(57)【要約】本発明は、ヒトの糞便の抽出物を含む組成物、及び前記組成物を使用する方法、例えば、被験者の結腸内微生物相を置換又は補充又は改変する方法、並びに結腸の疾患、病的状態、及び／又は医原病状を治療する方法を提供する。一実施形態では、組成物は、生物材料の重量に対し、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％以下の重量の非生物材料を含む。任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内糞便微生物を含み、また任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内菌を含む。任意選択的に、上記組成物は、薬学的に許容される担体を含む。任意選択的に、上記組成物は、経口投与用の製剤である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト糞便の抽出物又は調製物を含む組成物であって、前記組成物が、生物材料の重量に対し、約０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％以下の重量の非生物材料を含み、前記生物材料は任意選択的に、ヒト消化管、結腸又は腸内糞便微生物を含んでもよく、かつ前記生物材料は任意選択的に、ヒト消化管、結腸又は腸内菌を含んでもよく、
前記組成物は任意選択的に、薬学的に許容される担体を含んでもよく、かつ前記組成物は任意選択的に、経口投与用の製剤であってもよい、組成物。
【請求項２】
ヒト糞便材料を含有するヒト糞便の抽出物又は調製物を含む組成物であって、前記ヒト糞便材料が、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、又は０．２ｍｍのメッシュサイズを有する篩を通過する非生物材料の粒子及び／又は生物材料の粒子からなるか、又はほぼ構成され、
前記組成物は任意選択的に、薬学的に許容される担体を含んでもよく、かつ前記組成物は任意選択的に、経口投与用の製剤であってもよい、組成物。
【請求項３】
消化管、結腸若しくは腸から抽出又は調製される消化管、結腸又は腸内菌の少なくとも４つの異なる門を含む組成物であって、
前記門が、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、テネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）門、又はこれらの組合せを含み、
前記門は任意選択的に、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、テネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）、又はこれらの組合せから選択してもよく、
前記組成物が、生物材料の重量に対し、約０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％以下の重量の非生物材料を含み、前記生物材料は任意選択的に、ヒト消化管、結腸又は腸内菌叢を含んでもよく、かつ前記生物材料は任意選択的に、ヒト消化管、結腸又は腸内菌を含んでもよく、
前記組成物は任意選択的に、薬学的に許容される担体を含んでもよく、かつ前記組成物は任意選択的に、経口投与用の製剤であってもよい、組成物。
【請求項４】
ヒト糞便の抽出物を含む組成物であって、前記組成物が、実質的に無臭であり、
前記組成物は任意選択的に、生物材料を含んでもよく、かつ前記生物材料は任意選択的に、細菌を含んでもよく、
前記組成物は任意選択的に、薬学的に許容される担体を含んでもよく、かつ前記組成物は任意選択的に、経口投与用の製剤であってもよい、組成物。
【請求項５】
前記組成物が、生物材料の重量に対し、約０．１％以下の重量の非生物材料を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６】
前記糞便材料が、０．２５ｍｍ篩、又は同等物を通過する粒子からなるか、又はから本質的になる、請求項２に記載の組成物。
【請求項７】
前記組成物が、生物材料の重量に対し、約０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％重量以下の非生物材料を含む、請求項２に記載の組成物。
【請求項８】
前記組成物が、低温保護剤をさらに含む、請求項１、２、３又は４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
前記低温保護剤が、グリセロールである、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記組成物が、約０℃を下回る温度である、請求項８に記載の組成物。
【請求項１１】
前記組成物が、固体である、請求項１、２、３又は４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１２】
前記固体が、粉末を含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記組成物が、少なくとも約１ｘ１０１０、２ｘ１０１０、３ｘ１０１０、４ｘ１０１０、又は５ｘ１０１０個の細菌を含む、請求項１、２、３又は４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１４】
前記生物材料が、複数の原核細胞、真核細胞、若しくはウイルス；又は正常かつ健康なヒトの糞便に存在する原核細胞、真核細胞、及びウイルスの集団と実質的に同じか、又はそれらに典型的な、若しくはそれらと同等の、原核細胞、真核細胞、及びウイルスの集団を含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１５】
前記生物材料が、正常かつ健康なヒトの糞便に存在する原核細胞及びウイルスの集団と実質的に同じか、又はそれらに典型的な、若しくはそれらと同等の、原核細胞及びウイルスの集団を含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１６】
前記組成物が、生物材料を含み、前記生物材料が、正常かつ健康なヒトの糞便に存在する原核細胞、真核細胞、及びウイルスの集団と実質的に同じか、又はそれらに典型的な、若しくはそれらと同等の、原核細胞、真核細胞、若しくはウイルスの集団を含む、請求項２又は４に記載の組成物。
【請求項１７】
糞便サンプルを、暴露前の前記糞便サンプル中に存在する非生物材料の少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上を除去する１つ又は複数の条件に暴露するステップを含む方法によって調製される組成物であって、
前記組成物は任意選択的に、生物材料を含んでもよく、かつ前記生物材料は任意選択的に、細菌を含んでもよく、
前記組成物は任意選択的に、薬学的に許容される担体を含んでもよく、かつ前記組成物は任意選択的に、経口投与用の製剤であってもよい、組成物。
【請求項１８】
前記暴露ステップが、約２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、又は３４℃以下の温度で行われる、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
約２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、又は０．２ｍｍ以下のメッシュサイズを含む濾材で、糞便試料を濾過するステップを含む方法によって調製される組成物であって、前記組成物は任意選択的に、生物材料を含んでもよく、かつ前記生物材料は任意選択的に、細菌を含んでもよく、
前記組成物は任意選択的に、薬学的に許容される担体を含んでもよく、かつ前記組成物は任意選択的に、経口投与用の製剤であってもよい、組成物。
【請求項２０】
濾材で前記糞便材料を濾過するステップをさらに含み、前記濾材が、０．２５ｍｍ以下のメッシュサイズを含む、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記濾過ステップが、約２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、又は３４℃以下の温度で行われる、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２２】
前記組成物が、少なくとも４つの異なる細菌門を含み、
前記門が、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、テネリクテス門（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）、又はこれらの組合せを含み、
前記門は任意選択的に、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、テネリクテス門（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）、又はこれらの組合せから選択してもよい、請求項１７又は１９に記載の組成物。
【請求項２３】
前記組成物が、放線菌綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）、アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、及びベルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）から選択される少なくとも５、６、７、８、９、又は１０の異なる綱をさらに含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記方法が、前記組成物に低温保護剤を添加することをさらに含む、請求項１７又は１９に記載の組成物。
【請求項２５】
前記方法が、組成物を凍結することをさらに含む、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
治療薬として使用することを目的とする、請求項１、２、３、又は４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２７】
結腸の疾患又は病的状態若しくは医原病状の治療に使用することを目的とする、請求項１、２、３、又は４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２８】
前記疾患が、結腸微生物相の機能障害的構成又は異常構成を特徴とする疾患又は状態である、請求項２８に記載の組成物。
【請求項２９】
前記疾患が、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎である、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３０】
被験者の結腸内微生物相を置換又は補充又は改変するための方法であって、前記方法が、
請求項１、２、３、４、１６、１７、又は１９のいずれか１項に記載の組成物を前記被験者に投与するステップを含む、方法。
【請求項３１】
被験者を治療する方法であって、前記方法が、
請求項１、２、３、４、１６、１７、又は１９のいずれか１項に記載の組成物を有効量で、それを必要とする被験者に投与するステップを含む、方法。
【請求項３２】
前記投与ステップの前に、前記被験者の結腸、消化管又は腸内微生物相の一部、大部分、又は実質的に全部を除去するステップをさらに含む、請求項３０又は３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記被験者が、大腸炎を有するか、又はこれを有する危険性がある、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記大腸炎が、自己免疫性大腸炎である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記自己免疫性大腸炎が、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病及び過敏性腸症候群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記大腸炎が、感染性大腸炎である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記感染性大腸炎が、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎及び腸管出血性大腸炎から選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎が、急性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎、再発性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎、及び重症性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記腸管出血性大腸炎が、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）及び大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）から選択される微生物に起因する、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記被験者が、慢性下痢又は慢性便秘を有するか、又はその危険性がある、請求項３１に記載の方法。
【請求項４１】
薬剤の製造を目的とする、請求項１〜２９のいずれか１項に記載の組成物の使用。
【請求項４２】
結腸の疾患又は病的状態若しくは医原病状を治療又は軽減又は予防するための薬剤の製造を目的とする、請求項１〜２９のいずれか１項に記載の組成物の使用であって、
前記疾患は任意選択的に、結腸微生物相の機能障害的構成又は異常構成を特徴とする疾患又は状態であるか、又は、前記疾患は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎であるか、あるいは、前記疾患は、大腸炎、自己免疫性大腸炎、感染性大腸炎若しくは腸管出血性大腸炎である、使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１１年３月９日に出願された米国仮特許出願第６１／４５０，８３８号明細書の利益を請求する。尚、上記文献は、参照として本明細書に組み込むものとする。
【０００２】
政府出資
本発明は、ＮＩＨにより付与された助成金第Ｒ２１ＡＩ０９１９０７号による政府支援を受けて達成された。政府は、本発明に所定の権利を有する。
【背景技術】
【０００３】
１９７８年、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）が、抗菌剤の使用に関連する下痢及び偽膜性大腸炎の主要な原因として初めて認定された。その後、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染症は、北米及び欧州全域にわたり発生率、罹患率、及び死亡率が次第に増加していった（非特許文献１，非特許文献２）。１９９６年〜２００３年の退院患者の全米調査（Ｕ．Ｓ．Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｄｉｓｃｈａｒｇｅ  Ｓｕｒｖｅｙ）統計の分析から、入院患者の間で、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）と診断される有病率が、０．６１／１，０００に倍増したことが明らかにされている（非特許文献３）。米国の全急性期施設の１２．５％の２００８年調査は、１３．１／１，０００のＣＤＩ有病率を示したが、これは、それ以前に明らかにされているものより少なくとも１０倍高い（非特許文献４）。若年の個体より高齢の患者の方が不釣り合いにＣＤＩの罹患率が高いが、どの年齢層が罹患しにくいということはなく、ＣＤＩ関連の入院数は小児集団でさえ上昇している（非特許文献５）。発生率の増加は、ＣＤＩ関連の死亡率及び致死率によって証明されるように、この疾患の最も重篤な病態の出現頻度増加によってさらに悪化している（非特許文献６；ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ  ６３１，非特許文献７）。これは、一部には、例えば、ＰＣＲリボタイプ０２７／Ｎｏｒｔｈ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｕｌｓｅｄ  Ｆｉｅｌｄ  ｔｙｐｅ  １（ＮＡＰ１）などの、より毒性の強いクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株の出現に関連しており、この株は、毒素産生及び抗生物質耐性について、臨床関連の他の菌株より高い潜在力を特徴とする（非特許文献８，非特許文献９）。
【０００４】
再発性ＣＤＩは、ＣＤＩに関連する最も困難で、ますます一般化する課題の１つである（非特許文献１０）。症例の約２０〜３０％で、ＣＤＩの最初の発生から３０日以内に再発が起こる恐れがあり（Ｋｅｌｌｙ  ａｎｄ  ＬａＭｏｎｔ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２００８；３５９：１９３２−４０，Ｌｏｕｉｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２０１１；３６４：４２２−３１，Ｐｅｐｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００６；４２：７５８−６４）、しかも再発の危険性は、２回以上の発生後に倍増する（ＭｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｍｅｒｇ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００６；１２：４０９−１５）。高齢、非クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）適用のための抗生物質の併用、腎機能不全、免疫不全、及び制酸薬投与が、再発性ＣＤＩの公知の危険因子に含まれる（Ｓｕｒａｗｉｃｚ，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００９；１３６：１１５２−４，Ｇａｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｈｏｓｐ  Ｉｎｆｅｃｔ  ２００８；７０：２９８−３０４）。ただ３つの臨床的基準：年齢＞６５歳、重症疾患、及び最初のＣＤＩエピソードの治療後の抗生物質の継続使用では、ほぼ９０％再生率が予測される（Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００９；１３６：１２０６−１４）。ＣＤＩはまた、一般に、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の管理も煩雑にするが、ＩＢＤは、近年、ＣＤＩ感染症の別の独立した危険因子として認定された（Ｉｓｓａ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｈｅｐａｔｏｌ  ２００７；５：３４５−５１，Ｒｏｄｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｈｅｐａｔｏｌ  ２００７；５：３３９−４４１５）。基礎ＩＢＤを有する患者にＣＤＩが存在すれば、大腸炎の重症度の悪化、並びにより高い再発率及び結腸切除につながる（Ｉｓｓａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ  ２００８；１４：１４３２−４２）。
【０００５】
現在、正常かつ健康な腸内微生物相（正常腸管内微生物）の存在が、ＣＤＩからの防御を賦与することがみとめられている。反対に、ＣＤＩを治療するのに用いられるメトロニダゾール及びバンコマイシンなどの抗生物質の使用による正常腸内微生物相の重度の破壊が、ＣＤＩ再発の主要な理由の１つであるようだ。Ｃｈａｎｇらは、１６ＳｒＤＮＡ配列決定を用いて、初期及び再発性ＣＤＩを有する７人の患者の糞便微生物相を分析した（Ｃｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００８；１９７：４３５−８）。Ｃｈａｎｇらは、正常な対照被験者と比較して、患者全員において細菌種の多様性が減少していることを報告した。しかし、最も大きな種多様性の減少は、再発性ＣＤＩを有する３人の患者にみとめられ、これら患者の腸管内微生物相の破壊は、門レベルで明らかであり、通常、結腸の２つの主要な細菌門の１つであるバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ）の減少が顕著であった。これに代わり、これらの患者の腸管内微生物相は、通常は結腸微生物相の少数成分でしかないプロテオバクテリア（ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びベルコミクロビア（ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）門のメンバーによって占められていた。
【０００６】
再発性ＣＤＩの抗生物質治療の一般的目標は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の単なる抑制ではなく、残留する結腸微生物相の保存及びそれらの回復でもある。この目的を達成するために、様々な抗生物質療法、例えば、バンコマイシンのテーパリング又はパルス投与（ＭｃＦａｒｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．Ａｍ  Ｊ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  ２００２；９７：１７６９−７５）及びリファキシミン「チェーサー」プロトコル（Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００７；４４：８４６−８，Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎａｅｒｏｂｅ  ２００９；１５：２９０−１）が用いられており、一部が成功している。近年、フィダキソマイシン、すなわち、スペクトルが狭く、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ）種を保存する新規の大環状抗生物質が、バンコマイシン療法と比較して、ＣＤＩの初期再発率を５０％低減することがわかった（Ｌｏｕｉｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２０１１；３６４：４２２−３１）。しかし、フィダキソマイシンによる治療は、より毒性の強いＰＣＲ０２７／ＮＡＰ１株に起因するＣＤＩの再発率を改変しなかった。従って、こうした進歩にもかかわらず、再発性ＣＤＩの治療における課題は、まだ当面残っているようである。
【０００７】
糞便微生物移植（ＦＭＴ）（また、一般には「糞便注腸法」としても知られる）は、結腸微生物群集の正常な構成の復元を最速で可能にする唯一の治療プロトコルを提供するものである。何十年もの間、ＦＭＴは、世界中の特別医療センターによって、典型的には、再発性ＣＤＩ患者の最後の手段の選択肢として提供されてきた。ＦＭＴについて非常によく引用される最初の報告は、Ｅｉｓｅｍａｎらが、１９５８年に、偽膜性大腸炎の重症病態又は劇症型を有すると思われる患者に対する糞便浣腸の使用を記載したものである（Ｅｉｓｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｕｒｇｅｒｙ  １９５８；４４：８５４−９）。それ以来、優に２００を超える症例が、一切の有害なイベントの記録なしに、再発性ＣＤＩ排除の約９０％累積成功率で、個別の症例報告、又は小規模な症例シリーズとして報告されている。ＦＭＴについての沿革及び用いられる一般的方法については、複数の近年の論文（Ｂａｋｋｅｎ．Ａｎａｅｒｏｂｅ  ２００９；１５：２８５−９，ｖａｎ  Ｎｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒｏ  Ｓｕｒｖｅｉｌｌ  ２００９；１４，Ｋｈｏｒｕｔｓ  ａｎｄ  Ｓａｄｏｗｓｋｙ．Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１１；４：４−７）に記載されている。しかし、長年にわたる成功の追跡記録、並びに臨床的に大きな需要があるにもかかわらず、多くの患者にとって、この方法の利用可能性は非常に限定されたままである。
【０００８】
ＦＭＴが広く実施されないのは、主に、重要な実用上の障害のためであり、効果がないためではない。こうした障害としては、ドナースクリーニングに対する報酬の支払いがないこと、適正な時期に適切なドナーがいないこと、材料調製及び投与の困難さ、並びに内視鏡又は診療所でこの方法を実施することへの感覚的懸念などが挙げられる。また、これらには、上記方法についての患者の認識、この方法を実施するスタッフの積極性、糞便材料の処置に関する衛生面の課題なども含まれる。こうした要因が重なって、この方法は不快な選択肢となり、往々にして最後の治療手段とみなされ、その利益を被ることができる大部分の患者についてほとんど利用不可能となっている。さらに、製薬業界も、主に、ドナー材料が広く入手可能であること、及びその複雑な構成のために、ＦＭＴに基づく治療薬の技術開発に興味をほとんど示してこなかった。むしろ、患者の切迫した必要性に直面した個々の臨床医師によって主に開発が進められてきた。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｆｒｅｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ  ２０１０；２３：５２９−４９
【非特許文献２】Ｋｅｌｌｙ  ａｎｄ  ＬａＭｏｎｔ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２００８；３５９：１９３２−４０
【非特許文献３】ＭｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｍｅｒｇ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００６；１２：４０９−１５
【非特許文献４】Ｊａｒｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．Ａｍ  Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ２００９；３７：２６３−７０
【非特許文献５】Ｚｉｌｂｅｒｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｍｅｒｇ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２０１０；１６：６０４−９
【非特許文献６】Ｒｉｃｃｉａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．  Ａｒｃｈ  Ｓｕｒｇ  ２００７；１４２：６２４−３１
【非特許文献７】Ｚｉｌｂｅｒｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｍｅｒｇ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００８；１４：９２９−３１
【非特許文献８】Ｒｕｐｎｉｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ２００９；７：５２６−３６
【非特許文献９】Ｋｕｉｊｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒｏ  Ｓｕｒｖｅｉｌｌ  ２００８；１３
【非特許文献１０】Ｓｕｒａｗｉｃｚ，  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００９；１３６：１１５２−４
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明は、ヒト糞便の抽出物又は調製物を含む組成物を提供する。一実施形態では、組成物は、生物材料の重量に対し、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％以下の重量の非生物材料を含む。任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内糞便微生物を含み、また任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内菌を含む。任意選択的に、上記組成物は、薬学的に許容される担体を含む。任意選択的に、上記組成物は、経口投与用の製剤である。
【００１１】
一実施形態では、組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、又は０．２ｍｍのメッシュサイズを有する篩を通過する非生物材料の粒子及び／又は生物材料の粒子からなるか、又はから本質的になる。任意選択的に、上記組成物は、薬学的に許容される担体を含み、かつ任意選択的に、上記組成物は、経口投与用の製剤である。
【００１２】
一実施形態では、組成物は、消化管、結腸若しくは腸から抽出又は調製される消化管、結腸又は腸内菌の少なくとも４つの異なる門を含み、これらの門は、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）門のメンバー、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門のメンバー、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）門のメンバー、テネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）門のメンバー、又はこれらの組合せを含む。任意選択的に、上記の門は、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、及びテネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）から選択される。上記組成物は、生物材料の重量に対し、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％以下の重量の非生物材料を含む。任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内菌叢を含む。任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内菌を含む。任意選択的に、上記組成物は、薬学的に許容される担体を含み、かつ任意選択的に、上記組成物は、経口投与用の製剤である。
【００１３】
一実施形態では、組成物は、ヒト糞便の抽出物を含み、ここで、上記組成物は、実質的に無臭であり、任意選択的に、生物材料を含み、また任意選択的に、生物材料は、細菌を含む。任意選択的に、上記組成物は、薬学的に許容される担体を含み、かつ任意選択的に、上記組成物は、経口投与用の製剤である。
【００１４】
本発明の組成物は、生物材料の重量に対し、０．１％重量以下の非生物材料を含んでもよい。一実施形態では、組成物は、０．２５ｍｍ篩、又は同等物を通過する粒子から構成されてもよいし、又はこうした粒子からほぼ構成されてもよい。一実施形態では、組成物は、生物材料の重量に対し、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、又は１０％以下の重量の非生物材料を含んでもよい。本発明の組成物は、低温保護剤、例えば、グリセロールをさらに含んでもよい。一実施形態では、組成物は、０℃未満の温度であってもよい。一実施形態では、組成物は、固体、例えば、粉末である。本発明の組成物は、少なくとも１ｘ１０１０、２ｘ１０１０、３ｘ１０１０、４ｘ１０１０、又は５ｘ１０１０個の細菌を含んでもよい。一実施形態では、組成物の生物材料は、複数の原核細胞、真核細胞、若しくはウイルス；又は正常かつ健康なヒトの糞便に存在する原核細胞、真核細胞、及びウイルスの集団と実質的に同じか、又はそれらに典型的な、若しくはそれらと同等の、原核細胞、真核細胞、及びウイルスの集団を含んでもよい。一実施形態では、組成物の生物材料は、正常かつ健康なヒトの糞便に存在する原核細胞及びウイルスの集団と実質的に同じか、又はそれらに典型的な、若しくはそれらと同等の、原核細胞及びウイルスの集団を含んでもよい。一実施形態では、組成物の生物材料は、正常かつ健康なヒトの糞便に存在する原核細胞、真核細胞、及びウイルスの集団と実質的に同じか、又はそれらに典型的な、若しくはそれらと同等の、原核細胞、真核細胞、若しくはウイルスの集団を含む。
【００１５】
本発明はまた、一方法によって調製される組成物も提供する。一実施形態では、一方法は、糞便サンプルを、この糞便サンプル中に存在する非生物材料の少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上を除去する１つ又は複数の条件に暴露するステップを含む。一実施形態では、一方法は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、又は０．２ｍｍ以下のメッシュサイズを含む濾過材で、糞便サンプルを濾過することにより、濾過物を取得又は生成するステップを含む。任意選択的に、組成物は、生物材料を含み、また任意選択的に、生物材料は、細菌を含む。任意選択的に、組成物は、薬学的に許容される担体を含む。任意選択的に、組成物は、経口投与用の製剤である。任意選択的に、上記方法は、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、又は３４℃以下の温度で行ってもよい。
【００１６】
上記組成物は、少なくとも４つの異なる細菌門を含み、これらは、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）門のメンバー、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門のメンバー、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）門のメンバー、テネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）門のメンバー、又はこれらの組合せを含む。任意選択的に、上記門は、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、及びテネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）から選択される。一実施形態では、上記組成物は、放線菌綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）、アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、及びベルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）から選択される少なくとも５、６、７、８、９、又は１０の異なる綱をさらに含む。
【００１７】
上記方法は、組成物に低温保護剤、例えば、グリセロールを添加することをさらに含んでもよい。この方法は、組成物を凍結することをさらに含んでもよい。組成物は、治療薬として使用することを目的としてもよく、結腸の疾患又は病的状態若しくは医原病状の治療に使用することを目的としてもよい。この疾患は、結腸微生物相の機能障害的構成又は異常構成を特徴とする疾患又は状態、例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎であってよい。
【００１８】
本発明はまた、被験者の結腸微生物相の置換又は補充若しくは改変のための方法も提供する。この方法は、本明細書に記載する組成物を被験者に投与するステップを含んでもよい。本発明はまた、被験者を治療する方法も提供する。この方法は、本明細書に記載の組成物を有効量で、それを必要とする被験者に投与するステップを含んでもよい。上記方法は、さらに、投与の前に、被験者の結腸、消化管又は腸内微生物相の一部、大部分、若しくは実質的に全部を除去することを含んでもよい。被験者は、大腸炎を有する者でも、大腸炎を有する危険性を有する者であってもよい。一実施形態では、大腸炎は、自己免疫性大腸炎、例えば、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、又は過敏性腸症候群である。一実施形態では、大腸炎は、感染性大腸炎、例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎又は腸管出血性大腸炎である。クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎は、急性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎、再発性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎、及び重症性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎であってよい。腸管出血性大腸炎は、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）又は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に起因するものであってよい。被験者は、慢性下痢又は慢性便秘を有する者又はその危険性がある者であってもよい。
【００１９】
本発明はまた、薬剤の製造、あるいは結腸の疾患又は病的状態若しくは医原病状を治療又は軽減又は予防するための薬剤の製造を目的とする、本明細書に記載の組成物の使用も提供する。任意選択的に、上記疾患又は病状は、結腸微生物相の機能障害的構成又は異常構成を特徴とする疾患又は状態である。又は、この疾患は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎である。あるいは、上記疾患又は病状は、大腸炎、自己免疫性大腸炎、感染性大腸炎、若しくは腸管出血性大腸炎である。
【００２０】
「及び／又は」という用語は、列挙した要素の１つ若しくは全部、又は列挙した要素のいずれか２つ以上の組合せを意味する。
【００２１】
「好ましい」及び「好ましくは」という用語は、特定の状況下で、特定の利益を賦与しうる本発明の実施形態を指す。しかし、同じ又は他の状況下で、別の実施形態もまた好ましい場合がある。さらに、１つ以上の好ましい実施形態を引用したとしても、他の実施形態が有用ではないことを意味するわけではなく、かつ本発明の範囲から他の実施形態を排除することを意図するわけでもない。
【００２２】
「含む」という用語及びそれらの変化形は、これらの用語が本発明の説明及び特許請求の範囲で用いられる場合、限定的意味を有するわけではない。
【００２３】
別途記載のない限り、「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、「その（ｔｈｅ）」及び「少なくとも１つ」は置換え可能に用いられ、１つ又は２つ以上を意味する
【００２４】
また本明細書では、終点による数値範囲の引用は、その範囲内に包含されるすべての数を含む（例えば、１〜５は、１、１．５、２、２．７５、３、３．８０、４、５などを含む）。
【００２５】
個別のステップを含む、本明細書に開示するすべての方法について、これらのステップは、あらゆる実現可能な順序で実施してよい。また、必要に応じて、２つ以上のステップの任意の組合せを同時に実施することも可能である。
【００２６】
以上の本発明の概要は、本発明の各々開示される実施形態又はすべての実施を説明することを意図するものではない。以下に示す説明は、例としての実施形態をさらに具体的に例示する。本願全体を通じて、いくつかの箇所で、実例のリストによりガイダンスを提供するが、これらの実例は、様々な組合せで用いることができる。各実例において、引用するリストは、代表群として用いられるにすぎず、限定的リストとして解釈すべきではない。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
本発明の前まで、標準的実施では、糞便注腸法の各レシピエントと個別のドナー（通常、近親者）とのマッチング、又は後の使用のために保存されたレシピエント自身の糞便の使用が勧められていた。こうした実施の理論的根拠は、近親者はすでにその病原体を共有していること、そうした種類の腸管内菌は、過去に暴露されているために、レシピエントの免疫系によって幾分よく許容されるであろうという考えからであった。しかし、その結果、二重のスクリーニング、すでに衰弱している患者に適切なドナーを見つける作業の負担を課すこと、材料を提供するドナーへの重圧及び重要な医学的情報を提示していない可能性、費用は一般に患者によって負担されるため、費用を削減する重圧、スクリーニングに関連する時間の遅延、並びにドナー選択に際し最適と言えない健康状態のドナーを受け入れなければならない重圧が生じた。本明細書に記載する組成物は、厳格なドナースクリーニング、すなわち、微生物相を濃縮して、大量の非生物材料を除去し、任意選択的に、その生存能力を保存するような方法で凍結／解凍する、複数ステップの濾過を含む、より標準化された製造方法から得られる。本明細書に記載する組成物は、患者を治療する医師による使用のために、結腸微生物相の有用な組成物を容易に入手可能にすることによって、有意な利点を提供する。さらに、組成物がほぼ無臭で、濃縮された形態であり、かつ標準的実験室技法を用いて容易に処置されることから、はるかに感覚的に受け入れられやすい。
【００２８】
本発明は、糞便微生物を含む組成物を提供する。本明細書で用いる場合、「糞便微生物」という用語は、正常かつ健康な成人の消化管、腸、又は結腸、好ましくは結腸内に存在する微生物を指す。このような組成物は、糞便微生物を処理することによって、調製することができる。本明細書で用いる場合、「糞便材料」という用語は、ヒトの便を指す。非処理糞便材料は、非生物材料及び生物材料を含む。「非生物材料」としては、限定するものではないが、死滅菌、脱落した宿主細胞、タンパク質、炭水化物、脂肪、無機物、粘液、胆汁、未消化の線維及びその他の食物、並びに食物及び代謝廃棄物及び食物材料の部分的又は完全消化から生じるその他の化合物が挙げられる。「生物材料」とは、糞便材料中の生存物質を指し、細菌及び古細菌（例えば、生存原核細胞、及び胞子を形成して生存原核細胞になることができる胞子）のような原核細胞、原生動物及び真菌のような真核細胞、並びにウイルスなどの微生物が挙げられる。一実施形態では、「生物材料」は、正常かつ健康なヒトの結腸内に存在する生物材料、例えば、微生物、真核細胞、及びウイルスを指す。
【００２９】
本発明の組成物に存在しうる原核細胞の例としては、以下の細胞が挙げられる：放線菌亜綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）若しくはコーリオバクテリダエ亜綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）などの放線菌綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）のメンバー、例えば、ビフィドバクテリアレス目（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）若しくはコーリオバクテリアレス目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、及び／若しくはビフィドバクテリアセア科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）若しくはコーリオバクテリアセア科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）；、バクテロイジウム綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）などのバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）門のメンバー、例えば、バクテロイダレス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、及び／又はバクテロイダセアエ科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）若しくはリケネーラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）；バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、若しくはエリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）などのフィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門のメンバー、例えば、バシラス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）若しくはラクトバシラス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）若しくはクロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄａｌｅｓ）若しくはエリシペロトリクス目（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、及び／若しくはピーニバシラセアエ科（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）若しくはアエロッカセアエ科（Ａｅｒｏｃｃａｃｅａｅ）若しくはラクトバシラセアエ科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）若しくはストレプトコッカセアエ科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）若しくはカタバクテリアセアエ科（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）若しくはペプトコッカセアエ科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）若しくはペプトストレプトコッカセアエ科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）若しくはルミノコッカセアエ科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）若しくはクロトロリジアセアエ科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）若しくはユーバクテリアセアエ科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）若しくはラクノスピラセアエ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）若しくはエリシペロトリカセアエ科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）；アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）若しくはベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）若しくはガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）などのプロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）門のメンバー、例えば、リゾビウム目（Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ）若しくはバークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）若しくはアルテロモナデレス目（Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）若しくはエンテロバクター目（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、及び／若しくはロドビアセアエ科（Ｒｈｏｄｏｂｉａｃｅａｅ）若しくはバークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）若しくはシュワネラセアエ科（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ）若しくはエンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）；  モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）などのテネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）門のメンバー、例えば、エントモプラズマ目（Ｅｎｔｏｍｏｐｌａｓｍａｔａｌｅｓ）、及び／若しくはスピノプラズマ科（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）；並びに／又はベルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）のメンバー、例えば、ベルコミクロビウム目（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）、及び／若しくはベルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａ）。
【００３０】
一実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも１つの門、少なくとも２つの門、少なくとも３つの門、少なくとも４つの門、少なくとも５つの門、少なくとも６つの門、少なくとも７つの門、少なくとも８つの門、少なくとも９つの門、又は少なくとも１０の門のメンバーである原核細菌を含んでもよい。一実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも１つの綱、少なくとも２つの綱、少なくとも３つの綱、少なくとも４つの綱、少なくとも５つの綱、少なくとも６つの綱、又は少なくとも７つの綱のメンバーである原核細菌を含んでもよい。一実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも１つの目、少なくとも２つの目、少なくとも３つの目、少なくとも４つの目、少なくとも５つの目、少なくとも６つの目、又は少なくとも７つの目のメンバーである原核細菌を含んでもよい。一実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも１つの科、少なくとも２つの科、少なくとも３つの科、少なくとも４つの科、少なくとも５つの科、少なくとも６つの科、又は少なくとも７つの科のメンバーである原核細菌を含んでもよい。一実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも２０、又は少なくとも３０の異なる属の原核細菌を含んでもよい。一実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、又は少なくとも４００の異なる種の原核細菌を含んでもよい。
【００３１】
一実施形態では、本発明の組成物は、生物材料の重量に対し、５％（ｗｔ／ｗｔ）以下、２．５％（ｗｔ／ｗｔ）以下、１％（ｗｔ／ｗｔ）以下、０．１％（ｗｔ／ｗｔ）以下、０．０１％（ｗｔ／ｗｔ）以下、又は、０．００１％（ｗｔ／ｗｔ）以下の重量の非生物材料を含む。一実施形態では、本発明の組成物中の非生物材料の量は、現在利用可能な技術を用いて、検出限界以下である。例えば、生存材料は、生物活性、電子輸送、特定の遺伝子のＤＮＡ及びＲＮＡについて染色することができる。
【００３２】
一実施形態では、本発明の組成物中に存在する糞便材料は、２．０ミリメートル（ｍｍ）超、１．０ｍｍ超、０．５ｍｍ超、０．２５ｍｍ超、０．２１２ｍｍ超、０．１８０ｍｍ超、０．１５０ｍｍ超、０．１２５ｍｍ超、０．１０６ｍｍ超、０．０９０ｍｍ超、０．０７５ｍｍ超、０．０６３ｍｍ超、０．０５３ｍｍ超、０．０４５ｍｍ超、０．０３８ｍｍ超、０．０３２ｍｍ超、０．０２５ｍｍ超、０．０２０ｍｍ超、０．０１ｍｍ超、又は０．２ｍｍ超の大きさを有する粒子（例えば、非生物材料の粒子及び／又は生物材料の粒子）を含まない。組成物中に存在する非糞便材料は、２．０ｍｍ超、１．０ｍｍ超、０．５ｍｍ超、０．２５ｍｍ超、０．２１２ｍｍ超、０．１８０ｍｍ超、０．１５０ｍｍ超、０．１２５ｍｍ超、０．１０６ｍｍ超、０．０９０ｍｍ超、０．０７５ｍｍ超、０．０６３ｍｍ超、０．０５３ｍｍ超、０．０４５ｍｍ超、０．０３８ｍｍ超、０．０３２ｍｍ超、０．０２５ｍｍ超、０．０２０ｍｍ超、０．０１ｍｍ超、又は０．２ｍｍ超の大きさを有する粒子を含んでもよい。一実施形態では、本発明の組成物中に存在する糞便材料は、メッシュサイズが２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、又は０．２ｍｍの篩を通過する大きさを有する非生物材料及び／又は生物材料の粒子からなるか、又はから本質的になる。従って、このような実施形態においては、本発明の組成物中に存在する糞便材料は、２．０ｍｍ以下、１．０ｍｍ以下、０．５ｍｍ以下、０．２５ｍｍ以下、０．２１２ｍｍ以下、０．１８０ｍｍ以下、０．１５０ｍｍ以下、０．１２５ｍｍ以下、０．１０６ｍｍ以下、０．０９０ｍｍ以下、０．０７５ｍｍ以下、０．０６３ｍｍ以下、０．０５３ｍｍ以下、０．０４５ｍｍ以下、０．０３８ｍｍ以下、０．０３２ｍｍ以下、０．０２５ｍｍ以下、０．０２０ｍｍ以下、０．０１ｍｍ以下、又は０．２ｍｍ以下の大きさを有する。篩のメッシュサイズは、米国標準に基づき、例えば、１０、１８、３５、６０、７０、８０、１００、１２０、１４０、１７０、２００、２３０、２７０、３２５、又は４００のメッシュサイズである。
【００３３】
本発明の組成物は、任意選択的に、低温保護剤を含んでもよい。低温保護剤は、凍結時の糞便微生物の生存能力を維持する化合物である。低温保護剤は、当分野では公知であり、凍結条件に暴露する際、微生物を保護するために日常的に用いられている。例としては、限定するものではないが、アラニン、グリシン、プロリンなどのアミノ酸；スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、及びトレハロースなどの単糖類；並びにジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、及びグリセロールなどのその他の化合物が挙げられる。本明細書に記載の組成物中に存在する低温保護剤の量は、使用する低温保護剤、及び凍結に用いる温度（例えば、−２０℃、−８０℃、若しくはその他の温度）に応じて変動しうる。用いることができる低温保護剤の量は、当業者には公知であるか、又は常用的実験を用いて、容易に決定することができる。一実施形態では、本発明の組成物は、濃度１０％のグリセロールを含んでよい。
【００３４】
一実施形態では、本発明の組成物は、病原性生物材料を含まない。一実施形態では、糞便材料は、病歴問診、身体検査、及び臨床検査を受けた人に由来するものである。病歴の評価としては、限定するものではないが、感染因子の危険性、胃腸共存症の存在、腸内菌の構成に影響を及ぼしうる、又は及ぼす因子、全身の健康状態を含みうる。感染因子の危険性に関する除外基準は、限定するものではないが、以下のものを含みうる：Ｂ型、Ｃ型肝炎、又はＨＩＶのウイルス感染歴；これまでのＨＩＶ又はウイルス性肝炎との接触歴；薬物若しくは金銭を目的とする性交などの高リスクの行為、男性と性交する男性、過去１２ヵ月内の２人以上の性交相手、静脈内薬物若しくは鼻内コカインの過去のあらゆる使用歴、投獄歴；１２ヵ月以内に施術した入れ墨若しくはボディピアス；米国と比較して、旅行者の下痢の危険性が高い地域への旅行；並びに進行中の伝染病、例えば、上気道ウイルス感染。
【００３５】
胃腸共存症に関する除外基準としては、限定するものではないが、以下のものが挙げられる：過敏性腸症候群の病歴（具体的症状に、頻繁な腹部痙攣、過剰ガス、浮腫、腹部膨満、便意切迫、下痢、便秘を挙げることができる）；クローン病、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎などの炎症性腸疾患；慢性下痢；慢性便秘又は緩下剤の使用；胃腸悪性腫瘍の病歴又は結腸ポリープの罹患歴；あらゆる腹部手術（例えば、胃バイパス、腸切除、虫垂切除、胆嚢切除など）の病歴；消化を調節する目的での、ドナー候補によるプロバイオティクス又はその他の一般補助剤の使用（ただし、栄養補助剤ではなく、単に食品として摂取している場合には、ヨーグルト及びケフィールは許容されうる）。
【００３６】
腸内微生物相の構成に影響を及ぼしうる、又は及ぼす因子に関する除外基準としては、限定するものではないが、過去６ヵ月以内のあらゆる適用についての抗生物質；処方されたあらゆる免疫抑制又は抗腫瘍薬が挙げられる。
【００３７】
全身の健康状態に関する除外基準としては、限定するものではないが、以下のものが挙げられる：確立した、又は新興の代謝症候群（この場合、定義に用いられる基準は、確立された基準より厳しい）、例えば、血圧上昇の病歴、糖尿病又は耐糖能低下の病歴など；例えば、膠原病、多発性硬化症などの全身性自己免疫の罹患歴；喘息又は湿疹などのアトピー性疾患の罹患歴；線維筋痛症、慢性疲労症候群などの慢性疼痛症候群；吸入器又は局所クリーム及び軟膏などのあらゆる処方薬の継続中（断続的であっても）の使用；自閉症、パーキンソン病などの神経性障害、神経発達障害、及び神経変性障害。
【００３８】
身体検査に関する除外基準としては、限定するものではないが、以下のものが挙げられる：ボディマス指数＞２６ｋｇ／ｍ２、ウエスト：ヒップ比によって決定される中心性肥満＞０．８５（男性）及び＞０．８０（女性）などの一般基準；血圧＞１３５ｍｍＨｇ（収縮期）及び＞８５ｍｍＨｇ（拡張期）；皮膚−皮疹の存在、１年以内に施術した入れ墨又はボディピアス、黄疸；リンパ節膨脹；聴診時の喘鳴音；肝肥大又は肝疾患の徴候；膨張又は疼痛関節；筋力低下；神経学的検査の異常。
【００３９】
臨床検査に関する除外基準としては、限定するものではないが、ＰＣＲにより試験した便中クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）Ｂ毒素陽性；サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７などの一般的病原菌のいずれかの便培養物陽性；卵及び寄生体検査異常；ジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）、クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、又はヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）抗原陽性；１型及び２型ＨＩＶ、ウイルス性Ａ型肝炎ＩｇＭ、肝炎表面抗原及びコア抗体などのあらゆるウイルス性疾患についてのスクリーニング陽性；ＲＰＲ（梅毒検査）異常；アルカリ性ホスファターゼ、アスパラギン酸アミノトランスアミナーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼなどのあらゆる肝機能検査異常；高血清トリグリセリド＞１５０ｍｇ／ｄＬ；ＨＤＬコレステロール＜１４０ｍｇ／ｄＬ（男性）及び＜５０ｍｇ／ｄＬ（女性）；高感度ＣＲＰ＞２．４ｍｇ／Ｌ；空腹時高血糖値（＞１００ｍｇ／ｄＬ）。
【００４０】
本発明の組成物は、多様な薬学的に許容される製剤中に含有させてもよい。一実施形態では、製剤は液体組成物であってよい。液体組成物としては、限定するものではないが、溶液、懸濁液、分散液などが挙げられる。一実施形態では、製剤は固体組成物であってよい。固体組成物としては、限定するものではないが、粉末、顆粒、圧縮錠剤、丸薬、カプセル、チューインガム、ウェーファーなどが挙げられる。これらの製剤は、被験者への投与に適した組成物とするために、薬学的に許容される担体を含んでもよい。本明細書で用いる場合、「薬学的に許容される担体」とは、製剤投与に適合する薬理学的に不活性の化合物を意味する。本発明の組成物は、その意図する投与経路に適合するように製剤化してよい。本発明の組成物は、被験者の胃腸管、好ましくは結腸内に貯留させるのに適したあらゆる方法によって投与することができる。投与経路の例としては、直腸投与（例えば、座薬、注腸、上部内視鏡法、上部プッシュ式内視鏡法、若しくは結腸内視鏡法による）、鼻又は口からの挿管法（例えば、経鼻胃管、経鼻腸管、若しくは経鼻空腸管による）、又は経口投与（例えば、丸薬、錠剤、若しくはカプセルによるか、又は液体による）が挙げられる。
【００４１】
本発明の方法において治療用途の場合には、組成物は、１種以上の薬学的に許容される担体を含む形態で、好都合に投与することができる。好適な担体は、当分野では公知であり、組成物の投与の所望する形態及び様式に応じて変わる。例えば、担体は、充填剤、結合剤、湿潤剤、崩壊剤、界面活性剤、滑剤、潤滑剤などの希釈剤又は賦形剤を含みうる。典型的に、担体は、固体（粉末など）、液体、又はこれらの組合せであってよい。各担体は、好ましくは、組成物中の他の成分と適合性であり、かつ被験者に有害でないという意味で「許容される」。担体は、好ましくは、生物学的に許容され、かつ不活性である。すなわち、担体によって、組成物は、適切な部位に送達されるまで、生物材料の生存能力を維持することができる。
【００４２】
経口組成物は、不活性の希釈剤又は食用担体を含んでよい。経口治療薬投与の場合、活性化合物を賦形剤と一緒に組み込み、錠剤、トローチ、又はカプセル、例えば、ゼラチンカプセルの形態で用いることができる。経口組成物は、かつ本発明の組成物を食品と組み合わせて調製することもできる。一実施形態では、投与に用いられる食品は、冷却されており、例えば、アイスクリームである。薬学的に適合性の結合剤、及び／又は補助材料を組成物の一部として含有させてもよい。錠剤、丸薬、カプセル、トローチなどは、以下の成分、又は類似性質の化合物のいずれを含んでもよい：微結晶セルロース、トラガカントガム若しくはゼラチンなどの結合剤；デンプン若しくはラクトースなどの賦形剤、アルギニン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、若しくはコーンスターチなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウム若しくはＳｔｅｒｏｔｅｓなどの潤滑剤；コロイド状二酸化ケイ素などの滑剤；スクロース若しくはサッカリンなどの甘味料；ペパーミント、サリチル酸メチル、若しくはオレンジ香料などの香味料。
【００４３】
活性化合物はまた、直腸送達のための座薬（例えば、カカオ脂及びその他のグリセリドなどの従来の座薬基剤を用いて）又は保持浣腸剤の形態で調製することも可能である。
【００４４】
活性化合物は、制御放出製剤（インプラントを含む）のように、身体からの急速な排出から化合物を保護する担体を用いて、調製してもよい。生分解性の生体適合性ポリマーを用いることができ、こうしたポリマーとして、例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、及びポリ乳酸がある。このような製剤は、標準技術を用いて調製することができる。これらの材料はまた、例えば、Ａｌｚａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ及びＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃから、市販されているものを入手することも可能である。リポソーム懸濁液もまた、薬学的に許容される担体として用いることができる。これらは、当業者には公知の方法によって調製することができる。
【００４５】
一実施形態では、組成物をカプセル化してもよい。例えば、組成物を経口投与しようとする場合、投薬形態は、結腸に到達するまで、胃腸管内で一般的な条件（例えば、胃及び／又は腸内に存在する高い酸度及び消化酵素）に組成物が暴露されないように、製剤化する。治療用の組成物のカプセル化は当分野では慣用的である。カプセル化は、乾燥した粉末成分に用いることができる硬質シェルカプセル、軟質シェルカプセルを含みうる。カプセルは、ゲル化剤、例えば、動物タンパク質（例：ゼラチン）、カラゲナン並びにデンプン及びセルロースの修飾形態などの植物多糖若しくは誘導体の水溶液から製造してもよい。可塑剤（例えば、グリセリン及び／又はソルビトール）、着色剤、保存料、崩壊剤、潤滑剤及び表面処理剤などのその他の成分をゲル化剤溶液に添加してもよい。
【００４６】
組成物は、適切なドナーからの糞便サンプルを取得し、希釈剤とブレンドすることにより、調製することができる。有用な希釈剤は、微生物、真核細胞、及び／又はウイルスを処置するのに慣用的に用いられている水溶液を含む。有用な希釈剤は、生理学的バッファー、容量オスモル濃度などを維持するための成分を含んでもよい。希釈剤は、好ましくは滅菌及び／又は非アレルゲン性である。希釈剤の例として、限定するものではないが、ｐＨ７のリン酸緩衝生理食塩水が挙げられる。一実施形態では、１部のドナー糞便を５部の希釈剤と合わせて（例えば、５０グラムのドナー糞便を２５ｍｌの希釈剤と合わせて）、ブレンドしてよい。一実施形態では、ブレンドの前に、窒素又はアルゴンなどの不活性ガスでパージすることにより、混合チャンバ内の酸素を低減又は除去してもよい。このような嫌気的条件は、結腸内に存在する大部分の嫌気性菌の生存能力を維持する上で有用となりうる。サンプルを複数回ブレンドし、及び／又は次のステップの実施を可能にする濃度が達成されるまで、さらに希釈剤を添加してもよい。一実施形態では、嫌気的条件は、ブレンド後のステップでは用いない。嫌気的条件は、ブレンド後のステップでは必要ないことがわかったが、これは、予想外であり、驚くべきことであった。というのは、糞便材料中の相当な割合の原核細胞が、偏性嫌気性菌であり、酸素への暴露はそれらを死滅させるからである。ブレンド後に、洗浄及び再懸濁に用いられる溶液は、酸素をパージする必要はなく、無酸素キャビネット又はグローブボックス内での微生物相の処置は必要なかった。
【００４７】
個体の結腸内に存在するすべての微生物及び真核細胞を培養することはできないため、一実施形態では、組成物を調製するための条件は、微生物及び真核細胞の複製を低減する温度の使用を含む。一実施形態では、調製に用いられる条件は、３７℃未満に維持される。例えば、調製に用いられる条件は、３０℃以下、２０℃以下、１０℃以下、又は５℃以下の温度に維持される。一実施形態では、微生物及び真核細胞の複製が起こらないような条件が用いられる。本発明の組成物を調製するのに用いられる条件が、複製及び細胞死を最小限にするような低温を含む場合には、組成物中に存在する生物材料は、正常かつ健康なヒト、例えば、糞便サンプルを取得するドナーの結腸内又は糞便中に存在する微生物、真核細胞、及びウイルスの集団とほぼ同じ微生物、真核細胞、及びウイルスの集団を含む。
【００４８】
非生物材料の除去は、メッシュサイズが２．０ｍｍ以下、１．０ｍｍ以下、０．５ｍｍ以下、０．２５ｍｍ以下、０．２１２ｍｍ以下、０．１８０ｍｍ以下、０．１５０ｍｍ以下、０．１２５ｍｍ以下、０．１０６ｍｍ以下、０．０９０ｍｍ以下、０．０７５ｍｍ以下、０．０６３ｍｍ以下、０．０５３ｍｍ以下、０．０４５ｍｍ以下、０．０３８ｍｍ以下、０．０３２ｍｍ以下、０．０２５ｍｍ以下、０．０２０ｍｍ以下、０．０１ｍｍ以下、又は０．２ｍｍ以下の篩に、ブレンド済サンプルを通過させることによって達成することができる。一実施形態では、ブレンド済サンプルは、メッシュサイズが０．２５ｍｍの篩にこれを通過させて、濾過物を回収することによって調製する。一実施形態では、ブレンドサンプルは、篩のメッシュサイズを徐々に小さくして通過させ、最終的にメッシュサイズ０．２５ｍｍの篩を通過させる。例えば、合計４つの篩を用いる場合には、第１篩のメッシュサイズは、２ｍｍ、次に１ｍｍ、続いて０．５ｍｍ、そして０．２５ｍｍであってよい。最終濾過物は、遠心分離管で回収してもよく、４℃にて、生物材料をペレット化するのに十分な速度、例えば、１０，０００ｘｇで１０分間遠心分離する。上澄みを除去し、細胞を希釈剤中に再懸濁させ、任意で再度、例えば、４℃にて、１０，０００ｘｇで１０分間遠心分離する。最終上澄みを廃棄し、細胞を水溶液（例えば、希釈剤、低温保護剤など、又はこれらの組合せ）中で再懸濁させる。一実施形態では、ブレンドした混合物の量は、篩分け及び洗浄のステップを経て減少する。例えば、一実施形態では、上記量は、ブレンドに用いた量の１４％（例えば、２５０ｍｌから３５ｍｌ）に減少する。一実施形態では、ブレンド済混合物の量は、篩分け及び洗浄のステップを経て減少し、これによって、後に被験者に投与される量には１ｘ１０１０〜５ｘ１０１０個の細胞が存在する。この方法により、全結腸内微生物相の高度に濃縮された糞便の抽出物が得られ、これは、前述した篩を通過することができ、かつ１０，０００ｘｇで１０分間遠心分離することができる。本明細書で用いられる場合、「濃縮された」とは、生物材料が、濃縮前の糞便材料と比較して有意に高い割合を占めるような、非生物材料に対する生物材料の量の増加を意味する。「濃縮された」という用語は、生物材料の割合を高めるように、人が介入した状態を指す。
【００４９】
添加される水溶液の量は、適切な数の細胞を有する単回投与形態が得られるような量であってよい。一実施形態では、単回投与形態は、１ｘ１０１０〜５ｘ１０１０個の細胞、例えば、３ｘ１０１０個の細胞を含んでよい。ほとんどの生物材料は、培養が困難であるか、又は不可能なため、細胞の数を決定するのに、血球計数器を用いてもよい。
【００５０】
一実施形態では、得られたペレットを、１０％グリセロールを含む希釈剤の元の量の半分に懸濁させてもよい。サンプルは、直ちに用いてもよいし、例えば、後の使用のために−８０℃で凍結させてもよい。凍結させる場合、サンプルは、遠心分離管内に残しても、又は別の容器に入れてもよい。一実施形態では、容器は、サンプルの表面積を増大するものである。例えば、サンプルをＩＶバッグに入れてもよい。凍結サンプルを使用する場合には、氷上で解凍した後、レシピエントに移植してよい。本明細書に記載する組成物を凍結しても、治癒力が破壊されないことがわかった。一実施形態では、遠心分離から得られたサンプルを１年以上の長期保存のために処理してもよい。このようなサンプルを保存する能力によって、他の方法では不可能であったある程度の融通性がもたらされる。例えば、これまでは、ドナーを迅速に選定し、ドナーからの糞便サンプルを高速で処理した後、直ちに使用する必要があった。有用な処理方法の例としては、限定するものではないが、凍結、フリーズドライ、噴霧乾燥、凍結乾燥、減圧乾燥、空気乾燥、又はその他の形態の揮発乾燥が挙げられる。本発明の組成物の処理は、いずれかの乾燥工程の後、粉末の生産を含んでもよい。
【００５１】
糞便材料から生物材料を抽出するために篩を用いることによって、思いがけなく、ほとんど無臭の組成物が得られた。これは、糞便は、通常、特有の臭いを有し、これが、最小限の処置の使用で除去されることは驚くべきことであったため、予想外であった。このことは、見た目がよくなく、あまりに不快なため、患者及びスタッフの中には参加することを拒む者もいる方法を採用して、通常の臨床環境又は家庭で、容易に実施される方法に変えることから、有意な利点である。本明細書で用いる場合、「無臭」とは、存在する揮発性有機分子の量が減少していることを意味し、存在する揮発性有機分子量の減少は、人が、処理前の材料と処理後の材料を比較することによって容易に感知することができる。
【００５２】
本発明はさらに、本明細書に記載する組成物を使用する方法に関する。本発明の方法は、本明細書に記載の組成物を有効量で、それを必要とする被験者に投与するステップを含む。投与は、組成物中の生物材料が結腸にコロニー形成するように、大腸又は小腸の領域における組成物の貯留に適した条件下で行う。例えば、投与は、上部胃腸管、並びに下部胃腸管、例えば、回腸末端部、盲腸、憩室症を含む結腸領域、及び直腸中に行ってもよい。一実施形態では、投与は、例えば、錠剤により、経口であってもよい。一実施形態では、投与は、例えば、経鼻胃管による挿管法であってもよい。一実施形態では、投与は、例えば、結腸内視鏡法、浣腸、又は座薬による、直腸投与であってもよい。あるイベントが起こるのに「適した」条件、又は「好適な」条件は、このようなイベントが起こるのを妨げない条件である。従って、これらの条件は、対象のイベントを可能にする、増強する、促進する、及び／又はイベントを招くものである。本明細書で用いる場合、「有効量」は、所望の効果を得るのに十分な本明細書に記載の組成物の量を指す。例えば、一実施形態では、「有効量」は、本明細書に記載する疾患の１つ以上の症状及び／又は徴候を軽減するのに有効な量である。いくつかの実施形態では、有効量は、例えば、下痢又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）などの疾患に関連する症状及び／又は徴候の軽減を実施するのに十分な量である。症状及び／又は徴候の軽減は、例えば、対照、すなわち非処置の被験者、又は組成物の投与前の被験者と比較して、測定された徴候の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、又は少なくとも１００％である。一実施形態では、有効量は、結腸への少なくとも１ｘ１０１０、少なくとも３ｘ１０１０個、又は少なくとも５ｘ１０１０個の細胞の送達を達成するのに十分な量である。しかし、本明細書に開示する組成物の合計投与量は、健全な医学的判断の範囲内で、担当の医師により決定されることは理解されよう。必要な正確な量は、治療しようとする疾患の種類及び程度などの要因に応じて変動する。
【００５３】
一実施形態では、本発明の方法は、治療を必要とする被験者の特定の疾患を治療することを含む。被験者は、哺乳動物、例えば、ヒトであってよい。いくつかの実施形態では、ラット、マウス、ハムスター、アレチネズミ、若しくは霊長類を含む哺乳動物などの動物モデルを用いてもよい。本明細書で用いる場合、「疾患」という用語は、特有の症状又は臨床的徴候が発現している被験者の、部分、器官、若しくは系統、又はこれらの組合せの正常な構造又は機能からの逸脱若しくは中断を意味する。疾患には、結腸内微生物相の機能障害的構成を特徴とするものが含まれる。このような疾患として、限定するものではないが、自己免疫性大腸炎（例えば、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、過敏性腸症候群）及び感染性大腸炎などの大腸炎が挙げられる。感染性大腸炎の例としては、限定するものではないが、以下のものが挙げられる：クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎（例えば、急性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎、再発性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎、又は重症性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎）並びに腸管出血性大腸炎（例えば、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）又は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に起因する大腸炎）が挙げられる。疾患の他の例としては、限定するものではないが、慢性下痢；慢性便秘、代謝症候群及び肥満、喘息、湿疹などのアトピー性疾患、胃腸管の好酸球増加性障害、全身性自己免疫（慢性関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症など）、線維筋痛症、慢性疲労症候群などの慢性疼痛障害、神経変性障害、摂食障害、並びに栄養不良が挙げられる。
【００５４】
本明細書で用いる場合、「症状」という用語は、患者によって経験され、疾患によって引き起こされる疾患又は病状の主観的エビデンスを指す。本明細書で用いる場合、「臨床徴候」又は単純に「徴候」という用語は、被験者に存在する疾患の客観的エビデンスを指す。本明細書で言及される疾患に関連する症状及び／又は徴候並びにこのような徴候の評価は、慣用的であり、当分野では公知である。典型的に、被験者が疾患を有するか否か、及び被験者が、治療に応答しているか否かは、疾患に関連する徴候の評価によって決定することができる。
【００５５】
疾患の治療は、予防的であってもよいし、あるいは、疾患の発現後に開始することもできる。例えば、被験者が、疾患の徴候を発現する前に開始される、予防的治療は、本明細書において、疾患を発現する「危険性」がある被験者の治療と呼ぶ。疾患を発現する危険性がある被験者の一例は、危険因子を有する人である。クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）性大腸炎の危険因子の一例は、胃腸管の抗生物質療法である。治療は、本明細書に記載する疾患の発生前、発生中、又は発生後に実施することができる。疾患の発現後に開始した治療によって、疾患の徴候の重症度を軽減するか、又は完全に徴候を除去することができる。
【００５６】
一実施形態では、本発明の方法は、ドナーからの微生物相をレシピエントに移植することを含む。
【００５７】
一実施形態では、本発明の方法は、レシピエントの結腸における、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）のメンバー、例えば、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）の非病原性メンバー、及び／又はバクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ）のメンバーの相対存在量を増加することを含む。「相対存在量」というフレーズは、レシピエントの結腸におけるあらゆる他の分類群のメンバーの数と比較した、ある門又は綱のメンバーの数を意味する。このような比較は百分率として表すことができる。一実施形態では、投与後のレシピエントの結腸におけるクロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）の非病原性メンバーの相対存在量は、投与前のレシピエントの結腸と比較して、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、又は少なくとも５０％増加しうる。一実施形態では、投与後のレシピエントの結腸におけるフィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）のメンバーの相対存在量は、投与前のレシピエントの結腸と比較して、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、又は少なくとも５０％増加しうる。存在量の変化は、例えば、糞便微生物相の投与から３日、１０日、１５日、又は２５日後に決定してよい。
【００５８】
一実施形態では、本発明の方法は、レシピエントの結腸におけるプロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）のメンバーの相対存在量を減少させることを含む。一実施形態では、投与後のレシピエントの結腸におけるプロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）のメンバーの相対存在量は、投与前のレシピエントの結腸と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、又は少なくとも４０％減少しうる。プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）のメンバーの存在量の変化は、例えば、投与から３日、１０日、１５日、又は２５日後に決定してよい。
【００５９】
一実施形態では、既存の微生物相を本発明の組成物の投与前に排除する必要はない。別の実施形態では、微生物相の排除が必要な場合もある。既存の微生物相の排除の方法は、公知であり、慣用的である。一実施形態では、排除は、移植の前日まで、１週間にわたり抗生物質のカクテルを投与することによって、達成することができる。有用なカクテルの例は、メトロニダゾール（１日２回１０００ｍｇ）、リファキシミン（１日２回５５０ｍｇ）、バンコマイシン（１日２回５００ｍｇ）、及びネオマイシン（１日２回１０００ｍｇ）である。
【００６０】
以下に示す実施例によって本発明を説明する。具体的な例、材料、量、及び手順は、本明細書に記載する本発明の範囲及び精神に従い、広義に解釈されることは理解すべきである。
【実施例】
【００６１】
実施例１
クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）に関連する疾患は、抗生物質療法の主要な公知の合併症である。病原体は通常、天然の結腸内微生物相によって、抑制されているが、このレベルの防御は、これらの微生物群集が抗生物質によって抑制されると、失われる可能性がある。クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症を治療するのに用いられる抗生物質もまた、正常な微生物相の継続的抑制によって、感染の再発を永続させる恐れがある。従って、有意な数の患者が、不応性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症に罹患しており、不応性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症は、有意な罹患率と関連する。糞便注腸法は、正常な腸内微生物群集の回復により、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症の周期を破壊するために、ますます用いられている方法である。本発明者らは以前、一臨床症例において、結腸微生物の細菌療法によって、ドナーの微生物相による宿主の微生物相の置換が達成されたことを報告した（Ｋｈｏｒｕｔｓ，ｅｔ  ａｌ．，２０１０，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，４４（５）：３５４）。組成物及び細菌療法前及び後の微生物群集の安定性をさらに理解するために、本発明者らは、ピロシーケンス技法（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ２０００又は他のＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォーム）を用いて、糞便ＤＮＡ（Ｖ５及びＶ６）の増幅１６ＳｒＲＮＡ領域を分析した。さらに別の個体を現在処置中であり、分析がなされているところである。
【００６２】
説明
・クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）は、新興病原体であり、院内感染下痢症の最も一般的な原因である。
・感染は、往々にして、正常腸内菌叢によって賦与される防御作用が破壊される抗生物質療法に関連している。
・クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症は、多くの場合、別の抗菌療法によって抑制されるが、約２０％の患者が、治療不応性疾患を発現し、これによって再発性下痢が起こる。
・糞便移植の形態での細菌療法は、治療不応性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症を成功裏に治療することが証明されている。
・次世代シーケンシグ技術は、腸内菌叢のより深い調査を可能にしており、移植後の微生物群集構造の変化を調べるために本発明者らの研究で用いた。
【００６３】
ドナー糞便材料は、患者の息子から取得したが、このドナーに対しては、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、Ａ型、Ｂ型若しくはＣ型肝炎ウイルス、ＨＩＶウイルス、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）、梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）、ジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）、及びクリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）などの感染症の検査を行った。
【００６４】
患者へのドナー糞便材料の注入を結腸内視鏡法により行ったが、これにより、Ｓ状結腸における重症で広範囲の多発性憩室症が明らかになった。ドナーの糞便材料を盲腸に貯留させた。クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症と一致する症状は、細菌療法の実施から数日以内に解消した。
【００６５】
方法
・患者の糞便サンプルを糞便移植細菌療法の３１日前（−３１日）並びに移植から５、２１、４６、９５、１３２、１５９、１８８、及び２２７日後に採取した。ドナー糞便サンプルを処置日に採取し、レシピエントの盲腸に貯留した。
・ＭＯＢＩＯウルトラクリーン糞便ＤＮＡキット（ＭＯＢＩＯ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて、製造業者の指示に従い、糞便材料からＤＮＡを抽出した。３つの同じサンプルを抽出して、プールした。
・５０ｎｇの抽出ＤＮＡを鋳型として用いて、細菌１６ＳｒＲＮＡ遺伝子のＶ６超可変領域を増幅した。多重シーケンシングのためにバーコードプライマーを用いた（Ｋｙｓｅｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２００５，Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ７：３５６−６４，及びＣｌａｅｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１０，Ｖｏｌ．３８，Ｎｏ．２２  ｅ２００  ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｑ８７３）。３つの同じサンプルを調製して、プールした。
・増幅したサンプルを等モル比で混合し、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングプラットフォームを用いて、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＮＣＧＲ）で配列決定した。
・ＭＯＴＨＵＲ及びＳＩＬＶＡ参照データベース（Ｓｃｈｏｌｓｓ，２００９，Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，７５（２３）：７５３７−７５４１を用いて、配列データを分析した。ＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓ参照ファイルを用いて、９７％の類似度で、操作的分類単位（ＯＴＵ）の分類法を割り当てた。
・Ｙｕｅ及びＣｌａｙｔｏｎのシータ計算（Ｙｕｅ  ａｎｄ  Ｃｌａｙｔｏｎ’ｓ  Ｔｈｅｔａ  ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎ）（Ｙｕｅ  ａｎｄ  Ｃｌａｙｔｏｎ，２００５，Ｃｏｍｍｕｎ．Ｓｔａｔ．Ｔｈｅｏｒ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，３４：２１２３−２１３１）を用いて、主要成分分析を実施した。９７％ＯＴＵ類似度に基づいて、累積曲線を計算した。
【００６６】
結果及び論考
・レシピエントの移植前サンプル（−３１日）から得られた配列の４０％超が、未分類のモリクテス（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）株又はガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）に属するものであった。
・対照的に、ドナー及びレシピエントの移植後サンプルは、主にフィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）によって占められていた。クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）及びルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の未分類メンバーも多量に存在した。
・Ｙｕｅ及びＣｌａｙｔｏｎのシータ指数（Ｙｕｅ  ａｎｄ  Ｃｌａｙｔｏｎ’ｓ  ｔｈｅｔａ  ｉｎｄｅｘ）を用いて実施した群集分析から、レシピエントの移植前サンプルと比較して、移植後サンプルは、互いに、またドナーサンプルとも、より密接に群生していることが明らかになった。
・配列分析から、レシピエントの移植前及び後の糞便サンプルに存在する分類単位がかなり異なっていることがわかったが、これは、糞便注腸法が、患者の腸内菌叢を改変することに成功したことを示している。
・レシピエントの腸内に移植された微生物群集は、移植から７．５か月後も非常に安定したままであった。
【００６７】
驚くことに、バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）を表す配列は、分析した全サンプルにおいて存在量が非常に低かった。
【００６８】
実施例２
糞便材料調製のためのドナースクリーニング
ドナーは、完全な病歴問診及び身体検査を受ける。さらに、血液ドナーについてＦＤＡにより推奨されるように、ドナー病歴問診票をすべて記入するが、これらの質問のいずれかに「はい」と答えたドナー候補は、除外される（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｄｏｗｎｌｏａｄｓ／ＢｉｏｌｏｇｉｃｓＢｌｏｏｄＶａｃｃｉｎｅｓ／ＢｌｏｏｄＢｌｏｏｄＰｒｏｄｕｃｔｓ／ＡｐｐｒｏｖｅｄＰｒｏｄｕｃｔｓ／ＬｉｃｅｎｓｅｄＰｒｏｄｕｃｔｓＢＬＡｓ／ＢｌｏｏｄＤｏｎｏｒＳｃｒｅｅｎｉｎｇ／ＵＣＭ２１３５５２．ｐｄｆ）。しかし、腸管内微生物相は、複数の医学的状態と関連している、又は関与すると仮定されるため、選択方法は、血液ドナーのそれより厳しく、ほぼすべての全身性疾患が含まれる。
【００６９】
選択基準
１．年齢＞１８
２．インフォームド・コンセントを提出することができる。
【００７０】
除外基準
Ｉ．病歴
Ａ．感染因子の危険性
１．Ｂ型、Ｃ型肝炎又はＨＩＶウイルスへの感染歴。
２．これまでのＨＩＶ又はウイルス性肝炎への接触歴。
３．薬物若しくは金銭を目的とする性交などの高リスクの行為、男性と性交する男性、過去１２ヵ月の間での２人以上の性交相手、静脈内薬物若しくは鼻内コカインのあらゆる過去の使用歴、投獄歴。
４．１２ヵ月以内に施術した入れ墨若しくはボディピアス。
５．米国と比較して旅行者の下痢の危険性が高い地域への旅行。
６．進行中の伝染病、例えば、上気道ウイルス感染。
【００７１】
Ｂ．  胃腸共存症
１．過敏性腸症候群の病歴。具体的症状としては、頻繁な腹部痙攣、過剰ガス、浮腫、腹部膨満、便意切迫、下痢、便秘が挙げられる。
２．クローン病、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎などの炎症性腸疾患の病歴。
３．慢性下痢。
４．慢性便秘又は弛緩薬の使用。
５．胃腸悪性腫瘍の病歴又は結腸ポリープの罹患歴。
６．あらゆる腹部手術（例えば、胃バイパス、腸切除、虫垂切除、胆嚢切除など）の受療歴。
７．消化を調節する目的で、ドナー候補によって用いられるプロバイオティクス又はその他いずれかの一般補助剤の使用。栄養補助剤ではなく、単に食品として摂取している場合には、ヨーグルト及びケフィール製品は許容される。
【００７２】
Ｃ．腸内微生物相の構成に影響を及ぼしうる、又は及ぼす因子
１．過去６か月以内のあらゆる適用についての抗生物質
２．あらゆる処方免疫抑制薬又は抗腫瘍薬。
【００７３】
Ｄ．全身の健康状態
１．確立された、又は新興の代謝症候群。この場合、定義に用いられる基準は、確立されたどの基準より厳格である。これらの基準には、高血圧の病歴、糖尿病又は耐糖能低下の病歴が含まれる。
２．全身性自己免疫、例えば、膠原病、多発性硬化症の罹患歴。
３．喘息又は湿疹などのアトピー性疾患の罹患歴。
４．線維筋痛症、慢性疲労症候群などの慢性疼痛症候群。
５．吸入器又は局所クリーム及び軟膏などのあらゆる処方薬の継続中（断続的であっても）の使用。
６．自閉症、パーキンソン病などの神経性障害、神経発達障害、及び神経変性障害。
【００７４】
ＩＩ．身体検査に関する除外基準
１．一般基準。ボディマス指数＞２６ｋｇ／ｍ２、ウエスト：ヒップ比によって決定される中心性肥満＞０．８５（男性）及び＞０．８０（女性）。
２．血圧＞１３５ｍｍＨｇ（収縮期）及び＞８５ｍｍＨｇ（拡張期）。
３．皮膚−皮疹の存在、１年以内に施術した入れ墨又はボディピアス、黄疸。
４．リンパ節膨脹。
５．聴診時の喘鳴音。
６．肝肥大又は肝疾患の徴候。
７．膨張又は疼痛関節。筋力低下。
８．神経学的検査異常。
【００７５】
ＩＩＩ．  臨床検査に関する除外基準
１．ＰＣＲにより試験した便中クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）Ｂ毒素陽性。
２．サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７などの一般的病原菌のいずれかについての便培養物陽性。
３．卵及び寄生体検査異常。
４．ジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）、クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、又はヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）抗原陽性。
５．１型及び２型ＨＩＶ、ウイルス性Ａ型肝炎ＩｇＭ、肝炎表面抗原及びコア抗体などのいずれかのウイルス性疾患についてのスクリーニング陽性。
６．ＲＰＲ（梅毒検査）異常。
７．アルカリ性ホスファターゼ、アスパラギン酸アミノトランスアミナーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼなどのいずれかの肝機能検査異常。
８．高血清トリグリセリド＞１５０ｍｇ／ｄＬ。
９．ＨＤＬコレステロール＜４０ｍｇ／ｄＬ（男性）及び＜５０ｍｇ／ｄＬ（女性）。
１０．高感度ＣＲＰ＞２．４ｍｇ／Ｌ。
１１．空腹時高血糖値（＞１００ｍｇ／ｄＬ）。
【００７６】
実施例３
糞便サンプルの処理
ドナー糞便材料を実験室への輸送のために直ちに氷上で冷却する。サンプルは採取から１時間以内に処理する。
【００７７】
Ｗａｒｎｉｎｇ  Ｂｌｅｎｄｅｒ中で、５０ｇのドナー糞便と２５０ｍｌのｐＨ７滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を混合することによって、糞便サンプルを均質化する。混合チャンバは、均質化の前に酸素を除去するために、水素ガスで数分間パージする。サンプルは、最も低い設定で２０秒間の混合を３回実施した。糞便懸濁液の稠度に応じて、さらなるＰＢＳ又は混合サイクルを加えてもよい。混合したサンプルを孔径が２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、及び０．２５ｍｍの４つの篩のシリーズに通過させる（Ｗ．Ｓ．Ｔｙｌｅｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｇｒｏｕｐ，Ｍｅｎｔｏｒ，ＯＨ）。篩は、米国標準に基づき、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、及び０．２５ｍｍの場合、それぞれ、１０、１８、３５及び６０のメッシュサイズであった。篩を通過した最終濾過物（０．２５ｍｍ未満の画分）を５０ｍｌ円錐遠心分離管中に回収し、４℃にて４，０００ｒｐｍ（約４，０００ｘｇ）で１０分間遠心分離した。上澄みを廃棄して、ペレットを、１０％グリセロールを含む最初の半分量のＰＢＳ（例えば、１２５ｍｌ）中に懸濁させる。サンプルは直ちに用いるか、又は−８０℃で凍結保存し、移植前に氷上で解凍する。
【００７８】
実施例４
この実施例では、再発性ＣＤＩクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）の治療を受けた４３人の連続した患者による臨床経験を報告する。この間、ドナー選定及びスクリーニングは、患者−選定の個人ドナーから標準ボランティアドナーに変更することにより、簡略化した。材料調製は、内視鏡装置から実験室内の標準化処理に、また最後に、必要なとき、すぐ使用できる凍結した処理済糞便材料の保存へと変更した。材料調製の標準化は、再発性ＣＤＩを排除する上で見かけ効力を失うことなく、治療の実用的態様を有意に簡略化した。約３０％の患者が、基礎炎症性腸疾患を有し、このグループにおいて治療は同等に有効であった。ドナー材料調製の標準化におけるいくつかの重要なステップが、抗生物質療法に失敗した患者における再発性ＣＤＩの治療の臨床的実施を有意に簡略化した。このことは、Ｈａｍｉｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，２０１２，ｄｏｉ：１０．１０３８／ａｊｇ．２０１１．４８２にも報告されている。
【００７９】
方法
患者
この報告は、再発性ＣＤＩのために糞便微生物移植（ＦＭＴ）を受けた最初の４３人の患者を含む。患者はすべて、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ及びＳｔ．Ｐａｕｌ都市部における感染症及び胃腸科の臨床医からの直接の紹介により選定された。ＦＭＴについての選択基準には、症状に基づく、毒素陽性のクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症の病歴、及び標準的抗生物質療法の使用にもかかわらず発生した少なくとも２回の後の再発の記録が含まれた。少なくとも１回の失敗に終わった抗生物質療法は、最低限６週間コースのテーパリング若しくはパルスバンコマイシン投薬、又は少なくとも１ヵ月のバンコマイシンコースに続く最低限２週間のリファキシミン「チェーサー」を含まなければならない。このプロトコルにおける唯一の除外基準は、年齢＜１８と、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）以外の障害に起因する医学的脆弱性による余命＜１年である。後者の状況では、患者に対し、最善の治療選択肢は、無期限コースのバンコマイシンであると助言した。患者全員が、この治療手法による経験が比較的限定的であること、及びその使用に関連する固有の未知の要素を理解した上で、結腸顕微鏡法によるＦＭＴについてのインフォームド・コンセントを提出した。ミネソタ大学のＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  Ｂｏａｒｄは、この経験が、臨床治験を成すものではなく、それ自体では、他の治療方法と比較してＦＭＴの効果を試験するように設計されていないことを認識した上で、見込まれる臨床結果データの回収を承認した。
【００８０】
ドナー選定及びスクリーニング
プログラムの開始時に、患者に、ドナー候補を自身で選定するよう要請した。ドナー候補としては、母親（ｎ＝２）、娘（ｎ＝１）、息子（ｎ＝３）、妻（ｎ＝１）、夫（ｎ＝１）、及び友人（ｎ＝２）があった。募集の前に、ドナーは、入手可能な受療記録を提出することと、レシピエント患者とは別席で病歴に関する個別の面接を受けることが求められた。病歴問診は、感染の危険性の評価（経験したことのあるＨＩＶ及び肝炎の危険因子など）、進行中の伝染病、並びに下痢性疾患の有病率がより高い地域への最近の旅行などを含んだ。別の絶対的ドナー除外基準は、胃腸共存症及び過去３ヵ月以内の抗生物質の使用を含んだ。腸管内微生物相は、エネルギー代謝の様々な態様及び免疫系の機能状態に関与していると思われることから、代謝症候群、自己免疫、又はアレルギー性疾患の特徴の存在は、相対的除外基準として取り扱った。ドナーは、臨床スクリーニングに伴う危険性を含むプロトコルに参加するために、個別のインフォームド・コンセントを提出した。ドナーは、ＨＩＶ並びにＢ型及びＣ型肝炎の血清学試験と、一般的腸内病原体、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）Ｂ毒素のスクリーニング、及び卵及び寄生体、並びにジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）及びクリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）抗原の検査を含む便検査を受けた。
【００８１】
個人的患者選定のドナーを募集する上での様々な論理計算上の困難、必要な際にドナー材料が入手できない可能性、かつ非近縁ドナーに対し近縁ドナー（例えば、友人又は配偶者に対し息子又は娘）を用いる明らかな治療上の利点を示すエビデンスの欠如を考慮して、ＦＭＴプログラムへの参加にボランティアドナーを募集した。この変更の利点としては、患者からのドナー選定の負担の除去、ドナースクリーニングに関する効率及び費用の改善、ドナー糞便微生物相のより堅実な供給、並びにドナー選択に広範かつ厳格な除外基準を課すことができることが挙げられる（表１）。この期間に２人の無報酬のドナーを募集し、そのうちの１人が、提供された糞便材料の大部分を供給した。ドナーの病歴は、毎回の提供前に審査し、前述したように、完全な臨床スクリーニングを６ヵ月ごとに実施した。
【００８２】
【表１】
2014507481.tif 000002
【００８３】
【表２】
2014507481.tif 000003
【００８４】
ドナー材料調製
プログラムの早期段階で用いた個人的患者選定ドナーは、予定された処置の１〜２時間前に外来患者内視鏡検査センターに入った。トイレで糞便材料を採取した後、処置室とは別の専用トイレ室で処理した。約５０ｍｇの糞便材料を標準的な市販のブレンダー（Ｏｓｔｅｒ，Ｓｕｂｅａｍ  Ｃｏｒｐ，Ｒｙｅ，ＮＹ）に導入し、２５０ｍＬの滅菌非制菌通常食塩水中で均質化した。次に、このスラリーを、ステンレス鋼製茶こしで濾すことによって、注射器の充填を妨害しうる大きな粒子を除去した。
【００８５】
ボランティアの「万能」ドナーから取得した材料を氷の上に載せて実験室まで運び、そこで、採取から２時間以内に材料を処理した。材料を計量した後、専用の生物キャビネットにおいて市販のブレンダーで均質化した。次に、スラリーを２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、及び０．２５ｍｍのステンレス鋼製実験用篩（Ｗ．Ｓ．Ｔｙｌｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｍｅｎｔｏｒ，ＯＨ）に通過させて、未消化の食物及びより小さい粒状の物質を除去した。０．２５ｍｍ篩を通過させて得られた材料を、Ｓｏｒｖａｌｌ  ＳＳ−３４ローターを用いて６，０００ｘｇで１５分間遠心分離した後、元の量の半分の非制菌通常食塩水中に再懸濁させた。得られた濃縮糞便細菌懸濁液を患者に直ちに投与するか、又は最終濃度１０％までの滅菌医薬グレードグリセロール（Ｓｉｇｍａ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）で改質した後、使用まで、１〜８週間−８０℃にて凍結状態で保存した。解凍は、ＦＭＴ処置前に、氷浴において２〜４時間かけて実施した。凍結調製物は、ドナーへの注入前に、非制菌通常食塩水で２５０ｍｌまで希釈した。この糞便材料抽出物は、新鮮又は凍結にかかわらず、ほとんど無臭であり、内視鏡検査センターで調製された以前の材料に比べて、粘度、色、及びテキスチャーが低減している。ドナー材料の濾過により、詰りの恐れなしに、大きな先端の６０ｍＬ注射器を難なく充填することができた。材料調製に用いる容器、瓶及び篩は、使用前にすべて滅菌した。万能ドナーからの糞便材料は、患者選定ドナーから得られたものと同様に処理した。
【００８６】
移植処置
ＦＭＴ処置の２日前まで、患者は、全用量のバンコマイシン（１２５ｍｇ、１日４回経口）投与を維持した。処置の前日、残留抗生物質及び糞便物質を洗浄するため、結腸内視鏡検査前に、本発明者らの内視鏡検査ユニットでは標準的である分割用量のポリエチレングリコールパージ（ＧｏＬＹＴＥＬＹ又はＭｏｖｉＰｒｅｐ）を用いて、患者に準備措置を施した。患者は、意識下鎮静法の下で十分な結腸内視鏡検査を受けた。粘膜生検を採取し、明らかな炎症性腸疾患の非存在下のリンパ球大腸炎を除外した。調製したドナー材料（２２０〜２４０ｍＬ）の大部分は、患者の回腸末端部及び盲腸内に、結腸内視鏡の生検経路を介して投与した。しかし、いくつかのケースでは、最大の多発性憩室症を含む結腸領域への小部分（５０ｍＬ）の点滴も実施した。回収手順は、標準的結腸内視鏡検査の患者に慣用的に用いられているものと同じであった。患者全員に、再発の症状があった場合、内視鏡医に連絡するよう指示し、正式には処置から１〜２ヵ月後、臨床上の追跡調査を行った。ＣＤＩの排除は、下痢の解消、及びＦＭＴから２ヵ月後に行うクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）についての便検査陰性によって決定した。このプロトコルにおける患者全員が、糞便細菌群集構造を調べる検査にも参加したが、この検査は、処置から３日、７日、１４日後、並びに１ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、及び１２ヵ月後に糞便サンプルの採取を含むものであった。研究スタッフが、患者の住居からこれらのサンプルを回収したが、これによって、症状フォローアップについてのさらなる機会が提供された。
【００８７】
統計的分析
非カテゴリーデータを、対応のないスチューデントのｔ検定（Ｓｔｕｄｅｎｔ’ｓ  ｔ−ｔｅｓｔ）を用いて比較した。カテゴリーデータは、フィッシャーの正確確率検定（Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ  ｅｘａｃｔ  ｔｅｓｔ）を用いて比較した。ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウエアを用いて、両側（ｔｗｏ−ｔａｉｌｅｄ）及び両側（ｔｗｏ−ｓｉｄｅｄ）ｐ値を計算し、これらの値を各試験についてそれぞれ計算した。
【００８８】
結果
デモグラフィックス
本書に記載する再発性ＣＤＩに罹患している患者のグループは、連続して起こる再発の平均数及び病状の期間によって証明されるように、治療不応性疾患を有していた（表２）。さらに、多くの患者が、入院によって証明される重症性ＣＤＩ、非クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）抗生物質の高頻度の併用、高齢など、高い再発確率に関連する複数の危険因子を有していた（Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００９；１３６：１２０６−１４）。患者全員が、バンコマイシンの長期テーパリング又はパルス療法に失敗し、４０％の患者は、バンコマイシンの追加的長期コースに続く２週間のリファキシミン「チェーサー」療法にも失敗した。また、これらの患者のうち１人は、リファキシミンの４週間コースにも失敗した。数人の患者（３／４３）は、ニタゾキサニドの２〜４週間コースを受けたが、これも、感染症を排除することに失敗した。炎症性腸疾患の患者は、本プロトコルから除外されなかった。患者の３５％（４０人中１４人）が、クローン病（６／１４）、潰瘍性大腸炎（４／１４）、及びリンパ球大腸炎（４／１４）などの基礎ＩＢＤを有していた。ＩＢＤの患者は、一般に若い（表３）が、より高齢の患者と比較して、ＣＤＩの治療不応性又は病状の重症度に違いはなかった。しかし、基礎ＩＢＤのない患者の大部分は、中程度から重症の憩室症を有していた。
【００８９】
【表３】
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【００９０】
【表４】
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【００９１】
治療に対する応答
全体の感染症排除率は、フォローアップから２ヵ月後、症状の解消、及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）Ｂ毒素のＰＣＲ検査陰性によって証明されるように、ドナー糞便材料の単回注入に応答して８６％であった（表２）。２ヵ月にわたるクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）Ｂ毒素検査陰性は、完全な症状の解消がなくても、基礎ＩＢＤ患者における治療成功として認めた。患者選定の個人ドナー由来の材料を用いたＦＭＴを受けた１０人の患者のうち３人（３０％）には、ＣＤＩの再発が起こった。２人の標準ドナーが、このシリーズでの残る３３人の患者について用いられたが、大部分（３０／３３）は、１人のドナーから調製した材料を用いて実施された。標準ドナー由来のＦＭＴ（新鮮又は凍結）を受けた３３人の患者のうち３人に、ＣＤＩの再発が起こった。ドナー供給源、少なくとも標準に対する患者選定ドナーの差は有意ではなかった（ｐ＝０．１２７０）。新鮮（１１／１２）又は凍結（１９／２１）ドナー材料による感染症の排除にも有意な差はなかった。ＦＭＴ後にＣＤＩの再発が起こった６人の患者全員に反復処置を施した。これらの患者のうち２人（いずれも年齢＞８０歳）は、他の活性の医学的障害を複数抱えており、バンコマイシンによる無期限治療の継続を選択した。他の４人の患者は、２回目の注入による治療を受け、全員が、感染症を排除し、全体成功率を９５％（４３人のうち４１人）にした。２回目の注入はすべて、標準ドナー由来の材料を用いて実施した。ＣＤＩの再発の１つは、第２の標準ドナーからの最初の注入を受けた患者に起こった。同じドナー供給源が、その２回目のＦＭＴでも用いられた。２回目のＦＭＴを受けた４人の患者のうち３人は、基礎ＩＢＤを有しており、２人の患者がクローン病に罹患し、１人がリンパ球大腸炎に罹患していた。最後に、４人目の患者は、最初のＣＤＩエピソード後に発症した狭窄のために、部分的結腸切除を受けていた。この患者（女性）は、近位結腸から排出させる人工肛門と、残る長い区間の遠位結腸を有していた。同患者の最初のＦＭＴから３週間以内のＣＤＩの再発後、本発明者らは、恐らく、糞便含有物の流量が高く、かつ感染結腸の大きさが比較的小さいために、ドナー材料を保持するのが難しいことによって、この患者の生着が困難になっていると考えた。この患者の２回目の注入は、２用量の凍結標準ドナー材料により、１つは人工肛門から結腸へ、またもう１つは、上部プッシュ式腸内視鏡法を用いて、空腸へと実施した。同患者の糞便材料のクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）検査を最初の月は毎週、その後は毎月実施した。３ヵ月のフォローアップにわたって、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）はみとめられなかった。
【００９２】
新鮮又は凍結材料のいずれを用いた場合も、患者の中で、ＦＭＴを受けた後に深刻な有害イベントを訴える者はいなかった。少数の患者（約１／３）が、処置から最初の２週間の間に、不規則な腸運動及び過剰な鼓腸を訴えたが、これらの症状は、臨床フォローアップで診療したときまでに解消した。基礎ＩＢＤを有していた患者における大腸炎活性増大はみとめられず、ＵＣを有する患者全員に全体的大腸炎活性に改善がみられたが、これは、ＣＤＩの排除によるものと容易に考えられる。興味深いことに、リンパ球大腸炎の診断はすべて、ＦＭＴの際に実施した結腸内視鏡検査中に採取した生検から、初めて実施された。これらの患者は、リンパ球大腸炎についての追加的医学治療を受けることなしに、その腸機能を完全に正常化し、ＦＭＴ後には下痢もなかった。これらの患者については、無症状になった時点で、フォローアップ生検を実施しなかった。
【００９３】
論考
再発性感染症は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）誘導性下痢症の範囲の中で最も困難な臨床課題の１つである。２つ以上のエピソード後、再発の危険性は６５％まで上昇し（ＭｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｍｅｒｇ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００６；１２：４０９−１５）、この危険性は、重症のＣＤＩに罹患し、かつ非クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）抑制抗生物質の併用投与により腸管微生物相のさらなる破壊を被った高齢の患者においてはほとんど確実である（Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００９；１３６：１２０６−１４）。この症例シリーズにおける患者の選択基準は単純で、少なくとも３回の再発と、標準的抗生物質治療の失敗を経ていることである。本試験の患者は、平均１年の期間にわたって平均約６回再発していた。この集団は、記録された再発以外に、ＣＤＩの再発の危険因子を有することが特徴的である。大部分は、重症のＣＤＩのために少なくとも１回の入院歴があり、ほぼ半数が、ＣＤＩ発症後に、別の非クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）適用のために抗生物質を受けている。炎症性大腸炎の患者は、若年グループに多くみられた。ほぼ全員の患者が、来院時にプロバイオティクスを摂取しており、多くが、毒素結合樹脂（ｔｏｘｉｎ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｒｅｓｉｎｓ）も試していた。患者が摂取している様々なプロバイオティクス製品のすべてについての情報を体系的に収集したわけではないが、多くは、再発性感染の期間を通じて複数の種類を試していた。最も一般的な製品は、サッカロミセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）及びラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）菌株を含むものであった。患者全員に、ＦＭＴの後はプロバイオティクスの摂取を止めるよう推奨した。手短に言うと、あらゆる入手可能な指標により、この症例シリーズでの患者は、プラセボに対する有意な応答率を持たないであろう不応性ＣＤＩに罹患しており、別の抗生物質療法又はその他の利用可能な治療選択肢に応答することは考えにくかった。
【００９４】
ＦＭＴは、再発性ＣＤＩを治癒する最後の手段として数十年にわたり用いられてきており、その効果を支持する放置された証拠も増え続けている。本明細書において、本発明者らは、最も大きな単一症例シリーズの１つを報告する。このシリーズにおける９５％の全体成功率は、文献における累積経験（Ｂａｋｋｅｎ．Ａｎａｅｒｏｂｅ  ２００９；１５：２８５−９，ｖａｎ  Ｎｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒｏ  Ｓｕｒｖｅｉｌｌ  ２００９；１４，Ｋｈｏｒｕｔｓ  ａｎｄ  Ｓａｄｏｗｓｋｙ．Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１１；４：４−７）と同等であり、この治療手法を発展させ、これをさらに広範に利用可能にするための刺激の一助となっている。本センターが取り組む主要な課題は、実用性の課題である。プログラムの早期段階では、患者に、見込みのあるドナーを連れて来るよう要請したが、これは当時実施されていた最も一般的手法であった。本実験は、この手法の効果を否定するものではない。しかし、ドナー選定及び精密検査は、処置の費用を高くし、遅延を見込んだ時間が加わった。さらに、疾患ですでに消耗した何人かの患者は、適切なドナーを見出すのが困難であった。余命が限られた高齢のレシピエントにはドナーの理想的な健康状態が重要ではない場合もあるが、ドナー除外基準のいずれに関しても、妥協は若年の患者のための選択肢ではないと感じられた。腸管内微生物相は、エネルギー代謝における主要な機能及び免疫形質転換の機能を有するヒトの微生物組織を構成する（Ｋｈｏｒｕｔｓ  ａｎｄ  Ｓａｄｏｗｓｋｙ．Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１１；４：４−７）。従って、この移植方法は、レシピエントの身体生理学に潜在的に関わってくる。ドナーの健康状態は、腸管微生物相の最適な構成の保証とはならないが、現在のところこれが唯一入手可能な指標である。これらすべての理由から、本発明者らは、患者に対し標準ドナーの選択肢を導入することを決定した。興味深いことに、多くの患者が、すでに選定したドナー候補と一緒に診療所にやって来たが、標準ドナーについての知識を得ると直ちに、スクリーニングされた匿名の標準ドナーを選択した。
【００９５】
次の課題は、ドナー材料の調製を推進することであった。時間経過による糞便微生物相の様々な成分の生存能力についてはほとんどわかっていなかったため、本発明者らは、この変数を試験することは望まなかった。しかし、需要に応じて新鮮な材料を生成することは常に実際的とは限らず、かつ遅延や、衛生及び感覚的問題を生じることから、もう一つの治療選択肢として、凍結したドナー材料を導入した。凍結調製物の臨床効果は、すぐに明らかになり、現在では、本プログラムにおける標準プロトコルの一部となっている。
【００９６】
ＦＭＴは、典型的に、ほとんどの臨床医により、最後に選択する困難な治療の選択肢と考えられているが、これは、主に、その投与に際して立ちはだかる多くの感覚的、及び実際的障壁のためである。ＣＤＩの症例数、罹患率及び死亡率の増加は、流行病の比率に達し、これらの患者の有意な割合が、標準的治療法で感染を排除することができない。これらの患者は、ＦＭＴのから利益を被りうるが、この方法は、これらの患者に利用可能ではないようだ。本ＦＭＴプロトコルは、ほとんどの明らかな感覚的及び実際的課題が克服されたところまで進歩した。これはまた、ドナー候補のスクリーニングに関連する費用も有意に低減する。好適なドナーの募集及びスクリーニング、並びに材料の調製及び保存には労力と組織化が必要であるが、実際のＦＭＴの実施は、解凍したほとんど無臭の材料の注射器への充填及び結腸内視鏡法という単純なものとなった。
【００９７】
この試験にはいくつかの制約がある。これは、別の療法、又は何らかの他の形態の療法に対して、特定のＦＭＴ方法の効果を試験するために設計された厳格な臨床治験ではなかった。そうではなく、本発明者らの臨床経験の過程で発展した方法プロトコルとして、ＦＭＴを標準化する試みであった。臨床治験及びより広範な適用のためにこの方法が用いられるようにするにはさらなる研究が必要である。それでも、この臨床結果は、凍結調製物の効果について非常に納得できるエビデンスを提供している。しかし、この経験だけから、新鮮及び凍結調製物が同等であると結論付けることはできない。ドナー材料の調製が複雑であり、従来の検査技術では、含まれる微生物相成分の大部分を技術的に培養できないこと、かつ治療に最も重要な種の同一性についての知識がないために、ＦＭＴ前のドナー材料の単純な試験ができなかったが、このような試験によって、その効果が予測できたであろう。しかし、本発明者らは、時間をかけて回収したドナー材料及びレシピエントの糞便サンプルの微生物構成を、ハイスループット１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列決定により特性化するために現在研究中である。これらの実験の結果は、様々なドナー調製物を比較するための何らかの手段を提供するはずである。さらに、本発明者らは、ドナー調製物の微生物構成のさらなる標準化を可能にする実用的臨床検査を開発するために研究を続けている。
【００９８】
再発性ＣＤＩのためのＦＭＴの適用には長い歴史があるが、症例報告書は、これは、ＩＢＤ及びＩＢＳの治療にも役割を有しうることを示している（Ｂｅｎｎｅｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ  １９８９；１：１６４，Ｂｏｒｏｄｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  ２００３；３７：４２−７，Ａｎｄｒｅｗｓ  ａｎｄ  Ｂｏｒｏｄｙ．Ｍｅｄ  Ｊ  Ａｕｓｔ  １９９３；１５９：６３３−４）。代謝症候群の病原性における腸管微生物相の潜在的に重要な役割を考慮すれば、ＦＭＴは、この病状に関する臨床治験においてすでに調査中である（Ｖｒｉｅｚｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ  ２０１０；５３：６０６−１３）。ＦＭＴに基づく治療法の簡略化及び標準化は、将来の開発のために不可欠である。また、近年の技術的進歩により、腸管微生物相の構成及びその活性についての知見を得ることが可能になった。ＦＭＴに関する微生物相の研究は、微生物療法の開発を加速し、微生物宿主の相互作用について新たな知見を提供するはずである。
【００９９】
本明細書に引用したすべての特許、特許出願、及び刊行物、並びに電子資料（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ及びＲｅｆＳｅｑへのヌクレオチド配列提出、並びに例えば、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＰＩＲ、ＰＲＦ、ＰＤＢへのアミノ酸配列提出、並びにＧｅｎＢａｎｋ及びＲｅｆＳｅｑにおける註釈付きコード領域からの翻訳）は、その全文を参照として本明細書に組み込むものとする。刊行物において参照される補助資料（例えば、補足的表、補足的図面、捕捉的資料及び方法、並びに／又は捕捉的実験データ）も同様にその全文を参照として本明細書に組み込むものとする。本願の開示内容と、参照として本明細書に組み込まれるあらゆる文献の開示内容に何らかの矛盾が存在する場合には、本願の開示内容が優先されるものとする。前文の詳細な説明及び実施例は、理解を明瞭にするために与えられたにすぎない。これらから不必要な限定を理解すべきではない。当業者にとって明らかな変更は、特許請求の範囲によって定義される本発明に含まれるため、本発明は、開示し、説明した詳細事項そのものに限定されない。
【０１００】
別途記載のない限り、本明細書及び特許請求の範囲で用いられる、成分の量、分子量などを表す数はすべて、あらゆる場合において、「約」と言う用語により変更されるものとして理解すべきである。従って、逆のことが示されていない限り、本明細書及び特許請求の範囲に記載される数値パラメーターは、本発明が達成しようとする所望の特性に応じて変動しうる近似値である。さらに正確には、特許請求の範囲の同等物の原則を限定しようとするものではないが、各数値パラメーターは、少なくとも、記載される有効桁の数に照らして、かつ通常の丸め方法を適用することによって、解釈すべきである。
【０１０１】
本発明の広い範囲を記載する数値範囲及びパラメーターは近似値ではあるが、具体例に記載した数値は、可能な限り正確に記録されている。しかし、すべての数値は、それぞれの試験測定値に存在する標準偏差から必然的に生じる範囲を本来的に含む。
【０１０２】
見出しはすべて読者の便宜のためであり、そのような記載のない限り、見出しに続く本文の意味を限定するために用いるべきではない。
【国際調査報告】
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