(57)【要約】被験体が抗ＳＭＡＤ７治療での処置に感受性であるか、または耐性であるかをモニターするための方法が開示される。上記方法は、上記被験体に由来するサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦＯＸＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦＯＸＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量を決定することに基づく。Ｔ細胞集団の測定は、フローサイトメトリー、免疫組織化学、および／もしくはＥＬＩＳＡによって決定され得る。
2014531584.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する被験体の応答性を決定するための方法であって、前記方法は、
前記被験体から得られた少なくとも１つのサンプルにおいて、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞からなる群より選択される少なくとも１種の細胞集団の量を決定する工程、
を包含し、
ここで、前記少なくとも１種の細胞集団の既知のコントロールレベルと比較して前記少なくとも１つのサンプル中の前記細胞集団ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の増大した量、および／もしくは前記細胞集団ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞のうちの少なくとも１つの減少した量は、前記抗ＳＭＡＤ７治療に対する、ＩＢＤを有する前記被験体の応答性を予測する、
方法。
【請求項２】
以下：
ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大は、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少は、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少は、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少は、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少は、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少は、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す、
のうちの２つまたはそれより多くの調節を同定して、前記被験体の応答性を決定することを補助する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
インビトロで行われる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記被験体は、前記少なくとも１つの生物学的サンプルが得られるときに、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療を受けている最中である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、クローン病（ＣＤ）および／もしくは潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である、前述の請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少またはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少のうちの少なくとも１つは、前記被験体が寛解に入る可能性があることを示す、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つのサンプルは、血液サンプルもしくは組織サンプルである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記組織サンプルは、前記被験体の胃・腸管に由来する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１種の細胞集団の量は、フローサイトメトリーによって、免疫組織化学によって、および／もしくはＲＮＡ／ＤＮＡ分析によって決定される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
フローサイトメトリーおよび／もしくは免疫組織化学は、抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体および抗ＩＬ１７Ａ抗体からなる群より選択される抗体を使用して行われる、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記コントロールレベルは、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療の投与の前に前記患者から得られるか、または少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療の投与の直後に得られる少なくとも１種の細胞集団のベースラインレベルである、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療は、抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療は、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８および配列番号９からなる群より選択される抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
細胞集団を同定するための抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体および／もしくは抗ＩＬ１７Ａ抗体のうちの少なくとも２種、またはＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞のうちの少なくとも１種に対するタンパク質細胞マーカーをコードするＲＮＡの発現を検出するための試薬を含むキット。
【請求項１５】
ＦＡＣＳ技術を使用して細胞を同定し、選別し、計数するための緩衝液、試薬、および詳細な指示書のうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
前記抗体は、ＣＣＲ９タンパク質に対する一次抗体、ＦｏｘＰ３タンパク質に対する一次抗体、およびレポーター酵素に対して結合体化される二次抗体であり、そして前記キットは、免疫組織化学を使用して細胞集団を同定するための少なくとも緩衝液、試薬、および詳細な指示書を必要に応じてさらに含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１７】
ＣＣＲ９タンパク質に対する捕捉抗体、ＦｏｘＰ３タンパク質に対する検出抗体、および／もしくはレポーター酵素に結合体化される二次抗体を含み；そしてＥＬＩＳＡ技術を使用して細胞集団を同定するための緩衝液、試薬、および詳細な指示書を必要に応じてさらに含む、請求項１６に記載のキット。
【請求項１８】
ヒトもしくは動物の身体で実施される診断法において使用するための、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種のための細胞マーカーに対する少なくとも１種の抗体。
【請求項１９】
前記診断法は、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する被験体の応答性を予測もしくはモニターすること、または少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する被験体の適切性を決定すること、前記被験体が前記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、もしくは応答性であることを決定すること、そして／あるいは前記被験体が寛解に入る可能性があるか否かを決定することである、請求項１８に規定される使用のための少なくとも１種の抗体。
【請求項２０】
添付の説明、例および図面に言及して本明細書上部に実質的に記載されるとおりの方法、キットもしくは使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
参考文献への相互参照
この出願は、２０１１年９月１５日に出願された欧州出願第１１４２５２３４．９号の利益および２０１１年１２月１６日に出願された米国出願第６１／５７６，５５６号（これらの完全な開示は、全ての目的のために、参考としてこの出願に援用される。）の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
（背景）
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、米国において約１００万人の患者が罹患している胃・腸管の慢性炎症性障害である。ＩＢＤの２つの最も一般的な形態は、クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。ＣＤは、胃・腸管全体に影響を及ぼし得るが、それは、回腸（ｉｌｉｅｕｍ）（小腸の遠位もしくは下部）および大腸に主に影響を与える。ＵＣは、結腸および直腸に主に影響を与える。ＣＤおよびＵＣ両方のための現在の処置は、アミノサリチレート（例えば、５−アミノサリチル酸、スルファサラジンおよびメサラミン）、抗生物質（例えば、シプロフロキサシンおよびメトロニダゾール）、コルチコステロイド（例えば、ブデソニドもしくはプレドニゾン）、免疫抑制剤（例えば、アザチオプリンもしくはメトトレキサート）および腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）アンタゴニスト（例えば、インフリキシマブ（レミケード（登録商標）））を含む。これら治療に対する患者の応答は、疾患の重篤度に伴って変動し、活動性の炎症および寛解のサイクルにわたって変動し得る。さらに、ＩＢＤのための現在の治療のうちの多くは、望ましくない副作用と関連する。
【０００３】
ＣＤおよびＵＣの病因は未知であるが、その両方が、腸粘膜の炎症性疾患と考えられる。近年の研究から、ＴＧＦ−β１は、腸粘膜炎症を制御し得る強力な免疫調節因子として作用することが実証された。ＴＧＦ−β１は、２つのサブユニット、ＴＧＦ−β１  Ｒ１およびＴＧＦ−β１  Ｒ２を含むヘテロダイマー膜貫通セリン／スレオニンキナーゼレセプターを結合する。リガンド結合の際に、上記ＴＧＦ−β１  Ｒ１レセプターは、構成的に活性なＴＧＦ−β１  Ｒ２レセプターによってリン酸化され、シグナルは、ＳＭＡＤファミリーに属するタンパク質によって核へと伝達される。活性化されたＴＧＦ−β１  Ｒ１は、ＳＭＡＤ２およびＳＭＡＤ３タンパク質を直接リン酸化し、それらは次いで、ＳＭＡＤ４と相互作用する。ＳＭＡＤ２／ＳＭＡＤ３／ＳＭＡＤ４の複合体は、核へと転位し、特定の遺伝子の転写を調節する。
【０００４】
さらなる研究から、別のＳＭＡＤタンパク質であるＳＭＡＤ７はまた、炎症において役割を果たすことが示された。ＳＭＡＤ７（細胞内タンパク質）は、ＴＧＦ−β１  Ｒ１へのＳＭＡＤ２／ＳＭＡＤ３の結合に干渉し、これらタンパク質のリン酸化および活性化を妨げることが示された。さらに、ＳＭＡＤ７タンパク質の増大した発現は、ＴＧＦ−β１媒介性シグナル伝達の阻害と関連する。ＩＢＤ患者の粘膜サンプルは、高レベルのＳＭＡＤ７およびリン酸化ＳＭＡＤ３の減少したレベルによって特徴付けられ、このことは、ＴＧＦ−β１媒介性シグナル伝達がこれら患者において損なわれていることを示す。
【０００５】
近年の研究は、ＩＢＤに罹患している患者を処置するための標的として、ＳＭＡＤ７に焦点を当ててきた。このような治療は、抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療を含む。よって、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性がある（もしくは可能性が低い）患者を同定するために使用され得る推定バイオマーカーに基づく方法が、必要である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
（要旨）
本発明は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、クローン病もしくは潰瘍性大腸炎）に罹患している被験体（例えば、ヒト患者）の生物学的（例えば、血液もしくは組織）サンプル中の特定のＴ細胞集団の調節（例えば、増大したＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、減少したＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ陽性（ＩＦＮ−γ＋）  Ｔ細胞、減少したＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、減少したＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、減少したＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくは減少したＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞）が、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する感受性と相関するという発見に一部基づく。
【０００７】
ＩＢＤ患者が抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性があるか否かを、処置の開始前もしくは開始直後に予測し得ることは有利であるということが認識される。本明細書に記載されるとおりの細胞集団の調節は、ＩＢＤを有する被験体の、抗ＳＭＡＤ７治療での処置の効力を予測する。有利なことには、本発明の方法は、有効な治療を選択するにあたって医師を最終的に補助し、患者の疾患状態における改善、良好なメディカルケアおよび患者全体のコストの減少をもたらす。
【０００８】
よって、第１の局面において、本発明は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する被験体の、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する応答性を決定するための方法を提供し、上記方法は、
上記被験体から得られた少なくとも１つのサンプルにおいて、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞からなる群より選択される少なくとも１種の細胞集団の量を決定する工程、
を包含し、ここで上記少なくとも１種の細胞集団の既知のコントロールレベルと比較して上記少なくとも１つのサンプル中の上記細胞集団ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の増大した量、および／または細胞集団ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の減少した量は、上記抗ＳＭＡＤ７治療に対する、上記ＩＢＤを有する被験体の応答性を予測する。
【０００９】
「被験体の応答性を決定すること」は、ＩＢＤを有する被験体の、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する有効性もしくは応答性を予測もしくはモニターすることを含むことは、認識されるべきである。
【００１０】
適切なことには、上記サンプルは、生物学的サンプルである。
【００１１】
本発明の方法の好ましい実施形態において、以下のうちの２種以上の調節の同定は、上記被験体の、上記治療への応答性を決定することを補助し得る：
ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；
ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；および
ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す。
【００１２】
第１の好ましい実施形態において、上記細胞集団は、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞である。第２の好ましい実施形態において、上記細胞集団は、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞である。第３の好ましい実施形態において、上記細胞集団は、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞である。第４の好ましい実施形態において、上記好ましい細胞集団は、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞である。第５の好ましい実施形態において、上記細胞集団は、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞である。第６の好ましい実施形態において、上記細胞集団は、ＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞である。他の好ましい細胞集団は、ＦｏｘＰ３＋  ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞、ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞もしくはインテグリンα４β７＋  Ｔ細胞のうちのいずれかである。
【００１３】
適切なことには、本発明の方法は、インビボで行われ得る。
【００１４】
好ましくは、本発明の方法において、上記量を決定する工程は、ＩＢＤに罹患している被験体からサンプルを得る工程の前にあり得る。上記サンプルは、採血するか、または組織生検を行うことによって採取され得る。
【００１５】
適切なことには、上記被験体は、上記少なくとも１つのサンプルが上記被験体から得られるときに、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療を受けている最中であり得る。
【００１６】
好ましくは、本発明の方法において、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少、もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少の同定は、上記被験体が、寛解に入る可能性があることを示す。
【００１７】
適切なことには、少なくとも１種の細胞集団の量は、当業者に公知の試薬／方法を使用して、フローサイトメトリーによって、免疫組織化学（例えば、ＥＬＩＳＡ）によって、および／もしくはＲＮＡ／ＤＮＡ分析によって、決定され得る。
【００１８】
上記フローサイトメトリーおよび／もしくは上記免疫組織化学は、抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体および抗ＩＬ１７Ａ抗体からなる群より選択される抗体を使用して行われ得ることが認識される。
【００１９】
あるいは、細胞の量を決定する工程は、ＣＣＲ９、ＦｏｘＰ３、ＩＦＮ−γおよびＩＬ１７Ａからなる群より選択される少なくとも１種のマーカーをコードするＲＮＡの量を測定することによって行われ得る。
【００２０】
好ましくは、上記コントロールは、コントロールレベルを意味し、これは、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療の投与の前に上記患者（ＩＢＤを有する）のサンプルから得られた、または少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療の投与直後に得られた上記少なくとも１種の細胞集団の量のベースラインレベルである。投与直後によって、第１日目／処置が始められる同日に関して意味される。
【００２１】
関連局面において、本明細書で開示されるのは、抗ＳＭＡＤ７治療での処置を受けている最中である、ＩＢＤに罹患している被験体をモニターして、上記被験体が上記治療に応答性であるか否かを決定する、そして／または治療が継続されるべきか否かを決定するための方法である。上記方法は、以下を包含する：（ａ）ＩＢＤを有し、かつ抗ＳＭＡＤ７治療を受けている最中である被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量を決定する工程；ならびに（ｂ）上記サンプル中の量と、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種のコントロールレベルとを、それぞれ比較する工程。被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大がある場合、または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量における減少がある場合、治療に応答性（例えば、感受性）および／もしくは抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答し続ける可能性があると同定され得る。あるいは、被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少がある場合、または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量における増加がある場合、処置に非応答性（例えば、耐性）および／もしくは抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答し続ける可能性が低いと同定され得る。
【００２２】
別の局面において、本明細書で開示されるのは、抗ＳＭＡＤ７治療（例えば、抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド）での処置に応答する可能性があるか、または応答性である、ＩＢＤに罹患した被験体を同定するための方法である。上記方法は、以下を包含する：（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量を決定する工程；ならびに（ｂ）上記サンプル中の量と、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種のコントロールレベルとを、それぞれ比較する工程。被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大がある場合、または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量における減少がある場合、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性があるか、または応答性（例えば、感受性）であると同定され得る。あるいは、被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少がある場合、または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量における増大がある場合、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性が低いか、または非応答性（例えば、耐性）であると同定され得る。
【００２３】
言い換えると、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に罹患している被験体の、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療に対する応答性を決定するための方法が提供され、上記方法は、
（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；
（ｂ）上記サンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量と、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋細胞のコントロールレベルとを比較する工程、
を包含し、ここでＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；そして／あるいは
（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；
（ｂ）上記サンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量と、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  細胞のコントロールレベルとを比較する工程、
を包含し、ここでＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；そして／あるいは
（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；
（ｂ）上記サンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量と、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  細胞のコントロールレベルとを比較する工程、
を包含し、ここでＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；そして／あるいは
（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；
（ｂ）上記サンプル中のＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量と、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞のコントロールレベルとを比較する工程、
を包含し、ここでＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；そして／あるいは
（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；
（ｂ）上記サンプル中のＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量と、ＩＦＮ−γ＋  細胞のコントロールレベルとを比較する工程、
を包含し、ここでＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が、抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す；そして／あるいは
（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞の量を決定する工程；
（ｂ）上記サンプル中のＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞の量と、ＩＬ１７Ａ＋  細胞のコントロールレベルとを比較する工程、
を包含し、ここでＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少は、上記被験体が抗ＳＭＡＤ７治療に対して応答する可能性があるか、または応答性であることを示す。
【００２４】
関連局面において、ヒトもしくは動物の身体に対して実施される診断法における使用のための、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞、ならびにＦｏｘＰ３＋  ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞、ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞およびインテグリンα４β７＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種のための細胞マーカーに対する少なくとも１種の抗体が提供される。
【００２５】
適切なことには、上記診断法を使用して、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する被験体の、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する応答性を予測もしくはモニターし得る、または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する被験体の、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する適切性を決定し得る、上記被験体が上記抗ＳＭＡＤ７治療に応答する可能性があるかもしくは応答性であることを決定し得る、そして／または上記被験体が寛解に入る可能性があるか否かを決定し得る。
【００２６】
関連実施形態において、細胞集団を同定するための抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体および／もしくは抗ＩＬ１７Ａ抗体、またはＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞およびＩＬ１７Ａ＋Ｔ細胞のうちの少なくとも１種に対するタンパク質細胞マーカーをコードするＲＮＡの発現を検出するための試薬のうちの少なくとも１種を含むキットが提供される。
【００２７】
適切なことには、上記キットは、ＦＡＣＳ技術を使用して細胞を同定し、選別し、計数するための緩衝液、試薬、および詳細な指示書のうちの少なくとも１つをさらに含む。
【００２８】
望ましくは、本発明のキットにおいて、上記抗体は、ＣＣＲ９タンパク質に対する一次抗体、ＦｏｘＰ３タンパク質に対する一次抗体、およびレポーター酵素に結合体化される二次抗体であり、上記キットは、ＩＨＣ技術を使用して細胞集団を同定するための少なくとも緩衝液、試薬、および詳細な指示書を必要に応じてさらに含む。
【００２９】
適切なことには、本発明のキットにおいて、ＣＣＲ９タンパク質に対する捕捉抗体、ＦｏｘＰ３タンパク質に対する検出抗体、および／またはレポーター酵素に結合体化される二次抗体が含まれ；そしてＥＬＩＳＡ技術を使用して細胞集団を同定するための緩衝液、試薬、および詳細な指示書を必要に応じてさらに含む。
【００３０】
開示される方法、使用およびキットが、抗ＳＭＡＤ７治療の処置を、このような治療に応答する可能性があるかもしくは応答性である被験体に対して個別化する（ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅ）ために使用され得ることは、本明細書で企図される。
【００３１】
開示される方法、使用およびキットが、被験体がＩＢＤに罹患してから後に寛解に入る可能性があるか否かを決定するために使用され得ることもまた、本明細書で企図される。例えば、被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量における増大がある場合に、ならびに／または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少がある場合に、寛解に入る可能性があると同定され得る。
【００３２】
上述のように、上記被験体から得られたサンプルは、血液サンプル（例えば、単離された末梢血単核細胞サンプル）であり得る。あるいは、上記被験体から得られたサンプルは、組織サンプルであり得る。例えば、組織サンプルは、上記被験体の胃・腸管に（例えば、上記被験体の小腸に）由来し得る。
【００３３】
上記コントロールもしくはコントロールレベルサンプルは、抗ＳＭＡＤ７治療での処置の前に、上記被験体から得られたサンプル（例えば、血液サンプルもしくは組織サンプル）を含み得る。上記コントロールサンプルは、処置前に存在し、処置に対する上記被験体の応答をモニターするために使用され得る本発明の少なくとも１種の細胞集団の量のベースラインレベルを提供する。コントロールもしくはコントロールレベルサンプルは、上記抗ＳＭＡＤ７治療が最初に施された同じ日（例えば、処置レジメンの１日目）に、上記被験体から得られ得る。他の実施形態において、コントロールもしくはコントロールレベルサンプルは、抗ＳＭＡＤ７治療の開始の少なくとも１日前（例えば、処置レジメンの０日目）に被験体から得られ得る。
【００３４】
特定の実施形態において、サンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のうちの少なくとも１種の量は、フローサイトメトリーによって決定される。他の実施形態において、上記決定は、免疫組織化学によって、もしくはＥＬＩＳＡアッセイによって行われる。ＦＡＣＳ、免疫組織化学、およびＥＬＩＳＡアッセイは、抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体、および抗ＩＬ１７Ａ抗体のうちの少なくとも１種からなる群より選択される抗体を使用して行われ得る。別の実施形態において、細胞集団の量は、ＣＣＲ９、ＦｏｘＰ３、ＩＦＮ−γ、およびＩＬ１７Ａからなる群より選択される少なくとも１種のマーカーをコードするＲＮＡの量を測定することによって決定される。特定の実施形態において、上記抗ＳＭＡＤ７治療は、抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドである。上記抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド治療は、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８および配列番号９からなる群より選択される抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る。例示的実施形態において、上記ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号６を含む。
【００３５】
本発明の前述の局面および実施形態は、以下の図面、詳細な説明および特許請求の範囲を参照することによって、より完全に理解され得る。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
【図１Ａ】図１（Ａ）は、ＳＭＡＤ７の核酸配列（配列番号１）を提供し、（Ｂ）は、ＳＭＡＤ７のアミノ酸配列（配列番号２）を提供する。
【図１Ｂ】図１（Ａ）は、ＳＭＡＤ７の核酸配列（配列番号１）を提供し、（Ｂ）は、ＳＭＡＤ７のアミノ酸配列（配列番号２）を提供する。
【図２】図２は、出願人のスクリーニング結果およびコホートへの登録患者の分割を示すフローチャートである。
【図３】図３は、治験に登録した患者に関する人口統計学的特徴および臨床的特徴を示す。
【図４】図４は、有害事象の異なるタイプ、上記治験の間のそれらの頻度、およびＧＥＤ０３０１とのそれらの関連を図示する。
【図５】図５（ＡおよびＢ）は、ＳＭＡＤ７がクローン病に罹患している被験体のヒト腸腺およびパイエル板において発現されることを示す免疫組織化学分析の写真である。Ｂにおいて、矢印は、核および細胞質におけるＳＭＡＤ７発現を示す。パネルＡ，  １００×倍率；  パネルＢ，  ２００×倍率。
【図６】図６は、（Ａ）  ＣＣＲ９＋  集団もしくは（Ｂ）β７＋  集団内のＩＦＮ−γもしくはＩＬ−１７Ａ細胞のパーセントに対する、刺激しないまま（Ｕｎｓｔ）か、またはＳｍａｄ７センス（センス）もしくはＧＥＤ０３０１（ＡＳ）オリゴヌクレオチドで処置したＣＤ患者から単離されたＰＢＭＣの効果を示す。
【図７】図７は、ベースライン、ならびに臨床試験の８日目および２８日目の種々のマーカーに関して試験陽性であるＴ細胞の割合を示す。
【図８】図８は、０日後、８日後、２８日後および８４日後の（Ａ）ＩＦＮ−γ＋、（Ｂ）ＩＦＮ−γ＋  ＣＣＲ９＋、（Ｃ）ＩＬ−１７Ａ＋、（Ｄ）ＣＣＲ９＋  ＩＬ−１７Ａ＋、（Ｅ）ＦｏｘＰ３＋、および（Ｆ）ＦｏｘＰ３＋  ＣＣＲ９＋  Ｔ細胞のパーセンテージを示すグラフを示す。
【図９】図９は、各コホートに関して上記治験のベースライン、８日目および２８日目における平均ＣＤＡＩ値、ならびに患者群全体に関して各時点での平均ＣＤＡＩ値を示す。
【発明を実施するための形態】
【００３７】
（詳細な説明）
被験体が抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答性（例えば、感受性もしくは耐性）であるか否かを決定するための方法が、開示される。上記方法は、ＩＢＤ（例えば、クローン病もしくは潰瘍性大腸炎）に罹患している被験体の血液サンプル中の特定のＴ細胞集団（例えば、増大したＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、減少したＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ陽性（ＩＦＮ−γ＋）  Ｔ細胞、減少したＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、減少したＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、減少したＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくは減少したＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞）の調節が、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対する感受性と相関するという発見に一部基づく。
【００３８】
本明細書で記載される場合、ＩＢＤに罹患している、抗ＳＭＡＤ７治療での処置を受けているかもしくは受けた被験体の１種以上のＴ細胞集団は、上記被験体が上記治療に応答性であるか否かを決定するために、および／または治療が継続されるべきか否かを決定するために、モニターされる。一局面において、上記方法は、（ａ）ＩＢＤを有し、抗ＳＭＡＤ７治療を受けている最中である被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；ならびに（ｂ）上記サンプル中の量と、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のコントロールレベルとを、それぞれ比較する工程を包含する。被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において増大がある場合に、そして／または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における減少がある場合に、治療に対して応答性（例えば、感受性）および／または抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対して応答し続ける可能性があると同定され得る。
【００３９】
あるいは、被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において減少がある場合に、または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量における増大がある場合に、処置に対して非応答性（例えば、耐性）および／または抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対して応答し続ける可能性が低いと同定され得る。
【００４０】
別の局面において、ＩＢＤに罹患している被験体の１種以上のＴ細胞集団は、上記被験体が抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性があるか否かを同定するためにモニターされる。上記方法は、（ａ）ＩＢＤに罹患している被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量を決定する工程；ならびに（ｂ）上記サンプル中の量と、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞のコントロールレベルとを、それぞれ比較する工程、を包含する。被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において増大がある場合、および／または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量において減少がある場合に、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性があるか、または応答性（例えば、感受性）であると同定され得る。
【００４１】
あるいは、被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において減少がある場合、ならびに／または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量において増大がある場合に、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性が低いか、または非応答性（例えば、耐性）であると同定され得る。
【００４２】
特定の実施形態において、ＦｏｘＰ３＋  ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞、ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞および／もしくはインテグリンα４β７＋  Ｔ細胞の量はまた、測定され得る。治療に応答性である被験体は、処置前レベルと比較して、治療の間にこれら細胞集団の一貫した量を示す。
【００４３】
他の実施形態において、開示される方法は、被験体が、ＩＢＤに罹患した後に寛解に入る可能性があるか否かを決定するために使用され得る。例えば、被験体は、上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において増大がある場合、ならびに／または上記コントロールと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量において減少がある場合に、寛解に入る可能性があると同定され得る。
【００４４】
便宜的に、本明細書、実施例、および添付の特許請求の範囲における特定の用語は、この節に集められる。
【００４５】
本明細書で使用される場合、「ＣＣＲ９」（ＣＤｗ１９９、ＧＰＲ−９−６、ＧＰＲ２８、Ｃ−Ｃ  ＣＫＲ−９、Ｇプロテイン共役レセプター２８としても公知のケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）レセプター９）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．１０８０３によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によってコードされるヒトタンパク質を意味する。
【００４６】
本明細書で使用される場合、「ＦｏｘＰ３」（ＪＭ２、ＡＩＩＤ、ＤＩＥＴＥＲ、ＩＰＥＸ、ＭＧＣ１４１９６１、ＭＧＣ１４１９６３、ＰＩＤＸ、ＸＰＩＤとしても公知のフォークヘッドボックス（ｆｏｒｋｈｅａｄ  ｂｏｘ）Ｐ３）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．５０９４３によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によってコードされるヒトタンパク質を意味する。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「ＩＦＮ−γ」もしくは「ＩＦＮ−γ」（ＩＦＮＧ、ＩＦＧ、ＩＦＩとしても公知のインターフェロンγ）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．３４５８によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によってコードされるヒトタンパク質を意味する。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「ＩＬ１７Ａ」（ＣＴＬＡ８、ＩＬ−１７、ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ１７、細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原８；細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質８；細胞傷害性Ｔリンパ球関連セリンエステラーゼ８としても公知のインターロイキン１７Ａ）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．３６０５によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によってコードされるヒトタンパク質を意味する。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「ＣＤ１０３」（インテグリン，αｅ；粘膜リンパ球抗原１，αペプチド；  ＨＵＭＩＮＡＥ、インテグリンα−ＩＥＬ；インテグリンα−Ｅ；  ＨＭＬ−１抗原；およびＭＧＣ１４１９９６としても公知のＣＤ１０３抗原）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．３６８２によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によってコードされるヒトタンパク質を意味する。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「ａ４β７」（腸ホーミングレセプターβサブユニットおよびＩＴＧＢ７としても公知のインテグリン，α４β７）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．３６９５によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によってコードされるヒト遺伝子を意味する。
【００５１】
本明細書で使用される場合、「ＳＭＡＤ７」（ＣＲＣＳ３、ＦＬＪ１６４８２、ＭＡＤＨ７、ＭＡＤＨ８、ＭＡＤ（ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃ，  Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）ホモログ７、ＭＡＤホモログ８、ＳＭＡＤ、ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ＤＰＰ  ｈｏｍｏｌｏｇ  ７，  ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ＤＰＰ  ｈｏｍｏｌｏｇ  ８としても公知）は、Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．４０９２によって同定される遺伝子およびその対立遺伝子改変体によって同定されるヒトタンパク質を意味する。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「クローン病活性指数」もしくは「ＣＤＡＩ」とは、Ｂｅｓｔら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，  ７０：４３９−４４  （１９７６）によって記載されるように、ＣＤに罹患した患者の進行を評価するために使用される測定値もしくは指数をいう。ＣＤＡＩスコア  １５０以下は、一般に、不活性な疾患と関連し、より高いスコアより良好な予後を示す。１５０より高い値は、一般に、活性な疾患と関連し、４５０より高い値は、極めて重篤な疾患と関連する。ＣＤＡＩスコアは、どのくらい良好に、患者が治療に応答しつつあるかを決定するために使用され得、寛解にある患者を同定するために使用され得る。特定の実施形態において、ベンチマーク臨床応答は、上記被験体がＣＤＡＩスコアにおける少なくとも１００ポイントの減少を示すことを意味する。臨床試験において、ＣＤＡＩスコア  １５０以下は、一般に、寛解と関連する。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「潰瘍性大腸炎疾患活性指数」もしくは「ＵＣＤＡＩ」とは、Ｓｕｔｈｅｒｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，  ９２：１８９４−９８  （１９８７）によって記載されるように、ＵＣに罹患している患者の進行を評価するために使用される測定値もしくは指数をいう。上記ＵＣＤＡＩは、排便頻度、直腸出血、結腸内層の外見、および疾患活性の医師の等級付けを含む、ＵＣの症状についての一連の限定因子（ｑｕａｌｉｆｉｅｒ）である。これら限定因子の各々は、０から３までの数値を与えられ、３は、最高の疾患活性である。臨床試験において、寛解は、しばしば、ＵＣＤＡＩスコア  １以下と規定され、改善は、治験の開始時のスコアから３点以上の減少である。ＵＣＤＡＩは、どの程度十分に患者が治療に応答しつつあるか否かを決定するために、臨床試験において使用され得、寛解にある患者を同定するために使用され得る。ＵＣ患者における疾患重篤度を測定するための他の一般に使用される指数としては、Ｔｒｕｅｌｏｖｅ  ａｎｄ  Ｗｉｔｔｓ  Ｉｎｄｅｘ、Ｓｔ．Ｍａｒｋ’ｓ  Ｉｎｄｅｘ、Ｓｉｍｐｌｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｏｌｉｔｉｓ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘ（ＳＣＣＡＩ）、Ｌｉｃｈｔｉｇｅｒ  Ｉｎｄｅｘ、Ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ  Ｃｏｌｉｔｉｓ  Ｓｙｍｐｔｏｍ  Ｓｃｏｒｅ（ＵＣＳＳ）、およびＭａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅが挙げられる。
【００５４】
本明細書で使用される場合、処置に「応答する」もしくは「応答しつつある」とは、クローン病を有する被験体が、（ａ）ＣＤＡＩスコアにおける減少、例えば、２０点、３０点、４０点、５０点、６０点、７０点、８０点、９０点、１００点以上のＣＤＡＩスコアにおける減少；（ｂ）１５０未満のＣＤＡＩスコア；および／または（ｃ）寛解の誘導を示すことを意味する。ＵＣを有する被験体に関して、処置に「応答する」もしくは「応答しつつある」とは、上記被験体が（ａ）ＵＣＤＡＩスコアにおける減少、例えば、１点、２点以上のＵＣＤＡＩスコアの減少；（ｂ）１以下のＵＣＤＡＩスコア；および／または（ｃ）寛解の誘導を示すことを意味する。
【００５５】
抗ＳＭＡＤ７治療
抗ＳＭＡＤ７治療は、ＳＭＡＤ７に対する標的化された治療（例えば、抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療およびＳＭＡＤ７に対する抗体）を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的タンパク質（例えば、ＳＭＡＤ７）をコードするメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に対して相補的な短い合成オリゴヌクレオチド配列である。アンチセンスオリゴヌクレオチド配列は、遍在性触媒酵素（例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド鎖を分解し、従って、タンパク質翻訳を妨げるＲＮａｓｅ  Ｈ）の活性化をもたらし得る二本鎖ハイブリッドを生成するｍＲＮＡにハイブリダイズする。
【００５６】
特定の実施形態において、抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトＳＭＡＤ７  ｍＲＮＡの（例えば、配列番号１の）部位４０３、２３３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、および／もしくは５３３（すなわち、それぞれ、ヌクレオチド４０３、２３３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、５３３）を標的とし得る。
【００５７】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド  ５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧＣ−３’（配列番号３）に由来し得る。
【００５８】
ＳＭＡＤ７を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＣｐＧ対におけるシトシン残基が、５’−メチルシトシン（略称：Ｍｅ−ｄＣ）によって置換される混合骨格を含み得ることが本明細書で企図される。メチルホスホネート結合はまた、アンチセンスオリゴヌクレオチドの５’末端および／もしくは３’末端に配置され得る（略称：ＭｅＰ）。
【００５９】
ＳＭＡＤ７を標的とする例示的アンチセンスオリゴヌクレオチド治療としては、以下が挙げられる：
５’−ＧＴＸＹＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＹＣＡＧ−３’（配列番号４）（ここでＸは、シトシンおよび５−メチルシトシンもしくは２’−Ｏ−メチルシトシンヌクレオチドからなる群より選択される窒素塩基を含むヌクレオチドであり、Ｙは、グアニンおよび５−メチルグアニンもしくは２’−Ｏ−メチルグアニンヌクレオチドからなる群より選択される窒素塩基を含むヌクレオチドであるが、ただし、ヌクレオチドＸもしくはＹのうちの少なくとも一方は、メチル化窒素塩基を含む）；
５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧ−３’（配列番号５）（ここでＸは、５−メチル  ２’−デオキシシチジン  ５’−モノホスフェートである）；
５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ−３’（配列番号６）（ここでＸは、５−メチル  ２’−デオキシシチジン  ５’−モノホスフェートである）；
５’−ＺＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＺ−３’（配列番号７）（ここでＸは、５−メチル  ２’−デオキシシチジン  ５’−モノホスフェートであり、Ｚは、２’−デオキシグアノシン  メチルホスホネートである）；
５’−ＺＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＺ−３’（配列番号８）（ここでＸは、５−メチル  ２’−デオキシシチジン  ５’−モノホスフェートであり、Ｚは、２’−デオキシグアノシン  メチルホスホネートである）；
５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧ−３’（配列番号９）（ここでＸは、５−メチル  ２’−デオキシシチジン  ５’−モノホスフェートである（例えば、米国特許第７，８０７，８１８号および同第６，１５９，６９７号（これらは、本明細書に参考として援用される）を参照のこと））。
【００６０】
例示的実施形態において、上記抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療は、薬学的に受容可能なキャリア中に処方され得、ＩＢＤに罹患している被験体に経口投与され得る。
【００６１】
血液サンプル
被験体由来の血液サンプルは、当該分野で周知の技術を使用して得られ得る。血液サンプルは、末梢血単核細胞（ＰＭＢＣ）もしくはＲＢＣ除去全血を含み得る。ＰＢＭＣは、異なる密度勾配（例えば、Ｆｉｃｏｌｌ密度勾配）遠心分離手順を使用して、全血サンプルから単離され得る。例えば、全血（例えば、抗凝固剤処理した（ａｎｔｉｃｏａｇｕｌａｔｅｄ）全血）は、分離媒体の上に重層され、遠心分離にかけられる。遠心分離工程の最後に、以下の層は、頂部から底部まで視覚的に観察される：血漿／血小板、ＰＢＭＣ、分離媒体および赤血球／顆粒球。上記ＰＢＭＣ層は、集められ得、夾雑物を除去するために洗浄され得る。
【００６２】
試験サンプル
被験体由来の組織サンプル（例えば、被験体（例えば、ＣＤもしくはＵＣに罹患している被験体）の小腸および／もしくは大腸から得られる組織サンプル）は、上記サンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量を測定するための、細胞供給源、ＲＮＡ供給源、タンパク質供給源、もしくは免疫組織化学（ＩＨＣ）の薄い切片の供給源として使用され得る。上記組織サンプルは、従来の生検機器および手順を使用することによって得られ得る。内視鏡生検、切除生検および切開生検は、胃腸組織サンプルを得るために、当業者によって使用され得る認識された医学的手順の例である。上記組織サンプルは、マーカー遺伝子（例えば、ＣＣＲ９、ＦｏｘＰ３、ＩＦＮ−γ、および／もしくはＩＬ１７Ａ）発現レベルを測定するか、またはフローサイトメトリー、ＩＨＣ、もしくはＥＬＩＳＡによって個々の細胞（例えば、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞発現）を可視化するために、十分な細胞、ＲＮＡ、タンパク質、もしくは薄い切片を提供するために十分大きくなければならない。
【００６３】
上記組織サンプルは、細胞選別、ＲＮＡ抽出、タンパク質抽出、もしくは薄い切片の調製のために十分な任意の形態にあり得る。よって、上記組織サンプルは、新鮮であり得るか、適切な低温技術を介して保存され得るか、または非低温技術を介して保存され得る。臨床生検標本を取り扱うための標準プロセスは、上記組織サンプルをホルマリン中で固定し、次いで、パラフィン中に包埋することである。この形態にあるサンプルは、ホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織として一般に公知である。その後の分析のための組織調製の適切な技術は、当業者に周知である。
【００６４】
フローサイトメトリー
細胞集団は、フローサイトメトリー（例えば、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）分析）によって、細胞表面マーカーに基づいて選別され得る。ＦＡＣＳ分析によって細胞を選別し、計数するための方法は、十分に確立されており、当業者に公知である。例えば、Ｒｏｂｉｎｓｏｎ「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ」Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照のこと。一般に、血液サンプルもしくは組織サンプルから得られる細胞は、単一細胞懸濁物で調製され得る。次いで、細胞は、蛍光タグ（例えば、上記同定されるべき細胞集団に存在する細胞表面マーカーに対する蛍光標識抗体）で標識される。上記蛍光は、直接的もしくは間接的であり得る。直接的蛍光に関しては、蛍光タグ（例えば、フルオレセイン、ローダミン、もしくは別の蛍光色素）は、一次抗体に共有結合される。間接的蛍光に関しては、上記細胞表面に存在するマーカーに結合する一次抗体は、蛍光タグで標識されない。上記一次抗体は、上記標的化された細胞集団の細胞表面に結合される。結合していない抗体は、洗浄工程によって除去される。上記一次抗体を結合する蛍光タグ化二次抗体が添加され、あらゆる結合していない抗体が、洗浄工程によって除去される。
【００６５】
ＦＡＣＳ分析は、生細胞もしくは固定細胞で行われ得る。ＦＡＣＳ機器は、当業者に利用可能であり、ＦＡＣＳｃａｎ、ＦＡＣＳｔａｒ  Ｐｌｕｓ、およびＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ（Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）が挙げられる。ＦＡＣＳ分析ソフトウェアは、当業者に利用可能であり、ＦｌｏｗＪｏ、ＣｅｌｌＱｕｅｓｔ  Ｐｒｏ（Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）、およびＷｉｎＭＤＩ（フローサイトメトリー用のＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）マルチドキュメントインターフェース）が挙げられる。
【００６６】
当業者は、ＦＡＣＳ分析が、別個の細胞集団を同定し、計数し、選別するための単一の抗体もしくは複数の抗体で行われ得ることを認識する。例えば、単一抗体での細胞集団標識が検出され得、上記特定のマーカーを発現しない細胞から選別され得る（例えば、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団は、ＦｏｘＰ３に特異的な抗体によって同定され得る；ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞集団は、ＩＦＮ−γに特異的な抗体によって同定され得る；そしてＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団は、ＩＬ１７Ａに特異的な抗体によって同定され得る）。
【００６７】
複数のレーザーおよび蛍光検出器を備えたＦＡＣＳ機器は、複数の抗体標識の使用を可能にし、標的細胞集団を正確に同定し得る。検出を達成するために、細胞は、複数の抗体（各々、異なる蛍光標識でタグ化される）で標識され得る。例えば、血液サンプルは、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団の検出のために、ＡＰＣ標識マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体およびＰＥ標識抗ヒトＦｏｘＰ３抗体で同時に標識され得る。別の実施形態において、組織サンプルは、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団の検出のために、ＡＰＣ標識マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体およびＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７マウス抗ヒトＩＬ１７Ａ抗体で標識され得る。
【００６８】
ＦＡＣＳ分析によってＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞集団、および／もしくはＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団を決定するために使用され得る例示的抗体としては、ヒトＣＣＲ９に対する蛍光標識抗体（例えば、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）標識マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｃａｔａｌｏｇ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  ＦＡＢ１７９ＡおよびＦＡＢ１７９１Ａ）、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ（登録商標）  ６４７マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｇｅｎ，カタログ番号５５７９７５）、フルオレセイン標識マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＦＡＢ１７９Ｆ）、およびフィコエリトリン（ＰＥ）標識マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＦＡＢ１７９Ｐ））が挙げられる。
【００６９】
ＦＡＣＳ分析によってＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団およびＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団を決定するために使用され得る例示的抗体としては、ヒトＦｏｘＰ３に対する蛍光標識抗体（例えば、フィコエリトリン（ＰＥ）標識抗ヒトＦｏｘＰ３抗体（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ，カタログ番号１３０−０９３−０１４）、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）標識抗ヒトＦｏｘＰ３抗体（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ，カタログ番号１３０−０９３−０１３）、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ（登録商標）  ６４７マウス抗ヒトＦｏｘＰ３抗体（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｇｅｎ，カタログ番号５６００４５）、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ（登録商標）  ４８８マウス抗ヒトＦｏｘＰ３抗体（ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ，カタログ番号ＭＣＡ２３７６Ａ４８８）、およびＦＩＴＣ標識マウス抗ヒトＦｏｘＰ３抗体（Ａｂｃａｍ，カタログ番号ａｂ９３５１２））が挙げられる。
【００７０】
ＦＡＣＳ分析によってＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞集団およびＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞集団を決定するために使用され得る例示的抗体としては、ヒトＩＦＮ−γに対する蛍光標識抗体（例えば、ＦＩＴＣ標識マウス抗ヒトＩＦＮ−γ抗体（Ａｂｃａｍ，カタログ番号ａｂ４７３４４）、フィコエリトリン（ＰＥ）標識マウス抗ヒトＩＦＮ−γ抗体（Ａｂｃａｍ，カタログ番号ａｂ４７３４５、およびＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＩＣ２８５Ｐ）、およびフルオレセイン標識マウス抗ヒトＩＦＮ−γ抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＩＣ２８５Ｆ）が挙げられる。
【００７１】
ＦＡＣＳ分析によってＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団およびＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団を決定するために使用され得る例示的抗体としては、ヒトＩＬ１７Ａに対する蛍光標識抗体（例えば、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７マウス抗ヒトＩＬ１７Ａ抗体（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，カタログ番号５１−７１７９−４２）、フィコエリトリン（ＰＥ）標識マウス抗ヒトＩＬ１７Ａ抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＩＣ３１７１Ｐ）、およびアロフィコシアニン（ＡＰＣ）標識マウス抗ヒトＩＬ１７Ａ抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＩＣ３１７１Ａ）が挙げられる。
【００７２】
ＦＡＣＳ分析によってＣＤ１０３＋  Ｔ細胞集団およびＦｏｘＰ３＋  ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞集団を決定するために使用され得る例示的抗体としては、ヒトＣＤ１０３に対する蛍光標識抗体（例えば、フィコエリトリン標識マウス抗ヒトインテグリンαＥモノクローナル抗体（Ａｂｃａｍ，カタログ番号ａｂ３３２６７）およびＦＩＴＣ標識マウス抗ヒトＣＤ１０３モノクローナル抗体（ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ，カタログ番号ＭＣＡ１４１６ＦＴ）が挙げられる。
【００７３】
ＦＡＣＳ分析によってα４β７＋  Ｔ細胞集団を決定するために使用され得る例示的抗体としては、ヒトα４β７に対する蛍光標識抗体（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから入手可能である）が挙げられる。
【００７４】
別の実施形態において、細胞集団の量は、フローサイトメトリーによって上記細胞を選別し、次いで、上記選別された細胞集団に由来するＣＣＲ９、ＦｏｘＰ３、ＩＦＮ−γ、およびＩＬ１７Ａからなる群より選択される少なくとも１種のマーカーをコードするＲＮＡの量を測定する工程によって決定される。ＲＮＡ単離および定量のための方法は、当該分野で周知である。
【００７５】
免疫組織化学
別個の細胞集団はまた、免疫組織化学（ＩＨＣ）によって決定され得る。具体的には、所定の細胞集団中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の数は、ＩＨＣによって決定され得る（例えば、可視化され得る）。例えば、ＩＨＣによるＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団のアッセイは、例えば、ＣＣＲ９タンパク質に対する少なくとも１種の抗体、例えば、少なくとも１種の抗ＣＣＲ９抗体、およびＦｏｘＰ３抗体に対する少なくとも１種の抗体、例えば、少なくとも１種の抗ＦｏｘＰ３抗体を必要とする。例示的実施形態において、上記抗ＣＣＲ９抗体および抗ＦｏｘＰ３＋  抗体は、異なる標識（例えば、異なる蛍光標識）で標識される。特定の実施形態において、上記抗ＣＣＲ９抗体および上記抗ＦｏｘＰ３抗体は、異なる抗体（例えば、マウス、ラット、ウサギなど）であり、従って、標識された、例えば、蛍光二次抗体によって差次的検出のために提供する。
【００７６】
ＩＨＣ研究に関して、例えば、パラフィン包埋ホルマリン固定組織サンプルは、切片、例えば、５ミクロン切片へとスライスされ得る。代表的には、上記組織切片は、上記組織材料を集めて保存する最初のプロセスにおいて固定されたタンパク質の抗原性構造を回復するような方法において、最初に処理される。次いで、スライドは、上記検出抗体による非特異的結合を妨げるためにブロックされる。次いで、例えば、ＣＣＲ９、ＦｏｘＰ３、ＩＦＮ−γ、および／もしくはＩＬ１７Ａタンパク質の存在は、上記抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体、および／もしくは抗ＩＬ１７Ａ抗体の、それぞれのタンパク質への結合によって検出される。上記検出（一次）抗体は、蛍光標識に、直接的にもしくは間接的にのいずれかで（例えば、上記検出（一次）抗体を特異的に認識する二次抗体もしくはポリマーを介して）連結される。代表的には、上記組織切片は、洗浄され、工程間に非特異的タンパク質（例えば、ウシ血清アルブミン）でブロックされる。上記サンプルは、ヘマトキシリンおよび／もしくはエオシンで対比染色され得る。
【００７７】
ＩＨＣに適した抗ＣＣＲ９抗体は、市販されている（例えば、Ｅｎｚｏ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓのヤギ抗ヒトＣＣＲ９ポリクローナル抗体（カタログ番号ＡＬＸ−２１０−８４７−Ｃ２００）、ＧｅｎＷａｙ  Ｂｉｏｔｅｃｈのウサギ抗ヒトＣＣＲ９ポリクローナル抗体（カタログ番号１８−４６１−１０２６９−０．０５  ｍｌ）、Ｎｏｖｕｓ  ＢｉｏｌｏｇｉｃａｌｓのＣＣＲ９抗体（カタログ番号ＮＢＰ１−４４２０１）、およびＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓのマウス抗ヒトＣＣＲ９モノクローナル抗体（カタログ番号ＭＡＢ１７９））。
【００７８】
ＩＨＣに適した抗ＦｏｘＰ３抗体は、市販されている（例えば、Ａｂｂｉｏｔｅｃのウサギ抗ＦｏｘＰ３ポリクローナル抗体（カタログ番号２５０６５５）、Ａｂｇｅｎｔのヤギ抗ヒトＦｏｘＰ３ポリクローナル抗体（カタログ番号ＡＦ１４３８ａ）、ＬｉｆｅＳｐａｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのマウス抗ヒトＦｏｘＰ３モノクローナル抗体（カタログ番号ＬＳ−Ｃ５１５７６−４０）、およびＭＢＬ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌのマウス抗ヒトＦｏｘＰ３モノクローナル抗体（カタログ番号Ｍ１２０−３））。
【００７９】
ＩＨＣに適した抗ＩＦＮ−γ抗体は、市販されている（例えば、Ａｂｂｉｏｔｅｃのウサギ抗ＩＦＮ−γポリクローナル抗体（カタログ番号２５０７０７）、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄのマウス抗ヒトＩＦＮ−γモノクローナル抗体（カタログ番号５０６５１２）、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓのヤギ抗ヒトＩＦＮ−γモノクローナル抗体（カタログ番号ＡＦ−２８５−ＮＡ）、およびＣｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓのウサギ抗ヒトＩＦＮ−γポリクローナル抗体（カタログ番号ＣＰ２００８））。
【００８０】
ＩＨＣに適した抗ＩＬ１７Ａ抗体は、市販されている（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐのウサギ抗ヒトＩＬ１７Ａポリクローナル抗体（カタログ番号１３０８２−１−ＡＰ）およびＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓのヤギ抗ヒトＩＬ１７ポリクローナル抗体（カタログ番号ＡＦ−３１７−ＮＡ））。
【００８１】
ＩＨＣに適した抗ＣＤ１０３抗体は、市販されている（例えば、Ａｂｃａｍのマウス抗ヒトインテグリンαＥモノクローナル抗体（カタログ番号ａｂ３３２６６）およびＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃのマウス抗ヒトＣＤ１０３モノクローナル抗体（カタログ番号Ｐ３８５７０））。
【００８２】
抗インテグリンα４β７抗体は、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから市販されている。
【００８３】
細胞ベースの酵素結合イムノソルベントアッセイ
いくつかの実施形態において、細胞集団は、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって同定され得る。具体的には、所定の細胞集団中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞は、例えば、細胞ベースのＥＬＩＳＡによって決定され得る。例えば、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  細胞集団をＥＬＩＳＡによってアッセイすることには、ＣＣＲ９タンパク質の対する少なくとも１種の抗体（例えば、少なくとも１種の抗ＣＣＲ９抗体）、ＦｏｘＰ３タンパク質に対する少なくとも１種の抗体（例えば、少なくとも１種の抗ＦｏｘＰ３抗体）、および／もしくは少なくとも１種の二次抗体（例えば、少なくとも１種の標識二次抗体）が必要とされる。例示的実施形態において、上記抗ＣＣＲ９抗体および上記抗ＦｏｘＰ３抗体は、いずれも標識されていないか、または異なる標識（例えば、異なる蛍光標識）で標識されている。特定の実施形態において、上記抗ＣＣＲ９抗体および上記抗ＦｏｘＰ３抗体は、異なる抗体（例えば、マウス、ラット、ウサギなど）であり、従って、標識された（例えば、蛍光もしくは酵素結合）二次抗体による差次的検出を提供する。
【００８４】
ＥＬＩＳＡ（例えば、細胞ベースのＥＬＩＳＡ）を行うには、少なくとも１種の捕捉抗体、少なくとも１種の検出抗体、および／または少なくとも１種の酵素結合もしくは蛍光標識の二次抗体が必要とされる。例えば、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  細胞集団を上記細胞ベースのＥＬＩＳＡによってアッセイするには、ポリクローナル抗ＣＣＲ９抗体が上記捕捉抗体として必要とされ得る。上記ポリクローナル抗ＣＣＲ９抗体は、固体支持体（例えば、ポリスチレンマイクロタイタープレート）上に固定化される。次いで、血液サンプルもしくは組織サンプルから得られた細胞が添加され、上記結合した抗体と複合体化させられる。結合していない細胞は洗浄で除去される。検出抗体（例えば、モノクローナル抗ＦｏｘＰ３抗体）が添加され、上記細胞へと結合させられる。上記検出抗体は、酵素に、直接的にもしくは間接的にのいずれかで、例えば、上記検出抗体を特異的に認識する二次抗体を介して結合されている。代表的には、各工程の間に、上記プレートと結合した細胞とは、洗浄緩衝液（例えば、穏和な界面活性剤溶液）で洗浄される。代表的なＥＬＩＳＡプロトコルはまた、１回以上のブロッキング工程を含み、それは、上記プレートへのタンパク質試薬の所望でない非特異的結合をブロックするために非特異的に結合するタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミン）の使用を包含する。最終洗浄工程の後に、上記プレートは、目に見えるシグナルを生成するために適切な酵素基質の添加によって発色させられ、上記シグナルは、上記サンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  細胞の量を示す。上記基質は、例えば、色素形成基質もしくは蛍光原基質であり得る。
【００８５】
ＥＬＩＳＡ法、試薬および装置は、当該分野で周知であり、市販されている。
【００８６】
ＥＬＩＳＡに適した多くの抗ＣＣＲ９抗体は、市販されている（例えば、Ａｂｃａｍの抗ＣＣＲ９ポリクローナル抗体（カタログ番号ａｂ３８５６７）、Ｅｎｚｏ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓのヤギ抗ヒトＣＣＲ９ポリクローナル抗体（カタログ番号ＡＬＸ−２１０−８４７−Ｃ２００）、およびＮｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓのウサギ抗ヒトＣＣＲ９ポリクローナル抗体（カタログ番号Ｈ０００１０８０３−Ｄ０１Ｐ））。
【００８７】
ＥＬＩＳＡに適した多くの抗ＦｏｘＰ３抗体は、市販されている（例えば、Ａｂｂｉｏｔｅｃのウサギ抗ＦｏｘＰ３ポリクローナル抗体（カタログ番号２５０６５５）、Ａｂｇｅｎｔのヤギ抗ヒトＦｏｘＰ３ポリクローナル抗体（カタログ番号ＡＦ１４３８ａ）、およびＬｉｆｅＳｐａｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのマウス抗ヒトＦｏｘＰ３モノクローナル抗体（カタログ番号ＬＳ−Ｃ８２１１９−１００））。
【００８８】
ＥＬＩＳＡに適した多くの抗ＩＦＮ−γ抗体は、市販されている（例えば、Ａｂｂｉｏｔｅｃのウサギ抗ＩＦＮ−γポリクローナル抗体（カタログ番号２５０７０７）、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄのマウス抗ヒトＩＦＮ−γモノクローナル抗体（カタログ番号５０７５０２）、およびＣｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓのウサギ抗ヒトＩＦＮ−γポリクローナル抗体（カタログ番号ＣＰ２００８））。
【００８９】
ＥＬＩＳＡに適した抗ＩＬ１７Ａ抗体は、市販されている（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐのウサギ抗ヒト  ＩＬ１７Ａ  ポリクローナル抗体（カタログ番号１３０８２−１−ＡＰ）、およびＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓのヤギ抗ヒトＩＬ１７モノクローナル抗体（カタログ番号ＭＡＢ３１７））。
【００９０】
ＥＬＩＳＡに適した抗ＣＤ１０３抗体は、市販されている（例えば、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓのウサギ抗ヒトインテグリンαＥ抗体（カタログ番号３６５２０００２））。
【００９１】
抗インテグリンα４β７抗体は、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから市販されている。
【００９２】
別の実施形態において、細胞集団の量は、フローサイトメトリーによって上記細胞を選別し、次いで、上記選別された細胞集団に由来するＣＣＲ９、ＦｏｘＰ３、ＩＦＮ−γ、およびＩＬ１７Ａからなる群より選択される少なくとも１種のマーカーをコードするＲＮＡの量を測定することによって決定される。ＲＮＡ単離および定量の方法は、当該分野で周知である。
【００９３】
コントロールサンプル
コントロールサンプルは、抗ＳＭＡＤ７治療での処置の前に上記被験体から得られたサンプル（例えば、血液サンプルもしくは組織サンプル）を含み得る。上記コントロールサンプルは、被験体の処置への進捗をモニターするためのベースラインを提供する。コントロールサンプルは、上記抗ＳＭＡＤ７治療が最初に施されるその日に（例えば、処置レジメンの１日目に）、上記被験体から得られ得る。他の実施形態において、コントロールサンプルは、抗ＳＭＡＤ７治療を開始する１日前に（例えば、処置レジメンの０日目に）被験体から得られ得る。あるいは、コントロールサンプルは、抗ＳＭＡＤ７治療を開始する２日前、３日前、４日前、５日前、６日前、７日前またはそれより前に、被験体から得られ得る。例えば、特定の細胞サンプルのアップレギュレーションもしくはダウンレギュレーションは、治療（例えば、抗ＳＭＡＤ７治療）への被験体の応答をモニターするために、処置前に（例えば、コントロールサンプル）、処置の間に、および／もしくは処置後に、測定され得る。
【００９４】
いくつかの実施形態において、コントロールレベルは、被験体における特定の細胞集団の長期間のモニタリングに基づいて、上記被験体について確立され得る。このような場合に、被験体が抗ＳＭＡＤ７治療による複数回の処置を受け得ることが企図される。複数回の処置後に検出される特定の細胞集団の量は、上記被験体が治療に応答したか否か、および／もしくはさらなる抗ＳＭＡＤ７治療での処置に応答する可能性があるか否かを決定するために、上記被験体の以前のコントロールレベルと比較され得る。他の実施形態において、被験体のコントロールレベルもしくはベースラインレベルは、時間をわたって得られた（例えば、数週間、数ヶ月もしくは数年の過程にわたって得られた）複数のベースラインサンプルから決定された特定の細胞集団の平均測定値に基づいて確立され得る。よって、本明細書で開示されるとおりに行われる任意の試験もしくはアッセイは、以前のもしくは確立されたコントロールレベルと比較され得、例えば、上記被験体が１回より多くの抗ＳＭＡＤ７治療での処置を受けている場合、比較のために新たなコントロールサンプルを上記被験体から得ることは必須ではないかもしれない。
【００９５】
データ解釈
抗ＳＭＡＤ７治療での処置への被験体の応答性は、処置前に上記被験体から得られたコントロールサンプルに関して解釈され得る。被験体は、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において増大があるか、または上記コントロールサンプルと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量において減少がある場合、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に対して感受性（例えば、応答性もしくは応答する可能性がある）と同定され得る。上記サンプルは、処置に対する感受性を決定するために、治療開始後８日目もしくはこれ以降に得られ得る。いくつかの実施形態において、上記サンプルは、２８日間、５６日間、および／もしくは８４日間、ならびに／またはこれ以降に得られ得る。他の実施形態において、上記サンプルは、処置に対する感受性をモニターするために、治療開始後８日目の後、例えば、１週間、２週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、および／もしくは１年間以降に得られ得る。
【００９６】
あるいは、被験体は、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞の量において減少があるか、または上記コントロールサンプルと比較して、上記被験体から得られたサンプル中のＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞および／もしくはＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞の量において増大がある場合、抗ＳＭＡＤ７治療での処置に耐性（例えば、非応答性もしくは応答する可能性が低い）と同定され得る。上記サンプルは、処置への耐性を決定するために、治療の開始後８日目もしくはこれ以降に得られ得る。いくつかの実施形態において、上記サンプルは、最初の処置後２８日間、５６日間、８４日間もしくはこれ以降に得られ得る。他の実施形態において、上記サンプルは、処置への感受性をモニターするために、治療開始後８日目の後、例えば、１週間、２週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、および／もしくは１年以降に得られ得る。
【００９７】
試験キット
本発明は、本明細書で開示される方法を行うために特定の成分を含む試験キットを包含する。試験キットは、開示されるアッセイを行うにあたって便宜性、速度および再現性を高め得る。例えば、例示的ＦＡＣＳベースの試験キットは、細胞を同定し、選別し、計数するための抗体（例えば、抗ＣＣＲ９抗体、抗ＦｏｘＰ３抗体、抗ＩＦＮ−γ抗体および／もしくは抗ＩＬ１７Ａ抗体）を含み得る。他の実施形態において、上記試験キットは、抗体のみならず、ＦＡＣＳ技術を使用して細胞を同定し、選別し、計数するための緩衝液、試薬および詳細な指示書をも含む。いくつかの実施形態において、上記キットは、上記細胞および／もしくは組織サンプルを除いて、試験プロトコルおよび上記試験に必要とされる全ての消耗品成分を含む。
【００９８】
例示的なＩＨＣベースの試験キットは、ＩＨＣによって細胞集団を決定するための材料を含み得る。ＩＨＣキットは、例えば、ＣＣＲ９タンパク質に対する一次抗体（例えば、マウス抗ヒトＣＣＲ９抗体）および、ＦｏｘＰ３タンパク質に対する一次抗体（例えば、マウス抗ヒトＦｏｘＰ３抗体）、およびレポーター酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ）に結合体化される二次抗体を含み得る。他の実施形態において、上記試験キットは、抗体のみならず、ＩＨＣ技術を使用して細胞集団を同定するための緩衝液、試薬および詳細な指示書をも含み得る。
【００９９】
例示的なＥＬＩＳＡベースの試験キットは、ＥＬＩＳＡによって細胞集団を決定するための材料を含み得る。細胞ベースのＥＬＩＳＡキットは、例えば、ＣＣＲ９タンパク質に対する捕捉抗体（例えば、ウサギ抗ヒトＣＣＲ９ポリクローナル抗体）およびＦｏｘＰ３タンパク質に対する検出抗体（例えば、マウス抗ヒトＦｏｘＰ３モノクローナル抗体）、ならびに／またはレポーター酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ）に結合体化される二次抗体を含み得る。他の実施形態において、上記試験キットは、抗体のみならず、ＥＬＩＳＡ技術を使用して細胞集団を同定するための緩衝液、試薬および詳細な指示書をも含む。
【実施例】
【０１００】
本発明は、以下の実施例によってさらに例示される。実施例は、例示目的で提供されるに過ぎず、本発明の範囲もしくは内容を限定するとは如何様にも解釈されるべきではない。
【０１０１】
実施例１：ＣＤ患者における抗ＳＭＡＤ７アンチセンス処置の安全性および効力を評価するための第Ｉ相臨床試験
活発なＣＤを有する１５名の患者を、ＣＤを処置するための抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療の安全性および効力を評価するために、第Ｉ相臨床試験に登録した。患者を、２１名の志願者の群から最初にスクリーニングし、登録者（ｅｎｒｏｌｌｅｅ）を３つの等しいサイズのコホートのうちの１つに割り当てた（図２）。登録患者の中で人口統計学的特徴および臨床的特徴において有意差はなかった。しかし、コホート１の患者は、他の２つのコホートの患者と比較して、より長い疾患継続期間を有し、コホート１およびコホート２の患者は、コホート３の患者と比較して、より頻繁に腸切除を受けていた（図３）。上記患者は、ＧＥＤ−０３０１（Ｓｍａｄ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ（ここでＸは、５−メチル−２’−デオキシシチジン  ５’  モノホスフェート（５−Ｍｅ−ｄＣ）である（配列番号６））の４０ｍｇ／日（Ｎ＝５；コホートＩ）；８０ｍｇ／日（Ｎ＝５；コホート２）；もしくは１６０ｍｇ／日（Ｎ＝５；コホート３）を７日間にわたって受けた。
【０１０２】
以下の基準全てを満たす患者は、含まれる資格があった：  １．）任意の研究関連手順の前に上記患者が自署し、日付を入れた、書面によるインフォームド・コンセント；２．）１８〜４５歳の男性患者もしくは女性患者；３．）妊娠の可能性のない女性患者；スクリーニング時に妊娠試験陰性であり、研究の間に有効な避妊方法を使用している妊娠の可能性のある女性患者；４．）スクリーニングの通院時に活発なＣＤを有する患者（登録前の少なくとも１週間にわたって＞２２０かつ≦４００のＣＤＡＩスコアと定義される）；５．）回腸末端部および／もしくは右結腸に限定されたＣＤ；６．）登録前の９０日間で抗ＴＮＦ−α、他の生物製剤、免疫抑制剤（例えば、アザチオプリン、メルカプトプリン、メトトレキサート）での処置なし；７．）ステロイド耐性もしくはステロイド依存性を有する患者；ならびに８．）研究手順および制限を理解しかつ従う能力があること。
【０１０３】
以下の基準のうちのいずれかを満たす場合、上記研究から被験体を排除した：１．）妊婦中もしくは授乳中の女性；２．）胃および／もしくは近位小腸に影響を及ぼすＣＤを有する患者または横行結腸および／もしくは左結腸に限局された病変を有する患者；３．）免疫調節剤および生物製剤（例えば、アザチオプリン、メルカプトプリン、メトトレキサート、インフリキシマブ、アダリムマブ  ナタリズマブ）の、最初の投与前９０日間での使用；４．）局所合併症（例えば、膿瘍、狭窄およびフィステル）、異形成および悪性疾患、ならびに腸外発現の存在；５．）ＣＤ狭窄に関して、以前の内視鏡バルーン拡張、狭窄形成術もしくは外科的切除；６．）直腸結腸切除術を受けた患者；７．）以下の試験変化のうちのいずれか：ＡＰＴＴ＞１．５  正常値上限（Ｕｐｐｅｒ  Ｌｉｍｉｔ  ｏｆ  Ｎｏｒｍａｌｉｔｙ）（ＵＬＮ）；血小板数≦１００，０００／ｍｍ３；血清クレアチニン＞１．５  ＵＬＮ；総ビリルビン＞１．５  ＵＬＮ（ジルベール症候群を除く）；ＡＳＴおよびＡＬＴ＞１．５  ＵＬＮ；補正ＱＴ間隔＞４５０ｍ秒（男性に関して）および＞４７０ｍ秒（女性に関して）；８．）重大な、重篤なもしくは不安定な（急性のもしくは進行性の）身体疾患もしくは精神疾患の現在もしくは関連のある以前の病歴（処置を必要とし得る（例えば、腎臓もしくは肝臓の障害）か、または上記被験体が上記研究を完全に終える可能性をなくする感染症、悪性疾患、医学的障害、あるいは上記研究医薬適用もしくは手順から過度のリスクをもたらす任意の状態を含む）；９．）喫煙するか、もしくはそうでなければ煙草製品を消費する患者；１０．）昨年内にアルコールもしくは他の物質の濫用の病歴；１１．）不十分な信頼性を潜在的に示す（例えば、精神状態が悪い）患者；１２．）オリゴヌクレオチドもしくは上記研究生成物における任意の成分に対する既知の過敏反応；１３．）無作為化前に過去１２ヶ月以内に、別の調査中の薬剤を使用したか、または臨床試験に参加した患者。
【０１０４】
ＧＥＤ−０３０１の安全性を、以下を考慮することによって毎日評価した：身体検査、体重（Ｋｇ）、生命徴候（収縮期血圧および拡張期血圧、心拍数、呼吸数、体温）、ＥＣＧ（１２誘導）、ＡＥおよびＳＡＥの収集。血液サンプルを、以下についてチェックした：ヘモグロビン、ヘマトクリット、平均血球容積（ｍｅａｎ  ｃｅｌｌ  ｖｏｌｕｍｅ）、赤血球数、総白血球数および白血球分画、ＭＣＨ、血小板数、プロトロンビン時間、活性化部分トロンボプラスチン時間、クレアチニン、ＢＵＮ、グルコース、尿酸、タンパク質、ビリルビン、アルカリホスファターゼ、ＣＰＫ、ＡＳＴ、ＡＬＴ、γ−ＧＴ、Ｎａ、Ｋ、コレステロールおよびトリグリセリド、補体活性化（Ｂｂ、Ｃ５ａおよびＣ３ａをモニターすることによる）。尿検査（ｐＨ、ケトン、白血球、タンパク質、グルコース、細胞細菌学試験（ｃｙｔｏ−ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｅｘａｍｉｎａｔｉｏｎ））もまた行った。
【０１０５】
生命徴候における一貫した実験異常も変化も、上記研究の間にいかなる患者においても示されなかった。補体因子の血清レベルにおける有意な増大は示されなかった。３つのコホートにおけるサンプル全ては、１１．２ｎｇ／ｍｌ  ＧＥＤ０３０１の結果を与えたコホート１の１名の患者の１サンプル（患者５、７日目、６時間）を除いて、定量の下限を下回る値を得た。
【０１０６】
重度の有害事象は記録されなかった。２５の有害事象（ＡＥ）が１１名の患者において記録され、最も共通する事象は、軽度と報告された（図４）。研究者らは、ＡＥを１４（５６％）症例において処置に関連しないと評価した。これら１４のＡＥのうちの１１は、実験異常を含め、薬物投与前に８名の患者において記録された。ＡＥは、１２症例（４８％）において上記研究薬物に関連する可能性はなく、おそらく１症例（４％）において上記研究薬物と関連するとみなされた。これは、上記研究薬物の投与の間に血清トリグリセリド計数の増大であった。処置によって生じたＡＥにおいて明らかな用量−応答関係はなかった。コホート２の１名の患者は、８４日目に上記疾患の軽度再発があったが、コホート３の別の患者は、異常な疼痛および嘔吐の２つの重篤なエピソードを経験し、これらは、ステロイドでの毎日の処置を必要とした。８０ｍｇ／日で処置した１名の患者は、１日目に高い拡張時血圧を、８４日目に、ＧＥＤ０３０１投与後数分間、Ｔ波反転（胸部誘導において）を経験した。循環器専門医による注意深い検査の後、これらＡＥの両方を、最近数ヶ月間にわたって患者が受けたブデソニド処置に続発的であるとみなされた。アレルギー性鼻炎のエピソードは、３１日目に、アレルギー性疾患の病歴を有する１名の患者において記録された。このＡＥは、抗ヒスタミン化合物の１回の投与直後に解決した。
【０１０７】
独立安全委員会（と毒物学、薬剤監視および臨床炎症性腸疾患における専門家）が、安全性パラメーターをモニターしかつ評価するために指名された。１日目および７日目に、血液サンプルをまた、薬物動態分析のために、および末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）単離のために、投与後０時間、２時間、６時間、１２時間および２４時間で採取した。処置の効力を、異なる時点（例えば、８日目、２８日目、６０日目、および９０日目）で、寛解基準（ＣＤＡＩ＜１５０）を満たしたかもしくはＣＤＡＩスコアにおけるベースラインから７０点以上の減少として規定される臨床応答を達成した患者の数を評価することによって確立した。
【０１０８】
実施例２：ＳＭＡＤ７は、ヒト腸腺およびパイエル板において発現される
腸サンプルは、慢性的に活発な疾患のために外科的切除を受けており、医学的処置に十分に応答しない４名のＣＤ患者から利用可能であった。これらサンプルを、免疫組織化学によるＳＭＡＤ７の分析のために使用した。
【０１０９】
ＣＤを有する患者の組織切片を切り出し、脱パラフィン化し、キシレンおよびエタノールを通して脱水した。抗原回復の目的で、上記スライドを、０．０１Ｍ  クエン酸緩衝液（ｐＨ６）中に１０分間にわたってマイクロ波オーブン中でインキュベートした。内因性ペルオキシダーゼをブロックするために、上記スライドを、次に、２％  Ｈ２Ｏ２中で２０分間にわたって室温でインキュベートした。マウス抗ヒトＳＭＡＤ７抗体でのインキュベーションを、室温において１時間にわたって行った。Ｔｒｉｓ緩衝化食塩水中ですすいだ後、スライドを、西洋ワサビペルオキシダーゼに結合体化したウサギ抗マウス抗体とともに３０分間にわたって室温でインキュベートした。免疫反応性細胞を、基質としてジアミノベンジジンを添加することによって可視化し、ヘマトキシリンで軽く対比染色した。陰性コントロールとして、組織切片を、一次ＳＭＡＤ７抗体の代わりに、精製した正常ウサギ抗血清を使用して処理した。
【０１１０】
これら研究から、ＳＭＡＤ７は、ヒト腸腺およびパイエル板において発現されることが示された（図５）。この観察は、配列番号６を有するＳＭＡＤ７のダウンレギュレーションもしくはノックダウンが、ＴＧＦ−β１がこれら構造において作用することを可能にし得、従って、炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ）を発現するＴ細胞の割合を減少させ、調節性Ｔ細胞（これは、本明細書でＴｒｅｇといわれる）のパーセンテージを高めることを示唆する。
【０１１１】
実施例３：抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド処理は、培養Ｔ細胞における炎症性サイトカインの発現を調節する
培養ＣＣＲ９陽性細胞における炎症性サイトカインの発現に対するＧＥＤ０３０１の効果を調査した。ＣＣＲ９陽性細胞に対するＧＥＤ０３０１曝露の効果を決定するために、ＰＢＭＣ（治験に登録されなかった活発なステロイド依存性ＣＤ患者５名から単離した）を、ペニシリン（１００Ｕ／ｍｌ）およびストレプトマイシン（１００Ｕ／ｍｌ）を補充したＸ  ｖｉｖｏ無血清培養培地（Ｌｏｎｚａ，Ｖｅｒｖｉｅｒｓ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）中で再懸濁し、Ｓｍａｄ７アンチセンス（ＧＥＤ０３０１）もしくはセンスオリゴヌクレオチド（２μｇ／ｍｌ）の存在下もしくは非存在下で、４８時間にわたって培養した。Ｓｍａｄ７アンチセンスおよびセンスオリゴヌクレオチドの両方を、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ  ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）と合わせて、培養細胞の効率的トランスフェクションを促進した。細胞を染色し、各処理条件下で、ＣＣＲ９＋  集団もしくはβ７＋  集団内のＩＦＮ−γもしくはＩＬ１７Ａのいずれかを発現するＴ細胞のパーセンテージを決定するために、ＣＣＲ９、β７、ＩＦＮ−γ、およびＩＬ１７Ａに対して指向される抗体を使用して、フローサイトメトリーによって分析した。
【０１１２】
上記の培養ＰＢＭＣに由来するＣＣＲ９＋  集団およびβ７＋  集団中のＩＦＮ−γおよびＩＬ１７Ａの発現を、ＧＥＤ０３０１が、ＣＣＲ９＋  細胞における炎症性サイトカインの発現を直接阻害するか否かを決定するために分析した。ＣＤ  ＰＢＭＣの、ＧＥＤ０３０１（Ｓｍａｄ７アンチセンス）での処理は、ＩＦＮ−γ発現およびＩＬ−１７Ａ発現ＣＣＲ９＋  細胞（図６Ａ）のパーセンテージを有意に減少させたが、サイトカイン発現β７＋  細胞の割合は、変化しないままであった（図６Ｂ）。例えば、ＩＦＮ−γを発現するＣＣＲ９＋  細胞のパーセンテージは、非処理細胞において７８．９±７．３；センス鎖で処理した細胞において７８．３±７．３；およびＧＥＤ０３０１で処理した細胞において５４±７．２であった。同様に、ＩＬ−１７Ａを発現するＣＣＲ９＋  細胞のパーセンテージは、非処理細胞において７７．４±７．３；センス鎖で処理した細胞において７４．３±６．４；およびＧＥＤ０３０１で処理した細胞において５３．９±５．７であった。対照的に、ＩＦＮ−γを発現する未処理、センス処理およびＧＥＤ０３０１処理のβ７＋  細胞のパーセンテージは、それぞれ、１３．１±１．２；１１．７±０．７、および１１±０．８であった。ＩＬ−１７Ａを発現する未処理、センス処理およびＧＥＤ０３０１処理のβ７＋  細胞のパーセンテージは、１２．１±１．５；１０．４±１．２、および１０．６±１．１であった。従って、培養ＣＣＲ９＋  ＣＤ  ＰＢＭＣの、ＧＥＤ０３０１への直接曝露から、炎症性サイトカインの減少した発現が生じる。
【０１１３】
実施例４：抗ＳＭＡＤ７  アンチセンスオリゴヌクレオチド処理は、Ｔ細胞集団の発現を調節する
この実施例は、循環するＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞およびインテグリンα４β７＋  Ｔ細胞の割合を調査する研究を記載する。なぜなら、これらＴｒｅｇ細胞集団の活性化状態は、腸の小胞およびパイエル板において起こる免疫応答を反映するからである。以下で記載される研究において、試験した各コホートに関して、Ｔ細胞集団を０日目に測定して、各患者のベースライン測定値を決定した。ＧＥＤ−０３０１を実施例１において上記のように７日間にわたって投与し、Ｔ細胞集団を再び、８日目、２８日目に、およびいくつかの細胞集団については８４日目に測定した。
【０１１４】
Ｔｒｅｇの末梢プールの操作は、免疫媒介性疾患および移植の処置のための特定の焦点であった。以前の研究から、末梢血Ｔｒｅｇの数は、抗ＴＮＦα抗体によって増大され得ること、そして増大は、抗ＴＮＦα治療に応答する患者でのみ見いだされることが示された。Ｔｒｅｇに対する抗ＴＮＦα治療の効果は、ＴＧＦ−β１によって媒介され得る。
【０１１５】
ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド治療の効果は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド治療が、増強したＴＧＦ−β１活性の結果としてＴｒｅｇの数を正に調節するか否かを決定するために調節した。ＳＭＡＤ７アンチセンス治療の効果はまた、このような処置が循環するＦｏｘＰ３＋  Ｔｒｅｇの数の変化をもたらすか否か、およびこの効果がエフェクターＴｈ１／Ｔｈ１７細胞のパーセンテージにおける変化と関連するか否かを決定するために研究した。
【０１１６】
さらに、ＣＣＲ９＋  Ｔ細胞は、クローン病を有する患者の末梢循環において富化され、粘膜Ｔ細胞特徴（活性化表現型、ＣＤ２活性化への応答性、および炎症性（例えば、ＩＦＮ−γ）および調節性（例えば、ＩＬ１０）サイトカインの両方を作製する能力を含む）を有する。ＳＭＡＤ７アンチセンス治療の効果もまた、このような処置が、循環ＣＣＲ９＋  細胞の数の変化をもたらすか否かを決定するために研究した。
【０１１７】
ＰＢＭＣ単離およびフローサイトメトリー分析のために、血液サンプル（１０ｍｇ）をヘパリン含有チューブの中に集め、ＲＰＭＩ  １６４０で希釈し（１：１）、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅを使用して密度勾配遠心分離によって分離した。この目的で、チューブを１８００ｒｐｍにおいて３０分間にわたって遠心分離にかけ、得られたＰＢＭＣを集め、ＲＰＭＩ１６４０中で２回洗浄した。
【０１１８】
ＰＢＭＣを、１０％  不活性化ＦＢＳ、ペニシリン（１００Ｕ／ｍｌ）、およびストレプトマイシン（１００ｍｇ／ｍｌ）を補充したＲＰＭＩ  １６４０中に再懸濁した。細胞を、以下の抗体を使用してフローサイトメトリーによって表現型を特徴付けた：ＡＰＣ標識抗ヒトＣＣＲ９およびＰＥ標識抗ヒトＦｏｘｐ３。全ての抗体を、１：５０最終希釈において使用した。
【０１１９】
ＰＢＭＣをまた、９６ウェルＵ底培養ディッシュ中に播種し、ホルボール１２−ミリステート  １３−アセテート（ＰＭＡ，  １０ｎｇ／ｍｌ）、イオノマイシン（１ｍｇ／ｍｌ）、およびブレフェルジンＡ（１０ｍｇ／ｍｌ）で刺激した。５時間後、細胞を、上記の抗体を使用してＣＣＲ９発現について、ならびにＩＦＮ−γおよびＩＬ−１７Ａに関しては以下の抗体を使用して染色した：ＦＩＴＣ抗ヒトＩＦＮ−γ抗体、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７抗ヒトＩＬ−１７Ａ抗体、およびＰＥ抗ヒトＩＬ１７Ａ抗体。全ての抗体を、１：５０最終希釈において使用した。適切なアイソタイプを合わせたコントロールを、上記実験の全てに含めた。上記ＦＩＴＣ抗ヒトＩＦＮ−γ抗体をＢｅｃｋｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎから得、本明細書で使用した他の抗体全てを、ＥＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから得た。
【０１２０】
値を、メジアンおよび群間の差異として表し、マンホイットニーＵ検定を使用して比較した。統計的有意性（ｐ＜０．０５）を、ウィルコクソンの符号付き順位和検定（Ｗｉｌｃｏｘｏｎ  ｍａｔｃｈｅｄ  ｐａｉｒｓ  ｔｅｓｔ）を使用して決定した。
【０１２１】
炎症性リンパ球／拮抗作用リンパ球（ｃｏｕｎｔｅｒ−ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ）の割合に対するＧＥＤ０３０１処理の効果を調査した。ＧＥＤ０３０１処理は、治験の８日目および２８日目にモニターした場合、循環するＣＤ３＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ２５＋、ＣＤ１６１＋、ＣＤ６２Ｌ＋、α４β７＋、もしくはＣＣＲ９＋  細胞のパーセンテージを有意に変化させなかった（図７）。同様に、ＧＥＤ０３０１処理後にインターロイキン（ＩＬ）−１７Ａ＋  細胞、ＩＬ−１０＋  細胞、ＦｏｘＰ３＋  細胞、インターフェロン（ＩＦＮ）−γ発現およびＩＬ−１７Ａ発現のα４β７＋  細胞、またはＦｏｘＰ３発現ＣＤ１０３＋  細胞の割合において有意な変化は全く観察されなかった。
【０１２２】
表Ｉおよび表Ｉａは、コホート１（７日間にわたって４０ｍｇのＧＥＤ−０３０１／日を受けた）の結果を示す。表Ｉは、０日目、８日目、２８日目の総細胞集団における所定のＴ細胞集団のパーセンテージを示す。表Ｉａは、０日目、８日目、２８日目および８４日目の総細胞集団におけるＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞およびＣＤ１０３＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【０１２３】
表ＩＩは、コホート２（８０ｍｇのＧＥＤ−０３０１／日を７日間にわたって受けた）の結果を示す。表ＩＩは、０日目、８日目、および２８日目の総細胞集団における所定のＴ細胞集団のパーセンテージを示す。表ＩＩａは、０日目、８日目、２８日目および８４日目の総細胞集団におけるＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞およびＣＤ１０３＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【０１２４】
表ＩＩＩは、コホート３（１６０ｍｇのＧＥＤ−０３０１／日を７日間にわたって受けた）の結果を示す。表ＩＩＩは、０日目、８日目、および２８日目の総細胞集団における所定のＴ細胞集団のパーセンテージを示す。表ＩＩＩａは、０日目、８日目、２８日目および８４日目の総細胞集団におけるＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞およびＣＤ１０３＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【０１２５】
表ＩＶは、コホート１〜３の全ての患者の合わせた結果を示す。表ＩＶは、０日目、８日目、および２８日目の総細胞集団における所定のＴ細胞集団のパーセンテージを示す。表ＩＶａは、０日目、８日目、２８日目および８４日目の総細胞集団におけるＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞およびＣＤ１０３＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【０１２６】
【表１】
2014531584.tif 000003
【０１２７】
【表２】
2014531584.tif 000004
【０１２８】
【表３】
2014531584.tif 000005
【０１２９】
上記の表の各々において示されるように、ＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋を発現するＴ細胞集団の有意な減少は、８日目に認められた（例えば、表ＩＶは、０日目において２．８％発現および８日目において１．０％発現を示す；図８Ｂを参照のこと）。
【０１３０】
ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団の減少もまた、認められた（例えば、表ＩＶは、０日目において２．８％発現および８日目において０．４４％発現を示す；図８Ｄを参照のこと）。０日目からの有意な減少もまた、２８日目にＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団において認められた（例えば、表ＩＶは、２８日目において１．００％発現を示す；図８Ｄを参照のこと）。上記減少は、８４日目においてなお存在した（メジアン発現１％；範囲０．０８％〜４．８％）。
【０１３１】
ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団における増大は、８日目から８４日目において認められた（例えば、表ＩＶは、０日目において０．２％発現および８日目において０．５％発現を示す；図８Ｆを参照のこと）。
【０１３２】
ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞集団における有意な減少は、８日目において認められた（例えば、表ＩＶは、０日目において１０．６％発現および８日目において７．２％発現を示す；図８Ａを参照のこと）。
【０１３３】
ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団の減少もまた、認められた（例えば、表ＩＶは、０日目において１．４％発現および８日目において１．１％発現を示す；図８Ｃを参照のこと）。
【０１３４】
ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団における減少もまた、８日目に認められた（例えば、表ＩＶは、０日目において１．７％発現および８日目において１．２３％発現を示す；図８Ｅを参照のこと）。
【０１３５】
ＦｏｘＰ３＋  ＣＤ１０３＋  Ｔ細胞集団において変化なし（例えば、表ＩＶは、０日目において０．２％発現および８日目において０．３４％発現を示す）およびインテグリンα４β７  Ｔ細胞集団において変化なし（例えば、表ＩＶは、０日目において２．７％発現および８日目において２％発現を示す）が認められた。
【０１３６】
表Ｉ〜ＩＶに示される結果から、ＣＤ患者におけるＧＥＤ−０３０１でのＳＭＡＤ７の阻害は、特定のＴ細胞集団の発現を調節することが示される。特に、本発明者らは、ＧＥＤ−０３０１処置後に８日目においてＣＣＲ９＋  ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞、ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞、ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞、およびＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団のダウンレギュレーション、ならびにＧＥＤ−０３０１処置後に８日目においてＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団のアップレギュレーションを認めた。ＣＣＲ９＋  ＩＬ１７Ａ＋  Ｔ細胞集団はまた、ＧＥＤ−３０１処置後に２８日目においてダウンレギュレートされた（例えば、０日目と比較した場合）。表Ｉ〜ＩＶに示される結果から、ＣＤ患者におけるＧＥＤ−０３０１でのＳＭＡＤ７の阻害は、Ｔｈ１サイトカインの合成を減少させ、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）媒介性免疫抑制に対するエフェクターＴ細胞の感受性を回復させることが示唆される。これは、ＴＧＦ−β１がＴｈ１細胞応答の強力なインヒビター、ならびにＴｒｅｇの末梢分化および活性の重要なメディエーターであるという証明と一致する。
【０１３７】
ＣＤＡＩスコアをまた、上記で考察した３つのコホートの各々における患者について測定した。ベースラインＣＤＡＩスコアを、０日目に測定し、処置の１日目、４日目、８日目、２８日目、および８４日目にも再び測定した。表Ｖ〜ＶＩＩは、それぞれ、コホート１〜３の各々についての代表的患者のＣＤＡＩスコアを提供する。
Ｘ．下の表Ｖに示されるように、４０ｍｇのＧＥＤ−０３０１を７日間にわたって受けたコホート１の患者は、モニタリング期間（８４日目）全体を通じて維持された処置の４日目までにＣＤＡＩスコアにおける減少を示した。
【０１３８】
【表４】
2014531584.tif 000006
【０１３９】
下の表ＶＩに示されるように、８０ｍｇのＧＥＤ−０３０１を７日間にわたって受けたコホート２の患者は、モニタリング期間（８４日目）全体を通じて維持された処置の４日目までにＣＤＡＩスコアにおける減少を示した。
【０１４０】
【表５】
2014531584.tif 000007
【０１４１】
下の表ＶＩＩにおいて示されるように、１６０ｍｇのＧＥＤ−０３０１を７日間にわたって受けたコホート３の患者は、モニタリング期間（８４日目）全体を通じて維持された処置の４日目までにＣＤＡＩスコアにおける減少を示した。
【０１４２】
【表６】
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【０１４３】
表Ｖ〜ＶＩＩにおける結果は、ＧＥＤ−０３０１での処置が、クローン病に罹患している患者のＣＤＡＩスコアを減少させることを示す。登録時に、全ての患者の中でのメジアンのクローン病活性指数（ＣＤＡＩ）スコアは、２８７であった（２２１〜４００）（図９）。上記メジアンＣＤＡＩスコアは、コホート１の患者について２８９（範囲２２１〜３０６）、コホート２の患者について２８７（範囲２５２〜４００）およびコホート３の患者について２８７（範囲２２１〜４００）であった。３つ全てのコホートにおいて、上記患者は処置に応答した（例えば、ベースラインＣＤＡＩスコアから７０点以上の減少が、各患者について認められた）。その結果、８日目に、１５名の患者全てが、ＣＤＡＩスコアにおける減少を示し、コホート１〜３の１２／１５名の患者が、寛解に入った（すなわち、ＣＤＡＩスコア＜１５０）（表Ｖ〜ＶＩＩ）。具体的には、コホート１の４／５名の患者、コホート２の３／５名の患者およびコホート３の５／５名の患者が、ＣＤＡＩスコア＜１５０を有した（表Ｖ〜ＶＩＩ）。２８日目に、臨床応答は、１５名の患者全てにおいても明らかであり（表Ｖ〜ＶＩＩ）、ベースラインからのＣＤＡＩスコアの有意な減少があった（Ｐ＜０．０００１）。２８日目における臨床的寛解は、１３／１５名の患者（８６％）（コホート１の５／５名、コホート２の３／５名、およびコホート３の５／５名）において記録された（表Ｖ〜ＶＩＩ）。８４日目に、総ＣＤＡＩスコアは、ベースラインにおいて測定されたものより有意に低く（表Ｖ〜ＶＩＩ，  Ｐ＜０．０００１）、９／１５名（６０％）の患者は、なお寛解状態にあった。特に、これは、コホート１の３名の患者、コホート２の２名の患者、およびコホート３の４名の患者において認められた（表Ｖ〜ＶＩＩ）。ベースラインから８日目、２８日目および８４日目までのＣＤＡＩスコアの有意な減少は、各コホートにおいて分析を行った場合にすら認められた（図９）。上記結果は、寛解の誘導および／または改善された転帰とＴ細胞亜集団との間に相関関係があることを示唆する。さらに、８４日目に認められたＣＤＡＩスコアは、より早い時点から増大を示し（例えば、８日目および２８日目）、このことは、８４日目の特定のＴ細胞集団における対応する変動と一致した（例えば、ＣＣＲ９＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞集団は、０日目から８日目まで増大したが、８４日目には、Ｔ細胞のこの集団は、減少するようである）。
【０１４４】
援用の表示
本明細書で引用される特許文書および科学文献の各々の開示全体が、全ての目的で参考として援用される。
【０１４５】
等価物
本発明は、その本質的特徴から離れて、他の特定の形態において具現化され得る。前述の実施形態は、従って、本明細書に記載される発明に対する限定ではなく例示としてみなされるべきである。本発明の範囲は、前述の説明によってではなく、添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味および等価物の範囲の中に入る全ての変更は、特許請求の範囲内に包含されると解釈される。
【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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