(57)【要約】補体媒介性疾患の診断および治療のための方法および組成物が、本明細書において開示される。【選択図】なし
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
Ｈ２＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
治療用組成物を前記対象に投与することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記対象が女性である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記対象が男性である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
Ｈ２＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
Ｈ１１＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項１４】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
Ｈ２＿５１＿Ａもしくはその相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
治療用組成物を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項２０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
治療用組成物を前記対象に投与することをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項１６に記載の方法。
【請求項２５】
前記対象が女性である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記対象が男性である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２９】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項３２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも６個のＳＮＰが、少なくともｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９からなる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３６】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３７】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３８】
治療用組成物を前記対象に投与することをさらに含む、請求項３５〜３７のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４０】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４１】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４２】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４３】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４４】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４５】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象が女性である、請求項３１に記載の方法。
【請求項４７】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５２】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５３】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５４】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５５】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５６】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５７】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項４６に記載の方法。
【請求項５８】
前記対象が男性である、請求項３１に記載の方法。
【請求項５９】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６３】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６４】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６５】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項６６】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
前記ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項６５に記載の方法。
【請求項６９】
前記ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、もしくは前記ｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項６５に記載の方法。
【請求項７０】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰの存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項７１】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
前記ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴが、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項７０に記載の方法。
【請求項７４】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項７５】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
Ｈ２＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項７４に記載の方法。
【請求項７８】
Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項７４に記載の方法。
【請求項７９】
Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項７４に記載の方法。
【請求項８０】
前記対象が女性である、請求項７４に記載の方法。
【請求項８１】
Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項８０に記載の方法。
【請求項８４】
前記対象が男性である、請求項７４に記載の方法。
【請求項８５】
Ｈ２＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
Ｈ１１＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項８９】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
Ｈ２＿５１＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項８８に記載の方法。
【請求項９３】
Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項８８に記載の方法。
【請求項９４】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項９５】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記対象が女性である、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０４】
前記対象が男性である、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０５】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０７】
Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０８】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１０９】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１１】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１２】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１３】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１４】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１５】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１６】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１７】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１８】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１９】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１２０】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１２１】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１２２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２４】
前記ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２５】
前記ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、または前記ｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２６】
前記ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２７】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰであり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１２８】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３０】
前記ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３１】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１３２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３４】
Ｈ２＿６２＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３５】
Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３６】
Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とし得ることを示す、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３７】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１３８】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４０】
Ｈ２＿５１＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４１】
Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４２】
Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とし得ることを示す、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４３】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１４４】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４６】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４７】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４８】
Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とし得ることを示す、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４９】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座のうちの少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１５０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５１】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５２】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５３】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５４】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５５】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５６】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５７】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５８】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５９】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１６０】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１６１】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１６２】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１６３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６４】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６５】
前記ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６６】
前記ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、または前記ｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６７】
前記ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とし得ることを示す、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６８】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項１６９】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７１】
前記ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴが、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７２】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項１７３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７５】
Ｈ２＿６２＿Ａ、またはその相補体が、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７６】
Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７７】
Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適し得ることを示す、請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７８】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項１７９】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８１】
Ｈ２＿５１＿Ａまたはその相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８２】
Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８３】
Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とし得ることを示す、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８４】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ハプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項１８５】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８７】
Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８８】
Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８９】
Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適し得ることを示す、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９０】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項１９１】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９３】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９４】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９５】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９６】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９７】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９８】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９９】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項２００】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、もしくはｒｓ６９８８５９におけるＣが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項２０１】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項２０２】
ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項１９０に記載の方法。
【請求項２０３】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項２０４】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０５】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０６】
前記ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡが、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０７】
前記ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、前記ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、または前記ｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０８】
前記ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧが、前記対象が前記臨床試験に適し得ることを示す、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０９】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、前記ＳＮＰのうちの１以上の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項２１０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１１】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１２】
前記ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴが、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１３】
対象の核酸試料において１以上のハプロタイプを検出するためのアッセイを含むキットであって、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体である、キット。
【請求項２１４】
ＣＨＦ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座を増幅するための増幅試薬をさらに含む、請求項２１３に記載のキット。
【請求項２１５】
前記アッセイ結果を前記対象の加齢性黄斑変性症の罹患または発症リスクと相関させるための説明書をさらに含む、請求項２１３に記載のキット。
【請求項２１６】
対象の核酸試料において１以上のＳＮＰを検出するためのアッセイを含むキットであって、前記ＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、もしくはｒｓ４０３８４６、（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰの組み合わせ、または（ｉｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰである、キット。
【請求項２１７】
ＣＨＦ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座を増幅するための増幅試薬をさらに含む、請求項２１６に記載のキット。
【請求項２１８】
前記アッセイ結果を前記対象の加齢性黄斑変性症の罹患または発症リスクと相関させるための説明書をさらに含む、請求項２１６に記載のキット。
【請求項２１９】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ディプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する前記対象の感受性を示す、方法。
【請求項２２０】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２２】
前記ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２３】
治療用組成物を前記対象に投与することをさらに含む、請求項２２２に記載の方法。
【請求項２２４】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２５】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ディプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項２２６】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項２２５に記載の方法。
【請求項２２７】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項２２５に記載の方法。
【請求項２２８】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す、請求項２２５に記載の方法。
【請求項２２９】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す、請求項２２５に記載の方法。
【請求項２３０】
ディプロタイプＨ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示す、請求項２２５に記載の方法。
【請求項２３１】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ディプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す、方法。
【請求項２３２】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項２３１に記載の方法。
【請求項２３３】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項２３１に記載の方法。
【請求項２３４】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す、請求項２３１に記載の方法。
【請求項２３５】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す、請求項２３１に記載の方法。
【請求項２３６】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、前記白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、前記１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、前記ディプロタイプのうちの１以上の存在が、前記対象が前記臨床試験に適しているかどうかを示す、方法。
【請求項２３７】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された試料から判定される、請求項２３６に記載の方法。
【請求項２３８】
前記対象のハプロタイプが、前記対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することによって判定される、請求項２３６に記載の方法。
【請求項２３９】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適していることを示す、請求項２３６に記載の方法。
【請求項２４０】
ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、またはそれらの相補体が、前記対象が前記臨床試験に適さないことを示す、請求項２３６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
承認
本発明は、ＮＩＨにより授与された認可Ｒ２４  ＥＹ０１７４０４の下、米国政府の支援によってなされた。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。関連出願の相互参照
【０００２】
本出願は、２０１１年４月２９日に出願された米国仮特許出願第６１／４８０，９２９号の利益を主張する。米国仮特許出願第６１／４８０，９２９号の全ての内容は、参照により本明細書に援用される。  
【０００３】
本発明は、概して、ヒト対象における補体媒介性疾患の診断および治療に関する。具体的には、本発明は、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の複数の変異からなる多型およびハプロタイプの集合体の検出による、加齢性黄斑変性症の予測または診断に関する。
【背景技術】
【０００４】
補体媒介性疾患である加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）は、高齢者の失明の主な原因であり、老年人口の増加に伴いますます悪化するであろう問題である。ＡＭＤ等の補体媒介性疾患を発症するリスクを正確に特定することは、疾患進行の初期に治療を開始するためにも、また原因となる遺伝子変異体を識別して、治療方針および治療法の開発の目標を絞り込むためにも不可欠である。これまで、Ｃｈｒ１、Ｃｈｒ１０、Ｃｈｒ６（ＣＦＢ）、およびＣｈｒ１９（Ｃ３）上の遺伝子座が、ＡＭＤのリスクに関与するとされている。
【０００５】
下記で「ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座」と称されることもあるＲＣＡ遺伝子クラスターは、染色体１ｑ３２上に位置し、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）の遺伝子、５つのＨ因子関連遺伝子（ＣＦＨＲ１、ＣＦＨＲ２、ＣＦＨＲ３、ＣＦＨＲ４、およびＣＦＨＲ５）、および第ＸＩＩＩ凝固因子のβサブユニットをコードする遺伝子を含む。米国特許公報第２００７／００２０６４７号（参照により本明細書に援用される）を参照されたい。ＣＦＨは、補体活性の重要な調節因子であり、不適切なＣ３活性化による自己組織への損傷を防止するために不可欠であると考えられている。さらに、ＣＦＨ活性の変化は、膜結合型糖タンパク質、他の補体抑制因子、および病原性細菌の表面への結合の変化と関連付けられている。
【０００６】
これまで、ハプロタイプ研究はＣＦＨに集中し、ＣＦＨＲ２にまで拡張されることは稀にしかなかった。しかしながら、全ＣＦＨ遺伝子座は、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患に関連するさらなる変異体を含むゲノムの範囲である。したがって、この遺伝子座における、補体媒介性疾患の罹患および発症のリスクを説明する、より有効な方法が必要とされる。さらに、既知のリスク変異体および保護的変異体をそれらが中に存在する、より広い遺伝的背景、すなわちＣＨＦ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座全体の中に位置付ける方法が必要とされる。
【発明の概要】
【０００７】
補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する対象の感受性を示す方法が、本明細書に記載される。
【０００８】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法も本明細書に記載される。
【０００９】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法も本明細書に記載される。
【００１０】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、これらのＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、このＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法も本明細書に記載される。
【００１１】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法も本明細書に記載される。
【００１２】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、このＳＮＰの存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法も本明細書に記載される。
【００１３】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００１４】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００１５】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００１６】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００１７】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００１８】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００１９】
また、補体媒介性疾患の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２０】
また、補体媒介性疾患の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２１】
また、補体媒介性疾患の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２２】
また、補体媒介性疾患の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２３】
また、補体媒介性疾患の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２４】
また、補体媒介性疾患の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、その対象が補体媒介性疾患の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２５】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２６】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２７】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのハプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２８】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００２９】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００３０】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含み、このＳＮＰが、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であり、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００３１】
また、対象の核酸試料において１以上のハプロタイプを検出するためのアッセイを含むキットであって、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であるキットも本明細書に記載される。
【００３２】
また、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法も本明細書に記載される。
【００３３】
また、加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００３４】
また、加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【００３５】
また、加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
本明細書に組み込まれ、その一部をなす添付の図面は、いくつかの態様を例示し、発明を実施するための形態と共に本発明の原理を説明する役割を果たす。
【００３７】
【図１】メジャーハプロタイプＨ１＿６１＿ＡからＨ１５＿６２＿Ａまでを示す。
【図２】予備的ハプロタイプ研究に使用される６３個のＳＮＰを示す。
【図３】マイナーハプロタイプＨ１６＿６２＿ＡからＨ１６３＿６２＿Ａまでを示す。
【図４】ＧＳＨ−１０７３コホートおよびＧＳＨ−９２７コホートに由来するハプロタイプの検証を示す。
【図５】ＧＳＨコホートにおける６２  ＳＮＰパネルの単一ＳＮＰ関連データを示す。
【図６】Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ  ４．２を用いて拡張ハプロタイプ全体について分析した疾患関連性を示す。
【図７】６２個のＳＮＰハプロタイプのハプロタイプタグＳＮＰを示す。
【図８】５１＿ＡハプロタイプタグＳＮＰＳ（５１＿Ａ  ｈｔＳＮＰ）を示す。
【図９】５１＿ＢハプロタイプタグＳＮＰＳ（５１＿Ａ  ｈｔＳＮＰ）を示す。
【図１０】漸減するＳＮＰを用いたハプロタイプの生成が、ハプロタイプの関連性値に及ぼす影響を示す。
【図１１】Ｒ３−１欠失についてのｑＰＣＲアッセイ、ホモ接合性欠失もしくは非欠失についての通常のＰＣＲアッセイを示す。
【図１２】同胞対コホートにおける５１  ＳＮＰハプロタイプの評価を示す。
【図１３】ＧＳＨ症例−対照コホートにおける６２個の単一マーカー（ＳＮＰ）およびハプロタイプの性別との関連性、‘９２７コホートにおける男性および女性の性別関連性を示す。
【図１４】６３個のＳＮＰに包含されるものを超えて拡張されたハプロタイプの境界を示す。この図には、全てのＨａｐｍａｐ  ＳＮＰのリストが提示される。
【図１５】５１＿ＢコホートにおけるＣＦＨ遺伝子座およびハプロタイプを示す。
【図１６】５１＿Ａハプロタイプと６２＿Ａハプロタイプとの比較を示す。
【図１７】６２＿Ａハプロタイプの頻度を示す。
【図１８】Ｐ値を用いて再編成された６２＿Ａ  ＳＮＰハプロタイプの図である。
【図１９】１０７３コホートと複合コホートにおける５１  ＳＮＰハプロタイプの比較を示す。
【図２０】‘９２７コホートおよび６２＿Ａから５１＿Ａへの変換を示す。
【図２１】６２＿Ａコホートのハプロタイプの階層図を示す。図２１（Ａ）は、１６３個の６２＿Ａ  ＳＮＰに基づくハプロタイプ間の階層関係を示す。
【図２２】５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプを用いた、‘９２７コホートにおけるハプロタイプの関連性を示す。
【図２３】６２＿Ａハプロタイプの性別関連性を示す。
【図２４】５１＿Ｂハプロタイプの性別関連性を示す。
【図２５】ハプロタイプ疾患関連性を示す。
【図２６】性別に基づくハプロタイプ疾患関連性を示す。
【図２７】ハプロタイプ再構築に使用されたＳＮＰを示す。
【図２８】Ｔａｑｍａｎ  ｑＰＣＲコピー数変異データを示す。
【図２９】スクリーニングされた様々な数のＳＮＰを有する対象の頻度を示す。
【図３０】３個のＳＮＰから欠失状態を予測するために作成された欠失決定木を示す。
【図３１】ＣＦＨＲ３遺伝子およびＣＦＨＲ１遺伝子のコピー数状態を判定するために使用されたリアルタイム定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）の結果を示す。
【図３２】６３個のＳＮＰについてスクリーニングされた１０７３コホートに基づく、Ｈ１〜Ｈ１９ハプロタイプを示す。
【図３３】主に第一世代の祖父母である１３６名の非血縁ＵＧＲＰ個人において、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗプログラムの相推定済みハプロタイプ入力モードであるＨａｐｓ形式を用いて算出されたハプロタイプ頻度を示す。
【図３４】６３個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３ＢハプロタイプのＡＭＤとの関連性を示す。
【図３５】５１＿Ｂコホート全体のディプロタイプ分析を示す。
【図３６】５１＿Ｂコホートの男性のディプロタイプ分析を示す。
【図３７】５１＿Ｂコホートの女性のディプロタイプ分析を示す。
【図３８】全てのハプロタイプ、０対１ｂ〜４を含む複合コホートを示し、ＨａｐＭａｐのメジャーハプロタイプと適合させるように強調表示する。
【図３９】ＣＥＵの０．５％を超える頻度のメジャーＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ  ＨａｐＭａｐハプロタイプを示す。
【図４０】図３９に示されるマーカーｒｓ番号ＩＤを示す。
【図４１】０．０５％を超える頻度の５１＿Ｂに基づくハプロタイプとＨａｐＭａｐハプロタイプとの比較を示す。
【図４２】単一マーカー関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）と全てのＡＭＤの比較。
【図４３】単一マーカー関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）と早期ＡＭＤ（１ｂ〜３）との比較。
【図４４】単一マーカー関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）と地図状萎縮（４Ａ）との比較。
【図４５】単一マーカー関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）とＣＮＶ（４Ｂ）との比較。
【図４６】ハプロタイプ関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）と全てのＡＭＤ、早期ＡＭＤ（１Ｂ〜３）、ＧＡのみ（４Ａ）、およびＣＮＶのみ（４Ｂ）との比較。
【図４７】ディプロタイプ関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）と早期ＡＭＤ（１Ｂ〜３）との比較。
【図４８】ディプロタイプ関連性を示す；５１＿Ｂコホートにおける、対照（０）とＣＮＶ（４Ｂ）との比較。
【００３８】
本発明のさらなる利点は、一部は、以下の発明を実施するための形態に記載され、一部は、発明を実施するための形態から明らかとなる、あるいは本発明の実施により学ぶことになる。本発明の利点は、添付の特許請求の範囲において特に指摘される要素および組み合わせにより、実現および達成される。前述の要約および後述の発明を実施するための形態がいずれも例であって、説明のみを目的とし、本発明を制限するものではないことを理解すべきである。
【発明を実施するための形態】
【００３９】
本発明は、以下の発明を実施するための形態およびそれに含まれる実施例を参照することにより、より容易に理解することができる。
【００４０】
別段に明示しない限り、本明細書に記載のいかなる方法または態様もそのステップが特定の順序で実施される必要があると解釈されることを決して意図していない。したがって、特許請求の範囲または発明を実施するための形態において、方法クレームが、ステップが特定の順序に限定されるべきであることを述べていない場合、いかなる意味においても順序を暗示することを決して意図しない。これは、ステップまたは操作の流れの構成に関する論理の問題、文法構成もしくは句読点から派生する単純な意味、または本明細書に記載される態様の数もしくは種類を含む、いかなる可能な明示されていない解釈の根拠にも当てはまる。
【００４１】
定義
【００４２】
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用する際、単数形「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」は、文脈上そうでないことが明示されない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「薬学的担体」は、２つ以上のそのような担体の混合物等を含む。
【００４３】
範囲は、本明細書において、「約」ある特定の値から、および／または「約」別の特定の値までとして示され得る。そのような範囲が示される場合、別の実施形態は、そのある特定の値から、および／またはその別の特定の値までを含む。同様に、値が近似値として示される場合、先行詞「約」の使用により、その特定の値が別の実施形態をなすことは理解されるであろう。範囲のそれぞれの端点が、他方の端点との関連でも、また他方の端点とは無関係にも、有意であることをさらに理解されるであろう。また、本明細書に多数の値が記載されること、またそれぞれの値が、本明細書において、その値自体だけでなく、「約」その特定の値としても開示されることも理解される。例えば、値「１０」が開示される場合、「約１０」も開示される。また、値が開示される場合、当業者により適切に理解されるように、その値「以下」、その値「以上」、および値間の可能な範囲も開示されることも理解される。例えば、値「１０」が開示される場合、「１０以下」、ならびに「１０以上」も開示される。また、本出願全体において、データは複数の異なる形式で提供されること、またこれらのデータが、端点、始点、およびデータ点の任意の組み合わせの範囲を表すことも理解される。例えば、特定のデータ点「１０」および特定のデータ点「１５」が開示される場合、１０および１５を上回る、１０および１５以上、１０および１５未満、１０および１５以下、ならびに１０および１５と等しい値も、１０および１５の間と同様に開示されるものとみなされることが理解される。また、２つの特定の単位間の各単位も開示されることも理解される。例えば、１０および１５が開示される場合、１１、１２、１３、および１４も開示される。
【００４４】
「任意の」または「任意に」とは、続いて記載される事象または状況が発生してもしなくてもよいこと、またその記載が、該事象または状況が発生する場合、およびそれが発生しない場合を含むことを意味する。
【００４５】
本明細書で使用する「または」という言葉は、特定の一覧のうちのいずれか１つの要素を意味し、その一覧の要素のあらゆる組み合わせも含む。
【００４６】
本明細書で使用する「補体媒介性疾患」とは、異常な補体活性化またはその４つの主要経路の機能に起因する、またはその結果生じる疾患を指す。補体経路は、認識、酵素的活性化、および細胞死につながる膜攻撃の３つの段階からなる。本明細書で使用する「補体媒介性疾患」とは、古典経路、外因性経路、マンナン結合レクチン（ＭＢＬ）経路、または代替的経路の変化に起因する、またはその結果生じる疾患も指す。補体媒介性疾患の例としては、非典型溶血性尿毒症症候群（ａＨＵＳ）、膜性増殖性糸球体腎炎ＩＩ型（ＭＰＧＮ  ＩＩ、デンスデポジット病としても知られる）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、化膿性感染症、溶血および血栓症、部分型リポジストロフィー、遺伝性血管浮腫、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）、関節リウマチ、心筋炎、多発性硬化症、ＩｇＡ腎症、ヘノッホ‐シェーンライン紫斑、緑内障、連鎖球菌感染後疾患、抗リン脂質抗体症候群、再発性妊娠損失、ぜんそく、抗体媒介性皮膚疾患、ならびに抗核細胞質抗原関連微量免疫型血管炎が挙げられるが、これらに限定されない。
【００４７】
本明細書で使用する「ハプロタイプ」とは、１つの染色体上の様々な遺伝子座に存在し、一緒に伝えられるＤＮＡ配列またはＤＮＡ配列の組み合わせを指し、ハプロタイプは、所与の遺伝子座の組の間に発生した組換え事象の数に応じて、１つの遺伝子座、いくつかの遺伝子座、または染色体全体であり得る。
【００４８】
本明細書で使用する「リスクハプロタイプ」とは、そのハプロタイプの存在が、該リスクハプロタイプを有さない対象と比較したときに、その対象の補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を発症するリスクが高いことを示す、対象のハプロタイプを指す。「リスクハプロタイプ」とは、所与のコホート内で、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有さない対象（対照）よりも、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有する対象（症例）でより高頻度で発生するハプロタイプも指す。言い換えると、症例対対照の比が、本明細書の表（図１５を参照）に示すように、症例と対照とで異なる。必ずしも必要ではないが、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有する対象（症例）の数と補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有さない対象（対照）の数との差は、統計的に有意であってもよい。例えば、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、およびＨ２＿５１＿Ｂは、ＡＭＤに関する場合の「リスクハプロタイプ」の例である。
【００４９】
本明細書で使用する「保護的ハプロタイプ」とは、そのハプロタイプの存在が、該保護的ハプロタイプを有さない対象と比較したときに、その対象の補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を発症するリスクが低いことを示す、対象のハプロタイプを指す。「保護的ハプロタイプ」は、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有さない対象（対照）よりも、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有する対象（症例）でより低頻度で発生するハプロタイプも指し、言い換えると、症例対対照の比が、本明細書の表（図１５を参照）に示すように、対照よりも症例でより低い。必ずしも必要ではないが、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有する対象（症例）の数と補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有さない対象（対照）の数との差は、統計的に有意であってもよい。例えば、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、およびＨ５＿５１＿Ｂは、ＡＭＤに関する場合の「保護的ハプロタイプ」の例である。
【００５０】
本明細書で使用する「中立ハプロタイプ」とは、そのハプロタイプの存在が、その対象の補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を発症するリスクが高いまたは低いことを示さない、対象のハプロタイプを指す。「中立ハプロタイプ」とは、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有する対象（症例）と補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有さない対象（対照）とでほぼ等しく発生するハプロタイプも指し、言い換えると、症例対対照の比が、本明細書の表（図１５を参照）に示すように、症例と対照とでほぼ等しい。必ずしも必要ではないが、補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有する対象（症例）の数と補体媒介性疾患（例えば、ＡＭＤ）を有さない対象（対照）の数との差は、統計的に有意でなくてもよい。例えば、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、およびＨ４＿５１＿Ｂは、ＡＭＤに関する場合の「中立ハプロタイプ」の例である。
【００５１】
本明細書に記載するハプロタイプは、一般的命名法により、「Ｈｘ＿Ｙ＿Ｚ」と称することができ、式中、「Ｈｘ」は、所与の集団またはコホートにおける特定のハプロタイプの頻度によって決定される、特定のハプロタイプの番号付けである。例えば、Ｈ２は、所与のデータセット、集団、またはコホートにおいて、２番目に高い頻度で発生する特定のハプロタイプを示す。この命名法に関して、「Ｙ」は、全体的ハプロタイプを決定するＳＮＰパネルを指定する。例えば、Ｈｘ＿６２＿Ｚは、本明細書に記載する６２  ＳＮＰパネルを指し得、一方、Ｈｘ＿５１＿Ｚは、本明細書に記載する５１  ＳＮＰパネルを指す。この命名法に関して、「Ｚ」は、特定のハプロタイプを究明する際に使用される特定のコホートを指す。例えば、Ｈｘ＿Ｙ＿Ａは、本明細書に記載する「９２７コホート」を指し得、一方Ｈｘ＿Ｙ＿Ｂは、本明細書に記載する複合コホートを指す。
【００５２】
「ハプロタイプタグハプロタイプ」とは、本明細書に記載のハプロタイプのうちの１以上をタグ付けすることができるハプロタイプを指す。このようなハプロタイプは、「タグハプロタイプ」と称することができる。このようなタグハプロタイプは、本明細書に記載のＨａｐＭａｐ分析に基づいて識別することができる。本明細書においてこのようなタグハプロタイプに言及する際、一般的命名法「Ｈｘ＿Ｙ＿Ｚ＿ｔ」を使用することができ、式中、「ｔ」は、［タグハプロタイプ］を表し、Ｈｘ、Ｙ、およびＺは、一般的命名法「Ｈｘ＿Ｙ＿Ｚ」について上記に記載したものと同じカテゴリーを表す。例えば、Ｈ２＿６２＿Ａ＿１は、Ｈ２＿６２＿Ａハプロタイプをタグ付けする第１のハプロタイプを表し得る。
【００５３】
本明細書で使用する「メジャーハプロタイプ」とは、検証する集団、データセット、またはコホートの１％超で発生するハプロタイプを指す。
【００５４】
本明細書で使用する「マイナーハプロタイプ」とは、検証する集団、データセット、またはコホートの１％以下で発生するハプロタイプを指す。
【００５５】
本明細書で使用する「ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座」とは、以下の遺伝子および偽遺伝子：補体因子Ｈ（ＣＦＨ）およびその切断イソ型（ＣＦＨＴ）、補体因子Ｈ関連遺伝子３、１、４、２、および５（ＣＦＨＲ３、ＣＦＨＲ１、ＣＦＨＲ４、ＣＦＨＲ２、およびＣＦＨＲ５）、ＣＦＨＲ偽遺伝子、ならびに１３因子Ｂ（Ｆ１３Ｂ）を含む、染色体１ｑ２５−ｑ３１の領域（およそ１９６，５８０，０００〜１９７，０５３，０００；ｈｇ１９）を指す。ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座は、ＣＦＨの近位かつＦ１３Ｂの遠位に延びるものを含む、全ての非遺伝子ＤＮＡも含む。また、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂの範囲内で開始してＣＦＨの近位および／またはＦ１３ｂの遠位に延びる連鎖不平衡（ＬＤ）ブロックも含まれる。
【００５６】
本明細書で使用する「６２  ＳＮＰパネル」とは、関連性の有意性ならびに全ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座およびそのＬＤブロックにわたる適応範囲をもたらすように選択される位置に基づいて選択された６２個のＳＮＰを指す。６２  ＳＮＰパネルは、図１７に示すＳＮＰからなる。
【００５７】
本明細書で使用する「５１  ＳＮＰパネル」とは、本明細書に記載の６２  ＳＮＰパネルのうちの５１個のＳＮＰを指す。５１  ＳＮＰパネルは、図１５に示すＳＮＰからなる。
【００５８】
本明細書で使用する「ＨａｐＭａｐ」とは、ヒトにおいて発生する共通の遺伝子変異体のカタログであるヒトゲノムのハプロタイプマップを指す。ＨａｐＭａｐは、それらの変異体が何であるか、ＤＮＡにおいて発生した場合、それらがハプロタイプにおいてどのように分布しているか、集団内のヒト間での頻度、世界の異なる地域における集団間での頻度を記述する（Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ．Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｐｒｏｊｅｃｔ．Ｎａｔｕｒｅ  ４２６，７８９−７９６（２００３））。
【００５９】
本明細書で使用する「ＨａｐＭａｐ分析」とは、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗソフトウェア（Ｂａｒｒｅｔｔ  ＪＣ，Ｆｒｙ  Ｂ，Ｍａｌｌｅｒ  Ｊ，Ｄａｌｙ  ＭＪ．Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ：ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＬＤ  ａｎｄ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｍａｐｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２００５  Ｊａｎ  １５［ＰｕｂＭｅｄ  ＩＤ：１５２９７３００］）を用いて実施可能な分析を指す。
【００６０】
本明細書で使用する「連鎖不平衡」とは、ある特定の対立遺伝子の組み合わせが他の対立遺伝子の組み合わせよりも１つの染色体上に一緒に発生しやすく、それらの頻度に基づく対立遺伝子からのハプロタイプのランダム形成から予想されるよりも高い頻度で発生するような、２つ以上の遺伝子座（必ずしも同じ染色体上とは限らない）における２つ以上の対立遺伝子間のランダムでない関連性を指す。
Ａ．白人対象の補体媒介性疾患の罹患または発症リスクを予測する方法
【００６１】
補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。本明細書で使用する際、「その相補体」とは、本明細書に記載の任意のＳＮＰ、ハプロタイプ、またはディプロタイプの相補ＤＮＡもしくはＲＮＡ鎖上に位置する、ＳＮＰ、ハプロタイプ、またはディプロタイプを意味する。例えば、限定するものではないが、ハプロタイプ配列「ＡＴＧＣ」は、その相補体「ＴＡＣＧ」に変換されていてもよい。したがって、例として、「ＡＴＧＣ」が補体媒介性疾患の罹患または発症に対する対象の感受性を示すハプロタイプを表す場合、その相補ハプロタイプ配列、「ＴＡＣＧ」も、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する対象の感受性を示すハプロタイプを表す。本明細書に記載するように、本明細書に開示されるハプロタイプのうちの１以上の存在は、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示し得る。一態様では、補体媒介性疾患は、加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）であってよい。別の態様では、補体媒介性疾患として、非典型溶血性尿毒症症候群（ａＨＵＳ）、膜性増殖性糸球体腎炎ＩＩ型（ＭＰＧＮ  ＩＩ；デンスデポジット病としても知られる）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、化膿性感染症、溶血および血栓症、部分型リポジストロフィー、遺伝性血管浮腫、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、関節リウマチ、心筋炎、多発性硬化症、ＩｇＡ腎症、ヘノッホ‐シェーンライン紫斑、緑内障、連鎖球菌感染後疾患、抗リン脂質抗体症候群、再発性妊娠損失、ぜんそく、抗体媒介性皮膚疾患、または抗核細胞質抗原関連微量免疫型血管炎が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６２】
一態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。また、一態様では、白人対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスク感受性が高いことを判定する方法であって、高リスクが判定されたときに、治療用組成物を対象に投与することをさらに含む、方法が開示される。また、一態様では、白人対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスク感受性が高いことを判定する方法であって、この対象が、補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高く、高リスクが判定されたときに、治療用組成物を対象に投与することをさらに含む、方法が開示される。
【００６３】
別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【００６４】
また別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高くない、または低くないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない方法が、本明細書に記載される。
【００６５】
本明細書で使用する際、用語「対象」とは、個人を意味する。一態様では、対象は、ヒトなどの哺乳動物である。別の態様では、対象は白人対象であってよい。さらなる態様では、対象は非ヒト霊長類であってよい。非ヒト霊長類には、例を挙げると、マーモセット、サル、チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、およびテナガザルが含まれる。また、用語「対象」は、ネコ、イヌ等の飼育動物、家畜（例えば、畜牛（ウシ）、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ等）、実験動物（例えば、フェレット、チンチラ、マウス、ウサギ、ラット、スナネズミ、モルモット等）、ならびに鳥類（例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、キジ、ハト、コバト、オウム、バタンインコ、ガチョウ等）も含む。また、対象は、魚（例えば、ゼブラフィッシュ、キンギョ、ティラピア、サケ、およびマス）、両生類、および爬虫類も含むが、これらに限定されない。本明細書で使用する際、「対象」は「患者」と同じであり、これらの用語は互換的に使用できる。
【００６６】
ハプロタイプは、単一遺伝子中、遺伝子間配列中、または遺伝子および遺伝子間配列の両者を含むより大きい配列中、例えば遺伝子の集合体または遺伝子と遺伝間配列の集合体中の多型の組を指し得る。例えば、ハプロタイプとは、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座における多型の組を指し得る。ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座は、染色体１ｑ２５−ｑ３１の染色体領域を含み（およそ１９６，５８０，０００〜１９７，０５３，０００；ｈｇ１９）、これは以下の遺伝子および偽遺伝子を含む：補体因子Ｈ（ＣＦＨ）およびその切断イソ型（ＣＦＨＴ）、補体因子Ｈ関連遺伝子３、１、４、２、および５（ＣＦＨＲ３、ＣＦＨＲ１、ＣＦＨＲ４、ＣＦＨＲ２、およびＣＦＨＲ５）、ＣＦＨＲ偽遺伝子、ならびに１３因子Ｂ（Ｆ１３Ｂ）。遺伝子座はまた、ＣＦＨの近位かつＦ１３Ｂの遠位に延びるものを含む、全ての非遺伝子ＤＮＡも含み得る。ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂの範囲内で開始し、ＣＦＨの遠位および／またはＦ１３ｂの近位に延びる、連鎖不平衡（ＬＤ）ブロックも遺伝子座に含まれる。
【００６７】
本明細書で使用する際、「ハプロタイプ」はまた、単一の染色体上で統計的に相関すると認められる一塩基多型（ＳＮＰ）も指し得る。ハプロタイプはまた、単一の染色体上で統計的に相関すると認められる多型（例えば、ＳＮＰ）および他の遺伝子マーカー（例えば、挿入または欠失）の組み合わせも指し得る。
【００６８】
用語「多型」は、ある集団内の１以上の遺伝的に決定された選択的配列または対立遺伝子の発生を指す。「多型部位」は、配列分散が生じる遺伝子座である。多型部位は、少なくとも１つの対立遺伝子を有する。２対立遺伝子多型は、２つの対立遺伝子を有する。３対立遺伝子多型は、３つの対立遺伝子を有する。二倍体生物は、対立遺伝子型がホモ接合性またはヘテロ接合性であってよい。多型部位は、一塩基対のように小さくてもよい。多型部位の例としては、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、タンデム反復数（ＶＮＴＲ）、超可変領域、ミニサテライト、ジヌクレオチド反復、トリヌクレオチド反復、テトラヌクレオチド反復、および単純配列反復が挙げられる。本明細書で使用する際、「多型」への言及は、多型の組（すなわち、ハプロタイプ）を包含し得る。
【００６９】
「一塩基多型（ＳＮＰ）」は、対立遺伝子の配列間の変異の部位である、単一ヌクレオチドが占める多型部位に発生し得る。この部位の前後に、対立遺伝子の高度に保存された配列があってもよい。ＳＮＰは、多型部位における１つのヌクレオチドによる別のヌクレオチドの置換によって発生する。１つのプリンの別のプリンによる置換、または１つのピリミジンの別のピリミジンによる置換は、転位と称される。プリンのピリミジンによる置換、またはその逆は、転換と称される。同義ＳＮＰとは、コードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変更しない、コード領域中の１つのヌクレオチドによる別のヌクレオチドの置換を指す。非同義ＳＮＰとは、コードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変更する、コード領域中の１つのヌクレオチドによる別のヌクレオチドの置換を指す。ＳＮＰはまた、参照対立遺伝子と比較した１以上のヌクレオチドの欠失または挿入から生じる場合もある。
【００７０】
多型の「組」とは、例えばＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座で既知の１以上の多型、例えば、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、または６個を上回る多型を意味する。
【００７１】
本明細書で使用する際、「核酸」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」は、任意の長さのポリマー形態のヌクレオチドであってよく、ＤＮＡまたはＲＮＡであってよく、一本鎖または二本鎖であってよい。核酸は、プロモーターまたは他の調節配列を含み得る。オリゴヌクレオチドは、合成手段によって調製可能である。核酸は、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座で既知の多型部位のうちのいずれか１つにわたる、またはそれに隣接するＤＮＡのセグメントまたはその相補体を含む。このセグメントは、５〜１００連続塩基であってよく、下限５、１０、１５、２０、または２５ヌクレオチドから上限１０、１５、２０、２５、３０、５０、または１００ヌクレオチドまでの範囲であってよい（上限値は下限値よりも大きい）。５〜１０、５〜２０、１０〜２０、１２〜３０、１５〜３０、１０〜５０、２０〜５０、または２０〜１００塩基の核酸が一般的である。多型部位は、セグメントのどの位置にも発生し得る。二本鎖核酸の一方の鎖の配列に言及することにより、相補配列が定義され、また文脈から別段に明示されない限り、核酸の一方の鎖に言及することにより、その相補体にも言及する。
【００７２】
本明細書に記載する「ヌクレオチド」とは、連結したときに、核酸ＲＮＡおよびＤＮＡの個々の構造単位を作り出す分子を指す。ヌクレオチドは、核酸塩基（窒素塩基）と、五炭糖（リボースまたは２−デオキシリボースのいずれか）と、１個のリン酸基とからなる。「核酸」は、ヌクレオチドモノマーからできた高分子である。ＤＮＡにおいて、プリン塩基はアデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）であり、一方ピリミジンはチミン（Ｔ）およびシトシン（Ｃ）である。ＲＮＡは、チミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を使用する。図面において使用する際、ＳＮＰ分析に関して、「Ｓ」は短いことを表し、「Ｌ」は長いことを表し、「Ｄ」は欠失を表す。配列表の目的で、「Ｓ」、「Ｌ」、および「Ｄ」は、特定される位置のあらゆる特定のヌクレオチドに言及する、「Ｎ」として表される。
【００７３】
例となるＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型部位は、例として本明細書に記載され、限定を意図しない。これらの多型部位、ＳＮＰ、またはハプロタイプは、本明細書に記載の方法を実施する際にも使用可能である。さらに、これらのＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型が、連鎖および関連性研究、臨床集団の遺伝子型決定、遺伝子型情報の表現型情報との相関、ヘテロ接合性の消失分析、細胞試料の起源の特定に有用であり、また細胞を潜在的治療法の標的とするために有用であり得ることは理解されるであろう。
【００７４】
当然のことながら、本明細書に明確に記載されていないＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座のさらなる多型部位は、この分析をさらに精密化し得る。ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の非同義多型を用いるＳＮＰ分析は、変異体ポリペプチドを特定するために有用であり得る。リスクと関連する他のＳＮＰは、中立または保護的ＳＮＰによりコードされるタンパク質と同じ配列を有するが、プロモーターまたはイントロン中に、例えば遺伝子発現のレベルまたは部位を変更する対立遺伝子を含むタンパク質をコードし得る。また、当然のことながら、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型は、隣接する遺伝子の変異と連鎖し得る。隣接する遺伝子の変異は、コードされるタンパク質の発現または形態に変化をもたらし得、その担体に有害効果または保護効果を与え得る。
【００７５】
本明細書で使用する際、用語「変異体」は、その集団で最もよく見られる配列と、例えば、本明細書に記載のＳＮＰの場合はヌクレオチド１個だけが、異なるヌクレオチド配列も指し得る。例えば、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座のヌクレオチド配列における一部の変異または置換は、コドンを変化させて、それにより異なるアミノ酸がコードされ、変異体ポリペプチドをもたらす。用語「変異体」はまた、コードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変更しない位置で、配列がその集団で最もよく見られる配列と異なるポリペプチド（すなわち、保存的変更）も指し得る。変異体ポリペプチドは、リスクハプロタイプによりコードされてもよく、保護的ハプロタイプによりコードされてもよく、または中立ハプロタイプによりコードされてもよい。変異体ポリペプチドは、リスクと関連してもよく、保護と関連していてもよく、または中立であってもよい。
【００７６】
本明細書に記載の方法および材料は、対象（例えば、ヒト）の核酸が一塩基多型（ＳＮＰ）等の多型を含むかどうかを判定するために使用することができる。例えば、本明細書において提示する方法および材料は、対象が変異体ＳＮＰを有するかどうかを判定するために使用することができる。ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座を検出するために、いずれの方法も使用してもよい。例えば、多型は、エクソン、イントロン、または非翻訳配列の配列決定、変性高速液体クロマトグラフィー（ＤＨＰＬＣ）、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的制限消化、突然変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応、一本鎖高次構造多型の検出、およびそのような方法の組み合わせにより検出することができる。
【００７７】
一態様では、多型は、対象から単離した標的核酸において検出することができる。典型的には、ゲノムＤＮＡを分析する。ゲノムＤＮＡのアッセイでは、ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡを含む事実上あらゆる生体試料、例えば、有核細胞が好適である。例えば、本明細書の実施例の項に記載する実験において、ゲノムＤＮＡは、症例対象および対照対象から採取した末梢血白血球から得た（ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄ  Ｍａｘｉ  ｋｉｔ，Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，Ｃａｌｉｆ．）。他の好適な試料としては、唾液、頬から掻き取ったもの、網膜、腎臓、もしくは肝臓、または他の器官もしくは組織の生検、皮膚生検、羊水またはＣＮＳ試料等が挙げられるが、これらに限定されない。一態様では、ＲＮＡまたはｃＤＮＡをアッセイしてもよい。一態様では、アッセイにより、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂに存在する１以上の遺伝子によりコードされる変異体タンパク質を検出することができる。診断アッセイまたは他のアッセイで使用するために患者試料から核酸またはタンパク質を精製または部分精製するための方法は、当該技術分野で既知である。
【００７８】
「単離核酸」または「精製核酸」とは、本発明のＤＮＡが由来する生物の天然に存在するゲノムにおいてその遺伝子に隣接する遺伝子を含まないＤＮＡを意味する。したがって、この用語は、例えば、自己複製プラスミドもしくはウイルス等のベクターに組み込まれた組換えＤＮＡ；または原核生物もしくは真核生物のゲノムＤＮＡに組み込まれた組換えＤＮＡ（例えば、導入遺伝子）；または別々の分子（例えば、ｃＤＮＡ、あるいはＰＣＲ、制限エンドヌクレアーゼ消化、または化学合成もしくはインビトロ合成によって産生されたゲノムまたはｃＤＮＡ断片）として存在する組換えＤＮＡを含む。また、この用語は、さらなるポリペプチド配列をコードする雑種遺伝子の一部である組換えＤＮＡも含む。用語「単離核酸」はまた、ＲＮＡ、例えば、単離ＤＮＡ分子によりコードされるｍＲＮＡ分子、または化学合成されるｍＲＮＡ分子、または少なくともいくつかの細胞成分、例えば、他の種類のＲＮＡ分子またはポリペプチド分子から分離されたか、もしくはそれらを実質的に含まないｍＲＮＡ分子をも指す。
【００７９】
ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型部位を占める塩基は、対象において、例えば分析される患者において、当該技術分野で既知の複数の方法のうちのいずれを用いて特定してもよい。例えば、限定するものではないが、対立遺伝子特異的プローブの使用、対立遺伝子特異的プライマーの使用、直接配列分析、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）分析、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、および変性高速液体クロマトグラフィー（ＤＨＰＬＣ）分析がある。ＤＮＡ中の多型を検出するための他の周知の方法としては、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎｓ技術の使用（例えば、Ｐｉａｔｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６：３５９−６３、Ｔｙａｇｉ，ａｎｄ  Ｋｒａｍｅｒ，１９９６，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：３０３−３０８、およびＴｙａｇｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６：４９−５３を参照）、Ｉｎｖａｄｅｒ技術（例えば、Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ３８２６：１１７−１２５、および米国特許第６，７０６，４７１号を参照）、核酸配列ベース増幅（Ｎａｓｂａ）（Ｃｏｍｐｔｏｎ，１９９１）、Ｓｃｏｒｐｉｏｎ技術（Ｔｈｅｌｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ，２８：３７５２−３７６１、およびＳｏｌｉｎａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，“Ｄｕｐｌｅｘ  Ｓｃｏｒｐｉｏｎ  ｐｒｉｍｅｒｓ  ｉｎ  ＳＮＰ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  ＦＲＥＴ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”  Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ，２９：２０．）、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析等の使用がある。さらなる方法が当業者には明らかとなるであろう。
【００８０】
用語「プライマー」とは、適切な条件下、適切な緩衝液中、かつ適切な温度での鋳型指向性ＤＮＡ合成の開始点の役割を果たすことができる一本鎖オリゴヌクレオチドを指す。プライマーの適切な長さは、そのプライマーの目的の用途によるが、典型的には、１５〜３０ヌクレオチドの範囲である。プライマー配列は、鋳型に対して厳密に相補的である必要はないが、鋳型とハイブリダイズするのに十分な程度に相補的でなければならない。用語「プライマー部位」は、プライマーがハイブリダイズする標的ＤＮＡの範囲を意味する。用語「プライマー対」は、増幅しようとするＤＮＡ配列の５’末端にハイブリダイズする５’上流プライマー、および増幅しようとする配列の３’末端の相補体にハイブリダイズする３’下流プライマーを含む、１組のプライマーを意味する。
【００８１】
短いプローブおよびプライマーの場合の例となるハイブリダイゼーション条件は、算出されたＴｍより約５〜１２℃低い温度である。Ｔｍを算出するための式は既知であり、１４塩基未満のオリゴの場合、Ｔｍ＝４℃×（プライマー中のＧおよびＣの数）＋２℃×（プライマー中のＡおよびＴの数）が含まれ、反応は５０ｍＭの一価陽イオンの存在下で実施されると想定する。より長いオリゴの場合、以下の式を使用することができる：Ｔｍ＝６４．９℃＋４１℃×（プライマー中のＧおよびＣの数−１６．４）／Ｎ（式中、Ｎはプライマーの長さである）。一般に使用される別の式は、反応物の塩濃度を考慮に入れる（Ｒｙｃｈｌｉｋ（上記参照）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ（上記参照）、Ｍｕｅｌｌｅｒ（上記参照））：Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６℃×（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］＋［Ｋ＋］）＋０．４１℃×（％ＧＣ）−６７５／Ｎ（式中、Ｎはオリゴ中のヌクレオチドの数である）。前述の式は、ある特定の用途での開始点を提供するが、個々のプローブおよびプライマーの設計は、さらなる因子または異なる因子を考慮に入れてよい。本発明の方法で使用するためのプローブおよびプライマーの設計方法は、当技術分野において周知である。
【００８２】
多型を分析するための対立遺伝子特異的プライマーの設計および使用は、例えば、Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａ，欧州特許第２３５，７２６号、Ｓａｉｋｉ，国際公開第８９／１１５４８号により記載されている。簡潔に述べると、対立遺伝子特異的プライマーは、ある個人に由来する標的ＤＮＡのセグメントに対してハイブリダイズするが、別の個人に由来する対応するセグメントに対しては、これら２つのセグメントが異なる多型形態を表す場合、ハイブリダイズしないように設計される。ハイブリダイゼーション条件は、所与のプローブが２個の対立遺伝子のうち１個のみに対して本質的にハイブリダイズするように、十分にストリンジェントな条件が選択される。典型的には、対立遺伝子特異的プローブは、多型部位がプローブの中心位置と整列するように、標的ＤＮＡのセグメントに対してハイブリダイズするよう設計することができる。
【００８３】
本明細書で使用する際、「プローブ」は、核酸の相補鎖に塩基特異的に結合することができる核酸である。そのようなプローブには、核酸およびペプチド核酸（Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１）がある。ハイブリダイゼーションは、当該技術分野で既知のストリンジェントな条件下で実施することができる。例えば、Ｂｅｒｇｅｒ  ａｎｄ  Ｋｉｍｍｅｌ（１９８７）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１５２：Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ：Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｖｏｌｓ．１−３，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｓａｍｂｏｏｋ（２００１）  ３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ、Ｒｙｃｈｌｉｋ，Ｗ．ａｎｄ  Ｒｈｏａｄｓ，Ｒ．Ｅ．，１９８９，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７，８５４３、Ｍｕｅｌｌｅｒ，Ｐ．Ｒ．ｅｔ  ａｌ．（１９９３）  Ｉｎ：Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １５．５，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．ａｎｄ  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、およびＡｎｄｅｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｙｏｕｎｇ，Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｆｉｌｔｅｒ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（１９８５））を参照されたい。本明細書で使用する際、用語「プローブ」はプライマーを含む。プローブおよびプライマーは、「オリゴヌクレオチド」と称されることもある。
【００８４】
対立遺伝子特異的プローブは、対として使用することができ、対の一方の要素は、標的配列の参照対立遺伝子に対してハイブリダイズするように設計され、他方の要素は、変異型対立遺伝子に対してハイブリダイズするように設計される。同じ標的遺伝子配列内の複数の多型を同時分析するために、いくつかプローブの対を同じ支持体上に固定してもよい。
【００８５】
多型を分析するための対立遺伝子特異的プライマーの設計および使用は、例えば、国際公開第９３／２２４５６号およびＧｉｂｂｓ，１９８９により記載されている。簡潔に述べると、対立遺伝子特異的プライマーは、多型と重複する標的ＤＮＡ上の部位にハイブリダイズし、そのプライマーが特定の対立遺伝子型に完全な相補性を示したときにのみ、標準ＰＣＲプロトコルによりＤＮＡ増幅を開始させるように設計される。１塩基ミスマッチがＤＮＡ増幅を防ぎ、検出可能なＰＣＲ産物は形成されない。この方法は、多型部位がプライマーの最３’末端にある場合に最も良好に機能するが、これはこの位置がプライマーからの伸長に対して最も不安定であるためである。
【００８６】
一部の実施形態では、ゲノムＤＮＡを使用して、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座で多型を検出することができる。ゲノムＤＮＡは、末梢血試料または組織試料等の試料から抽出することができる。フェノール抽出等の標準方法を使用して、試料からゲノムＤＮＡを抽出することができる。場合によっては、市販のキット（例えば、Ｑｉａｇｅｎ，Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ，Ｃａｌｉｆ．、Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．、またはＧｅｎｔｒａ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎ．）を使用して、ゲノムＤＮＡを抽出することができる。
【００８７】
多型を検出するための他の方法は、対象から取得した試料から核酸を増幅すること（例えば、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座特異的プライマーを用いて、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座から核酸のセグメントを増幅すること）、および増幅した核酸を分析することを含んでもよい。これは、標準ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ、ｑＰＣＴ、およびＲＴ−ＰＣＲ）プロトコルまたは当該技術分野で既知の他の方法により達成可能である。増幅することにより、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の単一ヌクレオチド多型部位にわたる、ＣＦＨ／Ｆ１３Ｂ対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの生成をもたらし得る。ＣＦＨ／Ｆ１３Ｂ特異的プライマー配列およびＣＦＨ／Ｆ１３Ｂ対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座のコード（エクソン領域）または非コード（プロモーター、５’非翻訳、イントロン、または３’非翻訳）領域から得ることができる。一態様では、全ての対象に由来するゲノムＤＮＡは、ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄ  Ｍａｘｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を用いて、末梢血白血球から単離することができる。ＤＮＡ試料は、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の中に含まれる遺伝子のＳＮＰをスクリーニングすることができる。遺伝子型決定は、５ｕＬの反応物中の１０ｎｇの鋳型ＤＮＡを用いて、ＴａｑＭａｎアッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）により実施することができる。３８４ウェルサーモサイクラー（ＰＴＣ−２２５，ＭＪ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）での熱サイクル条件は、９５℃で１０分間の初期維持、続いて９５℃で１５秒間の変性段階と６０℃で１分間のアニーリングおよび伸長段階との４０サイクルから構成されてよい。プレートは、７９００ＨＴ  Ｆａｓｔ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で読み取ることができる。
【００８８】
ＰＣＲを用いて生成された増幅産物は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）を用いて分析することができる。様々な対立遺伝子を配列依存的融解特性および溶液中での電気泳動に基づいて識別することができる。Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｃｈａｐｔｅｒ  ７（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９２）を参照されたい。
【００８９】
標的配列の対立遺伝子は、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析を用いて区別することができる。様々な対立遺伝子を一本鎖ＰＣＲ産物の配列および構造依存的電気泳動移動度に基づいて識別することができる（Ｏｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）。増幅されたＰＣＲ産物を標準プロトコルにより生成し、加熱するかまたは別の方法で変性させて一本鎖産物を形成することができ、これは再び折り畳まれるか、または塩基配列に部分的に依存する２次構造を形成し得る。
【００９０】
標的配列の対立遺伝子は、変性高速液体クロマトグラフィー（ＤＨＰＬＣ）分析を用いて区別することができる。様々な対立遺伝子を一本鎖ＰＣＲ産物のクロマトグラフィー移動度の変化により、塩基の違いに基づいて識別することができる（Ｆｒｕｅｈ  ａｎｄ  Ｎｏｙｅｒ−Ｗｅｉｄｎｅｒ，２００３）。増幅されたＰＣＲ産物は、標準プロトコルにより生成し、加熱するかまたは別の方法で変性させて一本鎖産物を形成することができ、これは再び折り畳まれるか、または塩基配列に部分的に依存する２次構造を形成し得る。
【００９１】
多型の直接配列分析は、当該技術分野で周知のＤＮＡ配列決定手順を用いて達成することができる。Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ  Ｅｄ．，ＣＳＨＰ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８９）、およびＺｙｓｋｉｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ａｃａｄ．Ｐｒｅｓｓ，１９８８）を参照されたい。
【００９２】
生体試料において多型を検出するための多種多様な他の方法が当該技術分野で既知である。例えば、Ｕｌｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ”  米国特許第６，６３２，６０６号、Ｓｈｉ，２００２，“Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ｆｏｒ  ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ  ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ：ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｉｎ  ｄｒｕｇ  ｔａｒｇｅｔｓ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｇｅｎｅｓ”  Ａｍ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２：１９７−２０５、Ｋｗｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，“Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ”  Ｃｕｒｒ  Ｉｓｓｕｅｓ  Ｂｉｏｌ．５：４３−６０）を参照されたい。
【００９３】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。
【００９４】
一態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その女性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【００９５】
別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その女性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【００９６】
また別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高くない、または低くないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、その女性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない、方法が本明細書に記載される。
【００９７】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。
【００９８】
一態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その男性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【００９９】
別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その男性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１００】
また別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高くない、または低くないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、その男性対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない、方法が本明細書に記載される。
【０１０１】
一態様では、対象から取得された試料から、本明細書に記載のＳＮＰ、ハプロタイプ、またはディプロタイプを判定することができる。別の態様では、対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することにより、対象のＳＮＰ、ハプロタイプ、またはディプロタイプを判定することができる。またさらなる態様では、本明細書に記載の方法は、治療用組成物を対象に投与すること、または有効量の治療用組成物で対象を治療することをさらに含んでもよい。
【０１０２】
本明細書で使用する際、「治療すること」とは、疾患、病態、もしくは障害の治癒、改善、安定化、または予防を目的とする患者の医学的管理を指す。この用語は、積極的治療、すなわち疾患、病態、もしくは障害の改善を特に目的とする治療を含み、また原因治療、すなわち関連する疾患、病態、もしくは障害の原因の除去を目的とする治療も含む。さらに、この用語は、緩和治療、すなわち疾患、病態、もしくは障害を治癒するよりもむしろ症状の軽減のために計画される治療、予防治療、すなわち関連する疾患、病態、もしくは障害の発症を最小限に抑える、または部分的もしくは完全に阻害することを目的とする治療、および支持治療、すなわち関連する疾患、病態、もしくは障害の改善を目的とする別の特定の療法を補うために採用される治療を含む。種々の態様において、この用語は、哺乳動物（例えば、ヒト）を含む対象のあらゆる治療を包含し、（ｉ）その疾患にかかりやすいが、まだその疾患を有すると診断されていない対象において、その疾患が発生するのを防ぐこと、（ｉｉ）その疾患を阻害すること、すなわち発症を阻止すること、または（ｉｉｉ）その疾患を軽減すること、すなわち、その疾患を退行させることを含む。
【０１０３】
用語「投与すること」および「投与」は、薬学的調製物を対象に提供するあらゆる方法を指す。そのような方法は当業者に周知であり、経口投与、舌下投与、経頬粘膜投与、経皮投与、吸入による投与、鼻腔投与、局所投与、膣内投与、眼内投与、耳内投与、脳内投与、くも膜下腔内投与、直腸投与、腹腔内投与、ならびに静脈内投与、動脈内投与、筋内投与、皮内投与、および皮下投与等の注射を含む非経口投与を含むが、これらに限定されない。眼内投与は、局所投与、結膜下投与、テノン嚢下投与、眼球上投与、球後投与、眼窩内投与、および硝子体内投与を含む眼内投与を含み得る。投与は、連続投与または間欠投与であってよい。種々の態様では、調製物を治療的に投与することができる、すなわち既存の疾患または状態を治療するために投与することができる。さらなる種々の形態では、調製物を予防的に投与することができる、すなわち疾患または状態の予防のために投与することができる。
【０１０４】
本明細書で使用する際、用語「治療有効量」とは、所望の結果を達成する、または望ましくない状態に効果を有するのに十分な量を指す。
【０１０５】
また別の態様では、本明細書に記載の補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法は、眼科処置により対象を検査することをさらに含んでもよい。
【０１０６】
自家蛍光画像化法、赤外撮像法、光干渉断層撮影（ＯＣＴ）、Ｓｔｒａｔｕｓ光干渉断層撮影（Ｓｔｒａｔｕｓ  ＯＣＴ）、フーリエ領域光干渉断層撮影法（Ｆｄ−ＯＣＴ）、二光子蛍光（ＴＰＥＦ）画像化、補償光学走査レーザー検眼鏡検査（ＡＯＳＬＯ）、走査レーザー検眼鏡検査、スペクトル領域光干渉断層撮影（ＳＤ−ＯＣＴ）と組み合わせた近赤外撮像、カラー眼底撮影、眼底自発蛍光画像化、レッドフリー撮像、蛍光眼底血管造影、インドシアニングリーン血管造影、多局所網膜電図（ＥＲＧ）記録、微小視野計測、カラードップラー光干渉断層撮影（ＣＤＯＣＴ）、および視野評価を含むがこれらに限定されない当業者に既知の種々の眼科処置を実施して、対象を検査してもよい。さらに、対象は、Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ  Ｓｐｅｃｔｒａｌｉｓ、Ｚｅｉｓｓ  Ｃｉｒｒｕｓ、Ｔｏｐｃｏｎ  ３Ｄ  ＯＣＴ  ２０００、Ｏｐｔｉｖｕｅ  ＲＴＶｕｅ  ＳＤ−ＯＣＴ、Ｏｐｋｏ  ＯＣＴ  ＳＬＯ、ＮＩＤＥＫ  Ｆ−１０、またはＯｐｔｏｐｏｌ  ＳＯＣＴ  Ｃｏｐｅｒｎｉｃｕｓ  ＨＲを用いることによって検査することができる。
１．疾患の進行の予測
【０１０７】
また、白人対象において、補体媒介性疾患の進行を予測するための方法も本明細書に記載される。補体媒介性疾患は、加齢性黄斑変性症であってもよいが、これに限定されない。一態様では、方法は、白人対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。本明細書に記載するように、本明細書に開示されるハプロタイプのうちの１以上の存在は、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する対象の感受性を示し得る。
【０１０８】
一態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１０９】
別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１１０】
また別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高くない、または低くないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない方法が、本明細書に記載される。
【０１１１】
また、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。
【０１１２】
一態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その女性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１１３】
別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その女性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１１４】
また別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高くない、または低くないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、その女性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない方法が、本明細書に記載される。
【０１１５】
また、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。
【０１１６】
一態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患またはに対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その男性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１１７】
別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その男性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１１８】
また別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高くない、または低くないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、後期加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、その男性対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない方法が、本明細書に記載される。
２．ディプロタイプ
【０１１９】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、本明細書に記載の１以上のディプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。ヒト常染色体は、通常は対で生じ、これら２つのハプロタイプの一個人における組み合わせは、本明細書において「ディプロタイプ」と称される。したがって、ハプロタイプに基づくディプロタイプに関して使用するとき、「〜に基づく」は、これら２つのハプロタイプの一個人における組み合わせを特定することを指し得る。
【０１２０】
本明細書に記載のいずれのハプロタイプまたは複数のハプロタイプもディプロタイプを作成するために使用可能である。例えば、ディプロタイプは、保護的ハプロタイプおよびリスクハプロタイプ、２つの保護的ハプロタイプ、２つのリスクハプロタイプ、中立ハプロタイプおよびリスクハプロタイプ、中立ハプロタイプおよび保護的ハプロタイプ、または２つの中立ハプロタイプを含み得る。一態様では、１つのハプロタイプが優性であってもよく、または１つのハプロタイプが劣性であってもよい。
【０１２１】
例えば、限定するものではないが、単一Ｈ１ハプロタイプは、別のＨ１ハプロタイプと組み合わせたときに、Ｈ１＿Ｙ＿Ｚ：Ｈ１＿Ｙ＿Ｚディプロタイプとなり得、単一Ｈ１ハプロタイプは、Ｈ２、Ｈ８、またはＨ１３ハプロタイプと組み合わせたときに、Ｈ１＿Ｙ＿Ｚ：Ｈ２＿Ｙ＿Ｚディプロタイプ、Ｈ１＿Ｙ＿Ｚ：Ｈ８＿Ｙ＿Ｚディプロタイプ、またはＨ１＿Ｙ＿Ｚ：Ｈ１３＿Ｙ＿Ｚディプロタイプとなり得る。一態様では、本明細書に記載のディプロタイプは、ＡＭＤを発症するリスクの増加と関連し得る。別の態様では、本明細書に記載のディプロタイプは、ＡＭＤを発症するリスクの減少と関連し得る。
【０１２２】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法が、本明細書に記載される。一部の態様では、対象のハプロタイプは、その対象から取得された試料から判定することができる。一部の態様では、対象のハプロタイプは、その対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することにより、判定することができる。
【０１２３】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す方法が、本明細書に記載される。
【０１２４】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１２５】
高いリスクが特定される一部の態様では、方法は、治療用組成物を対象に投与することをさらに含み得る。
【０１２６】
加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１２７】
一部の態様では、対象は女性であってよい。対象が女性である一部の態様では、図３７で識別されるディプロタイプのうちの１以上を使用して、その患者の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクを示すことができる。
【０１２８】
一部の態様では、対象が男性であってよい。対象が男性である一部の態様では、図３６で識別されるディプロタイプのうちの１以上を使用して、その患者の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクを示すことができる。
【０１２９】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１３０】
一部の態様では、対象のハプロタイプは、その対象から取得された試料から判定することができる。一部の態様では、対象のハプロタイプは、その対象から取得された核酸試料を増幅または配列決定することにより、判定することができる。
【０１３１】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１３２】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１３３】
加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、図３６で識別されるディプロタイプのうちの１以上、またはそれらの相補体の存在を使用して、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とし得ることを示すことができるかどうかを判定することができる。一部の態様では、対象は女性であってもよい。対象が女性である一部の態様では、図３７で識別されるディプロタイプのうちの１以上を使用して、その患者が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを判定することができる。一部の態様では、対象が男性であってよい。対象が男性である一部の態様では、図３６で識別されるディプロタイプのうちの１以上を使用して、その患者が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを判定することができる。
【０１３４】
また、加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とするかどうかを示す方法も本明細書に記載される。
【０１３５】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とすることを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１３６】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要としないことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１３７】
加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、図３６で識別されるディプロタイプのうちの１以上、あるいはそれらの相補体の存在が、その対象が加齢性黄斑変性症の予防的治療を必要とし得るかどうかを判定するために使用できる方法が、本明細書に記載される。
【０１３８】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であり、これらのディプロタイプのうちの１以上の存在が、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１３９】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、Ｈ２＿５１＿Ｂ：任意のマイナー５１＿Ｂハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象が臨床試験に適していることを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１４０】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、ディプロタイプＨ１＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１＿５１＿Ｂ：Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ４＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ：任意の５１＿Ｂマイナーハプロタイプ、もしくはそれらの相補体が、その対象が臨床試験に適さないことを示す方法が、本明細書に記載される。
【０１４１】
加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のハプロタイプに基づく１以上のディプロタイプを特定することを含み、この１以上のハプロタイプが、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり、図３６で識別されるディプロタイプのうちの１以上、あるいはそれらの相補体の存在が、その対象が臨床試験に適し得ることを示す方法が、本明細書に記載される。
３．ハプロタイプタグＳＮＰ
【０１４２】
補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する対象の感受性を示し得る。別の態様では、ＳＮＰはハプロタイプタグＳＮＰ（ｈｔＳＮＰ）であってもよい。本明細書で使用する際、ハプロタイプタグＳＮＰとは、本明細書に記載の１以上のハプロタイプを識別または表すことができる１以上のＳＮＰを意味する。１以上のタグＳＮＰは、対象において１以上のハプロタイプを識別または表現するために使用することができ、したがって補体媒介性疾患の罹患または発症に対する対象の感受性を判定するために使用することができる。
【０１４３】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
【０１４４】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人女性対象の感受性を判定するための方法であって、白人女性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示し得る。
【０１４５】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
【０１４６】
また、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人男性対象の感受性を判定するための方法であって、白人男性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在が、補体媒介性疾患の罹患または発症に対するその対象の感受性を示す。
【０１４７】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
【０１４８】
また、白人対象において、補体媒介性疾患の進行を予測するための方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、ｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスク示し得る。
【０１４９】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
【０１５０】
また、白人女性対象において、補体媒介性疾患の進行を予測するための方法であって、白人女性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスク示す。
【０１５１】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
【０１５２】
また、白人男性対象において、補体媒介性疾患の進行を予測するための方法であって、白人男性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクを示し得る。
【０１５３】
別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
４．単一ＳＮＰ
【０１５４】
ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の複数の変異からなる多型およびハプロタイプの集合体が、本明細書に記載される。これらの多型またはハプロタイプのうちの１以上は、補体媒介性疾患と関連し得る。これらならびに他の多型および多型の組（例えば、ハプロタイプ）の検出は、補体媒介性疾患の診断アッセイを計画および実施する際に有用であり得る。多型および多型の組は、核酸の分析、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座のコード配列によりコードされるポリペプチド（スプライス変異によりコードされるポリペプチドを含む）の分析、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の非コード配列の分析、または当該技術分野で既知の他の手段により検出することができる。そのような多型およびハプロタイプの分析は、補体媒介性疾患の予防的投与計画および治療的投与計画を計画する際にも有用となり得る。
【０１５５】
より具体的には、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。一態様では、ＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。別の態様では、本明細書に記載のＳＮＰのうちの１以上の存在は、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する対象の感受性を示し得る。
【０１５６】
一態様では、ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡは、その対象の補体媒介性疾患を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、またはｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いまたは低いことを示さない。
【０１５７】
また、白人対象において、加齢性黄斑変性症の進行を予測するための方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。一態様では、ＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。別の態様では、本明細書に記載のＳＮＰのうちの１以上の存在は、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクを示し得る。
【０１５８】
一態様では、ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いことを示し得る。別の態様では、ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、またはｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが高いかどうか、または低いかどうかを示さない。
【０１５９】
また、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型部位を含むがこれらに限定されない、本明細書に記載のリスクＳＮＰ、保護的ＳＮＰ、または情報ＳＮＰもしくは遺伝子マーカーと連鎖不平衡（ＬＤ）にある他の遺伝子中の多型部位をスクリーニングする方法も本明細書に記載される。これらの方法は、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型部位の多型形態が補体媒介性疾患と関連する（例えば、リスクの増加または減少）、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型部位と連鎖不平衡にある遺伝子中の多型部位を識別することと、個人の集団においてハプロタイプを判定して、その関連付けられた多型部位が、補体媒介性疾患表現型と相関するＣＦＨ／Ｆ１３Ｂ遺伝子の多型形態と連鎖不平衡にある多型形態を有するかどうかを示すこととを含んでもよい。本明細書に記載のＳＮＰとＬＤにあるＳＮＰには、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ７５３５２６３、ｒｓ１０９２２１０６、ｒｓ３９５９９８、ｒｓ１３２９４２８、およびｒｓ７５４００３２が含まれるが、これらに限定されない。別の態様では、本明細書に記載のＳＮＰとＬＤにあるＳＮＰは、ｒｓ１０４８９４５６、ｒｓ７０６２０、ｒｓ７４２８５５、ｒｓ１１７９９３８０、ｒｓ１０６５４８９、ｒｓ１１５８２９３９、ｒｓ３８５３９０、ｒｓ４２１８２０、ｒｓ４２６７３６、ｒｓ３７０９５３、ｒｓ３７１０７５であってもよいが、これらに限定されない。
【０１６０】
本明細書で使用する際、「連鎖不平衡」とは、必ずしも同じ染色体上とは限らない、２つ以上の遺伝子座における対立遺伝子の選択的結合である。これは、遺伝子座間の組換えがわずかである、１つの染色体上の２つ以上の遺伝子座の関連を表す連鎖とは異なる。連鎖不平衡は、対立遺伝子または遺伝子マーカーの一部の組み合わせが、それらの頻度に基づく対立遺伝子からのハプロタイプのランダム形成から予想されるよりもいくぶん高い頻度で、ある集団において発生する状況を表す。異なる遺伝子座の多型間の選択的結合は、連鎖不平衡（ＬＤ）の程度によって測定される。連鎖不平衡の程度は、遺伝子の連鎖、組換え率、突然変異率、機会的浮動、無作為交配、および集団の構造を含む多数の要因の影響を受ける可能性がある。「連鎖不平衡」または「対立遺伝子の関連」とは、したがって、その集団における任意の特定の対立遺伝子の頻度について偶然により予想されるよりも頻度が高い、特定の対立遺伝子または遺伝子マーカーと別の特異的対立遺伝子または遺伝子マーカーとの選択的結合を意味する。情報マーカーと連鎖不平衡にあるマーカー、例えば、本明細書に記載のＣＦＨ／Ｆ１３Ｂ  ＳＮＰまたはハプロタイプのうちの１つは、補体媒介性疾患に対する感受性を検出する際に有用となり得る。本明細書に記載のリスクＳＮＰ、保護的ＳＮＰ、または情報ＳＮＰ、ハプロタイプ、もしくは遺伝子マーカーと連鎖不平衡にあるＳＮＰは、「代理」または「サロゲート」ＳＮＰと称することができる。代理ＳＮＰは、少なくとも５０％、６０％、または７０％で、本明細書に記載のリスクＳＮＰ、保護的ＳＮＰ、または情報ＳＮＰもしくは遺伝子マーカーと連鎖不平衡にあってもよく、一態様では、少なくとも約８０％、９０％、および別の態様では、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または約１００％で、本明細書に記載のリスクＳＮＰ、保護的ＳＮＰ、または情報ＳＮＰもしくは遺伝子マーカーとＬＤにある。
【０１６１】
公的に入手可能なデータベース、例えばＨａｐＭａｐデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｆｔｐ．ｈａｐｍａｐ．ｏｒｇ／ｌｄ＿ｄａｔａ／ｌａｔｅｓｔ／）およびＨａｐｌｏｖｉｅｗ（Ｂａｒｒｅｔｔ，Ｊ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２１，２６３（２００５））を使用して、２つのＳＮＰ間の連鎖不平衡を算出することができる。対照集団と比較した疾患集団における識別された対立遺伝子の頻度は、本明細書に記載の方法を用いて判定することができる。統計的分析を使用して、２つのＳＮＰ間の選択的結合の有意性を判定することができる（例えば、ハーディ‐ワインバーク平衡、遺伝子型尤度比（遺伝子型ｐ値）、カイ二乗分析、フィッシャー直接検定）。２つのＳＮＰ間の統計的に有意な選択的結合は、それらが連鎖不平衡にあること、および一方のＳＮＰが第２のＳＮＰの代理としての役割を果たし得ることを示す。
【０１６２】
別の態様では、本明細書に記載するもの等のＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の多型を用いて、関心形質と関連する遺伝子座と、その形質と関連しないが、その形質に関与する遺伝子座と物理的近接にあり、それと同時分離する多型マーカーとの間の物理的連鎖を確立することができる。関心形質と関連する遺伝子座をマッピングすることは、当該技術分野で周知の手順に従って、その形質に関与する遺伝子をクローニングすることを容易にする。
【０１６３】
本明細書で使用する際、「物理的連鎖」とは、遺伝子、対立遺伝子、遺伝子座、または遺伝子マーカーが、同じ染色体上に位置する結果として、一緒に継承される傾向があることを表す。連鎖は、２つの遺伝子、対立遺伝子、遺伝子座または遺伝子マーカー間の組換え率により測定される。典型的には、互いから５０センチモルガン（ｃＭ）以内の距離で発生する遺伝子座は連鎖している。連鎖マーカーは、同じ遺伝子または遺伝子クラスター内に発生し得る。
５．欠失タグＳＮＰ
【０１６４】
本明細書に記載する際、ＣＦＨＲ−３／ＣＦＨＲ−１遺伝子の欠失状態をタグ付けするＳＮＰである。したがって、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、このＳＮＰの存在は、加齢性黄斑変性症の罹患または発症に対する対象の感受性を示し得る。別の態様では、ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴは、その対象の加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。別の態様では、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、対象において、本明細書に記載の欠失タグＳＮＰをタグ付けする少なくとも１つのＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このタグＳＮＰは、ｒｓ６６８９００９、ｒｓ３５２５３６８３、ｒｓ７３１５５７、およびｒｓ６０６４２３２１であってもよいが、これらに限定されない。別の態様では、補体媒介性疾患の罹患または発症に対する白人対象の感受性を判定するための方法であって、対象において、本明細書に記載の欠失タグＳＮＰとＬＤにある少なくとも１つのＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、ｒｓ６６７７６０４、ｒｓ１６８４０５２２、およびｒｓ２０１９７２７であってもよいが、これらに限定されない。
【０１６５】
また、白人対象において、補体媒介性疾患の進行を予測するための方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、欠失タグＳＮＰの存在は、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクを示し得る。別の態様では、ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴは、その対象の後期加齢性黄斑変性症を罹患または発症するリスクが低いことを示し得る。
６．ハプロタイプタグハプロタイプ
【０１６６】
一態様では、本明細書に記載のハプロタイプを遺伝的変異データベース、例えば、ＨａｐＭａｐを用いて生成したハプロタイプと比較して、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患とのハプロタイプの関連性をさらに精密化することができる。http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/で利用可能なＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｐｒｏｊｅｃｔは、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座（Ｈｇ１８  ｃｈｒ１：１９４８６９１３７−１９５３０３４９１）を包含する領域に５００個を超えるＳＮＰを含む。したがって、一態様では、白人個人（ＣＥＵ集団と称する）由来の遺伝子型をこれらの５００個を超えるＳＮＰそれぞれについてダウンロードすることができる。次いで、この関心領域における最も情報価値のあるＳＮＰ（すなわち、ＣＥＵ集団内で分離するもの）を含む、ＣＥＵセット由来の相推定済みの遺伝子型データをダウンロードすることができる。一態様では、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ（ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ）を使用して、ＣＥＵデータセットのハプロタイプを構築することができ、その頻度を算出することができる。その分析から得られる重複するＳＮＰを「タグ」ＳＮＰとして使用して、本明細書に記載の症例／対照ハプロタイプをそれらの対応するＨａｐＭａｐ  ＣＥＵハプロタイプと適合させて、それによって本明細書に記載の疾患関連性を対応するＨａｐＭａｐハプロタイプにまで拡張させることができる。
【０１６７】
一態様では、本方法は、本明細書に記載の５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプに含まれなかったＨａｐＭａｐ  ＳＮＰを識別することができる。これらの新しく識別されたＳＮＰは、本明細書に記載の５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプの判別値、およびそれらのハプロタイプと補体媒介性疾患との関連性をさらに精密化することができる。
【０１６８】
ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のハプロタイプをタグ付けする一塩基多型またはハプロタイプを識別する方法が、本明細書に記載される。１以上のハプロタイプは、補体媒介性疾患の罹患または発症と関連があるとして本明細書に記載されるいずれのハプロタイプであってもよい。一態様では、本方法は、１以上のＣＦＨ／Ｆ１３ＢハプロタイプのＳＮＰ配列を遺伝的変異データベースに入力することと、１以上のタグＳＮＰまたはハプロタイプを特定することを含んでもよい。一態様では、１以上のＣＦＨ／Ｆ１３Ｂハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。
【０１６９】
別の態様では、遺伝的変異データベースはＨａｐＭａｐであってよい。また別の態様では、１以上のＣＦＨ／Ｆ１３Ｂハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含むがこれらに限定されない、リスクハプロタイプであってよい。さらに別の態様では、１以上のＣＦＨ／Ｆ１３Ｂハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含むがこれらに限定されない、保護的ハプロタイプであってよい。
Ｂ．加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別する方法
【０１７０】
補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。本明細書に記載するように、本明細書に開示されるハプロタイプのうちの１以上の存在は、その対照が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示し得る。本明細書に記載する際、「治療」は、予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃまたはｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）治療も意味し得る。一態様では、補体媒介性疾患は、加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）であってよい。したがって、本明細書に記載の方法を用いて、加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別することができる。
【０１７１】
一態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とすることを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その対象が治療を必要とすることを示し得る方法が、本明細書に記載される。一態様では、治療を必要とする対象を識別する方法は、治療が必要であるとして識別された対象に治療用組成物を投与することをさらに含んでもよい。別の態様では、本明細書に記載の方法を使用して、加齢性黄斑変性症を含むがこれに限定されない補体媒介性疾患のより高頻度のスクリーニングを必要とする白人対象を識別することができる。例えば、リスクハプロタイプを有する対象を識別することは、その対象が、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の発症のより厳重かつ高頻度の監視を必要とすることを示し得る。
【０１７２】
別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり得る。したがって、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る方法が、本明細書に記載される。
【０１７３】
また別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の発症の継続的なスクリーニングを必要とすることを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを必要とする白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを必要とする対象を示し得る方法が、本明細書に記載される。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプを有する対象を識別することは、その対象が、若年時に、一般集団で通常行われるであろうよりも高い頻度で、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを受けるべきであることを示し得る。
【０１７４】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人女性対象を識別するための方法であって、白人女性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。
【０１７５】
一態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象が補体媒介性疾患の治療を必要とすることを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人女性対象を識別する方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その対象が治療を必要とすることを示し得る方法が、本明細書に記載される。一態様では、治療を必要とする女性対象を識別する方法は、治療が必要であるとして識別された女性対象に治療用組成物を投与することをさらに含んでもよい。別の態様では、本明細書に記載の方法を使用して、加齢性黄斑変性症を含むがこれに限定されない補体媒介性疾患のより高頻度のスクリーニングを必要とする白人女性対象を識別することができる。例えば、リスクハプロタイプを有する対象を識別することは、その女性対象が、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の発症のより厳重かつ高頻度の監視を必要とすることを示し得る。
【０１７６】
別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象が補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人女性対象を識別するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その女性対象が補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る方法が、本明細書に記載される。
【０１７７】
また別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象が補体媒介性疾患の発症の継続的なスクリーニングを必要とすることを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを必要とする白人女性対象を識別する方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを必要とする女性対象を示し得る方法が、本明細書に記載される。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプを有する女性対象を識別することは、その女性対象が、若年時に、一般集団で通常行われるであろうよりも高い頻度で、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを受けるべきであることを示し得る。
【０１７８】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人男性対象を識別する方法であって、白人男性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。
【０１７９】
一態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象が補体媒介性疾患の治療を必要とすることを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人男性対象を識別する方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その男性対象が治療を必要とすることを示し得る方法が、本明細書に記載される。一態様では、治療を必要とする男性対象を識別する方法は、治療が必要であるとして識別された男性対象に治療用組成物を投与することをさらに含んでもよい。別の態様では、本明細書に記載の方法を使用して、加齢性黄斑変性症を含むがこれに限定されない補体媒介性疾患のより高頻度のスクリーニングを必要とする白人男性対象を識別することができる。例えば、リスクハプロタイプを有する男性対象を識別することは、その対象が、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の発症のより厳重かつ高頻度の監視を必要とすることを示し得る。
【０１８０】
別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象が補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人男性対象を識別するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その男性対象が補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る方法が、本明細書に記載される。
【０１８１】
また別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象が補体媒介性疾患の発症の継続的なスクリーニングを必要とすることを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを必要とする白人男性対象を識別するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを必要とする男性対象を示し得る方法が、本明細書に記載される。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプを有する男性対象を識別することは、その男性対象が、若年時に、一般集団で通常行われるであろうよりも高い頻度で、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の発症のスクリーニングを受けるべきであることを示し得る。
【０１８２】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在は、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とするかどうかを示し得る。一態様では、ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡは、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とすることを示し得る。別の態様では、ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、またはｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象が、補体媒介性疾患の治療を必要としないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象が補体媒介性疾患の治療を必要とし得ることを示し得る。
【０１８３】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在は、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示し得る。別の態様では、ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。
【０１８４】
また、加齢性黄斑変性症の治療を必要とする白人対象を識別するための方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示し得る。
【０１８５】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。
【０１８６】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人女性対象を識別する方法であって、白人女性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示し得る。
【０１８７】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。
【０１８８】
また、補体媒介性疾患の治療を必要とする白人男性対象を識別する方法であって、白人男性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とするかどうかを示し得る。
【０１８９】
一態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要とすることを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象が加齢性黄斑変性症の治療を必要としないことを示し得る。
１．臨床試験用の患者を識別する方法
【０１９０】
さらに、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。本明細書に記載するように、本明細書に開示されるハプロタイプのうちの１以上の存在は、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適しているかどうかを示し得る。一態様では、補体媒介性疾患は加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）であってもよく、臨床試験は加齢性黄斑変性症の臨床試験であってもよい。したがって、本明細書に記載の方法を用いて、加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人対象を識別することができる。本明細書で使用する際、臨床試験とは、治療または医療装置の有効性および安全性を対象または対象群に対するそれらの効果を監視することにより評価するために実施される、実験的研究を意味する。一態様では、臨床試験を実施して、補体媒介性疾患、例えば、ＡＭＤに対する薬物の有効性および安全性を評価することができる。
【０１９１】
一態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適していることを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る方法が、本明細書に記載される。一態様では、臨床試験用の対象を識別する方法は、その臨床試験に適しているとして識別された対象に治療用組成物を投与することをさらに含んでもよい。
【０１９２】
別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適さないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であり得る。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別するための方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適さないことを示し得る方法が、本明細書に記載される。例えば、本明細書に記載の保護的ハプロタイプを有すると識別された対象は、補体媒介性疾患の治療を評価するために計画された臨床試験への参加から除外することができる。
【０１９３】
また別の態様では、対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適し得ることを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、補体媒介性疾患の臨床試験に適し得る対象を示し得る方法が、本明細書に記載される。
【０１９４】
さらに、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人女性対象を識別する方法であって、白人女性対象において、１以上のメジャーもしくはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。本明細書に記載するように、本明細書に開示されるハプロタイプのうちの１以上の存在は、その女性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適しているかどうかを示し得る。一態様では、補体媒介性疾患は加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）であってもよく、臨床試験は加齢性黄斑変性症の臨床試験であってもよい。したがって、本明細書に記載の方法を用いて、加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人女性対象を識別することができる。
【０１９５】
一態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適していることを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人女性対象を識別するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その女性対象がその臨床試験に適していることを示し得る方法が、本明細書に記載される。一態様では、臨床試験用の女性対象を識別する方法は、その臨床試験に適しているとして識別された対象に治療用組成物を投与することをさらに含んでもよい。
【０１９６】
別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その女性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適さないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人女性対象を識別するための方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その女性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適さないことを示し得る方法が、本明細書に記載される。例えば、本明細書に記載の保護的ハプロタイプを有すると識別された女性対象は、補体媒介性疾患の治療を評価するために計画された臨床試験への参加から除外することができる。
【０１９７】
また別の態様では、女性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適し得ることを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人女性対象を識別する方法であって、白人女性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、補体媒介性疾患の臨床試験に適し得る女性を示し得る方法が、本明細書に記載される。
【０１９８】
さらに、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人男性対象を識別する方法であって、白人男性対象において、１以上のメジャーまたはマイナーハプロタイプを特定することを含む方法が、本明細書に記載される。このハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、またはそれらの相補体を含み得るが、これらに限定されない。本明細書に記載するように、本明細書に開示されるハプロタイプのうちの１以上の存在は、その男性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適しているかどうかを示し得る。一態様では、補体媒介性疾患は加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）であってもよく、臨床試験は加齢性黄斑変性症の臨床試験であってもよい。したがって、本明細書に記載の方法を用いて、加齢性黄斑変性症の臨床試験に適している白人男性対象を識別することができる。
【０１９９】
一態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適していることを示し得る。そのようなハプロタイプは、リスクハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、リスクハプロタイプは、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人男性対象を識別するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、リスクハプロタイプが、その男性対象がその臨床試験に適していることを示し得る方法が、本明細書に記載される。一態様では、臨床試験用の男性対象を識別する方法は、その臨床試験に適しているとして識別された男性対象に治療用組成物を投与することをさらに含んでもよい。
【０２００】
別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その男性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適さないことを示し得る。そのようなハプロタイプは、保護的ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、保護的ハプロタイプは、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人男性対象を識別するための方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、保護的ハプロタイプが、その男性対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適さないことを示し得る方法が、本明細書に記載される。例えば、本明細書に記載の保護的ハプロタイプを有すると識別された男性対象は、補体媒介性疾患の治療を評価するために計画された臨床試験への参加から除外することができる。
【０２０１】
また別の態様では、男性対象において、ある特定のハプロタイプまたは複数のある特定のハプロタイプを特定することは、その対象が補体媒介性疾患の臨床試験に適し得ることを示し得る。そのようなハプロタイプは、中立ハプロタイプであり得る。例えば、限定するものではないが、中立ハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。したがって、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人男性対象を識別する方法であって、白人男性対象において、１以上の本明細書に記載のハプロタイプを特定することを含み、中立ハプロタイプが、補体媒介性疾患の臨床試験に適し得る男性対象を示し得る方法が、本明細書に記載される。
【０２０２】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の１以上のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ４０３８４６、もしくはｒｓ３７５３３９６、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、本明細書に記載のＳＮＰのうちの１以上の存在は、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示し得る。一態様では、ｒｓ１０６１１７０  ＳＮＰにおけるＡは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。別の態様では、ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、またはｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。したがって、例えば、白人対象が、ｒｓ１４１０９９６  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ２２７４７００  ＳＮＰにおけるＡ、ｒｓ３７５３３９５  ＳＮＰにおけるＴ、またはｒｓ４０３８４６  ＳＮＰにおけるＧを有すると判定された場合、その対象は、補体媒介性疾患の臨床試験から除外することができる。また別の態様では、ｒｓ３７５３３９６  ＳＮＰにおけるＧは、その対象がその臨床試験に適し得ることを示し得る。
【０２０３】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の欠失タグＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ１２１４４９３９、または（ｉｉ）ｒｓ１２１４４９３９と連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの１以上の存在は、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示し得る。別の態様では、ｒｓ１２１４４９３９  ＳＮＰにおけるＴは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。
【０２０４】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人対象を識別する方法であって、白人対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示し得る。
【０２０５】
別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。
【０２０６】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人女性対象を識別する方法であって、白人女性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、を含み得るが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示し得る。
【０２０７】
別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＧは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。
【０２０８】
また、補体媒介性疾患の臨床試験に適している白人男性対象を識別する方法であって、白人男性対象において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座の少なくとも６個のＳＮＰを特定することを含む方法も本明細書に記載される。このＳＮＰは、（ｉ）ｒｓ３５９２８０５９、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、ｒｓ１２１４４９３９、ｒｓ７５４６９４０、ｒｓ１４０９１５３、ｒｓ１０９２２１５３、もしくはｒｓ６９８８５９、または（ｉｉ）（ｉ）のＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ、であってよいが、これらに限定されない。一態様では、これらのＳＮＰのうちの少なくとも６個の存在は、その対象がその臨床試験に適しているかどうかを示し得る。
【０２０９】
別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＧ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＣ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＣ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＧ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適していることを示し得る。別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＡ、ｒｓ１４０９１５３におけるＡ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＡは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。また別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＡ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＧ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＣは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。さらに別の態様では、ｒｓ３５９２８０５９におけるＡ、ｒｓ８００２９２におけるＧ、ｒｓ１０６１１７０におけるＴ、ｒｓ１２１４４９３９におけるＴ、ｒｓ７５４６９４０におけるＧ、ｒｓ１４０９１５３におけるＴ、ｒｓ１０９２２１５３におけるＴ、またはｒｓ６９８８５９におけるＴは、その対象がその臨床試験に適さないことを示し得る。
【０２１０】
また、臨床試験を向上させる方法であって、それらの臨床試験に適した患者集団を選定することを含む方法も本明細書に記載される。一態様では、本方法を用いて、試験される１以上の実験的治療剤に反応するかどうかに基づいて、臨床試験に参加する患者を確実に識別することができる。本方法は、ＡＭＤ等の補体媒介性疾患の治療を受ける対象の状態を監視することを含んでもよい。良好な治療結果は、発現レベル等の補体経路活性、生化学活性（例えば、補体成分の酵素活性）、または補体経路関連分子に対する血清自己抗体の異常レベルから正常レベルへの、または正常レベルに向かう回復によって示され得る。一態様では、本方法は、対象が治療を受ける前に、異常活性レベル（例えば、自己抗体の異常な存在、または補体経路分子の異常なレベル）の初期値を測定することを含んでもよい。その後、ある期間にわたって反復測定を行うことができる。例えば、限定するものではないが、この期間は、約１日間、２日間、５日間、１週間、２週間、３週間、１か月間、２か月間、３か月間、４か月間、６か月間、９か月間、１年間、または１年間を超えてもよい。初期値が対照集団における平均レベルと比較して高い場合、次の測定でのレベルの有意な減少は、良好な治療結果を示し得る。同様に、測定マーカーの初期値が対照集団の平均と比較して低い場合、初期値と比較した測定レベルの有意な増加は、良好な治療結果を示唆し得る。その後、測定レベルは、次の測定レベルが初期値の反復測定の平均から１標準偏差を超えて異なる場合、初期値と比較して有意に変化したと考えられる。監視により良好な治療結果が明らかとなった場合、それは、その特定の１以上の治療剤の臨床試験への参加に選定することができる患者を示す。監視により不良な治療結果が明らかとなった場合、それは、その特定の１以上の治療剤の臨床試験への参加に選定すべきではない患者を示す。
Ｃ．キット
【０２１１】
また、本明細書に記載の方法を使用するためのキットも本明細書に記載される。本明細書に記載のキットは、対象の核酸試料において１以上のハプロタイプを検出するための１以上のアッセイを含んでもよく、この１以上のハプロタイプは、本明細書に記載のハプロタイプである。例えば、限定するものではないが、１以上のハプロタイプは、Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ９＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、Ｈ１５＿６２＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ａ、Ｈ２＿５１＿Ａ、Ｈ３＿５１＿Ａ、Ｈ４＿５１＿Ａ、Ｈ５＿５１＿Ａ、Ｈ６＿５１＿Ａ、Ｈ７＿５１＿Ａ、Ｈ８＿５１＿Ａ、Ｈ９＿５１＿Ａ、Ｈ１０＿５１＿Ａ、Ｈ１１＿５１＿Ａ、Ｈ１２＿５１＿Ａ、Ｈ１３＿５１＿Ａ、Ｈ１４＿５１＿Ａ、Ｈ１５＿５１＿Ａ、Ｈ１６＿５１＿Ａ、Ｈ１７＿５１＿Ａ、Ｈ１＿５１＿Ｂ、Ｈ２＿５１＿Ｂ、Ｈ３＿５１＿Ｂ、Ｈ４＿５１＿Ｂ、Ｈ５＿５１＿Ｂ、Ｈ６＿５１＿Ｂ、Ｈ７＿５１＿Ｂ、Ｈ８＿５１＿Ｂ、Ｈ９＿５１＿Ｂ、Ｈ１０＿５１＿Ｂ、Ｈ１１＿５１＿Ｂ、Ｈ１２＿５１＿Ｂ、Ｈ１３＿５１＿Ｂ、Ｈ１４＿５１＿Ｂ、Ｈ１５＿５１＿Ｂ、Ｈ１６＿５１＿Ｂ、Ｈ１７＿５１＿Ｂ、Ｈ１８＿５１＿Ｂ、Ｈ１９＿５１＿Ｂ、Ｈ２０＿５１＿Ｂ、Ｈ２１＿５１＿Ｂ、Ｈ２２＿５１＿Ｂ、もしくはそれらの相補体であってよい。一態様では、１以上のハプロタイプは、本明細書に記載のハプロタイプタグハプロタイプ、ならびに図４１に示すハプロタイプタグハプロタイプであってもよい。
【０２１２】
本明細書に記載のキットは、ＣＨＦ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座、または本明細書に記載の遺伝子もしくは核酸のいずれかを増幅するための増幅試薬をさらに含んでもよい。
Ｄ．実施例
【０２１３】
以下の実施例は、本願において特許請求される化合物、組成物、物品、装置、および／または方法をどのように作製および評価するかの完全な開示および説明を当業者に提供するために提示され、本発明の単なる例示を意図するものであり、本発明者らがその発明であるとみなすものの範囲を限定することを意図しない。数字（例えば、量、温度等）に関しては、正確性を確保するよう努力したが、ある程度の誤差および偏差は考慮すべきである。別段に指定しない限り、部は重量部であり、温度は℃で示すか、または周囲温度であり、圧力は大気圧またはその前後である。
１．実施例１：患者コホート
【０２１４】
ＡＭＤを有する試験患者およびＡＭＤを有さない試験患者の十分に特徴付けられたコホートから得たＤＮＡ試料を本明細書に記載の種々の試験に使用した（Ａｂｒｅｒａ−Ａｂｅｌｅｄａ  ｅｔ  ａｌ  ２００６，  Ａｌｌｉｋｍｅｔｓ  ｅｔ  ａｌ  ２００９，  Ｂａｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ  ２００６，  ＤｅＡｎｇｅｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ  ２００８，  Ｇｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ  ２００６，  Ｈａｇｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ，２００５，２００６，２０１１，  Ｌｉｍ  ｅｔ  ａｌ  ２０１２，  Ｒｏｂｍａｎ  ｅｔ  ａｌ  ２０１０，  Ｗｉｃｋｒｅｍａｓｉｎｇｈｅ  ｅｔ  ａｌ  ２０１１，  Ｚｈａｎｇ  ２００８を参照）。これらのコレクションは、ＡＭＤを有する白人患者およびＡＭＤを有さない白人患者からの５，０００を超えるＤＮＡ試料からなる。１つは高度に不一致であり、１つは不一致および一致の双方である、２つの同胞対コホート（２８４家族からの６５７対象）を除き、全てのコホートは症例−対照コホートであった。同胞対コホートの指標患者は、５０歳以上であり、本試験への登録時または登録前に記録された、網膜下出血、線維症、またはフルオレセイン血管造影法による血管新生の存在によって定義されるＣＮＶを少なくとも片目に有した。罹患していない兄弟は、指標患者が最初にＣＮＶを診断された年齢よりも高い年齢で、正常黄斑を有した。症例−対照および同胞対の両コホートの全ての個人は、欧米血統を有し、６０歳を上回り、年齢および民族性をマッチさせた。訓練を受けた眼科医が患者を検査および撮影した。これらの患者の過半数について、尿、血清、血漿、ＤＮＡ、ならびに広範囲に及ぶ医療および眼科データが入手可能であった。立体眼底写真は、上記の参考文献に記載される標準分類体系により選別した。全てのコホートの試料の大部分は、本明細書に記載するように、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座および他の遺伝子において変異体およびＳＮＰについて遺伝子型が決定された。
【０２１５】
いくつかのさらなるコホートからのＤＮＡ試料も利用可能であった：１）早発型ドルーゼン症例（ＥＯＤ）（１０３）、２）白人新生児（１，８７０）、３）ＭＰＧＮ  ＩＩ（６５）、非典型的溶血性尿毒症症候群（ａＨＵＳ）（２１１）、４）緑内障（３３０）、５）アルツハイマー病（１，２１４）、６）Ｕｔａｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＵＧＲＰ）からの４５家族、および７）Ｈｕｍａｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐａｎｅｌｓからの個人。さらに、この集合的な一連の試料において、多数の他の全身性疾患および眼疾患が示された。
【０２１６】
実施例２：染色体１ｑ３２のＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座にわたる欠失状態および拡張ハプロタイプの判定；発見段階
【０２１７】
２．１  背景
【０２１８】
最近の遺伝子研究は、加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）と、染色体１ｑ２５−ｑ３１上の「補体活性化調節因子」（ＲＣＡ）遺伝子クラスター内に位置する、補体因子Ｈ遺伝子（ＣＦＨ）の特定のハプロタイプとの間の関連性を明らかにした（Ｈａｇｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ  ２００５）。ＡＭＤと関連する遺伝子座のヌクレオチド多型への理解は高まってはいるが、疾患に関連するＣＦＨのリスクハプロタイプおよび保護的ハプロタイプの特徴付けは、まだ十分に評価されていない。最近の報告は、日本人集団および中国人集団におけるＣＦＨ遺伝子のリスク変異体が、どちらもＡＭＤと関連せず、白人集団と実質的に異なること、および／またはリスクハプロタイプが実質的により低い頻度で発生することを示唆している（Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ  ２００６、Ｇｏｔｏｈ  ｅｔ  ａｌ  ２００６）。
【０２１９】
５つのＣＦＨ関連遺伝子（ＣＦＨＲ１、ＣＦＨＲ２、ＣＦＨＲ３、ＣＦＨＲ４、およびＣＦＨＲ５）、１つのＣＦＨＲ偽遺伝子（ＬＯＣ１００２８９１４５）、および補体ＳＣＲドメインを含む１つのさらなる遺伝子（１３因子Ｂ、またはＦ１３Ｂ）が、染色体１ｑ３２上の補体活性化調節因子（ＲＣＡ）遺伝子座内に位置する。ＣＦＨＲ１およびＣＦＨＲ３の両遺伝子を包含する大きな共通欠失が、ＣＦＨの保護的ハプロタイプのうちの１つで特定されている（Ｈａｇｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ  ２００６）。
【０２２０】
これらの７つの遺伝子間の強い相同性を有すること、この１ｑ３２の遺伝子座の実質的なコピー数の変異が生じること、およびこの遺伝子座内の補体媒介性疾患因果関係への理解が不足していることから、ＣＦＨ、５つのＣＦＨＲ遺伝子、ＣＦＨＲ偽遺伝子（ＬＯＣ１００２８９１４５）、および１３因子Ｂ（Ｆ１３Ｂ）を包含する拡張ハプロタイプを決定し、それらのＡＭＤとの関連性を評価した。
【０２２１】
２．２  方法：試験患者試料
【０２２２】
同胞対を含む、ＡＭＤを有する試験患者およびＡＭＤを有さない試験患者からのＤＮＡ試料を使用した。本試験に採用した１，０７３名の対象（「１，０７３コホート」、「ＧＳＨコホート」、または「ＰａｒＡｌｌｅｌｅコホート」と称する）からのＤＮＡ試料は、欧米血統を有し、より大きいコホートから選択された（上記の実施例１を参照）。対象の平均年齢は、７６．２歳であった。５９％が女性であった。対象の５６％が加齢性黄斑症（ＡＲＭ）または加齢性黄斑変性症（ＡＭＤ）を有し、３４．５％が対照であった。このコホートの患者の０．６％は選別できなかった。
【０２２３】
２．３  方法：発見コホートにおけるＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプ決定および検証のための戦略の概要
【０２２４】
１，０７３名の白人個人において、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ領域にわたる６３個のＳＮＰ（図２）の遺伝子型を決定した。欠損遺伝子型を補完した。ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１遺伝子の欠失状態は、単一染色体上の欠失を検出するために展開された一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）解析およびｑＰＣＲアッセイを用いてまず判定した。ＰＨＡＳＥ  ｖ２．１．１を用いて、遺伝子型を独立して５回、相を推定し、結果を統合し、１，０７３名の個人全員について、最も可能性が高い相推定済みのハプロタイプを抽出した。続いて、全ての染色体のハプロタイプを構築した（相を推定した）。三世代の家族でハプロタイプの正当性を確認した。適切な統計的評価方法を用いて、ハプロタイプおよびＳＮＰの疾患関連性を評価した。
【０２２５】
２．４  方法：一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子型決定
【０２２６】
１，０７３個のヒトゲノムＤＮＡ試料において、ＳＳＣＰに基づく遺伝子型決定［５］、Ｔａｑｍａｎに基づく遺伝子型決定（ＡＢＩ）、サンガー配列決定、および分子反転プローブ遺伝子型決定（ＰａｒＡｌｌｅｌｅ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ）［６］を用いて、ＣＦＨ遺伝子およびＦ１３Ｂ遺伝子の近位および遠位の両方の非遺伝子領域を含む、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座内の６３個の一塩基多型（ＳＮＰ）（図２）を遺伝子型決定した。先のＰａｒＡｌｌｅｌｅ試験（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ３Ｋ「Ｉｏｗａ  ＡＭＤ  Ｐａｎｅｌ」を用いて１，１６２個のＤＮＡ試料の遺伝子型決定を行った試験；最終データから、１，１１３個の試料の遺伝子型の取得に成功し、３，３０８のアッセイを試みたうち最終的に３，２６６のアッセイに成功した）における関連性の有意性、ならびに位置に基づいて、ＳＮＰを選択し、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座全体にわたって比較的密な適応範囲をもたらした。欠損値は、ＰＨＡＳＥ  ｖ．２．１．１を用いて、ハプロタイプ構築時に多重補完した（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎ．６８：９７８−９８９，２００１）。
【０２２７】
２．５  方法：ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失染色体の識別
【０２２８】
ＣＦＨＲ−３／ＣＦＨＲ−１遺伝子の欠失状態を、単一染色体上の欠失を検出するために展開したＳＳＣＰおよびｑＰＣＲアッセイを用いて判定した。ＳＳＣＰアッセイを用いて、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失がホモ接合性である全ての個人を識別した。ＣＦＨエクソン２２およびＣＦＨＲ１中の相同領域の双方を増幅するＰＣＲプライマー対を用いて（プライマーについては、Ｈａｇｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ  ２００６を参照）、得られたＳＳＣＰ高次構造のうちの１つ（「シフト４」と称する）は、ＣＦＨＲ１の両コピーが不在である対象に特徴的であった。
【０２２９】
また、リアルタイム定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を使用して、ＣＦＨＲ３遺伝子およびＣＦＨＲ１遺伝子のコピー数状態も判定した（図３１）。５〜６回の独立したＴａｑＭａｎアッセイのセットにより、６−ＦＡＭ蛍光シグナルを用いてＣＦＨＲ３の上流の染色体ＤＮＡ（「欠失増幅産物」）の量を測定し、同時にＶＩＣタグ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＲＮａｓｅ  Ｐ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅａｇｅｎｔ）を用いて内部対照増幅産物を測定した。欠失アッセイ用のプライマーおよびプローブの配列は、ｍｒｄ＿３８５５増幅産物に基づいて設計した。これらは、ｍｒｄ＿３８５５−ＡＮＹＦ（ＴＣＴ  ＧＣＴ  ＣＣＴ  ＧＣＴ  ＣＴＴ  ＣＴＴ  ＴＴＣ  Ｃ  配列番号２８５）、ｍｒｄ＿３８５５−ＡＮＹＲ（ＣＴＣ  ＴＡＴ  ＧＣＴ  ＴＧＣ  ＴＡＣ  ＡＡＧ  ＡＧＡ  ＣＡＣ  Ａ  配列番号２８６）、およびｍｒｄ＿３８５５−ＰＲＯＢＥ（６−ＦＡＭ−ＡＡＣ  ＡＧＣ  ＡＴＧ  ＧＡＡ  ＴＡＴ  Ｃ−ＭＧＢ  配列番号２８７）と指定された。参照増幅産物は、単一コピー遺伝子であるＲＮａｓｅ  Ｐのものとし、ＶＩＣ蛍光タグが添付された試薬はＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（品番４３１６８４４）から購入した。このようにして、欠失増幅産物のＦＡＭタグおよび対照増幅産物のＶＩＣタグは、同じｒｔＰＣＲウェル内で同時に検出することができた。Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｆａｓｔ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘは、ポリメラーゼおよびＲＯＸ外部非増幅バックグラウンド用フルオロフォアの両方を提供した。Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７９００ＨＴ  Ｆａｓｔ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍを全ての実験に使用した。
【０２３０】
データ収集後、Ｒ統計ソフトウェア言語で書かれたプログラムを用いて分析を実施した。染色体１個当たりＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１の１つのコピーを含む対照試料の一連の段階希釈物を用いて、指数関数的増幅期の検出のための最適な蛍光閾値を決定した。全ての段階で不確実性を伝播させて、全ての試料および全ての複製のＣｔ値の分布を得た。ほとんどの試料複製が欠失増幅産物およびＲＮａｓｅ  Ｐの双方について正常対照と類似するＣｔ値を有した場合、非欠失染色体（ホモ接合性正常）を有するとして試料を分類した。ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失がヘテロ接合性である試料は、それらのＲＮａｓｅ  ＰのＣｔ値に基づいて予想されるよりもおよそ１サイクル後のＣｔ値を有した。最終的に、欠失がホモ接合性の試料は、欠失増幅産物の増幅がなかったか、または極めてわずかであった。正常対照の段階希釈を各ｑＰＣＲプレート上で行った。
【０２３１】
２．６  方法：欠失予測
【０２３２】
各染色体について、欠失状態を２対立遺伝子マーカー：欠失または非欠失（正常）としてモデル化した。リアルタイムｑＰＣＲは、欠失がホモ接合性（ＤＤ）またはヘテロ結合性（ＮＤ）である個人、および欠失を含まない個人（ＮＮ）を識別することができた。欠失状態およびＣＦＨ遺伝子座ＳＮＰの遺伝子型決定コールに基づいて、Ｒ統計ソフトウェアパッケージ中のｒｐａｒｔライブラリーを用いて、遺伝子型決定されたＳＮＰから欠失状態を予測することができる決定木を作成した。この予測的な木に加え、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１遺伝子領域でスクリーニングした４個のＳＮＰ（ｒｓ１１８０７９９７、ｒｓ３８９８９７、ｒｓ４２３０、またはｒｓ４１４６２８）のうちの１つがヘテロ接合性であるいかなる個人もＣＦＨＲ３およびＣＦＨＲ１の欠失を含むことができないという方針も採用した。これらのＳＮＰは全て、欠失領域の中央部分にあり、いずれもＣＦＨＲ３遺伝子およびＣＦＨＲ１遺伝子の不在時には存在しなかった。
【０２３３】
２．７  方法：ハプロタイプ推測
【０２３４】
ｑＰＣＲ欠失アッセイを用いて、５３６名（および第２のアッセイにおいて８０１名）の個人をホモ接合性欠失（ＤＤ）、ヘテロ接合性欠失（ＮＤ）、またはホモ接合性非欠失（ＮＮ）として分類した。残りの全ての個人は、それらの個人のＣＦＨＲ３およびＣＦＨＲ１のＳＮＰの遺伝子型によって分類した。ＣＦＨＲ３またはＣＦＨＲ１に２以上のヘテロ接合性ＳＮＰを含む全ての個人は、いずれの染色体上の欠失とも一致しないとみなされた（遺伝子型ＮＮ）。他の全ての個人は、１つの正常染色体と１つの未知の染色体を有するように割り当てた（Ｎ？）。全てのヘテロ接合性欠失の個人に、欠失領域であるＣＦＨとＣＦＨＲ４との間にあるＳＮＰに１つの未知の対立遺伝子を割り当て；この領域のホモ接合性ＳＮＰ（例えば、ＣＣ）を１つの既知の対立遺伝子および１つの未知の対立遺伝子（Ｃ？）に置き換え、一方ヘテロ接合性欠失と一致しないヘテロ接合性ＳＮＰは、２つの未知の対立遺伝子（？？）に置き換えた。全てのホモ接合性欠失の個人に、同じ領域のそれぞれのＳＮＰに２つの未知の対立遺伝子（？？）を割り当てた。
【０２３５】
ＰＨＡＳＥ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．１．１を用いて、各個人について、欠損遺伝子型を補完し、遺伝子型の相を推定し、グループとしてＣＦＨＲ３／１  ＳＮＰの存在または欠失を正しく取り扱うように注意した。各ＳＮＰの染色体上の位置を、参照ヒトゲノム（ビルド１８）を用いてＮＣＢＩ  ｄｂＳＮＰビルド１２９から取得した。ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１領域のＳＮＰおよび７個の別個の４−ＳＮＰハプロタイプで分類された全ての個人は、ｒｓ１１８０７９９７からｒｓ４１４６２８にわたる欠失領域の４個のＳＮＰを用いて、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失領域が補完された。ＰＨＡＳＥを独立して５回実行してハプロタイプ一致を確認し、２つのハプロタイプを各個人に割り当てた。７個の別個の４−ＳＮＰハプロタイプは、この領域が補完された。最初の２個のハプロタイプが染色体の９９％の相を推定するのに十分であるが、補完されたハプロタイプ７個全てをその後使用して、相推定済みの遺伝子型の過剰適合を回避した。
【０２３６】
続いて欠失状態を８対立遺伝子ＳＮＰ（補完されたＣＦＨＲ−３／ＣＦＨＲ−１ハプロタイプ７個それぞれにつき１個、および欠失を表す８番目の対立遺伝子）として扱った。このように、ＣＦＨ遺伝子座全体を５８個の２対立遺伝子ＳＮＰおよび１個の８対立遺伝子ＳＮＰとしてモデル化した。ＰＨＡＳＥを独立して５回実行して、遺伝子型を補完し、相を推定した。ＰＨＡＳＥを独立して５回実行して、相推定済みの遺伝子型の一致を確認した。遺伝子型の相推定後、この複対立遺伝子の欠失状態を４つの別個の３対立遺伝子ＳＮＰに戻して拡大し、このときＤ対立遺伝子が欠失ハプロタイプを表した。一部の評価では、頻度１％未満の全てのマイナーハプロタイプを最も類似する残りのハプロタイプに反復的に再割り当てした。
【０２３７】
ＰＨＡＳＥにより、全ての個人について確率加重され、補完され、相が推定された遺伝子型を得た。ＰＨＡＳＥの実行ごとに、個人の相推定済み遺伝子型それぞれの複数の加重推定が得られた（ＰＨＡＳＥからの対出力ファイルを使用）。ＰＨＡＳＥの独立した５回の実行により、欠損遺伝子型の最大５個の異なる補完が得られ、それら全てをその後等しく加重した。各個人に最終的なハプロタイプの対を割り当てるために、以下のアルゴリズムを使用した：１）入力は個人の集合体であり、各個人は１組の潜在的なディプロタイプおよびその推定確率を有した（ＰＨＡＳＥ対出力ファイルから）；２）アクティブセットを全ての可能なハプロタイプを含むように初期設定した；３）ディプロタイプがアクティブセットのハプロタイプのみを使用できるという制約で、個々のディプロタイプを個人のディプロタイプ確率に基づいて割り当てた。個人の可能なディプロタイプの全てがアクティブセットにないハプロタイプを必要とする場合、その個人にディプロタイプが割り当てられないことが可能であった；４）いずれかの個人がディプロタイプを割り当てられない場合、ステップ＃７までスキップした；５）割り当てられた個々のディプロタイプを現在の解として保存した；６）最も使用されていないハプロタイプをアクティブセットから除外し、ステップ＃３に戻った；７）現在の解をその集団に存在する個々のディプロタイプ、ひいてはハプロタイプのリストとして出力した。
【０２３８】
相推定済みの遺伝子型は、Ｂｅａｇｌｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ  ３．０．１）を用いたいくつかの分析でも処理して、２つのハプロタイプネットワーク（１つは類似するハプロタイプを５’から３’の方向で、２番目のものは３’から５’の方向でマージする）を得た。相の推定または欠損遺伝子型の補完における不確実性を考慮するために、ＰＨＡＳＥを独立して５回実行して得た各個人の相推定済みの遺伝子型１０個全てを入力として使用した。Ｂｅａｇｌｅのハプロタイプマージ処理の尺度パラメータを４．０に設定した。Ｂｅａｇｌｅによる有向非巡回グラフハプロタイプ出力は、どのＳＮＰがハプロタイプブロックを形成するか、またそれらのブロックがどのように相関するかを示した。各染色体に、２つのネットワークを介してｒｓ４２３０  ＳＮＰに至るその経路に基づいて、ハプロタイプを割り当てた。染色体の１％未満を占めるハプロタイプは報告されなかった。
【０２３９】
２．８  方法：ハプロタイプ検証
【０２４０】
参照対照の相推定済みのハプロタイプをＵｔａｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔの家族（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９：３４７−３５８  ２００８）のメンバーから取得した。ＵＧＲＰ家族のメンバーは、元のユタＣＥＰＨ（Ｃｅｎｔｅｒ  ｄ’Ｅｔｕｄｅ  ｄｕ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｅ  Ｈｕｍａｉｎ）家族の一部でもある、４３の三世代家族からの６００名を超える個人から構成されていた。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｏｍｅ−Ｗｉｄｅ  Ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ  ａｒｒａｙ  ６．０を用いて、全ＵＧＲＰメンバーからの血液ＤＮＡ試料で６６個のＳＮＰ遺伝子型を得た。Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  ２．３  Ｏｌｉｇｏ  ＰａｃｋａｇｅのＣＲＬＭＭ  コールアルゴリズムを用いて、遺伝子型コールを実施した。信頼度０．９５未満であった遺伝子型コールは、欠損値と置き換えられた。コールレートが９５％未満であったＳＮＰマーカーも除外された。Ｔａｑｍａｎ  ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイも実施して、２３個のさらなるＳＮＰマーカーの遺伝子型を得た。ＰｅｄＣｈｅｃｋプログラムを使用して、メンデルの法則との矛盾を検出し、誤継承された遺伝子型コールを除外した。三世代家族のぞれぞれで、メンデル遺伝モデルに基づいて、相推定済みのハプロタイプを構築した。いかなるハプロタイプ推定プログラムも使用しなかった。主に第一世代の祖父母である１３６名の非血縁ＵＧＲＰ個人において、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗプログラムの相推定済みハプロタイプ入力モードであるＨａｐｓ形式を用いて、ハプロタイプ頻度を算出した（図３３）。
【０２４１】
２．９  方法：ＡＭＤ疾患関連性
【０２４２】
ハプロタイプのＡＭＤとの関連性は、５３６名の個人（年齢中央値＝７９歳）（ＡＭＤを有さない２１６名の個人およびＡＲＥＤＳカテゴリー２、３、地図状萎縮、または新生血管ＡＭＤを有する３２０名の個人）における、個々のＳＮＰのベイズロジスティック回帰によって評価された。係数のコーシー事前分布を用いたベイズロジスティック回帰モデルを使用して、補体媒介性疾患関連性を判定した（Ａｎｎ．Ａｐｐｌ．Ｓｔａｔ．２：１３６０−１３８３，２００８）。この症例−対照コホートにおける単一ＳＮＰ関連性も評価した。
【０２４３】
２．１０  結果：新規のＣＦＨ遺伝子座ＳＮＰの遺伝子型決定および識別
【０２４４】
各対象からのＤＮＡを、使用した６３個のＳＮＰ（図２および図２９）のうちの４１個〜６３個についてスクリーニングした。ＭＩＰ遺伝子型決定を用いてＰａｒＡｌｌｅｌｅにより遺伝子型決定されたＳＮＰのうち５個（図２７）は、それらの発見時に、文献に発表されていなかった。これらをミスマッチ修復検出（ＭＲＤ）を用いて識別して、増幅されたゲノムＤＮＡの変異体濃縮プールを増幅した。この増幅されたＤＮＡのプールを次いで配列決定して、稀な対立遺伝子を識別した。稀なｍｒｄ＿３８７６およびｍｒｄ＿３８７７  ＳＮＰは、ＣＦＨＲ４のプロモーター領域内で特定された。ｍｒｄ＿３８７６のマイナー対立遺伝子は、ＡＭＤのリスク方向に偏ったハプロタイプ中に存在し、ｍｒｄ＿３８７７のマイナー対立遺伝子は、ＡＭＤリスクに著しく偏ったハプロタイプ中に発生した。ＣＦＨＲ２のエクソン２内で特定されたｍｒｄ＿３９０２のマイナー対立遺伝子は、Ｃｙｓ７２Ｔｙｒコード突然変異をもたらし、ＡＭＤの保護の方向に偏っていると思われるハプロタイプ中に発生した。ＳＮＰ  ｍｒｄ＿３９０５およびｍｒｄ＿３９０６のマイナー対立遺伝子はよりよく見られ（マイナー対立遺伝子頻度およそ２０％）、ＣＦＨＲ５のプロモーター領域内で特定され、これらは、ＡＭＤのリスクまたは保護に偏っているとは思われなかった（図１および５を参照）。
【０２４５】
これらのアッセイの実施時に、１つのさらなる新規のＳＮＰが、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座内で識別された。この変異体は、ＣＦＨのエクソン１０Ａから切断型の補体因子Ｈの最後のエクソンまでの範囲内に位置する（図２）。このＳＮＰを、ＳＳＣＰによって識別し、配列決定から、エクソン１０Ａの３’非翻訳領域への１個または２個の塩基対の挿入であると考えられる。マイナー対立遺伝子、１〜２ｂｐ欠失は、染色体のわずか１．２％に存在した。
【０２４６】
２．１１  結果：欠失染色体の識別−ＴａｑＭａｎ  ｑＰＣＲコピー数多型アッセイ
【０２４７】
欠失アッセイの結果を、図２８に示す。ホモ接合性欠失試料をＳＳＣＰ分析で検証した。明確なコピー数値が得られた試料のうち２８％が、ＣＦＨＲ３およびＣＦＨＲ１の一方または両方のコピーの欠失を有した。個々の染色体の１５％は、これらの遺伝子を含まなかった。補完された欠失状態を含めた後、個々の染色体の１９％がこの欠失（ＣＦＨＲ３およびＣＦＨＲ１の不在）を含まなかった。
【０２４８】
このアッセイの信頼性を判定するための実験も実施した。一例として、ある実験は、２つのＤＮＡ試料（１つのホモ接合性非欠失試料および関連ヘテロ接合性欠失試料）それぞれについて、１９２個の複製を作製した。１００ｎｇ〜０．６ｎｇの全ゲノムＤＮＡを用いて、それぞれのｑＰＣＲアッセイを実施した。これらのデータに基づき、所与の量のゲノムＤＮＡについて、ヘテロ接合性欠失ＤＮＡを用いたアッセイは、ホモ接合性正常ＤＮＡを用いた同一アッセイよりも０．６４５±０．００２サイクル大きいＣｔ値を有すると予測された。欠失のＣｔ＝ＲＮａｓｅのＣｔのラインからの個別試料の予想される距離は、０．１６サイクルであった。したがって、５〜６回のｑＰＣＲ複製を用いてＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１遺伝子のヘテロ接合性欠失を正確に分類するための予想される検出力は８３％であった。これは、図２８に示す７５％のコールレートと類似している。したがって、第一種過誤率５％で検出力９５％を得るために、各ＤＮＡ試料につき９個の複製を使用した。
【０２４９】
２．１２  結果：欠失予測
【０２５０】
測定された（補完されていない）遺伝子型に基づき、３個のＳＮＰから欠失状態を予測するために決定木（図３０）を作成した。全てのホモ接合性欠失の個人は、ＣＦＨのＳＮＰ  ｒｓ１２１４４９３９にＴＴ遺伝子型を有したが、１７名のヘテロ接合性欠失の個人は、この位置に遺伝子型ＧＧを有した。したがって、白人における欠失状態は、イントロン１５内に位置するｒｓ１２１４４９３９における「Ｔ」により、確実に予測できると判断された。ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１遺伝子の欠失状態は、この単一ＳＮＰの遺伝子型に基づいて、特異度９７％および感度９６％で予測することができた。発見コホートにおける染色体の１４％は、この欠失を含んだ。ｒｓ１２４０６５０９およびｒｓ７５４６９４０（ｍｒｄ＿３８７８）を含めることにより、欠失予測の感度および特異度がわずかに向上した。
【０２５１】
２．１３  結果：６３個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプの識別および検証
【０２５２】
拡張されたＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座にわたり、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失を含む、６３個のＳＮＰに基づくハプロタイプ（図３２）を決定した。ＰＨＡＳＥ  ｖ．２．１．１（図３２）を用いたハプロタイプ構築に基づいて、およそ２６０ｋｂのＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座内で１９個のメジャーハプロタイプ（頻度１％超）を識別した。大規模な多世代Ｕｔａｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔの家族（Annu.Rev.Genomics Hum.Genet.9:347-358 2008）で、ハプロタイプの忠実度を確認した（図３３）。２つの最もよく認められるハプロタイプ（本コホートにおける染色体のおよそ４７％）であるハプロタイプＨ１およびＨ２は、ＣＦＨ  Ｙ４０２Ｈ変異体の大部分を含んだ。１９個のハプロタイプのうちの５個（Ｈ３、Ｈ８、Ｈ１０、Ｈ１４、およびＨ１９）は、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失を有する全ての染色体の大部分を含んだ。ＣＦＨ  Ｉ６２Ｖ保護的変異体は、主にハプロタイプＨ４、Ｈ９、およびＨ１２に含まれていた。１１個のＳＮＰ（図３２の矢印）は、１９個のハプロタイプを推測するのに十分であった。
【０２５３】
２．１５  結果：６３個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプの疾患との関連性
【０２５４】
ＡＭＤ疾患関連性の予備的評価は、ブートストラップ信頼区間を計算し、年齢、性別、および喫煙状態について調整した後、１９個のメジャーハプロタイプのうち３個の様々なＡＭＤリスク表現型（２値および量的形質として）との有意な関連性を示した（ｐ＜０．０１）。年齢、性別、および喫煙状態について調整した後、ハプロタイプＨ３、Ｈ４、およびＨ８は、２値（ｐ＜０．０１）および量的形質（ｐ＜０．０５）の両方としてのＡＭＤ発症リスクの有意な減少と関連した（図３４）。
【０２５５】
実施例３：染色体１ｑ３２のＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座にわたる拡張ハプロタイプの精密評価
【０２５６】
３．１  方法：試験コホート
【０２５７】
実施例２に記載のものと同じ１，０７３名の対象のコホート（「１，０７３コホート」、「ＧＳＨコホート」、または「ＰａｒＡｌｌｅｌｅコホート」）を試験に採用して、拡張ＣＦＨ〜Ｆ１３ＢハプロタイプならびにそのＡＭＤおよび他の疾患との関連性への理解を精密化した。さらに、高度に不一致の同胞対コホート（２８４家族からの６５７対象）、米国ユタ州（８３７対象）、米国アイオワ州（１，５５５対象）、オーストラリアのメルボルン（１，７０４対象）で確認された対象からなる複合ＡＭＤ症例−対照コホート（この集合コホートは、「複合コホート」と称する）、およびＵＧＲＰコホート（６０４対象）を採用した。
【０２５８】
３．２  方法：遺伝子型決定
【０２５９】
実施例２で採用した６３個のＳＮＰのうちの６２個のＳＮＰを精密化評価に採用した。６３  ＳＮＰハプロタイプを生成するために使用したＳＮＰのうちの１つであるｒｓ４３２３６６は、それがＮＣＢＩおよび他のデータベースにリスト化された位置において多型でないことが判断された。したがって、このＳＮＰを今後の全ての分析から除外した。ｒｓ４３２３６６の除去に基づいて、ハプロタイプ判定および疾患関連性を再評価した。遺伝子型コールレートは、６２個の変異体のうち５１個で９９％を超え、残りのＳＮＰでは９９％未満であった。欠損遺伝子型はＰＨＡＳＥ  ２．１．１を用いて補完した。他の全てのコホートの遺伝子型決定は、既製または特注いずれかのＴａｑｍａｎアッセイ（ＡＢＩ）を用いて実施し、したがって５１個のＳＮＰに限定した（図２および図１６の太字のＳＮＰを参照）。
【０２６０】
３．３  方法：６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプおよび５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプの生成
【０２６１】
ＰＨＡＳＥ  ２．１．１を使用して、１，０７３名の患者のコホートに存在するＳＮＰに基づくハプロタイプを判定した。使用した染色体上の位置は、参照ヒトゲノム（ビルド１８）を用いて、ＮＣＢＩ  ｄｂＳＮＰビルド１２９から得た。遺伝子型の相推定後、複対立遺伝子の欠失状態を４つの別個の３対立遺伝子ＳＮＰ（メジャー、マイナー、および欠失）に戻して拡大した。
【０２６２】
さらに、高度に不一致の同胞対コホート、米国ユタ州、アイオワ州、オーストラリアで確認されたＡＭＤ症例−対照コホート（「複合コホート」）、およびＵＧＲＰコホートについて、５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプを生成した。６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプの判定に採用した６２個のＳＮＰのうち、６２個のＳＮＰに基づくセットのＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失領域内に位置する４個のＳＮＰ（ｒｓ１１８０７９９７、ｒｓ３８９８９７、ｒｓ４２３０、およびｒｓ１４６２８）は、５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプの生成に使用しなかった（その代わり、代理としての欠失タグＳＮＰ  ｒｓ１２１４４９３９を使用した）。さらに、Ｔａｑｍａｎアッセイは、残りの５８個のＳＮＰのうち７個の遺伝子型を決定するためにデザインすることができず、そのためこれらも５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプを生成するために使用しなかった（５１個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプを生成するために採用したＳＮＰについては、図１５および１６を参照）。
【０２６３】
３．４  方法：５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプの検証
【０２６４】
ハプロタイプおよびそれらの頻度を検証するために、Ｕｔａｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＵＧＲＰ）の家族（Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９：３４７−３５８，２００８）のメンバーから参照対照の相推定済みハプロタイプを取得した。ＴａｑＭａｎ  ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイを使用して、ＧＳＨコホート（上記参照）においてすでに遺伝子型決定されたものと同じ５１個のさらなるＳＮＰマーカーの遺伝子型を得た。ＰｅｄＣｈｅｃｋプログラムを使用して、メンデルの法則との矛盾を検出し、誤継承された遺伝子型コールを除外した。三世代家族のぞれぞれで、メンデル遺伝モデルのみに基づいて、相推定済みハプロタイプを構築した。いかなるハプロタイプ推定プログラムも使用しなかった。主に第一世代の祖父母である１３６名の非血縁ＵＧＲＰ個人において、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗプログラムの相推定済みハプロタイプ入力モードであるＨａｐｓ  Ｆｏｒｍａｔを用いて、ハプロタイプ頻度を算出した（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２１：２６３−２６５，２００５）。
【０２６５】
３．５  方法：単一マーカー、ならびに６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプおよび５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプを用いた疾患関連性評価
【０２６６】
６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプを用いた非血縁症例／対照疾患（ＡＭＤ）関連性の判定のために、１，０７３コホートの６０歳以上の対象のみを使用した。対照は、０級ＡＭＤを有する対象として定義し、一方症例は、１Ｂ級〜４Ｃ級の全ての対象から構成された（実施例１に記載の通り）。これらの基準を用いて、ＧＳＨコホート（「９２７  ＧＳＨコホート」）からの９２７の試料を疾患関連性の分析に採用した。疾患関連性に使用したＧＳＨ  ９２７コホートにおける拡張ハプロタイプの頻度は、全１，０７３  ＧＳＨコホートの補完されたものとほぼ同一であった（図４）。対立遺伝子頻度に基づくカイ２乗のためのＶａｓｓａｒ  ２×２分割表を用いて、６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプとのＡＭＤ疾患関連性を評価した。
【０２６７】
５１個のＳＮＰの遺伝子型決定は、極度に不一致の同胞対コホート（２８４家族からの６５７対象）においても行った。Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ（ｖ４．２）を用いて、正常対象（家族コホートの１家族当たり１名のみの正常同胞）を用いた記述統計、すなわち、ハーディ−ワインバーク平衡（ＨＷＥ）からの偏差、および集団中のマイナー対立遺伝子を判定した。相加的遺伝モデルを想定してマイナー対立遺伝子のＡＭＤとの関連性試験を実施し、全コホートで、次いで男性のみ、および別個に女性のみで、全てのＡＭＤサブタイプを正常と比較した。家族コホートについては、条件付きロジスティック回帰（ＣＬＲ）を使用して、全コホートにおける関連性試験を実施した。男性のみおよび女性のみの分析では、１家族当たり各性別の１名の対象を選定し（最も重度の疾患を有する対象を選定）、ロジスティック回帰を用いて全てのＡＭＤサブタイプとの関連性を試験した。ロジスティック回帰を用いて、「９２７  ＧＳＨコホート」から得た５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプも評価した。全ての分析はＳＡＳ（ｖ９．１）および／またはＨａｐｌｏｖｉｅｗで実施した。Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｍｅｔａ−Ａｎａｌｙｓｉｓ  ２．０を用いてメタ分析を実施した。
【０２６８】
３．６  結果：１，０７３コホートから生成した６２個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプ
【０２６９】
ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座を包含するハプロタイプを生成するために、アッセイの組み合わせを使用して、北西ヨーロッパ血統の１，０７３名の非血縁白人の６２個のＳＮＰを遺伝子型決定し、欠損遺伝子型は、上述のようにＰＨＡＳＥ２．１．１を用いて補完した。次いで、全ての試料のハプロタイプをＰＨＡＳＥ  ２．１．１を用いて判定した。
【０２７０】
この分析の結果、１％を超える頻度で存在する１５個のメジャーハプロタイプ（Ｈ１＿６２＿Ａ〜Ｈ１５＿６２＿Ａ、図１および図１７）、およびそれぞれ１％未満の頻度で存在する１４８個のマイナーハプロタイプ（Ｈ１６＿６２＿Ａ〜Ｈ１６３＿６２＿Ａ、図３および図１７）が検出された。全体で、メジャーハプロタイプは合計１，５９９個の染色体を占め、一方マイナーハプロタイプは５４７個の染色体、つまりコホートの染色体の２５．５％を含んだ。６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプ１６３個の間の階層関係を図２１に示す（Ｈ１＿６２＿Ａ〜Ｈ１６３＿６２＿Ａ）。階層的クラスター分析を使用するＲ統計パッケージのｈｃｌｕｓｔ関数を用いて、１６３個のハプロタイプを類似する遺伝子座の数に基づいてこの階層にクラスター化した。図２１に示すこの「階層」において、類似するハプロタイプは最も関連（より近接）し、類似していないハプロタイプはより離れている。重要なことには、リスクハプロタイプ、保護的ハプロタイプ、および中立ハプロタイプをそれぞれ含む３つの主要なクラスターが認められた。中立ハプロタイプは、階層の左、つまり上分部でクラスター化した。具体的には、中立ハプロタイプクラスターは、Ｈ１２６＿６２＿Ａ〜Ｈ１６３＿６２＿Ａの領域にわたった。リスクハプロタイプは、階層の中間部分でクラスター化した。具体的には、リスクハプロタイプクラスターは、Ｈ４６＿６２＿Ａ〜Ｈ７３＿６２＿Ａの領域にわたった。保護的ハプロタイプは、階層の右、つまり下部分でクラスター化した。具体的には、保護的ハプロタイプクラスターは、Ｈ１５２＿６２＿Ａ〜Ｈ９８＿６２＿Ａの領域にわたった。
【０２７１】
１５個のメジャーハプロタイプのうち最も頻度が高い２個であるＨ１＿６２＿Ａ（全ハプロタイプの１９．２％）およびＨ２＿６２＿Ａ（全ハプロタイプの１５．４％）は、両者ともｒｓ１０６１１７０のリスク対立遺伝子「Ｃ」（４０２Ｈ）を含んだ。Ｈ１＿６２＿ＡおよびＨ２＿６２＿Ａは、ＣＦＨの近位の領域からＣＦＨＲ２までは、この領域内で検査した変異体に基づいて同一であったが、Ｆ１３Ｂ遺伝子（Ｆ１３Ｂの３’ＵＴＲにおけるｒｓ６９８８５９から開始）においてのみ、ＳＮＰがＨ１＿６２＿ＡハプロタイプとＨ２＿６２＿Ａハプロタイプとを区別する（図１）。Ｈ１＿６２＿ＡとＨ２＿６２＿Ａとを区別する他のＦ１３Ｂ  ＳＮＰには、ｒｓ５９９８、ｒｓ２９９０５１０、およびｒｓ１６１５４１３がある。３つの他のメジャーハプロタイプは、ＣＦＨ  ４０２Ｈリスク対立遺伝子（Ｈ８、Ｈ１２、Ｈ１４）を含んだ。２つのメジャーハプロタイプ（Ｈ３＿６２＿ＡおよびＨ６＿６２＿Ａ）は、ＣＦＨ  ｒｓ８００２９２の保護的マイナー対立遺伝子「Ａ」を含んだ。さらに、４個のメジャーハプロタイプは、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失（Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、およびＨ１５＿６２＿Ａ；図１）を含んだ。ほぼ完全なＬＤにある４個のＳＮＰ（ｒｓ１１８０７９９７、ｒｓ３８９８９７、ｒｓ４２３０、およびｒｓ４１４６２８）が、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失領域で特定された。これらは３対立遺伝子ＳＮＰとして図１に示す（メジャー対立遺伝子は白で示し、マイナー対立遺伝子は斜線入りボックスで示し、欠失ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１は濃い網掛けボックスで示す）。
【０２７２】
１，０７３コホート（実施例２を参照）、ならびにＵＧＲＰコホートからの家族の幅広い評価の結果、白人個人の９８％超におけるＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失に対する信頼性の高いサロゲート「タグ」として、ｒｓ１２１４４９３９が識別され、マイナー対立遺伝子「Ｔ」が付随する欠失を正確に識別した。完全なＬＤにあったこのＳＮＰのサロゲート代理には、ｒｓ６６７７６０４、ｒｓ１６８４０５２２、およびｒｓ２０１９７２７がある。ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１の欠失を含むメジャーハプロタイプ（Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、およびＨ１５＿６２＿Ａ；図１および図１８）は、Ｈ１３＿６２＿Ａを除いて、このコホートにおけるＡＭＤ発症に対して極めて保護的である（図１８）。
【０２７３】
重要なことには、ｒｓ８００２９２における保護的対立遺伝子（Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、およびＨ１５＿６２＿Ａ）、またはＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失（Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、およびＨ１５＿６２＿Ａ；ｒｓ１１８０７９９７、ｒｓ３８９８９７、ｒｓ４２３０、およびｒｓ４１４６２８を含み、ｒｓ１２１４４９３９または上記に挙げるサロゲートＳＮＰにタグ付けされる）のいずれかを含む全てのメジャーハプロタイプは、ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ３９３９５５、ｒｓ４０３８４６、およびｒｓ１４１０９９６変異体のマイナー対立遺伝子も含む（図１および図１８）。変異体ｒｓ１４０９１５３も保護に関連する全てのメジャーハプロタイプとほぼ完全なＬＤにある。これらのＳＮＰのいずれも、またこれらのＳＮＰとほぼＬＤにある他のいかなるＳＮＰも、単独で、または組み合わせで、保護的メジャーハプロタイプＨ３＿６２＿Ａ、Ｈ６＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、Ｈ１１＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、およびＨ１５＿６２＿Ａ、ならびに保護的マイナーハプロタイプの一部のサロゲートとしての機能を果たし得る。ＣＦＨ〜ＣＦＨＲ４領域内に位置するＨａｐＭａｐ中のＳＮＰ全てを用いてＬＤプロットを生成することにより、ほぼ完全なＬＤにある（かつサロゲートとしての機能を果たし得る）、ＤＮＡのこの領域内の他のＳＮＰを判定した。これは、ＣＥＵコホート（ＣＥＵ、すなわちＣＥＰＨ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎからの北欧系および西欧系の米国ユタ州居住者は、ＨａｐＭａｐ  Ｐｈａｓｅ  ３中の１１集団のうちの１集団である）の遺伝子型を用いて実施した。この集団では、この「ブロック」で最も有意に関連する変異体であるｒｓ１４１０９９６と完全またはほぼ完全なＬＤにあるとして、７個のＳＮＰが識別された。それらは、（５’から３’の順序で）ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ７５３５２６３（ＬＤ＝０．９６）、ｒｓ３７５３３９５、ｒｓ１０９２２１０６、ｒｓ３９５９９８、ｒｓ１３２９４２８、およびｒｓ７５４００３２であった。この２２ｋｂ領域には、ｒｓ１４１０９９６と様々なレベルのＬＤにある複数の他のＳＮＰが存在した。
【０２７４】
３．７  結果：１，０７３（９２７サブセット）コホートにおける５１個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプ
【０２７５】
５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプも１，０７３（９２７サブセット）コホートを用いて生成した（図２２）。６２個のＳＮＰから５１個のＳＮＰに変換することにより、６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプの一部が５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプに組み入れられた（図２０）。このコホートにおいて、１７個のメジャーハプロタイプが１％を超える頻度で発生した。
【０２７６】
３．８  結果：  ＵＧＲＰコホートを用いた６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプおよび５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプの検証
【０２７７】
ハプロタイプが補完されているため、特定されたハプロタイプの構造および頻度が実際のものであり、白人集団を代表していることの独立した検証が求められた。６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプは、実施例２に記載されるように検証された。
【０２７８】
ＣＥＰＨ／ＵＧＲＰ参照コホートからの１３６名の非血縁個人を使用して、補完されていないハプロタイプを５１個のＳＮＰを用いて生成した。ＵＧＲＰ非血縁コホートのサイズが小さいことを考慮すると、ＧＳＨコホートとＵＧＲＰコホートとの間のハプロタイプ頻度にある程度の差が予想された。しかしながら、図１に示すハプロタイプと比較して、これらの差は重大ではなく、ハプロタイプ頻度はほぼ同様であり（図３３）、これらのハプロタイプ頻度が、高齢白人集団全体を代表することを示した（図１０）。
【０２７９】
３．９  結果：６２個のＳＮＰを用いた１，０７３コホート（９２７サブセット）における単一ＳＮＰのＡＭＤ疾患関連性
【０２８０】
我々の元のコホートにおける１，０７３試料のうち、９２７試料は、診断時に６０歳以上であり、ＡＭＤ（１Ｂ〜４Ｃ級）を有するか、あるいはＡＭＤを有さず、対照（０級）としての役割を果たした。単一マーカー関連性について、ロジスティック回帰を用いて症例／対照リスク分析を実施した（図５）。結果は関連性のパターンを示した。ｒｓ１０６１１７０は、リスクと有意に関連した（ｐ＝２．５ｅ−１１、ＯＲ＝１．９５３、９５％  ＣＩ  １．６０４〜２．３７７）。ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ２２７４７００、およびｒｓ３７５３３９５（および保護的ハプロタイプの大部分と関連する変異体を含むＤＮＡのブロックをタグ付けする他のサロゲート（ｃｈｒ１：１９６６７９４５５〜１９６７０１２８４；Ｈｇ１９））のマイナー対立遺伝子は、ｒｓ１０６１１７０よりもさらに強く関連したが、これはＡＭＤを発症するリスクよりむしろ発症からの保護との関連であった（ｐ＝１．１２ｅ−１４、ＯＲ＝０．４３６、９５％  ＣＩ  ０．３５３〜０．５３８）。ＣＦＨＲ５およびＦ１３Ｂを含むこの遺伝子座の遠位領域の変異体もまた、ＡＭＤと有意に関連したが、はるかに低いレベルであった（図５）。
【０２８１】
３．１０  結果：ＡＭＤリスクと関連する６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプ：１，０７３コホート（９２７サブユニット）
【０２８２】
Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ  ４．２を用いて、拡張ハプロタイプ全体について疾患関連性を分析した（図６）（Ｂａｒｒｅｔｔ  ＪＣ，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００５  Ｊａｎ  １５）。
【０２８３】
１％を超える頻度で存在する１５個のメジャーハプロタイプのうち、Ｈ２＿６２＿Ａは、ＡＭＤの有意なリスクを示した（図６および図１８；ｐ＜０．０００１；これら２つの分析が実施された時期の間に少数の患者が臨床的に再分類されたことにより、図６と図１８とで値がわずかに異なることに留意されたい）。４０２Ｈリスク対立遺伝子も含むＨ１＿６２＿Ａは、このコホートにおいて、ＡＭＤリスクの傾向がわずかにあった（ｐ＝０．０９８）が、Ｈ１＿６２＿Ａほど有意ではなかった。６２  ＳＮＰパネルからの４個の遠位ＳＮＰがＨ１＿６２＿ＡをＨ２＿６２＿Ａと区別したが、これらＳＮＰのうち１個のみが、単一マーカー評価においてＡＭＤと有意に関連した（ｒｓ６９８８５９、ｐ＝０．０１１１）（図５）。このことは、これらのＳＮＰによってタグ付けされるハプロタイプ中のさらなる特徴／要素が、Ｈ２＿６２＿Ａにおけるリスク、またはＨ１＿６２＿Ａにおけるリスクの不在のいずれかに関与していることを示した。複数のハプロタイプがｒｓ１０６１１７０にリスク対立遺伝子を含むが（Ｈ１＿６２＿Ａ、Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、およびＨ１４＿６２＿Ａ）、これらのハプロタイプのうちの１個のみがこのコホートにおけるリスクと有意に関連することを考慮すると、Ｈ２＿６２＿Ａハプロタイプ中に、全ての他の非Ｈ２＿６２＿Ａ  ４０２Ｈハプロタイプ中には存在しないリスク因子が存在すると思われる。実際に、Ｆ１３Ｂ  ＳＮＰを含めなかった、あまり拡張されていないハプロタイプを用いた以前の研究は、ＡＭＤ発症の有意なリスクがＹ４０２Ｈリスク対立遺伝子（メジャーハプロタイプの４２．３％、すなわちＧＳＨコホートの全てのハプロタイプの４９％）を含む全ての患者に起因するとしたが（ＧＳＨコホートにおけるメジャーハプロタイプの４２．３％、または全てのハプロタイプの４９％）、実際は、リスクは、Ｈ２＿６２＿Ａのみ、すなわち本明細書に記載のコホートの１６．５％としか関連しなかった。したがって、本明細書に記載のハプロタイプは、ＣＦＨ遺伝子座におけるリスクを明確にする感度の著しい向上を示す。
【０２８４】
さらに、ＡＭＤリスク関連性の全てではないが大部分は、このコホートにおいて、ＣＦＨ  ４０２Ｈによりタグ付けされるメジャーハプロタイプ（Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、Ｈ１４＿６２＿Ａ、およびＨ１６＿６２＿Ａ；図６および図１８）において発生した。しかしながら、ＣＦＨ  ４０２Ｈは、ＡＭＤリスクと必ずしも関連するとは限らず、Ｈ２＿６２＿Ａが、ＡＭＤリスクと最も強く関連するハプロタイプであった一方、メジャーハプロタイプであるＨ１＿６２＿Ａ、Ｈ８＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、およびＨ１４＿６２＿Ａは、このコホートでは、有意に関連しなかった。マイナーハプロタイプＨ１６＿６２＿Ａは、このコホートにおいて、リスクの傾向があった。
【０２８５】
３．１１  結果：ＡＭＤ保護と関連する６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプ：１，０７３コホート（９２７サブセット）
【０２８６】
リスクに加え、いくつかのメジャーＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプは、コホート全体と比較して、ＡＭＤからの保護を示した。Ｈ３＿６２＿Ａ（ｒｓ８００２９２  Ａ対立遺伝子を含む）は、有意に保護的であった（図６）。Ｈ１＿６２＿ＡとＨ２＿６２＿Ａとがそのリスク関連性の点で異なったのと同様に、Ｈ３＿６２＿Ａ（保護）もｒｓ８００２９２  Ａ対立遺伝子を含む他のメジャーハプロタイプであるＨ６＿６２＿Ａ（中立）と異なった。ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失を含むハプロタイプのうち、Ｈ５＿６２＿ＡおよびＨ１１＿６２＿Ａは有意な保護を示したが、Ｈ１３＿６２＿Ａはわずかな保護を示し、Ｈ１５＿６２＿Ａは中立であった。Ｈ３＿６２＿ＡとＨ６＿６２＿Ａとは、ＣＦＨＲ５中にあるｍｒｄ＿３９０５／ｒｓ７５８１６９５９までは同一である。同様に、ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失を含むハプロタイプＨ５＿６２＿Ａ、Ｈ１３＿６２＿Ａ、およびＨ１５＿６２＿Ａは、ｍｒｄ＿３９０５までは同一である。したがって、ＣＦＨＲ５およびＦ１３Ｂを含む拡張ハプロタイプのコンテキストにこれらのハプロタイプを置いた結果、有意に精密化されたＡＭＤとの関連性がもたらされた（図６および１８）。
【０２８７】
３．１２  結果：中立性と関連する６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプ：ＧＳＨコホート
【０２８８】
Ｈ４＿６２＿Ａ、Ｈ７＿６２＿Ａ、Ｈ１０＿６２＿Ａ、Ｈ１２＿６２＿Ａ、およびＨ１４＿６２＿Ａを含むいくつかのメジャーＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプは、コホート全体と比較して、ＡＭＤの発症に関して中立であった。ｒｓ３７５３３９６のマイナー対立遺伝子が、これらの中立ハプロタイプの多くをタグ付けした（図１、図３、図６、および図１８）。ｒ２値９０以上でｒｓ３７５３３９６とＬＤにあり、ｒｓ３７５３３９６のサロゲートとして使用可能な他のＳＮＰには、ｒｓ１０４８９４５６、ｒｓ７０６２０、ｒｓ７４２８５５、ｒｓ１１７９９３８０、ｒｓ１０６５４８９、ｒｓ１１５８２９３９、ｒｓ３８５３９０、ｒｓ４２１８２０、ｒｓ４２６７３６、ｒｓ３７０９５３、およびｒｓ３７１０７５が含まれる（近位から遠位に列挙する）。
【０２８９】
３．１３  結果：６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプにおける年齢関連性：１，０７３コホート（９２７サブセット）
【０２９０】
ＧＳＨ症例−対照コホートにおいて、６２個の単一マーカー（ＳＮＰ）およびハプロタイプを年齢との潜在的関連性について検査した。関連性は、全コホート、男性サブコホートのみ、および女性サブコホートのみを用いて評価した（図１３および図２３）。女性コホートは、６２個の個別のＳＮＰのＡＭＤとの関連性において、「９２７ＧＳＨコホート」と比較して、極めて類似するレベルの有意性を示した（図１３）。男性の関連性は、女性の関連性とは異なった。例えば、ｒｓ８００２９２、ｒｓ１０６１１７０、およびｒｓ１３２９４２１の関連性は、男性サブコホートでは認められず、女性と比較しておよそ１１桁の差があった。男性は、ｒｓ１４１０９９６、ｒｓ３７５３３９５、およびｒｓ３９３９５５とのより低いレベルの有意な関連性を示したが、女性コホートで認められたよりも同様に最大１１桁低いレベルであった（図１３）。ＡＭＤの保護またはリスク低下とすでに関連付けられたｒｓ８００２９２  Ａ対立遺伝子は、男性サブコホートにおいても減少した関連性を示した。このデータは、性別を調整することによって、以前の研究が、遮蔽化によりこの層別化に失敗した可能性を示した。
【０２９１】
男性においてＡＭＤとの関連性の低下はＣＦＨ遺伝子全体で顕著であったものの、有意な関連性を有する１つのブロックが、低いレベルではあるが残存した。ｒｓ１４１０９９６は、ｐ値５．９４ｅ−５を示した（全コホートでの３．２６ｅ−１６および女性での６．３１ｅ−１３と比較して）（図１３）。このＳＮＰは、いくつかの代理ＳＮＰ（ｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、およびｒｓ１０７３７６８０）とほぼ１００％のＬＤにあることがわかった。女性サブコホートに注目すると、ｒｓ１４１０９９６は、ｒｓ１０６１１７０と同様の強さのＡＭＤとの関連性を有した。ｒｓ１４１０９９６（ならびにその代理ＳＮＰのｒｓ２２７４７００、ｒｓ３７５３３９５、およびｒｓ１０７３７６８０）のより高い有意性を説明するのは、男性におけるｒｓ１４１０９９６の関連性、つまりｒｓ１０６１１７０にはない関連性であった。男性と女性とを別々に分析することにより、ｒｓ１０６１１７０とｒｓ１４１０９９６との間のリスクの格差の根拠が特定された。
【０２９２】
研究により、ＣＦＨで認められる男性／女性層別化は、ＡＭＤ疾患全般の結果ではなく、ＣＦＨと関連する疾患の特定の機序の結果であったことが示唆された。Ｃ３およびＣ２／ＣＦＢにおけるＳＮＰの分析は、ＣＦＨとほぼ同様の傾向を示した。つまり、全９２７コホートと女性のみのコホートの双方では、弱いものの有意なリスクが認められたが、男性のみのコホートではリスクは認められなかった。したがって、男性におけるＡＭＤのリスクは、補体系全体との関連性が、女性におけるよりもはるかに低かった。
【０２９３】
ハプロタイプ疾患関連性も男性と女性とで別々に分析した。Ｈ２＿６２＿Ａは、男性では辛うじて有意であったが、女性では強く有意であった（図２３）。Ｈ２＿５１＿Ｂは、男性において、Ｈ２＿６２＿Ａよりもより有意であったものの、女性におけるほど有意ではなかった（図２４）。Ｈ１＿６２＿Ａは、女性においては有意であり、男性においては全く有意でなかった。一方、Ｈ１＿５１＿Ｂは、男性および女性の双方で有意であったが、この場合も女性でより有意であった（図２４）。Ｈ１１＿６２＿Ａは、男性および女性の双方で有意であったが、男性でより有意であった。Ｈ２＿６２＿Ａ、Ｈ３＿６２＿Ａ、Ｈ５＿６２＿Ａ、およびＨ１１＿６２＿Ａは全て、全対象において（図６）、また女性において（図２３）、ＡＭＤと有意に関連した。女性は、Ｈ１＿６２＿ＡおよびＨ６＿６２＿Ａでは、全対象よりもわずかに有意に関連し、Ｈ１３＿６２＿Ａではより低い有意性で関連したが、これらの差は極めて小さかった。
【０２９４】
３．１４  結果：ＡＭＤと関連する５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプ：１，０７３コホート（９２７サブセット）
【０２９５】
ＧＳＨ９２７コホートにおけるハプロタイプの関連性は、５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプ分析も使用して評価した（図２２）。含まれた５１個のＳＮＰを、図２２に示す。リスクハプロタイプおよび保護的ハプロタイプの関連性は、６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプ分析で認められたものと類似していた（図６および図１８；図２０および図２２も参照）。
【０２９６】
３．１５  結果：５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプ、ならびにそれらのＡＭＤおよびＡＭＤ表現型との関連性：「複合コホート」および極めて不一致の同胞対コホート
【０２９７】
アイオワ州、ユタ州、およびメルボルンのコホートからのＡＭＤを有する個人およびＡＭＤを有さない個人からなる大規模症例−対照コホート（「複合コホート」）を使用して、ＡＭＤ（対照と全てのＡＭＤ）のリスク、保護、および中立性を有する、５１個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプを評価した。この複合コホートから５６個のハプロタイプが生成され、そのうち１８個は、１％を超える頻度で発生した（図１５）。５１個のＳＮＰに基づくメジャーハプロタイプと６２個のＳＮＰに基づくメジャーハプロタイプとの関係は、図１６に示され、１，０７３コホートと複合コホートとにおける５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプ間の関係は図１９に示される。ＧＳＨ  ９２７コホートにおける６２個のＳＮＰに基づく評価（Ｈｘ＿６２＿Ａ）および５１個のＳＮＰに基づく評価（Ｈｘ＿５１＿Ａ）のものと類似する関連性が認められた（図１５）。しかしながら、Ｈ１＿５１＿Ｂは、この大規模コホートではより有意となった。
【０２９８】
いくつかのマイナーＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプは、コホート全体と比較して、ＡＭＤリスクおよびＡＭＤからの保護を示した。例えば、Ｈ２４＿６２＿ＡおよびＨ２８＿６２＿Ａはリスクの傾向があり、Ｈ３０＿６２＿Ａ（ｐ＝０．００７）およびＨ４０＿６２＿Ａは保護の傾向があった（図１５）。
【０２９９】
また、「複合コホート」を使用して、５１  ＳＮＰパネルの単一ＳＮＰ関連性および５１個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプの様々なＡＭＤの表現型／段階との関連性を評価し、これには対照（第０段階）と全てのＡＭＤ（第１Ｂ段階〜第４Ｃ段階）、早期ＡＭＤ（第１Ｂ段階〜第３段階）、ならびに後期の地図状萎縮（第４Ａ段階）およびＣＮＶ（第４Ｂ段階）との比較を含んだ。このコホートにおける単一マーカー関連性（図４２）は、対照を全てのＡＭＤと比較したときに、１，０７３コホートおよび高度に不一致の同胞対コホートの関連性と異ならなかった。さらに、リスク、保護、および中立性との単一マーカー関連性は、対照を全てのＡＭＤ段階（図４２）、早期のみ（図４３）、地図状萎縮のみ（図４４）、またはＣＮＶのみ（図４５）と比較したときに、有意に異ならなかった。
【０３００】
リスク、保護、および中立性とのハプロタイプ関連性は、複合コホートにおいて、対照を早期のみ、地図状萎縮のみ、またはＣＮＶのみと比較したときに、ＡＭＤ表現型間で有意に異ならなかった（図４６）（これらはまた１，０７３コホートの分析とも有意に異ならなかった；図２０および図２２）。ハプロタイプの順序（頻度に基づく）は、図４６に示す３つの分析において同一ではなかったことに留意されたい。
【０３０１】
高度に不一致の同胞対コホートを使用して、Ｈ１＿５１＿ＢおよびＨ２＿５１＿ＢのＡＭＤリスクとの差別的関連性を検証した。このコホートについて、５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプを生成した。ロジスティック回帰を用いて、Ｈ１＿５１＿Ａ（ＧＳＨコホートにおいて記載される）がリスクと有意に関連しないパターンが認められた。Ｈ２＿５１＿Ａの同等物、すなわちＨ２＿５１＿Ｂは、リスクと高度に関連し、リスクと関連する唯一のハプロタイプであった（図１２）。残りのハプロタイプのうち、Ｈ５＿５１＿Ｂ（ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失を含む）のみがＡＭＤと関連したが、この場合保護的ハプロタイプとして関連した（図１２）。したがって、Ｈ１＿５１＿ＡとＨ２＿５１＿Ａとの間のリスク関連性の差は、第２の独立コホートにおいて再現された。
【０３０２】
３．１６  結果：５１個のＳＮＰに基づくディプロタイプのＡＭＤのリスク、保護、および中立性との関連性：複合コホート
【０３０３】
ＢＥＡＧＬＥ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ３．３．２を用いて、５１個のＳＮＰに基づくディプロタイプを相推定および判定した（Ｓ  Ｒ  Ｂｒｏｗｎｉｎｇ  ａｎｄ  Ｂ  Ｌ  Ｂｒｏｗｎｉｎｇ，２００７，Ｒａｐｉｄ  ａｎｄ  ａｃｃｕｒａｔｅ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｐｈａｓｉｎｇ  ａｎｄ  ｍｉｓｓｉｎｇ  ｄａｔａ  ｉｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｆｏｒ  ｗｈｏｌｅ  ｇｅｎｏｍｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｕｓｉｎｇ  ｌｏｃａｌｉｚｅｄ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ．Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ８１：１０８４−１０９７）。ＡＭＤリスク、保護、および中立性との関連性を全コホート（図３５）、男性のみ（図３６）、および女性のみ（図３７）において評価した。適切な統計的検出力が存在した全てのディプロタイプの組み合わせの組み合わせを図３５に示す。統計的検出力は、ハプロタイプ７までの関連性を評価するのに十分であった。
【０３０４】
単一Ｈ１ハプロタイプは、他のＨ１ハプロタイプ、またはＨ２、Ｈ８、もしくはＨ１３ハプロタイプと組み合わせたとき、ＡＭＤを発症するリスクの増加と関連し、一方Ｈ１ハプロタイプとＨ３またはＨ５ハプロタイプとの組み合わせは、保護と関連した。単一Ｈ２ハプロタイプが別のＨ２ハプロタイプ、Ｈ１ハプロタイプ、またはＨ１０ハプロタイプと共に発生した場合のみ、リスクとの関連性があった。保護との関連性を示す組み合わせは認められず、Ｈ２ハプロタイプが、Ｈ１よりも強くリスクと関連していることを示した。他のいずれのハプロタイプとの組み合わせた単一Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、またはＨ７ハプロタイプのいずれの組み合わせでもリスク関連性は認められなかった。しかしながら、これらの組み合わせの多くは、図３５に示すように保護的であった。男性のみの群および女性のみの群の全般的結果は、全コホートのものと類似しており、おそらくは統計的検出力の損失による何らかのわずかな差があった（図３６および３７）。
【０３０５】
また、「複合コホート」を使用して、５１個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３ＢディプロタイプのＡＭＤの様々な表現型／段階との関連性を評価し、これには対照（第０段階）と全てのＡＭＤ（第１Ｂ段階〜第４Ｃ段階）、早期ＡＭＤ（第１Ｂ段階〜第３段階）、ならびにＣＮＶのみ（第４Ｂ段階）との比較を含んだ。ディプロタイプのリスク、保護、および中立性との関連性は、以下の群間で有意に異ならなかった：１）全てのＡＭＤ段階と比較した対象（図３５）；および２）ＣＮＶのみと比較した対照（図４８）。これらの関連性は、他のコホートでの関連性とも異ならなかった。しかしながら、対照を早期ＡＭＤのみと比較した初期に（図４７）、全てのＨ３の組み合わせの保護効果は大きく減少し、早期ＡＭＤ発症または早期ＡＭＤ発症と関連する特定のタイプのドルーゼンと関連する表現型（ドルーゼン）に対して保護的ではない可能性を示唆した。
【０３０６】
３．１７  結果：ハプロタイプタグＳＮＰ
【０３０７】
６２個のＳＮＰに基づくメジャーハプロタイプのそれぞれ、および５１個のＳＮＰに基づくメジャーハプロタイプのそれぞれは、８個のハプロタイプタグＳＮＰの組み合わせ（ｈｔＳＮＰ；図７；ｒｓ８００２９２およびｒｓ３５９２８０５９は、６２個および５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプをタグ付けするために任意で使用できることに留意されたい）を用いて、一意的に識別可能である。８個のｈｔＳＮＰのみを用いてＧＳＨ  １，０７３コホートに対して症例／対照分析を繰り返し、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ  ４．２を使用してハプロタイプを定義した。Ｈ１とのリスク関連性は、６２個のＳＮＰに基づく分析と比較して数桁異なり、統計的に有意であった（図１０；８個のｈｔＳＮＰ−Ｈ１  ｐ値＝０．００２４；６２個のＳＮＰ−Ｈ１  ｐ値＝０．１１６；Ｈａｐｌｏｖｉｅｗは３対立遺伝子欠失ＳＮＰに対処できないため、有意な値が図６と比較して図１０でわずかに異なることに留意されたい）。この効果をより明確に示すために、以下の数に漸減するＳＮＰを用いて、９２７  ＧＳＨコホートをＨａｐｌｏｖｉｅｗにおいて再分析した：１）全てのＣＦＨ遺伝子座ＳＮＰ（６２個）；２）全てのＳＮＰ−４個の欠失関連ＳＮＰ（５８個）；３）Ｔａｑｍａｎアッセイが展開された全てのＳＮＰ（５１個）；４）ＭＡＦ＞５％頻度の全てのＳＮＰ（４３個）；６）ＡＭＤと極めて有意な関連性を有する全てのＳＮＰ＋ｒｓ６９８８５９（３１個）；および７）ｈｔＳＮＰｓのみ（８個）（図１０）。ハプロタイプの生成により少ないＳＮＰを使用するにしたがって、より多くのマイナーハプロタイプがメジャーハプロタイプとして作り直され、Ｈ１がＡＭＤリスクと有意に関連するようになった。他の全ての有意なハプロタイプは、ＡＭＤとの関連性にわずかな変化を示したのみであり、これはリスクの解釈に影響を与えなかった。
【０３０８】
３．１８  結果：５１個のＳＮＰに基づくＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂハプロタイプのゲノムレベルのハプロタイプへの拡張；ＨａｐＭａｐハプロタイプとＡＭＤとの関連性
【０３０９】
ハプロタイプのＡＭＤとの関連性をさらに精密化するために、５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプを、ＨａｐＭａｐデータを用いて生成したハプロタイプと比較した。Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｐｒｏｊｅｃｔデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｈａｐｍａｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）は、ＣＦＨ〜Ｆ１３Ｂ遺伝子座（Ｈｇ１８  ｃｈｒ１：１９４８６９１３７〜１９５３０３４９１）を包含する領域に５００を超えるＳＮＰを含む。１８０名の白人個人（ＣＥＵ集団と称する）からの遺伝子型をこれらの５００を超えるＳＮＰそれぞれについてダウンロードした。この関心領域における最も情報価値のあるＳＮＰ（すなわち、ＣＥＵ集団内で分離するもの）を含む、ＣＥＵセット由来の相推定済みの遺伝子型データをダウンロードした。Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ（ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ）を使用して、ＣＥＵデータセットのハプロタイプを構築し、その頻度を算出した（図３９および４０）。ＡＭＤ症例／対照（「複合コホート」）の５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプとＨａｐＭａｐハプロタイプとの間にはかなりの重複がある。（図３８、３９、および４０）。これらの重複するＳＮＰを「タグ」ＳＮＰとして使用して、症例／対照ハプロタイプをそれらの対応するＨａｐＭａｐ  ＣＥＵハプロタイプと適合させた（図３８および４１）。ＡＭＤのハプロタイプとの関連性は、５１個のＳＮＰに基づく症例／対照（「複合」）コホートにおいてすでに確立されており（図２２）、しがたって関連性を対応するＨａｐＭａｐハプロタイプにまで拡張することができた。場合によっては、５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプが複数のＨａｐＭａｐハプロタイプと重複することがあり、その逆もあったが、これは５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプに含まれなかったＨａｐＭａｐ  ＳＮＰの存在に起因した。したがって、ＨａｐＭａｐハプロタイプが複数の対応する症例／対照ハプロタイプと重複する場合、本発明の５１個のＳＮＰに基づくメジャーハプロタイプの判別値をさらに精密化する鍵となるＳＮＰを識別した。一例として、「複合コホート」ハプロタイプＨ１（図３９および４１）は、ＨａｐＭａｐで生成されたメジャーハプロタイプのうち２つの最も高頻度のものと一致した（図３９および４１）。これらの２つのＨａｐＭａｐハプロタイプを区別する唯一のＳＮＰはｒｓ１０４９４７４５であった。疾患関連性の評価を精密化するであろう本分析で発見された他の類似する情報ＳＮＰはアスタリスクで示し、それらと複合コホートの５１個のＳＮＰに基づくハプロタイプとの関係は図４０に示す。それらは、ｒｓ７５２４７７６、ｒｓ７５１３１５７、ｒｓ４１９１３７、およびｒｓ１０４９４７４５である。
【０３１０】
３．１９  結果：拡張ハプロタイプブロック
【０３１１】
定義されたメジャーハプロタイプブロックとＬＤにある６２個のＳＮＰに基づくハプロタイプにより定義される境界の近位および遠位に、ＳＮＰがあるかどうかを判定した。Ｃｈｒ１：１９４，８１４，３１１〜１９５，４３１，８９０に位置する白人のＨａｐｍａｐ  ＳＮＰ全てを、対象の情報と共にダウンロードし、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗで分析した（図１４）。デフォルト（Ｇａｂｒｉｅｌ  ｅｔ  ａｌ．）ブロックは、全領域を包含した。ｒｓ１０８０１５５１（１９４，８４８，６６２）〜ｒｓ８００２９２（１９４，９０８，８５６）により定義される第２のブロックは、６２−ＳＮＰセットに使用される最も５’側のＳＮＰであるｒｓ３５９２８０５９を包含した。このことは、ｒｓ３５９２８０５９が近位はｒｓ１０８０１５５１までのＳＮＰとＬＤにあることを示唆した。同様に、本願の遺伝子座の遠位３’末端では、６２＿Ａ  ＳＮＰセットの最も３’側のＳＮＰであるｒｓ６４２８３８０が、ｒｓ４９１５１４８（１９５，３０２，１６１）およびｒｓ１５３７３１９（１９５，３１９，４２７）の間に位置し、このブロック内の遠位ＳＮＰが、おそらくｒｓ１５３７３１９とＬＤにあることを示唆した。
【０３１２】
３．２０  結果：ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失境界の特徴付け
【０３１３】
それぞれの欠失タグＳＮＰ遺伝子型を示す複数のＣＥＰＨ個人に対して、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を実施した。両重複領域を均一に増幅するように３つのｑＰＣＲプライマーセットを設計し、セグメント重複間の配列中に２つのさらなるプローブを設計した。全ての実験は、ＱｕａｎｔｉＦａｓｔ  ＳＹＢＲ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｑｉａｇｅｎ）およびＭｙｉＱ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｃｏｌｏｒ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＢｉｏＲａｄ）を用いて実施した。非欠失ホモ接合体は、両セグメント重複の存在、ならびに重複間のプローブの正常な増幅を示した。ヘテロ接合体は、重複内のプローブの中間値、および重複間の領域中の１コピー欠失を示した。欠失タグ対立遺伝子がホモ接合性である個人は、１つのみのセグメント重複領域の存在を示し、重複領域間に位置するプローブの増幅を示さなかった。したがって、このｑＰＣＲアッセイを使用して、個人をホモ接合性Ｒ３／Ｒ１欠失、ヘテロ接合性Ｒ３／Ｒ１欠失、またはホモ接合性Ｒ３／Ｒ１非欠失として確実に識別することができる。
【０３１４】
３．２１  結果：代替的ＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失状態アッセイの展開、およびＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失タグＳＮＰとしてのｒｓ１２１４４９３９の確認
【０３１５】
欠失の存在または非欠失染色体上の存在を確認するために、２つのさらなるＰＣＲアッセイを展開した（図１１）。これらのアッセイは、ヘテロ接合体を区別するためではなく、ホモ接合性欠失または非欠失試料の状態を判定するためにデザインされた。欠失ホモ接合体に見られる配列変異体特性を用いて、ヘテロ接合形態またはホモ接合性形態のいずれかで欠失が存在する場合にのみ３．７ｋｂのＰＣＲ産物を生成するように、プライマーを設計した。ＡｃｃｕＰｒｉｍｅ  Ｈｉｇｈ  Ｆｉｄｅｌｉｔｙポリメラーゼ、緩衝液、およびプロトコル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、反応を実施した。１２名の非血縁ＣＥＰＨ個人および５名のアフリカ人個人からの試料を増幅し、１％アガロースゲル上で泳動した。欠失にわたって増幅するようにデザインされたアッセイでは、ホモ接合性欠失およびヘテロ接合性個人は全て３．７ｋｂバンドを生じ、一方いずれのホモ接合体非欠失個人も増幅しなかった。さらに、欠失が存在しない場合にのみ、短い（２００ｂｐ）ＰＣＲ産物を増幅するように、プライマーを設計および使用した。８８名のＣＥＰＨ個人に対して反応を実施した。例外なく増幅しなかった欠失ホモ接合体以外は、良好に増幅された。したがって、これら２つのアッセイは、ＣＦＨＲ３−Ｒ１欠失または非欠失状態のいずれかがホモ接合性である個人を明確に識別するために使用することができ、これらのアッセイの組み合わせは、ヘテロ接合体を判定することができる。
【０３１６】
３．２１  欠失タグＳＮＰの確認
【０３１７】
欠失状態を確認するために、既製のＴａｑｍａｎ  ＣＮＶアッセイを６０４名のＣＥＰＨ個人全員に対して実施した。このアッセイは、ＣＦＨＲ３遺伝子のすぐ近位のｃｈｒ１：１９５０１１２９８〜１９５０１１３９７に位置した。７９００ＨＴ  Ｆａｓｔ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）でアッセイを実施し、ＣｏｐｙＣａｌｌｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて分析した。コピー数コールをｒｓ１２１４４９３９（欠失タグＳＮＰ）遺伝子型に対して比較した。ＣｏｐｙＣａｌｌｅｒソフトウェアにより明確なコールが作成された全ての例で、６名の個人がタグＳＮＰについてヘテロ接合性であったが、ＣＮＶ分析においてホモ接合性非欠失がコールされた１家族以外は、コピー数コールは、ｒｓ１２１４４９３９により予測され得るものと一致した。このことは、白人において、ｒｓ１２１４４９３９がほぼ１００％の信頼性で欠失をタグ付けすることを裏付けた。したがって、ＣＦＨＲ１／Ｒ３欠失状態は、今では上述の３つのアッセイを用いて得ることができる。１０００ゲノムデータの分析は、以下のＳＮＰがｒｓ１２１４４９３９、ひいてはＣＦＨＲ３／ＣＦＨＲ１欠失：ｒｓ６６８９００９、ｒｓ３５２５３６８３、ｒｓ７３１５５７、およびｒｓ６０６４２３２１を正確にタグ付けすることを示唆した。
【０３１８】
本発明の範囲または趣旨から逸脱することなく、本発明に種々の修正および変更を行うことができることは、当業者に明らかとなる。本発明の他の態様は、本明細書を考察し、本願に記載の本発明を検討することにより、当業者に明らかとなる。本明細書および実施例は単に例示的なものとみなされ、本発明の実際の範囲および趣旨は、以下の特許請求の範囲により示されるものとする。
【０３１９】
本出願全体を通して、種々の刊行物に言及する。これらの刊行物の開示は、その全体として、本出願が関連する最新技術をより完全に説明するために、参照により本出願に組み込まれる。開示される参考文献はまた、その参考文献が拠り所とされる文中で考察される、その参考文献に含まれる構成要素について、参照により個別かつ具体的に本明細書に組み込まれる。本明細書中の何物も、先行発明という理由でそのような刊行物に本発明が先行する権利を与えられないことを承認するものと解釈されるべきではない。さらに、本明細書に提示する公開日は、実際の公開日とは異なる可能性があり、これは個別の確認を必要とし得る。
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【図１】
2014513958.tif 000004
【図１−１】
2014513958.tif 000005
【図２】
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【図２−１】
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【図３】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図３−３】
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【図３−４】
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【図３−５】
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【図３−６】
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【図４】
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【図５】
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【図５−１】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１２−１】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ａ−１】
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【図１３Ｂ】
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【図１３Ｂ−１】
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【図１３Ｃ】
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【図１３Ｃ−１】
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【図１３Ｄ】
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【図１３Ｄ−１】
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【図１４】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１４−３】
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【図１４−４】
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【図１４−５】
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【図１４−６】
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【図１４−７】
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【図１４−８】
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【図１４−９】
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【図１４−１０】
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【図１４−１１】
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【図１４−１２】
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【図１４−１３】
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【図１４−１４】
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【図１４−１５】
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【図１４−１６】
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【図１４−１７】
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【図１４−１８】
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【図１４−１９】
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【図１４−２０】
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【図１５】
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【図１５−１】
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【図１５−２】
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【図１５−３】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１７−１】
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【図１７−２】
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【図１７−３】
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【図１７−４】
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【図１８】
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【図１９】
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【図１９−１】
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【図１９−２】
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【図１９−３】
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【図１９−４】
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【図１９−５】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２１Ａ】
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【図２１Ａ−１】
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【図２１Ａ−２】
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【図２１Ａ−３】
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【図２１Ａ−４】
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【図２１Ａ−５】
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【図２１Ａ−６】
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【図２１Ａ−７】
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【図２１Ａ−８】
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【図２１Ａ−９】
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【図２１Ａ−１０】
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【図２１Ａ−１１】
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【図２１Ａ−１２】
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【図２１Ａ−１３】
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【図２１Ａ−１４】
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【図２１Ａ−１５】
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【図２１Ａ−１６】
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【図２１Ａ−１７】
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【図２１Ａ−１８】
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【図２１Ａ−１９】
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【図２１Ａ−２０】
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【図２１Ａ−２１】
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【図２２】
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【図２２−１】
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【図２２−２】
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【図２２−３】
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【図２３】
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【図２３−１】
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【図２４Ａ】
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【図２４Ａ−１】
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【図２４Ｂ】
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【図２４Ｂ−１】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３５−１】
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【図３５−２】
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【図３５−３】
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【図３６】
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【図３６−１】
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【図３７】
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【図３７−１】
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【図３８−１】
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【図３８−２】
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【図３８−３】
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【図３８−４】
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【図３８−５】
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【図３８−６】
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【図３８−７】
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【図３８−８】
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【図３９】
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【図４０−１】
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【図４０−２】
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【図４０−３】
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【図４０−４】
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【図４１−１】
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【図４１−２】
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【図４１−３】
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【図４１−４】
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【図４１−５】
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【図４２−１】
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【図４２−２】
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【図４３−１】
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【図４３−２】
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【図４４−１】
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【図４４−２】
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【図４５−１】
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【図４５−２】
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【図４６−１】
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【図４６−２】
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【図４６−３】
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【図４６−４】
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【図４６−５】
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【図４６−６】
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【図４６−７】
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【図４６−８】
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【図４６−９】
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【図４６−１０】
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【図４７−１】
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【図４７−２】
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【図４８−１】
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【図４８−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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