(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト対象が、間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があるかどうかを決定するための方法であって、前記対象からの生体試料中の、
ａ）ｒｓ３７７８３３７におけるＡ対立遺伝子及びｒｓ１０４８４３２６におけるＣ対立遺伝子から成る群から選択される、少なくとも１つの遺伝的変異体の存在、及び
ｂ）デスモプラキン（ＤＳＰ）と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子の増加した遺伝子発現のレベル、
のうちの少なくとも１つを検出することを含み、前記少なくとも１つの遺伝的変異体及び／もしくは前記マーカー遺伝子の増加した遺伝子発現が、前記対象が間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があることを示す、前記方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの遺伝的変異体及び／もしくは前記マーカー遺伝子の増加した遺伝子発現が決定され、標準レベルまたは参照集合と比較される、請求項１に記載の前記方法。
【請求項３】
遺伝的変異体の前記存在が、ＰＣＲによって決定される、請求項１に記載の前記方法。
【請求項４】
前記遺伝的変異体の前記存在またはマーカー遺伝子の発現レベルが、前記生体試料からのＲＮＡを得、前記ＲＮＡからｃＤＮＡを生成し、前記ｃＤＮＡを増幅し、前記増幅されたｃＤＮＡから前記生体試料中の前記マーカー遺伝子の前記発現レベルを得ることによって決定される、請求項１に記載の前記方法。
【請求項５】
ヒト対象における間質性肺疾患の進行を監視するための方法であって、
ｉ）前記対象から得られる第１の生体試料中の複数の遺伝子マーカーの発現レベルを測定することであって、前記複数のマーカーが、
ａ）ＤＳＰ及び、
ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３及びＣ１７ｏｒｆ６９から成る群から選択される少なくとも１つの配列と
少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子
を測定することと、
ｉｉ）前記対象から得られる第２の生体試料中の前記複数のマーカーの発現レベルを測定することと、
ｉｉｉ）前記第１の試料中で測定される前記マーカーの前記発現レベルを前記第２の試料中で測定される前記マーカーの前記レベルと比較することと、を含む、前記方法。
【請求項６】
前記対象からの胸部のＣＴスキャン及び肺組織の病理検査から成る群から選択されるステップをさらに含む、請求項５に記載の前記方法。
【請求項７】
少なくとも１つのさらなる時点で、前記対象から得られる少なくとも１つのさらなる生体試料中の前記複数のマーカーの前記発現レベルを測定することと、前記第１及び第２の試料中で測定される前記マーカーの前記発現レベルを、前記少なくとも１つのさらなる試料中で測定される前記マーカーの前記レベルと比較することと、をさらに含む、請求項５に記載の前記方法。
【請求項８】
間質性肺疾患を予測するまたは診断するためのキットであって、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７及びｒｓ１０４８４３２６から成る群から選択されるＤＳＰにおける遺伝的変異体を検出するための、少なくとも１つの核酸プローブまたはプライマーを含む、前記キット。
【請求項９】
ＤＳＰ及び、
ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、及びＣ１７ｏｒｆ６９から成る群から選択される少なくとも１個の遺伝子の
遺伝的変異体を検出するための核酸プローブまたはプライマーを含む、請求項８に記載の前記キット。
【請求項１０】
前記選択される遺伝的変異体の位置にまたがる核酸を増幅するＰＣＲプライマーを含む、請求項８に記載の前記キット。
【請求項１１】
フェルスタ（Ｆｏｅｒｓｔｅｒ）共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アクセプターで標識された１個のプローブまたはプライマーと、ＦＲＥＴドナーで標識された１個のプローブまたはプライマーを含む、請求項８に記載の前記キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１３年２月１４日に出願された米国仮特許出願第６１／７６４９８６号に対する優先権を主張し、その開示は全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
政府支援に関する記述
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｅａｒｔ，Ｌｕｎｇ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅより与えられた助成金番号Ｒ０１−ＨＬ０９５３９３、Ｒ０１−ＨＬ０９７１６３、Ｐ０１−ＨＬ０９２８７０、ＲＣ２−ＨＬ１０１７１５、Ｕ０１−ＨＬ０８９８９７、Ｕ０１−ＨＬ０８９８５６、Ｕ０１−ＨＬ１０８６４２、及びＰ５０−ＨＬ０８９４９３２、ならびにＶｅｔｅｒａｎｓ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎより与えられた助成金番号１Ｉ０１ＢＸ００１５３４のもと、政府の支援を受けて行われた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
【０００３】
本開示は、概して、間質性肺疾患に罹患しているか、またはその疑いがある個体の予後を特定及び評価するためのバイオマーカー、方法、及びアッセイキットに関する。
【背景技術】
【０００４】
特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）は、肺線維症または肺胞間質の進行性瘢痕によって一般的に特徴付けられる肺疾患の一群を表し、低酸素呼吸不全による著しい罹患率及び死亡率をもたらし得る。肺線維症のいくつかの形態は、既知の環境曝露（例えば、アスベスト）、薬物毒性、放射線被曝、または膠原血管病（例えば、強皮症）に関連付けられるが、ＩＩＰは、既知の病因を有しない。最も一般的かつ重篤なＩＩＰは、診断後、２〜３年の生存期間中央値を有する特発性肺線維症（ＩＰＦ）である。米国における使用が認可されたＩＰＦの薬理学的療法は存在せず、肺移植が、延命するための唯一の治療介入である。全てのＩＩＰは、変わりやすい臨床経過を有するが、それらは、多くの場合、末期の肺疾患まで進行し、死亡する。ＩＩＰの危険性は、複数の遺伝的変異体及び環境毒素によって決定され得るように見えるが、ＩＩＰの原因は、明らかになり始めたばかりである。
【０００５】
間質性肺疾患の異なる組織型を示す、独立して、もしくは組み合わせて作用する遺伝的変異体の特定、ならびに間質性肺疾患と診断された、または間質性肺疾患を発症しやすい疑いのある個体においてこれらの遺伝的変異体を特定するための方法の必要性が存在する。これら及び当該技術分野における他の問題に対する解決策が、本明細書に提供される。
【発明の概要】
【０００６】
対象（すなわち、個体）が、間質性肺炎（例えば、ＦＩＰ、ＩＰＦ、またはＩＩＰ）等の間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があるかどうかを決定するための方法及び材料が、本明細書に提供される。また、間質性肺疾患と診断されるか、または罹患していると疑われる個体（例えば、間質性肺炎の家族の病歴を有する個体）の予後を決定する方法も提供される。いくつかの実施形態では、間質性肺疾患は、特発性肺線維症等の線維性間質性肺炎または家族性間質性肺炎である。いくつかの実施形態では、個体は、ヒトである。
【０００７】
また、間質性肺疾患に罹患しているヒト対象において遺伝的変異体（例えば、単一ヌクレオチド遺伝子多型）を検出する方法も本明細書に提供される。方法は、ヒト対象の生体試料中の以下に記載の遺伝子多型を検出することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、生体試料を得る及び／またはアッセイすることを含む。以下に記載されるように、いくつかの実施形態では、遺伝子多型は、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、またはｒｓ２８５７４７６である。いくつかの実施形態では、遺伝的変異体は、表１及び２に列挙されるＳＮＰのうちのいずれか１つから選択される。
【０００８】
また、間質性肺疾患を治療する方法を必要とするヒト対象、例えば、本明細書に記載される方法を使用して、間質性肺疾患に罹患しているか、または恐らく罹患していると診断される対象におけるその方法も本明細書に提供される。方法は、ヒト対象の生体試料中の以下に記載される遺伝的変異体を検出することと、有効量の間質性肺疾患治療を施すことと、を含む。いくつかの実施形態では、方法は、生体試料を得る及び／またはアッセイすることを含む。以下に記載されるように、いくつかの実施形態では、遺伝的変異体は、遺伝子多型ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、及び／またはｒｓ２８５７４７６である。いくつかの実施形態では、遺伝的変異体は、表１及び２に列挙されるＳＮＰのうちのいずれか１つから選択される。
【０００９】
本開示の１つの実施形態は、個体の生体試料中の１つ以上の遺伝的変異体（例えば、マーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子における遺伝子多型）を検出することを含む、方法に関する。遺伝子多型は、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から選択される。
【００１０】
関連実施形態では、遺伝子多型は、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、及びｒｓ２１０９０６９から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、検出することは、任意の組み合わせで、これらの遺伝子多型の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９個を検出すること含む。
【００１１】
関連実施形態では、遺伝子多型は、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、及びｒｓ２８５７４７６から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、検出することは、任意の組み合わせで、これらの遺伝子多型の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個を検出することを含む。
【００１２】
関連実施形態では、遺伝子多型は、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ１８８１９８４、及びｒｓ２８５３６７６から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、検出することは、任意の組み合わせで、これらの遺伝子多型の少なくとも１、２、３、または４個を検出することを含む。
【００１３】
関連実施形態では、遺伝子多型は、ｒｓ８６８９０３である。
【００１４】
関連実施形態では、遺伝子多型は、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、検出することは、任意の組み合わせで、これらの遺伝子多型の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、または２９個を検出すること含む。
【００１５】
関連実施形態では、方法は、個体からの生体試料中の１つ以上のさらなる遺伝子多型を検出することを含み、該遺伝子多型は、ｒｓ３５７０５９５０である。
【００１６】
関連実施形態では、個体は、上述の遺伝子多型のうちの１つ以上に関してホモ接合型であってもよい。他の関連実施形態では、個体は、上述の遺伝子多型のうちの１つ以上に関してヘテロ接合型であってもよい。
【００１７】
これらの実施形態の各々では、遺伝子多型のうちの少なくとも１つの検出は、間質性肺疾患を発症する変更された危険性を有する個体を示す（例えば、個体は、間質性肺疾患を発症する増加または低減した危険性を有する）。
【００１８】
いくつかの実施形態では、個体は、散発性間質性肺疾患を発症する増加した危険性がある。いくつかの実施形態では、個体は、家族性間質性肺疾患を発症する増加した危険性がある。いくつかの実施形態では、個体は、特発性肺線維症（ＩＰＦ）を発症する増加した危険性がある。他の実施形態では、個体は、散発性ＩＩＰを発症する低減した危険性がある。いくつかの実施形態では、個体は、家族性ＩＩＰを発症する低減した危険性がある。いくつかの実施形態では、個体は、特発性肺線維症（ＩＰＦ）を発症する低減した危険性がある。
【００１９】
これらの実施形態では、遺伝子多型のうちの少なくとも１つの検出は、個体の間質性肺疾患の進行を示し得る。いくつかの実施形態では、遺伝子多型のうちの少なくとも１つの検出は、個体における間質性肺疾患の進行の欠如または間質性肺疾患の緩徐な進行を示し得る。いくつかの実施形態では、遺伝子多型のうちの少なくとも１つの検出は、個体における間質性肺疾患の急速な進行を示し得る。
【００２０】
これらの実施形態の各々では、遺伝子多型のうちの１つ以上の存在は、危険予測のための統計的手順に従って決定される、個体における、間質性肺疾患を発症する危険性、特定の間質性肺疾患の診断、間質性肺疾患の進行、間質性肺疾患の臨床転帰、または間質性肺疾患の治療に対する応答性と関連付けられた遺伝子多型の標準集合もしくは参照群等の対照と比較され得る。
【００２１】
本方法の１つの実施形態では、遺伝子多型の存在は、個体からゲノムＤＮＡ試料を取得し、特定の遺伝子座における遺伝子多型の存在または不在を決定することによって、検出することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子多型の存在または不在は、遺伝子座特異多重ＰＣＲ増幅、遺伝子座特異単位複製配列からの多重一塩基伸長（ＳＢＥ）、及びマトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析を使用したＳＢＥ産物の多重分解能法から選択される少なくとも１つの方法によって決定される。
【００２２】
本方法の別の実施形態では、マーカーの存在は、生体試料（例えば、組織試料）からＲＮＡを得て、そのＲＮＡからｃＤＮＡを生成し、そのｃＤＮＡを、遺伝子多型を含有する遺伝的位置に対するプローブまたはプライマーで任意に増幅し、生体試料中の遺伝子多型のうちの少なくとも１つの存在または不在を決定することによって決定される。
【００２３】
これらの方法は、生体試料中の遺伝子多型のうちの１つ以上の存在を、間質性肺疾患の発症または（例えば、安定したＩＩＰ疾患、または緩徐に、重度に、もしくは急速に進行するＩＩＰのうちの１つを）診断された個体におけるその疾患の進行と相関性があった１つ以上の遺伝子多型（複数可）の標準集合と、または間質性肺疾患の未発症もしくは肺瘢痕（線維症）等の疾患の病理学的症状の未発症と相関性があった１つ以上の遺伝子多型（複数可）の対照もしくは標準集合と比較することを含み得る。この実施形態では、１つ以上の遺伝子多型の存在が、間質性肺疾患を発症する危険性または間質性肺疾患疾患の進行の重症度もしくは度合いと相関性があった１つ以上の遺伝子多型（複数可）の標準集合と合致する場合、その個体は、間質性肺疾患もしくは間質性肺疾患疾患（肺瘢痕（線維症））の病理学的兆候を発症するか、またはその発症を進行する（例えば、急速に、緩徐に進行する、もしくは進行しない）変更された危険性（例えば、増加または低減した危険性）にあると特定される。あるいは、１つ以上の遺伝子多型の存在が１つ以上の遺伝子多型（複数可）の標準集合と合致しない場合、個体は、低減した危険性を有するか、または間質性肺疾患疾患を発症しないか、または間質性肺疾患疾患の病理学的兆候を臨床的に進行しないことが予測され得る。
【００２４】
個体が、間質性肺疾患を発症する増加または低減した危険性があるか、または肺瘢痕（線維症）の発症を急速に進行する増加または低減した危険性があるかを決定するこれらの方法の実施形態は、表１及び２に列挙されるＳＮＰのうちのいずれか１つ以上等の上に列挙された遺伝子多型（複数可）、例えば、ｒｓ３５７０５９５０、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１２６１０４９５、及びｒｓ２１０９０６９から選択される少なくとも１つの遺伝子多型の存在を検出することを含む。遺伝子多型のうちの少なくとも１つの存在は、個体が肺瘢痕（線維症）及び間質性肺疾患を発症するか、またはその発症を進行するか（例えば、急速に進行する）どうかを示す。
【００２５】
これらの実施形態は、臨床評価、胸部のコンピューター断層撮影像（胸部のＣＴスキャン）、及び放射線技師による検査等の個体の経過観察ステップを実施することを含み得る。
【００２６】
本開示の別の実施形態は、間質性肺疾患と診断される個体における治療（例えば、緩和療法または肺移植）の必要性を予測するためのアッセイシステムである。アッセイシステムは、ｒｓ３５７０５９５０、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１２６１０４９５、及びｒｓ２１０９０６９から成る群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型の存在を検出するための手段を含む。アッセイシステムの１つの実施形態では、遺伝子多型を検出するための手段は、遺伝子多型を含む核酸配列の少なくとも１０〜５０個の隣接する核酸を有する核酸プローブを含む。核酸プローブは、好ましくは、チップ、アレイ、または流動性カードを含み得る、アッセイ表面上に配置される。アッセイシステムは、間質性肺疾患を発症する危険性、または間質性肺疾患患者における間質性肺疾患の進行または増加もしく減少した平均余命と相関性があった事前決定される遺伝子多型または遺伝子多型の集合を含有する情報から選択される対照を含んでもよい。
【００２７】
本開示の実施形態のうちのいずれか１つでは、検出するステップは、遺伝子多型を含む少なくとも１つの遺伝的位置にハイブリダイズするヌクレオチドプローブを使用することを含み得るが、これに限定されない。１つの態様では、プローブは、キメラプローブ（例えば、遺伝子多型位置の２つ以上にハイブリダイズするもの）であってもよい。別の態様では、検出するステップは、生体試料中の１つ以上の細胞中の遺伝子多型のコピーの数を検出すること（すなわち、個体が、遺伝子多型のヘテロ接合型またはホモ接合型であるかどうかを決定すること）を含み得る。
【００２８】
本実施形態の１つの態様では、比較するステップは、生体試料中の遺伝子多型のうちの１つ以上の存在を、急速に進行する間質性肺疾患に罹患している患者からの遺伝子多型の対照集合と、または間質性肺疾患の緩徐な進行を有する、もしくは進行がない患者からの遺伝子多型の対照集合と比較することを含む。
【００２９】
本開示の実施形態のうちのいずれか１つでは、個体は、個体の肺組織における組織学的外見及び／またはマーカー（複数可）を含む臨床共変量の評価を通して、それらの間質性肺疾患を発症する危険性または診断もしくは予後診断（例えば、肺瘢痕等の間質性肺疾患の病理学的特性が進行しないか、または緩徐もしくは急速に進行することが予測されるかどうか）のために選択され得る。
【００３０】
また、間質性肺疾患に罹患しているヒト対象における１つ以上のマーカー遺伝子（例えば、バイオマーカー）の発現のレベルを検出する方法も本明細書に提供される。方法は、ヒト対象の生体試料中で、後述される１つ以上のマーカー遺伝子のレベルを検出することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、生体試料を得る及び／またはアッセイすることを含む。以下に記載されるように、いくつかの実施形態では、マーカー遺伝子は、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体である。いくつかの実施形態では、マーカー遺伝子は、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、相同体、及びそれらの変異体から選択される。
【００３１】
また、間質性肺疾患を治療する方法を必要とする対象におけるその方法も本明細書に提供される。方法は、ヒト対象の生体試料中の後述の１つ以上のマーカー遺伝子のレベルを検出することと、有効量の間質性肺疾患治療を施すことと、を含む。いくつかの実施形態では、方法は、生体試料を得る及び／またはアッセイすることを含む。以下に記載されるように、いくつかの実施形態では、マーカー遺伝子は、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体である。
【００３２】
本開示の１つの実施形態は、個体からの生体試料中でマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質の発現）のレベルを検出することを含む方法に関する。マーカー遺伝子（複数可）は、ＴＥＲＴ（テロメラーゼ逆転写酵素；ＮＣ＿０００００５．９；ＡＹ４０７３４９）；ＴＯＬＬＩＰ（ｔｏｌｌ相互作用タンパク質；ＮＣ＿００００１１．９；ＡＹ４１９８０５）、ＭＵＣ２（ムチン２、オリゴマー粘液／ゲル形成；ＮＣ＿００００１１．９；ＤＱ０３６６５３）、ＤＳＰ（デスモプラキン；ＮＣ＿０００００６．１１；ＤＱ０３０６３５）、ＤＩＳＰ２（ディスパッチド（ｄｉｓｐａｔｃｈｅｄ）相同体２；ＮＣ＿００００１５．９）、ＭＡＰＴ（微小管関連タンパク質ｔａｕ；ＮＣ＿００００１７．１０；ＡＹ４１３６２８）、ＤＰＰ９（ジペプチジル−ペプチダーゼ９；ＮＣ＿００００１９．９；ＤＱ０５３１０９）、ＣＳＭＤ１（ＣＵＢ及びＳｕｓｈｉ多重ドメイン１；ＮＣ＿０００００８．１０；ＤＱ０３７８１０）、ＭＹＮＮ（ミオネウリン（ｍｙｏｎｅｕｒｉｎ）；ＮＣ＿０００００３．１１；ＡＹ４０７１６９）、ＬＲＲＣ３４（ロイシンリッチリピート含有３４；ＮＣ＿０００００３．１１）、ＦＡＭ１３Ａ（配列類似性を有するファミリー１３、メンバーＡ；ＮＣ＿０００００４．１１）、ＯＢＦＣ１（オリゴヌクレオチド／オリゴ糖結合フォールド含有１；ＮＣ＿００００１０．１０）、ＡＴＰ１１Ａ（ＡＴＰａｓｅ、クラスＶＩ、タイプ１１Ａ；ＮＣ＿００００１３．１０）、ＩＶＤ（イソバレリル−ＣｏＡ脱水素酵素；ＮＣ＿００００１５．９；ＡＹ４１８３３１）、ＣＲＨＲ１（副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモンアクセプター１；ＮＣ＿００００１７．１０；ＡＹ４１４３２７）、ＩＭＰ５（インポーチン５；ＮＣ＿００００１３．１０）、ＬＯＣ１００１２８９７７（ＭＡＰＴアンチセンスＲＮＡ１；ＮＣ＿００００１７．１０）、ＫＩＡＡ１２６７（ＫＡＴ８制御性ＮＳＬ複合体サブユニット１；ＮＣ＿００００１７．１０；ＮＧ＿０３２７８４）、ＮＳＦ（Ｎ−エチルマレイミド感受性因子；ＮＣ＿００００１７．１０）、ＷＮＴ３（ウイングレス型ＭＭＴＶ組み込み部位ファミリー、メンバー３；ＮＣ＿００００１７．１０；ＡＹ４１３８９２）、Ｃ１７ｏｒｆ６９（ＣＲＨＲ１イントロン転写物１（非タンパク質コーディング；ＮＣ＿００００１７．１０）から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から選択される。いくつかの実施形態では、マーカー遺伝子は、選択される遺伝子の少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、５０、７０、８０、１００、２００個、またはそれ以上の隣接するヌクレオチドのスパンにわたって少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、マーカー遺伝子が、選択されるマーカー遺伝子とはっきり異なるが、同じ遺伝的変異を含む上述のうちの少なくとも１つの相同体または変異体である。
【００３３】
関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）は、ＭＵＣ５Ｂを含む複数のマーカー遺伝子から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子ならびにＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性（例えば、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、５０、７０、８０、１００、２００個、またはそれ以上の隣接するヌクレオチドのスパンにわたって少なくとも９６、９７、９８、９９、または１００％の同一性）を有する少なくとも１つのマーカー遺伝子から選択される。この場合もやはり、マーカー遺伝子は、同じ遺伝的変異体を含む選択されるマーカー遺伝子の相同体または変異体であってもよい。
【００３４】
関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）は、ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、またはそれらの相同体もしくは変異体の遺伝子集合を含む複数のマーカー遺伝子から選択される配列と少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、５０、７０、８０、１００、２００個、またはそれ以上の隣接するヌクレオチドのスパンにわたって少なくとも９５％の配列同一性（例えば、少なくとも９６、９７、９８、９９、または１００％の同一性）を有するマーカー遺伝子から選択される。関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）は、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、またはそれらの相同体もしくは変異体の遺伝子集合を含む複数のマーカー遺伝子から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から選択される。
【００３５】
関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）は、ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体の遺伝子集合を含む複数のマーカー遺伝子から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性（例えば、少なくとも９６、９７、９８、９９、または１００％の同一性）を有するマーカー遺伝子から選択される。関連実施形態では、方法は、個体からの生体試料中の１つ以上のさらなるマーカー遺伝子の遺伝子発現（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質の発現）のレベルを検出することをさらに含み得る。さらなるマーカー遺伝子（複数可）は、ＭＵＣ５ＢならびにＴＥＲＣ、ＳＦＴＰＣ、及びＳＦＴＰＡ２から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性（例えば、少なくとも９６、９７、９８、９９、または１００％の同一性）を有するマーカー遺伝子から選択される。関連実施形態では、さらなるマーカー遺伝子は、ＭＵＣ５Ｂである。
【００３６】
関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）の発現のレベルの検出は、マーカー遺伝子及び／もしくはそのマーカー遺伝子のポリペプチドの断片でコードされたポリペプチド、ならびに／またはマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）の検出によって行われ得る。
【００３７】
いくつかの実施形態では、マーカーの増加した遺伝子発現の検出は、個体が、間質性肺疾患を発症する増加した危険性を有することを示す。いくつかの実施形態では、個体は、散発性ＩＩＰを発症する危険性がある。いくつかの実施形態では、個体は、家族性ＩＩＰを発症する危険性がある。いくつかの実施形態では、個体は、特発性肺線維症（ＩＰＦ）を発症する危険性がある。
【００３８】
いくつかの実施形態では、これらの方法において検出される遺伝子は、対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する。
【００３９】
これらの実施形態の各々では、複数のマーカーのうちの少なくとも１つのレベルは、決定され、危険予測のための統計的手順に従って決定され得る遺伝子発現の標準レベルまたは参照範囲と比較され得る。
【００４０】
本方法の１つの実施形態では、ポリペプチドの存在は、そのポリペプチドまたはその断片に特異的に結合する試薬を使用して検出され得る。１つの実施形態では、試薬は、抗体、抗体誘導体、及び抗体断片から成る群から選択される。
【００４１】
本方法の別の実施形態では、マーカーの存在は、対象の組織試料からＲＮＡを得、そのＲＮＡからｃＤＮＡを生成し、そのｃＤＮＡをマーカー遺伝子に対するプローブまたはプライマーで増幅し、増幅されたｃＤＮＡから試料中の遺伝子または遺伝子発現産物の発現レベルを得ることによって、決定される。
【００４２】
これらの方法は、生体試料中のマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の発現レベルを、間質性肺疾患の診断、またはその発症もしくは進行と相関性があったマーカー遺伝子の対照レベルを含むマーカー遺伝子（複数可）の対照レベルと比較することを含み得る。これらの実施形態では、間質性肺疾患の発生率、または間質性肺疾患の発症もしくは進行性の間質性肺疾患と相関性があったマーカー遺伝子の発現の対照レベルと統計的に同様もしくはそれを上回る場合、個体は、間質性肺疾患（肺瘢痕（線維症）等）の病理学的兆候を発症または進行することが予測される。あるいは、個体の生体試料中のマーカー遺伝子のレベルが、間質性肺疾患の発生率、または間質性肺疾患の発症もしくは進行性間質性肺疾患と相関性があったマーカー遺伝子の対照レベルを統計的に下回る場合、個体は、間質性肺疾患を発症しないことが予測されるか、または間質性肺疾患の発症を進行しない、もしくは緩徐に進行することが予測され得る。
【００４３】
さらに、または代替として、これらの実施形態は、生体試料中のマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の発現レベルを、間質性肺疾患を発症したか、または進行性の間質性肺疾患に罹患した第２の個体中のマーカー遺伝子（複数可）のレベルと比較することを含み得る。この実施形態では、個体の生体試料中のマーカー遺伝子の発現レベルが、第２の個体中のマーカー遺伝子（複数可）の発現のレベルと統計的に同様もしくはそれを上回る場合、個体は、間質性肺疾患を発症するか、または進行性の間質性肺疾患に罹患することが予測される。あるいは、個体の生体試料中のマーカー遺伝子のレベルが、第２の個体中のマーカー遺伝子（複数可）の発現のレベルを下回る場合、個体は、間質性肺疾患を発症しないか、または進行性の間質性肺疾患に罹患していないことが予測される。
【００４４】
個体が肺瘢痕（線維症）及び間質性肺疾患を発症するか、またはそれらの発症を急速に進行するかどうかを決定するこれらの方法の実施形態は、個体からの生体試料中のＭＵＣ５Ｂ、ＤＳＰ、及びＤＰＰ９、またはそれらの相同体もしくは変異体のそれぞれと少なくとも９５％の配列同一性を有する遺伝子の遺伝子発現のレベルを検出することを含む。いくつかの実施形態では、検出される遺伝子は、好ましくは、対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する。方法は、遺伝子によってコードされるポリペプチド及び／もしくはポリペプチドの断片、ならびに／または遺伝子に完全に相補的であるポリヌクレオチドのレベルを検出することによっても行うことができる。この実施形態では、複数のマーカーの発現の増加したレベルは、個体が肺瘢痕（線維症）及び間質性肺疾患を発症するか、またはそれらの発症を急速に進行するかどうかを示す。
【００４５】
本開示の別の実施形態は、対象から得られる第１の生体試料中の上に示される１つ以上の（例えば、複数の）マーカー遺伝子の発現レベルを測定し、その発現レベルを対照と比較することによって、対象における間質性肺疾患の進行を監視する方法である。関連実施形態では、方法は、対象から得られる第１の生体試料中の複数のマーカー遺伝子の発現レベルを測定し、対象から得られる第２の生体試料中の複数のマーカーのレベルを測定し、第１の試料中で測定されるマーカーのレベルを、第２の試料中で測定されるマーカーのレベルと比較することによって、対象における間質性肺疾患の進行を監視することを提供する。この実施形態では、複数のマーカー遺伝子（複数可）は、上に示されるマーカー遺伝子から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から選択される。あるいは、この実施形態では、複数のマーカー遺伝子（複数可）は、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＳＰ、及びＤＰＰ９、またはそれらの相同体もしくは変異体から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から選択される。好ましくは、第２の生体試料は、第１の生体試料が得られた後の時点で対象から得られる。あるいは、第１の生体試料及び第２の生体試料は、様々な時点にわたって２回以上対象から得られる。
【００４６】
関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）の発現のレベルの検出は、マーカー遺伝子でコードされたポリペプチド及び／もしくはマーカー遺伝子のポリペプチドの断片、ならびに／またはマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチドの検出によって行われ得る。いくつかの実施形態では、これらの方法において検出される遺伝子は、対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する。
【００４７】
これらの実施形態は、胸部のコンピューター断層撮影像（胸部のＣＴスキャン）及び放射線技師による検査等の経過観察ステップを実施することを含み得る。
【００４８】
本開示の別の実施形態は、対象から得られる第１の試料中で測定される遺伝子マーカーの発現のレベルを、間質性肺疾患の発症または進行に関連付けられる対照値と比較することによって、対象における間質性肺疾患に対する治療の効能を評定する方法である。本開示の別の実施形態は、対象から得られる第１の試料中で測定される遺伝子マーカーの発現のレベルを、後の時点で対象から得られる第２の試料中の遺伝子マーカーの発現レベルと比較すること、ならびに胸部のコンピューター断層撮影像（胸部のＣＴスキャン）または放射線技師による肺試料の検査等の経過観察ステップを実施することによって、対象における間質性肺疾患に対する治療の効能を評定する方法である。この実施形態では、第１の試料と比べた第２の試料中のマーカーのレベルの減少は、治療が対象における間質性肺疾患の治療に効果的であることの兆候である。いくつかの実施形態では、第１の試料は、治療が対象に施される前に採取され、第２の試料は、治療が対象に施された後に得られる。別の実施形態では、試料は、様々な時点にわたって得られ、比較は繰り返される。この実施形態では、複数のマーカー遺伝子（複数可）は、上に記載されるマーカー遺伝子から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から選択される。あるいは、この実施形態では、複数のマーカー遺伝子（複数可）は、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＳＰ、及びＤＰＰ９またはそれらの相同体もしくは変異体から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から選択される。
【００４９】
関連実施形態では、マーカー遺伝子（複数可）の発現のレベルの検出は、マーカー遺伝子でコードされたポリペプチド及び／もしくはマーカー遺伝子のポリペプチドの断片、ならびに／またはマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチドの検出によって行われ得る。いくつかの実施形態では、これらの方法において検出される遺伝子は、対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する。
【００５０】
本開示の別の実施形態は、間質性肺疾患と診断される個体における肺移植の必要性を予測するためのアッセイシステムである。アッセイシステムは、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＳＰ、及びＤＰＰ９、またはそれらの相同体もしくは変異体から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の発現を検出するための手段を含む。いくつかの実施形態では、これらの方法において検出される遺伝子は、対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する。
【００５１】
アッセイシステムの１つの実施形態では、検出するための手段は、マーカー遺伝子（複数可）の少なくとも１０〜５０個（例えば、１０、１５、２０、２５、３０、１０〜５０、２０〜４０、１０〜１００、５０〜１００等）の隣接する核酸、またはそれらの相補的核酸配列を有する核酸プローブを含む。アッセイシステムの別の実施形態では、検出するための手段は、マーカー遺伝子によってコードされるポリペプチドを特異的に検出する結合リガントを含む。これらの結合リガントは、抗体、抗原結合抗体誘導体、または抗原結合抗体断片を含み得る。核酸プローブ及び／または結合リガントは、ビーズ、微小流体表面、チップ、アレイ、または流動性カード等のアッセイ表面上に配置することができる。
【００５２】
アッセイシステムは、間質性肺疾患患者の進行または平均余命と相関性があったマーカー遺伝子の事前決定される対照レベルを含有する情報から選択される対照を含んでもよい。
【００５３】
本開示の実施形態のうちのいずれか１つでは、検出するステップは、マーカー遺伝子（複数可）のうちの少なくとも１つにハイブリダイズするヌクレオチドプローブを使用することを含むことができるが、これに限定されない。１つの態様では、プローブは、キメラプローブ（例えば、２個以上のバイオマーカー遺伝子にハイブリダイズするもの）であってもよい。別の態様では、検出するステップは、生体試料中の１つ以上の細胞中の細胞１個当たりのバイオマーカー遺伝子のコピーの数を検出すること、及び／または生体試料中の１つ以上の細胞中の細胞１個当たりのマーカー遺伝子増幅を検出することを含み得る。実施形態では、遺伝子発現を検出するステップは、その各々が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第６，５１４，７５０号及び同第６，９４２，８３７号及び同第７，２１１，４４３号及び同第７，２３５，４０６号に記載されるＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  Ａｒｒａｙによって実施され、その各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００５４】
本実施形態の１つの態様では、比較するステップは、生体試料中のバイオマーカーレベルを、間質性肺疾患を急速に進行する患者からの１つ以上の対照試料中のバイオマーカーの対照レベルと比較することを含む。１つの態様では、バイオマーカーの対照レベルは、間質性肺疾患の緩徐な進行または未進行と相関性があったレベルである。
【００５５】
本開示の実施形態のうちのいずれか１つでは、間質性肺疾患を発症するか、または進行性の間質性肺疾患に罹患していることが予測される個体の選択は、個体の肺組織における組織学的外見及び／またはマーカー（複数可）を含む、臨床的共変量の評価を含み得る。
【００５６】
ヒト対象が、間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があるかどうかを決定するための方法であって、対象からの生体試料中の、のうちの少なくとも１つ：
ａ）ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される遺伝的変異体の存在、
ｂ）ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から成る群から選択されるマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベル、
ｃ）ｂ）の前記マーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｄ）ｃ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、
のうちの少なくとも１つを検出することを含み、少なくとも１つの遺伝的変異体、ポリペプチド、断片、及び／もしくは相補的ポリヌクレオチドの存在、ならびに／または前記マーカー遺伝子の増加もしくは低減した遺伝子発現が、対象が間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があることを示す方法が、さらに提供される。いくつかの実施形態では、遺伝的変異体の存在は、ＰＣＲによって決定される。いくつかの実施形態では、遺伝的変異体の存在は、フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）の検出によって決定される。いくつかの実施形態では、遺伝的変異体の存在は、例えば、ポリペプチドに特異的な抗体、抗原結合抗体誘導体、及び抗原結合抗体断片を使用して、ポリペプチドの存在または発現レベルを検出することによって、決定される。いくつかの実施形態では、間質性肺疾患は、線維性肺疾患、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、家族性間質性肺炎（ＦＩＰ）、または特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）である。
【００５７】
また、ヒト対象における間質性肺疾患の進行を監視するための方法であって、ｉ）対象から得られる第１の生体試料中の複数の遺伝子マーカーの発現レベルを測定することであって、複数のマーカーが、
ａ）ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、または相同体またはそれらの変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子、
ｂ）ａ）のマーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｃ）ｂ）のポリペプチドの断片、及び
ｄ）ａ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、から成る群から選択される複数のマーカーを含む、測定することと、
ｉｉ）前記対象から得られる第２の生体試料中の前記複数のマーカーの発現レベルを測定することと、
ｉｉｉ）第１の試料中で測定されるマーカーの発現レベルを第２の試料中で測定されるマーカーのレベルと比較することと、を含む、方法も提供される。いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも１つのさらなる時点で対象から得られる少なくとも１つのさらなる生体試料中の複数のマーカーの発現レベルを測定することと、第１及び第２の試料中で測定されるマーカーの発現レベルを、少なくとも１つのさらなる試料中で測定されるマーカーのレベルと比較することと、をさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、第２の試料中のマーカーの発現レベルが第１の試料のものよりも高い場合、間質性肺疾患の治療を推奨することをさらに含む。いくつかの実施形態では、間質性肺疾患は、線維性肺疾患、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、家族性間質性肺炎（ＦＩＰ）、または特発性間質性肺炎である。
【００５８】
また、ヒト対象における間質性肺疾患の治療の効能を評定する方法であって、
ｔ０時点で対象から得られる第１の試料中で測定されるマーカーの発現レベルを決定することであって、マーカーが、
ａ）ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子、
ｂ）ａ）の前記マーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｃ）ｂ）のポリペプチドの断片、及び
ｄ）ａ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、から成る群から選択される、決定することと、
ｉｉ）後のｔ１時点で前記対象から得られる第２の試料中の前記マーカーの前記発現レベルを決定することと、
ｉｉｉ）胸部のＣＴスキャンを実施すること及び前記対象からの肺組織の病理検査を実施することから選択される経過観察ステップを実施することと、を含み、
第１の試料と比べた第２の試料中のマーカーの発現レベルの減少が、治療が対象における間質性肺疾患の治療に効果的であることの兆候である、方法も提供される。いくつかの実施形態では、ｔ０時点は、治療が対象に施される前であり、ｔ１時点は、治療が対象に施された後である。いくつかの実施形態では、ｔ０時点は、治療が対象に施された後であり、ｔ１時点は、治療が対象に施された後のｔ０時点よりも後である。いくつかの実施形態では、治療は、複数回施される。いくつかの実施形態では、比較することは、様々な時点にわたって対象から得られる生体試料に対して繰り返される。
ヒト対象における間質性肺疾患のための療法への応答を予測するためのアッセイシステムであって、
ａ）ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される遺伝的変異体の存在、
ｂ）ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から成る群から選択されるマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベル、
ｃ）ｂ）のマーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｄ）ｃ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、のうちの少なくとも１つを検出するための手段を含む、アッセイシステムが、さらに提供される。いくつかの実施形態では、検出するための手段は、マーカー遺伝子多型もしくは遺伝子（複数可）の少なくとも１０〜５０個の隣接する核酸、またはそれらの相補的核酸配列を含む核酸プローブを含む。いくつかの実施形態では、検出するための手段は、（ａ）の遺伝的変異体（複数可）に隣接するか、もしくはそれを含む配列にハイブリダイズする核酸プライマーまたはプローブを含む。いくつかの実施形態では、プライマーまたはプローブのうちの少なくとも１つは、フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アクセプターで標識され、プライマーまたはプローブのうちの少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーで標識される。いくつかの実施形態では、検出するための手段は、マーカー遺伝子でコードされたポリペプチドを特異的に検出する結合リガント（例えば、抗体、抗原結合抗体誘導体、または抗原結合抗体断片）を含む。いくつかの実施形態では、検出するための手段は、アッセイ表面（例えば、チップ、アレイ、ビーズ、微小流体表面、または流動性カード）上に配置される核酸プローブ及び／または結合リガントのうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、プローブは、マーカー遺伝子の少なくとも１０〜５０個の隣接する核酸に相補的な核酸配列を含む。
【００５９】
間質性肺疾患を予測する、診断する、またはその予後診断をするためのキットが、さらに提供される。いくつかの実施形態では、キットは、ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、Ｃ１７ｏｒｆ６９、及びＷＮＴ３から成る群から選択される遺伝子の遺伝的変異体を検出するための少なくとも１つの核酸プローブまたはプライマーを含む。いくつかの実施形態では、キットは、選択される遺伝的変異体（複数可）を増幅するための試薬、例えば、選択される遺伝子の核酸を増幅するプライマー、ポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑ等の耐熱性ポリメラーゼまたは他のＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼ）、緩衝液等を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプローブまたはプライマーは、遺伝的変異体の変異ヌクレオチド（例えば、劣性ＳＮＰ）に相補的である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプローブまたはプライマーは、選択される遺伝的変異体ポリヌクレオチド配列またはその増幅産物に相補的である（ハイブリダイズする）。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプローブまたはプライマーは、標識される。いくつかの実施形態では、標識は、蛍光標識、またはＦＲＥＴアクセプターもしくはドナーである。いくつかの実施形態では、キットは、フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アクセプターで標識される少なくとも１つのプローブまたはプライマーと、ＦＲＥＴドナーで標識される少なくとも１つのプローブまたはプライマーと、を含む。いくつかの実施形態では、キットは、任意の組み合わせの上記遺伝子の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、または２２個において、各々が遺伝的変異体を検出するための少なくとも１つのプローブまたはプライマーを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの核酸プローブまたはプライマーは、アレイ、ビーズ、微小流体表面、またはチップ上に含まれる。いくつかの実施形態では、キットは、少なくとも１つの対照試料を含み、例えば、少なくとも１つの選択される遺伝的変異体の優性対立遺伝子を有する核酸を含む、または少なくとも１つの選択される遺伝的変異体の多型対立遺伝子を有する核酸を含む。
【００６０】
間質性肺疾患を予測する、診断する、またはその予後診断をするためのキットであって、ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される遺伝的変異体を検出するための少なくとも１つの核酸プローブまたはプライマーを含む、キットが、さらに提供される。いくつかの実施形態では、キットは、遺伝的変異体を含む核酸を増幅するための試薬（例えば、多型ヌクレオチドのいずれかの側のＰＣＲプライマー、ポリメラーゼ、緩衝液等）を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプローブまたはプライマーは、遺伝的変異体の変異ヌクレオチド（例えば、ＳＮＰ）に相補的である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプローブまたはプライマーは、選択される遺伝的変異体ポリヌクレオチド配列またはその増幅産物に相補的である（ハイブリダイズする）。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプローブまたはプライマーは、標識される。いくつかの実施形態では、標識は、蛍光標識、またはＦＲＥＴアクセプターもしくはドナーである。いくつかの実施形態では、キットは、フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アクセプターで標識される少なくとも１つのプローブまたはプライマーと、ＦＲＥＴドナーで標識される少なくとも１つのプローブまたはプライマーと、を含む。いくつかの実施形態では、キットは、任意の組み合わせの上記遺伝子の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、または４５個において、各々が遺伝的変異体を検出するための少なくとも１つのプローブまたはプライマーを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの核酸プローブまたはプライマーは、アレイ、ビーズ、微小流体表面、またはチップ上に含まれる。いくつかの実施形態では、キットは、少なくとも１つの対照試料を含み、例えば、少なくとも１つの選択される遺伝的変異体の優性対立遺伝子を有する核酸を含む、または少なくとも１つの選択される遺伝的変異体の多型対立遺伝子を有する核酸を含む。
【００６１】
間質性肺疾患（例えば、線維性肺疾患、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、家族性間質性肺炎（ＦＩＰ）、または特発性間質性肺炎（ＩＩＰ））に関連付けられるバイオマーカー（例えば、遺伝的変異体）の検出において形成されるインビトロ複合体が、さらに提供される。間質性肺疾患は、線維性肺疾患であり得る。間質性肺疾患は、ＩＰＦであり得る。間質性肺疾患は、ＦＩＰであり得る。間質性肺疾患は、ＩＩＰであり得る。いくつかの実施形態では、複合体は、遺伝的変異核酸にハイブリダイズされる第１の核酸プローブを含み、遺伝的変異核酸は、遺伝的変異体ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、またはＣ１７ｏｒｆ６９遺伝子配列を含み、遺伝的変異核酸は、間質性肺疾患に罹患しているか、もしくは罹患している疑いのあるヒト対象から抽出されるか、または間質性肺疾患に罹患しているか、もしくは罹患している疑いのあるヒト対象から抽出される核酸の増幅産物である。いくつかの実施形態では、複合体は、遺伝的変異核酸にハイブリダイズされる第２の標識される核酸プローブをさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の標識される核酸プローブは第１の標識を含み、第２の標識される核酸プローブは第２の標識を含み、第１及び第２の標識は、フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）が可能である。いくつかの実施形態では、複合体は、ポリメラーゼ（例えば、耐熱性ポリメラーゼ、または他のＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼ）またはリガーゼをさらに含む。いくつかの実施形態では、複合体は、遺伝的変異核酸にハイブリダイズされる核酸プライマーをさらに含む。
【００６２】
以下の詳細な説明から、本開示の他の特徴及び利点が当業者に明らかになるだろう。
【図面の簡単な説明】
【００６３】
【図１】加法モデル下で、１６１６症例及び４６８３対照を用いた４３９，８２８個のＳＮＰのＧＷＡＳ結果を示す。赤線より上のＳＮＰは、Ｐ＜５×１０−８で、ゲノムワイドで有意であった。これらのＳＮＰ及び５×１０−８＜Ｐ−値＜０．０００１に相当する赤線と青線との間のＳＮＰを、８７６症例及び１８９０対照における経過観察に選択した。
【図２−１】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図２−２】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図２−３】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図２−４】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図２−５】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図２−６】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図２−７】発見及び複製結果のＧＷＡＳ発見分析及びメタ分析においてゲノムワイド有意性に達する全ての遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図３−１】発見及び複製結果のメタ分析後、ゲノムワイド有意性に達する４個のさらなる遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図３−２】発見及び複製結果のメタ分析後、ゲノムワイド有意性に達する４個のさらなる遺伝子座に関する発見ＧＷＡＳ結果に対応する遺伝子座特異プロットを示す。
【図４】１００症例及び９４対照からの肺組織中のＤＳＰの相対的発現、Ａ）症例／対照の状態による相対的発現、Ｂ）ＤＳＰ中のｒｓ２０７６２９５における遺伝子型による相対的発現を示す。
【図５】４３９，８２８個の高品質ＳＮＰにわたるＧＷＡＳに関して、観察されたＰ値対期待されたＰ値の分布のＱＵＡＮＴＩＬＥ−ＱＵＡＮＴＩＬＥ（Ｑ−Ｑ）プロットを示す。
【図６】ゲノムワイドで有意な遺伝子座の染色体位置、ＳＮＰ、及び遺伝子を示す。
【図７】ゲノムワイドで有意な１１ｐ１５のＳＮＰ及びｒｓ３５７０５９５０の間の連鎖不平衡を示す。色付きはＤ’推定値＝１、白色はＤ’推定値＝０を示す。正方形中の数は、ｒ２＊１００に相当する。表２及び表６の分析において使用された共同症例及び対照遺伝子型に基づく推定値。
【図８】ｒｓ３５７０９５０遺伝子多型が予測的であることが発見された間質性肺疾患を有するファミリーにおけるゲノムワイド連鎖スキャンを概説する。
【図９】間質性肺疾患に関連付けられるＭＵＣ２、ＭＵＣ５ＡＣ、及びＭＵＣ５ＢにおけるＳＮＰのオッズ比を示す。
【図１０】種々の研究群におけるＭＵＣ５ＢプロモーターＳＮＰ  ＲＳ３５７０９５０の相関性の確認を示す。
【図１１】ｒｓ３５７０９５０ＳＮＰを保有している間質性肺疾患患者に関連付けられる改善した生存期間を示す。
【図１２】異なる研究群における、ｒｓ３５７０９５０ＳＮＰを保有している間質性肺疾患患者に関連付けられる改善した生存期間を示す。
【図１３】ｒｓ３５７０９５０ＳＮＰを保有している間質性肺疾患患者に関連付けられる増加した生存期間に対する異なる研究群を比較する。
【図１４】ＭＵＣ５Ｂ遺伝子の構造及びｒｓ３５７０９５０ＳＮＰの効果を示す。
【図１５】正常な肺組織対ＩＰＦ肺組織中のＭＵＣ５Ｂ発現を比較する。
【図１６】野生型（ＧＧ）対変異体ＭＵＣ５Ｂ（ＧＴまたはＴＴ）遺伝子を保有する個体における正常な肺組織対ＩＰＦ肺組織中のＭＵＣ５Ｂ発現を示す。
【図１７】ＭＵＣ５Ｂ及び界面活性タンパク質Ｃ（ＳＰＣ）の発現がＩＰＦ肺組織中で上方制御されることを示す。
【図１８】ＭＵＣ５Ｂ  ｒｓ３５７０９５０ＳＮＰに関連付けられる効果を概説する。
【図１９】肺線維症に関連付けられる遺伝子に関する遺伝子研究の効果を比較する。
【図２０】ｒｓ３５７０９５０ＳＮＰを保有している患者における線維性肺組織を示す。
【図２１】少なくとも１つの変異体ｒｓ３５７０９５０対立遺伝子を保有している患者における間質性肺疾患の上昇した可能性を示す。
【図２２】肺線維症に関連付けられる遺伝子に関する遺伝子研究の効果を比較する。
【図２３】種々の間質性肺疾患の関連遺伝子マーカーに対するゲノムワイド研究（ＧＷＡＳ）を概説する。
【図２４】本研究において考えられる個体の地理的起源を示す。
【図２５】ＧＷＡＳ結果の概要を示す。
【図２６】間質性肺疾患に関連付けられるＳＮＰの遺伝的位置を示す。
【図２７】遺伝子型集団及び複製集団における線維性状態の相対頻度を示す。
【図２８】複製集団における間質性肺疾患に関連付けられるＳＮＰの遺伝的位置を示す。
【図２９】ＧＷＡＳ研究の組み合わせた結果及び間質性肺疾患に関連付けられるＳＮＰの位置を示す。
【図３０】染色体１７ｑ２１におけるＳＮＰに対する血統の効果を示す。
【図３１】染色体１７ｑ２１上の種々のＳＮＰに対する血統の効果に関するオッズ比（ＯＲ）及びＰ値を示す。
【図３２】ＭＵＣ５ＢプロモーターＳＮＰの間質性肺疾患との関連に関するＯＲ及びＰ値を示す。
【図３３】ＳＮＰ位置の観点から間質性肺疾患ＧＷＡＳ結果を要約する。
【図３４】ＳＮＰ位置の観点から間質性肺疾患ＧＷＡＳ結果を要約する。
【図３５】遺伝子機能の観点から間質性肺疾患ＧＷＡＳ結果を要約する。
【発明を実施するための形態】
【００６４】
別途規定されない限り、本明細書で使用される学術用語及び科学用語は、当該技術分野における通常の技能を有する者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。例えば、Ｌａｃｋｉｅ，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ（４ｔｈ  ｅｄ．２００７）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ  １９８９）を参照されたい。「ａ」または「ａｎ」という用語は、「１つ以上」を意味することが意図される。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」ならびに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」等のそれらの変形は、あるステップまたはある要素の記述が先行する場合、さらなるステップまたは要素の追加が任意であり、除外されないことを意味することが意図される。以下の定義は、本明細書で頻繁に使用されるある特定の用語の理解を促進するために提供され、本開示の範囲を制限することを意味しない。
【００６５】
「対象」、「患者」、「個体」等の用語は、制限であるとは意図されず、概して、交換可能であり得る。つまり、「患者」として記載される個体は所与の疾患を必ずしも有していないが、単に医師の助言求めている場合がある。
【００６６】
「対照」、「対照試料」、「標準対照」、または「対照値」は、試験試料との比較のための参照、通常、既知の参照として役立つ試料を指す。例えば、試験試料は、所与の肺疾患を有する疑いがある患者から採集することができ、既知の肺疾患患者、既知の遺伝子多型担体、または既知の正常（非疾患）個体からの試料と比較され得る。対照は、同様の個体、例えば、同様の病歴、同じ年齢、体重等を有する肺疾患患者または健常な個体の集団から集められた平均値を表すこともできる。対照値は、同じ個体から、例えば、疾患の前または治療の前よりも早く得られる試料から得ることもできる。当業者であれば、対照は、任意の数のパラメータの評定のために設計することができることを理解するだろう。
【００６７】
当業者であれば、どの対照が、所与の状況において有益であり、対照値との比較に基づいてデータを分析することができるかを理解するだろう。対照はまた、データの有意性の決定に有益でもある。例えば、所与のパラメータに対する値が対照中で幅広く可変である場合、試験試料中の変化は、有意であるとは考えられないだろう。
【００６８】
「核酸」という用語は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド及び１本鎖もしくは２本鎖形態のいずれかのそれらのポリマー、ならびにそれらの相補体を指す。「核酸」もしくは「オリゴヌクレオチド」もしくは「ポリヌクレオチド」または本明細書で使用される文法的同等物は、互いに共有結合する少なくとも２個のヌクレオチドを意味する。オリゴヌクレオチドは、典型的には、約５、６、７、８、９、１０、１２、１５、２５、３０、４０、５０以上のヌクレオチド長であり、最大約１００ヌクレオチド長である。核酸及びポリヌクレオチドは、例えば、２００、３００、５００、１０００、２０００、３０００、５０００、７０００、１０，０００等のより長い長さを含む任意の長さのポリマーである。「ヌクレオチド」という用語は、典型的には、ポリヌクレオチドの単一ユニット、すなわち、モノマーを指す。ヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはそれらの修飾型であってもよい。
【００６９】
本明細書で使用される場合、「遺伝的変異体」は、突然変異、単一ヌクレオチド遺伝子多型（ＳＮＰ）、欠失変異体、ミスセンス変異体、挿入変異体、反転、またはコピー数変異体を指す。遺伝的変異体は、バイオマーカーとして使用することもでき、増加もしくは減少した発現レベルまたは特異的修飾をもたらし得る。
【００７０】
「バイオマーカー」という用語は、生体試料（または生体試料に由来するか、または生体試料から処理される試料）中で検出され、特定の状態を示す対照試料と比較することができるバイオメトリックを指す。バイオマーカーの例としては、遺伝的変異体、増加もしくは減少した発現レベル（クロマチンオープニング、転写生成物、または翻訳生成物の検出によって決定される）、及び特異的修飾（例えば、核酸のメチル化、またはタンパク質のリン酸化、グリコシル化、もしくは多量体化）が挙げられる。「マーカー遺伝子」は、バイオマーカーに影響される遺伝子である。つまり、マーカー遺伝子は、より高いもしくはより低いレベルで発現される、または特定の状態、例えば、間質性肺疾患を示すように特異的に修飾された、そのゲノム形態における遺伝的変異を含み得る。
【００７１】
「プローブ」または「プライマー」という用語は、試料への特異的ハイブリダイゼーションが検出され得る１つ以上の核酸断片を指す。プローブまたはプライマーは、使用されるだろう特定の技法に応じて任意の長さのものであり得る。例えば、ＰＣＲプライマーは、一般的に、１０〜４０ヌクレオチド長であるが、例えば、サザンブロット用の核酸プローブは、１００ヌクレオチド長より長くてもよい。プローブまたはプライマーは、標的配列へのその結合が検出され得るように（例えば、ＦＲＥＴドナーまたはアクセプター標識を用いて）、以下に記載されるように標識されなくてもよく、または標識されてもよい。プローブまたはプライマーは、染色体、例えば、１つ以上のクローン、単離された全染色体もしくは染色体断片、またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅産物の採取の１つ以上の特定の（事前に選択される）位置に基づいて設計され得る。標的要素上に固定される核酸の長さ及び複雑性は、本発明に重要ではない。当業者であれば、これらの要素を調整して、所与のハイブリダイゼーション及び検出手順のための最適なハイブリダイゼーション及びシグナル産生を提供し、異なる遺伝子またはゲノム位置間の必要な分解能を提供することができる。
【００７２】
プローブ及びプライマーは、一列に整列して、固体表面（例えば、ニトロセルロース、ガラス、石英、溶融シリカスライド）上に固定化することができる。また、高密度アレイを生成するための技法も本目的に使用することができる（例えば、Ｆｏｄｏｒ（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ７６７−７７３、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ（１９９８）Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．８：Ｒ１７１−Ｒ１７４、Ｓｃｈｕｍｍｅｒ（１９９７）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２３：１０８７−１０９２、Ｋｅｒｎ（１９９７）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２３：１２０−１２４、米国特許第５，１４３，８５４号を参照されたい）。当業者であれば、特定のプローブ及びプライマーの正確な配列が、標的配列に「実質的に同一」または「実質的に相補的」であるが、それらが由来する同じ標的に特異的に結合する（すなわち、特異的にハイブリダイズする）能力を保持するプローブを生成するために標的配列からある程度修飾され得ることを理解するだろう。
【００７３】
プローブまたはプライマーは、遺伝的変異体を覆う、またはそこに隣接する領域に相補的である場合、遺伝的変異体を「検出することができる」。例えば、ＳＮＰを検出するために、プライマーは、ＳＮＰのいずれかの側の上に設計され得、ＳＮＰの位置でのヌクレオチドの同一性を決定するために使用されるプライマー伸長。いくつかの実施形態では、ＦＲＥＴシグナルが両方のプライマーのハイブリダイゼーションのときにだけ検出されるように、ＦＲＥＴで標識されたプライマーが使用される（少なくとも１つのＦＲＥＴドナーで標識されたもの及び少なくとも１つのＦＲＥＴアクセプターで標識されたもの）。いくつかの実施形態では、プローブは、それが遺伝的変異体にのみ、または優性配列にのみハイブリダイズするような条件において使用される。
【００７４】
この場合もやはり、核酸との関連において、「ハイブリダイズすることができる」という用語は、相補的配列とワトソン・クリック結合を形成するポリヌクレオチド配列を指す。当業者であれば、相補性パーセントは、ポリヌクレオチドの長さ、相補的領域の長さ（例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、またはそれ以上の塩基長）、及び条件のストリンジェンシーに応じてハイブリダイゼーションが生じるために１００％である必要はないことを理解するだろう。例えば、ポリヌクレオチド（例えば、プライマーまたはプローブ）は、相補的領域の広がりにわたって６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の相補性を有するポリヌクレオチドへの結合が可能であってもよい。遺伝的変異体の検出との関連において、許容できる相補性パーセントまたはミスマッチの数は、検出のために使用される技法によって異なるだろう（以下を参照されたい）。
【００７５】
核酸との関連において、「増幅産物」という用語は、増幅反応に起因する核酸（例えば、ポリヌクレオチド）、例えば、ＰＣＲ及びその変形、ｒｔＰＣＲ、鎖置換反応（ＳＤＲ）、リガーゼ鎖反応（ＬＣＲ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、またはＱβ複製を指す。耐熱性ポリメラーゼ、例えば、Ｔａｑは、周期的温度または極端な温度を伴う増幅手順（例えば、ＰＣＲ及びその変形）の全体を通して、ポリメラーゼの累加を避けるために使用され得る。
【００７６】
「標識」、「検出可能部分」、「検出可能薬剤」という用語、及び同様の用語は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、化学的、または他の物理的手段によって検出可能な組成物を指す。例えば、有用な標識には、蛍光染料、発光剤、放射性同位体（例えば、３２Ｐ、３Ｈ）、高電子密度試薬、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、もしくはハプテン及びタンパク質、または、例えば、親和性によって検出可能にすることができる他の実体が挙げられる。核酸または他の生体分子を標識に共役するための任意の当該技術分野で既知の方法が用いられてもよく、例えば、Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９９６，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏに記載される方法が使用される。「タグ」という用語は、「標識」という用語の同意語として使用され得るが、一般的には、親和性に基づく部分、例えば、精製のための「Ｈｉｓタグ」、またはビオチンと相互作用する「ストレプトアビジンタグ」を指す。
【００７７】
「標識」分子（例えば、核酸、タンパク質、または抗体）とは、その分子に結合される標識の存在を検出することによって、その分子の存在が検出され得るように、リンカーもしくは化学的結合を通して共有結合的に、またはイオン結合、ファンデルワールス結合、静電結合、もしくは水素結合を通して非共有結合的に標識に結合されるものである。
【００７８】
蛍光共鳴エネルギー移動としても既知であるフェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴと略される）は、２つの発色団の間のエネルギー移動を表す機構である。最初はその電子的励起状態にあるドナー発色団（ＦＲＥＴドナー）は、エネルギーを、非放射性双極子−双極子カップリングを通して、典型的には１０ｎｍ未満離して、アクセプター発色団（ＦＲＥＴアクセプター）に移動することができる。ＦＲＥＴアクセプターに移動されたエネルギーは、ＦＲＥＴドナー及びアクセプターが接近しているとき、光（エネルギー）の放出として検出される。「ＦＲＥＴシグナル」は、このようにして、アクセプターからの光の放出によって生成されるシグナルである。Ｒの距離で離されるドナーとアクセプター染料との間のフェルスター共鳴エネルギー移動の効率は、Ｅ＝１／［１＋（Ｒ／Ｒ０）６］によって得られ、Ｒ０は、Ｅ＝１／２におけるドナー−アクセプター対のフェルスター半径である。Ｒ０は、いくつかの一般的に使用される染料対（例えば、Ｃｙ３−Ｃｙ５）に対して約５０−６０Ａである。ＦＲＥＴシグナルは、６乗までの距離に比例して変化する。ドナー−アクセプター対が、Ｒ０の周りに位置する場合、１Ａ〜５０Ａの範囲の距離の小さな変化は、ノイズへのより大きなシグナルを用いて測定することができる。現在の技術を用いて、多くの単一のＦＲＥＴ対の１ｍｓまたはそれより速い並列撮像が、実現可能である。
【００７９】
「ＦＲＥＴ対」は、ＦＲＥＴ検出が可能であるＦＲＥＴドナー及びＦＲＥＴアクセプター対を指す。
【００８０】
「蛍光色素分子」、「染料」、「蛍光分子」、「蛍光染料」、「ＦＲＥＴ染料」という用語、及び同様の用語は、別途指示のない限り、本明細書において同義的に使用され得る。
【００８１】
本明細書で使用される場合、「治療する」及び「予防する」という用語は、絶対的な用語であるとは意図されない。治療は、発症の任意の遅延、症状の頻度または重症度の低下、症状の回復、患者の快適さ及び／または呼吸機能の改善等を指すことができる。治療の効果は、所与の治療を受けていない個体もしくは個体のプールと、または治療中止前もしくは治療中止後の同じ患者と比較することができる。
【００８２】
「予防する」という用語は、患者における肺疾患症状の発生の減少を指す。上で示されるように、予防は、完全（検出可能な症状がない）、または、治療がない場合に生じただろうよりも少ない症状が観察されるような、部分的であり得る。
【００８３】
「治療有効量」という用語は、本明細書で使用される場合、上に記載されるような障害を回復させるのに十分な治療薬の量を指す。例えば、所与のパラメータに関して、治療有効量は、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、４０％、５０％、６０％、７５％、８０％、９０％、もしくは少なくとも１００％の増加または減少を示すだろう。治療の効能は、「〜倍」の増加または減少として表現することもできる。例えば、治療有効量は、対照に対して、少なくとも１．２倍、１．５倍、２倍、５倍、またはそれ以上の効果を有し得る。
【００８４】
「診断」という用語は、対象において肺疾患が存在する相対的な見込みを指す。同様に、「予後」という用語は、ある特定の将来の結果が対象において生じ得る相対的な見込みを指す。例えば、本発明との関連において、予後診断は、個体が、肺疾患を発症するだろう可能性、または疾患の予想される重症度（例えば、症状の重症度、機能低下の速度、生存等）を指すことができる。本用語は、医療診断の分野における任意の当業者によって理解されるように、絶対的であるとは意図されない。
【００８５】
肺疾患危険因子の決定を参照する「相関させること」及び「関連付けられる」という用語は、個体における危険因子（例えば、ムチン遺伝子の調節不全または遺伝的変異）の存在または量を、肺疾患に冒されていることが既知である人物、または肺疾患の危険性があることが既知である人物、または肺疾患に罹患していないことが既知である人物におけるその存在または量と比較すること、及び肺疾患に罹患している／それを発症する増加または減少した見込みを、アッセイ結果（複数可）に基づいて個体に割り当てることを指す。
【００８６】
本発明者らは、ＩＩＰの危険性への重要な一因である遺伝子多型及び遺伝子発現プロファイルを発見した。これらの発見には、８個の新しい遺伝的に危険な遺伝子座（４ｑ２２、６ｐ２４、７ｑ２２、１０ｑ２４、１３ｑ３４、１５ｑ１４−１５、１７ｑ２１、及び１９ｐ１３）、ならびに３個の以前に報告された遺伝子／遺伝子座（ＴＥＲＣ［３ｑ２６］、ＴＥＲＴ［５ｐ１５］、及びＭＵＣ５Ｂ［１１ｐ１５］）における危険な変異体のＩＩＰにおける役割を含む。本発見の前は、再現性よくＩＩＰに関連する一般的な変異体を有するたった２個の遺伝子は、ＴＥＲＴ及びＭＵＣ５Ｂであった。まとめると、ＩＩＰに関連付けられる一般的に危険な変異体は、この疾患が、宿主防御、細胞間接着、及び早期細胞老化における欠損によって主に媒介されることを示唆する。これらの発見は、この複雑な疾患における介入試験及び治療を導くために使用することができる。
【００８７】
１つの定義によると、生体マーカーは、「治療的介入に対する正常な生物学的プロセス、病原的プロセス、または薬理学的応答の指標として客観的に測定及び評価される特質である」。ＮＩＨ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ  Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎｓ  Ｗｏｒｋｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ  （１９９８）。生体マーカーはまた、特定の生物学的プロセス（「マーカーのパネル」）を示す特性のパターンまたは集合も含み得る。マーカー測定値は、特定の生物学的事象またはプロセスを示すように、増加または減少され得る。加えて、マーカー測定値が、特定の生物学的プロセスの不在下で典型的に変化する場合、一定の測定値は、そのプロセスの発生を示し得る。
【００８８】
マーカー測定値は、絶対値（例えば、生体試料中の分子のモル濃度または遺伝子多型の存在もしくは不在）または相対値（例えば、生体試料中の２つの分子の相対濃度）のものであり得る。２つ以上の測定値の商または積も、マーカーとして使用され得る。例えば、冠状動脈疾患を発症する危険性のマーカーとして、総血液コレステロールを使用する医師もいれば、総コレステロール対ＨＤＬコレステロールの比率を使用する医師もいる。
【００８９】
本開示では、マーカーは、主に、診断及び予後診断の目的のために使用される。しかしながら、それらはまた、治療目的、薬物スクリーニング目的、及び個体の層化目的のため（例えば、個体をいくつかの評価のための「部分集合」にグループ化するため）、ならびに間質性肺疾患治療の有効性の評価を含む、本明細書に記載される他の目的のために使用されてもよい。
【００９０】
本開示の実践は、別途指示のない限り、当該技術分野で一般的に既知である分析生化学、微生物学、分子生物学、及び組み換えＤＮＡ技法の従来的方法を用いる。このような技法は文献中で十分に説明される。（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．３ｒｄ，ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，２０００、ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．）、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｇａｉｔ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｈａｍｅｓ＆Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）、Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｈａｍｅｓ＆Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）、ＣＲＣ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｔｉｊｅｓｓｅｎ，ｅｄ．）、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｆｉｅｌｄｓ  ａｎｄ  Ｋｎｉｐｅ，ｅｄｓ．）を参照されたい）。
【００９１】
本明細書で使用される専門用語は、特定の実施形態の説明のためのものであり、限定するようには意図されない。本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎｄ」、及び「ｔｈｅ」は、別途内容及び文脈が明らかに記載しない限り、複数の指示対象を含む。このため、例えば、「マーカー」への言及は、２つ以上のそのようなマーカーの組み合わせを含む。別途規定されない限り、全ての科学用語及び学術用語は、それらが関連する当該技術分野で一般的に使用されるものと同じ意味を有すると理解される。本開示の目的において、次の用語は、以下に定義される。
【００９２】
本明細書で使用される場合、「マーカー」という用語は、ポリペプチドマーカー及びポリヌクレオチドマーカーを含む。本開示を明確にするために、本開示の態様は、「ポリペプチドマーカー」及び「ポリヌクレオチドマーカー」に関連して記載されるだろう。しかしながら、「ポリペプチドマーカー」に関連する本明細書の記述は、本開示の他のポリペプチドに適用されることが意図される。同様に、「ポリヌクレオチド」マーカーに関連する本明細書の記述は、それぞれ、本開示の他のポリヌクレオチドに適用されることが意図される。このため、例えば、「ポリペプチドマーカー」をコードするとして記載されるポリヌクレオチドは、ポリペプチドマーカー、ポリペプチドマーカーに実質的な配列同一性を有するポリペプチド、修飾ポリペプチドマーカー、ポリペプチドマーカーの断片、ポリペプチドマーカーの前駆体及びポリペプチドマーカーの後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）、ならびにポリペプチドマーカー、相同ポリペプチド、修飾ポリペプチドマーカーを含む分子、またはポリペプチドマーカーの断片、前駆体、もしくは後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）（例えば、融合タンパク質）をコードするポリヌクレオチドを含むことが意図される。
【００９３】
本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」という用語は、少なくとも５個の隣接するアミノ酸残基、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個以上のアミノ酸長（ポリペプチドの完全長までの各整数を含む）を有するアミノ酸残基のポリマーを指す。ポリペプチドは、２個以上のポリペプチド鎖で構成され得る。ポリペプチドは、タンパク質、ペプチド、オリゴペプチド、及びアミノ酸を含む。ポリペプチドは、直鎖または分岐鎖であってもよい。ポリペプチドは、修飾アミノ酸残基、アミノ酸類似体、または天然に生じないアミノ酸残基を含んでもよく、非アミノ酸残基によって遮られ得る。天然に、または介入、例えば、ジスルフィド結合の形成、グリコシル化、脂質化、メチル化、アセチル化、リン酸化によるもの、もしくは標識成分との複合体化等の操作によるものかに関わらず、修飾されたアミノ酸ポリマーは、本定義内に含まれる。過剰発現されたポリペプチドマーカーに応答する対象によって生成された抗体も含まれる。
【００９４】
本明細書で使用される場合、ポリペプチドの「断片」は、完全長ポリペプチドよりも短い複数のアミノ酸残基を指す。例えば、所与のポリペプチドの断片は、完全長のポリペプチドの少なくとも５個の隣接するアミノ酸残基、少なくとも１０個の隣接するアミノ酸残基、少なくとも２０個の隣接するアミノ酸残基、または少なくとも３０個の隣接するアミノ酸残基を含み得る。本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチド「断片」は、少なくとも５、１０、もしくは１５個の隣接する核酸残基、少なくとも３０個の隣接する核酸残基、少なくとも６０個の隣接する核酸残基、またはポリヌクレオチドの配列の少なくとも９０％を有する核酸配列を含む核酸残基のポリマーを指す。いくつかの実施形態では、断片は、完全長ポリペプチドのドメイン（例えば、機能ドメイン）を表す。いくつかの実施形態では、断片は、所与のドメインを引いた完全長ポリペプチドを表す。いくつかの実施形態では、断片は、抗原性断片であり、断片の大きさは、抗体によって認識されたエピトープが、直鎖エピトープであるか、または構造的エピトープであるかどうか等の要因に左右されるだろう。このため、より長いセグメントから成る抗原性断片もあれば、より短いセグメントから成るものもあるだろう（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２以上のアミノ酸長であり、ポリペプチドの完全長までの各整数を含む）。当業者であれば、抗原結合抗体、抗体誘導体、及び抗体断片によって結合される抗原性断片を選択するための方法を熟知している。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ポリペプチドマーカーは、生物学的経路の要素である。本明細書で使用される場合、「前駆体」または「後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）」という用語は、生物学的経路においてポリペプチドマーカーまたはポリヌクレオチドマーカーが先行するか、または後に続く分子を指す。このため、ポリペプチドマーカーまたはポリヌクレオチドマーカーが、１つ以上の生物学的経路の要素としていったん特定されると、本開示は、生物学的経路のさらなる前駆体または後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）要素を含むことができる。生物学的経路及びそれらの要素のそのような特定は、当業者が備えている技能の範囲内である。
【００９６】
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、任意の長さの核酸残基の単一のヌクレオチドまたはポリマーを指す。ポリヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、及び／またはそれらの類似体を含有してもよく、二本鎖または一本鎖であってもよい。ポリヌクレオチドは、修飾核酸（例えば、メチル化）、核酸類似体、または天然に生じない核酸を含んでもよく、非核酸残基によって遮られ得る。例えば、ポリヌクレオチドは、任意の配列の遺伝子、遺伝子断片、ｃＤＮＡ、単離ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、単離ＲＮＡ、組み換えポリヌクレオチド、プライマー、プローブ、プラスミド、及びベクターを含む。天然に、または介入によるものに関わらず修飾された核酸ポリマーは、本定義内に含まれる。
【００９７】
本明細書で使用される場合、成分（例えば、マーカー）は、成分を検出するために使用される方法が、２つの試料に適用される際、異なるレベルまたは活性を提供する場合、１つの試料中で、別の試料と比較して「差次的に発現される」と称される。成分は、成分を検出するための方法が、成分のレベルまたは活性が、第１の試料中で第２の試料中よりも高いことを示す場合（または成分が第１の試料中で検出可能であるが、第２の試料中でそうではない場合）、第１の試料中で「増加した」と称される。逆に、成分を検出するための方法が、成分のレベルまたは活性が、第１の試料中で第２の試料中よりも低いことを示す場合（または成分が第２の試料中で検出可能であるが、第１の試料中でそうではない場合）、第１の試料中で「減少した」と称される。具体的には、マーカーは、マーカーのレベルまたは活性が、非間質性肺疾患対象から得られる試料（または試料の集合）、または参照値もしくは参照範囲中のマーカーのレベルと比較してそれぞれ、高いまたは低い場合、間質性肺疾患対象（または間質性肺疾患に罹患している疑いがある、もしくは間質性肺疾患を発症する危険性がある対象）から得られる試料（または試料の集合）中で「増加した」または「減少した」と称される。
【００９８】
間質性肺疾患において発現すると特定されたマーカーは、重要な生物学的対象である。ＩＩＰの症例−対照ゲノムワイド研究（ＧＷＡＳ、１６１６症例及び４６８３対照）ならびに複製研究（８７６症例及び１８９０対照）を行った。ａ）ＩＩＰ診断における識別は、実質的な臨床的、病理学的、及び放射線学的重複に起因してしばしば問題があり、ｂ）共通遺伝的感受性に対する有力な証拠が存在するため、線維性ＩＩＰの全ての型を本症例群に含んだ。ＭＵＣ５Ｂ、ＴＥＲＴ、ＴＥＲＣ、及びＳＦＴＰＣ変異体が、散発性ＩＩＰがこの疾患の家族性形態に遺伝的に類似しているという証拠を提供するため、家族性及び散発性ＩＩＰの両方もまた本症例群に含んだ。本結果は、ＩＩＰが独立して、または組み合わせて作用する複数の遺伝的変異体によって生じること、ならびに同じ遺伝的変異体が、異なる組織型のＩＩＰを引き起こし得ることを示す。
【００９９】
以下に詳細に説明されるように、遺伝子多型及び遺伝子発現プロファイルを、ＩＩＰに関連付けられる臨床的パラメータ及び一般的に危険な変異体と比較したとき、結果は、この疾患が、宿主防御、細胞間接着、及び早期細胞老化における欠損によって主に媒介されることを示す。これらの発見は、この複雑な疾患における介入試験を導くために使用することができる。
【０１００】
間質性肺疾患の診断、予後診断、または他の評価もしくは研究のためのアッセイ及びキットにおいて個々に、または任意の組み合わせで使用することができるバイオマーカーの発見に加えて、間質性肺疾患の疾患プロセスにおいて役割を果たすことが以前は認識されていなかったバイオマーカーは、現在、より詳細に研究することができ、及び／または疾患の他のモジュレーターもしくは治療薬の発見のための標的として使用することができる。本開示のマーカーは、遺伝子多型：ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０を含む。本開示のマーカーはまた、遺伝子：ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、及びＣ１７ｏｒｆ６９における増加した遺伝子発現も含む。
【０１０１】
遺伝子の名称を考慮すると、タンパク質（本明細書において「完全タンパク質」とも称される；「タンパク質」を示す）、及びそのような測定されるタンパク質の他のペプチド断片を得ることができ（どんな手段であっても）、そのような他のペプチド断片は、本開示の範囲内に含まれる。本開示の方法は、列挙される遺伝子の発現の生成物の断片、ならびに完全な列挙される分子、または少なくともそれらのかなりの部分（例えば、測定される独特のエピトープ）を含有する分子、及びマーカーの修飾型を評価するために使用され得る。したがって、そのような断片、より大きい分子、及び修飾型は、本開示の範囲内に含まれる。
【０１０２】
本開示のマーカーの相同体及び対立遺伝子は、従来の技法によって特定され得る。本明細書で使用される場合、例えば、ヒトまたは他の動物からの遺伝子またはポリペプチドの相同体は、特定される遺伝子またはポリペプチドの高度の構造的及び機能的類似性を有する。本明細書で特定されるポリペプチドマーカーのヒト及び他の有機体相同体の特定は、当業者であれば、よく理解しているだろう。一般的に、核酸ハイブリダイゼーションは、既知の配列に対応する別の種（例えば、ヒト、ウシ、ヒツジ）の相同配列の特定に対して好適な方法である。標準的な核酸ハイブリダイゼーション手順を使用して、選択される同一性パーセントの関連核酸配列を特定することができる。例えば、選択される組織（例えば、結腸）のｍＲＮＡから逆転写されるｃＤＮＡｓのライブラリーを構築し、関連ヌクレオチド配列に対してそのライブラリーをスクリーンするために、本明細書で特定されるポリペプチドをコードする核酸を使用することができる。スクリーニングは、好ましくは、配列同一性によって密接な関係するそれらの配列を特定する高ストリンジェンシーな条件（本明細書の他の場所に記載される）を使用して実施される。そのように特定される核酸は、ポリペプチド中に翻訳され、そのポリペプチドは、活性を試験され得る。
【０１０３】
さらに、本開示は、本開示のマーカーに実質的に類似の配列同一性を有するポリヌクレオチド及びポリペプチドを含む。本明細書で使用される場合、２個のポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、それらのアミノ酸配列間に少なくとも約７０％の配列同一性、少なくとも約８０％の配列同一性、少なくとも約９０％の配列同一性、少なくとも約９５％の配列同一性、少なくとも約９９％の配列同一性、もしくは１００％の配列同一性がある場合、またはポリヌクレオチド（例えば、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド）が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で互いに安定した二重鎖を形成することができる場合、「実質的な配列同一性」を有する。本開示との関連において、遺伝的変異体は、マーカー遺伝子が１つを超える遺伝的変異の部位を有する場合であっても、マーカー遺伝子中で検出され得る。つまり、選択される遺伝的変異体は、例えば、遺伝的変異体を含むマーカー遺伝子の配列を決定することによって、間質性肺疾患を有する疑いがある個体からの試験試料中で検出され、対照または対照集団からのマーカー遺伝子の配列と比較され得る。試験及び対照完全長マーカー遺伝子配列は、１つを超える遺伝的変異体を含む場合があり、このため、互いに異なり得る、すなわち、１００％同一でなくてもよい。当業者であれば、遺伝的変異体が、例えば、遺伝的変異体部位を含むマーカー遺伝子の断片を増幅するＰＣＲまたは遺伝的変異体部位を含む配列に相補的なプローブを使用して、完全長未満のマーカー遺伝子配列である配列中で検出され得ることを理解するだろう。態様または実施形態が、配列同一性に言及する場合、その配列同一性は、本明細書に開示されるように、配列の一部分に関わり得る（例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、またはそれ以上の核酸塩基またはアミノ酸長）。
【０１０４】
前述のポリペプチドの機能的に同等な変異体を提供するために保存的アミノ酸置換がポリペプチド中で行われてもよく、すなわち、変異体は、ポリペプチドの機能的能力を保持する。本明細書で使用される場合、「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸置換が行われるタンパク質の相対電荷またはサイズ特性を変更しないアミノ酸置換を指す。変異体は、当業者に既知の、ポリペプチド配列を変えるための方法に従って調製することができる。例えば、ペプチドが間質性肺疾患関連ポリペプチドであることを決定する際に、そのペプチドのアミノ酸配列に保存的アミノ酸置換を行い、依然として、その特定の抗体結合特性を保持するポリペプチドを有することができる。さらに、当業者であれば、対立遺伝子変異体及びＳＮＰが、実質的に類似するポリペプチド及び同じもしくは実質的に類似するポリペプチド断片を生じさせるだろうことを理解するだろう。
【０１０５】
いくつかの比較研究を実施し、間質性肺疾患及び非間質性肺疾患（例えば、「対照」）個体の種々の群を使用してマーカーを特定した。表は、統計的有意性を伴って存在するか、または差次的に発現されることが発見されたマーカーを列挙する。したがって、これらのバイオマーカーは、間質性肺疾患及び疾患進行の指標である。ポリペプチドマーカーが複数の研究において統計的に有意であることが分かった場合、最も高い統計的有意性の観察に関連付けられるデータが提示される。したがって、１つの態様では、本開示は、間質性肺疾患のポリペプチドバイオマーカーを提供する。別の実施形態では、本開示は、ポリペプチドマーカーとの実質的な配列同一性を有するポリペプチドを提供する。別の実施形態では、本開示は、前述のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドを含む分子を提供する。本明細書で使用される場合、化合物は、それが天然に会合している．少なくとも１つの成分から分離されたとき、「単離される」と称される。例えば、ポリペプチドは、代謝産物、ポリヌクレオチド、及び他のポリペプチドを含む混入物質から分離される場合、単離されたと考えらえ得る。単離される分子は、合成的に調製されるか、またはそれらの自然環境から精製され得る。当該技術分野で既知の標準的な定量方法論を用いて、本開示の分子を得て、単離することができる。
【０１０６】
いくつかの変異は、マーカーの物理的及び化学的特性の測定値において固有である。変異の規模は、測定値を得るために使用される分離手段の再現性ならびに検出手段の特異性及び感受性にある程度左右される。好ましくは、マーカーを測定するために使用される方法及び技法は、感受性及び再現可能である。
【０１０７】
表に示されるデータは、マーカーを検出するために使用された方法を反映する。試料が実施例に記載されるように処理及び分析される場合、マーカーの保持時間は、およそ、マーカーに関して表示される値であり、つまり、表示される値の約１０％以内、表示される値の約５％以内、または表示される値の約１％以内であり、マーカーは、およそ、マーカーに関して表示される値の質量対電荷比を有する、つまり、表示される値の約１０％以内、表示される値の約５％以内、または表示される値の約１％以内である。
【０１０８】
本開示の別の実施形態は、間質性肺疾患に罹患する個体中で差次的に発現されるバイオマーカーの発現の検出のための複数の抗体もしくはそれらの抗原結合断片またはアプタマーを含むアッセイシステムに関する。複数の抗体もしくはそれらの抗原結合断片またはアプタマーは、間質性肺疾患に罹患する個体中で差次的に発現されるタンパク質に選択的に結合する抗体もしくはその抗原結合断片またはアプタマーから成り、それらは、抗体またはアプタマーを使用してタンパク質生成物として検出され得る。加えて、複数の抗体もしくはそれらの抗原結合断片またはアプタマーは、本明細書に提供される表からの遺伝子のうちのいずれかによってコードされるタンパク質またはその部分（ペプチド）に選択的に結合する抗体もしくはその抗原結合断片またはアプタマーを含む。
【０１０９】
本開示のある特定の実施形態は、間質性肺疾患に罹患する対象中に存在するか、または差次的に発現されると本明細書で特定された複数のバイオマーカーを利用する。本明細書で使用される場合、「患者」、「間質性肺疾患に罹患している対象」、「間質性肺炎に罹患している対象」、「間質性肺疾患患者」、「間質性肺炎対象」等の用語は、間質性肺疾患（例えば、ＩＩＰ、ＩＰＦ、ＦＩＰ）と診断された対象を指すことが意図される。「非対象」、「正常な個体」、「間質性肺疾患に罹患していない対象」等の用語は、間質性肺疾患と診断されていない対象を指すことが意図される。非間質性肺疾患対象は、健常であり、他の疾患を有しなくてもよく、またはそれらは間質性肺疾患以外の疾患を有してもよい。
【０１１０】
上記限定内の複数のバイオマーカーは、少なくとも２個以上のバイオマーカー（例えば、全整数単位で少なくとも２、３、４、５、６等から開示されるバイオマーカーの全てまで）を含み、そのようなバイオマーカーの任意の組み合わせを含む。そのようなバイオマーカーは、本明細書に提供される表に列挙される遺伝子多型またはポリペプチド、及び表に列挙される遺伝子のうちのいずれかによってコードされるポリペプチドのうちのいずれかから選択される。いくつかの実施形態では、本開示において使用される複数のバイオマーカーは、間質性肺炎等の間質性肺疾患に罹患していると診断されるか、またはその疑いがある個体の、発症または進行または臨床転帰の予測となることが実証されたバイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個、またはその全てを含む。
【０１１１】
本開示のポリペプチド及びポリヌクレオチドマーカーは、間質性肺疾患を診断する、疾患の度合い及び／または重症度を決定する、疾患の進行、療法への応答、及び／または肺移植の必要性を監視するための方法において有用である。マーカーはまた、間質性肺疾患を治療するための方法ならびに疾患のための治療の効能を評価するための方法においても有用である。そのような方法は、ヒト及び非ヒト対象において実施され得る。マーカーはまた、薬学的組成物として、またはキットにおいて使用され得る。マーカーはまた、それらの発現を調節する候補化合物をスクリーニングするために使用され得る。マーカーはまた、間質性肺疾患の治療のための候補薬物をスクリーニングするために使用され得る。そのようなスクリーニング法は、ヒト及び非ヒト対象において実施され得る。
【０１１２】
ポリペプチドマーカーは、当該技術分野で既知の任意の好適な方法によって単離され得る。ネイティブポリペプチドマーカーは、当該技術分野で既知の標準的方法（例えば、クロマトグラフィー、遠心分離、較差溶解度、免疫アッセイ）によって天然源から精製することができる。１つの実施形態では、ポリペプチドマーカーは、本明細書に開示されるクロマトグラフ法を使用して血清試料から単離され得る。別の実施形態では、ポリペプチドマーカーは、試料をマーカーに特異的に結合する基質結合抗体またはアプタマーと接触させることによって、試料から単離され得る。
【０１１３】
ポリヌクレオチドマーカーは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写物中で発見されることがあり、本開示のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み得る。１つの実施形態では、本開示は、ポリペプチドマーカーまたはそのようなポリペプチドを含む分子をコードするポリヌクレオチドを提供する。別の実施形態では、本開示は、ポリペプチドマーカーとの実質的な配列同一性を有するポリペプチドまたはそのようなポリペプチドを含む分子をコードするポリヌクレオチドを提供する。
【０１１４】
別の実施形態では、本開示は、マーカーの断片、前駆体、後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）、もしくは修飾型であるポリペプチド、またはそのようなポリペプチドを含む分子をコードするポリヌクレオチドを提供する。
【０１１５】
別の実施形態では、本開示は、マーカーの断片、前駆体、後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）、もしくは修飾型であるポリペプチド、またはそのようなポリペプチドを含む分子をコードするポリヌクレオチドへの実質的な配列類似性を有するポリヌクレオチドを提供する。２個のポリヌクレオチドは、それらのアミノ酸配列間に少なくとも約７０％の配列同一性、少なくとも約８０％の配列同一性、少なくとも約９０％の配列同一性、少なくとも約９５％の配列同一性、もしくは少なくとも９９％の配列同一性がある場合、またはポリヌクレオチドが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で互いに安定した二重鎖を形成することができる場合、「実質的な配列同一性」を有する。そのような条件は、本明細書の他の場所に記載される。ポリペプチドに関連して上に記載されるように、本開示は、ＳＮＰの結果である対立遺伝子変異体であるポリヌクレオチド、または別の場合には、遺伝コードの縮重に固有であるネイティブ物質中のそれらの存在に対するコドンであるポリヌクレオチドを含む。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、記載されるポリヌクレオチドは、間質性肺疾患の代用マーカーとして使用され得る。このため、例えば、ポリペプチドマーカーのレベルが間質性肺疾患対象中において上昇する場合、ポリペプチドマーカーよりもむしろ、そのポリペプチドマーカーをコードするｍＲＮＡにおける上昇が詮索され得る（例えば、対象における間質性肺疾患を診断するため）。
【０１１７】
ポリヌクレオチドマーカーは、当該技術分野で既知の任意の好適な方法によって単離され得る。ネイティブポリヌクレオチドマーカーは、当該技術分野で既知の標準的な方法によって天然源から精製され得る。１つの実施形態では、ポリヌクレオチドマーカーは、混合物を、ハイブリダイゼーション条件下でポリヌクレオチドマーカーに相補的な基質結合プローブと接触させることによって、混合物から単離され得る。
【０１１８】
あるいは、ポリヌクレオチドマーカーは、当該技術分野で既知の任意の好適な化学的または組み換え法によって合成され得る。１つの実施形態では、例えば、メーカーは、有機化学の方法及び技法を使用して合成され得る。別の実施形態では、ポリヌクレオチドマーカーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって生成され得る。
【０１１９】
本開示は、本開示のポリペプチドまたはポリヌクレオチドマーカーに特異的に結合する分子も包含する。１つの態様では、本開示は、ポリペプチドマーカーまたはポリヌクレオチドマーカーに特異的に結合する分子を提供する。本明細書で使用される場合、「特異的に結合すること」という用語は、結合対（例えば、抗体及び抗原またはアプタマー及びその標的）の間の相互作用を指す。いくつかの実施形態では、相互作用は、最大１０−６モル／リットル、最大１０−７モル／リットル、または最大１０−８モル／リットルの親和性定数を有する。他の実施形態では、「特異的に結合すること」という語句は、一方のタンパク質から他方（例えば、抗体、その断片、または抗原に対する結合パートナー）への特異的結合を指し、任意の標準的アッセイ（例えば、免疫アッセイ）によって測定される結合のレベルは、そのアッセイのバックグラウンド対照よりも統計的に有意に高い。例えば、免疫アッセイを実施するとき、対照は、典型的には、抗体または抗原結合断片を単独（すなわち、抗原の不在下で）含有する反応ウェル／管を含み、抗原の不在下における抗体またはその抗原結合断片による反応度（例えば、ウェルへの非特異的結合）の量は、バックグラウンドであると考えられる。結合は、酵素免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫ブロットアッセイ等）を含む、当該技術分野において標準的な多様な方法を使用して、測定することができる。
【０１２０】
結合分子には、抗体、アプタマー、及び抗体断片を含む。本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、抗原上に存在するエピトープに結合することができる免疫グロブリン分子を指す。本用語は、モノクローナル及びポリクローナル抗体等の無傷の免疫グロブリン分子だけではなく、二重特異性抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、抗特発性（抗ＩＤ）抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、融合タンパク質、及び必要とされる特異性の抗原認識部位を含む前述の任意の修飾物も包含することが意図される。本明細書で使用される場合、アプタマーは、標的上で望ましい作用を有する天然に生じない核酸である。望ましい作用には、標的への結合、標的を触媒活性的に変化させること、標的もしくはその標的の機能的活性を修飾する／変化させるように標的と反応すること、自滅阻害剤（ｓｕｉｃｉｄｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）のように標的と共有結合すること、標的と別の分子との間の反応を促進することが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、作用は、標的分子に対する特異的結合親和性であり、そのような標的分子は、大部分はワトソン／クリック塩基対または三重らせん結合によるものである機構を通して核酸リガントに結合するポリヌクレオチド以外の３次元化学構造であり、核酸リガントは、標的分子によって結合される既知の生理機能を有する核酸ではない。
【０１２１】
１つの態様では、本開示は、ＳＮＰマーカー、または前述の成分（例えば、マーカー遺伝子でコードされたポリペプチドを含むタンパク質）を含む分子に特異的に結合する抗体またはアプタマーを提供する。
【０１２２】
別の実施形態では、本開示は、マーカー遺伝子と実質的な配列同一性を有するポリペプチドまたは前述のポリペプチドを含む分子に特異的に結合する抗体またはアプタマーを提供する。
【０１２３】
別の実施形態では、本開示は、本明細書に提供される表中で特異的に特定されるマーカーとは構造的に異なるが、同じ（またはほぼ同じ）機能もしくは特性を有するポリペプチドマーカーもしくはポリヌクレオチドマーカー、または前述の成分を含む分子に特異的に結合する抗体またはアプタマーを提供する。
【０１２４】
本開示の別の実施形態は、間質性肺炎に罹患する個体において差次的に発現されるバイオマーカーの発現の検出のための複数のアプタマー、抗体、またはそれらの抗原結合断片に関する。複数のアプタマー、抗体、またはそれらの抗原結合断片は、間質性肺疾患に罹患する個体中で差次的に発現されるタンパク質に選択的に結合する抗体またはその抗原結合断片から成り、抗体を使用してタンパク質生成物として検出され得る。加えて、複数のアプタマー、抗体、またはそれらの抗原結合断片は、本明細書に提供される表からの遺伝子のうちのいずれかによってコードされるタンパク質またはその部分（ペプチド）に選択的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む。
【０１２５】
本開示に従って、複数のアプタマー、抗体、またはそれらの抗原結合断片は、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるバイオマーカーの全てを表す抗体またはそれらの抗原結合断片を含む、抗体またはそれらの抗原結合断片の、１個単位で、少なくとも２個、及びより好ましくは、少なくとも３個、及びより好ましくは、少なくとも４個、及びより好ましくは、少なくとも５個、及びより好ましくは、少なくとも６個、及びより好ましくは、少なくとも７個、及びより好ましくは、少なくとも８個、及びより好ましくは、少なくとも９個、及びより好ましくは、少なくとも１０個等から任意の好適な数までを指す。
【０１２６】
本開示のポリペプチドマーカーポリヌクレオチドマーカーに特異的に結合するある特定の抗体は、既に既知であるか、及び／または商業的供給源から購入可能であってもよい。任意の事象では、本開示の抗体は、当該技術分野で既知の任意の好適な手段によって調製され得る。例えば、抗体は、動物宿主にマーカーまたはその免疫原性断片で免疫を与えることによって調製され得る（必要に応じて、担体に共役される）。免疫学的応答を上昇させるために、アジュバント（例えば、フロイントアジュバント）が、任意に使用されてもよい。抗原性決定基に対する高親和性を有するポリクローナル抗体を含有する血清は、次いで、免疫化された動物から単離され、精製され得る。
【０１２７】
あるいは、免疫化宿主からの抗体産生組織が収集され、臓器から調製される細胞ホモジネートは、培養癌細胞と融合することができる。マーカーに特異的なモノクローナル抗体を生成するハイブリッド細胞が選択されてもよい。あるいは、本開示の抗体は、化学的合成によって、または組み換え発現によって生成され得る。例えば、抗体をコードするポリヌクレオチドを使用して、抗体の生成のための発現ベクターを構築することができる。本開示の抗体は、当該技術分野で既知の種々のファージディスプレイ法を使用して生成され得る。
【０１２８】
本開示のマーカーに特異的に結合する抗体またはアプタマーは、例えば、当該技術分野で周知の方法及び技法を使用する本開示のバイオマーカーを検出するための方法において使用され得る。いくつかの実施形態では、例えば、抗体は、検出分子または部分（例えば、染料及び酵素）と共役し、本開示のマーカーを検出するためのＥＬＩＳＡまたはサンドイッチアッセイにおいて使用され得る。
【０１２９】
別の実施形態では、本開示のポリペプチドマーカーまたはポリヌクレオチドマーカーに対する抗体またはアプタマーを使用して、マーカーに対する組織試料（例えば、薄い大脳皮質スライス）をアッセイすることができる。抗体またはアプタマーは、マーカーが組織切片中に存在する場合は、そこに特異的に結合することができ、組織中のマーカーの局在化を可能にする。同様に、放射性同位体で標識される抗体またはアプタマーは、インビボ撮像または治療用途のために使用され得る。
【０１３０】
本開示の別の態様は、本開示のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドマーカー、ポリペプチドもしくはポリヌクレオチドマーカー（例えば、抗体もしくはアプタマー）に特異的な結合分子、ポリペプチドもしくはポリヌクレオチドマーカーの阻害剤、またはポリペプチドマーカーもしくはポリヌクレオチドマーカーのレベルまたは活性を上昇させるか、または減少させることができる他の分子を含む、組成物を提供する。そのような組成物は、治療に使用するために製剤化された薬学的組成物であってもよい。
【０１３１】
あるいは、本開示は、本発明のマーカーの断片、修飾、前駆体、もしくは後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）である成分または前述の成分を含む分子に対する成分を含む組成物を提供する。
【０１３２】
別の実施形態では、本開示は、前述のポリヌクレオチドを含むポリペプチドまたは分子に結合するポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【０１３３】
別の実施形態では、本開示は、前述の抗体もしくはアプタマーを含むポリペプチドまたは分子に特異的に結合する抗体もしくはアプタマーを含む組成物を提供する。
【０１３４】
遺伝的変異体を検出するための方法
本開示はまた、本開示のバイオマーカーを検出する方法も提供する。本開示の実践は、別途指示のない限り、当該技術分野の範囲内の分析生化学、微生物学、分子生物学、及び組み換えＤＮＡ技法の従来的方法を用いる。このような技法は文献中で十分に説明される。（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．３ｒｄ，ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，２０００、ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｄ．Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．）、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｎ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）、Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）、ＣＲＣ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｐ．Ｔｉｊｅｓｓｅｎ，ｅｄ．）、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｂ．Ｎ．Ｆｉｅｌｄｓ  ａｎｄ  Ｄ．Ｍ．Ｋｎｉｐｅ，ｅｄｓ．）を参照されたい）。
【０１３５】
本発明の方法は、遺伝的変異体（例えば、ＳＮＰ）の存否を検出するいかなる特定の方法にも限定されず、いかなる好適な方法をも使用して変異体（複数可）の存否を検出することができ、その多数の検出方法が当該技術分野で既知である。動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）を使用して、遺伝的変異体を検出することができる。ＤＡＳＨ遺伝子型決定は、ミスマッチ塩基対の不安定性に起因するＤＮＡ中の融解温度の差異を活用する。プロセスは大幅に自動化され得、いくつかの単純な原理を含む。故に、本明細書に記載の態様及び実施形態は、間質性肺疾患に罹患するかまたはそれを発症することが疑われる（例えば家族歴により）対象からの試料（例えば、生体試料）におけるＳＮＰの存否を評定するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、１つ以上のＳＮＰを、対象からの１つ以上の試料中でスクリーニングする。ＳＮＰは、本明細書に開示のように、１つ以上の遺伝子、例えば、粘液性分泌物と関連する１つ以上の遺伝子または他の遺伝子と関連し得る。
【０１３６】
典型的には、標的のゲノム分節を、例えばビオチン化プライマーの使用及びクロマトグラフィーによって、非標的配列から増幅及び分離させる。特定の対立遺伝子に特異的なプローブを増幅産物に付加する。変異体配列または優勢対立遺伝子配列に特異的にハイブリダイズするようにプローブを設計することができる。プローブは、２本鎖ＤＮＡと結合するときに蛍光を発する分子で標識するか、またはその存在下で付加することができる。その後、Ｔｍを決定し得るまで、温度が上昇する間にシグナル強度を測定する。不一致配列（プローブ設計に応じて、遺伝子変異体または優勢対立遺伝子のいずれか）は、期待を下回るＴｍをもたらすことになる。
【０１３７】
ＤＡＳＨ遺伝子型決定はＴｍの定量可能な変化に依存するため、ＳＮＰだけでなく多くの型の突然変異を測定することができる。ＤＡＳＨの他の利点としては、標識していないプローブと動作するその能力、ならびにその単純な設計及び性能条件が挙げられる。
【０１３８】
分子指標もまた、遺伝的変異体を検出するために使用することができる。この方法は、特別に操作した１本鎖オリゴヌクレオチドプローブを使用する。オリゴヌクレオチドは、各末端に相補領域があり、間にプローブ配列が位置するように設計する。この設計により、その天然の単離状態にあるヘアピンまたはステムループ構造を帯びることが可能となる。蛍光色素分子がプローブの一端に、蛍光消光剤がもう一端に結合される。プローブのステムループ構造により蛍光色素分子は消光剤にごく近接しているため、分子が一切の蛍光を発することを防止する。また、プローブ配列のみが標的のゲノムＤＮＡ配列に相補的であるように、分子を操作する。
【０１３９】
アッセイ中に分子指標のプローブ配列がその標的ゲノムＤＮＡ配列に遭遇すると、プローブ配列はアニール及びハイブリダイズする。プローブ配列の長さによって、プローブのヘアピン分節は、より長くより安定したプローブ標的ハイブリッドの形成に有利なように変性することになる。この構造変化は、蛍光色素分子及び蛍光消光剤がヘアピン関連性に起因するそれらの密接な近接を持たないようにし、それにより分子が蛍光を発することを可能にする。
【０１４０】
一方で、プローブ配列が、わずか１つの非相補的ヌクレオチドしか持たない標的配列に遭遇すると、分子指標はその天然のヘアピン状態に優先的に留まり、蛍光は、蛍光色素分子が消光したままであるため、観察されないだろう。これら分子指標の特有の設計は、所与の位置でＳＮＰを特定するための単純な診断アッセイを可能にする。ある分子指標を野生型対立遺伝子に一致するように設計し、別の分子指標を対立遺伝子の突然変異体に一致するように設計する場合、この２つを使用して、個体の遺伝子型を特定することができる。第１のプローブの蛍光色素分子の波長のみがアッセイ中に検出される場合には、その個体は野生型と同型である。第２のプローブの波長のみが検出される場合には、個体は突然変異対立遺伝子と同型である。最後に、両波長が検出される場合には、両分子指標はそれらの相補体にハイブリダイズしているに違いないため、個体は両対立遺伝子を含み、かつヘテロ接合型であるに違いない。
【０１４１】
マイクロアレイを使用して遺伝的変異体を検出することもできる。数十万ものプローブを小型チップ上にアレイ化することができ、それにより多くの遺伝的変異体またはＳＮＰを同時に詮索することが可能となる。ＳＮＰ対立遺伝子は１つのヌクレオチドにおいてのみ異なるため、及びアレイ上の全プローブに対して最適なハイブリダイゼーション条件を達成することは困難であるため、標的ＤＮＡは、ミスマッチプローブにハイブリダイズする可能性を有する。これは、いくつかの余剰プローブを使用して各ＳＮＰを詮索することにより対処することができる。プローブは、いくつかの異なる位置でＳＮＰ部位を有し、かつＳＮＰ対立遺伝子とのミスマッチを含むように設計することができる。標的ＤＮＡのハイブリダイゼーションの差異量をこれら余剰プローブの各々と比較することによって、特異的なホモ接合型及びヘテロ接合型対立遺伝子を決定することが可能である。
【０１４２】
制限断片長多型法（ＲＦＬＰ）を使用して、遺伝的変異体及びＳＮＰを検出することができる。ＲＦＬＰは、多くの異なる制限エンドヌクレアーゼ、ならびに特有及び特異的な制限部位へのそれらの高い親和性を使用する。ゲルアッセイによってゲノム試料に対する指定及び断片長の決定を実施することで、酵素が期待した制限部位を切断するか否かを解明することが可能である。ゲノム試料の切断の失敗は、期待を上回って特定可能に大型である断片をもたらし、それは、ヌクレアーゼ活性からの保護を与えている、制限部位の地点で突然変異があることを示す。
【０１４３】
ＰＣＲ的及び増幅的方法を使用して、遺伝的変異体を検出することができる。例えば、テトラプライマーＰＣＲは、プライマーの２つの対を用いて、１回のＰＣＲ反応で２つの対立遺伝子を増幅する。プライマーは、２つのプライマー対がＳＮＰ位置で重複するが、各々は可能性のある対立遺伝子のうちの１つにのみ完全に一致するように設計する。結果として、所与の対立遺伝子がＰＣＲ反応中に存在する場合、異なる対立遺伝子配列を持つ代替対立遺伝子ではなく、その対立遺伝子に特異的であるプライマー対が、産物を産生する。２つのプライマー対は、それらのＰＣＲ産物が有意に異なる長さのものであることで、ゲル電気泳動によって容易に区別できるバンドを可能にするように、またはそれらが異なって標識されるように、設計することができる。
【０１４４】
プライマー伸長を使用して遺伝的変異体を検出することもできる。プライマー伸長は、まず、ＳＮＰヌクレオチドのすぐ上流にある塩基へのプローブのハイブリダイゼーション、次に、ＳＮＰヌクレオチドに相補的である塩基を付加することによってＤＮＡポリメラーゼがハイブリダイズしたプライマーを伸長させるという「ミニ配列決定」反応を伴う。検出される組み合わさった塩基が、ＳＮＰ対立遺伝子の存否を決定する。プライマー伸長は高精度のＤＮＡポリメラーゼ酵素に基づくため、本方法は概して信頼性が高い。プライマー伸長は、酷似した反応条件下で大部分のＳＮＰを遺伝子型決定することができるため、柔軟性も高い。プライマー伸長は、ある数のアッセイ形式において使用され、例えば、蛍光標識または質量分析を使用して検出することができる。
【０１４５】
プライマー伸長は、蛍光で標識したｄｄＮＴＰまたは蛍光で標識したデオキシヌクレオチド（ｄＮＴＰ）のいずれかの組み込みを伴うことができる。ｄｄＮＴＰでは、プローブは、ＳＮＰヌクレオチドのすぐ上流にある標的ＤＮＡにハイブリダイズし、単独の、ＳＮＰ対立遺伝子に相補的なｄｄＮＴＰが、プローブの３’末端に付加される（ジジオキシヌクレオチド中の欠けている３’−ヒドロキシルは、さらにヌクレオチドが付加されることを防止する）。各ｄｄＮＴＰを異なる蛍光シグナルで標識することで、同一の反応中での４つ全ての対立遺伝子の検出が可能となる。ｄＮＴＰでは、対立遺伝子特異的プローブは、詮索されるＳＮＰ対立遺伝子の各々に相補的である３’塩基を有する。標的ＤＮＡがプローブの３’塩基に相補的な対立遺伝子を含む場合、標的ＤＮＡはプローブに完全にハイブリダイズすることになり、ＤＮＡポリメラーゼがプローブの３’末端から伸長することを可能にする。これは、プローブの末端上への蛍光で標識したｄＮＴＰの組み込みによって検出される。標的ＤＮＡがプローブの３’塩基に相補的な対立遺伝子を含まない場合、標的ＤＮＡは、プローブの３’末端でミスマッチを産生することになり、ＤＮＡポリメラーゼは、プローブの３’末端から伸長することができなくなる。
【０１４６】
ｉＰＬＥＸ（登録商標）ＳＮＰ遺伝子型決定方法は、わずかに異なる手法を取り、質量分析計による検出に頼る。伸長プローブは、多くの異なるＳＮＰアッセイをＰＣＲ混液中で増幅及び分析できるようなやり方で設計する。伸長反応は、上記のようにｄｄＮＴＰを使用するが、ＳＮＰ対立遺伝子の検出は、蛍光分子ではなく伸長産物の実際の質量に依存する。この方法は、低〜中位のハイスループットに対してであり、ゲノムワイド発見向けではない。
【０１４７】
しかしながら、プライマー伸長方法はハイスループット分析に適している。プライマー伸長プローブはスライド上にアレイ化することができるため、多くのＳＮＰを一度に遺伝子型決定することが可能となる。アレイ化プライマー伸長（ＡＰＥＸ）として広義に言及されるこの技術は、プローブの示差ハイブリダイゼーションに基づく方法と比べていくつかの利点を有する。比較的に、ＤＮＡマイクロアレイ上の数千ものプローブに対して最適なハイブリダイゼーション条件を得ることが多くの場合に不可能であるため（通常これは極めて余剰なプローブを有することによって対処される）、ＡＰＥＸ方法は、示差ハイブリダイゼーションを使用する方法よりも卓越した識別力を持つ。
【０１４８】
オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイを使用して遺伝的変異体を検出することもできる。ＤＮＡリガーゼは、直に隣接するＤＮＡ断片の５’末端へのＤＮＡ断片の３’末端のライゲーションを触媒する。この機序を使用して、ＳＮＰ多型性部位の真上で２つのプローブを直接ハイブリダイズさせることで、プローブが標的ＤＮＡと同一である場合にライゲーションを起こすことにより、ＳＮＰを詮索することができる。例えば、標的ＤＮＡに、その３’塩基がＳＮＰヌクレオチドの真上に位置するようにハイブリダイズする対立遺伝子特異的プローブ、及びライゲーション反応のための５’末端を提供する、ＳＮＰ多型性部位の上流（相補鎖における下流）にある鋳型をハイブリダイズする第２のプローブという、２つのプローブを設計することができる。対立遺伝子特異的プローブが標的ＤＮＡに一致する場合、それは標的ＤＮＡに十分にハイブリダイズし、ライゲーションが起こる。ライゲーションは概して、ミスマッチの３’塩基の存在下では起こらない。ライゲーションした、またはライゲーションしていない産物は、ゲル電気泳動、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析によって、またはキャピラリー電気泳動によって、検出することができる。
【０１４９】
Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性は、遺伝的変異体の検出に使用することができる。アッセイはＰＣＲ反応と同時に行い、結果をリアルタイムで読取ることができる。アッセイは、ＳＮＰ多型性部位を含む領域を増幅する正及び逆ＰＣＲプライマーを必要とする。対立遺伝子の識別は、ＦＲＥＴ、及びＳＮＰ多型性部位にハイブリダイズする１つまたは２つの対立遺伝子特異的プローブを使用して達成する。プローブは、それらの５’末端に連結した蛍光色素分子と、それらの３’末端に連結した蛍光消光剤分子とを有する。プローブが無傷である間、蛍光消光剤は、蛍光色素分子にごく近接したままとなることで、蛍光色素分子のシグナルを排除する。ＰＣＲ増幅ステップ中に、対立遺伝子特異的プローブがＳＮＰ対立遺伝子に完全に相補的である場合、それは標的ＤＮＡ鎖と結合し、その後、それがＤＮＡをＰＣＲプライマーから伸長させるときに、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性によって分解される。プローブの分解は、蛍光消光剤分子からの蛍光色素分子の分離をもたらすことで、検出可能なシグナルを生成する。対立遺伝子特異的プローブが完全に相補的ではない場合、それは、より低い融解温度を有し、さほど効率的には結合しないこととなる。これは、ヌクレアーゼがプローブに作用することを防止する。
【０１５０】
フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）検出は、プライマー伸長、及び２つの標識を相互にごく近接させるライゲーション反応における検出に使用することができる。それは、５’ヌクレアーゼ反応、分子指標反応、及び近隣ドナー／アクセプター対がそれらをまとめているステムループ構造の開裂または断絶によって分離される侵入的開裂反応に使用することもできる。ＦＲＥＴは、２つの条件が満たされるときに起こる。第１に、蛍光ドナー染料の発光スペクトルは、アクセプター染料の励起波長と重複する必要がある。第２に、エネルギー移動は距離と共に急速に下降するため、２つの染料は相互にごく近接している必要がある。ＦＲＥＴは、この近接要件のために、ある数の対立遺伝子識別機序のための優れた検出方法なのである。
【０１５１】
種々の染料をＦＲＥＴに使用することができ、それらは当該技術分野で既知である。最も一般的なものは、フルオレセイン、シアニン染料（Ｃｙ３〜Ｃｙ７）、ローダミン染料（例えばローダミン６Ｇ）、Ａｌｅｘａシリーズの染料（Ａｌｅｘａ  ４０５〜Ａｌｅｘａ  ７３０）である。これらの染料の一部は、ＦＲＥＴネットワークで使用されている（複数のドナー及びアクセプターを持つ）。これら全てを撮像するための光学は、ＵＶから近ＩＲ（例えばＡｌｅｘ  ４０５〜Ｃｙ７）までの検出、及びＡｔｔｏシリーズの染料（Ａｔｔｏ−Ｔｅｃ  ＧｍｂＨ）を必要とする。ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎからのＡｌｅｘａシリーズの染料は、全スペクトル域を網羅する。これらは非常に鮮やかかつ光安定性である。
【０１５２】
ＦＲＥＴ標識化のための例示的な染料対としては、Ａｌｅｘａ−４０５／Ａｌｅｘ−４８８、Ａｌｅｘａ−４８８／Ａｌｅｘａ−５４６、Ａｌｅｘａ−５３２／Ａｌｅｘａ−５９４、Ａｌｅｘａ−５９４／Ａｌｅｘａ−６８０、Ａｌｅｘａ−５９４／Ａｌｅｘａ−７００、Ａｌｅｘａ−７００／Ａｌｅｘａ−７９０、Ｃｙ３／Ｃｙ５、Ｃｙ３．５／Ｃｙ５．５、及びＲｈｏｄａｍｉｎｅ−Ｇｒｅｅｎ／Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ−Ｒｅｄなどが挙げられる。銀及び金ナノクラスターなどの蛍光金属ナノ粒子も使用することができる（Ｒｉｃｈａｒｄｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００８）Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ１３０：５０３８−３９、Ｖｏｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ１０４：１２６１６−２１、Ｐｅｔｔｙ  ａｎｄ  Ｄｉｃｋｓｏｎ（２００３）Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ１２５：７７８０−８１）。利用可能なフィルター、ダイクロイックミラー、マルチクロイックミラー、及びレーザーが、染料の選択に影響し得る。
【０１５３】
ポリヌクレオチド及びポリペプチド発現レベルを含むマーカーを検出する方法
本開示のマーカーは、ＬＣ−ＭＳ、ＧＣ−ＭＳ、免疫アッセイ、ハイブリダイゼーション、及び酵素アッセイを含むがこれらに限定されない、当業者に既知の任意の方法によって検出し得る。検出は、定量的または定性的であってもよい。質量分析、クロマトグラフィーによる分離、２−Ｄゲル分離、結合アッセイ（例えば免疫アッセイ）、競合的阻害アッセイなどを含む、多種多様な従来的技法が利用可能である。ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの存否、レベル、または活性を測定するための当該技術分野において有効な一切の方法が、本開示に含まれる。いずれの方法が特定のマーカーを測定するのに最も適切であり得るのかを決定することは、当業者の能力の範囲内である。故に、例えばＥＬＩＳＡアッセイは診療所での使用に最適であり得、一方でより精巧な計装を必要とする測定は臨床検査室での使用に最適であり得る。選択される方法に関わらず、測定が再現可能であることが重要である。
【０１５４】
本開示のマーカーは、高感度及び高再現性を持つ分析物の直接測定を可能にする質量分析によって測定することができる。ある数の質量分析法が利用可能である。例えばエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）は、別のものに対する１つの試料中の種々の種の相対濃度における差異の定量を可能にし、絶対定量は、正規化技法によって（例えば内部標準を使用して）可能となる。マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）または関係するＳＥＬＤＩ（登録商標）技術（Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ，Ｉｎｃ．）を使用して、マーカーが存在するか否か、及びマーカーの相対または絶対レベルの決定をすることもできる。飛行時間型（ＴＯＦ）測定を可能にする質量分析計は、高精度及び高分解能を有し、血清またはＣＳＦなどの複雑なマトリックス中であっても、数の少ない種を測定することができる。
【０１５５】
タンパク質マーカーについては、定量は、同位体コード化親和性タグ（「ＩＣＡＴ」）として言及される同位体標識化と組み合わせた誘導体化に基づき得る。この方法及び他の関係する方法では、２つの試料中の特定のアミノ酸を差次的及び同位体的に標識し、続いて、固相補足、洗浄、及び放出によってペプチドバックグラウンドから分離させる。その後、異なる同位体標識を持つ２つ起源からの分子の強度を、相互に対して正確に定量することができる。定量は、測定するものに相似の同位体標識したペプチドまたはタンパク質を急増させることによる同位体希釈法に基づくこともできる。さらに、定量は、同様のマトリックスにおける標準の別の測定と比較した分析物の直接強度を使用して、同位体標準なしで決定することもできる。
【０１５６】
加えて、タンパク質を分離させ、銀染色、蛍光、または放射性標識化によるゲルの点を定量するために、１次元及び２次元ゲルが使用されている。異なって染色されたこれらの点は、質量分析を使用して検出され、タンデム質量分析技法によって特定されている。
【０１５７】
１つの実施形態では、液体クロマトグラフィー質量分析またはガスクロマトグラフィー質量分析などの、分離技法に関連した質量分析を使用して、マーカーを測定する。具体的には、逆相液体クロマトグラフィーを、高分解能、高質量精度ＥＳＩ飛行時間型（ＴＯＦ）質量分光法に連結させることにより、比較的少量のいかなる複雑な生体物質からも、数多くの生体分子のスペクトル強度測定が可能となる。この形での試料の分析が、マーカー（特定のＲＴ及びｍ／ｚを特徴とする）を決定し定量することを可能にする。
【０１５８】
当業者には理解されるだろう通り、多くの他の分離技術を、質量分析と関連して使用し得る。例えば、多岐にわたる分離カラムが市販されている。加えて、分離は、特注のクロマトグラフィー表面（例えば、マーカー特異性試薬が固定化されたビーズ）を使用して実施してもよい。続いて媒体上に保持された分子を、質量分析による分析のために溶出させ得る。
【０１５９】
液体クロマトグラフィー−質量分析による分析は質量強度スペクトルを提供し、そのピークは試料の種々の成分を表し、各成分は特徴的な質量対電荷比（ｍ／ｚ）及び保持時間（ＲＴ）を有する。マーカーのｍ／ｚ及びＲＴを持つピークの存在は、マーカーが存在することを示す。マーカーを表すピークを、別のスペクトルからの（例えば、対照試料からの）対応するピークと比較して、相対測定を得てもよい。定量的測定が所望の場合は、当該技術分野における任意の正規化技法（例えば、内部標準）を使用し得る。「逆たたみ込み」ソフトウェアが、重複しているピークを分離させるために利用可能である。保持時間は、液体クロマトグラフィー分離の実施に用いられる条件にある程度依存する。表に見られる保持時間を得るために使用される好適な条件を実施例に示す。質量分析計は、高質量精度及び高質量分解能を提供することが好ましい。例えば、較正の取れたＭｉｃｒｏｍａｓｓ  ＴＯＦ計器の質量精度はおよそ５ｍＤａであると報告され、分解能ｍ／Δｍは５０００を超過する。
【０１６０】
一部の実施形態では、マーカーのレベルは、一致抗体対及び化学発光検出を使用するサンドイッチＥＬＩＳＡなどの標準的な免疫アッセイを使用して決定し得る。市販または特注のモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を典型的には使用する。しかしながら、アッセイは、マーカーと特異的に結合する他の試薬との使用に適合させることができる。標準的なプロトコル及びデータ分析を使用して、アッセイデータからのマーカー濃度を決定する。
【０１６１】
上で考察したある数のアッセイは、マーカーと特異的に結合する試薬を用いる。マーカーと特異的に結合することができるいずれの分子もが本開示内に含まれる。一部の実施形態では、結合分子は抗体または抗体断片である。他の実施形態では、結合分子は、アプタマーなどの非抗体種である。故に、例えば、結合分子は酵素であってもよく、マーカーはそのための基質である。結合分子は、標的マーカーのいかなるエピトープをも認識し得る。
【０１６２】
上記のように、結合分子は、当該技術分野で認められているいずれの方法によっても特定及び産生し得る。分析物に特異的な抗体及び抗体断片を特定及び産生するための方法は周知である。結合分子を特定するために使用される他の方法の例としては、Ｆランダムペプチドライブラリ（例えば、ファージディスプレイ法）を用いた結合アッセイ、及びマーカーの構造の分析に基づく設計方法が挙げられる。
【０１６３】
本開示のマーカーも、当該技術分野で既知のある数の化学的誘導体化または反応技法を使用して検出または測定し得る。このような技法における使用のための試薬は当該技術分野で既知であり、ある特定のクラスの標的分子に対して市販されている。
【０１６４】
最後に、上記のクロマトグラフフィー分離技法はまた、タグ付き分子の蛍光検出、ＮＭＲ、キャピラリーＵＶ、蒸発光散乱または電気化学検出などの、質量分析以外の分析技法と連結させてもよい。
【０１６５】
本開示のＲＮＡまたはタンパク質マーカーの相対量の測定は、当該技術分野で既知のいずれの方法によってもよい（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．，Ｆｒｉｔｓｈ，Ｅ．Ｆ．，ａｎｄ  Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｔ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．２ｎｄ，ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９、及びＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｅｄｓ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ：１９９２を参照されたい）。ＲＮＡ検出のための典型的な方法論は、細胞または組織試料からのＲＮＡの抽出、続く標的ＲＮＡに特異的な標識したプローブ（例えば、相補的ポリヌクレオチド）の抽出したＲＮＡへのハイブリダイゼーション、及びプローブの検出（例えば、ノーザンブロット）を含む。タンパク質検出のための典型的な方法論は、細胞または組織試料からのタンパク質の抽出、続く標的タンパク質に特異的な標識したプローブ（例えば、抗体）のタンパク質試料へのハイブリダイゼーション、及びプローブの検出を含む。標識群は、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であることができる。特定のタンパク質及びポリヌクレオチドの検出はまた、当業者に周知の多くの他の技法の中でも、ゲル電気泳動、カラムクロマトグラフィー、直接配列決定、または定量的ＰＣＲ（ポリヌクレオチドの場合）などによっても評定し得る。
【０１６６】
本開示のマーカー遺伝子の全てまたは一部のコピーの存在または数の検出は、当該技術分野で既知である任意の方法を使用して実施し得る。典型的には、サザン解析によってＤＮＡまたはｃＤＮＡの存在及び／または量を評定することが簡便であり、この解析では、細胞または組織試料からの総ＤＮＡを抽出し、標識したプローブ（例えば相補的ＤＮＡ分子）とハイブリダイズさせ、プローブを検出する。標識群は、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であることができる。ＤＮＡ検出及び／または定量の他の有用な方法としては、当業者に既知であるように、直接配列決定、ゲル電気泳動、カラムクロマトグラフィー、及び定量的ＰＣＲが挙げられる。
【０１６７】
ポリヌクレオチドは、同様に、相補的または部分相補的配列を持つ一本鎖核酸間のハイブリダイゼーションによって評価することができる。このような実験は当該技術分野で周知である。本明細書で言及する高厳密性のハイブリダイゼーション及び洗浄条件は、ハイブリダイゼーション反応中のプローブに使用される核酸分子との少なくとも約８０％の核酸配列同一性を有する核酸分子の単離を許す条件（すなわち、約２０％以下の核酸のミスマッチを許す条件）を指す。
【０１６８】
本明細書で言及する超高厳密性のハイブリダイゼーション及び洗浄条件は、ハイブリダイゼーション反応中のプローブに使用される核酸分子との少なくとも約９０％の核酸配列同一性を有する核酸分子の単離を許す条件（すなわち、約１０％以下の核酸のミスマッチを許す条件）を指す。上で考察したように、当業者は、Ｍｅｉｎｋｏｔｈら同書中の式を使用して、これら特定のレベルのヌクレオチドミスマッチを達成するために適切なハイブリダイゼーション及び洗浄条件を算出することができる。このような条件は、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドが形成されるのか、ＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドが形成されるのかに応じて異なることになる。算出したＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドについての融解温度は、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドより１０℃低い。特定の実施形態では、ＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドに対するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、適切な洗浄条件をもって、約２０℃〜約３５℃（低ストリンジェンシー）、より好ましくは約２８℃〜約４０℃（よりストリンジェント）、さらにより好ましくは約３５℃〜約４５℃の温度（さらに一層ストリンジェント）で、６倍ＳＳＣ（０．９Ｍ  Ｎａ＋）のイオン強度でのハイブリダイゼーションを含む。特定の実施形態では、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドに対するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、同様に適切な洗浄条件をもって、約３０℃〜約４５℃、より好ましくは約３８℃〜約５０℃、さらにより好ましくは約４５℃〜約５５℃の温度で、６倍ＳＳＣ（０．９Ｍ  Ｎａ＋）のイオン強度でのハイブリダイゼーションを含む。これらの値は、約１００個のヌクレオチドより大きい分子、０％のホルムアミド、及び約４０％のＧ＋Ｃ含有量に対する融解温度の算出に基づく。あるいは、Ｔｍは、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，ｓｕｐｒａ，ｐａｇｅｓ  ９．３１〜９．６２に示されるように、実験的に算出することができる。概して、洗浄条件は可能な限りストリンジェントであるべきであり、選択したハイブリダイゼーション条件に対して適切であるべきである。例えば、ハイブリダイゼーション条件は、特定のハイブリッドの算出したＴｍをおよそ２０〜２５℃下回る塩及び温度条件の組み合わせを含むことができ、洗浄条件は、典型的には、特定のハイブリッドの算出したＴｍをおよそ１２〜２０℃下回る塩及び温度条件の組み合わせを含む。ＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドとの使用に好適なハイブリダイゼーション条件の一例としては、約４２℃の６倍ＳＳＣ（５０％のホルムアミド）中での２〜２４時間のハイブリダイゼーション、続く約２倍のＳＳＣにおける室温での１回以上の洗浄を含む洗浄ステップ、続くより高温及びより低いイオン強度でのさらなる洗浄（例えば、約０．１倍〜０．５倍のＳＳＣにおける約３７℃での少なくとも１回の洗浄、続く約０．１倍〜０．５倍のＳＳＣにおける約６８℃での少なくとも１回の洗浄）が挙げられる。他のハイブリダイゼーション条件、及び例えば、核酸アレイとの併用で最も有用なものは、当業者には既知であるだろう。
【０１６９】
間質性肺疾患の診断、モニタリング、及び治療
本開示は、間質性肺炎、特発性間質性肺炎、家族性間質性肺炎、特発性肺線維症などの間質性肺疾患の診断方法、異なる型の間質性肺疾患の間での患者の層別化方法、及び／または同様の症状を引き起こし、胸部レントゲン写真上で同様の異常を示す他の型の肺疾患の除外方法、ならびに関係する方法を含む。概して、本明細書に記載のバイオマーカーは、間質性肺疾患の他の兆候、症状、及び、レントゲン写真、肺組織の病理学的評価、または文献中で報告される間質性肺疾患バイオマーカーなどの臨床検査と組み合わせて測定されることが期待される。同じく、２つ以上の本開示のバイオマーカーを組み合わせて測定してもよい。本開示のバイオマーカー、及び本明細書に特別に列挙されていないマーカーを含む当該技術分野で既知の任意の他のマーカーの測定は、本開示の範囲内にある。この実施形態に適切なマーカーとしては、正常または対照試料からの試料と比較して、生体、及び特に肺試料から得た試料中に存在するか、または試料中で増加すると特定されたマーカーが挙げられる。この実施形態に適切な他のマーカーとしては、このようなマーカーの断片、前駆体、後続体（ｓｕｃｃｅｓｓｏｒ）、及び修飾型、このようなマーカーと相当な配列同一性を有するポリペプチドが挙げられる。この実施形態に適切な他のマーカーは、本明細書の開示を踏まえて当業者には明らかとなるだろう。
【０１７０】
「間質性肺疾患」または「ＩＬＤ」という用語は、当該技術分野におけるその平易かつ通常の意味に従って本明細書で使用される。間質性肺疾患は、間質に影響を及ぼす肺疾患である。ＩＬＤは、息切れ、慢性咳嗽、疲労及び衰弱、食欲減退、ならびに／または急速な喪失を特徴とし得る。本明細書に記載の態様または実施形態がＩＬＤに言及する場合、ＩＬＤはＩＩＰであってもよい。本明細書に記載の態様または実施形態がＩＬＤに言及する場合、ＩＬＤはＦＩＰであってもよい。本明細書に記載の態様または実施形態がＩＬＤに言及する場合、ＩＬＤはＩＰＦであってもよい。本明細書に記載の態様または実施形態がＩＬＤに言及する場合、ＩＬＤはＩＩＰであってもよい。さらなる線維性肺疾患としては、急性間質性肺炎（ＡｌＰ）、呼吸細気管支炎関連性間質性肺疾患（ＲＢＩＬＤ）、剥離性間質性肺炎（ＤＩＰ）、非特異的間質性肺炎（ＮＳＩＰ）、特発性器質化肺炎（ＢＯＯＰ）が挙げられる。ＡＩＰは、急速進行性かつ組織学的に独特な形の間質性肺炎である。病理学的パターンは、既知の原因の急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）及び他の急性間質性肺炎においても見出されるびまん性肺胞障害（ＤＡＤ）の器質化形態である（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ  Ｌｕｎｇ  Ｄｉｓｅａｓｅ（２００６  ｅｄ．）ｐｐ  ６１−６３を参照されたい）。
【０１７１】
ＲＢＩＬＤは、喫煙者における呼吸細気管支の炎症性病変を特徴とする。ＲＢＩＬＤの組織学的所見は、呼吸細気管支及び周囲の気腔内の色素沈着したマクロファージの蓄積、気管支周囲の線維化した肺胞中隔の可変的な肥厚、及びわずかに関連した肺壁の炎症を特徴とする（Ｗｅｌｌｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｓｅｍ  Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．ｖｏｌ．２４を参照されたい）。
【０１７２】
ＤＩＰは、間質性炎症及び／または線維症と関連する肺胞腔における大量のマクロファージの蓄積を特徴とする稀な間質性肺疾患である。マクロファージは、頻繁に淡褐色色素を含有する。リンパ結節は一般的であり、疎らではあるが独特の好酸球浸潤物である。ＤＩＰは喫煙者に最も一般的である（Ｔａｚｅｌａａｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｓｅｐ．２１，２０１０）Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙを参照されたい）。
【０１７３】
ＮＳＩＰは、短期間にわたって現れる均一な間質性炎症及び線維症を病理学的に特徴とする。ＮＳＩＰは、その予後が概して良好であるという点で、他の間質性肺疾患とは異なる。加えて、ＮＳＩＰに見られる実質性変化の一時的均一性は、通常の間質性肺炎の一時的不均一性と著しい対照を成す（Ｃｏｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｂｒｉｔ  Ｊ  Ｒａｄｉｏ１７４：１８９を参照されたい）。
【０１７４】
ＢＯＯＰは、ＮＳＩＰとは異なり、最初の急性症状から数日以内に致死的となり得る。それは急性呼吸促迫症候群の急激な発症を特徴とするため、臨床的に、急速進行性ＢＯＯＰは急性間質性肺炎と区別不能であり得る。組織学的特徴としては、肉芽組織を形成し、末梢気道及び肺胞腔を塞ぐ単核性炎症細胞塊が挙げられる。肉芽組織のこれらの栓は、肺胞管内を移動するポリープを形成し得るか、または壁に局部的に付着し得る。（Ｗｈｉｔｅ＆Ｒｕｔｈ−Ｓａａｄ（２００７）Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｎｕｒｓｅ  ２７：５３を参照されたい）。
【０１７５】
これらの疾患に対して利用可能な特徴及び療法についてのさらなる詳細は、例えば、米国肺協会のウェブサイトｌｕｎｇｕｓａ．ｏｒｇ／ｌｕｎｇ−ｄｉｓｅａｓｅ／ｐｕｌｍｏｎａｒｙ−ｆｉｂｒｏｓｉｓで見出すことができる。肺障害の診断的指標としては、生検（例えば、ＶＡＴＳまたは外科的肺生検）、高分解能コンピュータ断層撮影法（ＨＲＴＣ）、または、努力性呼気量（ＦＥＶ１）、肺活量（ＶＣ）、努力性肺活量（ＦＶＣ）、及びＦＥＶ１／ＦＶＣなどの呼吸計量が挙げられる。
【０１７６】
突発性間質性肺炎（ＩＩＰ）としては、突発性肺線維症及び家族性間質性肺炎（ＦＩＰ）を挙げることができる。突発性間質性肺炎（ＩＩＰ）は、病因不明のびまん性間質性肺疾患の一部である（「突発性」という用語は原因不明を示す）。ＩＩＰは、浸潤物を伴う間質画分（すなわち、上皮基底膜と内皮基底膜との間にサンドイッチされた肺実質のその部分）の膨張を特徴とする。浸潤物には、コラーゲン沈着の異常またはコラーゲン合成可能な線維芽細胞の増殖のいずれかの形態にある線維症が付随する。
【０１７７】
突発性肺線維症（ＩＰＦ）は世界中で数千もの人々に発生し、過去１０年で有病率が倍増している。ＩＰＦの発症は、年齢約５０〜７０歳で発生し、進行性の息切れ及び低酸素血症と共に開始する。ＩＰＦの平均生存期間は約３〜５年である。状態の病因及び発症機序はよく分かっていない。ＩＰＦの全症例の約５〜２０パーセントが家族歴を有し、遺伝形質は常染色体優性であるように見える。
【０１７８】
対象が間質性肺疾患に罹患しているか否かを決定するための方法を本明細書で提供する。別の態様では、本開示は、対象において間質性肺疾患を診断するための方法を提供する。これらの方法は、間質性肺炎に罹患している疑いがあるか、もしくは間質性肺疾患を発病する危険性のある対象から生体試料を得ること、試料中の１つ以上のバイオマーカーの存在もしくはレベルもしくは活性を検出すること、及び結果を、対照もしくは正常対象から得た試料中のマーカー（複数可）の存在、レベル、もしくは活性と、または参照範囲もしくは値と比較することを含む。本明細書で使用される「生体試料」という用語は、一切の体液または組織（例えば、粘液、全血、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血清、血漿、血液、脳脊髄液、尿、唾液、肺組織）からの試料を含む。
【０１７９】
当業者は、血液試料または口腔粘膜検体が、肺細胞と同一の遺伝子配列情報を担持することが期待されることを理解するだろう。所与の発現レベルの検出に対しては、肺組織試料及び他の生体液を典型的には使用する。生体試料としては、肺粘膜試料、または、血液もしくは血液成分（血漿、血清）、痰、粘液、尿、唾液などの生体液を挙げることができる。肺粘膜試料は、当該技術分野で既知の方法、例えば、気管支上皮ブラシまたは呼気凝縮液を使用して得ることができる。さらなる方法としては、気管支生検、気管支洗浄、気管支肺胞洗浄、全肺洗浄、経内視鏡生検、経咽頭鏡カテーテル、及び経気管洗浄が挙げられる。比較及び安全性の問題を含む一般に使用される技法の概説は、Ｂｕｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｒｉｔ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ  １７２：８０７−８１６中で提供される。洗浄技法のために、気管支鏡を気道の所望のレベルに挿入することができる。少量の無菌の生理学的に許容される液体（例えば、緩衝生理食塩水）を放出し、即座に吸引する。洗浄物質は、粘膜及び上皮からの細胞を含有する（Ｒｉｉｓｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｅｕｒ  Ｒｅｓｐ  Ｊ  ９：１６６５）。気管支上皮ブラシの使用のためには、無菌の無刺激性（例えば、ナイロン）の細胞診ブラシを使用することができる。複数回の擦過を取り、代表試料抽出を確実にすることができる。その後ブラシを生理学的に許容される液体中で撹拌し、常法を使用して細胞及び残屑を分離させる（Ｒｉｉｓｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｅｕｒ  Ｒｅｓｐ  Ｊ  ５：３８２）。細胞成分は、当該技術分野で既知の方法、例えば遠心分離を使用して単離することができる。同様に、細胞内成分（例えば、エキソームまたはベシクル）は、既知の方法または市販の分離製品（ＢｉｏＣａｔ，Ｓｙｓｔｅｍ  Ｂｉｏ，Ｂｉｏｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃなどから入手可能）を使用して単離することができる。例示的な方法は、例えば、Ｔｈｅｒｙ  ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌによって説明される。
【０１８０】
典型的には、標準バイオマーカーレベルまたは参照範囲は、正常対照の集合における同一のマーカーまたは複数のマーカーを測定することによって得る。標準バイオマーカーレベルまたは参照範囲の測定は、同時期に行う必要はなく、過去の測定であってもよい。正常対照は、一部の属性（複数可）（例えば、年齢）に関して個体に一致することが好ましい。測定したものと標準レベルまたは参照範囲との間の差異に応じて、個体は間質性肺疾患に罹患しているとして、または間質性肺疾患に罹患していないとして診断することができる。一部の実施形態では、個体試料におけるバイオマーカーまたは複数のバイオマーカーの発現レベルが、正常対照と関連付けられているバイオマーカーまたは複数のバイオマーカーの発現レベルよりも、間質性肺疾患と関連付けられているバイオマーカーまたは複数のバイオマーカーの発現レベルの方に統計的により類似している場合に、間質性肺疾患が個体中で診断される。
【０１８１】
ここで間質性肺疾患として言及されるものは、関係はするが区別である数の状態を含む。分類を行うことができ、これらの型を亜型へとさらに区別してもよい。ありとあらゆる種々の形態の間質性肺疾患が本開示の範囲内であると意図される。実に、バイオマーカー測定レベルに基づいて個体を部分集合化するための方法を提供することにより、本開示の組成物及び方法を使用して、本疾患の種々の形態を発見及び定義し得る。
【０１８２】
本開示の方法を使用して、個体の症状または他の臨床もしくは準臨床検査の結果などの他の情報から独立して間質性肺炎の診断を行い得る。しかしながら、本開示の方法は、このような他のデータポイントと併せて使用してもよい。
【０１８３】
診断が単一の検査結果のみに基づくことは稀であるため、本方法を使用して、測定したものとバイオマーカーの標準レベルまたは参照範囲との間の差異に基づいて、対象が間質性肺疾患に罹患している可能性の方が高いのか、または別の疾患に罹患しているよりは間質性肺疾患に罹患している可能性の方が高いのかを決定することができる。故に、例えば、間質性肺疾患の推定診断を受けた個体は、本開示の方法によって提供される情報を踏まえて、間質性肺疾患に罹患している「可能性が高い」または「可能性が低い」として診断され得る。複数のバイオマーカーを測定した場合、対象が間質性肺疾患に罹患している（または罹患している可能性が高い）として診断されるためには、少なくとも１つ及び最大で測定したバイオマーカーの全てが、適切な方向に異なる必要がある。一部の実施形態では、このような差異は統計的に有意である。
【０１８４】
生体試料は、血清または組織試料を含むいかなる組織または液体のものでもよいが、他の生体液または組織を使用してもよい。可能性のある生体液としては、粘液、全血、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血漿、尿、唾液、及び肺組織が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、マーカーのレベルを、別のマーカー、または、異なる組織、液体、もしくは生体「画分」における一部の他の成分と比較してもよい。故に、組織及び血清中のマーカーの差異比較を行い得る。マーカーのレベルを、同一の画分内の別のマーカーまたは一部の他の成分のレベルと比較することも、本開示の範囲内である。
【０１８５】
当業者には明らかとなるように、上の説明は、間質性肺疾患の初期診断を行うことに限定されず、間質性肺疾患の暫定診断を確認すること、またはこのような診断を「除外」することにも適用可能である。さらに、間質性肺疾患に罹患している疑いがあるか、または間質性肺疾患を発病する危険性のある（例えば、遺伝的素因を持つ）対象から得た試料中のマーカー（複数可）の増大または低下したレベルまたは活性は、該対象が、間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発病する危険性があることを示す。
【０１８６】
診断に基づき、医師は、間質性肺疾患の治療経過をさらに決定することができる。療法の選択肢は限定されるが、緩和措置、充血除去剤、鎮痛剤、免疫抑制、肺移植を含むことができる。加えて、本開示に基づき、治療は、開示のバイオマーカーの発現をより正常なレベルまで減少または是正することを目的とした標的遺伝子または抗体療法を含むことができる。治療は、対象の継続的な監視、例えば、本開示のバイオマーカーの発現レベルの測定、または放射線医学、酸素容量、快適性レベルなどの他の測定に応じて経時的に調整することができる。
【０１８７】
本開示はまた、間質性肺疾患を発症する対象の危険性を決定するための方法も提供し、該方法は、対象から生体試料を得ること、試料中のマーカーの存在、レベル、または活性を検出すること、及び結果を、非間質性肺疾患対象から得た試料中のマーカーの存在、レベル、または活性と比較するか、あるいはマーカーの存在または増大もしくは減少が間質性肺疾患を発症する危険性と相関する参照範囲または値と比較することを含む。
【０１８８】
本開示はまた、間質性肺疾患の病期または重症度を決定するための方法も提供し、該方法は、対象から生体試料を得ること、試料中のマーカーの存在、レベル、または活性を検出すること、及び結果を、正常または対照試料対象から得た試料中のマーカーの存在、レベル、または活性と比較するか、あるいはマーカーの存在または増大もしくは減少が疾患の病期または重症度と相関する参照範囲または値と比較することを含む。
【０１８９】
別の態様では、本開示は、間質性肺疾患に罹患している対象における疾患の進行を監視するための方法を提供し、該方法は、対象から第１の生体試料を得ること、試料中のマーカーのレベルまたは活性を検出すること、及び結果を、後で対象から得た第２の試料におけるマーカーのレベルもしくは活性と比較するか、またはマーカーの増大が疾患の進行と相関する参照範囲もしくは値と比較することを含む。
【０１９０】
遺伝子マーカーのうちの１つ以上の測定値の上昇における有意な差異は、個体が、間質性肺疾患に罹患している（または罹患している可能性がある、または罹患の危険性がある、または発病の危険性がある、または進行性のものを発病する高い危険性がある）ことを示す。１つのバイオマーカーのみを測定する場合には、間質性肺疾患を示すためにはその値が増加する必要がある。２つ以上のバイオマーカーを測定する場合には、間質性肺炎の診断は、１つのバイオマーカーのみ、全てのバイオマーカー、またはその間の任意の数における変化によって示され得る。一部の実施形態では、複数のマーカーを測定し、間質性肺疾患の診断は、複数のマーカーにおける変化によって示される。例えば、マーカーのパネルは、間質性肺疾患対象の試料におけるレベルまたは活性が、非間質性肺疾患対象の試料と比較して増大するマーカーを含んでもよい。測定は、（ｉ）本開示のバイオマーカー、（ｉｉ）本開示のバイオマーカー、及び間質性肺疾患と関連付けられることが知られている別の因子（例えば、ＣＴスキャン）、（ｉｉｉ）本開示の複数のバイオマーカー、（ｉｖ）少なくとも１つの本開示のバイオマーカー及び少なくとも１つの文献中で報告されるバイオマーカーを含む複数のバイオマーカー、（ｖ）本開示のバイオマーカーまたは複数のバイオマーカー、及び、個体の年齢、病理学的評価結果を含み得る少なくとも１つの臨床的共変量、（ｖｉ）前述のものの任意の組み合わせの測定であることができる。さらに、バイオマーカーレベルの変化量は、疾患の進行の相対的確立の兆候となり得る。
【０１９１】
マーカー（複数可）は、当該技術分野で既知の任意の好適な方法（例えば、免疫アッセイ、ハイブリダイゼーションアッセイ）によって、対象から得たいずれの生体試料においても検出し得る。マーカー（複数可）は、個体から得た全血の試料中で検出することが好ましい。
【０１９２】
本開示の代替的な実施形態では、個体における間質性肺疾患を経時的に監視して、疾患が進行しているか否かを決定するための方法を提供する。この実施形態の実践に使用する特定の技法は、上記の実施形態で使用する技法と同様である。本方法は、対象からの血清または肺組織などの生体試料をある特定の時点（ｔ１）で得ること、生体試料中のバイオマーカーのうちの少なくとも１つのレベルを測定すること、及びその測定したレベルを、より早い時点（ｔ０）で対象から得た生体試料に関して測定したレベルと比較することによって実施する。測定したレベル間の差異に応じて、マーカーレベルが、間隔（ｔ１〜ｔ０）にかけて、増大したか、減少したか、または一定のままであったかを知ることができる。間質性肺炎を示す方向へのマーカーのさらなる偏差、または追加的な増大した間質性肺疾患マーカーの測定は、間隔の間の疾患の進行を示唆し得る。後続の試料収集及び測定は、様々な時点ｔ２〜ｔｎにわたって何度でも所望するだけ実施することができる。
【０１９３】
連続的なマーカーレベル決定を行うことによって個体を監視する能力は、有益な臨床ツールを表し得る。単独の試験によって提供される限定的な「寸評」よりも、このような監視は、経時的なマーカーレベルの動向を明らかにし得る。疾患の進行の示唆に加えて、個体におけるマーカーレベルの追跡を使用して、憎悪を予測するか、または疾患の臨床経過を示し得る。例えば、当業者には明らかとなるように、本開示のバイオマーカーをさらに調査して、間質性肺疾患の既知の型のいずれかもしくは全て、または疾患の後述するいずれの型または亜型も区別し得る。加えて、本開示のいずれの方法の感度及び特異性も、間質性肺疾患を他の疾患と区別することに関して、または再発もしくは寛解を予測するために、さらに調査し得る。
【０１９４】
類似の形で、薬物または混合薬の投与は、本開示のアッセイ結果を踏まえて評価または再評価することができる。例えば、薬物（複数可）は異なる対象集団に異なって投与することができ、投与に対応する測定を分析して、薬物投与前後の本発明のバイオマーカーのシグニチャーにおける差異が有意であるかどうかを決定することができる。異なる薬物連隊からの結果も、直接相互に比較することができる。あるいは、アッセイ結果は、ある投薬計画が別のものよりも望ましいことを示し得るか、または特定の投薬計画を間質性肺炎の個体に施すべきかそうでないかを示し得る。１つの実施形態では、間質性肺疾患の個体における本開示のマーカー遺伝子の上昇したレベルの発見は、不良な予後を示す。別の実施形態では、間質性肺疾患の個体における本開示のマーカー遺伝子の上昇したレベルの不在は、良好な予後を示す。
【０１９５】
別の態様では、本開示は、間質性肺疾患の治療における治療用化合物としての使用に対して候補化合物をスクリーニングする方法を提供する。１つの実施形態では、本方法は、肺試料が本開示のバイオマーカーの上昇したレベルを有することを示した間質性肺疾患の患者に投与した後に臨床的進行を提供する化合物に対して候補化合物をスクリーニングすることを含む。
【０１９６】
類似の形で、本開示のバイオマーカーを使用して、対象における治療的介入の効能を評定することができる。第２の測定の前（すなわち、ｔ０後及びｔ１前）に、好適な治療を開始し得るか、または現行の治療を変更し得ることを除外して、上記のものと同一の手法を使用し得る。治療は、薬物投与、食事制限、または外科手術などの任意の治療的介入であることができ、介入に応じて適切に、任意の期間にかけての任意の好適なスケジュールに従うことができる。その後、前後の測定を比較して、治療が効果を有したか否かを決定し得る。当業者には理解されるだろう通り、決定は、他の多重過程（例えば、同期間中の疾患の憎悪）によって混同され得る。
【０１９７】
さらなる実施形態では、マーカーを使用して、候補薬物が間質性肺疾患の治療に有効であるか否かを決定するために、例えば臨床試験において、候補薬物をスクリーニングし得る。ｔ０時点で、間質性肺炎と診断された対象の集団における各対象から生体試料を得る。次に、各対象の試料にアッセイを実施して、生物学的マーカーのレベルを測定する。一部の実施形態では１つのマーカーのみを監視するが、他の実施形態では、最大で本明細書で提供する全マーカー数の組み合わせを監視する。次に、事前決定した用量の候補薬物を、同一の対象集団の一部分または亜集団に投与する。薬物投与は、任意の期間にかけての任意の好適なスケジュールに従うことができる。一部の場合には、変動する用量を亜集団内の異なる対象に投与するか、または薬物を異なる経路で投与する。薬物投与後のｔ１時点で、亜集団から生体試料を収集し、測定値を得るために以前に実施したものと同一のアッセイをその生体試料に実施する。前述同様、後続の試料収集及び測定は、様々な時点ｔ２〜ｔｎにわたって何度でも所望するだけ実施することができる。このような研究では、対象集団の異なる亜集団は、偽薬を投与する対照群として働く。その後、生体試料の採取、試料の処理、及び測定図を得るための生物学的マーカーの測定という同一の手順に従う。
【０１９８】
特定の用量及び送達経路を検証することもできる。本方法は、候補薬物を指定の用量及び送達経路で間質性肺疾患を持つ対象に投与すること、対象からの血清または組織などの生体試料を得ること、生体試料の各々におけるバイオマーカーのうちの少なくとも１つのレベルを測定すること、ならびに各試料について測定したレベルを他の試料及び／または標準レベルと比較することによって実施する。典型的には、標準レベルは、薬物投与前の対象における同一のマーカーまたは複数のマーカーを測定することによって得る。測定レベルと標準レベルとの間の差異に応じて、薬物が間質性肺疾患に効果を有すると見なすことができる。複数のバイオマーカーを測定する場合、薬物を有効であると見なすためには、少なくとも１つ及び最大で全てのバイオマーカーが期待した方向に変化する必要がある。薬物を有効であると見なすためには、複数のマーカーが変化する必要があることが好ましく、このような変化は統計的に有意であることが好ましい。
【０１９９】
当業者には明らかとなるように、上の説明は候補薬物に限定されず、いずれかの治療的介入が間質性肺疾患の治療に有効であるか否かの決定に適用可能である。
【０２００】
典型的な実施形態では、間質性肺疾患に罹患している対象集団を研究のために選択する。集団は、典型的に、臨床試験の対象を選択するための標準的なプロトコルを使用して選択する。例えば、対象は概して、健康であり、他の薬剤を服用しておらず、かつ年齢及び性別において均等に分布する。対象集団はまた、複数の群、例えば、候補薬物が対処する異なる型または異なる程度の障害を患い得る亜集団に分けることができる。個体集団の層別化は、本開示のバイオマーカーのレベルに基づいて行い得る。
【０２０１】
概して、ある数の統計的考察を試験の設計において行い、バイオマーカー測定の統計的に有意な変化を薬物投与後に検出できることを確実にする必要がある。バイオマーカーの変化量は、薬物の強度、薬物の用量、及び治療スケジュールを含む、ある数の因子に依存する。適切な対象集団サイズを決定する方法は、統計学の当業者には明らかとなるだろう。研究は、比較的小さい効果のサイズを検出するように設計することが好ましい。
【０２０２】
対象を、任意に、一切の以前の薬物使用から、好適な期間「洗い出し」てもよい。洗い出しは、正確な基準値測定を取ることができるように、一切の以前の薬剤の効果を除去する。ｔ０時点で、生体試料を集団における各対象から得る。次に、各対象の試料にアッセイまたは種々のアッセイを実施して、特定の本開示のバイオマーカーのレベルを測定する。アッセイは、上記のように、従来的方法及び試薬を使用することができる。試料が血液の場合には、典型的には、血清または血漿のいずれかにアッセイを実施する。他の液体または組織については、アッセイを実施する前にさらなる試料調製ステップを必要に応じて含める。アッセイは、本明細書に記載の生物学的マーカーのうちの少なくとも１つの値を測定する。一部の実施形態では１つのマーカーのみを監視するが、他の実施形態では、最大で全マーカーの因子の組み合わせを監視する。マーカーはまた、間質性肺疾患と関連付けられる他の測定及び因子（例えば、ＭＲＩ撮像）と併せて監視することができる。値を測定する生物学的マーカーの数は、例えば、アッセイ試薬、生体液、及び他の資源の可用性に依存する。
【０２０３】
次に、事前決定した用量の候補薬物を、同一の対象集団の一部分または亜集団に投与する。薬物投与は、任意の期間にかけての任意の好適なスケジュールに従うことができ、亜集団は、集団における一部のまたは全ての対象を含むことができる。一部の場合には、変動する用量を亜集団内の異なる対象に投与するか、または薬物を異なる経路で投与する。好適な用量及び投与経路は、薬物の特定の特徴に依存する。薬物投与後のｔ１時点で、別の生体試料（「ｔ１試料」）を亜集団から収集する。典型的には、試料は、薬物投与前の対象集団から収集した試料（「ｔｏ試料」）と同一の型の試料であり、同一の形で処理する。ｔ０試料に対するものと同一のアッセイをｔ１試料に実施して、測定値を得る。後続の試料収集及び測定は、様々な時点ｔ２〜ｔｎにわたって何度でも所望するだけ実施することができる。
【０２０４】
典型的には、対象集団の異なる亜集団を、偽薬を投与する対照群として使用する。その後、生体試料の採取、試料の処理、及び測定値を得るための生物学的マーカーの測定という同一の手順に従う。加えて、異なる薬物を任意の数の異なる亜集団に投与して、複数の薬物の効果を比較することができる。当業者には明らかとなるように、上の説明は、臨床試験を伴う方法の非常に単純化した説明である。臨床試験はさらに多くの手順要件を有し、本方法は、全てのこのような要件に従って、典型的には実践されることを理解されたい。
【０２０５】
現在では、種々のバイオマーカーの対応のある測定が各対象に対して利用可能である。異なる測定値を比較及び分析して、候補薬物が疾患の治療に有効であることを示す、生物学的マーカーが薬物群について期待した方向に変化したが偽薬群についてはしなかったか否かを決定する。一部の実施形態では、このような変化は統計的に有意である。候補薬物を受けた群についてのｔ１時点での測定値を、標準測定値、好ましくは、その群に薬物を与える前、すなわち、ｔ０時点での測定値と比較する。典型的には、比較は、薬物または偽薬投与の前後の集団全体の測定値の統計的分析という形態をとる。任意の従来的な統計的方法を使用して、生物学的マーカー値の変化が統計的に有意であるか否かを決定することができる。例えば、データの分布に応じて、対応のあるパラメトリックｔ検定か、ノンパラメトリック符号または符号順位検定かのいずれかを使用して、対応のある比較を各バイオマーカーについて行うことができる。
【０２０６】
加えて、検定を行って、薬物群中で見出された統計的に有意な変化が併せて偽薬群中で見出されないことを確実にし得る。このような試験なしでは、観察された変化が全ての個体中で起こり、そのため候補薬物投与の結果ではないのか否かを決定することはできない。
【０２０７】
遺伝子マーカー発現値は、間質性肺疾患に罹患している個体から得た試料中でより高い。遺伝子発現マーカーのうちの１つ以上の測定値における有意な減少は、薬物が有効であることを示す。１つのバイオマーカーのみを測定する場合には、薬物効能を示すためにはその値が減少する必要がある。２つ以上のバイオマーカーを測定する場合には、薬物効能は、１つのバイオマーカーのみ、全てのバイオマーカー、またはその間の任意の数における変化によって示され得る。一部の実施形態では、複数のマーカーを測定し、薬物効能は、複数のマーカーにおける変化によって示される。測定は、本開示のバイオマーカーと、間質性肺疾患と関連付けられる他の測定及び因子との両方の測定であることができる。さらに、遺伝子バイオマーカーレベルの減少量は、薬物の相対的効能の兆候となり得る。
【０２０８】
間質性肺疾患の治療に有効であるか否かの決定に加えて、本開示のバイオマーカーを使用して、候補薬物の用量効果を検証することもできる。変動する用量を検証し得るある数の異なる方法がある。例えば、異なる用量の薬物を異なる対象集団に投与することができ、各用量に対応する測定を分析して、薬物投与前後の本発明のバイオマーカーにおける差異が有意であるかどうかを決定することができる。この方法により、変化をもたらすために必要な最小の用量を推定することができる。加えて、異なる用量からの結果を相互に比較して、各バイオマーカーが用量の関数としてどのような挙動をするのかを決定することができる。薬物スクリーニングの結果に基づいて、本開示のマーカーは、治療診断剤（ｔｈｅｒａｇｎｏｓｔｉｃｓ）として使用することができる、つまり、それらは、医学的治療を個別化するために使用することができる。
【０２０９】
キット
別の態様では、本開示は、本開示のポリヌクレオチドまたはポリペプチドマーカー（複数可）を検出するためのキットを提供する。キットは、アッセイ試薬、アッセイ対照、プロトコル、例示的アッセイ結果、または本開示のマーカー（複数可）の発現レベルを評価するための手段を使用者に提供するように設計されたこれらの要素の組み合わせを含む、アッセイシステムとして準備してもよい。
【０２１０】
別の態様では、本開示は、対象からの生体試料における少なくとも１つのポリペプチドまたはポリヌクレオチドマーカーを検出するための試薬を含む、個体における間質性肺疾患を診断するためのキットを提供する。
【０２１１】
本開示のキットは、ポリペプチドマーカーと特異的に結合する抗体、抗体との標識した結合パートナー、抗体またはその結合パートナーが固定化される固相、ポリヌクレオチドマーカーにハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブ、適切な反応条件下でポリヌクレオチドマーカーまたはポリヌクレオチドをコードするポリペプチドマーカーの少なくとも一部分の増幅を刺激することができる（例えば、ＰＣＲによって）プライマーの対、キットの使い方についての説明書、及び診断上または治療上の使用に対する規制当局の承認を示すラベルまたは挿入物のうちの１つ以上を備えてもよい。
【０２１２】
本開示は、本開示のポリペプチド、本開示のポリヌクレオチド、または本開示のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドと特異的に結合する抗体などの分子を含む、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドマイクロアレイをさらに含む。本開示のこの態様では、マイクロアレイ技術の標準技法を利用して、ポリペプチドバイオマーカーの発現を評定、及び／またはこのようなポリペプチドと結合する生体構成要素を特定する。タンパク質マイクロアレイ技術は、当業者に周知であり、固定基質上の特定したペプチドまたはタンパク質のアレイを得ること、標的の分子または生体構成要素をペプチドと結合させること、及びこのような結合を評価することに基づくが、これらに限定されない。ポリヌクレオチドアレイ、特に本開示のポリペプチドと結合するアレイはまた、ポリペプチドバイオマーカーの発現を特徴とする状態、例えば、間質性肺疾患を有する対象を特定するためなどの診断的用途に使用することができる。
【０２１３】
本開示のアッセイシステムは、マーカー遺伝子（複数可）の増幅のレベル、及び／またはマーカー遺伝子（複数可）の多染色体性のレベルを肺細胞の試料中で検出するための手段を含むことができる。アッセイシステムはまた、１つ以上の対照も含むことが好ましい。対照は、（ｉ）個体において間質性肺疾患を検出するための対照試料、（ｉｉ）間質性肺疾患の不在を検出するための対照試料、及び（ｉｉｉ）間質性肺疾患の診断または進行に関して測定する遺伝子マーカーの事前決定された対照レベルを含む情報を含み得る。
【０２１４】
別の実施形態では、本開示のマーカー（複数可）の発現レベルを検出するための手段は、概して、抗体及びその抗原結合断片、ペプチド、結合パートナー、アプタマー、酵素、ならびに小分子を含むことができるがこれらに限定されない、いかなる型の試薬でもあることができる。免疫組織化学または別の結合アッセイを実施するための試薬など、このような検出手段を使用するアッセイを実施するのに有用なさらなる試薬も含まれ得る。
【０２１５】
本開示のアッセイシステムの検出のための手段は、検出可能なタグまたは検出可能な標識と複合体化することができる。このようなタグは、目的とする遺伝子またはタンパク質を検出するために使用する試薬の検出を可能にする任意の好適なタグであることができ、分光法によって検出可能な任意の組成物または標識を含むが、これらに限定されない。本開示で有用な標識としては、標識したストレプトアビジン複合体を用いた染色のためのビオチン、磁気ビーズ（例えば、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（商標））、蛍光染料（例えば、フルオレセイン、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質など）、放射性標識（例えば、３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３２Ｐ）、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及びＥＬＩＳＡで一般に使用される他のもの）、及びコロイド金または着色ガラスもしくはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズなどの比色標識が挙げられる。
【０２１６】
加えて、本開示のアッセイシステムの検出のための手段は、基質上に固定化することができる。このような基質としては、前述の検出方法のうちのいずれかで使用し得るものなどの、検出試薬の固定化のための任意の好適な基質が挙げられる。端的には、検出のための手段の固定化に好適な基質としては、所望の標的分子を検出する検出手段の活性及び／または能力に有意に影響することなく検出のための手段と結合を形成することができる、任意の固体有機、バイオポリマー、または無機支持体などの任意の固体支持体が挙げられる。例示的な有機固体支持体としては、ポリスチレン、ナイロン、フェノールホルムアルデヒド樹脂、及びアクリル共重合体（例えば、ポリアクリルアミド）などのポリマーが挙げられる。本キットはまた、試薬の検出のため、及び／または陽性もしくは陰性対照、洗浄溶液、希釈緩衝液などの標識のために好適な試薬も含むことができる。アッセイシステムはまた、システムの使用及び結果の解釈のための書面の説明書一式も含むことができる。
【０２１７】
アッセイシステムはまた、概して試料中の既知のマーカーの存在（核酸またはタンパク質レベルで）を検出する方法において使用することができるいかなる型の試薬でもあり得る、試料抽出する細胞型に特有の対照マーカーを検出するための手段を含むこともできる。具体的には、本手段は、それが、細胞型を確実に特定する、分析する細胞型の特異的なマーカーを特定するという点において、特徴付けられる。例えば、間質性肺疾患のアッセイでは、バイオマーカー発現及び／または生物学的活性のレベルについて肺細胞をスクリーニングすることが望ましい。したがって、対照マーカーを検出するための手段は、肺細胞に特有のマーカーを特定することで、その細胞が他の細胞型と区別されるようにする。このような手段は、本開示のアッセイの精度及び特異性を高める。対照マーカーを検出するためのこのような手段としては、タンパク質マーカーをコードする核酸分子にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブ、このような核酸分子を増幅するＰＣＲプライマー、標的分子上の配座的に異なる部位と特異的に結合するアプタマー、及び／または抗体、その抗原結合断片、もしくは試料中の対照マーカーと選択的に結合する抗原結合ペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。多くの細胞マーカーのための核酸及びアミノ酸配列が、当該技術分野で既知であり、このような検出用試薬を産生するために使用できる。
【０２１８】
一部の実施形態では、本キットは、選択する検出方法に応じて、例えば上記のように、プライマー、または遺伝的変異体を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む（または本質的にそれらから成る）。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または５ｐ１５、６ｐ２４、７ｑ２２、１１ｐ１５、１５ｑ１４−１５、１７ｑ２１、１９ｐ１３、及び８ｐ２３から成る群から選択される領域における遺伝的変異体を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または６ｐ２４における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ２０７６２９５またはｒｓ３７７８３３７）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または７ｑ２２における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ４７２７４４３）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または１１ｐ１５における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または５ｐ１５における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ２７３６１００）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または１５ｑ１４−１５における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または１７ｑ２１における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または１９ｐ１３における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または８ｐ２３における少なくとも１つの遺伝的変異体（例えば、ｒｓ１３７９３２６）を検出することができる少なくとも１つのプローブを含む。一部の実施形態では、本キットは、プライマー、または任意の組み合わせでの５ｐ１５、６ｐ２４、７ｑ２２、１１ｐ１５、１５ｑ１４−１５、１７ｑ２１、１９ｐ１３、及び８ｐ２３における２つ以上（例えば、２、３、４、５、５〜１０、１０〜２０個以上）の遺伝的変異体を検出することができるプローブを含む。
【０２１９】
一部の実施形態では、プライマー及び／またはプローブは、例えば蛍光標識またはＦＲＥＴ標識によって標識される。一部の実施形態では、プライマー及び／またはプローブは非標識である。一部の実施形態では、キットは、例えば異なる標識によって、選択される遺伝的変異体部位で変異型対立遺伝子配列と優性対立遺伝子配列との両方を検出するか、または増幅もしくは異なる質量のプライマー伸長産物を生成するように設計された、プライマー及び／またはプローブを含む。
【０２２０】
一部の実施形態では、本キットは、少なくとも１つの対照試料、例えば、選択される遺伝的変異部位（複数可）で優性対立遺伝子（複数可）を持つ試料（複数可）、または選択される遺伝的変異部位（複数可）で変異型対立遺伝子（複数可）を持つ試料（複数可）をさらに含む。
【０２２１】
インビトロ複合体
例えば遺伝的変異体配列の存在を示すためにインビトロアッセイにおいて形成させた核酸複合体を、本明細書で提供する。当業者は、例えばホモ接合型対象とヘテロ接合型対象とを区別するためのアッセイにおいて、プローブまたはプライマーの設計に応じて、優性対立遺伝子配列の存在を検出するためにも、核酸複合体を形成させ得ることを理解するだろう。
【０２２２】
一部の実施形態では、複合体は、遺伝的変異体核酸にハイブリダイズする第１の核酸を含み、その遺伝的変異体核酸は、５ｐ１５、６ｐ２４、７ｑ２２、１１ｐ１５、１５ｑ１４−１５、１７ｑ２１、１９ｐ１３、及び８ｐ２３から選択される領域における、またはＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、及びＷＮＴ３から選択される遺伝子における、遺伝的変異体である。一部の実施形態では、遺伝的変異体核酸は増幅産物である。一部の実施形態では、遺伝的変異体核酸は、例えば、間質性肺疾患に罹患しているか、または罹患が疑われる対象からの、ゲノムＤＮＡである。一部の実施形態では、第１の核酸は、増幅産物またはプライマー伸長産物である。一部の実施形態では、第１の核酸は標識される。一部の実施形態では、核酸複合体は、遺伝的変異体核酸にハイブリダイズした第２の核酸をさらに含む。一部の実施形態では、第２の核酸は、例えばＦＲＥＴまたは他の蛍光標識で標識される。一部の実施形態では、第１及び第２の核酸は、遺伝的変異体配列にハイブリダイズするときに、ＦＲＥＴ対を形成する。
【０２２３】
一部の実施形態では、核酸複合体は、ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、標準的ＤＮＡポリメラーゼ、またはＴａｑなどの熱安定性ポリメラーゼ）またはリガーゼなどの酵素をさらに含む。
【０２２４】
本開示は以下の実施形態を含むが、これらに限定されない。
【０２２５】
１．個体が、間質性肺疾患を発病及び／または急速に進行させることが予測されるかどうかを決定するための方法であって、個体からの生体試料において、
ａ）  ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択されるマーカー多型の存在、
ｂ）  ＭＵＣ５Ｂ、ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される少なくとも１つの配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から成る群から選択されるマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベル、
ｃ）  ｂ）のマーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｄ）  ｃ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）  ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、
のうちの少なくとも１つを検出することを含み、複数のマーカーの存在が、個体が間質性肺炎を発病するか、または進行性のＩＩＰ疾患を発病するかを示す、方法。
【０２２６】
２．検出される遺伝子が、ｂ）の対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する、実施形態１に記載の方法。
【０２２７】
３．複数のマーカーのうちの少なくとも１つの存在またはレベルが決定され、標準レベルまたは参照集合と比較される、実施形態１に記載の方法。
【０２２８】
４．標準レベルまたは参照集合が、危険予測のための統計的手順に従って決定される、実施形態１に記載の方法。
【０２２９】
５．危険予測のための統計的手順が、比例ハザード係数によって加重したマーカー（複数可）の遺伝子発現の合計、またはマーカーの集合の存否を使用することを含む、実施形態４に記載の方法。
【０２３０】
６．少なくとも１つのマーカーの存在が、ポリペプチドの存否または発現レベルを検出することによって決定される、実施形態１に記載の方法。
【０２３１】
７．方法が、ポリペプチドまたはその断片に特異的に結合する試薬を使用してポリペプチドの存在を検出することをさらに含む、実施形態６に記載の方法。
【０２３２】
８．試薬が、抗体、抗体誘導体、及び抗体断片から成る群から選択される、実施形態７に記載の方法。
【０２３３】
９．マーカーの存在が、遺伝子多型の遺伝子座でゲノムＤＮＡの配列を得ることによって決定される、実施形態１に記載の方法。
【０２３４】
１０．マーカーの存在が、生体試料からＲＮＡを得、そのＲＮＡからｃＤＮＡを生成し、そのｃＤＮＡをマーカー遺伝子に対するプローブまたはプライマーで増幅し、増幅されたｃＤＮＡから試料中の遺伝子または遺伝子発現産物の発現レベルを得ることによって、決定される、実施形態１に記載の方法。
【０２３５】
１１．個体がヒトである、実施形態１のいずれかに記載の方法。
【０２３６】
１２．
ａ）生体試料におけるマーカー遺伝子もしくは複数のマーカー遺伝子の発現レベルを
間質性肺疾患、ＩＩＰを発病する危険性、または進行性間質性肺炎への罹患に相関性があったマーカー遺伝子の対照レベル、
間質性肺疾患もしくは間質性肺炎の緩徐な進行もしくは無進行、またはＩＩＰを発病する低い危険性に相関性があったマーカーの対照レベル、から成る群から選択されるマーカー遺伝子（複数可）の対照レベルと比較すること、及び
ｂ）個体の生体試料中のマーカー遺伝子の発現レベルが、間質性肺疾患、または間質性肺炎の急速な進行に相関性があったマーカー遺伝子の発現の対照レベルと統計的に同様もしくはそれを上回る場合、間質性肺炎の発病を急速に進行させると予測されるものとして個体を選択すること、あるいは
ｃ）個体の生体試料中のマーカー遺伝子のレベルが、間質性肺疾患、または間質性肺炎の急速な進行に相関性があったマーカー遺伝子の発現の対照レベルと統計的に同様もしくはそれを上回る場合、間質性肺炎を発病しないか、または緩徐に進行すると予測されるものとして個体を選択すること、をさらに含む、実施形態１のいずれかに記載の方法。
【０２３７】
１３．
生体試料において、多型の存在を、発病された間質性肺炎を有する個体または対照群からの遺伝的変異体または多型マーカーの集合と比較すること、及び
生体試料中に存在する多型マーカーが、個体もしくは対照群からの多型マーカーの集合と同じであるか、または統計的に同様である場合、間質性肺炎を発病するか、またはそれを進行させることが予測されるものとして、個体を選択すること、あるいは
生体試料中に存在する多型マーカーが、個体もしくは対照群からの遺伝的変異体もしくは多型マーカーの集合と同じであるか、または統計的に同様である場合、間質性肺炎を発病するか、または急速に進行させることが予測されるものとして、個体を選択すること、をさらに含む、実施形態１に記載の方法。
【０２３８】
１４．対象における間質性肺疾患または間質性肺炎の進行を監視するための方法であって、
ｉ）  対象から得た第１の生体試料における複数の遺伝子マーカーの発現レベルを測定することであって、複数のマーカーが、ＭＵＣ５Ｂ、ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子、
ｂ）  ａ）のマーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｃ）  ｄ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）  ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、から成る群から選択される複数のマーカーを含む、対象から得た第１の生体試料における複数の遺伝子マーカーの発現レベルを測定すること、
ｉｉ）  対象から得られる第２の生体試料における複数のマーカーの発現レベルを測定することと、
ｉｉｉ）  第１の試料において測定されるマーカーの発現レベルを第２の試料において測定されるマーカーのレベルと比較することと、を含む、方法。
【０２３９】
１５．検出されるマーカー遺伝子が、ａ）の対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する、実施形態１４に記載の方法。
【０２４０】
１６．胸部のＣＴスキャン及び対象からの肺組織の病理検査から成る群から選択される経過観察ステップを実施することをさらに含む、実施形態１４に記載の方法。
【０２４１】
１７．対象からの第１の生体試料が、ｔ０時点で得られ、対象からの第２の生体試料が、後のｔ１時点で得られる、実施形態１４に記載の方法。
【０２４２】
１８．第１の生体試料及び第２の生体試料が、様々な時点にわたって２回以上対象から得られる、実施形態１４に記載の方法。
【０２４３】
１９．ヒト対象における間質性肺疾患または間質性肺炎の治療の効能を評定する方法であって、
ｉ）  ｔ０時点で対象から得られる第１の試料中で測定されるマーカーの発現レベルであって、マーカーが、
ａ）ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子、
ｂ）  ａ）のマーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｃ）  ｂ）のポリペプチドの断片、及び
ｄ）  ａ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、から成る群から選択される、発現レベル、
ｉｉ）  ｔ１時点で対象から得られる第２の試料中のマーカーのレベル、を比較すること、ならびに
ｉｉｉ）  胸部のＣＴスキャン及び対象からの肺組織の病理検査から選択される経過観察ステップを実施すること、を含み、
第１の試料と比べた第２の試料中のマーカーのレベルの減少が、治療が対象における間質性肺炎の治療に効果的であることの兆候である、方法。
【０２４４】
２０．検出される遺伝子が、ａ）の対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する、実施形態１９に記載の方法。
【０２４５】
２１．ｔ０時点が、治療が対象に施される前であり、ｔ１時点が、治療が対象に施された後である、実施形態１９に記載の方法。
【０２４６】
２２．比較が、様々な時点にわたって繰り返される、実施形態１９に記載の方法。
【０２４７】
２３．間質性肺炎のための個体の予後の療法を予測するためのアッセイシステムであって、
ａ）ｒｓ２７３６１００、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ８６８９０３、ｒｓ７９３４６０６、ｒｓ６４２１９７２、ｒｓ７４８０５６３、ｒｓ７９４２８５０、ｒｓ４０７７７５９、ｒｓ２３３４６５９、ｒｓ７１２２９３６、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１８８１９８４、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ１９９７３９２、ｒｓ６７９３２９５、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ２８５３６７６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ２３０１１６０、ｒｓ３８２９２２３、ｒｓ２８５７４７６、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択されるマーカー多型の存在、
ｂ）ＴＥＲＴ、ＤＳＰ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から成る群から選択されるマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベル、
ｃ）  ｂ）のマーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｄ）  ｃ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）  ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、のうちの少なくとも１つを検出するための手段を含む、アッセイシステム。
【０２４８】
２４．検出するための手段が、マーカー遺伝子多型もしくは遺伝子（複数可）の少なくとも１０〜５０個の隣接する核酸を含む核酸プローブまたはそれらの相補的核酸配列を含む、実施形態２３に記載のアッセイシステム。
【０２４９】
２５．検出するための手段が、マーカー遺伝子でコードされたポリペプチドを特異的に検出する結合リガントを含む、実施形態２３に記載のアッセイシステム。
【０２５０】
２６．検出される遺伝子が、ｂ）の対応するマーカー遺伝子と１００％の配列同一性を共有する、実施形態２３に記載のアッセイシステム。
【０２５１】
２７．検出するための手段が、アッセイ表面上に配置される核酸プローブ及び結合リガントのうちの少なくとも１つを含む、実施形態２３に記載のアッセイシステム。
【０２５２】
２８．アッセイ表面が、チップ、アレイ、または流動性カードを含む、実施形態２７に記載のアッセイシステム。
【０２５３】
２９．プローブが、マーカー遺伝子の少なくとも１０〜５０個の核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態２８に記載のアッセイシステム。
【０２５４】
３０．結合リガントが、抗体またはその結合断片を含む、実施形態２８に記載のアッセイシステム。
【０２５５】
３１．事前決定された対照レベルを含有する情報から選択される対照と、間質性肺疾患またはＩＩＰ患者における診断、発症、進行、または平均余命と相関性があった遺伝的変異体または多型マーカーの集合と、をさらに含む、実施形態２３に記載のアッセイシステム。
【０２５６】
３２．間質性肺炎に罹患しているヒト対象における１つ以上のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベルを検出する方法であって、
間質性肺炎に罹患しているヒト個体から生体試料を得ることと、
個体からの生体試料からの１つ以上の細胞における、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＰＰ９、ＤＳＰ、及びそれらの相同体または変異体から選択される遺伝子の発現のレベルを検出すること、を含む、方法。
【０２５７】
３３．個体からの生体試料からの１つ以上の細胞における、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＰＰ９、ＤＳＰ、及びそれらの相同体または変異体から選択される遺伝子の発現のレベルを検出することをさらに含む、実施形態３２に記載の方法。
【０２５８】
３４．個体からの生体試料からの１つ以上の細胞における、ＭＵＣ５Ｂ、ＴＥＲＣ、ＳＦＴＰＣ  ＳＦＴＰＡ２、及びそれらの相同体または変異体から選択される遺伝子の発現のレベルを検出することをさらに含む、実施形態３２に記載の方法。
【０２５９】
３５．間質性肺炎の治療を必要とする対象にそれを行う方法であって、
ヒト対象から得た生体試料における、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＰＰ９、ＤＳＰ、またはそれらの相同体もしくは変異体から選択される１つ以上のマーカー遺伝子のレベルを検出すること、及び
有効量の間質性肺炎治療を施すこと、を含む、方法。
【０２６０】
３６．個体からの生体試料からの１つ以上の細胞における、ＴＥＲＴ、ＭＵＣ２、ＴＯＬＬＩＰ、ＭＵＣ５Ｂ、ＤＰＰ９、ＤＳＰ、及びそれらの相同体または変異体から選択される遺伝子の発現のレベルを検出することをさらに含む、実施形態３５に記載の方法。
【０２６１】
３７．個体からの生体試料からの１つ以上の細胞における、ＭＵＣ５Ｂ、ＴＥＲＣ、ＳＦＴＰＣ  ＳＦＴＰＡ２、及びそれらの相同体または変異体から選択される遺伝子の発現のレベルを検出することをさらに含む、実施形態３５に記載の方法。
【０２６２】
続く実施例は、本開示の特定の実施形態、及びそれらの種々の使用を例解する。これらは、説明目的のみで示され、本開示を限定するものとして見なされるべきではない。
【実施例】
【０２６３】
全ての型の線維性ＩＩＰを含むＩＩＰ個体の症例対照ゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ、１６１６症例及び４６８３対照）及び複製研究（８７６症例及び１８９０対照）を本明細書で提供する。ａ）ＩＩＰ診断間の区別は、相当な臨床的、病理的、及び放射線学的重複に起因して、多くの場合に問題となるため、及びｂ）共有の遺伝的感受性についての有力な証拠がある（例えば、ＦＩＰを患う家族の４０％超が、罹患家系員の間で２つ以上のＩＩＰに罹患している）ため、異なる型のＩＩＰを本研究に含めた。散発性ＩＩＰがこの疾患の家族性形態と遺伝子的に同様であるという証拠を、ＭＵＣ５Ｂ、ＴＥＲＴ、ＴＥＲＣ、及びＳＦＴＰＣ変異体が提供することから、家族性及び散発性ＩＩＰ個体試料の両方をこのＧＷＡＳ研究に含めた。
【０２６４】
発明者らＩＩＰの理解を総合的に前進させる遺伝的危険因子を特定することを目的に、本発明者らは、ＩＩＰの症例対照ゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ、１６１６症例及び４６８３対照）及び複製研究（８７６症例及び１８９０対照）を完了した。全ての型の線維性ＩＩＰを症例群に含めた。発明者らは、家族性及び散発性ＩＩＰの両方も含めた。
【０２６５】
研究集団
症例定義米国胸部学会／欧州呼吸器学会によって制定された標準的な基準を使用して、発見及び複製段階における全ての患者の診断分類を決定した。感染症、全身性障害、または関連性のある曝露（例えば、アスベスト）を含む、線維性ＩＩＰの発病の原因が分かっている症例は除外した。検出力を最大化し、血統による交絡の可能性を最小限にするため、非ヒスパニック系白人（ＮＨＷ）患者のみをＧＷＡＳ及び複製に含めた。全ての対象には、彼らの採用についてのＩＲＢに承認されたプロトコルの一環として、書面のインフォームドコンセントを付与し、ＧＷＡＳ研究は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈ  ＩＲＢ及びＣｏｌｏｒａｄｏ  Ｃｏｍｂｉｎｅｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  Ｂｏａｒｄ（ＣＯＭＩＲＢ）によって承認された。
【０２６６】
ＧＷＡＳ発見７コホートからのＩＩＰを患う１９１４患者を遺伝子型決定し（家族性間質性肺炎［ｎ＝５６６］、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈ  ＩＩＰ集団［ｎ＝２３８］、ＩｎｔｅｒＭｕｎｅ  ＩＰＦ試験［ｎ＝７２０］、ＵＣＳＦ［ｎ＝６６］、Ｖａｎｄｅｒｂｉｌｔ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ＩＩＰ集団［ｎ＝１０５］、及びＮａｔｉｏｎａｌ  Ｈｅａｒｔ  Ｌｕｎｇ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｌｕｎｇ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ［ｎ＝２１９］）、それらを４６８３の研究外対照からの遺伝子型と比較した。遺伝子型品質管理後、１６１６症例を分析に含めた。
【０２６７】
家族性間質性肺炎（ＦＩＰ）を患う家族を、３等親内で遺伝子的に関係した個体における確定または推定ＩＩＰの少なくとも２症例の存在によって定義した。３つの主要な紹介センター（Ｖａｎｄｅｒｂｉｌｔ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｄｕｋｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、及びＮａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈ）を拠点とした家族の採用は、１９９９年から進行している。第一度近親者で１つのＩＩＰ症例のみを含めた。Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  ＨｅａｌｔｈのＩＩＰコホートは、臨床ケアと関連付けられる進行中の研究プロトコルの一環としてＮａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈで臨床的に評価され、登録された、散発性ＩＩＰを患う患者から成る。Ｉｎｔｅｒｍｕｎｅ  ＩＰＦ  γ−Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ  Ｔｒｉａｌからの症例のための採用基準の詳細は、詳細に説明されている。端的には、適格患者は、ＩＰＦを患い、少なくとも３ヶ月間の臨床症状及び直近１２ヶ月間の疾患進行の証拠を持つ４０〜７９歳であった。治療割付に関わらず、全ての利用可能な症例を含めた。Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｅａｒｔ  Ｌｕｎｇ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｌｕｎｇ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＮＨＬＢＩ  ＬＴＲＣ）は、研究団体に肺組織及びＤＮＡを提供するために設立された。ＩＩＰと診断されたこれらの対象からのＤＮＡを含めた。
【０２６８】
他の研究の一環としてＣｅｎｔｒｅ  ｄ’Ｅｔｕｄｅ  ｄｕ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｅ  Ｈｕｍａｉｎ（ＣＥＰＨ）で生成された非特定化対照遺伝子型を使用した。資質のある対照は、ＮＨＷであり、発明者ら症例と同一のプラットフォーム上で遺伝子型決定されており、かつ他の研究における対照としての使用が適切に承認されているものであった。発明者ら遺伝子型決定品質管理閾値を通過した症例との遺伝的類似性に基づき、１症例に対しておよそ３対照に対応して、対照の部分集合を選択した（以下の統計的分析を参照されたい）。
【０２６９】
複製。ＧＷＡＳからの上位ＳＮＰの複製のために、総計１０２７のＮＨＷ  ＩＩＰ症例及び２１３８のＮＨＷ対照を遺伝子型決定した。複製対照は、Ｃｈｒｏｎｉｃ  Ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ  Ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  Ｄｉｓｅａｓｅ（ＣＯＰＤ）Ｇｅｎｅ  Ｓｔｕｄｙからの対照の個々の複製群（ｎ＝１３８）及び部分集合（ｎ＝２０００）からであった。対照を選択して、年齢及び性別に基づいて複製症例と頻度を一致させた。品質管理後、８７６症例及び１８９０対照を分析に含めた。
【０２７０】
発現。ＧＷＡＳからのＬｕｎｇ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ａｎｄ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈ  ＩＩＰ症例の部分集合（ｎ＝１００）及びＮａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈ対照（ｎ＝９４）上の遺伝子発現を測定した。全肺試料を、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ａｄｖａｎｃｅｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（Ｅｄｉｓｏｎ，ＮＪ）から得た。適格症例及び対照は、アッセイに利用可能な肺組織生検からの十分なＲＮＡを有した。他のＩＩＰ診断ではなくＩＰＦを患う症例の方を優先的に選択した。Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｅｗｉｓｈ  Ｈｅａｌｔｈ対照も、利用可能なゲノムワイドＳＮＰデータを有した。
【０２７１】
ＤＮＡ調製、貯蔵、及び品質管理
ゲノムＤＮＡを、全血及び生検した肺組織の両方から、それぞれ、Ａｕｔｏｐｕｒｅ  ＬＳ（Ｑｉａｇｅｎ）またはＱｉａｃｕｂｅ（Ｑｉａｇｅｎ）自動化プラットフォームのいずれかで、単離した。ＤＮＡｅａｓｙキットを使用してＱｉａｃｕｂｅ上で抽出する前に、線維性肺組織を、まず、Ｌｙｓｉｎｇ  Ｍａｔｒｉｘ  Ｄ管及びＦａｓｔＰｒｅｐ−２４卓上ホモジナイザー（ＭＰＢｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ）を使用して均質化した。単離後、全てのＤＮＡを、ＮａｎｏＤｒｏｐ  ＮＤ−１０００  Ｓｐｅｃｔｒｏｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ上で、濃度及び純度についてアッセイした。ＤＮＡが、５０ｎｇ／ｕｌ未満であるか、１．７〜２．０範囲を外れたＡ２６０／Ａ２８０比を有した場合は、試料を除外した。
【０２７２】
ＣＮＧに提出する前に、全ての試料を、Ｑｕａｎｔ−ｉＴ  ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ  ｄｓＤＮＡ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して再定量し、１×ＴＥによって正規化し、個々にバーコードを付けたねじ蓋式管の中に等分した。液体取扱ロボットの容積の限界に起因して、ＣＮＧへの提出のための絶対最少量は、５０ｎｇ／ｕｌで３０ｕｌであった。試料がこの最小量を満たさなかった場合は、代替の抽出を実施するか、または試料を研究から留保した。
【０２７３】
複製試料を受領した後、それらを９６ウェルのロボットと互換性のあるプレート中に移し、ＰｉｃｏＧｒｅｅｎによって定量し、１×ＴＥによって正規化した。ＢＭＧＣ提出指針に従って、４００ｎｇのＤＮＡを、ＧＷＡＳ及び複製コホートの各メンバーについて提出した。バッチ効果による交絡を最小限にする目的で、試料を、Ｔｅｃａｎ  Ｅｖｏ２００液体取扱ロボットを使用して、プレート当たり２つの重複と共に、全てのコホートにわたって無作為化した様式で、９６ウェルプレートに等分した。
【０２７４】
ゲノムワイド遺伝子型決定
バーコードを付けたＤＮＡ試料を、試料情報と共に標準的な管の中に受け、厳密な品質管理（ＱＣ）に供した。濃度、断片化、及びＰＣＲへの応答を決定した。症例及び対照からの試料を、９６ウェルプレート上に無作為に分配した。８個のＴｅｃａｎ液体取扱ロボット、６個のＩｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄＡｒｒａｙリーダー、及び２個のＩｌｌｕｍｉｎａ  ｉＳｃａｎｓを装備した、完全自動化Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄＬａｂにおいて、完全なＬＩＭＳ制御下で処理を実行した。遺伝子型決定を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｈｕｍａｎ６１０  ｑｕａｄアレイを使用して実行した。複製遺伝子型決定
【０２７５】
１０２７の独立した症例及び２０００のＣＯＰＤ遺伝子対照中でＰ値が０．０００１未満である１９８のＳＮＰ（統計的分析を参照されたい）を遺伝子型決定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ６６０  Ｑｕａｄビーズチップ上においてではなくＭＵＣ５ＢプロモーターＳＮＰ  ｒｓ３５７０５９５０も遺伝子型決定して、ｒｓ３５７０５９５０についての染色体１１ｐ１５複製ＳＮＰの調整を可能にした。加えて、研究外の対照に対して利用可能でなかった共変量に対する調整を伴う追跡的な統計的共同試験（ＧＷＡＳ症例と複製症例及び対照との両方からの原遺伝子型を使用）を可能にするために、ＧＷＡＳ症例の部分集合も遺伝子型決定した。検証アッセイの詳細を以下に記載する。遺伝子型決定品質管理の後、８７６症例及び１８９０対照を複製分析に、ＧＷＡＳ症例のうちの８５９件を共同分析に含めた。
【０２７６】
遺伝子型決定の前に、全ての試料を、リアルタイムＱ−ＰＣＲ定量（「ＱＣ１」）及びＴａｑｍａｎを使用する一重遺伝子型決定（「ＱＣ２」）によって品質管理した。ＱＣ１またはＱＣ２を満たさなかった試料は、遺伝子型決定を遂行はさせたが、後で分析から除去した。
【０２７７】
検証遺伝子型決定を、多重化された（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ  ｉＰＬＥＸ）及び一重の（Ｔａｑｍａｎ）アッセイの組み合わせを用いて達成した。まず、ウェブベース（ＡｓｓａｙＤｅｓｉｇｎｅｒ  Ｓｕｉｔｅ、ウェブサイトｓｅｑｕｅｎｏｍ．ｃｏｍで入手可能）及びデスクトップ（ＡｓｓａｙＤｅｓｉｇｎｅｒ）ソフトウェアツール（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）の組み合わせを使用して、多重化されたＳｅｑｕｅｎｏｍ  ｉＰＬＥＸ遺伝子型決定のためのアッセイ設計を、１９８個のＳＮＰの投入集合に対して実行した（表３）。１９８個の投入したＳＮＰのうち、１９３個を、３５、３５、３５、３５、３１、及び２２個のＳＮＰという複合群（ｐｌｅｘｉｔｉｅｓ）から成る６つのアッセイの集合へと効率的に割り当てた。Ｓｅｑｕｅｎｏｍ  ｉＰＬＥＸ遺伝子型決定は、遺伝子座特異多重ＰＣＲ増幅、遺伝子座特異単位複製配列からの多重一塩基伸長（ＳＢＥ）、及びマトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析を使用してベースコーリングしたＳＢＥ産物の多重分解能法に基づく。
【０２７８】
ＳｅｑｕｅｎｏｍアッセイのためのプライマーはＩＤＴ（Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ，Ｉｏｗａ）から購入し、ｉＰＬＥＸ手順の全ステップは、製造業者の指示に従って、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）からの試薬及び方法を使用して実行した。反応を３８４ウェルプレート上で実行し、ｉＰＬＥＸ  Ｇｏｌｄ試薬及びＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰアレイと共にＳｅｑｕｅｎｏｍ  ＭａｓｓＡＲＲＡＹ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  ４システムを使用して分析した。結果を、市販のソフトウェア（Ｔｙｐｅｒ  ４，Ｓｅｑｕｅｎｏｍ）及びデータ管理用カスタムツールの組み合わせを使用して分析した。６つの多重群（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｓ）における１９３個のアッセイのうち１７９個が、使用可能な遺伝子型決定データの生成に成功した。
【０２７９】
元のＳｅｑｕｅｎｏｍ  ｉＰＬＥＸ設計に含まれることに成功しなかった残りの５個のＳＮＰ（ｒｓ２７３６１００、ｒｓ３５７０５９５０、ｒｓ１３２２５３４６、ｒｓ１０８２２８５６、ｒｓ１０１３９３８１、ｒｓ１０７５１６３５）、及び初期の研究において発表された第６のＳＮＰ（ｒｓ３５７０５９５０）を、市販のＴａｑｍａｎアッセイ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用して遺伝子型決定した。これらのＳＮＰのｄｂＳＮＰ  ｒｓ番号、ならびに用いられたアッセイの市販製品ＩＤを表３に示す。反応を３８４ウェルプレート上で実行し、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して蛍光を読み取った。
【０２８０】
遺伝子発現
Ａｍｂｉｏｎ  ｍｉｒＶａｎキット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、およそ３０ｍｇの瞬間冷凍またはＲＮＡ−ｌａｔｅｒで保存した肺組織から、総ＲＮＡを単離した。ＲＮＡ濃度をＮａｎｏｄｒｏｐ  ＮＤ−１０００（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって決定し、２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用して、ＲＮＡ完全性を決定した。Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ  Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用してｃＤＮＡ一本鎖変換を実施し、Ｖｉｉａ７  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ計器（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）上で実行した事前設計されたＴａｑｍａｎアッセイを使用して発現分析を実施した。（ＤＰＰ９：Ｈｓ００３７３５８９、ＤＳＰ：Ｈｓ００１８９４２２、及びＤＳＰ変異体１アッセイはＨｓ００９５０５８４、ＦＡＭ１３Ａ：Ｈｓ００２０８４５３、ＩＶＤ：Ｈｓ０１０６４８３２、ＭＵＣ５Ｂ：Ｈｓ００８６１５８８、ＭＵＣ２：Ｈｓ００１４９３７４、ＯＢＦＣ１：Ｈｓ００９９８５８８、ＷＮＴ３：Ｈｓ００９０２２５７、ＷＮＴ９Ｂ：Ｈｓ００９１６６４２、ＧＡＰＤＨ：４３３３７６４Ｆ）。ＧＡＰＤＨを内在性対照として使用して、全アッセイを３重で実行した。さらなる対照として、ｃＤＮＡ変換ステップからのプレート当たり１つの試料を２重で実行した。
【０２８１】
統計的分析
ＧＷＡＳ発見のための研究外対照の選択ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ３．０ソフトウェアを使用して、血統分析を実行した。参照欧州人のＨａｐＭａｐデータ及び試料を、欧州人、西アフリカ人、及び東アジア人集団の代表として使用して、血統情報主要素を推測し、それを症例及び対照試料に投影させた。推定非欧州人試料に異常値としてフラグを立て、後続の分析から排除した。欧州人に由来する匿名遺伝子型の大規模データベースからの症例と密な遺伝子的一致を持つ対照を得た。サポートベクターマシン（Ｒパッケージ「ｅ１０７１」）を用いたクラスタ化に基づく手法を使用し、続く対応のある一致アルゴリズム（Ｒパッケージ「ｏｐｔｍａｔｃｈ」）の適用によって、症例当たり３つの一致対照を得るように、このデータベースから、対照遺伝子型データの部分集合を選択した。この選択では、ゲノムインフレーション係数（ＧＥＭＭＡソフトウェアを用いて集団構造を調整して評価）は０．９９であった。
【０２８２】
第一度近親者の除去。０．４５以上の推定親縁係数に基づいて、第一度近親者中で１つの個体のみを含めた。潜在性の近縁性への感度が高いＧＷＡＳのＳＮＰによって説明される疾患の危険性における百分率変動を見積もるために、０．０２５より大きい推定親縁係数を持つものの中で１つの個体のみをさらに除去した。
【０２８３】
発見ＧＷＡＳのための個体の除外及びＳＮＰの優先順位決定。研究所が除外した個体に加えて、１）全対にわたる平均の対ＩＢＳ推定値からの標準偏差が４より大きかった５番目に近縁の近隣者を用いた対同型性（ＩＢＳ）による推定値に基づく遺伝的異常値である証拠、２）臨床及びゲノムデータ間の未解決の性別混合一致、３）全個体にわたる平均のヘテロ接合性からの標準偏差が４より大きいか、または４未満である、ＳＮＰにわたるヘテロ接合性、
及び４）研究所の品質管理を通過したＳＮＰの９８％未満での遺伝子型コールを持つ個体を除外した。この品質管理に基づいて、２９８症例及び１６５対照を除外した。研究所の品質管理措置に加えて、他の基準に基づいて追跡のための関連性シグナルを優先順位決定した。症例及び対照間の欠損の割合のカイ二乗試験によって、差異欠損について、及び１−ｄｆ適合度試験によって、ＨＷＥからの逸脱について、試験した。１）０．０５より大きいＭＡＦ、２）別個に評価した症例及び対照における０．０００１より大きいＨＷＥ  Ｐ値、３）２％未満が欠損している場合は０．００１より大きい、２％〜５％が欠損している場合は０．０５より大きい、症例及び対照間の差異欠損に対するＰ値を持つＳＮＰを優先した。
【０２８４】
ＧＷＡＳ関連性試験。ゲノムワイド効果混合モデル関連性（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｍｉｘｅｄ−ｍｏｄｅｌ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ（ＧＥＭＭＡ））ソフトウェアパッケージで実践される発明者らの症例及び対照中の潜行性の近縁性と集団層別化との両方を説明するために正確な混合モデル手法を使用して、各ＳＮＰとＩＩＰとの間の関連性について試験した。発明者らの一次解析のための加法モデル下の関連性について試験し、続いて、試料中の独立性を想定した線形回帰からの加法モデルへの適合の有意な欠如があった場合（ｐ＜０．０５）、劣性及び優性モデルｐ値の最低値を取った（このような試験は現在ＧＥＭＭＡソフトウェア中で実践可能ではない）。全モデルにおいて性別を調整した。加法モデル下で得たｐ値の分布を、ゲノムにわたって関連性がないという帰無仮説の下で予測した分布と比較し、分位点−分位点（Ｑ−Ｑプロット）及びゲノムインフレーション係数（λ）を報告して、集団層別化などの実験的または他の交絡因子に起因する系統的バイアスの不在を証明した。複製集団における追跡のためにＰ値が０．０００１未満である全ＳＮＰを選択し、１９８個全ての選択したＳＮＰについての遺伝子型スペクトルを目視検査して、遺伝子型コールの品質を確保した。ＧＥＭＭＡにおける線形モデルはログ−オッズリンク関数よりも識別リンクを使用するため、オッズ比を算出し、ロジスティック回帰モデルからの９５％の信頼区間（ＣＩ）に、症例及び対照中の独立性を想定する性別に対する調整を行った。このように、ＣＩは、完全混合モデルに基づくものよりもわずかにより狭い場合がある。
【０２８５】
複製関連性。自由に利用可能なＳＮＰＧＷＡソフトウェア（ＵＲＬを参照されたい）を使用して、複製症例及び対照における各複製ＳＮＰ及びＩＩＰの間の関連性を試験した。最低のＰ値を生み出したＧＷＡＳからの遺伝子モデル下（加法モデル下の１４３個、優性モデル下の２４個、及び劣性モデル下の３１個）の関連性について試験した。２０個のゲノムワイドで有意なＧＷＡＳのＳＮＰについての０．００２５未満のｐ値を統計的に有意な複製と見なした。他の１７８個のＳＮＰについてのＰ値を、ＧＷＡＳ及び複製コホートのメタ分析中で使用した。
【０２８６】
メタ分析。複製集合における遺伝子型決定に成功した１８１個のＳＮＰの各々とＩＩＰとの間の関連性の共同測定を得るために、ＧＷＡＳ及び複製結果のメタ分析を実行した。加重逆正規法を使用した。Ｚｉ（ｉ＝ＧＷＡＳまたは複製）をｉ番目の研究における関連性の試験からの試験統計量とし、ｖｉ（ｉ＝ＧＷＡＳまたは複製）を対応する重量とした。ここで、ＧＷＡＳ及び複製からの効果推定値が同一の規模になかったため、重量をｉ番目の研究における総試料サイズの平方根とした。この方法は、関連性の方向性を明確に説明することに留意されたい。故に、相反する方向との極めて有意な関連性は、強力な統計的関連性を呈さない。ＭＥＴＡＬ（ウェブサイトｓｐｈ．ｕｍｉｃｈ．ｅｄｕ／ｃｓｇ／ａｂｅｃａｓｉｓ／ｍｅｔａｌ／で利用可能）を使用して、発明者らのメタ分析を実施した。Ｐ共同が５×１０−８未満のＳＮＰをゲノムワイドで統計的に有意であるとみなした。メタ分析においてゲノムワイドで有意であった全ての遺伝子座について、発見ＧＷＡＳ結果の遺伝子座特異的プロットを創出した。
【０２８７】
多重ＳＮＰモデル。メタ分析からのゲノムワイドで有意なＳＮＰの効果の独立性を評定するために、組み合わせた症例群（ＧＷＡＳ及び複製）及び複製対照を使用して、各遺伝子座内でロジスティック回帰モデルを使用した。具体的には、ゲノムワイドで有意なＳＮＰを持つ各遺伝子座内で、その遺伝子座内のＩＩＰと他の検証パネルＳＮＰの各々との関連性を試験し、その後、その遺伝子座中で最も有意に関連したＳＮＰに対して調整した（染色体１１ｐ１５上では、ｒｓ３５７０５９５０に対して調整した）。性別に加えて年齢の効果に対する各ＳＮＰ関連性の安定性を評定するために、ＩＩＰと年齢及び性別に対して調整した各ＳＮＰとの間の関連性について試験した。
【０２８８】
発現分析。２標本ｔ検定を使用して、１００症例及び９４対照間の肺における差次的遺伝子発現について試験した。遺伝子型群中の個体数が５未満でない限り３つの遺伝子型群にわたるＡＮＯＶＡによって、症例群及び対照群の組み合わせを使用して、遺伝子型による差次的発現についても試験し、その症例における希少なホモ接合体及びヘテロ接合体をグループ化した。０．０５未満のｐ値を統計的に有意であると見なした。
【０２８９】
結果
ゲノムワイド発見
Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ６６０  Ｑｕａｄビーズチップ上で１９１４の自己申告性、非ヒスパニック系白人線維性ＩＩＰ症例の遺伝子型を決定した。それらのうち、１４、１２６、８、及び１５０を、それぞれ、遺伝的異常値であること、別の症例の第一度近親者である証拠、高ヘテロ接合性、または全てのＳＮＰにわたる遺伝子型の２％を超える欠損に基づいて除外し（統計的方法を参照されたい）、１６１６症例を分析に含めた。同様にＩｌｌｕｍｉｎａ  ６６０  Ｑｕａｄビーズチップ上で遺伝子型決定された研究対照中１５，３５２において、段階比較別のゲノムワイド同一性に基づいて発明者らの症例に最も遺伝的に類似している４６８３の対照を使用した。
【０２９０】
１）０．０５を超えるＭＡＦ、２）別々に評価された症例及び対照中の０．０００１を超えるＨＷＥ  Ｐ値、ならびに３）２％未満の欠損の場合は０．００１を超える、及び２％〜５％の欠損の場合は０．０５を超える、症例と対照との間の差次的欠損（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｍｉｓｓｉｎｇｎｅｓｓ）に対するｐ値を有する４３９，８２８個のＳＮＰで、ＩＩＰの症例及び対照を比較した。ｐ値のＱＱプロット（図５）または推定される０．９９のゲノムインフレ係数のいずれも、集団の層別化に関するもの等の任意の組織的バイアスを示唆しなかった。各ＳＮＰにおけるマイナー対立遺伝子に関する加法モデル下において、ゲノムワイドで有意（Ｐ＜５×１０−８）な関連性を有する７個の染色体位置を表す１９個のＳＮＰを特定した（図１及び表１）。劣性モデルにおいて、固有の遺伝子座を表す別のゲノムワイドで有意なＳＮＰ（ｒｓ１３７９３２６）を特定した（表１）。
【０２９１】
複製及びメタ分析
ＩＩＰの１０２７症例及び２１３８対照の複製コホートにおける遺伝子決定のため、２０個のゲノムワイドで有意なＳＮＰ、及び５×１０−８＜Ｐ値＜０．０００１を有するさらなる１７８個のＳＮＰを選択した（図１の上線と下線との間のＳＮＰ；ＳＮＰ位置、遺伝子型、及びＨＷＥ情報に関しては表３及び４、ならびに１９８個のＳＮＰ全てに関する関連情報は表５を参照されたい）。遺伝子型品質管理の後、１８１個のＳＮＰでうまく遺伝子型決定された８７６症例及び１８９０対照を含めた。２０個のゲノムワイドで有意なＳＮＰ中１３個が、Ｐ＜０．００２５で、複製コホート中でＩＩＰに関連付けられ、２０の試験に対して保守的なＢｏｎｆｅｒｒｏｎｉ補正に対応した（表１、中央列）。ＧＷＡＳ（図２）からの７個の遺伝子座を表す２０個のゲノムワイドで有意なＳＮＰ中の１８個は、メタ分析においてゲノムワイドで有意であった（表１、最終列）。９個の染色体位置（ＧＷＡＳ遺伝子座と重複する５個及び４個のさらなる遺伝子座（図３））を表すさらなる２５個のＳＮＰは、メタ分析においてゲノムワイドで有意であった（表１）。
【０２９２】
ＧＷＡＳ発見中において最も高度に関連付けられたＳＮＰ、ｒｓ８６８９０３（ＰＧＷＡＳ＝１．３×１０−２２；ＰＭｅｔａ＝９．２×１０−２６）は、染色体１１ｐ１５におけるＭＵＣ５Ｂ遺伝子のプロモーター中にあり、それがＩＰＦ及びＦＩＰに関連付けられることを報告し、他の研究において確認された。ＭＵＣ２及びＴＯＬＬＩＰ遺伝子中のＳＮＰを含む、ＭＵＣ５Ｂ領域中の１０個のさらなるＳＮＰもまた、共同分析においてゲノムワイドで有意であり、ｒｓ８６８９０３の強いＬＤにおいてはそうではなかった（図２ｄ）。染色体５ｐ１５におけるＳＮＰ、ｒｓ２７３６１００（ＰＭｅｔａ＝１．７×１０−１９）及びｒｓ２８５３６７６（ＰＭｅｔａ＝３．３×１０−８）は、ＴＥＲＴ遺伝子（図２ａ）中にあり、ｒｓ１８８１９８４（ＰＭｅｔａ＝４．５×１０−８）は、ＴＥＲＣ遺伝子の近くにある（図３ａ）。ＴＥＲＴ及びＴＥＲＣ中の稀な突然変異は、ＦＩＰ及びＩＰＦに関連付けられることが報告されており、ｒｓ２７３６１００は、ＴＥＲＴ遺伝子にあることが以前に報告されている。残る８個のゲノムワイドで有意な遺伝子座は、新しいＩＩＰ遺伝子座である（図６）。染色体４ｑ２２、６ｐ２４、１０ｑ２４、１３ｑ３４、及び１９ｐ１３上の関連シグナルのうちの５つは、単一遺伝子に局在化しているように見える。ＳＮＰ、ｒｓ２６０９２５５（ＰＭｅｔａ＝２．２×１０−１１）は、染色体４ｑ２２におけるＦＡＭ１３Ａ遺伝子中にある（配列類似性１３、メンバーＡを有するファミリー）（図３ｂ）。ＳＮＰ、ｒｓ１０４８４３２６（ＰＭｅｔａ＝５．５×１０−９）及びｒｓ２０７６２９５（ＰＭｅｔａ＝１．１×１０−１９）は、染色体６ｐ２４におけるＤＳＰ遺伝子中にある（デスモプラキン）（図２ｂ）。ＳＮＰ、ｒｓ１０７４８８５８（ＰＭｅｔａ＝２．７×１０−８）、ｒｓ２０６７８３２（ＰＭｅｔａ＝３．７×１０−８）、及びｒｓ１１１９１８６５（ＰＭｅｔａ＝２．４×１０−８）は、染色体１０ｑ２４におけるＯＢＦＣ１遺伝子中にある（オリゴヌクレオチド結合フォールド含有１）（図３ｃ）。ＳＮＰ、ｒｓ１２７８７６９（ＰＭｅｔａ＝６．７×１０−９）は、染色体１３ｑ３４におけるＡＴＰ１１Ａ遺伝子中にある（ＡＴＰａｓｅ、クラスＶＩ、タイプ１１Ａ）（図３ｄ）。ＳＮＰ、ｒｓ１２６１０４９５（ＰＭｅｔａ＝１．７×１０−１２）及びｒｓ２１０９０６９（ＰＭｅｔａ＝２．４×１０−１１）は、染色体１９ｐ１３においてＤＰＰ９遺伝子中にある（ジペプチジル−ペプチダーゼ９）（図２ｇ）。他の３つの染色体領域（７ｑ２２、１５ｑ１４−１５、及び１７ｑ２１）は、任意の遺伝子中で有意なＳＮＰまたは複数の遺伝子中で有意な関連性を有するＳＮＰのいずれも有しなかった（表１及び図２ｃ、２ｅ、２ｆ）。ゲノムワイドで有意なＳＮＰの全てに対して推定されるオッズ比（ＯＲ）は、約１．１〜約１．６の範囲である（表１；１未満のＭＡＦに対するＯＲが、同じ範囲におけるメジャー対立遺伝子に対するＯＲに対応する）。
【０２９３】
ゲノムワイドで有意なＳＮＰに対して調節したモデルの研究
以前に発見されたＭＵＣ５ＢプロモーターＳＮＰ（ｒｓ３５７０５９５０；Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ６６０  Ｑｕａｄビーズチップ上ではない）を調整するために、表１のＳＮＰに対する複製症例と同じプラットフォーム上及び同じ時間でＧＷＡＳ発見症例の部分集合を遺伝子型決定した。共同分析のため、これらの症例（ｎ＝８５９）からの原遺伝子型と複製症例及び対照を組み合わせた。
【０２９４】
各領域内の複数の独立した関連シグナルに対する証拠を評定するために、メタ分析に基づいてその領域において最も有意なＳＮＰに調整した後、所与の領域における各ＳＮＰとの関連性を試験した。染色体１１ｐ１５領域に関して、本発明者らの所与の先行結果に対してｒｓ３５７０５９５０を調整し、関連性の強度を本発明者らの現在の研究集団においてｒｓ３５７０５９５０とＩＩＰとの間で観察した（ＯＲ［９５％ＣＩ］：４．５１［３．９１、５．２１］、ＰＪｏｉｎｔ＝７．２１×１０−９５）。ｒｓ３５７０５９５０に対する調整後、１１ｐ１５におけるただ１つのＳＮＰ（ｒｓ４０７７７５９）が、わずかにＩＩＰと関連付けられたままであったが（Ｐ＝０．０３；表２）、一方、ｒｓ３５７０５９５０は、全てのモデルにおいて極めて有意なままであり、観察された他のＳＮＰとの関連性は、ｒｓ３５７０５９５０との弱いＬＤによるものであったことを示唆する（ＳＮＰ間のＬＤに関しては図６を参照されたい）。上位ＳＮＰに対する調整後の他の領域におけるＳＮＰの有意性の低下は、ＳＮＰ間のＬＤ（表６）と一致し、複数の関連シグナルに対する証拠を提供しない。ＴＥＲＣ遺伝子の近くのＳＮＰ、ｒｓ１８８１９８４が、ＬＲＲＣ３４遺伝子中のＳＮＰ、ｒｓ６７９３２９５に対する調整後、もはや有意ではないことに留意されたい。
【０２９５】
最後に、染色体１１上のｒｓ７９４２８５０を除いて、ゲノムワイドで有意なＳＮＰの全てに対して性別に加えて年齢に対して調整し（Ｐ年齢調整＝０．０６）、全てのＳＮＰは、調整後、有意なままであった（表６）。
【０２９６】
肺組織中の鍵遺伝子の発現
症例と対照との間の差を試験し、各遺伝子において最も高度に関連付けられたＳＮＰにおける遺伝子型とその遺伝子の発現との間の関連性を試験するために、定量的ＰＣＲ及び有効なＴａｑｍａｎ  Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ａｓｓａｙｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ，Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して、ＩＰＦの１００症例及び９４対照から肺組織中のＤＰＰ９、ＤＳＰ、ＦＡＭ１３Ａ、ＩＶＤ、ＭＵＣ５Ｂ、ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＯＢＦＣ１、ＷＮＴ３、及びＷＮＴ９Ｂの発現を測定した。ＭＵＣ５Ｂが、対照と比較して症例の肺組織中でより高度に発現されたが（Ｐ＝５．６×１０−１１）、ＩＰＦの症例中のｒｓ３５７０５９５０に関する本発明者らの以前の発見と一致するより小さい研究から、ｒｓ８６８９０３は、ＭＵＣ５Ｂの発現と関連付けられなかったという本発明者らの結果を確認した。ＤＳＰは、対照と比較して症例中でより高度に発現され（Ｐ＝０．０００２）、発現は、ｒｓ２０７６２９５における遺伝子型によって異なった（Ｐ＝０．００２）。ＤＳＰの相対的発現は、危険対立遺伝子における推定上のコピーの数に伴って増加した（図４）。選択的スプライシングによって生成されるデスモプラキンの２つのアイソフォームが存在する。ｒｓ２０７６２９５は、標的遺伝子の選択的スプライシングに関与するとされている転写因子ＰＵ．１に対する結合部位中に含有されるが、しかしながら、選択的アイソフォームと比較して主要なアイソフォームの発現においてｒｓ２０７６２９５遺伝子型の差次的効果に関する証拠は見られなかった。対照と比較して症例中でＤＰＰ９のより高い発現に関する名目上の証拠が存在したが（Ｐ＝０．０３）、ｒｓ１２６１０４９５（Ｐ＝０．４６）またはｒｓ２１０９０６９（Ｐ＝０．７２）のいずれも、ＤＰＰ９発現に関連付けられなかった。ＦＡＭ１３Ａ、ＩＶＤ、またはＯＢＦＣ１のいずれも、症例と対照との間の発現において、または遺伝子型によって異ならなかった（全てのＰ＞０．１２）。ＭＵＣ２、ＤＩＳＰ２、ＷＮＴ３、及びＷＮＴ９Ｂは、これらの肺試料中で発現をほとんどまたは全く示さなかった。
【０２９７】
ＧＷＡＳ  ＳＮＰによって説明される疾患危険性における変異パーセント
ＩＩＰに対する有病率推定値の範囲（１００，０００当たり５０〜１００，０００当たり１００）にわたる分散成分モデルを使用して、関連性に関して試験された４３９，８２８個のＧＷＡＳ  ＳＮＰの全てによって説明される疾患危険性のパーセントを推定した。ＧＷＡＳ  ＳＮＰが、ＩＩＰの危険性の推定３０％（標準誤差２％）〜３３％（標準誤差３％）を占めることを発見した。ＭＵＣ５ＢプロモーターＳＮＰ（ｒｓ３５７０５９５０）を本分析に含めなかったため、これは、一般的なＳＮＰのＩＩＰの危険性への寄与の控えめな推定値である。
【０２９８】
考察
これらの発見は、一般的な遺伝的変異が、ＩＩＰなどの間質性肺疾患の危険性の重要な一因であることの説得力ある証拠を提供する。８個の新しい遺伝的に危険な遺伝子座（４ｑ２２、６ｐ２４、７ｑ２２、１０ｑ２４、１３ｑ３４、１５ｑ１４−１５、１７ｑ２１、及び１９ｐ１３）を特定し、３個の以前に報告された遺伝子／遺伝子座（ＴＥＲＣ［３ｑ２６］、ＴＥＲＴ［５ｐ１５］、及びＭＵＣ５Ｂ［１１ｐ１５］）における危険な変異体のＩＩＰにおける役割を確認した。本報告の前は、再現性よくＩＩＰに関連する一般的な変異体を有するたった２個の遺伝子は、ＴＥＲＴ及びＭＵＣ５Ｂであった。まとめると、ＩＩＰに関連付けられる一般的に危険な変異体は、この疾患が、宿主防御、細胞間接着、及び早期細胞老化における欠損によって主に媒介されることを示唆する。その上、これらの発見は、この複雑な疾患における介入試験を導くために使用することができる。
【０２９９】
小さい末梢気道中で分泌されたムチン（ＭＵＣ５Ｂ）は、ＩＩＰの発病において役割を果たすようである。データは、発明者らがＩＩＰに対する要の危険因子として以前に特定したＭＵＣ５ＢプロモーターＳＮＰ  ｒｓ３５７０５９５０の効果を説明した後、１１ｐ１５領域における他の遺伝子（ＭＵＣ２またはＴＯＬＬＩＰ）中のＳＮＰの強力な効果を示唆しない。ＧＷＡＳ、複製、及びメタ分析において最も強力に関連するＳＮＰのうちの１つであった、ＭＵＣ５Ｂ遺伝子のプロモーター中のｒｓ８６８９０３  ＳＮＰは、ｒｓ３５７０５９５０とは強力なＬＤ（ｒ２＝０．１３）になく、ＭＵＣ５Ｂの転写開始部位の方にｒｓ３５７０５９５０よりも近い（それぞれ、３ｋｂ対１．５ｋｂ）。ＩＩＰを患う患者からの肺組織は、対照よりも高い濃度のＭＵＣ５Ｂを有するが、これらＭＵＣ５Ｂプロモーター変異体のいずれもが、ＩＩＰを患う患者におけるＭＵＣ５Ｂの増加した発現の完全な原因ではないように見え、このことは、他の遺伝子変異体または環境毒素がこの疾患に役割を果たすことを示唆する。肺ムチンの調節異常は、１）改変された粘膜宿主防御、２）肺胞修復への干渉、３）肺ムチンの過剰産生によって開始される線維増殖性応答を刺激する直接細胞毒性（小胞体ストレスまたはアポトーシス）という機序のうち１つによって線維増殖を開始または悪化させる可能性がある。
【０３００】
テロメアの長さを維持する遺伝子は、ＩＩＰの発病において役割を果たすようである。本報告以前は、肺線維症とＴＥＲＴ及びＴＥＲＣとの間の関連性は、ＴＥＲＴ及びＴＥＲＣの希少な変異体、ならびにＴＥＲＴの一般的な変異体に関与した。これらの遺伝子中の突然変異は、肺胞上皮細胞中の短縮されたテロメアと関連付けられ、このことは、これらの遺伝子変異体が、強化された肺胞上皮のアポトーシスまたは壊死によって肺線維症の危険性を増大させ得ることを示唆する。その上、早期老化に似ており、肺線維症に頻繁に関与する先天性障害である先天性角化異常症は、ＴＥＲＴ及びＴＥＲＣにおける突然変異と関連付けられた。このＧＷＡＳは、ＴＥＲＴ中及びＴＥＲＣ付近、ならびにテロメア長に影響する別の遺伝子であるＯＢＦＣ１（Ｐメタ＝２．４×１０−０８）中の一般的な変異体を特定した。ＯＢＦＣ１中の一般的な変異体は、一般集団におけるヒト白血球テロメア長の２つのＧＷＡＳ研究中で、テロメア長と関連付けられた。これらの遺伝子と関連付けられる危険性は、希少な変異体に限定されず、一般的に危険な変異を表すように見える。まとめると、これらの発見は、肺線維症の病因におけるテロメア長及び早期の細胞老化の重要性を強調する。
【０３０１】
結果は、ＩＩＰを発症する危険性に対する細胞間接着の改変を暗示する。ＤＳＰ遺伝子中の変異体は、ＩＩＰ、及びＩＩＰを患う患者の肺組織におけるＤＳＰの発現と強く関連付けられた。ＤＳＰ遺伝子は、タンパク質デスモプラキン、デスモソームの成分、隣接細胞を堅く連結させ他のタンパク質（プラコゴビン及びプラコフィリン）と動的構造を形成する接着性細胞間分子をコードする。デスモソームは、力学的ストレスを受ける組織（肺の末梢部など）の完全性を維持するために特に重要であり、デスモソームの摂動が上皮恒常性を断絶することの強力な証拠がある。ＤＳＰにおける突然変異は、催不整脈性右室異形成、角皮症、及び脱毛症と関連付けられ、このことは、組織完全性の喪失を持つ疾患中のデスモプラキンを直接的に暗示した。より具体的には、ＤＳＰにおける突然変異は、マウス心臓組織中の過剰発現に基づいて心間質性線維症と関連付けられた。ＤＳＰの関与に対するさらなる可能性のある機序は、肺線維症において一貫して観察されている、ｗｎｔ／βカテニンシグナル伝達経路の改変によってである。デスモプラキンは、デスモソームの別の成分であるγカテニンの調節によってｗｎｔ／βカテニンシグナル伝達経路に影響することが示された。これらの研究、及びＩＩＰにおけるＤＳＰの過剰発現がｒｓ２０７６２９５の変異体対立遺伝子と関連付けられるという発見は、肺線維症の一因となるＤＳＰにおける遺伝的変異の役割についての強力な生体力学的または生物学的論拠を提供する。
【０３０２】
結果は、ＩＩＰ発症の危険性における他の細胞接着分子に関係する。ＤＰＰ９遺伝子は、線維芽細胞活性化タンパク質と同じタンパク質ファミリーのメンバーであり、ＩＰＦにおいて線維芽細胞病巣において発現されるが、健常な肺の隣では発現されないことが示されている。ＤＰＰ９は、上皮組織中で発現され、ヒト胎児由来腎臓細胞中の細胞接着を変化させることが示されている。加えて、ある特定のカドヘリン関連タンパク質α３（ＣＴＮＮＡ３）遺伝子は、共同分析においてほぼ有意であり（Ｐｍｅｔａ＝９．８×１０−０７）、１０ｑ２２に位置し、β−カテニンと物理的に相互作用し、細胞接着を媒介する細胞接着分子である。まとめると、これらの発見は、肺線維症が、肺の機械的伸縮に関連付けられる応力を提供することができない細胞間接着における欠損または細胞骨格における欠損によって引き起こされることを示唆する。
【０３０３】
ＦＡＭ１３Ａは、低酸素症に応答性のシグナル形質導入遺伝子であり、その遺伝子中のＳＮＰ（ｒｓ７６７１１６７）は、近年、慢性閉塞性肺疾患において保護的であることが発見された。他のゲノムワイドで有意な遺伝子座は、興味深い候補が現れるが、同様にはシグナル遺伝子に局所化されない。ＩＩＰに関連付けられるいくつかのマーカーが存在し、それらは、全て１．１４Ｍｂにおよぶ染色体１７ｑ２１の強いＬＤ中にある。それらの遺伝子の中の明らかな候補は、ＩＩＰにおいて観察されるＷｎｔシグナリングの改変が与えられるＷＮＴ３遺伝子であるが、しかしながら、肺におけるＷＮＴ３発現の証拠は発見されなかった。１７ｑ２１は、大きい（１Ｍｂ超）反転遺伝子多型及び疾患に関連付けられるより小さいコピー数変異体（ＣＮＶ）を有する構造的に複雑な遺伝子領域である。興味深いことに、この領域中の遺伝子ＬＲＲＣ３７Ａ及びＬＲＲＣ３７Ａ２は、複製試料中で最も強い関連シグナルのうちの１つを有する、ＴＥＲＣ遺伝子に隣接する染色体３上のＬＲＲＣ３４遺伝子と同じファミリーである。染色体１７ｑ２１領域及び染色体１１ｐ１５上の複合体ムチン領域の両方において、その後、推定遺伝子／対立遺伝子／ＣＮＶの機能試験が続く、ディープシークエンシング及びアレイベースのコピー数測定値が、ＩＩＰとの関連性が観察されるものの遺伝子構成をさらに特徴付けるために必要となるだろうと思われる。肺線維症は発症経路の活性化または異常な肺修復の結果として生じることが提案されているが、この発見は、これらの機構が、宿主防御または細胞間接着の最初の欠損に続発することを示唆する。肺上皮組織（ＤＳＰ、ＤＰＰ９、及びＣＴＮＮＡ３）ならびに肺ムチン（ＭＵＣ５Ｂ）の完全性に関与する遺伝子が遺伝的に危険な変異体であることから、これらの機構の欠損は、肺線維症の発症に対する主要な一因であり得る。間質性肺疾患の他の形態の発症における環境曝露（例えば、煙草の煙、アスベスト、及びシリカへの曝露）の重要性を考えると、長年にわたる煙草の煙または大気汚染に関連付けられるもの等の一般的な吸引粒子が、肺の宿主防御または細胞間接着の欠損を有する者において悪化した間質性傷害を引き起こすことは論理的である。短縮されたテロメア、及びそれに続く早期細胞老化は、宿主防御を変え得るか、または、アスベストまたは煙草の煙に類似する肺への「宿主防御の困難」を高める。このため、増加した環境曝露、極めて重要な恒常性維持機構の内在性の欠損、または宿主防御のわずかな欠損のいずれかを通した過度の肺傷害は、何年にもわたって、肺線維症の発症を引き起こし得る。この複雑な疾患のための薬物につながる標的を考える場合、宿主防御及び細胞間接着により注意が向けられるべきである。
【０３０４】
本発見は、将来のＩＩＰの遺伝的、診断的、及び薬理学的研究に実質的に影響するに違いない。本明細書で報告される累積するＧＷＡＳ  ＳＮＰは、ＩＩＰを発症する危険性における変動性の約３分の１を説明し、稀な変異、後成的特徴、及び遺伝子環境相互作用の研究に加えて、より大きいコホートを有する一般的な変異のさらなる検査が正当化されることを示唆する。これらの疾患の臨床的兆候は明確に定義されているが、ＩＩＰの各々の型が複数の遺伝子変異体によって引き起こされ、はっきりと異なる予後診断を有する可能性があり、薬理学的介入に異なって応答し得ることは、次第に明らかになってくる。結果として、将来の治療的試験におけるＩＩＰ対象の遺伝子型決定は、選択的患者において有効である薬剤を特定することによって、薬物開発を提供することができる。実際、ＩＩＰ試験における遺伝薬理学的アプローチへの注目の欠如は、なぜこれらの疾患の過程を変えることが確認された薬物がほとんどないのかを説明することができる。さらに、ＩＩＰの遺伝子異質性は、遺伝的変異体の特徴付けが、患者及びその家族に対するより正確な予後診断的情報を提供することができるように、ＩＩＰの型の再定義において有用であることを示唆する。
【０３０５】
本明細書に記載される実施例及び実施形態は例示目的のみであり、それらの関連から種々の修正及び変更が、当業者に示唆され、それらが本明細書の趣旨及び範囲ならびに添付の特許請求の範囲内に含まれることが理解される。本明細書に引用される全ての刊行物、特許、特許出願、ウェブサイト、及びデータベースは、あらゆる目的のために、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【０３０６】
【表１】
0006530717.tif 000002
0006530717.tif 000003
【０３０７】
【表２】
0006530717.tif 000004
0006530717.tif 000005
0006530717.tif 000006
0006530717.tif 000007
【０３０８】
【表３】
0006530717.tif 000008
0006530717.tif 000009
0006530717.tif 000010
0006530717.tif 000011
0006530717.tif 000012
0006530717.tif 000013
0006530717.tif 000014
【０３０９】
【表４】
0006530717.tif 000015
0006530717.tif 000016
0006530717.tif 000017
0006530717.tif 000018
0006530717.tif 000019
0006530717.tif 000020
【０３１０】
【表５】
0006530717.tif 000021
0006530717.tif 000022
0006530717.tif 000023
0006530717.tif 000024
0006530717.tif 000025
0006530717.tif 000026
0006530717.tif 000027
0006530717.tif 000028
0006530717.tif 000029
0006530717.tif 000030
0006530717.tif 000031
0006530717.tif 000032
0006530717.tif 000033
0006530717.tif 000034
【０３１１】
【表６】
0006530717.tif 000035
0006530717.tif 000036
0006530717.tif 000037
0006530717.tif 000038
0006530717.tif 000039
【図１】
0006530717.tif 000040
【図２−１】
0006530717.tif 000041
【図２−２】
0006530717.tif 000042
【図２−３】
0006530717.tif 000043
【図２−４】
0006530717.tif 000044
【図２−５】
0006530717.tif 000045
【図２−６】
0006530717.tif 000046
【図２−７】
0006530717.tif 000047
【図３−１】
0006530717.tif 000048
【図３−２】
0006530717.tif 000049
【図４】
0006530717.tif 000050
【図５】
0006530717.tif 000051
【図６】
0006530717.tif 000052
【図７】
0006530717.tif 000053
【図８】
0006530717.tif 000054
【図９】
0006530717.tif 000055
【図１０】
0006530717.tif 000056
【図１１】
0006530717.tif 000057
【図１２】
0006530717.tif 000058
【図１３】
0006530717.tif 000059
【図１４】
0006530717.tif 000060
【図１５】
0006530717.tif 000061
【図１６】
0006530717.tif 000062
【図１７】
0006530717.tif 000063
【図１８】
0006530717.tif 000064
【図１９】
0006530717.tif 000065
【図２０】
0006530717.tif 000066
【図２１】
0006530717.tif 000067
【図２２】
0006530717.tif 000068
【図２３】
0006530717.tif 000069
【図２４】
0006530717.tif 000070
【図２５】
0006530717.tif 000071
【図２６】
0006530717.tif 000072
【図２７】
0006530717.tif 000073
【図２８】
0006530717.tif 000074
【図２９】
0006530717.tif 000075
【図３０】
0006530717.tif 000076
【図３１】
0006530717.tif 000077
【図３２】
0006530717.tif 000078
【図３３】
0006530717.tif 000079
【図３４】
0006530717.tif 000080
【図３５】
0006530717.tif 000081