(57)【要約】  本発明は、ＨＬＡ抗原と結合して細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を誘導する、配列番号：４２に由来する単離されたペプチドまたはその断片を提供する。該ペプチドは、１個、２個、または数個のアミノ酸配列の置換、欠失、または付加を有する上記アミノ酸配列の１つを含み得る。本発明はまた、これらのペプチドを含む薬学的組成物も提供する。本発明のペプチドは、がんを治療するために用いることができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（ａ）または（ｂ）の単離されたペプチド：
（ａ）配列番号：１、５、３１および３２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたペプチド；
（ｂ）ＨＬＡ抗原に結合する能力および細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）誘導能を保持する改変ペプチドを生じるように、配列番号：１、５、３１および３２からなる群より選択されるアミノ酸配列に１個、２個、または数個のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加されているアミノ酸配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項２】
ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項３】
ノナペプチドまたはデカペプチドである、請求項１または２記載の単離されたペプチド。
【請求項４】
（ａ）Ｎ末端から２番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸である、または前記アミノ酸に改変されている；ならびに
（ｂ）Ｃ末端のアミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択されるアミノ酸である、または前記アミノ酸に改変されている、
からなる群より選択される少なくとも１つの置換を有する、請求項１〜３のいずれか一項記載のペプチド。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
請求項１〜４のいずれか一項記載の１種もしくは複数種のペプチド、または請求項５記載の１種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、ＣＴＬを誘導するための組成物。
【請求項７】
（ａ）請求項１〜４のいずれか一項記載の１種もしくは複数種のペプチド；
（ｂ）請求項５記載の１種もしくは複数種のポリヌクレオチド；
（ｃ）請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を自身の表面に提示する１種もしくは複数種のＡＰＣもしくはエキソソーム；または
（ｄ）請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を自身の表面に提示する細胞を認識する１種もしくは複数種のＣＴＬ、
を薬学的に許容される担体と組み合わせて含む、
（ｉ）既存のがんの治療、
（ｉｉ）がんの予防、
（ｉｉｉ）がんの術後再発の予防、および
（ｉｖ）それらの組み合わせ、
からなる群より選択される目的のために製剤化された、薬学的組成物。
【請求項８】
ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である対象への投与のために製剤化された、請求項７記載の薬学的組成物。
【請求項９】
ＣＴＬ誘導能を有する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を誘導するための方法であって、
（ａ）インビトロ、エクスビボまたはインビボで、ＡＰＣを請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドと接触させる段階、および：
（ｂ）請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階、
からなる群より選択される段階を含む、方法。
【請求項１０】
ＣＴＬを誘導するための方法であって、
（ａ）ＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するＡＰＣと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；
（ｂ）ＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；および
（ｃ）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドによって形成されるＴＣＲがＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体に細胞表面で結合することができる、該ＴＣＲサブユニットポリペプチドをコードする1つ又は複数のポリヌクレオチドをＴ細胞に導入する段階、
からなる群より選択される段階を含む、方法。
【請求項１１】
ＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する、単離されたＡＰＣ。
【請求項１２】
（ａ）インビトロ、エクスビボまたはインビボで、ＡＰＣを請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドと接触させる段階、および
（ｂ）請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階、
からなる群より選択される段階を含むＣＴＬ誘導能を有する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を誘導するための方法によって誘導される、請求項１１記載のＡＰＣ。
【請求項１３】
請求項１〜４記載のペプチドのいずれかを標的とする、単離されたＣＴＬ。
【請求項１４】
（ａ）ＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するＡＰＣと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；
（ｂ）ＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；および
（ｃ）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドによって形成されるＴＣＲがＨＬＡ抗原と請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとの複合体に細胞表面で結合することができる、該ＴＣＲサブユニットポリペプチドをコードする1つもしくは複数のポリヌクレオチドをＴ細胞に導入する段階、
からなる群より選択される段階を含むＣＴＬを誘導するための方法によって誘導される、請求項１３記載のＣＴＬ。
【請求項１５】
対象においてがんに対する免疫応答を誘導する方法であって、請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチド、その免疫学的活性断片、または該ペプチドもしくは該断片をコードするポリヌクレオチドを対象に投与する段階を含む、方法。
【請求項１６】
請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクター。
【請求項１７】
請求項１６記載の発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトした宿主細胞。
【請求項１８】
請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドとＨＬＡ抗原とを含む複合体を提示する、エキソソーム。
【請求項１９】
請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチドに対する抗体、またはその免疫学的活性断片。
【請求項２０】
請求項１〜４のいずれか一項記載のペプチド、請求項５記載のポリヌクレオチド、または請求項１９記載の抗体もしくは免疫学的活性断片を含む、診断キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、生物科学の分野、より具体的にはがん療法の分野に関する。特に本発明は、がんワクチンとして非常に有効な新規ペプチド、ならびに腫瘍を治療および予防するための薬物に関する。
優先権
本出願は、２０１０年１２月２日に出願された米国仮出願第６１／４１９，１８１号の恩典を主張し、それらの内容は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【背景技術】
【０００２】
ＣＤ８陽性ＣＴＬは、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子上の腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）由来のエピトープペプチドを認識し、その後、腫瘍細胞を殺傷することが実証されている。ＴＡＡの最初の例としてメラノーマ抗原（ＭＡＧＥ）ファミリーが発見されて以来、他の多くのＴＡＡが、免疫学的アプローチによって発見されており（非特許文献１、２）、これらのＴＡＡの一部は現在、免疫療法の標的として臨床開発の過程にある。
【０００３】
好ましいＴＡＡは、免疫療法の標的として、がん細胞の増殖および生存に不可欠なＴＡＡであり、というのはそのようなＴＡＡを用いることにより、療法によって誘発される免疫選択の結果としてのＴＡＡの欠失、突然変異、または下方制御に起因し得るがん細胞の免疫回避の詳述されているリスクが最小限に抑えられ得るからである。したがって、強力かつ特異的な抗腫瘍免疫応答を誘導し得る新規ＴＡＡの同定により、さらなる開発が保証され、ゆえに、様々な種類のがんに対するペプチドワクチン接種戦略のための臨床適用が進行中である（非特許文献３〜１０）。現在までに、これらのＴＡＡ由来ペプチドを用いた臨床試験がいくつか報告されている。残念ながら、現在のがんワクチン治験の多くは低い客観的奏効率しか示していない（非特許文献１１〜１３）。したがって、免疫療法の標的として新規ＴＡＡが依然として必要とされている。
【０００４】
ミトコンドリア外膜３４のトランスロカーゼであるＴＯＭＭ３４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００６８０９）は、ヒトＥＳＴおよびｃＤＮＡデータベースから同定され、縮重テトラトリコペプチド反復（ＴＰＲ）モチーフを含むタンパク質をコードすると予測されている（非特許文献１４）。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、前駆体タンパク質のミトコンドリア内への輸送に関与する。このタンパク質はシャペロン様活性を有し、折り畳まれていないタンパク質の成熟部分に結合して、ミトコンドリア内へのそれらの輸送を助ける（非特許文献１５）。
最近の試験で、２３０４０遺伝子からなるｃＤＮＡマイクロアレイを用いた遺伝子発現プロファイル解析により、ＴＯＭＭ３４が結腸直腸がんにおいてしばしば上方制御されることが示された。さらに、結腸がん細胞株におけるｓｉＲＮＡによるＴＯＭＭ３４のノックダウンは、結腸がん細胞の増殖を減弱させた（非特許文献１６）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】国際公開第ＰＣＴ／ＪＰ２００６／３１４９４７号
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｂｏｏｎ  Ｔ，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １９９３，５４（２）：１７７−８０
【非特許文献２】Ｂｏｏｎ  Ｔ  ＆  ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｂｒｕｇｇｅｎ  Ｐ，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９９６，１８３（３）：７２５−９
【非特許文献３】Ｈａｒｒｉｓ  ＣＣ，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  １９９６，８８（２０）：１４４２−５５
【非特許文献４】Ｂｕｔｔｅｒｆｉｅｌｄ  ＬＨ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １９９９，５９（１３）：３１３４−４２
【非特許文献５】Ｖｉｓｓｅｒｓ  ＪＬ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １９９９，５９（２１）：５５５４−９
【非特許文献６】ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｂｕｒｇ  ＳＨ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９６，１５６（９）：３３０８−１４
【非特許文献７】Ｔａｎａｋａ  Ｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １９９７，５７（２０）：４４６５−８
【非特許文献８】Ｆｕｊｉｅ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １９９９，８０（２）：１６９−７２
【非特許文献９】Ｋｉｋｕｃｈｉ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １９９９，８１（３）：４５９−６６
【非特許文献１０】Ｏｉｓｏ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １９９９，８１（３）：３８７−９４
【非特許文献１１】Ｂｅｌｌｉ  Ｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２００２，２０（２０）：４１６９−８０
【非特許文献１２】Ｃｏｕｌｉｅ  ＰＧ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ  ２００２，１８８：３３−４２
【非特許文献１３】Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ＳＡ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｍｅｄ  ２００４，１０（９）：９０９−１５
【非特許文献１４】Ｎｕｔｔａｌ  ＳＤ  ｅｔ  ａｌ．，ＤＮＡ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１９９７  Ｓｅｐ；１６（９）：１０６７−７４
【非特許文献１５】Ｍｕｋｈｏｐａｄｈｙａｙ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ．２００２  Ａｐｒ  １；４００（１）：９７−１０４
【非特許文献１６】Ｓｈｉｍｏｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｎｃｏｌ．２００６  Ａｕｇ；２９（２）：３８１−６
【発明の概要】
【０００７】
本発明は、少なくとも一部には、免疫療法の適切な標的として役立つ可能性のある新規ペプチドの発見に基づいている。ＴＡＡは一般に免疫系によって「自己」として認識され、そのため多くの場合は免疫原性を有しないため、適切な標的の発見は極めて重要である。上述したように、ＴＯＭＭ３４（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００６８０９にも示される、配列番号：４１および４２）は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、および軟組織腫瘍を含むがこれらに限定されないがんにおいて上方制御されると同定されている。したがって、本発明は、適切ながんのマーカーとしておよび免疫療法の標的の候補としてＴＯＭＭ３４に着目する。
【０００８】
本発明の過程で、ＴＯＭＭ３４に対して特異的なＣＴＬを誘導する能力を有する、ＴＯＭＭ３４の遺伝子産物の特定のエピトープペプチドが同定された。以下に詳述するように、健常ドナーから得た末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、ＴＯＭＭ３４由来のＨＬＡ−Ａ＊０２０１結合候補ペプチドを用いて刺激した。その後、各候補ペプチドをパルスしたＨＬＡ−Ａ２陽性標的細胞に対する特異的細胞傷害性を有するＣＴＬ株を樹立した。本明細書における結果は、これらのペプチドが、ＴＯＭＭ３４を発現する細胞に対して強力かつ特異的な免疫応答を誘導し得るＨＬＡ−Ａ２拘束性エピトープペプチドであることを実証している。これらの結果は、ＴＯＭＭ３４は免疫原性が強く、かつそのエピトープは腫瘍免疫療法の有効な標的であることをさらに示している。
【０００９】
したがって、ＨＬＡ抗原と結合し、かつＴＯＭＭ３４（配列番号：４２）のアミノ酸配列またはその免疫学的活性断片を含む単離されたペプチドを提供することは、本発明の１つの目的である。これらのペプチドはＣＴＬ誘導能を有すると期待され、したがって、インビトロもしくはエクスビボでＣＴＬを誘導するため、または、例としてＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍を含むがこれらに限定されないがんに対する免疫応答を誘導するために対象に投与するために用いることができる。好ましいペプチドはノナペプチドまたはデカペプチドであり、より好ましくは、配列番号：１〜２０および２２〜４０の中より選択されるアミノ酸配列からなるノナペプチドまたはデカペプチドである。これらの中で、配列番号：１、５、３１および３２の中より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドは特に強いＣＴＬ誘導能を示しており、そのため特に好ましい。
【００１０】
本発明はまた、改変ペプチドが元の改変されていないペプチドの必要なＣＴＬ誘導能を保持する限り、１個、２個、またはそれ以上のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加されているＴＯＭＭ３４の免疫学的活性断片のアミノ酸配列を有する改変ペプチドも企図する。これらの中で、１個、２個、またはそれ以上のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加されている配列番号：１、５、３１または３２のアミノ酸配列を有するペプチドは特に好ましい。
本発明はさらに、本発明のいずれかのペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドを包含する。これらのポリヌクレオチドは、ＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣを誘導または調製するために用いることができる。本発明の上記のペプチドと同じように、そのようなＡＰＣは、がんに対する免疫応答を誘導するために対象に投与することができる。
【００１１】
対象に投与された場合、本発明のペプチドは、各ペプチドを標的とするＣＴＬを誘導するように、ＡＰＣの表面上に提示される。したがって、本発明の１つの目的は、ＣＴＬを誘導するための本発明によって提供されるいずれかのペプチドまたはポリヌクレオチドを含む組成物または剤を提供することである。いずれかのペプチドまたはポリヌクレオチドを含む、そのような組成物または剤は、がんの治療および／もしくは予防のため、または、例としてＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍を含むがこれらに限定されないがんの術後再発の予防のため、ならびに／またはその術後再発を予防するために用いることができる。
【００１２】
本発明はまた、がん、特に原発がんの治療および／もしくは予防、またはその術後再発の予防のために製剤化された、本発明の１種または複数種のペプチドまたはポリヌクレオチドを含むかまたは組み入れている薬剤または薬学的組成物も企図する。本発明の薬剤または薬学的組成物は、有効成分として、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドの代わりにまたはそれに加えて、本発明のペプチドのいずれかを提示するＡＰＣまたはエキソソームを含み得る。
【００１３】
本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドを、例えば、対象由来のＡＰＣを本発明のペプチドと接触させるか、または本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入することにより、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を表面上に提示するＡＰＣを誘導するために用いることができる。そのようなＡＰＣは、標的ペプチドに対する高いＣＴＬ誘導能を有し、がん免疫療法に有用である。したがって、本発明は、ＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣを誘導するための方法およびそのような方法によって得られるＡＰＣの両方を企図する。
【００１４】
本発明の１つのさらなる目的は、ＣＴＬを誘導するための方法を提供することであり、そのような方法は、本発明のペプチドを自身の表面上に提示するＡＰＣもしくはエキソソームとＣＤ８陽性細胞を共培養する段階、またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドによって形成されるＴＣＲが細胞表面でＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体に結合することができる、該ＴＣＲサブユニットポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドを導入する段階を含む。そのような方法によって得られるＣＴＬは、例としてＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍を含むがこれらに限定されないがんの治療および予防において有用である。
本発明のさらに別の目的は、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を表面上に提示する単離されたＡＰＣを提供することである。本発明はさらに、本発明のペプチドを標的とする単離されたＣＴＬを提供する。これらのＡＰＣおよびＣＴＬは、がん免疫療法のために使用し得る。
【００１５】
がんに対する免疫応答を、それを必要とする対象において誘導するための方法を提供することが本発明のさらに別の目的であり、そのような方法は、本発明の１種もしくは複数種のペプチド、本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチド、または本発明のペプチドを提示するエキソソームもしくはＡＰＣを含む組成物または剤を対象に投与する段階を含む。
本発明の適用性は、がんなどの、ＴＯＭＭ３４過剰発現に関連するかまたはＴＯＭＭ３４過剰発現から生じる（がんなどの）いくつかの疾患のいずれにも及び、例示的ながんには、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【００１６】
より具体的には、本発明は以下の［１］〜［２０］を提供する：
［１］以下の（ａ）または（ｂ）の単離されたペプチド：
（ａ）配列番号：１、５、３１および３２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたペプチド；
（ｂ）ＨＬＡ抗原に結合する能力および細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）誘導能を保持する改変ペプチドを生じるように、配列番号：１、５、３１および３２からなる群より選択されるアミノ酸配列に１個、２個、または数個のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加されているアミノ酸配列を含む、単離されたペプチド；
［２］ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である、［１］記載の単離されたペプチド；
［３］ノナペプチドまたはデカペプチドである、［１］または［２］記載の単離されたペプチド；
［４］（ａ）Ｎ末端から２番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または前記アミノ酸に改変されている；ならびに
（ｂ）Ｃ末端のアミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または前記アミノ酸に改変されている、
からなる群より選択される少なくとも１つの置換を有する、［１］〜［３］のいずれか１つに記載のペプチド；
［５］［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド；
［６］［１］〜［４］のいずれか１つに記載の１種もしくは複数種のペプチド、または［５］記載の１種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、ＣＴＬを誘導するための組成物；
［７］（ａ）［１］〜［４］のいずれか１つに記載の１種もしくは複数種のペプチド；
（ｂ）［５］記載の１種もしくは複数種のポリヌクレオチド；
（ｃ）［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を自身の表面上に提示する１種もしくは複数種のＡＰＣもしくはエキソソーム；または
（ｄ）［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体をその表面上に提示する細胞を認識する１種もしくは複数種のＣＴＬ
を、薬学的に許容される担体と組み合わせて含む、
（ｉ）既存のがんの治療、
（ｉｉ）がんの予防、
（ｉｉｉ）がんの術後再発の予防、および
（ｉｖ）それらの組み合わせ、
からなる群より選択される目的のために製剤化された、薬学的組成物；
［８］ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である対象への投与のために製剤化された、［７］記載の薬学的組成物；
［９］ＣＴＬ誘導能を有する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を誘導するための方法であって、
（ａ）インビトロ、エクスビボまたはインビボで、ＡＰＣを［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドと接触させる段階、および：
（ｂ）［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階、からなる群より選択される段階を含む、方法；
［１０］ＣＴＬを誘導するための方法であって、
（ａ）ＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するＡＰＣと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；
（ｂ）ＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；および
（ｃ）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドによって形成されるＴＣＲがＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体に細胞表面で結合することができる、該ＴＣＲサブユニットポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドをＴ細胞に導入する段階、からなる群より選択される段階を含む、方法；
［１１］ＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する、単離されたＡＰＣ；
［１２］
（ａ）インビトロ、エクスビボまたはインビボで、ＡＰＣを［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドと接触させる段階、および
（ｂ）［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階、からなる群より選択される段階を含むＣＴＬ誘導能を有する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を誘導するための方法によって誘導される、［１１］記載のＡＰＣ；
［１３］［１］〜［４］記載のペプチドのいずれかを標的とする、単離されたＣＴＬ；
［１４］
（ａ）ＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するＡＰＣと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；
（ｂ）ＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を共培養する段階；および
（ｃ）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドによって形成されるＴＣＲがＨＬＡ抗原と［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとの複合体に細胞表面で結合することができる、該ＴＣＲサブユニットポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドをＴ細胞に導入する段階、からなる群より選択される段階を含むＣＴＬを誘導するための方法によって誘導される、［１３］記載のＣＴＬ；
［１５］対象においてがんに対する免疫応答を誘導する方法であって、［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドもしくはその免疫学的活性断片、または該ペプチドもしくは該断片をコードするポリヌクレオチドを対象に投与する段階を含む、方法；
［１６］［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクター；
［１７］［１６］記載の発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトした宿主細胞；
［１８］［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドとＨＬＡ抗原とを含む複合体を提示する、エキソソーム；
［１９］［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチドに対する抗体、またはその免疫学的活性断片；ならびに
［２０］［１］〜［４］のいずれか１つに記載のペプチド、［５］記載のポリヌクレオチド、または［１９］記載の抗体もしくは免疫学的活性断片を含む、診断キット。
【００１７】
本発明の目的および特徴は、添付の図面および実施例と併せて以下の詳細な説明を読むことによって、より十分に明らかになるであろう。前述の本発明の概要および以下の詳細な説明はいずれも例示的な態様であり、本発明または本発明のその他の代替的な態様を限定するものではないことが理解されるべきである。特に、本発明をいくつかの特定の態様を参照して本明細書において説明するが、その説明は本発明を例示するものであり、本発明を限定するものとして構成されていないことが理解されよう。添付の特許請求の範囲によって記載される本発明の精神および範囲から逸脱することなく、当業者は様々な変更および適用に想到することができる。同様に、本発明のその他の目的、特徴、利益、および利点は、本概要および以下に記載する特定の態様から明らかになり、当業者には容易に明白になるであろう。そのような目的、特徴、利益、および利点は、添付の実施例、データ、図面、およびそれらから引き出されるあらゆる妥当な推論と併せて上記から、単独で、または本明細書に組み入れられる参考文献を考慮して、明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
本発明の様々な局面および適用は、以下の図面の簡単な説明ならびに本発明の詳細な説明およびその好ましい態様を考慮することで、当業者に明白となるであろう。
【００１９】
【図１】図１は、ＴＯＭＭ３４由来のペプチドを用いて誘導したＣＴＬに関するインターフェロン（ＩＦＮ）−γ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）アッセイの結果を示す一連の写真（ａ）〜（ｅ）で構成される。ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）を用いたウェル番号＃４（ａ）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）を用いた＃２（ｂ）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）を用いた＃４（ｃ）、およびＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）を用いた＃２（ｄ）におけるＣＴＬはそれぞれ、対照と比較して強力なＩＦＮ−γ産生を示した。これらの写真のウェル上の四角は、対応するウェルからの細胞を、ＣＴＬ株を樹立するために増殖させたことを示す。対照的に、典型的な陰性データの例として、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１４３（配列番号：２１）で刺激したＣＴＬからは特異的ＩＦＮ−γ産生が示されなかった（ｅ）。図中、「＋」は、適切なペプチドをパルスした標的細胞に対するＩＦＮ−γ産生を示し、「−」は、いずれのペプチドもパルスしていない標的細胞に対するＩＦＮ−γ産生を示す。
【００２０】
【図２】図２は、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）で刺激したＣＴＬ株のＩＦＮ−γ産生を示す折れ線グラフである。ＣＴＬが産生したＩＦＮ−γの量をＩＦＮ−γ酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によって測定した。これらの結果は、このペプチドでの刺激によって樹立されたＣＴＬ株が、対照と比較して強力なＩＦＮ−γ産生を示すことを実証している。図中、「＋」は、適切なペプチドをパルスした標的細胞に対するＩＦＮ−γ産生を示し、「−」は、いずれのペプチドもパルスしていない標的細胞に対するＩＦＮ−γ産生を示す。
【００２１】
【図３】図３は、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）で刺激したＣＴＬ株から限界希釈によって樹立されたＣＴＬクローンのＩＦＮ−γ産生を示す折れ線グラフである。これらの結果は、このペプチドでの刺激によって樹立されたＣＴＬクローンが、対照と比較して強力なＩＦＮ−γ産生を示すことを実証している。図中、「＋」は、適切なペプチドをパルスした標的細胞に対するＩＦＮ−γ産生を示し、「−」は、いずれのペプチドもパルスしていない標的細胞に対するＩＦＮ−γ産生を示す。
【００２２】
【図４】図４は、ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１を発現する標的細胞に対する特異的ＣＴＬ活性を示す折れ線グラフである。ＨＬＡ−Ａ＊０２０１または全長ＴＯＭＭ３４遺伝子をトランスフェクトしたＣＯＳ７細胞を対照として調製した。ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）を用いて樹立されたＣＴＬ株は、ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１の両方をトランスフェクトしたＣＯＳ７細胞に対して特異的ＣＴＬ活性を示した（黒菱形）。一方、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１（三角）またはＴＯＭＭ３４（丸）のいずれかを発現する標的細胞に対して、有意な特異的ＣＴＬ活性は検出されなかった。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
本発明の態様を実施または試験するにあたって、本明細書に記載の方法および材料と類似のまたは同等のいかなる方法および材料も用いることができるが、好ましい方法、装置、および材料をここに記載する。しかし、本発明の材料および方法について記載する前に、これらの記載が説明のためだけのものであり、限定することを意図していないことが理解されるべきである。また、本明細書に記載の特定の大きさ、形状、寸法、材料、方法論、プロトコール等は慣例的な実験法および最適化に応じて変更可能であるため、本発明がこれらに限定されないことが理解されるべきである。本記載に使用する専門用語は特定の型または態様のみを説明する目的のためのものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定することは意図しないことも、また理解されるべきである。
本明細書において言及される出版物、特許、または特許出願はすべて、その全体が参照により本明細書に明確に組み入れられる。しかし、本明細書中のいかなるものも、本発明が先行発明によりそのような開示に先行する権利を与えられないと承認するものとして解釈されるべきではない。
【００２４】
Ｉ．定義
別段の定めのない限り、本明細書で使用する技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されている用語と同じ意味を有する。矛盾する場合には、定義を含め、本明細書が優先される。加えて、材料、方法、および例は、単に例示するためのものであり、限定することは意図しない。
本明細書で用いる「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」という単語は、特に別段の指定のない限り「少なくとも１つ」を意味する。
【００２５】
物質（例えば、ペプチド、抗体、ポリヌクレオチド等）に関して用いる「単離された」および「精製された」という用語は、該物質がそうでなければその天然源に含まれ得る少なくとも１つの物質を実質的に含まないことを示す。したがって、単離または精製されたペプチドは、ペプチドが由来する細胞もしくは組織源からの炭水化物、脂質、もしくは他の混入タンパク質などの細胞物質を実質的に含まない、または化学合成された場合は化学物質前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まないペプチドを指す。「細胞材料を実質的に含まない」という用語には、ペプチドが、それが単離されたまたは組換えによって生産された細胞の細胞成分から分離されている、ペプチドの調製物が含まれる。したがって、細胞物質を実質的に含まないペプチドには、約３０％、２０％、１０％、または５％（乾燥重量ベースで）未満の異種タンパク質（本明細書では「混入タンパク質」とも称する）を有するポリペプチドの調製物が含まれる。ペプチドが組換えによって生産される場合は、ペプチドはまた、好ましくは培地も実質的に含まず、これには、ペプチド調製物の容積の約２０％、１０％、または５％未満の培地を有するペプチドの調製物が含まれる。ペプチドが化学合成によって生産される場合は、ペプチドは、好ましくは化学物質前駆体または他の化学物質を実質的に含まず、これには、ペプチドの合成に関与する化学物質前駆体または他の化学物質をペプチド調製物の容積の約３０％、２０％、１０％、５％未満（乾燥重量ベースで）有するペプチドの調製物が含まれる。特定のペプチド調製物が単離または精製されたペプチドを含むことは、例えば、タンパク質調製物のドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）−ポリアクリルアミドゲル電気泳動およびゲルのクマシーブリリアントブルー染色等の後に単一バンドが出現することによって示され得る。好ましい態様では、本発明のペプチドおよびポリヌクレオチドは単離または精製されている。
【００２６】
「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」という用語は、本明細書で互換的に用いられ、アミノ酸残基のポリマーを指す。本用語は、１個または複数個のアミノ酸残基が修飾された残基であるか、または対応する天然アミノ酸の人工的な化学的模倣体などの非天然残基であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然アミノ酸ポリマーに適用される。
本明細書で時として用いる「オリゴペプチド」という用語は、長さが２０残基またはそれ未満、典型的には１５残基またはそれ未満の本発明のペプチド、および典型的には約８〜約１１残基、しばしば約９または１０残基から構成される本発明のペプチドを指すのに用いられる。
【００２７】
本明細書で用いる「アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然アミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣体を指す。アミノ酸は、Ｌ−アミノ酸またはＤ−アミノ酸のいずれかであり得る。天然アミノ酸とは、遺伝暗号によってコードされるアミノ酸、および細胞内で翻訳後に修飾されたアミノ酸（例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、およびＯ−ホスホセリン）である。「アミノ酸類似体」という語句は、天然アミノ酸と同じ基本化学構造（水素、カルボキシ基、アミノ基、およびＲ基に結合したα炭素）を有するが、修飾されたＲ基または修飾された骨格を有する化合物（例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニン、スルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム）を指す。「アミノ酸模倣体」という語句は、一般的なアミノ酸とは異なる構造を有するが、同様の機能を有する化合物を指す。
【００２８】
アミノ酸は、本明細書において、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名法委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）の推奨する、一般に公知の３文字表記または１文字表記で記載されてもよい。
「遺伝子」、「ポリヌクレオチド」、および「核酸」という用語は、本明細書において互換的に用いられ、特に別段の指定のない限り、アミノ酸と同様に、一般に受け入れられている１文字コードで記載される。
【００２９】
本明細書で用いる「組成物」という用語は、特定量の特定成分を含む生成物、ならびに特定量の特定成分の組み合わせから直接または間接的に生じる任意の生成物を包含することが意図される。「薬学的組成物」に関するそのような用語は、有効成分と担体を構成する任意の不活性成分とを含む生成物、ならびに任意の２つもしくはそれ以上の成分の組み合わせ、複合体形成、もしくは凝集から、１つもしくは複数の成分の解離から、または１つもしくは複数の成分の他の種類の反応もしくは相互作用から直接または間接的に生じる任意の生成物を包含することが意図される。したがって、本発明との関連において、「薬学的組成物」という用語は、本発明の化合物または物質と薬学的または生理学的に許容される担体とを混合することにより作製される任意の組成物を指す。本明細書で使用する「薬学的に許容される担体」または「生理学的に許容される担体」という語句は、液体もしくは固体増量剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、または封入材料を含むがこれらに限定されない、薬学的または生理学的に許容される材料、組成物、物質、化合物または媒体を意味する。
【００３０】
本明細書における「有効成分」という用語は、生物学的活性または生理的活性のある、組成物中の物質を指す。特に、薬学的組成物との関連において、「有効成分」という用語は、目的の薬理学的効果を示す物質を指す。例えば、がんの治療または予防に用いるための薬学的組成物の場合、組成物中の有効成分は、がん細胞および／または組織に対して直接的または間接的に、少なくとも１つの生物学的作用または生理的作用をもたらし得る。好ましくは、そのような作用には、がん細胞増殖の低下または阻害、がん細胞および／または組織の損傷または殺傷などが含まれ得る。典型的には、有効成分の間接的効果は、がん細胞を認識または殺傷するＣＴＬの誘導である。製剤化される前には、「有効成分」は「バルク」、「原薬」、または「原体」とも称され得る。
【００３１】
別段の定めのない限り、「がん」という用語は、ＴＯＭＭ３４遺伝子を過剰発現するがんを指し、その例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
別段の定めのない限り、「細胞傷害性Ｔリンパ球」、「細胞傷害性Ｔ細胞」、および「ＣＴＬ」という用語は本明細書において互換的に用いられ、特に別段の指定のない限り、非自己細胞（例えば、腫瘍細胞、ウイルス感染細胞）を認識し、そのような細胞の死滅を誘導することができるＴリンパ球のサブグループを指す。
別段の定めのない限り、「ＨＬＡ−Ａ２」という用語は，サブタイプを含むＨＬＡ−Ａ２型を指し、その例には、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２０２、ＨＬＡ−Ａ＊０２０３、ＨＬＡ−Ａ＊０２０４、ＨＬＡ−Ａ＊０２０５、ＨＬＡ−Ａ＊０２０６、ＨＬＡ−Ａ＊０２０７、ＨＬＡ−Ａ＊０２１０、ＨＬＡ−Ａ＊０２１１、ＨＬＡ−Ａ＊０２１３、ＨＬＡ−Ａ＊０２１６、ＨＬＡ−Ａ＊０２１８、ＨＬＡ−Ａ＊０２１９、ＨＬＡ−Ａ＊０２２８、およびＨＬＡ−Ａ＊０２５０が含まれるが、これらに限定されない。
【００３２】
別段の定めのない限り、本明細書で用いる「キット」という用語は、試薬と他の物質との組み合わせに関して用いられる。本明細書では、キットはマイクロアレイ、チップ、マーカー等を含み得ることが企図される。「キット」という用語は、試薬および／または物質の特定の組み合わせに限定されないことが意図される。
対象または患者との関連において、本明細書で用いる「対象の（または患者の）ＨＬＡ抗原はＨＬＡ−Ａ２である」という語句は、その対象または患者がＭＨＣ（主要組織適合複合体）クラスＩ分子としてＨＬＡ−Ａ２抗原遺伝子をホモ接合的またはヘテロ接合的に保有し、ＨＬＡ−Ａ２抗原が対象または患者の細胞においてＨＬＡ抗原として発現していることを指す。
【００３３】
本発明の方法および組成物ががんの「治療」との関連において有用である限り、治療が、ＴＯＭＭ３４遺伝子の発現の低下、または対象におけるがんの大きさ、広がり、もしくは転移能の減少などの臨床的利点をもたらす場合に、治療は「有効である」と見なされる。治療を予防的に適用する場合、「有効な」とは、治療によって、がんの形成が遅延されるもしくは妨げられるか、またはがんの臨床症状が妨げられるもしくは緩和されることを意味する。有効性は、特定の腫瘍の種類を診断または治療するための任意の公知の方法と関連して決定される。
【００３４】
本発明の方法および組成物ががんの「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎおよびｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）」との関連において有用である限り、そのような用語は本明細書において互換的に用いられ、疾患による死亡率または罹患率の負荷を軽減させる任意の働きを指す。予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎおよびｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）は、「第一次、第二次、および第三次の予防レベル」で行われ得る。第一次の予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎおよびｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）は疾患の発生を回避するのに対し、第二次および第三次レベルの予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎおよびｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）は、疾患の進行および症状の出現を予防することに加え、機能を回復させ、かつ疾患関連の合併症を減少させることによって、既存の疾患の悪影響を低下させることを目的とした働きを包含する。あるいは、予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎおよびｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）は、特定の障害の重症度を緩和すること、例えば腫瘍の増殖および転移を減少させることを目的とした広範囲の予防的療法を含み得る。
【００３５】
本発明との関連において、がんの治療および／もしくは予防、ならびに／または術後のその再発の予防は、以下の段階、がん細胞の外科的切除、がん性細胞の増殖の阻害、腫瘍の退行または退縮、寛解の誘導およびがんの発生の抑制、腫瘍退縮、ならびに転移の低減または阻害などの段階のいずれかを含む。がんの効果的な治療および／または予防は、死亡率を減少させ、がんを有する個体の予後を改善し、血中の腫瘍マーカーのレベルを低下させ、かつがんに伴う検出可能な症状を緩和する。例えば、症状の軽減または改善は効果的な治療および／または予防を構成し、１０％、２０％、３０％、もしくはそれ以上の軽減もしくは安定した疾患を含む。
【００３６】
本発明との関連において、「抗体」という用語は、指定のタンパク質またはそのペプチドと特異的に反応する免疫グロブリンおよびその断片を指す。抗体には、ヒト抗体、霊長類化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、他のタンパク質または放射標識と融合させた抗体、および抗体断片が含まれ得る。さらに、本明細書において抗体は広義で使用され、具体的には完全なモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも２つの完全な抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）を包含し、また所望の生物学的活性を示す限り、抗体断片を包含する。「抗体」は、すべてのクラス（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭ）を示す。
別段の定めのない限り、本明細書で使用する技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。
【００３７】
ＩＩ．ペプチド
以下で詳述する本発明のペプチドは、ＴＯＭＭ３４ペプチドと称され得る。
ＴＯＭＭ３４由来のペプチドがＣＴＬによって認識される抗原として機能することを実証するために、ＴＯＭＭ３４（配列番号：４２）由来のペプチドを解析して、それらが、通常見られるＨＬＡアリルであるＨＬＡ−Ａ２によって拘束される抗原エピトープであるかどうかを判定した（Ｄａｔｅ  Ｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｉｓｓｕｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ４７：９３−１０１，１９９６；Ｋｏｎｄｏ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５５：４３０７−１２，１９９５；Ｋｕｂｏ  ＲＴ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５２：３９１３−２４，１９９４）。ＴＯＭＭ３４由来のＨＬＡ−Ａ２結合ペプチドの候補を、ＨＬＡ−Ａ２に対するそれらの結合親和性に関する情報を用いて同定した。以下の候補ペプチドを同定した；
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−７７（配列番号：２）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−５２（配列番号：３）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１１０（配列番号：４）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２３０（配列番号：６）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１０３（配列番号：７）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−８０（配列番号：８）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２５５（配列番号：９）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２３（配列番号：１０）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１９５（配列番号：１１）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１１１（配列番号：１２）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２３８（配列番号：１３）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１（配列番号：１４）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１１３（配列番号：１５）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２５３（配列番号：１６）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２３９（配列番号：１７）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１４４（配列番号：１８）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−１４２（配列番号：１９）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２７９（配列番号：２０）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１４３（配列番号：２１）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−９７（配列番号：２２）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−７９（配列番号：２３）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２３７（配列番号：２４）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１３５（配列番号：２５）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２１９（配列番号：２６）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２３８（配列番号：２７）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１２７（配列番号：２８）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１１３（配列番号：２９）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２４１（配列番号：３０）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１９５（配列番号：３３）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１１２（配列番号：３４）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１９４（配列番号：３５）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２９９（配列番号：３６）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１４１（配列番号：３７）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１６０（配列番号：３８）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１７５（配列番号：３９）および
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１８６（配列番号：４０）。
【００３８】
さらに、これらのペプチドを負荷した樹状細胞（ＤＣ）によるＴ細胞のインビトロでの刺激後、以下の各ペプチドを用いてＣＴＬの樹立に成功した：
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）、
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）、および
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）。
樹立されたこれらのＣＴＬは、各ペプチドをパルスした標的細胞に対して強力な特異的ＣＴＬ活性を示した。本明細書におけるこれらの結果は、ＴＯＭＭ３４がＣＴＬによって認識される抗原であること、および試験したペプチドがＨＬＡ−Ａ２拘束性ＴＯＭＭ３４のエピトープペプチドであることを実証している。
【００３９】
ＴＯＭＭ３４遺伝子は、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍を含むがこれらに限定されないがん細胞および組織において過剰発現されるが、ほとんどの正常器官では発現されないため、これは免疫療法の優れた標的である。したがって、本発明は、ＴＯＭＭ３４からのＣＴＬによって認識されるエピトープのノナペプチド（９個のアミノ酸残基から構成されるペプチド）およびデカペプチド（１０個のアミノ酸残基から構成されるペプチド）を提供する。あるいは、本発明は、ＨＬＡ抗原と結合し、かつ細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を誘導する単離されたペプチドであって、配列番号：４２のアミノ酸配列を有するまたはその免疫学的活性断片である、単離されたペプチドを提供する。具体的には、本発明は、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を含むペプチドを提供する。より具体的には、いくつかの態様において、本発明は、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列からなるペプチドを提供する。
【００４０】
一般に、Ｐａｒｋｅｒ  ＫＣ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９４，１５２（１）：１６３−７５に記載されているソフトウェアプログラムなどの、インターネット上で現在利用可能なソフトウェアプログラムを用いて、様々なペプチドとＨＬＡ抗原との間の結合親和性をインシリコで算出することができる。ＨＬＡ抗原との結合親和性は、例えば、Ｐａｒｋｅｒ  ＫＣ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９４，１５２（１）：１６３−７５；およびＫｕｚｕｓｈｉｍａ  Ｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ  ２００１，９８（６）：１８７２−８１，Ｌａｒｓｅｎ  ＭＶ  ｅｔ  ａｌ．ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２００７；８：４２４、およびＢｕｕｓ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｔｉｓｓｕｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ．，６２：３７８−８４，２００３に記載されているように測定することができる。結合親和性を測定するための方法は、例えば、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，１９９５，１８５：１８１−１９０；およびＰｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００，９：１８３８−１８４６に記載されている。したがって、そのようなソフトウェアプログラムを用いて、ＨＬＡ抗原との高い結合親和性を有するＴＯＭＭ３４由来の断片を容易に選択することができる。したがって、本発明は、そのような公知のプログラムによって決定されたＨＬＡ抗原との高い結合親和性を有するＴＯＭＭ３４由来の任意の断片から構成されるペプチドを包含する。さらに、そのようなペプチドは、ＴＯＭＭ３４の全長配列（配列番号：４２）を含み得る。
【００４１】
本発明のペプチド、特に本発明のノナペプチドおよびデカペプチドは、ペプチドがそのＣＴＬ誘導能を保持する限り、付加的なアミノ酸残基と隣接させ得る。特定の付加的なアミノ酸残基は、それらが元のペプチドのＣＴＬ誘導能を損なわない限り、任意の種類のアミノ酸から構成され得る。したがって、本発明は、ＨＬＡ抗原に対する結合親和性を有するペプチド、特にＴＯＭＭ３４由来のペプチドを包含する。そのようなペプチドは、例えば、約４０アミノ酸未満であり、多くの場合は約２０アミノ酸未満であり、通常は約１５、１４、１３、１２、１１、または１０アミノ酸未満である。
【００４２】
一般に、あるペプチド中の１個、または複数個のアミノ酸の改変は該ペプチドの機能に影響を及ぼさず、または場合によって元のタンパク質の所望の機能を増強することさえある。実際に、改変ペプチド（すなわち、元の参照配列に対して１個、２個、または数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入または付加を行うことによって改変されたアミノ酸配列から構成されるペプチド）は、元のペプチドの生物学的活性を保持することが知られている  （Ｍａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １９８４，８１：５６６２−６；Ｚｏｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  １９８２，１０：６４８７−５００；Ｄａｌｂａｄｉｅ−ＭｃＦａｒｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １９８２，７９：６４０９−１３）。したがって、本発明の１つの態様によれば、本発明のＣＴＬ誘導能を有するペプチドは、１個、２個またはさらにはそれ以上のアミノ酸が付加、欠失、挿入、および／または置換された配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列からなるペプチドで構成され得る。
【００４３】
当業者は、単一のアミノ酸もしくはアミノ酸配列全体のわずかな割合を変更する、アミノ酸配列に対する個々の改変（すなわち、欠失、挿入、付加または置換）が、元のアミノ酸側鎖の特性の保存をもたらすことを認識している；これはそのため、「保存的置換」または「保存的改変」と称され、この場合にはタンパク質の変更によって類似の機能を有するタンパク質がもたらされる。機能的に類似しているアミノ酸を提示する保存的置換の表は、当技術分野において周知である。アミノ酸側鎖の特性の例は、疎水性アミノ酸（Ａ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｗ、Ｙ、Ｖ）、親水性アミノ酸（Ｒ、Ｄ、Ｎ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｓ、Ｔ）、ならびに以下の官能基または特徴を共通して有する側鎖である：脂肪族側鎖（Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｐ）；ヒドロキシル基含有側鎖（Ｓ、Ｔ、Ｙ）；硫黄原子含有側鎖（Ｃ、Ｍ）；カルボン酸およびアミド含有側鎖（Ｄ、Ｎ、Ｅ、Ｑ）；塩基含有側鎖（Ｒ、Ｋ、Ｈ）；ならびに芳香族含有側鎖（Ｈ、Ｆ、Ｙ、Ｗ）。加えて、以下の８群はそれぞれ、相互に保存的置換であるアミノ酸を含む：
１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；
２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；
３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；
４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；
５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；
６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；
７）セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）；および
８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  １９８４を参照されたい）。
【００４４】
このような保存的改変ペプチドもまた、本発明のペプチドと見なされる。しかし、本発明のペプチドはこれらに限定されず、生じた改変ペプチドが元の改変されていないペプチドのＣＴＬ誘導能を保持する限り、非保存的な改変を含み得る。さらに、改変ペプチドは、ＴＯＭＭ３４の多型変異体、種間相同体、およびアリルのＣＴＬ誘導可能なペプチドを排除しない。
【００４５】
より高い結合親和性を達成するために、本発明のペプチドに対してアミノ酸残基を挿入、置換、または付加してもよく、あるいは本発明のペプチドからアミノ酸残基を欠失させてもよい。必要なＣＴＬ誘導能を保持するために、好ましくは少数の（例えば、１個、２個、または数個の）または低い割合のアミノ酸を改変（すなわち、欠失、挿入、付加、または置換）する。本明細書において、「数個」という用語は、５個またはそれ未満のアミノ酸、例えば３個、またはそれ未満を意味する。改変されるアミノ酸の割合は、２０％またはそれ未満、例えば、１５％またはそれ未満、例えば１０％またはそれ未満、例えば１〜５％であり得る。
【００４６】
さらに、本発明のペプチドは、より高い結合親和性を達成するために、そのようなアミノ酸残基によって置換または付加され得る。免疫療法において用いられた場合、本発明のペプチドはＨＬＡ抗原との複合体として細胞またはエキソソームの表面上に提示される。天然に提示されるペプチドに加えて、ＨＬＡ抗原への結合によって提示されるペプチドの配列の規則性は既知であることから  （Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９４，１５２：３９１３；Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  １９９５，４１：１７８；Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９４，１５５：４３０７）、そのような規則性に基づいた改変を本発明の免疫原性ペプチドに導入してもよい。
【００４７】
例えば、高いＨＬＡ−Ａ２結合親和性を有するペプチドは、Ｎ末端から２番目のアミノ酸がロイシンまたはメチオニンで置換されている傾向がある。同様に、Ｃ末端がバリンまたはロイシンで置換されているペプチドを用いることが有利なこともある。したがって、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を有するペプチドであって、前記配列番号のアミノ酸配列のＮ末端から２番目のアミノ酸がロイシンもしくはメチオニンで置換されている、および／または前記配列番号のアミノ酸配列のＣ末端がバリンもしくはロイシンで置換されているペプチドは、本発明に包含される。末端のアミノ酸においてだけでなく、ペプチドの潜在的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）認識部位においても、置換を導入することができる。いくつかの研究は、例えばＣＡＰ１、ｐ５３（２６４−２７２）、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ（３６９−３７７）、またはｇｐ１００（２０９−２１７）など、アミノ酸置換を有するペプチドが元のペプチドと同等であるかまたはより優れている場合があることを実証している（Ｚａｒｅｍｂａ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７，４５７０−４５７７，１９９７，Ｔ．Ｋ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２００２）；１６８（３）：１３３８−４７．，Ｓ．Ｏ．Ｄｉｏｎｎｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．（２００３）５２：１９９−２０６、およびＳ．Ｏ．Ｄｉｏｎｎｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  （２００４）５３，３０７−３１４）。
本発明はまた、本発明のペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に対する１個、２個、または数個のアミノ酸の付加も企図する。高いＨＬＡ抗原結合親和性を有し、かつＣＴＬ誘導能を保持するそのような改変ペプチドもまた、本発明に含まれる。
【００４８】
例えば、本発明は、ＨＬＡ抗原に結合し、ＣＴＬ誘導能を有し、かつ以下の中から選択されるアミノ酸配列を含む、長さが１４、１３、１２、１１、または１０アミノ酸未満の単離されたペプチドを提供する：
（ｉ）アミノ酸配列が配列番号：１および５の中から選択される；
（ｉｉ）配列番号：１および５の中から選択されるアミノ酸配列において１個、２個、または数個のアミノ酸が改変されているアミノ酸配列；ならびに
（ｉｉｉ）以下の特徴のうち一方または両方を有する、（ｉｉ）のアミノ酸配列；
（ａ）前記配列番号のＮ末端から２番目のアミノ酸がロイシンおよびメチオニンの中から選択される；および
（ｂ）前記配列番号のＣ末端アミノ酸がバリンおよびロイシンの中から選択される。
【００４９】
さらに、本発明はまた、ＨＬＡ抗原に結合し、ＣＴＬ誘導能を有し、かつ以下の中から選択されるアミノ酸配列を含む、長さが１５、１４、１３、１２、または１１アミノ酸未満の単離されたペプチドも提供する：
（ｉ'）配列番号：３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列；
（ｉｉ'）配列番号：３１および３２からなる群より選択されるアミノ酸配列において１個、２個、または数個のアミノ酸が改変されているアミノ酸配列；ならびに
（ｉｉｉ'）以下の特徴のうち一方または両方を有する、（ｉｉ'）のアミノ酸配列：
（ａ）前記配列番号のＮ末端から２番目のアミノ酸がロイシンおよびメチオニンの中から選択される；および
（ｂ）前記配列番号のＣ末端アミノ酸がバリンおよびロイシンの中から選択される。
【００５０】
これらのペプチドがＡＰＣと接触すると、これらのペプチドはＡＰＣ上のＨＬＡ抗原と結合して、ＨＬＡ抗原との複合体としてＡＰＣ上に提示される。あるいは、これらのペプチドはＡＰＣに導入され、ＡＰＣ内において（ｉ）〜（ｉｉｉ）および（ｉ'）〜（ｉｉｉ'）の中から選択されるアミノ酸配列からなる断片へとプロセシングされて、ＨＬＡ抗原との複合体としてＡＰＣ上に提示される。その結果、そのようなペプチドに対して特異的なＣＴＬが誘導される。
【００５１】
しかしながら、ペプチド配列が、異なる機能を有する内因性または外因性タンパク質のアミノ酸配列の一部と同一である場合、自己免疫障害または特定の物質に対するアレルギー症状などの副作用が誘発される可能性がある。したがって、ペプチドの配列が別のタンパク質のアミノ酸配列と一致する状況を回避するために、利用可能なデータベースを用いて相同性検索を行うことができる。相同性検索から、対象ペプチドと１個または２個のアミノ酸が異なるペプチドでさえも存在しないことが明らかになった場合には、そのような副作用の危険を全く伴うことなしに、ＨＬＡ抗原とのその結合親和性を増大させるため、および／またはそのＣＴＬ誘導能を増大させるために、該対象ペプチドを改変し得る。
【００５２】
上記のようにＨＬＡ抗原に対する高い結合親和性を有するペプチドは、非常に効果的であると予測されるが、高い結合親和性の存在を指標として選択された候補ペプチドを、ＣＴＬ誘導能の有無についてさらに調べる。本明細書において「ＣＴＬ誘導能」という語句は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）上に提示された場合に、ＣＴＬを誘導するペプチドの能力を示す。さらに、「ＣＴＬ誘導能」は、ＣＴＬ活性化を誘導する、ＣＴＬ増殖を誘導する、ＣＴＬによる標的細胞の溶解を促進する、およびＣＴＬのＩＦＮ−γ産生を増加させる、ペプチドの能力を含む。
【００５３】
ＣＴＬ誘導能の確認は、ヒトＭＨＣ抗原を保有するＡＰＣ（例えば、Ｂリンパ球、マクロファージ、および樹状細胞（ＤＣ））、またはより具体的にはヒト末梢血単核白血球由来のＤＣを誘導し、ペプチドで刺激した後、ＣＤ８陽性Ｔ細胞と混合し、その後、標的細胞に対してＣＴＬによって産生および放出されたＩＦＮ−γを測定することにより達成され得る。反応系として、ヒトＨＬＡ抗原を発現するように作製されたトランスジェニック動物（例えば、ＢｅｎＭｏｈａｍｅｄ  Ｌ，Ｋｒｉｓｈｎａｎ  Ｒ，Ｌｏｎｇｍａｔｅ  Ｊ，Ａｕｇｅ  Ｃ，Ｌｏｗ  Ｌ，Ｐｒｉｍｕｓ  Ｊ，Ｄｉａｍｏｎｄ  ＤＪ，Ｈｕｍ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０００，６１（８）：７６４−７９，Ｒｅｌａｔｅｄ  Ａｒｔｉｃｌｅｓ，Ｂｏｏｋｓ，Ｌｉｎｋｏｕｔ  Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ＣＴＬ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｂｙ  ａ  ｍｉｎｉｍａｌ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｉｎ  ＨＬＡ−Ａ＊０２０１／ＤＲ１  ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  ｍｉｃｅ：ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ  ｏｎ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  ＩＩ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ  Ｔ（Ｈ）ｒｅｓｐｏｎｓｅに記載されているもの）を用いることができる。例えば、標的細胞を５１Ｃｒ等で放射標識してもよく、標的細胞から放出された放射能から細胞傷害活性を算出し得る。あるいは、固定化したペプチドを保有するＡＰＣの存在下で、ＣＴＬによって産生および放出されたＩＦＮ−γを測定し、抗ＩＦＮ−γモノクローナル抗体を用いて培地上の阻止帯を可視化することによってＣＴＬ誘導能を調べてもよい。
【００５４】
上記のようにペプチドのＣＴＬ誘導能を調べることにより、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を有するノナペプチドまたはデカペプチドが、ＨＬＡ抗原に対する高い結合親和性に加えて、特に高いＣＴＬ誘導能を示すことが見出された。したがって、これらのペプチドは本発明の好ましい態様として例示される。
【００５５】
さらに、相同性解析により、そのようなペプチドが、他のいかなる公知のヒト遺伝子産物に由来するペプチドとも有意な相同性を有していないことが実証された。したがって、免疫療法に用いた場合に未知のまたは望ましくない免疫応答が生じる可能性は低減され得る。したがって、この局面からもまた、これらのペプチドはがん患者においてＴＯＭＭ３４に対する免疫を誘発するために使用される。それ故に、本発明の好ましいペプチドは、配列番号：１、５、３１および３２からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるペプチドである。
【００５６】
上記で論じた、本発明のペプチドの改変に加えて、本発明のペプチドはまた、それらがＣＴＬ誘導能を保持する限り、より好ましくは必要なＨＬＡ結合を保持する限り、他のペプチドに連結させてもよい。「他の」適切なペプチドの例には、本発明のペプチドまたは他のＴＡＡに由来するＣＴＬ誘導性ペプチドが含まれる。ペプチド間のリンカーは当技術分野で周知であり、例えばＡＡＹ（Ｐ．Ｍ．Ｄａｆｔａｒｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｔｒａｎｓ  Ｍｅｄ  ２００７，５：２６）、ＡＡＡ、ＮＫＲＫ（Ｒ．Ｐ．Ｍ．Ｓｕｔｍｕｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０００，１６５：７３０８−７３１５）、またはＫ（Ｓ．Ｏｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎ  Ｒｅｓ．６２，１４７１−１４７６、Ｋ．Ｓ．Ｋａｗａｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００２，１６８：５７０９−５７１５）である。
【００５７】
例えば、ＨＬＡクラスＩおよび／またはクラスＩＩを介する免疫応答を増大させるために、ＴＯＭＭ３４ではない腫瘍関連抗原ペプチドを実質的に同時に使用することもできる。がん細胞が２種類以上の腫瘍関連遺伝子を発現し得ることは、十分に確立されている。したがって、特定の対象がさらなる腫瘍関連遺伝子を発現するかどうかを判定すること、ならびに続いてＴＯＭＭ３４組成物またはワクチン中に、そのような遺伝子の発現産物に由来するＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含めることは、当業者の慣例的な実験法の範囲内である。
【００５８】
ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの例は当業者に公知であり（例えば、Ｃｏｕｌｉｅ，Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  １３：３９３−４０３，１９９５を参照されたい）、したがって本明細書に開示したものと同様の様式で本発明において用いることができる。したがって、当業者は、１種もしくは複数種のＴＯＭＭ３４ペプチドおよび１種もしくは複数種のＴＯＭＭ３４ではないペプチドを含むポリペプチド、またはそのようなポリペプチドをコードする核酸を、分子生物学の標準的な手順を用いて容易に調製することができる。
【００５９】
上記のペプチドを本明細書では「ポリトープ」と称し、これはすなわち、様々な配置（例えば、連鎖状、重複）で連結され得る、２つまたはそれ以上の潜在的な免疫原性または免疫応答刺激性ペプチドの群である。ポリトープ（またはポリトープをコードする核酸）を標準的な免疫化プロトコールで例えば動物に投与して、免疫応答の刺激、増強、および／または誘発における該ポリトープの有効性を試験することができる。
【００６０】
ペプチドを直接的にまたは隣接配列の使用により連結して、ポリトープを形成することができ、ポリトープのワクチンとしての使用は当技術分野において周知である（例えば、Ｔｈｏｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９２（１３）：５８４５−５８４９，１９９５；Ｇｉｌｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１５（１２）：１２８０−１２８４，１９９７；Ｔｈｏｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５７（２）：８２２−８２６，１９９６；Ｔａｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７１（ｌ）：２９９−３０６，１９９０を参照されたい）。様々な数および組み合わせのエピトープを含むポリトープを調製することができ、ＣＴＬによる認識について、および免疫応答の増大における有効性について試験することができる。
【００６１】
本発明のペプチドは、それらが元のペプチドのＣＴＬ誘導能を保持する限り、他の物質にさらに連結させてもよい。適切な物質の例には、ペプチド、脂質、糖および糖鎖、アセチル基、天然および合成のポリマー等が含まれ得る。本発明のペプチドは、修飾によって本明細書に記載するペプチドの生物学的活性が損なわれない限り、糖鎖付加、側鎖酸化またはリン酸化などの修飾を含んでもよい。このような種類の修飾は、付加的な機能（例えば、標的化機能および送達機能）を付与するため、またはポリペプチドを安定化するために実施し得る。
【００６２】
例えば、ポリペプチドのインビボ安定性を高めるために、Ｄ−アミノ酸、アミノ酸模倣体、または非天然アミノ酸を導入することが当技術分野において公知であり、この概念を本発明のポリペプチドにも適用し得る。ポリペプチドの安定性は、いくつかの方法でアッセイし得る。例えば、ペプチダーゼ、ならびにヒトの血漿および血清などの様々な生物学的媒質を用いて、安定性を試験することができる（例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ  Ｊ  Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ  １９８６，１１：２９１−３０２を参照されたい）。
【００６３】
さらに、上述したように、１個、２個、または数個のアミノ酸残基により置換、欠失、挿入、または付加されている改変ペプチドの中から、元のペプチドと比較して同じかまたはそれよりも高い活性を有するものをスクリーニングまたは選択することができる。したがって本発明はまた、元のものと比較して同じかまたはそれよりも高い活性を有する改変ペプチドをスクリーニングまたは選択する方法を提供する。例えば、該方法は以下の段階を含み得る：
ａ：本発明のペプチドの少なくとも１つのアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、または付加を行う段階；
ｂ：前記ペプチドの活性を決定する段階；および
ｃ：元のものと比較して同じかまたはより高い活性を有するペプチドを選択する段階。
本明細書において、前記活性には、ＭＨＣ結合活性、ＡＰＣまたはＣＴＬ誘導能、および細胞傷害活性が含まれ得る。
本発明のペプチドがシステイン残基を含む場合、それらのペプチドはシステイン残基のＳＨ基間のジスルフィド結合を介して二量体を形成する傾向がある。したがって、本発明のペプチドの二量体も、本発明のペプチドに含まれる。
【００６４】
ＩＩＩ．ＴＯＭＭ３４ペプチドの調製
周知の技法を用いて、本発明のペプチドを調製し得る。例えば、組換えＤＮＡ技術または化学合成によって、ペプチドを合成的に調製し得る。本発明のペプチドは、個々に、または２つもしくはそれ以上のペプチドを含むより長いポリペプチドとして、合成し得る。本ペプチドを単離してもよく、すなわち、他の天然の宿主細胞タンパク質およびそれらの断片、または他のいかなる化学物質も実質的に含まないように精製または単離し得る。
【００６５】
本発明のペプチドは、修飾によって元のペプチドの生物学的活性が損なわれない限り、糖鎖付加、側鎖酸化、またはリン酸化などの修飾を含み得る。他の例示的な修飾には、例えばペプチドの血清半減期を延長させるために用いることができる、Ｄ−アミノ酸または他のアミノ酸模倣体の組み込みが含まれる。
【００６６】
選択されたアミノ酸配列に基づいた化学合成によって、本発明のペプチドを得ることができる。例えば、この合成に採用され得る従来のペプチド合成法には、以下のものが含まれる：
（ｉ）Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９６６；
（ｉｉ）Ｔｈｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｖｏｌ．２，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９７６；
（ｉｉｉ）ペプチド合成（日本語）、丸善、１９７５；
（ｉｖ）ペプチド合成の基礎と実験（日本語），丸善，１９８５；
（ｖ）医薬品の開発（第２版）（日本語），第１４巻（ペプチド合成），広川書店，１９９１；
（ｖｉ）ＷＯ９９／６７２８８号；および
（ｖｉｉ）Ｂａｒａｎｙ  Ｇ．＆  Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ  Ｒ．Ｂ．，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  Ｖｏｌ．２，「Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８０，１００−１１８。
【００６７】
あるいは、ペプチドを産生するための任意の公知の遺伝子工学的方法を適合させて、本発明のペプチドを得ることもできる（例えば、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  Ｊ，Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ  １９７７，１３２：３４９−５１；Ｃｌａｒｋ−Ｃｕｒｔｉｓｓ  ＆  Ｃｕｒｔｉｓｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  （ｅｄｓ．Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．）１９８３，１０１：３４７−６２）。例えば、最初に、目的のペプチドを発現可能な形態で（例えば、プロモーター配列に相当する調節配列の下流に）コードするポリヌクレオチドを有する適切なベクターを調製し、適切な宿主細胞に形質転換する。そのようなベクターおよび宿主細胞も本発明によって提供される。次いで、該宿主細胞を培養して、関心対象のペプチドを産生させる。インビトロ翻訳系を採用して、ペプチドをインビトロで生成させてもよい。
【００６８】
ＩＶ．ポリヌクレオチド
本発明は、前述の本発明のペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチドを提供する。これらには、天然ＴＯＭＭ３４遺伝子（例えば、配列番号：４２（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００６８０９））由来のポリヌクレオチド、およびその保存的に改変されたヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドが含まれる。本明細書において「保存的に改変されたヌクレオチド配列」という語句は、同一のまたは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする配列を指す。遺伝暗号の縮重のため、数多くの機能的に同一の核酸が任意の特定のタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、およびＧＣＵはすべて、アミノ酸のアラニンをコードする。したがって、あるコドンによってアラニンが指定されるあらゆる位置において、コードされるポリペプチドを変化させることなく、該コドンを、記述された対応するコドンのいずれかに変更し得る。そのような核酸の変異は「サイレント変異」であり、保存的に改変された変異の一種である。ペプチドをコードする本明細書中のあらゆる核酸配列は、該核酸のあらゆる可能なサイレント変異をも表す。当業者は、核酸中の各コドン（通常メチオニンに対する唯一のコドンであるＡＵＧ、および通常トリプトファンに対する唯一のコドンであるＴＧＧを除く）を、機能的に同一の分子を生じるように改変し得ることを認識するであろう。したがって、ペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は、開示した各配列において非明示的に説明されている。
本発明のポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびそれらの誘導体から構成され得る。当技術分野において周知のように、ＤＮＡ分子は天然の塩基Ａ、Ｔ、Ｃ、およびＧなどの塩基で構成され、ＲＮＡではＴがＵに置き換えられる。当業者は、非天然塩基もまたポリヌクレオチドに含まれることを認識する。
【００６９】
本発明のポリヌクレオチドは、介在するアミノ酸配列を伴って、または伴わずに、本発明の複数のペプチドをコードし得る。例えば、介在するアミノ酸配列は、ポリヌクレオチドまたは翻訳されたペプチドの切断部位（例えば、酵素認識配列）を提供し得る。さらに、ポリヌクレオチドは、本発明のペプチドをコードするコード配列に対する任意の付加的配列を含み得る。例えば、ポリヌクレオチドは、ペプチドの発現に必要な調節配列を含む組換えポリヌクレオチドであってもよく、またはマーカー遺伝子等を有する発現ベクター（プラスミド）であってもよい。一般に、例えばポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼを用いる従来の組換え技法によりポリヌクレオチドを操作することによって、そのような組換えポリヌクレオチドを調製し得る。
【００７０】
組換え技法および化学合成技法のいずれを用いても、本発明のポリヌクレオチドを作製し得る。例えば、適切なベクターに挿入することによってポリヌクレオチドを作製してもよく、これはコンピテント細胞にトランスフェクトした場合に発現され得る。あるいは、ＰＣＲ技法または適切な宿主内での発現を用いてポリヌクレオチドを増幅してもよい（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８９を参照されたい）。あるいは、Ｂｅａｕｃａｇｅ  ＳＬ  ＆  Ｉｙｅｒ  ＲＰ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  １９９２，４８：２２２３−３１１；Ｍａｔｔｈｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ  １９８４，３：８０１−５に記載されている固相技法を用いてポリヌクレオチドを合成してもよい。
【００７１】
Ｖ．エキソソーム
本発明はさらに、本発明のペプチドとＨＬＡ抗原との間に形成された複合体を自身の表面上に提示する、エキソソームと称される細胞内小胞を提供する。エキソソームは、例えば公表特許公報  特表平１１−５１０５０７号およびＷＯ９９／０３４９９に詳述されている方法を用いて調製してもよく、治療および／または予防の対象となる患者から得られたＡＰＣを用いて調製してもよい。本発明のエキソソームは、本発明のペプチドと同様に、ワクチンとして接種し得る。
【００７２】
複合体中に含まれるＨＬＡ抗原の型は、治療および／または予防を必要とする対象のものと一致しなければならない。例えば日本人集団では、ＨＬＡ−Ａ２、特にＨＬＡ−Ａ＊０２０１およびＨＬＡ−Ａ＊０２０６が広く一般的であり、したがってこれは日本人患者の治療に適していると考えられる。日本人および白人集団の間で高発現するＨＬＡ−Ａ２型の使用は、有効な結果を得るのに好ましく、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１およびＨＬＡ−Ａ＊０２０６などのサブタイプが使用される。典型的には、クリニックにおいて、治療を必要とする患者のＨＬＡ抗原の型を予め調べることにより、この抗原に対して高レベルの結合親和性を有する、または抗原提示によるＣＴＬ誘導能を有するペプチドの適切な選択が可能となる。さらに、高い結合親和性およびＣＴＬ誘導能を示すペプチドを得るために、天然のＴＯＭＭ３４部分ペプチドのアミノ酸配列に基づいて、１個、２個、または数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、または付加を実施し得る。
本発明のエキソソームがＨＬＡ−Ａ２型をＨＬＡ抗原として保有する場合には、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を含むペプチドが特に有用である。
【００７３】
ＶＩ．抗原提示細胞（ＡＰＣ）
本発明はまた、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの間に形成された複合体を自身の表面上に提示する単離された抗原提示細胞（ＡＰＣ）を提供する。ＡＰＣは、治療および／または予防の対象となる患者に由来してもよく、かつ単独で、または本発明のペプチド、エキソソーム、もしくはＣＴＬを含む他の薬物と組み合わせて、ワクチンとして投与し得る。
【００７４】
ＡＰＣは特定の種類の細胞に限定されない。ＡＰＣの例には、リンパ球によって認識されるように自身の細胞表面上にタンパク質性抗原を提示することが知られている、樹状細胞（ＤＣ）、ランゲルハンス細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および活性化Ｔ細胞が含まれるが、これらに限定されない。ＤＣは、ＡＰＣの中で最も強力なＣＴＬ誘導作用を有する代表的なＡＰＣであるため、ＤＣは本発明のＡＰＣとして使用される。
【００７５】
例えば、末梢血単球からＤＣを誘導し、次にそれらをインビトロ、エクスビボ、またはインビボで本発明のペプチドと接触させる（ペプチドで刺激する）ことにより、本発明のＡＰＣを入手し得る。本発明のペプチドを対象に投与する場合、本発明のペプチドを提示するＡＰＣが該対象の体内で誘導される。「ＡＰＣを誘導する」という語句は、細胞を本発明のペプチドと接触させる（本発明のペプチドで刺激する）こと、または本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドを細胞に導入して、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの間に形成された複合体を細胞の表面に提示させることを含む。したがって、本発明のＡＰＣは、本発明のペプチドを対象に投与した後、該対象からＡＰＣを回収することによって得ることができる。あるいは、本発明のＡＰＣは、対象から回収されたＡＰＣを本発明のペプチドと接触させることによって得てもよい。
【００７６】
対象においてがんに対する免疫応答を誘導するために、本発明のＡＰＣを単独で、または本発明のペプチド、エキソソーム、もしくはＣＴＬを含む他の薬物と組み合わせて、対象に投与し得る。例えば、エクスビボ投与は以下の段階を含み得る：
ａ：第１の対象からＡＰＣを回収する段階；
ｂ：段階ａのＡＰＣを本発明のペプチドと接触させる段階；および
ｃ：段階ｂのＡＰＣを第２の対象に投与する段階。
【００７７】
第１の対象と第２の対象は同一の個体であってもよく、または異なる個体であってもよい。段階ｂによって得られたＡＰＣは、がんを治療および／または予防するためのワクチンとして機能し、がんの例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【００７８】
本発明との関連において、抗原提示細胞を誘導することができる薬学的組成物または剤を製造するために本発明のペプチドを使用し得る。抗原提示細胞を誘導するための薬学的組成物または剤を製造するための方法または工程が本明細書で提供され、それには、好ましくは本発明のペプチドを薬学的に許容される担体とともに混合または製剤化する段階が含まれる。
本発明はまた、抗原提示細胞を誘導するための本発明のペプチドの使用を提供する。
【００７９】
本発明の一局面によると、本発明のＡＰＣは高レベルのＣＴＬ誘導能を有する。「高レベルのＣＴＬ誘導能」という語句において、高レベルとは、ＣＴＬ誘導能が、ペプチドと接触させていないＡＰＣにおいて検出されるレベルと比較して相対的に高いことを意味する。高レベルのＣＴＬ誘導能を有するそのようなＡＰＣは、上記の方法に加え、本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをインビトロでＡＰＣに導入する段階を含む方法によって調製し得る。導入するポリヌクレオチドは、ＤＮＡまたはＲＮＡの形態であってよい。導入の方法の例には、特に限定されることなく、リポフェクション、エレクトロポレーション、およびリン酸カルシウム法などの、当分野において従来より実施されている様々な方法が含まれる。より具体的には、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １９９６，５６：５６７２−７；Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９８，１６１：５６０７−１３；Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９９６，１８４：４６５−７２；公表特許公報第２０００−５０９２８１号に記載されているように、それを実施し得る。本発明のペプチドをコードする遺伝子をＡＰＣに導入することによって、該遺伝子は細胞内で転写、翻訳等を受け、次いで、得られたタンパク質はＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩによってプロセシングされて、提示経路を経て本発明のペプチドが提示される。
あるいは、本発明のＡＰＣは、ＡＰＣを本発明のペプチドと接触させる段階を含む方法によって調製することもできる。
いくつかの態様において、本発明のＡＰＣは、ＨＬＡ−Ａ２抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する。
【００８０】
ＶＩＩ．細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）
本発明のペプチドのいずれかに対して誘導されたＣＴＬは、インビボでがん細胞を標的とする免疫応答を増強し、したがってペプチド自体と同様にワクチンとして使用し得る。したがって本発明は、本発明のペプチドのいずれかによって特異的に誘導または活性化される単離されたＣＴＬを提供する。
【００８１】
そのようなＣＴＬは、（１）本発明のペプチドを対象に投与すること、（２）対象由来のＡＰＣ、およびＣＤ８陽性Ｔ細胞、もしくは末梢血単核白血球をインビトロで本発明のペプチドと接触させる（本発明のペプチドで刺激する）こと、（３）ＣＤ８陽性Ｔ細胞もしくは末梢血単核白血球を、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するＡＰＣもしくはエキソソームとインビトロで接触させること、または（４）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットによって形成されるＴＣＲが、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体に細胞表面で結合することができる、該ＴＣＲサブユニットをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドを導入すること、によって得られ得る。（３）の方法のためのそのようなＡＰＣまたはエキソソームは、上記の方法によって調製することができる。（４）の方法の詳細は、以下の「ＶＩＩＩ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）」の章で説明する。
【００８２】
本発明のＣＴＬは、治療および／または予防の対象となる患者に由来してよく、かつ単独で投与してもよく、または効果を調節する目的で本発明のペプチドもしくはエキソソームを含む他の薬物と組み合わせて投与してもよい。得られたＣＴＬは、本発明のペプチド、例えば誘導に用いた同一のペプチドを提示する標的細胞に対して特異的に作用する。標的細胞は、がん細胞のようにＴＯＭＭ３４を内因性に発現する細胞、またはＴＯＭＭ３４遺伝子をトランスフェクトした細胞であってよく、かつ本発明のペプチドによる刺激によって該ペプチドを細胞表面上に提示する細胞もまた、活性化されたＣＴＬの攻撃の標的として機能し得る。
【００８３】
いくつかの態様において、本発明のＣＴＬは、ＨＬＡ−Ａ２抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面に提示する細胞を認識するＣＴＬである。ＣＴＬとの関連において、「細胞を認識する」という語句は、細胞表面上のＨＬＡ−Ａ２抗原と本発明のペプチドとの複合体にそのＴＣＲを介して結合すること、および細胞に対して特異的な細胞傷害活性を示すことを指す。本明細書において、「特異的な細胞傷害活性」とは、ＨＬＡ−Ａ２抗原と本発明のペプチドとの複合体を提示する細胞に対して細胞傷害活性を示すが、他の細胞に対しては細胞傷害活性を示さないことを指す。
【００８４】
ＶＩＩＩ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）
本発明はまた、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）のサブユニットを形成し得るポリペプチドをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを含む組成物、およびそれを使用する方法を提供する。そのようなＴＣＲサブユニットは、ＴＯＭＭ３４を発現する腫瘍細胞に対する特異性をＴ細胞に付与するＴＣＲを形成する能力を有する。当技術分野における公知の方法を用いることにより、本発明のペプチドで誘導されたＣＴＬのＴＣＲサブユニットの各α鎖および各β鎖をコードするポリヌクレオチドを同定することができる（ＷＯ２００７／０３２２５５号、およびＭｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１７１，３２８８  （２００３））。例えば、ＴＣＲを解析するためにはＰＣＲ法が好ましい。解析のためのＰＣＲプライマーは、例えば、５'側プライマーとしての５'−Ｒプライマー（５'−ｇｔｃｔａｃｃａｇｇｃａｔｔｃｇｃｔｔｃａｔ−３'）（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）、および３'側プライマーとしての、ＴＣＲα鎖Ｃ領域に特異的な３−ＴＲａ−Ｃプライマー（５'−ｔｃａｇｃｔｇｇａｃｃａｃａｇｃｃｇｃａｇｃｇｔ−３'）（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４）、ＴＣＲβ鎖Ｃ１領域に特異的な３−ＴＲｂ−Ｃ１プライマー（５'−ｔｃａｇａａａｔｃｃｔｔｔｃｔｃｔｔｇａｃ−３'）（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４５）、またはＴＣＲβ鎖Ｃ２領域に特異的な３−ＴＲβ−Ｃ２プライマー（５'−ｃｔａｇｃｃｔｃｔｇｇａａｔｃｃｔｔｔｃｔｃｔｔ−３'）（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）であってよいが、これらに限定されない。ＴＣＲ誘導体は、本発明のＴＯＭＭ３４ペプチドを提示する標的細胞と高い結合力で結合することができ、かつ任意で、本発明のＴＯＭＭ３４ペプチドを提示する標的細胞の効率的な殺傷をインビボおよびインビトロで媒介する。
【００８５】
ＴＣＲサブユニットをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチド（すなわち、両方のＴＣＲサブユニットをコードするポリヌクレオチド、または各々のＴＣＲサブユニットをコードするポリヌクレオチド）を、適切なベクター、例えばレトロウイルスベクターに組み込むことができる。これらのベクターは、当技術分野において周知である。該ポリヌクレオチドまたはそれらを有用に含むベクターを、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８陽性Ｔ細胞）、例えば患者由来のＴ細胞に導入し得る。有利には、本発明は、患者自身のＴ細胞（または別の哺乳動物のＴ細胞）の迅速な改変により、優れたがん細胞殺傷特性を有する改変Ｔ細胞を迅速かつ容易に作製することを可能にする容易に入手可能な組成物を提供する。
【００８６】
本発明のペプチドに対する特異的なＴＣＲとは、そのＴＣＲがＴ細胞の表面で発現された場合に、本発明のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を特異的に認識して、本発明のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を提示する標的細胞に対するＴ細胞特異的活性を付与することができる受容体である。そのようなＴＣＲサブユニットをコードするポリペプチドを導入することによって調製されたＣＴＬがそのような標的細胞を特異的に認識できることは、任意の公知の方法によって確認することができる。そのような方法の好ましい例には、例えば、ＨＬＡ分子および本発明のペプチドを用いるテトラマー解析、ならびにＥＬＩＳＰＯＴアッセイが含まれる。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにより、上記の方法によって調製されたＣＴＬが標的細胞を特異的に認識できること、およびそのような認識によって発生するシグナルが細胞内で伝達され得ることを確認することができる。さらにまた、上記の方法によって調製されたＣＴＬが標的細胞に対して特異的な細胞傷害活性を有することも、公知の方法によって確認できる。そのような方法の例には、例えば、ＨＬＡ−Ａ２抗原およびＴＯＭＭ３４の両方を発現する細胞を用いたクロム放出アッセイが含まれる。
【００８７】
一局面において、本発明は、ＴＣＲサブユニットポリペプチドをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチド（すなわち、両方のＴＣＲサブユニットをコードするポリヌクレオチド、または各々のＴＣＲサブユニットをコードするポリヌクレオチド）による形質導入によって調製されるＣＴＬを提供し、そのようなＴＣＲサブユニットによって形成されるＴＣＲは、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を有するＴＯＭＭ３４ペプチドとＨＬＡ−Ａ２抗原との複合体に細胞表面上で結合することができる。
【００８８】
形質導入されたＣＴＬは、インビボでがん細胞にホーミングすることができ、かつ周知のインビトロ培養法によって増殖させ得る（例えば、Ｋａｗａｋａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４２，３４５２−３４６１  （１９８９））。本発明のＣＴＬは、療法または防御を必要とする患者におけるがんの治療および予防のいずれかまたは両方に有用な免疫原性組成物を形成するために使用し得る（ＷＯ２００６／０３１２２１号）。
【００８９】
ＩＸ．薬学的な剤または組成物
ＴＯＭＭ３４の発現は、例としてＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるがこれらに限定されないがんでは、正常組織と比較して特異的に上昇しているため、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドは、がんの治療および／もしくは予防のため、ならびに／またはその術後再発の予防のために使用し得る。したがって、本発明は、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドの１種または複数種を有効成分として含む、がんの治療および／もしくは予防のための、ならびに／またはその術後再発の予防のための製剤化された薬学的な剤または組成物を提供する。あるいは、薬学的な剤または組成物として用いるために、本発明のペプチドを、前述のエキソソームまたはＡＰＣなどの細胞のいずれかの表面上に発現させ得る。加えて、本発明のペプチドのいずれかを標的とする前述のＣＴＬもまた、本発明の薬学的な剤または組成物の有効成分として用いることができる。
【００９０】
本発明の薬学的組成物はまた、ワクチンとしても使用される。本発明との関連において、「ワクチン」という語句（「免疫原性組成物」とも称される）は、動物に接種した際に抗腫瘍免疫を改善、増強、および／または誘導する機能を有する組成物を指す。
【００９１】
本発明の薬学的組成物は、ヒト、ならびにマウス、ラット、モルモット、ウサギ、ネコ、イヌ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマ、サル、ヒヒ、およびチンパンジー、特に商業的に重要な動物または家畜が含まれるがこれらに限定されない任意の他の哺乳動物を含む対象または患者において、がんを治療および／もしくは予防するため、ならびに／またはその術後再発を予防するために用いることができる。
【００９２】
別の態様において、本発明はまた、がんまたは腫瘍を治療するための薬学的な組成物または剤の製造における、以下の中から選択される有効成分の使用を提供する：
（ａ）本発明のペプチド；
（ｂ）本明細書で開示するペプチドを発現可能な形態でコードする核酸；
（ｃ）本発明のペプチドを自身の表面上に提示するＡＰＣまたはエキソソーム；および
（ｄ）本発明の細胞傷害性Ｔ細胞。
【００９３】
あるいは、本発明はさらに、がんまたは腫瘍の治療および／または予防において用いるための、以下の中から選択される有効成分を提供する：
（ａ）本発明のペプチド；
（ｂ）本明細書で開示するペプチドを発現可能な形態でコードする核酸；
（ｃ）本発明のペプチドを自身の表面上に提示するＡＰＣまたはエキソソーム；および
（ｄ）本発明の細胞傷害性Ｔ細胞。
【００９４】
あるいは、本発明はさらに、がんまたは腫瘍を治療または予防するための薬学的な組成物または剤を製造するための方法または工程を提供し、該方法または工程は、薬学的にまたは生理学的に許容される担体を以下の中から選択される有効成分とともに製剤化する段階を含む：
（ａ）本発明のペプチド；
（ｂ）本明細書で開示するペプチドを発現可能な形態でコードする核酸；
（ｃ）本発明のペプチドを自身の表面上に提示するＡＰＣまたはエキソソーム；および
（ｄ）本発明の細胞傷害性Ｔ細胞。
【００９５】
別の態様において、本発明はまた、がんまたは腫瘍を治療または予防するための薬学的な組成物または剤を製造するための方法または工程を提供し、該方法または工程は、以下の中から選択される有効成分を薬学的にまたは生理学的に許容される担体と混合する段階を含む：
（ａ）本発明のペプチド；
（ｂ）本明細書で開示するペプチドを発現可能な形態でコードする核酸；
（ｃ）本発明のペプチドを自身の表面上に提示するＡＰＣまたはエキソソーム；および
（ｄ）本発明の細胞傷害性Ｔ細胞。
【００９６】
本発明の薬学的な剤または組成物は、ヒト、ならびにマウス、ラット、モルモット、ウサギ、ネコ、イヌ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマ、サル、ヒヒ、およびチンパンジー、特に商業的に重要な動物または家畜が含まれるがこれらに限定されない任意の他の哺乳動物を含む対象または患者において、がんを治療および／もしくは予防するため、ならびに／またはその術後再発を予防するために用いることができる。
【００９７】
本発明によれば、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を含むペプチドは、強力かつ特異的な免疫応答を誘導し得るＨＬＡ−Ａ２拘束性エピトープペプチドまたはその候補であることが見出されている。したがって、配列番号：１、５、３１および３２のアミノ酸配列を有するこれらのペプチドのいずれかを含む本発明の薬学的な剤または組成物は、ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である対象への投与のために特に適している。同じことが、これらのペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチド（すなわち、本発明のポリヌクレオチド）を含む薬学的な剤または組成物にも当てはまる。
【００９８】
本発明の薬学的な剤または組成物によって治療されるがんは限定されず、ＴＯＭＭ３４が関与する（例えば、過剰発現される）任意のがんを含み、このがんにはＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【００９９】
本発明の薬学的な剤または組成物は、前述の有効成分に加えて、がん性細胞に対するＣＴＬを誘導する能力を有する他のペプチド、そのような他のペプチドをコードする他のポリヌクレオチド、そのような他のペプチドを提示する他の細胞等を含み得る。がん性細胞に対するＣＴＬを誘導する能力を有するそのような「他の」ペプチドの例には、がん特異的抗原（例えば、同定されたＴＡＡ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１００】
必要に応じて、本発明の薬学的な剤または組成物は、他の治療物質が、有効成分、例えば、本発明のペプチドのいずれかの抗腫瘍効果を阻害しない限り、有効成分としてそのような他の治療物質を任意に含み得る。例えば、製剤は、抗炎症性物質または抗炎症性組成物、鎮痛剤、化学療法薬等を含み得る。医薬自体に他の治療物質を含めることに加えて、本発明の医薬を、１つまたは複数の他の薬理学的組成物と連続してまたは同時に投与することもできる。医薬および薬理学的組成物の量は、例えば、使用する薬理学的組成物の種類、治療する疾患、ならびに投与のスケジュールおよび経路に依存する。
当業者は、本明細書で特に言及する成分に加えて、本発明の薬学的な剤または組成物が、対象となる製剤の種類を考慮した上で、当技術分野において慣例的な他の物質（例えば、増量剤、結合剤、希釈剤等）をさらに含み得ることを容易に認識するであろう。
【０１０１】
本発明の一態様において、本発明の薬学的な剤または組成物を、製品中に、例えば、治療される疾患、例えばがんの病態を治療するのに有用な材料を含むキットとして、包装することができる。該製品は、ラベルを有する本発明の薬学的な剤または組成物のいずれかの容器を含み得る。適切な容器には、ボトル、バイアル、および試験管が含まれる。該容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成され得る。容器上のラベルには、剤または組成物が、疾患の１つまたは複数の状態の治療または予防のために用いられることが示されるべきである。ラベルはまた、投与等に関する指示も示し得る。
【０１０２】
本発明の薬学的な剤または組成物を含むキットは、上記の容器に加えて、任意で、薬学的に許容される希釈剤を収容した第２の容器をさらに含み得る。第２の容器は、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、注射針、シリンジ、および使用説明書を備えた包装封入物を含む、商業上の観点および使用者の観点から望ましいその他の材料をさらに含み得る。
必要に応じて、有効成分を含む１つまたは複数の単位剤形を含み得るパックまたはディスペンサー装置にて、薬学的組成物を提供することができる。該パックは、例えば、ブリスターパックのように金属ホイルまたはプラスチックホイルを含み得る。パックまたはディスペンサー装置には、投与に関する説明書が添付され得る。
【０１０３】
（１）有効成分としてペプチドを含む薬学的な剤または組成物
本発明のペプチドは、薬学的な剤または組成物として直接投与してもよく、または必要であれば、従来の製剤化法によって製剤化してもよい。後者の場合、本発明のペプチドに加えて、薬物に通常用いられる担体、賦形剤等が特に制限なく必要に応じて含まれ得る。そのような担体の例は、滅菌水、生理食塩水、リン酸緩衝液、培養液等である。さらに、薬学的な剤または組成物は、必要に応じて、安定剤、懸濁液、保存剤、界面活性剤等を含み得る。本発明の薬学的な剤または組成物は、抗がん目的に用いることができる。
【０１０４】
インビボでＣＴＬを誘導するために、本発明のペプチドを、本発明のペプチドの２つまたはそれ以上を含む組み合わせとして調製することができる。ペプチドは、カクテルであってもよく、または標準的な技法を用いて互いに結合させてもよい。例えば、ペプチドを化学的に連結させてもよく、または１個もしくは数個のアミノ酸をリンカー（例えば、リジンリンカー：Ｋ．Ｓ．Ｋａｗａｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００２，１６８：５７０９−５７１５）として有し得る単一の融合ポリペプチド配列として発現させることもできる。組み合わせにおけるペプチドは、同一であってもよく、または異なっていてもよい。本発明のペプチドを投与することにより、ペプチドはＨＬＡ抗原によってＡＰＣ上に高密度で提示され、次いで、提示されたペプチドとＨＬＡ抗原との間に形成された複合体に対して特異的に反応するＣＴＬが誘導される。あるいは、ＡＰＣ（例えば、ＤＣ）を対象から取り出し、続いて本発明のペプチドで刺激して、本発明のペプチドのいずれかを自身の細胞表面上に提示するＡＰＣを得る。これらのＡＰＣを対象に再び投与し、対象においてＣＴＬを誘導させ、その結果として、腫瘍を伴う内皮に対する攻撃性を高めることもできる。
【０１０５】
本発明のペプチドのいずれかを有効成分として含む、がんの治療および／または予防のための薬学的な剤または組成物は、細胞性免疫が効果的に樹立されるようにアジュバントをさらに含むことができ、またはそれらを他の有効成分とともに投与することもでき、かつそれらを顆粒に製剤化することによって投与することもできる。アジュバントとは、免疫学的活性を有するタンパク質と共に（または連続して）投与した場合に、該タンパク質に対する免疫応答を増強する化合物を指す。適用できるアジュバントには、文献（Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ  １９９４，７：２７７−８９）中に記載されているものが含まれる。例示的なアジュバントには、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、ミョウバン、コレラ毒素、サルモネラ毒素、不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）、ＩＳＣＯＭａｔｒｉｘ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＣｐＧ、水中油型エマルション等が含まれるが、これらに限定されない。
さらに、リポソーム製剤、直径数マイクロメートルのビーズにペプチドが結合している顆粒製剤、およびペプチドに脂質が結合している製剤を好都合に用いてもよい。
【０１０６】
本発明の別の態様において、本発明のペプチドはまた、薬学的に許容される塩の形態で投与してもよい。塩の好ましい例には、アルカリ金属との塩、金属との塩、有機塩基との塩、有機酸との塩、および無機酸との塩が含まれる。本明細書で使用する「薬学的に許容される塩」という語句は、その化合物の生物学的有効性および特性を保持する塩を指し、それらは塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸等のような無機酸または無機塩基との反応によって得られる。
【０１０７】
いくつかの態様において、本発明の薬学的な剤または組成物は、ＣＴＬを刺激する成分をさらに含み得る。脂質は、ウイルス抗原に対してインビボでＣＴＬを刺激し得る物質または組成物として同定されている。例えば、パルミチン酸残基をリジン残基のεアミノ基およびαアミノ基に付着させ、次に本発明のペプチドに連結させることができる。次いで、脂質付加したペプチドを、ミセルもしくは粒子の状態で直接投与するか、リポソーム中に取り込ませて投与するか、またはアジュバント中に乳化させて投与することができる。ＣＴＬ応答の脂質による刺激の別の例として、適切なペプチドに共有結合している場合、トリパルミトイル−Ｓ−グリセリルシステイニル−セリル−セリン（Ｐ３ＣＳＳ）などの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）リポタンパク質を用いてＣＴＬを刺激することができる（例えば、Ｄｅｒｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  １９８９，３４２：５６１−４を参照されたい）。
【０１０８】
適切な投与方法の例には、経口、皮内、皮下、筋肉内、骨内、腹膜、および静脈内注射等、ならびに全身投与または標的部位の近傍への局所投与が含まれるが、必ずしもこれらに限定されない。投与は、単回投与によって実施することもできるし、または複数回投与によってブーストすることもできる。本発明のペプチドの用量は、治療される疾患、患者の年齢、体重、投与方法等に応じて適宜調整することができ、これは通常０．００１ｍｇ〜１０００ｍｇ、例えば０．０１ｍｇ〜１００ｍｇ、例えば０．１ｍｇ〜１０ｍｇ、例えば０．５ｍｇ〜５ｍｇであり、数日〜数ヶ月に１度投与することができる。当業者は、適切な用量を適宜選択することができる。
【０１０９】
（２）有効成分としてポリヌクレオチドを含む薬学的な剤または組成物
本発明の薬学的な剤または組成物はまた、本明細書に開示するペプチドを発現可能な形態でコードする核酸も含み得る。本明細書において、「発現可能な形態で」という語句は、ポリヌクレオチドが、細胞に導入された場合に、抗腫瘍免疫を誘導するポリペプチドとしてインビボで発現することを意味する。例示的な態様において、関心対象のポリヌクレオチドの核酸配列は、該ポリヌクレオチドの発現に必要な調節エレメントを含む。ポリヌクレオチドには、標的細胞のゲノムへの安定した挿入が達成されるように、必要なものを備えさせることができる（相同組換えカセットベクターの説明に関しては、例えばＴｈｏｍａｓ  ＫＲ  ＆  Ｃａｐｅｃｃｈｉ  ＭＲ，Ｃｅｌｌ  １９８７，５１：５０３−１２を参照されたい）。例えば、Ｗｏｌｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９０，２４７：１４６５−８；米国特許第５，５８０，８５９号；第５，５８９，４６６号；第５，８０４，５６６号；第５，７３９，１１８号；第５，７３６，５２４号；第５，６７９，６４７号；およびＷＯ９８／０４７２０号を参照されたい。ＤＮＡに基づく送達技術の例には、「裸のＤＮＡ」、促進された（ブピバカイン、ポリマー、ペプチド媒介性）送達、カチオン性脂質複合体、および粒子媒介性（「遺伝子銃」）または圧力媒介性の送達が含まれる（例えば、米国特許第５，９２２，６８７号を参照されたい）。
【０１１０】
ウイルスベクターまたは細菌ベクターによって本発明のペプチドを発現させることもできる。発現ベクターの例には、ワクシニアウイルスまたは鶏痘ウイルスなどの弱毒化ウイルス宿主が含まれる。このアプローチは、例えば、ペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現させるためのベクターとして、ワクシニアウイルスの使用を伴う。宿主に導入すると、組換えワクシニアウイルスは免疫原性ペプチドを発現し、それによって免疫応答を誘発する。免疫化プロトコールに有用なワクシニアベクターおよび方法は、例えば米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターはＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  １９９１，３５１：４５６−６０に記載されている。治療的な投与または免疫化に有用である多種多様な他のベクター、例えばアデノウイルスベクターおよびアデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）ベクター、無毒化炭疽毒素ベクター等が明らかである。例えば、Ｓｈａｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ  Ｍｅｄ  Ｔｏｄａｙ  ２０００，６：６６−７１；Ｓｈｅｄｌｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ  ２０００，６８：７９３−８０６；Ｈｉｐｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎ  Ｖｉｖｏ  ２０００，１４：５７１−８５を参照されたい。
【０１１１】
ポリヌクレオチドの患者への送達は、直接的であってよく、この場合にはポリヌクレオチドを保有するベクターに患者を直接曝露し、または間接的であってよく、この場合にはまずインビトロで細胞を関心対象のポリヌクレオチドで形質転換し、次いで該細胞を患者に移植する。これら２つのアプローチはそれぞれ、インビボおよびエクスビボの遺伝子治療として公知である。
【０１１２】
遺伝子治療の方法の一般的な総説に関しては、Ｇｏｌｄｓｐｉｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  １９９３，１２：４８８−５０５；Ｗｕ  ａｎｄ  Ｗｕ，Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ  １９９１，３：８７−９５；Ｔｏｌｓｔｏｓｈｅｖ，Ａｎｎ  Ｒｅｖ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｏｘｉｃｏｌ  １９９３，３３：５７３−９６；Ｍｕｌｌｉｇａｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９３，２６０：９２６−３２；Ｍｏｒｇａｎ  ＆  Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ａｎｎ  Ｒｅｖ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９９３，６２：１９１−２１７；Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １９９３，１１（５）：１５５−２１５を参照されたい。本発明にも適用可能な組換えＤＮＡ技術の分野において一般に公知の方法は、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹ，１９９３；およびＫｒｉｅｇｅｒ  ｉｎ，Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  ａｎｄ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９９０によって説明されている。
【０１１３】
ペプチドの投与と同様に、ポリヌクレオチドの投与は、経口、皮内、皮下、骨内、腹膜、および／または静脈内注射等で実施でき、例えば全身投与または標的部位の近傍への局所投与が使用される。投与は、単回投与によって実施することができ、または複数回投与によってブーストすることができる。適切な担体中のポリヌクレオチドの用量、または本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドで形質転換された細胞中のポリヌクレオチドの用量は、治療される疾患、患者の年齢、体重、投与方法等に応じて適宜調整することができ、これは通常０．００１ｍｇ〜１０００ｍｇ、例えば０．０１ｍｇ〜１００ｍｇ、例えば０．１ｍｇ〜１０ｍｇ、例えば０．５ｍｇ〜５ｍｇであり、数日に１度〜数ヶ月に１度投与することができる。当業者は、適切な用量を適宜選択することができる。
【０１１４】
Ｘ．ペプチド、エキソソーム、ＡＰＣ、およびＣＴＬを用いる方法
本発明のペプチドおよびポリヌクレオチドを用いてＡＰＣおよびＣＴＬを調製または誘導することができる。本発明のエキソソームおよびＡＰＣを用いて、ＣＴＬを誘導することもできる。ペプチド、ポリヌクレオチド、エキソソーム、およびＡＰＣは、組み合わせる他の化合物がそれらのＣＴＬ誘導能を阻害しない限り、任意の他の化合物と組み合わせて用いることができる。したがって、前述の本発明の薬学的な剤または組成物のいずれかを用いてＣＴＬを誘導することができる。それに加えて、前記ペプチドおよびポリヌクレオチドを含むものを用いて、以下に説明するようにＡＰＣを誘導することもできる。
【０１１５】
（１）抗原提示細胞（ＡＰＣ）を誘導する方法
本発明は、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドを用いて、高いＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣを誘導する方法を提供する。
本発明の方法は、ＡＰＣを本発明のペプチドとインビトロ、エクスビボ、またはインビボで接触させる段階を含む。例えば、ＡＰＣを該ペプチドとエクスビボで接触させる方法は、以下の段階を含み得る：
ａ：対象からＡＰＣを回収する段階；および
ｂ：段階ａのＡＰＣを本発明のペプチドと接触させる段階。
【０１１６】
ＡＰＣは特定の種類の細胞に限定されない。ＡＰＣの例には、リンパ球によって認識されるように自身の細胞表面上にタンパク質性抗原を提示することが知られている、ＤＣ、ランゲルハンス細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および活性化Ｔ細胞が含まれるが、これらに限定されない。ＤＣはＡＰＣの中で最も強力なＣＴＬ誘導能を有することから、好ましくはＤＣを用いることができる。本発明の任意のペプチドを単独で、または本発明の他のペプチドとともに用いることができる。
【０１１７】
一方、本発明のペプチドを対象に投与した場合、ＡＰＣがインビボでペプチドと接触し、その結果、高いＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣが対象の体内で誘導される。したがって、本発明の方法は、本発明のペプチドを対象に投与する段階を含み得る。同様に、本発明のポリヌクレオチドを発現可能な形態で対象に投与した場合、本発明のペプチドがインビボで発現してＡＰＣと接触し、その結果、高いＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣが対象の体内で誘導される。したがって本発明の方法は、前述の段階の代わりに、本発明のポリヌクレオチドを対象に投与する段階を含み得る。「発現可能な形態」は、上記の「ＩＸ．薬学的な剤または組成物、（２）ポリヌクレオチドを有効成分として含む薬学的な剤または組成物」の章で説明されている。
【０１１８】
あるいは、本発明の方法は、本発明のポリヌクレオチドをＡＰＣに導入してＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣを誘導することを含み得る。例えば、該方法は以下の段階を含み得る：
ａ：対象からＡＰＣを回収する段階；および
ｂ：本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドを導入する段階。
段階ｂは、「ＶＩ．抗原提示細胞」の章に上述したように行うことができる。
【０１１９】
あるいは、本発明は、ＴＯＭＭ３４に対するＣＴＬ活性を特異的に誘導する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を調製するための方法を提供し、該方法は以下の段階の一方を含む：
（ａ）インビトロ、エクスビボ、またはインビボで、ＡＰＣを本発明のペプチドと接触させる段階；および
（ｂ）本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階。
【０１２０】
あるいは、本発明は、ＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣを誘導するための方法を提供し、該方法は以下からなる群より選択される段階を含む：
（ａ）ＡＰＣを本発明のペプチドと接触させる段階；および
（ｂ）本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階。
【０１２１】
本発明の方法は、インビトロ、エクスビボ、またはインビボで実施することができる。好ましくは、本発明の方法は、インビトロ、またはエクスビボで実施することができる。ＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣの誘導のために用いられるＡＰＣは、好ましくはＨＬＡ−Ａ２抗原を発現するＡＰＣであり得る。そのようなＡＰＣは、ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である対象から得た末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から、当技術分野において周知の方法によって調製することができる。本発明の方法によって誘導されるＡＰＣは、本発明のペプチドとＨＬＡ抗原（ＨＬＡ−Ａ２抗原）との複合体を自身の表面上に提示するＡＰＣであり得る。対象においてがんに対する免疫応答を誘導するために、本発明の方法によって誘導したＡＰＣを該対象に投与する場合、該対象は、好ましくはＡＰＣが由来するのと同一の対象である。しかしながら、対象がＡＰＣドナーと同じＨＬＡ型を有する限り、該対象はＡＰＣドナーと異なる対象であってもよい。
別の態様において、本発明は、ＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣの誘導に用いるための剤または組成物を提供し、そのような剤または組成物は、本発明の１種または複数種のペプチドまたはポリヌクレオチドを含む。
別の態様において、本発明は、ＡＰＣの誘導のために製剤化される剤または組成物の製造における、本発明のペプチドまたは該ペプチドをコードするポリヌクレオチドの使用を提供する。
あるいは、本発明はさらに、ＣＴＬ誘導能を有するＡＰＣの誘導に用いるための本発明のペプチドまたは該ペプチドをコードするポリペプチドを提供する。
【０１２２】
（２）ＣＴＬを誘導する方法
本発明はまた、本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、またはエキソソーム、またはＡＰＣを用いてＣＴＬを誘導する方法を提供する。
本発明はまた、本発明のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を認識することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を形成し得るポリペプチド（すなわちＴＣＲサブユニット）をコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを用いてＣＴＬを誘導する方法を提供する。好ましくは、ＣＴＬを誘導するための方法は、以下の中から選択される少なくとも１つの段階を含む：
ａ）ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する抗原提示細胞および／またはエキソソームと、ＣＤ８陽性Ｔ細胞を接触させる段階、ならびに
ｂ）本発明のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を認識することができるＴＣＲを形成し得るポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドを、ＣＤ８陽性Ｔ細胞に導入する段階。
【０１２３】
本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、ＡＰＣ、またはエキソソームを対象に投与すると、該対象の体内でＣＴＬが誘導され、がん細胞を標的とする免疫応答の強度が増強される。したがって本発明の方法は、前述の段階の代わりに、本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、ＡＰＣ、またはエキソソームを対象に投与する段階を含み得る。
【０１２４】
あるいは、それらをエクスビボで用いてＣＴＬを誘導することもでき、ＣＴＬを誘導した後に、活性化されたＣＴＬを対象に戻す。例えば、本発明の方法は以下の段階を含み得る：
ａ：対象からＡＰＣを回収する段階；
ｂ：段階ａのＡＰＣを本発明のペプチドと接触させる段階；および
ｃ：段階ｂのＡＰＣをＣＤ８陽性Ｔ細胞と共培養する段階。
【０１２５】
上記の段階ｃにおいてＣＤ８陽性Ｔ細胞と共培養するＡＰＣは、「ＶＩ．抗原提示細胞」の章に上述したように、本発明のポリヌクレオチドを含む遺伝子をＡＰＣに移入することによって調製することもできるが、本発明はこれに限定されず、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に有効に提示するあらゆるＡＰＣを包含する。
【０１２６】
上述したＡＰＣの代わりに、任意で、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームを使用してもよい。すなわち、本発明は、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームを共培養する段階を含み得る。そのようなエキソソームは、「Ｖ．エキソソーム」の章で上述した方法によって調製することができる。
【０１２７】
さらに、本発明のＣＴＬは、ＴＣＲサブユニットをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドをＣＤ８陽性Ｔ細胞に導入することによって誘導することができ、そのようなＴＣＲサブユニットによって形成されるＴＣＲは、ＨＬＡ抗原と本発明のペプチドとの複合体に細胞表面で結合することができる。そのような形質導入は、「ＶＩＩＩ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）」の章に上述したように行うことができる。
【０１２８】
本発明の方法は、インビトロ、エクスビボ、またはインビボで実施することができる。好ましくは、本発明の方法は、インビトロ、またはエクスビボで実施することができる。ＣＴＬの誘導のために用いられるＣＤ８陽性Ｔ細胞は、対象から得たＰＢＭＣから当技術分野において周知の方法によって調製することができる。好ましい態様において、ＣＤ８陽性Ｔ細胞のドナーは、ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ２である対象であってよい。本発明の方法によって誘導されるＣＴＬは、本発明のペプチドとＨＬＡ抗原との複合体を自身の表面上に提示する細胞を認識することができるＣＴＬであってよい。対象においてがんに対する免疫応答を誘導するために、本発明の方法によって誘導したＣＴＬを該対象に投与する場合、該対象は、好ましくはＣＤ８陽性Ｔ細胞が由来するのと同一の対象である。しかしながら、対象がＣＤ８陽性Ｔ細胞ドナーと同じＨＬＡ型を有する限り、該対象はＣＤ８陽性Ｔ細胞ドナーと異なる対象であってもよい。
【０１２９】
加えて、本発明は、ＣＴＬを誘導する薬学的組成物を製造するための方法または工程を提供し、該方法は、本発明のペプチドを薬学的に許容される担体とともに混合または製剤化する段階を含む。
別の態様において、本発明は、ＣＴＬを誘導するための剤または組成物であって、本発明の１種もしくは複数種のペプチド、１種もしくは複数種のポリヌクレオチド、または１種もしくは複数種のＡＰＣもしくはエキソソームを含む、ＣＴＬを誘導するための剤または組成物を提供する。
【０１３０】
別の態様において、本発明は、ＣＴＬの誘導のために製剤化される剤または組成物の製造における、本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、またはＡＰＣもしくはエキソソームの使用を提供する。
あるいは、本発明はさらに、ＣＴＬの誘導に用いるための本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、またはＡＰＣもしくはエキソソームを提供する。
【０１３１】
（３）免疫応答を誘導する方法
さらに本発明は、ＴＯＭＭ３４に関連する疾患に対して免疫応答を誘導するための方法を提供する。適切な疾患にはがんが含まれ、その例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣおよび軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【０１３２】
本発明の方法は、本発明のペプチドのいずれかまたはそれらをコードするポリヌクレオチドのいずれかを含む剤または組成物を投与する段階を含む。あるいは、本発明の方法は、本発明のペプチドのいずれかを提示するエキソソームまたはＡＰＣを投与する段階を含み得る。詳細については、「ＩＸ．薬学的な剤または組成物」の項、特に本発明の薬学的な剤または組成物のワクチンとしての使用について記載している部分を参照されたい。加えて、免疫応答を誘導するために本発明の方法に使用することができるエキソソームおよびＡＰＣは、上記「Ｖ．エキソソーム」、「ＶＩ．抗原提示細胞（ＡＰＣ）」、ならびに「Ｘ．ペプチド、エキソソーム、ＡＰＣ、およびＣＴＬを用いる方法」の（１）および（２）の項において詳述している。
【０１３３】
本発明はまた、免疫応答を誘導する薬学的な剤または組成物を製造するための方法または工程を提供し、該方法は、本発明のペプチドを薬学的に許容される担体とともに混合または製剤化する段階を含む。
【０１３４】
あるいは、本発明の方法は、以下を含む本発明のワクチンまたは薬学的組成物を投与する段階を含み得る：
（ａ）本発明のペプチド；
（ｂ）本明細書で開示するペプチドを発現可能な形態でコードする核酸；
（ｃ）本発明のペプチドを自身の表面上に提示するＡＰＣもしくはエキソソーム；または
（ｄ）本発明の細胞傷害性Ｔ細胞。
本発明との関連において、ＴＯＭＭ３４を過剰発現するがんをこれらの有効成分で治療することができる。そのようながんの例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣおよび軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。したがって、有効成分を含むワクチンまたは薬学的組成物を投与する前に、治療すべき細胞または組織中のＴＯＭＭ３４の発現レベルが同じ器官の正常細胞と比較して増強されているかどうかを確認することが好ましい。したがって１つの態様において、本発明は、ＴＯＭＭ３４を（過剰）発現するがんを治療するための方法を提供し、該方法は以下の段階を含み得る：
ｉ）治療すべきがんを有する対象から得られた細胞または組織中のＴＯＭＭ３４の発現レベルを決定する段階；
ｉｉ）ＴＯＭＭ３４の発現レベルを正常対照と比較する段階；および
ｉｉｉ）上記の（ａ）〜（ｄ）の中から選択される少なくとも１つの成分を、正常対照と比較してＴＯＭＭ３４を過剰発現するがんを有する対象に投与する段階。
【０１３５】
あるいは本発明は、ＴＯＭＭ３４を過剰発現するがんを有する対象への投与に使用するための、上記の（ａ）〜（ｄ）の中から選択される少なくとも１つの成分を含むワクチンまたは薬学的組成物を提供する。換言すれば、本発明はさらに、本発明のＴＯＭＭ３４ポリペプチドで治療すべき対象を同定するための方法であって、対象由来の細胞または組織中のＴＯＭＭ３４の発現レベルを決定する段階を含み、該レベルが、該遺伝子の正常対照レベルと比較して上昇していることにより、該対象が本発明のＴＯＭＭ３４ポリペプチドで治療され得るがんを有していることが示される方法を提供する。本発明のがんを治療する方法を、以下、より詳細に説明する。
【０１３６】
目的とするＴＯＭＭ３４の転写産物または翻訳産物を含む限り、対象由来の任意の細胞または組織をＴＯＭＭ３４発現の測定に使用することができる。適切な試料の例には、身体組織、ならびに血液、痰、および尿などの体液が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、対象由来の細胞または組織試料は、上皮細胞、より好ましくはがん性上皮細胞、またはがんの疑いがある組織に由来する上皮細胞を含む細胞集団を含む。さらに、必要に応じて、得られた身体組織および体液から細胞を精製し、その後これを対象由来試料として用いてもよい。
本発明の方法によって治療すべき対象は、好ましくは哺乳動物である。例示的な哺乳動物には、例えばヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、およびウシが含まれるが、これらに限定されない。
【０１３７】
本発明によれば、対象から得られた細胞または組織中のＴＯＭＭ３４の発現レベルが決定される。発現レベルは、当技術分野で公知の方法を用いて、転写（核酸）産物レベルで決定することができる。例えば、ＴＯＭＭ３４のｍＲＮＡを、ハイブリダイゼーション法（例えば、ノーザンハイブリダイゼーション）によってプローブを用いて定量することができる。検出は、チップまたはアレイにおいて行うことができる。アレイの使用は、ＴＯＭＭ３４の発現レベルを検出するのに好ましい。当業者は、ＴＯＭＭ３４の配列情報を利用して、そのようなプローブを調製することができる。例えば、ＴＯＭＭ３４のｃＤＮＡをプローブとして用いることができる。必要に応じて、プローブを、色素、蛍光物質、および同位体などの適切な標識で標識してもよく、該遺伝子の発現レベルを、ハイブリダイズした標識の強度として検出してもよい。
【０１３８】
さらに、増幅に基づく検出法（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ）によりプライマーを用いて、ＴＯＭＭ３４の転写産物を定量してもよい。そのようなプライマーは、該遺伝子の入手可能な配列情報に基づいて調製し得る。
【０１３９】
具体的には、本発明の方法に用いられるプローブまたはプライマーは、ストリンジェントな条件下、中程度にストリンジェントな条件下、または低ストリンジェントな条件下で、ＴＯＭＭ３４のｍＲＮＡとハイブリダイズする。本明細書で使用する「ストリンジェントな（ハイブリダイゼーション）条件」という語句は、プローブまたはプライマーがその標的配列とはハイブリダイズするが、その他の配列とはハイブリダイズしない条件を指す。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる状況下では異なる。より長い配列の特異的ハイブリダイゼーションは、短い配列よりも高い温度で観察される。一般に、ストリンジェントな条件の温度は、所定のイオン強度およびｐＨにおける特定の配列の熱融解温度（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択する。Ｔｍとは、平衡状態で、標的配列に相補的なプローブの５０％が標的配列とハイブリダイズする（所定のイオン強度、ｐＨ、および核酸濃度における）温度である。標的配列は一般に過剰に存在するため、Ｔｍでは、平衡状態でプローブの５０％が占有される。典型的には、ストリンジェントな条件とは、ｐＨ７．０〜８．３において塩濃度がナトリウムイオン約１．０Ｍ未満、典型的にはナトリウムイオン（または他の塩）約０．０１〜１．０Ｍであり、かつ温度が、短いプローブまたはプライマー（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）に関しては少なくとも約３０℃、およびより長いプローブまたはプライマーに関しては少なくとも約６０℃である条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドなどの不安定化物質の添加によって達成してもよい。
【０１４０】
本発明のプローブまたはプライマーは、典型的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドは、典型的には、少なくとも約２０００、１０００、５００、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００、５０もしくは２５の連続した、ＴＯＭＭ３４配列を含む核酸のセンス鎖ヌクレオチド配列、もしくはＴＯＭＭ３４配列を含む核酸のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列、またはそれらの配列の天然の変異体と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ヌクレオチド配列の領域を含む。特に、例えば、１つの好ましい態様において、５〜５０の長さを有するオリゴヌクレオチドを、検出しようとする遺伝子を増幅するためのプライマーとして用いることができる。より好ましくは、ＴＯＭＭ３４遺伝子のｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを、特定のサイズ、一般に長さが１５〜３０ｂのオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを用いて検出することができる。サイズは少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１２ヌクレオチド、少なくとも１５ヌクレオチド、少なくとも２０ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド、少なくとも３０ヌクレオチドの範囲であってよく、プローブおよびプライマーのサイズは５〜１０ヌクレオチド、１０〜１５ヌクレオチド、１５〜２０ヌクレオチド、２０〜２５ヌクレオチド、および２５〜３０ヌクレオチドの範囲にわたってよい。好ましい態様において、オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーの長さは１５〜２５から選択することができる。そのようなオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを用いることによる遺伝子の検出のためのアッセイの手順、装置または試薬は周知である（例えば、オリゴヌクレオチドマイクロアレイまたはＰＣＲ）。これらのアッセイにおいて、プローブまたはプライマーはタグまたはリンカー配列を含んでもよい。さらに、プローブまたはプライマーを、検出可能な標識または捕捉することが出来る検出可能な親和性リガンドで修飾することもできる。あるいは、ハイブリダイゼーションに基づく検出手順では、数百（例えば、約１００〜２００）塩基から数キロ（例えば、約１０００〜２０００）塩基までの長さを有するポリヌクレオチドをプローブのために用いることもできる（例えば、ノーザンブロットアッセイまたはｃＤＮＡマイクロアレイ分析）。
【０１４１】
あるいは、本発明の診断のために翻訳産物を検出することができる。例えば、ＴＯＭＭ３４タンパク質（配列番号：４２）またはその免疫学的断片の量を測定することができる。翻訳産物としてタンパク質の量を測定する方法には、タンパク質を特異的に認識する抗体を用いる免疫測定法が含まれる。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであってよい。さらに、断片または改変抗体がＴＯＭＭ３４タンパク質への結合能を保持する限り、抗体の任意の断片または改変物（例えば、キメラ抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ'）２、Ｆｖ等）を検出に用いることができる。本発明のペプチドおよびそれらの断片に対するそのような抗体も、本発明によって提供される。タンパク質を検出するためのこのような種類の抗体を調製する方法は、当技術分野において周知であり、本発明において任意の方法を使用して、そのような抗体およびそれらの等価物を調製することができる。
【０１４２】
ＴＯＭＭ３４遺伝子の発現レベルをその翻訳産物に基づいて検出する別の方法として、ＴＯＭＭ３４タンパク質に対する抗体を用いる免疫組織化学的解析により、染色の強度を測定してもよい。すなわちこの測定では、強力な染色により、該タンパク質の存在／レベルの増加が示され、それと同時にＴＯＭＭ３４遺伝子の高発現レベルが示される。
【０１４３】
がん細胞における標的遺伝子、例えばＴＯＭＭ３４遺伝子の発現レベルは、そのレベルが、対応する標的遺伝子の対照レベル（例えば、正常細胞中のレベル）から例えば１０％、２５％、もしくは５０％上昇するか；または１．１倍超、１．５倍超、２．０倍超、５．０倍超、１０．０倍超、もしくはそれ以上まで上昇している場合に、上昇していると判定され得る。
【０１４４】
本発明との関連において、がん性でないと判明している生物学的試料から決定された対照レベルは「正常対照レベル」と称される。一方、対照レベルががん性生物学的試料から決定される場合には、これは「がん性対照レベル」と称される。試料の発現レベルと対照レベルとの差を、その発現レベルが細胞のがん性状態または非がん性状態に応じて異ならないことが判明している対照核酸、例えばハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することができる。例示的な対照遺伝子には、β−アクチン、グリセルアルデヒド３リン酸脱水素酵素、およびリボソームタンパク質Ｐ１が含まれるが、これらに限定されない。
【０１４５】
対照レベルは、疾患状態（がん性または非がん性）が判明している対象から予め採取し、保存しておいた試料を用いることにより、がん細胞と同時に決定することができる。加えて、治療すべきがんを有する器官の非がん性領域から得られた正常細胞を、正常対照として用いてもよい。あるいは、対照レベルは、疾患状態が判明している対象に由来する試料中のＴＯＭＭ３４遺伝子の予め決定された発現レベルを解析することによって得られた結果に基づいて、統計的方法により決定してもよい。さらに、対照レベルは、以前に試験された細胞に由来する発現パターンのデータベースに由来し得る。さらに、本発明の一局面によれば、生物学的試料中のＴＯＭＭ３４遺伝子の発現レベルを、複数の参照試料から決定された複数の対照レベルと比較することもできる。対象由来の生物学的試料の組織型と類似の組織型に由来する参照試料から決定された対照レベルを用いることが好ましい。さらに、疾患状態が判明している集団におけるＴＯＭＭ３４遺伝子の発現レベルの基準値を用いることが好ましい。基準値は、当技術分野において公知の任意の方法によって得ることができる。例えば、平均値＋／−２Ｓ．Ｄ．または平均値＋／−３Ｓ．Ｄ．の範囲を、基準値として用いることができる。
【０１４６】
本発明との関連において、がん性でないと判明している生物学的試料から決定された対照レベルは「正常対照レベル」と称される。一方、対照レベルががん性生物学的試料から決定される場合には、これは「がん性対照レベル」と称される。
ＴＯＭＭ３４遺伝子の発現レベルが正常対照レベルと比較して上昇しているか、またはがん性対照レベルと類似している／同等である場合、該対象は治療すべきがんを有すると診断され得る。
【０１４７】
本発明はまた、（ｉ）対象が治療すべきがんを有するかどうかを診断する方法、および／または（ｉｉ）がん治療のための対象を選択する方法を提供し、該方法は以下の段階を含む：
ａ）治療すべきがんを有する疑いのある対象から得られた細胞または組織中のＴＯＭＭ３４の発現レベルを決定する段階；
ｂ）ＴＯＭＭ３４の発現レベルを正常対照レベルと比較する段階；
ｃ）ＴＯＭＭ３４の発現レベルが正常対照レベルと比較して上昇している場合に、該対象を治療すべきがんを有すると診断する段階；および
ｄ）段階ｃ）において対象が治療すべきがんを有すると診断される場合に、がん治療のために該対象を選択する段階。
【０１４８】
あるいは、そのような方法は以下の段階を含む：
ａ）治療すべきがんを有する疑いのある対象から得られた細胞または組織中のＴＯＭＭ３４の発現レベルを決定する段階；
ｂ）ＴＯＭＭ３４の発現レベルをがん性対照レベルと比較する段階；
ｃ）ＴＯＭＭ３４の発現レベルががん性対照レベルと比較して類似しているかまたは同等である場合に、該対象を治療すべきがんを有すると診断する段階；および
ｄ）段階ｃ）において対象が治療すべきがんを有すると診断される場合に、がん治療のために該対象を選択する段階。
【０１４９】
本発明はまた、本発明のＴＯＭＭ３４ポリペプチドで治療され得るがんに罹患しているまたは罹患している疑いのある対象を診断または判定するための診断キットを提供し、該キットはまた、がんの予後を評価する、および／またはがん療法、特にがん免疫療法の効果または適用性をモニターするのにも有用であり得る。適切ながんの具体例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。より詳細には、キットは、好ましくは、対象由来細胞におけるＴＯＭＭ３４遺伝子の発現を検出するための少なくとも１つの試薬を含み、そのような試薬は以下の群から選択される：
（ａ）ＴＯＭＭ３４遺伝子のｍＲＮＡを検出するための試薬；
（ｂ）ＴＯＭＭ３４タンパク質またはその免疫学的断片を検出するための試薬；および
（ｃ）ＴＯＭＭ３４タンパク質の生物活性を検出するための試薬。
【０１５０】
ＴＯＭＭ３４遺伝子のｍＲＮＡを検出するのに適した試薬の例には、ＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡの一部に対する相補的配列を有するオリゴヌクレオチドなどの、ＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡに特異的に結合するか、またはＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡを同定する核酸が含まれる。このような種類のオリゴヌクレオチドは、ＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡに特異的なプライマーおよびプローブによって例示される。このような種類のオリゴヌクレオチドは、当技術分野において周知の方法に基づいて調製することができる。必要に応じて、ＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡを検出するための試薬を固体基質上に固定化することができる。さらに、ＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡを検出するための２つ以上の試薬をキット中に含めることもできる。
【０１５１】
一方、ＴＯＭＭ３４タンパク質またはその免疫学的断片を検出するのに適した試薬の例には、ＴＯＭＭ３４タンパク質またはその免疫学的断片に対する抗体が含まれ得る。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであってよい。さらに、断片または改変抗体がＴＯＭＭ３４タンパク質またはその免疫学的断片への結合能を保持する限り、抗体の任意の断片または改変物（例えば、キメラ抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ'）２、Ｆｖ等）を試薬として用いることもできる。タンパク質を検出するためのこのような種類の抗体を調製する方法は、当技術分野において周知であり、本発明において任意の方法を使用して、そのような抗体およびそれらの等価物を調製することができる。さらに、直接連結技法または間接標識技法により、抗体をシグナル発生分子で標識することができる。標識、および抗体を標識し、標的に対する抗体の結合を検出する方法は当技術分野において周知であり、任意の標識および方法を本発明に使用することができる。さらに、ＴＯＭＭ３４タンパク質を検出するための２つ以上の試薬をキット中に含めることもできる。
【０１５２】
キットは、前述の試薬のうちの２つ以上を含み得る。キットはさらに、ＴＯＭＭ３４遺伝子に対するプローブまたはＴＯＭＭ３４ペプチドに対する抗体を結合させるための固体基質および試薬、細胞を培養するための培地および容器、陽性および陰性対照試薬、ならびにＴＯＭＭ３４ペプチドに対する抗体を検出するための二次抗体を含み得る。例えば、がんを有さない対象、またはがんに罹患している対象から得られた組織試料は、有用な対照試薬として役立ち得る。本発明のキットは、緩衝液、希釈剤、フィルター、注射針、シリンジ、および使用説明書を備えた包装封入物（例えば、文書、テープ、ＣＤ−ＲＯＭ等）を含む、商業上の観点および使用者の観点から望ましいその他の材料をさらに含み得る。これらの試薬等は、ラベルを貼った容器中に保持され得る。適切な容器には、ボトル、バイアル、および試験管が含まれる。該容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成され得る。
【０１５３】
本発明の一態様において、試薬がＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡに対するプローブである場合には、該試薬を多孔性ストリップなどの固体基質上に固定化して、少なくとも１つの検出部位を形成させることができる。多孔性ストリップの測定または検出領域は、それぞれが核酸（プローブ）を含む複数の部位を含み得る。検査ストリップはまた、陰性および／または陽性対照用の部位を含み得る。あるいは、対照部位は、検査ストリップとは別のストリップ上に位置し得る。任意で、異なる検出部位は異なる量の固定化核酸を含み得る、すなわち、第１検出部位ではより多い量の固定化核酸を、および以降の部位ではより少ない量の固定化核酸を含み得る。試験試料を添加すると、検出可能なシグナルを呈する部位の数により、試料中に存在するＴＯＭＭ３４  ｍＲＮＡの量の定量的指標が提供される。検出部位は、適切に検出可能な任意の形状で構成することができ、典型的には、検査ストリップの幅全体にわたるバーまたはドットの形状である。
【０１５４】
本発明のキットは、陽性対照試料またはＴＯＭＭ３４標準試料をさらに含み得る。本発明の陽性対照試料は、ＴＯＭＭ３４陽性試料を回収し、次にそれらのＴＯＭＭ３４レベルをアッセイすることによって調製することができる。あるいは、精製ＴＯＭＭ３４タンパク質またはポリヌクレオチドを、ＴＯＭＭ３４を発現しない細胞に添加して、陽性試料またはＴＯＭＭ３４標準試料を形成してもよい。本発明において、精製ＴＯＭＭ３４は組換えタンパク質であってよい。陽性対照試料のＴＯＭＭ３４レベルは、例えばカットオフ値よりも高い。
一態様において、本発明はさらに、本発明の抗体またはその断片によって特異的に認識されるタンパク質またはその部分タンパク質を含む診断キットを提供する。
【０１５５】
本発明のタンパク質の部分ペプチドの例には、本発明のタンパク質のアミノ酸配列中の少なくとも８個、好ましくは１５個、およびより好ましくは２０個の連続したアミノ酸からなるポリペプチドが含まれる。本発明のタンパク質またはペプチド（ポリペプチド）を用いて試料（例えば、血液、組織）中の抗体を検出することにより、がんを診断することができる。本発明のタンパク質およびペプチドを調製するための方法は、上記の通りである。
【０１５６】
本発明は、抗ＴＯＭＭ３４抗体の量と、上記のような対応する対照試料中の抗ＴＯＭＭ３４抗体の量との差を測定することによって実施できる、がんを診断するための方法を提供する。対象の細胞または組織が該遺伝子の発現産物（ＴＯＭＭ３４）に対する抗体を含み、この抗ＴＯＭＭ３４抗体の量が正常対照中の抗ＴＯＭＭ３４抗体の量と比較してカットオフ値のレベルよりも高いと判定される場合に、該対象ががんに罹患していることが疑われる。
【０１５７】
別の態様において、本発明の診断キットは、本発明のペプチドおよびそれに結合しているＨＬＡ分子を含み得る。抗原性ペプチドおよびＨＬＡ分子を使用して抗原特異的ＣＴＬを検出するための方法は、既に確立されている（例えば、Ａｌｔｍａｎ  ＪＤ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９６，２７４（５２８４）：９４−６）。したがって、腫瘍抗原特異的ＣＴＬを検出するための検出法に、本発明のペプチドとＨＬＡ分子との複合体を適用することができ、それによってがんの再発および／または転移のより早期の発見が可能になる。さらに、本発明のペプチドを有効成分として含む医薬を適用できる対象を選択するために、または医薬の治療効果を評価するために、これを使用することができる。
【０１５８】
詳細には、公知の方法に従って（例えば、Ａｌｔｍａｎ  ＪＤ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９６，２７４（５２８４）：９４−６を参照されたい）、放射標識ＨＬＡ分子と本発明のペプチドとの四量体などのオリゴマー複合体を調製することができる。この複合体を用いて、例えば、がんに罹患している疑いのある対象に由来する末梢血リンパ球中の抗原ペプチド特異的ＣＴＬを定量することにより、診断を行うことができる。
【０１５９】
本発明はさらに、本明細書に記載されるペプチドエピトープを用いて、対象の免疫学的応答を評価するための方法または診断用の剤を提供する。本発明の一態様において、本明細書に記載するようなＨＬＡ−Ａ２拘束性ペプチドを、対象の免疫応答を評価または予測するための試薬として用いる。評価される免疫応答は、免疫原を免疫担当細胞とインビトロまたはインビボで接触させることにより誘導される。好ましい態様において、免疫学的応答を評価するための免疫担当細胞は、末梢血、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、および末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から選択し得る。そのような免疫担当細胞を回収または単離するための方法は当技術分野において周知である。いくつかの態様においては、ペプチドエピトープを認識して結合する抗原特異的ＣＴＬの産生をもたらし得る任意の剤を、試薬として用いてもよい。ペプチド試薬を免疫原として使用しなくてもよい。そのような解析に用いられるアッセイ系には、四量体、細胞内リンホカイン染色、およびインターフェロン放出アッセイ、またはＥＬＩＳＰＯＴアッセイなどの比較的最近の技術開発が含まれる。好ましい態様において、ペプチド試薬と接触させる免疫担当細胞は、樹状細胞を含む抗原提示細胞であってよい。
【０１６０】
例えば、本発明のペプチドを四量体染色アッセイにおいて使用して、腫瘍細胞抗原または免疫原への曝露後の抗原特異的ＣＴＬの存在について末梢血単核細胞を評価することができる。ＨＬＡ四量体複合体を使用して、抗原特異的ＣＴＬを直接可視化し（例えば、Ｏｇｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７９：２１０３−２１０６，１９９８；およびＡｌｔｍａｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  １７４：９４−９６，１９９６を参照されたい）、末梢血単核細胞の試料中の抗原特異的ＣＴＬ集団の頻度を測定することができる。本発明のペプチドを使用する四量体試薬は、以下のように作製することができる：
ＨＬＡ分子に結合するペプチドは、対応するＨＬＡ重鎖およびβ２−ミクログロブリンの存在下で再び折り畳まれて、３分子複合体を生成する。この複合体において、該重鎖のカルボキシ末端の前もってタンパク質中に作製した部位をビオチン化する。次にストレプトアビジンを該複合体に添加して、３分子複合体およびストレプトアビジンから構成される四量体を形成する。蛍光標識ストレプトアビジンの手法により、この四量体を使用して抗原特異的細胞を染色することができる。次いで、この細胞を例えばフローサイトメトリーによって同定することができる。そのような解析を、診断または予後予測目的に使用することができる。この手順によって同定された細胞を治療目的に使用することもできる。
【０１６１】
本発明はまた、本発明のペプチドを含む、免疫リコール応答を評価するための試薬を提供する（例えば、Ｂｅｒｔｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１００：５０３−５１３，１９９７およびＰｅｎｎａ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ  Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７４：１５６５−１５７０，１９９１を参照されたい）。例えば、治療すべきがんを有する個体からの患者ＰＢＭＣ試料を、特異的ペプチドを用いて抗原特異的ＣＴＬの有無について解析する。ＰＢＭＣを培養し、該細胞を本発明のペプチドで刺激することによって、単核細胞を含む血液試料を評価することができる。適切な培養期間後、増殖した細胞集団を例えばＣＴＬ活性について解析することができる。
【０１６２】
ペプチドは、ワクチンの有効性を評価するための試薬として用いることもできる。免疫原をワクチン接種した患者から得られたＰＢＭＣを、例えば上記の方法のいずれかを用いて解析することができる。患者のＨＬＡ型を決定し、該患者に存在するアリル特異的分子を認識するペプチドエピトープ試薬を解析のために選択する。ワクチンの免疫原性は、ＰＢＭＣ試料中のエピトープ特異的ＣＴＬの存在によって示され得る。
【０１６３】
本発明のペプチドは、当技術分野で周知の技法を用いて抗体を作製するために使用することもでき（例えば、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＩＭＭＵＮＯＬＯＧＹ，Ｗｉｌｅｙ／Ｇｒｅｅｎｅ，ＮＹ；およびＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９８９を参照されたい）、この抗体は、がんを診断、またはモニターするための試薬として有用であり得る。そのような抗体は、ＨＬＡ分子との関連でペプチドを認識する抗体、すなわちペプチド−ＭＨＣ複合体に結合する抗体を含み得る。
【０１６４】
本発明のペプチドおよび組成物はさらなる用途をいくつか有し、そのうちの一部を本明細書に記載する。例えば、本発明は、ＴＯＭＭ３４免疫原性ポリペプチドの発現を特徴とする障害を診断または検出する方法を提供する。これらの方法は、生物学的試料中の本発明のペプチド、または本発明のペプチドとＨＬＡクラスＩ分子との複合体の発現レベルを測定する段階を含む。ペプチドまたはペプチドとＨＬＡクラスＩ分子との複合体の発現は、該ペプチドまたは該複合体の結合パートナーを用いてアッセイすることによって、測定または検出することができる。好ましい態様において、ペプチドまたは複合体の結合パートナーは、該ペプチドを認識してこれに特異的に結合する抗体である。腫瘍生検などの生物学的試料中のＴＯＭＭ３４の発現は、ＴＯＭＭ３４プライマーを用いる標準的なＰＣＲ増幅プロトコールによって試験することもできる。腫瘍発現の例は本明細書に提示してあり、ＴＯＭＭ３４増幅のための例示的な条件およびプライマーのさらなる開示は、ＷＯ２００３／２７３２２号に見出すことができる。
【０１６５】
好ましくは診断法は、対象から単離された生物学的試料を本発明のペプチドに特異的な物質と接触させて、該生物学的試料中の本発明のペプチドの存在を検出する段階を含む。本明細書で使用する「接触させる」とは、物質と生物学的試料中に存在する本発明のペプチドとの間の特異的相互作用が可能となるように、生物学的試料を、例えば濃度、温度、時間、イオン強度の適切な条件下で、該物質に十分に近接させて配置することを意味する。一般に、物質と生物学的試料を接触させるための条件は、分子と生物学的試料中のその同族物（例えば、タンパク質とその受容体、抗体とそのタンパク質抗原、核酸とその相補鎖）との間の特異的相互作用を促進するための、当業者に公知の条件である。分子とその同族物との間の特異的相互作用を促進するための最適条件は、Ｌｏｗらに対して発行された米国特許第５，１０８，９２１号に記載されている。
【０１６６】
本発明の診断法は、インビボおよびインビトロの一方または両方で実施することができる。したがって、生物学的試料は、本発明においてインビボまたはインビトロに位置し得る。例えば、生物学的試料はインビボの組織であってよく、かつＴＯＭＭ３４免疫原性ポリペプチドに特異的な物質を用いて、組織中のそのような分子の存在を検出することができる。あるいは、生物学的試料をインビトロで採取または単離することができる（例えば、血液試料、腫瘍生検標本、組織抽出物）。特に好ましい態様において、生物学的試料は細胞を含む試料であってよく、より好ましくは、診断または治療される対象から採取された腫瘍細胞を含む試料であってよい。
【０１６７】
あるいは、フルオレセイン標識ＨＬＡ多量体複合体で染色することによって、抗原特異的Ｔ細胞の直接的な定量を可能にする方法により、診断を行うことができる（例えば、Ａｌｔｍａｎ，Ｊ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７４：９４；Ａｌｔｍａｎ，Ｊ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：１０３３０）。細胞内リンホカイン染色、およびインターフェロン−γ放出アッセイ、またはＥＬＩＳＰＯＴアッセイもまた提供されている。四量体染色、細胞内リンホカイン染色、およびＥＬＩＳＰＯＴアッセイはすべて、より慣例的なアッセイより少なくとも１０倍感度が高いようである（Ｍｕｒａｌｉ−Ｋｒｉｓｈｎａ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ８：１７７；Ｌａｌｖａｎｉ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８６：８５９；Ｄｕｎｂａｒ，Ｐ．Ｒ．ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．８：４１３）。五量体（例えば、ＵＳ２００４−２０９２９５Ａ号）、デキストラマー（ｄｅｘｔｒａｍｅｒ）（例えば、ＷＯ０２／０７２６３１号）、およびストレプタマー（ｓｔｒｅｐｔａｍｅｒ）（例えば、Ｎａｔｕｒｅ  ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ６．６３１−６３７  （２００２））を使用することもできる。
【０１６８】
例えば、いくつかの態様において、本発明は、本発明のＴＯＭＭ３４ペプチドの少なくとも１つを投与された対象の免疫学的応答を診断または評価するための方法を提供し、該方法は以下の段階を含む：
（ａ）免疫原を、該免疫原に対して特異的なＣＴＬの誘導に適した条件下で免疫担当細胞と接触させる段階；
（ｂ）段階（ａ）で誘導されたＣＴＬの誘導レベルを検出または決定する段階；および
（ｃ）対象の免疫学的応答をＣＴＬ誘導レベルと相関させる段階。
【０１６９】
本発明において、免疫原は、好ましくは、本発明のＴＯＭＭ３４ペプチド、例えば配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を有するペプチド、ならびにその改変ペプチド（そのようなアミノ酸配列を有するペプチド、およびそのようなアミノ酸配列が１個、２個、またはそれ以上のアミノ酸置換によって改変されたペプチド）のうち少なくとも１つを含む。一方、免疫原特異的ＣＴＬの誘導に適した条件は当技術分野において周知である。例えば、免疫担当細胞を、免疫原特異的ＣＴＬを誘導するために免疫原の存在下にインビトロで培養してもよい。免疫原特異的ＣＴＬを誘導する目的で、任意の刺激因子を細胞培養物に添加してもよい。例えば、ＩＬ−２は、ＣＴＬ誘導のための好ましい刺激因子である。いくつかの態様において、ペプチドがん療法によって治療される対象の免疫学的応答をモニターまたは評価する段階は、治療前、治療中、および／または治療後に行うことができる。一般に、がん療法プロトコール中、免疫原性ペプチドは、治療される対象に繰り返し投与される。例えば、免疫原性ペプチドを３〜１０週間にわたって毎週投与してもよい。したがって、対象の免疫学的応答は、がん療法プロトコール中に評価またはモニターされ得る。あるいは、がん療法に対する免疫学的応答を評価またはモニターする段階が、療法プロトコールの完了時であってもよい。本発明によれば、免疫原特異的ＣＴＬの誘導が対照と比較して強化されていることにより、評価または診断される対象が、投与された免疫原に対して免疫学的に応答したことが示される。免疫学的応答を評価するのに適した対照には、例えば、免疫担当細胞をペプチドと接触させていない場合の、またはいかなるＴＯＭＭ３４ペプチドとも異なるアミノ酸配列（例えば、ランダムなアミノ酸配列）を有する対照ペプチドと接触させている場合の、ＣＴＬ誘導レベルが含まれ得る。  １つの好ましい態様においては、対象に投与された各免疫原間で免疫学的応答を比較することにより、対象の免疫学的応答を配列特異的な様式で評価する。特に、いくつかの種類のＴＯＭＭ３４ペプチドについての混合物を対象に投与する場合であっても、免疫学的応答はペプチドに依存して異なる可能性がある。その場合には、各ペプチド間で免疫学的応答を比較することにより、対象がより強い応答を示すペプチドを同定することができる。
【０１７０】
ＸＩ．抗体
本発明は、本発明のペプチドに結合する抗体を提供する。好ましい抗体は本発明のペプチドに特異的に結合し、本発明のペプチドではないものには結合しない（または弱く結合する）。あるいは、抗体は本発明のペプチドおよびその相同体に結合する。
【０１７１】
本発明のペプチドに対する抗体は、がんの診断および予後予測のアッセイ、ならびに画像化方法論において使用され得る。同様に、そのような抗体は、ＴＯＭＭ３４ががん患者において同じく発現または過剰発現する限り、他のがんの治療、診断、および／または予後予測において使用され得る。さらに、細胞内で発現する抗体（例えば、一本鎖抗体）は、ＴＯＭＭ３４の発現が関与するがんを治療するのに療法上有用であり、そのようながんの例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【０１７２】
本発明はまた、ＴＯＭＭ３４タンパク質（配列番号：４２）、または本発明のペプチドを含むその断片を検出および／または定量するための様々な免疫学的アッセイを提供する。そのようなアッセイは、必要に応じて、ＴＯＭＭ３４タンパク質またはその断片を認識してそれと結合し得る１種または複数種の抗ＴＯＭＭ３４抗体を含み得る。本発明との関連において、ＴＯＭＭ３４ポリペプチドに結合する抗ＴＯＭＭ３４抗体は、好ましくは本発明のペプチドを認識する。抗体の結合特異性は、阻害試験で確認することができる。すなわち、解析される抗体と全長ＴＯＭＭ３４ポリペプチドとの間の結合が、本発明のペプチドの存在下で阻害される場合、この抗体が該断片に特異的に結合することが示される。本発明との関連において、そのような免疫学的アッセイは、様々な種類の放射免疫測定法、免疫クロマトグラフ技法、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫蛍光測定法（ＥＬＩＦＡ）等を含むがこれらに限定されない、当技術分野で周知の様々な免疫学的アッセイ形式の範囲内で行われる。
【０１７３】
本発明の免疫学的であるが非抗体性の関連アッセイには、Ｔ細胞免疫原性アッセイ（阻害性または刺激性）および主要組織適合複合体（ＭＨＣ）結合アッセイもまた含まれ得る。加えて、ＴＯＭＭ３４を発現するがんを検出し得る免疫学的画像化法も本発明によって提供され、これには、本発明の標識抗体を使用する放射性シンチグラフィー画像化法が含まれるが、これに限定されない。そのようなアッセイは、ＴＯＭＭ３４を発現するがんの検出、モニタリング、および予後診断において臨床的に有用であり、そのようながんの例には、ＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【０１７４】
本発明は、本発明のペプチドに結合する抗体を提供する。本発明の抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体などの任意の形態で用いることができ、これには、ウサギなどの動物を本発明のペプチドで免疫することにより得られる抗血清、すべてのクラスのポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、ヒト抗体、ならびに遺伝子組換えにより作製されたヒト化抗体が含まれる。
抗体を得るための抗原として用いられる本発明のペプチドは、任意の動物種に由来し得るが、好ましくはヒト、マウス、またはラットなどの哺乳動物、より好ましくはヒトに由来する。ヒト由来のペプチドは、本明細書に開示するヌクレオチド配列またはアミノ酸配列から得ることができる。
【０１７５】
本発明によれば、免疫抗原として用いられるペプチドは、完全なタンパク質または該タンパク質の部分ペプチドであってよい。部分ペプチドは、例えば、本発明のペプチドのアミノ（Ｎ）末端断片またはカルボキシ（Ｃ）末端断片を含み得る。
【０１７６】
本明細書では、本発明の抗体を、ＴＯＭＭ３４ペプチドの全長または断片のいずれかと反応するタンパク質と定義する。好ましい態様において、本発明の抗体は、配列番号：１、５、３１および３２の中から選択されるアミノ酸配列を有するＴＯＭＭ３４の断片ペプチドを認識する。オリゴペプチドを合成する方法は、当技術分野において周知である。合成後、免疫原として使用する前にペプチドを任意に精製してもよい。本発明において、免疫原性を高めるために、オリゴペプチド（例えば、９量体または１０量体）を担体と結合または連結させてもよい。担体として、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）が周知である。ＫＬＨとペプチドを結合する方法もまた、当技術分野において周知である。
【０１７７】
あるいは、本発明のペプチドまたはその断片をコードする遺伝子を公知の発現ベクターに挿入することができ、次にこれを用いて本明細書に記載のように宿主細胞を形質転換する。所望のペプチドまたはその断片を、任意の標準的な方法により宿主細胞の外部または内部から回収することができ、後にこれを抗原として用いることができる。あるいは、ペプチドを発現する細胞全体もしくはそれらの溶解物、または化学合成したペプチドを抗原として用いてもよい。
【０１７８】
任意の哺乳動物を抗原で免疫することができるが、細胞融合に用いられる親細胞との適合性を考慮に入れることが好ましい。一般には、齧歯目（Ｒｏｄｅｎｔｉａ）、ウサギ目（Ｌａｇｏｍｏｒｐｈａ）、または霊長目（Ｐｒｉｍａｔｅｓ）の動物を使用する。齧歯目の動物には、例えばマウス、ラット、およびハムスターが含まれる。ウサギ目の動物には、例えばウサギが含まれる。霊長目の動物には、例えばカニクイザル（Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）、アカゲザル、マントヒヒ、およびチンパンジーなどの狭鼻下目のサル（Ｃａｔａｒｒｈｉｎｉ）（旧世界ザル）が含まれる。
【０１７９】
動物を抗原で免疫する方法は、当技術分野で公知である。抗原の腹腔内注射または皮下注射は、哺乳動物を免疫するための標準的な方法である。より具体的には、抗原を適量のリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、生理食塩水等で希釈し、懸濁させる。必要に応じて、抗原懸濁液を、フロイント完全アジュバントなどの適量の標準的アジュバントと混合し、乳化した後、哺乳動物に投与することができる。その後、適量のフロイント不完全アジュバントと混合した抗原を、４〜２１日ごとに数回投与することが好ましい。免疫化には、適切な担体を用いてもよい。上記のように免疫した後、血清を、所望の抗体の量の増加に関して標準的方法によって調べる。
【０１８０】
本発明のペプチドに対するポリクローナル抗体は、血清中の所望の抗体の増加に関して調べた免疫後の哺乳動物から血液を回収し、任意の従来法により血液から血清を分離することによって、調製することができる。ポリクローナル抗体はポリクローナル抗体を含む血清を含んでよく、またポリクローナル抗体を含む画分を該血清から単離してもよい。免疫グロブリンＧまたはＭは、本発明のペプチドのみを認識する画分から、例えば、本発明のペプチドを結合させたアフィニティーカラムを用いた上で、この画分をプロテインＡまたはプロテインＧカラムを用いてさらに精製して、調製することができる。
【０１８１】
モノクローナル抗体を調製するには、抗原で免疫した哺乳動物から免疫細胞を回収し、上記のように血清中の所望の抗体のレベル上昇について確かめた上で、細胞融合に供する。細胞融合に用いる免疫細胞は、脾臓から得ることが好ましい。上記の免疫細胞と融合させる別の好ましい親細胞には、例えば、哺乳動物の骨髄腫細胞、およびより好ましくは薬物による融合細胞の選択のための特性を獲得した骨髄腫細胞が含まれる。
公知の方法、例えば、Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｇａｌｆｒｅ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ７３：３−４６（１９８１））の方法に従って、上記の免疫細胞と骨髄腫細胞とを融合させることができる。
【０１８２】
細胞融合によって結果として得られたハイブリドーマは、それらをＨＡＴ培地（ヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含む培地）などの標準的な選択培地中で培養することによって選択することができる。細胞培養は典型的に、ＨＡＴ培地中で、所望のハイブリドーマを除く他のすべての細胞（非融合細胞）が死滅するのに十分な期間である数日間から数週間にわたって継続する。その後、標準的な限界希釈を行い、所望の抗体を産生するハイブリドーマ細胞をスクリーニングおよびクローニングする。
【０１８３】
ハイブリドーマを調製するために非ヒト動物を抗原で免疫する上記の方法に加えて、ＥＢウイルスに感染したリンパ球などのヒトリンパ球を、ペプチド、ペプチドを発現している細胞、またはそれらの溶解物でインビトロにおいて免疫することもできる。次いで、免疫後のリンパ球を、Ｕ２６６などの無限に分裂可能なヒト由来骨髄腫細胞と融合させて、該ペプチドに結合し得る所望のヒト抗体を産生するハイブリドーマを得ることができる（特開昭６３−１７６８８号）。
【０１８４】
続いて、得られたハイブリドーマをマウスの腹腔内に移植し、腹水を抽出する。得られたモノクローナル抗体は、例えば、硫酸アンモニウム沈殿、プロテインＡもしくはプロテインＧカラム、ＤＥＡＥイオン交換クロマトグラフィー、または本発明のペプチドを結合させたアフィニティーカラムにより精製することができる。本発明の抗体は、本発明のペプチドの精製および検出のためだけでなく、本発明のペプチドのアゴニストおよびアンタゴニストの候補としても使用することができる。
あるいは、免疫したリンパ球などの、抗体を産生する免疫細胞を癌遺伝子によって不死化し、モノクローナル抗体の調製に用いることもできる。
【０１８５】
このようにして得られるモノクローナル抗体は、遺伝子操作技法を用いて組換えにより調製することもできる（例えば、ＭａｃＭｉｌｌａｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ  ＬＴＤ  （１９９０）により英国で刊行された、Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ  ａｎｄ  Ｌａｒｒｉｃｋ，Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓを参照されたい）。例えば、抗体をコードするＤＮＡを、抗体を産生するハイブリドーマまたは免疫化リンパ球などの免疫細胞からクローニングし、適切なベクターに挿入した上で、宿主細胞に導入して、組換え抗体を調製することができる。本発明はまた、上記のようにして調製された組換え抗体を提供する。
【０１８６】
さらに、本発明の抗体は、本発明のペプチドの１種または複数種に結合する限り、抗体の断片または修飾抗体であってもよい。例えば、抗体断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ'）２、Ｆｖ、またはＨ鎖およびＬ鎖由来のＦｖ断片が適切なリンカーによって連結されている一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）であってよい（Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：５８７９−８３（１９８８））。より具体的には、抗体断片は、抗体をパパインまたはペプシンなどの酵素で処理することにより作製することができる。あるいは、抗体断片をコードする遺伝子を構築し、発現ベクターに挿入し、適切な宿主細胞内で発現させることができる（例えば、Ｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５２：２９６８−７６（１９９４）；Ｂｅｔｔｅｒ  ａｎｄ  Ｈｏｒｗｉｔｚ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  １７８：４７６−９６（１９８９）；Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ  ａｎｄ  Ｓｋｅｒｒａ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  １７８：４９７−５１５（１９８９）；Ｌａｍｏｙｉ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  １２１：６５２−６３（１９８６）；Ｒｏｕｓｓｅａｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  １２１：６６３−９（１９８６）；Ｂｉｒｄ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ９：１３２−７（１９９１）を参照されたい）。
【０１８７】
抗体は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの様々な分子との結合によって修飾することができる。本発明は、そのような修飾抗体を提供する。修飾抗体は、抗体を化学的に修飾することによって得ることができる。これらの修飾法は、当技術分野で慣例的である。
【０１８８】
あるいは、本発明の抗体は、非ヒト抗体に由来する可変領域とヒト抗体に由来する定常領域との間のキメラ抗体として、または非ヒト抗体に由来する相補性決定領域（ＣＤＲ）と、ヒト抗体に由来するフレームワーク領域（ＦＲ）および定常領域とを含むヒト化抗体として得ることもできる。そのような抗体は、公知の技術に従って調製することができる。ヒト化は、齧歯類のＣＤＲまたはＣＤＲ配列でヒト抗体の対応する配列を置換することによって行うことができる（例えば、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６（１９８８）を参照されたい）。したがって、そのようなヒト化抗体は、実質的に完全には満たないヒト可変ドメインが、非ヒト種由来の対応する配列によって置換されたキメラ抗体である。
【０１８９】
ヒトのフレームワーク領域および定常領域に加えて、ヒト可変領域をも含む完全なヒト抗体を用いることもできる。そのような抗体は、当技術分野で公知の様々な技法を用いて作製することができる。例えば、インビトロの方法には、バクテリオファージ上に提示されたヒト抗体断片の組換えライブラリーの使用が含まれる（例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ＆  Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２７：３８１（１９９１）））。同様に、ヒト免疫グロブリン遺伝子座を、内因性免疫グロブリン遺伝子が部分的または完全に不活性化されたトランスジェニック動物、例えばマウスに導入することによって、ヒト抗体を作製することもできる。このアプローチは、例えば米国特許第６，１５０，５８４号、第５，５４５，８０７号；第５，５４５，８０６号；第５，５６９，８２５号；第５，６２５，１２６号；第５，６３３，４２５号；第５，６６１，０１６号に記載されている。
【０１９０】
上記のようにして得られた抗体は、均質になるまで精製してもよい。例えば、一般的なタンパク質に対して用いられる分離法および精製法に従って、抗体の分離および精製を行うことができる。例えば、これらに限定されないが、アフィニティークロマトグラフィーなどのカラムクロマトグラフィー、フィルター、限外濾過、塩析、透析、ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動、および等電点電気泳動の使用を適切に選択しかつ組み合わせることにより、抗体を分離および単離することができる（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．Ｅｄ  Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（１９８８））。プロテインＡカラムおよびプロテインＧカラムをアフィニティーカラムとして使用することができる。用いられるべき例示的なプロテインＡカラムには、例えば、Ｈｙｐｅｒ  Ｄ、ＰＯＲＯＳ、およびＳｅｐｈａｒｏｓｅ  Ｆ．Ｆ．（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）が含まれる。
【０１９１】
適切なクロマトグラフィーの例には、アフィニティークロマトグラフィー以外に、例えば、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性クロマトグラフィー、ゲル濾過、逆相クロマトグラフィー、吸着クロマトグラフィー等が含まれる（Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｃｏｕｒｓｅ  Ｍａｎｕａｌ．Ｅｄ  Ｄａｎｉｅｌ  Ｒ．Ｍａｒｓｈａｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９６））。クロマトグラフィー手順は、ＨＰＬＣおよびＦＰＬＣなどの液相クロマトグラフィーによって行うことができる。
【０１９２】
例えば、吸光度の測定、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、および／または免疫蛍光法を用いて、本発明の抗体の抗原結合活性を測定することができる。ＥＬＩＳＡの場合、本発明の抗体をプレート上に固定化し、本発明のペプチドを該プレートに添加し、次に抗体産生細胞の培養上清または精製抗体といった所望の抗体を含む試料を添加する。次いで、一次抗体を認識し、アルカリホスファターゼなどの酵素で標識された二次抗体を添加し、プレートをインキュベートする。続いて洗浄後に、ｐ−ニトロフェニルリン酸などの酵素基質を該プレートに添加し、吸光度を測定して、試料の抗原結合活性を評価する。抗体の結合活性を評価するために、Ｃ末端またはＮ末端断片などのペプチド断片を抗原として用いてもよい。本発明の抗体の活性を評価するために、ＢＩＡｃｏｒｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を用いてもよい。
【０１９３】
本発明の抗体を本発明のペプチドを含むと考えられる試料に対して曝露し、該抗体と該ペプチドとによって形成される免疫複合体を検出または測定することにより、上記の方法によって本発明のペプチドの検出または測定が可能になる。
本発明によるペプチドを検出または測定する方法は、ペプチドを特異的に検出または測定することができるため、この方法は、該ペプチドを使用する種々の実験において有用であり得る。
【０１９４】
ＸＩＩ．ベクターおよび宿主細胞
本発明はまた、本発明のペプチドをコードするヌクレオチドが導入されたベクターおよび宿主細胞を提供する。本発明のベクターは、宿主細胞中に本発明のヌクレオチド、特にＤＮＡを保持するため、本発明のペプチドを発現させるため、または遺伝子治療用に本発明のヌクレオチドを投与するために有用である。
【０１９５】
大腸菌が宿主細胞であり、ベクターを大腸菌（例えば、ＪＭ１０９、ＤＨ５α、ＨＢ１０１、またはＸＬ１Ｂｌｕｅ）内で増幅して大量に生成する場合、ベクターは、大腸菌内で増幅するための「複製起点」と、形質転換された大腸菌を選択するためのマーカー遺伝子（例えば、アンピシリン、テトラサイクリン、カナマイシン、クロラムフェニコール等の薬物によって選択される薬物耐性遺伝子）とを有する必要がある。例えば、Ｍ１３系ベクター、ｐＵＣ系ベクター、ｐＢＲ３２２、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ、ｐＣＲ−Ｓｃｒｉｐｔ等を用いることができる。加えて、ｐＧＥＭ−Ｔ、ｐＤＩＲＥＣＴ、およびｐＴ７もまた上記のベクターと同様に、ｃＤＮＡのサブクローニングおよび抽出に用いることができる。ベクターを本発明のタンパク質の産生に用いる場合には、発現ベクターが特に有用である。例えば、大腸菌内で発現させる発現ベクターは、大腸菌内で増幅するために上記の特徴を有する必要がある。ＪＭ１０９、ＤＨ５α、ＨＢ１０１、またはＸＬ１  Ｂｌｕｅなどの大腸菌を宿主細胞として用いる場合、ベクターは、大腸菌内で所望の遺伝子を効率的に発現し得るプロモーター、例えば、ｌａｃＺプロモーター（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：５４４−６（１９８９）；ＦＡＳＥＢ  Ｊ  ６：２４２２−７（１９９２））、ａｒａＢプロモーター（Ｂｅｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−３（１９８８））、Ｔ７プロモーター等を有する必要がある。この点に関して、例えば、ｐＧＥＸ−５Ｘ−１（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、「ＱＩＡｅｘｐｒｅｓｓシステム」（Ｑｉａｇｅｎ）、ｐＥＧＦＰ、およびｐＥＴ（この場合、宿主は好ましくはＴ７  ＲＮＡポリメラーゼを発現するＢＬ２１である）を上記のベクターの代わりに用いることができる。さらにベクターは、ペプチド分泌のためのシグナル配列を含んでもよい。ペプチドを大腸菌のペリプラズムに分泌させる例示的なシグナル配列は、ｐｅｌＢシグナル配列（Ｌｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １６９：４３７９（１９８７））である。ベクターを標的宿主細胞に導入する手段には、例えば塩化カルシウム法およびエレクトロポレーション法が含まれる。
【０１９６】
大腸菌に加えて、例えば、哺乳動物由来の発現ベクター（例えば、ｐｃＤＮＡ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、およびｐＥＧＦ−ＢＯＳ（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  １８（１７）：５３２２（１９９０））、ｐＥＦ、ｐＣＤＭ８）、昆虫細胞由来の発現ベクター（例えば、「Ｂａｃ−ｔｏ−ＢＡＣバキュロウイルス発現系」（ＧＩＢＣＯ  ＢＲＬ）、ｐＢａｃＰＡＫ８）、植物由来の発現ベクター（例えば、ｐＭＨ１、ｐＭＨ２）、動物ウイルス由来の発現ベクター（例えば、ｐＨＳＶ、ｐＭＶ、ｐＡｄｅｘＬｃｗ）、レトロウイルス由来の発現ベクター（例えば、ｐＺＩｐｎｅｏ）、酵母由来の発現ベクター（例えば、「ピキア（Ｐｉｃｈｉａ）発現キット」（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＮＶ１１、ＳＰ−Ｑ０１）、および枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）由来の発現ベクター（例えば、ｐＰＬ６０８、ｐＫＴＨ５０）を、本発明のポリペプチドの産生に使用することができる。
【０１９７】
ベクターをＣＨＯ、ＣＯＳ、またはＮＩＨ３Ｔ３細胞などの動物細胞内で発現させるためには、ベクターはこのような細胞における発現に必要なプロモーター、例えば、ＳＶ４０プロモーター（Ｍｕｌｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ２７７：１０８（１９７９））、ＭＭＬＶ−ＬＴＲプロモーター、ＥＦ１αプロモーター（Ｍｉｚｕｓｈｉｍａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  １８：５３２２（１９９０））、ＣＭＶプロモーター等、および好ましくは形質転換体を選択するためのマーカー遺伝子（例えば、薬物（例えば、ネオマイシン、Ｇ４１８）によって選択される薬物耐性遺伝子）を有する必要がある。これらの特徴を有する公知のベクターの例には、例えばｐＭＡＭ、ｐＤＲ２、ｐＢＫ−ＲＳＶ、ｐＢＫ−ＣＭＶ、ｐＯＰＲＳＶ、およびｐＯＰ１３が含まれる。
【０１９８】
本発明を実施または試験するにあたって、本明細書に記載の方法および材料と類似のまたは同等の方法および材料を用いることができるが、適切な方法、および材料を説明する。本明細書において言及される出版物、特許出願、特許、および他の参考文献はすべて、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。矛盾する場合には、定義を含め、本明細書が優先される。加えて、材料、方法、および例は、単に例示するためのものであり、限定することは意図しない。
以下の実施例は、本発明を説明するため、ならびに本発明の作製および使用において当業者を支援するために提示される。本実施例は、本発明の範囲を別に限定することを決して意図するものではない。
【実施例】
【０１９９】
材料および方法
細胞株
ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性Ｂリンパ芽球様細胞株であるＴ２、およびアフリカミドリザル腎細胞株であるＣＯＳ７は、ＡＴＣＣから購入した。
【０２００】
ＴＯＭＭ３４由来ペプチドの候補選択
ＨＬＡ−Ａ＊０２０１分子と結合するＴＯＭＭ３４由来の９ｍｅｒおよび１０ｍｅｒペプチドを、結合予測ソフトウェア「ＢＩＭＡＳ」（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ｂｉｍａｓ．ｃｉｔ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｍｏｌｂｉｏ／ｈｌａ＿ｂｉｎｄ）（Ｐａｒｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９４，１５２（１）：１６３−７５）、Ｋｕｚｕｓｈｉｍａ  ｅｔ  ａｌ．（Ｂｌｏｏｄ  ２００１，９８（６）：１８７２−８１））を用いて予測した。これらのペプチドは、Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｌｅｗｉｓｖｉｌｌｅ，Ｔｅｘａｓ）により、標準的な固相合成法によって合成され、逆相高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって精製された。該ペプチドの純度（＞９０％）および同一性を、それぞれ分析用ＨＰＬＣおよび質量分析によって決定した。ペプチドをジメチルスルホキシドに２０ｍｇ／ｍｌで溶解し、−８０℃で保存した。
【０２０１】
インビトロでのＣＴＬ誘導
単球由来の樹状細胞（ＤＣ）を抗原提示細胞として用いて、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）上に提示されたペプチドに対する細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を誘導した。他所に記載されているように、ＤＣをインビトロで作製した（Ｎａｋａｈａｒａ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００３  Ｊｕｌ  １５，６３（１４）：４１１２−８）。具体的には、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐｌａｑｕｅ  ｐｌｕｓ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）溶液によって健常なボランティア（ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性）から単離した末梢血単核細胞を、プラスチック製の組織培養ディッシュ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）へ付着させることによって分離し、それらを単球画分として濃縮した。２％の熱不活化した自己血清（ＡＳ）を含むＡＩＭ−Ｖ培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中、１０００Ｕ／ｍｌの顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍ）および１０００Ｕ／ｍｌのインターロイキン（ＩＬ）−４（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍ）の存在下で、単球が濃縮された集団を培養した。７日間の培養後、サイトカインで誘導したＤＣに、ＡＩＭ−Ｖ培地中３７℃で３時間、３μｇ／ｍｌのβ２−ミクログロブリンの存在下で２０μｇ／ｍｌの各合成ペプチドをパルスした。作製された細胞は、自身の細胞表面上に、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、およびＨＬＡクラスＩＩなどのＤＣ関連分子を発現しているようであった（データは示さず）。次いで、ペプチドパルスしたこれらのＤＣをＸ線照射（２０Ｇｙ）により不活化し、ＣＤ８  Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｄｙｎａｌ）を用いた陽性選択によって得られた自己ＣＤ８＋Ｔ細胞と１：２０の比率で混合した。これらの培養物を４８ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）中に準備し、各ウェルは、０．５ｍｌのＡＩＭ−Ｖ／２％ＡＳ培地中に、１．５×１０４個のペプチドパルスしたＤＣ、３×１０５個のＣＤ８＋Ｔ細胞、および１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−７（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍ）を含んだ。３日後、これらの培養物に、ＩＬ−２（ＣＨＩＲＯＮ）を最終濃度２０ＩＵ／ｍｌまで添加した。７日目および１４日目に、ペプチドパルスした自己ＤＣでＴ細胞をさらに刺激した。ＤＣは上記と同じ方法によって毎回調製した。２１日目に、３回目のペプチド刺激後、ペプチドパルスしたＴ２細胞（Ａ２）に対してＣＴＬを試験した（Ｔａｎａｋａ  Ｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ２００１  Ｊａｎ  ５，８４（１）：９４−９；Ｕｍａｎｏ  Ｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ２００１  Ａｐｒ  ２０，８４（８）：１０５２−７；Ｕｃｈｉｄａ  Ｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００４  Ｄｅｃ  １５，１０（２４）：８５７７−８６；Ｓｕｄａ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  ２００６  Ｍａｙ，９７（５）：４１１−９；Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  ２００５  Ａｕｇ，９６（８）：４９８−５０６）。
【０２０２】
ＣＴＬ増殖手順
Ｒｉｄｄｅｌｌら（Ｗａｌｔｅｒ  ＥＡ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  １９９５  Ｏｃｔ  １９，３３３（１６）：１０３８−４４；Ｒｉｄｄｅｌｌ  ＳＲ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １９９６  Ｆｅｂ，２（２）：２１６−２３）によって記載されている方法と類似の方法を用いて、ＣＴＬを培養下で増殖させた。４０ｎｇ／ｍｌの抗ＣＤ３モノクローナル抗体（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）の存在下で、マイトマイシンＣによって不活化した２種類のヒトＢリンパ芽球様細胞株と共に、合計５×１０４個のＣＴＬを２５ｍｌのＡＩＭ−Ｖ／５％ＡＳ培地中に懸濁した。培養開始１日後に、１２０ＩＵ／ｍｌのＩＬ−２を該培養物に添加した。５、８、および１１日目に、３０ＩＵ／ｍｌのＩＬ−２を含む新たなＡＩＭ−Ｖ／５％ＡＳ培地を、該培養物に供給した（Ｔａｎａｋａ  Ｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ２００１  Ｊａｎ  ５，８４（１）：９４−９；Ｕｍａｎｏ  Ｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ２００１  Ａｐｒ  ２０，８４（８）：１０５２−７；Ｕｃｈｉｄａ  Ｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００４  Ｄｅｃ  １５，１０（２４）：８５７７−８６；Ｓｕｄａ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  ２００６  Ｍａｙ，９７（５）：４１１−９；Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  ２００５  Ａｕｇ，９６（８）：４９８−５０６）。
【０２０３】
ＣＴＬクローンの樹立
９６丸底マイクロタイタープレート（Ｎａｌｇｅ  Ｎｕｎｃ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）においてＣＴＬ０．３個、１個、および３個／ウェルとなるように、希釈を行った。ＣＴＬを、１×１０４個細胞／ウェルの２種類のヒトＢリンパ芽球様細胞株、３０ｎｇ／ｍｌの抗ＣＤ３抗体、および１２５Ｕ／ｍｌのＩＬ−２と共に、合計１５０μｌ／ウェルの５％ＡＳ含有ＡＩＭ−Ｖ培地中で培養した。１０日後、５０μｌ／ウェルのＩＬ−２を、ＩＬ−２の最終濃度が１２５Ｕ／ｍｌに到達するように該培地に添加した。１４日目にＣＴＬ活性を試験し、上記と同じ方法を用いてＣＴＬクローンを増殖させた（Ｕｃｈｉｄａ  Ｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００４  Ｄｅｃ  １５，１０（２４）：８５７７−８６；Ｓｕｄａ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  ２００６  Ｍａｙ，９７（５）：４１１−９；Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  ２００５  Ａｕｇ，９６（８）：４９８−５０６）。
【０２０４】
特異的ＣＴＬ活性
特異的ＣＴＬ活性を調べるために、ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよびＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡを行った。ペプチドパルスしたＴ２（１×１０４個／ウェル）を刺激細胞として調製した。４８ウェル中の培養細胞を応答細胞として使用した。ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよびＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡアッセイは、製造業者の手順に従って行った。
【０２０５】
標的遺伝子およびＨＬＡ−Ａ０２のいずれか一方または両方を強制的に発現する細胞の樹立
標的遺伝子、またはＨＬＡ−Ａ＊０２０１のオープンリーディングフレームをコードするｃＤＮＡをＰＣＲによって増幅した。ＰＣＲ増幅産物を発現ベクターにクローニングした。製造業者の推奨する手順に従ってリポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、標的遺伝子およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１ヌル細胞株であるＣＯＳ７に該プラスミドをトランスフェクトした。トランスフェクションから２日後、トランスフェクトした細胞をベルセン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて回収し、ＣＴＬ活性アッセイのための刺激細胞（５×１０４個細胞／ウェル）として使用した。
【０２０６】
結果１
がんにおけるＴＯＭＭ３４発現の増強
ｃＤＮＡマイクロアレイを用いて様々ながんから得られた包括的遺伝子発現プロファイルデータにより、ＴＯＭＭ３４（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００６８０９；例えば、配列番号：４２）の発現が上昇していることが明らかになった。ＴＯＭＭ３４発現は、ＡＭＬ  ２８例のうち４例、ＣＭＬ  １４例中４例、膀胱癌１１例中８例、乳癌４例中１例、子宮頸癌５例中１例、結腸直腸癌１２例中１２例、食道癌１７例中５例、肝臓癌６例中６例、骨肉腫１０例中１例、前立腺癌２６例中１例、腎癌１９例中１例、ＳＣＬＣ  １４例中２例、ＮＳＣＬＣ  ２０例中５例、および軟組織腫瘍５１例中１０例において、対応する正常組織と比較して、確かに上昇していた（表１）。
【０２０７】
【表１】
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【０２０８】
結果２
ＴＯＭＭ３４由来のＨＬＡ−Ａ０２結合ペプチドの予測
表２ａおよび２ｂは、ＴＯＭＭ３４のＨＬＡ−Ａ０２結合９ｍｅｒおよび１０ｍｅｒペプチドを、結合親和性の高い順に示す。エピトープペプチドを決定するために、ＨＬＡ−Ａ０２結合能を有する可能性がある合計４０種のペプチドを選択して調べた。
【０２０９】
【表２ａ】
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【０２１０】
【表２ｂ】
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【０２１１】
ＨＬＡ−Ａ＊０２０１拘束性のＴＯＭＭ３４由来の予測ペプチドによるＣＴＬの誘導
ＴＯＭＭ３４由来のペプチドに対するＣＴＬを、「材料および方法」に記載したプロトコールに従って作製した。ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって、ペプチド特異的なＣＴＬ活性を検出した（図１ａ〜ｄ）。以下のウェル番号は、対照ウェルと比較して強力なＩＦＮ−γ産生を示した：ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）を用いたウェル番号＃４（ａ）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）を用いた＃２（ｂ）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）を用いた＃４（ｃ）、およびＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）を用いた＃２（ｄ）。一方、表２ａおよび２ｂに示されるその他のペプチドは、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１との結合活性を有する可能性があるにもかかわらず、それらのペプチドでの刺激では、特異的なＣＴＬ活性は検出されなかった。典型的な陰性データとして、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−１４３（配列番号：２１）で刺激したＣＴＬからは特異的ＩＦＮ−γ産生が観察されなかった（ｅ）。結果として、ＴＯＭＭ３４に由来する４種のペプチドが、強力なＣＴＬを誘導することができるペプチドとして選択されることが示された。
【０２１２】
ＴＯＭＭ３４由来ペプチドに対するＣＴＬ株およびクローンの樹立
上記「材料および方法」の章に記載した通りに、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）を用いたウェル番号＃４において、ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにより検出されるペプチド特異的ＣＴＬ活性を示した細胞を増殖させ、増殖手順によってＣＴＬ株を樹立した。このＣＴＬ株のＣＴＬ活性をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡアッセイによって測定した（図２）。このＣＴＬ株は、ペプチドをパルスしなかった標的細胞と比較して、対応するペプチドをパルスした標的細胞に対して強力なＩＦＮ−γ産生を示した。さらに、「材料および方法」に記載した通りに、ＣＴＬ株から限界希釈によってＣＴＬクローンを樹立し、ペプチドをパルスした標的細胞に対するＣＴＬクローンからのＩＦＮ−γ産生をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡアッセイによって測定した。ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）で刺激したＣＴＬクローンから、強力なＩＦＮ−γ産生が観察された（図３）。
【０２１３】
ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１を発現する標的細胞に対する特異的ＣＴＬ活性
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）ペプチドに対して産生された樹立ＣＴＬ株を、ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１分子を発現する標的細胞を認識する能力に関して調べた。全長ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１遺伝子の両方をトランスフェクトしたＣＯＳ７細胞（全長ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１遺伝子を発現する標的細胞の特異的モデル）を刺激細胞として調製し、全長ＴＯＭＭ３４またはＨＬＡ−Ａ＊０２０１のいずれかをトランスフェクトしたＣＯＳ７細胞を対照として用いた。図４において、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）で刺激したＣＴＬ株は、ＴＯＭＭ３４およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１の両方を発現するＣＯＳ７細胞に対して強力なＣＴＬ活性を示した。一方、対照に対して有意な特異的ＣＴＬ活性は検出されなかった。したがって、これらのデータにより、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）ペプチドが内因的にプロセシングされ、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１分子とともに標的細胞上に提示され、ＣＴＬによって認識されることが明確に実証された。これらの結果は、ＴＯＭＭ３４に由来するこのペプチドが、ＴＯＭＭ３４を発現する腫瘍を有する患者に対するがんワクチンとして適している可能性を示している。
【０２１４】
抗原ペプチドの相同性解析
ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）およびＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）で刺激したＣＴＬは、有意かつ特異的なＣＴＬ活性を示した。この結果は、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）およびＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）の配列が、ヒト免疫系を感作することが知られている他の分子に由来するペプチドと相同的であるという事実に起因する可能性がある。この可能性を排除するために、ＢＬＡＳＴアルゴリズム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ  ／ｂｌａｓｔ／ｂｌａｓｔ．ｃｇｉ）を用いて、クエリーとしてのこれらのペプチド配列に対して相同性解析を行ったが、有意な相同性を有する配列は認められなかった。この相同性解析の結果は、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−３０（配列番号：１）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−９−２２０（配列番号：５）、ＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−３０（配列番号：３１）およびＴＯＭＭ３４−Ａ０２−１０−２２０（配列番号：３２）の配列が固有のものであること、したがって本発明者らの知る限りでは、この分子が、ある非関連分子に対して意図しない免疫学的応答を引き起こす可能性はほとんどないことを示している。
結論として、ＴＯＭＭ３４に由来する新規ＨＬＡ−Ａ＊０２０１エピトープペプチドが同定された。さらに、本明細書における結果は、ＴＯＭＭ３４のエピトープペプチドががん免疫療法における使用に適し得ることを実証している。
【産業上の利用可能性】
【０２１５】
本発明は、新規ＴＡＡ、特に、強力かつ特異的な抗腫瘍免疫応答を誘導し、かつ幅広いがんの種類に対する適用性を有する、ＴＯＭＭ３４由来の新規ＴＡＡを提供する。そのようなＴＡＡは、ＴＯＭＭ３４に関連した疾患、例えばがん、より詳細にはＡＭＬ、ＣＭＬ、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、食道癌、肝臓癌、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、および軟組織腫瘍に対するペプチドワクチンとして有用である。
【０２１６】
本明細書において、本発明をその特定の態様に関して詳細に説明しているが、前述の説明は本質的に例示的かつ説明的なものであって、本発明およびその好ましい態様を説明することを意図していることが理解されるべきである。慣例的な実験を通して、当業者は、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、様々な変更および改変がその中でなされ得ることを容易に認識し、本発明の範囲および境界は添付の特許請求の範囲によって定められる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【国際調査報告】
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