(57)【要約】  質量分析方法及び質量分析計が提供され、イオンのバッチが質量分析器内に蓄積され、質量分析器内に蓄積されたイオンのバッチは、イメージ電流検出を使用して検出され、検出信号を提供し、質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチのイオン数は、質量分析器内に蓄積されたイオンの前のバッチからのイメージ電流検出を使用して得られた前の検出信号に基づいて、アルゴリズムを使用して制御され、アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータは、質量分析器の外部に配置された独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて調整される。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析の方法であって、
イオンのバッチを質量分析器内に蓄積する段階と、
イメージ電流検出を使用して、前記質量分析器内に蓄積された前記イオンのバッチを検出する段階であって、それにより、検出信号を提供する、検出する段階と、
を含み、
前記方法は、前記質量分析器内に蓄積されたイオンの前のバッチからイメージ電流検出を使用して得られた前の検出信号に基づいて、アルゴリズムを使用し、前記質量分析器内に蓄積される前記イオンのバッチ内のイオン数を制御する段階を含み、
前記方法は、前記質量分析器の外部に配置される独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて、前記アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータを調整する段階を含む、方法。
【請求項２】
前記独立検出器は電位計を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記電位計はコレクター板又はファラデーカップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記電位計は、拾われるノイズを低減する、２つの入力を備える差動電位計であり、一方の入力は前記イオン電流又は電荷を受け取り、他方の入力は前記イオン電流又は電荷を受け取らない、請求項２又は３に記載の方法。
【請求項５】
前記質量分析器はフーリエ変換質量分析器である、請求項１〜４の何れか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記質量分析器は、ＦＴ−ＩＣＲセル、静電トラップ、静電軌道トラップ、及びＲＦイオントラップの群から選択される、請求項１〜５の何れか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記検出信号は検出時間中に得られ、前記前の検出信号は前の検出時間中に得られ、前記前の検出時間の長さは前記検出時間の長さよりも短い、請求項１〜６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記検出信号は検出時間中に得られ、前記前の検出信号は前の検出時間中に得られ、前記前の検出時間の長さは前記検出時間の長さと略同じである、請求項１〜６の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記アルゴリズムの前記１つ又は複数のパラメータを調整する段階は、前記前の検出信号から特定される合計イオン含有量に対する、前記独立検出器から特定される合計イオン含有量の比率により、前記前の検出信号から特定される合計イオン含有量をスケーリングする段階を含む、請求項１〜８の何れか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記合計イオン含有量は、選択される質量範囲で特定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
イオンはパルス化され、前記独立検出器に到達する、請求項１〜１０の何れか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記イオンは、イオン注入装置から前記質量分析器内に蓄積される、請求項１〜１１の何れか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記注入装置は線形イオントラップを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記注入装置は湾曲線形イオントラップを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記質量分析器内に蓄積する前記イオンのバッチ内のイオン数を制御する段階は、前記注入装置での空間電荷効果を制御又は回避する、請求項１２〜１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記アルゴリズムは、イオンを前記注入装置に注入する目標注入時間、及び／又はイオンを前記注入装置に注入するイオンの目標パルス数を決定し、それにより、前記質量分析器内に蓄積するイオン数を制御する、請求項１２〜１５の何れか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記独立検出器を使用するイオン電流又は電荷の測定頻度は、前記質量分析器内のイオンのバッチから検出信号を得る頻度未満である、請求項１〜１６の何れか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記独立検出器を使用するイオン電流又は電荷の測定の間隔は、１〜１０秒である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記独立検出器を使用するイオン電流又は電荷の測定は、イメージ電流検出を使用する前記質量分析器内に蓄積されたイオンのバッチの検出と同時に実行される、請求項１〜１８の何れか一項に記載の方法。
【請求項２０】
イメージ電流検出を使用して質量分析器内に蓄積するイオンのバッチから信号を検出する検出電極を備えた前記質量分析器と、
前記質量分析器に注入されていないイオンのイオン電流を測定する、前記質量分析器の外部に配置される独立検出器と、
前記質量分析器内に蓄積したイオンの前のバッチからイメージ電流検出を使用して得られた前の検出信号に基づいて、アルゴリズムを使用して前記質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチのイオン数を制御するように動作可能な制御装置と、を備え、
前記アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータは、前記独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて調整可能である、質量分析計。
【請求項２１】
前記独立検出器は電位計を含む、請求項２０に記載の質量分析計。
【請求項２２】
前記電位計はコレクター板又はファラデーカップを含む、請求項２１に記載の質量分析計。
【請求項２３】
前記電位計は、拾われるノイズを低減する、２つの入力を備える差動電位計であり、一方の入力は前記イオン電流又は電荷を受け取り、他方の入力は前記イオン電流又は電荷を受け取らない、請求項２１又は２２に記載の質量分析計。
【請求項２４】
前記質量分析器はフーリエ変換質量分析器である、請求項２０〜２３の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項２５】
前記質量分析器は、ＦＴ−ＩＣＲセル、静電トラップ、静電軌道トラップ、及びＲＦイオントラップの群から選択される、請求項２０〜２４の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項２６】
前記制御装置は、選択される質量範囲内で前記質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチのイオン数を制御するように動作可能である、請求項２０〜２５の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項２７】
前記質量分析器の上流に質量セレクターを更に備える、請求項２０〜２６の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項２８】
イオンを前記質量分析器に注入して、イオンのバッチを前記質量分析器内に蓄積する注入装置を更に備える、請求項２０〜２７の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項２９】
前記注入装置は線形イオントラップを含む、請求項２８に記載の質量分析計。
【請求項３０】
前記注入装置は湾曲線形イオントラップを含む、請求項２８又は２９に記載の質量分析計。
【請求項３１】
前記注入装置は、前記質量分析器及び前記独立検出器にパルスでイオンを噴射するように動作可能である、請求項２８〜３０の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項３２】
前記注入装置は軸を有し、前記注入装置から前記軸に直交して前記質量分析器にイオンを噴射するか、又は前記注入装置から軸方向に前記独立検出器にイオンを噴射するように動作可能である、請求項２８〜３１の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項３３】
前記独立検出器は前記注入装置の下流に配置される、請求項２８〜３２の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項３４】
前記制御装置は、前記質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチのイオン数を制御して、前記注入装置内の空間電荷効果を制御又は回避するように動作可能である、請求項２８〜３３の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項３５】
前記アルゴリズムは、イオンを前記注入装置に注入する目標注入時間、及び／又はイオンを前記注入装置に注入するイオンの目標パルス数を決定する、請求項２８〜３４の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項３６】
反応又は衝突セルを更に備える、請求項２０〜３５の何れか一項に記載の質量分析計。
【請求項３７】
質量分析器に格納されるイオンの合計電荷を決定する方法であって、
イオンのバッチを質量分析器内に蓄積する段階と、
イメージ電流検出を使用して、前記質量分析器内に蓄積された前記イオンのバッチを検出する段階であって、それにより、検出信号を提供する、検出する段階と、
イメージ電流検出を使用して得られる前記検出信号に基づいて、前記分析器内に蓄積されたイオンのバッチのイオンの合計電荷を決定する段階と、を含み、
前記方法は、前記分析器の外部に配置される独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて、イオンの前記決定される合計電荷を調整する段階を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、質量分析の分野に関し、特に、静電軌道トラップを含め、ＦＴ−ＩＣＲセル及び静電トラップを使用するＦＴ質量分析等のイオンのイメージ電流検出を利用する質量分析に関する。
【背景技術】
【０００２】
多くの種類の質量分析計が、イオンのイメージ電流検出を利用し、そのような分析計は一般に、検出されたイメージ電流のフーリエ変換を利用して、周波数及び／又は質量スペクトルを生成するため、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）という名称が生じた。そのような質量分析計は通常、イオントラップ装置を利用し、イオントラップ装置を用いて、空間電荷効果を制限するために、イオントラップ内のイオン数を制御する必要がある。
【０００３】
明らかに、ＦＴＭＳにおいて、収集されるデータの統計を向上させるために、質量分析器内に可能な限り多くのイオンを蓄積することが望ましい。しかし、これは、空間電荷効果により生じるより高いイオン濃度で飽和することと対立する。これらの空間電荷効果は質量分解能を制限するとともに、質量の正確性に影響し、質量、更には強度の不正確な割り当てに繋がる。
【０００４】
イオントラップ内に蓄積される合計イオン存在量は、ＲＦ線形トラップに関して米国特許第５，１０７，１０９号明細書及び国際公開第２００５／０９３７８２号パンフレットにおいて詳細に記載される自動利得制御（ＡＧＣ）により制御し得る。まず、イオンは既知の時間期間にわたり蓄積され、高速合計イオン存在量測定が実行される。時間期間及びトラップ内の合計イオン存在量の知識により、トラップ内のイオン存在量を最適化するために、続くイオン充填に適切な充填時間を選択することができる。
【０００５】
トラップ内のイオン存在量を制御するいくつかの更なる方法が提案されている。例えば、米国特許第５，５７２，０２２号明細書及び米国特許第６，６００，１５４号明細書に記載のＲＦイオントラップの場合、ゲーティング、即ち、分析走査でイオンをトラップに導入する充填時間を自動的に制御するためのフィードバックを提供するために、分析走査直前に事前走査を含むことが提案されている。同様の目的で、米国特許第５，５５９，３２５号明細書のように多数の事前走査の外挿を使用することも提案されている。国際公開第０３／０１９６１４号パンフレットに開示される別の方法では、伝送モードにおいてイオン束を測定して、続く分析走査の充填時間を決定する三連四重構成の電位計式検出器の使用が提案されている。ＦＴ−ＩＣＲの場合、米国特許第６，５５５，８１４号明細書において、外部蓄積装置内にイオンを事前に捕捉し、続けて電子倍増管で検出することを含む方法が提案されている。
【０００６】
ＦＴＭＳの場合、イメージ電流検出を使用して、質量分析器へのイオン電荷を特定するように機器を構成することができる。イオンは通常、まず、線形トラップ等の注入装置内に捕捉されてから、ＦＴ質量分析器に移され、空間電荷効果を回避するために、注入装置内のイオン数が制御されるように、質量分析器内で決定されたイオン電流を使用することができる。例えば、この手法はＴｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃからの多くのＯｒｂｉｔｒａｐ（商標）静電トラップ機器に、場合によっては、連動する線形トラップ内の自動利得制御（ＡＧＣ）と共に使用されており、ＡＧＣでは、短時間の事前走査（「ＡＧＣ事前走査」）がイオン電流の推定に使用される。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】米国特許第５，１０７，１０９号明細書
【特許文献２】国際公開第２００５／０９３７８２号パンフレット
【特許文献３】米国特許第５，５７２，０２２号明細書
【特許文献４】米国特許第６，６００，１５４号明細書
【特許文献５】米国特許第５，５５９，３２５号明細書
【特許文献６】国際公開第０３／０１９６１４号パンフレット
【特許文献７】米国特許第６，５５５，８１４号明細書
【特許文献８】米国特許第５，８８６，３４６号明細書
【特許文献９】国際公開第２００８／０８１３３４号パンフレット
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
特にイメージ電流検出を使用して、ＦＴＭＳでのイオン数測定の正確性を向上させることが望ましい。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
この背景を受けて、本発明は、一態様において、質量分析方法であって、
イオンのバッチを質量分析器内に蓄積する段階、
イメージ電流検出を使用して、質量分析器内に蓄積されたイオンのバッチを検出する段階であって、それにより、検出信号を提供する、検出する段階、を含み、
方法が、質量分析器内に蓄積されたイオンの前のバッチからのイメージ電流検出を使用して得られる前の検出信号に基づいて、アルゴリズムを使用し、質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチ内のイオン数を制御する段階を含み、
方法が、質量分析器の外部に配置される独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて、アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータを調整する段階を含む、質量分析方法を提供する。
【００１０】
本発明は、別の態様において、
検出電極を備える質量分析器であって、検出電極は、イメージ電流検出を使用して分析器内に蓄積するイオンのバッチから信号を検出する、質量分析器と、
質量分析器に注入されていないイオンのイオン電流を測定する、質量分析器の外部に配置される独立検出器と、
質量分析器内に蓄積したイオンの前のバッチからのイメージ電流検出を使用して得られる前の検出信号に基づいて、アルゴリズムを使用して質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチのイオン数を制御するように動作可能な制御装置であって、アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータは、独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて調整可能である、制御装置と、
を備える、質量分析計を提供する。質量分析計は、好ましくは、イオンを質量分析器に注入して、イオンのバッチを質量分析器内に蓄積させる注入装置を備える。
【００１１】
本発明は、更に別の態様において、質量分析器に格納されるイオンの合計電荷を決定する方法であって、
イオンのバッチを質量分析器内に蓄積する段階、
イメージ電流検出を使用して、質量分析器内に蓄積されたイオンのバッチを検出する段階であって、それにより、検出信号を提供する、検出する段階、及び
イメージ電流検出を使用して得られる検出信号に基づいて、分析器内に蓄積されたイオンのバッチのイオンの合計電荷を決定する段階、を含み、
方法が、分析器の外部に配置される独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて、イオンの特定される合計電荷を調整する段階を含む、方法を提供する。
【００１２】
本発明は、イオンのイメージ電流検出を使用する質量分析器、例えば、ＦＴＭＳ分析器に適用されるように設計される。イメージ電流検出器は、事前走査において絶対イオン数を測定するために較正する必要がある。これは、注入装置内のイオン数が増大する際、ＦＴ分析器内にイオンを注入する、線形トラップ等の注入装置の飽和から生じる飽和効果を測定することにより、間接的に行うことができる。例えば、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）ＦＴ質量分析器の場合、信号は、飽和に達するまで増大が次第に遅くなる傾向を有する。これらの観測される飽和効果を使用して、線形測定型で動作するように、機器を較正することができる。しかし、この較正は機器の伝達及び性能に依存し、これは望ましくない。例えば、この較正は、機器内のイオンビームの線形トラップからＯｒｂｉｔｒａｐ分析器への伝達及びゲーティングの品質、線形トラップ注入装置へのＲＦ供給の線形性、及びレンズ設定、並びに他の要因に依存する。実験的に、そのような較正が大半の事例で上手く機能するが、事前走査が偽の結果を与えるおそれがある状況があることが発見されている。例えば、これは、検出信号が高速で減衰しているか、若しくはビート構造（例えば、重タンパク質）を示している場合、又は過度に複雑な母材が存在し、強いピークが少数しかない（例えば、プロテオミクスの分野で生じるように）場合に生じ得る。低分解能の事前走査での密な隣接ピークも互いに干渉するおそれがある。そのような場合、ＡＧＣ事前走査は、イオン数の正確な決定ができないことがある。
【００１３】
本発明は、質量分析器内に格納されるイオンのバッチの合計電荷（又は合計イオン含有量）を、イメージ電流検出のみを使用する場合よりも正確に測定できるようにし、例えば、短い事前走査又は完全な長さの分析走査の何れかからのものであることができる、質量分析器からのイメージ電流検出を使用して得られる前の検出信号を使用して、続くイオンのバッチの蓄積に使用される充填又は注入時間をより高い正確性で制御できるようにする。本発明は、前のバッチ内のイオンの合計電荷（ひいては合計イオン含有量）のより正確な特定を得ることができる、電荷測定装置等の独立検出器からの積分イオン電流（合計イオン電荷）の絶対測定を使用して、イメージ電流検出からの測定を効率的に調整することにより、合計イオン電荷特定のこの改良を達成する。従って、本発明は、イメージ電流検出からの測定をやはり使用し、測定は有用な質量スペクトル情報を含むが、独立検出器からのイオン電流のより正確な測定を使用することにより調整される。有利なことに、独立検出器による測定は、分析走査毎ではなく、時折実行し得る。従って、本発明は、強化自動利得制御（ＡＧＣ）を使用して、イオンの続くバッチのイオン含有量を制御できるようにする。本発明は、アルゴリズムを利用して、質量分析器内に蓄積されるイオンの続くバッチでのイオン数を制御することにより、改良を実施し、この制御は、質量分析器でのイメージ電流検出を使用して得られる前の検出信号に基づき、アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータは、独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて調整される。
【００１４】
より詳細に後述するように、最適化及び診断の目的等で、質量分析計での他の有益な用途に独立検出器を更に利用し得る。
【００１５】
本発明は、ＦＴ質量分析計等のイオンのイメージ電流検出を利用する質量分析計に関する。従って、本質量分析計は、検出電極を備え、質量分析器内のイオンの振動により誘導されるイメージ電流を検出する。本発明は特に、捕捉容積を有する質量分析器に適用され、捕捉容積内に、イオンを捕捉し得、イオンは、好ましくは、質量と電荷との比率に依存する周波数で振動し、イメージ電流検出を使用して検出することができる。質量分析器は通常、トラップ質量分析器であり、特に、ＦＴ質量分析器であり、好ましい例は、ＦＴ−ＩＣＲセル及び、例えば静電軌道トラップを含む静電トラップである。より好ましい実施形態では、質量分析器は、イオンが、軸に沿って位置合わせされた内部電極の周囲を回りながら、静電場において軸に沿って実質的に調和振動を実行する、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃからのＯｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析器等の静電軌道トラップである。Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析器の詳細は米国特許第５，８８６，３４６号明細書において見出すことができる。質量分析器は、最も好ましくは、軸に沿って配置される内部電極と、軸に沿って離間され、内部電極を囲む２つの外部検出電極と、を有する静電軌道トラップである。そのような分析器を用いる場合、合計イオン電荷を決定する分析器での自動利得制御（ＡＧＣ）のための事前走査の既知の使用が、偽の結果を与えるおそれがあることが分かっている。例えば、いかなる理論にも結び付けられていないが、検出される信号が高速で減衰しているか、若しくはビート構造を示す（例えば、検出信号が高速で減衰しているか、若しくはビート構造（例えば、重タンパク質）を示している場合、又は過度に複雑な母材が存在し、強いピークが少数しかない（例えば、プロテオミクスの分野で生じるように）場合に生じ得ると信じられている。そのような場合、ＡＧＣ事前走査は、イオン数の正確な決定ができないことがある。本発明はこの欠点に対応する。
【００１６】
しかし、一般に、上記を侵害せずに、質量分析器は、以下の群から選択される任意の分析器であり得る：ＦＴ−ＩＣＲセル、静電トラップ（開放型又は閉鎖型）、静電軌道トラップ（Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）分析器等）、ＲＦイオントラップ（３Ｄイオントラップ又は線形イオントラップ等）、飛行時間（ＴＯＦ）質量分析器等。
【００１７】
イオンは正イオン又は負イオンのいずれであってもよく、一価であってもよく又は多価であってもよい。
【００１８】
それにより、質量分析器でのイメージ電流検出を使用して検出される信号から、通常、フーリエ変換を使用して質量スペクトルを得ることができる。本発明は、好ましくは、分析質量スペクトル（分析走査）を得るために、質量分析器内に蓄積されるイオンバッチのイオン数、即ちイオン含有量を制御することを含む。
【００１９】
本発明は、所与の検出時間（前の検出時間又はテスト注入時間）にわたるイメージ電流検出を使用して前の検出信号を検出することを含む。前の検出時間は、分析走査でイオンのバッチを検出する検出時間と略同じであってもよく（例えば、前の検出信号が前の分析走査からのものである場合）、又は多くの場合、好ましくは、分析走査での検出時間未満であってもよい（例えば、前の検出信号がいわゆる短時間事前走査からのものである場合）。いくつかの場合、例えば、前の分析走査を使用して、前の検出信号を提供し、前の分析走査が続く分析走査よりも長い検出時間を有する場合、前の検出時間が、分析走査でのイオンのバッチを検出する検出時間よりも長いことが可能である。前の走査自体が分析走査である場合、事前走査を実行しないことにより時間を節約し得る。
【００２０】
短時間事前走査の反復率は、分析走査の反復率と同じ又は未満であってよく、通常は同じである。例えば、短時間事前走査は、各分析走査の前に実行し得る。
【００２１】
好ましくは、アルゴリズムで使用される前の検出信号は、質量分析器でのイオンの直前のバッチからの検出信号である。例えば、短時間事前走査が使用される場合、短時間事前走査は、各分析走査の直前に実行される。これは、高速クロマトグラフィ、不安定なイオン化又はパルス化イオン脱離方法でのように、状況が高速で変化している場合に有用である。
【００２２】
いくつかの実施形態では、本発明は、分析走査でのイメージ電流検出を使用したイオンのバッチの検出と、短時間事前走査でのイメージ電流検出を使用したイオンのバッチの検出とを交互にし得、その場合、本方法は、アルゴリズムを使用して、前の短時間事前走査（好ましくは直前の短時間事前走査）に基づいて、各分析走査で質量分析器内に蓄積されるイオン数を制御し得る。
【００２３】
いくつかの他の実施形態では、本発明は、前の分析走査に基づいてアルゴリズムを使用して、続く分析走査で質量分析器内に蓄積されるイオン数を制御し得る。
【００２４】
更に他の実施形態では、いくつかの分析走査において、本発明は、前の短時間事前走査に基づいてアルゴリズムを使用して、質量分析器内に蓄積されるイオン数を制御し、他の分析走査では、本方法は、前記分析走査に基づいてアルゴリズムを使用して、質量分析器内に蓄積されるイオン数を制御する。
【００２５】
好ましくは、前の検出信号を使用して、分析器内の前のバッチでのイオンの合計イオン含有量（又はイオン数）を特定する。次に、特定される合計イオン含有量をアルゴリズムにおいて使用して、質量分析器内に続けて蓄積されるイオン数を制御し得る。好ましくは、アルゴリズムにおいて使用される前の検出信号及び関連付けられた特定合計イオン含有量は、質量分析器でのイオンの直前のバッチからのものである。
【００２６】
アルゴリズムは、好ましくは、イオンを質量分析器に注入する注入装置の設定を決定する。特に、アルゴリズムは、好ましくは、注入装置に格納されるイオン数を制御する設定を決定し、格納されるイオンは質量分析器に注入されるものである。制御装置は、コンピュータを含み得、好ましくは、注入装置を制御し、従って、アルゴリズムを使用して注入装置の設定を変更する。アルゴリズムは、イオンを注入装置に注入する注入時間（目標注入時間）及び／又はイオンを注入装置に注入するイオンの目標パルス数を決定し、それにより、注入装置内に蓄積されるイオン数、ひいては質量分析器内に続けて蓄積されるイオン数を制御し得る。制御される数のイオンが充填した注入装置は通常、内部に含まれるすべてのイオンを、好ましくはパルスとして質量分析器に注入することにより、続けて空になる。特定の種類の質量分析計では、アルゴリズムにより決定される被制御注入時間は、イオンを質量分析器に注入する時間であり得る。
【００２７】
アルゴリズム、ひいては注入装置（又は質量分析器）に注入されるイオンの目標注入時間及び／又はパルス数は、質量分析器においてイメージ電流検出を使用して得られる前の検出信号（特に前の検出信号から決定される合計イオン含有量又は電荷）、注入装置（若しくは質量分析計）へのイオンの前のバッチの既知の注入時間及び／又はパルス数、並びに注入装置（若しくは質量分析器）内のイオンの所望若しくは目標の最大数（ひいては目標イオン含有量若しくは電荷）に基づき得る（即ち、アルゴリズムのパラメータはこれらを含み得る）。これらの数量は一般に、式に従って関連し：
ＩＴTarget＝（ＴＩＣTarget／ＴＩＣPre）*ＩＴPre
式中、ＩＴTargetは、目標数のイオンの目標注入時間及び／又はイオンのパルス数であり、ＴＩＣTargetは、目標数のイオンの単位時間当たりの目標合計信号（合計イオン電流又は電荷）であり、ＴＩＣPreは、前のバッチ（例えば、事前走査からの）の単位時間当たりの合計信号であり、ＩＴPrevは、前のバッチ（例えば、事前走査）での既知の注入時間及び／又はパルス数である。
【００２８】
注入装置（又は質量分析器）内のイオンの所望又は目標の最大数は、好ましくは、注入装置（又は質量分析器）での大きな空間電荷効果を生じさせるイオン数未満である。注入装置（又は質量分析器）でのイオンの所望の最大数は、好ましくは、空間電荷効果を回避しながら、収集データの統計を向上させる最適イオン数である。通常、注入装置は、質量分析器よりも低い空間電荷容量を有し、過剰充填を回避するために制御すべきなのは、注入装置の充填である。これは、例えば、注入装置として湾曲線形トラップ（Ｃトラップ）を有する静電軌道トラップ質量分析器の場合である。
【００２９】
アルゴリズムは、独立検出器から得られるイオン電流又は電荷の測定に基づいて調整することができる少なくとも１つのパラメータを含む。例えば、アルゴリズムは、好ましくは、上記式を変更したものに基づき：
ＩＴTarget＝（ＴＩＣTarget／ＴＩＣPre）*ＩＴPre*Ｃ
式中、Ｃは、独立検出器からの測定を使用して調整される較正係数である。例えば、Ｃは、ＴＩＣPreに対する、独立検出器から測定される合計イオン電流又は電荷ＩIndの比率に従ってスケーリングされ、較正混合物の場合、Ｃ＝１である。この係数は、目標信号及び機器のパラメータへの従属性をも含み得る。
【００３０】
独立検出器から得られるイオン電流又は電荷の測定を使用するアルゴリズムパラメータの調整は、好ましくは、イメージ電流検出を使用して得られる前の検出信号の較正を含む。アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータ、例えば、上記式中の係数Ｃの調整は、前の検出信号（特に、そこから特定される合計イオン含有量）をスケーリングすることを含み得る。アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータの調整は、前の検出信号から特定される合計イオン含有量に対する、独立検出器から特定される合計イオン含有量の比率により、前の検出信号から特定される合計イオン含有量をスケーリングすることを含み得る。従って、独立検出器から特定される合計イオン含有量を使用して、イメージ電流検出からの合計イオン含有量特定を拡大又は縮小すべき係数を定義する。従って、前の検出信号の測定及び独立検出器を使用して得られるイオン電流又は電荷の測定をそれぞれ使用して、質量分析器内のイオンの前のバッチの合計イオン含有量を特定し得、アルゴリズムは両測定を考慮に入れる。従って、国際公開第０３／０１９６１４号パンフレットにおける方法とは異なり、本発明の電位計検出器は、各分析走査前の事前走査の代わりに使用されず、むしろ、例えば、時折利用されて、係数を定義し、係数により、ＦＴＭＳでのイメージ電流検出を使用して走査から特定される合計イオン含有量を増大又は低減し得る。
【００３１】
質量分析計内に蓄積されるイオンの数は、選択された質量範囲で制御し得る。即ち、制御装置は、選択された質量範囲内で質量分析器内に蓄積されるイオンバッチのイオン数を制御するように動作可能であり得る。従って、例えば、検出信号内の質量スペクトル情報を使用して、質量分析器での前のバッチでのすべてのイオンの合計イオン含有量を特定し得、又は前のバッチでの選択された質量範囲内のイオンのみの合計イオン含有量を特定し得る。例えば、検出信号から導出される選択質量範囲内の質量ピークのピーク強度を使用して、その質量範囲内の合計イオン含有量を特定することができる。そのような情報を使用して、続く走査で質量分析器に注入される選択質量範囲内のイオンの数を制御することができ、その場合、特に、注入装置の上流にある質量セレクターを使用して、選択された質量範囲のイオンのみが注入に選択される。例えば、前のバッチでのすべてのイオンから特定される合計イオン電荷又は含有量は、バッチのすべてのイオンの合計ピーク強度に対する、選択された質量範囲内のイオンの合計ピーク強度の比率によりスケーリングし得、それにより、選択された質量範囲内のイオンのイオン含有量が得られる。そのような比率を使用して、独立検出器により測定される合計イオン電荷又は含有量もスケーリングして、選択された質量範囲内のイオンの絶対イオン電荷又は含有量を取得し得、次に、これをアルゴリズムでの１つ又は複数のパラメータの調整に使用することができる。
【００３２】
従って、本発明は、前の検出信号からの質量スペクトル情報を利用することを含み得る。例えば、本発明は、前の検出信号から特定される選択されたイオン範囲内のイオンの合計イオン含有量に基づいて、アルゴリズムを使用して選択された質量範囲内の質量分析器内に蓄積されるイオンの数を制御すること、及び独立検出器を使用して得られる選択された質量範囲内のイオンのイオン電流又は電荷の測定に基づいて、アルゴリズムの１つ又は複数のパラメータを調整することを含み得る。イオンの選択される質量範囲は、質量分析器の上流に配置される質量セレクターにより選択し得る。
【００３３】
従って、本発明は、タンデム質量分析計、即ち、ＭＳ2又は更に多数のステージを有する質量分析計、即ちＭＳnに使用し得る。そのような場合、前の検出信号からの質量スペクトル情報を使用して、前の検出信号をアルゴリズムにおいて使用して、前のバッチのイオンの合計質量範囲よりも小さな限られた選択質量範囲で、注入すべき目標注入時間及び／又はパルス数を決定し得る。例えば、前のより広い又は完全な質量走査の分析に基づいて、衝突又は反応セル内の選択されたより小さな質量範囲のイオンを断片化してから、続く走査で断片化イオンを質量分析器で分析するなど、より小さな質量範囲のイオンが、続く走査に望ましいことがある。
【００３４】
有利なことに、独立検出器を使用するイオン電流又は電荷の測定頻度は、質量分析器でのイオンのバッチから検出信号を得る頻度未満であり得る。しかし、例えば、分析走査の質量分析器のイオンのバッチから検出信号を得る頻度と同じ又はそれに匹敵する頻度を用いて、独立検出器を使用してイオン電流又は電荷の測定を実行することが可能である。通常、独立検出器を使用するイオン電流又は電荷の測定は、時折、即ち、質量分析器でのイオンのバッチから検出信号を得る頻度未満で行われる。独立検出器は、例えば、複雑な混合物での典型的な含有量変化時間に対応する測定間隔で、好ましくは１〜１０秒毎、より好ましくは２〜１０秒毎に使用し得る。好ましくは、独立検出器を使用するイオン電流又は電荷の測定は、イメージ電流検出を使用して質量分析器内に蓄積されるイオンのバッチの検出と同時に実行される。
【００３５】
イオン電流又は電荷は、事前に設定される期間（積分期間）にわたり、例えば、注入装置（若しくは質量分析器）内に蓄積するイオンの前のバッチの注入期間と同じ期間、別の事前に設定される積分期間、又は別の基準が満たされるまで、例えば、イオン電流の積分測定が事前に設定される限度に達するまで、独立検出器を使用して測定して積分し、合計イオン電荷（又は含有量）の測定を取得し得る。
【００３６】
好ましい一構成では、イオンを連続ではなくパルスとして独立検出器に送り得る。次に、独立検出器により測定されるパルスの電荷が積分される。そのような一構成では、Ｃトラップ等の注入装置は、連続ではなくパルスでイオンを独立検出器に送り得る。従って、注入装置は、好ましくは、イオンをパルス化して質量分析器及び独立検出器に異なる時間に到達させるように動作可能である。同じ信号対雑音比で測定時間が長くなるが、パルス化検出では、レンズ、多重極イオンガイド、又は多重極質量フィルター等の上流装置でのＲＦ等の機器の他の装置の同時走査が可能である。Ｃトラップ等の注入装置でのいかなる格納に関連する影響も模倣することも可能であり得る（例えば、不要なクラスタの分解）。
【００３７】
制御装置は、好ましくは、分析計のイオン注入装置及び他の構成要素の動作を制御するコンピュータを含む。例えば、制御装置は、特に、注入装置がイオントラップであり、注入時間及び／又はイオンパルス数が、質量分析器への続く注入のためにトラップ内へのイオンのバッチの蓄積に使用される場合、注入装置への過負荷を回避するように、注入装置のイオン充填時間を制御し得る。
【００３８】
イオンは通常、試料からのイオン源において生成され、イオン源は、任意の適するイオン源、例えば、電子スプレイ、ＭＡＬＤＩ、ＡＰＩ、プラズマ源、電子イオン化、化学イオン化等であり得る。２つ以上のイオン源を使用してもよい。イオンは、分析すべき任意の適する種類のイオンであり得、例えば、小さな有機分子、大きな有機分子、生体分子、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、ペプチド、その断片等であり得る。イオンは通常、質量分析器にイオンを注入するために注入装置に送られる。
【００３９】
注入装置は、イオントラップ、好ましくは線形イオントラップ、特に湾曲線形イオントラップ（Ｃトラップ）等のイオン格納装置を含み得る。イオントラップは質量分析器に注入する前にイオンを冷却するために使用し得る。注入装置は、好ましくは、注入装置から、即ち質量分析器にイオンをパルス化抽出するように構成される。静電移動トラップ質量分析器の場合での適するイオン注入装置の一例は、例えば、国際公開第２００８／０８１３３４号パンフレットに記載されるような湾曲線形トラップ（Ｃトラップ）である。従って、本方法は、好ましくは、イオン源においてイオンを生成すること、イオンを注入装置に送ること、及び好ましくはパルスとしてイオンを質量分析器に注入し、それにより、質量分析器内にイオンのバッチを蓄積することを含む。注入装置は、好ましくは、軸を有し、軸に直交して注入装置から質量分析器にイオンを噴射するか、又は注入装置から軸方向に独立検出器にイオンを噴射するように動作可能である。
【００４０】
本明細書において、独立検出器は、質量分析器から独立した検出器を意味し、即ち、検出器は質量分析器の外部に配置され、従って、質量分析器及びそのイメージ電流検出から独立する。独立検出器は、好ましくは、絶対イオン検出器である。独立検出器は、好ましくは、電荷測定装置である。電荷測定装置は、好ましくは、絶対イオン数測定を提供する。電荷測定装置は、好ましくは、電位計を含む。単一の独立検出器の使用について本明細書に記載し得るが、複数の独立検出器を使用してもよいことが理解されるだろう。例えば、単一の電位計の使用を記載し得るが、複数の電位計を使用してもよいことが理解されるだろう。電位計は、絶対イオン検出器としての使用に適切な長期安定性及び線形性を有する。電位計は、質量分析計でのイオンの電荷を測定する任意の装置であることができる。電位計は、例えば、好ましくは約１０11Ｖ／クーロン以上の利得を有する高利得電荷感受性増幅器に接続されたコレクター板等のイオンコレクター、ファラデーカップ、又はイオンを収集する他の同様の手段を含み得る。電位計は二次電子の生成器を含み得る。更なる適する種類の電位計はダイノード、二次電子増幅管（ＳＥＭ）、チャネルトロンＳＥＭ、マイクロチャネルＳＥＭ、マイクロボールＳＥＭ、電荷結合素子、電荷注入素子、アバランシェダイオード、光電子倍増管が後続する光子への変換を用いるＳＥＭ等を含む。電位計は、好ましくは、１ｐＡまで低いイオン電流を測定することができる。
【００４１】
好ましくは、独立検出器は、イオンを質量分析器に注入する注入装置の下流に配置される。独立検出器は、好ましくは、注入装置を通してイオンを送り、電荷測定装置に到達させ得る軸上に配置される。従って、イオンは、必要な場合、軸に沿って注入装置を通り、独立検出器に到達し得る。独立検出器は、好ましくは、イオンを送り得る軸の端部に配置される。
【００４２】
軸は、好ましくは、注入装置の長手方向における軸である。そのような実施形態での注入装置は、好ましくは、イオントラップ、特に線形トラップであり、更に特に湾曲線形イオントラップであり、必要な場合、イオンは注入装置を軸方向に通って独立検出器に到達し得、必要な場合、注入装置からイオンを直交して抽出して、質量分析器に到達させ得る。軸方向伝達モードと直交伝達モードとの間でのイオントラップのそのような動作は、当分野において既知である。
【００４３】
あるいは、独立検出器は軸外に、即ち、注入装置を通してイオンを送り得る軸外に配置し得る。その場合、必要であれば、イオン光学系によりイオンを軸外に向け（例えば、偏向させ）、独立検出器に到達させ得る。独立検出器又は少なくとも偏向イオン光学系は、そのような実施形態（実際にはいくつかの他の実施形態）では、注入装置の上流に配置し得る。
【００４４】
特定の実施形態では、独立検出器は衝突セルの下流に配置し得、衝突セルは、イオンを質量分析器に注入する注入装置の下流にある。
【００４５】
本装置は、注入装置の上流又は下流に１つ又は複数の更なるイオン光学装置、イオントラップ、及び／又は質量セレクターを備え得る。例えば、本装置は、有利なことに、注入装置の上流に、注入装置に送られるイオンを質量選択する四重極又は多重極質量セレクター又はフィルターを備え得る。従って、必要な場合、限られた範囲の質量対電荷比（ｍ／ｚ）のイオンのみを、質量分析器での続く検出のために注入装置に送り得る。本装置は、有利なことに、好ましくは注入装置の下流に衝突セルを備え得る。衝突セルは、例えば、衝突セル内の衝突ガスとの衝突によるイオンの断片化によりイオンを処理し得る。衝突セルでのイオンの処理後、イオンは上流の注入装置に戻り、処理済みイオンを質量分析器に注入し得る。
【００４６】
本発明をより十分に理解するために、添付図を参照して例として、様々な実施形態をより詳細にこれより説明する。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１】本発明の方法を実行する質量分析計の一実施形態を概略的に示す。
【図２】本発明による例示的な方法でのステップの概略フローチャートを示す。
【図３】自動利得制御（ＡＧＣ）の従来技術による方法を使用して得られるＨｅＬａ試料のＬＣ−ＭＳ質量クロマトグラムを示す。
【図４】本発明の方法を使用して得られるＨｅＬａ試料のＬＣ−ＭＳ質量クロマトグラムを示す。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
図１を参照して、イオンがイオン源（図示せず）内の試料から生成される質量分析計２を示し、イオン源は電子スプレイ等の従来のイオン源であり得る。イオンは、電子スプレイでのようにイオン源内で連続ストリームとして、又はＭＡＬＤＩ源のようにパルス化して生成し得る。イオン源内でイオン化される試料は、液体クロマトグラフ（図示せず）等の連動する機器から来ることができる。イオンは、加熱された毛細管４（通常、３２０°Ｃに保たれる）を通り、ＲＦのみＳレンズ６（ＲＦ振幅０〜３５０Ｖｐｐ、質量依存に設定される）により移送され、Ｓレンズ出口レンズ８（通常、２５Ｖに保たれる）を通る。イオンビーム内のイオンは次に、イオンを透過するＲＦのみの装置である注入フラタポール（ｆｌａｔａｐｏｌｅ）１０及び湾曲フラタポール（ｂｅｎｔ  ｆｌａｔａｐｏｌｅ）１２を通って送られ、ＲＦ振幅は質量依存に設定される。次に、イオンは一対のレンズ（両方とも質量依存であり、内部レンズ１４は通常、約４．５Ｖであり、外部レンズ１６は通常、約−１００Ｖである）を通り、質量分解四重極１８に入る。
【００４９】
四重極１８ＤＣオフセットは通常、４．５Ｖである。四重極１８の差動ＲＦ及びＤＣ電圧は、イオン（ＲＦのみモード）を透過するか、又はマシュー安定線図に従ってＲＦ及びＤＣを適用することにより、透過する特定のｍ／ｚのイオンを選択するように制御される。他の実施形態では、質量分解四重極１８に代えて、ＲＦのみ四重極又は多重極をイオンガイドとして使用してもよいが、分析計が分析前の質量選択能力を有さないことが認められるだろう。更に他の実施形態では、四重極１８の代わりに、線形イオントラップ、磁場型分析計、又は飛行型分析計等の代替の質量分解装置を利用し得る。そのような質量分解装置は、質量選択及び／又はイオン断片化に使用することができる。図示の実施形態に戻ると、四重極１８を通過するイオンビームは、四重極出口レンズ２０（通常、−３５Ｖ〜０Ｖに保たれ、電圧は質量依存に設定される）を通って四重極から出て、分割レンズ２２によりオンオフ切り替えられる。次に、イオンは移送多重極２４（ＲＦのみ、ＲＦ振幅は質量依存に設定される）を通って移送され、湾曲線形イオントラップ（Ｃトラップ）２６に集められる。Ｃトラップは、イオンがトラップに入る軸方向において長い（それにより、トラップ軸を画定する）。Ｃトラップ出口レンズ２８への電圧は、イオンが通過できず、それにより、Ｃトラップ２６内に格納されるように設定することができる。同様に、Ｃトラップへの所望のイオン充填時間（又は、例えばＭＡＬＤＩを用いる場合、イオンパルス数）に達した後、Ｃトラップ入口レンズ３０への電圧は、イオンがトラップから出ることができず、且つイオンがもはやＣトラップ内に注入されないように設定される。入ロイオンビームのより正確なゲーティングが、分割レンズ２２により提供される。イオンは、ＲＦ電圧をトラップの湾曲ロッドに既知のように印加することにより、Ｃトラップ内に高速で捕捉される。
【００５０】
Ｃトラップ２６内に格納されたイオンは、この場合はＺレンズ３２及びデフレクタ３３を介してイオンを注入するために、ＣトラップへのＤＣをパルス化することにより、トラップ軸に直交して質量分析器３４に噴射することができ（直交噴射）、この場合、質量分析器３４は静電軌道トラップであり、より詳細にはＴｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ製のＯｒｂｉｔｒａｐ（商標）ＦＴ質量分析器である。軌道トラップ３４は、軌道トラップ軸に沿って細長い内部電極４０と、外部電極４２、４４の分割対と、を備え、外部電極４２、４４は内部電極４０を囲み、間に捕捉容積を画定し、捕捉容積内に、イオンが内部電極４０の周囲を回ることで捕捉され振動し、トラップの軸に沿って前後に振動する間、内部電極４０にトラップ電圧が印加される。外部電極４２、４４の対は、検出電極として機能して、捕捉容積内のイオンの振動により誘導されるイメージ電流を検出し、それにより、検出信号を提供する。従って、外部電極４２、４４はシステムの第１の検出器を構成する。外部電極４２、４４は通常、検出電極の差動対として機能し、差動増幅器（図示せず）の各入力に結合され、差動増幅器は、検出信号を受信するデジタルデータ取得システム（図示せず）の部分をなす。検出信号は、フーリエ変換を使用して処理して、質量スペクトルを得ることができる。
【００５１】
質量分析計２は、Ｃトラップ２６の下流に衝突又は反応セル５０を更に備える。Ｃトラップ２６内に集められたイオンは、衝突若しくは反応セル５２に入らずに、質量分析計３４にパルスとして直交して噴射することができ、又はイオンは、処理のために衝突若しくは反応セルに軸方向に送られてから、処理済みイオンをＣトラップに戻し、続けて質量分析器に直交して噴射することができる。その場合、Ｃトラップ出口レンズ２８は、イオンを衝突又は反応セル５０に入れるように設定され、Ｃトラップと衝突又は反応セル（例えば、衝突又は反応セルは、正イオンの場合、負電位へのオフセットであり得る）との間での適切な電圧勾配により、イオンを衝突又は反応セルに注入することができる。衝突エネルギーは、この電圧勾配により制御することができる。衝突又は反応セル５０は、イオンを含む多重極５２を備える。衝突又は反応セル５０は、例えば、衝突ガスを用いて加圧し得、それにより、内部でのイオンの断片化（振動により誘導される解離）を可能にするか、又は内部でのイオンの電子移動解離（ＥＴＤ）のための反応性イオン源を含み得る。イオンは、衝突セル出口レンズ５４に適切な電圧を設定することにより、イオンが衝突又は反応セル５０から出ないようにする。衝突又は反応セル５０の他端部におけるＣトラップ出口レンズ２８は、衝突又は反応セル５０への入口レンズとしても機能し、必要な場合、イオンが衝突又は反応セル内で処理を受けている間、イオンが出ないように設定することができる。他の実施形態では、衝突又は反応セル５０は、それ自体の別個の入口レンズを有し得る。衝突又は反応セル５０内の処理後、セル５０の電位はオフセットされ得、それにより、格納のためにイオンを元のＣトラップ内に噴射し（Ｃトラップ出口レンズ２８は、イオンをＣトラップに戻すことができるように設定される）、例えば、セル５０の電圧オフセットを上昇させて、正イオンを元のＣトラップに噴射し得る。従って、次に、上述したように、Ｃトラップに格納されたイオンを質量分析器３４に注入し得る。
【００５２】
質量分析計２は電位計６０を更に備え、電位計６０は、衝突又は反応セル５０の下流に配置され、イオンビームは衝突セル出口レンズ５４の開口部６２を通して電位計６０に到達することができる。電位計６０は、コレクター板又はファラデーカップであり得、通常、約１０11Ｖ／クーロンの利得を有する高利得電荷感受性増幅器に接続される。しかし、他の実施形態では、電位計６０が別の種類の電荷測定装置であってもよいことが認められるだろう。好ましくは、電位計は、他の付近の電気源から拾われるノイズを低減する差動型のものである。電位計の第１の入力は、イオン源から電流又は電荷を受け取るように構成され、その一方で、別の入力は、第１の入力と同様のキャパシタンス、寸法、及び向きを有するが、イオン電流又は電荷をまったく受け取らないように構成される。従って、電位計６０はシステムの第２の検出器を構成し、第２の検出器は、第１の電極、即ち、質量分析器３４のイメージ電流検出電極４２、４４から独立している。いくつかの実施形態では、衝突又は反応セル５０は存在しなくてもよく、その場合、電位計６０は、好ましくは、Ｃトラップの下流に、Ｃトラップ出口レンズ２８の背後に配置される。
【００５３】
イオンビームの分析計を通る経路及び質量分析器内の経路は、当分野で既知の真空状況下であり、異なるレベルの真空が分析計の異なる部分で適切であることが認められるだろう。
【００５４】
質量分析計２は、適宜プログラムされたコンピュータ（図示せず）等の制御ユニットの制御下にあり、制御ユニットは、様々な構成要素の動作を制御し、例えば、様々な構成要素に印加すべき電圧を設定し、検出器を含む様々な構成要素からデータを受信して処理する。コンピュータは、本発明によるアルゴリズムを使用して、分析走査から収集されるデータの統計を最適化しながら、空間電荷効果を回避する所望のイオン含有量（即ち、イオン数）を達成するように、分析走査でＣトラップにイオンを注入する設定（例えば、注入時間又はイオンパルス数）を決定するように構成される。
【００５５】
図１に示される構成への代替として、電位計は軸外、即ち、イオンがＣトラップを通って送られる軸外に配置し得る。その場合、イオンは、必要な場合、イオン光学系により軸外に向けられ（例えば、偏向され）、電位計に到達し得る。そのような実施形態では、電位計又は少なくとも偏向イオン光学系をＣトラップの上流に配置し得る。一例として、ゲーティングレンズ２２の一プレートをこのために使用することができる。
【００５６】
図２を参照して、以下に詳細に説明し、図１に示される分析計を使用して実行し得る本発明による例示的な方法でのステップの概略フローチャートを示す。ステップ１０１において、イオンがイオン源において生成される。次に、生成されたイオンは、任意選択的に四重極１８を使用して質量選択して、所望の質量範囲のイオンを選択し、Ｃトラップ２６に送られ、ステップ１０２において、イオンはＣトラップ２６内に格納される。Ｃトラップには通常、設定時間にわたりイオンが充填され、その場合、電子スプレイ等の連続イオン源が使用され、又は設定されたイオンパルス数を用いてイオンが充填され、その場合、ＭＡＬＤＩ源等のパルス化イオン源、即ち、上記式中のパラメータＩＴPreが使用される。Ｃトラップの充填条件は、分析計の制御装置により設定され制御される。
【００５７】
格納されたイオンは、Ｃトラップ２６から噴射され、パルスとしてＯｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析器３４に注入される。Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析器は通常、Ｃトラップよりも大きな空間電荷容量を有する。従って、より詳細に後述するように、空間電荷効果に繋がるＣトラップの過剰充填を回避するために、Ｃトラップの充填を制御すべきである。
【００５８】
ステップ１０３において、質量分析器内に蓄積されたイオンのバッチが、イメージ電流検出を使用して、即ち、検出電極４２、４４上で検出され、検出信号を取得し、検出信号は制御装置の構成要素に供給される。検出信号は、ステップ１０９において、フーリエ変換を使用して質量スペクトルを生成するために使用され、これは、ステップ１０３におけるイメージ電流検出が分析走査を構成する場合に行われる。ステップ１０３におけるイメージ電流検出が、単に短時間事前設定走査のために行われる場合、イメージ電流検出からの質量スペクトルが必要なくてもよい。
【００５９】
ステップ１０４において、質量分析器内のイオンの合計電荷が、ステップ１０３において得られた検出信号からコンピュータにより特定される。即ち、上記式中のパラメータＴＩＣPreが特定される。好ましい実施形態では、これは、（Ｓ／Ｎ）閾値を超えるすべての信号を一緒に合算し、変換係数（較正中に決定されるか、又は前置増幅器の属性に基づいて先験的に設定される）を使用して電荷に変換することにより行われる。ステップ１０５において、コンピュータは、特定された合計イオン電荷をアルゴリズムにおいて使用して、その後、質量分析器内に蓄積すべきＣトラップへのイオンの続くバッチの目標注入時間又はパルス数、即ち、上記式中のパラメータＩＴTargetを計算する。アルゴリズムは、ステップ１０４からのイオンの現在のバッチの特定された合計イオン電荷、ＴＩＣPreを使用するとともに、イオンの現在のバッチのステップ１０２において使用されたＣトラップへの既知の設定注入時間又はパルス数（入力１０６）ＩＴPreを使用して、分析走査に使用すべき、イオンの続くバッチのＣトラップへの目標注入時間又は目標パルス数等のＣトラップの設定、ＩＴTargetを決定する。設定は、空間電荷効果を回避するＣトラップ内の所望又は目標の合計イオン電荷（ひいてはイオン数）（入力１０７）、即ち、上記式中のパラメータＴＩＣTargetを達成することに基づいて決定される。アルゴリズムは、独立検出器である電位計６０からの積分イオン電流（イオン電荷）の測定、即ち、パラメータＩIndを含む情報入力１０８も使用する。独立電位計からの積分イオン電流の測定は、イメージ電流検出から特定される合計イオン電荷を、電位計により測定される絶対合計イオン電荷（積分イオン電流）にスケーリングすることにより、即ち、上記式中の係数Ｃを使用することにより調整する。独立電位計によるイオン電流又は電荷の測定は、定期的に、通常、分析走査未満の頻度で実行し得る。独立電位計によるイオン電流又は電荷の測定は、好ましくは、分析走査中に実行される。電位計測定の場合、例えば、イオンが分析走査のために分析器内に注入された後、Ｃトラップ及び衝突セル５０は、イオン源からのイオンが電位計６０に向けられ、積分イオン電流（イオン電荷）が設定時間期間にわたり、又はパルス数（積分期間）にわたって測定され、例えば、イメージ電流検出による合計イオン電荷の特定に使用されるイオンバッチの既知の注入時間と同じ期間又はパルス数にわたって測定されるような伝達用に設定される。しかし、Ｃトラップへの既知の注入時間又はパルス数に対応する積分イオン電流（イオン電荷）を得ることができることが分かっている限り、異なる積分期間を使用し得る。積分期間は通常、約１０〜２００ｍｓのオーダであり、好ましくは２０〜１００ｍｓである。それにより、積分イオン電流（イオン電荷）に対応するイオンバッチの絶対合計イオン電荷が、アルゴリズムへの入力１０８の電位計測定から得られる。
【００６０】
次に、方法は、ステップ１０５において決定された目標注入時間又はパルス数を使用して、ステップ１１０においてＣトラップへのイオンの続くバッチの注入を制御し、それにより、空間電荷効果を回避するが、データ収集を最適化する所望又は目標の数のイオンをＣトラップ内に格納する。続けて、格納された所望又は目標の数のイオンは、Ｃトラップから噴射され、分析走査での検出のために質量分析器に注入される。
【００６１】
好ましい一実施形態では、Ｃトラップは、イオンを連続ではなくパルス化して電位計に送ることができる。同じ信号対雑音比で測定時間が長くなるが、パルス化では、レンズ６、多重極１２、又は四重極１８等の機器の他の装置の同時走査が可能である。パルス化では、Ｃトラップでのいかなる格納関連の影響も模倣することができる（例えば、不要なクラスタの分解）。
【００６２】
方法では、本明細書に記載のように、ＭＳ2又はＭＳn実験の一環として、イオンのバッチを衝突又は反応セル５０内で断片化し得ることが認められるだろう。
【００６３】
図１を参照して説明した分析計及び図２を参照して説明した方法が、本発明の単なる実施例であることが認められるだろう。なお本発明の範囲内にありながら、本発明の上記実施形態への多くの変形を行うことができる。
【００６４】
電位計６０は、以下の方法でも有用であり得る。
１．イオン源からのイオン電流又は電荷が最適化の基準として使用される、特に質量フィルター１８と組み合わせられた、注入装置（例えば、Ｃトラップ）前の分析計の最適化及び特徴付けのため。例えば、図示の実施形態では、Ｃトラップ２６及び衝突又は反応セル５０は、イオンがシステムを通って電位計６０にまっすぐに伝送され、イオンビームのイオン電流又は電荷が測定されるように、軸方向伝達用に設定することができる。特にＣトラップの上流の、質量分析計の様々な構成要素の動作パラメータを最適化しながら、イオン電流又は電荷は、例えば、電位計６０を使用して監視することができる。
【００６５】
２．特に明確に定義された較正混合物を使用しての、注入装置（例えば、Ｃトラップ）から質量分析計（例えば、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標））への分析計の最適化及び特徴付けのため。質量分析器であるＯｒｂｉｔｒａｐ分析器で検出される信号対雑音比に対する、イオン源から測定される（電位計を使用して）イオン電流又は電荷の間の比率は、最適化及び特徴付けの基準として使用することができる。Ｃトラップは、連続ではなくパルス化してイオンを電位計に送ることもでき、それにより、故障の場合に生じ得る断片化、イオン損失、又は識別等のいかなる格納関連の影響の指標を提供する。
【００６６】
３．複雑な混合物の「フラクタル性」を推定するため。「フラクタル性」は、略あらゆる強質量ピークの近傍に多数のより小さなピークを有し、より小さな各ピークが多数のより小さなピークを近傍に有する混合物の属性として説明される。そのような混合物は、複雑な干渉の影響をＦＴＭＳに生成し、従って、ＦＴＭＳ検出のみからは確実には定量化することができない。その結果、空間電荷効果の補償を確実には実行することができず、従って、機器の外部質量精度が失われることになる。フラクタル性は、電位計での合計イオン電流又は電荷と、イメージ電流検出により検出された合計イオン電流又は電荷との比率として測定することができる。比率が高いほど、そのファクタは機器の質量精度にとってより重要である。
【００６７】
４．診断のために注入装置（例えば、Ｃトラップ）及び／又は衝突若しくは反応セル内に格納される質量選択されたイオンの絶対イオン数を測定するため。
【００６８】
上記方法は、質量分析器及び電位計等の独立検出器を備える質量分析計により実施し得る。
【００６９】
上述したように、本発明は、Ｏｒｂｉｔｒａｐシステムの分析性能及び空間電荷容量を完全に利用可能にすることができる。これを達成するために、典型的なＯｒｂｉｔｒａｐ機器では、Ｃトラップに注入されるイオンの数を制御する必要がある。イオン電流の測定は、従来、非常に短い遷移を記録する専用ＡＧＣ事前走査を介して、又は前の分析走査の最初の短い部分を使用するいわゆる走査−走査ＡＧＣを使用することにより行われていた。この短い遷移取得から生じるイオン電流を使用して、次の分析走査の注入時間を計算し得る。しかし、いくつかの希な場合、この短い遷移取得の低分解能及び低信号応答により、イオン数が低く見積もられることがある。これは特に、多価イオン及びノイズ閾値未満の密なピークの場合に当てはまる。この影響を示すために、最大注入時間を非典型的に高く設定して実験を行った。図３は、部分的に消化されたタンパク質を含むとともに、カラム洗浄部を含むＨｅＬａ試料の６０分勾配ＬＣクロマトグラムを示す。実行の終わり近くで、６２〜７２分の保持時間で、信号が抑制される。この部分（中央トレース）からの単一のスペクトルは、短いＡＧＣ事前走査では分解されず、従って、低く見積もられる多価種を示す。第２のトレース（下のトレース）は３分の平均を示し、ここでは部分的に消化されたタンパク質が見えるようになり、これもまた、ＡＧＣ事前走査の短時間取得では見えることができず、イオン電流の更なる過小見積もりに繋がる。この場合、分析走査の注入時間は長すぎて、Ｃトラップの過剰充填を生じさせることになり、抑制の影響に繋がる。従来の有効な回避策は、ＡＧＣ目標を低減し、最大注入時間を入念に、各試料クラスの専用レベルに設定することであった。
【００７０】
ＡＧＣ制御方式の分析ロバスト性を向上させるために、本発明の方法及び図１に示されるものと同様の装置を使用するＣトラップ電荷検出を使用して、ＡＧＣ結果を５〜１０秒毎に監視した。この方法では、ＬＣ実行中、電荷検出動作をＯｒｂｉｔｒａｐ取得と並列して（即ち、同時に）実行する。Ｏｒｂｉｔｒａｐでの分析走査をやはり取得しながら、少数のＣトラップ注入を電荷コレクター（電位計）に噴射して、Ｃトラップ電荷を測定した。これから、合計イオン電流（ＴＩＣ）を計算し、短い一時的なＡＧＣ走査により観測されたＴＩＣと比較した。必要であれば、注入時間を下方調整して、Ｃトラップの過剰充填を回避した。この測定は、上述した信号抑制を回避する。Ｃトラップ電荷検出を使用して、ＨｅＬａ実行を繰り返し、そのクロマトグラムを図４に示す。上限Ｃトラップ空間電荷限度により近づくことにより効果を強調するために、この実験では、ＡＧＣ目標を３ｅ６に設定した。ここで、カラム洗浄プロセス中の抑制がなくなる。スペクトルはここでは、いくつかの分析ピークを示し、これらのピークを更なる確認に使用することができる。
【００７１】
本明細書では、質量という用語は質量又は質量対電荷比（ｍ／ｚ）を意味する。イメージ電流検出が、質量又はｍ／ｚ値に対応する周波数を検出することも認められるだろう。従って、本明細書では、質量、質量スペクトル等の言及は、質量項を表す周波数での特徴も包含する。
【００７２】
請求項を含め、本明細書において使用される場合、文脈が別のことを示す場合を除き、本明細書での単数形の用語は、複数形を含むものとして解釈すべきであり、この逆も同様である。例えば、文脈が別のことを示す場合を除き、「ａ」又は「ａｎ」等の特許請求の範囲を含め、本明細書での単数形の言及は、「１つ又は複数」を意味する。
【００７３】
本明細書の説明及び特許請求の範囲の全体を通して、「備える」、「包含する」、「有する」、及び「含む」という言葉並びにその言葉の変形、例えば、「備えている」及び「備えた」等は、「〜を含むが、それ（ら）に限定されない」ことを意味し、他の構成要素の除外を意図しない（かつ除外しない）。
【００７４】
なお本発明の範囲内にありながら、本発明の上記実施形態への変形を行うことができることが認められるだろう。本明細書において開示される各特徴は、特に明記しない限り、同じ、均等、又は同様の目的を果たす代替の特徴で置換し得る。従って、別のことが記される場合を除き、開示される各特徴は、一般的な一連の均等又は同様の特徴の単なる一例である。
【００７５】
本明細書に提供されるありとあらゆる例又は例示的な言葉（「例えば」、「等」、「例として」等の言葉）は、単に本発明をよりよく例示することを意図され、別のことが特許請求されない限り、本発明の範囲の限定を示さない。本明細書での言葉は、任意の特許請求されない要素を本発明の実施に必須として示すものとして解釈されるべきではない。
【００７６】
本明細書に記載の任意のステップは、特に明記されない限り、又は文脈により他のことが要求される場合を除き、任意の順序又は同時に実行し得る。
【００７７】
本明細書に開示されるすべての特徴は、そのような特徴及び／又はステップの少なくともいくつかが相互に排他的な組み合わせを除き、任意の組み合わせで組み合わせ得る。特に、本発明の好ましい特徴は、本発明の全態様に適用可能であり、任意の組み合わせで使用し得る。同様に、必須ではない組み合わせで記載される特徴は別個に（組み合わせではなく）使用し得る。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【国際調査報告】
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