血漿を調製する。その後血漿を捨てるまたは取り除く。血漿は、好ましくは凝固阻害剤、例えばヘパリンまたはEDTAを補充され、約1.025kg/lの密度を有する。血清は、フィブリノーゲンまたは他の凝固因子のない血漿である（すなわち、細胞および凝固因子の両方を引いた全血）。
【００８３】
本発明者らは、本発明の自己抗体は、卵巣がんの進行の早い段階で、早ければがんのステージIで検出可能であることを確認した。疾患のより進行した段階では、罹患被験体における自己抗体のレベルは、進行がんを患う被験体に存在する多数の腫瘍細胞（したがって、対応する腫瘍関連抗原）のため、あまり進行していないがんを患う被験体における自己抗体のレベルよりも高いことが予想される。
【００８４】
したがって、第三の態様において、本発明は、被験体における卵巣がんの進行または再発を評価する方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００８５】
一実施形態において、前記方法は、
（a）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを検出すること；
（b）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを、該または各卵巣がん関連自己抗体の基準レベルと比較すること；および
（c）被験体における卵巣がんの進行または再発を、比較に基づいて評価すること
を含む。
【００８６】
被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在またはレベルを検出する方法は、上記で詳細に説明されている。上述のように、本発明の1つ以上の卵巣がん関連自己抗体は、被験体において直接検出されてもよく、または別の実施形態では、それらの存在は、被験体から得た試料中において検出されてもよい。試料は、本明細書において言及したものの1つ以上であってもよい。
【００８７】
1つ以上の自己抗体のレベルを被験体において、または被験体から得た試料中において検出した後、そのレベルを、各自己抗体の基準レベルと比較する。特定の自己抗体の基準レベルは、卵巣がん進行の特定の段階（すなわちステージI、II、IIIまたはIV）に関連している自己抗体の量である。各自己抗体の基準レベルは、一定の進行段階の卵巣がんを患う少なくとも1つの被験体から導かれてもよく、そして好ましくは、そのような被験体の平均から導かれる（例えば、n=2〜100またはそれ以上）。
【００８８】
本発明のいくつかの実施形態においては、1つ以上の自己抗体の存在またはレベルを、複数の時点で検出する。このような「逐次」サンプリングは、例えば卵巣がんの進行をモニタリングするのによく適している。逐次サンプリングは、月毎、四半期毎（すなわち3ヶ月毎）、半年毎、一年毎、二年毎、またはより少ない頻度など、任意の所望のタイムラインで実行されてよい。被験体において検出されたレベルと基準レベルとの比較は、新しい試料が測定されるたびに行ってもよく、またはレベルに関連するデータを、より少ない頻度の分析のために保管してもよい。
【００８９】
本発明の第三の態様のいくつかの実施形態において、前記または各卵巣がん関連自己抗体の基準レベルよりも高い被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルは、被験体における卵巣がんの進行または再発の指標となる。
【００９０】
本発明の第三の態様の一実施形態において、被験体は卵巣がんの治療を受けている。その治療は、化学療法や放射線療法などの従来の治療法であってもよく、またはその治療は、代替療法であってもよい。代替的な実施形態において、被験体は、自らの選択、または被験体は治療後無病と考えられてきたという理由のいずれかにより、治療を一切受けなくてもよい。
【００９１】
本発明の第三の態様による方法は、したがって、疾患の除去を究極の目的とした卵巣がんの治療計画の有効性をモニターするために使用することができる。このような状況において、治療の成功は、罹患被験体からの1つ以上の自己抗体の減少または除去として測定することができる。したがって、いくつかの実施形態において、前記または各自己抗体の基準レベルよりも低い被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルは、被験体における卵巣がんの退行の指標である。被験体における卵巣がんの除去またはその近くの除去が達成された状況において、前記または各自己抗体の基準レベルは、卵巣がんに罹患していない被験体（本発明の文脈において、「正常な」被験体）で発見されたことで知られるレベルとみなすことができる。この例では、前記または各自己抗体の基準レベルは、少なくとも1つの正常な被験体から導かれてもよく、そして好ましくは、正常な被験体の平均から導かれ（例えば、n=2〜100またはそれ以上）、ここでその被験体または複数の被験体は、卵巣がんの既往歴がないものとする。前記または各自己抗体の基準レベルは、卵巣がんを患っていると疑われる、または患っている被験体からの1つ以上の正常な試料から得ることができる。例えば、前記または各自己抗体の基準レベルは、少なくとも1つの正常な試料から得られてもよく、そして好ましくは、正常な試料の平均から得られ（例えば、n=2〜100またはそれ以上）、ここでその被験体は、卵巣がんを患っていると疑われる、または患っている。
【００９２】
上述のように、本発明の第三の態様による方法は、治療後無病と以前は考えられていた被験体における卵巣がんの再発を評価またはモニターするために用いることができる。したがって、いくつかの実施形態において、前記または各自己抗体の基準レベルよりも高い被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルは、被験体における卵巣がんの再発の指標となる。被験体における卵巣がんの除去またはその近くの除去が被験体において継続されている状況で、前記または各自己抗体の基準レベルは、上記のように、卵巣がんに罹患していない被験体で発見されたことで知られるレベルとみなすことができる。
【００９３】
いくつかの実施形態において、本発明の第三の態様による方法を、新薬の臨床試験を実施するために使用してもよく、同様に、この薬物を投与された被験体の進行をモニターするために使用してもよい。治療または臨床試験は、特定の投与計画で試験される薬剤を投与することを伴う。投与計画は、薬物の単回投与または経時的な薬物の複数回投与を伴っていてもよい。医師または臨床研究者は、投与期間中、被験体に対する薬物の効果をモニターする。薬物が卵巣がんに対して薬理学的影響を有する場合には、前述の自己抗体のレベルは、その自己抗体の基準レベルよりも低くなる。したがって、自己抗体のレベルの傾向を、治療期間中、被験体においてモニターすることができる。1つ以上の自己抗体のレベルは、上記に詳細に記載された方法を使用して判定することができる。この方法の一実施形態は、薬物治療期間中の少なくとも2つの異なる時点について、例えば第一時点と第二時点とについて、前述の自己抗体のレベルを判定することと、自己抗体のレベルの変化があれば、それを比較することを伴う。例えば、自己抗体のレベルは、薬物投与の前後、または薬剤投与中の2つの異なる時点で測定することができる。治療の効果は、これらの比較に基づいて判定される。治療が有効である場合は、前述の自己抗体のレベルはその自己抗体の基準レベルよりも低くなり、一方治療が有効でない場合は、前述の自己抗体のレベルは同じままか、またはバイオマーカーの基準レベルよりも高くなる。例えば、臨床試験開始時の被験体における卵巣がんの段階がステージIIであれば、前記または各自己抗体の基準レベルは、がんのこの段階での前記または各自己抗体のレベルに相当する。治療の成功は、被験体における前記または各自己抗体のレベルが基準レベルよりも低くなった場合に観察される。
【００９４】
第四の態様において、本発明は、卵巣がんを治療するのに有用な候補治療薬をスクリーニングする方法であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを低下させる活性について候補治療薬をアッセイする工程を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される方法を提供する。
【００９５】
一実施形態において、前記方法は、
（a）被験体に候補治療薬を投与すること；
（b）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを検出すること；および
（c）被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルを、卵巣がんを患っている未治療の被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルと比較すること
を含み、
ここで、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルが、未治療の被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルよりも低い場合、候補治療薬は卵巣がんを治療するのに有用である。
【００９６】
1つ以上の卵巣がん関連自己抗体のレベルは、上述の方法を用いて被験体内で検出することができる。いくつかの実施形態においては、1つ以上の自己抗体のレベルを、被験体から得た試料中において検出する。試料は、上記のものの1つ以上であってよい。
【００９７】
スクリーニングアッセイは、in vitroおよび／またはin vivoで行うことができる。例えば、有望な薬剤は、細胞ベースのアッセイにおいて、卵巣がん治療の候補治療薬を同定するためにスクリーニングされ得る。この際、有望な各薬剤を、培養細胞（例えば、正常な被験体、もしくは卵巣がんに罹患している被験体の卵巣から得た細胞、または正常もしくは罹患被験体に由来する細胞株）と共にインキュベートし、そして1つ以上の自己抗体のレベルを測定する。したがって、本発明の第四の態様の一実施形態において、本方法は、
（a）候補治療薬を、1つ以上の自己抗体を発現する細胞にばく出させること；
（b）細胞内の前記または各自己抗体のレベルの変化を測定すること；および
（c）被験体における前記または各自己抗体のレベルを前記または各自己抗体の基準レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記および各自己抗体のレベルが、前記および各自己抗体の基準レベルよりも低い場合、候補治療薬は被験体における卵巣がんを治療するのに有用である。
【００９８】
前記または各自己抗体の基準レベルを、上述のように決定することができる。
【００９９】
別の例では、候補治療薬を、器官培養ベースのアッセイでスクリーニングすることができる。この際、有望な各薬剤を、非ヒト動物に由来する全器官または器官の一部（例えば、正常または罹患被験体の卵巣の一部など）のいずれかと共にインキュベートし、標的自己抗体のレベルの調節を測定する。
【０１００】
上述したように、前述の本発明の態様の方法は、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される1つ以上の自己抗体の存在またはレベルを検出することを含む。これらの自己抗体が由来した腫瘍タンパク質（腫瘍関連抗原）の詳細、特にアミノ酸および核酸配列情報に関しては、国立バイオテクノロジー情報センター（www.ncbi.nlm.nih.gov）のGenBankデータベースからアクセスすることができる。特定の詳細は以下に提供される。
【０１０１】
（ANXA1（アネキシンA1））
ANXA1タンパク質は、タンパク質のアネキシンファミリーに属し、膜融合を促進するカルシウム/リン脂質結合タンパク質であり、エキソサイトーシスに関与する。ANXA1タンパク質はホスホリパーゼA2活性を調節し、2〜4個のカルシウムイオンに高いアフィニティーで結合すると考えられている。ホスホリパーゼA2は、強力な炎症メディエーター、プロスタグランジン、およびロイコトリエンの生合成に必要とされるので、ANXA1は潜在的な抗炎症活性を有し得る。ANXA1遺伝子はまた、アネキシンI、アネキシンA1、ANX1、アネキシン-1、カルパクチンII、カルパクチン-2、クロモビンジン-9、リポコルチンI、ホスホリパーゼA2阻害タンパク質、LPC1およびp35としても知られている。ヒトANXA1のGenBank遺伝子ID番号は301であり、そしてヒトANXA1遺伝子は、GenBank登録番号NP_00069.1で表されるタンパク質をコードする。ANXA1タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_000700.1で表される。ANXA1によりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトANXA1のUniProt IDはP04083である。
【０１０２】
（ARP3（アクチン関連タンパク質3））
ARP3タンパク質は、アクチン重合の調節に関与するArp2/3複合体のATP結合成分として機能すると示されてきた。活性化核形成促進因子（NPF）と共に、ARP3は分岐状アクチンネットワークの形成を仲介する。ARP3遺伝子は、アクチン様タンパク質3、ACTR3およびアクチン関連タンパク質3ホモログ（酵母）としても知られている。ヒトARP3のGenBank遺伝子ID番号は10096であり、そしてヒトARP3遺伝子は、GenBank登録番号NP_005712.1（アイソフォーム1）およびNP_001264069.1（アイソフォーム2）で表される2つのタンパク質変異体をコードする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_005721.4（アイソフォーム1）およびNM_001277140.1（アイソフォーム2）で表される。ARP3によりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベース（www.uniprot.org）からもアクセスすることができ、そこではアイソフォーム1のUniProt IDはP61158であり、そしてアイソフォーム2のそれはB4DXW1である。
【０１０３】
（SAHH（アデノシルホモシステイナーゼ））
SAHHタンパク質は、アデノシルホモシステイナーゼファミリーに属する。それは、S-アデノシルホモシステイン（AdoHcy）のアデノシン（Ado）およびL-ホモシステイン（Hcy）への可逆的加水分解を触媒する。したがってそれは、トランスメチレーション反応に重要であると考えられている細胞内S-アデノシルホモシステイン（SAH）の濃度を調節する。SAHH遺伝子はまた、アデノシルホモシステイナーゼ、S-アデノシルホモシステイン加水分解酵素、S-アデノシル-L-ホモシステイン加水分解酵素、およびAHCYとしても知られている。ヒトSAHHのGenBank遺伝子ID番号は191であり、そしてヒトSAHH遺伝子は、GenBank登録番号NP_000678.1（アイソフォーム1）およびNP_001155238.1（アイソフォーム2）で表される2つのタンパク質変異体をコードする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_000687.2（アイソフォーム1）およびNM_001161766.1（アイソフォーム2）で表される。SAHHによりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることもでき、そこではヒトSAHH（各変異体を含む）のUniProt IDはP23526である。
【０１０４】
（SERPH（セルピンH1））
SERPH遺伝子は、セリンプロテアーゼ阻害剤のセルピンスーパーファミリーのメンバーをコードする。コードされたタンパク質は小胞体に局在し、コラーゲン生合成において、コラーゲン特異的分子シャペロンとしての役割を果たす。SERPH遺伝子はまた、セルピンH1前駆体、SERPINH1、コリジン-1、コリジン-2、ヒ素トランス活性タンパク質3（AsTP3）、セリン（またはシステイン）プロテイナーゼ阻害剤、クレードH（熱ショックタンパク質47）、メンバー1（コラーゲン結合タンパク質1）（CBP1）、セリン（またはシステイン）プロテイナーゼ阻害剤、クレードH（熱ショックタンパク質47）、メンバー2（コラーゲン結合タンパク質2）（CBP2）、gp46、47kDa熱ショックタンパク質（HSP47）、OI10、PIG14、PPROM、関節リウマチ抗原A-47（RA-A47）およびセルピンH2としても知られている。ヒトSERPHのGenBank遺伝子ID番号は871であり、そしてヒトSERPH遺伝子は、GenBank登録番号NP_001193943.1（変異体1）およびNP_001226.2（変異体2）で表される2つのタンパク質変異体をコードする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_001207014.1（変異体1）およびNM_001235.3（変異体2）で表される。SERPHによりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトSERPH（各変異体を含む）のUniProt IDはP50454である。
【０１０５】
（ARAP1（RhoGAP領域、アンキリンリピートおよびPH領域1を有するArfGAP））
ARAP1遺伝子がコードするタンパク質には、SAM、ARF-GAP、RHO-GAP、アンキリンリピート、RAS会合、およびプレクストリン相同（PH）領域が含まれる。In vitroでは、ARAP1はRHO-GAPおよびホスファチジルイノシトール（3,4,5）三リン酸（PIP3）依存性ARF-GAP活性を示す。ゴルジ体およびARF-GAP活性を有するARAP1会合体は、ゴルジ体の変化や糸状仮足の形成を仲介する。ARAP1タンパク質は、アポトーシスに関与する受容体タンパク質の細胞特異的輸送を調節すると考えられている。ARAP1はまた、CENTD2、cnt-d2、センタウリン-デルタ-2、センタウリンデルタ2およびARF-GAP、RHO-GAP、アンキリンリピート、ならびにプレクストリン相同領域含有タンパク質1としても知られている。ヒトARAP1のGenBank遺伝子ID番号は116985であり、そしてヒトのARAP1遺伝子は、GenBank登録番号NP_056057.2（変異体1-アイソフォームa）、NP_001035207.1（変異体2-アイソフォームc）、およびNP_001128662.1（変異体3-アイソフォームd）で表される3つのタンパク質変異体をコードするする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_015242.4（変異体1）、NM_001040118.2（変異体2）、およびNM_001135190.1（変異体3）で表される。ARAP1によりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトARAP1（各変異体を含む）のUniProt IDはQ96P48である。
【０１０６】
（OTUB1（ユビキチンチオエステラーゼ））
OTUB1は、予測システインプロテアーゼのOTU（卵巣腫瘍）スーパーファミリーのメンバーである。コードされたタンパク質は、非常に特異的なユビキチンイソペプチダーゼであり、ユビキチンを分岐状ポリユビキチン鎖から切断するが、ユビキチン化基質からはしない。これは、別のユビキチンプロテアーゼ、および免疫系におけるサイトカイン遺伝子の転写を阻害するE3ユビキチンリガーゼと相互作用する。おそらくポリユビキチン鎖成長の編集機能を提供することにより、特定のユビキチン依存性経路で機能すると提案されている。OTUB1はまた、オツバイン-1、OTB1、OTU1、HSPC263、OTU領域Ubal結合1、脱ユビキチン化酵素、ユビキチン特異的プロテアーゼオツバイン1、ユビキチン特異的プロセッシングプロテアーゼ、およびOTU領域含有ユビキチンアルデヒド結合タンパク質1としても知られている。ヒトOTUB1のGenBank遺伝子ID番号は55611であり、そしてヒトOTUB1遺伝子は2つのタンパク質変異体をコードする。第一の変異体は、GenBank登録番号NP_060140.2（変異体1）で表され、一方第二の変異体は、変異体1とは異なり、3'コーディング領域において代替セグメントを持つ転写物変異体であり、それはフレームシフトをもたらす。この第二の変形が実際にポリペプチドに翻訳されるかどうかは知られていない。この第二の転写変異体のmRNA配列は、GenBank登録番号NR_003089.1で表される。変異体1をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_017670.2で表される。OTUB1によりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトOTUB1のUniProt IDはQ96FW1である。
【０１０７】
（ATP1A1（ナトリウム／カリウム輸送ATPアーゼサブユニットアルファ-1））
ATP1A1は、P型陽イオン輸送ATPアーゼのファミリー、およびNa+/K+ -ATPアーゼのサブファミリーに属する。Na+/K+ -ATPアーゼは、細胞膜を隔てたNaおよびKイオンの電気化学的勾配の確立ならびに維持に関与している内在性膜タンパク質である。これらの勾配は、様々な有機および無機分子のナトリウム結合輸送、ならびに神経および筋肉の電気的興奮のための浸透圧調節にとって不可欠である。この酵素は、大きな触媒サブユニット（アルファ）および小さな糖タンパク質サブユニット（ベータ）の2つのサブユニットで構成されている。Na+/K+ -ATPアーゼの触媒サブユニットは、複数の遺伝子によりコードされている。ATP1A1遺伝子は、アルファ1サブユニットをコードする。ATP1A1はまた、ATPアーゼ、Na+/K+輸送、アルファ1ポリペプチド、ナトリウムポンプ1、Na+/K+ ATPアーゼ1、Na,K-ATPアーゼアルファ-1サブユニット、ナトリウムポンプサブユニットアルファ-1、Na+,K+ATPアーゼアルファサブユニット、NA(+)/K(+)ATPアーゼアルファ-1サブユニット、Na,K-ATPアーゼ、アルファA-触媒ポリペプチド、ナトリウム-カリウム-ATPアーゼ、アルファ1ポリペプチド、Na,K-ATPアーゼ触媒サブユニットアルファ-Aタンパク質およびナトリウム-カリウムATPアーゼ触媒サブユニットアルファ-1としても知られている。ヒトATP1A1のGenBank遺伝子ID番号は476であり、そしてヒトATP1A1遺伝子は、GenBank登録番号NP_000692.2（変異体1-アイソフォームa）、NP_001153705.1（変異体2-アイソフォームc）、およびNP_001153706.1（変異体3-アイソフォームd）で表される3つのタンパク質変異体をコードする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_000701.7（変異体1）NM_001160233.1（変異体2）、およびNM_001160234.1（変異体3）で表される。ATP1A1によりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトATP1A1（各変異体を含む）のUniProt IDはP05023である。
【０１０８】
（UBA1（ユビキチン様修飾因子活性化酵素1））
UBA1はユビキチン結合の最初のステップを触媒し、分解のために細胞タンパク質をマークする。UBA1遺伝子は、DNA合成においてX連鎖性マウス温度感受性欠陥を補完し、したがってDNA修復において機能を果たし得る。UBA1はまた、A1S9、A1ST、GXP1、UBE1、A1S9T、AMCX1、POC20、SMAX2、UBA1A、UBE1X、POC20中心体タンパク質相同体、ユビキチン活性化酵素E1相同体A、ならびにA1S9TおよびBN75温度感受性補足物としても知られている。ヒトUBA1のGenBank遺伝子ID番号は7317であり、そしてヒトUBA1遺伝子は、GenBank登録番号NP_003325.2（変異体1）およびNP_695012.1（変異体2）で表される2つのタンパク質変異体をコードする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_003334.3（変異体1）およびNM_153280.2（変異体2）で表される。UBA1によりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトUBA1（各変異体を含む）のUniProt IDはP22314である。
【０１０９】
（CFAH（補体因子H））
CFAH遺伝子は、補体活性化レギュレーター（RCA）遺伝子クラスターのメンバーであり、20のショートコンセンサスリピート（SCR）領域を有するタンパク質をコードする。CFAHタンパク質は血流中に分泌され、補体活性化の調節において重要な役割を有し、この生得的防御機構を微生物感染に制限する。この遺伝子の変異は、溶血性尿毒症症候群（HUS）および慢性低補体血性腎症と関連している。CFAHはまた、CFH、因子H（FH）、HF、H因子1（補体）（HF1）、H因子2（補体）（HF2）、HUS、因子H様1（FHL1）、AHUS1、アドレノメデュリン結合タンパク質（AMBP1）、ARMD4、加齢黄斑変性症易罹患性1（ARMS1）、CFHL3、ベータ-1H、ベータ-1-H-グロブリン、および補体因子H、アイソフォームbとしても知られている。ヒトCFAHのGenBank遺伝子ID番号は3075であり、そしてヒトCFAH遺伝子は、GenBank登録番号NP_000177.2（変異体1）およびNP_001014975.1（変異体2）で表される2つのタンパク質変異体をコードする。これらの変異体をコードするヌクレオチド配列は、GenBank登録番号NM_000186.3（変異体1）およびNM_001014975.2（変異体2）で表される。CFAHによりコードされるアミノ酸配列の詳細は、UniProtデータベースからもアクセスすることができ、そこではヒトCFAHのUniProt IDは、P08603（変異体1）およびF8WDX4（変異体2）である。
【０１１０】
上記パラグラフに関して、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAHへの言及は、これらタンパク質（抗原）の天然に存在する変異体への参照を含むことが明確にされるべきである。この点において、「変異体」は、天然配列に対して少なくとも80%同一である、少なくとも90%同一である、少なくとも95%同一である、少なくとも98%同一である、少なくとも99%同一、または少なくとも99.9%同一であるアミノ酸配列（またはそのアミノ酸配列をコードする核酸配列）を示し得る。いくつかの実施形態において、天然タンパク質の変異体は、天然の生物学的活性またはその実質的な同等物を保持し得る。いくつかの実施形態において、変異体、例えば生物学的に活性なタンパク質の前駆体であるような変異体などは、実質的な生物学的活性を有していなくてもよい。ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAHの天然に存在する変異体の例は、上述されている。
【０１１１】
本発明の前述の態様の方法において、複数の自己抗体の存在またはレベルを検出するようにしてもよい。自己抗体の特定の組み合わせの存在またはレベルを検出することは、いずれか１つのみの自己抗体よりも高い感度、特異性および予測力を提供し得る。この点について、本発明者らは、前述の自己抗体の組み合わせを使用することにより、真陽性および真陰性の識別における感度および特異性が最大化されることを示している。例えば、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体の組み合わせの存在またはレベルを検出することは、真陽性と真陰性の識別における最大の感度と特異性（試験済みの組み合わせの）を提供する。また、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体の組み合わせはまた、重要な特異性および感度を示した。さらに本発明者らは、被験体におけるANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体のデータを、被験体における腫瘍関連抗原CA125の存在またはレベルと組み合わせることもまた、重要な特異性と感度を提供することを示した。
【０１１２】
したがって、本発明の前述の態様のいくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、およびSAHHに対する自己抗体の存在またはレベルを、被験体において検出する。いくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、およびSERPHに対する自己抗体の存在またはレベルを、被験体において検出する。いくつかの実施形態において、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、および腫瘍関連抗原CA125の存在またはレベルを、被験体において検出する。
【０１１３】
本明細書で使用される、用語「被験体」は、任意の動物（例えば、哺乳動物）を意味し、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ヒツジ、シカ、ブタ、げっ歯類、および卵巣がんを患っていることが知られている任意の他の動物を含むが、それらに限定されるものではない。したがって、ヒトのANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAH抗原に関する情報を上述したが、本発明の方法はヒトに限定されないことが理解されるべきである。他の種におけるこれらの抗原の詳細、ならびにそれらに関連するアミノ酸およびmRNA配列は、GenBankおよびUniProtデータベースから容易にアクセスすることができ、または配列はBLAST検索により同定することができる。
【０１１４】
本発明はまた、本発明の上述の方法のいずれか1つ以上を実行するために使用することができる組成物を可能にする。したがって、第五の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを検出するための、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするための、および／または被験体における卵巣がんの進行を評価するための組成物であって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体に結合する、またはそれらと相互作用する薬剤を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択される組成物を提供する。
【０１１５】
本発明の第五の態様の一実施形態において、薬剤は、1つ以上の自己抗体が由来する抗原である、または1つ以上の自己抗体に特異的な抗体である。これらの薬剤に関する詳細は、上記で提供されている。
【０１１６】
第六の態様において、本発明は、被験体の卵巣がんを検出するための、被験体の早期卵巣がんをスクリーニングするための、および／または被験体における卵巣がんの進行を評価するためのキットであって、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する手段を含み、1つ以上の卵巣がん関連自己抗体が、ANXA1に対する自己抗体、ARP3に対する自己抗体、SAHHに対する自己抗体、SERPHに対する自己抗体、ARAP1に対する自己抗体、OTUB1に対する自己抗体、ATP1A1に対する自己抗体、UBA1に対する自己抗体、およびCFAHに対する自己抗体からなる群より選択されるキットを提供する。
【０１１７】
一実施形態において、被験体における1つ以上の卵巣がん関連自己抗体の存在を検出する手段は、チップ、センサー、マイクロタイタープレート、または、その上に結合する捕捉試薬を有し、その捕捉試薬が本発明の自己抗体に結合するようなビーズもしくは樹脂などの固体支持体を含む。例えば、捕捉試薬は、上記のように自己抗体が由来する抗原であってもよい。したがって、例えば、キットは、プロテインチップ（ProteinChip）（登録商標）アレイ、または汎用ファイバーベースSPR検出装置などのSELDI用の質量分析プローブを含むことができる。生体分子特異的捕捉試薬の場合、キットは、反応性表面を有する固体支持体および生体分子特異的捕捉試薬を含む容器を含み得る。
【０１１８】
一実施形態において、キットは、洗浄溶液または洗浄溶液作製のための指示書を含んでいてもよく、捕捉試薬および洗浄溶液の組み合わせは、固体支持体上での1つ以上の自己抗体の捕捉を、例えば質量分析法または免疫学的技法（例えばELIZA）などによる後続の検出のために可能にする。キットは、複数のタイプの吸着剤を含むことができ、それぞれが異なる固体支持体上に存在する。
【０１１９】
いくつかの実施形態において、このようなキットは、ラベルまたは別個の挿入物の形態での適切な操作パラメータの指示書を含み得る。例えば指示書は、利用者に、試験する試料の収集方法、検出されるプローブまたは特定の自己抗体の洗浄方法について説明してもよい。
【０１２０】
いくつかの実施形態において、キットは、それぞれの自己抗体の基準レベルを示し、したがってキャリブレーションの標準として使用される試料を含む1つ以上の容器を含み得る。
【０１２１】
本発明はまた、卵巣がんの治療のための方法および組成物を可能にする。例えば、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAH抗原の1つ以上を、卵巣がんに罹患している被験体を免疫する治療法において使用することができる。このような抗原に対する免疫応答の刺激は、より効果的な攻撃をがん細胞上で誘発し、それにより細胞の増殖を阻害するまたはがん細胞の死滅を促進することができるように意図されている。卵巣がん被験体におけるこれらの抗原に対する自己抗体の同定は、疾患の免疫療法のための基盤を提供する。上記のように、対応する自己抗体に特異的に結合できる抗原の一部または部分を、免疫療法のために使用してもよい。
【０１２２】
いくつかの実施形態において、本発明の1つ以上の自己抗体と同等の1つ以上の抗体を、治療法で使用することができる。この場合、各抗体は、同等の自己抗体の免疫反応特性を有するべきである。上述のように、抗体断片も治療法で使用することができ、そして本発明のこの態様の文脈における「抗体」という用語の使用は、抗体断片を含むと解釈される。本明細書で言及する治療用途、またはその他の用途のための抗体は、上記のものを含む当該技術分野において十分に確立された技術にしたがって製造することができる。
【０１２３】
各抗体は、いったん投与されれば、治療を受ける被験体におけるがん細胞上に存在する対応抗原を認識する。したがって、各抗体を、がん細胞を死滅させる様々な放射性核種および／または細胞毒性薬物と組み合わせることができる。使用され得る放射線基の例には、I-131、Yt-99、Cu-67、Au-198、P-32などのアルファ放射およびベータ放出放射性核種、ならびに他の細胞毒性放射性核種が含まれる。放射性核種は、当業者によく知られている方法を用いて、キャリア抗体に結合させることができる。例えば、キャリア抗体をクロラミンT法を用いてヨウ素化し、抗体をI-125またはI-131で標識することができる。他の放射性核種を、ベンジルEDTAまたはDPTA結合手順でのキレート化により、キャリア抗体に結合させることができる。がん治療には、高い放射能投与量が典型的に使用される。次いで標識されたキャリア抗体を、それが腫瘍内の壊死領域に局在する罹患被験体の箇所に注射する。そこから、放射線は、それががん細胞に対する細胞毒性効果をもたらす腫瘍周囲に浸透する。
【０１２４】
治療用抗体と組み合わせることができる適切な細胞毒性薬物の例には、葉酸阻害剤、ピリミジン類似体、プリン類似体、アルキル化剤および抗生物質が挙げられる。具体例には、アシビシン、アクラルビシン、アコダゾール、アドリアマイシン、アメタントロン、アミノグルテチミド、アントラマイシン、アスパラギナーゼ、アザシチジン、アゼテパ、ビサントレン、ブレオマイシン、ブスルファン、カクチノマイシン、カルステロン、カラセミド、カルボプラチン、カルムスチン、カルビシン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、シタラビン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デザグアニン、ジアジコン、ドキソルビシン、エピプロピジン、エトポシド、エトプリン、フロクスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、フルオロシタビン、ヒドロキシ尿素、イプロプラチン、酢酸ロイプロリド、ロムスチン、メクロレタミン、酢酸メゲストロール、酢酸メレンゲストロール、メルカプトプリン、メトトレキサート、メトプリン、ミトクロミン、 ミトギリン、マイトマイシン、ミトスペル、ミトキサントロン、ミコフェノール酸、ノコダゾール、ノガラマイシン、オキシスラン、ペリオマイシン、ペンタムスチン、ポルフィロマイシン、プレドニムスチン、塩酸プロカルバジン、ピューロマイシン、ピラゾフリン、リボプリン、セムスチン、スパルソマイシン、スピロゲルマニウム、スピロムスチン、スピロプラチン、ストレプトゾシン、タリソマイシン、テガフール、テニポシド、テルオキシロン、チアミプリン、チオグアニン、チアゾフリン、リン酸トリシリビン、トリエチレンメラミン、トリメトレキサート、ウラシルマスタード、ウレデパ、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビネピジン、ビンロシジン、ビンゾリジン、ジノスタチンおよびゾルビシンが含まれる。また、リシンやジフテリア毒素などの毒素も含まれる。これら化合物の全ては、当業者によく知られている方法を用いて、キャリア抗体に結合させることができる。例えば、メトトレキサートなどの多くのカルボン酸含有化合物を、化合物をN-ヒドロキシスクシンイミドおよびジシクロヘキシルカルボジイミドと反応させることにより、活性エステル中間体を介して免疫グロブリンに結合させることができ；アドリアマイシンおよびダウノマイシンなどのアミノ糖含有薬物を、薬剤の過ヨウ素酸酸化、その後の免疫グロブリンへの酸化薬剤の結合、およびその後の水素化ホウ素ナトリウムでの生成物の還元により、抗体に共有結合させることができる。任意の特定の薬剤をキャリア抗体に結合させる方法は、薬物の性質に依存して変化する。しかし、これらは従来の実験室的な方法にしたがって行われ、本発明の範囲内であると考えられる。そして、標識されたキャリア抗体を、それが腫瘍内の壊死領域に局在する罹患被験体の箇所に投与する。そこから、薬剤は、それががん細胞に対する細胞毒性効果をもたらす腫瘍周囲に浸透する。
【０１２５】
いくつかの実施形態において、治療は、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAH抗原の1つ以上を、これら抗原に相当する抗体の1つ以上と組み合わせることが可能な併用療法を含み得る。
【０１２６】
上記の治療用途に照らし、さらなる態様において、本発明は、被験体における卵巣がんを治療または予防するための医薬組成物であって、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、ATP1A1、UBA1およびCFAH抗原の1つ以上の有効量、および／またはこれら抗原（上記のような）の1つ以上に対する1つ以上の抗体の有効量を含む組成物を提供する。
【０１２７】
医薬組成物はまた、投与される薬剤の特定の物理的および化学的特性を考慮して、薬学的に許容される塩、アミノ酸、ポリペプチド、ポリマー、溶媒、緩衝剤、賦形剤および増量剤を含む1つ以上の薬学的に許容される添加剤の使用を伴っていてもよい。そのような医薬組成物の調製は、例えば非特許文献３６；非特許文献３７に記載されているように、当技術分野で知られている。
【０１２８】
例えば、抗原および／または抗体は、例えば水溶液、油性製剤、脂肪乳剤、乳剤、ゲルなどの形態で種々の医薬組成物に調製することができ、そしてこれらの製剤は、筋肉内もしくは皮下注射として、または器官（例えば卵巣）への注射として、または埋め込み製剤として、または鼻腔、直腸、子宮、膣、肺などを通じて経粘膜製剤として投与することができる。組成物は、経口製剤の形態（例えば、錠剤、カプセル剤、顆粒剤または粉末剤などの固形製剤；シロップ、エマルジョンまたは懸濁液などの液体製剤）で投与してもよい。抗原および／または抗体を含む組成物はまた、防腐剤、安定化剤、分散剤、pH調整剤または等張剤を含有してもよい。適切な防腐剤の例は、グリセリン、プロピレングリコール、フェノールまたはベンジルアルコールである。適切な安定剤の例は、デキストラン、ゼラチン、酢酸アルファ-トコフェロールまたはアルファ-チオグリセリンである。適切な分散剤の例には、ポリオキシエチレン（20）、ソルビタンモノオレエート（ツイーン80）、セスキオレイン酸ソルビタン（スパン30）、ポリオキシエチレン（160）ポリオキシプロピレン（30）グリコール（プルロニックF68）またはポリオキシエチレン硬化ヒマシ油60が含まれる。適切なpH調整剤の例には、塩酸、水酸化ナトリウムなどが含まれる。適切な等張剤の例には、グルコース、D-ソルビトールまたはD-マンニトールが含まれる。
【０１２９】
医薬組成物はまた、投与される薬剤の物理的および化学的特性を考慮して、薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、懸濁化剤、潤滑剤、アジュバント、運搬体、送達システム、乳化剤、崩壊剤、吸収剤、防腐剤、界面活性剤、着色剤、香料または甘味料を含んでいてもよい。
【０１３０】
これらの目的のために、組成物は、吸入スプレー、吸着、吸収により経口、非経口で、局所に、直腸に、経鼻に、口腔内に、膣内に、脳室内に、埋め込みリザーバーを介して、従来の非毒性の薬学的に許容される担体を含む投与製剤で、または任意の他の適当な剤形により投与され得る。本明細書において使用される非経口という用語には、皮下、静脈内、筋肉内、腹腔内、髄腔内、脳室内、胸骨内、および頭蓋内注射または点滴技術が含まれる。
【０１３１】
非経口投与する場合、組成物は通常、単位用量であり、好ましくはレシピエントの血液と等張であり、薬学的に許容される担体を有する無菌注射剤形態（溶液、懸濁液またはエマルジョン）である。そのような無菌注射剤形態の例は、無菌注射用水性または油性懸濁液である。これらの懸濁液は、当技術分野で知られている技術にしたがい、適切な分散剤または湿潤剤および懸濁剤を使用して製剤化され得る。無菌注射剤形態はまた、例えば1,3-ブタンジオールの溶液のような、非毒性で非経口的に許容される希釈剤もしくは溶媒の滅菌注射用溶液または懸濁液であってもよい。使用可能な許容される運搬体および溶媒の中には、水、生理食塩水、リンゲル液、デキストロース溶液、等張塩化ナトリウム溶液、およびハンクス溶液がある。さらに、無菌の固定油は、慣例的に、溶媒または懸濁媒体として使用される。この目的のために、合成モノ-またはジ-グリセリド、トウモロコシ油、綿実油、ピーナッツ油、およびゴマ油などを含む任意の無菌固定油を用いてもよい。オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、ならびにオレイン酸およびオリーブ油およびヒマシ油を含むそのグリセリド誘導体などの脂肪酸、特にそれらのポリオキシエチル化バージョンは、注射剤の調製に有用である。これらの油溶液または懸濁液はまた、長鎖アルコール希釈剤または分散剤を含んでいてもよい。
【０１３２】
担体は、溶解性、等張性、および化学的安定性を高める物質、例えば抗酸化剤、緩衝剤および防腐剤などの少量の添加剤を含有してもよい。
【０１３３】
経口投与する場合、医薬組成物は通常、錠剤、カシェ剤、粉末剤、顆粒剤、ビーズ、チュアブルトローチ、カプセル剤、液体、水性懸濁液もしくは溶液、または類似の剤形などの単位剤形に、従来の器具および当技術分野で知られている技術を使用して製剤化される。このような製剤には、典型的には固体、半固体、または液体担体が含まれる。典型的な担体には、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアゴム、リン酸カルシウム、鉱油、カカオバター、カカオ油、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、シロップ、メチルセルロース、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、ヒドロキシ安息香酸メチル、プロピルヒドロキシベンゾエート、タルク、ステアリン酸マグネシウムなどが挙げられる。
【０１３４】
錠剤は、医薬組成物を、任意に1つ以上の補助成分と共に圧縮または成形することにより製造され得る。圧縮錠剤は、適切な機械で、粉末または顆粒などの自由流動形態の活性成分を、任意に結合剤、潤滑剤、不活性希釈剤、表面活性剤、または分散剤と混合して圧縮することにより調製され得る。成形錠剤は、適切な機械で、粉末状活性成分と不活性液体希釈剤で湿らせた適当な担体との混合物を成形することにより製造され得る。
【０１３５】
本発明の様々な実施形態における医薬組成物の投与は、放出制御技術を利用してもよい。組成物はまた、徐放性医薬品として投与してもよい。徐放効果をさらに高めるために、医薬組成物を、植物油（例えばダイズ油、ゴマ油、ツバキ油、ヒマシ油、ピーナッツ油、ナタネ油）；中鎖脂肪酸トリグリセリド；オレイン酸エチルなどの脂肪酸エステル；ポリシロキサン誘導体；あるいは、ヒアルロン酸またはその塩（重量平均分子量：約80,000〜2,000,000）、カルボキシメチルセルロースナトリウム（重量平均分子量：約20,000〜400,000）、ヒドロキシプロピルセルロース（2%水溶液の粘度：3〜4,000cps）、アテロコラーゲン（重量平均分子量：約300,000）、ポリエチレングリコール（重量平均分子量：約400〜20,000）、ポリエチレンオキシド（重量平均分子量：約100,000〜9,000,000）、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（1%水溶液の粘度：4〜100,000cSt）、メチルセルロース（2%水溶液の粘度：15〜8,000cSt）、ポリビニルアルコール（粘度：2〜100cSt）、ポリビニルピロリドン（重量平均分子量：25,000〜1,200,000）などの水溶性高分子量化合物などの追加成分と共に製剤化してもよい。
【０１３６】
あるいは、医薬組成物を、数日にわたる制御放出のための疎水性ポリマーマトリックスに組み込むことができる。次いで組成物は、頻繁な再投与を必要とせずに長期間にわたって活性剤（複数含む）の有効濃度を提供するのに適している固体インプラントまたは外部貼付パッチに成形され得る。このような制御放出フィルムは、当技術分野でよく知られている。一般的に使用され、この目的のために使用され得るポリマーの他の例には、外部または内部に使用され得る非分解性エチレン-酢酸ビニル共重合体、分解性乳酸-グリコール酸共重合体が含まれる。ポリ(ヒドロキシエチルメタクリレート)またはポリ(ビニルアルコール)などのある種のヒドロゲルも有用であり得るが、上述したような他のポリマー放出システムよりも短い放出サイクルにである。
【０１３７】
担体は、固体生分解性ポリマー、または、適切な時間放出特性および放出動態を有する生分解性ポリマーの混合物であってもよい。次いで医薬組成物は、頻繁な再投与を必要とせずに長期間にわたって活性剤（複数含む）の有効濃度を提供するのに適している固体インプラントに成形され得る。医薬組成物を、当業者に知られている任意の適切な方法で生分解性ポリマーまたはポリマー混合物に組み込むことができ、および生分解性ポリマーと均質なマトリックスを形成することができ、または、ポリマー中に何らかの方法でカプセル化することができ、または固体インプラントに成形することができる。
【０１３８】
局所投与のために、本発明の組成物は、溶液、スプレー、ローション、クリーム（例えば非イオン性クリーム）、ゲル、ペーストまたは軟膏の形態であってもよい。あるいは、組成物は、リポソーム、ナノソーム、またはニュートリディフューザー運搬体により送達されてもよい。
【０１３９】
クリームは、水および油を含有し、乳化剤を用いて安定化される製剤である。親油性クリームは油中水型エマルジョン、および親水性クリームは水中油型エマルジョンと呼ばれる。油中水型エマルジョン用のクリームベースは通常、ワセリン、セレシンまたはラノリンなどの吸水性基材である。水中油型エマルジョン用の基材は、乳化剤としての石鹸、アルキル硫酸塩もしくはアルキルポリグリコールエーテルを有する脂肪酸または脂肪アルコールのモノ-、ジ-およびトリ-グリセリドである。
【０１４０】
ローションは、不透明な、薄い、ベタベタしない乳化液の皮膚外用剤形であり、通常、揮発性物質を50%より多く有する水性運搬体、および注ぐことにより送達され得るほど十分に低い粘度を含む。ローションは、通常親水性であり、LOD（乾燥減量）による測定では、揮発性物質を50%より多く含む。ローションは、皮膚にこすると清涼感とともに急速に蒸発する傾向がある。
【０１４１】
ペーストは、不透明または半透明の、粘性の、ベタベタするエマルジョンまたは懸濁液の半固体の皮膚外用剤形であり、通常、炭化水素ベースまたはポリエチレングリコールベースの運搬体を50%より多く、および揮発性物質を20%未満で含む。ペーストは、脂肪または水性運搬体中の分散固体の大部分（20〜50%）を含む。軟膏は、皮膚にこすりつけたときに、蒸発しないまたは吸収されない傾向がある。
【０１４２】
軟膏は、不透明または半透明の、粘性の、ベタベタするエマルジョンまたは懸濁液の半固体の皮膚外用剤形であり、通常、炭化水素ベースまたはポリエチレングリコールベースの運搬体を50%より多く、および揮発性物質を20%未満で含む。軟膏は、通常親油性であり、LODによる測定では、運搬体として＞50%の炭化水素類またはポリエチレングリコールを、および＜20%の揮発性物質を含む。軟膏は、皮膚にこすりつけたときに、蒸発しないまたは吸収されない傾向がある。
【０１４３】
ゲルは通常、半透明、ベタベタしないエマルジョンまたは懸濁液の半固体の皮膚外用剤形であり、三次元架橋マトリックスを付与するのに十分な量のゲル化剤を含有する。ゲルは、通常親水性であり、十分な量のゲル化剤、例えばデンプン、セルロース誘導体、カルボマー、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、キサンタンガム、コロイド状シリカ、およびアルミニウムまたは亜鉛石鹸などを含む。
【０１４４】
局所投与用の組成物は、さらに乾燥剤、消泡剤；緩衝剤、中和剤、pHを調整するための薬剤；着色剤または脱色剤；皮膚軟化剤；乳化剤、乳化安定剤および粘度上昇剤；保湿剤；臭気物質；防腐剤、酸化防止剤、および化学安定剤；溶媒；および増粘剤、硬化剤、および懸濁剤、ならびに残りの水や溶剤を含むことができ。
【０１４５】
本発明の自己抗体は、被験体における腫瘍またはがん細胞を画像化する目的で使用することもできる。この点に関しては、自己抗体を多種類の腫瘍造影剤と組み合わせることができる。これらには、Tc-99m、I-123、I-125、In-111、In-113m、Ga-67などの放射性核種、またはその他のガンマ放射体が含まれる。自己抗体をクロラミンT法を用いてヨウ素化し、そのタンパク質をI-125またはI-131で標識することもできる。上述したように、他の放射性核種を、ベンジルEDTAまたはDPTA結合手順でのキレート化により、キャリア自己抗体に結合させることができる。放射性核種で標識されたキャリア自己抗体を、次いで、それらが腫瘍組織またはがん細胞と接触する罹患被験体の箇所に注射する。標識された自己抗体は、腫瘍またはがん細胞内に存在する対応する腫瘍関連抗原に結合し、そして放射能は腫瘍原性領域内に局在化する。対照的に、標識された自己抗体は、抗原を発現しない正常組織または細胞を認識しない。異なる組織位置における放射能の量を、ガンマ線走査または組織サンプリング技法を用いて測定する。
【０１４６】
本明細書で使用される「約」という用語は、およそまたはほぼを意味し、そして本明細書に記載の数値または数値範囲の文脈においては、記載のまたは請求項に係るその数値または数値範囲のおよびから+/-10%以下、+/-5%以下、+/-1%以下、または+/-0.1%以下の変動を包含することを意味する。
【０１４７】
本発明に包含される基本的な技法を実施するための方法を含む分子生物学の標準的な教科書を参照する。例えば、非特許文献１を参照。
【０１４８】
本発明は、明確さおよび理解の目的のためにある程度詳細に説明されているが、本明細書に記載の実施形態および方法に対する様々な修正および変更は、本明細書に開示された発明概念の範囲から逸脱することなく行うことができることは、当業者には明らかであろう。
【０１４９】
本発明を、以下の実施例でさらに説明する。実施例は、特定の実施形態を説明することのみを目的とし、上記説明に関して限定することを意図するものではない。
【実施例１】
【０１５０】
（卵巣がん自己抗体の同定）
本発明者らは、高度な免疫プロテオミクス技術を使用し、卵巣がんの初期段階で被験体により産生される自己抗体を識別した。腫瘍関連抗原に対して産生された自己抗体は、初期段階の卵巣がんを検出し、患者の生存率を向上させる新規な方法を示す。自己抗体は、それらが体液性免疫応答を介するシグナル増幅によりがん発生の初期段階で患者の血液中で検出可能であるため、バイオマーカーの検証およびスクリーニングにとって理想的な候補である。さらに、循環自己抗体は代謝的に安定であるため、それらの信頼性の高い検出が可能になり、そして診断の開発におけるそれらの使用が容易になる。最後に、自己抗体は、患者の血清中、入手可能な生物材料中に存在し、したがって、上記で詳細に説明したように、十分に確立された技法により分析することができる。
【０１５１】
（材料および方法）
この研究は、漿液性卵巣がんと診断された患者の血清および血漿中の腫瘍関連抗原に対する自己抗体の存在を調査した。発見段階では、図１で概説し、そして以下にさらに詳細に記載する免疫プロテオミクス戦略を使用した。卵巣がん組織由来の免疫捕捉自己抗原を、対になった患者特有のおよび対照の免疫アフィニティーカラムから溶出した。溶出したタンパク質の相対的定量化を、その後、同位体コード化タンパク質標識（ICPL）技法を用いて実施した。同定した自己抗体バイオマーカー候補のその後の検証を、タンパク質マイクロアレイを用いて実施した。健康および良性疾患に対して早期卵巣がんを最も良く区別したそれらの自己抗体の候補は、卵巣がんの検出に理想的なバイオマーカーを示した。
【０１５２】
（臨床試料）
倫理審査の承認が、地元の研究倫理委員会（ロイヤルアデレイド病院（RAH）、アデレイド、オーストラリア）により試験開始前に付与され、署名した同意が、婦人科疾患の手術を受ける患者により提供された。手術中に原発性卵巣部位から収集した治療前の血清および組織標本を、-80℃で保存した。他の機関やバイオバンクから取得した生体試料は、参加施設の倫理規定にしたがって、患者の同意および倫理審査の承認を得ていた。試料除外基準には、がんおよび二次悪性腫瘍の既往歴を持つ個人が含まれていた。可能であれば、対照試料は、年齢、閉経状態および収集施設／保存場所に基づいて一致させた。
【０１５３】
発見コホートには、12人の漿液性卵巣がん患者からの組織および血清だけでなく、良性の婦人科疾患を有する10人の患者および10人の健康な個体からの血清も含まれていた。発見コホート人口統計情報を、以下の表１に示す。
【０１５４】
【表１】
0006588893.tif 000002
【０１５５】
候補自己抗体バイオマーカーの検証のために、下記の表２に示すように、独立した試料のコホート（n = 98）を用いた。これらの試料のうち、11人のステージIII漿液性卵巣がん患者および5人の対照を、発見コホートの一部として事前に分析した。ヘンリー王子医学研究所（PHI）（VIC、オーストラリア）から供給された、10人のステージI/II漿液性卵巣がん患者の血漿も調査した。
【０１５６】
【表２】
0006588893.tif 000003
【０１５７】
（組織タンパク質抽出および抗体精製）
卵巣組織（約1.2g）を腫瘍塊からスライスし、液体窒素中で急速凍結した。機械的ホモジナイズを、乳鉢と乳棒を用いて行い、タンパク質を、1xTBS、pH 7.5、1%トリトンX-100、1%プロテアーゼ阻害剤カクテル（シグマ・アルドリッチ）および1%ペファブロックSC PLUSプロテクター溶液（ロシュ・アプライド・サイエンス）を含有する天然抽出緩衝液中（150mg/ml）に抽出した。ホモジネートを4℃で2時間インキュベートし、超遠心分離（100,000×g、2時間、15℃）にかけ、細胞破片を除去した。タンパク質濃度を、EZQ（登録商標）タンパク質定量アッセイ（インビトロジェン（商標）、カリフォルニア州、USA）を用いて決定した。
【０１５８】
免疫グロブリンGを、1mLのピアース（登録商標）クロマトグラフィーカートリッジ・メロン（商標）ゲル（ピアース・バイオテクノロジー、イリノイ州、USA）を用いて、製造元の指示に従い、血清から精製した。簡潔に述べると、血清（0.5mL）をメロン（商標）ゲル精製緩衝液（専売、ピアース・バイオテクノロジー、イリノイ州、USA）で10倍に希釈し、シリンジポンプを用いて0.5mL／分でクロマトグラフィーカートリッジに添加した。プールされた健康および良性の血清（10mL）の精製には、5mLピアース（登録商標）クロマトグラフィーカートリッジ・メロン（商標）ゲル（ピアース・バイオテクノロジー、イリノイ州、USA）を用いた。抗体精製の前に、プールされた血清を、メロン（商標）ゲル精製緩衝液中（ピアース・バイオテクノロジー、イリノイ州、USA）で、セルセップ（登録商標）再生セルロース管膜（MWCO 12〜14kDa、メンブレン・フィルトレーション・プロダクト社、セガン、テキサス州、USA）を使用して透析した。透析を、緩衝液1リットル中、4℃で1時間、攪拌しながら行った。緩衝液をその後交換し、透析を2時間続けた。最後に、新しい緩衝液中で透析を一晩行い、そして上述のように製造業者の指示に従い、IgGを透析血清から精製した。
【０１５９】
（免疫アフィニティークロマトグラフィー）
精製IgGを、0.02MのHEPESカップリング緩衝液（pH 6.8）へ、ビバスピン500装置（10kDa MWCO、ザルトリウス・ステディウム・バイオテック）を用いて緩衝液交換し、タンパク質濃度を、EZQ（登録商標）タンパク質定量アッセイ（インビトロジェン（商標）、カリフォルニア州、USA）を使用して測定した。IgG（4mg）を、0.6mLのアフィ-ゲル10活性化アフィニティーメディア（バイオラッド・ラボラトリー社、カリフォルニア州、USA）に、一晩かけて4℃で穏やかに撹拌しながら結合させた。反応を、200mMのグリシン（pH 6.8）の添加により、1時間かけて室温で穏やかに撹拌しながら停止させた。アフィ-ゲル固定化IgGスラリーを、ポリ-プレップ（登録商標）クロマトグラフィーカラム（バイオラッド）に注いだ。カラムを、4カラム容量のPBST（0.1%ツイーン-20）および1カラム容量のTBST（0.01%ツイーン-20）で洗浄した。
【０１６０】
プレクリアした組織タンパク質溶解物（27mg）を、免疫アフィニティーカラムに添加し、一晩かけて4℃で穏やかに攪拌しながらインキュベートした。自己抗原溶出の前に、カラムを9mLのPBS 0.1%ツイーン-20で5回、5分間4℃で穏やかに撹拌しながら洗浄した。免疫捕捉自己抗原の溶出を、1回の工程で、0.5mLのTUC4緩衝液（7M尿素、2Mチオ尿素、4% CHAPS、34mMトリス）を使用して、45分間室温で行った。溶出された自己抗原を、6M塩酸グアニジン、pH 8.5（pH 6.8）へ、ビバスピン500装置（10kDa MWCO、ザルトリウス・ステディウム・バイオテック）を用いて緩衝液交換し、タンパク質濃度を、EZQ（登録商標）タンパク質定量アッセイ（インビトロジェン（商標）、カリフォルニア州、USA）を使用して測定した。
【０１６１】
（同位体コード化タンパク質標識（ICPL））
ICPL標識を、二重ICPLキット（セルバ・エレクトロフォレシス、ハイデルベルグ、ドイツ）を用い、製造者の指示にしたがって、および非特許文献３８に記載の通りに実施した。簡潔に述べると、各試料（15μg）を、6MグアニジンHCl、pH 8.5の添加により、2.5μg/μlに調整した。ジスルフィド結合の還元およびアルキル化を、0.2 Mトリス(2-カルボキシエチル)ホスフィンおよび0.4mMヨードアセトアミドをそれぞれ用いて実施した。リジン残基およびタンパク質のN末端の標識を、軽い（12C-ニコチノイルオキシスクシンイミド）または重い（13Cニコチノイルオキシスクシンイミド）ICPLのいずれかを用いて、2時間室温で行った。完了したら、過剰の試薬を6Mのヒドロキシルアミンでクエンチし、対をなす軽/重標識試料を合わせた。合わせた試料をアセトン沈殿により濃縮し、1×LDS試料緩衝液（インビトロジェン）に溶解し、1次元SDS-PAGEにより事前分画した。クマシーブルーG-250を用いてタンパク質を可視化したら、20ゲルバンドを切り取り、非特許文献３９に記載のように、ゲル内トリプシン消化に供した。タンパク質分解性ペプチドを、以下の溶液中での逐次インキュベーションにより、ゲルから抽出した：1% FA（v/v）、ACN/H2O/FA、50/50/1（v/v/v）および100% ACN。プールされたペプチド抽出物を、真空遠心分離により1μlの最終容量に濃縮し、そして10μlのACN/H2O/FA、3/97/1（v/v/v）に再構成した。
【０１６２】
（ナノLC-MS/MS）
ナノLC-MS/MS分析を、ウルティメット3000高速分離液体クロマトグラフィー（RSLC）システム（サーモフィッシャー・サイエンティフィック、ブレーメン、ドイツ）に連結したLTQオービトラップXL質量分析計（サーモフィッシャー・サイエンティフィック、ブレーメン、ドイツ）で実施した。簡潔に述べると、ペプチドを逆相捕捉カラム（アクレイム・ペップマップ100ナノトラップ、100μm id、長さ2cm、C18粒径3μm、細孔径100Å、サーモフィッシャー・サイエンティフィック）で予め濃縮し、そして続いて、分析キャピラリーカラム（100μm id、長さ15cm、C18粒子径5μm、細孔径100Å、日共テクノス株式会社）で、2液グラジエント（溶媒A：0.1% FA、2% ACN、溶媒B：0.1% FA、80% ACN）を300nL/分の流速で使用して、分離した。ペプチドを60分溶出プログラムを用いて分析した：4% Bを10分間；直線グラジエントで40分間でBを4〜55%へ、B 90%を10分間維持；さらに10分間4% Bでカラムを再平衡。フルMSサーベイスキャンm/z300〜2000を、LTQ-オービトラップXL質量分析計で、m/z400で60,000の解像度（半値全幅）にて得た。オービトラップ自動利得制御（AGC）標的イオンカウントを、最大充填時間500ミリ秒のMSに対し、1×106に設定した。6つの最も強いピークを、100ミリ秒の最大充填時間で1×104に設定されたAGC値を有するMS/MSイオントラップに供した。CIDスペクトルを、35%の正規化衝突エネルギー；30秒の動的除外時間；m/z 3.0の前駆体イオン分離幅；スペクトルをプロファイルモードで記録し；30ミリ秒の起動時間で得た。単一荷電および電荷が割り当てられていない前駆体イオンは除外した。
【０１６３】
（タンパク質同定および相対定量）
相対的タンパク質定量を、非特許文献４０；非特許文献４１および非特許文献４２に記載のようにICPL_ESIQuantソフトウェア（v2.0）を使用して得た。ここで、RAWデータファイルのオープンmzXML形式への変換（非特許文献４３）を、MSConvert（リリース3.0.4001）（非特許文献４４）を使用して行い、以下のパラメータを用いて分析した：20ppm標識デルタ精度、0.02Da同位体パターン精度、+2〜+5の範囲の荷電状態、化合物サイズ≧5および共溶出数≧2。その他の全ての定量化パラメータを、推奨されるデフォルトの設定で維持した。プロテオーム・ディスカバーv1.3ソフトウェア（サーモフィッシャー・サイエンティフィック）を使用して、UniprotKB/Swiss-Protデータベース（リリース2011_08、哺乳動物分類、65451シーケンスエントリ）に対するMS/MSスペクトルの検索を、マスコットアルゴリズム（マスコットサーバv2.3.02、マトリックスサイエンス）を用いながら行った。サーチャーを、以下のパラメータを用いて行った：2つの未切断が許容されるトリプシン消化、±0.01Da前駆体許容範囲、0.5Da断片イオン許容範囲、システインの固定カルバミドメチル化およびメチオニンの可変酸化。軽い（ICPL_0、モノアイソトピック質量105.02Da）または重い（ICPL_6、モノアイソトピック質量111.04）ICPL試薬によるN末端またはリジン残基の標識を、可変修飾として設定した。各ICPL二重分析のためのタンパク質のリスト（20帯域に対応する）を集めた。同定されたタンパク質を、以下の基準に基づいて無調節性と見なした：タンパク質比0.5≧x≧1.5倍（>3SD）、タンパク質あたりの標識ペプチド≧2、タンパク質変動係数≦15%。
【０１６４】
遺伝子オントロジー（GO）分析を、ユニバーサル・プロテイン・リソース・ナレッジベース（UniProtKB、UniProtコンソーシアム、http://www.uniprot.org/）を使用して行い、調節異常自己抗原の「細胞成分」および「生物学的プロセス」を調査した。生体および疾患ネットワークを、IGENUITYパスウェイ分析（IPA）ソフトウェア（インジェニュイティ（登録商標）システムズ、http://www.ingenuity.com/）を使用して調査した。自己抗体候補を、複数の患者における調節異常、GO注釈および組換え自己抗原の商業的利用可能性に基づき、検証用に選択した。
【０１６５】
（タンパク質マイクロアレイ）
タンパク質マイクロアレイを、アレイット（登録商標）社（サニーベール、カリフォルニア州、USA）により生成および分析した。簡潔に述べると、組換え自己抗原（オリジーン・テクノロジーズ／アブノバ）を、スーパーエポキシ2ガラスマイクロアレイ基板スライド上に、0.3μg/μlの最終濃度で、ナノプリント（商標）タンパク質マイクロアレイスポッターを使用してプリントした。アレイスポットは、200μmの水平および垂直ピッチ内で直径約50μmとした。自己抗原を三連（triplicate）で配列し、1つのアレイで3600スポット（マイクロアレイあたり150スポット）を、5つのアレイにわたって合計17550スポット得た。ブロッキングを、1時間かけてBlockIt（商標）プラスを使用して行い、そして血清（反応緩衝液プラスで1:100希釈）を、各タンパク質マイクロアレイに1時間かけて室温で添加した。自己抗体結合を、Cy5結合二次抗体（アレクサフルーア（登録商標）647-アフィニピュア・ヤギ抗-ヒトIgG（H+L）（ジャクソンイムノリサーチ）を用いて検出した。蛍光検出は、InnoScan710マイクロアレイスキャナーを、635nmの波長、3μmの解像度で、10レーザパワーおよび100PMT検出ゲインを使用して行った。スポット強度データを生成する画像の定量化を、Mapixソフトウェアv4.6.2を使用して行った。
【０１６６】
局所的特徴バックグラウンド減算での平均スポットピクセル強度データを使用し、各三連から平均値を計算した。分散安定化および正規化（vsn）（非特許文献４５；および非特許文献４６）、ならびに分散分析（ANOVA）およびテューキーの「Honest Significant Difference」（HSD）事後検定を、R（統計計算用言語および環境、v2.15.2）を用いて行った。受信者動作特性（ROC）分析を、グラフパッドプリズム（v6.0b）を使用して行い、候補自己抗体バイオマーカーの感度および特異性を評価した。
【０１６７】
（結果）
卵巣がんの自己抗体を同定するための免疫プロテオミクスアプローチを、上記の工程の詳細と共に、図１に示す。これにより、卵巣がん被験体の検出における特異性および感度を続いて検証した9つの自己抗体候補を同定した。候補には、ANXA1、ARP3、SAHH、SERPH、ARAP1、OTUB1、AT1A1、UBA1およびCFAHに対する自己抗体が含まれていた。これらのタンパク質に関する情報は、本明細書の発明を実施するための形態の項で提供されている。9つの自己抗体候補のICPL定量パラメータの概要を、表３に示す。
【０１６８】
自己抗体標的のうちの2つ（自己抗体Aおよび自己抗体Bと命名）の差動調節を示す代表的なタンパク質マイクロアレイを図２に示す。図２Ｅおよび２Ｆから分かるように、自己抗体がほとんど存在しない、あるいは全く存在しない健康および良性試料と比較して、ステージIのがん試料およびステージIIIのがん試料において自己抗体は有意に発現増加されている。
【０１６９】
分散平均依存性は、DNAまたはタンパク質マイクロアレイ（非特許文献４５；および非特許文献４６）により得られた強度データに存在する。98個全ての試料にわたる特定の抗原の平均強度および標準偏差の分析は、この依存性（図３Ａ）を示した。予想されたように、標準偏差は、強度の増加に比例して増加する（r=0.94）。さらに、複製抗原の平均強度の分位数-分位数プロット（q-qプロット）は、データが正規分布しないことを示している。
【０１７０】
【表３−１】
0006588893.tif 000004
【０１７１】
【表３−２】
0006588893.tif 000005
【０１７２】
データの68%（平均から1標準偏差）のみが正規に見えるので（図３Ｂ）、標準的な統計的方法を使用することができない。したがって、分散安定化およびキャリブレーション（正規化）を統計分析前に行った。マイクロアレイ強度データを、アフィン線形マッピングおよび一般化対数（底2）を利用するRのVSN機能を使用して変換した。q-qプロットによるvsn変換マイクロアレイ強度データの評価は、データの中心（中間）の95%が直線に沿っているため（図３Ｄ）、データがかなり正規であることを示している。さらに、データはもはや分散平均依存性（図３Ｃ）を示さない。したがって、パラメトリック統計を、データの有意差を評価するために使用することができる。
【０１７３】
図４は、選択された9つの自己抗体の調節パターンを、初期および後期段階の卵巣疾患において、健康個体や良性の婦人科疾患を有する患者と比較して示している。分散分析（ANOVA）を各標的抗原に対して行い、異なるコホート（健康、良性、初期および後期）の母平均は有意に異なるかどうかを判定した。その後のテューキーの「Honest Significant Difference」（HSD）検定を用いた事後分析を0.05の臨界値で行い、どの母平均（コホート）が互いから有意に異なっていたかどうかを判定した。9つの抗原は、表４にまとめたように主要コホート間で最大の有意差を有することが明らかになった。図４に示すように、健康個体および良性婦人科疾患の患者と比較して、がん抗原（A）ARP3、（B）SAHHおよび（C）ANXA1に対する自己抗体のレベルは、初期および後期の両方の段階のがんで有意に調節されている。がん抗原（D）SERPH、（E）ARAP1、（F）OTUB1および（G）AT1A1への自己抗体レベルは、有意に早期がんの間で調節されており、後期疾患の間では多少調節されている。がん抗原（H）UBA1および（I）CFAHに対する自己抗体のレベルは、早期がんの間で有意に調節されている。
【０１７４】
【表４】
0006588893.tif 000006
【０１７５】
9つの自己抗体候補の受信者動作特性曲線をその後評価し、初期の卵巣疾患の感度および特異性を判定した。関連するROC曲線を図５に示す。抗ARP3は、表５にまとめたように、曲線下で0.94の最大面積（AUC）を持ち、優れた候補診断自己抗体マーカーであると思われる。83%の感度で、上位3つの候補マーカーが15/18の真陽性を識別することができたが、特異性は98%、97%および92%と、抗ARP3、抗ANXA1および抗SAHHそれぞれで変化した。残りの6つの自己抗体バイオマーカーもまた、表６に示すように、0.81〜0.93の高いAUCを持っていた。
【０１７６】
【表５】
0006588893.tif 000007
【０１７７】
【表６】
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【０１７８】
上位3つの自己抗体候補を、バイオマーカーパネルとして、腫瘍関連抗原CA125の存在下または非存在下で評価した。結果を図６に示す。線形判別分析（LDA）を正規化マイクロアレイ強度データに使用し、抗ARP3、抗ANXA1および抗SAHH自己抗体の分類子を作成した。作成した分類子を使用する完全データセットの分析（18の早期、30の健康および30の良性）では、感受性および特異性がそれぞれ100%および91.7%という結果になった（図６Ａ）。代替的に、分類子をデータの25%で作成し、得られたパラメータを適用してデータの残り75%を分類した。この演習では、バイオマーカーの堅牢性が、94.4%の高感度および96.7%の高い特異性として維持されていることを実証した（図６Ｂ）。同様に、上位4つの自己抗体候補（抗ARP3、抗ANXA1、抗SAHHおよび抗SERPHを含む）をROCにより評価し、そして、100%の感度と98.3%の特異性を有する自己抗体の組み合わせで、最も有望な結果を示した（図６Ｃ）。
【０１７９】
さらに、早期がん試料（n=17）のROC分析を、対照（n=55）と比較して、CA125の血清レベルを使用して実施した（図６Ｄおよび表７）。興味深いことに、CA125単独では、感度と特異性はそれぞれ82.4%および90.9%しかなかった。我々の上位3つの自己抗体バイオマーカーパネル（抗ARP3、抗ANXA1および抗SAHH）との組み合わせで評価した場合、早期がん検出の感度および特異性は、それぞれ100%および94%に向上した（図６Ｅおよび表８）。したがって、前述のバイオマーカーパネル（抗ARP3、抗ANXA1および抗SAHH；抗ARP3、抗ANXA1、抗SAHHおよび抗SERPH；ならびにCA125、抗ARP3、抗ANXA1および抗SAHH）は、感度と特異性に関して、早期卵巣がんを含む卵巣がんの現在のマーカーを超える予想外の大幅な進歩を提供する。
【０１８０】
【表７】
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【表８】
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【０１８１】
当業者は、本明細書に記載の本発明は、具体的に記載されたもの以外、変形および変更されやすいことを理解するであろう。本発明は、そのような全ての変形および変更を含むことが理解されるべきである。本発明はまた、本明細書において個々にもしくは集合的に言及または示される全ての工程、特徴、組成物および化合物、ならびに任意の2つ以上の工程または特徴の任意のおよび全ての組み合わせをも含む。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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