(57)【要約】尿試料中の少なくとも３種のポリペプチドマーカーの有無または強度を測定する工程を含み、該ポリペプチドマーカーが表１の分子量および移動時間の値によって特徴付けられるマーカーから選択される、腎尿細管の損傷および疾患の診断のための方法。
2011515672.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
尿試料中の少なくとも１種のポリペプチドマーカーの有無または強度を測定する工程を含む腎尿細管疾患の診断のための方法であって、
前記ポリペプチドマーカーが表１の分子量および移動時間の値によって特徴付けられるマーカーから選択される、腎尿細管疾患の診断のための方法。
【請求項２】
測定された前記マーカーの有無または強度の評価が、以下の表２に記載される基準値によって行われることを特徴とする、請求項１記載の方法。
【請求項３】
請求項１で定義される少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも８種、少なくとも１０種、少なくとも２０種または少なくとも５０種のポリペプチドマーカーが使用される、請求項１〜２の少なくとも１項に記載の方法。
【請求項４】
患者からの前記試料が中間尿試料である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
キャピラリー電気泳動、ＨＰＬＣ、気相イオンスペクトロメトリーおよび／または質量分析を使用して前記ポリペプチドマーカーの有無または強度を検出する、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記ポリペプチドマーカーの分子量が測定されるよりも前にキャピラリー電気泳動が行われる、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
質量分析を用いて１種または複数種の前記ポリペプチドマーカーの有無が検出される、請求項１〜６のうちいずれかに記載の方法。
【請求項８】
分子量および移動時間の値によって特徴付けられる表１のマーカーから選択される少なくとも３種のペプチドマーカーの、腎尿細管疾患の診断のための使用。
【請求項９】
ａ）試料を少なくとも３個の、好ましくは１０個のサブサンプルに分ける工程；および
ｂ）少なくとも５個のサブサンプルを分析して前記試料中の少なくとも１種のポリペプチドマーカーの有無または強度を測定し、ここで前記ポリペプチドマーカーは分子量および移動時間（ＣＥ時間）によって特徴付けられる表１のマーカーから選択される工程；
を含む、腎尿細管疾患の診断のための方法。
【請求項１０】
少なくとも１０個のサブサンプルを測定する、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
前記ＣＥ時間時間が、長さ９０ｃｍ、内径（ＩＤ）５０μｍのガラスキャピラリーに２５ｋＶの電圧を印加することに基づくものであって、ここで２０％アセトニトリル、０．２５％ギ酸の水溶液が移動相として用いられることを特徴とする、請求項１〜１０の少なくとも１項に記載の方法。
【請求項１２】
分子量および移動時間（ＣＥ時間）によって特徴付けられる表１のマーカーから選択される少なくとも１０種のマーカーを含む、マーカーの組み合わせ。
【請求項１３】
感度が少なくとも６０％であり、特異性が少なくとも４０％である、請求項１〜７または９〜１１の少なくとも１項に記載される方法。
【請求項１４】
前記マーカーの質量が≦５ｋＤａであることを特徴とする、請求項１〜７または９〜１１または１３の少なくとも１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、デブレ・ドゥトニー・ファンコニー症候群、Ｄｅｎｔ病、シスチン蓄積症、または細胞増殖抑制剤等の薬物の作用により引き起こされた後天的な形態（acquired forms）等の、腎臓の尿細管損傷および疾患の診断に関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、腎毒性を有することが部分的に分かっているか、またはあまり分かっていない細胞増殖抑制剤の化学療法における使用により、腎尿細管疾患の患者数が激増している。そのため、腎尿細管疾患は、化学療法を受けた癌患者の経過観察等において増加しつつある問題となっている。
【０００３】
腎尿細管の損傷および疾患は、軽症のバリアントでは初期段階において可逆性であるが、深刻な損傷が持続し得る。そのため、腎臓の尿細管損傷の早期診断は極めて重要である。それによって、患者が対応する治療を早期に受けられるようになる。
【０００４】
腎尿細管損傷の診断は一般に糖尿および低分子蛋白尿の測定、血清分析ならびに臨床検査に基づく。シスチン蓄積症およびＤｅｎｔ病等の遺伝病は遺伝的に診断することができる。尿細管損傷の患者の尿からは多種多様なタンパク質が検出され得るが、これらは診断には使用されないか、または稀にしか使用されない。
【０００５】
腎臓の尿細管の損傷および疾患の診断のため、尿中のタンパク質を特徴付けるための様々な試みが為されてきた。
【０００６】
Ｖｉｌａｓｉ，Ａ．，Ｃｕｔｉｌｌａｓ，Ｐ．Ｒ．，Ｍａｈｅｒ，Ａ．Ｄ．，Ｚｉｒａｈ，Ｓ．Ｆ．  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｂｉｎｅｄ  ｐｒｏｔｅｏｍｉｃ  ａｎｄ  ｍｅｔａｂｏｎｏｍｉｃ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｉｎ  ｔｈｒｅｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｆｏｒｍｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｒｅｎａｌ  Ｆａｎｃｏｎｉ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ，Ａｍ．  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｒｅｎａｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  ２００７，２９３，Ｆ４５６−Ｆ４６７には、二次元ゲル電気泳動を用い、次いでマスフィンガープリンティングを行って、腎尿細管損傷の診断のためのバイオマーカーの同定を行うことが記載されている。
【０００７】
しかし、方法論的には、＞１０ｋＤａの分子量を有するタンパク質／ペプチドに焦点が合わせられている。適用される方法は時間がかかるため、臨床ルーチンにおける使用の妨げとなる。それに加え、臨床プロテオミクス研究（Ｍｉｓｃｈａｋ，Ｈ．，Ａｐｗｅｉｌｅｒ，Ｒ．，Ｂａｎｋｓ，Ｒ．Ｅ．，Ｃｏｎａｗａｙ，Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ：ａ  ｎｅｅｄ  ｔｏ  ｄｅｆｉｎｅ  ｔｈｅ  ｆｉｅｌｄ  ａｎｄ  ｔｏ  ｂｅｇｉｎ  ｔｏ  ｓｅｔ  ａｄｅｑｕａｔｅ  ｓｔａｎｄａｒｄｓ．  ＰＲＯＴＥＯＭＩＣＳ  −  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ２００７，１，１４８−１５６）において標準手順として提唱されているような盲検試験における分子の検証が行われないため、同定されたタンパク質の特異性に対する確証を得ることができない。従って、腎尿細管疾患の診断のための迅速かつ容易な方法が未だ求められている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
したがって、本発明の目的は、腎尿細管疾患の診断のための方法および手段を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本目的は、尿試料中の少なくとも１種のポリペプチドマーカーの有無または強度（ａｍｐｌｉｔｕｄｅ）を測定する工程を含み、該ポリペプチドマーカーが表１の分子量および移動時間の値によって特徴付けられるマーカーから選択される、腎尿細管疾患の診断のための方法によって達成される。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１−１】本発明のマーカーの分子量および移動時間を示す表１である。
【図１−２】本発明のマーカーの分子量および移動時間を示す表１の続きである。
【図２−１】本発明のマーカーの有無又は強度を表す基準値を示す表２である。
【図２−２】本発明のマーカーの有無又は強度を表す基準値を示す表２の続きである。
【図２−３】本発明のマーカーの有無又は強度を表す基準値を示す表２の続きである。
【図２−４】本発明のマーカーの有無又は強度を表す基準値を示す表２の続きである。
【図２−５】本発明のマーカーの有無又は強度を表す基準値を示す表２の続きである。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
測定されたポリペプチドは、次の限定を考慮にして、マーカーの有無または強度に基づいて評価される：
【００１２】
特異性とは、実際に陰性の試料数を、実際に陰性の試料数と偽陽性の試料数との合計で除したものと定義される。特異性１００％とは、検査によって全ての健常人が健康とみなされること、すなわち、健康な被検者を病気であると同定することが無い、ということを意味するが、該検査によってどれだけ確実に病気の患者が認識されるかということは示さない。
【００１３】
感度とは、実際に陽性の試料の数を、実際に陽性の試料数と偽陰性の試料数との合計で除したものと定義される。感度１００％とは、検査によって全ての病気の個人が認識されることを意味するが、該検査によってどれだけ確実に健常な患者が認識されるかということは示さない。
【００１４】
本発明のマーカーにより、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、さらに好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％の特異性が、腎尿細管疾患に対して達成され得る。
【００１５】
本発明のマーカーにより、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、さらに好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％の感度が、腎尿細管疾患に対して達成され得る。
【００１６】
移動時間はキャピラリー電気泳動（ＣＥ）によって、例えば、実施例第２項に記載されているようにして、測定される。この実施例においては、長さ９０ｃｍ、内径（ＩＤ）５０μｍ、外径（ＯＤ）３６０μｍのガラスキャピラリーが、３０ｋＶの印加電圧で操作される。移動溶媒（mobile solvent）として、例えば、３０％メタノール、０．５％ギ酸水溶液が用いられる。
【００１７】
ＣＥ移動時間には、ばらつきがあり得ることが知られている。それにも関わらず、用いられる各ＣＥシステムに対して記述されている条件下では、ポリペプチドマーカーが溶出される順番は典型的には同一である。それにも関わらず起こりうる移動時間の任意の相違のバランスをとるため、前記システムは、移動時間が正確に分かっている標準を用いて標準化することができる。これらの標準は、例えば、実施例において記述されているポリペプチド（実施例第３項参照）であってよい。
【００１８】
表１〜４に示すポリペプチドの特性はキャピラリー電気泳動−質量分析（ＣＥ−ＭＳ）により測定された。この方法は、例えば、Ｎｅｕｈｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．（Ｒａｐｉｄ  ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ，２００４，Ｖｏｌ．２０，ｐａｇｅｓ１４９−１５６）に詳細に記載されている。個々の測定値間、または異なる質量分析計間の分子量のばらつきは、キャリブレーションが正確であれば比較的小さく、典型的には±０．１％の範囲内、好ましくは±０．０５％の範囲内、より好ましくは±０．０３％の範囲内、さらに好ましくは±０．０１％または±０．００５％の範囲内である。
【００１９】
本発明のポリペプチドマーカーは、タンパク質もしくはペプチド、またはタンパク質もしくはペプチドの分解産物である。これらは化学的に修飾されていてもよく、例えばグリコシル化、リン酸化、アルキル化、もしくはジスルフィド架橋等の翻訳後修飾により、または例えば分解の範疇に含まれる他の反応により、化学的に修飾されていてもよい。さらには、前記ポリペプチドマーカーは、試料の精製の過程で酸化等の化学的変化を受けてもよい。
【００２０】
ポリペプチドマーカーを決定するパラメーター（分子量および移動時間）をもとに、従来技術において公知の方法により、対応するポリペプチドの配列を同定することが可能である。
【００２１】
本発明のポリペプチドは腎尿細管疾患の診断に使用される。
【００２２】
「診断」とは、症状または現象を疾患または障害に割り当てることにより知見を得る方法を意味する。今回のケースにおいては、特定のポリペプチドマーカーの有無は鑑別診断にも用いられる。ポリペプチドマーカーの有無は従来技術において公知のいかなる方法によっても測定することができる。使用され得る方法を以下に例示する。
【００２３】
ポリペプチドマーカーは、その測定値が少なくともその閾値と同じくらい高ければ存在する、と考える。測定値がそれより低い場合、該ポリペプチドマーカーは存在しないものと考える。閾値は測定方法の感度（検出限界）により決定されるか、または経験的に定義される。
【００２４】
本発明との関連において、好ましくは、ある分子量に対する試料の測定値が、ブランク試料（例えばバッファーまたは溶媒のみ）の測定値よりも少なくとも２倍高い場合に閾値を超えた、と考える。
【００２５】
前記ポリペプチドマーカー（１種または複数種）は、その有無が判定されるように使用され、その有無は腎尿細管疾患の指標となる。従って、腎尿細管疾患の患者には通常存在するが、腎尿細管疾患を罹患していない被検者には生じないまたはより低頻度でしか生じない、ポリペプチドマーカーが存在する。さらには、腎尿細管疾患の被検者には存在するが、腎尿細管疾患を罹患していない被検者には生じない、あるいはより低頻度でしか生じない、ポリペプチドマーカーが存在する。
【００２６】
頻度マーカー（有無の決定）に加えて、またはその代わりに、強度マーカーを診断に用いてもよい。強度マーカーが使用される際には前記の有無は重要ではなく、シグナルが両群に存在する場合のシグナルの高さ（強度）が重要である。表においては、全測定試料にわたって平均された、対応するシグナルの平均強度（質量および移動時間により特徴付けられる）が記載されている。異なる濃度に濃縮された試料間、または異なる測定方法間での比較可能性を達成するために、２種類の標準化法が利用可能である。第１のアプローチにおいては、１試料中の全てのペプチドシグナルが１００万カウントの全強度に標準化される。従って、個々のマーカーの各平均強度は百万分率（ｐｐｍ）で記述される。
【００２７】
さらに、別の標準化法によりさらなる強度マーカーを定義することが可能である。この場合、１試料中の全てのペプチドシグナルを共通の標準化係数（normalization factor）により評価する。従って、個々の試料のペプチド強度と、全ての公知のポリペプチドの基準値との間に直線回帰が形成される。この回帰直線の傾きがちょうど相対濃度に対応し、この試料の標準化係数として用いられる。
【００２８】
診断のための判定は、患者の試料中のポリペプチドマーカーの各々の強度が対照群または「病気」群の平均強度と比較してどれだけ大きいかに基づいて行われる。値が「病気」群の平均強度に近ければ、腎尿細管疾患の存在を考慮するべきであり、また、値が対照群の平均強度に相当するものであれば、腎尿細管疾患が存在しないと考えるべきである。平均強度からの距離は、その試料がある群に属する確率として解釈することができる。
【００２９】
あるいは、測定値と平均強度との間の距離を、その試料がある群に属する確率であると考えてもよい。
【００３０】
頻度マーカーは、一部試料において強度が小さい場合の強度マーカーの変形である。マーカーが検出されない対応する試料を、検出限界近傍の非常に小さい強度に対する強度の計算に含ませることにより、このような頻度マーカーを強度マーカーに変換することが可能である。
【００３１】
１種または複数種のポリペプチドマーカーの有無が決定される試料が得られる前記被検者は、腎尿細管疾患を罹患し得るどのような被検者であってもよい。該被検者は哺乳動物であることが好ましく、最も好ましくはヒトである。
【００３２】
本発明の好ましい一実施形態においては、３種のポリペプチドマーカーだけでなく、より多くのマーカーの組み合わせが用いられる。複数のポリペプチドマーカーを比較することにより、典型的な存在確率からの少数の個々の偏差に起因する、個人の結果全体における偏りを減少させるか、または回避することができる。
【００３３】
本発明のペプチドマーカー（１種または複数種）の有無が測定される試料は、被検者の身体から得られたどのような試料であってもよい。該試料は、被検者の状態に関する情報を提供するのに適したポリペプチド組成を有する試料である。例えば、該試料は、血液、尿、滑液、組織液、身体分泌物、汗、脳脊髄液、リンパ液、腸液、胃液、膵液、胆汁、涙液、組織試料、精液、膣液または便試料であってよい。試料は液体試料であることが好ましい。
【００３４】
好ましい一実施形態において、前記試料は尿試料である。
【００３５】
尿試料は従来技術における好ましい方法で採取することができる。本発明との関連においては中間尿を用いることが好ましい。例えば、尿試料はカテーテルにより、またはＷＯ  ０１／７４２７５に記載される排尿器具によって、採取してよい。
【００３６】
試料中のポリペプチドマーカーの有無は、ポリペプチドマーカーの測定に適した、従来技術において公知のいかなる方法によって決定してもよい。そのような方法は当業者に公知である。原則として、ポリペプチドマーカーの有無は、質量分析等の直接的な方法、またはリガンドを用いる方法等の間接的な方法によって決定され得る。
【００３７】
必要に応じ、または望ましい場合、被検者からの尿試料等の試料は、任意の適した手法により前処理されてよく、例えば、ポリペプチドマーカーの有無を測定する前に精製または分離されてもよい。前記処理の例としては、精製、分離、希釈または濃縮を挙げることができる。その方法の例として、遠心分離、濾過、限外濾過、透析、析出、またはアフィニティー分離もしくはイオン交換クロマトグラフィーによる分離等のクロマトグラフィー法、または電気泳動的な分離等が挙げられる。その具体例として、ゲル電気泳動、二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動（２Ｄ−ＰＡＧＥ）、キャピラリー電気泳動、金属アフィニティークロマトグラフィー、固定化金属アフィニティークロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）、レクチンベースの（ｌｅｃｔｉｎ−ｂａｓｅｄ）アフィニティークロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、順相および逆相ＨＰＬＣ、陽イオン交換クロマトグラフィー、ならびに表面への選択的結合等が挙げられる。これら全ての方法は当業者に周知であり、当業者は、使用される試料、およびポリペプチドマーカー（１種または複数種）の有無を決定するための方法に応じて方法を選択することができるであろう。
【００３８】
本発明の一実施形態において、測定前の前記試料は、キャピラリー電気泳動による分離、超遠心分離による精製、および／または限外濾過により、特定の分子サイズのポリペプチドマーカーを含む画分に分離される。
【００３９】
好ましくは質量分析法を用いてポリペプチドマーカーの有無が決定されるが、その際、試料の精製または分離をこのような方法よりも上流において行ってよい。現在用いられている方法と比べ、質量分析は、１試料中の多く（＞１００）のポリペプチドの濃度を一回の分析で決定できるという利点がある。いずれの種類の質量分析計を用いてもよい。質量分析計により、複合混合物内の、１０ｆｍｏｌ、すなわち０．１ｎｇの１０ｋＤのタンパク質のポリペプチドマーカーを、およそ±０．０１％の測定精度でルーチン的に測定することが可能である。質量分析計においては、イオン形成ユニットが、適した分析装置と結合されている。例えば、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）インターフェースは多くの場合、液体試料中のイオンを測定するために用いられるが、ＭＡＬＤＩ（マトリックス支援レーザー脱離／イオン化）法はマトリックス内の結晶化された試料からのイオンを測定するために用いられる。形成されたイオンを分析するために、例えば、四重極、イオントラップまたは飛行時間（ＴＯＦ）分析器を用いてもよい。
【００４０】
エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）においては、溶液中に存在する分子は特に高電圧（例えば、１〜８ｋＶ）の影響下において原子化され、これにより帯電液滴が形成され、それが溶媒の蒸発により小さくなる。最終的には、いわゆるクーロン爆発によって自由イオンが形成されることとなり、それを分析および検出することができる。
【００４１】
ＴＯＦによるイオンの分析においては、イオンに等量の運動エネルギーを与える特定の加速電圧が印加される。その後、各イオンが飛行チューブを通って特定のドリフト距離を移動するのに必要な時間が極めて正確に測定される。等量の運動エネルギーのもとではイオンの速度はその質量に依存するため、質量を決定することができる。ＴＯＦ分析器は非常に速い走査速度を有し、そのため良好な分解能が達成される。
【００４２】
ポリペプチドマーカーの有無の決定のための好ましい方法の例として、気相イオンスペクトロメトリー、例えばレーザー脱離／イオン化質量分析、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ（表面増強レーザー脱離／イオン化）、ＬＣ  ＭＳ（液体クロマトグラフィー／質量分析）、２Ｄ−ＰＡＧＥ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析（ＣＥ−ＭＳ）等が挙げられる。記載された全ての方法は当業者に公知である。
【００４３】
特に好ましい方法はＣＥ−ＭＳであり、該方法においてはキャピラリー電気泳動が質量分析と結合されている。この方法は、例えばドイツ特許出願ＤＥ１００２１７３７、Ｋａｉｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ａ，２００３，Ｖｏｌ．１０１３：１５７−１７１、およびＥｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，２００４，２５：２０４４−２０５５）、ならびにＷｉｔｔｋｅ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．  Ａ，２００３，１０１３：１７３−１８１）にある程度詳細に記載されている。ＣＥ−ＭＳ法により、１試料中の数百種のポリペプチドマーカーの存在を短時間で同時に、少ない容量で高感度に決定することが可能である。試料の測定後、測定されたポリペプチドマーカーのパターンが作製され、このパターンを病気のまたは健常な被検者の基準パターンと比較することができる。多くの場合、ＵＡＳの診断には限られた数のポリペプチドマーカーを使用するだけで十分である。ＥＳＩ−ＴＯＦ  ＭＳとオンラインで結合されたＣＥを含むＣＥ−ＭＳ法がさらに好ましい。
【００４４】
ＣＥ−ＭＳに対しては揮発性溶媒を使用することが好ましく、基本的に塩を含まない条件で行うのが最良である。適した溶媒の例として、アセトニトリルおよびメタノール等が挙げられる。溶媒は、検体、好ましくはポリペプチド類をプロトン化するために、水または酸（例えば、０．１％〜１％ギ酸）で希釈することができる。
【００４５】
キャピラリー電気泳動を使用することで、電荷およびサイズにより分子を分離することが可能である。中性の粒子は電流を印加した際に電気浸透流の速度で移動するが、陽子は陰極に向けて加速し、陰イオンは遅滞する。電気泳動におけるキャピラリーの利点は、表面の体積に対する比が好ましいものであるということであり、これにより、電流が流れている間に発生するジュール熱を良好に放散させることができる。これは、ひいては高電圧（通常３０ｋＶまで）の印加を可能にし、従って高い分離性能と短時間での分析を可能にする。
【００４６】
キャピラリー電気泳動においては、通常、典型的には５０〜７５μｍの内径を有する石英ガラスキャピラリーが用いられる。使用される長さは３０〜１００ｃｍである。また、該キャピラリーは、通常、樹脂コーティングされた石英ガラスで形成されている。該キャピラリーは未処理、すなわちその内側表面上に親水基が露出している状態であってもよく、またはその内側表面上が被覆されていてもよい。疎水性コーティングを用いて分解能を改善してもよい。電圧以外に圧力を加えてもよく、これは典型的には０〜１ｐｓｉの範囲内である。圧力は分離中にのみ加えてもよく、またはその間変化させてもよい。
【００４７】
ポリペプチドマーカーを測定するための好ましい方法において、試料のマーカーはキャピラリー電気泳動で分離され、その後直接イオン化され、結合されている検出用の質量分析計にオンラインで移される。
【００４８】
本発明の方法においては、複数種のポリペプチドマーカーを用いて診断を行うことが有利である。
【００４９】
少なくとも３、５、６、８または１０種のマーカーを用いることが好ましい。
【００５０】
ある実施形態においては２０〜５０種のマーカーが用いられる。
【００５１】
好ましい実施形態において、前記の少なくとも１、３、５、６、８または１０種のマーカーは、マーカー２、４、５、６、９、１０、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２３、２８、３２、３３、３４、３５、３６、３７、４３、４９、５５、５７、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６８、６９、７０、７３、７７、８０、８２、８６、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１０２、１０３、１０８、１１１、１１４、１１５、１１６、１２１、１２６、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４４、１４５、１４６、１５０、１５１、１５２、１５４、１５６、１５７、１５９、１６１、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９および１７１から選択される。
【００５２】
より好ましい実施形態において、前記の少なくとも１、３、５、８または１０種のマーカーは、マーカー２、１７、１９、３２、４３、６０、６３、６５、６８、８０、８２、８６、８８、９１、９６、９７、９８、９９、１１１、１１５、１３８、１３９、１５９および１７１から選択される。
【００５３】
マーカー１７、１９、３２、６０、６３、６８、７２、８２、８６、９１、９７、９９、１１１、１３８、１３９および１７１の群から選択される少なくとも１、３、５、６、８または１０種のマーカーを使用することが最も好ましい。
【００５４】
いくつかのマーカーを用いた際に疾患の存在の確率を決定するため、当業者に公知の統計法を用いてよい。例えば、Ｗｅｉｓｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｋｉｄｎｅｙ  Ｉｎｔ．，２００４，６５：２４２６−２４３４）により記載されたランダムフォレスト法を、Ｓ−Ｐｌｕｓ等のコンピュータープログラム、または該文献に記載されているサポートベクターマシンを使用することにより、用いてもよい。
【実施例】
【００５５】
１．試料の調製
診断のためのポリペプチドマーカーの検出に、尿を用いた。尿は健常ドナー（対照群）から、および腎疾患を罹患する患者から採取した。
【００５６】
次に行うＣＥ−ＭＳ測定のため、患者の尿中にも高い濃度で含まれているタンパク質、例えばアルブミンや免疫グロブリン等を限外濾過により分離する必要があった。そのため、７００μｌの尿を採取し、７００μｌの濾過バッファー（２Ｍ尿素、１０ｍＭアンモニア、０．０２％ＳＤＳ）と混合した。この容積１．４ｍｌの試料を限外濾過した（２０ｋＤａ、Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ、Ｇoｔｔｉｎｇｅｎ、ドイツ）。限外濾過は、１．１ｍｌの限外濾過液が得られるまで３０００ｒｐｍの遠心分離で行った。
【００５７】
次に、得られた１．１ｍｌの濾過液をＰＤ１０カラム（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｕｐｐｓａｌａ、スウェーデン）にアプライして２．５ｍｌの０．０１％ＮＨ４ＯＨに対して脱塩し、凍結乾燥した。そして、ＣＥ−ＭＳ測定のため、ポリペプチドを２０μｌの水（ＨＰＬＣグレード、Ｍｅｒｃｋ）に再懸濁した。
【００５８】
２．ＣＥ−ＭＳ測定
Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒキャピラリー電気泳動システム（Ｐ／ＡＣＥ  ＭＤＱシステム；Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ社、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、ＣＡ、米国）およびＢｒｕｋｅｒ  ＥＳＩ−ＴＯＦ質量分析計（ｍｉｃｒｏ−ＴＯＦ  ＭＳ、Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｋ、Ｂｒｅｍｅｎ、ドイツ）を用いてＣＥ−ＭＳ測定を行った。
【００５９】
ＣＥキャピラリーはＢｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒより供給されたものであり、５０／３６０μｍのＩＤ／ＯＤおよび９０ｃｍの長さを有していた。ＣＥ分離の移動相は２０％アセトニトリルおよび０．２５％ギ酸の水溶液からなるものであった。ＭＳの「シース液の流れ（ｓｈｅａｔｈ  ｆｌｏｗ）」には、３０％イソプロパノールを０．５％ギ酸とともに使用し、ここでは毎分２μｌの流速とした。ＣＥおよびＭＳの結合はＣＥ−ＥＳＩ−ＭＳ  Ｓｐｒａｙｅｒ  Ｋｉｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｗａｌｄｂｒｏｎｎ、ドイツ）により実現された。
【００６０】
試料の注入には１〜最大６ｐｓｉの圧力を加え、注入時間は９９秒間であった。これらのパラメーターによって、キャピラリー容積の約１０％に相当する約１５０ｎｌの試料がキャピラリーに注入された。スタッキング法を用いて試料をキャピラリー内で濃縮した。従って、試料を注入する前に１Ｍ  ＮＨ３溶液を７秒間（１ｐｓｉで）注入し、試料の注入後、２Ｍギ酸溶液を５秒間注入した。分離電圧（ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｖｏｌｔａｇｅ）（３０ｋＶ）を印加すると、検体は自動的にこれらの溶液の間で濃縮された。
【００６１】
次のＣＥ分離は加圧法により行った：０ｐｓｉで４０分間、次いで０．１ｐｓｉで２分間、０．２ｐｓｉで２分間、０．３ｐｓｉで２分間、０．４ｐｓｉで２分間、そして最後に０．５ｐｓｉで３２分間。従って、分離実行（ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｒｕｎ）の総時間は８０分間であった。
【００６２】
ＭＳ側で可能な限り良好なシグナル強度を得るために、ネブライザーガスは可能な最小の値にした。エレクトロスプレーを発生させるためのスプレーニードルに印加する電圧は３７００〜４１００Ｖであった。質量分析計におけるそれら以外の設定は、製造者の使用説明書に従ってペプチドの検出に最適化した。スペクトルはｍ／ｚ４００〜ｍ／ｚ３０００の質量範囲にわたって記録し、３秒ごとに蓄積した。
【００６３】
３．ＣＥ測定のための標準
ＣＥ測定をチェックおよび標準化するため、記述されている選択された条件下でのＣＥ移動時間で特徴付けられる次のタンパク質またはポリペプチドを用いた。
【００６４】
【表１】
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【００６５】
前記タンパク質／ポリペプチドはそれぞれ水中で１０ｐｍｏｌ／μｌの濃度で用いられた。「ＲＥＶ」、「ＥＬＭ」、「ＫＩＮＣＯＮ」および「ＧＩＶＬＹ」は合成ペプチドである。
【００６６】
ペプチドの分子量、およびＭＳにおいて認識された個々の荷電状態のｍ／ｚ比を次の表に記述する。
【００６７】
【表２】
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【００６８】
原則として、キャピラリー電気泳動による分離においては移動時間にわずかなばらつきが生じ得ることが当業者に公知である。しかし、記載された条件下では、移動の順番は変化しない。記載された質量およびＣＥ時間を知る当業者にとって、自身による測定結果を本発明のポリペプチドマーカーに対して帰属させることは容易に可能である。例えば、当業者は次のように進めることができる。まず、測定において見出されたポリペプチドの１つ（ペプチド１）を選択し、記述されているＣＥ時間のタイムスロット（例えば±５分間）内に１つまたは複数の同一の質量を見出すことを試みる。この間隔内に単一の同一質量が見出された場合、帰属は完了である。いくつかの一致する質量が見出された場合、さらに帰属に関する決定を行う必要がある。そこで、測定結果から他のペプチド（ペプチド２）を選択し、対応するタイムスロットを再度考慮しながら適切なポリペプチドマーカーを同定することを試みる。
【００６９】
また、いくつかのマーカーが、対応する質量で見出され得る場合、最も考えられる帰属は、ペプチド１のシフトとペプチド２のシフトとの間に実質的に直線の関係がある帰属である。
【００７０】
帰属の問題の複雑さに応じて、当業者は所望により試料からのさらなるタンパク質、例えば１０種のタンパク質を帰属のために使用することが考えられる。典型的には、移動時間は特定の絶対値分だけ延長もしくは短縮されるか、または全体の過程の圧縮もしくは拡張が起こる。しかし、同時移動する（ｃｏｍｉｇｒａｔｉｎｇ）ペプチドはこのような条件下でも同時移動するであろう。
【００７１】
さらに、当業者は、Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２７（２００６），ｐｐ．２１１１−２１２５においてＺｕｅｒｂｉｇ  ｅｔ  ａｌ．により記載された移動パターンを使用することも出来る。単純な図（例えばＭＳ  Ｅｘｃｅｌ等によるもの）を用いて移動時間に対するｍ／ｚの形式で測定結果をプロットすれば、記載されたラインパターン（ｌｉｎｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ）も可視化される。そして、線をカウントすることにより、個々のポリペプチドを容易に帰属させることが可能となる。
【００７２】
帰属に対する他のアプローチも可能である。基本的に、当業者は、ＣＥ測定結果の帰属のための内部標準として上述のペプチドを使用することもできる。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図２−４】
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【図２−５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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