(57)【要約】別態様において、本発明は、リグノセルロース分解（リグノセルロース）活性、たとえばリグニン分解活性およびセルロース分解活性を有する、たとえば下記のものを含むポリペプチド：グリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、キシロシダーゼ(たとえば、β−キシロシダーゼ)、および／またはアラビノフラノシダーゼ活性；これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびにこれらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドを作成および使用する方法を提供する。１態様において、本発明は、熱安定性および耐熱性の形態の本発明のポリペプチドを提供する。本発明のポリペプチドおよび核酸は、多様な医薬、農業および工業関係において；たとえば、バイオマス、たとえばリグノセルロース残渣を発酵可能な糖に生物変換するための酵素として用いられ、その際、１観点において、これらの糖はエタノールおよび燃料、たとえばバイオ燃料、たとえばエタノール、メタノールなどを含む合成の液体または気体燃料の製造のための化学物質供給原料として用いられる。【選択図】図１Ａ
2014502144.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
バリアント  セロビオヒドロラーゼＩ（“ＣＢＨ  Ｉ”）触媒ドメインのアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記バリアントＣＢＨ  Ｉ触媒ドメインがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４のアミノ酸位置２６−４５５に相当する基準触媒ドメインに対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ基準触媒ドメインと比較して増大した活性または改善された耐熱性をもたらす１以上のアミノ酸置換を含むポリペプチド。
【請求項２】
基準触媒ドメインと比較して増大した活性をもたらす１以上の置換を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
下記の置換または置換の組合わせのうち１以上を有する、請求項２に記載のポリペプチド: (a) N222H; (b) N222E; (c) S217K; (d) L225Y; (e) L225V; (f) D87L; (g) G256I; (h) H157G; (i) P159G; (j) N183A; (k) S156G; (l) S218P + T316S; (m) D318Q + T322S + I363V; (n) T324R; (o) S326L; (p) Q334S; (q) K345D; (r) K45R + T293A + S350C; (s) G351D; (t) N352V; (u) F358L; (v) A370I; (w) G376R; (x) E386S; (y) V451W; (z) N455G; (aa) Y31L + T32Q + S72A + T73Q + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (bb) Y31L + S72W + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (cc) S72Y + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (dd) Y31L + T32W + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (ee) T32Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTKGSFSSNIG-S132; (ff) Y31Q + T32Q + S72Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTQSAQKNVG-A131; (gg) Y31A + T32Y + S72Y + T73Y + T77D; (hh) Y31Q + T32Q + S72Y + T73Y + T77D; (ii) T32W + T73W + T77D; (jj) Y31A + T32Q + T73Y + T77D; (kk) S72W + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (ll) Y31L + T32Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (mm) P159G + S217K + N222H + L225Y + K345D + N352V + V451W; (nn) N222H + L225Y + K345D + N352V + E386S + V451W; (oo) S326L + K345D + N352V; (pp) L225Y + D318Q + T324R + S326L + K345D + E386S; (qq) P159G + S217K + N222H + L225Y + Q334S + K345D + E386S;および(rr) E386S + V451W。
【請求項４】
基準触媒ドメインと比較して改善された耐熱性を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
下記の置換または置換の組合わせのうち１以上を有する、請求項４に記載のポリペプチド: (a) S104N; (b) V121S; (c) V121T; (d) G113N; (e) L116T; (f) T268V; (g) T35A + V401A; (h) V392T; (i) Y399D; (j) V401D; (k) V392A + V401A + T417A; (l) L404T; (m) S463Y; (n) A221V + V401A + G474W;および(o) A472M。
【請求項６】
増大した活性または増大した耐熱性をもたらす１以上の置換を基質エントリー部位に有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項７】
下記の置換または置換の組合わせのうち１以上を有する、請求項６に記載のポリペプチド: (a) V121S; (b) V121T; (c) Y31L + T32Q + S72A + T73Q + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (d) Y31L + S72W + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (e) S72Y + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (f) Y31L + T32W + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (g) T32Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTKGSFSSNIG-S132; (g) Y31Q + T32Q + S72Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTQSAQKNVG-A131; (h) Y31A + T32Y + S72Y + T73Y + T77D ; (i) Y31Q + T32Q + S72Y + T73Y + T77D; (j) T32W + T73W + T77D; (k) Y31A + T32Q + T73Y + T77D; (l) S72W + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; および(m) Y31L + T32Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132。
【請求項８】
バリアントＣＢＨ  Ｉ触媒ドメインがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４のアミノ酸位置２６−４５５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項９】
バリアントＣＢＨ  Ｉ触媒ドメインがセルロース結合ドメインに作動可能に連結されている、請求項１〜８のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
触媒ドメインがセルロース結合ドメインにリンカーを介して作動可能に連結されている、請求項９に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
セルロース結合ドメインが触媒ドメインに対してＣ−末端側にある、請求項９または請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項１２】
セルロース結合ドメインが触媒ドメインに対してＮ−末端側にある、請求項９または請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
成熟ポリペプチドである、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
さらにシグナル配列を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
バリアントＣＢＨ  Ｉアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記バリアントＣＢＨ  Ｉアミノ酸配列がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４のアミノ酸位置２６−５２９に相当する基準ＣＢＨ  Ｉに対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ基準ＣＢＨ  Ｉと比較して増大した活性または改善された耐熱性をもたらす１以上のアミノ酸置換を含むポリペプチド。
【請求項１６】
基準ＣＢＨ  Ｉと比較して増大した活性をもたらす１以上の置換を有する、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
下記の置換または置換の組合わせのうち１以上を有する、請求項１６に記載のポリペプチド: (a) N222H; (b) N222E; (c) S217K; (d) L225Y; (e) L225V; (f) H497S; (g) T510K; (h) D87L; (i) G256I ; (j) H157G; (k) P159G; (l) N183A; (m) S156G; (n) S218P + T316S; (o) D318Q + T322S + I363V; (p) T324R; (q) S326L; (r) Q334S; (t) K345D; (u) K45R + T293A + S350C; (v) G351D; (w) N352V; (x) F358L; (y) A370I; (z) G376R; (aa) E386S; (bb) V451W; (cc) N455G; (dd) S463K; (ee) Y31L + T32Q + S72A + T73Q + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (ff) Y31L + S72W + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (gg) S72Y + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (hh) Y31L + T32W + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (ii) T32Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTKGSFSSNIG-S132; (jj) Y31Q + T32Q + S72Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTQSAQKNVG-A131; (kk) Y31A + T32Y + S72Y + T73Y + T77D ; (ll) Y31Q + T32Q + S72Y + T73Y + T77D ; (mm) T32W + T73W + T77D; (nn) Y31A + T32Q + T73Y + T77D; (oo) S72W + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (pp) Y31L + T32Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (qq) P159G + S217K + N222H + L225Y + K345D + N352V + V451W; (rr) N222H + L225Y + K345D + N352V + E386S + V451W; (ss) S326L + K345D + N352V; (tt) L225Y + D318Q + T324R + S326L + K345D + E386S ; (uu) P159G + S217K + N222H + L225Y + Q334S + K345D + E386S; (vv) E386S + V451W。
【請求項１８】
基準触媒ドメインと比較して改善された耐熱性を有する、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
下記の置換または置換の組合わせのうち１以上を有する、請求項１８に記載のポリペプチド: (a) S104N; (b) V121S; (c) V121T; (d) G113N; (e) L116T; (f) T268V; (g) T35A + V401A; (h) V392T; (i) Y399D; (j) V401D; (k) V392A + V401A + T417A; (l) L404T; (m) S463Y; (n) A221V + V401A + G474W; (o) A472M; (p) V401A + V494L。
【請求項２０】
バリアントＣＢＨ  Ｉ触媒ドメインがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４のアミノ酸位置２６−５２９に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
成熟ポリペプチドである、請求項１５〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
さらにシグナル配列を含む、請求項１５〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項２３】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項２４】
前記ポリペプチドが前記組成物中の全ポリペプチドの少なくとも５％である、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ポリペプチドが前記組成物中の全ポリペプチドの少なくとも２５％である、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
全セルラーゼである、請求項２３〜２５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２７】
全セルラーゼが、前記ポリペプチドを組換え発現する宿主細胞により産生されたものである、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
糸状菌の全セルラーゼである、請求項２３〜２７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２９】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む発酵ブロス。
【請求項３０】
糸状菌発酵ブロスである、請求項２９に記載の発酵ブロス。
【請求項３１】
無細胞発酵ブロスである、請求項２９または請求項３０に記載の発酵ブロス。
【請求項３２】
請求項２３〜２８のいずれか１項に記載の組成物または請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の発酵ブロスでバイオマスを処理することを含む、バイオマスを糖化する方法。
【請求項３３】
さらに、単糖類を回収することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
エタノールを製造するための方法であって、
（ａ）請求項２３〜２８のいずれか１項に記載の組成物または請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の発酵ブロスでバイオマスを処理し、これにより単糖類を製造すること；および
（ｂ）段階（ａ）で製造した単糖類の存在下で発酵条件下に発酵微生物を培養し、これによりエタノールを製造すること
を含む方法。
【請求項３５】
段階（ａ）の前に、バイオマスを予備処理することをさらに含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記発酵微生物が細菌または酵母である、請求項３４または請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記発酵微生物が、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)、大腸菌(Escherichia coli)およびクレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)から選択される細菌である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記発酵微生物が、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、サッカロミセス・ウバルム(Saccharomyces uvarum)、クルイベロミセス・フラギリス(Kluyveromyces fragilis)、クルイベロミセス・ラクティス(Kluyveromyces lactis)、カンジダ・プソイドトロピカリス(Candida pseudotropicalis)およびパチソレン・タンノフィルス(Pachysolen tannophilus)から選択される酵母である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記バイオマスが、トウモロコシ葉茎、バガス、モロコシ、ヨシタケ、チカラシバ、ススキ、スギ、麦わら、スイッチグラス、硬材パルプ、軟材パルプ、粉砕サトウキビ、ワセオバナ、またはネピアグラスである、請求項３４〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項４１】
請求項４０に記載の核酸を含むベクター。
【請求項４２】
複製起点をさらに含む、請求項４１に記載のベクター。
【請求項４３】
前記ヌクレオチド配列に作動可能に連結されたプロモーター配列をさらに含む、請求項４１または請求項４２に記載のベクター。
【請求項４４】
プロモーター配列が酵母において作動可能である、請求項４３に記載のベクター。
【請求項４５】
プロモーター配列が糸状菌において作動可能である、請求項４３に記載のベクター。
【請求項４６】
請求項４０に記載の核酸を発現するように工学的に操作された組換え細胞。
【請求項４７】
真核細胞である、請求項４６に記載の組換え細胞。
【請求項４８】
糸状菌細胞である、請求項４７に記載の組換え細胞。
【請求項４９】
糸状菌細胞が、アスペルギルス属(Aspergillus)、ペニシリウム属(Penicillium)、リゾプス属(Rhizopus)、クリソスポリウム属(Chrysosporium)、ミセリオフトラ属(Myceliophthora)、トリコデルマ属(Trichoderma)、ヒューミコラ属(Humicola)、アクレモニウム属(Acremonium)、またはフザリウム属(Fusarium)のものである、請求項４８に記載の組換え細胞。
【請求項５０】
糸状菌細胞が、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・オリゼ(Aspergillus oryzae)、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)、ペニシリウム・クリソゲナム(Penicillium chrysogenum)、ミセリオフトラ・テルモフィラ(Myceliophthora thermophila)またはリゾプス・オリゼ(Rhizopus oryzae)種のものである、請求項４８に記載の組換え細胞。
【請求項５１】
酵母細胞である、請求項４７に記載の組換え細胞。
【請求項５２】
酵母細胞が、サッカロミセス属(Saccharomyces)、クルイベロミセス属(Kluyveromyces)、カンジダ属(Candida)、ピチア属(Pichia)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、ハンゼヌラ属(Hansenula)、クロッケラ属(Klockera)、シュワニオミセス属(Schwanniomyces)、またはヤロウィア属(Yarrowia)のものである、請求項５１に記載の組換え細胞。
【請求項５３】
酵母細胞が、サッカロミセス・セレビシエ(S. cerevisiae)、サッカロミセス・ブルデリ(S. bulderi)、サッカロミセス・バルネッティ(S. barnetti)、サッカロミセス・エクシグウス(S. exiguus)、サッカロミセス・ウバルム(S. uvarum)、サッカロミセス・ディアスタティクス(S. diastaticus)、クルイベロミセス・ラクティス(K. lactis)、クルイベロミセス・マルキシアヌス(K. marxianus)、またはクルイベロミセス・フラギリス(K. fragilis)種のものである、請求項５２に記載の組換え細胞。
【請求項５４】
サッカロミセス・セレビシエ(S. cerevisiae)細胞である、請求項５３に記載の組換え細胞。
【請求項５５】
請求項４１〜４５のいずれか１項に記載のベクターで形質転換した宿主細胞。
【請求項５６】
原核細胞である、請求項５５に記載の宿主細胞。
【請求項５７】
細菌細胞である、請求項５６に記載の宿主細胞。
【請求項５８】
真核細胞である、請求項５５に記載の宿主細胞。
【請求項５９】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチドを製造する方法であって、前記ポリペプチドを発現するように工学的に操作した組換え細胞を、そのポリペプチドを発現する条件下で培養することを含む方法。
【請求項６０】
ポリペプチドがシグナル配列を含み、そのポリペプチドが組換え細胞から分泌される条件下で組換え細胞を培養する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
そのポリペプチドを細胞培養物から回収することをさらに含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ポリペプチドの回収が、細胞および／または細胞屑を遠心除去する段階を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ポリペプチドの回収が、細胞および／または細胞屑を濾去する段階を含む、請求項６１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
1.関連出願の引照
[0001]  本出願は、35 U.S.C. § 119(e)のもとで、U.S. Provisional Application no. 61/390,392, 2010年10月6日出願に基づく優先権を主張し、その内容を全体として本明細書に援用する。
【０００２】
2.発明の分野
[0002]  本発明は、分子生物学および細胞生物学および生化学に関する。別態様において、本発明は、リグノセルロース分解(lignocellulolytic)（リグノセルロース(lignocellulosic)）活性、たとえばリグニン分解(ligninolytic)活性およびセルロース分解活性を有する、たとえば下記のものを含むポリペプチド：セルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ（セロビオヒドロラーゼ）（ｃｂｈ１）（たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ、たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出(processively release)することができる“エキソ”活性を有するもの）；これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびにこれらのポリペプチドおよびポリヌクレオチドを作成および使用する方法を提供する。１態様において、本発明は、熱安定性および耐熱性の形態の本発明のポリペプチドを提供する。本発明のポリペプチドおよび核酸は、多様な医薬、農業および工業関係に；たとえば、バイオマス、たとえばリグノセルロース残渣を発酵可能な糖類に生物変換するための酵素として用いられ、その際、１観点において、これらの糖類はエタノールおよび燃料、たとえばバイオ燃料、たとえばエタノール、メタノールなどを含む合成の液体燃料または気体燃料の製造のための化学物質供給原料として用いられる。
【背景技術】
【０００３】
3.背景
[0003]  バイオマス、たとえばリグノセルロース残渣を含む材料を発酵可能な糖類に生物変換することには大きな関心がある。これらの糖類は、次いでクリーン燃焼型再生可能エネルギー源であるバイオ燃料のための化学物質供給原料として使用できる。したがって、工業界ではバイオマスを処理してクリーン燃焼型再生可能燃料を製造するための、化学的手段以外のものが求められている。
【発明の概要】
【０００４】
4.発明の概要
[0004]  本発明は、ＢＤ２９５５５と比較して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドを提供する。“バリアント”は、そのアミノ酸配列中の１つまたは多数の異なる部位における１以上のアミノ酸の置換によりＢＤ２９５５５と配列が異なるポリペプチドを意味する。
【０００５】
[0005]  ＣＢＨ  Ｉはグリコシルヒドロラーゼファミリー７（“ＧＨ７”）に属する。エンドグルカナーゼ類およびセロビオヒドロラーゼ類を含むこのファミリーのセロビオヒドロラーゼ類は、セルロース鎖の還元末端から順次作用してセロビオースを生成する。細菌および真菌に由来するセルラーゼ類は特徴的に、触媒ドメイン（“ＣＤ”）のＮまたはＣ−末端側のいずれかにリンカーペプチドを介して連結された小さなセルロース結合ドメイン（“ＣＢＤ”）をもつ(参照：Suumakki et al., 2000, Cellulose 7: 189-209)。ＣＤは活性部位を含み、一方、ＣＢＤは酵素をセルロースに結合させることによりセルロースと相互作用する(van Tilbeurgh et al., 1986, FEBS Lett. 204(2): 223-227; Tomme et al., 1988, Eur. J. Biochem. 170:575-581)。トリコデルマ・リーゼイ(T. reesei)ＣＢＨ  Ｉの触媒ドメインの三次元構造は解明されている(Divne et al., 1994, Science 265:524-528)。ＣＤは、対面充填してβ−サンドイッチを形成した２つのβ−シートからなる。ＣＤ中の残りの大部分のアミノ酸は、β−シートを連結するループである。若干のループは伸長し、活性部位の周りで折れ曲がって、（約５０Å）のセルロース結合トンネルを形成している。一般に、触媒作用残基はＢＤ２９５５５のＥ２３４およびＥ２３９に相当するグルタミン酸である。ＣＢＨ  Ｉポリペプチドの活性部位に特徴的なループ（“活性部位ループ”）（ＧＨ７ファミリーのエンドグルカナーゼには存在しない）は、ＢＤ２９５５５（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）の位置２１４−２２６に相当する。
【０００６】
[0006]  多くのＣＢＨ  ＩポリペプチドがＣＢＤをもたず、種々の基質上のセルラーゼドメインの活性に関する大部分の研究がＣＢＨ  Ｉポリペプチドの触媒ドメインについてのみ実施されてきた。セロビオヒドロラーゼ活性をもつＣＤはパパインによる成熟ＣＢＨ  Ｉの制限タンパク質分解により生成できるので(たとえば、Chen et al., 1993, Biochem. Mol. Biol. Int. 30(5): 901-10を参照)、それらはしばしば“コア”ドメインとも呼ばれる。したがって、バリアントＢＤ２９５５５はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４の位置２６−４５５に相当するCD“コア”のみを含むことができる。
【０００７】
[0007]  ＢＤ２９５５５のＣＤ中の触媒作用残基、Ｅ２３４およびＥ２３９は、高度に保存されている。したがって、本発明のＣＢＨ  Ｉバリアントは、好ましくはＥ２３４およびＥ２３９に相当する位置に２つのグルタミン酸残基を含む。ＢＤ２９５５５バリアント（たとえば、挿入または欠失を含むもの）中のＥ２３４およびＥ２３９に相当するアミノ酸位置は、配列比較アルゴリズムを用いてそれらの配列とＢＤ２９５５５のアラインメントにより同定できる。比較に最適な配列アラインメントは、たとえば下記より実施できる：Smith & Waterman, 1981, Adv. Appl. Math. 2:482-89の局所相同性アルゴリズム;Needleman & Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443-53の相同性アラインメントアルゴリズム;Pearson & Lipman, 1988, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 85:2444-48の類似性検索法; これらのアルゴリズムのコンピューター化実施形態(GAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA：Wisconsin Genetics Software Package中, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wis.)、または視覚判定。
【０００８】
[0008]  ＣＢＤは、特に結晶質セルロースの加水分解に関与する。セロビオヒドロラーゼ類が結晶質セルロースを分解する能力はＣＢＤが存在しない場合には低下することが示されている(Linder and Teeri, 1997, Journal of Biotechnol. 57:15-28)。本発明のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドは、さらにＣＢＤを含むことができる。ＢＤ２９５５５のＣＢＤは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４の位置４９４−５２９に相当する。
【０００９】
[0009]  ＣＢＨ  ＩポリペプチドのＣＤとＣＢＤは、しばしばリンカーを介して連結している。ＣＢＤはＣＤに対してＮ−末端側またはＣ−末端側のいずれかにある可能性があり、ＣＢＤとＣＤは場合によりリンカー配列を介して連結している。ＢＤ２９５５５のＣＤとＣＢＤを連結するリンカーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４の位置４５６−４９３に相当する。
【００１０】
[0010]  ＣＢＨ  Ｉポリペプチドはモジュール状(modular)であるので、ＢＤ２９５５５のＣＤバリアントには異なるＣＢＨ  ＩポリペプチドのＣＢＤおよび／またはリンカーが結合することができる。しかし、１態様において、バリアントＣＢＨ  ＩポリペプチドはＢＤ２９５５５と関連する配列のＣＤ、ＣＢＤおよびリンカーを含む。
【００１１】
[0011]  大部分のＣＢＨ  Ｉポリペプチドは分泌されることから、ポリペプチドが細胞から分泌される際に切断されるシグナル配列を含む状態で発現する。本発明のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドは成熟ポリペプチドであってもよく、あるいはそれらはさらにシグナル配列を含んでもよい。成熟ＢＤ２９５５５はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４のアミノ酸２６−５２９に相当し、ＢＤ２９５５５のシグナル配列はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４のアミノ酸１−２５に相当する。本発明のバリアントＣＢＨ  ＩポリペプチドはＢＤ２９５５５のシグナル配列またはヘテロロガスシグナル配列を含む状態で発現することができる。
【００１２】
[0012]  バリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドは、野生型ＢＤ２９５５５(その配列をSEQ ID NO:60、94、120または134として提示する)と比較して少なくとも１つの改善された特性（たとえば、活性、改善された耐熱性、改善された生産物耐容性）をもつ。表Ａは、ＢＤ２９５５５ポリペプチドに導入できる置換のまとめを示す。
【００１３】
【表１−１】
2014502144.tif 000003
【００１４】
【表１−２】
2014502144.tif 000004
【００１５】
【表１−３】
2014502144.tif 000005
【００１６】
【表１−４】
2014502144.tif 000006
【００１７】
【表１−５】
2014502144.tif 000007
【００１８】
【表１−６】
2014502144.tif 000008
【００１９】
[0013]  したがって本発明は、ＢＤ２９５５５と比較して改善された活性をもち、ＢＤ２９５５５配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）と比較して下記の１以上の置換または置換の組合わせをもつ、ＣＢＨ  Ｉバリアントポリペプチドを提供する: (a) N222H; (b) N222E; (c) S217K; (d) L225Y; (e) L225V; (f) H497S; (g) T510K; (h) D87L; (i) G256I ; (j) H157G; (k) P159G; (l) N183A; (m) S156G; (n) S218P + T316S; (o) D318Q + T322S + I363V; (p) T324R; (q) S326L; (r) Q334S; (t) K345D; (u) K45R + T293A + S350C; (v) G351D; (w) N352V; (x) F358L; (y) A370I; (z) G376R; (aa) E386S; (bb) V451W; (cc) N455G; (dd) S463K; (ee) Y31L + T32Q + S72A + T73Q + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (ff) Y31L + S72W + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (gg) S72Y + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (hh) Y31L + T32W + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (ii) T32Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTKGSFSSNIG-S132; (jj) Y31Q + T32Q + S72Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTQSAQKNVG-A131; (kk) Y31A + T32Y + S72Y + T73Y + T77D ; (ll) Y31Q + T32Q + S72Y + T73Y + T77D ; (mm) T32W + T73W + T77D; (nn) Y31A + T32Q + T73Y + T77D; (oo) S72W + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (pp) Y31L + T32Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (qq) P159G + S217K + N222H + L225Y + K345D + N352V + V451W; (rr) N222H + L225Y + K345D + N352V + E386S + V451W; (ss) S326L + K345D + N352V; (tt) L225Y + D318Q + T324R + S326L + K345D + E386S ; (uu) P159G + S217K + N222H + L225Y + Q334S + K345D + E386S; (vv) E386S + V451W。
【００２０】
[0014]  本発明はまた、ＢＤ２９５５５と比較して改善された耐熱性をもち、ＢＤ２９５５５配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）と比較して下記の１以上の置換または置換の組合わせをもつ、ＣＢＨ  Ｉバリアントポリペプチドを提供する: (a) S104N; (b) V121S; (c) V121T; (d) G113N; (e) L116T; (f) T268V; (g) T35A + V401A; (h) V392T; (i) Y399D; (j) V401D; (k) V392A + V401A + T417A; (l) L404T; (m) S463Y; (n) A221V + V401A + G474W; (o) A472M; (p) V401A + V494L。
【００２１】
[0015]  ＢＤ２９５５５はアミノ酸位置１２０−１２８に表面ループをもち、それは位置３１、３２、７２、７３、および７７と一緒に基質エントリー部位を形成する。基質取込みを改善するためにエントリー部位の疎水性を高める目的で、１２，８００バリアントを含む“基質エントリー部位(substrate entry site)”ライブラリーを構築した（ライブラリーは、位置３１における５つのバリアント、位置３２、７２、７３、および７７におけるそれぞれ４つのバリアントを含んでいた；さらに、位置１２０−１２８の表面ループを、他のＣＢＨ  Ｉ配列からの異なる長さおよびアミノ酸組成の９つのループで置換した）。改善された活性をもつ幾つかのバリアントが基質エントリー部位スクリーニングで同定された（SEQ ID NO: 96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116および118）。さらに、SEQ ID NO:64およびSEQ ID NO:66は、基質エントリー部位に有益な置換をもつBD29555バリアントであり、それらは他のスクリーニングで同定され、酵素の耐熱性が改善されていた。したがって、特定の観点において、本発明は、ＣＢＨ  Ｉの活性または耐熱性を高める、ＢＤ２９５５５の基質エントリー部位バリアントを提供する。ある態様において、基質エントリー部位バリアントは、下記のものから選択される１以上の置換または置換の組合わせをもつ: (a) V121S; (b) V121T; (c) Y31L + T32Q + S72A + T73Q + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (d) Y31L + S72W + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (e) S72Y + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (f) Y31L + T32W + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; (g) T32Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTKGSFSSNIG-S132; (g) Y31Q + T32Q + S72Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VTQSAQKNVG-A131; (h) Y31A + T32Y + S72Y + T73Y + T77D; (i) Y31Q + T32Q + S72Y + T73Y + T77D; (j) T32W + T73W + T77D; (k) Y31A + T32Q + T73Y + T77D; (l) S72W + T73Q + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132; および(m) Y31L + T32Y + T77D + F120-VTGSNVG-S128 → F120-VQQGPYSKNVG-S132。位置120-128に存在する表面ループに関して本明細書中で用いるように、置換という用語は、１以上の個々のアミノ酸の置換、またはループ全体（９アミノ酸）を異なる長さのループ（たとえば、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４または１５のアミノ酸）で置換することのいずれかを表わす点を留意する。
【００２２】
[0016]  本発明のＣＢＨ  Ｉポリペプチドは、ＢＤ２９５５５のＣＤに対して少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または99.5%の配列同一性をもつアミノ酸配列を含む。ＢＤ２９５５５の配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０、９４、１２０および１３４として示されている。ＢＤ２９５５５のＣＤは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０、９４、１２０または１３４の位置２６−４５５に相当する。
【００２３】
[0017]  本発明のＣＢＨ  Ｉポリペプチドは、ＢＤ２９５５５のシグナル配列の切断から生成する成熟ポリペプチドに対して少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または99.5%の配列同一性をもつアミノ酸配列を含むこともできる。ＢＤ２９５５５の配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０、９４、１２０および１３４として示されている。成熟ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０、９４、１２０または１３４の位置２６−５２９に相当する。
【００２４】
[0018]  本発明は、バリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドを含む組成物（セルラーゼ組成物、たとえば全セルラーゼ組成物、および発酵ブロスを含む）をさらに提供する。バリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドおよびそれらを含む組成物は、特にバイオマスを糖化するプロセスに使用できる。
【００２５】
[0019]  本発明は、本明細書に記載するバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸（たとえば、ベクター）、およびバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドを発現するように操作された組換え細胞をさらに提供する。組換え細胞は原核細胞（たとえば、細菌）または真核細胞（たとえば、酵母または糸状菌）であってよい。さらに、バリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドを製造し、場合により回収する方法を提供する。
【００２６】
[0020]  別態様において、本発明は、リグノセルロース分解（リグノセルロース）活性、たとえばリグニン分解活性およびセルロース分解活性を有する、たとえば下記のものを含むポリペプチド：セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ、たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有するもの）、β−グルコシダーゼ（ベータ−グルコシダーゼ）、キシラナーゼ、キシロシダーゼ(たとえば、β−キシロシダーゼ)、および／またはアラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチド；これらのポリペプチドをコードする核酸、ならびにそれらを作成および使用する方法を提供する。本発明は、いずれかのバイオマス、たとえばリグノセルロース残渣を、発酵可能な糖類または多糖類に生物変換するための酵素を提供する；これらの糖類または多糖類は、アルコール類、たとえばエタノール、プロパノール、ブタノールおよび／またはメタノールの製造のための化学物質供給原料として、また燃料、たとえばバイオ燃料、たとえば合成の液体または気体、たとえば合成ガスの製造に使用できる。
【００２７】
[0021]  別態様において、本発明の酵素は増大した触媒速度をもち、基質（たとえば、リグノセルロース残渣、セルロース、バガス）加水分解のプロセスを改善する。触媒速度におけるこの増大した効率により糖類または多糖類の産生効率が増大し、これは工業、農業または医療用途、たとえばバイオ燃料、あるいはアルコール類、たとえばエタノール、プロパノール、ブタノールおよび／またはメタノールの製造に有用となる可能性がある。１観点において、本発明の酵素を用いる加水分解により産生された糖類を、微生物がアルコール類（たとえばエタノール、プロパノール、ブタノールおよび／またはメタノール）の産生および／または燃料（たとえば、バイオ燃料）の産生に利用できる。
【００２８】
[0022]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつ高活性ポリペプチド、たとえば増大した触媒速度をもつポリペプチドを提供し、これにはグリコシルヒドロラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ、たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有するもの）、β−グルコシダーゼ（ベータ−グルコシダーゼ）、キシラナーゼ、キシロシダーゼ(たとえば、β−キシロシダーゼ)、および／またはアラビノフラノシダーゼが含まれる。
【００２９】
[0023]  別態様において、本発明は、酵素コストの低い、たとえばバイオマスからバイオ燃料への変換プロセスにおけるコストの低い本発明の酵素を用いる、工業、農業または医療用途（たとえばバイオマスからバイオ燃料、たとえばエタノール、プロパノール、ブタノールおよび／またはメタノールへ）を提供する。したがって本発明は、いずれかのバイオマスからバイオアルコール類、バイオ燃料および／またはバイオ燃料−（たとえば、バイオエタノール−、プロパノール−、ブタノール−および／またはメタノール−）含有組成物（バイオアルコールを含めた、合成の液体燃料または気体燃料を含む）を製造するための効率的な方法を提供する。
【００３０】
[0024]  別態様において、本発明の酵素“カクテル”（“カクテル”は、本発明の酵素を少なくとも１つ含む酵素混合物を意味する）を含めた本発明の酵素を用いて、リグノセルロース系バイオマス、またはセルロースおよび／またはヘミセルロース（リグノセルロース系バイオマスはリグニンをも含む）を含むいずれかの組成物、たとえば下記のもの、の主成分を加水分解する：種子、穀粒、塊茎(tuber)、植物廃棄物（たとえば、干し草、またはわら、たとえばイネわらもしくはコムギわら、またはいずれかの穀類植物の乾燥茎(stalk)）、または食品加工もしくは工業加工の副産物（たとえば、茎）、トウモロコシ（穂軸(cob)、葉茎(stover)などを含む）、牧草（たとえば、インディアングラス(Indian grass)、たとえばソルガム・ヌータンス(Sorghastrum nutans);またはスイッチグラス(switch grass)、たとえばキビ属(Panicum)種、たとえばパニカム・ウィルガツム(Panicum virgatum))、木材(木材チップ、加工廃棄物、たとえば木屑を含む)、紙、パルプ、再生紙(たとえば、新聞紙);下記も含まれる：単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビもしくはその部分(たとえば、茎頂部)、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属(Miscanthus);または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ(canola)、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナス。
【００３１】
[0025]  別態様において、本発明の酵素を用いて、直鎖状のβ−１，４−結合グルコース部分を含むセルロース、および／または植物毎に異なる複雑な構造体としてのヘミセルロースを加水分解する。１観点において、本発明の酵素を用いて、断続的なアラビノース、ガラクトース、グルクロン酸および／またはマンノース枝を含むβ−１，４−結合キシロース分子の主鎖を含有するヘミセルロースを加水分解する。１観点において、本発明の酵素を用いて、非炭水化物成分、たとえばキシロース上のアセチル基およびアラビノース上のフェルラ酸(ferulic acid)エステルを含有するヘミセルロースを加水分解する。１観点において、本発明の酵素を用いて、リグニンに共有結合した、および／または他のヘミセルロース鎖に二フェルレート架橋を介してカップリングした、ヘミセルロースを加水分解する。
【００３２】
[0026]  他の態様において、本発明の組成物および方法はバイオマスの酵素消化に用いられ、セルラーゼおよびヘミセルラーゼを含めた多種多様な酵素の使用を含むことができる。本発明の実施に用いるリグノセルロース酵素は、セルロースを分解して、グルコースを含めたモノマー糖にすることができる。１観点において、本発明の実施に用いる組成物は、下記の酵素の混合物を含むことができる：たとえば、グリコシルヒドロラーゼ、グルコースオキシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ(たとえば、β−キシロシダーゼ)、セロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ、たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有するもの）、および／またはアラビノフラノシダーゼ、あるいはヘミセルロースをモノマー糖に消化できる他の酵素。本発明の混合物は、本発明の酵素のみを含むか、または本発明の酵素のみからなることができ、あるいは少なくとも１つの本発明の酵素および別の酵素を含有することができ、別の酵素もリグノセルロース酵素および／または他のいずれかの酵素、たとえばグルコースオキシダーゼであってもよい。
【００３３】
[0027]  他の態様において、本発明の実施に用いる組成物は、“セルラーゼ”または少なくとも３種類の異なるタイプの酵素の混合物（または１より多い酵素特性をもつ酵素）である組成物を含む: (1)エンドグルカナーゼ：これは内部β−１，４結合を切断してより短いグルコオリゴ糖を生成する、(2)セロビオヒドロラーゼ：これは“エキソ”様式で作用してセロビオース単位（β−１，４  グルコース−グルコース二糖）を順次放出することができる、および(3)β−グルコシダーゼ：これは短いセロオリゴ糖(cellooligsaccharide)（たとえば、セロビオース）からグルコースモノマーを放出する；あるいはこれらのタイプの酵素または酵素活性のうち１、２、または３つすべてを含む組成物。
【００３４】
[0028]  別態様において、本発明の酵素はグルカナーゼ活性、たとえばエンドグルカナーゼ活性をもち、内部エンドβ−１，４−および／またはβ−１，３−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒する。１観点において、エンドグルカナーゼ活性（たとえば、エンド−１，４−ベータ−Ｄ−グルカン  ４−グルカノヒドロラーゼ活性）は、セルロース、セルロース誘導体（たとえば、カルボキシメチルセルロースおよびヒドロキシエチルセルロース）、リケニン中の１，４−および／またはβ−１，３−ベータ−Ｄ−グリコシド結合、混合ベータ−１，３グルカン類、たとえば穀類ベータ−Ｄ−グルカン類またはキシログルカン類、およびセルロース部分を含む他の植物材料中のベータ−１，４結合の加水分解を含む。
【００３５】
[0029]  別態様において、本発明の酵素はエンドグルカナーゼ（たとえば、エンド−ベータ−１，４−グルカナーゼ、EC 3.2.1.4；エンド−ベータ−１，３（１）−グルカナーゼ、EC 3.2.1.6；エンド−ベータ−１，３−グルカナーゼ、ＥＣ  ３．２．１．３９）活性をもち、セルロースおよびグルカン中の内部β−１，４−および／またはβ−１，３−グリコシド結合を加水分解して、より小さな分子量のグルコースおよびグルコースオリゴマーを生成することができる。本発明は、本発明のこれらの酵素を用いて、より小さな分子量のグルコースおよびグルコースオリゴマーを製造するための方法を提供する。
【００３６】
[0030]  別態様において、本発明の酵素を用いて、グルカン類、たとえば１，４−β−および／または１，３−グリコシド結合したＤ−グルコピラノースから形成される多糖類を製造する。１観点において、本発明のエンドグルカナーゼ類は食品産業において、たとえばベーキングならびに果実および野菜の処理、農業廃棄物の分解、動物飼料の製造、パルプおよび紙の製造、編織物製造、ならびに家庭用および産業用の洗浄剤に用いられる。１観点において、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、微生物、たとえば真菌および／または細菌により産生される。
【００３７】
[0031]  別態様において、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類を用いて、穀類の主要な非デンプン多糖類であるベータ-グルカン類（β−グルカン類）を加水分解する。多糖類のグルカン含量は品種および生育条件に応じて著しく変動する可能性がある。この多糖類の物理化学的特性は、それが酸化条件下では粘稠な溶液を生じ、またはゲルすら生じることである。さらに、グルカン類は高い水結合能をもつ。これらの特性すべてが、醸造、ベーキング、動物栄養供給を含めた幾つかの産業において問題を提起する。醸造用途において、グルカンの存在は麦芽汁の濾過性およびにごり形成の問題を生じる。ベーキング用途（特にクッキーおよびクラッカーについて）、グルカン類は機械処理が困難な粘着性の生地を形成し、ビスケットのサイズを小さくする可能性がある。したがって、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、β−グルカンを含む組成物中のβ−グルカンの量を減らすために用いられる；たとえば本発明の酵素は、溶液またはゲルの粘度を低下させるプロセスで；組成物、たとえばβ−グルカンを含む組成物の水結合能を低下させるために；醸造プロセスで（たとえば、麦芽汁の濾過性を高め、にごり形成を低下させるために）、たとえばクッキー、パン、ビスケットなどの製造のための生地の粘着性を低下させるため、に用いられる。
【００３８】
[0032]  別態様において、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、パリパリ感(crispiness)を維持し、パリパリ感を高め、またはパリパリ感の喪失速度を低下させるために、また炭水化物を含むいずれかの食品、飼料または飲料、たとえばβ−グルカンを含む食品、飼料または飲料の保存寿命を延長するために用いられる。別態様において、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、焼いた製品および他の食品または焼いた製品を急速に再水和してパリパリ感の喪失および保存寿命の短縮をもたらすことが示唆されている炭水化物（たとえばβ−グルカン）の量を減らすために用いられる。
【００３９】
[0033]  別態様において、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、たとえば穀類食による消化管内容物の粘度を低下させるために（たとえば、反芻動物またはヒトなどの動物において）用いられる。したがって別の観点において、本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、食品または飼料の消化性および動物（たとえば、ヒトまたは家畜）の成長速度にプラスの作用を及ぼすために用いられ、１観点において、飼料変換効率をより高めるために用いられる。単胃(monogastric)動物に穀類食を与えることについて、ベータ-グルカンは消化管の内容物の粘度に寄与する要因であり、これにより飼料の消化性および動物の成長速度に有害な作用が生じる。反芻動物については、これらのベータ-グルカン類は繊維摂取の実質成分であり、より完全なグルカン類の消化はより高い飼料変換効率を増進するであろう。したがって本発明は、本発明のエンドグルカナーゼを含む動物用の飼料および食品を提供し、１観点において、これらの酵素は動物の消化管内、たとえば胃および／または腸内で活性である。
【００４０】
[0034]  別態様において、本発明の酵素は、いずれかの植物材料中にみられるものを含めて、セルロースまたはいずれかのベータ-１，４−結合グルカンを含む合成または天然の材料を消化するために用いられる。本発明の酵素、たとえばエンドグルカナーゼ類は、下記のものを含めたいずれかの供給源に由来するセルロースを消化するために、たとえば、木材加工、パルプおよび／または製紙産業、編織物製造、ならびに家庭用および産業用の洗浄剤、および／またはバイオマス廃棄物処理において、商業用酵素として用いられる：すべての生物源、たとえば植物バイオマス、たとえばトウモロコシ、穀粒、牧草（たとえば、インディアングラス、たとえばソルガム・ヌータンス;またはスイッチグラス、たとえばキビ属の種、たとえばパニカム・ウィルガツム)；下記も含まれる：単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビもしくはその部分(たとえば、茎頂部)、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属；または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナス；あるいは木材または木材加工副産物、たとえば木屑。
【００４１】
[0035]  別態様において、本発明は、本発明の酵素、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含む組成物（たとえば、医薬組成物、食品、飼料、薬剤、食事サプリメント）を提供する。これらの組成物は、多様な形態で、たとえば丸剤、カプセル剤、錠剤、ゲル剤、ゲル錠、ローション剤、丸剤、注射剤、インプラント、液剤、スプレー剤、散剤、食品、添加剤、サプリメント、飼料もしくは飼料ペレット、またはいずれかのタイプのカプセル封入形態、またはいずれかのタイプの配合物として配合できる。
【００４２】
[0036]  本発明は、下記を含む本発明の代表的核酸に対して少なくとも約50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくはそれ以上の、または完全な(100%)配列同一性（相同性）をもつ核酸配列を含む単離された、合成された、または組換え型の核酸を提供する：SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133、および／またはSEQ ID NO:135;これは、別態様において相補的（部分または完全に相補的）（たとえば、アンチセンス）配列、ｃＤＮＡコード配列およびゲノム（たとえば、“ｇＤＮＡ”）配列を含み、場合により少なくとも約10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, 1500, 1550, 1600, 1650, 1700, 1750, 1800, 1850, 1900, 1950, 2000, 2050, 2100, 2200, 2250, 2300, 2350, 2400, 2450, 2500以上の残基の領域にわたる配列；またはタンパク質コード領域（たとえば、ｃＤＮＡ）もしくはゲノム配列からなる領域にわたる配列を含む；これらの核酸配列、ならびにそれらがコードするポリペプチドおよびペプチドはすべて、“本発明の配列”を包含する。
【００４３】
[0037]  別態様において、本発明のこれらの核酸は、リグノセルロース分解活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ(たとえば、ｃｂｈ１) (たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ、たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有するもの）活性をもつ少なくとも１つのポリペプチドをコードする。別態様において、本発明の核酸は、本発明の代表的ポリペプチド（後記に列記）に特異的に結合できる抗体（またはそのいずれかの結合フラグメント）を生成できるポリペプチドをコードすることができ、あるいはこれらの核酸は、リグノセルロース酵素コード核酸を同定または単離するためのプローブとして、またはリグノセルロース酵素発現核酸の発現を阻害するために使用できる（これらのすべての観点を“本発明の核酸”と呼ぶ）。１観点において、配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析または視覚判定により決定される。
【００４４】
[0038]  本発明の核酸はまた、下記の配列（またはそのサブ配列もしくは酵素活性フラグメント）をもつ本発明のポリペプチド（たとえば、酵素）を含めた本発明の代表的ポリペプチド（またはペプチド）をコードする単離された、合成された、または組換え型の核酸を含む：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58; SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134、および／またはSEQ ID NO:136。
【００４５】
[0039]  本発明の別態様は、本発明の核酸配列の少なくとも10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, 1500, 1550, 1600, 1650, 1700, 1750, 1800, 1850, 1900, 1950, 2000, 2050, 2100, 2200, 2250, 2300, 2350, 2400, 2450, 2500以上の連続塩基を含む、単離された、合成された、または組換え型の核酸、実質的にそれと同一の配列、およびそれに対して（部分的または完全に）相補的な配列を含む。
【００４６】
[0040]  別態様において、本発明の単離された、合成された、または組換え型の核酸は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつ、熱安定性であるポリペプチドをコードする。これらのポリペプチドは、約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約95℃、または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でリグノセルロース活性を保持できる。ポリペプチドは、約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃もしくは99℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、または約90℃〜約99℃の範囲、または95℃、96℃、97℃、98℃もしくは99℃以上の温度でリグノセルロース活性を保持できる。
【００４７】
[0041]  別態様において、本発明の単離された、合成された、または組換え型の核酸は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつ、可溶性セロオリゴ糖をモノマーに加水分解（分解）できる、熱安定性であるポリペプチドをコードする。ポリペプチドは、37℃以上から約95℃までの範囲、または55℃以上から約85℃までの範囲のいずれかの温度に曝露された後、リグノセルロース活性またはセルラーゼもしくはセロビオヒドロラーゼ活性を保持できる。ポリペプチドは、約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃もしくは99℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、または約90℃〜約95℃以上の範囲の温度に曝露された後、リグノセルロース活性を保持できる。１観点において、ポリペプチドは、90℃以上から約99℃までの範囲、または95℃、96℃、97℃、98℃もしくは99℃の温度に、約pH 4.5以上で曝露された後、リグノセルロース活性を保持している。
【００４８】
[0042]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチドまたは可溶性糖類もしくはオリゴ糖をモノマーに加水分解（分解）できるポリペプチドをコードする核酸を同定または単離するための核酸プローブを提供し、その際、プローブは、本発明の核酸、たとえば本発明の代表的核酸に対して少なくとも約50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくはそれ以上の、または完全な(100%)配列同一性をもつポリヌクレオチドの、少なくとも約10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000以上の残基の配列を含む核酸を含む。１観点において、核酸の同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析または視覚判定により決定される。別観点において、プローブは、本発明の核酸配列またはそのサブ配列の少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、または約60〜100の連続塩基を含むオリゴヌクレオチドを含むことができる。
【００４９】
[0043]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチド（たとえばセルラーゼもしくはセロビオヒドロラーゼ）または可溶性オリゴ糖およびオリゴマーをモノマーに加水分解（分解）できるポリペプチドをコードする核酸を増幅する（たとえば、ＰＣＲにより）ための増幅プライマー対を提供し、その際、プライマー対は本発明の配列またはそのフラグメントもしくはサブ配列を含む核酸を増幅できる。増幅プライマー配列対の一方またはそれぞれのメンバーは、前記配列の少なくとも約10〜50以上の連続塩基、または前記配列の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36以上の連続塩基を含むオリゴヌクレオチドを含むことができる。本発明は増幅プライマー対を提供し、その際、プライマー対は、本発明の核酸のほぼ最初の(５’側) 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36以上の残基により示す配列をもつ第１メンバー、および第１メンバーの相補鎖のほぼ最初の(５’側) 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36以上の残基により示す配列をもつ第２メンバーを含む。
【００５０】
[0044]  別態様において、本発明は、たとえば本発明の増幅プライマー対を用いる増幅、たとえばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、により生成したセロビオヒドロラーゼ−コード核酸およびセルラーゼ−コード核酸を提供する。本発明は、たとえば本発明の増幅プライマー対を用いる増幅、たとえばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により生成した、セルラーゼ−コード、たとえばセロビオヒドロラーゼ、を提供する。本発明は、リグノセルロース活性をもつ酵素、たとえばセロビオヒドロラーゼをコードする核酸を、本発明の増幅プライマー対を用いる増幅、たとえばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により作成する方法を提供する。１観点において、増幅プライマー対はライブラリー、たとえば遺伝子ライブラリー、たとえば環境ライブラリーからの核酸を増幅する。
【００５１】
[0045]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチド（たとえばセロビオヒドロラーゼ）または可溶性オリゴ糖および／またはオリゴマーをモノマーに加水分解（分解）できるポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法であって、本発明の核酸配列またはそのフラグメントもしくはサブ配列を増幅できる増幅プライマー配列対を用いて鋳型核酸を増幅することを含む方法を提供する。
【００５２】
[0046]  別態様において、本発明は、本発明の核酸またはそのサブ配列を含む発現カセットを提供する。１観点において、発現カセットはプロモーターに作動可能に連結された核酸を含むことができる。プロモーターは、ウイルス、細菌、哺乳動物または植物のプロモーターであってもよい。１観点において、植物プロモーターはバレイショ、コメ、トウモロコシ、コムギ、タバコまたはオオムギのプロモーターであってもよい。プロモーターは構成的プロモーターであってもよい。構成的プロモーターはＣａＭＶ３５Ｓを含むことができる。別の観点において、プロモーターは誘導性プロモーターであってもよい。１観点において、プロモーターは組織特異的プロモーターまたは環境調節型もしくは発生調節型プロモーターであってもよい。したがって、プロモーターは、たとえば種子特異的、葉特異的、根特異的、幹特異的、または切断誘導型プロモーターであってもよい。１観点において、内因性またはヘテロロガスシグナル配列をコードする本発明の核酸（後記の考察を参照）は、誘導性プロモーター、環境調節型または発生調節型プロモーター、組織特異的プロモーターなどを用いて発現される。別観点において、プロモーターは種子優先プロモーター、たとえばトウモロコシ  ガンマゼイン(gamma zein)プロモーターまたはトウモロコシＡＤＰ−ｇｐｐプロモーターを含む。１観点において、シグナル配列は本発明のコードタンパク質を液胞、小胞体、クロロプラストまたはデンプン顆粒へ標的化する。
【００５３】
[0047]  別観点において、発現カセットは植物発現ベクターまたは植物ウイルス発現ベクターをさらに含むことができる。本発明は、本発明の発現カセット（たとえば、ベクター）または本発明の核酸を含むクローニングビヒクルを提供する。クローニングビヒクルは、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド(phagemid)、コスミド(cosmid)、フォスミド(fosmid)、バクテリオファージまたは人工染色体であってもよい。ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含むことができる。クローニングビヒクルは、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、プラスミド、バクテリオファージＰ１由来ベクター（ＰＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、または哺乳動物人工染色体（ＭＡＣ）を含むことができる。
【００５４】
[0048]  別態様において、本発明は、本発明の核酸または本発明の発現カセット（たとえば、ベクター、プラスミドなど）または本発明のクローニングビヒクル（たとえば、人工染色体）を含む、形質転換細胞を提供する。１観点において、形質転換細胞は細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞であってもよい。１観点において、植物細胞は、ダイズ、ナタネ、脂肪種子、トマト、サトウキビ、穀類、バレイショ、コムギ、コメ、トウモロコシ、タバコまたはオオムギの細胞であってもよい；植物細胞は、単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、インディアングラス、スイッチグラスもしくはススキ属；または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであってもよい。
【００５５】
[0049]  別態様において、本発明は、本発明の核酸または本発明の発現カセット（たとえば、ベクター）を含むトランスジェニック非ヒト動物を提供する。１観点において、動物はマウス、ウシ、ラット、ブタ、ヤギまたはヒツジである。
【００５６】
[0050]  別態様において、本発明は、本発明の核酸または本発明の発現カセット（たとえば、ベクター）を含むトランスジェニック植物を提供する。トランスジェニック植物は、いずれかの穀類植物、トウモロコシ植物、バレイショ植物、トマト植物、コムギ植物、脂肪種子植物、ナタネ植物、ダイズ植物、コメ植物、オオムギ植物またはタバコ植物であってもよい。トランスジェニック植物は、単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属；または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであってもよい。
【００５７】
[0051]  別態様において、本発明は、本発明の核酸または本発明の発現カセット（たとえば、ベクター）を含むトランスジェニック種子を提供する。トランスジェニック種子は、穀類植物、トウモロコシ種子、コムギ核、脂肪種子、ナタネ、ダイズ種子、パーム核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、ラッカセイまたはタバコ植物の種子であってもよい。トランスジェニック種子は、単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属；または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスに由来するものであってもよい。
【００５８】
[0052]  別態様において、本発明は、本発明の核酸に対して相補的であるかまたは緊縮条件下で本発明の核酸にハイブリダイズできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。本発明は、細胞においてリグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼのメッセージの翻訳を阻害する方法であって、本発明の核酸に対して相補的であるかまたは緊縮条件下で本発明の核酸にハイブリダイズできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞に投与するかまたは細胞内で発現させることを含む方法を提供する。１観点において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、または約60〜100塩基の長さ、たとえば10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100塩基以上の長さである。本発明は、細胞においてリグノセルロース酵素のメッセージの翻訳を阻害する方法であって、本発明の核酸に対して相補的であるかまたは緊縮条件下で本発明の核酸にハイブリダイズできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞に投与するかまたは細胞内で発現させることを含む方法を提供する。
【００５９】
[0053]  別態様において、本発明は、本発明の配列のサブ配列を含む二本鎖阻害性ＲＮＡ（ＲＮＡｉ、すなわちＲＮＡ干渉）分子（転写を阻害するための低分子干渉ＲＮＡ、すなわちｓｉＲＮＡ、または翻訳を阻害するためのマイクロＲＮＡ、すなわちｍｉＲＮＡを含む）を提供する。１観点において、ｓｉＲＮＡは約21〜24残基、または少なくとも約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100二重鎖ヌクレオチド以上の長さである。本発明は、細胞においてリグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼの発現を阻害する方法であって、二本鎖阻害性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ）を細胞に投与するかまたは細胞内で発現させることを含む方法を提供し、その際、ＲＮＡは本発明の配列のサブ配列を含む。
【００６０】
[0054]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドの少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350以上の残基の領域にわたって、または全長にわたって、本発明の代表的なポリペプチドまたはペプチドに対して少なくとも約50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくはそれ以上の、または完全な(100%)配列同一性をもつアミノ酸配列を含む、単離された、合成された、または組換え型のポリペプチドを提供する。１観点において、配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析または視覚判定により決定される。本発明の代表的なポリペプチドまたはペプチド配列には下記のものが含まれる：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, およびSEQ ID NO:136。
【００６１】
[0055]  別態様において、リグノセルロース酵素活性は耐熱性であってもよい。そのポリペプチドは、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃の範囲、または95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の温度に曝露された後、リグノセルロース酵素活性を保持できる。ある態様において、本発明による耐熱性ポリペプチドは、約pH 3.0、約pH 3.5、約pH 4.0、約pH 4.5、約pH 5.0、約pH 5.5、約pH 6.0、約pH 6.5、約pH 7.0、約pH 7.5、約pH 8.0、約pH 8.5、約pH 9.0、約pH 9.5、約pH 10.0、約pH 10.5、約pH 11.0、約pH 11.5、約pH 12.0以上で上記範囲の温度に曝露された後、リグノセルロース酵素活性を保持している。
【００６２】
[0056]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたはペプチド配列、実質的にそれと同一の配列、およびそれに対して相補的な配列の少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150以上の連続塩基を含む、単離された、合成された、または組換え型のポリペプチドまたはペプチドを提供する。そのペプチドは、たとえば免疫原フラグメント、モチーフ（たとえば、結合部位）、シグナル配列、プレプロ配列、または活性部位であってもよい。
【００６３】
[0057]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする配列、ならびにシグナル配列を含む、単離された、合成された、または組換え型の核酸を提供し、その際、核酸は本発明の配列を含む。シグナル配列は別のリグノセルロース酵素、たとえばヘテロロガス酵素に由来するものであってもよい。本発明は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする配列を含む、単離された、合成された、または組換え型の核酸を提供し、その際、この配列はシグナル配列を含まず、核酸は本発明の配列を含む。１観点において、本発明は、シグナル配列の全部または一部を欠如する、本発明のポリペプチドを含む、単離された、合成された、または組換え型のポリペプチドを提供する。１観点において、単離された、合成された、または組換え型のポリペプチドは、ヘテロロガスシグナル配列、たとえばヘテロロガス  リグノセルロース酵素シグナル配列を含む、本発明のポリペプチドを含むことができる。
【００６４】
[0058]  別態様において、本発明は、シグナル配列および／または炭水化物結合ドメイン（ＣＢＭ）を含む第１ドメイン、ならびに少なくとも１つの第２ドメインを含む、キメラ（たとえば、マルチドメイン組換え）タンパク質を提供する。このタンパク質は融合タンパク質であってもよい。第２ドメインは酵素を含むことができる。このキメラタンパク質は、シグナル配列および／またはＣＢＭおよび構造タンパク質を含むことができる。
【００６５】
[0059]  別態様において、本発明は、下記のものを含むキメラポリペプチドを提供する：(i) 本発明の炭水化物結合ドメイン（ＣＢＭ）、シグナルペプチド（ＳＰ）、プレプロ配列および／または触媒ドメイン（ＣＤ）を含む（またはそれらからなる）、少なくとも１つの第１ドメイン；ならびに(ii)ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドを含む、少なくとも１つの第２ドメイン；その際、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドは、自然界ではこのＣＢＭ、シグナルペプチド（ＳＰ）、プレプロ配列および／または触媒ドメイン（ＣＤ）に随伴していない。１観点において、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドはリグノセルロース酵素ではない。ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドは、ＣＢＭ、シグナルペプチド（ＳＰ）、プレプロ配列および／または触媒ドメイン（ＣＤ）のアミノ末端側、カルボキシ末端側、または両末端側にあってもよい。
【００６６】
[0060]  別態様において、本発明は、キメラポリペプチドをコードする単離された、合成された、または組換え型の核酸を提供し、その際、キメラポリペプチドは、本発明のＣＢＭ、シグナルペプチド（ＳＰ）、プレプロドメインおよび／または触媒ドメイン（ＣＤ）を含むかまたはそれらからなる少なくとも１つの第１ドメイン、ならびにヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも１つの第２ドメインを含み、その際、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドは、自然界ではこのＣＢＭ、シグナルペプチド（ＳＰ）、プレプロドメインおよび／または触媒ドメイン（ＣＤ）に随伴していない。
【００６７】
[0061]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチド、たとえば本発明の代表的ポリペプチドの残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜28、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43、1〜44、1〜45、1〜46または1〜47の配列（に示す配列）からなるかあるいはそれらを含む、単離された、合成された、または組換え型のシグナル配列（たとえば、シグナルペプチド）を提供する。
【００６８】
[0062]  別態様において、リグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼの活性は、約３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約１２００単位まで、またはタンパク質のミリグラム当たり約１００から約１０００単位までの範囲の比活性を含む。別の観点において、リグノセルロース酵素活性は、タンパク質のミリグラム当たり約１００から約１０００単位まで、またはタンパク質のミリグラム当たり約５００から約７５０単位までの比活性を含む。あるいは、リグノセルロース酵素活性は、約３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約７５０単位まで、またはタンパク質のミリグラム当たり約５００から約１２００単位までの範囲の比活性を含む。１観点において、リグノセルロース酵素活性は、約３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約５００単位まで、またはタンパク質のミリグラム当たり約７５０から約１０００単位までの範囲の比活性を含む。別の観点において、リグノセルロース酵素活性は、約３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約２５０単位までの範囲の比活性を含む。あるいは、リグノセルロース酵素活性は、約３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約１００単位までの範囲の比活性を含む。
【００６９】
[0063]  別態様において、耐熱性は、高められた温度に加熱された後に、３７℃でリグノセルロース酵素の比活性の少なくとも半分を保持することを含む。あるいは、耐熱性は、高められた温度に加熱された後に、３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約１２００単位まで、またはタンパク質のミリグラム当たり約５００から約１０００単位までの範囲の比活性を保持することを含むことができる。別の観点において、耐熱性は、高められた温度に加熱された後に、３７℃で、タンパク質のミリグラム当たり約１から約５００単位までの範囲の比活性を保持することを含むことができる。
【００７０】
[0064]  別態様において、単離された、合成された、または組換え型の本発明のポリペプチドは、少なくとも１つのグリコシル化部位を含む。１観点において、グリコシル化はＮ−連結グリコシル化であってもよい。１観点において、ポリペプチドは、アスペルギルス属(Aspergillus)、たとえばアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、ピチア属(Pichia)、たとえばピチア・パストリス(Pichia pastoris)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、たとえばシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、および／またはシュードモナス属(Pseudomonas)、たとえばシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)において発現した後にグリコシル化されてもよい。別態様において、本発明の核酸は、アスペルギルス属、たとえばアスペルギルス・ニガー、ピチア属、たとえばピチア・パストリス、シゾサッカロミセス属、たとえばシゾサッカロミセス・ポンベ、および／またはシュードモナス属、たとえばシュードモナス・フルオレッセンスにおいて発現して、たとえば本発明のポリペプチドを発現する。
【００７１】
[0065]  別態様において、ポリペプチドは、約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5もしくはpH 4またはより酸性を含む条件下で活性を保持することができる。別の観点において、ポリペプチドは約pH 7、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5もしくはpH 11、またはより塩基性のpHを含む条件下でリグノセルロース酵素活性を保持することができる。１観点において、ポリペプチドは約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5もしくはpH 4、またはより酸性のpHを含む条件に曝露された後、リグノセルロース酵素活性を保持していることができる。別の観点において、ポリペプチドは約pH 7、pH 7.5 pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5もしくはpH 11、またはより塩基性のpHを含む条件に曝露された後、リグノセルロース酵素活性を保持していることができる。
【００７２】
[0066]  別態様において、リグノセルロース酵素はアルカリ性条件下、たとえば消化管、たとえば小腸のアルカリ性条件下で活性を有する。１観点において、ポリペプチドは胃の酸性pHに曝露された後、活性を保持していることができる。
【００７３】
[0067]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチド（ペプチドを含む）を含むタンパク質調製物を提供し、その際、このタンパク質調製物は液体、固体またはゲルを含む。本発明は、本発明のポリペプチドおよび第２のタンパク質またはドメインを含むヘテロ二量体を提供する。ヘテロ二量体の第２メンバーは、異なるリグノセルロース酵素または別のタンパク質であってもよい。１観点において、第２ドメインはポリペプチドであってもよく、ヘテロ二量体は融合タンパク質であってもよい。１観点において、第２ドメインはエピトープまたはタグであってもよい。１観点において、本発明は、本発明のポリペプチドを含むホモ二量体を提供する。
【００７４】
[0068]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチド、本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明のポリペプチドおよび第２ドメインを含むポリペプチドを含むかあるいはそれらからなる、固定化ポリペプチド（ペプチドを含む）を提供する。１観点において、ポリペプチドをセル、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、黒鉛粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ、またはキャピラリーチューブに固定化することができる。本発明はまた、本発明のポリペプチドを含むアレイ、または固定化された本発明の核酸（たとえば、本発明のプローブを含む）を提供する。本発明はまた、本発明の抗体を含むアレイを提供する。
【００７５】
[0069]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドに特異的に結合する、単離された、合成された、または組換え型の抗体を提供する。本発明のこれらの抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体であってもよい。本発明は、本発明の抗体、たとえば本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、ハイブリドーマを提供する。本発明は、これらの抗体をコードする核酸を提供する。
【００７６】
[0070]  本発明は、リグノセルロース酵素活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドを単離または同定する、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明の抗体を提供すること; (b)ポリペプチドを含む試料を提供すること;および(c)段階(b)の試料と段階(a)の抗体を、抗体がそのポリペプチドに特異的に結合できる条件下で接触させ、これによりリグノセルロース酵素活性をもつポリペプチドを単離または同定すること。
【００７７】
[0071]  別態様において、本発明は、抗セルラーゼ、たとえば抗セロビオヒドロラーゼ酵素抗体を作成する方法であって、非ヒト動物に本発明の核酸もしくは本発明のポリペプチドまたはそのサブ配列を、体液性免疫応答を発生させるのに十分な量で投与し、これにより抗酵素抗体を作成することを含む方法を提供する。本発明は、抗酵素免疫応答（単数または複数）（細胞性または体液性）を発生させる方法であって、非ヒト動物に本発明の核酸もしくは本発明のポリペプチドまたはそのサブ配列を、免疫応答（細胞性または体液性）を発生させるのに十分な量で投与することを含む方法を提供する。
【００７８】
[0072]  別態様において、本発明は、組換えポリペプチドを作成する、下記の段階を含む方法を提供する: (a)プロモーターに作動可能に連結された本発明の核酸を提供すること;および(b)段階(a)の核酸を、そのポリペプチドの発現を許容する条件下で発現させ、これにより組換えポリペプチドを作成すること。１観点において、この方法は、宿主細胞を段階(a)の核酸で形質転換し、続いて段階(a)の核酸を発現させ、これにより組換えポリペプチドを形質転換細胞内で製造すること、をさらに含むことができる。
【００７９】
[0073]  別態様において、本発明は、リグノセルロース酵素活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ酵素活性をもつポリペプチドを同定するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチド、または本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを提供すること; (b)リグノセルロース酵素基質を提供すること;および(c)段階(a)のポリペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを段階(b)の基質と接触させ、そして基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出すること、その際、基質の量の減少または反応生成物の量の増加によりリグノセルロース酵素活性をもつポリペプチドを検出する。１観点において、基質はセルロースを含有するか、または多糖類を含有する（たとえば、可溶性セロオリゴ糖および／またはアラビノキシラン(arabinoxylan)オリゴマーを含有する）化合物である。
【００８０】
[0074]  別態様において、本発明は、リグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼの基質を同定するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチド、または本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを提供すること; (b)被験基質を提供すること;および(c)段階(a)のポリペプチドを段階(b)の被験基質と接触させ、そして基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出すること、その際、基質の量の減少または反応生成物の量の増加によりその被験基質をリグノセルロース酵素基質として同定する。
【００８１】
[0075]  別態様において、本発明は、被験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを判定する、下記の段階を含む方法を提供する: (a)核酸またはその核酸を含むベクターを、ポリペプチドへのその核酸の翻訳が許容される条件下で発現させること、その際、その核酸は本発明の核酸を含む；あるいは本発明のポリペプチドを提供すること; (b)被験化合物を提供すること;(c)そのポリペプチドを被験化合物と接触させること;および(c)段階(b)の被験化合物がそのポリペプチドに特異的に結合するかどうかを判定すること。
【００８２】
[0076]  別態様において、本発明は、リグノセルロース酵素の調節物質を同定するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチド、または本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを提供すること; (b)被験化合物を提供すること; (c)段階(a)のポリペプチドを段階(b)の被験化合物と接触させ、そしてリグノセルロース酵素の活性を測定すること、その際、被験化合物の不存在下での活性と比較した被験化合物の存在下で測定したリグノセルロース酵素活性の変化により、被験化合物がリグノセルロース酵素活性を調節するという判定が得られる。１観点において、リグノセルロース酵素活性は、リグノセルロース酵素基質を提供し、そして基質の量の減少または反応生成物の量の増加、あるいは基質の量の増加または反応生成物の量の減少を検出することにより測定できる。被験化合物が無い場合の基質または反応生成物の量と比較した、被験化合物による基質の量の減少または反応生成物の量の増加により、被験化合物をリグノセルロース酵素活性の活性化物質として同定する。別態様において、被験化合物が無い場合の基質または反応生成物の量と比較した、被験化合物による基質の量の増加または反応生成物の量の減少により、被験化合物をリグノセルロース酵素活性の阻害物質として同定する。
【００８３】
[0077]  別態様において、本発明は、プロセッサーおよびデータ記憶デバイスを含むコンピューターシステムを提供し、その際、前記データ記憶デバイスには本発明のポリペプチド配列または核酸配列（たとえば、本発明の核酸によりコードされるポリペプチドまたはペプチド）が記憶されている。１観点において、コンピューターシステムは、配列比較アルゴリズム、および少なくとも１つの基準配列が記憶されたデータ記憶デバイスをさらに含むことができる。他の観点において、配列比較アルゴリズムは、多型性を指示するコンピュータープログラムを含む。１観点において、コンピューターシステムは、その配列中の１以上の特徴を同定する識別子をさらに含むことができる。本発明は、本発明のポリペプチド配列または核酸配列が記憶されたコンピューター可読媒体を提供する。本発明は、配列中の特徴を同定するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータープログラムを用いて配列を読み取ること、その際、配列は本発明のポリペプチド配列または核酸配列を含む: および(b)その配列中の１以上の特徴をコンピュータープログラムで同定すること。本発明は、第１配列を第２配列と比較するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)第１配列および第２配列を、配列を比較するコンピュータープログラムの使用によって読み取ること、その際、第１配列は本発明のポリペプチド配列または核酸配列を含む: ならびに(b)第１配列と第２配列の相異をコンピュータープログラムで判定すること。第１配列と第２配列の相異を判定する段階は、多型性を同定する段階をさらに含むことができる。１観点において、この方法は、配列中の１以上の特徴を同定する識別子をさらに含むことができる。別の観点において、この方法は、コンピュータープログラムを用いて第１配列を読み取ること、およびその配列中の１以上の特徴を同定することを含むことができる。
【００８４】
[0078]  別態様において、本発明は、リグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼをもつポリペプチドをコードする核酸を試料、たとえば環境試料から単離または回収するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対を提供すること、その際、プライマー対は本発明の核酸を増幅することができる; (b)核酸を試料、たとえば環境試料から単離するか、あるいは試料中の核酸がハイブリダイゼーションのために増幅プライマー対に到達できるように試料、たとえば環境試料を処理すること; および(c)段階(b)の核酸を段階(a)の増幅プライマー対と混和し、そして試料、たとえば環境試料からの核酸を増幅させ、これによりリグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料、たとえば環境試料から単離または回収すること。増幅プライマー配列対のメンバーの一方またはそれぞれは、本発明の増幅プライマー配列対を含む、たとえば本発明の配列の少なくとも約10〜50連続塩基をもつ、オリゴヌクレオチドを含むことができる。
【００８５】
[0079]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料、たとえば環境試料から単離または回収するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明の核酸またはそのサブ配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供すること; (b)核酸を試料、たとえば環境試料から単離するか、あるいは試料中の核酸がハイブリダイゼーションのために段階(a)のポリヌクレオチドプローブに到達できるように試料、たとえば環境試料を処理すること; (c)段階(b)の単離された核酸または処理された試料、たとえば環境試料を段階(a)のポリヌクレオチドプローブと混和すること、および(d)段階(a)のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、これによりリグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料、たとえば環境試料から単離または回収すること。試料、たとえば環境試料には、水試料、液体試料、土壌試料、空気試料、または生物試料を含めることができる。１観点において、生物試料は細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来するものであってもよい。
【００８６】
[0080]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸のバリアントを作成する、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明の核酸を含む鋳型核酸を提供すること; および(b)鋳型配列中の１以上のヌクレオチドを修飾、欠失もしくは付加し、またはそれを組み合わせて、鋳型核酸のバリアントを作成すること。１観点において、この方法は、バリアント核酸を発現させて、リグノセルロース酵素ポリヌクレオチドのバリアントを作成することをさらに含むことができる。修飾、付加もしくは欠失は、下記を含む方法により導入できる：エラープローンＰＣＲ(error-prone PCR)、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向性変異誘発、アセンブリーＰＣＲ、有性ＰＣＲ変異誘発(sexual PCR mutagenesis)、インビボ変異誘発、カセット変異誘発、再帰的アンサンブル変異誘発(recursive ensemble mutagenesis)、指数関数的アンサンブル変異誘発(exponential ensemble mutagenesis)、部位特異的変異誘発、GeneReassembly、Gene Site Saturation Mutagensis（またはＧＳＳＭ）、Tailored Multi-Site Combinatorial Assembly、Chromosomal Saturation Mutagenesis（ＣＳＭ）、またはその組合わせ。他の観点において、修飾、付加もしくは欠失は、下記を含む方法により導入される：組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異誘発、ウラシル含有鋳型変異誘発、ギャップ二重鎖変異誘発、点ミスマッチ修復変異誘発、修復欠損宿主株変異誘発、化学的変異誘発、放射性変異誘発、欠失変異誘発、制限−選択変異誘発、制限−精製変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル変異誘発、キメラ核酸多量体形成、およびその組合わせ。
【００８７】
[0081]  別態様において、鋳型核酸によりコードされるポリペプチドのものから変化したもしくは異なる活性または変化したもしくは異なる安定性をもつリグノセルロース酵素、たとえばセロビオヒドロラーゼ酵素が生成するまで、この方法を逐次反復することができる。１観点において、リグノセルロース酵素ポリペプチドのバリアントは耐熱性であり、高められた温度に曝露された後、ある程度の活性を保持している。他の観点において、リグノセルロース酵素ポリペプチドのバリアントは、鋳型核酸によりコードされるリグノセルロース酵素と比較して、増大したグリコシル化度をもつ。あるいは、ポリペプチドのバリアントは高温でリグノセルロース酵素活性をもち、その際、鋳型核酸によりコードされるリグノセルロース酵素はこの高温では活性でない。１観点において、この方法は、鋳型核酸のものから変化したコドン利用をもつリグノセルロース酵素コード配列が生成するまで、逐次反復することができる。他の観点において、この方法は、鋳型核酸のものより高いかまたはより低いレベルのメッセージ発現または安定性をもつリグノセルロース酵素遺伝子が生成するまで、逐次反復することができる。
【００８８】
[0082]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸中のコドンを修飾して宿主細胞におけるその発現を増大させるための方法であって、下記の段階を含む方法を提供する: (a)リグノセルロース酵素活性をもつポリペプチドをコードする本発明の核酸を提供すること; および(b)段階(a)の核酸中の非優先(non-preferred)またはより低い優先度のコドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする優先(preferred)または中立(neutrally)使用コドンで置き換え（その際、優先コドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過剰提示されるコドンであり、非優先またはより低い優先度のコドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過少提示されるコドンである）、これによりその核酸が宿主細胞におけるその発現を増大させるように修飾すること。
【００８９】
[0083]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸中のコドンを修飾するための方法であって、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明の核酸を提供すること; および(b)段階(a)の核酸中のコドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置き換え、これによりリグノセルロース酵素をコードする核酸中のコドンを修飾すること。
【００９０】
[0084]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸中のコドンを修飾して宿主細胞におけるその発現を増大させるための方法であって、下記の段階を含む方法を提供する: (a)リグノセルロース酵素ポリペプチドをコードする本発明の核酸を提供すること; および(b)段階(a)の核酸中の非優先またはより低い優先度のコドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする優先または中立使用コドンで置き換え（その際、優先コドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過剰提示されるコドンであり、非優先またはより低い優先度のコドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過少提示されるコドンである）、これによりその核酸が宿主細胞におけるその発現を増大させるように修飾すること。別態様において、本発明は、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸中のコドンを修飾して宿主細胞におけるその発現を低下させるための方法であって、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明の核酸を提供すること; および(b)段階(a)の核酸中の少なくとも１つの優先コドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先またはより低い優先度のコドンで置き換え（その際、優先コドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過剰提示されるコドンであり、非優先またはより低い優先度のコドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過少提示されるコドンである）、これによりその核酸が宿主細胞におけるその発現を低下させるように修飾すること。１観点において、宿主細胞は細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、または哺乳動物細胞であってもよい。別態様において、宿主細胞は、アスペルギルス属(Aspergillus)、エシェリキア属(Escherichia)、バチルス属(Bacillus)、ストレプトミセス属(Streptomyces)、サルモネラ属(Salmonella)、シュードモナス属(Pseudomonas)、ラクトコッカス属(Lactococcus)およびスタフィロコッカス属(Staphylococcus)内のいずれかの種を含む細菌細胞であり、これにはたとえば大腸菌(Escherichia coli)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、バチルス・サブティリス(Bacillus subtilis)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)、シュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)が含まれる。別態様において、宿主細胞はアスペルギルス属(Aspergillus)のいずれかの種を含む真菌細胞であり、これにはアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)が含まれる。別態様において、宿主細胞はアスペルギルス属、ピチア属(Pichia)、サッカロミセス属(Saccharomyces)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、またはシュワニオミセス属(Schwanniomyces)のいずれかの種を含む酵母細胞であり、これにはアスペルギルス・ニガー、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、またはシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)が含まれる。
【００９１】
[0085]  別態様において、本発明は、リグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼの複数の修飾された活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成する方法を提供し、その際、修飾された活性部位または基質結合部位は第１活性部位または第１基質結合部位をコードする配列を含む第１核酸に由来し、その方法は下記の段階を含む: (a)第１活性部位または第１基質結合部位をコードする第１核酸を提供すること、その際、第１核酸配列は緊縮条件下で本発明の核酸にハイブリダイズする配列を含み、その核酸はリグノセルロース酵素活性部位またはリグノセルロース酵素基質結合部位をコードする; (b)第１核酸中の複数の標的コドンにおいて天然アミノ酸バリアントをコードする一組の変異誘発性オリゴヌクレオチドを提供すること;および(c)この一組の変異誘発性オリゴヌクレオチドを用いて、変異誘発された各アミノ酸コドンにおけるある範囲のアミノ酸変異をコードする一組の活性部位コードまたは基質結合部位コードバリアント核酸を作成し、これにより複数の修飾されたリグノセルロース酵素活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成すること。１観点において、この方法は、下記を含む方法により段階(a)の第１核酸を変異させることを含む：最適化定方向進化システム(optimized directed evolution system)、Gene Site Saturation MutagenesisSM (またはGSSMSM)技術、GeneReassemblySM技術、Tailored Multi-Site Combinatorial AssemblySM技術、エラープローンＰＣＲ、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向性変異誘発、アセンブリーＰＣＲ、有性ＰＣＲ変異誘発、インビボ変異誘発、カセット変異誘発、再帰的アンサンブル変異誘発、指数関数的アンサンブル変異誘発、部位特異的変異誘発、およびその組合わせ。他の観点において、この方法は、下記を含む方法により段階(a)の第１核酸またはバリアントを変異させることを含む：組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異誘発、ウラシル含有鋳型変異誘発、ギャップ二重鎖変異誘発、点ミスマッチ修復変異誘発、修復欠損宿主株変異誘発、化学的変異誘発、放射性変異誘発、欠失変異誘発、制限−選択変異誘発、制限−精製変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル変異誘発、キメラ核酸多量体形成、およびその組合わせ。
【００９２】
[0086]  別態様において、本発明は、小分子を作成するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)小分子を合成または修飾することができる複数の生合成酵素を提供すること、その際、それらの酵素のうちの１つは、本発明の核酸によりコードされるリグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼを含む; (b)段階(a)の酵素のうち少なくとも１つに対する基質を提供すること;および(c)段階(b)の基質とそれらの酵素を、複数の生物触媒反応を促進する条件下で反応させて、一連の生物触媒反応によって小分子を生成させること。本発明は、小分子を修飾するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)リグノセルロース酵素を提供すること、その際、その酵素は、本発明のポリペプチド、もしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、またはそのサブ配列を含む; (b)小分子を提供すること;および(c)段階(a)の酵素と段階(b)の小分子を、リグノセルロース酵素により触媒される酵素反応を促進する条件下で反応させ、これによりリグノセルロース酵素反応によって小分子を修飾すること。１観点において、この方法は、段階(a)の酵素に対する複数の小分子基質を含むことができ、これにより、リグノセルロース酵素により触媒される少なくとも１つの酵素反応によって生成する、修飾された小分子のライブラリーが作成される。１観点において、この方法は、それらの酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で複数の追加酵素を含み、複数の酵素反応によって生成する修飾された小分子のライブラリーを形成することができる。他の観点において、この方法は、そのライブラリーを試験して、目的活性を示す特定の修飾された小分子がライブラリー内に存在するかどうかを判定する段階をさらに含むことができる。ライブラリーを試験する段階は、目的活性をもつ特定の修飾された小分子の存在または不存在について修飾された小分子の一部分を試験することにより、ライブラリー内の修飾された複数の小分子のその部分を作成するために用いた１つを除くすべての生物触媒反応を系統的に除外し、そして目的活性をもつ特定の修飾された小分子を生成する少なくとも１つの特異的生物触媒反応を同定する段階をさらに含むことができる。
【００９３】
[0087]  別態様において、本発明は、本発明の酵素の機能性フラグメントを決定するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチド、もしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、またはそのサブ配列を提供すること; (b)段階(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残りのサブ配列をリグノセルロース酵素活性について試験し、これによりその酵素の機能性フラグメントを決定すること。１観点において、リグノセルロース酵素活性は、基質を供給し、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出することにより測定される。
【００９４】
[0088]  別態様において、本発明は、リグノセルロース酵素の耐熱性または熱安定性を増大させる方法を提供し、この方法はリグノセルロース酵素ポリペプチドをグリコシル化し、その際、そのポリペプチドは、本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸配列によりコードされるポリペプチドの少なくとも３０の連続アミノ酸を含み、これによりリグノセルロース酵素ポリペプチドの耐熱性または熱安定性を増大させることを含む。１観点において、リグノセルロース酵素の比活性は、約３７℃以上から約９５℃までの範囲の温度で熱安定性または耐熱性であることができる。
【００９５】
[0089]  別態様において、本発明は、細胞において組換えグルコースオキシダーゼおよび／またはリグノセルロース酵素のポリペプチドを過剰発現させるための方法であって、本発明の核酸を含む核酸を含むベクター、または本発明の核酸配列を発現させることを含み、その際、配列同一性を配列比較アルゴリズムを用いる分析または視覚判定により判定し、その際、高活性プロモーター、ジシストロン型ベクター(dicistronic vector)の使用またはベクターの遺伝子増幅によって過剰発現を行なわせる、方法を提供する。
【００９６】
[0090]  別態様において、本発明は、トランスジェニック植物を作成する、下記の段階を含む方法を提供する: (a)ヘテロロガス核酸配列を細胞に導入し、その際、ヘテロロガス核酸配列は本発明の核酸配列を含み、これにより形質転換した植物細胞を作成すること; および(b)形質転換した細胞からトランスジェニック植物を作成すること。１観点において、段階(a)は、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションによりヘテロロガス核酸配列を導入することをさらに含むことができる。他の観点において、段階(a)は、ＤＮＡ粒子衝撃法によりヘテロロガス核酸配列を植物組織に直接導入することをさらに含むことができる。あるいは、段階(a)は、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)宿主を用いてヘテロロガス核酸配列を植物細胞ＤＮＡに導入することをさらに含むことができる。１観点において、植物細胞はサトウキビ、ビート、ダイズ、トマト、バレイショ、トウモロコシ、コメ、コムギ、タバコまたはオオムギの細胞であってもよい。細胞は、単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属；または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであってもよい。
【００９７】
[0091]  別態様において、本発明は、ヘテロロガス核酸配列を植物細胞において発現させる、下記の段階を含む方法を提供する: (a)プロモーターに作動可能に連結されたヘテロロガス核酸配列で植物細胞を形質転換すること、その際、ヘテロロガス核酸配列は本発明の核酸を含む; (b)細胞内でヘテロロガス核酸配列が発現する条件下でその植物を生長させること。本発明は、ヘテロロガス核酸配列を植物細胞において発現させる、下記の段階を含む方法を提供する: (a)プロモーターに作動可能に連結されたヘテロロガス核酸配列で植物細胞を形質転換すること、その際、ヘテロロガス核酸配列は本発明の配列を含む; (b)植物細胞においてヘテロロガス核酸配列が発現する条件下でその植物を生長させること。１観点において、プロモーターは下記のものであるかまたはそれらを含む：ウイルス、細菌、哺乳動物もしくは植物のプロモーター；または植物プロモーター；またはバレイショ、コメ、トウモロコシ、コムギ、タバコもしくはオオムギのプロモーター；または構成的プロモーターもしくはＣａＭＶ３５Ｓプロモーター；または誘導性プロモーター；または組織特異的プロモーターもしくは環境調節型もしくは発生調節型プロモーター；または種子特異的、葉特異的、根特異的、幹特異的、もしくは切断誘導型プロモーター；または種子優先プロモーター、トウモロコシガンマゼインプロモーターまたはトウモロコシＡＤＰ−ｇｐｐプロモーター。１観点において、植物細胞は、単子葉植物もしくは双子葉植物に由来し、あるいは植物は単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属である；あるいは植物は双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスである。
【００９８】
[0092]  別態様において、本発明は、セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、またはグルカン含有もしくはセルロース含有組成物を加水分解、破断または分断するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチドを提供すること; (b)セルロースまたはグルカンを含む組成物を提供すること;および(c)段階(a)のポリペプチドと段階(b)の組成物を、セルラーゼがセロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、またはグルカン含有もしくはセルロース含有組成物を加水分解、破断または分断する条件下で接触させること；その際、場合により組成物は植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または動物細胞を含む。１観点において、本発明のポリペプチドは、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【００９９】
[0093]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、飼料または食品を提供する。１観点において、本発明は、本発明のポリペプチドを含む食品、飼料、液体、たとえば飲料（たとえば、果汁またはビール）、パンもしくは生地もしくはパン製品、または飲料原材料（たとえば、麦芽汁）を提供する。本発明は、本発明のポリペプチド、たとえば本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、動物用の食品または栄養サプリメントを提供する。１観点において、本発明のポリペプチドは、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１００】
[0094]  別態様において、食品または栄養サプリメント中のポリペプチドはグリコシル化されていてもよい。本発明は、本発明のポリペプチド、たとえば本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、食用の酵素送達マトリックスを提供する。１観点において、送達マトリックスはペレットを含む。１観点において、ポリペプチドはグリコシル化されていてもよい。１観点において、リグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼの活性は耐熱性である。別の観点において、リグノセルロース酵素活性は熱安定性である。
【０１０１】
[0095]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドを含む食品、飼料または栄養サプリメントを提供する。本発明は、本発明のリグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼを、動物またはヒトの食事における栄養サプリメントとして利用するための方法であって、下記を含む方法を提供する：本発明のポリペプチドの少なくとも３０の連続アミノ酸を含む本発明のリグノセルロース酵素を含有する栄養サプリメントを調製すること；およびその栄養サプリメントを動物に投与すること。動物は、ヒト、反芻動物または単胃動物であってもよい。リグノセルロース酵素は、リグノセルロース酵素をコードするポリヌクレオチドを、宿主生物、たとえば細菌、酵母、植物、昆虫、真菌および／または動物において発現させることにより調製できる。その生物はシゾサッカロミセス・ポンベ(S. pombe)、サッカロミセス・セレビシエ(S. cerevisiae)、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、大腸菌(Escherichia coli)、ストレプトミセス属(Streptomyces)菌種、バチルス属(Bacillus)菌種、および／またはラクトバチルス属(Lactobacillus)菌種であってもよい。１観点において、植物は単子葉植物もしくは双子葉植物であり、あるいは植物は単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属である；あるいは植物は双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスである。
【０１０２】
[0096]  別態様において、本発明は、本発明のリグノセルロース酵素、たとえば本発明のセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼの熱安定性組換え体を含む、食用の酵素送達マトリックスを提供する。本発明は、リグノセルロース酵素サプリメントを動物またはヒトに送達するための方法であって、下記を含む方法を提供する：顆粒状の食用キャリヤーおよびリグノセルロース酵素の熱安定性組換え体を含むペレットの形態の食用の酵素送達マトリックスを調製すること（その際、ペレットはそれに含まれるリグノセルロース酵素を水性媒体中へ容易に分散させる）、およびこの食用の酵素送達マトリックスを動物に投与すること。本発明の組換え型リグノセルロース酵素は、本発明のポリペプチドのうち少なくとも１つの全体またはサブ配列を含むことができる。リグノセルロース酵素は、ペレット化条件における熱安定性を付与するためにグリコシル化されていてもよい。送達マトリックスは、穀粒胚芽およびリグノセルロース酵素を含む混合物をペレット化することにより形成できる。ペレット化条件は、スチームの適用を含むことができる。ペレット化条件は、約８０℃を超える温度の約５分間の適用を含むことができ、この酵素は酵素のミリグラム当たり少なくとも３５０〜約９００単位の比活性を保持する。
【０１０３】
[0097]  別態様において、本発明は、本発明のリグノセルロース酵素または本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、医薬組成物を提供する。１観点において、医薬組成物は消化補助剤として作用する。
【０１０４】
[0098]  別態様において、セルロース含有化合物と本発明のリグノセルロース酵素を含む本発明のポリペプチドを、約pH 3.0〜9.0、10.0、11.0以上のpHで接触（反応）させる。他の観点において、セルロース含有化合物とリグノセルロース酵素を、約55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃、85℃、90℃以上の温度で接触させる。
【０１０５】
[0099]  別態様において、本発明は、たとえば本発明の酵素を含む酵素サプリメントを動物またはヒトに送達するための方法であって、下記を含む方法を提供する：顆粒状の食用キャリヤーおよび本発明の熱安定性組換え酵素を含む食用の酵素送達マトリックスまたはペレットを調製すること、その際、ペレットはそれに含まれるセルラーゼ酵素および本発明の組換え酵素または本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを水性媒体中へ容易に分散させる；およびこの食用の酵素送達マトリックスまたはペレットを動物に投与すること；場合により顆粒状の食用キャリヤーは穀粒胚芽、搾油済み穀粒胚芽、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ(timothy)、ダイズ滓、ヒマワリ種子粉、およびコムギミッド(wheat midd)からなる群から選択されるキャリヤーを含み、場合により当該食用キャリヤーは搾油済み穀粒胚芽を含み、場合により本発明の酵素はペレット化条件における熱安定性を付与するためにグリコシル化されており、場合により送達マトリックスは穀粒胚芽およびセルラーゼを含む混合物をペレット化することにより形成され、場合によりペレット化条件はスチームの適用を含み、場合によりペレット化条件は約８０℃を超える温度の約５分間の適用を含み、この酵素は酵素ミリグラム当たり少なくとも３５０〜約９００単位の比活性を保持する。
【０１０６】
[0100]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含むセルロース組成物またはセルロース誘導体組成物を提供し、その際、別態様において、ポリペプチドはセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつ。
【０１０７】
[0101]  別態様において、本発明は、本発明の酵素または本発明の核酸によりコードされる酵素を含む、木材、木材パルプまたは木材製品を提供し、その際、場合により本発明の酵素の活性はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む。
【０１０８】
[0102]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、紙、紙パルプもしくは紙製品または紙屑副産物もしくはリサイクル材料を提供し、その際、場合によりポリペプチドはセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつ。
【０１０９】
[0103]  別態様において、本発明は、紙、木材または木材製品中のセルロースの量を減らすための方法であって、紙、木材もしくは木材製品または木屑を本発明の酵素または本発明の核酸によりコードされる酵素と接触させることを含む方法を提供し、その際、場合により酵素活性はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む。
【０１１０】
[0104]  別態様において、本発明は、本発明の酵素または本発明の核酸によりコードされる酵素を含む洗浄剤組成物を提供し、その際、場合によりそのポリペプチドは非水性液体組成物、注型固体、顆粒状、粒状、圧縮錠、ゲル状、ペースト状またはスラリー状に配合される。１観点において、活性はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む。
【０１１１】
[0105]  別態様において、本発明は、本発明の酵素または本発明の核酸によりコードされるセルラーゼを含む医薬組成物または食事サプリメントを提供し、その際、場合により酵素は錠剤、ゲル剤、丸剤、インプラント、液剤、スプレー剤、散剤、食品、飼料ペレット、またはカプセル封入配合物として配合される。１観点において、活性はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む。
【０１１２】
[0106]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む燃料を提供し、その際、場合により燃料は植物材料に由来し、それは場合によりバレイショ、ダイズ（ナタネ）、オオムギ、ライムギ、トウモロコシ、エンバク、コムギ、ビートまたはサトウキビを含む。植物材料は、単子葉植物もしくは双子葉植物、または単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属；または双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスに由来するものであってもよい。燃料はバイオアルコール、たとえばバイオエタノールもしくはガソリン−エタノールミックス、バイオメタノールもしくはガソリン−メタノールミックス、バイオブタノールもしくはガソリン−ブタノールミックス、またはバイオプロパノールまたはガソリン−プロパノールミックスを含むことができる。１観点において、活性はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む。
【０１１３】
[0107]  別態様において、本発明は、燃料またはアルコールを製造する方法であって、本発明の酵素、または本発明の酵素もしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む組成物、または本発明のいずれかの混合物もしくは“カクテル”もしくは加工製品を、バイオマス、たとえばセルロース、発酵性糖類または多糖類を含む組成物、たとえばリグノセルロース材料と接触させることを含む方法を提供する。別態様において、セルロースまたは発酵性糖類を含む組成物は、植物、植物製品、植物廃棄物または植物派生物を含み、植物、植物廃棄物または植物製品はサトウキビの植物または植物製品、ビートまたはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、バレイショ、コメまたはオオムギを含むことができる。別態様において、燃料はバイオエタノールもしくはガソリン−エタノールミックス、バイオメタノールもしくはガソリン−メタノールミックス、バイオブタノールもしくはガソリン−ブタノールミックス、またはバイオプロパノールまたはガソリン−プロパノールミックスを含む。本発明の酵素は、植物または種子の一部、たとえばトランスジェニック植物または種子であってもよい−１観点において、本発明の酵素は、この本発明方法により加水分解および変換して燃料またはアルコール類にするための標的となるバイオマスそのもの（たとえば、植物、種子、植物廃棄物）においてヘテロロガス組換え酵素として発現される。１観点において、活性はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む。
【０１１４】
[0108]  別態様において、本発明は、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノールまたはその混合物を含むか、あるいはそれらからなるバイオ燃料を製造する方法であって、本発明の酵素を含む組成物、または本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含む発酵性糖類もしくはリグノセルロース材料、または本発明のいずれかの混合物もしくは“カクテル”もしくは加工製品を、バイオマス、たとえばセルロース、発酵性糖類または多糖類を含む組成物、たとえばリグノセルロース材料と接触させることを含む方法を提供する。別態様において、本発明の酵素を含む組成物および／または加水分解すべき材料は、植物、植物廃棄物、植物製品または植物派生物を含む。別態様において、植物、植物廃棄物または植物製品はサトウキビの植物または植物製品（たとえば、サトウキビの地上部）、ビートまたはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、バレイショ、コメまたはオオムギを含む。１観点において、植物は単子葉植物もしくは双子葉植物であり、あるいは植物は単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ（茎の一部、たとえば茎の地上部）、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属である；あるいは植物は双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスである。１観点において、本発明の酵素はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１１５】
[0109]  別態様において、本発明は、セルロース系およびヘミセルロース系のポリマーを脱重合して代謝可能な炭素部分にするための酵素アンサンブル(enzyme ensemble)、または“カクテル”であって、本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチドを含むものを提供する。１観点において、本発明の酵素はセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。本発明の酵素アンサンブル、または“カクテル”は、たとえば加工製品としての組成物（たとえば、配合物、液体または固体）の形態であってもよい。
【０１１６】
[0110]  別態様において、本発明は、(a)リグノセルロース酵素、たとえばヘミセルロース−およびセルロース−加水分解酵素の混合物（または“カクテル”、“酵素アンサンブル”、加工製品）を含む組成物（加工製品、酵素アンサンブル、または“カクテル”を含む）であって、少なくとも１種類の本発明の酵素を含むものを提供する。
【０１１７】
[0111]  別態様において、本発明は、バイオマス材料を処理する方法であって、セルロース、リグニンまたは発酵性糖類を含む組成物を、少なくとも１種類の本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”と接触させることを含む方法を提供する。１観点において、リグノセルロースを含むバイオマス材料は、農作物に由来するか、食品または飼料の製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、あるいは植物残渣または古紙(waste paper)もしくは古紙製品である。別態様において、本発明の酵素はセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。別態様において、植物残渣（単数または複数）は穀粒、種子、幹、葉、莢(hull)、殻(husk)、穀草(corn)もしくは穀草の穂軸(corn cob)、穀草の葉茎(stover)、干し草、わら（たとえば、イネわらもしくはコムギわら、またはいずれかの穀類植物の乾燥茎(stalk)）、および／または牧草（たとえば、インディアングラスまたはスイッチグラス)を含む。別態様において、牧草はインディアングラスまたはスイッチグラスであり、木材は木材チップ、木材パルプおよびおが屑、または木屑であり、場合により古紙は廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含む。１観点において、バイオマス材料の処理によりバイオ燃料、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノールが生成する。
【０１１８】
[0112]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を含む、乳製品を提供する。１観点において、乳製品にはミルク、アイスクリーム、チーズまたはヨーグルトが含まれる。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１１９】
[0113]  別態様において、本発明は、乳製品のテクスチャーおよびフレーバーを改善するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を提供すること; (b)乳製品を提供すること;および(c)段階(a)のポリペプチドと段階(b)の乳製品を、本発明のポリペプチドが乳製品のテクスチャーまたはフレーバーを改善しうる条件下で接触させること。
【０１２０】
[0114]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を含む、編織物または布帛を提供し、その際、場合により編織物または布帛はセルロース含有繊維を含む。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２１】
[0115]  別態様において、本発明は、固形または液状の動物廃棄物を処理するための、下記の段階を含む方法を提供する: (a)本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を提供すること; (b)固形または液状の動物廃棄物を提供すること;および(c)段階(a)のポリペプチドと段階(b)の固形または液状の動物廃棄物を、プロテアーゼが廃棄物を処理しうる条件下で接触させること。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２２】
[0116]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドもしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を含む、処理済み廃棄物を提供する。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２３】
[0117]  別態様において、本発明は、グルコースオキシダーゼおよび／またはセルラーゼ活性をもつポリペプチドを含む消毒剤を提供し、その際、ポリペプチドは本発明の配列もしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を含む。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２４】
[0118]  別態様において、本発明は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼ活性をもつポリペプチドを含む生物防御剤(biodefense agent)または生物解毒剤(bio-detoxifying agent)を提供し、その際、ポリペプチドは本発明の配列もしくは本発明の核酸によりコードされるポリペプチド、または本発明の酵素アンサンブル、加工製品もしくは“カクテル”を含む。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２５】
[0119]  別態様において、本発明は、本発明の酵素、たとえば本発明のヘミセルロース−およびセルロース−加水分解酵素ならびにバイオマス材料の混合物を含む組成物（本発明の酵素アンサンブルおよび加工製品を含む）を提供し、その際、場合によりバイオマス材料は農作物に由来するリグノセルロース材料を含むか、あるいはバイオマス材料は食品または飼料の製造の副産物であるか、あるいはバイオマス材料はリグノセルロース廃棄物であるか、あるいはバイオマス材料は植物残渣または古紙もしくは古紙製品であるか、あるいはバイオマス材料は植物残渣を含み、場合により植物残渣は穀粒、種子、幹、葉、莢、殻、穀草もしくは穀草の穂軸、穀草の葉茎、牧草（その際、場合により牧草はインディアングラスまたはスイッチグラスである）、干し草もしくはわら（たとえば、イネわらもしくはコムギわら、またはいずれかの穀類植物の乾燥茎）、木材、木材チップ、木材パルプ、木屑および／またはおが屑であり、場合により古紙は廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含む。別の態様において、本発明のポリペプチドはセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２６】
[0120]  別態様において、本発明は、バイオマス材料を処理するための、下記を含む方法を提供する：本発明の酵素アンサンブル（“カクテル”）もしくは加工製品、または本発明のヘミセルロース−およびセルロース−加水分解酵素の混合物を提供すること、その際、セルロース加水分解酵素は少なくとも１種類のエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼＩ、セロビオヒドロラーゼＩＩおよびβ−グルコシダーゼを含み、ヘミセルロース加水分解酵素は少なくとも１種類のキシラナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼを含む；およびこの酵素混合物をバイオマス材料と接触させること、その際、場合により、リグノセルロースを含むバイオマス材料は農作物に由来するか、食品または飼料の製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、あるいは植物残渣または古紙もしくは古紙製品であり、場合により植物残渣は穀粒、種子、幹、葉、莢、殻、穀草もしくは穀草の穂軸、穀草の葉茎、牧草（その際、場合により牧草はインディアングラスまたはスイッチグラスである）、干し草もしくはわら（たとえば、イネわらもしくはコムギわら、またはいずれかの穀類植物の乾燥茎）、木材、木屑、木材チップ、木材パルプおよび／またはおが屑であり、場合により古紙は廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含む；場合により、この方法は、バイオマス材料を処理して、バイオ燃料、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノール、アルコール類および／または糖（糖類）を生成させることをさらに含む。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２７】
[0121]  別態様において、本発明は、バイオマス材料を処理するための、下記を含む方法を提供する：本発明の酵素混合物（本発明の酵素アンサンブル（“カクテル”）もしくは加工製品を含む）を提供すること、およびこの酵素混合物をバイオマス材料と接触させること、その際、場合により、リグノセルロースを含むバイオマス材料は農作物に由来するか、食品または飼料の製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、あるいは植物残渣または古紙もしくは古紙製品であり、場合により植物残渣は種子、幹、葉、莢、殻、穀草もしくは穀草の穂軸、穀草の葉茎、穀草の繊維、牧草（たとえば、インディアングラスまたはスイッチグラス）、干し草、穀粒、わら（たとえば、イネわらもしくはコムギわら、またはいずれかの穀類植物の乾燥茎）、サトウキビバガス、サトウダイコンパルプ、柑橘類パルプ、および柑橘類の皮、木材、間伐材、木材チップ、木材パルプ、廃パルプ、木屑、かんな屑およびおが屑、建築および／または解体廃棄物および屑（たとえば、木材、かんな屑およびおが屑）であり、場合により古紙は廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料、ならびにリサイクル紙材料を含む。さらに、都市廃棄物、たとえば都市の固形廃棄物の紙区分、都市の木材廃棄物、および都市のグリーン廃棄物(green waste)、ならびに糖、デンプンおよび／またはセルロースを含有する他の材料を使用できる。場合により、バイオマス材料の処理によってバイオ燃料、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノールが生成する。１観点において、本発明のポリペプチドはリグノセルロース活性、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ。
【０１２８】
[0122]  本発明の１以上の観点の詳細を添付の図面および以下の記載に示す。本発明の他の特徴、目的および利点は発明の詳細な説明および図面、特許請求の範囲の前の番号付きのパラグラフ、ならびに特許請求の範囲自体から明らかであろう。
【０１２９】
[0123]  本明細書に引用するすべての刊行物、特許、特許出願、GenBank配列およびATCC寄託を、あらゆる目的で明示的に本明細書に援用する。
5.図面の簡単な説明
[0124]  以下の図面は本発明の観点の説明であり、各パラグラフに包含される本発明の範囲を限定するためのものではない。
【図面の簡単な説明】
【０１３０】
【図１Ａ】[0125]  図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58; SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134、および／またはSEQ ID NO:136。SEQ ID NO:60, 94, 120および134は“野生型”ＢＤ２９５５５配列である；アミノ酸置換体（ＢＤ２９５５５の位置１２０−１２８の９アミノ酸の基質エントリーループをより長い１３アミノ酸のループで置換したものを含む)に下線を施してある。
【図１Ｂ】図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す。
【図１Ｃ】図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す。
【図１Ｄ】図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す。
【図１Ｅ】図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す。
【図１Ｆ】図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す。
【図１Ｇ】図1A〜1Uは、下記のバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチド配列のアラインメントを示す。
【発明を実施するための形態】
【０１３１】
6.発明の詳細な説明
[0126]  １観点において、本発明は、下記の活性を含むいずれかのリグノセルロース分解（リグノセルロース）活性をもつポリペプチド：リグニン分解活性およびセルロース分解活性、たとえばセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）活性；これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびにこれらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドを作成および使用する方法を提供する。１観点において、本発明は、リグノセルロース活性、たとえばセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドを提供し、これにはバイオマスの糖化に際して可溶性オリゴマーを発酵性モノマー糖に変換する酵素が含まれる。１観点において、本発明のポリペプチドの活性は、可溶性セロオリゴ糖および／またはオリゴマーをモノマー（たとえば、キシロース、アラビノースまたはグルコース）に酵素加水分解（分解）することを含む。１観点において、本発明は、熱安定性および耐熱性形態の本発明のポリペプチドを提供する。本発明のポリペプチドは、多様な医薬、農業および工業関係に使用できる。
【０１３２】
[0127]  １観点において、本発明は、増大した触媒速度をもち、したがって基質加水分解のプロセスを改善する、リグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）を提供する。１観点において、本発明は、比較的極端な条件、たとえば高温もしくは低温の条件、または塩条件、および／または酸性もしくは塩基性の条件（生理的なものより高いかまたは低いｐＨおよび温度を含む）下で活性であるリグノセルロース酵素を提供する。この増大した触媒速度効率は、１態様において微生物がエタノール産生に使う糖の製造効率を増大させる。１観点において、本発明の酵素を産生する微生物を糖加水分解（たとえば、エタノール産生）微生物と共に使用する。したがって本発明は、バイオ燃料、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノールを製造し、たとえばバイオ燃料を用いる輸送のためのアルコール類に基づく“クリーン燃料”を作る方法を提供する。
【０１３３】
[0128]  １観点において、本発明は、本発明の酵素、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含む組成物（たとえば、酵素製剤、飼料、薬剤、食事サプリメント）を提供する。これらの組成物は、多様な形態で、たとえば液剤、ゲル剤、丸剤、錠剤、スプレー剤、散剤、食品、飼料ペレット、またはナノカプセル封入形態を含めたカプセル封入形態として配合できる。
【０１３４】
[0129]  セルラーゼ活性、たとえばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）活性を測定するための、たとえばあるポリペプチドがセルラーゼ活性、たとえばセロビオヒドロラーゼ活性をもつかどうかを判定するための、アッセイ法は当技術分野で周知であり、本発明の範囲内にある；たとえば、下記を参照：Baker WL, Panow A, Estimation of cellulase activity using a glucose-oxidase-Cu(II) reducing assay for glucose, J Biochem Biophys Methods. 1991 Dec, 23(4): 265-73; Sharrock KR, Cellulase assay methods: a review, J Biochem Biophys Methods. 1988 Oct, 17(2): 81-105; Carder JH, Detection and quantitation of cellulase by Congo red staining of substrates in a cup-plate diffusion assay, Anal Biochem. 1986 Feb 15, 153(1): 75-9; Canevascini G., A cellulase assay coupled to cellobiose dehydrogenase, Anal Biochem. 1985 Jun, 147(2): 419-27; Huang JS, Tang J, Sensitive assay for cellulase and dextranase. Anal Biochem. 1976 Jun, 73(2):369-77。
【０１３５】
[0130]  本発明により用いる反応条件のｐＨは、本発明が提供するもうひとつの変動パラメーターである。特定の観点において、反応のｐＨは約３．０以下〜約９．０以上の範囲で実施され、１態様において、本発明の酵素はそのような酸性または塩基性条件下で活性である。他の観点において、本発明の方法は約4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.5、8.0、8.5、9.0または9.5以上のｐＨで実施され、１態様において、本発明の酵素はそのような酸性または塩基性条件下で活性である。アルカリ性条件下で実施される反応条件も、たとえば本発明の酵素の、ある工業用途または医薬用途に有利な可能性がある。
【０１３６】
[0131]  本発明は、セルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）活性をもつポリペプチドを含めた本発明のリグノセルロース酵素を含む、医薬、添加剤およびサプリメントを含めた、多様な形態および剤形の組成物を提供する。本発明の方法において、本発明のリグノセルロース酵素は多様な形態および剤形でも用いられる。たとえば、精製したリグノセルロース酵素を、バイオ燃料、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノールの製造に際して配置した酵素製剤中に、あるいは医薬、食品、飼料または食事補助剤の用途に使用できる。あるいは、本発明の酵素は、バイオ燃料、たとえばバイオアルコール、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールもしくはバイオプロパノールを製造し、クリーン燃料を製造し、生物廃棄物を処理し、食品、化学物質、医薬、サプリメント、液体、食品または飼料を処理するためなどのプロセスに、直接または間接的に使用できる。
【０１３７】
[0132]  あるいは、本発明のリグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）ポリペプチドは、当技術分野で既知の方法を用いて微生物（細菌、酵母、ウイルス、真菌などを含む）において発現させることができる。本発明の酵素を発現する微生物は、植物、植物の一部（たとえば、種子）または生物の上または内部で生存することができる。他の観点において、本発明のリグノセルロース酵素を、本発明の方法に使用する前に固体支持体に固定化することができる。酵素を固体支持体に固定化する方法は当技術分野で一般に知られている；たとえば、J. Mol. Cat. B: Enzymatic 6 (1999) 29-39; Chivata et al. Biocatalysis: Immobilized cells and enzymes, J Mol. Cat. 37 (1986) 1-24: Sharma et al., Immobilized Biomaterials Techniques and Applications, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 21 (1982) 837-54: Laskin (Ed.), Enzymes and Immobilized Cells in Biotechnology。
【０１３８】
6.1.核酸、プローブおよび阻害分子
[0133]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチド、たとえばセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）（たとえばセロビオース単位β−１，４  グルコース−グルコース二糖を順次放出することができる“エキソ”活性を有する、たとえば、エキソ−セロビオヒドロラーゼ）をコードする核酸を提供する。本発明はまた、発現カセット、ベクター、たとえば発現ベクターもしくはクローニングベクター、クローニングビヒクル、たとえばウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を提供し、これらは本発明の核酸を含むか、あるいはそれを内包することができる。
【０１３９】
[0134]  本発明はまた、本発明の核酸を用いて新規な酵素配列を見出す方法を含む。たとえばGene Site Saturation MutagenesisSM技術、GeneReassemblySM技術、および／またはTailored Multi-Site Combinatorial Asembly SM技術により、本発明の核酸を修飾する方法も提供される。
【０１４０】
[0135]  別態様において、本発明は、下記のものを含む本発明の代表的核酸に基づく核酸類を提供する。
[0136]  代表的SEQ ID NO:1；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:2およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCCATACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１４１】
[0137]代表的SEQ ID NO:2 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNAHTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１４２】
[0138]  代表的SEQ ID NO:3；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:4およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCGAGACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１４３】
[0139]代表的SEQ ID NO:4 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNAETGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１４４】
[0140]  代表的SEQ ID NO:5；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:6およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCAAGTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１４５】
[0141]代表的SEQ ID NO:6 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPKSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１４６】
[0142]  代表的SEQ ID NO:7；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:8およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGATATGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１４７】
[0143]代表的SEQ ID NO:8 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGYG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１４８】
[0144]  代表的SEQ ID NO:9；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:10およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGAGTGGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１４９】
[0145]代表的SEQ ID NO:10 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGVG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１５０】
[0146]  代表的SEQ ID NO:11；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:12およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTTCGTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTACC ACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTTG   TAA。
【０１５１】
[0147]代表的SEQ ID NO:12 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAASWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１５２】
[0148]  代表的SEQ ID NO:13；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:14およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAA GACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１５３】
[0149]代表的SEQ ID NO:14 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPKTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０１５４】
[0150]  代表的SEQ ID NO:15；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:16およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCCTTACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１５５】
[0151]代表的SEQ ID NO:16 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICLTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１５６】
[0152]  代表的SEQ ID NO:17；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:18およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCATTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１５７】
[0153]代表的SEQ ID NO:18 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPILSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１５８】
[0154]  代表的SEQ ID NO:19；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:20およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCGGGCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１５９】
[0155]代表的SEQ ID NO:20 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSGLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１６０】
[0156]  代表的SEQ ID NO:21；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:22およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCGGGTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１６１】
[0157]代表的SEQ ID NO:22 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLGCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGL GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS KISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQCL。
【０１６２】
[0158]  代表的SEQ ID NO:23；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:24およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACGCTAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１６３】
[0159]代表的SEQ ID NO:24 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNAKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPT。
【０１６４】
[0160]  代表的SEQ ID NO:25；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:26およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCGGTCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１６５】
[0161]代表的SEQ ID NO:26 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVGHLPCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGL GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS KISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQC。
【０１６６】
[0162]  代表的SEQ ID NO:27；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:28およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCCCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCTCTGACGACGGCACATCC ACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCCC CAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTGC GATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCTG GCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGGA CGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACTG GTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACCG TTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCTTT CAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCCAG CGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGCAC TGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTACCA CCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTTGT    AA。
【０１６７】
[0163]代表的SEQ ID NO:28 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSPNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVSDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１６８】
[0164]  代表的SEQ ID NO:29；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:30およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACCAGGGCACATC CTCCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGGTCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１６９】
[0165]代表的SEQ ID NO:30 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDQGTSSGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEVSTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１７０】
[0166]  代表的SEQ ID NO:31；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:32およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCCGTCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１７１】
[0167]代表的SEQ ID NO:32 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGRLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１７２】
[0168]  代表的SEQ ID NO:33；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:34およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCCTTGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１７３】
[0169]代表的SEQ ID NO:34 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLLEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１７４】
[0170]  代表的SEQ ID NO:35；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:36およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTAGTAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１７５】
[0171]代表的SEQ ID NO:36 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVSNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１７６】
[0172]  代表的SEQ ID NO:37；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:38およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCGATATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１７７】
[0173]代表的SEQ ID NO:38 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSD ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１７８】
[0174]  代表的SEQ ID NO:39；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:40およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAGATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCGCTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCTGTGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１７９】
[0175]代表的SEQ ID NO:40 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCRSGGSCTTNSG AITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITTS GNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVADFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS KISGVCGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQCL。
【０１８０】
[0176]  代表的SEQ ID NO:41；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:42およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGATAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１８１】
[0177]代表的SEQ ID NO:42 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSDNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１８２】
[0178]  代表的SEQ ID NO:43；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:44およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAGTTGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１８３】
[0179]代表的SEQ ID NO:44 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGVVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１８４】
[0180]  代表的SEQ ID NO:45；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:46およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTGTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１８５】
[0181]代表的SEQ ID NO:46 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDLCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１８６】
[0182]  代表的SEQ ID NO:47；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:48およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTATTTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１８７】
[0183]代表的SEQ ID NO:48 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETISFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVNM LWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGSS TGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１８８】
[0184]  代表的SEQ ID NO:49；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:50およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACCGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１８９】
[0185]代表的SEQ ID NO:50 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHRGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQC。
【０１９０】
[0186]  代表的SEQ ID NO:51；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:52およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGAGTGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１９１】
[0187]代表的SEQ ID NO:52 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMSAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１９２】
[0188]  代表的SEQ ID NO:53；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:54およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGTGGGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１９３】
[0189]代表的SEQ ID NO:54 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRWGPFNSTFSGG SSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０１９４】
[0190]  代表的SEQ ID NO:55；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:56およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCGGTTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１９５】
[0191]代表的SEQ ID NO:56 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFGSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０１９６】
[0192]  代表的SEQ ID NO:57；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:58およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAAGACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１９７】
[0193]代表的SEQ ID NO:58 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS KTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０１９８】
[0194]  代表的SEQ ID NO:59；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:60およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０１９９】
[0195]代表的SEQ ID NO:60 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２００】
[0196]  代表的SEQ ID NO:61；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:62およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACAATGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２０１】
[0197]代表的SEQ ID NO:62 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYNGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２０２】
[0198]  代表的SEQ ID NO:63；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:62およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCAGTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２０３】
[0199]代表的SEQ ID NO:64 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFSTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２０４】
[0200]  代表的SEQ ID NO:65；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:66およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCACTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２０５】
[0201]代表的SEQ ID NO:66 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFTTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２０６】
[0202]  代表的SEQ ID NO:67；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:68およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCAA TAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２０７】
[0203]代表的SEQ ID NO:68 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SNNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２０８】
[0204]  代表的SEQ ID NO:69；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:70およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCAACGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２０９】
[0205]代表的SEQ ID NO:70 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSTRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２１０】
[0206]  代表的SEQ ID NO:71；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:72およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTGTTTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２１１】
[0207]代表的SEQ ID NO:72 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGVYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２１２】
[0208]  代表的SEQ ID NO:73；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:74およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAGCTCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGCCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２１３】
[0209]代表的SEQ ID NO:74 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAEAHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSAN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２１４】
[0210]  代表的SEQ ID NO:75；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:76およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGACTATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２１５】
[0211]代表的SEQ ID NO:76 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLTMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２１６】
[0212]  代表的SEQ ID NO:77；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:78およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACGATTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２１７】
[0213]代表的SEQ ID NO:78 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDDSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２１８】
[0214]  代表的SEQ ID NO:79；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:80およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGATAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２１９】
[0215]代表的SEQ ID NO:80 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSDN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２２０】
[0216]  代表的SEQ ID NO:81；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:82およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACCCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGCCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGCTAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTGCCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２２１】
[0217]代表的SEQ ID NO:82 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLAMSLWDDYSAN MLWLDSTYPTNATGAPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２２２】
[0218]  代表的SEQ ID NO:83；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:84およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGACTTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２２３】
[0219]代表的SEQ ID NO:84 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MTWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２２４】
[0220]  代表的SEQ ID NO:85；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:86およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTTATACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２２５】
[0221]代表的SEQ ID NO:86 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS YTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０２２６】
[0222]  代表的SEQ ID NO:87；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:88およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGTCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACGTC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGCCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCTGGACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２２７】
[0223]代表的SEQ ID NO:88 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNVNTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSAN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASWTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０２２８】
[0224]  代表的SEQ ID NO:89；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:90およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCATG AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２２９】
[0225]代表的SEQ ID NO:90 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTMSGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０２３０】
[0226]  代表的SEQ ID NO:91；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:92およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATTAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGCCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGACTTGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTACC ACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTTG  
TAA。
【０２３１】
[0227]代表的SEQ ID NO:92 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSAN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGLAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２３２】
[0228]  代表的SEQ ID NO:93；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:94およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２３３】
[0229]代表的SEQ ID NO:94 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２３４】
[0230]  代表的SEQ ID NO:95；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:96およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTCTGCAGGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCGCCCAGAACTG CTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCCAGCAGGGCCCCTACTCCAAGAACGTCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２３５】
[0231]代表的SEQ ID NO: 96 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTLQAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTAQNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVQQGPYSKNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNG ALYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNN ANTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCD PDGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVV IPQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２３６】
[0232]  代表的SEQ ID NO:97；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:98およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTCTGACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTGGACCAACTG CTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCCAGCAGGGCCCCTACTCCAAGAACGTCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２３７】
[0233]代表的SEQ ID NO: 98 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTLTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNSG AITLDANWRWVHGVNTWTNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVQQGPYSKNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGA LYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNA NTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDP DGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVI PQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２３８】
[0234]  代表的SEQ ID NO:99；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:100およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTACCAGAACTG CTACACCGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCCAGCAGGGCCCCTACTCCAAGAACGTCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２３９】
[0235]代表的SEQ ID NO: 100 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTYQNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVQQGPYSKNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNG ALYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNN ANTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCD PDGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVV IPQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２４０】
[0236]  代表的SEQ ID NO:101；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:102およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTCTGTGGGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCCAGCAGGGCCCCTACTCCAAGAACGTCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２４１】
[0237]代表的SEQ ID NO:102 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTLWAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVQQGPYSKNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGA LYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNA NTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDP DGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVI PQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２４２】
[0238]  代表的SEQ ID NO:103；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:104およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTACCAGGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCACCAAGGGCTCCTTCTCCTCCAACATCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２４３】
[0239]代表的SEQ ID NO:104 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYQAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTKGSFSSNIGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGAL YFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNAN TGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPD GCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIP QPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDD YSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNST FSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGT TCTVVNPYYSQCL。
【０２４４】
[0240]  代表的SEQ ID NO:105；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:106およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTCAGCAGGCTGAAACCCATC CCTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTG CCATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTACACCAACT GCTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCC AGGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCG GCAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCACCCAGTCCGCCCAGAAGAACGTCGGCGCC CGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAG GAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCT ACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCC GGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTC ATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACAC TGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACA GCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCA CTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACC CTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCG GCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGAC GACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGG TGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAA CTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAA ACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCA TGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTA CAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGG ACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCC GGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCA CTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCA CCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGG ACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTAC TCTCAATGTTTGTAA。
【０２４５】
[0241]代表的SEQ ID NO:106 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTQQAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTYTNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVTQSAQKNVGARTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGA LYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNA NTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDP DGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVI PQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２４６】
[00100]  代表的SEQ ID NO:107；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:108およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTGCCTACGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTACTACAACTG CTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCACCGGCTCCAACGTCGGCTCCCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２４７】
[0100]代表的SEQ ID NO:108 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTAYAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTYYNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGL GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS KISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQCL。
【０２４８】
[0101]  代表的SEQ ID NO:109；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:110およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTCAGCAGGCTGAAACCCATC CCTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTG CCATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTACTACAACT GCTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCC AGGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCG GCAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCACCGGCTCCAACGTCGGCTCCCGTACCTACC TGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTT TCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２４９】
[0102]代表的SEQ ID NO:110 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTQQAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTYYNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGL GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS KISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQCL。
【０２５０】
[0103]  代表的SEQ ID NO:111；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:112およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTACTGGGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTCCTGGAACTG CTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCACCGGCTCCAACGTCGGCTCCCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２５１】
[0104]代表的SEQ ID NO:112 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYWAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSWNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGL GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS KISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQCL。
【０２５２】
[0105]  代表的SEQ ID NO:113；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:114およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTGCCCAGGCTGAAACCCATC CCTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTG CCATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTCCTACAACT GCTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCC AGGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCG GCAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCACCGGCTCCAACGTCGGCTCCCGTACCTACC TGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTT TCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２５３】
[0106]代表的SEQ ID NO:114 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTAQAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSYNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２５４】
[0107]  代表的SEQ ID NO:115；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:116およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTGGCAGAACTG CTACACCGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCCAGCAGGGCCCCTACTCCAAGAACGTCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２５５】
[0108]代表的SEQ ID NO:116 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTWQNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGIT TSGNSLRLNFVQQGPYSKNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNG ALYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNN ANTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCD PDGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVV IPQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２５６】
[0109]  代表的SEQ ID NO:117；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:118およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTCTGTACGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCTCCACCAACTG CTACGATGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTCCAGCAGGGCCCCTACTCCAAGAACGTCGGCTC CCGTACCTACCTGATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCA GGAGTTCACTTTCACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCT CTACTTCGTGACCATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGG CCGGCGCTCAGTACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAAT TCATCGCTGGTCAGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAAC ACTGGACTTGGCAACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAA CAGCATCTCAGAGGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTG CACTACTGATGCCTGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGA CCCTGATGGATGTGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTC CGGCAAGACCGTTGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTG ACGACGGCACATCCACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAAC GGTGTTGTCATCCCCCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATC AACTCCGACTTCTGCGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGC AAACACGGTGGCCTGGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGT CATGAGTTTGTGGGACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCC TACAAACGCGACTGGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGG GGACCCTAAGACCGTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACAT CCGGGTTGGTCCTTTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTC CACTACTACCGCCAGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAG CACCTCTACCGGCACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTT GGACTGGTCCTACCACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACT ACTCTCAATGTTTGTAA。
【０２５７】
[0110]代表的SEQ ID NO:118 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTLYAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYDGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVQQGPYSKNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGA LYFVTMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNA NTGLGNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDP DGCDFNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVI PQPSSKISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWD DYSVNMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNS TFSGGSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASG TTCTVVNPYYSQCL。
【０２５８】
[0111]  代表的SEQ ID NO:119；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:120およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ATGATTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACTG GTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACCG TTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCTTT CAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCCAG CGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGCAC TGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTACCA CCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTTGT 
AA。
【０２５９】
[0112]代表的SEQ ID NO:120 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２６０】
[0113]  代表的SEQ ID NO:121；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:122およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCGGGTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCAAGTCCAACAACGCCCATACTGGATATGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCGATATCTCCGGAGTCAGCGGAGTTGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGTGGGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２６１】
[0114]代表的SEQ ID NO:122 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLGCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPKSNNAHTGY GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSS DISGVSGVVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSV NMLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRWGPFNSTFSG GSSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCT VVNPYYSQCL。
【０２６２】
[0115]  代表的SEQ ID NO:123；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:124およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCCATACTGGATATGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCGATATCTCCGGAGTCAGCGGAGTTGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGAGTGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGTGGGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２６３】
[0116]代表的SEQ ID NO:124 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNAHTGYG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSD ISGVSGVVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMSAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRWGPFNSTFSGG SSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０２６４】
[0117]  代表的SEQ ID NO:125；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:126およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCCTTGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCGATATCTCCGGAGTCAGCGGAGTTGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２６５】
[0118]代表的SEQ ID NO:126 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLLEIRRYYVQNGVVIPQPSSD ISGVSGVVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２６６】
[0119]  代表的SEQ ID NO:127；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:128およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGATATGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACCAGGGCACATC CACCGGCCGTCTCCTTGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCGATATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGAGTGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT
GTAA。
【０２６７】
[0120]代表的SEQ ID NO:128 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGYG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDQGTSTGRLLEIRRYYVQNGVVIPQPSS DISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMSAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２６８】
[0121]  代表的SEQ ID NO:129；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:130およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCGGGTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCAAGTCCAACAACGCCCATACTGGATATGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTAGTAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCGATATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGAGTGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２６９】
[0122]代表的SEQ ID NO:130 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLGCGLNGALYFV TMDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPKSNNAHTGY GNHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCD FNPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVSNGVVIPQPSS DISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMSAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２７０】
[0123]  代表的SEQ ID NO:131；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:132およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGAGTGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGTGGGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２７１】
[0124]代表的SEQ ID NO:132 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMSAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRWGPFNSTFSGG SSTGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTV VNPYYSQCL。
【０２７２】
[0125]  代表的SEQ ID NO:133；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:134およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATCGTTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATGT GACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGTT GACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTCGTGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT  GTAA。
【０２７３】
[0126]代表的SEQ ID NO:134 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDRYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAARGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２７４】
[0127]  代表的SEQ ID NO:135；セロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチド(たとえば代表的SEQ ID NO:136およびその酵素活性フラグメント)をコードするもの:
ATGTCTGCCTTGAACTCTTTCAATATGTACAAGAGCGCCCTCATCTTGGGCTC CTTGCTGGCAACAGCTGGTGCTCAGCAAATTGGTACTTATACCGCTGAAACCCATCC CTCTTTGAGCTGGTCTACTTGCAAATCGGGTGGTAGCTGCACCACAAACTCCGGTGC CATTACGTTGGATGCCAACTGGCGTTGGGTCCATGGTGTCAATACCAGCACCAACTG CTACACTGGCAACACTTGGAATACCGCCATCTGCGACACTGATGCATCCTGTGCCCA GGACTGTGCTCTTGATGGTGCTGACTACTCTGGCACGTACGGTATCACTACCTCCGG CAACTCATTGCGCCTGAACTTCGTTACCGGTTCCAACGTCGGATCTCGTACCTACCT GATGGCCGATAACACCCACTACCAAATCTTCGACTTGTTGAACCAGGAGTTCACTTT CACCGTCGATGTCTCCCACCTCCCTTGCGGTTTGAACGGTGCCCTCTACTTCGTGAC CATGGACGCCGACGGTGGCGTCTCCAAGTACCCCAACAACAAGGCCGGCGCTCAGT ACGGTGTTGGATACTGTGACTCTCAATGCCCTCGTGACTTGAAATTCATCGCTGGTC AGGCCAACGTTGAGGGCTGGACGCCCTCCTCCAACAACGCCAACACTGGACTTGGC AACCACGGAGCTTGCTGCGCAGAGCTTGATATCTGGGAGGCAAACAGCATCTCAGA GGCTTTGACTCCTCACCCTTGCGATACACCCGGTCTATCTGTTTGCACTACTGATGCC TGCGGTGGTACCTACAGCTCCGATAAGTACGCCGGTACCTGCGACCCTGATGGATG TGACTTCAACCCTTACCGTCTTGGTGTCACTGACTTCTACGGCTCCGGCAAGACCGT TGACACCACCAAACCCATCACCGTTGTGACTCAATTCGTCACTGACGACGGCACATC CACCGGCACCCTCTCCGAGATCAGACGTTACTACGTTCAGAACGGTGTTGTCATCCC CCAGCCTTCCTCCAAGATCTCCGGAGTCAGCGGAAATGTCATCAACTCCGACTTCTG CGATGCTGAGATCTCCACCTTTGGCGAGACTGCCTCCTTCAGCAAACACGGTGGCCT GGCAAAGATGGGCGCTGGTATGGAAGCTGGTATGGTCTTGGTCATGAGTTTGTGGG ACGACTACTCCGTCAACATGCTCTGGCTCGACAGCACCTACCCTACAAACGCGACT GGTACCCCCGGTGCCGCTAAGGGTTCCTGCCCTACCACTTCTGGGGACCCTAAGACC GTTGAATCACAATCCGGCAGCTCCTATGTCACCTTTTCTGACATCCGGGTTGGTCCT TTCAACTCTACGTTCAGCGGTGGTTCTAGCACCGGTGGCAGCTCCACTACTACCGCC AGCGGCACCACCACCACCAAGGCCTCTTCCACCTCTACTTCCAGCACCTCTACCGGC ACTGGAGTCGCTGCTCACTGGGGTCAGTGTGGTGGCCAGGGTTGGACTGGTCCTAC CACCTGCGCTAGTGGAACCACATGCACCGTCGTGAACCCTTACTACTCTCAATGTTT GTAG。
【０２７５】
[0128]代表的SEQ ID NO:136 (またはその酵素活性フラグメント)を含むかあるいはそれからなるセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸:
MSALNSFNMYKSALILGSLLATAGAQQIGTYTAETHPSLSWSTCKSGGSCTTNS GAITLDANWRWVHGVNTSTNCYTGNTWNTAICDTDASCAQDCALDGADYSGTYGITT SGNSLRLNFVTGSNVGSRTYLMADNTHYQIFDLLNQEFTFTVDVSHLPCGLNGALYFVT MDADGGVSKYPNNKAGAQYGVGYCDSQCPRDLKFIAGQANVEGWTPSSNNANTGLG NHGACCAELDIWEANSISEALTPHPCDTPGLSVCTTDACGGTYSSDKYAGTCDPDGCDF NPYRLGVTDFYGSGKTVDTTKPITVVTQFVTDDGTSTGTLSEIRRYYVQNGVVIPQPSSK ISGVSGNVINSDFCDAEISTFGETASFSKHGGLAKMGAGMEAGMVLVMSLWDDYSVN MLWLDSTYPTNATGTPGAAKGSCPTTSGDPKTVESQSGSSYVTFSDIRVGPFNSTFSGGS STGGSSTTTASGTTTTKASSTSTSSTSTGTGVAAHWGQCGGQGWTGPTTCASGTTCTVV NPYYSQCL。
【０２７６】
[0129]  本発明の核酸は、たとえばｃＤＮＡライブラリーのクローニングおよび発現、ＰＣＲによるメッセージまたはゲノムＤＮＡの増幅などにより、作成、単離および／または操作することができる。本発明の方法を実施する際、本明細書に記載するように鋳型核酸を操作することによりホモロガス遺伝子を修飾することができる。本発明は、当技術分野で既知のいずれかの方法またはプロトコルまたはデバイスと組み合わせて実施でき、それらは科学文献および特許文献に十分に記載されている。
【０２７７】
6.2.一般的技術
[0130]  本発明の実施に用いる核酸は、ＲＮＡ、ｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンス核酸、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ベクター、ウイルス、またはそのハイブリッドのいずれであっても、多様な供給源から単離し、遺伝子工学的に操作し、増幅させ、および／または組換えにより発現／作成することができる。これらの核酸から作成した組換えポリペプチドを個別に単離またはクローニングし、目的活性について試験することができる。細菌、哺乳動物、酵母、昆虫または植物細胞の発現系を含めたいずれかの組換え発現系を使用できる。
【０２７８】
[0131]  あるいは、これらの核酸は、たとえば下記に記載されるような、周知の化学合成技術によりインビトロで合成できる； Adams (1983) J. Am. Chem. Soc. 105:661; Belousov (1997) Nucleic Acids Res. 25: 3440-3444; Frenkel (1995) Free Radic. Biol. Med. 19: 373-380; Blommers (1994) Biochemistry 33:7886-7896; Narang (1979) Meth. Enzymol. 68:90; Brown (1979) Meth. Enzymol. 68:109; Beaucage (1981) Tetra. Lett. 22:1859; U.S. Patent No. 4,458,066。
【０２７９】
[0132]  核酸の操作のための技術、たとえばサブクローニング、プローブ標識（たとえば、Ｋｌｅｎｏｗポリメラーゼを用いるランダムプライマー標識法、ニックトランスレーション、増幅法）、配列決定、ハイブリダイゼーションなどが、科学文献および特許文献に十分に記載されている；たとえば、Sambrook, ed., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL (2ND ED.), Vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory, (1989); CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, Ausubel, ed. John Wiley & Sons, Inc., New York (1997); LABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY: HYBRIDIZATION WITH NUCLEIC ACID PROBES, Part I. Theory and Nucleic Acid Preparation, Tijssen, ed. Elsevier, N.Y. (1993)を参照。
【０２８０】
[0133]  本発明の方法を実施するために用いる核酸を入手および操作するのに有用な別の手段は、ゲノム試料からクローニングし、そして所望によりたとえばゲノムクローンまたはｃＤＮＡクローンから単離または増幅した挿入配列をスクリーニングおよび再クローニングすることである。本発明の方法に用いる核酸の供給源には、たとえば下記に含まれるゲノムまたはｃＤＮＡライブラリーが含まれる：哺乳動物人工染色体（ＭＡＣ）、たとえばU.S. Patent No. 5,721,118; 6,025,155を参照;ヒト人工染色体、たとえばRosenfeld (1997) Nat. Genet. 15: 333-335を参照;酵母人工染色体（ＹＡＣ）；細菌人工染色体（ＢＡＣ）；Ｐ１人工染色体、たとえばWoon (1998) Genomics 50: 306-316を参照;Ｐ１−由来ベクター（ＰＡＣ）、たとえばKern (1997) Biotechniques 23: 120-124を参照;コスミド、組換えウイルス、ファージまたはプラスミド。
【０２８１】
[0134]  別観点において、“核酸”または“核酸配列”という句は、下記のものを表わす：ゲノムまたは合成に由来するオリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、またはこれらのいずれかのフラグメント、ＤＮＡまたはＲＮＡ  （たとえば、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ）：これらは一本鎖または二本鎖であってよく、センス鎖またはアンチセンス鎖であってよい；ペプチド核酸（ＰＮＡ）、または天然もしくは合成に由来するいずれかのＤＮＡ様もしくはＲＮＡ様の物質：たとえばｉＲＮＡ、リボ核タンパク質（たとえば、ｉＲＮＰ）を含む。この用語は、天然ヌクレオチドの既知の類似体を含む核酸、すなわちオリゴヌクレオチドを包含する。この用語は、合成主鎖をもつ核酸様構造体をも包含する；たとえば、Mata (1997) Toxicol. Appl. Pharmacol. 144: 189-197; Strauss-Soukup (1997) Biochemistry 36: 8692-8698; Samstag (1996) Antisense Nucleic Acid Drug Dev 6:153-156を参照。
【０２８２】
[0135]  １観点において、本発明のポリペプチドをコードする核酸は、翻訳されたポリペプチドまたはそのフラグメントの分泌を指令するために、そのポリペプチドと適宜調和させて構築されたリーダー配列をコードする配列をさらに含む。
【０２８３】
[0136]  本発明は、融合タンパク質およびそれらをコードする核酸を提供する。本発明のポリペプチドをヘテロロガスなペプチドまたはポリペプチド、たとえば安定性の増大または精製の簡略化などの目的特性を付与するＮ−末端識別ペプチドに融合させることができる。本発明のペプチドまたはポリペプチドは、たとえば、より免疫原性の強いペプチドを作成すること、組換え合成されたペプチドをより容易に単離すること、抗体および抗体発現Ｂ細胞を同定および単離することなどのために、それに連結した１以上の追加ドメインとの融合タンパク質として合成および発現させることもできる。検出および精製を容易にするドメインには、たとえば固定化された金属上での精製を可能にする金属キレート化ペプチド、たとえばポリヒスチジントラクト(polyhistidine tract)およびヒスチジン−トリプトファンモジュール、固定化免疫グロブリン上での精製を可能にするプロテインＡドメイン、およびＦＬＡＧＳ伸長／アフィニティー精製システムに用いられるドメイン(Immunex Corp, Seattle WA)が含まれる。切断可能なリンカー配列、たとえばＸａ因子またはエンテロキナーゼ(Invitrogen, San Diego CA)を精製ドメインとモチーフ含有ペプチドまたはポリペプチドとの間に挿入すると、転写および翻訳制御配列の精製が容易になる。
【０２８４】
[0137]  本発明は、ＲＮＡ合成／発現を指令または調節するために、発現（たとえば、転写または翻訳）制御配列（単数または複数）、たとえばプロモーターまたはエンハンサーに作動可能に連結された、本発明の核酸（たとえば、ＤＮＡ）配列を提供する。発現制御配列は、発現ベクター中にあってもよい。
【０２８５】
[0138]  原核細胞もしくは真核細胞またはそれらのウイルスにおいて遺伝子発現を制御することが知られているいずれかのプロモーターを使用できる。
6.3.発現ベクターおよびクローニングビヒクル
[0139]  本発明は、本発明のポリペプチド（および核酸、たとえばアンチセンス）を発現および過剰発現させるための、本発明の核酸、たとえば本発明のポリペプチドをコードする配列を含む、発現系、たとえば発現カセット、ベクター、クローニングビヒクルなどを提供する。本発明の発現ベクターおよびクローニングビヒクルは、ウイルス粒子、バキュロウイルス、ファージ、プラスミド、ファージミド、コスミド、フォスミド、細菌人工染色体、ウイルスＤＮＡ（たとえば、ワクシニア、アデノウイルス、トリポックスウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびＳＶ４０の派生株）、Ｐ１−ベース人工染色体、酵母プラスミド、酵母人工染色体、ならびに他のいずれかのベクターであって目的とする特定の宿主、たとえばバチルス、アスペルギルス属および酵母に特異的なものを含むことができる。別態様において、本発明の核酸をピチア属(Pichia)、たとえばピチア・パストリス(Pichia pastoris)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、たとえばシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、および／またはシュードモナス属(Pseudomonas)、たとえばシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)において発現させて、たとえば本発明のポリペプチドを発現させる。
【０２８６】
[0140]  本発明のベクターは、染色体、非染色体および合成のＤＮＡ配列を含むことができる。多数の適切なベクターが当業者に知られており、市販されている。いずれかのプラスミドまたは他のベクター、たとえば所望の宿主中で複製および生存が可能なものを使用できる。低いコピー数または高いコピー数のベクターを本発明の実施に使用してもよい。
【０２８７】
[0141]  １観点において、本発明の発現カセットは、本発明の配列、およびそのような配列と適合性である宿主中で構造遺伝子（すなわち、タンパク質、たとえば本発明のポリペプチドをコードする配列）の発現に影響を及ぼすことができるヌクレオチド配列を含む。発現カセットは少なくともポリペプチドコード配列と作動可能に連結されたプロモーターを、場合により他の配列、たとえば転写終止シグナルとともに、含む。発現を行なわせるのに必要または有用な追加因子、たとえばエンハンサーも使用できる。本発明を実施するために用いる発現カセットには、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルス、いずれかの形の組換え“裸ＤＮＡ”ベクターなどが含まれる。１観点において、“ベクター”は、細胞に感染、トランスフェクション、一過的または永続的トランスダクションしうる核酸を含む。ベクターは裸の核酸、またはタンパク質もしくは脂質と複合体形成した核酸であってもよい。ベクターは、場合によりウイルス性または細菌性の核酸および／またはタンパク質、および／または膜（たとえば、細胞膜、ウイルス脂質エンベロープなど）を含む。１観点において、ベクターには、ＤＮＡフラグメントがそれに結合して複製されるレプリコン(たとえば、RNAレプリコン、バクテリオファージ)が含まれるが、これらに限定されない。１観点において、ベクターにはRNA、自律自己複製型の環状または線状DNAまたはRNA (たとえば、プラスミド、ウイルスなど；たとえば、U.S. Patent No. 5,217,879を参照)が含まれるが、これらに限定されず、また発現プラスミドおよび非発現プラスミドの両方が含まれる。組換え微生物または細胞培養物を“発現ベクター”の宿主であると記載した場合、これは染色体外の環状および線状ＤＮＡ、ならびに宿主染色体（単数または複数）中へ組み込まれたＤＮＡの両方を含む。ベクターが宿主細胞により維持されている場合、そのベクターは細胞分裂に際して細胞によって自己構造体として安定に複製でき、あるいは宿主のゲノム内に組み込まれる。
【０２８８】
[0142]  １観点において、発現ベクターはそのベクターを含む宿主細胞の選択を可能にする１以上の選択マーカー遺伝子を含む。
6.4.宿主細胞および形質転換細胞
[0143]  本発明はまた、本発明の核酸配列、たとえば本発明のポリペプチドをコードする配列を含むか、あるい本発明の発現カセット、ベクター、クローニングビヒクル、発現ベクターまたはクローニングベクターを含む、形質転換細胞を提供する。宿主細胞は当業者に慣用されるいずれの宿主細胞であってもよく、これには原核細胞、真核細胞、たとえば細菌細胞、真菌細胞、酵母細胞、哺乳動物細胞、昆虫細胞または植物細胞が含まれる。代表的な細菌細胞には、エシェリキア属(Escherichia)、バチルス属(Bacillus)、ストレプトミセス属(Streptomyces)、サルモネラ属(Salmonella)、シュードモナス属(Pseudomonas)、ラクトコッカス属(Lactococcus)およびスタフィロコッカス属(Staphylococcus)内のいずれかの種が含まれ、これにはたとえば大腸菌(Escherichia coli)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、バチルス・サブティリス(Bacillus subtilis)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)、シュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)が含まれる。代表的な真菌細胞にはアスペルギルス属(Aspergillus)のいずれかの種が含まれ、これにはアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)が含まれる。代表的な酵母細胞にはピチア属(Pichia)、サッカロミセス属(Saccharomyces)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、またはシュワニオミセス属(Schwanniomyces)のいずれかの種が含まれ、これにはピチア・パストリス(Pichia pastoris)、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、またはシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)が含まれる。代表的な昆虫細胞にはスポドプテラ（ヨトウガ）属(Spodoptera)またはショウジョウバエ属(Drosophila)のいずれかの種が含まれ、これにはDrosophila S2およびSpodoptera Sf9が含まれる。代表的な昆虫細胞には、Drosophila S2およびSpodoptera Sf9が含まれる。代表的な酵母細胞には、ピチア・パストリス、サッカロミセス・セレビシエ、またはシゾサッカロミセス・ポンベが含まれる。代表的な動物細胞には、ＣＨＯ、ＣＯＳもしくはＢｏｗｅｓ黒色腫、またはいずれかのマウスもしくはヒト細胞株が含まれる。適切な宿主の選択は当業者の能力の範囲内である。
【０２８９】
[0144]  ベクターは、形質転換、トランスフェクション、トランスダクション、ウイルス感染、遺伝子銃、またはＴｉ−仲介遺伝子移入を含めた多様な手法のいずれかを用いて宿主細胞に導入できる。具体的な方法には、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン仲介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる(Davis, L., Dibner, M., Battey, I., Basic Methods in Molecular Biology, (1986))。
【０２９０】
[0145]  適切な場合、工学的に操作した宿主細胞を、プロモーターの活性化、形質転換体の選択または本発明の遺伝子の増幅のために適宜改変した一般の栄養培地中で培養することができる。適切な宿主株を形質転換し、その宿主株を適切な細胞密度まで増殖させた後、選択したプロモーターを適宜な手段（たとえば、温度シフトまたは化学的誘導）で導入し、細胞をさらにある期間培養して、目的ポリペプチドまたはそのフラグメントを産生させることができる。
【０２９１】
[0146]  無細胞翻訳系を用いて本発明のポリペプチドを作成することもできる。無細胞翻訳系は、ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含むＤＮＡ構築体から転写されたｍＲＮＡを使用できる。ある観点において、ＤＮＡ構築体をインビトロ転写反応の実施前に線状にしてもよい。転写されたｍＲＮＡを次いで適切な無細胞翻訳抽出物、たとえばウサギ網状赤血球抽出物と共にインキュベートして、目的ポリペプチドまたはそのフラグメントを作成する。
【０２９２】
[0147]  本発明の核酸を、いずれかのインビトロまたはインビボ発現系で発現または過剰発現させることができる。組換えタンパク質を発現または過剰発現させるためにいずれかの細胞培養系を使用でき、これには細菌、昆虫、酵母、真菌または哺乳動物培養物が含まれる。過剰発現は、プロモーター、エンハンサー、ベクター(たとえば、レプリコンベクター、ジシストロン型ベクターの使用(たとえば、Gurtu (1996) Biochem. Biophys. Res. Commun. 229:295-8)を参照)、培地、培養系などの適宜な選択により実施できる。１観点において、細胞系に選択マーカー、たとえばグルタミンシンセターゼを用いる遺伝子増幅 (たとえば、Sanders (1987) Dev. Biol. Stand. 66:55-63を参照) を用いて、本発明のポリペプチドを過剰発現させる。
【０２９３】
6.5.核酸の増幅
[0148]  本発明を実施する際、本発明のポリペプチドをコードする核酸、または修飾した核酸を、たとえば増幅により再生することができる。本発明は、たとえばセルラーゼ活性またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸またはそのサブ配列を増幅するための増幅プライマー配列対を提供し、その際、プライマー対は本発明の代表的な配列および上記少なくとも１つの特定の配列修飾を含む核酸配列を増幅することができる。当業者は、たとえば、これらの配列のいずれかの部分または全長に対する増幅プライマー配列対を設計することができる。
【０２９４】
6.6.配列同一性の程度の判定
[0149]  本発明は、本発明の代表的な配列に対して少なくとも70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれ以上の配列同一性をもち、かつ上記本発明の代表的な配列に対する前記に考察した具体的に列記した修飾の少なくとも１つを含む核酸配列を含む、単離された、合成された、または組換え型の核酸を提供する。１観点において、配列同一性（相同性）の程度は、本明細書に記載したもの、たとえばデフォルトパラメーターを用いるBLAST 2.2.2.またはFASTAバージョン3.0t78、を含めたいずれかのコンピュータープログラムおよび関連パラメーターを用いて判定できる。
【０２９５】
[0150]  本明細書中に示した種々の配列比較プログラムが本発明のこの観点に用いられる。タンパク質および／または核酸の配列同一性（相同性）は、当技術分野で既知の多様な配列比較アルゴリズムおよびプログラムのいずれかを用いて評価することができる。そのようなアルゴリズムおよびプログラムには下記のものが含まれるが、それらに限定されない：TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTA、およびCLUSTALW (Pearson and Lipman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA85(8):2444-2448, 1988; Altschul et al., J. Mol. Biol. 215(3):403-410, 1990; Thompson et al., Nucleic Acids Res. 22(2):4673-4680, 1994; Higgins et al., Methods Enzymol. 266:383-402, 1996; Altschul et al., J. Mol. Biol. 215(3):403-410, 1990; Altschul et al., Nature Genetics 3:266-272, 1993。
【０２９６】
[0151]  別態様において、BLAST、BLAST 2.0およびBLAST 2.2.2アルゴリズムを用いて本発明を実施する。それらは、たとえばAltschul (1977) Nuc. Acids Res. 25:3389-3402; Altschul (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410に記載されている。BLAST分析を実行するためのソフトウェアはNational Center for Biotechnology Informationにより公開されている。このアルゴリズムは、最初に、クエリー配列において、データベース配列中の同じ長さのワードと整列させた際に、ある正の値をもつ閾値スコアＴと一致するかまたはそれを満たす長さＷのショートワードを同定することによる、高スコア配列対(high scoring sequence pair)（ＨＳＰ）の同定を伴う。Ｔを近傍ワードスコア閾値(neighborhood word score threshold)と呼ぶ(Altschul (1990) 前掲)。これらの初期近傍ワードヒットが、それらを含むより長いＨＳＰを見出す検索を開始するためのシードとして用いられる。累積アラインメントスコアを増大させることができる限り、これらのワードヒットを各配列に沿って両方向へ拡張する。累積スコアは、ヌクレオチド配列についてはパラメーターＭ（一対の一致残基についての報酬スコア(reward score)；常に＞０）を用いて計算される。アミノ酸配列については、スコアリング行列を用いて累積スコアを計算する。下記の場合には、各方向へのワードヒットの拡張を停止する：累積アラインメントスコアがその最大達成値から量Ｘ低下した場合；１以上の負のスコアリング残基アラインメントの蓄積のため、累積スコアがゼロ以下になった場合；またはいずれかの配列の末端に到達した場合。BLASTアルゴリズムパラメーターＷ、ＴおよびＸは、アラインメントの感度および速度を決定する。BLASTNプログラム(ヌクレオチド配列について)は、テデフォルトとしてワード長さ（Ｗ）１１、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両鎖の比較を用いる。アミノ酸配列について、BLASTPプログラムはデフォルトとしてワード長さ３、および期待値（Ｅ）１０、BLOSUM62スコアリング行列(Henikoff & Henikoff (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915を参照)アラインメント（Ｂ）５０、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両鎖の比較を用いる。BLASTアルゴリズムは、２つの配列間の類似性の統計分析も実行する(たとえば、Karlin & Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873を参照)。BLASTアルゴリズムにより提示される類似性の１尺度は、最小和確率(smallest sum probability)(P(N))であり、これは２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の一致が偶然に起きる確率の指標を提示する。たとえば、被験核酸と基準核酸の比較における最小和確率が約0.2未満、約0.01未満、または約0.001未満であれば、その核酸は基準配列と類似するとみなされる。１観点において、タンパク質および核酸の配列相同性は、Basic Local Alignment Search Tool (“BLAST”)を用いて評価される。たとえば、５種類の特定のBLASTプログラムを用いて下記のタスクを実行できる: (1) BLASTPおよびBLAST3は、アミノ酸クエリー配列をタンパク質配列データベースに対して比較する; (2) BLASTNは、ヌクレオチドクエリー配列をヌクレオチド配列データベースに対して比較する; (3) BLASTXは、クエリーヌクレオチド配列（両鎖）の６枠概念翻訳生成物(six-frame conceptual translation product)をタンパク質配列データベースに対して比較する; (4) TBLASTNは、クエリータンパク質配列を、６つの読み枠（両鎖）すべて���おいて翻訳されたヌクレオチド配列データベースに対して比較する;ならびに(5) TBLASTXは、ヌクレオチドクエリー配列の６枠翻訳生成物をヌクレオチド配列データベースの６枠翻訳生成物に対して比較する。BLASTプログラムは、タンパク質または核酸配列データベースから得ることができるクエリーアミノ酸または核酸配列と被験配列との間で、本明細書において“高スコアリングセグメント対”と呼ぶ類似セグメントを同定することにより、相同配列を同定する。高スコアリングセグメント対はスコアリング行列により同定（すなわち、整列）でき、それらの多くは当技術分野で既知である。用いられる代表的なスコアリング行列は BLOSUM62行列である(Gonnet et al., Science 256:1443-1445, 1992; Henikoff and Henikoff, Proteins 17:49-61, 1993)。あるいは、PAMまたはPAM250行列を使用できる(たとえば、Schwartz and Dayhoff, eds., 1978, Matrices for Detecting Distance Relationships: Atlas of Protein Sequence and Structure, Washington: National Biomedical Research Foundationを参照)。
【０２９７】
[0152]  本発明の１観点において、ある核酸が本発明の範囲内にあるために必要な配列同一性をもつかどうかを判定するために、NCBI BLAST 2.2.2プログラムを用いる。Blastpへのデフォルトオプション。BLAST 2.2.2プログラムには約３８の設定オプションがある。本発明のこの代表的な観点において、デフォルトフィルタリング設定以外のすべてのデフォルト値を用いる（すなわち、ＯＦＦと設定されるフィルタリング以外の、デフォルトに対して設定されたすべてのパラメーター）;その代わりに、“-F F”設定を用い、これはフィルタリングを無効にする。デフォルトフィルタリングを用いると、しばしば配列長が短いためKarlin- Altschul違反となる。
【０２９８】
[0153]  本発明のこの代表的な観点に用いるデフォルト値には下記のものが含まれる：
“低い複雑度についてのフィルター: ON
>ワードサイズ: 3
>行列: Blosum62
>ギャップコスト:存在度:11
>拡張度:1”
“低い複雑度についてのフィルター: ON
【０２９９】
[0154]  他のデフォルト設定は下記のとおりである：低い複雑度についてのフィルター:OFF、タンパク質についてのワードサイズ3、BLOSUM62行列、ギャップ存在度ペナルティー-11、およびギャップ拡張ペナルティー-1。
【０３００】
6.7.ポリペプチドの発現の阻害
[0155]  本発明は、本発明の核酸配列に対して相補的な（部分的または完全に相補的な）核酸（たとえば、アンチセンス配列）をさらに提供し、これにはたとえばアンチセンス、ｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、リボザイムを含む核酸が含まれる。アンチセンス配列は、ポリペプチドをコードする遺伝子の輸送、スプライシングまたは転写を阻害することができる。その阻害はゲノムＤＮＡまたはメッセンジャーＲＮＡを標的として行なうことができる。たとえば、ハイブリダイゼーションおよび／または切断により標的核酸の転写または機能を阻害することができる。本発明により提供される特に有用な一組の阻害物質には、ポリペプチドをコードする遺伝子またはメッセージのいずれかを結合しうるオリゴヌクレオチドが含まれ、いずれの場合もポリペプチドの産生または機能を阻止または阻害する。この会合を配列特異的ハイブリダイゼーションと考えることができる。別の有用なクラスの阻害物質には、ポリペプチドメッセージの不活性化または切断を引き起こすオリゴヌクレオチドが含まれる。このオリゴヌクレオチドは、そのような切断を引き起こす酵素活性をもつことができる；たとえばリボザイム。このオリゴヌクレオチドは、化学修飾されるか、あるいは相補的核酸を切断させることができる酵素または組成物にコンジュゲートされてもよい。多数の異なるそのようなオリゴヌクレオチドのプールを、目的活性をもつものについてスクリーニングしてもよい。
【０３０１】
6.8.アンチセンスオリゴヌクレオチド
[0156]  本発明は、本発明の核酸のメッセージおよび／または遺伝子を結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する；別態様において、これらは遺伝子またはmRNAを標的とすることによりポリペプチド活性を阻害することができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドを設計するための方策は科学文献および特許文献に十分に記載されており、当業者は本発明の新規な試薬を用いてそのようなオリゴヌクレオチドを設計することができる。たとえば、有効なアンチセンスオリゴヌクレオチドをスクリーニングするためのジーンウォーキング／RNAマッピングプロトコルが当技術分野で周知である；たとえば、ＲＮＡマッピングアッセイを記載したHo (2000) Methods Enzymol. 314:168-183を参照；これは標準的な分子手法に基づいており、有望なアンチセンス配列選択のための簡易な信頼性のある方法を提供する。Smith (2000) Euro. J. Pharm. Sci. 11:191-198も参照されたい。
【０３０２】
[0157]  天然核酸がアンチセンスオリゴヌクレオチドとして用いられる。アンチセンスオリゴヌクレオチドはいかなる長さであってもよい；たとえば、別観点において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは約5〜100、約10〜80、約15〜60、約18〜40である。最適な長さはルーティンなスクリーニングにより決定できる。アンチセンスオリゴヌクレオチドはいかなる濃度でも存在できる。最適濃度はルーティンなスクリーニングにより決定できる。合成による自然界に存在しない広範なヌクレオチドおよび核酸類似体が知られており、それらはこの潜在的な問題に対処できる。たとえば、非イオン主鎖を含むペプチド核酸（ＰＮＡ）、たとえばＮ−（２−アミノエチル）グリシン単位を使用できる。下記に記載されるホスホロチオエート結合をもつアンチセンスオリゴヌクレオチドも使用できる；WO 97/03211; WO 96/39154; Mata (1997) Toxicol Appl Pharmacol 144:189-197; Antisense Therapeutics, ed. Agarwal (Humana Press, Totowa, N.J., 1996)。本発明により提供される合成ＤＮＡ主鎖類似体をもつアンチセンスオリゴヌクレオチドは、前記のようにホスホロ−ジチオエート、メチルホスホネート、ホスホロアミデート、アルキルホスホトリエステル、スルファメート、３’−チオアセタール、メチレン（メチルイミノ）、３’−Ｎ−カルバメート、およびモルホリノカルバメート核酸をも含むことができる。
【０３０３】
[0158]  コンビナトリアルケミストリー法を用いて膨大な数のオリゴヌクレオチドを作成し、それらをいずれかの標的に対する適切な結合親和性および特異性をもつ特定のオリゴヌクレオチド、たとえば本発明のセンスおよびアンチセンス酵素配列について迅速スクリーニングすることができる(たとえば、Gold (1995) J. of Biol. Chem. 270:13581-13584を参照)。
【０３０４】
6.9.阻害性リボザイム
[0159]  本発明は、本発明の核酸配列を含むリボザイムを提供する；その際、別態様において、本発明のリボザイムはメッセージまたは遺伝子を結合することができ、これによりmRNAまたは遺伝子を標的とすることによって酵素の活性または発現を阻害することができる。リボザイムを設計し、標的化のためにポリペプチド特異的アンチセンス配列を選択する方策は科学文献および特許文献に十分に記載されており、当業者は本発明の新規な試薬を用いてそのようなリボザイムを設計することができる。リボザイムは、リボザイムの標的ＲＮＡ結合部分（標的ＲＮＡを切断するＲＮＡの酵素作用部分に近接して保持されている）によって標的ＲＮＡに結合することにより作用する。したがって、リボザイムは相補的塩基対合により標的ＲＮＡを認識して結合し、適正な部位にいったん結合すると、酵素作用して標的ＲＮＡを切断し、不活性化する。そのような様式で標的ＲＮＡが切断されると、その切断がコード配列中で起きた場合には、コードされているタンパク質の合成を指令するその能力が破壊されるであろう。リボザイムは、そのＲＮＡ標的に結合して切断した後、一般にそのＲＮＡから離脱するので、繰り返して新たな標的に結合して切断することができる。
【０３０５】
[0160]  ある状況では、リボザイムの酵素的性質は他の技術、たとえばアンチセンス技術（この場合、核酸分子は単に核酸標的に結合してその転写、翻訳または別の分子との会合を遮断する）より有利な可能性がある；治療的処置を行なうのに必要なリボザイムの有効濃度はアンチセンスオリゴヌクレオチドのものより低い可能性があるからである。この潜在的利点は、リボザイムが酵素として作用する能力を反映している。したがって、１個のリボザイム分子が多数分子の標的ＲＮＡを切断することができる。さらに、リボザイムは一般に高特異性の阻害物質であり、その阻害特異性は、結合の塩基対合機序だけでなく、それが結合するＲＮＡの発現をこの分子が阻害する機序にも依存する。すなわち、この阻害はＲＮＡ標的の切断により引き起こされるので、特異性は非標的ＲＮＡの切断の速度に対する標的ＲＮＡの切断の速度の比として定義される。この切断機序は、塩基対合に関与するものに追加される要因に依存する。したがって、リボザイムの作用の特異性は、同じＲＮＡ部位を結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドのものより大きい可能性がある。酵素作用リボザイムＲＮＡ分子は、ハンマーヘッドモチーフで形成することができるが、ヘアピン、肝炎デルタウイルス、グループＩイントロンまたはＲＮａｓｅＰ様ＲＮＡ（ＲＮＡガイド配列と会合したもの）のモチーフで形成することもできる。そのようなハンマーヘッドモチーフの例は、Rossi (1992) Aids Research and Human Retroviruses 8:183により記載され；ヘアピンモチーフは、Hampel (1989) Biochemistry 28:4929、およびHampel (1990) Nuc. Acids Res. 18:299により記載され；肝炎デルタウイルスモチーフは、Perrotta (1992) Biochemistry 31:16により記載され；ＲＮａｓｅＰモチーフは、Guerrier-Takada (1983) Cell 35:849により記載され；グループＩイントロンは、Cech U.S. Pat. No. 4,987,071により記載されている。これらの特定のモチーフを引用したのは限定するためではない；本発明の酵素作用ＲＮＡ分子が１以上の標的遺伝子ＲＮＡ領域に対して相補的な特異的基質結合部位をもち、かつその基質結合部位内またはその周囲にその分子にＲＮＡ切断活性を付与するヌクレオチド配列をもつことは、当業者に認識されるであろう。
【０３０６】
6.10.ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）
[0161]  １観点において、本発明は、本発明の酵素配列を含むＲＮＡ阻害分子、いわゆる“ＲＮＡｉ”分子を提供する。このＲＮＡｉ分子は二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子を含む。このＲＮＡｉ分子、たとえばｓｉＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡは、本発明の核酸、たとえばメッセージまたは遺伝子の発現を阻害することができる。１観点において、ＲＮＡｉ分子、たとえばｓｉＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡは、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上の長さの二重鎖ヌクレオチドである。
【０３０７】
[0162]  本発明はいずれか特定の作用機序により限定されないが、ＲＮＡｉ、たとえばｓｉＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡは、細胞内へ入り、内因性ｍＲＮＡを含めた、類似もしくは同一の配列の一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）の分解を引き起こすことができる。細胞が二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）に曝露されると、相同遺伝子に由来するｍＲＮＡはＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）と呼ばれるプロセスによって選択的に分解される。ＲＮＡｉの背景にある可能性がある基本的機序は、特定の遺伝子配列とマッチする二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）が短い干渉（short interfering）ＲＮＡと呼ばれる短片に破壊され、これらがその配列と一致するｍＲＮＡの分解の引き金を引くというものである。１観点において、本発明のＲＮＡｉは遺伝子サイレンシング療法に用いられる；たとえば、Shuey (2002) Drug Discov. Today 7:1040-1046を参照。１観点において、本発明は、本発明のＲＮＡｉ分子、たとえばｓｉＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡを用いてＲＮＡを選択的に分解する方法を提供する。１観点において、micro-inhibitory ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は翻訳を阻害し、ｓｉＲＮＡは転写を阻害する。このプロセスはインビトロ、エクスビボまたはインビボで実施できる。１観点において、本発明のＲＮＡｉ分子は細胞、臓器または動物に機能喪失変異を発生させるために使用できる。ＲＮＡを選択的に分解するＲＮＡｉ分子、たとえばｓｉＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡの作成および使用のための方法は当技術分野で周知である；たとえば、U.S. Patent No. 6,506,559; 6,511,824; 6,515,109; 6,489,127を参照。
【０３０８】
6.11.核酸の修飾
[0163]  本発明は、本発明の核酸、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）酵素をコードするもの、のバリアントを作成する方法を提供する。これらの方法を反復するか、または多様な組合わせで用いて、鋳型核酸によりコードされるポリペプチドのものから変化したかもしくは異なる活性、または変化したかもしくは異なる安定性をもつセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ（ｃｂｈ１）酵素を作成することができる。これらの方法を同様に反復するか、または多様な組合わせで用いて、たとえば遺伝子／メッセージの発現、メッセージの翻訳またはメッセージの安定性におけるバリエーションを生み出すことができる。別の観点において、たとえばエクスビボでホモロガス遺伝子を修飾し、続いてそれを細胞に再挿入することにより、その細胞の遺伝子組成を変更する。
【０３０９】
[0164]  本発明はまた、たとえば下記の定方向進化(directed evolution)を含めた変異導入その他の方法により、本発明のポリペプチドの特性を変化させるための方法を提供する：DirectEvolution(登録商標)技術; (たとえば、U.S. Patent No. 5,830,696を参照); Gene Site Saturation MutagenesisSM (GSSMSM)技術(たとえば、U.S. Patent No. 6,171,820および6,579,258を参照)、Exonuclease-Mediated Gene Assembly in Directed Evolution (たとえば、U.S. Patent No. 6,361,974および6,352,842を参照)、End Selection in Directed Evolution (たとえば、U.S. Patent No. 6,358,709および6,238,884を参照)、Recombination-Based Synthesis Shuffling (たとえば、U.S. Patent No. 5,965408および6,440,668、ならびにAustralian Patent No. AU724521を参照)、およびDirected Evolution of Thermophilic Enzymes (たとえば、U.S. Patent No. 5,830,696および6,335,179を参照)。
【０３１０】
[0165]  本発明の核酸をいずれかの手段で変化させることができる。たとえば、ランダムもしくは確率論的方法、または非確率論的、もしくは“定方向進化”方法。遺伝子のランダム変異のための方法は当技術分野で周知である；たとえば、U.S. Patent No. 5,830,696を参照。
【０３１１】
[0166]  あるいは、核酸、たとえば遺伝子をランダムまたは“確率論的”フラグメント化後に再び組み立てることができる；たとえば、U.S. Patent No. 6,291,242; 6,287,862; 6,287,861; 5,955,358; 5,830,721; 5,824,514; 5,811,238; 5,605,793を参照。別観点において、下記により修飾、付加または欠失を導入する：エラープローンＰＣＲ、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向性変異誘発、アセンブリーＰＣＲ、有性ＰＣＲ変異誘発、インビボ変異誘発、カセット変異誘発、再帰的アンサンブル変異誘発、指数関数的アンサンブル変異誘発、部位特異的変異誘発、GeneReassembly、Gene Site Saturation Mutagensis（ＧＳＳＭ）、Tailored Multi-Site Combinatorial Assembly、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異誘発、ウラシル含有鋳型変異誘発、ギャップ二重鎖変異誘発、点ミスマッチ修復変異誘発、修復欠損宿主株変異誘発、化学的変異誘発、放射性変異誘発、欠失変異誘発、制限−選択変異誘発、制限−精製変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル変異誘発、キメラ核酸多量体形成、ならびに／あるいはこれらおよび他の方法の組合わせ。
【０３１２】
[0167]  別態様において、非確率論的遺伝子修飾システム、たとえば“GeneReassembly”技術または“定方向進化方法”を用いて、新規または変化した特性をもつ本発明のポリペプチド、たとえば酵素または抗体を作成する。GeneRessembly技術は、オリゴヌクレオチドセグメントを非確率論的に互いにライゲートさせる方法である。この方法は、核酸構築ブロックをランダムにシャッフリング、連結(concatenate)またはキメラ化するのではなく非確率論的に組み立てるという点で、確率論的なオリゴヌクレオチドシャッフリングと異なる。たとえば、U.S. Patent No. 6,773,900; 6,740,506; 6,713,282; 6,635,449; 6,605,449; 6,537,776を参照。
【０３１３】
[0168]  別態様において、Tailored Multi-Site Combinatorial Assembly (TMCA)技術、TMCA技術(参照：PCT Publication No. WO 09/018449)を用いて、多数部位に異なる組合わせの多様な変異をもつ複数の子孫ポリヌクレオチドを作成する。
【０３１４】
6.12.トランスジェニック植物および種子
[0169]  本発明は、本発明の核酸、ポリペプチド、発現カセット、クローニングメカニズムもしくはベクター、または本発明のトランスフェクションもしくは形質転換した細胞を含む、トランスジェニック植物および種子を提供する。本発明は、本発明の核酸および／またはポリペプチドを含む植物製品、たとえば油、種子、葉、エキスなども提供する。トランスジェニック植物は双子葉植物(dicotyledonous (a dicot))または単子葉植物(monocotyledonous (a monocot))であってもよい。本発明はまた、これらのトランスジェニック植物および種子を作成および使用する方法を提供する。本発明のポリペプチドを発現するトランスジェニック植物または植物細胞は、当技術分野で既知であるいずれかの方法で構築できる。たとえば、U.S. Patent No. 6,309,872を参照。
【０３１５】
[0170]  本発明の配列の組換え発現または過剰発現は、１以上の追加分子、たとえば他の酵素との組合わせで達成されてもよい。この方法は、たとえば本発明の配列を含む植物または植物部分と１以上の追加分子との組合わせ製品(combination product)を製造するために有用である。本発明の分子および追加分子を併用処理に使用できる。得られる組換え発現分子をホモジナイズおよび／または精製した形態で、あるいは比較的未精製の形態で（たとえば、他の食品と混合した際にフィチン酸塩（エステル）(phytate)の分解を触媒するために有用な摂取可能な植物部分として）使用できる。
【０３１６】
[0171]  特定の観点において、本発明は、トランスジェニック植物または植物器官における本発明の配列の発現、およびその製造方法を提供する。本発明の配列の発現を指令することができる調節配列の制御下において本発明の遺伝子コード配列で植物を形質転換するためのＤＮＡ発現構築体が提供される。これらの調節配列には、植物において構成的に、または時期および／もしくは組織特異的様式で、転写を指令することができる配列が含まれる。
【０３１７】
[0172]  発現の様式は、一部は植物またはその部分の使用に依存する。本発明により提供されるトランスジェニック植物および植物器官をさまざまな産業プロセスに、そのまま、たとえば動物用飼料中に適用することができ、あるいは発現した本発明のポリペプチドを適用前に抽出し、そして所望の場合には精製することができる。あるいは、組換え型の宿主植物または植物部分をそのまま使用できる。特定の観点において、本発明は、増量したポリペプチドを含有する種子を用いてフィチン酸塩（エステル）の加水分解反応を触媒する方法を提供する。この方法は、トランスジェニック非野生型種子をたとえば粉砕または咀嚼した形態でフィチン酸塩（エステル）含有基質と接触させ、種子中の酵素に反応速度を高めさせることを伴う。本発明は、種子をフィチン酸塩（エステル）含有基質に直接添加することにより、この酵素を抽出および精製するための、経費がかかりかつ問題の多い方法の解決策を提供する。一例において、本発明は、十分な酵素供給を欠如する生物に、増量した酵素を含有する種子の形態でその酵素を投与する処置方法を提供する。１観点において、生物にその酵素を投与するタイミングを、フィチン酸塩（エステル）含有食物の摂取と同調させる。
【０３１８】
[0173]  植物における本発明のポリペプチドおよび核酸の発現は、さまざまな手段で達成できる。具体的には、たとえば、双子葉植物種（たとえば、タバコ、バレイショ、トマト、ペチュニア、アブラナ属(Brassica)）および単子葉植物種を含めた多数の植物種を形質転換するための技術を利用できる。さらに、たとえば外来遺伝子を植物において発現させるための方策を利用できる。さらになお、植物および植物細胞において機能的に発現させることができるキメラ遺伝子の構築に役立つ植物遺伝子由来の調節配列が同定されている(たとえば、Klee (1987) Ann. Rev. of Plant Phys. 38:467-486; Clark et al. (1990) Virology Dec;179(2):640-7; Smith et al. (1990) Mol. Gen. Genet. Dec;224(3):477-81。
【０３１９】
[0174]  植物内への遺伝子構築体の導入は、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)またはアグロバクテリウム・リゾゲネス(Agrobacterium rhizogenes)を用いる形質転換を含めた幾つかの技術を用いて達成できる。限定ではなく、こうして形質転換できる植物組織の例には、プロトプラスト、小胞子(microspore)または花粉、および外植体、たとえば葉、幹、根、下子葉部(hypocotyl)および子葉部(cotyl)が含まれる。さらに、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、粒子衝撃、および直接ＤＮＡ取込みにより、ＤＮＡをプロトプラストおよび植物の細胞または組織に直接導入することができる。
【０３２０】
[0175]  タンパク質を植物において多様な発現系により産生させることができる。たとえば、構成的プロモーター、たとえばカリフラワーモザイクウイルスの３５Ｓプロモーター(Guilley et al., 1982)の使用は、トランスジェニック植物の実質的にすべての器官における発現タンパク質の蓄積に役立つ。あるいは、高度に組織特異的および／または時期特異的であるプロモーターの使用は、希望する組織へ、および／または希望する発生時期へ向けて発現を偏らせるために本発明に役立つ(Higgins, 1984; Shotwell, 1989)。本発明はまた、たとえばU.S. Patent No. 5,770,413 (Van Ooijen et al.)およびU.S. Patent No. 5,593,963 (Van Ooijen et al.)（真菌酵素の使用を教示する）に開示される、植物において本発明の酵素分子を発現させるためのプロトコルを使用する。
【０３２１】
6.13.コード配列および隣接配列の修飾
[0176]  別態様において、本発明は、植物および植物細胞における本発明の核酸（たとえば、遺伝子）のトランスジェニック発現、ならびに宿主である発現植物および植物細胞における本発明のそれらの核酸および遺伝子の発現を達成および最適化するためのそれらの修飾を提供する。別態様において、別個の酵素類をコードするけれどもそれらが天然微生物中で同じ転写物によりコードされる細菌ＯＲＦを、植物中で別個の転写物上に発現させるために用いる。別態様において、これを達成するために、それぞれの微生物ＯＲＦを個別に単離し、植物プロモーター配列をＯＲＦの５’末端側、および植物転写ターミネーターをＯＲＦの３’末端側に備えたカセット内にクローニングする。この単離されたＯＲＦ配列は、開始ＡＴＧコドンおよび終止ＳＴＯＰコドンを含むことができるが、追加配列を開始ＡＴＧコドンおよびＳＴＯＰコドンのほかに含むことができる。さらに、ＯＲＦはトランケートしていてもよいが、なお必要な活性を保持する；特別に長いＯＲＦについては、活性を保持したトランケート形のものがトランスジェニック生物における発現のために好ましい可能性がある。本発明を実施するために使用できる“植物プロモーター”および“植物転写ターミネーター”には、植物細胞内で作動するいずれかのプロモーターおよび／または転写ターミネーターが含まれる。これには、植物以外の供給源、たとえばウイルス（たとえば、カリフラワーモザイクウイルス）に由来するものであってもよいプロモーターおよび転写ターミネーターが含まれる。
【０３２２】
[0177]  別態様において、ＯＲＦコード配列および隣接配列に対する修飾は必要ない。目的とするＯＲＦを含むフラグメントを単離して植物プロモーターの下流に挿入すれば十分である。たとえば、Gaffney et. al. (Science 261: 754-756 (1993))は、シュードモナス(Pseudomonas)ｎａｈＧ遺伝子を、トランスジェニック植物においてＣａＭＶ  ３５ＳプロモーターおよびＣａＭＶ  ｔｍｌターミネーターの制御下に、コード配列を修飾せずに、シュードモナス遺伝子のヌクレオチドがＡＴＧの上流になお結合している状態で、かつＳＴＯＰコドンの下流のヌクレオチドがｎａｈＧ  ＯＲＦになお結合している状態で、発現させることに成功した。好ましくは、できるだけわずかな隣接する微生物配列が、ＡＴＧの上流およびＳＴＯＰコドンの下流に結合した状態で残るべきである。実際には、そのような構築は制限部位の利用可能性に依存する可能性がある。
【０３２３】
[0178]  別態様において、微生物源に由来する遺伝子の発現は、発現に際して問題を提起する可能性がある。これらの問題は当技術分野で十分に解明されており、特に最初に特定の微生物源から得た遺伝子について一般的である。これらの問題は本発明のヌクレオチド配列に当てはまる可能性があり、当技術分野において現在周知の手法を用いてこれらの遺伝子の修飾を行なうことができる。下記の問題に遭遇する可能性がある。
【０３２４】
6.14.コドンの利用度
[0179]  別態様において、本発明は、植物における利用度に関して修飾されたコドンをもつ核酸を提供する；ある場合には、植物における好ましいコドン利用度は特定の微生物における好ましいコドン利用度と異なる。クローニングした微生物ＯＲＦ内のコドン利用度を植物遺伝子（特に、標的植物に由来する遺伝子）における利用度と比較することにより、そのＯＲＦ内で好ましくは変えるべきであるコドンを同定できるであろう。一般に植物の進化は、単子葉植物の第３塩基位置においてヌクレオチドＣおよびＧの強い優先度に向かう傾向があり、これに対し双子葉植物ではこの位置にヌクレオチドＡまたはＴがしばしば使われる。特定の標的トランスジェニック種に好ましいコドン利用度を組み込むように遺伝子を修飾することにより、ＧＣ／ＡＴ含量および不適正なスプライシングについて以下に記載する問題の多くが克服されるであろう。
【０３２５】
6.15.ＧＣ／ＡＴ含量
[0180]  別態様において、本発明は、たとえば植物における利用度が得られるようにそれらのＧＣ含量が改変された核酸を提供する；植物遺伝子は一般に35%を超えるＧＣ含量をもつ。ＡおよびＴヌクレオチドに富むＯＲＦ配列は、植物において幾つかの問題を引き起こす可能性がある。第１に、ＡＴＴＴＡモチーフはメッセージの不安定化を引き起こすと考えられており、多くの短命ｍＲＮＡの３’末端にみられる。第２に、メッセージ内の不適切な位置に現われるＡＡＴＡＡＡなどのポリアデニル化シグナルは、転写の早期トランケーションを引き起こすと考えられている。さらに、単子葉植物はＡＴリッチ配列をスプライス部位と認識する可能性がある（後記を参照）。
【０３２６】
開始メチオニンに隣接する配列
[0181]  別態様において、本発明は、ＡＴＧに隣接するヌクレオチドが修飾または付加された核酸を提供する；植物は、それらのメッセージが特定されたリボソーム結合部位をもたないという点で微生物と異なる。むしろ、リボソームはメッセージの５’末端に結合し、翻訳を開始するために最初に利用できるＡＴＧをスキャンすると考えられる。それでもなお、ＡＴＧに隣接する特定のヌクレオチドに対する優先性があり、微生物遺伝子の発現はＡＴＧの位置に真核細胞コンセンサス翻訳イニシエーターを取り込ませることによって増強できると考えられる。Clontech (1993/1994 catalog, page 210, 本明細書に援用する)は、植物における大腸菌ｕｉｄＡ遺伝子の発現のために、ひとつの配列をコンセンサス翻訳イニシエーターとして示唆している。さらに、Joshi (N.A.R. 15: 6643-6653 (1987), 本明細書に援用する)は、ＡＴＧに隣接する多数の植物配列を比較して、別のコンセンサス配列を示唆している。微生物ＯＲＦを植物において発現させる際に困難に遭遇する状況で、開始ＡＴＧの位置にこれらの配列のうちの１つを取り込ませると、翻訳が改善される可能性がある。そのような場合、コンセンサスの最後の３つのヌクレオチドは、第２ＡＡ残基が修飾されているため、この修飾配列に取り込ませるのに適切でない可能性がある。ある観点において、開始メチオニンに隣接する好ましい配列は、異なる植物種間で異なる可能性がある。ＧｅｎＢａｎｋデータベース中にある１４のトウモロコシ遺伝子の探査により下記の結果が得られた：
【０３２７】
【表２】
2014502144.tif 000009
【０３２８】
[0182]  ヌクレオチド配列を取り込ませる予定の目的植物種についてこの分析を実施し、ＡＴＧに隣接する配列に好ましいヌクレオチドが取り込まれるように修飾することができる。
【０３２９】
6.16.不適正スプライス部位の除去
[0183]  別態様において、本発明は、不適正スプライス部位が修飾もしくは除去され、または機能的に“ノックアウト”された核酸を提供する；植物以外の供給源からクローニングされ、植物における発現のために最適化されていない遺伝子は、植物において５’または３’スプライス部位と認識される可能性のあるモチーフをも含む可能性があり、切断され、したがってトランケートまたは欠失したメッセージを生成する可能性がある。これらの部位は、当技術分野で周知の手法を用いて除去することができる。
【０３３０】
[0184]  コード配列および隣接配列を修飾するための手法は当技術分野で周知である。微生物ＯＲＦの初期発現が低く、前記のように配列を変更するのが適切であると思われる場合、当技術分野で周知の方法に従って合成遺伝子の構築を行なうことができる。これらは、たとえば公開された特許文献EP 0 385 962 (Monsantoに付与)、EP 0 359 472 (Lubrizolに付与)およびWO 93/07278 (Ciba-Geigyに付与)に記載されており、これらすべてを本明細書に援用する。大部分の場合、トランスジェニック植物へ移行させる前に一過的アッセイプロトコル（当技術分野で周知である）を用いて遺伝子構築体の発現をアッセイすることが好ましい。
【０３３１】
6.17.植物プロモーターおよび転写制御モチーフ
[0185]  別態様において、本発明の核酸は、たとえば目的の植物における形質転換および発現のための転写制御モチーフ、たとえばプロモーターを含む。この核酸配列は、ＤＮＡ構築体または発現カセット中に存在することができる。本発明の核酸は、適切な宿主細胞において特定のヌクレオチド配列の発現を指令することができるいずれかの核酸分子を含む“発現カセット”であるか、あるいはそれを含むことができ、それは、終止シグナルに作動可能に連結された目的ヌクレオチド配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む。
【０３３２】
[0186]  本発明の組成物（たとえば、核酸配列）は、ヌクレオチド配列の適正な翻訳に必要な配列も含むことができる。コード領域は、通常は目的とするタンパク質をコードするが、目的とする機能性ＲＮＡ、たとえばアンチセンスＲＮＡまたは非翻訳ＲＮＡをセンス方向またはアンチセンス方向にコードすることもができる。目的とするヌクレオチド配列を含む発現カセットはキメラであってもよく、これはその構成要素のうち少なくとも１つがその他の構成要素のうち少なくとも１つに対してヘテロロガスであることを意味する。発現カセットは、自然界に存在するけれどもヘテロロガス発現に有用な組換え形態で得られたものであってもよい。しかし、一般に発現カセットは宿主に対してヘテロロガスであり、すなわち発現カセットのその特定のＤＮＡ配列は自然界で宿主細胞中に存在せず、宿主細胞または宿主細胞の祖先に形質転換事象により導入されなければならない。発現カセット中のヌクレオチド配列の発現は、構成的プロモーター、または宿主細胞がある特定の外部刺激を受けた場合にのみ転写を開始する誘導性プロモーターの制御下にあってもよい。さらに、プロモーターは特定の組織もしくは器官または発生時期に対して特異的であってもよい。
【０３３３】
[0187]  別態様において、本発明は、本発明のポリヌクレオチドを発現することができる発現カセットによる植物の形質転換を提供する。この発現カセットは、転写の５’−３’方向に、転写および翻訳開始領域（すなわち、プロモーター）ならびに目的ポリヌクレオチドを含むであろう。発現カセットは、場合により、植物において機能する転写および翻訳終止領域（すなわち、終止領域）を含むことができる。ある態様において、発現カセットは、安定な形質転換体を選択するための選択マーカー遺伝子を含む。本発明の発現構築体は、リーダー配列および／または目的ポリヌクレオチドの誘導発現を可能にする配列をも含むことができる。誘導発現を可能にする配列の例については、Guo et. al. (2003) Plant J. 34:383-92 およびChen et. al. (2003) Plant J. 36:731-40を参照。
【０３３４】
[0188]  別態様において、発現構築体の調節配列は、目的ポリヌクレオチドに作動可能に連結されている。“作動可能に連結されている”とは、プロモーターと第２配列の間の機能性連結を表わすものとし、その際、プロモーター配列は第２配列に相当するＤＮＡ配列の転写を開始および仲介する。別態様において、作動可能に連結されているとは、連結されているヌクレオチド配列が連続的であることを意味する。
【０３３５】
[0189]  目的とする植物における発現を駆動することができるいずれかのプロモーターを本発明の実施に際して使用できる。プロモーターは、植物宿主にとって天然または類似または外来またはヘテロロガスであってもよい。用語“ヘテロロガス”および“外因性”は、核酸配列（たとえば、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列）または遺伝子を表わすために本明細書中で用いる場合、その特定の宿主細胞に対して外来である供給源に由来するか、あるいは同じ供給源に由来する場合にはその元の形態から修飾されている配列を表わす。したがって、宿主細胞におけるヘテロロガス遺伝子には、その特定の宿主細胞にとって内因性であるけれども修飾されている遺伝子が含まれる。これらの用語には、自然界に存在するＤＮＡ配列の自然界に存在しないほど多数のコピーも含まれる。したがって、これらの用語は、その細胞にとって外来またはヘテロロガスであるか、あるいはその細胞にとってホモロガスであるけれども宿主細胞の核酸内でそのエレメントが通常みられない位置にあるＤＮＡセグメントを表わす。外因性ＤＮＡセグメントは、発現して外因性ポリペプチドを生成する。別態様において、“ホモロガス”核酸（たとえば、ＤＮＡ）配列は、それを導入する宿主細胞に自然界で付随する核酸（たとえば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）配列である。
【０３３６】
[0190]  取り込ませるプロモーターの選択は幾つかの要因に依存し、それには効率、選択性、誘導性、希望する発現レベル、および細胞−または組織−優先発現性が含まれるが、これらに限定されない。プロモーターおよび他の調節領域をその配列に対して適切に選択および配置することにより配列の発現を調節するのは、当業者がルーティンになしうることである。
【０３３７】
[0191]  ある適切なプロモーターは、もっぱらまたは優先的に特定の細胞タイプにおいて転写を開始する。したがって、本明細書中で用いる細胞タイプ−または組織−優先プロモーターは、標的組織において優先的に発現を駆動するが、他の細胞タイプまたは組織においてもある程度発現をもたらす可能性があるものである。植物ゲノムＤＮＡ中のプロモーター領域を同定および特性解明するための方法には、たとえば下記の参考文献に記載されるものが含まれる: Jordano, et. al., Plant Cell, 1:855-866 (1989); Bustos, et. al., Plant Cell, 1:839-854 (1989); Green, et. al., EMBO J. 7, 4035-4044 (1988); Meier, et. al., Plant Cell, 3, 309-316 (1991); およびZhang, et. al., Plant Physiology 110: 1069-1079 (1996)。
【０３３８】
[0192]  別態様において、植物あるいは特定の組織、器官および／または細胞のために組織優先調節型の遺伝子および／またはプロモーターを用いる。ある報告された組織優先遺伝子には、種子貯蔵タンパク質（たとえば、ナピン(napin)、クルシフェリン(cruciferin)、ベータ−コングリシニン(beta-conglycinin)、およびファゼオリン(phaseolin)、プロラミン(prolamine)類、グルテリン(glutelin)類、グロブリン(globulin)類、ゼイン(zein)類）ゼイン類または油体タンパク質（たとえば、オレオシン(oleosin)）をコードする遺伝子、または脂肪酸の生合成に関与する遺伝子（アシルキャリヤータンパク質、ステアロイル−ＡＣＰデサチュラーゼ、および脂肪酸デサチュラーゼ（ｆａｄ  ２−１）を含む）、ならびに胚芽発生に際して発現する他の遺伝子（たとえばＢｃｅ４；たとえば、EP 255378およびKridl et. al., (1991) Seed Science Research, 1:209を参照)が含まれる。
【０３３９】
[0193]  本発明を実施するために使用できる組織特異的プロモーターの例には、下記のものが含まれる：レクチン(Vodkin, Prog. Clin. Biol. Res., 138;87 (1983); Lindstrom et. al., (1990) Der. Genet., 11:160)、トウモロコシアルコールデヒドロゲナーゼ１(Dennis et. al., Nucleic Acids Res., 12:3983 (1984))、トウモロコシ集光性複合体(light harvesting complex) (たとえば、Simpson, (1986) Science, 233:34; Bansal (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:3654を参照)、トウモロコシ熱ショックタンパク質(たとえば、Odell et. al., (1985) Nature, 313:810;エンドウ豆スモールサブユニットＲｕＢＰカルボキシラーゼ(たとえば、Poulsen et. al., (1986) Mol. Gen. Genet., 205:193-200; Cashmore et. al., (1983) Gen. Eng. of Plants, Plenum Press, New York, 29-38を参照); Ｔｉプラスミド  マンノピンシンターゼ(mannopine synthase) (たとえば、Langridge et. al., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:3219-3223を参照)、Ｔｉプラスミド  ノパリンシンターゼ(nopaline synthase) (Langridge et. al., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:3219-3223)、ペチュニア  カルコンイソメラーゼ(chalcone isomerase) (たとえば、vanTunen (1988) EMBO J. 7:1257を参照) ;インゲン豆グリシンリッチプロテイン１(たとえば、Keller (1989) Genes Dev. 3:1639を参照); トランケート型ＣａＭＶ  ３５ｓ(たとえば、Odell (1985) Nature 313:810を参照); バレイショ  パタチン(patatin) (たとえば、Wenzler (1989) Plant Mol. Biol. 13:347を参照; 根細胞(たとえば、Yamamoto (1990) Nucleic Acids Res. 18:7449を参照) ;トウモロコシ  ゼイン(たとえば、Reina (1990) Nucleic Acids Res. 18:6425; Lopes et. al. (1995) Mol. Gen. Genet. 247: 603-613; Kriz (1987) Mol. Gen. Genet. 207:90; Wandelt (1989) Nucleic Acids Res., 17:2354; Langridge (1983) Cell, 34:1015; Reina (1990) Nucleic Acids Res., 18:7449を参照)、ＡＤＰ−ｇｐｐプロモーター(たとえば、U.S. Patent No. 7,102,057を参照); グロブリン−１(たとえば、Belanger (1991) Genetics 129:863を参照) ; α−グロブリン(Sunilkumar, et. al. (2002), Transgenic Res. 11 :347-359を参照) ;  −チューブリン; ｃａｂ（たとえば、Sullivan (1989) Mol. Gen. Genet., 215:431を参照); ＰＥＰＣａｓｅ(たとえば、Hudspeth & Grula, (1989) Plant Molec. Biol., 12:579-589を参照); Ｒ遺伝子複合体関連プロモーター類(Chandler et. al., (1989) Plant Cell, 1:1175); エンドウ豆ビシリン(vicilin)プロモーター(Czako et. al., (1992) Mol. Gen. Genet., 235:33; U.S. Pat. No. 5,625,136); ＧＴＬ１プロモーター(Takaiwa et. al. (1991) Plant Mol. Biol. 16 (1), 49-58); カルコンシンターゼ(chalcone synthase)プロモーター類(Franken et. al., (1991) EMBO J., 10:2605);  ＧＹ１プロモーター(Sims & Goldburg (1989) Nuc. Acid Res. 17(11) 4368)など;これらのすべてを本明細書に援用する。
【０３４０】
[0194]  別態様において、本発明は果実優先プロモーターを用い、これにはいずれかのクラスの果実優先プロモーター、たとえば果実発生中のアンチテーゼ(antithesis)時点またはその途中で少なくとも成熟開始までに発現するものが含まれる；たとえばU.S. 4,943,674に開示され、その開示内容を本明細書に援用する。ポリガラクツロナーゼ遺伝子に対するプロモーターは、果実成熟に際して活性である。本発明は、たとえばU.S. Patent No. 4,535,060, U.S. Patent No. 4,769,061, U.S. Patent No. 4,801,590およびU.S. Patent No. 5,107,065に記載されるポリガラクツロナーゼ遺伝子を使用でき、それらの開示内容を本明細書に援用する。
【０３４１】
[0195]  別態様において、本発明は、いずれかの組織優先プロモーターまたは転写制御エレメントを用い、これには、たとえば下記における発現を指令するものが含まれる：葉に対する損傷（たとえば、咀嚼昆虫による）後の葉の細胞、塊茎(tuber)（たとえば、パタチン(patatin)遺伝子プロモーター）、および繊維細胞(発生調節型の繊維細胞タンパク質の例はE6である(John & Crow (1992) PNAS 89:5769-5773)。E6遺伝子は繊維において最も活性が高いが、低レベルの転写物が葉、胚珠(ovule)および花にみられる。
【０３４２】
[0196]  別態様において、本発明は、光合成組織において活性であるプロモーターを、たとえば緑色組織、たとえば葉および幹における転写を駆動するために用い、これらはそれらがもっぱらまたは優先的にそのような組織において発現を駆動させる場合に適切である。あるいは本発明は、植物全体に、または緑色組織に関して差示的に、または発現が起きる緑色組織の発生時期に関して差示的に、または外部刺激に応答して、構成的に発現をもたらすプロモーターを使用できる。
【０３４３】
[0197]  本発明を実施するために用いる代表的プロモーターには、下記のものが含まれる：リブロース−１，５−ビスホスフェートカルボキシラーゼ（ＲｂｃＳ）プロモーター類、たとえばアメリカカラマツ(eastern larch) (Larix laricina)由来のＲｂｃＳプロモーター、マツｃａｂ６プロモーター(Yamamoto et. al. (1994) Plant Cell Physiol. 35:773-778)、コムギ由来のＣａｂ−１遺伝子プロモーター(Fejes et. al. (1990) Plant Mol. Biol. 15:921-932)、ホウレンソウ由来のＣＡＢ−１プロモーター(Lubberstedt et. al. (1994) Plant Physiol. 104:997-1006)、コメ由来のｃａｂ１Ｒプロモーター(Luan et. al. (1992) Plant Cell 4:971-981)、トウモロコシ由来のピルビン酸オルトホスフェートジキナーゼ（ＰＰＤＫ）プロモーター(Matsuoka et. al. (1993) Proc Natl Acad Sci USA 90:9586-9590)、タバコＬｈｃｂ１＊２プロモーター(Cerdan et. al. (1997) Plant Mol. Biol. 33:245-255)、シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana) ＳＵＣ２スクロース-H+共輸送体(symporter)プロモーター (Truernit et. al. (1995) Planta 196:564-570)、およびホウレンソウ由来のチラコイド(thylakoid)膜タンパク質プロモーター類(psaD, psaF, psaE, PC, FNR, atpC, atpD, cab, rbcS。幹、葉および緑色組織において転写を駆動する他のプロモーター類が、U.S. Patent Publication No. 2007/0006346に記載されている。
【０３４４】
[0198]  いくつかの態様において、ある“組織優先”プロモーターの組織特異性は絶対的ではない場合があり、レポーター遺伝子、たとえばGusまたは緑色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質または赤色蛍光タンパク質を試験してもよい。異なる組織優先プロモーターの組合わせにより、“漏出(leaky)”発現を伴う組織優先発現を達成することもできる。他の組織優先プロモーターを当業者は単離できる(参照：U.S. 5,589,379)。
【０３４５】
[0199]  別態様において、植物ホルモン、たとえばオーキシンに曝露した際に誘導できる植物プロモーターを用いて、本発明の核酸を発現させる。たとえば、本発明には下記のものを使用できる：ダイズ(Glycine max L.)中のオーキシン応答エレメントE1プロモーターフラグメント(AuxREs) (Liu (1997) Plant Physiol. 115:397-407);オーキシン応答性シロイヌナズナGST6プロモーター(サリチル酸および過酸化水素にも応答性である) (Chen (1996) Plant J. 10: 955-966);タバコ由来のオーキシン誘導性parCプロモーター(Sakai (1996) 37:906-913);植物ビオチン応答エレメント(Streit (1997) Mol. Plant Microbe Interact. 10:933-937);およびストレスホルモン  アブシジン酸に応答するプロモーター(Sheen (1996) Science 274:1900-1902)。
【０３４６】
[0200]  別態様において、本発明の核酸を、植物に適用される可能性のある科学薬品、たとえば除草剤または抗生物質に曝露された際に誘導できる植物プロモーターに、作動可能な状態で連結させることもできる。たとえば、エタノールなどを含めた化学リガンドの存在下で活性化される遺伝子発現系が、WO 96/27673; WO 93/01294; WO 94/03619; WO 02/061102中にみられ、これらをすべて本明細書に援用する。ベンゼンスルホンアミド系除草剤毒性緩和剤により活性化されるトウモロコシIn2-2プロモーターを使用できる(De Veylder (1997) Plant Cell Physiol. 38:568-577);種々の除草剤毒性緩和剤の適用は、根、水腔(hydathode)および茎頂端分裂組織(shoot apical meristem)における発現を含む、顕著な遺伝子発現パターンを誘導する。コード配列は、たとえば下記の制御下にあってもよい：テトラサイクリン誘導性プロモーター、たとえばオートムギ(Avena sativa L. (oat))アルギニンデヒドロゲナーゼ遺伝子を含むトランスジェニックタバコ植物について記載されたもの(Masgrau (1997) Plant J. 11:465-473);エストロゲン、たとえばエクジソン(ecdysone)受容体(WO 01/52620)、またはサリチル酸応答エレメント(Stange (1997) Plant J. 11:1315-1324)。別態様において、化学物質−（たとえば、ホルモン−または殺虫剤−）誘導性プロモーター、すなわち化学物質に対して応答性であるプロモーターを用い、たとえばそれらを農場でトランスジェニック植物に適用して、本発明のポリペプチドの発現を植物の特定の発生時期に誘導することができる。
【０３４７】
6.18.細胞内の遺伝子産物の標的化
[0201]  たとえば植物において遺伝子産物を標的化するためのいずれかの機序を利用して本発明を実施することができ、そのような機序が植物に存在することは知られており、これらの機序の機能性を制御する配列が、ある程度詳細に解明されている。遺伝子産物を他の細胞コンパートメントへ標的化させる配列が解明されている。アミノ末端配列は、目的タンパク質をいずれかの細胞コンパートメント、たとえば植物の液腔(vacuole)、ミトコンドリア、ペルオキシソーム、プロテインボディー、小胞体、クロロプラスト、デンプン粒、アミロプラスト(amyloplast)、アポプラスト(apoplast)、または細胞壁へ標的化するのに関与する可能性がある(たとえば、Unger et. al. Plant Molec. Biol. 13: 411-418 (1989); Rogerset. al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 6512-651; U.S. Patent No. 7,102,057; WO 2005/096704、これらのすべてを本明細書に援用する)。場合により、シグナル配列はワキシー(waxy)由来のＮ−末端シグナル配列、ｙ−ゼイン由来のＮ−末端シグナル配列、デンプン結合ドメイン、Ｃ−末端デンプン結合ドメイン、成熟タンパク質をクロロプラストへ移入するクロロプラスト標的化配列(Comai et. al. (1988) J. Biol. Chem. 263: 15104-15109; van den Broeck, et. al. (1985) Nature 313: 358-363; U.S. Patent No. 5,639,949)、またはアリュローン(aleurone)細胞由来の分泌シグナル配列(Koehler & Ho, Plant Cell 2: 769-783 (1990))であってもよい。さらに、アミノ末端配列はカルボキシ末端配列と共に遺伝子産物の液胞標的化に関与する(Shinshi et. al. (1990) Plant Molec. Biol. 14: 357-368)。
【０３４８】
[0202]  別態様において、選択されるシグナル配列は既知の切断部位を含むべきであり、構築される融合体は、切断に必要な切断部位（単数または複数）の後のいずれのアミノ酸も考慮に入れるべきである。ある場合、この要件は、少数のアミノ酸を切断部位と標的ＡＴＧの間に付加することにより、あるいはトランスジーン配列内の若干のアミノ酸を置換することにより、満たすことができる。これらの構築手法は当技術分野で周知であり、いずれの細胞コンパートメントにも等しく適用できる。
【０３４９】
[0203]  別態様において、前記の細胞標的化のための機序は、それらの同起源のプロモーターとの組合わせだけでなく、標的化シグナルが由来するプロモーターのものと異なる発現パターンをもつプロモーターの転写調節下で特定の細胞標的化目標が達成されるようなヘテロロガスプロモーターとの組合わせでも利用できる。
【０３５０】
[0204]  本発明を実施するために多様な手段を使用でき、それには、トランスジェニック植物、種子、器官またはいずれかの植物部分において本発明のポリペプチドまたは核酸の組換え発現を達成するためのいずれかの手段が含まれる。そのようなトランスジェニック植物および植物部分は、組換え発現した本発明のポリペプチドまたは核酸の供給源として役立ち、それらをフィチン酸塩（エステル）を含有する供給源に直接添加できる。あるいは、組換え植物により発現した本発明のポリペプチドまたは核酸をポリペプチド基質と接触させる前に植物源から抽出分離し、所望により精製することができる。
【０３５１】
[0205]  本発明の文脈において、選択できる（本発明を実施するために用いる）植物には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：食用の花を産生する作物、たとえばカリフラワー(Brassica oleracea)、アーティチョーク(Cynara scolymus)、果実、たとえばリンゴ(Malus、たとえばdomesticus)、バナナ(Musa、たとえばacuminata)、ベリー類(たとえば、スグリ、Ribes、たとえばrubrum)、チェリー類(たとえばセイヨウミザクラ、Prunus、たとえばavium)、キュウリ(Cucumis、たとえばsativus)、ブドウ(Vitis、たとえばvinifera)、レモン(Citrus limon)、メロン(Cucumis melo)、ナッツ類(たとえば、クルミ、Juglans、たとえばregia;ラッカセイ、Arachis hypogeae)、オレンジ(Citrus、たとえばmaxima)、モモ(Prunus、たとえばpersica)、セイヨウナシ(Pyra、たとえばcommunis)、プラム(Prunus、たとえばdomestica)、イチゴ(Fragaria、たとえばmoschata)、トマト(Lycopersicon、たとえばesculentum)、葉、たとえばアルファルファ(Medicago、たとえばsativa)、キャベツ(たとえばBrassica oleracea)、エンダイブ (Cichoreum、たとえばendivia)、ニラ(Allium、たとえばporrum)、レタス(Lactuca、たとえばsativa)、ホウレンソウ(Spinacia、たとえばoleraceae)、タバコ(Nicotiana、たとえばtabacum)、根、たとえばクズウコン(Maranta、たとえばarundinacea)、ビート(Beta、たとえばvulgaris)、ニンジン(Daucus、たとえばcarota)、キャッサバ(Manihot、たとえばesculenta)、カブ(Brassica、たとえばrapa)、ダイコン(Raphanus、たとえばsativus)、ヤム(Dioscorea、たとえばesculenta)、サツマイモ(Ipomoea batatas)、および種子、たとえばインゲンマメ類(Phaseolus、たとえばvulgaris)、エンドウ類(Pisum、たとえばsativum)、ダイズ(Glycin、たとえばmax)、コムギ(Triticum、たとえばaestivum)、オオムギ(Hordeum、たとえばvulgare)、トウモロコシ(Zea、たとえばmays)、コメ(Oryza、たとえばsativa)、ナタネ(Brassica napus)、アワ(キビ)(Panicum L.)、ヒマワリ(Helianthus annus)、オートムギ(Avena sativa)、塊茎、たとえばコールラビ(Brassica、たとえばoleraceae)、バレイショ(Solanum、たとえばtuberosum)など。
【０３５２】
[0206]  別態様において、本発明の核酸およびポリペプチドはいずれかの植物または種子内で発現され、あるいはそれらに挿入される。本発明のトランスジェニック植物は双子葉植物または単子葉植物であってもよい。本発明の単子葉トランスジェニック植物の例は、牧草、たとえばイチゴツナギ(meadow grass) (ブルーグラス(blue grass), Poa)、イソマツ科牧草(forage grass)、たとえばウシノケグサ(festuca)、ライグラス(lolium)、寒地型牧草(temperate grass)、たとえばAgrostis、および穀類、たとえばコムギ、オートムギ、ライムギ、オオムギ、コメ、モロコシ、およびトウモロコシ(maize (corn))である。本発明の双子葉トランスジェニック植物の例は、タバコ、マメ類、たとえばルピナス、バレイショ、サトウダイコン、エンドウ、ソラマメおよびダイズ、十字花植物(Brassicaceae科)、たとえばカリフラワー、ナタネ、および近縁モデル生物シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)である。したがって、本発明のトランスジェニック植物および種子には広範な植物が含まれ、これには下記の属に由来する種が含まれるが、これらに限定されない：ウルシ(Anacardium)、ナンキンマメ(Arachis)、アスパラガス(Asparagus)、ロウトウ(Atropa)、カラスムギ(Avena)、アブラナ(Brassica)、ミカン(Citrus)、スイカ(Citrullus)、トウガラシ(Capsicum)、ベニバナ(Carthamus)、ヤシ(Cocos)、コーヒーノキ(Coffea)、十字花(Cruciferae)、キュウリ(Cucumis)、カボチャ(Cucurbita)、ニンジン(Daucus)、アブラヤシ(Elaeis)、イチゴ(Fragaria)、ダイズ(Glycine)、ワタ(Gossypium)、ヒマワリ(Helianthus)、ワスレグサ(Heterocallis)、オオムギ(Hordeum)、ヒヨス(Hyoscyamus)、チシャ(Lactuca)、アマ(Linum)、ライグラス(Lolium)、ルピナス(Lupinus)、トマト(Lycopersicon)、リンゴ(Malus)、キャッサバ(Manihot)、マヨラナ(Majorana)、ウマゴヤシ(Medicago)、タバコ(Nicotiana)、オリーブ(Olea)、イネ(Oryza)、キビ(Panieum)、チカラシバ(Pannisetum)、ワニナシ(Persea)、インゲンマメ(Phaseolus)、ピスタシア(Pistachia)、エンドウ(Pisum)、ナシ(Pyrus)、サクラ(Prunus)、ダイコン(Raphanus)、トウゴマ(Ricinus)、ライムギ(Secale)、ハンゴンソウ(Senecio)、シロガラシ(Sinapis)、ナス(Solanum)、モロコシ(Sorghum)、カカオ(Theobromus)、レイリョウコウ(Trigonella)、コムギ(Triticum)、ソラマメ(Vicia)、ブドウ(Vitis)、ササゲ(Vigna)およびトウモロコシ(Zea)。
【０３５３】
[0207]  別態様において、本発明の核酸は繊維細胞を含む植物内で発現され、これにはたとえばワタ、シルクコットンツリー(silk cotton tree) (Kapok, Ceiba pentandra)、デザートウィロー(desert willow)、メキシコマビシ(creosote bush)、ウィンターファット(winterfat)、バルサ(balsa)、カラムシ(ramie)、ケナフ(kenaf)、アサ(麻)(hemp)、ローゼリソウ(roselle)、ジュート(jute)、サイザル麻(sisal)、マニラ麻(abaca)およびアマ(flax)が含まれる。別態様において、本発明のトランスジェニック植物は、Gossypium属のメンバーであってもよく、これにはワタ(Gossypium)属のいずれかの種のメンバー、たとえばG. arboreum;. G. herbaceum, G. barbadense、およびG. hirsutumが含まれる。
【０３５４】
[0208]  他の植物および植物以外の発現系を用いて本発明を実施することができる。植物種の選択は、主にその植物またはその部分の意図する用途ならびに植物種の形質転換しやすさにより決定される。
【０３５５】
[0209]  別態様において、ポリペプチド−コードＤＮＡ配列を含む発現構築体を、標的とする細胞、器官、組織または植物に導入するために利用可能ないずれかの手法を使用できる。多様な高等植物種を形質転換するための手法は周知であり、技術文献および科学文献に記載されている。たとえば、Weising (1988) Ann. Rev. Genet. 22:421-477; U.S. Patent No. 5,750,870を参照。そのような手法にはカルシウム／ポリエチレングリコール法、エレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションまたは（コートされた）粒子衝撃(Potrykus, 1990)を用いるプロトプラスト形質転換を含めることができるが、これらに限定されない。これらのいわゆる直接ＤＮＡ形質転換法のほかに、ベクターを伴う形質転換系を広く利用できる；たとえばウイルスベクター(たとえば、カリフラワーモザイクウイルス（Cauliflower Mosaic Cirus）（ＣａＭＶ）由来のもの）、および細菌ベクター(たとえば、アグロバクテリウム属(Agrobacterium)由来のもの) (Potrykus, 1990)。選択および／またはスクリーニングの後、形質転換されたプトロプラスト、細胞または植物部分を当技術分野で既知の方法を用いて全植物体に再生することができる(Horsch et al., 1985)。形質転換および／または再生手法の選択は、本発明にとって決定的ではない。
【０３５６】
[0210]  別態様において、本発明は、本発明の核酸を用いる、重要な穀類を含めた単子葉植物の形質転換を提供する；参照：Hiei (1997) Plant Mol. Biol. 35:205-218。T-DNAをゲノムDNAに組み込むことについて考察したHorsch, Science (1984) 233:496; Fraley (1983) Proc. Natl. Acad. Sci USA 80:4803; Thykjaer (1997) 前掲; Park (1996) Plant Mol. Biol. 32:1135-1148も参照されたい。穀類または他の単子葉植物の細胞において機能的である遺伝子を含むＤＮＡを安定に組み込むための方法を記載したD'Halluin, U.S. Patent No. 5,712,135も参照されたい。
【０３５７】
[0211]  別態様において、本発明は、挿入された標的遺伝子を次の世代へ伝達できる全植物体の再生および選択を提供する。そのような再生手法は、組織培養培地中の特定の植物ホルモンの操作に依存し、これは一般に、所望の核酸配列と一緒に導入された生物致死および／または除草マーカーに依存する。培養プロトプラストからの植物再生は、Evans et al., Protoplasts Isolation and Culture, Handbook of Plant Cell Culture, pp. 124-176, MacMillilan Publishing Company, New York, 1983; およびBinding, Regeneration of Plants, Plant Protoplasts, pp. 21-73, CRC Press, Boca Raton, 1985に記載されている。再生は、植物のカルス、外植体、器官、またはその部分からも行なうことができる。そのような再生手法はKlee (1987) Ann. Rev. of Plant Phys. 38:467-486に全般的に記載されている。全植物体をトランスジェニック組織、たとえば未熟胚芽から得るためには、それらを制御された環境条件下に栄養素およびホルモンを含有する一連の培地中で生長させることができる：組織培養として知られる方法である。全植物体が生成し、種子を産生した時点で、子孫の評価を開始する。
【０３５８】
[0212]  別態様において、本発明の核酸を核酸ハイブリダイゼーション反応により決定および同定する；特定のレベルの緊縮度を達成するために用いる条件は、ハイブリダイズさせる核酸の性質に応じて変動するであろう。たとえば、核酸のハイブリダイズする領域の長さ、相補性の程度、ヌクレオチド配列組成(たとえば、GC対AT含量)、および核酸のタイプ(たとえば、RNA対DNA)を、ハイブリダイゼーション条件の選択に際して考慮することができる。他の考慮事項は、それらの核酸のうちの１つがたとえばフィルター上に固定化されるかどうかである。
【０３５９】
[0213]  別態様において、ハイブリダイゼーションは低い緊縮度、中等度の緊縮度、または高い緊縮度の条件下で実施される。核酸ハイブリダイゼーションの一例として、固定化された変性核酸を含むポリマー膜をまず、０．９ＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４，ｐＨ７．０、５．０ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡ、０．５％のＳＤＳ、１０×デンハート液(Denhardt’s)、および０．５ｍｇ／ｍｌのポリリボアデニル酸からなる溶液中、４５℃で３０分間、予備ハイブリダイズする。次いで、およそ２×１０７ｃｐｍ（比放射能４〜９×１０８ｃｐｍ／ｕｇ）の３２Ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブをこの溶液に添加する。１２〜１６時間のインキュベーション後、オリゴヌクレオチドプローブについて０．５％  ＳＤＳを含有する１×ＳＥＴ（１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ塩酸塩，ｐＨ７．８、１ｍＭ  Ｎａ２ＥＤＴＡ）中、室温で３０分間、膜を洗浄し、続いて新鮮な１×ＳＥＴ中、Ｔｍ−１０℃で３０分間の洗浄を行なう。次いで、ハイブリダイゼーションシグナルの検出のために、この膜をオートラジオグラフィーフィルムに露光する。
【０３６０】
[0214]  別態様において、ハイブリダイゼーションに続いてフィルターを洗浄して、全ての非特異的に結合した検出プローブを除去する。フィルターの洗浄に用いる緊縮度も、ハイブリダイズさせる核酸の性質、ハイブリダイズさせる核酸の長さ、相補性の程度、ヌクレオチド配列組成（たとえば、ＧＣ対ＡＴ含量）、および核酸のタイプ（たとえば、ＲＮＡ対ＤＮＡ）に応じて変動する可能性がある。緊縮条件が順次高くなる洗浄の例は以下のとおりである：２×ＳＳＣ，０．１％  ＳＤＳ、室温、１５分間（低い緊縮度）；０．１×ＳＳＣ，０．５％  ＳＤＳ、室温、３０分間〜１時間（中等度の緊縮度）；０．１×ＳＳＣ，０．５％  ＳＤＳ、１５〜３０分間、ハイブリダイゼーション温度と６８℃の間（高い緊縮度）；および０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、１５分間、７２℃  （きわめて高い緊縮度）。最後の低い緊縮度での洗浄を０．１×ＳＳＣ中、室温で実施できる。上記の例はフィルターを洗浄するのに使用できる一組の条件の例示にすぎない。異なる緊縮度での洗浄のための多数の処方があることを当業者は承知しているであろう。他の若干の例を後記に挙げる。
【０３６１】
6.19.ヒト以外のトランスジェニック動物
[0215]  別態様において、本発明は、本発明の核酸、ポリペプチド、発現カセットもしくはベクター、またはトランスフェクションもしくは形質転換した細胞を含む、トランスジェニック非ヒト動物を提供する。トランスジェニック非ヒト動物は、たとえば本発明の核酸を含むヤギ、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ウシ、ラットおよびマウスであってもよい。これらの動物は、たとえば酵素活性を試験するためのインビボモデルとして、または酵素活性の調節物質をインビボでスクリーニングするためのモデルとして使用できる。トランスジェニック非ヒト動物において発現させるポリペプチドのコード配列は、構成的であるように、または組織特異的、発生特異的もしくは誘導性転写調節因子の制御下にあるように設計できる。トランスジェニック非ヒト動物は、当技術分野で既知のいずれかの方法を用いて設計および作成できる。“ノックアウト動物”も本発明の方法を実施するために使用できる。たとえば、１観点において、本発明のトランスジェニック動物または改変動物は、ある核酸またはポリペプチドを発現しないかまたは発現できないように工学的に操作された“ノックアウト動物”、たとえば“ノックアウトマウス”を含む。
【０３６２】
スクリーニング方法および“オンライン”モニタリング装置
[0216]  本発明の方法を実施する際、多様な装置および方法を本発明のポリペプチドおよび核酸と組み合わせて用いて、たとえばポリペプチドを活性についてスクリーニングし、活性の潜在的調節物質としての化合物（たとえば、酵素活性の増強または阻害）、本発明のポリペプチドに結合する抗体、本発明の核酸にハイブリダイズする核酸などをスクリーニングすることができる。
【０３６３】
6.20.固定化酵素の固体支持体
[0217]  別態様において、本発明のポリペプチド、そのフラグメント、ならびに酵素およびフラグメントをコードする核酸を、固体支持体に固着させることができる。これは、産業プロセスでそれらを用いる際にしばしば経済的かつ効率的である。たとえば、特定の化学反応に用いる酵素（またはその活性フラグメント）の集合体またはカクテルを固体支持体に固着させて、処理バットに浸漬することができる。酵素反応を行なわせることができる。次いで、固体支持体をそれに固着した酵素と共に、反復使用のためにバットから取り出すことができる。本発明の１態様において、単離した本発明の核酸を固体支持体に固着させる。本発明の別の態様において、固体支持体は、ゲル、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、およびそのいずれかの組合わせの群から選択される。
【０３６４】
6.21.固定化方法
[0218]  別態様において、酵素もしくはそのフラグメントまたは核酸を固体支持体上に固定化するための当業者に既知であるいずれかの方法を用いて、本発明を実施する。そのような方法の若干例には、たとえば静電液滴調製、電気化学的手段、吸着によるもの、共有結合によるもの、架橋によるもの、化学的な反応もしくは方法によるもの、封入によるもの、捕捉によるもの、アルギン酸カルシウムによるもの、またはポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）によるものが含まれる。同様な方法が、Methods in Enzymology, Immobilized Enzymes and Cells, Part C. 1987. Academic Press. Edited by S. P. Colowick and N. O. Kaplan. Volume 136;およびImmobilization of Enzymes and Cells. 1997. Humana Press. Edited by G. F. Bickerstaff. Series: Methods in Biotechnology, Edited by J. M. Walkerに記載されている。
【０３６５】
6.22.アレイ、または“BioChip”
[0219]  別態様において、本発明の核酸またはポリペプチドをアレイに固定化または適用することができる。アレイは、組成物のライブラリー（たとえば、小分子、抗体、核酸など）を、それらが本発明の核酸またはポリペプチドに結合する能力、あるいはその活性を調節する能力について、スクリーニングまたはモニタリングするために使用できる。たとえば、本発明の１観点において、モニタリングされるパラメーターは遺伝子の転写物の発現である。細胞の１以上または全部の転写物を、その細胞の転写物を含む試料、または細胞の転写物であるかもしくはそれらに相補的である核酸のハイブリダイゼーションにより、アレイ、または“バイオチップ”上に固定化された核酸へのハイブリダイゼーションにより、測定することができる。マイクロチップ上の核酸の“アレイ”を用いることにより、細胞の転写物の一部または全部を同時に定量できる。あるいは、ゲノム核酸を含むアレイを用いて、本発明の方法により作成した、新たに操作された株の遺伝子型を判定することもできる。“ポリペプチドアレイ”も多数のタンパク質を同時に定量するために使用できる。
【０３６６】
[0220]  本発明の方法を実施する際、たとえば下記に記載されているいずれか既知のアレイならびに／あるいはアレイを作成および使用する方法の全体もしくは一部またはそれを変更したものを組み込むことができる：U.S. Patent No. 6,277,628; 6,277,489; 6,261,776; 6,258,606; 6,054,270; 6,048,695; 6,045,996; 6,022,963; 6,013,440; 5,965,452; 5,959,098; 5,856,174; 5,830,645; 5,770,456; 5,632,957; 5,556,752; 5,143,854; 5,807,522; 5,800,992; 5,744,305; 5,700,637; 5,556,752; 5,434,049;たとえば下記も参照：WO 99/51773; WO 99/09217; WO 97/46313; WO 96/17958;たとえば下記も参照：Johnston (1998) Curr. Biol. 8:R171-R174; Schummer (1997) Biotechniques 23:1087-1092; Kern (1997) Biotechniques 23:120-124; Solinas-Toldo (1997) Genes, Chromosomes & Cancer 20:399-407; Bowtell (1999) Nature Genetics Supp. 21:25-32。公開されたU.S. patent application No. 20010018642; 20010019827; 20010016322; 20010014449; 20010014448; 20010012537; 20010008765も参照されたい。
【０３６７】
ポリペプチドおよびペプチド
[0221]  本発明は、下記を含む本発明の代表的ポリペプチド（たとえば、酵素）（またはそのサブ配列もしくは酵素活性フラグメント）に対して少なくとも約50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくはそれ以上の、または完全な(100%)配列同一性のアミノ酸配列をもつ単離された、合成された、または組換え型のポリペプチドを提供する：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58; SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92およびSEQ ID NO:94、ならびにその酵素活性フラグメント。
【０３６８】
[0222]  本発明は、本発明のポリペプチドをコードする単離された、合成された、または組換え型の核酸をさらに提供する。
[0223]  別態様において、本発明のポリペプチドおよびペプチドは、合成または組換えにより作成されたポリペプチドである。ペプチドおよびタンパク質をインビトロまたはインビボで組換え発現させることができる。本発明のペプチドおよびポリペプチドは、当技術分野で既知であるいずれかの方法を用いて作成および単離することができる。本発明のポリペプチドおよびペプチドは、当技術分野で周知の化学的方法を用いて、全体または一部を合成することもできる。たとえば、Caruthers (1980) Nucleic Acids Res. Symp. Ser. 215-223; Horn (1980) Nucleic Acids Res. Symp. Ser. 225-232; Banga, A.K., Therapeutic Peptides and Proteins, Formulation, Processing and Delivery Systems (1995) Technomic Publishing Co., Lancaster, PAを参照。たとえば、ペプチド合成は種々の固相法を用いて実施でき(たとえば、Roberge (1995) Science 269:202; Merrifield (1997) Methods Enzymol. 289:3 13を参照)、たとえばABI 431A Peptide Synthesizer (Perkin Elmer)を用いて製造業者が提示する指示に従って自動合成を達成できる。
【０３６９】
[0224]  別態様において、本発明の“組換え”ポリペプチドまたはタンパク質は、組換えＤＮＡ技術により作成された、たとえば目的とするポリペプチドまたはタンパク質をコードする外因性ＤＮＡ構築体により形質転換した細胞から産生された、ポリペプチドまたはタンパク質を含む（表わす）。別態様において、本発明の“合成”核酸（オリゴヌクレオチドを含む）、ポリペプチドまたはタンパク質は、本明細書に詳述する化学合成により調製されたものを含む。別態様において、本発明のポリペプチドまたはタンパク質は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合、すなわちペプチドイソスターにより互いに連結したアミノ酸を含み、遺伝子コードされる２０のアミノ酸以外の修飾アミノ酸を含むことができる。ポリペプチドは、自然プロセス、たとえば翻訳後プロセシングにより、または当技術分野で周知の化学修飾法により、修飾することができる。修飾は、ペプチド主鎖、アミノ酸側鎖、およびアミノまたはカルボキシル末端を含めて、ポリペプチド内のいずれの箇所で起きてもよい。特定のポリペプチド内の幾つかの部位に同じかまたは異なる程度で同じタイプの修飾が存在してもよいことは認識されるであろう。特定のポリペプチドが多数のタイプの修飾をもつこともできる：たとえばアセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル、共有架橋の形成、システインの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、ＰＥＧ化、タンパク質分解プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、およびトランスファー−ＲＮＡ仲介によるタンパク質へのアミノ酸付加、たとえばアルギニル化。
【０３７０】
[0225]  別態様において、“合成”ポリペプチドまたはタンパク質は、化学合成により調製されたものである。固相ペプチド化学合成法も、本発明のポリペプチドまたはフラグメントを合成するために使用できる。そのような方法は当技術分野で１９６０年代初期以来、知られており(Merrifield, R. B., J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154, 1963) (Stewart, J. M. and Young, J. D., Solid Phase Peptide Synthesis, 2 ed., Pierce Chemical Co., Rockford, Ill., pp. 11-12)も参照)、最近は市販の実験室用ペプチド設計および合成キットにおいて用いられている(Cambridge Research Biochemicals)。
【０３７１】
[0226]  別観点において、本発明のペプチドおよびポリペプチドはグリコシル化されている。グリコシル化は翻訳後に化学的に、または細胞生合成機序により追加することができ、その際、後者は既知のグリコシル化モチーフの使用を含み、それらはその配列に対して天然のものであってもよく、あるいはペプチドとして付加するかまたはその核酸コード配列に付加されてもよい。グリコシル化はＯ−結合型もしくはＮ−結合型またはその組合わせであってもよい。
【０３７２】
[0227]  別観点において、前記に定めた本発明のペプチドおよびポリペプチドは、一部または完全に“模倣体(mimetic)”および“ペプチド模倣体”形態を含む。１観点において、用語“模倣体”および“ペプチド模倣体”は、本発明のポリペプチドのものと実質的に同じ構造および／または機能特性をもつ合成化合物を表わす。模倣体は、全体的に合成の非天然アミノ酸類似体から構成されてもよく、あるいは部分的に天然アミノ酸と部分的に非天然アミノ酸類似体とのキメラ分子である。模倣体は、いずれかの量の天然アミノ酸の保存的置換を含むこともできるが、そのような置換も模倣体の構造および／または活性を実質的に変化させない限りにおいてである。保存的バリアントである本発明のポリペプチドについて、ある模倣体が本発明の範囲内にあるかどうか、すなわちその構造および／または機能が実質的に変化していないかどうかは、ルーティン実験で判定されるであろう。したがって、１観点において、模倣体組成物はそれが酵素活性をもつならば本発明の範囲に含まれる。
【０３７３】
[0228]  本発明のポリペプチド模倣体組成物は、非天然構造成分のいずれかの組合わせを含むことができる。別観点において、本発明の模倣体組成物は以下の３つの構造グループのうちのひとつまたは全部を含む: a)天然アミド結合（“ペプチド結合”）連結以外の残基連結基; b)天然アミノ酸残基に代わる非天然残基;またはc)二次構造模倣性を誘導する、すなわち二次構造、たとえばベータターン、ガンマターン、ベータシート、アルファヘリックスコンホメーションなどを誘導もしくは安定化する残基。たとえば、本発明のポリペプチドは、その残基の全部または一部が天然ペプチド結合以外の化学的手段で連結している場合、模倣体と特性付けることができる。個々のペプチド模倣体残基をペプチド結合、他の化学結合またはカップリング手段、たとえばグルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル類、二官能性マレイミド類、Ｎ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）またはＮ，Ｎ’−ジイソプロピル−カルボジイミド（ＤＩＣ）で連結させることができる。従来のアミド結合（“ペプチド結合”）連結に代わることができる連結基には、たとえばケトメチレン（たとえば、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＨ−の代わりに−Ｃ（＝Ｏ）−ＣＨ２−）、アミノメチレン（ＣＨ２−ＮＨ）、エチレン、オレフィン（ＣＨ＝ＣＨ）、エーテル（ＣＨ２−Ｏ）、チオエーテル（ＣＨ２−Ｓ）、テトラゾール（ＣＮ４−）、チアゾール、レトロアミド、チオアミド、またはエステルが含まれる(たとえば、Spatola (1983) in Chemistry and Biochemistry of Amino Acids, Peptides and Proteins, Vol. 7, pp 267-357, “Peptide Backbone Modifications,” Marcell Dekker, NYを参照）。
【０３７４】
[0229]  別観点において、本発明のポリペプチドは、全部または一部が自然界に存在するアミノ酸残基の代わりに非天然残基を含むことにより、模倣体と特性付けることもできる。非天然残基は、科学文献または特許文献に十分に記載されている；天然アミノ酸残基の模倣体として有用である幾つかの代表的な非天然組成物および指針を以下に記載する。芳香族アミノ酸の模倣体は、たとえば下記のものにより置換することによって作成できる：Ｄ−もしくはＬ−ナフチルアラニン（naphylalanine）；Ｄ−もしくはＬ−フェニルグリシン；Ｄ−もしくはＬ−２  チエニルアラニン（thieneylalanine）；Ｄ−もしくはＬ−１，−２，３−、もしくは４−ピレニルアラニン（pyreneylalanine）；Ｄ−もしくはＬ−３  チエニルアラニン（thieneylalanine）；Ｄ−もしくはＬ−（２−ピリジニル）−アラニン；Ｄ−もしくはＬ−（３−ピリジニル）−アラニン；Ｄ−もしくはＬ−（２−ピラジニル）−アラニン；Ｄ−もしくはＬ−（４−イソプロピル）−フェニルグリシン；Ｄ−（トリフルオロメチル）−フェニルグリシン；Ｄ−（トリフルオロメチル）−フェニルアラニン；Ｄ−ｐ−フルオロ−フェニルアラニン；Ｄ−もしくはＬ−ｐ−ビフェニルフェニルアラニン；Ｋ−もしくはＬ−ｐ−メトキシ−ビフェニルフェニルアラニン；Ｄ−もしくはＬ−２−インドール（アルキル）アラニン類；およびＤ−もしくはＬ−アルキルアラニン類（alkylainines）（ここで、アルキルは置換または非置換メチル、エチル、プロピル、ヘキシル、ブチル、ペンチル、イソプロピル、イソ−ブチル、ｓｅｃ−イソチル、イソ−ペンチルであってもよい）、または非酸性アミノ酸。非天然アミノ酸の芳香環には、たとえばチアゾリル、チオフェニル、ピラゾリル、ベンゾイミダゾリル、ナフチル、フラニル、ピロリル、およびピリジル芳香環が含まれる。
【０３７５】
[0230]  別観点において、酸性アミノ酸の模倣体は、たとえば負電荷を保持しながら非カルボキシレートアミノ酸により置換することによって作成できる;（ホスホノ）アラニン；硫酸化トレオニン。カルボキシル側鎖基（たとえば、アスパルチルまたはグルタミル）も、カルボジイミド類（Ｒ’−Ｎ−Ｃ−Ｎ−Ｒ’）、たとえば１−シクロヘキシル−３（２−モルホリニル−（４−エチル）カルボジイミドまたは１−エチル−３（４−アゾニア−４，４−ジメトルペンチル）カルボジイミドとの反応によって選択的に修飾できる。アスパルチルまたはグルタミルを、アンモニウムイオンとの反応によりアスパラギニルおよびグルタミニル残基に変換することもできる。塩基性アミノ酸の模倣体は、たとえば（リジンおよびアルギニンのほかに）アミノ酸オルニチン、シトルリン、もしくは（グアニジノ）−酢酸、または（グアニジノ）アルキル−酢酸（ここで、アルキルは前記に定めたものである）で置換することにより作成できる。アスパラギンまたはグルタミンをニトリル誘導体（たとえば、ＣＮ−部分をＣＯＯＨの代わりに含む）に置換することができる。アスパラギニルおよびグルタミニル残基を脱アミノして、対応するアスパルチルまたはグルタミル残基にすることができる。アルギニン残基模倣体は、アルギニルと、たとえば１種類以上の一般的な試薬と反応させることにより作成でき、これにはたとえばフェニルグリオキサール、２，３−ブタンジオン、１，２−シクロ−ヘキサンジオン、またはニンヒドリンが含まれ、これらの試薬についてはアルカリ性条件を用いるのが好ましい可能性がある。チロシン残基模倣体は、チロシルを、たとえば芳香族ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンと反応させることにより作成できる。Ｎ−アセチルイミジゾールおよびテトラニトロメタンを用いて、それぞれＯ−アセチルチロシル種および３−ニトロ誘導体を形成することができる。システイン残基模倣体は、システイニル残基を、たとえばアルファ−ハロアセテート、たとえば２−クロロ酢酸またはクロロアセトアミドおよび対応するアミンと反応させて、カルボキシメチルまたはカルボキシアミドメチル誘導体にすることにより作成できる。システイン残基模倣体は、システイニル残基を、たとえばブロモ−トリフルオロアセトン、アルファ−ブロモ−ベータ−（５−イミドゾリル）プロピオン酸；リン酸クロロアセチル、Ｎ−アルキルマレイミド類、３−ニトロ−２−ピリジルジスルフィド；メチル２−ピリジルジスルフィド；ｐ−クロロマーキュリベンゾエート；２−クロロマーキュリ−４  ニトロフェノール；またはクロロ−７−ニトロベンゾ−オキサ−１，３−ジアゾールと反応させることによっても作成できる。リジン模倣体は、リジニルを、たとえばコハク酸または他のカルボン酸無水物と反応させることにより作成できる（アミノ末端残基を変化させることができる）。リジンおよび他のアルファ−アミノ含有残基模倣体は、イミドエステル、たとえばメチルピコリンイミデート、ピリドキサールリン酸、ピリドキサール、クロロボロヒドリド、トリニトロ−ベンゼンスルホン酸、Ｏ−メチルイソ尿素、２，４，ペンタンジオンとの反応、およびグリオキシレートとのトランスアミダーゼ触媒反応に���っても作成できる。メチオニンの模倣体は、たとえばメチオニンスルホキシドとの反応により作成できる。プロリンの模倣体には、たとえばピコリン酸、チアゾリジンカルボン酸、３−もしくは４−ヒドロキシプロリン、ジヒドロプロリン、３−もしくは４−メチルプロリン、または３，３，−ジメチルプロリンが含まれる。ヒスチジン残基模倣体は、ヒスチジルを、たとえばジエチルプロカーボネートまたはパラ−ブロモフェナシルブロミドと反応させることにより作成できる。他の模倣体には、たとえば下記により作成されたものが含まれる：プロリンおよびリジンのヒドロキシル化；セリルまたはトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化；リジン、アルギニンおよびヒスチジンのアルファ−アミノ基のメチル化；Ｎ−末端アミンのアセチル化；主鎖アミド残基のメチル化もしくはＮ−メチルアミノ酸による置換；あるいはＣ−末端カルボキシル基のアミド化。
【０３７６】
[0231]  別の態様において、本発明のポリペプチドの残基、たとえばアミノ酸を、逆キラリティーのアミノ酸（またはペプチド模倣体残基）により交換することもできる。したがって、Ｌ−立体配置（化学物質の構造に応じて、ＲまたはＳと呼ぶこともできる）で自然界に存在するいずれかのアミノ酸を、同じ化学構造タイプのアミノ酸またはペプチド模倣体であるけれども逆キラリティーのもの（Ｄ−アミノ酸と呼ばれる）（ただし、Ｒ−またはＳ−形と呼ぶこともできる）で交換することができる。
【０３７７】
[0232]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドを、自然なプロセス、たとえば翻訳後プロセシング（たとえば、リン酸化、アシル化など）により、または化学的修飾法により、修飾するための方法、および得られる修飾ポリペプチドを提供する。修飾は、ペプチド主鎖、アミノ酸側鎖、およびアミノ末端またはカルボキシル末端を含めて、ポリペプチド内のいずれかの箇所に行なうことができる。特定のポリペプチド内の幾つかの部位に同じまたは異なる程度で同じタイプの修飾が存在してもよいことは認識されるであろう。特定のポリペプチドが多数のタイプの修飾をもつこともできる。修飾には、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル、共有架橋の形成、システインの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、ＰＥＧ化、タンパク質分解プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、およびトランスファー−ＲＮＡ仲介によるタンパク質へのアミノ酸付加、たとえばアルギニル化。たとえば、Creighton, T.E., Proteins - Structure and Molecular Properties 2nd Ed., W.H. Freeman and Company, New   York (1993); Posttranslational Covalent Modification of Proteins, B.C. Johnson, Ed., Academic Press, New York, pp. 1-12 (1983)を参照。
【０３７８】
[0233]  別態様において、シグナル配列をもたないか、あるいは修飾されたシグナル配列（シグナルペプチド（ＳＰ）、またはリーダーペプチドとも呼ばれる）またはヘテロロガスシグナル配列をもつポリペプチドを提供する。本発明のポリペプチドはまた、プレプロドメインおよび／または触媒ドメイン（ＣＤ）をもたないか、あるいは修飾されたかまたはヘテロロガスなプレプロドメインおよび／または触媒ドメイン（ＣＤ）をもつことができる。本発明のポリペプチドに取り込まれる修飾されたかまたはヘテロロガスなＳＰ、プレプロドメインおよび／またはＣＤは、たとえばキメラタンパク質中のヘテロロガスドメインとして融合タンパク質の一部であってもよく、あるいは化学結合剤により付加されてもよい。たとえば、本発明の酵素は、ヘテロロガスＳＰおよび／またはプレプロを、ベクター、たとえばｐＰＩＣシリーズのベクター(Invitrogen, Carlsbad, CA)中に含むことができる。
【０３７９】
[0234]  別態様において、本発明のポリペプチドは、エピトープもしくは精製タグ、シグナル配列、または他の融合配列などを含む。１観点において、本発明のポリペプチドは、ランダムペプチドに融合して融合ペプチドを形成することができる。本明細書中で“融合した”または“作動可能に連結された”とは、そのランダムペプチドおよびそのポリペプチドが、ポリペプチド活性の安定性に対する撹乱を最小限に抑えた様式で互いに連結されることを意味する。融合ポリペプチド（または融合ポリペプチドをコードする融合ポリヌクレオチド）はさらに他の構成要素も含むことができ、これには多数のループにおける多数のペプチドが含まれる。
【０３８０】
[0235]  １観点において、本発明のポリペプチドはキメラポリペプチドであり、たとえばヘテロロガスなSP、炭水化物結合モジュール、酵素触媒ドメイン、リンカーおよび／または非セルラーゼ触媒ドメインを含む。本発明は、生物活性ハイブリッドポリペプチド（たとえば、ハイブリッド酵素）をコードするキメラポリペプチドを作成する手段を提供する。１観点において、元のポリヌクレオチドが生物活性ポリペプチドをコードする。
【０３８１】
[0236]  １観点において、本発明は、酵素活性の熱不活性化に対して増大した抵抗性を示すポリペプチド活性をもち、長い貯蔵期間中にそれらの活性を保持する、安定化した水性液体配合物を製造する方法（およびその生成物）を提供する。この液体配合物は、尿素および／またはポリオール、たとえばソルビトールおよびグリセロールを安定剤として添加することによって安定化される。そのような安定化された水性液体配合物の使用により、単胃動物用の試料調製物およびその製造方法も提供される。この方法に関するさらに詳細な事項は刊行物中にあり、および／または当業者に既知である。限定ではない特定の例示において、そのような刊行物にはEP 0626010 (W0 9316175 A1) (Barendse et al.)が含まれるが、この刊行物中の参考文献は本出願の発明による分子を教示していない。
【０３８２】
6.23.抗体および抗体に基づくスクリーニング方法
[0237]  本発明は、本発明のポリペプチドに特異的に結合する単離された、合成された、または組換え型の抗体を提供する。これらの抗体を用いて、本発明のポリペプチドまたは関連ポリペプチドを単離、同定または定量することができる。これらの抗体を用いて、本発明の酵素の活性を阻害することができる。これらの抗体を用いて、本発明のものに関連するポリペプチド、たとえば関連する酵素を単離することができる。
【０３８３】
[0238]  本発明の抗体には、抗原またはエピトープを特異的に結合できる免疫グロブリン遺伝子もしくは免疫グロブリン遺伝子類またはそのフラグメントに由来するか、それらをモデルとするか、または実質的にそれらによりコードされる、ペプチドまたはポリペプチドを含むことができる；たとえば、Fundamental Immunology, Third Edition, W.E. Paul, ed., Raven Press, N.Y. (1993); Wilson(1994) J. Immunol. Methods 175:267-273; Yarmush (1992) J. Biochem. Biophys. Methods 25:85-97を参照。抗体という用語には、抗原を結合する能力を保持している抗原結合部分、すなわち“抗原結合部位”(たとえば、フラグメント、サブ配列、相補性決定領域（ＣＤＲ））が含まれ、これには下記のものが含まれる：(i)Fａｂフラグメント：ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント; (ii)Ｆ（ａｂ’）２フラグメント：２つのＦａｂフラグメントがヒンジ部でジスルフィド結合により連結したものを含む二価フラグメント; (iii)ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント; (iv)抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント; (v)ＶＨドメインからなるｄＡｂフラグメント(Ward et al., (1989) Nature 341:544-546);ならびに(vi)単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）。参照により、一本鎖抗体も用語“抗体”に含まれる。
【０３８４】
[0239]  抗体は、免疫沈降、染色（たとえば、ＦＡＣＳ）、イムノアフィニティーカラムなどに使用できる。所望により、特定の抗原をコードする核酸配列を、免疫化、続いてポリペプチドまたは核酸の単離、増幅またはクローニング、ならびに本発明のアレイ上へのポリペプチドの固定化により作成できる。あるいは、本発明の方法を用いて、修飾すべき細胞により産生される抗体の構造を修飾することができる；たとえば、抗体の親和性を増大または低下させることができる。さらに、抗体を産生または修飾する能力は、本発明の方法により工学的に細胞中へ導入された表現型であってもよい。
【０３８５】
[0240]  免疫化、抗体（ポリクローナルおよびモノクローナル）の産生および単離の方法は当業者に既知であり、科学文献および特許文献に記載されている；たとえば、下記を参照：Coligan, CURRENT PROTOCOLS IN IMMUNOLOGY, Wiley/Greene, NY (1991); Stites (eds.) BASIC AND CLINICAL IMMUNOLOGY (7th ed.) Lange Medical Publications, Los Altos, CA (“Stites”); Goding, MONOCLONAL ANTIBODIES: PRINCIPLES AND PRACTICE (2d ed.) Academic Press, New York, NY (1986); Kohler (1975) Nature 256:495; Harlow (1988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Publications, New York。抗体は、動物を用いる伝統的なインビボ法のほかに、インビトロで、たとえば組換え抗体結合部位を発現するファージライブラリーを用いて作成することもできる。たとえば、Hoogenboom (1997) Trends Biotechnol. 15:62-70; Katz (1997) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26:27-45を参照。
【０３８６】
[0241]  本発明のポリペプチドを用いて、それらのポリペプチドに特異的に結合する抗体を作成することができる。得られた抗体をイムノアフィニティークロマトグラフィー法に用いて、そのポリペプチドを単離または精製するか、あるいはそのポリペプチドが生物試料中に存在するかどうかを判定することができる。そのような方法において、タンパク質調製物、たとえば抽出物、または生物試料を、本発明のポリペプチドのひとつに特異的に結合できる抗体と接触させる。
【０３８７】
6.24.キット
[0242]  本発明は、本発明の組成物、たとえば核酸、発現カセット、ベクター、細胞、ポリペプチド（たとえば、セルロースまたはセロビオヒドロラーゼ）および／または抗体を含むキットを提供する。これらのキットは、本明細書に記載する本発明の方法および産業利用を教示する指示物を含むこともできる。
【０３８８】
[0243]  本発明のポリペプチドを用いて、その酵素ポリペプチドまたはフラグメントに特異的に結合する抗体を作成することもできる。得られた抗体をイムノアフィニティークロマトグラフィー法に用いて、そのポリペプチドを単離または精製するか、あるいはそのポリペプチドが生物試料中に存在するかどうかを判定することができる。そのような操作に際しては、タンパク質調製物、たとえば抽出物または生物試料を、本発明のポリペプチドのひとつ、それと実質的に同一である配列、または以上の配列のフラグメントに、特異的に結合できる抗体と接触させる。
【０３８９】
6.25.酵素送達マトリックス
[0244]  別態様において、本発明は、食用のペレット状酵素送達マトリックス、および動物に本発明のポリペプチドを送達するための、たとえばサプリメントとしての使用方法を提供する。この酵素送達マトリックスは、本発明のポリペプチド、たとえば本発明の酵素を、水性媒体、たとえば動物の消化液中へ容易に放出する。本発明の酵素送達マトリックスは、搾油済み穀粒胚芽、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ(timothy)、ダイズ滓、ヒマワリ種子粉、コムギ粉などの成分から選択される顆粒状の食用キャリヤーから調製され、その中に含有された組換え酵素を水性媒体中に容易に分散させる。使用する際、この食用のペレット状酵素送達マトリックスを動物に投与して、本発明のポリペプチドを動物に送達する。適切な穀物性基質は、いずれかの適切な食用穀粒、たとえばコムギ、トウモロコシ、ダイズ、モロコシ、アルファルファ、オオムギなどを含むか、あるいはそれらに由来してもよい。代表的な穀物性基質はトウモロコシをベースとする基質である。基質は穀粒のいずれか適切な部分、たとえば動物飼料用として承認された穀粒胚芽、たとえば湿式または乾式粉砕プロセスで得られるトウモロコシ胚芽に由来するものであってもよい。穀粒胚芽には、搾油済み胚芽、すなわちたとえば圧搾またはヘキサンもしくは他の溶媒抽出により油を排出した穀粒胚芽を含めることができる。あるいは、穀粒胚芽はエキスペラー抽出物、すなわち油が圧搾により取り出されたものである。
【０３９０】
6.26.本発明の酵素の工業的／大規模発現
[0245]  別態様において、本発明は、本発明のポリペプチドの大規模製造を提供する。いずれか既知の工業的プロセス、バイオリアクターおよび／または細胞ベースの発現系を本発明の実施に使用できる。１観点において、商業的（たとえば“大規模化した”）酵素製造システムが用いられ、本発明は当技術分野で既知であるいずれかのポリペプチド製造システムを使用でき、これにはいずれかの細胞ベースの発現系が含まれ、これにはいずれかの真核細胞系もしくは原核細胞系を含めた多数の系統が含まれ、これにはいずれかの昆虫、微生物、酵母、細菌および／または真菌発現系が含まれる；これらの別形態の発現系は周知であり、文献中に考察されており、本発明の酵素を作成および使用する商業的使用のために全てが考慮される。別態様において、本発明の核酸を、たとえばアスペルギルス属(Aspergillus)、たとえばアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、ピチア属(Pichia)、たとえばピチア・パストリス(Pichia pastoris)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、たとえばシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、および／またはシュードモナス属(Pseudomonas)、たとえばシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)において発現させて、本発明のポリペプチドを工業的または大規模化製造システムで発現させる。たとえば、バチルス属(Bacillus)菌種を工業的製造に使用できる(たとえば、Canadian Journal of Microbiology, 2004 Jan., 50(1):1-17を参照)。あるいは、ストレプトミセス属(Streptomyces)、たとえば、ストレプトミセス・リビダンス(S. lividans)、ストレプトミセス・セリカラー (S. coelicolor)、ストレプトミセス・リモサス(S. limosus)、ストレプトミセス・リモサス(S. rimosus)、ストレプトミセス・ロゼオスポラス(S. roseosporus)、ストレプトミセス・リビダンス(S. lividans)を、工業的な持続産生宿主として使用できる(たとえば、Appl Environ Microbiol. 2006 August; 72(8): 5283-5288を参照)。アスペルギルス属菌種、たとえばアスペルギルス・フェニシス(Aspergillus phoenicis)、アスペルギルス・ニガーおよびアスペルギルス・カルボナリウス(A. carbonarius)を用いて本発明を実施して、たとえば本発明の酵素、たとえばベータ−グルコシダーゼを製造することができる(たとえば、World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2001, 17(5):455-461を参照)。いずれかのフザリウム属(Fusarium)菌種を発現系に使用して本発明を実施できる：たとえばフザリウム・グラミニアラム(Fusarium graminearum)を含む;たとえば、Royer et al. Bio/Technology 13:1479-1483 (1995)を参照。アスペルギルス属のいずれかの菌種を発現系に使用して本発明を実施できる：アスペルギルス・ニデュランス(A. nidulans);アスペルギルス・フミガーツス(A. fumigatus);アスペルギルス・ニガーまたはアスペルギルス・オリゼ(A. oryzae)を含む。たとえば、商業的に用いられている酵素産生株の親であるアスペルギルス・ニガーCBS513.88のゲノムは、最近、配列決定され(たとえば、Nat Biotechnol. 2007 Feb, 25(2):221-31を参照)、発現系として使用して本発明を実施できる。同様にアスペルギルス・オリゼのゲノム配列決定が最近完了した(Nature. 2005 Dec 22, 438(7071):1157-61)。本発明を実施するために、たとえばバイオ燃料製造などの工業用の酵素を発現させるために使用できる別の真菌発現系については、たとえば下記を参照：Advances in Fungal Biotechnology for Industry, Agriculture, and Medicine. Edited by Jan S. Tkacz & Lene Lange. 2004. Kluwer Academic & Plenum Publishers, New York; および、たとえば Handbook of Industrial Mycology. Edited by Zhiqiang An. 24 Sept. 2004. Mycology Series No. 22. Marcel Dekker, New York; および、たとえばTalbot (2007) “Fungal genomics goes industrial”, Nature Biotechnology 25(5):542; およびUSPNs 4,885,249; 5,866,406; および国際公開WO/2003/012071。
【０３９１】
[0246]  本発明の酵素を発現させるための細胞は、たとえば効率および／または収率を高めるために、たとえばU.S. Pat. No. 7,517,668; U.S. Pat. App. Pub. No. 20030119013; 20100120029; 20060235200に記載されるように操作することができる。特異的発現ビヒクルおよび／または転写調節その他のモチーフを（たとえば、分泌を促進するために）用いて、たとえば下記に記載されるように、たとえば効率および／または収率などを最大にすることができる；：U.S. Pat. No. 5,198,345; 5,364,770; 5,578,463; 5,536,661; 6,255,115; 6,080,564：これらには、アスペルギルス属が目的酵素と同時に培地中へ発現する目的外の酸不安定プロテアーゼを不活性化する方法が記載されている；U.S. Pat. No. 5,324,660：これには、タンパク質分解活性を欠如したピチア属の菌株が記載されている; U.S.Pat. App. Pub. No. 20060105425; 20080227148; 20030013154, 7,741,075および7,271,255：これらには、タンパク質発現のためのピチア属分泌リーダーが記載されている。たとえば、下記も参照：U.S. Pat. App. Pub. No. 20080044858：これには、アスペルギルス属において生体物質を産生させる方法が記載されている；6,316,245：これには、ピチア属菌種の新規な変異株を用いて高い生産性を得るための発酵法が記載されている; 20100175147：これにはピチア属発現系が記載されている; U.S. Pat. No. 6,451,063：これには、工業用セルラーゼの製造が記載されている。
【０３９２】
[0247]  たとえば、１態様において、酵素はU.S. Patent No. 7,695,949に記載されるように製造され、これには組換え作成された微生物を含む発酵培地を用いる方法が記載され、この微生物は発酵生成物を過剰発現し、その微生物の栄養要求性増殖を引き起こす変異を含み、その微生物における栄養要求性はその微生物が発酵生成物を産生する能力を妨げることはない。この培地に、次いで発酵生成物の産生に要求されるすべての基質を過剰に、かつ栄養要求を補う基質を増殖限定量で供給する。１態様において、酵素は、糸状菌培養生成物における酵素生産性を調整する方法を記載したU.S. Pat. App. Pub. No. 20090280212；またはピチア属発現系を記載したU.S. Pat. No. 6,893,849に記載されるように製造される。たとえば、U.S. Pat. App. Pub. No. 20100062513に記載されている当技術分野で既知であるいずれかの培養培地を使用できる。
【０３９３】
[0248]  １態様において、たとえば下記に記載されているいずれかのバイオリアクター、培養器または細胞増殖加工製品を用いて本発明を実施できる：U.S. Patent No. 6,001,643; 6,642,019; 7,112,441; 7,163,821; 7,604,987：これらは、たとえば培養培地中の細胞または組織培養物を収容するためのチャンバーを記載している; 7,749,750およびU.S. Pat. App. Pub. No. 20040152186; 20030040104；これらには、細胞培養の必須時期、細胞培養操作、および細胞培養評価の種々の操作を実施および制御するようにプログラミングできる自動化された細胞管理システムが記載されている；20100062483; 20090068739; 20080233631。
【０３９４】
6.27.サトウキビバガスについての酵素処理プロセス
[0249]  別態様において、本発明のポリペプチドを、サトウキビ(Saccharum)、サトウキビの部分(たとえば、茎頂部)および／またはサトウキビバガスの酵素処理（加水分解）、すなわちサトウキビ分解またはバイオマス処理に使用する；これらの酵素をコードするポリヌクレオチド、ならびにこれらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドの作成および使用。本発明は、リグノセルロース残渣（サトウキビバガス、または製糖もしくは関連産業のいずれかの廃棄物を含む）を処理してリグノセルロース加水分解生成物にするためのポリペプチドおよび方法を提供する；この生成物は、それ自体が液体燃料または気体燃料を含めたバイオ燃料である可能性があり、あるいはバイオ燃料になるようにさらに処理することができる。本発明はサトウキビ処理のための酵素および方法を提供するので、本発明はまた、アルコール類（いずれかの目的のためのもの）および／またはバイオ燃料、たとえばバイオエタノールのほかに、食用の砂糖、糖液(garapa)、ラパドゥーラ(rapadura(papelon))、ファレルナム（サトウキビ糖）(falernum)、糖蜜(molasses)、ラム酒(rum)、カシャーサ（ブラジル産ラム酒）(cachaca)を作る方法（製造方法）を提供する。したがって本発明は、本発明のポリペプチドを含む、食用の砂糖、糖液、ラパドゥーラ、ファレルナム、糖蜜、ラム酒、カシャーサ、アルコール類、バイオ燃料、たとえばバイオエタノールなど、ならびにそれらの中間体をも提供する。
【０３９５】
[0250]  ある観点において、サトウキビ、たとえばバガスを生物変換のための基質として使用することには幾つかの利点がある：
１．高い炭水化物含量をもつ（セルロース４０〜５０％、およびヘミセルロース２０〜３０％）；
２．加工の場で採集される；
３．安価な基質であり、季節的ではあるが、サトウキビ産業内で一定の供給が発生する。
【０３９６】
[0251]  本発明は、サトウキビ、たとえばバガス中の、リグニンと会合しているセルロースおよびヘミセルロース多糖類を加水分解するためのポリペプチドおよび方法を提供する；リグニンは、これらの多糖類を微生物およびそれらに付随する酵素系による攻撃から遮断するバリヤーとして作用する可能性がある。リグノセルロースの構造特性、たとえばそのリグニンバリヤーおよびセルロース結晶性のため、１観点において、前処理プロセスを用いて、バイオマス（バガス）中の多糖成分への本発明の酵素（単数または複数）のアクセスを増強し、構築ブロックである単糖類、たとえばヘキソースおよびペントース糖への転化収率を高める。本発明の酵素（単数または複数）を用いる本発明の代表的な１システムにおいて、生成する糖類は効率的に発酵してエタノールになり、未水解炭水化物＋リグニンを燃焼させるとサトウキビ圧搾機の燃料として十分なスチームが供給される。
【０３９７】
[0252]  別観点において、本発明の方法には種々の前処理が用いられ、それらは３つのカテゴリーに分類できる：物理的、化学的、および多重（物理的＋化学的）。いずれかの化学薬品、たとえば酸、アルカリ、ガス、セルロース溶媒、アルコール類、酸化剤および還元剤を前処理剤として使用できる。これらの化学薬品のうち、アルカリが比較的安価であり、かつセルロース分解を生じることがより少ないので、最も一般的な前処理剤である。一般的なアルカリである水酸化ナトリウムおよび石灰も前処理剤として使用できる。水酸化ナトリウムはバイオマスの分解性を著しく高めるが、再利用が困難であり、比較的高価であり、かつ取扱いに危険性がある。これに対し、石灰は多数の利点をもつ：それは安全かつきわめて安価であり、洗浄水に二酸化炭素を飽和する（カーボネーション）ことにより回収できる。
【０３９８】
[0253]  １観点において、本発明は、サトウキビ圧搾機で処理したサトウキビ（たとえばバガス）成分中の多糖類を加水分解しうる多重酵素システム（少なくとも１種類の本発明の酵素を含む）を提供する。１観点において、サトウキビ、たとえばバガスを、本発明の酵素を発現する生物（たとえば、トランスジェニック動物、植物、形質転換した微生物）および／または副産物（たとえば、収穫した植物、果実、種子）により作られる、本発明の酵素により処理する。１観点において、酵素は植物が産生した組換え型酵素、または処理して燃料にする予定のバイオマスであり、たとえば本発明は本発明の酵素をを含むトランスジェニックサトウキビバガスを提供する。１観点において、本発明の方法に使用するこれらの組成物および生成物は、天然バイオマス変換のための、たとえばバイオ燃料、たとえばバイオエタノール、バイオプロパノール、バイオブタノール、バイオメタノール、液体または気体の形の合成燃料、たとえば“合成ガス”を製造するためのバイオマスの加水分解のための、化学的サイクルを含む。
【０３９９】
[0254]  １観点において、本発明は、嫌気性生物により有機材料を嫌気性消化するプロセスによって製造されたバイオ燃料、たとえばバイオガスを提供し、その際、このプロセスは本発明の酵素または本発明の方法の使用を含む。このバイオ燃料、たとえばバイオガスは、生分解性廃棄物から、またはガス収量を補うために嫌気性の消化生物(digester)に供給されたエネルギー作物の使用により、製造することができる。固形排泄物である消化物(digestate)もバイオ燃料として使用できる。
【０４００】
[0255]  １観点において、本発明は、バイオ燃料、たとえばメタンを含むバイオガスを提供し、その際、このプロセスは本発明の酵素または本発明の方法の使用を含む。バイオ燃料、たとえばバイオガスは、産業用の嫌気性消化生物および機械的な生物処理システムにおいて回収できる。埋立地ガスを、本発明の酵素または本発明の方法でさらに処理することができる；処理する前は、埋立地ガスは自然に起きる嫌気性消化によって埋立地で産生される、より低いクリーン度の形態のバイオガスである可能性がある。逆説的に、もし埋立地ガスを大気中へ散逸させると、それは温室効果ガスとなる可能性がある。
【０４０１】
[0256]  本発明は、種々の廃棄物から生物により産生される油およびガスの製造方法を提供し、その際、このプロセスは本発明の酵素または本発明の方法の使用を含む。１観点において、これらの方法は、廃棄物を熱により解重合してメタン、および石油に類似する他の油を抽出すること；あるいは、たとえば無毒性光合成藻類が煙道ガスを取り込みバイオ燃料、たとえばバイオディーゼル、バイオガス、および石炭に匹敵する乾燥燃料を産生することを利用するバイオリアクターシステム、たとえばGreenFuel Technologies Corporation (Cambridge, MA)により設計されたものを含む。
【０４０２】
[0257]  本発明は、生物により産生される油（原油を含む）、およびディーゼルエンジンに使用できるガスの製造方法を提供し、その際、このプロセスは本発明の酵素または本発明の方法の使用を含む。１観点において、これらの方法は、石油、たとえば原油を、灯油、石油、ディーゼル油その他の画分に精製することができる。
【０４０３】
[0258]  本発明は、下記のものから生物により産生される油を製造する方法（本発明の酵素または本発明の方法を使用）を提供する：
・純植物油(straight vegetable oil)（ＳＶＯ）。
・廃棄植物油(waste vegetable oil)（ＷＶＯ）−廃棄される調理用の油およびグリース：量的には大部分が商業用調理室で生じる。
・動物脂肪および植物油のエステル交換から得られるバイオディーゼル油：石油ディーゼルエンジンにそのまま使用できる。
・ノンオイル系の材料、たとえば古タイヤ、くず肉(offal)、木材およびプラスチックなどの廃棄物を含めた、複合有機材料の熱解重合による、生物由来の原油、ならびにバイオガスおよび固形炭素。
・熱分解油；これはバイオマス、木屑などから、フラッシュ熱分解において熱のみを用いて製造できる（この油は一般的な燃料システムまたは内燃機関に使用する前に処理しなければならない可能性がある）。
・木材、木炭、および乾燥糞。
6.28.動物用の飼料および食物または食物添加剤
[0259]  別態様において、ヒトのための食事の補助剤もしくはサプリメント、または食品のサプリメントおよび添加剤を提供するほか、本発明は、本発明のポリペプチド、たとえばリグノセルロース活性をもつタンパク質、たとえば本発明のセロビオヒドロラーゼ酵素、および／または本発明の抗体を用いて、動物用の飼料および食品ならびに、食品または飼料の添加剤を処理するための、組成物および方法も提供する。本発明は、本発明のリグノセルロース酵素および／または本発明の抗体を含む、動物用の飼料、食品および添加剤を提供する。動物はいずれかの農場動物またはいずれかの動物であってもよい。
【０４０４】
[0260]  別態様において、本発明の動物用飼料添加剤は、飼料成分と容易に混合できる顆粒状酵素製品であってもよい。あるいは、本発明の飼料添加剤は、プレミックスの成分の形態であってもよい。本発明の顆粒状酵素製品は、コーティングされてもよく、コーティングされなくてもよい。酵素顆粒の粒径は、飼料およびプレミックス成分のものと適合させることができる。これにより、酵素を飼料に組み入れる安全で簡便な手段が得られる。あるいは、本発明の動物飼料添加剤は安定化された液体組成物であってもよい。これは水性または油性のスラリーであってもよい。たとえば、U.S. Patent No. 6,245,546を参照。
【０４０５】
[0261]  別態様において、本発明のリグノセルロース酵素は、動物用の飼料または食品の改変に際して、食品または飼料をインビトロで（飼料または食品の成分を改変することにより）またはインビボで処理できる。本発明のポリペプチドを動物用の飼料または食品組成物に添加することができる。
【０４０６】
[0262]  別態様において、本発明の酵素をたとえば下記の別の酵素と組み合わせて添加することができる；ベータ−ガラクトシダーゼ類、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド−ベータ−１，４−ラッカーゼ類、アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、セロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ類。これらの酵素消化物は動物がより消化しやすい。したがって、本発明のリグノセルロース酵素、たとえばグリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ酵素は、セルロースを分解することにより、飼料もしくは食品のエネルギー利用性、または食品もしくは飼料の消化性に寄与することができる。
【０４０７】
[0263]  別態様において、本発明のリグノセルロース酵素、たとえばセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ酵素は、それらの酵素をトランスジェニック飼料作物（たとえば、トランスジェニック植物、種子などとして）、たとえば穀粒、穀類、トウモロコシ、ダイズ、ナタネ、ルピナスなどにおいて直接発現させることにより供給することができる。前記に述べたように、本発明は、本発明のポリペプチドをコードする核酸配列を含むトランスジェニック植物、植物の部分および植物細胞を提供する。１観点において、核酸を本発明のリグノセルロース酵素が回収可能な量で産生されるように発現させる。リグノセルロース酵素は、植物または植物の部分のいずれかから回収できる。あるいは、組換えポリペプチドを含有する植物または植物の部分をそのまま、食品または飼料の品質を改善するために、たとえば栄養価、嗜好性などを改善するために、使用できる。
【０４０８】
[0264]  １観点において、本発明の酵素送達マトリックスは、個別の複数の粒子、ペレットまたは顆粒の形態である。“顆粒”とは、たとえばペレット化、押出し、またはこれらに類する圧密処理により圧縮または圧密して、水をマトリックスから除去した粒子を意味する。粒子のそのような圧縮または圧密処理は、粒子の粒子内凝集も促進する。たとえば、顆粒は穀粒をベースとする基質をペレットミル内でペレット化することにより調製できる。これにより調製されたペレットを摩砕または粉砕して、動物飼料における補助剤として適切な顆粒サイズにする。このマトリックス自体が動物飼料中に使用するものとして承認されたものであるので、それを動物飼料中に酵素の送達のための希釈剤として使用できる。
【０４０９】
[0265]  別態様において、本明細書に記載するように、本発明の酵素送達マトリックスおよび方法に含まれるリグノセルロース酵素は熱安定リグノセルロース酵素であり、このため、ペレット化された酵素送達マトリックスを調製するために高められた温度および／またはスチームが用いられる可能性のある加工に際してリグノセルロース酵素の不活性化に耐える。本発明の酵素送達マトリックスを含有する飼料が消化される際に、水性消化液が活性酵素を放出させるであろう。他のタイプの熱安定酵素および熱安定性である栄養サプリメントも、いずれかのタイプの水性条件下で放出させるための送達マトリックスに含有させることができる。
【０４１０】
[0266]  別態様において、種々の目的、たとえば、動物飼料にフレーバーまたは栄養サプリメントを付加する、胃の条件下での動物飼料サプリメントおよび酵素の放出を遅延させる、などのために、酵素マトリックス粒子にコーティングを付与する。１観点において、機能目標を達成するために、たとえば、望ましい場合には常に、マトリックス粒子からの酵素の放出を遅延させるか、あるいは酵素が放出される条件を制御するために、コーティングを付与する。コーティング材料の組成は、それに対してコーティング材料が感受性である作用物（たとえば、熱、酸もしくは塩基、酵素または他の化学物質）によってそれが選択的に破壊されるものであってもよい。あるいは、種々のそのような破壊作用物に対して感受性である２以上のコーティングをマトリックス粒子に連続的に付与してもよい。
【０４１１】
[0267]  別態様において、本発明は、酵素放出マトリックスを調製する方法を提供する。別態様において、この方法は、酵素放出マトリックスとして用いるのに適切な粒径で、穀粒ベースの基質の個別の複数粒子を提供することを含み、その際、粒子は本発明のアミノ酸配列によりコードされるリグノセルロース酵素、たとえばグリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ酵素を含む。１観点において、この方法は、酵素放出マトリックスを圧密または圧縮して顆粒にすることを含み、１観点においてこれは大部分の場合にペレット化により達成される。型付着防止剤(mold inhibitor)および凝集剤を使用する場合、これらはいずれか適切な時点で添加でき、１観点において、穀粒ベースの基質をペレット化する前に、穀粒ベースの基質と希望する割合で混合される。ペレットミル供給材料の含水率は１観点においては最終製品の含水率に関して前記に述べた範囲であり、１観点においては約１４〜１５％である。１観点において、水分は供給原料に酵素の水性調製物の形で添加されて、供給原料にこの含水率をもたらす。１観点において、ペレットミルの温度はスチームで約８２℃になる。ペレットミルは、ペレットを得るのに十分な作業を供給原料に付加するいずれかの条件下で作動させることができる。ペレット化プロセス自体は、酵素含有組成物から水を除去するための経費効率の高いプロセスである。
【０４１２】
[0268]  別態様において、本発明の組成物および方法はプレバイオティクス(prebiotics)の投与と組み合わせて実施できる；これらは高分子量糖類、たとえばフルクト-オリゴ糖（ＦＯＳ）；ガラクト−オリゴ糖（ＧＯＳ）、ＧＲＡＳ  （Ｇｅｎｅｒａｌｌｙ  Ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ  Ａｓ  Ｓａｆｅ）物質である。これらのプレバイオティクスを、あるプロバイオティック(probiotic)乳酸菌（ＬＡＢ）は代謝できる。大部分の腸管微生物はそれらを消化できない。
【０４１３】
6.29.食品処理および食品加工
[0269]  別態様において、本発明は、本発明の酵素を含む食品および飼料、ならびに食品および飼料の加工に本発明の酵素を使用する方法を提供する。本発明のセルラーゼ、たとえばセロビオヒドロラーゼ酵素は、食品加工産業において多数の用途をもつ。本発明は、たとえば植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、もしくは動物細胞、またはいずれかの植物もしくは植物部分、またはいずれかの食品もしくは飼料、廃棄物などを含めたセルロース含有組成物を加水分解するための方法を提供する。
【０４１４】
[0270]  たとえば、本発明は、本発明のリグノセルロース酵素をたとえば飼料、液体、たとえば飲料（たとえば、果汁またはビール）、パンもしくは生地もしくはパン製品、またはドリンク（たとえば、ビール）、または飲料原材料（たとえば、麦芽汁）中に含む、飼料または食品を提供する。本発明の食品処理プロセスは、たとえば下記の他の酵素のいずれかの組合わせの使用も含むことができる：トリプトファナーゼ類もしくはチロシンデカルボキシラーゼ類、ラッカーゼ類、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド-ベータ-1,4-ラッカーゼ類、アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、セロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ類。
【０４１５】
[0271]  １観点において、本発明は、液状（液化）および顆粒状のデンプンを加水分解するための酵素および方法を提供する。そのようなデンプンはいずれかの供給源、たとえばビート、サトウキビ、バレイショ、トウモロコシ、コムギ、ミロ(milo)、モロコシ、ライムギまたはブルガー(bulgher)に由来するものであってもよい。本発明は、液化（たとえば、バイオ燃料、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールまたはバイオプロパノールなどのバイオアルコールを含むものを製造するための）に有用ないずれかの植物デンプン源、たとえば穀粒デンプン源に適用でき、これには液化に適したデンプンを産生することが知られている他のいずれかの穀粒または野菜源が含まれる。本発明の方法は、いずれかの天然材料、たとえばコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、ミロ、コムギ、豆果(legume)、バレイショ、ビート、サトウキビおよびサツマイモからのデンプンを液化する（たとえば、バイオ燃料、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールまたはバイオプロパノールなどのバイオアルコールを含むものを製造する）ことを含む。液化プロセスにより、デンプンを実質的に加水分解してシロップを製造することができる。液化の温度範囲は、デンプンを液化するのに有効であることが知られているいずれの液化温度であってもよい。たとえば、デンプンの温度は約８０℃〜約１１５℃、約１００℃〜約１１０℃、および約１０５℃から約１０８℃までであってもよい。本発明の酵素および方法を用いて製造したバイオアルコールは、たとえば後記において考察するように、アルコール飲料を含めた食品および飼料における（または製造のための）それらの使用のほかに、燃料として、または燃料(たとえば、自動車燃料)中に使用できる。
【０４１６】
6.30.廃棄物処理
[0272]  別態様において、本発明は、廃棄物処理における酵素の使用を提供する。本発明の酵素は、多様な廃棄物の処理または関連産業用途、たとえば燃料を製造するためのバイオマス変換に関連する廃棄物処理に使用できる。たとえば、１観点において、本発明は、本発明のリグノセルロース酵素を用いる固体および／または液体廃棄物消化プロセスを提供する。これらの方法は、実質的に未処理の固体廃棄物の質量および体積を低減させることを含むことができる。固体廃棄物を、酵素溶液（本発明のリグノセルロース酵素を含む）の存在下での制御された温度における酵素消化プロセスで処理することができる。その結果、添加した微生物からの認識できるほどの細菌発酵なしに、反応が起きる。固体廃棄物は液化した廃棄物と何らかの残留する固体廃棄物に変換される。得られる液化廃棄物をその何らかの残留する固形化廃棄物から分離することができる。たとえば、U.S. Patent No. 5,709,796を参照。１観点において、本発明の組成物および方法は、たとえば動物排泄物貯蔵槽（たとえば、養豚場における）、他の農業、食品または飼料加工における、衣類および／または編織物加工、クリーニングもしくはリサイクリング、または他の産業プロセスにおける、脱臭、防臭、または減臭のために用いられる。
【０４１７】
[0273]  別態様において、バイオマス（たとえば、リグノセルロース材料）を燃料（たとえばバイオ燃料、たとえばバイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールまたはバイオプロパノールなどのバイオアルコールを含むもの）に変換するための酵素および方法は、都市の固体廃棄物の処理／リサイクリングを組み込むことができる；これには、都市生活から直接生じる排泄物、または以前は埋め立てられていてその後は回収されている都市固体廃棄物、または下水スラッジ、たとえば相当量のセルロース材料を含有する下水スラッジケーキの形態のものが含まれる。下水スラッジケーキは普通は相当量のリサイクル可能材料（アルミニウム、ガラス、プラスチックなど）を含有しないであろうから、それらを濃硫酸で直接処理し（その廃棄物のセルロース成分の重金属含量を減らすために）、そしてエタノール製造システムで処理することができる。たとえば、U.S. Patent No. 6,267,309; 5,975,439を参照。
【０４１８】
[0274]  廃棄物から有機物および無機物を回収するために本発明の酵素を用いる他の代表的方法は、固体有機物に熱および圧力を付与することによりそれを殺菌し、かつ軟化させることを含む。この代表的方法は、まず廃棄物を撹拌し、次いでそれに熱および圧力を付与することにより実施でき、これによりそれに含まれる有機物が殺菌され、かつ軟化する。１観点において、加圧下で加熱した後、有孔チャンバーから急激に放圧して、軟化した有機物を容器の孔から排出させ、こうして有機物を固体無機物から分離することができる。軟化した殺菌済み有機物を次いで発酵チャンバー内で、たとえば本発明の酵素を用いて発酵させて、たとえばマッシュ(mash)を形成することができる。このマッシュをさらに遠心、蒸留カラムおよび／または嫌気的消化装置により処理して、燃料、たとえばエタノールおよびメタンならびに動物飼料サプリメントを回収することができる。たとえば、U.S. Patent No. 6,251,643を参照。
【０４１９】
[0275]  本発明の酵素をプロセス、たとえば予備処理、に用いて、産業廃棄物または動物飼育施設から発生する廃棄物などの臭気を減らすこともできる。たとえば、本発明の酵素を用いて廃棄物保存施設の動物廃棄物を処理して、大量の有機物の効果的な分解を増強し、それと共に臭気を減らすことができる。このプロセスは、硫化物利用細菌および有機物消化細菌ならびに分解酵素（本発明の酵素のほかに）の接種も含むことができる。たとえば、U.S. Patent No. 5,958,758を参照。
【０４２０】
[0276]  本発明の酵素を、移動式システム、たとえば水性有害廃棄物のバイオレメディエーション(bioremediation)用のバッチ型反応器にも使用できる；たとえばU.S. Patent No. 5,833,857に記載のもの。バッチ型反応器は、細菌（たとえば、本発明の酵素を発現するもの）を反応器に供給される栄養素によって効率的状態で維持する、循環能をもつ大型容器であってもよい。そのようなシステムは、排出物を反応器へ送達できる場合、または反応器が排水処理システム内に構築されている場合に使用できる。本発明の酵素は、小型または一時的な遠隔地での使用のための処理システム、たとえば携帯用、高容量、高効率、可変型の排水処理システムにも使用できる。本発明の廃棄物処理方法は、たとえば下記の他の酵素のいずれかの組合わせの使用を含むことができる：リグノセルロース酵素、たとえば、グリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ酵素、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド−ベータ−１，４−ラッカーゼ類、アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、フィターゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、他のセロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ類。
【０４２１】
6.31.洗浄剤組成物
[0277]  別態様において、本発明は、１以上の本発明のポリペプチド（たとえば、セルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつ酵素）を含む洗浄剤組成物、およびこれらの組成物を調製および使用する方法を提供する。本発明には、洗浄剤組成物を調製および使用するすべての方法が含まれる；たとえば、U.S. Patent No. 6,413,928; 6,399,561; 6,365,561; 6,380,147。これらの洗浄剤組成物は、一液型または二液型の水性組成物、非水性液体組成物、注型固体、顆粒状、粒状、圧縮タブレット、ゲルおよび／またはペースト、ならびにスラリー状であってもよい。本発明はまた、これらの洗浄剤組成物を用いて、著しい食品汚れ、食品残渣の膜および他の少量の食品組成物を迅速に除去できる方法を提供する。本発明の酵素は、デンプン質多糖類の接触加水分解によりデンプン質汚染の除去を容易にすることができる。本発明の酵素は、皿洗い用洗浄剤および編織物洗濯用洗浄剤中に使用できる。
【０４２２】
[0278]  実際の有効酵素含量は、洗浄剤組成物の製造方法に依存し、洗浄剤溶液が希望する酵素活性をもつならば重要ではない。１観点において、最終溶液中に存在するグルコシダーゼの量は、洗浄剤組成物のグラム当たり約０．００１ｍｇから０．５ｍｇまでの範囲である。本発明の方法および製品中に用いるために選択する個々の酵素は、最終用途の条件に依存し、これには物理的な製品形態、使用ｐＨ、使用温度、および分解または変化させるべき汚れのタイプが含まれる。酵素は、いずれか特定の使用条件セットに最適な活性および安定性をもたらすように選択できる。１観点において、本発明のポリペプチドは約４から約１２までのｐＨ範囲および約２０℃から約９５℃までの温度範囲で活性である。本発明の洗浄剤は、陽イオン性、半極性非イオン性もしくは双イオン性界面活性剤またはその混合物であってもよい。
【０４２３】
[0279]  本発明の酵素は、４．０〜１２．０のｐＨをもつ粉末洗浄剤および液体洗浄剤中に、約０．０１〜約５％（好ましくは、０．１％〜０．５％）（重量）のレベルで配合することができる。これらの洗浄剤組成物は、他の酵素、たとえば既知のプロテアーゼ類、セルラーゼ類、リパーゼ類もしくはエンドグリコシダーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ類、ならびにビルダーおよび安定剤も含有することができる。本発明の酵素を一般的な洗浄用組成物に添加しても、何ら特別な使用制限は生じない。言い換えると、その洗浄剤に適切な温度およびｐＨは、そのｐＨが前記の範囲内にありかつ温度が前記酵素の変性温度より低い限り、本発明の組成物にも適切である。さらに、本発明のポリペプチドは、同様に単独で、またはビルダーおよび安定剤との組合わせで、洗浄剤を含まない洗浄用組成物中に使用できる。
【０４２４】
[0280]  本発明は、硬質表面洗浄用の洗浄用組成物、布帛洗浄用の洗浄用組成物、皿洗い用組成物、口腔洗浄用組成物、歯磨き組成物、およびコンタクトレンズ洗浄液を含めた、洗浄剤組成物を提供する。
【０４２５】
[0281]  １観点において、本発明は、物体を洗浄するための方法であって、その物体を洗浄に十分な条件下で本発明のポリペプチドと接触させることを含む方法を提供する。本発明のポリペプチドを、洗浄剤添加剤として含有させることができる。本発明の洗浄剤組成物は、たとえば本発明のポリペプチドを含む手洗い用または機械洗濯用の洗浄剤組成物として配合できる。汚染布帛の前処理に適した洗濯用添加剤が、本発明のポリペプチドを含むことができる。布帛柔軟剤組成物が、本発明のポリペプチドを含むことができる。あるいは、本発明のポリペプチドを、一般家庭での硬質表面洗浄作業に使用するための洗浄剤組成物として配合することができる。
【０４２６】
[0282]  別の観点において、本発明の洗浄剤添加剤および洗浄剤組成物は、１種類以上の他の酵素、たとえばプロテアーゼ、リパーゼ、クチナーゼ、別のグルコシダーゼ、カルボヒドラーゼ、別のセルラーゼ、ペクチナーゼ、マンナナーゼ、アラビナーゼ、ガラクタナーゼ、キシラナーゼ、オキシダーゼ、たとえばラクターゼ、および／またはペルオキシダーゼ、および／またはグルコースオキシダーゼを含むことができる。本発明の酵素（単数または複数）の特性は選択した洗浄剤と適合するように選択され(すなわち、pH最適性、他の酵素および非酵素成分との適合性など)、酵素（単数または複数）は有効量で存在する。１観点において、本発明の酵素を用いて布帛から悪臭物質を除去する。本発明の実施に際して使用できる種々の洗浄剤添加剤およびそれらを調製する方法が、たとえばU.S. Patent No. 6,333,301; 6,329,333; 6,326,341; 6,297,038; 6,309,871; 6,204,232; 6,197,070; 5,856,164に記載されている。
【０４２７】
[0283]  別態様において、本発明の洗浄剤および関連方法は、たとえば下記の他の酵素のいずれかの組合わせの使用も含むことができる：トリプトファナーゼ類もしくはチロシンデカルボキシラーゼ類、ラッカーゼ類、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド-ベータ-1,4-ラッカーゼ類，アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、他のセロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ類。
【０４２８】
6.32.布帛および編織物の処理
[0284]  別態様において、本発明は、１種類以上の本発明のポリペプチドを用いて布帛および編織物を処理する方法を提供する。本発明のポリペプチドは、当技術分野で周知であるいずれかの布帛処理方法に使用できる；たとえば、 U.S. Patent No. 6,077,316を参照。たとえば、１観点において、布帛の感触および外観が、その布帛を溶液中の本発明の酵素と接触させることを含む方法によって改善される。１観点において、布帛を加圧下に溶液で処理する。
【０４２９】
[0285]  １観点において、本発明の酵素は、編織物製織の途中もしくは後、または糊抜き段階中、または１以上の追加の布帛処理段階で付与される。編織物製織の途中、糸はかなりの機械的ひずみを受ける。織機で織る前に、たて糸は、それらの引張り強さを高めて破断を防ぐために、しばしば糊付け用のデンプンまたはデンプン誘導体でコートされる。本発明の酵素は、これらの糊付け用のデンプンまたはデンプン誘導体を除去するために適用できる。編織物が製織された後、布帛を糊抜き段階に進めることができる。これに続いて１以上の追加の布帛処理段階が行なわれる。糊抜きは糊を編織物から除去する作業である。製織の後、布帛をさらに処理する前に、均一な耐洗濯性が得られるのを確実にするために糊コーティングを除去しなければならない。本発明は、本発明の酵素の作用により糊を酵素加水分解することを含む、糊抜き方法を提供する。
【０４３０】
[0286]  本発明の酵素は、木綿含有布帛を含めた布帛を糊抜きするために、洗浄剤添加剤として、たとえば水性組成物中に使用できる。本発明は、インディゴ染色したデニム布地および衣料品に、ストーンウォッシュした(stonewashed)外観を作る方法を提供する。衣類を製造するために、布帛を切断および縫製して衣類または衣料品にし、それを後に仕上げ処理することができる。特にデニムジーンズの製造のために、種々の酵素仕上げ方法が開発された。デニム衣料品の仕上げは、普通は酵素による糊抜き段階で始まり、その途中で、布帛に柔軟性を付与して木綿がその後の酵素による仕上げ段階を受けやすいようにするために、衣料品にアミロース分解酵素の作用を施す。本発明は、本発明の酵素を用いてデニム衣料品を仕上げ処理し（たとえば、“バイオストーニング(bio-stoning)プロセス”）、酵素により糊抜きし、布帛に柔軟性を付与する方法を提供する。本発明は、糊抜きおよび／または仕上げプロセスでデニム衣料品を迅速に柔軟処理するための方法を提供する。本発明はまた、本発明の酵素を含む殺菌剤を提供する。
【０４３１】
[0287]  本発明の布帛または編織物処理プロセスは、たとえば下記の他の酵素のいずれかの組合わせの使用も含むことができる：トリプトファナーゼ類もしくはチロシンデカルボキシラーゼ類、ラッカーゼ類、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド−ベータ−１，４−ラッカーゼ類、アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、他のセロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ類。
【０４３２】
6.33.紙またはパルプの処理
[0288]  別態様において、本発明の酵素は紙もしくはパルプ処理または紙の脱インク処理が可能である。たとえば、１観点において、本発明は、本発明の酵素を用いる紙処理方法を提供する。１観点において、本発明の酵素を用いて紙中のデンプンを改質し、これによりそれを液化形態に変換できる。他の観点において、リサイクル写真複写紙の紙成分が化学薬品および酵素による脱インク処理に際して。別態様において、本発明の酵素は他の酵素と組み合わせて使用でき、これには他のセルラーゼが含まれる（他のエンドグルカナーゼ類、セロビオヒドロラーゼ類および／またはベータ−グルコシダーゼ類を含む)。木材、木屑、紙、紙製品またはパルプを下記の３プロセスにより処理できる: 1)本発明の酵素の存在下での離解、2)脱インク用化学薬品および本発明の酵素と共に離解、ならびに／あるいは3)本発明の酵素と共に浸漬した後に離解。本発明の酵素で処理したリサイクル紙は、トナー粒子が除去されるため、セルラーゼのみで処理した紙より高い白色度をもつことができる。本発明がいずれか特定の機序によって限定されることはないが、本発明の酵素の効果はパルプ懸濁液中における界面活性剤としてのその挙動による可能性がある。
【０４３３】
[0289]  別態様において、本発明は、１種類以上の本発明のポリペプチドを用いて紙および紙パルプを処理する方法を提供する。本発明のポリペプチドを、当技術分野で周知であるいずれかの紙またはパルプ処理方法に使用できる；たとえば、U.S. Patent No. 6,241,849; 6,066,233; 5,582,681を参照。たとえば、１観点において、本発明は、色素を含む印刷紙を脱インクおよび脱色するための方法であって、印刷紙をパルプ化してパルプスラリーを得て、本発明の酵素の存在下で（他の酵素を添加してもよい）そのパルプスラリーからインクを取り除くことを含む方法を提供する。他の観点において、本発明は、本発明の酵素を含む（他の酵素、たとえばペクチナーゼ酵素を含有してもよい）酵素混合物をパルプに添加し、酵素処理パルプを生成する反応が起きる条件下で処理することにより、パルプ、たとえば二次繊維から製造したパルプのフリーネスを高めるための方法を提供する。酵素処理パルプのフリーネスは、白色度が失われることなく、最初の二次繊維パルプのフリーネスより増大する。
【０４３４】
[0290]  別態様において、本発明の紙、木材、木屑、またはパルプの処理もしくはリサイクルプロセスは、たとえば下記の他の酵素のいずれかの組合わせの使用を含むことができる：トリプトファナーゼ類もしくはチロシンデカルボキシラーゼ類、ラッカーゼ類、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド-ベータ-1,4-ラッカーゼ類、アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、他のセロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ。
【０４３５】
6.34.再パルプ化：リグノセルロース材料の処理
[0291]  別態様において、本発明はまた、リグノセルロース繊維の処理のための方法を提供し、その際、繊維特性を改善するのに効率的な量の本発明のポリペプチドで繊維を処理する。本発明の酵素は、デンプン強化した古紙および厚紙からリグノセルロース材料、たとえばパルプ、紙および厚紙を製造またはリサイクルする際にも使用でき、特にその際、再パルプ化またはリサイクリングは７を超えるｐＨで行なわれ、その際、本発明の酵素は強化用デンプンの分解によって廃棄材料の離解を容易にすることができる。本発明の酵素は、デンプンコートした印刷紙から製紙用パルプを製造するプロセスに使用できる。このプロセスは、たとえばWO 95/14807に記載されるように実施できる。代表的プロセスは、紙を離解してパルプを製造すること、離解の前、途中または後にデンプン分解酵素で処理すること、および離解および酵素処理の後にインク粒子をパルプから分離することを含む。U.S. Patent No. 6,309,871およびここに引用した他の米国特許も参照されたい。したがって本発明は、リサイクル紙パルプの酵素脱インクのための方法を含み、その際、ポリペプチドは繊維表面の効果的な脱インクに効率的な量で適用される。
【０４３６】
6.35.醸造および発酵
[0292]  本発明は、本発明の酵素を含む、ビールの醸造（たとえば、発酵）方法を提供する。代表的な１方法において、デンプンを含有する原料を砕壊および処理して麦芽を調製する。本発明の酵素は、発酵プロセスのいずれかの時点で用いられる。たとえば、本発明の酵素はオオムギ麦芽の処理に際して使用できる。ビール醸造の主原料はオオムギ麦芽である。これは３段階プロセスであってもよい。第１に、たとえば約４０％にまで含水率を高めるために、オオムギ穀粒を浸漬することができる。第２に、穀粒を１５〜２５℃で３〜６日間の保温により発芽させることができ、その際、ジベレリン類の制御下で酵素合成が刺激される。この間に酵素レベルが著しく高まる。１観点において、本発明の酵素をこの（または他の）プロセス段階で添加する。酵素作用の結果、発酵性還元糖が増加する。これを糖化力(diastatic power)、ＤＰとして表わすことができ、これを１２℃で５日間に約８０から１９０に上昇させることができる。
【０４３７】
[0293]  本発明の酵素は、たとえばU.S. Patent No. 5,762,991; 5,536,650; 5,405,624; 5,021,246; 4,788,066に記載されるいずれかのビール製造プロセスに使用できる。
6.36.地下層(subterranean formation)からの産出流体(production fluid)の流れの増大
[0294]  別態様において、本発明は、本発明の酵素を用いて、産出操作中に形成されるデンプンを含有する粘稠な有害流体を除去することにより、地下層からの産出流体の流れを増大させるための方法を提供する；これらの流体は完成した井孔(well bore)を囲む地下層内にみられる可能性がある。別態様において、その結果、産出流体は井孔から流出できるようになる。この本発明方法は、有害流体が層からの産出流体の流れを予想より低い流速に低下させる問題にも対処する。
【０４３８】
[0295]  別態様において、本発明は下記を提供する：水性流体と本発明のポリペプチドを互いにブレンドすることにより（本発明の酵素を用いて）酵素処理剤を配合すること；この酵素処理剤を井孔内の目的位置へ送り込むこと；酵素処理剤にデンプンを含有する粘稠な有害流体を分解させること、これによりその流体を地下層から井孔表面へ取り出すことができる；その際、酵素処理剤はデンプン含有流体中のアルファグルコシド結合を攻撃するのに有効である。
【０４３９】
[0296]  別態様において、本発明の地下層酵素処理方法は、たとえば下記の他の酵素のいずれかの組合わせの使用をも含むことができる：トリプトファナーゼ類もしくはチロシンデカルボキシラーゼ類、ラッカーゼ類、カタラーゼ類、ラッカーゼ類、他のセルラーゼ類、エンドグリコシダーゼ類、エンド−ベータ−１，４−ラッカーゼ類、アミログルコシダーゼ類、他のグルコシダーゼ類、グルコースイソメラーゼ類、グリコシルトランスフェラーゼ類、リパーゼ類、ホスホリパーゼ類、リポオキシゲナーゼ類、ベータ−ラッカーゼ類、エンド−ベータ−１，３（４）−ラッカーゼ類、クチナーゼ類、ペルオキシダーゼ類、アミラーゼ類、グルコアミラーゼ類、ペクチナーゼ類、レダクターゼ類、オキシダーゼ類、デカルボキシラーゼ類、フェノールオキシダーゼ類、リグニナーゼ類、プルラナーゼ類、アラビナナーゼ類、ヘミセルラーゼ類、マンナナーゼ類、キシロラッカーゼ類、キシラナーゼ類、ペクチンアセチルエステラーゼ類、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ類、プロテアーゼ類、ペプチダーゼ類、プロテイナーゼ類、ポリガラクツロナーゼ類、ラムノガラクツロナーゼ類、ガラクタナーゼ類、ペクチンリアーゼ類、トランスグルタミナーゼ類、ペクチンメチルエステラーゼ類、他のセロビオヒドロラーゼ類、および／またはグルコースオキシダーゼ。
【０４４０】
6.37.医薬組成物および食事サプリメント
[0297]  別態様において、本発明はまた、本発明のポリペプチド、たとえばセルラーゼを含む医薬組成物および食事サプリメント（たとえば、食事補助剤）を提供する。別態様において、セルラーゼ活性はエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ活性を含む。１観点において、医薬組成物および食事サプリメント（たとえば、食事補助剤）は経口摂取用に、たとえばセルロースまたはリグノセルロース成分含量の高い食品および飼料の消化性を改善するために、配合される。
【０４４１】
[0298]  別態様において、歯周処置用配合物が本発明の酵素を含むことができる；たとえば、U.S. patent no. 6,776,979に記載。多酸性消化管症候群の治療または予防のための組成物および方法が本発明の酵素を含むことができる；たとえば、U.S. patent no. 6,468,964に記載。
【０４４２】
[0299]  別態様において、創傷包帯、インプラントなどが、抗微生物（たとえば、抗生物質作用）酵素を含み、これには本発明の酵素（たとえば、本発明の代表的な配列を含む）が含まれる。本発明の酵素は、アルギン酸塩包帯、抗微生物性保護包帯、火傷包帯、圧迫包帯、診断具、ゲル包帯、ヒドロ選択包帯(hydro-selective dressing)、ヒドロセル（フォーム）包帯(hydrocellular (foam) dressing)、ヒドロコロイド包帯、Ｉ．Ｖ包帯、切開ドレープ(incise drape)、低粘着性包帯、吸臭包帯、ペースト包帯、術後包帯、瘢痕管理、スキンケア、透明フィルム包帯、および／または創傷縫合にも使用できる。本発明の酵素は、創傷洗浄、創傷床調製に際して、圧迫潰瘍、足潰瘍、火傷、糖尿病性足潰瘍、瘢痕、ＩＶ固定、外科創傷および微小創傷の処置に使用できる。本発明の酵素は、無菌の創面清拭用酵素組成物、たとえば軟膏剤中に使用できる。種々の観点において、セルラーゼは錠剤、ゲル剤、丸剤、インプラント、液剤、スプレー剤、散剤、食品、飼料ペレットとして、またはカプセル封入配合物として配合される。
【０４４３】
6.38.生物防御用途
[0300]  他の観点において、本発明のポリペプチド、酵素および抗体（セルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼ活性をもつポリペプチドを含めて、リグノセルロース活性をもつ酵素を含む）を生物防御に使用できる；たとえば、本発明のポリペプチドによる加水分解を受けやすいリグノセルロース系物質またはいずれかの生体ポリマーを含む胞子または微生物、たとえば細菌、真菌、酵母などの破壊のため。リグノセルロース活性をもつ酵素を含めた本発明の酵素および抗体を生物防御用途に使用することは、それらが、現在未知のまた将来の生物学的攻撃物質に対してきわめて迅速に製造および／または開発されうるという点で、著しい有益性をもたらす。さらに、セルラーゼ活性などをもつポリペプチドを含めてリグノセルロース活性をもつ酵素を、衣類または個体を含めて汚染した環境または物質の除染のために使用できる。したがって、ある観点において、本発明は、セルラーゼ活性などをもつポリペプチドを含めたリグノセルロース活性をもつポリペプチドを含む、生物防御剤もしくは生物解毒剤（単数または複数）または消毒剤、ならびにそれらを調製および使用する方法を提供する；その際、ポリペプチドは本発明の配列（たとえば、本発明の代表的配列を含む）または本発明の核酸（たとえば、本発明の代表的配列を含む）によりコードされるポリペプチドを含む。
【実施例】
【０４４４】
7.実施例
実施例１：
[0301]  この実施例は、本発明の酵素を遺伝子工学的に操作するための代表的プロトコルを記載する。操作した、または“最適化した”本発明の酵素は、バイオマス（たとえば、バガス）を単糖類、燃料および／または化学物質その他の有用製品に変換する際に使用できる；たとえば石油系製品に対する有効かつ持続性の代替品を作成するため。操作した、または“最適化した”本発明の酵素は、天然バイオマス変換を伴う化学的サイクルにそれを関与させるために、生物（たとえば微生物、たとえば細菌または真菌）において発現させることができる。１観点において、この操作した、または“最適化した”本発明の酵素は、セルロース系およびヘミセルロース系ポリマーを効率的に解重合して代謝可能な炭素部分にするのための“酵素アンサンブル”に使用できる。前記で考察したように、本発明は、これらの重要な新規“バイオマス変換”および代替エネルギー産業プロセスを可能にするために最も有効な酵素を見出して供給する方法を提供する。進化技術、たとえばGene Site Saturation Mutagenesis (またはGSSM)技術(前記で考察したもの；U.S. Patent No. 6,171,820および6,579,258も参照)、GeneReassembly技術(前記で考察したもの；たとえば、U.S. Patent No. 6,537,776も参照)、またはTailored Multi-Site Combinatorial AssemblySM (TMCASM)技術(前記で考察したもの；たとえば、PCT Publication Number WO 2009/018449も参照)は、リグノセルロース系バイオマス材料(たとえば、セルラーゼ)を還元(たとえば、加水分解)して単糖類(たとえば、グルコース)、セロビオヒドロラーゼおよび他の炭水化物にするための酵素成分を探索および最適化するために使用できる。
【０４４５】
[0302]  １態様において、Verenium Corporation’s GIGAMATRIX(登録商標)ハイスループットス発現クリーニングプラットホーム(前記で考察)を用いて酵素を探索するためのスクリーニング法を供給し、メチルウンベリフェリルセロビオシド、メチルウンベリフェリルラクトシド（ＭＵＬ）、リン酸膨潤セルロース（ＰＡＳＣ）またはバガス（たとえば、前処理バガス）を基質として用いて、酵素を同定すること、たとえばセロビオヒドロラーゼを同定することができる。
【０４４６】
[0303]  １観点において、Gene Site Saturation Mutagenesis (またはＧＳＳＭ）技術を用いて、ある酵素を最適化のための候補として選択できる。１態様において、ＧＳＳＭ進化を実施する前に、シグナル配列が存在する場合にはそれを除去し、開始メチオニンを付加することができる。前記で考察したように、ＧＳＳＭ技術はタンパク質中のすべてのアミノ酸を他の１９のアミノ酸に連続的に迅速に変異させることができる。ファイバーベースのアッセイ(fiber-based assay)を用いて変異体をスクリーニングし、単一アミノ酸変化を示す潜在的なアップミュータント(upmutant)を同定することができる。これらのアップミュータントを、アップミュータントの組合わせである新たなライブラリーに組み入れることができる。このライブラリーをスクリーニングして、商業化のための幾つかの候補酵素を同定することができる。
【０４４７】
[0304]  GeneReassembly技術またはTailored Multi-Site Combinatorial Assembly技術を用いて、目的とする活性または形質を備えた酵素を構築するために、ＧＳＳＭアップミュータント（酵素をコードする配列バリアント）を“ブレンド”する（最適結果を得るために互いに混和する）ことができる。得られた酵素を次いでスクリーニングして、目的とする最良の活性または形質（たとえば、耐熱性）を備えた候補（単数または複数）を同定することができる。
【０４４８】
実施例２：
[0305]  本発明のバリアントＣＢＨＩ酵素は、ＧＳＳＭ技術（前記）を用いて作成し（たとえば、表１および３のバリアントを参照）、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３３によりコードされる）を野生型（親）として用いて作成した。この親遺伝子をｐＤＣ−Ａ２ベクターに挿入し、ＧＳＳＭ技術を用いてバリアントを作成した。ライブラリーを大腸菌Ｓｔｂｌ２に形質転換し、配列決定し、次いで真菌の形質転換のためにアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)に伝達した。
【０４４９】
[0306]  本発明のエントリー部位バリアントおよび点変異体組換えバリアント(たとえば、表5のバリアントを参照)は、個々の変異をTailored Multi- Site Combinatorial Assemble (前記)を用いて組み合わせることにより作成した。親遺伝子をｐＤＣ−Ａ２ベクターに挿入し、ＧＳＳＭ技術を用いてバリアントを作成した。ライブラリーを大腸菌Ｓｔｂｌ２に形質転換し、配列決定し、次いで真菌の形質転換のためにアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)に伝達した。
【０４５０】
[0307]  Loop GeneReassemblyライブラリー中の本発明のＣＢＨＩバリアント（表５を参照）は、GeneReassembly技術(前記)を用いて作成し、ＰＣＲ生成物および／またはオリゴ体の“リキッドライゲーション(liquid ligation)、続いてｐＤＣ−Ａ２ベクター内へのライゲーションによりバリアントを作成した。このライブラリーを大腸菌ＸＬ１−Ｂｌｕｅに形質転換し、配列決定し、次いで真菌の形質転換のためにアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)に伝達した。
【０４５１】
[0308]  本発明のCBHバリアントを作成するために用いたｐＤＣ−Ａ２ベクターは、ベクターｐＧＢＦｉｎ−５(たとえば、U.S. Pat. No. 7,220,542に記載)の再構築体であり、これはベクターの全サイズを縮小するために改造した。ｐＧＢＦｉｎ−５の２．１ｋｂの３’Ｇｌａ領域を０．５４ｋｂに縮小し、ｇｐｄプロモーターは同じままであるが、２．２４ｋｂのａｍｄＳ配列はハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼをコードする１．０２ｋｂのｈｙｇＢ遺伝子で交換した。ｐＧＢＦｉｎ−５の２．３ｋｂの３’Ｇｌａ領域を元の配列の５’末端である１．１ｋｂフラグメントに縮小した。ｐＤＣ−Ａ２に対する大腸菌レプリコンをｐＵＣ１８から採った。
【０４５２】
[0309]  このベクターを大腸菌Ｓｔｂｌ２または大腸菌ＸＬ１−Ｂｌｕｅに形質転換した後、個々の大腸菌形質転換体を９６ウェルプレートへ移し、ウェル当たり２００μｌのＬＢ＋アンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）中での液体培養により３０℃で一晩、増殖させた。次いでこれらの細胞を用いて、コロニーＰＣＲによる配列決定反応のための鋳型を作成した。クローンのライブラリーからの配列データを分析して、ＣＢＨＩのユニークバリアントを同定した。選択したバリアントを含む大腸菌形質転換体を、次いで９６ウェルフォーマットに再配置し、これを用いて全発現カセットの線状ＤＮＡ（大腸菌レプリコンを除いたｐＤＣ−Ａ２の内容物）を、３’および３”Ｇｌａ領域の末端にハイブリダイズするプライマーを用いてＰＣＲにより作成した。次いで各クローンからの約１μｇのＰＣＲ生成物を用いて、アスペルギルス・ニガーのプロトプラストを９６ウェルプレートの１ウェル内で（すなわち、ウェル当たり１クローン）ＰＥＧ−仲介形質転換により形質転換した。形質転換体を再生寒天（ウェル当たり２００μｌのＰＤＡ＋ショ糖３４０ｇ／ｌおよびハイグロマイシン２００μｇ／ｍｌ）上で同じ９６−ウェルフォーマットにおいて選択した。３０℃で７日間のインキュベーション後、ＰＤＡ＋ハイグロマイシン（２００μｇ／ｍｌ）を収容した９６ウェルプレートへ、ピンツール(pintool)を用いて形質転換体を複写した。３０℃でさらに７日間のインキュベーション後、各ウェルからの胞子を、９６ウェルプレートのウェル当たり２００μｌの液体培地への接種に用いた。プレートを３０℃で７日間インキュベートし、分泌されたＣＢＨバリアントを含む各ウェルからの上清を回収した。
【０４５３】
[0310]  バリアントを含む発現構築体で形質転換したアスペルギルスを増殖させるのに用いた培地は、下記の組成を有した：ＮａＮＯ３，３．０ｇ／ｌ；ＫＣｌ，０．２６ｇ／ｌ；ＫＨ２ＰＯ４，０．７６ｇ／ｌ；４Ｍ  ＫＯＨ，０．５６ｍｌ／ｌ；Ｄ−グルコース，５．０ｇ／ｌ；カザミノ酸，０．５ｇ／ｌ；微量元素溶液０．５ｍｌ／ｌ；ビタミン溶液５ｍｌ／ｌ；ペニシリン−ストレプトマイシン溶液（それぞれ１０，０００Ｕ／ｍｌおよび１０，０００μｇ／ｍｌ）５．０ｍｌ／ｌ；マルトース，６６．０ｇ／ｌ；Ｓｏｙｔｏｎｅ，２６．４ｇ／ｌ；（ＮＨ４）２ＳＯ４，６．６ｇ／ｌ；ＮａＨ２ＰＯ４．Ｈ２Ｏ，０．４４ｇ／ｌ；ＭｇＳＯ４．７Ｈ２Ｏ，０．４４ｇ／ｌ；アルギニン，０．４４ｇ／ｌ；Ｔｗｅｅｎ−８０，０．０３５ｍｌ／ｌ；プレウロン酸(Pleuronic Acid)消泡剤，０．００８８ｍｌ／ｌ；ＭＥＳ，１８．０ｇ／ｌ。微量元素溶液は下記の組成を有した；１００ｍｌ中：ＺｎＳＯ４．７Ｈ２Ｏ，２．２ｇ；Ｈ３ＢＯ３，１．１ｇ；ＦｅＳＯ４．７Ｈ２Ｏ，０．５ｇ；ＣｏＣｌ２．６Ｈ２Ｏ，０．１７ｇ；ＣｕＳＯ４．５Ｈ２Ｏ，０．１６；ＭｎＣｌ２．４Ｈ２Ｏ，０．５ｇ／ｌ；ＮａＭｏＯ４．２Ｈ２Ｏ，０．１５ｇ／ｌ；ＥＤＴＡ，５ｇ／ｌ。ビタミン溶液は下記の組成を有した；５００ｍｌ中：リボフラビン，１００ｍｇ；チアミン．ＨＣｌ，１００ｍｇ；ニコチンアミド，１００ｍｇ；ピリドキシン．ＨＣｌ，５０ｍｇ；パントテン酸，１０ｍｇ；ビオチン０．２ｍｇ。
【０４５４】
実施例３：
[0311]  表１および５に示したＣＢＨＩバリアントを下記の条件下でアッセイした：
５％  ｗ／ｖの前処理済みバガス（６２．０７％のセルロース）
３５℃、３００ｒｐｍで振とう，２ＢＢ／ｒｘｎ
ｐＨ５．２
１ｍＭ  アジ化ナトリウム
全体積５ｍｌ
酵素投与の概要：
【０４５５】
【表３】
2014502144.tif 000010
【０４５６】
時点：Ｔ＝０，４８時間
時点（点変異組換え体につき）：Ｔ＝０，７２時間
野生型に対する改善率％＝（バリアントの変換率％−野生型の変換率％）／野生型の変換率％
これらのアッセイの結果を表２および６に示す；
表３に示すＣＢＨＩバリアントを下記の条件下でアッセイした：
試料を２２Ｃ、６０Ｃ、６５Ｃ、７０Ｃ、７５Ｃおよび８０Ｃで２０分間、熱曝露した。熱曝露後、試料を氷上で冷却した。残留活性をＭＵＬについて２２Ｃで決定した；
残留活性％についての計算：
残留活性％＝熱曝露した試料の活性／熱曝露しなかった試料の活性（２２Ｃ）
すべての残留活性を親の残留活性から独立して計算した。融解温度を示差走査熱量測定により５００〜７００μｇ／ｍＬの脱ガス試料を用いて決定した；
これらのアッセイの結果を表４に示す。
【０４５７】
実施例４：
[0312]  親（野生型）ＣＢＨＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３３によりコードされるＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）およびバリアントＣＢＨＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３５によりコードされるＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３６）をアッセイして、それらのセロビオース（生産物）阻害を決定した。
【０４５８】
[0313]  １アッセイにおいて、メチルウンベリフェリルラクトシド（ＭＵＬ）を基質として用いてセロビオース阻害を測定した。ＩＣ５０、すなわちセロビオースの半最大阻害濃度を決定した。野生型ＣＢＨＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）は０．０６ｇ／ＬのＩＣ５０をもち、一方、ＣＢＨＩ変異体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３６）はセロビオース０．２５ｇ／Ｌまで阻害を示さなかった。
【０４５９】
[0314]  別のアッセイで、０．１％リン酸膨潤セルロース（ＰＡＳＣ）を基質として用いてセロビオース阻害を測定した。ＣＢＨＩをＰＡＳＣおよびＣａｌｃｏｆｌｕｏｒ（セルロース鎖の間に挿入され、セルロースに結合すると蛍光を発する）と共に３５℃で２時間、インキュベートした。ＩＣ５０を測定した。野生型ＣＢＨＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）は２．２ｇ／ＬのＩＣ５０をもち、一方、ＣＢＨＩ変異体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３６）はセロビオース２５ｇ／Ｌまで阻害を示さなかった。
【０４６０】
[0315]  別のアッセイで、バガス（２００ｍＭ  ＭＥＳ緩衝液，ｐＨ６中、固形分１２％）を基質として用いる糖化アッセイでセロビオース阻害を測定した。５％  ｗ／ｖの前処理済みバガスを４ｍｇ／ｇのＣＢＨＩと共に３５℃、２０ＲＰＭでハイブリダイゼーションオーブン内においてインキュベートした。野生型ＣＢＨＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３４）の活性はＣＢＨＩ変異体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３６）のものより高かったが、変異体の活性はセロビオースの存在（ベータ−グルコシダーゼを添加しない場合、またはグルコノラクトンを添加した場合のいずれかで）により受ける影響がより少なかった。４８時間目に、野生型ＣＢＨＩの活性はベータ−グルコシダーゼを添加しない場合に６０％低下し、これに対し、ＣＢＨＩ変異体の活性はベータ−グルコシダーゼを添加した場合に２２％低下したにすぎない。７２時間目に、野生型ＣＢＨＩの活性はベータ−グルコシダーゼを添加した場合に５０％低下し、これに対し、ＣＢＨＩ変異体の活性はベータ−グルコシダーゼを添加した場合に１４％低下したにすぎない。
【０４６１】
[0316]  本明細書に提示する多数の態様を記載した。ただし、本明細書に提示する精神および範囲から逸脱することなく多様な改変をなしうることは理解されるであろう。したがって、他の態様が特許請求の範囲に含まれる。
【０４６２】
【表４−１】
2014502144.tif 000011
【０４６３】
【表４−２】
2014502144.tif 000012
【０４６４】
【表４−３】
2014502144.tif 000013
【０４６５】
【表４−４】
2014502144.tif 000014
【０４６６】
【表４−５】
2014502144.tif 000015
【０４６７】
【表４−６】
2014502144.tif 000016
【０４６８】
【表４−７】
2014502144.tif 000017
【０４６９】
【表４−８】
2014502144.tif 000018
【０４７０】
【表４−９】
2014502144.tif 000019
【０４７１】
【表４−１０】
2014502144.tif 000020
【０４７２】
【表４−１１】
2014502144.tif 000021
【０４７３】
【表４−１２】
2014502144.tif 000022
【０４７４】
【表４−１３】
2014502144.tif 000023
【０４７５】
【表４−１４】
2014502144.tif 000024
【０４７６】
【表４−１５】
2014502144.tif 000025
【０４７７】
【表４−１６】
2014502144.tif 000026
【０４７８】
【表４−１７】
2014502144.tif 000027
【０４７９】
【表４−１８】
2014502144.tif 000028
【０４８０】
【表４−１９】
2014502144.tif 000029
【０４８１】
【表４−２０】
2014502144.tif 000030
【０４８２】
【表４−２１】
2014502144.tif 000031
【０４８３】
【表４−２２】
2014502144.tif 000032
【０４８４】
【表４−２３】
2014502144.tif 000033
【０４８５】
【表４−２４】
2014502144.tif 000034
【０４８６】
【表４−２５】
2014502144.tif 000035
【０４８７】
【表４−２６】
2014502144.tif 000036
【０４８８】
【表４−２７】
2014502144.tif 000037
【０４８９】
【表４−２８】
2014502144.tif 000038
【０４９０】
【表４−２９】
2014502144.tif 000039
【０４９１】
【表４−３０】
2014502144.tif 000040
【０４９２】
【表５】
2014502144.tif 000041
【０４９３】
【表６−１】
2014502144.tif 000042
【０４９４】
【表６−２】
2014502144.tif 000043
【０４９５】
【表６−３】
2014502144.tif 000044
【０４９６】
【表６−４】
2014502144.tif 000045
【０４９７】
【表６−５】
2014502144.tif 000046
【０４９８】
【表６−６】
2014502144.tif 000047
【０４９９】
【表６−７】
2014502144.tif 000048
【０５００】
【表６−８】
2014502144.tif 000049
【０５０１】
【表６−９】
2014502144.tif 000050
【０５０２】
【表６−１０】
2014502144.tif 000051
【０５０３】
【表６−１１】
2014502144.tif 000052
【０５０４】
【表６−１２】
2014502144.tif 000053
【０５０５】
【表６−１３】
2014502144.tif 000054
【０５０６】
【表６−１４】
2014502144.tif 000055
【０５０７】
【表６−１５】
2014502144.tif 000056
【０５０８】
【表６−１６】
2014502144.tif 000057
【０５０９】
【表６−１７】
2014502144.tif 000058
【０５１０】
【表７】
2014502144.tif 000059
【０５１１】
【表８−１】
2014502144.tif 000060
【０５１２】
【表８−２】
2014502144.tif 000061
【０５１３】
【表８−３】
2014502144.tif 000062
【０５１４】
【表８−４】
2014502144.tif 000063
【０５１５】
【表８−５】
2014502144.tif 000064
【０５１６】
【表８−６】
2014502144.tif 000065
【０５１７】
【表８−７】
2014502144.tif 000066
【０５１８】
【表８−８】
2014502144.tif 000067
【０５１９】
【表８−９】
2014502144.tif 000068
【０５２０】
【表８−１０】
2014502144.tif 000069
【０５２１】
【表８−１１】
2014502144.tif 000070
【０５２２】
【表８−１２】
2014502144.tif 000071
【０５２３】
【表８−１３】
2014502144.tif 000072
【０５２４】
【表８−１４】
2014502144.tif 000073
【０５２５】
【表８−１５】
2014502144.tif 000074
【０５２６】
【表８−１６】
2014502144.tif 000075
【０５２７】
【表８−１７】
2014502144.tif 000076
【０５２８】
【表８−１８】
2014502144.tif 000077
【０５２９】
【表８−１９】
2014502144.tif 000078
【０５３０】
【表８−２０】
2014502144.tif 000079
【０５３１】
【表８−２１】
2014502144.tif 000080
【０５３２】
【表９】
2014502144.tif 000081
【０５３３】
[0317]  本発明をさらに下記の番号付きパラグラフの態様により記載する。大部分の態様はＣＢＨ  Ｉポリペプチド、ＣＢＨ  Ｉ核酸、およびそれらの使用に関する。ＣＢＨ  Ｉポリペプチドは、好ましくはＢＤ２９５５５と対比して改善された特性、たとえば改善された活性、耐熱性または生産物阻害を備えたバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドである。これらのポリペプチドは、好ましくは表Ａおよび概要に記載する１以上の置換（または置換の組合わせ）を含む。これらの核酸は、好ましくはそのようなバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドをコードし、使用（たとえば、燃料の製造方法）にも本明細書に記載するバリアントＣＢＨ  Ｉポリペプチドを用いる。
【０５３４】
１．下記を含む単離された、合成された、または組換え型の核酸：
(a)下記の配列に対して少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくはそれ以上の、または完全な(100%)配列同一性をもつ核酸配列（ポリヌクレオチド）：SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, および／またはSEQ ID NO:135の、少なくとも約20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150以上の残基の領域、またはｃＤＮＡ、転写物（ｍＲＮＡ）もしくは遺伝子の全長、
その際、場合により、その核酸（ポリヌクレオチド）は、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードするか、あるいは下記の配列に特異的に結合する抗体を産生できるポリペプチドもしくはペプチドおよび／またはその酵素活性サブ配列（フラグメント）をコードする：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132 and/or SEQ ID NO:134、
その際、場合により、リグノセルロース活性はセルラーゼ、セルロース分解活性またはセロビオヒドロラーゼ活性を含み、
場合により、配列同一性は、配列比較アルゴリズムを用いる分析または視覚判定により決定され、
場合により、配列比較アルゴリズムはBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムを含み、その際、フィルタリングセッティングはblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のすべてのオプションはデフォルトに設定される;
(b)緊縮条件下で(a)の核酸にハイブリダイズする核酸配列（ポリヌクレオチド）であって、該核酸は、リグノセルロース活性をもつポリヌクレオチドをコードし、場合により、リグノセルロース活性はセルラーゼ、セルロース分解活性またはセロビオヒドロラーゼ活性をもち、
緊縮条件は０．２×ＳＳＣ中、約６５℃の温度で約１５分間の洗浄段階を含み、
場合により、核酸はその遺伝子、ｃＤＮＡもしくは転写物（ｍＲＮＡ）の少なくとも約20、30、40、50、60、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000もしくはそれ以上の残基の長さまたは全長である；
(c)SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134、および／またはSEQ ID NO:136の配列をもつポリペプチド、あるいはその酵素活性サブ配列（フラグメント）をコードする核酸配列;
(d)(a)、(b)または(c)の核酸（ポリヌクレオチド）であって、少なくとも１つの保存的アミノ酸置換をもちかつそのリグノセルロース活性を保持するポリペプチドをコードするもの、
その際、場合により、保存的アミノ酸置換はあるアミノ酸を別の同様な特性をもつアミノ酸で置換することを含み、場合により、保存的置換は下記を含む：脂肪族アミノ酸を別の脂肪族アミノ酸で置き換える；セリンをトレオニンで置き換える、またはその逆；酸性残基を別の酸性残基で置き換える；アミド基を保有する残基を、アミド基を保有する別の残基で置き換える；塩基性残基を別の塩基性残基と交換する；あるいは芳香族残基を別の芳香族残基で置き換える；
(e)(a)、(b)または(c)の核酸（ポリヌクレオチド）であって、リグノセルロース活性をもつけれどもシグナル配列、プレプロドメイン、ｄｏｃｋｅｒｉｎドメインおよび／または炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）を欠如するポリペプチドをコードするもの、
その際、場合により、炭水化物結合モジュール(CBM)はセルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナン結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール、および／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むかあるいはそれらからなる；
(f)(a)、(b)、(c)、(d)または(e)の核酸（ポリヌクレオチド）であって、リグノセルロース活性をもち、ヘテロロガス配列をさらに含むポリペプチドをコードするもの；
(g)(f)の核酸（ポリヌクレオチド）であって、ヘテロロガス配列が下記をコードする配列を含むかあるいはそれらからなるもの: (i)ヘテロロガスシグナル配列、ヘテロロガス炭水化物結合モジュール、ヘテロロガスｄｏｃｋｅｒｉｎドメイン、ヘテロロガス触媒ドメイン（ＣＤ）、またはその組合わせ; (ii)(ii)の配列であって、ヘテロロガスなシグナル配列、炭水化物結合モジュールまたは触媒ドメイン（ＣＤ）がヘテロロガスリグノセルロース酵素に由来するもの;あるいは(iii)タグ、エピトープ、標的化ペプチド、切断可能な配列、検出可能な部分または酵素;
(h)(g)の核酸（ポリヌクレオチド）であって、ヘテロロガス炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）がセルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナン結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール、および／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むかあるいはそれらからなるもの；
(i)(g)の核酸（ポリヌクレオチド）であって、ヘテロロガスシグナル配列が、コードされるタンパク質を液胞、小胞体、クロロプラストまたはデンプン顆粒へ標的化するもの;あるいは
(j)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)または(i)に対して十分（完全に）相補的な核酸配列（ポリヌクレオチド）。
【０５３５】
２．パラグラフ[0317]の単離された、合成された、または組換え型の核酸であって、リグノセルロース活性が下記を含むもの：
(a)セルラーゼ活性、セルロース分解活性もしくはセロビオヒドロラーゼ活性、またはそのいずれかの組合わせ；
(b)可溶性オリゴマーを加水分解（分解）して発酵性モノマー糖にすることを含む活性;
(c)可溶性セロオリゴ糖およびアラビノキシランオリゴマーを加水分解（分解）してモノマーにすることを含む活性；場合により、モノマーはキシロース、アラビノースおよびグルコースを含む；
(d)植物バイオマス多糖類の加水分解（分解）を触媒すること;
(e)グルカンまたはリグニンの加水分解（分解）を触媒して、より小さな分子量の多糖類またはオリゴマーもしくはモノマーを生成すること;
(f)１，４−ベータ−Ｄ−グリコシド結合の加水分解を触媒すること;
(g)エンド−１，４−ベータ−エンドセルラーゼ活性を含むエンドセルラーゼ活性;
(f)セルロース、セルロース誘導体、リケニン(lichenin)または穀類中の１，４−ベータ−Ｄ−グリコシド結合の加水分解を含む、１，４−ベータ−Ｄ−グリコシド結合加水分解活性；その際、場合により、セルロース誘導体はカルボキシメチルセルロースまたはヒドロキシエチルセルロースを含み、あるいは穀類はベータ−Ｄ−グルカンまたはキシログルカンを含む；
(g)グルカナーゼ結合の加水分解を触媒すること;
(h)β−１，４−および／またはβ−１，３−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒すること;
(i)エンド-グルカン結合の加水分解を触媒すること;
(j)エンド−１，４−ベータ−Ｄ−グルカン  ４−グルカノヒドロラーゼ活性の加水分解を触媒すること;
(k)内部エンド−β−１，４−グルカナーゼ結合および／またはβ−１，３−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒すること;
(l)内部β−１，３−グルコシド結合の加水分解を触媒すること;
(m)グルコピラノースを含む多糖類の加水分解を触媒すること;
(n)１，４−β−グリコシド結合したＤ−グルコピラノースを含む多糖類の加水分解を触媒すること;
(o)セルロース、セルロース誘導体またはヘミセルロースの加水分解を触媒すること;
(p)(o)の活性であって、セルラーゼ活性（セルロース、セルロース誘導体またはヘミセルロースの加水分解）が、下記の中のセルロースまたはセルロース誘導体の加水分解（分解）を含むもの：サトウキビバガス、トウモロコシ繊維、トウモロコシ種子繊維、木材、木屑、木材パルプ、紙パルプ、木材製品もしくは紙製品、植物バイオマス、種子を含む植物バイオマス、穀粒、塊茎、食品もしくは飼料の加工もしくは産業加工の植物廃棄物もしくは副産物、茎、穂、軸、葉茎、穀草、インディアングラスまたはスイッチグラス；
(q)飼料、食品製品または飲料中のグルカンの加水分解を触媒すること;
(r)(q)の活性であって、飼料、食品製品または飲料が穀類ベースの動物飼料、麦芽汁もしくはビール、生地、果実または野菜を含むもの；
(s)微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、またはセルロース部分を含むいずれかの植物材料中のグルカンの加水分解を触媒すること;
(t)(a)〜(s)のいずれかの活性であって、熱安定性または耐熱性である活性；
(u)(t)のいずれかの活性であって、活性が約37℃〜約95℃、または約55℃〜約85℃、または約70℃〜約75℃、または約70℃〜約95℃、または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下で安定または耐容性であり、あるいは約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、もしくは約37℃〜約95℃の範囲、96℃、97℃、98℃または99℃の温度でリグノセルロース活性を保持するもの;
(v)(t)のいずれかの活性であって、活性が37℃以上から約95℃まで、55℃以上から約85℃まで、もしくは約70℃〜約75℃、または90℃以上から約95℃までの範囲の温度に曝露された後、あるいは約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、もしくは約37℃〜約95℃の範囲、96℃、97℃、98℃または99℃の温度に曝露された後に、安定または耐容性であるもの;
(w)(a)〜(s)のいずれかの活性であって、酵素が約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5もしくはpH 4またはより酸性を含む条件下;あるいは約pH 7、pH 7.5 pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5もしくはpH 11またはより塩基性のpHを含む条件下で活性であるもの。
【０５３６】
３．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、下記を含むプローブ：
(a)パラグラフ[0317]の核酸配列（ポリヌクレオチド）の少なくとも20、30、40、50、60、75、100、125、150もしくは200またはそれ以上の連続塩基；その際、プローブは核酸を結合またはハイブリダイゼーションにより同定する;
(b)(a)のプローブであって、少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100、または約50〜150の連続塩基を含むオリゴヌクレオチドを含むプローブ;
(c)(a)または(b)のプローブであって、下記の配列の連続塩基を含むプローブ：SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, および／またはSEQ ID NO:135;
(d)(a)、(b)または(c)のプローブであって、検出可能な作用因子をさらに含むもの;あるいは
(e)(d)のプローブであって、検出可能な作用因子が放射性同位体、蛍光色素、または検出可能な生成物の形成を触媒できる酵素を含むもの。
【０５３７】
４．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー対であって、下記の増幅プライマー対：
(a)パラグラフ[0317]の核酸配列を含む核酸またはそのサブ配列を増幅できる；
(b)SEQ ID NO:1などのほぼ最初の(５’側) 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基により示される配列をもつ第１メンバー、および第１メンバーの相補鎖のほぼ最初の(５’側) 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基により示される配列をもつ第２メンバーを含む；あるいは
(c)(a)または(b)の増幅プライマー対を含み、その際、増幅プライマー対のメンバーはその配列の少なくとも約10〜50の連続塩基、またはその配列の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30もしくはそれ以上の連続塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む。
【０５３８】
５．単離された、または組換え型のリグノセルロース酵素コード核酸であって、下記を含むもの：
(a)パラグラフ４の増幅プライマー対を用いたポリヌクレオチドの増幅により作成された核酸；
(b)(a)の核酸であって、増幅がボリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によるもの;
(c)(a)の核酸であって、遺伝子ライブラリーの増幅により作成された核酸;
(d)(c)の核酸であって、遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーであるもの;
(e)(a)、(b)、(c)または(d)の核酸であって、リグノセルロース活性をもつけれどもシグナル配列、プレプロドメイン、ｄｏｃｋｅｒｉｎドメインおよび／または炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）を欠如するポリペプチドをコードするもの、
その際、場合により、炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）はセルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、セルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼモジュールを含むかあるいはそれらからなる；あるいは
(f)(a)、(b)、(c)、(d)または(e)の核酸であって、リグノセルロース活性をもち、ヘテロロガス配列をさらに含むポリペプチドをコードするもの。
【０５３９】
６．パラグラフ５の核酸によりコードされる、単離された、合成された、または組換え型のリグノセルロース酵素。
７．パラグラフ４の増幅プライマー対による鋳型核酸の増幅を含む、リグノセルロース酵素活性をもつポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【０５４０】
８．パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む核酸を含む、発現カセット。
９．パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列またはパラグラフ８の発現カセットを含む核酸配列を含むベクターであって、場合により発現ベクターまたはクローニングベクターを含むベクター。
【０５４１】
１０．パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列、パラグラフ９のベクター、またはパラグラフ８の発現カセットを含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、場合によりクローニングビヒクルがウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含み、場合により、ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含み、場合により、クローニングビヒクルが細菌人工染色体（ＢＡＣ）、プラスミド、バクテリオアァージＰ１由来ベクター（ＰＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、または哺乳動物人工染色体（ＭＡＣ）を含むもの。
【０５４２】
１１．形質転換細胞、感染細胞、形質転換細胞、または宿主細胞であって、下記を含むもの：
(a)パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列、またはパラグラフ８の発現カセット、パラグラフ９のベクター、またはパラグラフ１０のクローニングビヒクルを含む核酸；
(b)(a)の細胞であって、細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞である細胞;
(c)(b)の植物細胞であって、下記の属の植物に由来する植物細胞：ウルシ(Anacardium)、ナンキンマメ(Arachis)、アスパラガス(Asparagus)、ロウトウ(Atropa)、カラスムギ(Avena)、アブラナ(Brassica)、ミカン(Citrus)、スイカ(Citrullus)、トウガラシ(Capsicum)、ベニバナ(Carthamus)、ヤシ(Cocos)、コーヒーノキ(Coffea)、十字花(Cruciferae)、キュウリ(Cucumis)、カボチャ(Cucurbita)、ニンジン(Daucus)、アブラヤシ(Elaeis)、イチゴ(Fragaria)、ダイズ(Glycine)、ワタ(Gossypium)、ヒマワリ(Helianthus)、ワスレグサ(Heterocallis)、オオムギ(Hordeum)、ヒヨス(Hyoscyamus)、チシャ(Lactuca)、アマ(Linum)、ライグラス(Lolium)、ルピナス(Lupinus)、トマト(Lycopersicon)、リンゴ(Malus)、キャッサバ(Manihot)、マヨラナ(Majorana)、ウマゴヤシ(Medicago)、タバコ(Nicotiana)、オリーブ(Olea)、イネ(Oryza)、キビ(Panieum)、チカラシバ(Pannisetum)、ワニナシ(Persea)、インゲンマメ(Phaseolus)、ピスタシア(Pistachia)、エンドウ(Pisum)、ナシ(Pyrus)、サクラ(Prunus)、ダイコン(Raphanus)、トウゴマ(Ricinus)、ライムギ(Secale)、ハンゴンソウ(Senecio)、シロガラシ(Sinapis)、ナス(Solanum)、モロコシ(Sorghum)、カカオ(Theobromus)、レイリョウコウ(Trigonella)、コムギ(Triticum)、ソラマメ(Vicia)、ブドウ(Vitis)、ササゲ(Vigna)またはトウモロコシ(Zea);あるいは
(d)(b)の植物細胞であって、トウモロコシ植物、モロコシ植物、バレイショ植物、トマト植物、コムギ植物、脂肪種子植物、ナタネ植物、ダイズ植物、コメ植物、オオムギ植物、牧草またはタバコ植物に由来する植物細胞。
【０５４３】
１２．パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列、またはパラグラフ８の発現カセット、パラグラフ９のベクター、またはパラグラフ１０のクローニングビヒクルを含む、トランスジェニック非ヒト動物であって、場合により、マウス、ラット、ブタ、ウシまたはヤギである、トランスジェニック非ヒト動物。
【０５４４】
１３．下記を含むトランスジェニック植物：
(a)パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列、またはパラグラフ８の発現カセット、パラグラフ９のベクター、またはパラグラフ１０のクローニングビヒクル；
(b)(a)のトランスジェニック植物であって、トウモロコシ植物、モロコシ植物、バレイショ植物、トマト植物、コムギ植物、脂肪種子植物、ナタネ植物、ダイズ植物、コメ植物、オオムギ植物、牧草またはタバコ植物である植物;
(c)(a)のトランスジェニック植物であって、下記の属の植物である植物：ウルシ(Anacardium)、ナンキンマメ(Arachis)、アスパラガス(Asparagus)、ロウトウ(Atropa)、カラスムギ(Avena)、アブラナ(Brassica)、ミカン(Citrus)、スイカ(Citrullus)、トウガラシ(Capsicum)、ベニバナ(Carthamus)、ヤシ(Cocos)、コーヒーノキ(Coffea)、十字花(Cruciferae)、キュウリ(Cucumis)、カボチャ(Cucurbita)、ニンジン(Daucus)、アブラヤシ(Elaeis)、イチゴ(Fragaria)、ダイズ(Glycine)、ワタ(Gossypium)、ヒマワリ(Helianthus)、ワスレグサ(Heterocallis)、オオムギ(Hordeum)、ヒヨス(Hyoscyamus)、チシャ(Lactuca)、アマ(Linum)、ライグラス(Lolium)、ルピナス(Lupinus)、トマト(Lycopersicon)、リンゴ(Malus)、キャッサバ(Manihot)、マヨラナ(Majorana)、ウマゴヤシ(Medicago)、タバコ(Nicotiana)、オリーブ(Olea)、イネ(Oryza)、キビ(Panieum)、チカラシバ(Pannisetum)、ワニナシ(Persea)、インゲンマメ(Phaseolus)、ピスタシア(Pistachia)、エンドウ(Pisum)、ナシ(Pyrus)、サクラ(Prunus)、ダイコン(Raphanus)、トウゴマ(Ricinus)、ライムギ(Secale)、ハンゴンソウ(Senecio)、シロガラシ(Sinapis)、ナス(Solanum)、モロコシ(Sorghum)、カカオ(Theobromus)、レイリョウコウ(Trigonella)、コムギ(Triticum)、ソラマメ(Vicia)、ブドウ(Vitis)、ササゲ(Vigna)またはトウモロコシ(Zea)。
【０５４５】
１４．下記を含むトランスジェニック種子：
(a)パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列、またはパラグラフ８の発現カセット、パラグラフ９のベクター、またはパラグラフ１０のクローニングビヒクル；
(b)(a)のトランスジェニック種子であって、トウモロコシ種子、コムギ核、脂肪種子、ナタネ、ダイズ種子、パーム核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、ラッカセイまたはタバコ植物種子である種子;
(c)(a)のトランスジェニック植物であって、下記の属の植物に由来する種子：ウルシ(Anacardium)、ナンキンマメ(Arachis)、アスパラガス(Asparagus)、ロウトウ(Atropa)、カラスムギ(Avena)、アブラナ(Brassica)、ミカン(Citrus)、スイカ(Citrullus)、トウガラシ(Capsicum)、ベニバナ(Carthamus)、ヤシ(Cocos)、コーヒーノキ(Coffea)、十字花(Cruciferae)、キュウリ(Cucumis)、カボチャ(Cucurbita)、ニンジン(Daucus)、アブラヤシ(Elaeis)、イチゴ(Fragaria)、ダイズ(Glycine)、ワタ(Gossypium)、ヒマワリ(Helianthus)、ワスレグサ(Heterocallis)、オオムギ(Hordeum)、ヒヨス(Hyoscyamus)、チシャ(Lactuca)、アマ(Linum)、ライグラス(Lolium)、ルピナス(Lupinus)、トマト(Lycopersicon)、リンゴ(Malus)、キャッサバ(Manihot)、マヨラナ(Majorana)、ウマゴヤシ(Medicago)、タバコ(Nicotiana)、オリーブ(Olea)、イネ(Oryza)、キビ(Panieum)、チカラシバ(Pannisetum)、ワニナシ(Persea)、インゲンマメ(Phaseolus)、ピスタシア(Pistachia)、エンドウ(Pisum)、ナシ(Pyrus)、サクラ(Prunus)、ダイコン(Raphanus)、トウゴマ(Ricinus)、ライムギ(Secale)、ハンゴンソウ(Senecio)、シロガラシ(Sinapis)、ナス(Solanum)、モロコシ(Sorghum)、カカオ(Theobromus)、レイリョウコウ(Trigonella)、コムギ(Triticum)、ソラマメ(Vicia)、ブドウ(Vitis)、ササゲ(Vigna)またはトウモロコシ(Zea)。
【０５４６】
１５．パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列に対して相補的であるかまたはそれに緊縮条件下でハイブリダイズできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、場合により、アンチセンスオリゴヌクレオチドは約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、または約60〜100塩基の長さをもち、場合によりアンチセンスオリゴヌクレオチドはＲＮＡｉ、ｍｉＲＮＡ、ｉＲＮＡ、またはリボザイムを含む、アンチセンスヌクレオチド。
【０５４７】
１６．細胞において酵素メッセージの翻訳を阻害する方法であって、パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列に対して相補的であるかまたはそれに緊縮条件下でハイブリダイズできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するかあるいは細胞において発現させることを含む方法。
【０５４８】
１７．パラグラフ１の核酸配列のサブ配列を含む二本鎖干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）分子であって、場合により、ＲＮＡｉはｓｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡを含み、場合により、ＲＮＡｉ分子は約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26またはそれ以上の二重鎖ヌクレオチドの長さである、ＲＮＡｉ分子。
【０５４９】
１８．細胞においてリグノセルロース酵素またはメッセージ（ｍＲＮＡ）の発現を阻害する方法であって、パラグラフ１７に記載の二本鎖干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）分子を細胞に投与するかあるいは細胞において発現させることを含む方法。
【０５５０】
１９．下記を含む単離された、合成された、または組換え型のポリペプチド：
(a)下記の配列に対して少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくはそれ以上の、または完全な(100%)配列同一性をもつアミノ酸配列：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, および／またはSEQ ID NO:136、あるいはその酵素活性サブ配列（フラグメント）の、少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、100、150、200、250、300もしくはそれ以上の残基の領域、またはポリペプチドもしくは酵素の全長、
その際、核酸はリグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードし、場合によりリグノセルロース活性はセルラーゼ、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ活性またはセロビオヒドロラーゼ活性を含み、
その際、場合により、配列同一性は、配列比較アルゴリズムを用いる分析または視覚判定により決定され、場合により、配列比較アルゴリズムはBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、その際、フィルタリングセッティングはblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のすべてのオプションはデフォルトに設定される;
(b)パラグラフ１の核酸によりコードされるアミノ酸配列であって、ポリペプチドが、(i)リグノセルロース活性をもち、場合によりリグノセルロース活性はセルラーゼ、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ活性またはセロビオヒドロラーゼ活性を含み、あるいは(ii)それが、下記の配列をもつポリペプチドに特異的に結合する抗体を産生できるという点で免疫原活性をもつもの：SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, および／またはSEQ ID NO:136、ならびに／あるいはその酵素活性サブ配列（フラグメント）;
(c)(a)または(b)のアミノ酸配列であって、少なくとも１つのアミノ酸残基の保存的置換を含むもの；
(d)(c)のアミノ酸配列であって、保存的置換が下記を含むもの：脂肪族アミノ酸を別の脂肪族アミノ酸で置き換えること；セリンをトレオニンで置き換えること、またはその逆；酸性残基を別の酸性残基で置き換えること；アミド基を保有する残基を、アミド基を保有する別の残基で置き換えること；塩基性残基を別の塩基性残基と交換すること；あるいは芳香族残基を別の芳香族残基で置き換えること；あるいはその組合わせ、
場合により、脂肪族残基はアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンまたはその合成均等物を含み；酸性残基はアスパラギン酸、グルタミン酸またはその合成均等物を含み；アミド基を含む残基はアスパラギン酸、グルタミン酸またはその合成均等物を含み；酸性残基はリシン、アルギニンまたはその合成均等物を含み；あるいは芳香族残基はフェニルアラニン、チロシンまたはその合成均等物を含む；
(e)(a)、(b)、(c)または(d)のポリペプチドであって、リグノセルロース活性をもつけれどもシグナル配列、プレプロドメイン、ｄｏｃｋｅｒｉｎドメインおよび／または炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）を欠如するもの、
その際、場合により、炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）はセルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナン結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール、および／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むかあるいはそれらからなる；
(f)(a)、(b)、(c)、(d)または(e)のポリペプチドであって、リグノセルロース活性をもち、ヘテロロガス配列をさらに含むもの；
(g)(f)のポリペプチドであって、ヘテロロガス配列が下記を含むかあるいはそれらからなるもの: (i)ヘテロロガスシグナル配列、ヘテロロガス炭水化物結合モジュール、ヘテロロガスｄｏｃｋｅｒｉｎドメイン、ヘテロロガス触媒ドメイン（ＣＤ）、もしくはその組合わせ; (ii)(ii)の配列であって、ヘテロロガスなシグナル配列、炭水化物結合モジュールもしくは触媒ドメイン（ＣＤ）がヘテロロガスリグノセルロース酵素に由来するもの;および／または(iii)タグ、エピトープ、標的化ペプチド、切断可能な配列、検出可能な部分もしくは酵素;
(h)(g)のポリペプチドであって、ヘテロロガス炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）がセルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナン結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール、および／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むかあるいはそれらからなるもの；あるいは
(i)(g)のポリペプチドであって、ヘテロロガスシグナル配列が、コードされるタンパク質を液胞、小胞体、クロロプラストまたはデンプン顆粒へ標的化するもの。
【０５５１】
２０．パラグラフ１９の単離された、合成された、もしくは組換え型のポリペプチド、またはパラグラフ６のリグノセルロース酵素であって、リグノセルロース活性が下記を含むもの：
(a)セルラーゼ活性、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ活性もしくはセロビオヒドロラーゼ活性、またはそのいずれかの組合わせ；
(b)可溶性オリゴマーを加水分解（分解）して発酵性モノマー糖にすることを含む活性;
(c)可溶性セロオリゴ糖およびアラビノキシランオリゴマーを加水分解（分解）してモノマーにすることを含む活性；場合により、モノマーはキシロース、アラビノースおよびグルコースを含む；
(d)植物バイオマス多糖類の加水分解（分解）を触媒すること;
(e)グルカンまたはリグニンの加水分解（分解）を触媒して、より小さな分子量の多糖類またはオリゴマーもしくはモノマーを生成すること;
(f)１，４−ベータ−Ｄ−グリコシド結合の加水分解を触媒すること;
(g)エンド−１，４−ベータ−エンドセルラーゼ活性を含むエンドセルラーゼ活性;
(f)セルロース、セルロース誘導体、リケニンまたは穀類中の１，４−ベータ−Ｄ−グリコシド結合の加水分解を含む１，４−ベータ−Ｄ−グリコシド結合加水分解活性；その際、場合により、セルロース誘導体はカルボキシメチルセルロースまたはヒドロキシエチルセルロースを含み、あるいは穀類はベータ-D-グルカンまたはキシログルカンを含む;
(g)グルカナーゼ結合の加水分解を触媒すること;
(h)β−１，４−および／またはβ−１，３−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒する;
(i)エンド-グルカン結合の加水分解を触媒すること;
(j)エンド−１，４−ベータ−Ｄ−グルカン  ４−グルカノヒドロラーゼ活性の加水分解を触媒すること;
(k)内部エンド-β−1,4-グルカナーゼ結合および／またはβ−1,3-グルカナーゼ結合の加水分解を触媒すること;
(l)内部β−１，３−グルコシド結合の加水分解を触媒すること;
(m)グルコピラノースを含む多糖類の加水分解を触媒すること;
(n)１，４−β−グリコシド結合したＤ−グルコピラノースを含む多糖類の加水分解を触媒すること;
(o)セルロース、セルロース誘導体またはヘミセルロースの加水分解を触媒すること;
(p)(o)の活性であって、酵素活性が下記の中のセルロースまたはセルロース誘導体の加水分解（分解）を含むもの：サトウキビバガス、トウモロコシ繊維、トウモロコシ種子繊維、木材、木材パルプ、紙パルプ、木材製品、木屑もしくは紙製品、植物バイオマス、種子を含む植物バイオマス、穀粒、塊茎、食品もしくは飼料の加工もしくは産業加工の植物廃棄物もしくは副産物、茎、穂、軸、葉茎、穀草、インディアングラスまたはスイッチグラス；
(q)飼料、食品製品または飲料中のグルカンの加水分解を触媒すること;
(r)(q)の活性であって、飼料、食品製品または飲料が穀類ベースの動物飼料、麦芽汁もしくはビール、生地、果実または野菜を含むもの；
(s)微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、またはセルロース部分を含むいずれかの植物材料中のグルカンの加水分解を触媒すること;
(t)(a)〜(s)のいずれかの活性であって、熱安定性または耐熱性である活性；
(u)(t)のいずれかの活性であって、活性が約37℃〜約95℃、または約55℃〜約85℃、または約70℃〜約75℃、または約70℃〜約95℃、または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下で安定または耐容性であり、あるいは約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、もしくは約37℃〜約95℃の範囲、96℃、97℃、98℃または99℃の温度でリグノセルロース活性を保持するもの;
(v)(t)のいずれかの活性であって、活性が37℃以上から約95℃まで、55℃以上から約85℃まで、もしくは約70℃〜約75℃、または90℃以上から約95℃までの範囲の温度に曝露された後、あるいは約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、もしくは約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃または99℃の範囲の温度に曝露された後に、安定または耐容性であるもの;
(w)(a)〜(s)のいずれかの活性であって、酵素が約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5もしくはpH 4またはより酸性を含む条件下;あるいは約pH 7、pH 7.5 pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5もしくはpH 11またはより塩基性のpHを含む条件下で活性であるもの。
【０５５２】
２１．パラグラフ１９の単離された、合成された、もしくは組換え型のポリペプチド、またはパラグラフ６のリグノセルロース酵素であって、ポリペプチドまたは酵素が少なくとも１つのグリコシル化部位を含み、場合により、グリコシル化がＮ−結合グリコシル化であり、場合により、ポリペプチドが、ピチア属(Pichia)、たとえばピチア・パストリス(Pichia pastoris)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、たとえばシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、および／またはシュードモナス属(Pseudomonas)、たとえばシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)において発現させた後にグリコシル化されるもの。
【０５５３】
２２．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ６のリグノセルロース酵素を含むタンパク質製剤であって、液体、固体またはゲルを含むタンパク質製剤。
２３．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ６のリグノセルロース酵素、および第２ドメインを含むヘテロ二量体であって、場合により、第２ドメインがポリペプチドを含み、ヘテロ二量体が融合タンパク質であり、場合により、第２ドメインがエピトープ、ヘテロロガス酵素、検出可能なタンパク質もしくはペプチド、免疫原タンパク質もしくはペプチド、またはタグを含むもの。
【０５５４】
２４．パラグラフ１９のポリペプチドまたはパラグラフ６のリグノセルロース酵素を含むホモ二量体。
２５．固定化されたポリペプチドもしくは酵素、または固定化された核酸であって、ポリペプチドがパラグラフ１９の配列またはパラグラフ６のリグノセルロース酵素を含み、あるいは核酸がパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列、またはパラグラフ３のプローブを含み、その際、場合により、ポリペプチドまたは核酸がセル、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、黒鉛粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ、またはキャピラリーチューブに固定化されたもの。
【０５５５】
２６．パラグラフ２５の固定化されたポリペプチドまたは固定化された核酸を含むアレイ。
２７．パラグラフ１９のポリペプチドに特異的に結合する、単離された、合成された、もしくは組換え型の抗体であって、場合によりモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である抗体。
【０５５６】
２８．パラグラフ１９のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
２９．リグノセルロース活性をもつポリペプチドを単離または同定する、下記の段階を含む方法：
(a)パラグラフ２７の抗体を提供すること;
(b)ポリペプチドを含む試料を提供すること;ならびに
(c)段階(b)の試料と段階(a)の抗体を、抗体がそのポリペプチドに特異的に結合しうる条件下で接触させ、これによりリグノセルロース活性をもつポリペプチドを単離または同定すること。
【０５５７】
３０．抗セルラーゼ酵素または抗リグノセルロース酵素抗体を作成する、下記を含む方法：
(a)非ヒト動物に、体液性免疫応答を発生させるのに十分な量のパラグラフ１またはパラグラフ５の核酸を投与し、これにより抗リグノセルロース酵素または抗セルラーゼ抗体を産生させること；あるいは
(b)非ヒト動物に、体液性免疫応答を発生させるのに十分な量のパラグラフ１９のポリペプチドを投与し、これにより抗リグノセルロース酵素または抗セルラーゼ抗体を産生させること。
【０５５８】
３１．組換えポリペプチドを作成する、下記を含む方法：
(A)(a)プロモーターに作動可能に連結された核酸を提供すること、その際、核酸はパラグラフ１またはパラグラフ５の核酸を含む；ならびに
(b)そのポリペプチドの発現を許容する条件下で段階(a)の核酸を発現させ、これにより組換えポリペプチドを作成すること；あるいは
(B)(A)の方法であって、宿主細胞を段階(a)の核酸で形質転換し、続いて段階(a)の核酸を発現させ、これにより形質転換細胞内で組換えポリペプチドを産生させることをさらに含む方法；あるいは
(C)(A)または(B)の方法であって、プロモーターが下記のものであるかまたはそれを含むもの：ウイルス、細菌、哺乳動物もしくは植物のプロモーター；または植物プロモーター；またはバレイショ、コメ、トウモロコシ、コムギ、タバコもしくはオオムギのプロモーター；または構成的プロモーターもしくはＣａＭＶ３５Ｓプロモーター；または誘導性プロモーター；または組織特異的プロモーターもしくは環境調節型プロモーターもしくは発生調節型プロモーター；または種子特異的、葉特異的、根特異的、幹特異的、もしくは切断誘導型プロモーター；または種子優先プロモーター、トウモロコシガンマゼインプロモーターまたはトウモロコシＡＤＰ−ｇｐｐプロモーター。
【０５５９】
３２．リグノセルロース活性をもつポリペプチドを同定するための、下記の段階を含む方法：
(a)パラグラフ１９のポリペプチドまたはパラグラフ６のリグノセルロース酵素を提供すること;
(b)リグノセルロース酵素の基質を提供すること;ならびに
(c)そのポリペプチドを段階(b)の基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出し、その際、基質の量の減少または反応生成物の量の増加によりリグノセルロース活性をもつポリペプチドを検出すること。
【０５６０】
３３．リグノセルロース酵素の基質を同定するための、下記の段階を含む方法：
(a)パラグラフ１９のポリペプチドを提供すること;
(b)被験基質を提供すること;ならびに
(c)段階(a)のポリペプチドを段階(b)の被験基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出し、その際、基質の量の減少または反応生成物の量の増加により被験基質をリグノセルロース酵素基質と同定すること。
【０５６１】
３４．被験化合物があるポリペプチドに特異的に結合するかどうかを判定する、下記の段階を含む方法：
(a)核酸または核酸を含むベクターを、その核酸をポリペプチドに翻訳しうる条件下で発現させること、その際、核酸はパラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を有する；
(b)被験化合物を提供すること;
(c)そのポリペプチドを被験化合物と接触させること;ならびに
(d)段階(b)の被験化合物がそのポリペプチドに特異的に結合するかどうかを判定すること。
【０５６２】
３５．被験化合物があるポリペプチドに特異的に結合するかどうかを判定する、下記の段階を含む方法：
(a)パラグラフ１９のポリペプチドを提供すること；
(b)被験化合物を提供すること;
(c)そのポリペプチドを被験化合物と接触させること;ならびに
(d)段階(b)の被験化合物がそのポリペプチドに特異的に結合するかどうかを判定すること。
【０５６３】
３６．リグノセルロース活性の調節物質を同定するための、下記の段階を含む方法：
(a)パラグラフ１９のポリペプチドを提供すること；
(b)被験化合物を提供すること;
(c)段階(a)のポリペプチドを段階(b)の被験化合物と接触させ、リグノセルロース酵素の活性を測定すること、その際、被験化合物の非存在下での活性と比較して被験化合物の存在下で測定したリグノセルロース酵素活性の変化により、被験化合物がリグノセルロース酵素活性を調節すると判定する。
【０５６４】
３７．パラグラフ９７の方法であって、リグノセルロース酵素基質を提供し、基質の量の減少または反応生成物の量の増加、あるいは基質の量の増加または反応生成物の量の減少を検出することにより、リグノセルロース酵素活性を測定し、
その際、場合により、被験化合物が無い場合の基質または反応生成物の量と比較した、被験化合物がある場合の基質の量の減少または反応生成物の量の増加により、被験化合物をリグノセルロース酵素活性の活性化物質として同定し、
場合により、被験化合物が無い場合の基質または反応生成物の量と比較した、被験化合物がある場合の基質の量の増加または反応生成物の量の減少により、被験化合物をリグノセルロース活性の阻害物質として同定する。
【０５６５】
３８．プロセッサーおよびデータ記憶デバイスを含むコンピューターシステムであって、前記データ記憶デバイスにポリペプチド配列または核酸配列が記憶されており、ポリペプチド配列はパラグラフ１９に示す配列、パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドを含み、
その際、場合により、この方法は、配列比較アルゴリズム、および少なくとも１つの基準配列が記憶されたデータ記憶デバイスをさらに含み、あるいは前記配列中の１以上の特徴を同定する識別子をさらに含み、
場合により、配列比較アルゴリズムは、多型性を示すコンピュータープログラムを含む。
【０５６６】
３９．ポリペプチド配列または核酸配列が記憶されたコンピューター可読媒体であって、ポリペプチド配列がパラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドを含むもの。
【０５６７】
４０．配列中の特徴を同定するための、下記の段階を含む方法: (a)配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータープログラムを用いて配列を読むこと、その際、配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、その際、ポリペプチド配列はパラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドを含む: ならびに(b)その配列中の１以上の特徴をコンピュータープログラムで同定すること。
【０５６８】
４１．第１配列を第２配列と比較するための、下記の段階を含む方法: (a)第１配列および第２配列を、配列を比較するコンピュータープログラムの使用によって読むこと、その際、第１配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、その際、ポリペプチド配列はパラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドを含む: ならびに(b)第１配列と第２配列の相異をコンピュータープログラムで判定すること、
その際、場合により、この方法は第１配列と第２配列の相異を判定する段階をさらに含み、あるいは場合により、この方法は多型性を同定する段階をさらに含み、あるいは場合により、この方法は配列中の１以上の特徴を同定する識別子の使用をさらに含み、
場合により、この方法は、コンピュータープログラムを用いて第１配列を読むこと、およびその配列中の１以上の特徴を同定することを含む。
【０５６９】
４２．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料から単離または回収するための、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ４の増幅プライマー対を提供すること；
(b)核酸を試料から単離するか、または試料中の核酸がハイブリダイゼーションのために増幅プライマー対に到達できるように試料を処理すること;ならびに
(c)段階(b)の核酸を段階(a)の増幅プライマー対と混和し、試料からの核酸を増幅させ、これによりリグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料から単離または回収すること；
その際、場合により試料は環境試料であり、あるいは場合により試料は水試料、液体試料、土壌試料、空気試料、または生物試料を含み、場合により生物試料は細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する。
【０５７０】
４３．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料から単離または回収するための、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ１の核酸配列を含むかあるいはそれからなるポリヌクレオチドプローブ、またはパラグラフ３のプローブを提供すること；
(b)核酸を試料から単離するか、または核酸が  ように試料を処理すること;
(c)段階(b)の単離した核酸または処理した試料を段階(a)のポリヌクレオチドプローブと混和すること;ならびに
(d)段階(a)のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、これによりリグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を試料から単離または回収すること；
その際、場合により試料は環境試料であり、あるいは場合により試料は水試料、液体試料、土壌試料、空気試料、または生物試料を含み、場合により生物試料は細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する。
【０５７１】
４４．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸のバリアントを作成する、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む鋳型核酸を提供すること; ならびに
(b)鋳型配列中の１以上のヌクレオチドを修飾、欠失もしくは付加し、またはそれを組み合わせて、鋳型核酸のバリアントを作成すること、
その際、場合により、この方法は、バリアント核酸を発現させて、リグノセルロース活性をもつバリアントポリペプチドを作成することをさらに含み、
場合により、修飾、付加もしくは欠失は、下記を含む方法により導入される：エラープローンＰＣＲ(error-prone PCR)、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向性変異誘発、アセンブリーＰＣＲ、有性ＰＣＲ変異誘発(sexual PCR mutagenesis)、インビボ変異誘発、カセット変異誘発、再帰的アンサンブル変異誘発(recursive ensemble mutagenesis)、指数関数的アンサンブル変異誘発(exponential ensemble mutagenesis)、部位特異的変異誘発、GeneReassembly、Gene Site Saturation Mutagensis（ＧＳＳＭ）、Tailored Multi-Site Combinatorial Assembly、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異誘発、ウラシル含有鋳型変異誘発、ギャップ二重鎖変異誘発、点ミスマッチ修復変異誘発、修復欠損宿主株変異誘発、化学的変異誘発、放射性変異誘発、欠失変異誘発、制限−選択変異誘発、制限−精製変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル変異誘発、キメラ核酸多量体形成、およびその組合わせ、
場合により、この方法は、鋳型核酸によりコードされるポリペプチドのものから変化したかもしくは異なる活性または変化したかもしくは異なる安定性をもつリグノセルロース酵素が生成するまで逐次反復される。
【０５７２】
４５．パラグラフ４４の方法であって、その際、
(A)バリアント型リグノセルロース酵素は：(a)耐熱性であり、高められた温度に曝露された後、ある程度の活性を保持し；(b)鋳型核酸によりコードされるリグノセルロース酵素と比較して増大したグリコシル化度をもち、；あるいは、(c)高温下でリグノセルロース活性をもち、その際、鋳型核酸によりコードされるリグノセルロース酵素はこの高温下では活性でない；あるいは
(B)この方法は、(a)鋳型核酸のものと異なるコドン利用をもつリグノセルロース酵素コード配列が生成するまで、あるいは(b)鋳型核酸のものより高いかまたはより低いレベルのメッセージ発現または安定性をもつリグノセルロース酵素遺伝子が生成するまで、逐次反復される。
【０５７３】
４６．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸中のコドンを修飾して宿主細胞におけるその発現を増大させるための方法であって、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を提供すること；および
(b)段階(a)の核酸中の非優先またはより低い優先度のコドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする優先または中立使用コドンで置き換え（その際、優先コドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過剰提示されるコドンであり、非優先またはより低い優先度のコドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過少提示されるコドンである）、これによりその核酸を宿主細胞におけるその発現を増大させるように修飾すること。
【０５７４】
４７．リグノセルロース酵素をコードする核酸中のコドンを修飾するための方法であって、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む、リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸を提供すること;および
(b)段階(a)の核酸中のコドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置き換え、これによりリグノセルロース酵素をコードする核酸中のコドンを修飾すること。
【０５７５】
４８．リグノセルロース酵素をコードする核酸中のコドンを修飾して宿主細胞におけるその発現を増大させるための方法であって、下記の段階を含む方法:
(a)該核酸（nucleic）を含むリグノセルロース酵素をコードする核酸を提供すること;
(b)段階(a)の核酸中の非優先またはより低い優先度のコドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする優先または中立使用コドンで置き換え（その際、優先コドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過剰提示されるコドンであり、非優先またはより低い優先度のコドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過少提示されるコドンである）、これによりその核酸を宿主細胞におけるその発現を増大させるように修飾すること。
【０５７６】
４９．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする核酸中のコドンを修飾して宿主細胞におけるその発現を低下させるための方法であって、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む、リグノセルロース酵素をコードする核酸を提供すること;および
(b)段階(a)の核酸中の少なくとも１つの優先コドンを同定し、それを、置き換えられるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先またはより低い優先度のコドンで置き換え（その際、優先コドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過剰提示されるコドンであり、非優先またはより低い優先度のコドンは宿主細胞の遺伝子におけるコード配列中に過少提示されるコドンである）、これによりその核酸を宿主細胞におけるその発現を低下させるように修飾すること；
その際、場合により、宿主細胞は細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、または哺乳動物細胞である。
【０５７７】
５０．複数の修飾されたリグノセルロース酵素活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成する方法であって、修飾された活性部位または基質結合部位が第１活性部位または第１基質結合部位をコードする配列を含む第１核酸に由来するものである、下記の段階を含む方法:
(a)第１活性部位または第１基質結合部位をコードする第１核酸を提供すること、その際、第１核酸配列は緊縮条件下でパラグラフ１の核酸配列（ポリヌクレオチド）にハイブリダイズする配列を含み、その核酸はリグノセルロース酵素活性部位またはリグノセルロース酵素基質結合部位をコードする;
(b)第１核酸中の複数の標的コドンにおいて天然アミノ酸バリアントをコードする一組の変異誘発性オリゴヌクレオチドを提供すること;および
(c)この一組の変異誘発性オリゴヌクレオチドを用いて、変異誘発された各アミノ酸コドンにおけるある範囲のアミノ酸変異をコードする一組の活性部位コードまたは基質結合部位コードバリアント核酸を作成し、これにより複数の修飾されたリグノセルロース酵素活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成すること、
その際、場合により、変異誘発性オリゴヌクレオチドまたはバリアント核酸は、下記を含む方法により作成される：最適化定方向進化システム(optimized directed evolution system)、Gene Site Saturation Mutagenesis（ＧＳＳＭ）、GeneReassembly、Tailored Multi-Site Combinatorial Assembly、エラープローンＰＣＲ、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向性変異誘発、アセンブリーＰＣＲ、有性ＰＣＲ変異誘発、インビボ変異誘発、カセット変異誘発、再帰的アンサンブル変異誘発、指数関数的アンサンブル変異誘発、部位特異的変異誘発、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異誘発、ウラシル含有鋳型変異誘発、ギャップ二重鎖変異誘発、点ミスマッチ修復変異誘発、修復欠損宿主株変異誘発、化学的変異誘発、放射性変異誘発、欠失変異誘発、制限−選択変異誘発、制限−精製変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル変異誘発、キメラ核酸多量体形成、およびその組合わせ。
【０５７８】
５１．小分子を作成するための、下記の段階を含む方法:
(a)小分子を合成または修飾できる複数の生合成酵素を提供すること、その際、それらの酵素のうちの１つは、パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む核酸によりコードされるリグノセルロース酵素を含む;
(b)段階(a)の酵素のうち少なくとも１つに対する基質を提供すること;および
(c)段階(b)の基質とそれらの酵素を、複数の生物触媒反応を促進する条件下で反応させて、一連の生物触媒反応によって小分子を生成させること。
【０５７９】
５２．小分子を修飾するための、下記の段階を含む方法:
(a)リグノセルロース酵素を提供すること、その際、その酵素はパラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の配列を含む核酸配列によりコードされるポリペプチドを含む;
(b)小分子を提供すること;および
(c)段階(a)の酵素と段階(b)の小分子を、リグノセルロース酵素により触媒される酵素反応を促進する条件下で反応させ、これによりリグノセルロース酵素反応によって小分子を修飾すること、
その際、場合により、段階(b)は段階(a)の酵素に対する複数の小分子基質を提供することことを含み、これにより、リグノセルロース酵素により触媒される少なくとも１つの酵素反応によって産生された、修飾された小分子のライブラリーが作成され、
場合により、この方法は、それらの酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で複数の追加酵素を供給して、複数の酵素反応によって生成した修飾された小分子のライブラリーを形成することをさらに含み、
場合により、この方法は、そのライブラリーを試験して、目的活性を示す特定の修飾された小分子がライブラリー内に存在するかどうかを判定する段階をさらに含み、その際、場合により、ライブラリーを試験する段階は、目的活性をもつ特定の修飾された小分子の存在または不存在について修飾された小分子の一部分を試験することにより、ライブラリー内の修飾された複数の小分子のその部分を作成するために用いた１つを除くすべての生物触媒反応を系統的に除外し、そして目的活性をもつ特定の修飾された小分子を生成する少なくとも１つの特異的生物触媒反応を同定する段階をさらに含む。
【０５８０】
５３．リグノセルロース酵素の機能性フラグメントを決定するための、下記の段階を含む方法:
(a)リグノセルロース酵素を提供すること、その際、酵素はパラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドを含む;および
(b)段階(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残りのサブ配列をリグノセルロース酵素活性について試験し、これによりリグノセルロース酵素の機能性フラグメントを決定すること、
その際、場合により、リグノセルロース酵素活性は、リグノセルロース酵素基質を供給し、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出することにより測定される。
【０５８１】
５４．リアルタイム代謝フラックス分析を用いる新規または修飾された表現型の全細胞操作のための方法であって、下記の段階を含む方法:
(a)細胞の遺伝子組成を改変することにより改変された細胞を作成すること、その際、パラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸配列を含む核酸を細胞に加えることにより遺伝子組成を改変する;
(b)改変された細胞を培養して多数の改変された細胞を作成すること;
(c)段階(b)の細胞培養をリアルタイムでモニタリングすることにより、細胞の少なくとも１つの代謝パラメーターを測定すること;および
(d)段階(c)のデータを分析して、その測定したパラメーターが、類似の条件下での非改変細胞における匹敵する測定値と異なるかどうかを判定し、これにより、細胞において操作された表現型を、リアルタイム代謝フラックス分析を用いて同定すること、
その際、場合により、細胞における配列欠失もしくは配列修飾または遺伝子発現のノックアウトを含む方法によってその細胞の遺伝子組成を改変し、
場合により、この方法は、新たに操作された表現型を含む細胞を選択することをさらに含み、
場合により、この方法は、選択した細胞を培養し、これによって新たに操作された表現型を含む新規細胞株を作成することをさらに含む。
【０５８２】
５５．下記のアミノ酸配列のアミノ末端残基1〜12、1〜13、1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜28、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43または1〜44に示すアミノ酸配列からなる、単離された、合成された、もしくは組換え型のシグナル（またはリーダー）配列(シグナルペプチド（ＳＰ））：(a)パラグラフ１９に示すアミノ酸配列；または(b)SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, および／またはSEQ ID NO:136に示すアミノ酸配列、ならびに／あるいはその酵素活性サブ配列（フラグメント）。
【０５８３】
５６．少なくとも、パラグラフ５５のアミノ酸配列をもつシグナル配列（シグナルペプチド（ＳＰ））またはリーダー配列を含む第１ドメイン、および少なくとも、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドを含む第２ドメインを含むキメラポリペプチドであって、その際、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドは自然界ではそのシグナルペプチド（ＳＰ）またはリーダー配列に随伴しておらず、
場合により、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドはリグノセルロース酵素ではなく、場合により、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドは、シグナルペプチド（ＳＰ）またはリーダー配列に対してアミノ末端側、カルボキシ末端側または両末端側にある、キメラポリペプチド。
【０５８４】
５７．キメラポリペプチドをコードする単離された、合成された、もしくは組換え型の核酸であって、キメラポリペプチドが、少なくとも、パラグラフ５５のアミノ酸配列をもつシグナル配列（シグナルペプチド（ＳＰ））またはリーダー配列を含む第１ドメイン、および少なくともヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドを含む第２ドメインを含み、その際、ヘテロロガスなポリペプチドまたはペプチドは自然界ではそのシグナルペプチド（ＳＰ）またはリーダー配列に随伴していないもの。
【０５８５】
５８．下記のものを含む、単離された、合成された、もしくは組換え型の核酸：(a)リグノセルロース活性をもつポリペプチドおよびヘテロロガスなシグナル（またはリーダー）配列（シグナルペプチド（ＳＰ））をコードする配列であって、パラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む核酸；(b)(a)の配列であって、シグナル（またはリーダー）配列（シグナルペプチド（ＳＰ））が別のリグノセルロース酵素または非リグノセルロース酵素に由来するもの；あるいは(c)(a)の配列であって、ヘテロロガスシグナル配列がコードされるタンパク質を液胞、小胞体、クロロプラストまたはデンプン顆粒へ標的化するもの。
【０５８６】
５９．リグノセルロース活性をもつポリペプチドをコードする配列を含む、単離された、合成された、もしくは組換え型の核酸であって、その配列がシグナル配列を含まず、ポリペプチドをコードする核酸がパラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含むもの。
【０５８７】
６０．リグノセルロースポリペプチドの耐熱性または熱安定性を高める方法であって、リグノセルロース酵素をグリコシル化することを含み、その際、ポリペプチドが、パラグラフ１９のポリペプチドまたはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドの少なくとも３０の連続アミノ酸を含み、これによりリグノセルロース酵素の耐熱性または熱安定性を高める方法。
【０５８８】
６１．組換えリグノセルロース酵素を細胞において過剰発現させるための、下記を含む方法:
(A)パラグラフ１の核酸配列を含むベクターを発現させること、その際、過剰発現は高活性プロモーター、ジシストロン型ベクターの使用により、またはベクターの遺伝子増幅により行なわれる；あるいは
(B)(A)の方法であって、高活性プロモーターが下記のものであるかまたはそれらを含む、方法：ウイルス、細菌、哺乳動物もしくは植物のプロモーター；または植物プロモーター；またはバレイショ、コメ、トウモロコシ、コムギ、タバコもしくはオオムギのプロモーター；または構成的プロモーターもしくはＣａＭＶ３５Ｓプロモーター；または誘導性プロモーター；または組織特異的プロモーターもしくは環境調節型もしくは発生調節型プロモーター；または種子特異的、葉特異的、根特異的、幹特異的、もしくは切断誘導型プロモーター；または種子優先プロモーター、トウモロコシガンマゼインプロモーターまたはトウモロコシＡＤＰ−ｇｐｐプロモーター。
【０５８９】
６２．トランスジェニック植物を作成する、下記の段階を含む方法:
(A)(a)ヘテロロガス核酸配列を細胞に導入し（その際、ヘテロロガス核酸配列はパラグラフ１の核酸配列を含む）、これにより形質転換された植物細胞を作成すること；および
(b)この形質転換された細胞からトランスジェニック植物を作成すること；
(B)(A)の方法であって、段階(A)(a)が、ヘテロロガス核酸配列を植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションにより導入することをさらに含むもの；
(C)(A)または(B)の方法であって、ＤＮＡ粒子衝撃法により、またはアグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)宿主を用いて、ヘテロロガス核酸配列を植物組織に直接導入することを含むもの；あるいは
(D)(A)、(B)または(C)の方法であって、植物が単子葉植物または双子葉植物であり、あるいは植物が単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属(Miscanthus)であり;あるいは植物が双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであるもの。
【０５９０】
６３．ヘテロロガス核酸配列を植物細胞において発現させる、下記の段階を含む方法:
(A)(a)プロモーターに作動可能に連結されたヘテロロガス核酸配列で植物細胞を形質転換すること、その際、ヘテロロガス核酸配列はパラグラフ１またはパラグラフ５の核酸配列を含む;および
(b)その植物細胞においてヘテロロガス核酸配列が発現する条件下でその植物を生長させること；
(B)(A)の方法であって、植物が単子葉植物または双子葉植物であり、あるいは植物が単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属であり；あるいは植物が双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであるもの；あるいは
(C)(A)または(B)の方法であって、プロモーターが下記のものであるかまたはそれらを含む、方法：ウイルス、細菌、哺乳動物もしくは植物のプロモーター；または植物プロモーター；またはバレイショ、コメ、トウモロコシ、コムギ、タバコもしくはオオムギのプロモーター；または構成的プロモーターもしくはＣａＭＶ３５Ｓプロモーター；または誘導性プロモーター；または組織特異的プロモーターもしくは環境調節型もしくは発生調節型プロモーター；または種子特異的、葉特異的、根特異的、幹特異的、もしくは切断誘導型プロモーター；または種子優先プロモーター、トウモロコシガンマゼインプロモーターまたはトウモロコシＡＤＰ−ｇｐｐプロモーター。
【０５９１】
６４．セロビオオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマーまたはリグノセルロース−、リグニン−、キシラン−、グルカン−またはセルロース−含有組成物を加水分解、破断または分断するための、下記の段階を含む方法:
(A)(a)パラグラフ１９に示したリグノセルロース活性をもつポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を提供すること；
(b)リグノセルロース、リグニン、キシラン、セルロースおよび／またはグルカンを含有する組成物を提供すること；ならびに
(c)段階(a)のポリペプチドと段階(b)の組成物を、リグノセルロース酵素がリグニン−、キシラン−、セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、またはグルカン−もしくはセルロース−含有組成物を加水分解、破断または分断する条件下で接触させること；
(B)(A)の方法であって、組成物が植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または動物細胞を含むもの；
(C)(A)または(B)の方法であって、ポリペプチドがグリコシルヒドロラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ活性を含むもの；
(D)(A)、(B)または(C)の方法であって、(A)(a)のポリペプチドが組換えポリペプチドであるもの；
(E)(D)の方法であって、組換えポリペプチドが、加水分解すべきリグノセルロース−、キシラン−、リグニン−、グルカン−またはセルロース−含有組成物内でヘテロロガス組換えポリペプチドとして産生されるもの；
(F)(D)の方法であって、組換えポリペプチドが、細菌、酵母、植物、昆虫、真菌および動物において組換えポリペプチドをコードするヘテロロガスポリヌクレオチドの発現により産生され、場合により、その生物がシゾサッカロミセス・ポンベ(S. pombe)、サッカロミセス・セレビシエ(S. cerevisiae)、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、大腸菌(E. coli)、ストレプトミセス属(Streptomyces)菌種、バチルス属(Bacillus)菌種またはラクトバチルス属(Lactobacillus)菌種から選択されるもの；あるいは
(G)(A)〜(F)の方法であって、リグノセルロース−、リグニン−、キシラン−、グルカン−またはセルロース−含有組成物が下記を含むもの：単子葉植物もしくは双子葉植物または植物製品；単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属；あるいは双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナス。
【０５９２】
６５．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、生地またはパン製品であって、場合により、ポリペプチドがグリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ活性を有するもの。
【０５９３】
６６．生地の熟成方法であって、生地またはパン製品と、パラグラフ１９に示したポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品のうち少なくとも１つとを、生地の熟成に十分な条件下で接触させることを含むもの。
【０５９４】
６７．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む飲料であって、場合により、ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ活性を有するもの。
【０５９５】
６８．飲料の製造方法であって、パラグラフ１９に示したポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品のうち少なくとも１つを、飲料の粘度を低下させるのに十分な条件下で、飲料または飲料原材料に加えることを含み、
その際、場合により、飲料または飲料原材料が麦芽汁またはビールであるもの。
【０５９６】
６９．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、食品、飼料、食品もしくは飼料サプリメント、または栄養サプリメントであって、場合により、ポリペプチドがグリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ活性を有するもの。
【０５９７】
７０．リグノセルロース酵素を動物食の栄養サプリメントとして使用するための方法であって、下記の段階を含む方法:
(A)(a)パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品のうち少なくとも１つを含む、リグノセルロース酵素を含有する栄養サプリメントを調製すること；あるいは
(b)その栄養サプリメントを動物に投与して、動物が摂取する飼料または食品に含有されるキシランの利用度を高めること；
(B)(A)の方法であって、動物がヒトであるか、あるいは動物が反芻動物もしくは単胃動物であるもの；
(C)(A)または(B)の方法であって、リグノセルロース酵素が下記からなる群から選択される生物においてリグノセルロース酵素をコードするポリヌクレオチドの発現により産生されるもの：細菌、酵母、植物、昆虫、真菌、動物、シゾサッカロミセス・ポンベ(S. pombe)、サッカロミセス・セレビシエ(S. cerevisiae)、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、大腸菌(E. coli)、ストレプトミセス属(Streptomyces)菌種、バチルス属(Bacillus)菌種およびラクトバチルス属(Lactobacillus)菌種、またはピチア属(Pichia)、たとえばピチア・パストリス(Pichia pastoris)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、たとえばシゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、および／またはシュードモナス属(Pseudomonas)、たとえばシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)。
【０５９８】
７１．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、熱安定性組換えリグノセルロース酵素を含む食用の酵素送達マトリックスまたはペレットであって、場合によりポリペプチドがセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつもの。
【０５９９】
７２．リグノセルロース酵素サプリメントを動物またはヒトに送達するための方法であって、下記を含む方法：顆粒状の食用キャリヤーおよび熱安定性組換えリグノセルロース酵素を含む食用の酵素送達マトリックスまたはペレットを調製すること、その際、ペレットはそれに含有されるリグノセルロース酵素を容易に水性媒体中へ分散させ、組換えリグノセルロース酵素はパラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチドを含むか、あるいはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品である；ならびに食用の酵素送達マトリックスまたはペレットを動物またはヒトに投与すること、
その際、場合により、顆粒状の食用キャリヤーは、穀粒胚芽、搾油済み穀粒胚芽、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ(timothy)、ダイズ滓、ヒマワリ種子粉、コムギミッド(wheat midd)からなる群から選択されるキャリヤーを含み、
場合により、食用キャリヤーは搾油済み穀粒胚芽を含み、
場合により、リグノセルロース酵素はペレット化条件での熱安定性を付与するためにグリコシル化され、
場合により、送達マトリックスは穀粒胚芽およびリグノセルロース酵素を含む混合物をペレット化することにより形成され、
場合によりペレット化条件はスチームの適用を含み、場合によりペレット化条件は約８０℃を超える温度を約５分間適用することを含み、酵素は酵素ミリグラム当たり少なくとも３５０〜９００単位の比活性を保持する。
【０６００】
７３．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、リグノセルロース含有組成物であって、場合によりポリペプチドがセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつもの。
【０６０１】
７４．パラグラフ１９に示したリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるセルラーゼまたはリグノセルロース酵素、あるいはパラグラフ９１〜９３またはパラグラフ９６の組成物または加工品を含む、木材、木材パルプ、木屑または木材製品であって、場合によりセルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含むもの。
【０６０２】
７５．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、紙、紙パルプまたは紙製品であって、場合によりポリペプチドがセルラーゼおよび／またはセロビオヒドロラーゼ活性をもつもの。
【０６０３】
７６．紙、木材、木屑または木材製品中のセルロースの量を減らすための方法であって、紙、木材、または木材製品を、パラグラフ１９に示したリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ９１〜９３またはパラグラフ９６の組成物または加工品と接触させることを含み、場合によりセルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含むもの。
【０６０４】
７７．パラグラフ１９に示したリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるリグノセルロース酵素またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ９１〜９３またはパラグラフ９６の組成物または加工品を含む、洗浄剤組成物であって、
その際、場合により、ポリペプチドが非水性液体組成物、注型固体、顆粒状、粒状、圧縮タブレット、ゲルおよび／またはペースト、あるいはスラリー状に配合され、
場合により、リグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含むもの。
【０６０５】
７８．パラグラフ１９に示したリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ、あるいはパラグラフ９１〜９３またはパラグラフ９６の組成物または加工品を含む、医薬組成物または食事サプリメントであって、場合により、リグノセルロース酵素および／またはセルラーゼが錠剤、ゲル剤、丸剤、インプラント、液剤、スプレー剤、散剤、食品、飼料ペレットとして、またはカプセル封入配合物として配合され、
場合により、リグノセルロース酵素および／またはセルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含み、場合により、組成物がグルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）またはグルコースオキシダーゼ−２（β−キシロシダーゼ）をさらに含むもの。
【０６０６】
７９．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、燃料であって、場合によりポリペプチドがリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼもしくはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもち、場合により、組成物がグルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）またはグルコースオキシダーゼ−２（β−キシロシダーゼ）をさらに含み、
場合により、燃料は植物材料に由来し、それは場合によりバレイショ、ダイズ（ナタネ）、オオムギ、ライムギ、トウモロコシ、エンバク、コムギ、ビートまたはサトウキビを含み、
場合により、燃料は液体またはガスを含み、
場合により、燃料はバイオ燃料または合成燃料であり、あるいは燃料はバイオエタノール、バイオメタノール、バイオプロパノールまたはバイオブタノールを含み、あるいは燃料はガソリン−エタノール、メタノール、プロパノールおよび／またはブタノールミックスを含むもの。
【０６０７】
８０．下記を含む、燃料を製造するための方法:
(A)セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、リグニン、リグノセルロース、キシラン、グルカン、セルロースまたは発酵性糖類を含む組成物を、パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品と接触させること；
(B)(A)の方法であって、セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、リグニン、リグノセルロース、キシラン、グルカン、セルロースまたは発酵性糖類を含む組成物が、植物、植物製品または植物派生物を含むもの；
(C)(A)または(B)の方法であって、植物または植物製品がサトウキビの植物もしくは植物製品、ビートまたはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、バレイショ、コメまたはオオムギを含むもの；
(D)(C)の方法であって、植物が単子葉植物または双子葉植物であり、あるいは植物が単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属であり；あるいは植物が双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであるもの；
(E)(A)、(B)、(C)または(D)の方法であって、ポリペプチドがセルラーゼまたはセロビオヒドロラーゼを含む活性をもち、場合により、組成物がグルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）またはグルコースオキシダーゼ−２（β−キシロシダーゼ）をさらに含むもの；
(F)(A)、(B)、(C)、(D)または(E)の方法であって、燃料が液体および／または気体を含み、あるいは燃料がバイオ燃料または合成燃料を含み、あるいは燃料がバイオエタノール、バイオメタノール、バイオプロパノールおよび／またはバイオブタノール；あるいはガソリン−エタノール、−メタノール、−ブタノールおよび／または−プロパノールミックスを含むもの。
【０６０８】
８１．下記を含む、バイオエタノール、バイオメタノール、バイオプロパノールおよび／またはバイオブタノールを製造するための方法:
(A)セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、リグニン、リグノセルロース、キシラン、グルカン、セルロースまたは発酵性糖類を含む組成物を、パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品と接触させること；
(B)(A)の方法であって、組成物が植物、植物製品または植物派生物を含み、場合により、植物または植物製品がサトウキビの植物もしくは植物製品、ビートまたはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、バレイショ、コメまたはオオムギを含むもの；
(C)(A)または(B)の方法であって、ポリペプチドがリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼもしくはセロビオヒドロラーゼを含む活性をもち、場合により、組成物がグルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）またはグルコースオキシダーゼ−２（β−キシロシダーゼ）をさらに含むもの；あるいは
(D)(A)、(B)または(C)の方法であって、植物が単子葉植物または双子葉植物であり、あるいは植物が単子葉植物のトウモロコシ、サトウキビ、コメ、コムギ、オオムギ、スイッチグラスもしくはススキ属であり；あるいは植物が双子葉脂肪種子作物、ダイズ、カノラ、ナタネ、アマ（亜麻）、ワタ、パーム油、サトウダイコン、ラッカセイ、樹木、ポプラまたはルピナスであるもの；
(E)(A)、(B)、(C)または(D)の方法であって、バイオエタノール、バイオメタノール、バイオプロパノールおよび／またはバイオブタノールを液体燃料および／または気体燃料として加工および／または配合することをさらに含み、場合により、燃料がバイオ燃料および／または合成燃料を含み、あるいは燃料がバイオエタノール、バイオメタノール、バイオプロパノールおよび／またはバイオブタノール；ならびに／あるいはガソリン−エタノール、−メタノール、−ブタノールおよび／または−プロパノールミックスを含むもの。
【０６０９】
８２．セルロース系およびヘミセルロース系ポリマーを解重合して代謝できる炭素部分にするのための酵素アンサンブルまたは“カクテル”であって、パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含み、
場合により、ポリペプチドが、リグノセルロース酵素および／またはセルラーゼもしくはセロビオヒドロラーゼを含む活性をもち、場合により、組成物がグルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）またはグルコースオキシダーゼ−２（β−キシロシダーゼ）をさらに含むもの。
【０６１０】
８３．リグノセルロースを含むバイオマス材料を処理するための方法であって、セルロースまたは発酵性糖類を含む組成物を、パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品と接触させることを含み、
場合により、リグノセルロースを含むバイオマス材料が農作物に由来するか、食品または飼料の製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、あるいは植物残渣または古紙もしくは古紙製品であり、場合によりポリペプチドはリグノセルロース酵素および／またはセルラーゼもしくはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもち、場合により、組成物がグルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）またはグルコースオキシダーゼ−２（β−キシロシダーゼ）をさらに含み、
場合により、植物残渣は幹、葉、莢、殻、トウモロコシもしくはトウモロコシ穂軸(cob)、トウモロコシ葉茎(stover)、干し草、わら、木材、木材チップ、木材パルプ、木屑、おが屑を含み、
場合により、古紙は廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含み、
場合により、バイオマス材料の処理により、バイオアルコール、バイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノールまたはバイオプロパノールが生成するもの。
【０６１１】
８４．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、乳製品であって、場合により乳製品がミルク、アイスクリーム、チーズまたはヨーグルトを含み、場合によりポリペプチドがセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつもの。
【０６１２】
８５．乳製品のテクスチャーおよびフレーバーを改善するための、下記の段階を含む方法: (a)パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を提供すること; (b)乳製品を提供すること;ならびに(c)段階(a)のポリペプチドと段階(b)の乳製品を、リグノセルロース酵素および／またはセルラーゼが乳製品のテクスチャーおよびフレーバーを改善しうる条件下で接触させること。
【０６１３】
８６．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、編織物または布帛であって、場合により編織物または布帛がセルロース含有繊維を含み、場合によりポリペプチドがセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつもの。
【０６１４】
８７．固形または液状の動物廃棄物を処理するための、下記の段階を含む方法:
(a)パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を提供すること、その際、場合によりポリペプチドはセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつ；
(b)固形または液状の動物廃棄物を提供すること；ならびに
(c)段階(a)のポリペプチドと段階(b)の固形または液状の廃棄物を、プロテアーゼが廃棄物を処理しうる条件下で接触させること。
【０６１５】
８８．パラグラフ１９のポリペプチド、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含む、処理済み廃棄物であって、場合によりポリペプチドがセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつもの。
【０６１６】
８９．リグノセルロース活性をもつポリペプチドを含む消毒剤であって、ポリペプチドがパラグラフ１９の核酸配列、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含み、場合によりポリペプチドがセロビオヒドロラーゼ活性を含む活性をもつもの。
【０６１７】
９０．リグノセルロース酵素、セルラーゼおよび／またはセルロース分解活性をもつポリペプチドを含む生物解毒剤または生物防御剤であって、ポリペプチドがパラグラフ１９の配列、またはパラグラフ１もしくはパラグラフ５の核酸によりコードされるポリペプチド、またはパラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品を含み、場合によりポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよび／またはアラビノフラノシダーゼ活性を含む活性をもつもの。
【０６１８】
９１．下記のものを含む組成物または製品：
(a)下記のものを含む、リグノセルロース酵素の混合物（または“カクテル”）：(i)少なくとも１つずつのエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼＩ（ＣＢＨ  Ｉ）、セロビオヒドロラーゼＩＩ（ＣＢＨ  ＩＩ）およびβ−グルコシダーゼ；(ii)少なくとも１つずつのキシラナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼ；あるいは(iii) (i)または(ii)の少なくとも１つの組合わせ；その際、(a)の混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む；
(b)下記のものを含む、ヘミセルロース−およびセルロース−加水分解酵素の混合物（または“カクテル”）：(i)少なくとも１つずつのエンドグルカナーゼ、リグノセルロース酵素、セロビオヒドロラーゼＩ（ＣＢＨ  Ｉ）、セロビオヒドロラーゼＩＩ（ＣＢＨ  ＩＩ）、アラビノフラノシダーゼおよびキシラナーゼ；(ii)(i)の混合物であって、グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ−１またはβ−グルコシダーゼであるもの；あるいは(iii)(i)または(ii)の混合物であって、グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ−２またはβ−キシロシダーゼであるもの；その際、(b)の混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む；
(c)下記のものを含む、ヘミセルロース−およびセルロース−加水分解酵素の混合物（または“カクテル”）：少なくとも１つずつのエンドグルカナーゼ；セロビオヒドロラーゼＩ（ＣＢＨ  Ｉ）；セロビオヒドロラーゼＩＩ（ＣＢＨ  ＩＩ）；アラビノフラノシダーゼ；キシラナーゼ；グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）；およびグルコースオキシダーゼ−２もしくはβ−キシロシダーゼ；その際、(c)の混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む；あるいは
(d)下記のものを含む酵素の混合物（または“カクテル”）：(1)内部β−１，４結合を切断してより短いグルコオリゴ糖を生成するエンドグルカナーゼ、(2)“エキソ”様式で作用してセロビオース単位（β−１，４グルコース−グルコース二糖）を順次放出するセロビオヒドロラーゼ、および(3)短いセロオリゴ糖（たとえば、セロビオース）からグルコースモノマーを放出するβ−グルコシダーゼ；その際、(d)の混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む。
【０６１９】
９２．パラグラフ９１の組成物または加工品であって、少なくとも１つの酵素がさらに炭水化物結合ドメイン（ＣＢＭ）を含むもの。
９３．下記のものを含む組成物または加工品：(a)パラグラフ９１に示した酵素、または少なくとも１つのパラグラフ１９のリグノセルロース酵素、およびバイオマス材料の混合物（または“カクテル”）；(b)(a)の混合物であって、バイオマス材料が農作物に由来するリグノセルロース材料を含むか、あるいはバイオマス材料が食品または飼料の製造の副産物であるか、あるいはバイオマス材料がリグノセルロース廃棄物であるか、あるいはバイオマス材料が植物残渣または古紙もしくは古紙製品であるか、あるいはバイオマス材料が植物残渣を含むもの；(c)(a)または(b)の混合物であって、植物残渣またはバイオマス材料がサトウキビバガス、幹、葉、莢、殻、トウモロコシもしくはトウモロコシ穂軸、トウモロコシ葉茎、干し草、わら、木材、木材チップ、木材パルプ、木屑および／またはおが屑を含み、古紙が廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含むもの。
【０６２０】
９４．バイオマス材料を処理するための、下記を含む方法:
(a)下記のものを提供すること：(i)(A)酵素の混合物（または“カクテル”）または(B)パラグラフ９１〜９３もしくはパラグラフ９６の組成物もしくは加工品；および(ii)バイオマス材料；
その際、酵素の混合物（または“カクテル”）は下記のものを含む：(I)少なくとも１つのパラグラフ１９のリグノセルロース酵素；または(II)(I)の混合物であって、ヘミセルロース−およびセルロース−加水分解酵素を含む酵素混合物（または“カクテル”）を含み、その際、セルロース−加水分解酵素は少なくとも１つのグルコースオキシダーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼＩ、セロビオヒドロラーゼＩＩおよびβ−グルコシダーゼを含み；ヘミセルロース−加水分解酵素は少なくとも１つのキシラナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼを含み、
場合により、酵素はグルコースオキシダーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼ活性を含む活性を含む；ならびに
(b)酵素の混合物をバイオマス材料と接触させること。
【０６２１】
９５．パラグラフ９４の方法であって、リグノセルロースを含むバイオマス材料が農作物に由来するか、食品または飼料の製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、あるいは植物残渣もしくは植物材料または古紙もしくは古紙製品であり、場合により、植物残渣または植物材料はサトウキビバガス、幹、葉、莢、殻、トウモロコシもしくはトウモロコシ穂軸、トウモロコシ葉茎、干し草またはわら、木材、木材チップ、木材パルプ、木屑、おが屑を含み、場合により、古紙は廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含み、場合により、バイオマス材料の処理によりバイオエタノールが生成するもの。
【０６２２】
９６．下記のものを含む酵素の混合物またはカクテル：
(a)少なくとも１つのパラグラフ１９のリグノセルロース酵素；
(b)パラグラフ１９に示した酵素の組合わせ；
(c)少なくとも１つずつのエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼＩ（ＣＢＨ  Ｉ）、セロビオヒドロラーゼＩＩ（ＣＢＨ  ＩＩ）およびβ−グルコシダーゼ；(ii)少なくとも１つずつのキシラナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼ；あるいは(iii) (i)または(ii)の少なくとも１つの組み合わせ；その際、混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む；
(d)下記のものを含む、少なくとも１つのヘミセルロース−および／またはセルロース−加水分解酵素：(i)少なくとも１つずつのエンドグルカナーゼ、グルコースオキシダーゼ、セロビオヒドロラーゼＩ（ＣＢＨ  Ｉ）、セロビオヒドロラーゼＩＩ（ＣＢＨ  ＩＩ）、アラビノフラノシダーゼおよびキシラナーゼ；(ii)(i)の混合物であって、グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ−１またはβ−グルコシダーゼであるもの；ならびに／あるいは(iii)(i)または(ii)の混合物であって、グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ−２またはβ−キシロシダーゼであるもの；その際、混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む；
(e)下記のものを含む、少なくとも１つのヘミセルロース−および／またはセルロース−加水分解酵素：少なくとも１つずつのエンドグルカナーゼ；セロビオヒドロラーゼＩ（ＣＢＨ  Ｉ）；セロビオヒドロラーゼＩＩ（ＣＢＨ  ＩＩ）；アラビノフラノシダーゼ；キシラナーゼ；グルコースオキシダーゼ−１（β−グルコシダーゼ）；および／またはグルコースオキシダーゼ−２もしくはβ−キシロシダーゼ；その際、(c)の混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む；あるいは
(f)：少なくとも１つの(1)内部β−１，４結合を切断してより短いグルコオリゴ糖を生成するエンドグルカナーゼ、(2)“エキソ”様式で作用してセロビオース単位（β−１，４グルコース−グルコース二糖）を順次放出するセロビオヒドロラーゼ、および／または(3)短いセロオリゴ糖（たとえば、セロビオース）からグルコースモノマーを放出するβ−グルコシダーゼ；その際、(d)の混合物は少なくとも１つのパラグラフ１９の酵素を含む。
【０６２３】
９７．バイオマス材料を処理するための、下記を含む方法:
(a)(i)パラグラフ９６に示した酵素の混合物を提供すること；および
(ii)この酵素の混合物をバイオマス材料と接触させること；
(b)(a)のプロセスであって、リグノセルロースを含むバイオマス材料が農作物に由来するか、食品または飼料の製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、あるいは植物材料、植物加工副産物もしくは植物残渣、または古紙もしくは古紙製品であるもの；
(c)(a)または(b)のプロセスであって、ポリペプチドがグルコースオキシダーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼ活性を含む活性をもつもの；
(d)(a)、(b)または(c)のプロセスであって、バイオマス材料がサトウキビバガス、幹、葉、莢、殻、トウモロコシもしくはトウモロコシ穂軸、トウモロコシ葉茎、干し草またはわら、木材、木材チップ、木材パルプ、古紙、木屑および／またはおが屑を含む植物残渣を含むもの；
(e)(d)のプロセスであって、古紙が廃棄または使用済みの写真複写用紙、コンピュータープリンター用紙、ノート紙、メモ用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙、および紙製包装材料を含むもの；
(f)(a)、(b)、(c)、(d)または(e)のプロセスであって、バイオマス材料を処理し、炭水化物、バイオエタノールおよび／またはアルコールを生成させることを含むもの。
【０６２４】
９８．下記のものを含むキメラポリペプチド：
(a)第１ドメインおよび少なくとも第２ドメイン：その際、第１ドメインはパラグラフ１９の酵素を含み、第２ドメインはヘテロロガスもしくは修飾された炭水化物結合ドメイン（ＣＢＭ）、ヘテロロガスもしくは修飾されたｄｏｃｋｅｒｉｎドメイン、ヘテロロガスもしくは修飾されたプレプロドメイン、またはヘテロロガスもしくは修飾された活性部位を含む；
(b)(a)のキメラポリペプチドであって、炭水化物結合ドメイン（ＣＢＭ）がセルロース結合モジュールまたはリグニン結合ドメインであるもの；
(c)(a)または(b)のキメラポリペプチドであって、ＣＢＭがその酵素の触媒ドメイン付近にあるもの；
(d)(a)、(b)または(c)のキメラポリペプチドであって、少なくとも１つのＣＢＭがそのポリペプチドの触媒ドメイン付近に位置するもの；
(e)(d)のキメラポリペプチドであって、少なくとも１つのＣＢＭが下記の位置にあるもの：ポリペプチドの触媒ドメインのＣ−末端付近、ポリペプチドの触媒ドメインのＮ−末端付近、または両方；
(f)(a)、(b)、(c)または(e)のキメラポリペプチドであって、組換えキメラタンパク質であるキメラポリペプチド。
【０６２５】
９９．下記のものを含むキメラポリペプチド：
(a)リグノセルロース酵素活性をもつパラグラフ１９のポリペプチド、および少なくとも１つのヘテロロガスもしくは修飾された炭水化物結合ドメイン（ＣＢＭ）、または少なくとも１つの内部再配列されたＣＢＭ、あるいはそのいずれかの組合わせを含むドメイン。
【図１Ａ】
2014502144.tif 000082
【図１Ｂ】
2014502144.tif 000083
【図１Ｃ】
2014502144.tif 000084
【図１Ｄ】
2014502144.tif 000085
【図１Ｅ】
2014502144.tif 000086
【図１Ｆ】
2014502144.tif 000087
【図１Ｇ】
2014502144.tif 000088
【国際調査報告】
2014502144.tif 000089
2014502144.tif 000090
2014502144.tif 000091
2014502144.tif 000092
2014502144.tif 000093
2014502144.tif 000094