(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
アクレモニウム・セルロリティカス（Acremonium cellulolyticus）（タラロマイセス
・セルロリティカス（Talaromyces cellulolyticus））S6-25株（NITE BP-01685）及びその誘導株から選択される菌株であって、
前記誘導株が、配列番号７〜１６に記載の塩基配列の全てを染色体上に有する、菌株。
【請求項２】
前記誘導株が、creA遺伝子の発現が低下するように、又は、creA遺伝子が破壊されるように改変されている、請求項１に記載の菌株。
【請求項３】
請求項１または２に記載の菌株を培地で培養し、セルラーゼを該培地中に生成蓄積させること、および
該培地よりセルラーゼを回収すること、
を含む、セルラーゼの製造法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法によりセルラーゼを製造すること、
植物バイオマスを前処理に供すること、
前記前処理の処理物を、前記製造したセルラーゼを用いた糖化処理に供すること、
前記糖化処理の処理物を含有する培地で目的物質の生産能を有する微生物を培養し、目的物質を該培地中又は該微生物の菌体内に生成蓄積させること、および
該培地又は菌体より目的物質を採取すること、
を含む、目的物質の製造法。
【請求項５】
前記前処理が水熱分解処理である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記目的物質がＬ−アミノ酸である、請求項４または５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、セルラーゼを生産する微生物（セルラーゼ生産微生物）およびその利用に関する。
【背景技術】
【０００２】
従来、発酵法によるＬ−アミノ酸等の目的物質の工業生産においては、炭素源として、グルコース、フラクトース、スクロース、廃糖蜜、澱粉加水分解物等が使用されてきた。しかしながら、近年の人口増や開発途上国の生活レベル向上により、これらの植物由来の可食原料ではなく、植物由来の非可食バイオマス原料の利用について実用化検討が進められている。【０００３】
このような植物由来の非可食バイオマス原料は、セルロース、ヘミセルロース、リグニン等によって構成されているが、これらの内、セルロースおよびヘミセルロースは、熱や酸などを用いる前処理行程、およびセルラーゼやキシラナーゼ等の糖化酵素による糖化処理行程等を経て、５炭糖および６炭糖へと変換され、発酵の原料として用いることができる（特許文献１、２）。【０００４】
糖化酵素としては、各種セルラーゼ生産微生物由来の酵素製剤が利用されている。セルラーゼ生産微生物としては、トリコデルマ・リーゼイ（Trichoderma reesei）やアクレモニウム・セルロリティカス（Acremonium cellulolyticus）等の糸状菌やクロストリジウム・サーモセラム（Clostridium thermocellum）等の細菌が知られている。具体的には、例えば、アクレモニウム・セルロリティカス C1株（特許文献３）やアクレモニウム・セルロリティカス CF-2612株（特許文献４）は高いセルラーゼ生産能を有することが知られている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】特表平9-507386号公報
【特許文献２】特表平11-506934号公報
【特許文献３】特開2003-135052号公報
【特許文献４】特開2008-271927号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明は、セルラーゼを生産する新規微生物およびその利用法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明者らは、上記課題を解決するために鋭意研究を行った結果、高いセルロース分解活性を有するアクレモニウム・セルロリティカス（Acremonium cellulolyticus）S6-25株を見出し、本発明を完成させた。【０００８】
すなわち、本発明は以下の通り例示できる。
［１］
アクレモニウム・セルロリティカス（Acremonium cellulolyticus）（タラロマイセス・セルロリティカス（Talaromyces cellulolyticus））S6-25株（NITE BP-01685）及びその誘導株から選択される菌株。
［２］
前記誘導株が、配列番号７〜１６に記載の塩基配列から選択される１またはそれ以上の塩基配列を染色体上に有する、前記菌株。
［３］
前記誘導株が、配列番号７〜１６に記載の塩基配列の全てを染色体上に有する、前記菌株。
［４］
前記誘導株が、creA遺伝子の発現が低下するように、又は、creA遺伝子が破壊されるように改変されている、前記菌株。
［５］
前記菌株を培地で培養し、セルラーゼを該培地中に生成蓄積させること、および
該培地よりセルラーゼを回収すること、
を含む、セルラーゼの製造法。
［６］
植物バイオマスを前処理に供すること、
前記前処理の処理物を、前記方法により得られるセルラーゼを用いた糖化処理に供すること、
前記糖化処理の処理物を含有する培地で目的物質の生産能を有する微生物を培養し、目的物質を該培地中又は該微生物の菌体内に生成蓄積させること、および
該培地又は菌体より目的物質を採取すること、
を含む、目的物質の製造法。
［７］
前記前処理が水熱分解処理である、前記方法。
［８］
前記目的物質がＬ−アミノ酸である、前記方法。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】Acremonium cellulolyticus TN株（親株）とAcremonium cellulolyticus S6-25株のアビセル分解活性を示す図。
【図２】Acremonium cellulolyticus TN株（親株）とAcremonium cellulolyticus S6-25株のろ紙分解活性を示す図。
【図３】Acremonium cellulolyticus S6-25株とS6-25由来変異株のアビセル分解活性を示す図。
【図４】Acremonium cellulolyticus S6-25株とF09株由来creA破壊株の、グルコースを炭素源として含む培養条件でのアビセル分解活性を示す図。
【図５】Acremonium cellulolyticus S6-25株とF09株由来creA破壊株の、グルコースを炭素源として含む培養条件でのろ紙分解活性を示す図。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
以下、本発明を詳細に説明する。
【００１１】
＜１＞本発明の微生物
本発明の微生物は、アクレモニウム・セルロリティカス（Acremonium cellulolyticus）S6-25株及びその誘導株から選択される菌株である。アクレモニウム・セルロリティカスは、タラロマイセス・セルロリティカス（Talaromyces cellulolyticus）とも呼ばれる（FEMS Microbiol. Lett., 2014, 351:32-41）。なお、本発明においては、説明の便宜上、S6-25株及びその誘導株をアクレモニウム・セルロリティカス（タラロマイセス・セルロリティカス）に属するものとして記載するが、将来的に系統分類が変更された場合には、S6-25株及びその誘導株は変更後の種に属するものとして適宜読み替えてよい。
【００１２】
S6-25株は、2013年8月8日に、独立行政法人製品評価技術基盤機構  特許微生物寄託センター（郵便番号292-0818、日本国千葉県木更津かずさ鎌足2-5-8  122号室）に原寄託され、2013年11月15日に、ブダペスト条約に基づく国際寄託に移管され、受託番号NITE BP-01685が付与されている。同株は、高いセルラーゼ生産能を有する。
【００１３】
「S6-25株の誘導株」（以下、単に「誘導株」ともいう）とは、S6-25株を親株（祖先株）として構築された株であって、且つ、S6-25株と同等以上のセルラーゼ生産能を有するものをいう。誘導株が構築される経緯は特に制限されない。誘導株は、例えば、人為的な改変により育種されたものであってよい。人為的な改変としては、遺伝子工学的手法による改変や、突然変異処理による改変が挙げられる。突然変異処理としては、Ｘ線の照射、紫外線の照射、ならびにＮ−メチル−Ｎ'−ニトロ−Ｎ−ニトロソグアニジン（ＭＮＮＧ）、エチルメタンスルフォネート（ＥＭＳ）、およびメチルメタンスルフォネート（ＭＭＳ）等の変異剤による処理が挙げられる。また、誘導株は、例えば、親株（祖先株）の使用の際に自然に生じたものであってもよい。そのような誘導株としては、例えば、S6-25株を培養する際に自然に生じた変異株が挙げられる。誘導株は、１種の改変により構築されてもよく、２種またはそれ以上の改変により構築されてもよい。
【００１４】
「S6-25株と同等以上のセルラーゼ生産能を有する」とは、誘導株を培地で培養した際に、S6-25株が同条件で生産するセルラーゼの、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または１００％以上の量（活性）のセルラーゼを生産することを意味してよい。「S6-25株と同等以上のセルラーゼ生産能を有する」とは、具体的には、誘導株を培地で培養して得られる培養上清のセルラーゼ活性が、S6-25株を同条件で培養して得られる培養上清のセルラーゼ活性の、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または１００％以上であることを意味してもよい。培養条件は、セルラーゼが生産される条件であれば特に制限されない。培養条件として、具体的には、実施例１の（２）に記載の培養条件が挙げられる。
【００１５】
誘導株は、配列番号７〜１６に記載の塩基配列から選択される１またはそれ以上の塩基配列を染色体（ゲノムDNA）上に有していてよい。配列番号７〜１６に記載の塩基配列はAcremonium cellulolyticus TN株（親株）には認められず、S6-25株に特有の変異点を含む配列である。よって、誘導株は、これらの変異点から選択される１またはそれ以上の変異点を有することによりS6-25株と同等以上のセルラーゼ生産能を有していてよい。誘導株は、配列番号７〜１６に記載の塩基配列の全てを染色体（ゲノムDNA）上に有していてもよい。
【００１６】
誘導株を構築するための改変（すなわち誘導株が有する改変）は、誘導株がS6-25株と同等以上のセルラーゼ生産能を有する限り、特に制限されない。誘導株を構築するための改変としては、セルラーゼ生産能が向上する改変が挙げられる。誘導株を構築するための改変として、具体的には、creA遺伝子にコードされるタンパク質（CreAタンパク質）の活性が低下する改変が挙げられる。すなわち、誘導株は、例えば、CreAタンパク質の活性が低下するように改変されていてよい。より具体的には、誘導株は、例えば、creA遺伝子の発現が低下するように改変されていてもよく、creA遺伝子が破壊されるように改変されていてもよい。creA遺伝子は、カタボライトリプレッションに関与する転写因子をコードする遺伝子である。creA遺伝子は、糸状菌において、セルラーゼの発現に関与していることが知られている（Mol Gen Genet. 1996 Jun 24;251(4):451-60、Biosci Biotechnol Biochem. 1998 Dec;62(12):2364-70）。
【００１７】
S6-25株のcreA遺伝子の塩基配列を配列番号１８に示す。菌株によってcreA遺伝子の塩基配列に差異が存在することがあるため、creA遺伝子は、元の機能が維持されている限り、上記例示したcreA遺伝子のバリアントであってもよい。同様に、CreAタンパク質は、元の機能が維持されている限り、上記例示したcreA遺伝子にコードされるタンパク質のバリアントであってもよい。そのような元の機能が維持されたバリアントを「保存的バリアント」という場合がある。本発明において、「creA遺伝子」という用語は、上記例示したcreA遺伝子に限られず、その保存的バリアントを包含するものとする。同様に、「CreAタンパク質」という用語は、上記例示したcreA遺伝子にコードされるタンパク質に限られず、その保存的バリアントを包含するものとする。
【００１８】
「元の機能が維持されている」とは、遺伝子またはタンパク質のバリアントが、元の遺伝子またはタンパク質の機能（活性や性質）に対応する機能（活性や性質）を有することをいう。すなわち、「元の機能が維持されている」とは、creA遺伝子にあっては、遺伝子のバリアントが、元の機能が維持されたタンパク質をコードすることであってよい。また、「元の機能が維持されている」とは、CreAタンパク質にあっては、タンパク質のバリアントが、カタボライトリプレッションに関与する転写因子としての機能を有することであってよい。
【００１９】
creA遺伝子は、元の機能が維持されている限り、上記塩基配列を有するcreA遺伝子にコードされるタンパク質のアミノ酸配列において、１若しくは数個の位置での１又は数個のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするものであってもよい。なお上記「１又は数個」とは、アミノ酸残基のタンパク質の立体構造における位置や種類によっても異なるが、具体的には、例えば、１〜５０個、１〜４０個、１〜３０個、好ましくは１〜２０個、より好ましくは１〜１０個、さらに好ましくは１〜５個、特に好ましくは１〜３個を意味する。
【００２０】
上記の１若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、または付加は、タンパク質の機能が正常に維持される保存的変異である。保存的変異の代表的なものは、保存的置換である。保存的置換とは、置換部位が芳香族アミノ酸である場合には、Phe、Trp、Tyr間で、置換部位が疎水性アミノ酸である場合には、Leu、Ile、Val間で、極性アミノ酸である場合には、Gln、Asn間で、塩基性アミノ酸である場合には、Lys、Arg、His間で、酸性アミノ酸である場合には、Asp、Glu間で、ヒドロキシル基を持つアミノ酸である場合には、Ser、Thr間でお互いに置換する変異である。保存的置換とみなされる置換としては、具体的には、AlaからSer又はThrへの置換、ArgからGln、His又はLysへの置換、AsnからGlu、Gln、Lys、His又はAspへの置換、AspからAsn、Glu又はGlnへの置換、CysからSer又はAlaへの置換、GlnからAsn、Glu、Lys、His、Asp又はArgへの置換、GluからGly、Asn、Gln、Lys又はAspへの置換、GlyからProへの置換、HisからAsn、Lys、Gln、Arg又はTyrへの置換、IleからLeu、Met、Val又はPheへの置換、LeuからIle、Met、Val又はPheへの置換、LysからAsn、Glu、Gln、His又はArgへの置換、MetからIle、Leu、Val又はPheへの置換、PheからTrp、Tyr、Met、Ile又はLeuへの置換、SerからThr又はAlaへの置換、ThrからSer又はAlaへの置換、TrpからPhe又はTyrへの置換、TyrからHis、Phe又はTrpへの置換、及び、ValからMet、Ile又はLeuへの置換が挙げられる。また、上記のようなアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、または逆位等には、遺伝子が由来する生物の個体差、種の違いに基づく場合などの天然に生じる変異（mutant又はvariant）によって生じるものも含まれる。
【００２１】
また、creA遺伝子は、元の機能が維持されている限り、上記塩基配列を有するcreA遺伝子にコードされるタンパク質のアミノ酸配列全体に対して、80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、さらに好ましくは97%以上、特に好ましくは99%以上の相同性を有するタンパク質をコードする遺伝子であってもよい。尚、本明細書において、「相同性」（homology）は、「同一性」（identity）を意味する。
【００２２】
また、creA遺伝子は、元の機能が維持されている限り、公知の遺伝子配列から調製され得るプローブ、例えば上記塩基配列の全体または一部に対する相補配列、とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAであってもよい。「ストリンジェントな条件」とは、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいう。一例を示せば、相同性が高いDNA同士、例えば80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、さらに好ましくは97%以上、特に好ましくは99%以上の相同性を有するDNA同士がハイブリダイズし、それより相同性が低いDNA同士がハイブリダイズしない条件、あるいは通常のサザンハイブリダイゼーションの洗いの条件である60℃、1×SSC、0.1% SDS、好ましくは60℃、0.1×SSC、0.1% SDS、より好ましくは68℃、0.1×SSC、0.1% SDSに相当する塩濃度および温度で、１回、好ましくは２〜３回洗浄する条件を挙げることができる。
【００２３】
上述の通り、上記ハイブリダイゼーションに用いるプローブは、遺伝子の相補配列の一部であってもよい。そのようなプローブは、公知の遺伝子配列に基づいて作製したオリゴヌクレオチドをプライマーとし、上記塩基配列を含むDNA断片を鋳型とするPCRによって作製することができる。例えば、プローブとしては、300 bp程度の長さのDNA断片を用いることができる。プローブとして300 bp程度の長さのDNA断片を用いる場合には、ハイブリダイゼーションの洗いの条件としては、50℃、2×SSC、0.1% SDSが挙げられる。
【００２４】
また、creA遺伝子は、元の機能が維持されている限り、任意のコドンをそれと等価のコドンに置換したものであってもよい。
【００２５】
以下に、タンパク質の活性を低下させる手法について説明する。
【００２６】
「タンパク質の活性が低下する」とは、同タンパク質の細胞当たりの活性が野性株や親株等の非改変株と比較して減少していることを意味し、活性が完全に消失している場合を含む。「タンパク質の活性が低下する」とは、具体的には、非改変株と比較して、同タンパク質の細胞当たりの分子数が低下していること、および／または、同タンパク質の分子当たりの機能が低下していることをいう。すなわち、「タンパク質の活性が低下する」という場合の「活性」とは、タンパク質の触媒活性に限られず、タンパク質をコードする遺伝子の転写量（ｍＲＮＡ量）または翻訳量（タンパク質の量）を意味してもよい。なお、「タンパク質の細胞当たりの分子数が低下している」ことには、同タンパク質が全く存在していない場合が含まれる。また、「タンパク質の分子当たりの機能が低下している」ことには、同タンパク質の分子当たりの機能が完全に消失している場合が含まれる。タンパク質の活性は、非改変株と比較して低下していれば特に制限されないが、例えば、非改変株と比較して、５０％以下、２０％以下、１０％以下、５％以下、または０％に低下してよい。
【００２７】
タンパク質の活性が低下するような改変は、例えば、同タンパク質をコードする遺伝子の発現を低下させることにより達成される。「遺伝子の発現が低下する」とは、同遺伝子の細胞当たりの発現量が野生株や親株等の非改変株と比較して減少することを意味する。「遺伝子の発現が低下する」とは、具体的には、遺伝子の転写量（ｍＲＮＡ量）が低下すること、および／または、遺伝子の翻訳量（タンパク質の量）が低下することを意味してよい。「遺伝子の発現が低下する」ことには、同遺伝子が全く発現していない場合が含まれる。なお、「遺伝子の発現が低下する」ことを、「遺伝子の発現が弱化される」ともいう。遺伝子の発現は、例えば、非改変株と比較して、５０％以下、２０％以下、１０％以下、５％以下、または０％に低下してよい。
【００２８】
遺伝子の発現の低下は、例えば、転写効率の低下によるものであってもよく、翻訳効率の低下によるものであってもよく、それらの組み合わせによるものであってもよい。遺伝子の発現の低下は、例えば、遺伝子の発現調節配列を改変することにより達成できる。「発現調節配列」とは、プロモーター等の、遺伝子の発現に影響する部位の総称である。発現調節配列は、例えば、プロモーター検索ベクターやＧＥＮＥＴＹＸ等の遺伝子解析ソフトを用いて決定することができる。発現調節配列を改変する場合には、発現調節配列は、好ましくは１塩基以上、より好ましくは２塩基以上、特に好ましくは３塩基以上が改変される。また、染色体上の遺伝子のプロモーターをより弱いプロモーターに置換してもよい。「より弱いプロモーター」とは、遺伝子の転写が、もともと存在している野生型のプロモーターよりも弱化するプロモーターを意味する。より弱いプロモーターとしては、例えば、各種誘導型のプロモーターを利用することができる。すなわち、誘導型のプロモーターは、誘導物質の非存在下で、より弱いプロモーターとして機能し得る。また、発現調節配列の一部または全部を欠失させてもよい。また、遺伝子の発現の低下は、例えば、発現制御に関わる因子を操作することによっても達成できる。発現制御に関わる因子としては、転写や翻訳制御に関わる低分子（誘導物質、阻害物質など）、タンパク質（転写因子など）、核酸（siRNAなど）等が挙げられる。
【００２９】
また、タンパク質の活性が低下するような改変は、例えば、同タンパク質をコードする遺伝子を破壊することにより達成できる。「遺伝子が破壊される」とは、正常に機能するタンパク質を産生しないように同遺伝子が改変されることを意味する。「正常に機能するタンパク質を産生しない」ことには、同遺伝子からタンパク質が全く産生されない場合や、同遺伝子から分子当たりの機能（活性や性質）が低下又は消失したタンパク質が産生される場合が含まれる。
【００３０】
遺伝子の破壊は、例えば、染色体上の遺伝子のコード領域の一部又は全部を欠損させることにより達成できる。さらには、染色体上の遺伝子の前後の配列を含めて、遺伝子全体を欠失させてもよい。遺伝子の前後の配列には、例えば、遺伝子の発現制御領域が含まれてよい。タンパク質の活性の低下が達成できる限り、欠失させる領域は、Ｎ末端領域、内部領域、Ｃ末端領域等のいずれの領域であってもよい。通常、欠失させる領域は長い方が確実に遺伝子を不活化することができる。また、欠失させる領域の前後の配列は、リーディングフレームが一致しないことが好ましい。creA遺伝子の場合、具体的には、例えば、配列番号１８の３２６２〜４５０９位に相当する部分を欠損させることにより、同遺伝子を破壊することができる。
【００３１】
また、遺伝子の破壊は、例えば、染色体上の遺伝子のコード領域にアミノ酸置換（ミスセンス変異）を導入すること、終止コドンを導入すること（ナンセンス変異）、あるいは１〜２塩基を付加または欠失するフレームシフト変異を導入すること等によっても達成できる（Journal of Biological Chemistry 272:8611-8617(1997), Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 95 5511-5515(1998), Journal of Biological Chemistry 26 116, 20833-20839(1991)）。
【００３２】
また、遺伝子の破壊は、例えば、染色体上の遺伝子のコード領域に他の配列を挿入することによっても達成できる。挿入部位は遺伝子のいずれの領域であってもよいが、挿入する配列は長い方が確実に遺伝子を不活化することができる。また、挿入部位の前後の配列は、リーディングフレームが一致しないことが好ましい。他の配列としては、コードされるタンパク質の活性を低下又は消失させるものであれば特に制限されないが、例えば、マーカー遺伝子やセルラーゼ生産に有用な遺伝子が挙げられる。
【００３３】
染色体上の遺伝子を上記のように改変することは、例えば、遺伝子の部分配列を欠失し、正常に機能するタンパク質を産生しないように改変した欠失型遺伝子を作製し、該欠失型遺伝子を含む組換えＤＮＡで宿主を形質転換して、欠失型遺伝子と染色体上の野生型遺伝子とで相同組換えを起こさせることにより、染色体上の野生型遺伝子を欠失型遺伝子に置換することによって達成できる。その際、組換えＤＮＡには、宿主の栄養要求性等の形質にしたがって、マーカー遺伝子を含ませておくと操作がしやすい。欠失型遺伝子によってコードされるタンパク質は、生成したとしても、野生型タンパク質とは異なる立体構造を有し、機能が低下又は消失する。
【００３４】
相同組換えに用いる組換えＤＮＡの構造は、所望の態様で相同組換えが起こるものであれば特に制限されない。例えば、任意の配列を含む線状ＤＮＡであって、当該任意の配列の両端に染色体上の置換対象部位の上流および下流の配列をそれぞれ備える線状ＤＮＡで宿主を形質転換して、置換対象部位の上流および下流でそれぞれ相同組換えを起こさせることにより、１ステップで置換対象部位を当該任意の配列に置換することができる。当該任意の配列としては、例えば、マーカー遺伝子を含む配列を用いることができる。
【００３５】
マーカー遺伝子は、宿主の栄養要求性等の形質に応じて適宜選択できる。例えば、宿主がpyrF遺伝子またはpyrG遺伝子の変異によりUracil要求性を示す場合、pyrF遺伝子またはpyrG遺伝子をマーカー遺伝子として用いることにより、Uracil要求性の相補（すなわちUracil非要求性）を指標として、目的の改変が導入された株を選抜することができる。
【００３６】
また、タンパク質の活性が低下するような改変は、例えば、突然変異処理により行ってもよい。突然変異処理としては、Ｘ線の照射、紫外線の照射、ならびにＮ−メチル−Ｎ'−ニトロ−Ｎ−ニトロソグアニジン（ＭＮＮＧ）、エチルメタンスルフォネート（ＥＭＳ）、およびメチルメタンスルフォネート（ＭＭＳ）等の変異剤による処理が挙げられる。
【００３７】
タンパク質の活性が低下したことは、同タンパク質の活性を測定することで確認できる。CreAタンパク質の活性は、例えば、カタボライトリプレッションの程度を測定することにより、測定できる。カタボライトリプレッションの程度は、例えば、グルコースを炭素源として含む培養条件でのセルラーゼ生産を測定することにより、測定することができる。すなわち、CreAタンパク質の活性が低下したことは、具体的には、例えば、グルコースを炭素源として含む培養条件でのセルラーゼ生産の向上を指標として、確認できる。
【００３８】
タンパク質の活性が低下したことは、同タンパク質をコードする遺伝子の発現が低下したことを確認することによっても、確認できる。遺伝子の発現が低下したことは、同遺伝子の転写量が低下したことを確認することや、同遺伝子から発現するタンパク質の量が低下したことを確認することにより確認できる。
【００３９】
遺伝子の転写量が低下したことの確認は、同遺伝子から転写されるmRNAの量を非改変株と比較することによって行うことが出来る。mRNAの量を評価する方法としては、ノーザンハイブリダイゼーション、RT−PCR等が挙げられる（Molecular cloning（Cold spring Harbor Laboratory Press, Cold spring Harbor (USA), 2001））。mRNAの量は、非改変株と比較して、例えば、５０％以下、２０％以下、１０％以下、５％以下、または０％に低下してよい。
【００４０】
タンパク質の量が低下したことの確認は、抗体を用いてウェスタンブロットによって行うことが出来る（Molecular cloning（Cold spring Harbor Laboratory Press, Cold spring Harbor (USA), 2001））。タンパク質の量は、非改変株と比較して、例えば、５０％以下、２０％以下、１０％以下、５％以下、または０％に低下してよい。
【００４１】
遺伝子が破壊されたことは、破壊に用いた手段に応じて、同遺伝子の一部または全部の塩基配列、制限酵素地図、または全長等を決定することで確認できる。
【００４２】
形質転換は、例えば、カビや酵母等の真核微生物の形質転換に通常用いられる手法により行うことができる。そのような手法としては、プロトプラスト法が挙げられる。プロトプラスト法は、具体的には、例えば、実施例３の（２）に記載の手順により実施することができる。
【００４３】
＜２＞セルラーゼの製造方法
本発明の微生物を利用して、セルラーゼを製造することができる。すなわち、本発明は、本発明の微生物を培地で培養し、セルラーゼを該培地中に生成蓄積させること、および該培地よりセルラーゼを回収することを含む、セルラーゼの製造法を提供する。
【００４４】
使用する培地は、本発明の微生物が増殖でき、セルラーゼが生産される限り、特に制限されない。培地としては、例えば、炭素源、窒素源、リン酸源、硫黄源、その他の各種有機成分や無機成分から選択される成分を必要に応じて含有する培地を用いることができる。培地成分の種類や濃度は、当業者が適宜設定することができる。具体的な培地組成については、例えば、アクレモニウム・セルロリティカスに関する既報（特開2003-135052、特開2008-271826、特開2008-271927等）に記載の培地組成や、トリコデルマ・リーゼイ等のその他各種セルラーゼ生産微生物用の培地組成を参照することができる。
【００４５】
炭素源は、本発明の微生物が資化してセルラーゼを生成し得るものであれば、特に限定されない。セルラーゼ生産量の観点から、一般的に、セルロース系基質を炭素源として用いるのが好ましい。セルロース系基質として、具体的には、例えば、微結晶セルロース（アビセル）、ろ紙、古紙、パルプ、木材、稲わら、麦わら、籾殻、米ぬか、小麦ふすま、サトウキビバガス、コーヒー粕、茶粕が挙げられる。市販の好適なセルロース系基質としては、ソルカフロック（International Fiber Corp, North Tonawanda, NY, U.S.A）が挙げられる。また、セルロース系基質とそれ以外の炭素源とを併用してもよい。例えば、アクレモニウム・セルロリティカスについて、セルロース系基質と、ラクトースを含有する原料とを併用することで、効率的にセルラーゼを生産できることが報告されている（特開2008-271826）。炭素源としては、１種の炭素源を用いてもよく、２種またはそれ以上の炭素源を組み合わせて用いてもよい。
【００４６】
窒素源として、具体的には、例えば、硫酸アンモニウム、塩化アンモニウム、リン酸アンモニウム等のアンモニウム塩、ペプトン、酵母エキス、肉エキス、コーンスティープリカー、大豆タンパク質分解物等の有機窒素源、アンモニア、ウレアが挙げられる。窒素源としては、１種の窒素源を用いてもよく、２種またはそれ以上の窒素源を組み合わせて用いてもよい。
【００４７】
リン酸源として、具体的には、例えば、リン酸２水素カリウム、リン酸水素２カリウム等のリン酸塩、ピロリン酸等のリン酸ポリマーが挙げられる。リン酸源としては、１種のリン酸源を用いてもよく、２種またはそれ以上のリン酸源を組み合わせて用いてもよい。
【００４８】
硫黄源として、具体的には、例えば、硫酸塩、チオ硫酸塩、亜硫酸塩等の無機硫黄化合物、システイン、シスチン、グルタチオン等の含硫アミノ酸が挙げられる。硫黄源としては、１種の硫黄源を用いてもよく、２種またはそれ以上の硫黄源を組み合わせて用いてもよい。
【００４９】
その他の各種有機成分や無機成分として、具体的には、例えば、塩化ナトリウム、塩化カリウム等の無機塩類；鉄、マンガン、マグネシウム、カルシウム等の微量金属類；ビタミンB1、ビタミンB2、ビタミンB6、ニコチン酸、ニコチン酸アミド、ビタミンB12等のビタミン類；アミノ酸類；核酸類；これらを含有するペプトン、カザミノ酸、酵母エキス、大豆タンパク質分解物等の有機成分が挙げられる。その他の各種有機成分や無機成分としては、１種の成分を用いてもよく、２種またはそれ以上の成分を組み合わせて用いてもよい。
【００５０】
培養条件は、本発明の微生物が増殖でき、セルラーゼが生産される限り、特に制限されない。培養は、例えば、糸状菌等の微生物の培養に用いられる通常の条件で行うことができる。具体的な培養条件については、例えば、アクレモニウム・セルロリティカスに関する既報（特開2003-135052、特開2008-271826、特開2008-271927等）に記載の培養条件や、トリコデルマ・リーゼイ等のその他各種セルラーゼ生産微生物用の培養条件を参照することができる。
【００５１】
培養は、例えば、液体培地を用いて、通気培養または振盪培養により、好気的に行うことができる。培養温度は、例えば、15〜43℃であってよい。培養期間は、例えば、2時間〜20日であってよい。培養は、回分培養（batch culture）、流加培養（Fed-batch culture）、連続培養（continuous culture）、またはそれらの組み合わせにより実施することができる。また、培養は、前培養と本培養とに分けて実施してもよい。例えば、前培養を寒天培地等の固体培地上で行い、本培養を液体培地で行ってもよい。
【００５２】
上記のようにして本発明の微生物を培養することにより、培地中にセルラーゼが生成蓄積する。
【００５３】
本発明において、「セルラーゼ」とは、セルロースに含まれるグリコシド結合を加水分解する反応を触媒する酵素の総称である。セルラーゼとしては、エンド型セルラーゼ（エンドグルカナーゼ；EC 3.2.1.4）、エキソ型セルラーゼ（セロビオヒドロラーゼ；EC 3.2.1.91）、セロビアーゼ（β−グルコシダーゼ；EC 3.2.1.21）が挙げられる。また、セルラーゼは、活性測定に用いられる基質に応じて、アビセラーゼ、フィルターペーパーセルラーゼ（ＦＰアーゼ）、カルボキシメチルセルラーゼ（ＣＭＣアーゼ）等とも呼ばれる。
【００５４】
セルラーゼが生産されたことは、例えば、培養上清等の適当な画分のセルラーゼ活性を測定することにより確認できる。セルラーゼ活性は、公知の手法により測定することができる。具体的には、例えば、微結晶セルロース（アビセル）やろ紙等のセルロースを基質として酵素反応を行い、生成する還元糖量を指標として、アビセラーゼ活性（アビセル分解活性）やＦＰアーゼ活性（ろ紙分解活性）等の基質に対応したセルラーゼ活性を算出することができる。還元糖量は、ジニトロサリチル酸（ＤＮＳ）法やソモギーネルソン法等の公知の手法により測定することができる。アビセル分解活性やろ紙分解活性は、具体的には、例えば、実施例１の（２）に記載の手法により測定することができる。
【００５５】
生産されたセルラーゼは、セルラーゼを含む適当な画分として回収することができる。そのような画分としては、培養物や培養上清が挙げられる。また、セルラーゼは、所望の程度に分離精製されてもよい。セルラーゼは、例えば、菌体等の固形分を遠心分離等により培養物から除去した後、塩析、エタノール沈殿、限外濾過、ゲル濾過クロマトグラフィー、イオン交換カラムクロマトグラフィー、アフィニーティークロマトグラフィー、中高圧液体クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、疎水クロマトグラフィー等の既知の適切な方法、またはこれらの組み合わせにより分離精製することができる。なお、培地中には、セルラーゼとともに、他の酵素、例えば、キシラナーゼ、キシロビアーゼ（β−キシロシダーゼ）、アラビノフラノシダーゼ等のヘミセルラーゼ、も生成蓄積し得る。セルラーゼは、そのような他の酵素との混合物として回収されてもよく、そのような他の酵素と分離して回収されてもよい。
【００５６】
回収したセルラーゼは、適宜、製剤化してもよい。剤形は特に制限されず、セルラーゼの使用用途等の諸条件に応じて適宜設定することができる。剤形としては、例えば、液剤、懸濁剤、散剤、錠剤、丸剤、カプセル剤が挙げられる。製剤化にあたっては、例えば、賦形剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、安定化剤、矯味剤、矯臭剤、香料、希釈剤、界面活性剤等の薬理学的に許容される添加剤を使用することができる。
【００５７】
このようにして得られるセルラーゼを、「本発明のセルラーゼ」ともいう。
【００５８】
＜３＞セルラーゼの利用
本発明のセルラーゼは、セルロースの分解に利用できる。例えば、本発明のセルラーゼを利用して植物バイオマスに含まれるセルロース成分を糖化することにより、グルコースを含有する糖化液が得られる。
【００５９】
また、本発明のセルラーゼがキシラナーゼ等のヘミセルラーゼ活性を有する場合には、本発明のセルラーゼは、ヘミセルロースの分解にも利用できる。例えば、本発明のセルラーゼを利用して植物バイオマスに含まれるヘミセルロース成分を糖化することにより、キシロースやアラビノースを含有する糖化液が得られる。
【００６０】
このようにして得られた糖化液は、例えば、炭素源として微生物の培養に利用することができる。さらに、一態様においては、微生物を培養することにより、所望の目的物質を製造することができる。すなわち、本発明は、例えば、植物バイオマスを本発明のセルラーゼを用いた糖化処理に供すること、前記糖化処理の処理物（糖化液）を含有する培地で目的物質の生産能を有する微生物を培養し、目的物質を該培地中又は該微生物の菌体内に生成蓄積させること、および該培地又は菌体より目的物質を採取することを含む、目的物質の製造法を提供する。
【００６１】
植物バイオマスとしては、木質系バイオマスや草本系バイオマスが挙げられる。植物バイオマスとして、具体的には、例えば、稲わら、麦わら、籾殻、サトウキビバガス、オイルパーム空果房、コーンストーバ、コーンコブ、スイッチグラス、エリアンサス、ネピアグラス、廃木材が挙げられる。
【００６２】
植物バイオマスは、そのまま、あるいは適宜、前処理に供してから、糖化処理に供してよい。すなわち、目的物質の製造法は、糖化処理前に、植物バイオマスを前処理に供することを含んでいてもよい。前処理としては、水熱分解処理、酸処理、アルカリ処理、蒸煮、爆砕、粉砕が挙げられる。これらの中では、水熱分解処理が好ましい。これらの前処理は、単独で用いてもよく、組み合わせて用いてもよい。例えば、植物バイオマスは、５ｍｍ以下に粉砕して、水熱分解処理に供してもよい。
【００６３】
水熱分解処理は、例えば、好ましくは１７５〜２４０℃、より好ましくは２００〜２３０℃の加圧熱水を用いて行うことができる。植物バイオマスは、一般的に、セルロース、ヘミセルロース、リグニン等の成分で構成されるが、ヘミセルロース成分は約１４０℃以上で、セルロースは約２３０℃以上で、リグニン成分は約１４０℃以上で溶解する。よって、セルロース成分と他の成分とを十分に分離するためには、上記範囲の温度で水熱分解処理を行うのが好ましい。水熱分解処理の反応圧力は、反応系が加圧熱水の状態となるよう、各温度の水の飽和蒸気圧より更に０．１〜０．５ＭＰａ高い圧力とするのが好ましい。水熱分解処理の反応時間は、例えば、通常２０分以下、好ましくは３〜１５分であってよい。水熱分解処理は、１回行われてもよく、２回またはそれ以上行われてもよい。水熱分解処理が２回またはそれ以上行われる場合、各回の水熱分解処理の実施条件は、同一であってもよく、同一でなくてもよい。上記のような水熱分解処理は、植物バイオマスを加圧熱水と対向接触させることにより行うことができる。このような処理は、例えば、特許第４４３６４２９号公報、特許４５２４３５１号公報、又は特許第４４２７５８３号公報に記載された装置を用いて行うことができる。植物バイオマスの水熱分解処理によって、リグニン成分及びヘミセルロース成分は植物バイオマスから熱水中に移行し、セルロース成分は固形分として残る。水熱分解処理後、必要により熱水と固形分とを分離し、糖化を行えばよい。
【００６４】
酸処理は、植物バイオマスと酸を接触させることにより行うことができる。酸処理に用いられる酸としては、例えば、硫酸、硝酸、塩酸が挙げられる。中でも、硫酸が好ましい。酸処理における酸の濃度は、例えば、０．１〜１５重量％、好ましくは０．５〜５重量％であってよい。酸処理の反応温度は、例えば、１００〜３００℃、好ましくは１２０〜２５０℃であってよい。酸処理の反応時間は、例えば、１秒〜６０分であってよい。酸処理の回数は特に制限されず、酸処理は、１回行われてもよく、２回またはそれ以上行われてもよい。酸処理が２回またはそれ以上行われる場合、各回の酸処理の実施条件は、同一であってもよく、同一でなくてもよい。酸処理においては、一般的に、ヘミセルロース成分が先に加水分解される。よって、酸処理によって、例えば、ヘミセルロース由来のキシロースを多く含む液体画分と、セルロース成分を多く含む固形画分が得られ得る。酸処理後、必要により中和や固液分離等の処理を行い、糖化を行えばよい。中和は、適当なアルカリを用いて実施できる。中和に用いられるアルカリとしては、例えば、アンモニア、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム等の１価のアルカリや、水酸化カルシウム等の２価以上のアルカリが挙げられる。中でも、例えば塩の析出を防止する観点から、１価のアルカリが好ましい場合があり得る。
【００６５】
アルカリ処理は、植物バイオマスとアルカリを接触させることにより行うことができる。アルカリ処理に用いられるアルカリとしては、例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カルシウム、アンモニアが挙げられる。ルカリ処理におけるアルカリの濃度は、例えば、０．１〜６０重量％であってよい。アルカリ処理の反応温度は、例えば、１００〜２００℃、好ましくは１１０〜１８０℃であってよい。また、アンモニアを用いる場合の処理条件としては、特開２００８−１６１１２５や特開２００８−５３５６６４に記載の条件が挙げられる。アルカリ処理の回数は特に制限されず、アルカリ処理は、１回行われてもよく、２回またはそれ以上行われてもよい。アルカリ処理が２回またはそれ以上行われる場合、各回のアルカリ処理の実施条件は、同一であってもよく、同一でなくてもよい。アルカリ処理後、必要により中和や固液分離等の処理を行い、糖化を行えばよい。中和は、適当な酸を用いて実施できる。中和に用いられる酸としては、例えば、硝酸や塩酸等の１価の酸や、硫酸やリン酸等の２価以上の酸が挙げられる。中でも、例えば塩の析出を防止する観点から、１価の酸が好ましい場合があり得る。
【００６６】
糖化反応は、水や緩衝液等の適当な水性溶媒中で行うことができる。反応条件は、例えば、公知のセルラーゼ等の糖化酵素の反応条件を参照して、または予備実験に基づき、適宜設定することができる。反応温度は、例えば、通常5〜95℃であってよい。ｐＨは、例えば、通常1〜11であってよい。酵素量は、例えば、基質固形量1 g当り、0.001〜10 gであってよい。反応時間は、例えば、通常12〜144時間であってよい。酵素反応は、静置で行ってもよく、撹拌しながら行ってもよい。糖化反応には、本発明のセルラーゼを単独で用いてもよく、他の糖化酵素を併用してもよい。
【００６７】
セルロース成分とヘミセルロース成分は、片方のみを糖化してもよく、両方を糖化してもよい。例えば、セルロース成分とヘミセルロース成分とが分離されている場合、片方を選択して糖化することができる。また、両方を糖化する場合、セルロース成分とヘミセルロース成分は、それぞれ別個に糖化されてもよく、まとめて糖化されてもよい。セルロース成分の糖化液とヘミセルロース成分の糖化液は、それぞれ単独で炭素源として利用されてもよく、組み合わせて炭素源として利用されてもよい。
【００６８】
上記のようにして得られた糖化液は、そのまま、あるいは適宜、濃縮、希釈、乾燥、分画、精製等の処理に供してから、炭素源として微生物の培養に利用することができる。例えば、糖化により生成したグルコースやキシロース等の成分を所望の程度に分離精製して炭素源として用いてもよい。
【００６９】
培養される微生物は特に制限されない。微生物としては、酵母等の真核生物、細菌等の原核生物が挙げられる。酵母としては、サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）等のサッカロマイセス属酵母が挙げられる。細菌としては、腸内細菌科に属する細菌やコリネ型細菌が挙げられる。腸内細菌科に属する細菌としては、エシェリヒア・コリ（Escherichia coli）等のエシェリヒア（Escherichia）属細菌、パントエア・アナナティス（Pantoea ananatis）等のパントエア（Pantoea）属細菌、エンテロバクター（Enterobacter）属細菌、クレブシエラ（Klebsiella）属細菌、セラチア（Serratia）属細菌、エルビニア（Erwinia）属細菌、フォトラブダス（Photorhabdus）属細菌、プロビデンシア（Providencia）属細菌、サルモネラ（Salmonella）属細菌、モルガネラ（Morganella）属細菌が挙げられる。コリネ型細菌としては、コリネバクテリウム・グルタミカム（ブレビバクテリウム・フラバム）（Corynebacterium glutamicum（Brevibacterium flavum））やコリネバクテリウム・アンモニアゲネス（コリネバクテリウム・スタティオニス）（Corynebacterium ammoniagenes（Corynebacterium stationis））等のコリネバクテリウム属／ブレビバクテリウム属細菌が挙げられる。
【００７０】
微生物を培養することにより目的物質を製造する場合、目的物質の生産能を有する微生物を用いる。目的物質は特に制限されない。目的物質としては、Ｌ−アミノ酸が挙げられる。本発明においては、１種の目的物質が製造されてもよく、２種またはそれ以上の目的物質が製造されてもよい。
【００７１】
Ｌ−アミノ酸としては、Ｌ−リジン、Ｌ−オルニチン、Ｌ−アルギニン、Ｌ−ヒスチジン、Ｌ−シトルリン等の塩基性アミノ酸、Ｌ−イソロイシン、Ｌ−アラニン、Ｌ−バリン、Ｌ−ロイシン、グリシン等の脂肪族アミノ酸、Ｌ−スレオニン、Ｌ−セリン等のヒドロキシモノアミノカルボン酸であるアミノ酸、Ｌ−プロリン等の環式アミノ酸、Ｌ−フェニルアラニン、Ｌ−チロシン、Ｌ−トリプトファン等の芳香族アミノ酸、Ｌ−システイン、Ｌ−シスチン、Ｌ−メチオニン等の含硫アミノ酸、Ｌ−グルタミン酸、Ｌ−アスパラギン酸等の酸性アミノ酸、Ｌ−グルタミン、Ｌ−アスパラギン等の側鎖にアミド基を持つアミノ酸が挙げられる。
【００７２】
目的物質の生産能を有する微生物は、本来的に目的物質の生産能を有するものであってもよく、目的物質の生産能を有するように改変されたものであってもよい。目的物質の生産能を有する微生物は、例えば、上記のような微生物に目的物質の生産能を付与することにより、または、上記のような微生物の目的物質の生産能を増強することにより、取得できる。
【００７３】
例えば、Ｌ−アミノ酸生産能の付与または増強は、従来、コリネ型細菌又はエシェリヒア属細菌等のアミノ酸生産菌の育種に採用されてきた方法により行うことができる（アミノ酸発酵、（株）学会出版センター、1986年5月30日初版発行、第７７〜１００頁参照）。そのような方法としては、例えば、栄養要求性変異株の取得、Ｌ−アミノ酸のアナログ耐性株の取得、代謝制御変異株の取得、Ｌ−アミノ酸の生合成系酵素の活性が増強された組換え株の創製が挙げられる。また、Ｌ−アミノ酸生産能の付与または増強は、目的のＬ−アミノ酸の生合成経路から分岐して目的のＬ−アミノ酸以外の化合物を生成する反応を触媒する酵素（目的のアミノ酸の分解に関与する酵素も含む）の活性を低下させること、Ｌ−アミノ酸の排出能を増強すること、等の改変によっても行うことができる。Ｌ−アミノ酸生産菌の育種において、付与される栄養要求性、アナログ耐性、代謝制御変異等の性質は、単独であってもよく、２種又は３種以上であってもよい。また、Ｌ−アミノ酸生産菌の育種において、活性の増強や低下等の改変を受ける酵素も、単独であってもよく、２種又は３種以上であってもよい。さらに、栄養要求性、アナログ耐性、代謝制御変異等の性質の付与と、酵素活性の増強や低下等の改変とが組み合わされてもよい。
【００７４】
Ｌ−アミノ酸生産能を有する栄養要求性変異株、アナログ耐性株、又は代謝制御変異株は、親株又は野生株を通常の変異処理に供し、得られた変異株の中から、栄養要求性、アナログ耐性、又は代謝制御変異を示し、且つＬ−アミノ酸生産能を有するものを選択することによって取得できる。通常の変異処理としては、Ｘ線や紫外線の照射、Ｎ−メチル−Ｎ’−ニトロ−Ｎ−ニトロソグアニジン（ＭＮＮＧ）、エチルメタンスルフォネート（ＥＭＳ）、メチルメタンスルフォネート（ＭＭＳ）等の変異剤による処理が挙げられる。
【００７５】
酵素活性の増強や低下等の改変は、遺伝子工学的手法により行うことができる。酵素活性の増強は、例えば、同酵素をコードする遺伝子の発現を増強することにより行うことができる。また、酵素活性の低下は、例えば、同酵素をコードする遺伝子を破壊することにより行うことができる。
【００７６】
その他の目的物質の生産能を有する微生物も、公知の手法を参照して育種することができる。
【００７７】
培養は、上記のようにして得られた糖化液を含有する培地を用いること以外は、細菌等の微生物の培養に用いられる通常の条件、例えば、細菌等の微生物による目的物質の生産に用いられる通常の条件、で実施することができる。培地組成や培養条件は、使用する微生物の種類や製造する目的物質の種類等の諸条件に応じて適宜設定してよい。
【００７８】
培養は、例えば、糖化液に加えて、炭素源、窒素源、リン酸源、硫黄源、その他の各種有機成分や無機成分から選択される成分を必要に応じて含有する適当な培地を用いて行うことができる。すなわち、糖化液は、唯一炭素源（sole carbon source）として利用されてもよく、他の炭素源と併用されてもよい。他の炭素源として、具体的には、例えば、グルコース、フルクトース、スクロース、ラクトース、ガラクトース、キシロース、アラビノース、廃糖蜜、澱粉加水分解物等の糖類、酢酸、フマル酸、クエン酸、コハク酸、リンゴ酸等の有機酸類、グリセロール、粗グリセロール、エタノール等のアルコール類、脂肪酸類が挙げられる。糖化液と他の炭素源とを併用する場合の、それらの比率は特に制限されない。炭素源以外の成分としては、上述したような窒素源、リン酸源、硫黄源、その他の各種有機成分や無機成分が挙げられる。また、生育にアミノ酸などを要求する栄養要求性変異株を使用する場合には、培地に要求される栄養素を補添することが好ましい。
【００７９】
培養は、例えば、液体培地を用いて、通気培養または振盪培養により、好気的に行うことができる。培養温度は、例えば、25℃〜40℃であってよい。培養期間は、例えば、12〜200時間であってよい。培養ｐＨは、例えば、4〜9に制御されてよい。ｐＨ調整には、アンモニアガスやアンモニア水、およびその他の適当な無機あるいは有機の酸性あるいはアルカリ性物質を使用することができる。培養は、回分培養（batch culture）、流加培養（Fed-batch culture）、連続培養（continuous culture）、またはそれらの組み合わせにより実施することができる。また、培養は、前培養と本培養とに分けて実施してもよい。
【００８０】
目的物質が生成したことは、化合物の検出または同定に用いられる公知の手法により確認することができる。そのような手法としては、例えば、ＨＰＬＣ、ＬＣ／ＭＳ、ＧＣ／ＭＳ、ＮＭＲが挙げられる。これらの手法は適宜組み合わせて用いることができる。
【００８１】
生成した目的物質の回収は、化合物の分離精製に用いられる公知の手法により行うことができる。そのような手法としては、例えば、イオン交換樹脂法、膜処理法、沈殿法、および晶析法が挙げられる。これらの手法は適宜組み合わせて用いることができる。なお、菌体内に目的物質が蓄積する場合には、例えば、菌体を超音波などにより破砕し、遠心分離によって菌体を除去して得られる上清から、イオン交換樹脂法などによって目的物質を回収することができる。目的物質は、所望の程度に精製されてよい。回収される目的物質は、フリー体、その塩、またはそれらの混合物であってよい。すなわち、本発明において、「目的物質」という用語は、特記しない限り、フリー体の目的物質、その塩、またはそれらの混合物を意味してよい。塩としては、例えば、硫酸塩、塩酸塩、炭酸塩、アンモニウム塩、ナトリウム塩、カリウム塩が挙げられる。Ｌ−リジンは、例えば、フリー体のＬ−リジン、Ｌ−リジン硫酸塩、Ｌ−リジン塩酸塩、Ｌ−リジン炭酸塩、またはそれらの混合物であってもよい。また、Ｌ−グルタミン酸は、例えば、フリー体のＬ−グルタミン酸、Ｌ―グルタミン酸ナトリウム（monosodium L-glutamate；ＭＳＧ）、Ｌ−グルタミン酸アンモニウム塩（monoammonium L-glutamate）、またはそれらの混合物であってもよい。
【００８２】
また、目的物質が培地中に析出する場合は、遠心分離又は濾過等により回収することができる。また、培地中に析出した目的物質は、培地中に溶解している目的物質を晶析した後に、併せて単離してもよい。
【実施例】
【００８３】
以下、実施例により、本発明をさらに具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこの実施例により限定されるものではない。【００８４】
＜実施例１＞Acremonium cellulolyticus S6-25株の取得
（１）Acremonium cellulolyticus S6-25株の取得
Acremonium cellulolyticus TN株（FERM BP-685。以下、TN株と記載）を親株として、以下の手順でAcremonium cellulolyticus S6-25株（NITE BP-01685。以下、S6-25株と記載）を取得した。【００８５】
TN株を、5 g/L ソルカフロック（International Fiber Corp, North Tonawanda, NY, U.S.A）、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4、2 g/L Urea、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、1 g/L MnSO4・5H2O、1 g/L CuSO4・5H2O、20 g/L Bacto agarを含む培地に接種し、30℃で培養を行った。寒天培地上に伸長させた菌糸の先端付近をストローで打ち抜いて得られたアガーディスク１個を、40 g/L ソルカフロック、10 g/L Bacto peptone、6 g/L KNO3、2 g/L Urea、1.6 g/L KCl、1.2 g/L MgSO4・7H2O、12 g/L KH2PO4を含む培地（pH 4.0）に接種し、30℃、220 rpmで10〜11日間培養を行なった。次に、培養液5 mLをガラス濾過器（ポアサイズ：40〜100μm）で濾過し、残存するソルカフロックおよび長い菌糸を除去した。得られた濾過液を遠心（5000 rpmで3分間）して菌糸を回収し、得られた菌糸を0.1 % Tween80、0.05 % MgSO4・7H2O、0.5 % NaClを含む溶液に懸濁し、懸濁液を遠心（5000 rpmで3分間）する洗浄操作を２回行った。洗浄後の菌体懸濁液の濁度（OD 660 nm）を測定し、OD 660 nmが1.0になるように適宜希釈し、1 mLをペトリディッシュ（底部径約35 mm）に分注し、15 Wの殺菌灯を用いて紫外線を照射した。照射後の試料を適宜希釈し、5 g/L ソルカフロック、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4、2 g/L Urea、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、1 g/L MnSO4・5H2O、1 g/L CuSO4・5H2O、0.1 % TritonX-100、20 g/L Bacto agarを含む培地に塗布し、ソルカフロックがセルラーゼにより分解されることで形成されるハローの大きさを指標に、セルラーゼ生産量が向上した変異株をスクリーニングした。得られた変異株を親株として、同様の操作を再度行い、S6-25株を得た。【００８６】
（２）TN株とS6-25株のセルラーゼ活性の比較
上記と同様に寒天培地上に伸長させた菌糸の先端付近をストローで打ち抜いて得られたアガーディスク１個を、20 mL の40 g/L ソルカフロック、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4、2 g/L Urea、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、1 g/L MnSO4・5H2O、1 g/L CuSO4・5H2Oを含む液体培地に接種し、30℃、220 rpmで5日間前培養を行なった。次に、5 mLの前培養液を、100 mLの50 g/L ソルカフロック、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4、4 g/L Urea、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、1 g/L MnSO4・5H2O、1 g/L CuSO4・5H2Oを含む液体培地に植菌し、通気量1.0 vvm、PL制御8%、培養pH を2N NH4でpH 4.5に制御しながら培養を行った。培養液を適宜分取し、遠心分離（15000 rpmで15分間）して得た上清をセルラーゼ活性の測定試料とした。セルラーゼ活性としては、微結晶セルロース（アビセル）の分解活性とろ紙の分解活性を、それぞれ以下の手順で測定した。【００８７】
＜アビセル分解活性（U/mL）＞
0.4 mgのアビセル（Cellulose microcrystalline, 1.02331.0500, MERCK）を含む20μlの反応液（30 mM CaCl2、50 mM 酢酸緩衝液、pH 5.5）に、適宜希釈した等量の培養上清を加え、50℃で16時間反応を行った。なお、反応を行わないサンプルを用意し、ブランクとした。次に100 μlのDNS溶液（1 % ジニトロサリチル酸、20 % 酒石酸ナトリウム・カリウム、0.05 % 亜硫酸ナトリウム、1 % 水酸化ナトリウム）を加え、95℃で5分間反応後、4℃まで冷却した。反応後の溶液を混合し、MultiScreen-HVプレート（Merck Millipore）に全量を移し、遠心ろ過（2000 rpmで10分間）し、ろ液を回収した。その後、ろ液の540 nmの吸光度を測定し、ブランクの値を差し引き、吸光度の増加量を算出した。次に、段階的に希釈したグルコース濃度と540 nmの吸光度の検量線を用いて、反応溶液中に生成された還元糖量をグルコース換算で算出した。この反応を異なる希釈率の培養上清で行い、培養上清の希釈率とグルコース生成量の検量線を作成し、0.08 mgのグルコースに相当する還元糖を生成するのに必要な培養上清の希釈率を見積もり、希釈前の培養上清のアビセル分解活性（U/mL）を算出した。なお、1分間に1μmolのグルコースに相当する還元糖を生成する酵素活性を「1 U」とした。この結果を図１に示す。【００８８】
＜ろ紙分解活性（FPU/mL）＞
6 mm×10 mmに裁断したろ紙（Whatman No. 1、GE Healthcare）を含む100μlのクエン酸緩衝液（50 mM、pH 5.0）に、50μlの適宜希釈した培養上清を加え、50℃で1時間反応を行った。なお、反応を行わないサンプルを用意し、ブランクとした。次に300 μlのDNS溶液を加え、95℃で5分間反応後、氷上で5分間冷却した。反応後の溶液を混合し、遠心（12000 rpmで5分間）し、100μlの上清を回収した。その後、上清の540 nmの吸光度を測定し、ブランクの値を差し引き、吸光度の増加量を算出した。次に、段階的に希釈したグルコース濃度と540 nmの吸光度の検量線を用いて、反応溶液中に生成された還元糖量をグルコース換算で算出した。この反応を異なる希釈率の培養上清で行い、培養上清の希釈率とグルコース生成量の検量線を作成し、0.2 mgのグルコースに相当する還元糖を生成するのに必要な培養上清の希釈率を見積もり、希釈前の培養上清のろ紙分解活性（FPU/mL）を算出した。なお、1分間に1μmolのグルコースに相当する還元糖を生成する酵素活性を「1 U」とした。培養4日目の結果を図２に示す。【００８９】
セルラーゼ活性の測定の結果、S6-25株の培養上清のセルラーゼ活性は、TN株と比べて、アビセル分解活性で約1.3倍、ろ紙分解活性で約1.2倍に向上していた。このことは、S6-25株が、TN株に比べて高いセルラーゼの生産能を有する変異株であることを示している。【００９０】
＜実施例２＞S6-25株の誘導株の取得（１）
S6-25株を親株として、さらに実施例１の（１）と同様の操作を行い、S6-25株由来の変異株を取得した。【００９１】
取得した変異株を、5 g/L Solka Floc (International Fiber Corp, North Tonawanda, NY, U.S.A)、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4、2 g/L Urea、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、0.01 g/L MnSO4・5H2O、0,01 g/L CuSO4・5H2O、20 g/L Bacto agarを含む培地に接種し、30℃で培養を行った。寒天培地上に伸長させた菌糸の先端付近をストローで打ち抜いて得られたアガーディスク１個を20 mL の50 g/L Solka Floc、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4、3 g/L Urea、1 g/L Tween80、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、0.01 g/L MnSO4・5H2O、0.01 g/L CuSO4・5H2Oを含む液体培地に接種し、30℃、220 rpmで8日間培養を行なった。得られた培養液を遠心分離（15000 rpmで15分間）して得た上清をアビセル分解活性の測定試料とした。同試料を用いて実施例１の（２）に記載の手法によりアビセル分解活性を測定した。培養8日目の結果を図３に示す。【００９２】
S6-25株に変異処理を行うことで、S6-25株と同等のアビセル分解活性を有する誘導株を取得することができた。【００９３】
＜実施例３＞S6-25株の誘導株の取得（２）
（１）遺伝子組み換え用親株の作成
S6-25株を親株として、以下の手順で遺伝子組み換え用の親株F09株を作成した。【００９４】
S6-25株を、5 g/L ソルカフロック（International Fiber Corp, North Tonawanda, NY, U. S. A）、24 g/L KH2PO4、5 g/L (NH4)2SO4 、2 g/L Urea、1.2 g/L MgSO4・7H2O、0.01 g/L ZnSO4・7H2O、0.01 g/L MnSO4・5H2O、0.01 g/L CuSO4・5H2O、20 g/L Bacto agarを含む培地に接種し、30℃で培養を行った。寒天培地上に形成させたコロニーの端付近をストローで打ち抜いて得られたアガーディスク１個を、40 g/L ソルカフロック、10 g/L Bacto peptone、6 g/L KNO3、2 g/L Urea、1.6 g/L KCl、1.2 g/L MgSO4・7H2O、12 g/L KH2PO4を含む培地（pH4.0）に接種し、30℃、220 rpmで10〜11日間旋回培養を行なった。次に、培養液5 mLをガラス濾過器（ポアサイズ：40〜100μm）で濾過し、残存するソルカフロックおよび長い菌糸を除去した。得られた濾過液を遠心（5000 rpmで3分間）して
菌糸を回収し、得られた菌糸を0.1 % Tween80、0.05 % MgSO4・7H2O、0.5 % NaClを含む
溶液に懸濁し、懸濁液を遠心（5000 rpmで3分間）する洗浄操作を２回行った。洗浄後の
菌体懸濁液の濁度（OD 660 nm）が1.0になるように適宜希釈し、1 mLをペトリディッシュ（底部径約35 mm）に分注し、15 Wの殺菌灯を用いて紫外線を照射した。照射後の菌体懸
濁液を適宜希釈し、1.2 g/L 5-fluoroorotic acid、1 g/L Uracil、1 g/L Uridineを含む最少培地（10 g/L Glucose、10 mM NH4Cl、10 mM KH2PO4、7 mM KCl、2 mM MgSO4、0.06 mg/L H3BO3、0.26 mg/L (NH4)6Mo7O24・4H2O、1 mg/L FeCl3・6H2O、0.4 mg/L CuSO4・5H2O、0.08 mg/L MnCl2、2 mg/L ZnCl2、20g/L Bacto Agar）に播種し、30℃で培養を行っ
た。5-fluoroorotic acidはUracil生合成経路の中間体のアナログであり、Uracil生合成
経路が正常に機能している株に対して毒性を示す。よって、5-fluoroorotic acidを含む
培地で選択することで、Uracil生合成経路に変異が入り機能しなくなった株を取得することができる。5-fluoroorotic acidを含む培地で生育した変異株を、1 g/L Uracil、1 g/L
Uridineを含む最少培地とこれらを含まない最少培地に植え継ぎ、1 g/L Uracil、1 g/L Uridineを含む最少培地でのみ生育した株をF09株とした。5-fluoroorotic acid耐性を示
す株ではpyrF遺伝子またはpyrG遺伝子に変異が入り機能しなくなっている可能性が高い。そこで、F09株の染色体上のこれら領域について塩基配列の決定を行った。その結果、F09株では、pyrF遺伝子（配列番号１７）の塩基が変化しており、この変異によりpyrF遺伝子産物が機能しなくなっていると推察された。
【００９５】
（２）creA遺伝子の破壊
F09株を親株として、以下の手順により、creA遺伝子（配列番号１８）を破壊し、セルラーゼ生産が向上する株の取得を試みた。creA遺伝子は、カタボライトリプレッションに関与する転写因子をコードする遺伝子である。creA遺伝子は、糸状菌において、セルラーゼの発現に関与していることが知られている（Mol Gen Genet. 1996 Jun 24;251(4):451-60、Biosci Biotechnol Biochem. 1998 Dec;62(12):2364-70）。【００９６】
はじめに、A. cellulolyticusのcreA遺伝子上流領域とcreA遺伝子の一部、pyrF遺伝子とその周辺配列、creA遺伝子下流領域の順に連結された配列を有するcreA破壊用DNA断片を以下の手順に従って作成した。A. cellulolyticusのゲノムDNAを鋳型として、プライマーP1とP2（配列番号１および２）を用いたPCRによりcreA遺伝子の上流領域とcreA遺伝子の一部を、プライマーP3とP4（配列番号３および４）を用いたPCRによりcreA遺伝子の下流領域を、プライマーP5とP6（配列番号５および６）を用いたPCRによりpyrF遺伝子とその周辺配列を、それぞれ増幅した。PCR産物はWizard SV Gel and PCR Clean-Up System（Promega）を用いて精製した。精製したPCR産物をIn-Fusion HD Cloning Kit（タカラバイオ）によりキット付属のpUCプラスミドに組み込み連結した。反応物でE. coli JM109を形質転換し、LB寒天培地（100 mg/L アンピシリンを含む）で37℃一晩培養することでコロニーを形成させた。得られた形質転換体からWizard Plus Miniprep System（Promega）を用いcreA破壊用DNA断片が組み込まれたpUC-creA::pyrFプラスミドを得た。pUC-creA::pyrFプラスミドを鋳型としてプライマーP1とP4（配列番号１および４）を用いたPCRによりcreA破壊用DNA断片を増幅し、エタノール沈殿により濃縮および精製した。【００９７】
F09株を、12 g/L Potato Dextrose Broth（Difco）、20 g/L Bacto Agar（Difco）を含む培地に接種し、30℃で培養を行った。寒天培地上に形成させたコロニーの端付近をストローで打ち抜いて得られたアガーディスク１個を、24 g/L Potato Dextrose Brothを含む培地に接種し、30℃、220 rpmで2日間旋回培養した。菌体を遠心分離（5000 rpm、5分間）で回収し、10 g/L Yatalase（T017, Takara）、10 mM KH2PO4、0.8 M NaClを含む溶液（pH6.0）を30 mL加え、振とうしながら30℃で2時間反応させ、細胞壁を消化しプロトプラスト化した。ガラスフィルターで残渣を除いた後、遠心分離（2000 rpm、10分間）でプロトプラストを回収し、1.2 M Sorbitol、10 mM CaCl2を含むTris-HCl緩衝液（pH7.5）にて1 mLに懸濁しプロトプラスト溶液を調製した。200 μlのプロトプラスト溶液に、creA破壊用精製DNA断片 10 mgと、400 g/L PEG4000、10mM CaCl2を含むTris-HCl緩衝液（pH7.5）50 μlとを加え、氷上で30分間放置した。その後さらに1 mLの400 g/L PEG4000、10mM CaCl2を含むTris-HCl緩衝液（pH7.5）を加えて混合し、室温で15分間放置し形質転換を行った。遠心分離（2000 rpm、10分間）で回収したプロトプラストを1 M Sucroseを含む最少培地に播種し、30℃で3日間培養することで、Uracilを含まない培地で生育できる株を選抜した。出現したコロニーを最少培地に接種し30℃で4日間培養した後、creA遺伝子領域の一部（配列番号１８の３２６２〜４５０９位）がpyrF遺伝子領域で置換されていることを確認し、F09株由来creA破壊株を得た。【００９８】
（３）S6-25株とF09株由来creA破壊株のセルラーゼ活性の比較
S6-25株とF09株由来creA破壊株について、50 g/L ソルカフロックの代わりに5 g/L ソルカフロックと45 g/L グルコースを用いた点以外は、実施例１の（２）と同様の方法でジャー培養を行い、グルコースを炭素源として含む培養条件でのセルラーゼ生産能を比較した。培養後、実施例１の（４）に記載した方法でアビセル分解活性およびろ紙分解活性を測定した。培養4日目の結果を図４および図５に示す。【００９９】
S6-25株においてcreA遺伝子を破壊することで、グルコースを炭素源として含む培養条件においてセルラーゼ生産能が向上した株を取得できた。【０１００】
＜実施例４＞S6-25株の変異点の解析
S6-25株について、以下の手順で次世代シークエンサーによるゲノム配列解析を実施し、S6-25株特有の変異点を抽出した。【０１０１】
S6-25株を、12 g/L Potato Dextrose Broth（Difco）、20 g/L Bacto Agar（Difco）を含む培地に接種し、30℃で培養を行った。寒天培地上に形成させたコロニーの端付近をストローで打ち抜いて得られたアガーディスク１個を、24 g/L Potato Dextrose Brothを含む培地に接種し、30℃、220 rpmで2日間旋回培養した。菌体を遠心分離（5000 rpm、5分間）で回収し、DNeasy Plant Mini Kit（QIAGEN）を用いゲノムDNAの抽出を行った。得られたゲノムDNAを用い、Nextera DNA Sample Prep Kit（illumina）によりライブラリー調製を行い、次世代シークエンサーMiSeqにてMiSeq Reagent Kit v2 500 cycle（illumina）を用い配列解析を実施した。解析結果をAcremonium cellulolyticusの既存の株のゲノム配列と比較したところ、S6-25株特有の変異点を含む配列として、配列番号７〜１６に記載の塩基配列が得られた。これらの配列中、それぞれ、１００位の塩基が変異点である。
【産業上の利用可能性】
【０１０２】
本発明により、セルラーゼを生産する微生物が提供される。当該微生物のセルラーゼにより植物バイオマスを糖化し、糖化液を炭素源として利用してＬ−アミノ酸等の目的物質を製造することができる。【０１０３】
＜配列表の説明＞
配列番号１〜６：プライマー
配列番号７〜１６：Acremonium cellulolyticus S6-25株の変異点を含む塩基配列
配列番号１７：Acremonium cellulolyticus S6-25株のpyrF遺伝子の塩基配列
配列番号１８：Acremonium cellulolyticus S6-25株のcreA遺伝子の塩基配列
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
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