(57)【要約】多発性硬化症（ＭＳ）を有する対象（例えば、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する患者）の特定、評価および／または治療のための方法、アッセイおよびキットを開示する。一態様において、本発明は、例えばＭＳ患者由来の試料などの、試料を評価するための方法またはアッセイを特徴とする。方法には、試料中のＭＳバイオマーカーの変化（例えば、増加または減少したレベル）を検出することが含まれる。ある実施形態において、治療方法には、ＭＳ療法、例えば、ＩＦＮβ剤（例えば、そのアナログおよび誘導体（例えば、そのペグ化変異体）を含むＩＦＮ−β１ａ分子またはＩＦＮ−β１ｂ分子）を含むＭＳ療法が含まれる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
多発性硬化症（ＭＳ）を有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象において、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を治療または予防する方法であって、前記方法が：
前記対象において、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、またはその組み合わせから選択される、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの値を取得すること；および
前記値に応じて、前記対象に、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を軽減させるのに十分な量で、ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療を実施すること；を含み、
前記ＭＳバイオマーカーの、基準値に対して増加した値に応じて、ＭＳ治療を開始または継続し；および
前記ＭＳバイオマーカーの、基準値に対して減少した値に応じて、ＭＳ治療を修正する、前記方法。
【請求項２】
ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象を、ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療に対する、増加した応答性または減少した応答性を有するとして特定特定する方法であって、前記方法が：
前記対象において、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、またはその組み合わせから選択される、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの値を取得すること；および
前記値に応じて、ＭＳ治療に対する増加または減少した応答性を有するとして、前記対象を特定特定すること；を含み
前記ＭＳバイオマーカーの、基準値に対して増加した値に応じて、前記対象を、ＭＳ治療に対する増加した応答性を有するとして特定し；および
前記ＭＳバイオマーカーの、基準値に対して減少した値に応じて、前記対象を、ＭＳ治療に対する減少した応答性を有するとして特定する、方法。
【請求項３】
ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象において、ＩＦＮ−ｂ剤を含む第１のＭＳ治療を評価またはモニタする方法であって、前記方法が：
前記対象において、第１のＭＳ治療の実施前、実施中、および／または実施後に、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦから選択されるＭＳバイオマーカーの値を取得すること；および
前記値に応じて：
（ｉ）前記第１のＭＳ治療、（ｉｉ）前記第１のＭＳ治療の投薬、（ｉｉｉ）前記第１のＭＳ治療のスケジュールもしくは時間経過、または（ｉｖ）第２の代替的ＭＳ治療、のうちの１つまたは複数を実施するかまたは変更すること；を含み、
前記ＭＳバイオマーカーの、基準値に対して増加した値に応じて、前記対象に：
（ｉ）前記第１のＭＳ治療、（ｉｉ）前記第１のＭＳ治療の投薬、または（ｉｉｉ）前記第１のＭＳ治療のスケジュールもしくは時間経過；のうちの１つまたは複数を実施し、および
前記ＭＳバイオマーカーの、基準値に対して減少した値に応じて、前記対象に、第２の代替的ＭＳ治療を実施し、
それにより、ＭＳ治療を評価またはモニタする、前記方法。
【請求項４】
約０．６ｎｇ／ｍｌ以上の、前記対象の血清中のＣＣＬ２１値が、前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療に対する、前記対象の増加した応答性を示し、一方、約０．６ｎｇ／ｍｌ未満のＣＣＬ２１血清レベルが、前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療に対する、前記対象の減少した応答性を示す、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
約０．９５ｎｇ／ｍｌ以上の、前記対象の血清中のＢＡＦＦ値が、前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療に対する、前記対象の増加した応答性を示し、一方、約０．９５ｎｇ／ｍｌ未満のＢＡＦＦ血清レベルが、前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療に対する、減少した応答性を示す、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記ＭＳバイオマーカーが、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数をさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記基準値を、ＭＳ対象集団；または異なる時間間隔での前記対象；のうちの１つまたは複数から得る、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
ＭＳ治療が、ＩＦＮ−ｂ１ａ分子、ＩＦＮ−ｂ１ｂ分子、またはＩＦＮ−ｂ１ａ分子もしくはＩＦＮ−ｂ１ｂ分子のペグ化変異体から選択されるＩＦＮｂ剤を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記ＩＦＮｂ−１ａ分子が、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）またはＲｅｂｉｆ（登録商標）であり；前記ＩＦＮｂ−１ｂ分子がＢｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）またはＢｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標））である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ＭＳ治療を、第２の代替的ＭＳ治療を実施することにより修正する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記第２の代替的ＭＳ治療が：
（ｉ）グルタミン酸、リジン、アラニンおよびチロシンのポリマー、もしくはグラチラマー；
（ｉｉ）α−４インテグリンに対する抗体もしくはその断片、もしくはナタリズマブ；
（ｉｉｉ）アントラセンジオン分子、もしくはミトキサントロン；
（ｉｖ）フィンゴリモド、もしくはＦＴＹ７２０；
（ｖ）ジメチルフマレートもしくは経口用ジメチルフマレート
（ｖｉ）Ｔ細胞のＩＬ−２受容体のアルファサブユニットに対する抗体、もしくはダクリズマブ；
（ｖｉｉ）ＣＤ５２に対する抗体、もしくはアレムツズマブ；または
（ｖｉｉｉ）抗−ＬＩＮＧＯ−１抗体；
から選択される、請求項３または１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象が：良性ＭＳ、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）、原発性進行型ＭＳ、または二次性進行型ＭＳ；単一の臨床症状（ＣＩＳ）または臨床的に確実なＭＳ（ＣＤＭＳ）；のうちの１つを有する患者である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記対象が、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する患者である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記対象が：前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療の実施前に、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する患者；前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療の間のＲＲＭＳ患者；または前記ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ治療の実施後のＲＲＭＳ患者；のうちの１つまたは複数から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記治療または予防が、前記ＭＳ対象において、再発または身体障害の悪化を、軽減、遅延、または予防することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
神経学的検査を実施すること；総合障害度評価尺度（ＥＤＳＳ）における前記対象の状態を評価すること；またはＭＲＩを使用した評価により、前記対象の病変の状態を検出すること；のうちの１つまたは複数をさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記対象由来の試料を得ることをさらに含み、前記試料が、非細胞性体液、または細胞もしくは組織画分から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記非細胞性画分が、血漿または血清から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞性画分が、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
１つまたは複数のＭＳバイオマーカーのレベル；新たな病変の出現率（例えば、ＭＲＩスキャンにおける）；新たな疾患関連症状の出現；ＥＤＳＳスコアにおける変化；生活の質における変化；または、臨床成績に関連するいずれかの他のパラメータ；のうちの１つまたは複数における変化に関して、前記対象をモニタすることをさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記対象を：ＭＳ治療の開始前；ＭＳ治療の間；またはＭＳ治療の実施完了後；のうちの１つまたは複数の期間においてモニタする、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを検出するかまたはその値を測定してＭＳ患者由来の試料を評価するためのキットであって、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、またはその組み合わせから選択される１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを特異的に検出する試薬と、ＩＦＮ−ｂ治療に対して応答性であるＣＣＬ２１またはＢＡＦＦの値を示す説明書を含む、前記キット。
【請求項２３】
ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数から選択されるＭＳバイオマーカーをさらに含む、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
患者、医療提供者、診断提供者、または規制当局から選択される報告受領団体または実体に対して、評価または治療のデータを含む情報または報告書を、提供または伝達することをさらに含む、請求項１〜３に記載の方法、または請求項２０に記載のキット。
【請求項２５】
多発性硬化症（ＭＳ）を有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象由来の試料を評価するための、方法またはアッセイであって、前記試料において、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦから選択される、少なくとも２つのＭＳバイオマーカーにおける変化を検出することを含む、前記方法またはアッセイ。
【請求項２６】
前記ＭＳバイオマーカーが、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチンまたはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数をさらに含む、請求項２５に記載の方法またはアッセイ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本出願は、ともに「ＩＦＮβに対する治療応答性を予測するバイオマーカーおよびその使用」と題される、２０１１年、４月８日に出願された、米国特許仮出願番号第６１／４７３，７２３号、および２０１１年、４月１１日に出願された、米国特許出願番号第６１／４７４，２４２号に基づく優先権の利益を主張する。前記出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由で提出され、かつ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。２０１２年、４月４日に作成された、前記ＡＳＣＩＩコピーの名称は、Ｂ２０４７７ＷＯ．ｔｘｔであり、サイズは１，９９３バイトである。
【背景技術】
【０００３】
多発性硬化症（ＭＳ）は、ミエリン鞘の破壊をもたらす、再発性の炎症病巣を特徴とする、脳および脊髄の炎症性疾患である。多くの領域において、神経線維もまた損傷する。ＭＳ患者における炎症活性は、疾患の早期において最も高い傾向がある。
【０００４】
新たなデータは、不可逆性の軸索損失が、ＭＳの過程の早期に発生することを実証している。切断された軸索は、中枢神経系（ＣＮＳ）では再生されないため、ＭＳ病変形成を抑制することを目的とする早期治療は、非常に重要である。早くも疾患の発症時に、軸索は、活動性の炎症を伴う病変において切断される（非特許文献１；非特許文献２；非特許文献３）。脱髄の程度は、炎症の程度、ならびに脱髄した軸索の炎症性環境および非炎症性メディエータへの暴露に関連する（非特許文献４；非特許文献５；非特許文献６）。また、脱髄病変における、再髄鞘化（ｒｅｍｙｅｌｉｎａｔｉｏｎ）の障害をともなう、オリゴデンドロサイトの破壊も存在する（非特許文献７；非特許文献８）。オリゴデンドロサイトの損失は、再髄鞘化する能力の減少をもたらし、ニューロンおよび軸索を養う栄養素の損失を招き得る（非特許文献９）。
炎症性ＭＳ病変の破壊作用を考慮すると、疾患の過程でインターフェロン−β（ＩＦＮ−β）剤による治療から利益を得るであろう、多発性硬化症を有する患者もしくは患者集団を特定および／もしくは評価するか、またはＩＦＮ−β剤に応答するかもしくは応答しないとして、患者もしくは患者集団を特定する必要がある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｔｒａｐｐ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９８）  Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３３８：  ２７８−２８５
【非特許文献２】Ｂｊａｒｔｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （２００１）  Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｎｅｕｒｏｌ  １４：  ２７１−２７８
【非特許文献３】Ｆｅｒｇｕｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９７）  Ｂｒａｉｎ  １２０：  ３９３−３９９
【非特許文献４】Ｔｒａｐｐ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９８）  Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３３８：  ２７８−２８５
【非特許文献５】Ｋｏｒｎｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，  （２０００）  Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ  １５７：  ２６７−２７６
【非特許文献６】Ｂｉｔｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  （２０００）  Ｂｒａｉｎ  １２３：  １１７４−１１８３
【非特許文献７】Ｐｅｔｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （２００２）  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ  Ｅｘｐ  Ｎｅｕｒｏｌ  ６１：  ５３９−５４６
【非特許文献８】Ｃｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  （２００２）  Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３４６：  １６５−１７３
【非特許文献９】Ｂｊａｒｔｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｃｙｔｏｌ  ２８：  ３８３−３９５
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明は、少なくとも部分的には、多発性硬化症（ＭＳ）を有する対象（例えば、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する対象）の特定、評価および／または治療のための、方法、アッセイおよびキットを提供する。一実施形態においては、インターフェロンベータ剤（本明細書において、「ＩＦＮ−β」、「ＩＦＮ−ｂ」、「ＩＦＮβ」または「ＩＦＮｂ」剤と、互換的に呼ばれる）、例えば、ＩＦＮ−β１ａ分子またはＩＦＮ−β１ｂ分子に対する対象の応答性を、試料、例えば、ＭＳ患者由来の血清試料中の、ＭＳバイオマーカーの変化（例えば、増加または減少したレベル）を評価することにより、予測する。ある実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーは、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）および／またはＢ細胞（リンパ球）活性化因子（ＢＡＦＦ）、ならびに（所望により）：インターロイキン−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ＲＡ）、インターロイキン−１３（ＩＬ−１３）、単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１）、Ｃ−反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ベータ−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、フェリチン、および／または腫瘍壊死因子受容体−２（ＴＮＦＲ２）のうちの１つまたは複数である。従って、本発明を使用することにより、例えば：ＩＦＮ−ｂ剤を含む療法もしくは治療に対する応答性を評価するか、もしくは療法もしくは治療をモニタし；ＩＦＮ−ｂ剤を含む療法もしくは治療から利益を得る可能性が高い患者を特定し；例えば、ＩＦＮ−ｂ剤を含む療法もしくは治療に対して応答する可能性が高いかもしくは低い（例えば、応答者対非応答者）として患者を層別化し；ならびに／または、多発性硬化症をより効果的にモニタし、治療するか、もしくは疾患の悪化および／もしくは再発を予防することができる。
【０００７】
従って、一態様において、本発明は、例えばＭＳ患者由来の試料などの、試料を評価するための方法またはアッセイを特徴とする。方法には、試料中のＭＳバイオマーカーの変化（例えば、増加または減少したレベル）を検出することが含まれる。一実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーには、ＣＣＬ２１および／またはＢＡＦＦ、ならびに所望により：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、および／またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数が含まれる。
【０００８】
方法またはアッセイは、以下のうちの１つまたは複数を、さらに含み得る：
（ｉ）ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象（例えば、患者、患者群もしくは集団）を、ＭＳ治療（または、本明細書において互換可能に使用されるＭＳ療法）に対して応答する、増加または減少した可能性を有するとして特定すること、例えば、対象を、ＭＳ治療に対する応答者または非応答者として特定すること；
（ｉｉ）試料の評価に基づいて、治療レジメンを決定すること（例えば、療法もしくは治療の過程、用量、治療スケジュールもしくは時間経過、および／または代替のＭＳ療法の使用を、選択するかまたは変更すること）；
（ｉｉｉ）対象におけるＭＳ疾患の進行の時間経過を分析すること；および／または
（ｉｖ）対象を治療すること（例えば、対象にＭＳ療法を実施すること）。
【０００９】
一実施形態において、ＭＳ治療には、ＩＦＮ−ｂ剤による治療が含まれる。
【００１０】
一実施形態においては、（ｉ）〜（ｉｖ）のうちの１つまたは複数を、変化の検出に応じて決定する。指定されたパラメータ（例えば、基準の値もしくは試料；健康な対象由来の試料；または治療前、治療中、もしくは治療後などの、異なる時間間隔で対象から得た試料）に対する、前述のＭＳバイオマーカーのうちの１つまたは複数における、試料中の変化（例えば、増加または減少したレベル）は、ＩＦＮ−ｂ剤に対する、増加または減少した応答性のうちの１つまたは複数を示し；ＩＦＮ−ｂ剤による治療に応答する増加または減少した可能性を有するとして対象を特定し；使用する療法を決定し；および／または、ＭＳ疾患の時間経過を分析もしくは予測する。
【００１１】
別の態様において、本発明は、ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象（患者、患者群もしくは集団）を、ＭＳ治療、例えば、ＩＦＮ−ｂ剤によるＭＳ治療に対して応答する、増加もしくは減少した可能性を有するとして特定するための、方法またはアッセイを特徴とする。方法には：
対象（例えば、対象由来の試料）においてＭＳバイオマーカーの値を取得すること（例えば、レベルを取得、測定、検出、または評価すること）；および
前記値に応じて、ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象を、ＩＦＮ−ｂ剤に応答する可能性が高いかまたは低いとして特定すること；が含まれる。
【００１２】
一実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーには、ＣＣＬ２１および／またはＢＡＦＦ、ならびに所望により：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、および／またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数が含まれる。指定されたパラメータ（例えば、基準の値もしくは試料；健康な対象由来の試料；または治療前、治療中、もしくは治療後などの、異なる時間間隔で対象から得た試料）に対する、前述のＭＳバイオマーカーのうちの１つまたは複数における増加または減少した値は、ＩＦＮ−ｂ剤に対する、対象の増加または減少した応答性を示す。
【００１３】
別の態様において、本発明は、ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象（例えば、患者、患者群または集団）における治療（例えば、ＩＦＮ−ｂ剤によるＭＳ治療などのＭＳ治療）を、評価またはモニタするための方法またはアッセイを特徴とする。方法には：
対象（例えば、対象由来の試料）において、ＭＳバイオマーカーの値を取得すること（例えば、レベルを取得、測定、検出、または評価すること）；および
（所望により）前記値に応じて、ＭＳ治療の過程、ＭＳ治療の投薬、ＭＳ治療のスケジュールもしくは時間経過、または第２の代替的ＭＳ療法の実施のうちの１つまたは複数を、治療、選択、および／または変更すること；が含まれる。
【００１４】
一実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーには、ＣＣＬ２１および／またはＢＡＦＦ、ならびに所望により：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、および／またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数が含まれる。一実施形態において、方法には、指定されたパラメータ（例えば、基準の値もしくは試料；健康な対象由来の試料；または治療前、治療中、もしくは治療後などの、異なる時間間隔で対象から得た試料）に対するＭＳバイオマーカーの値を比較することが含まれる。方法を使用して、例えば、特定の投与量、送達様式、送達の時間などの、代替的治療の適合性を評価すること、もしくは代替的治療間から選択すること、または対象の薬剤応答の確率を一般的に判定することができる。
【００１５】
さらなる別の態様において、本発明は、ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象（例えば、患者、患者群または集団）において、対象の予後もしくはＭＳ疾患の進行を評価するための方法またはアッセイを特徴とする。方法には：
対象（例えば、対象由来の試料）において、ＭＳバイオマーカーの値を取得すること（例えば、レベルを取得、測定、検出、または評価すること）；および
（所望により）指定されたパラメータ（例えば、基準の値または試料；健康な対象由来の試料；または、例えばＩＦＮ−ｂ剤によるＭＳ治療などのＭＳ治療の、治療前、治療中、治療後などの異なる時間間隔で対象から得た試料）に対するＭＳバイオマーカーの値を比較すること；が含まれる。
【００１６】
ある実施形態においては、例えば、ＭＳ療法による治療前、治療中、または治療後などの異なる時間間隔で、試料を得る。一実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーには、ＣＣＬ２１および／またはＢＡＦＦ、ならびに所望により：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、および／またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数が含まれる。指定されたパラメータ（例えば、基準の値または試料；健康な対象由来の試料；または、例えば、治療前、治療中、治療後などの、異なる時間間隔において対象から得た試料）に対する、前述のＭＳバイオマーカーのうちの１つまたは複数の増加または減少した値は、例えば、ＩＦＮ−ｂ剤による療法などのＭＳ療法に応答した、対象における増加または減少した疾患の進行を示す。
【００１７】
治療
他の実施形態において、前述の方法のうちのいずれも、ＭＳを有する対象において、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を治療するかまたは予防することを、さらに含む。ある実施形態において、治療には、ＭＳ対象における、再発または身体障害（ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ）の悪化を、軽減、遅延、または予防することが含まれる。一実施形態において、方法には、ＭＳバイオマーカー値（例えば、本明細書に記載の通り得られたＭＳバイオマーカー値）に応じて、対象（例えば、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する患者）に、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を軽減するために十分な量で、ＭＳの療法（本明細書において「ＭＳ療法」とも呼ばれる）、例えば、ＩＦＮ−ｂ剤によるＭＳ療法を実施することが含まれる。
【００１８】
さらなる別の態様において、本発明は、ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する対象において、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を、治療または予防する方法を特徴とする。方法には：
対象において、ＣＣＬ２１および／またはＢＡＦＦ、ならびに所望により：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、および／またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数から選択されるＭＳバイオマーカーの値を取得すること（例えば、レベルを取得、測定、検出、または評価すること）；
前記値に応じて、対象（例えば、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する患者）に、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を軽減するために十分な量で、ＭＳの療法（本明細書において「ＭＳ療法」とも呼ばれる）、例えば、ＩＦＮ−ｂ剤によるＭＳ療法を実施すること；が含まれる。
【００１９】
ある実施形態において、治療方法には、ＭＳ療法、例えば、ＩＦＮβ剤（例えば、そのアナログおよび誘導体（例えば、そのペグ化変異体）を含むＩＦＮ−β１ａ分子またはＩＦＮ−β１ｂ分子）を含むＭＳ療法が含まれる。一実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＦＮ−β１ａ剤（例えば、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標））が含まれる。別の実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＮＦ−β１ｂ剤（例えば、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標））が含まれる。別の実施形態において、ＭＳ療法は代替療法（例えば、患者がＩＮＦ−β療法に非応答性である場合に選択される療法）である。
【００２０】
一実施形態において、ＭＳ療法は、疾患修飾性ＭＳ療法である。ある実施形態において、ＭＳ療法は、ＩＦＮ−β剤に対する代替療法である。一実施形態において、代替療法には、ミエリンの塩基性タンパク質に存在する４つのアミノ酸のポリマー、例えば、グルタミン酸、リジン、アラニンおよびチロシンのポリマー（例えば、グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標）））が含まれる。他の実施形態において、代替療法には、アルファ−４インテグリンに対する抗体またはその断片（例えば、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標））が含まれる。さらなる他の実施形態において、代替療法には、アントラセンジオン分子（例えば、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標）））が含まれる。さらなる別の実施形態において、代替療法には、フィンゴリモド（例えば、ＦＴＹ７２０；Ｇｉｌｅｎｙａ（登録商標））が含まれる。一実施形態において、代替療法はジメチルフマレート（例えば、経口用ジメチルフマレート（ＢＧ−１２））である。他の実施形態において、代替療法は、Ｔ細胞のＩＬ−２受容体のアルファサブユニットに対する抗体である（例えば、ダクリズマブ）。さらなる他の実施形態において、代替療法は、ＣＤ５２に対する抗体である（例えば、アレムツズマブ（Ｌｅｍｔｒａｄａ（登録商標）））。さらなる別の実施形態において、代替療法には、抗−ＬＩＮＧＯ−１抗体が含まれる。
【００２１】
ある実施形態において、方法は、１つまたは複数の症状管理療法、例えば、とりわけ、抗うつ剤、鎮痛薬、抗振戦薬（ａｎｔｉ−ｔｒｅｍｏｒ  ａｇｅｎｔ）の使用をさらに含む。
【００２２】
さらなる実施形態または特徴は以下の通りである：
【００２３】
ある実施形態において、本明細書に開示される方法またはアッセイを使用して評価されるＭＳバイオマーカーは、ＣＣＬ２１を含むかまたはＣＣＬ２１から成る。他の実施形態において、方法またはアッセイを使用して評価されるＭＳバイオマーカーは、ＢＡＦＦを含むかまたはＢＡＦＦから成る。他の実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーは、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦを含むかまたはＣＣＬ２１およびＢＡＦＦから成る。さらなる他の実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーは、ＣＣＬ２１またはＢＡＦＦ、および：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、またはＴＮＦＲ２のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたはすべてを含む。さらなる他の実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーは、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦ、ならびに：ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、またはＴＮＦＲ２のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つまたは７つすべてを含む。
【００２４】
本明細書に開示される方法またはアッセイは：神経学的検査を実施すること；総合障害度評価尺度（ＥＤＳＳ）における対象の状態を評価すること；または対象の病変状態を検出すること（例えば、ＭＲＩを使用した評価により）；のうちの１つまたは複数のステップを、さらに含み得る。
【００２５】
本明細書に開示される方法またはアッセイのいずれかにおいて治療される対象、または試料を採取される対象は、治療のあらゆる段階にある、ＭＳを有するかまたはＭＳを有するリスクを有する対象である。ある実施形態において、ＭＳ患者は、良性ＭＳ、ＲＲＭＳ（例えば、静止性（ｑｕｉｅｓｃｅｎｔ）ＲＲＭＳ、活動性ＲＲＭＳ）、原発性進行型ＭＳ、または二次性進行型ＭＳのうちの１つまたは複数を有する患者から選択される。他の実施形態において、対象はＭＳ様症状を有する、例えば単一の臨床症状（ＣＩＳ）または臨床的に確実なＭＳ（ＣＤＭＳ）を有するものなどである。一実施形態において、本明細書に記載のＭＳ療法の実施前（例えば、ＩＦＮ−ｂ剤の投与前）、対象はＭＳ患者（例えば、ＲＲＭＳを有する患者）である。一実施形態において、対象は、新たに診断されたＲＲＭＳ患者、例えば、ＩＦＮ−ｂ療法前に、新たに診断されたＲＲＭＳ患者である。別の実施形態において、本明細書に記載のＭＳ療法（例えば、ＩＦＮ−ｂ剤）の実施後、対象はＭＳ患者（例えば、ＲＲＭＳ患者）である。他の実施形態において、１週、２週、１か月、２か月、３か月、４か月、６か月、１年以上のＭＳ療法の実施後、対象はＭＳ患者である。
【００２６】
本明細書に記載の方法またはアッセイを使用して、ＭＳを他の神経学的状態と区別すること、例えば、ＭＳをＣＩＳと区別することができる。
【００２７】
ある実施形態において、方法またはアッセイは、対象から、試料、例えば生体試料を得るステップをさらに含む。一実施形態において、方法またはアッセイは、対象由来の体液の、主に非細胞性画分を得るステップを含む。非細胞性画分は、血漿、血清、または他の非細胞性体液であり得る。一実施形態において、試料は血清試料である。他の実施形態において、個人から得た、試料が由来する体液は、血液（例えば、全血）を含む。ある実施形態においては、血液をさらに処理して、血漿または血清を得ることができる。別の実施形態において、試料は、組織、細胞（例えば、末梢血単核球（ＰＢＭＣ））を含む。例えば、試料は、とりわけ、微細針生検試料、アーカイブ試料（例えば、既知の診断および／または治療歴を有するアーカイブ試料）、組織学的切片（例えば、長期保管後の、凍結またはホルマリン固定切片など）であり得る。試料は、試料から精製されたかまたは処理されたポリペプチドおよび核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ）を含む、生体試料から得たおよび／またはそれに由来する、いかなる材料をも含み得る。試料の精製および／または処理は、抽出、濃縮、抗体単離、選別、濃縮、固定、試薬の添加等のうちの１つまたは複数を含み得る。一実施形態においては、例えば凍結試料などの、試料の品質および／または整合性を：血清マーカーのパネル、例えば、血清マーカーのパネル（例えば、ＩＬ−２３、ＩＬ−１５、１Ｌ−７、１Ｌ−１α、１Ｌ−１β、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＦＮγ、ＩＬ−２−６、１Ｌ−８、１Ｌ−１０、ＩＬ−１２ｐ４０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１５、ＡＡＴ、Ａ２Ｍ、Ｂ２Ｍ、ＢＤＮＦ、ＣＲＰ、Ｃ３、ＣＣＬ１１、Ｆ７、ＦＴ、ＦＧＡ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＨＢ、ＩＣＡＭ−１ＭＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１ｂ、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＣＣＬ２、ランテス、ＳＣＦ、ＴＩＭＰ、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＴＮＦ−ｒａ２、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＧＦ，ＶＷＦ、ＶＤＢＰを含む；これらの血清マーカーの選定物またはそのサブセットを、図２に示す）のうちの１つまたは複数を検出すること；図３に示す通り、対照の健康な志願者由来の試料を、ＭＳ患者由来の試料と比較することにより、血清プロファイルを評価すること；図４Ａに記載する血清タンパク質のうちの１つもしくは複数を検出することにより、インターフェロン応答シグネチャーを評価すること；または、図４Ｂに示す通り、例えばＣＸＣＬ１０などの、インターフェロンシグネチャー応答マーカーの用量依存性の相関を検出すること；により評価する。一実施形態において、試料は、本明細書に記載の１つまたは複数のＭＳバイオマーカー、例えば、本明細書に記載のＭＳバイオマーカーの、１つまたは複数の遺伝子または遺伝子産物（例えば、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、またはポリペプチド）を含む。
【００２８】
ある実施形態において、本明細書に記載の方法またはアッセイの検出または判定ステップは、試料、例えば血漿、血清、もしくは他の非細胞性体液の試料；または細胞試料（例えば、ＰＢＭＣ試料）などの試料由来のＭＳバイオマーカー（例えば、本明細書に記載のＭＳバイオマーカーのうちの１つまたは複数）の値（例えば、レベル）（例えば、量または濃度）を定量的に測定することを含み、ここでＭＳバイオマーカーの量または濃度は、それにより、値（本明細書において、「測定された」または「検出された」「値」とも呼ばれる）を提供する。ある実施形態においては、測定または検出された値を、指定されたパラメータ（例えば、基準値；対照試料；健康な対象由来の試料；または例えば、治療前、治療中、治療後などの、異なる時間間隔において対象から得た試料）と比較し、それにより、患者を診断、評価、特定し、または治療の有効性もしくは治療に対する感受性をモニタし、および／または個人におけるＭＳ療法に対する応答をモニタする。代替的な実施形態においては、ＭＳバイオマーカーレベルの定性的測定、または定量的および定性的測定の両方で、試料をアッセイする。ある実施形態において、本発明の方法またはアッセイは、対象の血漿または血清由来のＭＳバイオマーカーの量または濃度を定量的に測定することに関し、ここで血漿または血清は、例えば対象の血液から得る。
【００２９】
方法またはアッセイのある実施形態において、基準値（例えば、標準試料、または非応答者の試料からの値と比較した、相対的または絶対的基準値）に対する、ＭＳバイオマーカーの値（例えば、レベル）の増加は、ＭＳ療法（例えば、ＩＦＮ−ｂ療法）に対する増加した応答性を示す。ＭＳバイオマーカーがポリペプチドである実施形態において、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＩＬ−１ＲＡ、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、ＴＮＦＲ２またはＣＸＣＬ１０ポリペプチドのうちの１つまたは複数のレベルの、基準値（例えば、標準試料、または非応答性の試料からの値）に対する増加は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示す。応答者および非応答者を分類するための例示的な基準値を、本明細書の表１〜２に示す。
【００３０】
一実施形態において、約０．６または０．８５ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＣＣＬ２１の値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方約０．６または０．４ｎｇ／ｍｌ未満のＣＣＬ２１血清レベルは、減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．７〜０．８５ｎｇ／ｍｌ、または約０．７５〜０．８ｎｇ／ｍｌのＣＣＬ２１値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方ＭＳ患者の血清中、約０．５５〜０．４ｎｇ／ｍｌまたは０．５ｎｇ／ｍｌのＣＣＬ２１値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３１】
別の実施形態において、約０．９５または１．１０ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＢＡＦＦ値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．９５または０．８ｎｇ／ｍｌ未満のＢＡＦＦ血清レベルは、減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約１．１０〜０．９５ｎｇ／ｍｌ、または約１．０５〜１．０ｎｇ／ｍｌのＢＡＦＦ血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．９３〜０．８ｎｇ／ｍｌ、または約０．９ｎｇ／ｍｌのＢＡＦＦ値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３２】
一実施形態において、約０．１２または０．２ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＩＬ−１ＲＡ値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．１２または０．０５ｎｇ／ｍｌ未満のＩＬ−１ＲＡ血清レベルは減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．２〜０．１２ｎｇ／ｍｌ、または約０．１５〜０．１２ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１ＲＡ血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．１０〜０．０５ｎｇ／ｍｌ、または約０．０９〜０．０８ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１ＲＡ値はＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３３】
一実施形態において、約０．４５または０．５５ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＭＣＰ−１値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．４５または０．４０ｎｇ／ｍｌ未満のＭＣＰ−１血清レベルは、減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．５５〜０．４５ｎｇ／ｍｌ、または約０．５０〜０．４８ｎｇ／ｍのＭＣＰ−１血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．４４〜０．４０ｎｇ／ｍｌ、または約０．４２〜０．４１ｎｇ／ｍｌのＭＣＰ−１の値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３４】
一実施形態において、約０．００１５または０．００２５ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＣＲＰ値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．００１５または０．０００８ｎｇ／ｍｌ未満のＣＲＰ血清レベルは、減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．００２５〜０．００１５ｎｇ／ｍｌ、または約０．００２０〜０．００１８ｎｇ／ｍｌのＣＲＰ血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．００１４〜０．０００８ｎｇ／ｍｌ、または約０．００１２〜０．００１０ｎｇ／ｍｌのＣＲＰ値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３５】
一実施形態において、約０．００１４または０．００２５ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＢ２Ｍ値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．００１４または０．０００９ｎｇ／ｍｌ未満のＢ２Ｍ血清レベルは、減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．００２５〜０．００１４ｎｇ／ｍｌ、または約０．００２０〜０．００１５ｎｇ／ｍｌのＢ２Ｍ血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．００１３〜０．０００９ｎｇ／ｍｌ、または約０．００１３〜０．００１０ｎｇ／ｍｌのＢ２Ｍ値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３６】
一実施形態において、約０．００５または０．００６ｎｇ／ｍｌ以上の、血清中のＴＮＦＲ２値（例えば、レベル）は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．００５または０．００４ｎｇ／ｍｌ未満のＴＮＦＲ２血清レベルは減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．００６〜０．００５ｎｇ／ｍｌ、または約０．００５５〜０．００５２ｎｇ／ｍｌのＴＮＦＲ２血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．００４８〜０．００３５ｎｇ／ｍｌ、または約０．００４５〜０．００４ｎｇ／ｍｌのＴＮＦＲ２値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。他の実施形態において、基準値（例えば、標準試料、または非応答者試料からの値）に対する、ＭＳバイオマーカーのレベルにおける減少は、ＭＳ療法（例えば、ＩＦＮ−ｂ療法）に対する、増加した応答性を示す。
【００３７】
ＭＳバイオマーカーがポリペプチドである実施形態において、基準値（例えば、標準試料、または非応答者試料からの値）に対する、ＩＬ−１３またはフェリチンポリペプチドの値（例えば、レベル）の減少は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示す。一実施形態において、約０．０１または０．００１ｎｇ／ｍｌ以下の、血清中のＩＬ−１３レベルは、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ対象の増加した応答性を示し、一方、約０．０１または０．０３５ｎｇ／ｍｌ超のＩＬ−１３血清レベルは、減少した応答性を示す。例えば、ＭＳ患者の血清中、約０．００１〜０．０１ｎｇ／ｍｌ、または約０．００６〜０．００８ｎｇ／ｍのＩＬ−１３血清値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の増加した応答性を示し；一方、ＭＳ患者の血清中、約０．０１１〜０．０３５ｎｇ／ｍｌ、または約０．０２５〜０．０３０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３値は、ＩＦＮ−ｂ療法に対するＭＳ患者の減少した応答性を示す。
【００３８】
一実施形態において、方法またはアッセイには、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの値（例えば、レベル）を、指定されたパラメータ（例えば、基準の値または試料；健康な対象由来の試料；異なる治療の時間間隔で患者から得た試料）と比較することが含まれる。例えば、試料は、治療のいかなる段階でも分析することができるが、好ましくは、ＭＳ療法の実施前、実施中、または実施終了後が好ましく、それにより、対象の予防的または治療的処置のための、ＭＳ療法の適切な投与量および治療レジメン（例えば、治療あたりの量または治療の頻度）を決定することができる。ある実施形態において、本発明の方法またはアッセイには、対象へのＭＳ療法の実施前または実施後に、対象において１つまたは複数のＭＳバイオマーカーのレベルを検出するステップが含まれる。本明細書に記載の応答性の範囲にある、試料（例えば、血清試料）中のＭＳバイオマーカーのレベルは、試料が由来する対象が、ＩＦＮ−ｂ応答性を示す可能性が高いことを示す。本明細書に記載の非応答性の範囲にある、試料（例えば、血清試料）中のＭＳバイオマーカーのレベルは、試料が由来する対象が、ＩＦＮ−ｂ応答性を示す可能性が低いことを示し、従って、限定されないが以下を含む、代替的ＭＳ療法を考慮し得る：グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標））、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標））、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））、フィンゴリモド（ＦＴＹ７２０；Ｇｉｌｅｎｙａ（登録商標））、ジメチルフマレート（例えば、経口用ジメチルフマレート（ＢＧ−１２））、ダクリズマブ、アレムツズマブ（Ｌｅｍｔｒａｄａ（登録商標）））、または抗−ＬＩＮＧＯ−１抗体。
【００３９】
ある実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーは、遺伝子または遺伝子産物、例えば、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、またはポリペプチドである。ＭＳバイオマーカーがポリペプチドである実施形態において、いかなるポリペプチド検出手段またはポリペプチドの発現レベルの検出手段によっても、ポリペプチドを検出するかまたはそのレベルを測定することができる。例えば、バイオマーカーポリペプチドに特異的に結合する試薬を使用して、ポリペプチドを検出することができる。別の実施形態において、試薬は、抗体、抗体誘導体、および抗体断片から成る群から選択される。一実施形態においては、抗体ベースの検出技術、例えば酵素ベースの免疫吸着アッセイ、免疫蛍光細胞選別（ＦＡＣＳ）、免疫組織化学、免疫蛍光法（ＩＦ）、抗原回復法および／またはマイクロアレイ検出法を使用して、ＭＳバイオマーカーを検出する。一実施形態において、ＭＳバイオマーカーの検出またはそのレベルの測定には、例えばＭＳバイオマーカーと結合する抗体などの試薬と試料を接触させること、および、例えばＭＳバイオマーカーに結合した抗体などの試薬を検出するかまたはそのレベルを測定することが含まれる。試薬、例えば抗体を、検出可能な標識（例えば、蛍光または放射性標識）で標識化することができる。ポリペプチド検出方法は、限定されないが、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、および質量分析法を含む、いかなる他のアッセイ形式においても実施することができる。ＭＳバイオマーカーポリペプチドの量、構造および／または活性を、基準値、例えば、対照試料、または所定の値と比較することができる。一実施形態において、検出または測定ステップには、マルチプレックスビーズ酵素ベースの免疫吸着アッセイが含まれる。そのような実施形態において、検出は通常、ビオチンにより検出抗体と結合した蛍光分子により導かれる。
【００４０】
ＭＳバイオマーカーが核酸である他の実施形態においては、限定されないが、以下を含む、いかなる核酸検出または核酸の発現レベルの検出手段によっても、核酸を検出するかまたはそのレベルを測定することができる：核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応）、配列決定、スクリーニング解析（標準核型法、ＦＩＳＨ、スペクトル核型分析またはＭＦＩＳＨによる中期の細胞遺伝学的解析、および比較ゲノムハイブリダイゼーションを含む）、および／またはｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション。１つまたは複数のＭＳバイオマーカー核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）の量、構造および／または活性を、基準の値または試料、例えば、対照試料、または所定の値と比較することができる。
【００４１】
さらなる別の実施形態においては、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを、所定の時間間隔、例えば、第１の時間点および少なくともひとつのその後の時間点で、評価する。一実施形態においては、患者の疾患の経過における重要事象間の時間を測定することにより、時間経過を測定し、ここで測定値は、患者が長い時間経過を有するかどうかを予測する。別の実施形態において、重要事象は、一次診断から死までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、一次診断から疾患の悪化までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、一次診断から再発までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、第２のＭＳから死までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、緩解から再発までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、再発から死までの進行である。ある実施形態においては、１つもしくは複数の、全生存率、無増悪期間（ｔｉｍｅ  ｔｏ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ）に関して、および／またはＥＤＳＳもしくは他の評価基準を使用して、時間経過を測定する。
【００４２】
一実施形態においては、本明細書に記載のＭＳ療法の実施前に（例えば、ＩＦＮ−ｂ剤の投与前に）、ＭＳ患者（例えば、ＲＲＭＳを有する患者）において、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを評価する。一実施形態においては、新たに診断されたＲＲＭＳ患者、例えば、ＩＦＮ−ｂ療法の前に、新たに診断されたＲＲＭＳ患者において、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを評価する。別の実施形態においては、本明細書に記載のＭＳ療法（例えば、ＩＦＮ−ｂ剤）の実施後（例えば、１週間、２週間、１か月、２か月、３か月、４か月、６か月、１年以上のＭＳ療法の実施後）に、ＭＳ患者（例えば、ＲＲＭＳ患者）において、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを評価する。
【００４３】
ある実施形態においては、対象の試料を、少なくとも２つの患者サブグループ（例えば、応答者対非応答者）に分類することにより、試料を評価した後に、所定の測定値または値を作製する。ある実施形態において、サブグループの数は２つであり、患者試料は、本明細書に記載の１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの指定されたレベルを有する患者のサブグループ、および１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの指定されたレベルを有さないサブグループに分類される。ある実施形態においては、対象におけるＭＳバイオマーカーの状態を、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの指定されたレベルを有するかまたは有さないサブグループのいずれかと比較し、ＭＳ患者が、指定された値、例えば、本明細書に記載の応答性の範囲の、試料（例えば、血清試料）中のＭＳバイオマーカーレベルを有する場合、ＭＳ患者はＩＦＮ−ｂ１ｂ療法に応答する可能性が高く；あるいは、ＭＳ患者が、指定された値、例えば、本明細書に記載の非応答性の範囲の、試料（例えば、血清試料）中のＭＳバイオマーカーレベルを有する場合、ＭＳ患者は、ＩＦＮ−ｂ１ｂ療法に応答する可能性が低い。ある実施形態において、特定のＭＳバイオマーカーと相関する、予測されるＩＦＮ−ｂ１ｂ療法の有効性の層別化に応じて、サブグループの数は２つより多く、限定されないが、３サブグループ、４サブグループ、５サブグループおよび６サブグループが含まれる。
【００４４】
代替的に、または本明細書に記載の方法との組み合わせにおいて、本発明は、多発性硬化症（ＭＳ）を有する対象において、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を治療または予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本明細書に記載の方法またはアッセイを使用して、ＩＦＮ−ｂ１ａ療法に応答する可能性が高いかもしくは低いとして、対象を特定する。ある実施形態において、治療には、ＭＳ患者において、再発または身体障害の悪化を、軽減、遅延、または予防することが含まれる。一実施形態において、方法には、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を減少させるのに十分な量で、対象（例えば、ＲＲＭＳを有する患者）に、ＭＳの療法（本明細書において「ＭＳ療法」とも呼ばれる）、例えば、疾患修飾性ＭＳ療法を実施することが含まれる。一実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＦＮ−ｂ剤（例えば、そのアナログおよび誘導体（例えば、そのペグ化変異体）を含むＩＦＮ−ｂ１ａ分子またはＩＦＮ−ｂ１ｂ分子）が含まれる。一実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＦＮ−ｂ１ａ剤（例えば、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標））が含まれる。別の実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＮＦ−ｂ１ｂ剤（例えば、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標））が含まれる。ＩＦＮ−１ｂ療法が有効である可能性が低い別の実施形態において（例えば、ＩＦＮ−ｂ１ｂ療法に対して応答性である可能性が低いとして、対象を特定することにより）、選択されるＭＳ療法は代替的ＭＳ療法、例えば、ミエリンの塩基性タンパク質に存在する４つのアミノ酸のポリマー、例えば、グルタミン酸、リジン、アラニンおよびチロシンのポリマー（例えば、グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標）））；α−４インテグリンに対する抗体またはその断片（例えば、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標）））；アントラセンジオン分子（例えば、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標）））；またはフィンゴリモド（ＦＴＹ７２０；Ｇｉｌｅｎｙａ（登録商標））を含む療法であり得る。ある実施形態において、方法は、１つまたは複数の症状管理療法、例えば、とりわけ、抗うつ剤、鎮痛薬、抗振戦薬（ａｎｔｉ−ｔｒｅｍｏｒ  ａｇｅｎｔ）の使用を含む。
【００４５】
他の実施形態において、本明細書に記載の方法、アッセイ、および／またはキットは、例えば、本明細書に記載の方法、アッセイ、および／またはキットにより判定された評価または治療のデータを含む報告書などの情報を、提供、作製および／または伝達することをさらに含む。報告受領団体または実体（例えば、患者、医療提供者、診断提供者、および／または規制当局、例えば、ＦＤＡ）に、情報を伝達することもでき、または別途、本明細書に開示される方法、アッセイおよびキットに関する情報を、別の団体に伝達する。方法は、規制上の要求事項、例えば、ＦＤＡなどの規制当局の承認前または承認後の要求事項との、コンプライアンスに関し得る。一実施形態において、報告受領団体または実体は、所定の要求事項または基準値を、データが満たしているかどうかを判定することができ、かつ所望により、報告受領団体または実体からの応答を、例えば、医師、患者、診断提供者が受け取る。
【００４６】
別の態様において、本発明は、ＭＳを有するかまたはＭＳを発症するリスクを有する患者の、治療方法を特徴とする。方法には：（所望により）（ａ）例えば、本明細書に記載の試料および対象などの、対象由来の試料を、提供または採取すること；（ｂ）試料を評価して、本明細書に記載の１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを検出するかまたはそのレベルを測定すること；および（ｃ）治療的有効量のＭＳ療法を前記対象に実施すること、例えば、ＭＳに付随する１つまたは複数の症状を減少させるのに十分な量で、疾患修飾性ＭＳ療法を実施すること；が含まれる。一実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＦＮｂ剤（例えば、そのアナログおよび誘導体（例えば、そのペグ化変異体）を含むＩＦＮ−ｂ１ａ分子またはＩＦＮ−ｂ１ｂ分子）が含まれる。一実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＦＮ−ｂ１ａ剤（例えば、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標））が含まれる。別の実施形態において、ＭＳ療法には、ＩＮＦｂ−１ｂ剤（例えば、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標））が含まれる。ＩＦＮ−ｂ１ｂ療法が有効である可能性が低い別の実施形態において（例えば、ＩＦＮ−ｂ１ｂ療法に対して応答性である可能性が低いとして、対象を特定することにより）、選択されるＭＳ療法は、代替的ＭＳ療法、例えば：ミエリンの塩基性タンパク質に存在する４つのアミノ酸のポリマー、例えば、グルタミン酸、リジン、アラニンおよびチロシンのポリマー（例えば、グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標）））；α−４インテグリンに対する抗体またはその断片（例えば、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標）））；アントラセンジオン分子（例えば、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標）））；またはフィンゴリモド（ＦＴＹ７２０；Ｇｉｌｅｎｙａ（登録商標））；ジメチルフマレート（例えば、経口用ジメチルフマレート（ＢＧ−１２））；Ｔ細胞のＩＬ−２受容体のアルファサブユニットに対する抗体（例えば、ダクリズマブ）；ＣＤ５２に対する抗体（例えば、アレムツズマブ（Ｌｅｍｔｒａｄａ（登録商標）））；または抗−ＬＩＮＧＯ−１抗体を含む療法であり得る。ある実施形態において、方法は、１つまたは複数の症状管理療法、例えば、とりわけ、抗うつ剤、鎮痛薬、抗振戦薬（ａｎｔｉ−ｔｒｅｍｏｒ  ａｇｅｎｔ）の使用を含む。
【００４７】
本発明の方法は、例えば：１つまたは複数のＭＳバイオマーカーのレベル；例えばＭＲＩスキャンにおける、新たな病変の出現率；新たな疾患関連症状の出現；ＥＤＳＳスコアにおける変化；生活の質における変化；または、臨床成績に関連するいずれかの他のパラメータ；のうちの１つまたは複数における変化（例えば、増加または減少）について、対象をモニタするステップをさらに含み得る。対象を：治療の開始前；治療の間；治療の実施完了後；の期間のうちの１つまたは複数において、モニタすることができる。モニタリングを使用して、同一のＭＳ療法によるさらなる治療または追加のＭＳ治療の必要性を、評価することができる。一般的に、上述のパラメータのうちの１つまたは複数における減少は、対象の改善された状態を示す。
【００４８】
別の態様において、本発明は、１つまたは複数のＭＳバイオマーカーを検出するかまたはそのレベルを測定して、試料（例えば、ＭＳ患者由来の試料）を評価するためのキットを特徴とする。キットには、本明細書に記載の１つまたは複数のＭＳバイオマーカーの検出のための手段（例えば、特異的に検出する試薬）が含まれる。ある実施形態において、キットには、ＭＳ療法が含まれる。１つの別の実施形態において、キットには、ＭＳバイオマーカーポリペプチドに対する抗体、抗体誘導体、または抗体断片が含まれる。一実施形態において、キットには、抗体ベースの検出技術、例えば免疫蛍光細胞選別（ＦＡＣＳ）、免疫組織化学、抗原回復および／またはマイクロアレイ検出試薬が含まれる。一実施形態において、キット中の試薬のうちの少なくとも１つは、（所望により）検出可能な標識（例えば、蛍光または放射性標識）を有する、ＭＳバイオマーカーに結合する抗体である。ある実施形態において、キットは、ＭＳバイオマーカー検出のための、ＥＬＩＳＡまたは免疫組織化学（ＩＨＣ）アッセイである。
【００４９】
特に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術的および科学的用語は、本発明が属する分野の当業者により一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似するかまたは同等な方法および材料を、本発明の実施または試験において使用することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。全ての刊行物、特許出願、特許、および本明細書に記載される他の基準値は、参照によりその全体が組み込まれる。さらに材料、方法、および実施例は単なる例示であり、限定することを意図してはいない。
【００５０】
本発明の他の特徴および優位性は、詳細な説明、図面、および特許請求の範囲から、明白になるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００５１】
【図１Ａ】遡及的なバイオマーカー研究を要約した、模式図である。
【図１Ｂ】Ｂ〜Ｃは、病変のＭＲＩ評価を受けた患者のサブセットにおける、新たなまたは拡大しているＴ２病変の発生頻度を示す、一組の棒グラフである。１１８人の応答者および非応答者の患者に対して、４０人の対象が、３年間、新たな、拡大しているＴ２病変の測定を有した（４０／１１８＝３４％）。
【図１Ｃ】同上。
【図２】保存ＭＳ−ＰＲＥ血清の試料品質が更なる解析に許容可能であることを確認するための、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）（ＭＳ−ＰＲＥ）による治療前の多発性硬化症患者および健康な志願者（ＨＶ）における、３５の異なる検体の濃度を示すグラフである。
【図３】健康な志願者（ＨＶの血清）の血清中のマーカーの発現と比較した、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）（ＭＳ−ＰＲＥ）による治療前の多発性硬化症患者由来の血清中のマーカーの、検体のタンパク質発現における差異を示す表である。図３のデータは、期待された文献の値に従っており、保存血清試料が劣化していなかったことが、確認された。
【図４Ａ】Ａ〜Ｂは、ＣＸＣＬ１０の発現および多発性硬化症のバイオマーカーとしての期待される使用が確認されたことを示し、従って保存試料が劣化していなかったことを示す。Ｐ値は、３か月の配給（ｒａｔｉｏｎ）およびベースライン３０μｇ〜６０μｇの試験から得たものであった。
【図４Ｂ】同上。
【図５】Ａ〜Ｃは、ベースライン、およびＡｖｏｎｅｘ（登録商標）による治療の３か月後での、非応答者および応答者両方における、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＣＲＰ、およびＩＬ−１ＲＡバイオマーカーの発現データを示す。
【図６】予測的バイオマーカーに対する、ＭＲＩサブセットの分析を示す表であり、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦバイオマーカーの発現が有意であったことを、さらに示す。
【図７】Ａ〜Ｅは、ベースラインでの、非応答者および応答者におけるＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＩＬ−１ＲＡ、ＭＣＰ−１、およびＴＮＦＲＩＩの発現を示す、一連のグラフである。
【図８】Ａ〜Ｂは、ＭＲＩサブセット内におけるＲ／ＮＲ分類の予測因子としての、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦの感度、特異度、およびＡＵＣを示す。
【図９Ａ】Ａ〜Ｃは、ＩＬ−１３を、応答者対非応答者を分類するバイオマーカーとして特定するデータを示す。
【図９Ｂ】同上。
【図９Ｃ】同上。
【図１０】Ａ〜Ｂは、Ｂ１（Ｒ／ＮＲ；ｎ＝１１８の母集団）およびＢ２（ＭＲＩサブセットｎ＝３０）における、可能性のあるバイオマーカーのリストの、未調整のｐ値を示す表である。
【図１１】Ａ〜Ｂは、ベースラインおよび治療開始３か月後での、年齢群により分類された、非応答者対応答者におけるバイオマーカー、フェリチンのレベルを示す。
【発明を実施するための形態】
【００５２】
多発性硬化症（ＭＳ）を有する対象（例えば、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を有する患者）の、特定、評価および／または治療のための、方法、アッセイおよびキットを開示する。一実施形態においては、インターフェロンβベータ「ＩＦＮ−β」または「ＩＦＮ−ｂ」）剤（例えば、ＩＦＮ−β１ａ分子またはＩＦＮ−β１ｂ分子）に対する対象の応答性を、試料、例えば、ＭＳ患者由来の血清試料における、ＭＳバイオマーカーの変化（例えば、増加または減少したレベル）を評価することにより、判定する。ある実施形態において、評価されるＭＳバイオマーカーはＣＣＬ２１および／またはＢＡＦＦ、ならびにＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、および／またはＴＮＦＲ２のうちの１つまたは複数である。
【００５３】
一実施形態において、３年間のＥＤＳＳ、再発およびＭＲＩパラメータの組み合わせを含んだ、応答者および非応答者の、非常に制限的な尺度を使用した際場合、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦの血清レベルが、ＩＦＮベータ−１ａに対する応答者および非応答者である、ＲＲＭＳを有するＭＳ患者を分類することを示した。従って、例えば、ＭＳ療法（例えば、ＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ療法）などの療法に対する応答性を評価するかまたは療法をモニタし；そのような薬剤から利益を得る可能性が高いとして患者を特定し；例えばＭＳ療法（例えばＩＦＮ−ｂ剤を含むＭＳ療法）などの療法に対して応答する可能性が高いかもしくは低い（例えば、応答者対非応答者）として、患者を層別化し；ならびに／または、より効果的に多発性硬化症をモニタ、治療するか、または疾患の悪化および／または再発を予防するための手段として、本発明を、
使用することができことができる。
【００５４】
本発明の種々の態様を、以下のサブセクションにおいて、より詳細に説明する。
【００５５】
定義
本明細書において使用される場合、以下の用語のそれぞれは、本セクションにおいてそれに関連する意味を要する。
【００５６】
本明細書において使用される場合、冠詞「ａ」および「ａｎ」は、冠詞の文法上の対象のうちの１つまたは２つ以上（例えば、少なくとも１つ）を指す。
【００５７】
文脈が明確に指示しない限り、「または」という用語は、本明細書において、「および／または」という用語を意味するために、かつ互換可能に使用される。
【００５８】
「約（ａｂｏｕｔ）」および「約（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、一般的に、測定の性質または精度を考慮して、測定された量に対する許容可能な誤差の程度を意味する。例示的な誤差の程度は、所与の値または値の範囲の２０パーセント（％）以内、一般的には１０％以内、およびより一般的には５％以内である。
【００５９】
本明細書において使用される「取得する」または「取得すること」という用語は、物理的実体（例えば、試料、ポリペプチド、核酸、または配列）または値を「直接的に取得すること」または「間接的に取得すること」により、物理的実体または値、例えば、数値を取得することを意味する。「直接的に取得すること」とは、物理的実体または値を得るために、プロセスを実施すること（例えば、合成または分析的方法を実施すること）を意味する。「間接的に取得すること」とは、物理的実体または値を、別の団体または供給源（例えば、物理的実体または値を直接的に取得したサードパーティーの研究所）から受け取ることを示す。物理的実体を直接的に取得することには、例えば、出発材料などの物質的実体における物理的変化を含むプロセスを実施することが含まれる。例示的な変化には、２つ以上の出発材料から物理的実体を作成すること、物質を剪断または断片化すること、物質を分離または精製すること、２つ以上の別々の実体を１つの混合物に混合すること、共有結合または非共有結合の破壊または形成を含む化学反応を実施すること、が含まれる。直接的に値を取得することには、試料または別の物質における物理的変化を含むプロセスを実施すること、例えば、試料、検体、または試薬などの物質における物理的変化を含む、分析的プロセスを実施すること（本明細書において、時に「物理的分析」と呼ばれる）；分析的方法、例えば、以下のうちの１つまたは複数を含む方法を実施すること：物質、例えば検体またはその断片もしくは他の誘導体などを、別の物質から分離または精製すること；検体またはその断片もしくは他の誘導体を、別の物質、例えば緩衝剤、溶媒、もしくは反応物などと混合すること；または、例えば、検体の第１および第２の原子間の共有結合もしくは非共有結合を破壊または形成することにより、検体またはその断片もしくは他の誘導体の構造を変化させること；または、例えば、試薬の第１および第２の原子間の共有結合もしくは非共有結合を破壊または形成することにより、試薬またはその断片もしくは他の誘導体の構造を変化させること；が含まれる。
【００６０】
本明細書に記載されるバイオマーカー（例えば、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、およびＴＮＦＲ２）の「変化した発現レベル」という用語は、発現を評価するために使用されるアッセイの標準誤差より大きいかまたはそれ未満である、被験試料、例えば多発性硬化症または類似の障害（例えば、単一の臨床症状（ＣＩＳ）、良性ＭＳ）を有する患者由来の試料中の、マーカーの発現レベルにおける増加（または減少）を指す。実施形態において、変化は、対照試料（例えば、関連疾患を有さない健康な対象由来の試料）中のバイオマーカーの発現レベル、またはいくつかの対照試料における平均発現レベルの、少なくとも２倍、少なくとも３の２倍、少なくとも４の２倍、少なくとも５の２倍、もしくは少なくとも１０の２倍以上またはそれ未満であり得る。「変化した発現レベル」は、タンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ）レベルで決定され得る。
【００６１】
「結合化合物」とは、結合組成物、例えば、標的タンパク質もしくは分子と特異的に結合可能な、または目的の検体との安定な複合体（例えばタンパク質の複合体）形成が可能な、小分子、抗体、ペプチド、ペプチドもしくは非ペプチドリガンド、タンパク質、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドアナログ、例えばペプチド核酸、レクチン、または、いずれかの他の分子的実体を指す。
【００６２】
「結合部分」とは、分子標識が直接的または間接的に結合することができる、検体に特異的に結合可能な、いかなる分子をも意味する。結合部分としては、限定されないが、最大約１０００ダルトンまでの分子量を有し、かつ水素、炭素、酸素、窒素、硫黄およびリンから成る群から選択される原子を含む、抗体、抗体結合組成物、ペプチド、タンパク質、核酸および有機分子が挙げられる。
【００６３】
「バイオマーカー」または「マーカー」とは、多発性硬化症またはＩＦＮ−βによる治療に対する応答性と関連する発現において変化する、遺伝子、ｍＲＮＡ、またはタンパク質である。変化は、健康な対象（例えば、対照）由来の生体試料中の量および／または活性と比較した、多発性硬化症を有する対象由来の生体試料（例えば、血液、血漿、または血清試料）中の量および／または活性におけるものであり得；発現および／または活性におけるこのような変化は、多発性硬化症などの疾患状態と関連している。例えば、多発性硬化症と関連するかまたはＩＦＮ−β治療薬に対する応答性を予測する本発明のマーカーは、対照の対象（例えば、健康な個人）由来の生体試料と比較して、多発性硬化症を有するかまたはそれを有する疑いを有する対象由来の生体試料中において、変化した発現レベル、タンパク質レベル、またはタンパク質活性を有し得る。
【００６４】
「核酸」「マーカー」または「バイオマーカー」は、本明細書に記載のマーカーによりコードされるかまたは該マーカーに対応する核酸（例えば、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ）である。例えば、そのようなマーカー核酸分子には、本明細書に記載の核酸配列（例えば、表１における）のうちのいずれかの全配列または部分配列、またはそのような配列の相補体もしくはハイブリダイズ断片を含む、ＤＮＡ（例えば、ゲノムＤＮＡおよびｃＤＮＡ）が含まれる。マーカー核酸分子はまた、本明細書に記載の核酸配列（例えば、表１における）のうちのいずれかの全配列または部分配列、またはそのような配列の相補体を含むＲＮＡを含み、ここですべてのチミジン残基は、ウリジン残基で置換されている。「マーカータンパク質」は、本発明のマーカーによりコードされるかまたは該マーカーに対応するタンパク質である。マーカータンパク質には、本明細書に記載の配列（例えば、表１における）のうちのいずれかによりコードされるタンパク質の、全配列もしくは部分配列、またはその断片が含まれる。「タンパク質」および「ポリペプチド」という用語は、本明細書において、互換可能に使用される。
【００６５】
マーカーのかなりの部分が基質から分離することなく、基質を液体（例えば、標準クエン酸含有生理食塩水（ｓｔａｎｄａｒｄ  ｓａｌｉｎｅ  ｃｉｔｒａｔｅ）、ｐＨ７．４）で漱ぐことができるように、基質と共有結合または非共有結合している場合、マーカーは基質に「固定」されている。
【００６６】
本明細書において互換可能に使用される、「相同性」または「同一性」という用語は、２つのポリヌクレオチド配列または２つのポリペプチド配列間の配列類似性を指し、同一性はより厳密な類似を表す。「同一性または相同性の割合（％）」という表現は、２つ以上のポリヌクレオチド配列または２つ以上のポリペプチド配列の比較において見出される、配列類似性の割合（％）を指す。「配列類似性」とは、２つ以上のポリヌクレオチド配列間の、塩基対配列における類似性の割合（％）（いずれかの好適な方法により決定される）を指す。２つ以上の配列は、０〜１００％類似までの間のいずれかであり得、またはその値の間のいかなる整数でもあり得る。同一性または類似性は、比較の目的のために整列させ得る、各配列における位置を比較することにより決定し得る。比較される配列における位置を、同一のヌクレオチド塩基またはアミノ酸が占めている場合、その位置において、分子は同一である。ポリヌクレオチド配列間の類似性または同一性の程度は、ポリヌクレオチド配列により共有される位置での、同一または一致するヌクレオチドの数の関数である。ポリペプチド配列の同一性の程度は、ポリペプチド配列により共有される位置における、同一のアミノ酸の数の関数である。ポリペプチド配列の相同性または類似性の程度は、ポリペプチド配列により共有される位置における、アミノ酸の数の関数である。本明細書で使用される「実質的相同性」という用語は、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％以上の相同性を指す。
【００６７】
疾患の少なくとも１つの症状が軽減、緩和、終結、緩慢化、または予防されている場合、多発性硬化症は、「治療」、「阻害」または「軽減」されている。本明細書において使用される場合、疾患の再発が軽減、緩慢化、遅延、または予防されている場合もまた、多発性硬化症は、「治療」、「阻害」または「軽減」されている。対象における疾患状態の判定の補助に使用し得る、多発性硬化症の例示的な臨床症状としては、例えば、刺痛、痺れ、筋力低下、平衡感覚障害、霧視または複視、不明瞭発語、突然発症麻痺（ｓｕｄｄｅｎ  ｏｎｓｅｔ  ｐａｒａｌｙｓｉｓ）、協調運動障害、認知困難、疲労、熱感受性、痙縮、眩暈、振戦、歩行障害、発語／嚥下障害、および、例えばＭＲＩなどの撮像技術により評価される病変の程度が挙げられる。ＭＳの臨床症状は、例えば、ＥＤＳＳ評価システムを使用して、日常的に分類され標準化される。典型的に、１つの完全なステップの減少は、一般に、有効なＭＳ治療（Ｋｕｒｔｚｋｅ，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  ３６：５７３−７９，  １９９４）を示し、一方、完全なステップの増加は、疾患の進行または悪化（例えば、憎悪）を示す。
【００６８】
「療法」または「治療」（例えば、ＭＳ療法またはＭＳ治療）という用語は、本明細書において互換可能に使用される。
【００６９】
本明細書において使用される場合、「総合障害度評価尺度」または「ＥＤＳＳ」は、医療行為における慣習的な意味を有することが意図される。ＥＤＳＳは、ＭＳの分類および標準化において頻繁に使用される、評価システムである。許容されるスコアの範囲は、０（正常）〜１０（ＭＳに因る死）である。一般に、約６のＥＤＳＳスコアを有する患者は中程度の身体障害（例えば、杖を使用して歩行する）を有し、一方約７または８のＥＤＳＳスコアを有する患者は、重度の身体障害（例えば、車椅子を必要とする）を有する。より詳細には、１〜３の範囲のＥＤＳＳスコアは、完全に歩行可能であるが、１つまたは複数の機能系におけるいくつかの兆候を有するＭＳ患者を示し；３〜４．５よりも高い範囲のＥＤＳＳスコアは、中程度〜比較的重度の身体障害を示し；５〜５．５のＥＤＳＳスコアは、完全な日常活動を損なうかまたは妨げる身体障害を示し；６〜６．５のＥＤＳＳスコアは、歩行のための断続的もしくは持続的な、または片側もしくは両側の持続的介助（杖、松葉杖または装具）を必要とするＭＳ患者を示し；７〜７．５のＥＤＳＳスコアは、ＭＳ患者が、補助がある場合でも５ｍを超えて歩行することが不可能であり、本質的に車椅子に制限されることを意味し；８〜８．５のＥＤＳＳスコアは、ベッドに制限される患者を意味し；および９〜１０のＥＤＳＳスコアは、ＭＳ患者がベッドに制限され、ならびにＭＳに因り死に至るまで、効率的に情報伝達するかまたは食事および嚥下が、進行的に不可能になっていることを意味する。
【００７０】
遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）の「過剰発現」または「有意により高い発現レベル」とは、発現レベルを評価するために使用されるアッセイの標準誤差より高い、被験試料中の発現レベルまたはコピー数を指す。実施形態において、過剰発現とは、対照試料（例えば、多発性硬化症を患っていない健康な対象由来の試料）中の遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）の発現レベル、または幾つかの対照試料中の遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）の平均発現レベルの、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍以上で在り得る。
【００７１】
「プローブ」という用語は、具体的に意図される標的分子、例えば本発明のマーカーに選択的に結合することができる、いかなる分子をも指す。プローブは、当業者により合成されるか、または、適切な生物学的製剤から誘導されるかの、いずれかで在り得る。標的分子の検出の目的のために、本明細書に記載の通り、プローブを、標識するために特別に設計することもできる。プローブとして使用することができる分子の例としては、限定されないが、ＲＮＡ、ＤＮＡ、タンパク質、抗体、および有機モノマーが挙げられる。
【００７２】
本明細書で使用される、治療に対する「応答性」、治療に「応答」する、およびこの動詞の他の形態は、ＭＳ療法による治療、例えば、ＩＦＮ−β剤を含む療法に対する対象の反応を指す。一例として、対象における少なくとも１つの多発性硬化症の症状（例えば、再発率）が、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上軽減または遅延される場合、対象は、ＩＦＮ−β剤による治療に応答する。別の例において、例えば、総合障害度評価尺度（ＥＤＳＳ）、または再発率、筋力低下、刺痛、および痺れなどの他の症状の程度を判定する、いずれかの適切な測定による判定において、対象における多発性硬化症の少なくとも１つの症状が、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％以上軽減される場合、対象はＩＦＮ−β剤による治療に応答する。別の例において、治療を実施しない場合に予測される寿命より、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％以上長い寿命を経験する場合、対象はＩＦＮ−β剤による治療に応答する。別の例において、増加した無疾患生存期間、全生存期間または増加した無増悪期間を有する場合、対象はＩＦＮ−β剤による治療に応答する。上述のＥＤＳＳ判断基準を含む、いくつかの方法を使用して、患者が治療に応答するかどうかを判定することができる。
【００７３】
「応答者」とは、例えば、ＥＤＳＳ、または再発率、筋力低下、刺痛、および痺れなどの他の症状の程度を判定する、いずれかの適切な測定による判定において、ＭＳ療法（例えば、ＩＦＮβ療法）に応答して、対象における多発性硬化症の少なくとも１つの症状が、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％以上軽減される場合に、ＭＳ患者などの対象を指す。一実施形態において、応答者は、治療の最初の３年の間、確認された再発を有さず、かつ持続性の身体障害の進行（ＥＤＳＳによる）の証拠を有さない患者（例えば、臨床的緩解）と定義される。
【００７４】
「非応答者」とは、例えば、ＥＤＳＳ、または再発率、筋力低下、刺痛、および痺れなどの他の症状の程度を判定する、いずれかの適切な測定による判定において、ＭＳ療法（例えば、ＩＦＮβ療法）に応答して、対象における多発性硬化症の少なくとも１つの症状が、約５％未満軽減される場合に、ＭＳ患者などの対象を指す。一実施形態において、「非応答者」は、少なくとも３回の再発、６か月持続する身体障害の進行の発症（ベースラインスコアが≦５．５の対象において、ベースラインから１．０ポイントのＥＤＳＳスコアの増加と定義される）を有する対象を含む、活動性の疾患を有する治療中の対象と定義される。いずれの群においても、緩解期において１０以上のＭＲＩ  Ｔ２病変を有する対象、または１年目からいかなる力価でも持続的にＮＡＢ陽性を示す対象、またはＮＡＢ力価≧２０である対象は除外された。
【００７５】
本明細書で使用される「〜する可能性が高い」または「増加した可能性」とは、項目、対象、事物または人が生じる、増加した確率を指す。従って、一例において、多発性硬化症を治療するためのＩＦＮ−β剤による治療に応答する可能性が高い対象は、基準値の対象または対象群に対して、多発性硬化症を治療するためのＩＦＮ−β剤による治療に応答する、増加した確率を有する。
【００７６】
「〜する可能性が低い」とは、基準値に対して、事象、項目、対象、事物または人が生じる、減少した確率を指す。従って、ＩＦＮ−β剤による治療に応答する可能性が低い対象は、基準値の対象または対象群に対して、ＩＦＮ−β剤による治療に応答する、減少した確率を有する。
【００７７】
「試料」、「組織試料」、「患者試料」、「患者細胞または組織試料」または「検体」は、それぞれ、対象または患者の組織または体液由来の生体試料を指す。組織試料の原料は、新鮮、凍結、および／または保存臓器、組織試料、生検または吸引液由来の固体組織；血液またはいかなる血液構成要素（例えば、血清、血漿）；体液、例えば脳脊髄液、全血、血漿および血清であり得る。試料は、非細胞性画分（例えば、血漿、血清、または他の非細胞性体液）を含み得る。一実施形態において、試料は血清試料である。他の実施形態において、個人から得た、試料が由来する体液は、血液（例えば、全血）を含む。ある実施形態においては、血液をさらに処理して、血漿または血清を得ることができる。別の実施形態において、試料は、組織、細胞（例えば、末梢血単核球（ＰＢＭＣ））を含む。例えば、試料は、とりわけ、微細針生検試料、アーカイブ試料（例えば、既知の診断および／または治療歴を有するアーカイブ試料）、組織学的切片（例えば、長期保管後の、凍結またはホルマリン固定切片など）であり得る。試料という用語は、試料から精製されたかまたは処理されたポリペプチドおよび核酸（例えば、ゲノムのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ）を含む、生体試料から得た、および／またはそれに由来する、いかなる材料をも含み得る。試料の精製および／または処理は、抽出、濃縮、抗体単離、選別、濃縮、固定、試薬の添加等のうちの１つまたは複数を含み得る。試料は、自然においては、組織と天然に混合されていない化合物、例えば、保存剤、抗凝固薬、緩衝剤、固定剤、栄養剤、抗生物質等を含み得る。
【００７８】
対象における、バイオマーカー、例えば遺伝子産物（例えば、本明細書に記載の１つまたは複数のバイオマーカー）の発現量は、マーカーの量が、量を評価するために使用されるアッセイの標準誤差を超える量、またはその量の少なくとも２、３、４、５、１０倍以上、正常レベルよりも多いかまたはそれ未満である場合、それぞれ、マーカーの正常な量よりも「有意に」より高いかまたはより低い。あるいは、その量が、マーカーの正常な量より、少なくとも約１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、または少なくとも約５倍、より高いかまたは低い場合は、それぞれ、対象におけるマーカーの量は、正常な量よりも「有意に」より高いかまたはより低いと考え得る。
【００７９】
本明細書において使用される場合、「重要事象」とは、当業者により重要であると判定された、患者の疾患における事象を指す。重要事象の例としては、例えば、限定されないが、患者の疾患の一次診断、死、再発、緩解、再発、または上述の内のいずれか１つの段階から別の段階への患者の疾患の進行が含まれる。重要事象は、例えば、ＥＤＳＳまたは当業者により判定される他の症状の判断基準を使用する、疾患の状態を判定するために使用されるいかなる重要な事象でもあり得る。
【００８０】
本明細書において使用される場合、「時間経過」とは、最初の事象および後続事象の間の時間の量を指す。例えば、患者の疾患に関して、時間経過は、患者の疾患と関連し得、かつ疾患の経過における重要事象を計測することにより測定することができ、ここで、例えば、最初の事象は診断であり得、後続事象は緩解または再発であり得る。
【００８１】
「転写されたポリヌクレオチド」とは、本発明のマーカーの転写、および存在する場合は、転写物の正常な転写後プロセッシング（例えば、スプライシング）、および転写物の逆転写により作製された、成熟ＲＮＡのすべてまたは一部と相補的であるかまたはそれと相同であるポリヌクレオチド（例えば、転写物のＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはＲＮＡもしくはｃＤＮＡのうちの１つのアナログ）である。産物（例えば、本明細書に記載のマーカー）の「低発現」または「有意により低いレベルの発現」とは、発現を評価するために使用されるアッセイの標準誤差よりも大きい、被験試料中の発現レベル、例えば、対照試料（例えば、多発性硬化症を有さない健康な対象由来の試料）中の遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）の発現レベル、またはいくつかの対照試料における遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）の平均発現レベルよりも、少なくとも１．５倍、２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍以上低い発現レベルを指す。
【００８２】
本発明の種々の態様を、以下にさらに詳細に記載する。追加の定義は、明細書の至る所で記載される。
【００８３】
多発性硬化症および診断方法
多発性硬化症（ＭＳ）は、ミエリン鞘の炎症および損失を特徴とする、中枢神経系の疾患である。
【００８４】
Ｐｏｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  １３：２２７，  １９８３．において定義される、臨床的に確実なＭＳの診断を確立する臨床的判断基準により、ＭＳを有する患者を、特定することができる。簡単に説明すると、臨床的に確実なＭＳを有する個人は、２度の発病、ならびに２つの病変の臨床的証拠または１つの病変の臨床的証拠およびもう１つの別個の病変の副次臨床的（ｐａｒａｃｌｉｎｉｃａｌ）証拠のうちのいずれかを有した。確実なＭＳは、２度の発病の証拠および脳脊髄液中のＩｇＧのオリゴクローナルバンドによるか、または１回の発病、２つの病変の臨床的証拠および脳脊髄液中のＩｇＧのオリゴクローナルバンドの組み合わせによっても、診断し得る。ＭｃＤｏｎａｌｄ基準を使用して、ＭＳを診断することもできる。（ＭｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｒｅｃｏｍｅｎｄｅｄ  ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ：  ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｐａｎｅｌ  ｏｎ  ｔｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ，  Ａｎｎ  Ｎｅｕｒｏｌ  ５０：１２１−１２７）。ＭｃＤｏｎａｌｄ基準には、複数の臨床的発病がない場合、ＭＳの診断において使用するための、経時的なＣＮＳ機能障害のＭＲＩ証拠の使用も含まれる。多発性硬化症の有効な治療は、いくつかの異なる方法によって評価され得る。以下のパラメータを使用して、治療の有効性を計測すことができる。２つの例示的な判断基準には、ＥＤＳＳ（総合障害度評価尺度）、およびＭＲＩ（磁気共鳴画像法）における憎悪の出現が含まれる。
【００８５】
ＥＤＳＳは、ＭＳに起因する臨床的機能障害を等級分けするための手段である（Ｋｕｒｔｚｋｅ，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ３３：１４４４，１９８３）。８つの機能系の、神経学的機能障害の種類および重症度を評価する。簡単に説明すると、錐体系、小脳系、脳幹系、感覚系、腸および膀胱系、視覚系、大脳系、および他の系統における機能障害について、治療前に患者を評価する。規定された時間間隔で、経過観察を実施する。尺度は０（正常）〜１０（ＭＳに起因する死）までの範囲である。１つの完全なステップの減少は有効な治療を示し（Ｋｕｒｔｚｋｅ，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  ３６：５７３−７９，  １９９４）、一方１つの完全なステップの増加は疾患の進行または悪化（例えば、憎悪）を示す。一般に、約６のＥＤＳＳスコアを有する患者は、中程度の身体障害（例えば、杖を使用して歩行する）を有し、一方約７または８のＥＤＳＳスコアを有する患者は、重度の身体障害（例えば、車椅子を必要とする）を有する。
【００８６】
憎悪は、ＭＳに起因し、かつ特有の新たな神経学的異常を伴う、新たな症状の出現と定義される（ＩＦＮＢ  Ｓｔｕｄｙ  Ｇｒｏｕｐ、上記）。さらに、憎悪は、少なくとも２４時間持続し、かつ少なくとも３０日間の安定または改善に続くものでなければならない。簡単に説明すると、患者は、臨床医により標準的な神経学的検査を受ける。憎悪は、神経学的評価尺度（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒａｔｉｎｇ  Ｓｃａｌｅ）（Ｓｉｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ３４：１３６８，  １９８４）における変化に従って、穏やか、中程度、または重度に分類される。年間の憎悪率および無憎悪患者の割合が決定される。
【００８７】
臨床的尺度を使用して、治療群およびプラセボ群間の無憎悪または無再発患者の比率または割合に、これらの測定値のどちらかに関する、統計的に有意な差異がある場合、療法は有効であるとみなすことができる。さらに、最初の憎悪までの時間および憎悪の持続時間および重症度もまた、測定し得る。この点に関する、療法としての有効性の尺度は、対照群と比較した、治療群における最初の憎悪までの時間または持続時間および重症度における、統計的に有意な差異である。１年、１８か月、または２０か月を超える無憎悪または無再発期間は特に注目すべきである。臨床的尺度には、１年および２年の時間間隔での再発率、ならびにＥＤＳＳにおける変化（ＥＤＳＳのベースラインから１．０単位の、６月間持続する無増悪期間を含む）が含まれる。Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ曲線において、身体障害の持続性の進行における遅延は、有効性を示す。他の判断基準には、ＭＲＩでのＴ２画像の領域および体積における変化、ならびにガドリニウム増強画像により測定される、病変の数および体積が含まれる。
【００８８】
ガドリニウム−ＤＴＰＡ−増強撮像を使用する活動性病変の測定（ＭｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  ３６：１４，  １９９４）またはＴ２強調技術を使用する病変の位置および程度の測定のために、ＭＲＩを使用することができる。簡単に説明すると、ベースラインＭＲＩを得る。それぞれのその後の研究において、同一の結像面および患者の体位を使用する。病変検出を最大化し、かつ病変追跡を促進するために、体位設定および撮像順序を選択することができる。同一の体位設定および撮像順序を、その後の研究で使用し得る。ＭＳ病変の存在、位置および程度は、放射線科医により判定され得る。病変の領域は、全病変領域について、スライス毎に概説および要約され得る。新たな病変の証拠、活動性病変の出現率、病変領域の変化率（％）の、３つの分析を実施し得る（Ｐａｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４３：６６５，  １９９３）。ベースラインと比較した個人の患者における、または治療群対プラセボ群における、統計的に有意な改善により、治療に起因する改善を確立することができる。
【００８９】
本明細書に記載の方法により治療し得るかまたは症状管理療法を使用して管理し得る、多発性硬化症に付随する例示的な症状としては：視神経炎、複視、眼振、眼球運動失調、核間性眼筋麻痺、運動眼閃および音眼閃（ｍｏｖｅｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｓｏｕｎｄ  ｐｈｏｓｐｈｅｎｅ）、求心性瞳孔障害、不全麻痺、不全単麻痺、不全対麻痺、不全片麻痺、四肢不全麻痺、麻痺、下半身対麻痺、片麻痺、四肢麻痺（ｔｅｔｒａｐｌｅｇｉａ）、四肢麻痺（ｑｕａｄｒｉｐｌｅｇｉａ）、痙縮、構音障害、筋萎縮症、攣縮、痙攣、筋緊張低下、クローヌス、ミオクローヌス、ミオキミア、むずむず脚症候群、下垂足、反射機能障害（ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｒｅｆｌｅｘｅｓ）、錯感覚、麻酔、神経痛、神経因性疼痛および神経原性疼痛、レルミット徴候、自己受容性機能障害、三叉神経痛、運動失調、企図振戦、測定障害、前庭性運動失調、回転性めまい、発話失調、ジストニア、拮抗運動反復不全、頻尿、膀胱痙縮、弛緩性膀胱、排尿筋・括約筋筋失症、勃起不全、無オルガスム症、冷感症、便秘症、便意切迫、便失禁、うつ病、認知機能障害、認知症、気分変動、情緒不安定、多幸症、双極性症候群、不安、失語症、不全失語症、疲労、ウートホフ徴候、胃食道逆流、および睡眠障害が挙げられる。
【００９０】
ＭＳのそれぞれのケースは、症状およびその後の経過のいくつかのパターンのうちの１つを示す。最も一般的には、ＭＳはまず、一連の発病と、それに続く、症状が不可解に軽減する完全または部分的な緩解、そして安定期の後の再発として顕在化する。これは、再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）と呼ばれる。原発性進行型ＭＳ（ＰＰＭＳ）は、一次的な安定期または症状からの小さな軽減はあり得るが、顕著な緩解の無い漸進的な臨床的減退を特徴とする。二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）は、再発寛解の過程から始まり、その後原発性進行型の過程が続く。まれに、患者は、疾患が、急性の発病により中断される進行性の経過をたどる、進行性再発型（ＰＲＭＳ）の経過を有し得る。ＰＰＭＳ、ＳＰＭＳ、およびＰＲＭＳは、時には、一纏めにして、慢性進行性ＭＳと呼ばれる。
【００９１】
少数の患者は、疾患発症後まもなくの著しい身体障害または死をももたらす、急速かつ容赦ない減退として定義される、悪性ＭＳを経験する。治療レジメンの早期において、患者が療法に応答する可能性を判定し、患者が応答する可能性が最も高い薬剤に変更することにより、この減退を停止または減速させ得る。
【００９２】
ＭＳバイオマーカーの分析
ＩＦＮ−βシグナル経路における、発現レベルおよび／または遺伝子産物の活性の分析により、単独または組み合わせ、例えば、多発性硬化症を治療するための別の薬剤との組み合わせで、対象におけるＩＦＮ−β剤の有効性と相関する、本明細書に記載の個々のバイオマーカーおよびバイオマーカーの組み合わせの特定に至った。例えば、本発明は、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、およびＴＮＦＲ２などの発現レベル、タンパク質レベル、タンパク質活性の評価のための方法を提供する。
【００９３】
いくつかの実施形態において、本発明の方法を使用して、ＩＦＮ−β剤（例えば、ＩＦＮβ−１Ａ、ＩＦＮβ−１Ｂ、またはその誘導体（例えば、ＰＥＧ化誘導体））による治療に対する対象の応答性を判定することができ、ここで、標準値、例えば、健康な対象における発現レベルおよび／または活性に対して、対象の試料が、例えば、本明細書に開示されるマーカー（例えば、表１に記載される）の発現、および／または活性等の量における有意な増加を有する場合、疾患は、単独または多発性硬化症に対する他の療法との組み合わせでのＩＦＮ−β剤による治療に対して、応答する可能性がより高く、逆もまた同様である。
【００９４】
表１：ＩＦＮβ−１ＡまたはＩＦＮβ−１Ｂ治療に対する治療応答性を判定するための血清バイオマーカー
【表１】
2014513289.tif 000002
【００９５】
表２：応答者（Ｒ）対非応答者（ＮＲ）における、ＭＳバイオマーカーのタンパク質レベル
【表２】
2014513289.tif 000003
【００９６】
表１の血清バイオマーカーを、以下に、より詳細に記載する。
【００９７】
ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）：ヒトＣＣＬ２１のヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｎａｇｉｒａ，  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２７２：１９５１８−１９５２４；  Ｈｅｄｒｉｃｋ，  ＪＡ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｊ    Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５９：１５８９−１５９３；  Ｈｒｏｍａｓ，  Ｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５９：２５５４−２５５８；  Ｇｕｎｎ，  ＭＤ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  ＰＮＡＳ  ９５：２５８−２６３；  Ｊｏｈｎｓｏｎ，  ＬＡ  ｅｔ  ａｌ．  （２０１０）  Ｉｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２２（１０）：８３９−８４９；  ａｎｄ  Ｙｏｓｈｉｄａ，  Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７３（１２）：７１１８−７１２２に開示されている。ＣＣＬ２１はリンパ節の高内皮性小静脈、脾臓および虫垂において高発現し、造血の阻害、およびＴ細胞、特に未処理のＴ細胞の化学走性の促進のために機能する。ＣＣＬ２１は、二次性リンパ性器官へのリンパ球のホーミングの媒介における役割も果たし得る。ＣＣＬ２１に対する抗体は、限定されないが、以下を含む、種々の商業的供給源から入手可能である：Ａｂｃａｍ（登録商標）、ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ（商標）、Ａｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（商標）、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｉｅｒｃｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（商標）、Ａｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（商標）、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ  Ａｍｅｒｉｃａ（商標）、Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（登録商標）、ＧｅｎｅＴｅｘ（商標）、ＬｉｆｅＳｐａｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（商標）、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（登録商標）、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、  Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）  およびＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（登録商標）。
【００９８】
ＢＡＦＦ（ＴＮＦＳＦ１３ＢおよびＢＬｙＳとしても知られる）：ヒトＢＡＦＦのヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，  Ｐ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １８９：１７４７−１７５６；  Ｍｏｏｒｅ，  ＰＡ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８５：２６０−２６３；    ａｎｄ  Ｔｒｉｂｏｕｌｅｙ，  Ｃ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ３８０（１２）：１４４３−１４４７に開示されている。ＢＡＦＦは、体液性免疫の制御のための、Ｂ細胞およびＴ細胞の機能の促進に関連するサイトカインであり、成熟Ｂ細胞の生存を促進する。ＢＡＦＦは、末梢血白血球ならびに単球およびマクロファージにおいて、高発現する。ＢＡＦＦは、脾臓、リンパ節、骨髄、Ｔ細胞、樹状細胞においても発現する。ＢＡＦＦに対する抗体は、以下を含む種々の商業的供給源から入手可能である：例えば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ａｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（商標）、ＧｅｎｅＴｅｘ（商標）、ＬｉｆｅＳｐａｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（商標）、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）およびＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（登録商標）。
【００９９】
ＩＬ−１ＲＡ（ＩＬ−１ＲＮとしても知られる）：ヒトＩＬ−１ＲＡのヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｃａｒｔｅｒ，  ＤＢ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４４：６３３−６３８；  Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇ，  ＳＰ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４３：３４１−３４６；  Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇ，  ＳＰ  （１９９１）  ＰＮＡＳ  ８８：５２３２−５２３６；  Ｌｅｎｎａｒｄ，  Ａ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ４：８３−８９；  Ｊｅｎｋｉｎｓ，  ＪＫ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５８：７４８−７５５；  Ｈａｓｋｉｌｌ，  Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  ＰＮＡＳ  ８８：３６８１−３６８５；  Ｍｕｚｉｏ，  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １８２：６２３−６２８；  Ｈａｎｎｕｍ，  ＣＨ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４３：３３６−３４０；  ａｎｄ  Ｎｉｃｋｌｉｎ，  ＭＪＨ  ｅｔ  ａｌ．  （２００２）  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ７９：７１８−７２５に記載されている。ＩＬ−１ＲＡは、主に内皮細胞において発現し、インターロイキン−１サイトカインファミリーのメンバーである。ＩＬ−１ＲＡは、インターロイキン１αおよびインターロイキン１βの活性を阻害するために機能し、種々のインターロイキン１関連の免疫性および炎症性応答を調節する。ＩＬ−１ＲＡに対する抗体は、限定されないが、以下を含む、種々の商業的供給源から購入することができる：Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ａｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（商標）、ＧｅｎｅＴｅｘ（商標）、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（登録商標）、およびＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）。
【０１００】
インターロイキン−１３（ＩＬ−１３）：ヒトＩＬ−１３のヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｍｉｎｔｙ，  ＡＪ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｎａｔｕｒｅ  ３６２：  ２４８−２５０；  ＭｃＫｅｎｚｉｅ，  ＡＮ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  ＰＮＡＳ  ９０：３７３５−３７３９；  Ｓｍｉｒｎｏｖ，  ＤＶ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ｇｅｎｅ  １５５：２７７−２８１；  Ｄｏｌｇａｎｏｖ，  Ｇ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｂｌｏｏｄ  ８７：３３１６−３３２６；  ａｎｄ  Ｈｅｉｎｚｍａｎｎ，  Ａ．  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｈｕｍ  Ｍｏｌ  Ｇｅｎｅｔ  ９：５４９−５５９に開示されている。ＩＬ−１３は、主に活性化Ｔｈ２細胞により産生される免疫調節性サイトカインであり、Ｂ細胞の成熟および分化に関与している。ＩＬ−１３はまた、マクロファージ活性を下方制御し、炎症誘発性のサイトカインおよびケモカインの産生を阻害する。ＩＬ−１３抗体は、例えば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ（商標）、Ａｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（商標）、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（商標）、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｉｅｒｃｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  （商標）、Ａｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  （商標）、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ  Ａｍｅｒｉｃａ  （商標）、および  Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）から入手することができる。
【０１０１】
単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１；ＣＣＬ２としても知られる）：ヒトＭＣＰ−１のヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｆｕｒｕｔａｎｉ，  Ｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  １５９：  ２４９−２５５；  Ｒｏｌｌｉｎｓ，  ＢＪ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ９：４６８７−４６９５；  Ｙｏｓｈｉｍｕｒａ，  Ｔ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ２４４：４８７−４９３；  Ｃｈａｎｇ，  ＨＣ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｉｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １：３８８−３９７；  Ｓｈｙｙ，  ＹＪ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  １６９：３４６−３５１；  Ｌｉ，  ＹＳ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １２６：６１−６８；  ａｎｄ  Ｆｉｎｚｅｒ，  Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １９：３２３５−３２４４に記載されている。ＭＣＰ−１は、サイトカインのＣＸＣサブファミリーに構造的に関連しており、単球の抗腫瘍活性を増強する。ＭＣＰ−１は、単球および好塩基球を動員する遊走能を示すが、好中球または好酸球に対する遊走能は有さない。市販の、ＭＣＰ−１に対する抗体は、例えば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（商標）、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、およびＮｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（登録商標）から入手することができる。
【０１０２】
Ｃ−反応性タンパク質（ＣＲＰ）：ヒトＣＲＰののヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｌｅｉ，  ＫＪ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６０：１３３７７−１３３８３；  Ｗｏｏ，  Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６０：１３３８４−１３３８８；  Ｔｕｃｃｉ，  Ａ．  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８３）  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １３１：２４１６−２４１９；  Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ，  ＡＳ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８３）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２１：６９−７１；  Ｏｌｉｖｅｉｒａ，  ＥＢ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９７９）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２５４：４８９−５０２；  ａｎｄ  Ｏｓｍａｎｄ，  ＡＰ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９７７）  ＰＮＡＳ  ７４：１２１４−１２１８に記載されている。ＣＲＰは、ＩＬ−１およびＩＬ−６により誘導される血漿タンパク質である。組織傷害、感染または他の炎症性刺激に対する、急性期応答の間、増加したレベルのＣＲＰが生じる。ＣＲＰに対する市販の抗体は、例えば、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（商標）、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、Ａｂｃａｍ（登録商標）、およびＡｄｖａｎｃｅｄ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｎｃ．（商標）から入手することができる。
【０１０３】
Β−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）：ヒトＢ２Ｍのヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｇｕｅｓｓｏｗ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １３９：３１３２−３１３８；  Ｈｅ，  ＸＨ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｓｈｅｎｇ  Ｗｕ  Ｇｏｎｇ  Ｃｈｅｎｇ  Ｘｕｅ  Ｂａｏ  ２０：９９−１０３；  Ｓｕｇｇｓ，  ＳＶ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８１）  ＰＮＡＳ    ７８：６６１３−６６１７；  ａｎｄ  Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，  ＢＡ  ｅｔ  ａｌ．  （１９７３）  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １２：４８１１−４８２２に記載されている。Ｂ２Ｍは、ほぼすべての有核細胞の表面上の、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ重鎖に付随している。Ｂ２Ｍに対する市販の抗体は、例えば、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（商標）、Ａｃｒｉｓ  抗体（商標）、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐ（商標）およびＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（登録商標）から入手することができる。
【０１０４】
フェリチン：ヒトフェリチン重鎖およびヒトフェリチン軽鎖のヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｃｏｎｓｔａｎｚｏ  Ｆ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  ＥＭＢＯ  Ｊ  ３：２３−２７；  Ｂｏｙｄ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６０：１１７５５−１１７６１；  Ｃｈｏｕ，  ＣＣ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １４：  ７２１−７３６；  Ｈｅｎｔｚｅ，  ＭＷ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  ＰＮＡＳ  ８３：７２２６−７２３０；  Ｄｈａｒ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｇｅｎｅ  １２６：２７５−２７８；  Ｂｏｙｄ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  ＰＮＡＳ  ８１：４７５１−４７５５；  Ｄｏｒｎｅｒ，  ＭＨ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  ＰＮＡＳ  ８２：３１３９−３１４３；  Ｓａｎｔｏｒｏ，  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  １４：  ２８６３−２８７６；  ａｎｄ  Ａｄｄｉｓｏｎ，  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８３）  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  １６４：１３９−１４４に開示されている。ヒトフェリチンタンパク質は、２４個のサブユニットから成り、フェリチン重鎖およびフェリチン軽鎖サブユニットの両方を含む。ヒトフェリチンは、ほぼすべての細胞型に存在し、鉄恒常性および細胞への鉄送達における役割を果たす。フェリチンに対する市販の抗体は、例えば、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｉｅｒｃｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（商標）、Ｃｏｖａｌａｂ（商標）、およびＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（登録商標）から入手することができる。
【０１０５】
腫瘍壊死因子受容体−２（ＴＮＦＲ２；ＴＮＦＲＩＩ、ＴＮＦＢＲ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂとしても知られる）：ヒトＴＮＦＲ２のヌクレオチドおよびタンパク質配列は、例えば、Ｋｏｈｎｏ，  Ｔ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  ＰＮＡＳ  ８７：８３３１−８３３５；  Ｓｍｉｔｈ，  ＣＡ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４８：１０１９−１０２３；  Ｂｅｌｔｉｎｇｅｒ，  ＣＰ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ３５：９４−１００；  Ｌａｉｎｅｚ，  Ｂ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｉｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６：１６９−１７７；  Ｌｏｅｔｓｃｈｅｒ，  Ｈ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６５：２０１３１−２０１３８；  Ｄｅｍｂｉｃ，  Ｚ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ２：２３１−２３７；  ａｎｄ  Ｐｅｎｎｉｃａ，  ＤＭ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６７：２１１７２−２１１７８に記載されている。ＴＮＦＲ２は、ＴＮＦ−受容体スーパーファミリーのメンバーであり、ＴＮＦ−受容体１とヘテロ複合体を形成して、２つの抗アポトーシス性タンパク質、ｃ−ＩＡＰ１およびｃ−ＩＡＰ２を動員する。このように、ＴＮＦＲ２は、その生物活性を拮抗することにより、ＴＮＦ−α−誘導性アポトーシスを遮断し、ＴＮＦ−α機能を制御すると考えられる。ＴＮＦＲ２に対する市販の抗体は、例えば、Ａｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（商標）、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐ（商標）、ＬｉｆｅＳｐａｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（商標）、ＧｅｎｅＴｅｘ（商標）、およびＣｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）から入手することができる。
【０１０６】
表１および表２において特定されるバイオマーカーのタンパク質レベルを、単独または組み合わせ（すなわち、２つ以上の）で使用することにより、インターフェロン−β療法に対して対象が応答する可能性を評価することができる。いくつかの実施形態においては、表１および表２の２つ以上のバイオマーカー（例えば、３、４、５、６、７、８、または９つ（すなわち、全ての））を、組み合わせで使用して、インターフェロン−βに対する対象の応答性を評価する。一実施形態においては、本明細書に記載の方法において、バイオマーカーとしてＣＣＬ２を使用する。別の実施形態においては、本明細書に記載の方法を使用して、バイオマーカーとしてＣＣＬ２およびＢＡＦＦを使用する。別の実施形態においては、本明細書に記載の方法を使用するバイオマーカーのパネルとして、ＣＣＬ２、ＢＡＦＦならびに表１および表２の少なくとも１つの追加のバイオマーカー（例えば、１、２、４、５、６、または７つの）を使用する。
【０１０７】
本明細書において提供される方法は、治療を開始する前（例えば治療前）または治療レジメンの早期において、ＩＦＮβ治療（例えばＩＦＮβ−１Ａ、ＩＦＮβ−１Ｂ、またはその誘導体（例えば、ペグ化誘導体））に応答する可能性が高い対象を特定するために、特に有用である。いくつかの実施形態においては、対象において、表１および表２の１つまたは複数のバイオマーカーの発現を、治療の開始の、少なくとも２週間後、少なくとも１か月後、少なくとも３か月後、少なくとも６か月後、または少なくとも１年後に測定する。いくつかの実施形態においては、熟練した開業医が、対象を異なる治療戦略へと切り替えることができるように、表１および表２の１つまたは複数のバイオマーカーの発現を、治療の開始後６か月未満に測定することが好ましい。従って、いくつかの実施形態においては、ＩＦＮβ−１Ａ療法の開始の１〜６か月、１〜５か月、１〜４か月、１〜３か月、１〜２か月、２〜６か月、３〜６か月、４〜６か月、５〜６か月、２〜３か月、３〜４か月、または４〜５か月以内に、表１および表２の１つまたは複数のバイオマーカーの発現を測定することが好ましい。いくつかの実施形態においては、１つまたは複数のバイオマーカーの発現を、療法の開始後３〜６か月（例えば、３か月、３．５か月、４か月、４．５か月、５か月、５．５か月、６か月）に、測定する。
【０１０８】
本明細書に記載の方法を使用して、ＩＦＮβによる治療に対する対象の陽性応答をモニタすることができる。そのような方法は、ＩＦＮβ療法に対する耐性の早期検出のため、または対象が応答者から非応答者の表現型へと移行するかどうかを予測するために、有用である。このような実施形態においては、表１および表２のバイオマーカーのうちの１つまたは複数のレベル（例えば、発現）を、例えば、少なくとも２週間毎、少なくとも１か月毎、少なくとも２か月毎、少なくとも３か月毎、少なくとも４か月毎、少なくとも５か月毎、少なくとも６か月毎、少なくとも７か月毎、少なくとも８か月毎、少なくとも９か月毎、少なくとも１０か月毎、少なくとも１１か月毎、少なくとも１年毎、少なくとも１８か月毎、少なくとも２年毎、少なくとも３年毎、少なくとも５年毎以上に、測定する。バイオマーカーの発現が、不規則な時間間隔で起こること、例えば、バイオマーカーが、個人において、治療の３か月目、治療の６か月目、および治療の７か月目で検出され得るということもまた、意図される。従って、いくつかの実施形態において、必要とみなされる場合、バイオマーカーの発現は、対象の治療をモニタする熟練の医師により測定される。
【０１０９】
本明細書に記載の方法は、例えば良性ＭＳ、休止性（ｑｕｉｅｓｃｅｎｔ）再発寛解型ＭＳ、活動性再発寛解型ＭＳ、原発性進行型ＭＳ、および二次性進行型ＭＳ等のサブタイプを含む、多発性硬化症を有するいかなる対象においても、使用することができる。他の実施形態において、方法を、ＭＳ様症状を有する対象、例えば、単一の臨床症状（ＣＩＳ）または臨床的に確実なＭＳ（ＣＤＭＳ）を有する対象においても、方法を使用し得るということもまた、意図される。単一の臨床症状（ＣＩＳ）とは、脱髄または他の単相性のＣＮＳ炎症性障害（例えば、脊髄症候群、脳幹／小脳症候群、および以下に記載されるその他）の、単一の臨床的エピソードの検出を指す。Ｆｒｏｈｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ２００３  ６１（５）：６０２−ｌ  １では、ＣＩＳを有する対象において、Ｔ２強調ＭＲＩスキャンにおける３つ以上の白質病変（特にこれらの病変のうちの１つが、室周囲領域に位置する場合）が、その後７〜１０年間以内のＣＤＭＳのその後の発病の、非常に高感度な予測因子（＞８０％）であることが報告されている。好ましい実施形態においては、本明細書に記載の方法を使用して、ＲＲＭＳを有する対象における、表１の１つまたは複数のバイオマーカーの発現を評価する。
【０１１０】
本明細書に記載の方法を使用して、応答者と特定された対象を、当技術分野で現在公知であるかまたは開発される、いかなるＩＦＮβ剤（例えばＩＦＮβ−１Ａ、ＩＦＮβ−１Ｂ、またはその誘導体（例えば、ペグ化誘導体））によっても、治療することができる。一実施形態において、ＩＦＮβ剤は、ＩＦＮβ−１Ａ剤（例えば、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標））である。別の実施形態において、ＩＦＮβ剤は、ＩＦＮβ−１Ｂ剤（例えば、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標）））である。
【０１１１】
いくつかの実施形態において、対象由来の血清試料中で測定されたバイオマーカーの量は、絶対測定値（例えば、ｎｇ／ｍＬ）として定量化される。絶対測定値は基準値またはカットオフ値と、容易に比較することができる。例えば、非応答者の状態を表すカットオフ値を決定することができ；カットオフ値を超える（すなわち、ＭＳにおいて発現が増加するバイオマーカーの）か、またはそれより低い（すなわち、ＭＳにおいて発現が減少するバイオマーカーの）、いかなる絶対値も、ＩＦＮβ療法に対する非応答者であり得る。
【０１１２】
あるいは、バイオマーカーの相対量を測定することができる。一実施形態においては、ＭＳを有する対象における１つまたは複数の血清バイオマーカーの発現を、健康な対照の対象における血清バイオマーカーの発現と比較することにより、相対量を測定する。別の実施形態においては、ＭＳを有する対象における１つまたは複数の血清バイオマーカーの発現を、２つ以上の時間点（例えば、ベースラインと療法の開始後３か月、または療法の開始後３か月と６か月で）で比較することにより、相対量を測定する。
【０１１３】
本発明はまた、予測目的のために診断的アッセイ、薬理ゲノミクス、および臨床治験のモニタリングを使用し、それにより個人を予防的に治療する、予測医療の分野にも関する。従って、本発明の一態様は、多発性硬化症を有するかまたは多発性硬化症を発症するリスクを有する個人が、ＩＦＮ−β媒介療法に応答する可能性がより高いかどうかを判定するために、本発明の１つまたは複数のマーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の量、構造、および／または活性を測定ためのアッセイに関する。
【０１１４】
従って、一態様において、本発明は、多発性硬化症を有する対象が、ＩＦＮ−β剤による治療に応答する可能性が高いどうかを判定するための方法に関する。別の態様において、本発明は、疾患の時間経過を予測する方法に関する。さらに別の態様において、方法は、疾患の時間経過における重要事象の確率（例えば、再発、または応答者から非応答者状態への移行）を予測する方法に関する。ある実施形態において、方法は、本明細書に記載されるＩＦＮ−β剤による治療に対する応答性に関連するバイオマーカーまたはバイオマーカーの組み合わせを検出すること、および対象がＩＦＮ−β剤（例えばＩＦＮβ−１Ａ、ＩＦＮβ−１Ｂ、またはその誘導体（例えば、ペグ化誘導体））による治療に応答する可能性が高いかどうかを判定することを含む。
【０１１５】
いくつかの実施形態において、方法には、対象、例えば、多発性硬化症と診断されたかまたは多発性硬化症を有する疑いのある患者（例えば、多発性硬化症の症状を呈する）由来の血清試料などの生体試料を評価して、本明細書に記載の１つまたは複数のバイオマーカーの変化（例えば、遺伝子発現またはポリペプチドのレベル）を検出することが含まれる。
【０１１６】
スクリーニング法の結果およびその解釈は、単独または症状管理薬との組み合わせでの、ＩＦＮ−β剤（例えば、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標）、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標）））による治療に対する患者の応答を予測する。本発明によれば、本明細書に記載の１つまたは複数のバイオマーカー、例えば、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、およびＴＮＦＲ２の発現における変化は、ＩＦＮ−β剤による治療が、多発性硬化症を有する患者に、健康な対照に対して、増大した治療的利益を提供することを示す。
【０１１７】
さらなる別の実施形態においては、１つまたは複数の変化、例えば、バイオマーカー発現における変化を、所定の時間間隔、例えば、第１の時間点および少なくともひとつのその後の時間点で、評価する。一実施形態においては、患者の疾患の経過における重要事象間の時間を測定することにより、時間経過を測定し、ここで測定値は、患者が長い時間経過を有するかどうかを予測する。別の実施形態において、重要事象は、一次診断から死までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、一次診断から疾患の悪化までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、一次診断から再発までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、第２のＭＳから死までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、緩解から再発までの進行である。別の実施形態において、重要事象は、再発から死までの進行である。ある実施形態においては、１つもしくは複数の、全生存率、無増悪期間（ｔｉｍｅ  ｔｏ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ）に関して、および／またはＥＤＳＳもしくは他の評価基準を使用して、時間経過を測定する。
【０１１８】
ＭＳバイオマーカーの検出または測定方法
ポリペプチド検出
本発明のバイオマーカーを測定する方法には、限定されないが、以下が含まれる：ウェスタンブロット法、免疫ブロット法、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降法、表面プラズモン共鳴法、化学発光法、蛍光偏光法、リン光法、免疫組織化学的解析、液体クロマトグラフィー質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、マトリクス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析法、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡検査、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、レーザー走査型サイトメトリー、血液学的分析器、および限定されないが、ＤＮＡ結合、リガンド結合、または他のタンパク質パートナーとの相互作用を含む、タンパク質特性に基づくアッセイ。
【０１１９】
発現したポリペプチドを検出または定量化することにより、マーカータンパク質の活性またはレベルを、検出および／または定量化することができる。当業者に公知のいくつかの方法のうちのいずれによっても、ポリペプチドを検出および定量化することができる。これらには、分析的な生化学的方法、例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィー等、または種々の免疫学的方法、例えば、液体またはゲル沈降素反応、免疫拡散法（一元または二重）、免疫電気泳動法、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光のアッセイ、ウェスタンブロット法、免疫組織化学等が含まれ得る。当業者は、血清試料中の１つまたは複数のバイオマーカーの発現レベルの測定において使用するために、公知のタンパク質／抗体検出方法を、容易に適応させることができる。
【０１２０】
本発明のポリペプチドを検出するための別の薬剤は、本発明のマーカーに対応するポリペプチドに結合することができる抗体、例えば、検出可能な標識を有する抗体である。抗体はポリクローナル抗体でも、モノクローナル抗体でもあり得る。インタクトな抗体、またはその断片（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）を使用することができる。プローブまたは抗体に関する、「標識された」という用語は、検出可能な物質を、プローブまたは抗体にカップリングする（すなわち、物理的に結合させる）ことによる、プローブまたは抗体の直接的標識、および、直接的に標識された別の試薬との反応性による、プローブまたは抗体の間接的標識を、包含することが意図される。間接的標識の例としては、蛍光標識されたストレプトアビジンにより検出し得るように、蛍光標識されたニ次抗体およびＤＮＡプローブのビオチンによる末端標識を使用する、一次抗体の検出があげられる。
【０１２１】
別の実施形態においては、抗体は標識されている、例えば、放射標識、発色団標識、フルオロフォア標識、または酵素標識された抗体である。別の実施形態においては、例えば、マーカーに対応するオープンリーディングフレームによりコードされるタンパク質、または、正常な翻訳後修飾のすべてまたは一部を経たそのようなタンパク質などの、マーカーに対応するタンパク質と特異的に結合する抗体誘導体（例えば、基質またはタンパク質−リガンド対のタンパク質もしくはリガンド｛例えば、ビオチン−ストレプトアビジン｝と結合した抗体）、または抗体断片（例えば、単鎖抗体、単離した抗体超可変領域など）が使用される。
【０１２２】
免疫組織化学またはＩＨＣとは、生物組織中の抗原に特異的に結合する抗体の原理を利用して、組織切片の細胞において、抗原（例えばタンパク質）を局在化するプロセスを指す。特異的な分子マーカーは、増殖または細胞死（アポトーシス）などの特定の細胞事象の特徴である。ＩＨＣはまた、生物組織の異なる部分における、バイオマーカーおよび差次的に発現したタンパク質の分布および局在化を理解するための研究において、広範に使用される。抗体−抗原相互作用の可視化は、いくつかの方法によって達成し得る。最も一般的な例においては、抗体を、発色反応を触媒し得る酵素、例えばペルオキシダーゼに結合させる。あるいは、抗体を、フルオロフォア、例えばフルオレセイン、ローダミン、ＤｙＬｉｇｈｔ  Ｆｌｕｏｒ  またはＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒに結合させることもできる。
【０１２３】
細胞由来のタンパク質を、当業者に公知の技術を使用して、単離することができる。使用されるタンパク質の単離方法は、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，  １９８８，  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）に記載されるものなどであり得る。
【０１２４】
１つの形式においては、抗体または抗体断片を、ウェスタンブロットまたは免疫蛍光技術などの方法において使用して、発現したタンパク質を検出することができる。このような使用において、抗体またはタンパク質のどちらかを固体支持体上に固定化することができる。好適な固相支持体または担体には、抗原または抗体と結合可能な、いかなる支持体も含まれる。公知の支持体または担体としては、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然および修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、および磁鉄鉱が挙げられる。
【０１２５】
当業者は、抗体または抗原との結合のための多くの他の好適な担体を知り、そのような支持体を本発明での使用に適応させることができるであろう。例えば、細胞から単離されたタンパク質を、ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけ、例えばニトロセルロースなどの固相支持体上に固定化することができる。支持体を次いで、好適な緩衝剤で洗浄し、その後、検出可能に標識された抗体で処理することができる。次いで、固相支持体を緩衝剤でもう一度洗浄し、未結合の抗体を除去することができる。次いで、固体支持体上の結合した標識の量を、従来の方法により検出することができる。電気泳動技術を使用してタンパク質を検出する方法は、当業者に公知のである（一般的に、Ｒ．  Ｓｃｏｐｅｓ  （１９８２）  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，  Ｎ．Ｙ．；  Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ，  （１９９０）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  Ｖｏｌ．  １８２：  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｎ．Ｙ．  を参照のこと）。
【０１２６】
別の実施形態においては、ウェスタンブロット（免疫ブロット）解析を使用して、試料中のポリペプチドの存在を検出および定量化する。この技術には、一般的に、分子量に基づいて、ゲル電気泳動により試料タンパク質を分離すること；分離されたタンパク質を好適な固体支持体（例えばニトロセルロースフィルタ、ナイロンフィルタ、または誘導体化ナイロンフィルタ）に移すこと；および試料をポリペプチドと特異的に結合する抗体とともにインキュベートすること；が含まれる。抗ポリペプチド抗体は、固体支持体上のポリペプチドと特異的に結合する。これらの抗体を直接的に標識することもができ、あるいは、抗ポリペプチドと特異的に結合する、標識された抗体（例えば、標識されたヒツジ抗−ヒト抗体）を使用して、その後検出することもできる。
【０１２７】
別の実施形態においては、免疫測定法を使用して、ポリペプチドを検出する。本明細書において使用される場合、免疫測定法は、検体と特異的に結合させるために、抗体を使用するアッセイである。このように、免疫測定法は、検体の単離、標的化、および定量化のための、他の物理的または化学的特性の使用ではなく、ポリペプチドの抗抗体に対する特異的結合の検出を特徴とする。
【０１２８】
いくつかの公知の免疫学的結合アッセイ（例えば、米国特許第４，３６６，２４１号；同第４，３７６，１１０号；同第４，５１７，２８８号；および同４，８３７，１６８号を参照のこと）のうちのいずれかを使用して、ポリペプチドを検出および／または定量化する。一般的な免疫測定法の概説に関しては、Ａｓａｉ  （１９９３）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｖｏｌｕｍｅ  ３７：  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；  Ｓｔｉｔｅｓ  ＆  Ｔｅｒｒ  （１９９１）  Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎをも参照のこと。
【０１２９】
別の実施形態においては、Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイ技術を使用して、ポリペプチドを検出および／または定量化する。Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイは、小さな色分けされたビーズを、例えば、それぞれ、特定のバイオアッセイのための試薬でコーティングされた別個の組に分離し、多重方式で、特定の検体を試料から捕捉および検出することを可能にする。Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイ技術は、バイオマーカーなどの検体を検出するための、ビーズ・ベースの蛍光サイトメトリーを使用する多重ＥＬＩＳＡアッセイと比較され得る。
【０１３０】
免疫学的結合アッセイ（または免疫測定法）は一般に、検体（ポリペプチドまたはサブ配列）と特異的に結合し、かつしばしば、検体を固定化するために、「捕捉剤」を使用する。捕捉剤は、検体と特異的に結合する部分である。別の実施形態において、捕捉剤は、ポリペプチドと特異的に結合する抗体である。抗体（抗ペプチド）は、当業者に公知のいくつかの方法のうちのいずれかにより、作製することができる。
【０１３１】
免疫測定法はまた、捕捉剤および検体により形成された結合複合体と特異的に結合し、かつ結合複合体を標識するために、しばしば標識剤をも使用する。標識剤自体が、抗体／検体複合体を含む部分のうちの１つであり得る。従って、標識剤は、標識されたポリペプチドまたは標識された抗抗体であり得る。あるいは、標識剤は、第三の部分、例えば、抗体／ポリペプチド複合体と特異的に結合する、別の抗体であり得る。
【０１３２】
一実施形態においては、標識剤は、標識を有する第２のヒト抗体である。あるいは、第２の抗体は標識を欠き得るが、次に、第２の抗体が由来する種の抗体に特異的な、標識された第三の抗体により結合され得る。第２の抗体は、例えば酵素標識されたストレプトアビジンなどの、第３の標識された分子が特異的に結合し得る、ビオチン等の検出可能な部分で修飾され得る。
【０１３３】
免疫グロブリン定常領域と特異的に結合可能な他のタンパク質、例えばプロテインＡまたはプロテインＧもまた、標識剤として使用し得る。これらのタンパク質は、連鎖球菌の細胞壁の通常の構成成分である。それらは、様々な種由来の免疫グロブリン定常領域との、強力な非免疫原性の反応性を示す（一般的には、Ｋｒｏｎｖａｌ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９７３）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．，  １１１：  １４０１−１４０６，  ａｎｄ  Ａｋｅｒｓｔｒｏｍ  （１９８５）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．，  １３５：  ２５８９−２５４２を参照のこと）。
【０１３４】
上述の通り、ポリペプチドの検出  および／または定量化のための免疫測定法は、当業者に公知の広範な型式をとり得る。
【０１３５】
ポリペプチドを検出するための例示的な免疫測定法は、競合性または非競合性であり得る。非競合性の免疫測定法は、捕捉された検体を直接的に測定するアッセイである。１つの「サンドイッチ」アッセイにおいて、例えば、捕捉剤（抗ペプチド抗体）は、固体基質に直接結合し、そこで固定化され得る。これらの固定化された抗体は、次いで、被験試料中に存在するポリペプチドを捕捉する。このように固定化されたポリペプチドに、次いで、標識を有する第２のヒト抗体などの標識剤が結合する。
【０１３６】
競合アッセイにおいては、試料中に存在する検体（ポリペプチド）により、捕捉剤（抗ペプチド抗体）から除去された（または競合により排除された）、添加された（外因性の）検体（ポリペプチド）の量を測定することにより、試料中に存在する検体の量を間接的に測定する。１つの競合アッセイにおいては、既知の量の、この場合においてはポリペプチドを、試料に添加し、次いで試料を捕捉剤と接触させる。抗体と結合したポリペプチドの量は、試料中に存在するポリペプチド濃度と反比例する。
【０１３７】
別の実施形態においては、抗体を固体基質上に固定化する。ポリペプチド／抗体複合体中に存在するポリペプチドの量を測定するか、または代替として、残りの非複合型ポリペプチドの量を測定するかのどちらかにより、抗体と結合したポリペプチドの量を測定することができる。標識されたポリペプチドを提供することにより、ポリペプチドの量を検出することができる。
【０１３８】
本明細書に記載のアッセイは、当業者に公知の標準的方法に従って、スコア化される（陽性もしくは陰性、またはポリペプチドの量として）。スコア化の特定の方法は、アッセイの型式および標識の選択に依存する。例えば、酵素標識により作製された着色された生成物を可視化することにより、ウェスタンブロットアッセイをスコア化することができる。正確な分子量において、明確に見える着色バンドまたはスポットを陽性の結果としてスコア化し、一方明確に見えるスポットまたはバンドがない場合は、陰性としてスコア化する。バンドまたはスポットの強度は、ポリペプチドの定量的な測定値を提供し得る。
【０１３９】
本明細書に記載の種々の免疫測定法において使用するための抗体を、本明細書に記載の通り作製することができる。
【０１４０】
別の実施形態においては、遺伝子産物の酵素活性を測定することにより、レベル（活性）をアッセイする。酵素の活性をアッセイする方法は、当業者に公知である。
【０１４１】
マーカータンパク質の検出のためのｉｎ  ｖｉｖｏ技術には、タンパク質に対する、標識された抗体を、対象に導入することが含まれる。例えば、標準的撮像技術により、対象におけるその存在および位置を検出することができる放射性マーカーで、抗体を標識することができる。
【０１４２】
本発明の方法により特定される、ある特定のマーカーは、分泌タンパク質であり得る。いずれかの特定のマーカータンパク質が分泌タンパク質であるかどうかを判定することは、当業者には容易なことである。この判定をするために、マーカータンパク質を、例えばヒト細胞株などの哺乳類の細胞中に発現させ、細胞外液を回収し、および細胞外液中のタンパク質の存在または不存在を評価する（例えば、タンパク質と特異的に結合する標識された抗体を使用して）。
【０１４３】
以下は、タンパク質の分泌を検出するために使用し得る方法の例である。約８ｘ１０５個の２９３Ｔ細胞を、増殖培地（１０％ウシ胎児血清を添加したダルベッコ改変イーグル培地｛ＤＭＥＭ｝）を含むウェル中、３７℃で、５％（ｖ／ｖ）ＣＯ２、９５％空気雰囲気下で、約６０〜７０％のコンフルエンスまでインキュベートする。次いで、ウェルあたり、２マイクログラムの、タンパク質をコードする発現ベクターを含むＤＮＡ、および１０マイクロリットルのＬｉｐｏｆｅｃｔＡＭＩＮＥ（商標）（ギブコ−ＢＲＬ社（ＧＩＢＣＯ／ＢＲＬ）／カタログ番号：１８３４２−０１２）を含む、標準的なトランスフェクション混合物を使用して、細胞をトランスフェクトする。トランスフェクション混合物を約５時間維持し、次いで新鮮な増殖培地と入れ替え、空気雰囲気中で維持する。メチオニンまたはシステインを含まないＤＭＥＭ（ＤＭＥＭ−ＭＣ；ＩＣＮ  カタログ番号：１６−４２４−５４）で、各ウェルを、静かに二度漱ぐ。約１ミリリットルのＤＭＥＭ−ＭＣおよび約５０マイクロキュリーのＴｒａｎｓ−３５Ｓ（商標）試薬（ＩＣＮ  カタログ番号：５１００６）を、各ウェルに添加する。ウェルを、上述の５％ＣＯ２雰囲気下に維持し、３７℃で、選択された期間、インキュベートする。インキュベーション後、１５０マイクロリットルの馴化培地を取り除いて遠心分離にかけ、浮遊細胞および壊死組織片を除去する。上清中のタンパク質の存在は、タンパク質が分泌されたことを表す。
【０１４４】
本発明はまた、生体試料、例えば、組織、全血、血清、血漿、頬側擦取物（ｂｕｃｃａｌ  ｓｃｒａｐｅ）、唾液、脳脊髄液、尿、便、および骨髄を含む試料中の、本発明のマーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の存在を検出するためのキットをも包含する。このようなキットを使用して、対象が、多発性硬化症を有するかまたは多発性硬化症を発症する増加したリスクを有するかどうかを判定することができる。例えば、キットには、生体試料中で、本発明のマーカーに対応するポリペプチドまたはポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出し得る標識された化合物または薬剤、および試料中のポリペプチドまたはｍＲＮＡの量を測定する方法が含まれ得る（例えば、ポリペプチドをコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡと結合する、ポリペプチドまたはオリゴヌクレオチドプローブと結合する抗体）。キットはまた、キットを使用して得た結果を解釈するための説明書も含み得る。
【０１４５】
抗体ベースのキットに関しては、キットは、例えば：（１）本発明のマーカーに対応するポリペプチドに結合する、一次抗体（例えば、固体支持体に結合した）；および、所望により、（２）ポリペプチドまたは一次抗体のどちらかと結合し、かつ検出可能な標識と結合した、第２の、異なる抗体；を含み得る。
【０１４６】
オリゴヌクレオチドベースのキットに関しては、キットは、例えば：（１）本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードする核酸配列とハイブリダイズする、オリゴヌクレオチド、例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド、または、（２）本発明のマーカーに対応する核酸分子を増幅するために有用なプライマー対；を含み得る。キットはまた、例えば、緩衝剤、保存剤、またはタンパク質安定剤をも含み得る。キットは、検出可能な標識（例えば、酵素または基質）を検出するために必要な成分を、さらに含み得る。キットはまた、アッセイし、かつ被験試料と比較し得る、対照試料または一連の対照試料をも含み得る。キットの各成分を、個々の容器内に封入することができ、キットを使用して実施したアッセイの結果を解釈するための説明書とともに、種々の容器のすべてを、単一のパッケージ内に収めることができる。
【０１４７】
タンパク質および抗体の検出
本発明の一態様は、本発明の１つまたは複数のマーカーに対応する単離したタンパク質、およびその生物学的に活性な部分に関する。一実施形態においては、標準的タンパク質精製技術を使用する適切な精製スキームにより、マーカーに対応する天然ポリペプチドを、生体試料（例えば、血液試料、血清試料、非細胞試料、細胞試料または組織試料）から単離することができる。好ましい実施形態においては、血清試料から、タンパク質を単離する。別の実施形態においては、末梢血単核球から、タンパク質を単離する。別の実施形態においては、細胞を含まない試料から、タンパク質を単離する。
【０１４８】
別の実施形態においては、本発明のマーカーに対応するポリペプチドを、組換えＤＮＡ技術により作製する。組換え発現の代替としては、本発明のマーカーに対応するポリペプチドを、標準的ペプチド合成技術を使用して、化学的に合成することができる。
【０１４９】
「単離された」または「精製された」タンパク質もしくはその生物学的に活性な部分は、タンパク質が由来する生体試料、細胞もしくは組織材料由来の細胞材料もしくは他の混入タンパク質を実質的に含まないか、または、化学的に合成された場合は、化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。「実質的に細胞材料を含まない」という表現には、単離されたかまたは組換えにより作製されたもとの細胞の細胞成分から、タンパク質が分離している、タンパク質製剤が含まれる。従って、実質的に細胞材料を含まないタンパク質には、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満（乾燥重量で）の異種タンパク質（本明細書において「混入タンパク質」とも呼ばれる）を有するタンパク質製剤が含まれる。タンパク質またはその生物学的に活性な部分を、組換えにより作製する場合、それは実質的に培地を含まなくてもよく、すなわち、培地は、タンパク質製剤の体積の約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満である。タンパク質を化学合成により作製する場合、それは実質的に化学的前駆体または他の化学物質を含まなくてもよく、すなわち、タンパク質の合成に関与する化学的前駆体または他の化学物質から分離している。従って、そのようなタンパク質製剤は、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、約５％未満（乾燥重量で）の、目的のポリペプチド以外の化学的前駆体または化合物を有する。
【０１５０】
本発明のマーカーに対応するポリペプチドの生物学的に活性な部分としては、本明細書に記載の遺伝子産物、例えば、本発明の明細書で特定されるＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−１３、ＭＣＰ−１、ＣＲＰ、Ｂ２Ｍ、フェリチン、およびＴＮＦＲ２に対応するタンパク質のアミノ酸配列と十分同一であるかまたは該アミノ酸配列由来のアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられ、これらは完全長のタンパク質よりも少ないアミノ酸を含み、対応する完全長タンパク質の少なくとも１つの活性を示す。一般に、生物学的に活性な部分は、対応するタンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。本発明のタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、１０、２５、５０、１００以上のアミノ酸長のポリペプチドであり得る。さらに、タンパク質の他の領域が欠失している、他の生物学的に活性な部分を、組換え技術により作製し、かつ本発明のポリペプチドの天然型の機能活性のうちの１つまたは複数について評価することができる。
【０１５１】
ある実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に開示される核酸分子によりコードされるタンパク質のアミノ酸配列を有する。他の有用なタンパク質は、これらの配列のうちの１つと実質的に同一であり（例えば、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも８６、少なくとも８７、少なくとも８８、少なくとも８９、少なくとも９０、少なくとも９１、少なくとも９２、少なくとも９３、少なくとも９４、少なくとも９５、少なくとも９６、少なくとも９７、少なくとも９８、少なくとも９９、少なくとも９９．５％以上）、対応する完全長タンパク質のタンパク質機能活性を維持しているが、アミノ酸配列は異なる。
【０１５２】
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の同一性の割合（％）を測定するために、最適な比較の目的のために配列を整列させる（例えば、第２のアミノ酸または核酸配列との最適な整列のために、第１のアミノ酸配列または核酸配列にギャップを導入することができる）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置の、アミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中のある位置を、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドが占めている場合、分子はその位置において同一である。２つの配列間の同一性の割合（％）は、その配列が共有する同一の位置の数の関数である（すなわち、同一性の割合（％）＝同一の位置の数／位置の総数（例えば、重複する位置）×１００）。一実施形態において、２つの配列は、同じ長さである。
【０１５３】
２つの配列間の同一性の割合（％）の測定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。２つの配列の比較に使用される数学的アルゴリズムの、別の非限定的な例は、Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ  （１９９０）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８７：２２６４−２２６８，  ｍｏｄｉｆｉｅｄ  ａｓ  ｉｎ  Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ  （１９９３）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９０：５８７３−５８７７のアルゴリズムである。このようなアルゴリズムをＡｌｔｓｃｈｕｌ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２１５：４０３−４１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラムに組み込む。ＢＬＡＳＴのヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラムを用いて、スコア＝１００、語長＝１２で実施して、本発明の核酸分子と相同のヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴのタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラムを用いて、スコア＝５０、語長＝３で実施して、本発明のタンパク質分子と相同のアミノ酸配列を得ることができる。比較目的のためのギャップアライメントを得るために、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２に記載の通り、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴを使用することができる。あるいは、ＰＳＩ−Ｂｌａｓｔを使用して、分子間の距離関係を検出する反復検索を実施することができる。ＢＬＡＳＴ、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ−Ｂｌａｓｔプログラムを使用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のパラメータ初期値を使用することができる。ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照のこと。配列の比較のために使用される数学的アルゴリズムの別の非限定的な例は、Ｍｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｍｉｌｌｅｒ，  （１９８８）  Ｃｏｍｐｕｔ  Ａｐｐｌ  Ｂｉｏｓｃｉ，  ４：１１−７のアルゴリズムである。このようなアルゴリズムを、ＧＣＧ配列アライメントソフトウェアパッケージの一部である、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み入れる。アミノ酸配列を比較するために、ＡＬＩＧＮプログラムを使用する場合は、ＰＡＭ１２０重量残渣表（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）、ギャップ長ペナルティ１２、およびギャップペナルティ４を使用することができる。局所配列類似性およびアライメントの領域を特定するための、さらなる別の有用なアルゴリズムは、Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ  （１９８８）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８５：２４４４−２４４８に記載される、ＦＡＳＴＡアルゴリズムである。ヌクレオチドまたはアミノ酸配列を比較するために、ＦＡＳＴＡアルゴリズムを使用する場合は、ＰＡＭ１２０重量残渣表（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）を、例えば、ｋ組値（ｋ−ｔｕｐｌｅ  ｖａｌｕｅ）２で、使用することができる。
【０１５４】
ギャップを導入するかまたはせずに、上述されるものに類似した技術を使用して、２つの配列間の同一性の割合（％）を測定することができる。同一性の割合（％）を算出する際は、完全な一致のみを数える。
【０１５５】
本発明のマーカーに対応する単離されたポリペプチドまたはその断片を、免疫原として使用し、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体作製のための標準的技術を使用して、抗体を作製することができる。完全長ポリペプチドまたはタンパク質を使用することもでき、あるいは、本発明は、免疫原として使用するための抗原ペプチド断片を提供する。本発明のタンパク質の抗原ペプチドは、本発明のポリペプチドのうちの１つのアミノ酸配列の、少なくとも８つ（または少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、または少なくとも３０以上）のアミノ酸残基を含み、ペプチドに対して作製された抗体が、タンパク質が対応する、本発明のマーカーと特異的な免疫複合体を形成するような、タンパク質のエピトープを包含する。抗原ペプチドに包含される例示的なエピトープは、タンパク質の表面に位置する領域、例えば、親水性領域である。疎水性配列解析、親水性配列解析、または類似の解析を使用して、親水性領域を特定することができる。
【０１５６】
例えば、ウサギ、ヤギ、マウス、または他の哺乳動物または脊椎動物などの、好適な（すなわち、免疫適格性の）対象を免疫することにより、抗体を作製するために、一般に、免疫原を使用する。適切な免疫原性製剤は、例えば、組換えにより発現したかまたは化学的に合成されたポリペプチドを含み得る。製剤は、例えばフロイント完全アジュバントもしくは不完全アジュバントなどのアジュバント、または類似の免疫賦活剤を、さらに含み得る。
【０１５７】
従って、本発明の別の態様は、本発明のポリペプチドに対する抗体に関する。本明細書において互換可能に使用される「抗体」および「抗体物質」という用語は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、本発明のポリペプチドなどの抗原と特異的に結合する、抗原結合部位を含む分子を指す。本発明の所与のポリペプチドと特異的に結合する分子は、試料、例えば、天然にポリペプチドを含む生体試料中で、ポリペプチドと結合するが、他の分子とは実質的に結合しない分子である。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分の例としては、ペプシンなどの酵素で抗体を処理することにより作製し得る、Ｆ（ａｂ）およびＦ（ａｂ’）２断片が挙げられる。本発明は、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を提供する。本明細書で使用される「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」という用語は、特定のエピトープと免疫反応することができる抗原結合部位の１種のみを含む、抗体分子の集団を指す。
【０１５８】
本発明のポリペプチドを免疫原として、好適な対象を免疫することにより、上述のとおり、ポリクローナル抗体を作製することができる。抗体産生細胞を対象から得、標準的技術、例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ  （１９７５）による  Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７に最初に記載されたハイブリドーマ技術である、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ法（Ｋｏｚｂｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８３，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｔｏｄａｙ  ４：７２を参照のこと）、ＥＢＶ−ハイブリドーマ法（Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ｐｐ．  ７７−９６  Ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ，  Ａｌａｎ  Ｒ．  Ｌｉｓｓ，  Ｉｎｃ．，  １９８５を参照のこと）、またはトリオーマ法により、モノクローナル抗体を作製するために使用することができる。ハイブリドーマを作製するための技術は公知である。（一般的には、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄ．，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  １９９４を参照のこと）。例えば、標準的なＥＬＩＳＡアッセイを使用して、ハイブリドーマ培養上清を、目的のポリペプチドと結合する抗体に関してスクリーニングすることにより、本発明のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞を検出する。
【０１５９】
モノクローナル抗体分泌ハイブリドーマを作製する代替手段としては、目的のポリペプチドを用いて、組換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリ（例えば、抗体ファージディスプレイライブラリ）をスクリーニングすることにより、モノクローナル抗体を特定し、単離することができる。ファージディスプレイライブラリを作製およびスクリーニングするためのキットは、市販されている（例えば、ファルマシア社（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）組換えファージ抗体システム、カタログ番号２７−９４００−０１；およびストラタジーン社（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）ＳｕｒｆＺＡＰファージディスプレイキット、カタログ番号２４０６１２）。さらに、抗体ディスプレイライブラリを作製およびスクリーニングする際に使用するために特に適した方法および試薬の例は、例えば、米国特許第５，２２３，４０９号；ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９２／１８６１９号；同第ＷＯ９１／１７２７１号；同第ＷＯ９２／２０７９１号；同第ＷＯ９２／１５６７９号；同第ＷＯ９３／０１２８８号；同第ＷＯ９２／０１０４７号；同第ＷＯ９２／０９６９０号；同第ＷＯ９０／０２８０９号；Ｆｕｃｈｓ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７０−１３７２；  Ｈａｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ｈｕｍ．  Ａｎｔｉｂｏｄ．  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ３：８１−８５；  Ｈｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−  １２８１；  Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １２：７２５−７３４に見出すことができる。
【０１６０】
さらに、組換え抗体、例えば、ヒトおよび非ヒト部分両方を含むキメラおよびヒト化モノクローナル抗体を、標準的組換えＤＮＡ技術を使用して、作成することができる。このようなキメラおよびヒト化モノクローナル抗体を、当技術分野で公知の組換えＤＮＡ技術、例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ８７／０２６７１号；欧州特許出願第１８４，１８７号；同第１７１，４９６号；同第１７３，４９４号；ＰＣＴ国際公開第ＷＯ８６／０１５３３号；米国特許第４，８１６，５６７号；欧州特許出願第１２５，０２３号；Ｂｅｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−１０４３；  Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ    ８４：３４３９−３４４３；  Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３９：３５２１−  ３５２６；  Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８４：２１４−２１８；  Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ４７：９９９−１００５；  Ｗｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｎａｔｕｒｅ  ３１４：４４６−４４９；  ａｎｄ  Ｓｈａｗ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ８０：１５５３−１５５９；  Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  （１９８５）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７；  Ｏｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４；  Ｕ．Ｓ．  Ｐａｔｅｎｔ  ５，２２５，５３９；  Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５５２−５２５；  Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４；  ａｎｄ  Ｂｅｉｄｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４１：４０５３−４０６０に記載される方法を使用することにより、作製することができる。
【０１６１】
内在性の免疫グロブリン重鎖および軽鎖遺伝子を発現することはできないが、ヒト重鎖および軽鎖遺伝子を発現することができる遺伝子導入マウスを使用して、完全なヒト抗体を作成することができる。ヒト抗体を作製するためのこの技術の概要に関しては、Ｌｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ  （１９９５）  Ｉｎｔ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３：６５−９３を参照のこと）。ヒト抗体およびヒトモノクローナル抗体を作製するためのこの技術、およびこのような抗体を作製するプロトコルの詳細な考察に関しては、例えば、米国特許第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６６１，０１６号；および同第５，５４５，８０６号を参照のこと。さらにアブジェニクス社（Ａｂｇｅｎｉｘ，  Ｉｎｃ．）（カリフォルニア州、フリーモント）等の企業は、上述されるものに類似する技術を使用して、選択された抗原に対するヒト抗体を提供することに従事し得る。
【０１６２】
本発明のマーカーに対応するポリペプチドに対する抗体（例えば、モノクローナル抗体）を使用して、例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降法などの標準的技術により、ポリペプチドを単離することができる。さらに、マーカー発現のレベルおよびパターンを評価するために、このような抗体を使用して、マーカーを検出することができる（例えば、細胞可溶化液または細胞上清中で）。例えば、所与の治療レジメンの有効性を判定するための臨床試験手順の一部として、抗体を診断的に使用して、組織または体液中の（例えば、腫瘍細胞含有体液中の）タンパク質レベルをモニタすることもできる。抗体を検出可能な物質と結合させることにより、検出を促進することができる。検出可能な物質の例としては、限定されないが、種々の酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、および放射性材料が挙げられる。好適な酵素の例としては、限定されないが、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンステラーゼが挙げられ；好適な補欠分子族複合体の例としては、限定されないが、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられ；好適な蛍光材料の例としては、限定されないが、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアン酸、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシルまたはフィコエリトリンが挙げられ；発光材料の例としては、限定されないが、ルミノールが挙げられ；生物発光材料の例としては、限定されないが、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられ；ならびに、好適な放射性材料の例としては、限定されないが、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０１６３】
遺伝子発現の検出方法
マーカー発現レベルもまた、アッセイすることができる。転写された分子またはタンパク質の発現を検出するための、広範な公知の方法のうちのいずれかにより、本発明のマーカーの発現を評価することができる。このような方法の非限定的な例としては、分泌タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞質タンパク質、または核タンパク質の検出のための免疫学的方法、タンパク質精製法、タンパク質機能または活性アッセイ、核酸ハイブリダイゼーション法、核酸逆転写法、および核酸増幅法が挙げられる。
【０１６４】
ある実施形態において、特定の遺伝子の活性は、遺伝子転写物（例えば、ｍＲＮＡ）の測定、翻訳されたタンパク質の量の測定、または遺伝子産物の活性の測定により、特徴付けられる。マーカーの発現は、ｍＲＮＡレベル、タンパク質レベル、またはタンパク質活性の検出を含む、種々の方法においてモニタすることができ、これらのうちのいずれも、標準的技術を使用して測定することができる。検出は、遺伝子発現（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質、または酵素活性）のレベルを定量化することを含み得、または代替として、特に対照レベルとの比較における、遺伝子発現レベルの定性的評価でもあり得る。検出されるレベルの種類は、文脈から明らかとなる。
【０１６５】
核酸ハイブリダイゼーション技術を使用して、遺伝子転写物（そこから生成されるｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）を検出および／または定量化する方法は、当業者に公知である（例えば、上記の、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．を参照のこと）。例えば、ｃＤＮＡの存在、不存在、または量を評価するための１つの方法は、上述のサザンブロット法を含む。簡単に説明すると、ｍＲＮＡを単離し（例えば、酸グアニジウム−フェノール−クロロホルム抽出法を使用して；Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．、上記）、および逆転写して、ｃＤＮＡを作製する。次いでｃＤＮＡを所望により消化し、緩衝剤中、ゲル上で泳動させて、膜へと移行させる。その後、標的ｃＤＮＡに特異的な核酸プローブを使用して、ハイブリダイゼーションを実施する。
【０１６６】
このような診断および予後アッセイの一般的原則は、マーカーおよびプローブを含み得る試料または反応混合物を、適切な条件下、マーカーおよびプローブを相互作用させかつ結合させるのに十分な時間、調製することを含み、それにより、混合反応物中で、除去および／または検出することができる複合体を形成する。これらのアッセイを、種々の方法において、実施することができる。
【０１６７】
例えば、このようなアッセイを実施する１つの方法には、マーカーまたはプローブを、基質とも呼ばれる固相支持体上に固着させること、および反応終了時に、固相上に固着した標的マーカー／プローブ複合体を検出することが含まれるであろう。このような方法の一実施形態においては、マーカーの存在および／または濃度についてアッセイされる、対象由来の試料を、担体または固相支持体上に固着させることができる。別の実施形態においては、プローブを固相上に固着させ、対象由来の試料を、アッセイの非固着成分として反応させ得る、逆の状況が可能である。
【０１６８】
固相にアッセイ成分を固着させるための、多くの確立された方法が存在する。これらには、限定されないが、ビオチンおよびストレプトアビジンの結合を介して固定化された、マーカーまたはプローブ分子が含まれる。当技術分野で公知の技術（例えば、ビオチン化キット、ピアスケミカル社（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ）、イリノイ州、ロックフォード）を使用して、このようなビオチン化されたアッセイ成分を、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド）から調製し、ストレプトアビジンでコーティングされた９６ウェルプレート（ピアスケミカル社（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ））のウェルに固定化することができる。ある実施形態においては、固定化されたアッセイ成分を有する表面を、事前に作製し、保存しておくことができる。
【０１６９】
そのようなアッセイのための他の好適な担体または固相支持体には、マーカーまたはプローブが属する分子のクラスに結合し得る、いかなる材料も含まれる。公知の支持体または担体としては、限定されないが、ガラス、ポリスチレン、ナイロン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、アミラーゼ、天然および修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、および磁鉄鉱が挙げられる。
【０１７０】
上述の手法を用いるアッセイを実施するために、固定化されていない成分を固相に添加して、その上に第２の成分を固着させる。反応完了後、形成されたいかなる複合体も固相上に固定化されずに残るような条件下で、非複合型成分を除去する（例えば、洗浄により）。固相上に固着したマーカー／プローブ複合体の検出は、本明細書に概説されるいくつかの方法により、達成することができる。
【０１７１】
別の実施形態において、プローブが、固着していないアッセイ成分である場合、直接的または間接的のどちらかで、本明細書に記載される、当業者に公知の、検出可能な標識により、検出およびアッセイの読み取りの目的のために、プローブを標識することができる。
【０１７２】
どちらかの成分（マーカーまたはプローブ）をさらに操作または標識することなく、例えば、蛍光エネルギー移動技術を使用することにより、マーカー／プローブ複合体形成を直接的に検出することもまた可能である（例えば、Ｌａｋｏｗｉｃｚ  ｅｔ  ａｌ．，  米国特許第５，６３１，１６９号；Ｓｔａｖｒｉａｎｏｐｏｕｌｏｓ，  ｅｔ  ａｌ．，  米国特許第４，８６８，１０３号を参照のこと）。適切な波長の入射光による励起後、その放射された蛍光エネルギーが、第２の「アクセプター」分子上の蛍光標識により吸収され、それが今度は、吸収されたエネルギーに因り蛍光を発し得るように、第１の「ドナー」分子上のフルオロフォア標識を選択することができる。あるいは、「ドナー」タンパク質分子は、単純に、トリプトファン残基の天然蛍光エネルギーを使用することができる。「アクセプター」分子標識を、「ドナー」の分子標識と区別し得るように、異なる波長の光を放射する標識を選択する。標識間のエネルギー移動の効率は、分子を隔てる距離と関連するため、分子間の空間的関係を評価することができる。分子間で結合が生じる状況において、アッセイにおける「アクセプター」分子標識の蛍光発光は、最大であるべきである。ＦＥＴ結合事象は、当技術分野で公知の標準の蛍光定量的検出方法（例えば、蛍光光度計を使用する）により、都合よく測定することができる。
【０１７３】
別の実施形態において、マーカーを認識するプローブの能力の測定は、リアルタイム生体分子相互作用解析（ＢＩＡ）などの技術を使用することにより，どちらのアッセイ成分（プローブまたはマーカー）を標識することも無く、達成し得る（例えば、Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ，  Ｓ．  ａｎｄ  Ｕｒｂａｎｉｃｚｋｙ，  Ｃ．，  １９９１，  Ａｎａｌ．  Ｃｈｅｍ．  ６３：２３３８−２３４５  ａｎｄ  Ｓｚａｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｓｔｒｕｃｔ．  Ｂｉｏｌ．  ５：６９９−７０５を参照のこと）。本明細書において使用される場合、「ＢＩＡ」または「表面プラズモン共鳴法」は、相互作用する物質（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）のうちのいずれをも標識することなく、生体特異的な相互作用をリアルタイムで調査するための技術である。結合表面での質量における変化（結合事象を示す）は、表面付近の光の屈折率の変化をもたらし（表面プラズモン共鳴法（ＳＰＲ）の光学的現象）、生体分子間のリアルタイムの反応の指標として使用し得る、検出可能なシグナルを生じる。
【０１７４】
あるいは、別の実施形態においては、マーカーおよびプローブを液相における溶質として用いて、類似の診断および予後アッセイを実施することができる。このようなアッセイにおいては、限定されないが、差次的遠心分離、クロマトグラフィー、電気泳動および免疫沈降法を含むいくつかの標準的技術のうちのいずれかにより、複合型のマーカーおよびプローブを、非複合型成分から分離する。差次的遠心分離においては、複合体の異なるサイズおよび密度に基づく、異なる遠心沈降平衡に因り、マーカー／プローブ複合体を、非複合型のアッセイ成分から、一連の遠心分離ステップを介して分離し得る（例えば、Ｒｉｖａｓ，  Ｇ．，  ａｎｄ  Ｍｉｎｔｏｎ，  Ａ．Ｐ．，  １９９３，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ．    １８（８）：２８４−７を参照のこと）。標準的クロマトグラフィー技術を使用して、複合型分子を非複合型分子から分離することもできる。例えば、ゲルろ過クロマトグラフィーは、分子をサイズに基づいて分離し、かつ、例えばカラム形式の適切なゲルろ過樹脂の使用により、相対的に大きな複合体を、相対的に小さな非複合型成分から分離することができる。同様に、マーカー／プローブ複合体の、非複合型成分と比較して、相対的に異なる電荷特性を利用して、例えば、イオン交換クロマトグラフィー樹脂の利用により、複合体を非複合型成分と区別することができる。このような樹脂およびクロマトグラフィー技術は、当業者に公知である（例えば、Ｈｅｅｇａａｒｄ，  Ｎ．Ｈ．，  １９９８，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．  Ｗｉｎｔｅｒ  １１（１−６）：１４１−８；  Ｈａｇｅ，  Ｄ．Ｓ．，  ａｎｄ  Ｔｗｅｅｄ，  Ｓ．Ａ．  Ｊ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ｂ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ  Ａｐｐｌ  １９９７  Ｏｃｔ  １０；６９９（１−２）：４９９−５２５を参照のこと）。ゲル電気泳動を使用して、複合型アッセイ成分を、非結合型成分から分離することもできる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌｅｔａｌ．，ｅｄ．，ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９８７−１９９９を参照のこと）。この技術においては、例えば、サイズまたは電荷に基づいて、タンパク質または核酸複合体を分離する。電気泳動プロセスの間、結合相互作用を維持するためには、非変性ゲルマトリックス材料および還元剤を使用しない条件が、一般的である。特定のアッセイおよびその成分に対する適切な条件は、当業者に公知となる。
【０１７５】
特定の実施形態においては、当技術分野で公知の方法を使用して、ｉｎ  ｓｉｔｕおよびｉｎ  ｖｉｔｒｏ型の両方により、生体試料中の、マーカーに対応するｍＲＮＡのレベルを測定することができる。「生体試料」という用語は、対象から単離された組織、細胞、生物学的液体およびその単離物、ならびに対象内に存在する組織、細胞および液体を含むことが意図される。多くの発現検出方法が、単離されたＲＮＡを使用する。ｉｎ  ｖｉｔｒｏの方法においては、ｍＲＮＡの単離に反する選択を行わない、いかなるＲＮＡ単離技術をも、細胞からのＲＮＡの精製のために使用し得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ｅｄ．，  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８７−１９９９を参照のこと）。さらに、当業者に公知の技術、例えば、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ  （１９８９、米国特許第４，８４３，１５５号）の、一段階のＲＮＡ単離プロセスを使用して、多数の組織試料を、容易に処理することができる。
【０１７６】
限定されないが、サザンブロットまたはノーザンブロット解析、ポリメラーゼ連鎖反応解析およびプローブアレイを含むハイブリダイゼーションまたは増幅アッセイにおいて、単離された核酸を使用することができる。ｍＲＮＡレベル検出のための１つの診断方法には、単離されたｍＲＮＡを、検出される遺伝子によりコードされるｍＲＮＡとハイブリダイズし得る核酸分子（プローブ）と接触させることが含まれる。核酸プローブは、例えば、完全長のｃＤＮＡであり得、またはその部分、例えば、少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長であり、かつストリンジェントな条件下で、本発明のマーカーをコードするｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするために十分な、オリゴヌクレオチドでもあり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための、他の好適なプローブは、本明細書に記載されている。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションは、問題のマーカーが発現していることを示す。
【０１７７】
１つの形式においては、例えば、単離したｍＲＮＡをアガロースゲル上で泳動させ、かつｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜へと移動させることにより、ｍＲＮＡを固体表面上に固定化し、プローブと接触させる。代替的な形式においては、プローブを固体表面上に固定化し、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップアレイにおいて、ｍＲＮＡをプローブと接触させる。当業者は、本発明のマーカーによりコードされるｍＲＮＡレベルの検出において使用するための、公知のｍＲＮＡ検出方法を、容易に適応させることが出来る。
【０１７８】
プローブは、タンパク質をコードする、完全長または完全長未満の核酸配列であり得る。より短いプローブが、特異性について、経験的に試験されている。例示的な核酸プローブは、２０塩基長以上である（例えば、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用のための核酸プローブ配列の選択方法に関しては、Ｓａｍｂｒｏｏｋらを参照のこと）。ハイブリダイズした部分の可視化は、ｃＤＮＡの存在または不存在の定性的な測定を可能にする。
【０１７９】
試料中の、本発明のマーカーに対応する転写物のレベルを測定するための代替方法には、例えば、逆転写ＰＣＲ法（Ｍｕｌｌｉｓ，  １９８７、米国特許第４，６８３，２０２号に記載される実験的実施形態）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ，  １９９１，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８８：１８９−１９３）、自立的配列複製（ｓｅｌｆ  ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９０，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−ベータレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８８，  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  米国特許第５，８５４，０３３号）による核酸増幅プロセス、またはいずれかの他の核酸増幅方法、およびその後の、当業者に公知の技術を使用する、増幅された分子の検出が含まれる。本発明の方法において、蛍光逆転写ＰＣＲ法もまた使用することができる。蛍光逆転写ＰＣＲ法において、定量化は、例えば、ＴａｑＭａｎおよびｓｙｂｒグリーンなどの蛍光シグナルの量に基づく。これらの検出スキームは、このような分子が非常に少ない数で存在する場合、核酸分子の検出において、特に有用である。本明細書において使用される場合、増幅プライマーは、遺伝子の５’または３’領域（それぞれ、プラスおよびマイナス鎖、またはその逆）にアニーリングすることができ、間に短い領域を含む、核酸分子の対として定義される。一般的に、増幅プライマーは、約１０〜３０ヌクレオチド長であり、約５０〜２００ヌクレオチド長の領域に隣接する。このようなプライマーは、適切な条件下および適切な試薬を用いることにより、プライマーが隣接しているヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能にする。
【０１８０】
ｉｎ  ｓｉｔｕの方法においては、検出前に、ｍＲＮＡを細胞から単離する必要はない。このような方法においては、公知の組織学的方法を使用して、細胞または組織試料を作製／処理する。次いで試料を、一般的には、ガラススライドなどの支持体上に固定化し、その後、マーカーをコードするｍＲＮＡとハイブリダイズ可能なプローブと接触させる。
【０１８１】
マーカーの絶対的発現レベルに基づく判定に対する代替として、マーカーの正規化された発現レベルに基づいて判定することもできる。マーカーの発現を、マーカーではない遺伝子、例えば、恒常的に発現されるハウスキーピング遺伝子の発現と比較することにより、マーカーの絶対的発現レベルを補正することにより、発現レベルを正規化する。正規化のための好適な遺伝子には、ハウスキーピング遺伝子、例えばアクチン遺伝子、または上皮細胞特異的遺伝子が含まれる。この正規化は、例えば対象試料などの１試料における発現レベルと、例えば健康な対象などの別の試料との比較、または異なる原料由来の試料間の比較を可能にする。
【０１８２】
あるいは、相対的発現レベルとして、発現レベルを提供し得る。マーカーの相対的発現レベルを測定するためには、問題の試料の発現レベルの測定前に、マーカーの発現レベルを、正常対ＭＳ単離物の１０以上の試料、または５０以上もの試料において測定する。より多数の試料においてアッセイされた遺伝子それぞれの平均発現レベルを決定し、これをマーカーのベースライン発現レベルとして使用する。次いで、被験試料について測定されたマーカーの発現レベル（発現の絶対レベル）を、そのマーカーに対して得られた平均発現値で除算する。これにより、相対的発現レベルが提供される。
【０１８３】
ある実施形態において、ベースラインの決定において使用される試料は、多発性硬化症を有する対象由来の試料と、それに対する、同一の組織型の、健康な対象由来の試料となる。細胞材料の選択は相対的発現レベルの使用に依存する。正常組織に存在する発現を、平均発現スコアとして使用することは、アッセイされるマーカーが、細胞が由来する組織に対して特異的であるかどうか（正常細胞に対して）を確認する上での補助となる。さらに、より多くのデータが蓄積されるにつれ、平均発現値を修正することができ、蓄積されたデータに基づく、改善された相対的発現値を提供することができる。正常な細胞由来の発現データは、多発性硬化症の疾患状態の重症度を等級分けするための方法を提供する。
【０１８４】
別の実施形態において、対象試料中の細胞から、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（すなわち、転写されたポリヌクレオチド）を作製することにより、およびゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡを、マーカーを含むポリヌクレオチドの相補体である基準のポリヌクレオチドおよびその断片とハイブリダイズさせることにより、マーカーの発現を評価する。所望により、基準のポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーション前に、ポリメラーゼ連鎖反応法のうちのいずれかの種類を使用して、ｃＤＮＡを増幅することができる。１つまたは複数のマーカーの発現も、マーカーの発現レベルを評価するための定量的ＰＣＲ（ＱＰＣＲ）を使用して、同様に検出することができる。あるいは、本発明のマーカーの、変異または変異体（例えば、単一のヌクレオチド多型、欠失など）を検出する多くの公知の方法のうちのいずれかを使用して、対象における変異したマーカーの発生を検出することができる。
【０１８５】
関連する実施形態においては、試料由来の転写されたポリヌクレオチドの混合物を、本発明のマーカーの少なくとも一部（例えば、少なくとも７、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも５００以上のヌクレオチド残基）と、相補的なまたは相同のポリヌクレオチドが固定されている基質と接触させる。本発明のマーカーと相補的なまたは相同のポリヌクレオチドが、基質上で、差次的に検出可能である場合（例えば、異なる発色団またはフルオロフォアを使用して検出可能であるか、または異なる選択された位置に固定されている）、複数のマーカーの発現レベルを、単一の基質（例えば、選択された位置に固定されたポリヌクレオチドの「遺伝子チップ」マイクロアレイ）を使用して、同時に評価することができる。１つの核酸と別の核酸のハイブリダイゼーションを含む、マーカー発現の評価方法を使用する場合、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、ハイブリダイゼーションを実施することができる。
【０１８６】
別の実施形態においては、マーカーの発現を評価するための方法の組み合わせが使用される。
【０１８７】
本発明の組成物、キット、および方法が、本発明の１つまたは複数のマーカーの発現レベルにおける差異の検出に依存するため、ある実施形態において、マーカーの発現レベルは、ＭＳを有する対象または健康な対照由来の、少なくとも１つの生体試料における発現を評価するために使用される方法の最小検出限度よりも、有意により高い。
【０１８８】
核酸分子およびプローブ
本発明の一態様は、本発明の１つまたは複数のマーカーに対応するポリペプチドまたはそのようなポリペプチドの部分をコードする核酸を含む、本発明の１つまたは複数のマーカーに対応する単離された核酸分子に関する。本発明の核酸分子には、本明細書で特定されるゲノム領域に存在するこれらの核酸分子が含まれる。本発明の単離された核酸分子はまた、本発明のマーカーに対応する核酸分子を特定するためのハイブリダイゼーションプローブとしての使用に十分な核酸分子を含み、これらには、本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードする核酸分子、およびそのような核酸分子の断片、例えば、核酸分子の増幅または変異のためのＰＣＲプライマーとしての使用に好適なものが含まれる。本明細書において使用される場合、「核酸分子」という用語は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）およびＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）およびヌクレオチドアナログを使用して生成されたＤＮＡまたはＲＮＡのアナログを含むことが意図される。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であり得；ある実施形態において、核酸分子は二本鎖ＤＮＡである。
【０１８９】
「単離された」核酸分子は、核酸分子の天然源に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子である。ある実施形態において、「単離された」核酸分子は、核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中の核酸（すなわち、核酸の５’および３’末端に位置する配列）に天然に隣接している配列（たとえば、タンパク質をコードする配列）を含まない。
例えば、種々の実施形態において、単離された核酸分子は、核酸が由来する細胞のゲノムＤＮＡ中の核酸分子に天然に隣接する、約５ｋＢ未満、約４ｋＢ未満、約３ｋＢ未満、約２ｋＢ未満、約１ｋＢ未満、約０．５ｋＢ未満または約０．１ｋＢ未満のヌクレオチド配列を含み得る。さらに、「単離された」核酸分子、例えばｃＤＮＡ分子は、組換え技術により作製された場合、他の細胞材料または培地を実質的に含まなくてもよく、または化学的に合成された場合、化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まなくてもよい。一実施形態においては、例えば、血液試料または末梢血単核球（ＰＢＭＣ）から、核酸を単離する。
【０１９０】
「細胞材料または培地を実質的に含まない」という表現には、分子が、それが単離されたかまたは組換えにより生成された元の細胞の細胞成分から分離されている、核酸分子の製剤が含まれる。従って、細胞材料を実質的に含まない核酸分子には、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満（乾燥重量で）の他の細胞材料または培地を有する、核酸分子の製剤が含まれる。
【０１９１】
所望の場合、標準的な分子生物学的技術および本明細書に記載のデータベース記録の配列情報を使用して、本発明の核酸分子、例えば、本明細書で特定されるマーカー遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）を単離することができる。このような核酸配列のすべてまたは一部を使用し、標準的ハイブリダイゼーションおよびクローニング技術を使用して、本発明の核酸分子を単離することができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  ｅｄ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：    Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  ２ｎｄ  ｅｄ．，    Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  ＮＹ，  １９８９に記載の通り）。
【０１９２】
ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡを鋳型とし、適切なオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って、本発明の核酸分子を増幅することができる。このように増幅された核酸分子を、適切なベクター中にクローニングし、ＤＮＡ配列解析により特徴付けすることができる。さらに、本発明の核酸分子のすべてまたは一部に対応するオリゴヌクレオチドを、例えば自動ＤＮＡシンセサイザーを使用する標準的合成技術により、作成することができる。
【０１９３】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、本発明のマーカーに対応する核酸のヌクレオチド配列、または本発明のマーカーに対応するタンパク質をコードする核酸のヌクレオチド配列と、相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子を含む。所与のヌクレオチド配列と相補的な核酸分子は、所与のヌクレオチド配列と十分に相補的な核酸分子であり、それは所与のヌクレオチド配列とハイブリダイズし、それにより安定な二本鎖を形成することができる。
【０１９４】
さらに、本発明の核酸分子は、核酸配列の一部のみを含み得、ここで完全長の核酸配列は、本発明のマーカーまたは本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードするものを含む。このような核酸分子を、例えば、プローブまたはプライマーとして使用することができる。プローブ／プライマーは、一般に、１つまたは複数の、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドとして使用される。オリゴヌクレオチドは、一般に、ストリンジェントな条件下で、本発明の核酸の、少なくとも約７、少なくとも約１５、少なくとも約２５、少なくとも約５０、少なくとも約７５、少なくとも約１００、少なくとも約１２５、少なくとも約１５０、少なくとも約１７５、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約３５０、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１ｋｂ、少なくとも約２ｋｂ、少なくとも約３ｋｂ、少なくとも約４ｋｂ、少なくとも約５ｋｂ、少なくとも約６ｋｂ、少なくとも約７ｋｂ、少なくとも約８ｋｂ、少なくとも約９ｋｂ、少なくとも約１０ｋｂ、少なくとも約１５ｋｂ、少なくとも約２０ｋｂ、少なくとも約２５ｋｂ、少なくとも約３０ｋｂ、少なくとも約３５ｋｂ、少なくとも約４０ｋｂ、少なくとも約４５ｋｂ、少なくとも約５０ｋｂ、少なくとも約６０ｋｂ、少なくとも約７０ｋｂ、少なくとも約８０ｋｂ、少なくとも約９０ｋｂ、少なくとも約１００ｋｂ、少なくとも約２００ｋｂ、少なくとも約３００ｋｂ、少なくとも約４００ｋｂ、少なくとも約５００ｋｂ、少なくとも約６００ｋｂ、少なくとも約７００ｋｂ、少なくとも約８００ｋｂ、少なくとも約９００ｋｂ、少なくとも約１ｍｂ、少なくとも約２ｍｂ、少なくとも約３ｍｂ、少なくとも約４ｍｂ、少なくとも約５ｍｂ、少なくとも約６ｍｂ、少なくとも約７ｍｂ、少なくとも約８ｍｂ、少なくとも約９ｍｂ、少なくとも約１０ｍｂ以上連続したヌクレオチドとハイブリダイズする、ヌクレオチド配列の領域を含む。
【０１９５】
本発明の核酸分子の配列に基づくプローブを使用して、本発明の１つまたは複数のマーカーに対応する転写物（例えば、ｍＲＮＡ）またはゲノム配列を検出することができる。プローブは、そこに結合した標識群、例えば、放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、または酵素コファクターを含む。例えば、対象由来の細胞試料中のタンパク質をコードする核酸分子のレベルを測定すること、例えば、ｍＲＮＡレベルを検出すること、またはタンパク質をコードする遺伝子が変異または欠失しているかどうかを判定することにより、そのようなプローブを、タンパク質を異所性発現する細胞または組織を特定するための診断検査キットの一部として使用し得る。
【０１９６】
本発明は、本明細書に記載の遺伝子産物、例えば、本明細書で特定されるＩＦＮ−βシグナル経路遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）と、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％以上、実質的に相同な核酸分子を、さらに含む。他の実施形態において、本発明は、本明細書に記載の遺伝子産物、例えば、本明細書で特定されるＩＦＮ−β経路遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）と、１つのみかまたは少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも６００、少なくとも７００、少なくとも８００、少なくとも９００、少なくとも１ｋｂ、少なくとも２ｋｂ、少なくとも３ｋｂ、少なくとも４ｋｂ、少なくとも５ｋｂ、少なくとも６ｋｂ、少なくとも７ｋｂ、少なくとも８ｋｂ、少なくとも９ｋｂ、少なくとも１０ｋｂ、少なくとも１５ｋｂ、少なくとも２０ｋｂ、少なくとも２５ｋｂ、少なくとも３０ｋｂ、少なくとも３５ｋｂ、少なくとも４０ｋｂ、少なくとも４５ｋｂ、少なくとも５０ｋｂヌクレオチド、またはその間のいかなる範囲で異なっているような、実質的に相同な核酸分子、をさらに含む。
【０１９７】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも７、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１２５、少なくとも１５０、少なくとも１７５、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５５０、少なくとも６５０、少なくとも７００、少なくとも８００、少なくとも９００、少なくとも１０００、少なくとも１２００、少なくとも１４００、少なくとも１６００、少なくとも１８００、少なくとも２０００、少なくとも２２００、少なくとも２４００、少なくとも２６００、少なくとも２８００、少なくとも３０００、少なくとも３５００、少なくとも４０００、少なくとも４５００以上のヌクレオチド長であり、ストリンジェントな条件下で、本発明のマーカーに対応する核酸分子または本発明のマーカーに対応するタンパク質をコードする核酸分子とハイブリダイズする。本明細書において使用される場合、「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を説明することを意図し、その条件下では、一般に、互いに少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも８５％同一であるヌクレオチド配列が、互いにハイブリダイズした状態で残る。このようなストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９）のセクション６．３．１〜６．３．６に見出すことができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の、別の非限定的な例は、６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約４５℃でのハイブリダイゼーション、およびその後、０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中、５０〜６５℃での１回または複数回の洗浄である。
【０１９８】
本明細書に記載の方法はまた、分子ビーコンが、試料中の本発明の核酸分子の存在を定量化するために有用であるように、本発明の核酸分子と相補的な少なくとも１つの領域を有する、分子ビーコン核酸分子をも含み得る。「分子ビーコン」核酸とは、相補的領域の対を含み、それに付随するフルオロフォアおよび蛍光消光剤を有する、核酸分子である。フルオロフォアおよび消光剤は、相補的領域が互いにアニーリングした場合、フルオロフォアの蛍光が消光剤により消光されるような配向で、核酸の異なる部位に付随している。核酸分子の相補的領域が互いにアニーリングしない場合、フルオロフォアの蛍光は、より少ない程度で消光される。分子ビーコン核酸分子は、例えば、米国特許第５，８７６，９３０号に記載されている。
【０１９９】
キット
キットは、本発明のマーカーを特異的に検出するための、少なくとも１つの試薬、例えば、プローブまたは抗体を含む、いずれかの製品（例えば、パッケージまたは容器）であり、該製品は、本発明の方法を実施するためのユニットとして、販売促進、配給、または販売される。本発明の組成物、キット、および方法を、本発明の方法を実施するために使用する場合、多発性硬化症の対応するサブタイプ、または再発寛解型を有する対象の、少なくとも約２０％、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％において陽性の結果が得られるように、表１に記載のマーカーのうちの１つまたは複数に対応するプローブ／抗体を選択することができる。ある実施形態においては、母集団について、約１０％超のＰＰＶ（陽性的中率）が得られるように（例えば、９９．５％超のアッセイ特異性と併せて）、本発明のマーカーまたはマーカーのパネルを選択することができる。
【０２００】
本明細書に記載の複数のバイオマーカーを測定する場合、例えば、表１に記載のマーカーに対するプローブ／抗体を、本発明の組成物、キット、および方法において使用する場合、各マーカーの量、構造および／もしくは活性または発現レベルもしくはコピー数を、多発性硬化症を有する対象由来の、同一の型の試料中の複数のマーカーそれぞれの正常な量、構造、および／もしくは活性または発現レベルと、単一の反応混合物（すなわち、例えば、各マーカーに対する異なる蛍光プローブなどの試薬を使用して）、または本明細書に記載のバイオマーカー、例えば、本明細書で特定される遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）のうちの１つまたは複数に対応する個々の反応混合物のどちらかにおいて、比較することができる。複数の遺伝子産物（例えば、表１に記載のまたは本明細書に記載のマーカー）を使用する場合、１、２、３、４、５、６、７、８、９個以上の、個々のマーカーを使用し得るかまたは特定し得る。
【０２０１】
本発明には、試料（例えば、対象由来の試料）中の血清をアッセイするための、組成物、キット、および方法が含まれる。これらの組成物、キット、および方法は、上述されるものと実質的に同じであるが、必要な場合、ある特定の種類の試料との使用のために、組成物、キット、および方法を適応させる。例えば、試料が血清試料である場合、本発明の組成物、本発明のキット、または使用される方法における、化合物の比率の調節が必要と成り得る。このような方法は当技術分野で公知であり、当業者の技術の範囲内である。
【０２０２】
従って、本発明には、ＩＦＮ−β剤を使用する治療に対する、多発性硬化症を有する対象の応答性を評価するためのキットが含まれる（例えば、血清試料などの試料において）。キットには、表１に記載のマーカーのうちの１つまたは複数を特定することができる、例えば、本明細書で特定される遺伝子産物（例えば、表１に記載のマーカー）などの、本明細書に記載のバイオマーカーのうちの１つまたは複数に対応する核酸またはポリペプチドと特異的に結合することができる、１つまたは複数の試薬が含まれ得る。本発明のマーカーに対応するポリペプチドとの結合のための好適な試薬には、抗体、抗体誘導体、抗体断片等が含まれる。核酸（例えば、ゲノムのＤＮＡ、ｍＲＮＡ、スプライスされたｍＲＮＡ、ｃＤＮＡなど）との結合のために好適な試薬には、相補的な核酸が含まれる。例えば、核酸試薬には、基質に固定されたオリゴヌクレオチド（標識されたかまたは標識されていない）、基質と結合していない標識されたオリゴヌクレオチド、ＰＣＲプライマーの対、分子ビーコンプローブ等が含まれ得る。
【０２０３】
本発明のキットは、所望により、本発明の方法を実施するために有用な、追加の構成要素を含み得る。例として、キットは、相補的な核酸のアニーリングに好適な、または抗体と、それが特異的に結合するタンパク質との結合に好適な液体（例えば、ＳＳＣ緩衝剤）、１つまたは複数の試料区画、本発明の方法の実施を説明する使用説明書、本明細書に記載のバイオマーカーの発現レベルの比較のための基準の試料等を含み得る。
【０２０４】
本発明のキットは、マーカーのタンパク質レベルまたはタンパク質活性を測定するために有用な試薬を含み得る。
【０２０５】
ＭＳ治療薬、組成物および投与
患者における多発性硬化症の経過を変化させるために現在使用されている、いくつかの薬剤が存在する。そのような薬剤としては、限定されないが、ベータインターフェロン（例えば、とりわけ、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標）、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標））、グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標））、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標））、およびミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））が挙げられる。
【０２０６】
ＩＦＮ−β剤（ベータインターフェロン）
１つの公知のＭＳの療法には、インターフェロンベータによる治療が含まれる。インターフェロン（ＩＦＮ）は、外来性物質、例えばウイルス、細菌、寄生体および腫瘍細胞による攻撃に応答して、ほとんどの動物の免疫系の細胞により産生される天然タンパク質である。インターフェロンは、サイトカインとして知られる糖タンパク質の大きなクラスに属する。インターフェロンベータは、１６５個のアミノ酸を有する。インターフェロンアルファおよびベータは、Ｔ細胞およびＢ細胞、マクロファージ、線維芽細胞、内皮細胞、骨芽細胞およびその他を含む多くの細胞型により産生され、マクロファージおよびＮＫ細胞の両方を刺激する。インターフェロンガンマは、免疫および炎症性応答の制御に関与しており、活性化Ｔ細胞およびＴｈ１細胞により産生される。
【０２０７】
インターフェロンのいくつかの異なる種類が、ヒトにおける使用のために、現在承認されている。インターフェロンアルファ（インターフェロンアルファ−２ａ、インターフェロンアルファ−２ｂ、およびインターフェロンａｌｆａｃｏｎ−１形態を含む）は、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）により、Ｃ型肝炎に対する治療として承認された。現在ＦＤＡに承認されている、２種類のインターフェロンベータが存在する。インターフェロン１ａ（Ａｖｏｎｅｘ（登録商標））は、ヒトに天然に存在するインターフェロンベータと同一であり、インターフェロンβ１ｂ（Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標））は、ヒトに天然に存在するインターフェロンベータ１ａと、位置１７のシステイン残基の場所にセリン残基を含有することを含む、ある特定の点において異なる。インターフェロンベータの他の使用には、ＡＩＤＳ、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、急性Ｃ型肝炎（非Ａ型、非Ｂ型）、カポジ肉腫、悪性黒色腫、および転移性腎細胞癌の治療が含まれている。
【０２０８】
全身的投与（例えば、経口、非経口、皮下、静脈内、経直腸、筋肉内、腹腔内、鼻腔内、経皮、または吸入もしくは腔内設置による）を含む、当技術分野で公知のいずれかの方法により、ＩＦＮ−β剤を、対象に投与することができる。一般には、皮下または筋肉内に、ＩＦＮ−β剤を投与する。
【０２０９】
本明細書に記載の方法を使用して「応答者」であると判定された対象を治療するために、ＩＦＮ−β剤を使用することができる。一実施形態においては、ＩＦＮ−β剤を、単剤療法（すなわち、単一の「疾患修飾性療法」）として使用するが、治療レジメンは、例えば抗うつ剤、鎮痛薬、抗振戦薬等の「症状管理療法」の使用をさらに含み得る。一実施形態においては、ＩＦＮ−β剤はＩＦＮβ−１Ａ剤（例えば、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）、Ｒｅｂｉｆ（登録商標））である。別の実施形態において、ＩＮＦ−β剤は、ＩＮＦβ−１Ｂ剤（例えば、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）、Ｂｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標）））である。
【０２１０】
インターフェロンβ−１ａであるＡｖｏｎｅｘ（登録商標）、は、本明細書に記載の方法を使用して応答者であると判定された、再発型のＭＳを有する患者の治療において、身体障害の蓄積を遅延させ、かつ臨床的憎悪の頻度の減少させるために適用される。Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）（インターフェロンβ−１ａ）は、予測分子量約２２，５００ダルトンの、１６６個のアミノ酸から成る糖タンパク質である。これは、ヒトインターフェロンベータ遺伝子が導入された、遺伝的に操作されたチャイニーズハムスター卵巣細胞を使用する組換えＤＮＡ技術により作製される。Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）のアミノ酸配列は、天然ヒトインターフェロンベータのアミノ酸配列と同一である。Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）（インターフェロンベータ−１ａ）の推奨用量は、週一回の筋肉内への注射による、３０ｍｃｇである。Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）は、３０ｍｃｇの凍結乾燥粉末バイアルまたは３０ｍｃｇの充填済みシリンジとして、市販されている。
【０２１１】
インターフェロンベータＩａ（Ａｖｏｎｅｘ（登録商標））は、ヒトに天然に存在するインターフェロンベータと、同一である（ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、すなわちインターフェロンベータＩａ（Ｓｗｉｓｓ  Ｐｒｏｔ受託番号Ｐ０１５７４およびｇｉ：５０５９３０１６）。インターフェロンベータの配列は以下のとおりである：
ＭＴＮＫＣＬＬＱＩＡＬＬＬＣＦＳＴＴＡＬＳＭＳＹＮＬＬＧＦＬＱＲＳＳＮＦＱＣＱＫＬＬＷＱＬＮＧＲＬＥＹＣＬＫＤＲＭ  ＮＦＤＩＰＥＥＩＫＱＬＱＱＦＱＫＥＤＡＡＬＴＩＹＥＭＬＱＮＩＦＡＩＦＲＱＤＳＳＳＴＧＷＮＥＴＩＶＥＮＬＬＡＮＶＹＨＱＩＮ  ＨＬＫＴＶＬＥＥＫＬＥＫＥＤＦＴＲＧＫＬＭＳＳＬＨＬＫＲＹＹＧＲＩＬＨＹＬＫＡＫＥＹＳＨＣＡＷＴＩＶＲＶＥＩＬＲＮＦ  ＹＦＩＮＲＬＴＧＹＬＲＮ（配列番号１）。
【０２１２】
Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）の作製方法は、当技術分野で公知である。
【０２１３】
本明細書に記載の方法を使用して特定された応答者の治療は、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）の生物活性と実質的に同様な生物活性を有する組成物（例えば、ＩＦＮベータ１ａ分子）が、同様の様式で投与された場合、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）による治療と同様な首尾よい治療をもたらし得ることを、さらに意図する。このような他の組成物には、例えば、実質的に同様の生物活性を有する、他のインターフェロン、ならびにその断片、アナログ、ホモログ、誘導体、および天然変異体が含まれる。一実施形態においては、ＩＮＦ−β剤を修飾して、１つまたは複数の薬物動態学的特性を増加させる。例えば、ＩＮＦ−β剤は、ペグ化部分を含むための、インターフェロン１ａの修飾形態であり得る。インターフェロンベータ１ａのペグ化形態は、例えば、Ｂａｋｅｒ，  Ｄ．Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ  １７（１）：１７９−８８；  Ａｒｄｕｉｎｉ，  ＲＭ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ  Ｐｕｒｉｆ  ３４（２）：２２９−４２；  Ｐｅｐｉｎｓｋｙ，  ＲＢ  ｅｔ  ａｌ．  （２００１）  Ｊ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｅｘｐ．  Ｔｈｅｒ．  ２９７（３）：１０５９−６６；  Ｂａｋｅｒ，  Ｄ．Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．  （２０１０）  Ｊ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｒｅｓ  ３０（１０）：７７７−８５（これらはすべて、その全体が参照により本明細書に組み入れられ、かつ、ＰＥＧ部分、例えば、２０ｋＤａ  ｍＰＥＧ−Ｏ−２−メチルプロピオンアルデヒド部分を含むために、Ｎ末端のアルファアミノ酸で修飾された、ヒトインターフェロンベータ１ａを説明する）に記載されている。ＩＦＮベータ１ａのペグ化形態を、例えば、注射可能な投与経路（例えば、皮下）により、投与することができる。
【０２１４】
Ｒｅｂｉｆ（登録商標）もまた、インターフェロンβ−１ａ剤であり、一方、Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）およびＢｅｔａｆｅｒｏｎ（登録商標））は、インターフェロンβ１ｂ剤である。Ｒｅｂｉｆ（登録商標）およびＢｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）はともに、皮下注射による投与用に、製剤化される。
【０２１５】
ＩＦＮ−β剤の投与量は、当業者により決定され得、使用される特定のインターフェロンベータ剤に基づく、臨床的に許容可能な投与量を含む。例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）は一般に、筋肉内注射により、週１回、３０マイクログラムで投与される。インターフェロンベータ１ａの他の形態、具体的にはＲＥＢＩＦ（登録商標）は、例えば、２２マイクログラムで週３回、または４４マイクログラムで週１回、皮下注射により投与される。インターフェロンベータ−１Ａは、例えば筋肉内に、１０〜５０μｇの間の量で、投与することができる。例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）は、例えば、５〜１０日に１回、例えば週１回、投与することができ、Ｒｅｂｉｆ（登録商標）は、週３回投与することができる。
【０２１６】
非ＩＦＮ−β剤
他の実施形態においては、ＩＦＮ−β剤に対する代替療法を、実施することができる。例えば、本明細書に記載の方法を使用して、非応答者であると判定された対象において、熟練した医師は、「疾患修飾性療法」として作用し得る非ＩＦＮ−β剤、例えば、グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標））、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標）、Ａｎｔｅｇｒｅｎ（登録商標））、およびミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））を含む療法を選択することができる。
【０２１７】
一実施形態において、代替療法には、ミエリンの塩基性タンパク質に存在する４つのアミノ酸のポリマー、例えば、グルタミン酸、リジン、アラニンおよびチロシンのポリマー（例えば、グラチラマー（Ｃｏｐａｘｏｎｅ（登録商標）））が含まれる。他の実施形態において、代替療法には、α−４インテグリンに対する抗体またはその断片（例えば、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標）））が含まれる。さらなる他の実施形態において、代替療法には、アントラセンジオン分子（例えば、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標）））が含まれる。さらなる別の実施形態において、代替療法には、フィンゴリモド（例えば、ＦＴＹ７２０；Ｇｉｌｅｎｙａ（登録商標））が含まれる。一実施形態において、代替療法は、ジメチルフマレート（例えば、経口ジメチルフマレート（ＢＧ−１２））である。他の実施形態において、代替療法は、Ｔ細胞のＩＬ−２受容体のアルファサブユニットに対する抗体（例えば、ダクリズマブ；例えば、Ｒｏｓｅ，  Ｊ．Ｗ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００７）  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ６９  （８）：  ７８５−７８９に記載される）である。さらなる他の実施形態において、代替療法は、ＣＤ５２に対する抗体（例えば、アレムツズマブ（Ｌｅｍｔｒａｄａ（登録商標）））である。さらなる別の実施形態において、代替療法には、抗ＬＩＮＧＯ−１抗体が含まれる（例えば、「ＬＩＮＧＯに対する抗体またはその断片を含む組成物」と題する、米国特許第８，０５８，４０６号に記載される）。
【０２１８】
ステロイド、例えば、コルチコステロイド、およびＡＣＴＨ剤を、再発寛解型ＭＳまたは二次性進行型ＭＳにおける急性の再発を治療するために使用することができる。このような薬剤には、限定されないが、Ｄｅｐｏ−Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標）、Ｓｏｌｕ−Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標）、Ｄｅｌｔａｓｏｎｅ（登録商標）、Ｄｅｌｔａ−Ｃｏｒｔｅｆ（登録商標）、Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標）、Ｄｅｃａｄｒｏｎ（登録商標）、およびＡｃｔｈａｒ（登録商標）が含まれる。
【０２１９】
非ＩＦＮβ剤の投与量および投与様式は、当技術分野で公知である。
【０２２０】
症状管理
ある実施形態において、方法は、１つまたは複数の症状管理療法、例えば、とりわけ、抗うつ剤、鎮痛薬、抗振戦薬（ａｎｔｉ−ｔｒｅｍｏｒ  ａｇｅｎｔ）の使用を、さらに含む。疾患修飾性ＩＦＮ−β剤または非ＩＦＮ−β剤による対象の治療を、ＭＳを有する対象の症状管理において多く使用される、以下の療法のうちの１つまたは複数と組み合わせることができる：Ｉｍｕｒａｎ（登録商標）（アザチオプリン）、Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）（シクロホスファミド）、Ｎｅｏｓａｒ（登録商標）（シクロホスファミド）、Ｓａｎｄｉｍｍｕｎｅ（登録商標）（シクロスポリン）、メトトレキサート、Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（登録商標）（クラドリビン）、Ｔｅｇｒｅｔｏｌ（登録商標）（カルバマゼピン）、Ｅｐｉｔｏｌ（登録商標）（カルバマゼピン）、Ａｔｒｅｔｏｌ（登録商標）（カルバマゼピン）、Ｃａｒｂａｔｒｏｌ（登録商標）（カルバマゼピン）、Ｎｅｕｒｏｎｔｉｎ（登録商標）（ガバペンチン）、トパマックス（登録商標）（トピラメート）、Ｚｏｎｅｇｒａｎ（登録商標）（ゾニサミド）、Ｄｉｌａｎｔｉｎ（登録商標）（フェニトイン）、Ｎｏｒｐｒａｍｉｎ（登録商標）（デシプラミン）、Ｅｌａｖｉｌ（登録商標）（アミトリプチリン）、Ｔｏｆｒａｎｉｌ（登録商標）（イミプラミン）、Ｉｍａｖａｔｅ（登録商標）（イミプラミン）、Ｊａｎｉｍｉｎｅ（登録商標）（イミプラミン）、Ｓｉｎｅｑｕａｎ（登録商標）（ドキセピン）、Ａｄａｐｉｎ（登録商標）（ドキセピン）、Ｔｒｉａｄａｐｉｎ（登録商標）（ドキセピン）、Ｚｏｎａｌｏｎ（登録商標）（ドキセピン）、Ｖｉｖａｃｔｉｌ（登録商標）（プロトリプチリン）、Ｍａｒｉｎｏｌ（登録商標）（合成カンナビノイド）、Ｔｒｅｎｔａｌ（登録商標）（ペントキシフィリン）、Ｎｅｕｒｏｆｅｎ（登録商標）（イブプロフェン）、アスピリン、アセトアミノフェン、Ａｔａｒａｘ（登録商標）（ヒドロキシジン）、Ｐｒｏｚａｃ（登録商標）（フルオキセチン）、Ｚｏｌｏｆｔ（登録商標）（セルトラリン）、Ｌｕｓｔｒａｌ（登録商標）（セルトラリン）、ＥｆｆｅｘｏｒＸＲ（登録商標）（ベンラファキシン）、Ｃｅｌｅｘａ（登録商標）（シタロプラム）、Ｐａｘｉｌ（登録商標）、Ｓｅｒｏｘａｔ（登録商標）、Ｄｅｓｙｒｅｌ（登録商標）（トラゾドン），Ｔｒｉａｌｏｄｉｎｅ（登録商標）（トラゾドン）、Ｐａｍｅｌｏｒ（登録商標）（ノルトリプチリン）、Ａｖｅｎｔｙｌ（登録商標）（イミプラミン）、Ｐｒｏｔｈｉａｄｅｎ（登録商標）（ドチエピン）、Ｇａｍａｎｉｌ（登録商標）（ロフェプラミン）、Ｐａｒｎａｔｅ（登録商標）（トラニルシプロミン）、Ｍａｎｅｒｉｘ（登録商標）（モクロベミド）、Ａｕｒｏｒｉｘ（登録商標）（モクロベミド）、Ｗｅｌｌｂｕｔｒｉｎ  ＳＲ（登録商標）（ブプロピオン）、Ａｍｆｅｂｕｔａｍｏｎｅ（登録商標）（ブプロピオン）、Ｓｅｒｚｏｎｅ（登録商標）（ネファゾドン）、Ｒｅｍｅｒｏｎ（登録商標）（ミルタザピン）、Ａｍｂｉｅｎ（登録商標）（ゾルピデム）、Ｘａｎａｘ（登録商標）（アルプラゾラム）、Ｒｅｓｔｏｒｉｌ（登録商標）（テマゼパム）、Ｖａｌｉｕｍ（登録商標）（ジアゼパム）、ＢｕＳｐａｒ（登録商標）（ブスピロン）���Ｓｙｍｍｅｔｒｅｌ（登録商標）（アマンタジン）、Ｃｙｌｅｒｔ（登録商標）（ペモリン）、Ｐｒｏｖｉｇｉｌ（登録商標）（モダフィニル）、Ｄｉｔｒｏｐａｎ  ＸＬ（登録商標）（オキシブチニン）、ＤＤＡＶＰ（登録商標）（デスモプレシン、バソプレシン）、Ｄｅｔｒｏｌ（登録商標）（トルテロジン）、Ｕｒｅｃｈｏｌｉｎｅ（登録商標）（ベタン（ｂｅｔｈａｎｅ））、Ｄｉｂｅｎｚｙｌｉｎｅ（登録商標）（フェノキシベンザミン）、Ｈｙｔｒｉｎ（登録商標）（テラゾシン）、Ｐｒｏ−Ｂａｎｔｈｉｎｅ（登録商標）（プロパンテリン）、Ｕｒｉｓｐａｓ（登録商標）（ヒヨスチアミン）、Ｃｙｓｔｏｐａｓ（登録商標）（ヒヨスチアミン）、Ｌｉｏｒｅｓａｌ（登録商標）（バクロフェン）、Ｈｉｐｒｅｘ（登録商標）（メテナミン）、Ｍａｎｄｅｌａｍｉｎｅ（登録商標）（メテナミン）、Ｍａｃｒｏｄａｎｔｉｎ（登録商標）（ニトロフラントイン）、Ｐｙｒｉｄｉｕｍ（登録商標）（フェナゾピリジン）、Ｃｉｐｒｏ（登録商標）（シプロフロキサシン）、Ｄｕｌｃｏｌａｘ（登録商標）（ビサコジル）、Ｂｉｓａｃｏｌａｘ（登録商標）（ビサコジル）、Ｓａｎｉ−Ｓｕｐｐ（登録商標）（グリセリン）、Ｍｅｔａｍｕｃｉｌ（登録商標）（車前子親水性粘奬薬）、Ｆｌｅｅｔ  Ｅｎｅｍａ（登録商標）（リン酸ナトリウム）、Ｃｏｌａｃｅ（登録商標）（ドクセート）、Ｔｈｅｒｅｖａｃ  Ｐｌｕｓ（登録商標）、Ｋｌｏｎｏｐｉｎ（登録商標）（クロナゼパム）、Ｒｉｖｏｔｒｉｌ（登録商標）（クロナゼパム）、Ｄａｎｔｒｉｕｍ（登録商標）（ダントロレンナトリウム）、Ｃａｔａｐｒｅｓ（登録商標）（クロニジン）、Ｂｏｔｏｘ（登録商標）（ボツリヌス毒素）、Ｎｅｕｒｏｂｌｏｃ（登録商標）（ボツリヌス毒素）、Ｚａｎａｆｌｅｘ（登録商標）（チザニジン）、Ｓｉｒｄａｌｕｄ（登録商標）（チザニジン）、Ｍｙｓｏｌｉｎｅ（登録商標）（プリミドン）、Ｄｉａｍｏｘ（登録商標）（アセタゾラミド）、Ｓｉｎｅｍｅｔ（登録商標）（レボドパ、カルビドパ）、Ｌａｎｉａｚｉｄ（登録商標）（イソニアジド）、Ｎｙｄｒａｚｉｄ（登録商標）（イソニアジド）、Ａｎｔｉｖｅｒｔ（登録商標）（メクリジン）、Ｂｏｎａｍｉｎｅ（登録商標）（メクリジン）、Ｄｒａｍａｍｉｎｅ（登録商標）（ジメンヒドリナート）、Ｃｏｍｐａｚｉｎｅ（登録商標）（プロクロルペラジン）、Ｔｒａｎｓｄｅｒｍ（登録商標）（スコポラミン）、Ｂｅｎａｄｒｙｌ（登録商標）（ジフェンヒドラミン）、Ａｎｔｅｇｒｅｎ（登録商標）（ナタリズマブ）、Ｃａｍｐａｔｈ−１Ｈ（登録商標）（アレムツズマブ）、Ｆａｍｐｒｉｄｉｎｅ（登録商標）（４−アミノピリジン）、Ｇａｍｍａｇａｒｄ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、ガンマｒ−ＩＶ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、ＧａｍｉｍｕｎｅＮ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、Ｉｖｅｅｇａｍ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、Ｐａｎｇｌｏｂｕｌｉｎ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、Ｓａｎｄｏｇｌｏｂｕｌｉｎ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、Ｖｅｎｏｂｌｏｇｕｌｉｎ（登録商標）（ＩＶ免疫グロブリン）、プレガバリン、ジコノチド、およびＡｎｅｒｇｉＸ−ＭＳ（登録商標）。
【０２２１】
本明細書において、非応答者として特定された対象が、症状を管理するために、本明細書に記載の１つまたは複数の薬剤により治療されることもまた、意図される。
【０２２２】
治療方法
「治療する」「治療」およびこの単語の他の形態は、多発性硬化症の進行を妨げるため、緩解を誘導するため、対象の期待される生存期間を延長するため、または医療行為の必要（例えば、入院）を減少させるために、ＩＦＮ−β剤を、例えばＭＳ患者などの対象に対して、単独または１つもしくは複数の症状管理薬との組み合わせで、投与することを指す。これらの対象において、治療には、限定されないが、例えば、痺れ、刺痛、筋力低下などの１つもしくは複数の症状を阻害するかもしくは減少させること；再発率を減少させること、硬化性病変のサイズもしくは数を減少させること；新たな病変の発症を阻害するかもしくは遅延させること；生存期間を延長すること、もしくは無増悪生存期間を延長すること；および／または生活の質を向上させること；が含まれる。
【０２２３】
本明細書において使用される場合、特に指示がない限り、「予防する」、「予防すること」および「予防」という用語は、対象が多発性硬化症の再発を患い始める前に生じる行為および／または疾患の重症度を阻害するかまたは減少させる行為を意図する。
【０２２４】
本明細書において使用される場合、および特に指示がない限り、「管理する」、「管理すること」および「管理」という用語は、既に疾患を有する患者において、ＭＳ症状の進行を予防すること、および／またはＭＳを有する患者が緩解に留まる時間を延長することを包含する。この用語は、ＭＳの閾値、発症および／または持続時間を調節すること、または、患者が疾患に応答する様式を変化させることを包含する。
【０２２５】
本明細書において使用される場合、および特に指示がない限り、化合物の「治療的有効量」とは、多発性硬化症の治療もしくは管理において治療的利益を提供するために十分な量、またはＭＳに付随する１つまたは複数の症状を遅延させるかもしくは最小化させるために十分な量である。化合物の治療的有効量とは、単独または他の治療薬との組み合わせで、ＭＳの治療または管理において治療的利益を提供する、治療薬の量を意味する。「治療的有効量」という用語は、全体的に治療を改善し、疾患の症状もしくは原因を減少させるかもしくは回避し、または別の治療薬の治療的有効性を高める量を包含し得る。
【０２２６】
本明細書において使用される場合、および特に指示がない限り、化合物の「予防的有効量」とは、ＭＳの再発、または疾患に付随する１つもしくは複数の症状、またはその再発を予防するのに十分な量である。化合物の予防的有効量とは、単独または他の治療薬との組み合わせで、ＭＳ再発の予防において、予防的利益を提供する、化合物の量を意味する。「予防的有効量」という用語は、全体的な予防を改善するかまたは別の予防薬の予防的有効性を高める量を包含し得る。
【０２２７】
本明細書において使用される場合、「患者」または「対象」という用語は、治療、観察、および／または実験の対象となるかまたはなっている、動物、典型的にはヒト（すなわち、いかなる年齢群の男性もしくは女性、例えば、小児科の患者（例えば、幼児、小児、青年）もしくは成人患者（例えば、若年成人、中年の成人もしくは年長の成人））または他の哺乳動物、例えば、霊長類（例えば、カニクイザルサル、アカゲザル）；商業的に妥当な哺乳類、例えばウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ネコ、および／もしくはイヌ；ならびに／または商業的に妥当なトリ、例えばニワトリ、アヒル、ガチョウ、および／もしくはシチメンチョウを含む、トリを指す。この用語が、化合物または薬剤の投与と併せて使用される場合、患者は、治療、観察、および／または化合物もしくは薬剤の投与の対象となっている。
【０２２８】
本明細書に記載の方法は、ＭＳ患者が応答する可能性が最も高い単剤療法を、当業者が特定することを可能にし、結果として複数の療法を患者に実施する必要を排除し、治療的効果が観察されることを確実にする。しかしながら、一実施形態においては、ＭＳを有する個人の、併用療法も意図される。
【０２２９】
上述されかつ本明細書に記載されるＩＦＮ−β剤を、１つまたは複数の追加の療法と組み合わせて投与することにより、本明細書に記載のＭＳの症状を治療および／または軽減することができ、特に、中程度から重度の身体障害（例えば、５．５以上のＥＤＳＳスコア）を有する患者を治療し得るということが理解される。医薬組成物は、１つまたは複数の他の追加の療法または治療薬と同時、その前、またはその後に、投与することができる。一般的に、その薬剤に対して決定された用量および／またはタイムスケジュールで、各薬剤を投与する。この組み合わせで使用される追加の治療薬を、単一の組成物として一緒に投与するか、または異なる組成物として別々に投与し得るということが、さらに理解される。レジメンにおいて使用される特定の組み合わせは、医薬組成物の、追加の治療的に活性な薬剤および／または達成される所望の治療的効果との適合性を、考慮に入れる。一般的に、組み合わせで使用される追加の治療薬は、それらが個別に使用されるレベルを超えないレベルで使用されることが期待される。いくつかの実施形態において、組み合わせで使用されるレベルは、個別に使用されるレベルより低くなる。
【０２３０】
本発明を、以下の実施例によりさらに例証するが、これらは限定するものと解釈されるべきではない。本出願の至る所で引用される、すべての参考文献、数値、配列表、特許および特許出願公開の内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【０２３１】
ＲＲＭＳは、中枢神経系を標的とする慢性炎症性疾患である。異なる作用機序を有する、承認された疾患修飾性療法の数は増加してはいるが、ＲＲＭＳ患者には、多彩な治療応答性が存在し、治療前または短期間の治療の間に、治療に良好に応答する患者を特定するバイオマーカーに対する、緊急の必要性が存在する。
【０２３２】
サイトカインおよびケモカインを含む炎症性タンパク質は、いくつかのＭＳサブタイプにおいて調節不全であることが示されており、発病に関連付けられている。血清タンパク質および疾患状態間の緊密な関連を考慮して、本研究は、薬理学的応答性および治療応答性の候補バイオマーカーを決定するために、疾患関連タンパク質マーカーの使用を調査した。
【０２３３】
実施例１：試料集団
本明細書で使用される血清試料は、筋肉内ＩＦＮ−β−１Ａ用量比較研究（Ｂｉｏｇｅｎ  Ｃ９４−８０５研究）に登録した８０２人の対象のサブセットに由来した。本研究の目的は、持続性の身体障害の進行を軽減することに関して、週１回の筋肉内送達による、３０μｇまたは６０μｇのＩＦＮ−β−１Ａの有効性を比較することである。対象は、１９９６〜１９９７年に、欧州の３８か所のセンターで登録した。研究由来のすべての試料を、−８０℃で保管した。この研究は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｃｌａｎｅｔ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．  “Ａ  ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ，  ｄｏｕｂｌｅ−ｂｌｉｎｄ，  ｄｏｓｅ−ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｗｅｅｋｌｙ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  β−１Ａ  ｉｎ  ｒｅｌａｐｓｉｎｇ  ＭＳ”  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  （２００２）  ５９：１５０７−１５１７に、より詳細に記載される。
【０２３４】
研究Ｃ９４−８０５の選択基準には、１年以上の間、臨床的にＭＳと診断され、ＥＤＳＳスコアが２．０〜５．５であり、その前３年間に２回以上の再発があり、および登録時に疾患が安定しているかまたは改善している患者を含んだ。選択基準により、進行性疾患（すなわち、その前の６か月の間の悪化）を有する個人および／または登録前２か月以内に再発した個人を除外した。
【０２３５】
表３：ベースライン患者の人統計的および臨床的特徴（Ｃｌａｎｅｔ，  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  （２００２）  ５９：１５０７−１５１７）。
【表３】
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【０２３６】
４０２人の個人が３０μｇのＡｖｏｎｅｘ（登録商標）用量を投与される群に割り当てられ、４００人の個人が、６０μｇのＡｖｏｎｅｘ（登録商標）用量を投与される群に割り当てられた。Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）治療の開始後、ベースラインおよび３か月において、血清試料を採取した。
【０２３７】
非応答者対応答者
合計８０２人の個人のうち、６４人が「非応答者（ＮＲ）」として特定され、および５４人の個人が「応答者（Ｒ）」として特定された。１１８人の患者のこのサブグループは、本明細書において「Ｒ／ＮＲの母集団」と呼ばれる。
【０２３８】
「応答者」は、治療の最初の３年間に、確認された再発が無く、かつ持続性の身体障害の進行の証拠がない（ＥＤＳＳによる）対象として定義される（例えば、臨床的な緩解）。「非応答者」は、少なくとも３回の再発、６か月持続する身体障害の進行の発症（ベースラインスコアが≦５．５の対象において、ベースラインから１．０ポイントのＥＤＳＳスコアの増加と定義される）を有する対象を含む、活動性の疾患を有する治療中の対象と定義される。いずれの群においても、緩解期において１０以上のＭＲＩ  Ｔ２病変を有する対象、または１年目からいかなる力価でも持続的にＮＡＢ陽性を示す対象、またはＮＡＢ力価≧２０である対象は除外された。
【０２３９】
表４：応答者および非応答者に関する対象の特徴
【表４】
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【０２４０】
ＭＲＩサブセット
１１８人の最初の試料集団（６４人のＮＲおよび５４人のＲ）からの４０人の個人のサブセットが、Ｔ２病変の数とサイズを特定するためにＭＲＩを受けた。３年間における、新たなまたは拡大しているＴ２病変に基づいて、これらの個人のうちの１９人を非応答者として分類し、残りの１１人を応答者として分類した（図１Ａ〜１Ｃ）。
【０２４１】
研究試料
倫理委員会の審査後、治療前および３か月目の血清試料の両方を解析した。３か月の投薬（１２回目の注射）後３〜７日目に、３か月目の試料を採取した。プロトコルは、採取の１〜２時間以内の遠心分離および−２０℃での保管を必要とした。−８０℃で長期保存した。さらに、健康な志願者（ＨＶ）由来の新鮮な血清を採取し、−８０℃で保管した（バイオリクラメーション社（ＢＩＯＲＥＣＬＡＭＡＴＩＯＮ  ＩＮＣ．））。
【０２４２】
実施例２：方法および試料品質
分析方法
特別仕様のＬｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイを使用して、５５の炎症関連タンパク質の定量的測定を、すべての試料において行った。Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイ技術は、小さな色分けされたビーズを、例えば、特定のバイオアッセイのための試薬でそれぞれコーティングされた、５００の別個の組に分離し、多重方式で、特定の検体を試料から捕捉および検出することを可能にする。Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイ技術は、バイオマーカーなどの検体を検出するための、ビーズ・ベースの蛍光サイトメトリーを使用する、多重ＥＬＩＳＡアッセイと比較され得る。
【０２４３】
ヒト炎症パネルを、Ｒｕｌｅｓ  Ｂａｓｅｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（商標）から入手し、以下の炎症関連タンパク質を試験した：ＩＬ−１７、ＩＬ−２３、ＩＬ−１５、ＩＬ−７、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ４０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１５、ＡＡＴ、Ａ２Ｍ、Ｂ２Ｍ、ＢＤＮＦ、ＣＲＰ、Ｃ３、ＣＣＬ１１、Ｆ７、ＦＴ、ＦＧＡ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＨＢ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＣＣＬ２、ランテス、ＳＣＦ、ＴＩＭＰ、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−β、ＴＮＦ−ＲＡ２、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＧＦ、ＶＷＦ、およびＶＤＢＰ。
【０２４４】
第２のパネルは、本研究のための特別仕様であり、本明細書においてＢｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃケモカインパネルと呼ばれる。このパネルを使用して、以下のタンパク質を試験した：ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦ。
【０２４５】
フェリチンおよびＩＬ−１３のレベルもまた、標準的方法を使用して測定した。
【０２４６】
試料品質
保存血清試料の試料品質を、健康な志願者由来の新鮮な血清と比較した（図２を参照のこと）。全体的な分解の兆候は観察されず、３５の異なる検体の濃度は、文献において報告されたものと一致していた。
【０２４７】
健康な志願者のものと比較した、ベースラインのＭＳ試料は、文献における発見と一致する、明確な血清プロファイルを有する（図３Ａ）。同様の差異が、Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）による治療の３か月後に観察された。
【０２４８】
インターフェロンシグネチャー遺伝子の応答を、血清タンパク質を使用して観察し（図４Ａ）、３０μｇおよび６０μｇの用量間で、インターフェロンシグネチャー遺伝子の用量依存性の応答が観察された（図４Ｂ）。ベースライン対３か月の血清濃度の比較を、図４Ａ〜４Ｂに示す。３０μｇ対６０μｇでの、ＩＦＮｂ投与後の、用量依存性の薬力学的応答の証拠を、図４Ｂに示す。
【０２４９】
実施例３：筋肉内（ＩＭ）ＩＦＮβ−１Ａに対する臨床応答性の予測的バイオマーカー
複数の比較用に調節された場合：（ｉ）ベースラインの血清濃度、（ｉｉ）３か月の血清濃度、または（ｉｉｉ）濃度差（３か月およびベースラインの比率）を使用した試験からのいずれの検体においても、差異はなかった。未処理のｐ値を使用して、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＣＲＰ、およびＩＬ−１ＲＡの発現レベルは、応答者と非応答者間で、有意に異なると判定された（図７Ａ〜７Ｅ）。従って、ＩＦＮβ−１Ａ治療に対して応答する可能性が高い個人、および治療にもかかわらず活動性の疾患状態のままである可能性が高い個人に分類するためのバイオマーカーとして、ＣＣＬ２１、ＢＡＦＦ、ＣＲＰおよびＩＬ−１ＲＡを使用することができる。
【０２５０】
ＭＲＩサブセット（図１Ａ〜１Ｃ）を、治療応答性の予測マーカーに関しても解析した。このサブセットの、バイオマーカーＣＣＬ２１およびＢＡＦＦの発現は、非応答者および応答者間で有意に異なっていた（未処理のｐ−値を使用して）（図６〜８）。ＥＤＳＳの進行、再発および３年目のＭＲＩパラメータの組み合わせを含む、応答者および非応答者の測定値を使用した場合、ＣＣＬ２１およびＢＡＦＦの血清レベルは、ＲとＮＲを分類することが示された。
【０２５１】
各集団におけるフェリチンのレベルも測定した。ＥＤＳＳおよび再発の定義を使用して、より低いレベルの血清フェリチンが、ＩＦＮβ−１Ａ療法のベースラインおよび３か月で、年齢およびＲ／ＮＲの状態と相関することが判明した（Ｒ＝５４、ＮＲ＝６４；図１１Ａ〜１１Ｂ）。
【０２５２】
実施例４：ＩＬ−１３のバイオマーカーとしての特定
ＰＤＧＦＢＢ、ＩＬ−７、ＴＦＧｂ、ＩＦＮｂ、ＩＬ−１３、エオタキシン、ＩＬ−１ＡおよびＭＣＰ−３を含む一組の検体の発現を測定し（図９Ａ；図１０Ａ〜１０Ｂ）、このパネルのうち、ＩＬ−１３のみが、本研究のＲ／ＮＲの母集団（Ｂ１）およびＭＲＩサブセット（Ｂ２）の両方において、統計的に有意であると判定された（図９Ａ）。ＩＬ−１３を使用することにより、ＩＦＮβ治療に対する非応答者または応答者のどちらかとして、患者を分類することができる（図９Ｂ〜９Ｃ）。
【０２５３】
参照による組み込み
本明細書で言及される、全ての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれると示されているかのごとく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。矛盾する場合は、本明細書のいかなる定義をも含め、本出願が優先する。
【０２５４】
公共のデータベース、例えば、ワールドワイドウェブ上のｔｉｇｒ．ｏｒｇで、ゲノム研究所（ＴＩＧＲ）により管理されるもの、および／または、ワールドワイドウェブ上のｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖで、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）により管理されるものなどにおけるエントリーに関する受託番号を参照する、いかなるポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列もまた、参照によりその全体が組み込まれる。
【０２５５】
等価物
当業者は、本明細書に記載の本発明の具体的な実施形態に対する多くの等価物を、ごく慣例的な実験を用いるのみで、認識または確認可能である。このような等価物も包含されることが意図される。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
2014513289.tif 000007
【図１Ｃ】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図６】
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【図７】
2014513289.tif 000013
【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０】
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【図２】
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【図５】
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【図１１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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