(57)【要約】  本明細書で開示されるのは、それを必要とする対象においてとりわけ、急性又は慢性の炎症、神経障害性の疼痛、肺移植後の一次移植片機能不全（ＰＧＤ）の治療に有用な二本鎖核酸分子及びそれを含む医薬組成物である。化合物は好ましくは、Ｔｏｌｌ様受容体遺伝子の発現を下方調節する又は阻害する、化学的に合成され、且つ修飾されるｄｓＲＮＡ化合物である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖が、ＴＬＲ２＿２５（配列番号：２０６０７及び２０６１４）、ＴＬＲ２＿２８（配列番号：２０６０８及び２０６１５）、ＴＬＲ２＿４２（配列番号：２０６０９及び２０６１６）、ＴＬＲ２＿４３（配列番号：２０６１０及び２０６１７）、ＴＬＲ２＿４７（配列番号：２０６１１及び２０６１８）、ＴＬＲ２＿３１（配列番号：２０６１２及び２０６１９）、ＴＬＲ２＿３４（配列番号：２０６１３及び２０６２０）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。
【請求項２】
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖が、ＴＬＲ４＿０８（配列番号：２０６２１及び２０６３０）、ＴＬＲ４＿１０（配列番号：２０６２２及び２０６３１）、ＴＬＲ４＿１１（配列番号：２０６２３及び２０６３２）、ＴＬＲ４＿１４（配列番号：２０６２４及び２０６３３）、ＴＬＲ４＿１５（配列番号：２０６２５及び２０６３４）、ＴＬＲ４＿２８（配列番号：２０６２６及び２０６３５）、ＴＬＲ４＿２９（配列番号：２０６２７及び２０６３６）、ＴＬＲ４＿３１（配列番号：２０６２８及び２０６３７）、ＴＬＲ４＿３３（配列番号：２０６２９及び２０６３８）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。
【請求項３】
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖がＭＹＤ８８＿１１（配列番号：１２１７８及び１２６６０）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。
【請求項４】
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖がＴＩＣＡＭ１＿２０（配列番号：２０６４４及び２０６５５）、ＴＩＣＡＭ１＿１５（配列番号：２０６３９及び２０６５０）、ＴＩＣＡＭ１＿１６（配列番号：２０６４０及び２０６５１）、ＴＩＣＡＭ１＿１７（配列番号：２０６４１及び２０６５２）、ＴＩＣＡＭ１＿１８（配列番号：２０６４２及び２０６５３）；ＴＩＣＡＭ１＿１９（配列番号：２０６４３及び２０６５４）；ＴＩＣＡＭ１＿２１（配列番号：２０６４５及び２０６５６）、ＴＩＣＡＭ１＿２２（配列番号：２０６４６及び２０６５７）、ＴＩＣＡＭ１＿２３（配列番号：２０６４７及び２０６５８）、ＴＩＣＡＭ１＿２４（配列番号：２０４４８及び２０６５９）、ＴＩＣＡＭ１＿２５（配列番号：２０６４９及び２０６６０）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。
【請求項５】
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、センス鎖及びアンチセンス鎖が、ＴＩＲＡＰ＿１６（配列番号：２０６６１及び２０６７３）、ＴＩＲＡＰ＿１７（配列番号：２０６６２及び２０６７４）、ＴＩＲＡＰ＿１８（配列番号：２０６６３及び２０６７５）；ＴＩＲＡＰ＿１９（配列番号：２０６６４及び２０６７６）；ＴＩＲＡＰ＿２０（配列番号：２０６６５及び２０６７７）、ＴＩＲＡＰ＿２１（配列番号：２０６６６及び２０６７８）、ＴＩＲＡＰ＿２２（配列番号：２０６６７及び２０６７９）、ＴＩＲＡＰ＿２３（配列番号：２０６６８及び２０６８０）、ＴＩＲＡＰ＿２４（配列番号：２０６６９及び２０６８１）、ＴＩＲＡＰ＿２５（配列番号：２０６７０及び２０６８２）、ＴＩＲＡＰ＿２６（配列番号：２０６７１及び２０６８３）及びＴＩＲＡＰ＿２７（配列番号：２０６７２及び２０６８４）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。
【請求項６】
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖が配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）に示されるオリゴヌクレオチド対から選択される二本鎖核酸分子。
【請求項７】
以下の構造を有する二本鎖核酸分子であって、
（Ａ１）    ５’  （Ｎ）ｘ−Ｚ  ３’（アンチセンス鎖）
３’  Ｚ’−（Ｎ’）ｙ−ｚ’’  ５’（センス鎖）
式中、各Ｎ及びＮ’は未修飾であってもよく又は修飾されてもよいヌクレオチド、又は非定型の部分であり；
式中、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのそれぞれは各連続するＮ又はＮ’が共有結合によって次のＮ又はＮ’と連結されるオリゴヌクレオチドであり；
Ｚ及びＺ’のそれぞれが独立して存在し、又は非存在であるが、存在するならば、それが存在する鎖の３’末端にて共有結合する１〜５の連続するヌクレオチド又は非ヌクレオチド部分又はその組み合わせを独立して含み；
ｚ"は、存在してもよく又は非存在であってもよいが、存在するならば、（Ｎ’）ｙの５’末端で共有結合するキャッピング部分であり；
ｘ及びｙのそれぞれは独立して１８〜２５の間の整数であり；
（Ｎ’）ｙの配列が（Ｎ）ｘの配列に相補性であり、（Ｎ）ｘが配列番号：１（ＴＬＲ２のｍＲＮＡ）；配列番号：２〜４（ＴＬＲ４のｍＲＮＡ）、配列番号：５〜９（ＭＹＤ８８のｍＲＮＡ）、配列番号：１０（ＴＩＣＡＭ１のｍＲＮＡ）又は配列番号：１１〜１２（ＴＩＲＡＰのｍＲＮＡ）のいずれか１つで示される標的ＲＮＡに対するアンチセンス配列を含む、二本鎖核酸分子。
【請求項８】
（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙが、配列番号：１３〜１４４８又は１４４９〜３０６０（ＴＬＲ２を標的とする）；又は配列番号：５８４７〜８３２０又は８３２１〜８６１２（ＴＬＲ４を標的とする）；又は配列番号：１２１４５〜１３１０８又は１３１０９〜１３９２４（ＭＹＤ８８を標的とする）；又は配列番号：１６３３３〜１６８６６又は１６８６７〜１６８８２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）；又は配列番号：１８２４３〜１９０１０又は１９０１１〜１９０４６（ＴＩＲＡＰをを標的とする）で示されるセンス配列及び相補性のアンチセンス配列を含む請求項７に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項９】
（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙが、ＴＬＲ２＿２５（配列番号：２０６０７及び２０６１４）、ＴＬＲ２＿２８（配列番号：２０６０８及び２０６１５）、ＴＬＲ２＿４２（配列番号：２０６０９及び２０６１６）、ＴＬＲ２＿４３（配列番号：２０６１０及び２０６１７）、ＴＬＲ２＿４７（配列番号：２０６１１及び２０６１８）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１０】
（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙが、ＴＬＲ４＿０８（配列番号：２０６２１及び２０６３０）、ＴＬＲ４＿１０（配列番号：２０６２２及び２０６３１）、ＴＬＲ４＿１１（配列番号：２０６２３及び２０６３２）、ＴＬＲ４＿１４（配列番号：２０６２４及び２０６３３）、ＴＬＲ４＿１５（配列番号：２０６２５及び２０６３４）、ＴＬＲ４＿２８（配列番号：２０６２６及び２０６３５）、ＴＬＲ４＿２９（配列番号：２０６２７及び２０６３６）、ＴＬＲ４＿３１（配列番号：２０６２８及び２０６３７）、ＴＬＲ４＿３３（配列番号：２０６２９及び２０６３８）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１１】
（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙが、ＭＹＤ８８＿１１（配列番号：１２１７８及び１２６６０）；ＴＩＣＡＭ１＿２０（配列番号：２０６４４及び２０６５５）；又はＴＩＲＡＰ＿１６（配列番号：２０６６１及び２０６７３）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１２】
分子が、（Ｎ）ｘ（アンチセンス鎖）の５’末端ヌクレオチドで標的mＲＮＡに対してミスマッチを１つ含む請求項７に記載の二本鎖分子。
【請求項１３】
以下の構造：
（Ａ２）
５’    Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ    ３’（アンチセンス鎖）
３’    Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ"    ５’（センス鎖）を有し、
式中、各Ｎ２、Ｎ及びＮ’は未修飾又は修飾されたリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり；
式中、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのそれぞれは各連続するＮ又はＮ’が共有結合によって隣接するＮ又はＮ’と連結されるオリゴヌクレオチドであり；
式中、ｘ及びｙのそれぞれは独立して１７〜２４の間の整数であり；
式中、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して相補性であり、（Ｎ）ｘは、配列番号：１（ＴＬＲ２のｍＲＮＡ）；配列番号：２〜４（ＴＬＲ４のｍＲＮＡ）、配列番号：５〜９（ＭＹＤ８８のｍＲＮＡ）、配列番号：１０（ＴＩＣＡＭ１のｍＲＮＡ）又は配列番号：１１〜１２（ＴＩＲＡＰのｍＲＮＡ）のいずれか１つに示される標的ＲＮＡにおける連続する配列に対して相補性であり；
式中、Ｎ１は、（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対してミスマッチがあり、又は標的ＲＮＡに対して相補性のＤＮＡ部分であり；
式中、Ｎ１は、ウリジン（ｒＵ）、デオキシリボウリジン（ｄＵ）、リボチミジン（ｒＴ）、デオキシリボチミジン（ｄＴ）、アデノシン（ｒＡ）及びデオキシアデノシン（ｄＡ）から選択される未修飾又は修飾されたヌクレオチドから成る群から選択される部分であり；
式中、ｚ"は存在してもしなくてもよいが、存在する場合、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの５’末端にて共有結合されるキャッピング部分であり；
式中、Ｚ及びＺ’のそれぞれは独立して存在するか又は非存在であるが、存在するならば独立して、それが存在する鎖の３’末端で共有結合する１〜５の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド部分又はそれらの組み合わせである、請求項１２に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１４】
（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙが、配列番号：３０６１〜５２６０又は５２６１〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）；配列番号：８６１３〜１２０４０又は１２０４１〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）；配列番号：１３９２５〜１５９１０又は１５９１１〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）；配列番号：１６８８３〜１８２３６又は１８２３７〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）又は配列番号：１９０４７〜２０５９０又は２０５９１〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるセンス配列及び相補性のアンチセンス配列を含む請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１５】
Ｎ１−（Ｎ）ｘ及びＮ２−（Ｎ’）ｙが、ＴＬＲ２＿３１（配列番号：２０６１２及び２０６１９）、ＴＬＲ２＿３４（配列番号：２０６１３及び２０６２０）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１６】
Ｎ１−（Ｎ）ｘ及びＮ２−（Ｎ’）ｙが、ＴＩＣＡＭ１＿１５（配列番号：２０６３９及び２０６５０）、ＴＩＣＡＭ１＿１６（配列番号：２０６４０及び２０６５１）、ＴＩＣＡＭ１＿１７（配列番号：２０６４１及び２０６５２）、ＴＩＣＡＭ１＿１８（配列番号：２０６４２及び２０６５３）；ＴＩＣＡＭ１＿１９（配列番号：２０６４３及び２０６５４）；ＴＩＣＡＭ１＿２１（配列番号：２０６４５及び２０６５６）、ＴＩＣＡＭ１＿２２（配列番号：２０６４６及び２０６５７）、ＴＩＣＡＭ１＿２３（配列番号：２０６４７及び２０６５８）、ＴＩＣＡＭ１＿２４（配列番号：２０４４８及び２０６５９）、ＴＩＣＡＭ１＿２５（配列番号：２０６４９及び２０６６０）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１７】
Ｎ１−（Ｎ）ｘ及びＮ２−（Ｎ’）ｙが、ＴＩＲＡＰ＿１７（配列番号：２０６６２及び２０６７４）、ＴＩＲＡＰ＿１８（配列番号：２０６６３及び２０６７５）；ＴＩＲＡＰ＿１９（配列番号：２０６６４及び２０６７６）；ＴＩＲＡＰ＿２０（配列番号：２０６６５及び２０６７７）、ＴＩＲＡＰ＿２１（配列番号：２０６６６及び２０６７８）、ＴＩＲＡＰ＿２２（配列番号：２０６６７及び２０６７９）、ＴＩＲＡＰ＿２３（配列番号：２０６６８及び２０６８０）、ＴＩＲＡＰ＿２４（配列番号：２０６６９及び２０６８１）、ＴＩＲＡＰ＿２５（配列番号：２０６７０及び２０６８２）、ＴＩＲＡＰ＿２６（配列番号：２０６７１及び２０６８３）及びＴＩＲＡＰ＿２７（配列番号：２０６７２及び２０６８４）として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１８】
各連続するＮ又はＮ’を連結する共有結合がホスホジエステル結合である請求項７〜１７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項１９】
ｘ＝ｙであり、ｘ及びｙのそれぞれが、１９、２０、２１、２２又は２３である請求項７に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２０】
ｘ＝ｙ＝１９である請求項１９に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２１】
ｘ＝ｙであり、ｘ及びｙのそれぞれが、１８、１９、２０、２１、又は２２である請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２２】
ｘ＝ｙ＝１８である請求項２１に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２３】
（Ｎ’）ｙの配列が（Ｎ）ｘの配列に対して完全に相補性である請求項７〜１２に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２４】
Ｎ２−（Ｎ’）ｙの配列がＮ１−（Ｎ）ｘの配列に対して完全に相補性である請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２５】
Ｎ１及びＮ２が少なくとも１つの水素結合を形成する請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２６】
Ｎ１及びＮ２がワトソン／クリックの塩基対を形成する請求項２５に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２７】
Ｎ１及びＮ２が非ワトソン／クリックの塩基対を形成する請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２８】
Ｎ１及びＮ２がリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの間で塩基対を形成する請求項２６又は２７に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項２９】
Ｎ１が、（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対して相補性であるＤＮＡ部分を含む請求項２８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３０】
Ｎ１が、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにおける対合ヌクレオチドがアデノシンである請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３１】
Ｎ１が、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにおける対合ヌクレオチドがシチジンである請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３２】
Ｎ１が、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにおける対合ヌクレオチドがグアノシンである請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３３】
Ｎ１が、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにおける対合ヌクレオチドがウリジンである請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３４】
Ｎ１が、アデノシン及びデオキシアデノシンから選択され、Ｎ２がウリジンであり、Ｎ１及びＮ２が塩基対を形成する請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３５】
Ｎ１が、ウリジン又はデオキシウリジンから選択され、Ｎ２がデオキシアデノシン又はアデノシンから選択され、Ｎ１及びＮ２が塩基対を形成する請求項１３に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３６】
Ｎ１が、アデノシンを含み、Ｎ２がウリジンを含み、Ｎ１及びＮ２が塩基対を形成する請求項２８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３７】
Ｎ又はＮ’の少なくとも一方が、修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分を含む請求項７〜３６のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３８】
（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにおけるピリミジンリボヌクレオチドの少なくとも１つが２’糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む請求項３７に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項３９】
２’糖修飾されたリボヌクレオチドが２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む請求項３８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４０】
（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにおいて１、３、５、９、１１、１３、１５、１７及び１９（５’>３’）位におけるＮが２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含み、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６及び１８（５’>３’）位におけるＮが未修飾のリボヌクレオチドを含む請求項７〜３９のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４１】
（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにおいて２、４、６、８、１１、１３、１５、１７及び１９（５’>３’）位におけるＮが２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む請求項７〜３９のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４２】
Ｚが、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの３’末端に共有結合し、Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ及びＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉから成る群から選択される非ヌクレオチド部分を含む請求項７〜４１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４３】
Ｚが、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの３’末端に共有結合し、ジヌクレオチドｄＴｄＴを含む請求項７〜４１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４４】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端から７、８、９又は１０位の少なくとも１つにおけるＮ’がトレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド及びシュードウリジンから選択される請求項７〜４３のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４５】
Ｎ’が、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙにおける３’末端又は３’末端から２番目で開始する４、５又は６の連続する位置にてトレオース核酸（ＴＮＡ）部分又は２’，５’ヌクレオチドを含む請求項７〜４４のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４６】
ｚ"が、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合し、逆位脱塩基デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、脱塩基リボース部分、Ｃ３部分、Ｌ−ＤＮＡ又はＬ−ＲＮＡから成る群から選択される請求項７〜４５のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４７】
Ｚ’が、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの３’末端に共有結合し、Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ及びＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉから成る群から選択される請求項７〜４６のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４８】
５位におけるＴＮＡ部分、６位におけるＴＮＡ部分、７位におけるＴＮＡ部分、８位におけるＴＮＡ部分、９位におけるＴＮＡ部分、５〜６位におけるＴＮＡ部分、６〜７位におけるＴＮＡ部分、７〜８位におけるＴＮＡ部分、８〜９位におけるＴＮＡ部分、５〜７位におけるＴＮＡ部分、６〜８位におけるＴＮＡ部分、７〜９位におけるＴＮＡ部分、５〜８位におけるＴＮＡ部分、６〜９位におけるＴＮＡ部分又は５〜９位におけるＴＮＡを含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項４９】
（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘが、５位における２’，５’ヌクレオチド、６位における２’，５’ヌクレオチド、７位における２’，５’ヌクレオチド、８位における２’，５’ヌクレオチド、９位における２’，５’ヌクレオチド、５〜６位における２’，５’ヌクレオチド、６〜７位における２’，５’ヌクレオチド、７〜８位における２’，５’ヌクレオチド、８〜９位における２’，５’ヌクレオチド、５〜７位における２’，５’ヌクレオチド、６〜８位における２’，５’ヌクレオチド、７〜９位における２’，５’ヌクレオチド、５〜８位における２’，５’ヌクレオチド、６〜９位における２’，５’ヌクレオチド又は５〜９位における２’，５’ヌクレオチドを含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５０】
（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘが、５位におけるミラーヌクレオチド、６位におけるミラーヌクレオチド、７位におけるミラーヌクレオチド、８位におけるミラーヌクレオチド、９位におけるミラーヌクレオチド、５〜６位におけるミラーヌクレオチド、６〜７位におけるミラーヌクレオチド、７〜８位におけるミラーヌクレオチド、８〜９位におけるミラーヌクレオチド、５〜７位におけるミラーヌクレオチド、６〜８位におけるミラーヌクレオチド、７〜９位におけるミラーヌクレオチド、５〜８位におけるミラーヌクレオチド、６〜９位におけるミラーヌクレオチド又は５〜９位におけるミラーヌクレオチドを含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５１】
センス鎖の５’末端から９又は１０位の少なくとも一方におけるＮ’が、トレオース核酸（ＴＮＡ）部分、２’，５’ヌクレオチド、シュードウリジン又はそれらの組み合わせから選択される請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５２】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙが、９位及び／又は１０位にてトレオース核酸（ＴＮＡ）部分を含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５３】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙが、９位及び／又は１０位にて２’，５’ヌクレオチドを含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５４】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙが、９位及び／又は１０位にてシュードウリジンを含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５５】
Ｎ’が、センス鎖の３’末端又は３’末端から２番目で開始する４、５又は６の連続する２’，５’ヌクレオチドを含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５６】
センス鎖がさらにＺ’を含む請求項７〜４７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５７】
Ｚ’が、Ｃ３部分又は３’末端のリン酸（Ｐｉ）を含む請求項５６に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５８】
センス鎖が、３’末端又は３’末端から２番目で開始する４又は５の連続する２’，５’ヌクレオチドを含む請求項７〜５７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項５９】
各鎖が長さ１９のヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙが１５、１６、１７及び１８位又は１６、１７、１８及び１９位又は１５、１６、１７、１８及び１９位で２’，５’ヌクレオチドを含む請求項５８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６０】
ｘ＝ｙ＝１９であり、
アンチセンス鎖の５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも1つにおけるＮが、トレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドから選択され；
センス鎖の５’末端から９又は１０位の少なくとも1つにおけるＮ’が、トレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド及びシュードウリジンから選択され；
アンチセンス鎖における少なくとも１つのピリミジンリボヌクレオチドが置換される請求項５８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６１】
ｘ＝ｙ＝１９であり、アンチセンス鎖の９位にて２’，５’ヌクレオチド及びセンス鎖の５又は６位にて２’，５’ヌクレオチドを含む請求項５８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６２】
さらに、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む請求項６１に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６３】
ｘ＝ｙ＝１９であり；
アンチセンス鎖の５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにおけるＮが、トレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドから選択され；
センス鎖の３’末端又は３’末端から２番目で開始する４、５又は６の連続する位置におけるＮ’が２’，５’ヌクレオチドを含む請求項５８に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６４】
Ｎ’の少なくとも１つがミラーヌクレオチドを含む請求項３７に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６５】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙが、一方の又は双方の末端にて少なくとも１つのミラーヌクレオチドを含む請求項６４に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６６】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙが、２つの連続するミラーヌクレオチドを含み、１つは３’末端から２番目の位置に、１つは３’末端にある請求項６５に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６７】
少なくとも１つのミラーヌクレオチドがＬ−リボヌクレオチド及びＬ−デオキシリボヌクレオチドから選択される請求項６４に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６８】
ミラーヌクレオチドがＬ−デオキシリボヌクレオチドである請求項６７に記載の二本鎖核酸分子。
【請求項６９】
（Ｎ）ｘ又は（Ｎ’）ｙが、３’末端及び５’末端でリン酸化されない、又は３’末端若しくは３’末端及び５’末端の双方でリン酸化される請求項７〜１２のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項７０】
Ｎ１−（Ｎ）ｘ又はＮ２−（Ｎ’）ｙが３’末端及び５’末端でリン酸化されない、又は３’末端若しくは３’末端及び５’末端の双方でリン酸化される請求項１３〜１７のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項７１】
各Ｎ及び各Ｎ’が未修飾のリボヌクレオチドを含む請求項７〜３６のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。
【請求項７２】
遺伝子の発現を阻害するのに有効な量での請求項１〜７１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子と薬学上許容可能なキャリアを含む医薬組成物であって、遺伝子が配列番号１〜１２のいずれか１つで示されるポリヌクレオチド配列を有するＲＮＡをコードする医薬組成物。
【請求項７３】
遺伝子の発現を阻害するのに有効な量で請求項１〜７１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子を含む細胞であって、遺伝子が配列番号１〜１２のいずれか１つで示されるポリヌクレオチド配列を有するＲＮＡをコードする細胞。
【請求項７４】
治療における使用のための請求項１〜７１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子及び請求項７２に記載の組成物。
【請求項７５】
前記治療が、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は臓器移植における一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から成る群から選択される疾患又は傷害の治療である請求項７４の使用。
【請求項７６】
標的遺伝子の発現に関連する疾患又は障害又は症状又は状態を治療することが必要な対象を治療する方法であって、ある量の請求項１〜７１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子、又は遺伝子発現を下方調節するのに有効な量での請求項７２に記載の組成物を前記対象に投与することを含み、前記遺伝子が配列番号１〜１２のいずれか１つで示されるポリヌクレオチド配列を有するＲＮＡをコードする、方法。
【請求項７７】
前記疾患又は傷害が、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は臓器移植における一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から成る群から選択される請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記疾患又は傷害が、臓器移植における一次移植片機能不全（ＰＧＤ）を含む請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記臓器移植が肺移植を含む請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
それを必要とする対象にて一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から成る群から選択される移植後合併症の発生及び重症度を治療する又は予防する方法であって、前記合併症が、配列番号１〜１２のいずれか１つで示されるポリヌクレオチド配列を有するＲＮＡをコードする遺伝子の発現に関連し、前記方法が、予防上又は治療上有効な量の請求項１〜７１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子、又は遺伝子発現を下方調節するのに有効な量での請求項７２に記載の組成物を対象に投与することを含む、方法。
【請求項８１】
それを必要とする対象にて急性又は慢性の炎症を軽減する方法であって、前記炎症が、配列番号１〜１２のいずれか１つで示されるポリヌクレオチド配列を有するＲＮＡをコードする遺伝子の発現に関連し、前記方法が、治療上有効な量の請求項１〜７１のいずれかに記載の二本鎖核酸分子、又は遺伝子発現を下方調節するのに有効な量での請求項７２に記載の組成物を対象に投与することを含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、あらゆる目的でその全体が参照によって本明細書に組み入れられる「ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰのヌクレオチド阻害剤及びその使用方法」と題する２０１１年３月３日に出願された米国仮特許出願、出願番号６１／４４８，７０７の利益を主張する。
【０００２】
配列表
本出願は、２３３〜ＰＣＴ１＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題され、２０１２年２月２８日に３，９０８ｋｂの大きさで創製され、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる配列表を含有する。
【０００３】
本明細書で提供されるのは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）経路における哺乳類の標的遺伝子ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰを阻害するための核酸分子、それを含む医薬組成物及びその使用方法である。具体的な化合物には、未修飾の及び化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ及びｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド及びそれを含む組成物が含まれる。
【背景技術】
【０００４】
ｄｓＲＮＡを生成するのに有用なオリゴヌクレオチド配列及びヌクレオチドの修飾は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる、とりわけ、米国特許公開番号、ＵＳ２００８０２９３６５５、ＵＳ２００９０１６２３６５、ＵＳ２０１００２９２３０１及びＵＳ２０１１０１１２１６８並びにＰＣＴ特許公開番号、ＷＯ２０１１／０６６４７５、ＷＯ２０１１／０８４１９３及びＷＯ２０１１／０８５０５６にて本開示の出願者によって記載されている。
【０００５】
Ｔｏｌｌ様受容体経路を調節することにて有用な高いノックダウン活性、高い安定性及び／又は低下したオフターゲット効果を示す活性のある且つ効果的なｄｓＲＮＡ治療剤に対するニーズが存在したままである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本明細書で提供されるのは、Ｔｏｌｌ様受容体経路における標的遺伝子の発現を調節するのに有用な組成物、方法及びキットである。種々の態様では、提供されるのは、配列番号：１（ＴＬＲ２のｍＲＮＡ）；配列番号：２〜４（ＴＬＲ４のｍＲＮＡ）、配列番号：５〜９（ＭＹＤ８８のｍＲＮＡ）、配列番号：１０（ＴＩＣＡＭ１のｍＲＮＡ）又は配列番号：１１〜１２（ＴＩＲＡＰのｍＲＮＡ）を含む配列番号１〜１２で示されるｍＲＮＡポリヌクレオチド配列を有するＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから成る群から選択される哺乳類遺伝子の核酸分子阻害剤である。
【０００７】
特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから成る群から選択される遺伝子の発現を阻害する、下方調節する又は低下させる新規の二本鎖核酸分子、特に二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、及び１以上のそのようなオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを発現することが可能であるベクターを含む医薬組成物である。さらに本明細書で提供されるのは、炎症及び炎症性疾患、及び肺移植のような臓器移植に関連する移植片拒絶を治療する方法であり、その際、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ遺伝子の１以上の発現が炎症及び臓器移植に関連する移植片拒絶の病因又は進行に関連する。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
一部の態様及び実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチドは化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物である。一部の実施形態では、ｄｓＲＮＡのセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドは、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるセンスオリゴヌクレオチド及び対応するアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択される。
【０００９】
従って、態様の１つでは、提供されるのは、以下の二本鎖構造を有する核酸分子であり、
（Ａ１）  ５’    （Ｎ）ｘ−Ｚ    ３’（アンチセンス鎖）
３’    Ｚ’−（Ｎ’）ｙ〜ｚ"    ５’（センス鎖）
式中、各Ｎ及びＮ’は、未修飾であってもよく又は修飾されてもよいヌクレオチド、又は非定型の部分であり；
式中、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのそれぞれは、各連続するＮ又はＮ’が共有結合によって次のＮ又はＮ’に連結されるオリゴヌクレオチドであり；
式中、Ｚ及びＺ’のそれぞれは、独立して存在し又は非存在であるが、存在するならば、独立してそれが存在する鎖の3’末端にて共有結合する１〜５の連続するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分又はその組み合わせを含み；
式中、ｚ"は、存在しても非存在であってもよいが、存在するならば、（Ｎ’）ｙの５’末端にて共有結合するキャッピング部分であり；
式中、ｘ及びｙのそれぞれは独立して１８〜２５の間の整数である。
【００１０】
式中、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して相補性であり、（Ｎ）ｘは配列番号１〜１２のいずれか１つで示される標的ＲＮＡのアンチセンス配列を含む。
【００１１】
一部の実施形態では、各連続したＮ又はＮ’を連結する共有結合はホスホジエステル結合である。
【００１２】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙであり、ｘ及びｙのそれぞれが独立して１９、２０、２１、２２又は２３である。種々の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９である。
【００１３】
一部の実施形態では、センス鎖オリゴヌクレオチド及びアンチセンス鎖オリゴヌクレオチドは、ＴＬＲ２を標的とするための配列番号：１３〜３０６０；ＴＬＲ４を標的とするための配列番号：５８４７〜８６１２；ＭＹＤ８８を標的とするための配列番号：１２１４５〜１３９２４；ＴＩＣＡＭ１を標的とするための配列番号：１６３３３〜１６８８２；又はＴＩＲＡＰを標的とするための配列番号：１８２４３〜１９０４６で示されるオリゴヌクレオチド対から選択される。
【００１４】
特定の好まれる実施形態では、本明細書で開示されるような二本鎖核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、配列番号：１３〜１４４８若しくは１４４９〜３０６０（ＴＬＲ２を標的とする）；又は配列番号：５８４７〜８３２０若しくは８３２１〜８６１２（ＴＬＲ４を標的とする）；又は配列番号：１２１４５〜１３１０８若しくは１３１０９〜１３９２４（ＭＹＤ８８を標的とする）；又は配列番号：１６３３３〜１６８６６若しくは１６８６７〜１６８８２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）；又は配列番号：１８２４３〜１９０１０若しくは１９０１１〜１９０４６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるセンス配列及びアンチセンス配列のいずれか１つに相当する配列を含む。
【００１５】
一部の実施形態では、二本鎖核酸分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＬＲ２＿２５、ＴＬＲ２＿２８、ＴＬＲ２＿４２、ＴＬＲ２＿４３及びＴＬＲ２＿４７で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＬＲ２＿２５（配列番号：２０６０７及び２０６１４）、ＴＬＲ２＿２８（配列番号：２０６０８及び２０６１５）、ＴＬＲ２＿４２（配列番号：２０６０９及び２０６１６）、ＴＬＲ２＿４３（配列番号：２０６１０及び２０６１７）並びにＴＬＲ２＿４７（配列番号：２０６１１及び２０６１８）で示される配列の対から選択される。
【００１６】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿２５（配列番号：２０６０７及び２０６１４）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿２８（配列番号：２０６０８及び２０６１５）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿４２（配列番号：２０６０９及び２０６１６）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿４３（配列番号：２０６１０及び２０６１７）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿４７（配列番号：２０６１１及び２０６１８）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。
【００１７】
一部の実施形態では、二本鎖核酸分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＬＲ４＿０８、ＴＬＲ４＿１０、ＴＬＲ４＿１１、ＴＬＲ４＿１４、ＴＬＲ４＿１５、ＴＬＲ４＿２８、ＴＬＲ４＿２９、ＴＬＲ４＿３１及びＴＬＲ４＿３３で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＬＲ４＿０８（配列番号：２０６２１及び２０６３０）、ＴＬＲ４＿１０  （配列番号：２０６２２及び２０６３１）、ＴＬＲ４＿１１（配列番号：２０６２３及び２０６３２）、ＴＬＲ４＿１４（配列番号：２０６２４及び２０６３３）、ＴＬＲ４＿１５（配列番号：２０６２５及び２０６３４）、ＴＬＲ４＿２８（配列番号：２０６２６及び２０６３５）、ＴＬＲ４＿２９（配列番号：２０６２７及び２０６３６）、ＴＬＲ４＿３１（配列番号：２０６２８及び２０６３７）並びにＴＬＲ４＿３３（配列番号：２０６２９及び２０６３８）で示される配列の対から選択される。
【００１８】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿０８（配列番号：２０６２１及び２０６３０）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿１０（配列番号：２０６２２及び２０６３１）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿１１（配列番号：２０６２３及び２０６３２）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿１４（配列番号：２０６２４及び２０６３３）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿１５（配列番号：２０６２５及び２０６３４）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿２８（配列番号：２０６２６及び２０６３５）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿２９（配列番号：２０６２７及び２０６３６）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿３１（配列番号：２０６２８及び２０６３７）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ４＿３３（配列番号：２０６２９及び２０６３８）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。
【００１９】
一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はＭＹＤ８８＿１１で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、アンチセンス鎖及びセンス鎖はＭＹＤ８８＿１１（配列番号：１２１７８及び１２６６０）で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＭＹＤ８８＿１１（配列番号：１２１７８及び１２６６０）で示される配列の対が含まれる。
【００２０】
一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はＴＩＣＡＭ１＿２０で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はＴＩＣＡＭ１＿２０（配列番号：２０６４４及び２０６５５）で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿２０（配列番号：２０６４４及び２０６５５）で示される配列の対が含まれる。
【００２１】
一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はＴＩＲＡＰ＿１６で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、アンチセンス鎖及びセンス鎖はＴＩＲＡＰ＿１６（配列番号：２０６６１及び２０６７３）で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿１６（配列番号：２０６６１及び２０６７３）で示される配列の対が含まれる。
【００２２】
種々の実施形態では、二本鎖分子はガイド鎖（アンチセンス鎖）の５’末端ヌクレオチドにて標的ｍＲＮＡに対するミスマッチを含む。
【００２３】
従って、提供されるのは、以下の構造を有する二本鎖核酸分子である。
【００２４】
（Ａ２）５’    Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ    ３’（アンチセンス鎖）
３’    Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ"    ５’（センス鎖）
式中、各Ｎ２、Ｎ及びＮ’は未修飾の又は修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分であり；
式中、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのそれぞれは、各連続するＮ又はＮ’が共有結合によって隣接するＮ又はＮ’に連結するオリゴヌクレオチドであり；
式中、ｘ及びｙのそれぞれは１７〜２４の間の整数であり；
式中、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して相補性であり、（Ｎ）ｘはＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ及びＴＩＲＡＰから選択される標的ＲＮＡにおける連続配列に対して相補性であり；
式中、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対してミスマッチがあり、又は標的ＲＮＡに対して相補性のＤＮＡ部分であり；
式中、Ｎ１は、ウリジン（ｒＵ）、デオキシリボウリジン（ｄＵ）、リボチミジン（ｒＴ）、デオキシリボチミジン（ｄＴ）、アデノシン（ｒＡ）及びデオキシアデノシン（ｄＡ）から選択される未修飾又は修飾されたヌクレオチドから成る群から選択される部分であり；
式中、ｚ"は存在してもしなくてもよいが、存在する場合、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの５’末端にて共有結合されるキャッピング部分である。
【００２５】
式中、Ｚ及びＺ’のそれぞれは独立して存在するか又は非存在であるが、存在するならば独立して、それが存在する鎖の３’末端で共有結合する１〜５の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド又はそれらの組み合わせである。
【００２６】
一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して完全に相補性である。種々の実施形態では、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの配列はＮ１−（Ｎ）ｘの配列に対して相補性である。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ＲＮＡの約１７〜約２４の連続するヌクレオチドに対して完全に相補性であるアンチセンスを含む。他の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ＲＮＡの約１７〜約３９の連続するヌクレオチドに対して実質的に相補性であるアンチセンスを含む。
【００２７】
一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２は少なくとも１つの水素結合を形成する。一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２はワトソン／クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２は非ワトソン／クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、塩基対はリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの間で形成される。
【００２８】
構造Ａ２の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８、ｘ＝ｙ＝１９又はｘ＝ｙ＝２０である。好まれる実施形態ではｘ＝ｙ＝１８である。
【００２９】
一部の実施形態では、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対してミスマッチがある。種々の実施形態では、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対して相補性のＤＮＡ部分である。
【００３０】
一部の実施形態では、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対して相補性のＤＮＡ部分である。
【００３１】
一部の実施形態では、Ｎ１は、アデノシン、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにて対合するヌクレオチドはアデノシンである。好まれる実施形態では、Ｎ１はアデノシン、デオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。
【００３２】
一部の実施形態では、Ｎ１は、アデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにて対合するヌクレオチドはシチジンである。好まれる実施形態では、Ｎ１はアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。
【００３３】
一部の実施形態では、Ｎ１は、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにて対合するヌクレオチドはグアノシンである。一部の実施形態では、Ｎ１は、２’−ＯＭｅ糖修飾されたアデノシン、ウリジン又はリボチミジンを含む。一部の実施形態では、Ｎ１は、２’フルオロ又は２’アミノ糖修飾されたアデノシン、ウリジン又はリボチミジンを含む。
【００３４】
好まれる実施形態では、Ｎ１は、アデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。一部の実施形態では、Ｎ１はアデノシン及びデオキシアデノシンから選択され、Ｎ２はウリジンであり、Ｎ１とＮ２は塩基対を形成する。一部の実施形態では、Ｎ１はウリジン及びデオキシウリジンから選択され、Ｎ２はアデノシンであり、Ｎ１とＮ２は塩基対を形成する。
【００３５】
一部の実施形態では、Ｎ１はデオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的ＲＮＡにて対合するヌクレオチドにおけるヌクレオチドはウリジンである。好まれる実施形態では、Ｎ１はデオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。
【００３６】
一部の実施形態では、Ｎ１はウリジン又はデオキシウリジンから選択され、Ｎ２はアデノシン又はデオキシアデノシンから選択され、Ｎ１とＮ２は塩基対を形成する。
【００３７】
一部の実施形態では、Ｎ１はアデノシン又はデオキシアデノシンから選択され、Ｎ２はウリジン又はデオキシウリジンから選択され、Ｎ１とＮ２は塩基対を形成する。他の実施形態では、Ｎ１はデオキシウリジンであり、Ｎ２はアデノシンであり、Ｎ１とＮ２は塩基対を形成する。一部の実施形態では、Ｎ１はアデノシンであり、Ｎ２はウリジンであり、Ｎ１とＮ２は塩基対を形成する。
【００３８】
一部の実施形態では、センス鎖オリゴヌクレオチド及びアンチセンス鎖オリゴヌクレオチドは、ＴＬＲ２を標的とするための配列番号：３０６１〜５２６０若しくは５２６１〜５８４６；ＴＬＲ４を標的とするための配列番号：８６１３〜１２０４０若しくは１２０４１〜１２１４４；ＭＹＤ８８を標的とするための配列番号：１３９２５〜１５９１０若しくは１５９１１〜１６３３２；ＴＩＣＡＭ１を標的とするための配列番号：１６８８３〜１８２３６若しくは１８２３７〜１８２４２又はＴＩＲＡＰを標的とするための配列番号：１９０４７〜２０５９０若しくは２０５９１〜２０６０６で示されるオリゴヌクレオチド対から選択される。
【００３９】
一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はＴＬＲ２＿３１及びＴＬＲ２＿３４で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＬＲ２＿３１（配列番号：２０６１２及び２０６１９）並びにＴＬＲ２＿３４（配列番号：２０６１３及び２０６２０）で示される配列の対から選択される。種々の実施形態では、アンチセンス鎖におけるＮ１はウリジン又は化学的に修飾されたウリジンを含み、センス鎖におけるＮ２はリボアデノシン又は化学的に修飾されたリボアデノシンを含む。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿３１（配列番号：２０６１２及び２０６１９）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＬＲ２＿３４（配列番号：２０６１３及び２０６２０）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。
【００４０】
一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＩＣＡＭ１＿１５、ＴＩＣＡＭ１＿１６、ＴＩＣＡＭ１＿１７、ＴＩＣＡＭ１＿１８、ＴＩＣＡＭ１＿１９、ＴＩＣＡＭ１＿２１、ＴＩＣＡＭ１＿２２、ＴＩＣＡＭ１＿２３、ＴＩＣＡＭ１＿２４、及びＴＩＣＡＭ１＿２５で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＩＣＡＭ１＿１５（配列番号：２０６３９及び２０６５０）、ＴＩＣＡＭ１＿１６（配列番号：２０６４０及び２０６５１）、ＴＩＣＡＭ１＿１７（配列番号：２０６４１及び２０６５２）、ＴＩＣＡＭ１＿１８（配列番号：２０６４２及び２０６５３）；ＴＩＣＡＭ１＿１９（配列番号：２０６４３及び２０６５４）；ＴＩＣＡＭ１＿２１（配列番号：２０６４５及び２０６５６）、ＴＩＣＡＭ１＿２２（配列番号：２０６４６及び２０６５７）、ＴＩＣＡＭ１＿２３（配列番号：２０６４７及び２０６５８）、ＴＩＣＡＭ１＿２４（配列番号：２０４４８及び２０６５９）並びにＴＩＣＡＭ１＿２５（配列番号：２０６４９及び２０６６０）で示される配列の対から選択される。
【００４１】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿１５（配列番号：２０６３９及び２０６５０）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿１６（配列番号：２０６４０及び２０６５１）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＲＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿１７（配列番号：２０６４１及び２０６５２）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿１８（配列番号：２０６４２及び２０６５３）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿１９（配列番号：２０６４３及び２０６５４）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿２１（配列番号：２０６４５及び２０６５６）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿２２（配列番号：２０６４６及び２０６５７）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿２３（配列番号：２０６４７及び２０６５８）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿２４（配列番号：２０４４８及び２０６５９）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＣＡＭ１＿２５（配列番号：２０６４９及び２０６６０）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。
【００４２】
一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＩＲＡＰ＿１７、ＴＩＲＡＰ＿１８、ＴＩＲＡＰ＿１９、ＴＩＲＡＰ＿２０、ＴＩＲＡＰ＿２１、ＴＩＲＡＰ＿２２、ＴＩＲＡＰ＿２３、ＴＩＲＡＰ＿２４、ＴＩＲＡＰ＿２５、ＴＩＲＡＰ＿２６及びＴＩＲＡＰ＿２７で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、ＴＩＲＡＰ＿１７（配列番号：２０６６２及び２０６７４）、ＴＩＲＡＰ＿１８（配列番号：２０６６３及び２０６７５）；ＴＩＲＡＰ＿１９（配列番号：２０６６４及び２０６７６）；ＴＩＲＡＰ＿２０（配列番号：２０６６５及び２０６７７）、ＴＩＲＡＰ＿２１（配列番号：２０６６６及び２０６７８）、ＴＩＲＡＰ＿２２（配列番号：２０６６７及び２０６７９）、ＴＩＲＡＰ＿２３（配列番号：２０６６８及び２０６８０）、ＴＩＲＡＰ＿２４（配列番号：２０６６９及び２０６８１）、ＴＩＲＡＰ＿２５（配列番号：２０６７０及び２０６８２）、ＴＩＲＡＰ＿２６（配列番号：２０６７１及び２０６８３）並びにＴＩＲＡＰ＿２７（配列番号：２０６７２及び２０６８４）で示される配列の対から選択される。
【００４３】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿１７（配列番号：２０６６２及び２０６７４）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿１８（配列番号：２０６６３及び２０６７５）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿１９（配列番号：２０６６４及び２０６７６）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２０（配列番号：２０６６５及び２０６７７）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２１（配列番号：２０６６６及び２０６７８）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２２（配列番号：２０６６７及び２０６７９）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２３（配列番号：２０６６８及び２０６８０）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２４（配列番号：２０６６９及び２０６８１）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２５（配列番号：２０６７０及び２０６８２）で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２６（配列番号：２０６７１及び２０６８３）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子（たとえば、ｓｉＮＡ分子）にはＴＩＲＡＰ＿２７（配列番号：２０６７２及び２０６８４）で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。
【００４４】
種々の実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）又は好ましくは、以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチド対に基づいて生成され、構造（Ａ１）及び構造（Ａ２）に係る以下の修飾の１以上を含む：
（ａ）（Ｎ）ｘ＝１９又はＮ１−（Ｎ）ｘ＝１９であり、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つが、トレオース核酸（ＴＮＡ）部分、２’，５’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、ＵＮＡ又は脱塩基部分から選択される；
（ｂ）（Ｎ）ｘ＝１９又はＮ１−（Ｎ）ｘ＝１９であり、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにおけるピリミジンリボヌクレオチドの少なくとも１つが２’糖修飾されたリボヌクレオチドを含む；
（ｃ）（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにて、１１、１３、１５、１７及び１９位におけるＮは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含み、１０,１２,１４、１６及び１８位におけるＮは未修飾のリボヌクレオチドを含む；
（ｄ）（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにて、１、３、５、９、１１、１３、１５、１７及び１９位におけるＮは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含み、２、４、６、８、１０,１２,１４、１６及び１８位におけるＮは未修飾のリボヌクレオチドを含む；
（ｅ）（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにて、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７及び１９位におけるＮは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む；
（ｆ）Ｚは（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの３’末端に共有結合し、Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ及びＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉから成る群から選択される非ヌクレオチド部分を含む；
（ｇ）（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端から７、８、９又は１０位の少なくとも１つにおけるＮ’はトレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド及びシュードウリジンから選択される；
（ｈ）Ｎ’は、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙにおける３’末端位置又は３’末端から２番目の位置にて４、５、又は６の連続した位置でトレオース（ＴＮＡ）核酸部分又は２’，５’ヌクレオチドを含む；
（ｉ）（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙにおけるピリミジンリボヌクレオチドの少なくとも１つは２’糖修飾したリボヌクレオチドである；
（ｊ）ｚ"は（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合するキャップ部分であり、逆位脱塩基デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、脱塩基リボース部分、以下で定義されるようなＣ３部分、Ｌ−ＤＮＡ、Ｌ−ＲＮＡから選択され；
（ｋ）Ｚ’は（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの３’末端に共有結合し、Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉの１つを含む。
【００４５】
好まれる実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９である。
【００４６】
一部の実施形態では、それぞれ連続するＮ又はＮ’を連結する共有結合はホスホジエステル結合である。種々の実施形態では、共有結合はすべてホスホジエステル結合である。
【００４７】
構造Ａ１及び構造Ａ２の二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、アンチセンス鎖［（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘ］の５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにおけるＮは、トレオース核酸（ＴＮＡ）部分、２’，５’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、ＵＮＡ又はそれらの組み合わせから選択される。理論に束縛されることは望まないが、前述の位置の１以上にてトレオース核酸（ＴＮＡ）部分、２’，５’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチドを有する二本鎖核酸は、二本鎖分子に高いオンターゲット活性及び／又は低いオフターゲット活性及び／又はヌクレアーゼに対する高い安定性を付与する。
【００４８】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖［構造Ａ１の（Ｎ）ｘ又は構造Ａ２のＮ１−（Ｎ）ｘ］は、５位におけるＴＮＡ部分、６位におけるＴＮＡ部分、７位におけるＴＮＡ部分、８位におけるＴＮＡ部分、９位におけるＴＮＡ部分、５〜６位におけるＴＮＡ部分、６〜７位におけるＴＮＡ部分、７〜８位におけるＴＮＡ部分、８〜９位におけるＴＮＡ部分、５〜７位におけるＴＮＡ部分、６〜８位におけるＴＮＡ部分、７〜９位におけるＴＮＡ部分、５〜８位におけるＴＮＡ部分、６〜９位におけるＴＮＡ部分、又は５〜９位におけるＴＮＡ部分を含む。
【００４９】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖［構造Ａ１の（Ｎ）ｘ又は構造Ａ２のＮ１−（Ｎ）ｘ］は、５位における２’，５’ヌクレオチド、６位における２’，５’ヌクレオチド、７位における２’，５’ヌクレオチド、８位における２’，５’ヌクレオチド、９位における２’，５’ヌクレオチド、５〜６位における２’，５’ヌクレオチド、６〜７位における２’，５’ヌクレオチド、７〜８位における２’，５’ヌクレオチド、８〜９位における２’，５’ヌクレオチド、５〜７位における２’，５’ヌクレオチド、６〜８位における２’，５’ヌクレオチド、７〜９位における２’，５’ヌクレオチド、５〜８位における２’，５’ヌクレオチド、６〜９位における２’，５’ヌクレオチド、又は５〜９位における２’，５’ヌクレオチドを含む。
【００５０】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖［構造Ａ１の（Ｎ）ｘ又は構造Ａ２のＮ１−（Ｎ）ｘ］は、５位におけるミラーヌクレオチド、6位におけるミラーヌクレオチド、７位におけるミラーヌクレオチド、８位におけるミラーヌクレオチド、９位におけるミラーヌクレオチド、５〜６位におけるミラーヌクレオチド、６〜７位におけるミラーヌクレオチド、７〜８位におけるミラーヌクレオチド、８〜９位におけるミラーヌクレオチド、５〜７位におけるミラーヌクレオチド、６〜８位におけるミラーヌクレオチド、７〜９位におけるミラーヌクレオチド、５〜８位におけるミラーヌクレオチド、６〜９位におけるミラーヌクレオチド、又は５〜９位におけるミラーヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ミラーヌクレオチドはＬ−ＤＮＡ又はＬ−ＲＮＡである。
【００５１】
二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、センス鎖の５’末端から９又は１０位の少なくとも１つにおけるＮ’［構造Ａ１の（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２のＮ２−（Ｎ’）ｙ］は、トレオース核酸（ＴＮＡ）部分、２’，５’ヌクレオチド、シュードウリジン又はそれらの組み合わせから選択される。理論に束縛されることは望まないが、センス（パッセンジャー）鎖における９又は１０位のいずれか１以上にてトレオース核酸（ＴＮＡ）部分、２’，５’ヌクレオチド、シュードウリジンを有する二本鎖核酸分子は、二本鎖分子に高いオンターゲット活性及び／又は高いヌクレアーゼ安定性を付与する。
【００５２】
一部の実施形態では、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは９位及び／又は１０位にてトレオース核酸（ＴＮＡ）部分を含む。
【００５３】
一部の実施形態では、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは９位及び／又は１０位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。
【００５４】
一部の実施形態では、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは９位及び／又は１０位にてシュードウリジンを含む。
【００５５】
二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、Ｎ’は、センス鎖［構造Ａ１の（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２のＮ２−（Ｎ’）ｙ］の３’末端位置又は末端から２番目の位置にて４、５又は６の連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。理論によって束縛されることは望まないが、センス（パッセンジャー）鎖の３’末端位置又は末端から２番目の位置にて４、５又は６の連続する２’，５’ヌクレオチドを有する二本鎖核酸分子は、二本鎖に対する高いヌクレアーゼ安定性及び／又はセンス（パッセンジャー）鎖の低いオフターゲット効果を付与する。一部の実施形態では、センス鎖はさらにＺ’を含む。一部の実施形態では、ＺはＣ３部分（たとえば、Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３−ＯＨ）又は３’末端のリン酸（Ｐｉ）を含む。
【００５６】
構造Ａ１及びＡ２の一部の実施形態では、センス鎖は３’末端位置又は末端から２番目の位置にて４つの連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。構造Ａ１の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは１５、１６、１７及び１８位又は１６、１７、１８及び１９位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。構造Ａ２の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは１５、１６、１７及び１８位又は１６、１７、１８及び１９位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。
【００５７】
構造Ａ１及びＡ２の一部の実施形態では、センス鎖は３’末端位置又は末端から２番目の位置にて５つの連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。構造Ａ１の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは１４、１５、１６、１７及び１８位又は１５、１６、１７、１８及び１９位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。構造Ａ２の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは１４、１５、１６、１７及び１８位又は１５、１６、１７、１８及び１９位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。
【００５８】
構造Ａ１及びＡ２の一部の実施形態では、センス鎖は３’末端位置又は末端から２番目の位置にて６つの連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。構造Ａ１の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは１３、１４、１５、１６、１７及び１８位又は１４、１５、１６、１７、１８及び１９位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。構造Ａ２の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは１４、１５、１６、１７及び１８位又は１４、１５、１６、１７、１８及びＮ２位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。
【００５９】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、二本鎖核酸分子は以下を含む
【００６０】
アンチセンス鎖の５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにおけるＮは、トレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチドから選択される。
【００６１】
センス鎖の５’末端から９又は１０位の少なくとも１つにおけるＮ’はトレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド、及びシュードウリジンから選択される；並びに
【００６２】
アンチセンス鎖における少なくとも１つのピリミジンリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドである。
【００６３】
一部の実施形態では、二本鎖分子は、アンチセンス鎖の９位にて２’，５’ヌクレオチド及びセンス鎖の５又は６位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、アンチセンス鎖はさらに２’−ＯＭｅ修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む。
【００６４】
別の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、二本鎖核酸分子は以下を含む
【００６５】
アンチセンス鎖の５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにおけるＮはトレオース核酸部分、２’，５’ヌクレオチド、又はミラーヌクレオチドから選択され；及び
【００６６】
センス鎖の３’末端位置又は末端から２番目の位置にて開始する４、５又は６の連続する位置におけるＮ’は２’，５’ヌクレオチドを含む。
【００６７】
一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｉＮＡ又はｍｉＲＮＡを含む二本鎖オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙは、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対を含み、好ましくは、ＴＬＲ２＿２５（配列番号：２０６０７及び２０６１４）、ＴＬＲ２＿２８（配列番号：２０６０８及び２０６１５）、ＴＬＲ２＿４２（配列番号：２０６０９及び２０６１６）、ＴＬＲ２＿４３（配列番号：２０６１０及び２０６１７）、ＴＬＲ２＿４７（配列番号：２０６１１及び２０６１８）、ＴＬＲ２＿３１（配列番号：２０６１２及び２０６１９）、ＴＬＲ２＿３４（配列番号：２０６１３及び２０６２０）；又は
【００６８】
ＴＬＲ４＿０８（配列番号：２０６２１及び２０６３０）、ＴＬＲ４＿１０（配列番号：２０６２２及び２０６３１）、ＴＬＲ４＿１１（配列番号：２０６２３及び２０６３２）、ＴＬＲ４＿１４（配列番号：２０６２４及び２０６３３）、ＴＬＲ４＿１５（配列番号：２０６２５及び２０６３４）、ＴＬＲ４＿２８（配列番号：２０６２６及び２０６３５）、ＴＬＲ４＿２９（配列番号：２０６２７及び２０６３６）、ＴＬＲ４＿３１（配列番号：２０６２８及び２０６３７）、ＴＬＲ４＿３３（配列番号：２０６２９及び２０６３８）；又は
【００６９】
ＭＹＤ８８＿１１（配列番号：１２１７８及び１２６６０）；又は
【００７０】
ＴＩＣＡＭ１＿２０（配列番号：２０６４４及び２０６５５）、ＴＩＣＡＭ１＿１５（配列番号：２０６３９及び２０６５０）、ＴＩＣＡＭ１＿１６（配列番号：２０６４０及び２０６５１）、ＴＩＣＡＭ１＿１７（配列番号：２０６４１及び２０６５２）、ＴＩＣＡＭ１＿１８（配列番号：２０６４２及び２０６５３）；ＴＩＣＡＭ１＿１９（配列番号：２０６４３及び２０６５４）；ＴＩＣＡＭ１＿２１（配列番号：２０６４５及び２０６５６）、ＴＩＣＡＭ１＿２２（配列番号：２０６４６及び２０６５７）、ＴＩＣＡＭ１＿２３（配列番号：２０６４７及び２０６５８）、ＴＩＣＡＭ１＿２４（配列番号：２０４４８及び２０６５９）、ＴＩＣＡＭ１＿２５（配列番号：２０６４９及び２０６６０）；又は
【００７１】
ＴＩＲＡＰ＿１６（配列番号：２０６６１及び２０６７３）、ＴＩＲＡＰ＿１７（配列番号：２０６６２及び２０６７４）、ＴＩＲＡＰ＿１８（配列番号：２０６６３及び２０６７５）；ＴＩＲＡＰ＿１９（配列番号：２０６６４及び２０６７６）；ＴＩＲＡＰ＿２０（配列番号：２０６６５及び２０６７７）、ＴＩＲＡＰ＿２１（配列番号：２０６６６及び２０６７８）、ＴＩＲＡＰ＿２２（配列番号：２０６６７及び２０６７９）、ＴＩＲＡＰ＿２３（配列番号：２０６６８及び２０６８０）、ＴＩＲＡＰ＿２４（配列番号：２０６６９及び２０６８１）、ＴＩＲＡＰ＿２５（配列番号：２０６７０及び２０６８２）、ＴＩＲＡＰ＿２６（配列番号：２０６７１及び２０６８３）並びにＴＩＲＡＰ＿２７（配列番号：２０６７２及び２０６８４）；又は
又は
又は
で示されるセンス鎖及びアンチセンス鎖の対の１つを含む。
【００７２】
一部の実施形態では、二本鎖分子はホスホジエステル結合を含む。種々の実施形態では、二本鎖分子は、ｘ＝ｙであり、ｘが１９、２０、２１、２２及び２３から成る群から選択される整数であるリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９である。
【００７３】
一部の実施形態では、構造１の（Ｎ）ｘ又は構造Ａ２のＮ１−（Ｎ）ｘは未修飾のリボヌクレオチドを含む。
【００７４】
一部の実施形態では、構造１の（Ｎ）ｘ又は構造Ａ２のＮ１−（Ｎ）ｘは、修飾された及び未修飾のリボヌクレオチドを含み、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾のリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘの3’末端におけるＮは修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘは、３’末端で開始する少なくとも５つの交互修飾されたリボヌクレオチド及び全部で少なくとも９つの修飾されたリボヌクレオチドを含み、残りのＮはそれぞれ未修飾のリボヌクレオチドである。追加の実施形態では、（Ｎ）ｘは、５’及び３’末端での各Ｎが２’−ＯＭｅ糖修飾のリボヌクレオチドである交互位置では修飾されたリボヌクレオチドを含み、真ん中のリボヌクレオチド、たとえば、１９量体鎖の１０位でのリボヌクレオチドは修飾されない。
【００７５】
一部の実施形態では、構造１の（Ｎ）ｘ又は構造Ａ２のＮ１−（Ｎ）ｘは、単一交互の２’−Ｏ−メチル（２’−ＯＭｅ）糖修飾されたリボヌクレオチド及び未修飾のリボヌクレオチドを含み、たとえば、その際、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７及び１９位におけるリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドである。他の実施形態では、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７及び１９位におけるリボヌクレオチドが２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドであり、残りのリボヌクレオチドは修飾されない。
【００７６】
一部の実施形態では、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは、ミラーヌクレオチド、又は２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接するヌクレオチドに連結されたヌクレオチドから選択される少なくとも１つの非定型の部分を含む。
【００７７】
上記構造の一部の実施形態では、化合物は、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙの一方又は双方の末端にて少なくとも１つのミラーヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、化合物は、２つの連続するミラーヌクレオチドを含み、１つは構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙの３’末端から２番目の位置であり、１つは３’末端位置である。好まれる一実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは１８位にてＬ−デオキシリボヌクレオチドを含む。
【００７８】
一部の実施形態では、ミラーヌクレオチドは、Ｌ−リボヌクレオチド及びＬ−デオキシリボヌクレオチドから選択される。種々の実施形態では、ミラーヌクレオチドはＬ−デオキシリボヌクレオチドである。一部の実施形態では、ｙ＝１９であり、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは、１〜１７位及び１９位における未修飾のリボヌクレオチド及び３’末端から２番目（１８位）におけるＬ−ＤＮＡ１つから成る。他の実施形態では、ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、１〜１６位及び１９位における未修飾のリボヌクレオチド及び３’末端から２番目での連続する２つのＬ−ＤＮＡ（１７及び１８位）から成る。一部の実施形態では、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙはさらに、Ｚ’、たとえば、Ｃ３ＯＨ及び／又はｚ"、たとえば、及び逆位脱塩基部分又はアミノ部分を含む。
【００７９】
上記構造の別の実施形態では、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは、一方又は双方の末端での２’，５’ホスホジエステル結合によって次のヌクレオチドに一緒に連結される少なくとも２つの連続するヌクレオチドを含む。構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙの特定の好まれる実施形態では、３’末端から２番目のヌクレオチドは２’，５’ホスホジエステル架橋によって３’末端のヌクレオチドに連結される。
【００８０】
二本鎖ＲＮＡ分子は、平滑末端（すなわち、ｚ"、Ｚ及びＺ’が存在しない）の二本鎖オリゴヌクレオチド構造、ｘ＝ｙ＝１９であり、構造Ａ１における（Ｎ’）ｙ又は構造Ａ２におけるＮ２−（Ｎ’）ｙは、２’，５’ホスホジエステル結合によって３’末端での３つの連続するヌクレオチドが一緒に連結される未修飾のリボヌクレオチド及び未修飾リボヌクレオチドと２’−ＯＭｅ糖修飾のリボヌクレオチドが交互にあるアンチセンス鎖（ＡＳ）を含む。
【００８１】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；１、５、６又は７位（５’>３’）の少なくとも１つにおけるＴＮＡ、２’，５’リボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、ＵＮＡ又は脱塩基部分；及び３’末端に共有結合する３’末端の非ヌクレオチド部分を含み；並びにセンス鎖は、少なくとも１つの２’，５’リボヌクレオチド又は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチド及び３’末端に共有結合する非ヌクレオチド部分及び５’末端に共有結合するキャップ部分を含む。
【００８２】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、７位におけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド、及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含み；センス鎖は、３’末端の１６〜１９位又は１５〜１９位（５’>３’）における４〜５の連続した２’，５’リボヌクレオチド又はＴＮＡ、３’末端で共有結合する非ヌクレオチド部分及び５’末端で共有結合する逆位脱塩基部分のようなキャップ部分を含み、任意でアンチセンス鎖の１位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチド又はアンチセンス鎖の１位にて２’，５’リボヌクレオチドを含む。
【００８３】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、７位における２’，５’リボヌクレオチド、及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分を含み；及びセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、９位におけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド、及び３’末端で共有結合するＣ３ＯＨ又はＣ３Ｐｉの非ヌクレオチド部分、及び５’末端に共有結合する逆位脱塩基部分のようなキャップ部分を含む。
【００８４】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分；及び５’末端で共有結合するキャップ部分を含み；並びにアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；５、６又は７位の少なくとも１つにおけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド；及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。
【００８５】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分；及び５’末端で共有結合するキャップ部分を含み；並びにアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；７位におけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド；及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。
【００８６】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；３’末端で共有結合するＣ３ＯＨ部分；及び５’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み；並びにアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；７位（５’>３’）におけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド；及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分を含む。
【００８７】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、３’末端における２’，５’リボヌクレオチド；３’末端に共有結合する非ヌクレオチド部分及び５’末端に共有結合するキャップ部分を含み；並びにアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；５、６又は７位（５’>３’）の少なくとも１つにおけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド；及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。
【００８８】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、(５’>３’）１５〜１９位又は１６〜１９位における４〜５の連続するＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド、３’末端で共有結合するＣ３〜ＯＨ３’部分及び５’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み；並びにアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド；７位におけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド；及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ部分を含む。
【００８９】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、９又は１０位の１つにおける任意の２’，５’リボヌクレオチド、３’末端で共有結合する非ヌクレオチド部分及び５’末端で共有結合するキャップ部分を含み；並びにアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチド、５、６又は７位の少なくとも１つにおけるＴＮＡ又は２’５’リボヌクレオチド、及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。
【００９０】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、９位における２’，５’リボヌクレオチド、３’末端で共有結合するＣ３ＯＨ非ヌクレオチド部分及び５’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み；且つアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、６位におけるＴＮＡ又は２’，５’リボヌクレオチド、及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ部分を含む。
【００９１】
一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、３’末端で共有結合するＣ３ＯＨ又はＣ３Ｐｉの非ヌクレオチド部分、及び５’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み；且つアンチセンス鎖は、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、６位における２’，５’リボヌクレオチド、及び３’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ部分を含む。
【００９２】
一部の実施形態では、３’末端で共有結合するヌクレオチド部分はジヌクレオチドｄＴｄＴを含む。
【００９３】
態様の１つによれば、本発明は、ＴＬＲ２を標的とする配列番号：１３〜３０６０；ＴＬＲ４を標的とする配列番号：５８４７〜８６１２；ＭＹＤ８８を標的とする配列番号：１２１４５〜１３９２４；ＴＩＣＡＭ１を標的とする配列番号：１６３３３〜１６８８２；又はＴＩＲＡＰを標的とする配列番号：１８２４３〜１９０４６で示されるオリゴヌクレオチド配列を有するセンス鎖及びアンチセンス鎖から成る二本鎖ＲＮＡ分子を生成する方法を提供し、該方法は、
（ａ）センス鎖を合成する工程と
（ｂ）アンチセンス鎖を合成する工程と
（ｃ）アンチセンス鎖にセンス鎖をアニーリングする工程を含み、
それによって二本鎖ＲＮＡ分子を生成することを含む。一部の実施形態では、合成には、化学的に修飾されていないｄｓＲＮＡ鎖の合成が含まれる。一部の実施形態では、合成には、２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチド、又は２’，５’結合した核酸、脱塩基及び逆位脱塩基の部分等を含む非定型の部分を含む修飾されたヌクレオチドの取り込みが含まれる。
【００９４】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘも（Ｎ’）ｙも３’及び５’の末端でリン酸化されない。他の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのいずれか又は双方が３’末端でリン酸化される。
【００９５】
第２の態様では、本明細書で提供されるのは、標的遺伝子の発現を阻害するのに十分な量での本明細書で開示されるような１以上の二本鎖分子及び薬学上許容可能なキャリアを含む医薬組成物であり、標的遺伝子は、配列番号１〜１２で示されるｍＲＮＡを有する遺伝子から選択される。
【００９６】
別の態様では、提供されるのは、標的遺伝子の発現を阻害するのに十分な量での本明細書で開示されるような１以上の二本鎖分子を含む細胞である。
【００９７】
種々の実施形態では、化合物は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）で示されるオリゴヌクレオチドの対、アンチセンスオリゴヌクレオチド（Ｎ）ｘ及び対応するセンスオリゴヌクレオチド、又は以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対を含む。
【００９８】
他の態様では、開示されるのは、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又はそれが必要な対象における肺移植のような臓器移植における一次移植片機能不全（ＰＧＤ）を予防する又は治療するのに有用なオリゴヌクレオチド化合物である。
【００９９】
標的遺伝子の発現を低下させる又は阻害する量の本明細書で開示されるような二本鎖分子を対象に投与することを含む、標的遺伝子の発現に関連する疾患又は障害に関連する疾患又は障害又は症状の治療を必要とする対象を治療する方法である。好まれる実施形態では、二本鎖分子は本明細書で記載されるように化学的に修飾される。
【０１００】
また提供されるのは、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は肺移植のような臓器移植における一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から選択される疾患又は傷害の治療のための本明細書で記載されるような二本鎖分子である。
【０１０１】
さらに提供されるのは、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は肺移植のような臓器移植における一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から選択される疾患又は傷害の治療のために薬物を調製するための本明細書で記載されるような二本鎖分子である。
【０１０２】
他の態様では、開示は、それが必要な対象における一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から選択されるが、これらに限定されない移植後（たとえば、肺移植の後）合併症の発生又は重症度を治療する又は防ぐ方法に関するものであり、その際、合併症は表Ａ１で示される遺伝子から選択される遺伝子の発現に関連する。そのような方法には、そのような治療を必要とする哺乳類に予防上又は治療上有効な量の本明細書で開示される１以上の二本鎖分子を投与して少なくとも１つのそのような遺伝子の発現又は活性を阻害する又は低下させることが関与する。他の態様では、開示は、それを必要とする対象において急性又は慢性の炎症を抑える方法に関するものであり、その際、炎症は表Ａ１で示される遺伝子から選択される遺伝子の発現に関連する。そのような方法には、そのような治療を必要とする哺乳類に予防上又は治療上有効な量の本明細書で開示される１以上の二本鎖分子を投与して少なくとも１つのそのような遺伝子の発現又は活性を阻害する又は低下させることが関与する。
【０１０３】
一部の実施形態では、臓器移植のレシピエント（たとえば、肺移植のレシピエント）にて移植後の合併症が存在し、標的遺伝子は、配列番号１〜１２で示されるｍＲＮＡのポリヌクレオチド配列を有するＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから選択される。ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの発現を阻害するためにｄｓＲＮＡを調製するのに有用なセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドの対は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）又は好ましくは以下の表１〜５で示されるオリゴヌクレオチドの対で示される。
【０１０４】
ここに記載される方法、物質及び例は、説明に役立つのみであって、限定を意図するものではない；本明細書で記載されるものに類似する又は同等である物質及び方法を本発明の実践又は試験で使用することができる。本発明の他の特徴及び利点は、以下の詳細な説明及びクレームから明らかとなるであろう。
【０１０５】
本開示は、本明細書における種々の実施形態で開示される特徴の組み合わせの適用及び変異のいずれか及びすべてを網羅するように意図される。特定の実施形態が本明細書で説明され、記載されるが、本発明は同一目的を達成するこれら実施形態の特徴の任意の配置を包含することが十分に理解されるべきである。本明細書で具体的に述べられない実施形態を形成する上記特徴の組み合わせは本記載を見直す際、当業者に明らかであろう。
【発明を実施するための形態】
【０１０６】
本発明は一般に、移植後（たとえば、肺移植後）合併症に関連する特定の標的遺伝子の発現を下方調節する化合物及びそのような移植後合併症に関連する疾患又は障害に罹っている対象を治療することにおけるその使用に関する。ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから選択される標的遺伝子の１以上の発現の阻害は今や、臓器移植、たとえば、肺移植の有害効果；さらに具体的には、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から選択されるが、これらに限定されない移植後（たとえば、肺移植後）合併症に苦しむ対象を治療するのに有益であることが示される。本発明は特に、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの発現を阻害する干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）化合物のような小分子の二本鎖ＲＮＡ分子及び特定の疾患及び障害の治療におけるこれらｓｉＲＮＡ化合物の使用に関する。ｄｓＲＮＡ化合物の調製で有用な好まれるセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドは、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）にて示される。
【０１０７】
配列番号１〜１２のいずれか１つで示されるｍＲＮＡを有する標的遺伝子を阻害するための化合物、組成物及び方法が本明細書で詳細に議論され、前記化合物及び／又は組成物のいずれかが移植後に遭遇する移植後（たとえば、肺移植後）合併症に苦しむ患者の治療に有益に採用される。
【０１０８】
本明細書で提供されるのは、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ遺伝子から選択される標的遺伝子の生体内での発現を阻害するための組成物及び方法である。一般に、方法は、配列番号：１（ＴＬＲ２のｍＲＮＡ）；配列番号：２〜４（ＴＬＲ４のｍＲＮＡ），配列番号：５〜９（ＭＹＤ８８のｍＲＮＡ），配列番号：１０（ＴＩＣＡＭ１のｍＲＮＡ）又は配列番号：１１〜１２（ＴＩＲＡＰのｍＲＮＡ）から選択されるｍＲＮＡを標的とする小分子干渉ＲＮＡ（すなわち、ｓｉＲＮＡ）を含むｄｓＲＮＡ化合物のようなオリゴヌクレオチドを投与することを含む。
【０１０９】
化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物を対象に送達する方法が本明細書で詳細に議論され、前記分子及び／又は組成物が本明細書で開示される疾患及び障害で苦しんでいる対象の治療で有益に採用され得る。治療は完全であってもよいし、又は部分的であってもよく、当業者によって容易に決定され得る。
【０１１０】
本明細書で開示される化合物は未修飾のｄｓＲＮＡ化合物と比べると活性を高め、安定性を高め、毒性をできるだけ抑え、オフターゲット効果を低下させ、及び／又は免疫応答を低下させる構造及び修飾を持ち、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡの新規の修飾は、特に本明細書で議論される標的遺伝子における標的遺伝子の発現を妨げる又は減衰させるのに有用な二本鎖オリゴヌクレオチド配列に有益に適用される。
【０１１１】
本明細書で開示される標的遺伝子の詳細を以下の表Ａ１にて提示する。
【０１１２】
【表１】
2014509511.tif 000002
【０１１３】
表Ａ１は、本明細書で開示されるようなオリゴヌクレオチド阻害剤が指向するヒトｍＲＮＡの例となるポリヌクレオチド配列についてのｇｉ（ＧｅｎｅＩｎｆｏ識別子）及び受入番号を提供する。
【０１１４】
表Ａ１で示されるｍＲＮＡポリヌクレオチドのいずれか１つの阻害は、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、臓器移植（たとえば肺移植）における移植後合併症、たとえば、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）を予防する、治療する及び／又は減衰させるのに有用である。
【０１１５】
種々の実施形態では、開示されるのは、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含む化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ分子及び臓器移植、たとえば、肺移植患者における種々の移植後合併症の予防及び治療におけるｄｓＲＮＡの使用である。治療される疾患及び状態は、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）に向けられる。
【０１１６】
ｄｓＲＮＡ化合物を合成するのに有用な好まれるセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドのリストは、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）にて提供される。ｄｓＲＮＡ化合物の合成に有用な１８量体及び１９量体のセンスオリゴヌクレオチド及び対応するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトの遺伝子発現を標的とするための最良の配列として所有権のあるアルゴリズムに従ってそのスコアに基づいて優先順位が付けられる。標的遺伝子を阻害する分子、組成物及び方法が本明細書で詳細に議論され、前記分子及び／又は組成物のいずれかが前記移植後合併症に苦しむ患者の治療に有益に採用される。
【０１１７】
構造的設計
態様の１つでは、本明細書で提供されるのは、センス鎖とアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であり、その際、少なくとも一方の鎖は、３’末端で共有結合する１、２、３、４又は５の非ヌクレオチド部分を含み、非ヌクレオチド部分はアルキル（炭化水素）部分又はその誘導体及びリン酸系部分から選択される。特定の好まれる実施形態では、少なくとも一方の鎖はアンチセンス鎖である。好まれる実施形態では、アンチセンス鎖は、以下で定義されるようなＣ３−Ｃ３；Ｃ３−Ｃ３−Ｐｉ；Ｃ３−Ｃ３−Ｐｓ；ｉｄＡｂ−ｉｄＡｂを含む、３’末端で共有結合する２つの非ヌクレオチド部分を含む。
【０１１８】
種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、二本鎖核酸分子であり、その際、
（ａ）核酸分子はセンス鎖とアンチセンス鎖を含み；
（ｂ）核酸分子の各鎖は独立して長さ１７〜４０ヌクレオチドであり；
（ｃ）アンチセンス鎖の１７〜４０のヌクレオチド配列は、ＴＬＲ２をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：１）、ＴＬＲ４をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：２〜４）；ＭＹＤ８８をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：５〜９；ＴＩＣＡＭ１をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：１０）又はＴＩＲＡＰをコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：１１〜１２）から選択されるｍＲＮＡの配列に対して相補性であり；且つ
（ｄ）センス鎖の１７〜４０のヌクレオチド配列は、アンチセンス鎖に対して相補性であり、ＴＬＲ２をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：１）、ＴＬＲ４をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：２〜４）；ＭＹＤ８８をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：５〜９；ＴＩＣＡＭ１をコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：１０）又はＴＩＲＡＰをコードするｍＲＮＡ（たとえば、配列番号：１１〜１２）から選択されるｍＲＮＡの１７〜４０のヌクレオチド配列を含む。
【０１１９】
一部の実施形態では、提供されるのは、構造（Ａ１）を有する二本鎖核酸分子であり：
（Ａ１）  ５’    （Ｎ）ｘ−Ｚ    ３’（アンチセンス鎖）
３’    Ｚ’〜（Ｎ’）ｙ−ｚ"    ５’（センス鎖）
式中、各Ｎ及びＮ’は、未修飾であってもよく又は修飾されてもよいヌクレオチド又は非定型の部分であり；
式中、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのそれぞれは、各連続するＮ又はＮ’が共有結合によって次のＮ又はＮ’に連結されるオリゴヌクレオチドであり；
式中、Ｚ及びＺ’の少なくとも一方が存在し、それが存在する鎖の３’末端にて共有結合する非ヌクレオチド部分を含み；
式中、ｚ"は、存在しても非存在であってもよいが、存在するならば、（Ｎ’）ｙの５’末端にて共有結合するキャッピング部分であり；
式中、ｘ及びｙのそれぞれは独立して１８〜４０の間の整数であり；
式中、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して相補性を有し、（Ｎ）ｘの配列は配列番号１〜１２のいずれか１つで示される標的ＲＮＡにおける連続配列に対して相補性を有する。
【０１２０】
一部の実施形態では、各連続するＮ又はＮ’を連結する共有結合はホスホジエステル結合である。
【０１２１】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８〜２５又は１９〜２７、たとえば、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７である。一部の実施形態では、ｘ＝ｙであり、ｘ及びｙのそれぞれは１９、２０、２１、２２、又は２３である。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９である。
【０１２２】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、Ｚ又はＺ’の一方が存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１２３】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、Ｚ’が存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１２４】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、Ｚが存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１２５】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、Ｚが存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成り、Ｚ’が存在し、１つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１２６】
追加の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、Ｚ及びＺ’が存在し、それぞれ独立して２つの非ヌクレオチド部分を含む。
【０１２７】
一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は、ＤＮＡ部分又はアンチセンス鎖の１位（５’末端）にて標的に対するミスマッチを含む。そのような構造が本明細書で記載される。一実施形態によれば、提供されるのは以下で示される構造（Ａ２）を有する二本鎖核酸分子である：
（Ａ２）５’    Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ    ３’（アンチセンス鎖）
３’    Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ"    ５’（センス鎖）
式中、各Ｎ２、Ｎ及びＮ’は未修飾の又は修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分であり；
式中、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのそれぞれは、各連続するＮ又はＮ’が共有結合によって隣接するＮ又はＮ’に連結するオリゴヌクレオチドであり；
式中、ｘ及びｙのそれぞれは独立して１７〜３９の間の整数であり；
式中、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して相補性を有し、（Ｎ）ｘは配列番号１〜１２で示される標的ＲＮＡにおける連続配列に対して相補性を有し；
式中、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対してミスマッチがあり、又は標的ＲＮＡに対して相補性のＤＮＡ部分であり；
式中、Ｎ１は、天然の又は修飾されたウリジン、デオキシリボウリジン、リボチミジン、デオキシリボチミジン、アデノシン及びデオキシアデノシンから成る群から選択される部分であり；
式中、ｚ"は存在してもしなくてもよいが、存在するのであれば、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの５’末端にて共有結合されるキャッピング部分であり；
式中、Ｚ又はＺ’の少なくとも一方が存在し、それが存在する鎖の３’末端にて共有結合される非ヌクレオチド部分を含む。
【０１２８】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１７〜２４又は１８〜２３である。好まれる実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８である。
【０１２９】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｚ’が存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１３０】
好まれる実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｚが存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１３１】
好まれる実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｚが存在し、２つの非ヌクレオチド部分から成り；且つＺ’が存在し、１つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１３２】
追加のｘ＝ｙ＝１８であり、Ｚ及びＺ’が存在し、それぞれ独立して２つの非ヌクレオチド部分を含む。
【０１３３】
一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に対して完全に相補性である。種々の実施形態では、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの配列はＮ１−（Ｎ）ｘの配列に対して相補性である。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ＲＮＡにおける約１７〜約３９の連続するヌクレオチドに対して完全に相補性であるアンチセンスを含む。他の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ＲＮＡにおける約１７〜約３９の連続するヌクレオチドに対して実質的に相補性であるアンチセンスを含む。
【０１３４】
一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２はワトソン／クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２は非ワトソン／クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、塩基対はリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの間で形成される。
【０１３５】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８、ｘ＝ｙ＝１９又はｘ＝ｙ＝２０である。好まれる実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８である。Ｎ１−（Ｎ）ｘにてｘが１８である場合、Ｎ１は１位を指し、２〜１９位は（Ｎ）１８に含められる。Ｎ２−（Ｎ’）ｙにてｘが１８である場合、Ｎ２は１９位を指し、１〜１８位は（Ｎ’）１８に含められる。
【０１３６】
一部の実施形態では、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対してミスマッチがある。種々の実施形態では、Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡに対して相補性であるＤＮＡ部分である。
【０１３７】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖の１位におけるウリジンはアデノシン、デオキシアデノシン、デオキシウリジン（ｄＵ）、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるＮ１によって置換される。種々の実施形態では、Ｎ１はアデノシン、デオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。
【０１３８】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖の１位におけるグアノシンはアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるＮ１によって置換される。種々の実施形態では、Ｎ１はアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。
【０１３９】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖の１位におけるシチジンはアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるＮ１によって置換される。種々の実施形態では、Ｎ１はアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。
【０１４０】
一部の実施形態では、アンチセンス鎖の１位におけるアデノシンは、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるＮ１によって置換される。種々の実施形態では、Ｎ１は、デオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。
【０１４１】
一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２はウリジン又はデオキシウリジンとアデノシン又はデオキシアデノシンとの間で塩基対を形成する。他の実施形態では、Ｎ１及びＮ２はデオキシウリジンとアデノシンとの間で塩基対を形成する。
【０１４２】
一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は、たとえば、ｓｉＲＮＡ、ｓｉＮＡ、又はｍｉＲＮＡのような二本鎖ＲＮＡである。本明細書で提供されるような二本鎖核酸分子は「二本鎖」とも呼ばれる。
【０１４３】
特定の好まれる実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８である。一部の実施形態では、Ｎ１及びＮ２はワトソン／クリック型の塩基対を形成する。他の実施形態では、Ｎ１及びＮ２は非ワトソン／クリック型の塩基対を形成する。特定の実施形態では、Ｎ１はリボアデノシン、修飾されたリボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾されたデオキシリボアデノシンから成る群から選択される。他の施形態では、Ｎ１はリボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾されたリボウリジン、修飾されたデオキシリボウリジンから成る群から選択される。
【０１４４】
特定の実施形態では、アンチセンス鎖の１位（５’末端）はデオキシリボウリジン（ｄＵ）又はアデノシンを含む。一部の実施形態では、Ｎ１はリボアデノシン、修飾されたリボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾されたデオキシリボアデノシンから成る群から選択され、Ｎ２はリボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾されたリボウリジン、修飾されたデオキシリボウリジンから成る群から選択される。特定の実施形態では、Ｎ１はリボアデノシン及び修飾されたリボアデノシンから成る群から選択され、Ｎ２はリボウリジン及び修飾されたリボウリジンから成る群から選択される。
【０１４５】
特定の実施形態では、Ｎ１はリボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾されたリボウリジン、修飾されたデオキシリボウリジンから成る群から選択され、Ｎ２はリボアデノシン、修飾されたリボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾されたデオキシリボアデノシンから成る群から選択される。特定の実施形態では、Ｎ１はリボウリジン及びデオキシリボウリジンから成る群から選択され、Ｎ２はリボアデノシン及び修飾されたリボアデノシンから成る群から選択される。特定の実施形態では、Ｎ１はリボウリジンであり、Ｎ２はリボアデノシンである。特定の実施形態では、Ｎ１はデオキシリボウリジンであり、Ｎ２はリボアデノシンである。
【０１４６】
構造（Ａ２）の一部の実施形態では、Ｎ１は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボウラシル又は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボアデノシンを含む。Ｎ１は２’フルオロ及び２’アミノ糖修飾されたリボウラシル又は２’フルオロ及び２’アミノ糖修飾されたリボアデノシンを含む。構造（Ａ２）の特定の実施形態では、Ｎ２は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドを含む。
【０１４７】
構造（Ａ２）の一部の実施形態では、Ｎ１は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボウラシル又は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボシトシンを含む。構造（Ａ２）の特定の実施形態では、Ｎ２は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。
【０１４８】
以下の表、表Ａ２はＮ１及び相当するＮ２の非限定例を提供する。
【０１４９】
【表２】
2014509511.tif 000003
【０１５０】
一部の実施形態では、Ｎ及びＮ’のそれぞれは未修飾のヌクレオチドである。一部の実施形態では、Ｎ及びＮ’の少なくとも一方は化学的に修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分である。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチド、脱塩基リボース部分及び脱塩基デオキシリボース部分から選択される。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチド、好ましくはＬ−ＤＮＡ部分である。一部の実施形態では、Ｎ及びＮ’の少なくとも一方は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドである。
【０１５１】
一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に完全に相補性である。他の実施形態では、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に実質的に相補性である。
【０１５２】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ＲＮＡの約１７〜約３９の連続するヌクレオチドに対して完全に相補性であるアンチセンス配列を含む。他の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ＲＮＡの約１７〜約３９の連続するヌクレオチドに対して実質的に相補性であるアンチセンス配列を含む。
【０１５３】
一部の実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は、たとえば、ｓｉＲＮＡ、ｓｉＮＡ又はｍｉＲＮＡのようなｄｓＲＮＡである。
【０１５４】
構造Ａ１及びＡ２の一部の実施形態では、Ｚが存在し、Ｚ’は存在しない。他の実施形態では、Ｚ’が存在し、Ｚは存在しない。追加の実施形態では、Ｚ及びＺ’双方が存在する。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’が存在し、同一である。さらなる実施形態では、Ｚ及びＺ’が存在し、異なる。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’は独立して２、３、４又は５の非ヌクレオチド部分又は２、３、４又は５の非ヌクレオチド部分とヌクレオチドの組み合わせである。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’のそれぞれは、ホスホジエステル結合を介してｄｓＲＮＡの３’末端に共有結合する２つの非ヌクレオチド部分から成る。
【０１５５】
非ヌクレオチド部分は、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はその誘導体、及び無機リン酸から成る群から選択される。一部の実施形態では、非ヌクレオチド部分はアルキル部分又はその誘導体である。一部の実施形態では、アルキル部分はアルコール、末端アミン、末端リン酸及び末端ホスホロチオエート部分から成る群から選択される末端官能基を含む。
【０１５６】
一部の実施形態では、Ｚは存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分又はその誘導体、及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Ｚは存在し、２つのアルキル部分又はその誘導体から成る。
【０１５７】
追加の実施形態では、Ｚ’は存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分、及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ’は存在し、１以上のアルキル部分又はその誘導体から成る。
【０１５８】
一部の実施形態では、Ｚは存在し、２つのアルキル部分又はその誘導体から成り、Ｚ’は存在し、単一のアルキル部分又はその誘導体から成る。
【０１５９】
一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’のそれぞれは、脱塩基部分、たとえば、デオキシリボ脱塩基部分（本明細書ではｄＡｂとも呼ぶ）又はリボ脱塩基部分（本明細書ではｒＡｂとも呼ぶ）を含む。一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれは、２つの共有結合した脱塩基部分を含み、たとえば、５’>３’ｄＡｂ−ｄＡｂ又はｒＡｂ−ｒＡｂ又はｄＡｂ−ｒＡｂ又はｒＡｂ−ｄＡｂである。各部分は共有結合、好ましくはホスホ系の結合を介して隣接部分と共有結合する。一部の実施形態では、ホスホ系の結合はホスホロチオエート結合、ホスホロアセテート結合又はホスホジエステル結合である。
【０１６０】
一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれは独立してＣ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５又はＣ６のアルキル部分、任意でＣ３［プロパン、−（ＣＨ２）３−］部分又はその誘導体、たとえば、プロパノール（Ｃ３−ＯＨ）、プロパンジオール、又はプロパンジオールのホスホジエステル誘導体（「Ｃ３Ｐｉ」）を含む。好まれる実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれは２つの炭化水素部分を含み、一例ではＣ３−Ｃ３である。各Ｃ３は共有結合、好ましくはホスホ系の結合を介して隣接Ｃ３と共有結合する。一部の実施形態では、ホスホ系の結合はホスホロチオエート結合、ホスホロアセテート結合又はホスホジエステル結合である。
【０１６１】
一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれは独立してプロパノール、リン酸プロピル、プロピルホスホロチオエート、それらの組み合わせ又はそれらの複数から選択される。
【０１６２】
非限定の例となる非ヌクレオチド部分を以下の図に示す。
【化１】
2014509511.tif 000004
【０１６３】
構造Ａ１及び構造Ａ２の一部の実施形態では、Ｚ又はＺ’の少なくとも一方が存在し、それが存在する鎖に共有結合する少なくとも２つの非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ又はＺ’のそれぞれは独立してＣ３アルキル、Ｃ３アルコール又はＣ３エステルの部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ’は存在せず、Ｚが存在し、非ヌクレオチドＣ３部分を含む。一部の実施形態では、Ｚは存在せず、Ｚ’が存在し、非ヌクレオチドＣ３部分を含む。
【０１６４】
構造Ａ１及びＡ２の一部の実施形態では、Ｎ及びＮ’のそれぞれは未修飾のヌクレオチドである。一部の実施形態では、Ｎ又はＮ’の少なくとも一方は化学的に修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分である。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド、脱塩基リボース部分及び脱塩基デオキシリボース部分から選択される。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチド、好ましくはＬ−ＤＮＡ部分である。一部の実施形態では、Ｎ又はＮ’の少なくとも一方は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。
【０１６５】
一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に完全に相補性である。他の実施形態では、（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に実質的に相補性である。
【０１６６】
他の実施形態では、構造Ａ１又は構造Ａ２の化合物は糖残基にて修飾された少なくとも１つのリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、化合物は糖残基における２’位での修飾を含む。一部の実施形態では、２’位での修飾にはアミノ、フルオロ、アルコキシ又はアルキルの部分の存在が含まれる。特定の実施形態では、２’位での修飾にはアルコキシ部分が含まれる。好まれる実施形態では、アルコキシ部分はメトキシ部分（２’−Ｏ−メチル；２’−ＯＭｅ；２’−ＯＣＨ３としても知られる）である。一部の実施形態では、核酸化合物は、アンチセンス鎖及びセンス鎖の一方又は双方にて２’−ＯＭｅ糖修飾された交互のリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、化合物はアンチセンス鎖、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘのみにて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、アンチセンス鎖の真ん中のリボヌクレオチド、たとえば、１９量体鎖における１０位のリボヌクレオチドは修飾されない。種々の実施形態では、核酸化合物は少なくとも５つの交互の２’−ＯＭｅ糖修飾された及び未修飾のリボヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、構造Ａ１又は構造Ａ２の化合物は、交互の位置にて修飾されたリボヌクレオチドを含み、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの５’及び３’末端での各リボヌクレオチドは糖残基で修飾され、（Ｎ）ｙ又はＮ２−（Ｎ）ｙの５’及び３’末端での各リボヌクレオチドは糖残基で未修飾である。
【０１６７】
一部の実施形態では、二本鎖分子は以下の修飾の１以上を含む。
（ａ）アンチセンス鎖の５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにおけるＮは２’，５’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドから選択される；
（ｂ）センス鎖の５’末端から９又は１０位の少なくとも１つにおけるＮ’は２’，５’ヌクレオチド又はシュードウリジンから選択される；
（ｃ）（Ｎ’）ｙの３’末端位置での連続する４、５又は６位におけるＮ’は２’，５’ヌクレオチドを含む。
【０１６８】
一部の実施形態では、二本鎖分子は以下の修飾の組み合わせを含む。
（ａ）アンチセンス鎖は５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにて２’，５’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドを含み；且つ
（ｂ）センス鎖は５’末端から９又は１０位にて２’，５’ヌクレオチド及びシュードウリジンの少なくとも１つを含む。
【０１６９】
一部の実施形態では、二本鎖分子は以下の修飾の組み合わせを含む。
（ａ）アンチセンス鎖は２’，５’ヌクレオチド又は５’末端から５、６、７、８又は９位の少なくとも１つにてミラーヌクレオチドを含み；且つ
（ｃ）センス鎖は３’末端から２番目又は３’末端の位置にて４、５又は６の連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。
【０１７０】
一部の実施形態では、センス鎖［（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘ］は１、２、３、４、５、６、７、８、又は９の２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖は、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アンチセンス鎖は１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アンチセンス鎖は３、５、７、９、１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖は１以上の２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖におけるピリミジンヌクレオチドはすべて２’−ＯＭｅ糖修飾される。一部の実施形態では、センス鎖は２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンを含む。
【０１７１】
構造Ａ１及び構造Ａ２の一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は独立して３’末端及び５’末端にてリン酸化される又はリン酸化されない。構造Ａ１及び構造Ａ２の一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は３’及び５’の末端にてリン酸化されない。他の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は３’末端にてリン酸化される。
【０１７２】
構造Ａ１及び構造Ａ２の一部の実施形態では、（Ｎ）ｙはミラーヌクレオチド、２’，５’ヌクレオチド及びＴＮＡから選択される少なくとも１つの非定型の部分を含む。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチドである。種々の実施形態では、ミラーヌクレオチドはＬ−リボヌクレオチド（Ｌ−ＲＮＡ）及びＬ−デオキシリボヌクレオチド（Ｌ−ＤＮＡ）から選択される。好まれる実施形態では、ミラーヌクレオチドはＬ−ＤＮＡである。特定の実施形態では、センス鎖は（５’末端から）９又は１０位にて非定型の部分を含む。好まれる実施形態では、センス鎖は（５’末端から）９位にて非定型の部分を含む。一部の実施形態では、センス鎖は長さ１９ヌクレオチドであり、（５’末端から）１５位にて４、５又は６の連続する非定型の部分を含む。一部の実施形態では、センス鎖は１５、１６、１７及び１８位にて４の連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、センス鎖は１５、１６、１７、１８及び１９位にて５の連続する２’，５’ヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、センス鎖はさらにＺ’を含む。一部の実施形態では、Ｚ’はＣ３ＯＨ部分又はＣ３Ｐｉ部分を含む。
【０１７３】
構造Ａ１の一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは少なくとも１つのＬ−ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは１〜１７及び１９位における未修飾のリボヌクレオチド及び３’末端の２番目の位置（１８位）における１つのＬ−ＤＮＡから成る。他の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは１〜１６及び１９位における未修飾のリボヌクレオチド及び３’末端の２番目の位置（１７及び１８位）における２つのＬ−ＤＮＡから成る。種々の実施形態では、非定型の部分は２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドである。種々の実施形態によれば、（Ｎ’）ｙは２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって連結される３’末端での２、３、４、５又は６の連続するリボヌクレオチドを含む。一実施形態では、（Ｎ’）ｙの３’末端における４つの連続するヌクレオチドは３つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され、その際、２’，５’ホスホジエステル結合を形成する２’，５’ヌクレオチドの１以上が３’−Ｏ−メチル（３’ＯＭｅ）糖修飾をさらに含む。好ましくは、（Ｎ’）ｙの３’末端のヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、１５、１６、１７、１８及び１９位にて２以上の連続するヌクレオチドを含み、２’，５’ヌクレオチド間結合（２’，５’ヌクレオチド）によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、２’，５’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは３’デオキシリボースヌクレオチド又は３’メトキシヌクレオチド（３’ＯＨの代わりに３’Ｈ又は３’ＯＭｅ）を含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、１５〜１６、１６〜１７及び１７〜１８位の間で隣接するヌクレオチドが２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結されるように１５、１６及び１７位にて、又は１５〜１６、１６〜１７、１７〜１８及び１８〜１９位の間で隣接するヌクレオチドが２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結されるように１５、１６、１７、１８及び１９位にて２’，５’ヌクレオチドを含み、１６〜１７、１７〜１８及び１８〜１９位の間で隣接するヌクレオチドが２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結されるように３’ＯＨが、３’末端ヌクレオチドにて又は１６、１７及び１８位にて利用可能である。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、それぞれ、１６〜１７及び１７〜１８位間で又は１７〜１８及び１８〜１９位間で又は１５〜１６及び１７〜１８位間で２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドが連結されるように、１６及び１７位又は１７及び１８位又は１５及び１７位にて２’，５’ヌクレオチドを含む。他の実施形態では、（Ｎ’）ｙにおけるピリミジンリボヌクレオチド（ｒＵ、ｒＣ）は２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドで置換される。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、４つの２’，５’結合、特にヌクレオチド位置１５〜１６、１６〜１７、１７〜１８及び１８〜１９の間での結合によって連結される３’末端における５つの連続するヌクレオチドを含む。
【０１７４】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、４つの２’５’結合によって連結される３’末端における５つの連続するヌクレオチドを含み、任意でさらに、逆位脱塩基部分及びＣ３アルキル［Ｃ３；１,３−プロパンジオールモノ（リン酸二水素）］キャップから独立して選択されるＺ’及びｚ’を含む。一部の実施形態では、Ｃ３アルキルキャップは３’又は５’末端のヌクレオチドに共有結合する。一部の実施形態では、３’のＣ３末端キャップはさらに３’リン酸を含む。一部の実施形態では、３’のＣ３末端キャップはさらに３’末端ヒドロキシル基を含む。
【０１７５】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、１８位にてＬ−ＤＮＡを含み；（Ｎ’）ｙは任意でさらに逆位脱塩基部分及びＣ３アルキル［Ｃ３；１,３−プロパンジオールモノ（リン酸二水素）］キャップから独立して選択されるＺ’及びｚ’を含む。
【０１７６】
一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、３’末端のリン酸を含む（すなわち、３’末端でリン酸化される）。一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、３’末端のヒドロキシルを含む。
【０１７７】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘは１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位又は２、４、６、８、１１、１３、１５、１７、１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘは２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘにおけるピリミジンはすべて２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。
【０１７８】
構造Ａ２の一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２はリボアデノシン部分である。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは、４つの２’，５’結合、特にヌクレオチド位置１５〜１６、１６〜１７、１７〜１８及び１８〜１９の間での結合によって連結される３’末端における５つの連続するヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、結合はホスホジエステル結合を含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは、４つの２’，５’結合によって連結される３’末端における５つの連続するヌクレオチドを含み、任意でさらに逆位脱塩基部分及びＣ３アルキル［Ｃ３；１,３−プロパンジオールモノ（リン酸二水素）］キャップから独立して選択されるＺ’及びｚ’を含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは、１８位にてＬ−ＤＮＡを含み、任意でさらに逆位脱塩基部分及びＣ３アルキル［Ｃ３；１,３−プロパンジオールモノ（リン酸二水素）］キャップから独立して選択されるＺ’及びｚ’を含む。一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、３’末端のリン酸を含む。一部の実施形態では、Ｎ２−（Ｎ’）ｙは、３’末端のヒドロキシルを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位又は１、３、５、９、１１、１３、１５、１７、１９位又は３、５、９、１１、１３、１５、１７位又は２、４、６、８、１１、１３、１５、１７、１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、（５’末端から）１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位又は３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７、１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。
【０１７９】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘにおけるピリミジンはすべて２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖はさらに、５、６又は７位（５’>３’）にてＬ−ＤＮＡ又は２’，５’ヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アンチセンス鎖はさらに、５〜６位又は６〜７位（５’>３’）におけるリボヌクレオチド間で２’，５’ヌクレオチド間結合を生成するリボヌクレオチドを含む。
【０１８０】
追加の実施形態では、Ｎ１−（Ｎ）ｘはさらに、非ヌクレオチドのオーバーハングからなるＺを含む。一部の実施形態では、非ヌクレオチドのオーバーハングはＣ３−Ｃ３［１,３−プロパンジオールモノ（リン酸二水素］２である。
【０１８１】
構造Ａ２の一部の実施形態では、（Ｎ）ｙは少なくとも１つのＬ−ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１〜１６及び１８位における未修飾のリボヌクレオチドと３’末端の２番目の位置（１７位）におけるＬ−ＤＮＡから成る。他の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１〜１５及び１８位における未修飾のリボヌクレオチドと３’末端の２番目の位置（１６及び１７位）における２つの連続するＬ−ＤＮＡから成る。種々の実施形態では、非定型の部分は、２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドである。種々の実施形態によれば、（Ｎ’）ｙは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結される３’末端における２、３、４、５又は6の連続するリボヌクレオチドを含む。一実施形態では、（Ｎ’）ｙの３’末端での４つの連続するヌクレオチドが２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され、その際、２’，５’ホスホジエステル結合を形成する２’，５’ヌクレオチドの１以上がさらに３’−Ｏ〜メチル（３’ＯＭｅ）糖修飾を含む。好ましくは、（Ｎ’）ｙの３’末端のヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙにおいて１４、１５、１６、１７及び１８位における２以上の連続するヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、２’，５’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは３’デオキシリボースヌクレオチド又は３’メトキシヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１５〜１６、１６〜１７及び１７〜１８位の間にて又は１６〜１７及び１７〜１８位の間にて２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１４〜１５、１５〜１６、１６〜１７及び１７〜１８位の間で、又は１５〜１６、１６〜１７及び１７〜１８位の間で、又は１６〜１７及び１７〜１８位の間で、又は１７〜１８位の間で、又は１５〜１６及び１７〜１８位の間で２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。他の実施形態では、（Ｎ’）ｙにおけるピリミジンリボヌクレオチド（ｒＵ、ｒＣ）は２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドで置換される。
【０１８２】
構造Ａ１及び構造Ａ２の一部の実施形態では、各Ｎは未修飾のリボヌクレオチドから成る。構造Ａ１及び構造Ａ２の一部の実施形態では、各Ｎ’は未修飾のリボヌクレオチドから成る。好まれる実施形態では、Ｎ及びＮ’の少なくとも１つは修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分である。
【０１８３】
他の実施形態では、構造Ａ１又は構造Ａ２の分子は、糖残基で修飾された少なくとも１つのリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、化合物は糖残基の２’位における修飾を含む。一部の実施形態では、２’位における修飾にはアミノ、フルオロ、アルコキシ又はアルキル部分の存在が含まれる。特定の実施形態では、２’の修飾にはアルコキシ部分が含まれる。好まれる実施形態では、アルコキシ部分はメトキシ部分（２’−Ｏ−メチル；２’−ＯＭｅ；２’−ＯＣＨ３としても知られる）である。一部の実施形態では、核酸化合物はアンチセンス鎖及びセンス鎖の一方又は双方で２’−ＯＭｅ糖修飾された交互のリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、化合物は、アンチセンス鎖、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、アンチセンス鎖の真ん中のリボヌクレオチド、たとえば、１９量体鎖における１０位のリボヌクレオチドは修飾されない。種々の実施形態では、核酸化合物は少なくとも５つの交互の２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドを含む。
【０１８４】
追加の実施形態では、構造Ａ１又は構造Ａ２の化合物は、交互の位置で未修飾のリボヌクレオチドを含み、その際、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの５’及び３’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾され、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’及び３’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾されない。
【０１８５】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘは２、４、６、８、１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅで修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、（Ｎ）ｘ（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘは１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅで修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘは２’−ＯＭｅで修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘにおけるピリミジンヌクレオチドはすべて２’−ＯＭｅで修飾される。一部の実施形態では、（Ｎ）ｙ又はＮ２−（Ｎ）ｙは２’−ＯＭｅで修飾されたピリミジンを含む。追加の実施形態では、構造Ａ１又は構造Ａ２の化合物は交互の位置で修飾されたリボヌクレオチドを含み、その際、（Ｎ）ｘ又はＮ１−（Ｎ）ｘの５’及び３’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾され、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’及び３’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾されない。
【０１８６】
本明細書で開示される核酸分子は、たとえば、Ｚ及びｚ"が存在しない場合又はＺ’が存在しない場合、一方の末端で平滑末端を有する。核酸分子は、センス鎖又はアンチセンス鎖のいずれかに沿ってどの位置に位置してもよい修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分によって修飾され得る。核酸分子は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５の修飾されたヌクレオチドを含み得る。核酸分子は、約１、２、３、４、５、６、７又は８の非定型の部分を含み得る。核酸分子は、約１、２、３、４、５、６、７又は８の、好ましくは１、２、３又は４の隣接する修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分の群を含み得る。修飾された核酸は、センス鎖のみ、アンチセンス鎖のみ、又はセンス鎖とアンチセンス鎖の双方に存在し得る。一部の実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルで修飾されたヌクレオチド、２’−デオキシフルオロで修飾されたヌクレオチド、２’−アミノで修飾されたヌクレオチドを含む２’−糖修飾されたヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド（すなわち、Ｌ−ＤＮＡ又はＬ−ＲＮＡ）又は２’，５’結合を形成することができるヌクレオチド（２’５’ヌクレオチド）を含む。
【０１８７】
本明細書で使用されるとき、用語「二本鎖領域」は、２つの相補性又は実質的に相補性のオリゴヌクレオチドが、通常ワトソン／クリック型塩基対によって又は二本鎖形成を可能にする任意の他の様式によって互いに塩基対を形成する二本鎖分子における領域を指す。たとえば、１９ヌクレオチド単位を有するオリゴヌクレオチド鎖は１９ヌクレオチド単位の相補性のオリゴヌクレオチドによって塩基対になることができ、又は「二本鎖領域」が１５、１６、１７若しくは１８の塩基対から成るように各鎖における１５、１６、１７若しくは１８の塩基によって塩基対になることができる。残りの塩基対は、たとえば、５’及び３’のオーバーハングとして存在し得る。さらに、二本鎖領域の範囲内で、１００％の相補性が求められることはなく、実質的な相補性が二本鎖領域の範囲内で許される。オーバーハング領域はヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分から成る。本明細書で開示されるとき、少なくとも１つのオーバーハング領域は１以上の非ヌクレオチド部分から成る。
【０１８８】
一般的な非限定の核酸分子パターンを以下に示すが、その際、Ｎ’＝二本鎖領域におけるセンス鎖ヌクレオチド；ｚ"＝センス鎖の５’末端で共有結合する５’キャッピング部分；Ｃ３＝３炭素非ヌクレオチド部分；Ｎ＝二本鎖領域におけるアンチセンス鎖ヌクレオチド；ｉｄＢ＝逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド非ヌクレオチド部分である。各Ｎ、Ｎ’は独立して修飾され、又は未修飾であり、又は非定型の部分である。センス鎖及びアンチセンス鎖はそれぞれ独立して長さ１８〜４０のヌクレオチドである。以下で提供する例は１９ヌクレオチドの二本鎖領域を有するが、本明細書で開示される核酸分子は１８〜４０ヌクレオチドの間のいずれかで二本鎖領域を有することができ、その際、各鎖は独立して長さ１８〜４０の間のヌクレオチドである。各二本鎖でアンチセンス鎖（Ｎ）ｘを上に示す。構造Ａ１に従ってｄｓＲＮＡを生成するのに有用な好まれる１９量体のセンス配列及びアンチセンス配列は、配列番号：１３〜３０６０（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜８６１２（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１３９２４（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１６８８２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜１９０４６（ＴＩＲＡＰを標的とする）に示される。構造Ａ２に従ってｄｓＲＮＡを生成するのに有用な好まれる１８量体のセンス配列及びアンチセンス配列は、配列番号：３０６１〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：８６１３〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１３９２５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６８８３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１９０４７〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）に示される。ｄｓＮＡを生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は表１〜５に示される。
【０１８９】
一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は以下の構造を有し、その際、各Ｎ又はＮ’は未修飾のリボヌクレオチド、修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分を含む。
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’    Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＰｉＣ３−ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＰｉＣ３−ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−ａＢ−ａＢ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−ａＢ−ａＢ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−ｉｄＢ−ｉｄＢ
３’  ａＢ〜ａＢ〜Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−ａＢ−ａＢ
３’  ａＢ〜ａＢ〜Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ
３’  ａＢ〜ａＢ〜Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＰｉＣ３−ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＰｉＣ３−ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ
３’  Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ
３’  ＯＨＣ３−ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ
３’  ＯＨＣ３−ＰｉＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
【０１９０】
一部の好まれる実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は以下の構造を有する。
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ
３’  ｉＰＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
式中、Ｎ及びＮ’は独立して、修飾されてもよく、未修飾であってもよいリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり；
式中、各Ｎは共有結合によって隣接Ｎに連結され；
式中、各Ｎ’は共有結合によって隣接Ｎ’に連結され；
式中、ｚ"はセンス鎖の５’末端に共有結合するキャッピング部分である。
【０１９１】
用語「ａＢ」は、リボ脱塩基部分又はデオキシリボ脱塩基部分又は逆位リボ脱塩基部分又は逆位デオキシリボ脱塩基部分であることができる脱塩基部分を指す。
【０１９２】
一部の実施形態では、本明細書で開示される核酸分子はＺを含む。他の実施形態では、本明細書で開示される核酸分子はＺ’を含む。追加の実施形態では、Ｚ及びＺ’の双方が存在する。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’は双方が存在し、同一である。さらなる実施形態では、Ｚ及びＺ’は双方が存在し、異なる。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’は独立して１又は２の非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’は独立して２の非ヌクレオチド部分を含む。
【０１９３】
一部の実施形態では、Ｚが存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はその誘導体、及び無機リン酸部分から選択される１以上の非ヌクレオチド部分を含む。
【０１９４】
追加の実施形態では、Ｚ’が存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はその誘導体、及び無機リン酸部分から選択される１以上の非ヌクレオチド部分を含む。
【０１９５】
追加の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’が存在し、独立して、１以上のヌクレオチド及び本明細書で開示される部分から選択される１以上の非ヌクレオチドの組み合わせを含む。
【０１９６】
一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’のそれぞれは、脱塩基部分、任意でデオキシリボ脱塩基（本明細書では「ｄＡｂ］と呼ぶ）部分又はリボ脱塩基（本明細書では「ｒＡｂ］と呼ぶ）部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれはｄＡｂ−ｄＡｂ又はｒＡｂ−ｒＡｂである。
【０１９７】
一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれは独立してアルキル部分、任意でプロパンジオールのホスホジエステル誘導体（（ＣＨ２）３−Ｐｉ、「Ｃ３Ｐｉ」とも呼ぶ）で修飾された部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’はＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉである。特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、Ｚは２つのプロパンジオール誘導体Ｃ３−Ｃ３（すなわち、Ｃ３−Ｐｉ−Ｃ３−Ｐｉ）を含む。種々の実施形態では、Ｃ３部分はホスホジエステル結合を介してセンス鎖又はアンチセンス鎖の３’末端に共有結合する。
【０１９８】
追加の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’は、１以上の脱塩基部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は１以上の炭化水素部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は１以上の脱塩基部分と炭化水素部分の組み合わせを含む。そのような実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’は任意でＣ３−ｒＡｂ又はＣ３−ｄＡｂである。
【０１９９】
構造Ａ１又はＡ２に関するさらなる実施形態では、核酸分子はさらにアンチセンス鎖の２、４、６、８、１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、化合物はまたセンス鎖の１８位にてＬ−ＤＮＡヌクレオチドも含む。追加の実施形態では、化合物は２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙにおける１５〜１９又は１６〜１９又は１７〜１９位におけるヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結される。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙにおける１５〜１９又は１６〜１９又は１７〜１９又は１５〜１８又は１６〜１８位におけるヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結される。
【０２００】
特定の実施形態によれば、本明細書で提供されるのは、１以上の修飾されたヌクレオチドをさらに含むｓｉＲＮＡのようなｄｓＲＮＡ化合物であり、その際、修飾されたヌクレオチドは、糖部分、塩基部分又はヌクレオチド間結合部分にて修飾を持つ。
【０２０１】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは修飾されたリボヌクレオチド及び未修飾のリボヌクレオチドを含み、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘの３’末端におけるＮは修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘは３’末端で開始する少なくとも５つの交互の修飾されたリボヌクレオチド及び合計少なくとも９の修飾されたリボヌクレオチドを含み、残りの各Ｎは未修飾のリボヌクレオチドである。
【０２０２】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙの少なくとも一方が少なくとも１つのミラーヌクレオチドを含む。（Ｎ’）ｙにおける一部の実施形態では、少なくとも１つの非定型の部分が存在し、非定型の部分は、脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、修飾された若しくは未修飾のデオキシリボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチド、又は本明細書で開示される任意の他の非定型の部分であり得る。
【０２０３】
一部の実施形態では、非定型の部分はＬ−ＤＮＡミラーヌクレオチドであり；追加の実施形態では、少なくとも１つの非定型の部分が（Ｎ’）ｙにおける１５、１６、１７又は１８位に存在する。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド、脱塩基リボース部分、及び脱塩基デオキシリボース部分から選択される。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド、好ましくはＬ−ＤＮＡ部分である。一部の実施形態では、Ｌ−ＤＮＡ部分は１７位、１８位、又は１７と１８位に存在する。
【０２０４】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは９の交互に存在する修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、（Ｎ）ｘは２位にて２’修飾されたヌクレオチドをさらに含む９交互に存在する修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは、奇数の１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位にて２’−ＯＭｅ修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、（Ｎ）ｘは２位及び１８位の一方又は双方で２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドをさらに含む。さらに他の実施形態では、（Ｎ）ｘは２、４、６、８、１１、１３、１５、１７、１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘにおける少なくとも１つのピリミジンリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘにおけるピリミジンリボヌクレオチドはすべて２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘにおける２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５のピリミジンリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。
【０２０５】
種々の実施形態では、ｚ"が存在し、脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分；Ｃ６−アミノ−Ｐｉ；ミラーヌクレオチドから選択される。
【０２０６】
核酸分子の一実施形態では、（Ｎ’）ｙは、２’，５’ホスホジエステル結合によって連結される、（Ｎ’）ｙの５’及び３’末端のいずれか又は双方にて少なくとも２つのヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり；（Ｎ）ｘにおいてヌクレオチドは修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾され、（Ｎ）ｘの真ん中に位置するリボヌクレオチドは未修飾であり；（Ｎ’）ｙの３’末端にて３つのヌクレオチドが２つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結される。他の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり；（Ｎ）ｘにおいてヌクレオチドは修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾され、（Ｎ）ｘの真ん中に位置するリボヌクレオチドは未修飾であり；（Ｎ’）ｙの５’末端にて４つの連続するヌクレオチドが３つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結される。さらなる実施形態では、（Ｎ）ｙの中央位置に位置する追加のヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾されたリボヌクレオチドであり得る。別の実施形態では、（Ｎ）ｘにおいてヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、（Ｎ’）ｙにおいて５’末端の４つの連続するヌクレオチドは３つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され、５’末端のヌクレオチド又は５’末端における２又は３の連続するヌクレオチドは３’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含む。
【０２０７】
構造（Ａ１）の特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙにおいて少なくとも１つの位置でのヌクレオチドはミラーヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド及び２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。
【０２０８】
構造（Ａ１）の特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙはミラーヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、ミラーヌクレオチドはＬ−ＤＮＡヌクレオチドである。特定の実施形態では、Ｌ−ＤＮＡはＬ−デオキシリボシチジンである。一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは１８位にてＬ−ＤＮＡを含む。他の実施形態では、（Ｎ’）ｙは１７位及び１８にてＬ−ＤＮＡを含む。特定の実施形態では、（Ｎ’）ｙは２位及び１７位と１８位の一方又は双方にてＬ−ＤＮＡ置換を含む。ｘ＝ｙ＝２１又はｘ＝ｙ＝２３である構造（Ａ１）の他の実施形態が予想され、これらの実施形態では、１５、１６、１７、１８位の代わりに上記で議論された（Ｎ’）ｙのための修飾は、２１量体については１７、１８、１９、２０位であり、２３量体については１９、２０、２１、２２であり、同様に、１７位と１８位の一方又は双方における修飾は、２１量体については１９位又は２０位の一方又は双方であり、２３量体については２１位及び２２位の一方又は双方である。１９量体における修飾はすべて同様に２１量体及び２３量体について調整される。
【０２０９】
構造Ａ１又はＡ２の種々の実施形態によれば、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙにおける３’末端での２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４の連続するリボヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結される。一実施形態では、（Ｎ’）ｙの３’末端での４つの連続するヌクレオチドは２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され、２’，５’ホスホジエステル結合を形成する２’，５’ヌクレオチドはさらに３’−Ｏメチル糖修飾を含む。好ましくは、（Ｎ’）ｙの３’末端のヌクレオチドは２’−Ｏメチル糖修飾を含む。構造（Ａ１）の特定の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙにおいて１５、１６、１７、１８、及び１９位の２以上の連続するヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、２’，５’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは３’デオキシリボースヌクレオチド又は３’メトキシヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙにおける１７位及び１８位のヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結される。他の実施形態では、（Ｎ’）ｙにおける１６、１７、１８、１６〜１７、１７〜１８、又は１６〜１８位のヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結される。
【０２１０】
特定の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、２位にてＬ−ＤＮＡ及び１６、１７、１８、１６〜１７、１７〜１８、又は１６〜１８位にて２’，５’ヌクレオチド間結合を含む。特定の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、１６、１７、１８、１６〜１７、１７〜１８、又は１６〜１８位における２’，５’ヌクレオチド間結合、及び５’末端のキャップヌクレオチドを含む。
【０２１１】
核酸分子の一実施形態では、３’末端のヌクレオチド又は（Ｎ’）ｙの３’末端での２又は３の連続するヌクレオチドはＬ−デオキシリボヌクレオチドである。
【０２１２】
核酸分子の他の実施形態では、（Ｎ’）ｙにおいていずれかの末端での２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３若しくは１４の連続するリボヌクレオチド、又は５’及び３’末端のそれぞれでの２〜８の修飾されたヌクレオチドは独立して２’糖修飾されたヌクレオチドである。一部の実施形態では２’糖修飾は、アミノ、フルオロ又はアルキルの部分の存在を含む。特定の実施形態では、２’糖修飾はメトキシ部分（２’−ＯＭｅ）を含む。
【０２１３】
一実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’末端における３、４又は５の連続するヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾を含む。別の実施形態では（Ｎ’）ｙの３’末端における３つの連続するヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。
【０２１４】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙ又はさらなるものにおける構造Ａ１又はＡ２の一部の実施形態では、いずれかの末端での連続するリボヌクレオチド又は５’及び３’末端のそれぞれにおける２〜８の修飾されたヌクレオチドは独立して二環式ヌクレオチドである。種々の実施形態では、二環式ヌクレオチドはロックされた核酸（ＬＮＡ）である。２’−Ｏ，４’−Ｃ−エチレン架橋した核酸（ＥＮＡ）はＬＮＡの一種である。
【０２１５】
種々の実施形態では、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙは５’末端又は３’及び５’末端の双方で修飾されたヌクレオチドを含む。
【０２１６】
構造Ａ１又はＡ２の一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙの３’及び５’末端のいずれか又は双方での少なくとも２つのヌクレオチドはＰ−エトキシ主鎖修飾によって連結される。（Ｎ）ｘにおける特定の実施形態ｘ＝ｙ＝１９又はｘ＝ｙ＝２３では、ヌクレオチドは、修飾されたリボヌクレオチドと非修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘの真ん中位置に位置するリボヌクレオチドは修飾されず、（Ｎ’）ｙの３’末端又は５’末端における４つの連続するヌクレオチドはＰ−エトキシ主鎖修飾によって連結される。別の実施形態では、（Ｎ’）ｙの３’末端又は５’末端における３つの連続するヌクレオチドはＰ−エトキシ主鎖修飾によって連結される。
【０２１７】
（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙ以上における構造Ａ１又はＡ２の一部の実施形態では、５’及び３’末端のそれぞれにおける２、３、４、５、６、７、又は８の連続するリボヌクレオチドは独立してミラーヌクレオチド、２’，５’ホスホジエステル結合によって連結されるヌクレオチド、２’−ＯＭｅ糖修飾されたヌクレオチド、又は二環式ヌクレオチドである。一実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’及び３’末端は同一である。一実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’末端における４つの連続するヌクレオチドは３つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され、（Ｎ’）ｙの３’末端における３つの連続するヌクレオチドは２つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結される。別の実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’末端における修飾は（Ｎ’）ｙの３’末端における修飾とは異なる。一実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’末端における修飾されたヌクレオチドは、ミラーヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙの３’末端における修飾されたヌクレオチドは２’，５’ホスホジエステル結合によって連結される。別の特定の実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’末端における３つの連続するヌクレオチドはＬＮＡヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙの３’末端における３つの連続するヌクレオチドは２つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結される。（Ｎ）ｘでは、ヌクレオチドは、修飾されたリボヌクレオチドと非修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘの真ん中に位置するリボヌクレオチドは修飾されず、又は（Ｎ）ｘにおけるリボヌクレオチドは修飾されない。
【０２１８】
構造Ａ１の別の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ｘ＝ｙ＝１９であり；（Ｎ）ｘでは、ヌクレオチドは、修飾されたリボヌクレオチドと非修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘの真ん中位置に位置するリボヌクレオチドは修飾されず、（Ｎ’）ｙの３’末端における３つのヌクレオチドは２つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され、（Ｎ’）ｙの５’末端における３つのヌクレオチドはＥＮＡのようなＬＮＡであり；且つＺ及び／又はＺ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分、又は１以上の非ヌクレオチドと１以上のヌクレオチドの組み合わせを含む化合物である。一部の実施形態では、ＺはＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ；Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ；ｄＡｂ−ｄＡｂ及びｒＡｂ−ｒＡｂから選択される。
【０２１９】
別の実施形態では、（Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端における５つの連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−メチル糖修飾を含み、（Ｎ’）ｙの３’末端における２つの連続するヌクレオチドはＬ−ＤＮＡである。
【０２２０】
Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙにおける他の実施形態によれば、５’又は３’末端のヌクレオチド、又はいずれかの末端における２、３、４、５又は６の連続するヌクレオチド又は５’及び３’末端のそれぞれにおける１〜４の修飾されたヌクレオチドは独立して、ホスホノカルボキシレート又はホスフィノカルボキシレートヌクレオチド（ＰＡＣＥヌクレオチド）である。一部の実施形態では、ＰＡＣＥヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドである。Ｎ’）ｙ又はＮ２−（Ｎ’）ｙにおける一部の実施形態では、５’及び３’末端のそれぞれにおける１又は２の連続するヌクレオチドはＰＡＣＥヌクレオチドである。ＰＡＣＥヌクレオチド及び類似体の例は、双方とも参照によって組み入れられる米国特許第６，６９３，１８７号及び同第７，０６７，６４１号に開示されている。
【０２２１】
構造（Ａ１）の一実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘは、３’末端にて２’，５’ヌクレオチド間結合１つによって２つの連続するヌクレオチドが連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み；（Ｎ’）ｙは５’末端にて２’，５’ヌクレオチド間結合１つによって２つの連続するヌクレオチドが連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み；且つＺ及び／又はＺ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分、又は１以上の非ヌクレオチドと１以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。Ｚは、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ；Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ；Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ；ｄＡｂ−ｄＡｂ及びｒＡｂ−ｒＡｂから選択され、各Ｃ３、ｒＡｂ、ｄＡｂはホスホノ系の結合を介して隣接するＣ３Ｐｉ、ｒＡｂ、ｄＡｂに共有結合する。一部の実施形態では、ホスホノ系の結合はホスホジエステル結合又はホスホロチオホスフェート結合である。
【０２２２】
一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり；（Ｎ）ｘは、３’末端における３つの連続するヌクレオチドが２’，５’ホスホジエステル結合によって一緒に連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み；（Ｎ’）ｙは、５’末端における４つの連続するヌクレオチドが２’，５’ホスホジエステル結合によって一緒に連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み；且つＺ及び／又はＺ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分、又は１以上の非ヌクレオチドと１以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態では、ＺはＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ；Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ；Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ；ｄＡｂ−ｄＡｂ及びｒＡｂ−ｒＡｂから選択され、各Ｃ３Ｐｉ、ｒＡｂ、ｄＡｂはホスホノ系の結合を介して隣接するＣ３Ｐｉ、ｒＡｂ、ｄＡｂに共有結合する。一部の実施形態では、ホスホノ系の結合はホスホジエステル結合又はホスホロチオホスフェート結合である。
【０２２３】
構造Ａ１又はＡ２の一実施形態によれば、（Ｎ’）ｙ又は（Ｎ’）ｙ− Ｎ２の５’末端における４つの連続するヌクレオチドはそれぞれ３つの２’，５’ホスホジエステル結合によって連結され；（Ｎ’）ｘの３’末端における３つの連続するヌクレオチドは２つの’，５’ホスホジエステル結合によって連結され；且つＺ及びＺ’は、独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分、又は１以上の非ヌクレオチドと１以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態では、ＺはＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ；Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ；Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ；；Ｃ３−ｄＡｂ；ｄＡｂ−ｄＡｂ及びｒＡｂ−ｒＡｂから選択される。（Ｎ’）ｙの５’末端における３つのヌクレオチド及び（Ｎ’）ｘの３’末端における２つのヌクレオチドは３’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾も含み得る。
【０２２４】
構造Ａ１又はＡ２の一実施形態では、（Ｎ’）ｙ又は（Ｎ’）ｙ−Ｎ２の５’末端における５つの連続するヌクレオチドはそれぞれ２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含み、（Ｎ’）ｘの３’末端における５つの連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含む。別の実施形態では、（Ｎ’）ｙの５’末端における１０の連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含み、（Ｎ’）ｘの３’末端における５つの連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含む。別の実施形態では、（Ｎ’）ｙ５’末端における１３の連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含み、（Ｎ’）ｘの３’末端における５つの連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含み；且つＺ及びＺ’は、独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分、又は１以上の非ヌクレオチドと１以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態では、Ｚは選択されたＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ；Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ；Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ；ｄＡｂ−ｄＡｂ及びｒＡｂ−ｒＡｂである。
【０２２５】
特定の実施形態では、（Ｎ’）ｙ又は（Ｎ’）ｙ−Ｎ２の５’末端における５つの連続するヌクレオチドは２’−Ｏ−Ｍｅ糖修飾を含み、（Ｎ’）ｙの３’末端における２つの連続するヌクレオチドはＬ−ＤＮＡである。加えて、化合物はさらに（Ｎ’）ｘの３’末端にて５つの連続する２’−Ｏメチル修飾されたヌクレオチドを含んでもよく、Ｚ及び／又はＺ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される１以上の非ヌクレオチド部分、又は１以上の非ヌクレオチドと１以上のヌクレオチドの組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、ＺはＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ；Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ；Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ；ｄＡｂ−ｄＡｂ及びｒＡｂ−ｒＡｂから選択される。
【０２２６】
構造Ａ１又はＡ２の種々の実施形態では、（Ｎ）ｘにおける修飾されたヌクレオチドは（Ｎ’）ｙにおける修飾されたヌクレオチドとは異なる。たとえば、（Ｎ）ｘにおける修飾されたヌクレオチドは２’糖修飾のヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙにおける修飾されたヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結されたヌクレオチドである。別の例では、（Ｎ）ｘにおける修飾されたヌクレオチドはミラーヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙにおける修飾されたヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結されたヌクレオチドである。別の例では、（Ｎ）ｘにおける修飾されたヌクレオチドは２’，５’ヌクレオチド間結合によって連結されたヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙにおける修飾されたヌクレオチドはミラーヌクレオチドである。
【０２２７】
一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、３’末端にて２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される２、３、４、５、６、７又は８のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ’）ｙは、３’末端から２番目にて２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される２、３、４、５、６、７又は８のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、３’末端にて２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される２、３、４又は５のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙは、３’末端にて、すなわち、１５、１６、１７、１８及び１９位（５’>３’）にて２’，５’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される５つのヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘは未修飾のリボヌクレオチドと交互である２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘは（５’>３’）３、５及び１１、１３、１５、１７及び１９位にて２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘはさらに６又は７位にてミラーヌクレオチド又は２’，５’ヌクレオチドを含む。
【０２２８】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘの配列は、（Ｎ’）ｙの配列に対して相補性を有し；（Ｎ’）ｙの配列は、標的遺伝子によってコードされるｍＲＮＡの範囲内での配列に対して同一性を有する。
【０２２９】
一部の好まれる実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は以下の構造を有する。
５’      Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ  
３’      ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’      Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ  
３’      ｉＰＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
式中、Ｎ及びＮ’は独立して未修飾でもよい若しくは修飾されてもよいリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり；
式中、各Ｎは共有結合によって隣接するＮに連結され；
式中、各Ｎ’は共有結合によって隣接するＮ’に連結され；
式中、Ｎの１〜１０は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドであり；
式中、５、６、７、８又は９位（５’>３’）のＮは２’，５’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドであり；
式中、１５〜１９位（５’>３’）のＮ’は２’，５’リボヌクレオチドであり；
式中、ｚ"は、センス鎖の５’末端に共有結合するキャッピング部分である。
【０２３０】
一部の好まれる実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は以下の構造を有する。
５’      Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ  
３’      ＨＯＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
又は
５’      Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ  Ｎ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ  
３’      ｉＰＣ３−Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’Ｎ’−ｚ"
式中、Ｎ及びＮ’は独立して未修飾でもよい若しくは修飾されてもよいリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり；
式中、各Ｎは共有結合によって隣接するＮに連結され；
式中、各Ｎ’は共有結合によって隣接するＮ’に連結され；
式中、Ｎの１〜１０は２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドであり；
式中、５、６、７、８又は９位（５’>３’）のＮは２’，５’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドであり；
式中、Ｎ’は１以上の２’−ＯＭｅ糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含み；
式中、９又は１０位（５’>３’）のＮは２’，５’リボヌクレオチドであり；
式中、ｚ"は、センス鎖の５’末端に共有結合するキャッピング部分である。
【０２３１】
構造（Ａ１〜Ａ２）の一部の実施形態では、センス鎖若しくはアンチセンス鎖のいずれか、又はセンス鎖及びアンチセンス鎖の双方が３’末端にて無機リン酸部分を含む。
【０２３２】
二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、３’末端でのＮは修飾されたリボヌクレオチドであり、（Ｎ）ｘは少なくとも８の修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、修飾されたリボヌクレオチドは２’−ＯＭｅ糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、少なくとも８の修飾されたリボヌクレオチドのうち少なくとも５つが３’末端にて開始して交互である。
【０２３３】
二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、ｚ"が存在し、脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分、Ｃ６−アミノ−Ｐｉ、ミラーヌクレオチドから選択される。
【０２３４】
（Ｎ’）ｙにおける二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、少なくとも１つの追加の非定型の部分が存在し、その非定型の部分は、脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、修飾された若しくは未修飾のデオキシリボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、非塩基対ヌクレオチド類似体、又は２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接するヌクレオチドに連結されるヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘも（Ｎ’）ｙも３’及び５’末端ではリン酸化されない。一部の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙの双方が３’末端でリン酸化される。さらに別の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのいずれか又は双方が非切断性のリン酸基を用いて３’末端にてリン酸化される。さらに別の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのいずれか又は双方が切断性又は非切断性のリン酸基を用いて末端２’末端位置にてリン酸化される。
【０２３５】
上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、Ｚが存在する。他の実施形態では、Ｚ’が存在する。追加の実施形態では、Ｚ及びＺ’の双方が存在する。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’双方が存在し、同一である。さらなる実施形態では、Ｚ及びＺ’双方が存在し、異なる。一部の実施形態では、Ｚ及びＺ’は独立して１、２、３、４又は５の非ヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分とヌクレオチドの組み合わせである。
【０２３６】
一部の実施形態では、Ｚが存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、（ＣＨ２）３のような炭化水素部分、及び無機リン酸部分から選択される１非以上のヌクレオチド部分を含む。
【０２３７】
追加の実施形態では、Ｚ’が存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、（ＣＨ２）３のような炭化水素部分、及び無機リン酸部分から選択される１非以上のヌクレオチド部分を含む。
【０２３８】
一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれは１又は２の非ヌクレオチド部分を含み、さらにヌクレオチドを含む。
【０２３９】
一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’は脱塩基部分、任意で、デオキシリボ−脱塩基部分（「ｄＡｂ」と呼ぶ）又はリボ脱塩基（「ｒＡｂ」と呼ぶ）部分を含む。一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’のそれぞれはｄＡｂ−ｄＡｂ又はｒＡｂ−ｒＡｂである。
【０２４０】
一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’は１以上の炭化水素部分、任意で（ＣＨ２）３−Ｐｉ（「Ｃ３Ｐｉ」と呼ぶ）を含む。一部の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’はＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；又はＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉである。
【０２４１】
追加の実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’は、脱塩基部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は炭化水素修飾部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は脱塩基部分と炭化水素修飾部分の組み合わせを含む。そのような実施形態では、Ｚ及び／又はＺ’は任意でＣ３Ｐｉ−ｒＡｂである。特定の実施形態ではＺのみが存在し、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ；Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉである。
【０２４２】
上述の構造の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの非ヌクレオチド部分を含む少なくとも１つの３’オーバーハング（Ｚ及び／又はＺ’）を含む。Ｚ及びＺ’は独立して１つの非ヌクレオチド部分及び１以上の共有結合した修飾された若しくは未修飾のヌクレオチド又は非定型の部分、たとえば、逆位ｄＴ若しくはｄＡ；ｄＴ、ＬＮＡ、ミラーヌクレオチド等を含む。Ｚ及び／又はＺ’が存在するｓｉＲＮＡは、Ｚ及び／又はＺ’が存在しない又はＺ及び／又はＺ’がｄＴｄＴであるｓｉＲＮＡと比べると、改善された活性及び／又は安定性及び／又はオフターゲット活性及び／又は低下した免疫応答を有する。
【０２４３】
上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、化合物は、１以上のホスホノカルボキシレート及び／又はホスフィノカルボキシレートヌクレオチド（ＰＡＣＥヌクレオチド）を含む。一部の実施形態では、ＰＡＣＥヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドであり、ホスフィノカルボキシレートヌクレオチドホスフィノアセテートヌクレオチドである。ＰＡＣＥヌクレオチド及び類似体の例は双方とも参照によって本明細書に組み入れられる米国特許第６，６９３，１８７号及び同第７，０６７，６４１号に開示されている。
【０２４４】
上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、化合物は、架橋された核酸又は二環式ヌクレオチドとしても定義される１以上のロックされた核酸（ＬＮＡ）を含む。例となるロックされた核酸には、２’−Ｏ，４’−Ｃ〜エチレンヌクレオシド（ＥＮＡ）又は２’−Ｏ，４’−Ｃ−メチレンヌクレオシドが挙げられる。ＬＮＡ及びＥＮＡの他の例は、すべて参照によって本明細書に組み入れられるＷＯ９８／３９３５２、ＷＯ００／４７５９９及びＷＯ９９／１４２２６に開示されている。
【０２４５】
上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、化合物は、１,５−アンヒドロ−２−デオキシ−Ｄ−アルトリト−ヘキシトールとしても定義される１以上のアルトリトールを含む（たとえば、すべて参照によって本明細書に組み入れられるAllart, et al., 1998. Nucleosides & Nucleotides 17:1523〜1526; Herdewijn et al., 1999. Nucleosides & Nucleotides 18:1371〜1376; Fisher et al., 2007, NAR 35(4):1064〜1074を参照）。
【０２４６】
本発明は、Ｎ及び／又はＮ’のそれぞれがデオキシリボヌクレオチド（ｄＡ、ｄＣ、ｄＧ、ｄＴ）である二本鎖化合物を排除する。特定の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙは独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０のデオキシリボヌクレオチドを含み得る。特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、Ｎのそれぞれが未修飾のリボヌクレオチドであり、（Ｎ’）ｙの３’末端ヌクレオチド又は３’末端における２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０のヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドである化合物である。さらなる実施形態では、（Ｎ）ｘの５’末端のヌクレオチド又は５’末端における２、３、４、５、６、７、８若しくは９の連続するヌクレオチド又は３’末端における１、２、３、４、５若しくは６の連続するヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドであり、Ｎ’のそれぞれは未修飾のリボヌクレオチドである。その上さらなる実施形態では、（Ｎ）ｘは、５’及び３’末端のそれぞれで独立して未修飾のリボヌクレオチド及び１又は２、３又は４の連続するデオキシリボヌクレオチド及び内部位置での１又は２、３、４、５又は６の連続するデオキシリボヌクレオチドを含み、Ｎ’のそれぞれは未修飾のリボヌクレオチドである。一部の実施形態では、Ｎの５’末端ヌクレオチド又はＮの２若しくは３の連続するもの及びＮ’の１、２若しくは３はデオキシリボヌクレオチドである。活性のあるＤＮＡ／ＲＮＡｓｉＲＮＡキメラの特定の例は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる米国特許公開２００５／０００４０６４及びＵｉ−Ｔｅｉ，２００８（ＮＡＲ３６（７）：２１３６〜２１５１）に開示されている。
【０２４７】
共有結合は１つのヌクレオチド単量体を隣接するヌクレオチド単量体に連結するヌクレオチド間結合を指す。共有結合には、たとえば、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、Ｐ−アルコキシ結合、Ｐ−カルボキシ結合等が挙げられる。ＲＮＡ及びＤＮＡの正常なヌクレオチド間結合は３’から５’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、共有結合はホスホジエステル結合である。共有結合には、とりわけＷＯ２００４／０４１９２４にて開示されたもののようなリンを含有しないヌクレオチド間結合が包含される。特に指示されない限り、本明細書で議論される構造の実施形態では、各連続するＮ又はＮ’の間での共有結合はホスホジエステル結合である。
【０２４８】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘのオリゴヌクレオチド配列は（Ｎ’）ｙのオリゴヌクレオチド配列に対して完全に相補性である。他の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙは実質的に相補性である。特定の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ｍＲＮＡにおける連続する配列に対して完全に相補性である。他の実施形態では、（Ｎ）ｘは標的ｍＲＮＡにおける連続する配列に対して実質的に相補性である。
【０２４９】
定義
便宜上、本明細書、実施例及びクレームで採用される特定の用語を本明細書で説明する。
【０２５０】
本明細書で使用されるとき、単数形態「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、内容が明瞭に指示さない限り、複数形態を含むことが留意されるべきである。
【０２５１】
「阻害剤」は、所望の生物学的な又は生理学的な効果を達成するのに十分な程度まで遺伝子の発現又はそのような遺伝子の産物の活性を（部分的に又は完全に）低減することが可能である化合物である。用語「阻害剤」は本明細書で使用されるとき、二本鎖の核酸阻害剤を指す。
【０２５２】
「ｄｓＲＮＡ阻害剤」又はｄｓＮＡ阻害剤は、所望の生物学的な又は生理学的な効果を達成するのに十分な程度まで遺伝子の発現又はそのような遺伝子の産物の活性を低減することが可能である二本鎖の核酸化合物又は分子を指す。用語「ｓｉＲＮＡ」は本明細書で使用されるとき、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、合成ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡの１以上を指す。本明細書で使用されるとき、遺伝子の発現に関して、用語「阻害する」、「下方調節する」又は「低減する」は、１以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニット（たとえば、ｍＲＮＡ）をコードする標的遺伝子の発現若しくはＲＮＡ分子若しくは同等のＲＮＡ分子のレベル、又は1以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性を、阻害剤（たとえば、核酸分子、たとえば、本明細書で記載されるような構造的特徴を有するｄｓＮＡ）の非存在下で見られるものを下回って低減すること、たとえば、発現が阻害剤非存在下で見られるものよりも９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％未満に低減され得ることを意味する。
【０２５３】
本明細書で使用されるとき、標的遺伝子の用語「阻害」は、遺伝子発現（転写又は翻訳）又は標的遺伝子のポリペプチド活性の阻害を意味し、その際、標的遺伝子はＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ又はそれらの変異体から成る群から選択される哺乳類の遺伝子である。標的ｍＲＮＡのポリヌクレオチド配列又はｍＲＮＡ配列を有する標的遺伝子は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰのｍＲＮＡに対して好ましくは少なくとも７０％の同一性、さらに好ましくは８０％の同一性、一層さらに好ましくは９０％又は９５％の同一性を有するｍＲＮＡ配列又はその相同配列を指す。従って、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから成る群から選択される哺乳類の遺伝子に由来するポリヌクレオチド配列、及び本明細書で記載されるような変異、変更及び修飾を受けたｍＲＮＡは、本発明に包含される。用語「ｍＲＮＡポリヌクレオチド配列」、「ｍＲＮＡ配列」及び「ｍＲＮＡ」は相互交換可能に使用される。
【０２５４】
本明細書で使用されるとき、用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は相互交換可能に使用されてもよく、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）及びリボ核酸（ＲＮＡ）を含むヌクレオチド配列を指す。用語はまたヌクレオチド類似体から作製されるＲＮＡ又はＤＮＡの類似体を同等物として含むように理解されるべきである。本出願の全体を通して、ｍＲＮＡ配列は相当する遺伝子の標的を表すように言及される。用語「ｍＲＮＡポリヌクレオチド配列」及びｍＲＮＡは相互交換可能に使用される。
【０２５５】
「オリゴヌクレオチド」又は「オリゴマー」は、約２〜約５０ヌクレオチドのデオキシリボヌクレオチド配列又はリボヌクレオチド配列を指す。各ＤＮＡ又はＲＮＡのヌクレオチドは独立して天然であっても合成であってもよく、及び／又は修飾されてもよく又は未修飾であってもよい。修飾には、オリゴヌクレオチドにおける糖部分、塩基部分への変化及び／又はヌクレオチド間の結合が含まれる。本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドにはデオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたデオキシリボヌクレオチド、修飾されたリボヌクレオチド及びそれらの組み合わせが包含される。本明細書で使用されるとき、用語「非対合ヌクレオチド類似体」は、６デスアミノアデノシン（ネブラリン）、４−Ｍｅ−インドール、３−ニトロピロール、５−ニトロインドール、Ｄｓ、Ｐａ、Ｎ３−ＭｅリボＵ、Ｎ３−ＭｅリボＴ、Ｎ３−ＭｅｄＣ、Ｎ３−Ｍｅ−ｄＴ、Ｎ１−Ｍｅ−ｄＧ、Ｎ１−Ｍｅ−ｄＡ、Ｎ３−エチル−ｄＣ、Ｎ３−ＭｅｄＣを含むが、これらに限定されない非塩基対合部分を含むヌクレオチド類似体を意味する。一部の実施形態では、非塩基対合ヌクレオチド類似体はリボヌクレオチドである。他の実施形態では、それはデオキシリボヌクレオチドである。
【０２５６】
本明細書で提供されるのは、生体内での標的遺伝子の発現を阻害する方法及び組成物である。一般に、方法は、ＲＮＡ干渉のメカニズムによって標的遺伝子の発現を下方調節するのに十分な量で、二本鎖ＲＮＡ、特に小分子干渉ＲＮＡ（すなわち、ｓｉＲＮＡ）又は細胞にてｓｉＲＮＡを生成する核酸物質のようなオリゴヌクレオチドを投与して哺乳類ｍＲＮＡを標的とすることを含む。特に、方法は、その遺伝子の発現に関連する疾患で苦しんでいる対象の治療のために遺伝子の発現を阻害するのに有用である。本明細書で開示されるように、標的遺伝子のｄｓＲＮＡ又は阻害剤は種々の病理を治療するための薬剤として使用される。
【０２５７】
「ｓｉＲＮＡ化合物」及び「核酸分子」は本明細書では相互交換可能に使用されてもよい。
【０２５８】
「ヌクレオチド」は、ヌクレオシド（糖、通常、リボース又はデオキシリボース、及びプリン塩基又はピリミジン塩基）とホスホリンカー；たとえば、天然であっても合成であってもよく、及び修飾されてもよく又は未修飾であってもよいデオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドから成る化合物を包含することとする。修飾には、糖分子、塩基分子及び／又はヌクレオチド間結合への変化及び置換が含まれる。
【０２５９】
「リン酸系」の部分には無機リン酸（Ｐｉ）及びホスホロチオエート（Ｐｓ）が含まれる。
【０２６０】
ヌクレオチド／オリゴヌクレオチドの類似体又はそれへの修飾すべては、前記類似体又は修飾がヌクレオチド／オリゴヌクレオチドの機能に実質的に有害に影響しないという条件で、本明細書にて開示される分子と共に採用され得る。許容可能な修飾には、糖部分の修飾、塩基部分の修飾、ヌクレオチド間結合における修飾及びそれらの組み合わせが挙げられる。
【０２６１】
「脱塩基部分」又は「脱塩基ヌクレオチド類似体」と呼ばれることもあるものは、さらに適正にはシュードヌクレオチド又は非定型の部分と呼ばれる。ヌクレオチドは、リボース糖又はデオキシリボース糖とリン酸と塩基（ＤＮＡにおけるアデノシン、グアノシン、チミン又はシトシン；ＲＮＡにおけるアデニン、グアニン、ウラシル又はシトシン）から成る核酸の単量体単位である。修飾されたヌクレオチドは、糖、リン酸及び／又は塩基の１以上の修飾を含む。脱塩基シュードヌクレオチドは塩基を欠くので、厳密にはヌクレオチドではない。脱塩基デオキシリボース部分には、たとえば、脱塩基のデオキシリボース−３’−リン酸；１,２−ジデオキシ−Ｄ−リボフラノース−３−リン酸；１,４−アンヒドロ−２−デオキシ−Ｄ−リビトール−３−リン酸が挙げられる。逆位脱塩基デオキシリボース部分には、逆位デオキシリボ脱塩基；３’，５’逆位デオキシ脱塩基５’−リン酸が挙げられる。一般に、逆位脱塩基部分は３’，３’結合を介して３’末端ヌクレオチドに共有結合し；逆位脱塩基部分は５’，５’結合を介して５’末端ヌクレオチドに共有結合し；逆位脱塩基部分は５’，３’結合を介して逆位脱塩基部分に一般に共有結合する。
【０２６２】
用語「キャッピング部分（ｚ"）」は本明細書で使用されるとき、（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合することができる部分を含み、２’−Ｏアルキル修飾を含む脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、２’−Ｏアルキル修飾を含む修飾された脱塩基リボース部分及び脱塩基デオキシリボース部分；逆位の脱塩基リボース部分及び脱塩基デオキシリボース部分及びそれらの修飾体；Ｃ６−イミノ−Ｐｉ；Ｌ−ＤＮＡ及びＬ−ＲＮＡを含むミラーヌクレオチド；５’ＯＭｅヌクレオチド；及び４’，５’−メチレンヌクレオチド；１−（β−Ｄ−エリスロフラノシル）ヌクレオチド；４’−チオヌクレオチド、カルボン酸ヌクレオチド；５’−アミノ−アルキルリン酸；１,３−ジアミノ−２−プロピルリン酸、３−アミノプロピルリン酸；６−アミノヘキシルリン酸；１２−アミノドデシルリン酸；ヒドロキシプロピルリン酸；１,５−アンヒドロヘキシト−ルヌクレオチド；α−ヌクレオチド；トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド；非環式３’，４’−セコヌクレオチド；３,４−ジヒドロキシブチルヌクレオチド；３,５−ジヒドロキシペンチルヌクレオチド；５’，５’−逆位脱塩基部分；１,４−ブタンジオールリン酸；５’−アミノ；及び架橋又は非架橋のメチルホスホネ−ト及び５’−メルカプト部分を含むヌクレオチド類似体を含む。
【０２６３】
特定のキャッピング部分は、脱塩基リボース部分又は脱塩基デオキシリボース部分；逆位脱塩基リボース部分又は逆位脱塩基デオキシリボース部分；Ｃ６−アミノ−Ｐｉ；Ｌ−ＤＮＡ及びＬ−ＲＮＡを含むミラーヌクレオチドである。本明細書で開示される化合物は、１以上の逆位ヌクレオチド、たとえば、逆位チミジン又は逆位アデニンを用いて合成され得る（たとえば、Takei, et al., 2002. JBC 277(26):23800〜06を参照）。
【０２６４】
化学修飾にはロックされない核酸又はＵＮＡも含まれ、それは非ヌクレオチド非環式類似体であり、その中にはＣ２’−C３’結合は存在しない（ＵＮＡは真にヌクレオチドではないが、それらは本明細書で熟考されるような「修飾された」ヌクレオチド又は修飾された核酸の範囲内に明らかに含まれる）。特定の実施形態では、オーバーハングを持つ核酸分子が修飾されてオーバーハングの位置にて（すなわち、２ヌクレオチドオーバーハンド）ＵＮＡを有する。他の実施形態では、ＵＮＡは３’−又は５’−末端にて含まれる。ＵＮＡは、核酸の鎖に沿ってどこでも、すなわち、５、６、７、８又は９位にて位置づけされ得る。核酸分子は１以上のＵＮＡを含有し得る。例となるＵＮＡはＮｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ、Ｎｏ．５２、ｐ．１３３〜１３４（２００８）にて開示されている。
【０２６５】
用語「非ヌクレオチド部分」はヌクレオチドではない部分、すなわち、ヌクレオチドの成分：糖、塩基及びリンカーのすべてを含むわけではない部分を指す。
【０２６６】
用語「非定型の部分」は本明細書で使用されるとき、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はアルコール部分及び無機リン酸を含む非ヌクレオチド部分を指し、さらに、デオキシリボヌクレオチド、修飾されたデオキシリボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド（Ｌ−ＤＮＡ又はＬ−ＲＮＡ）、非塩基対合ヌクレオチド類似体及び２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合（２’，５’ヌクレオチドとしても知られる）により隣接ヌクレオチドに連結されたヌクレオチド；ＬＮＡ及びエチレン架橋された核酸を含む架橋された核酸、修飾された結合（たとえば、ＰＡＣＥ）及び塩基修飾されたヌクレオチド並びに非定型の部分として本明細書で明らかに開示される追加の部分を含む。
【０２６７】
オーバーハングと関連して使用される際、「アルキル部分」又は「炭化水素部分」は、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５又はＣ６の直鎖又は分枝鎖の、たとえば、Ｃ２（エチル）、Ｃ３（プロピル）を含むアルキル部分を指す。オーバーハングと関連して使用される際、アルキル部分又は炭化水素部分の「誘導体」は、とりわけ、アルコール、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホノアセテート、アミン、カルボン酸、エステル、アミド及びアルデヒドから選択され得る官能基を含む、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５又はＣ６の直鎖又は分枝鎖のアルキル部分を指す。
【０２６８】
リボース部分又はデオキシリボース部分の修飾に関して使用される際、「アルキル」は直鎖、分枝鎖、又は環状の飽和炭化水素構造及びそれらの組み合わせを含むように意図される。「低級アルキル」は、リボース部分又はデオキシリボース部分の修飾に関して使用される場合、１〜６の炭素原子のアルキル基を具体的に指す。低級アルキル基の例には、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、ｓ−ブチル、ｔ−ブチル等が挙げられる。好まれるアルキル基はＣ２０以下のものである。シクロアルキルはアルキルのサブセットであり、３〜８の炭素原子の環状の飽和炭化水素基を含む。シクロアルキル基の例にはｃ−プロピル、ｃ−ブチル、ｃ−ペンチル、ノルボルニル、アダマンチル等が挙げられる。
【０２６９】
末端官能基には、ハロゲン基、アルコール基、アミン基、カルボキシル基、エステル基、アミド基、アルデヒド基、ケトン基、エーテル基が挙げられる。
【０２７０】
本明細書で使用されるとき、「ミラー」ヌクレオチド（スピーゲルマーとも呼ぶ）は天然に存在する又は通常採用されるヌクレオチドに対して逆転したキラリティ、すなわち、天然に存在する又は通常採用されるヌクレオチドの鏡像を持つヌクレオチド類似体である。ミラーヌクレオチドはリボヌクレオチド（Ｌ−ＲＮＡ）又はデオキシリボヌクレオチド（Ｌ−ＤＮＡ）であり、さらに、少なくとも１つの糖又は塩基の修飾及び／又はたとえば、ホスホロチオエート部分又はホスホネート部分のような主鎖の修飾を含む。米国特許第６，６０２，８５８号は少なくともＬ−ヌクレオチド置換を含む核酸触媒を開示している。ミラーヌクレオチドには、たとえば、Ｌ−ＤＮＡ（Ｌ−デオキシリボアデノシン−３’−リン酸（ミラーｄＡ）；Ｌ−デオキシリボシチジン−３’−リン酸（ミラーｄＣ）；Ｌ−デオキシグアノシン−３’−リン酸（ミラーｄＧ）；Ｌ−デオキシチミジン−３’−リン酸（ミラーｄＴ）、及びＬ−ＲＮＡ（Ｌ−リボアデノシン−３’−リン酸（ミラーｒＡ）、リボシチジン−３’−リン酸（ミラーｒＣ）、リボグアノシン−３’−リン酸（ミラーｒＧ）、リボウラシル−３’−リン酸（ミラーｄＵ）が挙げられる。
【０２７１】
修飾されたデオキシリボヌクレオチドには、たとえば、５’末端位置（１位）でのヌクレオチドとして有用であり得る５’−ＯＭｅＤＮＡ（５−メチル−デオキシリボグアノシン−３’−リン酸）；ＰＡＣＥ（デオキシリボアデノシン−３’−ホスホノアセテート、デオキシリボシチジン−３’−ホスホノアセテート、デオキシリボグアノシン−３’−ホスホノアセテート、デオキシリボチミジン−３’−ホスホノアセテート）が挙げられる。
【０２７２】
非定型の部分には、ＬＮＡ（２’−Ｏ，４’−Ｃ−メチレン架橋核酸アデノシン３’一リン酸、２’−Ｏ，４’−Ｃ−メチレン架橋核酸５−メチル−シチジン３’一リン酸、２’−Ｏ，４’−Ｃ−メチレン架橋核酸グアノシン３’一リン酸、５−メチル−ウリジン（又はチミジン）３’一リン酸）；及びＥＮＡ（２’−Ｏ，４’−Ｃ−エチレン架橋核酸アデノシン３’一リン酸、２’−Ｏ，４’−Ｃ−エチレン架橋核酸５−メチル−シチジン３’一リン酸、２’−Ｏ，４’−Ｃ−エチレン架橋核酸グアノシン３’一リン酸、５−メチル−ウリジン（又はチミジン）３’一リン酸）を含む架橋核酸が挙げられる。
【０２７３】
一部の実施形態では、非定型の部分は、脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、デオキシリボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、及び２’，５’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接するヌクレオチドに連結されるヌクレオチドである。
【０２７４】
ヌクレオチドは、天然に存在する塩基又は合成の修飾された塩基から選択される。天然に存在する塩基には、アデニン、グアニン、シトシン、チミン及びウラシルが挙げられる。ヌクレオチドの修飾された塩基には、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−メチル、２−プロピル及び他のアルキルアデニン、５−ハロウラシル、５−ハロシトシン、６−アザシトシン及び６−アザチミン、シュードウラシル、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオ−ルアデニン、８−チオ−ルアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン及び他の８−置換されたアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオ−ルグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、及び他の置換されたグアニン、他のアザ及びデアザアデニン、他のアザ及びデアザグアニン、５−トリフルオロメチルウラシル及び５−トリフルオロシトシンが挙げられる。１以上の脱塩基シュードヌクレオチドを含むｄｓＲＮＡ化合物が本明細書に包含される。脱塩基シュードヌクレオチド単量体を含む修飾された塩基を含むヌクレオチド単量体は、オリゴヌクレオチドの１以上のリボヌクレオチドについて置換され得る。脱塩基シュードヌクレオチド単量体は、１以上の末端位置にて又は５’末端キャップとして含められ得る。５’末端キャップは、逆位脱塩基シュードヌクレオチド類似体、Ｌ−ＤＮＡヌクレオチド及びＣ６−イミンリン酸からも選択され得る。
【０２７５】
加えて、１以上のヌクレオチドの構造が基本的に変えられ、治療試薬又は実験試薬としてさらに適合するポリヌクレオチドの類似体が調製される。ヌクレオチド類似体の例は、ＤＮＡ（又はＲＮＡ）におけるデオキシリボース（又はリボース）リン酸主鎖がペプチドで見られるものに類似するポリアミドを含むペプチド核酸（ＰＮＡ）である。ＰＮＡ類似体は、酵素分解に耐性であり、生体内及び試験管内で寿命が長いことが示されている。
【０２７６】
糖残基への考えられる修飾は多種多様であり、それには２’−Ｏアルキル、２’−ハロ（たとえば、２’デオキシフルオロ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、アラビノシド；アルトリトール（ＡＮＡ）及びモルフォリノを含む他の６員環糖、及びシクロヘキシニルが挙げられる。糖残基の２’部分における考えられる修飾には、とりわけ、欧州特許ＥＰ０５８６５２０Ｂ１又はＥＰ０６１８９２５Ｂ１に記載されたような、アミノ、フルオロ、メトキシ、アルコキシ、アルキル、アミノ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＣＮ、ＣＦ、イミダゾール、カルボキシレート、チオエート、Ｃ１〜Ｃ１０の低級アルキル、置換された低級アルキル、アルカリル又はアラルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＮ、Ｏ−、Ｓ−又はＮ−アルキル；Ｏ−、Ｓ，又はＮ−アルケニル；ＳＯＣＨ３；ＳＯ２ＣＨ３；ＯＮＯ２；ＮＯ２，Ｎ３；ヘテロジクロアルキル；ヘテロジクロアルカリル；アミノアルキルアミノ；ポリアルキルアミノ又は置換シリルが挙げられる。１以上のデオキシリボヌクレオチドはまた本明細書で開示される化合物においても認容される。一部の実施形態では、（Ｎ’）は、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０のＤＮＡ部分を含む。
【０２７７】
ＬＮＡ化合物は、国際特許公開番号、ＷＯ００／４７５９９、ＷＯ９９／１４２２６及びＷＯ９８／３９３５２に開示されている。ＬＮＡヌクレオチドを含むｓｉＲＮＡ化合物の例は、Ｅｌｍｅｎら、（ＮＡＲ２００５．３３（１）：４３９〜４４７）及び国際特許公開番号、ＷＯ２００４／０８３４３０に開示されている。６員環のヌクレオチド類似体は、Ａｌｌａｒｔら (Nucleosides & Nucleotides, 1998, 17:1523-1526,; and Perez〜Perez, et al., 1996, Bioorg. and Medicinal Chem Letters 6:1457-1460)にて開示されている。ヘキシトール及びアルトリトールヌクレオチド単量体を含む６員環の環ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドは、国際特許出願公開番号、ＷＯ２００６／０４７８４２にて開示されている。
【０２７８】
たとえば、エチル（結果的にホスホ−エチルトリエステルを生じる）；プロピル（結果的にホスホ−プロピルトリエステルを生じる）；及びブチル結果的にホスホ−ブチルトリエステルを生じる）のようなヌクレオチド間結合の修飾として知られる主鎖の修飾も可能である。他の主鎖の修飾には、ポリマー主鎖、環状主鎖、非環式主鎖、チオホスホネート−Ｄ−リボース主鎖、アミデート、ホスホノアセテート誘導体が挙げられる。特定の構造には、１又は複数の２’，５’ヌクレオチド間結合（架橋又は主鎖）を有するｄｓＲＮＡ化合物が挙げられる。
【０２７９】
一部の実施形態では、（Ｎ）ｘも（Ｎ’）ｙも３’及び５’末端でリン酸化されない。他の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのいずれか又は双方が、３’末端にてリン酸化される。さらに別の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのいずれか又は双方が、非切断性リン酸基によって３’末端でリン酸化される。さらに別の実施形態では、（Ｎ）ｘ及び（Ｎ’）ｙのいずれか又は双方は、切断性又は非切断性のリン酸基を用いて末端２’末端位置にてリン酸化される。さらに、本明細書で開示される阻害性の核酸分子は、１以上のギャップ及び／又は１以上のニック及び／又は１以上のミスマッチを含み得る。理論によって束縛されることを望まないで、ギャップ、ニック及びミスマッチは、核酸／ｓｉＲＮＡを部分的に不安定化するという利点を有するので、ＤＩＣＥＲ、ＤＲＯＳＨＡ又はＲＩＳＣのような内因性の細胞機構によってその阻害性成分にさらに容易に処理され得る。
【０２８０】
本明細書で使用されるとき、核酸におけるギャップは、一方の鎖における１以上の内部ヌクレオチドの非存在を指すが、核酸におけるニックは、一方の鎖における２つの隣接ヌクレオチド間でのヌクレオチド間結合の非存在を指す。本明細書で開示される分子のいずれかが１以上のギャップ及び／又は１以上のニックを含有し得る。
【０２８１】
核酸分子は、平滑末端、すなわち、オーバーハングヌクレオチドを含まない末端を持つものを含む。核酸分子は、１以上の平滑末端を含むことができる。平滑末端の核酸分子は、核酸分子の各鎖に存在するヌクレオチドの数に等しい数の塩基対を有する。核酸分子は、たとえば、アンチセンス鎖の５’末端及びセンス鎖の３’末端がオーバーハングヌクレオチドを含まない、一方の平滑末端を含むことができる。核酸分子は、たとえば、アンチセンス鎖の３’末端及びセンス鎖の５’末端がオーバーハングヌクレオチドを含まない、一方の平滑末端を含み得る。核酸分子は、たとえば、アンチセンス鎖の５’末端及びセンス鎖の３’末端と同様にアンチセンス鎖の３’末端及びセンス鎖の５’末端がオーバーハングヌクレオチドを含まない２つの平滑末端を含み得る。平滑末端の核酸分子に存在する他のヌクレオチドには、たとえば、ミスマッチ、突出、ループ、又は核酸分子の活性を調節して、たとえば、ＲＮＡ干渉に介在するゆらぎ塩基対が含まれる。
【０２８２】
本明細書で提供される核酸分子（たとえば、ｄｓＮＡ分子）の特定の実施形態では、分子の少なくとも一方が少なくとも１つのヌクレオチドのオーバーハングを有する（たとえば、１〜８のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドの末端に共有結合する）。たとえば、本明細書で開示される二本鎖核酸分子の一方又は双方の鎖は、５’末端又は３’末端又はその双方でオーバーハングを有し得る。オーバーハングは核酸分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖のいずれか又は双方に存在し得る。オーバーハングの長さは、たった１つのヌクレオチド及び１〜８以上のヌクレオチド（たとえば、１、２、３、４、５、６、７又は８のヌクレオチド；一部の好まれる実施形態では、オーバーハングは２、３、４、５、６、７又は８のヌクレオチドであり；たとえば、オーバーハングは２つのヌクレオチドであり得る）ほど長くてもよい。オーバーハングを形成するヌクレオチドには、本明細書で開示されるような、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、天然の及び非天然の核酸塩基、又は糖、塩基若しくはリン酸基で修飾されたヌクレオチドが含まれる。二本鎖核酸分子は５’オーバーハング及び３’オーバーハングの双方を有し得る。５’末端及び３’末端におけるオーバーハングは長さが異なってもよい。オーバーハングは、デオキシリボヌクレオチドであってもよい少なくとも１つの核酸の修飾を含み得る。１以上のデオキシリボヌクレオチドが５’末端にあってもよい。核酸分子の対応する相手鎖の３’末端は、オーバーハング、さらに好ましくはデオキシリボヌクレオチドオーバーハングを有さなくてもよい。１以上のデオキシリボヌクレオチドが３’末端にあってもよい。ｄｓＲＮＡの対応する相手鎖の５’末端は、オーバーハング、さらに好ましくはデオキシリボヌクレオチドオーバーハングを有さなくてもよい。鎖の５’末端又は３’末端のいずれかにおけるオーバーハングは、１〜８（たとえば、約１、２、３、４、５、６、７又は８）の対になっていないヌクレオチドであってもよく、好ましくは、オーバーハングは２〜３の対になっていないヌクレオチド、さらに好ましくは２つの対になっていないヌクレオチドである。核酸分子は、約１〜約２０（たとえば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０）；好ましくは１〜８（たとえば、約１、２、３、４、５、６、７又は８）のヌクレオチドのオーバーハング末端を持つ二本鎖核酸分子、たとえば、約１９塩基対と３’末端のモノヌクレオチド、ジヌクレオチド又はトリヌクレオチドのオーバーハングを持つ約２１ヌクレオチドの二本鎖を含み得る。本明細書で提供される核酸分子は、平滑末端を持つ二本鎖核酸分子を含み得るが、その際、双方の末端が平滑であり、又は代わりに末端の一方が平滑である。本明細書で提供される核酸分子は、１以上の平滑末端を含み得る、すなわち、平滑末端はオーバーハングヌクレオチドを有さない。一実施形態では、平滑末端の核酸分子は、核酸分子の各鎖に存在するヌクレオチドの数に等しい数の塩基対を有する。核酸分子は、平滑末端を含み得るが、その際、アンチセンス鎖の５’末端及びセンス鎖の３’末端はオーバーハングヌクレオチドを有さない。核酸分子は、一方の平滑末端を含み得るが、その際、アンチセンス鎖の３’末端及びセンス鎖の５’末端はオーバーハングヌクレオチドを有さない。核酸分子は、２つの平滑末端を含み得るが、たとえば、その際、アンチセンス鎖の５’末端及びセンス鎖の３’末端と同様にアンチセンス鎖の３’末端及びセンス鎖の５’末端はオーバーハングヌクレオチドを有さない。特定の好まれる実施形態では、核酸化合物は平滑末端である。平滑末端のｄｓＮＡ分子に存在する他のヌクレオチドには、たとえば、ミスマッチ、突出、ループ、又は核酸分子の活性を調節して、ＲＮＡ干渉に介在するゆらぎ塩基対が含まれる。
【０２８３】
多数の実施形態では、本明細書で記載されるような核酸分子（たとえば、ｄｓＮＡ分子）のオーバーハングヌクレオチドの１以上、又はすべては、本明細書で記載されるように修飾され；たとえば、ヌクレオチドの１以上、又はすべては、２’−デオキシヌクレオチドであり得る。
【０２８４】
核酸化合物の修飾の量、位置及びパターン
本明細書で開示される核酸分子（たとえば、ｄｓＮＡ分子）は、核酸分子に存在するヌクレオチドの総数のある比率として修飾されたヌクレオチドを含み得る。そのようなものとして、核酸分子は、約５％〜約１００％の修飾されたヌクレオチド（５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾されたヌクレオチド）を含み得る。所与の核酸分子に存在する修飾されたヌクレオチドの実際の比率は核酸に存在するヌクレオチドの総数に左右される。核酸分子が一本鎖であれば、修飾比率は、一本鎖核酸分子に存在するヌクレオチドの総数に基づき得る。同様に、核酸分子が二本鎖であれば、修飾比率は、センス鎖、アンチセンス鎖、又はセンス鎖とアンチセンス鎖双方に存在するヌクレオチドの総数に基づき得る。
【０２８５】
本明細書で開示される核酸分子は、核酸分子における合計ヌクレオチドのある比率として修飾されたＲＮＡを含み得る。そのようなものとして、核酸分子は、約５％〜約１００％の修飾されたヌクレオチド（核酸分子に存在する合計ヌクレオチドの５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％）を含み得る。
【０２８６】
核酸分子（たとえば、ｄｓＮＡ分子）は、約１〜約５、具体的には約１、２、３、４又は５のホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及び／又は１以上（たとえば、約１、２、３、４、５以上）の２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、及び／又は１以上（たとえば、約１、２、３、４、５以上）の普遍的塩基で修飾されたヌクレオチド、及び任意でセンス鎖の３’末端、５’末端若しくは３’末端と５’末端の双方での末端キャップ分子を含むセンス鎖を含んでもよく；その際、アンチセンス鎖は、約１〜約５、具体的には約１、２、３、４、５以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及び／又は１以上（たとえば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上）の２’〜デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、及び／又は１以上（たとえば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上）の普遍的塩基で修飾されたヌクレオチド、及び任意でアンチセンス鎖の３’末端、５’末端若しくは３’末端と５’末端の双方での末端キャップ分子を含む。核酸分子は、センス鎖の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上のピリミジンヌクレオチドを含んでもよく、及び／又はアンチセンス核酸鎖は、約１〜約５、たとえば、約１、２、３、４、５以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合と共に、又はそれなしで、２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドで化学的に修飾され、及び／又は３’末端、５’末端又は３’末端と５’末端の双方における末端キャップ分子は同一の鎖又は異なった鎖に存在する。
【０２８７】
核酸分子は、核酸分子の各鎖にて約１〜約５以上（具体的には約１、２、３、４、５以上）のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み得る。
【０２８８】
核酸分子は、たとえば、一方又は双方の核酸配列鎖の３’末端、５’末端又は３’末端と５’末端の双方にて２’，５’ヌクレオチド間結合を含み得る。加えて、２’，５’ヌクレオチド間結合は、一方又は双方の核酸配列鎖の中で種々の他の位置に存在することができ、たとえば、ｓｉＮＡ分子の一方又は双方の鎖におけるピリミジンヌクレオチドの各ヌクレオチド間結合を含む約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上が２’，５’ヌクレオチド間結合を含むことができ、又はｓｉＮＡ分子の一方又は双方の鎖におけるプリンヌクレオチドの各ヌクレオチド間結合を含む約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上が２’，５’ヌクレオチド間結合を含むことができる。
【０２８９】
化学的に修飾された小分子干渉核酸（ｄｓＮＡ）分子は、アンチセンス領域を含み得るが、その際、アンチセンス領域に存在する任意（たとえば、１以上、又はすべて）のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり（たとえば、ピリミジンヌクレオチドのすべてが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のピリミジンヌクレオチドが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである）、アンチセンス領域に存在する任意（たとえば、１以上、又はすべて）のプリンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロプリンヌクレオチドである（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−デオキシ−２’−フルオロプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−デオキシ−２’−フルオロプリンヌクレオチドである）。
【０２９０】
化学的に修飾された小分子干渉核酸（ｄｓＮＡ）分子は、アンチセンス領域を含み得るが、その際、アンチセンス領域に存在する任意（たとえば、１以上、又はすべて）のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり（たとえば、ピリミジンヌクレオチドのすべてが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のピリミジンヌクレオチドが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである）、アンチセンス領域に存在する任意（たとえば、１以上、又はすべて）のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである）。
【０２９１】
細胞又は再構成された試験管内の系の中でＴＬＲ２及び／又はＴＬＲ４に対してＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）に介在することが可能である化学的に修飾された小分子干渉核酸（ｄｓＮＡ）分子は、センス領域を含み得るが、その際、センス領域に存在する１以上のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり（たとえば、ピリミジンヌクレオチドのすべてが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のピリミジンヌクレオチドが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである）、センス領域に存在する１以上のプリンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロプリンヌクレオチドであり（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−デオキシ−２’−フルオロプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−デオキシ−２’−フルオロプリンヌクレオチドである）、且つアンチセンス鎖を含み得るが、その際、アンチセンス領域に存在する１以上のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり（たとえば、ピリミジンヌクレオチドのすべてが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のピリミジンヌクレオチドが２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである）、アンチセンス領域に存在する１以上のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである）。センス領域及び／又はアンチセンス領域は、任意でセンス配列及び／又はアンチセンス配列の３’末端、５’末端又は３’末端と５’末端の双方にて存在する、たとえば、任意の修飾のような末端キャップ修飾を有することができる。センス領域及び／又はアンチセンス領域は任意でさらに約１〜約４（たとえば、約１、２、３、又は４）の２’−デオキシリボヌクレオチドを有する３’末端ヌクレオチドオーバーハングを含むことができる。オーバーハングヌクレオチドはさらに、１以上（たとえば、約１、２、３、４以上）のホスホロチオエート、ホスホノアセテート、及び／又はチオホスホノアセテートのヌクレオチド間結合を含むことができる。センス領域に存在するプリンヌクレオチドは、代わりに２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであってもよく（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである）、アンチセンス鎖に存在する１以上のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである）。センス領域における１以上のプリンヌクレオチドは代わりにプリンリボヌクレオチドであってもよく（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてがプリンリボヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドがプリンリボヌクレオチドである）、アンチセンス領域に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである（たとえば、プリンヌクレオチドのすべてが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであり、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである）。センス領域における１以上のプリンヌクレオチド及び／又はアンチセンス領域に存在する１以上のプリンヌクレオチドは代わりに、２’−デオキシヌクレオチド、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、２’−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドから成る群から選択され得る（たとえば、プリンヌクレオチドすべてが２’−デオキシヌクレオチド、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、２’−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドから成る群から選択され、又は代わりに複数のプリンヌクレオチドが２’−デオキシヌクレオチド、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、２’−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドから成る群から選択される）。
【０２９２】
二本鎖オリゴヌクレオチド
既知の遺伝子に対応するｓｉＲＮＡのようなｄｓＲＮＡの選択及び合成は、広く報告されており；たとえば、Ｕｉ−Ｔｅｉら、Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００６；６５０５２；Ｃｈａｌｋら、ＢＢＲＣ．２００４，３１９（１）：２６４〜７４；Ｓｉｏｕｄ及びＬｅｉｒｄａｌ，Ｍｅｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２００４，２５２：４５７〜６９；Ｌｅｖｅｎｋｏｖａら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ．２００４，２０（３）：４３０〜２；Ｕｉ〜Ｔｅｉら、ＮＡＲ．２００４，３２（３）：９３６〜４８を参照のこと。修飾されたｄｓＲＮＡの使用及び製造の例については、Ｂｒａａｓｃｈら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．２００３，４２（２６）：７９６７〜７５；Ｃｈｉｕら、ＲＮＡ．２００３，９（９）：１０３４〜４８；ＰＣＴ公開番号ＷＯ２００４／０１５１０７及びＷＯ０２／４４３２１並びに米国特許第５，８９８，０３１号及び同第６，１０７，０９４号を参照のこと。
【０２９３】
本明細書で提供されるのは、所望の遺伝子の発現を下方調節する二本鎖オリゴヌクレオチド（たとえば、ｓｉＲＮＡを含むｄｓＲＮＡ）である。本明細書で開示されるｄｓＲＮＡは、センス鎖が所望の遺伝子のｍＲＮＡ配列に由来し、アンチセンス鎖がセンス鎖に対して少なくとも実質的に相補性である二本鎖オリゴリボヌクレオチドである。一般に、標的ｍＲＮＡからの若干の逸脱はｓｉＲＮＡ活性を損なうことなく認容される（たとえば、Czauderna et al., NAR. 2003, 31(11):2705〜2716を参照）。本明細書で開示されるｄｓＲＮＡはｍＲＮＡを破壊して又は破壊することなく転写後のレベルで遺伝子発現を阻害する。理論に束縛されないで、ｄｓＲＮＡは、特異的な切断及び分解についてｍＲＮＡを標的とし、標的とされたメッセージからの翻訳を阻害するｓｉＲＮＡであり得る。
【０２９４】
他の実施形態では、２つの鎖の少なくとも一方が５’末端にて少なくとも１つのヌクレオチドのオーバーハングを有し得るが、そのオーバーハングは少なくとも１つのデオキシリボヌクレオチドから成り得る。ＲＮＡ二本鎖の長さは約１６〜約４０リボヌクレオチドであり、好ましくは１９リボヌクレオチドである。さらに、各鎖の長さは、独立して約１６〜約４０塩基、好ましくは１８〜２３塩基、さらに好ましくは１９リボヌクレオチドから成る群から選択される長さを有し得る。
【０２９５】
特定の実施形態では、前記第１の鎖と標的核酸との間の相補性は完全である。一部の実施形態では、鎖は実質的に相補性であり、すなわち、前記第１の鎖と標的ｍＲＮＡの間、又は第１の鎖と第２の鎖の間で１、２、又は５までのミスマッチを有する。実質的に相補性は、別の配列に対する約７０％を超え、１００％未満の相補性を指す。たとえば、１９塩基対から成る二本鎖領域では、ミスマッチ１つは９４．７％の相補性を生じ、ミスマッチ２つは約８９．５％の相補性を生じ、ミスマッチ３つは約８４．２％の相補性を生じ、ミスマッチ４つは約７９％の相補性を生じ、ミスマッチ５つは約７４％の相補性を生じ、二本鎖を実質的に相補性にする。従って、実質的に同一性は別の配列に対する約７０％を超える同一性を指す。
【０２９６】
第１の鎖と第２の鎖は、非核酸ポリマー、とりわけ、ポリエチレングリコールで構成され得るループ構造によって連結され得る。或いは、ループ構造は、修飾された及び未修飾のリボヌクレオチド並びに修飾された及び未修飾のデオキシリボヌクレオチドを含む核酸で構成され得る。
【０２９７】
さらに、ｄｓＲＮＡの第１の鎖の５’末端は第２の鎖の３’末端に連結されてもよく、又は第１の鎖の３’末端は第２の鎖の５’末端に連結されてもよく、前記連結は、通常２〜１００の核酸塩基、好ましくは約２〜約３０の核酸塩基の間の長さを有する核酸リンカーを介する。
【０２９８】
一部の実施形態では、化合物は化合物のアンチセンス鎖及びセンス鎖の少なくとも一方で修飾された交互のリボヌクレオチドを含み、１９量体及び２３量体のオリゴマーについては、アンチセンス鎖の５’及び３’末端でのリボヌクレオチドはその糖残基で修飾され、センス鎖の５’及び３’末端でのリボヌクレオチドはその糖残基で修飾されない。２１量体のオリゴマーについては、センス鎖の５’及び３’末端でのリボヌクレオチドはその糖残基で修飾され、アンチセンス鎖の５’及び３’末端でのリボヌクレオチドはその糖残基で修飾されず、又は３’末端にて任意の追加の修飾を有し得る。上述のように、一部の実施形態では、アンチセンス鎖の真ん中のヌクレオチドは修飾されない。
【０２９９】
一実施形態によれば、オリゴヌクレオチド／ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖及びセンス鎖は３’末端でのみリン酸化され、５’末端ではリン酸化されない。別の実施形態によれば、アンチセンス鎖及びセンス鎖はリン酸化されない。さらに別の実施形態によれば、センス鎖の最も５’のリボヌクレオチドが修飾されて生体内での５’リン酸化の可能性がなくなる。
【０３００】
本明細書で開示される修飾／構造のいずれかを有する本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ配列が調製される。配列に加えた配列の組み合わせは新規であり、本明細書で開示される状態の治療に有用である。
【０３０１】
「標的」又は「標的遺伝子」は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰのＲＮＡ及び配列番号１〜１２で示されるｍＲＮＡのポリヌクレオチド配列、又は好ましくは少なくとも７０％の同一性、さらに好ましくは８０％の同一性、一層さらに好ましくは９０％又は９５％の同一性を有するその相同配列を指す。これは、本明細書で記載されるような変異、変化、多型現象又は修飾を受けている配列番号１〜１２に由来する任意の配列を包含する。
【０３０２】
本明細書で提供されるのは、治療特性を持つ、新規の未修飾の及び化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド化合物である。特に本明細書で提供されるのは、化学的に修飾されたｄｓＲＮＡである。本明細書で開示されるｄｓＲＮＡは、以下の利点：高い活性又は低い毒性又は低いオフターゲット効果又は低い免疫応答の１以上を有する新規の構造及び新規の修飾を持ち；ｄｓＲＮＡの新規の修飾は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ遺伝子の発現を下方調節すること、阻害すること又は減衰することに有用な二本鎖ＲＮＡに有益に適用され、種々の医療状態の治療における新規のｓｉＲＮＡの使用に有益に適用される。治療される特定の状態には、臓器移植、たとえば、肺移植患者における移植後合併症、たとえば、一次移植片不全、虚血性再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植反応及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）を予防すること、治療すること及び減衰させることが挙げられるが、これらに限定されない。
【０３０３】
本明細書で開示される化合物は、高い活性、高い安定性、低い毒性、低いオフターゲット効果及び／又は低い免疫応答の１以上を付与する構造及び修飾を持つ。本明細書で開示される二本鎖構造は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ遺伝子の発現を妨げる又は減衰させるにの有用な二本鎖ＲＮＡに有益に適用される。
【０３０４】
本明細書で開示されるのはまた、臓器移植、たとえば、肺移植患者における移植後合併症、たとえば、一次移植片不全、虚血性再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植反応及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）を予防すること、治療すること及び減衰させることにおける化学的に修飾されたｄｓＲＮＡの使用である。本明細書で開示されるようなｄｓＲＮＡの合成に有用なセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドは、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）にて提供されている。
【０３０５】
配列番号：１３〜３０６０は構造（Ａ１）に係るｄｓＤＮＡ化合物を生成してＴＬＲ２を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供し；配列番号：３０６１〜５８４６は、構造（Ａ２）に係るｄｓＤＮＡ化合物を生成してＴＬＲ２を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供する。ＴＬＲ２の発現を下方調節するために二本鎖核酸分子を生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は以下の表１で示される。
【０３０６】
配列番号：５８４７〜８６１２は、構造（Ａ１）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＴＬＲ４を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供し、配列番号：８６１３〜１２１４４は、構造（Ａ２）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＴＬＲ４を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供する。
【０３０７】
配列番号：１２１４５〜１３９２４は、構造（Ａ１）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＭＹＤ８８を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供し、配列番号：１３９２５〜１６３３２は、構造（Ａ２）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＭＹＤ８８を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供する。ＭＹＤ８８の発現を下方調節するために二本鎖核酸分子を生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は以下の表３で示される。
【０３０８】
配列番号：１６３３３〜１６８８２は、構造（Ａ１）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＴＩＣＡＭ１を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供し、配列番号：１６３３３〜１８２４２は、構造（Ａ２）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＴＩＣＡＭ１を標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供する。ＴＩＣＡＭ１の発現を下方調節するために二本鎖核酸分子を生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は以下の表４で示される。
【０３０９】
配列番号：１８２４３〜１９０１０は、構造（Ａ１）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＴＩＲＡＰを標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供し、配列番号：１９０１１〜２０６０６は、構造（Ａ２）に係るｄｓＲＮＡ化合物を生成してＴＩＲＡＰを標的とするのに有用なオリゴヌクレオチドを提供する。ＴＩＲＡＰの発現を下方調節するために二本鎖核酸分子を生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は以下の表５で示される。
【０３１０】
追加の２１量体又は２３量体のｄｓＲＮＡ配列は、本明細書で開示される１９量体オリゴヌクレオチド配列の５’及び／又は３’の伸長によって生成される。そのような伸長は好ましくは相当するｍＲＮＡ配列に対して相補性である。
【０３１１】
ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子を阻害する本明細書で開示される方法、分子及び組成物が本明細書で詳細に議論され、前記分子及び／又は組成物のいずれかが前記状態の１以上で苦しむ対象の治療にて有益に採用される。
【０３１２】
本明細書全体を通して、ヌクレオチドの位置は１〜１９に番号付けられ、アンチセンス鎖又はセンス鎖の５’末端から数えられる。たとえば、（Ｎ）ｘにおける１位はオリゴヌクレオチドのアンチセンス鎖における５’末端のヌクレオチドを指し、（Ｎ’）ｙにおける１位はオリゴヌクレオチドのセンス鎖における５’末端のヌクレオチドを指す。構造Ａ２に係る二本鎖核酸分子では、Ｎ１はアンチセンス鎖の１位（５’末端のヌクレオチド）を表し、Ｎ２はセンス鎖の３’末端のヌクレオチドを表す。
【０３１３】
本明細書で開示される追加の分子は、連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであり、その際、そのようなヌクレオチドの第１の断片は第１の阻害性ＲＮＡ分子をコードし、そのようなヌクレオチドの第２の断片は第２の阻害性ＲＮＡ分子をコードし、そのようなヌクレオチドの第３の断片は第３の阻害性ＲＮＡ分子をコードする。第１、第２及び第３の断片のそれぞれは、二本鎖ＲＮＡの一方の鎖を含んでもよく、第１、第２及び第３の断片はリンカーによって一緒に連結され得る。さらに、オリゴヌクレオチドは１以上のリンカーによって一緒に連結された３つの二本鎖断片を含み得る。
【０３１４】
従って、本明細書で開示される分子の１つは、３つの阻害性ＲＮＡ分子をコードする連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであり；前記オリゴヌクレオチドは、三重鎖構造を持つので、３つの二本鎖アームは、上記で提示されたリンカーのいずれかのような１以上のリンカーによって一緒に連結される。この分子が「星」様構造を形成し、本明細書ではＲＮＡ星とも呼ばれ得る。そのような構造は、本発明の譲受人に譲渡され、参照によってその全体が本明細書に組み入れられるＰＣＴ特許公開番号ＷＯ２００７／０９１２６９に開示されている。
【０３１５】
前記三重鎖オリゴヌクレオチドは、以下の一般構造を有するオリゴリボヌクレオチドであってもよい。
５’  オリゴ１（センス）  リンカーＡ  オリゴ２（センス）  ３’
３’  オリゴ１（アンチセンス）  リンカーＢ  オリゴ３（アンチセンス）  ５’
３’  オリゴ３（アンチセンス）  リンカーＣ  オリゴ２（アンチセンス）  ５’
又は
５’  オリゴ１（センス）  リンカーＡ  オリゴ２（アンチセンス）  ３’
３’  オリゴ１（アンチセンス）  リンカーＢ  オリゴ３（センス）  ５’
３’  オリゴ３（アンチセンス）  リンカーＣ  オリゴ２（センス）  ５’
又は
５’  オリゴ１（センス）  リンカーＡ  オリゴ３（アンチセンス）  ３’
３’  オリゴ１（アンチセンス）  リンカーＢ  オリゴ２（センス）  ５’
５’  オリゴ３（センス）  リンカーＣ  オリゴ２（アンチセンス）  ３’
式中、リンカーＡ、リンカーＢ又はリンカーＣの１以上が存在し；鎖の極性及び分子の一般構造がそのままである限り、２以上のオリゴヌクレオチドとリンカーＡ〜Ｃの１以上の組み合わせが可能である。さらに、リンカーＡ〜Ｃの２以上が存在するのであれば、それらは同一であっても異なっていてもよい。
【０３１６】
従って、三重のアーム構造が形成され、各アームはセンス鎖及び相補性のアンチセンス鎖を含む（すなわち、オリゴ１センス鎖に対するオリゴ１アンチセンス塩基対等）。三重のアーム構造は三重の鎖であってもよく、それによって各アームは塩基の対合を持つ。
【０３１７】
さらに、上記三重鎖構造は、鎖の１以上にてリンカーの代わりにギャップを有し得る。ギャップを１つ持つそのような分子は、技術的には三重鎖ではなく四重鎖であり；挿入する追加のギャップ又はニックは追加の鎖を有する分子をもたらす。本発明の発明者らにより得られた予備的な結果は、前記のギャップのある分子が類似のしかし、ギャップのない分子よりもＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ標的遺伝子を阻害することにおいて活性があることを示している。
【０３１８】
一部の実施形態では、本明細書で開示される新規ｄｓＲＮＡ化合物のアンチセンス鎖もセンス鎖も３’及び５’末端ではリン酸化されない。他の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖のいずれか又は双方が３’末端にてリン酸化される。さらに別の実施形態では、非切断性のリン酸基を用いてセンス鎖及びアンチセンス鎖のいずれか又は双方が３’末端にてリン酸化される。さらに別の実施形態では、切断性又は非切断性のリン酸基を用いてセンス鎖及びアンチセンス鎖のいずれか又は双方が末端５’末端位置にてリン酸化される。さらに別の実施形態では、切断性又は非切断性のリン酸基を用いてセンス鎖及びアンチセンス鎖のいずれか又は双方が末端２’末端位置にてリン酸化される。一部の実施形態では、ｄｓＲＮＡ化合物は平滑末端であり、末端ではリン酸化されないが、比較実験は、３’末端の一方又は双方でリン酸化されたｄｓＲＮＡ化合物が非リン酸化化合物に比べて生体内で同様の活性を有することを示している。
【０３１９】
本明細書で開示される修飾／構造のいずれかを有する、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ配列を調製することができる。配列に加えた構造の組み合わせは新規であり、本明細書で開示される状態の治療に使用することができる。
【０３２０】
特に指示されない限り、本明細書で議論される構造の好まれる実施形態では、各連続するＮとＮ’の間での共有結合はホスホジエステル結合である。
【０３２１】
上記の構造すべてについて一部の実施形態では、アンチセンス鎖のオリゴヌクレオチド配列はセンス鎖のオリゴヌクレオチド配列に対して完全に相補性である。他の実施形態では、センス鎖とアンチセンス鎖は実質的に相補性である。特定の実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号：１〜１２のいずれか１つにて示される標的ｍＲＮＡの約１８〜約４０の連続するリボヌクレオチドに対して完全に相補性である。
【０３２２】
他の実施形態では、アンチセンス鎖は配列番号：１〜１２のいずれか１つにて示される標的ｍＲＮＡの約１８〜約４０の連続するリボヌクレオチドに対して実質的に相補性である。
【０３２３】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるのは、配列番号：１３〜２０６０６のいずれか１つで開示されるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む発現ベクターである。一部の実施形態では、発現ベクターはさらに、アンチセンスオリゴヌクレオチドに対して相補性を有するセンスオリゴヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、さらに提供されるのは配列番号１３〜２０６０６又は２０６０２〜２０６８４のいずれか１つで開示されるセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドを含む発現ベクターを含む細胞である。本明細書でさらに開示されるのは、配列番号１３〜２０６０６又は２０６０２〜２０６８４のいずれか１つで開示されるセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドを含む発現ベクターを含む細胞にて発現されるｓｉＲＮＡ、それを含む医薬組成物及び本明細書で開示される障害のいずれか１つの治療のためのその使用である。
【０３２４】
他の実施形態では、本明細書で開示されるのは、配列番号１３〜２０６０６のいずれか１つで開示されるアンチセンスのオリゴヌクレオチドを含む第１の発現ベクター及び第１の発現ベクターに含まれるアンチセンスのオリゴヌクレオチドに対して相補性を有するセンスのオリゴヌクレオチドを含む第２の発現ベクターである。種々の実施形態では、本明細書で開示されるのは、配列番号１３〜２０６０６のいずれか１つで開示されるアンチセンスのオリゴヌクレオチドを含む第１の発現ベクター及び第１の発現ベクターに含まれるアンチセンスのオリゴヌクレオチドに対して相補性を有するセンスのオリゴヌクレオチドを含む第２の発現ベクターを含む細胞である。本明細書でさらに開示されるのは、そのような第１及び第２の発現ベクターを含む細胞にて発現されるｄｓＲＮＡ、それを含む医薬組成物及び本明細書で開示される疾患及び障害のいずれか１つの治療のためのその使用である。
【０３２５】
ＲＮＡ干渉
ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、二本鎖（ｄｓ）ＲＮＡ依存性の遺伝子特異的な転写後サイレンシングが関与する現象である。ＲＮＡｉは、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）が介在する哺乳類における配列特異的な転写後遺伝子のサイレンシングの過程を指す（Fire et al, Nature 1998. 391, 806) or microRNAs (miRNA; Ambros, Nature 2004 431:7006, 350〜55; and Bartel, Cell. 2004. 116(2) : 281〜97）。ＲＮＡｉは、Ｇｉｌら、Ａｐｏｐｔｏｓｉｓ，２０００．５：１０７〜１１４，Ｅｌｂａｓｈｉｒら、Ｎａｔｕｒｅ、２００１，４１１：４９４〜４９８及びＣａｐｌｅｎら、ＰＮＡＳ．，ＵＳＡ，２００１，９８：９７４２〜９７４７を含む多数の出版物に記載されている。ｓｉＲＮＡは、内因性若しくは細胞性の相方の遺伝子／ｍＲＮＡ、又はウイルス核酸のような外因性の遺伝子の発現を部分的に又は完全に阻害する二本鎖ＲＮＡ分子である。ＲＮＡ干渉のメカニズムは以下に詳説される。
【０３２６】
研究によってｓｉＲＮＡはヒトを含む哺乳類にて生体内で有効であることが明らかにされている。ｓｉＲＮＡの治療応用の概説については、たとえば、Ｂａｒｉｋ（Ｍｏｌ．Ｍｅｄ，２００５，８３：７６４−７７３），Ｃｈａｋｒａｂｏｒｔｙ（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ，２００７，８（３）：４６９−８２）；Ｄｕｒｃａｎ（Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａ．２００８．５（４）：５５９−５６６）；Ｋｉｍ及びＲｏｓｓｉ（ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、２００８．４４：６１３−６１６）；Ｇｒｉｍｍ及びＫａｙ，（ＪＣＩ，２００７．１１７（１２）：３６３３−４１）を参照のこと。
【０３２７】
ＲＮＡｉ現象に関する多数のＰＣＴ出願が公開されている。それらには、ＰＣＴ公開ＷＯ００／４４８９５；ＰＣＴ公開ＷＯ００／４９０３５；ＰＣＴ公開ＷＯ００／６３３６４；ＰＣＴ公開ＷＯ０１／３６６４１；ＰＣＴ公開ＷＯ０１／３６６４６；ＰＣＴ公開ＷＯ９９／３２６１９；ＰＣＴ公開ＷＯ００／４４９１４；ＰＣＴ公開ＷＯ０１／２９０５８；及びＰＣＴ公開ＷＯ０１／７５１６４が挙げられる。
【０３２８】
ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は細胞質のタンパク質複合体に侵入するｄｓＲＮＡ種の能力に基づき、次いでそれは相補性の細胞性ＲＮＡを標的とし、特異的にそれを分解する。ＲＮＡ干渉反応は、一般にＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体と呼ばれる、ｄｓＲＮＡを含有するエンドヌクレアーゼ複合体を特徴とし、それは、ｄｓＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖に相補性の配列を有する一本鎖ＲＮＡの切断に介在する。標的ＲＮＡの切断は、ｄｓＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖に相補性の領域の中央で生じ得る（Elbashir et al., Genes Dev., 2001, 15(2):188-200）。さらに詳細には、ＩＩＩ型ＲＮＡ分解酵素（(DICER, DROSHA, etc.; Bernstein et al., Nature, 2001, 409(6818):363〜6; Lee et al., Nature, 2003, 425(6956):415-9）によってさらに長いｄｓＲＮＡが短い（１７〜２９ｂｐ）ｄｓＲＮＡ断片（小分子阻害性ＲＮＡ、「ｓｉＲＮＡ」とも呼ばれる）に消化される。ＲＩＳＣタンパク質複合体はこれらの断片及び相補性のｍＲＮＡを認識する。全過程は標的ｍＲＮＡのエンドヌクレアーゼ切断によって完結する（McManus & Sharp, Nature Rev Genet, 2002, 3(10):737〜47; Paddison & Hannon, Curr Opin Mol Ther. 2003, 5(3):217〜24）（これらの用語及び提案されたメカニズムに関するさらなる情報については、たとえば、Bernstein et al., RNA 2001, 7(11):1509〜21; Nishikura, Cell 2001, 107(4):415〜8 and ＰＣＴ公開ＷＯ  ０１／３６６４６を参照のこと）。
【０３２９】
既知の遺伝子に対応するｄｓＲＮＡの選択及び合成は広く報告されており；たとえば、Ｕｉ−Ｔｅｉら、Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００６；２００６：６５０５２；Ｃｈａｌｋら、ＢＢＲＣ．２００４，３１９（１）：２６４−７４；Ｓｉｏｕｄ及びＬｅｉｒｄａｌ，Ｍｅｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．；２００４，２５２：４５７−６９；Ｌｅｖｅｎｋｏｖａら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ．２００４，２０（３）：４３０〜２；Ｕｉ−Ｔｅｉら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．２００４，３２（３）：９３６−４８を参照のこと。修飾されたｄｓＲＮＡの使用及び製造の例については、Ｂｒａａｓｃｈら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．，２００３，４２（２６）：７９６７−７５；Ｃｈｉｕら、ＲＮＡ，２００３，９（９）：１０３４−４８；ＰＣＴ公開ＷＯ２００４／０１５１０７（Ａｔｕｇｅｎ）；ＷＯ０２／４４３２１（Ｔｕｓｃｈｌら）並びに米国特許第５，８９８，０３１号及び同第６，１０７，０９４号を参照のこと。
【０３３０】
ｄｓＲＮＡの合成
所有権のあるアルゴリズム及び本明細書で開示される標的遺伝子の既知の配列を用いて、多数の可能性があるｄｓＲＮＡの配列を生成する。上記明細書に係るｄｓＲＮＡ分子は本明細書で記載されるように本質的に調製される。
【０３３１】
本明細書で開示されるｄｓＲＮＡは、リボ核酸（又はデオキシリボ核酸）オリゴヌクレオチドの合成について当該技術で周知である方法のいずれかによって合成される。そのような合成はとりわけ、Ｂｅａｕｃａｇｅ及びＩｙｅｒ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、１９９２；４８：２２２３−２３１１；Ｂｅａｕｃａｇｅ及びＩｙｅｒ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、１９９３；４９：６１２３〜６１９４及びＣａｒｕｔｈｅｒｓら，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８７；１５４：２８７−３１３に記載されており；チオエートの合成はとりわけ、Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９８５；５４：３６７−４０２に記載されており；ＲＮＡ分子の合成はＳｐｒｏａｔ，Ｈｅｒｄｅｗｉｊｎ、Ｐ．編のＨｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ、２００５；Ｋａｐ．２：１７〜３１に記載されており；各下流の工程はとりわけ、Ｐｉｎｇｏｕｄら、Ｏｌｉｖｅｒ、Ｒ．Ｗ．Ａ．編のＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、１９８９；Ｋａｐ．７：１８３〜２０８に記載されている。
【０３３２】
他の合成手順は当該技術で既知であり、たとえば、Ｕｓｍａｎら、１９８７，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１０９，７８４５；Ｓｃａｒｉｎｇｅら、１９９０，ＮＡＲ．，１８，５４３３；Ｗｉｎｃｏｔｔら、１９９５，ＮＡＲ．２３，２６７７−２６８４；及びＷｉｎｃｏｔｔら、１９９７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．，７４，５９に記載された手順では、たとえば、５’末端におけるジメトキシトリチル及び３’末端におけるホスホロアミダイトのような一般的な核酸保護剤及びカップリング剤が使用される。修飾された（たとえば、２’−Ｏ−メチル化）ヌクレオチド及び未修飾のヌクレオチドは所望のように取り込まれる。
【０３３３】
本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドは、別々に合成し、合成及び／又は脱保護の後、たとえば、ライゲーション（Moore et al., 1992, Science 256, 9923; Draper et al., 国際特許公開番号ＷＯ９３／２３５６９; Shabarova et al., 1991, NAR 19, 4247; Bellon et al., 1997, Nucleosides & Nucleotides, 16, 951; Bellon et al., 1997, Bioconjugate Chem. 8, 204）又はハイブリッド形成によって合成後一緒に連結することができる。
【０３３４】
市販の機械（とりわけ、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから利用可能な）を使用することができ；本明細書で開示される配列に従ってオリゴヌクレオチドが調製されることが留意される。化学的に合成した断片の重複する対は、当該技術で周知の方法を用いて連結することができる（たとえば、米国特許第６，１２１，４２６号を参照）。鎖を別々に合成し、次いで試験管にて互いにアニーリングする。次いでアニーリングされなかった（それらの一方の過剰のために）一本鎖オリゴヌクレオチドから二本鎖ＲＮＡをＨＰＬＣによって分離する。本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ又はｄｓＲＮＡ断片に関して、２以上のそのような配列を合成し、本明細書で使用するために一緒に連結することができる。
【０３３５】
たとえば、米国特許公開番号ＵＳ２００４／００１９００１に記載されたように直列合成法を介して本明細書で開示される化合物を合成することができ、その際、双方のｄｓＲＮＡ鎖は切断可能なリンカーによって切断される単一の連続したオリゴヌクレオチド断片又は鎖として合成され、その後、切断されてハイブリッド形成し、ＲＮＡ二本鎖の精製を可能にするＲＮＡ断片又は鎖を分離する。リンカーはポリヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーから選択される。
【０３３６】
医薬組成物
本明細書で開示される化合物が未加工の化学物質として投与されることが可能である一方で、それを医薬組成物として提示することが好ましい。従って、本明細書で開示されるのは、本明細書で開示される１以上の化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物と薬学上許容可能な賦形剤又はキャリアを含む医薬組成物である。一部の実施形態では、医薬組成物は本明細書で開示される２以上の新規ｄｓＲＮＡ化合物を含む。
【０３３７】
さらに本明細書で開示されるのは、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子を阻害するのに有効な量での本明細書で開示される１以上の化合物に共有結合する又は非共有結合する少なくとも１つの二本鎖ＲＮＡ分子と、薬学上許容可能なキャリアを含む医薬組成物である。一部の実施形態では、ＲＮＡ化合物は内因性の細胞性複合体／酵素によって細胞内で処理されて本明細書で開示されるような１以上の化合物を生成する。
【０３３８】
さらに本明細書で開示されるのは、薬学上許容可能なキャリアと、細胞内で標的遺伝子の発現を阻害するのに有効な量での本明細書で開示される化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物の１以上を含む医薬組成物であり、該化合物は配列番号１〜１２に示される標的ｍＲＮＡの配列に対して実質的に相補性である配列を含む。治療用の二本鎖核酸分子を生成するのに有用な好まれるオリゴヌクレオチド配列は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）、好ましくは配列番号：２０６０７〜２０６８４に示される。
【０３３９】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は医薬組成物における主要な有効成分である。他の実施形態では、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は、２以上のｓｄＲＮＡを含有する医薬組成物における有効成分の１つであり、前記医薬組成物はさらに、本明細書で開示される遺伝子を標的とする１以上の追加のｄｓＲＮＡ分子で構成される。他の実施形態では、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は、２以上のｓｄＲＮＡを含有する医薬組成物における有効成分の１つであり、前記医薬組成物はさらに、１以上の追加の遺伝子を標的とする１以上の追加のｄｓＲＮＡ分子で構成される。一部の実施形態では、本明細書で開示される２以上のｄｓＲＮＡ化合物による標的遺伝子の同時阻害は、本明細書で開示される疾患の治療に相加的又は相乗的な効果を提供する。一部の実施形態では、たとえば、ＴＬＲ２遺伝子及びＴＬＲ４の同時阻害は、本明細書で開示される疾患の治療に相加的又は相乗的な効果を提供する。
【０３４０】
一部の実施形態では、本明細書で開示される状態の治療に対する高いターゲッティングを達成するために、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は、標的細胞上に発現される細胞表面の内部移行可能な分子に対する抗体又はアプタマーに（共有結合で又は非共有結合で）連結又は結合される。特定の一実施形態では、抗Ｆａｓ抗体（好ましくは中和抗体）を本明細書で開示されるｓｉＲＮＡのような二本鎖ＲＮＡ分子と（共有結合で又は非共有結合で）結合させる。種々の実施形態では、リガンド／抗体のように作用するアプタマーを本明細書で開示されるｓｉＲＮＡのような二本鎖ＲＮＡ分子と（共有結合で又は非共有結合で）結合させる。
【０３４１】
送達
化学的に修飾された二本鎖ＲＮＡ分子は、化合物自体（たとえば、裸のｓｉＲＮＡとして）又は薬学上許容可能な塩として投与され、単独で、又は１以上の薬学上許容可能なキャリア、溶媒、希釈剤、賦形剤、補助剤及びビヒクルと組み合わせた有効成分として投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるようなｄｓＲＮＡ分子はキャリア又は希釈剤と共に調製された裸の分子の直接適用によって標的組織に送達される。
【０３４２】
用語「裸のｓｉＲＮＡ」は、ウイルス配列、ウイルス粒子、リポソーム製剤、リポフェクチン又は沈殿剤等を含む、細胞への侵入を補助する、促進する又は円滑にする送達ビヒクルを含まないｓｉＲＮＡ分子を指す。たとえば、ＰＢＳ中のｓｉＲＮＡは「裸のｓｉＲＮＡ」である。
【０３４３】
哺乳類細胞へのｄｓＲＮＡの送達の改善及び向上を具体的に目指した送達系は開発されている（たとえば、Shen et al FEBS Let. 539: 111-114 (2003), Xia et al., Nat. Biotech. 20: 1006〜1010 (2002), Reich et al., Mol. Vision 9: 210-216 (2003), Sorensen et al., J. Mol. Biol. 327: 761〜766 (2003), Lewis et al., Nat. Gen. 32: 107-108 (2002) and Simeoni et al., NAR 31, 11: 2717-2724 (2003)を参照）。ｓｉＲＮＡは最近霊長類における遺伝子発現の阻害に上手く利用されている（たとえば、Tolentino et al., Retina 2004. 24(1):132-138）。
【０３４４】
薬学上許容可能なキャリア、溶媒、希釈剤、賦形剤、補助剤及びビヒクルは一般に、本明細書で開示される活性のあるｓｉＲＮＡ化合物と反応しない不活性な非毒性の固体又は液体の充填剤、希釈剤又は被包する物質を指す。たとえば、本明細書で開示されるｓｉＲＮＡは、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）と共に、ＰＥＩ誘導体、たとえば、分枝鎖ＰＥＩのオレイン酸及びステアリン酸修飾の誘導体と共に、キトサンと共に、又はポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）と共に製剤化される。たとえば、リポソーム、ミクロスフェア又はナノスフェア及びナノ粒子にて組成物を製剤化することは安定性及び有益な吸収を高め得る。
【０３４５】
さらに、異なった呼吸器治療様式（たとえば、液体換気又は噴霧化ＰＦＣ）が肺損傷の動物モデル及び臨床試験にて肺コンプライアンスを改善することに加えて肺の炎症反応を低下させることが示されているので、組成物は、人工酸素キャリア、たとえば、パーフルオロカーボン（ＰＦＣ）、たとえば、臭化パーフルオロオクチル（パーフルブロン）を含み得る（Lehmler HJ. 2008. Expert Review of Respiratory Medicine, vol. 2, No. 2: 273〜289）。
【０３４６】
本明細書で開示されるような送達系の例には、米国特許第５，２２５，１８２号；同第５，１６９，３８３号；同第５，１６７，６１６号；同第４，９５９，２１７号；同第４，９２５，６７８号；同第４，４８７，６０３号；同第４，４８６，１９４号；同第４，４４７，２３３号；同第４，４４７，２２４号；同第４，４３９，１９６号；及び同第４，４７５，１９６号が挙げられる。多数のそのような送達系及びモジュールは当業者に周知である。特定の実施形態では、吸入用の製剤が選択される。
【０３４７】
従って、一部の実施形態では、本明細書で開示されるｓｉＲＮＡ分子は、リポソーム製剤及びリポフェクチン製剤で送達され、当業者に周知の方法によって調製される。そのような方法は、参照によって本明細書に組み入れられる、たとえば、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，５８９，４６６号、及び同第５，５８０，８５９号に記載されている。
【０３４８】
本明細書で開示されるような化合物の改善された送達のための追加の製剤には、標的とする分子へのｓｉＲＮＡ分子の抱合を挙げることができる。抱合は普通、サイレンシング活性を妨害しないように、ｓｉＲＮＡのセンス鎖への標的とする分子の共有結合を介して形成される。本明細書で有用な可能性のある標的とする分子には、タンパク質、ペプチド及びアプタマー、並びにたとえば、コレステロールのような天然の化合物が挙げられる。標的とする抗体については、プロタミン融合タンパク質への抱合が使用されている（たとえば、Song et al., Antibody mediated in vivo delivery of small interfering RNAs via celＬ−surface receptors, Nat Biotechnol. 2005. 23(6):709-17を参照）。
【０３４９】
裸のｓｉＲＮＡ、又は本明細書で開示されるような化学的に修飾されたｓｉＲＮＡを含む医薬組成物は、個々の患者の臨床状態、治療される疾患、投与の部位と方法、投与のスケジュ〜ル、患者の年齢、性別、体重、及び主治医に知られた他の因子を考慮して適正な医療行為に従って投与され、投薬される。
【０３５０】
従って、本明細書における目的で「治療上有効な量」は、当該技術で知られるようなそのような考慮によって決定される。用量は、改善された生存率又はさらに迅速な回復、又は症状及び当業者による適当な対策として選択されるような他の指標の改善若しくは排除を含むがこれらに限定されない改善を達成するのに有効でなければならない。本明細書で開示されるｓｉＲＮＡは、単回用量又は複数回用量で投与することができる。
【０３５１】
一般に、ヒトにとってのｄｓＲＮＡ化合物の有効な用量は、単回投与又は短い（たとえば、１〜５分）間隔で与える、潅流後数分〜数時間以内に投与する一連の投与の計画にて、用量当たり体重ｋｇ当たり１ｎｇ／ｋｇ〜約２０〜１０ｍｇ／ｋｇ、好ましくは用量当たり体重ｋｇ当たり約０．０１ｍｇ〜約２〜１００ｍｇ／ｋｇの範囲である。
【０３５２】
本明細書で開示されるような化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物は、従来の投与経路のいずれかによって投与される。化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物は、経口で、皮下で、又は静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、眼内、冠動脈内、経鼓膜及び鼻内の投与、並びにクモ膜下及び点滴法を含む非経口で投与される。化合物の埋め込みも有用である。
【０３５３】
非侵襲性の投与、たとえば、注射又は局所若しくは部分的な投与のために液体形態が調製される。用語、注射には、皮下、経皮、静脈内、筋肉内、クモ膜下、眼内、経鼓膜、及び他の非経口の投与経路が含まれる。液体組成物には、有機共溶媒を伴った又は伴わない水溶液、水性又は油性の懸濁液、食用油によるエマルジョン、並びに類似の医薬ビヒクルが含まれる。
【０３５４】
対象が肺移植を受けている実施形態では、本明細書で開示されるような治療用の化合物及び組成物は好ましくは、これらの組成物／化合物を含有するエアゾールの吸入によって、前記組成物の気管内点滴によって、又は換気装置による吸入によって（たとえば、意識のない患者への投与）、対象に投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるようなｓｉＲＮＡ化合物は肺移植を受けている対象の肺への吸入によって投与される。医薬組成物の肺への送達に関するさらなる情報については、Ｗｅｉｓｓら、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  １９９９．１０：２２８７-２２９３；Ｄｅｎｓｍｏｒｅら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｈｅｒａｐｙ  １９９９．１：１８０-１８８；Ｇａｕｔａｍら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ２００１．３：５５１-５５６；並びにＳｈａｈｉｗａｌａ及びＭｉｓｒａ，ＡＡＰＳ  ＰｈａｒｍＳｃｉＴｅｃｈ  ２００４．２４；６（３）：Ｅ４８２-６．を参照のこと。さらに、ｓｉＲＮＡについての呼吸器製剤は、米国特許出願公開番号２００４／００６３６５４に記載されている。ｓｉＲＮＡについての呼吸器製剤は、米国特許出願公開番号２００４／００６３６５４に記載されている。本発明の譲受人への国際特許公開番号ＷＯ２００８／１３２７２３は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられるが、呼吸器系へのｓｉＲＮＡの治療用送達を開示している。
【０３５５】
一部の実施形態では、本明細書で開示されるような化学的に修飾されたｄｓＲＮＡは、たとえば、静脈内投与による全身性送達のために製剤化される。
【０３５６】
加えて、特定の実施形態では、本明細書で開示される新規の治療で使用するための組成物は、たとえば、鼻内投与用のエアゾールとして形成される。特定の実施形態では、本明細書で開示される新規の治療で使用するための組成物は、たとえば、鼻内点滴用の点鼻剤として形成される。
【０３５７】
治療方法
態様の１つでは、本明細書で開示されるのは、治療上有効な量の、本明細書で開示されるようなｓｉＲＮＡ化合物を対象に投与することを含む、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの発現又は活性に関連する移植後合併症、傷害又は状態で苦しむ対象を治療する方法である。好まれる実施形態では、治療される対象は、温血動物、特にヒトを含む哺乳類である。
【０３５８】
「対象を治療すること」は、状態、合併症又は傷害に関連する症状を改善する、重症度を減らす又は状態を治癒させる、又は状態が生じるのを防ぐのに有効な治療物質を対象に投与することを指す。「治療」は、治療用処置及び予防用又は防御用の対策の双方を指し、目的は、状態、合併症又は傷害を防ぐこと、又はその症状を軽減することである。治療が必要なものには、状態をすでに経験しているもの、状態を有しやすいもの、状態が防がれるべきものが挙げられる。本明細書で開示される化合物は、状態の発症の前、その間又はその後に投与される。種々の実施形態では、対象は、限定しないで、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）から選択される状態、合併症又は傷害について臓器移植（たとえば、肺移植）後、治療されている。
【０３５９】
「治療上有効な量」は、対象における又は改善された生存率又はさらに迅速な回復、又は症状及び当業者による適当な対策として選択されるような他の指標の改善若しくは排除を含むが、これらに限定されないその生理的な系における改善を達成するのに有効である医薬化合物又は組成物の量を指す。
【０３６０】
本明細書で開示される疾患を治療する方法は、追加の阻害剤、以下で詳述されるような有効成分（たとえば、ｓｉＲＮＡ）の医薬特性を改善する物質、又は上述の状態、合併症及び障害のいずれかで苦しむ又はそれに感受性である対象の治療にて有効であることが知られる追加の化合物（たとえば、免疫抑制剤）と併せて又は併用でＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰのｄｓＲＮＡ阻害剤を投与することを含む。別の態様では、本明細書で提供されるのは、少なくとも１つの追加の治療上の活性剤との治療用二本鎖ＲＮＡ分子の併用である。さらに、提供されるのは、本明細書で開示されるような１以上の化学的に修飾されたＲＮＡ分子に標的遺伝子のｍＲＮＡを接触させることを含む、対照と比べて少なくとも４０％標的遺伝子の発現を下方調節する方法である。
【０３６１】
一実施形態では、本明細書で開示されるような化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物は、哺乳類のＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子を阻害し、又は下方調節し、それによって阻害又は下方調節は、遺伝子機能の阻害又は下方調節、ポリペプチドの阻害又は下方調節及びｍＲＮＡ発現の阻害又は下方調節を含む群から選択される。
【０３６２】
本明細書で開示されるのは、本明細書で開示される１以上のｄｓＲＮＡとＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ遺伝子のｍＲＮＡ転写物を接触させることを含む対照と比べて、少なくとも約４０％、好ましくは５０％、６０％、７０％、さらに好ましくは７５％、８０％、又は９０％ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ遺伝子の発現を阻害する方法である。
【０３６３】
一実施形態では、本明細書で開示される化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物による阻害の効果は、ｍＲＮＡ又は対応するタンパク質に対するｓｉＲＮＡの効果を調べることによって判定し、それによって阻害は、機能の阻害（たとえば、酵素アッセイ又は天然の遺伝子／ポリペプチドの既知の相互作用物質との結合アッセイによって調べられる）、タンパク質の阻害（たとえば、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ又は免疫沈降によって調べられる）及び標的遺伝子のｍＲＮＡの発現の阻害（たとえば、ノーザンブロッティング、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、その場でのハイブリッド形成又はマイクロアレイハイブリッド形成によって調べられる）から成る群から選択される。
【０３６４】
一実施形態では、化学的に修飾された二本鎖ＲＮＡ分子は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子又はポリペプチドを下方調節するが、それによって下方調節は、機能の下方調節（たとえば、酵素アッセイ又は天然の遺伝子／ポリペプチドの既知の相互作用物質との結合アッセイによって調べられる）、タンパク質の下方調節（たとえば、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ又は免疫沈降によって調べられる）及び標的遺伝子のｍＲＮＡの発現の下方調節（たとえば、ノーザンブロッティング、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、その場でのハイブリッド形成又はマイクロアレイハイブリッド形成によって調べられる）から成る群から選択される。
【０３６５】
追加の実施形態では、臓器移植（たとえば、肺移植）後の対象を治療する方法が提供され、その際、対象は、哺乳類のＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子のレベルの上昇を伴う状態、合併症又は障害に苦しみ、又はそれに感受性であり、方法は、本明細書で開示される化学的に修飾されたｓｉＲＮＡ化合物又は組成物を治療上有効な量で対象に投与し、それによって対象を治療することを含む。
【０３６６】
本明細書で提供されるのは、哺乳類のＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子の発現の阻害が有益である慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）の治療における、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子から選択される哺乳遺伝子の発現を下方調節する化合物、特に新規の小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の使用である。
【０３６７】
哺乳類のＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子又はポリペプチドの発現を阻害する方法、新規の化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ及び前記ｄｓＲＮＡを含む医薬組成物を本明細書で詳細に議論し、前記ｄｓＲＮＡ及び／又は医薬組成物のいずれかが前記状態のいずれかで苦しむ又はそれに感受性である対象の治療に有益に採用される。既知の化合物は本発明から除外されることが明白に理解されるべきである。既知の化合物及び組成物を用いた新規の治療方法は本発明の範囲内に入る。
【０３６８】
本明細書で開示される方法は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの遺伝子の発現を下方調節する、本明細書で開示される化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物の１以上の治療上有効な量を投与することを含む。
【０３６９】
本明細書で開示されるのはまた、医薬組成物を調製する工程であり、それは、
【０３７０】
１以上の化学的に修飾された二本鎖ＲＮＡ分子を提供することと
【０３７１】
前記化合物を薬学上許容可能なキャリアと混合することを含む。
【０３７２】
好まれる実施形態では、医薬組成物の調製に使用されるｄｓＲＮＡ化合物は薬学上有効な量でキャリアと混合される。一実施形態では、本明細書で開示される化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物は、ステロイド、又は脂質、又は別の好適な標的とする分子、たとえば、タンパク質、ペプチド、アプタマー、天然の化合物（たとえば、コレステロール、キシロース）に抱合される。
【０３７３】
併用療法
本明細書で開示される疾患を治療する方法は、追加のＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰ阻害剤、化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物の薬理学特性を改善する物質、又はたとえば、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）、慢性又は急性の無菌性炎症、又は神経障害性の疼痛に限定されない臓器移植、たとえば、肺移植の後の合併症又は傷害に苦しむ又はそれに感受性である対象の治療に有効であることが分っている追加の化合物と併せて又は併用して新規の化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ分子を投与することを含む。
【０３７４】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、少なくとも１つの追加の治療上活性のある剤との治療用の二本鎖ＲＮＡ分子の併用を含む医薬組成物である。「併せて」又は「併用で」によって、先立って、同時に又は続いてを意味する。従って、そのような併用の個々の成分は同一の又は別々の医薬製剤から順次又は同時に投与される。
【０３７５】
新規の化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物及び本明細書で記載される治療法と併せて、たとえば、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）に限定されない臓器移植、たとえば、肺移植の後の合併症又は傷害に罹りやすい対象を治療するための既知の治療を含む併用療法は、本発明の考慮される部分である。そのような既知の治療には、限定しないで薬理学的な免疫抑制が挙げられる。
【０３７６】
加えて、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は、そのような状態を治療するための第２の治療上活性のある化合物（たとえば、免疫抑制剤）による補助療法として使用するための薬物の調製に使用される。化学的に修飾された二本鎖ＲＮＡ分子との併用における既知の第２の治療剤の適当な用量は当業者によって容易に十分に理解される。
【０３７７】
一部の実施形態では、上記で言う併用は、単一の医薬製剤の形態での使用について提示される。
【０３７８】
本明細書で開示される薬学上活性のあるｓｉＲＮＡ化合物のいずれか１つを含む医薬組成物の投与は、静脈内に、動脈内にを含む多数の既知の投与経路のいずれかによって、熟練した内科医によって決定されるような、鼻内又は気管内の点滴によって実行される。特殊化した製剤を用いて、吸入又は鼻内点滴を介して組成物を冠動脈内に投与することが可能である。
【０３７９】
「併せて」によって、追加の薬学上有効な化合物が、本発明の医薬組成物の投与に先立って、同時に又はその後、投与されることを意味する。従って、上記で言うそのような併用の個々の成分は、同一又は別々の医薬製剤から順次又は同時に投与される。本ｓｉＲＮＡ化合物と同様に、上記で詳述したように、たとえば、経口、頬内、吸入、舌下、直腸、膣、経子宮、鼻、局所、経皮（すなわち、経皮）又は非経口（静脈内、筋肉内、皮下、及び冠状動脈内）の投与に限定されないいずれかによって第２の治療剤が投与される。
【０３８０】
一部の実施形態では、本明細書で開示される化学的に修飾された二本鎖ＲＮＡ分子及び第２の治療剤は、単一の組成物で提供されて又は２以上の異なる組成物として提供されて同一の経路で投与される。しかしながら、他の実施形態では、本明細書で開示される新規の二本鎖ＲＮＡ分子と第２の治療剤の異なる経路が可能である。当業者は、単独又は併用のいずれかで、各治療剤の投与の最良の経路に気付く。
【０３８１】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で言及される合併症及び状態のいずれかの治療のために２以上のｄｓＲＮＡ分子を含む医薬組成物である。一部の実施形態では、２以上のｄｓＲＮＡ分子又は前記分子を含む製剤は、同一のさもなければ有益な活性を生成する量で医薬組成物にて混合される。特定の実施形態では、２以上のｄｓＲＮＡ分子は、共有結合し、又は非共有結合し、又は２〜１００、好ましくは２〜５０若しくは２〜３０のヌクレオチドに及ぶ長さの核酸リンカーによって一緒に連結される。一実施形態では、２以上のｄｓＲＮＡ分子は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰに対するｍＲＮＡを標的とする。一部の実施形態では、２以上のｄｓＲＮＡ化合物の少なくとも１つがＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰを標的とする。一部の実施形態では、ＲＮＡ化合物の少なくとも１つが配列番号１３〜２０６０６のいずれか１つで設定されるアンチセンス配列と実質的に同一のアンチセンス配列を含む。一部の実施形態では、ｄｓＲＮＡのセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドは、配列番号１３〜２０６０６のいずれか１つで示されるセンス及び対応する（相補性の）アンチセンスのオリゴヌクレオチドから選択される。好ましいセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチド対は、以下の表１〜５に示される。
【０３８２】
一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物はさらに、１以上の追加の遺伝子を標的とする１以上の追加のｄｓＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、前記追加の遺伝子の同時阻害は、本明細書で開示される合併症、傷害又は障害の治療に相加的な又は相乗的な効果を提供する。
【０３８３】
本明細書で開示される治療計画は、投与方式、投与のタイミング及び投与量という点で実施されるので、本明細書で開示される状態の有害な結末からの患者の機能的な回復が改善される。
【０３８４】
一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物はさらに、１以上の追加の遺伝子を標的とする１以上の追加のｄｓＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、前記追加の遺伝子の同時阻害は、本明細書で開示される疾患の治療に相加的な又は相乗的な効果を提供する。
【０３８５】
本明細書で開示される治療計画は、本明細書で開示される状態の有害な結末からの患者の機能的な回復が改善されるように、又は障害の発症を先送りにするように、投与方式、投与のタイミング及び投与量という点で実施される。細胞における個々の核酸分子の有効な濃度は、約１フェトモル、約５０フェトモル、１００フェトモル、１ピコモル、１．５ピコモル、２．５ピコモル、５ピコモル、１０ピコモル、２５ピコモル、５０ピコモル、１００ピコモル、５００ピコモル、１ナノモル、２．５ナノモル、５ナノモル、１０ナノモル、２５ナノモル、５０ナノモル、１００ナノモル、５００ナノモル、１マイクロモル、２．５マイクロモル、５マイクロモル、１０マイクロモル、１００マイクロモル以上であり得る。
【０３８６】
哺乳類にとって適当な投与量は、体重のｋｇ当たり０．０１ｍｇ〜１ｇ（たとえば、ｋｇ当たり０．１ｍｇ、０．２５ｍｇ、０．５ｍｇ、０．７５ｍｇ、１ｍｇ、２．５ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、２５ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２５０ｍｇ、５００ｍｇ、１ｍｇ、２．５ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、２５ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２５０ｍｇ、又は５００ｍｇ）であり得る。
【０３８７】
一日当たり体重のｋｇ当たり約０．０１ｍｇ〜約１００ｍｇの投与量レベルが上述の状態の治療に有用である。キャリアと組み合わせて単回投与形態を作製することができる有効成分の量は治療される宿主及び投与の特定に方式によって変化する。投与単位形態は一般に約０．１ｍｇ〜約５００ｍｇの間の有効成分を含有する。投与単位は、局所送達、たとえば、硝子体内送達又は経鼓膜送達のために調整され得る。
【０３８８】
キット
別の態様では、任意で使用のための指示書と共に、ＴＬＲ２を標的とする二本鎖核酸から成る治療剤を含むキットが提供される。一部の実施形態では、ＴＬＲ２を標的とする二本鎖核酸は配列番号１３〜５８４６で示される配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【０３８９】
別の態様では、任意で使用のための指示書と共に、ＴＬＲ４を標的とする二本鎖核酸から成る治療剤を含むキットが提供される。一部の実施形態では、ＴＬＲ４を標的とする二本鎖核酸は配列番号５８４７〜１２１４４で示される配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【０３９０】
別の態様では、任意で使用のための指示書と共に、ＭＹＤ８８を標的とする二本鎖核酸から成る治療剤を含むキットが提供される。一部の実施形態では、ＭＹＤ８８を標的とする二本鎖核酸は配列番号１２１４５〜１６３３２で示される配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【０３９１】
別の態様では、任意で使用のための指示書と共に、ＴＩＣＡＭ１を標的とする二本鎖核酸から成る治療剤を含むキットが提供される。一部の実施形態では、ＴＩＣＡＭ１を標的とする二本鎖核酸は配列番号１６３３３〜１８２４２で示される配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【０３９２】
別の態様では、任意で使用のための指示書と共に、ＴＩＲＡＰを標的とする二本鎖核酸から成る治療剤を含むキットが提供される。一部の実施形態では、ＴＩＲＡＰを標的とする二本鎖核酸は配列番号１８２４３〜２０６０６で示される配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【０３９３】
別の態様では、提供されるのは、少なくとも２つの治療剤を含むキットであり、２つの剤は、任意で使用のための指示書と共に、ＴＬＲ２阻害剤、ＴＬＲ４阻害剤、ＭＹＤ８８阻害剤、ＴＩＣＡＭ１阻害剤及びＴＩＲＡＰ阻害剤から成る群から選択される。
【０３９４】
キットの一部の実施形態では、各治療剤は独立して、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから選択される標的遺伝子をコードするヌクレオチド配列（たとえば、ｍＲＮＡ配列）を結合する小分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロ〜ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）又は小分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）から成る群から選択される。一部の実施形態では、各核酸分子は二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）又は小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）である。一部の実施形態では、各核酸分子は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰを標的とするｄｓＲＮＡから成る群から選択される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるキットは、任意で使用のための指示書と共に、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから成る群から選択される少なくとも２つの遺伝子及び／又は遺伝子産物を阻害することが可能である単一剤を意味する併用阻害剤を含む。
【０３９５】
一部の実施形態では、キットの各治療剤は核酸分子を含み、その際、
（ａ）核酸分子はセンス鎖とアンチセンス鎖を含み；
（ｂ）核酸分子の各鎖は独立して長さ１７〜４０のヌクレオチドであり；
（ｃ）アンチセンス鎖の１７〜４０のヌクレオチドの配列は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１又はＴＩＲＡＰをコードするｍＲＮＡから選択されるｍＲＮＡの配列に対して相補性であり；
（ｄ）センス鎖の１７〜４０のヌクレオチドの配列は、アンチセンス鎖に対して相補性であり、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１又はＴＩＲＡＰをコードするｍＲＮＡから選択されるｍＲＮＡの１７〜４０のヌクレオチドの配列を含む。
【０３９６】
適応
肺損傷、肺虚血性再潅流傷害
肺移植
肺移植は、患者の病んだ肺を部分的に又は全体的にドナー由来の肺で置き換える外科的処置である。肺移植は、進行した／末期の肺疾患の患者にとって選択される治療になっている。ここ数十年、ドナーの管理、臓器の保存、免疫抑制計画及び感染性合併症の制御が実質的に改善され、移植処置の手術法が開発されている。それにもかかわらず、一次移植片機能不全（ＰＧＤ）は肺移植の推定１０〜２５％を冒し、肺レシピエントの早期の移植後の罹病率及び死亡率の主な原因となっている（Lee JC and Christie JD. 2009. Proc Am Thorac Soc, vol. 6: 39-46）。ＰＧＤは一次移植片不全、虚血性再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全及び肺再移植応答と様々に呼ばれている。加えて、再潅流傷害、急性拒絶と慢性移植片機能不全のその後の発症との間の関係を示唆する若干の証拠がある。
【０３９７】
移植後の、特に肺移植後の慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）を防ぐ又は治療するのに有用な有効なオリゴヌクレオチドに基づく治療法は、大きな治療価値がある。
【０３９８】
種々の実施形態では、本明細書で開示される化学的に修飾されたｄｓＲＮＡ化合物は、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）のような、しかしこれらに限定されない肺移植後の合併症又は損傷を治療する又は予防するのに有用である。
【０３９９】
用語「肺移植」は、患者の病んだ肺を部分的に又は全体的にドナー由来の肺で置き換える外科的処置を包含することとする。特定の状況では異種移植が熟考され得るが、同種移植が普通好ましい。
【０４００】
肺移植の適応には、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、肺性高血圧、嚢胞性線維症、特発性肺線維症、及びアイゼンメンゲル症候群が挙げられる。通常、４つの異なる外科的技法が使用される：単一肺移植、両側性連続移植、心肺同時移植及び肺葉移植であり、臓器の大半は死亡したドナーから得られる。
【０４０１】
本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は、以下の慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び／又は一次移植片機能不全（ＰＧＤ）のいずれかを改善すること、減衰させること、治療すること又は予防することを含むが、これらに限定されない、肺移植の医療合併症を経験している対象を治療するのに特に有用である。
【０４０２】
一部の実施形態では、標的遺伝子は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰから選択される。さらに他の実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物を合成するのに有用なセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチド配列は、配列番号：１３〜５８４６（ＴＬＲ２を標的とする）、配列番号：５８４７〜１２１４４（ＴＬＲ４を標的とする）、配列番号：１２１４５〜１６３３２（ＭＹＤ８８を標的とする）、配列番号：１６３３３〜１８２４２（ＴＩＣＡＭ１を標的とする）及び配列番号：１８２４３〜２０６０６（ＴＩＲＡＰを標的とする）に示される。
【０４０３】
急性の肺損傷（ＡＬＩ）／急性の呼吸器窮迫症候群（ＡＲＤＳ）
【０４０４】
呼吸器窮迫症候群（ＲＤＳ）としても知られる急性の呼吸器窮迫症候群（ＡＲＤＳ）は、肺に対する種々の形態の損傷に対する深刻な反応である。これは、透過亢進型肺水腫を生じる最も関連する障害である。
【０４０５】
ＡＲＤＳは種々の直接的な及び間接的な損傷が原因で生じる重篤な肺疾患である。それは、炎症、低酸素症の原因になり、多臓器不全を生じることが多い、炎症性メディエータの付随する全身性の放出を伴うガス交換の損傷をもたらす肺実質の炎症を特徴とする。この状態は生命を脅かすものであり、致死的であることが多く、普通、人工呼吸器及び集中治療室への入院が求められる。あまり重篤ではない形態は急性肺損傷（ＡＬＩ）と呼ばれる。
【０４０６】
一部の実施形態では、本明細書で開示される分子及び方法は、急性肺損傷、特に虚血性／再潅流の傷害又は酸化的ストレスから生じる状態の発生及び重症度を治療する又は予防するのに有用である。たとえば、肺移植及び他の急性の肺損傷に関連するコロナウイルス感染又はエンドトキシンによる急性の呼吸器窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、重度の急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、虚血性再潅流傷害。
【０４０７】
炎症状態
本化合物が使用される炎症性の状態は、喘息状態、クローン病、潰瘍性大腸炎、再潅流傷害、自己免疫疾患、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、アテローム性硬化症、再狭窄、環状動脈心疾患、糖尿病、リウマチ疾患、皮膚病、たとえば、乾癬及び脂漏症、移植拒絶、及び肺、心臓、腎臓、口腔、子宮の炎症である。
【０４０８】
神経障害性の疼痛
神経障害性の疼痛は、組織の損傷又は機能不全を伴うことが多い複雑な慢性の疼痛である。神経障害性の疼痛は、体知覚に影響を及ぼす病変又は疾患のために生じ得るが、痛覚過敏、自然発生的な疼痛、及び異痛症を特徴とする。異痛症は、侵害性の刺激に応答する疼痛又は正常では疼痛反応を誘発しない刺激による疼痛であり、正常では疼痛として感知されない熱刺激又は機械的刺激に対する過敏症として引き出され得る。
【０４０９】
神経障害性の疼痛は、脊髄損傷（ＳＣＩ）、又は末梢神経の損傷（ＰＮＩ）、後根神経節又は脳が原因で生じ得る。ヒトでは、火傷のような、刺すような及び／又は電気のような感覚が損傷後数カ月以内に発生し得る。神経障害性の疼痛の別の原因は糖尿病である。糖尿病性の神経障害は、糖尿病の最も一般的な合併症の１つであり、異痛症はその症状の１つである。神経障害性の疼痛のさらなる原因には、帯状疱疹感染、ＨＩＶ関連の神経障害、四肢切断、栄養欠乏、毒素、遺伝及び免疫が介在する障害が挙げられる。神経障害性の疼痛は、末梢神経における腫瘍の圧迫によって又は治療（たとえば、タキサン類による化学療法）の副作用として癌患者に現れ得る。
【０４１０】
異痛症及び脊髄損傷（ＳＣＩ）
慢性の疼痛は、ＳＣＩのさらに頻繁な且つ問題のある続発症の１つであり、患者の有効なリハビリテ〜ションを妨害することが多い。非ＳＣＩ集団、たとえば、偏頭痛及びヘルペス後神経痛で見られる慢性疼痛症候群に加えて、ＳＣＩ患者はＳＣＩ独特の疼痛症候群にも苦しみ得る。慢性のＳＣＩ疼痛の報告された有病率は２５％〜９４％の間で変化し、これらの患者のほぼ３分の１が重篤な疼痛を経験する（Bonica JJ. Introduction: semantic, epidemiologic, and educational issues. In: Casey KL, ed. Pain and central nervous system disease: the central pain syndromes. New York: Raven Press, 1991:13-29; Siddall PJ, et al. Pain 1999;81:187-97; Gerhart KA, et al. Paraplegia 1992;30:282-7）。幾つかの研究が種々の型のＳＣＩ疼痛の有病率を報告している。筋骨格系の疼痛が損傷後６ヵ月（４０％）（Siddall PJ, Pain 1999; 81: 187-97）、及びＳＣＩ後５年（５９％）（Siddall PJ, et al. Pain 2003; 103: 249-57）で経験する最も一般的な型であった。受傷レベルの及び受傷レベルより下位の神経障害性の疼痛の有病率の増加は、同様にＳＣＩ後５年を超えて認められる。ＳＣＩ疼痛の発症に影響を及ぼす変数は不明のままである。受傷のレベル、受傷の完全性、受傷の原因及び心理社会的な因子のような因子が考慮されている（Siddall PJ, et al. In: Yezierski RP, Burchiel KJ, eds. Spinal cord injury pain: assessment, mechanisms, management. Progress in Pain Research and Management. Vol. 23 Seattle: IASP Press, 2002:9-24）。筋骨格系の疼痛は、胸部レベルの損傷を持つ患者でさらに一般的であり、ＳＣＩ後２週間で外科的介入のあったものでさらに多いことが報告された（Sved P, et al. Spinal Cord 1997;35:526-30）。異痛症に関連する神経障害性の疼痛は、不完全な脊髄損傷の患者、胸髄よりも頸髄の損傷で、及び脊髄中心症候群でさらに一般的であることが認められた（Siddall PJ, et al. Pain 1999 ;81 :187-97）。
【０４１１】
ＳＣＩ後の疼痛の型
段階２のもとでのＳＣＩ疼痛の４つの主な型に加えて、他の認識された疼痛状態があり、そのほとんどは疼痛分類の研究に関する国際学会における段階３のもとにある（Siddall PJ, et al. International Association for the Study of Pain Newsletter 2000;3:3-7）。これらは、適切な治療が指示され得るように臨床的に特定される必要がある。
【０４１２】
筋骨格系の疼痛
脊椎の機械的な不安定性：この種の疼痛は、靭帯／関節の破壊又は骨折によってもたらされ、脊椎の不安定性を生じる。それは損傷後早期に生じ、ＳＣＩの部位に近い脊椎の領域に位置する。それは、活動によって悪化し、休息によって低下する位置に関係する。診断は、レントゲン写真、コンピュータ断層撮影又はＭＲＩに助けられて病態の性質と部位を特定する。
【０４１３】
筋肉痙攣の疼痛：痙性は、腱反射の亢進を伴った緊張性伸張反射（筋緊張）における速度依存性の増大を特徴とする運動障害として定義され、伸張反射の過剰興奮を生じる。α運動ニューロンと筋肉に対する多数の興奮性及び抑制性の調節シナプスの影響のいずれかにおける不均衡が伸張反射弓の過剰活動を生じる。この疼痛の型は普通、ＳＣＩ後後期に起き、不完全ＳＣＩの人々に見られることが多い。
【０４１４】
受傷レベルの神経障害性の疼痛
部分的な除神経後疼痛／Ｇｉｒｄｌｅ又はＢｏｒｄｅｒ又は一時的な帯域疼痛：これは、ＳＣＩのレベルの上下での２〜４つの部分のバンドの範囲内で生じる受傷レベルの神経障害性の疼痛の変異である。それは、正常な感覚と無感覚の皮膚の境界で起きることが多い。
【０４１５】
脊髄空洞症：空洞（すなわち、脊髄における異常な嚢胞）による疼痛は、発症遅延を伴って平均６年で起きることが多い。頸部受傷による脊髄の中央部の損傷は、疼痛及び腕の弱化及び相対的に強いが痙性の脚機能を特徴とする脊髄中心症候群を生じる。脊髄空洞症の疼痛は、異痛を伴った一定の灼熱痛として記載されることがある。
【０４１６】
受傷レベル下位の神経障害性の疼痛
中枢性感覚異常症候群／中枢性疼痛／除神経後疼痛：ＳＣＩのレベルに対して後ろ側、すなわち、肩から足にかけて全身にわたり、びまん性に分布する疼痛、受傷レベル下位の神経障害性の疼痛の典型。疼痛は、痛覚過敏と関連し、経時的に徐々に悪化し得る。それは、自然発生的な及び／又は誘発された症状の発現と共に生じ、感染、突然の音、及び不快な運動によって悪化することが多い。
【０４１７】
ＳＣＩ疼痛の病態生理及びメカニズム
ＳＣＩに関連する疼痛は、機械的な外傷からの病態変化を特徴とする受傷と脊髄実質の血管の障害の双方の結果である。それは、病変の性質、損傷された神経構造、及び残った組織の二次的な病態生理学的変化に影響される。ＳＣＩ疼痛の根底にある少なくとも３つの基本メカニズム：神経過剰興奮性の増大、抑制の低下、及び神経の認識又は可塑性の低下が提案されている。
【０４１８】
神経過剰興奮性の増大
外傷性ＳＣＩ又は虚血性ＳＣＩ後のＳＣＩの当初の結果は、短いが劇的な興奮性アミノ酸の増加であり、それが二次的な生理的変化の受傷カスケードを引き起こす。この脊椎の「中枢性受傷カスケード」の主な構成成分には、共同で相互作用して受傷レベルにてニューロンの反応性を高め、結果的に異痛及び痛覚過敏の臨床症状を生成する解剖学的な、神経化学的な、興奮毒性の及び炎症性の事象が含まれる（Yezierski RP. Pathophysiology and animal models of spinal cord injury pain. In: Yezierski RP, Burchiel KJ, eds. Spinal cord injury pain: assessment, mechanisms, management. Progress in pain research and management. Vol. 23. Seattle: IASP Press, 2002:117-36）。
【０４１９】
歯周炎
歯周炎は、歯肉の炎症若しくは感染が未治療のままである又は治療が遅れる場合に生じる。感染及び炎症は、歯肉から歯を支える靭帯及び骨に広がり、最終的には結果的に歯を失う。歯の基で蓄積するプラーク及び歯石が原因となる炎症は、歯と歯肉の間に形成されるポケットにおけるプラークを捕捉する。連続する炎症は最終的には歯を取り囲む組織及び骨の破壊を引き起こす。
【０４２０】
修飾された化合物の合成
本明細書で開示される化合物は、リボ核酸（又はデオキシリボ核酸）オリゴヌクレオチドの合成について当該技術で周知である方法のいずれかによって合成することができる。そのような合成は、とりわけ、Ｂｅａｕｃａｇｅ及びＩｙｅｒ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、１９９２；４８：２２２３〜２３１１；Ｂｅａｕｃａｇｅ及びＩｙｅｒ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、１９９３；４９：６１２３〜６１９４並びにＣａｒｕｔｈｅｒｓら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８７；１５４：２８７〜３１３に記載されており；チオエートの合成は、とりわけ、Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９８５；５４：３６７〜４０２に記載されており；ＲＮＡ分子の合成は、Ｓｐｒｏａｔ，ｉｎ  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ  ２００５  ｅｄｉｔｅｄ  ｂｙ  Ｈｅｒｄｅｗｉｊｎ  Ｐ．；Ｋａｐ．２：１７〜３１に記載されており；各下流の工程は、とりわけ、Ｐｉｎｇｏｕｄら、ｉｎ  ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ  １９８９  ｅｄｉｔｅｄ  ｂｙ  Ｏｌｉｖｅｒ  Ｒ．Ｗ．Ａ．；Ｋａｐ．７：１８３〜２０８に記載されている。
【０４２１】
他の合成手順は、たとえば、Ｕｓｍａｎら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１９８７，１０９：７８４５；Ｓｃａｒｉｎｇｅら、ＮＡＲ，１９９０，１８：５４３３；Ｗｉｎｃｏｔｔら、ＮＡＲ、１９９５．２３：２６７７〜２６８４；及びＷｉｎｃｏｔｔら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．，１９９７，７４：５９に記載された手順のように、当該技術で既知であり、これらの手順は、たとえば、５’末端でのジメトキシトリチル及び３’末端でのホスホロアミダイトのような一般的な核酸の保護基及びカップリング基を利用する。修飾された（たとえば、２’−Ｏ−メチル化された）ヌクレオチド及び未修飾のヌクレオチドを所望のように組み入れる。
【０４２２】
本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドは、別々に合成し、合成及び／又は脱保護の後、たとえば、ライゲーション（Moore et al., 1992, Science 256, 9923; Draper et al., 国際特許公開番号ＷＯ９３／２３５６９; Shabarova et al., 1991, NAR 19, 4247; Bellon et al., 1997, Nucleosides & Nucleotides, 16, 951; Bellon et al., 1997, Bioconjugate Chem. 8, 204）又はハイブリッド形成によって合成後一緒に連結することができる。
【０４２３】
市販の機械（とりわけ、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから利用可能な）を使用することができ；本明細書で開示される配列に従ってオリゴヌクレオチドが調製されることが留意される。化学的に合成した断片の重複する対は、当該技術で周知の方法を用いて連結することができる（たとえば、米国特許第６，１２１，４２６号を参照）。鎖を別々に合成し、次いで試験管にて互いにアニーリングする。次いでアニーリングされなかった（それらの一方の過剰のために）一本鎖オリゴヌクレオチドから二本鎖ＲＮＡをＨＰＬＣによって分離する。本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ又はｄｓＲＮＡ断片に関して、２以上のそのような配列を合成し、本明細書で使用するために一緒に連結することができる。
【０４２４】
たとえば、米国特許公開番号ＵＳ２００４／００１９００１に記載されたように直列合成法を介して本明細書で開示される化合物を合成することができ、その際、双方のｄｓＲＮＡ鎖は切断可能なリンカーによって切断される単一の連続したオリゴヌクレオチド断片又は鎖として合成され、その後、切断されてハイブリッド形成し、ＲＮＡ二本鎖の精製を可能にするＲＮＡ断片又は鎖を分離する。リンカーはポリヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーから選択される。
【０４２５】
用語「共有結合」は本明細書で使用されるとき、アーム間で電子の対を共有することを特徴とする化学結合を指す。
【０４２６】
用語「非共有結合」は本明細書で使用されるとき、普通、特定の配向又は構成にて分子又は分子の一部を一緒に保持する力を提供する分子又は分子の一部の間での実際、共有結合ではない種々の相互作用を指す。これらの非共有結合相互作用には、イオン結合、疎水性相互作用、水素結合、ファンデルワールス力及び双極子−双極子結合が挙げられる。
【実施例】
【０４２７】
さらに労作することなく、当業者は前の説明を用いて本発明を最大限に利用することができると考えられる。従って、以下の好まれる特定の実施形態は、単に説明に役立つとして解釈されるべきであって、請求される発明を制限するものとして決して解釈されるべきではない。
【０４２８】
本明細書で具体的に説明されない当該技術で既知の標準的な分子生物学的プロトコ〜ルは一般に、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ〜Ｙｏｒｋ（１９８９，１９９２），及びＡｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，  Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ（１９８８）に示すように、及びＡｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ（１９８９）に示すように及びＰｅｒｂａｌ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  &  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  （１９８８）に示すように、及びＷａｔｓｏｎら、Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ，  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｂｏｏｋｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ及びＢｉｒｒｅｎら、（ｅｄｓ）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｓｅｒｉｅｓ，Ｖｏｌｓ．１〜４  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９８）及び米国特許第４，６６６，８２８号；同第４，６８３，２０２号；同第４，８０１，５３１号；同第５，１９２，６５９号及び同第５，２７２，０５７号に示すような方法論に示すように本質的に理解され、参照によって本明細書に組み入れられる。ポリメラ〜ゼ鎖反応（ＰＣＲ）は、標準のＰＣＲプロトコ〜ル：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（１９９０）に示すように実施した。特定のＤＮＡ及びｍＲＮＡ配列を含有する細胞の検出には、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）と組み合わせたその場でのＰＣＲを使用することができる（Testoni et al., Blood 1996, 87:3822.）。ｑＰＣＲ及びＲＴ−ＰＣＲを実施する方法は当該技術で周知である。
【０４２９】
実施例１：標的遺伝子に対して活性のあるｓｉＲＮＡ化合物の配列の生成及びｓｉＲＮＡの作製
所有権のあるアルゴリズムと本明細書で開示される遺伝子の既知の配列を用いて、ｓｉＲＮＡのアンチセンス配列及び対応するセンス配列を生成した。アルゴリズムに加えて、１９〜量体の５’及び／又は３’の伸長によって２０−、２１−、２２−、及び２３−量体のオリゴマー配列を生成する。この方法を用いて生成した配列は、相当するｍＲＮＡ配列の断片に対して完全に相補性である。
【０４３０】
配列番号１３〜２０６０６は、本明細書で開示されるようなｄｓＲＮＡ化合物の調製で有用なオリゴヌクレオチド配列を提供する。各オリゴヌクレオチド配列は５’から３’の方向で提示される。
【０４３１】
各遺伝子について、１９−量体のセンス及び対応するアンチセンスのオリゴヌクレオチド配列の別々のリストがあり、それは、ヒトの遺伝子発現を標的とする最良の配列として所有権のあるアルゴリズムにおけるそのスコアに基づいて優先順位が付けられる。
【０４３２】
本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物は、以下にて本明細書で記載される方法によって合成される。
【０４３３】
以下の表１〜５は二本鎖核酸分子を生成するのに有用な配列の対を提供する。
【０４３４】
【表３】
2014509511.tif 000005
【０４３５】
【表４】
2014509511.tif 000006
【０４３６】
【表５】
2014509511.tif 000007
【０４３７】
【表６】
2014509511.tif 000008
【０４３８】
【表７】
2014509511.tif 000009
【０４３９】
以下の表６は、構造（Ａ１）に従ってｄｓＲＮＡオリゴヌクレオチドを調製するのに利用した修飾されたヌクレオチド／非定型の部分の配列コードを提供する。
【表８】
2014509511.tif 000010
2014509511.tif 000011
2014509511.tif 000012
【０４４０】
以下の表７は、構造（Ａ２）に従ってｄｓＲＮＡオリゴヌクレオチドを調製するのに利用した修飾されたヌクレオチド／非定型の部分の配列コードを提供する。
【表９】
2014509511.tif 000013
【０４４１】
【表１０】
2014509511.tif 000014
【０４４２】
実施例２．例となる二本鎖オリゴヌクレオチド化合物のＲＮＡｉ活性
活性
標準の合成手順を用いて一本鎖オリゴヌクレオチド（センス鎖及びアンチセンス鎖）を合成する。ＤＭＴ−プロパン−ジオールホスホロアミダイト（ＣｈｅｍＧｅｎｅ；ＣＬＰ〜９９０８）を０．０５Ｍの濃度にてカップリングさせる。相補性の一本鎖オリゴヌクレオチドをアニーリングすることによって二本鎖を生成する。層流フードにてＷＦＩ（注射用水、Ｎｏｒｂｒｏｏｋ）で希釈することによって一本鎖オリゴヌクレオチドの約５００μＭのストック溶液を調製する。実際のｓｓＲＮＡ（一本鎖）の濃度は、ＷＦＩを用いて各５００μＭのｓｓＲＮＡを１：２００に希釈し、ナノドロップを用いてＯＤを測定することによって決定する。手順を３回繰り返し、平均濃度を算出する。次いでストック溶液を２５０μＭの最終濃度に希釈した。相補性の一本鎖は８５℃で加熱することによってアニーリングし、少なくとも４５分にわたって室温に冷却した。２０％のポリアクリルアミドゲルで５μＬを調べ、染色することによって完全なアニーリングについて二本鎖を調べた。試料は−８０℃で保存した。
【０４４３】
本明細書で開示される二本鎖核酸分子を以下の活性について調べた：約１．５〜２×１０５個の試験細胞（ヒト遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡについてのＨｅＬａ細胞及び／又は２９３Ｔ細胞）及びマウス／ラットの遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡについてのＮＲＫ５２（正常なラット肝臓の近位尿細管細胞）及び／又はＮＭｕＭＧ細胞（マウス乳腺上皮細胞株））を６穴プレートにおける各ウェルに播いた（７０〜８０％の集密度）。
【０４４４】
約２４時間後、最終濃度０．００１ｎＭ〜約５０ｎＭでのリポフェクタミン（商標）２０００試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて修飾されたｓｉＲＮＡ化合物で細胞に形質移入した。細胞をＣＯ２インキュベータにて３７℃で７２時間インキュベートした。
【０４４５】
形質移入の陽性対照として、ＰＴＥＮ−Ｃｙ３を標識したｓｉＲＮＡ化合物を用いる。ＧＦＰｓｉＲＮＡ化合物をｓｉＲＮＡ活性の陰性対照として使用する。
【０４４６】
形質移入の７２時間後、細胞を回収し、ＲＮＡを細胞から抽出する。蛍光顕微鏡によって形質移入の効率を調べる。
【０４４７】
特定の好まれるｓｉＲＮＡ構造を用いた遺伝子発現の阻害の比率は、内因性の遺伝子を発現している細胞におけるｑＰＣＲ解析を用いて決定される。
【０４４８】
【表１１】
2014509511.tif 000015
【０４４９】
調べたＲＮＡｉのＩＣ５０値は、種々の最終ｓｉＲＮＡの濃度によって得られる活性の結果を用いた用量反応曲線を構築することによって決定される。用量反応曲線は、形質移入したｓｉＲＮＡの濃度の対数値に対して残った標的ｍＲＮＡの相対的な量をプロットすることによって構築される。測定されたデータに対して最良のＳ字曲線を適合させることによって曲線が算出される。Ｓ字曲線適合は、３点曲線適合としても知られる。
【数１】
2014509511.tif 000016
【０４５０】
式中、Ｙは残った標的ｍＲＮＡの反応であり、Ｘは形質移入したｓｉＲＮＡの濃度の対数であり、Ｂｏｔは最低プラトーでのＹ値であり、ＬｏｇＩＣ５０は、Ｙが最低と最高のプラトーの間で中間である場合のＸ値であり、斜面は曲線の傾きである。
【０４５１】
血清安定性
ヒト血清又はヒト組織抽出物にて以下のように二本鎖の安定性について二本鎖核酸分子を調べた。
【０４５２】
最終濃度７μＭのｄｓＲＮＡを１００％ヒト血清（Ｓｉｇｍａ、Ｃａｔ＃Ｈ４５２２）にて３７℃でインキュベートする（ヒト血清で１：１４．２９に希釈しらｓｉＲＮＡストック１００μＭ又は種々の組織型からのヒト組織抽出物）。様々な時点（たとえば、０、３０分、１、３、６、８、１０、１６、及び２４時間）で１５μＬの１．５×ＴＢＥ負荷緩衝液に５μＬを加える。直ちに試料を液体窒素で凍結し、−２０℃で保存する。
【０４５３】
当該技術で既知の方法に従って調製された非変性の２０％アクリルアミドゲルに各試料を負荷する。ＵＶ光のもとで臭化エチジウムによってオリゴを視覚化する。
【０４５４】
一般に、試験管内の試験で選択される特定の配列を有するｄｓＲＮＡは、ヒト及びラットやウサギの遺伝子のような第２の種に特異的である。
【０４５５】
エンドヌクレアーゼに対する安定性
【０４５６】
核酸分子に対する３’非ヌクレオチド部分の安定化効果を検討するために、センス鎖、アンチセンス鎖及びアニーリングしたｓｉＲＮＡ二本鎖を様々な細胞種から調製した細胞質抽出物にてインキュベートする。ＨＣＴ１１６細胞における安定性を調べるプロトコールは以下で提供される。
【０４５７】
抽出物：ＨＣＴ１１６細胞質抽出物（１２ｍｇ／ｍＬ）
【０４５８】
抽出緩衝液：１ｍＭのＤＴＴを伴った２５ｍＭのＨＥＰＥＳ、３７℃でｐＨ７．３；８ｍＭのＭｇＣｌ；１５０ｍＭのＮａＣｌを使用前に新しく作って直ちに加えた。
【０４５９】
方法：３．５ｍＬの試験ｓｉＲＮＡ（１００ｍＭ）を１２０ｍｇのＨＣＴ１１６細胞質抽出物を含有する４６．５ｍＬと混合した。４６．５ｍＬは、１２ｍＬのＨＣＴ１１６抽出物とＤＴＴ及びプロテアーゼ阻害剤カクテル/１００（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ、ｓｅｔＩＩＩ〜５３９１３４）で補完した３４．５ｍＬの抽出緩衝液から成る。インキュベート管におけるｓｉＲＮＡの最終濃度は７ｍＭである。試料は３７℃でインキュベートし、指示した時点で新しい管から５ｍＬを取り出し、１５ｍＬの１×ＴＢＥ／５０％グリセロール負荷緩衝液と混合し、直ちに液体窒素で凍結する。負荷緩衝液N2におけるｓｉＲＮＡの最終濃度は約１．７５ｍＭである（２１ｎｇのｓｉＲＮＡ／ｍＬ）。普通のＰＡＧＥ及びＥｔＢｒ染色による解析のために、レーン当たり５０ｎｇを負荷する。ノーザン解析には、１ｎｇの試験ｓｉＲＮＡをレーン当たり負荷する。他の細胞型には、ＨｅＬａ細胞及び肝星細胞（ＨＳＣ）が挙げられる。
【０４６０】
出願者らは、３’末端のアルキル又はアルキル誘導体のオーバーハングを含む核酸分子が、平滑末端の核酸分子及び３’ヌクレオチドのオーバーハングを含む核酸分子に比べて高い安定性を呈することを示した。
【０４６１】
実施例３：気管支肺胞洗浄液における二本鎖ＲＮＡ分子の安定性
ヒト血清及び／又は気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）にて、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物のヌクレアーゼ耐性を調べる。安定性試験については、ｄｓＲＮＡ化合物をヒト血清及び／又は気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）にて必要な最終濃度（たとえば、７μＭ）に希釈する。５μＬのアリコートを１．５×ＴＢＥ負荷緩衝液１．５μＬに移し、液体窒素で直ちに凍結し、−２０℃に移す。これが「時点０」を表す。残りのｄｓＲＮＡ溶液を５μＬのアリコートに分割し、それを３７℃にて３０分間、１、６、８、１０、１６又は２４時間インキュベートする。
【０４６２】
インキュベートの後、ｄｓＲＮＡ化合物試料を１．５×ＴＢＥ負荷緩衝液１５μＬに移す。負荷緩衝液中の各ｄｓＲＮＡ化合物５μＬを非変性２０％ポリアクリルアミドゲルに負荷し、電気泳動を行う。陽性対照、二本鎖の移動参照（関連性のない１９量体の対で平滑末端、類似の化学修飾を持つ二本鎖ＲＮＡ）、及び一本鎖の移動対照（化学修飾を持つ、関連性のないｓｓＲＮＡ）も時点０の試料と同様に同一ゲル上に負荷し、並行して電気泳動する。
【０４６３】
ｄｓＲＮＡを可視化するために、臭化エチジウム溶液（１．０μｇ／μｇ）でゲルを染色する。
【０４６４】
ヒト血清及び／又は気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）にてインキュベートした後、ＰＡＧＥ上でｓｉＲＮＡ試料の移動パターンを調べることによって、本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物の安定性を判定する。
【０４６５】
実施例４：同所性の血管化通気肺移植のマウスモデルにてＴＬＲ２（配列番号１）：ＴＬＲ４（配列番号：２〜４）；ＭＹＤ８８（配列番号：５〜９）、ＴＩＣＡＭ１（配列番号：１０）及びＴＩＲＡＰ（配列番号Ｓ：１１〜１２）に向けられたｄｓＲＮＡの治療活性の有効性
長い冷虚血及び免疫拒絶の双方が原因となる一次移植片機能不全を防ぐことにおける本明細書で開示されるｄｓＲＮＡ化合物の治療有効性を同系及び同種のマウスにおける同所性の血管化通気肺移植にて調べる。マウスにおける同所性の血管化通気肺移植は、肺動脈、肺静脈及び気管支の吻合についてカフ法を利用する。この方法は幾つかの出版物で報告されている（Okazaki et al., Am J Transplant, 2007; 7:1672-9 and Krupnick et al. Nature Protocols, 2009; vol.4 No. 1:86-93）。
【０４６６】
ｄｓＲＮＡ化合物：試験化合物は好ましくは、ヒトとマウス又はヒトとラットのｍＲＮＡ標的配列に対して種間特異性を有するｄｓＲＮＡである。ＴＬＲ２を標的とするｄｓＲＮＡ化合物のセンス及びアンチセンスの配列は配列番号１３〜５８４６に示し；ＴＬＲ４を標的とするｄｓＲＮＡ化合物のセンス及びアンチセンスの配列は配列番号５８４７〜１２１４４に示し；ＭＹＤ８８を標的とするｄｓＲＮＡ化合物のセンス及びアンチセンスの配列は配列番号１２１４５〜１６３３２に示し；ＴＩＣＡＭ１を標的とするｄｓＲＮＡ化合物のセンス及びアンチセンスの配列は配列番号１６３３３〜１８２４２に示し；ＴＩＲＡＰを標的とするｄｓＲＮＡ化合物のセンス及びアンチセンスの配列は配列番号１８２４３〜２０６０６に示す。二本鎖核酸分子を生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は表１〜５に示す。センス鎖及び／又はアンチセンス鎖は上記で開示したように好ましくは化学的に修飾される。
【０４６７】
投与量及び投与：ｄｓＲＮＡ化合物は、肺移植手術終了時（吻合開口の直後）、気管内点滴によってレシピエント動物に投与される。これらの動物モデルでは個々のｄｓＲＮＡ化合物の以下の用量：６μｇ／マウス、１２．５μｇ／マウス、２５μｇ／マウス、及び５０μｇ／マウスを調べる。表１〜５に示すオリゴヌクレオチド対の配列を用いて好まれる二本鎖核酸分子を生成する。
【０４６８】
同系マウスの肺移植（Ｃ５７ＢＬ／６→Ｃ５７ＢＬ／６）
実験設計：ドナー及びレシピエントは双方ともＣ５７ＢＬ／６マウスである。移植に先立って、ヒトの肺移植片を保存するのに使用される溶液と類似の成分の低デキストロース溶液における冷保存にて１８時間、肺移植片を長く冷保存することによって虚血性再潅流傷害を誘導する（１８時間の冷虚血時間（ＣＩＴ））。この方法は移植後２４時間での一次移植片機能不全に一致する症状を誘導する。試験ｄｓＲＮＡを気管に投与する。肺受傷の２４時間後、肺のレシピエントを評価する。
【０４６９】
投与：肺へのｄｓＲＮＡ溶液の気管内点滴による；０日目の吻合開口の直後、ｄｓＲＮＡ化合物の１用量又はｄｓＲＮＡ化合物の組み合わせを投与する。
【０４７０】
評価：以下によって測定されるように肺機能の評価を介して、移植後２４時間にて肺のレシピエントを評価する。
・肉眼での病理〜肺浮腫の出現
・肺機能〜ＰａＯ２、動脈血の酸素供給
・細胞浸潤物の気道内蓄積
・気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）細胞の総量と白血球百分率
【０４７１】
結果：この同系モデルでは、長い冷虚血（１８時間のＣＩＴ）にさらしたマウス同種移植片は、移植後２４時間で測定したとき、酸素供給の損傷、肺浮腫、高い炎症性サイトカインの産生、顆粒球の移植片内及び気道内の蓄積を発生させる。それに対して、１時間の冷保存移植片（１時間のＣＩＴ）のマウス肺レシピエントは移植後２４時間で肺受傷の証拠をほとんど示さない。
【０４７２】
試験品（ＴＬＲ２及びＴＬＲ４二本鎖核酸の組み合わせ、ＴＬＲ２に特異的なｓｄＲＮＡ、ＴＬＲ４に特異的なｓｄＲＮＡ又はビヒクルを含む組成物）を吻合の開口及び再潅流の開始の直後投与した。表１〜５に示すオリゴヌクレオチド対の配列を用いて好まれる二本鎖核酸分子を生成する。
【０４７３】
実施例５：マウス同種肺移植（Ｂａｌｂ／C→Ｃ５７ＢＬ／６）におけるＴＬＲ２（配列番号１）：ＴＬＲ４（配列番号：２〜４）；ＭＹＤ８８（配列番号：５〜９）、ＴＩＣＡＭ１（配列番号：１０）及びＴＩＲＡＰ（配列番号Ｓ：１１〜１２）に向けられたｄｓＲＮＡの治療活性の有効性
実験設計：長い冷虚血は、免疫抑制が介在する肺同種移植片の受容を妨げる。このモデルでは、Ｂａｌｂ／ｃの肺を１８時間の冷虚血時間（ＣＩＴ）に供し、免疫抑制剤：術後０日に抗ＣＤ４０Ｌ及び２日目にＣＴＬＡ４Ｉｇで処理するＣ５７ＢＬ／６レシピエントに移植する。１時間保存された同種移植片を受け取ったレシピエントとは対照的に、１８時間保存したものはＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の移植片内の顕著な蓄積と共にその同種移植片を急性に拒絶した。
【０４７４】
評価：以下の評価を介して移植後７日にて肺レシピエントを評価した。
・移植片内のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の存在量
・急性移植片拒絶の組織病理学的な兆候、スコア
【０４７５】
投与：肺へのｄｓＲＮＡ溶液の気管内点滴による；０日目の吻合開口の直後、及びＴｘ後１日目にｄｓＲＮＡ化合物の２用量又はｄｓＲＮＡ化合物の組み合わせを投与する。
【０４７６】
実施例６：神経障害性の疼痛の動物モデル：ラットの脊椎神経結紮モデル（Ｃｈｕｎｇ）におけるＴＬＲ２（配列番号１）：ＴＬＲ４（配列番号：２〜４）；ＭＹＤ８８（配列番号：５〜９）、ＴＩＣＡＭ１（配列番号：１０）及びＴＩＲＡＰ（配列番号Ｓ：１１〜１２）に向けられたｄｓＲＮＡの治療活性
Ｃｈｕｎｇラットモデル（Kim and Chung, 1992. Pain. 1992 Sep; 50 (3) :355〜63）は末梢神経の受傷による灼熱痛又は焼灼痛のヒト患者の症状を再現する。Ｃｈｕｎｇの処置は、冒された足の傷害的熱及び機械的な異痛に対する長く続く痛覚過敏を生じる。脊椎神経結紮（ＳＮＬ）のラットは、神経障害性の疼痛を緩和するのに使用するための活性のあるｄｓＲＮＡ化合物を特定するのに有用である。表１〜５に示すオリゴヌクレオチド対の配列を用いて好まれる二本鎖核酸分子を生成する。
【０４７７】
Ｃｈｕｎｇモデルラットにおける神経障害性の疼痛の緩和：体重１９０〜２１０グラムのオスのスプラーグ・ドーリーラットでＣｈｕｎｇモデルを実行し、異痛状態を誘導する。動物は少なくとも５日間順化させる。順化の間及び試験期間全体を通して、動物は限られたアクセスの齧歯類施設内で飼い、ケージ当たり最高５匹の群で飼育する。動物には市販の齧歯類用餌を自由に与え、飲水も自由に与える。自動制御された環境条件は毎日モニターする。動物には独特の動物特定用の尾の印を与える。
【０４７８】
順化期間の間、動物を無作為に実験群に割り振る。各投与群は別々のケージで飼育し、糞便の消費を介して生じ得る交差汚染を回避する。ケージ当たり、２〜３匹を収容する。
【０４７９】
手短には、ケタミン／キシラジンナトリウムでラットを麻酔し、その後、左のＬ−５及びＬ−６脊椎神経を脊柱に隣接して単離し、結紮する。筋肉を縫合し、皮膚をクランプで閉じる。７日間の術後回復期間で、試験に含めることについて動物を調べる。以下の基準の１以上を満たす場合、疼痛が検出される。
【０４８０】
口で穏やかに噛むこと又は爪を引っ張ることを伴って操作した足を舐めること；操作した足を空中に上げること；神経受傷の反対側で重さに耐えること；後肢の奇形及び異常歩行；左後肢の弱化。Ｌ４が無傷であることを保証するには動物が脚を動かすことができなければならない。
【０４８１】
アルゼットポンプ：幾つかの群の動物は、手術の当日浸透圧ポンプを皮下に埋め込まれる。脊髄の髄内空間にてレベルＬ４で終わるポリエチレン管を埋め込み、ポンプにカニューレを接続した。
【０４８２】
腰部注入：一部の群の動物に以下のようにボーラス腰部注入を行う：髄内の管を動物のＩＴ空間にＬ４〜Ｌ５のレベルで挿入し、試験剤をゆっくり投与した。
【０４８３】
本発明の範囲及び精神から逸脱することなく、本明細書で開示される分子、組成物及び方法に対して置換及び修飾を行うことができることは当業者に容易に明らかであろう。従って、そのような追加の実施形態は開示及び以下のクレームの範囲内である。本開示は、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＭＹＤ８８、ＴＩＣＡＭ１及びＴＩＲＡＰの発現を下方調節するために治療上有効な二本鎖核酸分子を生成することを目指して本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドと化学修飾の種々の組み合わせを当業者に教示する。治療上有効な二本鎖核酸分子は、生物流体、生体利用効率における１以上の安定性、高いオンターゲット活性、低いオフターゲット活性を呈する。従って、本明細書で記載される特定の実施形態は限定的ではなく、当業者は、改善された活性との治療上の組み合わせを特定することを目指して過度な実験を行うことなく、追加の特定の組み合わせを調べることができることを容易に十分に理解することができる。
【０４８４】
用語「含むこと」、「有すること」、「包含すること」、「含有すること」等は限定することなく（たとえば、「含むが、それらに限定されない」を意味する）発展的に読まれるべきである。本明細書での値の範囲の言及は、本明細書で特に指示されない限り、その範囲内に入る各別々の値に個々に言及する縮めた表現の方法として役立つことを単に意図するものであって、各別々の値は、本明細書で個々に言及されるかのように本明細書に組み入れられる。本明細書で記載される方法はすべて、本明細書で特に指示されない限り、又は文脈によって明瞭に相反しない限り、任意の好適な順序で実行することができる。本明細書で提供される任意の及びすべての例、又は例となる言語（たとえば、「たとえば」）の使用は、特に請求されない限り、本発明をさらに良好に明らかにすることを意図するものであって、本発明の範囲に限定をもたらすものではない。本明細書における言語は、本発明の実践に必須であるとして請求されない要素を示すと解釈されるべきではない。さらに、本明細書で採用される用語及び表現は説明の用語として使用されており、限定の用語ではなく、示される及び記載される特徴又はその一部の同等物を排除するそのような用語及び表現の使用の意図はないが、種々の改変が請求される本発明の範囲内で可能であることは認識される。
【０４８５】
本開示は、本明細書では広く且つ一般的に記載されている。一般的な開示の範囲内に入るさらに狭い種及び下位の一般的な群分けのそれぞれも本発明の一部を形成する。削除された物質が本明細書で具体的に言及されるかどうかにかかわりなく、これは、条件付きで又は属から主題を除く否定的な限定を伴って本発明の一般的な説明を包含する。他の実施形態は以下のクレームの範囲内である。加えて、本発明の特徴又は態様がマーカッシュ群という点で記載される場合、当業者は本発明もまたそれによってマーカッシュ群のメンバーの個々のメンバー又は亜群という点で記載されることを認識するであろう。
【０４８６】
本出願の全体を通して種々の特許及び出版物が引用される。これら文書の開示はその全体が参照によって本明細書に組み入れられ、本発明が関する技術の最先端をさらに完全に記載する。
【０４８７】
上記の実施例は実施形態を実施する特定の方法を説明しているが、実際、当業者は本明細書で明白には示されない、実施形態を実施する代わりの方法を十分に理解するであろう。本開示は、本発明の原理の例示としてみなされるべきであって、説明された実施形態に本発明を限定することを意図するものではないことが理解されるべきである。
【０４８８】
当業者は、わずかな日常的な実験を用いて、本明細書で記載される本発明の特定の実施形態の同等物を認識するであろうし、確定することができるであろう。そのような同等物は以下のクレームによって包含されることが意図される。
【配列表】
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【国際調査報告】
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