(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＢＨ３プロファイルを、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者の１種または複数種の癌治療に対する有害反応の可能性の指標とするインビトロの方法であって、
患者の細胞試料に対しＢＨ３プロファイルを検出すること
を含み、
ここで、前記ＢＨ３プロファイルを検出することは、ＢＡＤおよびＰＵＭＡの少なくとも１つに対する反応を測定することを含み、
ここで、前記ＢＨ３プロファイルは、前記患者の前記１種または複数種の癌治療に対する有害反応の可能性を示し、
ここで、前記有害反応は、腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）である、方法。
【請求項２】
前記ＢＨ３プロファイルを検出することが、ＢＩＭおよびＨＲＫの少なくとも１つに対する反応を測定することをさらに含み、ここで、ＢＩＭおよびＨＲＫプロファイルは治療効果を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の高い可能性が、前記有害反応を引き起こす前記１種または複数種の癌治療が控えられ得ることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
変異状態、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル、および動的なタンパク質レベル、から選択される追加のバイオマーカーのインビトロでの測定をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記１種または複数種の癌治療が、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤による前記ＣＬＬ患者の治療を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記サイクリン依存性キナーゼ阻害剤が、アルボシジブである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記癌治療が、ＢＨ３ミメティック、プロテアソーム阻害剤、エピジェネティック修飾剤、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤から選択される第２の治療をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第２の癌治療が細胞エピジェネティック機構の修飾物質である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
エピジェネティック機構の前記修飾物質が、ボリノスタット、エンチノスタット、アザシチジンおよびデシタビンの内の１種または複数種から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記第２の癌治療が、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、およびイダルビシンの内の１種または複数種である、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記第２の癌治療がシタラビンまたはシタラビン系化学療法剤である、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記第２の癌治療がＢＨ３ミメティックである、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＢＨ３ミメティックが、ＢＣＬ−２、ＢＣＬＸＬ、およびＭＣＬ１の内の１種または複数種である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第２の癌治療がＭＣＬ１の阻害剤である、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＢＨ３プロファイリングが、前記患者の癌細胞を透過化処理すること、前記透過化処理した細胞と１種または複数種のＢＨ３ドメインペプチドとの接触時に、ミトコンドリア膜電位の変化を測定すること；およびミトコンドリア膜電位の低下を、前記細胞のアポトーシス誘導化学療法剤への化学療法感受性と相関付けることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＢＨ３プロファイリングが、ＢＡＤおよびＰＵＭＡと、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＦＬ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａの内の１種または複数種とに対する反応を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＢＨ３プロファイリングが、０．１μＭ〜２００μＭの濃度のペプチドの使用を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記試料が、凍結腫瘍組織試料、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織試料から選択される生検材料である、請求項１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示はヒト検体中の腫瘍を評価するのに有用な方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
標的癌療法と併せて用いられる予測および予後用のバイオマーカーは、薬剤開発期間の短縮、薬効の改善および臨床判断に非常に重要な役割を果たすことができる。近年の癌治療法の進歩にもかかわらず、化学療法剤は概して非効率的で、効果的でないままである。化学療法に余り効果が認められない一つの理由は、選択された治療薬が個々の患者の疾患に厳密に適合していない場合が多いことにある。正確な診断と治療薬とを組み合わせた個別化医療の手法を用いれば問題を改善することができるであろう。
【０００３】
さらに、鎖綜した化学療法の広範囲にわたる適用により、一部の患者は命に関わる治療関連毒性の影響を受ける可能性がある。例えば、腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）は、患者に対する癌の治療を行うことをできなくする場合がある。この場合も、個別化医療手法は、このような毒性を示す可能性のある患者を特定し、前記毒性を示す可能性のある治療薬を考慮から除外すことにより、臨床転帰を改善しようとする。
【０００４】
患者のＴＬＳに対する感受性を含む薬剤毒性、および薬効を予測することができる診断手法が必要である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
したがって、一態様では、本開示は、患者の１種または複数種の癌治療に対し有害反応を判定する方法を提供する。この方法は、患者の細胞試料のＢＨ３プロファイルを決定し、１種または複数種の癌治療に対する有害反応の可能性に関して、患者を分類することを含む。いくつかの実施形態では、患者の１種または複数種の癌治療に対する有害反応を判定する方法は、ａ）癌細胞または試料を患者から単離すること、ｂ）癌細胞または試料を１種または複数種のＢＨ３ペプチドと接触させること、ｃ）ミトコンドリア膜透過化を示す信号を検出すること、ｅ）ミトコンドリア膜透過化と治療薬による有害事象との間の相関を決定すること、およびｆ）治療薬による有害事象に対する可能性により患者を分類すること、を含む。
【０００６】
別の態様では、本開示は、血液癌患者の１種または複数種の癌治療に対する治療反応を判定する方法を提供し、この方法は、患者の腫瘍または癌細胞試料のＢＨ３プロファイルを決定すること、および１種または複数種の癌治療に対する１種または複数種の有害反応の可能性および１種または複数種の癌治療に対する治療効果に関して患者を分類することを含み、ＢＡＤおよび／またはＰＵＭＡを含むＢＨ３プロファイルが１種または複数種の癌治療に対する有害反応の指標となり、また、ＢＩＭおよび／またはＨＲＫを含むＢＨ３プロファイルが１種または複数種の癌治療に対する治療効果の指標となる。いくつかの実施形態では、患者の１種または複数種の癌治療に対する治療反応を判定する方法は、ａ）癌細胞または試料を患者から単離すること、ｂ）癌細胞または試料を１種または複数種のＢＨ３ペプチドと接触させること、ｃ）ミトコンドリア膜透過化を示す信号を検出すること、ｅ）ミトコンドリア膜透過化と１種または複数種の癌治療に対する有害事象との間の相関および１種または複数種の癌治療に対する治療効果を決定すること、およびｆ）１種または複数種の癌治療の有害事象に対する可能性および１種または複数種の癌治療に対する治療効果により患者を分類すること、を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡＤおよび／またはＰＵＭＡと癌細胞または試料との接触後のミトコンドリア膜透過化は、１種または複数種の癌治療に対する有害反応の指標となり、また、ＢＩＭおよび／またはＨＲＫと、癌細胞または試料との接触後のミトコンドリア膜透過化は、１種または複数種の癌治療に対する治療効果の指標となる。本開示の詳細は付随する以下の明細書に記載される。本明細書で記載の方法や材料に類似物、または等価物は、本開示の実施または試験で使用することができるが、例示的な方法および材料を以降で記載する。本開示の他の特徴、目的、利点は以下の説明および請求項から明らかになろう。明細書および、添付請求項では、文脈から明示的に別義が示されない限り、単数形は複数形も含む。特に断らなければ、本明細書で使われる全ての技術および科学用語は、本開示が属する当業者により通常理解されているものと同じ意味を有する。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
患者の１種または複数種の癌治療に対する有害反応を判定する方法であって、
患者の細胞試料に対しＢＨ３プロファイルを測定すること；および
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の可能性で前記患者を分類すること、を含む方法。
（項目２）
前記有害反応が腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
有害反応の可能性を判定するための前記ＢＨ３プロファイリングが、ＢＡＤおよび／またはＰＵＭＡに対する反応を測定することを含む、項目１または２のいずれか１項に記載の方法。
（項目４）
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の高い可能性が、前記有害反応を引き起こす前記１種または複数種の癌治療を控えることを含む治療の方向を示す、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の高い可能性が、前記有害反応を引き起こす前記１種または複数種の癌治療を含まない１種または複数種の癌治療を投与することを含む治療の方向を示す、項目１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６）
１種または複数種の前記患者の臨床因子を決定することをさらに含む、項目１〜５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７）
前記１種または複数種の臨床因子が、有害反応との関連のために、前記ＢＨ３プロファイルの特異性および／または感受性を高めるように選択される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記臨床因子が、年齢、細胞遺伝学的リスク状態、全身状態、組織学的サブクラス、性別、ＥＣＯＧ状態、および疾患ステージの内の１種または複数種である、項目６または７に記載の方法。
（項目９）
前記臨床因子が、ＥＣＯＧ状態および患者年齢の内の１種または複数種である、項目６〜８に記載の方法。
（項目１０）
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の低い可能性が、前記１種または複数種の癌治療に対する治療効果の評価に向かわせ、前記評価が、前記患者の腫瘍または癌細胞試料のＢＨ３プロファイルを測定すること、および前記患者を１種または複数種の癌治療に対する治療効果の可能性で分類することを含む、項目１〜９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１）
１種または複数種の癌治療に対する治療効果の可能性のための前記ＢＨ３プロファイルが、ＢＩＭおよび／またはＨＲＫのレベルを測定することを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記治療効果が、高い臨床反応および／または高い全生存を含む、項目１０または１１に記載の方法。
（項目１３）
１種または複数種の前記患者の臨床因子を決定することをさらに含む、項目９〜１２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
前記１種または複数種の臨床因子が、治療効果との関連のために、前記ＢＨ３プロファイルの特異性および／または感受性を高めるように選択される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記臨床因子が、年齢、細胞遺伝学的リスク状態、全身状態、組織学的サブクラス、性別、ＥＣＯＧ状態、および疾患ステージの内の１種または複数種である、項目１３または１４に記載の方法。
（項目１６）
前記臨床因子が、トリソミー１２状態である、項目１３〜１５に記載の方法。
（項目１７）
変異状態、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル、および動的なタンパク質レベル、から選択される追加のバイオマーカーの測定をさらに含む、項目１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
前記ＢＨ３プロファイリングが、癌患者由来の精製されたＢ細胞に対して行われる、項目１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９）
前記癌が血液癌である、項目１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
前記血液癌が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病、および非ホジキンリンパ腫から選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記非ホジキンリンパ腫が、マントル細胞リンパ腫およびびまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫から選択される、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記癌が固形腫瘍である、項目１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
（項目２３）
前記固形腫瘍が、非小細胞肺癌、卵巣癌、および黒色腫から選択される、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記癌治療が、抗癌剤、化学療法剤、手術、アジュバント療法、およびネオアジュバント療法の内の１種または複数種である、項目１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
（項目２５）
前記癌治療が、ＢＨ３ミメティック、エピジェネティック修飾剤、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤の内の１種または複数種である、項目１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
（項目２６）
前記癌治療がプロテアソーム阻害剤である、項目１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
（項目２７）
前記癌治療が細胞周期調節の修飾物質である、項目１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目２８）
細胞周期制御の前記修飾物質が、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤である、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記癌治療が細胞エピジェネティック機構の修飾物質である、項目１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
（項目３０）
エピジェネティック機構の前記修飾物質が、ボリノスタットまたはエンチノスタットの内の１種または複数種を含む、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）の阻害剤である、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
エピジェネティック機構の前記調節剤が、アザシチジンである、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
エピジェネティック機構の前記調節剤が、デシタビンである、項目２９に記載の方法。
（項目３３）
前記癌治療がアントラサイクリンまたはアントラセンジオンである、項目１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
（項目３４）
前記アントラサイクリンまたはアントラセンジオンが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシンの内の１種または複数種である、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記癌治療が白金系治療薬である、項目１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
（項目３６）
前記白金系治療薬が、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキサリプラチンの内の１種または複数種である、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記癌治療がシタラビンまたはシタラビン系化学療法剤である、項目１〜３６のいずれか１項に記載の方法。
（項目３８）
前記癌治療がＢＨ３ミメティックである、項目１〜３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目３９）
前記ＢＨ３ミメティックが、ＢＣＬ−２、ＢＣＬＸＬ、およびＭＣＬ１の内の１種または複数種である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記癌治療がＭＣＬ１の阻害剤である、項目１〜３９のいずれか１項に記載の方法。
（項目４１）
前記ＢＨ３プロファイリングが、前記患者の癌細胞を透過化処理すること、前記透過処理した細胞と１種または複数種のＢＨ３ドメインペプチドとの接触時に、ミトコンドリア膜電位の変化を測定すること；およびミトコンドリア膜電位の低下を、前記細胞のアポトーシス誘導化学療法剤への化学療法感受性と相関付けることを含む、項目１〜４０のいずれか１項に記載の方法。
（項目４２）
前記ＢＨ３プロファイリングが、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＦＬ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａの内の１種または複数種から選択されるペプチドの使用を含む、項目１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
（項目４３）
前記ＢＨ３プロファイリングが、０．１μＭ〜２００μＭの濃度のペプチドの使用を含む、項目１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
（項目４４）
前記試料が、凍結腫瘍組織試料、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織試料から選択される生検材料である、項目１〜４３のいずれか１項に記載の方法。
（項目４５）
前記試料が、ヒト腫瘍由来の細胞株である、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記試料が、癌幹細胞である、項目４４に記載の方法。
（項目４７）
前記試料が、固形腫瘍の生検材料に由来する、項目４４に記載の方法。
（項目４８）
前記試料が、非固形腫瘍の生検材料に由来する、項目４４に記載の方法。
（項目４９）
前記試料が、循環腫瘍細胞に由来する、項目４４に記載の方法。
（項目５０）
血液癌患者の１種または複数種の癌治療に対する治療反応を判定する方法であって、
患者の腫瘍または癌細胞試料に対しＢＨ３プロファイルを測定すること；および
１種または複数種の癌治療に対する１種または複数種の有害反応および１種または複数種の癌治療の治療効果の可能性で前記患者を分類することを含み、
ＢＡＤおよび／またはＰＵＭＡの反応を含む前記ＢＨ３プロファイルが、１種または複数種の癌治療に対する有害反応を示し、ＢＩＭおよび／またはＨＲＫの反応を含むＢＨ３プロファイルが、１種または複数種の癌治療に対する治療効果を示す方法。
（項目５１）
前記血液癌がＣＬＬである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記癌治療が、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤である、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
前記サイクリン依存性キナーゼ阻害剤がアルボシジブである、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
患者の１種または複数種の癌治療に対する有害反応を判定する方法であって、
患者の前記有害事象の影響を受けている細胞集団に対しＢＨ３プロファイルを測定すること；および
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の可能性で前記患者を分類すること、を含む方法。
（項目５５）
前記有害反応が、血小板減少症、貧血、および自己免疫反応からなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目５６）
前記細胞試料が、血小板、赤芽球細胞、免疫調節細胞、マクロファージ、樹状細胞、マスト細胞、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される細胞を含む、項目１〜５５のいずれか１項に記載の方法。
（項目５７）
１種または複数種の癌治療に対する有害反応の高い可能性が、前記有害反応を引き起こす前記１種または複数種の癌治療を控えることを含む治療の方向を示す、項目１〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【０００７】
図面と表の簡単な説明
表１は、ＣＬＬ患者の臨床病理情報を示す。患者の特徴を反応（３群（ＰＤ、ＳＤ、ＰＲ）または２群（ＰＤ、ＳＤ）として与えられた）を解析した。トリソミー１２のみが反応に対し統計的に有意であると示され、これを後で層化予測モデリング（ｌａｙｅｒｅｄ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  ｍｏｄｅｌｉｎｇ）の調節変数として使用した。
表２は、ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーがアルボシジブ治療薬に対する臨床反応を識別するのを示す。ＣＬＬ患者は訓練および試験コホートに分割され、転帰に対して独立に盲検方式でアッセイされた。訓練（ｎ＝３０）および試験コホート（ｎ＝３２）の両方とも、Ｂｉｍ（０．１）および（Ｈｒｋ）に対し回帰分析におけるｐ値が有意性を示し、それぞれが、治療反応の指標となり得ることを示している。全患者の総合データセットでは、Ｈｒｋは最大の予測能力を示し、Ｂｉｍ（０．１）は、同様に有意性を有することがわかる。
表３はＢＨ３プロファイリングバイオマーカーがアルボシジブ治療薬に対する腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）の患者を識別することを示す。ＢＡＤおよびＰｕｍａ（１０）両方のＢＨ３プロファイリング読み値は、アルボシジブ治療後にＴＬＳに罹患する可能性があるかどうかの指標となる。さらに、ＥＣＯＧ状態は有意であり、ロジスティック回帰分析のｐ値では年齢がボーダーラインの有意性であった。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１Ａ】図１Ａ〜Ｃは、無傷のＢ細胞の単離および代表的ＢＨ３プロファイリング読み取りデータを示す一連のグラフである。Ｃ細胞ＣＬＬ細胞を治療投与前に採取された患者のＰＢＭＣ試料から単離した。抗体反応混液を使って非Ｂ細胞を標識し、ＣＤ１９＋によりＢ細胞集団を特定した。フローサイトメトリー（パネルＡ）は、大抵の場合、ビーズ分離後のＣＬＬ細胞精製により９９％を超える純度を達成した。この純度のＣＬＬに対しその後の下流アッセイでＢＨ３プロファイリング信号を高めることになる。パネルＢとＣに、典型的な高度にプライミングされた試料、ならびに低いプライミングの試料の例として、２つの代表的患者試料のＢＨ３プロファイリングデータ読み値をそれぞれ示す。
【図１Ｂ】図１Ａ〜Ｃは、無傷のＢ細胞の単離および代表的ＢＨ３プロファイリング読み取りデータを示す一連のグラフである。Ｃ細胞ＣＬＬ細胞を治療投与前に採取された患者のＰＢＭＣ試料から単離した。抗体反応混液を使って非Ｂ細胞を標識し、ＣＤ１９＋によりＢ細胞集団を特定した。フローサイトメトリー（パネルＡ）は、大抵の場合、ビーズ分離後のＣＬＬ細胞精製により９９％を超える純度を達成した。この純度のＣＬＬに対しその後の下流アッセイでＢＨ３プロファイリング信号を高めることになる。パネルＢとＣに、典型的な高度にプライミングされた試料、ならびに低いプライミングの試料の例として、２つの代表的患者試料のＢＨ３プロファイリングデータ読み値をそれぞれ示す。
【図１Ｃ】図１Ａ〜Ｃは、無傷のＢ細胞の単離および代表的ＢＨ３プロファイリング読み取りデータを示す一連のグラフである。Ｃ細胞ＣＬＬ細胞を治療投与前に採取された患者のＰＢＭＣ試料から単離した。抗体反応混液を使って非Ｂ細胞を標識し、ＣＤ１９＋によりＢ細胞集団を特定した。フローサイトメトリー（パネルＡ）は、大抵の場合、ビーズ分離後のＣＬＬ細胞精製により９９％を超える純度を達成した。この純度のＣＬＬに対しその後の下流アッセイでＢＨ３プロファイリング信号を高めることになる。パネルＢとＣに、典型的な高度にプライミングされた試料、ならびに低いプライミングの試料の例として、２つの代表的患者試料のＢＨ３プロファイリングデータ読み値をそれぞれ示す。
【図２Ａ】図２Ａ〜Ｃは、原理証明および検証コホートのＣＬＬ患者のＢｉｍおよびＨｒｋ  ＢＨ３プロファイリングがアルボシジブ反応と相関していることを示す一連のグラフである。点のプロットは、３つのカテゴリー（ＰＤ、ＳＤ、ＰＲ）への反応の層別化による訓練および試験コホートならびに総合データセットを示す。
【図２Ｂ】図２Ａ〜Ｃは、原理証明および検証コホートのＣＬＬ患者のＢｉｍおよびＨｒｋ  ＢＨ３プロファイリングがアルボシジブ反応と相関していることを示す一連のグラフである。点のプロットは、３つのカテゴリー（ＰＤ、ＳＤ、ＰＲ）への反応の層別化による訓練および試験コホートならびに総合データセットを示す。
【図２Ｃ】図２Ａ〜Ｃは、原理証明および検証コホートのＣＬＬ患者のＢｉｍおよびＨｒｋ  ＢＨ３プロファイリングがアルボシジブ反応と相関していることを示す一連のグラフである。点のプロットは、３つのカテゴリー（ＰＤ、ＳＤ、ＰＲ）への反応の層別化による訓練および試験コホートならびに総合データセットを示す。
【図３Ａ】図３Ａ〜Ｂは、染色体１２トリソミー多変量解析により、ＣＬＬ患者のアルボシジブに対する臨床反応のＨｒｋ予測が向上することを示す一連のグラフである。点のプロット（パネルＡ）およびＲＯＣプロット（パネルＢ）は、Ｂｉｍ（０．１）およびＨｒｋ反応の識別を示す（２群：ＰＤ／ＳＤ、ＰＲ）。Ｂｉｍ（０．１）およびＨｒｋの両方とも、ＲＯＣプロットからのＡＵＣ値０．７３を示すが、Ｈｒｋモデルは重要な臨床的調節変数トリソミー１２の恩恵を受けて、増加したＡＵＣ値０．８３（ｐ＜０．０００１）が得られる。
【図３Ｂ】図３Ａ〜Ｂは、染色体１２トリソミー多変量解析により、ＣＬＬ患者のアルボシジブに対する臨床反応のＨｒｋ予測が向上することを示す一連のグラフである。点のプロット（パネルＡ）およびＲＯＣプロット（パネルＢ）は、Ｂｉｍ（０．１）およびＨｒｋ反応の識別を示す（２群：ＰＤ／ＳＤ、ＰＲ）。Ｂｉｍ（０．１）およびＨｒｋの両方とも、ＲＯＣプロットからのＡＵＣ値０．７３を示すが、Ｈｒｋモデルは重要な臨床的調節変数トリソミー１２の恩恵を受けて、増加したＡＵＣ値０．８３（ｐ＜０．０００１）が得られる。
【図４Ａ】図４Ａ〜Ｂは、ＢａｄペプチドＢＨ３プロファイリングがアルボシジブで治療後のＣＬＬ患者のＴＬＳと相関することを示す一連のグラフである。点のプロット（パネルＡ）は、ＴＬＳを経験しなかった患者に比べて、より高いＢＡＤ  ＢＨ３プロファイリング読み値が顕著にＴＬＳの存在に関連していることを示す。ＲＯＣプロット分析からのＢＡＤのＡＵＣ（パネルＢ）は０．７５であり、臨床的調節変数の年齢およびＥＣＯＧ状態と組み合わせると、この値は０．８５に増えた。
【図４Ｂ】図４Ａ〜Ｂは、ＢａｄペプチドＢＨ３プロファイリングがアルボシジブで治療後のＣＬＬ患者のＴＬＳと相関することを示す一連のグラフである。点のプロット（パネルＡ）は、ＴＬＳを経験しなかった患者に比べて、より高いＢＡＤ  ＢＨ３プロファイリング読み値が顕著にＴＬＳの存在に関連していることを示す。ＲＯＣプロット分析からのＢＡＤのＡＵＣ（パネルＢ）は０．７５であり、臨床的調節変数の年齢およびＥＣＯＧ状態と組み合わせると、この値は０．８５に増えた。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
ＢＨ３プロファイリングは、その治療薬が、治療薬の効力を妨げる腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）などの有害事象を引き起こす可能性があるか否かに加えて、特定の癌が、選択された治療薬に対し反応するかどうかに関する洞察を与えることができる。理論に束縛されるものではないが、癌細胞はアポトーシス経路を遮断し、このことが一部の癌をいくつかの療法に対し抵抗性にし、また、他の癌をそのほかの療法に対し敏感にすると考えられている。これらの経路の遮断の発生は、ＢＨ３プロファイリングにより判定することができ、それによりどの癌細胞が特定の治療薬の影響を受けやすく、どの細胞がそうでないかを特定することができる。癌細胞は、そうでない場合は内因性（ミトコンドリア）アポトーシス経路を介してアポトーシスに至るという異常性を示すことができるが、この経路が遮断されると癌細胞は生き残ることになる。
【００１０】
多くの癌で化学療法剤に対する抵抗性の重要なメディエーターであると考えられているＢｃｌ−２ファミリーのタンパク質は、アポトーシスによる細胞死に関与する非常に重要なイベントであるミトコンドリア外膜透過性昂進（ＭＯＭＰ）の主要制御因子である。Ｂｃｌ−２ファミリーの種々のメンバーの結合は、Ｂｃｌ−２タンパク質が結合する相手に応じて、ＭＯＭＰを活性化するか、または鋭敏化することができる。癌細胞または試料中のＢｃｌ−２タンパク質結合を特定することにより、所定の癌のアポトーシス状態（例えば、抵抗性または感受性）、および特定の有害事象の可能性があるか否かを判定することができ、治療過程を誘導するためにこの情報が使用される。
【００１１】
本開示は、一部には、ＢＨ３プロファイリング（例えば、Ｐｒａｅｄｉｃａｒｅ  Ｄｘ（商標）に実装されている）により、１種または複数種の癌治療の投与時に、患者が腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）を含む有害反応を経験すると思われる可能性を予測することができるという発見に基づいている。さらに、本明細書で記載の診断手法は、任意選択で有害反応の予測と組み合わせることを含む、患者に対する１種または複数種の癌治療の効力の見込みの判定に有用である。
【００１２】
一態様では、本開示は、患者の１種または複数種の癌治療に対し有害反応を判定する方法を提供する。この方法は、患者の腫瘍または癌細胞試料のＢＨ３プロファイルを決定し、１種または複数種の癌治療に対する有害反応の可能性に関して、患者を分類することを含む。いくつかの実施形態では、有害反応はＴＬＳを含む。
【００１３】
別の態様では、本開示は、血液癌患者の１種または複数種の癌治療に対する治療反応を判定する方法を提供し、この方法は、患者の腫瘍または癌細胞試料のＢＨ３プロファイルを決定すること、および１種または複数種の癌治療に対する１種または複数種の有害反応の可能性および１種または複数種の癌治療に対する治療効果に関して患者を分類することを含み、ＢＡＤおよび／またはＰＵＭＡを含むＢＨ３プロファイルが１種または複数種の癌治療に対する有害反応の指標となり、また、ＢＩＭおよび／またはＨＲＫを含むＢＨ３プロファイルが１種または複数種の癌治療に対する治療効果の指標となる。
【００１４】
他の態様では、細胞試料は、腫瘍を有する、または腫瘍を有すると疑われる患者由来であってもよいが、腫瘍それ自体由来の細胞試料であってはならない。例えば、腫瘍それ自体由来ではない細胞の例には、血小板、赤芽球細胞、Ｔ−ヘルパー細胞（ＴＨ−１、ＴＨ−２、およびＴＨ−１７を含む）、マスト細胞、マクロファージ、樹状細胞が挙げられる。
【００１５】
いくつかの態様では、細胞試料には、免疫調節性細胞を含めることができる。免疫調節性細胞は、感染、組織修復、組織自己認識、組織恒常性、炎症、および細胞遊走と直接または間接的に関わり合いのある細胞である。例えば、免疫調節性細胞は、全骨髄細胞または末梢血細胞由来であってよい。
【００１６】
いくつかの態様では、診断手法は、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０４０５８５号に記載の通りである。本出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００１７】
代表的な臨床判断
いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法は患者の評価、例えば、診断、予後、および治療に対する反応の評価に有用である。種々の態様では、本開示は、腫瘍または血液癌の評価を含む。種々の実施形態では、評価は診断、予後、および治療に対する反応から選択することができる。種々の実施形態では、評価は有害反応の可能性の判定である。種々の実施形態では、評価は治療効果の判定である。
【００１８】
診断という用語は、可能な疾患または障害、例えば、癌などを判定または特定する試みのプロセスを意味する。予後という用語は、疾患または障害、例えば、癌などの可能な転帰を予測することを意味する。完全な予後は、多くの場合、予想される期間、機能、病気の経過の記述、例えば、進行性の低下、間欠的危機、または突然の予測不可能な危機などを含む。治療に対する反応は、治療を受けている場合の患者の医学的転帰の予測である。治療に対する反応は、非限定的例であるが、病理学的に完全な反応、生存、および無進行生存、進行するまでの時間、再発の可能性であってよい。
【００１９】
種々の実施形態では、本方法は、患者が特定の治療または療法を受けるべきか、または受けるべきでないかに関する臨床判断を方向づける。一実施形態では、治療または療法は一次、主、または初回治療または療法である。一実施形態では、本方法は、ネオアジュバントおよび／またはアジュバント化学療法に対し肯定的な反応があるのかもしくは反応がないのか、またはネオアジュバントおよび／またはアジュバント化学療法に対し有害反応があるのかを判断する指標となる。一実施形態では、本方法は、アポトーシス促進性またはアポトーシスを介して作用する薬剤および／またはアポトーシスを介して作用しない薬剤に対する肯定的な反応の指標、またはアポトーシスエフェクター剤および／またはアポトーシスを介して作用しない薬剤に対する非反応性もしくは有害反応の指標である。種々の実施形態では、本開示は、例えば、どの種類の治療薬を投与すべきか、または保留すべきかを含む、癌患者の治療を方向付ける。
【００２０】
一実施形態では、本方法は患者が一次、主または初回治療後に、限定されないが、単一のアジュバント療法のみを含む、アジュバント療法を受けるべきかどうかに関する臨床判断を方向付ける。アジュバント療法はアジュバントケアともいわれ、一次、主または初回治療に付加して与えられるものである。非限定的例であるが、アジュバント療法は、通常、手術後に行われる追加の治療であってよい。この手術後は、全ての検出可能な疾患が除去されているが、潜在性疾患による統計的な再発のリスクが残っている状態である。
【００２１】
いくつかの実施形態では、本方法は、アジュバント療法も含めて患者の治療を方向付ける。例えば、特定の治療に対して反応性を有すると評価された患者は、このような治療法をアジュバント療法として受けることができる。さらに、本方法は、非限定的例であるが、アポトーシス促進性方式で誘導および／または作用する治療として、またはその方式で誘導および／または作用しない治療としてアジュバント療法の特性を方向付けることができる。一実施形態では、本方法は、患者が特定の治療に対して反応するかもしくは反応が少ない、または有害反応があると思われ、したがって、このような患者はこのような治療をアジュバント療法として受けることができないことを示すことができる。したがって、いくつかの実施形態では、本方法は、患者の起こりうる反応に応じて、アジュバント療法を与えるか、または控えるかを指示する。このように、患者の生活の質、および医療コストを改善することができる。
【００２２】
種々の実施形態では、本方法は、患者がネオアジュバント療法、例えば、手術の前に縮小させるおよび／またはステージを下げる治療を受けるべきか否かの臨床判断を方向付ける。いくつかの実施形態では、ネオアジュバント療法は、手術の前に、癌患者に投与される化学療法剤を意味する。いくつかの実施形態では、ネオアジュバント療法は、手術の前に、本明細書で記載の薬剤を含む、癌患者に投与される薬剤を意味する。通常、ネオアジュバント化学療法剤が考慮される癌の種類としては、例えば、乳癌、結腸直腸癌、卵巣癌、頚部癌、膀胱癌、および肺癌が挙げられる。
【００２３】
いくつかの実施形態では、本方法は、ネオアジュバント療法も含めて患者の治療を方向付ける。例えば、特定の治療に対して反応すると評価された患者は、ネオアジュバント療法としてこのような治療薬を受けることができる。さらに、本方法は、非限定的例であるが、アポトーシス促進性の方式で誘導および／または作用する治療として、またはその方式で誘導および／または作用しない治療として、ネオアジュバント療法の特性を方向付けることができる。一実施形態では、本方法は、患者が特定の治療に対して反応するかもしくは反応が少ない、または有害反応があると思われ、したがって、このような患者はこのような治療をネオアジュバント療法として受けることができないことを示すことができる。したがって、いくつかの実施形態では、本方法は、患者の起こりうる反応に応じて、ネオアジュバント療法を与えるか、または控えるかを指示する。このように、患者の生活の質と医療コストを改善することができる。
【００２４】
いくつかの実施形態では、本方法は患者が特定のタイプの治療を受けるべきか否かに関する臨床判断を方向付ける。したがって、いくつかの実施形態では、本方法は患者の治療に対する検査を誘導する。
【００２５】
いくつかの実施形態では、本方法は、患者の特定の治療に対して起こりうる反応に関する情報を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、反応の高い可能性を与え、積極的治療を含む治療を方向付けることができる。いくつかの実施形態では、本方法は、反応の低い可能性を与え、より良好な生活の質を目的として、効果的でない化学療法に由来する無用の毒性を避けるための積極的治療、および対症療法的医療の使用を含む治療の中断を方向付けることができる。いくつかの実施形態では、本方法は、有害反応の高い可能性を与え、より良好な生活の質を目的として、効果的でない化学療法に由来する無用の毒性を避けるための積極的治療、および対症療法的医療の使用を含む治療の中断を方向付けることができる。いくつかの実施形態では、本方法は、有害反応の低い可能性を与え、積極的治療を含む治療を方向付けることができる。
【００２６】
代表的実施形態では、本方法は、特定の治療に対する反応の可能性を示す。例えば、いくつかの実施形態では、本方法は、アポトーシス促進性薬剤および／またはアポトーシスを介して作用する薬剤および／または直接タンパク質調節により進行するアポトーシスを介して作用する薬剤に対する高いまたは低い反応の可能性を示す。種々の実施形態では、典型的なアポトーシス促進性薬剤および／またはアポトーシスを介して作用する薬剤および／または直接タンパク質調節により進行するアポトーシスを介して作用する薬剤には、ＡＢＴ−２６３（ナビトクラックス）、およびオバトクラックス、ＷＥＰ、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブが含まれる。いくつかの実施形態では、本方法は、アポトーシスを介して作用しない薬剤および／または直接タンパク質調節により進行するアポトーシスを介して作用しない薬剤に対する高いまたは低い反応の可能性を示す。種々の実施形態では、アポトーシスを介して作用しない代表的薬剤には、キネシンスピンドルタンパク質阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、三酸化ヒ素（ＴＲＩＳＥＮＯＸ）、ＭＥＫ阻害剤、ポマリドミド（ｐｏｍｏｌｉｄｏｍｉｄｅ）、アザシチジン、デシタビン（ｄｅｃｉｔｉｂｉｎｅ）、ボリノスタット、エンチノスタット、ジナシクリブ、ゲムツズマブ、ＢＴＫ阻害剤、ＰＩ３キナーゼデルタ阻害剤、レナリドミド（ｌｅｎｏｌｉｄｉｍｉｄｅ）、アントラサイクリン、シタラビン、メルファラン、Ａｋｙ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤が含まれる。
【００２７】
代表的実施形態では、本方法は、癌治療のために、患者がアポトーシス促進性薬剤を受けるか、またはアポトーシスを介して作用する薬剤を受けるかを示すことになる。別の代表的実施形態では、本方法は、患者がアポトーシスを介して作用しない薬剤を受けるべきか否かを示すことになる。
【００２８】
特定の実施形態では、本方法は、本明細書で記載のいずれかの治療（薬剤を含む）に対する癌患者の反応および／または可能性または有害反応の予測に有用である。代表的実施形態では、本開示は、ＡＭＬ患者のシタラビンおよびアザシチジンに対する反応の可能性を予測し、患者のＢＨ３プロファイル、年齢プロファイルおよび細胞遺伝学的因子の評価を含む。
【００２９】
種々の実施形態では、癌治療は、本明細書で記載の方法に基づいて投与または保留される。代表的治療には、外科的切除、放射線療法（本明細書で記載の化合物の使用、または放射線増感剤との併用）化学療法、薬理学療法、標的療法、免疫療法、および支持療法（例えば、鎮痛剤、利尿剤、抗利尿剤、抗ウイルス剤、抗生物質、栄養補助剤、貧血治療薬、抗凝固治療剤、骨治療剤、および精神病と心理学的治療薬）が含まれる。
【００３０】
一実施形態では、本明細書で開示される方法を使って、患者を治療群に分類することができる。一部の非限定的例では、患者は、奏効者、非奏効者、高い反応の可能性、低い反応の可能性、高い有害反応の可能性、および低い有害反応の可能性として表される群に分類される。さらなる実施形態では、患者の分類は、例えば、１つの治療から別の治療への切り替え、治療の用量の変更、または異なるタイプの治療の投与（例えば、手術、照射、同種間骨髄または幹細胞移植）への切り替えなどの、治療に関する臨床判断を方向付ける。種々の実施形態では、癌治療は、本明細書で記載の方法に基づいて投与または保留される。
【００３１】
代表的な治療
代表的実施形態では、本開示は治療薬を選択する。このような薬剤としては、抗癌剤、化学療法剤、手術、アジュバント療法、およびネオアジュバント療法、の内の１種または複数種が挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態では、癌治療は、ＢＨ３ミメティック、エピジェネティック修飾剤、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤、の内の１種または複数種である。別の実施形態では、癌治療として、プロテアソーム阻害剤；および／または細胞周期調節の修飾物質（非限定的例であるが、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤）；および／または細胞性エピジェネティック機構の修飾剤（非限定的例であるが、１種または複数種ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）（例えば、ボリノスタットまたはエンチノスタット）、アザシチジン、デシタビン）；および／またはアントラサイクリンまたはアントラセンジオン（非限定的例であるが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシンの内の１種または複数種）；および／または白金系治療薬（非限定的例であるが、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキサリプラチンの内の１種または複数種）；シタラビンまたはシタラビン系化学療法剤、ＢＨ３ミメティック（非限定的例であるが、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬ、またはＭＣＬ１）；およびＭＣＬ１阻害剤が挙げられる。
【００３２】
種々の実施形態では、本開示は、限定されないが、米国特許出願公開第２０１２−０２２５８５１号および国際公開第ＷＯ２０１２／１２２３７０号に記載されるものを含む癌治療に関し、これらの特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００３３】
種々の実施形態では、本開示は、癌治療に関する。癌治療としては、限定されないが、アルキル化剤、例えば、チオテパ、ＣＹＴＯＸＡＮ（シクロフォスファミド（ｃｙｃｌｏｓｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ））；アルキルスルフォン酸、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ，カルボコン、メツレドーパ、およびウレドーパ；エチレンイミンおよびメチラメラミン、例えば、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンフォスフォラミド、トリエチレンチオホスホラミド（ｔｒｉｅｔｈｉｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）、トリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）、アセトゲニン（例えば、ブラタシンおよびブラタシノン）；カントテシン（合成類似剤トポテカンを含む）；ブリオスタチン；ｃａｌｌｙスタチン；ＣＣ−１０６５（アドゼレシン、カルゼルシンおよびビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（例えば、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似薬ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、酸化メクロルエタミン塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード、ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）；抗生物質例えばエネジン抗生物質（カリケアミシン、特にカリチアマイシンガンマＩＩおよびカリチアマイシンオメガＩＩ（例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４）を参照のこと）；ダイネマイシン、ダイネマイシンＡを含む；ビスフォスフォネート、例えば、クロドロネート；エスペラミシン；ならびに、ネオカルジノスタチン発色団および関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン（ｃａｍｉｎｏｍｙｃｉｎ）、カルジノフィリン、クロモマイシン（ｃｈｒｏｍｏｍｙｃｉｎｉｓ）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ディアゾ５オキソ−Ｌ−ノルロイシン、アドリアマイシン（ドキソルビシン）（モルフォリノドキソルビシン、シアノモルフォリノドキソルビシン、２−ピロリノドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン（例えば、マイトマイシンＣ）、ミコフェノール酸、ノガラミシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、チュベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗薬、例えば、メトトレキセートと５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸の類似体、例えばデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎物質、例えば、アミノグルテチミド（ｍｉｎｏｇｌｕｔｅｔｈｉｍｉｄｅ）、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充液、例えば、フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；アセグラトン；アルドフォスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デメコルチン；ジアジクオン；エルフォルミチン（ｅｌｆｏｒｍｉｔｈｉｎｅ）；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシド；ガリウムニトレート；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン（ｌｏｎｉｄａｉｎｉｎｅ）；メイタンシノイド、例えば、メイタンシンおよびアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリジクオン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテェセン（例えば、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「アラ−Ｃ」）；シクロフォスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、タキソール（パクリタキセル）（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、アブラキサン（クレモホール不含、アルブミン操作ナノ粒子製剤のパクリタキセル）（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，１１１．）、およびタキソテール（ドキセタキセル）（Ｒｈｏｎｅ−  Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロランブシル；ジェムザール（ゲムシタビン）；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金類似体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ナベルビン（ビノレルビン）；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（キャンプトサー，ＣＰＴ−１１）（イリノテカンと５−ＦＵおよびロイコボリンの治療法を含む）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキサリプラチン、オキサリプラチン治療法（ＦＯＬＦＯＸ）を含む；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）；ＰＫＣ−α，Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲの阻害剤（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ））および細胞増殖を抑制するＶＥＧＦ−Ａ、ダコゲン、ベルケイド、ならびに上述のいずれかの薬剤の薬学的に許容可能な塩、酸、または誘導体、の内の１種または複数種が含まれる。
【００３４】
代表的な検出方法
種々の実施形態では、本方法は、タンパク質および／または核酸の存在、非存在、またはレベルを評価することを含む。種々の実施形態では、本方法は、タンパク質および／または核酸の存在、非存在、またはレベルを評価することを含み、その結果として、ＢＨ３プロファイリングの特異性および／または感受性を高めることができる。いくつかの実施形態では、評価は患者の反応に対するマーカーによるものである。いくつかの実施形態では、本方法は、免疫組織化学的染色、ウェスタンブロッティング、インセルウエスタン法、免疫蛍光染色、ＥＬＩＳＡ、および蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）、またはいずれか他の本明細書で記載のもしくは当該技術分野において既知の方法の内の１種または複数種の方法を使った測定を含む。本方法には、抗体を腫瘍の試料（例えば、生検材料または組織または体液）に接触させて、組織または体液に特異的で、癌の状態の指標となるエピトープを特定することを含めることができる。
【００３５】
一般に、体液または体組織中の抗原上のエピトープの検出に使用される２つの方法：直接法と間接法がある。直接法は一段階染色を含み、体液または組織検体中の抗原と直接反応する標識抗体（例えば、ＦＩＴＣ標識抗血清）を含めることができる。間接法は、体液または組織抗原と反応する非標識一次抗体、および一次抗体と反応する標識二次抗体を含む。標識には、放射性標識、蛍光標識、ビオチンなどのハプテン標識、または西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリフォスファターゼなどの酵素を含めることができる。これらのアッセイを行う方法は、当該技術分野において周知である。例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ，１９８８），Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．（Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ，１９９９），Ｖｉｒｅｌｌａ  （Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｉｎｆｏｒｍａ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，２００７），およびＤｉａｍａｎｄｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９６）を参照されたい。これらのアッセイを行うキットは、例えば、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＬＬＣ．（Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）から市販されている。
【００３６】
種々の実施形態では、抗体は、全抗体および／または任意の抗原結合断片（例えば、抗原結合部分）および／または、これらの単鎖を含む（例えば、抗体は、ジスルフィド結合により相互に連結されている少なくとも２本の重（Ｈ）鎖と２本の軽（Ｌ）鎖、Ｆａｂ断片、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、ＣＨ１ドメインからなる一価断片のＦａｂ断片；２つのＦａｂ断片がヒンジ部でジスルフィド架橋により連結されている２価断片であるＦ（ａｂ）２断片；ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片、などを含む）。種々の実施形態では、ポリクローナルおよびモノクローナルモノクローナル抗体は、単離ヒトもしくはヒト化抗体、またはそれらの機能性断片として有用である。
【００３７】
種々の標的に対する抗体の結合能力を評価するための標準的なアッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡ，ウエスターンブロット、ＲＩＡなどは、当技術分野において既知である。抗体の結合動力学（例えば、結合親和性）も同様に、当該技術分野において既知の標準的アッセイ、例えば、ビアコア分析により評価することができる。
【００３８】
別の実施形態では、測定は、核酸の存在、非存在、またはレベルを評価することを含む。当業者なら、多くの方法を使って適切なマーカーのＤＮＡ／ＲＮＡレベルを検出または定量化することができることをわかるであろう。
【００３９】
遺伝子の発現は、例えば、限定されないが、レポーター遺伝子アッセイ、ノーザンブロット、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、および逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を含む、低から中程度の多重技術（ｌｏｗ−ｔｏ−ｍｉｄ−ｐｌｅｘ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）を使って測定することができる。遺伝子の発現も、例えば、限定されないが、遺伝子発現プロファイリング技術（ＳＡＧＥ）、ＤＮＡマイクロアレイ、タイリングアレイ、ＲＮＡシークエンス／全トランスクリプトショットガンシーケンシング（ＷＴＳＳ）、ハイスループットシーケンシング、マルチプレックスＰＣＲ、マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、ライゲーションによるＤＮＡシーケンシング、ルミネックス／ＸＭＡＰを含むより高度の多重技術を使って同様に測定することができる。当業者なら、マイクロアレイなどのアレイ、ＲＴ−ＰＣＲ（定量的ＰＣＲを含む）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイおよびノーザンブロット分析などの、多くの方法を使って検体中のバイオマーカーのＲＮＡ産物のレベルを検出または定量化することができることを理解するであろう。
【００４０】
代表的な癌と患者
いくつかの実施形態では、本開示は、癌治療を決定する方法を提供し、および／または患者の腫瘍または癌細胞試料を含む。癌または腫瘍は、制御されない細胞増殖および／または異常に増加した細胞生存および／または身体の器官およびシステムの正常な機能動作を妨害するアポトーシスの抑制を意味する。癌または腫瘍のある対象は、対象の身体内に存在する客観的に測定可能な癌細胞を有する対象である。本開示に含まれるのは、良性および悪性の癌、ならびに休眠腫瘍または微小転移である。癌が元の位置から移動し、重要な器官に播種されることにより、対象は罹患した器官の機能劣化により最終的に死に至る可能性がある。
【００４１】
種々の実施形態では、本開示は、転移前の癌、または転移癌に適応できる。転移は癌が身体の一次部位から他の場所に広がることを意味する。癌細胞は、一次腫瘍から離れて、リンパおよび血管中に侵入し、血流中を循環して、身体中のどこかの正常組織中の遠位の病巣で増殖する（転移する）。転移は近くでも、遠位でも生じうる。転移は、一次腫瘍から離れて、血流中を移動し、遠位の部位で停止する腫瘍細胞によって左右される逐次プロセスである。その新しい部位で、細胞は血液供給を確保して生命を脅かす腫瘤に成長することができる。腫瘍細胞内の刺激および抑制的の両方の分子経路がこの挙動を調節しており、また、腫瘍細胞と遠位部位との間の相互作用も重要である。転移は、転移特有の症状のモニタリングに加えて、磁気共鳴画像（ＭＲＩ）スキャン、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャン、血液および血小板数、肝機能調査、胸部Ｘ線、骨スキャンの単独の使用または使用の組み合わせにより検出される場合が多い。
【００４２】
本明細書で記載の方法は、癌の予後、癌の診断、癌の治療、および／または細胞生存の増加、またはアポトーシスの抑制に関連する悪性病変および増殖性障害の増殖、進行、および／または転移の診断、予後、治療、予防または回復のために行われる。いくつかの実施形態では、癌は血液の癌であり、限定されないが、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病、および非ホジキンリンパ腫（限定されないが、マントル細胞リンパ腫およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫を含む）が含まれる。いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍であり、限定されないが、非小細胞肺癌、卵巣癌、黒色腫が含まれる。
【００４３】
いくつかの実施形態では、本開示は１種または複数種の次に示す癌に関する：急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、肛門癌、虫垂癌、星状細胞腫（例えば、幼児期の小脳または大脳）、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍（例えば、骨肉腫、悪性線維性組織球種）脳幹神経膠腫、脳癌、脳腫瘍（例えば、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽種、テント上原始神経外胚葉腫瘍、視経路および視床下部膠腫）、乳癌、気管支線癌／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、中枢神経系リンパ腫、小脳星細胞腫、子宮頸癌、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄増殖性疾患、大腸癌、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣種，食道癌、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外生殖細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼癌、胆嚢癌、胃癌、消化管間葉性腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞性腫瘍（例えば、頭蓋外、性腺外、卵巣）、妊娠性絨毛性腫瘍、神経膠腫（例えば、脳幹，大脳星状細胞腫、視経路および視床下部）、胃カルチノイド、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞（肝臓）癌、下咽頭癌、視床下部および視経路神経膠腫、眼内黒色種、膵島細胞癌（膵島）、腎臓癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞）、口唇癌および口腔癌、脂肪肉腫、肝臓癌、肺癌（例えば、非小細胞、小細胞）、リンパ腫（例えば、ＡＩＤＳ関連、バーキット、皮膚Ｔ細胞ホジキン、非ホジキン、中枢神経系原発）、髄芽種、黒色種、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性頸部扁平上皮癌、口腔癌、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄性白血病、骨髄性白血病、骨髄性白血病、骨髄増殖性疾患、慢性、鼻腔および副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、膵臓癌、副鼻腔および鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫および／または胚細胞腫、松果体芽腫およびテント上原始神経外胚葉腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎臓癌）、腎盂および尿管、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（例えば、ユーイングファミリー、カポジ、軟組織、子宮）、セザリー症候群、皮膚癌（例えば、非黒色腫、黒色腫、メルケル細胞）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部肉腫、扁平上皮細胞癌、頸部扁平上皮癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、喉頭癌、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺癌、絨毛性腫瘍、尿管および腎盂癌、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、視経路および視床下部膠腫、外陰癌、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、およびウイルムス腫瘍。
【００４４】
一実施形態では、癌はＡＭＬである。ＡＭＬは、２番目に多い白血病であり、米国では、年間で約１万３千人の新規診断症例があり、死者は９千人になる。いくつかの承認された治療は有るが、多くの白血病患者の予後は不良で、治療に成功する可能性は低い。現在行われているＡＭＬの標準的な治療は、導入化学療法の、シトシンアラビノシド（ａｒａ−Ｃ）にアントラサイクリン剤（例えば、ダウノルビシン（ｄａｕｎａｒｕｂｉｃｉｎ）、イダルビシンまたはミトキサントロン）を組み合わせたものである。この治療法では、通常、これに続き高用量のシタラビン投与および／または幹細胞移植が行われる。これらの治療は若い患者に改善された治療結果をもたらした。また、急性前骨髄球性白血病の治療においても進歩が見られ、この治療では、オールトランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ）または三酸化ヒ素を使った標的療法により優れた生存率が得られた。しかし、大多数のＡＭＬ症例集団の６０歳を超える患者は、治療に懐疑的なままである。６５〜８５％の患者は、最初は既存の治療に反応するが、その奏効者の６５％は再発し、多くの患者はこの病気で死に至る。少なくとも、この理由により、また、前述の治療が非常に強い副作用を伴うという理由から、本発明の予測試験を用いれば、これらの訴えを緩和する治療薬の使用に関し方向を示すことが可能となる。いくつかの実施形態では、本開示は、適切な患者に適切な治療を適合させることにより、治療に成功する可能性を向上させる。また、現在のところＡＭＬ患者の治療に対する反応を予測する試験はない。
【００４５】
本明細書で使用する場合、対象という用語は、別に定義されない限り、哺乳動物、例えば、ヒト、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、イヌ、ネコ、ウマ、雌ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、または非ヒト霊長類、例えば、サル、チンパンジー、もしくはヒヒである。用語の「対象」および「患者」は同義に使用される。
【００４６】
代表的な試料
いくつかの実施形態では、本開示は、生検検体や外科検体を含む腫瘍試料の測定を含む。いくつかの実施形態では、試料は、凍結腫瘍組織試料、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織試料（例えば、抗体ベースＢＨ３プロファイリング用の）から選択される。いくつかの実施形態では、生検材料はヒト生検材料である。種々の実施形態では、生検材料は、凍結腫瘍組織試料、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織試料（例えば、抗体ベースＢＨ３プロファイリング用の）のいずれかである。
【００４７】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、凍結腫瘍組織（凍結切片）試料などの生検検体であってよい。当技術分野で周知のように、凍結切片には、冷凍器内にミクロトームを備えたクライオスタットを用いることができる。外科試料は、金属組織ディスク上に配置され、その後、チャックで固定され、約−２０℃〜約−３０℃まで急速に凍結される。試料は、例えば、ポリエチレングリコールやポリビニルアルコールからなるゲル状の媒体中に埋め込まれる。凍結組織はクライオスタットのミクロトーム部で凍結切断され、切片は、任意選択で、スライドガラス上に取り出して染色される。
【００４８】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料は培養細胞などの生検検体であってよい。これらの細胞は、当技術分野において既知の、通常の細胞培養の技術を用いて処理することができる。これらの細胞は循環性腫瘍細胞であってもよい。
【００４９】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料は生検検体、例えば、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍組織試料であってよい。従来技術で公知なように、生検試料は、ホルマリン（水とホルムアルデヒドの混合物）またはそれを保存するための何らかの他の液体を入れた容器中に置いてよい。組織検体は熱せられたパラフィンとともに型に入れることができる。パラフィンを冷却して組織を保護する固形ブロックを形成する。この包埋組織を含むパラフィンワックスブロックをミクロトームに乗せて、極薄い組織切片を切り出す。
【００５０】
特定の実施形態では、腫瘍試料（または生検材料）は１００ｍｇ未満の組織を含み、または、特定の実施形態では、５０ｍｇまたはそれ未満の組織を含む。腫瘍試料（または生検材料）は、約２０ｍｇ〜約５０ｍｇの組織、例えば、約３５ｍｇの組織を含んでよい。
【００５１】
組織は、例えば、１回または複数回（例えば、１、２、３、４、または５回）の針生検（例えば、１４ゲージまたはその他の適切なサイズを使って）として採取することができる。いくつかの実施形態では、生検は細針による吸引で行われ、長く細い針を疑わしい領域に挿入し、シリンジを使って分析用の体液および細胞を抜き取る。いくつかの実施形態では、生検はコア針生検であり、切断用先端具を備えた大きな針を用いて、コア針生検を行って疑わしい領域から柱状の組織を抜き取る。いくつかの実施形態では、生検は吸引生検であり、吸引装置により針を通って抽出される体液または細胞の量を増やせる。いくつかの実施形態では、生検は画像誘導生検であり、針生検を画像処理法、例えば、Ｘ線、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像（ＭＲＩ）または超音波などと組み合わせる。他の実施形態では、検体は、乳房生検用のレーザー誘導吸引生検システムであるマンモトーム（登録商標）生検システムなどの装置により採取することができる。
【００５２】
特定の実施形態では、試料はヒト腫瘍由来の細胞株である。特定の実施形態では、試料は癌幹細胞である。他の実施形態では、試料は、固形癌、例えば、結腸直腸癌、乳癌、前立腺癌、肺癌、膵臓癌、腎癌、または卵巣原発腫瘍などの生検由来である。
【００５３】
特定の実施形態では、試料は上皮由来である。いくつかの実施形態では、上皮試料は、抗上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）または他の固相マトリックスまたはビーズに結合した上皮細胞結合抗体を使って、生検検体から選択することにより濃縮される。
【００５４】
特定の実施形態では、試料は間充組織由来である。いくつかの実施形態では、間充組織試料は、神経細胞接着分子（Ｎ−ＣＡＭ）またはニューロピリンまたはその他の固相マトリックスまたはビーズに結合した間充組織細胞結合抗体を用いて生検検体から選択することにより濃縮される。
【００５５】
特定の実施形態では、試料は、非固形癌、例えば、本明細書で記載のいずれかの癌などの生検由来である。特定の実施形態では、試料は、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん大細胞性Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫の患者の生検由来である。特定の実施形態では、試料は、固相マトリックスまたはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体ビーズを使って生検検体から選択することにより濃縮される多発性骨髄腫細胞である。特定の実施形態では、試料は、ＣＤ４５特異的抗体に結合することにより濃縮される急性骨髄性白血病細胞である。特定の実施形態では、非Ｂ細胞を除去した慢性リンパ性白血病またはびまん大細胞性Ｂ細胞リンパ腫細胞である。
【００５６】
いくつかの実施形態では、試料は循環腫瘍細胞由来である。いくつかの実施形態では、試料は循環腫瘍細胞由来である。いくつかの実施形態では、試料は癌患者由来の精製Ｂ細胞で作製される。
【００５７】
ＢＨ３プロファイリング
種々の実施形態では、本開示はＢＨ３プロファイリングを含む。種々の実施形態では、本開示は、ＢＨ３プロファイリングを含み、少なくとも２種、または３種、または４種、または５種、または６種、または７種、または８種、または９種、または１０種のＢＨ３ペプチドを一度に評価する。いくつかの実施形態では、本方法は、単一種のＢＨ３ペプチドの評価とは対照的に、多数のペプチドの分析を含む。いくつかの実施形態では、単一の患者の試料に対し、一連のＢＨ３ペプチドでスクリーニングする。
【００５８】
いくつかの実施形態では、ＢＨ３プロファイリングはペプチドの使用を含み、使われるペプチドは、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫおよびＰＵＭＡ２Ａの内の１種または複数種である。いくつかの実施形態では、ＢＨ３プロファイリングは、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａならびに、米国特許第８，１６８，７５５号（これらの特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されているように、２種のＢｃｌ−２タンパク質、例えば、第１のＢｃｌ−２タンパク質（例えば、Ｂｉｍ、Ｂｉｄ、Ｂａｄ、Ｐｕｍａ、Ｎｏｘａ、Ｂａｋ、Ｈｒｋ、Ｂａｘ、またはＭｕｌｅ）と、第２のＢｃｌ−２タンパク質（例えば、Ｍｃｌ−１、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ＸＬ、Ｂｆｌ−１またはＢｃｌ−ｗ）との間で形成される天然起源のヘテロダイマー、の内の１種または複数種に対し特異的な抗体の使用を含む。いくつかの実施形態では、ＢＨ３プロファイリングは、ステープルペプチド（例えば、タンパク質をさらに剛直にし、細胞に侵入可能とするように炭化水素結合により３Ｄ−αヘリックス蛋白部分の合成を亢進することにより生成されるペプチド）の使用を含む。このペプチドに関しては、例えば、Ｖｅｒｄｉｎｅ，ｅｔ  ａｌ，“Ｓｔａｐｌｅｄ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｆｏｒ  Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ”  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ  ５０３  （Ｃｈａｐ．１）に記載されている。この文献の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００５９】
一実施形態では、ペプチドは約０．１〜約２００μＭの濃度で使用される。いくつかの実施形態では、約０．１〜約１５０、または約０．１〜約１００、または約０．１〜約５０、または約０．１〜約１０、または約０．１〜約５、約１〜約１５０、または約１〜約１００、約１〜約５０、約１〜約１０、約１〜約５μＭ、または約１０〜約１００μＭのペプチドが使用される。いくつかの実施形態では、約０．１、または約０．５、または約１．０、または約５、または約１０、または約５０、または約１００、または約１５０、または約２００μＭの濃度のペプチドが使用される。一実施形態では、ＢＨ３プロファイリングは、試料の透過化処理を含む。
【００６０】
ＢＨ３プロファイリングおよびこのような方法に有用な試薬は、米国特許第７，８６８，１３３号、同８，２２１，９６６号、同８，１６８，７５５号、および米国特許出願公開第２０１１／０１３０３０９号に記載されている。これらの特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００６１】
簡単に説明すると、特定の理論に拘束されるものではないが、異常の表現型の結果として、癌細胞はアポトーシス経路を遮断する。この遮断により、癌細胞が一部の療法に対し抵抗性になり、また、意外にも、一部の癌細胞がその他の療法に鋭敏になる。「癌遺伝子中毒」という概念は、生存ために、癌細胞の特定のタンパク質に対して獲得された依存性、または常習性の現象を特徴付けるものである。ＢＨ３プロファイリングは、このような特定のアポトーシス調節タンパク質への依存が所定の癌細胞で発生するかどうかを判定し、依存性タンパク質を特定する。癌細胞は、何時もそうである訳ではないが、アポトーシスを受けるようにあらかじめ設定でき、これは、これがなければ生ずる意図しない生存に対するこれらの癌細胞の機能であり、この機能は、いくつか、または全ての抗アポトーシス性Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質に依存している。これが、治療に対し癌細胞が反応する可能性への洞察を提供する。
【００６２】
特定の理論に拘束されるものではないが、癌細胞は、ＤＮＡ損傷、遺伝的不安定性、増殖因子異常信号伝達、およびマトリックス相互作用の異常または欠如などの異常性を示し、通常、これらのいくつかは、内因性（ミトコンドリア）のアポトーシス経路を介してアポトーシスを誘導するはずである。しかし、これらのアポトーシス信号に反応することなく、癌細胞は生存する。多くの場合、そうする際に、これらの細胞は慢性的なアポトーシス信号に対する選択された遮断に強く依存するようになる。この適応は癌細胞の生存の機構を提供するが、しかし、このような適応性は、特定のアポトーシス誘導療法の影響を癌細胞に受けやすくすることも可能とする。内因性アポトーシスによる細胞死に関与する非常に重要なイベントは、ミトコンドリアの外膜の透過化（ＭＯＭＰ）およびエフェクターカスパーゼを活性化する分子の放出である。多くの場合、ＭＯＭＰは内因性アポトーシス経路の帰還不能点である。Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質はＭＯＭＰの重要な制御因子であり、それらの作用は、リンパ系およびいくつかの固形腫瘍癌の発症に関連しており、多くの癌で化学療法剤に対する抵抗性の重要なメディエーターであると考えられている。
【００６３】
Ｂｃｌ−２タンパク質は、生存促進性（抗アポトーシス性）と、アポトーシス促進性メンバーとの間の異なるタンパク質−タンパク質相互作用により調節される。これらの相互作用は、主としてＢＨ３（Ｂｃｌ−２相同性ドメイン−３）媒介結合を介して発生する。アポトーシス開始の信号伝達は、大部分は、ミトコンドリアの上流で起こり、短いＢＨ３のみのＢｃｌ−２ファミリーメンバーをミトコンドリアに移動させ、そこで、それらはＭＯＭＰを活性化するか、または鋭敏化する。活性化因子ＢＨ３のみのタンパク質のＢｉｍおよびＢｉｄは、エフェクターのアポトーシス促進性タンパク質であるＢａｘおよびＢａｋに結合して、これらを直接活性化し、また、抗アポトーシス性Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質であるＢｃｌ−２、Ｍｃｌ−１、Ｂｆｌ−１、Ｂｃｌ−ｗおよびＢｃｌ−ｘＬに結合し、これらを抑制する。増感剤ＢＨ３蛋白であるＢａｄ、Ｂｉｋ、Ｎｏｘａ、Ｈｒｋ、ＢｍｆおよびＰｕｍａは、抗アポトーシス性Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質、Ｂｃｌ−２、Ｍｃｌ−１、Ｂｆｌ−１、Ｂｃｌ−ｗおよびＢｃｌ−ｘＬ、にのみ結合し、それらの抗アポトーシス性機能を遮断する。特定の理論に拘束されるものではないが，各増感剤蛋白質はユニークな特異性プロファイルを有する。例えば、Ｎｏｘａ（ＡおよびＢ）はＭｃｌ−１と高い親和性で結合、ＢａｄはＢｃｌ−ｘＬおよびＢｃｌ−２とは結合するがＭｃｌ−１とは弱くしか結合せず、また、Ｐｕｍａはこれら３つ全ての標的に良く結合する。これらのタンパク質の抗アポトーシス性機能は、活性化因子ＢＨ３タンパク質のＢｉｍ、Ｂｉｄを隔離することである。増感剤ペプチドによるこれらの活性化因子の置換により、Ｂａｘ／Ｂａｋ媒介アポトーシス性関与が生じる。これらの相互作用は種々の結果をもたらし、これらには、限定されないが、恒常性、細胞死、アポトーシスに対する鋭敏化、およびアポトーシスの遮断が含まれる。
【００６４】
アポトーシス性信号伝達が遮断される癌細胞の決定的な特徴は、これらのタンパク質が抗アポトーシス性タンパク質により隔離される結果の、ＢＨ３のみの活性化因子タンパク質のミトコンドリア表面への蓄積である。この蓄積およびそれらのエフェクター標的タンパク質への近接により、「ＢＨ３プライミングされた」状態における、Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質の拮抗作用に対する感受性の増加が説明される。
【００６５】
いくつかの実施形態では、Ｎｏｘａ（ＡまたはＢ）に対する高いアポトーシス性反応を有する細胞は、Ｍｃｌ−１プライミングされており、一方Ｂａｄペプチドに対する高い反応性はＢｃｌ−ｘＬまたはＢｃｌ−２がアポトーシス遮断を行っていることを示す。いくつかの実施形態では、Ｐｕｍａは全Ｂｃｌ−２ファミリープライミングを反映する。このように、Ｍｃｌ−１もしくはＢｃｌ−ｘＬか、その両方のタンパク質、またはいくつかのＢｃｌ−２ファミリーメンバーに依存している細胞は直ぐに区別でき、その結果、適切な治療をそれにしたがって調整することができる。ミトコンドリアのこれらのペプチドに対する反応性の違いは、Ｍｃｌ−１またはＢｃｌ−ｘＬによって影響された内因性信号伝達経路を通って機能すると知られている療法の使用を誘導する。Ｂｃｌ−２抑制またはＭｃｌ−１抑制化合物の使用は、このような場合に指定することができる。いくつかの実施形態では、本方法はまた、Ｍｃｌ−１またはＢｃｌ−ｘＬの上流の実体を標的とするような治療を指示するかまたはそのような治療を禁止する。
【００６６】
ＢＨ３プロファイリングアッセイは、癌細胞がプライミング状態にあるときを、ならびにどのような構成でプライミングが起こっているのかを特定する。細胞の状態を使って、１種または複数種の癌治療の有害事象および／または治療効果を予測することができる。
【００６７】
有害事象
有害事象（ＡＥ）は癌療法中に起こり、不良転帰に付随する。例えば、血液学的有害事象（ＡＥ）は、通常、疾患の性質と既存の治療の影響のために、ＭＭ（多発性骨髄腫）、ＡＭＬ、ＣＬＬおよびその他の血液癌の患者が遭遇する。
【００６８】
ＭＭ患者の血液学的合併症には、限定されないが、貧血が含まれ、慢性出血または溶血反応、ならびにエリスロポエチンの相対的欠乏に起因すると思われる。ＭＭ患者でよく見られるその他の血液学的合併症の例は、血小板減少症および好中球減少症である。疾患の過程の間に、大部分の患者は、Ｔ細胞機能不全に続発する細胞性および体液性免疫の両方の抑制、低ガンマグロブリン血症、および顆粒球減少症を幾分経験することになる。
【００６９】
ＭＭのこれらの血液学的合併症は、多くの場合、現在の治療法によりさらに悪化する。この治療法には、免疫調節薬（ＩＭｉＤ）、例えば、サリドマイドならびにサリドマイド類似体のレナリドマイドおよびポマリドミド、またはプロテアソーム阻害剤（ＰＩ）、例えば、ボルテゾミブまたはカルフィルゾミブが含まれる。
【００７０】
治療が原因の有害事象のリスクのある患者を特定することにより、医師が予防のステップをとることが可能になる。例えば、貧血のリスクがあると特定された患者では、エリスロポエチンによる治療を正当化することができる。したがって、患者のＡＥリスクの早期の特定は、進んだ治療を可能とし、薬剤誘導合併症を防ぐことが可能性であろう。
【００７１】
本明細書で開示のＢＨ３プロファイリングアッセイは、種々の有害事象（ＡＥ）に適用して治療方針を示すことができる。ＢＨ３プロファイリングアッセイからのアルゴリズムの読み取り値を使うことにより、種々の有害事象のリスクのある患者を特定することができる。
【００７２】
ＢＨ３プロファイリングアッセイを使った分析に適するＡＥとしては、下記が挙げられるが、これらに限定されない：白血球増多症−高ＷＢＣ数；白血球減少症−低ＷＢＣ数；汎細胞増多症−全血液細胞型が少ない；汎血球減少症−全血液細胞型が少ない；血小板増加症−高血小板数；血小板減少症−低血小板数；赤血球増加症−高ＲＢＣ数；貧血症−低ＲＢＣ数；リンパ球増加症−高リンパ球数；リンパ球減少症−低リンパ球数；骨髄球増加症−高骨髄球数；および骨髄球減少症−低骨髄球数。
【００７３】
特定の態様では、上記ＡＥは、診断されたＭＭ、ＡＭＬ、ＣＬＬ患者由来の治療前検体または試料のＢＨ３プロファイリングアッセイ実験から得られたデータを使って実行したアルゴリズムにより識別することができる。他の態様では、関連アルゴリズムをＡＬＬ、ＮＨＬ、ＤＬＢＣＬ、ＭＤＳ、またはＦＬを含むその他の血液癌に適用することができる。
【００７４】
我々は、癌細胞中のＢｃｌ−２タンパク質の既存の元々の状態のＢＨ３プロファイリング読み取り値を臨床的判断の文脈に変換する方法を確立した。臨床的相関調査は、最初は治療に対する最も肯定的な反応がある患者を特定することを意図した。このアッセイを行うために、読み取り値を反応に適用する。患者を非奏効者、部分奏効者、または奏効者として分類する。これまでに、我々は、ＢＨ３プロファイリング読み取り値を適用して有害事象（ＡＥ）を有すると思われる個人を特定することができることを発見した。
【００７５】
ＢＨ３プロファイリング読み取り値を使って薬剤誘導有害事象の可能性を評価する方法は、次のステップを含む、または、場合によっては、次のステップから構成される：診断する患者検体（例えば、末梢血または骨髄生検試料）を集めること；記載されているＢＨ３プロファイリングを含むＰｒａｅｄｉｃａｒｅ  Ｄｘ（商標）試験を行うこと；ペプチド、ペプチドの組み合わせ、ペプチドおよび小分子ＢＨ３ミメティックの組み合わせ、または小分子ミメティック単独に反応した、ミトコンドリア膜電位のシフトを特定すること；これらの読み取り値を１種または複数種の患者の有害事象の発生に適合させて、アルゴリズムを開発すること；アルゴリズムの結果をその他の臨床的予後マーカーと組み合わせて、臨床転帰を判定すること。
【００７６】
腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）
特定の態様では、有害事象は、腫瘍崩壊症候群であってよい。腫瘍崩壊症候群（ＴＬＳ）は、癌、例えば、リンパ腫および白血病の治療後に、および時には、治療しなくても、発生する場合がある一群の代謝合併症である。これらの合併症は、臨死癌細胞の分解生成物により引き起こされ、高カリウム血症、高リン血症、高尿酸血症および高尿酸尿症、低カルシウム血症、ならびに結果としての急性尿酸腎症および急性腎不全が含まれる。
【００７７】
ＴＬＳ関連の最もよくある腫瘍は、区別が不十分なリンパ腫、例えば、バーキットリンパ腫、ならびに白血病、例えば、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）および急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。その他の癌（例えば、黒色腫）も同様にＴＬＳに関連づけられてきたが、それほど多くはない。
【００７８】
通常、誘発する薬物療法には、化学療法剤の組み合わせが含まれるが、ＴＬＳはステロイド治療単独による癌患者でも引き金となる場合があり、場合によっては、何の治療もなしに発症することもある−この場合には、状態は「自然発生腫瘍崩壊症候群」と呼ばれる。
【００７９】
症状および病態形成には、例えば、高カリウム血症、高リン血症、高リン血症、低カルシウム血症、高尿酸血症、乳酸アシドーシス、および治療前自然発生腫瘍崩壊症候群が含まれる。
【００８０】
高尿酸血症（例えば、約１５ｍｇ／ｄＬを超える）または高リン血症（例えば、約８ｇ／ｄｌを超える）に加えて急性腎不全を発症している大きな腫瘍負荷を有する患者では、ＴＬＳを疑わなければならない。
【００８１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＳのＣａｉｒｏ−Ｂｉｓｈｏｐ定義が採用される。研究室腫瘍崩壊症候群のＣａｉｒｏ−Ｂｉｓｈｏｐ定義には、次の、化学療法前またはその後の３日以内に発症する２種以上の異常性が含まれる：尿酸＞約８ｍｇ／ｄｌまたは約２５％増加；カリウム＞約６ｍｅｑ／Ｌまたは約２５％増加；リン酸塩＞約４．５ｍｇ／ｄｌまたは約２５％増加；およびカルシウム＜約７ｍｇ／ｄｌまたは約２５％減少。研究室腫瘍崩壊症候群のＣａｉｒｏ−Ｂｉｓｈｏｐ定義には、研究室腫瘍崩壊症候群に加えて次の１種または複数種が含まれる：血清クレアチニンの増加（正常の上限の約１．５倍）；心不整脈または突然死；およびてんかん発作。ｌａｂ  ＴＬＳ、血清クレアチニン、不整脈、またはてんかん発作の存在に応じて、分類尺度（０−５）を使用する。
【００８２】
いくつかの実施形態では、本方法は、１種または複数種の癌治療の投与時の患者におけるＴＬＳの予測である。いくつかの実施形態では、高いＴＬＳの可能性により、このような有害反応引き起こす可能性のある癌治療を控える方向が示される。一部の実施形態では、高いＴＬＳの可能性により、例えば、キサンチンオキシダーゼ阻害剤（例えば、アロプリノール）および／または尿酸塩オキシダーゼ酵素（例えば、ラスブリカーゼ（ウリカーゼ））を含むＴＬＳの発症を防止する治療薬を使用する方向が示される。
【００８３】
腫瘍崩壊症候群に関連するＢＨ３プロファイリングアッセイ由来の変数を決定するために：治療（例えば、アルボシジブで）の前に集めた患者検体に関しＢＨ３プロファイリングを行う；単一変数、ＢＨ３ペプチド単独または限定されないが、例えば、細胞遺伝学的状態、年齢、および性別を含むその他の臨床変数を、腫瘍崩壊症候群の発生と比較する分析を行う；およびＷｉｌｃｏｘ  ｐ値、ロジスティック回帰ｐ値およびＡＵＣ  ｐ値を含む統計的方法を使って有意性を確立する。
【００８４】
例えば、図４に示すように、アルボシジブで治療されたＣＬＬ患者では、ＴＬＳを経験しなかった患者に比べて、ＢＡＤプライミングはＴＬＳの存在と有意に関連した。ＢＡＤに関するＲＯＣプロット分析からのＡＵＣは０．７５であり、臨床的調節変数の年齢およびＥＣＯＧ状態と組み合わせると、この値は０．８５に増えた。
【００８５】
Ａｂｂｏｔｔ薬剤ＡＢＴ−２６３、ナビトクラックスの試験に登録されたＣＬＬ患者の腫瘍崩壊症候群の発症は、試験の停止および薬剤の不合格をもたらした。有害事象を生じる高い可能性のある患者を特定する方法があったなら、その薬剤の不合格は避けられたものと思われる。影響を受けやすい患者を知ることにより、薬剤の使用および決定されるべき治療の変更に関する方向付けが可能となる。
【００８６】
治療前患者の有害作用の予測
薬剤に対する否定的反応は、複数のリスク因子に起因する。ＢＨ３プライミング読み取り値とアルゴリズム読み取り値中のその他の決定要因とを組み合わせることにより、化学療法的療法による治療から生じる複数のタイプの有害事象の発生に対する予後および予測の相関物が得られる。
【００８７】
年齢、細胞遺伝学的状態、などのリスク因子に加えて、これらのイベント、特定の有害事象へのＢＨ３プライミングの寄与が、多変量解析を使って決定される。プライミング状態（および他のリスク因子）と副作用の発生との間の有意な関係が特定されると、個別のアルゴリズムが開発されて、薬剤の結果としてのそれらの副作用の可能性が決定される。これらのアルゴリズムは、試験症例で特定され、それぞれのリスク因子の副作用についての確率スコアに対する正確な寄与が実験的に決定される。
【００８８】
各アルゴリズムは、より大きな患者検体群で検証することができる。アルゴリズムを適用することにより、治療に対する反応の可能性、並びに特定の有害事象の発生の確率をまとめたレポートが生成される。データを使って、これらの懸念に対処するように治療法を調整することができる。
仮説に基づくアルゴリズム（Ａ、ＢおよびＣは定数）：
確率スコア薬剤Ａ反応
＝Ａ×［ＢＩＭプライミング（腫瘍細胞）］＋Ｂ÷［年齢］−Ｃ×［細胞遺伝学的リスクスコア］
確率スコア薬剤Ａ貧血
＝Ａ×［ＨＲＫプライミング（赤芽球細胞）−Ｎｏｘａプライミング（赤芽球細胞）］＋Ｂ÷［年齢］＋Ｃ×［ＲＢＣ数］
確率スコア薬剤Ａ腫瘍崩壊症候群
＝Ａ［ＢＡＤプライミング（腫瘍細胞）］−Ｂ×［細胞遺伝学的リスクスコア］＋Ｃ×［％骨髄芽球］
確率スコア薬剤Ａ腫瘍崩壊症候群
＝Ａ［ＢＡＤプライミング（マクロファージ）−ＰＵＭＡプライミング（マクロファージ）］−Ｂ×［細胞遺伝学的リスクスコア＋Ｃ×［％骨髄芽球］
確率スコア薬剤Ｂ反応
＝Ａ×［ＢＡＤプライミング腫瘍細胞］＋Ｂ÷［年齢］−Ｃ×［細胞遺伝学的リスクスコア］
確率スコア薬剤Ｂ血小板減少症
＝Ａ×［ＢＩＤプライミング（血小板細胞）］＋Ｂ÷［年齢］−Ｃ×［細胞遺伝学的リスクスコア］
確率スコア薬剤Ｃ自己免疫反応
＝Ａ×［ＢＩＤプライミング（ＴＨ−１７細胞）］＋Ｂ÷［年齢］−Ｃ×［ＴＨ−１７細胞］
確率スコア薬剤Ｃ自己免疫反応（ＲＡ）
＝Ａ×［ＢＩＭプライミング（ＴＨ−１７細胞）−ＩＭプライミング（ＴＨ−１７細胞）］＋Ｂ÷［年齢］−Ｃ×［滑液中の総ＴＨＰ−１数］
【表１】
0006538044.tif 000002
【００８９】
代表的臨床因子と追加のバイオマーカー
いくつかの実施形態では、本開示は臨床因子の評価を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、患者の反応を評価するために、ＢＨ３プロファイリングおよび／または臨床因子の評価を含む。いくつかの実施形態では、患者の反応の情報を提供する臨床因子と、ＢＨ３プロファイリング調査との組み合わせが、アポトーシスに連関しない場合もある。いくつかの実施形態では、臨床因子はアポトーシスに影響を与えない。
【００９０】
一実施形態では、臨床因子は、年齢、細胞遺伝学的状態、全身状態、組織学的サブクラス、性別、および疾患ステージの内の１種または複数種である。
【００９１】
一実施形態では、臨床因子は年齢である。一実施形態では、患者の年齢プロファイルは、約１０歳超、または約２０歳超、または約３０歳超、または約４０歳超、または約５０歳超、または約６０歳超、または約７０歳超、または約８０歳超として分類される。
【００９２】
一実施形態では、臨床因子は細胞遺伝学的状態であり、ウイルムス腫瘍および網膜芽細胞腫などの一部の癌では、例えば、腫瘍抑制因子に関連する染色体領域が多く欠失または変異している場合には、遺伝子欠失または不活性化が癌進行の開始に関与している。例えば、欠失、逆位、転位は、神経膠腫、非小細胞肺癌、白血病、および黒色種の場合に、染色体領域９ｐ２１でよく検出される。特定の理論に拘束されるものではないが、これらの染色体変化は、腫瘍抑制因子サイクリン依存性キナーゼ抑制剤２Ａを不活性化する可能性がある。特定の遺伝子のこれらの欠失に加えて、染色体の大きな部分が失われている場合もある。例えば、固形癌細胞では、通常、染色体１ｐおよび１６ｑが欠失している。遺伝子重複および遺伝子コピー数の増加も癌に関与しており、転写解析または遺伝子コピー数変動アレイで検出することができる。例えば、染色体領域１２ｑ１３−ｑ１４は多くの肉腫で増幅されている。この染色体領域は、ｐ５３と呼ばれる腫瘍抑制因子に結合することが知られているＭＤＭ２と呼ばれる結合タンパク質をコードしている。ＭＤＭ２が増幅されると、それがｐ５３の細胞増殖の制御機能を妨害し、腫瘍形成が起こることがある。さらに、特定の乳癌は、ヒト上皮増殖因子受容体２をコードするＥＲＢＢ２遺伝子の過剰発現に関連し、そのコピー数が増加する。また、染色体数、例えば、染色体１ｑおよび３ｑの増加は、癌リスクの増加とも関連している。
【００９３】
細胞遺伝学的状態は当該技術分野において既知の種々の方式で測定することが可能である。例えば、ＦＩＳＨ、在来の核型分析、および仮想核型分析（比較遺伝子ハイブリダイゼーションアレイ（ＣＧＨ）および一塩基多型アレイ）を使用することができる。例えば、ＦＩＳＨは特定の座位における染色体再構成を評価するのに使用することができ、これらの現象は疾病リスク状態に関連している。いくつかの実施形態では、細胞遺伝学的状況は、好ましい、中間的状態、または好ましくないである。
【００９４】
一実施形態では、臨床因子は患者の全身状態である。全身状態は、任意のシステムを使用して定量化することができ、患者の全身状態のスコアリング方法は当技術分野において知られている。この尺度は、患者が化学療法剤や用量調節を受けることができるか否かを判断するために、および緩和ケアの強度を決定するために使用されることが多い。種々のスコアリングシステムがあり、これらには、カルノフスキースコアおよびズブロッドスコアが含まれる。パラレルスコアリングシステム（ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｃｏｒｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ）は機能の全体的評定（ＧＡＦ）スコアを含み、これは精神医学の精神障害の診断と統計のためのマニュアル（ＤＳＭ）の５番目の軸として組み込まれている。より高い全身状態（例えば、カルノフスキースコアリングシステムで、少なくとも８０％、または少なくとも７０％）の場合は、疾患状態の進行を防ぐために治療を指示し、化学療法剤および／または照射線治療を受ける患者の能力を高めることができる。例えば、これらの実施形態では、患者は通院可能で、セルフケア化可能であり、他の実施形態では、評価はより低い全身状態（例えば、カルノフスキースコアリングシステムで５０％未満、３０％未満、または２０％未満）の患者を示し、従来の放射線療法および／または化学療法剤に耐えることが可能となる。これらの実施形態では、患者はほとんどベッドまたは椅子の範囲内に限定され、セルフケアの動作すらできない。
【００９５】
カルノフスキースコアは１００〜０であり、１００が「完全」な健康で、「０」は死亡である。スコアは１０間隔で用いられ、つまり１００％は正常で病訴がなく、疾患の兆候がない；９０％は正常の活動が可能だがいくつかの疾患の症状や兆候がある；８０％はいくつかの困難を伴う正常な活動が可能であるが、いくつかの疾患の症状や兆候がある；７０％はセルフケア可能であるが正常の活動や仕事ができない；６０％は援助が少し必要であるがほとんどの個人的な必要事項は処理できる；５０％は介護がしばしば必要であり頻繁な診療が必要である；４０％は障害を持ち特別な介護と援助が必要；３０％は重篤な障害を持ち入院が必要であるが、死の危険性はない；２０％は非常に病状が悪化した状態で緊急の入院が必要であり支援策または治療が必要；１０％は瀕死状態で、急激に進行する致命的な疾患プロセスである。
【００９６】
全身状態は、ズブロッドスコアリングシステムでは下記を含む：０、完全に活動的、病気にかかる前のすべての制限のない全身状態；１、物理的に激しい活動に制限があるが通院可能で軽いまたは坐位で行う性質の仕事、例えば、軽い家事が可能；２、通院可能ですべてのセルケアが可能であるが覚醒時の約５０％以上でどのような作業活動も実行できない；３、限定されたセルケアのみ可能で、覚醒時の５０％を超える時間をベッドまたは椅子の範囲内に完全に限定される；４、完全に障害のある状態でどのようなセルケアもできない、ベッドまたは椅子の範囲内に完全に限定される；５、死亡。
【００９７】
一実施形態では、臨床因子は組織学的サブクラスである。いくつかの実施形態では、腫瘍の組織検体はＥｌｓｔｏｎ  ＆  Ｅｌｌｉｓ，Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ  １９９１，１９：４０３−１０に従って等級分けされる。この文献の内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００９８】
一実施形態では、臨床因子は性別である。一実施形態では、性別は男性である。別の実施形態では、性別は女性である。
【００９９】
一実施形態では、臨床因子は疾患ステージである。非限定的例であるが、ステージのグループ分けを使用すると、ステージＩでは癌は身体の一部に限局されている；ステージＩＩ、ステージＩＩＩでは、癌は局所的に進行した癌である。癌がステージＩＩとして指定されるかまたはステージＩＩＩとして指定されるかは、特定のタイプの癌に依存し、一非限定的例では、ホジキン病ではステージＩＩは横隔膜の片側のみの罹患したリンパ節を示し、一方、ステージＩＩＩは横隔膜の両側の罹患したリンパ節を示す。そのために、ステージＩＩおよびＩＩＩに対する具体的な基準は、診断に応じて異なる。ステージＩＶの癌は、転移、または他の器官もしくは全身に拡散していることが多い。
【０１００】
いくつかの実施形態では、臨床因子は血液疾患に対するＦｒｅｎｃｈ−Ａｍｅｒｉｃａｎ−Ｂｒｉｔｉｓｈ（ＦＡＢ）分類システム（例えば、骨髄形成異常の存在、骨髄芽球と赤芽球の定量化を示す）である。一実施形態では、急性リンパ性白血病のためのＦＡＢはＬ１−Ｌ３であり、または急性骨髄性白血病はＭ０−Ｍ７である。
【０１０１】
別の実施形態では、本方法は、変異状態、一塩基多型、定常状態タンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される追加のバイオマーカーをさらに含む。別の実施形態では、本方法は、患者の臨床反応を予測することをさらに含む。別の実施形態では、臨床反応は約１年、約２年、約３年、または約５年の無増悪／無再発生存期間である。
【０１０２】
年齢プロファイルおよび全身状態などの種々の臨床因子は特定される。細胞遺伝学的、分子学的イベントなどの多くの診断の静的測定も使用される。これらには、限定されないが、遺伝子ＭＬＬ、ＡＭＬ／ＥＴＯ、Ｆｌｔ３−ＩＴＤ、ＮＰＭ１（ＮＰＭｃ＋）、ＣＥＢＰα、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＲＵＮＸ１、ｒａｓ、およびＷＴ１の変異、さらにエピジェネティク修飾遺伝子ＴＥＴ２、ＡＳＸＬの変異、ならびに細胞内シグナル伝達タンパク質プロファイルの変化が含まれる。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法により方針が示されるように、予防法は、癌に苦しめられる可能性のある患者に対する治療薬を投与することを含む。いくつかの実施形態では、対象が癌に対する１種または複数種の高いリスク、例えば、癌に対する遺伝性素因（例えば、遺伝的リスク因子）、癌の以前の発症（例えば、新しい癌および／または再発）、癌の家族歴、癌誘導薬剤への暴露（例えば、環境要因）、および薬理ゲノミクス情報（例えば、薬物動態学的、薬力学的または治療の有効性プロファイルの遺伝子型の効果）を特徴とする場合、対象は癌に苦しめられる可能性がある。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、対象が癌に対しハイリスクを特徴とする場合、対象は癌に苦しめられる可能性がある。いくつかの実施形態では、対象が癌に対する遺伝性素因を特徴とする場合、対象は癌に苦しめられる可能性がある。いくつかの実施形態では、癌に対する遺伝性素因は、当該技術分野において知られているように、遺伝的臨床因子である。このような臨床因子には、例えば、少なくとも、結腸、子宮、小腸、胃、尿路の癌に対しては、ＨＮＰＣＣ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２が含まれる可能性がある。いくつかの実施形態では、対象が以前の癌の発症を特徴とする場合、対象は癌に苦しめられる可能性がある。いくつかの実施形態では、対象は１、または２、または３、または４、または５、または６回の以前の癌の発症に苦しめられている。いくつかの実施形態では、対象が癌の家族歴を特徴とする場合、対象は癌に苦しめられる可能性がある。いくつかの実施形態では、親および／または祖父母および／または兄弟および／または叔父／叔母および／または大叔父／大叔母および／またはいとこが今まで癌に苦しめられてきたか、または現在苦しめられている。いくつかの実施形態では、対象が癌誘発薬剤（例えば、環境要因）への暴露を特徴とする場合、対象は癌に苦しめられる可能性がある。例えば、皮膚の強力な日光への暴露は、皮膚癌の臨床因子である。例えば、喫煙は、肺、口腔、喉頭、膀胱、腎臓、およびいくつかの他の器官の癌に対する臨床因子である。
【０１０５】
さらに、いくつかの実施形態では、次の臨床因子は本明細書に記載される方法に有用である可能性がある：性別、遺伝的リスク因子、家族歴、個人歴、人種および民族性、特定の組織の特徴、様々な良性状態（例えば、非増殖性病変）；以前の胸部Ｘ線、発癌性物質への暴露など。
【０１０６】
さらにまた、いくつかの実施形態では、次の臨床因子のいずれか１つは本明細書に記載される方法に有用である可能性がある：１種または複数種の細胞表面ＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、臨床因子は、限定されないが、インターロイキン−６を含むサイトカインの発現レベルである。いくつかの実施形態では、インターロイキン−６レベルは、患者の不良予後または患者の良予後を含むＭＭ患者の反応の可能性に相関する。
【０１０８】
特定の実施形態では、反応の可能性は、パーセントプライミングを評価することにより決定することができる。特定の実施形態では、プライミングは次の式：
【数１】
0006538044.tif 000003
により定義される。式中、ＡＵＣは曲線下面積または信号強度を含む；ＤＭＳＯはベースラインの陰性対象を含む；ＣＣＣＰ（カルボニルシアニド  ｍ−クロロフェニルヒドラゾン）はミトコンドリアの電子伝達系における電子キャリアーの正常な活性中に確立されたプロトン勾配の脱共役剤として機能することによるタンパク質合成のエフェクターを含み、ベースラインの陽性対照を含む。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、均一時間分解蛍光法（ＨＴＲＦ）によって確立される。いくつかの実施形態では、時間は約０〜約３００分と約０〜約３０分との間である。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）によって確立される。いくつかの実施形態では、信号強度は、約５分〜約３００分で発生する単一時点での測定値である。
【０１０９】
別の実施形態では、方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイを測定すること、および細胞表面マーカーＣＤ３３、ＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、Ｂｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化の内の１種または複数種を測定すること、ならびにＡＭＬ患者のシタラビンまたはシタラビン系化学療法剤および／またはアザシチジンによる治療の有効性と関連付けることを含む。
【０１１０】
別の実施形態では、方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイおよび細胞表面マーカーＣＤ３３、ＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、Ｂｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化を測定すること、ならびにＭＭ患者の化学療法剤による治療の有効性と関連付けることを含む。
【０１１１】
さらに別の実施形態では、癌はＡＭＬおよび／またはＭＭであり、臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態であり；または癌はＡＭＬおよび／またはＭＭであり、癌治療はシタラビンまたはシタラビン系化学療法剤および／またはアザシチジンであり、または癌治療はシタラビンまたはシタラビン系化学療法剤および／またはアザシチジンであり、臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態であり、または癌治療はシタラビンまたはシタラビン系化学療法剤および／またはアザシチジンであり；癌はＡＭＬおよび／またはＭＭであり；ならびに臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態である。
【０１１２】
本開示は腫瘍または癌細胞試料の評価を簡便化することができるキットも提供する。本開示の典型的なキットは、様々な試薬を含み、例えば、ＢＨ３ペプチドを検出する１種または複数種の試薬を含む。キットは、種々の検出法で有用なもの、例えば、抗体などを含む１種または複数種の検出用の試薬を含んでもよい。キットは、ウエルプレート、シリンジなどを含む評価に必要な材料をさらに含むことができる。キットはラベルまたは記載された試薬の使用方法が印刷された説明書をさらに含んでもよい。キットは試験される治療薬をさらに含んでもよい。
【０１１３】
「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」などの単数形は、本出願を通して便宜上使用されるが、文脈または明示的記述により別義が示される場合を除き、単数形は、複数を包含することが意図されることは、理解されるべきである。さらに、本明細書で言及された全ての学術論文、特許、特許出願、出版物、などは、本出願において、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。全ての数値範囲は、数値範囲内のそれぞれのおよびすべての数値点を含むものと理解されるべきであり、また、それぞれのおよびすべての数値点を個別に記述しているものと解釈されるべきである。同じ成分または性質を対象とした全ての範囲の端点は、その両端を包含し、また、独立に組み合わせ可能であることが意図されている。
【０１１４】
参照数値表示に関連して使われる用語の「約」は、参照数値表示±参照数値表示の１０％を意味する。例えば、用語の「約５０」は、４５から５５の範囲を含む。
【０１１５】
本明細書で使用する場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」という単語とその変形は、非限定であることを意図し、それにより、リスト中の項目の記載は、この技術の材料、組成物、装置、および方法に有用である可能性のある他の類似項目の除外を意図するものではない。同様に、用語の「ｃａｎ」および「ｍａｙ」およびその変形は、非限定であることを意図し、それにより、ある実施形態が特定の要素または特徴を含むことが「できる（ｃａｎ）」または含んでも「よい（ｍａｙ）」という記載は、これらの要素または特徴を含まないこの技術のその他の実施形態を排除するものではない。ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ、ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ、またはｈａｖｉｎｇなどの用語の同義語であるオープンエンド用語の「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」が本明細書で使用して本開示を記載および請求するが、本技術、またはその実施形態は、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」記載成分などの限定用語を使って、別の選択肢として記載することができる。
【０１１６】
特に断らなければ、本明細書の全ての技術および科学用語は、本開示が属する当業者により通常理解されているものと同じ意味を有する。本開示を実施または試験する上で本明細書に記載されるものと同様または同等のいかなる方法および材料も使用することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。引用されている出版物、特許、および特許公報は全て、本出願において、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１１７】
実施例
実施例１
ＢＨ３プロファイリング
反応混液解凍した一定分量の治療前のＢ細胞慢性リンパ性白血病細胞を含む末梢血単核球を、ビオチン化モノクローナル抗体（ＣＤ２、ＣＤ４、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＣＤ３６、抗ＩｇＥ、およびＣＤ２３５ａ）の反応混液および磁気ビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ，Ａｕｂｕｒｎ，ＣＡ）を使った非Ｂ細胞除去により未処理のＢ細胞を精製した。抗ＣＤ１９−ＡＰＣおよび抗ビオチン抗体ＦＩＴＣを使って、精製の前後に細胞精製の程度を染色細胞のフローサイトメトリーにより、Ｍ除去反応混液（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ，Ａｕｂｕｒｎ，ＣＡ）由来のＡｂで標識した非Ｂ細胞の存在をモニターした。試料をジギトニンで透過処理し、ＪＣ−１ミトコンドリア染料および１００μＭのＢＨ３ペプチド（Ｂｉｍ、Ｐｕｍａ、Ｎｏｘａ、Ｂａｄ、Ｂｍｆ、Ｈｒｋ（ＢｉｍおよびＰｕｍａは、それぞれ０．１μＭおよび１０μＭでもアッセイした））と共に、またはジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）［１％］）またはカルボニルシアニド  ｍ−クロロフェニルヒドラゾン（ＣＣＣＰ［１０μＭ］）と共にインキュベートした。検体を３回実験し、ＪＣ−１染料の蛍光トレースをアッセイの３００分間にわたりモニターした。ＤＭＳＯバックグラウンドに対し正規化後、曲線下面積を陽性対照脱共役試薬に対して積分した。
【数２】
0006538044.tif 000004
【０１１８】
統計分析
バイオマーカー状態（％プライミング）と臨床反応分類または腫瘍崩壊症候群（ＬＴＳ）との間の１変量試験関連を、回帰分析（２群より多い群の比較）またはロジスティック回帰分析（２群分析の場合）により求めた。我々は、ｐ＜０．０５の有意性による統計分析計画をあらかじめ決定した。マーカーの予測能力を、受光器動作特性曲線下面積（ＡＵＣ）を使って評価した。多変量解析はロジスティック回帰分析、臨床病理学的データ由来の重要な調節変数を用いて行った。解析はＳＡＳソフトウエア、バージョン９．２（Ｃａｒｙ，ＮＣ）、Ｒバージョン２．１４．２（Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ）、および／またはＧｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｉｓｍバージョン５．０４（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）を利用した。
【０１１９】
実施例２
治療前患者試料のＢＨ３プロファイリング
２６人の参加者（中央年齢値７３．８歳［範囲：６１．１〜８０．７歳］）由来の、一定分量の治療前試料を、ＢＨ３プロファイリングのために解凍した。解凍時に、これらの試料は優れた生存率の細胞を生成した（中央値８２．１％［範囲：６２．２〜９７．９％］生細胞）。それらは、次に、活性化因子（Ｂｉｍ）およびＢｃｌ−２ファミリータンパク質の機能の代用物としていくつかの増感剤（Ｎｏｘａ、Ｐｕｍａ、Ｂａｄ、Ｈｒｋ、Ｂｍｆ）を含む個別ＢＨ３ペプチドに対するインビトロ曝露を受けた。２６個の試験試料の内の２３個（ｎ＝８およびｎ＝１５、それぞれＢＭおよびＰＢ由来）が解析可能なデータを提供し、全体の技術的成功比率は８８．５％であった。不十分な細胞数の理由で、３個の検体を統計分析から削除した。留意すべき点は以下である：１３個の試料を２回ずつ分析し、個々の患者由来の繰り返し検体の全体の変動係数（ＣＶ）はほぼ３〜５％であり、技術的に堅牢なアッセイであることを示している（データは示さず）。
【０１２０】
ＢＨ３ペプチドに対するプライミングとボリノスタット／ＧＯによる導入療法との間の関連
パーセントプライミング、すなわち、脱共役対照薬剤に比較して、ミトコンドリアの脱分極を誘導するための、所定のＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物の数量化可能な性質を、それぞれのペプチドについて、試験療法に反応した患者（すなわち、ＣＲ／ＣＲｐのいずれかを達成した患者）および治療に失敗した患者に関し患者別に表２にまとめている。アッセイしたペプチド中で、Ｎｏｘａのみが奏効者（５４．１±２９．０％［平均±ＳＤ］）と非奏効者（２３．８±１４．９％；ｐ＝０．０２７）との間で統計的に有意差のあるプライミングを誘発した。個々の患者別にＮｏｘａによるパーセントプライミングを図１Ａに示す。Ｎｏｘａの予測バイオマーカーとしての能力を試験するために、我々は、受光器動作特性曲線下の面積（ＡＵＣ）を採用し、このバイオマーカーの感受性および特異性を解析し、これにより０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．６５−１．００；ｐ＝０．０００４２；図１Ｂ）を得た。我々は、奏効者は、非奏効者より著しく若い（表１参照）ことがわかったので、Ｎｏｘａプライミングの調節分析を行った。この分析では、年齢を第２の共変量として考慮した。図１Ｂに示すように、年齢に対する調節（連続変数として）によりＡＵＣが０．８８（９５％ＣＩ：０．７５−１．００）に向上した。Ｎｏｘａとは対照的に、Ｂｉｍ（２種のペプチド濃度）、Ｐｕｍａ（２種のペプチド濃度）、Ｂａｄ、Ｈｒｋ、およびＢｍｆ（表２）で誘導されたプライミングに対する統計的有意差は認められなかった。
【０１２１】
実施例３
血小板減少症用のバイオマーカーとしての血小板におけるＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物に対するプライミング間の関連
解凍した一定分量の治療前の赤芽球細胞を含む末梢血単核細胞を、赤芽球集団から測定値を得ることを可能とする次の差異を加えて、前述と同様にして、ＢＨ３プロファイリング用として調製する；細胞を洗浄し、免疫染色法用の４％ＦＢＳを含む２００μｌのＰＢＳ中に再懸濁する。赤血球の識別の分析のために、細胞を１：２００希釈のフィコエリトリン標識抗ＣＤ７１（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）およびアロフィコシアニン標識抗Ｔｅｒ−１１９抗体（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）と共に室温で１５分間インキュベートする。除核分析のために、細胞を１０μｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２（Ｓｉｇｍａ）を使って室温で１５分間さらに染色した。最終濃度０．２μｇ／ｍｌのヨウ化プロピジウム（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を加えて分析対象から死細胞を除く。アロフィコシアニン標識アネキシンＶ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）およびヨウ化プロピジウムで共染色することによりアポトーシスを評価する。細胞周期分析を行うために、細胞を洗浄し、５０μｌのＰＢＳに再懸濁し、１ｍｌの冷たい９０％エタノールで固定し、４℃で一晩貯蔵した。固定細胞を洗浄し、ヨウ化プロピジウム（２０μｇ／ｍｌ）およびＲＮアーゼＡ（２００μｇ／ｍｌ）を含むＰＢＳ中、室温で１時間インキュベートした。ＢＤ  ＬＳＲＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使ってフローサイトメトリーを行い、ＢＤ  ＦＡＣＳＤｉｖａ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使ってデータ解析を行った。
【０１２２】
ＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物に対するプライミングと、パノビノスタット、ナビトクラックス、メトトレキセートまたはカルボプラチンによる治療に対する反応との間の関連を、変量回帰分析を行うことにより確立する。
【０１２３】
パーセントプライミング、すなわち、脱共役対照薬剤に比較して、ミトコンドリアの脱分極を誘導するための、所定のＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物の数量化可能な性質を、それぞれのペプチドについてまとめる。
【０１２４】
実施例４
貧血発症に対するバイオマーカーとしての赤芽球におけるＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物に対するプライミング間の関連
解凍した一定分量の治療前の赤芽球細胞を含む末梢血単核細胞を、赤芽球集団から測定値を得ることを可能とする次の差異を加えて、前述と同様にして、ＢＨ３プロファイリング用として調製する；細胞を洗浄し、免疫染色法用の４％ＦＢＳを含む２００μｌのＰＢＳ中に再懸濁する。赤血球の識別の分析のために、細胞を１：２００希釈のフィコエリトリン標識抗ＣＤ７１（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）と共に室温で１５分間インキュベートする。除核分析のために、細胞を１０μｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３４５８０（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使って室温で１５分間さらに染色した。アロフィコシアニン標識アネキシンＶ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で共染色することによりアポトーシスを評価し、最終濃度０．２μｇ／ｍｌのヨウ化プロピジウム（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を加えて分析対象から死細胞を除く。ＢＤ  ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使ってフローサイトメトリーを行い、ＢＤ  ＦＡＣＳＤｉｖａ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使ってデータ解析を行った。
【０１２５】
ＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物に対するプライミングと、抗腫瘍療法、例えば、レブリミド（ｒｅｖｌａｍｉｄ）およびデキサメタゾンと組み合わせたベルケイド、またはｐａｌｍｏｌｉｄｏｍｉｄｅと組み合わせたカルフィルゾミブ（ｃａｒｌｆｉｚｏｍｉｂ）での治療に対する反応との間の関連を確立する。
【０１２６】
実施例５
大腸炎または関節リウマチの発症に対するバイオマーカーとしてのマクロファージにおけるＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物に対するプライミング間の関連
解凍した一定分量の治療前の赤芽球細胞を含む末梢血単核細胞を、マクロファージ集団から測定値を得ることを可能とする次の差異を加えて、前述と同様にして、ＢＨ３プロファイリング用として調製する；細胞を洗浄し、免疫染色法用の４％ＦＢＳを含む２００μｌのＰＢＳ中に再懸濁する。赤血球の識別の分析のために、フローサイトメトリーを使って、ＢＤ  Ｌｙｏｐｌａｔｅヒト細胞表面マーカー選別パネル（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｅｎｓｏｎ）で染色した１：２００希釈のＳｃｒｅｅｎ  ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ  ＴＨＰ−１細胞（単球）と共に、細胞をインキュベートする。アネキシンＶ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）および最終濃度０．２μｇ／ｍｌのヨウ化プロピジウム（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を加えて分析対象から死細胞を除く。ＢＤ  ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使ってフローサイトメトリーを行い、ＢＤ  ＦＡＣＳＤｉｖａ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使ってデータ解析を行った。
【０１２７】
ＢＨ３ペプチドまたはＢＨ３ミメティック化合物に対するプライミングと、腫瘍に対する免疫応答を媒介に依存する抗腫瘍療法、例えば、ヤーボイ（イピリムマブ）単独または抗ＰＤＬ−１（ＭＰＤＬ３２８０Ａ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の組み合わせによる治療に対する反応との間の関連を確立する。
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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