(57)【要約】核酸シーケンシングを用いてアレル不均衡を検出するための方法およびシステムを提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者からの試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；
このような各遺伝子座における遺伝子型を決定するために該DNA分子をシーケンシングする工程；
各遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程。
【請求項２】
前記多数のゲノム遺伝子座が少なくとも10、50、100、1,000、10,000、50,000、55,000、75,000、100,000、150,000、200,000、300,000、400,000、500,000、750,000、1,000,000もしくは2,000,000またはそれよりも多くの遺伝子座を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が0.51またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項1記載の方法。
【請求項４】
ゲノム遺伝子座がゲノムに沿って均等な間隔で配置されている、請求項1記載の方法。
【請求項５】
前記多数のゲノム遺伝子座のゲノムスペーシングが50％、40％、30％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、もしくは1％よりも小さいかまたは等しい、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記試料がホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、請求項1記載の方法。
【請求項７】
前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
前記腫瘍試料が少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項7記載の方法。
【請求項９】
患者からの試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるLOHの状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；
このような各遺伝子座における遺伝子型を決定するために該DNA分子をシーケンシングする工程；
各ホモ接合性遺伝子座について、それがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程。
【請求項１０】
前記多数のゲノム遺伝子座が少なくとも10、50、100、1,000、10,000、50,000、55,000、75,000、100,000、150,000、200,000、300,000、400,000、500,000、750,000、1,000,000もしくは2,000,000またはそれよりも多くの遺伝子座を含む、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が0.51またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項9記載の方法。
【請求項１２】
ゲノム遺伝子座がゲノムに沿って均等な間隔で配置されている、請求項9記載の方法。
【請求項１３】
前記多数のゲノム遺伝子座のゲノムスペーシングが50％、40％、30％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、もしくは1％よりも小さいかまたは等しい、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
前記試料がホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、請求項9記載の方法。
【請求項１５】
前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項9記載の方法。
【請求項１６】
前記腫瘍試料が少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（1）それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮するための、および（2）このような各遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム。
【請求項１８】
前記多数のゲノム遺伝子座が少なくとも10、50、100、1,000、10,000、50,000、55,000、75,000、100,000、150,000、200,000、300,000、400,000、500,000、750,000、1,000,000もしくは2,000,000またはそれよりも多い遺伝子座を含む、請求項17記載のシステム。
【請求項１９】
遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が0.51またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項17記載のシステム。
【請求項２０】
前記ゲノム遺伝子座がゲノムに沿って均等な間隔で配置されている、請求項17記載のシステム。
【請求項２１】
前記多数のゲノム遺伝子座のゲノムスペーシングが50％、40％、30％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、もしくは1％よりも小さいかまたは等しい、請求項20記載のシステム。
【請求項２２】
前記試料がホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、請求項17記載のシステム。
【請求項２３】
前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項17記載のシステム。
【請求項２４】
前記腫瘍試料が少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項23記載のシステム。
【請求項２５】
試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるLOHの状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（1）それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮するための、および（2）このような各遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラムの手段；ならびに
各ホモ接合性遺伝子座について、それがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定するためのコンピュータの手段。
【請求項２６】
前記多数のゲノム遺伝子座が少なくとも10、50、100、1,000、10,000、50,000、55,000、75,000、100,000、150,000、200,000、300,000、400,000、500,000、750,000、1,000,000もしくは2,000,000またはそれよりも多い遺伝子座を含む、請求項25記載のシステム。
【請求項２７】
遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が0.51またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項25記載のシステム。
【請求項２８】
前記ゲノム遺伝子座がゲノムに沿って均等な間隔で配置されている、請求項25記載のシステム。
【請求項２９】
前記多数のゲノム遺伝子座のゲノムスペーシングが50％、40％、30％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、もしくは1％よりも小さいかまたは等しい、請求項28記載のシステム。
【請求項３０】
前記試料がホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、請求項25記載のシステム。
【請求項３１】
前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項25記載のシステム。
【請求項３２】
前記腫瘍試料が少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項31記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、2011年6月17日付けで提出されて、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる米国特許仮出願第61/498,418号に対する優先権を主張する。
【０００２】
発明の分野
本発明は、一般に分子の診断に関連し、特に患者試料中のアレル不均衡の検出のための方法およびシステムに関する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
一般に、染色体ペアの各染色体（雄の場合は各々の常染色体）上の同一遺伝子座に存在するシーケンスの比較は、特定の遺伝子座が細胞のゲノムにおいてホモ接合性またはヘテロ接合性であるかどうかを明らかにすることができる。個体は典型的に生物学的父親から一つのコピーを、生物学的母親から一つのコピーを受け継ぐので、ヒトゲノムにおける多型遺伝子座は一般に個体内においてヘテロ接合性である。いくつかのケースでは、個体内の多型遺伝子座または一連の多型遺伝子座は、双方の生物学的な親からの同一コピーの遺伝の結果としてホモ接合性である。その他のケースでは、ホモ接合性は生殖系列からのヘテロ接合性の消失（LOH）に起因する。LOHおよびコピー数の情報は臨床的に有用である可能性があるので、試料中のLOHの遺伝子座および領域を特定する向上した方法が必要性である。
【発明の概要】
【０００４】
発明の簡単な概要
腫瘍組織のコピー数（アレル不均衡およびLOHを含む）の解析は、従来より、一塩基多型（SNP）アレイを用いて実施されている。データの品質は時として大きなばらつきを示し、特にFFPEでは不良である傾向がある。本発明者らは、標的遺伝子座（例えば、SNP）にまたがるDNA断片の溶液内捕獲に基づく、全試料タイプから高品質のデータを産生するゲノム全体のコピー数解析、続く、アレルを同定および定量するための並列シーケンシングによる方法を開発している。得られるデータは、試料の高品質のLOHおよびコピー数解析を可能とする。
【０００５】
従って、本発明の一つの局面において、癌患者からの腫瘍試料における多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；このような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該DAN分子をシーケンシングする工程；各遺伝子座についてアレル不均衡があるかどうかを決定する工程を含む方法が提供される。
【０００６】
本発明のもう一つの局面において、癌患者からの腫瘍試料における多数のゲノム遺伝子座におけるLOH状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；このような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該DAN分子をシーケンシングする工程；各ホモ接合性遺伝子座についてそれがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程を含む方法が提供される。
【０００７】
別途定義される場合を除いて、本明細書で用いられるすべての技術的および科学的用語は、本発明が関連する技術分野の業者によって一般的に理解されるものと同一の意味を持つ。以下に記載されるものと同等または相当する方法および材料は本発明の実践または試験において用いることができるが、適切な方法および材料を以下に記載する。相反する場合は、定義を含めて本明細書が管理する。さらに、材料、方法および実施例は専ら例示的であって、限定的であることを意図するものではない。
【０００８】
本発明のその他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明白である。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】図1はSNPアレイを用いて決定すられた染色体1に沿って、乳癌患者からの乳癌細胞のアレル量をプロットしたグラフである。矢印の間の染色体領域は、長さ 約103MbのLOH領域である。
【図２】図2は高処理シーケンシングを用いて決定された染色体1に沿って、図1と同一の乳癌患者における乳癌細胞のアレル量をプロットしたグラフである。矢印の間の染色体領域は長さ 約103MbのLOH領域である。
【図３】図3は本明細書に記載される技術を実施するために使用することができるコンピュータ機器およびモバイルコンピュータ機器の一例の略図である。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
発明の詳細な説明
驚くべきことに、関心対象の遺伝子座（例えば、SNP）を含むゲノム領域のシーケンシングを用いてホルマリン固定パラフィン包埋（「FFPE」）試料におけるアレル不均衡（例えば、異常なコピー数、LOH）を決定することは、マイクロアレイを用いて生成したコピー数およびアレル不均衡のデータに比較して、はるかに優れた品質のデータをもたらすことが見出されている。本発明は様々な品質の試料の大規模（例えば、全ゲノム）なコピー数（例えば、アレル不均衡）の解析を可能とする。特に、FFPE由来のDNAから高品質のデータが産生されることを可能とする。現在のアレイをベースとするプラットホームはこの試料タイプから十分な品質のデータを産生することはできない。
【００１１】
従って、本発明の一つの局面において、癌患者からの腫瘍試料における多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；このような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該DAN分子をシーケンシングする工程；各遺伝子座についてアレル不均衡があるかどうかを決定する工程を含む方法を提供する。本明細書で用いられる「遺伝子座」は当技術分野における通常の意味を持つ。本明細書で用いられる通り、「領域」は実質的に隣接する多くの遺伝子座を意味する。特記する場合を除いて、または文脈からそうでないことが明らかに示される場合を除いて、遺伝子座に関して行われる記載は一般に領域に当てはまる。
【００１２】
本明細書で用いられる通り、「アレル不均衡」は、ゲノムの遺伝子座または領域において体細胞のコピー数が生殖系列のコピー数と異なるあらゆる場合を意味する。いくつかの態様において、アレル不均衡はメジャーコピー割合（「MCP」）に換算して表される。本明細書で用いられるように、メジャーコピー割合およびMCPは、次の通り、メジャー＋マイナーアレルコピー数に対するメジャーアレルコピー数の割合を意味する：
MCP＝［メジャーアレルコピー数］／（［メジャーアレルコピー数］＋［マイナーアレルコピー数］）
いくつかの態様において、遺伝子座または領域は、このような遺伝子座または領域のMCPが0.51、0.52、0.53、0.54、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95、または1である場合のアレル不均衡を示す。
【００１３】
アレル不均衡の一つの例はヘテロ接合性の消失（「LOH」）であり、この場合、遺伝子座は生殖系列ではヘテロ接合性であるが体組織ではホモ接合性である。この意味では、ホモ接合性は体組織における遺伝子座のホモ接合性の消失（即ち、欠失）を含むことができる。想定されるLOHおよびアレル不均衡の異なるタイプについて、以下においてより詳細に考察する。
【００１４】
このように、いくつかの態様において、本発明は癌患者からの腫瘍試料における多数のゲノム遺伝子座におけるLOH状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；このような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該DAN分子をシーケンシングする工程；各ホモ接合性遺伝子座についてそれがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程を含む方法を提供する。
【００１５】
本発明に従って、核酸シーケンシングの技術はアレル不均衡を持つ遺伝子座および／または領域を特定するために用いることができる。例えば、細胞試料（例えば、癌細胞試料）からのゲノムDNAを抽出して断片化することができる。ゲノム核酸を抽出および断片化するために、QIAamp DNA Mini Kit（Qiagen）、MagNA Pure DNA Isolation Kit（Roche Applied Science）およびGenElute Mammalian Genomic DNA Miniprep Kit（Sigma-Aldrich）のような市販のキットを非限定的に含む任意の適切な方法を用いることができる。抽出および断片化されると、関心対象の遺伝子座における試料の遺伝子型を決定するためにターゲットまたはアンターゲットシーケンシングを実施することができる。例えば、全ゲノム、全トランスクリプトーム、または全エクソームのシーケンシングが数百万または実に数十億の塩基対の遺伝子型を決定するために実施することができる（即ち、塩基対が評価されるべき「遺伝子座」であり得る）。
【００１６】
いくつかのケースにおいて、公知の多型遺伝子座（例えば、SNPおよび周囲のシーケンス）のターゲットシーケンシングはマイクロアレイ解析の代替として実施することができる。例えば、この目的のために設計されたキット（例えば、Agilent SureSelect、Illumina TruSeq Capture、Nimblegen SeqCap EZ Choice、Raindance Thunderstorm（商標））を用いて、解析されるべき遺伝子座（例えば、SNPの位置）を包含するこれらの断片に関してゲノムDNAを濃縮することができる。例えば、ビオチン化されたRNA／ゲノムDNA複合体を形成するために、解析されるべき遺伝子座を包含するゲノムDNAをビオチン化された捕捉RNA断片に対してハイブリダイズさせることができる。または、ビオチン化されたDNA／ゲノムDNAハイブリッドの形成をもたらすDNA捕捉プローブを利用してもよい。ビオチン化したRNA／ゲノムDNA複合体を、ビオチン化したRNA／ゲノムDNA複合体内に存在しないゲノムDNA断片と分離するために、ストレプトアビジンでコーティングした磁気ビーズおよび磁力を用いることができる。得られるビオチン化したRNA／ゲノムDNA複合体は、磁気ビーズから捕捉されたRNAを回収するために処理されることができて、それによって、解析されるべき遺伝子座を包含する無傷のゲノムDNA断片が遊離する。解析されるべき遺伝子座を包含するこれらの無傷のゲノムDNA断片は、例えば、PCRの技術を用いて増幅することができる。または、関心対象の遺伝子座について濃縮するために反復PCR反応を用いることができる。PCRプライマーは関心対象の遺伝子座に隣接するように設計することができて、PCR反応はこのような遺伝子座を含む配列を増幅するために実施することができる。
【００１７】
濃縮されたゲノムDNA断片は任意のシーケンシング技術を用いてシーケンスすることができる。Illumina（Genome Analyzer；Bennett et al. (2005) Pharmacogenomics, 6:373-382; HiSeq；MiSeq）；Applied Biosystems, Inc.（SOLiD（商標）Sequencer；solid.appliedbiosystems.com）；Roche（例えば、454 GS FLX（商標）シーケンサー；Margulies et al. (2005) Nature, 437:376-380；米国特許第6,274,320号、第6,258,568号、第6,210,891号）；Helicos Biosciences（Heliscope（商標）システム、例えば、米国特許出願公開第2007/0070349号を参照）；Oxford Nanopore（例えば、GridIO（商標）およびMinION（商標）例えば、国際特許出願第PCT/GB2009/001690号、公開第WO/2010/004273号を参照）、およびその他によって開発されたものを非限定的に含めて、当技術分野ではSangerを超えるシーケンシング、多くの適切なシーケンシング機器および戦略が周知である。
【００１８】
ゲノムDNA断片からのシーケンシングの結果はアレル不均衡を持つ遺伝子座を特定するために用いることができる。いくつかのケースにおいて、染色体の長さを通しての遺伝子座のアレル不均衡状態の解析はアレル不均衡の領域の長さを決定するために実施することができる。例えば、染色体に沿って間隔（例えば、約25kbないし約100kbの間隔）を空けている一続きのSNPの位置はシーケンシングによって評価することができて、シーケンシングの結果は染色体に沿ったアレル不均衡（例えば、体細胞性のホモ接合性）の領域の存在だけではなくその不均衡領域の長さを決定するためにも用いることができる。得られるシーケンシングの結果は、染色体に沿ったアレル量をプロットするグラフを作成するために用いることができる。SNP iにおけるアレル量diは、2つのアレル（AiおよびBi）における捕捉されたプローブの調整された数から算出することができる：di＝Ai／（Ai＋Bi）。このようなグラフの一例を図2に示す。
【００１９】
多数の遺伝子座（例えば、SNP）について試料の遺伝子型（例えば、ホモ接合性）が明らかにされると、体細胞性の変化（例えば、LOH）に起因するアレル不均衡の遺伝子座および領域を特定するために一般的な技術を用いることができる。不均衡が体細胞性の変化に起因するかどうかを決定するための一つの方法は体細胞性の遺伝子型を生殖系列と比較することである。例えば、多くの遺伝子座（例えば、SNP）の遺伝子型は生殖系列（例えば、血液）の試料および体細胞性（例えば、腫瘍）の試料の双方において決定することができる。生殖系列の細胞のゲノムが例えばヘテロ接合性であり、体細胞性の細胞のゲノムが例えばホモ接合性である場合を決定するために、各試料の遺伝子型を（典型的にはコンピュータで）比較することができる。このような遺伝子座はLOH遺伝子座であり、このような遺伝子座の領域はLOH領域である。
【００２０】
コンピュータ技術もアレル不均衡が体細胞性（例えば、LOHに起因する）かどうかを決定するために用いることができる。このような技術は、生殖系列の試料が解析および比較に利用できない場合に特に有用である。例えば、他で記載されているようなアルゴリズムはSNPアレイからの情報を用いてアレル不均衡の領域を検出するために用いることができる（Nannya et al., Cancer Res., 65:6071-6079 (2005)）。典型的には、これらのアルゴリズムは腫瘍試料への良性組織の混入を明確には考慮しない。Abkevich et al.; Goransson et al., PLoS One (2009) 4(6):e6057に対する国際特許出願第PCT/US2011/026098号を参照されたい。この混入は、しばしば、アレル不均衡領域の検出を困難にするほど顕著である。混入にも関わらず、アレル不均衡を特定するための本発明に基づく改善された解析方法は、以下に記載するようなコンピュータソフトウェア製品に内包される方法を含む。
【００２１】
以下は一例である。2つのアレル、AおよびBのシグナルの観察された割合（例えば、MCP）が2：1である場合、2つの可能性がある。一つ目の可能性は、正常細胞の50％混入を伴う試料において癌細胞がアレルBの欠失を伴うLOHを持つことである。二つ目の可能性は、LOHはないが、正常細胞の混入を伴わない試料中でアレルAが倍化することである。遺伝子型（例えば、SNP遺伝子型）のデータに基づいてLOH領域を再構築するために、本明細書に記載されるコンピュータプログラムとしてアルゴリズムを実施することができる。このアルゴリズムの一つの点は、各遺伝子座（例えば、SNP）におけるアレル特異的コピー数（ASCN）を最初に再構築することである。ASCNは父系性および母系性の双方のアレルのコピー数である。続いて、ASCNの一つ（父系性または母系性）がゼロである一続きのSNPとしてLOH領域を決定する。このアルゴリズムは尤度関数を最大化することに基づくことができて、各遺伝子座（例えば、SNP）において（ASCNではなく）全コピー数を再構築するために設計された先に記載されたアルゴリムと概念的に類似し得る。国際特許出願第PCT/US2011/026098号（公開第WO/2011/106541号）（参照によりその全体が本明細書に組み入れられる）を参照されたい。尤度関数はすべての遺伝子座のASCN、良性組織の混入の度合い、全ゲノムを通して平均した総コピー数、および試料特異的ノイズレベルを通して最大化することができる。アルゴリズムのための入力データは、（1）各遺伝子座の双方のアレルにおける試料特異的な正規化されたシグナル強度、および（2）公知のASCNプロフィールを用いた多数の試料の分析に基づいて定められたアッセイ特異的（異なるSNPアレイまたはシーケンスをベースとするアプローチに特異的）なパラメータセットを含むことができるまたはこれらからなることができる。
【００２２】
いくつかのケースでは、アレル不均衡を持つ遺伝子座を特定するために設定されたアッセイ（例えば、SNPアレイをベースとするアッセイおよびシーケンシングをベースとするアッセイ）を用いて、評価されるべき遺伝子座（例えば、SNP遺伝子座）を選択するために選択の過程を用いることができる。例えば、任意のヒトSNPの位置を、細胞のゲノム内においてアレル不均衡を持つ遺伝子座を特定するために設定されたSNPアレイをベースとするアッセイまたはシーケンシングをベースとするアッセイに含めるために選択することができる。いくつかのケースでは、（a）Y染色体上に存在しない、（b）ミトコンドリアの遺伝子座でない、（c）関心対象の集団（例えば、白色人種）において少なくとも約5％のマイナーアレルの頻度を持つ、（d）関心対象の集団以外の3つの集団（例えば、中国人、日本人およびヨルバ族）において少なくとも約1％のマイナーアレルの頻度を持つ、および／または（e）これらの任意の集団においてハーディ-ヴァインベルク平衡からの顕著な逸脱を持たない遺伝子座を特定するために、ヒトゲノム内に存在する500,000、1,000,000、1,500,000、2,000,000、2,500,000またはそれよりも多い遺伝子座（例えば、SNP位置）を評価することができる。いくつかのケースでは、基準（a）から（e）までを満たす100,000、150,000または200,000よりも多いヒト遺伝子座が選択されることができる。（a）から（e）の基準を満たすヒト遺伝子座の内、遺伝子座の群（例えば、上位2,500、5,000、7,500、10,000、20,000、30,000、40,000、50,000、75,000、100,000、150,000または200,000の遺伝子座）は、遺伝子座が関心対象の集団において高いアレル頻度を持ち、ある程度均等に間隔を空けた状態（例えば、約5kb、10kb、25kb、50kb、75kb、100kb、150kb、200kb、300kb、400kb、500kbまたはそれよりも多い間隔毎に少なくとも一つの関心対象の遺伝子座）でヒトゲノムをカバーし、解析に用いられる任意の集団においてもう一つの選択された遺伝子座と連鎖不均衡でないように選択されることができる。いくつかのケースにおいて、約40,000、50,000、60,000、70,000、80,000、90,000、100,000、110,000、120,000、130,000またはそれよりも多い遺伝子座がこれらの各基準を満たすものとして選択されることができて、ヒトゲノム全体のアレル不均衡領域を特定するために設定されたアッセイに含められることができる。例えば、約70,000から約90,000の間（例えば、約80,000）のSNPがSNPアレイをベースとするアッセイを用いた解析のために選択されることができて、約45,000から約55,000の間（例えば、約54,000）のSNPがシーケンシングをベースとするアッセイを用いた解析のために選択されることができる。
【００２３】
従って、本発明の一つの局面において、患者からの試料における多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；このような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該DAN分子をシーケンシングする工程；各遺伝子座についてアレル不均衡があるかどうかを決定する工程を含む方法が提供される。
【００２４】
本発明のもう一つの局面において、患者からの試料における多数のゲノム遺伝子座におけるLOH状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；このような各遺伝子座の遺伝子型を決定するために該DAN分子をシーケンシングする工程；各ホモ接合性の遺伝子座についてそれがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程を含む方法が提供される。
【００２５】
本発明のもう一つの局面において、患者からの試料における多数のゲノム遺伝子座におけるコピー数の状態を検出する方法であって、各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；該DAN分子をシーケンシングする工程；およびそのコピー数を決定するためにこのような各遺伝子座における各アレルを定量する工程を含む方法が提供される。
【００２６】
いくつかの態様において、少なくとも10、50、100、1,000、10,000、50,000、55,000、75,000、100,000、150,000、200,000、300,000、400,000、500,000、750,000、1,000,000、2,000,000またはそれよりも多くの遺伝子座が評価される。いくつかの態様において、これらの遺伝子座はゲノムに沿って均等な間隔で配置されている。本明細書で用いられる通り、遺伝子座は、任意の2つの遺伝子座AおよびBの間の距離ABと任意のその他の2つの遺伝子座CおよびDの間の距離CDの差のパーセント（即ち、100*（距離AB−距離CD）／距離ABまたは100*（距離AB−距離CD）／距離CD）が50％、40％、30％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％または1％よりも小さいまたは等しい場合、遺伝子座は「ゲノムに沿って均等な間隔で配置されている」。このような差のパーセントは本明細書では遺伝子座の「ゲノムスペーシング」と呼ばれる。いくつかの態様において、試料はFFPE組織試料である。いくつかの態様において、試料は患者からの腫瘍試料である。
【００２７】
本発明のもう一つの局面は、試料中の多くの遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、（1）各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する、および（2）このような各遺伝子座に関して多くの定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；このような各遺伝子座がアレル不均衡を持つかどうかを決定するために大多数の該定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラムを含むシステムが提供される。
【００２８】
本発明のもう一つの局面は、試料中の多くの遺伝子座におけるLOHの状態を決定するためのシステムであって、（1）各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する、および（2）このような各遺伝子座に関して多くの定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；試料中のこのような各遺伝子座がホモ接合性であるかどうかを決定するために大多数の該定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；および各ホモ接合性の遺伝子座に関してそれがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定するためのコンピュータプログラムを含むシステムが提供される。
【００２９】
本発明のもう一つの局面は、患者からの試料中の多くの遺伝子座におけるコピー数の状態を検出するためのシステムであって、（1）各々が関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する、および（2）このような各遺伝子座に関して多くの定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；ならびにそのコピー数を決定するためにこのような各遺伝子座の各アレルを定量するための大多数の該定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラムを含むシステムが提供される。
【００３０】
本発明のシステムのいくつかの態様において、一つの試料分析装置が関心対象のDNAについて試料を濃縮して該DNAをシーケンシングする。その他の態様において、2つまたはそれよりも多い試料分析装置がこれらの機能を実施する。いくつかの態様では、一つのソフトウェアプログラムが、各遺伝子座が試料中でホモ接合性であるかどうかを決定するために大多数の定量的シグナルを解析して、また、各ホモ接合性の遺伝子座についてそれがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかも決定する。
【００３１】
図3は、本明細書に記載される技術を用いて使用され得るコンピュータ機器1400およびモバイルコンピュータ機器1450の一つの例の略図である。コンピューティング機器1400は、ラップトップ、デスクトップ、ワークステーション、携帯情報端末、サーバー、ブレードサーバー、メインフレームおよびその他の適切なコンピュータのような様々な型のディジタルコンピュータの代表例であることが意図される。コンピューティング機器1450は、携帯情報端末、携帯電話、スマートフォン、およびその他の同様のコンピューティング機器のような様々なモバイルデバイスの代表例であることが意図される。本明細書に示されるコンポーネント、それらの接続および関係、ならびにそれらの機能は専ら例示的であることを意味するものであり、本書類において記載および／または特許請求される発明の実施態様を制限することを意味するものではない。
【００３２】
コンピューティング機器1400は、プロセッサ1402、メモリ1404、記憶装置1406、メモリ1404および高速拡張ポート1410に接続する高速インターフェース1408、ならびに低速バス1414および記憶装置1406に接続する低速インターフェース1415を含む。1402、1404、1406、1408、1410および1415の各コンポーネントは様々なバスを用いて相互接続されて、共通マザーボード上に、または適宜、その他の方法で実装されてよい。プロセッサ1402は、高速インターフェース1408に結合されたディスプレイ1416のような外部入力／出力装置上でGUIのグラフィカル情報を表示するためにメモリ1404または記憶装置1406に記憶された命令を含む、コンピューティング機器1400内で実行するための命令を処理することができる。その他の実施態様において、複数のプロセッサおよび／または複数のバスが、適宜、複数のメモリおよび複数のタイプのメモリと共に使用され得る。さらに、複数のコンピューティング機器1400が、（例えば、サーバーバンク、ブレードサーバーのグループ、またはマルチプロセッサシステムとして）必要な動作の部分を提供する各装置と接続されてもよい。
【００３３】
メモリ1404はコンピューティング機器1400内において情報を記憶する。一つの実施態様において、メモリ1404は揮発性メモリユニットである。もう一つの実施態様において、メモリ1404は不揮発性メモリユニットである。メモリ1404は、磁気または光ディスクのようなもう一つの形態のコンピュータ可読媒体であってもよい。
【００３４】
記憶装置1406はコンピューティング機器1400のための大容量記憶装置を提供することができる。一つの実施態様において、記憶装置1406は、記憶領域ネットワークまたはその他の構成におけるデバイスを含む、フロッピーディスクデバイス、ハードディスクデバイス、光ディスクデバイス、またはテープデバイス、フラッシュメモリもしくはその他の同様の固体メモリデバイス、またはデバイスのアレイのようなコンピュータ可読媒体であってもよい、または含んでもよい。コンピュータプログラム製品は情報担体に感知できるように具体化することができる。コンピュータプログラム製品は、実行される際に、本明細書に記載されるような一つまたは複数の方法を実行する命令を含んでもよい。情報担体は、メモリ1404、記憶装置1406、プロセッサ1402上のメモリ、または伝播シグナルのような、コンピュータ可読媒体または機械可読媒体である。
【００３５】
高速コントローラー1408はコンピューティング機器1400のための帯域消費型（bandwidth-intensive）動作を管理して、低速コントローラー1415はより低い帯域幅消費型の動作を管理する。このような機能の割り振りは専ら例示的である。一つの実施態様において、高速コントローラー1408はメモリ1404、（例えば、グラフィックスプロセッサまたはアクセラレータを介して）ディスプレー1416に、また様々な拡張カード（不図示）を受け入れ得る高速拡張ポート1410に結合される。この実施態様において、低速コントローラー1415は記憶装置1406および低速拡張ポート1414に結合される。低速拡張ポートは様々な通信ポート（例えば、USB、ブルートゥース、イーサネット、または無線イーサネット）を含んでよく、キーボード、ポインティングデバイス、スキャナ、光学読み取り装置、蛍光シグナル検出器のような一つまたは複数の入力／出力装置に結合されてもよく、例えばネットワークアダプタなどを介してスイッチやルータのようなネットワーキングデバイスに結合されてもよい。
【００３６】
コンピューティング機器1400は、図に示すように、多くの異なる形態で実施されてもよい。例えば、それは、標準的なサーバ1420として実施されてもよく、またはこのようなサーバのグループにおいて複数倍で実施されてもよい。またはそれはラックサーバシステム1424の一部として実施されてもよい。加えて、それは、ラップトップコンピュータ1422のようなパーソナルコンピュータにおいて実施されてもよい。またはコンピューティング機器1400のコンポーネントが、機器1450のようなモバイル機器内の他のコンポーネント（不図示）と組み合わされてもよい。このような各機器が、コンピューティング機器1400、1450の内の一つまたは複数を含んでもよく、システム全体が、相互に通信し合う複数のコンピューティング機器1400、1450で構成されてもよい。
【００３７】
コンピューティング機器1450は、その他のコンポーネント（例えば、スキャナー、光学読み取り装置、蛍光シグナル検出装置）の内、プロセッサ1452、メモリ1464、ディスプレイ1454のような入力／出力装置、通信インターフェース1466、および送受信機1468を含む。また、機器1450は、追加の記憶を提供するための、マイクロドライブまたはその他のデバイスなどの記憶装置も備えてよい。1450、1452、1464、1454、1466および1468の各コンポーネントは、様々なバスを使用して相互接続されて、コンポーネントの内のいくつかは共通マザーボート上に実装されてもよく、または、適宜、別の方式で実装されてもよい。
【００３８】
プロセッサ1452は、コンピューティング機器1450内で、メモリ1464に記憶された命令を含む命令を実行することができる。プロセッサは、別々の複数のアナログおよびディジタルプロセッサを含むチップのチップセットとして実施されてもよい。プロセッサは、例えば、ユーザインターフェースの制御、機器1450によって実行されるアプリケーション、および機器1450による無線通信のような、機器1450のその他のコンポーネントの調整を可能とし得る。
【００３９】
プロセッサ1452は、ディスプレイ1454に結合された制御インターフェース1458およびディスプレイインターフェース1456を介してユーザと通信し得る。ディスプレイ1454は、例えば、TFT LCD（薄膜トランジスタ液晶ディスプレイ）もしくはOLED（有機発光ダイオード）ディスプレイ、またはその他の適切なディスプレイ技術などであり得る。ディスプレイインターフェース1456は、ディスプレイ1454を駆動してユーザにグラフィカルおよびその他の情報を提示させるための適切な回路を含み得る。制御インターフェース1458は、ユーザからコマンドを受け取り、それらのコマンドをプロセッサ1452に送るために変換し得る。加えて、機器1450と他の機器との近距離通信を可能にするように、外部インターフェース1462がプロセッサ1452との通信を提供してもよい。外部インターフェース1462は、例えば、実施態様によっては有線通信を提供してもよく、他の実施態様によっては無線通信を提供してもよく、また複数のインターフェースが使用されてもよい。
【００４０】
メモリ1464はコンピューティング機器1450内で情報を記憶する。メモリ1464は、一つまたは複数のコンピュータ可読媒体、揮発性メモリユニット、または不揮発性メモリユニットとして実施することができる。また、拡張メモリ1474が設けられて、例えばSIMM（Single In Line Memory Module）カードインターフェースを含み得る拡張インターフェース1472を介して機器1450に接続されてもよい。このような拡張メモリ1474は、機器1450のための追加の記憶空間を提供してもよく、または、アプリケーションもしくは機器1450のためのその他の情報を記憶してもよい。例えば、拡張メモリ1474は、本明細書に記載される工程を実行または補足するための命令を含んでもよく、またセキュア情報を含んでもよい。従って、例えば、拡張メモリ1474は、機器1450のためのセキュリティモジュールとして提供されてもよく、機器1450のセキュアな使用を可能にする命令でプログラムされてもよい。加えて、ハッキングできない方法でSIMMカード上に識別情報を配置するなど、セキュアアプリケーションが追加情報と共にSIMMカードを介して提供されてもよい。
【００４１】
メモリは、例えば、以下で考察するように、フラッシュメモリおよび／またはNVRAMメモリを含み得る。一つの実施態様において、コンピュータプログラム製品は情報担体において有形に具体化される。コンピュータプログラム製品は、実行されると、本明細書に記載されるように一つまたは複数の方法を実施する命令を含む。情報担体は、メモリ1464、拡張メモリ1474、プロセッサ1452上のメモリのように、コンピュータ可読媒体もしくは機械可読媒体、または例えば送受信機1468もしくは外部インターフェース1462上で受け取ることができる伝搬信号である。
【００４２】
機器1450は、通信インターフェース1466を介して無線で通信してよく、この通信インターフェースは必要な場合にはディジタル信号処理回路を含み得る。通信インターフェース1466は、特に、GSM音声通話、SMS、EMSもしくはMMSメッセージング、CDMA、TDMA、PDC、WCDMA、CDMA2000、またはGPRSのような様々なモードまたはプロトコルの下での通信を可能にし得る。このような通信は、例えば、高周波送受信機1468によって行われ得る。加えて、ブルートゥース、WiFi、またはその他のこのような送受信機（不図示）を使用した短距離通信も行われ得る。さらに、GPS（Global Positioning System）受信機モジュール1470も、別のナビゲーション関連および位置決め関連の無線データを機器1450に提供してよく、このデータは機器1450上で走るアプリケーションによって適宜に使用され得る。
【００４３】
機器1450は、オーディオコーデック1460を使用して可聴的に通信してもよく、このオーディオコーデックは、ユーザからの発話情報を受け取って、それを使用可能なディジタル情報に変換し得る。オーディオコーデック1460は、同様に、例えば機器1450のハンドセットにおいて、スピーカを通すような、ユーザのための可聴音も生成し得る。このような音は、音声通話からの音を含んでもよく、記録された音（例えば、音声メッセージ、音楽ファイルなど）を含んでもよく、また、機器1450上で動作するアプリケーションによって生成される音を含んでもよい。
【００４４】
コンピューティング機器1450は、図に示すように、多くの異なる形態で実施され得る。例えば、それは携帯電話1480として実施されてもよい。スマートフォン1482、携帯情報端末、またはその他の類似のモバイル機器の一部として実施されてもよい。
【００４５】
本明細書で記載されるシステムおよび技術の様々な実施態様は、ディジタル電子回路、集積回路、特別に設計されたASIC（application specific integrated circuit）、コンピュータハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、および／またはそれらの組み合わせとして実現することができる。これらの様々な実施態様は、少なくとも一つのプログラマブルプロセッサを含むプログラマブルシステム上で実行可能であり、かつ／または解釈可能である一つまたは複数のコンピュータプログラムにおける実施態様を含むことができて、プログラマブルシステムは、専用でも汎用でもよく、記憶システム、少なくとも一つの入力装置、および少なくとも一つの出力装置からデータおよび命令を受け取り、またこれらに対してデータおよび命令を送るように結合されてよい。
【００４６】
これらのコンピュータプログラム（プログラム、ソフトウェア、ソフトウェアアプリケーション、またはコードとも呼ばれる）はプログラマブルプロセッサのための機械命令を含み、高水準手続き型および／もしくはオブジェクト指向型プログラミング言語で、ならびに／またはアセンブリ／機械言語で実施することができる。本明細書で用いられるように、「機械可読媒体」および「コンピュータ可読媒体」という用語は、機械命令を機械可読信号として受け取る機械可読媒体を含む、機械命令および／またはデータをプログラマブルプロセッサに提供するために使用される任意のコンピュータプログラム製品、装置、および／またはデバイス（例えば、磁気ディスク、光ディスク、メモリ、プログラマブル論理回路（PLD））を指す。「機械可読信号」という用語は、機械命令および／またはデータをプログラマブルプロセッサに提供するために使用される任意の信号を指す。
【００４７】
ユーザとの対話を可能にするために、本明細書で記載されるシステムおよび技術は、ユーザに情報を表示するためのディスプレイデバイス（例えば、CRT（陰極線管）またはLCD（液晶表示器）モニタ）およびユーザがコンピュータに入力を提供することを可能とするキーボードおよびポインティングデバイス（例えば、マウスまたはトラックボール）を持つコンピュータ上で実施することができる。ユーザとの対話を可能にするためにその他の種類の機器を使用することができる；例えば、ユーザに提供されるフィードバックは任意の形態の感覚的フィードバック（例えば、視覚フィードバック、聴覚フィードバック、または触覚フィードバック）とすることができる；ユーザからの入力は、音響、音声または触覚入力を含む任意の形態で受け取ることができる。
【００４８】
本明細書で記載されるシステムおよび技術は、バックエンドコンポーネント（例えば、データサーバとして）を含む、またはミドルウェアコンポーネント（例えば、アプリケーションサーバ）を含む、またはフロントエンドコンポーネント（例えば、グラフィカルユーザインターフェースもしくはユーザが本明細書で記載されるシステムおよび技術の実施態様と対話するためのウェブブラウザを有するクライアントコンピュータ）、またはこのようなバックエンド、ミドルウェア、もしくはフロントエンドのコンポーネントの任意の組み合わせを含むコンピューティングシステムにおいて実施することができる。システムのコンポーネントは、ディジタルデータ通信の任意の形態または媒体（例えば、通信ネットワーク）によって相互接続することができる。通信ネットワークの例には、ローカルエリアネットワーク（「LAN」）、広域ネットワーク（「WAN」）、およびインターネットが含まれる。
【００４９】
コンピューティングシステムはクライアントおよびサーバを含むことができる。クライアントおよびサーバは、一般には、互いにリモートにあり、典型的には、通信ネットワークを介して対話する。クライアントおよびサーバの関係は、それぞれのコンピュータ上で走り、互いに対してクライアント−サーバ関係を有するコンピュータプログラムによって生じる。
【００５０】
いくつかのケースでは、本明細書において提供されるシステムが、一つまたは複数の試料分析装置を含むように配置することができる。試料分析装置は、癌細胞のゲノムDNAに関する多くのシグナルを産生するように配置することができる。例えば、試料分析装置は、染色体に沿って遺伝子座のアレル不均衡状態を特定する方法で解釈されることができるシグナルを産生することができる。いくつかのケースでは、試料分析装置はシーケンシングをベースとするアッセイの一つまたは複数の工程を実施するように配置することができて、また、このようなアッセイからシグナルを産生および／または捕捉するように配置することができる。いくつかのケースでは、本明細書において提供されるコンピューティングシステムはコンピューティング機器を含むように配置することができる。このようなケースでは、コンピューティング機器は試料分析装置からシグナルを受け取るように配置することができる。
【００５１】
コンピューティング機器は、コンピュータが実行可能な命令または本明細書に記載される一つまたは複数の方法もしくは工程を実施するためのコンピュータが実行可能な命令を含むコンピュータプログラム（例えば、ソフトウェア）を含むことができる。いくつかのケースでは、このようなコンピュータが実行可能な命令は、コンピューティング機器に対して、試料分析装置から、もう一つのコンピューティング機器から、またはシーケンシングをベースとするアッセイからのシグナルを解析するように命令することができる。このようなシグナルの解析は、遺伝子型、特定の遺伝子座におけるアレル不均衡、アレル不均衡の領域、アレル不均衡領域の数を決定するために、アレル不均衡領域のサイズを決定するために、特定のサイズもしくはサイズ範囲を持つアレル不均衡領域の数を決定するために、またはこれらの項目の組み合わせを決定するために実施することができる。
【００５２】
いくつかのケースでは、本明細書で提供されるシステムは、コンピュータが実行可能な命令、またはコピー数、アレル不均衡、LOH、もしくはこれらの項目の組み合わせに関する指標を提供する出力をフォーマットするためのコンピュータが実行可能な命令を含むコンピュータプログラム（例えば、ソフトウェア）を含むことができる。
【００５３】
いくつかのケースでは、本明細書で提供されるシステムは、シーケンシングをベースとするアッセイが実施可能であるように、試料（例えば、癌細胞）を加工するために配置される前処理デバイスを含むことができる。前処理デバイスの例には、癌細胞以外の細胞に対立するものとして癌細胞について細胞集団を濃縮するために配置されるデバイス、細胞を溶解および／またはゲノム核酸を抽出するために配置されるデバイス、ならびに特定のゲノムDNA断片について試料を濃縮するために配置されるデバイスが含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００５４】
本発明のさらなる態様は以下の通りである：
態様1．患者からの試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロにおける方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；
このような各遺伝子座における遺伝子型を決定するために該DNA分子をシーケンシングする工程；
各遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程。
態様2．患者からの試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるLOHの状態を検出するインビトロにおける方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮する工程；
このような各遺伝子座における遺伝子型を決定するために該DNA分子をシーケンシングする工程；
各ホモ接合性の遺伝子座について、それがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程。
態様3．試料中の多数のゲノム遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（1）それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮するための、および（2）このような各遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；
試料中のこのような各遺伝子座の遺伝子型を決定するための大多数の該定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；および
各遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム。
態様4．試料中の多数のゲノム遺伝子座においてLOHの状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（1）それぞれが関心対象の遺伝子座を含むDNA分子についてゲノムDNA試料を濃縮するための、および（2）このような各遺伝子座に関する多くの定量的シグナルを産生するために該DNA分子をシーケンシングするための試料分析装置；
試料中のこのような各遺伝子座の遺伝子型を決定するための大多数の該定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラムの手段；および
各ホモ接合性の遺伝子座について、それがLOHに起因するホモ接合性であるかどうかを決定するためのコンピュータの手段。
態様5．前記多数のゲノム遺伝子座が少なくとも10、50、100、1,000、10,000、50,000、55,000、75,000、100,000、150,000、200,000、300,000、400,000、500,000、750,000、1,000,000もしくは2,000,000またはそれよりも多い遺伝子座を含む、態様1もしくは態様2のいずれかの方法または態様3もしくは態様4のいずれかのシステム。
態様6．ゲノム遺伝子座がゲノムに沿って均等な間隔で配置されている、態様5の方法またはシステム。
態様7．前記多数のゲノム遺伝子座のゲノムスペーシングが50％、40％、30％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、または1％よりも小さいまたは等しい、態様6の方法またはシステム。
態様8．試料がホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、態様1もしくは態様2のいずれかの方法または態様3もしくは態様4のいずれかのシステム。
態様9．試料が患者から摘出された腫瘍試料である、態様8の方法またはシステム。
【実施例】
【００５５】
本明細書に記載される過程はAgilent SureSelect Captureシステムおよびこれに続くIllumina HiSeqシーケンシングを利用したが、溶液または固体支持体をベースとする捕捉法における任意の方法および高処理並列シーケンシングプラットホームを使用することができる。
【００５６】
最初のデザイン選択の過程はIllumina Omni2.5 SNPアレイにおいて〜2,500,000のSNPを利用した。このSNPのリストは、多くの異なる集団グループにおいて利用可能な遺伝子型決定の情報がある、現時点で最大のSNPリストであるために選択された。2,448,785のすべてのSNP位置が、デフォルトの設定を用いてSingle End Long ReadのためのAgilent eArray Sure Select Target Enrichmentウィザードに入力された。1,353,042が選択基準を通過して、設計されたベイト（bait）を持った。
【００５７】
続いて、高いマイナーアレル頻度を持ちゲノムに均等に網羅する110,000のSNPが選択された。この選択では、強い連鎖不均衡のSNPおよびハーディ‐ヴァインベルク平衡からの強い逸脱を示すSNPは棄却された。
【００５８】
それぞれ、55,000の異なるSNP位置をターゲティングする55,000のプローブを含む2つの予備ライブラリーデザインが構築された。各SNPの双方のアレルの均等な捕捉を確認するために、高品質の正常なDNA試料を用いて検査を実施した。さらに、4検体のFFPE試料が捕捉されて、最適に実施するプローブを選択するために使用された。本発明者らは、しっかりした捕捉および均一なシーケンス深度を示して、最終的なシーケンシングライブラリーにおいてシーケンス読み取りを過大または過少表示することのないプローブを探した。
【００５９】
最終的な捕捉プローブライブラリーデザインは、予備捕捉デザインを用いて特定された55,000の至適プローブを含んだ。
【００６０】
上記のシーケンシング技術を用いたコピー数およびLOHの測定の結果を図2に示す（図1は比較としての新鮮凍結組織のマイクロアレイ分析を示す）。
【００６１】
本明細書において言及されるすべての刊行物および特許出願は、本発明が関連する技術分野の業者の水準を示すものである。すべての刊行物および特許出願は、個々の各刊行物または特許出願が参照により組み入れられることが具体的かつ個別に明記されるのと同様に、参照により本明細書に組み入れられる。刊行物および特許出願の単なる言及は、必ずしも、それらが本出願に対する先行技術であることの承認をなすものではない。
【００６２】
前述の発明は理解の明確さのために例証および実施例を介してある程度詳細に記載されているが、添付される特許請求の範囲の範囲内において一定の変更および修正が実行され得ることは明白である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際調査報告】
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