(57)【要約】【課題】スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を検出する診断法を提供する。【解決手段】  本発明は、スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を判定する方法であって、個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、１つまたは複数の多型の存在は、上記個体が、スタチン誘発性ミオパチーに対する変化した感受性を有することを示す、方法に関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を判定する方法であって、
個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、
１つまたは複数の多型の存在は、前記個体が、スタチン誘発性ミオパチーに対する変化した感受性を有することを示す、
方法。
【請求項２】
スタチンを用いる治療中に個体のミオパチーの危険性を低下させる方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、
ｉｉ）ステップｉ）によって検出された１つまたは複数の多型の存在または非存在を元に、スタチン誘発性ミオパチーに対する感受性によって前記個体を分類し、
ｉｉｉ）ステップｉｉ）によって判定されたスタチン誘発性ミオパチーに対する前記個体の感受性を元にスタチン治療に好適な投与量を算出する、
方法。
【請求項３】
請求項１または２に記載の方法であって、
前記１つまたは複数の多型は、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６、および／またはｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある多型から選択される、
方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、さらに、
個体がｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してホモ接合の遺伝子型を有しているかまたはヘテロ接合の遺伝子型を有しているかを判定するステップを含む、
方法。
【請求項５】
請求項３に記載の方法であって、
前記ｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある１つまたは複数の多型は、ｒｓ４３６３６５７、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ２９００４７８、ｒｓ４１４９１００、ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、およびｒｓ１２３６６５８２から成る群から選択される、
方法。
【請求項６】
スタチンでの治療が必要とされる個体に好適な投与量を算出する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）１つまたは複数の多型の遺伝子型を元にスタチン治療に好適な投与量を算出し、
スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である、
方法。
【請求項７】
スタチンでの治療が必要とされる個体を治療する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）ステップｉ）において判定された１つまたは複数の多型における遺伝子型によって個体を分類し、
ｉｉｉ）或る投与量のスタチンを投与し、
スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である、
方法。
【請求項８】
請求項６または７に記載の方法であって、
前記１つまたは複数の多型は、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６、および／またはｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある多型から選択される、
方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、さらに、
個体がｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してホモ接合の遺伝子型を有しているかまたはヘテロ接合の遺伝子型を有しているかを判定するステップを含む、
方法。
【請求項１０】
請求項８に記載の方法であって、
前記ｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある１つまたは複数の多型は、ｒｓ４３６３６５７、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ２９００４７８、ｒｓ４１４９１００、ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、およびｒｓ１２３６６５８２から成る群から選択される、
方法。
【請求項１１】
請求項６〜９のいずれか一項に記載の方法であって、
前記１つまたは複数の多型はＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６であり、
スタチンの標準投与量はＣＣ遺伝子型またはＴＣ遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がＴＴ遺伝子型を有する個体に好適である、
方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法であって、
前記スタチンは、シンバスタチンであり、
標準投与量は、１日当たり２０または４０ｍｇであり、より多い投与量が１日当たり８０ｍｇである。
【請求項１３】
請求項６または１２のいずれか一項に記載の方法であって、
前記個体のミオパチーリスクは、スタチンクリアランスを低下させる薬剤の併用に起因して、または遺伝的変異または遺伝的疾患によるスタチンの肝取り込み低下もしくは腎クリアランス低下に起因して上昇する
方法。
【請求項１４】
スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性に対してスクリーニングを行うｉｎ−ｖｉｔｒｏ診断キットであって、
個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出する１つまたは複数の試薬
を具備する、キット。
【請求項１５】
請求項１４に記載のキットであって、
１つまたは複数の試薬は、個体の遺伝子型がＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定することが可能である対立遺伝子特異的増幅プライマーおよび／または対立遺伝子特異的プローブを含む、
キット。
【請求項１６】
請求項１５に記載のキットであって、
前記キットは、前記個体のｒｓ４１４９０５６遺伝子型を元にスタチン治療に好適な投与量を確定する使用指示書を具備し、
スタチンの標準投与量はＣＣ遺伝子型またはＴＣ遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がＴＴ遺伝子型を有する個体に好適である、
キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を検出する診断法に関する。
【背景技術】
【０００２】
スタチンは、酵素、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−コエンザイム−Ａ（ＨＭＧ−ＣｏＡ）レダクターゼを阻害することで肝臓によるコレステロールの産生を抑制することによって、ＬＤＬ（低比重リポタンパク）コレステロールを低下させる薬剤のうち広く使用されているクラスである。スタチン療法は、心臓発作、脳卒中、および血行再建の発生率を、１ｍｍｏｌ／ＬのＬＤＬコレステロール低下につき約５分の１まで低下させることが大規模なランダム化された証拠から分かっている。１スタチンの使用によって得られる利点は、主として、係る症例の個体の絶対リスク、そして、ＬＤＬコレステロール低下の絶対的なサイズに関するようである。より集中的なスタチン療法の場合に見られる付加的な利点のため、スタチンの投与量を増やす傾向にある。
【０００３】
まれに、スタチンは、クレアチンキナーゼの血中濃度が高まることによって筋肉痛または筋衰弱（すなわち、ミオパチー）を引き起こす可能性があり、少数ケースであるが、これによって、筋破壊が引き起こされ、血液循環にミオグロビンが遊出することがある（すなわち、横紋筋融解症）。これには、腎不全や死の危険性が伴う。２スタチンがミオパチーを引き起こすメカニズムは未知であるが、当該メカニズムは、血中のスタチン濃度に関連しているようである。ミオパチーの発生率は、標準的なスタチン投与量（１日当たり、シンバスタチン２０〜４０ｍｇ等）の場合、患者数にして、年間約１００００人中にたったの１人という具合である。３しかし、より多いスタチン投与量（１日当たり、シンバスタチン８０ｍｇ４）等の場合、リスクは（おそらく、約１０倍に）高まる。上記リスクは、互いに作用して血漿中スタチン濃度を増加させる一定の薬剤を併用することによっても高まる。例えば、併用して与えられるゲムフィブロジルは、スタチン抽出曲線（statin elimination curve）（ＡＵＣ）下の面積をいくつかのスタチンと共に２〜４倍に増やし、ミオパチーリスクを何倍にも上昇させることが分かっている。５、６シクロスポリンおよびイトラコナゾール、並びにＣＹＰ３Ａ４エンザイムを阻害する他の薬剤の併用は、血漿へのスタチンの放出（exposure）を増加させることも示されており、ミオパチーと関係がある。７、８これらの明らかな関係によって、特定のスタチン投与量および一定の他の薬剤（特に、ゲムフィブロジル、シクロスポリンおよびイトラコナゾール）に対する警告がスタチン薬剤ラベルに書かれている。２
【０００４】
係る相互作用は、スタチンと併用する薬剤とが共通の代謝経路を共有する場合に生じると考えられている。ゲムフィブロジルのスタチンとの相互作用は、ＵＧＴグルクロン酸化エンザイム遺伝子を介してまたはいくつかのＣＹＰ遺伝子を介して行われると想定されている。５、７いくつかのスタチン（ロバスタチン、シンバスタチンおよびアトルバスタチンを含む）は主にＣＹＰ３Ａ４エンザイムを介して代謝されており、これらのスタチンによって生じる臨床的に重要な薬剤間相互作用の大半は、ＣＹＰ３Ａ４の強力な阻害剤または基質である薬剤の同時使用に寄与可能であることが結論付けられている。７プラバスタチンはＣＹＰ遺伝子を介して代謝されないが、その血漿レベルは、輸送による排泄に関与する遺伝子によって影響を受けることがある。ロスバスタチンの代謝は、ＣＹＰ系に依存しているようには見えないが、臨床的な重要性を有するいくつかの薬剤相互作用が知られている。例えば、ロスバスタチンがシクロスポリンに組み合わされる場合、ロスバスタチンのＡＵＣは７〜１１倍に増え、有機アニオン輸送ポリペプチドＣのシクロスポリン阻害によって、ロスバスタチンの肝取り込みが減少され得ることが示唆されている。９
【０００５】
スタチンの薬物動態に対する２０個を超える遺伝子の影響が調査されている。４、１０少なくとも１つの小規模な試験によって、これらの遺伝子（ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＣＹＰ２Ｃ９、ＡＢＣＧ２、ＡＢＣＣ２）のうちの５つに関して、血漿スタチンレベルとの関係性が報告されている。ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子は、種々の薬剤の肝取り込みおよび胆汁中排泄に影響を及ぼすことが知られている有機アニオン輸送たんぱく質ＯＡＴＰ１Ｂ１を符号化する。Ｉｎ  ｖｉｔｒｏ試験によって、大半のスタチンおよびスタチン酸はＳＬＣＯ１Ｂ１輸送体の基質であることが示されているが、１１肝取り込みに対するその寄与度は、主に受動注入によって取り出されると考えられている親油性スタチン（シンバスタチンおよびロバスタチン等）の場合にはより低いことが示唆されている。１２本発明者らによって行われた文献調査によって、（主にプラバスタチンまたはロスバスタチンに関する）スタチン薬物動態に対するＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の影響に関する１４個の別個の報告書が刊行されていることが分かっている。全ての試験が統計的に有意な結果をもたらしているわけではなく、また、これらを合わせた分析が過去に行われているわけでもないが、スタチン薬物動態の典型的な影響は、ゲムフィブロジルまたは強力なＣＹＰ３Ａ４阻害子の併用によって引き起こされる数倍の増加よりもかなり小さかった。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
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【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
結果的に、スタチン血漿レベルの係る差異がスタチン関連ミオパチーのリスクに多分に関与しているかどうかは明確ではない。
【０００８】
いくつかの小規模な試験によって、一定のスタチンの代謝に関与するＣＹＰ３Ａ４、１３ユビキノン（コエンザイムＱ１０）欠損に関与する遺伝子、１４および有機アニオン輸送ポリペプチド（ＯＡＴＰ）を符号化する遺伝子１１等の種々の候補遺伝子のあり得るスタチン関連筋肉副作用に対する直接的な関連性が過去に検討されている。ミオパチー、筋肉痛またはスタチン不耐性の関係が、６個の遺伝子の場合にそれぞれ、「公称」ｐ＜０．０５で（すなわち、検討された多数の候補遺伝子およびＳＮＰｓを考慮に入れる前に）報告されている。しかし、それらの小さいサイズおよび複数の比較を仮定すると、これらの小規模な試験は、スタチン関連ミオパチーとのあらゆる遺伝的な関連性に関して良好かつアプリオリな証拠を提示しなかった。さらに、これらの試験におけるミオパチー率の明白な差異がスタチン投与量および他の薬剤の併用における差異と混同されている可能性がある。３とりわけ、ミオパチーを有する１０人の患者および２６の対照群に関する或る試験１５が、プラバスタチンまたはアトルバスタチンを摂取した患者間でのミオパチーとＳＬＣＯ１ＢＩ＊１５ハプロタイプ（ｒｓ４１４９０５６  Ｃ対立遺伝子およびｒｓ２３０６２８３  Ｇ対立遺伝子）との関連性を公称ｐ値＜０．０１で報告した。この小規模な試験は、様々な遺伝子における１５２個のＳＮＰｓ（並びにいくらかのハプロタイプ比較）および３個の別個のスタチン（並びにこれらのスタチンの種々の組合せ）との関係の調査を含んだ。この多数の比較の影響は、公称ｐ値を解釈する際に考慮される必要がある：全ての試験が独立したものであったわけではないため、独立試験の有効数は３００〜１０００であった。したがって、ボンフェローニ法の適用は、０．０１の公称ｐ値を完全に無意味なものにし、各公称ｐ値を少なくとも３００倍にすることを含む。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
一態様によれば、本発明は、スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を判定する方法であって、個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、１つまたは複数の多型の存在は、個体が、スタチン誘発性ミオパチーに対する変化した感受性を有することを示す、方法を提供する。
【００１０】
別の態様では、本発明は、
スタチンを用いる治療中に個体のミオパチーリスクを低下させる方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、
ｉｉ）ステップｉ）によって検出された１つまたは複数の多型の存在または非存在を元に、スタチン誘発性ミオパチーに対する感受性によって個体を分類し、
ｉｉｉ）ステップｉｉ）によって判定されたスタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を元にスタチン治療に好適な投与量を算出する、
方法を提供する。
【００１１】
好ましくは、１つまたは複数の多型は、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６、および／またはｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある多型から選択され、これは、限定しないが、ＳＮＰｓ  ｒｓ４３６３６５７、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ２９００４７８、ｒｓ４１４９１００、ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、およびｒｓ１２３６６５８２を含む。
【００１２】
実施形態によっては、本発明の方法は、限定しないがｒｓ２３０６２８３、ｒｓ１１０４５８１９、およびｒｓ３４６７１５１２を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の付加的な多型の存在または非存在を判定するステップも含んでもよい。
【００１３】
好ましくは、本発明の方法は、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含む。
【００１４】
実施形態によっては、本発明の方法は、スタチン誘発性ミオパチーのリスクの増加に関係付けられる１つまたは複数の多型の「ハイリスク」対立遺伝子の存在または非存在を判定するステップを含む。
【００１５】
実施形態によっては、本発明の方法は、スタチン誘発性ミオパチーのリスクの低下に関係付けられる１つまたは複数の多型の「ローリスク」対立遺伝子の存在または非存在を判定するステップを含む。
【００１６】
好ましくは、本発明の方法は、個体の遺伝子がｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含む。
【００１７】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５またはｒｓ１２３６６５８２においてグアニン（Ｇ）またはアデニン（Ａ）に関して；ｒｓ４１４９０８１またはｒｓ１２３６９８８１においてＡまたはＧに関して；ｒｓ４３６３６５７またはｒｓ１１０４５８７９においてＣまたはＴに関して；ｒｓ２９００４７８においてＡまたはＴに関して；または、ｒｓ４１４９１００において配列からの塩基の欠失もしくはＡに関して、個体の遺伝子型がホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含んでもよい。
【００１８】
実施形態によっては、本発明の方法は、ｒｓ２３０６２８３においてＧまたはＡに関して、ｒｓ１１０４５８１９においてＡまたはＣに関して、またはｒｓ３４６７１５１２においてＣまたはＡに関して、個体の遺伝子型がホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含んでもよい。
【００１９】
好ましくは、検出ステップは、１つまたは複数の多型を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子を符号化する核酸配列の少なくとも一部を増幅し、当該増幅したＤＮＡによって符号化される多型（複数可）の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するステップを含む。
【００２０】
好ましくは、検出ステップは、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のエクソン６を増幅し、より好ましくは、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の位置５２１にヌクレオチドを含む核酸配列を増幅し、当該位置に存在するヌクレオチドを同定するステップを含む。
【００２１】
他の実施形態では、検出ステップは、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ１８７１３９５またはｒｓ１２３１７２６８を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン８の少なくとも一部；ＳＮＰｓ  ｒｓ４３６３６５７、ｒｓ２９００４７８またはｒｓ４１４９１００を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン１１の少なくとも一部；または、ＳＮＰｓ  ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、またはｒｓ１２３６６５８２を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン１４の少なくとも一部を増幅し、当該増幅したＤＮＡによって符号化される１つまたは複数の多型の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するステップを含んでもよい。
【００２２】
実施形態によっては、本発明の方法は、ＳＮＰｓ  ｒｓ２３０６２８３、またはｒｓ１１０４５８１９を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のエクソン５の少なくとも一部；またはＳＮＰ  ｒｓ３４６７１５１２を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のエクソン１５の少なくとも一部を増幅し、当該増幅したＤＮＡによって符号化される１つまたは複数の多型の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するステップも含んでもよい。
【００２３】
好ましくは、本発明の方法は、１つまたは複数の多型の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを増幅および／または同定するようになっている好適なプライマーを用いるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の使用を含む。
【００２４】
実施形態によっては、上記増幅および同定は、１つまたは複数の対立遺伝子特異的増幅プライマーを用いる単一ステップで行われてもよい。
【００２５】
本発明の方法の他の実施形態では、１つまたは複数の対立遺伝子特異的プローブは、検査核酸または上記増幅したＤＮＡによって符号化される１つまたは複数の多型の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するのに用いられてもよい。
【００２６】
さらなる態様では、本発明は、
スタチンでの治療が必要とされる個体に好適な投与量を算出する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）１つまたは複数の多型の遺伝子型を元にスタチン治療に好適な投与量を算出し、
スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である、
方法を提供する。
【００２７】
さらなる態様では、本発明は、
スタチンでの治療が必要とされる個体を治療する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）ステップｉ）において判定された１つまたは複数の多型における遺伝子型によって個体を分類し、
ｉｉｉ）或る投与量のスタチンを投与し、
スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である、
方法を提供する。
【００２８】
好ましくは、本発明の方法は、好適なスタチンおよび特定の個体に対する当該スタチンの好適な投与量（すなわち、スタチンレジメン）を算出するステップを含む。好ましくは、本発明の方法は、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６において個体の遺伝子型を判定するステップを含む。この場合、ハイリスク遺伝子型がＣＣ遺伝子型またはＴＣ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＴＴ遺伝子型として確定される。
【００２９】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５またはｒｓ１２３６６５８２において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＧＧ遺伝子型またはＧＡ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型として確定される。
【００３０】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ４１４９０８１またはｒｓ１２３６９８８１において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型またはＡＧ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＧＧ遺伝子型として確定される。
【００３１】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ４３６３６５７またはｒｓ１１０４５８７９において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＣＣ遺伝子型またはＣＴ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＴＴ遺伝子型として確定される。
【００３２】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰ  ｒｓ２９００４７８において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型またはＡＴ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＴＴ遺伝子型として確定される。
【００３３】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９１００において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型が欠失のホモ接合または欠失のヘテロ接合である遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型として確定される。
【００３４】
さらなる態様では、本発明は、
スタチンでの治療が必要とされる個体を治療する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子において個体の遺伝子型がＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）ステップｉ）において判定されたｒｓ４１４９０５６における遺伝子型によって個体を分類し、
ｉｉｉ）好適な投与量のスタチンを投与し、
スタチンの標準投与量はＣＣ遺伝子型またはＴＣ遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がＴＴ遺伝子型を有する個体には好適である、
方法を提供する。
【００３５】
本発明の方法は、さらに、ミオパチーのリスクが高い個体に対して好適なスタチンレジメン（すなわち、薬剤および投与量）を算出するか、または或る投与量のスタチンＬＤＬコレステロール低下療法と組み合わせて用いられる。
【００３６】
さらなる態様は、スタチンでの治療が必要とされる個体を治療するか、またはスタチンでの治療が必要とされる個体に対して好適なレジメン（すなわち、薬剤および投与量）を算出する類似の方法であって、個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出するステップを含む、方法を提供する。この場合、１つまたは複数の多型は、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ２９００４７８、ｒｓ４１４９１００、ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、またはｒｓ１２３６６５８２を非限定的に含む、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６および／またはＳＮＰ  ｒｓ４３６３６５７と密接した関連状態にあるＳＮＰとすることができる
【００３７】
一実施形態では、スタチンは、ロバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチン、アトルバスタチン、ピタバスタチンおよびロスバスタチンを含むリストから選択される。
【００３８】
好適な実施形態では、スタチンは、シンバスタチンであり、標準投与量は、１日当たり２０または４０ｍｇであり、より多い投与量が１日当たり８０ｍｇである。
【００３９】
好適な実施形態では、本発明の方法は、スタチンでの治療が必要とされる個体に対して好適な投与量またはスタチンレジメンを算出するのに用いることができる。この場合、個体のミオパチーリスクは、例えば、スタチンクリアランスを低下させるアミオダロン、シクロスポリンまたはゲムフィブロジル等の薬剤の併用によって、または遺伝的変異または遺伝的疾患によるスタチンに対する肝取り込み低下もしくは腎クリアランス低下によって上昇する。
【００４０】
さらなる態様では、本発明は、スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性に対してスクリーニングを行うｉｎ−ｖｉｔｒｏ診断キットであって、個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出する１つまたは複数の試薬を具備する、キットを提供する。
【００４１】
好ましくは、１つまたは複数の試薬は、１つまたは複数の対立遺伝子特異的増幅プライマーまたは対立遺伝子特異的プローブを含む。
【００４２】
好ましくは、１つまたは複数の試薬は、個体の遺伝子型が上述した１つまたは複数の多型に関してヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定することが可能である対立遺伝子特異的増幅プライマーおよび／または対立遺伝子特異的プローブを含む。
【００４３】
好ましくは、キットは、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の対立遺伝子の増幅および／または検出用の指示書を具備する。
【００４４】
好ましくは、キットは、個体の遺伝子型が１つまたは複数の多型に関してヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを元にスタチン治療に好適な投与量を確定する指示書を具備し、スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】８５件のコーカソイド人種のミオパチー症例および１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた９０個のコーカソイド人種対照群の初期ゲノムワイド関連試験において別々に測定された各ＳＮＰに関するｐ値を示す。解析は、Sentrix HumanHap300-Duo BeadChip（Illumina）上の３１８２３７個のＳＮＰｓのうちの３１６１８４個（９９．４％）を含む。横軸の上の結果、個体のＳＮＰをｐ値＜５×１０−７で（すなわち、関連性に関する強力な証拠）有する。矢印は、４×１０−９のｐ値でＳＮＰ  ｒｓ４３６３６５７を示す（測定されたＳＮＰｓの数の修正後の非常に重要なＰ＝０．００１）。
【図２】ゲノムワイド関連試験において各々測定されたＳＮＰ対ランク付けされた期待値（分位点分位点プロット）に関するカイ二乗値を示す。実線および破線は、任意の遺伝子座における無関連の帰無仮説下で期待分布および９５％の信頼区間（ＣＩ）を示す。矢印は、染色体１２上のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン１１内に位置するＳＮＰ  ｒｓ４３６３６５７を示す。
【図３】被験者の異なるカテゴリー内において、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子におけるｒｓ４１４９０５６  ＳＮＰと関連付けられるミオパチーに関するオッズ比を示す。黒塗りの四角は、各区分（subdivision）におけるオッズ比（領域は各区分における統計的な情報の量に比例する）を示し、横軸は９５％のＣＩを示す（ＣＩ範囲外まで延びる場合は先に矢印が付けてある）。全オッズ比およびその９５％のＣＩが白抜きの菱形で表されている。
【図４】１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた被験者のＳＬＣＯ１Ｂ１のｒｓ４１４９０５６遺伝子型による推定累積ミオパチーリスクを示す。
【００４６】
［定義］
本明細書で用いる用語「マーカ」は、染色体の同定可能な物理的位置を有するＤＮＡ断片を指す。マーカは、遺伝子または、オープンリーディングフレーム、イントロンの一部、または遺伝子間ゲノムＤＮＡ断片等の他の同定可能な核酸配列とすることができる。好ましくは、マーカは、多形性部位、より好ましくは、一塩基多型である。
【００４７】
「多形性部位」は、多型が生じる核酸配列の位置を指す。多形性部位は、１つの塩基対と同じくらい小さくてもよい。
【００４８】
用語「多型」は、遺伝的変異、または、個体群における単一遺伝子座における２つ以上の遺伝的に決定された選択的配列の発生を指す。多形性部位に関する配列の各バージョンは、多形性部位の「対立遺伝子」と称される。好ましい多型は、２つの対立遺伝子を有し、選択された個体群の１％より高い、より好ましくは、５％または１０％より高い頻度でマイナーな対立遺伝子が発生する。選択された個体群において生じる頻度が最も高い対立形質は、「野生型」形質と称される場合がある。選択された個体群において生じる頻度がより低い対立形質は、「変異」形質と称される場合がある。２倍体生物は、対立形質に関してホモ接合またはヘテロ接合であり得る。２対立遺伝子多型は２つの形質を有する。３対立遺伝子多型は３つの形質を有する。多型の例は、制限断片長多型（ＲＦＬＰｓ）、ＶＮＴＲ配列（ＶＮＴＲｓ）、一塩基変異多型（ＳＮＰｓ）、ジヌクレオチド反復、トリヌクレオチド反復、テトラヌクレオチド反復、単純配列反復、およびＡｌｕ等の挿入因子を含む。
【００４９】
用語「ＳＮＰ」または「一塩基多型」は、単一ヌクレオチドによって占められる多形性部位において生じる多型である。ＳＮＰの部位は通常、高度に保存された配列（例えば、個体群の１／１００または１／１０００未満のメンバーにおいて変化する配列）の前後にある。本明細書で用いる場合、「ＳＮＰｓ」は、ＳＮＰの複数形である。ＳＮＰｓは、最も高い頻度で、２対立遺伝子である。ＳＮＰの最も一般的な対立遺伝子は、「メジャーな」または「野生型」対立遺伝子と呼ばれ、上記ＳＮＰの選択的対立遺伝子は、「マイナーな」または「変異型」対立遺伝子と呼ばれる。ＳＮＰは通常、多形性部位において１つのヌクレオチドの別のヌクレオチドに対する置換に起因して生じる。転移は、１つのプリンの別のプリンとの、または１つのピリミジンと別のピリミジンとの交代である。トランスバージョンは、プリンのピリミジンとの、またはその逆の交代である。ＳＮＰｓは、基準対立遺伝子に関するヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入から生じることもできる。
【００５０】
ＳＮＰｓは、世代を通して進化的に安定している傾向があるため、個体群にわたって固有の遺伝的異常を研究するのに用いることができる。ＳＮＰｓがタンパク質コード領域において生じる場合、遺伝的疾患の進行を招き得るたんぱく質の変異、場合によっては欠陥形状の発現を招く可能性がある。係るＳＮＰｓは、遺伝的疾患の効果的な指標としての役割を果たすことができる。一部のＳＮＰｓは、非コード領域に生じることがあるが、その場合も、特異的スプライシングもしくは異常スプライシング、または異なったたんぱく質発現レベルを結果としてもたらす可能性がある。したがって、ＳＮＰｓは、一定の疾病傾向を有する個体を識別し、当該状態の根底にある遺伝的な原因に関して当該疾病を患う個体の遺伝子型を決定し、発症プロセス中に標的たんぱく質の役割に関して明らかにされた見識に基づいて薬剤開発を容易にする診断ツールとして用いることができる。
【００５１】
「ＳＮＰ配置」または「ＳＮＰ遺伝子座」は、ＳＮＰが生じる多形性部位である。
【００５２】
本明細書で用いる用語「関連（linkage）」は、２つ以上の多形性部位における対立遺伝子の非ランダムな関連性（association）を指す。用語「密接した関連（close linkage）」は、ｒ２＞０．８の二乗相関係数を有する連鎖不均衡の尺度を指す。
【００５３】
本明細書で用いる用語「核酸」は、任意の長さの一本鎖または二本鎖デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドポリマーを意味し、非限定的な例として、遺伝子のコード配列および非コード配列、センス配列およびアンチセンス配列、エクソン、イントロン、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｐｒｅ−ｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｔＲＮＡ、リボザイム、組換えポリヌクレオチド、単離したおよび精製された自然発生ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列、合成ＲＮＡ配列およびＤＮＡ配列、核酸  プローブ、プライマー、ならびにこれらの断片。ポリヌクレオチド（複数可）についても同様に理解されたい。
【００５４】
本明細書で提示するポリヌクレオチド配列の「断片」という用語は、関心対象に対して特定のハイブリダイズを行うことができる隣接ヌクレオチドの配列である。例えば、少なくとも１０個のヌクレオチドが並ぶ配列である。断片は、ポリヌクレオチドの隣接ヌクレオチドのうち、１０個、好ましくは、１５個のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも２０個のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも３０個のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも４０個のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも５０個のヌクレオチド、最も好ましくは、少なくとも６０個のヌクレオチドを含んでもよい。ポリヌクレオチド配列のプラグメントは、マイクロアレイを含め、プライマー、プローブとして用いることができるか、またはポリヌクレオチドをベースとした同定方法に用いることができる。
【００５５】
用語「オリゴヌクレオチド（複数可）」は、通常、５〜１００個の隣接塩基、多くの場合５〜１０、５〜２０、１０〜２０、１０〜５０、１５〜５０、１５〜１００、２０〜５０または２０〜１００個の隣接塩基である核酸である。約２０個の隣接塩基よりも長いオリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドと称することができる。多形性部位（多型）は、オリゴヌクレオチド内の任意の位置に生じ得る。
【００５６】
用語「プライマー」は、通常、３’ＯＨ基を有するポリヌクレオチドを指す。これは、テンプレートにハイブリダイズされ、標的に対して相補的であるポリヌクレオチドの重合をプライミングするために用いられる。
【００５７】
用語「プローブ」は、ハイブリダイズベースの解析においてプローブに相補的であるヌクレオチド配列を検出するのに用いられるポリヌクレオチドを指す。プローブは、本明細書で定義されるようなポリヌクレオチドの「断片」から成ってもよい。
【００５８】
用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」、および文法的にこれと等価のものは、温度および塩濃度の規定の条件下で、標的のポリヌクレオチド分子（サザンブロットまたはノーザンブロット等のＤＮＡまたはＲＮＡブロットに固定された標的のポリヌクレオチド分子等）に対してハイブリダイズする、ポリヌクレオチド分子の能力を指す。ストリンジェントなハイブリダイズ条件下でハイブリダイズする能力は、緩い条件下でのハイブリダイズから始めて、所望の厳しさまでハイブリダイズ条件を上げていくことによって判定することができる。
【００５９】
長さが約１００個の塩基よりも長いポリヌクレオチド分子に関して、通常の厳しさのハイブリダイズ条件は、天然二本鎖の融解温度（Ｔｍ）より低い２５〜３０°Ｃ（例えば、１０°Ｃ）でしかない（一般的に、Sambrook et al, Eds, 1987, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Press; Ausubel et al, 1987, Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishingを参照）。約１００個の塩基よりも長いポリヌクレオチド分子のＴｍは、式Ｔｍ＝８１    ．５＋０．４１％（Ｇ＋Ｃ−ｌｏｇ（Ｎａ＋）によって計算することができる（Sambrook et. al, Eds, 1987, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Press; Bolton and McCarthy, 1962, PNAS 84:1390）。長さが約１００個の塩基よりも長いポリヌクレオチド分子に対する通常の厳しさのハイブリダイズ条件は、例えば、以下のハイブリダイズ条件である：６ＸＳＳＣ、０．２％ＳＤＳの溶液にて予備洗浄し、６５°Ｃ、６ＸＳＳＣ、０．２％ＳＤＳで一晩ハイブリダイズし、その後、それぞれ１ＸＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ    、６５°Ｃで３０分間の洗浄を２回行い、それぞれ０．２ＸＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５°Ｃで３０分間の洗浄を２回行う。
【００６０】
一実施形態では、ストリンジェントな条件は、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハート液、sonicated salmon sperm DNA（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、および１０％硫酸デキストラン（４２°Ｃ）を使用する。ここで、０．２×ＳＳＣにおいて４２°Ｃで洗浄を行い、また、５５°Ｃで５０％ホルムアミドの洗浄を行い、その後、ＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣ（５５°Ｃ）から成る洗浄を行う。
【００６１】
１００個の塩基より短い長さを有するポリヌクレオチド分子に関して、例示的なストリンジェントなハイブリダイズ条件は、Ｔｍより低い５〜１０°Ｃである。平均すると、１００ｂｐより短い長さのポリヌクレオチド分子のＴｍは、概ね（５００／オリゴヌクレオチド長）°Ｃ減る。
【００６２】
用語「感受性」は、スタチン誘発性ミオパチー、または「傾向」または「素質」等の任意の同様の語句に関連して用いられる場合は、一定の対立遺伝子が、スタチン療法によって誘発されるミオパチーと関連付けられるかまたは当該ミオパチーの前兆となることが発見されていることを意味する。これらの「ハイリスク」対立遺伝子は、マイナーな（または変異型）対立遺伝子、またはメジャーな（または野生型）対立遺伝子であり得る。したがって、これらの対立遺伝子は、スタチン誘発性ミオパチーの疑いの無い個体に比したスタチン誘発性ミオパチーを発現するリスクがある個体に頻度または保有率において過剰発現する（over-represented）。したがって、用語「スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性」は、特定の多型対立遺伝子または遺伝子型（すなわち、対立遺伝子または多型パターン）を有する個体の、特定の多型対立遺伝子または遺伝子型を有しない個体群のメンバーの頻度に比して統計学的に高いかまたは低いスタチン誘発性ミオパチー頻度を指す。
【００６３】
多形性部位において１つまたは２つのハイリスク対立遺伝子を有する個体は、当該特定の多形性部位に関してヘテロ接合またはホモ接合の「ハイリスク」遺伝子型をそれぞれ有すると言える。特定のハイリスク対立遺伝子を有しない個体は、ホモ接合の「ローリスク」遺伝子型を有すると言える。
【００６４】
本明細書で用いる用語「ミオパチー」は、血清クレアチンキナーゼ濃度の増加が伴う、痛み、衰弱または圧痛等の任意の筋肉症状を指し、筋肉痛、筋炎、ミオパチーおよび横紋筋融解症を含む。
【００６５】
本明細書で用いる用語「生体サンプル」は、スクリーニングされる患者由来の生体サンプルを意味する。生体サンプルは、選択されたマーカの発現が検出され得る、従来技術で既知の任意の好適なサンプルとすることができる。身体組織または体液から取得される個々の細胞および細胞集団が含まれる。検査される好適な体液の例は、血漿、血液、リンパ液、および尿である。
【００６６】
本明細書および特許請求の範囲で用いる用語「具備する（comprising：有する、含む）」は、「〜の少なくとも一部を具備する」ことを意味する。すなわち、本明細書および特許請求の範囲における記載（当該用語、各記載において当該用語から始まる特徴を含む）を解釈する際に、必要なものは全て提示しているが、他の特徴も存在し得ると言える。「具備する（comprise）」および「具備された（comprised）」等の関連する用語も同様に解釈されたい。
【発明を実施するための形態】
【００６７】
本発明は、限定しないがｒｓ４３６３６５７を含む、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における多型、特に、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４１４９０５６、またはｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある１つまたは複数の多型がミオパチーと深い関係がある（未調整ｐ＝４×１０−９）という識別に基づく。したがって、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の変異が起因であり得る、スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性は、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における多型の影響の組合せによって引き起こされる累積危険度である。
【００６８】
したがって、第１の態様では、本発明は、スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を判定する方法であって、個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、１つまたは複数の多型の存在は、個体が、スタチン誘発性ミオパチーに対する変化した感受性を有することを示す、方法を提供する。
【００６９】
別の態様では、本発明は、
スタチンを用いる治療中に個体のミオパチーリスクを低下させる方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出し、
ｉｉ）ステップｉ）によって検出された１つまたは複数の多型の存在または非存在を元に、スタチン誘発性ミオパチーに対する感受性によって個体を分類し、
ｉｉｉ）ステップｉｉ）によって判定されたスタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性を元にスタチン治療に好適な投与量を算出する、
方法を提供する。
【００７０】
好ましくは、１つまたは複数の多型は、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６および／または、ｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある多型から選択される。これは、限定しないが、ＳＮＰｓ  ｒｓ４３６３６５７、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ２９００４７８、ｒｓ４１４９１００、ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、およびｒｓ１２３６６５８２を含む。
【００７１】
実施形態によっては、本発明の方法は、限定しないがｒｓ２３０６２８３、ｒｓ１１０４５８１９、およびｒｓ３４６７１５１２を含む、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の付加的な多型の存在または非存在を判定するステップも含んでいてもよい。他の多型は、ｒｓ１１０４５８１８およびｒｓ２２９１０７５を含む。
【００７２】
好ましくは、本発明の方法は、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子において１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含む。
【００７３】
実施形態によっては、本発明の方法は、スタチン誘発性ミオパチーのリスクの増加に関係付けられる１つまたは複数の多型の「ハイリスク」対立遺伝子の存在または非存在を判定するステップを含む。
【００７４】
実施形態によっては、本発明の方法は、スタチン誘発性ミオパチーのリスクの低下に関係付けられる１つまたは複数の多型の「ローリスク」対立遺伝子の存在または非存在を判定するステップを含む。
【００７５】
多形性部位において１つのまたは両方のハイリスク対立遺伝子を有している個体は、特定の多形性部位に関してヘテロ接合またはホモ接合の「ハイリスク」遺伝子型を有しているとして分類することができる。特定のハイリスク対立遺伝子を有しない個体は、ホモ接合の「ローリスク」遺伝子型を有しているとして分類することができる。
【００７６】
好ましくは、本発明の方法は、個体の遺伝子がｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含む。
【００７７】
本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５またはｒｓ１２３６６５８２においてグアニン（Ｇ）またはアデニン（Ａ）に関して；ｒｓ４１４９０８１またはｒｓ１２３６９８８１においてＡまたはＧに関して；ｒｓ４３６３６５７またはｒｓ１１０４５８７９においてＣまたはＴに関して；ｒｓ２９００４７８においてＡまたはＴに関して；または、ｒｓ４１４９１００において欠失もしくはＡに関して、個体の遺伝子型がホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップを含んでもよい
【００７８】
実施形態によっては、本発明の方法は、ｒｓ２３０６２８３においてＧまたはＡに関して、ｒｓ１１０４５８１９においてＡまたはＣに関して、またはｒｓ３４６７１５１２においてＣまたはＡに関して、個体の遺伝子型がホモ接合であるかまたはヘテロ接合であるかを判定するステップも含んでもよい。
【００７９】
全ての対立遺伝子コーディングは、前方方向（プラス鎖）に関して変異型（マイナーな）または野生型（メジャーな）対立遺伝子として示される。
【００８０】
生体サンプル中の特定の対立遺伝子の存在または非存在を判定する技法は、当該技術分野において既知であり、限定しないが、増幅、核酸シークエンシング、または核酸ハイブリダイズ等の、配列に基づく変異判別技法を含む。対立遺伝子変異の検出のための多くの現行の方法が以下の文献に概説されている：Nollau et al, Clin. Chem. 43:1114-1120, 1997; and in standard textbooks, for example "Laboratory Protocols for Mutation Detection", Ed. by U. Landegren, Oxford University Press, 1996 and "PCR", 2nd Edition by Newton & Graham, BIOS Scientific Publishers Limited, 1997。
【００８１】
好適な実施形態では、本発明は、検出される１つまたは複数の多型を含む核酸を単離するステップを含む。
【００８２】
検査される核酸は、当該技術分野で既知の多様な技法を用いて生体サンプルから単離することができる。例として、係る核酸は、分析前に核酸を増幅することによって単離することができる。増幅技法は、当業者には既知であり、限定しないが、クローニング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、特異対立遺伝子のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＡＳＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応ライゲーション、ネステッドポリメラーゼ連鎖反応等を含む。
【００８３】
ラベル付きポリヌクレオチドプローブを、ニトロセルロースフィルタまたはナイロン膜等の個体基板上に固定されているポリヌクレオチドに対してハイブリダイズする技法は、遺伝子サンプルまたはｃＤＮＡサンプルをスクリーニングするのに用いることもできる。同様に、プローブは、ビーズに結合して、標的配列にハイブリダイズしてもよい。単離は、磁気分離等、当該技術分野で既知のプロトコルを用いて行うことができる。例示的なストリンジェントなハイブリダイズおよび洗浄条件は既に述べている。
【００８４】
好ましくは、検出ステップは、１つまたは複数の多型を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子を符号化する核酸配列の少なくとも一部を増幅し、当該増幅したＤＮＡによって符号化される多型（複数可）の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するステップを含む。好ましくは、検出ステップは、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のエクソン６を増幅し、より好ましくは、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の位置５２１にヌクレオチドを含む核酸配列を増幅し、当該位置で少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するステップを含む。
【００８５】
他の実施形態では、検出ステップは、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ１８７１３９５またはｒｓ１２３１７２６８を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン８の少なくとも一部；ＳＮＰｓ  ｒｓ４３６３６５７、ｒｓ２９００４７８またはｒｓ４１４９１００を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン１１の少なくとも一部；または、ＳＮＰｓ  ｒｓ４１４９０８１、ｒｓ１１０４５８７９、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５、ｒｓ１２３６９８８１、ｒｓ１２３６６５８２を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン１４の少なくとも一部を非限定的に含む、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある１つまたは複数の多型を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子を符号化する核酸配列の少なくとも一部を増幅し、当該増幅したＤＮＡによって符号化される１つまたは複数の多型の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドを同定するステップを含んでもよい。
【００８６】
実施形態によっては、本発明は、ＳＮＰｓ  ｒｓ２３０６２８３、またはｒｓ１１０４５８１９を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のエクソン５；または、ＳＮＰ  ｒｓ３４６７１５１２を含むＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のエクソン１５の少なくとも一部を非限定的に含む、ミオパチーに関する独立した情報を提供し得る１つまたは複数の付加的なＳＮＰｓを含む個体からの生体サンプル中の核酸配列を増幅するステップも含んでもよい。
【００８７】
基本的な増幅プロトコルの多くのバリエーションが当業者によく知られている。ＰＣＲベースの検出手段は、複数のマーカの多重増幅を同時に含んでもよい。例えば、ＰＣＲプライマーは、サイズが重複しないＰＣＲ産物を生成するように選択することができ、かつ同時に分析することが可能である。代替的には、別様にラベル付けされているため、同じ反応において別々に検出することができるプライマーを有する、異なる遺伝子マーカを増幅することが可能である。複数のマーカの多重分析を可能にする他の技法が、当該技術分野において既知である。
【００８８】
検査核酸または増幅産物における多型の少なくとも１つの対立遺伝子に存在するヌクレオチドは、種々の方法で検出または分析することができる。この種々の方法には、限定はしないが、サイズ分析、反応生成物における特異的な、タグ付きオリゴヌクレオチドプライマーの検出、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイズ、対立遺伝子特異的Ｓ１エクソヌクレアーゼ検出、シークエンシング、核酸ハイブリダイズ等が含まれる。例えば、係る検出は、対立遺伝子が１つ存在するかまたは複数存在するかを判定するために、多型を符号化する核酸をシークエンシングすることを含んでもよい。代替的には、検出ステップは、遺伝的多型の対立遺伝子の１つに接着するようになっているプローブを有する増幅ステップの産物をハイブリダイズするステップを含んでもよい。
【００８９】
好ましくは、ハイブリダイズプローブは、検出可能にラベル付けされたプローブである。検出を容易にするために、ラジオアイソトープ、酵素ラベル、蛍光ラベル、化学発光ラベル、および生物発光ラベル等の検出可能ラベルを用いてもよい。
【００９０】
便宜上、ハイブリダイズプローブは、樹脂（ポリアクリルアミド等）、炭水化物（セファロース等）、プラスチック（ポリカーボネート等）、およびラテックスビーズを含む固体相基板に固定化してもよい。
【００９１】
本発明の好適な実施形態では、対立遺伝子多型に特異的にハイブリダイズすることができるいくつかのプローブは、固体相基板に付着させてもよい。オリゴヌクレオチドは、リソグラフィを含む種々の手法によって固体基板に接着させることができる。例えば、チップは、少なくとも２５００００個のオリゴヌクレオチドを保持することができる（GeneChip、Affymetrix）。「ＤＮＡプローブ配列」とも称されるオリゴヌクレオチドを有するこれらのチップを用いる変異検出分析について、例えば、Cronin et al. (1996) Human Mutation 7:244 and in Kozal et al. (1996) Nature Medicine 2:753に記載がある。一実施形態では、チップは、遺伝子の少なくとも１つの多型領域の全ての対立遺伝子多型を有する。次いで、固体相基板は、検査核酸に接触させられ、特異的なプローブに対するハイブリダイゼーションが検出される。したがって、１つまたは複数の遺伝子の多数の対立遺伝子多型のアイデンティティを、単純なハイブリダイゼーション試験にて同定することができる。例えば、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６におけるヌクレオチドの多型の対立遺伝子多型、および／またはｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある１つまたは複数の多型またはＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の他のあり得る多型領域のアイデンティティを、単一のハイブリダイゼーション試験にて決定することができる。
【００９２】
ＳＬＣＯ１Ｂ１遺子の特異的エクソンおよびイントロンを増幅およびシークエンシングするのに好適なオリゴヌクレオチドを、下記の表４に示しており、配列ＩＤ番号として１〜５１が付されている。
【００９３】
実施形態によっては、検出は、遺伝的多型の対立遺伝子の１つに接着するようになっている第１のプローブを有する増幅ステップの検査核酸または産物を精査する、好ましくは、遺伝的多型の対立遺伝子の他方に接着するようになっている第２のプローブを有する増幅ステップの検査核酸または産物を精査するステップを含んでもよい。プローブは好ましくは、対立遺伝子の１つに接着するようになっている核酸配列である。プローブの１つが増幅産物に接着する場合、被験体は、対立遺伝子に関してホモ接合である。しかし、両方のプローブが増幅産物に接着する場合、被験体は、各対立遺伝子に関してヘテロ接合である。
【００９４】
さらなる態様では、本発明は、
スタチンでの治療が必要とされる個体に好適な投与量を算出する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）１つまたは複数の多型の遺伝子型を元にスタチン治療に好適な投与量を算出し、
スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である、
方法を提供する。
【００９５】
さらなる態様では、本発明は、
スタチンでの治療が必要とされる個体を治療する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型に関して個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）ステップｉ）において判定された１つまたは複数の多型における遺伝子型によって個体を分類し、
ｉｉｉ）好適な投与量のスタチンを投与し、
スタチンの標準投与量はハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である、
方法を提供する。
【００９６】
好ましくは、本発明の方法は、好適なスタチンおよび特定の個体に対する当該スタチンの好適な投与量（すなわち、スタチンレジメン）を算出するステップを含む。例えば、平均的なミオパチーリスクの上昇にもかかわらず、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチン等のより多いスタチン投与量の常用が保健機関によって推奨される。係るスタチンレジメンは、スタチン誘発性ミオパチーと関係があるＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６の「ハイリスク」Ｃ対立遺伝子を有しない個体に好適であり得る。「ハイリスク」Ｃ対立遺伝子を有する個体には、標準投与量のより強力なスタチンをから成るスタチンレジメンが、より多いスタチン投与量に関係付けられるミオパチーリスクの上昇を伴うことなく同レベルのＬＤＬコレステロール低下をもたらし得る。
【００９７】
好適な実施形態では、本発明の方法は、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６において個体の遺伝子型を判定するステップを含む。この場合、ハイリスク遺伝子型がＣＣ遺伝子型またはＴＣ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＴＴ遺伝子型として確定される。
【００９８】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ１８７１３９５、ｒｓ１２３１７２６８、ｒｓ７９６９３４１、ｒｓ１１０４５８８５またはｒｓ１２３６６５８２において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＧＧ遺伝子型またはＧＡ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型として確定される。
【００９９】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ４１４９０８１またはｒｓ１２３６９８８１において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型またはＡＧ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＧＧ遺伝子型として確定される。
【０１００】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰｓ  ｒｓ４３６３６５７またはｒｓ１１０４５８７９において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＣＣ遺伝子型またはＣＴ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＴＴ遺伝子型として確定される。
【０１０１】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰ  ｒｓ２９００４７８において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型またはＡＴ遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＴＴ遺伝子型として確定される。
【０１０２】
他の実施形態では、本発明の方法は、代替的にまたは付加的に、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９１００において個体の遺伝子型を判定するステップを含んでもよい。この場合、ハイリスク遺伝子型が欠失のホモ接合または欠失のヘテロ接合である遺伝子型として確定され、ローリスク遺伝子型がＡＡ遺伝子型として確定される。
【０１０３】
さらなる態様では、本発明は、
スタチンでの治療が必要とされる個体を治療する方法であって、
ｉ）個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子において個体の遺伝子型がＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関してヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定し、
ｉｉ）ステップｉ）において判定されたｒｓ４１４９０５６における遺伝子型によって個体を分類し、
ｉｉｉ）好適な投与量のスタチンを投与し、
スタチンの標準投与量はＣＣ遺伝子型またはＴＣ遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がＴＴ遺伝子型を有する個体には好適である、
方法を提供する。
【０１０４】
本発明の方法は、さらに、ミオパチーのリスクが高い個体に対して好適なスタチンレジメン（すなわち、薬剤および投与量）を算出するか、または或る投与量のスタチンを投与するステップを含んでもよい。この場合、スタチンは、１つまたは複数の代替的なＬＤＬコレステロール低下療法と組み合わせて用いられる。
【０１０５】
好ましくは、本発明の方法を実施するのにキットを用いる。
【０１０６】
したがって、さらなる態様において、本発明は、
スタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性に対してスクリーニングを行うｉｎ−ｖｉｔｒｏ診断キットであって、
個体からの生体サンプル中のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の存在または非存在を検出する１つまたは複数の試薬
を具備する、キットを提供する。
【０１０７】
好ましくは、
本発明のキットは、
スタチン誘発性ミオパチーのリスクの増加に関係付けられる１つまたは複数の多型の「ハイリスク」対立遺伝子の存在または非存在および／またはスタチン誘発性ミオパチーのリスクの低下に関係付けられる１つまたは複数の多型の「ローリスク」対立遺伝子の存在または非存在を判定する１つまたは複数の試薬を具備する。
【０１０８】
好ましくは、キットは、ＤＮＡサンプリング試薬、好ましくはＰＣＲ増幅試薬を具備する。好ましくは、ＰＣＲ増幅試薬はＴａｑポリメラーゼを含む。
【０１０９】
好ましくは、１つまたは複数の試薬は、１つまたは複数の対立遺伝子特異的増幅プライマーまたは対立遺伝子特異的プローブを含む。
【０１１０】
好ましくは、１つまたは複数の試薬は、上記で詳述した１つまたは複数の多型に関して、より好ましくは、ＳＮＰ  ｒｓ４１４９０５６においてシトシン（Ｃ）またはチミン（Ｔ）に関して、個体の遺伝子型がヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを判定することが可能である対立遺伝子特異的増幅プライマーまたは対立遺伝子特異的プローブを具備する。
【０１１１】
キットは、便宜上、コントロール試薬（陽性および／または陰性）および／または核酸を検出する手段も具備するであろう。最も典型的には、キットは、当該技術分野で既知である試験に、より典型的には、当該技術分野で既知であるＰＣＲ、ノーザンハイブリダイズまたはサザンＥＬＩＳＡアッセイにフォーマット化されるであろう。
【０１１２】
好ましくは、キットは、増幅ステップの産物を精査して検査中の個体の遺伝子型を判定する手段を具備する。好ましくは、キットは、遺伝的多型の対立遺伝子の１つに接着するようになっている第１のプローブ、好ましくは、遺伝的多型の対立遺伝子の他方に接着するようになっている第２のプローブを具備する。プローブは、好ましくは、対立遺伝子の１つに接着するようになっている核酸配列である。好ましくは、プローブは、上述したように、検出可能にラベル付けされたプローブである。
【０１１３】
プローブは、上述したような固体基質に接着させてもよいか、またはプローブを当該基質に接着する試薬と共に詰め込んでもよい。固体基質または固体基板は、ビーズ、プレート、管、ディップスティック、細長片またはバイオチップの形態とすることができる。アドレス可能な配置を有するバイオチップまたはプレート、ならびに別個のマイクロタイタープレートが特に実用的である。
【０１１４】
キットは、１つまたは複数の容器から成り、試験器具、例えば、瓶、袋（点滴流体バッグ等）、バイアル、シリンジ、および試験管を有することもできる。他の構成要素には、針、希釈液、洗浄試薬および緩衝液が含まれ得る。通常、キットは、リン酸緩衝生理食塩水等の薬学的に許容される緩衝液、リンガー溶液、およびデキストロース溶液を含む容器を少なくとも１つ具備し得る。
【０１１５】
好ましくは、キットは、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における１つまたは複数の多型の対立遺伝子の増幅および／または検出用の指示書を具備する。
【０１１６】
好ましくは、キットは、個体の遺伝子型が１つまたは複数の多型に関してヘテロ接合であるかまたはホモ接合であるかを元にスタチン治療に好適な投与量を確定する指示書を具備し、スタチンの標準投与量はヘテロ接合またはホモ接合のハイリスク遺伝子型を有する個体に好適であり、より多い投与量がホモ接合のローリスク遺伝子型を有する個体には好適である。
【０１１７】
好適な実施形態では、本発明の方法は、個体からの生体サンプルを取得する付加的なステップを含む。
【０１１８】
本発明の方法は、スタチンでの治療が必要とされる個体に対して好適なスタチンレジメン（すなわち、薬剤および投与量）を算出するのに用いることができる。この場合、個体のミオパチーリスクは、例えば、より多い投与量のスタチンの使用を後押しするＬＤＬコレステロールの大幅な削減に対する必要性によって、スタチンクリアランスを低下させるアミオダロン、シクロスポリンまたはゲムフィブロジル等の一定の薬剤の併用によって、または遺伝的変異または遺伝的疾患によるスタチンに対する肝取り込み低下もしくは腎クリアランス低下によって上昇する。係る状況では、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における変異体の遺伝子型を決定することによって、ミオパチーリスクの上昇に起因して特定の投与量の特定のスタチンが不適切であることが示され得る。例えば、ミオパチーリスクの上昇に関係付けられる上記ＳＮＰｓに関してヘテロ接合またはホモ接合の遺伝子型を有する個体の場合、多量のレジメンの特定のスタチンを用いることが適切ではない可能性がある。そこで、異なるスタチンおよび／またはスタチン投与量の選択、および／または他のＬＤＬコレステロール低下療法の追加、および／またはミオパチーリスクを最小化しつつ心血管系のリスクを低下させる他の介入が行われ得る。
【０１１９】
したがって、遺伝的変異体のスクリーニングによって、より安全に獲得されるスタチン療法の最大限の利点が引き出される。上記遺伝的変異体の検出は、ＳＬＣＯ１Ｂ１によって輸送されるスタチン以外のクラスの薬剤（経口血糖降下薬レパグリニド）の効果にも関連があり得る。
【０１２０】
一実施形態では、スタチンは、ロバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチン、アトルバスタチン、ピタバスタチンおよびロスバスタチンを含むリストから選択される。好適な実施形態では、スタチンは、シンバスタチンであり、標準投与量は、１日当たり２０または４０ｍｇであり、より多い投与量が１日当たり８０ｍｇである。
【０１２１】
標準投与量は、ＬＤＬコレステロールを３０〜４５％低下させるのに必要とされる１日当たりのスタチン投与量として確定してもよい。他のスタチンの標準投与量は通常、アトルバスタチンが約１０〜２０ｍｇ、フルバスタチンが４０〜８０ｍｇ、ロバスタチンが４０ｍｇ、プラバスタチンが４０ｍｇ、ピタバスタチンが２ｍｇ、そして、ロスバスタチンが１０ｍｇである。より多い投与量は、１日当たりのスタチンの標準投与量の２倍以上として確定してもよい。
【０１２２】
一部の民族の患者群において、ＬＤＬコレステロールを３０〜４５％低下させるのに必要とされる１日当たりの各スタチン投与量、すなわち、「標準投与量」は、上述した標準投与量よりも低いことが予期される。「より多い投与量」も、これに対応して低くなる。例えば、アメリカ合衆国で行われた薬物動態研究は、白人（コーカソイド人種）対照群と比べて、アジア圏（フィリピン、中国、日本、韓国、ベトナム、またはアジア系インド出自）の被験者のロスバスタチンの平均放出は約２倍であることを示している。１６係る患者の個体群において、特定のスタチンの「標準」および「より多い」投与量は、上述した１日当たりのスタチン投与量の１／２以下であり得る。
【０１２３】
上述したように、本発明は、限定しないがｒｓ４３６３６５７を含む、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における多型、特に、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４１４９０５６、またはｒｓ４１４９０５６と密接した関連状態にある１つまたは複数の多型がミオパチーと深い関係がある（未調整ｐ＝４×１０−９）という識別に基づく。ｒｓ４３６３６５７  ＳＮＰ変異体での変異は、遺伝子の符号化に影響を及ぼさないが、符号化されるたんぱく質は、ＳＮＰ  ｒｓ４３６３６５７（ｒ２＝０．９７）とほぼ完全な関連状態にあるｒｓ４１４９０５６（Ｖａｌ１７４Ａｌａ）  ＳＮＰによって変更される。
【０１２４】
下記の実施例においてより詳細に説明するように、非コードｒｓ４３６３６５７  ＳＮＰのＣ対立遺伝子の対照群間頻度は０．１３であり、ミオパチーのオッズ比は、Ｃ対立遺伝子毎に４．３（９５％のＣＩ  ２．５−７．２）であり、ＣＣホモ接合体対ＴＴホモ接合体に関しては１７．４（４．８−６２．９）であった。対照群間のコードｒｓ４１４９０５６  ＳＮＰ（Ｖａｌ１７４Ａｌａ）のＣ対立遺伝子頻度は０．１３であり、ミオパチーのオッズ比は、Ｃ対立遺伝子毎に４．５（９５％のＣＩ  ２．６−７．７）であり、ＣＣホモ接合体対ＴＴホモ接合体に関しては１６．９（４．７−６１．１）であった。
【０１２５】
１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた被験者のｒｓ４１４９０５６  遺伝子型による推定累積ミオパチーリスクを図４に示す。ＣＣホモ接合体が１８％のミオパチー累積危険度を有する一方、ＣＴ遺伝子型は約３％の累積危険度と関係付けられ、かつＴＴホモ接合体は０．６％の累積危険度しか有しなかった。これは、１年目のミオパチー症例の６３％および全てのミオパチー症例の６０％がＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子におけるｒｓ４１４９０５６  Ｃ変異体を原因として生じ得ることを示す。
【０１２６】
符号化されるたんぱく質を変更する、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における他の変異体を研究した。独立した情報を提供することを示しながら、３つが、比較的共通していて、ｒｓ４１４９０５６と中程度の連鎖不均衡状態にあるのみであることが分かった。ｒｓ４１４９０５６の影響を考慮した後、ｒｓ２３０６２８３およびｒｓ３４６７１５１２の機能性ＳＮＰのより共通した変異体が、ｒｓ２３０６２８３に関して統計的に有意であるスタチン誘発性ミオパチーと、ｒｓ３４６７１５１２に関して統計的に有意である標準に満たないより高いレートと関連付けられた。ＳＬＣＯ１Ｂ１のＳＮＰｓの一部（限定しないがｒｓ４１４９０５６を含む）もスタチン療法のコレステロール低下効果に変更をもたらした。したがって、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の変異が起因であり得るスタチン誘発性ミオパチーに対する個体の感受性は、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子における多型の影響の組合せによって生じる累積危険度である。
【０１２７】
上述したように、いくつかの小規模な試験は既に、一定のスタチンの代謝に関与するＣＹＰ３Ａ４等の種々の候補遺伝子、ユビキノン欠陥に関与する遺伝子（コエンザイムＱ１０）、１４有機アニオン輸送ポリペプチド（ＯＡＴＰ）を符号化する遺伝子１１の起こり得るスタチン−関連筋肉副作用との直接的な関連性について検討している。ミオパチー、筋肉痛、またはスタチン不耐性の関連性は、６個の遺伝子の場合それぞれ「公称」ｐ＜０．０５（すなわち、検討した多数の候補遺伝子およびＳＮＰｓを考慮する前）で報告されている。このアプリケーションに基づくＳＥＡＲＣＨ試験では、発明者らの大規模な試験では、ゲノムスクリーンによって十分にカバーされなかった５番目の遺伝子、ＣＹＰ２Ｄ６（補足表２、表４および表５４）に加え、統計的な信頼性を有する推定関連性を認められなかった４つの遺伝子（ＡＢＣＢ１／ＭＤＲ１、ＣＯＱ２、ＨＴＲ３ＢおよびＨＴＲ７）が存在した。
【０１２８】
対照的に、ＳＥＡＲＣＨ試験において多量のシンバスタチンを摂取した患者と、良好にマッチングされた同じ個体群からの対照群との比較的多くのスタチン関連ミオパチー症例によって、別個の大規模なHeart Protection試験（ＨＰＳ）個体群における独立した複製と共に（本明細書に参照によって援用される４に刊行されているように）、単一の遺伝子（ＳＬＣＯ１Ｂ１におけるｒｓ４１４９０５６）における変異が大半のスタチン誘発性ミオパチー症例の主な原因であることが実証された。
【０１２９】
臨床試験に関する既に刊行されている報告書におけるｒｓ４１４９０５６遺伝子型とスタチン薬物動態との関連性は、本発明者らによってまとめられており（補足表６４）、下記の表１においてスタチンのタイプによって示されている。関連性は、フルバスタチンの例外（これに関しては試験が１つしかない）はあるが、別個に各スタチンに関して統計的に有意である。
【０１３０】
ＳＬＣＯ１Ｂ１のｒｓ４１４９０５６  Ｃ対立遺伝子が、異なるスタチンの血漿レベルの中程度の増加をもたらすことを示す先行の研究の証拠によって、ｒｓ４１４９０５６がシンバスタチンでのミオパチーリスクだけではなく、いくつかの他のスタチンでのミオパチーリスクにも影響を及ぼし得るという外挿が裏付けられる。
【０１３１】
【表１】
2011512813.tif 000002
【０１３２】
次に、本発明を、以下の実施例を参照して非限定的な方法で示す。
【０１３３】
実施例
ＳＥＡＲＣＨ（コレステロールおよびホモシステインのさらなる低下に対する有効性に関する試験（Study of the Effectiveness of Additional Reductions in Cholesterol and Homocysteine））の、心筋梗塞の病歴を有する１２０６４人の被験者を対象としたトライアルは、約７年間、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てることによって、１日当たり２０ｍｇのシンバスタチンの標準レジメンを割り当てる場合と比べて心血管リスクが大幅に低下するかを示すことを目的とした。１７
【０１３４】
ＳＥＡＲＣＨにおいて１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた６０３１人の被験者の約６年の平均的な継続調査期間中、４９件の明確なミオパチー症例が生じ、さらなる４９人の被験者が初期ミオパチーを有するとして識別された（方法を参照）。上記明確なまたは初期の９８件のミオパチー症例の半分以上が継続調査開始から１年以内に起こった。スタチンがミオパチーを引き起こすメカニズムは未知であるが、当該メカニズムは、血中のスタチン濃度に関連しているようである。ＳＥＡＲＣＨでの暫定的な安全に関する分析は、従来では認識されていなかった、アミオダロンの使用と、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた被験者（１０近い、ミオパチーに関する相対リスクを有する）間でのミオパチーとの強固な関連性を明らかにした。結果的に、ＳＥＡＲＣＨにおいてアミオダロンを摂取した全ての被験者には、（当初の割り当てとは関係なく）１日当たり２０ｍｇのシンバスタチンが与えられた。また、今やアミオダロンの併用は、より多いシンバスタチン投与量の禁忌である。多量のスタチンによる療法でのスタチン誘発性ミオパチーと、とりわけスタチンの血中レベルに影響を及ぼす遺伝的変異体との間に同様に強固な関連性が存在すると仮定した。
【０１３５】
方法
ＳＥＡＲＣＨにおける被験者およびサンプル
ＳＥＡＲＣＨにおいて、１８歳〜８０歳までの１２０６４人の心筋梗塞経験者を、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンまたは１日当たり２０ｍｇのシンバスタチンを投与されるようにランダムに割り当てた。１７スクリーニング臨検における除外基準は、coordinating centre laboratoryに関して３×標準的な上限（ＵＬＮ；２５０ＩＵ／Ｌ）を超える血中クレアチンキナーゼ（ＣＫ）レベルと、１．５×ＵＬＮを超える血中アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）レベルと、ミオパチーリスクを上昇させる薬剤（すなわち、フィブラート、多量のナイアシン、シクロスポリン、ネファゾドン、メトトレキサート、および全身のアゾール系抗真菌薬またはマクロライド抗生物質）の併用とを含んだ。ランダム化後、被験者の継続調査を２ヶ月後、４ヶ月後、８ヶ月後および１２ヶ月後に行い、以後、６ヶ月間隔でこれを行うように予定を組んだ。起こり得る全ての心筋梗塞、狭心症のための入院、脳卒中、血管手術、肺動脈塞栓、癌または他の深刻な有害症例に関しての情報を探した。さらに、あらゆる新しくて不明な筋肉痛または筋衰弱を明確に調査および記録した。ＣＫおよびＡＬＴに関する中央研究所アッセイ用に各継続調査の臨検において血液サンプルを採取した。
【０１３６】
継続調査から平均して６年後に、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた６０３１人の被験者のうち４９人が、（ＣＫ＞１０×ＵＬＮの筋肉症状として確定される）「明確な」ミオパチーを発症した。さらなる４９人の被験者が、筋肉症状が報告されたか否かにかかわらず、安全な血液像に基づいて「初期」ミオパチーを有していると見なされた（すなわち、ＣＫ＞両方の３×ＵＬＮおよび５×スクリーニング値＋ＡＬＴ＞１．７×スクリーニング値であるが、増加したＡＬＴが単独で観察されなかった）。診断を行った際に、４９件の明確な症例の全てと、４９件の初期症例のうちの４８件とは、被験者に割り当てられた１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンに準拠している。対照的に、１日当たり２０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた６０３３人の被験者のうち、ミオパチーの２件の明確な症例および６件の初期症例しか特定されなかった。
【０１３７】
ゲノムワイド関連試験を、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを摂取して明確なまたは初期のミオパチーを有すると診断された、軟層サンプルが入手可能である９６人の被験者に限定した。１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを摂取するように割り当てられた残りの被験者のうち、軟層サンプルを有する９６個の対照群が性別、年齢、推定、糸球体濾過率、基準値のアミオダロン使用に関するマッチングによって選択された。これらの症例および対照群は、関連があるとは分かっておらず、（主分析から除外された）１つの症例を除いて全ての症例によって、被験者がコーカソイド人種であると分類された。
【０１３８】
ＳＥＡＲＣＨにおける遺伝子型決定、シークエンシングおよびインピュテーション（imputation：補完）
凍結軟層サンプルをオックスフォードのcoordinating centreからフランス、パリ市のCentre National de Genotypage（ＣＮＧ）へ送った。ＣＮＧでは、ＤＮＡを抽出し、その濃度を蛍光発光（Picogreen法）によって測定し、その性質をゲルおよび２個のマイクロサテライトマーカのＰＣＲ増幅によって調べた。９６件の症例のうちの８５件（９０％）および９６個の対照群のうちの９０個（９４％）に関して遺伝子型決定に適切なＤＮＡを取得した。ＳＮＰ遺伝子型決定は、ゲノムにおける共通の変異（＞５％）を捕捉することを意図した国際ハップマップリソースデータから導出された３１８２３７個のタグＳＮＰｓのパネルを有する市販のSentrix HumanHap300-Duo BeadChip（Illumina）１８を用いて行った。１９遺伝子型は、全症例および対照群のＳＮＰｓの＞９５％に関して評価することができた。つまり、主分析から除外された症例または対照群はなかった。多次元尺度法２０を用いて異なる祖先を有する個体または他の部外者を検出した：異なる祖先を有するであろうことを示し、残りの症例および対照群から５件の症例が集まった（データは図示していない）。被験者が少数であることおよび推定関連性の強度を仮定すると、上記被験者（コーカソイド出自と認められていない被験者を除いて：上記参照）は、主分析に保持された（しかし、感度分析は彼らを除いて行った）。
【０１３９】
主分析は、任意のサンプルにおいて遺伝子型決定が上手くいかなかった１０９８個のＳＮＰｓを除いて、Illuminaパネルにおける３１８２３７個のＳＮＰｓのうちの３１６１８４個（９９．４％）、この個体群において単形性であった１３９個、被験者の＞１０％において不明であった８１３個、および対照群のうちハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ  ｐ＜１．６×１０−７；ボンフェローニによる修正ｐ＜０．０５）から導出された３個を含んだ。ゲノム対照群のために上記ＳＮＰｓのミオパチーとの関連性を調整する必要はないようであった。よって、試験の統計上の余分な差異は分集団構造（population substructure）が原因となっている：２１各ＳＮＰの観察値の比較に関するカイ二乗値対ランク付けされたその期待値が期待分布に従っており、ゼロＳＮＰｓにおける期待平均カイ二乗値によって割った３１６１８４のカイ二乗試験統計の平均は、統計上１．０であった（結果を参照）。
【０１４０】
ゲノムワイド分析に続き、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子内のエクソンを８３件の症例および８９個の対照群において十分なＤＮＡとリシークエンシングした：非ゼロのマイナーな対立遺伝子頻度を有する付加的な３８個の遺伝子型決定された変異体および１４１個のインピュートした２１変異体（HapMap CEUを基準個体群として用いて）を症例−対照群分析に含めた。Illuminaパネルは、スタチン誘発性ミオパチーに妥当な候補である、ＣＹＰ３Ａ４遺伝子の変異をカバーしないため、それも、５４件の症例および６２個の対照群において十分なＤＮＡとリシークエンシングした：同定された３０個の変異体のうち２０個（６７％）は、症例−対照群分析のための品質管理試験対象患者基準を満たしており、
１１個のさらなるインピュートされたＳＮＰｓも含まれた。エクソンおよびイントロンの一部の全体のセット（ＳＬＣＯ１Ｂ１の１５個の断片およびＣＹＰ３Ａ４の１８個の断片）をカバーするようにPRIMER3によって生成されるＰＣＲ単位複製配列を用いてＳＬＣＯ１Ｂ１およびＣＹＰ３Ａ４遺伝子のリシークエンシングを行った。ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子を増幅およびシークエンシングするために用いられるオリゴヌクレオチドを下記の表４に示す。ＰＣＲは、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（Abgene、Epsom、ＵＫ）およびゲノムＤＮＡの１ユニットを用いて８−ｕＬの体積反応において行った。ＰＣＲ産物を、Ｂｉｏ−ｇｅｌ（登録商標）Ｐ１００ゲル（Bio−Rad Inc、Hercules、カリフォルニア州、アメリカ合衆国）を用いて精製し、Ｂｉｇｂｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｃｙｃｌｅシークエンシング化学法（Applied Biosystems、Palo Alto、カリフォルニア州、アメリカ合衆国）を用いてシークエンシングした。産物をＡＢＩ  ３７３０  ＤＮＡ解析器にかける前に、反応物をＳｅｐｈａｄｅｘＴｍＧ−５０  Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（Amersham Biosciences、Uppsala、スウェーデン）を用いて精製した。遺伝的変異体の検出は、社内ソフトウェア（Genalys program；http://www.cng.frにおいて入手可能）によって行った。
【０１４１】
Heart Protection試験における複製
１９９４年７月から１９９７年５月まで、Heart Protection試験（ＨＰＳ）２２の一環として、以前から血管閉塞性疾患または糖尿病を有する英国の計２０５３６人の患者を、１日当たり４０ｍｇのシンバスタチンまたはプラシーボを摂取するようにランダム化した。各継続調査評価（４ヶ月、８ヶ月および１２ヶ月、以後、６ヶ月おき）において、説明不可能な何らかの新たな筋肉痛または筋衰弱に関して被験者を問診し、ＣＫおよびＡＬＴに関する中央研究所アッセイ用に各継続調査の臨検において採血を行った。５年の平均継続調査の間、１日当たり４０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた１０２６９人の被験者において２４件のミオパチー症例（１０件の明確な症例および１４件の初期症例；２３件についてはスタチンを摂取）が特定され、これに対して、プラシーボを割り当てられた１０２６７人においては１２件の症例（４件の明確な症例および８件の初期症例；３件についてはスタチンを摂取）が特定された。１９８５６人（９７％）の被験者から抽出したＤＮＡを用いて、ＳＬＣＯ１Ｂ１におけるｒｓ４１４９０５６およびｒｓ２３０６２８３  ＳＮＰｓが、コーカサス人種として分類された１６６６４人の被験者において遺伝子型決定された。次いで、上記遺伝子型のミオパチーリスクおよびＬＤＬコレステロール低下に対する影響を評価した。
【０１４２】
統計的分析およびソフトウェア
ロジスティック回帰からのミオパチーに関する遺伝子型との関連性および症例−対照群のオッズ比の標準１  ｄ．ｆ．（傾向）検定および２  ｄ．ｆ．（遺伝子型）検定をＳＡＳおよびＰＬＩＮＫ（ｖ．１．００）を用いて計算した。２３ゲノムワイド比較に関して、５×１０−７より小さい、各別個のＳＮＰに関する無修正のｐ値を、関連性に関する強い証拠であると見なし、５×１０−５〜５×１０−７のｐ値は中程度の証拠をもたらすと見なした（Wellcome Trust Case-Control Consortiumの論理的根拠に関する報告書２４を参照）。Haploview v4.0リリース候補版２２５を用いて、連鎖不均衡、および遺伝子型決定されるＳＮＰｓに関するプロット関連結果を推定した。Ｒ（ｖ２．６．１）２７におけるhaplo.stats(v1.3.1)パッケージ２６におけるツールを用いて、ハプロタイプ頻度および関係付けられるリスクを推定した。物理位置はヒトゲノムのＮＣＢＩ  ｂｕｉｌｄ−３６を指し、対立遺伝子は、基準ヒトゲノム（ＮＣＢＩ  ｂｕｉｌｄ−３６）の順方向に表される。Ｅｎｓｅｍｂｌ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ４６およびＮＣＢＩ  ｄｂＳＮＰ  ｂｕｉｌｄ  １２７および刊行されている報告書１１、２８、２９を用いてＳＮＰｓを同義または非同義として分類し、かつイントロンまたはエクソン内のそれらの配置を同定した。１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンによる、寄与ミオパチーリスクを生命表分析によって推定した。ここで、ミオパチー以前の死亡または試験シンバスタチン処方の終わりによる打ち切りは、遺伝子型とは独立していると捉えた。基準値のアミオダロンの被験者は、彼らのシンバスタチンを高度なミオパチーリスクに起因してトライアルの早期に（主として継続調査の１年目のうちに）減らしたため、この分析から除外した。
【０１４３】
結果
被験者の特徴
ＳＥＡＲＣＨ試験で過去に観察されているように３０、アミオダロンの併用を、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられた被験者の間で増やした。継続調査の１年目において、８．８（９５％のＣＩ  ４．２〜１８．４）の相対的なリスクであった。トライアルの初期にこの関連性を検出した後、アミオダロンを摂取している全ての被験者に、（彼らの当初の割り当てに関係なく）１日当たり２０ｍｇのシンバスタチンを与えた。これによって、その後観察されるより低い極相対リスクを説明することができる。１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンによるミオパチーリスクの中程度の増加が比較的高年齢の女性の被験者（心筋梗塞の経験が必要とされる試験の適正によって比較的高齢である傾向がある）、腎機能が低下した証拠を有する被験者、および基準値でのカルシウムチャネル遮断薬を摂取している被験者の間で観察された。
【０１４４】
ゲノムワイド関連試験
ゲノムワイド関連試験は８５件の疑わしいミオパチー症例および９０個の対照群を含み、全員がＳＥＡＲＣＨにおいて１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを摂取している。単一のＳＮＰ分析は、染色体１２上のＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のイントロン１１−１２に位置する非コードｒｓ４３６３６５７  ＳＮＰに関してミオパシーとの１つの強い関連性（無修正ｐ＝４×１０−９；ボンフェローニ法による修正ｐ＜０．００１）をもたらした（無修正ｐ＜１０−５をもたらす任意の他の領域においてＳＮＰｓは存在しない：図１）。ｒｓ４３６３６５７  Ｃ対立遺伝子発生率は、対照群のうち０．１３であった。ここで、ミオパチーオッズ比は、Ｃ対立遺伝子毎に４．３（９５％のＣＩ  ２．５−７．２）であり、ＣＣ対ＴＴホモ接合体に関して１７．４（４．８−６２．９）であった。
【０１４５】
ハーディ・ワインベルグ平衡からの偏差の証拠はわずかしかなかった。また、結果が、分集団構造または他の体系的な偏差の原因によって実質的に影響を受けているようでもなかった：ｒｓ４３６３６５７に関するカイ二乗値は、十分に分位点分位点プロットの９５％信頼区間外であった。遺伝子型決定される他のＳＮＰｓの全てに関する値がこの信頼区間内であった（図２）。
【０１４６】
候補遺伝子型決定およびハプロタイプ分析
ｒｓ４３６３６５７とのミオパチーのこの強い関連性を鑑みると、ＳＬＣＯ１Ｂ１（＋／−１０ｋｂ）以内の付加的なＳＮＰｓは、リシークエンシングによって遺伝子型決定したか、または遺伝子型決定されるＳＮＰｓからインピュートした。これらのうち、２個の遺伝子型決定した（および９個のインピュートした）ＳＮＰｓは、ｒｓ４３６３６５７とほぼ完全な連鎖不均衡状態にあった（各々ｒ２＞０．９５）。しかし、これらのうち、エクソン６におけるｒｓ４１４９０５６（Ｖａｌ１７４Ａｌａ）のみが、「非同義」であった（すなわち、符号化されるたんぱく質を変更した）：そのＣ対立遺伝子の発生率は、対照群間で０．１３であった。ミオパチーオッズ比は、Ｃ対立遺伝子毎に４．５（２．６−７．７）であり、ＣＣ対ＴＴホモ接合体に関して１６．９（４．７−６１．１）であった（ｐ＝２×１０−９；インピュートした４つの不明な結果）。これらのデータを下記の表２に要約する。
【０１４７】
【表２】
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【０１４８】
５個の他の非同義な変形体がＳＬＣＯ１Ｂ１内に発見された。そのうちの３個は比較的共通であった：ｒｓ２３０６２８３（対照群中４４％のＧ対立遺伝子頻度）、ｒｓ１１０４５８１９（１８％のＡ対立遺伝子頻度）およびｒｓ３４６７１５１２（８％のＣ対立遺伝子頻度）。ｒｓ４１４９０５６および上記３個の変異体との間には中程度の連鎖不均衡しか存在しなかった（各対ｒ２＜０．２０）。ｒｓ４１４９０５６を有するハプロタイプにおいて、両方のｒｓ２３０６２８３  Ｇ対立遺伝子およびｒｓ３４６７１５１２  Ｃ対立遺伝子が、基準値の有意な（各々ｐ＝０．０３およびｐ＝０．０６）より低いミオパチーリスクに関連していたため、これらは、ミオパチーリスクに関する独立した情報を提供し得る。他方、ｒｓ１１０４５８１９がリスクに影響している様子はなかった。
【０１４９】
ｒｓ４１４９０５６のサブグループの調査結果
図３は、ｒｓ４１４９０５６に関連付けられるミオパチーに関するオッズ比が、明確なミオパチー症例対初期ミオパチー症例間で、基準値の年齢、性別、推定糸球体機能またはアミオダロン使用というサブグループにおいて有意な差異がなかったことを示している（中程度の差異を検出する力には限りがあるが）。これが当てはまる場合、ミオパチーリスクに対する遺伝子型の影響および上記他の因子の影響（特にアミオダロンの使用）が、倍数式に増えることをこれは暗示している（例えば、ｒｓ４１４９０５６に関するヘテロ接合体の４倍の増加およびアミオダロン使用による１０倍の増加が４０倍のミオパチーリスク上昇に転換される）。多次元尺度法を用いて異なる祖先を有する個体または他の部外者を検出した２０：残りの症例および対照群から集まったように思われる４人の被験者を除けば、ｒｓ４１４９０５６に関するｐ値は、２．４×１０−９から２．０×１０−９にしか変わらなかった（また、かなり有意として分類されるゲノム領域を変更しなかった）。
【０１５０】
寄与ミオパチーリスク
対照群は、ミオパチーを発現しなかったことに基づいて選択したため、より高いリスクのｒｓ４１４９０５６  対立遺伝子を有していた可能性は低い。この選択バイアスを考慮した上で、Ｃ対立遺伝子の個体群発生率を０．１４６と推定した（これは、コーカサス人種間で既に発見されている０．１４〜０．２２の範囲と一致する２８）。この発生率を基に、生命表分析を用いて、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンを摂取している被験者間の累積ミオパチーリスクを彼らのｒｓ４１４９０５６遺伝子型によって推定した（図４）。ＣＣホモ接合体は、１８％の累積危険度（主として１年目のうちに生じる）を有した一方、ＣＴ遺伝子型は約３％の累積危険度と関係付けられた。対照的に、ミオパチーの累積危険度は、８０ｍｇのシンバスタチンを摂取したＴＴホモ接合体のうち０．６％でしかなかった。総じて、これらのミオパチー症例のうち６０％を超える症例は、ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子のｒｓ４１４９０５６  Ｃ変異体が原因となり得る。これらのデータを下記の表３に要約する。
【０１５１】
【表３】
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【０１５２】
Heart Protection試験における複製
ＨＰＳ２２において１６６６４人の遺伝子型決定された被験者のうち、ｒｓ４１４９０５６およびｒｓ２３０６２８３変異体は、事前治療ＬＤＬコレステロールレベルの有意な差異と関連が無かった。ランダム化の前に、上記被験者全員は、１日当たり４０ｍｇのシンバスタチンを４〜６週間摂取し、ＬＤＬコレステロールの平均低下率は４０．５７％（ＳＥ  ０．１２）であった。両方の変異体は共に検討されたときに、低下率が、ｒｓ４１４９０５６  Ｃ対立遺伝子毎に１．２８％（０．２５）と、より低く（ｐ＜０．０００１）、ｒｓ２３０６２８３  Ｇ  対立遺伝子毎に０．６２％（０．１８）と、より高かった（ｐ＜０．０００１）。ＨＰＳにおいて、総じて、１日当たり４０ｍｇのシンバスタチンを割り当てられて摂取した被験者間では２３件の明確なまたは初期のミオパチー症例があり、これに対し、プラシーボを割り当てられたためスタチンを摂取しなかった被験者間では、９件の症例があった。結果的に、ＳＥＡＲＣＨ試験とは対照的に、ＨＰＳにおいてスタチン誘発性であるようなものはシンバスタチンを摂取したミオパチー症例の約半分だけであった。そうだとしても、ＨＰＳ（コーカサス人種に限る）における、４０ｍｇのシンバスタチンに関する２１件のミオパチー症例とミオパチーなしの１６６４３個の遺伝子型決定された対照群との比較によって、Ｃ対立遺伝子毎に２．６（１．３−５．０）というより低い極相対リスクではあるが、ｒｓ４１４９０５６  ＳＮＰがミオパチーに関係付けられることが認められた。ミオパチーなしのこれら１７０００人の遺伝子型決定された被験者は、ｒｓ４１４９０５６  Ｃ対立遺伝子毎の４．７（３．５−６．４）のオッズ比と、３×１０−２８のより強いｐ値をもたらす、ＳＥＡＲＣＨ症例に関する代替的な対照群をも提供する。
【０１５３】
従来の試験との比較
遺伝的変異の、スタチン誘発性ミオパチーとの関連性の統計的に結論付けられた証拠を提供する試験は過去に刊行されていない。１０件のミオパチー症例および２６個の対照群における８個の候補遺伝子に関する試験では、ＳＬＣＯ１Ｂ１  ＳＮＰｓとの関連性が報告されているが１５、これらの結果は、複数の比較のための調整後は統計的にロバストではなかった。本試験では、ミオパチーまたはスタチン薬物動態と関係があると既に報告されている他の遺伝子のいずれかにおけるＳＮＰｓに関して有意な関連性は発見されなかった（補足表２、表４および表５４）。とりわけ、（シンバスタチン排泄１３に関与する）ＣＹＰ３Ａ４  遺伝子の２０個の遺伝子型決定されたＳＮＰｓおよび１１個のインピュートされたＳＮＰｓは、ミオパチーと有意に関連してはいなかった（補足表２ｂ４）。遺伝子検査に関して言及されたスタチン誘発性ミオパチー症例の１０％が３つの遺伝性の代謝ミオパチーのうちの１つ（マッカードル病、カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ２型欠損症、またはミオアデニル酸デアミナーゼ欠損症）を有したか、またはこのキャリアであったことが報告されている。３１しかし、本試験では、上記遺伝子のＳＮＰｓとのミオパチーの有意な関連性は存在しなかった。
【０１５４】
議論
ＳＥＡＲＣＨおよびＨＰＳ試験によって、ＳＬＣＯ１Ｂ１の少なくとも１つの共通遺伝的変異体が実質的にスタチン誘発性ミオパチーリスクを変化させるという非常に強い証拠が提供される。１日当たり２０〜４０ｍｇのシンバスタチン（または標準投与量の他のスタチン）を摂取している患者のうち、ミオパチーの発症率は通常、患者の数にして年間１００００人中１人のみといったもので、３遺伝子変異体がミオパチー絶対リスクに及ぼす影響は小さい可能性が高い（ＨＰＳの被験者間で我々の調査によって示されたように）。対照的に、ミオパチーリスクは、一定の薬剤の併用３１（シクロスポリン、ゲムフィブロジル、および、ＳＥＡＲＣＨにおいて見られるように、アミオダロン３０等）を含め、１日当たり８０ｍｇのシンバスタチンまたは他の投与量のスタチンレジメンによって１０倍に上昇する可能性がある。したがって、ｒｓ４１４９０５６の多型のＣ対立遺伝子を有する多量のスタチンレジメンを投与される個体群における係る薬剤の使用は、（図３のｒｓ４１４９０５６の遺伝子型およびアミオダロン使用に関する概ね倍数式に増える影響によって示唆されるように）特に高いミオパチー絶対リスクをもたらし得る。
【０１５５】
ＳＬＣＯ１Ｂ１は、大半のスタチンおよびスタチン酸を含む種々の薬剤に対する肝取り込みを仲介する有機アニオン輸送ポリペプチドＯＡＴＰ１Ｂ１を符号化する。幾つかの小規模な臨床試験によって、ｒｓ４１４９０５６  ＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子型と、スタチン排泄の薬物動態との関連性が調査された（典型的には、一定の一回量の投与後２４時間の血中スタチンレベルを測定することを含む）。１１上記試験の全てが統計的に有意な結果をもたらしたわけではないが、集められた証拠から、スタチンレベルがこの多型のＣ対立遺伝子を有する個体群において高くなることが示されている。上記研究のうち５つは、ｒｓ４１４９０５６およびｒｓ２３０６２８３のハプロタイプも調べている。要約すると、上記研究は、ｒｓ２３０６２８３  Ｇ変異体がより低いスタチン濃度に関係付けられることを示唆している（データは図示しない）。これは、ＳＥＡＲＣＨ試験において観察されたより低いミオパチーリスクと一致する。肝取り込みを低下させる遺伝的変異体はまた、スタチンレジメンのコレステロール低下効果を減少させることを予期される。Heart Protection試験における被験者から採った我々のデータによって、上記変異体が、シンバスタチンによって引き起こされるＬＤＬコレステロール低下に若干の差異をもたらすことが認められた。２２
【０１５６】
Illumina HumanHap300-Duoパネルは、HapMap CEUサンプルから、コーカサス人種において共通のＳＮＰｓ（ｒ２≧０．８）に関して７５％のゲノムカバレッジをもたらすように推定されている。症例および対照群の数を考慮すると、本ゲノムワイド関連試験は、５×１０−７の「かなり有意な」ｐ値における共通変異体に関して約４のオッズ比を検出するのに５０％のパワーしか有しない。したがって、２〜４倍の高いミオパチーリスクをもたらす変異体の存在をこの分析によって否定することはできない。ミオパチーまたはスタチン薬物動態との繋がりに関して先行の証拠を有する遺伝子は、関連性に関する良好な証拠をもたらすのに、無修正のより低い極ｐ値を必要とする「候補」として見なされるであろう。補足表５４は、約１００個の係るＳＮＰｓを列挙しており、これは、ゲノムスクリーンの約１／３０００を表し；したがって、１．５×１０−３（すなわち、３０００倍の５×１０−７）のｐ値がこれらの候補に関して「有意である」と見なされるであろう。しかし、係るｐ値は、これらの領域において試験したＳＮＰｓの全てに関しては得られなかった。
【０１５７】
結論として、このゲノムワイド関連試験は、シムバスタチン誘発性ミオパチーのリスクの実質的な変更と関連付けられるＳＬＣＯ１Ｂ１遺伝子の共通の遺伝的変異体を同定することに成功した。ミオパチーはクラス単位の影響であり、ＳＬＣＯ１Ｂ１の多型がいくつかのスタチンの血中レベルに影響するように示されたため、上記発見は他のスタチンにも当てはまる可能性が高い。さらに、上記変異体は、ＳＬＣＯ１Ｂ１によって輸送される他のクラスの薬剤（経口血糖降下薬レパグリニド）の影響に関連があり得る。ＳＬＣＯ１Ｂ１の多型の遺伝子型決定によって、将来、より安全かつ効果的にスタチンの利益を得るために、スタチン投与量を調整する範囲がもたらされ、監視が安全に行われる（特に、ミオパチーの絶対リスクが最大である場合、治療の１年目のうちに）。
【０１５８】
【表４】
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【図３】
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【図４】
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【図１】
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【図２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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