(57)【要約】  本発明は、マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための、及びこのような患者を感染していない個体と識別するための方法、システム及びキットを含む。この方法は、患者から得た全血試料から遺伝子発現データセットを取得するステップ；及び感染患者及び非感染患者を識別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的な発現を判定するステップであって、データセットが、対応する非感染患者と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおけるポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜伏性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するステップを含む。
2011526152.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための方法であって、以下を含む方法：
前記患者の全血試料から遺伝子発現データセットを取得するステップ；
感染患者と非感染個体を識別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的発現を判定するステップであって、前記データセットが、対応する非感染個体と比較して前記１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおいてポリヌクレオチドレベルの総変化を示すステップ、及び
活動性感染症と潜在性感染症とを区別する前記１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールに基づいて、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス（ＴＢ）感染症を識別するステップ。
【請求項２】
診断を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
予後予測を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
治療計画を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
潜在性ＴＢ患者を活動性ＴＢ患者と識別するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
モジュールが、活動性肺感染症を検出するためのモジュールＭ１．２、Ｍ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９における遺伝子のデータセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
モジュールが、潜在性感染症を検出するためのモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３における遺伝子のデータセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
以下の遺伝子が、活動性肺感染症において下方制御される、請求項１に記載の方法：ＣＤ３、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＺＡＰ−７０、ＩＬ−７Ｒ、ＣＤ２、ＳＬＡＭ、ＣＣＲ７及びＧＡＴＡ−３。
【請求項９】
図９の発現プロファイルが活動性肺感染症を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
図１０の発現プロファイルが潜在性感染症を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
モジュールＭ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８及びＭ３．９における遺伝子の過小発現が活動性感染症を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
モジュールＭ３．１における遺伝子の過剰発現が活動性感染症を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
マイコバクテリウム以外の感染症において末梢血単核細胞又は全血により過剰発現されるモジュールＭ２．２、Ｍ２．３及びＭ３．５における遺伝子発現を判定することによって、ＴＢ感染症を別の細菌感染症と識別するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
以下のモジュールの２又は３以上を使用して、潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者の血液において差次的な相反する転写サインを識別するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法：活動性肺感染症に関してはＭ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９及び潜在性感染症に関してはモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３。
【請求項１５】
健康な患者に対して活動性肺ＴＢ感染症において上方制御される遺伝子が、表７Ａ、７Ｄ、７Ｉ、７Ｊ及び７Ｋから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
健康な患者に対して活動性肺ＴＢ感染症において下方制御される遺伝子が、表７Ｂ、７Ｃ、７Ｅ、７Ｆ、７Ｇ、７Ｈ、７Ｌ、７Ｍ、７Ｎ、７Ｏ及び７Ｐから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
健康な患者に対して潜在性ＴＢ感染症において上方制御される遺伝子が、表８Ｂから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
健康な患者に対して潜在性ＴＢ感染症において下方制御される遺伝子が、表８Ａ、８Ｃ、８Ｄ、８Ｅ及び８Ｆから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための方法であって、以下を含む方法：
活動性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を有する第１の臨床群から得られる第１の遺伝子発現データセット、潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を含む第２の臨床群から得られる第２の遺伝子発現データセット及び非感染個体の臨床群から得られる第３の遺伝子発現データセットを取得するステップ；
前記第１、第２、及び第３のデータセットのいずれか２つの遺伝子の差次的発現を含む遺伝子クラスターデータセットを生成するステップ；及び
潜在性感染症、活動性感染症又は健康であることを示す発現／表現の特有のパターンを判定するステップ。
【請求項２０】
各臨床群が、表６の１１９遺伝子のそれぞれについて発現／表現の特有のパターンに分類される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
第１及び第３のデータセットについての値が比較され、前記第３のデータセット由来のデータセットについての値がそこから減算される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
第２及び第３のデータセットについての値が比較され、前記第３のデータセット由来のデータセットについての値がそこから減算される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
潜在性感染症患者、活動性感染症患者及び非感染個体を識別するための、２つの異なるデータセットについての値を比較し、残りのデータセットについての値を減算するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
診断又は予後予測を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
治療計画を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
潜在性ＴＢ患者を活動性ＴＢ患者と識別するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
潜在性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されているが、健常個体又は活動性ＴＢ患者の血液においてはされていない遺伝子：ＳＴ３ＧＡＬ６、ＰＡＤ１４、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＶＡＭＰ３、ＢＲ１３、ＲＧＳ１９、ＰＩＬＲＡ、ＮＣＦ１、ＬＯＣ６５２６１６、ＰＬＡＵＲ（ＣＤ８７）、ＳＩＧＬＥＣ５、Ｂ３ＧＡＬＴ７、ＩＢＲＤＣ３（ＮＫＬＡＭ）、ＡＬＯＸ５ＡＰ（ＦＬＡＰ）、ＭＭＰ９、ＡＮＰＥＰ（ＡＰＮ）、ＮＡＬＰ１２、ＣＳＦ２ＲＡ、ＩＬ６Ｒ（ＣＤ１２６）、ＲＡＳＧＲＰ４、ＴＮＦＳＦ１４（ＣＤ２５８）、ＮＣＦ４、ＨＫ２、ＡＲＩＤ３Ａ、ＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＲＰ）の発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２８】
健常対照個体の血液において過剰発現／過剰表現されているが、潜在性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されていて、及び活動性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されていた遺伝子：ＡＢＣＧ１、ＳＲＥＢＦ１、ＲＢＰ７（ＣＲＢＰ４）、Ｃ２２ｏｒｆ５、ＦＡＭ１０１Ｂ、Ｓ１００Ｐ、ＬＯＣ６４９３７７、ＵＢＴＤ１、ＰＳＴＰＩＰ−１、ＲＥＮＢＰ、ＰＧＭ２、ＳＵＬＦ２、ＦＡＭ７Ａ１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−１０３、ＮＤＵＦＡＦ１、ＣＥＳ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＦＬＪ３３６４１、ＧＰＲ１７７、ＭＩＤ１ＩＰ１（ＭＩＧ−１２）、ＰＳＤ４、ＳＦ３Ａ１、ＮＯＶ（ＣＣＮ３）、ＳＧＫ（ＳＧＫ１）、ＣＤＫ５Ｒ１、ＬＯＣ６４２０３５の発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２９】
健常個体の血液において過剰発現／過剰表現されており、潜在性及び活動性ＴＢ患者の両方の血液において過小発現／過小表現されている遺伝子：ＡＲＳＧ、ＬＯＣ２８４７５７、ＭＤＭ４、ＣＲＮＫＬ１、ＩＬ８、ＬＯＣ３８９５４１、ＣＤ３００ＬＢ、ＮＩＮ、ＰＨＫＧ２、ＨＩＰ１の発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３０】
活動性ＴＢの血液において過剰発現／過剰表現されており、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されている遺伝子：ＰＳＭＢ８（ＬＭＰ７）、ＡＰＯＬ６、ＧＢＰ２、ＧＢＰ５、ＧＢＰ４、ＡＴＦ３、ＧＣＨ１、ＶＡＭＰ５、ＷＡＲＳ、ＬＩＭＫ１、ＮＰＣ２、ＩＬ−１５、ＬＭＴＫ２、ＳＴＸ１１（ＦＨＬ４）の発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３１】
活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されており、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されている遺伝子：ＦＬＪ１１２５９（ＤＲＡＭ）、ＪＡＫ２、ＧＳＤＭＤＣ１（ＤＦ５Ｌ）（ＦＫＳＧ１０）、ＳＩＰＡＩＬ１、［２６８０４００］（ＫＩＡＡ１６３２）、ＡＣＴＡ２（ＡＣＴＳＡ）、ＫＣＮＭＢ１（ＳＬＯ−ＢＥＴＡ）の発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３２】
活動性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されているが、潜在性ＴＢ患者又は健常対照個体の血液においてはされていない遺伝子：ＳＰＴＡＮＩ、ＫＩＡＡＤ１７９（Ｎｎｐ１）（ＲＲＰ１）、ＦＡＭ８４Ｂ（ＮＳＥ２）、ＳＥＬＭ、ＩＬ２７ＲＡ、ＭＲＰＳ３４、［６９４０２４６］（ＩＬ２３Ａ）、ＰＲＫＣＡ（ＰＫＣＡ）、ＣＣＤＣ４１、ＣＤ５２（ＣＤＷ５２）、［３８９０２４１］（ＺＮ４０４）、ＭＣＣＣ１（ＭＣＣＡ／Ｂ）、ＳＯＸ８、ＳＹＮＪ２、ＦＬＪ２１１２７、ＦＨＩＴの発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３３】
健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されており、潜在性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されており、活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されている遺伝子：ＣＤＫＬ１（ｐ４２）、ＭＩＣＡＬＣＬ、ＭＢＮＬ３、ＲＨＤ、ＳＴ７（ＲＡＹ１）、ＰＰＲ３Ｒ１、［３６０７３９］（ＰＩＰ５Ｋ２Ａ）、ＡＭＦＲ、ＦＬＪ２２４７１、ＣＲＡＴ（ＣＡＴ１）、ＰＬＡ２Ｇ４Ｃ、ＡＣＯＴ７（ＡＣＴ）（ＡＣＨ１）、ＲＮＦ１８２、ＫＬＲＣ３（ＮＫＧ２Ｅ）、ＨＬＡ−ＤＰＢ１の発現レベルを判定するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３４】
マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための方法であって、以下を含む方法：
全血試料から遺伝子発現データセットを取得するステップ；
前記遺伝子発現データセットを１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにソートするステップ；及び
活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別する前記１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的発現をマッピングし、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するステップ。
【請求項３５】
データセットがＴＲＩＭ遺伝子を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
データセットがＴＲＩＭ遺伝子を含み、ＴＲＩＭ５、６、１９（ＰＭＬ）、２１、２２、２５、６８が活動性肺ＴＢにおいて過剰表現／発現されている、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
データセットがＴＲＩＭ遺伝子を含み、ＴＲＩＭ２８、３２、５１、５２、６８が活動性肺ＴＢにおいて過小表現／発現されている、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を診断する方法であって、全血から得た、感染患者及び非感染患者を識別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的な発現を検出するステップを含み、全血が、対応する非感染患者と比較して前記１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおいてポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別する、方法。
【請求項３９】
診断を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
予後予測を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
治療計画を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
モジュールが、活動性肺感染症を検出するためのモジュールＭ１．２、Ｍ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９における遺伝子のデータセットを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】
モジュールが、潜在性感染症を検出するためのモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３における遺伝子のデータセットを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】
以下の遺伝子が活動性肺感染症において下方制御される、請求項３８に記載の方法：ＣＤ３、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＺＡＰ−７０、ＩＬ−７Ｒ、ＣＤ２、ＳＬＡＭ、ＣＣＲ７及びＧＡＴＡ−３。
【請求項４５】
図９のモジュールの発現プロファイルが活動性肺感染症の診断指標となる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４６】
図１０のモジュールの発現プロファイルが潜在性感染症の診断指標となる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４７】
モジュールＭ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８及びＭ３．９における遺伝子の過小発現が活動性感染症を示す、請求項３８に記載の方法。
【請求項４８】
モジュールＭ３．１における遺伝子の過剰発現が活動性感染症を示す、請求項３８に記載の方法。
【請求項４９】
マイコバクテリウム以外の感染症において末梢血単核細胞又は全血により過剰発現されるモジュールＭ２．２、Ｍ２．３及びＭ３．５における遺伝子発現を判定することによって、ＴＢ感染症を別の細菌感染症と識別するステップをさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項５０】
以下のモジュールの２又は３以上を使用して、潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者の血液において差次的な相反する転写サインを識別するステップをさらに含む、請求項３８に記載の方法：活動性肺感染症に関してはＭ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９及び潜在性感染症に関してはモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３。
【請求項５１】
マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を診断するためのキットであって、
前記患者から遺伝子発現データセットを取得するための遺伝子発現検出器；及び
前記遺伝子発現を、全血から得た感染患者及び非感染患者を識別する所定の遺伝子モジュールデータセットと比較することができるプロセッサであって、全血が、対応する非感染患者と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおいてポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するプロセッサ
を含むキット。
【請求項５２】
活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を診断するシステムであって：
前記患者の遺伝子発現データセット；及び
前記遺伝子発現を、全血から得た感染患者及び非感染患者を識別する所定の遺伝子モジュールデータセットと比較することができるプロセッサであって、全血が、対応する非感染患者と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおいてポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別し、前記モジュールが、活動性肺感染症に関してはＭ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９及び潜在性感染症に関してはモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３から選択される、プロセッサ
を含むシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般に、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）感染症の分野、より詳細には、潜在性及び活動性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症並びに治療前、治療中及び治療後の疾患進行の診断、予後及びモニタリングのためのシステム、方法及び装置に関する。
【０００２】
大型の表（LENGTHY TABLE）
本特許出願は、非常に大型の表の章を含む。表のコピーは、ＵＳＰＴＯウェブサイト（http://seqdata.uspto.gov/）から電子形態で入手可能である。表の電子コピーもまた、要請及び３７ ＣＦＲ１．１９（ｂ）（３）に記載されている料金の支払いに応じてＵＳＰＴＯから入手可能である。
【背景技術】
【０００３】
本発明の範囲を限定することなく、本発明の背景をマイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症の特定及び治療に関連して記述する。
【０００４】
肺結核（ＰＴＢ）は、世界中でのマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍ．ツベルクローシス（M.tuberculosis））に起因する罹患率及び死亡率の、ますます増加している主要な原因である。しかしながら、大多数のＭ．ツベルクローシスに感染した個体は、潜伏形態で感染症を保持していながら無症状のままであり、この潜伏状態は能動免疫応答によって維持されていると考えられる（ＷＨＯ；Kaufmann, S.H., and A.J. McMichael. Annulling a dangerous liaison: vaccination strategies against AIDS and tuberculosis. Nature medicine 2005.11:S33-44）。このことは、抗ＴＮＦ抗体によるクローン病又は関節リウマチの患者の治療が自己免疫症状の改善をもたらすが、一方で、以前Ｍ．ツベルクローシスと接触した患者においてＴＢの再活性化を引き起こす（Keane, J. TNF-blocking agents and tuberculosis: new drugs illuminate an old topic. Rheumatology (Oxford, England) 2005.44:714-720）ことを示す報告によって支持されている。Ｍ．ツベルクローシスに対する免疫応答は多因性であり、Ｔｈ１軸椎のＴＮＦ、及びＩＦＮ−γ及びＩＬ−１２などの遺伝的に決定された宿主因子を含む（Casanova, Ann Rev：Newportにおいて概説されている）。しかしながら、成人肺ＴＢ患者の免疫細胞は、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１２及びＴＮＦを産生することができ、疾患を改善するためにＩＦＮ−γ療法は役立たず（Reljic, R. IFN-gamma therapy of tuberculosis and related infections. J Interferon Cytokine Res 2007.27:353-364において概説されている）、広範な数の宿主免疫因子がＭ．ツベルクローシスに対する保護及び潜伏状態の維持に関与していることを示唆している。したがって、活動性ＴＢに対して潜在性ＴＢにおいて誘導される宿主因子の知識は、Ｍ．ツベルクローシスによる感染症を管理することができる免疫応答に関する情報を提供し得る。
【０００５】
ＰＴＢの診断は、多くの理由のために困難で問題を含むことがある。第一に、顕微鏡検査によって喀痰における典型的なＭ．ツベルクローシス桿菌の存在を示すこと（スメア陽性）は、５０〜７０％の感受性しか有さず、陽性診断は培養によるＭ．ツベルクローシスの単離を必要とし、これは最長８週間かかることがある。加えて、一部の患者は喀痰においてスメア陰性であり、又は喀痰を生じることができず、したがって侵襲的手順である気管支鏡検査によって他のサンプリングが必要とされる。ＰＴＢの診断におけるこれらの制限のために、スメア陰性患者は時に、ツベルクリン（ＰＰＤ）皮膚反応性（Mantoux）について試験される。しかしながら、ツベルクリン（ＰＰＤ）皮膚反応性は、ＢＣＧワクチン接種、潜在性ＴＢ又は活動性ＴＢを識別することができない。この問題に応えて、ＢＣＧには存在しない、特定のＭ．ツベルクローシス抗原に対する免疫反応性を示すアッセイが開発された。しかしながら、インターフェロンガンマ放出アッセイ（ＩＧＲＡ）において血球によるＩＦＮ−γの産生によって測定したこれらのＭ．ツベルクローシス抗原に対する反応性は、潜在性疾患を活動性疾患と区別しない。潜在性ＴＢは、臨床において、ＩＧＲＡ陽性結果とともに、臨床症状若しくは徴候又は活動性疾患のＸ線写真による示唆がないときに患者にＰＰＤを皮内攻撃したときの遅延型過敏性反応により定義されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Kaufmann, S.H., and A.J. McMichael. Annulling a dangerous liaison: vaccination strategies against AIDS and tuberculosis. Nature medicine 2005.11:S33-44
【非特許文献２】Keane, J. TNF-blocking agents and tuberculosis: new drugs illuminate an old topic. Rheumatology (Oxford, England) 2005.44:714-720
【非特許文献３】Casanova, Ann Rev：Newport
【非特許文献４】Reljic, R. IFN-gamma therapy of tuberculosis and related infections. J Interferon Cytokine Res 2007.27:353-364
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
潜在性／休眠期結核（ＴＢ）の再活性化は、別の個体への伝播のリスクを含む重大な健康被害を及ぼし、したがって潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者の違いを反映するバイオマーカーは、特に抗マイコバクテリア薬治療は困難であり重篤な副作用をもたらす可能性があるため、疾患管理において役立つであろう。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、健常対照と比較した、活動性結核（ＴＢ）に対する潜在性結核（ＴＢ）患者の特定のための方法及びキットを含む。一実施形態において、弁別的な相反する免疫サインの血液のマイクロアレイ解析を使用して、活動性結核（ＴＢ）に対して潜在性結核（ＴＢ）患者を判定、診断、追跡及び治療する。
【０００９】
一実施形態において、本発明は、マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための方法、システム及びキットを含み、この方法は以下のステップを含む：患者の全血試料から遺伝子発現データセットを取得するステップ；感染患者と非感染個体を識別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的発現を判定するステップであって、データセットが、対応する非感染個体と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおいてポリヌクレオチドレベルの総変化を示すステップ、並びに活動性及び潜在性感染症を区別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールに基づいて活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス（ＴＢ）感染症を識別するステップ。一態様において、本発明はまた、診断を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップを含んでもよい。
【００１０】
別の態様において、方法はまた、予後予測を策定するために判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップ又は治療計画を策定するために判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップを含んでもよい。代替の一態様において、方法は、潜在性ＴＢ患者を活動性ＴＢ患者と識別するステップを含んでもよい。一態様において、モジュールは、活動性肺感染症を検出するためのモジュールＭ１．２、Ｍ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９における遺伝子のデータセットを含んでもよい。別の態様において、モジュールは、潜在性感染症を検出するためのモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３における遺伝子のデータセットを含んでもよい。さらに別の態様において、以下の遺伝子は、活動性肺感染症において下方制御される：ＣＤ３、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＺＡＰ−７０、ＩＬ−７Ｒ、ＣＤ２、ＳＬＡＭ、ＣＣＲ７及びＧＡＴＡ−３。特定の一態様において、図９におけるモジュールの発現プロファイルは、活動性肺感染症を示し、図１０におけるモジュールの発現プロファイルは、潜在性感染症を示す。モジュールＭ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８及びＭ３．９における遺伝子の過小発現は、活動性感染症を示すことが見出されている。モジュールＭ３．１における遺伝子の過剰発現は、活動性感染症を示すこともまた見出されている。
【００１１】
さらに別の本発明の態様において、方法はまた、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）以外の感染症において末梢血単核細胞又は全血により過剰発現されるモジュールＭ２．２、Ｍ２．３及びＭ３．５における遺伝子発現を測定することによって、ＴＢ感染症を別の細菌感染症と識別するステップを含んでもよい。代替方法として、方法は、以下のモジュールの２つ以上を使用して、潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者の血液において差次的な相反する転写サインを識別するステップを含んでもよい：活動性肺感染症に関してはＭ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９及び潜在性感染症に関してはモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３。健常な患者に対して活動性肺ＴＢ感染症において上方制御される遺伝子の例は、表７Ａ、７Ｄ、７Ｉ、７Ｊ及び７Ｋから選択される。健常な患者に対して活動性肺ＴＢ感染症において下方制御される遺伝子のさらなる例は、表７Ｂ、７Ｃ、７Ｅ、７Ｆ、７Ｇ、７Ｈ、７Ｌ、７Ｍ、７Ｎ、７Ｏ及び７Ｐから選択される。特定の一態様において、健常な患者に対して潜在性ＴＢ感染症において上方制御される遺伝子は、表８Ｂから選択されてもよい。別の特定の態様において、健常な患者に対して潜在性ＴＢ感染症において下方制御される遺伝子は、表８Ａ、８Ｃ、８Ｄ、８Ｅ及び８Ｆから選択されてもよい。
【００１２】
本発明の別の実施形態は、マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための方法であって、以下のステップ：活動性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を有する第１の臨床群から得られる第１の遺伝子発現データセット、潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を含む第２の臨床群から得られる第２の遺伝子発現データセット及び非感染個体の臨床群から得られる第３の遺伝子発現データセットを取得するステップ；第１、第２、及び第３のデータセットのいずれか２つの間の差次的な遺伝子発現を含む遺伝子クラスターデータセットを生成するステップ；及び潜在性感染症、活動性感染症又は健康であることを示す発現／表現の特有のパターンを判定するステップ、を含む方法である。一態様において、各臨床群は、表６の１１９遺伝子のそれぞれについて発現／表現の特有のパターンに分類される。別の態様において、第１及び第３のデータセットについての値が比較され、第３のデータセット由来のデータセットについての値がそこから減算される。別の特定の態様において、第２及び第３のデータセットについての値が比較され、第３のデータセット由来のデータセットについての値がそこから減算される。特定の一実施形態において、方法は、潜在性感染症患者、活動性感染症患者及び非感染個体を識別するための、２つの異なるデータセットについての値を比較するステップ及び残りのデータセットについての値を減算するステップをさらに含んでもよい。一態様において、方法は、診断又は予後予測を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップをさらに含んでもよい。さらに別の態様において、方法は、治療計画を策定するために、判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップを含む。方法はまた、遺伝子及び患者クラスターにおける遺伝子の発現／表現を解析することによって、潜在性ＴＢ患者を活動性ＴＢ患者と識別するステップを含んでもよい。
【００１３】
特定の一態様において、方法は、潜在性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されているが、健常個体又は活動性ＴＢ患者の血液においてはされていない、遺伝子：ＳＴ３ＧＡＬ６、ＰＡＤ１４、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＶＡＭＰ３、ＢＲ１３、ＲＧＳ１９、ＰＩＬＲＡ、ＮＣＦ１、ＬＯＣ６５２６１６、ＰＬＡＵＲ（ＣＤ８７）、ＳＩＧＬＥＣ５、Ｂ３ＧＡＬＴ７、ＩＢＲＤＣ３（ＮＫＬＡＭ）、ＡＬＯＸ５ＡＰ（ＦＬＡＰ）、ＭＭＰ９、ＡＮＰＥＰ（ＡＰＮ）、ＮＡＬＰ１２、ＣＳＦ２ＲＡ、ＩＬ６Ｒ（ＣＤ１２６）、ＲＡＳＧＲＰ４、ＴＮＦＳＦ１４（ＣＤ２５８）、ＮＣＦ４、ＨＫ２、ＡＲＩＤ３Ａ、ＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＲＰ）の発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。別の特定の態様において、方法は、健常対照個体の血液において過剰発現／過剰表現されているが、潜在性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されている、及び活動性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されている、遺伝子：ＡＢＣＧ１、ＳＲＥＢＦ１、ＲＢＰ７（ＣＲＢＰ４）、Ｃ２２ｏｒｆ５、ＦＡＭ１０１Ｂ、Ｓ１００Ｐ、ＬＯＣ６４９３７７、ＵＢＴＤ１、ＰＳＴＰＩＰ−１、ＲＥＮＢＰ、ＰＧＭ２、ＳＵＬＦ２、ＦＡＭ７Ａ１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−１０３、ＮＤＵＦＡＦ１、ＣＥＳ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＦＬＪ３３６４１、ＧＰＲ１７７、ＭＩＤ１ＩＰ１（ＭＩＧ−１２）、ＰＳＤ４、ＳＦ３Ａ１、ＮＯＶ（ＣＣＮ３）、ＳＧＫ（ＳＧＫ１）、ＣＤＫ５Ｒ１、ＬＯＣ６４２０３５の発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。別の特定の態様において、方法は、健常個体の血液において過剰発現／過剰表現されており、潜在性及び活動性ＴＢ患者の両方の血液において過小発現／過小表現されている遺伝子：ＡＲＳＧ、ＬＯＣ２８４７５７、ＭＤＭ４、ＣＲＮＫＬ１、ＩＬ８、ＬＯＣ３８９５４１、ＣＤ３００ＬＢ、ＮＩＮ、ＰＨＫＧ２、ＨＩＰ１の発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。特定の一態様において、方法は、活動性ＴＢの血液において過剰発現／過剰表現されており、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されている遺伝子：ＰＳＭＢ８（ＬＭＰ７）、ＡＰＯＬ６、ＧＢＰ２、ＧＢＰ５、ＧＢＰ４、ＡＴＦ３、ＧＣＨ１、ＶＡＭＰ５、ＷＡＲＳ、ＬＩＭＫ１、ＮＰＣ２、ＩＬ−１５、ＬＭＴＫ２、ＳＴＸ１１（ＦＨＬ４）の発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。特定の一態様において、方法は、活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されており、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されている遺伝子：ＦＬＪ１１２５９（ＤＲＡＭ）、ＪＡＫ２、ＧＳＤＭＤＣ１（ＤＦ５Ｌ）（ＦＫＳＧ１０）、ＳＩＰＡＩＬ１、［２６８０４００］（ＫＩＡＡ１６３２）、ＡＣＴＡ２（ＡＣＴＳＡ）、ＫＣＮＭＢ１（ＳＬＯ−ＢＥＴＡ）の発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。特定の一態様において、方法は、活動性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されているが、潜在性ＴＢ患者又は健常対照個体の血液においてはされていない遺伝子：ＳＰＴＡＮＩ、ＫＩＡＡＤ１７９（Ｎｎｐ１）（ＲＲＰ１）、ＦＡＭ８４Ｂ（ＮＳＥ２）、ＳＥＬＭ、ＩＬ２７ＲＡ、ＭＲＰＳ３４、［６９４０２４６］（ＩＬ２３Ａ）、ＰＲＫＣＡ（ＰＫＣＡ）、ＣＣＤＣ４１、ＣＤ５２（ＣＤＷ５２）、［３８９０２４１］（ＺＮ４０４）、ＭＣＣＣ１（ＭＣＣＡ／Ｂ）、ＳＯＸ８、ＳＹＮＪ２、ＦＬＪ２１１２７、ＦＨＩＴの発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。特定の一態様において、方法は、健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されており、潜在性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されており、活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されている遺伝子：ＣＤＫＬ１（ｐ４２）、ＭＩＣＡＬＣＬ、ＭＢＮＬ３、ＲＨＤ、ＳＴ７（ＲＡＹ１）、ＰＰＲ３Ｒ１、［３６０７３９］（ＰＩＰ５Ｋ２Ａ）、ＡＭＦＲ、ＦＬＪ２２４７１、ＣＲＡＴ（ＣＡＴ１）、ＰＬＡ２Ｇ４Ｃ、ＡＣＯＴ７（ＡＣＴ）（ＡＣＨ１）、ＲＮＦ１８２、ＫＬＲＣ３（ＮＫＧ２Ｅ）、ＨＬＡ−ＤＰＢ１の発現レベルを判定するステップをさらに含んでもよい。
【００１４】
さらに別の本発明の実施形態は、マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するための方法であって、以下のステップを含む方法である：全血試料から遺伝子発現データセットを取得するステップ；遺伝子発現データセットを１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにソートするステップ；及び活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的発現をマッピングし、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するステップ。一態様において、データセットは、ＴＲＩＭ遺伝子を含む。一態様において、データセットは、活動性肺ＴＢにおいて過剰表現／発現されているＴＲＩＭ遺伝子、特に、ＴＲＩＭ５、６、１９（ＰＭＬ）、２１、２２、２５、６８を含む。一態様において、ＴＲＩＭ遺伝子のデータセットは、活動性肺ＴＢにおいて過小表現／発現されているＴＲＩＭ２８、３２、５１、５２、６８を含む。
【００１５】
本発明の別の実施形態は、マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を診断する方法であって、全血から得られる、感染患者及び非感染患者を識別する１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールの差次的発現を検出するステップを含み、全血が、対応する非感染患者と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおいてポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別する方法である。別の態様において、方法は、以下のステップ：診断を策定するために判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップ、予後予測を策定するために判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップ及び治療計画を策定するために判定された比較遺伝子産物情報を使用するステップの１又は２以上を含む。代替の一態様において、方法は、潜在性ＴＢ患者を活動性ＴＢ患者と識別するステップを含んでもよい。一態様において、モジュールは、活動性肺感染症を検出するためのモジュールＭ１．２、Ｍ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９における遺伝子のデータセットを含んでもよい。別の態様において、モジュールは、潜在性感染症を検出するためのモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３における遺伝子のデータセットを含んでもよい。さらに別の態様において、以下の遺伝子は、活動性肺感染症において下方制御される：ＣＤ３、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＺＡＰ−７０、ＩＬ−７Ｒ、ＣＤ２、ＳＬＡＭ、ＣＣＲ７及びＧＡＴＡ−３。特定の一態様において、図９におけるモジュールの発現プロファイルは、活動性肺感染症を示し、図１０におけるモジュールの発現プロファイルは、潜在性感染症を示す。モジュールＭ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８及びＭ３．９における遺伝子の過小発現は、活動性感染症を示すことが見出されている。モジュールＭ３．１における遺伝子の過剰発現は、活動性感染症を示すこともまた見出されている。
【００１６】
さらに別の本発明の態様において、方法はまた、マイコバクテリウム以外の感染症において末梢血単核細胞又は全血により過剰発現されるモジュールＭ２．２、Ｍ２．３及びＭ３．５における遺伝子発現を測定することによって、ＴＢ感染症を別の細菌感染症と識別するステップを含んでもよい。代替方法として、方法は、以下のモジュールの２つ以上を使用して、潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者の血液において差次的な相反する転写サインを識別するステップを含んでもよい：活動性肺感染症に関してはＭ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９及び潜在性感染症に関してはモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３。健常な患者に対して活動性肺ＴＢ感染症において上方制御される遺伝子の例は、表７Ａ、７Ｄ、７Ｉ、７Ｊ及び７Ｋから選択される。健常な患者に対して活動性肺ＴＢ感染症において下方制御される遺伝子のさらなる例は、表７Ｂ、７Ｃ、７Ｅ、７Ｆ、７Ｇ、７Ｈ、７Ｌ、７Ｍ、７Ｎ、７Ｏ及び７Ｐから選択される。特定の一態様において、健常な患者に対して潜在性ＴＢ感染症において上方制御される遺伝子は、表８Ｂから選択されてもよい。別の特定の態様において、健常な患者に対して潜在性ＴＢ感染症において下方制御される遺伝子は、表８Ａ、８Ｃ、８Ｄ、８Ｅ及び８Ｆから選択されてもよい。
【００１７】
本発明の別の実施形態は、マイコバクテリウム・ツベルクローシスに感染していることが疑われる患者において活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を診断するためのキットであって、患者から遺伝子発現データセットを取得するための遺伝子発現検出器；及びこの遺伝子発現を、全血から得られる、感染患者及び非感染患者を識別する所定の遺伝子モジュールデータセットと比較することができるプロセッサであって、全血が、対応する非感染患者と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおけるポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別するプロセッサを含むキットである。
【００１８】
さらに別の実施形態は、活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症患者を診断するシステムであって、患者の遺伝子発現データセット；及びこの遺伝子発現を、全血から得られる、感染患者及び非感染患者を識別する所定の遺伝子モジュールデータセットと比較することができるプロセッサであって、全血が、対応する非感染患者と比較して１又は２以上の転写遺伝子発現モジュールにおけるポリヌクレオチドレベルの総変化を示し、それにより活動性及び潜在性マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症を識別し、モジュールが、活動性肺感染症についてはＭ１．３、Ｍ１．４、Ｍ１．５、Ｍ１．８、Ｍ２．１、Ｍ２．４、Ｍ２．８、Ｍ３．１、Ｍ３．２、Ｍ３．３、Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８又はＭ３．９及び潜在性感染症についてはモジュールＭ１．５、Ｍ２．１、Ｍ２．６、Ｍ２．１０、Ｍ３．２又はＭ３．３．から選択される、プロセッサを含むシステムを含む。
【００１９】
本発明の特徴及び利点のより完全な理解のために、本発明の詳細な説明が添付の図面とともに以下に参照される。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較したピアソン相関によってクラスター化した、４２人の参加者、少なくとも２つの試料（ＰＡＬ２）において存在する遺伝子、中央値と比較して２倍過剰又は過小に表現されている遺伝子、の遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図２】Benjamini−Hochberg補正とともにノンパラメトリック検定（Kruskal−Wallis）、Ｐ＜０．０１を使用して臨床群間の発現における統計的有意差に関してフィルタリングした（１４７３遺伝子）、及び活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ及び健常対照を比較したピアソン相関を使用して独立してクラスター化された、ＰＡＬ２、２倍上方又は下方発現されている遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図３Ａ】Benjamini−Hochberg補正とともにノンパラメトリック検定（Kruskal−Wallis）、Ｐ＜０．０１を使用して臨床群間の発現における統計的有意差に関してフィルタリングし、次いで遺伝子アノテーション中の生物学的過程「免疫応答」に関する遺伝子オントロジー用語の存在に関してフィルタリングした、及びピアソン相関を使用して独立してクラスター化した（１５８遺伝子）、ＰＡＬ２、２倍上方又は下方発現されている遺伝子アレイ発現結果を示す図である。これらの１５８遺伝子を、読み取り易いように４つの図（３Ａ〜３Ｄ）に分類して示している。図３Ａは、活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較した遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図３Ｂ】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較した遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図３Ｃ】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較した遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図３Ｄ】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較した遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図４】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較したピアソン相関によってクラスター化した、４２人の参加者、少なくとも２つの試料（ＰＡＬ２）において存在する遺伝子、中央値と比較して２倍過剰又は過小に表現されている遺伝子、ＴＲＩＭとして選択された遺伝子の遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図５Ａ】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較したピアソン相関によってクラスター化した、４２人の参加者、少なくとも２つの試料（ＰＡＬ２）において存在する遺伝子、中央値と比較して２倍過剰又は過小に表現されている遺伝子、の遺伝子アレイ発現結果の詳細を示す図であり、抑制性免疫調節リガンド（ＰＤＬ１／ＣＤ２７４、ＰＤＬ２／ＣＤ２７３）が活動性ＴＢ患者において過剰発現されていることを示す。
【図５Ｂ】ＰＤＬ１が活動性ＴＢ患者においてのみ発現されていることを示す、フィルタリングされていない遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図６】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較したピアソン相関を使用して独立してクラスター化した、少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」、群間で統計的に有意に差次的に発現されている（Ｐ＜０．１、Bonferroni補正を用いたKruskal−Wallisノンパラメトリック検定）遺伝子（４６遺伝子）に関してフィルタリングした遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図７】活動性ＰＴＢ、潜在性ＴＢ、健常なＢＣＧワクチン接種をしていない対照及び健常なＢＣＧワクチン接種をした対照を比較したピアソン相関を使用して独立してクラスター化した、少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」、群間で統計的に有意に差次的に発現されている（Ｐ＜０．０５、Bonferroni補正を用いたKruskal−Wallisノンパラメトリック検定）遺伝子（１８遺伝子）に関してフィルタリングした遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図８Ａ】少なくとも２つの試料に存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」、フィルタリングされた遺伝子のリストに適用された異なる統計フィルターの併合の結果が、全ての３つの臨床群を区別することを示す図である。示された転写物は、潜在性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．００５、補正を行わないWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されており、加えて、転写物は、活動性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．５、Bonferroni補正を用いたWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されており、合計で１１９遺伝子がピアソン相関を使用して独立してクラスター化した（患者／臨床群クラスターは水平に表し、遺伝子クラスターは垂直に表している）。これらの１１９遺伝子を、読み取り易いように及びこれらの遺伝子の下位群をまた、異なる臨床群（すなわち活動性、潜在性及び健常）を識別するために使用することもできることを示すために、５つのさらなる図（８Ｂ〜８Ｆ）に分類して示している。
【図８Ｂ】少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」遺伝子、潜在性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．００５、Wilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定補正を行わない）発現されている転写物、さらに活動性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．５、Bonferroni補正を用いたWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されている転写物に関してフィルタリングした、遺伝子アレイ発現結果を示す図である（患者／臨床群クラスターは水平に表し、遺伝子クラスターは垂直に表している）。
【図８Ｃ】少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」遺伝子、潜在性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．００５、Wilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定補正を行わない）発現されている転写物、さらに活動性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．５、Bonferroni補正を用いたWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されている転写物に関してフィルタリングした、遺伝子アレイ発現結果を示す図である。
【図８Ｄ】少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」遺伝子、潜在性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．００５、Wilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定補正を行わない）発現されている転写物、さらに活動性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．５、Bonferroni補正を用いたWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されている転写物に関してフィルタリングした、遺伝子アレイ発現結果を示す図である（患者／臨床群クラスターは水平に表し、遺伝子クラスターは垂直に表している）。
【図８Ｅ】少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」遺伝子、潜在性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．００５、Wilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定補正を行わない）発現されている転写物、さらに活動性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．５、Bonferroni補正を用いたWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されている転写物に関してフィルタリングした、遺伝子アレイ発現結果を示す図である（患者／臨床群クラスターは水平に表し、遺伝子クラスターは垂直に表している）。
【図８Ｆ】少なくとも２つの試料において存在する、中央値と比較して２倍上方又は下方「表現されている」遺伝子、潜在性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．００５、Wilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定補正を行わない）発現されている転写物、さらに活動性及び健常間で統計的に有意に差次的に（Ｐ＜０．５、Bonferroni補正を用いたWilcoxon-Mann-Whitneyノンパラメトリック検定）発現されている転写物に関してフィルタリングした、遺伝子アレイ発現結果を示す図である（患者／臨床群クラスターは水平に表し、遺伝子クラスターは垂直に表している）。
【図９】対照（６）に対するＰＴＢ（９）の遺伝子モジュール解析の遺伝子アレイ発現結果を示す図である：５２８１遺伝子から、ＰＡＬ２に関してフィルタリング、Wilcoxon-Mann-Whitney検定により活動性ＰＴＢ及び健常対照間で統計的に有意に差次的に発現されている、ｐ＜０．０５、多重検定補正を行わない。
【図１０】対照（６）に対するＬＴＢ（９）の遺伝子モジュール解析の遺伝子アレイ発現結果を示す図である：３１３７遺伝子から、ＰＡＬ２に関してフィルタリング、Wilcoxon-Mann-Whitney検定により活動性ＰＴＢ及び健常対照間で統計的に有意に差次的に発現されている、ｐ＜０．０５、多重検定補正を行わない。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
種々の本発明の実施形態の構成及び使用を以下に詳述するが、本発明は広い様々な特定の状況において具体化することができる多くの応用可能な発明の概念を提供することが理解されるべきである。本明細書において論じられている特定の実施形態は、本発明を構成及び使用するための特定の方法の例示に過ぎず、本発明の範囲を定めるものではない。
【００２２】
本発明の理解を容易にするために、多くの用語を以下に定義する。本明細書において定義されている用語は、本発明に関連する領域の当業者により一般に理解される通りの意味を有する。「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」などの用語は、単一の存在物のみを指すことを意図しないが、例示のためにその特定の例が使用され得る一般的な種類を含む。本明細書における専門用語は具体的な本発明の実施形態を説明するために使用されるが、特許請求の範囲において概要が述べられている場合を除いて、これらの使用は本発明の範囲を定めない。別途定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者により一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、当業者に本発明において使用される用語の多くの一般的な定義を提供する：Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology（2d ed.、1994）；the Cambridge Dictionary of Science and Technology（Walker ed．、1988）；the Glossary of Genetics、5TH ED．、R． Rieger et. al. （eds．）、Springer Verlag （1991）；及びHale & Marham、The Harper Collins Dictionary of Biology （1991）。
【００２３】
種々の生化学的及び分子生物学的方法は、当技術分野においてよく知られている。例えば、核酸の単離及び精製方法は、付録を含む、国際公開第９７／１０３６５号パンフレット：国際公開第９７／２７３１７号パンフレット：Chapter 3 of Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology：Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part 1. Theory and Nucleic Acid Preparation,（P． Tijssen、ed．）Elsevier、N．Y． （1993）；Sambrook、et al., Molecular Cloning：A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Press、N．Y．、（1989）；及びCurrent Protocols in Molecular Biology、（Ausubel、F． M． et al., eds．）John Wiley & Sons、Inc．、New York （1987-1999）において詳細に記述されている。
【００２４】
バイオインフォマティクス定義
本明細書において使用される場合、「オブジェクト」は、任意の所望の項目又は情報（一般に、名詞、動詞、形容詞、副詞、句、文、記号、数字などを含むテキスト）を指す。したがって、オブジェクトは、関係を結ぶことができるもの、及びソースから取得、特定及び／又は検索することができるものである。「オブジェクト」は、遺伝子、タンパク質、疾患、表現型、機構、薬剤などの所望の実体を含むがこれらに限定されない。いくつかの態様において、オブジェクトは、以下にさらに記述されるようなデータであってもよい。
【００２５】
本明細書において使用される場合、「関係」は、同じ構成単位（例えば、句、文、２行以上のテキスト、段落、ウェブページの１区画、ページ、雑誌、新聞、本など）内でのオブジェクトの共起を指す。関係は、テキスト、記号、数字及びこれらの組合せであってもよい。
【００２６】
本明細書において使用される場合、「メタデータコンテンツ」は、データソース中のテキストの編成に関する情報を指す。メタデータは、Dublin Coreメタデータなどの標準的なメタデータを含むことができ、又は集合特異的とすることができる。メタデータフォーマットの例は、蔵書目録に使用されるMachine Readable Catalog（MARC）レコード、Resource Description Format （RDF）及びExtensible Markup Language（XML）を含むがこれらに限定されない。メタオブジェクトは、手作業により又は自動情報抽出アルゴリズムにより生成されてもよい。
【００２７】
本明細書において使用される場合、「エンジン」は、他のプログラムのための核となる又は本質的な機能を実行するプログラムを指す。例えば、エンジンは、他のプログラムの全オペレーションを統合する、オペレーティングシステム又はアプリケーションプログラムにおける中心プログラムであってもよい。「エンジン」という用語はまた、変更可能なアルゴリズムを含むプログラムも指し得る。例えば、知識発見エンジンは、関係の特定及びランク付けの新しい規則を反映するために、関係の特定のための手法が変更できるように設計されていてもよい。
【００２８】
本明細書において使用される場合、「意味解析」は、例えば、接尾辞除去若しくはステミングによる又はシソーラスを利用することによる、類似した概念を表す単語間の関係の特定を指す。「統計分析」は、各用語（語、語源、語幹、ｎ−グラム、句など）の出現数の集計に基づく技術を指す。対象に関して制限されていない集合において、異なる文脈において使用される同じ句は、異なる概念を表し得る。句の共起の統計分析は、語義の曖昧性を解消するために役立てることができる。「統語解析」を使用して、品詞解析による曖昧性をさらに減らすことができる。本明細書において使用される場合、このような解析の１又は２以上を、より一般には「語彙解析」と称する。「人工知能（ＡＩ）」は、コンピュータなどのヒト以外のデバイスが、ヒトが注目に値する又は「知的である」と考えるであろうタスクを実行する方法を指す。例は、映像の識別、話し言葉又は書かれたテキストの理解、及び問題の解決を含む。
【００２９】
「データ」、「データセット」及び「情報」のような用語は、「情報」及び「知識」のように、しばしば相互交換可能に使用される。本明細書において使用される場合、「データ」は、実験による測定値又は測定値の集合である、最も基本的な構成単位である。データは、情報に寄与するために編集されるが情報とは基本的に無関係であり、組み合わせてデータセット、つまりデータの組にしてもよい。対照的に、情報は関心に由来し、例えば、データ（構成単位）は、心臓血管疾患のリスクと相関性のある変数を見つけるために、民族性、性別、身長、体重及び食事に関して収集されてもよい。しかしながら、同じデータを使用して、食事の好み、すなわち、スーパーマーケットにおいてある特定の製品が売れる可能性が高いという可能性についての定式を開発する、又はそれについての「情報」を作成することができる。
【００３０】
本明細書において使用される場合、「データベース」という用語は、種々の情報ファセットをデータフィールド内で見出すことができたとしても、生の又は編集されたデータのためのリポジトリを指す。データベースは、１又は２以上のデータセットを含んでもよい。典型的にデータベースは編成されているため、そのコンテンツはアクセス、管理、及びアップデートすることができる（例えば、データベースは動的である）。データ及び情報の主なソースはデータベースであるため、「データベース」及び「ソース」という用語もまた、本発明において相互交換可能に使用される。しかしながら、「ソースデータベース」又は「ソースデータ」は一般に、オブジェクトの特定及び関係の判定ためにシステムに入力されるデータ、例えば、構造化されていないテキスト及び／又は構造化されたデータを指す。ソースデータベースは、リレーショナルデータベースであってもよく又はなくてもよい。しかしながら、システムデータベースは通常、オブジェクト間の関係に関する値を記憶するリレーショナルデータベース又は何らかの同等の種類のデータベースを含む。
【００３１】
本明細書において使用される場合、「システムデータベース」及び「リレーショナルデータベース」は相互交換可能に使用され、所定のカテゴリに適合させたデータを含むテーブルの組として編成されたデータの１又は２以上の集合を指す。例えば、データベーステーブルは、縦列により定義された１又は２以上のカテゴリ（例えば属性）を含んでもよく、一方、データベースの横列は、縦列により定義されたカテゴリのための特有のオブジェクトを含んでもよい。したがって、遺伝子のアイデンティティなどのオブジェクトは、その存在、不在及び／又は遺伝子発現レベルのための縦列を有してもよい。リレーショナルデータベースの横列は「セット」とも称されることもあり、一般にその縦列の値によって定義されている。リレーショナルデータベースとの関連において「ドメイン」は、縦列などのフィールドが含み得る有効な値の範囲である。
【００３２】
本明細書において使用される場合、「知識ドメイン」は、システムが影響を及ぼす研究領域、例えば、全ての生物医学データを指す。この多様なデータが時に、１つの領域又は検索／研究（１つのドメイン）に精通しているだけの普通の人にはまとめることができない事物を関連付けることができるため、いくつかのドメイン、例えば、生物医学データ及び工学データからのデータを組み合わせる利点があることに注目すべきである。「分散型データベース」は、ネットワークにおける異なる点の間で分散又は反復されてもよいデータベースを指す。
【００３３】
本明細書において使用される場合、「情報」は、数字、文字、数字の組、文字の組、又はデータの組から得られた若しくはそれに由来する結論を含んでもよいデータセットを指す。「データ」はしたがって、測定値又は統計値及び情報の基本的な構成単位である。「情報」はまた、単語、記号、構造化されていないフリーテキスト、コードなどのテキストなどの別の種類のデータを含んでもよい。「知識」は、因果関係をモデル化するためのシステムを十分に理解させる情報の組として大まかに定義されている。以前の例を拡張するため、人口統計、性別及び以前の購入物に関する情報を食品販売のための地域マーケティング戦略を展開するために使用することができ、一方、国民性に関する情報は製品の輸入のための指針としてバイヤーが使用することができる。データ、情報、及び知識の間に厳密な境界がないことに注意することが重要である；この３つの用語は時に同等であるとみなされる。一般に、データは検査に由来し、情報は相互関連付けに由来し、理解はモデリングに由来する。
【００３４】
本明細書において使用される場合、「プログラム」又は「コンピュータプログラム」は一般に、特定のプログラミング言語の規則に従い、ある特定の機能、タスク、又は問題を解決又は実行するために必要とされる「コードセグメント」に分けられる宣言及びステートメント又は命令で構成される、統語構成単位を指す。プログラミング言語は一般に、プログラムを表すための人工言語である。
【００３５】
本明細書において使用される場合、「システム」又は「コンピュータシステム」は一般に、データ処理を実行する１又は２以上のコンピュータ、周辺機器、及びソフトウェアを指す。「ユーザ」又は「システムオペレータ」は一般に、データ処理及び情報交換のために「ユーザデバイス」（例えば、コンピュータ、ワイヤレスデバイスなど）を通じてアクセスされるコンピュータネットワークを使用する人を含む。「コンピュータ」は一般に、人間の介入なしに膨大な算術演算及び論理演算を含む実質的な計算を実行することができる、機能的構成単位である。
【００３６】
本明細書において使用される場合、「アプリケーションソフトウェア」又は「アプリケーションプログラム」は一般に、アプリケーション問題の解決に固有のソフトウェア又はプログラムを指す。「アプリケーション問題」は一般に、エンドユーザにより提起される問題であり、その解決のための情報処理を必要とする。
【００３７】
本明細書において使用される場合、「自然言語」は、その規則が特に規定されることなく現在の用法に基づいている言語、例えば、英語、スペイン語又は中国語を指す。本明細書において使用される場合、「人工言語」は、その規則が使用前に明確に確立されている言語、例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｊａｖａ（登録商標）、ＢＡＳＩＣ、ＦＯＲＴＲＡＮ、又はＣＯＢＯＬなどのコンピュータ−プログラミング言語を指す。
【００３８】
本明細書において使用される場合、「統計的関連性」は、偶然により予想されるものよりも顕著に高い頻度で発生する場合、関係が統計的に関連していると決定されるランク付けスキーム（Ｏ／Ｅ比、強度など）の１又は２以上を使用することを指す。
【００３９】
本明細書において使用される場合、「協調的に制御される遺伝子」又は「転写モジュール」という用語は相互交換可能に使用され、グループ分けされた、特定の遺伝子の遺伝子発現プロファイル（例えば、特定の遺伝子配列に関連するシグナル値）を指す。各転写モジュールは、遺伝子マイクロアレイから得られる２個の重要なデータ、文献検索部分及び実際の実験による遺伝子発現値データを相互に関連させる。転写モジュールに分類される遺伝子の組は、遺伝子発現データ（上記のモジュール抽出アルゴリズム）の解析に基づいている。Chaussabel, D. & Sher, A. Mining microarray expression data by literature profiling. Genome Biol 3, RESEARCH0055 (2002), (http://genomebiology.com/2002/3/10/research/0055)参照により本明細書に組み込まれる関連部分、及び所望の疾患又は状態、例えば、全身性エリテマトーデス、関節炎、リンパ腫、癌腫、メラノーマ、急性感染症、自己免疫疾患、自己炎症性疾患など）から得られた発現データによってさらなるステップが教示されている。
【００４０】
以下の表は、文献検索部分を展開するために使用され得るキーワード又は転写モジュールへの寄与の例を列挙している。当業者は、別の状態、例えば、特定の癌、特定の感染性疾患、移植などのために別の用語を容易に選択し得ることを認識するであろう。例えば、Ｔ細胞活性化に関連する遺伝子のための遺伝子及びシグナルは、ある特定のキーワード（例えば、リンパ腫、Ｔ細胞、ＣＤ４、ＣＤ８、ＴＣＲ、胸腺、リンパ球、ＩＬ２）を使用して重要なＴ細胞関連遺伝子、例えば、Ｔ細胞表面マーカー（ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ２６、ＣＤ２８、ＣＤ９６）；リンパ系細胞（リンフォトキシンβ、ＩＬ２誘導性Ｔ細胞キナーゼ、ＴＣＦ７；及びＴ細胞分化タンパク質ｍａｌ、ＧＡＴＡ３、ＳＴＡＴ５Ｂ）によって発現されている分子を特定したモジュールＩＤ「Ｍ２．８」として以下に記述している。次に、完全なモジュールを、（プラットホーム、存在／不在及び／又は上方若しくは下方制御にかかわらず）これらの遺伝子について患者集団のデータを相互に関連させて転写モジュールを生成することによって開発する。場合によっては、遺伝子プロファイルは（この時点で）これらの疾患状態及びデータについての任意の特定の遺伝子クラスタリングに一致しないが、ある特定の生理学的経路（例えば、ｃＡＭＰシグナル伝達、ジンク−フィンガータンパク質、細胞表面マーカーなど）がこの「未決定」モジュール内に見出される。実際、遺伝子発現データセットを使用して、キーワード検索への照合前に協調発現を有する遺伝子を抽出することができ、すなわち、いずれかのデータセットが、相互参照前に第２のデータセットと相関し得る。
【００４１】
【表１】
2011526152.tif 000003
2011526152.tif 000004
2011526152.tif 000005
【００４２】
生物学的定義
本明細書において使用される場合、「アレイ」という用語は、支持体に接着された１又は２以上のペプチド又は核酸プローブを有する固体支持体又は基板を指す。アレイは典型的に、異なる既知の位置で基板の表面に結合された１又は２以上の異なる核酸又はペプチドプローブを有する。これらのアレイはまた、既知のゲノム、例えば、ヒトゲノムに基づく、１０，０００；２０，０００、３０，０００；又は４０，０００の異なる識別可能な遺伝子を有し得る「マイクロアレイ」又は「遺伝子チップ」とも記述される。これらのパン−アレイを使用して、ＤＮＡレプリコンの相補的な組を作製するためのＲＴ及び／又はＲＴ−ＰＣＲにかけることができる、試料において発現されている又は見出される全「トランスクリプトーム」又は遺伝子の転写プール、例えば、ＲＮＡ、ｍＲＮＡなどとして発現されている核酸を検出する。アレイは、非リソグラフィ及び／又はフォトリソグラフィ法及び固相合成法の組合せを組み込む機械的合成方法、光誘導合成法などを使用して作製することができる。
【００４３】
例えば、実質的に任意の形状の表面又は多数の表面でさえも加工された、これらの核酸アレイの合成のための種々の技術が記述されてきた。アレイは、ビーズ、ゲル、ポリマー表面、光ファイバーなどのファイバー、ガラス又は任意の別の適切な基板上のペプチド又は核酸とすることができる。アレイは、診断又は全てを含むデバイスの別の操作を可能にするようにパッケージ化されていてもよく、例えば、関連部分が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６９５５７８８号明細書を参照されたい。
【００４４】
本明細書において使用される場合、「疾患」という用語は、細胞の任意の異常な生物学的状態を有する生体の生理学的状態を指す。疾患は、感染症によって引き起こされる、異常な細胞機能、異常な細胞分裂などによって引き起こされる、先天的、遺伝性であり得る、細胞、組織、身体機能、システム又は器官の妨害、停止又は障害を含むがこれらに限定されない。「疾患状態」をもたらす疾患は一般に、生体系、つまり、疾患の宿主に有害である。本発明に関して、疾患又は障害に関連する感染症（例えば、ウイルス性、細菌性、真菌性、寄生虫性など）、炎症、自己炎症、自己免疫、アナフィラキシー、アレルギー、前癌状態、悪性腫瘍、手術、移植、生理的などの任意の生物学的状態を、疾患状態であるとみなす。病理状態は一般に、疾患状態と同等である。
【００４５】
疾患状態はまた、様々なレベルの疾患状態に類別することができる。本明細書において使用される場合、疾患又は疾患状態のレベルは、治療時、治療中及び治療後の疾患又は疾患状態の進行並びに生理学的応答を反映する恣意的な基準である。一般に、疾患又は疾患状態は、疾患の影響がだんだんと重くなっていくレベル又は段階を経て進行する。疾患状態のレベルは、試料中の細胞の生理学的状態によって影響を受け得る。
【００４６】
本明細書において使用される場合、「療法」又は「治療レジメン」という用語は、疾患状態を緩和又は変更するためにとられる医療手段、例えば、薬理学的、外科的、食事療法及び／又は別の技術を使用して疾患の影響又は症状を縮小又は排除することを目的とした治療方針を指す。治療レジメンは、１又は２以上の薬剤の規定の投薬量又は外科処置を含んでもよい。療法は有益であり疾患状態を軽減させることが最も多いが、多くの場合、療法の作用は望ましくない又は副作用を有する。療法の作用はまた、宿主の生理学的状態、例えば、年齢、性別、遺伝的性質、体重、別の疾患状態などによっても影響を受ける。
【００４７】
本明細書において使用される場合、「薬理学的状態（state）」又は「薬理学的状態（status）」という用語は、試料中の１又は２以上の核酸の薬理学的状態に影響を及ぼし得る、１又は２以上の薬剤、外科処置などにより治療されるであろう、される、及び／又はされた、例えば、薬理学的介入の結果として新しく転写された、安定化された及び／又は不安定化された、試料を指す。試料の薬理学的状態は、薬剤治療の前、間及び／又は後の生物学的状態の変化に関連し、本明細書において教示されているように診断又は予後を示す機能を果たし得る。薬剤治療又は外科処置後の何らかの変化は疾患状態に関連する可能性があり、及び／又は関連のない療法の副作用である可能性もある。薬理学的状態の変化は、療法の継続期間、指示された薬剤の種類及び用量、所定の治療方針の遵守の程度、及び／又は摂取した指示されていない薬剤の起こりそうな結果である。
【００４８】
本明細書において使用される場合、「生物学的状態」という用語は、発現の変化の解析のために単離及び精製された細胞試料のトランスクリプトーム（つまり、ＲＮＡ転写物の全集合）の状態を指す。生物学的状態は、細胞成分の存在量及び／又は活性を測定すること、形態の表現型又は転写物の検出のための方法の組合せによって特徴付けることによって、試料中の細胞の生理学的状態を反映する。
【００４９】
本明細書において使用される場合、「発現プロファイル」という用語は、ＲＮＡ、ＤＮＡ又はタンパク質量又は活性レベルの相対的量を指す。発現プロファイルは、任意の数の方法による、及び商業的に容易に入手することができる遺伝子発現の測定及び／又は解析のための多くの遺伝子チップ、遺伝子アレイ、ビーズ、多重ＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、ランオンアッセイ、ノーザンブロット解析、ウエスタンブロット解析、タンパク質発現、蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、化学発光試験、酵素アッセイ、増殖試験又は任意の別の方法、装置及びシステムのいずれかを使用した、例えば、転写状態又は翻訳状態の測定値とすることができる。
【００５０】
本明細書において使用される場合、試料の「転写状態」という用語は、試料中に存在するＲＮＡ種、特にｍＲＮＡの同一性及び相対的な量を含む。試料の全体の転写状態、つまりＲＮＡの同一性及び存在量の組合せはまた、本明細書においてトランスクリプトームとも称される。一般に、試料におけるＲＮＡ種の全集合の全ての関連する成分のかなりの割合が測定される。
【００５１】
本明細書において使用される場合、「モジュール転写ベクトル」という用語は、「差次的に発現されている遺伝子の比率」を反映する転写発現データを指す。例えば、各モジュールについて、少なくとも２つの群（例えば健常な対象対患者）間で差次的に発現されている転写物の比率。このベクトルは、試料の２群の比較から得られる。第１の解析ステップは、各モジュール内の転写物の疾患特異的な集合の選択のために使用される。次に、「発現レベル」がある。所定の疾患に関する群比較は、各モジュールについて差次的に発現されている転写物のリストを提供する。異なる疾患は異なるモジュール転写物のサブセットをもたらすことが見出された。この発現レベルであれば、差次的に発現されていると特定された遺伝子の疾患特異的サブセットの発現値を平均することによって、単一試料の各モジュール（複数可）についてベクトルを計算することが可能である。この手法は、単一試料についてのモジュール発現ベクトルのマップ、例えば、本明細書に開示されているモジュールマップに記載のものの作成を可能にする。これらのベクトルモジュールマップは、各試料について得ることができる各モジュールの（差次的に発現されている遺伝子の比率の代わりに）平均発現レベルを表す。
【００５２】
本発明を使用して、モジュールレベルでのみならず、遺伝子レベルでも疾患を特定及び識別することが可能である：すなわち、２つの疾患は同じベクトル（差次的に発現されている転写物間で同一比率、同一の「極性」）を有し得るが、ベクトルの遺伝子組成はそれでも疾患特異的であることができる。遺伝子レベルの発現は、解析の分解能を大幅に増加させるという明確な利点をもたらす。さらに、本発明は、複合転写マーカーを利用する。本明細書において使用される場合、「複合転写マーカー」という用語は、マーカーとして個々の遺伝子を使用することと比較して多数の遺伝子（モジュールのサブセット）の平均発現値を指す（これらのマーカーの組成は疾患特異的であり得る）。複合転写マーカー手法は、ユーザが、例えば、ＳＬＥの患者の疾患重症度を評価するための、又は本明細書に開示されている発現ベクトルを得るための多変量マイクロアレイのスコアを開発することができるため、類のないものである。最も重要なことに、本発明の複合モジュール転写マーカーを使用することにより、本明細書において見られる結果がマイクロアレイプラットホーム間で再現可能であり、それによって規制当局の承認のためのより高い信頼性を提供することが見出された。
【００５３】
本発明で使用するための遺伝子発現モニタリングシステムは、１又は２以上の標的疾患に特異的な及び／又はそのための特注の、限られた及び／又は基本的な数の遺伝子を有する特注の遺伝子アレイを含んでもよい。一般的な、通常使用されているパン−ゲノムアレイとは異なり、本発明は、これらの一般的なパン−アレイの使用だけでなく、特定のプラットホームを使用する必要がない既往の遺伝子及びゲノム解析も提供するが、さらに重要なことには、多数の他の非関連遺伝子を必要としない解析のための最適な遺伝子集合を提供する特注のアレイの開発を提供する。既存の技術に対する本発明の最適化アレイ及びモジュールの別の１つの利点は、財務費用（例えば、アッセイ、材料、機器、時間、人員、訓練当たりの費用など）、より重要なことには、データの大部分が関連性のないパン−アレイを製造するための環境費用の減少である。本発明のモジュールは、シグナル対ノイズ比を最大にしながら最少数のプローブを用いて最適なデータを提供する、簡単なカスタムアレイの設計を初めて可能にする。解析のための遺伝子の総数を削除することによって、例えば、膨大な量の関連性のないデータを提供するパン−遺伝子チップの製造の際にフォトリソグラフィのための多数の高価な白金薄膜を製造する必要性をなくすことが可能である。本発明を使用することにより、本発明の限られたプローブセット（複数可）を、例えば、デジタル光化学アレイ、ボールビーズアレイ、ビーズ（例えば、Luminex）、多重ＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、ラン−オンアッセイ、ノーザンブロット解析とともに使用すれば、マイクロアレイが必要となるのを完全に回避することが可能であり、又は、タンパク質解析、例えば、ウエスタンブロット解析、２−Ｄ及び３−Ｄゲルタンパク質発現、ＭＡＬＤＩ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ、蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）（細胞表面又は細胞内）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、化学発光試験、酵素アッセイ、増殖試験又は商業的に容易に入手することができる遺伝子発現の測定及び／又は解析のための任意の別の方法、装置及びシステム、の必要さえ完全に回避することが可能である。
【００５４】
本発明の「分子フィンガープリントシステム」を使用して、別の疾患及び／又は正常な細胞対照に対する、異なる細胞又は組織、同じ細胞又は組織の異なる下位集団、同じ細胞又は組織の異なる生理学的状態、同じ細胞又は組織の異なる発生段階、又は同じ組織の異なるＴ細胞集団における発現の比較解析を容易にする及び実施することができる。場合によって、正常な又は野生型の発現データは、同時又はほぼ同時に解析された試料由来のものであってもよく、又は既存の遺伝子アレイ発現データベース、例えば、NCBI Gene Expression Omnibusデータベースなどの公共データベースから取得又は抜粋された発現データであってもよい。
【００５５】
本明細書において使用される場合、「差次的に発現されている(differentially expressed)」という用語は、２つ以上の試料において、例えば、疾患試料及び正常試料間で変化する、細胞成分（例えば、核酸、タンパク質、酵素活性など）の測定値を指す。細胞成分は、活動中又は休止中（存在又は不在）、参照と比べて上方制御されていても、又は参照と比べて下方制御されていてもよい。遺伝子チップ又は遺伝子アレイで使用するために、核酸の差次的な遺伝子発現、例えば、ｍＲＮＡ又は別のＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡなど）を使用して細胞種又は核酸を識別してもよい。最も一般的には、細胞の転写状態の測定は、定量的逆転写酵素（ＲＴ）及び／又は逆転写酵素−ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ゲノム発現解析、翻訳後解析、ゲノムＤＮＡに対する修飾、転座、インサイチュハイブリダイゼーションなどによって達成される。
【００５６】
いくつかの疾患状態について、特に疾患状態の初期レベルで、細胞の又は形態学的な差異を特定することが可能である。本発明は、細胞自身の、又は、より重要なことには、通常の生理的状況において、つまり、免疫活性化、免疫寛容又はさらに免疫アネルギーの間に機能している免疫エフェクター細胞由来遺伝子の細胞ＲＮＡ発現の遺伝子モジュールを見ることによって、特異的な突然変異又は１又は２以上の遺伝子を特定する必要性を回避する。遺伝子突然変異は遺伝子群の発現レベルの劇的な変化をもたらし得るが、生体系はしばしば別の遺伝子の発現を変更させることによって変化を補償する。こうした体内の補償反応の結果として、多くの摂動は、生体系の観察可能な表現型に対して最少の影響であっても、細胞成分の組成に対しては大きな影響を有し得る。同様に、実際の遺伝子転写物のコピーは増加又は減少しないかもしれないが、転写物の寿命又は半減期は影響を受けて、タンパク質産生を大きく増加させることがある。本発明は、一実施形態において、単独の伝達暗号及び／又は突然変異ではなくエフェクター細胞（例えば、白血球、リンパ球及び／又はそれらの下位集団）を見ることによって、実際の伝達暗号を検出する必要性を排除する。
【００５７】
当業者は、試料が、例えば、単一細胞、細胞の集合、組織、細胞培養などを含む様々な供給源から得られてもよいことを容易に理解するであろう。ある特定の場合において、例えば、尿、血液、唾液、組織又は生検材料試料などにおいて見出される細胞から十分なＲＮＡを単離することさえも可能であり得る。ある特定の状況において、十分な細胞及び／又はＲＮＡは、粘膜分泌物、糞便、涙、血漿、腹水、間質液、硬膜、脳脊髄液、汗又は別の体液から得てもよい。例えば、組織又は細胞源からの核酸供給源は、組織生検材料試料、１又は２以上のソートされた細胞集団、細胞培養物、細胞クローン、形質転換細胞、生検材料又は単一細胞を含んでもよい。組織源は、例えば、脳、肝臓、心臓、腎臓、肺、脾臓、網膜、骨、神経系、リンパ節、内分泌腺、生殖器、血液、神経、血管組織、及び嗅上皮を含んでもよい。
【００５８】
本発明は、単独で又は組み合わせて使用することができる以下の基本的な構成要素、すなわち、１又は２以上のデータマイニングアルゴリズム；１又は２以上のモジュールレベル解析処理；血液白血球転写モジュールの特徴付け；ヒト疾患の分子的診断／予後予測のための多変量解析における集計されたモジュールデータの使用；及び／又はモジュールレベルデータ及び結果の可視化を含む。本発明を使用することにより、単一の多変量スコアにさらに集計することができる複合転写マーカーを開発及び分析することも可能である。
【００５９】
データ取得速度の急増は、マイクロアレイデータ及び生物医学知識の開拓のためのマイニングツール及びアルゴリズムの開発に拍車をかけた。転写システムのモジュール編成及び機能を明らかにすることを目的とした手法は、疾患の確固とした分子サインの特定のための有望な方法を与える。実際に、このような解析は、個々の遺伝子又は遺伝子リストのレベルを超えるマイクロアレイデータの概念を取り入れることにより、大規模な転写試験の認識を変容させる可能性がある。
【００６０】
本発明者らは、よく知られているように「ノイズが多」いデータ、つまり、解読困難であり、研究所及びプラットホーム間であまり比較にならないデータの解析による現在のマイクロアレイによる研究が重要な課題に直面していることを認識していた。マイクロアレイデータの解析のために広く受け入れられている手法は、試験群間で差次的に発現されている遺伝子のサブセットの特定で始まる。次に、ユーザはその後、パターン発見アルゴリズム及び既存の科学的知識を使用して、得られた遺伝子リストの「意味を理解」しようと試みる。
【００６１】
プラットホーム間の大きな変動性に対処するよりも、本発明者らは、解析の初期段階における生物学的に関連する遺伝子の選択を重要視する戦略を開発した。簡潔に述べると、方法は、所与の生体系を特徴付けする転写構成要素の特定を含み、そのためにデータの大きな集合から協調的に発現されている遺伝子、又は転写モジュールの群を解析及び抽出するための改良型データマイニングアルゴリズムを開発した。
【００６２】
肺結核（ＰＴＢ）は、世界中でのマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍ．ツベルクローシス）に起因する罹患率及び死亡率の、ますます増加している主要な原因である。しかしながら、大多数のＭ．ツベルクローシスに感染した個体は、潜伏形態で感染症を保持していながら無症状のままであり、この潜伏状態は能動免疫応答によって維持されていると考えられる。血液は免疫系のパイプラインであり、それ自体が、個体の健康及び免疫状態を確立することができる理想的な生体材料である。ここで、血球中の全ゲノムの活性を評価するためにマイクロアレイ技術を使用することにより、本発明者らは、活動性肺結核及び潜在性結核患者における弁別的な相反する血液転写バイオマーカーサインを特定した。これらのサインはまた、対照個体におけるものとも異なっていた。これらの患者は感染しているが大部分が明白な疾患を発症しないため、全血において免疫細胞傷害性遺伝子発現の過剰表現を示した潜在性結核のサインは、Ｍ．ツベルクローシス感染症に対する防御免疫因子を判定するために役立ち得る。活動性及び潜在性ＴＢ患者由来のこの弁別的な転写バイオマーカーサインは、感染症を診断するために、及び抗マイコバクテリア薬による治療に対する反応をモニターするために使用されてもよい。加えて、活動性結核患者におけるサインは、免疫病原性に関与している因子を判定するために役立ち、おそらく免疫治療的介入のための戦略をもたらすであろう。本発明は、感染症の診断のための血液転写バイオマーカーの使用を主張した先の出願に関する。しかしながら、この先願は、活動性及び潜在性結核のためのバイオマーカーの存在を開示せず、どちらかと言えば別の急性感染症の小児に重点をおいていた（Ramilo, O., Allman, W., Chung, W., Mejias, A., Ardura, M., Glaser, C., Wittkowski, K. M., Piqueras, B., Banchereau, J., Palucka, A. K., and Chaussabel, D. (2007). Gene expression patterns in blood leukocytes discriminate patients with acute infections. Blood 109, 2066-2077）。
【００６３】
活動性ＴＢに対して潜在性ＴＢ患者の血液におけるこの転写サインの特定を使用して、マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症の疑いのある患者の、並びに人間ドック／疾患の早期発見のための、試験することができる。本発明はまた、抗マイコバクテリア薬を用いた治療に対する反応の評価を可能にする。この関連において、試験はまた、治験との関連において、特に多剤耐性患者における薬物治療を評価するために特に有益であるだろう。さらに、本発明は、ワクチン接種試験中の防御免疫応答をより十分に定義するために、潜在性結核の免疫サインからの即時、中間及び長期データを得るために使用されてもよい。また、活動性結核患者におけるサインは、免疫病原性に関与している因子を判定するためにも役立ち、おそらく免疫治療的介入のための戦略をもたらすであろう。
【００６４】
血液は、感染の間、組織において感染性病原体に曝露される好中球、樹状細胞及び単球、又はＢ及びＴリンパ球のいずれかをそれぞれ含む先天性及び適応免疫系の細胞のための貯蔵器官及び移動区画を表す。このため、感染した個体の全血は、組織中の癌の試験（Alizadeh, A. A., Eisen, M. B., Davis, R. E., Ma, C., Lossos, I. S., Rosenwald, A., Boldrick, J. C., Sabet, H., Tran, T., Yu, X., et al. (2000). Distinct types of diffuse large Bcell lymphoma identified by gene expression profiling. Nature 403, 503-511；Golub, T. R., Slonim, D. K., Tamayo, P., Huard, C., Gaasenbeek, M., Mesirov, J. P., Coller, H., Loh, M. L., Downing, J. R., Caligiuri, M. A., et al. (1999). Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring. Science 286, 531-537；Bittner, M., Meltzer, P., Chen, Y., Jiang, Y., Seftor, E., Hendrix, M., Radmacher, M., Simon, R., Yakhini, Z., Ben-Dor, A., et al. (2000). Molecular classification of cutaneous malignant melanoma by gene expression profiling. Nature 406, 536-540）、並びに血液又は組織中の（Bleharski, J.R., H. Li, C. Meinken, T.G. Graeber, M.T. Ochoa, M. Yamamura, A. Burdick, E.N. Sarno, M. Wagner, M. Rollinghoff, T.H. Rea, M. Colonna, S. Stenger, B.R. Bloom, D. Eisenberg, and R.L. Modlin. Use of genetic profiling in leprosy to discriminate clinical forms of the disease. Science (New York, N.Y 2003.301:1527-1530）自己免疫（Bennett, L., Palucka, A. K., Arce, E., Cantrell, V., Borvak, J., Banchereau, J., and Pascual, V. (2003). Interferon and granulopoiesis signatures in systemic lupus erythematosus blood. J Exp Med 197, 711-723；Baechler、EC、2003；Burczynski, M. E., Twine, N. C., Dukart, G., Marshall, B., Hidalgo, M., Stadler, W. M., Logan, T., Dutcher, J., Hudes, G., Trepicchio, W. L., et al. (2005). Transcriptional profiles in peripheral blood mononuclear cells prognostic of clinical outcomes in patients with advanced renal cell carcinoma. Clin Cancer Res 11, 1181-1189；Chaussabel, D., Allman, W., Mejias, A., Chung, W., Bennett, L., Ramilo, O., Pascual, V., Palucka, A. K., and Banchereau, J. (2005). Analysis of significance patterns identifies ubiquitous and disease-specific gene-expression signatures in patient peripheral blood leukocytes. Ann N Y Acad Sci 1062, 146-154；Cobb, J. P., Mindrinos, M. N., Miller-Graziano, C., Calvano, S. E., Baker, H. V., Xiao,W., Laudanski, K., Brownstein, B. H., Elson, C. M., Hayden, D. L., et al. (2005). Application of genome-wide expression analysis to human health and disease. Proc Natl Acad Sci U S A 102, 4801-4806；Kaizer, E. C., Glaser, C. L., Chaussabel, D., Banchereau, J., Pascual, V., and White, P. C. (2007). Gene expression in peripheral blood mononuclear cells from children with diabetes. J Clin Endocrinol Metab 92, 3705-3711；Allantaz, F., Chaussabel, D., Stichweh, D., Bennett, L., Allman, W., Mejias, A., Ardura, M., Chung, W., Wise, C., Palucka, K., et al. (2007). Blood leukocyte microarrays to diagnose systemic onset juvenile idiopathic arthritis and follow the response to IL-1 blockade. J Exp Med 204, 2131-2144；Allantaz, 2005；Allantaz 2007）、及び炎症（Thach, D. C., Agan, B. K., Olsen, C., Diao, J., Lin, B., Gomez, J., Jesse, M., Jenkins, M., Rowley, R., Hanson, E., et al. (2005). Surveillance of transcriptomes in basic military trainees with normal, febrile respiratory illness, and convalescent phenotypes. Genes Immun. 6(7): 588-95）及び感染性疾患Ramilo, O., Allman, W., Chung, W., Mejias, A., Ardura, M., Glaser, C., Wittkowski, K. M., Piqueras, B., Banchereau, J., Palucka, A. K., and Chaussabel, D. (2007). Gene expression patterns in blood leukocytes discriminate patients with acute infections. Blood 109, 2066-2077について以前に記述されている遺伝子発現マイクロアレイを使用して偏りのない分子表現型を得ることができる、臨床的に関連する物質の到達可能な供給源を提供する。血液白血球における遺伝子発現のマイクロアレイ解析は、診断及び予後予測の遺伝子発現サインを特定し、このことは疾患発症の機構及び治療に対する反応のより十分な理解をもたらした（Bennett, L., Palucka, A. K., Arce, E., Cantrell, V., Borvak, J., Banchereau, J., and Pascual, V. (2003). Interferon and granulopoiesis signatures in systemic lupus erythematosus blood. J Exp Med 197, 711-723；Rubins, K.H., L.E. Hensley, P.B. Jahrling, A.R. Whitney, T.W. Geisbert, J.W. Huggins, A. Owen, J.W. Leduc, P.O. Brown, and D.A. Relman. The host response to smallpox: analysis of the gene expression program in peripheral blood cells in a nonhuman primate model. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2004.101:15190-15195；Baechler, E. C., Batliwalla, F. M., Karypis, G., Gaffney, P. M., Ortmann, W. A., Espe, K. J., Shark, K. B., Grande, W. J., Hughes, K. M., Kapur, V., et al. (2003). Interferon inducible gene expression signature in peripheral blood cells of patients with severe lupus. Proc Natl Acad Sci U S A 100, 2610-2615；Pascual V, Allantaz F, Arce E, Punaro M, Banchereau J (2005) Role of interleukin-1 (IL-1) in the pathogenesis of systemic onset juvenile idiopathic arthritis and clinical response to IL-1 blockade. J Exp Med 201: 1479-1486；Allantaz, F., Chaussabel, D., Stichweh, D., Bennett, L., Allman, W., Mejias, A., Ardura, M., Chung, W., Wise, C., Palucka, K., et al. (2007). Blood leukocyte microarrays to diagnose systemic onset juvenile idiopathic arthritis and follow the response to IL-1 blockade. J Exp Med 204, 2131-2144；Allantaz F, Chaussabel D, Banchereau J, Pascual V (2007) Microarray-based identification of novel biomarkers in IL-1-mediated diseases. Curr Opin Immunol 19: 623-632）。これらのマイクロアレイ手法は活動性及び潜在性ＴＢの試験を試みたが、これまでのところ、比較的少数の患者において（Mistry, R., J.M. Cliff, C.L. Clayton, N. Beyers, Y.S. Mohamed, P.A. Wilson, H.M. Dockrell, D.M. Wallace, P.D. van Helden, K. Duncan, and P.T. Lukey. Gene-expression patterns in whole blood identify subjects at risk for recurrent tuberculosis. The Journal of infectious diseases 2007.195:357-365）、少数の差次的に発現されている遺伝子（Jacobsen、M．、Kaufmann、SH．、2006；Mistry, R., J.M. Cliff, C.L. Clayton, N. Beyers, Y.S. Mohamed, P.A. Wilson, H.M. Dockrell, D.M. Wallace, P.D. van Helden, K. Duncan, and P.T. Lukey. Gene-expression patterns in whole blood identify subjects at risk for recurrent tuberculosis. The Journal of infectious diseases 2007.195:357-365）をもたらしたのみであり、これは他の炎症性及び感染性疾患を識別するために十分なほど確固としたものではあり得ない。
【００６５】
ＴＢにおける免疫サインを定義するために、活動性及び潜在性ＴＢ患者及び対照の血液を解析し、非常に厳しい臨床基準を使用して患者を選択した。潜在性ＴＢを活動性ＴＢと識別することができる確固としたサインを与えるために、患者は、活動性ＴＢ症例の数が増加している、及び最も重要なことには重感染を混同する危険性が最小であるＵＫのロンドンから採用した。マイクロアレイを使用してゲノム全体を解析し、その後のデータマイニングは、活動性及び潜在性ＴＢ患者及び健常対照を含む患者の全群間で、統計的に有意なレベルで差次的に発現されていることが判明した多数の遺伝子を明らかにした。次に、モジュールデータマイニング戦略に基づく新規な手法を使用し、この手法は、ＳＬＥ及び別の疾患における血液マイクロアレイ転写プロファイルの解析のための臨床的に関連する転写バイオマーカーを選択するための根拠を提供し、本発明者らの疾患病原性の理解を高めた（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）。この研究において定義されたモジュールマップは、ヒト血液において発現されている多数の遺伝子をなお保持しながら、複雑なデータの次元を統合する及び減少させる、したがって特定の疾患フィンガープリントの可視化を可能にする（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）手段を提供する。このモジュール手法を使用して、活動性及び潜在性ＴＢ患者の全血において弁別的な相反する、明確に定義されたモジュール転写サインが得られたが、これはまた健常対照とも異なっている。本明細書に記載のバイオマーカーは、ＰＴＢの診断を向上させ、さらに、潜在性ＴＢ患者におけるＭ．ツベルクローシスに対する保護のために重要な宿主因子、及び活動性ＴＢの免疫病原性に関与している因子を定義するのに役立ち、したがってＴＢ疾患を減少させる及び管理するために使用されるであろう。
【００６６】
患者、材料及び方法
参加者の採用及び患者の特徴付け：ロンドンのNational Institute for Medical Research（NIMR）、Ｍill Hillの志願者から採用した健常対照とともに、参加者はロンドンのSt. Mary's Hospital TB Clinic、Imperial College Healthcare NHS Trustから採用した。研究は、ＵＫのロンドンのSt Marys Hospital（LREC）において地域のＮＨＳ研究倫理委員会により承認された。全ての参加者（１８歳以上）から書面によるインフォームドコンセントを得た。厳しい臨床基準を満たした後、採用した参加者に仮の研究グループ分けを確認し、その後ようやく解析のための最終的な群に割り振った。患者及び対照コホートは以下の通りであった：（ｉ）臨床診断に基づき、続いて研究所でのマイコバクテリア培養におけるＭ．ツベルクローシスの単離により確認した活動性ＰＴＢ；（ii）インターフェロンγ放出アッセイ（ＩＧＲＡ、特にQuantiferon-TB Gold試験管内アッセイ、Cellestis社製、オーストラリア）を使用した陽性結果と合わせて、陽性ツベルクリン皮膚試験（ＴＳＴ、２ＴＵツベルクリン（Serum Statens Institute社製、コペンハーゲン、デンマーク）を使用）ＢＣＧワクチン接種をしていない場合６ｍｍ以上、ＢＣＧワクチン接種をした場合１５ｍｍ以上により定義された潜在性ＴＢ。このＩＧＲＡアッセイは、全血からのＩＦＮ−γ放出によって抗原（ＥＳＡＴ−６／ＣＦＰ−１０／ＴＢ７．７、Ｍ．ツベルクローシス中に存在するが、ほとんどの環境中のマイコバクテリア又はＭ．ボビス（M．bovis）ＢＣＧワクチン中には存在しない）に対する反応性を測定した。
【００６７】
潜在性ＴＢ患者はまた、身近な家庭での又は職場での接触のいずれかによって、又は流行地域からの最近の「新たな入国者」として、感染性ＴＢ症例への曝露の証拠を有していなければならなかった。感染者への曝露の証拠がなくＴＳＴ陽性の偶発的所見を有する患者は、この研究に含める対象とならなかった（iii）健常な志願者対照（ＢＣＧワクチン接種をした及びワクチン接種をしていない、ＴＳＴによりそれぞれ１４ｍｍ以下又は５ｍｍ以下；及びＩＧＲＡにより陰性）。妊娠している、免疫抑制されていることが既知の、免疫抑制療法を受けている又は糖尿病若しくは自己免疫疾患を有する参加者もまた不適格であり、この最初の研究から除外された。ＨＩＶ陽性個体（ロンドンにおけるＴＢ患者のわずか１％は以前は診断されていないＨＩＶを示す）はこの研究から除外した。活動性及び潜在性ＰＴＢ患者の血液を、何らかの抗マイコバクテリア薬が投与される前、その後続いて、後の研究の長期にわたる部分の間、所定の時間間隔で、試験のために採取した。
【００６８】
詳細な臨床情報を、全参加者について前向きに収集し、本発明者らにより開発されたウェブアクセス可能なデータベースに入力した。この記録された臨床データ、及び上記の免疫ベースのアッセイを使用して、５８人の参加者のうち１５人を、試験のための標準的な基準を満たさなかったため研究から除外した。これにより、６人のＢＣＧワクチン接種をしていない健常な志願者；６人のＢＣＧワクチン接種をした健常な志願者、１７人の潜在性ＴＢ患者及び１４人の活動性ＰＴＢ患者のコホートを得て、次いでこれらの試料の全てをＲＮＡ単離のために使用した。活動性ＴＢ患者の１つの試料は、処理後、続行するために十分なグロビン低減ＲＮＡを与えなかったため、最終的な解析から除外した。
【００６９】
マイクロアレイのためのＲＮＡ試料採取、抽出、処理：上記患者コホートの全血をTempusチューブ（Applied Biosystems社製、フォスターシティ、ＣＡ、ＵＳＡ）中に採取し、ＲＮＡ抽出まで−２０℃〜−８０℃で保存した。全ＲＮＡを、PerfectPure RNA Bloodキット（5 PRIME Inc社製、ゲーサーズバーグ、ＭＤ、ＵＳＡ）を使用して単離した。試料を１００％冷エタノールと一緒にホモジナイズし、ボルテックスにかけ、次いで４０００ｇで６０分間０℃で遠心分離にかけ、上清を捨てた。次いで３００μｌの溶解液をペレットに加え、ボルテックスにかけた。次いで、製造業者の使用説明書に従ってＲＮＡ結合、Dnase処理、洗浄及びＲＮＡ溶出ステップを実行した。次いで、製造業者の使用説明書に従ってGLOBINclear（商標）９６ウェルフォーマットキット（Ambion社製、オースティン、TX、USA）を使用して、単離された全ＲＮＡをグロビン低減処理した。全ＲＮＡ及びグロビン低減ＲＮＡの完全性を、Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent社製、パロアルト、CA）を使用して評価した。活動性ＴＢ患者の１つの試料は、処理後、続行するために十分なグロビン低減ＲＮＡを与えなかったため、最終的な解析から除外した。次いで、ビオチン化した、増幅されたＲＮＡ標的（ｃＲＮＡ）を、Illumina CustomPrep ＲＮＡ増幅キット（Ambion社製、オースティン、TX、USA）を使用してグロビン低減ＲＮＡから調製した。標識したｃＲＮＡを、製造業者のプロトコールに従ってIllumina BeadStation 500においてSentrix Human-6 V2 BeadChip アレイ（４８０００を超えるプローブ、Illumina Inc社製、サンディエゴ、ＣＡ、ＵＳＡ）に一晩ハイブリダイズさせ、洗浄、ブロック、染色、及びスキャンした。Illumina社のBeadStudioバージョン2ソフトウェアを使用して、スキャン画像からシグナル強度値を生成し、バックグラウンドを引き、全ての試料についてそれぞれのマイクロアレイを中央値の平均強度に対して基準化した（チップごとの正規化）。この正規化したデータを、全てのその後のデータ解析のために使用した。
【００７０】
マイクロアレイデータ解析：遺伝子発現解析ソフトウェアプログラム、Genespring、バージョン7.1.3（Agilent社製）を使用して、試料の統計分析及び階層的クラスタリングを実行した。差次的に発現されている遺伝子を選択し、結果及び図の凡例において記述されている通りクラスター化した。
【００７１】
結果及び考察
血液サインは、活動性及び潜在性ＴＢ患者を互いに、及び健常対照個体から識別する：活動性及び潜在性ＴＢの患者から採取された血液が、健常対照と比較して活動性及び潜在性ＴＢ間の区別を可能にする遺伝子発現サインを保有するかどうかを判定するために、段階的解析を行った。中央値からの偏差が２倍未満の、すなわち平坦なプロファイルを有する、検出されていない転写物及び遺伝子をフィルター除去した後、６２６９遺伝子を、活動性及び潜在性ＴＢ及び健常対照の全血ＲＮＡ試料から得られた発現プロファイルのピアソン相関による教師なしクラスタリング解析に使用した（図１）。この教師なし解析により、活動性肺ＴＢ（活動性ＰＴＢ）患者及び潜在性結核（潜在性ＴＢ）を有する個体において、弁別的なサインを特定し、これは弁別的な臨床表現型に相当することが判明した。試料のグループ化は完全ではなかった（活動性ＴＢ患者１３人のうち１０人、及び潜在性ＴＢ患者１７人のうち１１人）。それにもかかわらず、患者のトレーニングセットのこの群における大部分の活動性ＰＴＢ及び潜在性ＴＢ患者は、明確な弁別的な転写サインを有しているようであった。重要なことに、これらのサインは、白人、アフリカ系黒人、インド系アジア人、バングラデシュ系アジア人、他のアジア人、アイルランド系白人、混血の白人、カリブ系黒人を含む、試験のために収集された広範な数の民族にわたって表現されているようであった（このデータの詳細は示していない）。
【００７２】
次いで６２６９遺伝子のこのリストを、ノンパラメトリック統計群比較（Kruskal−Wallis検定）を使用してさらに解析して、群間で有意に差次的に発現されている遺伝子を特定した。タイプＩエラーを管理するために適度に厳密な多重比較補正を使用して（Benjamini−Hochberg補正）、１４７３遺伝子を、活動性ＴＢ及び潜在性ＴＢ、及び健常対照（Ｐ＜０．０１）の全てにおいて差次的に発現／表現させた（図２；及び本明細書とともに提出される大型の表の１４７３遺伝子のリスト）。次いでこれらの遺伝子クラスターを、文献中の関連する所見と相関させた。オントロジー用語「免疫応答」についてのこれらの遺伝子のフィルタリングにより、１５８のこのような遺伝子のリストを生成した（図３Ａ〜Ｄ；表２）。１５８遺伝子の発現／表現のこのパターン（図３Ａ〜３Ｄ）により、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体から活動性ＴＢ患者群を区別することができる。
【００７３】
【表２】
2011526152.tif 000006
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2011526152.tif 000008
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【００７４】
過剰性ＴＢにおいて活動発現／表現されている遺伝子：活動性ＴＢにおいては予想通り、多数のＩＦＮ関連／誘導性遺伝子：例えばインターフェロン（ＩＦＮ）誘導性遺伝子、例えば、ＳＯＣＳ１、ＳＴＡＴ１、ＰＭＬ（ＴＲＩＭ１９）、ＴＲＩＭ２２、多くのグアニル酸結合タンパク質、及び表２において示している多くの別のＩＦＮ誘導性遺伝子が発現されたことが重要であるが、興味深いことに、これらは潜在性ＴＢ患者において、これらの患者の全血におけるＩＦＮ−γ転写物の表現／発現は実際のところ活動性ＴＢ患者よりも高かったとはいえ、明らかなものではなかった。このことに注目するため、ＩＦＮにより上方制御されていることが知られているものもあれば、そうでないものもある、ＴＲＩＭファミリーを含む特定の遺伝子ファミリーをさらに試験した。
【００７５】
ＴＲＩＭＳのサブセットは、活動性ＴＢにおいて過剰発現／表現されている：３要素モチーフ（ＴＲＩＭ）タンパク質ファミリーは、区別のつく構造（Reymond, A., G. Meroni, A. Fantozzi, G. Merla, S. Cairo, L. Luzi, D. Riganelli, E. Zanaria, S. Messali, S. Cainarca, A. Guffanti, S. Minucci, P.G. Pelicci, and A. Ballabio. The tripartite motif family identifies cell compartments. Embo J 2001.20:2140-2151）によって特徴付けられ、Ｅ３ユビキチンリガーゼ活性、細胞増殖、分化及びアポトーシスの誘導、免疫細胞シグナル伝達（Meroni, G., and G. Diez-Roux. TRIM/RBCC, a novel class of 'single protein RING finger' E3 ubiquitin ligases. Bioessays 2005.27:1147-1157）を含む複数の機能を有することが示されている。これらの関与は、タンパク質−タンパク質相互作用、自己免疫及び発生（Meroni, G., and G. Diez-Roux. TRIM/RBCC, a novel class of 'single protein RING finger' E3 ubiquitin ligases. Bioessays 2005.27:1147-1157）に関係していた。さらに、多くのＴＲＩＭタンパク質が抗ウイルス活性を有することが分かっており、先天性免疫に関与している可能性がある（Nisole, S., J.P. Stoye, and A. Saib. TRIM family proteins: retroviral restriction and antiviral defence. Nat Rev Microbiol 2005.3:799-808；Gack, M.U., Y.C. Shin, C.H. Joo, T. Urano, C. Liang, L. Sun, O. Takeuchi, S. Akira, Z. Chen, S. Inoue, and J.U. Jung. TRIM25 RING-finger E3 ubiquitin ligase is essential for RIG-I-mediated antiviral activity. Nature 2007.446:916-920）。興味深いことに、３０のＴＲＩＭ転写物（若干のオーバーラッピングプローブ）が活動性ＴＢにおいて発現され、またいくつかは潜在性ＴＢ及び健常対照血液において発現されていることが示された（図４；表３）。これらのＴＲＩＭの大部分は、ヒトマクロファージ及びマウスマクロファージの両方及び樹状細胞において発現され（Rajsbaum, R., J.P. Stoye, and A. O'Garra. Type I interferon-dependent and -independent expression of tripartite motif proteins in immune cells. European journal of immunology 2008.38:619-630；Martinez, F.O., S. Gordon, M. Locati, and A. Mantovani. Transcriptional profiling of the human monocyte-to-macrophage differentiation and polarization: new molecules and patterns of gene expression. J Immunol 2006.177:7303-7311）、ＩＦＮによって制御されていることが以前に示されているが、一方、ＤＣにおいて又はＴ細胞において構成的に発現されていることが示されているＴＲＩＭ（Rajsbaum, R., J.P. Stoye, and A. O'Garra. Type I interferon-dependent and -independent expression of tripartite motif proteins in immune cells. European journal of immunology 2008.38:619-630）は検出されなかった、又は健常対照血液に対して活動性又は潜在性ＴＢにおいて差次的に発現されていることが判明しなかった。興味深いことに、ＴＲＩＭ ５、６、１９（ＰＭＬ）、２１、２２、２５、６８は過剰表現／発現されている一方、その他ＴＲＩＭ２８、３２、５１、５２、６８は過小表現／発現されていることが分かった。興味深いことに、ＴＲＩＭ群は活動性ＴＢにおいて高度に発現されていたが、潜在性ＴＢ及び健常対照においては検出できないほどに低く、これらの４つ（ＴＲＩＭ５、６、２１、２２）はヒト染色体１１においてクラスターを形成することを示し、抗ウイルス活性を有することが報告された（Song, B., B. Gold, C. O'Huigin, H. Javanbakht, X. Li, M. Stremlau, C. Winkler, M. Dean, and J. Sodroski. The B30.2(SPRY) domain of the retroviral restriction factor TRIM5alpha exhibits lineage-specific length and sequence variation in primates. J Virol 2005.79:6111-6121）；Li, X., B. Gold, C. O'Huigin, F. Diaz-Griffero, B. Song, Z. Si, Y. Li, W. Yuan, M. Stremlau, C. Mische, H. Javanbakht, M. Scally, C. Winkler, M. Dean, and J. Sodroski. Unique features of TRIM5alpha among closely related human TRIM family members. Virology 2007.360:419-433）。しかしながらＴＲＩＭ群は、ＴＲＩＭ２８、３２、５１、５２  ６８を含む潜在性ＴＢ及び健常対照群に対して活動性ＴＢ患者の血液において過小発現されていることが分かり、これらは、ヒト血液由来マクロファージにおいて発現されていないか（ＴＲＩＭ ５１）、又は未分化単球（ＴＲＩＭ−２８、５２）又は非活性型マクロファージ又は選択的活性化マクロファージ（ＴＲＩＭ−３２）においてのみ発現されているか、又はヒト血液と区別される活性型マクロファージにおいて低レベルまで上方制御されているにすぎない（ＴＲＩＭ−６８）（Martinez, F.O., S. Gordon, M. Locati, and A. Mantovani. Transcriptional profiling of the human monocyte-to-macrophage differentiation and polarization: new molecules and patterns of gene expression. J Immunol 2006.177:7303-7311）ことが報告された。
【００７６】
【表３】
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【００７７】
活動性ＴＢ患者における特定の免疫調節リガンドの選択的過剰発現／表現：弁別的な転写プロファイルの解析により、ＣＤ２７４（ＰＤＬ１）及びＰＣＤＬＧ２（ＰＤＬ２、ＣＤ２７３）からの転写物が活動性ＴＢ患者においてのみに発現されている（図５Ａ及びＢ）ことが明らかになった。これらの分子は、急性及び慢性の両方のウイルス感染症に対する免疫応答の調節に関与していることが以前に示されている（A Sharpe、Ann． Rev． Imm．）。これらの分子は、Ｔ細胞及びＡＰＣ間の相互作用において分子ＰＤ１の阻害性の共刺激受容体として働き、この経路の遮断は、ＨＩＶ、Ｂ型及びＣ型肝炎感染症において抗原特異的Ｔ細胞の増殖及びエフェクター機能を回復することが示されている。
【００７８】
活動性ＴＢにおいて過小発現／表現されている遺伝子：注目すべきことに、Ｔ細胞において（一部はまたＮＫ及びＢ細胞においても）発現されていることが知られている多くの遺伝子は、活動性ＴＢ患者の血液において強く下方制御／過少提示されている（図３Ｄ）（が、ＣＤ３、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＺＡＰ−７０（Ｔ、ＮＫ及びＢ細胞）、ＩＬ−７Ｒ、ＣＤ２（Ｂ細胞においても）、ＳＬＡＭ（ＮＫ細胞においても）、ＣＣＲ７、ＧＡＴＡ−３（ＮＫ細胞においても）を含む潜在性ＴＢ又は健常対照においてはされていない）ことが判明した。このことは、Ｔ、ＮＫ及びＢ細胞において活動性ＰＴＢの間、遺伝子発現が下方制御された、又はＭ．ツベルクローシスによる感染症の結果として細胞がほかの場所（例えば、肺）で補充されたことを示している可能性がある。このことは、異なる患者群の血液のフローサイトメトリー解析を使用して、並びに異なる患者群のＴ細胞の精製集団の転写解析によって現在調査中である。
【００７９】
健常対照に対する潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者における転写プロファイルのより高度に厳密な統計分析。タイプＩエラーを管理するために前述ではノンパラメトリックKruskal−Wallis検定を使用したが、今回は最も厳密な多重比較補正（Bonferroni補正）を使用して、群間で差次的に発現されている遺伝子を特定することによって、統計群比較をさらに実行した。この増加させた厳密性を用いて、４６遺伝子（Ｐ＜０．１）及び１８遺伝子（ｐ＜０．０５）が、群間で差次的に発現されていると特定された（図６及び７；表４及び５）。４６遺伝子のうち、ＳＴＡＴ−１、ＧＢＰ及びＩＲＦ−１などの多数のＩＦＮ誘導性遺伝子が、活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／表現されている、及び潜在性患者又は健常対照において下方制御されているか又は変わらないことが依然として観察された。多くのこれらの遺伝子はまた、やはり遺伝子を抽出した最も高い厳密性の解析によっても（Bonferroni補正、Ｐ＜０．０５）、活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／表現されていることも判明した。ＩＬ−７Ｒ（Ｔ細胞において発現されている）、ケモカイン受容体ＣＸＣＲ３（より高い統計的厳密性では消失）及びアルファII−スペクトリンを含む活動性ＴＢにおける３つの転写物だけは、４６遺伝子の群内で下方制御されている／過少表現されていることが依然として観察された。ＣＸＣＲ３の過小発現／表現は、このケモカイン受容体が、抑制又は血液から感染した組織への移動を反映し得る、マイコバクテリア感染症に対する防御に必要とされるＴｈ１細胞において高度に発現されていることが示されているために重要である。表５は１８遺伝子を含み、ＩＬ７Ｒ及びＳＰＴＡＮ１が活動性ＰＴＢにおいて過小表現／発現されており、他は全て過剰表現／発現されており、活動性疾患の診断に役立つ。
【００８０】
【表４】
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【００８１】
【表５】
2011526152.tif 000015
【００８２】
活動性及び潜在性ＴＢ患者及び健常対照間の区別の向上：活動性ＴＢを潜在性ＴＢ及び健常対照と区別することができる上記の手法であっても、全ての３つの臨床群を区別することはあまりできなくなる。区別する遺伝子を選択するために、以下の手法を使用した。まず、ｐ＜０．００５でWilcoxon-Mann-Whitney検定を使用して、健常個体の血液において発現されている遺伝子を潜在性ＴＢ患者に対して比較し、８９の判別遺伝子を得た。次いで活動性ＴＢ患者に対して健常個体の血液において発現されている遺伝子を、Wilcoxon-Mann-Whitney検定を再度して、しかしｐ＜０．５、及び最も厳密なBonferroni補正因子で比較し、３０の判別遺伝子のリストを得た。このリストを組み合わせて、１１９の区別する遺伝子の全リストを示した（表６）。次いでこの遺伝子リストを使用して、ピアソン相関による教師なしクラスタリング解析を使用して全ての臨床群のデータセットを問い合わせた。この解析は、３つの別個の臨床群クラスターを生成した（図８Ａ〜８Ｆ）：１つのクラスターは１３のうち１１の活動性ＴＢ患者で構成される（図８、クラスターＣ）；第２のクラスターは１７のうち１６の潜在性ＴＢ患者、及び１の活動性ＴＢ患者で構成される（図８、クラスターＢ）；第３のクラスターは試験に含まれる１２の全ての健常対照に加えて１の活動性ＴＢ及び１の潜在性ＴＢ外れ値を含有する（図８、クラスターＡ）。図８Ａ〜８Ｆのそれぞれについて、患者／臨床群クラスターは水平に表し、遺伝子クラスターは垂直に表している。１１９遺伝子の全リストの発現／表現このパターン（図８Ａ）は、各臨床群がこれらの１１９遺伝子又はこれらの下位群の特有の発現／表現パターンを示すため、今度は、全ての３つの臨床群の互いの区別を可能にし、すなわち、活動性ＴＢ、潜在性ＴＢ及び健常個体の互いの区別を可能にする。当業者は、１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１２、１５、２０、２５、３０、３５以上の遺伝子が、臨床群クラスターＡ（健常）、Ｂ（潜在性）、Ｃ（活動性）間で比較することができる、及び単独で又は別のこのようなクラスターと併用して、各臨床群がこれらの１１９遺伝子から得られた特有の発現／表現パターンを示すことができる、遺伝子クラスターを表すデータセットに入れられてもよいことを認識するであろう。
【００８３】
特に、図８Ｂは、遺伝子：ＳＴ３ＧＡＬ６、ＰＡＤ１４、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＶＡＭＰ３、ＢＲ１３、ＲＧＳ１９、ＰＩＬＲＡ、ＮＣＦ１、ＬＯＣ６５２６１６、ＰＬＡＵＲ（ＣＤ８７）、ＳＩＧＬＥＣ５、Ｂ３ＧＡＬＴ７、ＩＢＲＤＣ３（ＮＫＬＡＭ）、ＡＬＯＸ５ＡＰ（ＦＬＡＰ）、ＭＭＰ９、ＡＮＰＥＰ（ＡＰＮ）、ＮＡＬＰ１２、ＣＳＦ２ＲＡ、ＩＬ６Ｒ（ＣＤ１２６）、ＲＡＳＧＲＰ４、ＴＮＦＳＦ１４（ＣＤ２５８）、ＮＣＦ４、ＨＫ２、ＡＲＩＤ３Ａ、ＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＲＰ）が、潜在性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されているが、健常個体又は活動性ＴＢ患者の血液においてはされていないことを示す。
【００８４】
図８Ｃに表されている遺伝子、ＡＢＣＧ１、ＳＲＥＢＦ１、ＲＢＰ７（ＣＲＢＰ４）、Ｃ２２ｏｒｆ５、ＦＡＭ１０１Ｂ、Ｓ１００Ｐ、ＬＯＣ６４９３７７、ＵＢＴＤ１、ＰＳＴＰＩＰ−１、ＲＥＮＢＰ、ＰＧＭ２、ＳＵＬＦ２、ＦＡＭ７Ａ１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−１０３、ＮＤＵＦＡＦ１、ＣＥＳ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＦＬＪ３３６４１、ＧＰＲ１７７、ＭＩＤ１ＩＰ１（ＭＩＧ−１２）、ＰＳＤ４、ＳＦ３Ａ１、ＮＯＶ（ＣＣＮ３）、ＳＧＫ（ＳＧＫ１）、ＣＤＫ５Ｒ１、ＬＯＣ６４２０３５は、健常対照個体の血液において過剰発現／過剰表現されているが、潜在性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されていた、及び活動性ＴＢ患者の血液において非常に過小発現／過小表現されていたことが示されている。
【００８５】
図８Ｄにおける遺伝子のパターン、ＡＲＳＧ、ＬＯＣ２８４７５７、ＭＤＭ４、ＣＲＮＫＬ１、ＩＬ８、ＬＯＣ３８９５４１、ＣＤ３００ＬＢ、ＮＩＮ、ＰＨＫＧ２、ＨＩＰ１は、健常個体の血液において過剰発現／過剰表現されているが潜在性及び活動性ＴＢ患者の両方の血液において過小発現／過小表現されていることが示された。反対に、図８Ｄにおける遺伝子、ＰＳＭＢ８（ＬＭＰ７）、ＡＰＯＬ６、ＧＢＰ２、ＧＢＰ５、ＧＢＰ４、ＡＴＦ３、ＧＣＨ１、ＶＡＭＰ５、ＷＡＲＳ、ＬＩＭＫ１、ＮＰＣ２、ＩＬ−１５、ＬＭＴＫ２、ＳＴＸ１１（ＦＨＬ４）は、活動性ＴＢの血液において過剰発現／過剰表現されているが、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されていることが示された。
【００８６】
ＦＬＪ１１２５９（ＤＲＡＭ）、ＪＡＫ２、ＧＳＤＭＤＣ１（ＤＦ５Ｌ）（ＦＫＳＧ１０）、ＳＩＰＡＩＬ１、［２６８０４００］（ＫＩＡＡ１６３２）、ＡＣＴＡ２（ＡＣＴＳＡ）、ＫＣＮＭＢ１（ＳＬＯ−ＢＥＴＡ）の、図８Ｅにおける遺伝子のパターンは、全ての活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されていたが、潜在性ＴＢ患者及び健常対照個体の血液において表現されておらず、又は過小発現／過小表現さえされていなかった。反対に、遺伝子ＳＰＴＡＮＩ、ＫＩＡＡＤ１７９（Ｎｎｐ１）（ＲＲＰ１）、ＦＡＭ８４Ｂ（ＮＳＥ２）、ＳＥＬＭ、ＩＬ２７ＲＡ、ＭＲＰＳ３４、［６９４０２４６］（ＩＬ２３Ａ）、ＰＲＫＣＡ（ＰＫＣＡ）、ＣＣＤＣ４１、ＣＤ５２（ＣＤＷ５２）、［３８９０２４１］（ＺＮ４０４）、ＭＣＣＣ１（ＭＣＣＡ／Ｂ）、ＳＯＸ８、ＳＹＮＪ２、ＦＬＪ２１１２７、ＦＨＩＴは、活動性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されていたが、潜在性ＴＢ患者又は健常対照個体の血液においてはされておらず、これらは過剰発現／過剰表現されていた。
【００８７】
図８Ｄ及び８Ｅにおいて列挙された活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されていることが判明した（上記のこの方法により選択されたこれらの１１９遺伝子内の）遺伝子の多くは、前述の活動性、潜在性ＴＢ患者及び健常対照における転写プロファイルの、より高い厳密性の解析を使用して代替の方法により特定されたものと共通していた（図８Ｄ及び８Ｅの上記で下線により示した遺伝子は図７、表５における遺伝子リストに含まれる、１８遺伝子ｐ＜０．０５；図８Ｄ及び８Ｅの上記でイタリック体により示した遺伝子は、図６、表４における遺伝子リストに含まれる、４６遺伝子Ｐ＜０．１）。
【００８８】
図８Ｆに示した遺伝子のパターン、ＣＤ５２（ＣＤＷ５２）、［３８９０２４１］（ＺＮＦ４０４）、ＭＣＣＣ１（ＭＣＣＡ／Ｂ）、ＳＯＸ８、ＳＹＮＪ２、ＦＬＪ２１１２７、ＦＨＩＴは、活動性ＴＢ患者の血液において過小発現／過小表現されていたが、潜在性ＴＢ患者又は健常対照個体の血液においてはされておらず、どちらかと言えばこれらは過剰発現／過剰表現されていた。これはまた、図８Ｅにおいても表される（重複）。遺伝子ＣＤＫＬ１（ｐ４２）、ＭＩＣＡＬＣＬ、ＭＢＮＬ３、ＲＨＤ、ＳＴ７（ＲＡＹ１）、ＰＰＲ３Ｒ１、［３６０７３９］（ＰＩＰ５Ｋ２Ａ）、ＡＭＦＲ、ＦＬＪ２２４７１、ＣＲＡＴ（ＣＡＴ１）、ＰＬＡ２Ｇ４Ｃ、ＡＣＯＴ７（ＡＣＴ）（ＡＣＨ１）、ＲＮＦ１８２、ＫＬＲＣ３（ＮＫＧ２Ｅ）、ＨＬＡ−ＤＰＢ１は、健常対照個体の血液において過小発現／過小表現されていたが、潜在性ＴＢ患者の血液においても過剰発現／過剰表現されており、ほとんどの活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現／過剰表現されていた（図８Ｆ）。結論として、図８Ａにおける合計１１９遺伝子の発現の総計としてのパターン（臨床状態間の遺伝子及び特異性を読み取り易いように図８Ｂ〜８Ｆに分解した）は感染した（活動性ＴＢ及び潜在性ＴＢ）患者を非感染患者（健常対照）と識別し、さらに、２つの感染患者群つまり活動性及び潜在性ＴＢ患者間を識別する。この方法により活動性ＴＢ患者の血液において過剰発現されていた遺伝子の多くは、最も厳しい統計フィルタリング（図７に、表６に示す）を使用して特定したものと同じ遺伝子であり、多くはＩＦＮ誘導性であり、及び／又はエンドサイトーシス細胞内輸送及び／又は脂質代謝に関与していた。
【００８９】
【表６】
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【００９０】
モジュール手法を使用して、活動性及び潜在性ＴＢにおいて異なる及び相反する免疫サインが明らかとなる。病原性に関するさらなる情報をもたらすために、次いで、広範な疾患にわたって協調的に発現されていることが示された遺伝子転写物の所定のクラスターに基づく、しばしば機能レベルで関連する分子又は細胞のクラスターを表現する最近記述されたテーブルモジュール解析フレームワーク（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）を使用して、チップごとに正規化されたデータをさらに解析した。
【００９１】
この解析の目的は、各群について転写サイン中に含まれる遺伝子についての機能的情報をもたらすことであるため、本発明者らの以前の解析において一緒に密接にクラスター化することが判明した患者のサブセットに解析を集中し、外れ値は、このような群は疾患過程において一般的な経路及び過程を明らかにする可能性が高いであろうと判断して除外した。
【００９２】
９人の活動性ＴＢ患者、６人の健常対照及び９人の潜在性ＴＢ患者を選択し、モジュール解析において使用した。それぞれの比較を別々に実行し、したがって１つの解析において９人の活動性ＴＢ患者を６人の健常対照と比較し、次いで別個の解析において９人の潜在性ＴＢ患者を同じ６人の健常対照と比較した。転写物をフィルタリングして、比較されている群から、少なくとも２つの個体において検出されないものを除外した。次いで、患者群及び健常対照間で差次的に発現されている遺伝子を特定するために、患者及び健常対照群間の統計比較を実行した（ノンパラメトリックWilcoxon-Mann-Whitney検定、Ｐ＜０．０５）。次いで、これらの差次的に発現されている遺伝子を、対照と比較して疾患群において上方制御／過剰表現されているもの、及び対照と比較して疾患群において下方制御／過小表現されているもの分類した。次いでこれらのリストをモジュールごとに解析した。差次的に発現されている遺伝子は、各モジュールにおいて大部分は過剰発現されているか、又は大部分は過小発現されている。有効性を保証するためには、各モジュールは、表される方向に全遺伝子の２５％を超える変化を有していなければならず、特定の方向に変化している遺伝子の数は１０を超えていなければならない。健常対照に対する活動性ＴＢ、又は健常対照に対する潜在性ＴＢにおける全体的な転写変化をグラフで表すために、もともとの定義に基づいて各位置を異なるモジュールに対応させて、スポットを格子上に整列させている。スポット強度は、そのモジュールについて検出された転写物の総数のうちの、示される方向へ変化している差次的に発現されている転写物の比率を示し、スポットの色は、変化の極性を示す（赤：過剰発現／表現されている、青：過小発現／表現されている）。加えて、データ解読を容易にするために、モジュールの座標を機能のアノテーションと関連付けることができる（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press；及び図９及び１０）。
【００９３】
健常対照と比較した活動性ＴＢのモジュールマップ（図９、表７Ａ〜Ｐ；及び表８）は、健常対照と比較した潜在性ＴＢのマップに対して（図１０、表７Ａ〜Ｆ；及び表９）区別可能であることが示された。実際、健常対照と比較したときに両方の疾患状態において変化を示すモジュールにおいて、活動性ＴＢ及び潜在性ＴＢから独立して得られたこれらのモジュールマップは、逆の遺伝子発現／表現パターンを示す。細胞傷害性細胞に関連するモジュールＭ２．１における遺伝子は、活動性ＴＢにおいて過小発現／表現されていた（３６％、モジュールにおいて検出された５０のうち過小発現／表現されている１８遺伝子、表６Ｆに列挙された遺伝子）が、潜在性ＴＢにおいて過剰発現／表現されていた（４３％、モジュールにおいて検出された５１のうち過剰発現／表現されている２２遺伝子、表７Ｂに列挙された遺伝子）。一方で、Ｍ３．２及びＭ３．３における多くの遺伝子（「炎症」）（表６Ｊ及び６Ｋに列挙された遺伝子）は活動性ＴＢ患者において過剰発現／表現されていたが、潜在性ＴＢ患者において過小発現／表現されていた（表７Ｅ及び７Ｆに列挙された遺伝子）。同様に、Ｍ１．５における遺伝子（「骨髄系」）は活動性ＴＢにおいて過剰発現／表現されていた（表６Ｄに列挙された遺伝子）が、これらは潜在性ＴＢにおいて過小発現／表現されていた（表７Ａに列挙された遺伝子）。まとまりのある機能的モジュールを形成しなかったが見かけ上遺伝子の多様な集合からなっていたモジュールＭ２．１０における遺伝子は、潜在性ＴＢにおいて過小発現／表現されていた（表７Ｄに列挙された遺伝子）が、対照と比較して活動性ＴＢにおいて過剰又は過小発現／表現されていなかった。これらの遺伝子の１つは、ＴＬＲ−４（ＬＰＳ）及びＴＬＲ−３（ｄｓＲＮＡ）シグナル伝達（Akira、Nat． Rev． Imm．）の下流であるトール様受容体アダプター、ＴＲＡＭである。
【００９４】
表７Ａ〜７Ｏのために、活動性ＴＢについての相対的な正規化した発現を、対照と比べた活動性患者における発現として示している。表８Ａ〜８Ｆにおいて、潜在性ＴＢについての相対的な正規化した発現を、潜在性患者と比べた健常対照における発現として示している。
【００９５】
【表７】
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【００９６】
【表８】
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【００９７】
【表９】
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【００９８】
【表１０】
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【００９９】
【表１１】
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【０１００】
【表１２】
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【０１０１】
【表１３】
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【０１０２】
【表１４】
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【０１０３】
【表１５】
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【０１０４】
【表１６】
2011526152.tif 000039
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【０１０５】
【表１７】
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【０１０６】
【表１８】
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【０１０７】
【表１９】
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【０１０８】
【表２０】
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【０１０９】
【表２１】
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【０１１０】
【表２２】
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【０１１１】
【表２３】
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【０１１２】
【表２４】
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【０１１３】
【表２５】
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【０１１４】
【表２６】
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【０１１５】
【表２７】
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【０１１６】
【表２８】
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【０１１７】
活動性ＴＢ群は、健常対照と比較して、対照と比較して３１３７遺伝子の差次的な発現のみを示した潜在性群と比較して、５２８１遺伝子が差次的に発現されていることを示し、これは細胞傷害性モジュールにおける遺伝子の過剰発現／表現により示されるように、より控えめな、しかしながら明確な能動免疫応答を反映している可能性がある。本発明の限定ではない説明として、これらの結果はおそらく、さらなるモジュールにおける変化が、対照と比較した活動性ＴＢ患者において見られたが対照と比較した潜在性ＴＢにおいては見られなかったという観察結果を明らかにする。これらは、Ｍ１．２（血小板、表７Ａにおいて列挙された遺伝子）において過剰発現／表現されている遺伝子、及びＭ１．３（Ｂ細胞、表７Ｂにおいて列挙された遺伝子）、及びＭ２．８（Ｔ細胞、表７Ｈにおいて列挙された遺伝子）において過小発現／表現されている遺伝子を含んでいたが、Ｔ細胞においてＭ．ツベルクローシス感染症に応答して、Ｔ細胞が感染部位に補充される、及び／又は慢性的な感染の間抑制される可能性があるためた、後者はおそらく予想されていた。過小発現／表現されている、モジュール２．４における遺伝子（表７Ｇに列挙された遺伝子）は、その発現が急性感染症及び敗血症において変更される（Calvano、２００５；Thach, D. C., Agan, B. K., Olsen, C., Diao, J., Lin, B., Gomez, J., Jesse, M., Jenkins, M., Rowley, R., Hanson, E., et al. (2005). Surveillance of transcriptomes in basic military trainees with normal, febrile respiratory illness, and convalescent phenotypes. Genes Immun. 6(7): 588-95）、リボソームタンパク質ファミリーメンバーをコードする転写物を含んでおり、このモジュールにおける遺伝子はまた、ＳＬＥ、肝臓移植患者及びストレプトコッカス（Streptococcus）（Ｓ）．ニューモニエ（pneumoniae）感染患者において過小発現されていることが示されている（Chaussabel, D., Allman, W., Mejias, A., Chung, W., Bennett, L., Ramilo, O., Pascual, V., Palucka, A. K., and Banchereau, J. (2005). Analysis of significance patterns identifies ubiquitous and disease-specific gene-expression signatures in patient peripheral blood leukocytes. Ann N Y Acad Sci 1062, 146-154）。活動性ＴＢにおいて過剰発現されている遺伝子の最大の集合（検出された９０のうち６６遺伝子、表７Ｉ）は、モジュール、Ｍ３．１、（ＩＦＮ誘導性）において観察され、防御におけるＩＦＮ−γの役割と一致しているが、このモジュールにおける遺伝子は、対照と比較して、感染症を管理している潜在性ＴＢ患者において差次的に発現されていなかった。活動性ＴＢにおいて、遺伝子は、まとまりのある機能的モジュールを表さなかったが見かけ上多様な遺伝子の集合からなっていた遺伝子を含む多くのモジュール（Ｍ３．４、Ｍ３．６、Ｍ３．７、Ｍ３．８及びＭ３．９、表７Ｌ〜７Ｐにおいて列挙された遺伝子）において過小発現されており、また、肝臓移植受容者において過小発現されていることが示されている（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）。
【０１１８】
全血の転写解析に基づいて、及びこのモジュールマップ手法を使用して、活動性ＴＢ患者を、潜在性ＴＢ患者を識別することができた。さらに、異なる疾患のために生成された別のモジュールマップを用いてこの試験における活動性ＴＢについて得たモジュールマップの比較により、ＳＬＥ患者、移植、メラノーマ又はＳ．ニューモニエ患者において観察されるよりも（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）、活動性ＴＢ患者が弁別的な全体的転写プロファイルを有する（図９）ことが明らかである。ある特定のモジュールは、活動性ＴＢ、ＳＬＥ、肝臓移植患者及びＳ．ニューモニエ感染患者において過小発現されている、リボソームタンパク質ファミリーメンバーをコードする転写物に含まれる、Ｍ２．４など、多くの疾患と共通であり得る。しかしながら、別のモジュールにおける遺伝子は、対照と比較してＭ３．１において差次的な遺伝子発現を示さない、活動性ＴＢ（図９）及びＳＬＥ（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）において過剰発現されているが、別の疾患、特にＳ．ニューモニエにおいてはされていない、Ｍ３．１（ＩＦＮ誘導性）など、影響が少ない。ＳＬＥにおける転写プロファイルは、多くの別のモジュールにおける遺伝子の過剰又は過小発現に関して活動性ＴＢとは異なる。同様に、モジュールＭ３．２及びＭ３．３（「炎症性」）、Ｍ１．２（血小板）及びＭ１．５（「骨髄」）における遺伝子の過剰発現、及びＭ３．４、５、６、７、８及び９（機能的にまとまりのないモジュール）における遺伝子の過小発現は、活動性ＴＢ及びＳ．ニューモニエにおいて観察される。モジュールＭ２．２（好中球）、Ｍ２．３（赤血球）、Ｍ３．５（機能的にまとまりのないモジュール）における遺伝子は、対照と比較してＳ．ニューモニエにおいて過剰発現されているが活動性ＴＢにおいて差次的に影響されていないので、これらの疾患をこの方法によっても識別することができる。したがって、データの複雑性及び大きさを保持すること、さらには複雑なデータの次元を統合する及び減少させることによって、血液の転写プロファイルによって様々な感染症及び炎症性疾患を識別することが可能である（Chaussabel, C., Quinn, C., Shen, J., Patel, P, Glaser, C., Baldwin, N., Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, I., Bennett, L., Allantaz, F., Mejias, A., Ardura, M., Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W., Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M., Wittkowski, K. M., White, P., Fay, J., Klintmalm, G., Ramilo, O., Palucka, A. K., Banchereau, J., and Pascual, V. (2008). A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from Blood Transcriptional Profiling Studies: Application to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity. In press）。
【０１１９】
本発明は、潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢ患者の血液における転写サインの区別のつく差次的な相反するデータセットを特定する。特に、活動性ＴＢ患者は、機能的ＩＦＮ誘導性、炎症性及び骨髄モジュールにおける遺伝子の過剰発現／表現を示し、これは一方、潜在性ＴＢにおいて下方制御／過少表現されていた。活動性ＴＢ患者は、ＴＢにおける免疫病原性に寄与している可能性がある免疫調節遺伝子ＰＤＬ−１及びＰＤＬ−２の発現／過剰表現を示し、及び増加させた。潜在性ＴＢ患者の血液は、これらの患者におけるＭ．ツベルクローシスによる感染症を含む防御反応に寄与している可能性がある、及び臨床試験においてワクチン接種の有効性を試験するためのバイオマーカーを提供するかもしれない、細胞傷害性モジュール内の遺伝子の過剰発現／表現を示した。本発明者らは、本発明者らの予備試験の成功は、潜伏状態の起因を支持するための免疫反応性試験、ＲＮＡ回収及び単離の品質向上、新型のハイスループット全ゲノムマイクロアレイプラットホーム、及び遺伝子発現の大きさを保持しながら達成可能なフォーマットを有するための精巧なデータマイニングツールとともに（Chaussabel et al., submitted）本発明者らが採用した厳しい臨床基準によって達成されると考える。このような発見は、潜在性ＴＢ及び活動性ＴＢの診断基準として価値を有するはずであり、これらの転写の違いのもとになる免疫病原性（活動性ＴＢ）に対する免疫防御（潜在性ＴＢ）の潜在的な機構、及び防御のための、又は活動性ＴＢにおける抗マイコバクテリア薬を用いたより迅速な治療法を達成するための免疫療法の設計のための、新規な療法の設計についての洞察をもたらし得る。
【０１２０】
この明細書において論じられた任意の実施形態は、本発明の任意の方法、キット、試薬、又は組成に対して実施することができ、逆もまた同様であることが意図される。さらに、本発明の方法を達成するために本発明の組成を使用することができる。
【０１２１】
本明細書に記載の特定の実施態様は、本発明の限定としてではなく例示のために示されているにすぎないことが理解されるであろう。本発明の主な特徴は、本発明の範囲を逸脱することなく、様々な実施形態において採用することができる。当業者は、日常的作業にすぎない実験を使用して、本明細書に記載の本発明の具体的な手順の多くの等価物を認識する、又は確認することができるはずである。このような等価物は本発明の範囲内であるとみなされ、特許請求の範囲内に含まれる。
【０１２２】
本明細書において言及された全ての出版物及び特許出願は、本発明が属する技術分野の当業者の技術水準を示すものである。全ての出版物及び特許出願は、各個々の出版物又は特許出願が具体的に及び個々に参照により組み込まれることが示される場合と同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１２３】
特許請求の範囲及び／又は明細書において「comprising」という用語とともに使用される場合の単語「a」又は「an」の使用は、「１つの」を意味し得るが、「１又は２以上の」、「少なくとも１つの」、及び「１又は１より大きい」という意味とも矛盾しない。特許請求の範囲における「or」という用語の使用は、本開示はそれが選択肢のみ及び「及び／又は」を指すという定義を支持するけれども選択肢のみを指すこと又は選択肢が相互排他的であることが明確に示されない限り、「及び／又は」を意味するために使用される。本出願の全体にわたって、「about」という用語は、ある値が、値を決定するために採用されているデバイス、方法についての固有の誤差の変動、又は試験対象間に存在する変動を含むことを示すために使用される。
【０１２４】
この明細書及び請求項（複数可）において使用される場合、「comprising」（及びcomprisingの任意の形態、「comprise」及び「comprises」など）、「having」（及びhavingの任意の形態、「have」及び「has」など）、「including」（及びincludingの任意の形態、「includes」及び「include」など）又は「containing」（及びcontaining任意の形態、「contains」及び「contain」など）という単語は、包含的又は非制限的であり、列挙されていない他の要素又は方法ステップを除外しない。
【０１２５】
本明細書で使用される場合「又はそれらの組合せ」という用語は、その用語の前にある列挙された項目の全ての順列及び組合せを指す。例えば、「Ａ、Ｂ、Ｃ、又はそれらの組合せ」は、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＡＢ、ＡＣ、ＢＣ、又はＡＢＣ、及び特定の文脈において順序が重要である場合はまた、ＢＡ、ＣＡ、ＣＢ、ＣＢＡ、ＢＣＡ、ＡＣＢ、ＢＡＣ、又はＣＡＢ、のうちの少なくとも１つを含むことを意図する。この例を続けることにより、１又は２以上の項目又は項目の反復を含む組合せ、ＢＢ、ＡＡＡ、ＭＢ、ＢＢＣ、ＡＡＡＢＣＣＣＣ、ＣＢＢＡＡＡ、ＣＡＢＡＢＢなどが明確に含まれる。当業者は、典型的に、文脈からそうでないことが明らかでない限り、任意の組合せにおける項目又は用語の数についての制限がないことを理解するはずである。
【０１２６】
本明細書において開示され、特許請求されている組成物及び／又は方法は全て、本開示に照らして、過度の実験を行わずに製造及び実施することができる。本発明の組成物及び方法を好ましい実施形態に関して説明してきたが、本発明の概念、精神及び範囲を逸脱することなく、本明細書に記載の方法のステップにおいて又は一連のステップにおいて、組成物及び／又は方法に対して変形形態を適用してもよいことが当業者には明らかなはずである。当業者に明らかなこのような同様の置換及び修正は全て、添付の特許請求の範囲によって定義されている本発明の精神、範囲及び概念の範囲内であるとみなされる。
【０１２７】
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【図１】
2011526152.tif 000081
【図２】
2011526152.tif 000082
【図３Ａ】
2011526152.tif 000083
【図３Ｂ】
2011526152.tif 000084
【図３Ｃ】
2011526152.tif 000085
【図３Ｄ】
2011526152.tif 000086
【図４】
2011526152.tif 000087
【図５Ａ】
2011526152.tif 000088
【図５Ｂ】
2011526152.tif 000089
【図６】
2011526152.tif 000090
【図７】
2011526152.tif 000091
【図８Ａ】
2011526152.tif 000092
【図８Ｂ】
2011526152.tif 000093
【図８Ｃ】
2011526152.tif 000094
【図８Ｄ】
2011526152.tif 000095
【図８Ｅ】
2011526152.tif 000096
【図８Ｆ】
2011526152.tif 000097
【図９】
2011526152.tif 000098
【図１０】
2011526152.tif 000099
【国際調査報告】
2011526152.tif 000100
2011526152.tif 000101
2011526152.tif 000102
2011526152.tif 000103
2011526152.tif 000104