(57)【要約】閉経後のＨＥＲ２陰性乳癌患者が、内分泌療法剤に標的抗癌剤を加えた投与の形態の組み合わせ治療の投与から効果を得る可能性が高いかどうかを決定する、質量分析法について開示されている。該方法は、患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得る。１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲で該スペクトルの選択された特徴の値を得る。該値を、他の癌患者から得たサンプルから生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いる分類アルゴリズムにて用いて、サンプルのクラス標識を得る。該クラス標識が「不良」である場合、患者は、組み合わせ治療から効果を得る可能性が高いと認定される。「不良」のクラス標識は、乳癌患者が、患者のＨＥＲ２状態に関係なく、内分泌療法剤のみから効果を得る可能性が低いかどうかを予測するために用いられる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ホルモン受容体陽性乳癌患者が、ＨＥＲ２状態に関係なく、癌の治療のための内分泌療法剤の単独投与から効果を得る可能性が低いかどうかを決定する方法であって、
ａ）患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得る工程；
ｂ）工程ａ）において得られたマススペクトルに１またはそれ以上の所定の前処理工程を実施する工程；
ｃ）工程ｂ）におけるマススペクトルの前処理工程が実施された後、１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲で前記スペクトルの選択された特徴の値を得る工程；
ｄ）他の癌患者から得たサンプルから生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いる分類アルゴリズムにて工程ｃ）において得られた値を用いて、サンプルのクラス標識を得る工程；および
ｅ）工程ｄ）において得られたクラス標識が「不良」またはそれと同等である場合、患者が内分泌療法剤から効果を得る可能性が低いと認定される工程
を含む、方法。
【請求項２】
内分泌療法剤が、選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
内分泌療法剤が、選択的エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＳＥＲＤ）を含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
内分泌療法剤が、タモキシフェンまたはその同等物を含む、請求項２記載の方法。
【請求項５】
内分泌療法剤が、アロマターゼ阻害剤を含む、請求項１記載の方法。
【請求項６】
アロマターゼ阻害剤が、レトロゾールまたはその同等物を含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】
１またはそれ以上のｍ／ｚ範囲が、
５７３２〜５７９５
５８１１〜５８７５
６３９８〜６４６９
１１３７６〜１１５１５
１１４５９〜１１５９９
１１６１４〜１１７５６
１１６８７〜１１８３１
１１８３０〜１１９７６
１２３７５〜１２５２９
２３１８３〜２３５２５
２３２７９〜２３６２２および
６５９０２〜６７５０２
からなるｍ／ｚ範囲の群より選択される１またはそれ以上のｍ／ｚ範囲を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
分類工程ｄ）において用いられる他の癌患者から得たクラス標識したスペクトルが、非小細胞肺癌患者から得たサンプルのクラス標識したスペクトルを含み、該クラス標識が、かかる患者が上皮成長因子受容体阻害剤での治療から効果を得た（「良」）かまたは効果を得なかった（「不良」）かどうかを示す、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
ＨＥＲ２陰性状態である、閉経後のホルモン受容体陽性乳癌患者が、内分泌療法剤に標的抗癌剤を加えた投与を含む組み合わせ治療の投与から効果を得る可能性が高いかどうかを決定する方法であって、
ａ）患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得る工程；
ｂ）工程ａ）において得られたマススペクトルに１またはそれ以上の前処理工程を実施する工程；
ｃ）工程ｂ）におけるマススペクトルの前処理工程が実施された後、１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲で前記スペクトルの選択された特徴の値を得る工程；
ｄ）他の癌患者から得たサンプルから生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いる分類アルゴリズムにて工程ｃ）において得られた値を用いて、サンプルのクラス標識を得る工程；および
ｅ）工程ｄ）において得られたクラス標識が「不良」またはそれと同等である場合、患者が組み合わせ治療から効果を得る可能性が高いと認定される工程
を含む、方法。
【請求項１０】
標的抗癌剤が、ラパチニブを含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
内分泌療法剤が、アロマターゼ阻害剤を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
アロマターゼ阻害剤が、レトロゾールを含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
内分泌療法剤が、選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１４】
内分泌療法剤が、選択的エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＳＥＲＤ）を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１５】
内分泌療法剤が、タモキシフェンまたはその同等物を含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】
１またはそれ以上のｍ／ｚ範囲が、
５７３２〜５７９５
５８１１〜５８７５
６３９８〜６４６９
１１３７６〜１１５１５
１１４５９〜１１５９９
１１６１４〜１１７５６
１１６８７〜１１８３１
１１８３０〜１１９７６
１２３７５〜１２５２９
２３１８３〜２３５２５
２３２７９〜２３６２２および
６５９０２〜６７５０２
からなるｍ／ｚ範囲の群より選択される１またはそれ以上のｍ／ｚ範囲を含む、請求項９〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
分類工程ｄ）において用いられる他の癌患者から得たクラス標識したスペクトルが、非小細胞肺癌患者から得たサンプルのクラス標識したスペクトルを含み、該クラス標識が、かかる患者が上皮成長因子受容体阻害剤での治療から効果を得る可能性が高かった（「良」）かまたは効果を得なかった（「不良」）かどうかを示す、請求項９〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本願は、合衆国法典第３５巻第１１９条（ｅ）の規定により、２０１１年１月２８日に出願の米国仮出願第６１／４３７，５７５号の優先権の利益を主張し、その全体が本明細書によって引用される。
【０００２】
本願は、一般的には、乳癌の治療の分野、より具体的には、治療に先立って、乳癌患者が特定の抗癌剤の組み合わせから効果を得る可能性が高い患者群の一員であるかどうかを決定するための予測試験に関する。本願はまた、治療に先立って、内分泌療法（例えば、レトロゾールなどのアロマターゼ阻害剤を含む）のみから効果を得る可能性が低い患者群の一員であるかどうかを決定するための予測試験に関する。
【背景技術】
【０００３】
本願出願人Ｂｉｏｄｅｓｉｘ，Ｉｎｃ．は、特定の癌患者が抗癌剤または薬剤の組み合わせから効果を得る可能性が高いかどうかを決定するための予測試験を開発した。該試験の市販バージョンは、ＶＥＲＩＳＴＲＡＴ（登録商標）として知られており、固形上皮腫瘍における特異的標的療法の選択において臨床的に有用である、ＭＡＬＤＩ−ＴｏＦ型質量分析の血清に基づく試験である。該試験の詳細について記載している、米国特許第７，７３６，９０５号（その内容は本明細書によって引用される）を参照のこと。簡単に言えば、患者の血清サンプルのマススペクトルが得られる。スペクトルに関して特定の前処理工程が行われた後、スペクトルは、分類子（ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ）を用いて他の癌患者のクラス標識したスペクトルのトレーニングセットと比較される。クラス標識したスペクトルは、２つのクラスの患者：上皮増殖因子阻害剤（ＥＧＦＲＩ）から効果を得た患者（「良」のクラス標識）および得られなかった患者（「不良」のクラス標識）に関連している。分類子は、クラス標識を試験用スペクトルに付与する。試験用サンプルのクラス標識は、「良」または「不良」のいずれかであるか、あるいは分類試験がサンプルのクラス標識を不適格とする稀な場合には、「未定義」と見なされる。
【０００４】
サンプルが不良と試験によって認定された患者は、固形上皮腫瘍の治療において上皮増殖因子受容体阻害剤（ＥＧＦＲＩ）、例えば、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、およびセツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））での治療から臨床効果を得る可能性が低いように見える患者のグループまたはクラスのメンバーとして認定される。良のクラス標識に関連している、補助的患者集団は、適応症の詳細により効果を得る可能性が高い。治療しない場合、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験は、「不良」患者が「良」患者よりもかなり悪くなることを意味する、強力な予測要素を有する。
【０００５】
ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の特徴は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、および頭頸部の扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮあるいはＨ＆Ｎ）を含む種々の固形腫瘍において見出された。本願出願人の以下の特許文献は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験およびその応用に関するさらなる背景情報について記載している：米国特許第８，０２４，２８２号；第７，９０６，３４２号；第７，８７９，６２０号；第７，８６７，７７５号；第７，８５８，３９０号；第７，８５８，３８９号および第７，７３６，９０５号。
【０００６】
乳癌は、女性の癌の主な形態であり、肺癌に次いで、女性の癌による死亡原因の第２位である。乳癌の発症は、正常細胞を極めて悪性の誘導物に形質転換する遺伝子変化の多段階プロセスであると考えられている。
【０００７】
乳癌患者のホルモンバランスの変化が転移性疾患の腫瘍増殖および退縮の変化をもたらしうることは、長い間知られている。エストロゲンは、特に、乳癌細胞の増殖を促進しうる。したがって、乳癌の治療は、手術および化学療法を含む、いくつかの方法に従いうるが、エストロゲンの生成または摂取を阻害することを目的とする、いわゆる内分泌療法は、乳癌の治療においてよく用いられる。一般的には、Ａ．Ｇｏｌｄｈｉｒｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．［１］を参照のこと。現在、内分泌療法の最も有望な方法の１つは、エストロゲン合成を調節し、エストロゲン受容体経路を阻害する薬剤の投与の形態をとる。
【０００８】
エストロゲン受容体を標的とする薬剤には、選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）および選択的エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＳＥＲＤ）が含まれる。ＳＥＲＤおよびＳＥＲＭの両方とも、乳癌の治療に用いられる。閉経前に最もよく用いられる薬剤である、タモキシフェンは、乳房組織におけるエストロゲン受容体アンタゴニストであるが、他の組織においてアゴニストとして作用するので、ＳＥＲＭ群に属する。閉経後の女性においても、タモキシフェン、ならびに他のアンタゴニスト、例えば、フルベストラント（ＳＥＲＤ）およびトレミフェン（ＳＥＲＭ）が用いられる。タモキシフェン（非ステロイド性抗エストロゲン）は、エストロゲン受容体（ＥＲ）を競合的に阻害し、それによりエストロゲン誘導性増殖を阻害することによって乳癌の成長を阻害すると考えられている。ＥＲは、エストロゲンによって活性化されるリガンド依存性転写因子である。ホルモンとの相互作用により、それは核に入り、特異的ＤＮＡ配列に結合し、そして、ＥＲ調節遺伝子を活性化して、正常細胞およびエストロゲン依存性腫瘍に対するエストロゲンの最も大きい生物学的効果を調節する。
【０００９】
内分泌療法剤には、アロマターゼ阻害剤（選択的および非選択的アロマターゼ阻害剤を含む）として知られている一群の薬剤も含まれる。選択的アロマターゼ阻害剤には、レトロゾール、ならびにアナストロゾール（アリミデックス）が含まれる；しかしながら、別の同様の作用を有する非可逆的薬剤は、エキセメスタン（アロマシン）である。アロマターゼは、アンドロゲンホルモンをエストロゲンに転換することによって体内のエストロゲンを合成する酵素である。アロマターゼ阻害剤は、アロマターゼを阻害することによってエストロゲンの産生を阻止する。したがって、アロマターゼ阻害剤の投与は、ホルモン受容体陽性乳癌細胞の増殖を刺激するのに利用できるエストロゲンの量を低下させる。閉経後では、レトロゾール、アナストロゾール、およびエキセメスタンが、最も頻繁に用いられるアロマターゼ阻害剤（ＡＩ）である。
【００１０】
多数の乳癌患者は、ホルモン受容体（ＨＲ）陽性状態と認められたにもかかわらず、内分泌療法に対して一次抵抗性を有するかまたは腫瘍抵抗性を生じる。当業者は、乳癌患者において内分泌療法に対する抵抗性を予測しようとする多数の方法を認識している。米国特許第７，２１７，５３３号；第７，６４２，０５０号；第７，５０４，２１４号；第７，４０２，４０２号；第７，５３７，８９１号、第７，５０４，２１１号；第５，６９３，４６３号およびＭａ  ｅｔ  ａｌの論文［２］を参照のこと。これらの方法は、典型的には、乳癌細胞が特定の遺伝子発現生成物もしくはプロフィールを発現するかどうかの決定、または特定の遺伝子発現生成物の特定の割合の分析のいずれかを含む。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１１】
【特許文献１】米国特許第８，０２４，２８２号明細書
【特許文献２】米国特許第７，９０６，３４２号明細書
【特許文献３】米国特許第７，８７９，６２０号明細書
【特許文献４】米国特許第７，８６７，７７５号明細書
【特許文献５】米国特許第７，８５８，３９０号明細書
【特許文献６】米国特許第７，８５８，３８９号明細書
【特許文献７】米国特許第７，７３６，９０５号明細書
【特許文献８】米国特許第７，２１７，５３３号明細書
【特許文献９】米国特許第７，６４２，０５０号明細書
【特許文献１０】米国特許第７，５０４，２１４号明細書
【特許文献１１】米国特許第７，４０２，４０２号明細書
【特許文献１２】米国特許第７，５３７，８９１号明細書
【特許文献１３】米国特許第７，５０４，２１１号明細書
【特許文献１４】米国特許第５，６９３，４６３号明細書
【非特許文献】
【００１２】
【非特許文献１】Goldhirsch, A., M. Colleoni, and R.D. Gelber, Endocrine therapy of breast cancer. Ann Oncol, 2002. 13 Suppl 4: p. 61-8.
【非特許文献２】Ma, C.X., C.G. Sanchez, and M.J. Ellis, Predicting endocrine therapy responsiveness in breast cancer. Oncology (Williston Park), 2009. 23(2): p. 133-42.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
（要約）
最大５０％のホルモン受容体陽性である乳癌を患っている女性は、腫瘍エストロゲン受容体機能を調節するかまたは循環エストロゲンのレベルを低下させる内分泌療法から効果を得ない［２］。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明者らは、ホルモン受容体陽性乳癌患者が、ＨＥＲ２状態に関係なく、癌の治療のための内分泌療法剤の単独投与から効果を得る可能性が低いかどうかを決定する方法を見出した。従来技術とは違って、本発明の方法は、該決定をするために患者から得た血液サンプル（血清または血漿）を用いる質量分析試験を含む。該方法には、ａ）患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得ること；ｂ）工程ａ）において得られたマススペクトルに１またはそれ以上の所定の前処理工程を実施すること；ｃ）工程ｂ）におけるマススペクトルの前処理工程が実施された後、１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲でマススペクトルの選択された特徴の値を得ること；およびｄ）他の癌患者から生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いる分類アルゴリズムにて工程ｃ）において得られた値を用いて、サンプルのクラス標識を得ることが含まれる。分類アルゴリズムによってマススペクトルに付与されたクラス標識は、乳癌患者が効果を得る可能性が高いかどうかを予測する。特に、工程ｄ）において得られたクラス標識が「不良」またはそれと同等である場合、患者は、内分泌療法剤から効果を得る可能性が低いと認定される。
【００１５】
別の態様において、本発明者らは、ＨＥＲ２陰性状態である閉経後のホルモン受容体陽性乳癌患者が内分泌療法剤に標的抗癌剤を加えた投与を含む組み合わせ治療の投与から効果を得る可能性が高いかどうかを決定する質量分析試験または方法を見出した。本発明の方法には、ａ）患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得る工程；ｂ）工程ａ）において得られたマススペクトルに１またはそれ以上の前処理工程を実施する工程；ｃ）工程ｂ）におけるマススペクトルの前処理工程が実施された後、１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲でマススペクトルの選択された特徴の値を得ること；およびｄ）他の癌患者から生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いる分類アルゴリズムにて工程ｃ）において得られた値を用いて、サンプルのクラス標識を得る工程が含まれる。工程ｄ）において得られたクラス標識が「不良」またはそれと同等である場合、患者は、組み合わせ治療から効果を得る可能性が高いと認定される。
【００１６】
本発明者らは、フェーズＩＩＩ試験ＥＧＦ３０００８のレトロスペクティブ分析において、ラパチニブの有無を問わない、レトロゾールの治療効果のＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験を用いて、最初の転移性乳癌患者の血液サンプルの区分の効果を検討することによってこれらの方法に至った［３］。該試験の患者の総数は１２５８人であり、１１６４人の前処理血清サンプルを分析に利用した。本発明者らは、１０４６人の患者について有効なＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験の結果を得、その内、９６１人はＶｅｒｉＳｔｒａｔ良と分類され、８０人はＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良であり、５人はＶｅｒｉＳｔｒａｔ不確定（未定義）（３つの繰り返しスペクトルが不整合な結果をもたらした患者）であった；１１７人のサンプルは溶血により評価できず、本発明者らは、１人の患者には利用可能なサンプル間のデータの不一致によりＶｅｒｉＳｔｒａｔ標識を付与することができなかった。
【００１７】
ＥＧＦ３０００８の分析結果を受けて、本発明者らは、本発明の方法に至るいくつかの所見を述べた。その１つは、トレーニングセットを用いて「不良」と分類されたマススペクトルの特徴を有する患者に関して、クラス標識が、ＨＥＲ２状態に関係なく、内分泌療法剤の単独投与から効果を得る可能性が低い患者を認定するということである。かかる患者は、「内分泌抵抗性」、すなわち、内分泌療法剤に対して耐性があるとして特徴付けられうる。ホルモン受容体陽性状態の患者は、内分泌療法に対して感受性があると考えられているが、それらの最大４０〜５０％は、治療の開始からそれに反応しないかまたは治療経過においていくつかの点で反応しなくなる。それは、（ホルモン受容体陽性であるにもかかわらず）内分泌療法から効果を得ないサブセットを認定しうる本発明者らの成果が重要な結果であることによる。患者は治療に先立って効果を得ないと予測されるので、患者は、開始から良好な結果をもたらす可能性が高い他の治療の方向に導かれうる。
【００１８】
閉経前の女性では、エストロゲンは主に卵巣において産生されるので、該集団におけるＨＲ陽性乳癌の治療戦略は、通常、ＥＲモジュレーターである、タモキシフェンとの組み合わせによる卵巣抑制を伴う。閉経後の女性では、卵巣機能は不全となり、エストロゲンはアンドロゲンから少量合成される。アロマターゼは、該方法において重要な役割を果たし、閉経後の女性におけるＨＲ陽性乳癌の治療のためのアロマターゼ阻害剤（ＡＩ）を用いる生物学的根拠を提供する。ＥＲモジュレーター（タモキシフェン）およびアロマターゼ阻害剤は両方とも、閉経後の女性において有効性を示す。最新の刊行物は、早期ホルモン受容体陽性乳癌を患っている閉経後の患者の治療におけるＡＩの役割に関して相反する助言を行う。一方、Ｃｈｌｅｂｏｗｓｋｉ［４］は、多数の患者に対して最初にＡＩを推奨しているのに対し、Ｓｅｒｕｇａ  ａｎｄ  Ｔａｎｎｏｃｋ［５］は、タモキシフェンが依然としてほとんどの患者に選択される内分泌治療であることを示唆している。閉経後の女性におけるアロマターゼ阻害剤対タモキシフェンのアジュバント試験の乳癌の転帰のメタ分析は、ＡＩが、最初の単剤療法としてまたはタモキシフェンの２〜３年後のいずれかに、タモキシフェンと比べて再発率を有意に低下させることを示した。５年後、ＡＩ療法は、再発率の２．９％の絶対的減少、そして、乳癌死亡率の１．１％の有意ではない絶対的減少を伴う［６］。アナストロゾール、タモキシフェンの単独または組み合わせのＡＴＡＣ試験は、５年間のアナストロゾールでの治療が、一般的に、５年間のタモキシフェンでの治療よりも耐性が高く、特にホルモン受容体陽性女性において低い再発率をもたした（２６％減少）が、末期のエンドポイント、例えば、遠隔再発および再発後の死亡に対する効果はわずかであることを示した［７］。ランダム化臨床試験における種々のＡＩの比較は、転帰にいくつかの違いがあるので、薬剤の中から選択することが大抵困難であることを示す。例えば、アロマターゼ阻害剤である、レトロゾールおよびアナストロゾールの比較試験において、レトロゾールは、全反応率（ＯＲＲ）においてアナストロゾールより有意に優れていたが、臨床効果率、反応期間中央値、臨床効果の期間、治療成功期間、または全生存における治療群の間に有意な相違点はなかった［８］。作用機序ならびに異なるＡＩでの臨床試験における臨床転帰の類似性は、レトロゾールで観察された臨床効果に関するＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験による乳癌患者の識別が他のＡＩと同様である可能性が高いことを期待する根拠となる。さらに、タモキシフェンおよびＡＩ両方の治療効果が、細胞における活性化ホルモンＥＲ受容体複合体の減少に基づくことを考慮すると、エストロゲン合成の阻害またはリガンド結合に使用できる受容体数の最小化のいずれかを介して、エストロゲンモジュレーターである、タモキシフェンでの治療の場合には、ＡＩの１つ（レトロゾール）で該研究において観察された効果が、同様である可能性が高いと仮定することができる。したがって、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験は、種々の乳癌のホルモン療法において有意に臨床的有用性がありうる。
【００１９】
さらに、本発明者らは、レトロゾールにラパチニブを加えることにより、「不良」群における患者の転帰は有意に改善するが、「良」群における臨床効果はあまりまたは全くないことを見出した。該所見は、ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）およびＨＥＲ２陰性（ＨＥＲ２−）層にさらに層別化しても適用される。治療＊ＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態相互作用のｐ値が有意であると見出されたので、本発明の質量分析試験は、レトロゾールにラパチニブを加える効果の予測試験であることが示され、考えられる交絡因子で調整された多変量分析においてさえ依然として有意なままであった。ＨＥＲ２＋患者においてレトロゾールにラパチニブを加えることから効果を得ることは驚くべきことではないが、ＨＥＲ２−患者においてレトロゾールにラパチニブを加えることが選択された集団において無進行生存の実質的改善をもたらしうるという所見は予期せぬものである。該患者サブグループは、治療に先立って血液サンプルで行った質量分析試験によって認定されうる。該患者選択方法は、治療パラダイムの改善をもたらしうる。例えば、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態（すなわち、クラス標識「良」または「不良」）について全てのホルモン受容体陽性患者を試験しうる；患者が不良と分類された場合には、患者は、ＨＥＲ２状態に関係なく、レトロゾールへのラパチニブの付加から効果を得る可能性が高い。患者のＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態がＶｅｒｉＳｔｒａｔ良であった場合には、ラパチニブの付加が適当であるかどうかを決定するためにＨＥＲ２試験が行われうる。あるいは、ＨＥＲ２状態がＨＥＲ２陰性であると知られていた場合には、患者がＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良サブグループに属するかどうか、そして、ラパチニブの付加から効果が得られうるかどうかを決定するためのＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験が行われうる。
【００２０】
デュアルＨＥＲ２／ＥＧＦＲ阻害剤であるラパチニブで得られた結果を考慮すると、ＨＥＲ２／ＥＧＦＲを標的とする他の薬剤、例えば、ネラチニブ、アファチニブ、または同一受容体を対象とする薬剤の組み合わせ、例えば、エルロチニブまたはゲフィチニブ＋トラスツズマブのレトロゾールへの付加からＨＥＲ２陰性状態のＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者における同様の効果が期待されうる。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１】図１は、該開示の方法にて用いるための特定の薬剤または薬剤の組み合わせに対する乳癌患者の反応を予測する質量分析試験を示すブロック図である。
【図２】図２〜１３は、本発明者らのフェーズＩＩＩ  ＥＧＦ  ３０００８試験のレトロスペクティブ分析から得られたデータを示す。特に、図２は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類および治療群による全集団の無進行生存（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットである。図２は、患者が、そのＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態に関係なく、ラパチニブおよびレトロゾールの組み合わせに関しては同様の転帰を得るが、レトロゾールのみでは得られないことを示す。特に、図２は、レトロゾール単独で治療を受けた患者について、「不良」と認定された患者が「良」と認定された患者よりもレトロゾールのみではかなり悪くなることを示す。図２はまた、血清が「不良」と分類された患者が、レトロゾールにラパチニブを加えると無進行生存（ＰＦＳ）の改善を示したことを示す。
【図３】図３は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類によるレトロゾール治療群のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。図３は、本発明のＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験がレトロゾールのみに関する不良な転帰の患者の一群を認定することを立証している。
【図４】図４は、治療群による「良」の患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。
【図５】図５は、治療群による「不良」の患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。図５は、血清が「不良」と分類された患者が、レトロゾールのみを投与する患者よりも組み合わせ治療（ラパチニブおよびレトロゾール）で有意に大きな効果を得る；ＰＦＳ中央値は、組み合わせ治療で８．２月だけ大きいことを示す。効果の差の有意性は、相互作用期間を含む多変量解析において立証されている。
【図６】図６は、ＨＥＲ２集団のＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類および治療群によるＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。
【図７】図７は、ＨＥＲ２−患者のＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類によるレトロゾール治療群のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。
【図８】図８は、ＨＥＲ２＋患者のＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類によるレトロゾール治療群のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。図７および８は、本発明の試験が、ＨＥＲ２状態とは無関係である、レトロゾールのみに関する不良な転帰の患者を認定することを示す。
【図９】図９は、ＨＥＲ２−患者の治療群によるＶｅｒｉＳｔｒａｔ良の患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。
【図１０】図１０は、ＨＥＲ２−患者の治療群によるＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。図１０は、血清が「不良」と分類されたＨＥＲ２−患者が、レトロゾールのみによる治療に比べてレトロゾールにラパチニブを加えるとＰＦＳの改善傾向を示すことを立証している。
【図１１】図１１は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類によるＨＥＲ２＋患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。それは、それらのＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類に関係なく、ラパチニブ＋レトロゾール治療と同様の結果を有することを示す。
【図１２】図１２は、ＨＥＲ２＋患者の治療群によるＶｅｒｉＳｔｒａｔ「良」の患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。
【図１３】図１３は、ＨＥＲ２＋患者の治療群によるＶｅｒｉＳｔｒａｔ「不良」の患者のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。図１１〜１３は、ＨＥＲ２＋患者の集団内の患者が、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類に関わらず、ラパチニブ＋レトロゾールと同様の結果を有することを立証している。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
（詳細な説明）
本発明の方法に至る試験には、フェーズＩＩＩ試験ＥＧＦ３０００８のレトロスペクティブ分析において、最初の転移性乳癌患者における、ラパチニブの有無を問わない、レトロゾールの治療効果についてのＶｅｒｉＳｔｒａｔ区分（「良」対「不良」）の効果を評価することが含まれていた（本発明者らの以前の仮出願に付属書類として添付されたＳ  Ｊｏｈｎｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ，［３］を参照のこと）。本発明者らの試験には、該試験に関与する患者から血清サンプルを得ること、かかるサンプルのマススペクトルを得ること、およびスペクトルを本発明者らが開発し、そして、米国特許第７，７３６，９０５号に記載されている分類子に供することが含まれていた。分類子は、サンプルに、「良」もしくは「不良」のいずれかまたは少数例で「未定義」のクラス標識を付与した。クラス標識は、他の癌患者から得たクラス標識したスペクトルのトレーニングセットと、前処理およびスペクトルにおける選択された特徴の積分強度値の算出の後のスペクトルとの比較に基づくＫ−最近傍（ＫＮＮ）採点アルゴリズムを用いて付与した。
【００２３】
本発明者らが実施した試験では、分類アルゴリズムによって用いられるトレーニングセットは非小細胞肺癌患者の集団から得たクラス標識したスペクトルを用い、トレーニングセットの関連スペクトルがＥＧＦＲ−Ｉの投与から効果を得た患者に付与された場合にはトレーニングセットのクラス標識は「良」であるのに対し、クラス標識「不良」はかかる薬剤から効果を得なかった患者に対するスペクトルに付与された。該トレーニングセットおよび分類子は、広範な検証試験の対象であった。血液サンプルのマススペクトル試験および分類を行う方法は、以下にさらに詳細に説明されている。
【００２４】
ＥＧＦ３０００８研究のレトロスペクティブ分析において、本発明者らは、該試験に参加する患者から血清サンプルを得、それらをＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験の対象とし、分類子におけるＫＮＮアルゴリズムの転帰に応じて、サンプルに良または不良のクラス標識を付与した。本発明者らは、該試験における患者に関連する臨床データと一緒に、これらのクラス標識を試験して、多数の驚くべき発見をした。
【００２５】
特に、ＥＧＦ３０００８の分析の結果および該試験に関与する薬剤の本発明者らの理解として、本発明者らは、本発明のマススペクトル試験法が、癌の治療において内分泌療法剤単独から効果を得る可能性が低い特定のクラスのホルモン受容体陽性乳癌患者を認定する能力を提供することを見出した。該クラスの患者は、分類子が「不良」クラス標識をサンプルのマススペクトルに付与すると、認定される。
【００２６】
本発明者らはまた、レトロゾールへのラパチニブの付加は、「不良」群の患者の転帰を有意に改善するが、「良」と認定された患者にとってはほとんどまたは全く臨床的有用性を有しないことを見出した。該所見は、ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）およびＨＥＲ２陰性（ＨＥＲ２−）層にさらに層別化しても適用される。治療＊ＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態相互作用のｐ値が有意であると見出されたので、本発明の質量分析試験は、レトロゾールにラパチニブを加える効果の予測試験であることが示され、考えられる交絡因子で調整された多変量分析においてさえ依然として有意なままであった。
【００２７】
ＨＥＲ２＋患者においてラパチニブにレトロゾールを加えることから効果が得られることには驚きはしないけれども、ＨＥＲ２−患者においてラパチニブをレトロゾールに加えることは、選択された集団において無進行生存の実質的改善をもたらしうるという所見は予期せぬものである。該患者サブグループは、治療に先立って血清サンプルの質量分析試験によって認定され、該患者の選択は治療パラダイムの改善をもたらしうる。例えば、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態について全てのホルモン受容体陽性患者を試験しうる；患者が不良と分類された場合、患者は、ＨＥＲ２状態に関係なく、レトロゾールへのラパチニブの付加から効果を得る。患者のＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態が良であった場合には、ラパチニブの付加が適当であるかどうかを決定するためにＨＥＲ２試験が行われうる。あるいは、ＨＥＲ２状態が知られている場合には、ＨＥＲ２陰性患者でＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験を行い、ラパチニブの付加から効果を得る（ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良）患者を認定しうる。
【００２８】
これらのサンプルの試験およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験による所見は、実用的で有用な試験の形態をとりうる。一の態様は、試験方法が内分泌療法剤単独の投与から効果を得る可能性が低い一群のホルモン受容体陽性乳癌患者を認定することである。該認定は、治療に先立って行われうる。
【００２９】
該第一の態様において、本明細書には、患者のＨＥＲ２状態に関係なく、ホルモン受容体陽性乳癌患者が、癌の治療のための内分泌療法剤単独の投与から効果を得る可能性が低いかどうかを決定するための方法が記載されている。該方法には、ａ）患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得る工程；ｂ）工程ａ）において得られたマススペクトルに１またはそれ以上の所定の前処理工程を実施する工程；ｃ）工程ｂ）におけるマススペクトルの前処理工程が実施された後、１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲でスペクトルの選択された特徴の値を得る工程；ｄ）他の癌患者から得たサンプルから生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いて分類アルゴリズムにて工程ｃ）において得られた値を用い、患者のサンプルのクラス標識を得る工程；およびｅ）工程ｄ）において得られたクラス標識が「不良」またはそれと同等である場合、患者が治療から効果を得る可能性が低いと認定される工程が含まれる。
【００３０】
内分泌療法剤単独に対して十分に反応しない患者は、「内分泌抵抗性」であると言われうる。すなわち、ホルモン受容体陽性状態の患者は、内分泌療法に感受性であると考えられるが、その内の何人かは治療の開始から反応しないのに対し、他はある時点で反応しなくなりうる。（ホルモン受容体陽性であるにも関わらず）内分泌療法剤から効果を得ないと予測される患者のサブセットを認定することができ、そして、治療の開始に先立って認定を行うことができる本発明者らの成果は、重要な結果である。
【００３１】
第２の実地試験は、ＨＥＲ２陰性状態である閉経後のホルモン受容体陽性乳癌患者が、内分泌療法剤に標的抗癌剤を加える投与を含む組み合わせ治療の投与から効果を得る可能性が高いかどうかを決定する方法の形態で本明細書に記載されている。該方法は、ａ）患者から得た血液サンプルからマススペクトルを得る工程；ｂ）工程ａ）において得られたマススペクトルに１またはそれ以上の所定の前処理工程を実施する工程；ｃ）工程ｂ）におけるマススペクトルの前処理工程が実施された後、１またはそれ以上の所定のｍ／ｚ範囲で前記スペクトルの選択された特徴の値を得る工程；ｄ）他の癌患者から得たサンプルから生じるクラス標識したスペクトルを含むトレーニングセットを用いて分類アルゴリズムにて工程ｃ）において得られた値を用いて、サンプルのクラス標識を得る工程；およびｅ）工程ｄ）において得られたクラス標識が「不良」またはそれと同等である場合、患者が組み合わせ治療から効果を得る可能性が高いと認定される工程に関与する。
【００３２】
ＨＥＲ２およびＥＧＦＲシグナル伝達と同時のエストロゲンの産生の阻害は、これらの相互作用を阻止し、抵抗性を抑制／克服するのに有用であるので、エストロゲン受容体ならびにＨＥＲ２およびＥＧＦＲに関連する経路間のクロストークは、レトロゾール単独に対する抵抗性の一次メカニズムの一つとして考えられており、本試験にて用いられる薬剤の組み合わせ（標的療法および内分泌療法）の理論的解釈を構成する。ここで、本発明者らが成し遂げた重要な成果は、レトロゾールのみに対し抵抗性がある（効果がない）ように見えた患者が、標的療法および内分泌療法の組み合わせ（例えば、パラチニブ＋アロマターゼ阻害剤、例えば、レトロゾールの組み合わせ）に反応すること、最も興味深いことには、試験において「不良」と分類される場合には、ＨＥＲ２陰性群においても同様に反応することである。ＨＥＲ２陰性患者は組み合わせ治療から効果を得ることが期待できなかったが、本発明者らは、組み合わせ治療から効果を得る可能性が高いＨＥＲ２陰性患者のサブグループを同定することができた、それは飛躍的な進歩である。
【００３３】
ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験
内分泌療法（例えば、アロマターゼ阻害剤、タモキシフェン、他のＳＥＲＭおよびＳＥＲＤ）のみから効果を得る可能性が低いかあるいは特定の標的療法および内分泌療法剤の付加から効果を得る可能性が高い一連のホルモン受容体陽性乳癌患者を同定するための本開示の方法には、該参考資料の該セクションに記載の試験にしたがって乳癌患者の血液サンプル（血清または血漿）を得ることおよびそれを処理することが含まれる。試料に付与されたクラス標識は、患者が内分泌療法剤の単独投与から効果を得る可能性が低いかあるいは標的療法および内分泌療法剤の組み合わせの投与から効果を得る可能性が高いかどうかを示す。試験は、工程１００として図１においてフローチャート形態で説明されている。
【００３４】
工程１０２にて、血清または血漿サンプルは患者から得られる。一の実施態様において、血清サンプルは３つのアリコートに分類され、質量分析、次いで、工程１０４、１０６（サブ工程１０８、１１０および１１２を含む）、１１４、１１６および１１８が各アリコートに対して別々に行われる。アリコートの数は変動させることができ、例えば、４、５または１０のアリコートが存在していてもよく、各アリコートは後の処理工程に供される。
【００３５】
工程１０４にて、サンプル（アリコート）を質量分析に供する。質量分析の好ましい方法は、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）飛行時間（ＴＯＦ）型質量分析であるが、他の方法も利用できる。質量分析は、当該技術分野にて慣習的であるように、多数の質量／電荷（ｍ／ｚ）値の強度値を示すデータ点をもたらす。一例の実施態様において、サンプルを解凍し、４℃にて５分間１５００ｒｐｍで遠心分離する。さらに、血清サンプルは、ＭｉｌｌｉＱ水で１：１０または１：５に希釈されうる。希釈されたサンプルは、３つのＭＡＬＤＩプレートの無作為に割り当てられた位置に（すなわち、３つの異なるＭＡＬＤＩ標的に）スポットされうる。０．７５μｌの希釈された血清をＭＡＬＤＩプレートにスポットした後、０．７５μｌの３５ｍｇ／ｍｌシナピン酸（５０％アセトニトリルおよび０．１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）中）を加え、５回上下にピペット操作をして混合しうる。プレートを室温で乾燥しうる。他の技法および製法が、本発明の原理にしたがって血清を調製および処理するために利用されうることを理解すべきである。
【００３６】
マススペクトルは、スペクトルを自動または手動で収集するＶｏｙａｇｅｒ  ＤＥ−ＰＲＯまたはＤＥ−ＳＴＲ  ＭＡＬＤＩ  ＴＯＦ型質量分析計を用いて線形モードの陽イオンを捕獲しうる。各血清試料について平均５２５または５００のスペクトルを生成するために、７５または１００のスペクトルを各ＭＡＬＤＩスポット内の７または５の位置から収集する。スペクトルは、タンパク質標準の混合物（インスリン（ウシ）、チオレドキシン（E.coli）、およびアポミオグロブリン（ウマ））を用いて外部校正される。
【００３７】
工程１０６にて、工程１０４において得られたスペクトルは、１またはそれ以上の所定の前処理工程に供される。前処理工程１０６は、工程１０４において得られたマススペクトルデータを操作するソフトウェア指令を用いて汎用コンピューターにて行われる。前処理工程１０６には、バックグラウンド減算法（工程１０８）、正規化（工程１１０）およびアラインメント（工程１１２）が含まれる。バックグラウンド減算法の工程は、好ましくは、スペクトルにおけるバックグラウンドの不均衡なロバスト推定値の生成に寄与し、スペクトルからバックグラウンドを引く。工程１０８は、米国特許第７，７３６，９０５号（本明細書によって引用される）に記載のバックグラウンド減算法を用いる。正規化工程１１０は、バックグラウンドを引いたスペクトルの正規化に寄与する。正規化は、米国特許第７，７３６，９０５号に記載されるように、部分イオン電流正規化または全イオン電流正規化の形態をとりうる。工程１１２は、米国特許第７，７３６，９０５号に記載されるように、正規化されたバックグラウンドを引いたスペクトルを所定の質量スケールに配列し、それは分類子によって用いられるトレーニングセットの調査から得られうる。
【００３８】
前処理工程１０６を実施するとすぐに、プロセス１００は、所定のｍ／ｚ範囲にわたってスペクトルの選択された特徴の値（ピーク）を得る工程１１４に進む。ピーク発見アルゴリズムのピーク幅設定を用いて、正規化されたおよびバックグラウンドが引かれた振幅がこれらのｍ／ｚ範囲にわたって積分され、特徴に該積算値（すなわち、特徴の幅の間の曲線下面積）が付与される。該ｍ／ｚ範囲内でピークが検出されなかったスペクトルについて、積分範囲は現在のｍ／ｚ位置のピーク幅に対応する幅を有する該特徴の平均ｍ／ｚ位置周辺の間隔として定義されうる。該工程はまた、米国特許第７，７３６，９０５号にさらに詳細に開示されている。
【００３９】
工程１１４にて、米国特許第７，７３６，９０５号に記載されるように、スペクトルの特徴の積算値は、１またはそれ以上の以下のｍ／ｚ範囲：
５７３２〜５７９５
５８１１〜５８７５
６３９８〜６４６９
１１３７６〜１１５１５
１１４５９〜１１５９９
１１６１４〜１１７５６
１１６８７〜１１８３１
１１８３０〜１１９７６
１２３７５〜１２５２９
２３１８３〜２３５２５
２３２７９〜２３６２２および
６５９０２〜６７５０２
で得られる。
【００４０】
好ましい実施態様において、値は、以下の表１に示される８つのｍ／ｚ範囲で得られる。これらのピークの発見方法の有意性は、米国特許第７，７３６，９０５号において説明されている。
【００４１】
工程１１６にて、工程１１４において得られた値は、分類子（図で示した実施態様では、Ｋ−最近傍（ＫＮＮ）分類子である）に提供される。分類子は、多数の他の患者（ＮＳＣＬＣ癌患者、または他の固形上皮癌患者、例えば、ＨＮＳＣＣ、乳癌でありうる）のクラス標識したスペクトルのトレーニングセットを使用する。１１４の値およびトレーニングセットへのＫＮＮ分類アルゴリズムの適用は、米国特許第７，７３６，９０５号において説明されている。他の分類子（確率的ＫＮＮ分類子または他の分類子を含む）が用いられうる。図示した実施態様において、トレーニングセットは、ＥＧＦＲ阻害剤の投与から効果を得たかまたは得なかったＮＳＣＬＣ患者（「良」と標識された効果を得た患者および「不良」と標識された効果を得なかった患者）から得たクラス標識したスペクトルの形態である。
【００４２】
乳癌患者治療の予測試験の図示した実施態様において、分類子は、乳癌患者ではない患者から得たトレーニングセットを用いるが、該方法によって行われた予測はそれにも関わらず有効であることに留意すべきである。本試験にＮＳＣＬＣトレーニングセットを用いる理由は、広範囲の検証を行っているためである。しかしながら、トレーニングセットを構築し、多数の乳癌患者から得られた試験スペクトルからその正当性を立証することは確実に可能である。例えば、本発明者らがＥＧＦ３０００８試験において用いるスペクトルのセットは、トレーニングセットを構築するために用いられ、試験サンプルの分類において用いられうる。かかる試みは、分類子において用いられるＮＳＣＬＣトレーニングセットは非常に良く機能したので本発明の事例では必要ではなかった実質的なさらなる検証作業を必要としていた。
【００４３】
工程１１８にて、分類子は、スペクトルの標識、「良」、「不良」または「未定義」のいずれかをもたらす。上記するように、工程１０４〜１１８は、所定の患者サンプルの３つの別々のアリコートについて（またはどのような数のアリコートを用いても）並行して実施される。工程１２０にて、すべてのアリコートが同一のクラス標識をもたらすかどうかを決定するためにチェックする。そうでなければ、工程１２２で示されるように、未定義（または不確定）の結果を戻す。すべてのアリコートが同一の標識をもたらす場合、工程１２４で示されるように、標識を記録する。
【００４４】
該参考資料に記載されるように、工程１２４で記録されたクラス標識の新規かつ予期せぬ使用が開示されている。例えば、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験にしたがって「不良」と標識されたホルモン受容体陽性でＨＥＲ２陰性の乳癌患者は、本開示にしたがって標的療法（例えば、ラパチニブ）と内分泌療法剤、例えば、アロマターゼ阻害剤（レトロゾール）とを組み合わせた形態の治療から効果を得る可能性が高い。別の例として、ＨＥＲ２状態に関係なく、患者が試験にしたがって「不良」と認定される場合、患者は、内分泌療法剤の単独投与から効果を得る可能性が低い。
【００４５】
工程１０６、１１４、１１６および１１８は、典型的には、前処理工程１０６、工程１１４のスペクトル値の取得、工程１１６のＫＮＮ分類アルゴリズムの適用および工程１１８のクラス標識の生成をコードするソフトウェアを用いてプログラムされた汎用コンピューターにおいて実施されることが理解されるであろう。工程１１６において用いられるクラス標識したスペクトルのトレーニングセットは、コンピューターのメモリーまたはコンピューターにアクセス可能なメモリーに保存されている。
【００４６】
該方法およびプログラムされたコンピューターは、有利なことには、出願前の特許出願公開公報米国特許第７，７３６，９０５号に記載されているように臨床試験処理センターで実施されうる。
【表１】
2014505257.tif 000002
【００４７】
考察および支持データ
ＥＧＦ３０００８試験の該レトロスペクティブ分析から得た本発明の結果は図２〜１３に示され、本発明者らの結論を裏付けるデータは以下で説明している。
【００４８】
図３は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類によるＥＧＦ３０００８試験のレトロゾール＋プラセボ治療群のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットである。図３は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験がレトロゾールのみに関する不良な転帰の患者の一群を認定することを立証している。特に、レトロゾール＋プラセボ治療群において、ハザード比（ＨＲ）＝０．３６（９５％信頼区間（ＣＩ）：０．２３−０．５８）およびｌｏｇランクｐ＜０．０００１である、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者間に有意な区分が存在していた。ＰＦＳ中央値は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良の患者（ｎ＝４７９）については１０．８月であり、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者（ｎ＝４３）については２．８月であった。
【００４９】
レトロゾール＋ラパチニブ治療群（示されていない）は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者間に統計的に有意な区分を示さなかった（ｌｏｇランクｐ＝０．５３）。ＰＦＳ中央値は、良の患者については１１．４月であり、不良の患者については１１．０月であった。
【００５０】
ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類によって識別された、レトロゾールに標的療法（ラパチニブ）を加えたＰＦＳに対する効果は、図４、５および６に示されている。ＶｅｒｉＳｔｒａｔ「良」の患者は図４に示され、「不良」の患者は図５に示されている。レトロゾール＋ラパチニブ治療に有利なＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類群の両方において有意な区分が存在していたが、該区分は「不良」の患者についてはかなり広範であった。「良」の患者について（図４）、治療群間のＨＲは、ＨＲ＝０．８４（９５％ＣＩ：０．７２−０．９８）およびｌｏｇランクｐ＝０．０２８であった。ＰＦＳ中央値は、組み合わせ治療群については１１．４月であり、レトロゾール＋プラセボ治療群については１０．８月であった。
【００５１】
ＶｅｒｉＳｔｒａｔ「不良」の患者について（図５）、ｌｏｇランクｐ＝０．０１１のＨＲ＝０．５２（９５％ＣＩ：０．３１−０．８６）。ＰＦＳ中央値は、組み合わせ治療群については１１．０月であり、レトロゾール＋プラセボ治療群については２．８月のみであった。
【００５２】
図２は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類および治療群による全集団の無進行生存（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットである。図２は、患者が、そのＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態に関係なく、ラパチニブおよびレトロゾールの組み合わせに関しては同様の転帰を得るが、レトロゾールのみでは得られないことを示す。特に、図２は、レトロゾール単独で治療を受けた患者については、「不良」と認定された患者が「良」と認定された患者よりもレトロゾールのみではかなり悪くなることを示す。図２はまた、血清が「不良」と分類された患者がレトロゾールにラパチニブを加えると無進行生存（ＰＦＳ）の改善を示したことを示す。
【００５３】
これらの４つの比較の結果は、表２に要約されている。
【表２】
2014505257.tif 000003
【００５４】
該データから、本発明者らは、血清が「不良」と分類された患者はレトロゾールのみでの治療に比べてラパチニブ＋レトロゾールで治療した場合により有意な効果を得る：無進行生存が８．２月だけ大きいことを見出した。治療群間の効果の差の有意性は、相互作用期間を含む多変量分析において立証された。
【００５５】
図７および８は、レトロゾールのみを投与する既知のＨＥＲ２状態の患者のＰＦＳのデータを示す。ＨＥＲ２−患者のＰＦＳは図７に示され、ＨＥＲ２＋患者のＰＦＳは図８に示されている。ＨＥＲ２−データに関して（図７）、レトロゾール＋プラセボ治療群において、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者間に有意な区分が存在していた、ＨＲ＝０．３７（９５％ＣＩ：０．２１−０．６４）およびｌｏｇランクｐ＝０．０００４。ＰＦＳ中央値は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良の患者については１３．６月、そして、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者については３．１月であった。ＨＥＲ２＋データに関して（図８）、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者間に有意な区分が存在していた、ＨＲ＝０．２９（９５％ＣＩ：０．０９−０．９８）およびｌｏｇランクｐ＝０．０４６。ＰＦＳ中央値は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良の患者については３．０月、そして、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者については２．３月であった。
【００５６】
図７および８を一緒に考慮すると、本発明のデータは、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ試験が、ＨＥＲ２状態とは無関係に、レトロゾールのみに関して不良な転帰の患者、すなわち、分類子によって血清サンプルが「不良」と分類された患者を認定することを立証している。
【００５７】
ＨＥＲ２−集団におけるレトロゾールにラパチニブを加えたＰＦＳに対する効果のデータは、図９および１０に示されている。ＨＥＲ２−ＶｅｒｉＳｔｒａｔ「良」および「不良」の患者を治療群ごとに別々に分析した。ＨＥＲ２−のデータ、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ「良」の患者は図９に示され、「不良」の患者は図１０に示されている。ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類群のいずれかにおいて有意な区分は存在しなかった。特に患者数が少ないＶｅｒｉＳｔｒａｔ「不良」の患者において、レトロゾール＋ラパチニブ治療を選択して識別する傾向がありうる。「良」の患者について、治療群間のＨＲは、０．８５（９５％ＣＩ：０．７１−１．０２）およびｌｏｇランクｐ＝０．０８５であった。ＰＦＳ中央値は、組み合わせ治療群については１３．８月、そして、レトロゾール＋プラセボ治療群については１３．６月であった。ＶｅｒｉＳｔｒａｔ「不良」の患者について（図１０）、ＨＲ＝ｌｏｇランクｐ＝０．０６８である０．５７（９５％ＣＩ：０．３２−１．０４）。ＰＦＳ中央値は、組み合わせ治療群については１１．０月、そして、レトロゾール＋プラセボ治療群においては３．１月のみであった。
【００５８】
これらの４つの比較の結果は、表３に要約されている。
【表３】
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【００５９】
図６は、ＨＥＲ２陰性集団についてのＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類および治療群による全集団の無進行生存（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットである。図６は、ＨＥＲ２−患者が、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ状態に関係なく、ラパチニブおよびレトロゾールの組み合わせに関しては同様の転帰を得るが、レトロゾールのみでは得られないことを示す。特に、図６は、レトロゾール単独で治療を受けた患者について、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良と認定された患者はＶｅｒｉＳｔｒａｔ良と認定された患者よりもレトロゾール単独ではかなり悪くなることを示す。図６はまた、血清が「不良」と分類されたＨＥＲ２−患者について、患者はレトロゾールにラパチニブを加えると無進行生存の改善傾向を示したことを示す。
【００６０】
ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）集団におけるレトロゾールにラパチニブを加えたＰＦＳに対する効果を示すデータは、図１１〜１３に示されている。ＨＥＲ２＋患者について、各治療群をＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類ごとに別々に分析した。ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良の患者のデータは、図１２に示されている。ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者のデータは、図１３に示されている。全てのＨＥＲ２＋患者および両方の治療群の複合データは、図１１に示されている。
【００６１】
ＨＥＲ２＋集団において、レトロゾール＋ラパチニブ治療を選択する両方のＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類群において有意な区分が存在していた。「良」患者について（図１２）、治療群間のＨＲは、０．７１（９５％ＣＩ：０．５０−０．９９）およびｌｏｇランクｐ＝０．０４６であった。ＰＦＳ中央値は、組み合わせ治療群については８．０月であり、そして、レトロゾール単独治療群については３．０月であった。「不良」患者について（図１３）、区分は、組み合わせ治療群についての８．６月、そして、レトロゾール単独治療群についての２．３月のＰＦＳ中央値と同様である。
【００６２】
これらの４つの比較の結果は、表４に要約されている。
【表４】
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【００６３】
図１１、１２および１３は、ＨＥＲ２＋患者が、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類に関係なく、ラパチニブ＋レトロゾール治療と同様の結果を有することを示す。
【００６４】
一緒に得られたこれらの結果は、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者が、それらのＨＥＲ２状態とは無関係に、レトロゾールへのラパチニブの付加から効果を得ることを示す。
【００６５】
ＰＦＳ相互作用分析
Ｃｏｘ比例ハザードモデル分析（ＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類、治療群、および二者間の相互作用期間を含む）が行われた。結果は表５に示される。治療およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ分類は両方とも、相互作用期間に示されるように、有意であり、ＶｅｒｉＳｔｒａｔ良およびＶｅｒｉＳｔｒａｔ不良の患者間のハザード比（ＨＲ）の差は、レトロゾール＋プラセボ治療群およびレトロゾール＋ラパチニブ治療群の間に有意差があることを示す。
【表５】
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【００６６】
ＥＧＦ３０００８試験は単一標的療法（ラパチニブ）および単一アロマターゼ阻害剤（レトロゾール）を含むけれども、開発中のいくつかのデュアルＨＥＲ２およびＥＧＦＲ阻害剤、例えば、該方法において用いられうる他の標的療法の有力な例である、ネラチニブ、アファチニブ、ＡＲＲＹ−５４３が存在している。また、ＥＧＦＲ阻害剤（エルロチニブ、ゲフィチニブ）およびＨＥＲ２阻害剤（トラスツズマブ）の組み合わせの効果は、デュアル阻害剤の一つと同様でありうる。
【００６７】
レトロゾールならびにアナストロゾール(アリミデックス)は選択的可逆的アロマターゼ阻害剤のクラスに属する；一方、別の同様の作用を有する非可逆的薬剤はエキセメスタン（アロマシン）である。該開示の方法は、標的療法およびレトロゾール以外のアロマターゼ阻害剤の組み合わせによるＨＥＲ２−の閉経後のホルモン受容体陽性乳癌患者への効果を予測するために用いられうる。
【００６８】
定義：
本明細書に用いられる、「内分泌療法」および「内分泌療法剤」なる語は、限定されるものではないが、ＳＥＲＤ、ＳＥＲＭおよびアロマターゼ阻害剤を含む、エストロゲン合成および／またはエストロゲン受容体経路を調節することによって内分泌系に影響を及ぼす薬剤を意味すると解釈されるべきである。
【００６９】
「標的療法」なる語は、限定されるものではないが、ＥＧＦＲ−Ｉ、ＨＥＲ２阻害剤、ラパチニブおよびそれらの組み合わせを含む、細胞内の特定の経路を標的とする薬剤を意味すると解釈されるべきである。
【００７０】
「ホルモン受容体陽性」なる語は、エストロゲン（ＥＲ）および／またはプロゲステロン（ＰｇＲ）受容体陽性乳癌患者を含むことを意図とする。
【００７１】
本発明の範囲に関する全ての問いは、添付の特許請求の範囲への言及によって答えられる。
【００７２】
参考資料
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【国際調査報告】
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