(57)【要約】 本明細書において、集団におけるＴＢおよび／またはＨＩＶの病因の区別および分類のための循環バイオマーカーを識別する診断検査が記載される。本発明の方法は、対象のＨＩＶの状態、ＴＢの状態および／または精製ツベルクリンタンパク体（ＰＰＤ）の状態を、サイトカインレベルの測定と予測式を使用することにより決定する方法を提示する。さらに具体的には、当該方法は、対象がＨＩＶ陽性かＨＩＶ陰性かを診断することを含む方法であって、（ａ）対象からの生物学的サンプルにおけるエオタキシン、幹細胞因子（ＳＣＦ）および血小板由来成長因子ｂｂ（ＰＤＧＦββ）のレベルを測定すること、および（ｂ）以下の式を使用し予測値を計算することを含む。【選択図】  図１Ａ、図１Ｂ、図１Ｃ【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象がＨＩＶ陽性かＨＩＶ陰性かを診断する方法であって、
ａ）対象からのサンプル中のエオタキシン、ＳＣＦ、ＰＤＦＧｂｂのレベルを測定すること、
ｂ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ５．６５４＋０．００３×エオタキシン−０．０３２×ＳＣＦ−０．００１×ＰＤＧＦββ
であり、
０．５より大きい値であればＨＩＶ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＨＩＶ陰性と予測することにより、対象がＨＩＶ陽性かＨＩＶ陰性かを診断する、
ことを含む方法。
【請求項２】
対象がＴＢ陽性かＴＢ陰性かを診断する方法であって、
ａ）対象からのサンプル中のＭＣＳＦ、ＴＮＦベータ、ＭＣＰ３、ＧＲＯアルファのレベルを測定すること、
ｂ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×ＭＣＳＦ＋０．５９３×ＴＮＦβ−０．０５８×ＭＣＰ３＋０．０１２ＧＲＯα
であり、
０．５より大きい値であればＴＢ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＴＢ陰性と予測することにより、対象がＴＢ陽性かＴＢ陰性かを診断する、
ことを含む方法。
【請求項３】
対象がＰＰＤ陽性かＰＰＤ陽性ではないかを診断する方法であって、
ａ）対象からのサンプル中のＬＩＦ、ＭＣＰ３、ＣＴＡＣＫおよびＩＣＡＭ−１のレベルを測定すること、
ｂ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  −０．６１１−０．０５５×ＬＩＦ＋０．００９×ＭＣＰ３＋０．００１×ＣＴＡＣＫ−０．１４１×ＩＣＡＭ−１／１０００
であり、
０．５より大きい値であればＰＰＤ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＰＰＤ陽性ではないと予測することにより、対象がＰＰＤ陽性であるかＰＰＤ陽性ではないかを診断する、
ことを含む方法。
【請求項４】
対象において、ＨＩＶの状態およびＴＢの状態を診断する方法であって、
ａ）対象からのサンプル中のエオタキシン、ＳＣＦ、ＰＤＦＧｂｂのレベルを測定すること、および
ｂ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ５．６５４＋０．００３×エオタキシン−０．０３２×ＳＣＦ−０．００１×ＰＤＧＦββ
であり、
０．５より大きい値であればＨＩＶ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＨＩＶ陰性と予測することにより、対象がＨＩＶ陽性かＨＩＶ陰性かを診断し、
ｃ）対象からのサンプル中のＭＣＳＦ、ＴＮＦベータ、ＭＣＰ３、ＧＲＯアルファのレベルを測定すること、および
ｄ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×ＭＣＳＦ＋０．５９３×ＴＮＦβ−０．０５８×ＭＣＰ３＋０．０１２ＧＲＯα
であり、
０．５より大きい値であればＴＢ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＴＢ陰性と予測することにより、対象がＴＢ陽性かＴＢ陰性かを診断する、
ことを含む方法。
【請求項５】
ｅ）対象からのサンプル中のＬＩＦ、ＭＣＰ３、ＣＴＡＣＫおよびＩＣＡＭ−１のレベルを測定すること、および
ｆ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  −０．６１１−０．０５５×ＬＩＦ＋０．００９×ＭＣＰ３＋０．００１×ＣＴＡＣＫ−０．１４１×ＩＣＡＭ−１／１０００
であり、
０．５より大きい値であればＰＰＤ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＰＰＤ陽性ではないと予測することにより、対象がＰＰＤ陽性であるかＰＰＤ陽性ではないかを診断する、
ことにより、対象のＰＰＤの状態を診断することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ｅ）ＴＢ陰性の対象からのサンプル中のＩＣＡＭのレベルを測定すること、および
ｆ）以下の式を使用して予測値を計算し、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  １４．５０８−０．５４９×ＩＣＡＭ−１／１０００
であり、
０．５より大きい値であればＰＰＤ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＰＰＤ陽性ではないと予測することにより、ＴＢ陰性の対象がＰＰＤ陽性かＰＰＤ陽性ではないかを診断する
ことにより、ＴＢ陰性の対象のＰＰＤの状態を診断することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
ＨＩＶ陽性と診断された対象を、ＨＩＶ感染を減少させる１つ以上の化合物の有効量で治療することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ＴＢ陽性と診断された対象を、結核感染を減少させる１つ以上の化合物の有効量で治療することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
ＴＢ陽性／ＨＩＶ陽性と診断された対象を、ＨＩＶ感染を減少させる１つ以上の化合物の有効量、および結核感染を減少させる１つ以上の化合物の有効量で治療することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項１０】
ＰＰＤ陽性と診断された患者を、結核感染を防ぐ１つ以上の化合物の有効量で治療することをさらに含む、請求項５または請求項６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
優先権主張出願への相互参照。
本出願は、２０１０年１２月９日に出願した米国仮特許出願番号第６１／４２１，４８２号の優先権を主張し、参照によりその全体が本出願に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
結核（ＴＢ）の診断は、結核が風土病となっている国々において厄介な課題となっている。第一の診断検査は、患者から痰を採取し、顕微鏡により抗酸菌を検査することである。多数の試料と患者訪問が必要であり、このことが感染しているであろう患者の脱落率を著しく上げてしまい、その結果、未治療のＴＢをもたらしている。不運なことに、ＴＢの流行は制御されておらず、全世界の人口の３分の１が、ＴＢの原因菌であるＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（Ｍｔｂ）に潜伏感染しているという深刻な衛生問題となっている。ＴＢの感染患者の１０人に１人が実際にこの病気を発症するが、この割合は、ＭｔｂとＨＩＶが重感染している患者においては顕著に増加する。幸運なことに、ＴＢは、早期発見された場合には治療が可能であり、死亡者数を減少させることができる。薬剤療法は６〜９か月間にわたる３〜４の投薬で構成されており、長く、退屈であり、このことがコンプライアンスの低下をもたらし、単剤耐性、多剤耐性（ＭＤＲ）および超多剤耐性（ＸＤＲ）の結核菌型発生の主要な原因となっている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本発明は、対象のＨＩＶの状態、ＴＢの状態および／または精製ツベルクリンタンパク体（ＰＰＤ）の状態を、サイトカインレベルの測定と予測式を使用することにより決定する方法を提示する。さらに、ＨＩＶ感染および／またはＴＢ感染を治療する方法も提示する。
【図面の簡単な説明】
【０００４】
【図１Ａ】図１Ａ〜Ｃは、ＨＩＶのサイトカイン（ＰＤＧＦββ、ＳＣＦおよびエオタキシン）頻度プロットを示す。
【図１Ｂ】同上。
【図１Ｃ】同上。
【図２Ａ】図２Ａ〜Ｄは、ＴＢのサイトカイン（ＧＲＯ−α、ＭＣＰ−３、ＴＮＦ−βおよびＭＣＳＦ）頻度プロットを示す。
【図２Ｂ】同上。
【図２Ｃ】同上。
【図２Ｄ】同上。
【図３Ａ】図３Ａ〜Ｄは、ＰＰＤ陽性対他のすべてのサイトカイン（ＭＣＰ−３、ＬＩＦ、ＣＴＡＣＫおよびＩＣＡＭ）頻度プロットを示す。
【図３Ｂ】同上。
【図３Ｃ】同上。
【図３Ｄ】同上。
【図４】図４は、ＰＰＤ陽性対ＴＢ陰性の、サイトカイン（ＩＣＡＭ−１）頻度プロットを示す。
【図５】図５は、ＰＰＤ陽性対健常者の、サイトカイン（ＩＣＡＭ−１）頻度プロットを示す。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
本発明の方法は、対象のＨＩＶの状態、ＴＢの状態および／または精製ツベルクリンタンパク体（ＰＰＤ）の状態を、サイトカインレベルの測定と予測式を使用することにより決定する方法を提示する。さらに具体的には、当該方法は、対象がＨＩＶ陽性かＨＩＶ陰性かを診断することを含む方法であって、（ａ）対象からの生物学的サンプルにおけるエオタキシン、幹細胞因子（ＳＣＦ）および血小板由来成長因子ｂｂ（ＰＤＧＦββ）のレベルを測定すること、および（ｂ）以下の式を使用し予測値を計算することを含む。
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ５．６５４＋０．００３×エオタキシン−０．０３２×ＳＣＦ−０．００１×ＰＤＧＦββ
であり、
０．５より大きい値であればＨＩＶ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＨＩＶ陰性と予測することにより、対象がＨＩＶ陽性かＨＩＶ陰性かを診断する。任意で、当該方法は、当該決定にもとづき、当該患者の治療を開始または変更するステップを取ることをさらに含む。
【０００６】
本明細書では、生物学的サンプルとは、対象から得たサンプルであり、細胞、組織または生物学的液体のいずれかを含むが、これに限定されない。サンプルは、末梢血、血漿、尿、唾液、分泌胃液または骨髄試料でありうるが、これに限定されない。
【０００７】
本明細書の全体を通じ、対象とは、個体を意味する。好ましくは、対象は、霊長類といった哺乳類であり、さらに好ましくはヒトである。非ヒト霊長類は、２〜３例を挙げると、マーモセット、サル、チンパンジー、ゴリラ、オランウータンおよびテナガザルを含む。対象という用語には、ネコ、イヌ等の家庭内動物、家畜（例えば、牛、馬、豚、羊、山羊等）および実験動物（例えば、フェレット、チンチラ、マウス、ウサギ、ラット、スナネズミ、モルモット等）が含まれる。本明細書において、獣医による使用および同様の処方もまた、考慮される。
【０００８】
対象がＴＢ陽性かＴＢ陰性かを診断する方法もまた提示され、当該方法は、（ａ）対象からのサンプル中のマクロファージコロニー刺激因子（ＭＣＳＦ）、腫瘍壊死因子ベータ（ＴＮＦＢｅｔａ）、単球走化性タンパク質３（ＭＣＰ３）およびメラノーマ成長刺激活性、アルファ（ＧＲＯアルファ）のレベルを測定すること、（ｂ）以下の式を使用して予測値を計算することを含む。
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×ＭＣＳＦ＋０．５９３×ＴＮＦβ−０．０５８×ＭＣＰ３＋０．０１２ＧＲＯαであり、０．５より大きい値であればＴＢ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＴＢ陰性と予測することにより、対象がＴＢ陽性かＴＢ陰性かを診断する。任意で、当該方法は、当該結果にもとづき、当該対象の治療を開始または変更するステップを取ることをさらに含む。
【０００９】
対象がＰＰＤ陽性かＰＰＤ陽性ではないかを診断する方法もまた提示され、当該方法は、（ａ）対象からのサンプル中の白血病抑制因子（ＬＩＦ）、ＭＣＰ３、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２７（ＣＴＡＣＫ）および細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）のレベルを測定すること、（ｂ）以下の式を使用して予測値を計算することを含む。
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、ｚ  ＝  −０．６１１−０．０５５×ＬＩＦ＋０．００９×ＭＣＰ３＋０．００１×ＣＴＡＣＫ−０．１４１×ＩＣＡＭ１／１０００であり、０．５より大きい値であればＰＰＤ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＰＰＤ陽性ではないと予測することにより、対象がＰＰＤ陽性かＰＰＤ陽性ではないかを診断する。任意で、当該方法は、当該結果にもとづき、当該対象の治療を開始または変更するステップを取ることをさらに含む。
【００１０】
ＴＢ陰性である対象がＰＰＤ陽性かＰＰＤ陽性ではないかを診断する方法もまた提示され、当該方法は、（ａ）ＴＢ陰性対象からのサンプル中のＩＣＡＭ−１のレベルを測定すること、（ｂ）以下の式を使用して予測値を計算することを含む。
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、ｚ  ＝１４．５０８−０．５４９×ＩＣＡＭ１／１０００であり、０．５より大きい値であればＰＰＤ陽性と予測し、０．５より小さい値であればＰＰＤ陽性ではないと予測する。
【００１１】
表１は、本明細書に提示される予測式において使用されるタンパク質の識別情報を説明する。表１のカラム１は、タンパク質の名称を提示する。表１のカラム２は、各タンパク質の１つ以上の別名を提示する。従って、タンパク質に言及する際、既知の別名、および表１にリストアップされるタンパク質に今後に帰属する別名もまた、これに含まれることが明確である。表１にはまた、コードする配列（ヒトｍＲＮＡ配列）（カラム６）に対するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号およびヒトタンパク質配列（カラム７）に対するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号が提示される。本明細書で言及されるＧｅｎＢａｎｋアクセス番号にもとづき提示される核酸配列およびタンパク質配列は、この参照により、その全体において本明細書に包含される。当業者であれば、本明細書に説明されるＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号にもとづき提示される核酸配列が、国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センター（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｑｕｅｒｙ．ｆｃｇｉ？ｄｂ＝ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）から容易に入手できることが分かるであろう。同様に、本明細書に説明されるタンパク質配列も、国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センター（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｑｕｅｒｙ．ｆｃｇｉ？ｄｂ＝ｐｒｏｔｅｉｎ）から容易に入手できる。本明細書に説明されるＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号にもとづき提示される核酸配列およびタンパク質配列は、この参照により、その全体において本明細書に包含される。さらに、ヒト遺伝子（カラム８）に対するＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ番号が提示される。表１にリストアップされるＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ番号にもとづき提示される情報もまた、この参照により、全体として本明細書に包含される。当業者であれば、国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センター（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｑｕｅｒｙ．ｆｃｇｉ？ｄｂ＝ｇｅｎｅ）から容易にこの情報を入手できる。
【００１２】
これらの例示は、当業者であればＧｅｎＢａｎｋ（Ｂｅｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２００４  Ｊａｎｕａｒｙ  １；  ３２（Ｄａｔａｂａｓｅ  ｉｓｓｕｅ）；  Ｄ２３−Ｄ２６）、ＥＭＢＬデータベース（Ｓｔｏｅｓｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （２０００）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２８，  １９−２３）または他の配列データベースにアクセスすることにより、他種から表１にリストアップされるタンパク質をコードする核酸およびタンパク質の追加の配列をどのように入手するかは、当業者に公知であろうし、制限する意図はない。当業者であれば、表１に説明される配列と関連配列との間の類似性および相違性を決定するために、本明細書に開示される配列と他種からの配列とを、たとえばＢＬＡＳＴを使用することにより整列する方法もまた、公知であろう。
【００１３】
【表１−１】
2014500504.tif 000002
【表１−２】
2014500504.tif 000003
【００１４】
本発明の方法では、サイトカインのレベルは、例えば、ミリリッター当たりのピコグラム（ｐｇ／ｍｌ）、またはデシリッター当たりのマイクログラム（μｇ／ｄｌ）で測定することができる。タンパク質レベルまたは濃度は、当該分野で標準的なタンパク質定量化の方法、たとえば、ウェスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳＰＯＴ、免疫沈降法、免疫蛍光法（たとえば、ＦＡＣＳ等）、免疫組織化学法、免疫細胞化学法等や、現時点で公知もしくは後に開発される、細胞内タンパク質または細胞により産生されるタンパク質を定量化するための他の方法のいずれかにより測定することができる。
【００１５】
本明細書では、ＰＰＤは精製ツベルクリンタンパク体（ＰＰＤ）を意味し、ＴＢは結核を意味し、ＨＩＶはヒト免疫不全ウイルスを意味するように用いられる。本明細書で記述する方法において、対象のサイトカインのレベル測定は、個々にサンプルを得る、または個々に本明細書に説明される式から予測値を算出することにより、実施されることができるが、必須ではない。例えば、データベース、研究室の報告書、ＣＤ−ＲＯＭ、電子メール等からのデータ送信手段等により、および対象のＨＩＶ、ＴＢおよび／またはＰＰＤの状態を得るための予測式に値を入れることにより、数値データの形式で、対象からのサンプル中のサイトカインレベルを得る方法もまた、本明細書において提示される。
【００１６】
本明細書に説明される方法は、対象がＨＩＶ陽性、ＴＢ陽性、ＨＩＶ陽性／ＴＢ陽性、ＨＩＶ陰性／ＴＢ陽性、ＨＩＶ陰性ＴＢ陰性、ＨＩＶ陽性／ＴＢ陰性／ＰＰＤ陽性、ＨＩＶ陽性／ＴＢ陰性／ＰＰＤ陰性、ＨＩＶ陰性／ＴＢ陰性／ＰＰＤ陽性またはＨＩＶ陰性／ＴＢ陰性／ＰＰＤ陰性かを診断するために用いることができる。例えば、対象のＨＩＶおよび／またはＴＢの状態を決定するために、対象からのサンプル中の、予測ＨＩＶ式におけるサイトカイン（エオタキシン、ＳＣＦ、ＰＤＦＧββ）のレベルおよび／または予測ＴＢ式におけるサイトカイン（ＭＣＳＦ、ＴＮＦベータ、ＭＣＰ３、ＧＲＯアルファ）のレベルが測定されうるが、これに限定されない。さらに、対象のＰＰＤの状態を決定するために、対象からのサンプル中の、予測ＰＤＤ式におけるサイトカイン（ＬＩＦ、ＭＣＰ３、ＣＴＡＣＫおよびＩＣＡＭ−１）のレベルが測定されうる。
【００１７】
例えば、ＨＩＶ陽性／ＴＢ陽性と診断がなされれば、重感染した対象の治療のために、例えば、薬剤または他の治療法の適切な組み合わせが選択および投与されうる。当該組み合わせには、例えば、化学薬品、化合物、小分子、アプタマー、薬剤、タンパク質、ｃＤＮＡ、抗体、モルフォリノ、三重らせん分子、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス核酸またはリボザイム等が含まれうる。
【００１８】
ＨＩＶ感染を減少させる化合物および／または結核感染を減少させる化合物が使用されうる。ＨＩＶの治療において有用な抗ウイルス化合物は、コンビビル（登録商標）（ｌａｍｉｖｕｄｉｎｅ−ｚｉｄｏｖｕｄｉｎｅ）、クリキシバン（登録商標）（ｉｎｄｉｎａｖｉｒ）、エムトリバ（登録商標）（ｅｍｔｒｉｃｉｔａｂｉｎｅ）、エピビル（登録商標）（ｌａｍｉｖｕｄｉｎｅ）、フォートベイス（登録商標）（ｓａｑｕｉｎａｖｉｒ−ｓｇ）、ハイビッド（登録商標）（ｚａｌｃｉｔａｂｉｎｅ）、インビラーゼ（登録商標）（ｓａｑｕｉｎａｖｉｒ−ｈｇ）、カレトラ（登録商標）（ｌｏｐｉｎａｖｉｒ−ｒｉｔｏｎａｖｉｒ）、レキシヴァ（商標）（ｆｏｓａｍｐｒｅｎａｖｉｒ）、ノービア（登録商標）（ｒｉｔｏｎａｖｉｒ）、レトロビル（登録商標）（ｚｉｄｏｖｕｄｉｎｅ）、サスチヴァ（登録商標）（ｅｆａｖｉｒｅｎｚ）、ヴァイデックスＥＣ（登録商標）（ｄｉｄａｎｏｓｉｎｅ）、ヴァイデックス（登録商標）（ｄｉｄａｎｏｓｉｎｅ）、ビラセプト（登録商標）（ｎｅｌｆｉｎａｖｉｒ）、ビラミューン（登録商標）（ｎｅｖｉｒａｐｉｎｅ）、ゼリット（登録商標）（ｓｔａｖｕｄｉｎｅ）、ザイアジェン（登録商標）（ａｂａｃａｖｉｒ）、フゼオン（登録商標）（ｅｎｆｕｖｉｒｔｉｄｅ）、レスクリプター（登録商標）（ｄｅｌａｖｉｒｄｉｎｅ）、レイアタッツ（登録商標）（ａｔａｚａｎａｖｉｒ）、トリジビル（登録商標）（ａｂａｃａｖｉｒ−ｌａｍｉｖｕｄｉｎｅ−ｚｉｄｏｖｕｄｉｎｅ）、ビリアード（登録商標）（ｔｅｎｏｆｏｖｉｒ  ｄｉｓｏｐｒｏｘｉｌ  ｆｕｍａｒａｔｅ）、アゲネラーゼ（登録商標）（ａｍｐｒｅｎａｖｉｒ）  およびそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。結核を治療するために用いることができる化合物は、エタンブトール、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピシン、アミカシン、カナマイシン、カプレオマイシン、ヴィオマイシン、エンビオマイシン、フルオロキノン（例えば、シプロフロキサシン、レボフロキソアシン、モキシフロキサシン）、エチオナミド、プロチオナミド、リファブチン、クラリスロマイシン、リネゾイド、チオアセタゾン、チオリダジン、アルギニン、ビタミンＤ、Ｒ２０７９１０およびそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。ＨＩＶの治療のために用いられる化合物および結核の治療のために用いられる化合物の組み合わせのいずれも、結核およびＨＩＶに重感染した対象を治療するために用いることができる。同様に、もし患者がＨＩＶ陽性／ＴＢ陰性である場合、ＨＩＶのみを治療するための適切な薬剤または他の治療法を施すことができる。さらに、もし患者がＨＩＶ陰性／ＴＢ陽性である場合、結核のみを治療するための適切な薬剤または治療法を施すことができる。
【００１９】
意図する投与方法にもとづき、組成物は、好ましくは正確な投薬量の単回投与に適した投薬量単位で、たとえば、タブレット、座薬、錠剤、カプセル、粉末、液体または懸濁液といった固体、半固体、液体剤型の形態となりえる。組成物は、薬剤学的に受容可能な担体と組み合わせて、本明細書に記載される化合物またはそれらの誘導体の治療有効量を含み、さらに、他の薬剤、薬剤学的剤、担体または希釈剤を含みうる。薬剤学的に受容とは、生物学的なものではない、またはさもなければ望ましくないものではない原料であり、受容できない生物学的効果、またはそれが含有される薬剤学的組成物の他の成分と有害な種類の相互作用をもたらすことなく、選択された化合物とともに個体に投与することができるものである。
【００２０】
本明細書において、担体という用語は、賦形剤、希釈剤、充填剤、塩、緩衝剤、安定剤、可溶化剤、脂質、安定剤または薬剤処方における使用のために当分野で良く知られる他の原料を包含するものとして使用される。組成物における使用のための担体の選択は、組成物の意図する投与経路に依存する。これらの原料を含む、薬剤学的に受容できる担体および処方の準備は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ‘ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，第２１版、ｅｄ．Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ    Ｐａ．  ２００５年において記載される。生理学的に受容可能な担体の例には、たとえばリン酸緩衝液、クエン酸緩衝液および他の有機酸を伴う緩衝液等の緩衝液が含まれ、他の有機酸としては、アスコルビン酸を含む抗酸化物質、小分子量（約１０残基未満）のポリペプチド、たとえば血清アルブミン、ゼラチンまたはイムノグロブリン等のタンパク質、たとえばポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー、たとえばグリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリシン等のアミノ酸、単糖、二糖、およびグルコース、マンノースまたはデキストリンを含む他の炭水化物、たとえばＥＤＴＡ等のキレート剤、たとえばマンニトールまたはソルビトール等の糖アルコール、たとえばナトリウム等の塩形成対イオン、および／またはたとえばＴＷＥＥＮ（登録商標）（ＩＣＩ，Ｉｎｃ．；Ｂｒｉｄｇｅｗａｔｅｒ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）およびＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭ（ＢＡＳＦ；Ｆｌｏｒｈａｍ  Ｐａｒｋ、ＮＪ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。
【００２１】
非経口注射のための、本明細書に記載される化合物またはその誘導体を含む組成物は、生理学的に受容可能に滅菌された水性または非水性の溶液、分散液、懸濁液もしくは乳濁液、および滅菌された注射可能な溶液または分散液の再構築のための滅菌粉末を含み得る。適切な水性および非水性の担体、希釈剤、溶剤または賦形剤は、水、エタノール、ポリオール（プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、グリセロール等）、それらの適切な混合物、植物油（たとえばオリーブオイル等）およびたとえばオレイン酸エチル等の注射可能な有機エステルを含む。適切な流動性は、たとえばレシチン等のコーティングを用いることにより、分散剤の場合において要求される粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤を使用することにより、維持することができる。
【００２２】
これらの組成物は、たとえば保存料、湿潤剤、乳化剤および分散剤等のアジュバントもまた含みうる。微生物活動の予防は、たとえばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸等の様々な抗細菌剤および抗真菌剤により促進することができる。たとえば、糖、塩化ナトリウム等の等張剤もまた含みうる。注入医薬品形態の吸収は、たとえばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンといった吸収遅延剤を使用することにより、延長させることができる。
【００２３】
本明細書に記載される化合物またはその誘導体の経口投与のための、固形の剤型は、カプセル、タブレット、錠剤、粉末および顆粒を含む。そのような固形の剤型では、本明細書に記載される化合物またはその誘導体は、たとえばクエン酸ナトリウムもしくはリン酸二カルシウム等の、少なくとも１つの不活性な常用添加剤（または担体）、または（ａ）充填剤または増量剤、例としてスターチ、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトールおよびケイ酸、（ｂ）結合剤、例としてカルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロースおよびアカシア、（ｃ）保湿剤、例としてグリセロール、（ｄ）崩壊剤、例として寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモもしくはタピオカ澱粉、アルギン酸、特定のケイ酸塩複合物、および炭酸ナトリウム、（ｅ）溶解遅延剤、例としてパラフィン、（ｆ）吸収促進剤、例として第４級アンモニウム化合物、（ｇ）湿潤剤、例としてセチルアルコールおよびグリセロールモノステアレート、（ｈ）吸着剤、例としてカオリンおよびベントナイト、および（ｉ）潤滑剤、例として滑石、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固形ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウムまたはそれらの混合物と混ぜられる。カプセル、タブレットおよび錠剤の場合、剤型は、緩衝剤もまた含みうる。
【００２４】
ラクトースまたは乳糖、ならびに高分子量ポリエチレングリコール等の添加剤を用いる軟ゼラチンカプセルおよび硬充填ゼラチンカプセルにおいて、同じようなタイプの固形組成物もまた充填剤として用いられうる。
【００２５】
たとえばタブレット、糖衣錠、カプセル、錠剤および顆粒等の固形の剤型は、たとえば腸溶性コーティングおよび当分野で既知の他のコーティングおよび外殻で作製することができる。それらは乳白剤を含んでもよく、また遅発性に消化管の特定の部分において活性化合物または化合物を放出するような組成物であってもよい。用いることのできる包埋組成物の例は、重合物質およびワックスである。活性化合物はまた、適切な場合には、１つ以上の上述の添加剤とともに、マイクロカプセル化された形態でありうる。
【００２６】
本明細書に記載される化合物またはその誘導体の経口投与のための液体の剤型は、薬剤学的に受容可能な乳濁剤、溶液、懸濁液、シロップおよびエリキシル剤を含む。活性化合物に加え、液体剤型は、水または他の溶媒、可溶化剤および乳化剤（例として、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、ジメチルホルムアミド、油、特に綿実油、落花生油、トウモロコシ胚芽油、オリーブオイル、ヒマシ油、ゴマ油、グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコールおよびソルビタンの脂肪酸エステルまたはこれら物質の混合物等）等の当分野で常用される不活性希釈剤を含みうる。
【００２７】
そのような不活性希釈剤の他には、組成物は、たとえば湿潤剤、乳化剤、懸濁化剤、甘味剤、着香剤または香料といった追加の剤もまた含むことができる。
【００２８】
活性化合物に加えて、懸濁液は、追加の剤（例として、エトキシ化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビットおよびソルビタンエステル、微結晶性セルロース、アンモニウムメタ水酸化物、ベントナイト、寒天およびトラガントまたはこれら物質の混合物等）を含みうる。
【００２９】
本明細書に記載される化合物またはその誘導体の、直腸投与のための組成物は、座薬であることが好ましく、それは化合物を適切な無刺激性の添加剤または担体（たとえば、常温では固形で、体温で液体となり、ゆえに直腸または膣腔で溶けて活性成分を放出する、ココアバター、ポリエチレングリコールまたは座薬ワックス等）と混合することにより作製される。
【００３０】
本明細書に記載される化合物またはその誘導体の局所投与のための剤型は、軟膏、粉末、スプレー、ゲル等を含む。本明細書に記載される化合物またはその誘導体は、生理学的に受容可能な担体および必要とされる保存剤、緩衝剤または推進剤のいずれかとともに、無菌状態で混合される。
【００３１】
本出願の全体において、治療する、治療すること、または治療とは、既存の感染症の影響を減少させる方法を意味する。治療はまた、疾患、または単なる症状よりも疾患の状態を減少させる方法を指すこともできる。治療は、自然のレベルからのいずれかの減少であり、疾患または疾患の症状の完全な消滅でありうるが、これらに限定されない。治療は、症状または感染の症状における正の変化から、当分野で既知の技術により検出される感染の完全な改善にまで及びうる。たとえば、開示された方法は、罹患した対象における疾患の１つ以上の症状が、比較対象または同一対象の自然のレベルと比較して、約１０％減少すれば、治療であるとみなされる。ゆえに、減少とは、比較対照もしくは自然状態のレベルと比較して、約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００％、または間のいずれかの減少量とすることができる。
【００３２】
本明細書において、防ぐ、防ぐこと、または予防とは、感染症の発症、感染症の発生、感染症の重篤化、または感染症の再発を、起きないようにする、遅らせる、回避する、取り除く、未然に防ぐ、止める、または妨害するための方法を意味する。たとえば、対象がＨＩＶ陽性／ＴＢ陰性／ＰＰＤ陽性であることが判明した場合、結核感染を防御するために、抗微生物治療を予防的に施すことができる。
【００３３】
投与は、本明細書に記載される剤の治療的に有効な量を用いて、治療または感染防御のために有効な期間、実施することができる。有効量は、当業者により決定され、哺乳類に対する例示的な投薬量として、一日当たり、約０．５〜約２００ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分を含み、単回投与として、または例えば一日当たり１〜４回として個々の分割量の形態で投与されうる。あるいは、投薬量は、一日当たり約０．５〜約１５０ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約０．５〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約０．５〜約７５ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約０．５〜約５０ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約０．５〜約２５ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約１〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約１〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約２０ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、一日当たり約１０ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分、または一日当たり約５ｍｇ／ｋｇ体重の活性成分であることができる。
【００３４】
有効量および有効投薬量という用語は、同じ意味で用いられる。有効量という用語は、所望する生理学的な反応を生じさせるために必要な量のいずれかとして規定される。剤の投与に対する有効量および期間は、経験的に決定され、当分野の技術の範囲内でそのような決定がなされる。投与に対する投薬量範囲は、所望する効果を生じさせるために十分な大きさであり、その範囲において疾患または障害の１つ以上の症状が影響を受ける（例えば、減少される、または遅延される）。投薬量は、例えば不要な交差反応、アナフィラキシー反応等の、相当に有害な副作用を引き起こすような大きさであってはならない。一般的に、投薬量は、用いた特定の化合物の活性、その化合物の代謝的安定性および活性持続の長さ、対象の種、年齢、体重、全体的な健康状態、性別および食生活、投与様式および時間、排出率、薬剤の組み合わせ、ならびに特定の状態の重篤さによって異なり、当業者によって決定することができる。投薬量は、いずれかの禁忌事象において、個々の医師により調整することができる。投薬量は変化し、毎日、１日または数日間、１つ以上の用量投与で投与されることができる。薬品の定められた分類に対する適切な投薬量に関する文献中に、ガイダンスが見出される。
【００３５】
たとえば、非経口投与、静脈内投与、皮下投与、筋肉内投与、心室内投与、体内投与、腹腔内投与、直腸投与または経口投与等の、適切な投与経路が用いられうる。投与は、全身または局所的でありうる。医薬組成物は、治療が必要なところへ、たとえば局所注入や局所適用により、局所的に運ばれることができる。反復投与および／または投薬量もまた用いることができる。有効量は、インビトロまたは動物モデル実験系から導かれた用量反応曲線から外挿されることができる。
【００３６】
用いることができる、または組み合わせて用いることができる、または準備のために用いることができる、または開示された方法および組成物の製品である原料、組成物および成分が開示される。これらの、および他の原料が本明細書において開示されており、様々な各個および総体の組み合わせ、ならびにこれらの化合物の置換についての具体的な参照が明確に開示されていなくとも、これらの原料の組み合わせ、部分集合、相互作用、群等が開示されていれば、それぞれが本明細書において具体的に検討され、記載されていることが理解される。たとえば逆に、方法が開示および検討され、当該方法において含む多数の分子に作製される多くの改良が検討された場合、当該方法のありとあらゆる組み合わせおよび置換、ならびに可能性のある改良は、具体的な示唆がなくとも、具体的に検討されている。同様に、これらの部分集合または組み合わせのいずれかもまた、具体的に検討および開示されている。この概念は、開示された組成物を用いる方法における手段を含むが、これに限定されない本開示のすべての解釈に適用される。ゆえに、もし実行可能な様々な追加手段がある場合、これらの追加手段のそれぞれが、具体的な方法の手段、または開示された方法の方法手段の組み合わせとともに実行されること、およびそのような組み合わせまたは組み合わせの部分集合のそれぞれが、具体的に検討され、開示されているとみなされるべきであることが理解される。
【００３７】
本明細書において引用される公表文献および当該文献で引用される原料は、その全体において参照により、具体的に本明細書に包含される。
【００３８】
多くの実施態様が記載される。それでもなお、様々な改良が作製されうることが理解される。その結果、他の実施態様も以下の請求の範囲内である。以下の実施例は、本発明の例示であり、発明者らが、発明としてみなすものの範囲を限定する意図はない。
【実施例】
【００３９】
本明細書において、集団におけるＴＢおよび／またはＨＩＶの病因の区別および分類のための循環バイオマーカーを識別する診断検査が記載される。現在のところ、もし予測する研究があったとしても、ＴＢおよびＨＩＶの集団の両方に対するバイオマーカーはほとんどない。それよりもむしろ、ＴＢのみ、またはＨＩＶのみの集団に対する予測バイオマーカーに焦点があてられている。本件は、臨床的に適切な母集団における循環サイトカイン、ケモカインおよび成長因に関する最初の大規模研究である。検査された５０のサイトカイン、ケモカインおよび成長因子のうち、いくつかが、新規薬剤およびワクチン候補を実証するための新規診断検査の候補であり、ＴＢおよび／またはＨＩＶの患者を識別し、その診断を数日以内でくだすことが可能な新規診断検査の候補となることが見いだされ、適切な薬剤療法が規定された。
【００４０】
結核（ＴＢ）の原因である、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（Ｍｔｂ）は重大な衛生上の問題であり、世界の人口の３分の１が潜伏感染していると推定されている。通常は１０人に１人のみがこの疾患を発症するが、この割合はＭｔｂとＨＩＶを重感染している人々においては劇的に増加する。早期診断と治療により、ＴＢによる死亡のほとんどは回避することができる。しかしながら、ＨＩＶｆＴＢに重感染している人々のうち、１０％を上回る人々が、アナジー（免疫不応答）によりツベルクリン皮膚検査が陰性である可能性がある。そこで我々は、ペルーからの２０７人のＰＰＤ陰性／ＨＩＶ陰性（健常者の対照）、ＰＰＤ陽性／ＨＩＶ陰性（ＴＢ潜伏感染）、ＨＩＶ陰性／ＴＢ陽性（活動性疾患）、ＨＩＶ陽性／ＴＢ陽性の重感染およびＨＩＶ陽性／ＰＰＤ陰性の患者の血清中における、５０のサイトカイン、ケモカインおよび成長因子のプロファイルを試験した。各群におけるサイトカイン強度に対する単変量統計データを評価した後、分散分析（ＡＮＯＶＡ）を用いて全群にわたる差異を検証した。群間における統計的有意差が確認されたら、主成分分析（ＰＣＡ）を用いて、疾患群をクラスター化するサイトカインのアビリティを試験した。二次判別分析法を用いて、５群間を判別するサイトカインのキャパシティを検証した。Ｌｅａｖｅ−Ｏｎｅ−Ｏｕｔ−Ｃｒｏｓｓ−Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ（ＬＯＯＣＶ）を用いて、判別の質を試験した。データは、検証したサイトカイン、ケモカインおよび成長因子のいくつかが、疾患または疾患の状態を分類することができることを示した。本研究において判明したバイオマーカーは、ＴＢおよび／またはＴＢ／ＨＩＶの新しい診断検査を開発するために用いることができる候補となる。
【００４１】
ペルーからの２０７人の患者から盲検的に血清を採取し、Ｌｕｍｉｎｅｘ技術に基づくＢｉｏ−Ｒａｄの多重ビーズアレイ法を用いて盲検的に検証するまで、−８０℃で保存した。分析後、サンプルは盲検を解き、適切な群へと分類された。これら２０７人の患者のうち、３４人がＰＰＤ陰性／ＨＩＶ（健常者対照）であり、この群には１５人の男性と１９人の女性が含まれ、年齢は２２歳から４９歳、４４人がＰＰＤ陽性／ＨＩＶ（ＴＢ潜伏感染）であり、この群には２１人の男性と２３人の女性が含まれ、年齢は２０歳から６１歳、５５人がＨＩＶ陰性ＩＴＢ陽性（活動性疾患）であり、この群には２７人の男性と２８人の女性が含まれ、年齢は１９歳から６１歳、５８人がＨＩＶ陽性／ＴＢ陽性（重感染）であり、この群には２８人の男性と３０人の女性が含まれ、年齢は２２歳から５５歳、１６人がＨＩＶ陽性／ＰＰＤ陰性であり、この群には１１人の男性と５人の女性が含まれ、年齢は１８歳から４９歳であった。
【００４２】
サイトカイン分析
ペルーサンプルについて、メーカーの説明書に従い、Ｂｉｏ−Ｒａｄ  Ｂｉｏ−Ｐｌｅｘヒトサイトカイン２７−Ｐｌｅｘ  Ｐａｎｅｌ（カタログ番号１７１−Ａ１１１２７）およびヒトサイトカイン２３−Ｐｌｅｘ  Ｐａｎｅｌ（カタログ番号１７１−Ａ１１１２３）（Ｂｉｏ−Ｒａｄ、カリフォルニア）を３重に実施した。分析した５０のサイトカイン、ケモカインおよび成長因子は、ＩＦＮ−ａ２、ＩＬ−１ａ、ＩＬ−１（３、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−２、ＩＬ−２ｒａ、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２（ｐ４０）、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＣＴＡＣＫ、エオタキシン、ＦＧＦｂａｓｉｃ、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＧＲＯ−ａ、ＨＧＦ、ＩＣＡＭ−１、ＩＦＮ−ｙ、ＩＰ−１０、ＬｌＦ、ＭＣＰ−１（ＭＣＡＦ）、ＭＣＰ−３、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１Ｉ３、Ｂ−ＮＧＦ、ＰＤＧＦｂｂ、ＲＡＮＴＥＳ、ＳＣＦ、ＳＣＧＦ−Ｉ３、ＳＤＦ−１ａ、ＴＮＦ−ａ、ＴＮＦ−Ｉ３、ＴＲＡＩＬ、ＶＣＡＭ−１およびＶＥＧＦであった。表２に分析結果を提示する。
【００４３】
【表２−１】
2014500504.tif 000004
【表２−２】
2014500504.tif 000005
【表２−３】
2014500504.tif 000006
【００４４】
ＨＩＶロジスティック回帰
【００４５】
【表３】
2014500504.tif 000007
【００４６】
１つ目のステップで見込みがあるようにみえた９つのサイトカインのうち、それらの６つが、ＨＩＶの存在を、ロジスティック回帰を用いて有意に予測できるものであった。ＨＩＶを、０＝無し、１＝有りと符号化し、オッズ比が１未満であれば、低い値はＨＩＶの存在と関連することを暗示する。１より大きいオッズ比であれば、高い値はＨＩＶの存在と関連することを暗示する。６つの有意なサイトカインを、どの変数を式へ入れるかを決定するための尤度比検定を用いて、次の段階の回帰へと進めた。
多変量ロジスティック回帰
【００４７】
【表４】
2014500504.tif 000008
【００４８】
ＨＩＶロジスティック回帰
エオタキシンの効果は多変式中で方向を変える。このことは、おそらく最初の２変数の過度の予測に対する修正を表す。この式は、患者の９５．６％において、ＨＩＶの存在または非存在予測を、正確に予測する。それは、１３２人のうち１２７人におけるＨＩＶ陰性を予測し、７４人のうち７０人におけるＨＩＶ陽性を予測する。予測式は、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ５．６５４＋０．００３×エオタキシン−０．０３２×ＳＣＦ−０．００１×ＰＤＧＦββであり、
値が０．５より大きければＨＩＶ陽性と予測する。
例示：
患者３    ｚ  ＝  ５．６５４＋０．００３×６３．８８−０．０３２×１４４．９１−０．００１×６６４８．０５＝−５．５３０
ｐ＝１／（１＋ｅ＋５．５３０）＝０．００４
予測はＨＩＶ陰性（実際にはＨＩＶ陰性、ＴＢ陰性）
患者１８７  ｚ  ＝  ５．６５４＋０．００３×２．２５−０．０３２×４１．３７−０．００１×１２７０．１５＝３．０６７
ｐ＝１／（１＋ｅ−３．０６７）＝０．９５６
予測はＨＩＶ陽性（実際にはＨＩＶ陽性、ＴＢ陽性）
図１Ａ〜Ｃは、多変量ロジスティック回帰の表中にあるサイトカイン（ＰＤＧＦββ、ＳＣＦおよびエオタキシン）のＨＩＶ頻度プロットを示す。
【００４９】
ＴＢロジスティック回帰
【００５０】
【表５】
2014500504.tif 000009
【００５１】
１つ目のステップで見込みがあるようにみえた９つのサイトカインのうち、それらの７つが、ＨＩＶの存在を、ロジスティック回帰を用いて有意に予測できるものであった。ＴＢを、０＝無し、１＝有りと符号化し、オッズ比が１未満であれば、低い値はＴＢの存在と関連することを暗示する。１より大きいオッズ比であれば、高い値はＴＢの存在と関連することを暗示する。７つの有意なサイトカインを、どの変数を式へ入れるかを決定するための尤度比検定を用いて、次の段階の回帰へと進めた。
多変量ロジスティック回帰
【００５２】
【表６】
2014500504.tif 000010
【００５３】
ＴＢロジスティック回帰
この式は、患者の９０．７％において、ＴＢの存在または非存在を、正確に予測する。それは、５０人のうち４２人（８４％）においてＴＢ陰性を予測し、１１２人のうち１０５人（９４％）においてＴＢ陽性を予測する。
予測式は、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×ＭＣＳＦ＋０．５９３×ＴＮＦβ−０．０５８×ＭＣＰ３＋０．０１２ＧＲＯαであり、
値が０．５より大きければＴＢ陽性と予測する。
例示：
ＩＤ３    ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×１５４．１６＋０．５９３×３２．９９−０．０５８×１８６．３６＋０．０１２×３２９．９９＝２５．０３５
ｐ＝１／（１＋ｅ−２５．０３５）＝０．９９９
予測はＴＢ陽性（実際にはＨＩＶ陽性、ＴＢ陽性）
ＩＤ１３７    ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×４０．４５＋０．５９３×０．０１−０．０５８×１５２．２＋０．０１２×１９２．４９＝−１．６９６
ｐ＝１／（１＋ｅ＋１．６９６）＝０．１５５
予測はＴＢ陰性（実際にはＨＩＶ陽性、ＴＢ陰性）
ＩＤ１９３    ｚ  ＝  ２．１４６＋０．０６６×１６９．５３＋０．５９３×２２．０３−０．０５８×３１３．９９＋０．０１２×３０２．６４＝１１．８１９
ｐ＝１／（１＋ｅ−１１．８１９）＝０．９９９
予測はＴＢ陽性（実際にはＨＩＶ陰性、ＰＰＤ陽性、ＴＢ陰性）
図２Ａ〜Ｄは、ＴＢ多変量ロジスティック回帰の表中にあるサイトカイン（ＧＲＯ−α、ＭＣＰ−３、ＴＮＦ−βおよびＭＣＳＦ）のＴＢ頻度プロットを示す。
【００５４】
ＰＰＤ陽性対他のすべての、ロジスティック回帰
【００５５】
【表７】
2014500504.tif 000011
【００５６】
１つ目のステップで見込みがあるようにみえた１０のサイトカインのうち、それらの６つが、ＰＰＤ陽性であることを、ロジスティック回帰を用いて有意に予測できるものであった。ＰＰＤ陽性を、０＝無し、１＝有りと符号化し、オッズ比が１未満であれば、低い値はＰＰＤ陽性であることと関連することを暗示する。１より大きいオッズ比であれば、高い値はＰＰＤ陽性であることと関連することを暗示する。６つの有意なサイトカインを、どの変数を式へ入れるかを決定するための尤度比検定を用いて、次の段階の回帰へと進めた。
多変量ロジスティック回帰
【００５７】
【表８】
2014500504.tif 000012
【００５８】
ＰＰＤ陽性対他のすべての、ロジスティック回帰
この式はすべての患者の８３．０％においてＰＰＤ陽性の存在または非存在を、正確に予測する。それは、４４人のうち２０人（４５％）においてＰＰＤ陽性を予測し、１６２人のうち１５１人（９３％）においてＰＰＤ陽性ではないことを予測する。
予測式は、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  −０．６１１−０．０５５×ＬＩＦ＋０．００９×ＭＣＰ３＋０．００１×ＣＴＡＣＫ−０．１４１×ＩＣＡＭ／１０００であり、
値が０．５より大きければＰＰＤ陽性を予測する。
例示：
ＩＤ２２１    ｚ＝−０．６１１−０．０５５×０．００５＋０．００９×４７９．２９＋０．００１×１５９３．５５−０．１４１×１９．１４＝２．５２
ｐ＝１／（１＋ｅ−２．５２）＝０．９３
予測はＰＰＤ陽性（実際にはＨＩＶ陰性、ＰＰＤ陽性、ＴＢ陰性）
ＩＤ  １５４      ｚ＝−０．６１１−０．０５５×０．００５＋０．００９×１１３．３７＋０．００１×１１３２．８１−０．１４１×３０．０８＝−２．７０
ｐ＝１／（１＋ｅ＋２．７０）＝０．０６
予測はＰＰＤ陽性ではない（実際にはＨＩＶ陰性、ＴＢ陰性）
図３Ａ〜Ｄは、多変量ロジスティック回帰の表中にあるサイトカイン（ＭＣＰ−３、ＬＩＦ、ＣＴＡＣＫおよびＩＣＡＭ）のＰＰＤ陽性対他のすべての、頻度プロットを示す。
【００５９】
ＰＰＤ陽性対ＴＢ陰性の、ロジスティック回帰
【００６０】
【表９】
2014500504.tif 000013
【００６１】
１つ目のステップで見込みがあるようにみえた１０のサイトカインのうち、それらの５つが、ＰＰＤ陽性であることを、ロジスティック回帰を用いて有意に予測できるものであった。ＰＰＤ陽性を、０＝無し、１＝有りと符号化し、オッズ比が１未満であれば、低い値はＰＰＤ陽性であることと関連することを暗示する。１より大きいオッズ比であれば、高い値はＰＰＤ陽性であることと関連することを暗示する。５つの有意なサイトカインを、どの変数を式へ入れるかを決定するための尤度比検定を用いて、次の段階の回帰へと進めた。
多変量ロジスティック回帰
【００６２】
【表１０】
2014500504.tif 000014
１つの変数のみを式に入れた。他の変数は、追加の情報を提示しなかった。この式は、ＴＢを有しない患者の８３．０％において、ＰＰＤ陽性の存在または非存在を、正確に予測する。それは、４４人のうち３６人（８２％）において、ＰＰＤ陽性を予測し、５０人のうち４２人（８４％）において、ＰＰＤ陽性ではないことを予測する。
【００６３】
ＰＰＤ陽性対ＴＢ陰性の、ロジスティック回帰
予測式は、
ｐ＝    １    
１＋ｅ−ｚ
ここで、
ｚ  ＝  １４．５０８−０．５４９×ＩＣＡＭ１／１０００であり、
値が０．５より大きければＰＰＤ陽性を予測する。
例示：
ＩＤ２２１    ｚ＝１４．５０８−０．５４９×１９．１４＝−５．１８１
ｐ＝１／（１＋ｅ５．１８１）＝０．００６
予測はＰＰＤ陽性ではない（実際にはＨＩＶ陰性、ＰＰＤ陽性、ＴＢ陰性）
ＩＤ  １５４      ｚ＝１４．５０８−０．５４９×１９．１４＝−２．００６
ｐ＝１／（１＋ｅ＋２．００６）＝０．１１９
予測はＰＰＤ陽性ではない（実際にはＨＩＶ陰性、ＴＢ陰性）
図４は、多変量ロジスティック回帰の表中にあるサイトカイン（ＩＣＡＭ−１）のＰＰＤ陽性対ＴＢ陰性の、頻度プロットを示す。
【００６４】
ＰＰＤ陽性対健常者の、ロジスティック回帰
【００６５】
【表１１】
2014500504.tif 000015
【００６６】
１つ目のステップで見込みがあるようにみえた１３のサイトカインのうち、それらの６つが、ＰＰＤ陽性であることを、ロジスティック回帰を用いて有意に予測できるものであった。ＰＰＤ陽性を、０＝無し、１＝有りと符号化し、オッズ比が１未満であれば、低い値はＰＰＤ陽性であることと関連することを暗示する。１より大きいオッズ比であれば、高い値はＰＰＤ陽性であることと関連することを暗示する。６つの有意なサイトカインを、どの変数を式へ入れるかを決定するための尤度比検定を用いて、次の段階の回帰へと進めた。
多変量ロジスティック回帰
【００６７】
【表１２】
2014500504.tif 000016
【００６８】
この式は、患者の８０．８％において、ＰＰＤ陽性の存在または非存在を、正確に予測する。それは、４４人のうち３７人（８４％）において、ＰＰＤ陽性を予測し、３４人のうち２６人（７６％）において、健常であることを予測する。図５は、多変量ロジスティック回帰の表中にあるサイトカインの、ＰＰＤ陽性対健常者の、頻度プロットを示す。
【図１Ａ】
2014500504.tif 000017
【図１Ｂ】
2014500504.tif 000018
【図１Ｃ】
2014500504.tif 000019
【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図４】
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【図５】
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