(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種が存在するかを検出する方法であって、かつ、前記３菌種を区別して検出する方法であって、次の（１）および（２）の工程を含む検出方法。
（１）前記３菌種をターゲットとする少なくとも３組のプライマーペアをプライマーセットとして用いるマルチプレックスＰＣＲを行った後、得られた増幅産物を融解曲線解析によって検出する工程であって、少なくとも１つのプライマーペアが、以下の（ａ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ａ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、工程：
（ａ）「配列番号１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号３のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｂ）「配列番号１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号４のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｃ）「配列番号１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号５のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号６のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｄ）「配列番号７のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号８のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号５のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号６のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｅ）「配列番号９のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１０のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｆ）「配列番号１３のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１４のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１５のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１６のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｇ）「配列番号１７のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１８のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１５のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１６のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｈ）「配列番号１３のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１４のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１９のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２０のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｉ）「配列番号２１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｊ）「配列番号２３のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｋ）「配列番号２４のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｌ）「配列番号２１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２５のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｍ）「配列番号２６のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２５のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｎ）「配列番号２７のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２８のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｏ）「配列番号２９のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号３０のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｐ）「配列番号３１のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号３０のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｑ）「配列番号３２のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号３３のうち１８塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（２）融解曲線分析において、３菌種を増幅産物のＴｍ値の違いによって分離検出する工程。
【請求項２】
工程（２）において、前記３菌種のいずれの増幅産物とも異なるＴｍ値を与えるインターナルコントロール（内部標準）を含む、請求項１に記載の検出方法。
【請求項３】
検査対象が便検体である、請求項１または２に記載の検出方法。
【請求項４】
検査対象がゲノムＤＮＡの分離精製を行っていない便検体である、請求項３に記載の検出方法。
【請求項５】
検査対象がＸ種（Ｘは２以上の整数を示す。）の便から採取された便検体のプール検体である、請求項３または４に記載の検出方法。
【請求項６】
前記Ｘが２０以上である、請求項５に記載の検出方法。
【請求項７】
工程（１）において、前記３菌種の増幅産物のＴｍ値が互いに１℃以上離れるように設計された３組のプライマーペアをプライマーセットとしてマルチプレックスＰＣＲを行う、請求項１から６のいずれかに記載の検出方法。
【請求項８】
プライマーセットが、以下の（Ｉ）から（ＩＩＩ）の３群の中からそれぞれ１つずつ選択される３つのプライマーペアの組合せである、請求項１から７のいずれかに記載の検出方法。
（Ｉ）前記の（ａ）から（ｄ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ａ）から（ｄ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、サルモネラ増幅用プライマーペア
（ＩＩ）前記の（ｅ）から（ｈ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ｅ）から（ｈ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）増幅用プライマーペア
（ＩＩＩ）前記の（ｉ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ｉ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、赤痢菌増幅用プライマーペア
【請求項９】
インターナルコントロール（内部標準）のＴｍ値がサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの増幅産物のＴｍ値よりも高温である、請求項２から８のいずれかに記載の検出方法。
【請求項１０】
インターナルコントロール（内部標準）のＴｍ値がサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの増幅産物のＴｍ値よりも低温である、請求項２から８のいずれかに記載の検出方法。
【請求項１１】
下記の（Ａ）〜（Ｄ）を含む、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種が存在するかを検出し、かつ、前記３菌種を区別して検出するための試薬。
（Ａ）耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ
（Ｂ）請求項１、７又は８のいずれかに記載のプライマーセット
（Ｃ）ＤＮＡ合成基質（デオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ））、および、
（Ｄ）マグネシウムイオン、アンモニウムイオンおよびカリウムイオンからなる群のうち１種以上を含む緩衝液
【請求項１２】
さらに下記の（Ｅ）を含む、請求項１１に記載の試薬。
（Ｅ）蛍光インターカレーター
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、核酸増幅の分野に関する。さらに詳しくは、食中毒原因菌であるサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の分離検出方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
食中毒を予防する上で、食中毒原因菌の保菌者を早期に発見することは重要である。そのため、食品調理従事者に対しては、食中毒原因菌であるサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の検査が行われている。
【０００３】
従来、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の検査は、塗沫培養法により行われてきた。具体的には、検体を所定条件下において培養してある程度まで増殖させた後、検出したい細菌類のみが増殖し得るような選択培地中で培養を行い、増殖によってできたコロニーを観察することによって検出するという方法である。
【０００４】
しかしながら、このような従来の方法では、（１）培養工程を経るため、結果が得られるまでに時間がかかる点、（２）検出感度が低い点、及び（３）コロニーの観察結果に基づいて客観的な判定を下すのは難しいため、検出結果の客観性を担保するのが難しい点等の問題点があった。
【０００５】
そこで、これら検出方法の問題点を解決するためにＰＣＲ法を用いた検出方法が開発されてきた。そのひとつが、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌をそれぞれ個別に増幅し、電気泳動あるいは、蛍光インターカレーターを用いた融解曲線解析により検出する方法である（非特許文献１）。この方法では、３菌種をそれぞれ個別に検出することが可能であったが、３回に分けてＰＣＲを実施する必要性がある。
【０００６】
そこで簡便性をより向上させるべく開発された方法が、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種をマルチプレックスＰＣＲ法により増幅する方法であり、マルチプレックスＰＣＲ法にて増幅した増幅産物を検出する方法として、電気泳動により検出する方法（非特許文献２）と蛍光インターカレーターを用いた融解曲線解析により検出する方法（非特許文献３）の２種類が報告されている。これらマルチプレックスＰＣＲにより３菌種を同時に検出することが可能となったため、簡便性が大幅に改善された。
【０００７】
しかしながら、電気泳動を用いた検出方法では、増幅したサンプルのチューブを一度開け、電気泳動をする必要性があるため、迅速性に欠ける。また、融解曲線解析による検出する方法は３菌種の分離検出ができないため、３菌種の同定ができない点に問題がある。以上のように、操作が簡便・迅速であることに加え、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種を分離検出が可能な方法は存在せず、これらの点でさらなる改善の余地が残されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】ＴａＫａＲａ  ＢＩＯ  ＶＩＥＷ  ５５号  ４８頁  （２００８年）
【非特許文献２】日本食品微生物学会雑誌：２９（２）, １０１−１０７,２０１２
【非特許文献３】感染症学雑誌８６：７４１−７４８,２０１２
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
食中毒原因菌であるサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌を簡便かつ迅速に検出することが重要であることに加え、３菌種のどの菌を保菌しているかを同定することは、食中毒の予防、保菌者のその後の対応を決める上で重要となる。そのため、本発明が解決しようとする課題は、簡便かつ迅速に検出が可能であることに加え、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種を分離検出が可能な方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者は、上記事情を鑑み、鋭意研究の結果、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種をマルチプレックスＰＣＲにより増幅させた後、蛍光インターカレーターを用いた融解曲線解析において、３菌種をＴｍ値の違いによって分離検出する方法を開発することで本発明の完成に至った。
【００１１】
すなわち、本発明は以下の構成からなる。
［１］サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種が存在するかを検出する方法であって、かつ、前記３菌種を区別して検出する方法であって、次の（１）および（２）の工程を含む検出方法。
（１）前記３菌種をターゲットとするマルチプレックスＰＣＲを行った後、得られた増幅産物を融解曲線解析によって検出する工程。
（２）融解曲線分析において、３菌種を増幅産物のＴｍ値の違いによって分離検出する工程。
［２］工程（２）において、前記３菌種のいずれの増幅産物とも異なるＴｍ値を与えるインターナルコントロール（内部標準）を含む、［１］に記載の検出方法。
［３］検査対象が便検体である、［１］または［２］に記載の検出方法。
［４］検査対象がゲノムＤＮＡの分離精製を行っていない便検体である、［３］に記載の検出方法。
［５］検査対象がＸ種（Ｘは２以上の整数を示す。）の便から採取された便検体のプール検体である、［３］または［４］に記載の検出方法。
［６］前記Ｘが２０以上である、［５］に記載の検出方法。
［７］工程（１）において、前記３菌種の増幅産物のＴｍ値が互いに１℃以上離れるように設計された３組のプライマーペアをプライマーセットとしてマルチプレックスＰＣＲを行う、［１］から［６］のいずれかに記載の検出方法。
［８］少なくともひとつのプライマーペアが、以下の（ａ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ａ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、［７］に記載の検出方法。
（ａ）「配列番号１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号３のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｂ）「配列番号１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号４のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｃ）「配列番号１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号５のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号６のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｄ）「配列番号７のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号８のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号５のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号６のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｅ）「配列番号９のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１０のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｆ）「配列番号１３のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１４のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１５のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１６のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｇ）「配列番号１７のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１８のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１５のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１６のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｈ）「配列番号１３のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号１４のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種、および、「配列番号１９のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」と「配列番号２０のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」とからなる群のうち少なくとも１種
（ｉ）「配列番号２１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｊ）「配列番号２３のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｋ）「配列番号２４のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｌ）「配列番号２１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２５のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｍ）「配列番号２６のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２５のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｎ）「配列番号２７のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号２８のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｏ）「配列番号２９のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号３０のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｐ）「配列番号３１のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号３０のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
（ｑ）「配列番号３２のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」、および、「配列番号３３のうち１５塩基以上からなるオリゴヌクレオチド」
［９］プライマーセットが、以下の（Ｉ）から（ＩＩＩ）の３群の中からそれぞれ１つずつ選択される３つのプライマーペアの組合せである、［７］または［８］に記載の検出方法。
（Ｉ）前記の（ａ）から（ｄ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ａ）から（ｄ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、サルモネラ増幅用プライマーペア
（ＩＩ）前記の（ｅ）から（ｈ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ｅ）から（ｈ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）増幅用プライマーペア
（ＩＩＩ）前記の（ｉ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペア、または、前記の（ｉ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択される、赤痢菌増幅用プライマーペア
［１０］インターナルコントロール（内部標準）のＴｍ値がサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの増幅産物のＴｍ値よりも高温である、［２］から［９］のいずれかに記載の検出方法。
［１１］インターナルコントロール（内部標準）のＴｍ値がサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの増幅産物のＴｍ値よりも低温である、［２］から［９］のいずれかに記載の検出方法。
［１２］下記の（Ａ）〜（Ｄ）を含む、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種が存在するかを検出し、かつ、前記３菌種を区別して検出するための試薬。
（Ａ）耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ
（Ｂ）［７］−［９］のいずれかに記載のプライマーセット
（Ｃ）ＤＮＡ合成基質（デオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ））、および、
（Ｄ）マグネシウムイオン、アンモニウムイオンおよびカリウムイオンからなる群のうち１種以上を含む緩衝液
［１３］さらに下記の（Ｅ）を含む、［１２］に記載の試薬。
（Ｅ）蛍光インターカレーター
【発明の効果】
【００１２】
本発明により、電気泳動することなく、融解曲線解析によってサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種を分離検出することが可能となった。これにより、従来よりも、迅速にサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の保菌の有無を検査することができ、さらにこれら３菌種の同定も可能であるため、食中毒原因菌の早期発見、食中毒原因菌の特定につなげることができる。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１】陰性糞便にサルモネラ、腸管出血性大腸菌Ｏ１５７、赤痢菌のゲノムＤＮＡをスパイクして、３菌種を分離検出した結果の図である。（その１／４）
【図２】陰性糞便にサルモネラ、腸管出血性大腸菌Ｏ１５７、赤痢菌のゲノムＤＮＡをスパイクして、３菌種を分離検出した結果の図である。（その２／４）
【図３】陰性糞便にサルモネラ、腸管出血性大腸菌Ｏ１５７、赤痢菌のゲノムＤＮＡをスパイクして、３菌種を分離検出した結果の図である。（その３／４）
【図４】陰性糞便にサルモネラ、腸管出血性大腸菌Ｏ１５７、赤痢菌のゲノムＤＮＡをスパイクして、３菌種を分離検出した結果の図である。（その４／４）
【図５】サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の陽性実検体と、糞便非存在下でサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のゲノムＤＮＡの３菌種を分離検出した結果の図である。
【図６】サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の陽性実検体が１検体含むプール糞便をそれぞれ検査対象とし、３菌種を分離検出した結果の図である。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明はサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌をマルチプレックスＰＣＲにて増幅し、融解曲線解析のＴｍ値によって、これら３菌種を分離検出することに特徴がある。
【００１５】
本発明の実施形態のひとつは、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種が存在するかを検出する方法であり、かつ、前記３菌種を区別して検出する方法であって、次の（１）および（２）の工程を含む検出方法である。（以下、本明細書では、複数の菌種が存在するかを検出し、かつ、複数の菌種を区別して検出することを、「分離検出」とも呼ぶ。）
（１）前記３菌種をターゲットとするマルチプレックスＰＣＲを行った後、得られた増幅産物を融解曲線解析によって検出する工程。
（２）融解曲線分析において、３菌種を増幅産物のＴｍ値の違いによって分離検出する工程。
【００１６】
「マルチプレックスＰＣＲ」とは、同時に複数のターゲットを増幅することが可能な方法であり、複数のターゲットに対するプライマーセットをすべて混合し、ＰＣＲを行うことで実施される。すなわち本発明におけるマルチプレックスＰＣＲとは、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のそれぞれを増幅するためのプライマーをすべて混合し、ひとつの液でＰＣＲを行うことである。
【００１７】
本発明の特徴は、マルチプレックスＰＣＲ後の融解曲線解析において、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のそれぞれの増幅産物が異なるＴｍ値を与えることで、分離検出が可能になったという点である。融解曲線解析におけるＴｍ値とは、プライマーセットによって増幅した２本鎖ＤＮＡの５０％が、１本鎖になる温度である。すなわち、Ｔｍ値を決定する要因は増幅産物の２本鎖の結合の強さに依存しており、ＧＣ含量や、増幅長等によって左右されるため、増幅するターゲットによってＴｍ値を変えることが可能である。
【００１８】
本発明においてサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種を増幅するためのプライマーセットは、３菌種のＴｍ値に差異が生じるように設計すればよく、より好ましくは、互いのＴｍ値にそれぞれ１℃以上、より好ましくは２℃以上、より好ましくは、３℃以上の差異が生じるようにプライマーを設計すればよい。この各増幅産物のＴｍ値は、各リアルタイムＰＣＲ装置、解析ソフトウェアにより求められる。
【００１９】
プライマーについては、３菌種でＴｍ値に差異が生じるように設計する以外は限定されないが、増幅されるＤＮＡ断片の長さは、例えば２０〜１０００塩基、より好ましくは５０〜７００塩基、さらに好ましくは１００〜５００塩基が挙げられる。さらに、本発明におけるプライマーの長さとしては、好ましくは１３〜３５塩基であり、より好ましくは１６塩基以上であり、また、３０塩基以下が好ましい。
【００２０】
また本発明に使用するプライマーセットは、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの群も検出できるようにするために、多くの群に共通の遺伝子を増幅しうるプライマーセットを用いることが好ましい。
【００２１】
例えば、サルモネラとしては２菌種（Ｓ．  ｅｎｔｅｒｉｃａ、及びＳ．  ｂｏｎｇｏｒｉ）、６亜種、並びに血清型２５０１種が知られている。サルモネラを検出しようとする場合、細胞侵入性タンパク質ｉｎｖＡの遺伝子を増幅しうるプライマーセットを用いることが好ましい。
【００２２】
例えば、Ｏ−１５７をはじめとする腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）としてはベロ毒素としてＶＴ１、並びにＶＴ２、ＶＴ２ｖｈａ、ＶＴ２ｖｈｂ、及びＶＴ２ｖｐが知られている。腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）を検出しようとする場合、ＶＴ１及びＶＴ２の遺伝子をそれぞれ増幅しうるプライマーセットを用いることが好ましい。
【００２３】
例えば、赤痢菌としてはＡ〜Ｄ群（Ａ群として１３種血清型；Ｂ群として６種血清型；Ｃ群として１８種血清型；Ｄ１群として１種血清型）が知られている。赤痢菌を検出しようとする場合、病原性因子ｉｐａＨの遺伝子を増幅しうるプライマーセットを用いることが好ましい。
【００２４】
サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの群も検出できるようにする方法として、複数のプライマーを使用することが可能である。例えば、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）を増幅するために、ＶＴ１増幅用のプライマーセットとＶＴ２増幅用のプライマーセットの計４本を腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）を増幅するためのプライマーセットとして使用することができる。
【００２５】
また、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの群も検出できるようにするために縮重プライマーを使用することもできる。縮重プライマーを使用することで、いずれの群において可能性のある塩基配列をすべて含むようなプライマーを設計することが可能となる。
【００２６】
前記の条件を満たす、サルモネラを対象として増幅するためのプライマーペアとして、下記の（ａ）から（ｄ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアが挙げられる。
（ａ）配列番号１と配列番号２とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号３
（ｂ）配列番号１と配列番号２とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号４
（ｃ）配列番号１と配列番号２とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号５と配列番号６とからなる群のうち少なくとも１種
（ｄ）配列番号７と配列番号８とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号５と配列番号６とからなる群のうち少なくとも１種
【００２７】
前記の条件を満たす腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）を対象として増幅するためのプライマーペアとして、下記の（ｅ）から（ｈ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアが挙げられる。
（ｅ）配列番号９と配列番号１０とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号１１と配列番号１２とからなる群のうち少なくとも１種
（ｆ）配列番号１３と配列番号１４とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号１５と配列番号１６とからなる群のうち少なくとも１種
（ｇ）配列番号１７と配列番号１８とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号１５と配列番号１６とからなる群のうち少なくとも１種
（ｈ）配列番号１３と配列番号１４とからなる群のうち少なくとも１種、および、配列番号１９と配列番号２０とからなる群のうち少なくとも１種
【００２８】
前記の条件を満たす赤痢菌を対象として増幅するためのプライマーペアとして、下記の（ｉ）〜（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアが挙げられる。
（ｉ）配列番号２１、および、配列番号２２
（ｊ）配列番号２３、および、配列番号２２
（ｋ）配列番号２４、および、配列番号２２
（ｌ）配列番号２１、および、配列番号２５
（ｍ）配列番号２６、および、配列番号２５
（ｎ）配列番号２７、および、配列番号２８
（ｏ）配列番号２９、および、配列番号３０
（ｐ）配列番号３１、および、配列番号３０
（ｑ）配列番号３２、および、配列番号３３
【００２９】
前記の３菌種のそれぞれを対象として増幅するためのプライマーペアは、前記の（ａ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列に対応する相補的塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのペアから選択されるものであってもよい。
【００３０】
また、前記の３菌種のそれぞれを対象として増幅するためのプライマーペアは、その少なくとも一つが、前記の（ａ）から（ｑ）のいずれかに記載されている塩基配列の一部分から構成されていてもよい。たとえば、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌のうち少なくとも１組のプライマーペアにおいて、フォワードプライマーおよび／またはリバースプライマーが、各配列番号のうち１５塩基以上、より好ましくは１８    塩基以上からなるオリゴヌクレオチドから構成されていればよい。
別の言い方をすると、配列番号１から３３に記載されている塩基配列のうち一番長いものは２３塩基、一番短いものは１６塩基であるが、前記のフォワードプライマーまたはリバースプライマーの長さは、各塩基配列で示される配列の全長を有することが最も好ましい。前記「塩基配列の一部分」については、全長が１５塩基未満とならない範囲内であれば、その配列の連続性を維持する前提で、少なくともいずれかの末端を欠いてもよい。その場合の塩基配列の長さは、長いほうが好ましい。例えば配列番号１であれば１５塩基以上であれば良いが、より好ましくは１６塩基以上、より好ましくは１７塩基以上、より好ましくは１８塩基以上、より好ましくは１９塩基以上、より好ましくは２０塩基以上、より好ましくは２１塩基以上、より好ましくは２２塩基以上、最も好ましくは２３塩基である。また、例えば配列番号２３であれば１５塩基以上であれば良いが、好ましくは１６塩基である。
さらに、前記の３菌種のそれぞれを対象として増幅するためのプライマーペアは、前記のいずれかに記載されている塩基配列を含めば、いずれかの末端に数塩基が付加されていてもよい。いずれかの末端に塩基を付加することで、プライマーの全長が、１８塩基以上となることが好ましく、より好ましくは、２０塩基以上、より好ましくは、２３塩基以上となることが好ましい。この場合、プライマー全長の上限は、３５塩基であることが好ましく、さらに好ましくは３２塩基、さらに好ましくは３０塩基である。
【００３１】
本発明の３菌種の分離検出方法においては、少なくとも１菌種を対象とした増幅のために前記のプライマーペアのいずれかを用いることができる。サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種からひとつずつ選択される組み合わせを使用することがより好ましい。また、使用するプライマーは、変異に対応するために、配列番号１〜配列番号３３に示す配列の数塩基の置換が含まれていてもよい。ここでいう数塩基とは、１０塩基以下、より好ましくは５塩基以下、より好ましくは４塩基以下、より好ましくは３塩基以下、より好ましくは２塩基以下、より好ましくは１塩基以下である。
【００３２】
本発明に用いるプライマー濃度は限定されず、適宜調整すればよいが、ピークが高くなる増幅産物を与えるプライマー比を下げ、ピークのバランスを揃えることが好ましい。また、必要であればプライマーの濃度を通常のＰＣＲを行う場合よりも高濃度とする。
【００３３】
本発明では偽陰性発生を防止させるためにインターナルコントロール（内部標準）を含むことがより好ましい。陰性の場合、インターナルコントロール（内部標準）の増幅のみが認められ、ＰＣＲが成功したことを確認することができる。一方、ＰＣＲの阻害や試薬の添加忘れが発生した場合は、インターナルコントロール（内部標準）の増幅が認められないため、ＰＣＲが失敗したことが確認できる。
【００３４】
インターナルコントロール（内部標準）は、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種のＴｍ値と異なれば、特に限定されない。インターナルコントロール（内部標準）のＴｍ値は、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌のいずれの増幅産物とも異なるＴｍ値を与えるものであればよく、たとえば３菌種すべてのＴｍ値に対して、それより低温であっても、高温であってもよい。また、３菌種のいずれかの中間でもよい。
【００３５】
インターナルコントロール（内部標準）として、検査対象に含まれないターゲットとそのターゲットを増幅するためのプライマーセットを用いればよい。また、インターナルコントロール用にプライマーを別に添加せず、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌増幅用プライマーを用いて増幅した場合に３菌種とは異なるＴｍ値を与えるテンプレートのみを添加し、インターナルコントロール（内部標準）としてもよい。
【００３６】
本発明の３菌種の分離検出方法において、マルチプレックスＰＣＲ反応時の組成は、Ｔｍ値の異なる増幅産物を与える特異的プライマー以外の組成成分は、特に限定されず、従来公知の成分が挙げられ、その割合も限定されるものではない。前記組成成分として、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡ合成基質（たとえば、１種類以上のデオキシヌクレオチド三リン酸または、デオキシヌクレオチド三リン酸の誘導体）、緩衝剤、及び塩よりなる群のうち少なくとも１つを含有することが好ましい。
【００３７】
耐熱性ＤＮＡポリメラーゼは特に限定されず、従来公知の耐熱性細菌由来のポリメラーゼが使用できる。具体的には、ファミリーＡ（ＰｏｌＩ型）に属するＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼやＴｔｈ  ＤＮＡポリメラーゼ、ファミリーＢ（α型）に属するＫＯＤ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｐｆｕ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｐｗｏ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｕｌｔｉｍａ  ＤＮＡポリメラーゼ、ＰｒｉｍｅＳＴＡＲ（登録商標）  ＤＮＡポリメラーゼなどが挙げられる。耐熱性ＤＮＡポリメラーゼは、アミノ酸配列に１もしくは数個のアミノ酸が置換、欠損、付加もしくは挿入されたアミノ酸配列を有する変異体であってもよく、特に限定されない。
【００３８】
緩衝剤としては、例えば、トリス（ＴＲＩＳ）、トリシン（ＴＲＩＣＩＮＥ）、ビス−トリシン（ＢＩＳ−ＴＲＩＣＩＮＥ）、へペス（ＨＥＰＥＳ）、モプス（ＭＯＰＳ）、テス（ＴＥＳ）、タプス（ＴＡＰＳ）、ピペス（ＰＩＰＥＳ）、及びキャプス（ＣＡＰＳ）などが挙げられるが、特に限定されない。
また、反応バッファー中には、１．０〜５ｍＭ、好ましくは１．５〜２．５ｍＭ程度の濃度でＭｇ２＋を含むことが好ましい。更には、ＫＣｌを含んでいてもよい。
また、必要に応じて、界面活性剤を含んでいてもよい。
【００３９】
さらに、反応バッファー中には、アルブミン、グリセロール、ヘパリン、トレハロース、ベタイン等を含んでいてもよい。これらの添加割合は、ＰＣＲ反応を阻害しない範囲で添加すればよい。
【００４０】
本発明は、融解曲線解析のＴｍ値によって、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種を検出することに特徴がある。そのため、増幅産物の検出には、蛍光インターカレーターの添加が必要である。この蛍光インターカレーターの添加は、ＰＣＲ反応液にあらかじめ添加してもよく、ＰＣＲ後添加してもよいが、簡便さの観点からＰＣＲ反応液にあらかじめ添加しておくことが好ましい。
【００４１】
蛍光インターカレーターとは、二本鎖ＤＮＡに挿入（インターカレート）することによって、可逆的な、非共有結合的な様式で核酸と結合し、それによって核酸の存在および量を示す任意の分子を指す。一般に、インターカレーターは、二本鎖ＤＮＡに挿入して蛍光を発する色素である。
【００４２】
多数のインターカレーターが当技術分野で公知である。例えば、Ｅｔｈｉｄｉｕｍ  ｂｒｏｍｉｄｅ、シアニン色素（例えば、ＴＯＴＯ（登録商標）、ＹＯＹＯ（登録商標）、ＢＯＢＯおよびＰＯＰＯ）、ＳＹＢＲ（登録商標）  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ、ＳＹＢＲ（登録商標）  Ｇｒｅｅｎ  ＥＲ、ＳＹＢＲ（登録商標）  Ｇｒｅｅｎ  Ｇｏｌｄ、ＳＹＢＲ（登録商標）  ＤＸ、ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ（登録商標）、ＬＣＧｒｅｅｎ（登録商標）、ＥｖａＧｒｅｅｎ（登録商標）、ＳＹＴＯＸ（登録商標）  Ｇｒｅｅｎ、ＲｅｓｏＬｉｇｈｔ、ヨウ化プロピジウム、Ａｃｒｉｄｉｎｅ  ｏｒａｎｇｅ、７−アミノ−アクチノマイシン  Ｄ、ＣｙＱＵＡＮＴ（登録商標）  ＧＲ、ＳＹＴＯ（登録商標）９，  ＳＹＴＯ（登録商標）１０、ＳＹＴＯ（登録商標）１３、ＳＹＴＯ（登録商標）１４、ＳＹＴＯ（登録商標）８２、ＦＵＮ−１などが挙げられるが、特に限定されるものではない。
【００４３】
本発明におけるサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌を分離検出するためには、融解曲線解析が可能な機器を使用する。融解曲線解析を実施可能な機器として、リアルタイムＰＣＲ機器が挙げられるが限定されるものではない。具体例としては、ロッシュ・ダイアグノスティック社のライトサイクラー（登録商標）、アプライドバイオシステム社のＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７０００ / ７７００、７５００ / ７５００ ＦＡＳＴ リアルタイムＰＣＲシステム、７９００ＨＴ  Ｆａｓｔ  リアルタイムＰＣＲシステム、ＳｔｅｐＯｎｅ / ＳｔｅｐＯｎｅＰｌｕｓリアルタイムＰＣＲシステム、キアゲン社のＲｏｔｏｒ  Ｇｅｎｅ、タカラバイオ社のＴｈｅｒｍａｌ Ｃｙｃｌｅｒ Ｄｉｃｅ（登録商標） Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ Ｓｙｓｔｅｍ、バイオ・ラッド社のＭｉｎｉＯｐｔｉｃｏｎ、ＣＦＸ３８４ Ｔｏｕｃｈ、ＣＦＸ９６ Ｔｏｕｃｈ、アジレント・テクノロジー社のＭｘ３０００Ｐ、Ｍｘ３００５Ｐ、Ｍｘ４０００等が挙げられる。また、ＰＣＲ反応については、上記のリアルタイムＰＣＲ機器を使用してもよいが、融解曲線解析と独立して、サーマルサイクラーを使用してもよい。
【００４４】
ＰＣＲにおける温度サイクルは、使用するプライマーに応じて適宜設定することができる。また、融解曲線解析については、取得するデータの温度範囲は、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌、インターナルコントロール（内部標準）を含む場合はインターナルコントロール（内部標準）のＴｍ値の範囲内であればよく、温度上昇速度（データポイント数）等は、各リアルタイムＰＣＲ装置に適した条件を設定すればよい。
【００４５】
本発明の分離検出方法は、食中毒原因菌であるサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種を検出することが目的であるため、検査対象は特に限定されないが、保菌者を早期に発見の観点では、便検体を使用することが好ましい。たとえば、検便検体を使用することができる。検便検体とは、便から採取された便検体をいう。便検体の採取方法等は、特に限定されないが、例えば便の一部を掻き取ることによって得ることができる。検便検体は、検便のために採取されたものを用いることができる。
【００４６】
本発明において便検体は特に限定されない。例えば、哺乳類の便から採取された便検体が挙げられる。哺乳類としては、特に限定されないが、例えば、ヒト、ウシ、ブタ、イヌ、ネコ等を挙げることができる。また、本発明が適用される便検体は、保存などの目的で、ＤＮＡの破壊が抑えられていることを前提に、希釈・濾過・その他の物理化学的処理が施されたものであってもよい。
【００４７】
本発明は、この便検体から抽出したゲノムＤＮＡをテンプレートして増幅することができる。このゲノムＤＮＡの分離精製は、限定されるものではないが、商業的に入手可能なＭａｇＥｘｔｒａｃｔｏｒ  −Ｇｅｎｏｍｅ−（ＴＯＹＯＢＯ）、ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ（登録商標）Ｔｉｓｓｕｅ（タカラバイオ）、Ｗｉｚａｒｄ（登録商標） Ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（プロメガ）、ＦｌｅｘｉＧｅｎｅ ＤＮＡ Ｋｉｔ（キアゲン）等を用いることができる。
【００４８】
本発明では前述の通り、抽出したゲノムＤＮＡをテンプレートとして用いることができるが、検査の簡便性、迅速性の観点から、ゲノムＤＮＡの分離精製を行っていない便検体を使用することが好ましい。例えば、便検体をそのまま懸濁させた溶液を熱処理、遠心分離後、上清をテンプレートとする方法が挙げられる。
【００４９】
さらに、多検体の検査が必要な場合は、便検体としてプール検体を用いることがより好ましい。本発明において、プール検体とは、Ｘ種（Ｘは２以上の整数を示す。）の便から採取された便検体からなるものである。
【００５０】
ここでいうＸ種の便とは、Ｘ種の個体が排泄したそれぞれの便であってもよいし、同一個体が排泄したＸ種の便であってもよい。Ｘについては、特に限定されないが、検出しようとするサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種の検出率（１００個の便から採取された便検体のうち、１個の便検体においてその細菌類が検出されるとき、検出率が１％であるとする。）に基づいて最適な数を設定することができる。例えば便検体としてヒトの便から採取された便検体を用い、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の検出率が約０．０５％であったとする。この場合、１０００種の便から採取された検便検体からなるプール検体を用いて検出を行えば、これら３菌種が検出される確率は、１０００（検体）×０．０５％＝５０％となる。したがって、順次別々のプール検体を入れ替えて検出をすると、２回に１回の確率で３菌種が検出されることになる。同じ場合に、１００種の便から採取された便検体からなるプール検体を用いて検出を行えば、２０回に１回の確率で３菌種が検出されることになる。同じ場合に、１０種の便から採取された便検体からなるプール検体を用いて検出を行えば、２００回に１回の確率で３菌種が検出されることになる。順次別々のプール検体を入れ替えて検出をする場合、どの程度の確率でサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌が検出されれば作業を効率的に進めることができるかを考慮して、プール検体に含まれる便検体の種類を決定することができる。通常は、数十回に１回の確率で３菌種が検出されるようにするのが好ましい。そのため、好ましくは、Ｘが２０以上、より好ましくは３０以上であり、より好ましくは    ４０以上であり、より好ましくは５０以上である。
【００５１】
ＰＣＲに用いる検便検体の添加割合は、適切にＰＣＲが行われればよく特に限定されないが、例えば、１〜２０ｖ／ｖ％の範囲内で適宜調整することができる。
【００５２】
本発明の実施形態のひとつは、以下の（Ａ）〜（Ｄ）を含む、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種の分離検出試薬であり、さらに（Ｅ）を含む試薬であってもよい。
（Ａ）耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ
（Ｂ）サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）および赤痢菌の３菌種の増幅産物のＴｍ値が互いに１℃以上離れるように設計された３組のプライマーペアからなるプライマーセット
（Ｃ）ＤＮＡ合成基質（デオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ））、および、
（Ｄ）マグネシウムイオン、アンモニウムイオンおよびカリウムイオンからなる群のうち１種以上を含む緩衝液
（Ｅ）蛍光インターカレーター
【００５３】
本発明の試薬の組成に関しては前記（Ｂ）を用いること以外には特に限定されない。たとえば、本発明の方法のところで説明・例示したとおりである。
【００５４】
また、本発明の試薬の形態に関しても特に限定されない。たとえば、キットの形態であってもよく、キットの形態は特に限定されない。
前記キットは、１つの組成物に上記で説明した分離検出方法を実施するために必要なすべての物質を含むものであっても良いし、２種類以上の複数の組成物を組合せたものであって、使用時に適宜混合することで分離検出方法を実施するための反応液を調製できるよう構成されているものであっても良い。その際に各組成物の構成は溶液であっても固形物（粉末、凍結乾燥品など）であっても良い。固形物の場合は使用時に精製水または予め調製された別の溶液組成物に溶解して調製できるよう構成されていれば良い。
【実施例】
【００５５】
以下、実施例に基づき本発明をより具体的に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定されるものではない。
【００５６】
実施例１：サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の分離検出
サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種のＴｍ値が異なるように配列番号１から配列番号３３に示すプライマーを設計した。また、偽陽性を防ぐため、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種よりもＴｍ値が高温になるインターナルコントロール増幅用プライマー（配列番号３４、配列番号３５）と、Ｔｍ値が低温になるインターナルコントロール増幅用プライマー（配列番号３６、３７）を設計した。このインターナルコントロール増幅用プライマーは、ｐＢＲ３２２をテンプレートとする。
【００５７】
本実施例に用いたプライマーセットの組み合わせを表１、表２、表３に示す。表１では、インターナルコントロールとしてＴｍ値が３菌種よりも高温であり、かつ腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）増幅用プライマーとして、配列番号９、１０、１１、１２を用いた場合である。
【００５８】
【表１】
0006446907.tif 000002
【００５９】
表２では、インターナルコントロールとしてＴｍ値が３菌種よりも高温であるが、表１とは異なり、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）増幅用プライマーも変えたプライマーセットである。
【００６０】
【表２】
0006446907.tif 000003
【００６１】
表３では、インターナルコントロールとしてＴｍ値が３菌種よりも低温であるプライマーセットである。
【００６２】
【表３】
0006446907.tif 000004
【００６３】
本実施例では、ＰＣＲ試薬としてＢｌｅｎｄ  Ｔａｑ  −Ｐｌｕｓ−（ＴＯＹＯＢＯ）、蛍光インターカレーターとして、ＥｖａＧｒｅｅｎ（Ｂｉｏｔｉｕｍ）を使用した。また、表１、２、３に記載のプライマー濃度は、それぞれの菌を検出するプライマー濃度が１．２μＭとなるように各プライマーで均等に分配し添加した。すなわち、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌を検出するプライマーセットとして、ＰＣＲ反応液に３．６μＭのプライマーが含まれることになる。また、インターナルコントロール増幅用プライマー濃度は、フォワードプライマー、リバースプライマーそれぞれ０．５μＭとし、テンプレートとして、２．５μＭ/μＬのｐＢＲ３２２を添加した。
【００６４】
本実施例では上記ＰＣＲ反応液を２０μＬ系にて調製した。この２０μＬの反応液に、検査対象としてサルモネラ、腸管出血性大腸菌Ｏ１５７、赤痢菌１００コピーをスパイクした陰性糞便を１０％になるように水で懸濁、９５℃、５分熱処理し遠心上清液を２μＬ添加した。また、陰性糞便の熱処理遠心上清液についても同様に２０μＬ反応系に２μＬ添加した。
【００６５】
調製したサンプルを、Ｂｉｏ−Ｒａｄ  ＭｉｎｉＯｐｔｉｃｏｎにて、９４℃、２分の初期変性の後、変性：９４℃、１０秒、アニーリング：５５℃、１５秒、伸長：６８℃、３０秒を４０サイクル繰り返すＰＣＲを実施後、融解曲線解析を０．５℃／Ｓｔｅｐにて実施した。
【００６６】
これらの結果を図１、２、３、４に示す。プライマーセット１から３５のいずれのプライマーセットを使用した場合でも、Ｔｍ値がサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種で異なるように設計すれば、３菌種の分離検出が可能であることを確認することができた。
【００６７】
実施例２：陽性検体を用いた３菌種の分離検出
本実施例では、表１に示すプライマーセット６、表３に示すプライマーセット３１、３２を用いて、陽性実検体を実施例１に記載のＰＣＲ反応液、サイクル条件にて検査した。検査対象は、陽性実検体を１０％程度になるように水で懸濁し、懸濁液を９５℃、５分熱処理し、遠心分離後、上清を使用した。また、コントロールとして、糞便の代わりに、精製したサルモネラ、腸管出血性大腸菌Ｏ１５７、赤痢菌ゲノムＤＮＡ１００コピーを鋳型として増幅を実施した。
【００６８】
これらの結果を図５に示す。その結果、糞便添加なしのゲノムＤＮＡで分離検出が可能であり、糞便を含む陽性実検体でも３菌種の分離検出が可能であることが示された。この結果より、３菌種がＴｍ値によって分離検出が可能なプライマーセットを設計すれば、検便陽性検体から３菌種を分離検出が可能であることが確認できた。
【００６９】
実施例３：プール糞便を用いた３菌種の分離検出
実施例３では、陽性実検体を１検体含むプール糞便について、実施例１に記載のＰＣＲ反応液、サイクル条件にて検査した。プライマーは、表１に示すプライマーセット６、表３に示すプライマーセット３１、３２を使用した。プール糞便は、採便管内の糞便少量を、滅菌水（1ｍＬ程度）の入った試験管に懸濁したものを採便管毎に調製し、２０個と５０個の検便検体をそれぞれ等量ずつ（数μＬ程度）1本のチューブにプールした検便検体を、９５℃、５分熱処理し、遠心分離後の上清を使用した。
【００７０】
これらの結果を図６に示す。その結果、Ｔｍ値によってサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の３菌種の分離検出が可能な方法を用いれば、プール糞便に対しても同様な結果が得られ、より簡便、迅速に多検体のサンプルを検査できることが示された。
【産業上の利用可能性】
【００７１】
本発明により、より簡便、迅速に食中毒原因菌のサルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌を検出するだけでなく、３菌種の分離検出も可能となった。このことから、簡便、迅速に３菌種のどの菌を保菌しているかを同定することができるため、食中毒の予防、保菌者のその後の対応を決める上で有意義である。さらに、本発明では、検便検体を検査対象とするだけでなく、プール糞便からの検出が可能であるため、より多検体を迅速に検査することが可能である。そのため、プール糞便から３菌種の分離検出を行うことで、サルモネラ、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、赤痢菌の保菌者スクリーニングに応用することができる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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