(57)【要約】  本発明は、嫌気性マイクロ生態系、疾患の治療または予防のための嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む組成物に関し、組成物中の微生物叢は、１９９５年以降に使用された抗生物質にさらされていない。本発明はさらに、疾患の予防および治療のための組成物の使用および組成物を調製するための方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系。
【請求項２】
単一のドナー由来のサンプルから入手した嫌気性マイクロ生態系を含む請求項１記載の嫌気性マイクロ生態系。
【請求項３】
疾患の治療または予防のための請求項１記載の嫌気性マイクロ生態系を含む組成物。
【請求項４】
広域スペクトル−およびメタロ−ベータ−ラクタマーゼ、医薬物質の代謝産物、または生体異物がない請求項３記載の組成物。
【請求項５】
組成物中の微生物叢が、１９９５年以降、臨床に用いられた抗生物質にさらされていない、請求項３又は４に記載の組成物。
【請求項６】
以下の４つの門：バクテロイデス門、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門および放線菌門のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌を含有することを特徴とする、請求項３〜５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７】
以下の微生物：Ａ、ＢおよびＣ型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、カリシウイルスおよびロタウイルス、サルモネラ、赤痢菌、カンピロバクター、エルシニア、および原生動物嚢子がないことを特徴とする、請求項３〜６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項８】
以下の細菌種：
真性細菌；「放線菌門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）」；放線菌（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）；コリオバクター亜綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）；コリオバクター目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）；「コリオバクター亜目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）」；コリオバクター科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）；コリンゼラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌；コリオバクター亜綱；コリオバクター目；「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；エガセラ属（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌；コリオバクター亜綱；コリオバクター目；「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；オルセネラ属（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、
真性細菌；「バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）」；「バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）」；「バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）」；「ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）」；パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）」；プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）」；アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；バクテロイデス科；バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）」；「ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）」；「エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；エンテロコッッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）」；クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）；「ユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）」；ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ユーバクテリウム科」；未分類「ユーバクテリウム科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）」；アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；未分類「ラクノスピラ科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科」；未分類「ペプトストレプトコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；アナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；未分類「ルミノコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；サルシナ属（Ｓａｒｃｉｎａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；未分類「クロストリジウム科１」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；アナエロコッカス属（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；フィネゴルディア属（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；未分類ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；アナエロボラックス（Ａｎａｅｒｏｖｏｒａｘ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；モギバクテリウム属（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＶ；ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；未分類クロストリジウム目、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）；ベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）」；「エリシペロトリクス目（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）」；エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）；ホールデマニア属（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、および
真性細菌；「プロテオバクテリア門」；ベータプロテオバクテリア；バークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）；アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）；パラステレラ属（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）
があわせて、本発明の総細菌内容物の１％超を構成することを特徴とする、請求項３〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
組成物の細菌内容物が、請求項８で記載される１以上の細菌種を含むことを特徴とする、請求項３〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１０】
疾患に対して活性な他の微生物因子またはシグナル伝達物質をさらに含有することを特徴とする、請求項３〜９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１１】
投与を容易にする、または本発明の効果を支持する他の物質および成分をさらに含有することを特徴とする、請求項３〜１０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１２】
薬剤として使用するための請求項３〜１１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１３】
胃腸管系に位置する疾患、例えば過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、セリアック病および炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎、クローン病、顕微鏡的大腸炎および回腸嚢炎、ならびに放射線療法、化学療法、移植に関連する医原性障害／腸内毒素症または、特にクロストリジウム・ディフィシルに関連する抗生物質関連下痢症（クロストリジウム・ディフィシル関連下痢症および再発性クロストリジウム・ディフィシル感染症）の治療で使用するための、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１４】
神経障害、例えばパーキンソン病、アルツハイマー病、ルー・ゲーリック病ＡＬＳ−筋萎縮性側索硬化症および多発性硬化症の治療で用いられる、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１５】
行動／精神障害、たとえば自閉症、アスペルガー症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）および鬱病の治療で使用される、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１６】
リウマチ性疾患、例えば関節リウマチの治療で使用される、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１７】
全身性／代謝性疾患、たとえば肥満、高血圧および２型糖尿病の治療で用いられる、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１８】
胃腸管の新生物形成／腫瘍性疾患の治療で使用される、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１９】
慢性疲労症候群の治療で使用される、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
尋常性挫創等の皮膚疾患の治療で使用される、請求項３〜１２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２１】
経鼻十二指腸チューブ、胃カメラ、膣鏡／Ｓ字結腸鏡、および浣腸から選択される装置による、または、例えば胃酸耐性カプセル、ナノカプセル化もしくは坐剤などの好適なガレヌス製剤の凍結乾燥形態によって、ヒトへの投与で使用するための、請求項３〜２０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２２】
嫌気性ヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系を含む組成物を調製するための方法であって、以下の４つの門：バクテロイデス門、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門および放線菌門のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌の増殖を促進する培養培地中での糞便サンプルの嫌気性培養によって特徴づけられる、方法。
【請求項２３】
好気性細菌が培養の間抑制されることを特徴とする、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
疾患の治療または予防のための嫌気性ヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系を含む組成物の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系（ａｎａｅｒｏｂｉｃ  ｍｉｃｒｏ―ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍ）に関する。本発明はまた、かく乱されたヒト微生物叢および消化管機能の正常性の回復のための機能的播種培養（ｓｅｅｄｉｎｇ  ｃｕｌｔｕｒｅ）を構成する嫌気的に培養された微生物叢の組成物に関する。
【０００２】
本発明はさらに、疾患の予防および治療のための組成物の使用ならびに組成物を調製するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
胃腸管微生物叢は、個々の微生物菌株間の相互作用や微生物叢と宿主との相互作用が生じるいくつかの複雑なマイクロ生態系からなる。宿主との相互作用は、粘膜壁との直接的接触により、また、例えば代謝産物やシグナル伝達物質を介して間接的に生じる。
【０００４】
この腸管の生態学的バランスは、外部および内部の物理的、化学的および生物学的因子または作用物質によってかく乱される可能性があり、その結果、局所的、たとえば代謝阻害、胃腸管運動変化、変化した機能／クロストーク（応答）である可能性がある、および／または他の臓器系を含む全身的作用に至る可能性がある。
【０００５】
クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  Ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）関連下痢症ＣＤＡＤは約１／３世紀前に最初に記載された。しかしながら、発病、疫学、臨床診断およびさまざまな治療的アプローチのＰｕｂ  Ｍｅｄにおける数千もの刊行物にもかかわらず、ＣＤＡＤは今なお感染性医療関連胃腸病の費用のかかる主な原因であり、この問題は世界的に増大すると推定される。欧州、米国およびカナダでＣＤＡＤが１０倍増加したことが、最近示された。メトロニダゾールやバンコマイシン治療の治療不全の増加が報告され、フィダキソマイシン、オリタバンシン、ニタゾキサニド、ＲＥＰ３１２３、およびＮＶＢ３０３のような新規抗生物質は市販の途上にある。しかしながら、これらの薬物が使用される前でも、一定数のクロストリジウム・ディフィシル株はこれらの新規薬物に対して感受性の低下を発現することを認めなければならない。さらに、それらの臨床効果がどのようなものであるか判明しても、確実に使用するのに高価である。
【０００６】
一部の患者は新規薬物での治療が完了した後も再発性下痢が続き、したがって他の方策は、たとえば様々な細菌の混合物を含む近親または合成組成物からの糞便移植に集中してきた。
【０００７】
特許文献１（国際公開第０２／０７７４１号）は、胃腸管障害の治療のための所定の細菌叢の調製を含む合成組成物を記載する。特許文献２（国際公開第２０１１／０３３３１０号）は、胃腸管障害の治療で使用するための、糞便から抽出された細菌叢を含むカプセル型剤形を記載する。
【０００８】
糞便移植は公知の方法であるが、危険性がないわけではない。今まで、近親者のドナー由来の糞便材料が使用されてきた。この手順に関する主な問題は、ある抗生物質に対して抵抗性の遺伝子の伝播の危険性である。そのような遺伝子の伝播は、抗生物質治療が将来必要になった際、患者にとって深刻な結果を招く可能性がある。この療法に関する別の主な問題は、ドナーの糞便中に存在する潜在的に伝染性の作用物質の伝播の危険性であり、投与される糞便の慎重なスクリーニングが主張される。このスクリーニングは時間がかかり、高価である。さらに、この種の治療は多くの人が非常に気持ち悪いと考える。
【０００９】
糞便移植に言及する以前の刊行物：
非特許文献１：Johan S. Bakken Fecal bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile infection Anaerobe 15 (2009) 285-289.
非特許文献２：C Jorup-Ronstrom, A Hakansson, A-K Person, T Midtvedt, E Norin. Feceskultur framgangsrik terapi vid Clostridium difficile-diarre． Lakartidningen nr 46 2006 volym 103, 3603-3605．
非特許文献３：A.  Gustafsson，A.  Berstad，S.  Lund-Tonnesen， T． Midtvedt, e. Norin. The Effect of Faecal Enema on Five Microflora-Associated Characteristics in Patients with Antibiotic-Associated  Diarrhoea. Scand J Gastroenterol 1999;34:580-586．
非特許文献４：A. Gustavsson, S. Lund-Tonnesen, A. Berstad, T. Midtvedt & E. Norin Faecal Short-Chain Fatty Acids in Patients with Antibiotic-Associated Diarrhoea, before and after Faecal Enema Treatment．Scand J Gastroenterol 1998;33:721-727．
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】国際公開第０２／０７７４１号
【特許文献２】国際公開第２０１１／０３３３１０号
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Johan S. Bakken Fecal bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile infection Anaerobe 15 (2009) 285-289.
【非特許文献２】C Jorup-Ronstrom, A Hakansson, A-K Person, T Midtvedt, E Norin. Feceskultur framgangsrik terapi vid Clostridium difficile-diarre． Lakartidningen nr 46 2006 volym 103, 3603-3605．
【非特許文献３】A.  Gustafsson，A.  Berstad，S.  Lund-Tonnesen， T． Midtvedt, e. Norin. The Effect of Faecal Enema on Five Microflora-Associated Characteristics in Patients with Antibiotic-Associated  Diarrhoea. Scand J Gastroenterol 1999;34:580-586．
【非特許文献４】A. Gustavsson, S. Lund-Tonnesen, A. Berstad, T. Midtvedt & E. Norin Faecal Short-Chain Fatty Acids in Patients with Antibiotic-Associated Diarrhoea, before and after Faecal Enema Treatment．Scand J Gastroenterol 1998;33:721-727．
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
疾患の薬学的治療および予防を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本発明は、嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む嫌気的に培養されたマイクロ生態系に関する。
【００１４】
本発明はさらに、疾患の薬学的治療および予防のための前記微生物叢を含む組成物ならびにそのような組成物を調製するための方法に関する。本発明は、治療量または予防量の本発明をヒトに投与することをさらに含む。
【００１５】
本発明はまた、かく乱されたヒト微生物叢および消化管機能の正常性を回復するための機能的播種培養を構成する嫌気的に培養された腸管微生物叢を含む組成物ならびに疾患の予防および治療のためのそのような組成物の使用に関する。
【００１６】
本発明はまた、機能障害または機能不全の胃腸管生態系を起源とする胃腸管および／または全身性／代謝障害の薬学的治療のための嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢に関する。
【００１７】
本発明はまた、疾患の薬学的治療または予防のための、そのような嫌気的に培養されたヒト微生物叢の使用に関する。組成物はさらに、疾患に対して活性な他の微生物因子（たとえばバクテリオファージ）またはシグナル物質も含有してよい。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１８】
発明の詳細な説明
本発明の第一の態様は、嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系である。
【００１９】
本発明の別の態様は、嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む組成物である。
【００２０】
本出願では、「微生物叢」という用語は、微生物フローラ（ｆｌｏｒａ）、すなわち典型的には胃腸管系に生息する微生物に使用される。
【００２１】
本発明による化合物は、かく乱されたヒト微生物叢や消化管機能の正常性を回復するための機能的培養を構成する。この組成物は、驚いたことに疾患の治療または予防に有用であることが示されている。
【００２２】
本発明による化合物は、損傷を受けた腸内微生物叢と相乗的方法で相互作用し、その生理的および代謝機能を回復する。本発明は、第１に、腸内微生物叢のかく乱を回避する予防として使用することもできる。
【００２３】
一実施形態によると、組成物は以下の４つの門：バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｔｅｓ）、ファーミキューテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）および放線菌門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌を含有する。
【００２４】
別の実施形態によると、組成物は以下の微生物を含有していない：Ａ、ＢおよびＣ型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、カリシウイルスおよびロタウイルス、サルモネラ、赤痢菌、カンピロバクター、エルシニア、および原生動物嚢子。好ましくは、広域スペクトル−およびメタロ−ベータ−ラクタマーゼ、医薬物質の代謝産物、および生体異物から選択される物質も含有していない。
【００２５】
好ましくは、本発明による化合物中の微生物叢は、１９９５年以降に、臨床で使用されるようになった抗生物質にさらされていない。
【００２６】
本発明は、機能不全胃腸管生態系をその起源とする胃腸管および／または全身性／代謝障害の薬学的治療のための嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む。
【００２７】
本発明による化合物の利点は、１５年の培養の間、安定かつ均一である機能的マイクロ生態系からなることである。他の菌種は培養中、系に侵入しない。マイクロ生態系中の微生物菌株は、相互作用し、連通する。マイクロ生態系は均一である。
【００２８】
本発明による機能的生態系は、腸内微生物叢および／または正常な腸機能を回復および／または安定化させる能力を有する。
【００２９】
本発明の別の態様は、疾患の治療または予防のための嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含むマイクロ生態系を含む組成物である。
【００３０】
好ましくは、組成物の細菌量は、培地１ｍｌあたり１０６超であり、さらに好ましくは培地１ｍｌあたり１０９超である。
【００３１】
本発明の一実施形態では、組成物は、単一のドナーの糞便から得られる嫌気性マイクロ生態系を含む。健常な単一ドナーの糞便の培養は、経時的に安定な機能的マイクロ生態系を得るために必要である。
【００３２】
好ましくは、ドナーは充分に機能的な胃腸管系を有する健常な個体である。
【００３３】
好ましくは、糞便は単一糞便サンプルから得られる。さらに、好ましくは糞便は１９９５年より以前に得られた。
【００３４】
本発明の好ましい実施形態において、組成物は、最終投与まで厳密な嫌気性条件下に保持される。さらに、好ましくは組成物を最終投与の間、嫌気性条件下に保持する。
【００３５】
本発明の別の態様は、嫌気的に培養されたヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系を含む組成物を調製するための方法である。
【００３６】
本発明による化合物は厳密な嫌気性条件下で培養される。嫌気性培養によって、嫌気性細菌の増殖が促進され、好気性細菌のさらなる増殖が抑制される。
【００３７】
本発明の好ましい実施形態において、組成物は、健常な個体から得られた糞便サンプルを培養することによって調製される。好ましくは、健常な個体は、コプロスタノール、ウロビリン、ムチン、糞便トリプシン活性、短鎖脂肪酸およびベータ−アスパルチルグリシンの正常な機能値を有する。さらに、好ましくはサンプルは１９９５年以前に得たものでなければならない。さらに好ましくは、糞便サンプルは、調査ではＡ、ＢおよびＣ型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、カリシウイルスおよびロタウイルスを含有しないがことが判明している。さらに、糞便サンプルは、サルモネラ、赤痢菌、カンピロバクター、エルシニア、クロストリジウム・ディフィシルおよび原生動物嚢子の存在がないことがスクリーニングされている。
【００３８】
好ましくは、本発明による方法で用いられる培養培地は、以下の４つの門：バクテロイデス門、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門および放線菌門のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌の増殖を促進する。
【００３９】
一実施形態において、培養培地は酵母ベースの培地であり、好ましくは細菌学的ペプトン酵母ベースの培地である。培養培地は、添加されたコレステロール、好ましくは動物起源のコレステロールを含む。なお一層好ましくは、培地は添加された凍結乾燥鶏卵卵黄を、好ましくは０．５〜５％、さらに好ましくは１．２５％ｗ／ｖ（質量／体積）の量で含む。
【００４０】
好ましくは、培養は嫌気度指示薬、好ましくはレサズリンを含有する。
【００４１】
本発明による方法で使用される培養培地は、まったく同一のサンプルで、以下の４つの門：バクテロイデス門、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門および放線菌門のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌の増殖を促進する。さらに、好ましい培養条件は好気性細菌の増殖を抑制する。
【００４２】
好ましい実施形態では、組成物を厳密な嫌気性条件下で、好ましくは窒素流下で２週間ごとに再培養する。
【００４３】
好ましくは、糞便サンプルを少なくとも１５年間嫌気的に培養する。
【００４４】
糞便サンプルを長時間本発明にしたがって培養することによって、好気性細菌を抑制しつつ、所望の細菌の増殖が促進される。
【００４５】
本発明による方法に関連する利点は、同一のサンプル中の所望の細菌すべての増殖を可能にすることである。したがって、異なる培養の混合は必要ない。このことは、得られる組成物が、腸内微生物叢に対して安定化効果を有し、宿主と腸との連絡を回復することができるマイクロ生態系を含むという利点がある。さらに、１つのサンプルにおいて本発明にしたがって微生物叢を嫌気的に培養することによって、同じマイクロ生態系が各組成物中で再生され、同時に生理的および／または薬剤効果が長時間にわたって、たとえば少なくとも１５年にわたって維持される。
【００４６】
さらに、本発明によるマイクロ生態系を厳密な嫌気性条件下で培養する。
【００４７】
ヒト腸内細菌叢は、その大部分が厳密に嫌気性である数百の異なる微生物からなる。
【００４８】
本発明の一実施形態において、以下の細菌種はあわせて、組成物の総細菌量の１％超、好ましくは２０％超、さらに好ましくは５０％超を構成する；
真性細菌；「放線菌門」；放線菌門；コリオバクター亜綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）；コリオバクター目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）；「コリオバクター亜目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）」；コリオバクター科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）；コリンゼラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌；コリオバクター亜綱；コリオバクター目；「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；エガセラ属（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌；コリオバクター亜綱；コリオバクター目；「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；オルセネラ属（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）」；「バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）」；「ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）」；パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）」；プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）」；アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）；バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）」；「バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）」；「ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）」；「エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；エンテロコッッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）」；クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）；「ユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）」；ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ユーバクテリウム科」；未分類「ユーバクテリウム科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）」；アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；未分類「ラクノスピラ科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科」；未分類「ペプトストレプトコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；アナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；未分類「ルミノコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科（；「クロストリジウム科１」；クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；サルシナ属（Ｓａｒｃｉｎａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；未分類「クロストリジウム科１」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；アナエロコッカス属（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；フィネゴルディア属（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；ペプトニフィラス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；未分類ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；アナエロボラックス（Ａｎａｅｒｏｖｏｒａｘ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；モギバクテリウム属（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＶ；ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；未分類クロストリジウム目、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）；ベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）」；「エリシペロトリクス目（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）」；エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）；ホールデマニア属（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、
真性細菌；「プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）」；ベータプロテオバクテリア；バークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）；アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）；パラステレラ属（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）。
【００４９】
本発明の一実施形態によると、細菌内容物は前記細菌の１以上を含む。
【００５０】
本発明によって治療または予防することができる疾患は、例えば抗生物質治療後の下痢、特にクロストリジウム・ディフィシルに起因する下痢であって、これは非常に長期にわたり、従来法による治療が困難であり、まれに死に至る可能性がある。他の治療領域は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、セリアック病および炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎、クローン病、顕微鏡的大腸炎、および回腸嚢炎（ｐａｕｃｈｉｔｉｓ）である。別の治療領域は、例えば放射線治療後、化学療法後および移植と関連した腸管微生物叢の医原性障害／腸内毒素症である。本発明で治療または予防することができる他の疾患の例は：神経疾患、例えばパーキンソン病、アルツハイマー病、ルー・ゲーリック病ＡＬＳ−筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症；行動／精神障害、例えば自閉症、アスペルガー症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）および鬱病；リウマチ性疾患、例えば関節リウマチ；および全身性／代謝障害、例えば：高血圧、肥満および２型糖尿病、ならびに胃腸管の新生物形成／腫瘍性疾患である。本発明は、慢性疲労症候群の治療でも用いることができる。本発明はさらに、尋常性挫創などの皮膚疾患の治療でも用いることができる。
【００５１】
本発明はまた、疾患の薬学的治療または予防（剤）の製造のためのそのような嫌気的に培養されたヒト微生物叢の使用にも関する。
【００５２】
本発明による化合物は、経鼻十二指腸チューブ、胃カメラ、膣鏡／Ｓ字結腸鏡、および浣腸から選択される装置により、または例えば胃酸耐性カプセル、ナノカプセル化もしくは坐剤などの好適なガレヌス製剤（ｇａｌｅｎｉｃ  ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ）の凍結乾燥形態によりヒトに投与することができる。
【００５３】
一実施形態において、組成物は、疾患に対して活性な他の微生物因子（例えばバクテリオファージ）またはシグナル伝達物質も含有してよい。
【００５４】
製剤の形態
組成物は、以下の製剤の形態で提供することができる：
１．凍結溶液から新しく解凍
２．凍結乾燥した培養生成物
３．培養からの新鮮なもの
４．生マイクロカプセル化培養物。
【００５５】
投薬量
本発明を、問題の性質、原因および重篤度に応じて、数日、例えば１〜３０日にわたって１日あたり少なくとも１回、ヒト胃腸管に適用する。投与あたり１〜１００ｍｌの生成物、好ましくは２０〜４０ｍｌ、または凍結乾燥形態での同等量で投与する。
【００５６】
投与手段
生成物は、好ましくは以下の非限定的例にしたがって投与することができる：例えば、経鼻十二指腸チューブ、胃カメラ、膣鏡／Ｓ字結腸鏡、浣腸を通して溶液の形態、または例えば胃酸耐性カプセル、ナノカプセル化もしくは坐剤などの好適なガレヌス製剤における凍結乾燥形態。
【００５７】
他の成分（ビヒクル）
投与を容易にする、または本発明の効果を支持する他の物質や成分を組成物に添加してもよい。
【００５８】
抗生物質治療および／または運動性軽減物質が本発明での治療に先行しても、先行しなくてもよい。
【実施例】
【００５９】
本発明を以下の非限定的例によって説明する。
【００６０】
実施例１
本発明による微生物叢を１９９５年以前の健常な単一ドナー由来の糞便サンプルから入手した。ドナーと糞便とはどちらも十分に検査した。ドナーの腸内微生物叢の機能状態は、コプロスタノール、ウロビリン、ムチン、糞便トリプシン活性、短鎖脂肪酸およびベータ−アスパルチルグリシンの正常な機能値を有することが判明した。Ａ、ＢおよびＣ型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、カリシウイルスおよびロタウイルスについての試験はすべて陰性であった。さらに、糞便をサルモネラ、赤痢菌、カンピロバクター、エルシニア、クロストリジウム・ディフィシルおよび原生動物嚢子の存在についてスクリーニングし、これらの調査はすべて陰性であった。
【００６１】
糞便サンプル（ブリストルスケールタイプ２）の内部からの糞便サンプルを上述の健常ドナーから採取し、直ちに１．２５％（ｗ／ｖ）の凍結乾燥した鶏卵卵黄（Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ−Ｋａｂｉ（スウェーデン））と嫌気度指示薬としてのレサズリンを添加した前還元滅菌細菌学的ペプトン酵母ベースの培地（Ｄｉｆｃｏ（米国））３０ｍｌ中に懸濁させた。この組成物を窒素流下で隔週に再培養した。培養生成物の細菌量は培地１ｍｌあたり＞１０９であることが判明した。
【００６２】
生成物は以下の種を含んでいた：
真性細菌；「放線菌門」；放線菌門；コリオバクター亜綱；コリオバクター目：「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；コリンゼラ属、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌門；コリオバクター亜綱；コリオバクター目：「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；エガセラ属、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌門；コリオバクター亜綱；コリオバクター目：「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；オルセネラ属、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「ポルフィロモナス科」；パラバクテロイデス属、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「プレボテラ科」；プレボテラ属、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「リケネラ科」；アリスティペス属、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；バクテロイデス科；バクテロイデス属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「バシラス綱」；「ラクトバチルス目」；「エンテロコッカス科」；エンテロコッッカス属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ユーバクテリウム科」；ユーバクテリウム属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ユーバクテリウム科」；未分類「ユーバクテリウム科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；アナエロスティペス属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ドレア属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ロゼブリア属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；未分類「ラクノスピラ科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科」；スポラセチゲニウム属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科」；未分類「ペプトストレプトコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ルミノコッカス科；アナエロフィルム属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；アナエロツルンカス、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；オシリバクター属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；未分類ルミノコッカス科、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；クロストリジウム属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；サルシナ属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；未分類「クロストリジウム科１」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；アナエロコッカス属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；フィネゴルディア属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；ペプトニフィラス属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；未分類ＩｎｃｅｒｔａＳｅｄｉｓＸＩ、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；アナエロボラックス属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；モギバクテリウム属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＶ；ブラウティア属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；未分類クロストリジウム目、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ベイヨネラ科；ベイヨネラ属、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「エリシペロトリクス綱」；「エリシペロトリクス目」；エリシペロトリクス科；ホールデマニア属、および
真性細菌；「プロテオバクテリア門」；ベータプロテオバクテリア；バークホルデリア目；アルカリゲネス科；パラステレラ属。
【００６３】
１０％のグリセロールを添加した後、組成物を−７０℃で貯蔵することができる。
【００６４】
実施例２
例えば細菌感染によって抗生物質または抗生物質抵抗性遺伝子にさらされていない個体からの新鮮な糞便サンプルまたは凍結された糞便サンプルを、嫌気性条件で、動物起源のコレステロール（たとえば１．２５％の凍結乾燥させた鶏卵卵黄（Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ−Ｋａｂｉ（スウェーデン）））を、嫌気度指示薬としてのレサズリンとともに含有する３０ｍｌのペプトン−酵母培地（Ｄｉｆｃｏ（米国））に接種する。この組成物を２週間毎に再培養する。培養生成物の細菌量は、培地１ｍｌあたり＞１０６、好ましくは＞１０９でなければならない。１０％のグリセロールを添加した後、組成物を−７０℃で貯蔵することができる。
【００６５】
実施例３
２７〜９４才の患者３２人（女性２０人、年齢の中央値７８才、男性１２人、年齢の中央値７５才）を本発明による組成物で治療した。これらの患者のうち、２２人はがん（乳がん、結腸がん、前立腺がん）や心臓血管または肺疾患等の慢性基礎疾患にかかっていた。１１人にはセファロスポリンを投与し、９人にはクリンダマイシンを投与し、４人にはシプロフロキサシンを投与し、２人にはイソキサゾリルペニシリンを投与し、別の３人にはいくつかの他の抗生物質を投与し、そして１人には再発性クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＲＣＤＩ）がまず診断された際、アジトロマイシンを投与した。２人は本発明の組成物を受ける前に特定の抗生物質前治療を受けなかった。
【００６６】
ルーチン的に、実施例１による本発明の３０ｍｌを、Ｓ字結腸中の直腸で導入されたカテーテルによって直腸から、または結腸内視術によって投与した。クロストリジウム毒素の分析をカロリンスカ（Ｋａｒｏｌｉｎｓｋａ）病院（スウェーデン国フッディンゲ）での一般慣行にしたがって実施した。本発明を受容した患者３２人のうち２２人が治癒した。これらの患者２２人は、数か月間下痢をともなう生活から数日以内に正常な排便習慣の生活まで、生活の質の劇的な改善を経験した。うち１５人は、本発明を１回だけ受容し、残りは本発明をさらに１〜２回受容した。さらに４人は相当な改善を経験し、残りの４人には反復抗生物質療法を施さなければならなかった。別の２人（原因不明の下痢）も治癒した。経過観察時間は５〜６８か月であり、中央値は２６か月であった。処置による副作用は観察されなかった。
【００６７】
実施例４
ランブル鞭毛虫に関連する感染後胃腸炎の１０人の患者はＩＢＳ様の問題に悩まされていた。従来のＩＢＳ治療は有効ではなかった。これらの患者に本発明の組成物を投与すべきであると判断された。３０ｍｌの単回投与を、胃・空腸チューブを使用して３日連続して投与した。意外にも、全ての患者は本発明の投与直後に回復し、長期間無症状のままであった。
【手続補正書】
【提出日】平成25年12月11日(2013.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の４つの門：バクテロイデス門、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門および放線菌門のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌の増殖を促進する培養培地中での糞便サンプルの嫌気性培養によって得られた厳密に嫌気的に再培養されたヒト腸内微生物叢のマイクロ生態系。
【請求項２】
単一のドナー由来のサンプルから入手したマイクロ生態系を含む請求項１記載の嫌気性マイクロ生態系。
【請求項３】
疾患の治療または予防のための請求項１記載の嫌気性マイクロ生態系を含む組成物。
【請求項４】
広域スペクトル−およびメタロ−ベータ−ラクタマーゼ、医薬物質の代謝産物、または生体異物がない請求項３記載の組成物。
【請求項５】
以下の微生物：Ａ、ＢおよびＣ型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、カリシウイルスおよびロタウイルス、サルモネラ、赤痢菌、カンピロバクター、エルシニア、ならびに原生動物嚢子がないことを特徴とする、請求項３〜４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６】
以下の細菌種：
真性細菌；「放線菌門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）」；放線菌門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）；コリオバクター亜綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）；コリオバクター目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）；「コリオバクター亜目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）」；コリオバクター科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）；コリンゼラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌門；コリオバクター亜綱；コリオバクター目；「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；エガセラ属（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、
真性細菌；「放線菌門」；放線菌門；コリオバクター亜綱；コリオバクター目；「コリオバクター亜目」；コリオバクター科；オルセネラ属（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、
真性細菌；「バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）」；「バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）」；「バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）」；「ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）」；パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）」；プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；「リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）」；アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、
真性細菌；「バクテロイデス門」；「バクテロイデス綱」；「バクテロイデス目」；バクテロイデス科；バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）」；「ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）」；「エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；エンテロコッッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）」；クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）；「ユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）」；ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ユーバクテリウム科」；未分類「ユーバクテリウム科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）」；アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科」；ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）」；未分類「ラクノスピラ科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ペプトストレプトコッカス科」；未分類「ペプトストレプトコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）」；アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；アナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；「ルミノコッカス科」；未分類「ルミノコッカス科」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；サルシナ属（Ｓａｒｃｉｎａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；クロストリジウム科；「クロストリジウム科１」；未分類「クロストリジウム科１」、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；アナエロコッカス属（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；フィネゴルディア属（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ；未分類ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩ、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；アナエロボラックス属（Ａｎａｅｒｏｖｏｒａｘ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＩＩ；モギバクテリウム属（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ＩｎｃｅｒｔａｅＳｅｄｉｓＸＩＶ；ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；未分類クロストリジウム目、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「クロストリジウム綱」；クロストリジウム目；ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）；ベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、
真性細菌；「ファーミキューテス門」；「エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）」；「エリシペロトリクス目（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）」；エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）；ホールデマニア属（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、および
真性細菌；「プロテオバクテリア門」；ベータプロテオバクテリア；バークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）；アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）；パラステレラ属（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）
があわせて、本発明の総細菌内容物の１％超を構成することを特徴とする、請求項３〜５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７】
組成物の細菌内容物が、請求項６で記載される１以上の細菌種を含む、請求項３〜５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項８】
薬剤として使用するための請求項３〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
下痢、例えば過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、または、特にクロストリジウム・ディフィシルに関連する抗生物質関連下痢症（ＡＡＤ）、クロストリジウム・ディフィシル関連下痢症（ＣＤＡＤ）および再発性クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＲＣＤＩ）の治療で使用するための、請求項３〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１０】
経鼻十二指腸チューブ、胃カメラ、膣鏡／Ｓ字結腸鏡、および浣腸から選択される装置による、または、例えば胃酸耐性カプセル、ナノカプセル化もしくは坐剤などの好適なガレヌス製剤の凍結乾燥形態によって、ヒトへの投与で使用するための、請求項３〜９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１１】
嫌気性ヒト腸内微生物叢を含む嫌気性マイクロ生態系を含む組成物を調製するための方法であって、以下の４つの門：バクテロイデス門、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門および放線菌門のうちの少なくとも３つの嫌気性細菌の増殖を促進する培養培地中の糞便サンプルの嫌気性培養によって特徴づけられる、方法。
【請求項１２】
好気性細菌が培養の間抑制されることを特徴とする、請求項１１記載の方法。
【国際調査報告】
2014530229.tif 000002
2014530229.tif 000003
2014530229.tif 000004
2014530229.tif 000005