(57)【要約】本発明は、甲状腺癌の感受性変異体であると判定された遺伝的変異を開示する。甲状腺癌に対する増加した感受性を判定することを含む疾病管理の方法、治療に対する反応の予測方法、およびこのような変異体を使用した甲状腺癌の予後診断の予測方法が記載されている。本発明はさらに、本発明の方法において有用なキットに関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定するための方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が前記個体から入手した核酸試料の中、または前記個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも１つの多型マーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、前記個体についての甲状腺癌に対する感受性を示す、方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３、ｒｓ１０７５９９４４、ｒｓ９０７５８０、ｒｓ１０９８４１０３、ｒｓ９２５４８７、ｒｓ７０２４３４５およびｒｓ１４４３４３４からなる群から選択される、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記個体における少なくとも１つのハプロタイプの頻度を評価することをさらに含む、請求項１から請求項３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプの存在により与えられる感受性は増加した感受性である、請求項１から請求項４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
マーカーｒｓ９６５５１３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９０７５８０における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０７５９９３３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０９８４１０３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９２５４８７における対立遺伝子Ｇ、マーカーｒｓ７０２４３４５における対立遺伝子Ａ、およびマーカーｒｓ１４４３４３４における対立遺伝子Ｇの存在は、前記個体における甲状腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプの存在は、少なくとも１．６の相対リスク（ＲＲ）またはオッズ比（ＯＲ）の甲状腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプの存在は、少なくとも１．７の相対リスク（ＲＲ）またはオッズ比（ＯＲ）の増加した感受性を示す、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプの存在により与えられる感受性は減少した感受性である、請求項１から請求項４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
表２に記載されるマーカーのいずれの１つとも連鎖不平衡ではない甲状腺癌についての少なくとも１つのリスクのある変異体の少なくとも１つのリスクのある対立遺伝子がヒト個体に由来するゲノムＤＮＡを含む試料またはヒト個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することをさらに含む、請求項１から請求項９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも２つの多型マーカーの各々の中の少なくとも１つの対立遺伝子がヒト個体に由来するゲノムＤＮＡを含む試料またはヒト個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも２つの多型マーカーの前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、甲状腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項１から請求項９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定する方法であって、前記方法は、
ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を同定するヒト個体についての核酸配列データを入手することであって、前記少なくとも１つの多型マーカーの異なる対立遺伝子は、ヒトにおける甲状腺癌に対する異なる感受性に関連すること、および
前記核酸配列データから甲状腺癌に対する感受性を判定すること
を含む方法。
【請求項１３】
ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも２つの多型マーカーについての核酸配列データを入手することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
感受性の判定は、前記核酸配列データを、前記少なくとも１つの多型マーカーと甲状腺癌に対する感受性との間の相関データを含むデータベースと比較することを含む、請求項１２または請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記データベースは、前記少なくとも１つの多型マーカーについての甲状腺癌に対する感受性の少なくとも１つのリスク判定基準を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記データベースは、前記少なくとも１つの多型マーカーについての少なくとも１つの状態の少なくとも１つのリスク判定基準を含む検査表を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
核酸配列データを入手することは、前記ヒト個体から生物学的試料を入手すること、および前記試料において核酸中の前記少なくとも１つの多型マーカーの配列を分析することを含む、請求項１２から請求項１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記少なくとも１つの多型マーカーの配列を分析することは、前記少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を判定することを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記核酸配列データを入手することは、既存の記録から核酸配列情報を入手することを含む、請求項１２から請求項１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記個体、前記個体の保護者、遺伝医療提供者、医師、医療機関、および医療保険会社からなる群から選択される少なくとも１つの実体に前記感受性を報告することをさらに含む、請求項１から請求項１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に列挙されるマーカーからなる群から選択される、請求項１２から請求項１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３、ｒｓ１０７５９９４４、ｒｓ９０７５８０、ｒｓ１０９８４１０３、ｒｓ９２５４８７、ｒｓ７０２４３４５およびｒｓ１４４３４３４からなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１つの多型マーカーは、ＦｏｘＥ１遺伝子と関連する、請求項１から請求項２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
甲状腺癌に対する感受性を評価する際に使用するためのマーカーの同定方法であって、前記方法は、
（ａ）ｒｓ９６５５１３、ｒｓ１０７５９９４４、ｒｓ９０７５８０、ｒｓ１０９８４１０３、ｒｓ９２５４８７、ｒｓ７０２４３４５およびｒｓ１４４３４３４からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーと連鎖不平衡の少なくとも１つの多型マーカーを同定すること、
（ｂ）甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体の試料の遺伝子型状態を判定すること、ならびに
（ｃ）対照個体の試料の遺伝子型状態を判定すること
を含み、対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の有意差は、前記少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する感受性を評価するのに有用であることを示す、方法。
【請求項２５】
前記対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の増加は、前記少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する増加した感受性を評価するのに有用であることを示す、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の減少は、前記少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する減少した感受性、または甲状腺癌に対する保護の評価に有用であることを示す、請求項２４または請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ヒト個体から入手した核酸試料の遺伝子型の同定方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が前記個体試料から得た核酸試料中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも１つのマーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、前記試料中の前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在の判定は、前記個体における甲状腺癌に対する感受性を示す、方法。
【請求項２８】
マーカーｒｓ９６５５１３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９０７５８０における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０７５９９３３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０９８４１０３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９２５４８７における対立遺伝子Ｇ、マーカーｒｓ７０２４３４５における対立遺伝子Ａ、およびマーカーｒｓ１４４３４３４における対立遺伝子Ｇの存在の判定は、前記個体における甲状腺癌の増加した感受性を示す、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
遺伝子型の同定は、前記少なくとも１つの多型マーカーに隣接するヌクレオチドプライマー対を使用した、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による、少なくとも１つの多型マーカーを含む核酸分節の増幅を含む、請求項２７または請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
遺伝子型の同定は、対立遺伝子特異的なプローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的なプライマー伸張、対立遺伝子特異的な増幅、核酸配列決定、５’−エキソヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、一本鎖ＤＮＡ高次構造解析およびマイクロアレイ技術から選択される工程を使用して行われる、請求項２７から請求項２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記工程は対立遺伝子特異的なプローブハイブリダイゼーションを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記工程はマイクロアレイ技術である、請求項３０または請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
（１）前記核酸とのオリゴヌクレオチドプローブの特異的なハイブリダイゼーションのための条件下で、前記核酸のコピーを、検出オリゴヌクレオチドプローブおよびエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブに接触させることであって、
（ａ）前記検出オリゴヌクレオチドプローブは、長さが５〜１００ヌクレオチドであり、ヌクレオチド配列が配列番号：１〜２２９のいずれか１つによって与えられる第１の核酸分節に特異的にハイブリダイズし、
（ｂ）前記検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能な標識を、およびその５’末端に消光部分を含み、
（ｃ）前記エンハンサーオリゴヌクレオチドは、長さが５〜１００ヌクレオチドであり、前記オリゴヌクレオチドプローブに対して５’の前記ヌクレオチド配列の第２の分節に相補的であり、そのため、前記エンハンサーオリゴヌクレオチドは、両方のオリゴヌクレオチドが前記核酸にハイブリダイズされると、前記検出オリゴヌクレオチドプローブに対して３’に位置し、かつ、
（ｄ）１つの塩基間隙が、前記第１の分節および前記第２の分節の間に存在し、そのため、前記オリゴヌクレオチドプローブおよび前記エンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが前記核酸に両方ハイブリダイズされると、１つの塩基間隙が前記オリゴヌクレオチド間に存在することと、
（２）前記検出プローブが前記核酸にハイブリダイズされると前記検出プローブの３’末端から前記検出可能な標識を切断しフリーな検出可能な標識を放出するエンドヌクレアーゼで前記核酸を処理することと、
（３）フリーな検出可能な標識を測定することであって、前記フリーな検出可能な標識の存在は、前記検出プローブが、前記核酸の前記第１の分節に特異的にハイブリダイズすることを示し、かつ、前記多形性部位の配列が前記検出プローブの補完物であることを示すことと、
を含む、請求項２７から請求項３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
甲状腺癌治療薬に対する反応可能性について個体を評価する方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が前記個体から入手した核酸試料の中、または前記個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも１つの多型マーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、前記少なくとも１つのマーカーの前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、前記治療薬に対する陽性反応の可能性を示す、方法。
【請求項３５】
甲状腺癌と診断された個体の予後診断を予測する方法であって、前記方法は、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が前記個体から入手した核酸試料の中、または前記個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも１つの多型マーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、前記個体の甲状腺癌の悪化した予後診断を示す、方法。
【請求項３６】
甲状腺癌の治療を受けている個体の治療の進行をモニターする方法であって、前記方法は、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が前記個体から入手した核酸試料の中、または前記個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも１つの多型マーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、前記個体の治療成績を示す、方法。
【請求項３７】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーから選択される、請求項３４から請求項３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
非遺伝的情報を分析して前記個体のリスクアセスメント、診断、または予後診断を行うことをさらに含む、請求項１から請求項３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記非遺伝的情報は、年齢、性別、民族性、社会経済的状況、以前の疾病診断、被験者の病歴、甲状腺癌の家族歴、生化学的測定結果、および臨床的測定結果から選択される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
合わせたリスクを算出することをさらに含む、請求項３８または請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性の診断および／または評価のための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用であって、前記プローブは、配列番号：１〜２２９のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を有する核酸分節とハイブリダイズし、前記プローブは長さが１５〜５００ヌクレオチドである、使用。
【請求項４２】
ヒト個体において甲状腺癌に対する感受性を評価するためのキットであって、前記キットは、前記個体のゲノム中の少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を選択的に検出するための試薬を含み、前記多型マーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、甲状腺癌に対する感受性を示す、キット。
【請求項４３】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーから選択される、請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】
前記試薬は、前記少なくとも１つの多型マーカーを含む前記個体のゲノムの断片とハイブリダイズする少なくとも１つの近接するオリゴヌクレオチド、バッファーおよび検出可能な標識を含む、請求項４２または請求項４３に記載のキット。
【請求項４５】
前記試薬は、被験者から入手したゲノム核酸分節の逆ストランドとハイブリダイズする少なくとも１対のオリゴヌクレオチドを含み、各オリゴヌクレオチドプライマー対は、１つの多型マーカーを含む前記個体のゲノム断片を選択的に増幅するように設計され、前記断片は、大きさが少なくとも３０塩基対である、請求項４２から請求項４４のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４６】
前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドは、前記個体の前記ゲノムに対して完全に相補的である、請求項４４または請求項４５に記載のキット。
【請求項４７】
前記キットは、
（ａ）長さが５〜１００ヌクレオチドの検出オリゴヌクレオチドプローブ、
（ｂ）長さが５〜１００ヌクレオチドのエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブ、および
（ｃ）エンドヌクレアーゼ酵素
を含み、前記検出オリゴヌクレオチドプローブは、ヌクレオチド配列が配列番号：１〜２２９のいずれか１つに記載される核酸の第１の分節に特異的にハイブリダイズし、
前記検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能な標識を、およびその５’末端に消光部分を含み、
前記エンハンサーオリゴヌクレオチドは、長さが５〜１００ヌクレオチドであり、前記オリゴヌクレオチドプローブに対して５’の前記ヌクレオチド配列の第２の分節に相補的であり、そのため、前記エンハンサーオリゴヌクレオチドは、両方のオリゴヌクレオチドが前記核酸にハイブリダイズされると、前記検出オリゴヌクレオチドプローブに対して３’に位置し、
１つの塩基間隙が前記第１の分節と前記第２の分節との間に存在し、そのため、前記オリゴヌクレオチドプローブおよび前記エンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが両方とも前記核酸にハイブリダイズされると、１つの塩基間隙が前記オリゴヌクレオチド間に存在し、
前記検出プローブが前記核酸にハイブリダイズされる場合、前記核酸を前記エンドヌクレアーゼで処理すると、前記検出可能な標識を前記検出プローブの３’末端から切断して、フリーな検出可能な標識を放出する、請求項４２から請求項４６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４８】
ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定するためのコンピューターが実行可能な命令を有するコンピューター可読媒体であって、前記コンピューター可読媒体は、
少なくとも１つの多型マーカーを示すデータ；
前記コンピューター可読媒体に保存され、かつ前記少なくとも１つの多型マーカーについて、個体において甲状腺癌の発生のリスクを判定するためにプロセッサによって実行されるように適合されたルーチン；
を含み、前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される、コンピューター可読媒体。
【請求項４９】
前記コンピューター可読媒体は、少なくとも２つの多型マーカーを示すデータを含む、請求項４８に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５０】
少なくとも１つの多型マーカーを示すデータは前記少なくとも１つの多型マーカーについての甲状腺癌に対する感受性を示すパラメータを含み、個体における甲状腺癌の発生のリスクは、前記個体における前記少なくとも１つの多型マーカーの対立遺伝子の状態に基づく、請求項４８または請求項４９に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５１】
前記少なくとも１つの多型マーカーを示すデータは、前記個体における前記少なくとも１つの多型マーカーの対立遺伝子の状態を示すデータを含む、請求項４８から請求項５０のいずれか１項に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５２】
前記ルーチンは、前記個体における前記少なくとも１つの多型マーカーの対立遺伝子の状態を示す入力データを受けるように適合されている、請求項４８から請求項５０のいずれか１項に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５３】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーから選択される、請求項４８から請求項５２のいずれか１項に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５４】
前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３、ｒｓ１０７５９９４４、ｒｓ９０７５８０、ｒｓ１０９８４１０３、ｒｓ９２５４８７、ｒｓ７０２４３４５およびｒｓ１４４３４３４からなる群から選択される、請求項４８から請求項５３のいずれか１項に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５５】
２以上の多型マーカーを含む少なくとも１つのハプロタイプを示すデータを含む、請求項４８から請求項５４のいずれか１項に記載のコンピューター可読媒体。
【請求項５６】
ヒト個体において甲状腺癌についての遺伝的指標を判定するための装置であって、
プロセッサ、
コンピューター可読メモリであって、ｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの多型マーカーに関して少なくとも１人のヒト個体についてのマーカーおよび／またはハプロタイプ情報を分析し、前記マーカーまたはハプロタイプの情報に基づいて結果を生じるために前記プロセッサ上で実行されるように適合されたコンピューターが実行可能な命令を有し、前記結果は、前記ヒト個体についての甲状腺癌の遺伝的指標として、前記少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプのリスク判定基準を含む、コンピューター可読メモリ
を含む、装置。
【請求項５７】
前記コンピューター可読メモリは、甲状腺癌と診断された複数の個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータ、および複数の参照個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータをさらに含み、リスク判定基準は、前記ヒト個体についての前記少なくとも１つのマーカーおよび／またはハプロタイプの状態と、前記甲状腺癌と診断された複数の個体についての前記少なくとも１つのマーカーおよび／またはハプロタイプの情報の頻度を示すデータとの比較に基づく、請求項５６に記載の装置。
【請求項５８】
前記コンピューター可読メモリは、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプに関連する甲状腺癌の発生のリスクを示すデータをさらに含み、前記ヒト個体についてのリスク判定基準は、前記ヒト個体についての前記少なくとも１つのマーカーおよび／またはハプロタイプの状態と、前記少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または前記少なくとも１つのハプロタイプに関連する甲状腺癌のリスクとの比較に基づく、請求項５６に記載の装置。
【請求項５９】
前記コンピューター可読メモリは、甲状腺癌と診断された複数の個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータ、および複数の参照個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータをさらに含み、甲状腺癌の発生のリスクは、甲状腺癌と診断された個体および参照個体における前記少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプの頻度の比較に基づく、請求項５６に記載の装置。
【請求項６０】
前記少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプは表２に記載されるマーカーの群から選択される少なくとも１つのマーカーを含む、請求項５６から請求項５９のいずれか１項に記載の装置。
【請求項６１】
前記リスク判定基準は、オッズ比（ＯＲ）または相対リスク（ＲＲ）によって特徴付けられる、請求項５６から請求項６０のいずれか１項に記載の装置。
【請求項６２】
マーカー間の連鎖不平衡は、前記連鎖不平衡の基準ｒ２および／または｜Ｄ’｜の特定の数値によって特徴付けられる、請求項１から請求項６１のいずれか１項に記載の方法、キット、使用、媒体または装置。
【請求項６３】
マーカー間の連鎖不平衡は少なくとも０．１のｒ２の値によって特徴付けられる、請求項１から請求項６２のいずれか１項に記載の方法、キット、使用、媒体または装置。
【請求項６４】
マーカー間の連鎖不平衡は少なくとも０．２のｒ２の値によって特徴付けられる、請求項１から請求項６３のいずれか１項に記載の方法、キット、使用、媒体または装置。
【請求項６５】
前記ヒト個体は、ヨーロッパ人の系統を含む系統の個体である、請求項１から請求項６４のいずれか１項に記載の方法、キット、使用、媒体または装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、甲状腺癌の感受性変異体であると判定された遺伝的変異を開示する。甲状腺癌に対する増加した感受性を判定することを含む疾病管理の方法、治療に対する反応の予測方法、およびこのような変異体を使用した甲状腺癌の予後診断の予測方法が記載されている。本発明はさらに、本発明の方法において有用なキットに関する。
【０００２】
（緒言）
（甲状腺癌）
甲状腺癌（ｔｈｙｒｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）は、最も一般的な古典的内分泌悪性腫瘍であり、その発生率は、過去数十年にわたり、米国および他の先進国において急速に上昇してきた。甲状腺癌（ｔｈｙｒｏｉｄ  ｃａｎｃｅｒｓ）は、組織学的には以下の４つの群に分類される：甲状腺乳頭癌、甲状腺濾胞癌（ｆｏｌｌｉｃｕｌａｒ  ｔｈｙｒｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、甲状腺髄様癌、および未分化型甲状腺癌（ｕｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ  ｔｈｙｒｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）または甲状腺未分化癌（ａｎａｐｌａｓｔｉｃ  ｔｈｙｒｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）（非特許文献１）。甲状腺乳頭癌および甲状腺濾胞癌（Ｈｕｅｒｔｈｌｅ細胞変異体を含める）はまとめて分化型甲状腺癌として知られ、それらは発症例の約９５％を占める（非特許文献１）。２００８年では、３７，０００を超える新しい症例が米国において診断され、その約７５％は女性であろう（男性：女性の比は１：３．２である）と予想されている（非特許文献２）。初期段階で診断されれば、甲状腺癌は十分に管理しやすい疾病であり５年生存率は全患者のうちの９７％であるが、米国において２００８年には１，６００に近い個体がこの疾病で死亡するであろうと予想される（非特許文献２）。より進行した疾病と診断される個体の中では生存率より低く（約４０％）、すなわち大きい浸潤性腫瘍および／または遠隔転移を有する個体の５年生存率は約４０％である（非特許文献３、非特許文献４）。放射性ヨウ素耐性の転移性の疾病については、有効な治療はなく、これらの患者の１０年生存率は１５％未満である（非特許文献５）。従って、新しい診断ツールおよびより良い治療の選択肢を開発するために、甲状腺癌進行の分子的な原因をよりよく理解することが必要である。
【０００３】
比較的稀ではあるが（米国における全悪性腫瘍の１％）、甲状腺癌の発生率は、米国において１９８４〜２００４の間に２倍よりも大きくなった。そのほとんどが甲状腺乳頭癌の診断の増加に起因している（非特許文献６、ｈｔｔｐ：／／ｓｅｅｒ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／ｃｓｒ／１９７５＿２００４／、２００６年１１月のＳＥＥＲのデータ提出に基づく）。１９９５〜２００４の間には、甲状腺癌は、腹膜、網、および腸間膜の癌ならびに「他の」消化器系の癌に遅れるだけの、３番目に目立って増えた癌診断であった［ＳＥＥＲ  ウェブレポート］。同様に、甲状腺癌発生率の劇的な増加は、カナダ、オーストラリア、イスラエル、およびいくつかの欧州の国々でも観察された（非特許文献７、非特許文献８、非特許文献９、非特許文献１０、非特許文献１１、非特許文献１２、非特許文献１３）。この蔓延の根底にある要因は、十分には理解されていない。既知の危険因子の増加は見かけ上存在しないため、科学者たちは、診断上の実務の変更が関与しているかもしれないと広く推測した（非特許文献１４、非特許文献１５）。
【０００４】
甲状腺癌についての主要な既知の危険因子は放射線被曝である。被曝の潜在的な源としては、診断医学および治療医学で使用される放射線、ならびに核爆発から生じた放射性降下物が挙げられる。しかし、いずれの源も、米国においては過去２０年にわたって増加していないように見える。良性の子供の病状に対する頭頸部への放射線治療は、かつては米国においては一般的であったが、１９５０年代初頭以降衰退した（非特許文献１６）。同様に、米国における核兵器の大気中での試験は、部分的核実験禁止条約の調印とともに、１９６３年に終了した。甲状腺癌罹患率に対するこのような核実験の効果は、すべてが明らかというわけではないが、限定的であると考えられる（非特許文献１７、非特許文献１８、非特許文献１９）。
【０００５】
甲状腺癌発生率の上昇は、甲状腺癌の真の発生の増加ではなく、無症候性癌の検出の増加に起因する可能性がある（非特許文献１４）。米国内での甲状腺癌発生率は数十年間増加し続けているが、死亡率は比較的一定で留まっている（非特許文献１４）。１９８０年代の超音波検査および穿刺吸引細胞診の導入により、小結節の検出が改善され、小結節の細胞学的評価がよりルーチン化された（非特許文献２０、非特許文献２１）。この高められた診断上の精査（ｓｃｒｕｔｉｎｙ）によって、潜在的には致死的な甲状腺癌の早期の検出が可能になる可能性がある。しかし、いくつかの研究は、甲状腺癌を、甲状腺癌と診断されていない人における一般的な剖検所見（最高３５％）として報告する（非特許文献２２、非特許文献２３、非特許文献２４および非特許文献２５）。これは、多くの人は、その健康にとってほとんど脅威とならないかまたはまったく脅威とならない無症候性形態の甲状腺癌とともに生活しているということを示唆する。
【０００６】
ＰＴＣ惹起に関与すると考えられている体細胞の遺伝的欠陥は大部分の症例で同定された。これらには、ＲＥＴのチロシンキナーゼドメインにかかわりかつＢＲＡＦおよびＲＡＳの変異を活性化する、遺伝子再構成が含まれる（非特許文献４、非特許文献２６、非特許文献２７）。いくつかの相関研究は特定の遺伝的変異と高悪性度の癌の挙動との間の関連を支持するが（非特許文献２８、非特許文献２９、非特許文献３０、非特許文献３１）、高悪性度のＰＴＣでほぼ排他的に見出されるいくつかの事象があり、例としては、Ｐ５３の変異（非特許文献３２、非特許文献３３）、調節不全のβ−カテニン情報伝達（非特許文献３４）、サイクリン  Ｄ１の上方制御（非特許文献３５）、ならびに転移促進性遺伝子、血管新生遺伝子、および／または細胞接着関連遺伝子の過剰発現（非特許文献３６、非特許文献３７、非特許文献３８、非特許文献３９、非特許文献４０、非特許文献４１ならびに非特許文献４２）が挙げられる。原発性ＰＴＣの浸潤領域は、高められたＡｋｔ活性および細胞質のｐ２７局在によって特徴付けられることがしばしばあるということも実証された（非特許文献４３、非特許文献４４）。インビトロでのＰＴＣ細胞浸潤におけるＰＩ３キナーゼ、Ａｋｔ、およびｐ２７の機能的役割もまた、実証された（非特許文献３８、非特許文献４５、非特許文献４６）。しかし、Ａｋｔ活性の上昇と浸潤との間の相関は、活性化ＢＲＡＦ変異を有するＰＴＣについては見出されなかった。最も重要なことは、これらの集中的な研究は、どの生物学的機能および情報伝達経路が浸潤性ＰＴＣ細胞において変化しているかという、より全体的な疑問には取り組んでいないということである。
【０００７】
（甲状腺髄様癌）
すべての甲状腺癌の症例のうち、２％〜３％は髄様性のものである（甲状腺髄様癌ＭＴＣ）（非特許文献４７）。ＭＴＣについての平均生存率は、より一般的な甲状腺癌についての平均生存率よりも低く、例えば甲状腺乳頭癌および甲状腺濾胞癌についての９０％〜９４％という５年生存率と比べて、ＭＴＣについては８３％の５年生存率である（非特許文献４７、非特許文献４８）。生存率は診断時の段階と相関し、ＭＴＣにおける生存率の減少は、高い割合の後期の診断によって一部は説明できる（非特許文献４７、非特許文献４８、非特許文献４９）。１，２５２の甲状腺髄様癌患者の監視疫学遠隔成績（Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ，Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ，ａｎｄ  Ｅｎｄ  Ｒｅｓｕｌｔｓ、ＳＥＥＲ）集団に基づく研究から、生存率は局所性の疾病の程度によって変わるということが見出された。例えば、１０年生存率は、甲状腺に限定された疾病についての９５．６％から、遠隔転移を有する疾病についての４０％までの範囲であった（非特許文献５０）。
【０００８】
ＭＴＣは、甲状腺の傍濾胞のカルシトニン分泌細胞から生じる。ＭＴＣは散発型および家族型で起こり、Ｃ細胞過形成（ＣＣＨ）が先に起こる可能性があるが、ＣＣＨは中高年の成人では比較的一般的な異常性である。スウェーデンにおける集団に基づく研究では、ＭＴＣの患者のうちの２６％は家族型を有していた（非特許文献５１）。フランスの国家登録簿および米国の臨床シリーズ（ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｓｅｒｉｅｓ）はともに、より高い割合の家族性の症例（それぞれ４３％および４４％）を報告した（非特許文献４９、非特許文献５１）。家族性の症例は、多発性内分泌腫瘍症２型、すなわちＲＥＴ癌原遺伝子における遺伝性突然変異によって引き起こされる一群の常染色体優性遺伝病の存在を示すことが多い（ＯＭＩＭ、ｏｎｌｉｎｅ  ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  ｍｅｎ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｉｔｅｓ／ｅｎｔｒｅｚ？ｄｂ＝ｏｍｉｍ））。
【０００９】
（甲状腺未分化癌）
未分化腫瘍は、すべての甲状腺癌の中で最も一般的でなく（約０．５〜１．５％）、最も致死的である。この癌は非常に低い治癒率を有し、まさに最良の治療をもってしても、診断されて以後３年生存することができる患者は１０％しかいない。甲状腺未分化癌に罹ったほとんどの患者は、診断された日から１年も生きない。甲状腺未分化癌は、より分化した甲状腺癌の中で、または甲状腺腫の中でさえも生じることが多い。乳頭癌と同様に、甲状腺未分化癌は、放射線被曝から長い年数（２０年超）後に生じる可能性がある。頸部転移（頸部のリンパ節への癌の広がり）が、診断時に、ほぼ大部分（９０％を超える）の症例に存在する。これらの頸部領域でのリンパ節転移の存在がより高い再発率の原因であり、高死亡率を予測する（Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ  ｗｅｂ、（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｄｏｃｒｉｎｅｗｅｂ．ｃｏｍ／ｃａａｎａ．ｈｔｍｌ））。
【００１０】
遺伝的危険率は、集団内の個体の間の遺伝子におけるわずかな相違によって与えられる。個体間の遺伝子の違いは、コピー数変異（ＣＮＶ）などの他の変異もまた重要であるが、最も頻繁には、一塩基多型（ＳＮＰ）が原因である。ＳＮＰは、ヒトゲノムにおいて、平均１０００塩基対ごとに位置する。従って、２５０，０００塩基対を含む典型的なヒト遺伝子は、２５０の異なるＳＮＰを含むかもしれない。少数のＳＮＰのみが、エクソンに位置し、当該遺伝子にコードされたタンパク質のアミノ酸配列を変化させる。他のＳＮＰが、その遺伝子によってコードされたｍＲＮＡの転写、スプライシング、翻訳または安定性を変化させるかもしれない一方で、多くのＳＮＰは、遺伝子機能に対してほとんど影響がないか、あるいはまったく影響がないかもしれない。ヒトゲノムにおける、さらなる遺伝的多型性は、短いＤＮＡの伸長または長いＤＮＡの伸長のいずれかの挿入、欠損、転座または逆位によってもたらされる。従って、疾病リスクを与える遺伝的多型性は、タンパク質のアミノ酸配列を直接に変化させるかも知れず、その遺伝子によって生じるタンパク質の量を増加させるかも知れず、または、その遺伝子によって生じるタンパク質の量を減少させるかもしれない。
【００１１】
一般的な疾病のリスクを与える遺伝的多型性は明らかにされるにつれて、このような危険因子の遺伝的試験は、臨床医学にとって重要となってきている。例としては、アルツハイマー病の鑑別診断のために認知症患者におけるａｐｏＥ４多型性の遺伝的保有者を同定するアポリポタンパク質Ｅ試験、および深部静脈血栓症に対する素因を試験する第５因子ライデンの遺伝的保有者を同定するアポリポタンパク質Ｅ試験がある。さらに重要なことには、癌治療においては、腫瘍細胞における遺伝的変異の診断は、個々の患者のための最も適切な治療計画の選択に使用される。乳癌では、エストロゲン受容体の発現または２型ヘレグリン（Ｈｅｒ２）受容体チロシンキナーゼ発現における遺伝的変異が、抗エストロゲン性薬剤（タモキシフェン）または抗Ｈｅｒ２抗体（ハーセプチン）が治療計画に組み込まれるかどうかを決定する。フィラデルフィア染色体の慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）診断では、Ｂｃｒ受容体およびＡｂｌ受容体チロシンキナーゼをコードする遺伝子と融合した遺伝的な転座は、Ｂｃｒ−Ａｂｌキナーゼの特異的な阻害剤である、グリベック（ＳＴＩ５７１）が、当該癌の治療に使用されるべきであることを示す。このような遺伝的変化のあるＣＭＬ患者においては、Ｂｃｒ−Ａｂｌキナーゼの阻害は、腫瘍細胞の迅速な除去および白血病からの寛解を引き起こす。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１２】
【非特許文献１】ＤｅＬｅｌｌｉｓ，Ｒ．Ａ．、Ｊ  Ｓｕｒｇ  Ｏｎｃｏｌ、２００６年、第９４巻、６６２頁
【非特許文献２】Ｊｅｍａｌ，Ａ．ら、Ｃａｎｃｅｒ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２００８．  ＣＡ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｊ  Ｃｌｉｎ、２００８年、第５８巻、７１−９６頁
【非特許文献３】Ｓｈｅｒｍａｎ，Ｓ．Ｉ．ら、３ｒｄ，Ｃａｎｃｅｒ、１９９８年、第８３巻、１０１２頁
【非特許文献４】Ｋｏｎｄｏ，Ｔ．、Ｅｚｚａｔ，Ｓ．、およびＡｓａ，Ｓ．Ｌ．、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ、２００６年、第６巻、２９２頁
【非特許文献５】Ｄｕｒａｎｔｅ，Ｃ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、２００６年、第９１巻、２８９２頁
【非特許文献６】ＳＥＥＲウェブレポート；Ｒｉｅｓ  Ｌ，Ｍｅｌｂｅｒｔ  Ｄ，Ｋｒａｐｃｈｏ  Ｍら、（２００７）  ＳＥＥＲ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｒｅｖｉｅｗ，１９７５−２００４．  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ
【非特許文献７】Ｌｉｕ，Ｓ．ら、Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ、２００１年、第８５巻、１３３５頁
【非特許文献８】Ｂｕｒｇｅｓｓ，Ｊ．Ｒ．、Ｔｈｙｒｏｉｄ、２００２年、第１２巻、１４１頁
【非特許文献９】Ｌｕｂｉｎａ，Ａ．ら、Ｔｈｙｒｏｉｄ、２００６年、第１６巻、１０３３頁
【非特許文献１０】Ｃｏｌｏｎｎａ，Ｍ．ら、Ｅｕｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ、２００２年、第３８巻、１７６２頁
【非特許文献１１】Ｌｅｅｎｈａｒｄｔ，Ｌ．ら、Ｔｈｙｒｏｉｄ、２００４年、第１４巻、１０５６頁
【非特許文献１２】Ｒｅｙｎｏｌｄｓ，Ｒ．Ｍ．ら、Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ（Ｏｘｆ）、２００５年、第６２巻、１５６頁
【非特許文献１３】Ｓｍａｉｌｙｔｅ，Ｇ．ら、ＢＭＣ  Ｃａｎｃｅｒ、２００６年、第６巻、２８４頁
【非特許文献１４】Ｄａｖｉｅｓ，Ｌ．およびＷｅｌｃｈ，Ｈ．Ｇ．、Ｊａｍａ、２００６年、第２９５巻、２１６４頁
【非特許文献１５】Ｖｅｒｋｏｏｉｊｅｎ，Ｈ．Ｍ．ら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃａｕｓｅｓ  Ｃｏｎｔｒｏｌ、２００３年、第１４巻、１３頁
【非特許文献１６】Ｚｈｅｎｇ，Ｔ．ら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ、１９９６年、第６７巻、５０４頁
【非特許文献１７】Ｇｉｌｂｅｒｔ，Ｅ．Ｓ．ら、Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ、１９９８年、第９０巻、１６５４頁
【非特許文献１８】Ｈｕｎｄａｈｌ，Ｓ．Ａ．、ＣＡ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｊ  Ｃｌｉｎ、１９９８年、第４８巻、２８５頁
【非特許文献１９】Ｒｏｂｂｉｎｓ，Ｊ．およびＳｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ａ．Ｂ．、Ｒｅｖ  Ｅｎｄｏｃｒ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｏｒｄ、２０００年、第１巻、１９７頁
【非特許文献２０】Ｒｏｊｅｓｋｉ，Ｍ．Ｔ．およびＧｈａｒｉｂ，Ｈ．、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ、１９８５年、第３１３巻、４２８頁
【非特許文献２１】Ｒｏｓｓ，Ｄ．Ｓ．、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、２００６年、第９１巻、４２５３頁
【非特許文献２２】Ｂｏｎｄｅｓｏｎ，Ｌ．およびＬｊｕｎｇｂｅｒｇ，Ｏ．、Ｃａｎｃｅｒ、１９８１年、第４７巻、３１９頁
【非特許文献２３】Ｈａｒａｃｈ，Ｈ．Ｒ．ら、Ｃａｎｃｅｒ、１９８５年、第５６巻、５３１頁
【非特許文献２４】Ｓｏｌａｒｅｓ，Ｃ．Ａ．ら、Ａｍ  Ｊ  Ｏｔｏｌａｒｙｎｇｏｌ、２００５年、第２６巻、８７頁
【非特許文献２５】Ｓｏｂｒｉｎｈｏ−Ｓｉｍｏｅｓ，Ｍ．Ａ．、Ｓａｍｂａｄｅ，Ｍ．Ｃ．、およびＧｏｎｃａｌｖｅｓ，Ｖ．、Ｃａｎｃｅｒ、１９７９年、第４３巻、１７０２頁
【非特許文献２６】Ｔａｌｌｉｎｉ，Ｇ．、Ｅｎｄｏｃｒ  Ｐａｔｈｏｌ、２００２年、第１３巻、２７１頁
【非特許文献２７】Ｆａｇｉｎ，Ｊ．Ａ．、Ｍｏｌ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ、２００２年、第１６巻、９０３頁
【非特許文献２８】Ｎｉｋｉｆｏｒｏｖａ，Ｍ．Ｎ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、２００３年、第８８巻、５３９９頁
【非特許文献２９】Ｔｒｏｖｉｓｃｏ，Ｖ．ら、Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ、２００４年、第２０２巻、２４７頁
【非特許文献３０】Ｇａｒｃｉａ−Ｒｏｓｔａｎ，Ｇ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ、２００３年、第２１巻、３２２６頁
【非特許文献３１】Ｎｉｋｉｆｏｒｏｖ，Ｙ．Ｅ．、Ｅｎｄｏｃｒ  Ｐａｔｈｏｌ、２００２年、第１３巻、３頁
【非特許文献３２】Ｆａｇｉｎ，Ｊ．Ａ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ、１９９３年、第９１巻、１７９頁
【非特許文献３３】Ｌａ  Ｐｅｒｌｅ，Ｋ．Ｍ．ら、Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ、２０００年、第１５７巻、６７１頁
【非特許文献３４】Ｋａｒｉｍ，Ｒ．ら、Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ、２００４年、第３６巻、１２０頁
【非特許文献３５】Ｋｈｏｏ，Ｍ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、２００２年、第８７巻、１８１０頁
【非特許文献３６】Ｋｌｅｉｎ，Ｍ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、２００１年、第８６巻、６５６頁
【非特許文献３７】Ｙｕ，Ｘ．Ｍ．ら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、２００５年、第１１巻、８０６３頁
【非特許文献３８】Ｇｕａｒｉｎｏ，Ｖ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、２００５年、第９０巻、５２７０頁
【非特許文献３９】Ｂｒａｂａｎｔ，Ｇ．ら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、１９９３年、第５３巻、４９８７頁
【非特許文献４０】Ｓｃｈｅｕｍｍａｎ，Ｇ．Ｆ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、１９９５年、第８０巻、２１６８頁
【非特許文献４１】Ｍａｅｔａ，Ｈ．、Ｏｈｇｉ，Ｓ．、およびＴｅｒａｄａ，Ｔ．、Ｖｉｒｃｈｏｗｓ  Ａｒｃｈ、２００１年、第４３８巻、１２１頁
【非特許文献４２】Ｓｈｉｏｍｉ，Ｔ．およびＯｋａｄａ，Ｙ．、Ｃａｎｃｅｒ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  Ｒｅｖ、２００３年、第２２巻、１４５頁
【非特許文献４３】Ｒｉｎｇｅｌ，Ｍ．Ｄ．ら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、２００１年、第６１巻、６１０５頁
【非特許文献４４】Ｖａｓｋｏ，Ｖ．ら、Ｊ  Ｍｅｄ  Ｇｅｎｅｔ、２００４年、第４１巻、１６１頁
【非特許文献４５】Ｖｉｔａｇｌｉａｎｏ，Ｄ．ら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、２００４年、第６４巻、３８２３頁
【非特許文献４６】Ｍｏｔｔｉ，Ｍ．Ｌ．ら、Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ、２００５年、第１６６巻、７３７頁
【非特許文献４７】Ｈｕｎｄａｈｌ，Ｓ．Ａ．ら、Ｃａｎｃｅｒ、１９９８年、第８３巻、２６３８頁
【非特許文献４８】Ｂｈａｔｔａｃｈａｒｙｙａ，Ｎ．、Ｏｔｏｌａｒｙｎｇｏｌ  Ｈｅａｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｕｒｇ、２００３年、第１２８巻、１１５頁
【非特許文献４９】Ｍｏｄｉｇｌｉａｎｉ，Ｅ．ら、Ｊ  Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ、１９９５年、第２３８巻、３６３頁
【非特許文献５０】Ｒｏｍａｎ，Ｓ．、Ｌｉｎ，Ｒ．、およびＳｏｓａ，Ｊ．Ａ．、Ｃａｎｃｅｒ、２００６年、第１０７巻、２１３４頁
【非特許文献５１】Ｂｅｒｇｈｏｌｍ，Ｕ．、Ｂｅｒｇｓｔｒｏｍ，Ｒ．、およびＥｋｂｏｍ，Ａ．、Ｃａｎｃｅｒ、１９９７年、第７９巻、１３２頁
【非特許文献５２】Ｋｅｂｅｂｅｗ，Ｅ．ら、Ｃａｎｃｅｒ、２０００年、第８８巻、１１３９頁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
甲状腺癌の感受性を与える遺伝的変異について満たされていないニーズがある。このような変異は、甲状腺癌の発生の特定のリスクにある個体を同定することができるという有用性に基づいて、甲状腺癌のリスクマネジメントにとって有用であると予想される。本発明はこのような感受性変異体を提供する。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明は、ある遺伝的変異が甲状腺癌のリスクと相関づけられるという発見に基づく、甲状腺癌のリスクマネジメントの方法に関する。従って、本発明は、甲状腺癌の増加した感受性または増加したリスクを判定する方法、ならびにヒトにおける甲状腺癌の感受性と相関づけられると見出されたあるマーカーの評価を通して甲状腺癌の減少した感受性を判定する方法を包含する。本発明の他の態様は、甲状腺癌と診断された個体の予後診断を評価する方法、甲状腺癌についての治療薬または治療に対する反応の可能性を評価する方法、ならびに甲状腺癌と診断された個体の治療の進行をモニターする方法に関する。
【００１５】
１つの態様では、本発明は、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を診断する方法に関し、当該方法は、当該個体から入手した核酸試料の中のｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を判定することを含み、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、甲状腺癌に対する感受性を示す。本発明はまた、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される少なくとも１つの多型の少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を判定することにより、甲状腺癌に対する感受性を判定する方法に関し、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在の判定は、甲状腺癌に対する感受性を示す。
【００１６】
別の態様では、本発明はさらに、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定するための方法に関し、当該方法は、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が当該個体から入手した核酸試料の中、または当該個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、当該少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択され、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、当該個体についての甲状腺癌に対する感受性を示す。
【００１７】
別の態様では、本発明は、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定する方法に関し、当該方法は、少なくとも１つの多型マーカーの中の少なくとも１つのリスクのある対立遺伝子が当該個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含み、当該少なくとも１つの多型マーカーはマーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択され、当該少なくとも１つのリスクのある対立遺伝子の存在の判定は、当該個体における甲状腺癌に対する増加した感受性を示す。
【００１８】
当該遺伝子型データセットは、１つの実施態様では、マーカー同一性、およびマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子についての当該個体の対立遺伝子の状態についての情報、すなわち当該個体における当該マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の同一性についての情報を含む。当該遺伝子型データセットは、１以上のマーカー（２以上のマーカー、３以上のマーカー、５以上のマーカー、１０以上のマーカー、１００以上のマーカーなどを含む）についての対立遺伝子の情報（対立遺伝子の状態についての情報）を含み得る。いくつかの実施態様では、当該遺伝子型データセットは、当該個体のゲノム全体にまたがる数十万のマーカー、またはさらには１００万以上のマーカーを含み得る当該個体のゲノム全体での評価から得た遺伝子型情報を含む。
【００１９】
ある実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーはＦｏｘＥ１遺伝子と関連する。
【００２０】
本発明の別の態様は、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定する方法に関し、当該方法は、
ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を同定するヒト個体についての核酸配列データを入手することであって、当該少なくとも１つの多型マーカーの異なる対立遺伝子は、ヒトにおける甲状腺癌に対する異なる感受性に関連すること、ならびに
当該核酸配列データから甲状腺癌に対する感受性を判定することを含む。
【００２１】
本発明はまた、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定する方法に関し、当該方法は、ＦｏｘＥ１遺伝子と関連する少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を同定するヒト個体についての核酸配列データを入手することであって、当該少なくとも１つの多型マーカーの異なる対立遺伝子は、ヒトにおける甲状腺癌に対する異なる感受性に関連すること、ならびに当該核酸配列データから甲状腺癌に対する感受性を判定すること、を含む。
【００２２】
一般に、多型の遺伝子マーカーは、核酸レベルでの別の配列を導く。核酸マーカーが当該核酸によってコードされるポリペプチドのコドンを変える場合、当該マーカーはコードされたポリペプチドのアミノ酸レベルでは別の配列も生じるであろう（ポリペプチドマーカー）。核酸の中の多型マーカーの特定の対立遺伝子またはポリペプチドマーカーの特定の対立遺伝子の同一性の判定は、特定の対立遺伝子がその配列の中のある位置に存在するかどうかを含む。マーカーの特定の対立遺伝子を同定する配列データは、その特定の対立遺伝子を検出するのに十分な配列を含む。本願明細書に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）またはアミノ酸多型については、配列データは、１つの位置での配列、すなわち配列内の１つの位置でのヌクレオチドまたはアミノ酸の同一性を含み得る。当該配列データは、当該多形性部位（ＳＮＰの場合１つのヌクレオチドにまたがる）に隣接している配列についての情報を任意に含み得る。
【００２３】
ある実施態様では、少なくとも２つの多型マーカーについての核酸配列を決定することは有用であり得る。他の実施態様では、少なくとも３つ、少なくとも４つまたは少なくとも５つ以上の多型マーカーについての核酸配列が決定される。ハプロタイプ情報は、２以上の多型マーカーの分析から導き出され得る。従って、ある実施態様では、少なくとも２つの多型マーカーについての配列データに基づいてハプロタイプ情報が導き出されるさらなる工程が実施される。
【００２４】
本発明はまた、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定する方法を提供し、当該方法は、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される少なくとも２つの多型マーカーの両方の対立遺伝子を同定する、ヒト個体についての核酸配列データを入手すること、当該配列データに基づいて少なくとも１つのハプロタイプの同一性を判定すること、ならびに当該ハプロタイプデータから甲状腺癌に対する感受性を判定することを含む。
【００２５】
ある実施態様では、感受性の判定は、当該核酸配列データを、当該少なくとも１つの多型マーカーと甲状腺癌に対する感受性との間の相関データを含むデータベースと比較することを含む。いくつかの実施態様では、当該データベースは、当該少なくとも１つのマーカーについての、甲状腺癌に対する感受性の少なくとも１つのリスク判定基準を含む。配列データベースは、例えば、いずれか１つ、または複数の特定の多型についての甲状腺癌の感受性を示すデータを含む検査表として提供され得る。当該データベースはまた、少なくとも２つの多型マーカーを含む特定のハプロタイプについての感受性を示すデータを含み得る。
【００２６】
核酸配列データを入手することは、ある実施態様では、ヒト個体から生物学的試料を入手すること、および当該試料において核酸中の当該少なくとも１つの多型マーカーの配列を分析することを含み得る。配列を分析することは、当該少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を判定することを含み得る。特定の感受性対立遺伝子（例えば、リスクのある対立遺伝子）の存在の判定は、当該ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を示す。特定の感受性対立遺伝子の不存在の判定は、その少なくとも１つの多型性に起因する特定の感受性が当該個体の中に存在しないということを示す。
【００２７】
いくつかの実施態様では、核酸配列データを入手することは、既存の記録から核酸配列情報を入手することを含む。この既存の記録は、例えば少なくとも１つの多型マーカーについての、当該ヒト個体についての、配列データ（遺伝子型データなど）を含むコンピューターファイルまたはデータベースであり得る。
【００２８】
本発明の診断方法によって判定された感受性は特定の実体に報告され得る。いくつかの実施態様では、当該少なくとも１つの実体は、当該個体、当該個体の保護者、遺伝医療提供者、医師、医療機関、および医療保険会社からなる群から選択される。
【００２９】
本発明のある実施態様では、感受性の判定は、当該核酸配列データを、当該少なくとも１つの多型マーカーと甲状腺癌に対する感受性との間の相関データを含むデータベースと比較することを含む。１つのそのような実施態様では、当該データベースは、当該少なくとも１つの多型マーカーについての甲状腺癌に対する感受性の少なくとも１つのリスク判定基準を含む。別の実施態様では、当該データベースは、当該少なくとも１つの多型マーカーについての少なくとも１つの状態の少なくとも１つのリスク判定基準を含む検査表を含む。
【００３０】
ある実施態様では、核酸配列データを入手することは、当該ヒト個体から生物学的試料を入手すること、および当該試料において核酸中の当該少なくとも１つの多型マーカーの配列を分析することを含む。当該少なくとも１つの多型マーカーの配列を分析することは、当該少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を判定することを含み得る。核酸配列データを入手することはまた、既存の記録から核酸配列情報を入手することを含み得る。
【００３１】
本発明のある実施態様は、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される少なくとも２つの多型マーカーについての核酸配列データを入手することに関する。
【００３２】
本発明のある実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーから選択される。１つの実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーは、配列番号：１〜２２９に記載されるマーカーから選択される。１つの実施態様では、当該少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）のうちの少なくとも１つと連鎖不平衡である。別の実施態様では、当該少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ１０７５９９４４（配列番号：１７）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）、ｒｓ１０９８４１０３（配列番号：３７）、ｒｓ９２５４８７（配列番号：３４）、ｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）およびｒｓ１４４３４３４（配列番号：３０）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーと連鎖不平衡である。１つの実施態様では、当該少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ１０７５９９４４（配列番号：１７）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）、ｒｓ１０９８４１０３（配列番号：３７）、ｒｓ９２５４８７（配列番号：３４）、ｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）およびｒｓ１４４３４３４（配列番号：３０）からなる群から選択される。
【００３３】
本発明のある実施態様では、当該個体における少なくとも１つのハプロタイプの頻度を評価するというさらなる工程が実施される。このような実施態様では、２以上のマーカー（３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つまたは１０個またはこれより多くのマーカーを含む）が当該ハプロタイプの中に含まれ得る。ある実施態様では、当該少なくとも１つのハプロタイプは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ１０７５９９４４（配列番号：１７）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）、ｒｓ１０９８４１０３（配列番号：３７）、ｒｓ９２５４８７（配列番号：３４）、ｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）およびｒｓ１４４３４３４（配列番号：３０）、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択されるマーカーを含む。あるこのような実施態様では、当該少なくとも１つのハプロタイプは、上記のマーカーのいずれか１つが存在する特定のゲノム領域（ＬＤブロックなど）のゲノム構造を表す。
【００３４】
本願明細書に記載された甲状腺癌のリスクを与えるマーカーは、甲状腺癌についての他の遺伝子マーカーと併用され得る。このようなマーカーは、典型的には、本願明細書に記載されたマーカーのうちのいずれか１つ、特にマーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）番号：６）、ｒｓ９９５６５４６（配列番号：７）、ｒｓ１１９１２９２２（配列番号：８）、ｒｓ６００１９５４（配列番号：９）と連鎖不平衡ではない。本願明細書に記載された方法のいずれも、本願明細書に記載された遺伝的危険因子を甲状腺癌についてのさらなる遺伝的危険因子と併用することにより、実施され得る。
【００３５】
従って、ある実施態様では、マーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）のうちのいずれの１つとも連鎖不平衡ではない甲状腺癌についての少なくとも１つのリスクのある変異体の少なくとも１つのリスクのある対立遺伝子がヒト個体に由来するゲノムＤＮＡを含む試料またはヒト個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含む、さらなる工程が含まれる。換言すると、ゲノム中の他の位置の遺伝子マーカーは、複数の遺伝的変異に基づく甲状腺癌の全体のリスクを判定するために、本発明のマーカーとの併用において有用であり得る。１つの実施態様では、甲状腺癌についての少なくとも１つのリスクのある変異体は、マーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）と連鎖不平衡ではない。連鎖不平衡でない（ＬＤでない）マーカーの選択は、さらに本願明細書に記載されるように、連鎖不平衡についての適した基準に基づき得る。ある実施態様では、連鎖不平衡でないマーカーは、０．２未満のマーカー間のＬＤ基準ｒ２の値を有する。ある他の実施態様では、ＬＤでないマーカーは、０．１０未満、０．０５未満、０．０２未満および０．０１未満を含む、０．１５未満のマーカー間のｒ２値を有する。これらの値のいずれかをつなぐ値を含む、マーカーがＬＤでないことを定める他の適したカットオフ値が考えられる。
【００３６】
１つの実施態様では、本願明細書に記載されたマーカーのうちの１以上の評価は、染色体１４ｑ１３．３上のマーカーｒｓ９４４２８９、またはそれと連鎖不平衡のマーカーの評価と組み合わされて、実施され、全体のリスクが確立される。
【００３７】
ある実施態様では、本願明細書に記載された複数のマーカーが、甲状腺癌の全体のリスクを判定するために判定される。従って、ある実施態様では、少なくとも２つの多型マーカーの各々の中の少なくとも１つの対立遺伝子がヒト個体に由来するゲノムＤＮＡを含む試料またはヒト個体に由来する遺伝子型データセットの中に存在するかどうかを判定することを含むさらなる工程が含まれ、当該少なくとも２つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、甲状腺癌に対する増加した感受性を示す。１つの実施態様では、当該マーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される。１つの実施態様では、当該マーカーは表２に記載されるマーカーからなる群から選択される。
【００３８】
本発明の遺伝子マーカーはまた、個体の全体のリスクを定めるために、非遺伝的情報と併用され得る。従って、ある実施態様では、当該個体のリスクアセスメント、診断、または予後診断を行うために、非遺伝的情報を分析することを含む、さらなる工程が含まれる。当該非遺伝的情報は、当該個体の疾病の状態に関連するいずれの情報、または当該個体の甲状腺癌の全体のリスクの評価に影響し得る他の情報でもあり得る。１つの実施態様では、当該非遺伝的情報は、年齢、性別、民族性、社会経済的状況、以前の疾病診断、被験者の病歴、甲状腺癌の家族歴、生化学的測定結果、および臨床的測定結果から選択される。
【００３９】
本発明はまた、コンピューターで実施される態様を提供する。１つのこのような態様では、本発明は、個体における甲状腺癌に対する感受性を判定するためのコンピューターが実行可能な命令を有するコンピューター可読媒体を提供し、このコンピューター可読媒体は、
少なくとも１つの多型マーカーを表すデータ；および
コンピューター可読媒体に保存され、かつ個体の中の当該少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の対立遺伝子の状態に基づいて当該個体における甲状腺癌に対する感受性を判定するためにプロセッサによって実行されるように適合されたルーチンを含む。
【００４０】
１つの実施態様では、少なくとも１つの多型マーカーを表す当該データは、当該少なくとも１つの多型マーカーと関係がある甲状腺癌に対する感受性を示す少なくとも１つのパラメータを含む。別の実施態様では、少なくとも１つの多型マーカーを表す当該データは、当該個体の中の当該少なくとも１つの対立遺伝子のマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の対立遺伝子の状態を示すデータを含む。別の実施態様では、当該ルーチンは、当該個体の中の当該少なくとも１つの対立遺伝子のマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子についての当該対立遺伝子の状態を示す入力データを受信するように適合されている。好ましい実施態様では、当該少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される。別の好ましい実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーから選択される。
【００４１】
本発明はさらに、ヒト個体において甲状腺癌についての遺伝的指標を判定するための装置を提供し、当該装置は、
プロセッサ、
コンピューター可読メモリであって、当該コンピューター可読メモリは、甲状腺癌に関して少なくとも１人のヒト個体のマーカーおよび／またはハプロタイプの情報を分析し、当該マーカーまたはハプロタイプの情報に基づいて結果を生じるためにプロセッサ上で実行されるように適合されたコンピューターが実行可能な命令を有し、当該結果は、当該ヒト個体についての甲状腺癌の遺伝的指標として、少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプのリスク判定基準を含む、コンピューター可読メモリ
を含む。１つの実施態様では、当該コンピューター可読メモリは、甲状腺癌と診断された複数の個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータ、および複数の参照個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータを含み、リスク判定基準は、当該ヒト個体についての少なくとも１つのマーカーおよび／またはハプロタイプ状態と、甲状腺癌と診断された複数の個体についての少なくとも１つのマーカーおよび／またはハプロタイプ情報の頻度を示すデータとの比較に基づく。１つの実施態様では、当該コンピューター可読メモリはさらに、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプに関連する甲状腺癌の発生のリスクを示すデータを含み、当該ヒト個体についてのリスク判定基準は、当該ヒト個体についての少なくとも１つのマーカーおよび／またはハプロタイプの状態と、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプに関連するリスクとの比較に基づく。別の実施態様では、当該コンピューター可読メモリはさらに、甲状腺癌と診断された複数の個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータ、および複数の参照個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子または少なくとも１つのハプロタイプの頻度を示すデータを含み、甲状腺癌の発生のリスクは、甲状腺癌と診断された個体、および参照個体における当該少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプの頻度の比較に基づく。好ましい実施態様では、当該少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される。別の好ましい実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーは、表２に記載されるマーカーからなる群から選択される。
【００４２】
別の態様では、本発明は、甲状腺癌に対する感受性を評価する際に使用するためのマーカーの同定方法に関し、当該方法は、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）のうちの少なくとも１つと連鎖不平衡の少なくとも１つの多型マーカーを同定すること；甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体の試料の遺伝子型の状態を判定すること；および対照個体の試料の遺伝子型の状態を判定することを含み；対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の有意差は、当該少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する感受性の評価に有用であることを示す。有意差は、甲状腺癌患者および対照のある多型マーカーにおける対立遺伝子数の統計解析上で評価され得る。１つの実施態様では、有意差は、０．０５未満の、甲状腺癌患者および対照間の算出されたＰ値に基づく。他の実施態様では、有意差は、算出されたＰ値のより低い値、例えば０．００５未満、０．０００５未満、または０．００００５未満などに基づく。１つの実施態様では、対照試料の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性における、少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の増加は、当該少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する増加した感受性の評価に有用であることを示す。別の実施態様では、対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性における少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の減少は、当該少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する減少した感受性、または甲状腺癌に対する保護の評価に有用であることを示す。
【００４３】
本発明はまた、ヒト個体から入手した核酸試料の遺伝子型を同定する方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が、当該個体試料から得た核酸試料中に存在するかどうかの判定をすることを含み、当該少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の存在の判定は、当該個体における甲状腺癌に対する感受性を示す、方法に関する。１つの実施態様では、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）の対立遺伝子Ｃの存在の判定は、当該個体における甲状腺癌の増加した感受性を示す。１つの実施態様では、遺伝子型の同定は、当該少なくとも１つの多型マーカーに隣接するヌクレオチドプライマー対を使用した、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による、少なくとも１つの多型マーカーを含む核酸分節の増幅を含む。別の実施態様では、遺伝子型の同定は、対立遺伝子特異的なプローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的なプライマー伸張、対立遺伝子特異的な増幅、核酸配列決定、５’−エキソヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、一本鎖ＤＮＡ高次構造解析およびマイクロアレイ技術から選択される工程を使用して行われる。１つの実施態様では、当該マイクロアレイ技術は、分子反転プローブアレイ技術またはビーズアレイ技術である。１つの実施態様では、当該工程は、対立遺伝子特異的なプローブハイブリダイゼーションを含む。別の実施態様では、当該工程は、マイクロアレイ技術を含む。１つの好ましい実施態様は、（１）当該核酸とのオリゴヌクレオチドプローブの特異的なハイブリダイゼーションのための条件下で、核酸のコピーを、検出オリゴヌクレオチドプローブおよびエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブに接触させる工程であって、（ａ）当該検出オリゴヌクレオチドプローブは、長さが５〜１００ヌクレオチドであり、ヌクレオチド配列が配列番号：１〜２２９のいずれか１つによって与えられる第１の核酸分節に特異的にハイブリダイズし、（ｂ）当該検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能な標識を、およびその５’末端に消光部分を含み、（ｃ）当該エンハンサーオリゴヌクレオチドは、長さが５〜１００ヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチドプローブに対して５’のヌクレオチド配列の第２の分節に相補的であり、そのため、当該エンハンサーオリゴヌクレオチドは、両方のオリゴヌクレオチドが当該核酸にハイブリダイズされると、当該検出オリゴヌクレオチドプローブに対して３’に位置し、かつ、（ｄ）１つの塩基間隙が、当該第１の分節および当該第２の分節の間に存在し、そのため、当該オリゴヌクレオチドプローブおよび当該エンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが当該核酸に両方ハイブリダイズされると、１つの塩基間隙が当該オリゴヌクレオチド間に存在する工程と、（２）当該検出プローブが当該核酸にハイブリダイズされると当該検出プローブの３’末端から当該検出可能な標識を切断しフリーな検出可能な標識を放出するエンドヌクレアーゼで当該核酸を処理する工程と、（３）フリーな検出可能な標識を測定する工程であって、当該フリーな検出可能な標識の存在は、当該検出プローブが、当該核酸の当該第１の分節に特異的にハイブリダイズすることを示し、かつ、当該多形性部位の配列が当該検出プローブの補完物であることを示す工程と、を含む。
【００４４】
本発明のさらなる態様は、甲状腺癌治療薬に対する反応可能性について個体を評価する方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が、当該個体から入手した核酸試料または当該個体由来の遺伝子型データセット中に存在しているかどうかを判定する工程を含み、当該少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、当該少なくとも１つのマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、当該治療薬に対する陽性反応の可能性を示す方法に関する。
【００４５】
別の態様における本発明は、甲状腺癌と診断された個体の予後診断を予測する方法に関し、当該方法は、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が、当該個体から入手した核酸試料、または当該個体由来の遺伝子型のデータセット中に存在するかどうかの判定を含み、当該少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、当該個体の甲状腺癌の悪化した予後診断を示す。
【００４６】
本発明のさらに別の態様は、甲状腺癌の治療を受けている個体の治療の進行をモニターする方法に関し、当該方法は、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が、当該個体から入手した核酸試料、または当該個体由来の遺伝子型のデータセットに存在しているかどうかについての判定を含み、当該少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、当該個体の治療結果を示す。１つの実施態様では、当該治療は、手術による治療、放射線治療による治療、または薬剤投与による治療である。
【００４７】
本発明はまた、ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性の診断および／または評価のための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用に関し、当該プローブは、配列番号：１〜２２９のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を有する核酸分節とハイブリダイズし、当該プローブは長さが１５〜５００ヌクレオチドである。ある実施態様では、当該プローブは、長さが約１６〜約１００ヌクレオチドである。ある他の実施態様では、当該プローブは、長さが約２０〜約５０ヌクレオチドである。ある他の実施態様では、当該プローブは、長さが約２０〜約３０ヌクレオチドである。
【００４８】
本発明は、最も広い意味で、甲状腺乳頭癌、甲状腺濾胞癌、甲状腺髄様癌および甲状腺未分化癌を含めたいずれの甲状腺癌の表現型にも関する。ある実施態様では、本発明は、ある腫瘍のタイプに関する。従って、１つの実施態様では、本発明は、甲状腺乳頭癌に関する。別の実施態様では、本発明は、甲状腺濾胞癌に関する。別の実施態様では、本発明は、甲状腺乳頭癌および／または甲状腺濾胞癌に関する。別の実施態様では、本発明は、甲状腺髄様癌に関する。さらに別の実施態様では、本発明は、甲状腺未分化癌に関する。甲状腺癌の他の表現型、および表現型の他の組み合わせも企図され、同じく本発明の範囲内にある。
【００４９】
本発明のある実施態様は、発生時若年齢であり、かつ／または診断時若年齢である甲状腺癌の診断に関する。若年齢で診断された甲状腺癌は、特に良性の小結節が若年齢で存在する場合は、より高悪性度である可能性がある。従って、ある実施態様は、発生時若年齢で、かつ／または診断時若年齢で発生する甲状腺癌に関する。
【００５０】
本発明のある実施態様は、さらに、甲状腺癌についてのバイオマーカーの定量的レベルを評価することを含む。このバイオマーカーは、いくつかの実施態様では、個体から得た生物学的試料において評価されてもよい。いくつかの実施態様では、この試料は血液試料である。この血液試料は、いくつかの実施態様では、血清試料である。好ましい実施態様では、バイオマーカーは、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、チロキシン（Ｔ４）およびトリヨードチロニン（Ｔ３）からなる群から選択される。ある実施態様では、当該バイオマーカーの異常なレベルの判定は、個体における異常な甲状腺機能を示し、ひいては、その個体における甲状腺癌の増加したリスクを示す可能性がある。この異常なレベルは増加したレベルであってもよいし、この異常なレベルは減少したレベルであってもよい。ある実施態様では、異常なレベルの判定は、集団における当該バイオマーカーの平均レベルからの偏差の判定に基づいて、判定される。１つの実施態様では、ＴＳＨの異常なレベルは、０．２ｍＩＵ／Ｌ未満、および／または１０ｍＩＵ／Ｌを超える測定値である。別の実施態様では、ＴＳＨの異常なレベルは、０．３ｍＩＵ／Ｌ未満、および／または３．０ｍＩＵ／Ｌを超える測定値である。別の実施態様では、Ｔ３（遊離Ｔ３）の異常なレベルは、７０ｎｇ／ｄＬ未満および／または２０５ｎｇ／ｄＬ超である。別の実施態様では、Ｔ４（遊離Ｔ４）の異常なレベルは、０．８ｎｇ／ｄＬ未満、および／または２．７ｎｇ／ｄＬ超である。
【００５１】
本発明の方法のいくつかの実施態様では、当該方法で判定された感受性は、増加した感受性である。このような実施態様の１つでは、当該増加した感受性は、少なくとも１．３０の相対リスク（ＲＲ）またはオッズ比（ＯＲ）によって特徴付けられる。別の実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも１．４０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。別の実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも１．５０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。別の実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも１．６０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。さらに別の実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも１．７０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。さらなる実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも１．８０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。さらなる実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも１．９０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。さらに別の実施態様では、当該増加した感受性は、少なくとも２．０の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。ある他の実施態様は、少なくとも１．５５、１．６５、１．７５、１．８５および１．９５のリスクのある変異体の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。これらの上記値のいずれの隙間をも埋める、相対リスクおよび／またはオッズ比についての他の数値もまた可能であり、これらもまた本発明の範囲内である。
【００５２】
本発明の方法のいくつかの実施態様では、当該方法で判定された感受性は、減少した感受性である。このような実施態様の１つでは、当該減少した感受性は、０．８未満の相対リスク（ＲＲ）またはオッズ比（ＯＲ）によって特徴付けられる。別の実施態様では、当該減少した感受性は、０．７未満の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。別の実施態様では、当該減少した感受性は、０．６未満の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。さらに別の実施態様では、当該減少した感受性は、０．５未満の相対リスクまたはオッズ比によって特徴付けられる。他のカットオフ、例えば、０．６９、０．６８、０．６７、０．６６、０．６５、０．６４、０．６３、０．６２、０．６１、０．６０、０．５９、０．５８、０．５７、０．５６、０．５５、０．５４、０．５３、０．５２、０．５１、０．５０など未満の相対リスクまたはオッズ比も企図され、それらは本発明の範囲内である。
【００５３】
本発明はまた、キットに関する。１つのこのような態様では、本発明は、ヒト個体において甲状腺癌に対する感受性を評価するためのキットに関し、当該キットは、当該個体のゲノムにおいてｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を選択的に検出するために必要な試薬を含み、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、甲状腺癌に対する増加した感受性を示す。別の態様では、本発明は、ヒト個体において甲状腺癌に対する感受性を評価するためのキットに関し、当該キットは、当該個体のゲノムの中の少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を選択的に検出するための試薬を含み、当該多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）からなる群から選択され、当該少なくとも１つの対立遺伝子の存在は甲状腺癌に対する感受性を示す。１つの実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーは、表２に記載されるマーカーから選択される。
【００５４】
キット試薬は、１つの実施態様では、当該少なくとも１つの多型マーカーを含む個体のゲノムの断片とハイブリダイズする少なくとも１つの近接するオリゴヌクレオチドを含んでいてもよい。別の実施態様では、当該キットは、当該被験者から入手したゲノム分節の逆ストランドとハイブリダイズする少なくとも１対のオリゴヌクレオチドを含み、各オリゴヌクレオチドプライマー対は、１つの多型性を含む個体のゲノム断片を選択的に増幅するように設計され、当該多型性は、表２で定められる多型性からなる群から選択され、当該断片は、大きさが少なくとも２０塩基対である。１つの実施態様では、当該オリゴヌクレオチドは、当該個体のゲノムに完全に相補的である。別の実施態様では、当該キットは、さらに、当該分節を増幅するためのバッファーおよび酵素を含む。別の実施態様では、当該試薬は、さらに、当該断片を検出するための標識を含む。
【００５５】
１つの好ましい実施態様では、当該キットは、長さが５〜１００ヌクレオチドの検出オリゴヌクレオチドプローブ、長さが５〜１００ヌクレオチドのエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブ、およびエンドヌクレアーゼ酵素を含み、当該検出オリゴヌクレオチドプローブは、ヌクレオチド配列が配列番号：１〜２２９のいずれか１つに記載される核酸の第１の分節に特異的にハイブリダイズし、当該検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能な標識およびその５’末端に消光部分を含み、当該エンハンサーオリゴヌクレオチドは、長さが５〜１００ヌクレオチドであり、当該オリゴヌクレオチドプローブに対して５’のヌクレオチド配列の第２の分節に相補的であり、そのため、当該エンハンサーオリゴヌクレオチドは、両方のオリゴヌクレオチドが当該核酸にハイブリダイズされると、当該検出オリゴヌクレオチドプローブに対して３’に位置し、１つの塩基間隙が当該第１の分節と当該第２の分節との間に存在し、そのため、当該オリゴヌクレオチドプローブおよび当該エンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが両方とも当該核酸にハイブリダイズされると、１つの塩基間隙が当該オリゴヌクレオチド間に存在し、当該検出プローブが当該核酸にハイブリダイズされる場合、当該核酸を当該エンドヌクレアーゼで処理すると、当該検出可能な標識を当該検出プローブの３’末端から切断して、フリーな検出可能な標識を放出する。
【００５６】
本発明におけるキットはまた、以前に甲状腺癌と診断された個体における少なくとも続発性原発腫瘍の発生リスクの評価方法、甲状腺癌治療薬に対する反応可能性についての個体の評価方法、および甲状腺癌と診断され、当該疾病について治療を受けた個体の治療の進行をモニターする方法を含む、本発明の他の方法に使用されてもよい。
【００５７】
本発明の方法、使用、装置またはキットのある実施態様では、甲状腺癌に対する感受性についての情報を与える少なくとも１つの多型マーカーはＦｏｘＥ１遺伝子と関連する。これに関して、「と関連する」は、本発明の構成においては、当該少なくとも１つのマーカーは、ＦｏｘＥ１遺伝子またはその調節領域と連鎖不平衡であるということを意味する。このようなマーカーはＦｏｘＥ１遺伝子またはその調節領域内に位置する可能性があるし、またはそれらは、当該遺伝子の機能に対して直接的な影響を及ぼすＦｏｘＥ１遺伝子またはその調節領域内の少なくとも１つのマーカーと連鎖不平衡である可能性がある。ＦｏｘＥ１と関連する感受性変異体の機能的意義は、本願明細書中により詳細に記載されるように、ＦｏｘＥ１遺伝子の発現レベル、その転写物の安定性に対するもの、またはタンパク質レベルでのアミノ酸変異を介するものであってもよい。
【００５８】
甲状腺癌と関連すると本願明細書で記載されたマーカーは、すべて、本願明細書で記載された方法、キット、使用、装置、手順を含む、本発明の様々な態様で使用され得る。ある実施態様では、本発明は本願明細書に明記されるＣ０９  ＬＤブロックと関連するマーカーに関する。ある他の実施態様では、本発明は表２に記載されるマーカー（配列番号：１〜２２９）およびそれらと連鎖不平衡のマーカーに関する。ある他の実施態様では、本発明は表２に記載されるマーカーに関する。ある他の実施態様では、本発明はマーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ１０７５９９４４（配列番号：１７）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）、ｒｓ１０９８４１０３（配列番号：３７）、ｒｓ９２５４８７（配列番号：３４）、ｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）およびｒｓ１４４３４３４（配列番号：３０）、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカーに関する。いくつかの他の好ましい実施態様では、本発明は、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ１０７５９９４４（配列番号：１７）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）、ｒｓ１０９８４１０３（配列番号：３７）、ｒｓ９２５４８７（配列番号：３４）、ｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）およびｒｓ１４４３４３４（配列番号：３０）からなる群から選択されるマーカーのうちのいずれか１つに関する。
【００５９】
ある実施態様では、甲状腺癌の増加したリスクを与える少なくとも１つのマーカー対立遺伝子は、ｒｓ９６５５１３  対立遺伝子Ａ、ｒｓ１０７５９９４４  対立遺伝子Ａ、ｒｓ９０７５８０  対立遺伝子Ａ、ｒｓ１０９８４１０３  対立遺伝子Ａ、ｒｓ９２５４８７  対立遺伝子  Ｇ、ｒｓ７０２４３４５  対立遺伝子Ａおよびｒｓ１４４３４３４  対立遺伝子Ｇからなる群から選択される。これらの実施態様では、当該対立遺伝子（当該リスクのある対立遺伝子）の存在は、甲状腺癌の増加したリスクを示す。
【００６０】
本発明のある実施態様では、連鎖不平衡は、連鎖不平衡の基準ｒ２および｜Ｄ’｜を使用して判定され、これらは２つの遺伝的要素（例えば、多型マーカー）間の連鎖不平衡（ＬＤ）についての程度の定量的基準を与える。特定のマーカーについてのこれらの基準についてのある数値は、さらに本願明細書に記載されるように、当該マーカーが連鎖不平衡であることを示す。本発明の１つの実施態様では、マーカー間の連鎖不平衡（すなわち、当該マーカーが連鎖不平衡であることを示すＬＤ値）は、ｒ２＞０．１であるとして定められる。別の実施態様では、連鎖不平衡は、ｒ２＞０．２であるとして定められる。他の実施態様は、連鎖不平衡の他の定義（ｒ２＞０．２５、ｒ２＞０．３、ｒ２＞０．３５、ｒ２＞０．４、ｒ２＞０．４５、ｒ２＞０．５、ｒ２＞０．５５、ｒ２＞０．６、ｒ２＞０．６５、ｒ２＞０．７、ｒ２＞０．７５、ｒ２＞０．８、ｒ２＞０．８５、ｒ２＞０．９、ｒ２＞０．９５、ｒ２＞０．９６、ｒ２＞０．９７、ｒ２＞０．９８、またはｒ２＞０．９９など）を含むことができる。連鎖不平衡はまた、ある実施態様では、｜Ｄ’｜＞０．２として、または｜Ｄ’｜＞０．３、｜Ｄ’｜＞０．４、｜Ｄ’｜＞０．５、｜Ｄ’｜＞０．６、｜Ｄ’｜＞０．７、｜Ｄ’｜＞０．８、｜Ｄ’｜＞０．９、｜Ｄ’｜＞０．９５、｜Ｄ’｜＞０．９８、もしくは｜Ｄ’｜＞０．９９としても定められ得る。ある実施態様では、連鎖不平衡は、ｒ２および｜Ｄ’｜の２つの判断基準（ｒ２＞０．２および｜Ｄ’｜＞０．８など）を満たすとして定められる。ｒ２および｜Ｄ’｜の値の他の組み合わせもまた可能、かつ、本発明の範囲内であり、上記のこれらのパラメータの値を含むが、これらに限定されない。
【００６１】
たとえ特徴の組み合わせが本願明細書中の同じ文章または段落に具体的に見出されないとしても、本願明細書に記載された特徴のすべての組み合わせが企図されているということを理解されたい。これは、特に、本願明細書に記載された本発明のすべての態様における、個体のまたはハプロタイプの分析のための、単独または組合せての本願明細書に開示されるすべてのマーカーの使用を含む。
【図面の簡単な説明】
【００６２】
本発明の前述のおよび他の対象、特徴および利点は、本発明の好ましい実施態様についての下記のより詳細な説明で明らかとなるだろう。
【図１】本願明細書に記載されたリスク変異体を利用するコンピューターで実施されるシステムを図示する略図を提供する。
【図２】染色体９ｑ２２．３３上の領域における関連結果およびＬＤ構造の概略図を示す。（ａ）イルミナ  Ｈａｐ３００／３７０チップからの、ＳＮＰについての単一マーカー（菱形）関連結果。示されているのは関連性について補正されたＰ値である。（ｂ）ＣＥＵ  ＨａｐＭａｐ集団からの対の相関係数（ｒ２）、およびＵＣＳＣ  ゲノムブラウザ（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ）、ビルド３６に基づく当該領域の中での遺伝子の相対的位置。
【発明を実施するための形態】
【００６３】
（定義）
別段の表示がない限り、核酸配列は、左から右に、５’から３’方向に書かれる。本願明細書で挙げられる数値的範囲は、範囲を定める数字を含み、定義された範囲内の各整数またはいずれの非整数有理数を含む。別段の定義がない限り、本願明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が関与する技術分野の当業者によって通常理解されるものと同義である。
【００６４】
下記の用語は、本願の構成では、下記に示される意味を有するものとする。「多型マーカー」は、「マーカー」と呼ばれることもあり、本願明細書に記載される場合、ゲノム多形性部位を意味する。各多型マーカーは、多形性部位の特定の対立遺伝子に特徴のある少なくとも２つの配列多様性を有する。従って、多型マーカーの遺伝的関連は、その特定の多型マーカーの少なくとも１つの特定の対立遺伝子に関連があることを意味する。当該マーカーは、ＳＮＰ、ミニサテライトまたはマイクロサテライト、転座およびコピー数の変異（挿入、欠失、重複）を含む、ゲノム中に見出されるいずれの変異型のいずれの対立遺伝子をも含み得る。多型マーカーは、集団における測定可能な頻度のいずれであってもよい。疾病遺伝子のマッピングのためには、集団頻度が５〜１０％よりも高い多型マーカーが一般的に最も有用である。しかし、多型マーカーもまた、特定のコピー数変異（ＣＮＶ）について、より低い集団頻度（１〜５％頻度、またはさらに低い頻度など）を有するかもしれない。当該用語は、本願の構成においては、いずれの集団頻度を有する多型マーカーをも含むように解釈されるものとする。
【００６５】
「対立遺伝子」は、染色体の所定の遺伝子座（位置）のヌクレオチド配列を意味する。多型マーカー対立遺伝子は、従って、染色体上のマーカーの構成（すなわち、配列）を意味する。個体のゲノムＤＮＡは、各染色体上のマーカーの各コピーを代表する、いずれの所定の多型マーカーの２つの対立遺伝子（例えば、対立遺伝子特異的配列）を含む。本願明細書で使用されるヌクレオチドの配列コードは、Ａ＝１、Ｃ＝２、Ｇ＝３、Ｔ＝４である。マイクロサテライト対立遺伝子のために、ＣＥＰＨ試料（ヒト多型研究センター、ゲノム貯蔵所、ＣＥＰＨ試料１３４７−０２）を参照として使用し、この試料中の各マイクロサテライトのより短い対立遺伝子を０と設定し、他の試料中のすべての他の対立遺伝子に、当該参照に関連して番号を付けた。従って、例えば、対立遺伝子１は、ＣＥＰＨ試料中のより短い対立遺伝子より１ｂｐ長く、対立遺伝子２は、ＣＥＰＨ試料中のより短い対立遺伝子より２ｂｐ長く、対立遺伝子３はＣＥＰＨ試料中の下位の対立遺伝子より３ｂｐ長いなどであり、対立遺伝子−１は、ＣＥＰＨ試料中のより短い対立遺伝子よりも１ｂｐ短く、対立遺伝子−２は、ＣＥＰＨ試料中のより短い対立遺伝子より２ｂｐ短いなどである。
【００６６】
配列表を含めて本願明細書に記載された配列コヌクレオチド（ｃｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）多義性は、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢによって提唱されるとおりである。これらのコードは、ＥＭＢＬ、ジェンバンク、およびＰＩＲデータベースによって使用されるコードに準拠している。
【００６７】
【表１】
2011530306.tif 000002
【００６８】
１より多い配列が集団（自然の集団または合成の集団（例えば、合成分子のライブラリー）のいずれか）において可能性のあるヌクレオチドの位置は、本願明細書では「多形性部位」と呼ばれる。
【００６９】
「一塩基多型」または「ＳＮＰ」は、ゲノムの特定の部位の１つのヌクレオチドが種のメンバー間または個体の対の染色体間で異なる場合に生じる、ＤＮＡ配列の多様性である。大部分のＳＮＰ多型は、２つの対立遺伝子を有する。当該例では、各個体は、多型の１つの対立遺伝子のホモ接合（すなわち、個体の染色体のコピーの両方が、ＳＮＰ部位の同一のヌクレオチドを有する）であるか、または、個体はヘテロ接合（すなわち、個体の２つの姉妹染色体は異なるヌクレオチドを含む）である。本願明細書で報告されたＳＮＰの命名は、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）によって各特有のＳＮＰに割り当てられた公式の参照ＳＮＰ（ｒｓ）ＩＤ同定タグを意味する。
【００７０】
「変異」は、本願明細書に記載される場合、参照ＤＮＡと異なるＤＮＡの分節を意味する。「マーカー」または「多型マーカー」は、本願明細書に定義されるように、変異である。参照と異なる対立遺伝子は、「変異」対立遺伝子と呼ばれる。
【００７１】
「マイクロサテライト」は、特定の部位の長さが２〜８ヌクレオチドの塩基の複数の小さい反復（ＣＡ反復など）を有する多型マーカーであり、反復長の数は一般的な集団において変化する。「インデル」は、典型的にはわずか数ヌクレオチド長の小さな挿入または欠損を含む、多型性の一般的な形態である。
【００７２】
「ハプロタイプ」は、本願明細書に記載される場合、分節に沿って並んだ対立遺伝子の特定の組み合わせによって特徴付けられるゲノムＤＮＡの分節を意味する。ヒトなどの二倍体の生物では、ハプロタイプは、分節に沿った各多型マーカーまたは遺伝子座の対の対立遺伝子の１つのメンバーを含む。ある実施態様では、当該ハプロタイプは、２つ以上の対立遺伝子、３つ以上の対立遺伝子、４つ以上の対立遺伝子、または５つ以上の対立遺伝子を含み得る。ハプロタイプは、マーカーのマーカー名および対立遺伝子に関して本願明細書に記載される。つまり、ハプロタイプ、例えば、「３  ｒｓ９６５５１３」は、そのハプロタイプの中にあるマーカーｒｓ７７５８８５１の３  対立遺伝子を指し、これは「ｒｓ９６５５１３  対立遺伝子  ３」と等価である。さらに、ハプロタイプにおける対立形質のコードは、個々のマーカーについてのものと同じようであり、すなわち、１＝Ａ、２＝Ｃ、３＝Ｇおよび４＝Ｔである。
【００７３】
用語「感受性」は、本願明細書に記載される場合、ある状態（例えば、ある形質、表現型または疾病）の発生または、平均的な個体よりも特定の状態に抵抗できないことに対する個体の易発性を意味する。当該用語は、増加した感受性および減少した感受性の両方を包含する。従って、本発明の多型マーカーにおける特定の対立遺伝子および／またはハプロタイプは、本願明細書に記載されるように、１より大きいその特定の対立遺伝子またはハプロタイプの相対リスク（ＲＲ）、またはオッズ比（ＯＲ）によって特徴付けられるように、甲状腺癌の増加した感受性（すなわち、増加したリスク）に特徴があってもよい。あるいは、本発明のマーカーおよび／またはハプロタイプは、１未満の相対リスクによって特徴付けられるように、甲状腺癌の減少した感受性（すなわち、減少したリスク）に特徴がある。
【００７４】
用語「および（ならびに、かつ）／または（もしくは）」は、本願の構成では、当該用語によって結合された項目のいずれかまたは両方が関連することを示すことが理解されるだろう。換言すれば、本願明細書におけるこの用語は、「いずれかまたは両方」を意味することが捉えられるだろう。
【００７５】
用語「検査表」は、本願明細書に記載される場合、データの一形態を別の形態と関連付ける表、または、１もしくは複数の形態のデータを、当該データが関連する予測される成果（表現型または形質など）と関連付ける表である。例えば、検査表は、少なくとも１つの多型マーカーの対立遺伝子のデータと、特定の対立遺伝子のデータを含む個体が示しやすいまたは特定の対立遺伝子のデータを含まない個体よりも示しやすい特定の形質もしくは表現型（特定の疾病診断など）との間の相関を含み得る。検査表は、多次元的であり得、すなわち、単一のマーカーの複数の対立遺伝子についての情報を同時に含み得、または、それらは複数のマーカーについての情報を含み得、そしてそれらは他の因子（疾病診断の特徴、人種の情報、バイオマーカー、生化学的測定、治療方法または薬剤など）も含んでいてもよい。
【００７６】
「コンピューター可読媒体」は、市販または特注のインターフェースを使用した、コンピューターによって接続され得る情報記憶媒体である。典型的なコンピューター可読媒体は、メモリ（例えば、ＲＡＭ、ＲＯＭ、フラッシュメモリなど）、光学式記憶媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）、磁気記憶媒体（例えば、コンピューターのハードドライブ、フロッピー（登録商標）ディスクなど）、パンチカードまたは他の市販の媒体を含む。情報は、興味のあるシステムと媒体との間、コンピューター間、またはコンピューターと、記憶した情報を保存または接続するコンピューター可読媒体との間で転送されてもよい。このような転送は、電気的であり得、または他の利用可能な方法（ＩＲリンク、無線接続など）によってもよい。
【００７７】
本願明細書で使用される「核酸試料」は、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む個体から入手した試料を意味する。ある実施態様、すなわち、特定の多型マーカーの検出および／またはハプロタイプの検出では、当該核酸試料はゲノムＤＮＡを含む。このような核酸試料は、ゲノムＤＮＡを含むいずれの供給源（血液試料、羊水試料、脳脊髄液試料、または皮膚、筋肉、頬側粘膜もしくは結膜粘膜、胎盤、消化管もしくは他の器官から得た組織試料を含む）からも得られ得る。
【００７８】
用語「甲状腺癌の治療薬」は、甲状腺癌に関連する症候の寛解または予防に使用され得る薬剤を意味する。
【００７９】
用語「甲状腺癌に関連した核酸」は、本願明細書に記載される場合、甲状腺癌に関連することが見出された核酸を意味する。これは、本願明細書記載のマーカーおよびハプロタイプ、ならびにそれらと強い連鎖不平衡（ＬＤ）のマーカーおよびハプロタイプを含むが、これらに限定されない。１つの実施態様では、甲状腺癌に関連した核酸は、ある領域（ＬＤブロックなど）内に位置する少なくとも１つの多型マーカーを介して甲状腺癌のリスクと関連すると見出された、そのゲノム領域またはＬＤブロックなどを指す。
【００８０】
本願明細書に記載された用語「ＦｏｘＥ１」または「ＦｏｘＥ１遺伝子」は、染色体９ｑ２２．３３上の、かつては甲状腺転写因子２（ＴＴＦ−２）と呼ばれていたフォークヘッド因子（Ｆｏｒｋｈｅａｄ  Ｆａｃｔｏｒ）  Ｅ１遺伝子を意味する。
【００８１】
本願明細書に記載された用語「ＬＤブロックＣ０９」は、ＮＣＢＩ（国立バイオテクノロジー情報センター）ビルド３６の位置９９，３５０，５３２〜９９，９５３，１９７に対応するマーカーｒｓ２７９５４９２およびｒｓ７８５５６６９にまたがる、染色体９上の連鎖不平衡（ＬＤ）ブロック領域（配列番号：１）を指す。
【００８２】
甲状腺癌に対する感受性を与える遺伝的変異体についてのゲノム全体での分析を通して、本発明者らは、甲状腺癌のリスクと関連する変異体を含む染色体９ｑ２２．３３上の領域を同定した。マーカーｒｓ９６５５１３、ｒｓ９０７５８０およびｒｓ７０２４３４５は、甲状腺癌のリスクと有意に関連するということが見出された。最も強い関連シグナルは、マーカーｒｓ９６５５１３について観察された（ＯＲ  １．７７、Ｐ値  １．１８×１０−１５）。追跡調査解析により、アイスランドにおいて、ならびに米国およびスペインから得た試料において、ともに、この結果が確認された（ｒｓ９６５５１３についての全体のＰ値  １．７×１０−２７）。
【００８３】
ｒｓ９６５５１３マーカーは、広範な連鎖不平衡によって特徴付けられる染色体９ｑ２２．３３上の領域内に位置する。このような広範なＬＤの重要性は、その領域内のいくつかの遺伝的変異は、リスクのある変異体ｒｓ９６５５１３に対する代用物（例えばｒｓ９０７５８０およびｒｓ７０２４３４５、ならびにまたｒｓ１０７５９９４４、ｒｓ１０９８４１０３、ｒｓ９２５４８７およびｒｓ１４４３４３４を含む）であり、このようなマーカーもまた本発明を実現するのに有用であるということである。ｒｓ９６５５１３とＬＤであるため本発明を実現するのに有用な他のＳＮＰマーカーは、本願明細書中の表２に与えられている。以下でより詳細に論じられるように、代用マーカーは、領域のゲノム構造によっては、大きいゲノム領域にわたって広がり得る。例えば、本願明細書中の表２に記載されるｒｓ９６５５１３についての代用マーカーは、約６００ｋｂの領域（本願明細書においてＬＤブロックＣ０９とも呼ばれる）にまたがる。この領域で同定される甲状腺癌についての遺伝的危険率の生物学的重要性に関与する機能的単位は、原則として、広範なＬＤの領域内のどこにでも存在することができる。ｒｓ９６５５１３と特に高ＬＤ（例えば、以下でさらに記載するようにｒ２および／またはＤ’の高い値、例えば０．１または０．２よりも大きいｒ２値によって特徴付けられるＬＤ）であるマーカーは、このような単位の中にあるか、またはこのような単位と高ＬＤである可能性が非常に高い。
【００８４】
フォークヘッド因子Ｅ１（ＦｏｘＥ１；かつては甲状腺転写因子２（ＴＴＦ−２）と呼ばれていた）遺伝子は、ｒｓ９６５５１３の近くで、かつｒｓ９６５５１３と強いＬＤであるマーカーを含む領域内に位置する。この領域の中の他の遺伝子としては、ＸＰＡ、Ｃ９ｏｒｆ１５６およびＨＥＭＧＮ（図２）が挙げられる。このＦｏｘＥ１遺伝子は、甲状腺特異的遺伝子の発現を制御し（Ｄｅ  Ｆｅｌｉｃｅ，Ｍ．、およびＲ．Ｄｉ  Ｌａｕｒｏ．、Ｅｎｄｏｃｒ．Ｒｅｖ．  ２５：７２２−７４６（２００４）；Ｆｒａｎｃｉｓ−Ｌａｎｇ，Ｈ．ら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．  １２：５７６−５８８（１９９２）；Ｓｉｎｃｌａｉｒ，Ａ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．  １９３：３１１−３１８（１９９０））、それは甲状腺形成（Ｄａｔｈａｎ，Ｎ．、Ｒ．Ｐａｒｌａｔｏ、Ａ．Ｒｏｓｉｃａ、Ｍ．Ｄｅ  Ｆｅｌｉｃｅ、およびＲ．Ｄｉ  Ｌａｕｒｏ、Ｄｅｖ．Ｄｙｎ．  ２２４：４５０−４５６（２００２））および遊走（Ｄｅ  Ｆｅｌｉｃｅ，Ｍ．ら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．  １９：３９５−３９８（１９９８））にとって必須であり、甲状腺分化を惹起する転写因子および補助因子の制御ネットワークの中心にある（Ｐａｒｌａｔｏ，Ｒ．ら、Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．  ２７６：４６４−４７５（２００４））。ＦｏｘＥ１遺伝子の変異は、表現型の中でもとりわけ、甲状腺無形成と関連するヒトの症候群の原因となる（Ｃａｓｔａｎｅｔ，Ｍ．ら、Ｈｕｍ  Ｍｏｌ  Ｇｅｎｅｔ  １１：２０５１−９（２００２）；Ｃｌｉｆｔｏｎ−Ｂｌｉｇｈ，Ｒ．Ｊ．ら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．  １９：３９９−４０１（１９９８））。ＦｏｘＥ１は、甲状腺の分化した状態の維持のためにも必要である。なぜなら、それは、サイログロブリン（Ｔｇ）（Ｓａｎｔｉｓｔｅｂａｎ，Ｐ．ら、Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．  ６：１３１０−１３１７（１９９２））および甲状腺ペルオキシダーゼ（ＴＰＯ）（Ａｚａ−Ｂｌａｎｃ，Ｐ．、Ｒ．Ｄｉ  Ｌａｕｒｏ、およびＰ．Ｓａｎｔｉｓｔｅｂａｎ．  Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．  ７：１２９７−１３０６（１９９３））遺伝子などの甲状腺特異的遺伝子の転写のホルモンによる制御のために必須であるからである。ＴＰＯ遺伝子の発現は、ＴＴＦ−１（Ｎｋｘ２．１）、Ｐａｘ８、および核性因子１（ＮＦ−１）によっても制御される。これらの補助因子の中で、ＦｏｘＥ１は、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）およびインスリン様増殖因子１（ＩＧＦ−１）に対するＴＰＯ反応の主要なメディエーターである（Ａｚａ−Ｂｌａｎｃ，Ｐ．、Ｒ．Ｄｉ  Ｌａｕｒｏ、およびＰ．Ｓａｎｔｉｓｔｅｂａｎ．  Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．  ７：１２９７−１３０６（１９９３））。ＦｏｘＥ１の発現、ならびにそのＤＮＡ結合活性および転写活性は、ＴＳＨおよびＩＧＦ−１によって活性化され、ＦｏｘＥ１  ＤＮＡ結合部位は、甲状腺遺伝子の特異的発現を制御するホルモン応答配列を構成する（Ｏｒｔｉｚ，Ｌ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．  ２７２：２３３３４−２３３３９（１９９７））。ＦＯＸＥ１は、サイログロブリン（Ｔｇ）および甲状腺ペルオキシダーゼ（ＴＰＯ）遺伝子などの甲状腺特異的遺伝子の転写を制御することへのその関与に基づいて、甲状腺の分化した状態の維持のためにも必要である。これらの遺伝子の両方の制御された発現は、甲状腺ホルモン、トリヨードチロニン（Ｔ３）およびチロキシン（Ｔ４）の合成のために極めて重要である。なぜなら、ＴｇはＴ３およびＴ４の前駆体であり、それらの合成はＴＰＯによって触媒されるからである。主要な制御因子として作用する甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）は、甲状腺ホルモンの合成および分泌の制御にとって中心的な役割を果たす。
【００８５】
本発明者らは、ｒｓ９６５５１３が血清中のＴＳＨ、遊離Ｔ４および遊離Ｔ３のレベルと関連するということも見出した。これは、染色体９ｑ２２領域の中のマーカーと甲状腺癌および甲状腺癌に関連する生物活性との関連をさらに裏付ける。
【００８６】
（マーカーおよびハプロタイプの評価）
集団内のゲノム配列は、個体を比較すると同一ではない。ある程度、ゲノムは、ゲノム中の多くの部位で、個体間の配列変異性を呈する。このような配列の変異は、通常、多型性と呼ばれ、各ゲノム内に多くのこのような部位がある。例えば、ヒトゲノムは、平均５００塩基対ごとに生じる配列多様性を呈する。最も一般的な配列変異は、ゲノム中の単一の塩基位置の塩基変異からなり、このような配列変異、または多型性は、通常、一塩基多型（「ＳＮＰ」）と呼ばれる。これらのＳＮＰは、単一の突然変異事象によって生じていると考えられ、従って、通常、各ＳＮＰ部位において可能性を有する、２つの可能性のある対立遺伝子がある（本来の対立遺伝子および変異した対立遺伝子）。自然の遺伝的浮動、および、おそらくまた、選択圧によって、最初の変異は、いずれの所定の集団においてもその対立遺伝子の特定の頻度によって特徴付けられる多型性をもたらす。配列変異の多くの他の型は、ヒトゲノムにおいて見出され、ミニサテライトおよびマイクロサテライト、ならびに挿入、欠損、逆位（コピー数多型（ＣＮＶ）とも呼ばれる）を含む。多型のマイクロサテライトは、複数の小塩基反復（ＣＡ反復、相補鎖上のＴＧなど）を、反復長数が一般的な集団において異なる特定の部位に有する。一般論では、多形性部位に関する配列の各バージョンは、多形性部位の特定の対立遺伝子を表す。すべてのこれらの配列変異は、問題になっている配列変異を特徴付ける特定の多形性部位に生じる、多型性と呼ばれ得る。一般に、多型性は、あらゆる数の特定の対立遺伝子を含み得る。従って、本発明の１つの実施態様では、当該多型性は、いずれの所定の集団においても２つ以上の対立遺伝子の存在によって特徴付けられる。別の実施態様では、当該多型性は、３つ以上の対立遺伝子の存在によって特徴付けられる。他の実施態様では、当該多型性は、４つ以上の対立遺伝子、５つ以上の対立遺伝子、６つ以上の対立遺伝子、７つ以上の対立遺伝子、９つ以上の対立遺伝子、または１０以上の対立遺伝子によって特徴付けられる。すべてのこのような多型性は、本発明の方法およびキットに使用され得、従って、本発明の範囲内である。
【００８７】
その存在量によって、ＳＮＰは、ヒトゲノムの配列変異性の大部分について説明する。６００万超のＳＮＰが、現在までに確認されている（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ＳＮＰ／ｓｎｐ＿ｓｕｍｍａｒｙ．ｃｇｉ）。しかし、ＣＮＶは、ますます注目されている。これらの大規模な多型性（典型的には、１ｋｂ以上）は、構築されたヒトゲノムの実質的な割合に影響する多型の変異性を説明する。公知のＣＮＶはヒトゲノム配列の１５％超にわたる（ｃｏｖｅｒｙ）（Ｅｓｔｉｖｉｌｌ，Ｘ  Ａｒｍｅｎｇｏｌ；Ｌ．、ＰｌｏＳ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３：１７８７−９９（２００７）。ｈｔｔｐ：／／ｐｒｏｊｅｃｔｓ．ｔｃａｇ．ｃａ／ｖａｒｉａｔｉｏｎ／）。しかし、これらの多型性のほとんどは、非常に稀であり、平均して、各個体のゲノム配列の一部分のみに影響する。ＣＮＶは、遺伝子量の撹乱により遺伝子発現、表現型の変異性および適応に影響することが知られ、また、疾病（微小欠失疾患および微小重複疾患）の原因となることも知られ、一般的な複合疾患（ＨＩＶ−１感染および糸球体腎炎を含む）のリスクを与える（Ｒｅｄｏｎ，Ｒ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  ２３：４４４−４５４（２００６））。従って、前述のＣＮＶまたは未知のＣＮＶのいずれかが、甲状腺癌と関連のあると本願明細書に記載されたマーカーと連鎖不平衡の、原因となる変異体を表わす可能性がある。ＣＮＶの検出方法は、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）および遺伝子型の同定（Ｃａｒｔｅｒ  （Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３９：Ｓ１６−Ｓ２１（２００７））によって記載されたように、遺伝子型の同定アレイの使用を含む）を含む。ゲノムの変異体のデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｐｒｏｊｅｃｔｓ．ｔｃａｇ．ｃａ／ｖａｒｉａｔｉｏｎ／）は、記載されたＣＮＶの位置、型および大きさについての最新の情報を含む。当該データベースは、現在、１５，０００超のＣＮＶのデータを含む。
【００８８】
いくつかの例では、参照対立遺伝子を選択することなく、多形性部位の異なる対立遺伝子が参照される。あるいは、参照配列は、特定の多形性部位を意味し得る。参照対立遺伝子は、「野生型」の対立遺伝子と呼ばれることもあり、それは、第１に配列決定された対立遺伝子、または「非罹患の」個体（例えば、形質または疾病の表現型を示さない個体）からの対立遺伝子のいずれかとして通常は選択される。
【００８９】
本願明細書で述べられたＳＮＰマーカーの対立遺伝子は、使用されたＳＮＰアッセイにおいて多形性部位に生じる場合、塩基Ａ、Ｃ、ＧまたはＴを意味する。本願明細書で使用されるＳＮＰについての対立遺伝子コードは、下記のとおりである；１＝Ａ、２＝Ｃ、３＝Ｇ、４＝Ｔ。しかし、当業者は、逆のＤＮＡ鎖のアッセイまたは解読によって、相補的な対立遺伝子が各症例において判定され得ることを理解するだろう。従って、Ａ／Ｇ多型性によって特徴付けられる多形性部位（多型マーカー）について、使用されるアッセイは、可能性のある２つの塩基（すなわちＡおよびＧ）のうち１つまたは両方の存在を特異的に検出するように設計されてもよい。あるいは、鋳型ＤＮＡ上の逆ストランドを検出するように設計されたアッセイを設計することで、相補的塩基ＴおよびＣの存在が判定され得る。（例えば、相対リスクに関して）量的に、同一の結果が、いずれかのＤＮＡ鎖（＋鎖または−鎖）の判定から得られ得る。
【００９０】
典型的には、参照配列は、特定の配列を意味する。当該参照と異なる対立遺伝子は、「変異」対立遺伝子と呼ばれることもある。変異配列は、本願明細書で使用される場合、参照配列と異なるが、その他の点では実質的に類似である配列を意味する。本願明細書記載の多型の遺伝子マーカーの対立遺伝子は変異体である。変異体は、ポリペプチドに影響する変化を含み得る。配列の相違は、参照ヌクレオチド配列と比較した場合、以下を含み得る；フレームシフトをもたらす、１つのヌクレオチドの挿入もしくは欠損、または１より多いヌクレオチドの挿入もしくは欠損；コードされるアミノ酸中の変化をもたらす、少なくとも１つのヌクレオチドの変化；中途終止コドンの生成をもたらす、少なくとも１つのヌクレオチドの変化；ヌクレオチドによってコードされた１つまたは複数のアミノ酸の欠損をもたらす、いくつかのヌクレオチドの欠損；読み枠のコード配列の中断をもたらす、不等組み換えまたは遺伝子変換などによる１つまたはいくつかのヌクレオチドの挿入；すべてまたは一部の配列の重複；転座；またはヌクレオチド配列の再編成。このような配列変化は、核酸によってコードされたポリペプチドを変化させ得る。例えば、核酸配列の変化がフレームシフトを引き起こすと、当該フレームシフトはコードされたアミノ酸の変化をもたらし得、かつ／または、切断されたポリペプチドの生成をもたらす、中途終止コドンの生成をもたらし得る。あるいは、疾病または形質と関連する多型性は、１つまたは複数のヌクレオチドにおける同義の変化（すなわち、アミノ酸配列の変化をもたらさない変化）であり得る。このような多型性は、例えば、スプライス部位を変化させ得、ｍＲＮＡの安定性または輸送に影響し得、またはそうでなければコードされたポリペプチドの転写または翻訳に影響し得る。このような多型性はまた、構造の変化（増幅または欠損など）が体細胞レベルで生じるという可能性を増加させるようにＤＮＡを変化させ得る。参照ヌクレオチド配列にコードされたポリペプチドは、特定の参照アミノ酸配列を有する「参照」ポリペプチドであり、変異対立遺伝子によってコードされたポリペプチドは、変異アミノ酸配列を有する「変異」ポリペプチドと呼ばれる。
【００９１】
ハプロタイプは、ＤＮＡの一本鎖の分節に沿って並んだ対立遺伝子の特定の組み合わせによって特徴付けられる、そのＤＮＡの一本鎖の分節を意味する。二倍体の生物（ヒトなど）では、ハプロタイプは、各多型マーカーまたは遺伝子座の対の対立遺伝子のうちの１のメンバーを含む。ある実施態様では、当該ハプロタイプは、２つ以上の対立遺伝子、３つ以上の対立遺伝子、４つ以上の対立遺伝子、または５つ以上の対立遺伝子（各対立遺伝子は分節に沿った特定の多型マーカーに対応する）を含み得る。ハプロタイプは、多形性部位において特定の対立遺伝子を有する、様々な多型マーカーの組み合わせ（例えば、ＳＮＰとマイクロサテライト）を含み得る。従って、ハプロタイプは、様々な遺伝子マーカーの対立遺伝子の組み合わせを含む。
【００９２】
特定の多型マーカーおよび／またはハプロタイプの検出は、多形性部位の配列の検出のための、当該技術分野で公知の方法によって達成され得る。例えば、ＳＮＰおよび／またはマイクロサテライトマーカーの存在についての遺伝子型の同定の標準的な技術（ＰＣＲ、ＬＣＲ、ネステッドＰＣＲおよび核酸増幅のための他の技術を用いた、蛍光に基づいた技術（Ｃｈｅｎ  Ｘ．ら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．９（５）：４９２−９８（１９９９）；Ｋｕｔｙａｖｉｎら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．  ３４：ｅ１２８（２００６））など）が使用され得る。ＳＮＰ遺伝子型の同定について利用可能な特定の市販の方法論は、ＴａｑＭａｎ遺伝子型の同定アッセイおよびＳＮＰｌｅｘプラットフォーム（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ））、ゲル電気泳動（アプライドバイオシステムズ）、質量分析（例えば、ＭａｓｓＡＲＲＡＹシステム、シーケノム（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ））、ミニ配列分析法、リアルタイムＰＣＲ、Ｂｉｏ−Ｐｌｅｘシステム（バイオラッド（ＢｉｏＲａｄ））、ＣＥＱおよびＳＮＰｓｔｒｅａｍシステム（ベックマン（Ｂｅｃｋｍａｎ））、アレイハイブリダイゼーション技術（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップ、パーレジェン（Ｐｅｒｌｅｇｅｎ））、ビーズアレイ技術（例えば、イルミナ  ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅおよびＩｎｆｉｎｉｕｍアッセイ）、アレイタグ技術（例えば、Ｐａｒａｌｌｅｌｅ）、およびエンドヌクレアーゼに基づいた蛍光ハイブリダイゼーション技術（インベーダー法、サードウェイブ（Ｔｈｉｒｄ  Ｗａｖｅ））を含むが、これらに限定されない。利用できるアレイプラットフォームのいくつか（アフィメトリクス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）ＳＮＰアレイ  ６．０およびイルミナ  ＣＮＶ３７０−Ｄｕｏおよび１Ｍ  ビーズチップス（ＢｅａｄＣｈｉｐｓ）を含む）は、あるＣＮＶをタグするＳＮＰを含む。これにより、これらのプラットフォームに含まれた代用ＳＮＰによって、ＣＮＶの検出が可能となる。従って、当業者に利用可能なこれらのまたは他の方法の使用によって、多型マーカー（マイクロサテライト、ＳＮＰまたは他のタイプの多型マーカーを含む）の１つまたは複数の対立遺伝子を同定し得る。
【００９３】
本発明の構成では、疾病に対して増加した感受性（すなわち、増加したリスク）を有する個体は、当該疾病について増加した感受性（増加したリスク）を与える１つもしくは複数の多型マーカーの少なくとも１つの特定の対立遺伝子またはハプロタイプが同定された（すなわち、リスクのあるマーカー対立遺伝子またはハプロタイプ）個体である。当該リスクのあるマーカーまたはハプロタイプは、当該疾病の増加したリスク（増加した感受性）を与えるものである。１つの実施態様では、マーカーまたはハプロタイプに関連する有意性は、相対リスク（ＲＲ）によって判定される。別の実施態様では、マーカーまたはハプロタイプに関連する有意性は、オッズ比（ＯＲ）によって判定される。さらなる実施態様では、当該有意性は、割合（％）によって判定される。１つの実施態様では、有意に増加したリスクは、少なくとも１．２のリスク（相対リスクおよび／またはオッズ比）（少なくとも１．２、少なくとも１．３、少なくとも１．４、少なくとも１．５、少なくとも１．６、少なくとも１．７、１．８、少なくとも１．９、少なくとも２．０、少なくとも２．５、少なくとも３．０、少なくとも４．０、および少なくとも５．０を含むがこれらに限定されない）として判定される。特定の実施態様では、少なくとも１．２のリスク（相対リスクおよび／またはオッズ比）が有意である。別の特定の実施態様では、少なくとも１．３のリスクが有意である。さらに別の実施態様では、少なくとも１．４のリスクが有意である。さらなる実施態様では、少なくとも約１．５の相対リスクが有意である。別のさらなる実施態様では、リスクの有意な増加は、少なくとも約１．７が有意である。しかし、他のカットオフ、例えば、少なくとも１．１５、１．２５、１．３５などもまた考えられ、このようなカットオフもまた本発明の範囲内である。他の実施態様では、リスクの有意な増加は、少なくとも約２０％（約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、３００％、および５００％を含むがこれらに限定されない）である。１つの特定の実施態様では、リスクの有意な増加は、少なくとも２０％である。他の実施態様では、リスクの有意な増加は、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、および少なくとも１００％である。本発明を特徴付ける、当業者によって適しているとみなされる他のカットオフまたは範囲も、しかしまた考えられ、それらもまた本発明の範囲内である。ある実施態様では、リスクの有意な増加は、ｐ値が０．０５未満、０．０１未満、０．００１未満、０．０００１未満、０．００００１未満、０．０００００１未満、０．００００００１未満、０．０００００００１未満、または０．００００００００１未満などの、ｐ値によって特徴付けられる。
【００９４】
本願明細書に記載されるリスクのある多型マーカーまたはハプロタイプは、少なくとも１つのマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子またはハプロタイプが、比較群（対照）におけるその存在の頻度と比較して、疾病（もしくは形質）のリスクのある（罹患した）、または疾病と診断された個体においてより頻繁に存在するものであり、当該マーカーまたはハプロタイプの存在が疾病に対する感受性を示す。１つの実施態様では、対照群は、集団の試料、すなわち一般的な集団から得た確率標本であってもよい。対照群は、別の実施態様では、疾病フリーの個体群によって表される。このような疾病フリーの対照は、１つの実施態様では、１つまたは複数の特定の疾病に関連する症候の不存在によって特徴付けられてもよい。あるいは、この疾病フリーの対照は、当該疾病と診断されたことがない対照である。別の実施態様では、当該疾病フリーの対照群は、１つまたは複数の疾病特異的な危険因子の不存在によって特徴付けられる。このような危険因子は、１つの実施態様では、少なくとも１つの環境的な危険因子である。代表的な環境的因子は、特定の疾病または形質について発生のリスクに影響することが知られる、または影響すると考えられる天然物、鉱物または他の化学薬品である。他の環境的な危険因子は、生活スタイルに関連する危険因子である（飲食の習慣、主な居住環境の地理的な位置、および職業性危険因子を含むが、これらに限定されない）。別の実施態様では、危険因子は、少なくとも１つの遺伝的危険因子を含む。
【００９５】
相関についての簡易な検定の例は、２×２の表のフィッシャーの正確確率検定であり得る。所定の染色体コホートについて、マーカーまたはハプロタイプの両方を含む染色体数、マーカーまたはハプロタイプのうち片方のみを含むが、もう片方は含まない染色体数、およびマーカーまたはハプロタイプのどちらも含まない染色体数から、２×２の表が作成される。当業者に知られた他の関連の統計検定もまた考えられ、これらもまた本発明の範囲内である。
【００９６】
本発明の他の実施態様では、疾病または形質について減少した感受性（すなわち、減少したリスク）を有する個体は、疾病または形質について減少した感受性を与える１つまたは複数の多型マーカーの少なくとも１つの特定の対立遺伝子またはハプロタイプが同定された個体である。減少したリスクを与えるマーカー対立遺伝子および／またはハプロタイプはまた、保護的であると言える。１つの態様では、保護マーカーまたはハプロタイプは、疾病または形質の有意に減少したリスク（または感受性）を与えるものである。１つの実施態様では、有意に減少したリスクは、０．９０未満の相対リスク（またはオッズ比）（０．９０未満、０．８０未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満および０．１未満を含むが、これらに限定されない）として判定される。１つの特定の実施態様では、有意に減少したリスクは０．７未満である。別の実施態様では、有意に減少したリスクは、０．５未満である。さらに別の実施態様では、有意に減少したリスクは、０．３未満である。別の実施態様では、リスク（または感受性）の減少は、少なくとも２０％（少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％および少なくとも９８％を含むが、これらに限定されない）である。１つの特定の実施態様では、リスクの有意な減少は、少なくとも約３０％である。別の実施態様では、リスクの有意な減少は、少なくとも約５０％である。別の実施態様では、リスクの減少は、少なくとも約７０％である。本発明を特徴付ける、当業者によって適しているとみなされる他のカットオフまたは範囲も、しかしまた考えられ、それらもまた本発明の範囲内である。
【００９７】
当業者は、２つの対立遺伝子を有する多型マーカーが、検討された集団に存在し（ＳＮＰなど）、１つの対立遺伝子が、当該集団において形質または疾病を有する個体群中で対照と比較して増加した頻度が見出されると、マーカーのもう１つの対立遺伝子は、形質または疾病を有する個体群中で、対照と比較して、減少した頻度で見出されることが理解するだろう。このような場合は、マーカーの１つの対立遺伝子（形質または疾病を有する個体中で増加した頻度で見出されたもの）は、リスクのある対立遺伝子であり、一方、もう１つの対立遺伝子は保護的対立遺伝子となるだろう。
【００９８】
疾病または形質に関連する遺伝的変異は、所定の遺伝子型についての疾病のリスクを予測するために、単独で使用され得る。２対立形質のマーカー（ＳＮＰなど）については、３つの可能性のある遺伝子型がある（リスク変異のホモ接合体、ヘテロ接合体、およびリスク変異の非保有者）。複数の座位の変異と関連するリスクは、全体のリスクの評価に使用され得る。複数のＳＮＰ変異については、ｋ個の可能性のある遺伝子型（ｋ＝３ｎ×２ｐ）がある。ｎは、常染色体の座位数であり、ｐは、ゴノソーマルな（ｇｏｎｏｓｏｍａｌ）（性染色体の）座位数である。複数のリスク変異体についての全体のリスクアセスメントの算出は、通常、異なる遺伝的変異の相対リスクが掛かる、すなわち、特定の遺伝子型の組み合わせと関連する全体のリスク（例えば、ＲＲまたはＯＲ）が、各遺伝子座の遺伝子型のリスク値の積であることを想定している。性別および民族性をマッチさせた参照集団と比較して、示されたリスクが、ヒトまたはヒトの特定の遺伝子型の相対リスクである場合は、複合リスクは遺伝子座特異的なリスク値の積であり、また、これは当該集団と比較した全体的のリスク推定値と一致する。ヒトのリスクが、リスク対立遺伝子の非保有者との比較に基づく場合、複合リスクは、すべての座位の遺伝子型の所定の組み合わせを有する個人を、これらの座位のいずれでもリスク変異を有さない個体群と比較した推定値と一致する。いずれのリスク変異も有さない非保有者群は、最も低いリスク推定値を有し、自身（すなわち、非保有者）と比較した複合リスクが１．０であるが、集団と比較した全体のリスクは１．０未満である。非保有者群は潜在的に、特に多数の座位について、非常に小さいものであり得ることに注意すべきであり、この場合、その関連性は対応して小さい。
【００９９】
複合モデルは、通常、複合形質のデータにまずまず適合する簡潔なモデルである。多重度からの偏差は、一般的な疾病の一般的な変異に関連して稀に記載され、報告されたとしても、座位間の統計的相互作用を示すことができるように、非常に大きなサンプルサイズが通常要求されることから、通常、示唆的であるのみである。
【０１００】
例として、前立腺癌に関連すると記載されている全部で８つの変異を考えることにする（Ｇｕｄｍｕｎｄｓｓｏｎ，Ｊ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３９：６３１−７（２００７）、Ｇｕｄｍｕｎｄｓｓｏｎ，Ｊ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３９：９７７−８３（２００７）；Ｙｅａｇｅｒ，Ｍ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３９：６４５−４９（２００７）、Ａｍｕｎｄａｄｏｔｔｉｒ，Ｌ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３８：６５２−８  （２００６）；  Ｈａｉｍａｎ，Ｃ．Ａ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３９：６３８−４４（２００７））。これらの遺伝子座のうちの７つは常染色体の上にあり、残りの遺伝子座は染色体Ｘ上にある。理論上の遺伝子型の組み合わせの総数は、３７×２１＝４３７４である。これらの遺伝子型のクラスのいくつかは非常に稀であるが、依然として可能性があり、全体のリスクアセスメントに考慮されるべきである。複数の遺伝的変異の場合に適用される複合モデルはまた、遺伝的変異が「環境的な」因子と明瞭には相関していないと仮定して、非遺伝的危険変異と合わせることが妥当であろうと思われる。換言すれば、遺伝的リスクおよび非遺伝的リスクのある変異は、非遺伝的危険因子および遺伝的危険因子が相互作用していないと仮定して、複合リスクを推定するために複合モデル下で評価し得る。
【０１０１】
同様の定量的アプローチを使用し、甲状腺癌に関連する多数のこれらのおよび他の変異に関連する複合または全体のリスクを評価してもよい。これは、マーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：２）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：３）、またはそれらと連鎖不平衡のマーカーのうちのいずれかのものの組み合わせを含む。
【０１０２】
（連鎖不平衡）
各減数分裂事象の間に各染色体対に平均１度生じる、組み換えの自然現象は、自然が配列変異（および、結果生じる生物学的機能）をもたらす１つの方法を表す。組み換えはゲノム中でランダムには生じないことが発見された。ある程度、組み換え率の頻度に大きな変異があり、高い組み換え頻度の小領域（組み換えホットスポットとも呼ばれる）、および、低い組み換え頻度のより大きな領域（通常、連鎖不平衡（ＬＤ）ブロックと呼ばれる）をもたらす（Ｍｙｅｒｓ，Ｓ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｏｃ  Ｔｒａｎｓ  ３４：５２６−５３０（２００６）；Ｊｅｆｆｒｅｙｓ，Ａ．Ｊ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ  ２９：２１７−２２２（２００１）；Ｍａｙ，Ｃ．Ａ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ  ３１：２７２−２７５（２００２））。
【０１０３】
連鎖不平衡（ＬＤ）は、２つの遺伝因子の非ランダム分類を意味する。例えば、特定の遺伝因子（例えば、多型マーカーの対立遺伝子、またはハプロタイプ）が０．５０（５０％）の頻度で集団に生じ、別の因子が０．５０（５０％）の頻度で生じると、当該因子のランダム分布を仮定すると、ヒトが両因子を有すると予測される発生率は０．２５（２５％）である。しかし、２つの因子が０．２５より高い頻度でともに生じることが発見されると、それらの別個の発生頻度（例えば、対立遺伝子またはハプロタイプの頻度）における予測よりも高い割合で、ともに遺伝する傾向にあるため、当該因子は、連鎖不平衡であると言える。大まかに言うと、ＬＤは、一般的に、２つの因子間の組み換え事象の頻度と相関する。対立遺伝子またはハプロタイプの頻度は、集団内の個体の遺伝子型の同定、および集団の各対立遺伝子またはハプロタイプの発生頻度の測定によって、集団において判定し得る。二倍体の集団（例えば、ヒト集団）については、個体は、典型的に各遺伝因子（例えば、マーカー、ハプロタイプまたは遺伝子）について２つの対立遺伝子または対立遺伝子の組み合わせを有するだろう。
【０１０４】
多くの異なる基準が、連鎖不平衡（ＬＤ；Ｄｅｖｌｉｎ，Ｂ．およびＲｉｓｃｈ，Ｎ．、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２９：３１１−２２（１９９５）において概説されている）の強さの評価について提案されてきた。大部分は、対の２対立形質の部位間の関連の強さを捉える。２つの重要な対のＬＤの基準は、ｒ２（Δ２と表示されることもある）および｜Ｄ’｜である（Ｌｅｗｏｎｔｉｎ，Ｒ．、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４９：４９−６７（１９６４）；Ｈｉｌｌ，Ｗ．Ｇ．およびＲｏｂｅｒｔｓｏｎ，Ａ．  Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．２２：２２６−２３１（１９６８））。両基準とも、０（不平衡がない）から１（「完全な」不平衡）の範囲であるが、それらの解釈は少し異なる。｜Ｄ’｜は、２つまたは３つのみの可能性のあるハプロタイプが存在する場合１に等しく、すべての４つの可能性のあるハプロタイプが存在する場合に＜１となるように定義される。従って、＜１の｜Ｄ’｜値は、背景の組み換えが、２つの部位間（再発性変異もまた、｜Ｄ’｜を＜１にし得るが、一塩基多型（ＳＮＰ）については、これは通常、組み換えよりも可能性が少ないと考えられる）で起きたかもしれないことを示す。基準のｒ２は、２つの部位間の統計的相関を表し、２つのハプロタイプのみが存在する場合は、値は１である。
【０１０５】
ｒ２基準は、ｒ２と、感受性座位とＳＮＰとの間の関連を検出するのに必要な試料サイズとの間に単純な逆の関連性があるため、関連マッピングについてのほぼ間違いなく最も関連する基準である。これらの基準は、対の部位について定義されるが、いくつかの適用については、どの位強いＬＤが、多くの多形性部位を含む全体の領域をわたっているかについての判定が望ましいだろう（例えば、ＬＤの強さが座位間もしくは集団にわたって有意に異なっているかについての試験、または特定のモデル下で、領域に、予測されるよりも多かれ少なかれＬＤがあるかについての試験）。ある１つの領域にわたってＬＤを判定することは、容易なことではないが、１つのアプローチは、集団遺伝学で開発された判定基準ｒを使用することである。大まかに言うと、ｒは、データに見られるＬＤを生じるために特定の集団モデル下で、どの位の組み換えが必要とされるかを判定する。この型の方法はまた、潜在的に、ＬＤデータが組み換えホットスポットの存在についてのエビデンスを提供するかどうかについての判定の問題に対する、統計的に厳密なアプローチを提供し得る。本願明細書記載の方法において、有意なｒ２値は、少なくとも０．１（少なくとも０．１５、０．２、０．２５、０．３、０．３５、０．４、０．４５、０．５、０．５５、０．６、０．６５、０．７、０．７５、０．８、０．８５、０．９、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、または少なくとも０．９９など）であり得る。１つの好ましい実施態様では、有意なｒ２値は、少なくとも０．２であり得る。あるいは、本願明細書に記載される連鎖不平衡は、少なくとも０．２の｜Ｄ’｜値（０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．８５、０．９、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、または少なくとも０．９９など）によって特徴付けられる連鎖不平衡を意味する。従って、連鎖不平衡は別個のマーカーの対立遺伝子間の相関を表す。これは、相関係数または｜Ｄ’｜（最高１．０のｒ２および最高１．０の｜Ｄ’｜）によって評価される。ある実施態様では、連鎖不平衡は、ｒ２および｜Ｄ’｜基準の両方についての値によって定義される。１つのこのような実施態様では、有意な連鎖不平衡はｒ２＞０．１および｜Ｄ’｜＞０．８として定義される。別の実施態様では、有意な連鎖不平衡は、ｒ２＞０．２および｜Ｄ’｜＞０．９として定義される。連鎖不平衡を判定するためのｒ２および｜Ｄ’｜の値の他の組み合わせおよび順列（ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ）もまた企図され、それらも本発明の範囲内である。連鎖不平衡は、本願明細書で定義されたように、単一のヒト集団において判定し得、または複数のヒト集団からの個体を含む試料の収集物において判定し得る。本発明の１つの実施態様では、ＬＤは、（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈａｐｍａｐ．ｏｒｇ）で定義されたように、１つまたは複数のＨａｐＭａｐ集団（コーカサス人、アフリカ人、日本人、中国人）から得られた試料で判定される。このような実施態様の１つでは、ＬＤは、ＨａｐＭａｐ試料のＣＥＵ集団で判定される。別の実施態様では、ＬＤは、ＹＲＩ集団において判定される。さらに別の実施態様では、ＬＤは、アイスランド人の集団由来の試料において判定される。
【０１０６】
ゲノム中のすべての多型性が、集団レベルで同一の場合（すなわち、ＬＤなし）、すべての異なる多形状態を評価するために、それらのことごとくが、関連研究において検討されることが必要だろう。しかし、多型間の連鎖不平衡により、密接に連鎖した多型は強く関連し、有意な関連を観察するために関連研究において検討される必要がある多型の数は減る。ＬＤの別の結果は、多くの多型が、これらの多型が強く関連するという事実によって関連シグナルを与える可能性がある、ということである。
【０１０７】
ゲノムＬＤマップは、ゲノムにわたって作成されてきており、このようなＬＤマップは、疾病遺伝子のマッピングのためのフレームワークとして役立つと提案されてきている（Ｒｉｓｃｈ  Ｎ．およびＭｅｒｋｉａｎｇａｓ  Ｋ、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７３：１５１６−１５１７（１９９６）；Ｍａｎｉａｔｉｓ  Ｎ．ら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９９：２２２８−２２３３（２００２）；Ｒｅｉｃｈ  ＤＥら、Ｎａｔｕｒｅ  ４１１：１９９−２０４（２００１））。
【０１０８】
今では、ヒトゲノムの多くの部分が、少数の共通のハプロタイプを含む一連の別々のハプロタイプブロックに切断され得ることが確立されている。これらのブロックについては、連鎖不平衡データは、組み換えを示すエビデンスをわずかに提供するにすぎない（例えば、Ｗａｌｌ．、Ｊ．Ｄ．およびＰｒｉｔｃｈａｒｄ，Ｊ．Ｋ．、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４：５８７−５９７（２００３）；Ｄａｌｙ，Ｍ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．２９：２２９−２３２（２００１）；Ｇａｂｒｉｅｌ，Ｓ．Ｂ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９６：２２２５−２２２９（２００２）；Ｐａｔｉｌ，Ｎ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４：１７１９−１７２３（２００１）；Ｄａｗｓｏｎ，Ｅ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  ４１８：５４４−５４８（２００２）；Ｐｈｉｌｌｉｐｓ，Ｍ．Ｓ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．３３：３８２−３８７（２００３）を参照）。
【０１０９】
これらのハプロタイプブロックを定義する２つの主な方法がある。ブロックは、限られたハプロタイプの多様性を有するＤＮＡの領域（例えば、Ｄａｌｙ，Ｍ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．２９：２２９−２３２（２００１）；Ｐａｔｉｌ，Ｎ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４：１７１９−１７２３（２００１）；Ｄａｗｓｏｎ，Ｅ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  ４１８：５４４−５４８（２００２）；Ｚｈａｎｇ，Ｋ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９９：７３３５−７３３９（２００２）参照）、または、連鎖不平衡を使用して同定された、広範な背景の組み換えを有する転位ゾーン間の領域（例えば、Ｇａｂｒｉｅｌ，Ｓ．Ｂ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９６：２２２５−２２２９（２００２）；Ｐｈｉｌｌｉｐｓ，Ｍ．Ｓ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．３３：３８２−３８７（２００３）；Ｗａｎｇ，Ｎ．ら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．７１：１２２７−１２３４（２００２）；Ｓｔｕｍｐｆ，Ｍ．Ｐ．およびＧｏｌｄｓｔｅｉｎ，Ｄ．Ｂ．、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．１３：１−８（２００３）参照）として定義され得る。つい最近では、ヒトゲノムにわたる組み換え率および対応するホットスポットの、詳細なスケールのマップが、作成されてきている（Ｍｙｅｒｓ，Ｓ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１０：３２１−３２３２４（２００５）；Ｍｙｅｒｓ，Ｓ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｏｃ  Ｔｒａｎｓ  ３４：５２６５３０（２００６））。当該マップは、組み換え率が、ホットスポット中で１０〜６０ｃＭ／Ｍｂほど高く、一方、介在性領域では０に近く、従って、限られたハプロタイプの多様性および高いＬＤの領域を表す、ゲノムにわたる組み換えにおける莫大な変異を明らかにした。従って、当該マップは、組み換えホットスポットに隣接した領域として、ハプロタイプブロック／ＬＤブロックを定義することに使用され得る。本願明細書で使用される場合、用語「ハプロタイプブロック」または「ＬＤブロック」は、上述の特性、またはこのような領域を定義するために当業者によって使用される他の別の方法のいずれかによって定義されるブロックを含む。
【０１１０】
ハプロタイプブロック（ＬＤブロック）は、１つのマーカーまたは複数のマーカーを含むハプロタイプを使用して、表現型とハプロタイプ状態との間の関連をマッピングするために使用され得る。これらの主なハプロタイプは各ハプロタイプブロックにおいて特定され得、次いで一連の「タグした（ｔａｇｇｉｎｇ）」ＳＮＰまたはマーカー（当該ハプロタイプを区別するために必要とされるＳＮＰまたはマーカーの最小の組）が同定され得る。これらのタグしたＳＮＰまたはマーカーは、表現型とハプロタイプとの間の関連を特定するために、個体群由来の試料の評価で使用され得る。当該ハプロタイプブロック間で連鎖不平衡が存在し得るため、所望の場合、隣接するハプロタイプブロックは、同時に評価され得る。
【０１１１】
従って、ゲノム中の多型マーカーへの、所定の認められた関連のいずれについても、ゲノム中のさらなるマーカーもまた関連を示すことが明らかになって来た。このことは、組み換え率の大きな変動によって認められたように、ゲノムにわたるＬＤの不均等な分布の当然の結果である。従って、関連の検出のために使用されたマーカーは、ある意味では、所定の疾病または形質と関連する、ゲノム領域（すなわち、ハプロタイプブロックまたはＬＤブロック）の「タグ」を表し、従って本発明の方法およびキットで使用するために有用である。１つまたは複数の原因である（機能的）変異体または変異は、疾病または形質に関連することが見出された領域内に属していてもよい。機能的な変異体は、別のＳＮＰ、タンデムリピート多型性（ミニサテライトまたはマイクロサテライトなど）、転位因子、またはコピー数の変異（逆位、欠損または挿入など）であってもよい。本願明細書に記載された変異体とＬＤにあるこのような変異は、関連の検出のために使用されたタグしたマーカーについて認められたものより、高い相対リスク（ＲＲ）またはオッズ比（ＯＲ）を与えてもよい。従って、本発明は、本願明細書記載の疾病の関連の検出のために使用されたマーカー、および当該マーカーとの連鎖不平衡のマーカーを意味する。従って、本発明のある実施態様では、本願明細書に記載された本発明のマーカーおよび／またはハプロタイプとＬＤのマーカーは、代用マーカーとして使用されてもよい。代用マーカーは、１つの実施態様では、本願明細書に記載されたような当該疾病と関連することが最初に見出されたマーカーまたはハプロタイプについての相対リスク（ＲＲ）および／またはオッズ比（ＯＲ）値よりも小さい相対リスク（ＲＲ）および／またはオッズ比（ＯＲ）の値を有する。他の実施態様では、代用マーカーは、本願明細書記載のように、当該疾病に関連することが最初に見出されたマーカーで最初に判定されたものより大きいＲＲまたはＯＲ値を有する。このような実施態様の例は、本願明細書に記載されたものなどの、当該疾病と関連することが最初に見出された、より一般的な変異体（＞１０％集団における頻度）とＬＤにある、稀、または相対的に稀（対立遺伝子の集団における頻度が＜１０％）な変異体であろう。本願明細書記載のように、本発明者らによって見出された関連の検出のためにこのようなマーカーを同定および使用することは、当業者に周知のルーチンの方法によって行われ得、従ってこれらは本発明の範囲である。
【０１１２】
（ハプロタイプ頻度の測定）
患者および対照群におけるハプロタイプの頻度は、期待値最大化アルゴリズムを使用して評価され得る（Ｄｅｍｐｓｔｅｒ  Ａ．ら、Ｊ．Ｒ．Ｓｔａｔ．Ｓｏｃ．Ｂ、３９：１−３８（１９７７））。フェーズとともに、欠損した遺伝子型および不確定度を扱うことができる当該アルゴリズムの実行が使用され得る。帰無仮説下では、患者および対照は、同一の頻度を有すると想定される。尤度法を使用し、別の仮説が検討され、候補のリスクのあるハプロタイプ（本願明細書記載のマーカーを含み得る）は、対照よりも患者において高い頻度を有していてもよく、一方、他のハプロタイプの頻度の割合は、両群で同一であると想定される。尤度は、両仮説下で別々に最大化され、対応する１−ｄｆの可能性の割合の統計量は、統計的有意性を評価するために使用される。
【０１１３】
感受性領域内（例えば、ＬＤブロック領域内）のリスクのあるマーカーおよび保護マーカーならびにハプロタイプを探索するため、当該領域内の遺伝子型を同定されたマーカーのすべての可能性のある組み合わせの関連が検討される。合わされた患者および対照群は、本来の患者群および対照群とサイズが等しい、ランダムに２つのセットに分けられ得る。次いで、マーカーおよびハプロタイプ分析は、繰り返され、最も有意な記載されたｐ値が判定される。当該ランダム化スキームは、例えば、実験に基づいたｐ値の分布を作成するために、１００回を超えて繰り返され得る。好ましい実施態様では、ｐ値が＜０．０５であることは、有意なマーカーおよび／またはハプロタイプの関連性を示す。
【０１１４】
（ハプロタイプ分析）
ハプロタイプ分析の１つの一般的なアプローチは、ネステッド（ＮＥｓｔｅｄ）モデルに適用した尤度に基づいた推論の使用に関する（Ｇｒｅｔａｒｓｄｏｔｔｉｒ  Ｓ．ら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．３５：１３１−３８（２００３））。当該方法は、多くの多型マーカー、ＳＮＰおよびマイクロサテライトに適用してもよい、プログラムＮＥＭＯで行われる。当該方法およびソフトウェアは、異なるリスクを与えるハプロタイプ群を同定することを目的とする、症例と対照の研究のために特に設計される。これはまた、ＬＤ構造を研究するためのツールである。ＮＥＭＯでは、ＥＭアルゴリズムを活用して、観察されたデータについて最尤推定値、尤度比およびｐ値が直接的に算出され、観察されたデータについては欠損データの問題として扱う。
【０１１５】
フェーズにおける不確定度および欠損遺伝子型による情報の損失を捉える、観察されたデータについて直接的に算出される尤度に基づく尤度比検定は、妥当なｐ値を与えるために頼ることができるが、情報が不完全であることでどの位の量の情報が失われているのかについて知ることは依然として興味深い。ハプロタイプ分析のための情報測定は、ＮｉｃｏｌａｅおよびＫｏｎｇ（Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  Ｒｅｐｏｒｔ  ５３７、シカゴ大学、統計大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ）、統計学科；Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ、６０（２）：３６８−７５（２００４））に、連鎖分析のために定義された情報測定の自然な拡張として記載され、ＮＥＭＯにおいて実行される。
【０１１６】
疾病に関連する単一のマーカーについては、各個々の対立遺伝子の両側ｐ値を算出するために、フィッシャーの直接確率検定が使用され得る。通常は、すべてのｐ値は、特に示されない限り、多重比較について未調整で示される。（マイクロサテライト、ＳＮＰおよびハプロタイプについて）提示された頻度は、保有者頻度ではなく対立遺伝子頻度である。当該研究に家族として補充された患者の関連性によるいずれの偏りも最小化するため、第一および第二度近親者は患者リストから排除され得る。さらに、当該検定は、同胞群のためのこれまでに記載された分散調整の手順（Ｒｉｓｃｈ，Ｎ．およびＴｅｎｇ，Ｊ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．、８：１２７３−１２８８（１９９８））を拡張することで、患者間の残存する関連性の関連補正のために繰り返され得、そのため、それは一般的な家族性の関連に適用され得、そして比較のため、調整したｐ値および未調整のｐ値を両方示し得る。ゲノム制御の方法（Ｄｅｖｌｉｎ，Ｂ．およびＲｏｅｄｅｒ，Ｋ．  Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ  ５５：９９７（１９９９））はまた、個体および可能な層別化の関連性を調整するために使用され得る。相違は、予期されるように、一般的に非常に小さい。複数の検定について補正された単一マーカーの関連の有意性を評価するため、本発明者らは、同一の遺伝子型のデータを使用して、無作為化検定を行うことができる。患者および対照のコホートはランダム化され得、複数回の関連分析（例えば、最大５００，０００回）が再度行われ得、ｐ値は、元来の患者および対照のコホートを使用して本発明者らが観測したｐ値よりも低いか等しい、いくつかのマーカー対立遺伝子のｐ値を生じる反復の一部である。
【０１１７】
単一のマーカーおよびハプロタイプ分析の両方について、相対リスク（ＲＲ）および集団に起因するリスク（ＰＡＲ）は、複合モデル（ハプロタイプの相対リスクモデル）を仮定して算出され得る（Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ  Ｊ．Ｄ．およびＯｔｔ，Ｊ．、Ｈｕｍ．Ｈｅｒｅｄ．４２：３３７−４６（１９９２）、ならびにＦａｌｋ，Ｃ．Ｔ．およびＲｕｂｉｎｓｔｅｉｎ，Ｐ、Ａｎｎ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５１（Ｐｔ３）：２２７−３３（１９８７））。すなわち、ヒトが保有する２つの対立遺伝子／ハプロタイプのリスクは乗算で表される。例えば、ＲＲが、ａに関連するＡのリスクである場合、ヒトホモ接合体ＡＡのリスクは、ヘテロ接合体ＡａのリスクのＲＲ倍となり、ホモ接合体ａａのリスクのＲＲ２倍となる。複合モデルは、分析および計算を単純化する良好な性質を有する。ハプロタイプは罹患した集団内で、対照集団内同様に独立であり、すなわち、ハーディ・ワインベルグ平衡にある。結果として、罹患者および対照のハプロタイプ数は、それぞれ多項分布を有するが、別の仮説下で異なるハプロタイプの頻度を有する。特に、２つのハプロタイプ（ｈｉおよびｈｊ）については、リスク（ｈｉ）／リスク（ｈｊ）＝（ｆｉ／ｐｉ）／（ｆｊ／ｐｊ）であり、ｆおよびｐは、それぞれ、罹患した集団における頻度および対照集団における頻度を表す。真のモデルが乗算的ではない場合、いくらかの検出力の損失がある一方で、当該損失は、極端な症例以外では、軽度である傾向がある。最も重要なのは、帰無仮説に関して算出されるため、ｐ値が常に妥当であることである。
【０１１８】
１つの関連研究で検出される関連シグナルは、理想的には、同一のまたは異なる民族性の、異なる集団（例えば、同一の国の異なる領域、または異なる国）からの、第２のコホートで再現されてもよい。追試の利点は、追試で実施される試験の数であり、従って、適用される必要がある統計的基準はより厳密ではないことである。例えば、３００，０００ＳＮＰを使用した特定の疾病または形質の感受性変異体のゲノム全体での検索に対し、実施される３００，０００試験（各ＳＮＰについて１つ）について補正を行うことができる。典型的に使用されるアレイ上の多くのＳＮＰは、関連しているため（すなわち、ＬＤにあるため）、これらは独立ではない。従って、この補正は、保守的である。それにもかかわらず、この補正因子の適用は、この保守的検定（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ  ｔｅｓｔ）を単一の研究コホートから得た結果に適用するとき、そのシグナルが有意であるとみなされるためには、観察されたＰ値が、０．０５／３００，０００＝１．７×１０−７未満であることを必要とする。自明なことであるが、Ｐ値がこの保守的な閾値未満である、ゲノム全体での関連研究で見出されたシグナルは、真の遺伝効果の基準であることは明らかであり、さらなるコホートでの再現は、必ずしも統計的な観点からのものではない。しかし、当該補正因子は、実施された統計検定の数に依存するため、最初の研究から得た１つのシグナル（１つのＳＮＰ）が、第２の症例−対照コホートで再現された場合、有意性についての適切な統計検定は、１回の統計検定についてのものであり、すなわち、Ｐ値が０．０５未満である。１つまたはさらにいくつかの追加の症例−対照コホートでの追試は、さらなる集団における関連シグナルの評価を与えるという付加された利点を有し、従って、最初の発見を確認し、ヒト集団一般で試験される遺伝的変異（１つまたは複数）の全体の有意性の評価を与える。
【０１１９】
いくつかの症例−対照コホートから得た結果は、根底にある効果の全体の評価を与えるために合わされてもよい。複数の遺伝関連研究から得た結果を合わせるために一般的に使用される方法論は、マンテル・ヘンツェルモデルである（ＭａｎｔｅｌおよびＨａｅｎｓｚｅｌ、Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ２２：７１９−４８（１９５９））。当該モデルは、それぞれがおそらく遺伝的変異の異なる集団頻度を有する、異なる集団から得た関連結果が合わされる状況を扱うために設計されている。当該モデルは、ＯＲまたはＲＲによって判定される当該疾病のリスクに対する変異体の効果は、すべての集団で同一であるが、当該変異体の頻度は集団間で異なっているかもしれないと仮定して結果を合わせる。いくつかの集団から得た結果を合わせることは、合わせられたコホートによって与えられる、増加した統計的検出力による、現実の根底にある関連シグナルの全体の検出力が増加するという、付加された利点を有する。さらに、個体研究のいずれの欠損（例えば、症例および対照の不均等な組み合わせまたは集団の層別化による）は、複数のコホートから得た結果が合わせられると、相殺される傾向があるだろうから、ここでも再度、真の根底にある遺伝効果のより良い評価を与えるだろう。
【０１２０】
（リスクアセスメントおよび診断）
いずれの所定の集団内でも、疾病または形質が発生する絶対的なリスクがあり、特定の期間にわたってヒトが特定の疾病または形質を生じる可能性として定義される。例えば、乳癌についての女性の生涯の絶対的なリスクは９分の１である。つまり、９人のうち１人の女性は、その人生のある時点で乳癌を生じる。典型的には、リスクは、特定の個体を見るよりも、非常に多くの人々を見ることによって判定される。リスクはしばしば絶対的なリスク（ＡＲ）および相対リスク（ＲＲ）の観点から示される。相対リスクは、２つの変異に関連するリスクまたは人々の２つの異なる群のリスクを比較するために使用される。例えば、ある遺伝子型を有する人々の群を、異なる遺伝子型を有する別の群と比較するために使用され得る。疾病について、２の相対リスクは、１つの群が他の群に対して疾病を生じる２倍の可能性を有することを意味する。示されたリスクは、通常、性別および民族性をマッチさせた集団と比較した、ヒト、またはヒトの特定の遺伝子型についての相対リスクである。同一の性別および民族性の２個体のリスクは、簡潔な様式で比較され得る。例えば、集団と比較して、第１の個体の相対リスクが１．５であり、第２の個体の相対リスクが０．５である場合、第２の個体と比較した第１の個体のリスクは、１．５／０．５＝３である。
【０１２１】
（リスクの算出）
全体の遺伝的危険率を算出するためのモデルの創出には、２つの工程を伴う：ｉ）１つの遺伝的変異についてのオッズ比を相対リスクに変換すること、およびｉｉ）異なる遺伝子座における複数の変異に由来するリスクを１つの相対リスク値へと組み合わせること。
【０１２２】
（オッズ比からのリスクの誘導）
現在までに権威ある雑誌で刊行された、複合疾患についてのほとんどの遺伝子発見の研究は、それらのレトロスペクティブな設定のため、症例対照設計を用いてきた。これらの研究は、選択された組の症例（特定された病状を有する人々）および対照個体をサンプリングし、その遺伝子型を同定する。興味があるのは、症例および対照における頻度が有意に異なる遺伝的変異（対立遺伝子）である。
【０１２３】
結果は、典型的には、オッズ比で報告される。これは、罹患者の群  対  対照におけるリスク変異体（保有者）  対  非リスク変異体（非保有者）の割合（確率）の間の比であり、すなわち当該罹患状態を条件とする確率によって表される：
ＯＲ＝（Ｐｒ（ｃ｜Ａ）／Ｐｒ（ｎｃ｜Ａ））／（Ｐｒ（ｃ｜Ｃ）／Ｐｒ（ｎｃ｜Ｃ））
【０１２４】
しかし、時には、興味が持たれるのは、当該疾病についての絶対的なリスク、すなわち当該疾病にかかる当該リスク変異体を保有する個体の割合、または換言すると当該疾病にかかる確率であるということもある。この数は、症例対照研究では直接判定され得ない。なぜなら、一部には、症例  対  対照の比は、典型的には、一般的な集団におけるものとは同じではないからである。しかし、ある仮定の下で、このオッズ比からリスクを評価し得る。
【０１２５】
稀な疾病の仮定の下では、疾病の相対リスクはオッズ比によって近似し得るということは周知である。しかしこの仮定は、多くの一般的な疾病に対しては適用できないかもしれない。それでもなお、別の遺伝子型変異体に対する１つの遺伝子型変異体のリスクは、上で表されたオッズ比から評価され得るということは明らかである。対照が症例と同じ集団に由来する確率標本であり、厳密に罹患していない個体であるというよりは罹患した人々を含むランダム集団の対照という仮定の下では、算出は特に簡単である。サンプルサイズおよび検出力を高めるために、大きいゲノム全体での関連および再現研究の多くは、症例と年齢をマッチさせていない対照を使用し、かつその対照は、対照がその研究時に当該疾病を有していなかったということを確実にするために慎重に精査されてもいない。従って、正確ではないが、それらは、一般的集団に由来する確率標本を近似することが多い。この仮定が正確に満足されるということは稀であると予想されるが、当該リスク評価は、この仮定からの少しのずれに対しては通常はロバストであるということに留意されたい。
【０１２６】
リスク変異体保有者「ｃ」、および非保有者「ｎｃ」を有する優性および劣性モデル（ｔｈｅ  ｄｏｍｉｎａｎｔ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｒｅｃｅｓｓｉｖｅ  ｍｏｄｅｌ）について、個体のオッズ比はこれらの変異体間のリスク比と同じであるということが、算出によって示される：
ＯＲ＝Ｐｒ（Ａ｜ｃ）／Ｐｒ（Ａ｜ｎｃ）＝ｒ
【０１２７】
また同様に、リスクが２つの対立遺伝子のコピーに関連するリスクの積である複合モデルについて、対立遺伝子のオッズ比は危険因子に等しい：
ＯＲ＝Ｐｒ（Ａ｜ａａ）／Ｐｒ（Ａ｜ａｂ）＝Ｐｒ（Ａ｜ａｂ）／Ｐｒ（Ａ｜ｂｂ）＝ｒ
【０１２８】
ここで「ａ」はリスク対立遺伝子を表し、「ｂ」は非リスク対立遺伝子を表す。従って因子「ｒ」は、対立遺伝子のタイプの間の相対リスクである。
【０１２９】
複合疾患に関連する一般的な変異を報告する過去数年に刊行された研究の多くについて、当該複合モデルは、効果を十分に要約し、かつ優性および劣性モデルなどの代替のモデルよりも優れたデータに対する一致を最も頻繁に与えるということが見出された。
【０１３０】
（平均的な集団のリスクに対するリスク）
平均的な集団に対する遺伝的変異のリスクを表すことが最も簡便である。なぜなら、それは、ベースラインの集団のリスクと比べて、当該疾病の発生についての生涯リスクを伝えることをより容易にするからである。例えば、複合モデルでは、変異体「ａａ」についての相対的な集団リスクは、
ＲＲ（ａａ）＝Ｐｒ（Ａ｜ａａ）／Ｐｒ（Ａ）＝（Ｐｒ（Ａ｜ａａ）／Ｐｒ（Ａ｜ｂｂ））／（Ｐｒ（Ａ）／Ｐｒ（Ａ｜ｂｂ））＝ｒ２／（Ｐｒ（ａａ）ｒ２＋Ｐｒ（ａｂ）ｒ＋Ｐｒ（ｂｂ））＝ｒ２／（ｐ２ｒ２＋２ｐｑｒ＋ｑ２）＝ｒ２／Ｒ
として算出され得る。
【０１３１】
ここで「ｐ」および「ｑ」は、それぞれ「ａ」および「ｂ」の対立遺伝子の頻度である。同様に、ＲＲ（ａｂ）＝ｒ／ＲおよびＲＲ（ｂｂ）＝１／Ｒ  が得られる。対立遺伝子の頻度の評価は、オッズ比を報告する刊行物から、およびＨａｐＭａｐデータベースから、入手され得る。個体の遺伝子型が不明である症例においては、その試験またはマーカーについての相対的な遺伝的危険率は単に１に等しいということに留意されたい。
【０１３２】
一例として、２型糖尿病のリスクでは、染色体１０上のＴＣＦ７Ｌ２  遺伝子の中の当該疾病に関連するマーカーｒｓ７９０３１４６の対立遺伝子Ｔは、非スペイン系アメリカ人白人の集団では１．３７の対立遺伝子のＯＲ、および約０．２８の頻度（ｐ）を有する。遺伝子型ＣＣと比較した当該遺伝子型の相対リスクは、上記複合モデルに基づき評価される。
【０１３３】
ＴＴについては、それは１．３７×１．３７＝１．８８である；ＣＴについては、それは単にＯＲ  １．３７であり、ＣＣについては定義によりそれは１．０である。
【０１３４】
対立遺伝子Ｃの頻度は、ｑ＝１−ｐ＝１−０．２８＝０．７２である。このマーカーにおけるこの３つの可能性のある遺伝子型の各々の集団頻度は、
Ｐｒ（ＴＴ）＝ｐ２＝０．０８、Ｐｒ（ＣＴ）＝２ｐｑ  ＝０．４０、およびＰｒ（ＣＣ）＝ｑ２＝０．５２
である。
【０１３５】
遺伝子型ＣＣ（これは１のリスクを有すると定義されている）に対する平均的な集団リスクは、
Ｒ＝０．０８×１．８８＋０．４０×１．３７＋０．５２×１＝１．２２
である。
【０１３６】
従って、このマーカーにおける以下の遺伝子型のうちの１つを有する個体についての一般的集団に対するリスク（ＲＲ）は、
ＲＲ（ＴＴ）＝１．８８／１．２２＝１．５４、ＲＲ（ＣＴ）＝１．３７／１．２２＝１．１２、ＲＲ（ＣＣ）＝１／１．２２＝０．８２
である。
【０１３７】
（複数のマーカーからのリスクの組み合わせ）
多くのＳＮＰ変異の遺伝子型が個体についてのリスクを評価するために使用される場合、特段の記載がない限り、リスクについての複合モデルが仮定され得る。これは、当該集団に対する合わせた遺伝的危険率が、個々のマーカーについて、例えば２つのマーカーｇ１およびｇ２についての対応する評価の積として算出される：
ＲＲ（ｇ１，ｇ２）＝ＲＲ（ｇ１）ＲＲ（ｇ２）
ということを意味する。
【０１３８】
根底にある仮定は、危険因子は独立に発生し振舞うということ、すなわち結合条件付き確率は積として表され得る：
Ｐｒ（Ａ｜ｇ１，ｇ２）＝Ｐｒ（Ａ｜ｇ１）Ｐｒ（Ａ｜ｇ２）／Ｐｒ（Ａ）およびＰｒ（ｇ１，ｇ２）＝Ｐｒ（ｇ１）Ｐｒ（ｇ２）
ということである。
【０１３９】
この仮定に対する明白な違反は、２以上のリスク対立遺伝子の同時発生に相関性があるほどに、当該ゲノム上で密に間隔をあけられた、すなわち連鎖不平衡にあるマーカーである。このような場合では、相関性があるＳＮＰのすべての対立遺伝子の組み合わせに対してオッズ比が定義されるいわゆるハプロタイプモデリングが使用され得る。
【０１４０】
統計モデルが利用されるほとんどの場合のように、適用されるモデルは、まさに真実であるとは予想されない。なぜなら、それは、根底にある生物物理学的モデルに基づくからである。しかし、当該複合モデルは、今までのところ十分にデータに一致することが見出されている。すなわち多くのリスク変異体が発見されてきた多くの一般的な疾病について、著しいずれは検出されない。
【０１４１】
一例として、各マーカーにおけるこの集団に対するリスクとともに、２型糖尿病のリスクに関連する４つのマーカーにおいて以下の遺伝子型を有する個体について：
染色体３  ＰＰＡＲＧ  ＣＣ  算出されたリスク：ＲＲ（ＣＣ）＝１．０３
染色体６  ＣＤＫＡＬ１  ＧＧ  算出されたリスク：ＲＲ（ＧＧ）＝１．３０
染色体９  ＣＤＫＮ２Ａ  ＡＧ  算出されたリスク：ＲＲ（ＡＧ）＝０．８８
染色体１１  ＴＣＦ７Ｌ２  ＴＴ  算出されたリスク：ＲＲ（ＴＴ）＝１．５４。
【０１４２】
合わせると、この個体についてのこの集団に対する全体のリスクは、１．０３×１．３０×０．８８×１．５４＝１．８１である。
【０１４３】
（調整された生涯リスク）
個体の生涯リスクは、集団に対する全体の遺伝的危険率に、同じ民族性および性別の一般的集団におけるおよび当該個体の地理的起源の領域における当該疾病の平均の生涯リスクを乗じることにより誘導される。一般的集団リスクを定める際に選択するためのいくつかの疫学的研究が通常は存在するので、遺伝的変異について使用されてきた疾病の定義のために十分に検討された（ｗｅｌｌ−ｐｏｗｅｒｅｄ）研究を取り上げることにする。
【０１４４】
例えば、２型糖尿病について、集団に対する全体の遺伝的危険率が白人男性について１．８である場合、およびその個体の層（ｄｅｍｏｇｒａｐｈｉｃ）の個体についての２型糖尿病の平均的な生涯リスクが２０％である場合、その個体についての調整された生涯リスクは２０％×１．８＝３６％である。
【０１４５】
集団についての平均ＲＲは１であるため、この複合モデルは当該疾病の同じ平均的な調整された生涯リスクを与えるということに留意されたい。さらに、現実の生涯リスクは１００％を超え得ないため、遺伝的ＲＲに対して上限があるべきである。
【０１４６】
（甲状腺癌についてのリスクアセスメント）
本願明細書記載のように、このようなマーカーを含むある多型マーカーおよびハプロタイプは、甲状腺癌のリスクアセスメントに有用であることが見出された。リスクアセスメントは、甲状腺癌に対する感受性の診断のマーカーの使用に関連し得る。多型マーカー（例えばＳＮＰ）の特定の対立遺伝子は、甲状腺癌と診断されていない個体よりも、甲状腺癌を有する個体において、より頻繁であることが見出された。従って、これらのマーカー対立遺伝子は、個体において、甲状腺癌または甲状腺癌に対する感受性の検出の予測値を有する。本願明細書記載のリスクのある変異体（または保護的変異体）と連鎖不平衡のタグしたマーカーは、これらのマーカー（および／またはハプロタイプ）の代用物として使用され得る。このような代用マーカーは、特定のハプロタイプブロックまたはＬＤブロック内に位置し得る。このような代用マーカーはまた、時には、当該ＬＤブロック／ハプロタイプブロックのごく近傍のいずれかに、このようなハプロタイプブロックまたはＬＤブロックの物理的な境界の外側に位置し得るが、より遠く離れたゲノム位置に位置する可能性もある。
【０１４７】
長距離のＬＤは、例えば、特定のゲノムの領域（例えば、遺伝子）が機能的に関連している場合に生じ得る。例えば、２つの遺伝子が共通の代謝経路において役割を果たすタンパク質をコードする場合、１つの遺伝子における特定の変異は、他の遺伝子についての観察された変異に対して直接的な影響を及ぼし得る。１つの遺伝子の中の変異が遺伝子産物の増加した発現につながるという場合を考えよう。この効果を弱めて特定の経路の全体のフラックスを保存するために、この変異体は、その遺伝子の減少した発現レベルを与える第２の遺伝子での１つ（以上）の変異の選択につながったかもしれない。これらの２つの遺伝子は、おそらく異なる染色体上の異なるゲノムの部位に位置し得るが、当該遺伝子内の変異は、高ＬＤの領域内のそれらの共通の物理的な位置のためではなく、進化力により見かけ上ＬＤである。このようなＬＤも企図され、本発明の範囲内である。当業者なら、機能的な遺伝子−遺伝子相互作用の多くの他のシナリオが可能性を有し、本願明細書で論じられる特定の例は、１つのこのような可能性のあるシナリオを表しているにすぎないということは分かるであろう。
【０１４８】
ｒ２値が１に等しいマーカーは、リスクのある変異体の完全な代用物であり、すなわち、１つのマーカーの遺伝子型は、別の遺伝子型を完全に予測する。１より小さいｒ２値を有するマーカーはまた、リスクのある変異体の代用物となり得、あるいは、リスクのある変異体と同程度に高いかまたはおそらくはさらに高い相対リスク値を有する変異体を表す。同定されたリスクのある変異体は、それ自体機能的変異体ではないかもしれないが、当該例では、真の機能的変異体と連鎖不平衡にある。機能的な変異体は、例えば、タンデムリピート（ミニサテライトもしくはマイクロサテライトなど）、転位因子（例えば、Ａｌｕ因子）、または構造上の変化（欠損、挿入または逆位（コピー数変異、またはＣＮＶとも呼ばれることがある）など）であってもよい。本発明は、本願明細書で開示されたマーカーのこのような代用マーカーの評価を包含する。このようなマーカーは、当業者に周知のように、注解され、マッピングされ、および公的なデータベースに記載され、あるいは、個体群において本発明のマーカーによって同定された領域または領域の一部を配列決定し、そして得られた配列群の多型性を同定するによって、すぐに同定され得る。結果として、当業者は、すぐに、かつ過度の実験をすることなく、本願明細書記載の、マーカーおよび／またはハプロタイプと連鎖不平衡の代用マーカーの遺伝子型を同定できる。検出されたリスクのある変異体とＬＤにあるこれらのタグしたマーカーまたは代用マーカーはまた、個体における当該疾病への関連、または当該疾病に対する感受性を検出するための予測値を有する。本発明のマーカーとＬＤにあるこれらのタグしたマーカーまたは代用マーカーはまた、これらは同様に当該特定の疾病に対する感受性の検出の予測値を有するため、ハプロタイプを区別する他のマーカーを含み得る。
【０１４９】
ある実施態様では、本発明は、甲状腺癌に関連すると本願明細書に記載の変異体の存在についての、個体から入手したゲノムＤＮＡを含む試料の評価によって行われ得る。このような評価は、当業者に周知の方法およびさらに本願明細書記載の方法を使用し、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を検出する工程を典型的に含み、このような評価の成果に基づき、試料の由来である個体が、甲状腺癌の増加したリスクまたは減少したリスク（増加した感受性または減少した感受性）にあるかを判定する。多型マーカーの特定の対立遺伝子を検出することは、ある実施態様では、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を同定する、特定のヒト個体についての核酸配列データを入手することによって行われ得る。この少なくとも１つのマーカーの異なる対立遺伝子は、ヒトにおける当該疾病に対する異なる感受性と関連する。核酸配列データを入手することは、単一のヌクレオチド位置での核酸配列を含み得、ＳＮＰにおける対立遺伝子を同定するのにはこれで十分である。この核酸配列データは、特に複数のヌクレオチド位置を含む遺伝子マーカーに対しては、いずれの他の数のヌクレオチド位置で配列をも含み得、これは２〜数十万、おそらくは数百万でさえのヌクレオチド（特に、コピー数多型（ＣＮＶ）の場合）のどこにあってもよい。
【０１５０】
ある実施態様では、本発明は、疾病に関連する少なくとも１つの多型マーカー（または当該疾病に関連する少なくとも１つのマーカーと連鎖不平衡のマーカー）の遺伝子型の状態についての情報を含むデータセットを利用して行われ得る。換言すれば、例えば、ある多型マーカーまたは多数のマーカーにおける配列データ、遺伝子型の数の形態にあるこのような遺伝的状態についての情報（例えば、あるリスクのある対立遺伝子の存在または不存在の指標）を含むデータセット、または１つ以上のマーカーの実際の遺伝子型は、当該疾病に関連すると本願発明者によって示された、ある多型マーカーのあるリスクのある対立遺伝子の存在または不存在についてクエリされ得る。当該疾病に関連する変異体（例えば、マーカー対立遺伝子）についての陽性の結果は、本願明細書で示されたように、データセットの由来である個体が当該疾病の増加した感受性（増加したリスク）にあることを示す。
【０１５１】
本発明のある実施態様では、多型マーカーは、多型マーカーの遺伝子型のデータを、多型性の少なくとも１つの対立遺伝子と疾病との間の相関を含む検査表へ照会することによって、当該疾病に関連付けられる。いくつかの実施態様では、その表は１つの多型性についての相関を含む。他の実施態様では、表は多数の多型性についての相関を含む。両方のシナリオで、マーカーと当該疾病との間の相関の指標を与える検査表へ照会することによって、当該疾病のリスク、または当該疾病に対する感受性が試料の由来である個体において同定され得る。いくつかの実施態様では、相関は統計的判定基準として報告される。統計的判定基準はリスク判定基準（相対リスク（ＲＲ）、絶対的なリスク（ＡＲ）またはオッズ比（ＯＲ）など）として報告されてもよい。
【０１５２】
本願明細書に記載されたマーカー、例えば、表２に提示されたマーカー、例えばｒｓ９６５５１３（配列番号：１）は、単独または組合せてのいずれでも、リスクアセスメントおよび診断目的のために有用であり得る。本願明細書に記載されたマーカーに基づく甲状腺癌のリスクの結果はまた、全体のリスクを確立するために、甲状腺癌についての他の遺伝子マーカーまたは危険因子についてのデータと合わされ得る。従って、個々のマーカーによるリスクの増加が相対的に少ない、例えば１０〜３０％の程度である場合でさえ、その関連は、重要な影響をもたらし得る。従って、相対的に共通の変異は、全体のリスクに対して重要な寄与をし得る（集団に起因するリスクが高い）か、またはマーカーの組み合わせは、当該マーカーの合わせたリスクに基づいて、当該疾病の発生の有意な合わせたリスクにある個体群を定義するために使用され得る。
【０１５３】
従って、本発明のある実施態様では、複数の変異体（マーカーおよび／またはハプロタイプ）は、全体のリスクアセスメントのために用いられる。これらの変異体は、１つの実施態様では、本願明細書に開示された変異体から選択される。他の実施態様は、甲状腺癌に対する感受性の診断に有用であることが知られた他の変異体と組み合わせた本発明の変異体の使用を含む。このような実施態様では、多数のマーカーおよび／またはハプロタイプの遺伝子型の状態は、関連した変異体の集団における頻度、または臨床的に健康な被験者（年齢をマッチさせた被験者および性別をマッチさせた被験者など）の変異体の頻度と比較した、個体、および個体の状態について判定される。当該技術分野で公知の方法（多変量解析もしくは共同リスク解析、または当業者に知られた他の方法など）は、その後に、複数の部位の遺伝子型の状態に基づいて与えられた全体のリスクの判定のために使用されてもよい。このような分析に基づくリスクの評価は、本願明細書記載のように、その後に、本発明の方法、使用およびキットで使用されてもよい。
【０１５４】
甲状腺癌についてのリスクのある変異体に対してホモ接合である個体は、甲状腺癌の発生の特に高いリスクにある。これは、リスクのある対立遺伝子の用量依存的な効果に起因しており、そのため、ホモ接合保有者についてのリスクは、一般的に、各対立遺伝子のコピーについてのリスクの二乗と見積もられる。１つのそのような実施態様では、マーカーｒｓ９６５５１３の対立遺伝子Ａに対してホモ接合の個体は、一般的集団および／またはｒｓ９６５５１３−Ａリスク対立遺伝子の非保有者と比べて、甲状腺癌の特に高い発生のリスクにある。
【０１５５】
上述のように、ヒトゲノムのハプロタイプブロックの構造は、疾病または形質と元来関連した変異と連鎖不平衡にある数多くの変異（マーカーおよび／またはハプロタイプ）は、疾病または形質に対する関連の評価のための代用マーカーとして使用されてもよいという効果を有する。このような代用マーカーの数は、因子（領域内の背景の組み換え率、領域内の変異の頻度（すなわち、領域内の多形性部位またはマーカーの数）、および領域内のＬＤの程度（ＬＤブロックのサイズ）など）に依存するだろう。これらのマーカーは、通常、本願明細書記載の方法または他の当業者に知られた方法を使用して定義されるように、問題となっているＬＤブロックまたはハプロタイプブロックの物理的な境界内に位置する。しかし、時折、マーカーおよびハプロタイプの関連は、上で論じたように、定義されたハプロタイプブロックの物理的な境界を越えて拡張することが見出された。このようなマーカーおよび／またはハプロタイプはまた、これらの場合において、定義されたハプロタイプブロック内に物理的に属するマーカーおよび／またはハプロタイプの代用マーカーおよび／またはハプロタイプとして使用されてもよい。結果として、本発明のマーカーおよびハプロタイプとＬＤにあるマーカーおよびハプロタイプ（典型的には、０．１より大きいマーカー間ｒ２によって特徴付けられ、０．２より大きいｒ２など（０．３より大きいｒ２を含み、０．４より大きいｒ２値によって相関づけられるマーカーをまた含む））はまた、これらが定義されたハプロタイプブロックの境界を越えて物理的に位置している場合であっても、本発明の範囲内である。これは、本願明細書記載のマーカー（例えば、ｒｓ９６５５１３）を含むがまた、１または複数の表１０、表１５および表１９に記載されたマーカーと強いＬＤ（例えば、０．１より大きいｒ２、０．２より大きいｒ２および／または｜Ｄ’｜＞０．８によって特徴付けられる）にある他のマーカー（例えば、表２に記載されるマーカー）を含んでいてもよい。
【０１５６】
本願明細書記載のＳＮＰマーカーについて、患者において過剰であることが見出された対立遺伝子（リスクのある対立遺伝子）に対して逆の対立遺伝子は、甲状腺癌において頻度が減少していることが見出された。このようなマーカーとＬＤにあり、かつ／またはこのようなマーカーを含む、マーカーおよびハプロタイプは、従って、甲状腺癌に対して保護的であり、すなわち、これらは甲状腺癌を発生させるこれらのマーカーおよび／またはハプロタイプを保有する個体において減少したリスクまたは感受性を与える。
【０１５７】
あるハプロタイプを含めて、ある本発明の変異は、いくつかの症例では、様々な遺伝的マーカー（例えば、ＳＮＰおよびマイクロサテライト）の組み合わせを含む。ハプロタイプの検出は、多形性部位の配列の検出のための当該技術分野で公知の方法および／または本願明細書記載の方法によって達成され得る。さらに、あるハプロタイプまたはマーカーのセットと、疾病の表現型との間の相関は、標準的な技法を使用して検証され得る。相関についての簡易試験の代表的な例は、２×２の表のフィッシャーの直接確率検定であるだろう。
【０１５８】
特定の実施態様では、甲状腺癌に関連することが見出されたマーカー対立遺伝子またはハプロタイプ（例えば、表１に記載されたマーカー対立遺伝子）は、マーカー対立遺伝子またはハプロタイプが、健康な個体（対照）におけるその存在の頻度と比較して、または当該集団から無作為に選択された個体において、甲状腺癌のリスクのある（罹患した）個体により頻繁に存在するものであり、当該マーカー対立遺伝子またはハプロタイプの存在は、甲状腺癌に対する感受性を示す。他の実施態様では、甲状腺癌に関連することが本発明において見出された１または複数のマーカー（例えば、表１に記載されたマーカー対立遺伝子、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカー）と連鎖不平衡にあるリスクのあるマーカーは、健康な個体（対照）における、または当該集団から無作為に選択された個体におけるその存在の頻度と比較して、甲状腺癌のリスクのある（罹患した）個体により頻繁に存在するタグしたマーカーであり、当該タグしたマーカーの存在は、甲状腺癌に対する増加した感受性を示す。さらなる実施態様では、甲状腺癌に関連することが見出された１または複数のマーカーと連鎖不平衡の、リスクのあるマーカー対立遺伝子（すなわち、増加した感受性を与える）は、健康な個体（対照）におけるその存在の頻度と比較して、甲状腺癌のリスクのある個体により頻繁に存在する１または複数の対立遺伝子を含むマーカーであり、当該マーカーの存在は甲状腺癌に対する増加した感受性を示す。
【０１５９】
（集団の研究）
一般的な意味では、本発明の方法およびキットは、いずれの供給源およびいずれの個体に由来する核酸物質（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む試料から、またはこのような試料に由来する遺伝子型データからから利用され得る。好ましい実施態様では、個体はヒト個体である。個体は、成人、子供、または胎児であり得る。この核酸供給源は、核酸物質を含むいずれの試料であってもよく、例としては生物学的試料、またはそれに由来する核酸物質を含む試料が挙げられる。本発明はまた、標的集団のメンバーである個体のマーカーおよび／またはハプロタイプの評価について提供する。このような標的集団は、１つの実施態様では、他の遺伝要因、バイオマーカー、生物物理的なパラメータ、甲状腺癌または関連する疾病の履歴、甲状腺癌の以前の診断、甲状腺癌の家族歴）に基づく、甲状腺癌を発生させるリスクがある個体の集団または群である。標的集団は、ある実施態様では、診断医学または治療医学に起因する放射線被曝、核爆発から生じた放射性降下物、原子力発電所または他の放射活性源に起因する放射線被曝など、既知の放射線被曝をもつ集団または群である。
【０１６０】
本発明は、特定の年齢亜群（４０歳超、４５歳超、または５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、または８５歳超など）からの個体を含む実施態様を提供する。本発明の他の実施態様は、他の年齢群（８５歳未満の個体など、８０歳未満、７５歳未満、または７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、または３０歳未満など）に関する。他の実施態様は、甲状腺癌の発生時の年齢が上述の年齢幅のいずれかである個体に関する。年齢幅は、ある実施態様では、発生時の年齢が４５歳以上だが６０歳未満などであることに関連していてもよいことも考慮される。しかし、他の年齢幅もまた考慮され、上記の年齢の値によってひとまとめにされるすべての年齢幅を含む。本発明は、さらに、いずれかの性別（男性または女性）の個体に関する。
【０１６１】
アイスランド人の集団は、北欧の祖先を有するコーカサス人の集団である。アイスランド人の集団の遺伝的連鎖および関連の結果を報告する数多くの研究が、直近の数年間に発表されてきている。これらの研究の多くは、特定の疾病に関連しているとしてアイスランド人の集団で最初に同定された変異の複製を、他の集団でも示した（Ｓｔｙｒｋａｒｓｄｏｔｔｉｒ，Ｕ．ら、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ、２００８年４月２９日（印刷物に先駆けた電子出版）；Ｔｈｏｒｇｅｉｒｓｓｏｎ，Ｔ．ら、Ｎａｔｕｒｅ  ４５２：６３８−４２（２００８）；Ｇｕｄｍｕｎｄｓｓｏｎ，Ｊ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．  ４０：２８１−３（２００８）；Ｓｔａｃｅｙ，Ｓ．Ｎ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．  ３９：８６５−６９（２００７）；Ｈｅｌｇａｄｏｔｔｉｒ，Ａ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１６：１４９１−９３（２００７）；Ｓｔｅｉｎｔｈｏｒｓｄｏｔｔｉｒ，Ｖ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．  ３９：７７０−７５（２００７）；Ｇｕｄｍｕｎｄｓｓｏｎ，Ｊ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．  ３９：６３１−３７（２００７）；Ｆｒａｙｌｉｎｇ，ＴＭ、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔ  ８：６５７−６６２（２００７）；Ａｍｕｎｄａｄｏｔｔｉｒ，Ｌ．Ｔ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．  ３８：６５２−５８（２００６）；Ｇｒａｎｔ，Ｓ．Ｆ．ら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．  ３８：３２０−２３（２００６））。従って、アイスランド人の集団における遺伝的発見は、一般的に、他の集団（アフリカ人の集団およびアジア人の集団を含む）において再現されている。
【０１６２】
甲状腺癌に関連することが見出された本発明のマーカーは、他のヒト集団において同様の関連性を示すと考えられている。従って、ヒト個体集団を含む特定の実施態様もまた、考慮され、本発明の範囲内である。このような実施態様は、コーカサス人の集団、ヨーロッパ人の集団、アメリカ人の集団、ユーラシア人の集団、アジア人の集団、中央／南アジア人の集団、東アジア人の集団、中東人の集団、アフリカ人の集団、スペイン系アメリカ人の集団、およびオセアニア人の集団を含む（しかしこれらに限定されない）１または複数のヒト集団の出身であるヒト被験者に関する。ヨーロッパ人の集団は、スウェーデン人、ノルウェー人、フィンランド人、ロシア人、デンマーク人、アイスランド人、アイルランド人、ケルト人、英国人、スコットランド人、オランダ人、ベルギー人、フランス人、ドイツ人、スペイン人、ポルトガル人、イタリア人、ポーランド人、ブルガリア人、スラブ人、セルビア人、ボスニア人、チェコスロバキア（Ｃｈｅｃｈ）人、ギリシャ人およびトルコ人集団を含むが、これらに限定されない。さらに、本発明の他の実施態様では、バンツー人、マンデンク（Ｍａｎｄｅｎｋ）人、ヨルバ族、サン（Ｓａｎ）人、ムブティピグミー（Ｍｂｕｔｉ  Ｐｙｇｍｙ）族、オークニー諸島民、アディゲル（Ａｄｙｇｅｌ）人、ロシア人、サルデーニャ人、トスカナ人、モザバイト（Ｍｏｚａｂｉｔｅ）人、ベドウィン，ドゥルーズ（Ｄｒｕｚｅ）人、パレスチナ人，バロチ（Ｂａｌｏｃｈｉ）人、ブラーフーイ人、マクラーニー（Ｍａｋｒａｎｉ）人、シンド族、パサン族、ブルショー（Ｂｕｒｕｓｈｏ）族、ハザラ人、ウィグル人、カラシュ（Ｋａｌａｓｈ）族、ハン族、ダイ族、ダフール族、ホジェン（Ｈｅｚｈｅｎ）族、ラフ族、ミャオ族、オロチョン（Ｏｒｏｑｅｎ）族、シー（Ｓｈｅ）族、トゥチャ（Ｔｕｊｉａ）族、トゥ（Ｔｕ）族、シボ（Ｘｉｂｏ）族、イ族、モンゴル（Ｍｏｎｇｏｌａｎ）人、ナシ（Ｎａｘｉ）族、カンボジア人、日本人、ヤクート族、メラネシア人、パプア人、カーチアン（Ｋａｒｉｔｉａｎａｎ）人、スルイ（Ｓｕｒｕｉ）人、コロンビア（Ｃｏｌｍｂｉａｎ）人、マヤ人およびピマ族、を含む、特定のヒト集団において行われ得る。
【０１６３】
ある実施態様では、本発明は、黒色アフリカ人の祖先（アフリカ人の家系または系統のヒトを含む集団など）を含む集団に関する。黒色アフリカ人の祖先は、アフリカ系アメリカ人（Ａｆｒｉｃａｎ−Ａｍｅｒｉｃａｎｓ）、アフリカ系アメリカ人（Ａｆｒｏ−Ａｍｅｒｉｃａｎｓ）、黒色アメリカ人、黒色人種の一員である、または黒人（ｎｅｇｒｏ）人種の一員であるという自己申告によって判定されてもよい。例えば、アフリカ系アメリカ人または黒色アメリカ人は、北アメリカに住んでおり、かつアフリカの黒色人種の群のいずれかに起源を有するヒトである。別の例では、黒色アフリカ人祖先について自己申告したヒトは、少なくとも１人の黒色アフリカ人の祖先の親または少なくとも１人の黒色アフリカ人の祖先の祖父母を有していてもよい。１つの実施態様では、本発明は、コーカサス人の血統の個体に関する。
【０１６４】
個々の被験者における人種の寄与はまた、遺伝的分析によって判定されてもよい。系統の遺伝的分析は、非連鎖のマイクロサテライトマーカー（Ｓｍｉｔｈら、Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ７４、１００１−１３（２００４）に提示されるものなど）を使用して行ってもよい。
【０１６５】
ある実施態様では、本発明は、上述のように、特定の集団で同定されたマーカーおよび／またはハプロタイプに関する。当業者は、連鎖不平衡（ＬＤ）の判定基準は、異なる集団に適用した場合は異なる結果を与えてもよいことを理解するだろう。このことは、特定のゲノム領域におけるＬＤの相違を引き起こしたかもしれない、異なるヒト集団の異なる集団歴および異なる選択圧による。あるマーカー（例えば、ＳＮＰマーカー）は、異なる集団においては異なる頻度を有する、すなわち１つの集団では多型だが別の集団ではそうではないこともまた、当業者に周知である。しかし、当業者は、いずれかの所定のヒト集団で本発明を実行するために、利用可能であり、本願明細書で教示された方法を適用するだろう。このことは、特定の集団内で最も強い関連を与えるこれらのマーカーを同定するための、本発明のＬＤ領域における多型マーカーの評価を含んでいてもよい。従って、本発明のリスクのある変異体は、異なるハプロタイプの背景に、および様々なヒト集団において異なる頻度で属していてもよい。しかし、当該技術分野で公知の方法および本発明のマーカーを利用し、本発明は、所定のヒト集団いずれにおいても実行され得る。
【０１６６】
（甲状腺刺激ホルモン）
甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨまたはサイロトロピンとしても知られる）は、甲状腺の内分泌機能を制御する脳下垂体前葉の中の甲状腺刺激ホルモン産生細胞によって合成されて分泌されるペプチドホルモンである。ＴＳＨは甲状腺を刺激して、ホルモン、チロキシン（Ｔ４）およびトリヨードチロニン（Ｔ３）を分泌させる。ＴＳＨ産生は、甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＴＲＨ）によって制御され、この甲状腺刺激ホルモン放出ホルモンは、視床下部で作られて、上下垂体動脈を通って脳下垂体前葉へと運ばれ、そこでこの甲状腺刺激ホルモン放出ホルモンはＴＳＨの産生および放出を増加させる。ソマトスタチンもまた視床下部によって産生され、ＴＳＨの下垂体産生に対して反対の効果を有し、その放出を減少させるかまたは阻害する。
【０１６７】
血中の甲状腺ホルモン（Ｔ３およびＴ４）のレベルは、ＴＳＨの下垂体放出に対してある効果を有する；Ｔ３およびＴ４のレベルが低いとき、ＴＳＨの産生は高められ、逆に、Ｔ３およびＴ４のレベルが高いとき、ＴＳＨの産生は低められる。この効果は、制御上の負のフィードバックループを作り出す。
【０１６８】
チロキシン、または３，５，３’，５’−テトラヨードチロニン（Ｔ４と略されることが多い）は、甲状腺の濾胞細胞によって分泌される主要ホルモンである。Ｔ４は血中を運ばれ、分泌されたＴ４のうちの９９．９５％は、タンパク質に結合しており、おもにチロキシン結合グロブリン（ＴＢＧ）に結合しており、より少ない程度ではあるが、トランスサイレチンおよび血清アルブミンに結合している。Ｔ４は、体内での代謝過程の速度を制御すること、および身体の発育に影響を及ぼすことに関与する。チロキシンを投与すると、成体マウスの脳の中の神経増殖因子の濃度が著しく高まるということが示されている。
【０１６９】
視床下部で、Ｔ４は、Ｔ３としても知られるトリヨードチロニンに転化される。ＴＳＨは主にＴ３によって阻害される。甲状腺は、Ｔ３よりもＴ４を多量に放出し、そのためＴ４の血漿中濃度はＴ３の血漿中濃度よりも４０倍高い。循環しているＴ３のほとんどは、Ｔ４の脱ヨウ素化、すなわちＴ４の外側の環の上の炭素５からのヨウ素の除去を伴うプロセスによって末梢で形成される（８５％）。従って、Ｔ４は、Ｔ３のプロホルモンとして作用する。
【０１７０】
（遺伝子検査の有用性）
当業者は、本願明細書記載の変異は、一般的には、それらだけでは、甲状腺癌を生じるであろう個体の絶対的な同定を提供しないことを認め、理解するだろう。しかし、本願明細書記載の変異は、本発明のリスクのある変異または保護的変異を保有する個体が甲状腺癌を生じる増加したおよび／または減少した可能性を示す。本発明者らは、本願明細書中の実施例に提示される統計的に有意な結果に支持されるように、ある変異体が甲状腺癌の発生のリスクの増加をもたらすということを発見した。以下でより詳細に説明するように、この情報はそれ自体で極めて価値がある。なぜならこの情報は、例えば、初期段階で予防措置を開始するため、症候の進行および／もしくは出現をモニターするために定期的な理学的検査を実施するため、または初期段階で治療を施すことができるように初期の症候を同定するために定期的な間隔で検査を予定するために使用することができるからである。
【０１７１】
甲状腺癌の発生のリスクを与える遺伝的変異についての知識は、甲状腺癌を生じる増加したリスクを有する個体（すなわち、リスクのある変異の保有者）と、甲状腺癌を生じる減少したリスクを有する個体（すなわち、保護的変異の保有者）とを区別するための遺伝的試験を適用する機会を提供する。遺伝子検査の基本的価値は、上述の群の両方に属する個体について、早期の段階で疾病もしくは疾病に対する素因を診断でき、最も適切な治療を施すことができるために臨床医に疾病の予後診断／病原力についての情報を与えられる可能性である。
【０１７２】
甲状腺癌の家族歴を有する個体およびリスクのある変異体の保有者は遺伝子検査から利益を受け得る。なぜなら、遺伝的危険因子の存在、または１以上の危険因子の保有者であるという増加したリスクについてのエビデンスを知ることは、その疾病についての公知の環境的危険因子を回避または最小化することによってより健康的な生活習慣を実践するための誘因の高まりをもたらし得るからである。甲状腺癌と診断された患者の遺伝子検査はさらに、当該疾病の主要因についての価値ある情報を与え得、各個体についての最良の治療の選択肢および薬物療法を選択する上で臨床医を支援し得る。
【０１７３】
上で論じたように、甲状腺癌についての主要な既知の危険因子は放射線被曝である。米国内の甲状腺癌発生率は数十年間上昇し続けており（Ｄａｖｉｅｓ，Ｌ．およびＷｅｌｃｈ，Ｈ．Ｇ．、Ｊａｍａ、２９５、２１６４（２００６））、これは、甲状腺癌の真の発生の増加ではなく、無症候性癌の検出の増加に起因する可能性がある（Ｄａｖｉｅｓ，Ｌ．およびＷｅｌｃｈ，Ｈ．Ｇ．、Ｊａｍａ、２９５、２１６４（２００６））。１９８０年代の超音波検査および穿刺吸引細胞診の導入により、小結節の検出が改善され、小結節の細胞学的評価がよりルーチン化された（Ｒｏｊｅｓｋｉ，Ｍ．Ｔ．およびＧｈａｒｉｂ，Ｈ．、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ、３１３、４２８（１９８５）、Ｒｏｓｓ，Ｄ．Ｓ．、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ、９１、４２５３（２００６））。この高められた診断上の精査によって、潜在的には致死的な甲状腺癌の早期の検出が可能になる可能性がある。しかし、いくつかの研究は、甲状腺癌を、甲状腺癌と診断されていない人における一般的な剖検所見（最高３５％）として報告する（Ｂｏｎｄｅｓｏｎ，Ｌ．およびＬｊｕｎｇｂｅｒｇ，Ｏ．、Ｃａｎｃｅｒ、４７、３１９（１９８１）、Ｈａｒａｃｈ，Ｈ．Ｒ．ら、Ｃａｎｃｅｒ、５６、５３１  （１９８５）、Ｓｏｌａｒｅｓ，Ｃ．Ａ．ら、Ａｍ  Ｊ  Ｏｔｏｌａｒｙｎｇｏｌ、２６、８７（２００５）ならびにＳｏｂｒｉｎｈｏ−Ｓｉｍｏｅｓ，Ｍ．Ａ．、Ｓａｍｂａｄｅ，Ｍ．Ｃ．、およびＧｏｎｃａｌｖｅｓ，Ｖ．、Ｃａｎｃｅｒ、４３、１７０２（１９７９））。これは、多くの人は、その健康にとってほとんど脅威とならないかまたはまったく脅威とならない無症候性形態の甲状腺癌とともに生活しているということを示唆する。
【０１７４】
医師は、甲状腺癌疑いを裏付けるため、塊（しこり）のサイズおよび位置を特定するため、ならびにその塊（しこり）が非癌性（良性）または癌性（悪性）であるかどうかを判定するためにいくつかの検査を使用する。甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）検査などの血液検査は甲状腺機能をチェックする。
【０１７５】
ＴＳＨレベルは、甲状腺ホルモンの過剰（甲状腺機能亢進症）、または欠乏（甲状腺機能低下症）を患っていると疑われる患者の血液で検査される。一般的に、成人についてのＴＳＨの正常範囲は０．２〜１０μＩＵ／ｍＬ（ｍＩＵ／Ｌと等価である）である。治療中の患者についての最適なＴＳＨレベルは０．３〜３．０ｍＩＵ／Ｌの範囲である。ＴＳＨ測定値の解釈は、甲状腺ホルモン（Ｔ３およびＴ４）の血中レベルがどうであるかにも依存する。英国の国民保健サービスは、「正常」範囲は０．１〜５．０μＩＵ／ｍＬのようにもう少し高いと考えている。
【０１７６】
小児についてのＴＳＨレベルは、通常、はるかに高いところから始まる。２００２年に、米国の臨床生化学アカデミー（ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、ＮＡＣＢ）は、年齢に関連する参考限界値を推奨した。これは、出生時の満期分娩の乳児（ｎｏｒｍａｌ  ｔｅｒｍ  ｉｎｆａｎｔ）についての約１．３〜１９μＩＵ／ｍＬから始まり、１０週齢で０．６〜１０μＩＵ／ｍＬに、１４ヶ月で０．４〜７．０μＩＵ／ｍＬに低下し、そして小児期および思春期に成人のレベル、０．４〜４．０μＩＵ／ｍＬに徐々に低下する。特に甲状腺抗体が高められている場合には、２．０μＩＵ／ｍＬを超える最初に測定されたＴＳＨレベルをもつ成人は２０年間にわたって（２０年後に）甲状腺機能低下症を発症する増加したオッズ比を有するということが研究により示されたため、成人についての正常（９５％）範囲は０．４〜２．５μＩＵ／ｍＬへと下げられると見込まれるともＮＡＣＢは述べた。
【０１７７】
一般に、特定の甲状腺機能障害が原発性の下垂体または原発性の甲状腺の疾病によってどこで引き起こされるかを解明するためには、ＴＳＨならびにＴ３およびＴ４の両方が測定されるべきである。両方が高い（または低い）場合は、問題はおそらくは下垂体でのものである。１つの成分（ＴＳＨ）が高く、他の成分（Ｔ３およびＴ４）が低い場合は、疾病はおそらくは甲状腺自体でのものである。同じことは、低ＴＳＨ、高Ｔ３およびＴ４の知見にも当てはまる。
【０１７８】
甲状腺癌についての根底にある遺伝的危険因子についての知識は、甲状腺癌についてのスクリーニングプログラムの適用で利用され得る。従って、甲状腺癌についてのリスクのある変異体の保有者は、非保有者よりも頻繁なスクリーニングから利益を受け得る。リスクのある変異体のホモ接合保有者は、特に甲状腺癌を発症するリスクがある。
【０１７９】
特定の遺伝子プロファイル、例えば本願明細書に記載された甲状腺癌についての特定のリスクのある対立遺伝子（例えばｒｓ９６５５１３−Ａ）の存在に関してＴＳＨ、Ｔ３およびＴ４のレベルを測定することは有益であり得る。ＴＳＨ、Ｔ３およびＴ４は甲状腺機能の判断基準であるので、診断上および予防上のスクリーニングプログラムは、このような臨床的測定を含む分析から利益を受けることになる。例えば、ｒｓ９６５５１３−Ａの少なくとも１つのコピーの存在の判定と合わせたＴＳＨの異常な（増加したまたは減少した）レベルは、個体が甲状腺癌の発生のリスクにあるということを示す。１つの実施態様では、ｒｓ９６５５１３−Ａの存在に関しての個体におけるＴＳＨの減少したレベルの判定は、個体についての甲状腺癌の増加したリスクを示す。
【０１８０】
また、保有者は、超音波検査および／または細針生検を含めたより広範なスクリーニングから利益を受け得る。スクリーニングプログラムの目的は、癌を初期段階で検出することである。公知のリスク変異体に関して個体の遺伝子状態を知ることは、適用できるスクリーニングプログラムの選択を支援し得る。ある実施態様では、放射性ヨウ素（ＲＡＩ）スキャン、超音波検査、ＣＴスキャン（ＣＡＴスキャン）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、ポジトロンエミッショントモグラフィ（ＰＥＴ）スキャン、穿刺吸引細胞診および外科生検から選択される１以上の診断ツールと一緒に、本願明細書に記載された甲状腺癌についてのリスクのある変異体を使用することは有用であり得る。
【０１８１】
（方法）
疾病のリスクアセスメントおよびリスクマネジメントについての方法が本願明細書に記載され、本発明により包含される。本発明はまた、治療薬に対する反応の可能性について個体を評価する方法、治療薬、核酸、ポリペプチドおよび抗体およびコンピューターで実施される機能の有効性を予測する方法を包含する。本願明細書中に与えられる種々の方法で使用するためのキットも、本発明によって包含される。
【０１８２】
（診断方法およびスクリーニング方法）
ある実施態様では、本発明は、甲状腺癌と診断された被験者もしくは甲状腺癌に感受性がある被験者においてより頻繁に表れる遺伝子マーカーの特定の対立遺伝子を検出することよる、甲状腺癌もしくは甲状腺癌に対する感受性の診断方法、または診断の補助方法に関する。特定の実施態様では、本発明は、少なくとも１つの多型マーカー（例えば、本願明細書記載のマーカー）の少なくとも１つの対立遺伝子を検出することによる、甲状腺癌に対する感受性の判定方法である。他の実施態様では、本発明は、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を検出することによる、甲状腺癌に対する感受性の診断方法に関する。本発明は、特定のマーカーの特定の対立遺伝子またはハプロタイプの検出が甲状腺癌に対する感受性を示す方法について記載する。このような予後診断のアッセイまたは予測的なアッセイはまた、甲状腺癌の症状の発生前の被験者の予防的な治療の判定に使用され得る。
【０１８３】
本発明は、いくつかの実施態様では、診断、例えば、医療専門家によって行われる診断の臨床的適用の方法に関する。他の実施態様では、本発明は、素人によって行われる感受性の診断方法または判定方法に関する。当該素人は、遺伝子型の同定サービスの顧客であり得る。当該素人はまた、個体（すなわち、当該顧客）の遺伝子型の状態に基づく、特定の形質または疾病についての遺伝的危険因子に関するサービスを提供するための、当該個体から得たＤＮＡ試料上で遺伝子型分析を行う遺伝子型サービスの提供者であってもよい。遺伝子型の同定技術についての近年の技術的進歩（ＳＮＰマーカーの高処理の遺伝子型の同定（分子反転プローブアレイ技術（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップ）など）、およびビーズアレイ技術（例えば、イルミナ（イルミナ）ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅアッセイおよびＩｎｆｉｎｉｕｍアッセイ）を含む）は、個体が、彼ら自身のゲノムが最大１００万のＳＮＰについて同時に、相対的に低い費用で、評価されることを可能にする。得られた遺伝子型の情報は、当該個体に利用可能となり、様々なＳＮＰに関連する疾病または形質リスクについての情報（公的な文献および科学出版物からの情報を含む）と比較され得る。従って、本願明細書記載の疾病に関連する対立遺伝子の診断の適用は、例えば、当該個体の遺伝子型のデータの分析を通じて当該個体によって、臨床試験の結果に基づいて医療従事者によって、または遺伝子型サービス提供者を含む第三者によって行われ得る。当該第三者は、特定の遺伝的危険因子（本願明細書に記載された遺伝子マーカーを含む）に関するサービスを提供するために当該顧客から得た遺伝子型情報を解釈するサービス提供者であってもよい。換言すれば、遺伝的危険率の感受性の診断もしくは判定は、個体の遺伝子型の状態についての情報および特定の遺伝的危険因子（例えば、特定のＳＮＰ）によって与えられ得るリスクについての知識に基づいて、医療従事者、遺伝的カウンセラー、遺伝子型の同定サービスを提供する第三者、リスクアセスメントサービスを提供する第三者、または素人（例えば、当該個体）によってされ得る。本願明細書の文脈では、用語「診断」、「感受性を診断する」および「感受性を判定する」とは、利用可能な診断方法（上記記載のものを含む）のいずれをも指すことを意味する。
【０１８４】
ある実施態様では、個体から得たゲノムＤＮＡを含む試料が集められる。このような試料は、例えば、さらに本願明細書に記載されるように、頬スワブ、唾液試料、血液試料、またはゲノムＤＮＡを含む他の適した試料であり得る。次いで、当該ゲノムＤＮＡは、当業者が利用できるいずれかの一般的な技術（高処理アレイ技術など）を使用して分析される。このような遺伝子型の同定から得た結果は、簡便なデータ保存ユニット（コンピューターデータベースを含むデータ保有物、データ保存ディスク、または他の簡便なデータ保存手段など）に保存される。ある実施態様では、当該コンピューターデータベースは、オブジェクトデータベース、リレーショナルデータベースまたはポストリレーショナルデータベースである。当該遺伝子型データは、引き続いて、特定のヒトの状態の感受性変異体であることが知られるある変異体（本願明細書で記載された遺伝的変異体など）の存在について分析される。遺伝子型データは、いずれの簡便なデータクエリ方法を使用して、データ保存ユニットから検索され得る。当該個体の特定の遺伝子型によって与えられるリスクの算出は、当該個体の遺伝子型を、例えば、特定の疾病または形質（甲状腺癌など）についてのリスクのある変異体のヘテロ接合性の保有者に対して、当該遺伝子型について、以前に判定されたリスク（例えば、相対リスク（ＲＲ）またはおよびオッズ比（ＯＲ）として表わされる）と比較することに基づくことができる。当該個体について算出されたリスクは、性別および民族性がマッチされた平均的な集団と比較した、ヒトについての相対リスクまたはヒトの特定の遺伝子型の相対リスクであってもよい。当該平均的な集団のリスクは、参照集団から得た結果を使用して、異なる遺伝子型のリスクの加重平均として表わしてもよく、次いで当該集団に対する遺伝子型群のリスクを算出するための適切な算出を行ってもよい。あるいは、個体のリスクは、特定の遺伝子型の比較、例えば、リスクのある対立遺伝子の非保有者と比較した、マーカーのリスクのある対立遺伝子のヘテロ接合性の保有者の比較に基づく。集団平均の使用は、ある実施態様では、それが当該使用者にとって解釈しやすい基準、すなわち、当該集団の平均と比較して、当該個体の遺伝子型に基づき、個体のリスクを与える基準を供給するため、より簡便であることがある。評価され、算出されたリスクは、ウェブサイト、好ましくは安全なウェブサイトを通じて顧客が利用できるようになり得る。
【０１８５】
ある実施態様では、サービス提供者は、顧客によって提供された試料から得たゲノムＤＮＡの単離工程、単離されたＤＮＡの遺伝子型の同定の実行工程、遺伝子型データに基づく遺伝的危険率の算出工程、および当該顧客にリスクを報告すること、の全工程を、提供されたサービスに含めるだろう。いくつかの他の実施態様では、当該サービス提供者は、当該個体についての遺伝子型データの解釈、すなわち、当該個体の遺伝子型データに基づく特定の遺伝的変異のリスク評価を、サービスに含めるだろう。いくつかの他の実施態様では、当該サービス提供者は、個体（顧客）から単離されたＤＮＡの試料から開始した、遺伝子型の同定サービスおよび遺伝子型データの解釈を含むサービスを含めてもよい。
【０１８６】
複数のリスク変異体についての全体のリスクは、標準的な方法論を使用して行われ得る。例えば、複合モデルの仮定、すなわち、全体の効果を確立するために個々のリスク変異体のリスクが乗算として表されるという仮定は、複数のマーカーについての全体のリスクの単純な算出を可能にする。
【０１８７】
さらに、ある他の実施態様では、本発明は、甲状腺癌と診断されていない個体もしくは一般的な集団よりも、甲状腺癌患者に頻繁に表れていない特定の遺伝子マーカー対立遺伝子またはハプロタイプを検出することによる、甲状腺癌に対する減少した感受性についての判定方法に関する。
【０１８８】
本願明細書において記載され例証されるように、特定のマーカー対立遺伝子またはハプロタイプ（例えばｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカー）は、甲状腺癌のリスクに関連する。１つの実施態様では、マーカー対立遺伝子またはハプロタイプは、甲状腺癌に対する有意なリスクまたは感受性を与えるものである。別の実施態様では、本発明はヒト個体の甲状腺癌に対する感受性の判定方法に関し、当該方法は、当該個体から入手した核酸試料の、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在の判定を含み、当該少なくとも１つの多型マーカーは、表２に列挙される多型マーカーからなる群から選択される。別の実施態様では、本発明は、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：８１）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：６６）から選択される少なくとも１つのマーカーについてのスクリーニングによる、ヒト個体の甲状腺癌に対する感受性の診断方法に関する。別の実施態様では、マーカー対立遺伝子またはハプロタイプは、甲状腺癌を有する、または甲状腺癌に感受性がある（罹患している）被験者において、健康な被験者（集団対照などの対照）におけるその存在の頻度に比較して、より頻繁に存在する。ある実施態様では、少なくとも１つのマーカー対立遺伝子またはハプロタイプの関連の有意性は、ｐ値＜０．０５によって特徴付けられる。他の実施態様では、関連の有意性は、より小さいｐ値（＜０．０１、＜０．００１、＜０．０００１、＜０．００００１、＜０．０００００１、＜０．００００００１、＜０．０００００００１つまたは＜０．００００００００１など）によって特徴付けられる。
【０１８９】
これらの実施態様では、少なくとも１つのマーカー対立遺伝子またはハプロタイプの存在は、甲状腺癌に対する感受性を示す。これらの診断方法には、甲状腺癌のリスクと関連する特定の対立遺伝子またはハプロタイプが特定の個体に存在するかどうかを判定することが伴う。本願明細書に記載されたハプロタイプは、種々の遺伝子マーカーの対立遺伝子の組み合わせ（例えば、ＳＮＰ、マイクロサテライトまたは他の遺伝的変異）を含む。特定のハプロタイプを構成する特定の遺伝子マーカー対立遺伝子の検出は、本願明細書記載の様々な方法および／または当該技術分野で知られた方法によって行われ得る。例えば、遺伝子マーカーは、核酸レベル（例えば、直接のヌクレオチド配列決定、または当業者に知られた他の遺伝子型同定手段による）または、遺伝子マーカーがタンパク質のコード配列に影響する場合は、アミノ酸レベル（例えば、タンパク質配列決定またはこのようなタンパク質を認識する抗体を使用したイムノアッセイによる）で検出され得る。本発明のマーカー対立遺伝子またはハプロタイプは、甲状腺癌に関連するゲノム分節（例えば、遺伝子）の断片に対応する。このような断片は、問題となっている多型マーカーまたはハプロタイプのＤＮＡ配列を含むがまた、マーカーまたはハプロタイプと強いＬＤ（連鎖不平衡）のＤＮＡ分節を含んでいてもよい。１つの実施態様では、このような分節は、（０．２超のｒ２値および／または｜Ｄ’｜＞０．８によって判定されるような）当該マーカーまたはハプロタイプとＬＤにある分節を含む。
【０１９０】
１つの実施態様では、甲状腺癌に対する感受性の判定は、ハイブリダイゼーション法を使用して達成され得る（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．ら、編集、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ参照、すべての補遣を含む）。特異的なマーカー対立遺伝子の存在は、特定の対立遺伝子に特異的な核酸プローブの配列特異的なハイブリダイゼーションによって示され得る。複数の特定のマーカー対立遺伝子または特定のハプロタイプの存在は、それぞれ特定の対立遺伝子に特異的ないくつかの配列特異的な核酸プローブを使用することによって示され得る。配列特異的なプローブは、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｃＤＮＡにハイブリダイズするように向けられ得る。「核酸プローブ」は、本願明細書で使用される場合、相補的配列にハイブリダイズするＤＮＡプローブまたはＲＮＡプローブであり得る。当業者であれば、配列特異的なハイブリダイゼーションが、試験試料に由来する特定の対立遺伝子が試験試料のゲノム配列に存在する場合のみに生じるように、このようなプローブを設計する方法を知っているだろう。本発明はまた、いずれの簡便な遺伝子型の同定方法（特定の多型マーカーの遺伝子型の同定のための市販の技術および方法を含む）を使用して、実行に移すことができる。
【０１９１】
甲状腺癌に対する感受性を判定するため、ハイブリダイゼーション試料は、試験試料（ゲノムＤＮＡ試料など、甲状腺癌に関連する核酸を含む）を、少なくとも１つの核酸プローブに接触させることで形成され得る。ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出するプローブの非限定的な例は、本願明細書記載のｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡ配列にハイブリダイズできる標識された核酸プローブである。核酸プローブは、例えば、全長の核酸分子、またはその部分（長さが少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０または５００ヌクレオチドの、適切なｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドなど）であり得る。例えば、当該核酸プローブは、任意に本願明細書に記載されたマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子、または本願明細書に記載された少なくとも１つのハプロタイプを含んで、本願明細書に記載されたＬＤブロックＣ０９のヌクレオチド配列のすべてもしくは一部分を含み得、または当該プローブは、このような配列の相補的配列であり得る。核酸プローブはまた、本願明細書に記載される配列番号：１〜２２９のいずれか１つのヌクレオチド配列のすべてまたは一部分を含み得る。特定の実施態様では、この核酸プローブは、任意に本願明細書中の表２に記載される多型マーカーのうちの少なくとも１つの少なくとも１つの対立遺伝子を含む、本願明細書に記載された配列番号：１〜２２９のいずれか１つのヌクレオチド配列の一部分であり、または当該プローブは、このような配列の相補的配列であり得る。本発明の診断のアッセイの使用のための他の適したプローブは、本願明細書に記載される。ハイブリダイゼーションは、当業者に周知の方法（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．ら、編集、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓを参照、すべての補遣を含む）によって行われ得る。１つの実施態様では、ハイブリダイゼーションは、特異的なハイブリダイゼーション、すなわち、ミスマッチのないハイブリダイゼーション（正確なハイブリダイゼーション）を意味する。１つの実施態様では、特異的なハイブリダイゼーションのハイブリダイゼーション条件は、高度にストリンジェンシーである。
【０１９２】
特異的なハイブリダイゼーションは、存在する場合は、標準的な方法を使用して検出される。特異的なハイブリダイゼーションが、試験試料中で核酸プローブと核酸との間で生じた場合は、当該試料は当該核酸プローブに存在する当該ヌクレオチドに相補的な対立遺伝子を含む。この工程は、いずれの本発明のマーカー、または本発明のハプロタイプを構成するマーカーについて繰り返すことができ、または複数のプローブは１より多くのマーカー対立遺伝子を同時に検出するために、同時に使用され得る。特定のハプロタイプの１より多くのマーカー対立遺伝子を含む単一のプローブ（例えば、特定のハプロタイプを構成する２、３、４、５またはすべてのマーカーに相補的な対立遺伝子を含むプローブ）を設計することもまた、可能である。試料中の当該ハプロタイプの特定のマーカーの検出は、当該試料の供給源が特定のハプロタイプ（例えば、ハプロタイプ）を有し、従って、甲状腺癌に感受性があることを示す。
【０１９３】
１つの好ましい実施態様では、Ｋｕｔｙａｖｉｎら（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．３４：ｅ１２８（２００６））によって記載されているように、３’末端に蛍光部分または基、および５’末端に消光剤を含む検出オリゴヌクレオチドプローブ、ならびにエンハンサーオリゴヌクレオチドを利用する方法が使用される。蛍光部分は、Ｇｉｇ  Ｈａｒｂｏｒ  ＧｒｅｅｎまたはＹａｋｉｍａ  Ｙｅｌｌｏｗ、または他の適した蛍光部分であり得る。検出プローブは、検出されるＳＮＰ多型を含む短いヌクレオチド配列にハブリダイズするように設計される。好ましくは、ＳＮＰは、末端残基から、当該検出プローブの３’末端から−６残基のどこでもよい。エンハンサーは、当該検出プローブに対して３’の鋳型ＤＮＡにハイブリダイズする短いオリゴヌクレオチドプローブである。当該検出プローブと当該エンハンサーヌクレオチドプローブとが当該鋳型に結合すると、両方の間に１つのヌクレオチドの間隙が存在するように、当該プローブが設計される。間隙は、エンドヌクレアーゼ（エンドヌクレアーゼＩＶなど）によって認識される合成の脱塩基の部位を作る。この酵素は、色素を完全に相補的な検出プローブから切断するが、ミスマッチを含む検出プローブを切断することはできない。従って、放出された蛍光部分の蛍光を測定することで、検出プローブのヌクレオチド配列によって定められる特定の対立遺伝子の存在の評価を行い得る。
【０１９４】
検出プローブは、いずれの適したサイズでもあり得るが、好ましくは、当該プローブは相対的に短い。１つの実施態様では、当該プローブは長さが５〜１００ヌクレオチドである。別の実施態様では、当該プローブは、長さが１０〜５０ヌクレオチドであり、別の実施態様では、当該プローブは、長さが１２〜３０ヌクレオチドである。プローブの他の長さも可能であり、当業者の技能の範囲内である。
【０１９５】
好ましい実施態様では、ＳＮＰ多型を含む鋳型ＤＮＡは、検出の前にポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅される。このような実施態様では、増幅されたＤＮＡは、当該検出プローブおよび当該エンハンサープローブの鋳型として役立つ。
【０１９６】
検出プローブのある実施態様は、ＰＣＲによる鋳型の増幅に使用されるエンハンサープローブおよび／またはプライマーは、修飾塩基（修飾されたＡおよび修飾されたＧを含む）の使用を含む。修飾塩基の使用は、鋳型ＤＮＡへのヌクレオチド分子（プローブおよび／またはプライマー）の融解温度を調整することに対して有用であり得、例えば、低い割合のＧもしくはＣ塩基を含む領域の融解温度を高めるため、その相補的Ｔに３つの水素結合を形成できる修飾されたＡが使用され得、または、高い割合のＧまたはＣ塩基を含む領域の融解温度を下げるため、例えば、二本鎖ＤＮＡ分子中のその相補的Ｃ塩基に２つの水素結合のみを形成する修飾されたＧ塩基を使用することによって、有用であり得る。好ましい実施態様では、修飾塩基は、検出ヌクレオチドプローブの設計において使用される。当業者に知られたいずれの修飾塩基もこれらの方法において選択され得、適した塩基の選択は、本願明細書の教示および当業者に知られた市販の供給源から利用可能な公知の塩基に基づき、当業者の範囲内である。
【０１９７】
あるいは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）プローブは、本願明細書記載のハイブリダイゼーション法の核酸プローブに加えて、またはそれの代わりに使用され得る。ＰＮＡは、ペプチド様の無機の主鎖（有機の塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、ＴまたはＵ）が、メチレンカルボニルリンカーを介してグリシンの窒素に結合している、Ｎ−（２−アミノエチル）グリシンユニットなど）を有するＤＮＡ模倣体である（例えば、Ｎｉｅｌｓｅｎ，Ｐ．ら、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．５：３−７（１９９４）参照）。ＰＮＡプローブは、甲状腺癌に関連する１つ以上のマーカー対立遺伝子またはハプロタイプを含む疑いのある試料中の分子に特異的にハイブリダイズするように設計され得る。従って、このＰＮＡプローブのハイブリダイゼーションは、甲状腺癌または甲状腺癌に対する感受性について診断する。
【０１９８】
本発明の１つの実施態様では、被験者から入手されたゲノムＤＮＡを含む試験試料が収集され、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が、本発明の１つ以上のマーカーまたはハプロタイプを含む断片を増幅するために使用される。本願明細書記載のように、特定のマーカー対立遺伝子またはハプロタイプの同定は、様々な方法（例えば、配列分析、制限消化による分析、特異的なハイブリダイゼーション、一本鎖高次構造多型分析（ＳＳＣＰ）、電気泳動分析など）を使用して達成され得る。別の実施態様では、診断は、例えば定量的ＰＣＲ（動力学的熱サイクル）を使用した発現分析によって達成される。当該技術は、例えば、市販の技術（ＴａｑＭａｎ（登録商標）（アプライドバイオシステムズ社（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、カリフォルニア州、フォスターシティーなど）を利用し得る。当該技術は、ポリペプチドもしくはスプライシング変異体（単数または複数）の発現もしくは構成における変化の存在を評価できる。さらに、変異体（単数または複数）の発現は、物理的にまたは機能的に異なるとして数量化され得る。
【０１９９】
別の本発明の方法では、制限消化による分析は、対立遺伝子が参照配列に対して制限部位の創造または除去をもたらす場合、特定の対立遺伝子の検出に使用され得る。制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（上記参照）に記載のように行うことができる。関連するＤＮＡ断片の消化様式は、試料中の特定の対立遺伝子の存在または不存在を示す。
【０２００】
配列分析はまた、特定の対立遺伝子またはハプロタイプの検出に使用され得る。従って、１つの実施態様では、特定のマーカー対立遺伝子またはハプロタイプの存在または不存在の判定は、被験者または個体から入手したＤＮＡまたはＲＮＡの試験試料の配列分析を含む。ＰＣＲまたは他の適切な方法は、多型マーカーまたはハプロタイプを含む核酸の一部の増幅に使用され得、次いで、特定の対立遺伝子の存在は、試料中のゲノムＤＮＡの多形性部位（またはハプロタイプの複数の多形性部位）の配列決定によって直接的に検出され得る。
【０２０１】
別の実施態様では、被験者から得た標的の核酸配列の分節に相補的なオリゴヌクレオチドプローブのアレイは、多形性部位での特定の対立遺伝子を同定するために使用され得る。例えば、オリゴヌクレオチドアレイが使用され得る。オリゴヌクレオチドアレイは、典型的には、異なる既知の部位の基質の表面に結合される複数の異なるオリゴヌクレオチドプローブを含む。これらのアレイは、一般的に、フォトリソグラフィー法および固相オリゴヌクレオチド合成法の組み合わせを取り込んだ機械的合成法もしくは光指向合成法、または当業者に知られた他の方法（例えば、Ｂｉｅｒ，Ｆ．Ｆ．ら  Ａｄｖ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｅｎｇ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  １０９：４３３−５３（２００８）；Ｈｏｈｅｉｓｅｌ，Ｊ．Ｄ．、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｇｅｎｅｔ  ７：２００−１０（２００６）；Ｆａｎ，Ｊ．Ｂ．、ら  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ４１０：５７−７３（２００６）；Ｒａｑｏｕｓｓｉｓ，Ｊ．およびＥｌｖｉｄｇｅ，Ｇ．、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ  Ｍｏｌ  Ｄｉａｇｎ  ６：１４５−５２（２００６）；Ｍｏｃｋｌｅｒ，Ｔ．Ｃ．ら  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８５：１−１５（２００５）、およびそれらの中で引用される参考文献を参照（それぞれの全体の教示を参照によって本願明細書に援用する））を使用して作製され得る。多型性の検出のためのオリゴヌクレオチドアレイの調製および使用についての多くの付加的な記載は、例えば、米国特許第６，８５８，３９４号明細書、米国特許第６，４２９，０２７号明細書、米国特許第５，４４５，９３４号明細書、米国特許第５，７００，６３７号明細書、米国特許第５，７４４，３０５号明細書、米国特許第５，９４５，３３４号明細書、米国特許第６，０５４，２７０号明細書、米国特許第６，３００，０６３号明細書、米国特許第６，７３３，９７７号明細書、米国特許第７，３６４，８５８号明細書、欧州特許第６１９  ３２１号明細書、および欧州特許第３７３  ２０３号明細書に見出すことができ、これらの全体の教示は、参照によって本願明細書に組み込まれる。
【０２０２】
当業者に利用可能な核酸分析の他の方法は、多形性部位の特定の対立遺伝子を検出するために使用され得る。代表的な方法は、例えば、直接のマニュアル配列決定（ＣｈｕｒｃｈおよびＧｉｌｂｅｒｔ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８１：１９９１−１９９５（１９８８）；Ｓａｎｇｅｒ  Ｆ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、７４：５４６３−５４６７（１９７７）；Ｂｅａｖｉｓら、米国特許第５，２８８，６４４号明細書）；自動化した蛍光配列決定；一本鎖高次構造多型性アッセイ（ＳＳＣＰ）；クランプ変性ゲル電気泳動（ｃｌａｍｐｅｄ  ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ  ｇｅｌ  ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）（ＣＤＧＥ）；変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ  Ｖ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８６：２３２−２３６（１９８９））、移動度シフトアッセイ（Ｏｒｉｔａ  Ｍ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８６：２７６６−２７７０（１９８９））、制限酵素解析（Ｆｌａｖｅｌｌ  Ｒ．ら、Ｃｅｌｌ、１５：２５−４１（１９７８）；Ｇｅｅｖｅｒ  Ｒ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、７８：５０８１−５０８５（１９８１））；ヘテロ二本鎖分析；化学的ミスマッチ切断（ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｍｉｓｍａｔｃｈ  ｃｌｅａｖａｇｅ）（ＣＭＣ）（Ｃｏｔｔｏｎ  Ｒ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５：４３９７−４４０１（１９８５））；リボヌクレアーゼプロテクションアッセイ（Ｍｙｅｒｓ  Ｒ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２３０：１２４２−１２４６（１９８５）；ヌクレオチドのミスマッチを認識するポリペプチド（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｍｕｔＳタンパク質など）の使用；および対立遺伝子特異的なＰＣＲを含む。
【０２０３】
本発明の別の実施態様では、甲状腺癌の診断または甲状腺癌に対する感受性の判定は、本発明の遺伝子マーカー（単数または複数）もしくはハプロタイプ（単数または複数）がポリペプチドの構成もしくは発現の変化をもたらす例において、甲状腺癌に関連した核酸によってコードされたポリペプチドの発現および／または構成を試験することでなされ得る。従って、甲状腺癌に対する感受性の診断は、本発明の遺伝子マーカーもしくはハプロタイプが当該ポリペプチドの構成または発現の変化をもたらす例において、これらのポリペプチドの１つ、または甲状腺癌に関連した核酸にコードされた別のポリペプチドの発現および／または構成を試験することによってなされ得る。甲状腺癌への関連を示すマーカーは、これらの近くの遺伝子のうちの１以上に対するそれらの効果を通してある役割を果たしているのかもしれない。ある実施態様では、このマーカーはＦｏｘＥ１遺伝子に対してある効果を示す。これらの遺伝子（例えばＦｏｘＥ１遺伝子）に影響する可能性のある機構は、例えば、転写への効果、ＲＮＡスプライシングへの効果、ｍＲＮＡの別のスプライシングの形態の相対的な量の変化、ＲＮＡの安定性への効果、核から細胞質への輸送への効果、ならびに翻訳の効率および正確性への効果を含む。
【０２０４】
従って、別の実施態様では、本願明細書に提示された変異体（マーカーまたはハプロタイプ）はＦｏｘＥ１遺伝子の発現に影響を及ぼす。遺伝子発現に影響する調節エレメントは、遺伝子のプロモーター領域から数十キロベースまたは数百キロベースでさえ離れて位置しているかもしれないことは周知である。本発明の少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在をアッセイすることによって、このような近くの遺伝子の発現レベルを評価できる。従って、本願明細書に記載されたマーカー、またはこのようなマーカーを含むハプロタイプの検出は、ＦｏｘＥ１遺伝子、もしくは甲状腺癌のリスクを与えると本願明細書に示されるマーカーのうちのいずれか１つと関連する別の近くの遺伝子の発現を評価するおよび／または予測するために使用され得るということが企図される。
【０２０５】
酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光を含む、様々な方法がタンパク質発現レベルの検出に使用され得る。被験者から得た試験試料は、発現の変化および／または特定の核酸にコードされたポリペプチドの構成の変化の存在について評価される。当該核酸にコードされたポリペプチドの発現の変化は、例えば、定量的ポリペプチドの発現（すなわち、産生されたポリペプチドの量）の変化であり得る。当該核酸によってコードされたポリペプチドの構成の変化は、定性的なポリペプチドの発現（例えば、変異ポリペプチドの発現または異なるスプライシング変異体の発現）の変化である。１つの実施態様では、甲状腺癌に対する感受性の診断は、甲状腺癌に関連する核酸によってコードされた特定のスプライシング変異体、またはスプライシング変異体の特定の様式の検出によってなされる。
【０２０６】
このような変化の両方（定量的および定性的）もまた、存在し得る。ポリペプチドの発現または構成の「変化」は、本願明細書で使用される場合、対照試料のポリペプチドの発現または構成と比較した、試験試料の発現または構成の変化を意味する。対照試料は、試験試料に対応する試料（例えば、同様のタイプの細胞からもの）であり、甲状腺癌に罹患していない被験者および／または甲状腺癌に対する感受性を有さない被験者から得たものである。１つの実施態様では、対照試料は、本願明細書記載のマーカー対立遺伝子またはハプロタイプを有さない被験者から得たものである。同様に、対照試料と比較した、試験試料における１つ以上の異なるスプライシング変異体の存在、または試験試料における著しく異なる量の異なるスプライシング変異体の存在は、甲状腺癌に対する感受性を示し得る。対照試料と比較した、試験試料におけるポリペプチドの発現または構成の変化は、対立遺伝子が対照試料における参照に関連するスプライシングの部位を変化させる例において、特定の対立遺伝子を示し得る。核酸によってコードされたポリペプチドの発現または構成を試験する様々な手段が当業者に知られ、かつ、使用され得、分光法、比色分析、電気泳動、等電点電気泳動、および、イムノブロッティング（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、特に１０章、上記参照）などの、イムノアッセイ（例えば、Ｄａｖｉｄら、米国特許第４，３７６，１１０号明細書）を含む。
【０２０７】
例えば、１つの実施態様では、甲状腺癌に関連した核酸にコードされたポリペプチドに結合できる抗体（例えば、検出可能な標識を有する抗体）が使用され得る。抗体は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体、またはその断片（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２）が使用され得る。用語「標識された」は、プローブまたは抗体に関し、検出可能な物質をプローブまたは抗体に結合することによって（すなわち、物理的に連結することによって）プローブまたは抗体を直接的に標識すること、および直接的に標識された別の試薬との反応性によってプローブまたは抗体を間接的に標識することを含むことが意図される。間接的な標識の例は、標識された２次抗体（例えば、蛍光標識された２次抗体）を使用した１次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンによって検出され得るようにビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識を含む。
【０２０８】
当該方法の１つの実施態様では、試験試料中のポリペプチドのレベルまたは量は、対照試料中のポリペプチドのレベルまたは量と比較される。相違が統計的に有意なほどに対照試料中のポリペプチドのレベルまたは量よりもより高く、またはより低い試験試料中のポリペプチドのレベルまたは量は、核酸によってコードされたポリペプチドの発現の変化を示し、これは発現の相違を引き起こす原因となる特定の対立遺伝子またはハプロタイプであると診断される。あるいは、試験試料中のポリペプチドの構成は、対照試料中のポリペプチドの構成と比較される。別の実施態様では、ポリペプチドのレベルまたは量ならびに構成の両方は、試験試料および対照試料において評価され得る。
【０２０９】
別の実施態様では、甲状腺癌に対する感受性の判定は、本発明の少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプを、さらにタンパク質に基づいたアッセイ、ＲＮＡに基づいたアッセイまたはＤＮＡに基づいたアッセイと組み合わせて検出することによってなされる。
【０２１０】
（キット）
本発明の方法において有用なキットは、本願明細書記載の方法のいずれかにおいて有用な要素を含み、例えば、核酸増幅のためのプライマー、ハイブリダイゼーションプローブ、制限酵素（例えば、ＲＦＬＰ分析のため）、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチド、本願明細書記載の本発明の核酸（例えば、本発明の少なくとも１つの多型マーカーおよび／またはハプロタイプを含むゲノム分節）によってコードされた変化したポリペプチドに結合する抗体、または、本願明細書記載の本発明の核酸によってコードされた変化していない（ネイティブな）ポリペプチドに結合する抗体、甲状腺癌に関連する核酸を増幅する手段、甲状腺癌に関連する核酸の核酸配列を分析する手段、甲状腺癌に関連する核酸によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列を分析する手段などを含む。当該キットは、例えば、必要なバッファー、本発明の核酸（例えば、本願明細書記載の１つ以上の多型マーカーを含む核酸分節）を増幅する核酸プライマー、ならびにこのようなプライマーおよび必要な酵素（例えば、ＤＮＡポリメラーゼ）を使用して増幅した断片の対立遺伝子特異的な検出のための試薬を含み得る。さらに、キットは、本発明の方法と組み合わせて使用されるアッセイのための試薬、例えば、甲状腺癌の他の診断のアッセイと使用するための試薬を提供し得る。
【０２１１】
１つの実施態様では、本発明は、被験者における甲状腺癌の感受性を検出するために、被験者由来の試料をアッセイするためのキットに関し、当該キットは、当該個体のゲノムにおける本発明の少なくとも１つの多型の少なくとも１つの対立遺伝子を選択的に検出するために必要な試薬を含む。特定の実施態様では、当該試薬は、本発明の少なくとも１つの多型を含む当該個体のゲノムの断片にハイブリダイズする少なくとも１つの近接するオリゴヌクレオチドを含む。別の実施態様では、当該試薬は、被験者から入手したゲノム分節の逆ストランドにハイブリダイズする少なくとも１対のオリゴヌクレオチドを含み、各オリゴヌクレオチドプライマー対は、甲状腺癌に関する少なくとも１つの多型を含む当該個体のゲノムの断片を選択的に増幅するように設計される。１つのそのような実施態様では、当該多型は、本願明細書中の表２に記載された多型からなる群から選択される。別の実施態様では、当該多型は、ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：８１）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：６６）から選択される。さらに別の実施態様では、当該断片は、サイズが少なくとも２０塩基対である。このようなオリゴヌクレオチドまたは核酸（例えば、オリゴヌクレオチドプライマー）は、甲状腺癌のリスクと関連する多型（例えば、ＳＮＰまたはマイクロサテライト）に隣接する核酸配列の部分を使用して設計され得る。別の実施態様では、当該キットは、１つ以上の特定の多型マーカーまたはハプロタイプを対立遺伝子特異的に検出できる１つ以上の標識された核酸、および当該標識の検出のための試薬を含む。適した標識は、例えば、放射性同位元素、蛍光標識、酵素標識、酵素共因子標識、磁性標識、スピン標識、エピトープ標識を含む。
【０２１２】
特定の実施態様では、当該キットの試薬によって検出される当該多型マーカーまたはハプロタイプは、表２に記載されたマーカーからなる群から選択される１つ以上のマーカー、２つ以上のマーカー、３つ以上のマーカー、４つ以上のマーカーまたは５つ以上のマーカーを含む。別の実施態様では、検出されるマーカーまたはハプロタイプは、マーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、ｒｓ９０７５８０（配列番号：８１）およびｒｓ７０２４３４５（配列番号：６６）からなる群から選択される１以上のマーカー、２以上のマーカー、３以上のマーカー、４以上のマーカーまたは５以上のマーカーを含む。別の実施態様では、検出されるマーカーは、マーカーｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、またはそれと連鎖不平衡のマーカーから選択される。
【０２１３】
１つの好ましい実施態様では、本発明のマーカーを検出するためのキットは、検出されるべきＳＮＰ多型を含む鋳型ＤＮＡの分節にハイブリダイズする検出オリゴヌクレオチドプローブ、エンハンサーオリゴヌクレオチドプローブおよびエンドヌクレアーゼを含む。上で説明されたように、Ｋｕｔｙａｖｉｎら（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．３４：ｅ１２８（２００６））によって記載されているように、検出オリゴヌクレオチドプローブは３’末端に蛍光部分または基、および５’末端に消光剤を含み、エンハンサーオリゴヌクレオチドが使用される。蛍光部分は、Ｇｉｇ  Ｈａｒｂｏｒ  ＧｒｅｅｎまたはＹａｋｉｍａ  Ｙｅｌｌｏｗ、または他の適した蛍光部分であり得る。検出プローブは、検出されるＳＮＰ多型を含む短いヌクレオチド配列にハブリダイズするように設計される。好ましくは、ＳＮＰは、末端残基から、当該検出プローブの３’末端から−６残基のどこでもよい。エンハンサーは、当該検出プローブに対して３’の鋳型ＤＮＡにハイブリダイズする短いオリゴヌクレオチドプローブである。当該検出プローブと当該エンハンサーヌクレオチドプローブとが当該鋳型に結合すると、両方の間に１つのヌクレオチドの間隙が存在するように、当該プローブが設計される。間隙は、エンドヌクレアーゼ（エンドヌクレアーゼＩＶなど）によって認識される合成の脱塩基の部位を作る。酵素は、色素を完全に相補的な検出プローブから切断するが、ミスマッチを含む検出プローブを切断することはできない。従って、放出された蛍光部分の蛍光を測定することで、検出プローブのヌクレオチド配列によって定められる特定の対立遺伝子の存在の評価を行い得る。
【０２１４】
検出プローブは、いずれの適したサイズでもあり得るが、好ましくは、当該プローブは相対的に短い。１つの実施態様では、当該プローブは長さが５〜１００ヌクレオチドである。別の実施態様では、当該プローブは、長さが１０〜５０ヌクレオチドであり、別の実施態様では、当該プローブは、長さが１２〜３０ヌクレオチドである。プローブの他の長さも可能であり、当業者の技能の範囲内である。
【０２１５】
好ましい実施態様では、ＳＮＰ多型を含む鋳型ＤＮＡは、検出の前にポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅され、そしてこのような増幅のためのプライマーは当該キットの中に含められる。このような実施態様では、増幅されたＤＮＡは、当該検出プローブおよび当該エンハンサープローブの鋳型として役立つ。
【０２１６】
１つの実施態様では、当該ＤＮＡ鋳型は、本願明細書に記載される特定の多型マーカーの存在についての評価に先立って、全ゲノム増幅（ＷＧＡ）法によって増幅される。ＷＧＡを実施するための当業者に周知の標準的な方法が利用され得、それらは本発明の範囲内にある。１つのこのような実施態様では、ＷＧＡを実施するための試薬は試薬キットの中に含められる。
【０２１７】
検出プローブのある実施態様は、ＰＣＲによる鋳型の増幅に使用されるエンハンサープローブおよび／または当該プライマーは、修飾塩基（修飾されたＡおよび修飾されたＧを含む）の使用を含む。修飾塩基の使用は、鋳型ＤＮＡへのヌクレオチド分子（プローブおよび／またはプライマー）の融解温度を調整することに対して有用であり得、例えば、低い割合のＧもしくはＣ塩基を含む領域の融解温度を高めるため、その相補的Ｔに３つの水素結合を形成できる修飾されたＡが使用され得、または、高い割合のＧまたはＣ塩基を含む領域の融解温度を下げるため、例えば、二本鎖ＤＮＡ分子中のその相補的Ｃ塩基に２つの水素結合のみを形成する修飾されたＧ塩基を使用することによって、有用であり得る。好ましい実施態様では、修飾塩基は、検出ヌクレオチドプローブの設計において使用される。当業者に知られたいずれの修飾塩基もこれらの方法において選択され得、適した塩基の選択は、本願明細書の教示および当業者に知られた市販の供給源から利用可能な公知の塩基に基づき、当業者の範囲内である。
【０２１８】
１つのそのような実施態様では、マーカーまたはハプロタイプの存在の判定は、甲状腺癌に対する感受性（増加した感受性または減少した感受性）を示す。別の実施態様では、当該マーカーまたはハプロタイプの存在の判定は、甲状腺癌治療薬に対する反応を示す。別の実施態様では、マーカーまたはハプロタイプの存在は、甲状腺癌の予後診断を示す。さらに別の実施態様では、マーカーまたはハプロタイプの存在は、甲状腺癌治療の進行を示す。このような治療は、手術、薬物療法、または他の手段（例えば、生活スタイルの変化）による介入を含んでいてもよい。
【０２１９】
本発明のさらなる態様では、医薬品パック（キット）が提供され、当該パックは、本願明細書に開示される、治療薬および本発明の１以上の変異について診断上試験された当該治療薬のヒトへの投与のための一連の指示を含む。当該治療薬は、小分子薬物、抗体、ペプチド、アンチセンスもしくはＲＮＡｉ分子、または他の治療用分子であり得る。１つの実施態様では、本発明の少なくとも１つの変異体の保有者として同定された個体は、当該治療薬の処方される用量を摂取するように指示される。１つのこのような実施態様では、本発明の少なくとも１つの変異体のホモ接合保有者として同定された個体は、当該治療薬の処方される用量を摂取するように指示される。別の実施態様では、本発明の少なくとも１つの変異体の非保有者として同定された個体は、当該治療薬の処方される用量を摂取するように指示される。
【０２２０】
ある実施態様では、当該キットはさらに、当該キットを含む試薬を使用するための一連の指示を含む。
【０２２１】
（治療薬）
甲状腺癌についての治療の選択肢としては、現在の標準的な治療方法および臨床治験にある治療方法が挙げられる。
【０２２２】
甲状腺癌についての現在の治療の選択肢としては、以下のものが挙げられる：
手術  −  甲状腺癌が見出される葉が取り除かれる肺葉切除、甲状腺の非常に小さい部分を除いてすべてが取り除かれる甲状腺摘除術、甲状腺全体が取り除かれる甲状腺全摘出術、および癌の増殖を含む頚部のリンパ節が取り除かれるリンパ節郭清術を含む；
放射線治療  −放射性化合物を使用する外部放射線治療および放射線治療を含む。放射線治療は、いずれかの生存している癌細胞を取り除くために、手術後に与えられてもよい。また、甲状腺濾胞癌および甲状腺乳頭癌は、放射性ヨウ素（ＲＡＩ）治療で処置されることがある；
化学療法  −  化学療法化合物の経口投与または静脈内投与を使用することを含む；
甲状腺ホルモン治療  −  この治療は、体内での甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）の生成を予防する薬物の投与を含む。
【０２２３】
甲状腺癌の治療および処置のためのいくつかの臨床治験が現在進行中であり、その例としては、１８Ｆ−フルオロデオキシグルコース（ＦｌｕＧｌｕｃｏＳｃａｎ）；１１１Ｉｎ−ペンテトレオチド（Ｐｅｎｔｅｔｒｅｏｔｉｄｅ）（ＮｅｕｒｏｅｎｄｏＭｅｄｉｘ）；甲状腺未分化癌の治療におけるコンブレタスタチンおよびパクリタキセル／カルボプラチン、外科的治療後のための甲状腺刺激ホルモンを伴うまたは伴わない１３１Ｉ、ＸＬ１８４−３０１（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）、バンデタニブ（Ｖａｎｄｅｔａｎｉｂ）（ザクティマ（Ｚａｃｔｉｍａ）；Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）、ＣＳ−７０１７（Ｓａｎｋｙｏ）、デシタビン（Ｄｅｃｉｔａｂｉｎｅ）（ダコゲン（Ｄａｃｏｇｅｎ）；５−アザ−２’−デオキシシチジン）、イリノテカン（Ｐｆｉｚｅｒ、Ｙａｋｕｌｔ  Ｈｏｎｓｈａ）、ボルテゾミブ（ベルケード（Ｖｅｌｃａｄｅ）；Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；１７−ＡＡＧ（１７−Ｎ−アリルアミノ−１７−デメトキシゲルダナマイシン）、ソラフェニブ（ネクサバール（Ｎｅｘａｖａｒ）、Ｂａｙｅｒ）、組み換えサイロトロピン、レナリドミド（レブリミド（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ）、Ｃｅｌｇｅｎｅ）、スニチニブ（スーテント（Ｓｕｔｅｎｔ））、ソラフェニブ（ネクサバール、Ｂａｙｅｒ）、アキシチニブ（ＡＧ−０１３７３６、Ｐｆｉｚｅｒ）、バルプロ酸（２−プロピルペンタン酸）、バンデタニブ（ザクティマ、Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）、ＡＺＤ６２４４（Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）、ベバシズマブ（アバスチン、Ｇｅｎｅｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、ＭＫ−０６４６（Ｍｅｒｃｋ）、パゾパニブ（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、アフリベルセプト（Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ  ＆  Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、およびＦＲ９０１２２８（ロミデプシン（Ｒｏｍｅｄｅｐｓｉｎ））についての試験が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２２４】
甲状腺癌の増加したリスクを与えると本願明細書に開示される変異体（マーカーおよび／またはハプロタイプ）は、甲状腺癌についての新規な治療標的を同定するためにも使用され得る。例えば、これらの変異体のうちの１以上を含むもしくはそれらと連鎖不平衡の遺伝子、またはそれらの産物（例えば、ＦｏｘＥ１遺伝子およびその遺伝子産物）、ならびにこれらの変異体遺伝子もしくはそれらの産物によって直接もしくは間接的に制御されるかまたはこれらの変異体遺伝子もしくはそれらの産物と相互作用する遺伝子もしくはその産物は、甲状腺癌を治療するため、または甲状腺癌と関連する症候の発生を予防するもしくは遅延させるための治療薬の開発のための標的とされ得る。治療薬は、例えば、標的遺伝子もしくはそれらの遺伝子産物の機能および／またはレベルを調節することができる小さい非タンパク質および非核酸分子、タンパク質、ペプチド、タンパク質断片、核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、またはそれらの誘導体もしくは模倣体のうちの１以上を含み得る。
【０２２５】
本発明の核酸および／もしくは変異体、またはこれらの相補的な配列を含む核酸は、細胞、組織もしくは器官における遺伝子発現を制御するためのアンチセンス構築物として使用されてもよい。アンチセンス技術に関連する方法論は当業者に周知であり、ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＤｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ、Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、Ｃｒｏｏｋｅ、編集、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ  Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（２００１）において記載され、概説されている。一般に、アンチセンス核酸分子は、遺伝子によって発現されるｍＲＮＡの領域に相補的であるように設計され、そのためアンチセンス分子はｍＲＮＡにハイブリダイズし、従ってタンパク質へのｍＲＮＡの翻訳をブロックする。アンチセンスオリゴヌクレオチドのいくつかのクラスは当業者に公知であり、切断剤（ｃｌｅａｖｅｒ）および遮断剤（ｂｌｏｃｋｅｒ）を含む。前者は標的ＲＮＡ部位に結合し、当該標的ＲＮＡを切断する細胞内ヌクレアーゼ（例えば、リボヌクレアーゼＨまたはリボヌクレアーゼＬ）を活性化する。遮断剤は、標的ＲＮＡに結合し、リボソームの立体的な障害によってタンパク質の翻訳を阻害する。遮断剤の例は、核酸、モルホリノ化合物、ロックド核酸およびメチルホスホン酸を含む（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ、Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｄａｙ、７：９１２−９１７（２００２））。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、治療薬として直接的に有用であり、また、例えば、遺伝子ノックアウトまたは遺伝子ノックダウン実験によって、遺伝子機能を判定し、検証するのにも有用である。アンチセンス技術は、さらに、Ｌａｖｅｒｙら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ．Ｄｅｖｅｌ．６：５６１−５６９（２００３）、Ｓｔｅｐｈｅｎｓら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．５：１１８−１２２（２００３）、Ｋｕｒｒｅｃｋ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２７０：１６２８−４４（２００３）、Ｄｉａｓら、Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｅｒ．１：３４７−５５（２００２）、Ｃｈｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．７５：６２１−６３６（２００３）、Ｗａｎｇら、Ｃｕｒｒ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ  １：１７７−９６（２００１）、およびＢｅｎｎｅｔｔ、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ．Ｄｅｖ．１２：２１５−２４（２００２）に記載される。
【０２２６】
本願明細書に記載された変異は、特定の変異に特異的なアンチセンス試薬の選択および設計のために使用され得る。本願明細書に記載された変異についての情報を使用して、本発明の１以上の変異を含むｍＲＮＡ分子を特異的に標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは他のアンチセンス分子が設計され得る。このようにして、本発明の１以上の変異体（すなわちマーカーおよび／またはハプロタイプ）を含むｍＲＮＡ分子の発現は、阻害され得またはブロックされ得る。１つの実施態様では、当該アンチセンス分子は、標的核酸の特定の対立遺伝子の形態（すなわち、１つまたはいくつかの変異（対立遺伝子および／またはハプロタイプ））に特異的に結合して、これによりこの特定の対立遺伝子またはハプロタイプに由来する産物の翻訳を阻害するが、当該標的核酸分子の特定の多形性部位での他のまたは別の変異には結合しないように設計される。
【０２２７】
アンチセンス分子は、遺伝子発現、従ってタンパク質発現を阻害するようにｍＲＮＡを不活化するために使用され得るので、当該分子は疾病治療のために使用され得る。この方法論は、ｍＲＮＡが翻訳される能力を減弱させるｍＲＮＡの中の１以上の領域に相補的なヌクレオチド配列を含むリボザイムによる切断を含み得る。このようなｍＲＮＡ領域としては、例えば、タンパク質コード領域、特にタンパク質の触媒活性、基質および／もしくはリガンド結合部位、または他の機能ドメインに対応するタンパク質コード領域が挙げられる。
【０２２８】
ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）の現象は、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ（Ｆｉｒｅら、Ｎａｔｕｒｅ  ３９１：８０６−１１（１９９８））でのその最初の発見から、過去１０年間で活発に研究されており、近年、ヒト疾病の治療におけるその有望な使用が、活発に探究されている（ＫｉｍおよびＲｏｓｓｉ、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．８：１７３−２０４（２００７）における概説）。ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）はまた、遺伝子サイレンシングとも呼ばれ、特定の遺伝子を遮断するための二本鎖ＲＮＡ分子（ｄｓＲＮＡ）の使用に基づく。細胞では、細胞質二本鎖ＲＮＡ分子（ｄｓＲＮＡ）は、細胞の複合体によって、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）に処理される。ｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡ上の特定の部位へとタンパク質とＲＮＡの複合体のターゲティングを導き、ｍＲＮＡの切断を引き起こす（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ、Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｄａｙ、７：９１２−９１７（２００２））。ｓｉＲＮＡ分子は、典型的には、長さが約２０、２１、２２または２３ヌクレオチドである。従って、本発明の１つの態様は、単離した核酸分子、およびＲＮＡ干渉のためのこれらの分子の使用、すなわち低分子干渉ＲＮＡ分子（ｓｉＲＮＡ）としての使用に関する。１つの実施態様では、単離された核酸分子は長さが１８〜２６ヌクレオチド、好ましくは長さが１９〜２５ヌクレオチド、より好ましくは長さが２０〜２４ヌクレオチド、より好ましくは長さが２１、２２または２３ヌクレオチドである。
【０２２９】
ＲＮＡｉを介した遺伝子サイレンシングの別の経路は、ｍｉＲＮＡ前駆体（ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ）を生じるために細胞内で処理される、内因的にコードされたプライマリーマイクロＲＮＡ（ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ）転写物に始まる。これらのｍｉＲＮＡ分子は、核から細胞質に輸送され、そこでこれらは成熟したｍｉＲＮＡ分子（ｍｉＲＮＡ）を生じるための処理を経て、ｍＲＮＡの３’の非翻訳領域の標的部位を認識することによって翻訳の阻害に方向付けられ、引き続いて、Ｐ体（Ｐ−ｂｏｄｉｅｓ）の処理によってｍＲＮＡが分解する（ＫｉｍおよびＲｏｓｓｉ、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．８：１７３−２０４（２００７）における概説）。
【０２３０】
ＲＮＡｉの臨床的適用は、好ましくはサイズが約２０〜２３ヌクレオチド、および好ましくは２ヌクレオチドの３’重複を有する合成二本鎖ｓｉＲＮＡを組み入れることを含む。遺伝子発現のノックダウンは、標的ｍＲＮＡの配列特異的な設計によって確立される。このような分子の至適な設計および合成のためのいくつかの市販の部位は、当業者に知られている。
【０２３１】
他の適用は、より長いｓｉＲＮＡ分子（典型的には長さが２５〜３０ヌクレオチド、好ましくは約２７ヌクレオチド）、および低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ；典型的には長さが約２９ヌクレオチド）を提供する。後者は、Ａｍａｒｚｇｕｉｏｕｉら（ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．５７９：５９７４−８１（２００５））が記載しているように、自然に発現される。化学的に合成したｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡは、ｉｎ  ｖｉｖｏでの処理のための基質であり、いくつかの場合では、より短い設計よりも、より強力な遺伝子サイレンシングを提供する（Ｋｉｍら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３：２２２−２２６（２００５）；Ｓｉｏｌａｓら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３：２２７−２３１（２００５））。一般的に、ｓｉＲＮＡは、その細胞内濃度が、引き続く細胞分裂によって希釈されるため、遺伝子発現の一過性のサイレンシングを提供する。対照的に、発現されたｓｈＲＮＡは、ｓｈＲＮＡの転写が起こっている限り、標的転写物の、長期間の安定したノックダウンを媒介する（Ｍａｒｑｕｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３：５５９−５６５（２００６）；Ｂｒｕｍｍｅｌｋａｍｐら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９６：５５０−５５３（２００２））。
【０２３２】
ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡを含めたＲＮＡｉ分子は、配列依存性様式で作用するため、本願明細書で提示された変異体（例えば、表２に記載されたマーカーおよびハプロタイプ）は、特定の対立遺伝子および／またはハプロタイプ（例えば、本発明の対立遺伝子および／またはハプロタイプ）を含む特定の核酸分子を認識する一方、他の対立遺伝子またはハプロタイプを含む核酸分子を認識しないＲＮＡｉ試薬を設計するために使用され得る。従って、これらのＲＮＡｉ試薬は、標的核酸分子を認識し、破壊できる。アンチセンス試薬と同様に、ＲＮＡｉ試薬は治療薬として（すなわち、疾病に関連する遺伝子または疾病に関連する遺伝子変異を遮断するために）有用であり得るが、遺伝子機能を特徴付け、検証すること（例えば、遺伝子ノックアウト実験または遺伝子ノックダウン実験による）にもまた、有用であるかもしれない。
【０２３３】
ＲＮＡｉの送達は、当業者に知られた方法論の範囲によって行ってもよい。非ウイルスデリバリーを利用する方法は、コレステロール、安定した核酸脂質粒子（ＳＮＡＬＰ）、重鎖抗体の断片（Ｆａｂ）、アプタマーおよびナノ粒子を含む。ウイルスデリバリー方法は、レンチウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルスの使用を含む。ｓｉＲＮＡ分子は、いくつかの実施態様では、その安定性を増加するために化学的に修飾される。これは、２’−Ｏ−メチルプリンおよび２’−フルオロピリミジンを含む、リボースの２’位での修飾を含むことができ、リボヌクレアーゼ活性に対する抵抗性を提供する。他の化学的修飾も可能であり、当業者に知られている。
【０２３４】
下記の参考文献は、ＲＮＡｉのさらなる概略、およびＲＮＡｉを用いた特定の遺伝子のターゲティングの可能性を提供する：ＫｉｍおよびＲｏｓｓｉ、Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．８：１７３−１８４（２００７）、ＣｈｅｎおよびＲａｊｅｗｓｋｙ、Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．８：９３−１０３（２００７）、Ｒｅｙｎｏｌｄｓら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２２：３２６−３３０（２００４）、Ｃｈｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １００：６３４３−６３４６（２００３）、Ｖｉｃｋｅｒｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８：７１０８−７１１８（２００３）、Ａｇａｍｉ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．６：８２９−８３４（２００２）、Ｌａｖｅｒｙら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ．Ｄｅｖｅｌ．６：５６１−５６９（２００３）、Ｓｈｉ、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．１９：９−１２（２００３）、Ｓｈｕｅｙら、Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ．Ｔｏｄａｙ  ７：１０４０−４６（２００２）、ＭｃＭａｎｕｓら、Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．３：７３７−７４７（２００２）、Ｘｉａら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：１００６−１０（２００２）、Ｐｌａｓｔｅｒｋら、ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．１０：５６２−７（２０００）、Ｂｏｓｈｅｒら、Ｎａｔ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．２：Ｅ３１−６（２０００）、およびＨｕｎｔｅｒ、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．９：Ｒ４４０−４４２（１９９９）。
【０２３５】
疾病（甲状腺癌など）の発生について増加した素因またはリスクを引き起こす遺伝的欠陥、または当該疾病の原因となる欠陥は、欠陥を有する被験者に、通常の／野生型のヌクレオチド（単数または複数）を遺伝的欠陥部位で提供する修復配列を取り込む核酸断片を投与することによって、持続的に矯正されるかもしれない。このような部位特異的な修復配列は、被験者のゲノムＤＮＡの内因性修復を促進するように機能するＲＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドを含んで（ｃｏｎｃｏｍｐａｓｓ）もよい。修復配列の投与は、アニオン性リポソームに被包されたポリエチレンイミンとの複合体、ウイルスベクター（アデノウイルスベクターなど）、または投与した核酸の細胞内吸収を促進するのに適した他の医薬組成物などの、適切な媒体によって行われてもよい。次いで、遺伝的欠陥は、キメラのオリゴヌクレオチドが被験者のゲノムへの、通常の配列の組み込みを引き起こし、通常の／野生型の遺伝子産物の発現を導くため、克服されるかもしれない。置換が増加し、従って、持続性の修復および疾病もしくは疾患に関連する症候の軽減を与える。
【０２３６】
本発明は、甲状腺癌の治療に使用され得る化合物または薬剤を同定するための方法を提供する。従って、本発明の変異体は、治療薬の同定および／または開発の標的として有用である。ある実施態様では、このような方法は、本発明の少なくとも１つの変異体（マーカーおよび／もしくはハプロタイプ）、または核酸のコードされた生成物を含む核酸の活性および／もしくは発現を調節するための薬剤または化合物の能力のアッセイを含む。ある実施態様では、当該薬剤または化合物はＦｏｘＥ１遺伝子の活性または発現を調節する。この薬剤または化合物は、コードされた核酸産物、すなわちＦｏｘＥ１タンパク質産物の所望でない活性もしくは発現を、阻害もしくは変化させ得る。このような実験を行うためのアッセイは、当業者に知られているように、細胞系または無細胞系で行われ得る。細胞系は、興味ある核酸分子を自然に発現している細胞、または、ある所望の核酸分子を発現するために、遺伝的に修飾された組み換え細胞を含む。
【０２３７】
患者における変異遺伝子の発現は、変異を含む核酸配列（例えば、少なくとも１つの変異を含むＲＮＡに転写されることができ、次にタンパク質に翻訳されることができる、少なくとも１つの本発明の変異を含む遺伝子）の発現、または通常の転写物の発現のレベルもしくは様式に影響する変異（例えば、遺伝子の制御領域または調節領域における変異）に起因して、通常の／野生型の核酸配列が変化した発現によって評価され得る。遺伝子発現のアッセイは、直接の核酸アッセイ（ｍＲＮＡ）、発現したタンパク質レベルのアッセイ、または経路（例えば、シグナル経路）に関連する付随化合物のアッセイを含む。さらに、シグナル経路に反応して上方制御または下方制御される遺伝子の発現もまた、アッセイされ得る。１つの実施態様は、興味ある遺伝子（単数または複数）の制御領域に、レポーター遺伝子（ルシフェラーゼなど）を操作可能に結合すること含む。
【０２３８】
遺伝子発現の調節因子は、１つの実施態様では、細胞が候補化合物または候補薬と接触された場合に同定されることができ、ｍＲＮＡの発現が判定される。候補化合物または候補薬の存在下でのｍＲＮＡの発現レベルは、当該化合物または薬剤の不存在下での発現レベルと比較される。当該比較に基づき、甲状腺癌の治療のための候補化合物または候補薬は、変異遺伝子の遺伝子発現を調節するものとして同定され得る。候補化合物または候補薬の存在下で、その不存在下よりも、ｍＲＮＡまたはコード化タンパク質の発現が統計的に有意に大きい場合、当該候補化合物または候補薬は、核酸の発現の刺激剤または上方制御因子として同定される。候補化合物または候補薬の存在下で、その不存在下よりも、核酸の発現またはタンパク質レベルが統計的に有意に低い場合、その候補化合物は、核酸の発現の阻害剤または下方制御因子として同定される。
【０２３９】
本発明は、さらに、遺伝子の修飾因子（すなわち、遺伝子発現の刺激剤および／または阻害剤）としての薬剤（ｄｒｕｇ）（化合物および／または薬剤（ａｇｅｎｔ））スクリーニングを通じて同定される化合物を使用した治療方法を提供する。
【０２４０】
（治療薬に対する反応の可能性の評価方法、治療の進展をモニターする方法および治療方法）
当該技術分野で公知のように、個体は、特定の治療（例えば、治療薬または治療方法）に対する反応差を有し得る。薬理ゲノミクスは、変化した薬剤処分および／または薬剤の異常な作用もしくは変化した作用によって、遺伝的変異（例えば、本発明の変異体（マーカーおよび／またはハプロタイプ））がどのように薬剤反応に影響するか、という問題点について取り組んでいる。従って、反応差の基盤は部分的に遺伝的に判定されてもよい。薬剤反応に影響する遺伝的変異に起因する臨床的成果は、ある個体（例えば、本発明の遺伝的変異の保有者または非保有者）における薬剤毒性、または当該薬剤の治療不全をもたらすかもしれない。従って、本発明の変異は、治療薬および／または方法が、身体に作用する様式、または身体が治療薬を代謝する方法を判定してもよい。
【０２４１】
従って、１つの実施態様では、多形性部位の特定の対立遺伝子またはハプロタイプ（例えば、ｒｓ９６５５１３多型マーカー、またはそれと連鎖不平衡のマーカー）の存在は、特定の治療様式に対する異なる反応、例えば異なる反応の速度を示す。これは、甲状腺癌と診断され、本発明の、多型における特定の対立遺伝子またはハプロタイプ（例えば、本発明の、リスクがありかつ保護的な対立遺伝子および／またはハプロタイプ）を有する患者は、疾病の治療に使用される、特定の治療上の薬剤および／または他の治療に対して、より良好に、または悪化して反応することを意味する。従って、マーカー対立遺伝子またはハプロタイプの存在または不存在は、患者に対して使用されるべき治療の決定の助けとなり得る。例えば、新規に診断された患者について、本発明のマーカーまたはハプロタイプの存在が（例えば、本願明細書記載のように、血液試料由来のＤＮＡの試験を通じて）評価されてもよい。患者が、マーカー対立遺伝子またはハプロタイプに対して陽性である場合（つまり、マーカーの少なくとも１つの特定の対立遺伝子、またはハプロタイプが存在している）、医師は、１つの特定の治療方法を推奨し、一方、患者がマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子、またはハプロタイプに陰性である場合、異なるコースの治療方法が推奨されてもよい（疾病の進行の連続的なモニター以外は、緊急な治療方法は行われないことを推奨することを含んでいてもよい）。従って、患者の保有者状態は、特定の治療様式が施されるべきかどうかを判定するのを補助するために使用され得る。その価値は、最も適切な治療を適用できるようにするため、早期の段階で疾病を診断でき、最も適切な治療を選択でき、疾病の予後診断／悪性度について臨床医に情報を提供できる可能性の中にある。
【０２４２】
治療薬の節で上に記載された治療方法および化合物のずれも、このような方法で使用することができる。すなわち、上で記載されたかまたは企図された化合物または方法のいずれかを使用する甲状腺癌に対する治療は、ある実施態様では、本願明細書に記載された多型マーカーのうちの少なくとも１つについての特定の対立遺伝子の存在についてのスクリーニングから利益が得られ得、このときその特定の対立遺伝子の存在は、その特定の化合物または方法についての治療成績を予測する。
【０２４３】
ある実施態様では、甲状腺癌を治療するための治療薬（薬物）は、本願明細書に記載された多型マーカー（例えば、ｒｓ９６５５１３、またはそれと連鎖不平衡のマーカー）における対立遺伝子の状態を判定するためのキットと一緒に提供される。ある個体が、試験されている特定の対立遺伝子または複数の対立遺伝子に対して陽性である場合、その個体は、その対立遺伝子の非保有者よりも、その特定の化合物から利益を受ける可能性が高い。ある他の実施態様では、当該特定の化合物の治療成績を予測する当該少なくとも１つの多型マーカーについての遺伝子型情報は、予め定められて、データベースの中に、検査表の中にまたは他の適した手段によって保存され、例えば、当業者に公知の従来のデータクエリ方法によってデータベースまたは検査表から評価され得る。特定の個体が、甲状腺癌を治療するための特定の化合物または薬物の陽性の治療成績を予測するある対立遺伝子を保有していると判定される場合は、その個体は、その特定の化合物の投与から利益を得る可能性が高い。
【０２４４】
本発明はまた、甲状腺癌の治療の進行または有効性をモニターする方法に関する。これは、本発明のマーカーおよびハプロタイプの遺伝子型および／またはハプロタイプの状態に基づいて行われ得、すなわち、本願明細書で開示された少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の不存在または存在の評価、または本発明の変異体（マーカーおよびハプロタイプ）に関連する遺伝子の発現のモニターによってなされ得る。リスク遺伝子のｍＲＮＡまたはコードされたポリペプチドは、組織試料（例えば、抹消血試料、または生検試料）において測定され得る。従って、発現レベルおよび／またはｍＲＮＡレベルは、治療の有効性をモニターするために、治療の前および治療の間に判定され得る。代わりに、または同時に、本願明細書に示された甲状腺癌の少なくとも１つのリスク変異の遺伝子型および／またはハプロタイプの状態は、治療の有効性をモニターするために、治療の前および治療の間に判定される。
【０２４５】
あるいは、本発明のマーカーおよびハプロタイプに関連する生物学的ネットワークまたは代謝経路は、ｍＲＮＡおよび／またはポリペプチドレベルの測定によってモニターされ得る。例えば、これは、治療前および治療後に得られた試料中の、ネットワークおよび／または経路に属するいくつかの遺伝子について、発現レベルまたはポリペプチドをモニターすることによってなされ得る。あるいは、生物学的ネットワークまたは代謝経路に属する代謝物を、治療前および治療後に測定してもよい。治療の有効性は、治療の間に、発現レベル／代謝物レベルで認められた変化を、健康な被験者から得た対応するデータと比較することによって判定される。
【０２４６】
さらなる態様では、本発明のマーカーは、臨床試験の効力および有効性を増加するために使用され得る。従って、本発明の少なくとも１つのリスクのある変異の保有者である個体は、特定の治療様式に対し、より好ましく反応する可能性があってもよい。１つの実施態様では、特定の治療（例えば、小分子薬剤）が標的にしている経路および／または代謝ネットワークの遺伝子（単数または複数）についてリスクのある変異を保有する個体は、当該治療に対してより反応する可能性がある。別の実施態様では、発現および／または機能がリスクのある変異によって変化された遺伝子についてリスクのある変異を保有する個体は、その遺伝子、その発現またはその遺伝子産物を標的とした治療様式に対してより反応する可能性がある。本願は臨床治験の安全性を改良し得るが、また、臨床治験が統計的に有意な有効性を実証するであろう（当該集団のあるサブグループに限定され得る）可能性を高め得る。従って、このような試験の１つの可能性のある結末は、ある遺伝的変異、例えば本発明のマーカーおよびハプロタイプの保有者は、処方される治療薬または薬物を摂取したときに治療薬に対する陽性反応を示す、すなわち甲状腺癌と関連する症候の軽減を経験する可能性が統計的に有意に高い。
【０２４７】
さらなる態様では、本発明のマーカーおよびハプロタイプは、特定の個体の医薬品の選択のターゲティングに使用され得る。治療様式の個別化された選択、生活習慣の変化、または生活習慣の変化および特定の治療の投与の組み合わせは、本発明のリスクのある変異体の利用によって実現され得る。従って、本発明の特定のマーカーについての個体の状態の知識は、本発明のリスクのある変異によって影響される遺伝子または遺伝子産物を標的にする、治療上の選択肢の選択について有用であり得る。変異の特定の組み合わせは、治療上の選択肢の１つの選択に適してもよく、一方で他の遺伝子変異の組み合わせは他の治療上の選択肢を標的としてよい。治療要素の選択を臨床的に信頼できる正確性をもって判定するために必要に応じて、このような変異の組み合わせは、１つの変異、２つの変異、３つの変異、または４つ以上の変異を含んでもよい。
【０２４８】
（コンピューターで実施される態様）
当業者が理解するとおり、本願明細書に記載される方法および情報は、全体がまたは一部が、公知のコンピューター可読媒体上のコンピューターが実行可能な命令として実施され得る。例えば、本願明細書に記載される方法は、ハードウェアで実施され得る。あるいは、当該方法は、例えば、１以上のメモリまたは他のコンピューター可読媒体に保存されたソフトウェアで実施され得、そして１以上のプロセッサ上で実施され得る。公知のように、当該プロセッサは、１以上の制御装置、計算ユニットおよび／またはコンピューターシステムの他のユニットに関連付けられ得るか、または所望に応じてファームウェアに埋め込まれ得る。ソフトウェアで実施される場合、ルーチンは、公知のようにＲＡＭ、ＲＯＭ、フラッシュメモリ、磁気ディスク、レーザーディスク、または他の記憶媒体などのいずれかのコンピューター可読メモリの中に保存され得る。同様に、このソフトウェアは、いずれかの公知の配信方法を介して（例えば、電話線、インターネット、無線接続などの通信チャネルにわたることを含む）、またはコンピューター可読ディスク、フラッシュドライブなどの持ち運びできる媒体を介して計算装置へと配信され得る。
【０２４９】
より一般的には、そして当業者が理解するように、上記の種々の工程は、種々のブロック、演算、ツール、モジュールおよび技術として実施され得、これらは、ひいてはハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、またはハードウェア、ファームウェア、および／もしくはソフトウェアのいずれかの組み合わせで実施され得る。ハードウェアで実施される場合、当該ブロック、演算、技術などのうちのいくつかまたはすべては、例えば、カスタム集積回路（ＩＣ）、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、フィールドプログラマブル論理アレイ（ＦＰＧＡ）、プログラマブル論理アレイ（ＰＬＡ）などで実施され得る。
【０２５０】
ソフトウェアで実施される場合、当該ソフトウェアは、いずれかの公知のコンピューター可読媒体に、例えば磁気ディスク、光ディスク、もしくは他の記憶媒体上に、コンピューターのＲＡＭまたはＲＯＭまたはフラッシュメモリに、プロセッサ、ハードディスクドライブ、光ディスクドライブ、テープドライブなどに保存され得る。同様に、当該ソフトウェアは、いずれかの公知の配信方法を介して（例えば、コンピューター可読ディスクまたは他の持ち運びできるコンピューター記憶装置上でなど）ユーザーまたはコンピューターシステムへと配信され得る。
【０２５１】
図１は、請求項に係る方法および装置の工程のためのシステムが実施され得る、適したコンピューターシステム環境１００の例を図示する。コンピューターシステム環境１００は、適したコンピューター環境の１つの例に過ぎず、請求項の方法または装置の使用または機能性の範囲に関して何らかの限定を示唆することを意図するものではない。コンピューター環境１００は、代表的な動作環境１００に図示された構成要素のいずれか１つまたは組み合わせに関して何らかの依存性または必要条件を有すると解釈されるべきでもない。
【０２５２】
請求項に係る方法およびシステムの工程は、多数の他の一般的な目的または特別の目的のコンピューターシステム環境または機器構成を用いて動作できる。請求項の方法またはシステムとの使用に適切であり得る周知のコンピューターシステム、環境、および／または機器構成の例としては、パーソナルコンピューター、サーバーコンピューター、携帯端末またはラップトップ型装置、マルチプロセッサシステム、マイクロプロセッサを用いるシステム、セットトップボックス、プログラムできる家庭用電化製品、ネットワークＰＣ、ミニコンピューター、メインフレームコンピューター、上記のシステムまたは装置のいずれかを含む分散コンピューティング環境などが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２５３】
請求項に係る方法およびシステムの工程は、コンピューターによって実行される、プログラムモジュールなどのコンピューターが実行可能な命令の一般的なコンテクストで記述され得る。一般的に、プログラムモジュールは、特定のタスクを実行し、または特定の抽象データ型を実施するルーチン、プログラム、オブジェクト、構成要素、データ構造などを含む。当該方法および装置は、通信ネットワークを通してリンクされている遠隔の処理装置によってタスクが実行される、分散コンピューティング環境においても実行され得る。統合コンピューティング環境および分散コンピューティング環境の両方において、プログラムモジュールは、メモリ記憶装置を含むローカルのおよび遠隔のコンピューター記憶媒体の両方に位置し得る。
【０２５４】
図１を参照して、請求項に係る方法およびシステムの工程を実施するための代表的なシステムは、コンピューター１１０の形態の一般的な目的の計算装置を含む。コンピューター１１０の構成要素としては、処理装置１２０、システムメモリ１３０、およびシステムメモリを含む種々のシステム構成要素を処理装置１２０に結合するシステムバス１２１が挙げられ得るが、これらに限定されない。システムバス１２１は、メモリバスまたはメモリコントローラ、周辺機器用バス、および様々なバスアーキテクチャのうちのいずれかを使用するローカルバスを含めたいくつかの種類のバス構造のいずれかであり得る。例として、このようなアーキテクチャとしては、業界標準アーキテクチャ（ＩＳＡ）バス、マイクロ・チャネル・アーキテクチャ（ＭＣＡ）バス、拡張ＩＳＡ（ＥＩＳＡ）バス、ビデオ・エレクトロニクス・スタンダーズ・アソシエーション（Ｖｉｄｅｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）（ＶＥＳＡ）ローカルバス、およびＭｅｚｚａｎｉｎｅ（中二階）バスとしても知られるペリフェラル・コンポーネント・インターコネクト（Ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  Ｉｎｔｅｒｃｏｎｎｅｃｔ）（ＰＣＩ）バスが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２５５】
コンピューター１１０は、典型的には様々なコンピューター可読媒体を含む。コンピューター可読媒体は、コンピューター１１０によってアクセスされ得るいずれの利用可能な媒体であり得、例としては揮発性媒体および不揮発性媒体の両方、リムーバブル媒体および非リムーバブル媒体が挙げられる。例として、コンピューター可読媒体は、コンピューター記憶媒体および通信媒体を含み得るが、これらに限定されない。コンピューター記憶媒体としては、コンピューター可読命令、データ構造、プログラムモジュールまたは他のデータなどの情報の保存のためのいずれかの方法または技術で実施される、揮発性および不揮発性の両方の、リムーバブル媒体および非リムーバブル媒体が挙げられる。コンピューター記憶媒体としては、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、フラッシュメモリもしくは他のメモリ技術、ＣＤ−ＲＯＭ、デジタルバーサタイルディスク（ＤＶＤ）もしくは他の光ディスク記憶装置、磁気カセット、磁気テープ、磁気ディスク記憶装置または他の磁気記憶装置、あるいは所望の情報を保存するために使用され得かつコンピューター１１０によってアクセスされ得るいずれかの他の媒体が挙げられるが、これらに限定されない。通信媒体は、典型的には、搬送波または他の輸送機構などの変調されたデータ信号の中にコンピューター可読命令、データ構造、プログラムモジュールまたは他のデータを具現化し、いずれかの情報配信媒体を含む。用語「変調されたデータ信号」は、ある信号の特性集合のうちの１以上が、情報を当該信号の中でコード化するような様式で変更されている、その信号を意味する。例として、通信媒体としては、有線ネットワークまたは直接配線接続などの有線媒体、ならびに音響、ＲＦ、赤外線および他の無線媒体などの無線媒体が挙げられるが、これらに限定されない。上記のもののうちのいずれの組み合わせも、コンピューター可読媒体の範囲内に包含されるはずである。
【０２５６】
システムメモリ１３０は、読み出し専用メモリ（ＲＯＭ）１３１およびランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）１３２などの揮発性メモリおよび／または不揮発性メモリの形態のコンピューター記憶媒体を含む。起動中などにコンピューター１１０内の要素間で情報を転送することを助ける基本ルーチンを含む基本入出力システム１３３（ＢＩＯＳ）は、典型的にはＲＯＭ  １３１に保存される。ＲＡＭ  １３２は、典型的には、処理装置１２０が直ちにアクセス可能であり、かつ／または現在処理装置１２０が演算しているデータおよび／またはプログラムモジュールを含む。例として、図１は、オペレーティングシステム１３４、アプリケーションプログラム１３５、他のプログラムモジュール１３６、およびプログラムデータ１３７を図示するが、これらに限定されない。
【０２５７】
コンピューター１１０はまた、他のリムーバブル／非リムーバブル、揮発性／不揮発性のコンピューター記憶媒体を含み得る。例にすぎないが、図１は、非リムーバブルの、不揮発性の磁気媒体から読み取りまたは非リムーバブルの、不揮発性の磁気媒体に書き込むハードディスクドライブ１４０、リムーバブルの、不揮発性の磁気ディスク１５２から読み取りまたはリムーバブルの、不揮発性の磁気ディスク１５２に書き込む磁気ディスクドライブ１５１、およびＣＤ  ＲＯＭまたは他の光媒体などのリムーバブルの、不揮発性の光ディスク１５６から読み取りまたはリムーバブルの、不揮発性の光ディスク１５６に書き込む光ディスクドライブ１５５を図示する。代表的な動作環境で使用され得る他のリムーバブル／非リムーバブルの、揮発性／不揮発性のコンピューター記憶媒体としては、磁気テープカセット、フラッシュメモリカード、デジタルバーサタイルディスク、デジタルビデオテープ、ソリッドステートＲＡＭ、ソリッドステートＲＯＭなどが挙げられるが、これらに限定されない。ハードディスクドライブ１４１は、典型的には、非リムーバブルメモリインターフェース（インターフェース１４０など）を介してシステムバス１２１に接続され、磁気ディスクドライブ１５１および光ディスクドライブ１５５は、典型的にはリムーバブルメモリインターフェース（インターフェース１５０など）によってシステムバス１２１に接続される。
【０２５８】
上で論じ図１に図示したドライブおよびそれらの関連するコンピューター記憶媒体は、コンピューター１１０のためのコンピューター可読命令、データ構造、プログラムモジュールおよび他のデータの保存をもたらす。図１では、例えば、ハードディスクドライブ１４１は、保存用（ｓｔｏｒｉｎｇ）オペレーティングシステム１４４、アプリケーションプログラム１４５、他のプログラムモジュール１４６、およびプログラムデータ１４７として図示されている。これらの構成要素は、オペレーティングシステム１３４、アプリケーションプログラム１３５、他のプログラムモジュール１３６、およびプログラムデータ１３７と同じであってもよいし、異なっていてもよいことに留意されたい。オペレーティングシステム１４４、アプリケーションプログラム１４５、他のプログラムモジュール１４６、およびプログラムデータ１４７は、最小限それらが異なるコピーであることを図示するために、ここでは異なる数が与えられている。ユーザーは、キーボード１６２およびポインティングデバイス１６１（一般にマウスと呼ばれる）、トラックボールまたはタッチパッドなどの入力装置を通して、コマンドおよび情報をコンピューター２０へと入力し得る。他の入力装置（図示せず）は、マイクロホン、ジョイスティック、ゲームパッド、パラボラアンテナ、スキャナーなどを含み得る。これらおよび他の入力装置は、システムバスに結合されているユーザー入力インターフェース１６０を通して処理装置１２０に接続されることが多いが、パラレルポート、ゲームポートまたはユニバーサル・シリアル・バス（ＵＳＢ）などの他のインターフェースおよびバス構造によって接続されてもよい。モニター１９１または他の種類のディスプレイ装置はまた、ビデオインターフェース１９０などのインターフェースを介してシステムバス１２１に接続されている。モニターに加えて、コンピューターはまた、スピーカー１９７およびプリンタ１９６などの他の周辺出力装置を含み得、これらは出力用周辺インターフェース１９０を通して接続され得る。
【０２５９】
コンピューター１１０は、リモートコンピューター１８０などの１以上のリモートコンピューターへの論理結合を使用して、ネットワーク化された環境の中で動作し得る。リモートコンピューター１８０は、パーソナルコンピューター、サーバー、ルーター、ネットワークＰＣ、ピア装置（ｐｅｅｒ  ｄｅｖｉｃｅ）または他の共通のネットワークノードであり得、そして典型的には、コンピューター１１０に対する上記の要素のうちの多くまたはすべてを含むが、メモリ記憶装置１８１だけが図１に図示されている。図１に図示される論理結合は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）１７１および広域ネットワーク（ＷＡＮ）１７３を含むが、他のネットワークも含み得る。このようなネットワーク環境は、オフィス、企業規模のコンピューターネットワーク、イントラネットおよびインターネット内では普通のものである。
【０２６０】
ＬＡＮネットワーク環境で使用される場合、コンピューター１１０は、ネットワークインターフェースまたはアダプター１７０を通してＬＡＮ１７１に接続される。ＷＡＮネットワーク環境で使用される場合、コンピューター１１０は、典型的には、モデム１７２またはインターネットなどのＷＡＮ  １７３にわたって通信を確立するための他の手段を含む。モデム１７２（内蔵モデムまたは外付けモデムであり得る）は、ユーザー入力インターフェース１６０、または他の適切な機構を介してシステムバス１２１に接続され得る。ネットワーク化された環境では、コンピューター１１０に対して示されたプログラムモジュール、またはその一部分は、遠隔のメモリ記憶装置に保存され得る。例として、図１は、遠隔のアプリケーションプログラム１８５をメモリ装置１８１上に存在するとして図示しているが、これに限定されない。示されるネットワーク接続は代表的なものであり、コンピューター間の通信リンクを確立するための他の手段が使用され得ることは分かるであろう。
【０２６１】
上記の本文は本発明の多数の異なる実施態様の詳細な説明を記載するが、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲の文言によって定められるということを理解されたい。この詳細な説明は、代表的なものにすぎないと解釈されるべきであり、あらゆる可能性のある本発明の実施態様を記載しているわけではない。なぜなら、あらゆる可能性のある実施態様を記載することは、不可能ではないかもしれないが、実益がないと思われるからである。多数の代替の実施態様が、現在の技術または本特許の出願日以後に開発される技術のいずれかを使用して実施され得、それらは、依然として本発明を画定する特許請求の範囲の範囲内に含まれることになる。
【０２６２】
リスク評価システムおよび方法、ならびに他の要素が、好ましくはソフトウェアで実施されるとして記載されてきたが、それらはハードウェア、ファームウェアなどで実施され得、いずれかの他のプロセッサによって実施され得る。従って、本願明細書に記載された要素は、標準的な多目的ＣＰＵでまたは所望に応じて特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）または他の配線接続された装置などの特定的に設計されたハードウェアまたはファームウェア（図１のコンピューター１１０が挙げられるが、これに限定されない）上で実施され得る。ソフトウェアで実施される場合、当該ソフトウェアルーチンは、磁気ディスク、レーザーディスク、または他の記憶媒体上などのいずれかのコンピューター可読メモリに、コンピューターまたはプロセッサのＲＡＭまたはＲＯＭに、いずれかのデータベースなどに保存され得る。同様に、このソフトウェアは、例えばコンピューター可読ディスクもしくは他の持ち運びできるコンピューター記憶装置上、または電話線、インターネット、無線通信など通信チャネルにわたって（これらは、持ち運びできる記憶媒体を介してこのようなソフトウェアを提供することと同じまたは置き換え可能であると考えられる）、を含めた、いずれかの公知のまたは所望の配信方法を介してユーザーまたは診断システムに配信され得る。
【０２６３】
従って、本発明の趣旨および範囲から逸脱せずに、本願明細書に記載および図示された技術および構造の中で、多くの改変態様および変更態様がなされ得る。従って、本願明細書に記載された方法および装置は例示的なものに過ぎず、本発明の範囲に対する限定にはならないということを理解されたい。
【０２６４】
従って、本発明は、本願明細書に記載された多型マーカーおよびハプロタイプ、ならびにそれらから誘導された遺伝子型および／または疾病関連データを使用するコンピューターで実施される応用例に関する。このような応用例は、本発明の方法で有用な遺伝子型データの保存、操作、または別の態様での分析のために有用であり得る。１つの例は、遺伝子型情報を第三者（例えば、個体、その個体の保護者、医療提供者または遺伝学的解析サービスの提供者）に提供することができるように、または例えば当該遺伝子型データを甲状腺癌に対する増加した感受性に寄与する遺伝的危険因子についての情報と比較することにより、当該遺伝子型データから情報を誘導し、そしてこのような比較に基づいて結果を報告するために、個体由来の遺伝子型情報を可読媒体上に保存することに関する。
【０２６５】
一般的に言えば、コンピューター可読媒体は、（ｉ）本願明細書に記載された少なくとも１つの多型マーカーまたはハプロタイプの識別子の情報、（ｉｉ）甲状腺癌の個体における、当該少なくとも１つのマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の指標もしくはハプロタイプの頻度の指標、および参照集団における、当該少なくとも１つのマーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の指標もしくはハプロタイプの頻度の指標、を保存する性能を有する。当該参照集団は、個体の疾病フリーの集団であり得る。あるいは、当該参照集団は、一般的な集団から得た確率標本であり、従って、集団全体を代表する。頻度の指標は、算出された頻度、対立遺伝子および／またはハプロタイプのコピーの数、または、特定の媒体に適した実際の頻度の規準化された値もしくは別の態様で操作された値であってもよい。
【０２６６】
本願明細書で、甲状腺癌の増加した感受性（例えば増加したリスク）に関連すると記載されたマーカーおよびハプロタイプは、ある実施態様では、遺伝子型のデータの解釈および／または分析に有用である。従って、ある実施態様では、本願明細書で示された、甲状腺癌のリスクのある対立遺伝子の同定、または甲状腺癌と関連すると本願明細書に示されたマーカーのうちのいずれか１つとＬＤである多型マーカーの対立遺伝子の同定は、遺伝子型のデータの由来である個体が甲状腺癌について増加したリスクを有することを示す。そのような１つの実施態様では、遺伝子型のデータは、本願明細書で甲状腺癌に関連すると示された少なくとも１つの多型マーカー、またはそれらと連鎖不平衡のマーカーについて生じる。当該遺伝子型のデータは、例えば、インターネットに接続可能なユーザーインターフェースを介して、当該遺伝子型のデータの解釈とともに、例えば、疾病についてのリスク判定基準（絶対的なリスク（ＡＲ）、リスク比（ＲＲ）またはオッズ比（ＯＲ）など）の形態で、その後に、当該データの由来である個体、その個体の保護者または代表者、医師または医療従事者、遺伝子カウンセラー、または保険代理業者などの第三者に利用可能となる。別の実施態様では、個体由来の遺伝子型のデータセットで同定されたリスクのあるマーカーが評価され、当該データセットにおけるこのようなリスクのある変異体の存在によって与えられるリスクの評価から得た結果は、例えば、安全なウェブインターフェースを介して、または他の伝達手段によって当該第三者に利用可能となる。このようなリスクアセスメントの結果は、数値的な形態（例えば、絶対的なリスク、相対リスク、および／もしくはオッズ比などのリスク値、または参照と比較したリスクの増加した割合による）、図面による方法、または当該遺伝子型のデータの由来である個体のリスクを図解するのに適した他の手段で報告され得る。
【０２６７】
（核酸およびポリペプチド）
本願明細書記載の核酸およびポリペプチドは、本発明の方法およびキットで使用され得る。「単離された」核酸分子は、本願明細書で使用される場合、（ゲノム配列における）遺伝子またはヌクレオチド配列に通常に隣接した核酸から分離され、かつ／または、（例えば、ＲＮＡライブラリーにおける）他の転写された配列から完全にもしくは部分的に精製したものである。例えば、本発明の単離された核酸は、自然に生じる複雑な細胞環境、または組み換え技術によって産生された場合の培養培地、または化学的に合成された場合の化学的前駆体または他の化学物質に対して実質的に単離され得る。いくつかの例では、単離された物質は、組成物（例えば、他の物質を含む粗抽出物）、バッファーシステムまたは試薬混合物の一部を形成するだろう。他の状況では、当該物質は、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）またはカラムクロマトグラフィー（例えば、ＨＰＬＣ）によって判定されるように、基本的に均一に精製され得る。本発明の単離された核酸分子は、存在するすべての高分子の種のうち、少なくとも約５０％、少なくとも約８０％または少なくとも約９０％（モルベースによる）を構成し得る。ゲノムＤＮＡに関しては、用語「単離された」はまた、当該ゲノムＤＮＡが本来関連する染色体から分離される核酸分子も意味し得る。例えば、単離した核酸分子は、約２５０ｋｂ、２００ｋｂ、１５０ｋｂ、１００ｋｂ、７５ｋｂ、５０ｋｂ、２５ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂまたは０．１ｋｂ未満の、当該核酸分子が由来する細胞のゲノムＤＮＡの核酸分子に隣接するヌクレオチドを含み得る。
【０２６８】
当該核酸分子は、他のコード配列または制御配列に融合され得、依然として単離されたものとみなされ得る。従って、ベクターに含有された組み換えＤＮＡは、本願明細書で使用される「単離された」の定義に含まれる。また、単離された核酸分子は、異種の宿主細胞もしくは異種生命体中の組み換えＤＮＡ分子、および部分的にもしくは実質的に精製された溶液中のＤＮＡ分子を含む。「単離された」核酸分子はまた、ｉｎ  ｖｉｖｏおよびｉｎ  ｖｉｔｒｏでの本発明のＤＮＡ分子のＲＮＡ転写物を含む。単離した核酸分子またはヌクレオチド配列は、化学的に合成された、または組み換え手段によって合成された核酸分子またはヌクレオチド配列を含み得る。このような単離されたヌクレオチド配列は、例えば、コードされたポリペプチドの製造において、（例えば、他の哺乳類の種からの）相同配列の単離のため、（例えば、染色体とのインサイツハイブリダイゼーションによる）遺伝子マッピングのため、または組織（例えば、ヒト組織）中の遺伝子発現の検出（ノーザンブロット分析または他のハイブリダイゼーション技術などによる）のためのプローブとして有用である。
【０２６９】
本発明はまた、高いストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下（選択的ハイブリダイゼーションなど）で、本願明細書記載のヌクレオチド配列にハイブリダイズする核酸分子（例えば、本願明細書記載のマーカーまたはハプロタイプに関連する多形性部位を含むヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズする核酸分子）に関する。このような核酸分子は、（例えば、高いストリンジェンシー条件下での）対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーションまたは配列特異的なハイブリダイゼーションによって検出および／または単離され得る。核酸ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー条件および方法は、当業者に周知（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．ら、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、（１９９８）、およびＫｒａｕｓ，Ｍ．およびＡａｒｏｎｓｏｎ，Ｓ．、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．、２００：５４６−５５６（１９９１）を参照、その全体の教示は参照によって本願明細書に援用する）である。
【０２７０】
２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列の同一性（％）は、至適な比較目的で配列を整列することによって判定され得る（例えば、間隙は、第１の配列の配列に導入され得る）。対応する位置のヌクレオチドまたはアミノ酸は、次いで、比較され、２つの配列間の同一性（％）は、当該配列によって共有される同一の位置の数の関数である（すなわち、同一性（％）＝同一の位置の数／位置の総数×１００）。ある実施態様では、比較目的で整列させた配列の長さは、参照配列の長さのうち、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％である。２つの配列の実際の比較は、周知の方法、例えば、数学的アルゴリズムを使用することによって達成され得る。このような数学的アルゴリズムの非限定的な例は、Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．およびＡｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９０：５８７３−５８７７（１９９３）に記載される。このようなアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  Ｓ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、２５：３３８９−３４０２（１９９７）に記載されるように、ＮＢＬＡＳＴプログラムおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）に取り込まれる。ＢＬＡＳＴプログラムおよびＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＮＢＬＡＳＴ）の初期状態のパラメータが使用され得る。ワールドワイドウェブ上のウェブサイト（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ．）を参照。１つの実施態様では、配列比較のパラメータはスコア＝１００、語長＝１２に設定し得るし、または、異なり得る（例えば、Ｗ＝５またはＷ＝２０）。アルゴリズムの別の例はＢＬＡＴ（Ｋｅｎｔ，Ｗ．Ｊ．  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．  １２：６５６−６４（２００２））である。
【０２７１】
他の例は、ＭｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒ、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）のアルゴリズム、Ｔｏｒｅｌｌｉｓ  Ａ．およびＲｏｂｏｔｔｉ  Ｃ．、Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．１０：３−５（１９９４）に記載されたＡＤＶＡＮＣＥおよびＡＤＡＭ、ならびにＰｅａｒｓｏｎ  Ｗ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５：２４４４−４８（１９８８）に記載されたＦＡＳＴＡを含む。
【０２７２】
別の実施態様では、２つのアミノ酸配列間の同一性（％）は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（アクセルリス（Ａｃｃｅｌｒｙｓ）、英国、ケンブリッジ）におけるＧＡＰプログラムを使用して達成され得る。
【０２７３】
本発明はまた、配列番号：１〜２２９のうちのいずれか１つのヌクレオチド配列を含むまたはこれらからなる核酸；あるいは配列番号：１〜２２９のうちのいずれか１つのヌクレオチド配列の補完物を含むまたはこれらからなる核酸に、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする断片または部分を含む、単離した核酸分子を提供し、当該ヌクレオチド配列は、本願明細書に記載されたマーカーおよびハプロタイプに含まれる少なくとも１つの多型の対立遺伝子を含む。本発明の核酸断片は、長さが少なくとも約１５、少なくとも約１８、２０、２３または２５ヌクレオチドであり、３０、４０、５０、１００、２００、５００、１０００、１０，０００またはこれより多いヌクレオチドである。
【０２７４】
本発明の核酸断片は、本願明細書記載のようなアッセイにおけるプローブまたはプライマーとして使用される。「プローブ」または「プライマー」は、塩基特異的様式で核酸分子の相補鎖にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドである。ＤＮＡおよびＲＮＡに加えて、このようなプローブおよびプライマーは、Ｎｉｅｌｓｅｎ  Ｐ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５４：１４９７−１５００（１９９１）において記載されたように、ポリペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。プローブまたはプライマーは、核酸分子の少なくとも約１５、典型的には約２０〜２５、およびある実施態様では約４０、５０または７５の、核酸分子の連続的ヌクレオチドにハイブリダイズするヌクレオチド配列領域を含む。１つの実施態様では、当該プローブまたはプライマーは、本願明細書記載の少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子もしくは少なくとも１つのハプロタイプ、またはその補完物を含む。特定の実施態様では、プローブまたはプライマーは、１００またはより少ないヌクレオチド（例えば、ある実施態様では、６〜５０ヌクレオチド、または、例えば、１２〜３０ヌクレオチド）を含み得る。他の実施態様では、当該プローブまたはプライマーは、近接するヌクレオチド配列もしくは当該近接するヌクレオチド配列の補完物と、少なくとも７０％の同一性、少なくとも８０％の同一性、少なくとも８５％の同一性、少なくとも９０％の同一性、または少なくとも９５％の同一性である。別の実施態様では、当該プローブまたはプライマーは、近接するヌクレオチド配列または当該近接するヌクレオチド配列の補完物に、選択的にハイブリダイズできる。しばしば、当該プローブまたはプライマーは、さらに、標識（例えば、放射性同位元素、蛍光標識、酵素標識、酵素共因子標識、磁性標識、スピン標識、エピトープ標識）を含む。
【０２７５】
上記などの本発明の核酸分子は、当業者に周知の標準的な分子生物学技術を使用して同定され、単離され得る。増幅したＤＮＡは、標識（例えば、放射標識、蛍光標識）され得、ヒト細胞由来のｃＤＮＡライブラリーのスクリーニングのためのプローブとして使用され得る。ｃＤＮＡは、ｍＲＮＡ由来であり得、適したベクター中に含まれ得る。対応するクローンが単離され得、ＤＮＡはｉｎ  ｖｉｖｏでの切除の後に得ることができ、クローン化された挿入断片は、一方向または両方向で、当該技術分野で承認されている方法によって配列決定され、適切な分子量のポリペプチドをコードする正しい読み枠が同定され得る。これらの方法または同様の方法を使用して、ポリペプチドおよびポリペプチドをコードするＤＮＡは単離され、配列決定され、さらに特徴付けられ得る。
【０２７６】
（抗体）
当該遺伝子産物の１つの形態に特異的に結合するが当該遺伝子産物の他の形態には特異的に結合しないポリクローナル抗体および／またはモノクローナル抗体もまた提供される。当該多形性部位（単数もしくは複数）を含む変異体または参照遺伝子産物のいずれかの一部分に結合する抗体もまた、提供される。用語「抗体」は、本願明細書で使用される場合、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、特異的に抗原に結合する抗原結合部位を含む分子を意味する。本発明のポリペプチドに特異的に結合する分子は、そのポリペプチドまたはその断片に結合するが、試料中、例えば、自然に当該ポリペプチドを含む生物学的試料中の他の分子には実質的に結合しない分子である。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分の例は、抗体をペプシンなどの酵素で処理することによって生じ得るＦ（ａｂ）およびＦ（ａｂ’）２断片を含む。本発明は、本発明のポリペプチドに結合するポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を提供する。用語「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体の組成物」は、本願明細書で使用される場合、本発明のポリペプチドの特定のエピトープと免疫反応できる１種のみの抗原結合部位を含む抗体分子の集団を意味する。従って、モノクローナル抗体の組成物は、典型的には、免疫反応する本発明の特定のポリペプチドに対する単一の結合アフィニティーを示す。
【０２７７】
ポリクローナル抗体は、適した被験者に、所望の免疫原（例えば、本発明のポリペプチドまたはその断片）で免疫することによって、上記のように、調製され得る。免疫された被験者における抗体力価は、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）などの標準的な技術によって、固定化されたポリペプチドを使用して、経時的にモニターされ得る。所望であれば、ポリペプチドに対して作られた抗体分子は、哺乳類から（例えば、血液から）単離され得、さらに、ＩｇＧ分画を得るために、プロテインＡクロマトグラフィーなどの周知の技術によって精製され得る。免疫後の適切な時期に、例えば、抗体力価が最も高いときに、抗体産生細胞が被験者から入手され、標準的な技術（ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７（１９７５）に最初に記載された融合細胞法、ヒトＢ細胞の融合細胞法（Ｋｏｚｂｏｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  ４：７２（１９８３））、ＥＢＶ融合細胞法（Ｃｏｌｅら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ、１９８５、Ｉｎｃ．、７７−９６頁）またはトリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）法など）によってモノクローナル抗体を調製するために使用され得る。融合細胞を産生する技術は周知である（概括的に、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（１９９４）Ｃｏｌｉｇａｎら、（編集）Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ社、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ参照）。簡潔に言えば、不死の株化細胞（典型的にはミエロ−マ）は、上記の免疫原で免疫された哺乳類から得たリンパ球（典型的には脾細胞）と融合され、得られた融合細胞の培養上清は、本発明のポリペプチドに結合するモノクローナル抗体を産生する融合細胞を同定するためにスクリーニングされる。
【０２７８】
リンパ球および不死化株化細胞を融合するために使用される多くの周知の手順のいずれも、本発明のポリペプチドに対するモノクローナル抗体を生じる目的で適用され得る（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、前出；Ｇａｌｆｒｅら、Ｎａｔｕｒｅ  ２６６：５５０５２（１９７７）；Ｒ．Ｈ．Ｋｅｎｎｅｔｈ、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｎｅｗ  Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ  Ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎａｌｙｓｅｓ中、Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｒｐ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８０）；およびＬｅｒｎｅｒ、Ｙａｌｅ  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｍｅｄ．５４：３８７−４０２（１９８１）参照）。さらに、当業者は、同様に有用であるこのような方法の多くのバリエーションがあることを理解するだろう。
【０２７９】
モノクローナル抗体分泌融合細胞の調製の代わりに、本発明のポリペプチドに対するモノクローナル抗体が、当該ポリペプチドとの組み換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリー（例えば、抗体ファージディスプレイライブラリー）をスクリーニングし、それにより、当該ポリペプチドに結合する免疫グロブリンライブラリーメンバーを単離することによって、同定および単離され得る。ファージディスプレイライブラリーを生じ、かつスクリーニングするためのキットは、市販されている（例えば、ファルマシア社（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）組み換えファージ抗体システム、カタログ番号２７−９４００−０１；およびストラタジーン社（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）ＳｕｒｆＺＡＰ（商標）ファージディスプレイキット、カタログ番号２４０６１２）。その上、方法および試薬の例、特に、抗体のディスプレイライブラリーの生成およびスクリーニングにおける使用において受け入れられる例は、例えば、米国特許第５，２２３，４０９号明細書、国際公開第９２／１８６１９号パンフレット、国際公開第９１／１７２７１号パンフレット、国際公開第９２／２０７９１号パンフレット、国際公開第９２／１５６７９号パンフレット、国際公開第９３／０１２８８号パンフレット、国際公開第９２／０１０４７号パンフレット、国際公開第９２／０９６９０号パンフレット、国際公開第９０／０２８０９号パンフレット；Ｆｕｃｈｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７０−１３７２（１９９１）；Ｈａｙら、Ｈｕｍ．Ａｎｔｉｂｏｄ．Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ３：８１−８５（１９９２）；Ｈｕｓｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１（１９８９）；およびＧｒｉｆｆｉｔｈｓら、ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：７２５−７３４（１９９３）において見出され得る。
【０２８０】
その上、ヒト部分および非ヒト部分の両方を含み、標準的な組み換えＤＮＡ技術を使用して産生され得る組み換え抗体（キメラのモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体など）は、本発明の範囲内である。このようなキメラのモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体は、当該技術分野で公知の組み換えＤＮＡ技術によって産生され得る。
【０２８１】
通常は、本発明の抗体（例えば、モノクローナル抗体）は、標準的な技術（アフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降など）によって本発明のポリペプチドを単離するのに使用され得る。ポリペプチド特異的な抗体は、細胞からの自然のポリペプチドの精製および宿主細胞で発現した組み換えによって産生されたポリペプチドの精製を促進できる。さらに、本発明のポリペプチドに特異的な抗体は、当該ポリペプチドの存在量および発現様式を評価するために、（例えば、細胞溶解物、細胞上清、または組織試料中の）当該ポリペプチドを検出するのに使用され得る。抗体は、臨床試験過程の一部として、例えば、所定の治療計画の有効性の判定などのため、組織中のタンパク質レベルをモニターするために診断的に使用され得る。抗体は、その検出を促進するための検出可能な物質と結合され得る。検出可能な物質の例は、様々な酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射性物質を含む。適した酵素の例は、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、βガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼを含む。適した補欠分子族複合体の例は、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンを含む。適した蛍光物質の例は、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ）、塩化ダンシルまたはフィコエリトリンを含む。発光物質の例は、ルミノールを含む。生物発光物質の例は、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンを含み、ならびに、適した放射性物質の例は１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈを含む。
【０２８２】
抗体はまた、薬理ゲノミクス分析において有用であってもよい。このような実施態様では、本発明に関する核酸によってコードされた変異タンパク質に対する抗体（少なくとも１つの本発明の多型マーカーを含む核酸によってコードされた変異タンパク質など）は、改変された治療様式を必要とする個体の同定のために使用され得る。
【０２８３】
抗体は、さらに、疾病の活性段階などの疾病の状態、またはタンパク質の機能に関連した疾病（特に甲状腺癌）に対する素因のある個体における変異タンパク質の発現の評価のために有用であり得る。本願明細書記載の少なくとも１つの多型マーカーまたはハプロタイプを含む核酸によってコードされた本発明の変異タンパク質に特異的な抗体は、変異タンパク質の存在のスクリーニング、例えば、変異タンパク質の存在によって示された甲状腺癌への素因についてのスクリーニング、に使用され得る。
【０２８４】
抗体は他の方法で使用され得る。従って、抗体は、電気泳動の移動度、等電点、トリプシンまたは他のプロテアーゼ消化による分析と組み合わせて、タンパク質（本発明の変異タンパク質など）を評価するための診断の手段として、または当業者に知られた他の物理的なアッセイにおける使用において有用である。抗体はまた、組織適合試験に使用してもよい。そのような１つの実施態様では、特定の変異タンパク質は、特定の組織型の発現に関連し、変異タンパク質に特異的な抗体は、次いで、特定の組織型の同定に使用され得る。
【０２８５】
変異タンパク質を含むタンパク質の細胞内局在はまた、抗体を使用して判定され得、様々な組織の細胞のタンパク質の異常な細胞内局在を評価するために適用され得る。このような使用は遺伝子検査に適用され得るが、特定の治療様式をモニターすることにも適用され得る。治療が、変異タンパク質の発現レベルもしくは存在または変異タンパク質の異常な組織分布もしくは発生上の発現を矯正することを目的にしている場合、当該変異タンパク質またはその断片に特異的な抗体は治療有効性をモニターするために使用され得る。
【０２８６】
抗体は、さらに、例えば、結合分子またはパートナーへの、変異タンパク質の結合をブロックすることによる変異タンパク質の機能の阻害において有用である。このような使用はまた、治療が変異タンパク質の機能の阻害に関連する治療上の構成においても適用され得る。抗体は、例えば、結合をブロックまたは競合的に阻害し、それによりタンパク質の活性を調節（すなわち、刺激または拮抗）するのに使用され得る。抗体は、特定の機能に必要とされる部位を含む特定のタンパク質断片、または、細胞または細胞膜に関連するインタクトなタンパク質に対して調製され得る。ｉｎ  ｖｉｖｏにおける投与について、抗体はさらなる治療上の負荷量（放射性核種、酵素、免疫原性エピトープ、または細菌毒素（ジフテリアまたは、リシンなどの植物毒素）を含む細胞毒など）に関連してもよい。ｉｎ  ｖｉｖｏでの抗体またはその断片の半減期は、ポリエチレングリコールとの結合によるペグ化によって増加されてもよい。
【０２８７】
本発明は、さらに、本願明細書記載の方法において抗体を使用するためのキットに関する。これは、試験試料における変異タンパク質の存在を検出するためのキットを含むが、これに限定されない。１つの好ましい実施態様は、抗体（標識された抗体または標識できる抗体など）および生物学的試料中の変異タンパク質を検出するための化合物もしくは薬剤、試料中の変異タンパク質の量もしくは存在および／もしくは不存在を判定する手段、ならびに試料中の変異タンパク質の量を標準物質と比較する手段、ならびに当該キットの使用についての説明書を含む。
【０２８８】
本発明は、これから下記の非限定的な実施例によって例証される。
【実施例】
【０２８９】
（実施例１）
（甲状腺癌のリスクを与える染色体９ｑ２２．３３上のリスク変異体の同定）
アイスランドにおける甲状腺癌の発生率は隣接する諸国よりも高く、かつ世界中で最も高いものの中に入る。１００，０００人あたりのアイスランドにおける年齢標準化発生率は、男性および女性についてそれぞれ５および１２．５である。診断時の平均年齢は、男性について６１歳、女性について４７歳である。組織学的亜型間の分布は、アイスランドでは他の先進国と同様である。乳頭癌の組織学的亜型は最も頻度が高く、全甲状腺癌のうちの最高８０％を占め、第２の最も頻度が高いものは濾胞癌の型（約１４％）であり、第３は未分化癌型であって全甲状腺の症例の約５％を占め、最も一般的でないのは髄様癌型（約１％）である。
【０２９０】
（被験者）
本研究の承認は、アイスランド国立生命倫理委員会（ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  Ｉｃｅｌａｎｄ）およびアイスランドデータ保護機関（ｔｈｅ  Ｉｃｅｌａｎｄｉｃ  Ｄａｔａ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  Ａｕｔｈｏｒｉｔｙ）から得た。
【０２９１】
甲状腺癌研究のために使用した試料の本発明者らの収集物は、まったく十分に、アイスランドにおける全体の分布を表していた。本発明者らが遺伝子型を同定した４０６症例のうちで、３０９（８２％）は乳頭癌型であり、５３（１４％）は濾胞癌であり、７（１．５％）は甲状腺髄様癌であり、３７は不明または未定の組織学的表現型のものである。
【０２９２】
異なる組織学的亜型間で統計的有意差は観察されなかったため、以下の表１に提示される結果は、すべての本発明者らの症例についての結果を合わせたものである。
【０２９３】
２８，８５８のアイスランド人の対照は、ディコーデジェネティクス（ｄｅＣＯＤＥ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ）での他の進行中のゲノム全体での関連研究からの個体からなっていた。甲状腺癌と診断された個体は排除した。男性および女性の両方を含めた。
【０２９４】
（遺伝子型の同定）
甲状腺癌に対する感受性変異体についてのゲノム全体での検索（ｓｅａｒｃｈ）において、甲状腺癌と診断されたアイスランド人の患者および集団対照から得た試料を、国際ＨａｐＭａｐ計画の第Ｉ相に由来する３１７，５０３のＳＮＰを含むイルミナ  Ｈａｐ３００  ＳＮＰ  ビーズマイクロアレイ（イルミナ社（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、米国、カリフォルニア州、サンディエゴ）上で遺伝子型を同定した。このチップは、ｒ２≧０．８の共通のＳＮＰについてのユタ州のＣＥＰＨ（ＣＥＵ）ＨａｐＭａｐ試料の約７５％のゲノムの網羅を与える（ＢａｒｒｅｔｔおよびＣａｒｄｏｎ、（２００６）、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ、３８、６５９−６２）。単形性（すなわち、合わせた患者および対照群における少ない対立遺伝子頻度が０．００１未満であった）であったためか、低い（＜９５％）収率を有していたためか、のいずれかの理由で不適であるとみなしたマーカーは分析の前に除去した。
【０２９５】
マーカーｒｓ９０７５８０、ｒｓ７０２４３４５およびｒｓ９６５５１３を、ケンタウルス（Ｃｅｎｔａｕｒｕｓ）  ＳＮＰ  遺伝子型同定（Ｋｕｔｙａｖｉｎら、（２００６）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ、３４、ｅ１２８）によってさらに評価した。
【０２９６】
すべての遺伝子型の同定を、ディコーデジェネティクス（ｄｅＣＯＤＥ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ）の施設で実施した。
【０２９７】
（統計解析）
発明者らは、複合モデルを仮定して、すなわちヒトが保有する２つの対立遺伝子の相対リスクが乗算で表されると仮定してＳＮＰ対立遺伝子のオッズ比（ＯＲ）を算出した。保有者頻度よりも対立遺伝子の頻度が、当該マーカーについて提示される。関連したＰ値は、ＮＥＭＯソフトウェアパッケージにおいて実行されるように、標準的な尤度比のカイ２乗統計量で算出した（Ｇｒｅｔａｒｓｄｏｔｔｉｒら、（２００３）、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ、３５、１３１−８）。信頼区間は、ＯＲの評価が対数正規分布を有すると仮定して算出した。
【０２９８】
すべてのＰ値は、両側として報告した。
【０２９９】
（結果）
イルミナ  Ｈａｐ３００  チップから得た遺伝子型の分析の際に、本発明者らは、甲状腺癌に対する非常に有意な関連を与える、染色体９ｑ２２．３３上の３つのマーカー、ｒｓ９６５５１３、ｒｓ９０７５８０およびｒｓ７０２４３４５を見出した。本発明者らは、ケンタウルス遺伝子型同定アッセイを使用してさらなる症例の遺伝子型を同定することにより、この結果を追跡した。結果を表１Ａに示す。
【０３００】
すべての３つのマーカーは、甲状腺癌に対するゲノム全体の有意な関連を与え（３１７，０００の検定に対する補正は、０．０５／３１７，０００〜１．５×１０−８未満のＰ値を必要とする）、最も有意な結果は、ｒｓ９６５５１３について得られた（ＯＲ  １．７７、Ｐ値  １．１８×１０−１５）。ｒｓ９０７５８０およびｒｓ７０２３４５マーカーは、０．９０のｒ２値（表１Ｂ）でｒｓ９６５５１３と相関しており、従ってこれらのマーカーは、同じ関連シグナルを捕捉する可能性が非常に高い。
【０３０１】
【表２】
2011530306.tif 000003
【０３０２】
【表３】
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【０３０３】
【表４】
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【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【表９】
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【０３０４】
（実施例２）
甲状腺癌のリスクを与える配列変異について検索するために、本発明者らは、イルミナ  ＨｕｍａｎＨａｐ３００およびＨｕｍａｎＣＮＶ３７０−ｄｕｏ  Ｂｅａｄ  Ｃｈｉｐ遺伝子型同定プラットフォームを使用して遺伝子型同定した１９２の組織病理学的に確認されたアイスランド人の甲状腺癌の症例および３７，１９６の対照を用いてゲノム全体での関連研究（ＧＷＡＳ）を行った。さらに、平均して１ＳＮＰあたり、さらなる１８６の甲状腺癌患者と等価である遺伝子型を加えるために、本発明者らは、遺伝子型同定されていない甲状腺癌の症例に関する情報を提供するために近親者の既知の遺伝子型が使用される方法（コンピューターでの（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）遺伝子型の同定）を使用した（Ｇｕｄｂｊａｒｔｓｓｏｎ，ＤＦら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ４０：６０９−１５（２００８））。品質検査に合格しなかったＳＮＰを除いた後、全部で３０４，０８３のＳＮＰを関連について検定した。本発明者らは、複合モデルを仮定して各ＳＮＰについて対立遺伝子のオッズ比（ＯＲ）を算出し、検定の目的で標準的な尤度比χ２統計量を計算した。結果を、ゲノム制御の方法を使用して個体間での家族性の関連性について、および潜在的な集団の層別化について調整した（Ｄｅｖｌｉｎ  ＢおよびＲｏｅｄｅｒ  Ｋ  Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ  ５５：９９７−１００４（１９９９））；χ２統計量を、見積もられた膨張因子１．０９で除算した。
【０３０５】
本発明者らは、９ｑ２２．３３上のフォークヘッド因子Ｅ１（ＦＯＸＥ１）遺伝子と同じ連鎖不平衡（ＬＤ）領域に位置するいくつかの強いシグナルを観察した（図２；表３）。これらの結果を裏付けるために、本発明者らは、ケンタウルス・シングルトラックアッセイ（Ｃｅｎｔａｕｒｕｓ  ｓｉｎｇｌｅ  ｔｒａｃｋ  ａｓｓａｙ）での遺伝子型同定を使用して、さらなる２４１のアイスランド人の甲状腺癌の症例においてこれらのＳＮＰの遺伝子型の同定を進めた。これらの結果および上記ＧＷＡＳから得た結果を合わせて、最も強い関連シグナルは、ｒｓ９６５５１３の対立遺伝子Ａ（ｒｓ９６５５１３−Ａ）およびｒｓ１０７５９９４４の対立遺伝子Ａ（ｒｓ１０７５９９４４−Ａ）について観察され、ＯＲは、両方の変異体について１．７７であった（ｒｓ９６５５１３およびｒｓ１０７５９９４４について、それぞれＰ＝６．８×１０−２０およびＰ＝１．７×１０−１９）（表３および表４）。これらの２つのＳＮＰは、互いのほぼ完全な代用物であり（ユタ州のＣＥＰＨ（ＣＥＵ）ＨａｐＭａｐ試料においてｒ２＝１およびアイスランド人の試料においてｒ２＝０．９９８）、これらの変異体の効果は互いに区別できないため、本発明者らは、この後の検討ではｒｓ９６５５１３−Ａに焦点を当てることを選択した。多変量解析においてｒｓ９６５５１３−Ａについてコントロールすれば、９ｑ２２．３３上の残りのＳＮＰの中で有意なものは何もない。
【０３０６】
本発明者らは、米国（ＵＳ）、オハイオ州、コロンバス由来（３４２の症例および３８４の対照）ならびにスペイン由来（９０の症例および１，３４３の対照）の集団を用いて、ヨーロッパ人の子孫の２つの症例−対照群において甲状腺癌に対するｒｓ９６５５１３の関連を次に検定した。ｒｓ９６５５１３に対する関連は、両方の研究群において再現した（表４）。これら３つの研究集団の間でのＯＲの不均一性の検定は、有意差を示さなかった（ｒｓ９６５５１３についてＰ＝０．５８）。アイスランド、コロンバスおよびスペインから得た結果を合わせると、ｒｓ９６５５１３−Ａについて１．７５の見積もられたＯＲが得られた（Ｐ＝１．７×１０−２７）。
【０３０７】
遺伝形式を検討するために、本発明者らは、遺伝子型特異的ＯＲを計算し、当該複合モデルが両方の変異体に対して適切な合致を与えるということを見出した（表５）。この一般的集団の中の個体の約１１％は、ｒｓ９６５５１３−Ａのホモ接合保有者である。ｒｓ９６５５１３−Ａのホモ接合保有者は、非保有者よりも、当該疾病を発症するリスクがそれぞれ３．１倍大きいと見積もられる。さらに、本発明者らは、ｒｓ９６５５１３−Ａの頻度が、すべての３つの集団の中で、より若年で診断された症例の中でより高いということを観察した。これらのデータを合わせると、保有される各対立遺伝子について、診断時の年齢は２．４２歳だけ下がると見積もられる（Ｐ＝０．００１４）（表６）。
【０３０８】
本発明者らは、甲状腺癌の４つの主要な組織学的分類に対するｒｓ９６５５１３の効果を分析した。スペイン人およびアイスランド人の試料収集物の大部分はＰＴＣ（約８５％）およびＦＴＣ（約１２％）からなり、コロンバス由来の症例のすべてはＰＴＣであった。ｒｓ９６５５１３−Ａについて、上記３つの集団の合わせた分析でＰＴＣについて観察されたＯＲは１．８０（Ｐ＝４．７×１０−２３）であり、ＦＴＣについては、ＯＲは、アイスランド人およびスペイン人の試料のみに基づいて１．５５であった（Ｐ＝０．０１６）（表７）。これは、この変異体が甲状腺癌の２つの主要な組織学的な種類のリスクに影響を及ぼすということを実証する。他の組織学的な甲状腺癌の種類の数は、有意義な結論を導くにはあまりに限られていた。
【０３０９】
ＳＮＰ  ｒｓ９６５５１３は、以下の遺伝子が局在していたＬＤ領域内に、９ｑ２２．３３上に存在する：ＸＰＡ、ＦＯＸＥ１、Ｃ９ｏｒｆ１５６およびＨＥＭＧＮ（図２）。最も近い遺伝子は、ｒｓ９６５５１３のテロメア側約５７ｋｂに位置するＦＯＸＥ１である。ＦＯＸＥ１は、下垂体形成および甲状腺形成の両方において重要であり（Ｄａｔｈａｎ，Ｎら、Ｄｅｖ  Ｄｙｎ  ２２４：４５０４５６（２００２）；Ｄｅ  Ｆｅｌｉｃｅ，Ｍら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  １９：３９５−９８（１９９８））、胎生期に甲状腺分化を惹起する転写因子および補助因子の制御ネットワークの中心にある（Ｐａｒｌａｔｏ  Ｒら、Ｄｅｖ  Ｂｉｏｌ  ２７６：４６４−７５（２００４））。さらに、ＦＯＸＥ１遺伝子の変異は、表現型の中でもとりわけ、甲状腺無形成と関連するヒトの症候群の原因となる（Ｄｅ  Ｆｅｌｉｃｅ，Ｍら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  １９：３９５−９８（１９９８）；Ｃｌｉｆｔｏｎ−Ｂｌｉｇｈ  ＲＪら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  １９：３９９−１４０１（１９９８））。ＦＯＸＥ１は、サイログロブリン（Ｔｇ）および甲状腺ペルオキシダーゼ（ＴＰＯ）遺伝子などの甲状腺特異的遺伝子の転写の制御におけるその関与に基づき、甲状腺の分化した状態の維持のためにも必要である。これらの遺伝子の両方の制御された発現は、甲状腺ホルモン、トリヨードチロニン（Ｔ３）およびチロキシン（Ｔ４）の合成のために極めて重要である。なぜなら、ＴｇはＴ３およびＴ４の前駆体であり、それらの合成はＴＰＯによって触媒されるからである。主要な制御因子として作用する甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）は、甲状腺ホルモンの合成および分泌の制御にとって中心的な役割を果たす。
【０３１０】
甲状腺の生物学におけるＦＯＸＥ１の関与が与えられ、本発明者らは、ＴＳＨ（Ｎ＝１２，０３５）、遊離Ｔ４（Ｎ＝７，１０８）、および遊離Ｔ３（Ｎ＝３，５９３）の血清中の循環濃度に対するｒｓ９６５５１３−Ａの効果を評価した。使用したデータは、甲状腺癌を有するとは分かっていないアイスランド人から１１年間の期間（１９９７〜２００８）にわたって集めた一連の測定から得た（表８）。ｒｓ９６５５１３−Ａは、ｒｓ９６５５１３−Ａの１コピーあたり５．９％だけ減少したＴＳＨの血清レベル（Ｐ＝２．９０×１０−１４；表９）と関連しており、またなお逆方向にＴ３およびＴ４の血清レベルと関連しており、つまりｒｓ９６５５１３−Ａの１コピーあたり１．２％のＴ３レベルの上昇および１．２％のＴ４レベルの減少と関連していた（Ｔ３およびＴ４について、それぞれＰ＝３．００×１０−３および６．１０×１０−５）（表９）。これらのデータは、９ｑ２２．３３変異体が甲状腺の内分泌機能のいくつかの態様に影響を及ぼすということを実証する。
【０３１１】
一緒にして考えると、甲状腺および甲状腺関連ホルモンに対する９ｑ２２．３３上のｒｓ９６５５１３の効果、ＦＯＸＥ１に対するｒｓ９６５５１３の近接性、および甲状腺特異的遺伝子に対するＦＯＸＥ１の制御効果は、甲状腺癌とｒｓ９６５５１３との間の関連はＦＯＸＥ１が関与するプロセスを介して媒介されるということを強く示唆する。さらに、ＦＯＸＥ１の発現は、甲状腺腫瘍においては異常であることが示されている（Ｓｅｑｕｅｉｒａ，ＭＪら、Ｔｈｙｒｏｉｄ  ９９５−１００１（２００１））。従って、この変異体は、甲状腺癌に対する遺伝的感受性の最も重要な決定因子の１つである可能性が高い。
【０３１２】
（方法）
被験者。アイスランド人の研究集団。甲状腺癌と診断された個体は、１９５５年１月１日〜２００７年１２月３１日に診断されたすべての１，１１０のアイスランド人の甲状腺癌患者を含む、アイスランド癌登録所（ｔｈｅ  Ｉｃｅｌａｎｄｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｇｉｓｔｒｙ、ＩＣＲ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｋｒａｂｂａｍｅｉｎｓｓｋｒａ．ｉｓ／）からの全国的なリストに基づいて同定された。そのうちの１．０９７は非甲状腺髄様癌であった。このアイスランド人の甲状腺癌研究集団は、２０００年１１月から２００８年４月までに補充された（１９７４年１２月〜２００７年６月に診断された）４６０の患者からなり、そのうちの４５４（９８％）は本研究で成功裏に遺伝子が同定された。本研究で使用したすべての甲状腺癌の組織学は、再検討され確認された。合計で１９２の患者が、イルミナＳｅｎｔｒｉｘ  ＨｕｍａｎＨａｐ３００（ｎ＝９６）およびＨｕｍａｎＣＮＶ３７０−ｄｕｏ  Ｂｅａｄ  Ｃｈｉｐ（ｎ＝９６）マイクロアレイ（イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、米国、カリフォルニア州、サンディエゴ）を使用するゲノム全体でのＳＮＰ遺伝子型同定の取り組みに含まれ、本発明者らの品質管理基準に従って成功裏に遺伝子型が同定され、本発明の症例−対照関連分析で使用された。残りの２４１症例は、ケンタウルス・シングルトラック遺伝子型同定プラットフォームを使用して遺伝子型が同定された。承諾した患者についての診断時の平均年齢は４４歳（中央値４３歳）であり、範囲は１３〜８７歳であったが、ＩＣＲの中のすべての甲状腺癌患者については診断時の平均年齢は５６歳であった。診断から採血までの時間の中央値は１０年であった（０〜４６年の範囲）。本発明者らが、１９９８年より前に診断された個体と１９９８年以降に診断された個体との間でＡ−ｒｓ９６５５１３の頻度を比較したとき、有意差は観察されなかった（Ｐ＝０．９７）。この研究で使用した３７，２０２の対照（１６，１０９の男性（４３．３％）および２１，０９３の女性（５６．７％））は、ディコーデ（ｄｅＣＯＤＥ）での異なる遺伝子研究プロジェクトに属する個体からなっていた。これらの個体は、循環器系の一般的な病気（例えば脳卒中または心筋梗塞）、精神病および神経疾患（例えば統合失調症、双極性障害）、内分泌系および自己免疫系（例えば２型糖尿病、喘息）、悪性疾患（例えば乳房または前立腺の癌）と診断されており、また個体はアイスランド人の系統学データベースから無作為に選択された。対照の総数の６％を超える割合を占める単一の疾病プロジェクトはなかった。この対照は８４歳の平均年齢を有し、範囲は８〜１０５歳であった。直線回帰分析は、アイスランド人の対照の間で、Ａ−ｒｓ９６５５１３の対立遺伝子頻度と生年との間に相関は示さなかった（Ｐ＞０．２）。これらの対照は、ＩＣＲによる甲状腺癌患者の全国的なリストには存在しない。アイスランド人の症例および対照の両方についてのＤＮＡは、標準的な方法を使用して全血から単離した。
【０３１３】
本研究は、アイスランドデータ保護委員会（ｔｈｅ  Ｄａｔａ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｉｃｅｌａｎｄ）およびアイスランド国立生命倫理委員会（ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  Ｉｃｅｌａｎｄ）によって承認された。すべての被験者において、書面によるインフォームドコンセントが得られている。医療情報および血液試料と関連する個人の識別子を以前に記載された第三者の暗号化システム（Ｇｕｌｃｈｅｒ，ＪＧら、Ｅｕｒ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ８：７３９−４２（２０００））を用いて暗号化した。
【０３１４】
米国、オハイオ州、コロンバス。この研究は、オハイオ州立大学の施設内倫理委員会（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  Ｂｏａｒｄ  ｏｆ  Ｏｈｉｏ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）によって承認された。すべての被験者は、書面によるインフォームドコンセントを提供している。症例（ｎ＝３４２）は、甲状腺乳頭癌患者である（従来のＰＴＣおよび濾胞性異型ＰＴＣを含む）と組織学的に確認された。これらの患者は、協同ヒト組織ネットワーク（Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ、ＣＨＴＮ）を通して得た１つの症例を除いて、オハイオ州立大学総合癌センター（ｔｈｅ  Ｏｈｉｏ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ）に収容された。この１つの症例は、ペンシルベニア大学医療センター（ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ）に収容された。すべての症例はコーカサス人であり、９２人の男性、２５０人の女性、年齢の中央値４０歳、範囲１３〜８８であった。ゲノムＤＮＡは、ＰＴＣ患者由来の血液試料、または新しい凍結した正常な甲状腺組織のいずれかから抽出した。対照（ｎ＝３８４）は、オハイオ中央部出身の甲状腺癌と臨床的に診断されていない個体であった。すべての対照はコーカサス人であり、１４３人の男性、２４１人の女性、年齢の中央値５１歳、範囲１８〜９４であった。
【０３１５】
スペイン。スペイン人の研究集団は９０の甲状腺癌の症例からなっていた。これらの症例は、スペイン、サラゴサ（Ｚａｒａｇｏｚａ）のサラゴサ病院の癌科から、２００６年１０月から２００７年６月まで補充した。すべての患者は、ヨーロッパ人の子孫と自己申告した。発生時の年齢、グレードおよび段階を含めた臨床情報は診察記録から得た。患者についての診断時の平均年齢は４８歳（中央値４９歳）であり、範囲は２２〜７９歳であった。５１歳という平均年齢（年齢の中央値５０歳および範囲１２〜８７歳）を有する１，３４３人のスペイン人の対照個体（５７９人（４３％）の男性および７６４人（５７％）の女性）は、スペイン、サラゴサの大学病院で接触され、これら対照は甲状腺癌を有するとは知られていなかった。スペイン人の症例および対照の両方についてのＤＮＡは、標準的な方法を使用して全血から単離した。研究の手順は、サラゴサ大学病院（Ｚａｒａｇｏｚａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）の施設内倫理委員会によって承認された。すべての被験者において、書面によるインフォームドコンセントが得られている。
【０３１６】
（統計解析）
関連分析。これまでに記載され（Ｇｒｅｔａｒｓｄｏｔｔｉｒ  Ｓら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３５：１３１−３８（２００３））ＮＥＭＯソフトウェアで実行された尤度手順を関連分析のために使用した。報告されたＳＮＰについてすべての個体の遺伝子型を同定するための試みがなされた。収率は、あらゆる群のＳＮＰについて９５％よりも高かった。本発明者らは、被験者が無関係であれば、帰無仮説下で、漸近的に１自由度のχ２分布を有するであろう標準的な尤度比統計量を使用して、甲状腺癌に対するある対立遺伝子の関連を検定した。保有者頻度よりはむしろ対立遺伝子の頻度が、本文で、マーカーについて提示される。対立遺伝子特異的なＯＲおよび関連するＰ値は、個体の２つの染色体についての複合モデルを仮定して算出した（Ｆａｌｋ  ＣＴおよびＲｕｂｉｎｓｔｅｉｎ  Ｐ  Ａｎｎ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ５１（Ｐｔ  ３）：２２７−３３（１９８７））。上記３つの症例−対照群の各々について、対照においてはＨＷＥからの有意な偏差はなかった（Ｐ＞０．３）。複数の症例−対照群からの結果は、マンテル・ヘンツェルモデル（Ｍａｎｔｅｌ，ＮおよびＨａｅｎｓｚｅｌ，Ｗ  Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ２２：７１９−４８（１９５９））を使用して合わせた。このモデルでは、群は、対立遺伝子についての異なる集団頻度、および遺伝子型を持つことはできたが、共通の相対リスクを有すると仮定された（Ｇｕｄｍｕｎｄｓｓｏｎら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３９：９７７−８３（２００７）も参照のこと）。
【０３１７】
関連性の補正およびゲノム制御。アイスランド人のＧＷＡＳ群のいくらかの個体は互いに関連し、上述のχ２検定統計量が１より大きい平均を有するということを引き起こした。本発明者らは、ゲノム制御の方法を使用することによって膨張因子を見積もり（Ｄｅｖｌｉｎ  Ｂ．  Ｒｏｅｄｅｒ  Ｋ．  Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ  ５５：９９７−１００４（１９９９）、３０４，０８３のχ２統計量の平均を算出した。この方法によれば、膨張因子は１．０９であると見積もられた。単一のアッセイの遺伝子型の同定に起因する遺伝子型が同定された症例およびコンピューターで遺伝子型が同定された症例の試料サイズの変化に基づいて、本発明者らは、合わせたアイスランド人の試料の膨張因子を見積もり、１．１２であると設定した。合わせたアイスランド人の試料における甲状腺癌との関連についての検定に対するχ２統計量は、これに応じて調整した。
【０３１８】
（遺伝子型の同定）
イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）による遺伝子型の同定。それぞれ１９２および３７，２０２のアイスランド人の症例試料および対照試料を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｓｅｎｔｒｉｘ  ＨｕｍａｎＨａｐ３００またはＨｕｍａｎＣＮＶ３７０−ｄｕｏ  Ｂｅａｄ  Ｃｈｉｐｓ（イルミナ、米国、カルフォルニア州、サンディエゴ）のいずれかを用いてアッセイし、本発明者らの品質管理基準に従って成功裏に遺伝子型を同定した。このチップ上でアッセイしたＳＮＰのうちで、９５％未満の収率を有するか、症例および対照の合わせた集団において０．０１未満の非常に低い対立遺伝子頻度を有しているか、または単形性であるＳＮＰは、この分析から除いた。さらなる４，６３２のＳＮＰは、対照において、ハーディ・ワインベルグ平衡からの非常に有意な歪みを示した（ｐ＜１×１０−３）。合計で、１３，４２０のユニークなＳＮＰをこの研究から除外した。従って、本文に報告された分析は、３０４，０８３のＳＮＰを利用している。９８％未満のコールレート（ｃａｌｌ  ｒａｔｅ）のあるチップのいずれもまた、分析から除去した。
【０３１９】
シングルトラックアッセイでのＳＮＰ遺伝子型同定。アイスランドおよびスペインからの２つの症例−対照群に対する単一のＳＮＰ遺伝子型同定が、ケンタウルス（Ｃｅｎｔａｕｒｕｓ）（ナノゲン（Ｎａｎｏｇｅｎ））プラットフォームを適用して、アイスランド、レイキャビク（Ｒｅｙｋｊａｖｉｋ）のディコーデジェネティクス（ｄｅＣＯＤＥ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ）によって実施された（Ｋｕｔｙａｖｉｎ，ＩＶら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３４：ｅ１２８（２００６））。各ケンタウルスＳＮＰアッセイの品質は、ＣＥＵおよび／またはＹＲＩ  ＨａｐＭａｐ試料における各アッセイの遺伝子型を同定して、その結果をＨａｐＭａｐの公的に発表されたデータと比較することにより、評価された。１．５％を超えるミスマッチ率を有するアッセイは使用せず、ＬＤであることが既知のマーカーについては連鎖不平衡（ＬＤ）試験を使用した。本発明者らは、イルミナ  Ｈａｐ３００チップおよびケンタウルス・シングルトラックＳＮＰアッセイの両方を使用して３３０の個体の遺伝子型を同定し、０．５％未満のミスマッチ率を観察した。
【０３２０】
オハイオの研究集団由来の試料の遺伝子型の同定は、以前の記載のように（Ｈｅ  Ｈ．ら、Ｔｈｙｒｏｉｄ  １５：６６０−６６７（２００５））、ＳＮａＰｓｈｏｔ（ピーイー・アプライドバイオシステムズ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、カリフォルニア州、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ））遺伝子型同定プラットフォームを使用して、オハイオ州立大学で行った。
【０３２１】
（ＴＳＨ、遊離Ｔ４および遊離Ｔ３の測定）
内科に特化したクリニックであるアイスランド医療センター（ｔｈｅ  Ｉｃｅｌａｎｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ）（Ｌａｅｋｎａｓｅｔｒｉｄ）で１９９７年〜２００８年の間に医師の診察を受けたアイスランド人に対して、ＴＳＨ、遊離Ｔ４および遊離Ｔ３のレベルを測定した。この測定は、アイスランド、レイキャビク、ミョッド（Ｍｊｏｄｄ）の研究所で行った。特定された範囲外の測定値は、捨てた。対数変換された測定値を、一般化された加法モデルを使用して、性別および測定時の年齢について調整した。単一の個体に対して複数の測定値が利用可能である場合は、あとの分析では対数調整された測定値の平均を使用した。年齢および性別で調整した対数変換された測定値を、古典的な直線回帰を使用して、対立遺伝子数に対して回帰した。
【０３２２】
【表１０】
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【０３２３】
【表１１】
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【０３２４】
【表１２】
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【０３２５】
【表１３】
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【０３２６】
【表１４】
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【０３２７】
【表１５】
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【０３２８】
【表１６】
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【図１】
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【図２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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