(57)【要約】  本開示は、薬物の治療有効性の向上及び薬物毒性の低減を伴う黒色腫の処置方法を提供する。具体的には、本開示は、黒色腫を有し、抗癌剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在又は量の同定に基づき薬物の治療効果を最適化する黒色腫の個別化された処置を提供する。さらに、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を最適化するために使用することができるｍｉｃｒｏＲＮＡバイオマーカーを開示する。【選択図】  図１４
2014502606.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項２】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するか否かを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項３】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項４】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するか否かを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項５】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項６】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、前記バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項７】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかが前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項８】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法。
【請求項９】
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む、被験対象における黒色腫の処置の毒性を低減するための方法。
【請求項１０】
被験対象における黒色腫の処置に有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程、
を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法。
【請求項１１】
黒色腫細胞を、黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程、
を含む方法。
【請求項１２】
黒色腫細胞を、黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程、
を含む方法。
【請求項１３】
被験対象における黒色腫の処置に有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせの阻害剤を含む工程、
を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法。
【請求項１４】
黒色腫細胞を、黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程、
を含む方法。
【請求項１５】
黒色腫細胞を、黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程、
を含む方法。
【請求項１６】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５の存在、不在または量を判定する、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４の存在、不在または量を判定する、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３の存在、不在または量を判定する、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂである、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａである、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６ａである、請求項１〜９または請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９がｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９−１、−２または−３である、請求項１〜９または請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記黒色腫細胞が腫瘍内にある、請求項１１、１２、１４または１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
被験対象における黒色腫の処置に有効な量の組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、前記組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を前記被験対象に送達する１種以上の成分を含む工程、
を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法。
【請求項２８】
黒色腫細胞を、黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量の組成物に接触させる工程であって、前記組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を送達する１種以上の成分を含む工程、
を含む方法。
【請求項２９】
黒色腫細胞を、黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量の組成物に接触させる工程であって、前記組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を送達する１種以上の成分を含む工程、
を含む方法。
【請求項３０】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を、黒色腫を有する被験対象に投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項３１】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を、黒色腫を有する被験対象に投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するか否かを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項３２】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項３３】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するか否かを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項３４】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項３５】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、前記バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項３６】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかが前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項３７】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法。
【請求項３８】
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む、被験対象における黒色腫の処置の毒性を低減するための方法。
【請求項３９】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を前記被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項４０】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を前記被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項４１】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を前記被験対象に投与するか否かを、前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する意思決定者に、前記バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項４２】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を前記被験対象に投与するか否かの指示を、前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて提供する工程と、
を含む方法。
【請求項４３】
前記組成物を投与するかまたは投与しない工程を含む、請求項３９〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
前記組成物を投与する工程を含み、前記組成物がイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を含む、請求項３９〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
前記組成物を投与する工程と、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を含む組成物を投与する工程と、を含む、請求項３９〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいてイミダゾールカルボキサミド剤を前記被験対象に投与する工程と、
を含む方法。
【請求項４７】
意思決定者が組成物を投与するか否かは、前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づく、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する１種以上の成分を含む組成物を前記被験対象に投与する工程を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  同定された前記バイオマーカーの不在または量に基づいてイミダゾールカルボキサミド剤を前記被験対象に投与しないようにする工程と、
を含む方法。
【請求項５０】
前記被験対象に投与されるイミダゾールカルボキサミド剤を送達しない組成物を選択する工程を含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記組成物がアルキル化剤を送達しない、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記被験対象に前記組成物を投与する、請求項５０または５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−３３５、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む、請求項２７〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７がｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７ａまたはｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７ｂである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３ａである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡが、非癌性の静止細胞と比較して相対的に低いレベルで黒色腫細胞内に存在する、請求項２７〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡがＩＬ−６受容体またはＩＬ−６受容体経路メンバーの発現を調整する、請求項２７〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５９】
前記黒色腫細胞が腫瘍内にある、請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項６０】
（ａ）  転移性黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項６１】
（ａ）  転移性黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するか否かを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項６２】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項６３】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するか否かを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項６４】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【請求項６５】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、前記バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項６６】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかが前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項６７】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む、被験対象における転移性黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法。
【請求項６８】
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降前記薬物投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記薬物投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む、被験対象における転移性黒色腫の処置の毒性を低減するための方法。
【請求項６９】
（ａ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  前記被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かを前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項７０】
（ａ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  前記被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かを前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、
を含む方法。
【請求項７１】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  前記被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かを前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する意思決定者に、前記バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、
を含む方法。
【請求項７２】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  前記被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かの指示を前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて提供する工程と、
を含む方法。
【請求項７３】
転移性黒色腫の危険にさらされている被験対象に、黒色腫を処置する組成物を投与する工程を含む、請求項６９〜７２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７４】
転移性黒色腫の危険にさらされていない被験対象に黒色腫を処置する組成物を投与しないようにするようにする工程を含む、請求項６９〜７２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
前記被験対象が黒色腫を有する、請求項６９〜７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７６】
前記被験対象が黒色腫を有すると診断されている、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
被験対象における黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程、
を含む、被験対象における転移性黒色腫を処置するための方法。
【請求項７８】
転移性黒色腫細胞を、黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程、
を含む方法。
【請求項７９】
転移性黒色腫細胞を、黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程、
を含む方法。
【請求項８０】
被験対象における黒色腫の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程、
を含む、被験対象における転移性黒色腫を処置するための方法。
【請求項８１】
転移性黒色腫細胞を、黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程、
を含む方法。
【請求項８２】
前記転移が非癌組織の黒色腫細胞による浸潤である、請求項６０〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
前記組織が皮膚でない、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記転移が黒色腫細胞の遊走である、請求項６０〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８５】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７がｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７ｃである、請求項６０〜７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８６】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９がｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９−１、−２または−３である、請求項６０〜７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８７】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂである、請求項６０〜７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８８】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６ａである、請求項６０〜７６、８０または８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８９】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４の存在、不在または量を判定する、請求項６０〜７６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９０】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３の存在、不在または量を判定する、請求項６０〜７６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９１】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤、またはｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物を利用する、請求項８０または８１に記載の方法。
【請求項９２】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤、またはｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物を利用する、請求項８０または８１に記載の方法。
【請求項９３】
前記転移性黒色腫細胞が腫瘍内にある、請求項７８、７９または８１に記載の方法。
【請求項９４】
前記黒色腫が転移性黒色腫である、請求項１〜９３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９５】
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡがヒトｍｉｃｒｏＲＮＡである、請求項１〜９４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９６】
前記被験対象がヒトである、請求項１〜９５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９７】
前記バイオマーカーの存在、不在または量を前記被験対象由来の生物学的標本から判定する、請求項１〜９、１６、３０〜５２、５３〜５６、６０〜７６または８５〜９１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９８】
標本に血液または血液画分が含有されている、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記標本に皮膚生検生成物が含有されている、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
（ａ）  黒色腫を有する被験対象にＤＴＩＣを投与する工程と、
（ｂ）  前記被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、前記バイオマーカーがｍｉＲ−１９３ｂである工程と、
（ｃ）  以降の前記ＤＴＩＣの投与量を維持するかまたは以降前記被験対象に投与される前記ＤＴＩＣの投与量を調整するかを、前記被験対象において同定された前記バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、
を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本技術は、１つには黒色腫に関し、もう１つには黒色腫の診断および処置におけるｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）の使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
黒色腫は最も侵襲性の高い形態の癌の１つであり、典型的には皮膚において発生し、生体器官および他の組織に転移する場合が多い。ｍｉｃｒｏＲＮＡと呼ばれる特殊な種類のＲＮＡは黒色腫に関与しており、ｍｉｃｒｏＲＮＡによっては黒色腫細胞内で一貫して過小発現するものもあれば過剰発現するものもある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本明細書において強調されているように、癌（例えば、黒色腫）処置をパーソナライズすることによって薬物の治療効果が至適化される。一部の実施形態においては、（ａ）  黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、（ｂ）  被験対象における少なくとも１つのバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｃ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法が提供されている。「ｍｉｃｒｏＲＮＡ５０６−５１４」クラスタを構成するｍｉｃｒｏＲＮＡは、次のとおりである：ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４。「ｍｉｃｒｏＲＮＡ５０６−５１３」クラスタを構成するｍｉｃｒｏＲＮＡは、次のとおりである：ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３。
【０００４】
一部の実施形態において方法は（ａ）  黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｃ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む。或る実施形態において方法は、（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｃ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む。
【０００５】
一部の実施形態において方法は、（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｃ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む。
【０００６】
様々な実施形態において方法は、（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む。或る実施形態において方法は、（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む。一部の実施形態において方法は（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかが被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、を含む。
【０００７】
また、一部の実施形態においては、（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法も、提供されている。
【０００８】
また、一部の実施形態においては、（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の毒性を低減するための方法も、提供されている。
【０００９】
また、一部の実施形態においては、被験対象における黒色腫の処置に有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法も、提供されている。また、或る実施形態においては、黒色腫細胞を黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法も、提供されている。また、一部の実施形態においては、黒色腫細胞を黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法も、提供されている。
【００１０】
また、或る実施形態においては、被験対象における黒色腫の処置に有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程と、を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法も、提供されている。また、一部の実施形態においては、黒色腫細胞を黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程を含む方法も、提供されている。また、或る実施形態においては、黒色腫細胞を黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程と、を含む方法も、提供されている。
【００１１】
様々な実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの存在、不在または量を判定する。或る実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５からなる群から選択される１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３はｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂである。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０はｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａである。或る実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６はｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６ａである。一部の実施形態において、黒色腫細胞は腫瘍内にある。
【００１２】
また、或る実施形態においては、被験対象における黒色腫の処置に有効な量の組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を被験対象に送達する１種以上の成分を含む工程を含む、方法も、提供されている。或る実施形態において方法は、黒色腫細胞を黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量の組成物に接触させる工程であって、組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を送達する１種以上の成分を含む工程を含む。様々な実施形態において方法は、黒色腫細胞を黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量の組成物に接触させる工程であって、組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を送達する１種以上の成分を含む工程を含む。
【００１３】
一部の実施形態において方法は、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を、黒色腫を有する被験対象に投与する工程と、被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む。
【００１４】
或る実施形態において方法は、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を、黒色腫を有する被験対象に投与する工程と、被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む。一部の実施形態において方法は、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む。方法は時には、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を備え得る。
【００１５】
また、一部の実施形態においては、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法も、提供されている。一部の実施形態において方法は、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む。方法は時には、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかが被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、を含む。
【００１６】
また、一部の実施形態においては、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法も、提供されている。
【００１７】
また、一部の実施形態においては、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の毒性を低減するための方法も、提供されている。方法は時には、黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む。
【００１８】
また、一部の実施形態においては、黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法も、提供されている。或る実施形態において方法は、黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む。
【００１９】
また、或る実施形態においては、黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かの指示を、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて提供する工程と、を含む方法も、提供されている。方法は時には、組成物を投与するかまたは投与しない工程を含み得る。或る実施形態において方法は、組成物を投与する工程であって、組成物がイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を含む工程を含む。一部の実施形態において方法は、組成物を投与する工程と、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を含む組成物を投与する工程と、を含む。様々な実施形態において方法は、黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいてイミダゾールカルボキサミド剤を被験対象に投与する工程と、を含む。
【００２０】
或る実施形態において、意思決定者は、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて組成物を投与するか投与しないようにする。様々な実施形態において方法は、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する１種以上の成分を含む組成物を被験対象に投与する工程を含む。
【００２１】
方法は時には、黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程と、同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいてイミダゾールカルボキサミド剤を被験対象に投与しないようにする工程と、を含む。或る実施形態において方法は、被験対象に投与されるイミダゾールカルボキサミド剤を送達しない組成物を選択する工程を含む。様々な実施形態において、組成物はアルキル化剤を送達しない。本明細書における方法の一部の実施形態では、被験対象に組成物を投与する。
【００２２】
また、或る実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−３３５、前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む方法も、提供されている。様々な実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７はｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７ａまたは−２７ｂである。或る実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３はｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３ａである。ｍｉｃｒｏＲＮＡは時には、非癌性の静止細胞と比較して相対的に低い濃度で黒色腫細胞内に存在する。或る実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡはＩＬ−６受容体またはＩＬ−６受容体経路メンバーの発現を調整する。一部の実施形態において、黒色腫細胞は腫瘍内にある。
【００２３】
また、一部の実施形態においては、（ａ）  転移性黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｃ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法も、提供されている。或る実施形態において方法は、（ａ）  転移性黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｃ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む。
【００２４】
また、或る実施形態においては、転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法も、提供されている。一部の実施形態において方法は、転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む。
【００２５】
或る実施形態においては、（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法が提供されている。
【００２６】
また、一部の実施形態において、（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送するための方法も、提供されている。また、一部の実施形態においては、（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降の薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかが被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、を含む方法も、提供されている。
【００２７】
また、或る実施形態においては、（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降の薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における転移性黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法も、提供されている。
【００２８】
また、一部の実施形態においては、（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における転移性黒色腫の処置の毒性を低減するための方法も、提供されている。
【００２９】
また、或る実施形態においては、（ａ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、またはその組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かをバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法も提供されている。一部の実施形態においては、（ａ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かをバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法が提供されている。
【００３０】
或る実施形態においては、（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択される工程と、（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かをバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む方法が提供されている。また、一部の実施形態においては、（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせを含む工程と、（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かの指示をバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて提供する工程と、を含む方法も、提供されている。
【００３１】
また、一部の実施形態においては、転移性黒色腫の危険にさらされている被験対象に黒色腫を処置する組成物を投与する工程を含む方法も、提供されている。或る実施形態において方法は、転移性黒色腫の危険にさらされていない被験対象に黒色腫を処置する組成物を投与しないようにするようにする工程を含む。一部の実施形態において、被験対象は黒色腫を有する。或る実施形態において、被験対象は黒色腫を有すると診断されている。
【００３２】
また、或る実施形態においては、被験対象における黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む、被験対象における転移性黒色腫を処置するための方法も、提供されている。一部の実施形態においては、転移性黒色腫細胞を黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法が提供されている。また、或る実施形態においては、転移性黒色腫細胞を黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法も、提供されている。
【００３３】
様々な実施形態において、被験対象における転移性黒色腫を処置するための方法は、被験対象における黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程を含む。一部の実施形態においては、転移性黒色腫細胞を黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および前述のものの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程を含む方法が提供されている。或る実施形態において、転移は非癌組織の黒色腫細胞による浸潤である。一部の実施形態において、組織は皮膚でない。様々な実施形態において、転移は黒色腫細胞の遊走である。一部の実施形態において、転移性黒色腫細胞は腫瘍内にある。或る実施形態において、黒色腫は転移性黒色腫である。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡはヒトｍｉｃｒｏＲＮＡである。或る実施形態において、被験対象はヒトである。
【００３４】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７は時にはｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７ｃである。或る実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａである。或る実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂである。様々な実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６ａである。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９はｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９−１、−２または−３である。様々な実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４の存在、不在または量が判定され、時にはｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３の存在、不在または量が判定される。或る実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用され、時にはｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される。
【００３５】
また、一部の実施形態において、バイオマーカーの存在、不在または量を被験対象由来の生物学的標本から判定するための方法も、提供されている。或る実施形態においては、標本に血液または血液画分が含有されている。様々な実施形態においては、標本に皮膚生検生成物が含有されている。
【００３６】
図面は本技術の実施形態を例示したものであって限定的なものではない。例証を明確化し且つ簡略化するために、図面を一定の縮尺倍率に合わせていないが、状況によっては特定の実施形態を理解しやすくするために様々な態様を誇張または拡大して示す場合もある。
【図面の簡単な説明】
【００３７】
【図１】差次的に発現したｍｉＲＮＡのヒートマップの図である。黒色腫において、正常皮膚生検と比較して過剰発現したｍｉＲは１５個、過小発現したｍｉＲは８３個であった。３６人の黒色腫患者および１６人の正常ドナーの皮膚パンチ生検においてＡＢＩ  ＴＬＤＡでｍｉｃｒｏＲＮＡを測定した。ｍｉｃｒｏＲＮＡは、黒色腫内での数が正常標本と比較して２倍を超えて異なり、且つボンフェローニ（Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ）で調整したｐ値が０．０５未満の場合に限り、差次的に発現したと見なされた。
【図２】Ｍ２ＩＰ３インフォマティクス（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）法を使用して推定の腫瘍サプレッサ機能またはオンコジーン機能を持つｍｉｃｒｏＲＮＡを予測するようすを、概略的に例示している。ｍｉｃｒｏＲＮＡの発現の測定は、ＴａｑＭａｎ  Ｌｏｗ−Ｄｅｎｓｉｔｙ  Ａｒｒａｙｓ（ＴＬＤＡ）でＴａｑＭａｎ  ＲＴ−ＰＣＲアッセイによって行った。差次的に発現したｍｉｃｒｏＲＮＡは標準統計分析で定量した。その後、Ｍ２ＩＰ３にて、差次的に発現したｍｉＲに対しては、癌に関連するＰｕｂＭｅｄキーワードの注釈を付けた。実験の詳細および結果は、実施例３に記載されているとおりである。
【図３】黒色腫細胞内で過剰発現したいくつかのｍｉＲＮＡに関する非限定例を示す。正常細胞または対照細胞での発現の増加は、「倍率変化」という列に示されている。実験の詳細および結果は、実施例３に記載されているとおりである。
【図４】ｍｉＲの有効度を定量する場合に使用されるハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）法を示す。実験の詳細は、実施例３に記載されているとおりである。
【図５】様々な黒色腫細胞系における特定のｏｎｃｏ−ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｏｎｃｏ−ｍｉＲ）および腫瘍サプレッサｍｉｃｒｏＲＮＡ（ＴＳ−ｍｉＲ）を使用した成長阻害実験の結果を、図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例４に記載されているとおりである。図５は、ｍｉｃｒｏＲＮＡの結果（複数の黒色腫細胞系において細胞成長が、非標的ｍｉｃｒｏＲＮＡ対照および正常メラノサイトと比較して有意に減少したこと）を、図表で例示したものである。
【図６】様々な黒色腫細胞系における特定のｏｎｃｏ−ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｏｎｃｏ−ｍｉＲ）および腫瘍サプレッサｍｉｃｒｏＲＮＡ（ＴＳ−ｍｉＲ）を使用した成長阻害実験の結果を、図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例４に記載されているとおりである。図６は、ｍｉＲＮＡの結果（複数の黒色腫細胞系において細胞成長が有意に減少しなかったこと）を、図表で示したものである。
【図７】様々な黒色腫細胞系における特定のｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲを使用したアポトーシス実験の結果を、図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例５に記載されているとおりである。図７は、ｍｉＲＮＡの結果（複数の黒色腫細胞系においてカスパーゼ３／７活性化によって測定されるアポトーシスが、非標的ｍｉｃｒｏＲＮＡ対照および正常メラノサイトと比較して有意に増加したこと）を、図表で示したものである。
【図８】様々な黒色腫細胞系における特定のｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲを使用したアポトーシス実験の結果を、図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例５に記載されているとおりである。図８は、ｍｉＲＮＡの結果（複数の黒色腫細胞系においてアポトーシスが有意に増加しなかったこと）を、図表で示したものである。
【図９】遊走および浸潤実験の結果を図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例６に記載されているとおりである。図９は、様々な黒色腫および主要なメラノサイト細胞系の基礎遊走および浸潤能力を例示したものである。
【図１０】遊走および浸潤実験の結果を図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例６に記載されているとおりである。図１０は、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞における様々なｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲによる遊走および／または浸潤の有意な阻害を図表で示したものである。
【図１１】遊走および浸潤実験の結果を図表で示したものである。実験の詳細および結果は、実施例６に記載されているとおりである。図１１は、様々なｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲが、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞の遊走および／または浸潤に有意な影響を与えなかったことを図表で示したものである。
【図１２】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタにおけるｍｉＲＮＡの発現プロファイルを示したものである。実験の詳細および結果は、実施例７に記載されているとおりである。図１２は、様々な正常および黒色腫皮膚生検におけるｍｉＲＮＡ発現の典型的なヒートマップを示すと共に、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ内でのｍｉＲＮＡの発現パターンを強調したものである（縦線および伸張領域を参照）。ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ内でのｍｉＲＮＡは、黒色腫腫瘍生検において正常皮膚生検と比較して過剰発現した。
【図１３】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタにおけるｍｉＲＮＡの発現プロファイルを示したものである。実験の詳細および結果は、実施例７に記載されているとおりである。図１３は、黒色腫標本（例えば、ｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０８、ｍｉＲ−５０９、およびｍｉＲ−５１４）内で約３０倍〜約１００倍に過剰発現したｍｉＲＮＡ、または正常組織には存在せず腫瘍標本（例えば、ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５１０、およびｍｉＲ−５１３）には存在するｍｉＲＮＡの発現分析の結果を例示したものである。
【図１４】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタにおけるｍｉＲＮＡの発現プロファイルを示したものである。実験の詳細および結果は、実施例７に記載されているとおりである。図１４は、黒色腫細胞系におけるｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの発現レベルを、正常メラノサイトと比較して例示したものである。
【図１５】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害による細胞成長および浸潤／遊走の減少のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例８に記載されているとおりである。図１５は、細胞成長阻害の研究結果を例示したものである。
【図１６】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害による細胞成長および浸潤／遊走の減少のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例８に記載されているとおりである。図１６は、研究における浸潤／遊走の阻害結果を例示したものである。
【図１７】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によるアポトーシス活性化のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例９に記載されているとおりである。図１７は、カスパーゼ３／７活性化分析の結果を例示したものである。
【図１８】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によるアポトーシス活性化のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例９に記載されているとおりである。図１８は、アネキシンＶ／プロピジウムヨージドフローサイトメトリー分析の結果を例示したものである。
【図１９】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１０に記載されているとおりである。図１９は、１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真を示す。
【図２０】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１０に記載されているとおりである。図２０は、Ｎｉｋｏｎ  ＴＥ２０００顕微鏡を使用して２フィールド／ウェルで３回連続して（ｉｎ  ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）計数してコロニー数の漸増を、図表で表したものである。
【図２１】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタメンバーの物理的距離のマッピングおよび系統学的関係の分析を例示したものである。
【図２２】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害による細胞成長および浸潤／遊走の阻害のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１１に記載されているとおりである。図２２は、細胞成長阻害の研究結果を例示したものである。
【図２３】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害による細胞成長および浸潤／遊走の阻害のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１１に記載されているとおりである。図２３は、研究における浸潤／遊走の阻害結果を例示したものである。
【図２４】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害によるアポトーシス活性化のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１１に記載されているとおりである。図２４は、カスパーゼ３／７活性化分析の結果を例示したものである。
【図２５Ａ】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害によるアポトーシス活性化のレベルを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１１に記載されているとおりである。図２５は、アネキシンＶ／プロピジウムヨージドフローサイトメトリー分析の結果を例示したものである。
【図２５Ｂ】図２５Ａの続きである。
【図２６】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１１に記載されているとおりである。図２６は、１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真を示す。
【図２７】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１１に記載されているとおりである。図２７は、Ｎｉｋｏｎ  ＴＥ２０００顕微鏡を使用して２フィールド／ウェルで、３回連続して（ｉｎ  ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）計数してコロニー数の漸増を、図表で表したものである。
【図２８】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの過剰発現によって腫瘍が形成される確率を定量する目的で行われた実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１２に記載されているとおりである。図２８は、１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真を示す。
【図２９】ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの過剰発現によって腫瘍が形成される確率を定量する目的で行われた実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１２に記載されているとおりである。図２９は、Ｎｉｋｏｎ  ＴＥ２０００顕微鏡を使用して２フィールド／ウェルで、３回連続で（ｉｎ  ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）計数してコロニー数の漸増を、図表で表したものである。
【図３０】（図１に示したヒートマップに類似の）ヒートマップを描いたものであり、差次的に発現するｍｉＲ５０６−５１４クラスタのｍｉＲＮＡを図示したものである。黒色腫患者におけるｍｉｃｒｏＲＮＡをＡＢＩ  ＴＬＤＡで測定し、健常ドナーから収集された正常メラノサイトまたは正常皮膚パンチと比較したものである。
【図３１】黒色腫標本において約３０倍〜約１００倍に過剰発現したｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの発現分析（実施例７に記載）の結果を例示したものである。
【図３２】黒色腫細胞系におけるｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの発現レベルを、正常メラノサイトと比較して例示したものである（実施例７に記載）。
【図３３】６時間および２４時間の時点でのＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞、およびＡ３７５細胞における浸潤／遊走阻害研究（実施例８に記載）について更なる結果を例示したものである。
【図３４】ＳＫＭＥＬ−５細胞、およびＡ３７５細胞において、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１０に記載されているとおりである。図３４は、１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真を示す。
【図３５】ＳＫＭＥＬ−５細胞、およびＡ３７５細胞において、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１０に記載されているとおりである。図３５は、細胞の生存可能数を表す蛍光レベルを尺度として用い、コロニー数の増加を図表で表したものである。
【図３６】６時間および２４時間の時点でのＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞、およびＡ３７５細胞における浸潤／遊走阻害（実施例１１に記載）の結果を例示したものである。
【図３７】ＳＫＭＥＬ−５細胞、およびＡ３７５細胞において、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１２に記載されているとおりである。図３７は、１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真を示す。
【図３８】ＳＫＭＥＬ−５細胞、およびＡ３７５細胞において、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよび関連サブクラスタの阻害によって足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）がどの程度変化したかを定量する実験の結果を例示したものである。実験の詳細および結果は、実施例１２に記載されているとおりである。図３８は、細胞の生存可能数を表す蛍光レベルを尺度としてコロニー数の増加を図表で表したものである。
【図３９】メラニン形成において機能的な重要性を持つ既知の遺伝子のパネルについて、ＴａｑＭａｎ  ＲＴ−ＰＣＲ（Ｂｉｏｍａｒｋダイナミックアレイ）で測定された遺伝子発現レベルを図表で表したものである。３つの独立した実験から形質転換されたメラノサイトにおける平均倍率変化を、遺伝子発現レベルを、３つのリファレンス遺伝子（ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨ、ＵＢＣ）の平均と比較し、更に、正常メラノサイト内での発現と比較することによって定量した。アスタリスク（＊）は、軟寒天培地内で成長するように形質転換されたメラノサイトを正常メラノサイトと比較した差異が、ｐ＜０．００１にて統計学的に有意であることを示す。
【発明を実施するための形態】
【００３８】
本明細書に記載されている技術は黒色腫の治療処置を提供し、或る実施形態においては黒色腫に対しパーソナライズされた医療処置を提供する。各被験対象が治療薬物を新陳代謝できる率および方法はそれぞれ異なる。こうした多様性のため、黒色腫を処置する際の薬物の効果は、被験対象ごとに異なり得る。本明細書に記載されている技術は、黒色腫に関連するバイオマーカーの追跡、および以降被験対象に投与する薬物の用量を維持すべきかまたは低減または増加すべきかの決定を臨床医に委ねることによって、黒色腫を処置するための治療方法を至適化する。
【００３９】
黒色腫
一部の形態では「悪性黒色腫」である黒色腫は、重篤な皮膚癌の形態であり、リンパ節および内部臓器にまで弥漫する可能性がある。黒色腫は現在、皮膚癌を死因とする全死亡者数の７７％を占める。黒色腫は、メラノサイトの悪性腫瘍であり、主に皮膚に見出されるが腸および眼球にも見出されている。メラノサイトは通常、皮膚に存在し、濃い色素メラニンの産生を司っている。黒色腫は皮膚癌としては稀少なタイプであるが、皮膚癌に関連する過半数の死の原因となっている。米国においては毎年新たに約６万例が浸潤性黒色腫と診断されており、その多くは男性および白人である。白人の母集団は他の群に比べて、日照時間の長い気候にてまたは日焼けサロンを使用して生活することがよくある。世界保健機関の報告によると、年間世界中で発生する黒色腫関連の死亡者数は約４万８千人に及んでいる。
【００４０】
黒色腫の初期徴候としては、既存のほくろの形状または色の変化が挙げられる。ほくろは痒みを起こす場合もあれば、潰瘍化または出血する場合もあり得る。転移性黒色腫がよく引き起こし得る一般症状には、食欲不振、嘔気、嘔吐、および疲労などがある。転移は黒色腫の最初の症候として起こり得るが、転移性になっていくものは早期に診断を下された黒色腫の１／５未満である。処置は、時には手術、化学療法、および／または放射線療法である。
【００４１】
表在拡大型黒色腫
表在拡大型黒色腫（ＳＳＭ）は米国内で最もよく見られるタイプの黒色腫であり、黒色腫と診断される全症例の約７０％を占める。この種類の黒色腫は年齢を問わず発症する可能性があり、発症率は男性よりも女性の方が僅かに高い。ＳＳＭは、若年成人においては癌死亡の第一の原因となっている。女性においてＳＳＭが発症した場合、最も一般的には脚に現れる。男性においては頸部から骨盤にかけて発症する可能性が高いが、この形態の黒色腫は皮膚表面のどこにでも発症することがあり得る。
【００４２】
典型的なＳＳＭ病変は辺縁不整で、黒、茶、グレー、青、ピンク、赤または白色の不単調な濃淡を帯びる。病変内部では、白、ピンク、茶色、および黒を含めた色のバリエーションがあり得る。初期の段階においてＳＳＭは、扁平斑（ｆｌａｔ  ｓｐｏｔ）として出現するのが通例であり、皮膚の上を横向きに弥漫するそばかす（ｆｒｅｃｋｌｅ）のように見える。病変の色素沈着は経時的に黒ずむ場合があり、病変が拡大し、不整な辺縁が漸増して、病変内に炎症領域を有する可能性もある。病変の周辺領域が痒み始める場合もある。被験対象の免疫応答がＳＳＭを破壊しようとした場合に、時にはＳＳＭの色素が薄くなることもあり得る。ただし、これは病変が今後の処置を必要としなくなったことを示すものではない。
【００４３】
結節型黒色腫
結節型黒色腫（ＮＭ）は侵襲型の黒色腫で、米国において黒色腫と診断される症例の約１５％を占め、身体のどこにでも発症する可能性があり、その発症頻度は女性より男性の方が高い。ＮＭは年齢を問わず発症し得るが、６０歳以上の高齢者に最も多く見られる。ＮＭは色素が濃く沈着する場合が多いが、ＮＭ病変によっては淡褐色または無色（色素沈着なし）の場合もあり得る。薄色または色素沈着なしのＮＭ病変は、外観上は注目を引くものではないため、検出を免れる可能性がある。よく見られるのは、潰瘍化した病変および出血性の病変である。
【００４４】
ＮＭは、直径方向でなく深さ方向に迅速に拡大（皮膚に浸潤）する傾向がある。ＮＭは先在するほくろから生じる代わりに、以前なら病変が存在しなかった斑（ｓｐｏｔ）に出現することもあり得る。ＮＭが予後不良を招く原因は、幅方向でなく深度方向に素速く拡大する傾向があり、過去に病変のなかった斑（ｓｐｏｔ）に出現する可能性もあることから、早期発見の見込みを低減させてしまうためである。
【００４５】
悪性黒子型黒色腫
悪性黒子型黒色腫（ＬＭＭ）は、初老者および高齢者において日光で損傷した皮膚（特に顔面）に起こる場合が多い。この黒色腫は最も処置の容易な初期段階において、良性の「老人性のシミ（ａｇｅ  ｓｐｏｔ）」または「日焼けによるシミ（ｓｕｎ  ｓｐｏｔ）」と間違えられる場合がある。米国においてＬＭＭは黒色腫と診断される症例の約１０％を占めており、良性の病態と間違えられがちなため、何年も気付かない状態のまま進行してしまう可能性がある。
【００４６】
ＬＭＭは多くの場合、弥漫性の扁平斑（ｆｌａｔ  ｐａｔｃｈ）であり、その辺縁は不整で褐色の濃淡が変わりやすい。この病変は「悪性黒子（ｌｅｎｔｉｇｏ）」と呼ばれる。この弥漫性の褐色がかった斑点は、何年もかかってゆっくり成長する可能性が場合があり、単純黒子（ｌｅｎｔｉｇｏ  ｓｉｍｐｌｅｘ）と間違えられることの多い良性（非癌性）の褐色がかった斑点で、高齢者において長年にわたる日光露光後に発病し得る。病変が発展し進展するにつれ、色素沈着および辺縁の両方が不整度を増す傾向がある。この病態は多くの場合、１０〜１５年の期間をかけてゆっくりと出現する。また、数週間または数か月のうちに迅速に進行する可能性もある。病変が皮膚の奥深くに拡大するにつれて、濃淡の不単調な黒および茶色を帯びてくることがあり得る。不整辺縁内に濃いこぶが現れる場合もある。これらのこぶは浸潤癌であり、触れて感知できる程度に十分大きい場合は、しこりのように感じられることもあり得る。
【００４７】
肢端黒子型黒色腫
肢端黒子型黒色腫（ＡＬＭ）は、米国で黒色腫と診断されている症例の約５％を占める。ＡＬＭはまた、アジア人および皮膚が浅黒い人種に最もよく見られる形態の黒色腫でもあり、こうした皮膚タイプの人種に発生する黒色腫の５０％を占めている。ＡＬＭは時には「潜伏黒色腫」と呼ばれる。その理由は、この病変は身体に部分的に起こり、検査が容易でない場合もあれば、検査が必要と見なされない場合もあるためである。ＡＬＭは手掌、足裏、粘膜、ならびに手指の爪および足指の爪の下部または近辺に発病する。
【００４８】
初期の段階においてＡＬＭは、挫傷または爪甲線条のように見える場合が多いため、かなり進行するまで見過ごされてしまうこともしばしばである。手掌または足裏の黒色腫は通常、不整形状の褐色、茶色、または黒色斑として発生する。色素斑の全体的領域内の挫傷または叩打が比較的最近のものだったことが患者に思い出される場合は特に、最近受けた何かの外傷のせいだと間違われる場合が多い。黒色腫が粘膜に発病した場合、大概は鼻内または口腔内に発病する。初期症候としては、鼻出血および鼻詰まり、ならびに口腔内部の色素性腫瘤が挙げられる。黒色腫はまた、肛門、尿路、および女性生殖器の粘膜にも発病し得る。
【００４９】
平爪の下部における黒色腫の初期徴候は「爪甲線条」である場合があり、爪甲の下部に幅狭の濃い縞として出現し得る。ＡＬＭはしばしば母指または親指に発病するが、手指の爪または足指の爪の下部にも出現する可能性がある。完全に良性な固定性の爪甲線条は、多くの個人、特に浅黒い人々が有し得る。最近の外傷に関連のない新たな爪甲条斑、拡大性の爪甲線条、広範なもしくは極めて濃く色素が沈着した線条、または爪床から分離もしくは隆起する爪甲は、ＡＬＭの兆候である可能性がある。ＡＬＭが進行した場合に起こり得る兆候としては、ほかにも、爪郭部皮膚の色素沈着または爪板の破壊に付随する爪甲線条が挙げられる。
【００５０】
手指または足指のＡＬＭはまた、明らかな爪甲線条（特に、色素沈着なしの変種）を伴わずに発病し得る。ＡＬＭは、例えば、爪床の慢性感染症に極めて似て見える場合がある。ＡＬＭ腫瘍は大きさが増すにつれ、形状および色が不規則になる場合が多い。ただし、ＡＬＭ病変によっては、淡色または無色のものもあり得る。ＡＬＭ病変の表面は、腫瘍が皮膚に深く浸潤した場合でも、扁平な状態のままであり得る。脚の足裏にある肥厚性ＡＬＭは、歩行中に痛みを伴い、足底のいぼと間違われることがあり得る。
【００５１】
黒色腫の病期
第０期の黒色腫は、ｉｎ  ｓｉｔｕ（「生体内原位置」を示すラテン語）の黒色腫として知られる、ごく初期の疾患である。ｉｎ  ｓｉｔｕ黒色腫を有する患者は、ＴｉｓＮ０Ｍ（ｉｎ  ｓｉｔｕ腫瘍）として分類される。腫瘍は周囲組織、リンパ節、または遠位部位の浸潤のない表皮に限られている。ｉｎ  ｓｉｔｕ黒色腫は、疾患再発またはリンパ節または遠位部位に弥漫する危険度が極めて低いと見なされている。
【００５２】
第Ｉ期の黒色腫は、腫瘍の深さ、細胞分裂の存在および数、ならびに潰瘍状態によって特徴付けられる。所属リンパ節転移または遠隔転移の形跡は存在しない。第Ｉ期の黒色腫再発および転移の危険度が低いと見なされている。第Ｉ期の黒色腫には２つのサブクラスがある。（ｉ）腫瘍が１ｍｍ以下で且つ潰瘍化および細胞分裂がない第ＩＡ期（Ｔ１ａＮ０Ｍ０）と、（ｉｉ）腫瘍が１ｍｍ以下で且つ潰瘍化および細胞分裂がない第ＩＢ期（Ｔ１ｂＮ０Ｍ０またはＴ２ａＮ０Ｍ０）である。
【００５３】
センチネルリンパ節生検は、１．０ｍｍよりも厚い第Ｉ期の腫瘍、および厚さを問わない任意の潰瘍腫瘍に推奨される。その目的は、何らかの癌細胞が、原発腫瘍から排液を受け取る最初のリンパ節であるセンチネルリンパ節に弥漫されるかどうかを判定することにある。生検の結果は、処置過程を手引きする助けになり得る。センチネルリンパ節生検の精度が最も高まるのは、通例、腫瘍および周囲皮膚の摘出手術の前に実施された場合である。
【００５４】
手術は第Ｉ期の黒色腫に対して主として用いられる処置である。手術の目標は、生検後に残存した癌を除去することにある。この処置は、広範囲局所切除と呼ばれる。生検部位、外科的縁辺、正常な外観の皮膚の周囲領域、および基底皮下組織を含めた腫瘍は、外科医によって除去される。切除される縁辺の幅は、原発腫瘍の厚さに依存する。昨今では手術が進歩し、外科医が縁辺を従来に比べ幅狭に切除できるようになったため、正常皮膚の保持量が多くなった。
【００５５】
第ＩＩ期の黒色腫はまた、腫瘍厚さおよび潰瘍化状態により特徴付けられる限局性腫瘍である。所属リンパ節転移または遠隔転移の形跡は概して存在しない。第ＩＩ期の疾患は治療ありの場合、局所再発または遠隔転移の危険度が中程度であると見なされる。第ＩＩ期の黒色腫には３つのサブクラスが存在する。（ａ）  第ＩＩＡ期（Ｔ２ｂＮ０Ｍ０またはＴ３ａＮ０Ｍ０）であって（ｉ）腫瘍が１．０１〜２．０ｍｍの厚さで且つ潰瘍化を伴う２ｂと、（ｉｉ）腫瘍が２．０１〜４．０ｍｍの厚さで且つ潰瘍化を伴わないＴ３ａと、（ｉｉｉ）腫瘍が近傍のリンパ節に弥漫していないＮ０と、（ｉｖ）腫瘍が原発腫瘍から遠位の部位に弥漫していないＭ０と、を含む第ＩＩＡ期、（ｂ）  第ＩＩＢ期（Ｔ３ｂＮ０Ｍ０またはＴ４ａＮ０Ｍ０第ＩＩＢ期、Ｔ３ｂＮ０Ｍ０またはＴ４ａＮ０Ｍ０）であって（ｉ）腫瘍が２．０１〜４．０ｍｍの厚さで且つ潰瘍化を伴うＴ３ｂと、（ｉｉ）腫瘍が４．０ｍｍ超の厚さで且つ潰瘍化を伴わないＴ４ａと、（ｉｉｉ）腫瘍が近傍のリンパ節に弥漫していないＮ０と、（ｉｖ）腫瘍が原発腫瘍から遠位の部位に弥漫しないＭ０と、を含む第ＩＩＢ期、および（ｃ）  第ＩＩＣ期（Ｔ４ｂＮ０Ｍ０）であって（ｉ）腫瘍が４．０ｍｍ超の厚さで且つ潰瘍化を伴うＴ４ｂと、（ｉｉ）腫瘍が近傍のリンパ節に弥漫していないＮ０と、（ｉｉｉ）腫瘍が原発腫瘍から遠位の部位に弥漫しないＭ０と、を含む第ＩＩＣ期である。
【００５６】
第ＩＩ期の処置には、第Ｉ期に関して記載されている生検および手術のほかに、原発性癌の処置に付加して与えられる処置としての補助療法を含めてもよい。全身療法は、血流を通して運ばれる物質を使用して、身体全体の癌細胞に到達して影響を与える。処置にはインターフェロン（即ち、ほとんどの体組織の正常細胞がウイルス感染および疾患に応答して産生する天然タンパク質）が含まれる。インターフェロン療法は、身体の免疫系がより効果的に疾患と闘うための助けをすることが明らかされてきた。研究によって、インターフェロンの一製造形態である低用量インターフェロンａｌｆａ−２ａは、第ＩＩ期の黒色腫およびより危険度の高い第ＩＩＢ期疾患を持つ患者における再発を一貫して遅延させるが、全体的生存期間を延長しないことが示唆されている。高用量インターフェロンａｌｆａ−２ｂは、危険度の高い第ＩＩＢ期および第ＩＩＩ期の黒色腫を持つ患者における無病生存期間および全体的生存期間を有意に延長させることが明らかにされてきた。インターフェロンのようなワクチンは、黒色腫の復活と闘う免疫系の増強を助け得る。ワクチン療法は、インターフェロンなどの免疫療法の副作用に耐えられない患者のための療法として究明されてきた。
【００５７】
第ＩＩＩ期の黒色腫は、所属リンパ節に弥漫したか、またはｉｎ−ｔｒａｎｓｉｔ転移もしくは衛星病巣に発病した腫瘍である。多くの場合、遠隔転移の形跡は存在しない。第ＩＩＩ期の疾患は治療ありの場合、局所再発または遠隔転移の危険度が中程度から高であると見なされる。
【００５８】
第ＩＩＩ期の黒色腫は一般に、腫瘍が弥漫したリンパ節の数、リンパ節に弥漫した腫瘍が顕微鏡的かまたは肉眼的であるか、ｉｎ−ｔｒａｎｓｉｔ腫瘍または衛星腫瘍の有無、弥漫したリンパ節の源である原発腫瘍が潰瘍化の形跡を示しているかどうかによって定義される。原発性黒色腫の一部を覆い隠す表皮は、無傷でない場合が多い。潰瘍化は、病理学者が肉眼で認識できるものに依らず顕微鏡的に組織を評価して定量する。微小転移巣は、肉眼では見えない小さい腫瘍である。センチネルリンパ節の生検後、または選択的リンパ節郭清後に、検出され得る。肉眼的リンパ節転移はしばしば、身体検査を通じて感知されることもあれば、またはそれが外科医または病理学者による検査を受けたときに肉眼で確認されることもあり得る。存在はしばしば、リンパ節郭清によって、または腫瘍がリンパ節嚢を越えて延在したことが認められたときに場合に確認される。
【００５９】
第ＩＩＩ期の黒色腫のサブクラスは、（ａ）  第ＩＩＩＡ期（Ｔ１−Ｔ４ａ  Ｎ１ａＭ０またはＴ１−Ｔ４ａＮ２ａＭ０）であって（ｉ）腫瘍が潰瘍化しておらずその大きさが１．０ｍｍ未満〜４．０ｍｍ超の厚さの範囲にわたるＴ１〜４ａと、（ｉｉ）１つの近傍リンパ節において微小転移巣が診断されるＮ１ａと、（ｉｉｉ）２〜３つの近傍リンパ節において微小転移巣が診断されるＮ２ａと、（ｉｉｉ）腫瘍が原発腫瘍から遠位の部位に弥漫していないＭ０と、を含む第ＩＩＩＡ期、（ｂ）  第ＩＩＩＢ期（Ｔ１−Ｔ４ｂＮ１ａＭ０、Ｔ１−Ｔ４ｂＮ２ａＭ０、Ｔ１−Ｔ４ａＮ１ｂＭ０、Ｔ１−Ｔ４ａＮ２ｂＭ０、またはＴ１−Ｔ４ａ／ｂＮ２ｃＭ０）であって（ｉ）腫瘍が潰瘍化しておらずその大きさが１．０ｍｍ未満〜４．０ｍｍ超の厚さの範囲にわたるＴ１〜４ａと、（ｉｉ）腫瘍が潰瘍化しておりその大きさが１．０ｍｍ未満〜４．０ｍｍ超の厚さの範囲にわたるＴ１〜４ｂと、（ｉｉｉ）１つの近傍リンパ節において肉眼的リンパ節転移が診断されるＮ１ｂと、（ｉｖ）２〜３つの近傍リンパ節において肉眼的リンパ節転移が診断されるＮ２ｂと、（ｖ）ｉｎ−ｔｒａｎｓｉｔ転移／衛星転移として存在しているＮ２ｃと、（ｖｉ）腫瘍が原発腫瘍から遠位の部位に弥漫していないＭ０と、を含む第ＩＩＩＢ期、および（ｃ）  第ＩＩＩＣ期（Ｔ１−４ｂＮ１ｂＮ０、Ｔ１−４ｂＮ２ｂＭ０、Ｔ１−４ａＮ３ＭＯまたはＴ１−４ｂＮ３ＭＯ）であって（ｉ）腫瘍が潰瘍化しておらずその大きさが１．０ｍｍ未満〜４．０ｍｍ超の厚さの範囲にわたるＴ１〜４ａと、（ｉｉ）腫瘍が潰瘍化しておりその大きさが１．０ｍｍ未満〜４．０ｍｍ超の厚さの範囲にわたるＴ１〜４ｂと、（ｉｉｉ）１つの近傍リンパ節において肉眼的リンパ節転移が診断されるＮ１ｂと、（ｉｖ）２〜３つの近傍リンパ節において肉眼的リンパ節転移が診断されるＮ２ｂと、（ｖ）４つ以上のリンパ節における転移、広範囲にわたるリンパ節の存在、またはｉｎ−ｔｒａｎｓｉｔ転移／衛星転移と所属との組み合わせであるＮ３と、（ｖｉ）腫瘍が原発腫瘍から遠位の部位に弥漫していないＭ０と、を含む第ＩＩＩＣ期を包含する。
【００６０】
第ＩＩＩ期の黒色腫処置は、上に記載した手術および補助療法に加えて、癌性リンパ節が発見された領域から所属リンパ節を除去する手術である治療リンパ節郭清（ＴＬＮＤ）を含む場合が多い。そのような手術は、肉眼的リンパ節転移を有する患者に大いに推奨される。手術の目標は、疾患がリンパ系を通して更に弥漫するのを予防することにある。ＴＬＮＤはまた、未処置のリンパ節疾患によって頻繁に引き起こされる苦痛を抑えるうえで重要な役割を果たす。臨床的に診断された第ＩＩＩ期の疾患を有する患者には一般に、リンパ節マッピングおよびセンチネルリンパ節生検は推奨されない。ただし、これらの処置は、第ＩＩＩ期の疾患に属する或る種の亜群を有する患者には推奨され得る。補助放射線療法は、ランダム化対照試験において有益性が証明されてこなかったが、腫瘍がリンパ節の外部から周囲組織に拡大（嚢外に弥漫）した場合、時には推奨されることがある。目標は、疾患の更なる弥漫を抑制することにある。
【００６１】
第ＩＶ期の黒色腫はしばしば、所属リンパ節を越えた、身体の遠隔部位への転移に関連する。一般によくある転移部位は、生体器官（肺、腹部器官、脳、および骨）、ならびに軟組織（皮膚、皮下組織、および遠隔リンパ節）である。第ＩＶ期の黒色腫は、遠隔転移の位置、腫瘍の数および大きさ、ならびに血清乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）レベルによって特徴付けられる。ＬＤＨは、血液中および多くの体組織内に見つかる酵素である。ＬＤＨレベルの上昇は通常、腫瘍が内部臓器に弥漫したことを示唆する。
【００６２】
第ＩＶ期の黒色腫は一般に、ＴまたはＮ分類を含まず、（ａ）腫瘍が遠位皮膚、皮下層または遠隔リンパ節に転移し、血清ＬＤＨが正常であるＭ１ａと、（ｂ）腫瘍が肺に転移し、血清ＬＤＨが正常であるＭ１ｂと、（ｃ）腫瘍が肺以外の生体器官に転移し、血清ＬＤＨが正常であり、ＬＤＨの上昇を伴う何らかの遠隔転移があるＭ１ｃと、を含む。
【００６３】
第ＩＶ期の黒色腫においては、これまで無処置の場合でも、生存が延長するかまたは疾患が治癒することが明確に示されてきた。代わりに処置ありの場合、疾患に起因する不快症候の軽減に焦点が当てられる。処置には、身体の他の領域に転移した癌性腫瘍またはリンパ節（僅かな数で且つ症候の原因となっている場合）を摘出する手術、確立されている実験的全身療法および放射線療法とが包含される。ラジアン療法は一般に、手術不能であるか複雑である可能性がある状況において脳または骨に転移する疾患の症候を軽減したい場合の、進行症例専用とされている。
【００６４】
黒色腫の浸潤
基底膜は、上皮および内皮細胞の下に位置しこれらの組織を支質から分け隔てている、薄い細胞外基質である。腫瘍細胞は、組織に浸潤し遠隔転移を形成する際に、脈管基底膜を交差して基底支質に透過する。腫瘍細胞は、浸潤工程において細胞外基質を分解するためのプロテアーゼを生成し得る。ｉｎ  ｖｉｖｏおよびｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイを使用して、黒色腫細胞の可動性および浸潤を試験できる。被験対象ＬＤＨレベルをアッセイすることで、器官破裂によってＬＤＳが放出されたとき黒色腫が器官に浸潤したかどうかを判定する指標になり得る。本明細書中の他の箇所に記載されているように、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ浸潤アッセイは、収集された黒色腫細胞標本を使用して実施できる。
【００６５】
いくつかのｉｎ  ｖｉｔｒｏ浸潤アッセイは、羊膜、Ｉ型コラーゲンジェル、およびマトリゲルと呼ばれる再組成済み基底膜を含む様々な細胞外基質バリヤーを使用して開発されてきた。一部のアッセイの実施態様においては、多孔性フィルターをマトリゲルの薄層でコーティングし、ボイデン遊走チャンバ（Ｂｏｙｄｅｎ  ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ｃｈａｍｂｅｒ）の下側ウェルに化学誘引物質を入れ上側ウェルに腫瘍細胞を入れたものに置く。その後、使用される腫瘍細胞に応じて約３〜１０時間にわたってチャンバ全体をインキュベートする。インキュベーションの後、フィルターを取り出し、固定して染色し、フィルターの下側表面上の細胞を定量する。浸潤を促進または阻害する分子は、アッセイの対象となり得る。アッセイの終了時には、浸潤性細胞を回収して、更に研究するために使用できる。一部の実施形態において、試験材料の量および細胞の個数を少なくしても済むという条件では、浸潤アッセイを使用して４８ウェルチャンバにおいて種々の化合物を検査できる。浸潤アッセイを行うためのキットは市販品が出回っている。そのようなアッセイ（例えば、マトリゲル性浸潤アッセイ）を使用して得られる結果は、腫瘍細胞がｉｎ  ｖｉｔｒｏで浸潤する能力とｉｎ  ｖｉｖｏでの浸潤作用との相関を示し得る。
【００６６】
黒色腫細胞系
黒色腫細胞は、当該技術分野において公知の技術を使用して、細胞培養から採取し得る。本明細書に記載されているように、「黒色腫細胞系」は、最初に黒色腫から誘導され、初代培養物または（例えば、細胞が黒色腫から誘導されて以来１回以上通過した）二次培養物中に存在し得る細胞を含んで構成される。黒色腫細胞系は、任意の黒色腫から誘導され得る。そのような細胞は時には、培養物中の原発性細胞または非癌性細胞（例えば、非癌性細胞の培養期間はしばしば有限である）に勝る増殖、成長および排出（ｐａｓｓａｇｉｎｇ）を経ることができるような変更を受けたものであり得る。
【００６７】
黒色腫細胞系は、任意の好適な処置によって採取し得る。一部の実施形態において、方法は（ａ）  哺乳類宿主から黒色腫標本を採取する工程と、（ｂ）  黒色腫標本から単一細胞懸濁液を生ずる工程と、（ｃ）  黒色腫細胞をペレット化する工程と、（ｄ）  標準の無菌培養技術を使用して黒色腫細胞を組織培養に移す工程と、（ｅ）  黒色腫細胞の成長を可能にする条件下で、組織培養にて黒色腫細胞を維持する工程と、を含む。
【００６８】
黒色腫標本は、適切な任意の時点で（例えば、手術時）に採取し得る。黒色腫標本はしばしば、組織の損傷を最小限に抑えるような方法で、滅菌技術を用いて処理および操作される。無菌箱に入れた氷の上に黒色腫標本を載せて、実験室のラミナーフローフードに移動してもよい。黒色腫細胞系を単離するために同定された一部の黒色腫標本を摘出してもよい。残りの黒色腫標本は好適な温度（例えば、−７０℃）で貯蔵し得る。
【００６９】
時には細胞を酵素処理で一夜消化して、細胞懸濁液を生じ得る。一部の実施形態においては、例えば、コラゲナーゼ含有の溶液中に標本を懸濁してもよい。或る実施形態において、溶液はまたＤＮａｓｅおよび／またはヒアルロニダーゼを含有してもよく、細胞培地を使用して消化を行うことができる。結果として得られる単一細胞懸濁液は多くの場合、ペレット化される。ペレットを小体積の組織培養培地中に再懸濁してもよい。再懸濁された細胞を、培養物中の細胞の成長に適した組織培養培地に、好適な密度（例えば、約５×１０５腫瘍細胞／ｍｌ）で接種してもよい。
【００７０】
時には、新鮮な腫瘍標本を細かな小片に切り刻み、直接培養物中に入れてもよい。こうした黒色腫細胞系の単離方法は、（ａ）  哺乳類宿主から黒色腫の標本を採取する工程と、（ｂ）  標本を細かく切り刻み、その断片を採取する工程と、（ｃ）  新鮮な腫瘍の断片を組織培養に移す工程と、（ｄ）  細胞の成長および／または増殖を可能にする条件下で、組織培養にて黒色腫細胞を維持する工程と、を含み得る。
【００７１】
黒色腫細胞を組織培養に移す際に使用された方法に関係なく、いったん移された培養物は約５〜８％のＣＯ２の存在下で約３５〜約４０℃に維持し得る。当該技術分野において公知の、細胞増殖および／または成長に適した培地（例えば、重炭酸塩緩衝系、ならびに各種のアミノ酸およびビタミンを利用する培地）を使用できる。利用される培地は、時にはＲＰＭＩ１６４０培地であり、時には約５〜約２０％の濃度のウシ血清（例えば、ウシ胎児血清）を補給し得る。培地は、必要に応じて（例えば、黒色腫細胞の成長に必要とされる場合、または未分化状態の黒色腫細胞の維持のために）、更なる様々な因子を含み得る。培地および培地成分は多くの場合、例えば、商業的サプライヤから容易に入手できる。細胞培養物を供給し、必要に応じて（例えば、典型的には１〜１０日ごとに）再培養できる。また、腫瘍細胞に分別的トリプシン処理（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｔｒｙｐｓｉｎｉｚａｔｉｏｎ）を施すことによって、原発腫瘍培養物を過剰繁殖させ得る他の細胞（例えば、支質細胞）を摘出できる。また、培地にコレラ毒素（例えば、１０ｎｇ／ｍｌ）を補給することによって、線維芽細胞肥大の抑制を遂行できる。
【００７２】
採取した黒色腫細胞の培養物が見かけ上（例えば、培養物の外観または成長動作で判断されるように）ほぼ精製されたものである場合に培養物の純度を確認する目的で実施できる試験は、様々なものがある。例えば、培養物純度をフローサイトメトリーまたは免疫細胞学で確認し、黒色腫関連のタンパク質またはガングリオシドの発現を検証できる。当該技術分野において公知であるように、そのような分析は、容易に入手可能な抗体を使用して実施できる。
【００７３】
黒色腫細胞系は市販品（例えば、Ｗｉｓｔａｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ），Ｔｒｅｎｚｙｍｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｇｅｒｍａｎｙ））が出回っている。黒色腫細胞系の非限定例としては、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ［ＨＴＢ−６４］、ＳＫ−ＭＥＬ−５［ＨＴＢ−７０］、ＳＫ−ＭＥＬ−２［ＨＴＢ−６８］、Ａ３７５［ＣＲＬ−１６１９］、およびＲＰＭＩ−７９５１［ＨＴＢ−６６］が挙げられる。
【００７４】
核酸
本明細書において用語「核酸」は一般に、核酸塩基を含むＤＮＡ、ＲＮＡもしくは誘導体、またはこれらの類似体の分子（一本鎖、二本鎖またはそれ以上）を意味する。核酸塩基としては、例えば、天然のプリン塩基またはピリミジン塩基が挙げられる。これらの塩基は、ＤＮＡに見出されるもの（例えば、アデニン「Ａ」、グアニン「Ｇ」、チミン「Ｔ」もしくはシトシン「Ｃ」）、またはＲＮＡに見出されるもの（例えば、Ａ、Ｇ、ウラシル「Ｕ」もしくはＣ）がある。用語「核酸」は、用語「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」を包含する。これらはそれぞれ用語「核酸」の亜属である。本明細書に記載の核酸としては、限定はされないが、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、ｓｉＮＡ、およびアンチセンスＲＮＡが挙げられる。核酸は少なくとも、多くとも、または約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４４１、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０もしくは１０００ヌクレオチド、またはその中から導き出せる任意の長さ範囲であり得る。プロセシングされたｍｉｃｒｏＲＮＡ、またはｓｉＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、またはｓｉＮＡ分子、前駆体ｍｉｃｒｏＲＮＡ、またはｓｉＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、またはｓｉＮＡを含むベクター、対照核酸、ならびに他の分子、プローブおよびプライマーの長さをカバーする。多くの実施形態において、ヒトにおいてｍｉｃｒｏＲＮＡは長さ１９〜２４個のヌクレオチドであり、一方ｍｉｃｒｏＲＮＡ前駆体は一般に６２〜１１０個のヌクレオチドである。
【００７５】
本明細書中に記載の核酸は、別の核酸に対する同一性または相補性の領域を有し得る。相補性または同一性の領域は少なくとも５つの連続した残基であり得ると考えられるが、少なくとも、多くとも、または約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４４１、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、または１０００の連続したヌクレオチドであることが特に考えられる。そのような相補性の長さは前駆体ｍｉｃｒｏＲＮＡ内またはｍｉｃｒｏＲＮＡ薬物間にあることと、標的分子またはｍｉｃｒｏＲＮＡ遺伝子がそのような長さであることは、更に了解されよう。
【００７６】
核酸はまた、限定はされないがプラスミドもしくはウイルスを含むベクターを構成し得る。ベクターは、前処理済み核酸分子、または成熟した後処理済み分子（例えば、前処理済みまたは後処理済みのｍｉｃｒｏＲＮＡまたはｓｉＲＮＡ）をコードし得る。
【００７７】
本明細書に記載の「合成核酸」とは、核酸が化学構造または天然の核酸配列を有しないことを意味する。それゆえ、「合成ｍｉｃｒｏＲＮＡ」は、細胞から単離されず且つ人工的に製造されたものであるが、時には細胞内でまたは生理的条件下で機能し得る「合成核酸」を指すことも了解されよう。
【００７８】
いくつかの実施形態では合成ｍｉｃｒｏＲＮＡまたは他の合成核酸を含み得る一方、或る実施態様において核酸分子は「合成」である必要はない。そのような実施形態において、方法および組成物に使用されている非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡは、天然ｍｉｃｒｏＲＮＡ前駆体または成熟ｍｉｃｒｏＲＮＡの配列全体および構造を有し得る。例えば、本明細書中に記載の方法および組成物に使用されている非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡは、１種以上の修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を持たない場合がある。これらの実施形態において、非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡは再結合的に生成される場合もあれば、または生成されない場合もある。特定の実施形態において、本明細書に記載されている方法および／または組成物の核酸は、具体的には合成ｍｉｃｒｏＲＮＡであり、非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡ（つまり、「合成」と称されるｍｉｃｒｏＲＮＡ以外）ではない。一部の実施形態においては、合成ｍｉｃｒｏＲＮＡでなく非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡを利用し得る。合成ｍｉｃｒｏＲＮＡの使用について考察した任意の実施形態は、非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡに関して適用可能である。その逆もまた同様で、非合成ｍｉｃｒｏＲＮＡの使用について考察した任意の実施形態は、合成ｍｉｃｒｏＲＮＡに関して適用可能である。
【００７９】
本明細書において用語「天然」は、人による何らかの介入なしに生体内に見つかる何かを指し、天然の野生型分子または変異体分子を指し得る。一部の実施形態において、合成ｍｉｃｒｏＲＮＡ分子は天然ｍｉｃｒｏＲＮＡ分子の配列を有さない。他の実施形態において、合成ｍｉｃｒｏＲＮＡ分子は天然ｍｉｃｒｏＲＮＡ分子の配列を有し得るが、とりわけ精密な配列とは無関係な部分における分子の化学構造（非配列の化学構造）は、その配列を有する天然ｍｉｃｒｏＲＮＡ分子の化学構造とは異なる。場合によっては、合成ｍｉｃｒｏＲＮＡは、天然ｍｉｃｒｏＲＮＡには見つからない配列および非配列化学構造を有する。そのうえ、合成分子の配列は、効果的に提供されるｍｉｃｒｏＲＮＡ、または阻害されるｍｉｃｒｏＲＮＡを同定し得る。内在性ｍｉｃｒｏＲＮＡは、本明細書において「対応するｍｉｃｒｏＲＮＡ」と呼ばれている。本明細書中に記載されているような方法で使用することの可能な対応するｍｉｃｒｏＲＮＡ配列としては、限定はされないが、本明細書において上述された全部または一部の配列のほかに、他の任意のｍｉｃｒｏＲＮＡ配列、ｍｉｃｒｏＲＮＡ前駆体配列、またはその任意の相補配列も挙げられる。
【００８０】
本明細書において用いられている「ハイブリダイゼーション（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）」、「ハイブリダイズ（ｈｙｂｒｉｄｉｚｅｓ）」または「ハイブリダイズ可能（ｃａｐａｂｌｅ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚｉｎｇ）」は、二本鎖もしくは三本鎖分子（即ち、部分的な二本鎖もしくは三本鎖の性質を有する分子）を形成することであると理解される。本明細書において用語「アニール（ａｎｎｅａｌ）」は、「ハイブリダイズ（ｈｙｂｒｉｄｉｚｅ）」と同義である。用語「ハイブリダイゼーション（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）」、「ハイブリダイズ（ｈｙｂｒｉｄｉｚｅ）」または「ハイブリダイズ可能（ｃａｐａｂｌｅ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚｉｎｇ）」は、用語「ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）」または「高ストリンジェンシー（ｈｉｇｈ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）」および用語「低ストリンジェンシー（ｌｏｗ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）」または「低ストリンジェントな条件（ｌｏｗ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）」を包含する。
【００８１】
本明細書に用いられている「ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）」または「高ストリンジェンシー（ｈｉｇｈ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）」は、相補配列を含むがランダム配列のハイブリダイゼーションを妨げる１つ以上の核酸鎖同士の間または核酸鎖内でのハイブリダイゼーションを可能にする条件である。ストリンジェントな条件は、核酸と標的鎖との間のミスマッチを許容するにしてもほとんど許容しない。そのような条件は公知であり、高選択性を必要とする用途に好適である。非限定的な用途としては、核酸（遺伝子もしくはその核酸部分等）の単離、または少なくとも１つの特異的なｍＲＮＡ転写産物もしくはその核酸セグメントの検出が挙げられる。
【００８２】
ストリンジェントな条件は、例えば約４２℃〜約７０℃の温度にて約０．０２Ｍ〜約０．５ＭのＮａＣｌで提供される、低塩および／または高温条件を含み得る。所望のストリンジェンシーの温度およびイオン強度は一部には特定の核酸の長さ、標的配列の長さおよび核酸塩基含有量、核酸のチャージ組成物、ならびにハイブリダイゼーション混合物中のホルムアミド、テトラメチルアンモニウムクロリドもしくは他の溶媒の存在または濃度によって定量されることが了解されよう。
【００８３】
こうしたハイブリダイゼーションのための範囲、組成物および条件は非限定例によってのみ言及され、特定のハイブリダイゼーション反応に望ましいストリンジェンシーは、多くの場合、１つ以上の陽性対照または陰性対照との比較によって経験的に定量されることが了解されよう。想定した用途に応じて、ハイブリダイゼーションの変動条件を使用して、標的配列に対する様々な度合いの核酸選択性を達成し得る。非限定例において、ストリンジェントな条件下では核酸にハイブリダイズしない関連する標的核酸の識別または単離は、低温および／または高イオン強度にてハイブリダイゼーションによって達成し得る。そのような条件は、「低ストリンジェンシー（ｌｏｗ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）」または「低ストリンジェント状態（ｌｏｗ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）」と呼ばれ、低ストリンジェンシーの非限定例としては、約０．１５Ｍ〜約０．９ＭのＮａＣｌにて約２０℃〜約５０℃の温度範囲で実施されるハイブリダイゼーションが挙げられる。低または高ストリンジェンシー条件は、特定の用途に合うように更に変更してもよい。
【００８４】
核酸は時には、本明細書に記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡヌクレオチド配列と同一であるかまたは実質的に同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において核酸は、（ａ）が本明細書に記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡヌクレオチド配列に対して約６０％またはそれ以上、６５％またはそれ以上、７０％またはそれ以上、７５％またはそれ以上、８０％またはそれ以上、８５％またはそれ以上、９０％またはそれ以上、９１％またはそれ以上、９２％またはそれ以上、９３％またはそれ以上、９４％またはそれ以上、９５％またはそれ以上、９６％またはそれ以上、９７％またはそれ以上、９８％またはそれ以上、または９９％またはそれ以上の同一性を有し；（ｂ）が本明細書に記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡ配列に対して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０塩基を追加または除去した結果として生じ；（ｃ）が本明細書に記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡ配列に対して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０塩基置換を含み；（ｄ）が（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のヌクレオチド配列ヌクレオチド配列に対して相補的である、ヌクレオチド配列を含む。ヌクレオチド配列の同一性、およびヌクレオチド置換、削除または追加は、当該技術分野において公知のアラインメント工程およびツールによって判定し得る。例えば、配列アラインメントは利用可能なソフトウェアを使用して実行し得る。
【００８５】
ｍｉｃｒｏＲＮＡ
核酸は時にはｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）である。ｍｉｃｒｏＲＮＡ（本明細書において「ｍｉＲＮＡ」とも呼ばれる）は、長さが約１５〜３０ヌクレオチドの非コード調整ＲＮＡの一部類である。用語「ｍｉｃｒｏＲＮＡ」は一本鎖の分子を指すのが一般的であるが、特定の実施形態においては同じ一本鎖の分子の別の領域に対してまたは別の核酸に対して部分的に（鎖の全長に対して１０〜５０％相補的）、実質的に（鎖の全長に対して５０％超〜１００％未満相補的）、または完全に対して相補的な領域または追加鎖も包含する場合がある。ゆえに、ｍｉｃｒｏＲＮＡは一本鎖分子、二本鎖分子、または部分的に一本鎖分子を包含し得る。例えば、前駆体ｍｉｃｒｏＲＮＡは、最大１００％相補的な自己相補領域を有し得る。
【００８６】
ｍｉｃｒｏＲＮＡは、いくつかの種にわたって高度に保存され、主に、調節標的ｍＲＮＡの３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と会合して、転写後に遺伝子発現を調節する。ｍｉｃｒｏＲＮＡは細胞増殖、分化、およびアポトーシスに関係する。いくつかのｍｉｃｒｏＲＮＡは、ゲノム配列または遺伝子から誘導されることが了解されよう。この点で、所定のｍｉｃｒｏＲＮＡの前駆体ｍｉｃｒｏＲＮＡをコードするゲノム配列を指す場合に簡略化する目的で「遺伝子」という用語を使用する。一方、一部の実施形態においては、発現に関与するｍｉｃｒｏＲＮＡのゲノム配列（プロモータまたは他の調整配列など）が関与し得る。「組み換え型」という用語を用いることも可能であり、これはｉｎ  ｖｉｔｒｏで操作されてきた分子、またはそのような分子の複製もしくは発現による生成物である分子を一般に指す。
【００８７】
生来のｍｉｃｒｏＲＮＡは、複合型のＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）リボタンパク質複合体の認識コンポーネントとして作用する調節ＲＮＡである。ｍｉｃｒｏＲＮＡをコードする遺伝子は、プロセシングされた成熟ｍｉｃｒｏＲＮＡよりも長い。ゲノムｍｉｃｒｏＲＮＡは、個々の遺伝子、複数のｍｉｃｒｏＲＮＡの遺伝子クラスタ、またはタンパク質コード遺伝子のイントロン内でコードされるものを含めた、多種多様な形態で存在する。ｍｉｃｒｏＲＮＡは最初に、一次転写産物、または平均約１．２ＫｂのＲＮＡ転写産物から構成されるｐｒｉ−ｍｉＲとして、または長いタンパク質コード転写産物のイントロン内に転写される。Ｐｒｉ−ｍｉＲは、Ｄｒｏｓｈａ酵素によって、細胞核内のｐｒｅ−ｍｉＲＮＡとして知られている短い（およそ７０〜１２０個の）ヌクレオチドステムループ構造にプロセシングされる。その後、これらのｐｒｅ−ｍｉＲＮＡはエンドヌクレアーゼＡｒｇｏｎａｕｔ、Ｄｉｃｅｒおよび他のものとの相互作用によって、細胞質内で成熟した機能性ｍｉｃｒｏＲＮＡにまでプロセシングされ、ＲＩＳＣ複合体が生成される。
【００８８】
ｍｉｃｒｏＲＮＡは一般に、調節標的ｍＲＮＡの３’非翻訳領域（ＵＴＲ）内の相補配列に塩基対合することによって、変換を阻害するかまたはｍＲＮＡ分解を促進する。個々のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）はいくつかのｍＲＮＡを介して標的化され、複数の標的ｍＲＮＡが単一のｍｉｃｒｏＲＮＡにより調節され得る。ｍｉｃｒｏＲＮＡは、関連する機能群を持つタンパク質をコードする一連の遺伝子を同等に調節でき、それにより巨大な複合体（ｅｎｏｒｍｏｕｓ  ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ）を作って、遺伝子調節の可能性をもたらす。
【００８９】
或る実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡは阻害を受ける可能性がある。特定のｍｉｃｒｏＲＮＡ発生期にあるｍｉｃｒｏＲＮＡは、例えばｍｉｃｒｏＲＮＡ遺伝子またはイントロンセグメントの転写に干渉する分子によって阻害を受ける可能性がある。そのような分子によって、ｐｒｉ−ｍｉｃｒｏＲＮＡの変性が促進されるか、ｐｒｉ−ｍｉｃｒｏＲＮＡの適切な切断が阻害されるか、或いはｐｒｉ−ｍｉｃｒｏＲＮＡが不活性化されるか、或いは機能性ｍｉｃｒｏＲＮＡへの成熟が阻止され得る。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤分子は、遺伝子、イントロンセグメント、転写産物、ｐｒｉ−ｍｉｃｒｏＲＮＡおよび／または成熟ｍｉｃｒｏＲＮＡに対して相互作用（例えば、結合、開裂）し得る。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤分子はＤｒｏｓｈａ、Ａｒｇｏｎａｕｔ、Ｄｉｃｅｒ、または他のｍｉｃｒｏＲＮＡプロセシング酵素に対して相互作用（例えば、結合）し得る。或る実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤分子は一本鎖核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡもしくは誘導体、またはそれらの組み合わせ）またはｓｉＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ）である。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤分子は、アンチセンスＤＮＡ、または対応する成熟ｍｉｃｒｏＲＮＡのＲＮＡ配列、または成熟ｍｉｃｒｏＲＮＡの断片に対して相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド分子に対応する。他の実施形態において、アンチセンスＤＮＡ、アンチセンスＲＮＡもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチドであるｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤分子は、抑制を増強する追加のオリゴヌクレオチド配列を含み得るか、アンチセンス結合を増強し且つ／もしくは耐崩壊性を与えるホスフェート主鎖または修飾ヌクレオチド塩基に対する修正を含み得る。
【００９０】
ｍｉｃｒｏＲＮＡは標識化し得るか、アレイ分析に使用し得るか、または診断、治療、または予後の用途（特に、黒色腫などの病理条件に関連する用途）に使用し得る。ｍｉｃｒｏＲＮＡは細胞を介して内因的に生成されていてもよいし、化学的にもしくは組み換え技術を介して合成または生成されていてもよい。ｍｉｃｒｏＲＮＡは単離および／または精製が可能である。ヒトｍｉｃｒｏＲＮＡ分子は本明細書においてしばしはプレフィックス「ｈｓａ−ｍｉＲ−」付きで示されている。特に明記しない限り、本出願において言及されているｍｉｃｒｏＲＮＡはヒト配列であり、非ヒトｍｉｃｒｏＲＮＡ配列は、（例えば、非ヒト被験対象の用途の）非ヒト配列から定量、調整され得る。
【００９１】
一部の実施形態において、使用し得るｍｉｃｒｏＲＮＡは、公知のヒトｍｉｃｒｏＲＮＡに対応しない。或る実施形態においては、これらの非ヒトｍｉｃｒｏＲＮＡを使用し得るか、または非ヒトｍｉｃｒｏＲＮＡに対して相同性を有するヒトｍｉｃｒｏＲＮＡが存在し得る。様々な実施形態においては、哺乳類の細胞、生物学的標本、またはその調製物を使用してもよい。
【００９２】
ｓｉＮＡ
或る核酸は、短干渉核酸（ｓｉＮＡ）であり得る。ｓｉＮＡは、配列特異的なＲＮＡ阻害を媒介する能力を有する核酸分子（ＲＮＡｉ）、例えば短干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉｃｒｏＲＮＡ）または（ｍｉＲＮＡ）、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短干渉オリゴヌクレオチド、短干渉核酸、短干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）、およびその他のものの部類を指す。加えて、本明細書において、用語ＲＮＡｉは、配列特異的なＲＮＡ干渉（転写後遺伝子サイレンシングまたは後成的発現など）を説明する場合に使用される他の用語と同等であることを意味する。例えば、ｓｉＮＡ分子を使用して、転写後レベルおよび転写前レベルのいずれか一方またはその両方にて遺伝子を後成的にサイレンシングすることも可能である。非限定例においては、本技術のｓｉＮＡ分子による遺伝子発現の後成的調整は、クロマチン構造のｓｉＮＡ媒介性修飾により生じて遺伝子発現を変化させることができる。ゆえに、ｓｉＮＡを治療的に使用して、ポリペプチドまたはタンパク質のレベルを媒介し得る。一部の実施形態においては、ｓｉＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ）がｍｉＲＮＡの阻害剤として利用されており（ｍｉＲＮＡについては以降に詳述する）、そのようなｓｉＲＮＡの設計、選択、および作製のための方法が当該技術分野において知られている。
【００９３】
ｓｉＮＡは、自己相補性センス領域とアンチセンス領域とを含む二本鎖ポリヌクレオチド分子であり得る。ここで、アンチセンス領域は標的核酸分子またはその一部内のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は標的核酸配列またはその一部に対応しているヌクレオチド配列を有する。ｓｉＮＡは、２つの独立したオリゴヌクレオチドから組み立て得る。ここで、一方の一本鎖はセンス鎖で、他方の一本鎖はアンチセンス鎖であり、且つアンチセンスおよびセンス鎖は自己相補性である。一部の実施形態において各鎖は、他の鎖内のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含み、例えば、アンチセンス鎖とセンス鎖とがデュープレックス（即ち、二本鎖）構造を形成し、ここで、二本鎖領域は、例えば、約１、２、３、４、５，６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５もしくはそれ以上の塩基対になる。
【００９４】
アンチセンス鎖は、標的核酸分子またはその一部内のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含み、センス鎖は標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、ｓｉＮＡは単一のオリゴヌクレオチドから組み立ててもよく、ここで、ｓｉＮＡの自己相補的センス領域およびアンチセンス領域は、核酸系または非核酸系のリンカーにより連結されている。ｓｉＮＡは、自己相補性センス領域とアンチセンス領域とを含む、ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであり得る。ここで、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子またはその一部内のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は標的核酸配列またはその一部に対応しているヌクレオチド配列を有する。ｓｉＮＡは、２つまたはそれ以上のループ構造と、自己相補的センス領域およびアンチセンス領域を含むステムと、を有する環状一本鎖ポリヌクレオチドであってもよく、ここで、アンチセンス領域は標的核酸分子またはその一部内のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドは、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏのいずれかでプロセシングされ、ＲＮＡｉを媒介する能力を有する活性なｓｉＮＡ分子を生成し得る。
【００９５】
一部の実施形態において、ｓｉＮＡはＲＮＡの二本鎖を含む。或る実施形態において、ｓｉＮＡはＤＮＡの二本鎖を含む。ｓｉＮＡは時には、ＲＮＡの一本鎖とＤＮＡの一本鎖とを含むハイブリッドであってもよい。一方または両方の鎖はまた、ＲＮＡとＤＮＡとの混合物を含んでいてもよい。一部の実施形態において、ｓｉＲＮＡの鎖（例えば、ｓｉＲＮＡの鎖）は長さが約５〜約６０ヌクレオチド（例えば、約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８または５９ヌクレオチド）であり得る。ｓｉＮＡ鎖は時には、６０ヌクレオチドを超えることがあり得る。
【００９６】
ｓｉＮＡはまた、標的核酸分子またはその一部内のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含んでいてもよく（例えば、そのようなｓｉＮＡ分子がｓｉＮＡ分子内に標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列の存在を必要としない場合）、ここで、一本鎖ポリヌクレオチドは、５’−ホスフェートまたは５’，３’−ジホスフェートなどの末端ホスフェート基を更に含み得る。
【００９７】
或る実施形態において、ｓｉＮＡ分子は、別々のセンスおよびアンチセンス配列または領域を含んでいてもよく、ここで、センス領域およびアンチセンス領域は、当該技術分野において公知のヌクレオチドもしくは非ヌクレオチドリンカー分子を介して共有結合により連結しているか、またはイオン相互作用、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水的相互作用、および／もしくはスタッキング相互作用により非共有結合的に連結している。或る実施形態において、ｓｉＮＡ分子は標的遺伝子のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、ｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子の発現の阻害が引き起こされるような形で、標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。ｓｉＮＡは時には、ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）を中断または干渉することがあり得る。
【００９８】
核酸の修飾
本明細書に記載されている修飾はいずれも、適宜に核酸（例えば、ｍｉｃｒｏＲＮＡおよびｓｉＲＮＡ）に適用し得る。修飾の例としては、ＲＮＡ主鎖、糖または塩基に対する変更、およびこれらの様々な組み合わせが挙げられる。ｍｉｃｒｏＲＮＡまたは他の核酸内の任意の好適な数の主鎖連鎖、糖および／または塩基は（例えば、独立に約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、最大１００％）修飾され得る。非修飾ｍｉｃｒｏＲＮＡヌクレオシドは、β−Ｄ−リボフラノースの１’炭素に結合される塩基アデニン、シトシン、グアニン、チミンまたはウラシルのいずれか１つである。
【００９９】
修飾塩基は、１’位置のアデニン、グアニン、シトシン、およびウラシル以外のヌクレオチド塩基である。修飾塩基の非限定例としては、イノシン、プリン、ピリジン−４−オン、ピリジン−２−オン、フェニル、シュードウラシル、２，４，６−トリメトキシベンゼン類、３−メチルウラシル、ジヒドロウリジン、ナフチル、アミノフェニル、５−アルキルシチジン（例えば、５−メチルシチジン）、５−アルキルウリジン（例えば、リボチミジン）、５−ハロウリジン（例えば、５−ブロモウリジン）、または６−アザピリミジンもしくは６−アルキルピリミジン（例えば、６−メチルウリジン）、プロピン、およびこれらに類するものが挙げられる。他の修飾塩基の非限定例としては、ニトロピロリル（例えば、３−ニトロピロリル）、ニトロインドリル（例えば、４−，５−，６−ニトロインドリル）、ヒポキサンチニル、イソイノシニル、２−アザ−イノシニル、７−デアザ−イノシニル、ニトロイミダゾリル、ニトロピラゾリル、ニトロベンズイミダゾリル、ニトロインダゾリル、アミノインドリル、ピロロピリミジニル、ジフルオロトリル、４−フルオロ−６−メチルベンズイミダゾール、４−メチルベンズイミダゾール、３−メチルイソカルボスチリリル、５−メチルイソカルボスチリリル、３−メチル−７−プロピニルイソカルボスチリリル、７−アザインドリル、６−メチル−７−アザインドリル、イミジゾピリジニル、９−メチル−イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７−プロピニルイソカルボスチリリル、プロピニル−７−アザインドリル、２，４，５−トリメチルフェニル、４−メチルインドリル、４，６−ジメチルインドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニルおよびこれらに類するものが挙げられる。
【０１００】
一部の実施形態において、例えば、ホスフェート主鎖修飾（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｂａｃｋｂｏｎｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）で修飾された核酸分子を含んでいてもよい。主鎖修飾の非限定例としては、ホスホロチオネート、ホスホロジチオアート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、モルホリノ、アミダートカルバメート、カルボキシメチル、アセトアミド、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファミン酸エステル、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル修飾が挙げられる。場合によっては、ヌクレオシドにおいて天然に発生するリボース糖残基は、ヘキソース糖、多環式ヘテロアルキルリング、またはシクロヘキセニル基で置換される。場合によっては、ヘキソース糖はアロース、アルトロース、グルコース、マンノース、グロース、イドース、ガラクトース、タロース、またはその誘導体である。ヘキソースはＤ−ヘキソース、グルコース、またはマンノースであり得る。場合によっては、多環式ヘテロアルキル基は、環内に１つの酸素原子を含む二環式であり得る。場合によっては、多環式ヘテロアルキル基はビシクロ［２．２．１］ヘプタン、ビシクロ［３．２．１］オクタン、またはビシクロ［３．３．１］ノナンである。
【０１０１】
ニトロピロリルおよびニトロインドリル核酸塩基は、ユニバーサル塩基として知られる化合物の部類のメンバーである。ユニバーサル塩基は、オリゴヌクレオチドデュープレックスの溶融挙動または活性に実質的に影響を及ぼすことなしに、４つの天然由来の塩基のいずれかで置き換えることができる。天然由来の核酸塩基に関連する安定化水素結合相互作用とは対照的に、３−ニトロピロリル核酸塩基を含有するオリゴヌクレオチドデュープレックスは、スタッキング相互作用を介してのみ安定し得る。ニトロピロリル核酸塩基との有意な水素結合相互作用がない場合、特定の相補的塩基の特異性が取り除かれる。加えて、４つの天然塩基に対して４−、５−および６−ニトロインドリルは、ごく僅かな特異性しか示さない。他のユニバーサル塩基としては、ヒポキサンチニル、イソイノシニル、２−アザ−イノシニル、７−デアザ−イノシニル、ニトロイミダゾリル、ニトロピラゾリル、ニトロベンズイミダゾリル、ニトロインダゾリル、アミノインドリル、ピロロピリミジニル、およびその構造誘導体が挙げられる。
【０１０２】
ジフルオロトリルは、ユニバーサル塩基として機能する非天然の核酸塩基である。ジフルオロトリルは、天然の核酸塩基チミンの同配体である。ただし、ジフルオロトリルはチミンとは異なり、一切の天然塩基に対して目に見えた選択性を示さない。ユニバーサル塩基として機能する他の芳香族化合物は、４−フルオロ−６−メチルベンズイミダゾール、および４−メチルベンズイミダゾールである。加えて、比較的に疎水性イソカルボスチリリル誘導体３−メチルイソカルボスチリリル、５−メチルイソカルボスチリリル、および３−メチル−７−プロピニルイソカルボスチリリルは、天然塩基のみを含有するオリゴヌクレオチド配列と比較してオリゴヌクレオチド二本鎖を僅かにのみ不安定化させるユニバーサル塩基である。他の非天然の核酸塩基としては、７−アザインドリル、６−メチル−７−アザインドリル、イミジゾピリジニル、９−メチル−イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７−プロピニルイソカルボスチリリル、プロピニル−７−アザインドリル、２，４，５−トリメチルフェニル、４−メチルインドリル、４，６−ジメチルインドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニル、およびその構造誘導体が挙げられる。より詳しく説明するために、ジフルオロトリル、４−フルオロ−６−メチルベンズイミダゾール、４−メチルベンズイミダゾール、および上述した他の非天然型塩基の合成手順を含む。
【０１０３】
加えて、化学置換基（例えば、架橋剤）を用い、安定性または反応に対する不可逆性を増強することもできる。架橋剤の非限定例としては、例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル類、例えば、４−アジドサリチル酸を有するエステル類、ホモ二官能性イミドエステル類、例えば、３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネナート）などのジスクシニミヂルエステル類、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタンなどの二官能性マレイミド、およびメチル−３−［（ｐ−アジドフェニル）ジチオ］プロピオイミデートなどの薬剤が挙げられる。
【０１０４】
ヌクレオチド類似体にはまた、「ロックされた（ｌｏｃｋｅｄ）」核酸も包含され得る。或る組成物を使用して、実質的に内在性核酸を特定の構造に「固着（ａｎｃｈｏｒ）」または「ロック（ｌｏｃｋ）」し得る。配列を固着（ａｎｃｈｏｒ）すると、核酸ｓｉＮＡ複合体の分離を防ぐのに役立つ。例えば、内在性配列のコピーを防止できるだけでなく、標識化、修飾、および／またはクローン化も可能になる場合がある。ロックされた構造によって遺伝子発現の調節（即ち、転写または複製を抑制するか促進すること）が可能なこともあれば、内在性核酸配列の標識或いは修飾に使用可能な安定な構造として使用できることもあれば、内在性配列の単離（即ち、クローン化の用途）に使用できることもある。
【０１０５】
核酸分子をＲＮＡまたはＤＮＡのみを含有する分子だけに限定する必要はない。寧ろ、化学修飾されたヌクレオチドおよび非ヌクレオチドも、核酸分子に更に包含される。非ヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドのパーセントは、１％〜１００％の間（例えば、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０または９５％）であり得る。或る実施形態においてｓｉＮＡは、ヌクレオチドを含有する２’−ヒドロキシ（２’−ＯＨ）が欠失している。或る実施形態において、ｓｉＮＡは２’−ヒドロキシ基を有するヌクレオチドの存在を必要とせずにＲＮＡｉを媒介することが可能なため、一切のリボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）がｓｉＮＡに含有されない場合がある。この種のｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子内にリボヌクレオチドが存在しなくてもＲＮＡｉを支持できるが、結合リンカーを有していてもよいし、または２’−ＯＨ基を有する１種以上のヌクレオチドを含む結合または会合した基、残基もしくは鎖を有していてもよい。ｓｉＮＡ分子は時には、約５、１０、２０、３０、４０、または５０％のヌクレオチド位置にリボヌクレオチドを含むことがあり得る。
【０１０６】
バイオマーカー
本明細書に記載されているバイオマーカーは、黒色腫に関連するｍｉｃｒｏＲＮＡである（本明細書中では「ｍｉＲＮＡ」とも呼ばれている）。ｍｉｃｒｏＲＮＡは、限定はされないが、哺乳動物（例えば、ヒト）由来の細胞に対応しているかまたは誘導されるヌクレオチド配列を含めた何らかの好適な源を有し得る。或る実施形態において、本明細書中の表１、ならびに表Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥに記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡバイオマーカーはヒト形態のものである。本発明によるバイオマーカーはバイオマーカーファミリーを表すことができ、ここでバイオマーカーファミリーは、バイオマーカーファミリーのメンバーであるいくつかのｍｉｃｒｏＲＮＡを含んで構成される。例えば、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３は、ｍｉＲ−５１３−ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ｂ、ｍｉＲ−５１３−ｃを含むｍｉｃｒｏＲＮＡのファミリーを表す。ゆえに、特定のバイオマーカーに適用される本発明による方法はまた、バイオマーカーファミリーの個々のファミリーメンバーにも適用できる。
【０１０７】
一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡバイオマーカーは黒色腫細胞内では過少に提示される。この場合のｍｉｃｒｏＲＮＡバイオマーカーは、本明細書では「ｍｉＲＮＡ腫瘍サプレッサ」と呼ばれている。一部の実施形態において、ｍｉｃｒｏＲＮＡバイオマーカーは黒色腫細胞内で過度に提示された。この場合のｍｉｃｒｏＲＮＡバイオマーカーは、本明細書では「ｍｉＲＮＡオンコジーン」と呼ばれている。以下、ｍｉｃｒｏＲＮＡ腫瘍サプレッサおよびｍＲＮＡオンコジーンについて更に詳しく説明する。
【０１０８】
或る実施形態において、臨床医はバイオマーカーを分析することで、以降の薬物用量を低減または増加すべきかまたは維持すべきかを決定できる。例えば、臨床医は薬物処置後に過度に提示されたバイオマーカーレベルが有意に減少し、且つ／または過少に提示されたバイオマーカーレベルが有意に増加したことを確認することで、投与された薬物が治療効果を発揮しているという兆候を知ることができる。そのようなバイオマーカーの定量に基づいて、臨床医は以降の薬物用量を維持するかまたは以降の用量を減ずるかの決定を下すことができる。別の実施例においては、過度に提示されたバイオマーカーレベルが有意に減少していない、且つ／または過少に提示されたバイオマーカーレベルが有意に増加していないことを確認することによって、投与された薬物が治療効果を発揮していないという兆候が臨床医に与えられる。そのようなバイオマーカーの定量に基づいて、臨床医は以降の薬物用量の増加について決定を下すことができる。薬物が被験対象に有毒で且つ副作用を及ぼす可能性があると想定される場合、臨床医は本明細書に記載の方法で有効な薬物投与量に関して「ダイヤルイン」すれば、副作用を最小限に抑えることが可能になり、治療アプローチが至適化される。特定の実施例では、ダイヤルアップされた投与量が毒性閾値レベルを下回る状況において、臨床医は本明細書に記載された方法を用い、薬物投与量が治療的に有効なレベルであることを「ダイヤルアップ」できる。したがって、本明細書に記載されている処置方法は、有毒な副作用の可能性を減少する効力を増強できる。
【０１０９】
一部の実施形態においては、バイオマーカーの分析によって、臨床医は薬物に反応する可能性が高い被験対象と薬物に反応する可能性の低い被験対象とを同定できる。或る実施形態においては、臨床医はバイオマーカーの分析によって、黒色腫が侵襲性の高い形態になるかまたは黒色腫の臨床病期が更に進行する危険にさらされている被験対象を同定できる。或る実施形態において、臨床医はバイオマーカーが存在するか否かまたはバイオマーカーの量がバイオマーカーの閾値未満かそれを超えるかもしくはほぼ同じかに基づいて、そのような判定を行うことができる。
【０１１０】
バイオマーカー源
多くの場合、存在、不在、またはｅｘ  ｖｉｖｏの量を判定する目的で、被験対象から流体または組織試料を採取する。一部の実施形態において、組織試料を採取し得る身体の一部分の非限定例としては、脚、腕、腹部、上背部、腰部、胸部、人手、指、指の爪、足、足指、足の爪、頸部、直腸、鼻、咽喉、口腔、頭皮、顔面、脊椎、咽喉、心臓、肺、胸部、腎臓、肝臓、腸、結腸、膵臓、膀胱、頸部、精巣、筋肉、皮膚、毛髪、炎症部位、腫瘍、弥漫型癌細胞の部位、およびこれらに類するものが挙げられる。
【０１１１】
一部の実施形態において、組織試料を採取できる方法としては、限定はされないが、生検、（例えば、剃毛、穿孔、切開、摘出、掻爬、細針吸引、スクープ、スカラップ、コア針、真空補助、下開腹生検）、およびこれらに類するものを含む、当該技術分野において周知の任意の方法が挙げられる。一部の実施形態において、被験対象から採取できる流体の例としては、限定はされないが、血液、脳脊髄液、脊髄液、洗浄液（例えば、気管支肺胞、胃、腹膜、管、耳、関節鏡検査）、尿、間質液、便、痰、唾液、鼻粘液、前立腺の流体、洗浄、精液、リンパ流体、胆汁、涙、汗、母乳、胸部流体、炎症部位からの流体、腫瘍部位からの流体、弥漫型細胞肥大部位、およびこれらに類するものが挙げられる。
【０１１２】
バイオマーカーの存在、不在または量を判定する前に、被験対象由来の標本を処理してもよい。例えば、被験対象由来の血液標本を処理して、限定はされないが血漿、血清、軟膜、赤血球層およびこれらに類するものを包含する特定の画分を生成し、画分中のバイオマーカーの存在、不在または量を定量してもよい。或る実施態様においては、組織試料（例えば、腫瘍生検標本）は、組織試料をスライスする工程と、スライスされた標本を薬物に接触させてバイオマーカー（例えば、抗体）を可視化する前および／または後に、顕微鏡の下で標本を観察する工程と、によって処理してもよい。一部の実施形態において、組織試料は以下の非限定的な条件のうちの１つ以上に暴露してもよい：洗浄、高塩または低塩溶液（例えば、高張性、低張性、等張性溶液）への暴露、剪断条件（例えば、音波破砕、成形機（例えば、フレンチプレス））への暴露、微塵切り、遠心分離、細胞の分離、組織の分離、およびこれらに類するもの。或る実施形態においては、バイオマーカーを組織から切り離してバイオマーカーの存在、不在または量をｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定し得る。また、バイオマーカーの存在、不在または量を判定する前に、標本を一時期貯蔵してもよい（例えば、保存培地（例えば、ホルムアルデヒド）内で標本を凍結、低温保存、維持してもよい）。
【０１１３】
薬物が被験対象に送達された後、収集に好適な任意の時点で、被験対象から標本を採取してもよい。例えば、薬物が被験対象に送達されてから約１時間以内（例えば、薬物投与の約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５５または６０分以内）、薬物が被験対象に送達されてから約１日以内（例えば、薬物投与の約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４時間以内）、または薬物が被験対象に送達されてから約２週間以内（例えば、薬物投与の約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４日以内）に標本を収集し得る。収集は、例えば、毎時、毎日、隔月、毎週、隔週、毎月、隔月、毎四半期、および毎年、ならびにこれらに類するものを含む指定されたスケジュールにて行ってもよい。薬物を一定時間にわたって継続的に投与（例えば、点滴）する場合、最初に薬物を被験対象に導入した時点から薬物投与を中断する時点または中間時点（例えば、投与時間枠の中間時点もしくはその他の時点）までの遅延を定量してもよい。
【０１１４】
バイオマーカーの検出
１種以上のバイオマーカーの存在、不在または量は当該技術分野において公知の好適な方法で判定でき、本明細書中にはその非限定的な判定方法が記載されている。バイオマーカーの存在、不在または量の判定は時には、生物学的アッセイの使用を含む。生物学的アッセイにおいては、アッセイ中に検出された１つ以上の信号をバイオマーカーの存在、不在または量に変換し得る。アッセイ中に検出された信号の変換は、例えば、標準曲線、１つ以上の規格（例えば、内部、外部）、図表、信号をバイオマーカーの存在、不在または量に変換するコンピュータプログラム、およびこれらに類するもの、ならびに前述のものの組み合わせの使用を含み得る。
【０１１５】
バイオマーカーの存在、不在または量は、被験対象の体内（例えば、ｉｎ  ｓｉｔｕ）または被験対象の体外（例えば、ｅｘ  ｖｉｖｏ）で定量し得る。一部の実施形態においては、細胞内（例えば、分化細胞、幹細胞）でのバイオマーカーの存在、不在または量を判定でき、或る実施形態においてはバイオマーカーの存在、不在または量を実質的に無細胞培地（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）内で判定できる。本明細書において用いられている用語「被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程」は、当該技術分野において公知の、バイオマーカーの評価、および被験対象における存在、不在または量を推測するための任意の方法（例えば、ｉｎ  ｓｉｔｕ、ｅｘ  ｖｉｖｏもしくはｉｎ  ｖｉｔｒｏ法）を指す。
【０１１６】
アッセイで検出されるバイオマーカーは、例えば、全長バイオマーカー、バイオマーカーフラグメント、変更もしくは修飾バイオマーカー（例えば、バイオマーカー誘導体、バイオマーカーの代謝物）、または前述の２つ以上のものの合計である。変性バイオマーカーはしばしば、本明細書に記載されているバイオマーカーに対して実質的な配列同一性を有する。例えば、変性バイオマーカーと本明細書に記載されているバイオマーカーとの間の同一性パーセントは、１５〜２０％、２０〜３０％、３１〜４０％、４１〜５０％、５１〜６０％、６１〜７０％、７１〜８０％、８１〜９０％および９１〜１００％（例えば、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、および１００同一性パーセント）の範囲であり得る。修飾バイオマーカーは多くの場合、本明細書に記載されているバイオマーカーの配列に対して９０％またはそれ以上の同一性を持つ配列（例えば、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列）を有する。配列の同一性パーセントは、当該技術分野において公知のアラインメント方法を使用して定量し得る。
【０１１７】
バイオマーカーの検出は、限定はされないが、質量分析法、抗体アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、核酸アフィニティ、マイクロアレイハイブリダイゼーション、ノーザンブロット、リバースＰＣＲおよびＲＴ−ＰＣＲを含む、当該技術分野において公知の任意の好適な方法を使用して実施できる。例えば、ＲＮＡ純度は、Ｎａｎｏｄｒｏｐ１０００で分光測光法（２６０／２８０＞１．９）にて定量し得る。ＲＮＡ品質は、当該技術分野において公知の方法（例えば、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ；ＲＮＡ６０００  Ｎａｎｏ  ＬａｂＣｈｉｐ（登録商標）およびこれらに類するもの）を使用してアッセイし得る。
【０１１８】
ｍｉｃｒｏＲＮＡは、判定の際および本明細書に記載されている治療方法に使用できるように、単離および／または合成し得る。ｍｉｃｒｏＲＮＡは、核酸増幅法（例えば、ＰＣＲ）、トランスフェクションおよびトランスダクションを含めた公知の分子生物学技術を使用して単離できる。一部の実施形態では、ｍｉｃｒｏＲＮＡは当該技術分野において公知の合成方法を使用して合成できる。
【０１１９】
ｍｉｃｒｏＲＮＡはアレイを使用して検出し得る。アレイまたは一連のプローブの調製後、および／または標本もしくはプローブ内の核酸の標識後に、ハイブリダイゼーション条件下にて標的核酸の母集団をアレイもしくはプローブと接触させ、そのような条件を要望とおり調整して、実施される特定のアッセイを鑑みて至適レベルの特異性を提供し得る。好適なハイブリダイゼーション条件は、当該技術分野において公知である。
【０１２０】
単一のアレイまたは一連のプローブを複数の標本に接触してもよい。標本は、標本同士を識別するための独特のラベルで標識してもよい。例えば、単一のアレイを、腫瘍組織試料および正常な組織試料に接触させてもよい。アレイ上のプローブに対応している特定のｍｉｃｒｏＲＮＡの標本同士の間の差異は、容易に確認して定量し得る。
【０１２１】
アレイの表面積が小さい場合、温度調節および塩分などの均一なハイブリダイゼーション条件が可能になる。そのうえ、小領域を占有するアレイが高密度になるため、ハイブリダイゼーションは極小な流体容積（例えば、約２５０μｌ以下、約５、１０、２５、５０、６０、７０、８０、９０、１００μｌもしくはおよそそれ未満、またはその中で導き出せる任意の範囲の体積を含む）で実施され得る。小容量の場合、ハイブリダイゼーションの進行が極めて迅速になり得る。
【０１２２】
以降の薬物用量の調整または維持についての指示
以降の薬物用量の調整または維持についての指示は、バイオマーカーの存在または不在に基づいて行うことができる。（ｉ）バイオマーカーレベルを低感度で定量できる、（ｉｉ）バイオマーカーレベルが薬物に応答してシフトする、（ｉｉｉ）検出可能なレベルのバイオマーカーが存在する、および／または（ｉｖ）バイオマーカーの投与、存在、もしくは不在のレベルにて薬物が評価し得るほどの毒性を持たないといった条件を満たすならば、以降の薬物用量を調整するかまたは維持するかの指示を出すのに十分であり得る。
【０１２３】
以降の薬物用量の調整をするかまたは維持するかは多くの場合、バイオマーカーの量またはレベルに基づく。一部の実施形態において、バイオマーカーの量は、平均、メジアン、公称、範囲、中間、最大、最小または相対的な量であってもよい。或る実施形態においては、バイオマーカーの量を測定誤差範囲（ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  ｅｒｒｏｒ  ｗｉｎｄｏｗ）ありまたはなしで表し得る。一部の実施形態において、バイオマーカーの量はバイオマーカー濃度、バイオマーカー重量／単位重量、バイオマーカー重量／単位容量、バイオマーカーのモル数、バイオマーカーのモル数／単位容量、バイオマーカーのモル数／単位重量、バイオマーカー重量／単位細胞、バイオマーカー容量／単位細胞、バイオマーカーのモル数／単位細胞およびこれらに類するものとして表現し得る。重量は、例えば、フェムトグラム、ピコグラム、ナノグラム、マイクログラム、ミリグラム、およびグラムとして表現し得る。容量は、例えば、フェムトリットル、ピコリットル、ナノリットル、マイクロリットル、ミリリットル、およびリットルとして表現し得る。モル数は、例えば、ピコモル、ナノモル、マイクロモル、ミリモル、およびモルで表現し得る。一部の実施形態において、単位重量は被験対象の重量、または被験対象由来の標本の重量であってよく、単位容量は被験対象由来の標本の容量（例えば、血液標本の容量）であってよく、単位細胞は１細胞あたりまたは一定数の細胞あたりの数（例えば、１０００細胞あたりのバイオマーカーのマイクログラム数）であってよい。一部の実施形態において、当該技術分野において公知であるように、或る組織または流体から定量されたバイオマーカーの量は、別の組織または流体におけるバイオマーカーの量と相関し得る。或る実施形態において、例えば、バイオマーカーの量が循環血液で定量される場合、バイオマーカーの量は黒色腫細胞内での量に外挿され得る。
【０１２４】
以降の薬物用量の調整または維持についての指示はしばしば、被験対象におけるバイオマーカーの確定済みレベルをバイオマーカーの所定レベルと比較することによって出される。或る実施形態において、バイオマーカーの所定レベルは時には、被験対象（例えば、被験対象の黒色腫細胞）における治療量または有効量の薬物に関連付けられることもあれば、時には薬物の毒性レベルに関連付けられることもあれば、時には条件の存在に関連付けられることもあれば、時には処置の中間時点に関連付けられることもあれば、時には処置の終了点に関連付けられることもある。バイオマーカーの所定レベルは時には時間を要素として含み、一部の実施形態において閾値は時間依存的シグネチャである。
【０１２５】
いくつかの処置方法は、（ｉ）薬物を１回以上の投与回数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０回の投与）で被験対象に投与する工程と、（ｉｉ）（ｉ）の後に被験対象におけるまたは被験対象由来のバイオマーカーの存在、不在または量を判定する工程と、（ｉｉｉ）被験対象に投与する以降の薬物用量を増減または維持するように指示を提供する工程と、（ｉｖ）任意選択的に以降の薬物用量を被験対象に投与する工程であって、（ｉ）における早期用量を基準とした以降の薬物用量を増減または維持する工程と、を含む。一部の実施形態においては、被験対象に薬物を投与した後に毎回バイオマーカーの存在、不在または量を判定するが、時には薬物投与後に必ずしも毎回バイオマーカーの存在、不在または量の判定を行わないこともある（例えば、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回または１０回目の投与のうちの１つ以上の後にバイオマーカーを評価するが、投与後に必ずしも毎回評価を行うとは限らない）。
【０１２６】
以降の薬物用量の調整についての指示は、以降の薬物用量を増やす必要性または減ずる必要性と考えることができる。或る実施形態において、以降の薬物用量の調整または維持についての指示は臨床医によって考慮され得る。臨床医は指示に基づいて行動できる。一部の実施形態において、臨床医は指示に基づいて行動しないことを選択できる。ゆえに、臨床医は、提供された指示に基づいて以降の薬物用量を調整するか否かを選択できる。
【０１２７】
以降の薬物用量および／または以降の薬物投与量を調整するかまたは維持するかの指示は、任意の好都合な方法で提供できる。一部の実施形態においては、指示を表形式で（例えば、物理媒体または電子媒体で）で提供してもよい。例えば、バイオマーカー閾値は表で提供される場合もあり、臨床医は被験対象について判定されたバイオマーカーの存在、不在または量を閾値と比較することができる。その後、臨床医は以降の薬物用量についての指示を表から同定できる。或る実施形態において、指示はバイオマーカーの存在、不在または量はコンピュータに提供されてから（例えば、コンピュータ上のメモリーに入れられてから）コンピュータにより提示（例えば、表示）される。例えば、被験対象について判定されたバイオマーカーの存在、不在または量はコンピュータに提供されてから（例えば、ユーザーがコンピュータのメモリーに入れてから、またはコンピュータネットワーク内のリモートデバイスを介してコンピュータに転送されてから）、およびコンピュータ内のソフトウェアは以降の薬物用量の調整または維持についての指示を生成し、且つ／または以降の薬物用量を提示できる。以降の用量を決定し得る基準としては、例えば、バイオマーカーの存在、不在または量を除く特定の因子（被験対象の重量など）、被験対象の代謝物濃度のうちの１種以上（例えば、肝機能に関する代謝物濃度）およびこれらに類するもの）が挙げられる。
【０１２８】
いったん指示に基づいて以降の用量が決定された後、臨床医は以降の用量を投与するか、または用量を別の個人または実体に合わせて調整するための指示を提供できる。本明細書に用いられている用語「臨床医」とは意思決定者を指し、或る実施形態において臨床医は医療専門家である。一部の実施形態において、意思決定者はコンピュータ、または表示されたコンピュータプログラムの出力であってもよく、保健サービスサービスプロバイダはコンピュータが表示する指示にまたは以降の薬物用量に基づいて行動できる。意思決定者は、以降の用量を直接投与（例えば、以降の用量を被験対象に注射）してもよいし、または遠隔操作で投与（例えば、意思決定者がポンプパラメーターを遠隔操作で変更）することもできる。
【０１２９】
被験対象の予備検査によって、特定のバイオマーカーの存在、不在または量を判定すべきか否かを決定できる。予備検査の非限定例としては、遺伝子マーカーの存在または不在（例えば、多型性、特定のヌクレオチド配列）の同定；特定の代謝物の存在、不在または量（例えば、腫瘍活性、組織の保全、組織への浸潤、器官への浸潤、肝臓活性、腎臓活性を表す代謝物）の同定が挙げられる。臨床医は予備検査の結果をバイオマーカーの存在、不在または量と組み合わせて用いることによって、以降の薬物用量を調整すべきかまたは維持すべきかを決定することができる。
【０１３０】
以下の表Ｅ、ＦおよびＧに、黒色腫標本において非黒色腫標本における場合と比較して相対的に過少に提示されるかまたは過度に提示される、特定のｍｉＲＮＡのレベルの倍率変化を示す。或る実施形態において、そのような倍率変化値は、以降の薬物用量を調整するかまたは維持するかの判定基準となる閾値として利用できる。
【０１３１】
黒色腫内の特定のｍｉＲＮＡバイオマーカーの役割
特定のｍｉＲＮＡが黒色腫の特定の態様と相関していることが断定されてきた。ｍｉＲＮＡによっては、例えば黒色腫細胞のアポトーシス、黒色腫細胞の増殖、黒色腫の転移、および黒色腫の薬物（例えば、ＤＴＩＣ）耐性と相関性を持ってきたものもある。表Ａ、Ｂ、ＣおよびＤは、そのような機能と関連する典型的なｍｉＲＮＡを指定する。表はまた、各ｍｉＲＮＡが（ｉ）黒色腫細胞内で非黒色腫細胞内での場合と比較して相対的に過少に提示されているときに腫瘍サプレッサ（ｍｉＲＮＡ−ＴＳ）として作用するか作用するか、または（ｉｉ）黒色腫細胞内で非黒色腫細胞内での場合と比較して相対的に過度に提示されているときにオンコジーン（ｍｉＲＮＡ−ｏｎｃｏ）として作用するかを示す。そのようなｍｉＲＮＡのヌクレオチド配列（「成熟配列」）およびｍｉＲＮＡの前駆体ヌクレオチド配列（「ｐｒｉ−ｍｉＲ配列」）は、下掲の表１に示すとおりである。
【０１３２】
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【０１３３】
2014502606.tif 000004
【０１３４】
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【０１３５】
ｍｉＲＮＡ腫瘍サプレッサ（ｍｉＲＮＡ−ＴＳ）
表Ａ、Ｂ、およびＣに示すように、一部のｍｉＲＮＡは黒色腫細胞内で過少に提示されることから、黒色腫の腫瘍サプレッサとして機能する。表Ｄは、アポトーシスの減少、細胞増殖の増大、および／または転移の増加と相関しているｍｉＲＮＡを対象として、黒色腫標本（例えば、黒色腫を有する被験対象由来の非黒色腫細胞、血液標本）中のｍｉＲＮＡのレベルの低下倍率を、正常標本（例えば、黒色腫を有さない被験対象由来の非黒色腫細胞、血液標本）と比較して示したものである。
【０１３６】
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【０１３７】
一部の実施形態においては、処置済みの被験対象について定量された表Ｄ中のｍｉＲＮＡバイオマーカーの量が、表に示す減少後の量より多い場合に、以降の用量を維持するかまたは減ずるかの指示が提供される。例えば、以降の用量を維持するかまたは減ずることができるのは、ｍｉＲＮＡ−２０６のレベルが、非黒色腫標本内でのレベルを基準として１／３３〜１／５１に減少したレベルを超える場合である。
【０１３８】
或る実施形態において、ｍｉＲＮＡバイオマーカーのレベルが、表Ｄに示す低下倍率レベルの或るパーセンテージを超える場合に、以降の用量を維持するかまたは減ずるかの指示が提供される。一部の実施形態において、或るパーセンテージは約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％または８０％。例えば、以降の用量を維持するかまたは減ずることができるのは、ｍｉＲＮＡ−２０６のレベルが、正常標本内でのレベルを基準として１／１３．２に減少（１／（３３×４０％）に減少）したレベルを超える場合である。
【０１３９】
一部の実施形態において、処置済みの被験対象について定量された表Ｄ中のｍｉＲＮＡバイオマーカーの量が、表に示す減少後の量とほぼ同じかまたはそれ未満の場合に、以降の薬物用量を増やすように指示が提供される。例えば、以降の用量を増やすことができるのは、ｍｉＲＮＡ−２０６のレベルが、非黒色腫標本内でのレベルを基準として１／３３〜１／５１に減少したレベルとほぼ同じかまたはそれ未満の場合である。
【０１４０】
或る実施形態において、ｍｉＲＮＡバイオマーカーのレベルが、低下倍率レベルの或るパーセンテージ未満の場合に、以降の用量を増やすように指示が提供される。一部の実施形態において、或るパーセンテージは約６０％、７０％、８０％または９０％である。例えば、以降の用量を増やすことができるのは、ｍｉＲＮＡ−２０６のレベルが、正常標本内でのレベルを基準として１／２６．４に減少（１／（３３×８０％）に減少）したレベル未満の場合である。
【０１４１】
以降の薬物用量の維持、増加または低減に関する指示は、表Ｄに示す１種以上のｍｉＲＮＡバイオマーカーの存在、不在または量の判定に基づいて提供できる。例えば、表Ｄに示す１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５のバイオマーカーを、任意の適切な組み合わせで利用して、以降の薬物用量の維持、増加または低減に関する指示を提供できる。一部の実施形態においては、以降の薬物用量の維持、増加または低減に関する指示を、１種以上の他のバイオマーカーと表Ｄに示す１種以上のバイオマーカーとを組み合わせて使用して決定できる。
【０１４２】
ｍｉＲＮＡオンコジーン（ｍｉＲＮＡ−ｏｎｃｏ）
表Ａ、Ｂ、およびＣに示すように、一部のｍｉＲＮＡは黒色腫細胞内で過度に提示されることから、黒色腫のオンコジーンとして機能する。表Ｅは、アポトーシスの減少、細胞増殖の増加、および／または転移の増加と相関しているｍｉＲＮＡを対象として、黒色腫標本（例えば、黒色腫を有する被験対象由来の非黒色腫細胞、血液標本）中のｍｉＲＮＡのレベルの増加倍率を、正常標本（例えば、黒色腫を有さない被験対象由来の非黒色腫細胞、血液標本）と比較して示したものである。「５０６−５１４メンバーおよびクラスタ」には、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタが包含される。
【０１４３】
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【０１４４】
一部の実施形態においては、処置済みの被験対象について定量された表Ｅ中のｍｉＲＮＡバイオマーカーの量が、表に示す増加後の量より少ない場合に、以降の用量を維持するかまたは減ずるかの指示が提供される。例えば、以降の用量を維持するかまたは減ずることができるのは、ｍｉＲＮＡ−１４６のレベルが、非黒色腫標本内でのレベルを基準として６．６倍〜１０．０倍に増加したレベル未満の場合である。
【０１４５】
或る実施形態において、ｍｉＲＮＡバイオマーカーのレベルが、表Ｅに示す増加倍率レベルの或るパーセンテージ未満の場合に、以降の用量を維持するかまたは減ずるかの指示が提供される。一部の実施形態において、或るパーセンテージは約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％または８０％である。例えば、以降の用量を維持するかまたは減ずることができるのは、ｍｉＲＮＡ−１４６のレベルが、正常標本内でのレベルを基準として２．６倍に増加（６．６増加倍率×４０％）したレベル未満の場合である。
【０１４６】
一部の実施形態において、処置済みの被験対象について定量された表Ｅ中のｍｉＲＮＡバイオマーカーの量が、表に示す減少後の量とほぼ同じかまたはそれを超える場合に、以降の薬物用量を増やすように指示が提供される。例えば、ｍｉＲＮＡ−１４６のレベルが、非黒色腫標本のレベルを基準として６．６倍〜１０．０倍に増加したレベルとほぼ同じかまたはそれを超える場合に、以降の用量を増やしてよい。
【０１４７】
或る実施形態においては、ｍｉＲＮＡバイオマーカーのレベルが低下倍率レベルの或るパーセンテージを超える場合に、以降の用量を増やすように指示が提供される。一部の実施形態において、或るパーセンテージは約６０％、７０％、８０％または９０％である。例えば、以降の用量を増やすことができるのは、ｍｉＲＮＡ−１４６のレベルが、正常標本内でのレベルを基準として５．３倍に増加（６．６増加倍率×８０％）したレベルを超える場合である。
【０１４８】
以降の薬物用量の維持、増加または低減に関する指示は、表Ｅに示す１種以上のｍｉＲＮＡバイオマーカーの存在、不在または量の判定に基づいて提供できる。例えば、表Ｅに示す１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５のバイオマーカーを、任意の適切な組み合わせで利用して、以降の薬物用量の維持、増加または低減に関する指示を提供できる。一部の実施形態において、以降の薬物用量の維持、増加または低減に関する指示は、表Ｅに示す１種以上のバイオマーカーと１種以上の他バイオマーカーとを組み合わせて使用することにより提供できる。
【０１４９】
分子の調製
分子によっては、本明細書に記載されている方法に使用する目的に調製できるものもある。一部の実施形態では、分子はアッセイにおいて対照もしくは標準として使用でき、または治療においては活性成分として使用できる。
【０１５０】
核酸の調製
一部の実施形態において核酸は、例えば、アッセイまたは治療中に対照または標準として使用するために提供される。当該技術分野において公知の任意の技術（例えば、化学合成、酵素生産または生物生産）によって、核酸を製造し得る。酸は生物学的標本から回収するかまたは単離し得る。核酸は組み換え型であるか、または天然もしくは細胞に内在する（細胞のゲノムから生成される）。ｍｉｃｒｏＲＮＡなどのような小核酸分子の回収率を増強するように、生物学的標本を処置し得ることが考えられる。方法は一般に、グアニジウムおよび清浄剤を含む溶液を用いて細胞を溶解させる工程を含み得る。
【０１５１】
核酸合成はまた、標準方法に従って実施できる。合成核酸（例えば、合成オリゴヌクレオチド）の非限定例としては、ホスホトリエステル、ホスファイトまたはホスホロアミダイト化学、および固相法を使用してｉｎ  ｖｉｔｒｏ化学合成により、またはデオキシヌクレオシドＨ−ホスホネート中間体を介して製造される核酸が挙げられる。オリゴヌクレオチド合成の多種多様な機構が、他の箇所に開示されてきた。
【０１５２】
核酸は、公知技術を使用して単離され得る。特定の実施形態においては、小核酸分子の単離方法および／またはＲＮＡ分子の単離方法を使用できる。クロマトグラフィは、タンパク質または他の核酸から核酸を分離または単離するために使用される工程である。そのような方法は、ゲルマトリックス、フィルターカラム、アルコール析出、および／または他のクロマトグラフィを用いた電気泳動法を含み得る。核酸、例えば細胞由来のｍｉｃｒｏＲＮＡを使用するか評価する場合、ＲＮＡの特定の母集団を単離する工程を実装する前に、一般に方法はカオトロピズム（例えば、グアニジニウムイソチオシアン酸塩）および／または洗浄剤（例えば、Ｎ−ラウロイルサルコシン）を用いて細胞を溶解する工程を含む。
【０１５３】
特に、例えばｍｉｃｒｏＲＮＡを他の核酸から分離するための方法においては、ゲルマトリックスを調製する場合にポリアクリルアミドを使用してもよいが、アガロースを使用することもできる。ゲルは濃度でグレード分けしてもよいし、均一な濃度であってもよい。プレートまたはチューブを使用して、電気泳動法用のゲルマトリックスを保持できる。核酸の分離には通常、一次元電気泳動法を使用する。スラブゲルを調製する場合はプレートを使用するが、チューブゲルを調製する場合はチューブ（典型的には、ガラスまたはゴム）を使用し得る。「チューブ電気泳動法」という語句は、プレートの代わりにチューブまたはチューブを使用してゲルを生ずることを指す。当業者であればチューブ電気泳動法を実施するための材料を容易に調製することもできるし、または例えばＣ．Ｂ．Ｓ．Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｃｏ．，Ｉｎｃ．もしくはＳｃｉｅ−Ｐｌａｓから購入することもできる。
【０１５４】
方法は、有機溶剤および／またはアルコールを使用して、核酸、特に、本明細書に記載されている方法および組成物に使用されるｍｉｃｒｏＲＮＡを単離する。一般に、アルコール溶液を細胞溶解液に添加する工程と、固体支持体からＲＮＡ分子を溶離する前にアルコール／ライセート混合物を固体支持体に適用する工程と、を含む方法を使用して、小ＲＮＡ分子を細胞から単離できる。一部の実施形態において、細胞溶解液に添加されたアルコール分量は、アルコール濃度が約５５％〜６０％に達する。使用できるアルコール類には様々な種類があるが、エタノールは効能が高い。固体支持体は、ビーズ、フィルター、およびカラムを含めた、いかなる構造であってもよく、鉱物または陰性基を有する高分子支持台を含み得る。グラスファイバーフィルターまたはカラムは、そのような単離処置に有効である。
【０１５５】
核酸単離プロセスは時には、ａ）  グアニジニウムを含有するライセートを用いて標本内の細胞を溶解する工程であって、濃度が少なくとも約１Ｍのグアニジニウムを含有するライセートを生成される工程と、ｂ）  フェノールを含有する抽出溶液を用いてライセートから核酸分子を抽出する工程と、ｃ）  ライセート／アルコール混合物を生ずるためアルコール溶液をライセートに添加する工程であって、アルコール溶液の濃度が約３５％〜約７０％の間である工程と、ｄ）  固体支持体にライセート／アルコール混合物を塗布する工程と、ｅ）  イオン溶液含有の固体支持体から核酸分子を溶離する工程と、ｆ）  核酸分子を捕捉する工程と、を含み得る。標本を拭いて乾燥させて、以降の操作に適した液体および体積中に再懸濁し得る。
【０１５６】
抗体および小分子
一部の実施形態において、抗体または低分子は、例えば、アッセイまたは治療中に対照または標準として使用するため提供される。一部の実施形態において、抗体または他の小分子は、黒色腫細胞に結合されるように構成される。抗体または低分子は、時には、過剰発現したタンパク質をコードするｍＲＮＡ構造に結合され得る。
【０１５７】
本明細書に用いられている「小分子」という用語は、約１０００、８００またはそれ未満のダルトン数の有機分子を意味する。或る実施形態において、小分子は細胞膜全体に拡散して細胞間の作用部位に到達し得る。一部の実施形態において、小分子は高親和力を介してタンパク質、核酸または多糖類などの生体高分子に結合し、時には生体高分子の活性または機能を変化させ得る。様々な実施形態において、小分子は天然（二次代謝物など）または人工（抗ウイルス性薬物など）である場合があり、疾患に対して有益な作用を有し得る（薬物など）か、または有害なもの（催奇形物質および発癌物質など）であり得る。
【０１５８】
小分子の非限定例としては、リボースまたはデオキシリボヌクレオチド、アミノ酸、単糖類、およびジヌクレオチドなどの小オリゴマー、酸化防止剤グルタチオンなどのペプチド、および蔗糖などの二糖類を包含し得る。
【０１５９】
本明細書に用いられている「抗体」という用語は、脊椎動物の血液または他の体液中に見つかるγグロブリンタンパク質を意味するものとして理解すべきであり、この抗体は、免疫系が細菌およびウイルスなどの異物を同定し中和する際に用いる。抗体は典型的に、２つの大きい重鎖と２つの小さい軽鎖からなる基本構造単位を含む。
【０１６０】
抗体に特異的に結合するには、特定のタンパク質に対する親和性を確保するため選択される抗体が必要である。例えば、特定のタンパク質を産生するポリクローナル抗体、多型変異体、対立遺伝子、オルソログ、および保存的に修飾された変異体、またはスプライスバリアントもしくはこれらの一部を選択することによって、黒色腫マーカータンパク質または過剰発現したタンパク質と特異的に免疫反応するが他のタンパク質とは免疫反応しないポリクローナル抗体のみを得ることができる。この選択は、他の分子と交差反応する抗体を除外することによって行うことができる。
【０１６１】
薬物は、抗体またはこれらのフラグメントであり得る。抗体は時にはＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、またはそのアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂまたはＩｇＧ３）であり、時にはポリクローナルまたはモノクローナル、時にはそのような抗体のキメラ、ヒト化または二重特異性バージョンである。特定の抗原を結合するポリクローナルおよびモノクローナル抗体は市販のものが出回っており、そのような抗体を生成するための方法は公知である。一般に、ポリクローナル抗体は、単離された抗原を好適な動物（例えば、ヤギまたはウサギ）に注射する工程と、抗原に特異的な抗体を含む動物から血液および／または他の組織を収集する工程と、抗体を精製する工程と、を介して生成される。本明細書において用語「モノクローナル」とは、Ｂ細胞などの抗体生成細胞の単一クローンから産生される抗体（またはその対応するフラグメント）を指定し、抗原境界上の単一エピトープを認識するものとして理解される。モノクローナル抗体を生成するための方法は、一般に、単離された抗原を動物（例えば、多くの場合、マウスまたはラット）に注射する工程と、動物から脾細胞を単離する工程と、脾細胞を骨髄腫細胞と融合してハイブリドーマを生ずる工程と、ハイブリドーマを単離する工程と、抗原を特異的に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを選択する工程と、を含む。モノクローナル抗体の例は、抗ＭＤＭ２、抗ｐ５３抗体（ｐＡＢ４２１、ＤＯ  １、およびホスホリル−ｓｅｒ１５を結合する抗体）、抗ｄｓＤＮＡ抗体、ならびに抗ＢｒｄＵ抗体については、以下に説明する。
【０１６２】
キメラおよびヒト化抗体を発生させるための方法もまた公知であり、時には、或る種（例えば、マウス）の抗体可変領域を別の種（例えば、ヒト）の抗体定常ドメインに移植する工程を含む。抗体の抗原結合領域（例えば、Ｆａｂ領域）は軽鎖と重鎖とを含み、可変領域は軽鎖からの領域と重鎖とから構成される。抗体の可変領域が、重鎖および軽鎖可変領域内の６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）から生じるという前提では、１つの抗体からの１つ以上のＣＤＲを別の抗体のＣＤＲで置換（即ち、グラフト共重合）して、キメラ抗体を生成し得る。また、アミノ酸置換を導入してヒト化抗体を生成する。これにより、結果として生成された抗体がヒトに投与されたときに、その抗体の免疫原性が低減する。
【０１６３】
薬物は、時にはＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ）’２、Ｄａｂ、Ｆｖまたは一本鎖Ｆｖ（ＳｃＦｖ）フラグメントなどの抗体フラグメントであり、抗体を生成するための方法は公知である。一部の実施形態において１種以上のハイブリッド内の結合相手は一本鎖抗体フラグメントであり、時には、組み換え分子生物学プロセスによってポリペプチドリンカーを介して重鎖可変領域を軽鎖可変領域と結合して（例えば、各鎖のＣ末端またはＮ末端にリンカーを付着して）構成する。そのようなフラグメントは、多くの場合、元のモノクローナル抗体に類似する抗原に対して特異性および親和性を呈する。二官能性抗体は、時には２とおりの結合特異性を単一の抗体鎖にエンジニアリングして構成されることもあれば、時には２つの異なるＦａｂ’領域を結合して構成されることもあり、ここで各Ｆａｂ’の領域は別々の抗体に由来するものである。抗体フラグメントは、ＣＤＲ移植（ＣＤＲ−ｇｒａｆｔｅｄ）またはヒト化フラグメントなどのエンジニアリングされた領域を含んでもよい。或る実施形態において薬物は無傷な免疫グロブリンであり、一部の実施形態において薬物はＦａｂモノマーまたはＦａｂダイマーであり得る。
【０１６４】
様々な実施形態において、抗体またはそのフラグメントは特異的にエピトープ（一部の実施形態において黒色腫マーカー、またはこれまでに発現したタンパク質の不連続性抗原決定基を含む）に結合する。一部の実施形態においては、そのようなタンパク質が高度に特異的に認識されるように、言い換えると、標的分子と他の分子との混合物から抗体を構成し得る。つまり、例えば、これらの実施形態によるモノクローナル抗体またはそのフラグメントは、被験対象に投与されたときに、所望の標的のみに対して特異的に結合して中和する一方、他の望ましくない標的は結合も中和もされないことが予期され得る。或る実施形態において、抗体医薬は極めて高い親和力を有するため、黒色腫マーカータンパク質、または過剰発現したタンパク質に結合し得る。つまり、いったん一方のモノクローナル抗体またはそのフラグメントと他方の標的分子の複合体が形成されると、容易に分離しないかまたは少なくとも素速く分離しない。
【０１６５】
医薬製剤
本明細書に記載されている分子は、薬学的に許容可能な処方で調製できる。「薬学的に許容可能な」という語句は、ヒトに投与されたときにアレルギー反応または他の副作用を起こさない分子実体および組成物を指す。本明細書に記載されているような活性な薬剤の溶液は、遊離塩基または薬理学的に許容可能な塩類として調製し得る。一部の実施形態において、そのような薬剤はまた、水中で、好適にはヒドロキシプロピルセルロースなどの界面活性剤と混合して、調製し得る。分散液はまた、グリセリン、液体ポリエチレングリコール類、それらの混合物、および油中で調製し得る。通常の貯蔵および使用条件下では、これらの調製物に微生物の繁殖を防ぐための防腐剤を含有させてもよい。注射可能用途に適した薬剤形態としては、無菌注射剤溶液または分散液を即座に調製するための、滅菌水溶液または分散液または無菌粉が挙げられる。形態は多くの場合は無菌で、注射針通過容易性（ｅａｓｙ  ｓｙｒｉｎｇａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度にまで流動的である。製造および貯蔵条件下で安定しやすく細菌および真菌などの微生物による汚染作用を防ぐように保存できる。キャリアは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセリン、プロピレングリコールおよび液体ポリエチレングリコール、ならびにこれらに類するもの）、それらの好適な混合物、および／または植物油を含む溶媒または分散媒であってよい。例えば、レシチンなどのコーティングを使用し、必要な粒子の大きさを維持し（分散液の場合）、且つ界面活性剤を使用して、適切な流動度を維持し得る。様々な抗細菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール、およびこれらに類するものによって微生物の作用の予防を遂行できる。多くの場合、等張剤、例えば糖または塩化ナトリウムを含めてもよい。注射可能組成物の持続性吸収は、その組成物内に吸収遅延剤（例えば、アルミニウムモノステアレートおよびゼラチン）を用いて増強できる。
【０１６６】
処方によっては、水性製剤が使用される場合もあれば、製剤が脂質を主成分とする場合もある。特定の実施形態において、活性薬剤医薬品またはそれをコードする核酸を含む組成物は、水性製剤である。他の実施形態において、製剤は脂性である。
【０１６７】
水溶液の形で非経口投与する場合、例えば、しばしば必要に応じて溶液を好適に緩衝し、最初に十分な食塩水またはブドウ糖を用いて液体希釈液を等張性にする。これらの特定の水溶液は、静脈内、筋内、皮下、病巣内、および腹腔内投与に好適である。本開示を鑑みると、この点に関して使用できる滅菌水性培地は当業者に公知である。例えば、１回の投与量は１ｍｌの等張性ＮａＣｌ溶液に溶解され、１０００ｍｌの皮下注射流体に添加されるか、または提案された点滴部位に注射され得る。処置される被験対象の条件に応じて必然的に、投与量におけるバリエーションが多少は生じ得る。投与担当者は、いかなる場合も、個々の被験対象に適切な用量を判定し得る。そのうえ、ヒトへの投与の場合、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）Ｏｆｆｉｃｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ規格によって義務づけられているように、調製は滅菌、発熱原性、一般的な安全、および純度に関する規格を満たさなければならない。
【０１６８】
本明細書に用いられている「キャリア」としては、任意およびあらゆる溶媒、分散媒、ビヒクル、コーティング、希釈液、抗菌および抗真菌剤、等張および吸収遅延剤、緩衝液、キャリア溶液、懸濁液、コロイド、ならびにこれらに類するものが挙げられる。そのような培地、および医薬活性物質用の薬剤の使用は、当該技術分野において周知である。従来の培地または薬剤が活性成分と適合しないことを除き、その医薬活性物質を治療組成物に使用することが考えられる。また、補助活性成分を組成物に配合してもよい。
【０１６９】
薬物投与
本明細書に記載されている条件で、バイオマーカーを有するか、または処置を必要とする該当の任意の被験対象に薬物を投与し得る。被験対象の非限定例としては、哺乳動物、ヒト、類人猿、サル、有蹄動物（例えば、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、バッファロー、ラクダおよびこれらに類するもの）、イヌ、ネコ、齧歯動物（例えば、ネズミ、マウス、ラット）、ならびにこれらに類するものが挙げられる。被験対象は、男性または女性のどちらであってもよく、例えば、青少年、小児、若者、成年者などを含めた特定の年齢層の被験対象が、薬物投与の対象となり得る。
【０１７０】
黒色腫の処置にあたっては、任意の好適な薬物を投与し得る。或る実施形態において、薬物は抗増殖効果を発揮する。一部の実施形態において、薬物は免疫抑制効果を発揮し得る。或る実施形態において、薬物は活性成分抗体として、抗体フラグメント、一本鎖抗体、小分子、核酸、核酸誘導体、ｍｉｃｒｏＲＮＡ（限定はされないが、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ  ２７ａ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−３１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ  １４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、および関連する亜型、または前述のものの組み合わせを含む）、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤、ｓｉＮＡ、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質抗体、抗体フラグメント、一本鎖抗体、小分子、ならびにこれらに類するものを含む。送達可能なｍｉｃｒｏＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとしては、後処理済みｍｉｃｒｏＲＮＡまたはｓｉＲＮＡ、前処理済みｍｉｃｒｏＲＮＡ（例えば、「ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ」）もしくはｓｉＲＮＡ、または前処理済みまたは後処理済みｍｉｃｒｏＲＮＡもしくはｓｉＲＮＡをコードするベクターを含めた、様々な形態のものが挙げられる。或る実施形態において、薬物活性成分は時には、本明細書に記載されているバイオマーカーと相互作用することもあれば、時にはバイオマーカーに特異的に結合する能力を有することもあり、或る実施形態において、時にはバイオマーカーの発現、持続性またはレベルを調節することもあれば、時にはバイオマーカーの構造を修飾する能力を有することもある。
【０１７１】
本明細書中に提示されている方法は、限定はされないが、有効量のｍｉｃｒｏＲＮＡ、またはそれをコードする発現構築物の送達を含む。医薬組成物における「有効量」とは、一般に、記述されている所望の結果（例えば、疾患またはその症候の程度の改善、低減、最小化または制限）を検出可能的に且つ反復して達成するのに十分な量として定義される。疾患の除去、根絶、または治癒を含めた、他の厳密性の高い定義を適用することもできる。一部の実施形態においては、バイオマーカーをモニターして処置の有効度を評価し毒性を抑制する工程も存在し得る。
【０１７２】
治療的に有効であり得る量の薬物が、投与製剤に適合するような方法で投与される。核酸および関連する任意の成分が、注射に必要な特定の尺度のニードルを貫通し得る限り、シリンジ、または溶液の注射に使用される他の任意の方法で核酸の注射を行うことができる。所定量の溶液を正確に任意の深度で複数回にわたって注射できる遺伝子治療用のシリンジシステムは、当該技術分野において公知である。
【０１７３】
投与される量は、処置される被験対象（例えば、疾患の侵襲性、患部の大きさ、および以前または他の治療クールを含む）に応じて決定される。投与に要する正確な活性成分量は、専門家の判断によって決まる。初期投与および以降の投与に適したレジメンもまた多様であるが、後に他の投与が続く初期投与を代表するものとなっている。そのうえ、投与は、逐次継続放出機序または持続的放出機序を介したものであってよく、製剤および／または投与様式に従って履行される。
【０１７４】
投与経路は、部位と標的化部位の性質とに応じて様々に異なる場合があり、例えば、腫瘍内、筋内、皮内、皮下、局所、非経口、静脈内、鼻内、全身的および経口投与ならびに製剤を含む。注射は、直接注射、腫瘍内注射、または罹患した黒色腫細胞または腫瘍領域の脈管構造に対する注射であり得る。局所投与、限局投与、または全身投与もまた、適切であり得る。薬物は、標的化部位に複数回注射して投与してもよい。
【０１７５】
同様に、治療レジメンも多種多様であり得、黒色腫の種類、部位、免疫条件、標的部位、疾患の経過、患者の健康状態および年齢によって決まる場合も多い。黒色腫の種類によっては、より積極的な処置を必要とする場合がある。臨床医がそのような決定を下すための最適な基準には、治療製剤の公知の効力および毒性（存在する場合）が包含され得る。
【０１７６】
処置にはそれぞれの「単位用量」を含めてもよい。単位用量は、所定量の薬物を含むものとして定義される。投与される量、ならびに特定の経路および製剤は、臨床技術に習熟した人々の技術の範囲内に含まれる。単位用量は、単回注射として投与する必要はないが、一連の期間を通じた連続点滴を含めてもよい。本明細書に提示されているウイルス成分に関しては、便宜上、核酸または核酸模倣物のｍｇに換算した単位用量を記載してもよい。代替方法として、指定された量は、日次平均、週次平均、または月次平均の用量として投与される量であり得る。
【０１７７】
一部の実施形態は、薬物用量の漸増、即ち、（ｉ）  比較的低用量の薬物を被験対象に投与する工程と、（ｉｉ）  バイオマーカーの存在、不在または量を評価する工程と、評価によって薬物に有意な効能がないことが示唆された場合（ｉｉｉ）  以降被験対象に投与する薬物の用量を増やす工程と、を含み、治療効果が観察されるまで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）を繰り返す（例えば、バイオマーカーの評価に基づいて治療効果を観察し得る）。臨床医はそのような手法を使用して、被験対象に対する有効量の薬物に関して「ダイヤルイン」し、薬物量の漸増に付随する毒性の副作用を最小限に抑えることができる。一部の実施形態において、臨床医は投与された薬物の量が被験対象に有意な毒性副作用をもたらす可能性の高いことに関する情報を得て、以降の用量を増やしたときに有意な毒性副作用があることが予期される場合に、薬物の投与を中止できる（例えば、臨床医は、指定された毒性閾値量にてまたは毒性閾値量に近づいたときに、薬物の投与を中止できる）。
【０１７８】
投与は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏ、またはｉｎ  ｖｉｔｒｏであり得る。一部の実施形態においては、薬物を薬学的に許容可能な塩として調製してもよい。或る実施形態において、薬物は薬学的に許容可能な製剤として調製してもよく、例えば、１種以上のリポソームまたは他のポリマトリックス、透過増強剤、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キャリア、賦形剤、補助薬、およびこれらに類するものを含む。
【０１７９】
ｉｎ  ｖｉｖｏで投与する場合、限定はされないが、鼻、局所、経口、肺、非経口、髄腔内およびイントラニュートリカル（ｉｎｔｒａｎｕｔｒｉｃａｌ）投与を含めた何らかの便宜的な投与経路に適合するように、薬物を処方できる。一部の実施形態においては、全身投与の場合、薬物を単位剤形の形態で調製してもよく、例えば、硬質または軟質のシェル型ゼラチンカプセルに配合してもよいし、錠剤に圧縮してもよいし、または被験対象の食餌の食物に直接配合してもよい。或る実施形態においては、経口治療投与の場合、摂取可能な錠剤、バッカル錠、トローチ、カプセル、エリキシル、懸濁液、シロップ、ウェーハ、およびこれらに類するものの形態で用いられる１種以上の賦形剤に、薬物を配合してもよい。そのような調製物は、時には活性剤を少なくとも０．００１％〜０．１％重量含有することもあれば、時には指定の単位剤形を約０．１％〜約６０％重量含有することもある。
【０１８０】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏで投与する場合、任意の便宜的な方法で薬物を細胞に送達してもよい。薬物は、例えば本明細書に記載されているように、処方してもよい。一部の実施形態においては、医薬製剤（例えば、核酸剤）に対して、カルシウムホスフェート共沈法またはカルシウムクロライド共沈法、トランスダクション／インフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、リポ移入、電気穿孔法、およびイオン泳動法を施してもよい。
【０１８１】
一部の実施形態において、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの投与は、薬物のスクリーニングまたは選択に関連するための方法に適用することが可能である。或る実施形態において、そのような方法は、（ｉ）  黒色腫細胞をｉｎ  ｖｉｔｒｏで薬物に接触させる工程と、（ｉｉ）  黒色腫に関連するバイオマーカーの存在、不在または量を判定する工程と、（ｉｉｉ）  更にスクリーニングする薬物、または黒色腫を有する被験対象に投与する薬物を選択する工程と、を含む。一部の実施形態においては、過度に提示されたバイオマーカーの量が減少したか不在の場合、更なるスクリーニングまたは投与の対象となる薬物を選択する。或る実施形態においては、過少に提示されたバイオマーカーが増加したかまたは存在する場合、更なるスクリーニングの対象となる薬物を選択する。
【０１８２】
或る実施形態において、黒色腫細胞は、一次組織培養から採取してもよく、ここで、罹患した組織は身体の任意の好適な源（例えば、皮膚、血液、器官、骨、筋肉、およびこれらに類するもの）に由来するものである。
【０１８３】
癌処置
本明細書中の方法および組成物は、様々な癌もしくは他の異常増殖性疾患の処置または予防に有効であり得る。本明細書に記載されている方法および組成物で処置、予防、または管理できる癌および関連する疾患としては、限定はされないが、上皮細胞由来の癌が挙げられる。
【０１８４】
本明細書に用いられている用語「処置する（ｔｒｅａｔ）」および「処置する工程（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」とは、（ｉ）  病理学的状態が起こるのを阻止（例えば、予防）する工程、（ｉｉ）  病理学的状態を阻害するかまたはその進行を抑制する工程、（ｉｉｉ）  病理学的状態を軽減する工程、および／または（ｉｖ）  疾患もしくは病態の症候を改善、緩和、軽減、および除去する工程を指す。本明細書に記載されている分子または化合物の候補は、製剤または薬剤において治療上有効量であってもよい。例えば、生体影響（例えば、炎症の抑制）につながり得るか、疾患または病態の症候の改善、緩和、軽減、免荷、減弱または除去につながり得る量である。この用語はまた、細胞増殖率の低減または中断（例えば、腫瘍成長の緩慢化もしくは停止）、または増殖性癌細胞の数の減少（例えば、腫瘍の一部もしくは全体の除去）に関連し得る。本明細書に記載されている分子は、それを必要とする被験対象に投与することによって、黒色腫を処置できる可能性がある。そのような処置において、用語「処置する工程（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、および「治療効果（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｅｆｆｅｃｔ）」は、細胞増殖率の低減または細胞増殖停止（例えば、腫瘍成長の緩慢化もしくは停止）、増殖性癌細胞数の低減（例えば、腫瘍の一部もしくは全体の焼灼）、および黒色腫病態の完全または部分的な緩和に関連し得る。
【０１８５】
薬物は、予防的薬剤または治療剤であってよく、本明細書に記載されている黒色腫を有する適切な任意の被験対象に投与し得る。被験対象の非限定例としては、哺乳動物、ヒト、類人猿、サル、有蹄動物（例えば、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、バッファロー、ラクダおよびこれらに類するもの）、イヌ、ネコ、齧歯動物（例えば、ネズミ、マウス、ラット）、ならびにこれらに類するものが挙げられる。被験対象は、男性または女性のどちらであってもよく、例えば、青少年、小児、若者、成年者などを含めた特定の年齢層の被験対象が、薬物投与の対象となり得る。
【０１８６】
薬物の非限定例としては、タンパク様分子（例えば、ペプチド、ポリペチド、タンパク質、翻訳後修飾型タンパク質、抗体、およびこれらに類するもの）；小分子（例えば、１０００未満のダルトン）；無機化合物もしくは有機化合物；または核酸分子（例えば、二本鎖もしくは一本鎖ＤＮＡ、二本鎖もしくは一本鎖ＲＮＡ、三重螺旋核酸分子）が挙げられる。一部の実施形態において、薬物は本明細書に記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡ分子のヌクレオチド配列を有する核酸を含む。薬物は任意の公知の生物（限定はされないが、動物、植物、細菌、真菌、および原生生物もしくはウイルスを含む）から誘導してもよく、または合成分子であってもよい。
【０１８７】
一部の実施形態において、薬物は化学療法に用いられる癌治療剤である。一部の実施形態においては、癌治療剤の非限定例として、アルキル化剤、タンパク質キナーゼ変調剤、腫瘍サプレッサタンパク質変調剤、および／または血管新生阻害剤が挙げられる。アルキル化剤の実施例は、ジメチル−トリアゼンイミダゾールカルボキサミド（ＤＴＩＣ）である。多官能性アルキル化薬としては、ＤＴＩＣのほかに、プロカルバジン（マチュレーヌ）、メチルヒドラジン誘導体、アルトレタミン（ヘキサレン）およびシスプラチン（プラチノール）が挙げられる。アルキル化剤は一般にアルキル基の転送に有効であり、相互作用のほとんどはＤＮＡのアルキル化である。一次ＤＮＡアルキル化部位はグアニンのＮ７位であり得るが、他の部位も存在し得る。この相互作用は、二官能（ＩＩ型反応中心）の特性によって生じる架橋を有する一本または二本ＤＮＡ鎖を含み得る。アルキル化薬はまた、他の細胞構成要素のカルボキシル基、スルフヒドリル基、アミノ基、ヒドロキシル基、およびホスフェート基と反応することもできる。そのような薬物は、反応中間体としてエチレンイモニウムイオンを生じ得る。リンパ節浸潤遠隔転移などの進行した疾患がある患者はそれぞれ、５０％および１０％の５年の生存率を有する。この予後不良はしばしば、制癌剤療法（例えば、ＤＴＩＣの投与）への抵抗によって起こる。
【０１８８】
併用療法
療法は時には２種以上の治療剤の投与を含む。一部の実施形態において、１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡを投与することによる療法は、１種以上の療法（限定はされないが、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、および／または生物学的療法（例えば、免疫療法））での投与と併用される。特定の実施形態において、本明細書中の方法には、本明細書に記載されているｍｉｃｒｏＲＮＡの投与と、１種以上の予防／治療剤（例えば、癌治療剤）の投与との組み合わせが包含される。黒色腫の処置に適した薬物は時には、１種以上の他の薬物または不活性成分と組み合わせて投与される。一部の実施形態において、或る療法において１種以上の他の薬物で黒色腫を処置できることもあれば、時には１種以上の他の薬物では黒色腫を特異的に処置できないこともあり得る。例えば、黒色腫を処置する１種以上の活性薬剤の副作用は、不活性成分（例えば、抗利尿薬、悪心抑制薬、下痢抑制薬、抑制薬、刺激薬、およびこれらに類するもの）によって処置できる。或る薬物を追加することによって、主要な薬物の治療効果も増強され得る。
【０１８９】
或る実施形態においては、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、その補体もしくはｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤分子、または前述のものをコードする発現構造物が、治療組成物に包含され得る。そのような組成物を補助的な療法と組み合わせて用いることによって、採用した療法の効果を増強できる。これらの組成物は、黒色腫の除去または改善などの所望の効果を得るうえで有効な総計量（ｃｏｍｂｉｎｅｄ  ａｍｏｕｎｔ）で提供され得る。このプロセスは、ｍｉｃｒｏＲＮＡ（即ち、これらの補体もしくは阻害剤、または前述のものをコードする発現ベクター）の投与、または追加療法を同時にもしくは異なる時点で含み得る。そのような治療手法は、１種以上の組成物または薬理学的製剤（１種以上の薬剤を含むもの）を投与するか２種以上の別個の組成物もしくは製剤を投与することによって実施でき、ここで、（１）ｍｉｃｒｏＲＮＡ、その補体もしくは阻害剤、または前述のものをコードする発現構築物；および／または（２）もう１つの別の療法が、１つの組成物によって提供される。
【０１９０】
或る実施形態において、例えば非限定例における免疫抑制薬などの追加療法は、本明細書に記載されている薬物療法と併用される。免疫抑制薬は典型的に、免疫系の活性を抑制または阻止する。概して、そのような薬物は数ある中でも糖質コルチコイド、細胞増殖抑止剤、抗体、イムノフィリンに作用する薬物として分類され得る。一部の実施形態において、追加療法は抗炎症薬である。概して、そのような薬物は数ある中でもステロイド、非ステロイド抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、シクロオキシゲナーゼ（ＣＯＸ）阻害剤、ＣＯＸ−２阻害剤、ＣＯＸ−１阻害剤、非選択的ＣＯＸ阻害剤およびその他のものとして分類され得る。追加療法は時には、抗生物質であり得る。概して、そのような薬物は数ある中でもアミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、マクロライド、モノバクタム、ペニシリン、ポリペチド、キノロン、スルホンアミド、およびテトラサイクリンとして分類され得る。一部の実施形態において、追加療法は抗ウイルス薬である。概して、そのような薬物は数ある中でも非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、およびヌクレオチド類似体逆転写酵素阻害剤として分類され得る。或る実施形態において、追加療法はステロイド薬である。概して、そのような薬物は数ある中でもコルチコステロイドおよびタンパク同化ステロイドとして分類され得る。一部の実施形態において、追加療法は化学療法薬である。概して、そのような薬物は、数ある中でもとりわけアルキル化剤、代謝拮抗物質、制癌抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、分裂抑制剤、およびコルチコステロイドとして分類され得る。追加療法は時には、ホルモン療法薬であり得る。概して、そのような薬物は数ある中でも抗卵胞ホルモン、アロマターゼ阻害剤、プロゲスチン、エストロゲン、抗男性ホルモン、およびＬＨＲＨアゴニストとして分類され得る。
【実施例】
【０１９１】
以下に記載する実施例は、或る実施形態を例示するものであって、本技術を限定するものではない。
【０１９２】
実施例１：方法
黒色腫病変において差次的に発現されるｍｉｃｒｏＲＮＡの機能を、正常ドナー皮膚と比較して検査し、悪性黒色腫の腫瘍形成に推定的に関与しているｍｉｃｒｏＲＮＡを同定した。
【０１９３】
患者および対照
３６例の悪性黒色腫皮膚生検および１６例の正常皮膚生検をＩＬＳＢｉｏ（Ｃｈｅｓｔｅｒｔｏｗｎ、ＭＤ）から採取した。黒色腫標本は、第ＩＩＢ〜ＩＶ期にある女性および男性両方（２６〜８１歳）の白人患者由来のものであった。３６例中３０例の黒色腫患者における身体の様々な領域への転移をドキュメント化した。正常皮膚標本は、健常ドナーから採取された。
【０１９４】
Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ；ＡＴＣＣ．ｏｒｇ）からＡ３７５（ＣＲＬ−１６１９）、ＭＡＬＭＥ−３（ＨＴＢ−１０２）、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ（ＨＴＢ−６４）、ＲＰＭＩ７９５１（ＨＴＢ−６６）、ＳＫ−ＭＥＬ−２（ＨＴＢ−６８）、およびＳＫ−ＭＥＬ−５（ＨＴＢ−７０）黒色腫細胞系を購入して、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｔ  Ｎｏ：１６０００−０４４）を含有するＤＭＥＭ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，Ｃａｔ．Ｎｏ：１２４３０−１０４）で培養した。ＬＯＸ、Ｍ１４、Ｍ１９、Ｍ２１、ＵＡＣＣ．６２、およびＵＡＣＣ．２５７黒色腫細胞系を内部的に成長させ（例えば、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ細胞系収集物）、１０％ＦＢＳを含有するＤＭＥＭで培養した。ＡＴＣＣから購入された正常ヒトの新生初代表皮性メラノサイト（ＰＣＳ−２００−０１２）を、Ｍｅｌａｎｏｃｙｔｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｋｉｔ（ＡＴＣＣ  ＰＣＳ−２００−０４１）を補給したＤｅｒｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂａｓｉｌ  Ｍｅｄｉａ（ＡＴＣＣ  ＰＣＳ−２００−０３０）で培養した。Ｌｏｎｚａ（Ａｌｌｅｎｄａｌｅ、ＮＪ；Ｌｏｎｚａ．ｃｏｍ）から購入されたメラノサイト系、ＮＨＥＭ−Ａｄ−Ａｄｕｌｔ  Ｎｏｒｍａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｍｅｌａｎｏｃｙｔｅｓ（ＮＨＥＭ−ａｄ−ａｄｕｌｔ）を、Ｍｅｌａｎｏｃｙｔｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｋｉｔを補給したＤｅｒｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂａｓｉｌ  Ｍｅｄｉａで培養した。全ての細胞系を、サプライヤのプロトコールに従い、および提案された培地で培養した。５０６−５１４クラスタ内のｍｉＲＮＡに関連するアッセイでは、細胞培養が次のように行われた。黒色腫細胞系のパネルのｍｉＲＮＡ発現パターンを評価し、黒色腫患者の標本と最も緊密にクラスタ化されたもの５つをｉｎ  ｖｉｔｒｏ機能アッセイ用に選択した。このパネルに含まれるのはＡ３７５、ＳＫ−ＭＥＬ−２、ＳＫ−ＭＥＬ−５、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ、およびＲＰＭＩ−７９５１であった。全ての細胞系はＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から購入されたもので、３７℃にて５％のＣＯ２を含む加湿雰囲気中、推奨される培地で培養された。初代表皮性メラノサイトはまたＡＴＣＣから購入され、推奨される培地および生育条件を使用して維持された。
【０１９５】
総ＲＮＡ抽出およびリアルタイム定量的ＲＴ−ＰＣＲプロセシング
皮膚生検および培養細胞からの総ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡなどを含む大小両方のＲＮＡ）を、メーカーの総ＲＮＡ用プロトコールに従い、ｍｉｒＶａｎａ  ｍｉＲＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｋｉｔで精製した（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ａｍｂｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）。Ａｇｉｌｅｎｔ２１００  ＢｉｏａｎａｌｙｚｅｒでＲＮＡ６０００  Ｎａｎｏ  ＬａｂＣｈｉｐｓを使用して、ＲＮＡ品質を評価した。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｏｎｅ−Ｃｙｃｌｅ  ｃＤＮＡ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｋｉｔおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐＩＶＴ  Ｌａｂｅｌｉｎｇ  ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）を使用して、２マイクログラムの総ＲＮＡから、ビオチン標識された増幅ｃＲＮＡを生成した。ハイブリダイゼーション用に、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ２．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイ上で、ビオチン標識された２０マイクログラムの各ｃＲＮＡを断片化した。全てのＧｅｎｅＣｈｉｐ洗浄、染色、およびスキャニング手順をＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ規格機器で実行した。データキャプチャおよび初期アレイ品質評価は、ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）ツールで実行した。ＴａｑＭａｎ  ｍｉｃｒｏＲＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｋｉｔ（ＡＢＩ  ４３６６５９７）およびＭｕｌｔｉｐｌｅｘ  ＲＴ  ｆｏｒ  ＴａｑＭａｎ  ｍｉｃｒｏＲＮＡ  Ａｓｓａｙｓ，Ｈｕｍａｎ  Ｐｏｏｌ  Ｓｅｔ（ＡＢＩ  ４３８４７９１）を使用して、発現プロファイリング用にｍｉｃｒｏＲＮＡを調製した。標準プロトコールを使用して、ＴａｑＭａｎ  Ｌｏｗ−Ｄｅｎｓｉｔｙ  Ｈｕｍａｎ  ｍｉｃｒｏＲＮＡ  Ａｒｒａｙ  ｖ１．０（ＡＢＩ  ４３８４７９２）でｍｉｃｒｏＲＮＡの発現を定量した。
【０１９６】
リアルタイム定量的ＲＴ−ＰＣＲ
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ内のｍｉＲＮＡに対してリアルタイム定量的ＲＴ−ＰＣＲを次のように行った。ＴａｑＭａｎ  Ｌｏｗ−Ｄｅｎｓｉｔｙ  Ａｒｒａｙ（ＴＬＤＡ）ｍｉｃｒｏＲＮＡ  Ｃａｒｄｓ  ｖ３．０（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して、ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタの個々のメンバーごとの相対的な倍率変化を定量した。Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＴａｑＭａｎ  ｍｉｃｒｏＲＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  ａｎｄ  Ｍｅｇａｐｌｅｘ  ＲＴ  Ｐｒｉｍｅｒｓを使用して、皮膚生検からの５００ｎｇの総ＲＮＡと細胞培養物からの５００ｎｇの総ＲＮＡとを基に、一本鎖ｃＤＮＡを合成した。メーカーのプロトコールに従い、ＴａｑＭａｎ  Ｐｒｅ−Ａｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  ＭｉｘキットおよびＭｅｇａｐｌｅｘ  Ｐｒｅ−Ａｍｐプライマーを使用して、特異的ｃＤＮＡ標的のプレアンプリフィケーションを実行した。ｍｉｃｒｏＲＮＡカードを装填し、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７９００ＨＴ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲシステム上で作動させた。その際に使用したサイクルパラメーターは次のとおりである。即ち、まず９４．５℃／１０分、その後に９７℃／３０秒および５９．７℃／１分を４０サイクル分を続ける。ＳＤＳ  ｖ２．２．２ソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で、各リアルタイムＰＣＲ方法による結果として得られたＣｔ値のデータ分析を実施した。全ての標本をいくつかのキャリブレータ遺伝子（ＴａｑＭａｎキャリブレータ：Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、ＲＮＵ４４、ＲＮＵ４５）の平均Ｃｔ値に正規化し、その後、正常皮膚からプールされたデルタＣｔ値または正常メラノサイトにおけるデルタＣｔ値を使用して、組織内および細胞系内のｍｉＲＮＡごとの相対的な倍率変化レベルを計算した。ウェルチの二標本ｔ検定を使用して、両方法について相対的な発現率の統計分析を実施した結果、ｐ＜０．０５は有意であると見なされた。
【０１９７】
内在性コントロール（ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ｃｏｎｔｒｏｌ）（即ち、ＲＮＵ４４、ＲＮＵ４８およびＲＮＵ６Ｂ）の一貫性のない発現プロファイルを有する標本は、これ以降の分析の対象から除外した。ｔ検定においてボンフェローニ（Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ）でｐ値＜０．０５に調整して、有意に差次的に発現したｍｉＲＮＡを同定した。絶対的な倍率変化≧２、およびｐ値＜０．０５であるｍｉｃｒｏＲＮＡプローブは、差次的に調節されたものと見なされた。絶対的な倍率変化≧２、およびｐ値＜０．０１は、５００クラスタ内のｍｉＲＮＡに対して差次的に調節されたものと見なされた（５００クラスタ内のｍｉＲＮＡの分析に使用される更なる実験的方法については、下記を参照のこと）。黒色腫内のｍｉｃｒｏＲＮＡのうち、正常ドナー標本内での場合と比べ２倍を超えて有意に過剰発現することが見出されたものは更なる研究の対象となる潜在的なオンコジーンｍｉＲ（Ｏｎｃｏ−ｍｉＲ）と見なされた。一方、１／２未満に過小発現したｍｉｃｒｏＲＮＡは潜在的な腫瘍サプレッサｍｉＲ（ＴＳ−ｍｉＲ）と見なされた。
【０１９８】
差次的に発現したｍｉｃｒｏＲＮＡの機能分析
その後、Ｇｅｏｒｇａｎｔａｓら（ＰＮＡＳ１０４：４３４４）が以前に記述した方法を用い、差次的に発現したｍｉｃｒｏＲＮＡを、癌表現型において予測された機能に関して分析した。差次的に発現したｍｉｃｒｏＲＮＡの中からＰｕｂＭｅｄの腫瘍学関連のキーワードと関連するものを同定するための方法を使用した。加えて、ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔａｒｇｅｔｓｃａｎ．ｏｒｇ／）、ｍｉＲＢａｓｅ  Ｔａｒｇｅｔｓ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｉｒｂａｓｅ．ｏｒｇ／）およびＰｉｃＴａｒ（ｐｉｃｔａｒ．ｍｄｃ−ｂｅｒｌｉｎ．ｄｅ）から、関心のあるｍｉｃｒｏＲＮＡに対して予測されたｍＲＮＡ標的を収集した。これらのｍＲＮＡ標的をＰｕｂｍｅｄ、ＯＭＩＭ、およびＫＥＧＧデータベースで照合して調べ、癌表現型と関連のあるｍＲＮＡを同定した。最後に、Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ  Ｐａｔｈｗａｙ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ，Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）およびＤＡＶＩＤ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ（ｈｔｔｐ：／／ｄａｖｉｄ．ａｂｃｃ．ｎｃｉｆｃｒｆ．ｇｏｖ／ｓｕｍｍａｒｙ．ｊｓｐ）経路分析ツールを使用してｍＲＮＡ標的を分析し、ｍＲＮＡ標的と関連している故、差次的に発現したｍｉｃｒｏＲＮＡの影響を受ける可能性のあることが最も高度に予測された癌関連の分子ネットワーク／経路を同定した。これらの分析を用いて同定されたｍｉｃｒｏＲＮＡを「癌に関連するもの」と見なし、過剰発現したｍｉｃｒｏＲＮＡまたは腫瘍サプレッサｍｉｃｒｏＲＮＡ（ＴＳ−ｍｉＲ）が過小発現した場合、推定オンコジーンｍｉｃｒｏＲＮＡ（Ｏｎｃｏ−ｍｉＲ）として更に調査した。
【０１９９】
トランスフェクション試薬および条件
ｍｉｃｒｏＲＮＡミミックおよび阻害剤。ｍｉＲＩＤＩＡＮ  ｍｉｃｒｏＲＮＡヘアピン阻害剤、ヘアピン阻害剤陰性対照、ｍｉＲＩＤＩＡＮ  ｍｉｃｒｏＲＮＡミミックおよびミミック陰性対照を、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ  Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ（Ｌａｆａｙｅｔｔｅ，Ｃｏｌｏｒａｄｏ）から購入した。ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤は、ｍｉＲＮＡの発現を阻害するように設計された合成ｍｉＲＮＡ特異的分子であり、黒色腫細胞系をトランスフェクションする目的に使用された。ｍｉｃｒｏＲＮＡミミックは、内在性成熟ｍｉＲＮＡを模倣するように設計された二本鎖ＲＮＡオリゴヌクレオチドであり、初代表皮性メラノサイトをトランスフェクションする目的に用いられた。メーカーのガイドラインに従い、ＰｒｉｍｅＦｅｃｔ  ｓｉＲＮＡトランスフェクション試薬（Ｌｏｎｚａ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）を用い、全てのミミックまたは阻害剤を細胞にトランスフェクションした。標識化ｍｉＲＮＡミミックおよび阻害剤対照（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ）を利用して、全ての細胞系に対するトランスフェクション効率を定量した。
【０２００】
トランスフェクション条件を以下のように至適化した。ＡＬＥＸＡ５４７で標識された非標的対照ｍｉＲｉｄｉａｎ  ｍｉｃｒｏＲＮＡミミック（２５０ｎｍ）またはｍｉＲｉｄｉａｎヘアピン阻害剤対照（１０ｎｍ）のトランスフェクションによって、最適なトランスフェクション条件をＰｒｉｍｅＦｅｃｔ  ｓｉＲＮＡ（Ｌｏｎｚａ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）で定量した。６ウェルプレートにて、ＰｒｉｍｅＦｅｃｔ試薬に添付されている至適化プロトコールに従った。トランスフェクション後２４時間目に、ＦＡＣＳｃａｌｉｂｅｒ（ＢＤ）でフローサイトメトリーを用い、トランスフェクションレベルを測定した。ＦｌｏｗＪｏを用いてデータを分析し、トランスフェクションされた細胞の割合（％）および平均蛍光強度を定量した。更なる研究に合わせて至適条件を選択し、必要に応じて３８４ウェルまたは９６ウェルプレート用の培養物表面積を基準としてスケーリングした。
【０２０１】
黒色腫およびメラノサイト細胞系を、以下のようにトランスフェクションした。トランスフェクションの前日に、エンドポイントアッセイに適したディッシュに黒色腫細胞を播種した。約２４時間後に、標準培養培地をＯｐｔｉ−ＭＥＭ血清使用量低減培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で置き換えた。推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲを阻害するため、細胞を１０ｎｍの各適切なｍｉＲＮＡヘアピン阻害剤または阻害剤陰性対照のどちらかでトランスフェクションした。推定ＴＳ−ｍｉＲを「置換」するため、細胞を１００ｎｍの各適切なｍｉＲＮＡミミックまたはミミック陰性対照のいずれかでトランスフェクションした。
【０２０２】
黒色腫およびメラノサイト細胞系においてｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ中にｍｉＲＮＡを含めたアッセイでは、次の条件および阻害剤濃度を使用した。約２４時間後に、標準培養基をＯｐｔｉ−ＭＥＭ血清使用量低減培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で置き換えて、細胞を１０ｎｍの各適切なｍｉＲＮＡヘアピン阻害剤または７０ｎｍの最終混合濃度（調査対象となった数の阻害剤の間で均等に分割された）または７０ｎｍの阻害剤陰性対照のいずれかでトランスフェクションした。次のヘアピン阻害剤でトランスフェクションされた黒色腫細胞は、次のように呼ばれる。フルクラスタに対する阻害剤（例えば、全部で７種の阻害剤）としてはｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５０８、ｍｉＲ−５０９、ｍｉＲ−５１０、ｍｉＲ−５１３、ｍｉＲ−５１４が挙げられ；サブクラスタＡに対する阻害剤（例えば、全部で４種の阻害剤）としてはｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５０８、およびｍｉＲ−５１３が挙げられ；サブクラスタＢに対する阻害剤（例えば、全部で３種の阻害剤）としてはｍｉＲ−５０９、ｍｉＲ−５１０、およびｍｉＲ−５１４が挙げられる。
【０２０３】
初代メラノサイト細胞を次のようにトランスフェクションした。トランスフェクションの前日に、エンドポイントアッセイに適したディッシュにメラノサイトを播種した。約２４時間後に、細胞を１０ｎｍの各適切なｍｉＲＮＡミミック、または１２０ｎｍのミミック陰性対照のいずれかでトランスフェクションした。ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタの一部のメンバーは、複数のイソ型および／または複数の成熟ｍｉＲＮＡを有する。クラスタの全てのコンポーネントの適切な過剰発現を保証するために、特定のｍｉＲＮＡに対して同定された各イソ型をトランスフェクションに含めた。次のｍｉＲＮＡミミックとトランスフェクションされるメラノサイトは、次のように呼ばれる。フルクラスタに対するミミック（例えば、全部で１２個のミミック）としてはｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５０８−３ｐ、ｍｉＲ−５０８−５ｐ、ｍｉＲ−５０９−３ｐ、ｍｉＲ−５０９−５ｐ、ｍｉＲ−５１０、ｍｉＲ−５１３−ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ｂ、ｍｉＲ−５１３−ｃ、およびｍｉＲ−５１４が挙げられ、サブクラスタＡに対するミミック（例えば、全部で８個のミミック）としてはｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５０８−３ｐ、ｍｉＲ−５０８−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ｂ、およびｍｉＲ−５１３−ｃが挙げられ、サブクラスタＢに対するミミック（例えば、全部で４個のミミック）としてはｍｉＲ−５０９−３ｐ、ｍｉＲ−５０９−５ｐ、ｍｉＲ−５１０、およびｍｉＲ−５１４が挙げられる。
【０２０４】
細胞成長アッセイ
成長の阻害を次のように評価した。黒色腫細胞系および初代メラノサイトを３８４ウェルプレートに播種し、フルクラスタ、サブクラスタＡ、サブクラスタＢ、または陰性対照に対する阻害剤で示されているようにトランスフェクションした。トランスフェクション後３日目および５日目に、メーカーのプロトコールに従い、Ｃｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ−Ｇｌｏ  Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ａｓｓａｙ（ＣＴＧ；Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を使用して、細胞の成長を測定した。ＥｎＶｉｓｉｏｎ  Ｐｌａｔｅ  Ｒｅａｄｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で発光データを収集した。ウェルチの二標本ｔ検定を使用して統計学的比較を実施した結果、ｐ＜０．０５は有意であると見なされた。
【０２０５】
アポトーシスアッセイ
アポトーシスを次のようにアッセイした。黒色腫細胞系および初代メラノサイトを３８４ウェルプレートに播種し、過剰発現したｍｉＲに対する阻害剤、または過小発現したｍｉＲのｍｉｃｒｏＲＮＡミミックに関して示されているようにトランスフェクションした。トランスフェクション後２日目にメーカーのプロトコールに従い、Ｃａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ３／７アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用してカスパーゼの活性化を測定した。ＥｎＶｉｓｉｏｎ  Ｐｌａｔｅ  Ｒｅａｄｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）で発光データを収集した。ウェルチの二標本ｔ検定を使用して統計学的比較を実施した結果、ｐ＜０．０５は有意であると見なされた。Ｖｙｂｒａｎｔ  Ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ  ＃２を使用し、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８  ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ／ｐｒｏｐｉｄｉｕｍ  ｉｏｄｉｄｅ（ＰＩ；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で、アポトーシスを経た細胞の比率を測定した。概略説明すると、上記のように、黒色腫細胞系を６ウェルプレート内に５００，０００細胞／ウェルの割合で播種してトランスフェクションした。安定なトリプシン様酵素であるＴｒｙｐＬＥ  Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用してディッシュから細胞を除去し、冷温のＰＢＳで洗浄し、遠心分離し、Ａｎｎｅｘｉｎ結合用緩衝液中に１×１０６細胞／ｍＬの割合で再懸濁させた。メーカーのプロトコールに従い、Ａｎｎｅｘｉｎ  ＶおよびＰＩを使用して室温にて９６ウェルの丸底プレートで細胞をインキュベートした。陽性対照として、トランスフェクションされていない細胞を２５０ｎＭのスタウロスポリン（Ｓｉｇｍａ）で一夜処理した後、Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ／ＰＩで染色した。ＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩフローサイトメーター（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を使用して標本をフローサイトメトリーで分析し、ＦｌｏｗＪｏ分析ソフトウェア（Ａｓｈｌａｎｄ，ＯＲ）を使用して結果を評価した。Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ陽性／ＰＩ陰性細胞およびＡｎｎｅｘｉｎ  Ｖ陽性／ＰＩ陽性細胞のパーセントを定量し、未処置および非標的ｍｉＲＮＡ対照と比較した。
【０２０６】
浸潤および遊走アッセイ
Ｃｕｌｔｒｅｘ  ９６−ｗｅｌｌ  ＢＭＥ  Ｃｅｌｌ  Ｉｎｖａｓｉｏｎ／Ｃｅｌｌ  Ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  Ｂｏｙｄｅｎ  ｃｈａｍｂｅｒ（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ  Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を使用して細胞浸潤および遊走アッセイを実施した。過剰発現したｍｉＲに対する阻害剤、または過小発現したｍｉＲのｍｉｃｒｏＲＮＡミミックに関して示されているように、Ｍａｌｍｅ−３Ｍ細胞をトランスフェクションした。トランスフェクション後４８時間目に、Ｃｕｌｔｒｅｘディッシュの上部チャンバで無血清培地中に約５０，０００細胞を播種した。細胞浸潤アッセイでは、チャンバを０．２５ｘの基底膜抽出液でコーティングした。遊走アッセイでは、チャンバをコーティングされていない状態にした。下部チャンバを１５０μＬのＲＰＭＩ培地＋１０％のＦＢＳで充填した。トランスフェクションされていないＭａｌｍｅ−３Ｍ細胞を陽性対照として使用し、トランスフェクションされていない初代メラノサイトを陰性対照として使用した。２４時間後に、メーカーのプロトコールに従い、浸潤または遊走した細胞を解離してＣａｌｃｅｉｎ−ＡＭで染色した。ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ  Ｍ５（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して励起４８５ｎｍ／発光５２０ｎｍにて蛍光測定し、浸潤／遊走細胞数を定量した。ウェルチの二標本ｔ検定を使用して統計学的比較を実施した結果、ｐ＜０．０５は有意であると見なされた。
【０２０７】
軟寒天培地コロニー形成
記載されているように、メラノサイトを播種し、所望のクラスタまたはサブクラスタのｍｉＲＮＡミミック１２０ｎＭでトランスフェクションした。３６時間後、細胞をトリプシン処理して約２５，０００細胞を０．３％の寒天培地と結合した。０．３％の寒天培地／細胞混合物を０．５％の寒天培地の上層に播種し、前もって６ウェルプレートの各ウェルに添加してから、３０分間凝固させた。３週間にわたって成長させた後、Ｎｉｋｏｎ  ＴＥ２００顕微鏡を使用してコロニーを撮影してから、４つに分注されたウェル（ｑｕａｄｒｕｐｌｉｃａｔｅ  ｗｅｌｌ）にて１ウェルあたり３フィールドで計数するか、またはＣｙｔｏＳｅｌｅｃｔ（商標）Ｃｅｌｌ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ａｓｓａｙ  ｋｉｔ（Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用して定量した。概略説明すると、基質可溶化（ｍａｔｒｉｘ  ｓｏｌｕｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ）溶液を添加して寒天培地を可溶化した後、ＣｙＱｕａｎｔ（登録商標）ＧＲ  Ｄｙｅで細胞をインキュベートした。条件ごとに生存可能な細胞を、４つに分注されたウェル（ｑｕａｄｒｕｐｌｉｃａｔｅ  ｗｅｌｌ）にて蛍光測定した。ウェルチの二標本ｔ検定を使用して統計学的比較を実施した結果、ｐ＜０．０５は有意であると見なされた。
【０２０８】
実施例２：患者の悪性黒色腫生検および正常ドナーの皮膚生検のｍｉＲＮＡ発現の比較
患者の悪性黒色腫生検は、正常ドナーの皮膚生検に比べてｍｉｃｒｏＲＮＡの発現において顕著な差異を示した。合計５２個の皮膚標本（黒色腫患者由来のもの３６個、および健常な患者由来のもの１６個）を最初に選択した。５２標本中の６標本（５つの黒色腫標本および１つの健常標本を含む）を、内在性コントロール（ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ｃｏｎｔｒｏｌ）の異型発現レベルにより除外した。本明細書に記載されているｔ検定を使用し、９８個のｍｉＲＮＡを健常対照と比較して、黒色腫皮膚生検で差次的に発現するｍｉＲＮＡであると同定した。差次的に発現したｍｉＲＮＡの分布には、ｈｓａ−ｍｉＲ−２０３、ｈｓａ−ｍｉＲ−２６ａおよびｍｉＲ−２００ファミリーを含めた下方制御されたｍｉＲＮＡ８３個と、ｍｉＲ１４６ａおよびｍｉＲ−１５５を含めた上方制御されたｍｉＲＮＡ１５個と、が包含される。本明細書において「ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタ」と呼ばれている推定Ｘ染色体ｍｉＲＮＡクラスタもまた同定された。
【０２０９】
９８個の差次的に発現したｍｉＲＮＡのヒートマップは、図１に示すとおりである。標本に（例えば、Ｘ軸に沿って）教師なし階層クラスタリング（ｕｎｓｕｐｅｒｖｉｓｅｄ  ｈｉｅｒａｒｃｈｉｃａｌ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ）を施し、被験対象を大雑把に３つの群に分類した（例えば、図１では１、２および３のように標識されている）。黒色腫患者を（例えば、図１においては第３群として標識されている）正常対象で充填されたクラスタのほかに２つの群（例えば、図１では第１群および第２群）に更にクラスタ化し、それらのうちの一方は（例えば、図１に示す第２群として標識した）Ｂ−Ｒａｆ変異を有する黒色腫患者が過半数を占めていた。他の次元（例えば、Ｙ軸）での階層状クラスタ化によって、ｍｉＲＮＡの共発現パターンが明らかになった。ｍｉＲＮＡクラスタのうちの３つは、注意を引きやすいように縦線で示されている（図１）。図１においてｍｉＲ−２００ファミリーの２つのクラスタは（例えば、下側に）グレーの棒で強調表示され、図１においてｍｉＲ−５０６−５１４クラスタは（例えば、上側に）黒の棒で強調表示されている。
【０２１０】
実施例３：ｍｉＲＮＡのバイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）調査による、黒色腫生検および正常生検における差次的発現の同定
ｍｉＲＮＡ／ｍＲＮＡインフォマティクス（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）を使用して、黒色腫生検および正常生検において差次的に発現したｍｉｃｒｏＲＮＡのうち黒色腫腫瘍形成に推定的に関与したものを判定した。選択されたｍｉＲＮＡ（例えば、黒色腫生検および正常生検で差次的に発現したことが見出されたｍｉＲＮＡ、ならびに図１および図１２において注意を引きやすいように縦線で示されたｍｉＲＮＡについては、図２に示すＧｅｏｒｇａｎｔａｓら（ＰＮＡＳ  １０４：４３４４）のインフォマティクス（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）を使用して更に調査し、推定ｍｉｃｒｏＲＮＡオンコジーンおよび腫瘍サプレッサ（例えば、ｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲのそれぞれ）を同定した。本発明者らは、３つの想定可能な基準を用い、或るｍｉｃｒｏＲＮＡを黒色腫内でｃａｎｃｅｒ−ｍｉＲになる可能性のあるものであると呼んだ。最初に本発明者らは、他の癌内のｏｎｃｏ−ｍｉＲまたはＴＳ−ｍｉＲとして高度に関連付けられていることがＰｕｂＭｅｄにて見出されたｍｉＲを選択した。例としては、黒色腫オンコジーンになる可能性のあるものとしてｍｉＲ−２１およびｍｉＲ−１５５が挙げられる。これら両方は黒色腫内で過剰発現し（図３）、しかも他の癌内のオンコジーンであることを立証する文献が多数の存在するためである。次に、本発明者らは、他の癌に関与していることが以前に示唆されたｍｉＲと、公知のオンコジーンまたはＴＳ遺伝子であるｍＲＮＡ標的および予測されたｍｉＲに焦点を当てた。その好例が、ＭｉＲ−Ｌｅｔ−７ｃである。理由は、ＭｉＲ−Ｌｅｔ−７ｃは、以前に腫瘍サプレッサｍｉＲとして公開されており、しかも、ＣＣＮＦ、Ｅ２Ｆ２、Ｅ２Ｆ６、ＲＡＳなどを癌に関連したｍＲＮＡ標的の一部としてインフォマティクス（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）により同定されていたためである。最後に、公知のオンコジーンｍＲＮＡおよび腫瘍サプレッサ遺伝子ｍＲＮＡを制御するものであると予測されたかを唯一の基準として、いくつかのｍｉＲを選択した。その例としてはｍｉＲ−２７ａおよびｍｉＲ−３３５が挙げられる。これらは両方とも、細胞の薬物耐性に関連するいくつかのｍＲＮＡを標的とするためである。これらのｍＲＮＡとしては、ストレス誘導アポトーシスに関与するＣＴＣＦ、細胞解毒に関与する多くのタンパク質のマスター転写因子であるＮＦＥ２Ｌ２、およびアポトーシスの阻害剤であるＰＬＫ２が挙げられる。これらの基準を用い、過剰発現した５つの個別ｍｉｃｒｏＲＮＡおよび１つの推定クラスタクラスタＸ染色体から（１４個のｍｉＲ  ｐｒｅ−ｍｉＲ／１０個の一意な成熟ｍｉＲからなるｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ）を、黒色腫オンコジーンになる可能性のあるものとして同定した。１４個の個々のｍｉｃｒｏＲＮＡクラスタおよび２個のｍｉｃｒｏＲＮＡクラスタ（ｍｉＲ−２００ｃ−１４１およびｍｉｒ−２００ａ−２００ｂ−４２９）を、黒色腫腫瘍サプレッサになる可能性のあるものとして同定した。黒色腫細胞内で変化したｍｉＲの非限定例は、図３に示すとおりである。
【０２１１】
選択されたｍｉｃｒｏＲＮＡが黒色腫の癌特性にどのような役目を果たしているかを、更に調査した。細胞成長、アポトーシス、遊走、および浸潤は、調査が最も容易で、しかも臨床上意義のある癌特質であり、図４に概略的に示すような機能上の試験が可能である。図４は、ｍｉＲの有効度を定量する場合に使用されるハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）法を示す。５つの過剰発現したｍｉＲおよび過剰発現したｍｉＲ−５０６−５１４クラスタ、ならびに１０個の過小発現したｍｉＲを、上掲の癌特性（例えば、黒色腫細胞の成長、アポトーシス、遊走、および浸潤）の変化について試験した。
【０２１２】
実施例４：黒色腫細胞系の成長を阻害するｍｉｃｒｏＲＮＡの評価
トランスフェクション後３日目および５日目に、推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲが５種類の黒色腫細胞系および正常メラノサイトの細胞成長に及ぼす影響を、発光アッセイで測定した（図５および６）。このアッセイにおいては、少なくとも３種類の黒色腫細胞系内での黒色腫細胞の成長を正常メラノサイトと比較して統計学的に有意に低下させたｍｉｃｒｏＲＮＡ修飾のみを、陽性としてスコアした。
【０２１３】
ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５の阻害剤のトランスフェクションによって、ｍｉＲ−２１およびｍｉＲ−１５５の４／５黒色腫細胞系ならびにｍｉＲ−１４６ａの５／５黒色腫細胞系における細胞成長が有意に減少した（図５Ａ）。５つの推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲを全て同時に阻害しても相乗効果のないことが、観測された（データは不図示）。ｍｉＲ−３１またはｍｉＲ−２１１の阻害は、３つ以上の細胞系において有意な結果を示さなかった（図６Ａ）。
【０２１４】
ｍｉＲミミックのトランスフェクションによって推定ＴＳ−ｍｉＲの作用を置換した結果、ｍｉＲ−１２６ａまたはｍｉＲ−１９３ｂが５／５黒色腫細胞系内での黒色腫細胞の成長を有意に減少させた一方、ｍｉＲ−２０６が３／５細胞系内での黒色腫細胞の成長を有意に減少させなかったことが見出された（図５Ｂ）。ｏｎｃｏ−ｍｉＲの場合と同様に、これら３つのｍｉＲを全て置換して、相乗効果に関するアッセイを行ったが、個々のｍｉＲ単独の場合と比較して阻害度の増大が見られなかった（データは不図示）。試験対象となった他の推定ＴＳ−ｍｉＲは全て、正常メラノサイトにおける影響と比較して、細胞系の成長に有意な影響が見られなかったかまたは１つまたは２つの細胞系においてのみ影響が見られた（図６Ｂ）。
【０２１５】
実施例５：黒色腫細胞系内でアポトーシスを増大させるｍｉｃｒｏＲＮＡの評価
トランスフェクション後２日目および３日目に、推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲがアポトーシスに及ぼした影響（特に、５種類の黒色腫細胞系内および正常メラノサイト内でのカスパーゼ３および７の活性化）を発光アッセイで測定した。ｍｉＲの修飾が黒色腫に及ぼす最も広範且つ最も永続的な影響を同定するために、少なくとも４／５の黒色腫細胞系において、正常メラノサイトと比較してカスパーゼ活性化を統計学的に有意に増大させた修飾のみを陽性としてスコアした。ｍｉＲ−２１またはｍｉＲ−１４６ａのアンチセンス阻害剤のトランスフェクションによって、４／５黒色腫細胞系におけるカスパーゼ３／７の活性化が有意に増大した（図７Ａ）。本発明者らはまた、推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲを５つとも全て同時に阻害して相乗効果を確かめた。細胞成長のアッセイ中に観察されたように、５つの推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲ全てに阻害剤を組み合わせて使用した結果、カスパーゼ活性化は、ｍｉＲ−１４６ａ単独使用の場合とかなり類似するものとなった（データは不図示）。ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−１５５、またはｍｉＲ−２１１の阻害剤は、１〜２つの細胞系においてのみ有意な影響を示し黒色腫アポトーシスへの作用に関して陰性としてスコアされた（図８Ａ）。
【０２１６】
ｍｉＲ−１２６ａまたはｍｉＲ−１９３ｂに関しては、ｍｉＲミミックのトランスフェクションによって、５／５および４／５黒色腫細胞系内でそれぞれ黒色腫のアポトーシスが有意に増大した（図７Ｂ）。試験対象となった他の推定ＴＳ−ｍｉＲは全て、細胞系のカスパーゼ活性化に有意な影響が見られなかったか、または１つまたは２つの細胞系においてのみ影響が見られた（図８Ｂ）。
【０２１７】
実施例６：細胞系およびｍｉｃｒｏＲＮＡの遊走および浸潤阻害研究に関する評価
９６ウェルのＢｏｙｄｅｎ  ｃｈａｍｂｅｒプレートを使用して、Ｂａｓｅｍｅｎｔ  Ｍｅｍｂｒａｎｅ  Ｅｘｔｒａｃｔ基質を通して、膜および浸潤全体の遊走に対する推定ｏｎｃｏ−ｍｉＲおよびＴＳ−ｍｉＲの影響を確認する。本発明者らはまず、黒色腫細胞系および正常メラノサイトの遊走および浸潤の能力を調べることから開始した（図９）。正常メラノサイトおよびＳＫ−ＭＥＬ−５細胞が呈した遊走または浸潤は、ごく僅かであった。ＳＫ−ＭＥＬ−２細胞の遊走および浸潤はそれぞれ、正常メラノサイトのおよそ４倍および２．５倍であった。Ａ３７５細胞およびＲＰＭＩ細胞が呈した遊走および浸潤レベルは高く、正常メラノサイトの約６倍であった。ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞は、メラノサイトと比較してはるかに極めて活発な遊走（約１２倍）および浸潤（約７倍）を呈した。Ａ３７５細胞およびＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞を使用して、ｍｉｃｒｏＲＮＡが遊走および浸潤に及ぼす影響を更に調べた。
【０２１８】
ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−３１、またはｍｉＲ−１４６ａの阻害によって、遊走および浸潤の両方が、スクランブル対照阻害剤でトランスフェクションされた黒色腫細胞と比較して有意に低減した（図１０Ａ）。ｍｉＲ−２１１を阻害したときに、浸潤に対する影響は一切なかったが、遊走が少し低減した（図１１Ａ）。最後に、ｍｉＲ−１５５の阻害によって遊走および浸潤が少しだけ低減した（図１１Ａ）。ｍｉＲ−ｌｅｔ７ｃ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−１９３ｂ、ｍｉＲ−２０６、またはｍｉＲ−２１５の置換によって、黒色腫細胞遊走および浸潤の両方に有意な低減があった（図１０Ｂ）。最も強い影響を示したのはＭｉＲ−１９３ｂおよびｍｉＲ−２０６である。ＭｉＲ−ｌｅｔ７ｃは遊走には僅かな影響しか呈さなかった一方、浸潤を強力に減少させた。それ以外のどのｍｉｃｒｏＲＮＡミミックのトランスフェクションも、遊走または浸潤のいずれに対しても目に見えた影響を及ぼさなかった（図１１Ｂ）。
【０２１９】
実施例７：黒色腫患者の生検および細胞系において、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ内の或るｍｉＲＮＡを上方制御する
ｍｉＲＮＡ発現の調節解除は総じて腫瘍の発生および進行と関連していたが、黒色腫の腫瘍形成に直接関与した比較的少数のｍｉＲＮＡを、詳細分析の対象とした。新規の治療標的およびバイオマーカーを黒色腫の研究および処置に用いるのが有益であることは、立証できたであろう。この目的のために、黒色腫皮膚パンチおよび隣接の正常皮膚のｍｉＲＮＡ発現プロファイルを分析して、黒色腫の発生および進行に関与する可能性のあるｍｉＲＮＡを同定した。正常組織および黒色腫組織から生検材料を採取し、本明細書に記載されているように分析用に調製した。
【０２２０】
全ての標本をｍｉＲＮＡ  Ｔａｑｍａｎ  Ｌｏｗ−ｄｅｎｓｉｔｙ  Ａｒｒａｙ（ＴＬＤＡ）でプロファイリングし、正常標本における明らかな発現の変化を、腫瘍標本と比較して確認した。結果は図１２〜１３に示すとおりである。図１２に示すように、黒色腫腫瘍生検では、ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタの全ての成熟ｍｉｃｒｏＲＮＡについて、正常皮膚と比較してかなりの過剰発現が認められた。図１３に示すように、黒色腫標本においてｍｉＲＮＡ−５０６、５０８、５０９、および５１４は、約３０倍〜約１００倍に過剰発現した。ＴＬＤＡプラットフォームを使用して、ｍｉＲＮＡ−５０７、５１０および５１３を正常皮膚内に検出できなかった。ただし、腫瘍標本内には存在していた（図１３を参照）。正常皮膚からプールされたデルタＣＴ値を使用して、相対的な倍率変化レベルを計算した。ｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０８、ｍｉＲ−５０９、およびｍｉＲ−５１４に関しては、倍率変化のメジアン値を線分で表してある。ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５１０、およびｍｉＲ−５１３に関しては、（ＴＬＤＡでは）正常皮膚内に検出できなかったため、定性的に差異を示す。図１３においてアスタリスク（＊）は、腫瘍と正常との差異がｐ＜０．００１にて統計学的に有意であることを示す。
【０２２１】
ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ内のｍｉＲＮＡは、黒色腫においても前述されていなかったか、または他のどの癌種においても機能的な関連性を割り当てられていなかった。黒色腫細胞系のパネルを組み立てて、更なる研究のために評価して、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの役割について調べた。特にｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの過剰発現という観点から、黒色腫皮膚標本と最も緊密にクラスタ化されたｍｉＲＮＡ発現プロファイルを持つ黒色腫細胞系の群を選択した。ｍｉＲＮＡ  ＴＬＤＡを使用して、黒色腫細胞系内のｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの成熟ｍｉＲＮＡが、正常メラノサイトと比較して過剰発現することを見出した。ただし、図１４に示すように、その過剰発現の大きさは組織において観測される大きさを下回った。原発性メラノサイトからのデルタＣＴ値を使用して、黒色腫細胞系におけるｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの相対的な倍率変化レベルを計算した。図表に示す３つの細胞系の倍率変化のメジアン値は、線分で表されている。本明細書に示す大きさの差異は、他のモデル内の細胞系および組織を比較することによって観測された。発現パターンが類似していることから、これらの細胞系が関連するｉｎ  ｖｉｔｒｏモデルとして利用され得ることが示唆された。
【０２２２】
ＴＬＤＡ遺伝子発現プロファイリング分析に加え、ＢｉｏＭａｒｋ（商標）Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｒｒａｙマイクロ流体システム（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）も使用して、同じプラットフォーム上でメラノサイト、正常皮膚、黒色腫細胞系、および黒色腫組織でのｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタクラスタの発現を比較した。図３０に示すように、大多数の黒色腫標本（２３／３３）は一体にクラスタ化し、ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタの全ての成熟ｍｉＲＮＡが実質的に過剰発現した。もう１つの一連の黒色腫標本（１０／３３）においては、これらのｍｉＲがいくつか過剰発現して一体にクラスタ化し、黒色腫細胞系は図１４に示す結果と一貫していた。対照的に、正常皮膚およびメラノサイトにおいては、この一連のｍｉＲＮＡが独立した別個のクラスタを形成し、有意に過小発現した。追加のプロファイリング分析では、特にｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタに焦点を当て、ベースラインをクラスタ内の発現レベルに合わせて調整したため、クラスタ内の大多数のｍｉＲＮＡレベルは検出可能であった。ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタは、黒色腫組織および５つの黒色腫細胞系内でメラノサイトおよび正常皮膚と比較して有意に過剰発現した（図３１においては平均約３０倍〜約６０倍、図３２においては約４〜２０倍を呈している）。黒色腫細胞系のｍｉＲ−５０６−５１４クラスタの発現レベルの倍率変化は、初代メラノサイトを基準とした相対値にて、図表で示されている。ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタのメンバーごとの倍率変化のメジアン値は、線分で表されている。図３１においてアスタリスク（＊）は、腫瘍と正常との差異がｐ＜０．００１にて統計学的に有意であることを示す。
【０２２３】
実施例８：ｍｉＲＮＡ−５０６−ｍｉＲ５１４クラスタの阻害によって、黒色腫細胞の成長および黒色腫細胞の浸潤／遊走が実質的に阻害される
ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの過剰発現が黒色腫の進行に関与しているかどうかを判定するために、市販のヘアピン阻害剤を使用して、５つの黒色腫細胞系（ＳＫＭＥＬ−２、ＳＫＭＥＬ−５、Ａ３７５、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ、およびＲＰＭＩ−７９５１）内のｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの全てのメンバーを同時に阻害した。蛍光標識されたｍｉＲＮＡ阻害剤（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ）での測定によると、全ての細胞系について７５〜８５％のトランスフェクション効率が達成された。トランスフェクション後３日目および５日目に細胞の成長を測定し、ｍｉＲＮＡ非標的阻害剤でトランスフェクションされた細胞と比較した。ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害後に、５つの黒色腫細胞系の成長が２５〜３５％低下した（図１５を参照）。図１５に示す結果はトランスフェクション後３日目のもので、４つの独立した実験にわたって非標的対照（０％に設定）を基準とした相対的な成長阻害率（％）として表されている。アスタリスク（＊）は、黒色腫細胞系と正常メラノサイトとの差異がｐ＜０．０１にて統計学的に有意であることを示す。黒色腫細胞系内で成長が阻害される程度は、正常メラノサイトと比較して有意に異なった（ｐ＜０．００１）ことから、過剰発現がｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの黒色腫の増殖維持に対して影響力を持つことが示唆される。
【０２２４】
癌進行および転移は、制御不能な増殖に依存するだけでなく、細胞が新たな組織を遊走および／または浸潤させる能力にも依存し得る。成長の検査に使用される５つの細胞系のうち、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞系は最高レベルまで浸潤し遊走したため、遊走／浸潤阻害アッセイに利用された。本明細書に記載されているように、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞を播種し、トランスフェクションした。トランスフェクション後４８時間目に、浸潤のため基底膜抽出液でコーティングしたか、または遊走のためコーティングしてない状態にした９６ウェルのＣｕｌｔｒｅｘディッシュの各チャンバに、５０，０００個のＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞を播種した。アッセイプレートに播種してから２４時間後に、遊走または浸潤した細胞をＣａｌｃｅｉｎ−ＡＭで染色し、蛍光測定によって定量した。結果を浸潤または遊走の阻害率（％）として示す。この阻害率は、非標的対照（０％に設定）を基準とした相対値である。＊は、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４阻害剤でトランスフェクションされた細胞と非標的対照（ＮＴＣ）との差異が、ｐ＜０．００１にて統計学的に有意であることを示す。ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞内でのｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ阻害後に、対照の非標的阻害剤でトランスフェクションされた細胞と比較して、遊走および浸潤がそれぞれ約４０％および５２％減少した（図１６を参照）。追加の実験では、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞およびＡ３７５細胞内でのｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害を実施した。これらの細胞の浸潤および遊走もまた高いレベルであった。図３３に示すように、ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞内でのｍｉＲ−５０６−５１４クラスタが阻害されてから約２４時間目に、対照の非標的阻害剤でトランスフェクションされた細胞と比較して遊走および浸潤の両方が約５０％減少した。Ａ３７５細胞においても同様の結果が観測され、遊走および浸潤がそれぞれ５０％および３５％減少した。図３３に示すように、ｍｉＲＮＡクラスタ阻害後のこうした減少は、トランスフェクション後６時間目のアポトーシスが僅かしか観測されなかった時点においてさえ明白であり、遊走および阻害に対する影響がアポトーシスのみに起因したものでなかったことが示唆された。黒色腫は高度に転移性の癌であり、この疾患に絡んだ死亡率の高まりに寄与している。この新規なクラスタは、黒色腫の浸潤および遊走能力に関与する。このことは、そのクラスタの過剰発現を、転移を示すバイオマーカーとして使用することも可能であるし、原発腫瘍の成長および以降の転移を阻止し得る標的として使用することも可能であることを示唆する。
【０２２５】
実施例９：ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ阻害後に、黒色腫細胞アポトーシスが実質的に増大した
ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によって細胞の成長が低下したことから、このクラスタが黒色腫において重要な機能的役割を果たすことが強調された。細胞数の減少は時には成長抑止の結果であることもあれば、時にはアポトーシスの増大に起因することもあれば、時には成長抑止の結果とアポトーシスの増大とに起因することもあり得る。癌細胞が変異を取得して増殖の遮断を克服できると想定した場合、黒色腫細胞死の増進は何らかの有望な処置の成功にとって有利であることを立証できよう。
【０２２６】
フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害後、適切なヘアピン阻害剤を各１０ｎＭにてトランスフェクションして、複数の黒色腫細胞系におけるアポトーシスを測定した。利用されたアポトーシスアッセイは、（１）カスパーゼ３／７の活性化（例えば、カスパーゼはアポトーシスの判定の指標となる）、および（２）Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖフローサイトメトリーである。実施例９に記載されているように、黒色腫細胞系および初代メラノサイトを１０ｎＭの各抗ｍｉＲＮＡでトランスフェクションした。トランスフェクション後２日目に、Ｃａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ３／７（Ｐｒｏｍｅｇａ）でカスパーゼ３／７の活性化を測定した。図１７に示す結果は、カスパーゼ３／７活性の増加率（％）を示す。この増加率は、非標的対照（ＮＴＣ；０％に設定）を基準とした相対値である。図表中のアスタリスク（＊）は、黒色腫細胞株と正常メラノサイトとの差異がｐ＜０．０１にて統計学的に有意であることを示す。結果はカスパーゼ３／７の活性化を示唆しており、トランスフェクション後４８時間目に、トランスフェクションされた細胞系内のアポトーシスの初期マーカーは、非標的のｍｉＲＮＡ対照細胞と比較してトランスフェクションされた細胞系内で５０〜７５％増大した（図１７を参照）。
【０２２７】
Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ／Ｐｒｏｐｉｄｉｕｍ  ｉｏｄｉｄｅ（ＰＩ）Ｉフローサイトメトリーを使用して、細胞表面に存在するホスファチジルセリン（ＰＳ）の濃度を測定した。この濃度は、細胞がアポトーシスのプロセスを開始したという指標になる。細胞死の最終段階で、膜完全性が完全に失われたことが認められた。このため、生体染料ＰＩを加えることによって初期アポトーシス細胞（Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ陽性／ＰＩ陰性）と後期アポトーシス細胞（Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ陽性／ＰＩ陽性）との判定が可能になり、カスパーゼの活性化の結果を確認できた。トランスフェクション後のＡ３７５、ＳＫＭＥＬ−５、およびＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞内での典型的なフローサイトメトリーの結果は、図１８に示すとおりである。初期アポトーシス細胞はＡｎｎｅｘｉｎ＋／ＰＩ−であり、四分円の右下に示されている。後期アポトーシス細胞はＡｎｎｅｘｉｎ＋／ＰＩ＋であり、四分円の右上に示されている。集計表には、総アポトーシス率（％）および増加率（％）が、対照に対する相対値で示してある。アスタリスク（＊）は、ｍｉＲ−５０６−５１４阻害剤でトランスフェクションされた細胞とＮＴＣとの差異がｐ＜０．０１にて統計学的に有意であることを示す。Ａ３７５細胞、ＳＫＭＥＬ−５細胞およびＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞内でのｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害によって、総アポトーシス細胞（初期および後期の両方）のパーセンテージがそれぞれ５６％、５４％および５６％に増大した。これらは、非ターゲッティング対照（ＮＴＣ）における１８％、１５％および１９％と比較して、図１８に示してある。増殖および浸潤の結果をまとめたこれらのデータによって、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ癌表現型を維持するうえで極めて重大な複数の経路を調整することが確認された。
【０２２８】
実施例１０：ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害後に、軟寒天培地内で黒色腫細胞の成長が有意に低下した
ｉｎ−ｖｉｔｒｏで形質転換された細胞および癌誘導細胞は、細胞外基質に対する足場（ａｎｃｈｏｒａｇｅ）が存在しなくても存続および成長が可能である。このプロセスを調節できれば腫瘍の進行に大きな意義があるであろう。したがって、本発明者らは、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害が軟寒天培地内での黒色腫細胞のコロニー形成能力に及ぼす影響を調べた。本明細書に記載されているように、黒色腫細胞を播種し、トランスフェクションした。４８時間後、細胞をトリプシン処理して２５，０００細胞を０．３％の寒天培地と結合した。０．３％の寒天培地／細胞混合物を０．５％の寒天培地の上層に播種し、あらかじめ６ウェルプレートの各ウェルに添加してから、３０分間凝固させた。播種した細胞を３週間維持した後、０．０１％のクリスタルバイオレットで染色した。１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真は、図１９に示すとおりである。Ｎｉｋｏｎ  ＴＥ２０００顕微鏡を使用して２フィールド／ウェルで３回連続して（ｉｎ  ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）計数してコロニー数の漸増を、図２０に図表で示す。結果は、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻止によって軟寒天培地内のコロニーの数および大きさが非標的ｍｉＲＮＡ対照と比較して８０％減少したことを示唆している。図３４および図３５においてコロニーの典型的な写真で示されるように、ＳＫＭＥＬ−５およびＡ３７５の両細胞系での同様な実験によって、コロニー形成は非標的対照（ＮＴＣ）比較して５０％減少した。図２０および３５の図表中のアスタリスク（＊）は、フルクラスタでトランスフェクションされた細胞と、非標的ｍｉＲＮＡ対照（ＮＴＣ）でトランスフェクションされた細胞と、を比較したときの差異が、ｐ＜０．０１の信頼度にて統計学的に有意であることを示唆している。足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）能力は、癌細胞の最も重要な腫瘍形成特性の１つであり、これらのデータによって、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタが黒色腫表現型の維持に極めて重要な機能役割を果たしていることが確認された。
【０２２９】
実施例１１：ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタのサブクラスタが、複数の癌作用（Ｃａｎｃｅｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎ）の変更に及ぼす影響は、フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタを使用した場合と比較して同等またはそれを上回った
物理的距離マッピングおよびｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタメンバーの系統学的関係の分析によって、このクラスタ内の１４個のｍｉＲが、より小さい２つの推定サブクラスタ（ｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５０７、ｍｉＲ−５０８−３ｐ、ｍｉＲ−５０８−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ｂ、およびｍｉＲ−５１３−ｃからなるサブクラスタＡと、ｍｉＲ−５０９−３ｐ、ｍｉＲ−５０９−５ｐ、ｍｉＲ−５１０、およびｍｉＲ−５１４からなるサブクラスタＢ）に明確に分離したことが示唆された。これらのクラスタを更により小さいサブクラスタに分割することも可能であり、ここで（ｉ）ｍｉＲ−５１３−ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５１３−ａ−５ｐ、ｍｉＲ−５１３−ｂ、およびｍｉＲ−５１３−ｃと、（ｉｉ）ｍｉＲ−５０９−３ｐ、およびｍｉＲ−５０９−５ｐと、（ｉｉｉ）ｍｉＲ−５１０およびｍｉＲ−５１４というグルーピングには個別に３つのサブクラスタ候補が含まれる。ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの全てのメンバーは、Ｘ染色体上で１００ｋｂ以内に位置する。ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタのコード領域のゲノム機構を示す概略図は、図２１に示すとおりである。図２１では、このクラスタ内に存在する物理的距離をブロックで示し、系統学的クラスタを点線の長方形で例示してある。更に詳しく調べるために、個々のメンバーを物理的距離および系統学的クラスタ形成に基づいて各種のサブクラスタ（ブラケット）に分離した。図２１は、Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１７：６１２（２００７）を改変して作成されたものである。
【０２３０】
これらの推定サブクラスタが黒色腫細胞系の成長にどのように影響するかを調べるために、アッセイに関与したサブクラスタの全てのメンバーの間で均等に分割し、複数の黒色腫細胞系において終濃度７０ｎＭで各サブクラスタのメンバーを阻止した。細胞の播種およびトランスフェクションは、本明細書に記載されているように行った。トランスフェクション後３日目および５日目に、細胞の成長を測定した。トランスフェクション後５日目の細胞成長の阻害結果は、図２２に示すとおりである。結果は、フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻止後に観測された影響を基準とした変化の割合（％）として表されている。この割合に基づいて、フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタと同等またはそれ以上の活性を有するあらゆるサブクラスタを同定できた。結果から、ｍｉＲＮＡ−５０６−５０７−５０８−５１３サブクラスタ（サブクラスタＡ）が細胞成長に及ぼす影響は、フルクラスタと同等またはそれ以上であることが判明した。これらの推定サブクラスタ、つまり、個々のｍｉＲＮＡまたは少数（２つまたは３つ）の組み合わせのそれぞれについて複数の濃度を調べた。評価対象となった個々のｍｉＲＮＡまたは少数のｍｉＲＮＡの組み合わせはいずれも、フルクラスタまたはサブクラスタＡと同じ影響を及ぼすことはなかった（図２２を参照のこと。データは不図示）。
【０２３１】
ＭＡＬＭＥ−３Ｍ細胞を使用し、全ての推定サブクラスタの組み合わせの阻害によってどのような影響が黒色腫細胞浸潤および遊走に及ぶかを調べた。本明細書に記載されているように、遊走／浸潤の研究を実施した。フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害後に観測された影響を基準とした変化の割合（％）として表された結果は、図２３に示すとおりである。図２３において矩形で囲まれている結果は、影響がフルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタを使用して観測された影響と同等またはそれ以上であることを示す。サブクラスタＡの阻害によって浸潤および遊走がフルクラスタの阻害後に観測されたレベルと同等またはそれ以上の量だけ減少したことは、結果から明らかである。この影響は、サブクラスタＢを阻害した場合（図２３を参照）、または個々のｍｉＲＮＡまたは少数（２つまたは３つ）のｍｉＲＮＡの組み合わせ（データは不図示）を阻害した場合は観測されなかった。推定サブクラスタＡおよびＢを阻害してから６時間目および２４時間目に黒色腫細胞浸潤および遊走に及ぶ影響を研究し、加えて、ＭＡＬＭＥ−３ＭおよびＡ３７５細胞の両方においても同様の実験を考察した。図３６に示すように、サブクラスタＡを阻害してから６時間および２４時間の両方の時点で浸潤および遊走が低減したが、サブクラスタＢの阻害ではこのような影響は認められなかった。
【０２３２】
フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタまたは同定された推定サブクラスタの阻害後に、複数の黒色腫細胞系内のアポトーシスを測定した。本明細書に記載されているように、カスパーゼ３／７の活性化およびＡｎｎｅｘｉｎ  Ｖフローサイトメトリーのアッセイを利用して、アポトーシスの変化を評価した。トランスフェクション後２日目に、カスパーゼ３／７（Ｃａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ）の活性化を評価した。カスパーゼの活性化の結果は、図２４に示すとおりであり、フルｍｉＲ−５０６−５１４クラスタを基準とする相対的な変化の割合（％）として提示される。矩形で囲まれている結果は、影響がフルクラスタと同等またはそれ以上であることを示す。トランスフェクション後４８時間目に、サブクラスタＡカスパーゼの活性化が、フルクラスタにおいて認められたレベルと同等またはそれ以上のレベルまで増大したことは、結果から示唆される（図２４を参照）。
【０２３３】
Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ／ＰＩフローサイトメトリーのアッセイでは、カスパーゼ活性化のデータが確認された。初期アポトーシス細胞（Ａｌｅｘａ＋／ＰＩ−）は、四分円の右下に示されている。後期アポトーシス細胞（Ａｌｅｘａ＋／ＰＩ＋）は、四分円の右上に示されている。集計表には、総アポトーシス率（％）および増加率（％）が、対照に対する相対値で示してある。アスタリスク（＊）は、ｍｉＲＮＡ阻害剤でトランスフェクションされた細胞とＮＴＣとの差異がｐ＜０．００１にて統計学的に有意であることを示す。図２５に示す３つの黒色腫細胞系を用いた実験の結果から示唆されるように、サブクラスタＡにおける初期および後期アポトーシス細胞（例えば、Ａｎｎｅｘｉｎ  Ｖ陽性／ＰＩ陰性およびＡｎｎｅｘｉｎ  Ｖ陽性／ＰＩ陽性のそれぞれ）のパーセンテージが、フルクラスタにおいて認められたレベルと同等またはそれ以上のレベルまで増大した。この結果は、サブクラスタＢ（図２５を参照）においてもまたは試験対象となった他のサブクラスタの組み合わせ（データは不図示）のいずれにおいても観測されなかった。
【０２３４】
サブクラスタＡの阻害によって、軟寒天培地のコロニー形成をフルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの阻害後に認められたレベルまで有意に低減できたことは、図２６〜２７に示されている。１０×の拡大倍率で撮影されたコロニーの典型的な写真は、図２６に示すとおりである。図２７は、２フィールド／ウェルで３回連続して（ｉｎ  ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）計数してコロニー数の漸増を、図表で表したものである。図２７においてアスタリスク（＊）は、フルクラスタまたはサブクラスタＡでトランスフェクションされた細胞と、非標的ｍｉＲＮＡ対照（ＮＴＣ）でトランスフェクションされた細胞と、を比較したときの差異が、ｐ＜０．０１の信頼度にて統計学的に有意であることを示唆している。フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタおよびサブクラスタＡで調整される表現型の影響が両方とも統計学的に有意で且つほとんど同一であると想定した場合、本発明者らは、サブクラスタＡ（ｍｉＲＮＡ−５０６、−５０７、−５０８、および−５１３）が、黒色腫の増殖および進行にとって重要な経路を調節するうえで必要不可欠な役割を果たしていると結論づけることができよう。
【０２３５】
実施例１２：フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタｍｉＲＮＡの過剰発現によって正常メラノサイトが形質転換された
ｍｉＲＮＡについては、５０６−５１４クラスタおよび様々なサブクラスタにおいて黒色腫細胞の成長、アポトーシス、遊走／湿潤、および足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）を制御する機能的役割が調査されてきており、本明細書中に記載されている。フルｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、または様々なサブクラスタの腫瘍形成能力は、関心の対象となる可能性がある。発癌能の特徴は足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ  ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）にある。そのため、５０６−５１４クラスタのｍｉＲＮＡの過剰発現が、軟寒天培地内にコロニー形成するようにメラノサイトを形質転換する工程に及ぼす影響を測定した。正常メラノサイトを播種し、記載されているように、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタまたは指示されたサブクラスタに対しては１２０ｎＭのｍｉＲＮＡミミックでトランスフェクションした。実施例１０に記載されているように、細胞を軟寒天培地に播種した。ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタまたは様々なサブクラスタを過剰発現させた結果は、図２８〜２９に表す。１０×の拡大倍率の典型的な写真は、図２８に示すとおりである。図２９は、２フィールド／ウェルで３回連続して（ｉｎ  ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）計数してコロニー数の漸増を、図表で表したものである。ＳＫＭＥＬ−５細胞およびＡ３７５細胞の両方において実施された実験の結果は、図３７および図３８に図表で示すとおりである。図２９および図３８においてアスタリスク（＊）は、フルクラスタまたはサブクラスタでトランスフェクションされた細胞と、非標的ｍｉＲＮＡ対照（ＮＴＣ）でトランスフェクションされた細胞と、を比較したときの差異が、ｐ＜０．０１の信頼度にて統計学的に有意であることを示唆している。
【０２３６】
サブクラスタＡまたはＢでなくフルクラスタを過剰発現させることによって、メラノサイトの形質転換を誘発することができた。このことは、ＮＴＣでトランスフェクションされたメラノサイトを基準とした相対値でコロニー数が２３倍に増加したことで示唆される（図２９を参照）。サブクラスタＡ（ｍｉＲＮＡ−５０６、−５０７、−５０８−３ｐ、−５０８−５ｐ、−５１３−ａ−３ｐ、−５１３−ａ−５ｐ、−５１３−ｂ、および−５１３−ｃ）は黒色腫の成長、アポトーシス、湿潤／遊走、足場非依存性増殖（ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ）を維持するうえで機能的役割を果たすように思われるが、フルクラスタにおいて観測される程度と同程度までメラノサイト形質転換を誘発することはできなかった。ｍｉＲＮＡは複数の経路を標的化できることから、ｍｉＲＮＡ−５０６−５１４クラスタの全てのメンバーが癌形成の開始に必要とされるが、癌の成長を維持しアポトーシスを防止するうえで必要とされる経路はｍｉＲＮＡ（サブクラスタＡ）のサブセットによってのみ調節し得ることが明白であるモデルがサポートされる。フルクラスタについて予測された標的をサブクラスタＡと比較することによって、黒色腫の開始および維持の両方に寄与するこの新規なクラスタの多機能的役割を説明し得る差次的遺伝子／経路を解明できる。
【０２３７】
ｍｉＲ−５０６−５１４クラスタの過剰発現によってメラノサイト形質転換に関連する遺伝子発現に生じた変化を評価するために、軟寒天培地内で成長したメラノサイトコロニーからＲＮＡを単離し、黒色腫および癌特異的マーカーのパネルをＴａｑＭａｎ  ＲＴ−ＰＣＲで検査した。図３９に示すように、軟寒天培地内でのｍｉＲ−５０６−５１４の過剰発現および成長は、Ｅ−カドヘリン、Ｐ−カドヘリン、ｐ１６／ＣＤＫＮ２Ａ、ＤＫＫ３、ＲＡＢ３３Ａ、ＴＹＲＰ１、およびＢＡＤにおける実質的なダウンレギュレーション、ならびにＫｉ６７、ＭＩＡ、ＤＣＴおよび幹細胞マーカー（ＰＲＯＭ１／ＣＤ１３３およびＮｅｓｔｉｎ）における発現の顕著な増大と関連性があった。
【０２３８】
【表１】
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【０２３９】
実施例１３：実施形態の例
以下、或る実施形態の例を挙げる。
【０２４０】
Ａ１．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０２４１】
Ａ２．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０２４２】
Ａ３．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０２４３】
Ａ４．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０２４４】
Ａ５．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０２４５】
Ａ６．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む方法。
【０２４６】
Ａ７．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかが被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、を含む方法。
【０２４７】
Ａ８．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法。
【０２４８】
Ａ９．
（ａ）  黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の毒性を低減するための方法。
【０２４９】
Ｂ１．
被験対象における黒色腫の処置に有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法。
【０２５０】
Ｂ２．
黒色腫細胞を黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法。
【０２５１】
Ｂ３．
黒色腫細胞を黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０３、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法。
【０２５２】
Ｂ４．
被験対象における黒色腫の処置に有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる阻害剤を含む工程と、を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法。
【０２５３】
Ｂ５．
黒色腫細胞を黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程と、を含む方法。
【０２５４】
Ｂ６．
黒色腫細胞を黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程と、を含む方法。
【０２５５】
Ｃ１．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５の存在、不在または量を判定する、請求項Ａ１〜Ａ９のいずれか一項に記載の方法。
【０２５６】
Ｃ２．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−１５５からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される、請求項Ｂ４〜Ｂ６のいずれか一項に記載の方法。
【０２５７】
Ｃ３．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４の存在、不在または量を判定する、請求項Ａ１〜Ａ９のいずれか一項に記載の方法。
【０２５８】
Ｃ３．１．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３の存在、不在または量を判定する、請求項Ａ１〜Ａ９のいずれか一項に記載の方法。
【０２５９】
Ｃ４．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される、請求項Ｂ４〜Ｂ６のいずれか一項に記載の方法。
【０２６０】
Ｃ４．１．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３からなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの１つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物が利用される、請求項Ｂ４〜Ｂ６のいずれか一項に記載の方法。
【０２６１】
Ｃ５．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂである、請求項Ａ１〜Ｂ３のいずれか一項に記載の方法。
【０２６２】
Ｃ６．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａである、請求項Ａ１〜Ｂ３のいずれか一項に記載の方法。
【０２６３】
Ｃ７．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６ａである、請求項Ａ１〜Ａ９およびＢ４〜Ｂ６のいずれか一項に記載の方法。
【０２６４】
Ｃ７．１．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９がｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９−１、−２または−３である、請求項Ａ１〜Ａ９、およびＢ４〜Ｂ６のいずれか一項に記載の方法。
【０２６５】
Ｃ８．
黒色腫細胞が腫瘍内にある、請求項Ｂ２、Ｂ３、Ｂ５およびＢ６のいずれか一項に記載の方法。
【０２６６】
Ｄ１．
被験対象における黒色腫の処置に有効な量の組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、
組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を被験対象に送達する１種以上の成分を含む工程を含む、被験対象における黒色腫を処置するための方法。
【０２６７】
Ｄ２．
黒色腫細胞を黒色腫細胞の増殖を阻害するのに有効な量の組成物に接触させる工程であって、
組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を送達する１種以上の成分を含む工程を含む方法。
【０２６８】
Ｄ３．
黒色腫細胞を黒色腫細胞のアポトーシスを誘発するのに有効な量の組成物に接触させる工程であって、
組成物が（ｉ）イミダゾールカルボキサミドと、（ｉｉ）イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物と、を送達する１種以上の成分を含む工程を含む方法。
【０２６９】
Ｅ１．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を、黒色腫を有する被験対象に投与する工程と、
（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０２７０】
Ｅ２．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を、黒色腫を有する被験対象に投与する工程と、
（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０２７１】
Ｅ３．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０２７２】
Ｅ４．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０２７３】
Ｅ５．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０２７４】
Ｅ６．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む方法。
【０２７５】
Ｅ７．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかが被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、を含む方法。
【０２７６】
Ｅ８．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の治療有効性を至適化するための方法。
【０２７７】
Ｅ９．
（ａ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を投与されており且つ黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における黒色腫の処置の毒性を低減するための方法。
【０２７８】
Ｅ１０．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０２７９】
Ｅ１１．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０２８０】
Ｅ１２．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かを、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む方法。
【０２８１】
Ｅ１３．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  イミダゾールカルボキサミド剤を送達する組成物を被験対象に投与するか否かの指示を、バイオマーカーの存在、不在または量に基づいて提供する工程と、を含む方法。
【０２８２】
Ｅ１４．
組成物を投与するかまたは投与しない工程を含む、請求項Ｅ１０〜Ｅ１３のいずれか一項に記載の方法。
【０２８３】
Ｅ１５．
組成物を投与する工程を含み、組成物がイミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を含む、請求項Ｅ１０〜Ｅ１３のいずれか一項に記載の方法。
【０２８４】
Ｅ１６．
組成物を投与する工程と、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を含む組成物を投与する工程と、を含む、請求項Ｅ１０〜Ｅ１３のいずれか一項に記載の方法。
【０２８５】
Ｅ１７．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいてイミダゾールカルボキサミド剤を被験対象に投与する工程と、を含む方法。
【０２８６】
Ｅ１８．
意思決定者が組成物を投与するか否かが、バイオマーカーの存在、不在または量に基づく、請求項Ｅ１７に記載の方法。
【０２８７】
Ｅ１９．
イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する１種以上の成分を含む組成物を被験対象に投与する工程を含む、請求項Ｅ１７に記載の方法。
【０２８８】
Ｅ２０．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーが、イミダゾールカルボキサミド抗細胞増殖活性に対する黒色腫細胞の感応性を増強するｍｉｃｒｏＲＮＡからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいてイミダゾールカルボキサミド剤を被験対象に投与しないようにする工程と、を含む方法。
【０２８９】
Ｅ２１．
被験対象に投与されるイミダゾールカルボキサミド剤を送達しない組成物を選択する工程と、を含む、請求項Ｅ２０に記載の方法。
【０２９０】
Ｅ２２．
組成物がアルキル化剤を送達しない、請求項Ｅ２１に記載の方法。
【０２９１】
Ｅ２３．
被験対象に組成物を投与する、請求項Ｅ２１またはＥ２２に記載の方法。
【０２９２】
Ｆ１．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物がｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１５、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−３３５、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む、請求項Ｄ１〜Ｅ２３のいずれか一項に記載の方法。
【０２９３】
Ｆ２．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１０ａである、請求項Ｆ１に記載の方法。
【０２９４】
Ｆ３．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７がｍｉｃｒｏＲＮＡ−２７ａまたは−２７ｂである、請求項Ｆ１に記載の方法。
【０２９５】
Ｆ４．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４３ａである、請求項Ｆ１に記載の方法。
【０２９６】
Ｆ５．
ｍｉｃｒｏＲＮＡが非癌性静止細胞と比較して相対的に低いレベルで黒色腫細胞内に存在する、請求項Ｄ１〜Ｅ２３のいずれか一項に記載の方法。
【０２９７】
Ｆ６．
ｍｉｃｒｏＲＮＡがＩＬ−６受容体またはＩＬ−６受容体経路メンバーの発現を調整する、請求項Ｄ１〜Ｅ２３のいずれか一項に記載の方法。
【０２９８】
Ｆ７．
黒色腫細胞が腫瘍内にある、請求項Ｄ２またはＤ３に記載の方法。
【０２９９】
Ｇ１．
（ａ）  転移性黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０３００】
Ｇ２．
（ａ）  転移性黒色腫を有する被験対象に抗がん剤を投与する工程と、
（ｂ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｃ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０３０１】
Ｇ３．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０３０２】
Ｇ４．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するか否かを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０３０３】
Ｇ５．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む方法。
【０３０４】
Ｇ６．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む方法。
【０３０５】
Ｇ７．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかが被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいたものである指示を転送する工程と、を含む方法。
【０３０６】
Ｇ８．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における転移性黒色腫細胞の治療の効力を至適化するための方法。
【０３０７】
Ｇ９．
（ａ）  転移性黒色腫を有し抗がん剤を投与された被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  以降薬物投与量を維持するかまたは以降被験対象に投与される薬物投与量を調整するかを、被験対象において同定されたバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて行う工程と、を含む、被験対象における転移性黒色腫の処置の毒性を低減するための方法。
【０３０８】
Ｇ１０．
（ａ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かをバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０３０９】
Ｇ１１．
（ａ）  被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を含む情報を受け取る工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かをバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する工程と、を含む方法。
【０３１０】
Ｇ１２．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かをバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて判定する意思決定者に、バイオマーカーの存在、不在または量を転送する工程と、を含む方法。
【０３１１】
Ｇ１３．
（ａ）  黒色腫を有する被験対象におけるバイオマーカーの存在、不在または量を同定または判定する工程であって、バイオマーカーがｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される工程と、
（ｂ）  被験対象が転移性黒色腫に罹患する危険にさらされているか否かの指示をバイオマーカーの存在、不在または量に基づいて提供する工程と、を含む方法。
【０３１２】
Ｇ１４．
転移性黒色腫の危険にさらされている被験対象に、黒色腫を処置する組成物を投与する、請求項Ｇ１０〜Ｇ１３のいずれか一項に記載の方法。
【０３１３】
Ｇ１５．
転移性黒色腫の危険にさらされていない被験対象に黒色腫を処置する組成物を投与しないようにするようにする工程を含む、請求項Ｇ１０〜Ｇ１３のいずれか一項に記載の方法。
【０３１４】
Ｇ１６．
被験対象が黒色腫を有する、請求項Ｇ１０〜Ｇ１５のいずれか一項に記載の方法。
【０３１５】
Ｇ１７．
被験対象が黒色腫を有すると診断されている、請求項Ｇ１６に記載の方法。
【０３１６】
Ｈ１．
被験対象における黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程と、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む、被験対象における転移性黒色腫を処置するための方法。
【０３１７】
Ｈ２．
転移性黒色腫細胞を黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法。
【０３１８】
Ｈ３．
転移性黒色腫細胞を黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２０６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡを含む工程を含む方法。
【０３１９】
Ｈ４．
被験対象における黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物を送達する組成物を、それを必要とする被験対象に投与する工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程を含む、被験対象における転移性黒色腫を処置するための方法。
【０３２０】
Ｈ５．
転移性黒色腫細胞を黒色腫細胞の転移を阻害するのに有効な量のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物に接触させる工程であって、
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤組成物が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−２１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１４クラスタ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６−５１３クラスタ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるｍｉｃｒｏＲＮＡの阻害剤を含む工程と、を含む方法。
【０３２１】
Ｉ１．
転移が非癌組織の黒色腫細胞による浸潤である、請求項Ｇ１〜Ｈ５のいずれか一項に記載の方法。
【０３２２】
Ｉ１．１．
組織が皮膚でない、請求項Ｉ１に記載の方法。
【０３２３】
Ｉ２．
転移が黒色腫細胞の遊走である、請求項Ｇ１〜Ｈ５のいずれか一項に記載の方法。
【０３２４】
Ｉ３．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７がｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｌｅｔ７ｃである、請求項Ｇ１〜Ｈ３のいずれか一項に記載の方法。
【０３２５】
Ｉ４．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９がｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９−１、−２または−３である、請求項Ｇ１〜Ｈ３のいずれか一項に記載の方法。
【０３２６】
Ｉ５．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１９３ｂである、請求項Ｇ１〜Ｈ３のいずれか一項に記載の方法。
【０３２７】
Ｉ６．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６がｍｉｃｒｏＲＮＡ−１４６ａである、請求項Ｇ１〜Ｇ１７、Ｈ４およびＨ５のいずれか一項に記載の方法。
【０３２８】
Ｉ７．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４の存在、不在または量を判定する、請求項Ｇ１〜Ｇ１７のいずれか一項に記載の方法。
【０３２９】
Ｉ８．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３の存在、不在または量を判定する、請求項Ｇ１〜Ｇ１７のいずれか一項に記載の方法。
【０３３０】
Ｉ９．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤、またはｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０９、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１０、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１４のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物を利用する、請求項Ｈ４またはＨ５に記載の方法。
【０３３１】
Ｉ９．１．
ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤、またはｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０７、ｍｉｃｒｏＲＮＡ−５０８およびｍｉｃｒｏＲＮＡ−５１３のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤を含む組成物を利用する、請求項Ｈ４またはＨ５に記載の方法。
【０３３２】
Ｉ１０．
転移性黒色腫細胞が腫瘍内にある、請求項Ｈ２、Ｈ３またはＨ５に記載の方法。
【０３３３】
Ｊ１．
黒色腫が転移性黒色腫である、請求項Ａ１〜Ｉ１０のいずれか一項に記載の方法。
【０３３４】
Ｊ２．
ｍｉｃｒｏＲＮＡがヒトｍｉｃｒｏＲＮＡである、請求項Ａ１〜Ｊ１のいずれか一項に記載の方法。
【０３３５】
Ｊ３．
被験対象がヒトである、請求項Ａ１〜Ｊ２のいずれか一項に記載の方法。
【０３３６】
Ｊ４．
バイオマーカーの存在、不在または量を被験対象由来の生物学的標本から判定する、請求項Ａ１〜Ａ９、Ｃ１、Ｅ１〜Ｅ２３、Ｆ１〜Ｆ４、Ｇ１〜Ｇ１７およびＩ３〜Ｉ９のいずれか一項に記載の方法。
【０３３７】
Ｊ５．
標本に血液または血液画分が含有されている、請求項Ｊ４に記載の方法。
【０３３８】
Ｊ６．
標本に皮膚生検生成物が含有されている、請求項Ｊ４に記載の方法。
【０３３９】
本明細書において参照されている各特許、特許出願、公報、および文書はその全体が、本明細書中に参照によって援用されている。上記特許、特許出願、公報、および文書の引用は、前述のいずれも関連性のある先行技術であることを承認するものでなく、これらの公報もしくは文書の内容または日付に関していかなる承認にもならない。
【０３４０】
前掲書に対する修正は、技術の基本的態様から逸脱することなく行うことができる。１つ以上の特定の実施形態を参照して、本技術について極めて詳細に説明してきたが、特に本出願において開示されている実施形態に変更を行うことが可能であり、依然として、これらの修正および改良は本技術の範囲および趣旨の範囲内にある。
【０３４１】
本明細書において例証的に記載されている技術は、本明細書中に具体的に開示されていない任意の要素なしに好適に実施され得る。ゆえに、例えば、本明細書における各例において「〜を備える（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「実質的に〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」および「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」という言い回しはいずれも、他の２つの言い回しのどちらか一方で置き換えてもよい。これまで使用されてきた用語および表現は、限定ではなく説明のための用語として使用されているため、そのような用語および表現を使用したとしても、記載され且つ説明されている特徴の任意の同等物またはその一部を除外するものではなく、クレームされている技術の範囲内で様々な変更を行うことが可能である。「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」という用語は、この用語によって修飾される要素のうちの１つまたは複数を指し得る（例えば、「１つの試薬（ａ  ｒｅａｇｅｎｔ）」は１つ以上の試薬を意味し得る）。ただし、当該の要素のうちの１つまたは当該の要素のうちの複数のいずれかが記述されていることが文脈上明らかである場合は、この限りではない。本明細書において用語「約」は、基底パラメーターの１０％以内（即ち、±１０％）の値を指し、「約」という用語が値の文字列の先頭に使用されている場合は、それぞれの値が修飾される（即ち、「約１、２および３」は約１、約２および約３を指す）。例えば、「約１００ｇ」の重量は、９０ｇ〜１１０ｇの間の重量を包含し得る。更に、本明細書において値のリスト（例えば、約５０％、６０％、７０％、８０％、８５％または８６％）が記載されている場合、そのリストは全ての中間値およびその小数値（例えば、５４％、８５．４％）を包含する。ゆえに、典型的な実施形態および任意の特徴を挙げて本技術を具体的に開示してきたが、当業者は本明細書において開示した概念の修正および変形を行うことができ、そのような修正および変形は本技術の範囲内にあると見なされることを理解すべきである。
【０３４２】
本技術における或る種の実施形態は、下掲の特許請求の範囲に記載されている。
【図１】
2014502606.tif 000075
【図２】
2014502606.tif 000076
【図３】
2014502606.tif 000077
【図４】
2014502606.tif 000078
【図５】
2014502606.tif 000079
【図６】
2014502606.tif 000080
【図７】
2014502606.tif 000081
【図８】
2014502606.tif 000082
【図９】
2014502606.tif 000083
【図１０】
2014502606.tif 000084
【図１１】
2014502606.tif 000085
【図１２】
2014502606.tif 000086
【図１３】
2014502606.tif 000087
【図１４】
2014502606.tif 000088
【図１５】
2014502606.tif 000089
【図１６】
2014502606.tif 000090
【図１７】
2014502606.tif 000091
【図１８】
2014502606.tif 000092
【図１９】
2014502606.tif 000093
【図２０】
2014502606.tif 000094
【図２１】
2014502606.tif 000095
【図２２】
2014502606.tif 000096
【図２３】
2014502606.tif 000097
【図２４】
2014502606.tif 000098
【図２５Ａ】
2014502606.tif 000099
【図２５Ｂ】
2014502606.tif 000100
【図２６】
2014502606.tif 000101
【図２７】
2014502606.tif 000102
【図２８】
2014502606.tif 000103
【図２９】
2014502606.tif 000104
【図３０】
2014502606.tif 000105
【図３１】
2014502606.tif 000106
【図３２】
2014502606.tif 000107
【図３３】
2014502606.tif 000108
【図３４】
2014502606.tif 000109
【図３５】
2014502606.tif 000110
【図３６】
2014502606.tif 000111
【図３７】
2014502606.tif 000112
【図３８】
2014502606.tif 000113
【図３９】
2014502606.tif 000114
【配列表】
2014502606000001.app
【国際調査報告】
2014502606.tif 000115
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2014502606.tif 000117
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