(57)【要約】  本発明は、異なるウイルス、生物、または悪性腫瘍の間でレプリキン濃度を比較するステップを含む、致命的で毒性かつ急速に複製するウイルス、生物、および悪性腫瘍の同定方法を提供する。本発明は、診断、治療、および予防のための、致死性、毒性、および急速な複製の増大に関連する単離レプリキンピーク遺伝子をさらに提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍であって、少なくとも１つの前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一種の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する、第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍の同定方法であって、前記第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を、少なくとも１つの第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有する前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍が、より致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項２】
前記第１の悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の悪性腫瘍は、非小細胞肺癌である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第１のウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のウイルスは、インフルエンザＡウイルス株Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ウイルス、生物、または悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子であって、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスのビリオン、前記生物の細胞、または前記悪性腫瘍の悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、１００アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの一部分として同定される、単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項８】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞の他のすべてのタンパク質またはタンパク質フラグメントと比較して、１００アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成るタンパク質またはタンパク質フラグメントの一部分である、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１０】
前記レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫から単離される、請求項９に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１１】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１２】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１３】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１４】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項１３に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域から単離される、請求項１３に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１６】
前記ウイルスは、口蹄疫ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１７】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記口蹄疫ウイルスのＶＰ１遺伝子内に同定される、請求項１６に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１８】
前記ウイルスは、ウエストナイルウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質から単離される、請求項１８に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２０】
前記ウイルスは、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２１】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのタンパク質から単離される、請求項２０に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２２】
前記ウイルスは、ブタサーコウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２３】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質から単離される、請求項２２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２４】
前記ウイルスは、白点症候群ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質から単離される、請求項２４に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２６】
前記ウイルスは、タバコモザイクウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２７】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２８】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウイルス性出血性敗血症ウイルス中の糖タンパク質から単離される、請求項２７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１９３９の配列を含有する、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項３０】
請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項３１】
前記レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、配列番号２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、および３３０８、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、配列番号１３１〜１５６、配列番号２３３〜２４４、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１４、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４および配列番号４８７〜４９２、配列番号５４７〜５６２、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１６３７〜１６６３である、請求項７に記載のレプリキンピーク遺伝子から単離されるレプリキン配列を含有する免疫原性組成物。
【請求項３２】
コンピュータが読み取り可能な媒体であって、実行されると、ウイルス、生物、または悪性腫瘍のアミノ酸配列をコードするアミノ酸配列または核酸配列内における、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、１００アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの部分を同定するステップを含む、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子の同定方法を、プロセッサに遂行させる命令をそこに格納した、コンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項３３】
（１）請求項３２に記載の前記レプリキンピーク遺伝子のレプリキン数、または請求項３２に記載の前記レプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域のレプリキン数が、前記ウイルスと同一種の少なくとも１つの他のウイルス、前記生物と同一種の少なくとも１つの他の生物、または前記悪性腫瘍と同一型の少なくとも１つの他の悪性腫瘍のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される前記他のレプリキンピーク遺伝子を含む、別のレプリキンピーク遺伝子またはタンパク質もしくは遺伝子領域より高いことを判定するステップであって、前記他のウイルス、前記他の生物、または前記他の悪性腫瘍は、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍よりも早い時点で単離されるステップと、
（２）前記ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大を予測するステップ、または前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測するステップと、
を含む、実行されると、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測する方法を、プロセッサに遂行させる命令をさらに含む、請求項３２に記載のコンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項３４】
ウイルスもしくは生物の株、宿主、または流行の地理的地域、または致死性もしくは毒性の増大の予測方法であって、
（１）第１の宿主からの、または第１の地理的地域から単離される、第１の株の第１のウイルスまたは生物のゲノム内、または前記第１のウイルスと同一種の少なくとも１つの第２のウイルス、または前記第１の生物と同一種の少なくとも１つの第２の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する前記第１のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、前記第１のウイルスまたは前記第１の生物は、前記第１のウイルスまたは前記第１の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第１のウイルスまたは第１の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、
（２）前記第１の宿主内、または前記第１のウイルスもしくは生物の前記第１の地理的地域内での、前記第１の株の致死性または毒性の流行または増大を予測するステップと、を含む、方法。
【請求項３５】
第１のウイルスまたは生物のゲノム内の、前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記少なくとも１つの第２のウイルスまたは生物のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される、レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有すると同定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１のウイルスまたは前記第１の生物は、前記第２の生物または前記第２のウイルスより、少なくとも６ヶ月から３年遅く単離される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記第１の生物または前記第１のウイルスは、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、および熱帯熱マラリア原虫、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、トマトの木のジェミニ葉巻ウイルス、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルス株である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４３】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４４】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４５】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４６】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４７】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４８】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記白点症候群ウイルスのリボヌクレオチダーゼ（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｓｅ）である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４９】
第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍であって、前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一型の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製と関連する第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍の同定方法であって、前記第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞内のゲノム内に、または前記第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内にコードされると同定されるレプリキンピーク遺伝子よりも高いレプリキン数を有する、前記第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のゲノム内に、または前記第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質またはタンパク質フラグメント内にコードされるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含み、前記第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍は、前記第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製を有し、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの同一ビリオン、前記生物の同一細胞、もしくは同一悪性細胞内の残りのタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または前記タンパク質もしくはタンパク質フラグメントをコードするゲノムの前記部分と比較して、１００アミノ酸当たり最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質もしくはタンパク質フラグメントとして同定される、方法。
【請求項５０】
第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍であって、少なくとも１つの前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一種の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍の同定方法であって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と、前記少なくとも１つの第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有するウイルス、生物、または悪性腫瘍がより致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項５１】
前記第１のウイルスは、コロナウイルス、口蹄疫ウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、またはインフルエンザウイルスである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記第１のウイルスは、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
ウイルスもしくは生物の感染の診断、予防、もしくは治療のための、または悪性腫瘍の診断、予防、もしくは治療のための、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子の取得方法であって、
（１）同一種のウイルスの複数の単離株、同一種の複数の生物、または同一型の複数の悪性腫瘍を取得するステップと、
（２）レプリキン配列の存在および濃度について、ウイルスの複数の単離株のそれぞれ個別の単離株、前記複数の生物のそれぞれ個別の生物の細胞、または前記複数の悪性腫瘍のそれぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞の、タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
（３）前記それぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞、前記それぞれ個別の生物の細胞、またはそれぞれ個別のウイルス単離株内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
（４）前記ウイルスの複数の単離株、前記複数の生物、または前記複数の悪性腫瘍の中から、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
（５）前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
（６）前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のうちの少なくとも１つの、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスまたは前記生物または前記悪性腫瘍の前記感染の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、を含む、方法。
【請求項５４】
請求項５３に記載の、少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項５５】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項５４に記載の免疫原性組成物。
【請求項５６】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項５４に記載の免疫原性組成物。
【請求項５７】
請求項７に記載の、少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有するワクチン。
【請求項５８】
前記少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項５９】
配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１９３９を含有する、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項６０】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスから単離される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項６１】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項６０に記載のワクチン。
【請求項６２】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザＡから単離される、請求項６１に記載のワクチン。
【請求項６３】
前記インフルエンザＡは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項６２に記載のワクチン。
【請求項６４】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、生物から単離される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項６５】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項６４に記載のワクチン。
【請求項６６】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項６５に記載のワクチン。
【請求項６７】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、悪性腫瘍から単離される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項６８】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項６７に記載のワクチン。
【請求項６９】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌から単離される、請求項６８に記載のワクチン。
【請求項７０】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、多形性グリア芽腫から単離される、請求項６８に記載のワクチン。
【請求項７１】
請求項２９に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項７２】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項７１に記載の免疫原性組成物。
【請求項７３】
請求項７に記載のレプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントから単離される、または請求項７に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質から単離される、単離または合成レプリキン配列。
【請求項７４】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項７３に記載のレプリキン配列。
【請求項７５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、マイコバクテリウムムコゲニカムから単離される、請求項７４に記載のレプリキン配列。
【請求項７６】
前記レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５である、請求項７５に記載のレプリキン配列。
【請求項７７】
前記レプリキンピーク遺伝子は、熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項７４に記載のレプリキン配列。
【請求項７８】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、配列番号２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、または配列番号３３０８のうちの１つである、請求項７７に記載のレプリキン配列。
【請求項７９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項７３に記載のレプリキン配列。
【請求項８０】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである、請求項７９に記載のレプリキン配列。
【請求項８１】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項８０に記載のレプリキン配列。
【請求項８２】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ５Ｎ１であり、レプリキン配列が、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１６、または配列番号１７１７のうちの１つである、請求項８１に記載のレプリキン配列。
【請求項８３】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ３Ｎ８であり、レプリキン配列が、配列番号５４７〜５６１または配列番号５６２のうちの１つである、請求項８１に記載のレプリキン配列。
【請求項８４】
前記レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスから単離される、請求項７９に記載のレプリキン配列。
【請求項８５】
前記レプリキン配列は、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、配列番号１３１〜１５５、または配列番号１５６のうちの１つである、請求項８４に記載のレプリキン配列。
【請求項８６】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウエストナイルウイルスから単離される、請求項７９に記載のレプリキン配列。
【請求項８７】
前記レプリキン配列は、配列番号２３３〜２４３または配列番号２４４のうちの１つである、請求項８６に記載のレプリキン配列。
【請求項８８】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ＰＲＲＳＶから単離される、請求項７９に記載のレプリキン配列。
【請求項８９】
前記レプリキン配列は、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１３、または配列番号４１４のうちの１つである、請求項８８に記載のレプリキン配列。
【請求項９０】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ＰＣＶから単離される、請求項７９に記載のレプリキン配列。
【請求項９１】
前記レプリキン配列は、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４、配列番号４８７〜４９１、または配列番号４９２のうちの１つである、請求項９０に記載のレプリキン配列。
【請求項９２】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスから単離される、請求項７９に記載のレプリキン配列。
【請求項９３】
前記レプリキン配列は、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、および配列番号１５４８のうちの１つである、請求項９２に記載のレプリキン配列。
【請求項９４】
ウイルスもしくは生物感染または悪性腫瘍の予防および／または治療のためのワクチンであって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメントまたはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する、ワクチン。
【請求項９５】
前記少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、３３０８、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７、配列番号５４７〜５６２、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、および配列番号１３１〜１５６、配列番号２３３〜２４４、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１４、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４、配列番号４８７〜４９２、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、配列番号１５４８、配列番号１６３７〜１６６２、または配列番号１６６３のうちの１つである、請求項９４に記載のワクチン。
【請求項９６】
ウイルス感染の予防および／または治療のための、請求項９４に記載のワクチン。
【請求項９７】
前記ウイルス感染は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスにより生じる、請求項９６に記載のワクチン。
【請求項９８】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである、請求項９７に記載のワクチン。
【請求項９９】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項９８に記載のワクチン。
【請求項１００】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項９７に記載のワクチン。
【請求項１０１】
生物感染の予防および／または治療のための、請求項９４に記載のワクチン。
【請求項１０２】
前記生物感染は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫により生じる、請求項１０１に記載のワクチン。
【請求項１０３】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項１０２に記載のワクチン。
【請求項１０４】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項９４に記載のワクチン。
【請求項１０５】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項１０４に記載のワクチン。
【請求項１０６】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する免疫原性化合物であって、前記レプリキンピーク遺伝子が、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内に同定される、免疫原性化合物。
【請求項１０７】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項１０６に記載の免疫原性化合物。
【請求項１０８】
免疫系の刺激方法であって、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内で同定される、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項１０９】
前記動物は、ヒトである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内の、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項１１１】
悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死株の同定方法であって、
（１）前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの複数の単離株を取得するステップと、
（２）前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの前記複数の単離株のそれぞれの単離株において、前記レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
（３）レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を、分析するステップと、
（４）前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度と、前記複数の単離株のうちの他の単離株のそれぞれの前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度とを比較するステップと、
（５）前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの毒性株または致死株として、同定するステップと、を含む、方法。
【請求項１１２】
悪性腫瘍、生物、またはウイルス用の予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるための、悪性腫瘍、生物、またはウイルスからのペプチドの選択方法であって、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの少なくとも２つの単離株の間で、別様に保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子のアミノ酸配列における少なくとも１つの差異を同定するステップと、前記少なくとも２つの単離株の間で、前記アミノ酸配列における前記同定された少なくとも１つの差異を、最も高い毒性、罹患率、または宿主の死亡率と関連付けるステップと、前記同定された少なくとも１つのアミノ酸配列の差異を有する、別様に保存されたレプリキン配列、レプリキンピーク遺伝子、またはレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン配列を、予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるためのペプチドとして選択するステップと、を含む、方法。
【請求項１１３】
前記アミノ酸配列における前記少なくとも１つの差異を有する、前記選択された保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子を含有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死単離株であるとさらに予測する、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、悪性腫瘍である、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、生物である、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１８】
前記生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、ウイルスである、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１２１】
前記ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
肺悪性腫瘍症例の原因の判定方法であって、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内にもまた存在する、肺癌細胞のレプリキンピーク遺伝子内で、少なくとも１つのペプチドを同定するステップを含み、前記ペプチドは、前記肺悪性腫瘍の前記原因に関与する、方法。
【請求項１２３】
複数のペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、前記複数のペプチドのそれぞれが、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内でもまた同定される、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、少なくとも２つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約１０未満のアミノ酸のペプチドである、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２５】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、少なくとも３つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約１０未満のアミノ酸のペプチドである、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、少なくとも３つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約７つ未満のアミノ酸である、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、３つのリシンおよび１つのヒスチジンを含有する、約４つのアミノ酸である、請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２８】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の、前記少なくとも１つのペプチドは、ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）である、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
１つを超えるＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
少なくとも１０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも１０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
少なくとも２０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも２０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
少なくとも３０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも３０のＫＨＫＫペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
少なくとも５０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも５０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
第２の症例の肺の悪性腫瘍と比較して、より早い複製速度、攻撃的な成長パターン、または致死性を有する第１の症例の肺の悪性腫瘍の同定方法であって、第２の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞において同定されるレプリキンピーク遺伝子より、レプリキンピーク遺伝子内により高いレプリキン数を有する第１の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞におけるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含む、方法。
【請求項１３５】
前記第１および第２の症例の肺の悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
（１）肺悪性腫瘍から少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、
（２）レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
（３）前記少なくとも１つの悪性細胞内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列または前記タンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
（４）最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
（５）前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記レプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
（６）前記少なくとも１つの悪性細胞の、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、肺癌の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、
を含む方法による、肺癌の診断、予防、または治療のための、肺悪性腫瘍内の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１３７】
前記肺悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項１３６に記載の方法。
【請求項１３８】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の少なくとも１つのレプリキン配列は、肺癌の診断、予防、または治療のために単離または合成される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の前記少なくとも１つのレプリキン配列は、配列番号１５８５〜１６３５または配列番号１６３６のうちの１つである、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
肺癌の予防および治療のための免疫原性組成物であって、同定されるレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する、免疫原性組成物。
【請求項１４１】
免疫系の刺激方法であって、動物における肺癌の予防、治療、または診断のために、前記肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される前記少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を、動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項１４２】
前記動物は、ヒトである、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子配列内の、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項１４４】
致死型の肺癌の同定方法であって、
（１）複数の肺腫瘍から少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、
（２）前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップであって、
（３）レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を分析するステップと、
（４）複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおける、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
（５） 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺腫瘍を、致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項１４５】
少なくとも２つの肺癌のうちの致死型の肺癌の同定方法であって、
（１）少なくとも２つの肺癌のそれぞれから、少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、
（２）前記少なくとも２つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
（３）レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも２つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を同定するステップと、
（４）前記少なくとも２つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおいて、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
（５） 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺癌を、より致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項１４６】
ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大の判定方法であって、
（１）前記ウイルスまたは生物の複数の単離株を取得するステップであって、それぞれの単離株は、既知の期間内に単離され、前記単離株のうちの少なくとも２つは、前記単離株の他の少なくとも２つより約６ヶ月から約５年後に単離される、ステップと、
（２）前記複数の単離株のそれぞれの単離株内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
（３）前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を分析して、前記複数の単離株のそれぞれの単離株のそれぞれのレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を決定するか、または前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域を分析して、前記複数の単離株のタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域のレプリキン数を決定するステップと、
（４）それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の、平均レプリキン数を決定するステップと、
（５）それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の前記平均レプリキン数を、１つずつ比較するステップと、
（６）少なくとも２つの既知の期間の間で、前記平均レプリキン数の増大を確認するステップと、
（７）前記平均レプリキン数の増大の前記確認後、約６ヶ月から約３年以内の、前記ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大を確認するステップと、を含む、方法。
【請求項１４７】
前記既知の期間は、１年である、請求項１４６に記載の方法。
【請求項１４８】
平均レプリキン数の前記増大は、１年かかって生じる、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
平均レプリキン数の前記増大は、３年かかって生じる、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５０】
平均レプリキン数の前記増大は、少なくとも２つの既知の期間の間で有意である、請求項１４６に記載の方法。
【請求項１５１】
平均レプリキン数の前記増大は、ｐ＝＜０．００１の有意性を有する、請求項１４９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、概して、レプリキンとして知られる小ペプチド類の種の濃度を同定する過程を通して、病原性ウイルス、病原体および悪性腫瘍の毒性が高く致命的な株を同定する過程、ならびにこのような毒性および致死的な病原体および悪性腫瘍からもたらされる疾患の診断、予防、および処置に関する。
本願は、印刷された紙のコピーの代わりにＣＤ−Ｒで提出されている、「非常に長い（ｌｅｎｇｔｈｙ）」配列表を含有し、本明細書において、その全体において参照することにより組み込まれる。２００８年１月１７日に記録された該ＣＤ−Ｒは、それぞれ、「コピー１」および「コピー２」とラベル付きのＣＲＦであり、それぞれは、同一の１．３６Ｍｂファイル（２７１２９３０２．ｔｘｔ）を１つのみ含有する。
【０００２】
本願は、２００７年１１月３０日出願の米国暫定出願第６０／９９１，６７６号、２００７年１０月２４日出願の米国出願第１１／９２３，５５９号、米国暫定出願第６０／９８２，３３６号、２００７年１０月２４日出願の米国暫定出願第６０／９８２，３３３号、２００７年１０月２４日出願の米国暫定出願第６０／９８２，３３８号、２００７年８月３１日出願の米国暫定出願第６０／９３５，８１６号、２００７年８月１６日出願の米国暫定出願第６０／９３５，４９９号、２００７年８月８日出願の米国暫定出願第６０／９５４，７４３号、２００７年５月３０日出願の米国出願第１１／７５５，５９７号、２００７年１月３０日出願の米国暫定出願第６０／８９８，０９７号、および２００７年１月１８日出願の米国暫定出願第６０／８８０，９６６号の優先権を主張し、それらのそれぞれは、その全体において参照することにより組み込まれる。本願はさらに、２００６年１０月２４日出願の米国暫定出願第６０／８５３，７４４号、２００６年２月１６日出願の米国出願第１１／３５５，１２０号、２００５年４月２８日出願の米国出願第１１／１１６，２０３号、２００４年６月４日出願の米国出願第１０／８６０，０５０号、２００２年７月８日出願の米国出願第１０／１８９，４３７号、２００２年３月２６日出願の米国出願第１０／１０５，２３２号であって現在の米国特許第７，１８９，８００号、２００１年１０月２６日出願の米国出願第０９／９８４，０５７号、２００１年１０月２６日出願の米国出願第０９／９８４，０５６号であって現在の米国特許第７，１７６，２７５号を、その全体において、それぞれ参照することにより、本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００３】
急速複製は、とりわけ、ある細菌、ウイルス、および悪性腫瘍における、毒性の特性を示す。本発明者は、異なる生物、ウイルス、および悪性腫瘍における、急速複製に共通している定量的化学を記載している。本発明者により記載される急速複製の化学は、レプリキンと呼ばれる急速複製に関連する、一群の保存された小タンパク質配列内に存在する。増加したレプリキン配列の濃度と、増加した複製および毒性との相関は、種々のウイルスおよび生物で認められている。そのため、レプリキン配列は、ウイルスの大発生を予測し、処置する効果的な方法を開発するための新しい標的を提供する。
悪性腫瘍、ならびにウイルス性、および細菌病原体におけるレプリキン配列
【０００４】
レプリキン配列は、レプリキンモチーフを含む７〜約５０のアミノ酸のアミノ酸配列である。レプリキンモチーフは、（１）該モチーフの第１末端に位置する少なくとも１つのリシン残基および少なくとも１つのリシン残基、または該モチーフの第２末端に位置する少なくとも１つのヒスチジン残基と、（２）第２リシン残基から６〜１０残基に位置する第１リシン残基と、（３）少なくとも１つのヒスチジン残基と、（４）少なくとも６％のリシン残基とを含む。レプリキン配列は、末端リシンを含み、末端リシンまたは末端ヒスチジンをさらに含み得る。レプリキンペプチドまたはレプリキンタンパク質は、レプリキン配列からなるペプチドまたはタンパク質である。
【０００５】
本発明者は、発癌細胞において、ならびに急速複製および毒性と関連のあるウイルス性および生物タンパク質において、レプリキン配列を同定した。さらに、ゲノムコードにおける高濃度のレプリキン配列は、現在、ヒト癌、ＨＩＶ、植物ウイルス、ならびに一連の病原性の動物およびヒトウイルスを含む、様々な感染体および病原体に関連づけられている。さらに、ウイルス性および生物タンパク質におけるレプリキン配列の濃度と疾患の主要な大発生との相関、ならびに悪性腫瘍におけるレプリキン配列の濃度と不良な予後との相関はともに、有意性がある。
【０００６】
レプリキン配列は、１９１７年〜１８年のインフルエンザ世界流行に溯るデータに基づいて、９０年間という長い間、種内および系統間の双方のインフルエンザウイルスにおける保存を含み、一般に、ヒト癌、ならびに多くの病原体およびウイルスにおいて保存されることが認められている。ウイルスゲノムにおけるレプリキン配列の濃度は、ＳＡＲＳ、インフルエンザ、Ｈ５Ｎ１鳥インフルエンザ、および、現在、多くの他のウイルスおよび非ウイルス性の病原体において、株特異性の大発生および死亡数が増加する前に、増加することが示されている。レプリキン配列を含有するタンパク質の産生の濃度の増加はまた、癌において、複製の増加として示されている。
【０００７】
前世紀内では、３度のインフルエンザ世界流行があったが、それぞれは、１９１８年のＨ１Ｎ１、１９５７年のＨ２Ｎ２、１９６８年のＨ３Ｎ２と、株特異的であった。本発明者は、それぞれの世界流行前に、株内で、レプリキン配列の株に特異的な濃度の増加があったことを示している。株に特異なレプリキン濃度の増加後、レプリキン濃度の減少、および数年後には、株に特異的な反動的な流行と関連するレプリキン濃度の反動的な増加があった。レプリキンアルゴリズムは、インフルエンザ流行および世界流行と関連した最初の化学を提供した。
【０００８】
１９９７年〜２００７年のＨ５ＮＩ（鳥インフルエンザ）の大発生と、ウイルスタンパク質におけるレプリキン配列の濃度との類似の相関が示されている。同様に、２００３年のＳＡＲＳコロナウイルスの世界的な大発生と、コロナウイルスのタンパク質におけるレプリキン配列の濃度の増加との相関が示されている。別の研究において、ヒトＨＩＶ−１ウイルスの２つの株におけるレプリキンは、急速に複製する株におけるレプリキン濃度が、ゆっくりと複製する株の濃度より６倍高いことを示した。レプリキン濃度が、休眠状態におけるレプリキン濃度と比較して、著しく増加しなかった、検査したすべてのウイルスおよび生物において、急速複製の例は、全く認められていない。
【０００９】
レプリキンアルゴリズムは、糖タンパク質１０Ｂ（脳多形性グリア芽腫、リンパ腫および乳癌細胞から単離される膜糖タンパク質）において、最初に発見された（米国特許第６，２４２，５７８  Ｂ１号）。Ａｇｌｙｃｏ  １０Ｂの構成ペプチドの１つであるである、マリグニンは、嫌気性複製中、細胞膜において、１０倍に濃縮されることが認められたが、細胞の数は、５倍だけ増加することが認められた。グリオーマ細胞の急速複製におけるマリグニンタンパク質の膜濃度のこの増加は、多形性グリア芽腫の複製に対するマリグニンにおけるレプリキンの重要な関連を示唆した。
【００１０】
マリグニンの加水分解および質量分解により、レプリキン配列ｋａｇｖａｆｌｈｋｋ（配列番号３６５８）を含んだ、１６−ｍｅｒペプチドを得た。本ペプチドは、正常ヒトゲノムには欠失しており、後天的であることが推測された。レプリキン配列の相同体は、すべての腫瘍ウイルス（つまり、癌を引き起こすウイルス）、および藻類、植物、真菌、ウイルスおよび細菌の複製タンパク質において認められた。
【００１１】
グリオーマレプリキンが生体外で合成され、合成ワクチンとしてウサギに投与された際、大量の抗マリグニン抗体が産生された。この大量の抗マリグニン抗体の産生は、ペプチドのみで、エピトープとなる、すなわち、抗マリグニン抗体が、自然に産生された癌患者に認められる免疫反応に対する十分な根拠であることを示した。グリオーマレプリキンを含有する１６−ｍｅｒペプチドは、ＩｇＭおよびＩｇＧ型の双方の抗体を産生した。
【００１２】
癌患者からの８，０９０の血清標本と対照との研究は、抗マリグニン抗体の濃度が、健常な個人において年齢とともに増加し、それと同時にその集団における癌の発生率が増加し、細胞型にかかわらず、早期悪性腫瘍において、さらに２倍〜３倍に増加することを示した。生体外で、本抗体は、癌細胞あたり数ピコグラム（フェムトモル）で、癌細胞に対する細胞毒性を有することが認められた。生体内では、抗マリグニン抗体の濃度は、癌患者の生存と定量的に関連した。グリオーマ細胞に示されるように、細胞が不死の悪性状態に転換されているのみで、休止または休眠のままである、癌の病期は、現在、レプリキンの濃度の増加を特徴とする、さらに活発な生命にかかわる複製状態とは区別することができる。
【００１３】
鋳型として、グリオーマレプリキンペプチドの配列（ｋａｇｖａｆｌｈｋｋ）（配列番号３６５８）を使用し、幾つかの異なる生物のタンパク質配列を視覚的に走査するための「３点認識」法を構成することにより、新種のペプチドである、レプリキンは、藻類、イースト、およびウイルス等の様々な生物において明らかとなった。驚くことに、これらのペプチドは、より大きい「複製」および「形質転換」タンパク質に濃縮されることが分かった。
【００１４】
相同体発生が、全体として「ウイルスペプチド」（１．５％）、および「脳ペプチド」および「神経ペプチド」等の悪性形質転換または複製と関連するとされていない他のペプチドにおいて（共に８．５％）低頻度であることが認められた。驚くほど高い頻度の相同体の発生が、腫瘍ウイルス、形質転換タンパク質、および癌細胞タンパク質内で確認された。例えば、確認された腫瘍ウイルスの１００％が、レプリキン配列を含有する。形質転換タンパク質の８５％がレプリキン配列を含有し、癌タンパク質の９７％がレプリキン配列を含有した。
【００１５】
さらにまた、レプリキンは、サッカロマイセスセレヴィシエ複製結合タンパク質、メイズストリークウイルスの複製に関連するタンパク質Ａ、黄色ブドウ球菌の複製に関連するタンパク質、ウシヘルペスウイルス４型のＤＮＡ複製タンパク質、およびシチメンチョウヘルペスウイルス１型複製結合タンパク質等のようなタンパク質内で確認された。レプリキン含有タンパク質は酸化還元機能、およびタンパク質の合成または延長、ならびに細胞の複製と関連付けられることも多い。
【００１６】
分析および報告されている生物またはウイルスにおける、最高濃度のレプリキン配列は、異常に急速に複製する寄生原虫の熱帯熱マラリア原虫（ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）（報告によると、ヒトにおける９０％のマラリアの死亡に関与する）（本明細書では、場合によってはマラリアと称される）において、１００アミノ酸あたり１１１レプリキン配列であった。熱帯熱マラリア原虫は、宿主における肝臓から血液までの寄生虫の通過中の４８時間で、１１，０００回複製することが認められている。
【００１７】
熱帯熱マラリア原虫に認められるレプリキン配列の重要な特性は、マラリアタンパク質を通して顕著に重複するレプリキン構造であった。例えば、配列番号３６６７の３９アミノ酸配列において９つの重複するレプリキン（レプリキン濃度＝２３．１／１００アミノ酸）、および配列番号３６６８の４１アミノ酸において１５の重複するレプリキン（レプリキン濃度＝３６．６／１００アミノ酸）がある。これらの重複するレプリキン構造は共に、血液期における栄養体および分裂体において生じる。リシン重合（ｍｕｌｔｉｐｌｅｓ）のこの機序はまた、胃癌の形質転換タンパク質であるｋｔｋｋｇｎｒｖｓｐｔｍｋｖｔｈ（配列番号３６６９）、および肺の形質転換タンパク質Ｐ２１Ｂ（Ｋ−ＲＡＳ  ２Ｂ）であるｋｈｋｅｋｍｓｋｄｇｋｋｋｋｋｋｓ（配列番号３６７０）等における癌タンパク質のレプリキンにも見られた。
レプリキン骨格
【００１８】
インフルエンザウイルスにおいて、レプリキン配列を監視することにより、本発明者は、レプリキン骨格またはレプリキン骨格配列として知られている保存されたレプリキン配列のサブファミリーをさらに同定した。レプリキン骨格は、特に、毒性インフルエンザウイルスにおいて、保存構造内で、最初に同定された。これらの株の中には、１９１８年、１９５７年、１９６８年の世界流行を引き起こしたウイルス、およびインフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１「鳥インフルエンザ」株の毒性株を含んだ。複数のレプリキン骨格配列の類似体が、それ以来、毒性を有し、急速に複製するＳＡＲＳコロナウイルス内で同定されている。米国出願公開第２００７／００２６００９号を参照のこと。
【００１９】
相同であるが同定されたレプリキン骨格のアルゴリズムと同一ではない、レプリキン配列の骨格はまた、熱帯熱マラリア原虫においても同定されている。レプリキン骨格は、一般に、同定されている病原体ゲノムにおけるレプリキン濃度の増加に関連している。熱帯熱マラリア原虫において、骨格は、原虫のタンパク質に認められる非常に高いレプリキン濃度に著しく寄与している。
インフルエンザ
【００２０】
インフルエンザの毒性が強く致死的な大発生は、世界保険に対して継続的な課題であり、医療従事者は、毒性および致死性を予測する新たな方法を必要とし、治療のための新方法および新化合物を必要とする、毒性が高く致死性のインフルエンザ世界流行の継続的な脅威をますます感じている。インフルエンザは、世界的に重要な、急性呼吸器疾患である。ワクチン接種を通してインフルエンザウイルスの大発生を制御するための国際的な試みにもかかわらず、インフルエンザ感染は、罹患数および死亡数の重要な要因である。世界的なインフルエンザ世界流行は、歴史を通して不規則に生じ、事前に予測できず、将来、インフルエンザ世界流行が生じ続けることが予期される。世界流行のインフルエンザの影響は、罹患数、死亡数、および経済費用に関して多大なものである。
【００２１】
インフルエンザワクチンは、インフルエンザウイルスに対して、いまだ、最も効果的な防御であるが、ウイルスの突然変異する能力、および非ヒト保有宿主が存在するため、インフルエンザは、出現または再出現する感染症に留まることが予期される。世界的なインフルエンザ監視は、インフルエンザシーズン中、インフルエンザウイルスは、１ヶ国内、ならびに国および大陸間で異なる可能性があることを示す。ウイルス監視は、抗原不連続変異および抗原連続変異を監視することにおいて重要である。疾病監視はまた、流行の影響を評価するのに重要である。双方の種類の情報は、ワクチン組成、および抗ウイルス剤の使用の根拠を提供する。しかしながら、従来的には、１年に１回、増加する数の新生インフルエンザウイルス株の事後血液学分類がなされているのみであり、ウイルスの特異的な化学構造は、到来しつつあるインフルエンザ流行または世界流行の指標として同定されなかった。最近まで、所定の年における活性、不活性もしくは流行するものとして、インフルエンザウイルスを１年ごとに分類する唯一の根拠は、ウイルス血球凝集素およびノイラミニダーゼタンパク質の活性であった。
【００２２】
大発生する前に、インフルエンザの毒性および致死性の増加を予測する方法が、当技術分野において必要である。同様に、インフルエンザの毒性の高い株により生じる大発生の予防、および治療法が、当技術分野において必要である。インフルエンザワクチンの年間投与およびワクチンを投与することができる期間が短いことから、ワクチンの有効範囲の向上に向けたストラテジーは、決定的な重要性がある。
ウマインフルエンザウイルス
【００２３】
ウマインフルエンザは、現在、ウマインフルエンザウイルス（ＥＩＶ）のＨ３Ｎ８株により生じるウマの一般的な上気道疾患である。ウマインフルエンザの典型的な症状は、頻発性の空咳、鼻汁、および発熱を含む。ウイルス性疾患は、ヨーロッパ、米国、アジアの一部における、地方病であると考えられている。著しい大発生はまた、南アメリカ、中国、およびインドにおいても認められている。
【００２４】
１９７２年以来の日本での最初のウマインフルエンザの流行が、最近報告され、２００７年にオーストラリアで史上初のウマインフルエンザの報告があった。今までのところ、死亡は報告されていない。しかしながら、ウマインフルエンザは、場合によっては、若年の子ウマにおいて致命的である。
【００２５】
検疫は、ウマインフルエンザの拡大に対して最善の予防法であると考えられている。南アフリカ、オーストラリア、および日本は、輸入したウマの検疫を行い、他の疾患とともに、ウマインフルエンザの拡大を食い止めている。検疫の実施は、明らかに、完全に成功しておらず、ヒトのウマ飼育者を通して、疾患が、偶発的に転移する可能性があるということを示唆している。
【００２６】
インフルエンザウイルスは、非常に突然変異が起きやすく、結果として、長期療法の開発が困難である。ワクチンは、一般的に、ウイルスの毒性の高い突然変異株が発生する場合、更新する必要がある。ウイルスの世界的な大発生の年度毎の見直しは、ウイルスの最適株に対してワクチンの推奨される産生のためのデータを提供する。最適株の同定からワクチンの商業化までにはかなりの時間がかかる。
【００２７】
このような新生ウイルスに対して予防策が取られるように、大発生する前に新生ウマインフルエンザウイルスの同定方法が、当技術分野において必要である。同様に、ワクチンを含む、ＥＩＶの毒性の高い株により生じる大発生の予防、および治療法が、当技術分野において必要である。
口蹄疫
【００２８】
口蹄疫は、感染力が強く、場合によっては、蓄牛、ブタおよび口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）により引き起こされる開裂される鼓腸症に罹患するウシを含む他の動物の致命的なウイルス性疾患である。ＦＭＤＶは、ピコルナウイルスファミリーの一本鎖のＲＮＡアフトウイルスである。７つの異なるＦＭＤＶ血清型、すなわち、Ｏ、Ａ、Ｃ、ＳＡＴ−１、ＳＡＴ−２、ＳＡＴ−３、およびＡｓｉａ−１があると考えられる。
【００２９】
口蹄疫の流行する前に、ＦＭＤＶの毒性の増加の予測法が当技術分野において必要である。ＦＭＤＶの毒性株により生じる口蹄疫の大発生の予防、治療法が当技術分野において必要である。
ウエストナイルウイルス
【００３０】
ウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）は、感染したヒトのうちのわずかな割合で、脳炎および他の重篤な神経侵襲性疾患を生じる。ＷＮＶ感染の報告された症例の約４％で、結果として現れる神経侵襲性疾患は、死に至る。ＷＮＶは、１９９９年に北米で最初に認められ、現在、米国内で風土病であると考えられているフラビウイルスである。該ウイルスは、蚊（および同類の昆虫）に刺されることによりヒトに広まる。ＷＮＶの感染は、感染したヒトの約１％未満に、脳炎、髄膜炎、および髄膜脳炎等の疾患を生じる。感染したヒトの約２０％に、発熱、頭痛、疲労、痛みおよび場合によっては、発疹を特徴とする、重症度の低い病気が生じる場合がある。報告された米国症例のＷＮＶ感染の総数のうちの約４％が、死に至っている。
【００３１】
ＷＮＶは、一本鎖のセンスＲＮＡウイルスであって、日本脳炎ウイルス抗原複合体の成員あり、その複合体には、日本脳炎、セントルイス脳炎、マーレーバレー脳炎、および、ＷＮＶのオーストラリアサブタイプであるクンジン脳炎（Ｋｕｎｊｉｎ  ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ）といった、ヒト脳炎に関連する幾つかの医学的に重要なウイルスが含まれる。
【００３２】
１９９９年の米国への疾患の導入以来、ヒトにおいて、１６，０００以上のＷＮＶの症例が報告され、６５０以上の死亡が報告されている。さらに、ウマにおいて、２１，０００以上の症例が報告されている。現在、ヒトにおけるＷＮＶと闘う唯一の利用可能な認可済みの戦略は、蚊を駆除する努力および防虫剤を用いた個人の保護と同時に行なわれる、全国的な積極的監視である。したがって、流行前に、ＷＮＶの毒性の増加を予測する方法が当技術分野において必要である。同様に、ＷＮＶの毒性の高い株により生じる大発生の予防、および治療法が、当技術分野において必要である。
ブタのウイルス性疾患
【００３３】
多くの国において、ブタにおける現在の風土病であり、世界的な巨額の経済的損害を現在生じている、２つの重度のウイルス性疾患は、それぞれ、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）およびブタサーコウイルス（ＰＣＶ）により引き起こされる、ブタ生殖器呼吸障害症候群（ＰＲＲＳ）およびブタサーコウイルス関連疾病（ＰＣＶＡＤ）である。それぞれの疾患は、養豚業界に重大な影響を及ぼし、双方の疾患において、現在の対策措置が、不十分であることは明らかである。
【００３４】
ＰＲＲＳは、ブタにおける比較的最近認められた疾患である。この感染性ウイルスは、ニドウイルス（Ｎｉｄｏｖｉｒａｌｅｓ）目のアルテリウイルス（Ａｒｔｅｒｉｖｉｒｉｄａｅ）科に分類され、過去に標準化された名称を持たず、現在、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）として知られている。該疾患は、生殖障害、幼若ブタの死、および軽度の呼吸器系疾患を特徴とする。
【００３５】
該ブタは、ＰＲＲＳＶに対して唯一知られている宿主であるが、証拠は、１９８７年の米国、および１９９０年のヨーロッパ内でＰＲＲＳを同定する前に、別の宿主が存在する可能性があることを示唆している。ＰＲＲＳは、現在、米国および多くのヨーロッパ諸国において、風土病である。（血清学的またはウイルス学的またはその双方の）感染の証拠は、日本、韓国、フィリピン、ベトナム、南アメリカ、およびカリブ海諸国において認められている。
【００３６】
該疾患は、雌ブタにおける生殖障害、およびブタのすべての発生段階における呼吸器系疾患と関連している。疾患の臨床的兆候は、発熱、食欲不振、うつ病、受胎率の減少、流産、虚弱な子ブタ、呼吸困難、および他の風土病の有病率の増加を含む。
【００３７】
ＰＲＲＳＶは、約２０の推定タンパク質をコードするそのゲノムにおける少なくとも９つのオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）：複製タンパク質をコードするＯＲＦ１ａおよび１ｂ、未知構造タンパク質をコードするＯＲＦ２ａおよび２ｂ、エンベロープタンパク質をコードするＯＲＦ３、４、および５、膜タンパク質をコードするＯＲＦ６、およびヌクレオカプシドタンパク質をコードするＯＲＦ７等を有する、プラスセンス一本鎖小エンベロープＲＮＡウイルスである。
【００３８】
ＰＲＲＳＶの２つの型が、ヨーロッパ（Ｉ型）および北米（ＩＩ型）として同定されている。２つの型は、約６０％の配列同一性を共有する。ＰＲＲＳＶ株は、病原性において著しく異なることが知られている。２００６年、ＰＲＲＳＶの高い病原性の流行が、中国およびメキシコで発生した。米国養豚業界へのＰＲＲＳＶ感染にかかる費用は、年間、５億６０００万ドル〜７億６１００万ドルであると推定されている。ＰＲＲＳＶ感染は、１リットルあたり離乳されるブタの数の減少、出生率の減少、死亡数の増加、飼料効率の減少、平均体重増加の減少と関連している。
【００３９】
ブタサーコウイルス関連疾患（ＰＣＶＡＤ）はまた、最近、ブタにおいてのみ、認められている（１９９６年）。ＰＣＶＡＤは、ブタサーコウイルス（ＰＣＶ）感染と関連する疾患の全範囲を定義するために使用される用語である。ブタにおける疾患の範囲は、離乳後多臓器消耗症候群（ＰＭＷＳ）、呼吸器疾患、肺炎、下痢、繁殖障害、および高い死亡数を含む。ＰＣＶＡＤの症状は、育成ブタに生じる病変内でのＰＣＶの発見、例えば、膵臓、胸腺、腸、リンパ節、肺、腎臓、肝臓、および扁桃腺等の炎症、およびリンパ球様細胞の減少を含み得る。ＰＣＶ感染は、ヒトの健康への明らかな危険性をもたらさないと考えられる。ＰＣＶＡＤは、現在、カナダのブタ産業に重大な影響を及ぼしている。
【００４０】
ＰＣＶの２つの抗原的に異なる型を同定されている。ブタサーコウイルス１型（ＰＣＶ１）は、非病原性であり得、ブタサーコウイルス２型（ＰＣＶ２）は、ＰＣＶＡＤを生じる、株であると思われる。ＰＣＶ１およびＰＣＶ２は、ウイルスゲノムのオープン・リーディング・フレーム２において、約６５％のアミノ酸の同一性を共有する。
【００４１】
ＰＣＶ感染関連の疾患の発生率は、カナダで、２０００年から２００６年に４％増加し、新規の大発生が西部カナダにおいて認められている。幾つかの研究では、カナダのブタの８０％以上は、食肉処理でＰＣＶ２に感染していることが認められている。感染したブタ群では、死亡率の増加も認められている。ＰＣＶ感染の発生率は、増加に伴い、豚肉生産は、ブタの死亡および生産性の減少により、減少している。２００６年、カナダでの生産は、ＰＣＶの影響を受ける疾患のため、２００５年の生産を１、５％下回ることが見込まれる。
【００４２】
大発生の前に、ＰＲＲＳＶおよびＰＣＶの毒性の増加を予測する方法が当技術分野において必要である。同様に、ＰＲＲＳＶおよびＰＣＶの毒性の高い株により生じる流行の予防、および治療法が、当技術分野において必要である。
ＷＳＳＶおよびＴＳＶエビ病原体
【００４３】
白点症候群ウイルス（ＷＳＳＶ）（白点バキュロ（ｂａｃｕｌｏｆｏｒｍ）ウイルス）およびタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）は、エビにおける世界的な致命的な病原体である。
【００４４】
タウラ症候群は、世界中で、エビ産業に有意に影響を及ぼす、エビにおけるウイルス性疾患である。タウラ症候群は、タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）により生じ、該ウイルスは、約１０，０００のヌクレオチドのプラス一本鎖ゲノムを有するクリパウイルス（Ｃｒｉｐａｖｉｒｕｓ）属の一連のシストロウイルス（Ｄｉｓｃｉｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）系である。該ゲノムは、２つのオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）を含有する。ＯＲＦ１は、報告によると、ヘリカーゼ、プロテアーゼ、およびＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのためのコーディングを含有する。ＯＲＦ２は、報告によると、３つのカプシドタンパク質のためのコーディングを含有する。
【００４５】
タウラ症候群は、現在、米国において風土病であると考えられ、大発生が、アジアで認められている。感染したエビは、一般的に赤い尾を有し、食欲が減退し、挙動に一貫性がなく、尾筋は、不透明になり得、外皮は、柔らかくなり得る。疾患の急性期中、５％〜９５％の死亡率が認められている。ＴＳＶの流行から生き残るエビは、感染したままで、再感染に対し難治性であると考えられる。
【００４６】
白点症候群（ＷＳＳ）は、感染力が強く、第１の症状が観察されてから数日以内に、全養殖場の集団を破壊するエビの致命的なウイルス性感染である。該疾患の初めて報告された流行は、１９９２年の台湾であり、疾患は、現在、オーストラリアを除く世界中のすべてのエビの成長領域に存在することが知られている。該ウイルスは、インドエビ（Ｆｅｎｎｅｒｏｐｅｎａｅｕｓ  ｉｎｄｉｃｕｓ）、ウシエビ（Ｐｅｎａｅｕｓ  ｍｏｎｏｄｏｎ）、パシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ）、およびクルマエビ（Ｍａｒｓｕｐｅｎａｅｕｓ  ｊａｐｏｎｉｃａｓ）、他の非クルマエビ、カニ、伊勢エビ等を含む、最も養殖されるクルマエビを含む、広宿主域を有する。
【００４７】
ＷＳＳＶは、棒状の二本鎖ＤＮＡウイルスである。ＷＳＳＶゲノムの完全ＤＮＡ配列は、報告によると、２９２，９６７の塩基対の巡回配列に組み立てられている。ＷＳＳＶ感染の臨床的兆候は、甲羅上の白点、多くの場合は、赤色変化、および飼料消費の減少、および活力の損失を含む。レプリキン配列の複製機能を操作することにより、ＴＳＶおよびＷＳＳＶ等のエビの感染の予防および治療法、および高毒性ウイルスの治療のためのレプリキン配列の複製機能に関連する分子標的の同定方法が、当技術分野において必要である。
【発明の概要】
【００４８】
本発明は、第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍であって、少なくとも１つの該第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、該第１の生物と同一種の第２の生物、または該第１の悪性腫瘍と同一種の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する、第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍の同定方法を提供し、それは、該第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を、少なくとも１つの第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有する該ウイルス、生物、または悪性腫瘍が、より致命的であることを判定するステップを含む。
【００４９】
一実施形態において、第１の悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、脳悪性腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である。特定の実施形態において、第１の悪性腫瘍は、非小細胞肺癌である。
【００５０】
別の実施形態において、第１の生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である。
【００５１】
さらなる実施形態において、該ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである。
【００５２】
特定の実施形態において、第１のウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８インフルエンザＡウイルス株である。
【００５３】
さらなる実施形態において、該同定されたレプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内の該少なくとも１つのレプリキン配列は、インフルエンザＡ株Ｈ５Ｎ１から単離され、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７からなる群から選択される。さらなる実施形態において、該同定されたレプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内の該少なくとも１つのレプリキン配列は、ウマインフルエンザウイルス（Ｈ３Ｎ８）から単離され、配列番号５４７〜５６２からなる群から選択される。
【００５４】
本発明は、ウイルス、生物、または悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子であって、該レプリキンピーク遺伝子は、該ウイルスのビリオン、該生物の細胞、または該悪性腫瘍の悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、１００アミノ酸あたり最多数の連続レプリキン配列からなる該ウイルスの該ビリオン、該生物の該細胞、または該悪性腫瘍の該悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの一部分として同定される、単離または合成レプリキンピーク遺伝子をさらに提供する。
【００５５】
一実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、該ウイルスの該ビリオン、該生物の該細胞、または該悪性腫瘍の該悪性細胞の他のすべてのタンパク質またはタンパク質フラグメントと比較して、１００アミノ酸あたり最多数の連続レプリキン配列から成るタンパク質またはタンパク質フラグメントの一部分である。
【００５６】
特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、脳悪性腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される。別の特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫から単離される。
【００５７】
さらに別の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される。
【００５８】
さらなる実施形態によれば、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される。
【００５９】
一実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、特に、インフルエンザＡウイルスからのものである。特定の実施形態において、該インフルエンザＡウイルスは、株Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１またはＨ３Ｎ８である。別の特定の実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域から単離される。
【００６０】
別の実施形態によれば、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスからのものである。特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスのＶＰ１遺伝子内で同定される。
【００６１】
さらに別の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウエストナイルウイルスからのものである。特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質から単離される。
【００６２】
さらなる実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスからのものである。特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質から単離される。
【００６３】
さらに別の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ブタサーコウイルスからのものである。特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質から単離される。
【００６４】
なおさらなる実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスからのものである。特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質から単離される。
【００６５】
さらに別の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、タバコモザイクウイルスからのものである。
【００６６】
さらなる実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルスからのものである。特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルス性出血性敗血症ウイルスにおける糖タンパク質から単離される。
【００６７】
別の特定の実施形態において、単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、または配列番号１９３９の配列を含有する。
【００６８】
本発明は、単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物をさらに提供する。特定の実施形態において、免疫原性組成物は、配列番号２９０２〜２９２５、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、配列番号２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、および３３０８、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、配列番号１３１〜１５６、配列番号２３３〜２４４、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１４、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４および配列番号４８７〜４９２、配列番号５４７〜５６２、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、配列番号１５４８、配列番号３７８８〜３８２３）、または配列番号１６３７〜１６６３レプリキン配列を含有する。
【００６９】
本発明の限定されない実施形態は、コンピュータが読み取り可能な媒体であって、実行されると、ウイルス、生物、または悪性腫瘍のアミノ酸配列をコードするアミノ酸配列または核酸配列内において、該悪性腫瘍、生物、またはウイルスのゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、１００アミノ酸あたり最多数の連続レプリキン配列から成る、該ウイルス、該生物、または該悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの部分を同定するステップを含む、ウイルス、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子の同定方法を、プロセッサに遂行させる命令をそこに格納した、コンピュータが読み取り可能な媒体を提供する。
【００７０】
一実施形態において、コンピュータが読み取り可能な媒体は、（１）該レプリキンピーク遺伝子のレプリキン数、または該レプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域のレプリキン数が、該ウイルスと同一種の少なくとも１つの他のウイルス、該生物と同一種の少なくとも１つの他の生物、または該悪性腫瘍と同一型の少なくとも１つの他の悪性腫瘍のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される該他のレプリキンピーク遺伝子を含有する、別のレプリキンピーク遺伝子またはタンパク質もしくは遺伝子領域より高いことを判定するステップであって、該他のウイルス、該他の生物、または該他の悪性腫瘍は、該ウイルス、該生物、または該悪性腫瘍よりも早い時点で単離されるステップと、（２）ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増加を予測するステップ、または該ウイルスもしくは生物の大発生を予測するステップと、を含む、実行されると、該同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む該ウイルス、生物、または悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増加、または該同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む該ウイルスもしくは生物の大発生を予測する方法を、プロセッサに遂行させる命令を含む。
【００７１】
本発明はまた、（１）第１の宿主からの、または第１の地理的地域から単離される、第１の株の第１のウイルスまたは生物のゲノム内、または該第１のウイルスと同一種の少なくとも１つの第２のウイルス、または該第１の生物と同一種の少なくとも１つの第２の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子を含有する、レプリキンピーク遺伝子もしくはタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する該第１のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、該第１のウイルスまたは該第１の生物は、該第１のウイルスまたは該第１の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第１のウイルスまたは第１の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、（２）第１の宿主内、または該第１のウイルスもしくは生物の該第１の地理的地域内での、該第１の株の致死性または毒性の大発生または増加を予測するステップと、により、ウイルスもしくは生物の致死性もしくは毒性の大発生または増加の株、宿主、または地理的地域の予測方法も提供する。
【００７２】
一実施形態において、第１のウイルスまたは生物のゲノム内に該レプリキンピーク遺伝子を含有する該タンパク質または遺伝子領域は、該少なくとも１つの第２のウイルスまたは生物のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される、レプリキンピーク遺伝子を含有する該タンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有すると同定される。
【００７３】
別の実施形態において、第１のウイルスまたは該第１の生物は、該第２の生物または該第２のウイルスより、少なくとも６ヶ月から３年遅く単離される。特定の実施形態において、第１の生物または該第１のウイルスは、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、および熱帯熱マラリア原虫、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、トマト植物のジェミニ葉巻ウイルス、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである。別の実施形態において、該黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性である。
【００７４】
さらなる実施形態において、該インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルス株である。特定の実施形態において、第１のウイルスは、株Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１またはＨ３Ｎ８のインフルエンザウイルスである。
【００７５】
本発明のさらなる実施形態において、レプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質または遺伝子領域は、該インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域である。
【００７６】
さらに別の実施形態において、該タンパク質または遺伝子領域は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である。
【００７７】
さらなる実施形態において、該タンパク質または遺伝子領域は、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質である。
【００７８】
さらなる実施形態において、該タンパク質または遺伝子領域は、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質である。
【００７９】
さらに別の実施形態において、該タンパク質または遺伝子領域は、熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰ−ａｓｅである。
【００８０】
なおさらなる実施形態において、該タンパク質または遺伝子領域は、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質である。
【００８１】
別の実施形態において、該タンパク質または遺伝子領域は、該白点症候群ウイルスのリボヌクレオチダーゼ（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｓｅ）である。
【００８２】
本発明は、該第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、該第１の生物と同一種の第２の生物、または該第１の悪性腫瘍と同一型の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製と関連する第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍の同定方法であって、該第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは該第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは該第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞内のゲノム内に、または該第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは該第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは該第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内にコードされると同定されるレプリキンピーク遺伝子よりも高いレプリキン数を有する、該第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは該第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは該第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のゲノム内に、または該第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは該第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは該第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質またはタンパク質フラグメント内にコードされるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含み、該第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍は、該第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製を有し、該レプリキンピーク遺伝子は、該ウイルスの同一ビリオン、該生物の同一細胞、もしくは同一悪性細胞内の残りのタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または該タンパク質もしくはタンパク質フラグメントをコードするゲノムの該部分と比較して、１００アミノ酸あたり最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質もしくはタンパク質フラグメントとして同定される、方法をさらに提供する。
【００８３】
少なくとも１つの該第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、該第１の生物と同一種の第２の生物、または該第１の悪性腫瘍と同一種の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍の同定方法をさらに提供し、それには、該ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と、該少なくとも１つの第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有するウイルス、生物、または悪性腫瘍がより致命的であることを判定するステップを含む。
【００８４】
特定の実施形態によれば、該第１のウイルスは、コロナウイルス、口蹄疫ウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、またはインフルエンザウイルスである。
【００８５】
特定の一実施形態において、該第１のウイルスは、インフルエンザウイルスＨ５Ｎ１株である。
【００８６】
別の特定の実施形態において、該インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである。さらなる特定の実施形態において、該インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である。
【００８７】
別の実施形態によれば、該レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域から単離される。
【００８８】
本発明はまた、ウイルスもしくは生物の感染の診断、予防、もしくは治療のための、または悪性腫瘍の診断、予防、もしくは治療のための、該ウイルス、該生物、または該悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子の取得方法も提供し、それには、（１）同一種のウイルスの複数の単離株、同一種の複数の生物、または同一型の複数の悪性腫瘍を取得するステップと、（２）レプリキン配列の存在および濃度について、ウイルスの複数の単離株のそれぞれ個別の単離株、該複数の生物のそれぞれ個別の生物の細胞、または該複数の悪性腫瘍のそれぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞の、タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、（３）それぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞、それぞれ個別の生物の細胞、またはそれぞれ個別のウイルス単離株内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを同定するステップと、（４）該ウイルスの複数の単離株、該複数の生物、または該複数の悪性腫瘍の中から、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、（５）該選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、該複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、（６）該複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のうちの少なくとも１つの、該同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、該単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、該ウイルスまたは該生物または該悪性腫瘍の該感染の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、を含む。
【００８９】
上述の方法によれば、単離された少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する免疫原性組成物をさらに提供する。特定の実施形態において、該免疫原性組成物は、ウイルスまたは生物の新生株から単離され、任意に薬剤として許容される担体をさらに含有する。
【００９０】
本発明はまた、少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有するワクチンも提供する。特定の実施形態において、該ワクチンは、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、レプリキンピーク遺伝子を含有する。別の特定の実施形態において、該ワクチンは、配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１９３９を含有する。
【００９１】
なおさらなる実施形態において、該ワクチンは、ウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子を含有する。
【００９２】
特定の実施形態において、該ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである。
【００９３】
一実施形態において、ワクチンにおけるレプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザＡ、または特定の株Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１またはＨ３Ｎ８から単離される。
【００９４】
別の実施形態において、該ワクチンは、生物から単離されるレプリキンピーク遺伝子を含有する。
【００９５】
さらなる実施形態において、レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される。特定の実施形態において、該黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性である。
【００９６】
さらに別の実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、悪性腫瘍から単離される。
【００９７】
特定の実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、脳悪性腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される。別の実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌から単離される。さらなる実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、多形性グリア芽腫から単離される。
【００９８】
本発明は、任意に薬剤として許容される担体との併用で、レプリキンピーク遺伝子を含有する免疫原性組成物をさらに提供する。一実施形態において、該免疫原性組成物は、配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、または配列番号１９３９を含む。
【００９９】
本発明は、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントから単離される、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質から単離される、単離または合成レプリキン配列をさらに提供する。
【０１００】
一実施形態において、該レプリキン配列は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。特定の実施形態において、該レプリキン配列は、マイコバクテリウムムコゲニカムから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。さらなる実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、配列番号２９０２〜２９２５である。別の特定の実施形態において、該レプリキン配列は、熱帯熱マラリア原虫から単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。さらなる実施形態において、該レプリキンピーク遺伝子は、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、配列番号２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、または配列番号３３０８のうちの１つである。
【０１０１】
別の実施形態において、該レプリキン配列は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。
【０１０２】
特定の実施形態において、該インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである。別の特定の実施形態において、該インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である。さらなる特定の実施形態において、該インフルエンザＡウイルスは、Ｈ５Ｎ１であり、レプリキン配列が、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１６、または配列番号１７１７のうちの１つである。さらなる特定の実施形態において、該インフルエンザＡウイルスは、Ｈ３Ｎ８であり、レプリキン配列が、配列番号５４７〜５６１、または配列番号５６２のうちの１つである。
【０１０３】
別の実施形態において、該レプリキン配列は、口蹄疫ウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。特定の実施形態において、口蹄疫ウイルスからのレプリキン配列が、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、配列番号１３１〜１５５、または配列番号１５６のうちの１つである。
【０１０４】
さらに別の実施形態において、該レプリキン配列は、ウエストナイルウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。特定の実施形態において、ウエストナイルウイルスからのレプリキン配列は、配列番号２３３〜２４３または配列番号２４４のうちの１つである。
【０１０５】
さらなる実施形態において、該レプリキン配列は、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。特定の実施形態において、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスからのレプリキン配列は、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１３、または配列番号４１４のうちの１つである。
【０１０６】
別の実施形態において、該レプリキン配列は、ブタサーコウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。特定の実施形態において、ブタサーコウイルスからのレプリキン配列は、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４、配列番号４８７〜４９１、または配列番号４９２のうちの１つである。
【０１０７】
さらにさらなる実施形態において、該レプリキン配列は、白点症候群ウイルスから単離される、レプリキンピーク遺伝子からのものである。特定の実施形態において、白点症候群ウイルスからのレプリキン配列は、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、および配列番号１５４８のうちの１つである。
【０１０８】
本発明によれば、ウイルスもしくは生物感染または悪性腫瘍の予防および／または治療のためのワクチンを提供し、該ワクチンは、該ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメントまたはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する。
【０１０９】
さらなる実施形態において、該ワクチンにおける少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、３３０８、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７、配列番号５４７〜５６２、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、および配列番号１３１〜１５６、配列番号２３３〜２４４、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１４、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４、配列番号４８７〜４９２、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、配列番号１５４８、配列番号１６３７〜１６６２、または配列番号１６６３のうちの１つである。
【０１１０】
一実施形態において、該ワクチンは、ウイルス感染の予防および／または治療のためである。特定の実施形態において、該ワクチンは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスにより生じる、ウイルス感染のためである。
【０１１１】
別の特定の実施形態において、該インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである。さらに特定の実施形態において、インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８インフルエンザＡウイルスである。
【０１１２】
別の特定の実施形態において、該ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである。
【０１１３】
別の実施形態において、該ワクチンは、生物感染の予防および／または治療のためである。
【０１１４】
特定の一実施形態において、該生物感染は、マイコバクテリウムムコゲニカム、ヒト型結核菌、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫により引き起こされる。さらに特定の実施形態において、該黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性である。
【０１１５】
別の実施形態において、該ワクチンは、悪性腫瘍の予防のためである。
【０１１６】
特定の一実施形態において、該悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、脳悪性腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である。さらに特定の実施形態において、該悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である。
【０１１７】
本発明はまた、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する免疫原性化合物を提供し、該レプリキンピーク遺伝子は、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内に同定され、任意に薬剤として許容される担体をさらに含有する。
【０１１８】
別の態様において、本発明は、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内で同定される、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を動物に投与するステップを含む、免疫系の刺激方法を提供する。特定の実施形態において、該動物は、ヒトである。
【０１１９】
本発明は、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内の、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体をさらに提供する。
【０１２０】
また、本発明により悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死株の同定方法も提供され、それには、（１）該悪性腫瘍、生物、またはウイルスの複数の単離株を取得するステップと、（２）該悪性腫瘍、生物、またはウイルスの該複数の単離株のそれぞれの単離株において、該レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、（３）レプリキン配列の存在および濃度について、該複数の単離株のそれぞれの単離株の該レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を、分析するステップと、（４）該複数の単離株のそれぞれの単離株の該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度と、該複数の単離株のうちの他の単離株のそれぞれの該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度とを比較するステップと、（５）該悪性腫瘍、生物、またはウイルスの毒性株または致死株として、該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する単離株を同定するステップと、を含む。
【０１２１】
悪性腫瘍、生物、またはウイルス用の予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるための、悪性腫瘍、生物、またはウイルスからのペプチドの選択方法をさらに提供し、該悪性腫瘍、生物、またはウイルスの少なくとも２つの分離株の間で、別様に保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子のアミノ酸配列における少なくとも１つの差異を同定するステップと、該少なくとも２つの分離株の間で、該アミノ酸配列における該同定された少なくとも１つの差異を、最も高い毒性、罹患数、または宿主の死亡数と関連付けるステップと、該同定された少なくとも１つのアミノ酸配列の差異を有する、別様に保存されたレプリキン配列、レプリキンピーク遺伝子、またはレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン配列を、予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるためのペプチドとして選択するステップと、を含む。
【０１２２】
一実施形態において、該方法は、アミノ酸配列における該少なくとも１つの差異を有する、該選択された保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子を含有する単離株を、該悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死単離株であると予測するステップを含む。
【０１２３】
特定の実施形態において、該悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、悪性腫瘍である。
【０１２４】
別の特定の実施形態において、該悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、脳悪性腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である。さらに特定の実施形態において、該悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である。
【０１２５】
別の態様において、該悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、生物である。
【０１２６】
第１の特定の実施形態において、該生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である。別の特定の実施形態において、該黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性である。
【０１２７】
別の態様において、該悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、ウイルスである。
【０１２８】
特定の一実施形態において、該ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである。
【０１２９】
本発明は、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内にもまた存在する、肺癌細胞のレプリキンピーク遺伝子内での、少なくとも１つのペプチドを同定するステップを含む、肺悪性腫瘍症例の原因の判定方法をさらに提供し、該ペプチドは、該肺悪性腫瘍の該原因に関与する。
【０１３０】
一実施形態において、複数のペプチドが、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内で同定され、該複数のペプチドのそれぞれが、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内でもまた同定される。
【０１３１】
別の実施形態において、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの該単離株のレプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチドは、少なくとも２つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約１０未満のアミノ酸のペプチドである。
【０１３２】
さらなる実施形態において、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの該単離株のレプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチドは、少なくとも３つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約１０未満のアミノ酸のペプチドである。
【０１３３】
さらに別の実施形態において、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの該単離株のレプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチドは、少なくとも３つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約７未満のアミノ酸である。
【０１３４】
さらなる実施形態において、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの該単離株のレプリキンピーク遺伝子内の該少なくとも１つのペプチドは、３つのリシンおよび１つのヒスチジンを含有する、約４未満のアミノ酸である。
【０１３５】
特定の実施形態において、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの該単離株の該レプリキンピーク遺伝子内の、該少なくとも１つのペプチドは、ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）である。
【０１３６】
別の実施形態において、該１つ以上のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの該単離株の該レプリキンピーク遺伝子内で同定される。
【０１３７】
特定の一実施形態において、少なくとも１０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも１０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、タバコモザイクウイルスの該単離株の該レプリキンピーク遺伝子内で同定される。
【０１３８】
別の特定の実施形態において、少なくとも２０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも２０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、タバコモザイクウイルスの該単離株の該レプリキンピーク遺伝子内で同定される。
【０１３９】
第３の特定の実施形態において、少なくとも３０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも３０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、タバコモザイクウイルスの該単離株の該レプリキンピーク遺伝子内で同定される。
【０１４０】
第４の実施形態において、少なくとも５０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、該肺癌細胞の該レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも５０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドは、タバコモザイクウイルスの該単離株の該レプリキンピーク遺伝子内で同定される。
【０１４１】
本発明は、第２の症例の肺の悪性腫瘍と比較して、より早い複製速度、攻撃的な成長パターン、または致死性を有する第１の症例の肺の悪性腫瘍の同定方法をさらに提供し、第２の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞において同定されるレプリキンピーク遺伝子より、レプリキンピーク遺伝子内により高いレプリキン数を有する第１の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞におけるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含む。
【０１４２】
一実施形態において、第１および第２の症例の肺の悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である。
【０１４３】
肺癌の診断、予防、または治療のための、肺悪性腫瘍内の単離または合成レプリキンピーク遺伝子を以下の方法によりさらに提供し、その方法には、（１）肺悪性腫瘍から少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、（２）レプリキン配列の存在および濃度について、該少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、（３）該少なくとも１つの悪性細胞内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する該タンパク質配列または該タンパク質配列フラグメントを同定するステップと、（４）最高濃度の連続レプリキン配列を有する該タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、（５）選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、該レプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、（６）該少なくとも１つの悪性細胞の、該同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップと、を含み、該単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、肺癌の診断、予防、または治療に有用である。
一態様において、該肺悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である。
【０１４４】
別の態様において、該同定されたレプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内の少なくとも１つのレプリキン配列は、肺癌の診断、予防、または治療のために単離または合成される。
【０１４５】
特定の実施形態において、該同定されたレプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内の該少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列は、配列番号１５８５〜１６３５または配列番号１６３６のうちの１つである。
【０１４６】
本発明はまた、肺癌の予防および治療のための免疫原性組成物も提供し、該免疫原性組成物は、該同定されたレプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内に少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する。
【０１４７】
また、免疫系の刺激方法も提供し、動物における肺癌の予防、治療、または診断のために、該肺悪性腫瘍の該レプリキンピーク遺伝子内で同定される該少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を、動物に投与するステップを含む。特定の実施形態において、該動物は、ヒトである。
【０１４８】
別の実施形態において、本発明は、致死型の肺癌の同定方法を提供し、その方法には、（１）複数の肺腫瘍から少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、（２）該複数の肺腫瘍のそれぞれの該少なくとも１つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、（３）レプリキン配列の存在および濃度について、該複数の肺腫瘍のそれぞれの該少なくとも１つの悪性細胞内の、該レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を分析するステップと、（４）該複数の肺腫瘍のそれぞれの該少なくとも１つの悪性細胞内の、該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおける、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、（５）該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺腫瘍を、致死型の肺癌として同定するステップと、を含む。
【０１４９】
さらなる実施形態において、本発明は、少なくとも２つの肺癌のうちの、より致死性の高い肺癌の同定方法を提供し、その方法には、（１）少なくとも２つの肺癌のそれぞれから、少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、（２）該少なくとも２つの肺癌のそれぞれの該少なくとも１つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、（３）レプリキン配列の存在および濃度について、該少なくとも２つの肺癌のそれぞれの該少なくとも１つの悪性細胞内の、該レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を分析するステップと、（４）該少なくとも２つの肺癌のそれぞれの該少なくとも１つの悪性細胞内の、該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおいて、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、（５）該レプリキンピーク遺伝子の該タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺癌を、より致死性の高い肺癌として同定するステップと、を含む。
【０１５０】
本発明は、ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増加の判定方法をさらに提供し、その方法には、（１）該ウイルスまたは生物の複数の単離株を取得するステップであって、それぞれの単離株は、既知の期間内に単離され、該単離株のうちの少なくとも２つは、該単離株の他の少なくとも２つより約６ヶ月から約５年後に単離される、ステップと、（２）該複数の単離株のそれぞれの単離株内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、（３）該複数の単離株のそれぞれの単離株の該同定されたレプリキンピーク遺伝子を分析して、該複数の単離株のそれぞれの単離株のそれぞれのレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を判定するか、または該複数の単離株のそれぞれの単離株の該同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域を分析して、該複数の単離株のタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域のレプリキン数を判定するステップと、（４）それぞれ既知の期間について、該レプリキンピーク遺伝子内、または該同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有する該タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の、平均レプリキン数を判定するステップと、（５）それぞれ既知の期間、該レプリキンピーク遺伝子内、または該タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の該平均レプリキン数を、それぞれ比較するステップと、（６）少なくとも２つの既知の期間の間で、該平均レプリキン数の増加を確認するステップと、（７）該平均レプリキン数の増加の該同定後、約６ヶ月から約３年以内の、該ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増加を確認するステップと、を含む。
【０１５１】
特定の一実施形態において、該既知の期間は、約１年である。別の特定の実施形態において、平均レプリキン数の増加は、１年かかって生じる。さらなる特定の実施形態において、平均レプリキン数の増加は、３年かかって生じる。別の実施形態において、平均レプリキン数の増加は、少なくとも２つの既知の期間の間で有意である。さらなる実施形態において、平均レプリキン数の増加は、ｐ＝＜０．００１の有意性を有する。
【図面の簡単な説明】
【０１５２】
【図１】図１は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株のゲノムにおける ｐＢ１遺伝子領域の局在性を、レプリキンピーク遺伝子として示す。レプリキンピーク遺伝子は、ゲノムにおいて、レプリキン配列が連続し、最も濃縮される場所である。ｐＢ１遺伝子領域は、Ｈ５Ｎ１ゲノムにおけるレプリキンピーク遺伝子を含み、ｐＢ１遺伝子領域のレプリキン数は、毒性および致死性の増加に相関する。濃いグレーの列は、所定の年に単離されたＨ５Ｎ１ウイルスの単離株における指定された遺伝子領域に対する平均レプリキン数を意味する。薄いグレーの列は、所定の年での単離株の集団における平均からの標準偏差を示す。平均の標準偏差を、通常の「Ｔ」シンボルによってではなく、平均の上に薄いグレーの列において示す。この形式を使用し、レプリキン数に関して様々な拡大ウイルス集団を強調する。ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能なゲノム情報で、２００３年〜２００６年の間、単離されたＨ５Ｎ１ウイルスの単離株に対するレプリキン数を、所定の年において単離株に対するヒトＨ５Ｎ１インフルエンザウイルスの８つのゲノム領域のそれぞれにおいて認められたレプリキン配列の数の分析により個別に判定した。同定されている８つのゲノム領域は、ヌクレオカプシド、マトリクス、ｐＢ２、ノイラミニダーゼ、ｐＡ、ＮＳ、血球凝集素、およびｐＢ１遺伝子領域である。
【０１５３】
【図２】図２は、１９１８年以来のそれぞれのインフルエンザＡ世界流行および大発生の前およびそれに伴うレプリキン数の増加、ならびに非致命的インフルエンザＢにおける、インフルエンザＡ感染の休止期間中および継続中の低レプリキン数を示す。グラフは、ＰｕｂＭｅｄで公的に入手可能なアミノ酸または核酸配列を有するインフルエンザ株のｐＢ１遺伝子領域内で、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離されたすべてのレプリキンピーク遺伝子のための１９１７年〜２００７年の間、毎年、レプリキン数を提供する。データは、（１）１９４０年から２００７年の非致命的なヒトインフルエンザＢ（濃い破線の中間グレー太線）のため、および（２）１９１７年から２００７年のヒトインフルエンザＡウイルスの致命的および非致命的な双方の期間について、提供される。ヒトインフルエンザＡ株は、（１）Ｈ１Ｎ１（中間グレー太線）、（２）Ｈ２Ｎ２（薄いグレー細線）、（３）Ｈ３Ｎ２（中間グレー細線）、および（４）Ｈ５Ｎ１（黒いグレー細線）である。ニワトリから単離されたＨ５Ｎ１株は、中間グレー太線により示される。データに対して分析された配列の総数（Ｎ）は、１４，２２７である。リストされている世界流行、流行、および大発生は、１９１８年のＨ１Ｎ１世界流行、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２世界流行、１９６８年のＨ３Ｎ１世界流行、１９７７年〜７８年のＨ３Ｎ２大発生、および１９９７年、２００１年〜２００４年、および２００７年のＨ５Ｎ１大発生である。９０年間にわたり、世界流行、流行、および大発生は、インフルエンザ株のＲＰＧ内で４またはそれを上回るレプリキン数と関連する。同期間にわたり、一定の４未満の低レプリキン数は、インフルエンザＡ感染の休止（非致命的）期間中、観察され得、４未満の低レプリキン数は、非致命的インフルエンザＢにおいて観察され得る。
【０１５４】
【図３】図３は、１９３０年〜２００７年の間の、インフルエンザウイルスの連続「新生」株を示す。インフルエンザの様々な株の単離株の１年あたりの平均レプリキン数をポリメラーゼ領域（円印）、ｐＢ１領域（三角印）、およびｐＢ１−Ｆ２領域（四角印）について提供する。Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２に対するデータは、２００７年まで継続する。ギャップは、ＰｕｂＭｅｄ上でこれらのゲノム領域に対して利用可能なデータがなかった年を示す。レプリキン数の劇的な増加は、１９３０年代に始まったＨ１Ｎ１のリバウンド流行、１９５７年および１９６８年に、それぞれ生じた、Ｈ２Ｎ２およびＨ２Ｎ３の世界流行における大発生の直前、１９９７年〜２００７年のＨ５Ｎ１の大発生に認められ得る。レプリキン数の最大の増加は、ゲノムのｐＢ１−Ｆ２領域内で認められ得、ゲノムのｐＢ１領域内に含まれる。レプリキン数の２番目に大きな増加は、ゲノムのｐＢ１領域内で認められ得、ゲノムのポリメラーゼ領域内に含まれる。レプリキン数の最小増加は、ゲノムのポリメラーゼ領域内で認められ得る。したがって、レプリキン数は、ポリメラーゼ領域と比較してｐＢ１領域内で、およびｐＢ１領域と比較してｐＢ１−Ｆ２領域内で測定される場合、拡大することが認められ得る。
【０１５５】
【図４】図４は、Ｈ５Ｎ１感染のヒト症例における２００３年〜２００７年のヒト死亡率に対する、ヒトＨ５Ｎ１におけるレプリキンピーク遺伝子ｐＢ１遺伝子領域のレプリキン数の関係を示す。Ｈ５Ｎ１のｐＢ１遺伝子領域内でのレプリキン数の増加は、宿主において、より高い死亡数と定量的に関連することが認められる。グラフでは、（１）薄いグレーは、所定の年で全ウイルス単離株の平均レプリキン数を示し、（２）中間グレーは、所定の年でヒトＨ５Ｎ１の単離株の公的に入手可能な配列のｐＢ１領域における平均レプリキン数を示し、（３）無色の棒は、所定の年でレプリキン数の平均からの標準偏差を示し、（４）黒色は、所定の年でＨ５Ｎ１感染の同定されたヒト症例の死亡率を示す。
【０１５６】
【図５】図５は、ガチョウ、カモ、およびニワトリと比較して、２００５年〜２００７年のヒトにおける、ヒトＨ５Ｎ１の上昇を示す。濃いグレーは、２００１年〜２００６年の単離株における、ガチョウ、カモ、およびニワトリ、およびヒトからのＨ５Ｎ１単離株のレプリキンピーク遺伝子ｐＢ１遺伝子領域における平均レプリキン数を表し、データは、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能である。薄いグレーは、平均からの標準偏差を表す。
【０１５７】
レプリキン分析は、それぞれの宿主群、すなわち、ガチョウ、カモ、ニワトリ、およびヒトのＨ５Ｎ１レプリキンピーク遺伝子に対して、個別に行われた。４を下回る、低レベルのレプリキン数は、２００５年〜２００６年までそれぞれの宿主群において認められた。２００５年〜２００６年において、流行は、アジアの国々において増加し始めた。カモＨ５Ｎ１は、２００６年に減少と見なしたが、２００６年にニワトリＨ５Ｎ１が増加し続けた。ヒトＲＰＧ活性は、２００５年〜２００６年に上方調節され、ニワトリにおけるＲＰＧ活性を上回った。カモからニワトリへ、さらにヒトへのレプリキン数増加の推移は、宿主間のウイルスのほぼ同程度の転移の疫学的証拠に一致している。図５のように、Ｈ５Ｎ１単離株レプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン数の変化は、インフルエンザウイルス株が他の宿主よりもさらに毒性がある、宿主の同定を可能にする。
【０１５８】
【図６】図６は、所定の年に単離された異なる地理的領域からのヒトＨ５Ｎ１単離株における平均レプリキン数を測定することにより最高致死性を有するヒトＨ５Ｎ１単離株を示す。図６は、２００３年から２００６年で、日本、ロシア、エジプト、中国、ベトナム、タイ、インドネシアで、ヒトにおいて年間同定された、Ｈ５Ｎ１インフルエンザウイルス株のｐＢ１遺伝子領域（レプリキンピーク遺伝子）内で１００アミノ酸あたりのレプリキン数（標準偏差を伴う）を表す棒グラフである。
【０１５９】
レプリキン分析は、それぞれの国のヒトＨ５Ｎ１  ＲＰＧに対して個別に行われた。結果は、２００３年〜２００６年の各年で、ＰｕｂＭｅｄ上で入手可能なすべてのデータに対するレプリキン数を示す。４を下回る低レベルのレプリキン数は、ヒトＨ５Ｎ１がアジアの国々で増加した際、２００５年〜２００６年まで、それぞれの宿主群において認められた。ヒトＲＰＧ活性は、２００５年〜２００６年で、インドネシアで最も著しく上方調整された。増加するヒト死亡数を初めに経験する可能性が高い国は、インドネシアであることが２００６年に予測された。この予測は、２００７年に正しいことが証明され、インドネシアの大発生において、ヒト罹患数および死亡数の発生率が異常に高く、ヒトからヒトへ転移する可能性の証拠が認められた。図６にあるようなＨ５Ｎ１単離株のレプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン数の変化は、インフルエンザウイルス株が、他の地理的領域よりもさらに発病率が高く、それらの地理的領域の同定を可能にする。
【０１６０】
【図７】図７は、１９７７年〜２００７年のウマインフルエンザのｐＢ１、ｐＢ２、およびｐＡゲノム領域内で同定されたレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と、Ｈ３Ｎ８ウマインフルエンザにより引き起こされた馬脳炎の流行の関係を示す。シリーズ１は、ゲノムのｐＢ１領域内のレプリキンピーク遺伝子において同定された平均レプリキン数を表す。シリーズ２は、ｐＢ１遺伝子領域内の平均レプリキン数からの標準偏差を表す。シリーズ３は、ｐＢ１遺伝子領域に隣接する、ゲノムのｐＡ遺伝子領域内のレプリキンピーク遺伝子において同定されたレプリキン数を表す。シリーズ４は、ｐＢ１遺伝子領域にまた隣接する、ゲノムのｐＢ２遺伝子領域内のレプリキンピーク遺伝子において同定されたレプリキン数を表す。ｐＢ１遺伝子領域内のレプリキン数の増加は、流行が大発生する１年から３年前に生じることが認められる一方、レプリキン数の増加は、ｐＢ２およびｐＡ遺伝子領域内で認められない。
【０１６１】
【図８】図８は、１９９７年から２００４年の３つの「鳥インフルエンザ」流行に先行したインフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株における全血球凝集素タンパク質のレプリキン濃度の増加を示す。Ｈ５Ｎ１インフルエンザにおいて、１９９５年〜１９９７年の株特異性レプリキン濃度（レプリキン数、平均値＋／−標準偏差）の増加は、１９９７年の香港Ｈ５Ｎ１の流行に先行し（Ｅ１）、１９９９年〜２００１年の増加は、２００１年の流行に先行し（Ｅ２）、および２００２年〜２００４年の増加は、２００４年の流行に先行した（Ｅ３）。１９９９年の減少は、香港におけるＥ１流行を受けて鶏を大量に処理したことで発生した。図８は、ＲＰＧ内のレプリキン数の増加は、全タンパク質またはゲノムにおいて認められ得る増加よりも４倍から８倍で発生するが（例えば、図１および２参照）、全タンパク質またはゲノムのレプリキン数の変化は、完全性の面で利点を有し、検出されるのに十分大きく、統計的に有意であり得る。
【０１６２】
【図９】図９は、２００３年のＳＡＲＳコロナウイルス流行に先行するスパイクおよびヌクレオカプシドコロナウイルスタンパク質におけるレプリキン数の増加を示す。Ｘ軸は、年を示し、Ｙ軸は、レプリキン数を示す。ＳＡＲＳ大発生の出現および大発生に関与した８つの国を円錐形に影をつけた領域により示す。実線の黒色の記号は、スパイクコロナウイルスタンパク質に対する平均レプリキン濃度を示し、垂直な黒色の棒は、平均の標準偏差を示す。ＳＡＲＳは、２００３年に初めて同定されたが、本出願人は、コロナウイルスのＳＡＲＳ株の出現を、コロナウイルス類の全群の活性において予測する可能性があるか否かを考えた。ヌクレオカプシドおよびスパイクコロナウイルスタンパク質の双方における世界流行前の増加は、コロナウイルスが２００３年の初めてのＳＡＲＳ出現に関与したという発見と一致し、その出現の警告としての役割を果たした可能性がある。１９９５年〜２００２年のレプリキン数の上昇は、２００２年末に出現し、２００３年へと続いたＳＡＲＳコロナウイルスの流行に一致するとみられる可能性がある。レプリキン数の減少は、ＳＡＲＳ大発生の終わりを正確に示し、大発生が出現した時の大発生前のレベルに戻り始めている。類似の減少は、インフルエンザＡ流行および世界流行と同時に生じた（図２）。しかしながら、図２にも見られるように、この減少は、２００６年および２００７年では、Ｈ５Ｎ１の症例では生じていないので、進行中のＨ５Ｎ１流行は、終了していないことが仮定され得る。
【０１６３】
【図１０】図１０は、ヒトにおける熱帯熱マラリア原虫からの死亡率が、熱帯熱マラリア原虫ＡＴＰ−ａｓｅ酵素における、レプリキン数に関連することを示す。罹患率および死亡率が高いマラリアが、１９９０年代後半において発生し、微生物の適応および抗マラリア薬の有効性の低下によるものであると考えられた。ＡＴＰ−ａｓｅは、マラリアのアルテミニシン（ａｒｔｅｍｉｎｉｓｉｎ）処置の初期標的である。アルテミニシン（ａｒｔｅｍｉｎｉｓｉｎ）の使用の増加および改善した公衆衛生評価基準とにより、罹患率および死亡率は、１９９８年から２００６年までに減少した。熱帯熱マラリア原虫ＡＴＰ−ａｓｅのレプリキン数は、２５０のマラリア症例あたり死亡数の増加と共に、１９９７年から１９９８年に増加した。熱帯熱マラリア原虫ＡＴＰ−ａｓｅのレプリキン数は、１９９８年から２００６年の死亡率と共に減少した。１９９７年〜２００６年の２５０の症例あたり死亡率は、以下のようである。１９９７年の死亡率は、７．７であり、１９９８年の死亡率は、６．６であり、１９９９年の死亡率は、９．１であり、２０００年の死亡率は、１０．５であり、２００１年の死亡率は、８．１であり、２００２年の死亡率は、９．９であり、２００３年の死亡率は２．５、２００４年の死亡率は、４であり、２００５年の死亡率は、３．９であり、２００６年の死亡率は、２．６であった。死亡率は、世界保健機構により公表された、ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔを参照のこと。
【０１６４】
【図１１】図１１は、１９６９年〜２００６年の公的に入手可能な口蹄疫ウイルス血清型Ｏ型の単離株のＶＰ１タンパク質（レプリキンピーク遺伝子）において認められたレプリキン数と口蹄疫のある認められた大量発生の関係を示す。標準偏差は、平均レプリキン数の上に垂直の薄いグレーの頂点を覆う線により示される。口蹄疫の認められたヨーロッパおよび英国の大発生は、１９６７年、１９８１年、２００１年、および２００７年の英国、１９９１年、１９９３年〜１９９６年のバルト諸国、２０００年の日本、韓国、ギリシャにおける流行を含むことが認められる。１９６９年〜１９７８年のベースライン値からのレプリキン数の増加は、１９７９年以降、反復したレプリキン数の増加を先行し、同様に、１９８１年〜２００７年における口蹄疫の大発生に先行した。
【０１６５】
【図１２】図１２は、ウエストナイルウイルスの単離株のエンベロープタンパク質に認められたレプリキン数と全ヒト罹患数および死亡数との関係を示す。図１２のデータを表１０に含める。エンベロープタンパク質（ウイルスのＲＰＧを含有するタンパク質）におけるレプリキン数と罹患数および死亡数との相関を示す。図１２は、（１）１９８２年〜２００７年のウエストナイルウイルスの単離株のエンベロープタンパク質の公的に入手可能な配列のレプリキンの濃度（レプリキン数）（それぞれのデータ点に対する標準偏差の棒を有する）、（２）米国疾病対策予防センターによる１９９９年〜２００７年の年毎に米国で報告された総罹患数（全米国罹患数は、ｙ軸上に記された値×１００である）、および（３）疾病対策予防センターによる１９９９年〜２００７年の年毎に米国で報告されたＷＮＶ感染から生じる総死亡数を比較するグラフである。
【０１６６】
【図１３】図１３は、２００４年〜２００７年の単離株内でブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）のヌクレオカプシドタンパク質におけるレプリキン数を示す。平均レプリキン数をグレーの縦列で示す。平均からの標準偏差を無色の縦列に示す。ＰＲＲＳＶヌクレオカプシドタンパク質のレプリキン数は、２００４年〜２００７年に増加することが認められる。この増加は、中国のＰＲＲＳＶの主要な大発生に関連する。２００５年の平均からの標準偏差は、他の年よりもかなり大きく、それは、２００５年にレプリキン数の顕著な増加があったこと、および２００６年の平均レプリキン数の増加として測定されたことを示す。２００５年に認められた大きい標準偏差は、さらにその種の要素が増え続けるレプリキン数を有していたことを示す。２００５年の標準偏差は、２００６年および２００７年において平均して増加する前の初期警告であった。類似の現象は、図７において観察可能である。
【０１６７】
【図１４−１】図１４−１は、１５日間にわたり（１００％の死亡が１５日前に生じない場合）、４つの異なるタウラ症候群ウイルス単離株で誘発試験されるパシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ  ｓｈｒｉｍｐ）の累積生存率と、それぞれの単離株のオープン・リーディング・フレーム１（ＯＲＦ１）のレプリキン濃度との相関を示す。ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラからのＴＳＶの個々の単離株のゲノムのＯＲＦ１の翻訳されたアミノ酸配列が、レプリキン数に対して分析された。レプリキン数は、ベリーズの単離株で３．５、タイの単離株で３．４、ハワイの単離株で３．３、およびベネズエラの単離株で３．０であることを決定した。グラフＡは、ＴＳＶのベリーズの単離株で誘発試験された、エビの３つの試験において認められた生存率を示す。一試行において、全死亡は、６日目に認められた。他の試行において、全死亡は、１１日目に認められた。グラフＢ、Ｃ、およびＤは、それぞれ、１５日間にわたる３つの試行のそれぞれにおいて、タイの単離株、ハワイの単離株、およびベネズエラの単離株で誘発試験されたエビの認められた生存率を示す。タイの単離株において、平均８０％の死亡率が１５日目に認められた。ハワイの単離株において、平均７８．３％の死亡率が１５日目に認められた。ベネズエラの単離株において、平均５８．３％の死亡率が１５日目に認められた。
【図１４−２】図１４−２は、１５日間にわたり（１００％の死亡が１５日前に生じない場合）、４つの異なるタウラ症候群ウイルス単離株で誘発試験されるパシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ  ｓｈｒｉｍｐ）の累積生存率と、それぞれの単離株のオープン・リーディング・フレーム１（ＯＲＦ１）のレプリキン濃度との相関を示す。ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラからのＴＳＶの個々の単離株のゲノムのＯＲＦ１の翻訳されたアミノ酸配列が、レプリキン数に対して分析された。レプリキン数は、ベリーズの単離株で３．５、タイの単離株で３．４、ハワイの単離株で３．３、およびベネズエラの単離株で３．０であることを決定した。グラフＡは、ＴＳＶのベリーズの単離株で誘発試験された、エビの３つの試験において認められた生存率を示す。一試行において、全死亡は、６日目に認められた。他の試行において、全死亡は、１１日目に認められた。グラフＢ、Ｃ、およびＤは、それぞれ、１５日間にわたる３つの試行のそれぞれにおいて、タイの単離株、ハワイの単離株、およびベネズエラの単離株で誘発試験されたエビの認められた生存率を示す。タイの単離株において、平均８０％の死亡率が１５日目に認められた。ハワイの単離株において、平均７８．３％の死亡率が１５日目に認められた。ベネズエラの単離株において、平均５８．３％の死亡率が１５日目に認められた。
【０１６８】
【図１５】図１５Ａは、それぞれ、ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラから回収された、タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）の単離株におけるレプリキン数と、１日目〜３日目のそれぞれのＴＳＶの単離株で誘発試験されたパシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ）における５０％の死亡率までの平均日数との直接順相関を示す。それぞれの単離株のレプリキン濃度間の統計的な差異は、ｐ＜０．００１のレベルで有意である。図１５Ｂは、それぞれ、ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラから回収された、タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）の単離株におけるレプリキン数と、それぞれのＴＳＶの単離株で誘発試験されてから１５日後のパシフィックホワイト（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ）シュリンプの平均累積生存率との間の直接相関を示す。それぞれの単離株のレプリキン濃度間の統計的な差異は、ｐ＜０．００１のレベルで有意である。
【０１６９】
【図１６】図１６は、レプリキン濃度がポリメラーゼ遺伝子またはＨ５Ｎ１ウイルスの全ゲノムと比較して、ｐＢ１遺伝子領域（ＲＰＧを含有する）内で認められる場合、Ｈ５Ｎ１感染からのヒト死亡数におけるレプリキン数の増加の効果の拡大を示す。図１６において、相関関係は、ヒト死亡数と、（１）全ゲノムにおけるレプリキン配列の平均濃度、（２）ポリメラーゼ遺伝子におけるレプリキン配列の平均濃度、および（３）Ｈ５Ｎ１インフルエンザ株のレプリキンピーク遺伝子（ｐＢ１遺伝子領域）におけるレプリキン配列の平均濃度との間で認められる。Ｈ５Ｎ１ゲノムのレプリキンピーク遺伝子（ｐＢ１遺伝子領域）におけるレプリキン濃度は、全ゲノムおよびポリメラーゼ遺伝子におけるレプリキン数と比較して、ヒト死亡数と最も有意に関連することが分かる。
【０１７０】
【図１７】図１７は、（ヒトにおける宿主死亡率の増加と関連する）２００３年〜２００７年第１四半期までのＨ５Ｎ１の単離株のｐＢ１遺伝子領域（レプリキンピーク遺伝子）内でのレプリキン濃度の８倍の有意な増加を示すが、ｐＢ１遺伝子領域の隣接遺伝子領域、すなわち、ｐＡ遺伝子領域およびｐＢ２遺伝子領域において、有意な増加は認められないことを示す。図１７は、それぞれ、２００３年〜２００７年第１四半期までに単離されたＨ５Ｎ１インフルエンザ株の（１）ｐＢ１遺伝子領域、（２）ｐＢ２遺伝子領域、（３）ｐＡ遺伝子領域内で、レプリキン配列の平均濃度に対する、２００５年〜２００７年第１四半期までのＨ５Ｎ１感染からのヒト死亡率を、グラフを使って比較する。
【０１７１】
【図１８】図１８は、１９９５年〜２００７年で単離された白点症候群ウイルス（ＷＳＳＶ）の公的に入手可能なアミノ酸配列に認められたレプリキン配列の平均レプリキン数および標準偏差と、２００１年のＷＳＳＶの著しい大発生との相関を示す。２０００年の著しく高いレプリキン濃度９７．６は、２００１年の大発生を予測する。さらに、１０３．８のさらに顕著なレプリキン濃度が、２０００年のＷＳＳＶの単離株からのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質配列において認められ、レプリキンピーク遺伝子は、１１０．７のさらに高いレプリキン濃度で同定された。
【０１７２】
【図１９】図１９は、エビにおける、タウラ症候群ウイルスのゲノムにおける増加するレプリキン数と、２０００年および２００７年におけるウイルスの大発生との間で相関を示す。ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで入手可能なタウラ症候群ウイルスペプチド配列は、本発明者により、公的に入手可能な配列における平均レプリキン濃度に対して分析された。図１９は、ペプチド配列が、２０００年〜２００５年に公的に入手可能である、各年の平均レプリキン濃度とタウラ症候群ウイルスの著しい大発生の日数を（標準偏差とともに）比較するグラフである。疾患の著しい大発生は、２０００年〜２００７年で認められる。ウイルスの大発生は、レプリキン濃度の増加に続いて生じることが、グラフから認められ得る。２０００年では、ＴＳＶは、レプリキン数２．７であった。２００１年〜２００４年で、ＴＳＶは、より低い平均レプリキン数０．７であり、同定レプリキン骨格は、消失した。２００５年では、レプリキン骨格は、リシンおよびヒスチジンの増加、レプリキン濃度に比例した増加１．８を伴って再現し、２００６年〜２００７年のＴＳＶの大発生が続いた。
【０１７３】
【図２０】図２０は、前世紀の３度のインフルエンザ世界流行における、全血球凝集素レプリキン数を示す。株特異性の高いレプリキン数は、前世紀の３度の世界流行のそれぞれ、すなわち１９１８年、１９５７年、および１９６８年に伴っている。それぞれの例において、そのピークの後、減少（宿主における免疫力による可能性）、回復、「リバウンド」流行が続いた。これらの相関は、それぞれの株に対して特異的であって、それぞれの世紀中３度の世界流行の年に対して特異的であって、それぞれの世界流行後の減少に対して特異的であって、かつそれぞれのリバウンド流行に対して特異的であるため、偶発によるものであるという可能性は非常に低い。実施例１３は、１９１８年〜２００７年の公的に入手可能な配列において、血球凝集素のレプリキン数の分析の一実施例を提供する。
【０１７４】
【図２１】図２１は、１９９７年〜２００７年まで年毎に公的に入手可能な登録番号を有するブタサーコウイルス（ＰＣＶ）の単離株に認められる年間平均レプリキン数を（それぞれのレプリキン数データ点に対して標準偏差と共に）示し、２０００年〜２００７年のレプリキン数の増加と、２０００年〜２００６年のカナダでの報告された罹患率および死亡率の増加と、２００７年の中国の大発生との間の相関を示す。発明の詳細な説明定義
【０１７５】
本明細書で使用されるように、レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）（または場合によっては、レプリキンピーク遺伝子領域−ＲＰＧＡ）は、ゲノムの他のセグメントまたは指定された遺伝子と比較する場合、発現遺伝子または遺伝子セグメントが高濃度の連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列（１００アミノ酸あたりのレプリキン配列数）を有する、ゲノムのセグメント、タンパク質、タンパク質のセグメント、またはタンパク質フラグメントを意味する。一般的に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するアミノ酸部分を含有する、全タンパク質または遺伝子または遺伝子セグメントはまた、レプリキンピーク遺伝子としても称される。１つ以上のＲＰＧが、遺伝子、遺伝子セグメント、タンパク質またはタンパク質フラグメント内で同定され得る。ＲＰＧは、１つの末端リシンもしくは１つの末端ヒスチジン、２つの末端リシン、または１つの末端リシンおよび１つの末端ヒスチジンを有し得る。診断、治療、および予測的な目的のために、ＲＰＧは、１つの末端リシンもしくは１つの末端ヒスチジン、２つの末端リシン、または１つの末端リシンおよび１つの末端ヒスチジンを有し得る、または同様に、ＲＰＧの末端部分がレプリキン配列、すなわち、約７〜約５０のアミノ酸を有するアミノ酸配列の定義により定義されたレプリキン配列またはレプリキン配列を含有する限り、末端リシンも末端ヒスチジンも有しない場合もあり、そのアミノ酸配列は、
（１）第２リシン残基から６〜１０アミノ酸残基に位置する少なくとも１つのリシン残基と、
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基と、
（３）少なくとも６％のリシン残基とを含む。
さらに、診断、治療、予防、および予測的な目的のために、ＲＰＧは、同定されたＲＰＧを含有するタンパク質またはタンパク質フラグメントを含み得る。例えば、ＲＰＧは、Ｈ５Ｎ１のｐＢ１遺伝子領域において、本明細書に同定される。予測的な目的のために、ＲＰＧ内のレプリキン数は、毒性および致死性の変化を追跡するために使用され得る。同様に、ＲＰＧは、免疫原性化合物として、またはワクチンとして使用され得る。また、しかしながら、本明細書に記載されるように、最高濃度の連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列を有する同定されたＲＰＧを含有するが、これに限定されない、インフルエンザ株（例えば、Ｈ５Ｎ１、Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ８等）のｐＢ１遺伝子領域内のレプリキン数は、致死性および毒性の変化を予測するために特に有用である。ＲＰＧが同定されているタンパク質におけるレプリキン数の予測的な使用の他の例は、多くの他のウイルスおよび生物の間でも、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質、ウエストナイルウイルスにおけるエンベロープタンパク質、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスにおけるヌクレオカプシドタンパク質である。ＲＰＧを含有する全タンパク質またはタンパク質フラグメントは、同様に、例えば、免疫原性化合物、ワクチン内に、および治療または診断的抗体の生成のために含まれるような、診断、治療、および予測的な目的のために有用である。
【０１７６】
本明細書で使用されるように、レプリキン配列は、約７〜約５０のアミノ酸を含むアミノ酸配列であり、
（１）第２リシン残基から６〜１０アミノ酸残基に位置する少なくとも１つのリシン残基と、
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基と、
（３）少なくとも６％のリシン残基とを含む。
【０１７７】
レプリキン配列は、末端リシンを含み得、末端リシンまたは末端ヒスチジンをさらに含み得る。レプリキンペプチドまたはレプリキンタンパク質は、レプリキン配列からなるペプチドまたはタンパク質である。レプリキン配列はまた、レプリキンモチーフを含む、またはそれからなる約７〜約５０のアミノ酸のレプリキン配列としても記載され得、そこで、レプリキンモチーフは、
（１）該単離されたインフルエンザウイルスペプチドの第１末端に位置する少なくとも１つのリシン残基と、該単離されたインフルエンザウイルスペプチドの第２末端に位置する少なくとも１つのリシン残基または少なくとも１つのヒスチジン基と、
（２）第２リシン残基から６〜１０残基に位置する第１リシン残基と、
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基と、
（４）   少なくとも６％のリシン残基とを含む。
レプリキン濃度を判定する目的のために、レプリキン配列は、一方の末端でリシン残基、およびもう一方の末端でリシンまたはヒスチジン残基を有さなければならない。
【０１７８】
「レプリキン配列」という用語はまた、約７〜約５０のアミノ酸を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を意味することができ、
（１）第２リシン残基から６〜１０アミノ酸残基に位置する少なくとも１つのリシン残基と、
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基と、
（３）少なくとも６％のリシン残基とを含み、
式中、アミノ酸配列は、末端リシンを含み得る、または末端リシンもしくは末端ヒスチジンをさらに含み得る。
【０１７９】
本明細書で使用される「動物」とは、ヒト等の哺乳類を含む。
【０１８０】
本明細書で使用される「ペプチド」または「タンパク質」という用語は、２つ以上のアミノ酸からなる化合物を意味し、１つのアミノ酸のカルボキシル基は、ペプチド結合を介して別のアミノ酸のアミノ基と結合する。本明細書で使用される「単離された」、または「合成された」ペプチドまたはその生物学的に活性な部分は、精製後、実質的に細胞物質、またはペプチドが由来する細胞、あるいは組織源からの他の夾雑タンパク質またはペプチドを含まないペプチド、あるいは任意の方法で化学的に合成された場合は、実質的に化学的前駆体、または他の化学物質を含まないペプチド、ないしは組み換え遺伝子技術により合成された場合に実質的に夾雑ペプチドを含まないペプチド、ないしは公的または私的データベースまたは配列収集を通して利用可能な核酸またはアミノ酸配列からコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離されたタンパク質またはペプチドを意味する。「コードされた」または「発現された」タンパク質、タンパク質配列、タンパク質フラグメント配列、またはペプチド配列とは、現在、または今後、当業者に知られる任意のコドンで、タンパク質またはペプチド配列のアミノ酸をコードする核酸配列によりコードされる配列である。遺伝子コードの冗長性のため、個別のヌクレオチドは、コドンにおいて容易に交換され、さらに同一のアミノ酸配列をもたらし得ることは、当技術分野において既知であることに留意すべきである。当業者により理解されるように、レプリキンアミノ酸配列の同定方法はまた、レプリキンアミノ酸配列をコードする核酸配列の同定方法を包含し、レプリキンアミノ酸配列は、同定された核酸配列によりコードされる。
【０１８１】
本明細書で使用される、「保有宿主」とは、ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の任意の宿主、ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の宿主の任意の食物原、ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の任意のベクター、または任意の物質を含む、ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍と共有され得るレプリキン配列の任意の源であり、ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の遺伝情報は、共有、混在、混合、交換、または保有宿主のレプリキン配列に近接し得る。
【０１８２】
本明細書で使用される「異なる期間」、または「異なる時点」とは、互いに識別され得る任意の２つの期間または時点である。例えば、２００４年に単離されたウイルスの単離株は、２００５年に単離された同一のウイルスの単離株とは異なる期間で単離される。同様に、２００４年５月に単離されたウイルスの単離株は、２００４年６月に単離された同一のウイルスの単離株とは異なる期間で単離される。異なる単離株のレプリキン濃度を比較する場合、比較のためには、匹敵する期間を使用することが好ましい。例えば、２００４年からの単離株は、２００２年または２００５年等の他の年からの少なくとも１つの他の単離株と比較することが好ましい。同様に、２００４年５月の単離株は、ある年のある他の月から、例えば、２００３年１２月または２００４年６月からの単離株の少なくとも１つの単離株と比較することが好ましい。単離株は、自然源から単離された任意のウイルスであり、自然源としては、ウイルスの保有宿主、ウイルスのベクター、またはウイルスの宿主が挙げられるが、これらに限定されない。単離株を「取得する」とは、単離株内でアミノ酸または核酸配列を取得する任意の行動であり、それには、単離株を単離し、単離株のゲノムまたはタンパク質配列の任意の部分を配列するステップ、ＰｕｂＭｅｄ等のデータベースを含む、任意の媒体から単離株の任意の核酸配列またはアミノ酸配列を取得するステップが挙げられるが、これらに限定されず、該核酸配列またはアミノ酸配列は、レプリキン濃度、または時点で自然源から単離されたウイルスのレプリキン濃度を取得するための任意の他の手段に対して分析され得る。
【０１８３】
本明細書で使用される、初期発生のウイルスもしくは生物、または早い時点で単離されたウイルスもしくは生物は、ウイルスもしくは生物の別の標本が自然源から採取された日に先立って、自然源のウイルスもしくは生物から採取されたウイルスもしくは生物の標本である。ウイルスについては、自然源としては、ウイルスの保有宿主、ウイルスのベクター、またはウイルスの宿主が挙げられるが、これらに限定されない。後期発生ウイルスもしくは生物、または遅い時点で単離されたウイルスもしくは生物は、ウイルスもしくは生物の別の標本が自然源から採取された日の後に、自然源のウイルス（保有宿主、ベクター、または宿主が挙げられるが、これらに限定されない）、または自然源の生物から採取されたウイルスもしくは生物の標本である。
【０１８４】
本明細書で使用される「新生株」とは、そのような生物の他の株において、レプリキン濃度と比較して、１つ以上のそのタンパク質配列において、高濃度または増加濃度のレプリキン配列を有するものとして同定されたウイルスの株を意味する。高濃度または増加濃度のレプリキンは、好ましくは、少なくとも約６ヶ月、少なくとも約１年、または少なくとも約３年の期間にわたり生じるが、非常に突然変異が起きやすいウイルスに対しては、さらに短期間であり得る。ウイルスの新生株は、致死性、毒性、または複製の増加を示す。
【０１８５】
本明細書で使用される「鳥」とは、渡り鳥および飼いならされた鳥を含む、任意の鳥類であり、該渡り鳥および飼いならされた鳥としては、例えば、ニワトリ、すべての種類のカモ、ガチョウ、ハト、カモメ、海鳥等が挙げられる。
【０１８６】
本明細書で使用される「大発生」は、同一のウイルス性疾患における感染の早期発生の疫学的パターンのベースラインと比較して、ウイルス性疾患における毒性、罹患数、または死亡数の増加である。当業者は、疫学的ベースラインの決定方法は既知である。本明細書で使用される「罹患数」とは、過去において０症例を上回る、あるいは過去において風土病の症例のベースラインを上回る、ウイルスにより生じる疾患の症例数である。したがって、風土病の症例のベースラインは、疫学的には、例えば、ごく過去において、地理的地域に症例が全く存在しない、または幾つかの症例が存在するか否かに関連し得る。疫学的には、過去は、当業者により理解されるように、１年以上を意味し得、数年以上を意味することができる。過去はまた、当業者により決定されるように、１年未満を意味し得る。年間の再発する一般的なインフルエンザの場合において、例えば、該ベースラインは、一般的なインフルエンザの年間の再発を反映する。
【０１８７】
本明細書で使用される「突然変異」とは、アミノ酸の置換により生じるウイルスまたは生物の構造および特性の変化を意味する。反対に、本明細書で使用される「保存」という用語は、置換の欠失による特定アミノ酸の保存を意味する。「点突然変異」とは、単一アミノ酸残基の変化、または少数のアミノ酸残基の変化を意味し得る。
【０１８８】
本明細書で使用される、ゲノム、タンパク質またはタンパク質フラグメントの「セグメント」または「部分」とは、ゲノム内のいかなる大きさの任意の核酸配列、またはタンパク質またはタンパク質フラグメント内のいかなる大きさの任意のアミノ酸配列をも意味し、核酸配列の末端は、ゲノム内の任意の２つの核酸残基であり得、アミノ酸配列の末端は、タンパク質またはタンパク質フラグメント内の任意の２つのアミノ酸残基であり得る。
【０１８９】
本明細書で使用される「レプリキン数」または「レプリキン濃度」とは、タンパク質、タンパク質フラグメント、ウイルス、または生物における１００アミノ酸あたりのレプリキン数を意味する。低レプリキン濃度の低いウイルスまたは生物の第２の初期発生または後期発生株と比較して、ウイルスまたは生物の第１株におけるレプリキン濃度が高いほど、第１ウイルスまたは生物のさらに急速複製に関連することが分かっている。
【０１９０】
本特許出願に使用される「連続するレプリキン配列」という用語は、重複する、または直接共有結合する、一連の２つ以上のレプリキン配列を意味する。
【０１９１】
本明細書で使用される「レプリキン骨格」とは、一連の保存レプリキンペプチドを意味し、各前記レプリキンペプチド配列は、約１６〜約３４のアミノ酸、好ましくは約２７〜約３３のアミノ酸を含み、さらに（１）末端リシンおよび任意に末端リシンに直接隣接するリシンと、（２）末端ヒスチジンおよび末端ヒスチジンに直接隣接するヒスチジンと、（３）別のリシン残基から６〜１０アミノ酸残基にあるリシン残基と、（４）約６％のリシンとを含む。「レプリキン骨格」はまた、一連のレプリキン骨格の個別要素または複数要素をも意味する。
【０１９２】
インフルエンザウイルスにおいて、レプリキン骨格は、約１６〜約３４アミノ酸残基、好ましい実施形態において、約２８〜約３０アミノ酸残基を含む、レプリキンペプチド配列を意味し得る。白点症候群ウイルスにおいて、レプリキン骨格は、約１６〜約３４アミノ酸残基、さらに好ましい実施形態において、約２９〜約３１アミノ酸残基を含む、レプリキンペプチド配列を意味し得る。タウラ症候群ウイルスにおいて、レプリキン骨格は、約１６〜約３４アミノ酸残基、さらに好ましい実施形態において、約２９〜約３３アミノ酸残基を含む、レプリキンペプチド配列を意味し得る。
Ｉ．レプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン数は、悪性腫瘍インフルエンザおよび他の病原体における毒性および致死性の予測、ならびにそれらの毒性および致死性に関連し、レプリキンピーク遺伝子および関連したレプリキン配列は、診断、治療、および予測的な目的で有用である。
【０１９３】
致死性および毒性に関連したウイルス性レプリキン遺伝子は、本出願人により、ヒトＨ５Ｎ１インフルエンザＡにおいて、最初に、同定され、レプリキンピーク遺伝子を標識化された。レプリキンピーク遺伝子は、次いで、多数の他のウイルス、細菌、および原虫において、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。レプリキンピーク遺伝子は、現在、植物、魚、甲殻類、および脊椎動物の宿主において、致死性と関連づけられている。致死性、毒性、および急速複製との関連のため、レプリキンピーク遺伝子は、現在、広範囲の悪性腫瘍および病原体に対する治療および予防的治療のための優れた標的として、利用可能である。
【０１９４】
急速複製に関連する一連のペプチドである、レプリキン類は、７〜５０アミノ酸長であり、少なくとも２つのリシン基、離れた６〜１０アミノ酸、少なくとも１つのヒスチジン基、および少なくとも６％のリシンを含む。急速複製および毒性とレプリキンとの関連の現象は、米国特許第７，１８９，８００号、米国特許第７，１７６，２７５号、米国出願第１１／３５５，１２０号、米国出願第１０／８６０，０５０号および米国出願第１０／１０５，２３２号に十分に記載されている。レプリキン濃度（１００アミノ酸あたりのレプリキン数）とレプリキン組成物は共に、急速複製の機能的現象と関連している。
【０１９５】
歴史的にレプリキン配列を同定し、計測し、追跡するために構成されるアルゴリズムを使用して、レプリキンは、１３０，４８８のタンパク質およびゲノム配列において分析され、１９１７年〜２００７年に公開され、ＰｕｂＭｅｄ上に報告された、インフルエンザの共通株および幾つかの他の致命的なウイルス単離株のためのすべての登録番号を表す。連続するレプリキンの最高濃度を有するゲノム領域は、単離され、レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）と命名された。
【０１９６】
Ｈ５Ｎ１を含む、致命的なインフルエンザＡ株のためのすべての公的に入手可能なタンパク質およびゲノム配列は、１０，１８２のＲＰＧを明らかにした。ＲＰＧは、１９１７年〜２００７年の致命的なインフルエンザのすべての流行からの単離株に存在することが分かり、同定されたＲＰＧ内の１００アミノ酸あたりのレプリキン配列数（レプリキン数）は、４を上回り、２９まで増加することが一貫して観察された。ヒトにおいて非致命的である、インフルエンザＢウイルスにおける有意な対照において、１９４０年〜２００６年のインフルエンザＢにおけるすべての３７１のＲＰＧ内のレプリキン数は、４を超えたことがないことが分かった。インフルエンザＢウイルスのＲＰＧ内で４を下回るレプリキン数は、致命的なインフルエンザＡ株（２９までのレプリキン数を有する）と対照的である。インフルエンザＡの休止（または非致命的）期間中のＲＰＧのレプリキン数は、４以下であることが、規則的に観察された。
【０１９７】
インフルエンザの非致命的単離株に対する４を下回るレプリキン数は、レプリキン数３２を有することが認められているエボラウイルス等の極めて致命的または毒性ウイルス、レプリキン数４３を有することが認められているブタにおけるブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）、レプリキン数５６を有することが認められているトマトにおけるジェミニイエローリーフカールウイルス、レプリキン数５９を有することが認められている魚におけるウイルス性出血性敗血症ウイルス、レプリキン数１０６を有することが認められているエビにおける白点症候群ウイルスと比較され得る。すべてのこれらのウイルスは、休止期間中、レプリキン数が減少することが認められた。ＲＰＧ内でのレプリキン数の増加はまた、ヒト型結核菌（２８）、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（８１）、熱帯熱マラリア原虫（マラリア）（１５３）、および肺癌（２６１）において認められた。
【０１９８】
ゲノムおよびタンパク質の配列のみにおけるレプリキン数の分析は、１）タウラ症候群ウイルスの４つの株のエビにおけるほぼ同程度の死亡率（実験研究において盲検的にで予測された）と、２）２００７年のヒトにおけるＨ５Ｎ１の死亡率の増加と、３）死亡率の増加が最も有意に発生する国、すなわち、インドネシアをあらかじめ正確に予測した。
【０１９９】
高いレプリキン数に加えて、急速複製、毒性および致命的ウイルスの分析は、レプリキン骨格として知られている、急速複製、毒性および致死性と関連した一連の保存されたレプリキンペプチドを明らかにしている。レプリキン骨格は、インフルエンザウイルス株において認められ、例えば、２９アミノ酸レプリキン骨格は、連続的なインフルエンザウイルス株のゲノムにおいて、９０年間、保存されている。骨格は、１９１８年、１９５７年および１９６８年の致命的なインフルエンザ世界流行それぞれ、および、致命的なＨ５Ｎ１大発生において、それぞれ存在している。ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャー等のシグニチャーの反復は、致命的な悪性腫瘍、ウイルスおよび生物のＲＰＧ内のレプリキン配列において認められている。ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーは、ほとんどのマラリアを引き起こす原虫、熱帯熱マラリア原虫のＲＰＧ内で１１回認められている。ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーは、コショウの木において悪化した細胞死を誘発したタバコモザイクウイルスのＲＰＧ内で２０回認められている。ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーは、非小細胞肺癌の第９染色体において同定された１８アミノ酸ＲＰＧ内で認められた５２レプリキン内で、非小細胞肺癌において、５７回認められている。非小細胞肺癌の１８アミノ酸ＲＰＧ内でＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーのこのような高い数の存在は、シグニチャーの重複により説明される。レプリキン配列の重複およびＫＨＫＫ（配列番号１５８４）等の反復されたシグニチャーは、現在、致死性、毒性および急速複製と関連づけられている。同時に、これらのデータは、レプリキン遺伝子が、致命的な機能と定量的に関連し、株と種との間で転移する致死性の移動動作主であり得ることを示す。
【０２００】
レプリキンが新たな合成により生じ得る、または１つの生物もしくはウイルスから別の生物もしくはウイルス（または双方）に転換されるか否かは、まだ判別されていない。双方に対して幾つかの初期証拠がある。１つの実験において、レプリキン合成および／または転移は、組織培養において増殖する多形性グリア芽腫細胞において、実験室内で促進された。合成および／または転移を促進した事象は、酸素欠乏によって誘発された。酸素欠乏は、レプリキン合成の速度増加を刺激する、あるいは膜損傷は、レプリキン転移を促進する、または双方であるか否かは、まだ判別されていない。
【０２０１】
悪性腫瘍、ウイルス、原生動物、植物、または動物内のレプリキン配列の計数は、遺伝子およびタンパク質配列のデータベースのコンピュータレビューにより支援される。細菌は、光学顕微鏡で、数を数えられるほど十分に離散した、離散エンティティとして見ることができる場合、実在するものとして認められた。同様に、ウイルスは、電子顕微でが、数を数えられるほど十分に離散した、離散エンティティとして見ることができる場合、実在するものとして認められた。同様に、レプリキンは、現在、「コンピュータ顕微鏡」が、数を数えられるほど十分に離散した、離散エンティティとして見ることができるので、実在するものとして認められる。従って、レプリキン数、または任意の所定のゲノムまたはプロテオミクス配列における、１００アミノ酸のレプリキン配列数の決定は、コンピュータ分析による大縮尺上で促進され、レプリキン数の比較は、（全ゲノムおよびレプリキンピーク遺伝子の双方において）致死性を有する増加するレプリキン数を関連付けるために必要な証拠を提供している。
【０２０２】
広範囲のゲノムにおけるレプリキン配列の視覚化および計数は、現在、レプリキン配列が致命的なゲノム、毒性および急速に複製するエンティティを通して散在するのではなく、ゲノムの特定の領域内で濃縮されることが明らかである。ゲノムの特定の領域においてレプリキン配列の濃度は、現在、レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）として同定されている。ＲＰＧ内でレプリキン配列の濃度は、レプリキン数の拡大およびレプリキン配列の存在との開発的な増殖および疾患関連性の拡大を提供する。例えば、図１、３、１６、および１７を参照のこと。本拡大は、より容易に同定および計数しやすくするだけでなく、例えば、２００３年〜２００７年の増加するヒト死亡率とヒトＨ５Ｎ１のＲＰＧのレプリキン数の増加に見られるような、レプリキンの構造史および関数的な関連性の双方の発見を促進する。図４、１６、および１７参照。
【０２０３】
ゲノムの他の部分または全ゲノムからのレプリキン数と比較する、レプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を分析するための拡大効果を図１６および１７において示す。そこで、Ｈ５Ｎ１感染からのヒトの死亡数は、ウイルスのｐＢ１遺伝子領域（ＲＰＧ）内でレプリキン数の増加との相関が強いが、ポリメラーゼ遺伝子またはウイルスの全ゲノムにおけるレプリキン数の増加との相関はあまり強くない。
【０２０４】
視覚およびソフトウェアによる検査を用いて、本出願人は、１３０，４８８のタンパク質および１９１７年〜２００７年に単離され、ＰｕｂＭｅｄにおいてアクセス可能な、インフルエンザ、および他の致命的ウイルスの一般的な株からのゲノム配列を分析した。これらの１３０，４８８の配列におけるレプリキン配列が、同定、計測、および毎年追跡されている。この広範な分析は、植物、魚、甲殻類およびヒト等の脊椎動物を含む、幾つかの宿主において、致死性に定量的に関連することが認められていないレプリキンピーク遺伝子を明らかにした。
ＩＩ．病原性大発生および致命的な悪性腫瘍の予測
【０２０５】
インフルエンザＡ（Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ３Ｎ８、およびＨ５Ｎ１を含む）、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、タバコモザイクウイルス、コロナウイルス、およびＳＡＲＳウイルス等のウイルスの流行および将来の大発生の予測は、例えば、ウイルス株の単離株のレプリキン濃度の再検討、および特定期間のレプリキン濃度と別の期間からのレプリキン濃度との比較により行われ得る。大発生または生物の毒性または致死性の増加の予測はまた、例えば、生物の単離株のレプリキン濃度の再検討、および特定期間のレプリキン濃度と別の期間からのレプリキン濃度との比較により行われ得る。大発生または毒性および致死性の増加を予測し得る生物は、例えば、熱帯熱マラリア原虫、マイコバクテリウムムコゲニカム、および黄色ブドウ球菌を含む。
【０２０６】
期間の違いは、例えば、１ヶ月、６ヶ月、１年、３年またはそれ以上であることができる。好ましくは、期間の違いは、６ヶ月〜３年である。また、好ましくは、期間の違いは、１年である。１年から次の、好ましくは、１年、２年、３年、または５年にわたる、レプリキン濃度の有意な増加は、大発生を開始し得るウイルスまたは生物の新生株の予測値を提供する。ウイルス性または他の病原性の大発生は、レプリキン濃度の有意な増加が観察されてから約６ヶ月〜約１年〜約３年以内に予測され得る。該大発生は、好ましくは、約１年〜約２年以内に予測される。したがって、ウイルスまたは他の病原体の大発生は、図２、３、７、１１、および１９に示されるように、１年〜約２年以内に予測され得、流行は、特定のウイルスおよび生物の測定されたレプリキン数のそれぞれのピークに従い、約１年〜約２年で生じた。
【０２０７】
有意な増加は、１年以上、例えば、３年、４年、５年、またはそれ以上の期間にわたり観察され得る。大発生は、同様に、有意な増加後、レプリキン濃度の観察可能な減少の初期観察から約６ヶ月以内〜約１年またはそれ以上で予測され得る。
【０２０８】
本願を通して認められるレプリキン濃度とウイルスの大発生との相関は、ウイルスまたは他の病原体の単離株のＲＰＧ内でレプリキン濃度の増加または減少を監視することによりウイルスおよび他の病原体の大発生を予測する方法を提供する。同様に、生物の致死性は、悪性腫瘍の同定されたＲＰＧのレプリキン数と、同型の別の悪性腫瘍の同定されたＲＰＧのレプリキン数の比較により予測され得る。
ＩＩＩ．診断および治療におけるレプリキンピーク遺伝子配列
【０２０９】
高いレプリキン濃度およびＲＰＧは、例えば、Ｈ５Ｎ１を含むインフルエンザウイルス株、ＳＡＲＳコロナウイルス、エビのタウラ症候群ウイルス、および白点症候群ウイルス、口蹄疫ウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、およびブタサーコウイルス、特に、非小細胞肺癌等の悪性腫瘍において、急速複製、ウイルスの大発生、流行、罹患数および宿主死亡数に関連することが示されている。一般的に（および特に、ＲＰＧにおいて）、レプリキン配列は、化学的に定義されるため、配列は、生物学的技法よりもむしろ有機化学により合成され得、故に、診断および治療のための他の標的よりも、さらに特異的であり、さらに再生可能であり、さらに信頼できる。本出願人により同定された化学的に定義されたレプリキン配列は、同様に、生物学的に誘導されたワクチンおよび抗体の特性である副作用がない可能性がある。
【０２１０】
これらの実施例に示されるレプリキン技術の診断力に加えて、ウイルスペプチドのこの群の初めての認識、および、それらが、急速複製、ウイルスの大発生、ならびに高い罹患数および死亡数と関連するという発見は、レプリキン、特に、本明細書に図示されるレプリキンピーク遺伝子構造を、治療のための新たに保存された第１の標的、およびこれらのウイルスおよび他のウイルスに対するワクチンすることは明らかである。
【０２１１】
レプリキンピーク遺伝子の存在は、様々な種における毒性の増加、およびヒトのインフルエンザウイルス、マラリア、および肺癌、およびブタのＰＲＲＳＶおよびブタサーコウイルスにおける、死亡数の増加と相関性がある。毒性および死亡率の増加は、レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）と相関があり得るため、ＲＰＧの部分またはフラグメントは、ワクチン、抗体、または他の遮断剤による治療のための好ましい標的として利用可能である。遺伝子内のレプリキンは、ウイルスおよび他の病原体の毒性株の同定、ならびにウイルスおよび他の病原体の大発生の予測のためのさらに好ましい標的である。
ＩＶ．免疫原性化合物、ワクチン、抗体、および遮断剤
【０２１２】
ウイルス性および生物の病原菌のタンパク質における特定レプリキンおよびその濃度および悪性腫瘍を観察することにより、大発生に関する第１の特異的な定量的初期化学相関が提供され、特異的に調整されたワクチンを産生して適時投与することにより、世界の特定地域において流行しているウイルスの出現株または再出現株に治療を提供する。レプリキンの存在、濃度および／または保存のためのウイルスの単離株のタンパク質配列を分析することにより、ウイルスの大発生および流行を予測することができ、治療を開発することができる。さらに、そのような大発生の重度は、本明細書に同定されたレプリキン配列、または本明細書に提供された方法を使用して、または最も豊富にあることが認められたレプリキン配列、または、例えば、約１〜約３年間等の所定の期間にわたってウイルス単離株中で上昇傾向にある、レプリキン配列に基づいたペプチド免疫原性化合物もしくはワクチンを投与することにより、著しく低減できる。
【０２１３】
ＳＡＲＳレプリキン配列およびＨ５Ｎ１インフルエンザウイルスレプリキン骨格に対するワクチン製品は、本出願人により示されている。例えば、２００６年２月１６日出願の米国出願第１１／３５５，１２０号（実施例６および７）を参照。それは、参照により本明細書に組み込まれる。同様に、エビの飼料源に添加されたレプリキン配列は、タウラ症候群ウイルスを有する誘発試験への測定可能な耐性を有する。実施例１９を参照のこと。現在までに、ウサギまたはニワトリにおいて試験されたすべてのレプリキン配列は、免疫反応を誘発し、グリオーマレプリキン配列（配列番号３６５８）は、免疫反応を誘発し、ヒトにおける、天然抗体反応と反応するペプチドにおいて、同定および合成されている。米国特許第６，６３８，５０５号を参照のこと。
【０２１４】
本発明の免疫原性化合物またはペプチドワクチンは、単一レプリキンペプチド配列を含み得る、または特定ウイルス株において観察された複数のレプリキン配列を含み得る。好ましくは、該ペプチドワクチンは、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子内で単離されたレプリキン配列である。さらに、ペプチドワクチンは、所定の期間にわたって濃度の増加が見られ、少なくともその期間は保存されるレプリキン配列に基づき得る。ワクチンはまた、新規のレプリキンペプチドと併せて保存レプリキンペプチドを含み得、または新規のレプリキンペプチド配列に基づき得る。レプリキンペプチドは、化学合成または組み換え遺伝子技術を含む任意の方法で合成することができ、レプリキン配列、レプリキンピーク遺伝子、またはレプリキンピーク遺伝子内で同定されたレプリキン配列のみを含むペプチドに基づくワクチンが好ましいが、非レプリキン配列を含み得る。好ましくは、本発明のワクチン組成物は、薬剤として許容される担体および／またはアジュバントを含有する。
【０２１５】
本発明の免疫原性化合物およびワクチンは、単独で、またはガンシクロビル、インターフェロン、インターロイキン、アマンタジン、リマンタジン等のＭ２阻害剤、ザナミビルおよびオセルタミビル等のノイラミニダーゼ阻害剤等の抗ウイルス薬と併用して、および抗ウイルス薬の組み合わせとともに投与することができる。
【０２１６】
本発明のワクチンは、免疫反応において抗体を産生できる任意の動物に投与され得る。例えば、本発明のワクチンは、ウサギ、ニワトリ、ブタ、またはヒトに投与され得る。レプリキン配列の普遍的な性質のため、本発明のワクチンは、一連のウイルス株または特定のウイルス株を対象とし得る。
Ｖ．世界流行および致命的な大発生と相関するインフルエンザＡ株のｐＢ１領域のレプリキンピーク遺伝子における増加するレプリキン数
【０２１７】
本出願人は、ゲノムの他のセグメントまたは指定された遺伝子と比較して、発現遺伝子または遺伝子セグメントが最高濃度の連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列（１００アミノ酸あたりのレプリキン配列数）を有するゲノムのセグメント、タンパク質、タンパク質またはタンパク質フラグメントのセグメントとして、レプリキンピーク遺伝子を同定した。同様に、本発明者は、最高濃度の連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列（１００アミノ酸あたりのレプリキン配列数）を含有する遺伝子領域もしくはタンパク質またはタンパク質フラグメントをレプリキンピーク遺伝子として同定した。
【０２１８】
インフルエンザＡ株のｐＢ１遺伝子領域内で同定されたレプリキンピーク遺伝子における増大したレプリキン数は、現在、本出願人により、インフルエンザの世界流行および致命的な大発生と相関されている。これらの発見は、タンパク質におけるレプリキンペプチドの濃度の量的測定が毒性、罹患数、死亡数、１００アミノ酸あたりのレプリキンペプチド濃度、悪性腫瘍における流行および世界流行、ならびに生物およびウイルス性感染との相関を可能にするという、本出願人の発見に対応する。悪性腫瘍のＲＰＧ内の増加したレプリキン数と病原体との相関は、例えば、ヒト世界流行インフルエンザウイルス、Ｈ５Ｎ１（「鳥インフルエンザ」）インフルエンザウイルス、白点症候群ウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、ウマインフルエンザウイルス、タバコモザイクウイルス、マラリア、および非小細胞肺悪性腫瘍等において、本出願人により確立されている。これらの病原体および悪性腫瘍におけるレプリキン数の増加は、増加した致死性または毒性の予測、および到来する感染の大発生の予測を可能にする。
Ａ．致命的な大発生と関連するＨ５Ｎ１におけるレプリキンピーク遺伝子
【０２１９】
本出願人は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株のゲノムのｐＢ１遺伝子領域内でレプリキンピーク遺伝子（例えば、配列番号１６８４）を最初に同定し、同定されたレプリキンピーク遺伝子において、レプリキン数の増加と相関性があるウイルスからの感染におけるＨ５Ｎ１ウイルスおよび致死性の流行を観察した。図１は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株のゲノムにおける、レプリキンピーク遺伝子として、ｐＢ１遺伝子領域の局在性を示す。図１のデータを表１に含有する。Ｈ５Ｎ１ゲノム内で同定された８つのゲノム領域は、ヌクレオカプシド、マトリクス、ｐＢ２、ノイラミニダーゼ、ｐＡ、ＮＳ、血球凝集素、およびｐＢ１遺伝子領域である。図１のグラフは、レプリキン配列がＨ５Ｎ１ウイルスゲノムのｐＢ１遺伝子領域内で最も濃縮されることが明らかになったことを示す。本発明者がｐＢ１遺伝子領域内でレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）を同定した際、ＲＰＧ内でのレプリキン数の増加がウイルス感染における致死性の増加と相関性があることを発見した。したがって、平均レプリキン数の有意な増加および平均レプリキン数からの標準偏差が観察された２００５年および２００６年に、Ｈ５Ｎ１内のＲＰＧの「上方調節」が観察され、この上方調節は、増大した致死性および毒性と相関性があった。
【０２２０】
表１は、２００３年〜２００６年のＨ５Ｎ１の単離株における８つの遺伝子領域のそれぞれに対して、ＰｕｂＭｅｄで公的に入手可能な配列に対する平均レプリキン数および平均からの標準偏差を提供する。所定の年に対して利用可能なデータがない場合には、その年は、表に含まない。
【表１】
2011516027.tif 000002
【表２】
2011516027.tif 000003
【表３】
2011516027.tif 000004
【表４】
2011516027.tif 000005
【表５】
2011516027.tif 000006
【表６】
2011516027.tif 000007
【０２２１】
ｐＢ１領域に隣接したゲノムの領域内に存在するレプリキン配列数の分析は、２００３年〜２００６年で、ｐＢ１領域内でレプリキン数の８倍の増加（ｐ＜０．００１）と比較して、ゲノムの７つの他の領域内でレプリキン数の２倍以下の増加を示した。ｐＢ１領域内で上方調節されたＲＰＧの局在性の特異性は、ｐＢ１が一部であるポリメラーゼ遺伝子領域の他の部分、すなわち、遺伝子領域がｐＢ１に直接隣接するにもかかわらず、ｐＢ２およびｐＡ遺伝子領域は、レプリキン数の同一量の増加を有さないという事実により明確に示される。
【０２２２】
図において、平均の標準偏差は、通常の「Ｔ」シンボルによってではなく、平均の上に薄いグレーの列において示され、レプリキン数に関して様々な拡大ウイルス集団を強調する。レプリキン数が集団において増加する際、多様なレプリキン数は、ウイルスの致死性および毒性が増加する際、観察され得る。したがって、ウイルス集団内の増加する標準偏差は、それ自身、ウイルス大発生の指標である。ここにある図１および続く図において、平均レプリキン数からの小さな標準偏差は、ウイルスの休止間流行期間を伴って見られる。
【０２２３】
実施例１〜３を、ＰｕｂＭｅｄでの登録番号において公的に入手可能な配列内のレプリキンピーク遺伝子の分析の実施例として、下記に示す。実施例２および３は、いかにレプリキンピーク遺伝子の同定が単離株内でレプリキン数の増加の効果の拡大を可能にし、増加が毒性および致死性の増加と相関性があり得、予測し得ることを示す。例えば、実施例２は、香港からのＨ５Ｎ１の２００３年の単離株（配列番号１６８３）に全ｐＢ１遺伝子領域でレプリキン数２．０およびＲＰＧレプリキン数１４．６を提供する。実施例３は、インドネシアからの２００６年の単離株に全ｐＢ１遺伝子領域でレプリキン数１７．８およびＲＰＧレプリキン数２２．５を提供する。インドネシアは、２００７年に、ヒトからヒトへの転移の証拠を伴う、Ｈ５Ｎ１の極めて致命的な大発生を経験した。２００６年のインドネシアからの単離株内の高いレプリキン数は、本発明者に致命的なインドネシアの大発生をあらかじめ予測することを可能にした。
【０２２４】
２００６年のインドネシア単離株からの全ゲノムのレプリキン数は、２００３年の香港単離株と比較して、有意な増加を示す。レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）領域、すなわち、１００アミノ酸あたり連続するレプリキンの最高濃度（数）を示すゲノムの領域の単離は、効果を拡大する。この理由のため、全ゲノム数を、レプリキン数の増加の第１の概算、およびさらに詳細な特異遺伝子領域またはオープン・リーディング・フレームデータが利用可能でない場合において使用される。しかしながら、利用可能である場合、ＲＰＧが、さらに決定的な「高性能の」試験に対して使用される。これを図１〜４に示す。
Ｂ．世界流行および致死性と関連するインフルエンザＡのＲＰＧ内で増加するレプリキン数
【０２２５】
本発明者は、現在、世界流行、流行、およびインフルエンザの致命的な大発生と、インフルエンザＡウイルスのＲＰＧ内でレプリキン数の増加を関連付けている。図２は、１９１８年以来のそれぞれのインフルエンザＡ世界流行および大発生の前およびそれに付随するレプリキン数の増加、ならびに非致命的インフルエンザＢにおける、インフルエンザＡ感染の休止期間中および継続中の低レプリキン数を示す。グラフは、ＰｕｂＭｅｄで公的に入手可能なアミノ酸または核酸配列を有するインフルエンザ株のｐＢ１遺伝子領域内で、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離されたすべてのレプリキンピーク遺伝子のための１９１７年〜２００７年の間、毎年、レプリキン数を提供する。データを分析した配列の総数は、１４，２２７である。それぞれのコンピュータでの（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）インフルエンザ単離株のレプリキン数は、コンピュータソフトウェア（マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ  ＬＬＣから市販のＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標））により、それぞれの種に対し経時的に、別々かつ客観的に得られた。ソフトウェアは、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能な配列の問い合わせを行った。ソフトウェアは、公的に入手可能な配列において、１００アミノ酸あたりのレプリキン数を単に測定し、所定の年でインフルエンザの所定の株において入手可能なすべての単離株に対して、平均からの標準偏差を伴う平均レプリキン数を提供する。
【０２２６】
９０年間にわたり、図２のグラフは、それぞれのインフルエンザＡの世界流行および大発生、すなわち、１９１８年のＨ１Ｎ１世界流行、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２世界流行、１９６８年のＨ３Ｎ１世界流行、１９７７年〜７８年のＨ３Ｎ２大発生、および１９９７年、２００１年〜２００４年、および２００７年のＨ５Ｎ１の大発生前およびそれに付随するレプリキン数の増加を示す。図２において、ｐ値＜０．００１は、一方の、世界流行と流行群、および他方の、臨床的な休止期間の間の差異の有意性を裏付ける。
【０２２７】
同じ９０年間にわたり、一定の４未満の低レプリキン数は、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２を含む、インフルエンザＡのすべて３つの世界流行株における流行大発生間の休止（非致命的）期間中、観察され得、４未満の低レプリキン数はまた、相対的に休止期間において、ヒトＨ５Ｎ１およびトリＨ５Ｎ１において観察され得る。低レプリキン数は、同様に、観察の全期間中、非致命的インフルエンザＢに観察され得る。特に、インフルエンザＢにおいて５を上回るレプリキン数の増加がないことは、任意の観察された致命的流行がないことに対応する。したがって、観察期間中、インフルエンザＢは、常に、非致命的である。非致命的インフルエンザＢにおける５以上のレプリキン数のこの欠失は、致死性の関連要因として、レプリキン数の試験のために重要な対照を提供する。インフルエンザＡにおいて、レプリキン数の増加は、致死性の増加を示し、レプリキン数の減少は、致死性の減少を示す。
【０２２８】
１９４０年〜２００７年のインフルエンザＢウイルスの単離株に対する公的に入手可能な配列の分析を下表２に提供する。データが入手できなかった年は、表に含まれない。
【表７】
2011516027.tif 000008
【表８】
2011516027.tif 000009
【０２２９】
非致命的なインフルエンザＢにおけるレプリキン数は、著しく一定のままであるが、インフルエンザＡにおけるレプリキン数は、大発生、流行、および世界流行との相関性がある有意な変動を示す。例えば、図２のＲＰＧの平均レプリキン数は、それらの３つの世界流行において認められた死亡率に対する概算規模において、１９５７年（Ｈ２Ｎ２）および１９６８年（Ｈ３Ｎ２）世界流行よりも１９１８年（Ｈ１Ｎ１）世界流行がより大きいことが認められ得る。１９１８年世界流行は、米国で６７５，０００人の死者、および世界的に５０００万人の死者をもたらしたと考えられる。１９１７年のレプリキン数１９は、図２において認められ得る。１９５７年世界流行は、米国で７０，０００人の死者、および世界的に１００万〜２００万人の死者をもたらしたと考えられる。標準偏差４．９を伴う、１９５７年のレプリキン数４は、図２において認められ得る。１９６８年世界流行は、米国で３４，０００人の死者、および世界的に７００，０００人の死者をもたらしたと考えられる。標準偏差８を伴う、１９６８年のレプリキン数７．２は、図２において認められ得る。
【０２３０】
１９９０年〜２００７年の他のインフルエンザＡ株に対するＨ５Ｎ１の優勢度はまた、図２において明らかである。平均レプリキン数のこの優勢は、その期間中、鳥における世界的に高い致死性、１９９７年、２００１年〜２００４年のヒト致死性をもたらした大発生、連続する致死性、および２００７年のヒトからヒトへの伝染の可能性に反映される。２００４年〜２００７年のヒトＨ５Ｎ１に対する計数は、増加し、１９１８年のＨ１Ｎ１世界流行の平均レプリキン数のレベルに近づく。トリＨ５Ｎ１におけるＲＰＧの平均レプリキン数はまた、この期間、より低い程度の増加が認められ、２００７年の減少が認められた。すべての株に対する平均の標準偏差（ＳＤ）は、平均レプリキン数に対する列の上部に、キャップを伴う薄いグレーの列に示し、拡大ウイルス集団のＲＰＧ内で広範なレプリキン数の分布を強調する。レプリキン数のこの広範な分布は、ウイルスの流行と関連する急速複製中、レプリキン数の分布において急速な変化を示す。休止期間中、標準偏差は、平均の約１０％以下であることが認められる。反対に、大発生が発現する場合、標準偏差は、平均の５０％、あるいは平均より大きくなることが認められる（同一の現象は、Ｈ３Ｎ８馬脳炎に対して図７に認められる）。２００５年、２００６年、および２００７年のヒトＨ５Ｎ１における平均レプリキン数のデータは、現行の流行が終わっていないこと示唆する。例えば、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、およびＨ３Ｎ２世界流行のそれぞれにおいて、大発生が終わる前に、レプリキン数に減少が認められ得る。流行が終わる前のこの減少はまた、２００３年のＳＡＲＳ流行にも見られた。図９を参照のこと。したがって、認められた平均レプリキン数は、Ｈ５Ｎ１の減少がまだ始まっていないため、現行の流行は、継続することが期待される。
【０２３１】
図３は、１９３０年〜２００７年のインフルエンザウイルスの連続「新生」株を示す。インフルエンザの様々な株の分離株の１年あたりの平均レプリキン数をポリメラーゼ領域（円印）、ｐＢ１領域（三角印）、およびｐＢ１−Ｆ２領域（四角印）で提供する。Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２に対するデータは、２００７年まで継続する。ギャップは、ＰｕｂＭｅｄ上でこれらのゲノム領域に対して利用可能なデータがなかった年を示す。
【０２３２】
レプリキン数の劇的な増加は、１９３０年代の初期のＨ１Ｎ１のリバウンド流行、１９５７年および１９６８年に、それぞれ生じた、Ｈ２Ｎ２およびＨ２Ｎ３の世界流行における流行する直前、１９９７年〜２００７年のＨ５Ｎ１の大発生に認められ得る。レプリキン数の最大の増加は、ゲノムのｐＢ１−Ｆ２領域内で認められる。ｐＢ１−Ｆ２領域は、ゲノムのｐＢ１領域内に含まれ、同定されたＲＰＧ（例えば、配列番号１７２３）を含有する。レプリキン数の２番目に大きな増加は、ゲノムのｐＢ１領域内で認められ得る。ｐＢ１領域は、ゲノムのポリメラーゼ領域内に含まれる。レプリキン数の最小増加は、ゲノムのポリメラーゼ領域内で認められ得る。したがって、レプリキン数は、ポリメラーゼ領域と比較してｐＢ１領域内で、およびｐＢ１領域と比較してｐＢ１−Ｆ２領域内で測定される場合、拡大することが認められ得る。
【０２３３】
図２と同じように、図３は、株の休止期間中、レプリキン数の不変性、および特異株の大発生より１年前、またはそれと同時に、レプリキンピーク遺伝子レプリキン数の顕著な増加を示す。図２および３は、レプリキン数の増加も大発生も、同時に、１つ以上のインフルエンザ株に生じないことを示す。図は、Ｈ２Ｎ２の「下降」と同時に生じる、１９６８年のＨ３Ｎ２の「上昇」をさらに示す。
Ｃ．ヒト死亡率と直接相関するＨ５Ｎ１のＲＰＧ内のレプリキン数
【０２３４】
本発明者は、ここで、Ｈ５Ｎ１インフルエンザウイルスのＲＰＧ（例えば、配列番号１６８４）内で増加するレプリキン数がヒト死亡率と直接相関し得ることを示した。図４は、Ｈ５Ｎ１感染のヒト症例における２００３年〜２００７年のヒト死亡率と、ヒトＨ５Ｎ１におけるレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数の関係を示す。Ｈ５Ｎ１のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数の増加は、宿主において、より高い死亡率と定量的に関連することが認められる。ヒトＨ５Ｎ１におけるレプリキンピーク遺伝子は、ｐＢ１遺伝子領域であり、それは、Ｈ５Ｎ１ゲノムの公的に入手可能な配列において連続レプリキン配列の最高濃度を有する。
【０２３５】
所定の年で全ウイルスの平均レプリキン数を、（ウイルスのレプリキンピーク遺伝子領域として同定される）ｐＢ１遺伝子領域における、平均レプリキン数と比較する場合、レプリキン数の拡大は、図４に認められ得る。例えば、全ゲノムにおける年間平均レプリキン数は、２００５年から２００７年で３３％増加するが、レプリキンピーク遺伝子（ｐＢ１遺伝子領域）の年間平均レプリキン数は、２００３年から２００７年で９倍増加し、統計ｐ値は０．００１未満である、２００５年〜２００７年で２２２％増加した。ヒトＨ５Ｎ１の症例の年間死亡率は、２００５年から２００７年で約１００％増加した。２００７年のデータは、幾つかの国によりデータの差し控えのため、残念なことに少量であるが、全ゲノムのレプリキン数またはＲＰＧのレプリキン数の減少を示さない。レプリキン数の著しい減少は、典型的に、流行または流行の終端の前兆となる。例えば、図９のＳＡＲＳコロナウイルスのデータを参照のこと。このような減少は、まだ認められていない。
【０２３６】
同様に、図１６および１７は、Ｈ５Ｎ１のＲＰＧ内で増加するレプリキン数は、Ｈ５Ｎ１ゲノムの他の部分において、増加するレプリキン数よりも所定の年で、致死性とさらに相関性が強いことを示す。図１６および１７のデータを下表３に含有する。
【表９】
2011516027.tif 000010
【０２３７】
図１６において、相関関係は、ヒト死亡率と、（１）全ゲノムにおけるレプリキン配列の平均濃度、（２）ポリメラーゼ遺伝子におけるレプリキン配列の平均濃度、および（３）Ｈ５Ｎ１インフルエンザ株のレプリキンピーク遺伝子（ｐＢ１遺伝子領域）におけるレプリキン配列の平均濃度との間で認められた。レプリキン濃度がこれらの３つの測定により増加する際、ヒト死亡率は、増加することが認められた。しかしながら、すべて３つの測定は、ヒト死亡率との相関性を提供するが、ポリメラーゼ遺伝子内のレプリキン数の変化は、ヒト死亡率とさらに著しく相関性があり、Ｈ５Ｎ１ゲノムのレプリキンピーク遺伝子（ｐＢ１遺伝子領域）内のレプリキン数の変化は、ヒト死亡率とさらになお有意な相関性がある。したがって、図１６は、ウイルス性ゲノム内でレプリキンピーク遺伝子の同定は、レプリキン濃度データを使用して、毒性および毒性の機序をの同定および予測を改善することを示唆する。
【０２３８】
図１７は、Ｈ５Ｎ１の単離株のｐＢ１遺伝子領域（レプリキンピーク遺伝子）内のレプリキン濃度の有意な８倍の増加を示すが、ｐＢ１遺伝子領域の隣接遺伝子領域、すなわち、ｐＡ遺伝子領域およびｐＢ２遺伝子領域において、有意な増加は認められないことを示す。図１７は、Ｈ５Ｎ１インフルエンザウイルスの単離株のヒト死亡率とレプリキンピーク遺伝子（ｐＢ１遺伝子領域）との間の有意な相関関係を示す。ｐＢ１遺伝子領域の隣接遺伝子領域、すなわち、ｐＢ２遺伝子領域およびｐＡ遺伝子領域において、相関関係は認められない。死亡率に関連するレプリキン濃度の増加の相関的態様に加えて、図１７は、レプリキン濃度の変化を監視することにより、ウイルスの毒性および大発生の変化を予測する手法の力および妥当性の強い確認を提供する。
【０２３９】
表３は、２００５年〜２００７年のＨ５Ｎ１感染に対する死亡率データを提供し、初期死亡率データを含まない。２００５年よりも前の死亡率データは、２００５年よりも前のデータに一貫性がないため、表３には含まれず、実際より少ない報告により生じるエラーを含むエラーを含有することを当業者により理解される。確認されたＨ５Ｎ１感染により生じたヒトの死亡が認められたと初めて一般的に合意された時期は、１９９７年〜１９９８年の香港においてであった（しかしながら、Ｈ５Ｎ１が初めて報告された１９５９年から１９９７年に恐らく死亡があったため、恐らく正しくない）。１９９７年に引用された通常の図は、３０のヒト症例、約２７％の死亡率を伴う８名の死亡である。報告されなかった症例数（罹患数）および死亡した数（死亡数）は不明だが、有意であることが疑がわれる。これらのエラーは、通常、医療があまり構造化されず、科学的でなく、該報告は不完全である地域において高い。１９９８年〜２００２年の報道は少なく、散在し、一致していなかった。２００５年〜２００７年の死亡データは、さらに一貫性があると考えられ、高レベルの信頼性を有する。したがって、表３は、これらの年からのデータを含有する。
Ｄ．ＲＰＧ内のレプリキン数は、大発生の宿主致死性および地理的な位置を正しく同定する
【０２４０】
本発明者は、ここで、レプリキンピーク遺伝子内のレプリキン数が、宿主および地域によるＨ５Ｎ１インフルエンザ等の病原体の大発生の予測、および同定方法を提供することを示した。図５は、特定の宿主において、大発生を確認するための予測能力を示し、図６は、特定の地域において、大発生の致死性を確認するための予測能力を示す。図５および６のデータは下の表４に含められる。
【表１０】
2011516027.tif 000011
【０２４１】
特定の宿主における病原体内で増加するレプリキン数は、病原体の大発生の可能性の増加を予測する。例えば、図５は、ガチョウ、カモ、およびニワトリにおけるＨ５Ｎ１と比較して、ヒトにおけるヒトＨ５Ｎ１の２００５年〜２００７年の上方調節を示す。レプリキン分析は、それぞれの宿主群、すなわち、ガチョウ、カモ、ニワトリ、およびヒトのＨ５Ｎ１レプリキンピーク遺伝子に対して、別々に行われた。４を下回る、低レベルのレプリキン数が、流行がアジアの国々で増加した２００５年〜２００６年まで、それぞれの宿主群において認められた。カモＨ５Ｎ１は、２００６年に減少したが、レプリキン数は、２００６年にトリＨ５Ｎ１で増加し続けた。ヒトＲＰＧ活性は、２００５年〜２００６年で上方調節され、ニワトリにおけるＲＰＧ活性を上回った。カモからニワトリへ、さらにヒトへのレプリキン数増加の推移は、宿主間のウイルスのほぼ同程度の転移の疫学的証拠に一致している。図５のＨ５Ｎ１単離株のレプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン数の変化は、インフルエンザウイルス株が他の宿主よりもさらに発病率がある、これらの宿主の同定を可能にする。
【０２４２】
特定の地域の病原体内で増加するレプリキン数は、同定された地理的領域内で病原体の致死性の増加を予測する。例えば、図６は、所定の年に単離した異なる地理的領域からのヒトＨ５Ｎ１単離株における平均レプリキン数を測定することにより最高死亡率を有するヒトＨ５Ｎ１単離株の局在性を示す。レプリキン分析は、それぞれの国のヒトＨ５Ｎ１  ＲＰＧに対して別々に行われた。結果は、２００３年〜２００６年の各年で、ＰｕｂＭｅｄ上で利用可能なすべてのデータに対するレプリキン数を示す。４を下回る、低レベルのレプリキン数が、ヒトＨ５Ｎ１がアジアの国々で増加した２００５年〜２００６年まで、それぞれの宿主群において認められた。ヒトＲＰＧ活性は、２００５年〜２００６年に、インドネシアで最も著しく上方調整された。このデータを使用して、本出願人は、インドネシアが増加するヒト死亡数を初めて経験した可能性が最も高い国であることを予測した。該予測は、２００７年に、インドネシアの流行において、ヒト罹患および死亡の発生率が異常に高く、ヒトからヒトへ感染する可能性の証拠が認められた時、正しいことが証明された。図６にあるようなＨ５Ｎ１単離株のレプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン数の変化は、インフルエンザウイルス株が、他の地域よりもさらに発病率がある、それらの地理的領域の同定を可能にする。
Ｅ．大発生の予測としてのレプリキンピーク遺伝子
【０２４３】
毒性をもたらすレプリキン濃度の変化に対するさらに有意な遺伝子領域としてのｐＢ１レプリキンピーク遺伝子の同定は、Ｈ５Ｎ１のｐＢ１遺伝子領域内で示されるように、ウマインフルエンザにおいて同一の現象を反映する。図７を参照し、図２および３を比較のこと。図７は、多年にわたるレプリキン数の変化の周期性をさらに示す。これらの周期は、１９１８年からそれらの認められた前述のものと類似する。図２および３、ならびに米国特許第７，１８９，８００号を参照のこと（表３〜６）。毒性インフルエンザ単離株におけるレプリキン数の増加は、一般的に２〜５の範囲であり、すなわち、上述の他のインフルエンザ単離株の２倍〜３倍であることは、注目すべき点である。しかしながら、毒性単離株のレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン数は、２〜２０の範囲、すなわち、濃度の１０倍の変化であることが認められている。この拡大は、ウイルスゲノムの他の部分を通して均一な分布よりもむしろ、レプリキンピーク遺伝子内のレプリキン濃度に関して道理にかなう。
Ｆ．ｐＢ１領域のレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン濃度はウマインフルエンザ流行と相関性を有する
【０２４４】
他のインフルエンザ株と同様に、ウマインフルエンザウイルス（ＥＩＶ）におけるレプリキン濃度の増加は、同様に、ウイルスの毒性の増加を予測することを示し、到来する大発生、または罹患数、極端な場合には、死亡数の増加の予測を可能にする。ゲノムもしくはゲノムセグメントにおいて、または経時的に、もしくは単離株間のウイルスのタンパク質もしくはタンパク質フラグメントにおいて、レプリキン数の増加を示す、ＥＩＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列の再検討は、ウマ、ロバ、ラバ、および他の影響を受けた動物における、大発生および罹患数の増加の予測として使用される。ＰｕｂＭｅｄ、または他の公的もしくは私的源からのＥＩＶの単離株に対して公的に入手可能な配列を、手動で、またはＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）検索ツール（マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣ）を使用して分析することができる。
【０２４５】
本出願人は、ＥＩＶにおけるｐＢ１遺伝子領域（ＲＰＧ）のレプリキン数と流行をもたらすウイルスの毒性の増加との間の相関関係を確立した。本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号を有するＥＩＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列を再検討し、大発生の増加に関連し、予測するウイルスのゲノムのｐＢ１遺伝子領域のレプリキンピーク遺伝子において、レプリキン濃度の増加を確認した。
【０２４６】
本出願人の初期分析は、ｐＢ１、ｐＢ２、およびｐＡタンパク質の遺伝子領域に対する公的に入手可能な配列を分析し、それぞれの遺伝子領域内で連続レプリキン配列の最高濃度を有するタンパク質セグメントを同定することにより、インフルエンザウイルスのＨ３Ｎ８株のｐＢ１、ｐＢ２、およびｐＡタンパク質の公的に入手可能な配列内でレプリキンピーク遺伝子を決定した。
【０２４７】
その後、本出願人は、１９７７年〜２００７年の公的に入手可能な配列情報を有する各年において、単離株に対するそれぞれ３つの遺伝子領域のための同定されたレプリキンピーク遺伝子内の平均レプリキン濃度を比較した。本出願人は、１９７７年〜２００７年のＨ３Ｎ８のためのすべての公的に入手可能な全ゲノム配列をさらに分析した。
【０２４８】
図７は、１９７７年〜２００７年のウマインフルエンザのｐＢ１、ｐＢ２、およびｐＡゲノム領域内で同定されたレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と、Ｈ３Ｎ８ウマインフルエンザにより引き起こされた馬脳炎の流行の関係を示す。ｐＢ１遺伝子領域内のレプリキン数の増加は、流行が流行する１年から３年前に生じることが認められる一方、レプリキン数の増加は、ｐＢ２およびｐＡ遺伝子領域内で認められない。平均の標準偏差は、再度、（影をつけない列として）別々に示し、最大のレプリキン数の上昇の前により高いレプリキン数を有する、幾つかの個々のウイルスの増加に続く、ウイルスの大発生に注目する。
【０２４９】
Ｈ３Ｎ８ゲノムにおいてｐＢ１領域に直接隣接するｐＡおよびｐＢ２ゲノム領域のＲＰＧのレプリキン数は、５を下回ったままであり、ｐＢ１領域のＲＰＧのレプリキン数の範囲まで増大しない。これらのｐＢ１領域の認められた増加およびｐＢ２およびｐＡ領域の増加の欠失は、図１に表されるＨ５Ｎ１インフルエンザにおけるデータと直接一致している。
【０２５０】
Ｈ３Ｎ８のＲＰＧ内のレプリキン数の範囲は、他のインフルエンザＡ種におけるレプリキン数の範囲に類似していることが認められ得る。例えば、図２を参照のこと。さらに、休止期間中、Ｈ３Ｎ８のレプリキン数は、すべての観察時間でインフルエンザＢにおけるレプリキン数に匹敵し、休止期間中、すなわち、致命的な大発生と次の致命的な大発生の間、他のインフルエンザ種に匹敵する。また、流行中、Ｈ３Ｎ８のレプリキン数は、インフルエンザＡにおける流行前に達した発生レベルに匹敵する。例えば、図２を参照のこと。
【０２５１】
図７のデータを下表４Ａに提供し、ｐＢ１遺伝子領域の同定されたレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）の公的に入手可能なペプチド配列の毎年の平均レプリキン濃度（標準偏差を伴う）、ｐＡ遺伝子領域の同定されたレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）の公的に入手可能なペプチド配列の毎年の平均レプリキン濃度、ｐＢ２遺伝子領域の同定されたレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）の公的に入手可能なペプチド配列の毎年の平均レプリキン濃度を提供する。
【表１１】
2011516027.tif 000012
【０２５２】
図７において、シリーズ１は、ゲノムのｐＢ１領域内のレプリキンピーク遺伝子において同定された平均レプリキン濃度を表す。シリーズ２は、ｐＢ１遺伝子領域内の平均レプリキン濃度からの標準偏差を表す。それぞれの組の第１の列の大標準偏差は、標準偏差として顕著であり、次いで、平均レプリキン濃度が増加する際、下落する。レプリキンピーク遺伝子ｐＢ１領域内で標準偏差のこの増加は、より高いレプリキン濃度を有するウイルスのさらなる毒性株が存在すると、恐らく、ウイルス集団において不均一性を表す。より高い標準偏差は、幾つかの要素が比較的に休眠状態である一方、増加する数は、急速に複製している、さらなる様々なウイルス集団を示唆する。「ビルドアップ」は、流行する前に増加する際、さらなる要素がますます急速に複製するため、平均レプリキン濃度を上昇する。反対に、上の表４Ａに見られるように、ｐＡおよびｐＢ２等の隣接ゲノム領域内におけるレプリキン濃度の安定性は、レプリキン濃度の定量的測定値の再現性と、休眠状態の領域内におけるレプリキン濃度の多年にわたる不変性と、ｐＢ１領域内における増加の高度の特異性とを示す。標準偏差は、より多くの毒性株が、流行期に入り、より少ない毒性株（低レプリキン濃度を有する）の競争力がさらに低くなり、宿主集団における単離株のパーセンテージとして存在することが少なくなると、下落する。本発明者の認識する限りでは、このような特に特異的なウイルス構造の変化は、宿主における結果との相関性があることは、認められていない。
【０２５３】
特に、図７のシリーズ３は、ｐＢ１遺伝子領域に隣接する、ゲノムのｐＡ遺伝子領域内のレプリキンピーク遺伝子において同定されたレプリキン濃度を表す。ｐＡ遺伝子領域内のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン濃度は、分析された年を通して非常に一定であることが認められ、５を上回ることはない。この不変性は、ｐＢ１遺伝子領域内で認められるレプリキン濃度の広範な変化とは大いに異なる。これらの対照データは、ｐＢ１遺伝子領域内でウイルスの本単離株に対して最も有意なレプリキンピーク遺伝子の位置を示す。ｐＡ遺伝子は、ｐＢ１遺伝子のすぐ隣であるため、これらの隣接領域間でのレプリキン濃度の変化の大きさの違いは、非常に注目に値する。
【０２５４】
特に、図７のシリーズ４は、ｐＢ１遺伝子領域に隣接する、ゲノムのｐＢ２遺伝子領域内のレプリキンピーク遺伝子において同定されたレプリキン濃度を表す。ｐＢ１遺伝子領域内のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン濃度はまた、分析された年を通して非常に一定であることが認められ、４を上回ることはない。この不変性は、先と同様に、ｐＢ１遺伝子領域内で認められるレプリキン濃度の広範な変化とは大いに異なる。先と同様に、対照データは、ｐＢ１遺伝子領域内でウイルスの本単離株に対して最も有意なレプリキンピーク遺伝子の位置を示す。ｐＢ２遺伝子は、ｐＢ１遺伝子のすぐ隣であるため、これらの隣接領域間でのレプリキン濃度の変化の違いはまた、注目に値する。
ＶＩＩ．ＲＰＧおよび関連したレプリキン配列を使用して、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）の流行を予測および治療する方法
【０２５５】
口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）のＶＰ１タンパク質（ウイルスゲノムのＲＰＧを含有する）におけるレプリキン濃度の増加は、ウイルスの毒性および致死性の増加を予測し、到来する大発生、または毒性もしくは致死性の増加の予測を可能にする。本出願人は、１９６９年〜２００６年に、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号を有するＦＭＤＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列を再検討し、口蹄疫のある知られている流行に関連し、予測する、ＦＭＤＶ（例えば、配列番号１５７）のＶＰ１タンパク質におけるレプリキン濃度の増加を同定している。図１１は、年毎の口蹄疫ウイルスの単離株のＶＰ１タンパク質において認められるレプリキン数と、認められた大発生との相関関係を示す。
【０２５６】
本出願人は、全血清型Ｏ型ＦＭＤＶ  ＶＰ１ポリタンパク質のアミノ酸配列を提供する、登録番号ＡＢＭ６３３２０（配列番号１５７）を検討し、２つのＲＰＧを同定した。第１のＲＰＧは、アミノ酸残基９２５で始まり、アミノ酸残基１０１８まで連続し、配列番号１２４としてコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。５レプリキン配列が、第１のＲＰＧ内で単離され（配列番号１２５〜１２９）、第１のＲＰＧにレプリキン数６．３を与えた。第１のＲＰＧは、ＶＰ１ポリタンパク質のフラグメントのレプリキンピーク遺伝子を表す。
【０２５７】
第２のレプリキンピーク遺伝子は、アミノ酸残基１３００で始まり、アミノ酸残基１４８１まで連続し、配列番号１３０としてコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。２６のレプリキンが、第２のＲＰＧ（配列番号１３１〜１５６）で単離された。第２のレプリキンピーク遺伝子領域は、レプリキン数１４．３を有し、報告された全ＶＰ１ポリタンパク質のレプリキンピーク遺伝子を表す。配列番号１３０でＲＰＧ内で保存されたレプリキンはまた、例えば、登録番号ＡＢＡ４６６４１、ＡＡＧ４３３８５、ＡＡＰ８１６７８、およびＡＢＧ７７５６４で報告された配列フラグメントにも含有される。同様に、配列番号１２４のＲＰＧの部分は、これらの登録番号に含有される。
【０２５８】
配列番号１５７（登録番号ＡＢＭ６３３２０）のアミノ末端において、配列番号１５８〜１６０が、レプリキンとして単離された。中央分子において、配列番号１６１〜１９４が、レプリキンとして単離された。カルボキシ末端において、配列番号１９５〜２１３が、レプリキンとして単離された。これらのレプリキン配列のそれぞれは、本明細書に記載されるように、免疫原性組成物およびワクチンのため、ならびに診断、治療、および予測的な目的で好ましい配列である。
【０２５９】
図１１は、１９６９年〜２００６年まで年毎に、公的に入手可能な登録番号を有する口蹄疫ウイルスの一般血清型Ｏ型の単離株のＶＰ１タンパク質に認められるレプリキン配列の濃度を示す。口蹄疫の認められたヨーロッパおよび英国の大発生は、顕著であり、疾患の流行する前にレプリキン数の認められた増加に関連する。
【０２６０】
記載される流行および将来的な大発生の予測は、例えば、ＦＭＤＶの単離株のレプリキン数の検討、ならびに特定の年のＶＰ１タンパク質、もしくはＶＰ１タンパク質内のＲＰＧのレプリキン数と他年からのレプリキン数との比較により行われ得る。１年から次の年、好ましくは、１年、２年、または３年にわたる、レプリキン数の有意な増加は、口蹄疫の大発生を開始し得るＦＭＤＶの新生株の予測値を提供する。口蹄疫の大発生は、レプリキン数の有意な増加が観察されてから約６ヶ月以内〜約１年以上で予測され得る。
【０２６１】
さらに好ましくは、口蹄疫の大発生は、２年または３年にわたり、レプリキン数の有意な増加が観察されてから約６ヶ月以内〜約１年で予測され得る。大発生は、同様に、有意な増加後、レプリキン数の減少の初期観察から約６ヶ月以内〜約１年で予測され得る。本方法を使用して、本出願人は、流行する数ヶ月前に、英国でのＦＭＤＶの２００７年８月３日の大発生を予測した。
【０２６２】
図１１のデータを下表５に提供する。データは、１９５８年〜１９６２年まで入手可能であるが、図１１には含まれなかったことに留意する。また、１９５９年〜１９６１年、１９６３年〜１９６８年、および２００４年のデータは、利用できなかったことに留意する。
【表１２】
2011516027.tif 000013
Ａ．すべての血清型のＶＰ１タンパク質を使用しての予測
【０２６３】
血清型Ｏ型のＦＭＤＶのＶＰ１タンパク質に加えて、本出願人はまた、ＰｕｂＭｅｄからＦＭＤＶのＶＰ１タンパク質のすべての報告された血清型の単離株に対する公的に入手可能な配列も分析した。データを下の表６に提供する。２００１年の英国（および他のヨーロッパ諸国）、および２００７年の英国での２つの流行と相関するレプリキン数の増加に留意されたい。また、休止中の低レプリキン数に留意されたい。レプリキン数は、１９９８年の１．６から、１９９９年の２．５、２００１年に流行の年の２．７に増加する。その後、流行後、３年分の低レプリキン数は、２００２年に１．５、２００３年に１．５、および２００５年に１．１と認められる（２００４年から公的に入手可能な配列がなかった）。その後、レプリキン数は、２００７年に流行する直前に、２００６年に２．８まで上昇した。ｐ値は、前述のレプリキン数に対して０．００１未満であることに留意されたい。
【表１３】
2011516027.tif 000014
Ｂ．血清型Ｃ型のＶＰ１タンパク質を使用しての予測
【０２６４】
表７は、１９５５年〜２００６年の数年間の血清型Ｃ型ＦＭＤＶの単離株に対するレプリキン数のデータを提供する。１９９８年および１９９９年（英国で２００１年の流行の前）にレプリキン数の低値を超える有意な増加および２００６年（英国で２００７年の流行の前）に低値を超える有意な増加に留意されたい。利用可能なデータがない年は、表に示さない。
【表１４】
2011516027.tif 000015
【０２６５】
上記、および図１１に示されたレプリキン濃度とウイルスの大発生との相関関係は、すべての入手可能なＦＭＤＶ単離株のＶＰ１タンパク質におけるレプリキン濃度の増加を監視することにより、口蹄疫の流行を予測する方法を提供する。該方法はまた、ウイルスのすべての入手可能な血清型Ｏ型の単離株または血清型Ｃ型の単離株を使用することができる。
【０２６６】
ＦＭＤＶの疫学およびウイルス学は、インフルエンザウイルス等の本明細書で論じられる幾つかの他のウイルスの疫学およびウイルス学とは異なる。それにもかかわらず、ＦＭＤＶのＶＰ１タンパク質におけるレプリキン数の増加とウイルスの大発生との相関関係は、複合データを提供し、圧倒的な数の他の試験したウイルスおよび生物と共通の、急速複製および毒性の共有した現象を確立する。
Ｃ．ＦＭＤＶの血清型Ｏ型のＲＰＧ内で保存されるレプリキン
【０２６７】
ＦＭＤＶの血清型Ｏ型において、レプリキンピーク遺伝子内に含有される２つの保存されたレプリキン配列は、ｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９１）およびｈｐｓｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９２）である。ｈｐｔｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９３）へのｈｐｓｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ配列の点突然変異体（下線を引いた突然変異）は、報告によると、１９６７年〜２００７年の単離株に生じた。レプリキン配列ｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９１）は、１９６２年〜２００６年まで保存されている。レプリキン配列ｈｐｓｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９２）は、点突然変異体ｈｐｔｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９３）を除いて、１９６２年〜２００６年まで保存されていて、１９６７年の大発生（単離株Ｏ1ＢＦＳ）および現在、英国での２００７年の大発生を生じていると報告されている単離株に存在する。これらの単離され保存されたレプリキン配列は、予測、診断、および治療能力に対する、特に好ましい本発明の実施形態である。
【０２６８】
表８は、保存された配列ｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９１）、および保存されたレプリキン配列が開始するＶＰ１タンパク質配列内でアミノ酸位置を含有する、１９６２年〜２００６年の単離株の登録番号を提供する。
【表１５】
2011516027.tif 000016
【表１６】
2011516027.tif 000017
【表１７】
2011516027.tif 000018
【０２６９】
表９は、保存された配列ｈｐｓｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９２）または点突然変異ｈｐｔｅａｒｈｋｑｋｉｖａｐｖｋ（配列番号９３）、および保存されたレプリキン配列が開始するＶＰ１タンパク質配列内でアミノ酸位置を含有する、１９６２年〜２００６年のＦＭＤＶ単離株の登録番号を提供する。
【表１８】
2011516027.tif 000019
【表１９】
2011516027.tif 000020
【０２７０】
登録番号ＡＡＧ４３３８５（配列番号１０７）は、配列番号１２４のＲＰＧを部分的に含有し、配列番号９１の保存された配列を含有する、１９９９年からのＦＭＤＶの血清型Ｏ型単離株を報告する。配列番号１０７において、レプリキン配列は、アミノ末端内で同定されなかった。配列番号１０８のレプリキン配列は、中央分子内で同定された。配列番号９１のレプリキン配列は、カルボキシ末端内で同定された。
【０２７１】
登録番号ＡＡＰ８１６７８（配列番号１１１）は、配列番号１２４のＲＰＧを部分的に含有し、配列番号９１の保存された配列を含有する、１９６２年からのＦＭＤＶの血清型Ｏ型単離株を報告する。同様に、登録番号ＡＢＡ４６６４１（配列番号１１４）は、配列番号１２４のＲＰＧを部分的に含有し、配列番号９１の保存された配列、および配列番号９２であるが１９９位で単一の未知の残基（配列番号１１５）に対して保存された配列を含有する、１９６２年からのＦＭＤＶの血清型Ｏ型単離株を報告する。配列番号１１４において、レプリキン配列は、配列のアミノ末端または中央分子部分内で同定されなかった。配列番号１１５および１１６は、カルボキシ末端内で単離された。
【０２７２】
登録番号ＡＢＧ７７５６４（配列番号１１８）は、配列番号１２４のＲＰＧを部分的に含有し、配列番号９１の保存された配列を含有する、２００６年から単離されたＦＭＤＶの血清型Ｏ型を報告する。配列番号１１８において、レプリキン配列は、配列のアミノ末端内で同定されなかった。配列番号１１９〜１２１および９１は、中央分子内でレプリキンとして同定された。そして、レプリキンは、カルボキシ末端内で同定されなかった。
【０２７３】
これらの実施例に示されるレプリキン技術の診断力に加えて、ウイルスペプチドのこの種の初めての認識と、それらが急速複製、ウイルスの大発生、ならびに高い罹患数および死亡数に関連するという発見とが、レプリキン、特に、ここに示されるレプリキンピーク遺伝子構造を、ＦＭＤＶおよび他のウイルスにおける治療とワクチンのための新たに保存された主要標的にしたことは明らかである。例えば、レプリキン配列（配列番号９１〜９３）は、ワクチンのような、不変標識を提供する。同様に、配列番号１２４および１３０のＲＰＧ、および登録番号配列（配列番号１０８、１１５〜１１６、および１１９〜１２１）内で同定されたレプリキン配列は、免疫原性組成物およびワクチンに対して好ましい配列である。したがって、本発明の実施形態は、配列番号９１〜９３もしくは配列番号１０８、１１５〜１１６、および１１９〜１２１の配列、またはそれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つを含む、ワクチンである。
ＶＩＩＩ．ＲＰＧおよび関連したレプリキン配列を使用して、ウエストナイルウイルスの流行を予測および治療する方法
【０２７４】
本出願人は、ここで、ウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）のレプリキンピーク遺伝子（例えば、配列番号２４５）におけるレプリキン数の増加と、ウイルス性疾患における流行、罹患率、および死亡率との相関関係を示した。図１２を参照のこと。本出願人はまた、全ウイルスゲノムにおけるレプリキン数と、罹患数および死亡数との相関関係も示している２００７年８月１６日出願の米国暫定出願第６０／８５３，７４４号を参照のこと。
【０２７５】
１９８２年〜２００７年のＷＮＶの単離株の公的に入手可能な配列の検討は、今回、毒性および致死性と関連づけられた、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質における、レプリキンピーク遺伝子を明らかにした。１９９９年〜２００６年の米国での罹患および死亡データと比較すると、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質におけるレプリキン数と、罹患および死亡データとの間の関連は明らかである。図１２を参照のこと。登録番号ＡＢＡ５４５８５のエンベロープタンパク質配列（例えば、配列番号２４５）におけるレプリキンピーク遺伝子の本出願人の分析を下の実施例７に提供する。
【０２７６】
図１２は、１９８２年〜２００６年の年毎に、ＰｕｂＭｅｄ登録番号でエンベロープタンパク質に認められたレプリキンのレプリキン数を示す。年毎のレプリキン数の増加は、米国でのウイルスの報告された罹患数と、米国でのウイルス感染からの報告された死亡数の双方との相関性がある。
【０２７７】
図１２のデータを下の表１０に提供する。利用可能なデータがない年は、表に含まない。レプリキン数は、１９９９年〜２００６年に米国集団における罹患数および死亡数の双方における変化との相関性があることを認められ得る。データは、２００４年のレプリキン数の相対的な減少、次いで、２００４年および２００５年の米国でのウエストナイルウイルスの相対的な休止期間をさらに明らかにする。さらに、２０００年の初めに、罹患数および死亡数は、レプリキン数に関して増加する。
【表２０】
2011516027.tif 000021
【表２１】
2011516027.tif 000022
【表２２】
2011516027.tif 000023
【表２３】
2011516027.tif 000024
【０２７８】
ＷＮＶの全ゲノムからの公的に入手可能な配列のレプリキン数の分析、および米国疾病対策予防センターからのＷＮＶの罹患および死亡データの比較により、本出願人は、２０００年、２００４年、２００５年、および２００６年で、それぞれ、著しく増加するＷＮＶの平均レプリキン数を認めた。表１１に見られるように、２０００年に認められた平均レプリキン数２．８±０は、２００４年に認められた平均レプリキン数３．８±１．７とは有意差のある（ｐ＜０．００１）ことが分かり、２００４年に認められた平均レプリキン数３．８±１．７は、２００５年に認められた平均レプリキン数４．５±１．８とは有意差のある（ｐ＜０．０１）ことが分かり、最終的に、２００５年に認められた平均レプリキン数４．５±１．８は、２００６年に認められた平均レプリキン数６．０±１．１とは有意差のあることが分かった。
【表２４】
2011516027.tif 000025
【０２７９】
２００７年の夏に、本出願人は、表１１で提供されるように、公的に入手可能な配列において、全ＷＮＶゲノムに対するデータを検討し、ＷＮＶの感染の発病率の増加は、分析された年のそれぞれで観察された有意な増加をに従う可能性が高いことを明確に予測した。本出願人の予測の直後、カリフォルニア公衆衛生局（Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ）は、２００７年８月２日からカリフォルニア州でＷＮＶの感染が前年に見られる感染よりも３倍大きく、カリフォルニア州の３つの郡に対する健康非常事態を公表したことを報告することにより、本出願人の予測を確認した。
【０２８０】
ＷＮＶの疫学およびウイルス学は、インフルエンザウイルス、ＦＭＤＶ、ＰＲＲＳＶ、およびＰＣＶ等の本明細書で論じられる幾つかの他のウイルスの疫学およびウイルス学とは異なる。それにもかかわらず、ＷＮＶのエンベロープタンパク質におけるレプリキン数の増加と罹患数および死亡数との相関関係は、複合データを提供し、それは、圧倒的な数の他の試験したウイルスおよび生物と共通する、急速複製および毒性の共有した現象を確立する。
【０２８１】
ＷＮＶ、ならびに本明細書に記載される他のウイルスおよび病原体において、流行および将来の大発生の予測は、例えば、（１）ＷＮＶの単離株のレプリキン数を検討、およびＲＰＧ、例えば、エンベロープタンパク質におけるＲＰＧ（例えば、配列番号２４５）を同定する、（２）ＲＰＧ内で、ＲＰＧを含有するタンパク質または遺伝子領域内、または特定の年の全ウイルスゲノム内でのレプリキン数と、他年からのレプリキン数との比較により行われ得る。１年から次の年、好ましくは、１年、２年、または３年にわたる、レプリキン数の有意な増加は、さらに発病率の高いＷＮＶの大発生を開始し得るＷＮＶの新生株の予測値を提供する。ＷＮＶの大発生は、レプリキン数の有意な増加が観察されてから約６ヶ月以内〜約１年以上に予測され得る。
【０２８２】
さらに好ましくは、ＷＮＶの流行は、２年または３年にわたるレプリキン数の有意な増加の観察から約６ヶ月以内〜約１年に、または２００７年の本発明者の予測におけるように、２０００年、２００４年、および２００６年のレプリキン数が、少なくとも０．００１未満、しばしば、０．００１未満のｐ値を有していた等、数年にわたる非常に有意な増加の観察後に、予測され得る。したがって、有意な増加は、１年以上、例えば、３年、４年、５年、またはそれ以上の期間にわたり観察され得る。大発生は、同様に、有意な増加後、レプリキン数の観察可能な減少の初期観察から約６ヶ月以内〜約１年で予測され得る。本方法を使用して、本出願人は、ＷＮＶの２００７年上旬の流行をあらかじめ予測した。該方法はまた、個別株の単離株、またはＷＮＶのすべての株の単離株を使用することができる。
【０２８３】
本発明の実施形態は、ゲノムの他のセグメントまたは指定された遺伝子、すなわちＲＰＧと比較する場合、発現した遺伝子または発現した遺伝子セグメントは、レプリキンの最高濃度、またはレプリキン数（１００アミノ酸あたりのレプリキン数）を有する、ゲノムのセグメント、またはＷＮＶのタンパク質、もしくはタンパク質のセグメントを提供する。登録番号ＡＢＡ５４５８５のＲＰＧ（配列番号２４５）を下の実施例７に報告する。１２のレプリキン配列（配列番号２４６〜２５７）が、ＲＰＧの診断、予測、治療、および予測の用途において、同定される。これらのレプリキン配列は、免疫原性組成物およびワクチンの好ましい実施形態である。本発明は、経時的にゲノム内で保存され、したがって、免疫原性反応およびワクチンを通して、ＷＮＶ内の急速複製および毒性の診断および触診に対して、相対的に不変の好ましい標的として利用可能である、同定されたＲＰＧ内のレプリキン配列をさらに提供する。
ＩＸ．レプリキン配列を使用して、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）の流行を予測および治療する方法
【０２８４】
ＰＲＲＳＶにおけるレプリキン濃度の増加は、ウイルスの毒性の増加を予測し、到来する大発生、または死亡数の増加の予測を可能にする。ゲノムもしくはゲノムセグメントにおいて、または経時的に、もしくは単離株間のウイルスのタンパク質もしくはタンパク質フラグメントにおいて、レプリキン濃度の増加を示す、ＰＲＲＳＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列の検討は、ＰＲＲＳＶに感染したブタの流行、罹患数、および死亡数の増加の指標として使用される。ＰｕｂＭｅｄ、または他の公的もしくは私的源からのＰＲＲＳＶの単離株に対して公的に入手可能な配列を、手動で、またはプロプライエタリ検索ツールソフトウェア（米国マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣから市販のレプリキンＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標））を使用して、分析することができる。
【０２８５】
本発明者は、今回、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）のヌクレオカプシドタンパク質におけるレプリキンピーク遺伝子を同定し、２００４年〜２００７年のＰＲＲＳＶのヌクレオカプシドタンパク質における増加するレプリキン数と、中国のＰＲＲＳＶの主要な大発生との相関を示した。実施例８
【０２８６】
図１３は、ＰＲＲＳＶのヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３５３）におけるレプリキン数を示す。レプリキン数は、２００４年〜２００７年に増加することが認められる。この増加は、中国のブタ生殖器呼吸障害症候群の主要な大発生に相関している。さらに、２００５年の平均からの標準偏差は、他の年よりもかなり大きく、２００５年に生じたレプリキン数の顕著な増加を示す。標準偏差の増加に基づいて２００５年に生じた大量の増加は、２００６年の平均レプリキン数の増加として確認される。２００５年に認められた大量の標準偏差は、さらにその種の要素がレプリキン数を増加することを示す。２００５年の標準偏差は、２００６年および２００７年の平均数の増加する前の初期警告であった。類似の現象を図７に観察できる。これらのデータは、ウイルス大発生におけるＲＰＧレプリキン数の予測手段としての価値の確認をさらに提供し、ＲＰＧレプリキン数に対して、ＰＲＲＳＶおよびブタにおけるウイルス全般の予測ツールとして特異的な支持を提供する。
【０２８７】
本発明は、ＲＰＧおよび診断、予測、および治療用途のために同定されたＲＰＧ内のレプリキン配列を提供する。例えば、ＰＲＲＳＶおよび他のウイルス、生物、ならびに悪性腫瘍において同定されたＲＰＧ内で同定された、それぞれのレプリキン配列は、ワクチン、免疫原性組成物、および抗体療法を含む、診断および治療用途のために利用可能である。全レプリキンピーク遺伝子配列またはそのフラグメントは、同様に、診断、予測、治療、および予測用途のために利用可能である。さらに、ウイルスの単離株におけるレプリキンピーク遺伝子の存在は、急速複製の兆候である。
【０２８８】
ここで論じたように、本出願人は、ＰＲＲＳＶのヌクレオカプシドタンパク質内で取得可能なＰＲＲＳＶ単離株のＲＰＧを同定した。これらのＲＰＧＳの同定は、例えば、１つのポリメラーゼ領域、すなわち、ＲＮＡ依存性のＲＮＡポリメラーゼまたはｐＢ１タンパク質内で、Ｈ５Ｎ１インフルエンザにおいて、本出願人によりすでに同定されたレプリキンピーク遺伝子とは異なる。異なるウイルスの異なる構造におけるレプリキンピーク遺伝子の同定は、本出願人により定義される、レプリキン配列のための厳密な基準を通して可能となる。プロプライエタリソフトウェアレプリキンＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）（米国マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣから認可可能）は、公的に入手可能なレプリキン配列および同定およびレプリキンピーク遺伝子のコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）の単離の効率的調査を提供する。
【０２８９】
レプリキンピーク遺伝子の大きさは、アミノ酸数およびレプリキン数の双方に関して、単離され、報告されている、全ゲノム、タンパク質、またはそのフラグメントの配列の大きさにより異なる。本発明は、経時的にゲノム内で保存され、したがって、ＰＲＲＳＶ内の急速複製および毒性の診断および操作に対して、相対的に不変の好ましい標的として利用可能である、同定されたレプリキンピーク遺伝子または領域内でレプリキン配列をさらに提供する。
【０２９０】
さらに、以下のＲＰＧを、登録番号ＡＡＭ１８５６５、ＡＡＰ８１８０９、およびＡＢＬ６０９２０で、それぞれ、報告された中国からのＰＲＲＳＶ単離株において同定している。
（１） ｋ7  ｑ8  ｑ9  ｋ10  ｋ11  ｋ12  ｋ13  ｇ14  ｎ15  ｇ16  ｑ17  ｐ18  ｖ19  ｎ20  ｑ21  ｌ22  ｃ23  ｑ24  ｍ25  ｌ26  ｇ27  ｋ28  ｉ29  ｉ30  ａ31  ｑ32  ｑ33  ｎ34  ｑ35  ｓ36  ｒ37  ｇ38  ｋ39  ｇ40  ｐ41  ｇ42  ｋ43  ｋ44  ｓ45  ｋ46 ｋ47  ｋ48  ｎ49  ｐ50  ｅ51  ｋ52  ｐ53  ｈ54  ｆ55  ｐ56  ｌ57  ａ58  ｔ59  ｅ60  ｄ61  ｄ62  ｖ63  ｒ64  ｈ65  ｈ66（中国、２０００年）（配列番号３４１）
（２） ｋ7  ｑ8  ｑ9  ｋ10  ｒ11  ｋ12  ｋ13  ｇ14  ｄ15  ｇ16  ｑ17  ｐ18  ｖ19  ｎ20  ｑ21  ｌ22  ｃ23  ｑ24  ｍ25  ｌ26  ｇ27  ｋ28  ｉ29  ｉ30  ａ31  ｑ32  ｑ33  ｎ34  ｑ35  ｓ36  ｒ37  ｇ38  ｋ39  ｇ40  ｐ41  ｇ42  ｋ43  ｋ44 ｎ45  ｋ46  ｋ47  ｋ48  ｎ49  ｐ50  ｅ51  ｋ52  ｐ53  ｈ54  ｆ55  ｐ56  ｌ57  ａ58  ｔ59  ｅ60  ｄ61  ｄ62  ｖ63  ｒ64  ｈ65  ｈ66（中国、２００３年）（配列番号３４２）、および
（３） ｋ7  ｑ8  ｑ9  ｋ10  ｋ11  ｋ12  ｋ13  ｇ14  ｎ15  ｇ16  ｑ17  ｐ18  ｖ19  ｎ20  ｑ21  ｌ22  ｃ23  ｑ24  ｍ25  ｌ26  ｇ27  ｋ28  ｉ29  ｉ30  ａ31  ｑ32  ｑ33  ｎ34  ｑ35  ｓ36  ｒ37  ｇ38  ｋ39  ｇ40  ｐ41  ｇ42  ｋ43  ｋ44 ｎ45  ｒ46  ｋ47  ｋ48  ｎ49  ｐ50  ｅ51  ｋ52  ｐ53  ｈ54  ｆ55  ｐ56  ｌ57  ａ58  ｔ59  ｅ60  ｄ61  ｄ62  ｖ63  ｒ64  ｈ65  ｈ66（中国、２００６年）（配列番号３４３）。
【０２９１】
同定されたＲＰＧ配列は、４５位および４６位での点突然変異（太字で下線を引いた部分）を除いて、２０００年、２００３年、および２００６年の単離株にわたって同一である。これらの配列は、したがって、ＰＲＲＳＶ内の急速複製および毒性に対して、相対的に不変の標的であり、疾患に対するワクチンとして入手可能である。
【０２９２】
上記の中国の単離株における、４５位および４６位等の点突然変異は、優れた予測能力を提供する。ＡＢＬ６０９２０（配列番号３４３）で２００６年に開示された毒性の高い、致命的な中国の変異株において、４５位および４６位でのアスパラギンおよびアルギニンは、同一の相対的位置において、登録番号ＡＢＦ１９５６８（太字で下線を引いた部分と同様の突然変異残基）：ｋ14  ｇ15  ｐ16  ｇ17  ｋ18  ｋ19  ｋ20 ｎ21  ｒ22  ｋ23  ｒ24  ｎ25  ｐ26  ｅ27  ｋ28  ｐ29  ｈ30  ｆ31  ｐ32  ｌ33  ａ34  ｔ35  ｅ36  ｄ37  ｄ38  ｖ39  ｒ40  ｈ41  ｈ42（配列番号３４４）で公的に入手可能な毒性の高い、ＰＲＲＳＶ  ２００６年のメキシコの単離株のＲＰＧ内の残基２１および２２で、アスパラギンおよびアルギニンと同一の残基である。
【０２９３】
したがって、これらの２つのＲＰＧ配列は、特に、毒性を予測し、免疫原性組成物およびワクチンのための好ましい配列である。ＰＲＲＳＶ内の他のＲＰＧ配列におけるこれらの残基の同定は、抗体療法、ワクチン、および他の治療を通して、高可能性毒性、およびウイルスの攻撃のための優れた標的を提供する。
Ｘ．レプリキン配列を使用して、ブタサーコウイルス（ＰＣＶ）の大発生を予測および治療する方法
【０２９４】
ＰＣＶにおけるレプリキン濃度の増加は、ウイルスの毒性の増加を予測し、到来する大発生、または死亡数の増加の予測を可能にする。ゲノムまたはゲノムセグメントにおいて、または経時的に、もしくは単離株間のウイルスのタンパク質もしくはタンパク質フラグメントにおいて、レプリキン濃度の増加を示す、ＰＣＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列の検討は、ＰＣＶに感染したブタの大発生、罹患数、および死亡数の増加の指標として使用される。ＰｕｂＭｅｄ、または他の公的もしくは私的源からのＰＣＶの単離株に対して公的に入手可能な配列を、手動で、または本明細書に記載のソフトウェアを使用して分析され得る。
【０２９５】
本出願人は、今回、ＰＣＶ内のレプリキン数と毒性の増加との相関関係を確立した。本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号を有するＰＣＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列を検討し、ＰＣＶに感染したブタの発生および死亡数の増加を予測する、ウイルスのゲノムにおけるレプリキン数の増加を同定した。
【０２９６】
図２１のデータを下の実施例１５における表２５に提供する。２０００年〜２００７年のレプリキン数の一般的な増加は、観察可能であり、中国で報告されたように、２０００年〜２００６年の疾患の発生数および疾患からの死亡数の増加との相関性があり得る。さらに、１９９７年の非常に大きなレプリキン数に続いて、１９９８年〜２０００年の著しい減少は、２０００年の増加する発生の始まりと相関性があり得る。他のウイルスにおいて、大発生は、レプリキン数の大量の増加から約１年〜３年後、つまり、その後、著しい減少に続くことが認められる。例えば、図２、３、および９を参照のこと。図２１のグラフは、例えば、図２、３、および９における、インフルエンザおよびＳＡＲＳに示される流行とレプリキン数の相関関係を連想させる、レプリキン数の循環の型を示す。
【０２９７】
特に、ＰＣＶのレプリキン数は、１９９７年に９．４（±１０．８）と認められ、２０００年に２．９（±１．２）まで急速に減少する。その後、レプリキン数は、２００２年に３．５（±１．４）まで上昇し、２００７年には３．９（±１．２）までに、再度上昇する。この期間中、カナダでのブタ群に認められた毒性および死亡数（中央アメリカでさらに報告された発生数を含む）は、増大した。１９９７年〜１９９９年に見られる大きな標準偏差は、ゲノムにおけるレプリキン配列の濃度の急速な変化を受けているウイルス集団を証明し、毒性、罹患数、および死亡数の来るべき変化を示す。
【０２９８】
流行および将来の大発生の予測は、例えば、ＰＣＶもしくはＰＲＲＳＶまたは他のウイルスまたは病原体の単離株のＲＰＧまたは他の部分のレプリキン数の検討、および特定の年のレプリキン数と、他年からのレプリキン数との比較により行われ得る。１年から次の年、好ましくは、１年、２年、または３年以上にわたる、レプリキン数の有意な増加は、さらに毒性の高いおよび／またはさらに致死性の高いＰＣＶの大発生を開始し得るＰＣＶの新生株の予測値を提供する。
【０２９９】
ＰＣＶの大発生は、レプリキン数の有意な増加が観察されてから約６ヶ月以内〜約１年以上で予測され得る。さらに好ましくは、ＰＣＶの大発生は、２年または３年にわたるレプリキン数の有意な増加の観察から約６ヶ月以内〜約１年内に、または２０００年〜２００２年、および２００５年〜２００７年のＰＣＶのレプリキン数が、各年、最小平均レプリキン数に対して、連続０．００１未満のｐ値とともに増加する等、数年にわたる非常に有意な増加の観察後に、予測され得る。
【０３００】
有意な増加は、１年以上、例えば、３年、４年、５年、またはそれ以上の期間にわたり観察され得る。大発生は、同様に、レプリキン数の観察可能な減少に初期観察に続く著しい増加の約６ヶ月以内〜約１年またはそれ以上以内に予測され得る。例えば、１９９７年〜２０００年のＰＣＶのレプリキン数の著しい減少は、２０００年に始まり、少なくとも２００６年まで続く、ウイルス感染における発生数および死亡数の増加を予測する（２００７年の罹患および死亡データは、この時点で利用可能ではない）。本方法を使用して、本出願人は、例えば、ＷＮＶの２００７年上旬の大発生をあらかじめ予測した。図１２を参照のこと。
【０３０１】
本発明者は、ブタサーコウイルス（ＰＣＶ）のレプリカーゼタンパク質におけるレプリキンピーク遺伝子を同定した。１９９７年のカナダのマニトバ州でのＰＣＶの単離株におけるレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）、および２００７年の中国でのＰＣＶの単離株におけるＲＰＧの同定の実施例を、実施例９（配列番号５２０および５２５）に提供する。実施例９は、同定されたＲＰＧの同等に高いレプリキン数を示し、単離されたウイルス株は、毒性が高いという予測を提供する。実施例９は、免疫原性組成物およびワクチンの産生に対する標的として同定されたＲＰＧ内でＲＰＧおよびレプリキン配列をさらに提供する。
【０３０２】
本発明は、診断、予測、および治療用途のために同定されたレプリキンピーク遺伝子または遺伝子セグメント内のレプリキン配列を提供する。配列番号３２４〜３２８は、登録番号ＡＡＣ５９４７２からＲＰＧ内に提供されるレプリキン配列である。実施例９を参照のこと。配列番号３２９〜３４０は、登録番号ＡＢＰ６８６５７からＲＰＧ内に提供されるレプリキン配列である。実施例９を参照のこと。例えば、同定されたＲＰＧ内で同定されたレプリキン配列として上記の配列のそれぞれは、ワクチンおよび抗体療法を含む、診断および治療用途のために利用可能である。全レプリキンピーク遺伝子配列またはそのフラグメントは、同様に、診断、予測、治療、および予測用途のために利用可能である。さらに、ウイルスの単離株におけるレプリキンピーク遺伝子の存在は、急速複製の兆候である。
【０３０３】
レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）はまた、登録番号ＡＡＣ９８８８５、ＡＡＬ０１０７５、およびＡＢＰ６８６６７（配列番号４８１、４３８、および４５１）においてＰＣＶ単離株内にも同定されている。実施例９を参照のこと。それぞれの同定されたＲＰＧのために、連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列が、予測および治療用途のために同定されている。
【０３０４】
本出願人は、現在までに、推定レプリカーゼタンパク質におけるオープン・リーディング・フレーム１内、および予想した１．８ｋＤタンパク質におけるオープン・リーディング・フレーム１１内の双方で、入手可能なＰＣＶ単離株の同定されたＲＰＧを同定している。異なるウイルスの異なる構造におけるレプリキンピーク遺伝子の同定は、本出願人により定義される、レプリキン配列のための厳密な基準を通して可能となる。レプリキンピーク遺伝子の大きさは、アミノ酸数およびレプリキン数の双方に関して、単離され、報告されている、全ゲノム、タンパク質、またはそのフラグメントの配列の大きさに依存する。本発明は、経時的にゲノム内で保存され、したがって、ＰＣＶ内の急速複製および毒性の診断および操作のため、相対的に不変の標的として利用可能である、同定されたレプリキンピーク遺伝子または領域内でレプリキン配列をさらに提供する。
ＸＩ．レプリキン構造の保存は毒性および致死性に関連する
【０３０５】
任意の構造の保存は、その構造が攻撃および破壊または刺激のために安定した不変標的を提供するかどうかについて極めて重要である。レプリキン配列は、通常、保存されることが示されている。構造が何らかの方法で生物の基本的な生存機序に関係している場合、その構造は保存される傾向がある。可変構造は不定標的を提供する。これは、以前の構造に対して特異的に生成された抗体等のアタッカーを回避するための良い手段であり、そのため修飾形態に対しては有効でない。インフルエンザウイルスはこの手段を使用するため、例えば、以前のワクチンが現行の毒性ウイルスに対してあまり効果的でなくなる可能性がある。
【０３０６】
特定の構造は生存機能と極めて密接に関連するが、絶えず変化させることは明らかに不可能である。レプリキン構造の必須成分はヒスチジン（ｈ）であり、これは酸化還元酵素における金属基と頻繁に結合することが知られており、複製に必要な有望なエネルギー源である。ヒスチジン構造は、一定のままであるため、レプリキン配列構造は、破壊または刺激のために一層魅力的な標的を保持する。
Ａ．ＨＩＶにおけるレプリキン保存
【０３０７】
レプリキン配列の保存は、ＨＩＶの単離株における転写活性剤（Ｔａｔ）タンパク質で認められている。Ｔａｔ（転写活性剤）タンパク質は、レンチウイルス転写を調整する初期ＲＮＡ結合タンパク質である。これらのタンパク質は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）等のすべての既知のレンチウイルスのライフサイクルにおいて必要な構成要素である。Ｔａｔは、トランス活性反応配列（ＴＡＲ）ＲＮＡ要素と結合することにより作用し、転写開始および／またはＬＴＲプロモーターからの延長を活性化する転写調節タンパク質である。ＨＩＶは、ｔａｔなしで複製できないが、この化学的根拠は、知られていない。８９〜１０２の残基のＨＩＶｔａｔタンパク質配列において、他の生物における急速複製と関連するレプリキンを発見している。本レプリキンのアミノ酸配列は、ｈｃｌｖｃｋｑｋｋｇｌｇｉｓｙｇｒｋｋ（配列番号３６６６）である。実際に、本出願人は、本レプリキンは、すべてのＨＩＶｔａｔタンパク質に存在することを発見した。幾つかのｔａｔアミノ酸は、表１２に示されるように、しばしば、代替アミノ酸により置換される（最も頻度の多いアミノ酸より下に並んだ小サイズのフォントにおいて、主要なレプリキンのための保存の割合（ｈｃｌｖｃｆｑｋｋｇｌｇｉｓｙｇｒｋｋ）（配列番号３３１４））。これらの置換は、ほとんどの個々のアミノ酸に対して出現している。しかしながら、レプリキン構造を定義する、レプリキン配列内のキーリシンおよびヒスチジンアミノ酸は、配列において１００％保存されるが、置換は、他のアミノ酸の他の部分で、レプリキン内およびその外の双方で、一般的であり、これらのキーヒスチジンアミノ酸は生じない。表１２に記載の配列は、配列番号３３１４であり、ペプチドの化学式に表される修正は配列番号３３１５である。
【０３０８】
置換は、アミノ酸がレプリキン構造を定義するリシンおよびヒスチジンを除いて置換されるため、ランダムであるとは考えられない。別のリシンから６〜１０でないアミノ酸は自由に置換されたが、レプリキン構造を定義するこれらのリシンは、置換されなかったため、単に、リシン自体が置換に「免疫」があるということではない。
【表２５】
2011516027.tif 000026
Ｂ．ヒトおよびニワトリにおけるＨ５Ｎ１内のレプリキンピーク遺伝子の保存
【０３０９】
一連の保存されたレプリキン配列（配列番号１〜１１および１４）は、ヒトおよびニワトリのＨ５Ｎ１インフルエンザウイルスの単離株において、本出願人によりコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。配列番号１は、以下のアミノ酸残基位置で、以下の年において、以下の登録番号内で同定された。（１９９７）ＡＡＫ４９３４２  １３４位で開始し、ＡＡＫ４９３４０、１３４、ＡＡＦ７４３２０、１３４、ＡＡＦ７４３１９、１３４、ＡＡＦ７４３１８、１３４、ＡＡＦ７４３１７、１３４、ＡＡＫ４９３４４、１３４、ＡＡＫ４９３４３、１３４、ＡＡＫ４９３４１、１３４、ＡＡＫ４９３３９、１３４、ＡＡＫ４９３３８、１３４；（１９９８）ＡＡＫ４９３４５、１３４；（２００３）ＢＡＥ０７２００、１３４；（２００４）ＡＡＷ５９５５１、１３１、ＡＡＷ５９５４９、１２９、ＡＢＥ９７８９７、１２３、ＡＢＥ９７８９６、１２３、ＡＢＥ９７８９５、１２３、ＡＢＥ９７８９２、１２３、ＡＢＥ９７８９１、１２３、ＡＡＶ３２６５１、１３４、ＡＡＶ３２６４３、１３４；（２００５）ＡＢＧ７８５６３、１０９、ＡＢＧ７８５６２、１０９、ＡＢＦ５６６５７、１２７、ＡＢＦ５６６５６、１２７、ＡＢＦ５６６５５、１２７；（２００６）ＡＢＫ３４９７３、１３４、ＡＢＬ３１７７９、１３４、ＡＢＬ３１７６５、１３４、ＡＢＬ３１７５４、１３４、ＡＢＬ０７０２９、１３４、ＡＢＬ０７０１８、１１９、ＡＢＬ０７００７、１３４、ＡＢＩ４９４０６、１３４、ＡＢＩ３６４８１、１３４、ＡＢＩ３６４７０、１３４、ＡＢＩ３６４５１、１３４、およびＡＢＩ３６４４０、１３４。
【０３１０】
配列番号１１は、以下のアミノ酸残基位置で、以下の年において、以下の登録番号内で同定された。（２００３）ＢＡＥ０７２００、１９位で開始；（２００４）ＡＡＷ５９５５１、１６、ＡＡＷ５９５４９、１４、ＡＢＥ９７８９７、８、ＡＢＥ９７８９６、８、ＡＢＥ９７８９５、８、ＡＢＥ９７８９４、８、ＡＢＥ９７８９３、８、ＡＢＥ９７８９２、８、ＡＢＥ９７８９１、８、ＡＢＥ９７８９０、８、ＡＢＥ９７８８９、８、ＡＢＥ９７８８８、８、ＡＡＶ３５１１５、１９、ＡＡＶ３２６５１、１９、ＡＡＶ３２６４３、１９；（２００５）ＡＢＣ７２６４９、１９、ＡＢＦ５６６５７、１２、ＡＢＦ５６６５６、１２、ＡＢＦ５６６５５、１２；（２００６）ＡＢＫ３４９７３、１９、ＡＢＬ３１７７９、１９、ＡＢＬ３１７６５、１９、ＡＢＬ３１７５４、１９、ＡＢＬ３１７４３、１９、ＡＢＩ４９４１４、１９、ＡＢＬ０７０２９、１９、ＡＢＬ０７０１８、４、ＡＢＬ０７００７、１９、ＡＢＩ４９４０６、１９、ＡＢＩ３６４８１、１９、ＡＢＩ３６４７０、１９、ＡＢＩ３６４５１、１９、ＡＢＩ３６４４０、１９、ＡＢＩ３６４２９、１９。
【０３１１】
配列番号１４は、以下のアミノ酸残基位置で、２００６年に、以下の登録番号内で同定された。ＡＢＬ３１７７７、４１位で開始、ＡＢＩ４９３９３、４１、ＡＢＬ０７０１６、４１、ＡＢＬ０７００５、４１、ＡＢＩ４９４０４、４１、ＡＢＩ３６４７２、４１、ＡＢＩ３６４６１、４１、ＡＢＩ３６４５２、４１、ＡＢＩ３６４４１、４１、およびＡＢＩ３６４３０、４１。
【０３１２】
配列番号１４は、登録番号ＡＢＩ３６４４１（配列番号１５）で開示されたｐＢ１遺伝子領域配列からコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。レプリキン配列（配列番号１６〜１７）は、アミノ末端内で同定された。レプリキン配列（配列番号１８〜３２）は、中央分子内で同定された。レプリキン配列は、カルボキシ末端で同定されなかった。９０アミノ酸残基において、１６レプリキン配列は、レプリキン数１７．８を得た。
【０３１３】
配列番号１４はまた、登録番号ＡＢＩ３６４３０（配列番号３３）からコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。レプリキン配列（配列番号３４〜３５）は、アミノ末端内で同定された。レプリキン配列（配列番号３６〜４９）は、中央分子内で同定された。レプリキン配列は、カルボキシ末端で同定されなかった。
【０３１４】
配列番号１４はまた、登録番号ＡＢＬ０７０２７（配列番号５０）からコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。レプリキン配列（配列番号５１〜５２）は、アミノ末端内で同定された。レプリキン配列（配列番号５３〜６８）は、中央分子内で同定された。レプリキン配列（配列番号６９〜７１）は、カルボキシ末端内で同定された。
【０３１５】
配列番号２は、以下のアミノ酸残基位置で、以下の年において、以下の登録番号内で同定された。（１９９７）Ｑ９ＷＬＳ３、１８４、Ｏ８９７４９、１８４、ＡＡＫ４９３５８、１８４、ＡＡＦ７４３１６、１８４、ＡＡＫ４９３６２、１８４、ＡＡＫ４９３５７、１８４、ＡＡＫ４９３５６、１８４、ＣＡＢ９５８６３、１８４；（２００３）ＢＡＥ０７１９９、１８４；および（２００４）ＡＢＬ９７５４６、１８４、ＡＢＥ９７５４５、１８４、ＡＢＥ９７５４４、１８４、ＡＢＥ９７５４３、１８４、ＡＢＥ９７５４２、１８４、ＡＢＥ９７５４０、１８４、ＡＢＥ９７５６４、１７９、ＡＢＣ７２６４８、１８４、ＡＢＫ３４９７４、１８４。
【０３１６】
配列番号３は、以下のアミノ酸残基位置で、以下の年において、以下の登録番号内で同定された。（１９９７）Ｑ９ＷＬＳ３、１８４、Ｏ８９７４９、１８４、ＡＡＫ４９３５８、１８４、ＡＡＦ７４３１６、１８４、ＡＡＦ７４３１５、１８４、ＡＡＦ７４３１４、１８４、ＡＡＫ４９３６２、１８４、ＡＡＫ４９３７６１、１８４、ＡＡＫ４９３５９、１８４、ＡＡＫ４９３５７、１８４、ＡＡＫ４９３５６、１８４、ＣＡＢ９５８６３、１８４；（１９９８）ＡＡＫ４９３６３、１８４；（２００３）ＢＡＥ０７１９９、１８４；（２００４）ＡＢＥ９７５４６、１８４、ＡＢＥ９７５４５、１８４、ＡＧＥ９７５４４、１８４、ＡＢＥ９７５４３、１８４、ＡＢＥ９７５４２、１８４、ＡＢＥ９７５４１、１８４、ＡＢＥ９７５４０、１８４、ＡＢＥ９７５３９、１８４、ＡＢＥ９７５３８、１８４、ＡＢＥ９７５３７、１８４、ＡＢＥ９７５３６、１８４、ＡＡＶ３５１１６、１８４、ＡＡＶ３２６４４、１８４；（２００５）ＡＢＧ７８５６４、１８４、ＡＢＣ７２６４８、１８４；および（２００６）ＡＢＫ３４９７４、１８４。
【０３１７】
配列番号７は、以下のアミノ酸残基位置で、以下の年において、以下の登録番号内で同定された。（２００３）ＢＡＥ０７２００、１２８；（２００４）ＡＡＷ５９５５１、１２５、ＡＡＷ５９５４９、１２３、ＡＢＥ９７８９７、１１７、ＡＢＥ９７８９６、１１７、ＡＢＥ９７８９５、１１７、ＡＢＥ９７８９４、１１７、ＡＢＥ９７８９３、１１７、ＡＢＥ９７８９２、１１７、ＡＢＥ９７８９１、１１７、ＡＢＥ９７８９０、１１７、ＡＢＥ９７８８９、１１７、ＡＢＥ９７８８８、１１７、ＡＡＶ３２６５１ｍ  １２８、ＡＡＶ３２６４３、１２８；（２００５）ＡＢＧ７８５６３、１０３、ＡＢＧ７８５６２、１０３、ＡＢＦ５６６５７、１２１、ＡＢＦ５６６５６、１２１、ＡＢＦ５６６５５、１２１；および（２００６）ＡＢＬ３１７７９、１２８、ＡＢ３１７６５、１２８、ＡＢＬ３１７５４、１２８、ＡＢＬ３１７４３、１２８、ＡＢＩ４９４１４、１２８、ＡＢＩ４９３９５、１２８、ＡＢＬ０７０２９、１２８、ＡＢＩ３６４７０、１２８、ＡＢＩ３６４５１、１２８、ＡＢＩ３６４４０、１２８、ＡＢＩ３６４２９、１２８。
【０３１８】
配列番号８は、以下のアミノ酸残基位置で、以下の年において、以下の登録番号内で同定された。（１９９７）Ｑ９ＷＬＳ３、１８４、Ｏ８９７４９、１８４、ＡＡＫ４９３６０、１６８、ＡＡＫ４９３５６、１６８、ＡＡＦ７４３１６、１６８、ＡＡＫ４９３６２、１６８、ＡＡＫ４９３５９、１６８、ＡＡＫ４９３５７、１６８、ＡＡＫ４９３５６、１６８、ＣＡＢ５８６３、１６８；（２００３）ＢＡＥ０７１９９、１６８；（２００４）ＡＢＥ９７５４６、１６８、ＡＢＥ９７５４５、１６８、ＡＢＥ９７５４４、１６８、ＡＢＥ９７５４３、１６８、ＡＢＥ９７５４２、１６８、ＡＢＥ９７５４１、１６８、ＡＢＥ９７５３９、１６８、ＡＢＥ９７５３８、１６８、ＡＢＥ９７５３７、１６８、ＡＢＥ９７５３６、１６８、ＡＡＶ３５１１６、１６８、ＡＡＶ３２６４４、１６８；（２００５）ＡＢＧ７８５６４、１６３、ＡＢＣ７２６４８、１６８；および（２００６）ＡＢＫ３４９７４、１６８。
【０３１９】
上記で論じられた保存されたレプリキン配列のシリーズは、本発明の好ましい実施形態であり、特に、免疫原性化合物およびワクチンとして有用であり、これらの配列の存在は、Ｈ５Ｎ１流行のタイミング、地理的な位置、および致死性に対する特定の予測値を有する。
Ｃ．インフルエンザＡ株におけるレプリキン骨格の保存
【０３２０】
下表１３は、ヒトおよび鳥における、インフルエンザの致命的な流行のレプリキンピーク遺伝子として、レプリキン骨格の役割への支持を提供する。表１３において、ガチョウレプリキンおよびその相同体の歴史が、１９１７年から現在の鳥類Ｈ５Ｎ１ウイルスの流行まで追跡される。表１３は、インフルエンザのウイルス株におけるガチョウレプリキンの「骨格」相同性の保存を示す。
【０３２１】
表１３は、その他のインフルエンザレプリキンにおけるガチョウレプリキンおよびその相同体のタンパク質構造の存在の歴史を、１年毎またはそれより短期間毎に示す。表１３は、それらの相同体におけるアミノ酸置換の歴史およびレプリキンの定義およびレプリキンにより供給される急速な複製機能に不可欠なレプリキン構造の特定アミノ酸の保存をさらに示す。
【０３２２】
表１３は、１９１７年ガチョウインフルエンザおよび１９１８年ヒト世界流行から２００７年Ｈ５Ｎ１「鳥インフルエンザ」相同体までのインフルエンザウイルスレプリキンペプチドの９０年間の保存において規則的な非ランダム置換を有する固定レプリキンピーク遺伝子骨格を示す。
【０３２３】
ガチョウレプリキンは、ｋｋで始まり、ｈｈで終わるインフルエンザウイルスの血球凝集素タンパク質における２９アミノ酸ペプチドＲＰＧである（配列番号３６７２）。レプリキンは、重複レプリキンを含有し得る。本レプリキン骨格は、レプリキン数が３を超えて上昇する場合のみ、ウイルスゲノムに生じ、臨床的流行が終わり、レプリキン数が３未満まで減少する場合、再度、消失する。
【表２６】
2011516027.tif 000027
【表２７】
2011516027.tif 000028
【表２８】
2011516027.tif 000029
Ｄ．２００７年Ｈ１Ｎ１の単離株におけるレプリキン骨格
【０３２４】
レプリキン骨格血球凝集素レプリキンピーク遺伝子は、今回、２００７年にタイで単離されたＨ１Ｎ１の１つのヒト症例において、同定されてた。この証拠は、Ｈ１Ｎ１が再起することを示唆する。同定されたＨ１Ｎ１レプリキン骨格は、ｋｎｇｌｙｐｎｌｓｋｓｙａｎｎｋｅｋｅｖｌｖｌｗｇｖｈｈ（配列番号２０１１）であり、全血球凝集素レプリキン数８．１、およびＲＰＧ内のレプリキン数２８と関連する。２００７年タイ単離株のＲＰＧ内のレプリキン数は、１９１８年世界流行、登録番号：ＩＲＵＺＬからのＨ１Ｎ１単離株のＲＰＧ内のレプリキン数よりも高く、そのＲＰＧ内のレプリキン数１９を有する。実施例５は、本発明者に２００７年タイ単離株の分析を提供する。
Ｅ．インフルエンザ、ＷＳＳＶ、およびＴＳＶにおける、相同性レプリキン骨格配列
【０３２５】
本発明者は、下の表１４に見られるように、高毒性インフルエンザウイルスと、ウイルスのレプリキン骨格部分におけるエビウイルスＷＳＳＶおよびＴＳＶとの間の関係をさらに確立した。広範に及ぶ置換が存在するが、エビ白点症候群ウイルスの幾つかの短レプリキンは、特に、長さと、キーリシン（ｋ）およびヒスチジン（ｈ）残基とに関して、インフルエンザウイルスレプリキン配列に対し有意な相同性を示す。同様であるがあまり広範に及ばない、相同体は、タウラ症候群ウイルスに見られる。これらの相同体は、配列が、共有する保有宿主に由来する、および／またはレプリキン産生の類似の機構が双方のウイルス群に使用されることを示唆する。
【表２９】
2011516027.tif 000030
【０３２６】
ＴＳＶは、ＷＳＳＶよりも毒性が少なく、ＴＳＶレプリキン骨格の構造は、ＷＳＳＶレプリキン骨格の構造よりもインフルエンザウイルスにあまり密接に関連しない。２０００年では、ＴＳＶは、レプリキン濃度２．７であった。２００１年〜２００４年で、ＴＳＶは、０．７という低さの、より低い平均レプリキン濃度であり、そのレプリキン骨格は、消失した。２００５年では、レプリキン骨格は、再現し、リシンおよびヒスチジンの増加、レプリキン濃度に比例した増加１．８、次いで、２００６年〜２００７年のＴＳＶの流行の増加を伴った。表１９を参照のこと。
Ｆ．レプリキンピーク遺伝子は、増加した予測および治療能力を提供する
【０３２７】
レプリキン構造の同定以来、レプリキン配列の増加した濃度と、増加した複製および毒性の間の相関が、多種のウイルスおよび生物で認められている。これらの観察は、レプリキンピーク遺伝子のコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）による本単離により、より正確に行われる。ウイルスのゲノム内でレプリキン配列の増加した濃度は、ウイルス性の大発生を予測し、治療する効果的な方法を開発するための事前の警告および新しい標的の双方を提供する一方、ゲノムまたはタンパク質のレプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン配列の濃度の増加の同定は、レプリキン濃度の変化および新しい標的の有効性の予測能力を増加する。
【０３２８】
例えば、増加する毒性のさらに精密な予想は、現在、とりわけ、インフルエンザのＨ５Ｎ１株（図１〜６）、ウエストナイルウイルス（図１２）、および口蹄疫ウイルス（図１１）中で、レプリキンピーク遺伝子の同定を通して利用可能である。これらおよび他のウイルスにおいて、全ゲノム内、ゲノムのタンパク質、ゲノムのレプリキンピーク遺伝子、またはＲＰＧを含有するタンパク質における、レプリキン配列の増加する濃度は、ウイルス性の流行を予測し、処置する効果的な方法を開発するための事前の警告および新しい標的の双方を提供する。
【０３２９】
ウイルス性のゲノム内でレプリキン配列の濃度の変化を監視することにより、一般的に、新生ウイルス性疾患を、動物またはヒト宿主において、それらの出現より前に、ウイルス保有宿主およびベクターにおいて同定することができる。ウイルスゲノム内での新生ウイルスおよびレプリキン配列の同定は、単離および検疫を含む、適切かつ事前の対策努力を可能し、新生ウイルスの配列に特異的なワクチンの合成および試験のための十分な時間を提供する。
【０３３０】
上述のように、本発明者は、レプリキン配列の最高濃度を有するウイルスのゲノムの領域として、インフルエンザウイルス（配列番号５４５）のＨ３Ｎ８株のｐＢ１遺伝子領域を同定している。レプリキンピーク遺伝子はまた、Ｈ５Ｎ１インフルエンザウイルスにおいて同定され、流行、増加する毒性、罹患数、およびヒト死亡数と相関付けられている。（図１〜６）同様に、レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質内で同定され、ウイルスの大発生と相関付けられている。図１１参照。第２のレプリキンピーク遺伝子（またはレプリキンピーク遺伝子領域）は、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質のフラグメント内で、さらに同定され、該ウイルスのレプリキンピーク遺伝子領域内で２つの特定のレプリキン配列は、口蹄疫ウイルス（例えば、配列番号１２４および１３０）の毒性と相関付けられている。レプリキンピーク遺伝子はまた、ウエストナイルウイルス（例えば、配列番号２５８）内で同定されている。図１２参照。レプリキンピーク遺伝子は、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、およびブタサーコウイルス（例えば、それぞれ、配列番号３４１および５２０）のヌクレオカプシドタンパク質内でさらに同定されている。図１３および１９参照。
【０３３１】
本発明は、診断、予測、および治療用途のために同定されたレプリキンピーク遺伝子または遺伝子セグメント（遺伝子領域）内のレプリキン配列を提供する。例えば、同定されたＲＰＧ内で同定されたそれぞれのレプリキン配列は、ワクチンおよび抗体療法を含む、診断および治療用途のために利用可能である。全レプリキンピーク遺伝子配列またはそのフラグメントは、同様に、診断、予測、治療、および予測用途のために利用可能である。さらに、ウイルスの単離株におけるレプリキンピーク遺伝子の存在は、急速複製の兆候である。それぞれの同定されたＲＰＧについて、連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列が、予測および治療用途のために同定されている。レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子領域の大きさは、アミノ酸数およびレプリキン数の双方に関して、単離され、報告されている、全ゲノム、タンパク質、またはそのフラグメントの配列の大きさに依存する。
【０３３２】
本発明は、経時的にゲノム内で保存され、したがって、ＥＩＶ内の急速複製および毒性の診断および操作のために、相対的に不変の好ましい標的として利用可能である、同定されたレプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子領域内でレプリキン配列をさらに提供する。
【０３３３】
ＲＰＧ内で点突然変異は、点突然変異が高毒性と相関性がある場合、優れた予測能力を提供し、さらに、当該の点突然変異がウイルスの新生株において同定される場合、抗体療法、ワクチン、および他の治療を通してウイルスの攻撃に対する優れた標的、ならびに優れた予測能力を提供する。
【０３３４】
本発明のさらなる態様は、レプリキンピーク遺伝子を捜索するソフトウェアを利用するステップを提供し、最高濃度のレプリキン、それらが生じる年、それらが生じる株、それらが生じる宿主、それらが生じる地理的位置、毒性と相関性がある上記の年、株、宿主、ならびに地理的位置および点または小変異の増加または減少を有するゲノムにおける点の発見を可能にする。
【０３３５】
現在、ソフトウェア手法によるレプリキンピーク遺伝子のコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）の検出は、ウイルスおよび他の生物の双方における、宿主および地理的位置の双方の上方調節されたレプリキン遺伝子活性を可能にする。本研究に見られるように、流行発生または致死性の増加等の関数との相関づけによる、年間ＲＰＧレプリキン分析は、その関数との相関性のための証拠を、初めて、実際に提供することができる。
【０３３６】
全ゲノムまたはＲＰＧ内のレプリキン数は、図１〜６中でＨ５Ｎ１に対して見られるように、インフルエンザウイルスにより生じたもの等の高い死亡数の感染の流行発生より前に予測を可能にする。当該の検出および地域の特定は、動物またはヒトにかかわらず、宿主のより優れた保護のための事前の集中的公共衛生準備を可能し、新ワクチンの製造および試験のために時間を与える。ＲＰＧの高いレプリキン数は、現在、宿主において、高率の致死性と一貫して関連があることを示し、該宿主は、植物、魚、エビ、またはＨ５Ｎ１鳥インフルエンザのヒト症例を含む、脊椎動物である。計数の増加は、流行が臨床的に顕著になる１年以上前に検出される場合が多い（図２、３、１０、１１、１９等）。機能が未知のウイルスエピトープを標的とするのではなく、全ゲノム内のレプリキンにより構造的に表され、レプリキンピーク遺伝子内に集中する急速複製を直接標的にするワクチンが、現在製造され得る。
【０３３７】
レプリキンは、広範に分布、保存される、致死性の定量的マーカーである特定の種のペプチドを示すという結論を下すことができる。理論により束縛されることを望まないが、株間の保存されたレプリキン構造の明らかな転移からの証拠は、それらが、多細胞性宿主に到達するために担体ウイルス間で水平に転移する、致死性の移動動作主であり得、致命的な結果を伴い急速に複製し得ることを示唆する。予防および療法のために新規に認められた標的として、レプリキンは、それらを破壊する必要がなく、急速複製、ならびに生物および細胞の致死性を特異的に制御するプラットホームを提供する。
Ｇ．診断および療法のためにＰＣＶにおける保存されたレプリキン
【０３３８】
ブタサーコウイルスのための公的に入手可能な配列の再検討において、本出願人は、１９９７年または１９９８年〜２００７年の多くの単離株：ｋｎｇｒｓｇｐｑｐｈｋ（配列番号３４５）、ｈｌｑｇｆａｎｆｖｋｋｑｔｆｎｋ（配列番号３４６）およびｋｋｑｔｆｎｋｖｋｗｙｌｇａｒｃｈ（配列番号３４７）にわたり保存される登録番号ＡＢＱ１０６０８から３つのレプリキン配列を同定した。これらの配列は保存されるため、それらは予測値を有し、例えば、ワクチン等の診断および治療用途のための新規の好ましい標的を提供する。さらに、これらの配列のうちのｈｌｑｇｆａｎｆｖｋｋｑｔｆｎｋ（配列番号３４６）およびｋｋｑｔｆｎｋｖｋｗｙｌｇａｒｃｈ（配列番号３４７）の２つ、は、登録番号ＡＢＱ１０６０８の同定されたＲＰＧ内に含まれる。したがって、これらの配列は、このような株が配列を含有する場合、毒性株を予測するための好ましい値である。また、配列は、例えば、ワクチン等の診断および治療用途のための好ましい標的を提供する。
【０３３９】
表１５は、保存されたレプリキン配列が開始するＰＣＶタンパク質配列内で保存された配列ｋｎｇｒｓｇｐｑｐｈｋ（配列番号３４５）およびアミノ酸位置を含有する、１９９７年〜２００７年のＰＣＶの単離株の登録番号を提供する。
【表３０】
2011516027.tif 000031
【表３１】
2011516027.tif 000032
【０３４０】
表１６は、保存されたレプリキン配列が開始するＰＣＶタンパク質配列内で保存された配列ｈｌｑｇｆａｎｆｖｋｋｑｔｆｎｋ（配列番号３４６）およびアミノ酸位置を含有する、１９９７年〜２００７年のＰＣＶの単離株の登録番号を提供する。
【表３２】
2011516027.tif 000033
【表３３】
2011516027.tif 000034
【０３４１】
表１７は、保存されたレプリキン配列が開始するＰＣＶタンパク質配列内で保存された配列ｋｋｑｔｆｎｋｖｋｗｙｌｇａｒｃｈ（配列番号３４７）およびアミノ酸位置を含有する、１９９８年〜２００７年のＰＣＶの単離株の登録番号を提供する。
【表３４】
2011516027.tif 000035
【表３５】
2011516027.tif 000036
ＸＩＩ．タバコモザイクウイルスおよび肺悪性腫瘍におけるレプリキンピーク遺伝子と致死性の関係
【０３４２】
上記に確立されるように、レプリキンピーク遺伝子は、とりわけ、世界流行インフルエンザ、鳥インフルエンザ、ウエストナイルウイルス、および鳥インフルエンザＨ５Ｎ１等のウイルス活性との相関性がある。レプリキンピーク遺伝子の現在までの最高活性は、肺癌に認められることが驚くことに発見されている（配列番号１７４１）。前世紀の初めに、ラウス肉腫、およびウイルスの研究が、現在の抗癌ワクチンのベースであるため、ウイルスが、幾つかの癌の原因と関連があることが十分に確認されているが、いかにウイルスが癌に関連するかは今だにあまり理解されていない。血清中の抗マリグニン抗体（ＡＭＡＳ）試験は、キーレプリキン配列、すなわち、グリオーマレプリキンペプチド、ｋａｇｖａｆｌｈｋｋ（配列番号３６５８）を含有するペプチドに対する抗体の産生を測定する癌のＦＤＡ認可済みのメディケア承認された早期検出方法であるが、いかにＡＭＡＳが細胞型にかかわらず癌を検出するかは、十分に理解されていない。現在、ウイルスおよび癌の領域における別の研究結果は、レプリキンの本発明者によって、レプリキン濃度が急速複製に関連しているタンパク質に集中しているウイルスおよび癌の両方における単離株に収斂している。
【０３４３】
ＲＰＧ内でより高いレプリキン数は、現在、該宿主は、植物、魚、エビ、またはＨ５Ｎ１鳥インフルエンザのヒト症例を含む、脊椎動物である、宿主において、高率の致死性と一貫して関連があることを示している。数の増加は、流行が臨床的に顕著になる１年以上前に検出される場合が多い。高計数の毒性および致死性との相関性に加えて、レプリキンに特異的な構造はが、本発明者により発見された。例えば、９０年間保存された２９アミノ酸レプリキン骨格（配列番号３６７２から始まる）は、連続した世代のインフルエンザウイルス株のゲノムにおいて、致命的世界流行および致命的Ｈ５Ｎ１流行のそれぞれに出現した。また、特定の病原体および悪性腫瘍のＲＰＧ内で反復する特定のレプリキン配列シグニチャーは、同定され、致死性との相関付けられている。例えば、同一のシグニチャー（配列番号１５８４）は、原生動物である熱帯熱マラリア原虫のＲＰＧ内で１１回、タバコモザイクウイルスにより誘発された悪化した細胞死を伴うコショウの木において悪化した細胞死を誘発したタバコモザイクウイルスのＲＰＧ内で２０回、非小細胞肺癌の１８アミノ酸ＲＰＧ内の５２レプリキン内で（重複することにより）５７回、反復することが認められた。
【０３４４】
本発明者は、理論により束縛されることを望まないが、上記の２つの研究の双方は、レプリキンが致死性の移動動作主であるという印象を裏付ける。病原性ウイルスは、単に致命的な移動動作主の担体であり得る。レプリキンピーク遺伝子内で最高レプリキン数は、今日まで、極めて致命的な非小細胞肺癌に認められている。レプリキン数は、１００アミノ酸あたり２８９レプリキン配列であることが認められた。乳癌および卵巣癌等の他の癌は、同様に、１００アミノ酸あたり４０を超えるレプリキン配列数を有するレプリキンピーク遺伝子内で非常に高いレプリキン数を有することが認められている。ＲＰＧは、同定され、レプリキン数１２９がリンパ芽球性白血病において、登録番号ＥＡＷ８４３４４に認められた。ＲＰＧは、同様に、同定され、レプリキン数２３が骨髄性白血病において、登録番号ＥＡＸ０９７６９に認められた。
【０３４５】
実験室で化学的に合成されたレプリキンは、ニワトリおよびウサギにおける、強力な抗体反応を産生する、免疫刺激剤であることが実験的に認められた。ＡＭＡＳ試験で測定された抗体は、癌または細胞型の組織学的診断よりむしろ、急速複製のレプリキンの化学に対するものであることは明らかである。したがって、例えば、「休止」である（このような癌の９０％を超える）組織学的に証明された前立腺癌は、ＡＭＡＳ試験において、低い抗体レベルを有する。しかし、これらの細胞が急速に複製する場合、ＡＭＡＳ試験により測定される抗体レベルは、著しく増加する。ＡＭＡＳの警告は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の産生の検出に先行することが多く、抗原は、前立腺癌へのその関係のため、測定を行うことが多い。ＰＳＡは、癌細胞により血液に放出されなければならない抗原であるタンパク質フラグメントを測定する一方、ＡＭＡＳは、早期検出可能事象である癌細胞のペプチド変化に対する抗体を測定するため、ＡＭＡＳは、恐らく、ＰＳＡに先行する。
【０３４６】
ヒトは、体内で共生的に住む数千のウイルスおよび細菌に対して宿主であり、それらが存在するため、急速複製のような幾つかの事象が疾患を生成しない限り、病原性は存在しない。したがって、完全に生物を破壊するための必然的な目的なしに、宿主ヒトと共生ウイルスおよび細菌との間の共生を制御する方法を学ぶことが、特に破壊が困難であることを証明する場合、重要であり得る。
【０３４７】
組織培養において増殖した癌細胞から単離されたペプチドは、レプリキン配列を含有することが認められている。酸素欠乏によって刺激される場合、これらの組織培養における細胞数は、１週間あたり５倍増加した。しかし驚くことに、レプリキン配列濃度は、１週間あたり１０倍（細胞数の２倍）増加し、癌組織培養における急速複製とレプリキン数の相関関係を示した。これらのレプリキン含有ペプチドの構造を決定し、個別に化学的に合成し、ウサギに投与した際、ペプチドは、大量に特定の抗マリグニン抗体を産生した。レプリキン含有ペプチドに反応する抗マリグニン抗体の産生は、ＡＭＡＳが悪性腫瘍におけるレプリキン活性を測定する確認の環を閉鎖する証拠を提供した。
【０３４８】
癌に特有のレプリキンの群の活性のＡＭＡＳ試験による早期検出に加えて、レプリキンは、広範に分布した致死性のマーカー、恐らく致死性の作用因子である。予防および療法のために新規に認められた標的として、レプリキンは、それらを破壊する必要がなく、急速複製、ならびに生物および細胞の致死性を制御するプラットホームを提供する。
ＸＩＩＩ．レプリキン数は、エビタウラ症候群ウイルスにおける毒性および致死性と相関性がある
【０３４９】
本出願人は、同様に、エビにおけるタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）を試験する独立研究所を使用する盲検試験において、エビにおける毒性および死亡数が、ＴＳＶにおけるレプリキン数と相関性があることを示した。本発明者は、ハワイ、ベリーズ、タイ、およびベネズエラからの４つの主要な単離株のうちのＴＳＶのゲノムを分析し、それぞれの単離株の毒性および死亡数を順位付ける予測を提供する。独立した研究所が、エビにおけるそれぞれの単離株を試験し、死亡数におけるブラインドデータを提供した。該データは、レプリキン濃度と死亡数との間の定量的線形相関を示す。実施例１８を参照のこと。疫学、ウイルス学および宿主の違いにもかかわらず、これらのデータのすべては、病原体の流行と、病原体および悪性腫瘍の致死性とを予測する際に、レプリキン濃度の価値をさらに支持する。
ＸＩＶ．リボヌクレオチドレダクターゼ遺伝子領域のレプリキンピーク遺伝子におけるレプリキン濃度はＷＳＳＶ流行と相関性を示した
【０３５０】
白点症候群ウイルス（ＷＳＳＶ）におけるレプリキン濃度の増加は、ウイルスの毒性の増加を予測し、到来する流行、または罹患数、極端な場合、死亡数の増加の予測を可能にする。ゲノムまたはゲノムセグメントにおいて、または経時的に、もしくは単離株間のウイルスのタンパク質もしくはタンパク質フラグメントにおいて、レプリキン濃度の増加を示す、ＷＳＳＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列の検討は、エビにおける大発生の増加の指標として使用される。ＰｕｂＭｅｄ、または他の公的なもしくは私的源からのＷＳＳＶの単離株に対して公的に入手可能な配列を、手動で、またはプロプライエタリ検索ツールソフトウェア（マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣから米国で市販のレプリキンＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標））を使用して、分析することができる。
【０３５１】
本出願人は、ＷＳＳＶにおけるレプリキン濃度と流行をもたらすウイルスの毒性の増加との間の相関関係を確立した。本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号を有するＷＳＳＶの単離株の公的に入手可能なアミノ酸配列を検討し、ウイルスのゲノムのリボヌクレオチドレダクターゼ遺伝子領域のレプリキンピーク遺伝子（例えば、配列番号６６９）において、レプリキン濃度の著しい増加を確認している。著しい増加は、２００１年のエビにおけるＷＳＳＶの有意の大発生の直前に生じた。図１８は、２０００年のＷＳＳＶゲノムにおけるレプリキン数の増加と２００１年のＷＳＳＶの有意な大発生との間の相関関係を示す。２０００年に、著しく高いレプリキン濃度９７．６が、ＷＳＳＶにおいて認められる。２０００年からの単離株においてリボヌクレオチドレダクターゼ内で同定されたレプリキンピーク遺伝子において、レプリキン濃度は、１１０．７まで急上昇しており、続く２００１年のＷＳＳＶの有意な大発生の明白な予測信号を提供する。登録番号ＡＡＬ８９３９０（配列番号６６８）で公的に入手可能なリボヌクレオチドレダクターゼ配列の分析を実施例１０に開示する。
Ａ．ＷＳＳＶの年間レプリキン数の分析
【０３５２】
本出願人は、ＰｕｂＭｅｄからのＷＳＳＶの単離株のための公的に入手可能な配列を分析した。データは、表１８に含まれ、図１８においてグラフを使って説明される。平均レプリキン濃度を、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能な登録番号を有する、ＷＳＳＶのためのすべてのアミノ酸配列に対して決定した。その後、平均レプリキン数は、特定の年において単離され、報告された、すべてのウイルスのために決定された。表ＷＳＳＶは、レプリキン数分析の結果を提供する。データがない年は、表に含まれない。
【表３６】
2011516027.tif 000037
【表３７】
2011516027.tif 000038
【表３８】
2011516027.tif 000039
Ｂ．ＷＳＳＶ大発生の予測および治療
【０３５３】
流行および将来の大発生の予測は、例えば、ＷＳＳＶの単離株のレプリキン数を検討、および特定の年のレプリキン数と、他年からのレプリキン数との比較により行われ得る。１年から次の年、好ましくは、１年、２年、３年、または５年以上にわたる、レプリキン濃度の有意な増加は、さらに毒性の高いＷＮＶの大発生を開始し得るＷＮＶの新生株の予測値を提供する。ＷＳＳＶの大発生は、レプリキン数の有意な増加が観察されてから約６ヶ月以内〜約１年、約３年、または約５年以上で予測され得る。該大発生は、好ましくは、約１年以内〜約３年まで、さらに好ましくは、約１年以内〜約２年まで予測される。したがって、ＷＳＳＶの流行は、図１８に示されるように、１年以内〜約２年に予測され得、流行は、レプリキン濃度の著しく有意な増加から約１年後に、特に、同定されたレプリキンピーク遺伝子において生じた。
【０３５４】
著しい増加は、１年以上、例えば、３年、４年、５年、またはそれ以上の期間にわたり観察され得る。大発生は、同様に、レプリキン濃度の観察可能な減少の初期観察とそれに続く著しい増加から約６ヶ月以内〜約１年またはそれ以上で予測され得る。
【０３５５】
上記のレプリキン濃度とウイルス性の大発生との相関関係は、ＷＳＳＶの単離株のＲＰＧ内でレプリキン濃度の増加または減少を監視することによりＷＳＳＶの大発生を予測する方法を提供する。該方法は、個別株の単離株、またはＷＳＳＶのすべての株の単離株を使用することができる。
ＸＶ．ＴＳＶ流行におけるレプリキン数
【０３５６】
タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）におけるレプリキン濃度の増加は、ウイルスの毒性および致死性の増加を予測し、到来する大発生、または致死率の増加の予測を可能にする。図１９は、ＴＳＶのゲノム内で増加するレプリキン数とエビにおける２０００年および２００７年のウイルスの大発生との間の相関関係を示す。グラフに表されるレプリキン数のデータは、表１９に見られる。疾患の有意な大発生が、２０００年および２００７年で認められる。ウイルスの大発生は、レプリキン濃度の増加に伴い生じることがグラフから認められ得る。２０００年では、ＴＳＶは、レプリキン濃度２．７であった。２００１年〜２００４年で、ＴＳＶは、より低い平均レプリキン濃度０．７であり、同定レプリキン骨格は、消失した。２００５年では、レプリキン骨格は、リシンおよびヒスチジンの増加、レプリキン濃度に比例した増加１．８、次いで、２００６年〜２００７年のＴＳＶの発生の増加と共に再現した。
【表３９】
2011516027.tif 000040
【０３５７】
ＴＳＶは、ＷＳＳＶよりも毒性が少なく、ＴＳＶレプリキン骨格の構造は、ＷＳＳＶレプリキン骨格の構造よりもインフルエンザウイルスにあまり密接に関連しない。
ＸＩＶ．ソフトウェア
【０３５８】
本発明のさらなる態様は、レプリキンピーク遺伝子を捜索するソフトウェアを利用するステップを提供し、最高濃度のレプリキン、それらが生じる年、それらが生じる株、それらが生じる宿主、それらが生じる地理的位置、毒性と相関性がある上記の年、株、宿主、ならびに地理的位置および点または小変異の増加または減少を有する、ゲノムにおける点の発見を可能にする。
ＸＶＩＩ．ＳＡＲＳのレプリキン濃度は、流行と相関性がある
【０３５９】
コロナウイルスにおけるレプリキン濃度の増加はまた、ＳＡＲＳコロナウイルス流行とも相関性がある。特に、図９で明らかであるように、スパイクにおけるレプリキン濃度およびヌクレオカプシドコロナウイルスタンパク質は、２００３年のＳＡＲＳコロナウイルス流行に先行した。図９では、Ｘ軸は、年を示し、Ｙ軸は、レプリキン濃度を示す。ＳＡＲＳ大発生の出現を２００３年〜２００４年でグラフ内に影をつけた領域で示す。影をつけた領域のピークは、ＳＡＲＳ流行が２００３年に生じた８ヶ国の総数を示す。実線の黒色の記号は、スパイクコロナウイルスタンパク質に対する平均レプリキン濃度を示し、垂直な黒色の棒は、平均の標準偏差を示す。
【０３６０】
図９は、スパイクタンパク質における、１９９５年〜２００１年の低コロナウイルスレプリキン濃度の驚くべき不変性、次いで、２００３年にＳＡＲＳ流行が出現する１年前の２００２年の劇的な増加を示す。ＳＡＲＳにおけるスパイクタンパク質のレプリキン濃度は、その後、通常の２００３年前のレベルに戻り、それは、ＳＡＲＳの消失と相関性がある。
ＸＶＩＩＩ．受動免疫
【０３６１】
本発明の別の態様において、単離されたレプリキンペプチドは、抗体を生成するために使用され得、例えば、個人において受動免疫を提供するために使用され得る。当該技術分野において知られる様々な手順は、レプリキン配列に対する抗体の産生のために使用され得る。このような抗体は、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化、一本鎖、Ｆａｂフラグメント、およびＦａｂ発現ライブラリーにより生成されたフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。細胞毒性因子に関連する抗体もまた、生成され得る。抗体はまた、抗ウイルス剤と併せて投与され得る。さらに、異なるレプリキンに対する抗体の組み合わせは、抗体カクテルとして投与され得る。
【０３６２】
レプリキンに対するモノクローナル抗体は、抗体分子の産生のために提供する任意の技法を使用することにより調製され得る。これらは、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎにより最初に記載されるハイブリドーマ技術（Ｎａｔｕｒｅ、１９７５、２５６：４９５−４９７）、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｓｂｏｒ  ｅｔ  ａｌ．、１９８３、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｔｏｄａｙ、４：７２）、およびＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ．、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ａｌａｎ  Ｒ．  Ｌｉｓｓ、Ｉｎｃ．、ｐｐ．７７−９６）が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、キメラ抗体の産生のために開発された技術（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．、１９８４、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ  ＵＳＡ、８１：６８５１−６８５５）または他の技術を使用することができる。あるいは、一本鎖抗体の産生のために記載された技術（米国第４，９４６，７７８号）を適応し、レプリキン特異性一本鎖抗体を産生することができる。
【０３６３】
ウイルスの新生または再新生株に存在することが認められた任意のペプチドに対する抗体、およびそのような抗体の組み合わせは、ウイルス感染の治療および／または予防に有用であって、特に、ＲＰＧペプチドおよびＲＰＧペプチド内で単離されたレプリキン配列が挙げられる。
【０３６４】
レプリキンに対する結合部位を含有する抗体フラグメントは、既知の技術により生成され得る。例えば、該フラグメントは、抗体分子のペプシン消化により産生され得るＦ（ａｂ’）２フラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を減少させることにより生成され得るＦａｂフラグメントが挙げられるが、これらは限定されない。あるいは、Ｆａｂ発現ライブラリーは、所望の特異性をもって、モノクローナルＦａｂフラグメントの急速かつ容易な同定を可能にするために生成することができる（Ｈｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４６：１２７５−１２８１）。
【０３６５】
本発明の別の態様において、１つ以上のレプリキンにさらされた個人から得られた１つ以上のレプリキンに対する抗体を含有する免疫血清は、別の個人または動物における受動免疫を誘発するために使用され得る。免疫血清は、治療を必要とする対象に、静脈注射で投与され得る。受動免疫はまた、１つ以上のレプリキンに対する事前抗体を有する受容者に注射することにより達成され得る。受動免疫を使用し、感染性生物にさらされている個人に対する即時保護を提供し得る。免疫血清または事前抗体の投与は、通常であり、熟練した医療従事者であれば、所望の効果を達成するために必要とされる血清または抗体の量を容易に確認することができる。病原体の特定のタンパク質抗原を対象とするワクチン（ＶＰ１タンパク質またはＶＰ１タンパク質の大きなセグメントに対して開発されている口蹄疫ワクチン等）が、疾患に対して保護を提供する際に、十分に有効ではない理由の１つは、最良の抗体が生成されていない、すなわち、レプリキンに対する抗体が生成されていない可能性が高いことである。
【０３６６】
例えば、大型タンパク質フラグメントに存在するレプリキン以外のいずれかのエピトープは、抗原優位現象に従い、および／または抗体を産生する処理のための小型配列への大型タンパク質配列の加水分解が、存在する任意のレプリキン構造の完全性の欠失をもたらす、例えば、該レプリキンが２つに切断される、および／または該ヒスチジン残基が加水分解処理において欠失されるため、妨げになる可能性がある。本研究は、生成されるさらに有効なワクチンのために、他のエピトープではなく、レプリキン配列が、ワクチンとして使用されるべきであることを示唆する。例えば、本発明のワクチンは、３点認識システムにより同定されたレプリキンペプチドのうちの任意の１つを使用して生成され得る。さらに好ましいワクチンは、ＲＰＧ内で単離された少なくとも１つのレプリキン配列を含む。別の好ましいワクチンは、ＲＰＧペプチドを含む。ウイルスワクチンで用いる好ましいレプリキンペプチドの中で、１年以上、アミノ酸配列から欠失後、「再出現」に認められたレプリキンが、保存される。
【０３６７】
本発明のレプリキンペプチドは、単独または様々な組み合わせにおいて、ペプチドに対する抗体を産生するために対象の免疫系を刺激するために、好ましくは静脈または筋肉注射により、対象に投与される。一般に、ペプチドの用量は、約０．１μｇ〜約１０ｍｇの範囲である。別の実施形態において、ペプチドの用量は、約１０μｇ〜約１ｍｇの範囲である。好ましい実施形態において、ペプチドの用量は、約５０μｇ〜約５００μｇの範囲である。熟練した医療従事者であれば、効果的な免疫反応を産生するために必要とされる用量および用量数を容易に決定することができる。
ＸＩＸ．レプリキン数を伴う流行を予測する方法の信頼性の対照試験
【０３６８】
上のＨ５Ｎ１データを含有する、表３は、８つの遺伝子領域にわたるレプリキン数データを提供し、増加する相関関係は、死亡データと全ウイルス、ポリメラーゼ遺伝子とｐＢ１遺伝子領域（レプリキンピーク遺伝子）との間で認められる。例えば、図４、１６、および１７も参照のこと。レプリキン数の増加および死亡数の相関的態様に加えて、表３のデータ、および本明細書に含有する他のデータのすべては、上記にレプリキン濃度の変化を伴うウイルスの毒性および大発生の変化を予測する手法の力および妥当性の強い確認を提供する。これらのデータは、ＰｕｂＭｅｄにおける約１２００万の全登録番号内で数千の個々の登録番号を独立して選択し、検査する方法の客観テストを示し、それぞれの選択は、客観的ソフトウェアを使用して、個別の要求下で、ＰｕｂＭｅｄデータベースに独立して提出される。それぞれの要求に基礎となる信頼性のある原理および信頼性のある方法がなければ、無作為な結果、または結果のない、またはｐ＜０．００１で互いに追跡しない結果を得る可能性は、著しく増加する。表３は、１つを別と比較する場合、それぞれの群間で、ｐが０．００１未満である結果を提供する。
【０３６９】
表３において、相関性がある構造は、本出願人の知る限りでは、以前に相関性がなかった、すなわち、本発明者は、１つの内部ウイルス構造と別の内部ウイルス構造との関係（例えば、全ウイルス遺伝子領域とポリメラーゼとレプリキンピーク遺伝子領域との間の３方向の関係）を試験し、ウイルス感染の宿主の結果に対するこれらの２つ以上の内部構造の外部関係、すなわち、死亡率を試験した。
【０３７０】
表３は、反復試行における、一貫性のある再生可能なデータを表し、それは、任意の方法の信頼性の本質である。例えば、表３は、（１）レプリキンの全ウイルス濃度、（２）レプリキンの単なるポリメラーゼ濃度、および（３）レプリキンの単なるレプリキンピーク遺伝子濃度における独立データを提供する。データは、その後、３回、すなわち、２００３年、２００４年、および２００５年での、Ｈ５Ｎ１死亡数との相関付けられる。ｐＡおよびｐＢ２遺伝子領域の有意な変化の欠失は、対照を提供する。それぞれの症例において、該方法は、３つの方法でレプリキン濃度を測定し、それらのそれぞれは、独立して、死亡数を正確に予測し、それによって該方法を確認し、レプリキンピーク遺伝子の増大機能を過程でさらに説明する。
実施例
実施例１
１９６８年世界流行からのＨ３Ｎ２単離株のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数の算出
【０３７１】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＢＢ５４５２３の問い合わせを行った。登録番号ＡＢＢ５４５２３は、１９６８年、メンフィスにおいて単離されたインフルエンザＡウイルスのＨ３Ｎ２株のゲノム情報から推定される、配列番号１６６４のアミノ酸配列の開示する。配列番号１６６４の分析により、本発明者は、残基１５（ヒスチジン）で始まり、残基８５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列（配列番号１６６５）を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０３７２】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１６６５）を単離した。配列番号１６６５は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびインフルエンザの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。１７のレプリキン配列（配列番号１６６７〜１６８２）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号１６６５のＲＰＧ内で同定された。配列番号１６６７〜１６７４は、登録番号ＡＢＢ５４５２３に開示される配列（配列番号１６６４）のアミノ末端内で同定され、配列番号１６７５〜１６８２は、配列の中央分子内で同定された。
【０３７３】
ＡＢＢ５４５２３で開示されたアミノ酸配列（配列番号１６６４）のレプリキン数は、レプリキン数１８．９の、総数９０のアミノ酸における、１７レプリキン配列であった。ＲＰＧ（配列番号１６６５）のレプリキン数は、レプリキン数２３．９の、総数７１のアミノ酸における、１７レプリキン配列であった。
実施例２
２００３年からのヒトＨ５Ｎ１単離株のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数の算出
【０３７４】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＢＡＥ０７１９９の問い合わせを行った。登録番号ＢＡＥ０７１９９は、２００３年に香港において単離されたインフルエンザＡウイルスのＨ５Ｎ１株のＲＮＡポリメラーゼ遺伝子のゲノム情報から推定される、アミノ酸配列を開示する。本発明者は、ポリメラーゼ配列の全ｐＢ１遺伝子領域（配列番号１６８３）を分析した。配列番号１６８３の分析により、本発明者は、残基１６８（リシン）で始まり、残基２１５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０３７５】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１６８４）を単離した。配列番号１６８４は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびインフルエンザの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。７つのレプリキン配列（配列番号１６８５〜１６９１）は、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号１６８４のＲＰＧ内で同定された。配列番号１６８５〜１６９１のレプリキン配列は、登録番号ＢＡＥ０７１９９に開示される配列（配列番号１６８３）のアミノ末端内で同定され、配列番号１６９２〜１６９４のレプリキン配列は、配列の中央分子内で同定され、配列番号１６９５〜１６９９のレプリキン配列は、配列のカルボキシル末端内で同定された。
【０３７６】
全ｐＢ１領域配列（配列番号１６８３）のレプリキン数は、レプリキン数２．０の、総数７５７アミノ酸における１５レプリキン配列であった。ＲＰＧ（配列番号１６８４）のレプリキン数は、レプリキン数１４．６の、総数４８のアミノ酸における７レプリキン配列であった。
実施例３
２００６年のインドネシアからのヒトＨ５Ｎ１単離株のｐＢ１遺伝子領域およびｐＢ１−Ｆ２サブ遺伝子領域のレプリキン数の算出
【０３７７】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＢＩ３６２５７の問い合わせを行った。登録番号ＡＢＩ３６２５７は、２００６年にインドネシアにおいて単離されたインフルエンザＡウイルスのＨ５Ｎ１株のｐＢ１遺伝子領域のゲノム情報から推定される、アミノ酸配列を開示する。本発明者は、ｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域（配列番号１７００）を分析した。配列番号１７００の分析により、本発明者は、残基１５（ヒスチジン）で始まり、残基８５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列（配列番号１７０１）を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０３７８】
本発明者は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびインフルエンザの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１７０１）を単離した。１６レプリキン配列（配列番号１７０２〜１７１７）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測のために、配列番号１７０１のＲＰＧにおいて、同定された。配列番号１７０２〜１７０３のレプリキン配列が、配列番号１７０１の配列のアミノ末端内で同定され、配列番号１７０４〜１７１７のレプリキン配列が、配列の中央分子内で同定され、レプリキン配列は、カルボキシル末端内で同定されなかった。
【０３７９】
全ｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域配列（配列番号１７００）のレプリキン数は、レプリキン数１７．８の、総数９０のアミノ酸における１６レプリキン配列であった。ＲＰＧ  ｐＢ１−Ｆ２サブ遺伝子領域（配列番号１７０１）のレプリキン数は、レプリキン数２２．５７の、総数７１のアミノ酸における１６レプリキン配列であった。
実施例４
２００７年のインドネシアからのヒトＨ５Ｎ１単離株のｐＢ１遺伝子領域およびｐＢ１−Ｆ２サブ遺伝子領域のレプリキン数の算出
【０３８０】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＢＭ９０５２０の問い合わせを行った。登録番号ＡＢＭ９０５２０は、２００７年にインドネシアにおいて単離されたインフルエンザＡウイルスのＨ５Ｎ１株のｐＢ１遺伝子領域のゲノム情報から推定される、アミノ酸配列を開示する。本発明者は、ｐＢ１遺伝子領域（配列番号１７２２）を分析した。配列番号１７２２の分析により、本発明者は、ｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域において、残基１５（ヒスチジン）で始まり、残基８５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列（配列番号１７２３）を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０３８１】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１７２３）を単離した。配列番号１７２３は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびインフルエンザの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。１６レプリキン配列（配列番号１７２４〜１７３９）が、本明細書に記載される、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号１７２３のＲＰＧ（またはｐＢ１−Ｆ２遺伝子のサブ領域）内で同定された。配列番号１７２４〜１７２５のレプリキン配列は、配列番号１７２３の配列のアミノ末端内で同定され、配列番号１７２６〜１７３９のレプリキン配列は、配列の中央分子内で同定され、レプリキン配列は、カルボキシル末端内で同定されなかった。
【０３８２】
全ｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域配列（配列番号１７２２）のレプリキン数は、１７．８のレプリキン数の、総数９０のアミノ酸における１６レプリキン配列であった。ＲＰＧ（配列番号１７２３）のレプリキン数は、レプリキン数２２．５の、総数７１のアミノ酸における１６レプリキン配列であった。
実施例５
レプリキン骨格を有する２００７年のタイからのＨ１Ｎ１単離株のＲＰＧのレプリキン数の算出
【０３８３】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＢＳ７１６７８の問い合わせを行った。登録番号ＡＢＳ７１６７８は、２００７年にタイにおいて単離されたインフルエンザＡウイルスのＨ１Ｎ１株の血球凝集素遺伝子領域のゲノム情報から推定される、アミノ酸配列を開示する。本発明者は、ＡＢＳ７１６７８で提供されたアミノ酸配列（配列番号１９９５）を分析した。配列番号１９９５の分析により、本発明者は、残基１４３（ヒスチジン）で始まり、残基２３５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列（配列番号１９９６）を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。レプリキン骨格である、ｋｎｇｌｙｐｎｌｓｋｓｙａｎｎｋｅｋｅｖｌｖｌｗｇｖｈｈ（配列番号２０１１）をＲＰＧ内で認めた。
【０３８４】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１９９６）を単離した。配列番号１９９６は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、インフルエンザの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および予防の使用のために同定された。２６のレプリキン配列（配列番号１９９９〜２０２４）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予防的使用のために、配列番号１９９６のＲＰＧ内で同定された。配列番号１９９７〜２０１６のレプリキン配列は、配列番号１９９５の配列のアミノ末端内で同定され、配列番号２０１７〜２０２９のレプリキン配列は、配列の中央分子部分内で同定され、配列番号２０３０〜２０４２は、カルボキシル末端内で同定された。レプリキン配列は、診断、治療、および予測的な使用のために単離された。
【０３８５】
全血球凝集素配列（配列番号１９９５）のレプリキン数は、レプリキン数８．１の、総数５６４のアミノ酸における４６のレプリキン配列であった。ＲＰＧ領域（配列番号１９９６）のレプリキン数は、レプリキン数２８の、総数９３のアミノ酸における２６のレプリキン配列であった。
実施例６
登録番号ＡＢＳ８９３９５で報告されたＥＩＶ単離株におけるレプリキンピーク遺伝子の同定。
【０３８６】
本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能なレプリキン配列を検討し、入手可能な単離株のレプリキンピーク遺伝子領域を判定した。レプリキンピーク遺伝子は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで、登録番号ＡＢＳ８９３９５における、ｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域のウイルス内で同定された。以下の実施例は、Ｈ３Ｎ８血清型インフルエンザＡウイルスの２００５年のメリーランド株の単離株における、レプリキンピーク遺伝子の判定を提供する。
【０３８７】
本発明者は、登録番号ＡＢＳ８９３９５で問い合わせを行い、与えられたアミノ酸配列（配列番号５４５）を分析した。配列の分析により、本発明者は、残基１５（ヒスチジン）で始まり、残基８５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列（配列番号５４６）を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０３８８】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号５４６）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、および結核の致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。１６のレプリキン配列（配列番号５４７〜５６２）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号５４７〜５４８のレプリキン配列は、配列のアミノ末端内で同定され、配列番号５４９〜５６２のレプリキン配列は、配列の中央分子内で同定され、レプリキンは、カルボキシル末端内で同定されなかった。
【０３８９】
全ｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域配列（配列番号５４５）のレプリキン数は、１７．８レプリキン数の、総数９０のアミノ酸における１６レプリキン配列であった。ＲＰＧ領域（配列番号５４６）のレプリキン数は、レプリキン数２２．５の、総数７１のアミノ酸における１６のレプリキン配列であった。
実施例７
登録番号ＡＢＡ５４５８５において報告されたウエストナイルウイルス単離株におけるレプリキンピーク遺伝子の同定
【０３９０】
本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能なレプリキン配列を検討し、入手可能なウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）単離株のレプリキンピーク遺伝子を判定した。ＷＮＶの全エンベロープタンパク質は、登録番号ＡＢＡ５４５８５で報告された。レプリキンピーク遺伝子は、ＷＮＶエンベロープタンパク質の３，４３３アミノ酸ポリタンパク質配列において、同定された。レプリキンピーク遺伝子は、アミノ酸残基２７９７で始まり、アミノ酸残基２８３６まで延長し、同定された（合計４０のアミノ酸残基）。このセクションにおけるレプリキン配列数は、１２であった。レプリキン数（１００アミノ酸あたりのレプリキン）は、３０であった。ＷＮＶのエンベロープタンパク質のレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）は、配列番号２５８であり、ＲＰＧは、１２の不断レプリキンを含有する（配列番号２４６〜２５７）。
実施例８
ブタ呼吸障害症候群ウイルスにおけるＲＰＧの算出
【０３９１】
本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能なレプリキン配列を検討し、入手可能なＰＲＲＳＶ単離株のレプリキンピーク遺伝子領域を判定した。レプリキンピーク遺伝子は、２００３年のメキシコからのＰＲＲＳＶ単離株の報告されたヌクレオカプシドタンパク質をコードするｍＲＮＡからの登録番号ＡＡＯ４３２６１において、同定された。本発明者は、登録番号ＡＡＯ４３２６１で提供されたアミノ酸配列を分析したが、これは、ウイルスのゲノムのＯＲＦ７内で１２３アミノ酸と共に報告される。配列の分析により、本発明者は、残基７（リシン）で始まり、残基６６（ヒスチジン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０３９２】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３９４）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびＰＲＲＳＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。７のレプリキン配列（配列番号３９５〜４０１）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号３９５は、配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号３９６〜４０１は、配列の中央分子部分内で同定された。
【０３９３】
登録番号ＡＡＯ４３２６１における全ヌクレオカプシド配列のレプリキン数は、１２３アミノ酸残基内における７レプリキン配列、すなわち５．７であった。ＲＰＧ領域（配列番号３９４）のレプリキン数は、レプリキン数１１．７の、総数６０のアミノ酸における７のレプリキン配列であった。
【０３９４】
ＲＰＧ（配列番号３９４）の４５位および４６位でのアスパラギンおよびメチオニン残基は、本発明者により、直下で論じられる登録番号ＡＢＦ１９５６８等の他の報告されたヌクレオカプシド配列と比較されるように、ＲＰＧ内で非保存位置として同定された。致死性および／または毒性の変化と関連するＲＰＧ内で非保存位置は、大発生を予測するための本発明の方法において、特に有用である。他のＰＲＲＳＶヌクレオカプシドＲＰＧ配列におけるこれらの点変異の存在は、より高い毒性および／または致死性の証拠を提供する。
【０３９５】
レプリキンピーク遺伝子はまた、メキシコからのＰＲＲＳＶ２００６単離株の核酸配列からの登録番号ＡＢＦ１９５６８において同定された。報告された配列は、９９アミノ酸残基を有する。ＲＰＧ（配列番号４０２）は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、ＰＲＲＳＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。ＲＰＧの全長は、２９アミノ酸である。レプリキン数は、４１．４である。配列番号４０３〜４１４のレプリキン配列が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号４０３〜４１４が、配列のアミノ末端内で同定された。レプリキン配列は、中央分子またはカルボキシ末端内で同定されなかった。
【０３９６】
１４位から１６位でグリシン、プロリン、およびグリシン残基、並びに２１位から２５位でアスパラギン、アルギニン、リシン、アルギニン、およびアスパラギン残基は、上述の登録番号ＡＡＯ４３２６１等の他の報告されたヌクレオカプシド配列と比べて、非保存位置として、ＲＰＧ（配列番号５０７）内で同定された。さらに、上述の登録番号ＡＡＯ４３２６１におけるＲＰＧと比較して、２００６年メキシコ単離株内で同定されたＲＰＧは、ＲＰＧの短縮、およびより短いＲＰＧ内のレプリキン配列の注目すべき縮合を示す。結果は、死亡数の増加があった２００６年のメキシコにおける、ＰＲＲＳＶの深刻な流行に対応する、２００３年から２００６年のレプリキン数の著しい増加である。
【０３９７】
本出願人は同様に、２０００年、２００３年、および２００６年のそれぞれで、中国からの単離株の配列を有する、登録番号ＡＡＭ１８５６５、ＡＡＰ８１８０９、ＡＢＬ６０９２０を分析し、単離株のレプリキンピーク遺伝子（配列番号３４１、３４２、および３４３）を判定した。
【０３９８】
レプリキンピーク遺伝子は、残基７（リシン）と残基６６（ヒスチジン）の間で登録番号ＡＡＭ１８５６５において、同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３５３）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびＰＲＲＳＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。１３のレプリキン配列（配列番号３５４〜３６６）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号３５４〜３５７は、配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号３５８〜３６６は、配列の中央分子部分内で同定された。
【０３９９】
登録番号ＡＡＭ１８５６５で全配列のレプリキン数は、１２３アミノ酸残基内で、１３レプリキン配列すなわち１０．６であった。ＲＰＧ領域（配列番号３５３）のレプリキン数は、レプリキン数２１．７の、総数６０のアミノ酸における１３のレプリキン配列であった。
【０４００】
レプリキンピーク遺伝子は、残基７（リシン）と残基６６（ヒスチジン）の間で登録番号ＡＡＰ８１８０９において、同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３６７）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびＰＲＲＳＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。１３レプリキン配列（配列番号３６８〜３８０）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号３６８〜３７１は、配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号３７２〜３８０は、配列の中央分子部分内で同定された。
【０４０１】
登録番号ＡＡＰ８１８０９で全配列のレプリキン数は、１２３のアミノ酸残基内で、１３のレプリキン配列すなわち１０．６であった。ＲＰＧ領域（配列番号３６７）のレプリキン数はレプリキン数、２１．７の、総数６０のアミノ酸における１３のレプリキン配列であった。
【０４０２】
レプリキンピーク遺伝子は、残基７（リシン）と残基６６（ヒスチジン）の間で登録番号ＡＢＬ６０９２０において、同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３８２）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびＰＲＲＳＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。１０レプリキン配列（配列番号３８４〜３９３）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号３８４〜３８７は、配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号３８８〜３９３は、配列の中央分子部分内で同定された。
【０４０３】
登録番号ＡＢＬ６０９２０で全配列のレプリキン数は、１２３アミノ酸残基内で、１０レプリキン配列すなわち８．１であった。ＲＰＧ領域（配列番号３６７）のレプリキン数は、レプリキン数１６．７の、総数６０のアミノ酸における１０のレプリキン配列であった。
実施例９
ブタサーコウイルスにおけるＲＰＧの算出
【０４０４】
本出願人は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能なレプリキン配列を検討し、ＰＣＶの入手可能な単離株のレプリキンピーク遺伝子を判定した。本発明者は、１９９７年のカナダのマニトバ州における感染ブタから単離されたＰＣＶの株の登録番号ＡＡＣ５９４７２で、タンパク質フラグメントのレプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）、および２００７年の中国における感染ブタから単離されたＰＣＶの株の登録番号ＡＢＰ６８６５７で、推定切断レプリカーゼタンパク質のＲＰＧを同定かつ比較した。ＡＡＣ５９４７２フラグメントは、単離株のオープン・リーディング・フレーム１１において、予想した１．８ｋＤａタンパク質をコードする核酸から同定された。ＡＢＰ６８６５７の推定切断レプリカーゼタンパク質は、単離株のオープン・リーディング・フレーム１において同定された。
【０４０５】
登録番号ＡＡＣ５９４７２において、本発明者は、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ（配列番号５２０）を同定した。ＲＰＧは、残基２（リシン）で始まり、残基１２（リシン）まで連続する。４つのレプリキン配列（配列番号５２１〜５２４）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、同定された。ＲＰＧの全長は、１１アミノ酸である。レプリキン数は、３６．４である。全フラグメントのレプリキン数は、１４アミノ酸において４つのレプリキン配列すなわち２８．６であった。
【０４０６】
登録番号ＡＢＰ６８６５７において、本発明者は、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ（配列番号５２５）を同定した。１３のレプリキン配列（配列番号５２６〜５３８）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、同定された。ＲＰＧの全長は、３８アミノ酸である。レプリキン数は、３４．２である。全体の推定切断タンパク質のレプリキン数は、６．２であった。
【０４０７】
登録番号ＡＡＣ５９４７２で報告された配列は、１４アミノ酸残基のみであった。それにもかかわらず、ＲＰＧ内での、高濃度の連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列（レプリキン数３６．４）は、毒性を予測し、ワクチンとして入手可能な配列を提供する。それに対して、登録番号ＡＢＰ６８６５７で報告された切断されたレプリカーゼタンパク質のＲＰＧは、３０６アミノ酸残基を有するが、同定されたＲＰＧは、１３レプリキン配列および３４．２同等のレプリキン数を有し、それは、同様に、毒性を予測し、ワクチンとして入手可能な配列を提供する。同様に、レプリキン数の高いＲＰＧは、ＰＣＶの治療および予防のための免疫原性化合物の産生のための標的を提供する。
【０４０８】
レプリキンピーク遺伝子は、残基４（リシン）と残基９９（ヒスチジン）の間で登録番号ＡＡＣ９８８５で１９９７年から公的に入手可能なＰＣＶの単離株内で同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号４２１）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、診断および治療的使用のために、およびＰＣＶの大発生に対する予測配列として、配列を同定した。１４のレプリキン配列（配列番号４２２〜４３５）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号４２２〜４３５は、その登録番号で開示された全配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号４３６〜４３７は、配列の中央分子部分内で同定された。レプリキン配列は、配列のカルボキシ部分内で同定されなかった。
【０４０９】
登録番号ＡＡＣ９８８５で全配列のレプリキン数は、３１２アミノ酸残基内で、１６レプリキン配列すなわち５．１であった。ＲＰＧ領域（配列番号４２１）のレプリキン数は、レプリキン数１４．６の、総数９６のアミノ酸における１４のレプリキン配列であった。
【０４１０】
レプリキンピーク遺伝子は、残基５７（リシン）と残基９４（ヒスチジン）の間で登録番号ＡＡＬ０１０７５で２００１年から公的に入手可能なＰＣＶの単離株内で同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号４３８）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびＰＣＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。１２レプリキン配列（配列番号４３９〜４５０）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、同定された。配列番号４３９〜４４５は、その登録番号で開示された全配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号４４６〜４５０は、配列の中央分子部分内で同定された。レプリキン配列は、配列のカルボキシ部分内で同定されなかった。
【０４１１】
登録番号ＡＡＣ９８８５で全配列のレプリキン数は、３１４アミノ酸残基内で、１２レプリキン配列すなわち３．８であった。ＲＰＧ領域（配列番号４３８）のレプリキン数は、レプリキン数１３．３の、総数９０の全アミノ酸における１２のレプリキン配列であった。
【０４１２】
レプリキンピーク遺伝子は、残基５７（リシン）と残基９４（ヒスチジン）の間で登録番号ＡＢＰ６８６５７で公的に入手可能な、２００７年のカナダからのＰＣＶの単離株内で同定された。ＲＰＧは、残基５７（ヒスチジン）と残基９４（リシン）の間で同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号４６２）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、診断および治療的使用のために、およびＰＣＶの大発生に対する予測配列として、配列を同定した。１４レプリキン配列（配列番号４６２〜４７６）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号４６２〜４７６は、その登録番号で開示された全配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号４７７〜４８１は、配列の中央分子部分内で同定された。レプリキン配列は、配列のカルボキシ部分内で同定されなかった。
【０４１３】
登録番号ＡＢＰ６８６５７で全配列のレプリキン数は、３０６アミノ酸残基内で、１９レプリキン配列すなわち６．２であった。ＲＰＧ領域（配列番号４６２）のレプリキン数は、レプリキン数３６．８の、総数３８のアミノ酸における１４のレプリキン配列であった。
【０４１４】
公的に入手可能なＰＣＶ配列におけるＲＰＧの本出願人の再検討において、本発明者は、上述のセクションＸＩ．Ｇ．、すなわち、ｋｎｇｒｓｇｐｑｐｈｋ（配列番号３４５）、ｈｌｑｇｆａｎｆｖｋｋｑｔｆｎｋ（配列番号３４６）、およびｋｋｑｔｆｎｋｖｋｗｙｌｇａｒｃｈ（配列番号３４７）において、論じられる、高度に保存されたレプリキン配列のそれぞれを含有した登録番号ＡＢＱ１０６０８からのＲＰＧを同定した。
【０４１５】
ＲＰＧは、残基５７（ヒスチジン）と残基９４（リシン）の間で同定された。本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号４９８）を単離し、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、およびＰＣＶの大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、配列を同定した。６レプリキン配列（配列番号４８７〜４９２）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、ＲＰＧ内で同定された。配列番号４８６〜４９２は、その登録番号で開示された全配列のアミノ末端部分内で同定され、配列番号４９３〜４９７は、診断、治療、および予測的な目的で、配列の中央分子部分内で同定された。レプリキン配列は、配列のカルボキシ部分内で同定されなかった。
【０４１６】
登録番号ＡＢＱ１０６０８で全配列のレプリキン数は、３１４アミノ酸残基内で、１２レプリキン配列、すなわち３．８であった。ＲＰＧ領域（配列番号４９８）のレプリキン数は、総数３８のアミノ酸内における６つのレプリキン配列、すなわち１５．８であった。
実施例１０
結核のマイコバクテリウム病原体におけるＲＰＧの算出
【０４１７】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＡＳ５９５１８の問い合わせを行った。登録番号ＡＡＳ５９５１８は、マイコバクテリウムムコゲニカム株ＣＩＰ１０５３８４からのアミノ酸配列を開示する。本発明者は、ＡＡＳ５９５１８で提供されたアミノ酸配列を分析した（配列番号２９０１）。配列番号２９０１の分析により、本発明者は、残基３（ヒスチジン）で始まり、残基８８（ヒスチジン）まで連続する連続レプリキン配列（配列番号３６４９）を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０４１８】
本発明者は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、および結核の致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３６５９）を単離した。２４レプリキン配列（配列番号２９０２〜２９２５）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号３６５９のＲＰＧ内で同定された。配列番号２９０２〜２９２４のレプリキン配列は、配列番号２９０１配列のアミノ末端内で同定され、配列番号２９２５のレプリキン配列は、配列の中央分子部分内で同定され、レプリキンは、カルボキシル末端内で同定されなかった。すべては、診断、治療、および予測的な目的で単離された。
【０４１９】
全血球凝集素配列（配列番号２９０１）のレプリキン数は、レプリキン数１６．３の、総数１４７のアミノ酸における２４レプリキン配列であった。ＲＰＧ領域（配列番号３６５９）のレプリキン数は、レプリキン数２７．６の、総数８７のアミノ酸における２４レプリキン配列であった。
実施例１０
登録番号ＡＡＬ８９３９０からのＷＳＳＶリボヌクレオチドレダクターゼにおける非常に高いレプリキン数の判定
【０４２０】
登録番号ＡＡＬ８９３９０で公的に入手可能な白点症候群ウイルス（ＷＳＳＶ）単離株のリボヌクレオチドレダクターゼに対するレプリキン濃度を測定した。アミノ酸配列は、登録番号ＮＣ００３２２５．１で、公的に入手可能になったＷＳＳＶの２０００年単離株の全ゲノムから翻訳された。タンパク質内のレプリキン濃度は、異常に高い１０３．８であり、該タンパク質のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン濃度は、さらに高い１１０．７であった。
【０４２１】
登録番号ＡＡＬ８９３９０で公的に入手可能なタンパク質のアミノ酸配列は、熱帯熱マラリア原虫に匹敵する非常に高いレプリキン濃度をもたらすレプリキン配列の重複を示すため、特に関心がある。高濃度のレプリキン配列は、インフルエンザウイルスに転移するための保有宿主を提供する。
【０４２２】
登録番号ＡＡＬ８９３９０において、配列番号６６８は、白点症候群ウイルスのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質として開示される。配列番号６６８内で、本発明者は、レプリキンピーク遺伝子（配列番号６６９）を同定した。レプリキンピーク遺伝子は、配列番号６６８の開示されたタンパク質のほとんどを占有することが認められる。タンパク質のアミノ酸配列のほとんどにわたって、レプリキンピーク遺伝子の広がりは、非常にまれであり、著しく高いレプリキン濃度を生み出す。
【０４２３】
配列番号６６８のレプリキン数は、タンパク質のアミノ酸配列内で同定されたレプリキン配列数（４９７レプリキン配列）をタンパク質のアミノ酸全長（４７９アミノ酸）で割ることにより決定され、１００アミノ酸あたり１０３．８のレプリキン配列を得た。配列番号６６９のＲＰＧのレプリキン数は、連続レプリキン配列の最高濃度を含有するタンパク質のセグメント内で同定されたレプリキン配列数（４９７レプリキン配列）をレプリキンピーク遺伝子のアミノ酸全長（４４９アミノ酸）で割ることにより決定され、１１０．７を得た。
【０４２４】
配列番号６６９のＲＰＧ内で、配列番号６７０〜１１６６が、レプリキン配列として同定された。配列番号６６９〜８６６は、ペプチドのアミノ末端内で同定され、配列番号８６７〜１０６５は、中央部分内で同定され、配列番号１０６６〜１１６６は、カルボキシ末端内で同定された。
【０４２５】
配列番号６６９は、有意なレプリキン骨格配列を含有することがさらに認められた。配列番号６６３〜６６７は、レプリキン骨格反復として同定され、診断、治療、および予測的使用のために単離された。
【０４２６】
登録番号ＮＰ４７８０３０（配列番号１１６７）で２０００年単離株ＷＳＳＶのゲノムにおいて機能的に未定義のタンパク質に対するレプリキン数を測定した。タンパク質のレプリキン数は、再度、タンパク質のアミノ酸配列内で同定されたレプリキン配列数（３６１レプリキン配列）をタンパク質のアミノ酸全長（３７０アミノ酸）で割ることにより決定され、１００アミノ酸あたり異常に高い９７．６レプリキン配列であった。
【０４２７】
ＲＰＧ（配列番号１１６８）は、残基２２（ヒスチジン）と３６１（リシン）の間の配列番号１１６７内で同定され、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために利用可能である。ＲＰＧ内で同定された全レプリキン配列は、ＲＰＧレプリキン数１００の、３６１の全アミノ酸残基に対して３６１であった。配列番号１１６９〜１３３０は、ＲＰＧのアミノ末端内で同定された。配列番号１３３１〜１４６５は、ＲＰＧの中央分子内で同定され、配列番号１４６６〜１５２９は、ＲＰＧのカルボキシ末端内で同定された。それぞれのレプリキン配列は、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的な目的で利用可能である。
【０４２８】
登録番号ＮＰ４７８０３０のアミノ酸配列は、登録番号ＡＡＬ８９３９０におけるタンパク質のように、マラリアの非常に複製する熱帯熱マラリア原虫に匹敵する非常に高いレプリキン濃度をもたらすレプリキン配列の重複を示すため、関心がある。重複するレプリキン配列は、免疫原およびワクチン等の治療法に対して例外的に優れた標的であり、優れた予測能力を有する。
【０４２９】
２００６年および２００７年においては、ＷＳＳＶは、エビにおいて休眠状態であることが認められている。２００６〜２００７年において、「休止」または「休眠」レベルにＷＳＳＶのこの継続的下落は、２００１年等のウイルスがより高い毒性を示す年と比較して、非常に低い２００５〜２００７年の単離されたウイルスの平均レプリキン数を示す。２００７年のＷＳＳＶにおける継続的な休止は、本期間中、タウラ症候群ウイルスレプリキンにおける認められたレプリキン濃度の増加と対比され得る。
【０４３０】
下述の分析から明らかであるように、登録番号ＡＢＳ００９７３およびＡＡＷ８８４４５は、認められた低いレプリキン濃度を有する。ＡＢＳ００９７３は、配列番号１５４７で、２４０残基の全体の開示されたアミノ酸配列において、１つだけのレプリキン配列（配列番号１５４８）を含有する。登録番号ＡＢＳ００９７３のレプリキン濃度は、異常に低い０．５であった。ＡＡＷ８８４４５は、２６１アミノ酸残基の白点症候群ウイルスタンパク質（配列番号１５３０）を含有する。３４〜１０５のＲＰＧは、同定された（配列番号１５３１）。ＲＰＧ内で、１１のレプリキン配列が、同定された（配列番号１５３２〜１５４２）。配列番号１５３２〜１５４２は、配列番号１５３０のアミノ末端内で同定され、配列番号１５４３〜１５４６は、配列番号１５３０のカルボキシ末端内で同定された。
実施例１１
タウラ症候群ウイルスの登録番号ＡＡＭ７３７６６およびＡＡＹ８９０９６におけるレプリキン数の算出
【０４３１】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＡＭ７３７６６の問い合わせを行った。登録番号ＡＡＭ７３７６６は、ＴＳＶ（配列番号３５６６）の２００５年単離株からアミノ酸配列を開示する。本出願人は、配列のアミノ末端内でレプリキン配列として、配列番号３５６７〜３５６９を同定し、配列のカルボキシ末端内でレプリキン配列として、配列番号３５７０〜３５７３を同定した。それぞれの配列は、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的な目的でコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。レプリキン配列は、中央分子内で同定されなかった。配列番号３５６６のレプリキン数は、１０１１アミノ酸残基内の７つのレプリキン配列、または０．７であった。
【０４３２】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＡＹ８９０９６問い合わせを行った。登録番号ＡＡＹ８９０９６は、ＴＳＶ（配列番号３５７４）の２００５単離株からのアミノ酸配列を開示する。本出願人は、配列のアミノ末端内で配列番号３５７５〜３５８７を同定した。配列番号３５８８〜３６３４は、中央分子内でレプリキン配列として同定された。そして、配列番号３６３５〜３６５７は、配列のカルボキシ部分内でレプリキン配列として同定された。それぞれの配列は、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的な目的でコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。配列番号３５７４のレプリキン数は、２１０７アミノ酸残基内の８３のレプリキン配列、または３．９であった。
実施例１２
２００２年〜２００７年におけるすべての公的に入手可能なインフルエンザＡ株についてのｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域の分析
【０４３３】
本発明者は、マサチューセッツ州ボストンのレプリキンＬＬＣから市販のソフトウェアプログラムＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）でｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで問い合わせを行い、２００２年から２００７年の間で入手可能なインフルエンザＡの全単離株のｐＢ１−Ｆ２遺伝子領域からの全アミノ酸配列を分析した。表２０は、問い合わせの結果を提供する。２００５年、２００６年、および２００７年の平均レプリキン数のデータは、現在の流行が終了していないことを示唆する。例えば、図９におけるＳＡＲＳデータは、流行感染の減少前に、レプリキン数の減少が予期されることを示す。このような減少は、表２０におけるデータには見られない。
【０４３４】
【表４０】
2011516027.tif 000041
実施例１３
年毎のＨ１Ｎ１血球凝集素（全血球凝集素）のレプリキン数
【０４３５】
本発明者は、マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ  ＬＬＣから市販のソフトウェアプログラムＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）でｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで問い合わせを行い、１９１７年から２００７年の間で入手可能なＨ１Ｎ１インフルエンザＡの全単離株の全アミノ酸配列を分析した。表２１は、問い合わせの結果を提供する。
【表４１】
2011516027.tif 000042
【表４２】
2011516027.tif 000043
【表４３】
2011516027.tif 000044
【表４４】
2011516027.tif 000045
【表４５】
2011516027.tif 000046
【表４６】
2011516027.tif 000047
【表４７】
2011516027.tif 000048
【表４８】
2011516027.tif 000049
【表４９】
2011516027.tif 000050
実施例１４
ウマインフルエンザウイルス  Ｈ３Ｎ８におけるレプリキン数分析
【０４３６】
本出願人は、専用検索ツールソフトウェア（米国マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣから市販のレプリキンＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標））を使用して、ＰｕｂＭｅｄからのＥＩＶの単離株のために公的に入手可能な配列を分析した。データは、下表２２、および上表４に含有され、図７にグラフを用いて記載した。
【０４３７】
表２２は、１９６３〜２００５年のインフルエンザウイルスのＨ３Ｎ８株のｐＢ１遺伝子領域の公的な入手可能な配列に対するレプリキン濃度のデータを提供する。配列は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍでの登録番号の下で、公的に入手可能であった。前年の平均レプリキン数、およびデータセット内での最小平均レプリキン数と比較した標準偏差および有意性もまた、それぞれの年の平均レプリキン数と共に提供される。データが所与の年で入手できなかった場合、その年は、表内に示さない。
【表５０】
2011516027.tif 000051
【０４３８】
表２２に明らかであるように、配列情報がＨ３Ｎ８単離株に対して公的に入手可能である、４２年間にわたって、レプリキン濃度変化の周期性は、顕著になる。レプリキン濃度が周期内で高濃度になる場合には、流行は、約１年〜約２年以内に発生する。例えば、１９７９年に１００アミノ酸あたり最高値２２．２のレプリキン配列は、１９９８年および１９９９年に１００アミノ酸あたり２つのレプリキン配列まで下がり、流行は、１９９５年〜２００１年の間で報告されなかった。レプリキン濃度は、その後、２００１年に再度、流行と共に上昇したと考えられ、２００２年および２００３年に、それぞれ、英国およびドイツに続き、２００３年および２００４年に約２にまで減少し、２００５年には、１９７９年の最高値に迫る１８．５まで著しく増加した。流行は、２００５年にオーストラリアで増加し、２００７年にイタリアと日本で増加した。
【０４３９】
表２３は、１９６３年〜２００５年のインフルエンザウイルスのＨ３Ｎ８株のｐＢ２遺伝子の公的に入手可能な配列に対するレプリキン濃度のデータを提供する。配列は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍの登録番号下で、入手可能であった。前年の平均レプリキン数、およびデータセット内での最小平均レプリキン数と比較した、標準偏差および有意性もまた、それぞれの年の平均レプリキン数と共に提供される。
【表５１】
2011516027.tif 000052
【０４４０】
インフルエンザウイルスのＨ３Ｎ８株のｐＢ２遺伝子領域に対する入手可能な配列のレプリキン濃度の検討により、年間を通して、レプリキン濃度に変動性があまりないことが示される。ｐＢ２レプリキン濃度は、ｐＢ１遺伝子領域内で、ウイルスの本単離株のために最も有意なレプリキンピーク遺伝子の位置を示す対照データであると判断され得る。ｐＢ２遺伝子は、ｐＢ１遺伝子のすぐ隣であるため、これらの隣接領域間でのレプリキン数における変動性の違いは、注目に値する。
【０４４１】
インフルエンザウイルスのＨ３Ｎ８株のｐＡ遺伝子領域に対する入手可能な配列のレプリキン数の検討からのデータが図７に認められ得る。データはまた、ｐＢ１遺伝子領域と比較し、年間を通して、レプリキン濃度に変動性があまりないことも示す。ｐＢ２レプリキン濃度についても、ｐＡレプリキン濃度は、ｐＢ１遺伝子領域内で、ウイルスの本単離株に対する最も有意なレプリキンピーク遺伝子の位置および特異性を示す対照データであると見なされ得る。これらの観察の有意性は、ＥＩＶゲノムの３つの領域のそれぞれに対するこれらの定量的年間測定が、単離され、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで年間報告されたウイルスのそれぞれのウイルスタンパク質のソフトウェア走査および集計による、客観的決定であることが認められると、さらに増加する。
【０４４２】
本出願人は、１９４２年〜２００７年のＥＩＶの単離株のための公的に入手可能な配列を分析し、入手可能な各年においてゲノム配列を有するすべての単離株のための平均全ゲノムレプリキン数を決定した。
【０４４３】
登録番号の一覧表は、レプリキン配列の存在および濃度について、ＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）（ＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣ、Ｂｏｓｔｏｎ、ＭＡ）で分析された登録番号の一覧表を、以下の表２４に提供する。毎年の平均レプリキン濃度を、それぞれの対応する年の単離株から、登録番号の一覧表に従って提供する。前年の平均レプリキン濃度、およびデータセット内での最小平均レプリキン濃度と比較した標準偏差および有意性もまた、毎年の平均レプリキン濃度とともに提供される。
【表５２】
2011516027.tif 000053
【表５３】
2011516027.tif 000054
【表５４】
2011516027.tif 000055
実施例１５
ＰＣＶにおける増加した罹患数および死亡数を予測するためのＰＣＶにおけるレプリキン数の分析
【０４４４】
本出願人は、１９９７年〜２００７年のプロプライエタリ検索ツールソフトウェア（米国マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣから市販のレプリキンＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標））を使用して、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍからのＰＣＶの単離株について、公的に入手可能な配列を分析し、１９９７年〜２００７年の各年におけるすべての単離株に対する平均レプリキン数を決定した。本出願人は、その後、カナダでブタにおける感染率および死亡数の質的変化と、各年の平均レプリキン数を比較した。
【０４４５】
レプリキン配列の存在およびその濃度に関して分析された登録番号の一覧表を下表２５に提供する。毎年の平均レプリキン数を、登録番号の一覧表に従い、それぞれの対応する年の単離株から提供する。前年の平均レプリキン数およびデータセット内での最小平均レプリキン数と比較した標準偏差および有意性はまた、それぞれの年の平均レプリキン濃度と共に提供される。
【表５５】
2011516027.tif 000056
【表５６】
2011516027.tif 000057
【表５７】
2011516027.tif 000058
実施例１６  肺癌およびタバコモザイクウイルスにおける反復ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャー
【０４４６】
非小肺癌およびタバコモザイクウイルスに対する、登録番号Ｑ９ＮＳ５６および１１７６０７０６７で、公的に入手可能なアミノ酸配列を、それぞれ、レプリキンピーク遺伝子について分析した。本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号Ｑ９ＮＳ５６の問い合わせを行った。登録番号Ｑ９ＮＳ５６は、非小細胞肺癌の第９ヒト染色体からのＥ３ユビキチンタンパク質リガーゼ（Ｔｏｐｏｒｓ）のアミノ酸配列を開示する（配列番号１７４０）。配列番号１７４０の分析により、本発明者は、残基８８０（リシン）で始まり、残基８９７（ヒスチジン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０４４７】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１７４１）を単離した。配列番号１７４１は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、致死性に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。５２のレプリキン配列（配列番号１８８６〜１９３７）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号１７４１のＲＰＧ内で同定された。配列番号１７４２〜１７４７は、登録番号Ｑ９ＮＳ５６（配列番号１７４１）に開示される配列のアミノ末端内で同定され、配列番号１７４８〜１７８０は、配列の中央分子内で同定され、配列番号１７８１〜１８８５は、配列のカルボキシ末端内で同定された。
【０４４８】
Ｑ９ＮＳ５６で開示されたアミノ酸配列（配列番号１７４０）のレプリキン数は、レプリキン数１３．８の、総数１０４５のアミノ酸における１４４レプリキン配列であった。ＲＰＧ（配列番号１７４１）のレプリキン数は、レプリキン数２８９の、総数１８のアミノ酸における５２のレプリキン配列であり、最高数がさらに認められた。
【０４４９】
ＲＰＧ（配列番号１７４１）内で同定されたレプリキン配列内で、ＫＨＫＫシグニチャーは、５２のレプリキン配列内で５７回認められた。この高濃度の致命的なシグニチャーは、非小細胞肺悪性腫瘍の高い致死性に対応する。
【０４５０】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号１１７６０７０６７の問い合わせを行った。登録番号１１７６０７０６７は、タバコモザイクウイルス（配列番号１９３８）により誘発されるトウガラシ２６ＳプロテアソームサブユニットＲＰＮ７のアミノ酸配列を開示する。配列番号１９３８の分析により、本発明者は、残基９１（ヒスチジン）で始まり、残基１７５（リシン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０４５１】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号１９３９）を単離した。配列番号１９３９は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、タバコモザイクウイルスの致死的な流行に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。５４のレプリキン配列（配列番号１９４１〜１９９４）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予防的使用のために、配列番号１９３９のＲＰＧ内で同定された。
【０４５２】
配列番号１９４１は、登録番号１１７６０７０６７（配列番号１９３８）に開示される配列のアミノ末端内で同定され、配列番号１９４２〜１９８６は、配列の中央分子内で同定され、配列番号１９８７〜１９９４は、配列のカルボキシ末端内で同定された。それぞれのレプリキン配列は、本明細書に記載されるように、免疫原性組成物およびワクチンを含む、診断、治療、および予測的な目的でコンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）単離された。
【０４５３】
登録番号１１７６０７０６７で開示されたアミノ酸配列（配列番号１９３８）のレプリキン数は、レプリキン数３０．７の、総数１７９のアミノ酸における５５のレプリキン配列であった。ＲＰＧ（配列番号１９３９）のレプリキン数は、レプリキン数６１の、総数８９のアミノ酸における５４のレプリキン配列であった。
【０４５４】
１１７６０７０６７（配列番号１９３８）において同定されたレプリキン配列内で、ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーは、６１のレプリキン配列内で２１回認められた。この高濃度の致命的なシグニチャーは、タバコモザイクウイルスの高い致死性に対応し、致命的肺癌へのＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーを通してタバコモザイクウイルスに関連する。
【０４５５】
上述で論じられるように、「ＫＨＫＫ」（配列番号１５８４）シグニチャー等の反復シグニチャーは、致命的な悪性腫瘍、ウイルス、および生物のＲＰＧ内のレプリキン配列において認められている。ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーは、ほとんどのマラリアを引き起こす原虫、熱帯熱マラリア原虫のＲＰＧ内で１１回、タバコモザイクウイルスにより誘発された悪化した細胞死を引き起こすタバコモザイクウイルスのＲＰＧ内で２０回、非小細胞肺癌の第９染色体において同定された１８アミノ酸ＲＰＧ内で認められた５２レプリキン内で、非小細胞肺癌において、５７回認められている。非小細胞肺癌の１８アミノ酸ＲＰＧ内でのこのような高い数のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーの存在は、シグニチャーの重複により説明される。レプリキン配列およびＫＨＫＫ（配列番号１５８４）等の反復されたシグニチャーの重複は、現在、致死性、高い毒性および急速複製と関連している。同時に、これらのデータは、レプリキン遺伝子は、致命的な機能と定量的に関連し、株と種との間で転移する死亡率の移動剤であり得ることを示す。
実施例１７
マラリアにおける反復ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャー
【０４５６】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号Ｐ１３８１７の問い合わせを行った。登録番号Ｐ１３８１７は、熱帯熱マラリア原虫からのアミノ酸配列を開示する。本発明者は、Ｐ１３８１７（配列番号２０４３）で提供されたアミノ酸配列を分析した。配列番号２０４３の分析により、本発明者は、残基３２３（ヒスチジン）で始まり、残基４７３（リシン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた（配列番号３６５９）。
【０４５７】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３６５９）を単離した。配列番号３６５９は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、マラリアの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。２３１のレプリキン配列（配列番号２３１２〜２３１５および２３１７〜２５４４）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号３６５９のＲＰＧ内で同定された。配列番号２０４４〜２０７７のレプリキン配列は、配列番号２０４３の配列のアミノ末端内で同定され、配列番号２０７９〜２０８０のレプリキン配列は、配列の中央分子内で同定され、配列番号２０８１〜２３１５のレプリキン配列は、カルボキシ末端内で同定された。
【０４５８】
全配列（配列番号２０４３）のレプリキン数は、レプリキン数５６．７の、総数４７３のアミノ酸における２６８レプリキン配列であった。ＲＰＧ領域（配列番号３６５９）のレプリキン数は、レプリキン数１５３の、総数１５１のアミノ酸における、２３１レプリキン配列であった。
【０４５９】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号Ａ４４３９６の問い合わせを行った。登録番号Ａ４４３９６は、１９９３年に単離された熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰａｓｅ様分子からのアミノ酸配列を開示する。本発明者は、Ａ４４３９６で提供されたアミノ酸配列を分析した（配列番号２９２６）。配列番号２９２６の分析により、本発明者は、残基１２９７（ヒスチジン）で始まり、残基１３３３（ヒスチジン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０４６０】
本発明者は、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧ（配列番号３６６１）を単離した。配列番号３６６１は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、マラリアの致死的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために同定された。１７のレプリキン配列（配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９９〜３３００、３３０２、３３０４、３３０６、３３０８、３３１０〜３３１３および３６６３）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予測的使用のために、配列番号３６６１のＲＰＧ内で同定された。配列番号２５４６〜２６３２のレプリキン配列は、配列番号２９２６の配列のアミノ末端内で同定され、配列番号２６３３〜２７２０のレプリキン配列は、配列の中央分子部分内で同定され、配列番号２７２１〜２９００は、カルボキシル末端内で同定された。
【０４６１】
全ＡＴＰ−ａｓｅ配列（配列番号２９２６）のレプリキン数は、レプリキン数１７．９の、総数１９８４のアミノ酸における３５５レプリキン配列であった。ＲＰＧ領域（配列番号３６６１）のレプリキン数は、レプリキン数４１の、総数３７のアミノ酸における１５レプリキン配列であった。
【０４６２】
１１のシグニチャー反復ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）配列が、ＲＰＧの１５のレプリキン配列において認められた。１１のシグニチャー反復、すなわち、配列番号３２８６、３２９２、３２９４、３２９６、３２９８、３６６２、３３０１、３３０３、３３０５、３３０７、および３３０９は、それぞれ、前述の配列番号３２８６、３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３２０４、および３２０６のレプリキン配列内で認められる。
【０４６３】
熱帯熱マラリア原虫の３７アミノ酸ＲＰＧにおける１５のレプリキン配列内での、このような高い数のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）シグニチャーの存在は、シグニチャーの重複により説明される。レプリキン配列およびＫＨＫＫ（配列番号１５８４）等の反復されたシグニチャーの重複は、ここで、マラリア等における、致死性、毒性、および急速複製と関連づけられ、そのライフサイクル内で複製の異常に高い複製速度を有する。
実施例１８
エビにおけるタウラ症候群ウイルス感染の死亡率とレプリキン数の関係の実験の実証
【０４６４】
毒性とレプリキンの関係をさらに試験するために、エビにおける死亡数に対するエビウイルスのレプリキン数の関係を、制御された状況で試験した。ウイルスのレプリキン数はウイルスの毒性および宿主の死亡率と関連するという仮説に基づいて、ヒトにおけるＨ５Ｎ１ウイルス感染における証拠から発展させ、本出願人は、４つのウイルス株の中で毒性の順番がどのようになるのかということが、全ゲノムのアミノ酸配列のレプリキン数のみから予測することが可能であるかどうかを試験した。感染してから数日以内でほとんどの宿主エビを殺す、タウラ症候群エビウイルス（ＴＳＶ）を選択し、研究した。タウラ症候群ウイルスの４つの株（ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラ）のアミノ酸配列は、マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ  ＬＬＣのＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）ソフトウェアを使用して分析し、結果は、ウイルスによる実験室誘発実験が完了し、それぞれの株によりもたらされた死亡率と比較するまで極秘とした。
【０４６５】
該実験室において、それぞれの４つのウイルス株で誘発試験された宿主エビの死亡率と、それぞれの株のレプリキン数のみにより早期に予測された死亡率との間の有意な線形相関があった。これらのデータは、ウイルスの大発生を予測することに加えて、ウイルスレプリキンペプチド濃度が、観察された経時的な、宿主死亡率および毒性の増加に定量的に関連することを支持する。
Ａ．レプリキン分析
【０４６６】
視覚レプリキン分析は、ＰｕｂＭｅｄまたは他の公開データベース上で自由に入手可能なタンパク質およびゲノム配列へのコンピュータアクセスを用いて、レプリキンを定義するアルゴリズムに適用することにより、ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラからのタウラ症候群ウイルス単離株に関して、配列情報において実施された。特定の定義アルゴリズムは、以下のとおりである。レプリキンは、タンパク質またはゲノムにおけるペプチド配列であり、末端リシンおよび末端リシンまたはヒスチジンを有する、７〜５０アミノ酸長であり、少なくとも２つのリシン基、離れた６〜１０アミノ酸、少なくとも１つのヒスチジン基、および少なくとも６％のリシンを含むことになる。重複するレプリキンは、一般的であり、個別に数えられる。急速複製および流行ならびに致死性との定量的相関は、それぞれのレプリキンに対してアルゴリズムのすべての構成要素が整えられることを必要とする。したがって、例えば、長さおよびリシン要求量が存在するが、ヒスチジンが存在しない場合、該ペプチドは、レプリキンではない。自動レプリキン分析は、マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ  Ｌｔｄ．のＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）ソフトウェアサービスで行われた。
Ｂ．レプリキンピーク遺伝子の同定
【０４６７】
レプリキン数を使用して、最高濃度のレプリキンを有するゲノム領域を同定し、本領域は、レプリキンピーク遺伝子（ＲＰＧ）領域と称された。大発生によって生じるＲＰＧ内のレプリキン数のさらなる２倍〜８倍の増加をさらに用いて、この遺伝子の同一性を確認した。したがって、遺伝子の機能を使用して、「コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）」それを同定した、またはそれを単離した。
Ｃ．エビウイルス実験方法
【０４６８】
アリゾナ州トゥーソンのアリゾナ大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ａｒｉｚｏｎａ）の獣医学および微生物学学部の水産養殖病理研究所（Ａｑｕａｃｕｌｔｕｒｅ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）で、水層ごとの特異的病原体のないパシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ  ｓｈｒｉｍｐ）（平均体重１．８ｇ）の小エビに、細かく刻んだ（ベリーズ、タイ、ベネズエラ、およびハワイから発生した４つの単離株のそれぞれで別々に感染させた）ＴＳＶ感染組織を、３日間、体重の５％の重量で与えた。これらのエビは、その後１２日間、ペレット飼料（Ｒａｎｇｅｎ３５％）で維持された。特異的単離株のそれぞれの誘発バイオアッセイを３回行った。バイオアッセイ期間中、すべての水槽で死亡または瀕死のエビを毎日確認した。すべての死体は、水槽から除去し、冷凍した。それぞれの単離株からの１〜３匹の瀕死のエビをＤａｖｉｄｓｏｎ’ｓ  ＡＦＡ定着剤に保存し、通常の組織学研究のために処理され、ウイルス感染を確認した。それぞれの単離株について、６匹の瀕死のエビを、急性期感染中、回収し、全ＲＮＡを、Ｈｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＲＮＡ組織キット（Ｒｏｃｈｅ）を用いて、鰓組織から抽出した。抽出されたＲＮＡは、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによりＴＳＶの存在に対して分析された。すべての水槽は、順化生物ろ過器および通気口を装備し、エアロゾルを含むプラスチックで覆われた。水の平均塩分は２３ｐｐｔで、水温は２８℃であった。誘発試験は、１５日後に生存体と見なされた生存動物の結果をもって終了した。
Ｄ．毒性の比較
【０４６９】
最初の死亡は、４つすべての単離株において、ＴＳＶに暴露してから２日後に見られた。ベリーズ単離株では、エビのほとんど（８３％）は、４日目までに死亡し、１１日目で生存率０％であった（図１４Ａ、表２６）。タイ単離株では、４日目までの死亡率が６３％となり、１５日間のバイオアッセイの終了時には、生存率は２０％であった（図１４Ｂ、表２６）。ハワイ単離株では、死亡は、２日目から増加し、５日目に最高に達し、累積生存率は、終了時で２２％である（図１４Ｃ、表２６）。ベネズエラ単離株では、２日目および３日目にゆっくりと死亡が見られ、エビの２２％に４日目に死亡が認められ、その後、死亡率は、ゆっくりと下降し、終了時で４２％のエビが生存した（図１４Ｄ、表２６）。ベリーズ、タイ、ハワイ、およびベネズエラの単離株について、ＴＳＶ感染により生じる死亡率５０％に達する期間は、それぞれ、２．８日、３．５日、４．５日、および７日であった（表２６）。
【０４７０】
図１４は、ａ：ベリーズ、ｂ：タイ、ｃ：ハワイ、ｄ：ベネズエラからのタウラ症候群ウイルス単離株を伴いＴＳＶ分離株によって経口誘発試験されたパシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ  ｓｈｒｉｍｐ）の累積生存率に対するデータを提供する。図１４からのデータを下表２６に含める。
【表５８】
2011516027.tif 000059
【０４７１】
ＴＳＶ単離株のそれぞれについて観察された毒性と、レプリキン数のみにより予測された毒性との相関関係を図１５に示す。図１５Ａは、盲検試験において収集された、死亡率５０％の平均日と、４つの単離株のレプリキン数とを比較するデータを提供する。図１５Ｂは、盲検試験において収集された、平均累積死亡率と、４つの単離株のレプリキン数とを比較するデータを提供する。予測値と実験値との線形定量的関係は、明らかである。
【０４７２】
下表２７は、ＴＳＶ感染を示すために、瀕死のエビに対して集積された、組織学的データを提供する。
【表５９】
2011516027.tif 000060
【０４７３】
ベリーズＴＳＶ：診断的ＴＳＶ感染の急性期の病変は、Ｇ４の重度の等級で、１つの代表的なエビ試料（０６−４０７Ｊ／１）に見られた。核濃縮および核崩壊は、一般の体表面、付属肢、鰓、胃、および食道のクチクラ上皮に認められた。リンパ器官スフェロイド（ｓｐｈｅｒｏｉｄｓ）もまた、重度の等級Ｇ４で見られた。タイＴＳＶ：重度（Ｇ４）のＴＳＶ感染を３匹中２匹のエビ（０６−４０７Ｄ／１、Ｆ／１）で検出し、別のエビ（０６−４０７Ｅ／１）は、感染の中度から高度の等級（Ｇ３）を示した。リンパ器官スフェロイド（ｓｐｈｅｒｏｉｄｓ）もまた、Ｇ２およびＧ３の重度で見られた。ハワイＴＳＶ：ＴＳＶ感染の中度レベル（Ｇ２）を４日目に回収した２匹のエビ（０６−４０７Ａ／１、Ｃ／１）で検出した。リンパ器官スフェロイド（ｓｐｈｅｒｏｉｄｓ）は、Ｇ３およびＧ４の重度で見られた。ベネズエラＴＳＶ：ＴＳＶ感染の重度（Ｇ４）は、４日目に試料として回収された１つの代表的なエビ（０６−４０７Ｈ／１）で検出した。リンパ器官スフェロイド（ｓｐｈｅｒｏｉｄｓ）は、Ｇ２の重度で見られた。
【０４７４】
リアルタイムＴＳＶ  ＲＴ−ＰＣＲアッセイは、特に、ハワイＴＳＶのために設計され、したがって、ＴＳＶの高レベル（１０7コピー／μｌ  ＲＮＡ）をハワイ−ＴＳＶで誘発試験したエビで検出した（表２８）。３つの他の単離株における標的配列は、プライマー／ＴａｑＭａｎプローブを有する２つの不一致のヌクレオチドを有する。したがって、ベリーズおよびタイ試料において、１０倍少ない量のＴＳＶ（１０6コピー／μｌ  ＲＮＡ）が検出された。ベネズエラ試料は、１００〜１００，０００倍少ない：１０2〜１０5コピー／μｌ  ＲＮＡで検出され、これは、不一致の効果および分析された試料において低レベルの感染の両方のためであり得る。それにもかかわらず、すべての２４の試料（それぞれの単離株から６つ）は、ＴＳＶ感染に対してすべて陽性であった。これは、バイオアッセイから観察された死亡率がＴＳＶ感染によるものであることを裏付ける。リアルタイムＴＳＶ  ＲＴ−ＰＣＲアッセイデータを下表２８に示す。
【表６０】
2011516027.tif 000061
Ｅ．実験での死亡率の結果はレプリキン数と相関した
【０４７５】
４つのＴＳＶ単離株（ハワイ、ベリーズ、タイおよびベネズエラ）の毒性を、若年のパシフィックホワイト（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ）における経口の実験室内感染によって比較した（Ｋｏｎａ  ｓｔｏｃｋ、Ｏｃｅａｎｉｃ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ハワイ）。結果は、ベリーズ単離株が、最も毒性が高く、タイは、２番目で、次いで、ハワイ単離株であり、ベネズエラ単離株は、最も毒性が低いことを示した。これは、バイオアッセイの終了時（ｐ＜０．０４７）、および５０％死亡率が生じる場合（ｐ＜０．００１）の累積生存率の分析に基づく。エビの死亡がＴＳＶ感染により生じることは、ＲＴ−ＰＣＲ検出における陽性反応により、および組織学的分析に認められる特徴的病変の出現により確認された。
Ｆ．実験での死亡率の結果はレプリキン数と相関した
【０４７６】
実験的に、レプリキン数のみが、以下を前方視的に正確に予想した。（１）実験室での対照実験における盲検下、タウラ症候群ウイルスの４つの株のエビにおける致死性の順序（図１５ＡおよびＢ）、（２）ヒトにおける増加するＨ５Ｎ１死亡率（図４）、および（３）宿主（図５）、ならびに（４）後者が生じるであろう国であるインドネシア（図６）。ヒト宿主におけるＨ５Ｎ１インフルエンザと、エビ宿主におけるタウラ症候群ウイルス感染の双方で、本試験の証拠が宿主における死亡率に対するウイルスレプリキン数の定量的関係を示す。盲検下で予測する能力は、当然ながら、関係のさらに決定的証拠の１つであり、定量的線形関係の実証は、さらになお決定的である。したがって、一種の特定のウイルスペプチドである、レプリキンの濃度は、ここで、これらのウイルスが、それぞれの宿主、すなわち、無脊椎動物の甲殻類（エビ）および脊椎動物（ヒト）においてもたらす死亡率と定量的に相関している。我々が認識する限り、ウイルス構造および宿主致死性の定量的相関は、これまでに報告されていない。
実施例１９
合成レプリキンの投与による、タウラ症候群ウイルスに対する宿主耐性の増加
【０４７７】
上述の実施例１８に記載される誘発試験法を使用して培養されたエビは、２週間の第１の実験において、飼料に混合された合成レプリキンに経口的に暴露された。レプリキンは、エビを誘発試験するＴＳＶハワイ株の単離株に存在する、レプリキン配列に特異的なペプチドであった。
【０４７８】
実験において、死亡率は、対照群と比較して、５０％減少した。対照群は、合成レプリキン配列を含有しない所定の飼料であった。第２の対照群は、エビに与えられた同一の合成レプリキンへの追加のアミノ酸の共有結合で合成されたレプリキン配列を与えられた。共有結合的に「遮断された」レプリキンは、同一の実験において、ウイルスに対するエビの抵抗性を増加しなかった。このことは、宿主抵抗性の増加が、レプリキンペプチド構造に特異的であることを示す。
【０４７９】
エビの免疫系の詳細についてほとんど知られていない（エビは、抗体を産生しないと考えられる）ため、感染への「耐性」現象は、恐らく、「Ｔｏｌｌ受容体」および関連系に類似の「原始免疫系」に基づくものであると考えられる。したがって、「増加した耐性」という用語は、観察された現象のために使用され、「ワクチン」ではなく、レプリキン飼料という語が、抵抗性を増加させるために投与された物質のために使用される。
【０４８０】
第１の誘発試験の生存するエビは、その後、新鮮な培地において配置され、さらに２週間、レプリキン配列を含有する飼料を与えられ、タウラ症候群ウイルスのハワイ株で再度、誘発試験された。レプリキン配列を加えた飼料は、生存体が、再度、同一のウイルスにより、反復して誘発試験される間、１００％のエビがＴＳＶ誘発試験に生き残るまで維持された。
実施例２０
魚におけるウイルス性出血性疾患のＲＰＧの算出
【０４８１】
本発明者は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで登録番号ＡＢＱ４２７１１の問い合わせを行った。登録番号ＡＢＱ４２７１１は、ウイルス性出血性敗血症ウイルスにおける糖タンパク質からのアミノ酸配列を開示する。ウイルス性出血性敗血症ウイルスは、魚における出血性疾患の原因である。本発明者は、ＡＢＱ４２７１１（配列番号３７８７）で提供されたアミノ酸配列を分析した。分析により、本発明者は、残基８１（ヒスチジン）で始まり、残基２０４（ヒスチジン）まで連続する連続レプリキン配列を有するレプリキンピーク遺伝子を認めた。
【０４８２】
本発明者は、例えば、免疫原性化合物および治療ワクチン化合物において、また、魚における出血性疾患の致命的な大発生に対する予測配列として、診断および治療的使用のために、コンピュータで（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）ＲＰＧを単離した。３６のレプリキン配列（配列番号３７８８−３８２３）が、本明細書に記載されるように、診断、治療、および予防的使用のために、配列番号３７８７において同定された。配列番号３７８８〜３７９５のレプリキン配列は、アミノ末端内で同定され、配列番号３７９６〜３８１５のレプリキン配列は、配列の中央分子内で同定され、レプリキン配列３８１６〜３８２３は、カルボキシ末端内で同定された。すべては、診断、治療、および予防的目的で単離された。
【０４８３】
全配列（配列番号３７８７）のレプリキン数は、レプリキン数１６の、総数２２２のアミノ酸における３６のレプリキン配列であった。ウイルス性出血性敗血症ウイルスにおける同定されたＲＰＧ領域の最大のレプリキン数は、レプリキン数５９の、総数１２３のアミノ酸における７３のレプリキン配列であった。
【０４８４】
本発明者は、１９９０年〜２００７年の魚における出血性ウイルス疾患症候群の単離株から公的に入手可能な配列の問い合わせを行った。以下の表は、問い合わせを行った登録番号を提供する。ウイルス性出血性敗血症ウイルスにおける同定されたＲＰＧ領域の最大レプリキン数は、レプリキン数５９の、総数１２３のアミノ酸における７３のレプリキン配列であった。
【０４８５】
本発明者は、ＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）（マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ  ＬＬＣ）を使用して、１９９０年〜２００７年の間、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで公的に入手可能な魚における出血性ウイルス疾患に対するすべての配列の問い合わせを行った。本発明者は、１９９０年〜２００７年の間、年毎に、平均レプリキン数を決定した。データを、表２９に提供する。表には、データが入手可能でなかった年を含んでいない。
【表６１】
2011516027.tif 000062
【表６２】
2011516027.tif 000063
【表６３】
2011516027.tif 000064
【図１】
2011516027.tif 000065
【図２】
2011516027.tif 000066
【図３】
2011516027.tif 000067
【図４】
2011516027.tif 000068
【図５】
2011516027.tif 000069
【図６】
2011516027.tif 000070
【図７】
2011516027.tif 000071
【図８】
2011516027.tif 000072
【図９】
2011516027.tif 000073
【図１０】
2011516027.tif 000074
【図１１】
2011516027.tif 000075
【図１２】
2011516027.tif 000076
【図１３】
2011516027.tif 000077
【図１４−１】
2011516027.tif 000078
【図１４−２】
2011516027.tif 000079
【図１５】
2011516027.tif 000080
【図１６】
2011516027.tif 000081
【図１７】
2011516027.tif 000082
【図１８】
2011516027.tif 000083
【図１９】
2011516027.tif 000084
【図２０】
2011516027.tif 000085
【図２１】
2011516027.tif 000086
【配列表】
2011516027000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成23年1月11日(2011.1.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７１】
本発明はまた、（１）第１の宿主からの、または第１の地理的地域から単離される、第１の株の第１のウイルスまたは生物のゲノム内、または該第１のウイルスと同一種の少なくとも１つの第２のウイルス、または該第１の生物と同一種の少なくとも１つの第２の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子を含有する、レプリキンピーク遺伝子もしくはタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する該第１のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、該第１のウイルスまたは該第１の生物は、該第２のウイルスまたは該第２の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第２のウイルスまたは第２の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、（２）第１の宿主内、または該第１のウイルスもしくは生物の該第１の地理的地域内での、該第１の株の致死性または毒性の大発生または増加を予測するステップと、により、ウイルスもしくは生物の致死性もしくは毒性の大発生または増加の株、宿主、または地理的地域の予測方法も提供する。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍であって、少なくとも１つの前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一種の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する、第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍の同定方法であって、前記第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を、少なくとも１つの第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有する前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍が、より致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項２】
前記第１の悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の悪性腫瘍は、非小細胞肺癌である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第１のウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のウイルスは、インフルエンザＡウイルス株Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ウイルスもしくは生物の株、宿主、または流行の地理的地域、または致死性もしくは毒性の増大の予測方法であって、
（１）第１の宿主からの、または第１の地理的地域から単離される、第１の株の第１のウイルスまたは生物のゲノム内、または前記第１のウイルスと同一種の少なくとも１つの第２のウイルス、または前記第１の生物と同一種の少なくとも１つの第２の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する前記第１のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、前記第１のウイルスまたは前記第１の生物は、前記第２のウイルスまたは前記第２の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第２のウイルスまたは第２の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、
（２）前記第１の宿主内、または前記第１のウイルスもしくは生物の前記第１の地理的地域内での、前記第１の株の致死性または毒性の流行または増大を予測するステップと、を含む、方法。
【請求項８】
第１のウイルスまたは生物のゲノム内の、前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記少なくとも１つの第２のウイルスまたは生物のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される、レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有すると同定される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１のウイルスまたは前記第１の生物は、前記第２の生物または前記第２のウイルスより、少なくとも６ヶ月から３年遅く単離される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記第１の生物または前記第１のウイルスは、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、および熱帯熱マラリア原虫、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、トマトの木のジェミニ葉巻ウイルス、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルス株である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質、熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼ、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質、又は白点症候群ウイルスのリボヌクレオチダーゼ（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｓｅ）である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍であって、前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一型の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製と関連する第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍の同定方法であって、前記第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞内のゲノム内に、または前記第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内にコードされると同定されるレプリキンピーク遺伝子よりも高いレプリキン数を有する、前記第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のゲノム内に、または前記第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質またはタンパク質フラグメント内にコードされるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含み、前記第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍は、前記第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製を有し、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの同一ビリオン、前記生物の同一細胞、もしくは同一悪性細胞内の残りのタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または前記タンパク質もしくはタンパク質フラグメントをコードするゲノムの前記部分と比較して、１００アミノ酸当たり最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質もしくはタンパク質フラグメントとして同定される、方法。
【請求項１７】
ウイルスもしくは生物の感染の診断、予防、もしくは治療のための、または悪性腫瘍の診断、予防、もしくは治療のための、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子の取得方法であって、
（１）同一種のウイルスの複数の単離株、同一種の複数の生物、または同一型の複数の悪性腫瘍を取得するステップと、
（２）レプリキン配列の存在および濃度について、ウイルスの複数の単離株のそれぞれ個別の単離株、前記複数の生物のそれぞれ個別の生物の細胞、または前記複数の悪性腫瘍のそれぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞の、タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
（３）前記それぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞、前記それぞれ個別の生物の細胞、またはそれぞれ個別のウイルス単離株内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
（４）前記ウイルスの複数の単離株、前記複数の生物、または前記複数の悪性腫瘍の中から、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
（５）前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
（６）前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のうちの少なくとも１つの、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスまたは前記生物または前記悪性腫瘍の前記感染の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、を含む、方法。
【国際調査報告】
2011516027.tif 000087
2011516027.tif 000088
2011516027.tif 000089