(57)【要約】２型糖尿病を発現する増加した危険性を有する、またはＩＩ型糖尿病に罹患している人々を、本明細書に記述される選択されたバイオマーカーを単独でまたは併用して利用して識別する方法。本開示は、大規模な集団ベースの広範囲に基づく信頼性が高いスクリーニングを可能とし、様々な条件下で複数のサンプルの種類からのデータを特徴づけて、記録保管して、対比するための効果的な戦略の策定を含む他の利点を提供する。また、そのような方法を実施するのに用いることができるアレイとキットが提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＩＩ型糖尿病を発症する素因のあるヒトを識別する方法であって、前記ヒトの血清または血漿サンプルを分析して、表１〜４のいずれかに記載されたそれらのタンパク質およびペプチド、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの成分の量を判定することを含む方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの成分が、表１に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つの成分が、表２に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つの成分が、表３に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つの成分が、表４に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの成分が、表４に記載されたペプチドのすべてを含む請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つの成分が、表３に記載されたタンパク質のすべてを含む請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記方法が、少なくとも９０％の特異性と少なくとも９０％の感受性を有する請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
ＩＩ型糖尿病関連の遺伝子配列と相補的なオリゴヌクレオチド、またはＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列に特異的な抗体を含むアレイであって、ＩＩ型糖尿病関連の遺伝子配列およびタンパク質配列が、表１〜４に記載されたもののうちの少なくとも１０の任意の組み合わせを含む、アレイ。
【請求項１０】
前記アレイが、表３に記載されたＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列のうちの少なくとも１０個または全２２個に対して特異的な抗体を含む請求項９に記載のアレイ。
【請求項１１】
前記アレイが、表３に記載されたＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列のうちの全２２個に対して特異的な抗体からなる請求項９に記載のアレイ。
【請求項１２】
請求項９〜１１のいずれかのアレイ；および別々のパッケージの緩衝液を含む、ＩＩ型糖尿病を診断するためのキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
分野
本開示は、一般に、病気のスクリーニングおよび検出のための方法とシステムに関し、特に、ＩＩ型糖尿病を発症する危険性があるヒトのスクリーニングおよび検出のための方法とシステムに関する。
【背景技術】
【０００２】
背景
ＩＩ型糖尿病は、何百万もの人々に影響を与える生活を変える病気である。この病気は臨床的に診断され、そして、場合によっては、かなり簡単に確認されると同時に、より早期の発見は、臨床症状の発症を変えたり、または軽減したりする、あるいは試みるべき他の形の予防処置を可能とする介入（１つまたは複数）につながることがある。
【０００３】
現在では、誰が臨床症状の発症の前にＩＩ型糖尿病を発症する危険性があるかを予測するための最高のアプローチの１つは、経口ブドウ糖負荷試験（ＯＧＴＴ）によるものである。このＯＧＴＴは面倒であり、絶食を必要として再現性が高いとは言えない。空腹時血糖値（ＦＢＧ）は、それほど重荷とならないが、特に糖尿病と糖尿病前症の最高有病率を有する年配のアメリカ人では、それほど感度がよくない。血液からのヘモグロビンＡ１ｃ（ヘモグロビンの糖化された形態）の定量化は、血糖コントロールの適切性と糖尿病患者の合併症の危険性を評価する試験として広く使われてきたが、この試験は、糖尿病前症または新発症型ＩＩ型糖尿病で典型的に見られるグルコース値の範囲を検出するためには十分に敏感ではない。さらにまた、血液中にはヘモグロビンの多くの異形がある。これは特に不釣り合いに糖尿病に冒された少数人口に当てはまり、そして、これはさらなる不確実性をこの試験の使用に加える。糖尿病と糖尿病前症の診断の簡略化された、より重荷とならないアプローチは、こうした人々のさらなる認識と改善されたケアを容易にするであろう。ＩＩ型糖尿病を発症する危険性が高い人々を予測する代用バイオマーカーの測定の正確性と再現性を改善するための進歩がなされてきたが、特にそのような代用バイオマーカーがより高い感度と特異性をもたらすならば、一連の候補バイオマーカーは臨床社会に利益を与えるであろう。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
したがって、必要なのは、大規模な集団ベースについて、広範囲に基づく信頼性が高いスクリーニングを可能とする候補バイオマーカーを利用して、ＩＩ型糖尿病を発症する危険性が増加した人々をスクリーニングする方法とシステムである。そのうえ、様々な状況下（例えば、対照対病気）で複数のサンプルの種類からデータを特徴づけて、記録保管し、そして対比するための効果的戦略もまた必要である。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本出願は、単独または併用で本明細書に記述される選択されたＩＩ型糖尿病関連バイオマーカーを利用して、ＩＩ型糖尿病を発症する危険性が増加したヒト（またはＩＩ型糖尿病に罹患しているヒト）を、識別する方法を記述する。本方法は、大規模な集団ベースの広範囲に基づく信頼性が高いスクリーニングを可能とし、様々な条件下で複数のサンプルの種類からのデータを特徴づけて、記録保管し、対比するための効果的な戦略の策定を含む他の利点を提供する。
【０００６】
１つの例では、ＩＩ型糖尿病関連のマーカーは、表３または４に示されるものなどの表１〜４のいずれかに示されるものから選択される。マーカーの検出は、表（例えば、抗体または質量分析を用いて）で示される全長タンパク質または個々のペプチドの検出を含むことができる。いくつかの例では、試験サンプル中のマーカーは、対照または値（ＩＩ型糖尿病に罹患しているか、または罹患していないか、あるいはそのような障害を発症する素因のある対象で予想される値または値の範囲）と比較して定量化される。
【０００７】
本明細書で記述されるマーカーの存在は、いろいろな方法論を使用し、そしていろいろなサンプルの種類を利用して、様々な方法で判定され、利用されうる。したがって、血清または血漿中の本発明のマーカーの適用に関連した１つの実施形態が記述されるけれども、この説明は例示的なだけであり、決して排他的でないことが意図される。そのような方法は、また、適切に修正して他のサンプルの種類で利用されてもよい。これで、そして、少なくとも１つの血清成分のレベルの量をこの成分のレベルの標準化された範囲と比較して、正常な範囲と比較されたときの血清成分のレベルがＩＩ型糖尿病の素因を示すかどうかを判定する。本発明の方法を実行するためのシステムは、そのような方法が実行されるのを可能とする必要な部品と部分から成り立つ。
【０００８】
開示されたＩＩ型糖尿病関連のマーカーを検出するためのプローブを含むアレイとキットもまた提供される。
【０００９】
本開示のさらなる特徴は、以下のように記述されて、本明細書に記述される説明と証明から容易に明らかになる。したがって、本開示の以下の説明は、本開示の例示としてであって、決して制限されるものとしてではないものとみなされるべきである。
【００１０】
配列表
添付配列表に記載されたタンパク質配列は、アミノ酸の標準３文字略語を使用して示される。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
いくつかの実施形態の詳細な説明
略号および用語
用語と方法についての以下の説明は、本開示をよりよく記述して、本開示の実施に際して当業者を案内するために提供される。単数形「１つ（ａ）」、「１つ（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、そうではないことが文脈で別に明白に規定されていない限り、１つまたは１つより多いことを意味する。例えば、「タンパク質を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ  ａ  ｐｒｏｔｅｉｎ）」という用語は、単数または複数のタンパク質を含み、「少なくとも１つのタンパク質を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ  ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ）」の句と等しいと考えられる。「または（ｏｒ）」という用語は、文脈が別段に明らかに示されない限り、述べられた代替要素の単一要素または２つ以上の要素の組み合わせを指す。本明細書で使用されるように、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」を意味する。したがって、「ＡまたはＢを含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ  Ａ  ｏｒ  Ｂ）」は、さらなる要素を排除することなく、「Ａ、Ｂ、またはＡとＢを含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  Ａ，Ｂ，ｏｒ  Ａ  ａｎｄ  Ｂ）」を意味する。
【００１２】
他に定義しない限り、本明細書中で用いられる全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載された方法および材料と同様なまたは等価な方法および材料を本開示の実施形態の実施または試験において用いることができるが、好適な方法および材料は以下に記載される。材料、方法、および実施例はあくまで例示であり、限定されるものではない。方法が説明されてきて、試験において利用されたけれども、本開示は、利用された試験のどの特定の形態にも限定されるものではなく、特許請求の範囲において述べられる物質を検出することができるすべての方法を含むことが意図されることを明確に理解すべきである。
【００１３】
抗体：内皮マーカーまたはその断片などの、抗原のエピトープを特異的に認識および結合する少なくとも軽鎖または重鎖免疫グロブリン可変領域を含むポリペプチドリガンド。抗体は、重鎖および軽鎖から成り、それぞれ可変重（ＶＨ）領域および可変軽（ＶＬ）領域と呼ばれる可変領域を有する。ＶＨ領域およびＶＬ領域はともに、抗体によって認識される抗原の結合に関与する。１例では、抗体は表１〜４に記載されたタンパク質またはペプチドのうちの１つと特異的に結合するが、他のタンパク質（例えば、ヒト血清または血漿で見られる他のタンパク質）とは結合しない。
【００１４】
これは、正常な免疫グロブリンおよび当該技術分野でよく知られるそれらの変異体と部分（例えば、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、単鎖Ｆｖタンパク質（「ｓｃＦｖ」）、およびジスルフィド安定化Ｆｖタンパク質（「ｄｓＦｖ」））を含む。ｓｃＦｖタンパク質は、免疫グロブリンの軽鎖可変領域および免疫グロブリンの重鎖可変領域が、リンカーによって結合される融合タンパク質であるが、ｄｓＦｖｓにおいて、鎖は突然変異してジスルフィド結合を導入し、鎖の結合を安定化している。この用語は、また、キメラ抗体（例えば、ヒト化マウス抗体）、ヘテロコンジュゲート抗体（例えば、２重特異性抗体）などの遺伝子組み換え形態も含む。Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃａｔａｌｏｇ  ａｎｄＨａｎｄｂｏｏｋ，１９９４−１９９５（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）；Ｋｕｂｙ，Ｊ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，３ｒｄＥｄ．，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ＆  Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９７も参照されたい。
【００１５】
典型的には、天然の免疫グロブリンは、ジスルフィド結合によって相互に連結された重（Ｈ）鎖および軽（Ｌ）鎖を有する。軽鎖には２つのタイプ、ラムダ（λ）およびカッパ（κ）がある。抗体分子の機能的活性を決定する５つの主要な重鎖クラス（またはアイソタイプ）：ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、およびＩｇＥがある。
【００１６】
各々の重鎖および軽鎖は、定常領域および可変領域を含む（これらの領域は、「ドメイン」としても公知である）。重鎖および軽鎖の可変領域は、組み合わされて抗原に特異的に結合する。軽鎖および重鎖の可変領域は、「相補性決定領域」または「ＣＤＲｓ」とも呼ばれる、３つの超可変領域で分断された「フレームワーク」領域を含む。フレームワーク領域およびＣＤＲｓの範囲は規定されている（引用により本明細書に取り込まれる、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，１９９１を参照のこと）。Ｋａｂａｔデータベースは現在、オンラインで運営されている。異なる軽鎖または重鎖のフレームワーク領域の配列は、種の中で比較的保存されている。抗体のフレームワーク領域、すなわちその構成要素である軽鎖および重鎖の総フレームワーク領域は、３次元空間においてＣＤＲｓを配置および整列させる働きをする。
【００１７】
ＣＤＲｓは主として、抗原のエピトープへの結合を担う。各々の鎖のＣＤＲｓは、典型的には、Ｎ末端側から順番に番号を付されてＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と呼ばれ、また典型的には特定のＣＤＲが位置する鎖によって識別される。従って、ＶＨ  ＣＤＲ３は、それが発見された抗体の重鎖の可変ドメインに位置し、ＶＬ  ＣＤＲ１はそれが発見された抗体の軽鎖の可変ドメイン由来のＣＤＲ１である。ＲＥＴに結合する抗体は、特有のＶＨ領域配列およびＶＬ領域配列を有する、つまり特有のＣＤＲ配列を有する。異なる特異性（すなわち、異なる抗原に対する異なる結合部位）を有する抗体は、異なるＣＤＲｓを有する。ＣＤＲｓは抗体によって異なるが、ＣＤＲｓ内の限られた数のアミノ酸位置のみが、抗原結合に直接的に関与する。ＣＤＲｓ内のこれらの位置は、特異性決定残基（ＳＤＲｓ）と呼ばれる。
【００１８】
「ＶＨ」または「ＶＨ」に対する言及は、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ、またはＦａｂの可変領域を含む、免疫グロブリン重鎖の可変領域を表す。「ＶＬ」または「ＶＬ」に対する言及は、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ、またはＦａｂの可変領域を含む免疫グロブリン軽鎖の可変領域を表す。
【００１９】
「モノクローナル抗体」は、Ｂリンパ球の単一クローンによりまたは単一の抗体の軽鎖および重鎖の遺伝子をトランスフェクトされた細胞により産生される抗体である。モノクローナル抗体は、当業者に公知の方法によって、例えば骨髄腫細胞と免疫脾細胞との融合によりハイブリッド抗体形成細胞を作製することによって生成される。モノクローナル抗体にはヒト化モノクローナル抗体が含まれる。
【００２０】
「ポリクローナル抗体」は、異なるＢ細胞株に由来する抗体である。ポリクローナル抗体は、特異性抗原に対して分泌される免疫グロブリン分子の混合物であり、各々が異なるエピトープを認識する。これらの抗体は、例えば、抗原に特異的なＩｇＧ免疫グロブリンを生産するためにＢ−リンパ球を誘導する適切な哺乳動物（例えばマウス、ウサギまたはヤギ）に抗原を注入し、次いで哺乳動物の血清から精製することによる当業者に公知の方法によって産生される。
【００２１】
「キメラ抗体」は、ヒトなどの１つの種由来のフレームワーク残基、および内皮マーカーに特異的に結合するマウス抗体などの別の種由来のＣＤＲｓ（一般的に抗原結合性を付与する）を有する。
【００２２】
「ヒト化」免疫グロブリンは、ヒトフレームワーク領域および非ヒト（例えば、マウス、ラット、または合成の）免疫グロブリン由来の１つ以上のＣＤＲｓを含む免疫グロブリンである。ＣＤＲｓを提供する非ヒト免疫グロブリンは、「ドナー」と呼ばれ、フレームワークを提供するヒト免疫グロブリンは「アクセプター」と呼ばれる。１つの実施形態において、ヒト化免疫グロブリンにおけるＣＤＲは全て、ドナー免疫グロブリン由来である。定常領域は必要ないが、それらが存在する場合、それらはヒト免疫グロブリン定常領域と実質的に同一、例えば、少なくとも約８５〜９０％、例えば約９５％以上の同一性である。従って、ヒト化免疫グロブリンの全ての部分（場合によりＣＤＲｓを除く）は、天然のヒト免疫グロブリン配列の対応する部分と実質的に同一である。ヒト化免疫グロブリンは、遺伝子操作により構築することができる（例えば、米国特許第５，５８５，０８９号を参照のこと）。
【００２３】
アレイ：生体高分子（ペプチドまたは核酸分子など）などの、基板上あるいは基板内のアドレス可能な位置にある分子の配列。「マイクロアレイ」は、評価あるいは分析のために、顕微鏡検査を必要とするか、または補助されるように小型化されたアレイである。
【００２４】
分子（「フィーチャー」）のアレイは、試料に対して一度に非常に多くの分析を実施することを可能とする。特定のアレイの例において、例えば、内部標準を提供するために、１つ以上の分子（例えば、オリゴヌクレオチドプローブまたは抗体）が、複数回（例えば、２回）アレイ上に存在するであろう。アレイ上のアドレス可能な位置の数は、例えば、少なくとも４個から少なくとも１０個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも５０個、少なくとも７５個、少なくとも１００個、少なくとも１５０個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも５００個、少なくとも５５０個、少なくとも６００個、少なくとも８００個、少なくとも１，０００個、少なくとも１０，０００個、またはそれ以上変えることができる。特定の例においては、アレイは、長さが少なくとも１５ヌクレオチド（例えば、長さが約１５〜４０ヌクレオチド）であるオリゴヌクレオチドの配列などの核酸分子を含む。
【００２５】
特定の例では、アレイは、ＩＩ型糖尿病関連核酸を検出するために使用できるオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを含む。タンパク質ベースのアレイとしては、プローブ分子がタンパク質であるかまたはタンパク質を含むか、あるいは標的分子がタンパク質であるかまたはタンパク質を含む場合が挙げられ、アレイは、タンパク質が結合した核酸、またはその逆のものを含む。例えば、表１〜４のいずれかに記載されたＩＩ型糖尿病関連タンパク質（または、そのようなタンパク質をコードする核酸）の少なくとも４つの任意の組み合わせ、例えば、表１、２、３、または４に記載された分子の少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、または、少なくとも４５の組み合わせを検出するためにこのようなアレイを使用することができる。
【００２６】
アレイ内部で、アレイに配置されたサンプルはそれぞれ、アレイの少なくとも２次元内で確実かつ一貫してその位置を決定することができるという点でアドレス可能である。アレイ上のフィーチャー適用部位は、さまざまな形をとることができる。例えば、アレイは規則的（例えば、均一な行および列に配置されている）であっても不規則であってもよい。すなわち、規則的なアレイ内では、各サンプルの位置は、それがアレイに適用された時点でそのサンプルに割り当てられ、それぞれの位置を適当な標的部位またはフィーチャー部位と関連づけるためにキーが提供されていてもよい。しばしば、規則的なアレイは、対称なグリッドパターン状に並べられるが、別のパターンで（例えば、放射線状、渦巻線状、または規則的クラスター状に）サンプルを並べることもできる。アドレス可能なアレイは、通常、コンピューターをプログラムして、アレイ上の特定のアドレスを、その位置にあるサンプルに関する情報（例えば、シグナル強度などを含む、ハイブリダイゼーションまたは結合のデータ）と関連づけることができるという点でコンピューター可読型である。コンピューター可読型フォーマットのいくつかの例では、アレイ内の個々のフィーチャーは、例えば、デカルト格子のパターンに規則的に並べられているため、コンピューターによってアドレス情報を関連づけることができる。
【００２７】
結合親和性：抗原（例えば、表１〜４に示されるタンパク質）に対する抗体などの１つの分子の他の分子に対する親和性。１つの例において、親和性は、Ｆｒａｎｋｅｌら、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６：１０１−１０６，１９７９に記載されたＳｃａｔｃｈａｒｄ法の修正により算出される。別の例においては、結合親和性は、抗原／抗体解離速度により測定される。さらに別の例においては、高い結合親和性は、競合的放射免疫測定により測定される。いくつかの例では、高い結合親和性は、少なくとも約１×１０−８Ｍである。他の例では、高い結合親和性は、少なくとも約１．５×１０−８Ｍ、少なくとも約２．０×１０−８Ｍ、少なくとも約２．５×１０−８Ｍ、少なくとも約３．０×１０−８Ｍ、少なくとも約３．５×１０−８Ｍ、少なくとも約４．０×１０−８Ｍ、少なくとも約４．５×１０−８Ｍ、または少なくとも約５．０×１０−８Ｍである。
【００２８】
糖尿病：制御されていない炭水化物の代謝に至るインスリンの相対的または絶対的な不足によって引き起こされる疾患であって、一般的に「糖尿病」と簡略化されているが、糖尿病は尿崩症と混同すべきではない。本明細書で使用される場合、「糖尿病」は、断りが無い限り、（真性）糖尿病を指す。「糖尿病の状態」は、糖尿病前症と糖尿病を含む。１型糖尿病（しばしば、「インスリン依存性糖尿病」または「若年型糖尿病」と呼ばれる）は、インスリンの全欠乏または殆ど完全な欠乏に至る膵臓β細胞の破壊に特徴付けられる自己免疫疾患である。２型糖尿病（Ｔ２ＤＭ；しばしば、「非インスリン依存性糖尿病」または「成人型糖尿病」と呼ばれる）では、インスリンが存在していても、体がインスリンに応答しない。
【００２９】
糖尿病の徴候は、以下のものを含む：過度の口渇（多渇症）；頻尿（多尿）；極端な飢餓または続けざまの食事（多食症）；説明のつかない体重減少；尿グルコースの存在（糖尿）；倦怠または疲労；視力の変化；末端のしびれまたはうずき（手、足）；創傷または傷の遅い治癒；および異常に高い感染頻度。糖尿病は、７．０ｍｍｏｌ／Ｌ以上（１２６ｍｇ／ｄＬ）の空腹時血漿グルコース（ＦＰＧ）濃度、または７５ｇ経口ブドウ糖負荷試験（ＯＧＴＴ）の約２時間後における１１．１ｍｍｏｌ／Ｌ以上（２００ｍｇ／ｄＬ）の血漿グルコース濃度により臨床的に診断されうる。糖尿病についてのさらに詳細な説明は、Ｃｅｃｉｌ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｊ．Ｂ．Ｗｙｎｇａａｒｄｅｎ，ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ  Ｃｏ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９２，１９ｔｈ  ｅｄ．）に見ることが可能である。
【００３０】
本明細書に開示された方法は、ＩＩ型糖尿病またはＩＩ型糖尿病前症に罹患している対象を識別するための手段を提供する。「非糖尿病」または「正常な」対象は、ＩＩ型糖尿病や糖尿病前症などの糖尿病のどんな形態も有しない。
【００３１】
発現：遺伝子にコードされた情報が、タンパク質の合成などの、細胞の機能的な部分、非機能的な部分、または構造上の部分に変換されるプロセス。外部信号（ホルモンなど）は遺伝子発現に影響を及ぼすことができる。遺伝子の発現は、また、ＤＮＡからＲＮＡへのタンパク質経路のどこででも調節できる。それらが生産された後に、ｍＲＮＡなどの中間分子の転写、翻訳、ＲＮＡ輸送と処理、分解についてのコントロール、または具体的なタンパク質分子の活性化、不活性化、区画化、または分解によるコントロールを調節は含むことができる。
【００３２】
ＩＩ型糖尿病関連核酸分子またはタンパク質の発現は、正常（野生型）な核酸分子またはタンパク質（例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していない対象または糖尿病前症の対象で）に比較して変化させることができる。差次的発現などの遺伝子発現における変化は、以下のものを含むが、これらに限定されない：（１）過剰発現（例えば、上方制御）；（２）過小発現（例えば、下方制御）；または（３）発現の抑制。核酸分子の発現の変化は、対応したタンパク質の発現の変化に関連する可能性があり、そして実際にその原因となる。
【００３３】
正常な（野生型）状態にあるタンパク質の発現と異なるように、タンパク質発現は、いくつかの様式で変化させることができる。これには、必ずしも限定されるわけではないが、以下のものを含む：（１）１つ以上のアミノ酸残基が異なるようなタンパク質の突然変異；（２）タンパク質配列に対する１つまたはいくつか（例えば、１０〜２０以下）のアミノ酸残基の短い欠失または付加；（３）タンパク質ドメインまたはサブドメイン全体が除去または付加されるような、アミノ酸残基（例えば、少なくとも２０残基）のより長い欠失または付加；（４）対照量または標準量（例えば、上方制御）と比較した増加した量のタンパク質発現；（５）対照量または標準量（例えば、下方制御）と比較した減少した量のタンパク質発現；（６）タンパク質の細胞内局在の変化または標的化；（７）タンパク質の時間的に調節された発現の変化（通常発現しない場合に、タンパク質が発現するように、または代替的には、通常発現する場合に発現しないように）；（８）細胞中でタンパク質が局在したままでいる時間が延長されることによる、タンパク質の安定性の変化、；および（９）各々対照または標準と比較した、タンパク質の発現の局在化（例えば、器官または組織特異性または細胞内局在化）の変化（通常は発現するような場所に発現しない、または、タンパク質が通常は発現しないような場所に発現する）。差次的発現の決定のための、サンプルとの比較のための対照または標準には、正常と考えられるサンプル（所望の特徴に関して変化がない、例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していない対象からのサンプルであるという点で）、ならびに検査値が含まれ、これは任意の組み合わせでありうるが、そのような値は各検査室間で変化することに留意されたい。
【００３４】
検査室標準および検査値は、公知のまたは決定された集団値に基づいて設定されてもよく、そして測定された、実験的に決定された値と比較できるようなグラフまたは表の形式で提供されうる。
【００３５】
標識：検出し得る化合物。いくつかの例では、その分子の検出を容易にするために、標識が別の分子（例えば、抗体またはタンパク質）に、直接または間接的に結合される。例えば、標識は、ＥＬＩＳＡ、分光分析法、フローサイトメトリー、または顕微鏡検査によって検出可能とすることができる。標識の特定の非限定的な例は、フルオロフォア、化学発光剤、酵素的結合、および放射性同位元素を含む。いろいろな目的に適した標識を選択する際の標識化とガイダンスは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８９）およびＡｕｓｕｂｅｌら（Ｉｎ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９８）で議論されている。特定の例では、標識は、ＩＩ型糖尿病の検出／スクリーニングを可能とするために、表１〜４のいずれかに開示されたタンパク質またはペプチドに特異的な抗体に結合される。
【００３６】
側方流動装置：液体サンプル（例えば、血清または血漿サンプル）を吸収または吸着し、その液体サンプルを検出ゾーンに送り、特異的抗原（例えば、タンパク質または糖タンパク質）またはレクチン結合生体分子（例えば、糖タンパク質または糖脂質）の存在または非存在に応じて可視信号を生成するために抗体またはレクチン・ベースの検出方法を使用する装置。装置は側方流動クロマトグラフィーで使われる検査ストリップとすることができ、そこでは、検査サンプル流体（分析物を含む疑いがある）は、検査ストリップ（それは、紙、ニトロセルロース、およびセルロースなどの吸水性材料で作られていることが多い）の中を流れる（例えば、毛管作用によって）。検査流体と任意の懸濁分析物は、ストリップに沿って検出ゾーンに流動することができ、そこでは、分析物（存在するならば）が検出剤と相互作用して分析物の存在、非存在および／または量を示す。
【００３７】
多数の側方流動分析装置が開示されており、米国特許第４，３１３，７３４号；同４，４３５，５０４号；同４，７７５，６３６号；同４，７０３，０１７号；同４，７４０，４６８号；同４，８０６，３１１号；同４，８０６，３１２号；同４，８６１，７１１号；同４，８５５，２４０号；同４，８５７，４５３号；同４，９４３，５２２号；同４，９４５，０４２号；同４，４９６，６５４号；同５，００１，０４９号；同５，０７５，０７８号；同５，１２６，２４１号；同５，４５１，５０４号；同５，４２４，１９３号；同５，７１２，１７２号；同６，２５８，５４８号；同６，５５５，３９０号；同６，６９９，７２２号；および同６，３６８，８７６号；ＥＰ０８１０４３６；ならびにＷＯ９２／１２４２８；ＷＯ９４／０１７７５；ＷＯ  ９５／１６２０７；およびＷＯ９７／０６４３９で示されるものを含む。
【００３８】
多くの側方流動装置は、生体液体が吸水性ストリップ（しかし、非吸水性材料を使うことができ、材料に界面活性剤を適用することによって吸水性を付与することができる）のサンプル領域に置かれ、液体が特定の結合パートナー（例えば、レクチンまたは抗体）と接触するまで、ストリップに沿って移動して液体中の分析物（例えば、糖タンパク質、糖脂質、または抗原）と相互に作用することができる１ステップ側方流動アッセイである。一旦分析物が結合パートナーと相互作用すると、信号（例えば、蛍光であるかさもなければ可視染料）は、相互作用が起きたことを示す。複数の別々の結合パートナーは、ストリップ上に置いて（例えば、平行して）、液体中の複数の分析物（例えば、ＩＩ型糖尿病関連タンパク質）を検出することができる。検査ストリップは、また、対照指示薬を取り込むことができ、それは、たとえ分析物の存在（または非存在）を示している陽性信号がストリップ上で見られないとしても、検査が適切に実施されたという信号を提供する。
【００３９】
哺乳類：この用語は、ヒトおよびヒト以外の哺乳動物を含む。哺乳動物の例は、以下に限られないが、ヒト、ブタ、ウシ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウサギ、およびマウスを含む。
【００４０】
基準値：所定の状態を代表すると判定された活性または発現の量。基準値は、一定の条件の下で起こると予想された実際の、または相対的なさまざまな値を含むことができる。これらの値は、所定の分子が、例えば特定のサンプルで上方制御されるか、または下方制御されるかどうかを決定するために実験値と比較することができる。
【００４１】
ある例では、基準値または値の範囲は、サンプル（例えば、非ＩＩ型糖尿病患者からのサンプル）中のＩＩ型糖尿病関連核酸分子またはタンパク質の活性または発現の量を表す。この値は、次に、この発現基準値と試験サンプルで検出された発現レベルとを比較することによって、試験サンプルが得られた対象がＩＩ型糖尿病に罹患しているか、あるいはＩＩ型糖尿病の素因があるかどうかを決定するために使用することができる。特定の例では、そのような基準値と比較した試験サンプル中のＩＩ型糖尿病関連分子（例えば、表１〜４のいずれかの分子）の発現または活性における変化は、対象がＩＩ型糖尿病に罹患していることを示す。
【００４２】
サンプル：末梢血、尿、唾液、精液、組織生検、外科的標本、吸引細針、羊水穿刺サンプルおよび生検材料に存在するものなどの対象の細胞から得られたゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質を含む生物学的検体。ある例では、サンプルは哺乳動物の対象から得た血漿を含む。
【００４３】
固体支持体（または基板）：不溶性であるか、または以降の反応によって不溶性とすることができる任意の材料。ＩＩ型糖尿病関連の分子を検出するための、本明細書に開示されたアレイと側方流動装置は、固体支持体を含むことができる。多くの様々な固体支持体が、当該分野で公知であり、限定されることなく、ニトロセルロース、反応トレイのウェルの壁、複数ウェルプレート、試験管、ポリスチレンビーズ、磁気ビーズ、膜、および微粒子（例えば、ラテックス粒子）を含む。検出器薬剤により接近が可能な十分な多孔性と、捕捉薬剤（例えば、レクチンまたは抗体）を固定するための適切な表面親和性とを有する任意の適切な多孔性の材料が、この用語により意図される。例えば、ニトロセルロースの多孔質構造は、多種多様な薬剤、例えば、捕捉薬剤に対して優れた吸収および吸着特性を有する。ナイロンは類似した特徴を備えており、これもまた適切である。細孔構造は、水和状態のゲル構造を有する材料のように役に立つ。
【００４４】
有用な固体支持体のさらなる例は、以下のものを含む：天然重合性炭水化物とそれらの合成的に修飾、架橋、または置換された誘導体（例えば、寒天、アガロース、架橋アルギン酸、置換および架橋グアーガム、セルロースエステル（特に硝酸とカルボン酸による）、混合セルロースエステル、およびセルロースエーテル；窒素を含む天然ポリマー（例えば、タンパク質および誘導体などであり、架橋または修飾ゼラチンを含む）；天然炭化水素ポリマー（例えば、ラテックスおよびゴム）；適切に多孔質の構造体で調製されうる合成ポリマー、例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリスチレン、ポリビニルクロリド、ポリビニルアセテートおよびその部分的に加水分解した誘導体を含むビニルポリマー、ポリアクリルアミド、ポリメタクリレート、前記重縮合物のコポリマーおよびターポリマー、例えばポリエステル、ポリアミド、および他のポリマー、例えばポリウレタンまたはポリエポキシド；多孔性無機物質、例えば、アルカリ土類金属およびマグネシウムの硫酸塩または炭酸塩、例えば硫酸バリウム、硫酸カルシウム、炭酸カルシウム、アルカリ金属、アルカリ土類金属、アルミニウムおよびマグネシウムのケイ酸塩；アルミニウムまたはシリコンの酸化物または水和物、例えばクレー、アルミナ、タルク、カオリン、ゼオライト、シリカゲルまたはガラス（これらの物質は前述のポリマー物質と共にフィルターとして使用し得る）；ならびに前述のコポリマー類の混合物、例えば、既存の天然ポリマー上で合成ポリマーの重合を開始させることによって得たグラフトコポリマー。
【００４５】
本明細書に記述されたニトロセルロースなどの多孔質固体支持体は、シートまたはストリップの形状で使用されるのが好ましいと考えられる。そのようなシートまたはストリップの厚みは、広い限定範囲内で、例えば、約０．０１〜０．５ｍｍ、約０．０２〜０．４５ｍｍ、約０．０５〜０．３ｍｍ、約０．０７５〜０．２５ｍｍ、約０．１〜０．２ｍｍ、または、約０．１１〜０．１５ｍｍで変動しうる。そのようなシートまたはストリップの孔径は、同様に広い限定範囲内で、例えば、約０．０２５〜１５ミクロン、または、より具体的には、約０．１〜３ミクロンで変動しうる；しかし、孔径は、固体支持体の選択の制限因子であることを意図するものではない。例えば、固体支持体の流量はまた、該当する場合、広い限度範囲内で約１２．５〜９０秒／ｃｍ（すなわち、５０〜３００秒／４ｃｍ）、約２２．５〜６２．５秒／ｃｍ（すなわち、９０〜２５０秒／４ｃｍ）、約２５〜６２．５秒／ｃｍ（すなわち、１００〜２５０秒／４ｃｍ）、約３７．５〜６２．５秒／ｃｍ（すなわち、１５０〜２５０秒／４ｃｍ）、または約５０〜６２．５秒／ｃｍ（すなわち、２００〜２５０秒／４ｃｍ）で変動することもできる。本明細書に記述される装置の特定の実施形態では、流量は約６２．５秒／ｃｍ（すなわち、２５０秒／４ｃｍ）である。本明細書に記述される装置の他の特定の実施形態では、流量は約３７．５秒／ｃｍ（すなわち、１５０秒／４ｃｍ）である。
【００４６】
固体支持体の表面は、支持体への薬剤（例えば、捕捉試薬）の共有結合をもたらす化学プロセスによって活性化されうる。しかし、イオン相互作用、疎水性相互作用、共有結合相互作用などを含むが、これに限定されるものではない他の任意の適切な方法も、固体支持体に試薬（例えば、捕捉試薬）を固定するために使用されうる。固相に試薬を固定させる特定の力は、本明細書に記述される方法と装置にとって重要ではない。
【００４７】
固相は、捕捉薬剤（例えば、抗体またはオリゴヌクレオチドプローブ）などの薬剤を引きつけて、固定するその固有の能力に関して選択することができる。代替的に、固相は、薬剤（例えば、捕捉試薬）を引きつけて、固定する能力がある要素を所持することができる。要素は、例えば、捕捉試薬自体に関して、または捕捉試薬に結合された荷電物質に関して、反対に荷電された荷電物質を挙げることができる。別の実施形態において、特定の結合メンバーは、その結合パートナー（例えば、捕捉試薬）を固定するために、固相に固定されうる。この例では、したがって、特定の結合メンバーは、固相材料への捕捉試薬の間接的な結合を可能とする。
【００４８】
さもなければ物理的に制限される場合を除いて、固体支持体は、任意の適切な形態（例えば、フィルム、シート、ストリップ、またはプレート）で使用されうるか、または、それは適切な不活性担体（例えば、紙、ガラス、プラスチックフィルム、または布地）上にコーティング、結合、または積層されてもよい。
【００４９】
「側方流動基板」は、側方流動装置に役立つ任意の固体支持体または基板である。
【００５０】
対象：生きている多細胞脊椎動物有機体、すなわちＩＩ型糖尿病の診断などの所望の診断が必要であるヒトおよび動物の両方の対象を含むカテゴリー。例としては、ヒト、サル、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウサギ、ウマ、ブタ、およびウシが挙げられるが、これらに限定されない。
【００５１】
ＩＩ型糖尿病関連分子
本発明者らは、少なくとも４５の異なるタンパク質を特定したが、ＩＩ型糖尿病の罹患患者におけるその発現が、ＩＩ型糖尿病に罹患していない患者または糖尿病前症患者と比較して、変更（例えば、上方制御または下方制御された）されている（参照：表１〜４）。これらのタンパク質と対応する核酸分子は、本明細書では「ＩＩ型糖尿病関連分子」と称され、ＩＩ型糖尿病関連核酸分子（ＤＮＡ、ＲＮＡ、例えばｃＤＮＡまたはｍＲＮＡなど）とタンパク質を含む。その用語は、表１〜４に記載されたそれらの分子を含む。特定されたタンパク質の数は、データを解析するのに用いられる方法に依存した。
【００５２】
この観察に基づいて、これらのタンパク質（またはそのペプチド断片）を検出するか、あるいは代替的に、これらのタンパク質をコードするＤＮＡまたはＲＮＡ核酸分子を検出することにより、ＩＩ型糖尿病をスクリーニングするための方法が提供される。開示された方法は、ＩＩ型糖尿病の診断（例えば、対象がＩＩ型糖尿病を発症する素因があるかどうかを決定する）をするための１つのアッセイで実施される、迅速で、直接的で、正確なスクリーニング方法を提供する。それは、ＩＩ型糖尿病の治療を必要とするかもしれない対象の識別を可能とする。例えば、個人がＩＩ型糖尿病に罹患していると確認することによって、効果的な治療対策（例えば、インスリン療法または食事制限）を構築することができる。そのような方法で使用することができるアレイとキットもまた提供される。
【００５３】
非糖尿病、糖尿病、および対照のサンプルを用いて本明細書で示される結果は、ＩＩ型糖尿病と診断されたヒトでの有意に上昇または減少したレベルでこれらのタンパク質のそれぞれの存在を示したが、一方、正常な対照サンプルは、こうした変化したレベルを有しなかった。このように、このリストからの少なくとも１つのタンパク質についてヒト血清または血漿を試験する方法は、ＩＩ型糖尿病に対する効果的な予測または診断用スクリーニングまたは検査として役に立つ。さらに、開示されたＩＩ型糖尿病関連タンパク質は、同位元素が標識されたペプチド内部標準を絶対計量のために利用して、標的とされたプロテオミクス研究においてさらに調べることができ、そして、それは盲検サンプルでの研究所で特定された感度と特異性の決定を可能にする。本開示のさらなる実施形態は、いろいろなこれらのＩＩ型糖尿病関連タンパク質を単独で、または他のバイオマーカーもしくはハウスキーピング遺伝子と併用して、組み合わせることによって作られうる。
【００５４】
ＩＩ型糖尿病関連タンパク質（または対応する核酸分子）の定量的および定性的な解析を実施するいろいろな方法が、利用されてもよい。１つの実施形態において、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析が実施されたが、本開示はそれに限定されないことを明確に理解すべきである。本明細書に記述され、議論されているあらかじめ選択されたＩＩ型糖尿病関連バイオマーカーのいずれかの存在と量に対して、サンプルの定量的または定性的な解析を実施するための任意の信頼できる方法が利用されうる。
【００５５】
特定の例では、以下のタンパク質が、上方制御されることが分かった：ＡＰＣＳ血清  アミロイドＰ成分前駆体、ＡＰＯＢアポリポタンパク質Ｂ−１００前駆体、Ｃ４Ａ捕体成分４Ａ、Ｃ４Ａ；Ｃ４Ｂ、Ｃ４Ｂ  Ｃ４Ｂ１、Ｃ４Ｂ捕体Ｃ４−Ｂ前駆体、Ｃ４ＢＰＡ  未同定タンパク質Ｃ４ＢＰＡ、ＨＰハプトグロビン前駆体、ＨＰ  ＨＰタンパク質、ハプトグロビン関連タンパク質前駆体のＨＰＲアイソフオーム１、ハプトグロビン関連タンパク質前駆体のＨＰＲアイソフオーム２、ＲＢＰ４血漿レチノール結合タンパク質前駆体、ＲＢＰ４レチノール結合タンパク質４；血漿、ＲＢＰ４未同定タンパク質ＲＢＰ４、およびＶＴＮビトロネクチン前駆体、そして以下のタンパク質が、下方制御されることが分かった：Ａ２Ｍ  １９ｋＤａのタンパク質、Ａ２Ｍアルファ−２−マクログロブリン前駆体、ＰＯＮ１  ３２ｋＤａのタンパク質、ＰＯＮ１血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１、ＰＺＰ妊娠ゾーンタンパク質前駆体、ＰＺＰおよび正常（非糖尿病）対象と比較されたＩＩ型糖尿病罹患患者の未同定タンパク質ＰＺＰ（表５を参照）。
【００５６】
当業者は、全長タンパク質またはその個々のペプチドを検出できることを理解するであろう。例えば、α−２−マクログロブリンが、ＩＩ型糖尿病に罹患していない対象と比較して、ＩＩ型糖尿病に罹患している対象では、下方制御されることが分かった。したがって、α−２−マクログロブリンの発現が、試験サンプルで減少するかどうかを決定するために、例えば質量分析法を使用して、全長α−２−マクログロブリンタンパク質を検出（例えば、抗体を使用して）することができるか、あるいは、個々のα−２−マクログロブリンペプチド配列の１つ以上を検出することができる（例えば、ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＮＱＧＮＴＷＬＴＡＦＶＬＫ（配列番号：１９５）、ＨＹＤＧＳＹＳＴＦＧＥＲ（配列番号：２０８）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）、ＡＬＬＡＹＡＦＡＬＡＧＮＱＤＫ（配列番号：２０９）、ＶＧＦＹＥＳＤＶＭＧＲ（配列番号：２１０）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥＴＶＲＫ（配列番号：１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＶＧＦＹＥＳＤＶＭＧＲ（配列番号：２１０）、ＡＩＧＹＬＮＴＧＹＱＲ（配列番号：２１１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＬＰＰＮＶＶＥＥＳＡＲ（配列番号：２０５）、ＬＳＦＶＫＶＤＳＨＦＲ（配列番号：２０６）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：２０７）、ＬＬＩＹＡＶＬＰＴＧＤＶＩＧＤＳＡＫ（配列番号：７９）、ＴＧＴＨＧＬＬＶＫＱＥＤＭＫ（配列番号：８０）、ＴＥＶＳＳＮＨＶＬＩＹＬＤＫ（配列番号：８１）、ＫＤＮＳＶＨＷＥＲＰＱＫＰＫ（配列番号：８２）、ＳＳＳＮＥＥＶＭＦＬＴＶＱＶＫ（配列番号：７６）、ＦＥＶＱＶＴＶＰＫ（配列番号：８３）、ＳＶＳＧＫＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＴＴＥＫ（配列番号：７７）、ＩＡＱＷＱＳＦＱＬＥＧＧＬＫ（配列番号：８４）、ＫＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：８５）、ＳＧＧＲＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：８６）、ＬＬＬＱＱＶＳＬＰＥＬＰＧＥＹＳＭＫ（配列番号：８７）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫＦＥＶＱＶＴＶＰＫ（配列番号：８８）、ＶＳＶＱＬＥＡＳＰＡＦＬＡＶＰＶＥＫ（配列番号：８９）、ＶＤＬＳＦＳＰＳＱＳＬＰＡＳＨＡＨＬＲ（配列番号：９０）、ＶＴＡＡＰＱＳＶＣＡＬＲ（配列番号：９１）、ＧＶＰＩＰＮＫＶＩＦＩＲ（配列番号：９２）、ＫＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＴＴＥＫ（配列番号：７８）、ＡＬＬＡＹＡＦＡＬＡＧＮＱＤＫＲ（配列番号：９３）、ＴＡＱＥＧＤＨＧＳＨＶＹＴＫ（配列番号：９４）、ＳＳＳＮＥＥＶＭＦＬＴＶＱＶＫ（配列番号：７６）、ＶＶＳＭＤＥＮＦＨＰＬＮＥＬＩＰＬＶＹＩＱＤＰＫ（配列番号：９５）、ＳＳＧＳＬＬＮＮＡＩＫ（配列番号：９６）、ＡＡＱＶＴＩＱＳＳＧＴＦＳＳＫ（配列番号：９７）、ＧＧＦＳＳＴＱＤＴＶＶＡＬＨＡＬＳＫ（配列番号：９８）、ＬＬＬＱＱＶＳＬＰＥＬＰＧＥＹＳＭＫ（配列番号：８７）、ＴＧＴＨＧＬＬＶＫＱＥＤＭＫ、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＦＱ���ＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）、またはその組み合わせ）。さらに、そのようなペプチドをコードする核酸分子もまた、検出することができる。
【００５７】
ＩＩ型糖尿病の診断
ＩＩ型糖尿病を診断する方法が本明細書で提供される。ＩＩ型糖尿病を診断する特定の例は、それ以外は健常者などの対象、またはＩＩ型糖尿病に罹患している疑いもしくは危険のある対象、あるいはＩＩ型糖尿病に過去に罹患していたか、現在ＩＩ型糖尿病に罹患しているか、もしくはＩＩ型糖尿病を発症する素因を有する対象であるかどうかを決定することを含む。いくつかの例では、哺乳動物（例えばヒト）から得られるサンプル（例えば、血清または血漿サンプル）は、特定のＩＩ型糖尿病関連分子（表１〜４にある分子）の存在を検出するために分析される。いくつかの例では、検出は定量化を含む。
【００５８】
特定の例では、方法は表１〜４のいずれかに記載されたタンパク質（またはそのようなタンパク質をコードする核酸）のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも４０の任意の組み合わせでの発現（例えば、遺伝子またはタンパク質発現の増加または減少）を検出することを含む。１つの例では、方法は、表１、２、３、または４中のタンパク質（またはそのようなタンパク質をコードする核酸）の全てを検出することを含む。検出されるタンパク質（またはそのようなタンパク質をコードする核酸）の量は、定量化されることができる。発現レベルの検出または判定は、対象由来のサンプル中のＩＩ型糖尿病関連分子の量を測定することを含むことができる。いくつかの例では、検出されるタンパク質（またはそのようなタンパク質をコードする核酸）の量は、対照サンプル（例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していない対象からのサンプル）中に存在する、または予想される同じタンパク質の量と比較される。例えば、対照サンプルと比較して、対象での表１〜４に記載されたＩＩ型糖尿病関連分子（例えば、表３または４に記載される分子）のうちの少なくとも５または少なくとも２２のレベルの違い（例えば、それぞれ、上方制御または下方制御を反映している増加または減少など）は、対象がＩＩ型糖尿病に罹患していることを示す。いくつかの例では、検出されたタンパク質（またはそのようなタンパク質をコードする核酸）の量は、対象がＩＩ型糖尿病に罹患しているか、罹患していないか、あるいはＩＩ型糖尿病を発症する素因がある（またはその組み合わせ）かどうか、基準値または予想される値の範囲と比較される。例えば、非ＩＩ型糖尿病対照（またはそのようなサンプルで予想される量）の同じＩＩ型糖尿病関連のタンパク質または核酸の量と比較して、試験サンプル中のＩＩ型糖尿病関連のタンパク質または核酸の少なくとも３０％（例えば、少なくとも３３％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、または少なくとも４５％）の減少は、特定のＩＩ型糖尿病関連のタンパク質または核酸が試験サンプル中では下方制御されることを示す。例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していない対象と比較して、ＩＩ型糖尿病に罹患している対象では、α−２−マクログロブリンが下方制御されることがここに証明される（表３を参照）。対照的に、非ＩＩ型糖尿病対照での同じＩＩ型糖尿病関連タンパク質または核酸の量（またはそのようなサンプルで予想される量）と比較して、試験サンプル中のＩＩ型糖尿病関連タンパク質または核酸の少なくとも１．５倍（例えば、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、または少なくとも１０倍）の増加は、特定のＩＩ型糖尿病関連タンパク質または核酸が試験サンプル中で上方制御されることを示す。例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していない対象と比較してＩＩ型糖尿病に罹患している対象では、アポリポタンパク質Ｂ−１００が、上方制御されることがここに証明される（表３を参照）。
【００５９】
特定の例では、表１〜４に記載された少なくとも５つのＩＩ型糖尿病関連核酸分子（または、タンパク質）における差次的発現の検出は、例えば、表１〜４（表３のものまたはそのペプチド中のそれら）に記載された少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、または少なくとも４４のＩＩ型糖尿病関連分子の任意の組み合わせでの遺伝子（または、タンパク質）発現における変化などは、対象がＩＩ型糖尿病に罹患しているか、あるいはＩＩ型糖尿病を発症する素因があることを示す。それから、ＩＩ型糖尿病を治療または予防するために、適切な処置を選択または開始することができる。差次的発現は、ＩＩ型糖尿病関連分子（例えば、核酸またはタンパク質）における増加した発現または減少した発現により表すことができる。例えば、差次的発現は、核酸分子またはタンパク質の量の増加または減少、核酸分子またはタンパク質の安定性、核酸分子またはタンパク質の局在化、または核酸分子またはタンパク質の生物学的活性を含むが、これらに限定されない。
【００６０】
特定の例では、スクリーニングされるＩＩ型糖尿病関連分子の数は、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３１個、少なくとも３１個、少なくとも３２個、少なくとも３３個、少なくとも３４個、少なくとも３５個、少なくとも３６個、少なくとも３７個、少なくとも３８個、少なくとも３９個、少なくとも４０個、少なくとも４１個、少なくとも４２個、少なくとも４３個、少なくとも４４個、または少なくとも４５個のＩＩ型糖尿病関連分子である。他の例では、４５個以下、４４個以下、３５個以下、３０個以下、２５個以下、２２個以下、２０個以下、１５個以下、１４個以下、１３個以下、１２個以下、１１個以下、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、または５個以下のＩＩ型糖尿病関連分子のスクリーニングを本方法は使用する。
【００６１】
特定の例では、対象がＩＩ型糖尿病に罹患しているか、またはＩＩ型糖尿病の発症の素因があるかどうかを判定するために、ＩＩ型糖尿病を診断する開示された方法は、少なくとも７０％感受性（例えば、少なくとも８０％感受性あるか、少なくとも８５％感受性であるか、少なくとも９０％感受性であるか、少なくとも９５％感受性であるか、少なくとも９８％感受性であるか、または少なくとも９９％感受性である）であり、そして、少なくとも７０％特異的（例えば、少なくとも８０％特異的であるか、少なくとも８５％特異的であるか、少なくとも９０％特異的であるか、少なくとも９５％特異的であるか、少なくとも９８％特異的であるか、または少なくとも９９％特異的である）である。例えば、ここに提供される方法を使用して、盲検サンプルは、ＩＩ型糖尿病関連分子の特定の組み合わせに対する感受性と特異性を決定するのに使用することができる。
【００６２】
臨床検体
ＩＩ型糖尿病を診断する際に本開示で使用するための適切な検体は、任意の従来の臨床サンプル（例えば、血液または血液分画物（例えば、血清または血漿））を含む。特定の例では、サンプルは、ＩＩ型糖尿病関連バイオマーカーを検出するために処理されたヒト血漿または血清サンプルである。そのようなサンプルを取得する技術は、当該分野で周知の技術である（例えば、血清の回収のための、Ｓｃｈｌｕｇｅｒら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７６：１３２７−３３，１９９２を参照されたい）。血清または他の血液分画物は、従来の方法で調製することができる。例えば、血清の５μＬ〜１０００μｌは、使用される検出方法（例えば、免疫親和性方法または標的質量分析）に依存して、タンパク質の存在をスクリーニングするために使用することができる。発見ベースのプロテオミクス法については、より多くの材料を必要とする（例えば、＞１００μｌ血清）が、その理由は、免疫除去が典型的に大多数の血漿蛋白の塊を除去するために使用され、そして、それ以降のサンプル処理（例えば、特定のペプチドの消化または濃縮）は、サンプル損失を本質的に招くからである。
【００６３】
例えば、迅速なＤＮＡ調製は、市販のキットを使用して実施することができる（例えば、ＩｎｓｔａＧｅｎｅ  Ｍａｔｒｉｘ，ＢｉｏＲａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ；ｔｈｅ  ＮｕｃｌｉＳｅｎｓ  ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｋｉｔ，Ｏｒｇａｎｏｎ  Ｔｅｋｎｉｋａ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ。１つの例では、ＤＮＡ調製方法は、核酸増幅にとって受け入れやすく、扱いやすいヌクレオチド調製物を与える。同様に、ＲＮＡは市販のキット（例えば、ＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ，Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して調製することができる。
【００６４】
一旦サンプルが得られると、サンプルは、直接使用され、濃縮（例えば、遠心分離または濾過によって）され、精製され、増幅され、酵素（例えば、トリプシンなどのプロテアーゼ）で処理されるか、またはその組み合わせで処理することができる。特定の例では、サンプルは、関心の無いタンパク質（例えば、本明細書に開示された方法を実施するためには検出する必要がないタンパク質）を除去するために免疫除去される。特定の例では、質量分析（例えば、ヒト血漿および血清サンプルのタンパク質消化物の毛管液体クロマトグラフィー−Ｆｏｕｒｉｅｒ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析）を用いて、サンプルをＩＩ型糖尿病関連分子の存在に対して分析することができるように、サンプルは処理される。いくつかの例では、データは正確な質量および時間標識アプローチ（ＡＭＴタグ）を使って分析される。
【００６５】
発現を検出するためのアレイ
特定の例では、表１〜４に記載され、開示されたＩＩ型糖尿病タンパク質の発現における変化を検出するための方法は、本明細書に開示されたアレイを使用する。アレイは、例えば、特定のオリゴヌクレオチドプローブまたは抗体プローブを使用して、その発現が上方制御または下方制御される分子の存在を検出するのに用いることができる。アレイは、ＩＩ型糖尿病を診断（例えば、ヒトがその病気を発症する素因があるかどうかを判定する）するのに用いることができる。特定の例では、開示されたアレイは、核酸分子（例えば、ＤＮＡもしくはＲＮＡ分子または抗体）を含むことができる。
【００６６】
核酸アレイ
１つの例では、アレイは、表１〜４に記載されたタンパク質をコードするＩＩ型糖尿病遺伝子の少なくとも４つの任意の組み合わせとハイブリダイズすることができる核酸オリゴヌクレオチドプローブを含み、例えば、表１、２、３、または４に記載されたタンパク質の、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３１個、少なくとも３１個、少なくとも３２個、少なくとも３３個、少なくとも３４個、少なくとも３５個、少なくとも３６個、少なくとも３７個、少なくとも３８個、少なくとも３９個、少なくとも４０個、少なくとも４１個、少なくとも４２個、少なくとも４３個、少なくとも４４個、少なくとも４５個またはすべてまでもが挙げられる。特定の例では、アレイは、表３で記載された２２個すべてのＩＩ型糖尿病関連タンパク質、表２で記載された９個すべてのタンパク質、または表４で記載された４５個すべてのタンパク質をコードする核酸分子を認識できるオリゴヌクレオチドを含む。そのようなアレイ（本明細書に記述された方法と同様に）のあるものは、表１〜４に記載されていないＩＩ型糖尿病関連分子、例えば、内部標準（例えば、βアクチン、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＤＰＨ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ（ＳＤＨＡ）、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＲＰＴＩ）、ＨＢＳ１様タンパク質（ＨＢＳ１Ｌ）、シクロフィリンファミリーメンバータンパク質、およびα−ヘモグロビン安定化タンパク質（ＡＨＳＰ）のうちの１つ以上などのハウスキーピング遺伝子）をさらに含むことができる。
【００６７】
１つの例では、１組のオリゴヌクレオチドプローブは、対象から得られたそれらの核酸配列（例えば、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡ）などのＩＩ型糖尿病関連配列の検出で使用するために、固体支持体の表面に付着される。さらに、内部標準核酸配列（例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していないか、あるいは糖尿病前症である対象から得られた核酸分子など）が使用されているなら、オリゴヌクレオチドプローブは、この標準核酸分子の存在を検出するために含ませることができる。
【００６８】
アレイに結合したオリゴヌクレオチドプローブは、対象から得られるか、または対象から増幅（例えば、高ストリンジェンシー条件下で）される配列に特異的に結合することができる。したがって、その方法で使用する配列は、表１〜４で記載される遺伝子配列（または対応するタンパク質）などのＩＩ型糖尿病関連配列を認識するオリゴヌクレオチドプローブである。そのような配列は、異なる種の配列を調べて、他でなく、特定のＩＩ型糖尿病関連配列（例えば、表１〜４に記載されたもの）に特異的にアニールされるオリゴヌクレオチド配列を選択することで決定することができる。当業者は、他のＩＩ型糖尿病関連の核酸配列の検出のために固体支持体の表面に付着することができる他のＩＩ型糖尿病関連のオリゴヌクレオチド分子を識別することができる。
【００６９】
本開示に従う方法と装置は、オリゴヌクレオチドが適切な条件下で相補的な塩基配列を有する核酸分子と塩基対２重鎖を形成するという事実を利用する。２重鎖の安定性は、多くの要因に依存し、それは、オリゴヌクレオチドの長さ、塩基組成、およびハイブリダイゼーションを実施する溶液組成を含む。２重鎖の安定性に対する塩基組成の影響は、特定の溶液でハイブリダイゼーションを実施する（例えば、高濃度の第３級アミンまたは第４級アミンの存在下で）ことによって減らすことができる。
【００７０】
２重鎖の熱安定性は、配列間の配列類似性の程度にも依存する。標的配列とアレイに結合したオリゴヌクレオチドとの間で形成されることが予想される２重鎖のタイプのＴｍの近くの温度でハイブリダイゼーションを実施することにより、ミスマッチ２重鎖の形成割合を実質的に減少させることが可能である。
【００７１】
アレイで使用される各々のオリゴヌクレオチド配列の長さは、標的とするＩＩ型糖尿病関連核酸配列の結合を最適化するために選択することができる。特定のスクリーニング条件下での特定のＩＩ型糖尿病関連核酸配列用としての最適の長さは、経験的に決定することができる。このように、アレイ中に含むオリゴヌクレオチド配列のセットの各々の個々の要素のための長さは、スクリーニングのために最適化することができる。ある例では、オリゴヌクレオチドプローブは、約２０個から約３５個のヌクレオチドの長さまたは約２５個から約４０個のヌクレオチドの長さである。
【００７２】
アレイを形成するオリゴヌクレオチドプローブ配列は、直接支持体に結合させることができる。代替的に、オリゴヌクレオチドプローブは、例えば、固体支持体へのスペーサーまたはリンカーとして用いられるオリゴヌクレオチドまたは他の分子などの非ＩＩ型糖尿病関連配列によって支持体に付着させることができる。オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上の検出しうる標識をさらに含むことができ、それは、プローブと標的配列の間でハイブリダイゼーション信号の検出を可能とする。
【００７３】
タンパク質配列
別の例では、アレイはタンパク質配列（または、そのようなタンパク質、またはそのようなタンパク質もしくはそのタンパク質断片に特異的な抗体）を含み、それは、表１〜４のいずれかに記載されたＩＩ型糖尿病関連タンパク質の少なくとも４個を含み、例えば、表１、２、３、または４に記載されたタンパク質の、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３１個、少なくとも３１個、少なくとも３２個、少なくとも３３個、少なくとも３４個、少なくとも３５個、少なくとも３６個、少なくとも３７個、少なくとも３８個、少なくとも３９個、少なくとも４０個、少なくとも４１個、少なくとも４２個、少なくとも４３個、少なくとも４４個、少なくとも４５個、またはすべてまでもが挙げられる。特定の例では、アレイは、表３で記載された２２個すべてのＩＩ型糖尿病関連タンパク質、表２で記載された９個すべてのタンパク質、または表４で記載された４５個すべてのタンパク質を認識できる抗体を含む。１つの例では、アレイは、表３のタンパク質に特異的な表４中のペプチドのすべてに対して特異的な抗体を含む。そのようなアレイ（本明細書に記述された方法と同様に）のあるものは、表１〜４に記載されていないＩＩ型糖尿病関連タンパク質、例えば、内部標準（例えば、β−アクチンなどのハウスキーピング遺伝子）を検出する分子をさらに含むことができる。
【００７４】
アレイを形成するタンパク質または抗体は、固体支持体に直接結合することができる。代替的に、タンパク質や抗体は、固体支持体に対するスペーサーやリンカーによって支持体に付着させることができる。例えば、本明細書に記述されるＩＩ型糖尿病関連タンパク質に特異的な抗体は、側方流動装置の一部とすることができる。
【００７５】
ＩＩ型糖尿病関連タンパク質の発現の変化は、例えば、ＩＩ型糖尿病タンパク質の特異的結合剤（それは、いくつかの例では、検出可能薬剤で標識される）を使用して検出することができる。ある例では、タンパク質の発現における変化の検出は、対象の血清または血漿から得たタンパク質サンプルをＩＩ型糖尿病タンパク質の特異的結合剤（例えば、アレイ上に存在することができる）と接触させ；そして、結合剤がサンプルにより結合しているかどうかを検出し、それにより、サンプルに存在するＩＩ型糖尿病関連タンパク質のレベルを測定することを含む。ＩＩ型糖尿病に罹患していないか、または糖尿病前症である対象からの類似サンプルで見られるＩＩ型糖尿病タンパク質のレベルと比較して、サンプル中のＩＩ型糖尿病タンパク質のレベルの違いは、特定の例においては、試験対象がＩＩ型糖尿病に罹患しているか、またはＩＩ型糖尿病の発症の素因があるかどうかを示す。
【００７６】
アレイ基板
固体支持体は、有機ポリマーから作ることができる。固体支持体のための適切な材料は、制限されるものではないが、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリイソプレン、ポリビニルピロリジン、ポリテトラフルオロエチレン、ポリビニリデンジフルオライド（ｄｉｆｌｕｒｏｉｄｅ）、ポリフルオロエチレン−プロピレン、ポリエチレンビニルアルコール、ポリメチルペンテン、ポリクロロトリフルオロエチレン、ポリスルホン、ヒドロキシル化２軸配向ポリプロピレン、アミノ化２軸配向ポリプロピレン、チオール化２軸配向ポリプロピレン、エチレンアクリル酸、エチレンメタアクリル酸（ｔｈｙｌｅｎｅ  ｍｅｔｈａｃｒｙｌｉｃ  ａｃｉｄ）およびこれらのコポリマーのブレンド（参照：米国特許第５，９８５，５６７号）。
【００７７】
一般的に、固体支持体表面を形成するために用いることができる材料に適した特性には以下のものが含まれる：すなわち、表面活性化されやすいため、活性化されると、支持体の表面がオリゴヌクレオチドなどの生体分子をそれに共有結合させることができること；生体分子の「インシチュ」合成に適していること；化学的に不活性であるため、オリゴヌクレオチドに占領されていない支持体上の領域において、非特異的結合を起こしにくいか、または非特異的結合が生じたときには、オリゴヌクレオチドを除去することなく、そのような物質を表面から容易に除去することができることなどである。
【００７８】
１つの例では、固体支持体の表面は、ポリプロピレンである。ポリプロピレンは、化学的に不活性であって、疎水性である。一般に、非特異的結合は、回避可能であり、そして、検出感度が改善される。ポリプロピレンは、さまざまな有機酸（例えば、蟻酸）、有機薬品（例えば、アセトンまたはエタノール）、塩基（例えば、水酸化ナトリウム）、塩（例えば、塩化ナトリウム）、酸化剤（例えば、過酢酸）、および鉱酸（例えば、塩酸）に対して良好な耐化学薬品性を有する。ポリプロピレンは、また、低い蛍光バックグラウンドを提供して、それは、バックグラウンド干渉を最小にし、そして、興味がある信号の感度を増加させる。
【００７９】
別の例では、表面活性化有機ポリマーは、固体支持体表面として使用される。表面活性化有機ポリマーの１つの例は、無線周波数血漿放電でアミノ化されたポリプロピレン材料である。そのような材料は、ヌクレオチド分子の付着に容易に利用される。活性化された有機ポリマー上のアミン基は、ヌクレオチド分子がポリマーに結合されることができるようにヌクレオチド分子と反応性である。カルボキシル化された基、ヒドロキシル化された基、チオール化された基、または活性エステル基などの他の反応性基も使用できる。
【００８０】
１つの例では、アレイは、糸、膜またはフィルムである、ポリマー媒体上に形成される。有機ポリマー媒体の１例は、フィルムの厚さは、重要ではなく、かなり幅広い範囲で変更できるが、約１ｍｉｌ（０．００１インチ）から約２０ｍｉｌの厚さのポリプロピレンシートである。特に、２軸配向ポリプロピレン（ＢＯＰＰ）フィルムが、アレイの調製に開示される；それらの耐久性に加えて、ＢＯＰＰフィルムは、低バックグラウンド蛍光を示す。
【００８１】
側方流動装置に適した基板もまた、使用することができる。
【００８２】
アレイ形態
多様なアレイ形態を本開示に従って使用することができる。１つの例は、当該分野において、一般的にディップスティックと称される、オリゴヌクレオチドまたは抗体のバンドの直線配列を含む。別の適切な形態は、分離したセルになった２次元パターン（６４×６４アレイで４０９６個の四角形など）を含む。当業者が認めるように、これに制限されるものではないが、スロット状（長方形）および円形アレイなどを含む他のアレイ形態は、等しく使用に適している（米国特許第５，９８１，１８５号を参照）。
【００８３】
本開示のアレイ形態には、多様な異なるタイプの形態を含むことができる。「形態」は、マイクロタイタープレート、試験管、無機シート、ディップスティック等のような、固体支持体が付着できる任意の形態を含む。例えば、固体支持体がポリプロピレン糸の場合、１つ以上のポリプロピレン糸は、プラスチック製のディップスティック型デバイスに付着させることができ；ポリプロピレン膜は、ガラスのスライドに付着させることができる。特定の形態自体は、重要でない。必要なことは、固体支持体が、固体支持体またはそれに吸収された任意の生体ポリマーの機能的作用に影響を与えることなく付着でき、形態（例えば、ディップスティックまたはスライド）が、装置が導入される任意の材料（例えば、臨床サンプルおよびハイブリダイゼーション溶液）において安定していることである。
【００８４】
本開示のアレイは、多様なアプローチで調製することができる。１つの例においては、オリゴヌクレオチドまたはタンパク質（例えば、抗体）の配列は、個々に合成して、それから固体支持体に付着させる（米国特許第６，０１３，７８９号を参照）。別の例では、支持体上で配列を直接合成して所望のアレイを提供する（米国特許第５，５５４，５０１号を参照）。オリゴヌクレオチドおよびタンパク質を固体支持体に共有結合させるのに適した方法、および支持体上でオリゴヌクレオチドまたはタンパク質を直接合成するのに適した方法は、当業者に公知であり；適切な方法の要約は、Ｍａｔｓｏｎら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２１７：３０６−１０，１９９４に見出すことができる。１つの例において、固体支持体上でオリゴヌクレオチドを調製するための通常の化学的技術を用いて、支持体上でオリゴヌクレオチドを合成する（例えば、ＰＣＴ出願ＷＯ８５／０１０５１およびＷＯ８９／１０９７７、または米国特許第５，５５４，５０１号を参照）。
【００８５】
適切なアレイは、アレイのセル内でオリゴヌクレオチドを合成する自動的手段を用いて、予め定められたパターンで４種類の塩基の前駆体を固着させることによって、作成することができる。要するに、多重チャネル型自動的化学物質送達系を用いて、基板全面に（送達系のチャネル数と同じ数の）平行な列にプローブ集団を作出する。第１の方向に合成が完了した後、基板を９０度回転させて、第１の組に垂直な２組目（２°）の列の内部で合成を進行させることができる。このプロセスにより、交点に複数の分離したセルを生じさせる多重チャネル型アレイが作出される。
【００８６】
オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端またはオリゴヌクレオチドの５’末端により、固体支持体に結合させることができる。１つの例では、オリゴヌクレオチドは、３’末端によりポリプロピレン支持体に結合される。しかしながら、当業者は、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端の使用が、固体支持体への結合に適切かどうかを判定することができる。一般的に、３’末端および５’末端の領域でのオリゴヌクレオチドプローブの内部相補性は、支持体への結合を決定する。
【００８７】
特定の例では、アレイ上のプローブは、プローブ：標的配列複合体の検出を可能とする１つ以上の標識を含む。
【００８８】
核酸とタンパク質分子の検出
対象から入手したサンプル（例えば、血清または血漿サンプル）は、ＩＩ型糖尿病に関連している１つ以上の核酸またはタンパク質（例えば、表１〜４に記載されたもの）の変えられたレベルを含むことができる。対象がＩＩ型糖尿病を発症する素因があるか、あるいはＩＩ型糖尿病に罹患しているかどうかを決定するために、発現における変化を検出することができる。本開示は、タンパク質または核酸分子を検出する特定の方法に限定されない。物理的または機能的なアッセイなどの、核酸分子またはタンパク質を検出するどんな方法も使用することができる。例えば、遺伝子発現レベルは、当該分野で周知であって、本明細書に開示された方法（例えば、ノーザンブロット法、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイ、核酸または抗体プローブアレイ法、定量的ＰＣＲ法（例えば、ＴａｑＭａｎアッセイ）、ドットブロットアッセイ、インシチュハイブリダイゼーション法、またはそれらの組み合わせ）を利用して定量化できる。さらに、タンパク質は、抗体プローブアレイ法、定量的な分光法（例えば、表面増強レーザー脱離／イオン化（ＳＥＬＤＩ）ベース−質量分析などの質量分析）、またはそれらの組み合わせを使用して検出できる。
【００８９】
核酸分子とタンパク質を標識して、それによりそれらを検出できる方法は、周知である。そのような標識の例は、非放射能標識と放射能標識を含む。非放射能標識は、酵素、化学発光化合物、フルオロフォア、金属錯体、ハプテン、比色分析薬剤、染料、またはそれらの組み合わせを含むが、これに限定されるものではない。放射能標識は、１２５Ｉおよび３５Ｓを含むが、これに限定されるものではない。放射能標識および蛍光標識の方法は、当該分野で公知の他の方法と同様に、本開示で使用するのに適している。１つの例において、対象の核酸を増幅するために使用されるプライマーは、標識（例えば、ビオチン、放射能標識、またはフルオロフォアで）される。別の例では、増幅された核酸のサンプルは、末端標識されて標識された増幅材料を生成する。例えば、標識ヌクレオチドを増幅反応に含ませることによって増幅された核酸分子を標識できる。別の例では、対象から得た核酸分子は、標識されて、オリゴヌクレオチドを含むアレイに適用される。特定の例では、対象から得たタンパク質は、標識されて、その後、例えば、それらをアレイに適用することによって分析される。
【００９０】
そのような手順に対して、対象の生体サンプルは、表１〜４に記載されたものなどのＩＩ型糖尿病関連分子の発現の増加または減少についてアッセイされる。適切な生体サンプルは、ＤＮＡもしくはＲＮＡ（ｍＲＮＡを含む）またはタンパク質を含む血液サンプルを含む。特定の例では、サンプルは、免疫除去された、血清または血漿サンプルである。
【００９１】
複数のＩＩ型糖尿病関連核酸分子（例えば、表３または４に記載されたもの）の発現の増加または減少についての生体サンプルでの検出は、当該分野で公知の方法により達成できる。例えば、ＩＩ型糖尿病関連分子の増加または減少した発現は、ＩＩ型糖尿病関連核酸分子−特異的ｍＲＮＡの細胞内レベルを測定することで検出できる。ｍＲＮＡは、例えば、ノーザン解析、ＲＴ−ＰＣＲ、およびｍＲＮＡインシチュハイブリダイゼーションを含む、当該技術分野で周知の手法で測定することができる。ｍＲＮＡ解析手順の詳細は、例えば、提供された実施例に、およびＳａｍｂｒｏｏｋら（ｅｄ．），Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ  ｅｄ．，ｖｏｌ．１−３，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９に記載されている。
【００９２】
ＩＩ型糖尿病関連配列に特異的なオリゴヌクレオチドは、市販の装置を使用して化学的に合成することができる。次に、これらのオリゴヌクレオチドを、例えば、放射性同位元素（３２Ｐなど）によって、またはビオチン（ＷａｒｄおよびＬａｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：６６３３−５７，１９８１）やフルオロフォアなどの非放射能標識によって標識し、膜または他の固体支持体上に固定された個々のＤＮＡサンプルにドットブロットによってハイブリダイズさせるか、または電気泳動法後にゲルから移動させることができる。これらの特定の配列は、例えば、オートラジオグラフィーや蛍光定量（Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：２２９−３７，１９８９）、または比色反応（Ｇｅｂｅｙｅｈｕら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：４５１３−３４，１９８７）などの方法で可視化される。
【００９３】
血液サンプルから分離された核酸分子は、核酸増幅生成物を形成するために通常の方法を使用して増幅できる。これらの核酸増幅生成物は、それから、ストリンジェントな条件下でＩＩ型糖尿病関連核酸とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと接触させることができる。そして、プローブとハイブリダイズする核酸増幅生成物は、それから、検出されて、定量化される。オリゴヌクレオチドプローブは、表１〜４のいずれかに記載されたタンパク質をコードする核酸分子に特異的に結合することができる。
【００９４】
ＩＩ型糖尿病に関連する対象から得た核酸分子は、ハイブリダイゼーション複合体を形成するのに適したハイブリダイゼーション条件下で、ＩＩ型糖尿病検出アレイに加えることができる。特定の例では、増幅核酸分子は標識を含む。１つの例では、有機化合物の前処理溶液、有機化合物を含む溶液、または熱水をハイブリダイゼーションの前に加えることができる（引用により本明細書に取り込まれる米国特許第５，９８５，５６７号を参照のこと）。
【００９５】
アレイと標的材料の所定の組み合わせのためのハイブリダイゼーション条件は、予想される２本鎖のＴｍに近い実験的方法でルーチン的に最適化し、これにより、この方法の識別力を最大にすることができる。結合が起こる細胞などのアレイ内の位置を識別することにより、迅速かつ正確な、増幅材料中に存在するＩＩ型糖尿病関連配列の識別を可能にする（下記参照）。
【００９６】
ハイブリダイゼーション条件は、マッチしたオリゴヌクレオチドとミスマッチしたオリゴヌクレオチド間の識別を可能にするように選択される。ハイブリダイゼーション条件は、フィルターへのハイブリダイゼーションのための標準的な手順に適することが知られているものに対応するように選択し、そして、次に、本開示のアレイと共に使用するために最適化することができる。例えば、１種類の標的のハイブリダイゼーションに適した条件は、アレイ用のその他の標的の使用のために調整されるであろう。特に、厳密に相補的なＩＩ型糖尿病関連配列以外の配列間の２本鎖の形成を実質的に除去するために、温度が制御される。様々な既知のハイブリダイゼーション溶媒を用いることができるが、選択は当業者の判断次第である（参照：米国特許第５，９８１，１８５号）。
【００９７】
一旦、対象からのＩＩ型糖尿病に関連する核酸分子が、ＩＩ型糖尿病検出アレイ中に存在するオリゴヌクレオチドとハイブリダイズした後は、ハイブリダイゼーション複合体の存在を、例えば、その複合体を検出することによって解析できる。
【００９８】
オリゴヌクレオチドプローブのアレイにおけるハイブリダイズした複合体を検出することは、以前に説明されている（参照：引用により本明細書に取り込まれる米国特許第５，９８５，５６７号）。１つの例では、検出は、オリゴヌクレオチド上に存在する１つ以上の標識、対象から得られた配列、または両方を検出することを含む。特定の例では、発現させることは、緩衝液を加えることを含む。１つの例では、緩衝液は、クエン酸ナトリウム緩衝液、リン酸ナトリウム緩衝液、塩化テトラメチルアンモニウム、クエン酸ナトリウム緩衝液含有エチレンジアミン四酢酸、クエン酸ナトリウム緩衝液含有ドデシル硫酸ナトリウム、リン酸ナトリウム緩衝液含有エチレンジアミン四酢酸、リン酸ナトリウム緩衝液含有ドデシル硫酸ナトリウム、塩化テトラメチルアンモニウム含有エチレンジアミン四酢酸、塩化テトラメチルアンモニウム含有ドデシル硫酸ナトリウム、またはそれらの組み合わせである。しかし、その他の適切な緩衝溶液もまた使用できる。
【００９９】
検出は、ハイブリダイズした複合体をコンジュゲート溶液と処理して、ハイブリダイズした複合体を検出標識とコンジュゲーションまたは結合させ、そして、コンジュゲートされてハイブリダイズされた複合体を検出試薬で処理することをさらに含むことができる。１つの例では、コンジュゲート溶液は、ストレプトアビジンアルカリフォスファターゼ、アビジンアルカリフォスファターゼ、または西洋ワサビペルオキシダーゼを含む。コンジュゲート溶液の、特定の非限定的な例には、ストレプトアビジンアルカリフォスファターゼ、アビジンアルカリフォスファターゼ、または西洋ワサビペルオキシダーゼが含まれる。コンジュゲートされてハイブリダイズした複合体を検出試薬で処理することができる。１つの例では、検出試薬は、酵素標識蛍光試薬、または比色試薬を含む。１つの特定の非限定的な例では、検出試薬は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）の酵素標識蛍光試薬（ＥＬＦ）である。その後、ハイブリダイズした複合体を検出装置、例えば、紫外線（ＵＶ）トランスイルミネーター（Ｕｐｌａｎｄ，ＣＡのＵＶＰ，Ｉｎｃ製）に設置できる。シグナルが発現し、シグナル強度の増強を記録装置、例えば、電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラ（Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺのＰｈｏｔｏｍｅｔｒｉｃｓ，Ｉｎｃ製）で記録できる。特定の例では、これらの工程はフルオロフォーレまたは放射能標識を使用する場合には行わない。
【０１００】
特定の例では、方法は、例えばハイブリダイゼーションの量を決定することによる定量化をさらに含む。
【０１０１】
タンパク質の発現は、抗体を用いて全長タンパク質またはその一部を検出すること、あるいは質量分析などの他の方法を用いることなどの当該分野で公知の任意の方法を用いて検出することができる。対照（例えば、ＩＩ型糖尿病に罹患していないか、または糖尿病前症である対象）におけるそのような発現と比べて、増加または減少したＩＩ型糖尿病関連タンパク質のレベルの判定は、上記で概要を述べた方法によるＩＩ型糖尿病関連の核酸配列の発現レベルの直接的な判定に対する代替的または相補的な手法である。ＩＩ型糖尿病関連タンパク質（１つまたは複数）に特異的な抗体を利用することにより、当該技術分野で周知の多くの免疫アッセイ法、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨＬ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８８）に記載されるものなどの１つによる、そのようなタンパク質（１つまたは複数）の検出と定量化が容易になる。さらに、そのような抗体が入手できない場合には、抗体を構築する方法は当該技術分野で常套的である。
【０１０２】
ＩＩ型糖尿病関連タンパク質レベルを測定するために、標準的な免疫アッセイフォーマット（例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット法、またはＲＩＡアッセイ）のいずれかを用いることができる。対照（例えばＩＩ型糖尿病に罹患していない対象）との比較およびＩＩ型糖尿病関連ペプチドレベル（例えば、表３または４に記載された少なくとも１０個のタンパク質または少なくとも２０個のタンパク質の任意の組み合わせにおける増加または減少）は、ＩＩ型糖尿病を示唆するものである。免疫組織化学技術もまた、タンパク質の検出および定量に利用することができる。例えば、ある対象から組織サンプルを採取し、適切なタンパク質特異的結合剤と任意の標準的な検出系（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼにコンジュゲートされた２次抗体を含むもの）を用いて、ＩＩ型糖尿病関連タンパク質の存在に関して切片を染色できる。そのような技術に関する一般的な手引きは、ＢａｎｃｒｏｆｔおよびＳｔｅｖｅｎｓ（Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ  Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，１９８２）およびＡｕｓｕｂｅｌら（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９８）に見つけることができる。
【０１０３】
ＩＩ型糖尿病関連タンパク質を定量する目的で、細胞タンパク質を含む対象の生体サンプルを用いることができる。ＩＩ型糖尿病関連タンパク質の定量は、免疫アッセイによって行うことができ、その量をＩＩ型糖尿病に罹患していないか、または糖尿病前症である対象からの細胞中に認められたタンパク質のレベルと比較する。正常サンプル中で認められる同じＩＩ型糖尿病関連タンパク質の量と比較した、対象の血清もしくは血漿（または他のサンプル）中の５つ以上のＩＩ型糖尿病関連タンパク質の量の有意な増加または減少は、通常は少なくとも１．５倍の、少なくとも２倍の、少なくとも３倍の、少なくとも４倍の、もしくは、それ以上の増加、または少なくとも２０％の、少なくとも３０％の、少なくとも３５％の、もしくは４０％の減少である。５個以上のＩＩ型糖尿病関連タンパク質（１つまたは複数）の実質的な過剰発現または過小発現は、ＩＩ型糖尿病または糖尿病前症の存在を暗示している場合がある。
【０１０４】
タンパク質発現を検出する代替的方法は、分光学的方法、例えば、ＳＥＬＤＩなどの定量的な分光学的アプローチを使用することである。１つの例では、表面増強レーザー脱離−イオン化飛行時間型（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析によって、例えばＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）（Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用して、タンパク質発現の変化が検出される。このような方法は、当該技術分野で周知である（例えば、米国特許第５，７１９，０６０号；米国特許第６，８９７，０７２号；および米国特許第６，８８１，５８６号を参照のこと）。ＳＥＬＤＩは、分析物が、分析物の捕捉または脱離を高める表面上のエネルギー流に提示される、脱着に関する固相法である。
【０１０５】
つまり、ＳＥＬＤＩの変形の１つは、ＩＩ型糖尿病関連タンパク質などの興味のある分析物を選択的に取り込む、化学的性質を用いるクロマトグラフ表面を使用する。クロマトグラフ表面は、疎水性、親水性、イオン交換、固定化金属、または他の化学的性質からなることができる。例えば、表面の化学的性質は、分析物の共有結合的固定または非共有結合的固定の酸素依存性、炭素依存性、硫黄依存性、および／または窒素依存性の手段に基づく結合機能を含むことができる。活性化された表面は、タンパク質−タンパク質およびタンパク質−ＤＮＡ相互作用などの生体分子相互作用の研究にしばしば使用される、抗体、受容体、またはオリゴヌクレオチドなどの特定の「ベイト」分子を共有結合的に固定するために使用される。
【０１０６】
表面の化学的性質は、結合した分析物を保持し、結合していない物質を洗い流す。続いて、表面に結合した分析物（例えば、ＩＩ型糖尿病関連タンパク質）は、脱着され、例えば、質量分析を使用するなど、いくつかの手段のいずれかにより分析することができる。分析物が、レーザー脱離／イオン化質量分析などの脱着の過程でイオン化される場合、検知器は、イオン検知器とすることができる。質量分析器は、一般的に、脱着イオンの飛行時間を判定するための手段を含む。この情報は、質量に変換される。しかし、イオンを分析および検知するために、脱着したイオンの質量を判定する必要はない。イオン化された分析物が様々な時点で検出器に当たることにより、イオンの検知および分析が提供される。代替的に、分析物は、検知可能なように標識することができる（例えば、フルオロフォアまたは放射性同位元素を用いて）。これらの場合において、検知器は、フルオロフォアまたは放射性同位元素検知器である。複数の検知手段を、アレイの各位置で保持された分子に関連する分析物成分および機能を完全に識別するために、連続で実施することができる。
【０１０７】
従って、特定の例において、クロマトグラフ表面は、ＩＩ型糖尿病関連タンパク質を認識する抗体を含む。１つの例において、抗体は、細菌Ｆｃ結合支持体を使用して表面上に固定される。クロマトグラフ表面は、血清または血漿タンパク質を含むサンプルなどの、対象からのサンプルを用いて培養される。サンプルに存在する抗原は、クロマトグラフ表面上の抗体を認識することができる。結合されないタンパク質および質量分析妨害化合物は、洗い流され、クロマトグラフ表面上に保持されるタンパク質は、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦにより分析され、検出される。サンプルからのＭＳプロファイルは、次に、差次的タンパク質の発現マッピングを使用して比較することができ、それにより、特定の分子量でのタンパク質の相対的発現レベルは、様々な統計手法および生体情報科学ソフトウェアシステムにより比較される。
キット
本開示は、ＩＩ型糖尿病を診断するために、例えば、対象がＩＩ型糖尿病に罹患しているか、あるいはＩＩ型糖尿病を発現する増加した素因を有するかどうかを判定するために使用することができるキットを提供する。そのようなキットは、対象が表１〜４に記載されたものの４つ以上の任意の組み合わせ（例えば、表３もしくは４に記載されたものの１０以上の任意の組み合わせ、または表３もしくは４に記載されたものの２０以上の任意の組み合わせ）などの、ＩＩ型糖尿病関連遺伝子における差次的発現を有するかどうかを判定することを可能とする。
【０１０８】
開示されたキットは、結合分子（例えば、キットの標的であるＩＩ型糖尿病関連分子と選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブ、あるいはＩＩ型糖尿病関連分子に特異的に結合する抗体）を含む。特定の例では、オリゴヌクレオチドプローブまたは抗体は、バイオチップまたはディップスティックなどのアレイに付着される。そのようなアレイは、例えば、陰性または陽性対照として機能するように、他のオリゴヌクレオチドまたは抗体を含むことができる。１つの例では、キットは、表１〜４の分子の少なくとも４つの任意の組み合わせを認識するオリゴヌクレオチドプローブもしくはプライマー（または抗体）を含み、例えば、表１〜４のいずれかに記載されたＩＩ型糖尿病関連分子の、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３１個、少なくとも３１個、少なくとも３２個、少なくとも３３個、少なくとも３４個、少なくとも３５個、少なくとも３６個、少なくとも３７個、少なくとも３８個、少なくとも３９個、少なくとも４０個、少なくとも４１個、少なくとも４２個、少なくとも４３個、少なくとも４４個、または少なくとも４５個が挙げられる。
【０１０９】
キットは、緩衝液、興味ある信号を開発するコンジュゲート溶液、または興味ある信号を検出するための検出試薬の１つ以上をさらに含むことができ、それぞれは、容器などの別々のパッケージである。キットは、使用説明書、例えば、決定された（実験的に測定された）値と比較する検量線またはチャートを提供する使用説明書を含むことができる。例えば、使用説明書は、ＩＩ型糖尿病関連の発現レベルが、対照サンプルと比較して、上昇するか、減少するか、あるいは不変であるかを検査者が判定するのを可能とする。
【実施例】
【０１１０】
実施例１
この実施例は、３１個のＩＩ型糖尿病マーカーを識別するのに用いられる方法を記述する。
【０１１１】
正常耐糖能（ＮＧＴ；対照）、耐糖能異常（ＩＧＴ；糖尿病前症）および２型糖尿病の個体からの血漿（１２０μＬ）の一定分量を、６つの最も豊富な血漿タンパク質を除去するためにＡｇｉｌｅｎｔ  ＭＡＲＳ−６カラムを用いて免疫除去に付した。例えば、トップ５０〜６０の最も豊富なタンパク質を血漿から除去するＳｕｐｅｒＭｉｘカラム（ＧｅｎＷａｙ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を用いて、他の免疫除去方法が使用できることを当業者は理解するであろう。以降のＬＣ−ＭＳとデータ解析は、下記のように進められる。
【０１１２】
サンプルはそれからトリプシンで消化され、そして、それぞれ個々のサンプルの一定分量は、共通の参照サンプルを作るためにプールされた。参照サンプルは、その後１８Ｏで標識され、そして、それぞれ個々のサンプルは１６Ｏで標識された。参照サンプルの一定分量は、それぞれ個々のサンプル（１：１、ｗ／ｗ）と混合し、そして、サンプルは９．４ＴのＦｏｕｒｉｅｒ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計と連結した毛管液体クロマトグラフィーによって分析された。生データは、ＰＲＩＳＭデータ解析システムを使用して処理され、そして、同位体のペア比率情報は、データマトリックスに入れられた。ペア比率はＬｏｅｓｓ正規化に付されて、そして、タンパク質の量は、ＡＮＯＶＡによって分析された。
【０１１３】
同定された３１個のタンパク質は、表１に示される。それらのサブセットは表２に示され、そして、いくつかの例において、表２のタンパク質が分析される。同定された個々のペプチドもまた記載される。ＩＩ型糖尿病関連タンパク質を検出するとき、表１と２に記載された全長タンパク質（例えば、α−２−マクログロブリン）または示されたペプチド（例えば、α−２−マクログロブリンのために記載された１２個のペプチドのうちの１つ以上）が、ルーチンの方法を使用して検出できることを当業者は理解するであろう。
【０１１４】
表１：ＩＩ型糖尿病と関連した３１個のタンパク質
（１）１６３ｋＤａのタンパク質；ペプチド配列：ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥＴＶＲＫ（配列番号：１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）、ＦＱＶＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）
（２）４５ｋＤａのタンパク質；ペプチド配列：ＤＫＶＮＳＦＦＳＴＦＫ（配列番号：１３）、ＬＴＰＹＡＤＥＦＫＶＫ（配列番号：１４）
（３）アファミン；ペプチド配列：ＲＨＰＤＬＳＩＰＥＬＬＲ（配列番号：１５）、ＨＦＱＮＬＧＫ（配列番号：１６）
（４）アルファ−２−マクログロブリン；ペプチド配列：ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＦＱＶＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥ
ＴＶＲＫ（配列番号：１）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）
（５）アポリポタンパク質Ａ−Ｉ；ペプチド配列：ＡＨＶＤＡＬＲ（配列番号：１７）、ＳＧＲＤＹＶＳＱＦＥＧＳＡＬＧＫ（配列番号：１８）、ＰＹＬＤＤＦＱＫＫ（配列番号：１９）、ＹＶＳＱＦＥＧＳＡＬＧＫ（配列番号：２０）、ＬＨＥＬＱＥＫ（配列番号：２１）、ＶＳＦＬＳＡＬＥＥＹＴＫ（配列番号：２２）、ＱＫＬＨＥＬＱＥＫ（配列番号：２３）
（６）アポリポタンパク質Ａ−ＩＶ；ペプチド配列：ＤＫＶＮＳＦＦＳＴＦＫ（配列番号：１３）、ＬＴＰＹＡＤＥＦＫＶＫ（配列番号：１４）
（７）アポリポタンパク質Ｂ−１００；ペプチド配列：ＭＬＥＴＶＲ（配列番号：２４）、ＡＶＳＭＰＳＦＳＩＬＧＳＤＶＲ（配列番号：２５）、ＴＥＶＩＰＰＬＩＥＮＲ（配列番号：２６）、ＳＶＧＦＨＬＰＳＲ（配列番号：２７）
（８）補体Ｃ４Ｂ１；ペプチド配列：ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）
（９）セルロプラスミン；ペプチド配列：ＡＥＴＧＤＫＶＹＶＨＬＫ（配列番号：３３）、ＧＰＥＥＥＨＬＧＩＬＧＰＶＩＷＡＥＶＧＤＴＩＲ（配列番号：３４）
（１０）クラステリンアイソフォーム１；ペプチド配列：ＴＬＬＳＮＬＥＥＡＫ（配列番号：３５）、ＦＭＥＴＶＡＥＫ（配列番号：３６）
（１１）クラステリン；ペプチド配列：ＴＬＬＳＮＬＥＥＡＫ（配列番号３５）、ＦＭＥＴＶＡＥＫ（配列番号：３６）
（１２）補体Ｃ３；ペプチド配列：ＦＹＹＩＹＮＥＫ（配列番号：３７）、ＬＭＮＩＦＬＫ（配列番号：３８）、ＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲ（配列番号：３９）、ＩＷＤＶＶＥＫ（配列番号：４０）、ＴＩＹＴＰＧＳＴＶＬＹＲ（配列番号：４１）、ＫＧＹＴＱＱＬＡＦＲ（配列番号：４２）、ＲＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲ（配列番号：４３）、ＶＱＬＳＮＤＦＤＥＹＩＭＡＩＥＱＴＩＫ（配列番号：４４）、ＲＱＧＡＬＥＬＩＫＫ（配列番号：４５）、ＡＡＶＹＨＨＦＩＳＤＧＶＲＫ（配列番号：４６）、ＹＹＴＹＬＩＭＮＫ（配列番号：４７）
（１３）補体Ｃ４；ペプチド配列：ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）
（１４）補体Ｃ４Ａ；ペプチド配列：ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）
（１５）補体Ｃ４Ｂ；ペプチド配列：ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）
（１６）ＦＧＡタンパク質；ペプチド配列：ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）、ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）
（１７）ゲルソリンアイソフォームｂ；ペプチド配列：ＨＶＶＰＮＥＶＶＶＱＲ（配列番号：５１）、ＴＡＳＤＦＩＴＫ（配列番号：５２）
（１８）ゲルソリン；ペプチド配列：ＨＶＶＰＮＥＶＶＶＱＲ（配列番号：５１）、ＴＡＳＤＦＩＴＫ（配列番号：５２）
（１９）ヘモペキシン；ペプチド配列：ＬＷＷＬＤＬＫ（配列番号：５３）、ＲＬＷＷＬＤＬＫ（配列番号：５４）、ＧＤＫＶＷＶＹＰＰＥＫＫ（配列番号：５５）
（２０）ヒスチジンリッチ糖タンパク質；ペプチド配列：ＤＳＰＶＬＩＤＦＦＥＤＴＥＲ（配列番号：５６）、ＡＤＬＦＹＤＶＥＡＬＤＬＥＳＰＫ（配列番号：５７）
（２１）仮想タンパク質ＤＫＦＺｐ７７９Ｎ０９２６；ペプチド配列：ＲＬＤＧＳＶＤＦＫ（配列番号：５８）、ＴＳＴＡＤＹＡＭＦＫ（配列番号：５９）
（２２）インター−α−トリプシン阻害剤重鎖Ｈ２前駆体；ペプチド配列：ＦＹＮＱＶＳＴＰＬＬＲ（配列番号：６０）、ＳＬＡＰＴＡＡＡＫ（配列番号：６１）、ＴＩＬＤＤＬＲ（配列番号：６２）
（２３）妊娠ゾーンタンパク質；ペプチド配列：ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）  
（２４）フィブリノーゲン類似Ａαポリペプチド；ペプチド配列：ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）、ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）
（２５）インター−α−トリプシン阻害剤重鎖Ｈ４のスプライスアイソフォーム１；ペプチド配列：ＮＶＶＦＶＩＤＫ（配列番号：６３）、ＬＧＶＹＥＬＬＬＫ（配列番号：６４）、ＥＴＬＦＳＶＭＰＧＬＫ（配列番号：６５）
（２６）インター−α−トリプシン阻害剤重鎖Ｈ４のスプライスアイソフォーム２；ペプチド配列：ＬＧＶＹＥＬＬＬＫ（配列番号：６４）、ＥＴＬＦＳＶＭＰＧＬＫ（配列番号：６５）、ＮＶＶＦＶＩＤＫ（配列番号：６３）
（２７）フィブリノーゲンα／α−Ｅ鎖のスプライスアイソフォームα；ペプチド配列：ＭＥＬＥＲＰＧＧＮＥＩＴＲ（配列番号：６６）、ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）、ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＴＶＩＧＰＤＧＨＫＥＶＴＫ（配列番号：６７）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）
（２８）フィブリノーゲンα／α−Ｅ鎖のスプライスアイソフォームα−Ｅ；ペプチド配列：ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）、ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＭＥＬＥＲＰＧＧＮＥＩＴＲ（配列番号：６６）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）、ＴＶＩＧＰＤＧＨＫＥＶＴＫ（配列番号：６７）
（２９）フィブリノーゲンγ鎖のスプライスアイソフォームγ−Ａ；ペプチド配列：ＲＬＤＧＳＶＤＦＫ（配列番号：５８）、ＴＳＴＡＤＹＡＭＦＫ（配列番号：５９）
（３０）フィブリノーゲンγ鎖のスプライスアイソフォームγ−Ｂ；ペプチド配列：ＲＬＤＧＳＶＤＦＫ（配列番号：５８）、ＴＳＴＡＤＹＡＭＦＫ（配列番号：５９）
（３１）ビタミンＤ結合タンパク質；ペプチド配列：ＥＬＰＥＨＴＶＫ（配列番号：６８）、ＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫ（配列番号：６９）、ＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫ（配列番号：７０）、ＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲ（配列番号：７１）
表２：ＩＩ型糖尿病関連の９個のタンパク質
（１）１６３ｋＤａのタンパク質；ペプチド配列：ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥＴＶＲＫ（配列番号：１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）、ＦＱＶＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）
（２）４５ｋＤａのタンパク質；ペプチド配列：ＤＫＶＮＳＦＦＳＴＦＫ（配列番号：１３）、ＬＴＰＹＡＤＥＦＫＶＫ（配列番号：１４）
（３）α−２−マクログロブリン；ペプチド配列：ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＦＱＶＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥＴＶＲ
Ｋ（配列番号：１）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）
（４）アポリポタンパク質Ｂ−１００；ペプチド配列：ＭＬＥＴＶＲ（配列番号：２４）、ＡＶＳＭＰＳＦＳＩＬＧＳＤＶＲ（配列番号：２５）、ＴＥＶＩＰＰＬＩＥＮＲ（配列番号：２６）、ＳＶＧＦＨＬＰＳＲ（配列番号：２７）
（５）補体Ｃ４Ｂ１；ペプチド配列：ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）
（６）セルロプラスミン；ペプチド配列：ＡＥＴＧＤＫＶＹＶＨＬＫ（配列番号：３３）、ＧＰＥＥＥＨＬＧＩＬＧＰＶＩＷＡＥＶＧＤＴＩＲ（配列番号：３４）
（７）補体Ｃ３；ペプチド配列：ＦＹＹＩＹＮＥＫ（配列番号：３７）、ＬＭＮＩＦＬＫ（配列番号：３８）、ＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲ（配列番号：３９）、ＩＷＤＶＶＥＫ（配列番号：４０）、ＴＩＹＴＰＧＳＴＶＬＹＲ（配列番号：４１）、ＫＧＹＴＱＱＬＡＦＲ（配列番号：４２）、ＲＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲ（配列番号：４３）、ＶＱＬＳＮＤＦＤＥＹＩＭＡＩＥＱＴＩＫ（配列番号：４４）、ＲＱＧＡＬＥＬＩＫＫ（配列番号：４５）、ＡＡＶＹＨＨＦＩＳＤＧＶＲＫ（配列番号：４６）、ＹＹＴＹＬＩＭＮＫ（配列番号：４７）
（８）補体Ｃ４；ペプチド配列：ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）
（９）補体Ｃ４Ｂ；ペプチド配列：ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）。
【０１１５】
実施例２
この実施例は、３１個のＩＩ型糖尿病マーカーを識別するのに用いられる方法を記述する。
【０１１６】
正常耐糖能（ＮＧＴ；対照）、耐糖能異常（ＩＧＴ；糖尿病前症）および２型糖尿病の個体からの血漿（１２０μＬ）の一定分量を、６つの最も豊富な血漿タンパク質を除去するためにＡｇｉｌｅｎｔ  ＭＡＲＳ−６カラムを用いて免疫除去に付した。例えば、トップ５０〜６０の最も豊富なタンパク質を血漿から除去するＳｕｐｅｒＭｉｘカラム（ＧｅｎＷａｙ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を用いて、他の免疫除去方法が使用できることを当業者は理解するであろう。以降のＬＣ−ＭＳとデータ解析は、下記のように進められる。
【０１１７】
サンプルはそれからトリプシンで消化され、そして、それぞれ個々のサンプルの一定分量は、共通の参照サンプルを作るためにプールされた。参照サンプルは、その後、１８Ｏで標識され、それぞれ個々のサンプルは、１６Ｏで標識された。参照サンプルの一定分量は、それから、それぞれ個々のサンプル（１：１、ｗ／ｗ）と混合し、そして、サンプルは９．４ＴのＦｏｕｒｉｅｒ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計と連結した毛管液体クロマトグラフィーによって分析された。生データは、ＰＲＩＳＭデータ解析システムを使用して処理され、そして、同位体のペア比率情報がデータマトリックスに入れられた。ペア比率は線形回帰正規化に付されて、そして、タンパク質の量は、ＡＮＯＶＡによって分析された。
【０１１８】
同定されたこのタンパク質は、表３に示される。同定された個々のペプチドは、表４（表４は、また、実施例１で検出されたペプチドも含む）に記載される。ＩＩ型糖尿病関連タンパク質を検出するとき、表３に記載された全長タンパク質（例えば、アポリポタンパク質Ｂ−１００）または表４に示されるペプチド（例えば、アポリポタンパク質Ｂ−１００のために記載された５５個のペプチドのうちの１つ以上）のいずれかが、ルーチンの方法を使用して検出できることを当業者は理解するであろう。表３において、ＩＰＩ番号は、記載された特定のタンパク質に対する国際タンパク質インデックス番号である。ＩＰＩ番号は、ＥＭＢＬ−ＥＢＩウェブサイト（例えば、ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ＩＰＩ／ＩＰＩｈｅｌｐ．ｈｔｍｌにおいて）で参照できる。
【０１１９】
表３において、量はタンパク質の量を指し、任意の単位である。非欠測の数は、どれだけ多くの個体（対照（Ｃ）、糖尿病前症（ＰＤ）、または２型糖尿病（Ｄ））の中で、可能性のある１０の対照、１０の糖尿病前症、または９の２型糖尿病の個体からマーカーが観察されるかを意味する。負の量は、必ずしも下方制御を意味するものではない。これは、ｌｏｇ２スケールにあるので、負の値は、元の量がゼロ未満であったことを示す。タンパク質が上方制御または下方制御されるかどうかは、倍率変化の欄で示される。
【０１２０】
【表３−１】
2011524002.tif 000002
【０１２１】
【表３−２】
2011524002.tif 000003
【０１２２】
【表３−３】
2011524002.tif 000004
【０１２３】
【表３−４】
2011524002.tif 000005
【０１２４】
【表３−５】
2011524002.tif 000006
したがって、開示された方法を使用して、表４に示される４５個のタンパク質（実施例１および２で同定されたタンパク質の組み合わせ）は、ＩＩ型糖尿病に関連していることが分かった。同定された個々のペプチドもまた列挙される。
【０１２５】
表４：ＩＩ型糖尿病に関連した４５個のタンパク質
１．１６３ｋＤａタンパク質；ペプチド配列：ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥＴＶＲＫ（配列番号：１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）、ＦＱＶＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）；
２．３２ｋＤａのタンパク質；ペプチド配列：ＩＱＮＩＬＴＥＥＰＫ（配列番号：７２）、ＹＶＹＩＡＥＬＬＡＨＫ（配列番号：７３）、ＩＬＬＭＤＬＮＥＥＤＰＴＶＬＥＬＧＩＴＧＳＫ（配列番号：７４）、ＰＴＶＬＥＬＧＩＴＧＳＫ（配列番号：７５）、
３．４５ｋＤａのタンパク質；ペプチド配列：ＤＫＶＮＳＦＦＳＴＦＫ（配列番号：１３）、ＬＴＰＹＡＤＥＦＫＶＫ（配列番号：１４）；
４．Ａ２Ｍ  １９ｋＤａのタンパク質（ＩＰＩ：ＩＰＩ００８７８７２９．１）；ペプチド配列：ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＳＳＳＮＥＥＶＭＦＬＴＶＱＶＫ（配列番号：７６）、ＳＶＳＧＫＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＴＴＥＫ（配列番号：７７）、ＫＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＴＴＥＫ（配列番号：７８）、ＳＳＳＮＥＥＶＭＦＬＴＶＱＶＫ（配列番号：７６）
５．Ａ２Ｍ  １９ｋＤａのタンパク質（ＩＰＩ：ＩＰＩ００７８９５４７．１）；ペプチド配列：ＬＬＩＹＡＶＬＰＴＧＤＶＩＧＤＳＡＫ（配列番号：７９）、ＴＧＴＨＧＬＬＶＫＱＥＤＭＫ（配列番号：８０）、ＤＬＳＦＳＰＳＱＳＬＰＡＳＨＡＨＬＲ（配列番号：２１２）、ＶＴＡＡＰＱＳＶＣＡＬＲ（配列番号：９１）、ＴＧＴＨＧＬＬＶＫＱＥＤＭＫ（配列番号：８０）
６．α−２−マクログロブリン；ペプチド配列：ＳＡＳＮＭＡＩＶＤＶＫ（配列番号：６）、ＮＱＧＮＴＷＬＴＡＦＶＬＫ（配列番号：１９５）、ＨＹＤＧＳＹＳＴＦＧＥＲ（配列番号：２０８）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：１２）、ＡＬＬＡＹＡＦＡＬＡＧＮＱＤＫ（配列番号：２０９）、ＶＧＦＹＥＳＤＶＭＧＲ（配列番号：２１０）、ＤＭＹＳＦＬＥＤＭＧＬＫ（配列番号：４）、ＬＶＨＶＥＥＰＨＴＥＴＶＲＫ（配列番号：１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴ
ＶＫ（配列番号：２）、ＶＧＦＹＥＳＤＶＭＧＲ（配列番号：２１０）、ＡＩＧＹＬＮＴＧＹＱＲ（配列番号：２１１）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号：７）、ＬＰＰＮＶＶＥＥＳＡＲ（配列番号：２０５）、ＬＳＦＶＫＶＤＳＨＦＲ（配列番号：２０６）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：２０７）、ＬＬＩＹＡＶＬＰＴＧＤＶＩＧＤＳＡＫ（配列番号：７９）、ＴＧＴＨＧＬＬＶＫＱＥＤＭＫ（配列番号：８０）
、ＴＥＶＳＳＮＨＶＬＩＹＬＤＫ（配列番号：８１）、ＫＤＮＳＶＨＷＥＲＰＱＫＰＫ（配列番号：８２）、ＳＳＳＮＥＥＶＭＦＬＴＶＱＶＫ（配列番号：７６）、ＦＥＶＱＶＴＶＰＫ（配列番号：８３）、ＳＶＳＧＫＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＴＴＥＫ（配列番号：７７）、ＩＡＱＷＱＳＦＱＬＥＧＧＬＫ（配列番号：８４）、ＫＤＴＶＩＫＰＬＬＶＥＰＥＧＬＥＫ（配列番号：８５）、ＳＧＧＲＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫ（配列番号
：８６）、ＬＬＬＱＱＶＳＬＰＥＬＰＧＥＹＳＭＫ（配列番号：８７）、ＴＥＨＰＦＴＶＥＥＦＶＬＰＫＦＥＶＱＶＴＶＰＫ（配列番号：８８）、ＶＳＶＱＬＥＡＳＰＡＦＬＡＶＰＶＥＫ（配列番号：８９）、ＶＤＬＳＦＳＰＳＱＳＬＰＡＳＨＡＨＬＲ（配列番号：９０）、ＶＴＡＡＰＱＳＶＣＡＬＲ（配列番号：９１）、ＧＶＰＩＰＮＫＶＩＦＩＲ（配列番号：９２）、ＫＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＴＴＥＫ（配列番号：７８）、ＡＬＬＡＹＡＦＡＬＡＧＮＱＤＫＲ（配列番号：９３）、ＴＡＱＥＧＤＨＧＳＨＶＹＴＫ（配列番
号：９４）、ＳＳＳＮＥＥＶＭＦＬＴＶＱＶＫ（配列番号：７６）、ＶＶＳＭＤＥＮＦＨＰＬＮＥＬＩＰＬＶＹＩＱＤＰＫ（配列番号：９５）、ＳＳＧＳＬＬＮＮＡＩＫ（配列番号：９６）、ＡＡＱＶＴＩＱＳＳＧＴＦＳＳＫ（配列番号：９７）、ＧＧＦＳＳＴＱＤＴＶＶＡＬＨＡＬＳＫ（配列番号：９８）、ＬＬＬＱＱＶＳＬＰＥＬＰＧＥＹＳＭＫ（配列番号：８７）、ＴＧＴＨＧＬＬＶＫＱＥＤＭＫ（配列番号：８０）、ＲＫＥＹＥＭＫ（配列番号：１１）、ＦＱＶＤＮＮＮＲ（配列番号：９）、ＮＥＤＳＬＶＦＶＱＴＤＫ（配列番号：５）、ＤＬＫＰＡＩＶＫ（配列番号：３）、ＴＴＶＭＶＫ（配列番号：８）
７．血清アミロイドＰ−成分；ペプチド配列：ＩＶＬＧＱＥＱＤＳＹＧＧＫ（配列番号：９９）、ＩＶＬＧＱＥＱＤＳＹＧＧＫＦＤＲ（配列番号：１００）、ＡＹＳＬＦＳＹＮＴＱＧＲ（配列番号：１０１）、ＤＮＥＬＬＶＹＫ（配列番号：１０２）
８．アポリポタンパク質Ｂ−１００、ペプチド配列：ＥＫＬＴＡＬＴＫ（配列番号：１０３）、ＩＹＳＬＷＥＨＳＴＫ（配列番号：１０４）、ＳＥＩＬＡＨＷＳＰＡＫ（配列番号：１０５）、ＹＧＭＶＡＱＶＴＱＴＬＫ（配列番号：１０６）、ＥＦＱＶＰＴＦＴＩＰＫ（配列番号：１０７）、ＩＤＤＩＷＮＬＥＶＫ（配列番号：１０８）、ＧＦＥＰＴＬＥＡＬＦＧＫ（配列番号：１０９）、ＡＴＧＶＬＹＤＹＶＮＫ（配列番号：１１０）、ＴＳＳＦＡＬＮＬＰＴＬＰＥＶＫ（配列番号：１１１）、ＩＥＧＮＬＩＦＤＰＮＮＹＬＰＫ（
配列番号：１１２）、ＳＴＳＰＰＫＱＡＥＡＶＬＫ（配列番号：１１３）、ＶＮＷＥＥＥＡＡＳＧＬＬＴＳＬＫＤＮＶＰＫ（配列番号：１１４）、ＡＶＳＭＰＳＦＳＩＬＧＳＤＶＲ（配列番号：２５）、ＳＶＳＬＰＳＬＤＰＡＳＡＫ（配列番号：１１５）、ＮＲＮＮＡＬＤＦＶＴＫ（配列番号：１１６）、ＶＬＶＤＨＦＧＹＴＫ（配列番号：１１７）、ＳＫＰＴＶＳＳＳＭＥＦＫ（配列番号：１１８）、ＧＩＩＳＡＬＬＶＰＰＥＴＥＥＡＫ（配列番号：１１９）、ＫＬＴＩＳＥＱＮＩＱＲ（配列番号：１２０）、ＳＶＧＦＨＬＰＳＲ（
配列番号：２７）、ＬＬＳＧＧＮＴＬＨＬＶＳＴＴＫ（配列番号：１２１）、ＬＴＩＳＥＱＮＩＱＲ（配列番号：１２２）、ＳＰＡＦＴＤＬＨＬＲ（配列番号：１２３）、ＥＩＱＩＹＫＫ（配列番号：１２４）、ＩＡＤＦＥＬＰＴＩＩＶＰＥＱＴＩＥＩＰＳＩＫ（配列番号：１２５）、ＹＨＷＥＨＴＧＬＴＬＲ（配列番号：１２６）、ＴＧＩＳＰＬＡＬＩＫ（配列番号：１２７）、ＫＳＩＳＡＡＬＥＨＫ（配列番号：１２８）、ＫＭＧＬＡＦＥＳＴＫ（配列番号：１２９）、ＶＱＧＶＥＦＳＨＲ（配列番号：１３０）、ＳＬＨＭＹＡＮ
Ｒ（配列番号：１３１）、ＬＳＬＥＳＬＴＳＹＦＳＩＥＳＳＴＫＧＤＶＫ（配列番号：１３２）、ＭＴＳＮＦＰＶＤＬＳＤＹＰＫ（配列番号：１３３）、ＤＡＶＥＫＰＱＥＦＴＩＶＡＦＶＫ（配列番号：１３４）、ＡＨＬＤＩＡＧＳＬＥＧＨＬＲ（配列番号：１３５）、ＡＴＬＹＡＬＳＨＡＶＮＮＹＨＫ（配列番号：１３６）、ＴＬＱＧＩＰＱＭＩＧＥＶＩＲ（配列番号：１３７）、ＩＡＥＬＳＡＴＡＱＥＩＩＫ（配列番号：１３８）、ＥＶＹＧＦＮＰＥＧＫ（配列番号：１３９）、ＤＬＫＶＥＤＩＰＬＡＲ（配列番号：１４０）、ＴＳＳＦＡＬＮＬＰＴＬＰＥＶＫＦＰＥＶＤＶＬＴＫ（配列番号：１４１）、ＫＧＮＶＡＴＥＩＳＴＥＲ（配列番号：１４２）、ＮＮＡＬＤＦＶＴＫ（配列番号：１４３）、ＶＳＡＬＬＴＰＡＥＱＴＧＴＷＫ（配列番号：１４４）、ＦＶＴＱＡＥＧＡＫ（配列番号：１４５）、ＮＬＱＮＮＡＥＷＶＹＱＧＡＩＲ（配列番号：１４６）、ＩＬＧＥＥＬＧＦＡＳＬＨＤＬＱＬＬＧＫ（配列番号：１４７）、ＮＨＬＱＬＥＧＬＦＦＴＮＧＥＨＴＳＫ（配列番号：１４８）、ＳＧＧＮＴＬＨＬＶＳＴＴＫ（配列番号：１４９）、ＤＫＩＧＶＥＬＴ
ＧＲ（配列番号：１５０）、ＦＰＥＶＤＶＬＴＫ（配列番号：１５１）、ＳＩＳＡＡＬＥＨＫ（配列番号：１５２）、ＭＬＥＴＶＲ（配列番号：２４）、ＴＥＶＩＰＰＬＩＥＮＲ（配列番号：２６）、ＳＶＧＦＨＬＰＳＲ（配列番号：２７）
９．アポリポタンパク質Ａ−Ｉ；ペプチド配列：ＡＨＶＤＡＬＲ（配列番号：１７）、ＳＧＲＤＹＶＳＱＦＥＧＳＡＬＧＫ（配列番号：１８）、ＰＹＬＤＤＦＱＫＫ（配列番号：１９）、ＹＶＳＱＦＥＧＳＡＬＧＫ（配列番号：２０）、ＬＨＥＬＱＥＫ（配列番号：２１）、ＶＳＦＬＳＡＬＥＥＹＴＫ（配列番号：２２）、ＱＫＬＨＥＬＱＥＫ（配列番号：２３）
１０．アポリポタンパク質Ａ−ＩＶ；ペプチド配列：ＤＫＶＮＳＦＦＳＴＦＫ（配列番号：１３）、ＬＴＰＹＡＤＥＦＫＶＫ（配列番号：１４）
１１．捕体Ｃ４Ｂ１；ペプチド配列：ＧＳＦＥＦＰＶＧＤＡＶＳＫ（配列番号：１５３）、ＹＶＬＰＮＦＥＶＫ（配列番号：１５４）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＩＴＱＶＬＨＦＴＫ（配列番号：１５５）、ＧＬＥＥＥＬＱＦＳＬＧＳＫ（配列番号：１５６）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＫＹＶＬＰＮＦＥＶＫ（配列番号：１５７）、ＬＶＮＧＱＳＨＩＳＬＳＫ（配列番号：１５８）、ＬＮＭＧＩＴＤＬＱＧＬＲ（配列番号：１５
９）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＤＨＡＶＤＬＩＱＫ（配列番号：１６０）、ＶＧＤＴＬＮＬＮＬＲ（配列番号：１６１）、ＬＧＱＹＡＳＰＴＡＫＲ（配列番号：１６４）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＳＨＫＰＬＮＭＧＫ（配列番号：１６２）、ＬＧＱＹＡＳＰＴＡＫ（配列番号：１６３）、ＥＡＰＫＶＶＥＥＱＥＳＲ（配列番号：１６５）、ＥＭＳＧＳＰＡＳＧＩＰＶＫ（配列番号：１６６）、ＧＳＳＴＷＬＴＡＦＶＬＫ（配列番号：１６７）、ＦＧＬＬＤＥＤＧＫＫ（配列番号：１６８）、ＶＦＡＬＤＱＫ（配列番号：１６９）、ＴＴＮＩＱＧＩＮＬＬＦＳＳＲ（配列番号：１７０）、ＰＮＭＩＰＤＧＤＦＮＳＹＶＲ（配列番号：１７１）、ＹＬＤＫＴＥＱＷＳＴＬＰＰＥＴＫ（配列番号：１７２）、ＨＬＶＰＧＡＰＦＬＬＱＡＬＶＲ（配列番号：１７３）、ＡＥＭＡＤＱＡＡＡＷＬＴＲ（配列番号：１７４）、ＹＲＶＦＡＬＤＱＫ（配列番号：１７５）、ＴＬＧＳＥＧＡＬＳＰＧＧＶＡＳＬＬＲ（配列番号：１７６）、ＡＥＦＱＤＡＬＥＫＬＮＭＧＩＴＤＬＱＧＬＲ（配列番号：１７７）、ＶＧＬＳＧＭＡＩＡＤＶＴＬＬＳＧＦＨＡＬＲ（配列番号：１７８）、ＶＤＦＴＬＳＳＥＲ（配列番号：１７９）、ＡＳＡＧＬＬＧＡＨＡＡＡＩＴＡＹＡＬＴＬＴＫ（配列番号：１８０）、ＥＶＹＭＰＳＳＩＦＱＤＤＦＶＩＰＤＩＳＥＰＧＴＷＫ（配列番号：１８１）、ＥＦＨＬＨＬＲ（配列番号：１８２）、ＳＣＧＬＨＱＬＬＲ（配列番号：１８３）
１２．セルロプラスミン；ペプチド配列：ＡＥＴＧＤＫＶＹＶＨＬＫ（配列番号：３３）、ＧＰＥＥＥＨＬＧＩＬＧＰＶＩＷＡＥＶＧＤＴＩＲ（配列番号：３４）
１３．クラステリンアイソフォーム１；ペプチド配列：ＴＬＬＳＮＬＥＥＡＫ（配列番号：３５）、ＦＭＥＴＶＡＥＫ（配列番号：３６）
１４．クラステリン；ペプチド配列：ＴＬＬＳＮＬＥＥＡＫ（配列番号：３５）、ＦＭＥＴＶＡＥＫ（配列番号：３６）
１５．捕体Ｃ３；ペプチド配列：ＦＹＹＩＹＮＥＫ（配列番号：３７）、ＬＭＮＩＦＬＫ（配列番号：３８）、ＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲ（配列番号：３９）、ＩＷＤＶＶＥＫ（配列番号：４０）、ＴＩＹＴＰＧＳＴＶＬＹＲ（配列番号：４１）、ＫＧＹＴＱＱＬＡＦＲ（配列番号：４２）、ＲＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲ（配列番号：４３）、ＶＱＬＳＮＤＦＤＥＹＩＭＡＩＥＱＴＩＫ（配列番号：４４）、ＲＱＧＡＬＥＬＩＫＫ（配列番号：４５）、ＡＡＶＹＨＨＦＩＳＤＧＶＲＫ（配列番号：４６）、ＹＹＴＹＬＩＭＮＫ（配列番号：４７）
１６．捕体Ｃ４；ペプチド配列：ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）
１７．捕体Ｃ４Ａ；ペプチド配列：ＧＳＦＥＦＰＶＧＤＡＶＳＫ（配列番号：１５３）、ＹＶＬＰＮＦＥＶＫ（配列番号：１５４）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＤＳＳＴＷＬＴＡＦＶＬＫ、ＩＴＱＶＬＨＦＴＫ（配列番号：１５５）、ＧＬＥＥＥＬＱＦＳＬＧＳＫ（配列番号：１５６）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＫＹＶＬＰＮＦＥＶＫ（配列番号：１５７）、ＬＶＮＧＱＳＨＩＳＬＳＫ（配列番号：１５８）、ＬＮＭＧＩＴＤＬ
ＱＧＬＲ（配列番号：１５９）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＤＨＡＶＤＬＩＱＫ（配列番号：１６０）、ＶＧＤＴＬＮＬＮＬＲ（配列番号：１６１）、ＬＧＱＹＡＳＰＴＡＫＲ（配列番号：１６４）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＳＨＫＰＬＮＭＧＫ（配列番号：１６２）、ＬＧＱＹＡＳＰＴＡＫ（配列番号：１６３）、ＰＶＡＦＳＶＶＰＴＡＡＡＡＶＳＬＫ（配列番号：２１３）、ＥＡＰＫＶＶＥＥＱＥＳＲ（配列番号：１６５）、ＥＭＳＧＳＰＡＳＧＩＰＶＫ（配列番号：１６６）、ＦＧＬＬＤＥＤＧＫＫ（配列番号：１６８）、ＶＦＡＬＤＱＫ（配列番号：１６９）、ＴＴＮＩＱＧＩＮＬＬＦＳＳＲ（配列番号：１７０）、ＰＮＭＩＰＤＧＤＦＮＳＹＶＲ（配列番号：１７１）、ＹＬＤＫＴＥＱＷＳＴＬＰＰＥＴＫ（配列番号：１７２）、ＨＬＶＰＧＡＰＦＬＬＱＡＬＶＲ（配列番号：１７３）、ＡＥＭＡＤＱＡＡＡＷＬＴＲ（配列番号：１７４）、ＹＲＶＦＡＬＤＱＫ（配列番号：１７５）、ＴＬＧＳＥＧＡＬＳＰＧＧＶＡＳＬＬＲ（配列番号：１７６）、ＡＥＦＱＤＡＬＥＫＬＮＭＧＩＴＤＬＱＧＬＲ（配列番号：１７７）、ＶＧＬＳＧＭＡＩＡＤＶＴＬＬＳＧＦＨＡＬＲ（配列番号：１７８）、ＶＤＦＴＬＳＳＥＲ（配列番号：１７９）、ＡＳＡＧＬＬＧＡＨＡＡＡＩＴＡＹＡＬＴＬＴＫ（配列番号：１８０）、ＥＶＹＭＰＳＳＩＦＱＤＤＦＶＩＰＤＩＳＥＰＧＴＷＫ（配列番号：１８１）、ＥＦＨＬＨＬＲ（配列番号：１８２）、ＳＣＧＬＨＱＬＬＲ（配列番号：１８３）、
１８．捕体Ｃ４Ｂ；ペプチド配列：ＧＳＦＥＦＰＶＧＤＡＶＳＫ（配列番号：１５３）、ＹＶＬＰＮＦＥＶＫ（配列番号：１５４）、ＧＱＩＶＦＭＮＲＥＰＫ（配列番号：２８）、ＤＳＳＴＷＬＴＡＦＶＬＫ、ＩＴＱＶＬＨＦＴＫ（配列番号：１５５）、ＧＬＥＥＥＬＱＦＳＬＧＳＫ（配列番号：１５６）、ＧＰＥＶＱＬＶＡＨＳＰＷＬＫ（配列番号：２９）、ＤＦＡＬＬＳＬＱＶＰＬＫＤＡＫ（配列番号：３１）、ＫＹＶＬＰＮＦＥＶＫ（配列番号：１５７）、ＬＶＮＧＱＳＨＩＳＬＳＫ（配列番号：１５８）、ＬＮＭＧＩＴＤＬ
ＱＧＬＲ（配列番号：１５９）、ＹＩＹＧＫＰＶＱＧＶＡＹＶＲ（配列番号：３２）、ＤＨＡＶＤＬＩＱＫ（配列番号：１６０）、ＶＧＤＴＬＮＬＮＬＲ（配列番号：１６１）、ＬＧＱＹＡＳＰＴＡＫＲ（配列番号：１６４）、ＳＨＡＬＱＬＮＮＲ（配列番号：３０）、ＳＨＫＰＬＮＭＧＫ（配列番号：１６２）、ＬＧＱＹＡＳＰＴＡＫ（配列番号：１６３）、ＰＶＡＦＳＶＶＰＴＡＡＡＡＶＳＬＫ（配列番号：２１３）、ＥＡＰＫＶＶＥＥＱＥＳＲ（配列番号：１６５）、ＥＭＳＧＳＰＡＳＧＩＰＶＫ（配列番号：１６６）、ＦＧＬＬＤＥＤＧＫＫ（配列番号：１６８）、ＶＦＡＬＤＱＫ（配列番号：１６９）、ＴＴＮＩＱＧＩＮＬＬＦＳＳＲ（配列番号：１７０）、ＰＮＭＩＰＤＧＤＦＮＳＹＶＲ（配列番号：１７１）、ＹＬＤＫＴＥＱＷＳＴＬＰＰＥＴＫ（配列番号：１７２）、ＨＬＶＰＧＡＰＦＬＬＱＡＬＶＲ（配列番号：１７３）、ＹＲＶＦＡＬＤＱＫ（配列番号：１７５）、ＴＬＧＳＥＧＡＬＳＰＧＧＶＡＳＬＬＲ（配列番号：１７６）、ＡＥＦＱＤＡＬＥＫＬＮＭＧＩＴＤＬＱＧＬＲ（配列番号：１７７）、ＶＧＬＳＧＭＡＩＡＤＶＴＬＬＳＧＦＨＡＬＲ（配列番号：１７８）、ＶＤＦＴＬＳＳＥＲ（配列番号：１７９）、ＥＶＹＭＰＳＳＩＦＱＤＤＦＶＩＰＤＩＳＥＰＧＴＷＫ（配列番号：１８１）、ＥＦＨＬＨＬＲ（配列番号：１８２）、ＳＣＧＬＨＱＬＬＲ（配列番号：１８３）
１９．未特定タンパク質Ｃ４ＢＰＡ；ペプチド配列：ＬＳＬＥＩＥＱＬＥＬＱＲ（配列番号：１８４）、ＴＷＹＰＥＶＰＫ（配列番号：１８５）、ＫＰＤＶＳＨＧＥＭＶＳＧＦＧＰＩＹＮＹＫ（配列番号：１８６）、ＫＰＤＶＳＨＧＥＭＶＳＧＦＧＰＩＹＮＹＫＤＴＩＶＦＫ（配列番号：１８７）
２０．ＦＧＡタンパク質；ペプチド配列：ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）、ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）
２１．ゲルソリンアイソフォームｂ；ペプチド配列：ＨＶＶＰＮＥＶＶＶＱＲ（配列番号：５１）、ＴＡＳＤＦＩＴＫ（配列番号：５２）
２２．ゲルソリン；ペプチド配列：ＨＶＶＰＮＥＶＶＶＱＲ（配列番号：５１）、ＴＡＳＤＦＩＴＫ（配列番号：５２）
２３．ハプトグロビン；ペプチド配列：ＶＴＳＩＱＤＷＶＱＫ（配列番号：１８８）、ＩＬＧＧＨＬＤＡＫ（配列番号：１８９）、ＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＤＫＫ（配列番号：１９０）、ＬＲＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＤＫＫ（配列番号：１９１）、ＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＮＥＫ（配列番号：１９２）、ＨＹＥＧＳＴＶＰＥＫＫ（配列番号：１９３）、ＬＲＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＮＥＫ（配列番号：１９４）
２４．ＨＰタンパク質；ペプチド配列：ＶＴＳＩＱＤＷＶＱＫ（配列番号：１８８）、ＩＬＧＧＨＬＤＡＫ（配列番号：１８９）、ＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＮＥＫ（配列番号：１９２）、ＨＹＥＧＳＴＶＰＥＫＫ（配列番号：１９３）、ＬＲＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＮＥＫ（配列番号：１９４）
２５．ハプトグロビン関連タンパク質のアイソフォーム１；ペプチド配列：ＶＴＳＩＱＤＷＶＱＫ（配列番号：１８８）、ＩＬＧＧＨＬＤＡＫ（配列番号：１８９）、ＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＤＫＫ（配列番号：１９０）、ＬＲＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＤＫＫ（配列番号：１９１）
２６．ハプトグロビン関連タンパク質のアイソフォーム２；ペプチド配列：ＶＴＳＩＱＤＷＶＱＫ（配列番号：１８８）、ＩＬＧＧＨＬＤＡＫ（配列番号：１８９）、ＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＤＫＫ（配列番号：１９０）、ＬＲＴＥＧＤＧＶＹＴＬＮＤＫＫ（配列番号：１９１）
２７．ヘモペキシン；ペプチド配列：ＬＷＷＬＤＬＫ（配列番号：５３）、ＲＬＷＷＬＤＬＫ（配列番号：５４）、ＧＤＫＶＷＶＹＰＰＥＫＫ（配列番号：５５）
２８．ヒスチジンリッチ糖タンパク質；ペプチド配列：ＤＳＰＶＬＩＤＦＦＥＤＴＥＲ（配列番号：５６）、ＡＤＬＦＹＤＶＥＡＬＤＬＥＳＰＫ（配列番号：５７）
２９．仮想タンパク質ＤＫＦＺｐ７７９Ｎ０９２６；ペプチド配列：ＲＬＤＧＳＶＤＦＫ（配列番号：５８）、ＴＳＴＡＤＹＡＭＦＫ（配列番号：５９）
３０．インター−α−トリプシン阻害剤重鎖Ｈ２前駆体；ペプチド配列：ＦＹＮＱＶＳＴＰＬＬＲ（配列番号：６０）、ＳＬＡＰＴＡＡＡＫ（配列番号：６１）、ＴＩＬＤＤＬＲ（配列番号：６２）
３１．血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１；ペプチド配列：ＩＱＮＩＬＴＥＥＰＫ（配列番号：７２）、ＹＶＹＩＡＥＬＬＡＨＫ（配列番号：７３）、ＩＬＬＭＤＬＮＥＥＤＰＴＶＬＥＬＧＩＴＧＳＫ（配列番号：７４）、ＰＴＶＬＥＬＧＩＴＧＳＫ（配列番号：７５）
３２．妊娠ゾーンタンパク質；ペプチド配列：ＮＱＧＮＴＷＬＴＡＦＶＬＫ（配列番号：１９５）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号２）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＴＥＰＱＹＭＶＬＶＰＳＬＬＨＴＥＡＰＫ（配列番号：１９６）、ＳＳＧＳＬＬＮＮＡＩＫ（配列番号：９６）
３３．未特定タンパク質ＰＺＰ；ペプチド配列：ＮＱＧＮＴＷＬＴＡＦＶＬＫ（配列番号：１９５）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＭＶＳＧＦＩＰＬＫＰＴＶＫ（配列番号：２）、ＡＴＶＬＮＹＬＰＫ（配列番号：１０）、ＳＳＧＳＬＬＮＮＡＩＫ（配列番号：９６）
３４．血漿レチノール結合タンパク質；ペプチド配列：ＹＷＧＶＡＳＦＬＱＫ（配列番号：１９７）、ＦＳＧＴＷＹＡＭＡＫ（配列番号：１９８）、ＤＰＮＧＬＰＰＥＡＱＫ（配列番号：１９９）、ＭＫＹＷＧＶＡＳＦＬＱＫ（配列番号：２００）
３５．レチノール結合タンパク質４（血漿）；ペプチド配列：ＹＷＧＶＡＳＦＬＱＫ（配列番号：１９７）、ＦＳＧＴＷＹＡＭＡＫ（配列番号：１９８）、ＤＰＮＧＬＰＰＥＡＱＫ（配列番号：１９９）、ＭＫＹＷＧＶＡＳＦＬＱＫ（配列番号：２００）
３６．フィブリノーゲン類似Ａαポリペプチド；ペプチド配列：ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）、ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）
３７．インター−α−トリプシン阻害剤重鎖Ｈ４のスプライスアイソフォーム１；ペプチド配列：ＮＶＶＦＶＩＤＫ（配列番号：６３）、ＬＧＶＹＥＬＬＬＫ（配列番号：６４）、ＥＴＬＦＳＶＭＰＧＬＫ（配列番号：６５）
３８．インター−α−トリプシン阻害剤重鎖Ｈ４のスプライスアイソフォーム２；ペプチド配列：ＬＧＶＹＥＬＬＬＫ（配列番号：６４）、ＥＴＬＦＳＶＭＰＧＬＫ（配列番号：６５）、ＮＶＶＦＶＩＤＫ（配列番号：６３）
３９．フィブリノーゲンα／α−Ｅ鎖のスプライスアイソフォームα；ペプチド配列：ＭＥＬＥＲＰＧＧＮＥＩＴＲ（配列番号：６６）、ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）、ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＴＶＩＧＰＤＧＨＫＥＶＴＫ（配列番号：６７）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）
４０．フィブリノーゲンα／α−Ｅ鎖のスプライスアイソフォームα−Ｅ；ペプチド配列：ＬＫＮＳＬＦＥＹＱＫ（配列番号：５０）、ＤＳＨＳＬＴＴＮＩＭＥＩＬＲ（配列番号：４８）、ＭＥＬＥＲＰＧＧＮＥＩＴＲ（配列番号：６６）、ＧＬＩＤＥＶＮＱＤＦＴＮＲ（配列番号：４９）、ＴＶＩＧＰＤＧＨＫＥＶＴＫ（配列番号：６７）
４１．フィブリノーゲンγ鎖のスプライスアイソフォームγ−Ａ；ペプチド配列：ＲＬＤＧＳＶＤＦＫ（配列番号：５８）、ＴＳＴＡＤＹＡＭＦＫ（配列番号：５９）
４２．フィブリノーゲンγ鎖のスプライスアイソフォームγ−Ｂ；ペプチド配列：ＲＬＤＧＳＶＤＦＫ（配列番号：５８）、ＴＳＴＡＤＹＡＭＦＫ（配列番号：５９）
４３．未特定タンパク質ＲＢＰ４；ペプチド配列：ＹＷＧＶＡＳＦＬＱＫ（配列番号：１９７）、ＦＳＧＴＷＹＡＭＡＫ（配列番号：１９８）、ＤＰＮＧＬＰＰＥＡＱＫ（配列番号：１９９）、ＭＫＹＷＧＶＡＳＦＬＱＫ（配列番号：２００）
４４．ビタミンＤ結合タンパク質；ペプチド配列：ＥＬＰＥＨＴＶＫ（配列番号：６８）、ＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫ（配列番号：６９）、ＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫ（配列番号：７０）、ＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲ（配列番号：７１）
４５．ビトロネクチン；ペプチド配列：ＤＶＷＧＩＥＧＰＩＤＡＡＦＴＲ（配列番号：２０１）、ＩＹＩＳＧＭＡＰＲＰＳＬＡＫ（配列番号：２０２）、ＤＷＨＧＶＰＧＱＶＤＡＡＭＡＧＲ（配列番号：２０３）、ＦＥＤＧＶＬＤＰＤＹＰＲ（配列番号：２０４）。
【０１２６】
実施例３
この実施例は、ＩＩ型糖尿病を発症する素因と関連付けられる、遺伝子またはタンパク質の発現などの発現における特定の変化を説明する。特定のＩＩ型糖尿病関連分子がこの実施例で記載されているが、当業者は、本開示の教示に基づいて他の分子を使用することができることを理解するであろう。
【０１２７】
特定の例では、核酸またはタンパク質の発現を検出することは、発現における違い（例えば、増加、減少、またはその両方）を検出することを含む。この方法はさらに、例えば、正常のサンプルと比較して、発現の違いの大きさを測定することができる。ＩＩ型糖尿病の診断に関連して差次的に発現されるＩＩ型糖尿病関連分子の特定の例、ならびに変化のそれらの方向（上方制御または下方制御された）、および変化の大きさ（パーセントおよび倍率変化として表記される）は表５に提供される。当業者であれば、他の範囲は、表３（倍率変化の欄、例えば糖尿病前症または糖尿病のサンプルに対する対照または糖尿病前症のサンプル）から求めることができることを理解するであろう。
【０１２８】
【表５】
2011524002.tif 000007
上記の目的は、米国特許商標庁および一般大衆、特に特許、法律用語または専門用語に精通していない本技術分野に属する科学者、技術者、医師などが、本出願の技術的な開示の性質と本質を簡易な調査で速やかに判断し得るようにするものである。要約書は、本出願の発明を定義することを意図したものではなく、それは特許請求の範囲の記載により評価されるべきであり、また、本発明の範囲を限定することを意図したものでは決してない。
【配列表】
2011524002000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成23年1月13日(2011.1.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
本出願は、単独または併用で本明細書に記述される選択されたＩＩ型糖尿病関連バイオマーカーを利用して、ＩＩ型糖尿病を発症する危険性が増加したヒト（またはＩＩ型糖尿病に罹患しているヒト）を、識別する方法を記述する。本方法は、大規模な集団ベースの広範囲に基づく信頼性が高いスクリーニングを可能とし、様々な条件下で複数のサンプルの種類からのデータを特徴づけて、記録保管し、対比するための効果的な戦略の策定を含む他の利点を提供する。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）  ＩＩ型糖尿病を発症する素因のあるヒトを識別する方法であって、前記ヒトの血清または血漿サンプルを分析して、表１〜４のいずれかに記載されたそれらのタンパク質およびペプチド、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの成分の量を判定することを含む方法。
（項目２）  前記少なくとも１つの成分が、表１に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される項目１に記載の方法。
（項目３）  前記少なくとも１つの成分が、表２に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される項目１に記載の方法。
（項目４）  前記少なくとも１つの成分が、表３に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される項目１に記載の方法。
（項目５）  前記少なくとも１つの成分が、表４に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される項目１に記載の方法。
（項目６）  前記少なくとも１つの成分が、表４に記載されたペプチドのすべてを含む項目１に記載の方法。
（項目７）  前記少なくとも１つの成分が、表３に記載されたタンパク質のすべてを含む項目１に記載の方法。
（項目８）  前記方法が、少なくとも９０％の特異性と少なくとも９０％の感受性を有する項目１〜７のいずれかに記載の方法。
（項目９）  ＩＩ型糖尿病関連の遺伝子配列と相補的なオリゴヌクレオチド、またはＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列に特異的な抗体を含むアレイであって、ＩＩ型糖尿病関連の遺伝子配列およびタンパク質配列が、表１〜４に記載されたもののうちの少なくとも１０の任意の組み合わせを含む、アレイ。
（項目１０）  前記アレイが、表３に記載されたＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列のうちの少なくとも１０個または全２２個に対して特異的な抗体を含む項目９に記載のアレイ。
（項目１１）  前記アレイが、表３に記載されたＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列のうちの全２２個に対して特異的な抗体からなる項目９に記載のアレイ。
（項目１２）  項目９〜１１のいずれかのアレイ；および別々のパッケージの緩衝液を含む、ＩＩ型糖尿病を診断するためのキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＩＩ型糖尿病の発症に対する素因の識別因子としてのヒト由来の血清または血漿サンプル中で、表１〜４のいずれかに記載されたそれらのタンパク質およびペプチド、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの成分の量を使用する方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの成分が、表１に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つの成分が、表２に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つの成分が、表３に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つの成分が、表４に記載されたそれらのタンパク質およびペプチドからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの成分が、表４に記載されたペプチドのすべてを含む請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つの成分が、表３に記載されたタンパク質のすべてを含む請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記方法が、少なくとも９０％の特異性と少なくとも９０％の感受性を有する請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
ＩＩ型糖尿病関連の遺伝子配列と相補的なオリゴヌクレオチド、またはＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列に特異的な抗体を含むアレイであって、ＩＩ型糖尿病関連の遺伝子配列およびタンパク質配列が、表１〜４に記載されたもののうちの少なくとも１０の任意の組み合わせを含む、アレイ。
【請求項１０】
前記アレイが、表３に記載されたＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列のうちの少なくとも１０個または全２２個に対して特異的な抗体を含む請求項９に記載のアレイ。
【請求項１１】
前記アレイが、表３に記載されたＩＩ型糖尿病関連のタンパク質配列のうちの全２２個に対して特異的な抗体からなる請求項９に記載のアレイ。
【請求項１２】
請求項９〜１１のいずれかのアレイ；および別々のパッケージの緩衝液を含む、ＩＩ型糖尿病を診断するためのキット。
【国際調査報告】
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