(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）にＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３のもとで寄託されたハイブリドーマにより産生される単離された抗体、または前記単離された抗体の単離された抗原結合フラグメントであって、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むｐ４０に特異的に結合する、単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメント。
【請求項２】
請求項１に記載の単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントと、少なくとも１つのさらなる単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントとを含む組成物であって、少なくとも１つのさらなる単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントは、ＤＳＧ−３、ＣＫ４、ＣＫ５、ナプシンＡ、ＨＭＷＣＫ、ｐ５０４Ｓ、ＣＫ５／１４、ＣＫ７／１８、ＣＫ８／１８、ウロプラキンＩＩ、ウロプラキンＩＩＩおよびＧＡＴＡ−３からなる群より選択される抗原に特異的に結合する、組成物。
【請求項３】
配列番号２からなる核酸配列によりコードされるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と配列番号１からなる核酸配列によりコードされるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含む、請求項１に記載の単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメント。
【請求項４】
前記単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントと、前記少なくとも１つのさらなる単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントとが、少なくとも２つの異なる種に由来する、請求項２に記載の組成物。
【請求項５】
前記少なくとも２つの異なる種が、マウス、ウサギ、ヤギ、ウマ、ニワトリおよびヒトからなる群より選択される、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメント、および前記少なくとも１つのさらなる単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントはそれぞれ、ｐ４０およびＤＳＧ−３およびＣＫ５およびナプシンＡ；ｐ４０およびＤＳＧ−３およびＣＫ５；ｐ４０およびナプシンＡ；ｐ４０およびＨＭＷＣＫおよびｐ５０４ｓ；ｐ４０およびｐ５０４ｓおよびＣＫ５／１４；ｐ４０およびＣＫ５／１４およびＣＫ７／１８；ｐ４０およびＣＫ５／１４およびＣＫ８／１８；ｐ４０およびウロプラキンＩＩおよびウロプラキンＩＩＩ；ならびにｐ４０およびウロプラキンＩＩおよびウロプラキンＩＩＩおよびＧＡＴＡ−３からなる群より選択されるタンパク質に特異的に結合する、請求項２に記載の組成物。
【請求項７】
前記単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメント、および前記少なくとも１つのさらなる単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントはそれぞれ、ｐ４０およびＤＳＧ−３およびナプシンＡ；ｐ４０およびＤＳＧ−３；ならびにｐ４０およびＣＫ５からなる群より選択されるタンパク質に特異的に結合する、請求項２に記載の組成物。
【請求項８】
請求項１に記載の単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントと；ｐ４０抗原に結合したときの請求項１に記載の単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントの抗体検出試薬とを含むキット。
【請求項９】
標識と結合体化された、請求項１に記載の単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメント。
【請求項１０】
前記標識が、放射性元素、磁気粒子、ラジオアイソトープ、蛍光色素、酵素、毒素、シグナル、染料、検出酵素、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、β−ガラクトシダーゼ、色素原、ファストレッド、３，３’−ジアミノベンジジン、３−アミノ−９−エチルカルバゾール、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスフェート、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−β−Ｄ−グルクロニド、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項９に記載の単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメント。
【請求項１１】
生物学的サンプル中のｐ４０を検出するための方法であって、
（ａ）請求項８に記載のキットを提供する工程；および
（ｂ）免疫アッセイにより前記単離された抗体またはその単離された抗原結合フラグメントの前記ｐ４０との結合を検出する工程であって、（ｉ）前記生物学的サンプルと、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）にＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３のもとで寄託されたハイブリドーマにより産生される単離された抗体、またはその単離された抗原結合フラグメントであって、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むｐ４０に特異的に結合する、単離された抗体、またはその単離された抗原結合フラグメントとを接触させ、複合体を形成する工程、および（ｉｉ）前記キットにおいて提供される前記抗体検出試薬により複合体を検出する工程を含み、前記免疫アッセイが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ＦＦＰＥのＩＨＣ、凍結組織切片のＩＨＣ、免疫細胞化学、およびＥＬＩＳＡからなる群より選択される、工程
を包含する方法。
【請求項１２】
前記生物学的サンプルが、肺組織、膀胱組織、乳房組織、および前立腺組織を含む、請求項１１に記載の生物学的サンプル中のｐ４０を検出するための方法。
【請求項１３】
前記生物学的サンプルが、正常組織、新生物組織、膀胱組織、腎臓組織、卵巣組織、甲状腺組織、子宮内膜組織、腎組織、扁桃腺組織、膵臓組織、結腸組織、リンパ節組織、新生物膵臓組織、胃組織、前立腺組織、肺組織、および乳房組織からなる群より選択される、請求項１１に記載の生物学的サンプル中のｐ４０を検出するための方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１３年２月２８日に出願された米国仮特許出願第６１／７７０，９５６号に対する優先権および利益を請求し、本明細書によってその全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、新規な抗ｐ４０抗体、この抗体を含む組成物、カクテル、およびキット、ならびにこの抗体を使用するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
組織サンプルの顕微鏡検査、特に、生検によって得られる検査は、疾患の診断のための一般的な方法である。特に、組織サンプル中の特定のタンパク質の発現を検出するために特定の抗体が使用される技術である免疫組織化学（ＩＨＣ）は、診断のため、特に、癌の検出および診断のための価値のあるツールであり得る。
ｐ５３は、多くのヒトの癌において変異し得る腫瘍抑制遺伝子である（例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ５３  Ｉｓｏｆｏｒｍｓ：Ａｎ  Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｐｒｏｃｅｓｓｏｒ？」Ｋｈｏｕｒｙ  ＭＰ，Ｂｏｕｒｄｏｎ  ＪＣ．Ｇｅｎｅｓ  Ｃａｎｃｅｒ．２０１１  Ａｐｒ；２（４）：４５３−６５という論文、および「ｐ５３／ｐ６３／ｐ７３  ｉｓｏｆｏｒｍｓ：ａｎ  ｏｒｃｈｅｓｔｒａ  ｏｆ  ｉｓｏｆｏｒｍｓ  ｔｏ  ｈａｒｍｏｎｉｓｅ  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｓｔｒｅｓｓ」Ｍｕｒｒａｙ−Ｚｍｉｊｅｗｓｋｉ  Ｆ，Ｌａｎｅ  ＤＰ，Ｂｏｕｒｄｏｎ  ＪＣ．Ｃｅｌｌ  Ｄｅａｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒ．２００６  Ｊｕｎ；１３（６）：９６２−７２の論文を参照のこと）。ｐ５３の不活性化は、ヒトの癌における最も一般的な遺伝子変化の１つであり得、すべてのヒトの癌の約５０％においてさえ存在し得る。ｐ５３は、おそらく、細胞周期の停止またはアポトーシスを生じ得る細胞経路を活性化することによって、ＤＮＡ損傷、低酸素症、および代謝の変化を含む、広範な種々の細胞ストレスに応答し得る。ｐ７３は、ｐ５３の鍵となる領域との配列の相同性に基づいて、クローニングされ、ｐ５３ファミリーのメンバーであると同定され得る。ｐ７３はｐ５３と同様の転写活性を実証し得る。しかし、ｐ７３はｐ５３とは異なる活性を示しているのではない可能性がある（例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、「Ｍｏｎｏａｌｌｅｌｉｃａｌｌｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｇｅｎｅ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｔｏ  ｐ５３  ａｔ  １ｐ３６，  ａ  ｒｅｇｉｏｎ  ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ  ｄｅｌｅｔｅｄ  ｉｎ  ｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｈｕｍａｎ  ｃａｎｃｅｒｓ」Ｋａｇｈａｄ  Ｍ，Ｂｏｎｎｅｔ  Ｈ，Ｙａｎｇ  Ａ，Ｃｒｅａｎｃｉｅｒ  Ｌ，Ｂｉｓｃａｎ  ＪＣ，Ｖａｌｅｎｔ  Ａ，Ｍｉｎｔｙ  Ａ，Ｃｈａｌｏｎ  Ｐ，Ｌｅｌｉａｓ  ＪＭ，Ｄｕｍｏｎｔ  Ｘ，Ｆｅｒｒａｒａ  Ｐ，ＭｃＫｅｏｎ  Ｆ，Ｃａｐｕｔ  Ｄ．  Ｃｅｌｌ．  １９９７  Ａｕｇ  ２２；９０（４）：８０９−１９の論文を参照のこと）。
【０００４】
ｐ５３およびｐ７３のＤＮＡ結合ドメインに基づくＰＣＲプライマーを使用して、遺伝子がクローニングされ得、クローニングされた遺伝子配列は、およそ４０ｋＤａのタンパク質に対応し得る。従って、ｐ５３ファミリーのさらなるメンバーであるこの新たに同定された遺伝子は、ｐ４０として同定され得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「Ａ  ｎｅｗ  ｈｕｍａｎ  ｐ５３  ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ」Ｔｒｉｎｋ  Ｂ，Ｏｋａｍｉ  Ｋ，Ｗｕ  Ｌ，Ｓｒｉｕｒａｎｐｏｎｇ  Ｖ，Ｊｅｎ  Ｊ，Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ  Ｄ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ．１９９８  Ｊｕｌ；４（７）：７４７−８の論文を参照のこと）。同じ遺伝子の他のアイソフォームがクローニングされ得、それらの産物がｐ５１、ｐ６３、またはｐ７３Ｌと呼ばれ得る（例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、「Ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐ５１，ｗｈｉｃｈ  ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｌｙ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ  ｒｅｓｅｍｂｌｅｓ  ｐ５３」Ｏｓａｄａ  Ｍ，Ｏｈｂａ  Ｍ，Ｋａｗａｈａｒａ  Ｃ，Ｉｓｈｉｏｋａ  Ｃ，Ｋａｎａｍａｒｕ  Ｒ，Ｋａｔｏｈ  Ｉ，Ｉｋａｗａ  Ｙ，Ｎｉｍｕｒａ  Ｙ，Ｎａｋａｇａｗａｒａ  Ａ，Ｏｂｉｎａｔａ  Ｍ，Ｉｋａｗａ  Ｓ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ．１９９８  Ｊｕｌ；４（７）：８３９−４３の論文、および「ｐ６３，ａ  ｐ５３  ｈｏｍｏｌｏｇ  ａｔ  ３ｑ２７−２９，ｅｎｃｏｄｅｓ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｐｒｏｄｕｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ｔｒａｎｓａｃｔｉｖａｔｉｎｇ，ｄｅａｔｈ−ｉｎｄｕｃｉｎｇ，ａｎｄ  ｄｏｍｉｎａｎｔ−ｎｅｇａｔｉｖｅ  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ」Ｙａｎｇ  Ａ，Ｋａｇｈａｄ  Ｍ，Ｗａｎｇ  Ｙ，Ｇｉｌｌｅｔｔ  Ｅ，Ｆｌｅｍｉｎｇ  ＭＤ，Ｄｏｔｓｃｈ  Ｖ，Ａｎｄｒｅｗｓ  ＮＣ，Ｃａｐｕｔ  Ｄ，ＭｃＫｅｏｎ  Ｆ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ．１９９８  Ｓｅｐ；２（３）：３０５−１６の論文、および「Ａ  ｓｅｃｏｎｄ  ｐ５３−ｒｅｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｐ７３Ｌ，ｗｉｔｈ  ｈｉｇｈ  ｈｏｍｏｌｏｇｙ  ｔｏ  ｐ７３」Ｓｅｎｏｏ  Ｍ，Ｓｅｋｉ  Ｎ，Ｏｈｉｒａ  Ｍ，Ｓｕｇａｎｏ  Ｓ，Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｍ，Ｉｎｕｚｕｋａ  Ｓ，Ｏｋａｍｏｔｏ  Ｔ，Ｔａｃｈｉｂａｎａ  Ｍ，Ｔａｎａｋａ  Ｔ，Ｓｈｉｎｋａｉ  Ｙ，Ｋａｔｏ  Ｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ．１９９８  Ｊｕｌ  ３０；２４８（３）：６０３−７の論文、および「Ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐ５１，ｗｈｉｃｈ  ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｌｙ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ  ｒｅｓｅｍｂｌｅｓ  ｐ５３」Ｏｓａｄａ  Ｍ，Ｏｈｂａ  Ｍ，Ｋａｗａｈａｒａ  Ｃ，Ｉｓｈｉｏｋａ  Ｃ，Ｋａｎａｍａｒｕ  Ｒ，Ｋａｔｏｈ  Ｉ，Ｉｋａｗａ  Ｙ，Ｎｉｍｕｒａ  Ｙ，Ｎａｋａｇａｗａｒａ  Ａ，Ｏｂｉｎａｔａ  Ｍ，Ｉｋａｗａ  Ｓ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ．１９９８  Ｊｕｌ；４（７）：８３９−４３の論文を参照のこと）。これらのアイソフォームの各々は、Ｎ末端転写活性化ドメインの存在または非存在さえによって異なり得る。ｐ４０、ΔＮｐ６３、およびｐ７３Ｌはこのドメインを欠く可能性がある。
【０００５】
ｐ４０／ｐ６３／ｐ５１／ｐ７３Ｌ遺伝子は、頭頸部扁平上皮細胞癌腫および原発性肺扁平上皮細胞癌腫の細胞系統において過剰発現していることが見出され得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ＡＩＳ  ｉｓ  ａｎ  ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  ｉｎ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ」Ｈｉｂｉ  Ｋ，Ｔｒｉｎｋ  Ｂ，Ｐａｔｔｕｒａｊａｎ  Ｍ，Ｗｅｓｔｒａ  ＷＨ，Ｃａｂａｌｌｅｒｏ  ＯＬ，Ｈｉｌｌ  ＤＥ，Ｒａｔｏｖｉｔｓｋｉ  ＥＡ，Ｊｅｎ  Ｊ，Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ  Ｄ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２０００  Ｍａｙ  ９；９７（１０）：５４６２−７の論文を参照のこと）。扁平上皮細胞癌腫におけるこの増幅に起因して、ｐ４０／ｐ６３／ｐ５１／ｐ７３Ｌ遺伝子は、ＡＩＳ（ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  ｉｎ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）と呼ばれ得る。おそらく転写活性化ドメインを含むｐ４０／ｐ６３／ｐ５１／ｐ７３Ｌ遺伝子の最長のアイソフォームは、クローニングされ、ｐ６３と名付けられたものであり得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ６３，ａ  ｐ５３  ｈｏｍｏｌｏｇ  ａｔ  ３ｑ２７−２９，ｅｎｃｏｄｅｓ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｐｒｏｄｕｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ｔｒａｎｓａｃｔｉｖａｔｉｎｇ，ｄｅａｔｈ−ｉｎｄｕｃｉｎｇ，ａｎｄ  ｄｏｍｉｎａｎｔ−ｎｅｇａｔｉｖｅ  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ」Ｙａｎｇ  Ａ，Ｋａｇｈａｄ  Ｍ，Ｗａｎｇ  Ｙ，Ｇｉｌｌｅｔｔ  Ｅ，Ｆｌｅｍｉｎｇ  ＭＤ，Ｄｏｔｓｃｈ  Ｖ，Ａｎｄｒｅｗｓ  ＮＣ，Ｃａｐｕｔ  Ｄ，ＭｃＫｅｏｎ  Ｆ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ．１９９８  Ｓｅｐ；２（３）：３０５−１６の論文を参照のこと）。
【０００６】
従って、単純化のために、ｐ４０／ｐ６３／ｐ５１／ｐ７３Ｌ遺伝子は、頻繁に、ｐ６３と呼ばれ得る。しかし、ｐ４０、ｐ６３、ｐ５１、ｐ７３Ｌ、およびＡＩＳはすべて、おそらく対応する様々な長さのタンパク質アイソフォームを生じ、様々な長さの転写物を産生し得る同じ遺伝子についての用語であることに注目するべきである。
【０００７】
全長のｐ６３遺伝子は、ＤＮＡ結合ドメインであるＮ末端転写活性化ドメインおよびカルボキシオリゴマー化ドメインをコードし得る。ｐ６３は２つのプロモーターを有し得、これらは、おそらく、２つの明瞭に異なるタンパク質のクラスを生じ、１つのクラスはトランス活性化ドメイン（ＴＡ）を含有し得（おそらくｐ６３またはＴＡｐ６３として知られる）、他のクラスはＮ末端トランス活性化ドメインを欠く可能性がある（おそらくｐ４０またはΔＮｐ６３として知られる）（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ４０：Ａ  ｐ６３  Ｉｓｏｆｏｒｍ  Ｕｓｅｆｕｌ  ｆｏｒ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ−Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｐ６３」Ｎｏｂｒｅ  ＡＲ，Ａｌｂｅｒｇａｒｉａ  Ａ，Ｓｃｈｍｉｔｔ  Ｆ．Ａｃｔａ  Ｃｙｔｏｌ．２０１３；５７（１）：１−８の論文を参照のこと）。ｐ４０タンパク質は、ＤＮＡ結合部位について競合すること、またはｐ５３、ｐ６３、もしくはｐ７３アイソフォームに直接結合することのいずれかによって、転写についてのドミナントネガティブ因子として作用し得、おそらく転写を誘導するそれらの能力を阻害する。しかし、ある例において、ｐ４０は、おそらく他の方法ではＴＡ型のｐ５３、ｐ６３、またはｐ７３によっては活性化されない遺伝子の転写を活性化し得る。１つの見解において、ｐ６３遺伝子は、対立する分子のファミリー、おそらくｐ５３様の腫瘍抑制因子特性を有するＮ末端トランス活性化ドメインを含有するタンパク質、およびおそらく発癌特性を有するＮ末端ドメインを欠いているタンパク質を産生するものと考えられ得る。
【０００８】
成体の正常組織において、ｐ６３アイソフォームの発現は、皮膚、食道、および尿路上皮などの正常上皮の基底細胞、ならびに前立腺、乳房、および気管支などの腺状構造の基底細胞の核に制限され得る。これらの細胞において、ｐ４０の発現は、おそらくＴＡｐ６３よりも約１００倍高いことが見出され得る。ｐ４０およびＴＡｐ６３は重複する組織分布を示し得るが、ＴＡｐ６３は、ｐ４０発現と比較して、分化した細胞中でより多く発現され、おそらく基底細胞中でより少なく発現され得る。アイソフォームについての発現パターンの違いは、おそらく、発生および疾患における各アイソフォームについての異なる役割を示し得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ４０：Ａ  ｐ６３  Ｉｓｏｆｏｒｍ  Ｕｓｅｆｕｌ  ｆｏｒ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  −  Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｐ６３」Ｎｏｂｒｅ  ＡＲ，Ａｌｂｅｒｇａｒｉａ  Ａ，Ｓｃｈｍｉｔｔ  Ｆ．Ａｃｔａ  Ｃｙｔｏｌ．２０１３；５７（１）：１−８の論文を参照のこと）。
【０００９】
ＴＡｐ６３およびｐ４０のアイソフォームの発現レベルを決定することは癌の診断において有用であり得る。特に、ＩＨＣは、ＴＡｐ６３および／またはｐ４０タンパク質を結合する抗体を使用して、タンパク質の発現を検出するため、そしておそらく、癌、特に、肺癌、前立腺癌、乳癌、および膀胱癌を診断するために有用であり得る。ウサギポリクローナル（ＲＰ）抗ｐ４０抗体は、頭頸部扁平上皮癌腫細胞系統および扁平上皮癌腫型の原発性肺腫瘍におけるｐ４０の発現を同定するためのＩＨＣ法において産生および使用され得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「Ａ  ｎｅｗ  ｈｕｍａｎ  ｐ５３  ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ」Ｔｒｉｎｋ  Ｂ，Ｏｋａｍｉ  Ｋ，Ｗｕ  Ｌ，Ｓｒｉｕｒａｎｐｏｎｇ  Ｖ，Ｊｅｎ  Ｊ，Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ  Ｄ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ．１９９８  Ｊｕｌ；４（７）：７４７−８の論文を参照のこと）。マウスモノクローナル抗ｐ６３抗体（４Ａ４）もまた、ｐ６３タンパク質のアイソフォームを検出するためにＩＨＣ法において産生および使用され得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ６３，ａ  ｐ５３  ｈｏｍｏｌｏｇ  ａｔ  ３ｑ２７−２９，ｅｎｃｏｄｅｓ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｐｒｏｄｕｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ｔｒａｎｓａｃｔｉｖａｔｉｎｇ，ｄｅａｔｈ−ｉｎｄｕｃｉｎｇ，ａｎｄ  ｄｏｍｉｎａｎｔ−ｎｅｇａｔｉｖｅ  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ」Ｙａｎｇ  Ａ，Ｋａｇｈａｄ  Ｍ，Ｗａｎｇ  Ｙ，Ｇｉｌｌｅｔｔ  Ｅ，Ｆｌｅｍｉｎｇ  ＭＤ，Ｄｏｔｓｃｈ  Ｖ，Ａｎｄｒｅｗｓ  ＮＣ，Ｃａｐｕｔ  Ｄ，ＭｃＫｅｏｎ  Ｆ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ．１９９８  Ｓｅｐ；２（３）：３０５−１６の論文を参照のこと）。重要なことに、ＲＰ抗ｐ４０抗体は、ＴＡｐ６３にはおそらく存在しない配列である、ｐ４０アイソフォームに独特であるエピトープ配列を結合し得る。対照的に、抗ｐ６３抗体４Ａ４は、ＴＡとｐ４０の両方のアイソフォームに共通であり得るエピトープ配列を結合し得、おそらく、ｐ６３遺伝子に由来する両方のクラスのタンパク質を認識することによって汎ｐ６３マーカーの特性を示す４Ａ４を生じるのに対し、ＲＰ抗ｐ４０抗体はｐ４０アイソフォームのみを認識し得、おそらく、より選択的なマーカーであり得る。
【００１０】
肺癌は、男性と女性の両方の癌による死亡の主要原因である。結腸癌、乳癌、および前立腺癌の合計よりも多くの人が肺癌で死亡している。非小細胞肺癌腫（ＮＳＣＬＣ）は肺癌のおよそ８０％を含み、いくつかの組織学的型に分類されてもよく、最も一般的には、腺癌（ＡＤＣ）または扁平上皮癌腫（ＳＣＣ）さえも含むことがある。肺癌腫の組織学的型への分類は、ヘマトキシリンおよびエオシン（Ｈ＆Ｅ）またはＩＨＣ、ある場合においては、ムチン染色を使用する形態学的検査によって実施されてもよい。しかし、正確な分類は、分化が乏しく、またさらには未分化の肺癌腫では困難であり得る。診断は、ニードルコア生検の使用によってさらに複雑にされる可能性があり、これは、免疫組織化学と分子試験の両方のために限られた量の組織を提供し得、粉砕人工物を含み得る。加えて、細胞学試料は、Ｈ＆Ｅ単独を用いる診断のために必要とされる形態学的特徴を欠く可能性がある。
【００１１】
肺癌の大部分（特に、グレードＩおよびＩＩ）は、Ｈ＆Ｅ染色のみを用いて診断できるが、標的化治療の出現に伴って、診断の必要性は変化してきており、多くの数のＮＳＣＬＣの症例の分類のための方法の改善が必要とされている。過去において、おそらく、ＮＳＣＬＣサブタイプに関わらず、同じ治療が患者に提供され得るという事実に起因して、ＮＳＣＬＣの組織学的サブタイピングは限られた診断的価値しかなかった。しかし、標的化治療の利用可能性は、ＮＳＣＬＣの正確なサブタイピングの必要性を生じてきた。例えば、血管内皮成長因子を標的とする治療用ヒト化モノクローナル抗体であるベバシズマブは、ＮＳＣＬＣ患者のための一般的な治療であり得る。しかし、ＳＣＣサブタイプを有する患者は、おそらく、致死的な肺出血による約３０％の死亡率に起因して、ベバシズマブを用いるべきではない。さらに、効力の増強は、非扁平上皮癌腫において、従来の化学療法へのプリメックストレッド（ｐｒｅｍｅｘｔｒｅｄ）の追加を用いて実証できたが、ＳＣＣでは実証されない可能性がある。従って、ＮＳＣＬＣ試料をサブタイピングするための正確な方法は、最適な治療効力および最小限の副作用で、患者を最良にケアするために有用であり得る。
【００１２】
ＩＨＣは、一般に、ＮＳＣＬＣ試料の組織学的サブタイプを決定する際に、おそらく、特に、肺の小細胞癌腫からと同様にＳＣＣからＡＤＣを区別する際に、病理学者を補助するために使用することができる。特に、ｐ４０へのＩＨＣ抗体は、肺癌の診断において、そしておそらく、ＡＤＣおよびＳＣＣなどの組織学的サブタイプを区別する際に有用であり得る。ＲＰ抗ｐ４０抗体を使用して、原発性肺ＳｑＣＣにおけるｐ４０タンパク質の発現はＩＨＣによって同定されてきたのに対して、肺腺癌の場合においては、ｐ４０タンパク質は検出されてこなかった可能性がある（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ＡＩＳ  ｉｓ  ａｎ  ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  ｉｎ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ」Ｈｉｂｉ  Ｋ，Ｔｒｉｎｋ  Ｂ，Ｐａｔｔｕｒａｊａｎ  Ｍ，Ｗｅｓｔｒａ  ＷＨ，Ｃａｂａｌｌｅｒｏ  ＯＬ，Ｈｉｌｌ  ＤＥ，Ｒａｔｏｖｉｔｓｋｉ  ＥＡ，Ｊｅｎ  Ｊ，Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ  Ｄ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２０００  Ｍａｙ  ９；９７（１０）：５４６２−７の論文を参照のこと）。
【００１３】
さらなる研究は、ＲＰ抗ｐ４０抗体が、扁平上皮癌腫の診断のために汎ｐ６３抗体４Ａ４よりも優れ得ること、およびおそらく、ＲＰ抗ｐ４０抗体はより特異的であり得ることを示してきた。１つの研究において、ＲＰ抗ｐ４０抗体と汎ｐ６３抗体の両方は、評価されたＳＣＣの８１の症例すべてを染色し、おそらく、両方の抗体がＳＣＣにおいて等価な感度を示すことを示した。対照的に、汎ｐ６３抗体は、ＡＤＣの症例の７４／２３７（約３１％）を染色した一方、ＲＰ抗ｐ４０抗体はＡＤＣの症例の７／２０５（約３％）のみを染色し、おそらく、ＲＰ抗ｐ４０抗体は汎ｐ６３  ４Ａ４よりもより特異的であり得ることを示した。さらに、汎ｐ６３  ４Ａ４抗体は、試験された大細胞リンパ腫の試験された症例の８２／１５２（約５４％）を染色したのに対して、ＲＰ抗ｐ４０抗体は、これらの症例のいずれにおいても染色を欠いており、おそらくＲＰ抗ｐ４０抗体についての特異性の改善を生じていた。本研究は、４Ａ４を用いる複数のｐ６３アイソフォームの検出の代わりのｐ４０のＩＨＣ検出が、ＳＣＣとしての分化が乏しいＡＤＣまたはリンパ腫の誤った解釈を妨害することを示し得る（例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ４０  （ΔＮｐ６３）  ｉｓ  ｓｕｐｅｒｉｏｒ  ｔｏ  ｐ６３  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  ｏｆ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ」Ｂｉｓｈｏｐ  ＪＡ，Ｔｅｒｕｙａ−Ｆｅｌｄｓｔｅｉｎ  Ｊ，Ｗｅｓｔｒａ  ＷＨ，Ｐｅｌｏｓｉ  Ｇ，Ｔｒａｖｉｓ  ＷＤ，Ｒｅｋｈｔｍａｎ  Ｎ．Ｍｏｄ  Ｐａｔｈｏｌ．２０１２  Ｍａｒ；２５（３）：４０５−１５の論文および「Ａ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ΔＮｐ６３  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｌｕｎｇ  ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ」Ｎｏｎａｋａ  Ｄ．Ａｍ  Ｊ  Ｓｕｒｇ  Ｐａｔｈｏｌ．２０１２  Ｊｕｎ；３６（６）：８９５−９の論文を参照のこと）。
【００１４】
他の研究もまた、ＳＣＣを同定する際のＲＰ抗ｐ４０抗体の使用を、おそらく、抗ＴＴＦ−１抗体と組み合わせて報告し得、これはＡＤＣのためのマーカーであり得る。１つのこのような研究において、生検試料からの小さな組織サンプルのＩＨＣを使用して、ＡＤＣおよびＳＣＣの４５／４６（約９８％）の症例が、ＲＰ抗ｐ４０および抗ＴＴＦ−１抗体の組み合わせを使用して診断された（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ΔＮｐ６３（ｐ４０）ａｎｄ  ｔｈｙｒｏｉｄ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ−１  ｉｍｍｕｎｏｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｎ  ｓｍａｌｌ  ｂｉｏｐｓｉｅｓ  ｏｒ  ｃｅｌｌｂｌｏｃｋｓ  ｆｏｒ  ｔｙｐｉｎｇ  ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ：ａ  ｎｏｖｅｌ  ｔｗｏ−ｈｉｔ，ｓｐａｒｉｎｇ−ｍａｔｅｒｉａｌ  ａｐｐｒｏａｃｈ」Ｐｅｌｏｓｉ  Ｇ，Ｆａｂｂｒｉ  Ａ，Ｂｉａｎｃｈｉ  Ｆ，Ｍａｉｓｏｎｎｅｕｖｅ  Ｐ，Ｒｏｓｓｉ  Ｇ，Ｂａｒｂａｒｅｓｃｈｉ  Ｍ，Ｇｒａｚｉａｎｏ  Ｐ，Ｃａｖａｚｚａ  Ａ，Ｒｅｋｈｔｍａｎ  Ｎ，Ｐａｓｔｏｒｉｎｏ  Ｕ，Ｓｃａｎａｇａｔｔａ  Ｐ，Ｐａｐｏｔｔｉ  Ｍ．Ｊ  Ｔｈｏｒａｃ  Ｏｎｃｏｌ．２０１２  Ｆｅｂ；７（２）：２８１−９０の論文を参照のこと）。
【００１５】
同様の研究において、ＲＰ抗ｐ４０抗体および抗ＴＴＦ−１抗体を含有する抗体カクテルは、ＳＣＣについてＲＰ抗ｐ４０抗体の約９２％の感度および約９３％の特異性、ならびにＡＤＣについて抗ＴＴＦ−１の約７７％の感度および約１００％の特異性を生じた（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「Ｔｉｓｓｕｅ−Ｐｒｅｓｅｒｖｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｃｋｔａｉｌｓ  ｔｏ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ  Ｐｒｉｍａｒｙ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ，Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ，ａｎｄ  Ｓｍａｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  Ｌｕｎｇ」Ｂｒｏｗｎ  ＡＦ，Ｓｉｒｏｈｉ  Ｄ，Ｆｕｋｕｏｋａ  Ｊ，Ｃａｇｌｅ  Ｐ，Ｐｏｌｉｃａｒｐｉｏ−Ｎｉｃｏｌａｓ  Ｍ，Ｔａｃｈａ  Ｄ，Ｊａｇｉｒｄａｒ  Ｊ．Ａｒｃｈ  Ｐａｔｈｏｌ  Ｌａｂ  Ｍｅｄ．２０１３  Ｊａｎ  ４の論文を参照のこと）。
【００１６】
正常膀胱組織において、ＴＡｐ６３は、尿路上皮の基底細胞および中間細胞において発現され得るのに対して、ｐ４０は検出されない可能性がある。対照的に、ｐ４０発現は、尿路上皮癌腫においてＩＨＣによって検出され得、おそらく、非侵襲性の２９／１４７（約１９．７％）の症例で、おそらく侵襲性の癌腫の２３／５５（約４１．８％）の症例であった（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「Ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｏｆ  ｐ６３  ｖａｒｉａｎｔｓ  ｄｕｒｉｎｇ  ｕｒｏｔｈｅｌｉａｌ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｂｌａｄｄｅｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ」Ｋａｒｎｉ−Ｓｃｈｍｉｄｔ  Ｏ，Ｃａｓｔｉｌｌｏ−Ｍａｒｔｉｎ  Ｍ，Ｓｈｅｎ  ＴＨ，Ｇｌａｄｏｕｎ  Ｎ，Ｄｏｍｉｎｇｏ−Ｄｏｍｅｎｅｃｈ  Ｊ，Ｓａｎｃｈｅｚ−Ｃａｒｂａｙｏ  Ｍ，Ｌｉ  Ｙ，Ｌｏｗｅ  Ｓ，Ｐｒｉｖｅｓ  Ｃ，Ｃｏｒｄｏｎ−Ｃａｒｄｏ  Ｃ．Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．２０１１  Ｍａｒ；１７８（３）：１３５０−６０の論文を参照のこと）。ｐ４０の発現は尿路上皮癌腫の予後因子でもあり得る。例えば、ｐ４０の発現を実証する筋肉侵襲性尿路上皮癌腫の症例は、おそらく約１１．６±約１．３ヶ月のメジアン±ＳＤ全体生存を示し得、おそらく、ｐ４０発現が乏しい予後の予測因子であることを示す。対照的に、ｐ４０発現を欠いている侵襲性尿路上皮癌腫の症例は、おそらく約２５±約６．４ヶ月のより長いメジアン±ＳＤ全体生存を実証し得、おそらく、ｐ４０発現の欠如がより良好な予後の予測因子であることを示す。顕著には、総ｐ６３発現は、侵襲性癌腫の予後指標ではない可能性があり、これはおそらく、ＴＡｐ６３およびｐ４０アイソフォームが対立する生物学的活性を示すからである。結果として、ｐ４０アイソフォームに特異的なマーカーは、汎ｐ６３マーカーと比較して、尿路上皮癌腫のために使用されてもよい。
【００１７】
前立腺の基底細胞において通常発現され得るｐ４０の発現の喪失は、一般的に、前立腺癌の指標として使用されてもよい。具体的には、ｐ４０  ｍＲＮＡ転写物の量は、前立腺癌細胞中では、ＴＡｐ６３  ｍＲＮＡの量と比較して、より低い可能性があり、おそらく、およそ約２０００倍低く、またはおそらく、検出不可能でさえあり得る。従って、おそらく、ｐ４０は前立腺癌細胞系統には実質的に存在しないのに対して、ＴＡｐ６３  ｍＲＮＡは様々なレベルで検出可能である。良性および悪性の前立腺組織の示差的診断において、ｐ４０の喪失を検出し得る方法は、ＴＡｐ６３を検出し得る方法よりも好ましい可能性がある（例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ６３  ｉｓ  ａ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｂａｓａｌ  ｃｅｌｌ  ｍａｒｋｅｒ  ａｎｄ  ｉｓ  ｒｅｑｕｉｒｅｄ  ｆｏｒ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ」Ｓｉｇｎｏｒｅｔｔｉ  Ｓ，Ｗａｌｔｒｅｇｎｙ  Ｄ，Ｄｉｌｋｓ  Ｊ，Ｉｓａａｃ  Ｂ，Ｌｉｎ  Ｄ，Ｇａｒｒａｗａｙ  Ｌ，Ｙａｎｇ  Ａ，Ｍｏｎｔｉｒｏｎｉ  Ｒ，ＭｃＫｅｏｎ  Ｆ，Ｌｏｄａ  Ｍ．Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．２０００  Ｄｅｃ；１５７（６）：１７６９−７５の論文、および「Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｐ６３  ｉｓｏｆｏｒｍｓ  ｉｎ  ｎｏｒｍａｌ  ｔｉｓｓｕｅｓ  ａｎｄ  ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ」Ｎｙｌａｎｄｅｒ  Ｋ，Ｖｏｊｔｅｓｅｋ  Ｂ，Ｎｅｎｕｔｉｌ  Ｒ，Ｌｉｎｄｇｒｅｎ  Ｂ，Ｒｏｏｓ  Ｇ，Ｚｈａｎｘｉａｎｇ  Ｗ，Ｓｊｏｓｔｒｏｍ  Ｂ，Ｄａｈｌｑｖｉｓｔ  Ａ，Ｃｏａｔｅｓ  ＰＪ．Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．２００２  Ｄｅｃ；１９８（４）：４１７−２７の論文を参照のこと）。
【００１８】
正常乳管において、筋上皮細胞は、上皮構造に沿って連続基底リムを形成し得る。この基底境界の連続性の段階的な喪失は、インサイチュで癌腫の存在を示すものであり得、筋上皮細胞の全体的な喪失は、しばしば、侵襲性の乳癌において観察され得る。良性病変は、典型的には、悪性病変と形態学的に類似しながら、それらの連続する筋上皮層を保持し得る。ＩＨＣによる筋上皮の核染色は、抗ｐ４０抗体を使用して観察されてもよい。この様式において、抗ｐ４０抗体は、基底層における筋上皮細胞の連続性を評価するために有用であり得、従って、乳房の病変の診断に役立つ（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、「ｐ６３，ａ  ｐ５３  ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ，ｉｓ  ａ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｍａｒｋｅｒ  ｏｆ  ｍｙｏｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｂｒｅａｓｔ」Ｂａｒｂａｒｅｓｃｈｉ  Ｍ，Ｐｅｃｃｉａｒｉｎｉ  Ｌ，Ｃａｎｇｉ  ＭＧ，Ｍａｃｒｉ  Ｅ，Ｒｉｚｚｏ  Ａ，Ｖｉａｌｅ  Ｇ，Ｄｏｇｌｉｏｎｉ  Ｃ．Ａｍ  Ｊ  Ｓｕｒｇ  Ｐａｔｈｏｌ．２００１  Ａｕｇ；２５（８）：１０５４−６０の論文を参照のこと）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１９】
【非特許文献１】ｐ５３  Ｉｓｏｆｏｒｍｓ：Ａｎ  Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｐｒｏｃｅｓｓｏｒ？」Ｋｈｏｕｒｙ  ＭＰ，Ｂｏｕｒｄｏｎ  ＪＣ．Ｇｅｎｅｓ  Ｃａｎｃｅｒ．２０１１  Ａｐｒ；２（４）：４５３−６５
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００２０】
従って、癌の診断における使用のための高感度でさらに特異的である抗ｐ４０抗体についての明確な必要性が存在する。本発明の実施形態は、高感度であることができ、さらに高度に特異的であり得る抗ｐ４０マウスモノクローナル抗体［クローンＢＣ２８］を提供する。本発明の１つの例は、ＳＣＣ、膀胱癌、乳癌、および前立腺癌などを含むがこれらに限定されない特定の癌におけるｐ４０タンパク質の存在または非存在を検出し得るマウスモノクローナル抗ｐ４０抗体を提供する。ＮＳＣＬＣの場合において、本発明の１つの例は、肺ＳＣＣに対して優秀な感度を実証することができ（約６５／６７、約９７％）、おそらく、肺ＡＤＣに対してさえも優秀な特異性であった（約０／７１、約０％）。ＲＰ抗ｐ４０抗体と比較したときに、マウスモノクローナル抗ｐ４０  ＢＣ２８は、典型的には、より明確な染色パターンを示すことができ、おそらく、モノクローナル抗体の利点を提供しながら、マクロファージの染色が欠如し、人工物もより少なかった。ＢＣ２８はまた、ＲＰ抗ｐ４０抗体によって染色され得る肺ＡＤＣのいくつかの試料を染色しないことができ、おそらく、代替品に対するＢＣ２８の優れた特異性を示している。従って、ＢＣ２８などのモノクローナル抗ｐ４０抗体は、他の汎ｐ６３マーカーまたは代替の抗ｐ４０抗体と比較して、診断のために好ましい可能性がある。
【００２１】
抗ｐ４０抗体の開発は、原発性癌およびさらには転移性癌の診断、特に、肺ＳＣＣ、尿路上皮癌腫、前立腺癌、および乳癌などの診断において補助となることができ、さらにはｐ４０対ＴＡｐ６３のタンパク質発現を区別する際の補助になることができる。おそらく、汎ｐ６３マーカー４Ａ４およびＲＰ抗ｐ４０抗体と比較した場合などに、等価なまたは優れた染色感度を有し、そしておそらく、さらに優れた染色特異性を有する、マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］などの新たな抗ｐ４０抗体が、本発明において提供される。
【課題を解決するための手段】
【００２２】
発明の開示
本発明の一般的な実施形態は、ｐ４０を認識するためのモノクローナル抗体、それらの調製のための方法、免疫組織化学における使用などを含み得る。実施形態において、抗ｐ４０抗体クローンＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体クローンは、ヒトｐ４０タンパク質アミノ酸１−１７のサブセットに対応する１つ以上のペプチドを用いてＢａｌｂ／Ｃマウスを免役することによって得ることができる。ｐ４０ペプチドは、腹腔内注射を介して、アジュバントとともに、ＢＡＬＢ／ｃマウスに注射されてもよく、おそらく、約３週間の間隔で約５回である。ｐ４０に対する免疫反応は、組換えｐ４０タンパク質への直接ＥＬＩＳＡによって評価されてもよい。最高の力価を有するマウスは、細胞融合によるハイブリドーマの発生のために選択されてもよい。ヒト組織でのｐ４０に対する最良の反応を実証するハイブリドーマクローンが選択されてもよく、ＢＣ２８と名付けられてもよい。ＢＣ２８クローンはアイソタイプについて試験されてもよく、マウスＩｇＧ１／ｋａｐｐａとして同定されてもよい。ＢＣ２８抗体は、ハイブリドーマ細胞の大規模組織培養によって、およびＢＡＬＢ／ｃマウスにおける腹水によって、産生されてもよい。上清および抗体の腹水が収集されてもよく、抗体はプロテインＡアフィニティーカラムによって精製されてもよい。ＢＣ２８は、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロッティング、およびさらにはヒト組織によって、ヒトｐ４０タンパク質に対する特異的反応を実証してもよい。
【００２３】
マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、組織サンプル中のｐ４０の検出のために有用であり得、おそらく、ＴＡｐ６３およびｐ４０アイソフォームに対する現在知られている抗体を超えたいくつかの顕著であるが予測されなかった利点を伴う。従来的な免疫組織化学手順において使用されるとき、マウス抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、おそらく、知られている抗ｐ６３抗体および抗ｐ４０抗体と同様の感度で、ｐ４０の核染色を生じることができる。一方で、ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、おそらく、抗ｐ６３抗体および他の知られている抗ｐ４０抗体と比較した場合に、特異性の増加を示すことができ、これは有意な改善を提供し得る。モノクローナルの供給源に由来するという可能な利点に加えて、ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体はまた、他の知られている抗ｐ４０および抗ｐ６３抗体と比較したときに、より少ない人工物およびより高い細胞型特異性を伴って、例えば、おそらく、マクロファージを染色せずに、より明確な染色を提供することができる。ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体を用いると、サンプルの分析は単純化することができ、腫瘍細胞中のｐ４０発現を容易に同定可能にすることができ、さもなくば診断が困難、あいまい、または可能でないことさえあり得る場合において診断を可能にする。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、前記抗体がペプチド配列番号３におけるエピトープに結合する、調製物。
（項目２）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、前記抗体がペプチド配列番号４におけるエピトープに結合する、調製物。
（項目３）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、前記抗体が配列番号３および配列番号５の混合物を含むエピトープに結合する、調製物。
（項目４）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、前記抗体が配列番号３および配列番号５の混合物からなるエピトープに結合する、調製物。
（項目５）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、配列番号３からなるペプチドを免疫原として使用して前記抗体が生成される、調製物。
（項目６）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、配列番号４からなるペプチドを免疫原として使用して前記抗体が生成される、調製物。
（項目７）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、配列番号３および配列番号５の混合物を含むペプチドを免疫原として使用して前記抗体が生成される、調製物。
（項目８）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、配列番号３および配列番号５の混合物からなるペプチドを免疫原として使用して前記抗体が生成される、調製物。
（項目９）
ペプチド配列番号３におけるエピトープに特異的に結合する抗体の単離された調製物。
（項目１０）
ペプチド配列番号４におけるエピトープに特異的に結合する抗体の単離された調製物。
（項目１１）
配列番号３および配列番号５の混合物を含むペプチドにおけるエピトープに特異的に結合する抗体の単離された調製物。
（項目１２）
配列番号３および配列番号５の混合物からなるペプチドにおけるエピトープに特異的に結合する抗体の単離された調製物。
（項目１３）
前記抗体がモノクローナルである、項目１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２に記載の抗体の単離された調製物。
（項目１４）
前記抗体がポリクローナルである、項目１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２に記載の抗体の単離された調製物。
（項目１５）
アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）にＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３で寄託されているハイブリドーマによって産生された抗体またはそのフラグメント。
（項目１６）
アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）にＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３で寄託されているハイブリドーマ細胞。
（項目１７）
前記ハイブリドーマ細胞によって産生される抗体またはそのフラグメントをさらに含む、項目１６に記載のハイブリドーマ細胞。
（項目１８）
項目１５に記載のモノクローナル抗体を産生するための方法であって、ｐ４０を特異的に認識することが可能なモノクローナル抗体を産生する前記ハイブリドーマを培養する工程、および
前記ハイブリドーマにモノクローナル抗体を産生させることを可能にする工程
を包含する、方法。
（項目１９）
配列番号１または配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列のポリペプチドを含む、抗体またはそのフラグメント。
（項目２０）
配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、抗ｐ４０抗体またはそのフラグメント。
（項目２１）
配列番号１または配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む抗体。
（項目２２）
配列番号１または配列番号２に対して少なくとも約７０％同一である核酸配列を含む、単離および精製された核酸配列。
（項目２３）
前記配列番号１または配列番号２に対して少なくとも約７０％同一が、配列番号１および配列番号２に対して少なくとも約７０％同一を含む、項目２１または２２に記載の配列。
（項目２４）
前記少なくとも約７０％同一が、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、および少なくとも約９９％からなる群より選択されるパーセンテージを含む、項目２３に記載の配列。
（項目２５）
配列番号３の残基を含むアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント。
（項目２６）
少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントを含む組成物であって、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの少なくとも１つが少なくともｐ４０に特異的に結合する、組成物。
（項目２７）
少なくともｐ４０に特異的に結合する前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、ｐ４０［ＢＣ２８］抗体またはそのフラグメントを含む、項目２６に記載の組成物。
（項目２８）
少なくともｐ４０に特異的に結合する前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、ｐ４０に特異的に結合する前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの少なくとも１つを含み、かつ染色細胞の約５％より大きい陽性指示カットオフ値を有する、項目２６に記載の組成物。
（項目２９）
項目２６に記載の組成物であって、ｐ４０に特異的に結合する前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、ｐ４０に特異的に結合する前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの少なくとも１つを含み、かつ以下の陽性指示カットオフ値：
−染色細胞の約２％より大きい
−染色細胞の約３％より大きい
−染色細胞の約４％より大きい
−染色細胞の約５％より大きい
−染色細胞の約６％より大きい
−染色細胞の約７％より大きい
−染色細胞の約８％より大きい
−染色細胞の約９％より大きい、および
−染色細胞の約１０％より大きい
からなる群より選択される陽性指示カットオフ値を有する、組成物。
（項目３０）
項目２６に記載の組成物であって、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、組成物。
（項目３１）
項目２６に記載の組成物であって、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列の少なくとも約７０％に対して同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列の少なくとも約７０％であるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、組成物。
（項目３２）
項目３１に記載の組成物であって、前記少なくとも約７０％同一が、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、および少なくとも約９９％からなる群より選択されるパーセンテージを含む、組成物。
（項目３３）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号４の混合物からなる群より選択される残基を含むアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、項目２６に記載の組成物。
（項目３４）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号４の混合物からなる群より選択される残基に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、項目２６に記載の組成物。
（項目３５）
項目３４に記載の組成物であって、前記少なくとも約７０％同一が、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、および少なくとも約９９％からなる群より選択されるパーセンテージを含む、組成物。
（項目３６）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）にＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３で寄託されたハイブリドーマによって産生された抗体またはそのフラグメントを含む、項目２６に記載の組成物。
（項目３７）
前記組成物が一次抗体カクテルを含む、項目２６に記載の組成物。
（項目３８）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが少なくとも２つの異なる種に由来する、項目２７に記載の組成物。
（項目３９）
前記少なくとも２つの異なる種が、マウス、ウサギ、ヤギ、ウマ、ニワトリ、ヒト、およびこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目３８に記載の組成物。
（項目４０）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが二重染色手順を含む、項目２６に記載の組成物。
（項目４１）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが、異なる可視化結果を提供できる、項目２６に記載の組成物。
（項目４２）
前記可視化結果が色の結果を含む、項目４１に記載の組成物。
（項目４３）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つの他方が、ＤＳＧ−３、ＣＫ４、ナプシンＡ、ＨＭＷＣＫ、ｐ５０４ｓ、ＣＫ５／１４、ＣＫ７／１８、ＣＫ８／１８、ウロプラキンＩＩ、ウロプラキンＩＩＩ、ＧＡＴＡ−３、およびこれらの任意の組み合わせからなる群より選択されるタンパク質に特異的に結合する、項目２６に記載の組成物。
（項目４４）
項目２６に記載の組成物であって、少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３およびＣＫ５およびナプシンＡ、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３およびＣＫ５、
−ｐ４０およびナプシンＡ、
−ｐ４０およびＨＭＷＣＫおよびｐ５０４ｓ、
−ｐ４０およびｐ５０４ｓおよびＣＫ５／１４、
−ｐ４０およびＣＫ５／１４およびＣＫ７／１８、
−ｐ４０およびＣＫ５／１４およびＣＫ８／１８
−ｐ４０およびウロプラキンＩＩおよびウロプラキンＩＩＩ、ならびに
−ｐ４０およびウロプラキンＩＩおよびウロプラキンＩＩＩおよびＧＡＴＡ−３
からなる群より選択されるタンパク質に各々特異的に結合する、組成物。
（項目４５）
項目２６に記載の組成物であって、少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３およびナプシンＡ、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３、ならびに
−ｐ４０およびＣＫ５
からなる群より選択されるタンパク質に各々特異的に結合する、組成物。
（項目４６）
項目２６に記載の組成物であって、前記組成物が、ＳＣＣ癌腫検出組成物、膀胱検出組成物、乳癌検出組成物、前立腺癌検出組成物、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される検出組成物を含む、組成物。
（項目４７）
ｐ４０に特異的に結合し、かつ染色細胞の１％より大きい陽性指示カットオフ値を有する、モノクローナル抗体またはそのフラグメント。
（項目４８）
項目４７に記載のモノクローナル抗体またはそのフラグメントであって、前記陽性指示カットオフ値が、
−染色細胞の約２％より大きい
−染色細胞の約３％より大きい
−染色細胞の約４％より大きい
−染色細胞の約５％より大きい
−染色細胞の約６％より大きい
−染色細胞の約７％より大きい
−染色細胞の約８％より大きい
−染色細胞の約９％より大きい、および
−染色細胞の約１０％より大きい
からなる群より選択される、モノクローナル抗体またはそのフラグメント。
（項目４９）
項目１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、アメリカンタイプカルチャーコレクションにＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３で寄託されているハイブリドーマ細胞によって産生される、抗体。
（項目５０）
項目１５、１７、２５、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、配列番号１または配列番号２の核酸配列によってコードされているアミノ酸配列のポリペプチドを含む、抗体。
（項目５１）
項目１５、１７、２５、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、配列番号１および配列番号２の核酸配列によってコードされているアミノ酸配列のポリペプチドを含む、抗体。
（項目５２）
項目１５、１７、２５、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、配列番号１または配列番号２の核酸配列によってコードされているアミノ酸配列に対して少なくとも約７０％同一であるポリペプチドを含む、抗体。
（項目５３）
項目１５、１７、２５、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、配列番号１および配列番号２の核酸配列によってコードされているアミノ酸配列に対して少なくとも約７０％同一であるポリペプチドを含む、抗体。
（項目５４）
項目１５、１７、２５、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号５の混合物からなる群より選択される残基を含むアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、抗体。
（項目５５）
項目１５、１７、２５、または４７に記載の抗体であって、前記抗体またはそのフラグメントが、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号５の混合物からなる群より選択される残基に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、抗体。
（項目５６）
項目５５に記載の抗体であって、前記少なくとも約７０％同一が、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、および少なくとも約９９％からなる群より選択されるパーセンテージを含む、抗体。
（項目５７）
前記抗体がモノクローナル抗体を含む、項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体。
（項目５８）
前記モノクローナル抗体が染色細胞の１％より大きい陽性指示カットオフ値を有する、項目５７に記載の抗体。
（項目５９）
項目５８に記載の抗体であって、前記陽性指示カットオフ値が、
−染色細胞の約２％より大きい
−染色細胞の約３％より大きい
−染色細胞の約４％より大きい
−染色細胞の約５％より大きい
−染色細胞の約６％より大きい
−染色細胞の約７％より大きい
−染色細胞の約８％より大きい
−染色細胞の約９％より大きい、および
−染色細胞の約１０％より大きい
からなる群より選択される、抗体。
（項目６０）
前記モノクローナル抗体が、マウスモノクローナル抗体、ウサギモノクローナル抗体、ヤギモノクローナル抗体、ウマモノクローナル抗体、ニワトリモノクローナル抗体、ヒト化モノクローナル抗体、キメラ抗体、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目５７に記載の抗体。
（項目６１）
前記抗体がポリクローナル抗体を含む、項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体。
（項目６２）
前記ポリクローナル抗体が、ウサギポリクローナル抗体、マウスポリクローナル抗体、ヤギポリクローナル抗体、ウマポリクローナル抗体、ニワトリポリクローナル抗体、ヒト化ポリクローナル抗体、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目６１に記載の抗体。
（項目６３）
前記抗体が単離された抗体を含む、項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体。
（項目６４）
前記そのフラグメントがその抗原結合フラグメントを含む、項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体。
（項目６５）
前記抗体またはそのフラグメントに結合しれた標識をさらに含む、項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体。
（項目６６）
標識と結合体化された項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の前記抗体またはそのフラグメントを含む癌診断剤。
（項目６７）
前記標識が、放射性元素、磁気粒子、ラジオアイソトープ、蛍光色素、酵素、毒素、シグナル、染料、検出酵素、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、β−ガラクトシダーゼ、色素原、ファストレッド、３，３’−ジアミノベンジジン、３−アミノ−９−エチルカルバゾール、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスフェート、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−β−Ｄ−グルクロニド、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目６５に記載の抗体。
（項目６８）
前記標識が、放射性元素、磁気粒子、ラジオアイソトープ、蛍光色素、酵素、毒素、シグナル、染料、検出酵素、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、β−ガラクトシダーゼ、色素原、ファストレッド、３，３’−ジアミノベンジジン、３−アミノ−９−エチルカルバゾール、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスフェート、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−β−Ｄ−グルクロニド、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目６６に記載の抗体。
（項目６９）
診断または予後診断テストキットであって、
−項目１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体またはそのフラグメント、および
−抗原に結合したときの前記抗体または前記そのフラグメントの抗体検出エレメント
を含む、キット。
（項目７０）
項目６９に記載のキットを使用して生物学的サンプル中のｐ４０を検出するための方法であって、
−生物学的サンプルを前記抗体またはそのフラグメントと接触させる工程、および
−前記抗体検出エレメントを使用して、前記生物学的サンプル中の抗原との前記抗体または前記そのフラグメントの結合を検出する工程
を包含する、方法。
（項目７１）
前記抗体または前記そのフラグメントがｐ４０に特異的に結合する、項目１５、１７、１９、２０、または２５に記載の抗体。
（項目７２）
癌を検出するための、項目１５、１７、１９、２０、２５、または４７に記載の抗体あるいはそのフラグメントまたは組成物の使用。
（項目７３）
癌を診断または予後診断するための、項目１５、１７、１９、２０、２５、または４７に記載の抗体あるいはそのフラグメントまたは組成物の使用。
（項目７４）
癌の治療の転帰を予測するための、項目１５、１７、１９、２０、２５、または４７に記載の抗体あるいはそのフラグメントまたは組成物の使用。
（項目７５）
癌の治療の効力を評価するための、項目１５、１７、１９、２０、２５、または４７に記載の抗体あるいはそのフラグメントまたは組成物の使用。
（項目７６）
癌の再発を予測するための、項目１５、１７、１９、２０、２５、または４７に記載の抗体あるいはそのフラグメントまたは組成物の使用。
（項目７７）
前記抗体またはそのフラグメントあるいは組成物の前記使用が、自動化染色デバイス上で実施される、項目７２に記載の抗体またはそのフラグメントあるいは組成物。
（項目７８）
前記検出が手動で行われる、項目７２に記載の抗体またはそのフラグメントあるいは組成物。
（項目７９）
前記検出が自動で行われる、項目７２に記載の抗体またはそのフラグメントあるいは組成物。
（項目８０）
前記検出が画像分析によって行われる、項目７２に記載の抗体またはそのフラグメントあるいは組成物。
（項目８１）
項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体またはそのフラグメントが生物学的サンプル中で結合するタンパク質を検出するための方法であって、生物学的サンプルを前記抗体またはそのフラグメントと接触させる工程、および生物学的サンプル中のタンパク質に結合した抗体またはそのフラグメントの存在を検出する工程を包含する、方法。
（項目８２）
前記生物学的サンプルが肺組織、膀胱組織、乳房組織、および前立腺組織を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記生物学的サンプルが、正常組織、新生物組織、膀胱組織、腎臓組織、卵巣組織、甲状腺組織、子宮内膜組織、腎組織、扁桃腺組織、膵臓組織、結腸組織、リンパ節組織、新生物膵臓組織、胃組織、前立腺組織、肺組織、および乳房組織からなる群より選択される、項目８１に記載の方法。
（項目８４）
前記タンパク質に結合した抗体またはそのフラグメントの存在を前記検出する工程が自動染色デバイス上で実施される、項目８１に記載の方法。
（項目８５）
前記タンパク質に結合した抗体またはそのフラグメントの存在を検出する工程が手動で行われる、項目８１に記載の方法。
（項目８６）
前記タンパク質に結合した抗体またはそのフラグメントの存在を検出する工程が自動で行われる、項目８１に記載の方法。
（項目８７）
前記タンパク質に結合した抗体またはそのフラグメントの存在を検出する工程が画像分析によって行われる、項目８１に記載の方法。
（項目８８）
前記検出する工程が、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ＦＦＰＥのＩＨＣ、凍結組織切片のＩＨＣ、免疫細胞化学、およびＥＬＩＳＡからなる群より選択される方法を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８９）
生物学的サンプル中の少なくとも２つの異なるタンパク質を検出するための方法であって、
−前記生物学的サンプルを少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントを含む組成物と接触させる工程であって、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの少なくとも１つが、少なくともｐ４０に特異的に結合して、抗原−抗体複合体を形成する工程、および
−前記抗原−抗体複合体を検出する工程
を包含する、方法。
（項目９０）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントのうちの前記少なくとも１つが少なくともｐ４０に特異的に結合することが、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの少なくとも１つが少なくともｐ４０に特異的に結合し、そして染色細胞の約１％より大きい陽性指示カットオフ値を有することを含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
項目９０に記載の方法であって、前記陽性指示カットオフ値が、
−染色細胞の約２％より大きい
−染色細胞の約３％より大きい
−染色細胞の約４％より大きい
−染色細胞の約５％より大きい
−染色細胞の約６％より大きい
−染色細胞の約７％より大きい
−染色細胞の約８％より大きい
−染色細胞の約９％より大きい、および
−染色細胞の約１０％より大きい
からなる群より選択される、方法。
（項目９２）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが少なくとも１つの第１の一次抗体および少なくとも１つの第２の一次抗体を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９３）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９４）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列の少なくとも約７０％と同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列の少なくとも約７０％であるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９５）
前記少なくとも約７０％同一が、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、および少なくとも約９９％からなる群より選択されるパーセンテージを含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号５の混合物からなる群より選択される残基を含むアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、項目８９に記載の方法。
（項目９７）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号５の混合物からなる群より選択される残基に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する、項目８９に記載の方法。
（項目９８）
前記少なくとも約７０％同一が、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、および少なくとも約９９％からなる群より選択されるパーセンテージを含む、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントの前記少なくとも１つが、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）にＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３で寄託されているハイブリドーマによって産生された抗体またはそのフラグメントを含む、項目８９に記載の方法。
（項目１００）
前記組成物が一次抗体カクテルを含む、項目８９に記載の方法。
（項目１０１）
前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが少なくとも２つの異なる種に由来する、項目８９に記載の方法。
（項目１０２）
前記少なくとも２つの異なる種が、マウス、ウサギ、ヤギ、ウマ、ニワトリ、ヒト、およびこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記生物学的サンプルを二重染色する工程をさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目１０４）
異なる可視化結果を提供する工程をさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目１０５）
前記可視化結果が色の結果を含む、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
項目８９に記載の方法であって、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３およびＣＫ５およびナプシンＡ、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３およびＣＫ５、
−ｐ４０およびナプシンＡ、
−ｐ４０およびＨＭＷＣＫおよびｐ５０４ｓ、
−ｐ４０およびｐ５０４ｓおよびＣＫ５／１４、
−ｐ４０およびＣＫ５／１４およびＣＫ７／１８、
−ｐ４０およびＣＫ５／１４およびＣＫ８／１８
−ｐ４０およびウロプラキンＩＩおよびウロプラキンＩＩＩ、ならびに
−ｐ４０およびウロプラキンＩＩおよびウロプラキンＩＩＩおよびＧＡＴＡ−３
からなる群より選択されるタンパク質に特異的に各々結合する、方法。
（項目１０７）
項目８９に記載の方法であって、前記少なくとも２種の抗体またはそれらのフラグメントが、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３およびナプシンＡ、
−ｐ４０およびＤＳＧ−３、ならびに
−ｐ４０およびＣＫ５
からなる群より選択されるタンパク質に特異的に各々結合する、方法。
（項目１０８）
項目８９に記載の方法であって、前記抗原−抗体複合体を検出する前記工程が前記サンプル上の少なくとも２つの抗原−抗体複合体の形成を検出する工程を含み、ここで、前記第１の抗体がｐ４０に特異的に結合し、前記第２の抗体が、ＤＳＧ−３、ＣＫ４、ナプシンＡ、ＨＭＷＣＫ、ｐ５０４ｓ、ＣＫ５／１４、ＣＫ７／１８、ＣＫ８／１８、ウロプラキンＩＩ、ウロプラキンＩＩＩ、ＧＡＴＡ−３、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される抗原に特異的に結合する、方法。
（項目１０９）
動物またはヒトにおけるｐ４０タンパク質を検出するための免疫アッセイ方法であって、
−試験される動物またはヒトから組織を入手する工程、
−前記組織中に前記タンパク質が存在するならば、前記組織を項目１５、１７、１９、２０、２５、２６、または４７に記載の抗体またはそのフラグメントと、前記抗体またはそのフラグメントがｐ４０タンパク質に結合するような量および条件下で接触させる工程、および
−前記結合した抗体の存在を検出する工程
を包含する、方法。
（項目１１０）
前記組織を固定または凍結する工程をさらに包含する、項目１０９に記載の動物またはヒトにおいてｐ４０タンパク質を検出するための免疫アッセイ方法。
（項目１１１）
ｐ４０に対するエピトープをアンマスクするために前記固定組織または凍結組織を処理する工程をさらに含む、項目１１０に記載の動物またはヒトにおけるｐ４０タンパク質を検出するための免疫アッセイ方法。
（項目１１２）
免疫組織化学（ＩＨＣ）、ＦＦＰＥのＩＨＣ、凍結組織切片のＩＨＣ、免疫細胞化学、およびＥＬＩＳＡからなる群より選択される方法を用いて、前記動物またはヒトにおいて前記ｐ４０タンパク質を検出する工程をさらに包含する、項目１０９に記載のｐ４０タンパク質を検出するための免疫アッセイ方法。
（項目１１３）
ｐ４０タンパク質に特異的に結合する抗体の単離された調製物であって、前記抗体が、配列番号３、配列番号４、および配列番号３と配列番号５の混合物からなる群より選択されるエピトープに結合する、調製物。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】図１は、肺扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００２５】
【図２】図２は、肺扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００２６】
【図３】図３は、図２に示されるのと同じ肺扁平上皮癌腫の症例を染色するＲＰ抗ｐ４０抗体の例の白黒バージョンを示す。
【００２７】
【図４】図４は、ＢＣ２８による染色を伴わない、肺腺癌の症例に対する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００２８】
【図５】図５は、図４に示されるのと同じ肺腺癌の症例を染色するＲＰ抗ｐ４０抗体の例の白黒バージョンを示す。
【００２９】
【図６】図６は、膀胱癌の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３０】
【図７】図７は、図６に示されるのと同じ膀胱癌の試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の白黒バージョンを示す。
【００３１】
【図８】図８は、膀胱癌の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３２】
【図９】図９は、正常前立腺を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３３】
【図１０】図１０は、ＢＣ２８による染色を伴わない、前立腺癌の症例の抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３４】
【図１１】図１１は、正常乳管を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３５】
【図１２】図１２は、乳管癌腫インサイチュ（ＤＣＩＳ）の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３６】
【図１３】図１３は、皮膚の基底細胞癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３７】
【図１４】図１４は、喉頭の扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３８】
【図１５】図１５は、喉頭蓋の扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００３９】
【図１６】図１６は、ＲＰ抗ｐ４０抗体による、図１７における肺の同じ試料における肺胞内マクロファージの中程度染色の例の白黒バージョンを示す。
【００４０】
【図１７】図１７は、抗ｐ４０抗体ＢＣ２８による、肺における肺胞内マクロファージの非常に弱い染色またはおそらく染色の非存在の例の白黒バージョンを示す。
【００４１】
【図１８】図１８は、バックグラウンド染色の非常に弱い染色またはおそらく染色の非存在を伴う、小腸を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００４２】
【図１９】図１９は、バックグラウンド染色が存在する場合の、図１８に示されるのと同じ小腸の症例を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の白黒バージョンを示す。
【００４３】
【図２０】図２０は、細胞質染色を伴わない、乳管の筋上皮細胞の核を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示す。
【００４４】
【図２１】図２１は、図２０の同じ乳房試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の白黒バージョンを示す。しかし、強力な細胞質染色が存在している。
【００４５】
【図２２】図２２は、前立腺組織、おそらく、前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の試料を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。染色は図２３よりもわずかに強くかつ鋭敏である。
【００４６】
【図２３】図２３は、図２２と同じ前立腺試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の白黒バージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。染色は図２２よりもわずかに弱くかつ鋭敏でない。また、４Ａ４によって染色される基底細胞はＢＣ２８よりも少ない。
【００４７】
【図２４】図２４は、前立腺組織、おそらく、前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の試料を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の白黒バージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。
【００４８】
【図２５】図２５は、図２２の同じ前立腺試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の白黒バージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。
【００４９】
【図２６】図２６は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ＣＫ５の染色（茶色）は細胞質性であり、ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ナプシンＡは減少し得、またはおそらく、この試料中に残存している正常肺に制限され得る。
【００５０】
【図２７】図２７は、肺腺癌の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ナプシンＡ（赤色）の染色は細胞質性である。ＤＳＧ−３、ＣＫ５、およびｐ４０の染色（茶色）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００５１】
【図２８】図２８は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］の例の白黒バージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ＣＫ５の染色（茶色）は細胞質性であり、ｐ４０（茶色）の染色は核性である。
【００５２】
【図２９】図２９は、肺腺癌の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］の例の白黒バージョンを示す。ＤＳＧ−３、ＣＫ５、およびｐ４０の染色（茶色）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００５３】
【図３０】図３０は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ナプシンＡの染色（赤色）は細胞質性である。ＤＳＧ−３の染色（茶色、膜性）およびｐ４０の染色（茶色、核性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００５４】
【図３１】図３１は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ナプシンＡの染色（赤色）は細胞質性である。ＤＳＧ−３染色（茶色、膜性）およびｐ４０染色（茶色、核性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中では正常肺組織に制限され得る。
【００５５】
【図３２】図３２は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性である。ｐ４０の染色（茶色、核性）およびナプシンＡの染色（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００５６】
【図３３】図３３は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ｐ４０の染色（茶色）は核性である（ｉｎ  ｎｕｃｌｅａｒ）。ナプシンＡ（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中では正常肺組織に制限され得る。
【００５７】
【図３４】図３４は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＤＳＧ−３の染色（茶色、膜性）および／またはナプシンＡの染色（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００５８】
【図３５】図３５は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］の例の白黒バージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ｐ４０の染色（茶色）は核性である。
【００５９】
【図３６】図３６は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５（ＲＭ）の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、ＣＫ５の染色（赤色）は細胞質性である。
【００６０】
【図３７】図３７は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５（ＲＭ）の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色、核性）およびＣＫ５の染色（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００６１】
【図３８】図３８は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ナプシンＡ（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中では正常肺組織に制限され得る。
【００６２】
【図３９】図３９は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の白黒バージョンを示す。ナプシンＡの染色（赤色）は細胞質性である。ｐ４０の染色（茶色、核性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【００６３】
【図４０】図４０は、おそらく正常前立腺、おそらく前立腺癌、およびおそらく前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の領域さえも含有し得る前立腺の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＨＭＷＣＫ＋Ｐ５０４Ｓの例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＨＭＷＣＫの染色（茶色）は細胞質性である。Ｐ５０４Ｓの染色（赤色）は細胞質性であり、おそらく顆粒状である。
【００６４】
【図４１】図４１は、おそらく正常前立腺、おそらく前立腺癌、およびおそらく前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の領域さえも含有し得る前立腺の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋Ｐ５０４Ｓの例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＣＫ５／１４の染色（茶色）は細胞質性である。Ｐ５０４Ｓの染色（赤色）は細胞質性であり、おそらく顆粒状である。
【００６５】
【図４２】図４２は、乳房組織、おそらく異常組織、またはおそらくさらに乳癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ７／１８の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＣＫ５／１４の染色（茶色）は細胞質性である。ＣＫ７／１８の染色（赤色）は細胞質性である。
【００６６】
【図４３】図４３は、乳房組織、おそらく、異常組織、またはおそらくさらに乳癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ７／１８の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、おそらく、減少しているかまたはこのサンプル中には存在していない。ＣＫ５／１４の染色（茶色）およびＣＫ７／１８の染色（赤色）は細胞質性および膜性である。観察された染色パターンは、おそらく、２モード染色である。
【００６７】
【図４４】図４４は、乳房組織、おそらく、異常組織、またはおそらくさらに乳癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ８／１８の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、おそらく、減少しているか、またはこのサンプル中には存在していない。ＣＫ５／１４の染色（茶色）およびＣＫ８／１８の染色（赤色）は細胞質性である。
【００６８】
【図４５】図４５は、尿路上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ウロプラキンＩＩ＋ウロプラキンＩＩＩの例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ウロプラキンＩＩの染色（茶色）およびウロプラキンＩＩＩの染色（茶色）は細胞質性および膜性である。
【００６９】
【図４６】図４６は、尿路上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ウロプラキンＩＩ＋ウロプラキンＩＩＩ＋ＧＡＴＡ−３の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）およびＧＡＴＡ−３の染色（赤色）は核性である。ウロプラキンＩＩの染色（茶色）およびウロプラキンＩＩＩ（茶色）の染色は細胞質性および膜性である。
【００７０】
【図４７】図４７は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５の例の白黒バージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、ＣＫ５の染色（茶色）は細胞質性である。
【００７１】
【図４８】図４８は、ウェスタンブロットによる、抗ｐ４０抗体ＢＣ２８のｐ４０タンパク質（左のパネル、レーン２）およびＴＡｐ６３タンパク質（左のパネル、レーン３）との反応性の白黒バージョンを示す。右のパネルは、ウェスタンブロットによる、抗ｐ６３抗体４Ａ４のｐ４０タンパク質（右のパネル、レーン２）およびＴＡｐ６３タンパク質（右のパネル、レーン３）との反応性を示す。レーン１は両方のパネルにおいて対照溶解物である。
【００７２】
【図４９】図４９は、本発明の様々な実施形態に従うキットの図解的な概略の例を示す。
【００７３】
【図５０】図５０は、本発明の様々な実施形態に従う免疫アッセイ法の図式的な概略の例を示す。
【００７４】
【図５１】図５１は、肺扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１のカラーバージョンを示す。
【００７５】
【図５２】図５２は、肺扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図２のカラーバージョンを示す。
【００７６】
【図５３】図５３は、図５２に示されるのと同じ肺扁平上皮癌腫の症例を染色するＲＰ抗ｐ４０抗体の例の図３のカラーバージョンを示す。
【００７７】
【図５４】図５４は、ＢＣ２８による染色を伴わない、肺腺癌の症例の抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図４のカラーバージョンを示す。
【００７８】
【図５５】図５５は、図５４に示されるのと同じ肺腺癌の症例を染色するＲＰ抗ｐ４０抗体の例の図５のカラーバージョンを示す。
【００７９】
【図５６】図５６は、膀胱癌の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図６のカラーバージョンを示す。
【００８０】
【図５７】図５７は、図５６に示されるのと同じ膀胱癌の試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の図７のカラーバージョンを示す。
【００８１】
【図５８】図５８は、膀胱癌の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図８のカラーバージョンを示す。
【００８２】
【図５９】図５９は、正常前立腺を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図９のカラーバージョンを示す。
【００８３】
【図６０】図６０は、ＢＣ２８による染色を伴わない、前立腺癌の症例の抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１０のカラーバージョンを示す。
【００８４】
【図６１】図６１は、正常乳管を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１１のカラーバージョンを示す。
【００８５】
【図６２】図６２は、乳管癌腫インサイチュ（ＤＣＩＳ）の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１２のカラーバージョンを示す。
【００８６】
【図６３】図６３は、皮膚の基底細胞癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１３のカラーバージョンを示す。
【００８７】
【図６４】図６４は、喉頭の扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１４のカラーバージョンを示す。
【００８８】
【図６５】図６５は、喉頭蓋の扁平上皮癌腫の症例を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１５のカラーバージョンを示す。
【００８９】
【図６６】図６６は、ＲＰ抗ｐ４０抗体による、図６７と同じ肺の試料における肺胞内マクロファージの中程度の染色の例の図１６のカラーバージョンを示す。
【００９０】
【図６７】図６７は、抗ｐ４０抗体ＢＣ２８による、肺における肺胞内マクロファージの非常に弱い染色またはおそらく染色の非存在の例の図１７のカラーバージョンを示す。
【００９１】
【図６８】図６８は、非常に低いバックグラウンド染色またはおそらくバックグラウンド染色の非存在を伴う、小腸を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図１８のカラーバージョンを示す。
【００９２】
【図６９】図６９は、バックグラウンド染色が存在する場合の、図１８に示されるのと同じ小腸の症例を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の図１９のカラーバージョンを示す。
【００９３】
【図７０】図７０は、細胞質染色を伴わない、乳管の筋上皮細胞の核を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図２０のカラーバージョンを示す。
【００９４】
【図７１】図７１は、図７０の同じ乳房試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の図２１のカラーバージョンを示す。しかし、強力な細胞質染色が存在している。
【００９５】
【図７２】図７２は、前立腺組織、おそらく、前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の試料を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図２２のカラーバージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。染色は図７３よりもわずかに強くかつ鋭敏である。
【００９６】
【図７３】図７３は、図７２と同じ前立腺試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の図２３のカラーバージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。染色は図７２よりもわずかに弱くかつ鋭敏でない。また、４Ａ４によって染色される基底細胞はＢＣ２８よりも少ない。
【００９７】
【図７４】図７４は、前立腺組織、おそらく、前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の試料を染色する抗ｐ４０抗体ＢＣ２８の例の図２４のカラーバージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。
【００９８】
【図７５】図７５は、図７２の同じ前立腺試料を染色する抗ｐ６３抗体４Ａ４の例の図２５のカラーバージョンを示し、前立腺の基底細胞の強力な核染色を伴う。
【００９９】
【図７６】図７６は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図２６のカラーバージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ＣＫ５の染色（茶色）は細胞質性であり、ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ナプシンＡの染色は減少し得、またはおそらく、この試料中に残存している正常肺に制限され得る。
【０１００】
【図７７】図７７は、肺腺癌の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図２７のカラーバージョンを示す。ナプシンＡ（赤色）の染色は細胞質性である。ＤＳＧ−３、ＣＫ５、およびｐ４０の染色（茶色）は減少し、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１０１】
【図７８】図７８は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］の例の図２８のカラーバージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ＣＫ５の染色（茶色）は細胞質性であり、ｐ４０（茶色）の染色は核性である。
【０１０２】
【図７９】図７９は、肺腺癌の試料を染色するＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］の例の図２９のカラーバージョンを示す。ＤＳＧ−３、ＣＫ５、およびｐ４０の染色（茶色）は減少し、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１０３】
【図８０】図８０は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３０のカラーバージョンを示す。ナプシンＡの染色（赤色）は細胞質性である。ＤＳＧ−３の染色（茶色、膜性）およびｐ４０の染色（茶色、核性）は減少し、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１０４】
【図８１】図８１は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３１のカラーバージョンを示す。ナプシンＡの染色（赤色）は細胞質性である。ＤＳＧ−３の染色（茶色、膜性）およびｐ４０の染色（茶色、核性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中では正常肺組織に制限され得る。
【０１０５】
【図８２】図８２は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３２のカラーバージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性である。ｐ４０の染色（茶色、核性）およびナプシンＡの染色（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１０６】
【図８３】図８３は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３３のカラーバージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ナプシンＡ（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中では正常肺組織に制限され得る。
【０１０７】
【図８４】図８４は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３４のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＤＳＧ−３の染色（茶色、膜性）および／またはナプシンＡの染色（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１０８】
【図８５】図８５は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルＤＳＧ−３＋ｐ４０［ＢＣ２８］の例の図３５のカラーバージョンを示す。ＤＳＧ−３の染色（茶色）は膜性であり、ｐ４０の染色（茶色）は核性である。
【０１０９】
【図８６】図８６は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５（ＲＭ）の例の図３６のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、ＣＫ５の染色（赤色）は細胞質性である。
【０１１０】
【図８７】図８７は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５（ＲＭ）の例の図３７のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色、核性）およびＣＫ５の染色（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１１１】
【図８８】図８８は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３８のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ナプシンＡ（赤色、細胞質性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中では正常肺組織に制限され得る。
【０１１２】
【図８９】図８９は、肺腺癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの例の図３９のカラーバージョンを示す。ナプシンＡの染色（赤色）は細胞質性である。ｐ４０の染色（茶色、核性）は減少し得、またはおそらく、このサンプル中には存在していない可能性がある。
【０１１３】
【図９０】図９０は、おそらく正常前立腺、おそらく前立腺癌、およびおそらくさらに前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の領域を含有し得る前立腺の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＨＭＷＣＫ＋Ｐ５０４Ｓの例の図４０のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＨＭＷＣＫの染色（茶色）は細胞質性である。Ｐ５０４Ｓの染色（赤色）は細胞質性であり、おそらく顆粒状である。
【０１１４】
【図９１】図９１は、おそらく正常前立腺、おそらく前立腺癌、およびおそらくさらに前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）の領域を含有し得る前立腺の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋Ｐ５０４Ｓの例の図４１のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＣＫ５／１４の染色（茶色）は細胞質性である。Ｐ５０４Ｓの染色（赤色）は細胞質性であり、おそらく顆粒状である。
【０１１５】
【図９２】図９２は、乳房組織、おそらく異常組織、またはおそらくさらに乳癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ７／１８の例の図４２のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ＣＫ５／１４の染色（茶色）は細胞質性である。ＣＫ７／１８の染色（赤色）は細胞質性である。
【０１１６】
【図９３】図９３は、乳房組織、おそらく異常組織、またはおそらくさらに乳癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ７／１８の例の図４３のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、おそらく、減少しているかまたはこのサンプル中には存在していない。ＣＫ５／１４の染色（茶色）およびＣＫ７／１８の染色（赤色）は細胞質性および膜性である。観察された染色パターンは、おそらく、２モード染色である。
【０１１７】
【図９４】図９４は、乳房組織、おそらく異常組織、またはおそらくさらに乳癌の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ８／１８の例の図４４のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、おそらく、減少しているか、またはこのサンプル中には存在していない。ＣＫ５／１４の染色（茶色）およびＣＫ８／１８の染色（赤色）は細胞質性である。
【０１１８】
【図９５】図９５は、尿路上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ウロプラキンＩＩ＋ウロプラキンＩＩＩの例の図４５のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性である。ウロプラキンＩＩの染色（茶色）およびウロプラキンＩＩＩの染色（茶色）は細胞質性および膜性である。
【０１１９】
【図９６】図９６は、尿路上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ウロプラキンＩＩ＋ウロプラキンＩＩＩ＋ＧＡＴＡ−３の例の図４６のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）およびＧＡＴＡ−３の染色（赤色）は核性である。ウロプラキンＩＩの染色（茶色）およびウロプラキンＩＩＩ（茶色）の染色は細胞質性および膜性である。
【０１２０】
【図９７】図９７は、肺扁平上皮癌腫の試料を染色する抗体カクテルｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５の例の図４７のカラーバージョンを示す。ｐ４０の染色（茶色）は核性であり、ＣＫ５の染色（茶色）は細胞質性である。
【０１２１】
【図９８】図９８は、ウェスタンブロットによる、抗ｐ４０抗体ＢＣ２８のｐ４０タンパク質（左のパネル、レーン２）およびＴＡｐ６３タンパク質（左のパネル、レーン３）との反応性の図４８のカラーバージョンを示す。右のパネルは、ウェスタンブロットによる、抗ｐ６３抗体４Ａ４のｐ４０タンパク質（右のパネル、レーン２）およびＴＡｐ６３タンパク質（右のパネル、レーン３）との反応性を示す。レーン１は両方のパネルにおいて対照溶解物である。
【発明を実施するための形態】
【０１２２】
先の議論から理解され得るように、本発明は、異なる方法で組み合わされてもよい種々の態様を含む。以下の説明は、本発明の構成要素を列挙し、実施形態のいくつかを記載するために提供される。これらの構成要素は、最初の実施形態とともに列挙されるが、しかし、これらは、さらなる実施形態を作製するために、任意の様式で、および任意の数で組み合わされてもよいことが理解されるべきである。様々に記載される実施例および好ましい実施形態は、明白に記載されるシステム、技術、および適用のみに本発明を限定することが意図されるべきではない。さらに、この説明は、この適用または任意の引き続く適用において、任意の数の開示される構成要素を用いて、各構成要素を単独で用いて、そしてまた、すべての構成要素の任意のおよびすべての様々な順列と組み合わせを用いて、すべての様々な実施形態、システム、技術、方法、デバイス、および適用の説明および特許請求の範囲をサポートおよび包含することが理解されるべきである。
【０１２３】
本発明の実施形態は、ｐ４０に特異的に結合するモノクローナル抗体およびその方法を提供することができ、様々な型の癌のための診断におけるｐ４０の検出のために使用することができる。モノクローナル抗体は、抗体フラグメント、マウスモノクローナル抗体、ウサギモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化モノクローナル抗体、ヒトモノクローナル抗体、検出可能なシグナルまたは染色で標識された抗体、毒素で標識された抗体などであってもよい。本発明のシステムおよび方法は、ｐ４０に結合することが可能なモノクローナル抗体またはその抗原結合部分に関し得る。
【０１２４】
マウスモノクローナル抗体は、免疫組織化学手順における一次抗体としてのものを含む、特定の分析物を同定するための免疫アッセイ方法において共通して使用されてもよい。関心対象のタンパク質標的に特異的なマウスモノクローナル抗体は、一般的に公知の手順を使用して産生できる。一般的に、マウスを関心対象の抗原（例えば、所望の標的のペプチドフラグメントまたは全長タンパク質標的）にさらすことは、免疫応答を誘導し得、ここでは、マウスが抗原を結合する複数の抗体を生成し得、これらの各々は特定のＢ細胞によって産生され得る。これらのＢ細胞はマウス脾臓から単離されてもよく、産生される抗体は、ＩＨＣにおける一次抗体としてのそれらの適合性について評価されてもよい。最適な抗体を選択した後、関連するＢ細胞は公知の手順を使用して腫瘍細胞と融合されてもよく、おそらく、無限に複製できかつ連続して所望の抗体を産生し得る新たな細胞系統であるハイブリドーマを生じる。
【０１２５】
モノクローナル抗体は、特定の実施形態において、いくつかの理由によってポリクローナル抗体よりも好ましい可能性がある。特に、モノクローナル抗体は、単一のＢ細胞に由来していてもよく、このようなものとして、単一のエピトープを認識してもよく、おそらく、より高い特異性を生じる。モノクローナル抗体はまた、細胞培養において便利にかつ再現性よく生成されてもよく、おそらく、所望の抗体の定常的な供給を生じる。当然、ポリクローナル抗体は他の実施形態において利用されてもよい。
【０１２６】
マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、これらの一般的な手順を使用して産生されてもよく、様々な正常組織および新生物組織に対して感度および特異性について免疫組織化学によって、おそらく、特に、以前に知られているＲＰ抗ｐ４０抗体および抗ｐ６３抗体［４Ａ４］と比較して、評価されてもよい。
【０１２７】
ペプチド調製の例：配列ＭＬＹＬＥＮＮＡＱＴＱＦＳＥＰＱＹに対応するアミノ酸配列１〜１７ａａのｐ４０ペプチドが半自動ペプチドシンセサイザー上で合成されてもよい。同様に、配列ＥＮＮＡＱＴＱＦＳＥＰＱＹに対応するアミノ酸配列５〜１７ａａのｐ４０ペプチドが半自動ペプチドシンセサイザー上で合成されてもよい。ペプチドはキャリア分子に共有結合的に結合体化されてもよい。１つの実施形態において、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）キャリア分子が使用されてもよい。ペプチドはまた、免疫アッセイのためにヤギガンマグロブリン（ＧＧＧ）に結合体化されてもよい。
【０１２８】
宿主免疫の例：雌性ＢＡＬＢ／ｃ（約６〜約８週齢）マウスは、完全フロイントアジュバント中のマウスあたり約１００μｇのヒトｐ４０ペプチドを用いて腹腔内（ｉ．ｐ．）免役されてもよい。免疫のために使用されるｐ４０ペプチドは、ｐ４０からの１−１７のアミノ酸配列、ｐ４０からの１−９のアミノ酸配列、ｐ４０からの１−１７および５−１７のアミノ酸配列の混合物、またはこの配列の任意の部分、ならびにこれらのすべての順列および組み合わせに対応してもよい。単一のペプチドが免疫原として使用されてもよく、またはおそらく、アミノ酸配列１−１７、１−９、１−１７と５−１７との混合に由来するペプチドの混合物である。特定の実施形態において、４位のアミノ酸を含み、またはおそらく、１、２もしくは３位のアミノ酸を含む免疫原が使用されてもよく、ＢＣ２８で観察されるもののような有利な特性を有する抗体を産生することができる。約３週間後、マウスは、約３週間の間隔で、約４回、マウスあたり不完全フロイントアジュバント中の別の約１００μｇヒトｐ４０で追加免役されてもよい。マウスは尾部から採血されてもよく、血清が収集され、後の酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）による抗体力価の分析のために、約−２０℃で保存されてもよい。ｐ４０タンパク質のアミノ酸配列５−１７に基づく抗体は成功せず、良好な融合を可能にしなかったのかもしれない。従って、そこから抗体を開発するために、ｐ４０タンパク質のアミノ酸配列５−１７を利用することは好ましくない可能性がある。
【０１２９】
ハイブリドーマの例：ｐ４０に対する抗体を産生するハイブリドーマは、ｐ４０で免疫されたＢＡＬＢ／ｃマウスの脾細胞から標準的な技術によって生成されてもよい。例えば、約５０％ポリエチレングリコールとのインキュベーションによって、約４：１の比率で、ｐ４０で免疫されたマウスからの脾細胞はＰ３−Ｘ６３−Ａｇ  ８．６５３ミエローマ細胞（Ｂａｌｂ／ｃマウスに由来する非分泌性ミエローマ細胞）に融合されてもよい。インキュベーション後、細胞は、おそらく、約３００×ｇ、約１０分間の遠心分離によってペレット化され、約２５ｍｌのＰＢＳ中で洗浄され、再遠心分離されてもよく、そして細胞ペレットは、約２０％ウシ胎仔血清（Ｈｙｃｌｏｎｅ，Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）を含有する１００ｍｌの新鮮なダルベッコ培地に再懸濁されてもよい。約１００μｌのアリコートを、約１０個の９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｌｏｗｅｌｌ，ＭＡ）の各ウェルに加えることができる。約２４時間後、ヒポキサンチン−アミノプテリン−チミジン（ＨＡＴ）を補充した約１００μｌ  ＤＭＥＭ培養培地を各マイクロタイターウェルに加えることができる。培地は、おそらく、約４時間後に、完全培地（おそらく、ヒポキサンチン−チミジン（ＨＴ）を含有する）で置き換えられてもよい。引き続く約１０日間にわたって、培地は取り除かれ、そして、加えるＨＴが減らされるか、またはおそらく、ＨＴが加えられてさえいない新鮮な培地で置き換えられてもよい。ハイブリドーマ上清は、ｐ４０に対する抗体反応性についてＥＬＩＳＡによってスクリーニングされてもよく、次に、ハイブリドーマクローンは、おそらく、限界希釈によって、２回クローニングすることにより、選択および安定化されてもよい。
【０１３０】
抗ヒトｐ４０ハイブリドーマクローンＢＣ２８  Ｌｏｔ：０１１７１３と称するハイブリドーマ細胞は、参照により本明細書に組み入れられる「ブダペスト条約によって制限される寄託の証明書（Ｂｕｄａｐｅｓｔ  Ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ  Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅ  ｏｆ  Ｄｅｐｏｓｉｔ）」というタイトルの添付の提出物に示されるように、Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａのアメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）に２０１３年１月２９日に寄託されており、ＡＴＣＣ特許寄託番号ＰＴＡ−１２０１６３を受けた。本発明の実施形態は、ＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマによって産生される抗体またはそのフラグメントを提供してもよく、そしてｐ４０を特異的に認識することが可能であるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞を培養すること、およびさらにハイブリドーマにモノクローナル抗体を産生させることによる、モノクローナル抗体を産生するための方法を含んでもよい。
【０１３１】
ＥＬＩＳＡ：宿主のｐ４０に対する抗血清免疫応答はＥＬＩＳＡによって測定されてもよい。例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）中のｐ４０（約１μｇ／ｍｌ）の溶液が、約９６ウェル平底ポリスチレンプレートをコートするために使用されてもよい。次いで、これらのプレートは、約１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）−ＰＢＳでブロックされてもよい。希釈された免疫血清またはハイブリドーマ上清のいずれかが加えられ、約３７℃で１時間インキュベートされてもよい。これらのプレートがＰＢＳで洗浄された後、これらのプレートは、ヤギ抗マウス−ＨＲＰ試薬（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｓ）とともにインキュベートされてもよい。インキュベーションは、約３７℃で約３０分間行われてもよい。ＡＢＴＳ基質が発色のために加えられてもよく、約４０５ｎｍ（Ａ４０５）における吸収がマイクロタイタープレートリーダーにおいて測定されてもよい。
【０１３２】
モノクローナル抗体のアイソタイプ：ＢＣ２８モノクローナル抗体などの抗ｐ４０抗体は、マウスモノクローナル抗体アイソタイプ決定キット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ  ＣＡ）を使用してアイソタイプ決定されてもよい。例えば、マウスモノクローナル抗体［ＢＣ２８］細胞からの約１００μｌの上清は、プレートにコートされたヤギ抗マウスＩｇＧｌ、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３、ＩｇＭ、およびＩｇＡ重鎖、カッパおよびラムダ軽鎖に加えられてもよい。約３０分間のインキュベーション後、プレートはＰＢＳで３回洗浄されてもよく、ヤギ抗マウスＩｇ−ＨＲＰ試薬とともにインキュベートされてもよい。ＡＢＴＳ基質が発色のために加えられてもよく、約４０５ｎｍ（Ａ４０５）における吸収がマイクロタイタープレートリーダーにおいて測定されてもよい。ＢＣ２８クローンは、アイソタイプについて試験されてもよく、マウスＩｇＧ１／カッパとして同定されてもよい。
【０１３３】
抗体産生および精製：クローンＢＣ２８から選択されたハイブリドーマ細胞は、約１０％ＦＢＳを補充したＤＭＥＭ培養培地または任意の無血清培地とともに培養されてもよい。培養上清は、プロテインＡアフィニティーカラムによってさらに精製されてもよい。ハイブリドーマ細胞はまた、プリスタンでプライムしたＢＡＬＢ／ｃマウスに注射されて、抗体腹水を産生してもよい。抗体腹水は、プロテインＡアフィニティーカラムによってさらに精製されてもよい。ＩｇＧ濃度は、約２８０ｎｍにおける約１．４のヒトＩｇＧの吸光係数を使用して、分光光度的に測定されてもよい。ＩｇＧの純度はＳＤＳ−ＰＡＧＥによって決定されてもよい。
【０１３４】
ウェスタンブロッティングによって測定される交差反応性：精製されたモノクローナル抗体［ＢＣ２８］はウェスタンブロッティングによって特徴付けされてもよい（図４８および９８）。全長ｐ４０またはＴＡｐ６３トランスフェクト細胞溶解物（Ｏｒｉｇｅｎｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）は、Ｔｒｉｓ−グリシン緩衝液を用いる約４〜約１２％ＳＤＳ−ＰＡＧＥを使用するタンパク質ゲル電気泳動に供されてもよく、Ｔｒｉｓ−グリシン緩衝液中のニトロセルロースフィルターに転写されてもよい。ブロット上のタンパク質は、ブロッキング緩衝液を用いるブロッキング後、室温で約６０分間、ｐ６３モノクローナル抗体４Ａ４またはＢＣ２８抗体をインキュベートすること、おそらく、続いて、ペルオキシダーゼ結合体化ヤギ抗マウス免疫グロブリンとのインキュベーションによって可視化されてもよい。ブロットは、ＴＭＢ色素原を使用して検出されてもよい。
【０１３５】
ＶＨ配列およびＶＬ配列の決定：総ＲＮＡは、Ｑｉａｇｅｎキット（ＵＳＡ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を製造業者の指示書の通りに使用して、ハイブリドーマから抽出されてもよい。１回目のラウンドのＲＴ−ＰＣＲは、ＱＩＡＧＥＮ（登録商標）ＯｎｅＳｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｋｉｔを用いて実行されてもよい。ＲＴ−ＰＣＲは、重鎖および軽鎖に特異的なプライマーを用いて行われてもよい。各ＲＮＡサンプルについて、約１２の個別の重鎖および約１１の軽鎖ＲＴ−ＰＣＲ反応が、可変領域のリーダー配列をカバーする縮重フォワードプライマー混合物を使用してセットアップできる。リバースプライマーは、重鎖および軽鎖の定常領域に位置していてもよい。制限部位はプライマーの中に操作されない可能性がある。１回目のラウンド反応からのＲＴ−ＰＣＲ産物は、２回目のラウンドのＰＣＲにおいて増幅され得る。約１２の個別の重鎖および約１１の軽鎖のＲＴ−ＰＣＲ反応が、抗体可変領域に特異的な半ネスト化プライマーセットを使用してセットアップできる。増幅されたｃＤＮＡはゲル精製でき、次いで、配列決定されてもよい。
【０１３６】
ＢＣ２８可変ドメインは、配列番号３として同定されるｐ４０エピトープＭＬＹＬＥＮＮＡＱＴＱＦＳＥＰＱＹまたは配列番号４として同定されるｐ４０エピトープＭＬＹＬＥＮＮＡＱに結合する本明細書に記載されるモノクローナル抗体の軽鎖および／または重鎖可変領域のＣＤＲの１つ以上のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチドを提供するために配列決定された。重鎖の可変領域の配列は配列番号１として同定され、軽鎖の可変領域の配列は配列番号２として同定された。抗体またはそのフラグメントは、配列番号１および／または配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列のポリペプチドを含んでもよい。抗体またはそのフラグメントは、配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含んでもよく、そしてさらに配列番号１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含んでもよい。抗体またはそのフラグメントは、配列番号３および／または配列番号４のアミノ酸配列の少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合してもよい。本明細書において言及されるように、そのフラグメントとは、その抗原結合フラグメントを含んでもよい。
【０１３７】
実施形態において、抗体またはそのフラグメント、またはさらに単離および精製された核酸配列は、配列番号１および／もしくは配列番号２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列ならびに／または配列番号３および／もしくは配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を有し得る。抗体またはそのフラグメントは、配列番号３および／または配列番号４の残基に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合し得る。他のパーセンテージは、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、およびおそらく少なくとも約９９％などを含み得るが、これらに限定されない。
【０１３８】
マウス抗ｐ４０［ＢＣ２８］結合配列のエピトープマッピング：ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体によって認識されるｐ４０のペプチド配列のペプチド配列を決定するために、エピトープマッピングが、おそらく２つのアッセイ、直接ＥＬＩＳＡおよびさらにドットブロットを使用して実施されてもよい。ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、抗ｐ４０［ＢＣ２８］抗体の感度および特異性は、約１：５００および約１：１０００の抗体力価を測定することによって決定されてもよい。おそらく１〜１７アミノ酸からのヒトｐ４０タンパク質配列をカバーする各約１５アミノ酸長の重複ペプチドが、ＢＣ２８結合の配列を決定するために使用されてもよい。
【０１３９】
ＢＣ２８のエピトープの１つは、配列番号３として同定されるＭＬＹＬＥＮＮＡＱＴＱＦＳＥＰＱＹであるｐ４０の１−１７アミノ酸残基を含んでもよい。別のエピトープは、配列番号４として同定されるＭＬＹＬＥＮＮＡＱであるｐ４０の１−９アミノ酸残基を含んでもよい。さらに別のエピトープは、配列番号４と、配列番号５として同定されるＥＮＮＡＱＴＱＦＳＥＰＱＹであるｐ４０の５−１７アミノ酸残基の混合物を含んでもよい。抗体は、配列番号３、配列番号４、またはおそらくさらに配列番号３の配列番号５との混合物のペプチド配列を免疫原として使用して生成されてもよい。マウスモノクローナルｐ４０［ＢＣ２８］抗体，またはその一部のエピトープは、マウス以外の種（例えば、ウサギ、ヤギ、ウマ、ニワトリなど）における産生を含む、新たなモノクローナル抗体の産生のために有用な抗原であり得る。当然、ポリクローナル抗体は、配列番号３、配列番号４、またはおそらくさらに配列番号４と配列番号５の混合物、またはその任意の組み合わせもしくは順列におけるピトープに特異的に結合し得る。
【０１４０】
直接ＥＬＩＳＡプロトコールのために、プレートは、コーティング緩衝液（ｐＨ約９．５）中約５μｇ／ｍＬのｐ４０ペプチド約ｌ００μｌで、約４℃で一晩、最初にコートされてもよく、続いて室温で約１時間、約２００μｌ／ウェルでブロッキング（約３％ＢＳＡ）を行ってもよい。プレートは、ＥＬＩＳＡプレートシェーカー上で、約室温で約１時間、約１００ｎｇ／ｍＬおよび約２００ｎｇ／ｍＬのｐ４０抗体とともに別々にインキュベートされてもよい。次いで、プレートは、ＰＢＳＴ（約３００μｌ／ウェル）でおそらく５回洗浄されてもよく、続いて、プレートにヤギ抗マウスＩｇＧ−ＨＲＰを加え、プレートシェーカー上で約１時間インキュベーションを行ってもよい。次いで、プレートは、ＰＢＳＴ（約３００μｌ／ウェル）で洗浄され、ブロットされて乾燥させてもよく、ＴＭＢが約ｌ００μｌ／ウェルで加えられ、シェーカー上で約５分間発色されてもよく、その後、停止用液（約５０μｌ／ウェル）が続いてもよい。吸収は、製造業者の推奨に従って、ＥＬＩＳＡプレートリーダー上で約４５０ｎｍにて測定されてもよい。
【０１４１】
ドットブロットアッセイのために、ニトロセルロースメンブレンに、約１ｍｇ／ｍｌの濃度のペプチドを、ペプチドあたり４連で、約１μｌブロットしてもよい。このメンブレンは、これが完全に乾燥し得るまで、室温で約１時間インキュベートされてもよい。このメンブレンは、ＴＢＳＴ（例えば、約５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ，約０．５Ｍ  ＮａＣｌ，約０．０５％  Ｔｗｅｅｎ−２０、ｐＨ約７．４）中約３％ＢＳＡで、室温で約１時間ブロックされてもよく、次いで、マウス抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］が、ＴＢＳＴ中で、ＲＴで約１時間、約２００ｎｇ／ｍｌで加えられてもよい。次いで、このメンブレンは、オービタルシェーカー上で、ＴＢＳＴ中で約３回（各約１０分間）洗浄されてもよく、続いて、ＴＢＳＴ中で二次抗体ヤギ抗マウスＩｇＧ１−ＡＰと、室温で約１時間インキュベートされてもよい。このメンブレンは、振盪機上で、ＴＢＳＴ中で、おそらく、約３回（各約１０分間）洗浄されてもよい。結合は、Ｗｅｓｔｅｒｎ  Ｇｌｏ  Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ検出試薬を加えること、およびフィルムに露出することによって検出されてもよい。
【０１４２】
抗ｐ４０  ＢＣ２８を用いるＩＨＣ方法：マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体を使用する免疫組織化学は、以下の非限定的な実施例によって一般的に例示されるような、当業者に一般的に公知である手順を使用して、ホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織サンプル上で実施されてもよい（例えば、工程の間にＴｒｉｓ緩衝化生理食塩水、ｐＨ約７．６で洗浄する）：
【０１４３】
１）ホルマリン固定されたパラフィン包埋組織の切片（〜５μｍ）が、おそらく、ポリリジンでコートされた市販の顕微鏡スライド上に装着されてもよい。
【０１４４】
２）切片は脱パラフィンされてもよく（キシレンまたはキシレン代用品を使用）、おそらく、一連のアルコール／水溶液を通して再水和されてもよく、続いて、おそらく、約３％過酸化水素溶液を用いて、内因性ペルオキシダーゼをブロックしてもよい。
【０１４５】
３）サンプルは、圧力鍋（Ｄｉｖａ，Ｄｅｃｌｏａｋｉｎｇ  Ｃｈａｍｂｅｒ；Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）中で、クエン酸緩衝液を使用して、加熱誘導性抗原回復に供せられてもよく、約１２５℃で約３０秒間加熱されてもよい［当業者に公知である他の抗原回復方法（例えば、スチーマ、電子レンジ、酵素など）もまた利用可能であり得る］。組織は、約１０分間冷却されてもよく、次いで、脱イオン水ですすがれてもよい。
【０１４６】
４）ｐ４０抗体ＢＣ２８は、キャリアタンパク質としてウシ血清アルブミンを有するリン酸緩衝液（ｐＨ約６．０）中で、約３０分間適用されてもよい。ｐ４０抗体ＢＣ２８は、おそらく、１：５００に希釈されてもよい。
【０１４７】
５）おそらく、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と結合体化された二次抗体（ＭＡＣＨ  ４  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＨＲＰ−Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）を用いるｐ４０抗体の検出は、２段階で達成されてもよい。ウサギ抗マウスＩｇＧ抗体の最初の約１０分間の適用に続いて、ヤギ抗ウサギ−ＨＲＰ結合体との約１０分間のインキュベーションが行われてもよい。
【０１４８】
６）おそらく、最後の検出工程において、おそらく、約０．０２％過酸化水素を含有する緩衝液中の３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）（Ｂｅｔａｚｏｉｄ  ＤＡＢ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）が適用されてもよい。ＨＲＰ媒介メカニズムを通してのＤＡＢの酸化は、茶色の発色生成物の沈殿を生じ得、おそらく、ｐ４０発現の部位の同定を可能にする。
【０１４９】
７）スライドは、おそらく、改変マイヤーヘマトキシリン中で手短に対比染色されてもよい。
【０１５０】
マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８を用いるＩＨＣ染色の結果：上記のプロトコールを使用して、様々な正常組織および新生物組織が、ＢＣ２８を使用してｐ４０発現について評価され、ある場合においては、ＲＰ抗ｐ４０抗体およびマウスモノクローナル抗ｐ６３抗体［４Ａ４］を使用して、染色パターンを比較されてもよい。すべての抗体は、当業者に周知である方法を使用して、力価（例えば、濃度）について最適化された。例えば、おそらく、バックグラウンド染色を最小化しながら、またはバックグラウンド染色を除去さえしながら、様々な抗体力価が染色強度を最大化するために評価された。各抗体について、おそらく最小のバックグラウンド染色を伴って、最大染色強度を提供した力価が使用された。
【０１５１】
図１および図５１は、抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］による肺扁平上皮癌腫のＦＦＰＥ試料の染色を示す。予測されたように、ｐ４０の核染色が観察され、明白なバックグラウンド染色はなかった。ＢＣ２８で染色された肺扁平上皮細胞癌腫の異なる症例は、図２および５２に示される。ＢＣ２８を用いるｐ４０の染色は、顕著に強い可能性があり、おそらく、明白なバックグラウンドまたは非特異的な染色を伴ってさえいない。対照的に、ＲＰ抗４０抗体を用いる同じ症例の染色は、間質組織において、より強度が低い染色および顕著に明るいバックグラウンド染色を生じ得る（図３および図５３）。
【０１５２】
図４および図５４において、ＢＣ２８は肺腺癌の症例に適用され、おそらく、目に見える染色がなかった。ｐ４０は肺腺癌において有意に発現されていないことが予測されていない可能性があるので、これは有用な結果であり得る。従って、陰性染色が好ましい可能性がある。ＲＰ抗ｐ４０抗体でこの症例の肺腺癌を染色することは、中程度の強度の陽性細胞質染色を生じ得、これは、解釈することをより難しくする潜在的にあいまいな結果である（図５および図５５）。
【０１５３】
図６、図７、図５６、および図５７は、膀胱癌（膀胱の移行細胞癌腫、または尿路上皮癌腫）の症例のＢＣ２８およびＲＰ抗ｐ４０による染色の例を示す。図６および図５６において、ｐ４０の強力な核染色が観察され得、おそらく、最小限のバックグラウンド染色またはさらにバックグラウンド染色がないことを伴う。図７および５７において、細胞質バックグラウンド染色を伴い、ｐ６３のより明るい核染色が観察される。図８および図５８は、尿路上皮癌腫におけるＢＣ２８を用いる強力な染色の例を示す。
【０１５４】
ｐ４０の発現は、前立腺の基底細胞において予測され得、おそらく、ＢＣ２８を用いて、正常前立腺において観察される染色と一致している（図９および図５９）。前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）などの前悪性病変から侵襲性前立腺癌までの進行は、基底細胞におけるｐ４０の発現の喪失を生じ得る。結果として、ＢＣ２８を用いる染色の欠如は、図１０および図６０に示されるように、前立腺癌におけるｐ４０の非存在についての有用なマーカーであり得る。前立腺のいくつかの症例において、ＢＣ２８は、４Ａ４などの代替の抗体よりも、より強力でより鋭敏な染色を提供し得、そしておそらく、より多くの数の基底細胞を染色し得る（それぞれ、図２２および図７２、ならびに図２３および図７３）。図２４、図７４、図２５、および図７５は、前立腺組織の例が、低倍率で、ＢＣ２８および４Ａ４をそれぞれ染色したことを示す。この場合において、ＢＣ２８および４Ａ４は、類似の全体的な染色パターンを実証し、おそらく、ＢＣ２８によるより強烈でかつ鋭敏な染色を伴う。
【０１５５】
前立腺と同様に、ｐ４０の発現は、初期の病変の段階的な喪失を伴って、正常乳管の筋上皮細胞において観察され得、そして侵襲的な乳癌において最終的に非存在となり得る。正常乳管の基底層の筋上皮細胞におけるｐ４０の染色は、ＢＣ２８を用いて観察され得るかまたは観察される（図１１および図６１）。インサイチュ乳管癌腫の場合において、基底層の完全性は損なわれている可能性があり、ＢＣ２８を用いるｐ４０の染色は、不連続的になり得る（図１２および図６２）。いくつかの場合において、４Ａ４などの代替的な抗体は、ＢＣ２８では非存在である乳房組織における異常な細胞質染色を産生し得る（図２０、図７０、図２１、および図７１）。この４Ａ４を用いる細胞質染色は広範囲であり得る。ＢＣ２８を用いての細胞質染色の非存在は利点であり得る。
【０１５６】
皮膚の基底細胞癌腫において、ＢＣ２８を用いる染色は、ｐ４０発現によって腫瘍細胞を同定するための有用なマーカーであり得る（図１３および図６３）。同様に、ＢＣ２８を用いる染色は、扁平上皮癌腫、おそらく、喉頭またはさらに喉頭蓋の扁平上皮癌腫におけるｐ４０発現を同定するために有用であり得る（それぞれ、図１４および図６４、ならびに図１５および図６５）。
【０１５７】
ＢＣ２８以外の抗ｐ４０抗体の１つの不利な点は、肺組織における肺胞内マクロファージの染色であり得る。マクロファージの陽性染色は、誤った染色に起因して、偽陽性または不正確な診断をもたらし得る。例えば、肺胞内マクロファージの中程度染色は、ＲＰ抗ｐ４０抗体を用いて観察され得る（図１６および図６６）。対照的に、ＢＣ２８は、同じ様式で肺胞内（ｉｎｔｒａａｌｖｅｌｏａｒ）マクロファージを染色しない可能性があり、おそらく、明白な利点である（図１７および図６７）。ＢＣ２８による肺胞内（ｉｎｔｒａａｌｖｅｌｏａｒ）マクロファージの染色の欠如は診断の解釈を単純化し得、そして、おそらくマクロファージの不正確な染色に起因する偽陽性または不正確な診断の潜在的なエラーを除去さえし得る。
【０１５８】
ＢＣ２８は、代わりの抗体と同様の、または代わりの抗体よりも優れてさえいる染色を提供し得る。例えば、ＢＣ２８を用いて前立腺を染色することは、おそらく、抗ｐ６３抗体４Ａ４よりも、より強力であり、さらに多分、基底層中でより多くの細胞を染色し得る（図２２、図７２および図２３および図７３、ならびに図２４および図７４および図２５および図７５）。
【０１５９】
ｐ４０またはｐ６３などの核マーカーを染色するとき、細胞質染色は正確な診断のための複雑化因子であり得る。ある場合において、ＢＣ２８は、より明確な核染色を提供する利点を有し得、おそらく、さらに細胞質染色を伴わない。例えば、ＢＣ２８は、弱い染色から中程度の細胞質染色で同じ試料を染色し得る４Ａ４と比較して（図７および図５７）、明確な核染色でかつ細胞質染色なしで膀胱癌の症例を染色し得る（図６および図５６）。同様に、ＢＣ２８は、小腸の例においては陰性であり得る（図１８および図６８）のに対して、４Ａ４は同じ症例において明瞭な細胞質染色を示し得る（図１９および図６９）。１つの例において、ＢＣ２８はまた、乳房組織において細胞質染色を産生しない可能性があるのに対して（図２１および図７１）、細胞質染色は４Ａ４を用いて観察されている（図２０および図７０）。これらのような症例における細胞質染色の非存在は、ＢＣ２８の明瞭な利点であり得る。
【０１６０】
表１は、ＦＦＰＥ組織の組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）を使用して、肺扁平上皮癌腫の６７の症例を染色する抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］の感度を示す。ｐ４０についての「陽性」の症例を決定するための判断基準としての腫瘍細胞染色の≧約５％のカットオフを利用し、そして、逆に、「陰性」の症例を決定するための判断基準として腫瘍細胞染色の＜約５％を利用して、６７のうちの６５（約９７％）がｐ４０［ＢＣ２８］について陽性であることが見出された。より重いグレードの腫瘍の診断は、時折、困難であり得る。これらの試料において、抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］は、グレードＩＩ腫瘍３５のうち３５（約１００％）、およびグレードＩＩＩ腫瘍２８のうち２６（約９２．９％）を同定した。
【０１６１】
表２は、組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）を使用して、肺腺癌癌腫の７１の試料を染色する抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］の特異性の例を示す。ｐ４０についての「陽性」の症例を決定するための判断基準としての腫瘍細胞染色の≧約５％のカットオフを利用し、そして、逆に、「陰性」の症例を決定するための判断基準として腫瘍細胞染色の＜約５％を利用して、７１のうちの０（約０％）がｐ４０［ＢＣ２８］について陽性であることが見出された。
【表１】
0006445467.tif 000002
【表２】
0006445467.tif 000003
【表３】
0006445467.tif 000004
【０１６２】
表３は、いくつかの他の新生物組織における抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］の感度の例を示す。ＢＣ２８で染色された頭頸部扁平上皮癌腫の５９の症例のうち、４６（約７８％）が陽性であることが見出された。ＢＣ２８はまた、膀胱の尿路上皮癌腫においても高感度であり、４１／４８（約８５．４％）の症例を陽性に染色した。ｐ４０発現の損失は、乳癌および前立腺癌において予測され得る。ＢＣ２８で染色された乳癌の６５の症例のうち、４７の症例（約７２．３％）がｐ４０について陰性であった。前立腺癌においては、試験された１２の症例のうちどれもｐ４０について陽性ではなかった。加えて、良性前立腺および前立腺上皮内新生物形成を含有する前立腺組織の１５の症例は、ＢＣ２８で染色され、ｐ６３［４Ａ４］と比較された。ＢＣ２８とｐ６３で染色された同じ試料について、代表的な領域が、２人の別々の研究者によって比較され、彼らは、ＢＣ２８が等価であること、またはおそらく、染色の強度および鋭敏さにおいてｐ６３よりも優れており、おそらくバックグラウンドがより低いことを見出した。しかし、ｐ６３は、横紋筋を染色し、ＢＣ２８は陰性であった。おそらく、ＢＣ２８での横紋筋の染色の非存在は利点である。
【０１６３】
ＲＰ抗ｐ４０抗体および抗ｐ６３抗体［４Ａ４］と比較された抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］の感度は、各抗体を用いての肺扁平上皮癌腫の様々な症例を染色することによって実証され得る（表４）。同じ判断基準を使用して、抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］は、６５／６７試料を陽性として同定した（約９７％）。比較すると、ＲＰ抗ｐ４０は肺扁平上皮癌腫の３４／４１（約８３％）の症例を陽性として染色し、そして抗ｐ６３［４Ａ４］は３５／４１（約８５％）の症例を陽性として染色した。ＲＰ抗ｐ４０および４Ａ４と比較して、ＢＣ２８についてのより高い特異性が肺腺癌の症例に対して観察され得る。ＢＣ２８は、評価された肺腺癌の７１の症例のいずれも染色せず、従って、おそらく、偽陽性を生じない。比較すると、ＲＰ抗ｐ４０を用いる染色は、１／５０（約２％）の症例を陽性として生じ、そして症例の５／５０（約１０％）が、４Ａ４を使用するときに陽性であることが見出された。
【表４】
0006445467.tif 000005
【０１６４】
抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］は、おそらく、様々な正常組織に対して評価されるときに（表５）、高度に特異的であり得る。ｐ４０を用いる正常組織の染色は、扁平上皮（例えば、皮膚、食道、および膀胱など）および腺組織（例えば、乳房および前立腺など）の存在に基づいて予測される組織において観察されてもよい。このような染色は予測され得、抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］は任意の他の正常組織または新生物組織を染色しない可能性があり、これは、その高い特異性を実証し得る。
【０１６５】
モノクローナルマウス抗ｐ４０抗体［ＢＣ２８］などの抗ｐ４０抗体は、おそらく、ＲＰ抗ｐ４０抗体およびモノクローナルマウス抗ｐ６３抗体［４Ａ４］と比較した場合でさえ、その改善された感度、特異性、および染色特性に伴う明瞭な利点を提供し得る。図２、図５２、および図３、図５３は、肺扁平上皮癌腫の同じ試料の一連の切片を染色するＲＰ抗ｐ４０抗体とのＢＣ２８の比較を示し、おそらく、ＢＣ２８のより高い染色強度および特異性を実証する。例えば、図２および図５２の試料は、ＢＣ２８を用いる強力な核染色を示し、間質組織においては明白な染色を示さない可能性があるのに対して、ＲＰ抗ｐ４０抗体を用いる同じ試料の染色の間、図３および図５３は、間質組織において、強度がより低く、弱い染色を生じ得る。ＢＣ２８の１つの重要な利点は、おそらく、ＲＰ抗ｐ４０抗体または４Ａ４と比較した場合でさえの、肺腺癌に対する特異性の改善であり得る。例えば、図５および図５５は、ＲＰ抗ｐ４０抗体を用いて染色された肺腺癌の症例を示し、陽性染色を生じるが、しかし、ＢＣ２８を用いる同じ試料の染色（図４および図５４）は、完全に陰性であり、ＢＣ２８の優れた特異性を実証する。抗ｐ４０抗体ＢＣ２８はまた、肺組織における肺胞内マクロファージを染色しないことによる利点を提供し得る。例えば、ＲＰ抗ｐ４０抗体は、中程度から強力まで、肺胞内マクロファージを染色し得る（図１６および図６６）。対照的に、ＢＣ２８は、同じ試料のマクロファージを、弱く染色するか、またはおそらく全く染色しないかのいずれかであり得（図１７および図６７）、多分、ＢＣ２８の優れた特異性およびより明確な染色パターンさえも実証する。これらの例は、ＢＣ２８の利点を実証し、おそらく、ＢＣ２８は、優れた感度または特異性を含む、公知の抗体を超えたいくつかの利点を有し、多分、少ないバックグラウンドまたは望ましくない細胞質染色を伴って、より明確な染色パターンを生じる。
【表５】
0006445467.tif 000006
【０１６６】
マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８を用いるウェスタンブロットの結果
ｐ４０タンパク質へのＢＣ２８の結合はウェスタンブロットによって実証され得る（図３１、左のパネル、レーン２）。ＢＣ２８のＴＡｐ６３タンパク質への同様の結合の非存在もまた、ウェスタンブロットによって示され得る（図４８および図９８、左のパネル、レーン３）。逆に、抗ｐ６３抗体４Ａ４は、ｐ４０タンパク質とＴＡｐ６３タンパク質の両方を結合し得る（図４８および図９８、右のパネル、レーン２およびレーン３）。ＢＣ２８のより高い特異性（ｐ４０の結合であって、ＴＡｐ６３ではない）は、その優れた特性に寄与する利点であり得る。
【０１６７】
本発明のいくつかの実施形態において、マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、上記のプロトコールおよび当業者に公知である他の方法の多くのバリエーションにおける使用のために適切であり得る。ＢＣ２８で染色された試料は、永続的な封入剤およびカバースリップを使用して保管されてもよい。抗体ＢＣ２８はまた、標準的なプロトコールを使用して、自動染色機器において使用されてもよい。当業者に一般的に知られている多くの代替的な検出方法（例えば、蛍光）、検出酵素（例えば、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、β−ガラクトシダーゼなど）、およびおそらく、色素原（例えば、ファストレッド、ファストブルー、３−アミノ−９−エチルカルバゾール、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスフェート、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−β−Ｄ−グルクロニドなど）さえの使用もまた、想定することができる。
【０１６８】
マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体などの抗ｐ４０抗体のエピトープまたはその一部は、当業者が理解するように、マウス以外の種（例えば、ウサギ、ヤギ、ウマ、ニワトリなど）における産生を含む、新たなモノクローナル抗体の産生のために有用な抗原であり得る。
【０１６９】
ホルマリン固定されたパラフィン包埋組織の免疫組織化学におけるＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体の使用は、本明細書に記載され得るが、他の免疫アッセイにおけるその有用性は容易に想定することができ、本出願において含まれることが意味される。特に、ＦＦＰＥのＩＨＣにおいて使用される同じ試薬の多くは、凍結組織切片のＩＨＣにおいてもまた使用されてもよいことが周知であり得る。ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、おそらく、一般的に知られた方法を使用して、ＥＬＩＳＡを含む他の免疫アッセイにおいてもまた有用であり得る。
【０１７０】
本発明の別の態様において、おそらく、ＩＨＣに関連して、抗ｐ４０抗体は、「二重染色」手順（複数染色またはさらに多重染色としても記載される）を実施するために、カクテルの一部として、１つ以上のさらなる一次抗体とともに使用してもよい。そのような二重染色は一般に当該分野において周知であり得る。しかし、特定の診断的適用のための一次抗体の最良の組み合わせは知られていない可能性がある。
【０１７１】
この方法において、マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、おそらく、試料への同時適用のために適している単独の一次抗体カクテル中の１つ以上の抗体と組み合わせることができる。これらの抗体は、マウス宿主またはウサギ宿主などに由来してもよい。これらの抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであってもよい。実施形態において、抗体カクテルは、組織試料中で標的タンパク質抗原の存在または非存在を同定し得る２つ以上のカラー染色を生じるために、二重染色ＩＨＣ手順において使用されてもよい。例えば、抗体カクテルがマウス抗体およびウサギ抗体から構成されてもよい実施形態において、検出システムは、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）に結合体化された抗マウス抗体を含んでもよく、おそらく、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）に結合体化された抗ウサギ抗体さえも２色染色を産生するために使用されてもよい。３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）は、茶色染色を産生するために使用されてもよく、おそらく、ＨＲＰによって容易にされ、そして、試料中で結合されたマウス抗体の存在もしくは非存在、および／または位置を同定してもよく；ファストレッドは、赤紫色／赤色染色を産生するために使用されてもよく、おそらく、ＡＰによって容易にされ、そして、これは試料中のウサギ抗体の存在もしくは非存在、および／または位置を同定してもよい。他の実施形態において、検出システムは、ＡＰに結合体化された抗マウス抗体およびＨＲＰに結合体化された抗ウサギ抗体を含んでもよく、これらは、赤色染色を用いてマウス抗体の、そして茶色染色を用いてウサギ抗体の、存在もしくは非存在、および／または位置を同定してもよい２色染色を産生するために使用されてもよく、おそらく、このとき、ファストレッドおよびＤＡＢが色素原として使用されてもよい。いくつかの実施形態において、ＨＲＰに結合体化された抗マウス抗体、およびおそらく、ＡＰに結合体化された抗ウサギ抗体は、単一溶液中で、カクテルとして試料に適用されてもよく、またはこれらは、別々の、連続する段階で適用されてもよい。
【０１７２】
抗体−酵素結合体を含む抗マウスまたは抗ウサギ抗体は、マウス、ウサギ、ニワトリ、ウマ、ラット、ヤギ、ヒツジなどを含むがこれらに限定されない様々な宿主種に由来してもよい。一次抗体は、マウス、ウサギ、ニワトリ、ウマ、ラット、ヤギ、ヒツジなどを含むがこれらに限定されない様々な宿主種からであってもよい。実施形態において、抗体は抗体−酵素結合体を含んでもよく、そして一次抗体は、２種の異なる宿主種から入手できる。ＤＡＢおよび／またはファストレッド以外の色素原が同様に使用されてもよい。
【０１７３】
二重染色方法に対する複数の代替が可能であり、これには、２種より多い抗体の使用、マウスおよびウサギ以外の種の使用、他の色素原および検出システム、異なる順番の検出工程、ならびに、おそらく、３色以上の色を生じる改変（これは、変性工程を必要とし得る）が含まれるがこれらに限定されない。
【０１７４】
本発明の実施形態は、おそらく、カクテルとして、少なくとも２種の抗体またはそのフラグメントを有する組成物を提供してもよく、ここで、少なくとも２種の抗体またはそのフラグメントの少なくとも１種が、少なくともｐ４０に特異的に結合する。これは、おそらく、生物学的サンプルを、少なくとも２種の抗体またはそのフラグメントを含む組成物と接触させることによって、生物学的サンプル中の少なくとも２種の異なるタンパク質を検出するための方法を提供してもよく、ここで、少なくとも２種の抗体またはそのフラグメントの少なくとも１種が少なくともｐ４０に特異的に結合して抗原−抗体複合体を形成してもよく、そして抗原−抗体複合体は検出されてもよい。組成物は、少なくとも１種の第１の一次抗体および少なくとも１種の第２の一次抗体を有してもよい。
【０１７５】
少なくとも１種の抗体またはそのフラグメントは少なくともｐ４０に特異的に結合してもよく、さらに１％より多い染色細胞の陽性指示カットオフ値を有してもよい。本明細書で言及されるように、陽性指示カットオフ値は、陽性染色結果を示すために必要である染色細胞のパーセンテージを提供し得る。他のカットオフ値には、約１％より多い染色細胞、約２％より多い染色細胞、約３％より多い染色細胞、約４％より多い染色細胞、約５％より多い染色細胞、約６％より多い染色細胞、約７％より多い染色細胞、約８％より多い染色細胞、約９％より多い染色細胞、およびおそらくさらに約１０％より多い染色細胞、またはそれ以上などが含まれるがこれらに限定されない。
【０１７６】
実施形態において、本発明は、異なる色の結果などの異なる可視化結果を提供することが可能であり得る、少なくとも２種の抗体またはそのフラグメントを有する組成物を提供し得る。以下で他の実施形態において議論するように、組成物は、少なくとも２種の抗体またはそのフラグメントの少なくとも１つの他方が、ＤＳＧ−３、ＣＫ４、ナプシンＡ、ＨＭＷＣＫ、ｐ５０４ｓ、ＣＫ５／１４、ＣＫ７／１８、ＣＫ８／１８、ウロプラキンＩＩ、ウロプラキンＩＩＩ、ＧＡＴＡ−３、およびそれらの任意の組み合わせなどに特異的に結合してもよいことを提供し得る。おそらく、抗ｐ４０抗体を有する、抗体、その組成物は、ＳＣＣ癌腫検出組成物、膀胱検出組成物、乳癌検出組成物、前立腺癌腫検出組成物、およびそれらの任意の組み合わせなどを含むがこれらに限定されない検出システムを提供し得る。
【０１７７】
いくつかの実施形態において、単色染色は、一次抗体カクテルのために使用されてもよい。１つの例において、一次抗体カクテルが、同じ宿主種に由来するすべての抗体から構成されるならば、単色を用いて、すべての抗体の存在について染色するために単一の検出システムが使用されてもよい。各抗体の存在または非存在は細胞内局在に基づいて決定されてもよく、またはおそらく、このような決定は必要ではなく、染色は、各抗体の存在または非存在を同定することなく効果的に解釈されてもよい。例えば、マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８は、一次抗体カクテル中でマウスモノクローナルデスモグレイン−３（ＤＳＧ−３）［ＢＣ１１］と組み合わされてもよく、可視化のために抗マウス結合体化ＨＲＰ検出およびＤＡＢを用いるＩＨＣ手順において使用されて、茶色染色を産生してもよい。別の態様において、異なる宿主種からの２種以上の抗体から構成された一次抗体カクテルが、単色染色を産生するために同様の様式で使用されてもよい。例えば、マウスモノクローナル抗ｐ４０  ＢＣ２８は、ウサギモノクローナル抗ＣＫ２０抗体ＥＰＲ１６２２Ｙと組み合わせて、可視化のために抗マウス結合体化ＨＲＰおよび抗ウサギ結合体化ＨＲＰ、ならびにＤＡＢを用いるＩＨＣ手順において使用されて、茶色染色を産生してもよい。
【０１７８】
ＩＨＣ手順の特定の工程は、おそらく、当業者に公知であるような試薬のカクテルを使用することによって、連続的にまたは同時に実施されてもよい。例えば、一次抗体カクテルにおいて記載されている抗体は、１つ以上の抗体の連続工程において代替的に適用されてもよい。同様に、検出試薬は、試薬カクテル中で同時に適用されてもよく、または別々の試薬が連続工程において適用されてもよい。
【０１７９】
いくつかの実施形態において、第１の一次抗体が適用され、続いて第１の抗体−酵素結合体および第１の色素原が適用され、次いで、変性工程、その後、第２の一次抗体の適用に進み、続いて、第２の抗体−酵素結合体および第２の色素原を提供し得る。この様式において、２つの異なる色の二重染色は、同じ種に由来する一次抗体を使用して達成されてもよい。
【０１８０】
当業者に周知であるように、ＩＨＣ手順の特定の工程は、おそらく当業者に公知であるように試薬のカクテルを使用することによって、連続的にまたは同時に実施されてもよい。例えば、一次抗体カクテルにおいて記載されている抗体は、１つ以上の抗体の連続工程において代替的に適用されてもよい。同様に、検出試薬は、試薬カクテル中で同時に適用されてもよく、または別々の試薬が連続工程において適用されてもよい。
【０１８１】
複数染色手順における使用のために一次抗体カクテル中でマウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体を組み合わされたときに、診断のために有用であり得る抗体には以下が挙げられる：
【表Ａ−１】
0006445467.tif 000007
【表Ａ−２】
0006445467.tif 000008
【表Ａ−３】
0006445467.tif 000009
【０１８２】
他のカクテルの例は、参照により本明細書に組み込まれる、２０１３年１２月１８日に出願された「Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃ  Ｓｕｂｔｙｐｅｓ  ｉｎ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ」という標題のＰＣＴ特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７６２０３において提供され得る。
【０１８３】
ＤＳＧ−３、ＣＫ５、ｐ４０［ＢＣ２８］およびナプシンＡの抗体カクテルを用いるＩＨＣ二重染色方法：おそらく、ＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡなどの抗体カクテルを使用する「二重染色」または「多重手順」を産生するための免疫組織化学は、一般的には、以下の非限定的な例によって例示されるような、当業者に一般的に公知である手順（例えば、工程間でのＴｒｉｓ−緩衝化生理食塩水、ｐＨ約７．６を用いる洗浄）を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織サンプルに対して実施されてもよい。
【０１８４】
１）ホルマリン固定パラフィン包埋組織の切片（〜５μｍ）は、おそらく、ポリリジンでコートされた市販の顕微鏡スライド上に装着されてもよい。
【０１８５】
２）切片は脱パラフィンされてもよく（キシレンまたはキシレン代用品を使用）、おそらく、一連のアルコール／水溶液を通して再水和されてもよく、続いて、おそらく、約３％過酸化水素溶液を用いて、内因性ペルオキシダーゼをブロックしてもよい。
【０１８６】
３）サンプルは、圧力鍋（Ｄｉｖａ，Ｄｅｃｌｏａｋｉｎｇ  Ｃｈａｍｂｅｒ；Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）中で、クエン酸緩衝液を使用して、加熱誘導性抗原回復に供せられてもよく、約１２５℃で約３０秒間加熱されてもよい［当業者に公知である他の抗原回復方法（例えば、スチーマ、電子レンジ、酵素など）もまた利用可能であり得る］。組織は、約１０分間冷却されてもよく、次いで、脱イオン水ですすがれてもよい。
【０１８７】
４）ＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］＋ナプシンＡの抗体カクテルは、キャリアタンパク質としてウシ血清アルブミンを用いて、リン酸緩衝化溶液（ｐＨ約６．０）に約３０分間適用されてもよい。
【０１８８】
５）おそらく、ヤギ抗マウス西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合体化二次抗体およびヤギ抗ウサギアルカリホスファターゼ（ＡＰ）結合体化二次抗体（ＭＡＣＨ  ２  Ｄｏｕｂｌｅ  Ｓｔａｉｎ  ＃２，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）のカクテルを用い、約３０分間のインキュベーションを用いる抗体の検出。
【０１８９】
６）おそらく、最後の検出工程において、おそらく、約ｐＨ８．３の緩衝液中の、ナフトールホスフェート基質を伴うファストレッド色素原（Ｖｕｌｃａｎ  Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）が、約２０分間適用されてもよく、これが、赤紫色（ｆｕｓｃｈｉａ）／赤色の色素原性生成物を染色として産生すし得る。続いて、おそらく、約０．０２％過酸化水素（Ｂｅｔａｚｏｉｄ  ＤＡＢ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）を含有する緩衝液中の３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）が適用されてもよい。ＨＲＰ媒介性メカニズムを通してのＤＡＢの酸化は、茶色の色素原性生成物の沈殿を生じ得、おそらく、各抗体についての抗原発現の部位の同定を可能にする。抗体ｐ４０、ＤＳＧ−３、およびＣＫ５の存在は、茶色の染色によって決定されてもよい。ナプシンＡ抗体の存在は赤色染色によって決定されてもよい。
【０１９０】
７）スライドは、おそらく、改変マイヤーヘマトキシリン中で手短に対比染色されてもよい。
【０１９１】
ＤＳＧ−３、ＣＫ５、およびｐ４０［ＢＣ２８］の抗体カクテルを用いるＩＨＣ単一染色方法：ＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］などの抗体カクテルを使用する免疫組織化学は、一般的には、以下の非限定的な例によって例示されるような、当業者に一般的に公知である手順（例えば、工程間でのＴｒｉｓ−緩衝化生理食塩水、ｐＨ約７．６を用いる洗浄）を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織サンプルに対して実施されてもよい。
【０１９２】
１）ホルマリン固定パラフィン包埋組織の切片（〜５μｍ）は、おそらく、ポリリジンでコートされた市販の顕微鏡スライド上に装着されてもよい。
【０１９３】
２）切片は脱パラフィンされてもよく（キシレンまたはキシレン代用品を使用）、おそらく、一連のアルコール／水溶液を通して再水和されてもよく、続いて、おそらく、約３％過酸化水素溶液を用いて、内因性ペルオキシダーゼをブロックしてもよい。
【０１９４】
３）サンプルは、圧力鍋（Ｄｉｖａ，Ｄｅｃｌｏａｋｉｎｇ  Ｃｈａｍｂｅｒ；Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）中で、クエン酸緩衝液を使用して、加熱誘導性抗原回復に供せられてもよく、約１２５℃で約３０秒間加熱されてもよい［当業者に公知である他の抗原回復方法（例えば、スチーマ、電子レンジ、酵素など）もまた利用可能であり得る］。組織は、約１０分間冷却されてもよく、次いで、脱イオン水ですすがれてもよい。
【０１９５】
４）ＤＳＧ−３＋ＣＫ５＋ｐ４０［ＢＣ２８］の抗体カクテルは、キャリアタンパク質としてウシ血清アルブミンを用いて、リン酸緩衝化溶液（ｐＨ約６．０）に約３０分間適用されてもよい。
【０１９６】
５）おそらく、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と結合体化されたヤギ抗マウス二次抗体（ＭＡＣＨ  ２  Ｍｏｕｓｅ  ＨＲＰ−Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）のカクテルを用い、約３０分間のインキュベーションを用いる抗体の検出。あるいは、おそらく、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と結合体化された二次抗体（ＭＡＣＨ  ４  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＨＲＰ−Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）を用いる抗体の検出は、２段階で達成されてもよい。ウサギ抗マウスＩｇＧ抗体の最初の約１０分間の適用に続いて、ヤギ抗ウサギ−ＨＲＰ結合体との約１０分間のインキュベーションが行われてもよい。
【０１９７】
６）おそらく、最後の検出工程において、おそらく、約０．０２％過酸化水素を含有する緩衝液中の３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）（Ｂｅｔａｚｏｉｄ  ＤＡＢ，Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）が適用されてもよい。ＨＲＰ媒介メカニズムを通してのＤＡＢの酸化は、茶色の発色生成物の沈殿を生じ得、おそらく、各抗体についての抗原発現の部位の同定を可能にする。抗体ｐ４０、ＤＳＧ−３、およびＣＫ５の存在は、茶色染色によって決定され得る。
【０１９８】
７）スライドは、おそらく、改変マイヤーヘマトキシリン中で手短に対比染色されてもよい。
【０１９９】
ＤＳＧ−３、ＣＫ５、ｐ４０［ＢＣ２８］、およびナプシンＡを用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ＤＳＧ−３、ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５、およびナプシンＡのカクテルを用いて染色されてもよい。肺ＳＣＣの染色の一例が図２６および図７６において示される。抗体ＤＳＧ−３、ｐ４０、および／またはＣＫ５の存在は茶色染色を生じ得る。ナプシンＡの赤色染色は減少しているかまたは存在していない可能性があり、またはおそらく、残存している正常肺組織に制限され得る。肺ＡＤＣの染色の一例が図２７および図７７において示される。ナプシンＡの存在は赤色染色を生じ得る。ｐ４０、ＤＳＧ−３、および／またはＣＫ５からの茶色染色は、減少しているかまたは存在していない可能性がある（例えば、図２７および図７７を参照のこと）。
【０２００】
ＤＳＧ−３、ＣＫ５、およびｐ４０［ＢＣ２８］を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の単一染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ＤＳＧ−３、ｐ４０［ＢＣ２８］、およびＣＫ５のカクテルを用いて染色されてもよい。肺ＳＣＣの染色の一例が図２８および図７８において示される。ＤＳＧ−３、ｐ４０、および／またはＣＫ５抗体の存在は茶色染色を生じ得る。この例において、検出のためにヤギ抗マウスＨＲＰなどの単色染色を使用することが受け入れ可能である。なぜなら、ＤＳＧ−３、ｐ４０、またはＣＫ５の存在は、すべてが扁平上皮癌腫を示すからである。肺ＡＤＣの染色の一例が図２９および図７９において示される。ＤＳＧ−３、ｐ４０、および／またはＣＫ５からの茶色染色は、減少しているかまたは存在していない可能性があり（例えば、図２９および図７９を参照のこと）、または残存している正常肺組織に制限さえされ得る。
【０２０１】
ＤＳＧ−３、ｐ４０（Ｍ）、およびナプシンＡを用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ＤＳＧ−３、ｐ４０（Ｍ）（例えば、マウスモノクローナル［ＢＣ２８］）、およびナプシンＡのカクテルを用いて染色されてもよい。ＡＤＣの染色の例は、図２０Ａおよび図２０Ｂにおいて示される。ナプシンＡの存在は赤色染色を生じ得る。ｐ４０またはＤＳＧ−３からの茶色染色は、減少しているかまたは存在していない可能性があり（例えば、図３０、図８０、図３１、および図８１を参照のこと）、または残存している正常肺組織に制限さえされ得る（例えば、図３１および図８１を参照のこと）。ＳＣＣの染色の例は、図３２、図８２、図３３、図８３、図３４、および図８４に示される。抗体ＤＳＧ−３またはｐ４０の存在は茶色染色を生じ得る。ナプシンＡの赤色染色は減少しているかまたは存在していない可能性があり、またはおそらく、残存している正常肺組織に制限され得る（例えば図３３および図８３を参照のこと）。
【０２０２】
ＤＳＧ−３およびｐ４０（Ｍ）を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の単一染色プロトコールを使用して、ヤギ抗マウスＨＲＰの検出システムを用いて、ＦＦＰＥ組織は、ＤＳＧ−３およびｐ４０（Ｍ）のカクテルを用いて染色されてもよい。ＳＣＣの染色の一例が図３５および図８５において示される。ＤＳＧ−３および／またはＣＫ５抗体の存在は茶色染色を生じ得る。
【０２０３】
ｐ４０（Ｍ）およびＣＫ５（ＲＭ）を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］およびＣＫ５（ＲＭ）ののカクテルを用いて染色されてもよい（例えば、ウサギモノクローナル［ＥＰ１６０１Ｙ］）。肺ＳＣＣの染色の一例が図３６および図８６において示される。ｐ４０（Ｍ）抗体の存在は茶色染色を生じ得、ＣＫ５（ＲＭ）抗体の存在は赤色染色を生じ得る。肺ＡＤＣの染色の一例が図３７および図８７において示される。茶色または赤色の染色は観察されない可能性があり、おそらく、ｐ４０およびＣＫ５の非存在を示唆する。
【０２０４】
ｐ４０（Ｍ）およびナプシンＡを用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０（Ｍ）のカクテル（例えば、マウスモノクローナル［ＢＣ２８］）およびナプシンＡを用いて染色されてもよい。ＳＣＣの染色の一例が図３８および図８８において示される。ｐ４０抗体の存在は茶色染色を生じ得る。ナプシンＡの赤色染色は、減少しているかまたは存在していない可能性があり、またはおそらく、残存している正常肺組織に制限され得る。ＡＤＣの染色の一例が図３９および図８９において示される。ナプシンＡの存在は赤色染色を生じ得る。ｐ４０からの茶色染色は、減少しているかまたは存在していない可能性がある。
【０２０５】
ｐ４０［ＢＣ２８］、ＨＭＷＣＫ、およびＰ５０４Ｓを用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］、ＨＭＷＣＫ（例えば、マウスモノクローナルクローン３４βＥ１２）、およびＰ５０４Ｓ（おそらく、ＡＭＡＣＲとしてもまた知られる、例えば、ウサギモノクローナル抗ＡＭＡＣＲ［１３Ｈ４］、またはウサギポリクローナル抗体）のカクテルを用いて染色されてもよい。前立腺組織の染色の一例が図４０および図９０において示される。抗体ｐ４０およびまたはＨＭＷＣＫの存在は茶色染色を生じ得る。Ｐ５０４Ｓ抗体の存在は赤色染色を生じ得る。組織は、正常前立腺、前立腺癌の領域、またはおそらく、前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）を含有してもよい。
【０２０６】
ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５／１４、およびＰ５０４Ｓを用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５／１４（例えば、抗ＣＫ５クローン［ＸＭ２６］と抗ＣＫ１４クローン［ＬＬ００２］との組み合わせ）、およびＰ５０４Ｓ（おそらく、ＡＭＡＣＲとしてもまた知られる、例えば、ウサギモノクローナル抗ＡＭＡＣＲ［１３Ｈ４］またはウサギポリクローナル抗体）カクテルを用いて染色されてもよい。前立腺組織の染色の一例が図４１および図９１において示される。抗体ｐ４０およびまたはＣＫ５／１４の存在は茶色染色を生じ得る。Ｐ５０４Ｓ抗体の存在は赤色染色を生じ得る。組織は正常前立腺、前立腺癌の領域、またはおそらく、前立腺上皮内新生物形成（ＰＩＮ）を含有してもよい。図４０、図９０、図４１、および図９１における例は、サイトケラチンマーカーが交換可能であり得る場合の代表例である。これらの例において、ＨＭＷＣＫおよびＣＫ５／１４は、両方とも、有効なサイトケラチンマーカーであり、有効な等価物と見なされてもよい。
【０２０７】
ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５／１４、およびＣＫ７／１８を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５／１４（例えば、抗ＣＫ５クローン［ＸＭ２６］と抗ＣＫ１４クローン［ＬＬ００２］の組み合わせ）、およびＣＫ７／１８（例えば、ウサギモノクローナル抗ＣＫ７抗体［ＢＣ１］とウサギモノクローナル抗ＣＫ１８抗体クローン［Ｅ４３１−１］の組み合わせ）のカクテルを用いて染色されてもよい。乳房組織、おそらく、乳癌の染色の一例が、図４２、図９２、図４３、および図９３において示される。抗体ｐ４０およびまたはＣＫ５／１４の存在は茶色染色を生じ得る。ＣＫ７／１８抗体の存在は赤色染色を生じ得る。図４３および図９３は、２モード染色の例であり得る。ｐ６３＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ７／１８の抗体カクテルは、臨床診断において有用であることが示され得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、論文「Ａｔｙｐｉｃａｌ  ｄｕｃｔａｌ  ｈｙｐｅｒｐｌａｓｉａ：ｉｎｔｅｒｏｂｓｅｒｖｅｒ  ａｎｄ  ｉｎｔｒａｏｂｓｅｒｖｅｒ  ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ」Ｊａｉｎ  ＲＫ，Ｍｅｈｔａ  Ｒ，Ｄｉｍｉｔｒｏｖ  Ｒ，Ｌａｒｓｓｏｎ  ＬＧ，Ｍｕｓｔｏ  ＰＭ，Ｈｏｄｇｅｓ  ＫＢ，Ｕｌｂｒｉｇｈｔ  ＴＭ，Ｈａｔｔａｂ  ＥＭ，Ａｇａｒａｍ  Ｎ，Ｉｄｒｅｅｓ  ＭＴ，Ｂａｄｖｅ  Ｓ．Ｍｏｄ  Ｐａｔｈｏｌ．２０１１  Ｊｕｌ；２４（７）：９１７−２３を参照のこと）。ｐ６３の代わりにｐ４０を使用する抗体カクテル（例えば、ｐ４０［ＢＣ２８］＋ＣＫ５／１４＋ＣＫ７／１８）は、同様に診断のために有用であり得、おそらく、ｐ４０［ＢＣ２８］の利点を提供さえし得る。
【０２０８】
ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５／１４、およびＣＫ８／１８を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］、ＣＫ５／１４（例えば、抗ＣＫ５クローン［ＸＭ２６］および抗ＣＫ１４クローン［ＬＬ００２］の組み合わせ）、およびＣＫ８／１８（例えば、ウサギモノクローナル抗ＣＫ８抗体［ＥＰ１７］およびウサギモノクローナル抗ＣＫ１８抗体クローン［Ｅ４３１−１］の組み合わせ）のカクテルを用いて染色されてもよい。乳房組織、おそらく、乳癌の染色の一例が、図４４および図９４において示される。抗体ｐ４０およびまたはＣＫ５／１４の存在は茶色染色を生じ得る。ＣＫ８／１８抗体の存在は赤色染色を生じ得る。
【０２０９】
ｐ４０［ＢＣ２８］、ウロプラキンＩＩ、およびウロプラキンＩＩＩを用いるＩＨＣ染色の結果：上記の単一染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］、ウロプラキンＩＩ［ＢＣ２１］、およびウロプラキンＩＩＩ［ＢＣ１７］のカクテルを用いて染色されてもよい。膀胱組織、おそらく、尿路上皮癌腫の染色の一例が、図４５および図９５において示される。抗体ｐ４０、ウロプラキンＩＩ、および／またはウロプラキンＩＩＩの存在は茶色染色を生じ得る。図４５および図９５の例は、おそらく、ヤギ抗マウスＨＲＰを使用する単色染色が有用である事例である。なぜなら、ｐ４０、ウロプラキンＩＩ、またはウロプラキンＩＩＩはすべてが尿路上皮癌腫を示すからである。
【０２１０】
ｐ４０［ＢＣ２８］、ウロプラキンＩＩ、ウロプラキンＩＩＩ、およびＧＡＴＡ−３を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の二重染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］、ウロプラキンＩＩ［ＢＣ２１］、ウロプラキンＩＩＩ［ＢＣ１７］、およびＧＡＴＡ−３（例えば、ウサギ抗ＧＡＴＡ−３抗体）のカクテルを用いて染色されてもよい。膀胱組織、おそらく、尿路上皮癌腫の染色の一例が、図４６および図９６において示される。ｐ４０、ウロプラキンＩＩ、および／またはウロプラキンＩＩＩ抗体の存在は茶色染色を生じ得る。ＧＡＴＡ−３の存在は赤色染色を生じ得る。
【０２１１】
ｐ４０（Ｍ）およびＣＫ５（Ｍ）を用いるＩＨＣ染色の結果：上記の単一染色プロトコールを使用して、ＦＦＰＥ組織は、ｐ４０［ＢＣ２８］およびＣＫ５（Ｍ）（例えば、マウスモノクローナル［ＸＭ２６］）のカクテルを用いて染色されてもよい。肺ＳＣＣの染色の一例が図４７および図９７において示される。ｐ４０および／またはＣＫ５抗体の存在は茶色染色を生じ得る。
【０２１２】
多くの実施形態において、サイトケラチンマーカーを結合する抗体は、異なる組み合わせで使用されてもよく、いくつかの場合において、当業者に公知であるように、交換可能である。例えば、ＣＫ５は、おそらく、ＣＫ５／６またはＣＫ５／１４と交換可能であり得る。同様に、ＨＭＷＣＫ（高分子量サイトケラチン）は、ＣＫ５／６またはＣＫ５／１４と交換可能に使用されてもよい。別の例において、ＣＫ７はＣＫ８と交換可能に使用されてもよい。
【０２１３】
他の実施形態は、例示したカクテルに対するバリエーションを含む、抗体の他の組み合わせを伴う、ｐ４０［ＢＣ２８］から構成される一次抗体カクテルを含んでもよい。いくつかの実施形態において、他の宿主種が使用されてもよい。列挙された例に含まれる１つ以上の抗体を欠いている実施形態もまた有用であり得る。
【０２１４】
いくつかの実施形態において、ＢＣ２８以外の抗ｐ４０抗体もまた、有用であり得る。ウサギポリクローナル抗ｐ４０抗体またはウサギモノクローナル抗ｐ４０抗体がいくつかの実施形態において使用されてもよい。他の実施形態において、ＢＣ２８以外のマウスモノクローナル抗ｐ４０抗体クローンは同様に有用であり得、そしておそらく、ＢＣ２８と交換可能である。
【０２１５】
多くの症例において、しかしおそらく、特に、肺癌の症例において、診断は、しばしば、細胞診または生検からの限られた組織サンプルで実施され得、そして、さらなる分子試験のために組織を保存することが重要であり得る。従って、最小限の組織を消費するが、最適な特異性および／または感度を提供する診断に対する効率的なアプローチが好ましい可能性がある。試料から最小限の組織を消費しながら、有用な診断情報を提供する方法は、おそらく、抗体カクテルの使用を通しての、同じアンプルへの複数の抗体の適用によって、または抗体の連続適用によって、または感度または特異性の改善の特徴によって想定可能に使用されてもよい。
【０２１６】
マウスモノクローナル抗ｐ４０抗体ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、ｐ４０の検出のために特異的であり得、ヒト組織サンプルにおけるいくつかの型の癌の診断のための免疫組織化学的手順において有用であり得る。特に、ＢＣ２８などの抗ｐ４０抗体は、ＲＰ抗ｐ４０抗体および抗ｐ６３抗体［４Ａ４］を超えた利点を有し、これには、より高い特異性およびより明確な染色、肺腺癌のいくつかの症例の染色の不在、ならびにマクロファージの染色の欠如が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２１７】
ｐ４０レベルの決定は、患者の転帰の有用な予後因子および指標であり得る。ＩＨＣによって決定されるようなｐ４０発現の損失は、攻撃的な膀胱癌に付随し、そして患者の生存を予測することが示されてきた（参照により本明細書に組み込まれる、Ｍａｔｓｕｍｏｔｏ  Ｋら、Ｕｒｏｌｏｇｙ，２００８；７２：４４４−４４９，ａｎｄ  Ｏｈｔｓｕｋａ  Ｙ  ｅｔ．ａｌ．ＢＪＵ  Ｉｎｔ，２００６；９７：１３２２−１３２６を参照のこと）。このようなものとして、本明細書で議論されるような様々なシステムおよび方法が検出システムを提供してもよく、これは例えば、癌の検出、癌の診断または予後診断でさえ、癌の転帰の予測、癌の治療の効力の評価、癌の再発の予測などであるがこれらに限定されない。本明細書で言及した通り、抗体またはそのフラグメントの使用は、自動染色デバイス上で実施されてもよい。検出は、自動、手動、画像分析によってなどで行われてもよい。検出は、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ＦＦＰＥのＩＨＣ、凍結組織切片のＩＨＣ、免疫細胞化学、ＥＬＩＳＡなどを含むがこれらに限定されない方法を利用してもよい。
【０２１８】
免疫アッセイ方法の例としてであるがしかし１つの例として、本発明の実施形態は、図５０に模式的に表示した通り、試験される動物またはヒトから組織を入手する工程（６）前記組織を固定もしくは凍結する工程（７）、ｐ４０に対するエピトープをアンマスクするために前記固定または凍結組織を処理する工程（８）、前記組織中に前記タンパク質が存在するならば、前記抗体またはそのフラグメントがｐ４０タンパク質に結合するような量および条件下で、前記処理された組織を本明細書で議論されるような抗体またはそのフラグメントと接触させる工程（９）、ならびにおそらく、前記結合した抗体の存在を検出さえする工程（１０）を提供し得る。
【０２１９】
図４９は、おそらくハイブリドーマから提供さえされる、組成物中でまたはカクテル中でさえある、抗体、そのフラグメント、その部分を提供し得るキット（５）を含む本明細書の様々な実施形態の図式的な概略を示し、抗体（１）などは生物学的サンプル（２）と接触されてもよく、少なくとも１つの抗体−抗原複合体（３）を形成し、次いでこれは、検出器（４）を用いて検出されてもよい。
【０２２０】
本発明は、実施形態において、抗体またはそのフラグメント（本明細書において議論されるような）を、おそらく、抗原に結合したときの抗体またはそのフラグメントの抗体検出エレメントとともに含んでもよい、診断用または予後診断用でさえある試験キットを提供し得る。これは、生物学的サンプルを、抗体またはそのフラグメントと接触させる工程、および、おそらく抗体検出エレメントを使用して、生物学的サンプル中で、抗体またはそのフラグメントのタンパク質または抗原との結合またはその存在をさえも検出する工程の方法を提供し得る。実施形態は、おそらく、試験される動物またはヒトから組織を入手する工程、前記組織中に前記タンパク質が存在するならば、前記抗体またはそのフラグメントがｐ４０タンパク質に結合するような量および条件下で、前記組織を、本明細書で提示される様々な実施形態に従う抗体またはそのフラグメントと接触させる工程、および、さらに前記結合した抗体の存在を検出する工程によって、哺乳動物またはヒトにおけるｐ４０タンパク質を検出するための免疫アッセイ法を提供し得る。生物学的サンプルは、おそらく、使用される抗体またはカクテルに依存して、血液、尿、尿路上皮組織、移行細胞組織、膀胱組織、正常組織、新生物組織、腎臓組織、卵巣組織、甲状腺組織、子宮内膜組織、腎組織、扁桃腺組織、膵臓組織、結腸組織、リンパ節組織、新生物膵臓組織、胃組織、前立腺組織、肺組織、乳房組織などを含んでもよいがこれらに限定されない。
【０２２１】
現在当業者に知られている抗ｐ６３抗体を使用する多数の適用および方法の中で、抗ｐ６３抗体は、抗ｐ４０抗体（例えば、ＢＣ２８）と置き換えられてもよく、おそらく等価な、またはさらに、おそらく優れた結果を伴うことが注目される。
【０２２２】
ｐ４０、ｐ４０抗体、ＢＣ２８などの用語の使用は、当業者が理解する程度に適切に、抗ｐ４０抗体に関連し得ることが注目される。
【０２２３】
前述から容易に理解できるように、本発明の基本的なコンセプトは、様々なやり方で具体化されてもよい。これは、抗体技術、ならびに、適切な抗体を達成するためのデバイスの両方を包含する。本出願において、抗体技術は、記載された様々なデバイスによって達成されることが示された結果の一部として、および、利用のために固有である工程として開示されている。これらは、単純に、意図されかつ記載されるようなデバイスを利用することの自然な結果である。加えて、いくつかのデバイスが開示されているが、これらは特定の方法を達成するのみならず、多くの方法で変動できることが理解されるべきである。重要なことに、前述のすべてに関して、これらの面のすべてが本開示によって包含されることが理解されるべきである。
【０２２４】
本出願に含まれる議論は、基本的な説明として役立つことが意図される。読者は、特定の議論がすべての可能な実施形態を明確に説明していない可能性があること；多くの代替は黙示的であることに気付いているはずである。これはまた、本発明の一般的な性質を完全に説明していない可能性があり、そして、各々の特徴または要素が、いかにして実際に、より広範な機能または多くの様々な代替もしくは等価な要素の代表であり得るかを明確に示していない可能性がある。再度、これらは、本開示の中に明白に含まれている。本発明がデバイスに向けられた専門用語で説明される場合、デバイスの各々の要素は明白に機能を発揮する。装置の請求項が、記載されたデバイスについて含まれるのみならず、方法またはプロセスの請求項もまた、本発明および各要素が実施する機能に取り組むために含まれ得る。説明と専門用語のいずれも、いかなる引き続く特許出願において含まれるであろう請求項の範囲を限定することを意図するものでもない。
【０２２５】
様々な変更が本発明の本質から逸脱することなく行われてもよいこともまた理解されるべきである。このような変更もまた、黙示的に本明細書に含まれる。これらはなお、本発明の範囲内に含まれる。示される明示的な実施形態を包含する広い開示、とても様々な黙示的な代替的な実施形態、および広範な方法またはプロセスなどが本開示に包含され、いかなる引き続く特許出願のためにも請求項を作成するときに根拠となり得る。このような文言上の変更およびより広いかまたはより詳細な特許請求は、より後の日付で（例えば、いかなる要求される期限日まで）または出願人が引き続いてこの出願を基礎として特許出願を追求する事象において、達成されてもよいことが理解されるべきである。この理解を用いて、読者は、本開示が、引き続いて出願される特許出願をサポートすることに気付くべきであり、この特許出願は、出願人の権利の中にあると見なされる程度に広い請求項の基礎の審査を追求してもよく、独立しておよび全体のシステムとしての両方で、本発明の多くの態様を網羅する特許を生じるように設計されてもよい。
【０２２６】
さらに、各々の本発明の様々な要素および請求項はまた、様々な様式で達成される得る。さらに、使用されるかまたは暗示されるとき、要素は、個々の構造、ならびに、物理的に接続されてもよく、接続されていなくてもよい複数の構造を包含するものとして理解される。本開示は、このようなバリエーションを包含することが理解されるべきであり、任意の装置の実施形態、方法またはプロセスの実施形態、またはさらに単にこれらの任意の要素の実施形態のバリエーションが存在する。特に、開示が本発明の要素に関する場合、各要素についての用語は、たとえ機能または結果のみが同じであるとしても、各要素についての用語は等価な装置の用語または方法の用語によって表現されてもよいことが理解されるべきである。このような等価な、より広い、またはさらにより一般的な用語は、各要素または作用の説明において包含されると見なされるべきである。このような用語は、本発明が権利を与えられる黙示的に広い適用範囲を明示的にするよう望まれる場合には、置き換えができる。例として、しかし１つの例として、すべての作用は、その作用を取るために手段として、またはその作用を引き起こす要素として表現されてもよいことが理解される。同様に、開示される各物理的要素は、物理的な要素が容易にする作用の開示を包含することが理解されるべきである。この最後の態様に関して、例としてしかし１つの例として、「検出」または「検出器」の開示は、明示的に議論されるか否かに関わらず、「検出する」の作用の開示を包含すると理解されるべきであり、そして逆に、「検出する」の作用の開示が効果的に存在し、このような開示は、「検出器」およびさらに「検出するための手段」の開示を包含することが理解されるべきである。このような変更および代替の用語は、本明細書に明示的に含まれることが理解される。さらに、各々のこのような用語は（そのように明示的に記載されるか否かに関わらず）、所定の機能を発揮できるすべての要素を包含するものとして理解されるべきであり、そして記載される機能を発揮する要素のすべての記載は、機能を実行するための手段の非限定的な例として理解されるべきである。
【０２２７】
本出願において特許のために言及されたあらゆる法律、制定法、規定、もしくは規則、または本出願において特許のために言及された特許、刊行物、または他の文献は参照により本明細書によって組み込まれる。本出願によって主張されたあらゆる優先権の案件は本明細書に付記され、参照により本明細書によって組み込まれる。加えて、使用される各用語に関して、本出願におけるその利用が広くサポートする解釈を一致していないことがない限り、共通の辞書的な定義は、参照により本明細書に組み込まれるｔｈｅ  Ｒａｎｄｏｍ  Ｈｏｕｓｅ  Ｗｅｂｓｔｅｒ’ｓ  Ｕｎａｂｒｉｄｇｅｄ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎに含まれるような各々の用語およびすべての定義、代替的な用語、および同義語について組み入れられるものと理解されるべきである。最後に、以下のリストまたは本出願と共に出願された他の情報陳述書に列挙されてすべての文献は、本明細書に添付され、参照により本明細書に組み込まれる。しかし、上記の各々に関しては、参照により組み込まれたこのような情報または陳述書が本発明の特許許可と一貫していないと見なされ得る程度まで、このような陳述は、明確に出願人によってなされたものと見なされない。
【表Ｂ】
0006445467.tif 000010
【表Ｃ】
0006445467.tif 000011
【０２２８】
従って、出願人は、発明を特許請求し、発明の陳述書を作成するためのサポートを少なくとも以下まで有することが理解されるべきである：ｉ）本明細書に開示され、記載されるような各抗体デバイス、ｉｉ）開示され、記載される関連方法、ｉｉｉ）これらのデバイスおよび方法の各々の類似の、等価な、およびさらに黙示的なバリエーション、ｉｖ）開示され、記載されるとして示される機能の各々を達成する代替設計、ｖ）開示され、記載されるものを達成するために黙示的であると示されている各機能を達成する代替の設計および方法、ｖｉ）別々のかつ独立した発明として示される各特徴、成分、および工程、ｖｉｉ）開示された様々なシステムまたは成分によって増強された適用、ｖｉｉｉ）このようなシステムまたは成分によって産生された得られた生成物、ｉｘ）言及された任意の特異的フィールドまたはデバイスに現在適用されたとして示されまたは記載された各システム、方法、および要素、ｘ）本明細書上記に、および付随する実施例のいずれかを参照して実質的に記載される方法および装置、ｘｉ）工程を実施するための手段を含む本明細書に記載の方法を実施するための装置、ｘｉｉ）開示される要素の各々の様々な組み合わせおよび順列、ｘｉｉｉ）各潜在的な従属項または独立項の各々およびすべての１つに対する依存性としてのコンセプト、または提示されるコンセプト、およびｘｉｖ）本明細書に記載されるすべての発明。
【０２２９】
請求項に関して、審査のために現在提示されるかまたは後で提示されるかに関わらず、実務的な理由のため、そして審査の負担の大きな拡大を回避するために、出願人は、任意の時点で最初の請求項のみを提示し、またはおそらく、最初の従属性のみを伴って、最初の請求項を提示してもよい。本出願または引き続く出願の潜在的な範囲に興味がある特許庁および第三者は、いかなる予備的補正、他の補正、請求項の文言、または提示される議論に関わらず、より広い請求項が、本件において、本件の利益を主張する案件において、またはいかなる継続出願においても、後の日付で提示されてもよく、従って、任意の案件の係属の間、いかなる潜在的な内容も請求から外し、または断念する意図はないことを理解するべきである。より広い請求項が提示されるならば、または提示されるとき、このようなものは、本出願または任意の引き続く出願において提示されたいかなる補正、請求項の文言、または議論がこのような先行技術を回避するように行われたと見なされた程度まで、このような理由は後で提示される請求項などによって除外されてもよいから、いかなる先行する時点で考慮され得るいかなる関連する先行技術も、再検討する必要はないということを要求してもよいことが理解されるべきである。既存のまたはより後での潜在的な適用範囲、または潜在的な適用範囲の請求から外すことまたは断念することのいかなる可能性も任意の時点で存在したか否かの考慮に興味がある審査官と、さもなくば任意の人の両方が、このような断念または請求から外すことは、本出願または任意の続く出願において、さらに意図されず、またはさらに存在することはないことに気付くべきである。Ｈａｋｉｍ  ｖ．Ｃａｎｎｏｎ  Ａｖｅｎｔ  Ｇｒｏｕｐ，ＰＬＣ，４７９  Ｆ．３ｄ  １３１３（Ｆｅｄ．Ｃｉｒ  ２００７）などにおいて提起されたような限定は、このことまたはいかなる引き続く関連する問題においても明確に意図されない。加えて、サポートは、任意の他の独立請求項またはコンセプトの下での従属性または要素として、１つの独立項またはコンセプトの下で提示される様々な従属性または他の要素のいずれかの追加を許容するために、新規事項に関する法律−ヨーロッパ特許条約第１２３条（２）および米国特許法第１３２条または他のこのような法律を含むがこれらに限定されない−の下で要求される程度まで存在することが理解されるべきである。本出願においてまたはいずれかの引き続く出願に関わらず任意の時点で任意の請求項を作成する際に、出願人は、法的に利用可能なように、十分かつ広い適用範囲をとらえることを意図してきたこともまた理解されるべきである。実体のない置き換えが行われる程度まで、出願人が実際に任意の特定の実施形態を文字通り包含するように任意の請求項を作成しなかった程度まで、およびさもなくば適用可能な程度まで、出願人は、このような網羅を断念することを意図するか、または実際に断念してきたことを理解するべきではない。なぜなら、出願人は、すべての事態を予期することは可能でないかもしれないからである。当業者は、このような代替の実施形態を文字通り包含した請求項を作成することを合理的に予測するはずがない。
【０２３０】
さらに、使用されるならば、または使用されるとき、移行句「含む」の使用は、従来的な請求項の解釈に従うと、本明細書で「オープンエンド」請求項を維持するために使用される。従って、文脈が逆のことを要求しない限り、「含む」という用語または「含み」または「含むこと」などのバリエーションは、１つの言及された要素もしくは工程、または要素もしくは工程の群を含めることを暗示することを意図しているが、任意の他の要素もしくは工程または要素もしくは工程の群の除外を意図しているわけではないことが理解されるべきである。このような用語は、それらの最も広い型で解釈されるべきであり、法的に許容可能な最も広い適用範囲を出願人に可能にする。各請求項は、「または任意の他の請求項」を含めるように補正されてもよく、このような補正は出願時の明細書によって完全にサポートされている。「または任意の他の請求項」という語句の使用は、任意の他の請求項、別の従属項など、別の独立項、以前に列挙された請求項、次に列挙される請求項などに依存している任意の請求項のためにサポートを提供するために使用されている。１つの明確な例として、請求項が「請求項２０または任意の他の請求項」などに依存する場合、これは、もしも所望されかつ本開示の範囲内になおあるならば、これは、請求項１、請求項１５、またはさらに請求項２５（もしもこのようなものが存在する場合）に従属するよう再作成できる。この語句はまた、請求項における要素の任意の組み合わせについてのサポートを提供し、さらに、例えば、方法、装置、プロセスなどの請求項の組み合わせを用いて、特定の請求項の組み合わせについて、任意の所望の適切な先行の基礎を組み込むことが理解されるべきである。
【０２３１】
最後に、任意の時点で示される任意の請求項は、本発明のこの記載の一部として参照により本明細書に組み込まれ、組み込まれた請求項は「任意の他の請求項に従属」でき、そして出願人は、このような請求項のこのような組み込まれた内容のすべてまたは一部を、請求項のいずれかもしくはすべてまたはその任意の要素もしくは成分をサポートするためのさらなる記載として使用する権利を留保し、そして出願人は、本出願によって、またはそのいずれかの引き続く継続出願、分割出願、または一部継続出願によって追求される保護の対象を規定するために、または準拠する料金の減少の何らかの利益を得るため、または任意の国の特許法、規則、もしくは規定、または条約に準拠させるために、このような請求項の組み込まれた内容のいずれかもしくはすべてまたはその任意の要素もしくは成分を、必要に応じて、明細書から請求項まで移動させ、または逆に移動させる権利をさらに明白に留保し、そして参照により組み込まれるこのような内容は、いずれかの引き続く継続出願、その分割出願、または一部継続出願、またはそれに対するあらゆる再発行または延長を含む本出願全体の係属の間において生き残るはずである。
【図１】
0006445467.tif 000012
【図２】
0006445467.tif 000013
【図３】
0006445467.tif 000014
【図４】
0006445467.tif 000015
【図５】
0006445467.tif 000016
【図６】
0006445467.tif 000017
【図７】
0006445467.tif 000018
【図８】
0006445467.tif 000019
【図９】
0006445467.tif 000020
【図１０】
0006445467.tif 000021
【図１１】
0006445467.tif 000022
【図１２】
0006445467.tif 000023
【図１３】
0006445467.tif 000024
【図１４】
0006445467.tif 000025
【図１５】
0006445467.tif 000026
【図１６】
0006445467.tif 000027
【図１７】
0006445467.tif 000028
【図１８】
0006445467.tif 000029
【図１９】
0006445467.tif 000030
【図２０】
0006445467.tif 000031
【図２１】
0006445467.tif 000032
【図２２】
0006445467.tif 000033
【図２３】
0006445467.tif 000034
【図２４】
0006445467.tif 000035
【図２５】
0006445467.tif 000036
【図２６】
0006445467.tif 000037
【図２７】
0006445467.tif 000038
【図２８】
0006445467.tif 000039
【図２９】
0006445467.tif 000040
【図３０】
0006445467.tif 000041
【図３１】
0006445467.tif 000042
【図３２】
0006445467.tif 000043
【図３３】
0006445467.tif 000044
【図３４】
0006445467.tif 000045
【図３５】
0006445467.tif 000046
【図３６】
0006445467.tif 000047
【図３７】
0006445467.tif 000048
【図３８】
0006445467.tif 000049
【図３９】
0006445467.tif 000050
【図４０】
0006445467.tif 000051
【図４１】
0006445467.tif 000052
【図４２】
0006445467.tif 000053
【図４３】
0006445467.tif 000054
【図４４】
0006445467.tif 000055
【図４５】
0006445467.tif 000056
【図４６】
0006445467.tif 000057
【図４７】
0006445467.tif 000058
【図４８】
0006445467.tif 000059
【図４９】
0006445467.tif 000060
【図５０】
0006445467.tif 000061
【図５１】
0006445467.tif 000062
【図５２】
0006445467.tif 000063
【図５３】
0006445467.tif 000064
【図５４】
0006445467.tif 000065
【図５５】
0006445467.tif 000066
【図５６】
0006445467.tif 000067
【図５７】
0006445467.tif 000068
【図５８】
0006445467.tif 000069
【図５９】
0006445467.tif 000070
【図６０】
0006445467.tif 000071
【図６１】
0006445467.tif 000072
【図６２】
0006445467.tif 000073
【図６３】
0006445467.tif 000074
【図６４】
0006445467.tif 000075
【図６５】
0006445467.tif 000076
【図６６】
0006445467.tif 000077
【図６７】
0006445467.tif 000078
【図６８】
0006445467.tif 000079
【図６９】
0006445467.tif 000080
【図７０】
0006445467.tif 000081
【図７１】
0006445467.tif 000082
【図７２】
0006445467.tif 000083
【図７３】
0006445467.tif 000084
【図７４】
0006445467.tif 000085
【図７５】
0006445467.tif 000086
【図７６】
0006445467.tif 000087
【図７７】
0006445467.tif 000088
【図７８】
0006445467.tif 000089
【図７９】
0006445467.tif 000090
【図８０】
0006445467.tif 000091
【図８１】
0006445467.tif 000092
【図８２】
0006445467.tif 000093
【図８３】
0006445467.tif 000094
【図８４】
0006445467.tif 000095
【図８５】
0006445467.tif 000096
【図８６】
0006445467.tif 000097
【図８７】
0006445467.tif 000098
【図８８】
0006445467.tif 000099
【図８９】
0006445467.tif 000100
【図９０】
0006445467.tif 000101
【図９１】
0006445467.tif 000102
【図９２】
0006445467.tif 000103
【図９３】
0006445467.tif 000104
【図９４】
0006445467.tif 000105
【図９５】
0006445467.tif 000106
【図９６】
0006445467.tif 000107
【図９７】
0006445467.tif 000108
【図９８】
0006445467.tif 000109
【配列表】
0006445467000001.app