(57)【要約】  ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対する結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法が開示される。前記方法は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対する結腸直腸癌に罹っている確率を表す。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項２】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項３】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項４】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項５】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項６】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項７】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項８】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項９】
結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項１０】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項１１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法により決定される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項１２】
試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することにより達成される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項１３】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項１４】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項1、2、4、5、6または7に記載の方法。
【請求項１６】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項１８】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルをコンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、
(c)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項１９】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルをコンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、
(c)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項２０】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項２１】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項２２】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項２３】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項２４】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項17、18、19、20、21、22または23に記載の方法。
【請求項２５】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項17、18、19、20、21、22または23に記載の方法。
【請求項２６】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項17、18、19、20、21、22または23に記載の方法。
【請求項２７】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項26に記載の方法。
【請求項２８】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項17、18、20、21、22または23に記載の方法。
【請求項２９】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RB  によりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項28に記載の方法。
【請求項３０】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項３１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項30に記載の方法。
【請求項３２】
結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む、請求項30に記載の方法。
【請求項３３】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項30に記載の方法。
【請求項３４】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項30に記載の方法。
【請求項３５】
試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することにより達成される、請求項30に記載の方法。
【請求項３６】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項30に記載の方法。
【請求項３７】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項36に記載の方法。
【請求項３８】
1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項30に記載の方法。
【請求項３９】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項38に記載の方法。
【請求項４０】
ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。
【請求項４１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項40に記載の方法。
【請求項４２】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項40に記載の方法。
【請求項４３】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項40に記載の方法。
【請求項４４】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項43に記載の方法。
【請求項４５】
1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項40に記載の方法。
【請求項４６】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項45に記載の方法。
【請求項４７】
1つまたは複数の遺伝子のセットがPRRG4からなる、請求項40に記載の方法。
【請求項４８】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなる、請求項40に記載の方法。
【請求項４９】
ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される2つ以上の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、ヒト被験者において、前記遺伝子のみによりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセットを包装し含有することを含むキット。
【請求項５０】
熱安定性ポリメラーゼ、逆転写酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸、ヌクレオチド三リン酸および酵素緩衝液からなる群から選択される2つ以上の成分をさらに含有する、請求項49に記載のキット。
【請求項５１】
前記増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかと選択的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの標識されたプローブをさらに含有する、請求項49に記載のキット。
【請求項５２】
数学モデルを、ヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データに適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体をさらに含有し、数学モデルが、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出され、数学モデルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とし、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データとは一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す、請求項49に記載されるキット。
【請求項５３】
1つまたは複数の遺伝子のセットが、ACTB、ならびにANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項５４】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびANXA3からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項５５】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびCLEC4Dからなる、請求項49に記載のキット。
【請求項５６】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびIL2RBからなる、請求項49に記載のキット。
【請求項５７】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびLMNB1からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項５８】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびPRRG4からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項５９】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびTNFAIP6からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６０】
1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびVNN1からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６１】
1つまたは複数の遺伝子のセットが、IL2RB、ならびにANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６２】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびANXA3からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６３】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびCLEC4Dからなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６４】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびLMNB1からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６５】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６６】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびTNFAIP6からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６７】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびVNN1からなる、請求項49に記載のキット。
【請求項６８】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項６９】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項７０】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項７１】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項７２】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項７３】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項７４】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項７５】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
【請求項７６】
結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階をさらに含む、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
【請求項７７】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
【請求項７８】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
【請求項７９】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
【請求項８０】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項79に記載の方法。
【請求項８１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項68、69、71、72、73または74に記載の方法。
【請求項８２】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項81に記載の方法。
【請求項８３】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項８４】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項８５】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項８６】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項８７】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項８８】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項８９】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項９０】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項83、84、85、86、87、88または89に記載の方法。
【請求項９１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項83、84、85、86、87、88または89に記載の方法。
【請求項９２】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項83、84、85、86、87、88または89に記載の方法。
【請求項９３】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項92に記載の方法。
【請求項９４】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項83、84、86、87、88または89に記載の方法。
【請求項９５】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項94に記載の方法。
【請求項９６】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項９７】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項96に記載の方法。
【請求項９８】
結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む、請求項96に記載の方法。
【請求項９９】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項96に記載の方法。
【請求項１００】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項96に記載の方法。
【請求項１０１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項96に記載の方法。
【請求項１０２】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項101に記載の方法。
【請求項１０３】
1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項96に記載の方法。
【請求項１０４】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項103に記載の方法。
【請求項１０５】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:
(a) ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を計算するための式を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。
【請求項１０６】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項105に記載の方法。
【請求項１０７】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項105に記載の方法。
【請求項１０８】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項105に記載の方法。
【請求項１０９】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項108に記載の方法。
【請求項１１０】
1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項105に記載の方法。
【請求項１１１】
被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項110に記載の方法。
【請求項１１２】
1つまたは複数の遺伝子のセットがPRRG4からなる、請求項105に記載の方法。
【請求項１１３】
1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなる、請求項105に記載の方法。
【請求項１１４】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のアネキシンA3(ANXA3)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定されるANXA3によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１１５】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のC型レクチンドメインファミリー4、メンバーD(CLEC4D)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１１６】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のインターロイキン2受容体β(IL2RB)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１１７】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のラミンB1(LMNB1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１１８】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のプロリンリッチなGla(Gカルボキシグルタミン酸)4(膜貫通型)(PRRG4)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１１９】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中の腫瘍壊死因子α誘導タンパク質6(TNFAIP6)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１２０】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のバニン1(VNN1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１２１】
対照試料が、結腸直腸癌に罹っていないと診断されたことのある個体由来である、請求項114、115、116、117、118、119または120に記載の方法。
【請求項１２２】
被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される遺伝子のセットの遺伝子ごとに、
(i)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(ii)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高いかどうか、IL2RBでは、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データ、および1つまたは複数の血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す対照データに適用する段階と、
(b)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づけ、IL2RBでは、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。
【請求項１２３】
被験者由来の血液試料と、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
【請求項１２４】
被験者由来の血液試料と、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
【請求項１２５】
被験者由来の血液試料と、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
【請求項１２６】
被験者由来の血液試料と、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
【請求項１２７】
被験者由来の血液試料と、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子を含む単離された組成物。
【請求項１２８】
被験者由来の血液試料と、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
【請求項１２９】
被験者由来の血液試料と、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
【請求項１３０】
CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項123に記載の組成物。
【請求項１３１】
ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項124に記載の組成物。
【請求項１３２】
ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項125に記載の組成物。
【請求項１３３】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項126に記載の組成物。
【請求項１３４】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項127に記載の組成物。
【請求項１３５】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項128に記載の組成物。
【請求項１３６】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項129に記載の組成物。
【請求項１３７】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１３８】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１３９】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１４０】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１４１】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１４２】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１４３】
被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
【請求項１４４】
CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項137に記載される組成物。
【請求項１４５】
ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項138に記載される組成物。
【請求項１４６】
ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項139に記載される組成物。
【請求項１４７】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項140に記載される組成物。
【請求項１４８】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項141に記載される組成物。
【請求項１４９】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項142に記載される組成物。
【請求項１５０】
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項143に記載される組成物。
【請求項１５１】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５２】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５３】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５４】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５５】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５６】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５７】
ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５８】
CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１５９】
CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６０】
CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６１】
CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６２】
CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６３】
CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６４】
IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６５】
IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６６】
IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６７】
IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６８】
LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１６９】
LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１７０】
LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１７１】
PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１７２】
PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１７３】
VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
【請求項１７４】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１７５】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１７６】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１７７】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１７８】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)核酸分子が、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１７９】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)核酸分子が、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１８０】
a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)核酸分子が、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子
を含む試験システム。
【請求項１８１】
被験者が結腸直腸癌についてスクリーニングされている、請求項173から180のいずれか一項に記載の試験システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本出願は、2008年4月10日出願の米国特許仮出願第61123798号、および2008年4月11日出願の米国特許仮出願第61123831号の利益を主張するものである。両方の特許仮出願の内容全体は参照により本明細書に組み込まれているものとする。
【０００２】
本開示は、被験者の結腸直腸癌の確率を決定するための装置、キットおよび方法に関する。さらに具体的には、本開示は、被験者の血液中の1つまたは複数の遺伝子産物のレベルを測定することにより被験者の結腸直腸癌を診断するための装置、キットおよび方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
結腸直腸癌のために、毎年世界中で655000人が死亡し、癌関連死の第2位の原因となっている。結腸直腸癌は、米国男女において3番目に多く診断される癌であり、総人口の生涯リスク6%を抱えている(American Cancer Society. Cancer Facts and Figures. 2008年. Atlanta: American Cancer Society.)。米国癌協会は、2008年には結腸癌の新たな患者約108070人(男性で53760人、女性で54310人)および直腸癌の新たな患者40740人(男性で23490人、女性で17250人)が診断されると推定している。診断された者のうち、ほぼ半数が5年以内に死亡すると予想されている。2008年米国では、推定50000人の男女が結腸直腸癌で死亡するであろう(American Cancer Society 2008年)。この高死亡率は少なくともある程度は、大部分の癌が、明らかな症状の発症に続いてなど、癌の治療がいっそう困難になる比較的後期に検出されるという事実のためである。その上、さらに後期に結腸直腸癌が同定されると、同時に根治的人工肛門造設術などの、いっそう過酷な治療が必要になる。比較的早期段階で結腸直腸癌を同定し治療すれば、さらに進行した疾患を発症する危険は、したがって癌疾患で死亡する危険は著しく減少することが明らかにされている。検出段階は、患者生存と重大な関連がある。限局性癌(DukesステージAまたはB)は5年目で82%〜93%の良好な予後を有する。限局性(DukesステージC)患者は、55%から60%の5年生存率であり、末期癌患者で5年間生存するのは5%から8%のみである(O'Connell JB、Maggard M、Ko CY. Colon cancer survival rates with the new American Joint Committee on cancer sixth edition staging. JNCI. 2004年; 96: 1420〜1425頁)。したがって、より早期の治療が可能になるように結腸直腸癌についてスクリーニングする試験を行えば、進行期結腸直腸癌の発生率は著しく減少し(Ransohoff DF. Colorectal cancer screening in 2005: status and challenges. Gastroenterology. 2005年5月;128(6):1685〜95頁)、医療制度の現在のコストは減少するはずである。したがって、米国癌協会は、50歳以上の米国人すべてに定期的に結腸直腸癌についてのスクリーニングを受けるよう勧告している。不運なことに、現在利用することができるスクリーニング法は、入手が不十分でおよび/もしくは費用のかかる資源が必要であり、受け入れ難いほど低い患者コンプライアンスを伴い、ならびに/または著しい健康危機を伴うために、危険にさらされている集団のごく一部しかこの疾患についてスクリーニングを受けていない(Mitka M. Colorectal cancer screening rates still fall far short of recommended levels. JAMA. 2008年2月  13;299(6):622頁)。
【０００４】
結腸直腸癌の試験をする現在利用されているスクリーニング技術には、便潜血試験(FOBT)、軟性S状結腸鏡試験、バリウム注腸二重撮像法(DCBE)、および結腸内視鏡試験が挙げられる。50歳を過ぎており平均リスク集団の一員と見なされる個体における結腸直腸癌についてのスクリーニングの現在推奨される標準には、年1回のFOBT、5年ごとのS状結腸鏡試験、10年ごとの結腸内視鏡試験および5年ごとのDCBEが挙げられる。1人または複数の家族の一員が結腸直腸癌に罹ったことがある高リスク集団では、FOBTまたはS状結腸鏡試験に対する経過観察として2年ごとの結腸内視鏡試験が推奨される。これらの試験はそれぞれ著しい不利を受ける。便潜血試験は低感度に悩まされ、試験に先立ってかなりの規定食および他の制限が必要であり、伴う患者コンプライアンスは不十分である。S状結腸鏡試験および結腸内視鏡試験は、結腸管腔の直接可視化を含むのでその他の標準法よりも感度はよいが、これらの方法も様々な著しい不利を伴う。S状結腸鏡試験も結腸内視鏡試験もかなりのレベルの不快症状を引き起こして、多くの個体がこれらの推奨されるスクリーニング手法を受けたがらなくなる高度に侵襲的手法である。S状結腸鏡試験は結腸の遠位部分の視覚化を可能にするだけで、したがって比較的大きな癌を検出することはできず、結腸内視鏡試験は基本的に結腸の全長に沿った試験が可能ではあるが、結腸直腸癌の検出にはかなりの失敗率を伴う。さらに、S状結腸鏡試験および結腸内視鏡試験は、費用がかかり、不十分にしか利用できず、偶発的腸穿孔などの潜在的な致死的合併症を生じることがある。
【０００５】
血液中のこの疾患のマーカーの同定および分析を使用する結腸直腸癌試験については先行技術において様々なアプローチが提唱されてきた(Hundt S.ら  Blood markers for early detection of colorectal cancer: a systematic review. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007年10月;16(10):1935〜53頁で概説されている)。そのようなアプローチは、成功すれば、たとえば、比較的非侵襲性であり、煩わしさも最小限であり、基本的に危険性がなく、したがって、患者のスクリーニングコンプライアンス率の増加を伴う可能性があることにより、標準先行技術の重大な不利を回避する利点があると考えられる。しかし、これらのアプローチのどれ1つとして、結腸直腸癌の診断に対する最適能力を実証していない。したがって、血液マーカーの分析に基づいて被験者の結腸直腸癌の確率を決定する方法の改良には積年の緊急の必要性が存在する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００６】
【特許文献１】米国特許仮出願第61123798号
【特許文献２】米国特許仮出願第61123831号
【特許文献３】米国特許第5744311号
【特許文献４】米国特許第6033881号
【特許文献５】国際公開第90/01069号
【特許文献６】欧州特許出願公開第320308号
【特許文献７】米国特許第5427930号
【特許文献８】米国特許第6025134号
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】American Cancer Society. Cancer Facts and Figures. 2008年. Atlanta: American Cancer Society.
【非特許文献２】O'Connell JB、Maggard M、Ko CY. Colon cancer survival rates with the new American Joint Committee on cancer sixth edition staging. JNCI. 2004年; 96: 1420〜1425頁
【非特許文献３】Ransohoff DF. Colorectal cancer screening in 2005: status and challenges. Gastroenterology. 2005年5月;128(6):1685〜95頁
【非特許文献４】Mitka M. Colorectal cancer screening rates still fall far short of recommended levels. JAMA. 2008年2月13;299(6):622頁
【非特許文献５】Hundt S.ら、Blood markers for early detection of colorectal cancer: a systematic review. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007年10月;16(10):1935〜53頁
【非特許文献６】the Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3-Volume Set) Ed. Joseph Sambrook、David W. Russel, and Joe Sambrook、Cold Spring Harbor Laboratory; 3rd edition (2001年1月15日)、ISBN: 0879695773
【非特許文献７】PCR (Basics: From Background to Bench) by M. J. McPherson、S. G. Moller、R. Beynon、C. Howe、Springer Verlag; 1st edition (2000年10月15日)、ISBN: 0387916008
【非特許文献８】Yun, Z.、I. Lewensohn-Fuchs、P. Ljungman、L. Ringholm、J. Jonsson、and J. Albert. 2003年. A real-time TaqMan PCR for routine quantitation of cytomegalovirus DNA in crude leukocyte lysates from stem cell transplant patients. J. Virol. Methods 110:73〜79頁[PubMed]
【非特許文献９】Yun, Z.、I. Lewensohn-Fuchs、P. Ljungman、and A. Vahlne. 2000年. Real-time monitoring of cytomegalovirus infections after stem cell transplantation using the TaqMan polymerase chain reaction assays. Transplantation 69:1733〜1736頁[PubMed]
【非特許文献１０】Schenaら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2):106〜149頁(1996)
【非特許文献１１】Dreiseitl S、Ohno-Machado L. Logistic regression and artificial neural network classification models:a methodology review. J Biomed Inform.、2002年10月〜12月;35(5-6):352-9頁
【非特許文献１２】Pepe MS. The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction. 英国Oxford:Oxford University Press;2003年
【非特許文献１３】Dupont WD. Statistical Modeling for Biomedical Researchers. 英国Cambridge:Cambridge University Press;2002年
【非特許文献１４】Pampel FC. Logistic regression:A Primer. 出版物#07-132、Sage Publications:カリフォルニア州Thousand Oaks、2000年
【非特許文献１５】King EN、Ryan TP. A preliminary investigation of maximum likelihood logistic regression versus exact logistic regression. Am Statistician、2002年;56:163〜170頁
【非特許文献１６】Metz CE. Basic principles of ROC analysis. Semin Nucl Med、1978年;8:283〜98頁
【非特許文献１７】Swets JA. Measuring the accuracy of diagnostic systems. Science、1988年;240:1285〜93頁
【非特許文献１８】Zweig MH、Campbell G. Receiver-operating characteristic (ROC) plots:a fundamental evaluation tool in clinical medicine. Clin Chem、1993年;39:561〜77頁
【非特許文献１９】Witten IH、Frank Eibe. Data Mining:Practical Machine Learning Tools and Techniques (第2版)、Morgan Kaufman、2005年
【非特許文献２０】Deutsch JM. Evolutionary algorithms for finding optimal gene sets in microarray prediction. Bioinformatics、2003年;19:45〜52頁
【非特許文献２１】Niels Landwehr、Mark HallおよびEibe Frank (2003)、Logistic Model Trees. 241〜252頁、Machine Learning:ECML 2003年:14th European Conference on Machine Learning、クロアチアCavtat-Dubrovnik、2003年9月22〜26、プロシーディングス、出版社:Springer-Verlag GmbH、ISSN:0302-9743
【非特許文献２２】Imperiale TF.ら、2004年、Colorectal Cancer Study Group、Fecal DNA versus fecal occult blood for colorectal-cancer screening in an average-risk population. New Engl J Med 351:2704〜14頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、結腸直腸癌の新規血液マーカーに基づいて、被験者における結腸直腸癌の確率を決定するための新規方法、装置およびキットを開示する。本使用は、本明細書においてさらに説明され例示される様々な方法で達成することができる。
【０００９】
本発明の一態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１０】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１１】
本発明のさらに別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１２】
本発明の一態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１３】
本発明のさらに別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１４】
本発明の追加の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１５】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１６】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００１７】
下記の本発明の追加の特徴によれば、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階は、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される。
【００１８】
下記の本発明の追加の特徴によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法は、結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む。
【００１９】
下記の本発明の追加の特徴によれば、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することにより達成される。
【００２０】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない
確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２１】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２２】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２３】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２４】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２５】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２６】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２７】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
【００２８】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００２９】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３０】
本発明のさらに別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３１】
本発明のさらに別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３２】
本発明の追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３３】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３４】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３５】
本発明の追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３６】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３７】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３８】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００３９】
本発明の別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００４０】
本発明のさらに別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００４１】
本発明のさらに別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００４２】
本発明の追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、ヒト被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００４３】
本発明のさらに追加の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階: ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を計算するための式を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階を含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、ヒト被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法が提供される。
【００４４】
本発明の一態様によれば、被験者において結腸直腸癌を診断する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しないことの決定が、被験者が結腸直腸癌に罹っていることを示す方法が提供される。
【００４５】
本発明の追加の態様によれば、被験者において結腸直腸癌を診断する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が結腸直腸癌に罹っていることを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が結腸直腸癌に罹っていることを示す方法が提供される。
【００４６】
本発明の別の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中のアネキシンA3(ANXA3)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００４７】
本発明のさらに別の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中のC型レクチンドメインファミリー4、メンバーD(CLEC4D)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００４８】
本発明のさらに別の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中のインターロイキン2受容体β(IL2RB)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００４９】
本発明の追加の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中のラミンB1(LMNB1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００５０】
本発明のさらに追加の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中のプロリンリッチなGla(Gカルボキシグルタミン酸)4(膜貫通型)(PRRG4)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００５１】
本発明の別の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中の腫瘍壊死因子α誘導タンパク質6(TNFAIP6)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００５２】
本発明のさらに追加の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、i)血液の試験試料中のバニン1(VNN1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００５３】
本発明の追加の態様によれば、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される遺伝子のセットの遺伝子ごとに、i)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii)段階(i)において決定される前記セットの遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、1つまたは複数の血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、b)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づけ、IL2RBでは、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００５４】
本発明の追加の態様によれば、被験者における結腸直腸癌を診断する方法であって、a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される遺伝子のセットの遺伝子ごとに、i)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、ii) ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高いかどうか、IL2RBでは血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、段階(i)において決定される前記セットの遺伝子によりコードされるRNAのレベル、および1つまたは複数の血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルに適用する段階と、b)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、前記値が血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高いことを示す場合には、被験者には結腸直腸癌の徴候があると結論づけ、IL2RBでは、前記値が血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低いことを示す場合には、被験者には結腸直腸癌の徴候があると結論づける段階とを含む方法が提供される。
【００５５】
下記の本発明の追加の特徴によれば、対照試料は、結腸直腸癌に罹っていないと診断された個体由来である。
【００５６】
本発明のさらに別の態様によれば、ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される2つ以上の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、ヒト被験者において、前記遺伝子のみによりコードされるRNAに相補的なポリヌクレオチドの増幅産物を作製することができるプライマーセットを包装し含有することを含むキットが提供される。
【００５７】
下記の本発明の追加の特徴によれば、キットは、熱安定性ポリメラーゼ、逆転写酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸、ヌクレオチド三リン酸および酵素緩衝液からなる群から選択される2つ以上の成分をさらに含有する。
【００５８】
下記の本発明の追加の特徴によれば、キットは、前記増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかと選択的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの標識されたプローブをさらに含有する。
【００５９】
下記の本発明の追加の特徴によれば、キットは、ヒト被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データに数学モデルを適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体をさらに含有し、数学モデルが、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出され、数学モデルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とし、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す。
【００６０】
下記の本発明の追加の特徴によれば、キットは、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、ヒト被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体をさらに含有し、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【００６１】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTB、ならびにANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる。
【００６２】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBおよびANXA3からなる。
【００６３】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBおよびCLEC4Dからなる。
【００６４】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBおよびIL2RBからなる。
【００６５】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBおよびLMNB1からなる。
【００６６】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBおよびPRRG4からなる。
【００６７】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、TNFAIP6およびPRRG4からなる。
【００６８】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBおよびVNN1からなる。
【００６９】
下記の本発明の追加の特徴によれば、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。
【００７０】
下記の本発明の追加の特徴によれば、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、同一の方法を介して決定される。
【００７１】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される。
【００７２】
下記の本発明の追加の特徴によれば、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルは、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。
【００７３】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、IL2RBならびにANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる。
【００７４】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される。
【００７５】
下記の本発明の追加の特徴によれば、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。
【００７６】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはANXA3からなる。
【００７７】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはCLEC4Dからなる。
【００７８】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBからなる。
【００７９】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはLMNB1からなる。
【００８０】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはPRRG4からなる。
【００８１】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはTNFAIP6からなる。
【００８２】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはVNN1からなる。
【００８３】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびANXA3からなる。
【００８４】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびCLEC4Dからなる。
【００８５】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびLMNB1からなる。
【００８６】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびPRRG4からなる。
【００８７】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびTNFAIP6からなる。
【００８８】
下記の本発明の追加の特徴によれば、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびVNN1からなる。
【００８９】
定義
これから明らかになるように、本発明の一態様の好ましい特色および特徴は、本発明の他のどんな態様にも適用可能である。本明細書で使用されるように、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈が他の方法で明確に指示することがなければ、複数指示対象を含むことに注意すべきである。
【００９０】
「コードしている」  遺伝子を含むポリヌクレオチドは、その自然状態では、または当業者に周知の方法により操作される場合、転写されるおよび/または翻訳されてmRNAおよび/またはポリペプチドもしくはそのフラグメントを産生することができるならば、RNAおよび/またはポリペプチドを「コードしている」と言われる。アンチセンス鎖はそのような核酸の相補体であり、コード配列はそこから推測することができる。
【００９１】
用語「標識」とは、アッセイ試料中に標的ポリヌクレオチドが存在することを示す検出可能なシグナルを発生することができる組成物のことである。適切な標識には、放射性同位体、ヌクレオチド発色団、酵素、基質、蛍光分子、化学発光成分、磁気粒子、生物発光成分、および同類のものが挙げられる。したがって、標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的手段により検出可能な任意の組成物である。
【００９２】
本明細書で使用されるように、「試料」とは、たとえば、血液、血漿、血清、腫瘍生検、尿、便、痰、髄液、胸水、乳頭吸引液、リンパ液;皮膚、呼吸器、腸管、および泌尿生殖器の外切片;涙、唾液、乳、細胞(血液細胞を含むがこれに限定されることはない)、器官を含むがこれらに限定されることはない、個体から単離された組織または体液の試料、ならびにインビトロ細胞培養成分の試料のことでもある。
【００９３】
増幅技術の例には、米国特許第5744311号に開示された鎖置換型増幅法、米国特許第6033881号に開示された無転写等温増幅法、国際公開第90/01069号に開示された修復連鎖反応増幅法、欧州特許出願公開第320308号に開示されたリガーゼ連鎖反応増幅法、米国特許第5427930号に開示されたギャップ充填リガーゼ連鎖反応増幅法、および米国特許第6025134号に開示されたRNA無転写増幅法が挙げられる。
【００９４】
本発明のプライマーの例には、ポリヌクレオチドに相補的なプライマー伸長産物の合成が触媒される条件下に置かれると相補鎖に沿ったポリヌクレオチド合成の開始点として作用することができるオリゴヌクレオチドが挙げられる。そのような条件には、適切な緩衝液(「緩衝液」には、コファクターである、またはpH、イオン強度、などに影響を与える置換成分が含まれる)中での、適切な温度での4種の異なるヌクレオチド三リン酸、またはヌクレオシド類似体ならびにDNAポリメラーゼおよび/もしくは逆転写酵素などの重合のための1つもしくは複数の媒介物の存在が含まれる。プライマーは、重合のための媒介物の存在下で伸長産物の合成を刺激するだけの十分な長さがなければならない。典型的なプライマーは、標的配列に実質的に相補的な少なくとも約5ヌクレオチド長の配列を含有するが、それよりもいくらか長いプライマーが好ましい。
【００９５】
用語「相補的」または「その相補体」とは、本明細書で使用されるように、相補的領域全体を通じて別の特定のポリヌクレオチドとワトソンクリック塩基対を形成することができるポリヌクレオチドの配列のことである。この用語は、その配列のみに基づいてポリヌクレオチドの対に適用され、前記2つのポリヌクレオチドが実際に結合すると考えられるいかなる特定の条件にも言及するものではない。
【００９６】
プライマーは、増幅される特定の配列である標的配列であって、その配列がアニールすることができる標的配列に実質的に相補的な配列を常に含有することになる。
【００９７】
本発明の文脈では、用語「プローブ」とは、対立変異体などの構造が異なる標的分子を検出可能的に区別することができる分子のことである。検出は様々な異なる方法で実現することができるが、好ましくは、特異的結合の検出に基づいている。そのような特異的結合の例には、抗体結合および核酸プローブハイブリダイゼーションが挙げられる。
【００９８】
本明細書で使用される用語「遺伝子」は、コード配列、介在配列ならびに転写および/または翻訳を制御する調節エレメントを含んでもよいポリヌクレオチドである。本発明の遺伝子には、遺伝子にコードされたポリペプチドのアミノ酸配列には何の効果も与えないサイレント対立遺伝子の他にも、その機能には実質的に影響を与えないコードされたポリペプチドのアミノ酸配列変異体をもたらす対立遺伝子を含む多型をコードする遺伝子の正常な対立遺伝子が含まれる。これらの用語は、任意選択で、コードされたポリペプチドの機能に影響を与える1つまたは複数の突然変異を有する対立遺伝子も含んでいてよい。
【００９９】
本発明のプライマーなどの、本発明のポリヌクレオチド組成物には、RNA、cDNA、本発明の標的cDNAまたはその一部分に相補的なDNA、ゲノムDNA、スプライシングされていないRNA、スプライシングされたRNA、交互にスプライシングされたRNA、合成型および、センス鎖であれアンチセンス鎖であれ、混合ポリマーが挙げられ、化学的にもしくは生化学的に改変されてもよく、または非天然のもしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含有していてもよく、これらは当業者であれば容易に認識するであろう。
【０１００】
本発明に従った核酸がRNAを含む場合、示される配列への言及は、UがTの代わりに使用されているRNA等価物への言及と解釈されるべきである。
【０１０１】
用語、本発明の遺伝子、好ましくは本明細書に記載される結腸直腸癌バイオマーカー遺伝子、またはハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの「量」または「レベル」は、前記RNAの絶対量、前記RNAの相対量または濃度の他にも、それに相関関係を示す任意の値またはパラメータを包含する。
【０１０２】
核酸の単離、増幅および解析の方法は当業者にとっては常用のものであり、プロトコルの例は、たとえば、the Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3-Volume Set) Ed. Joseph Sambrook、David W. Russel, and Joe Sambrook、Cold Spring Harbor Laboratory; 3rd edition (2001年1月15日)、ISBN: 0879695773に見出すことができる。PCR増幅において使用される方法に特に有用なプロトコルソースは、PCR (Basics: From Background to Bench) by M. J. McPherson、S. G. Moller、R. Beynon、C. Howe、Springer Verlag; 1st edition (2000年10月15日)、ISBN: 0387916008である。
【０１０３】
「キット」とは、物質的要素、たとえば、特定のプライマー、標識された核酸プローブを制限なく含むプローブ、抗体、タンパク質捕獲剤、試薬、指示シート、および本発明を実施する、特に、試料中の特定のRNA分子のレベルを同定するのに有用な他の要素を組み合わせたもののことである。これらの物質的要素は本発明を実施するのに適したどんな方法ででも配置することができる。たとえば、プローブおよび/またはプライマーは1つまたは複数の容器で、またはアレイもしくはマイクロアレイ装置で提供することができる。
【０１０４】
結腸直腸癌は、結腸癌または直腸癌または結腸直腸カルシノーマとも呼ばれるが、結腸または直腸のいずれかで形成される癌のことである。
【０１０５】
本発明は、対象の遺伝子のRNAのレベル、特に、本発明の結腸直腸バイオマーカーを検出するための診断産物または方法に有用である。したがって、本発明は、様々な方法論、たとえば、試料中のRNAレベルを検出することが可能なPCR、逆転写酵素PCR、定量的PCR、マイクロアレイ、チップ、質量分析、に基づく診断キットの使用を包含する。本発明は、包装材料および包装材料中に含有される分析試薬を含む製造品であって、分析試薬は本発明の1つまたは複数の標的遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するかつ/または比較するために使用することができ、包装材料は、分析試薬を使用して、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率などの、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率に一致するRNAのレベルを同定することができることを指示するラベルまたは包装挿入物を含む前記製造品も提供する。
【０１０６】
したがって、本発明は、本発明の標的遺伝子の多型対立遺伝子または変異体を増幅する縮重プライマーならびに増幅プロトコルおよび結果の解析を含む説明書を含むキットを提供する。キットは、代わりに、緩衝液、酵素、ならびに増幅および増幅産物の解析を実施するための容器も含んでよい。キットは、DNAマイクロアレイなどの他のツールを含むスクリーニングまたは予後キットの構成要素であってもよい。キットは、結腸直腸癌に罹っていない患者の試料から単離される核酸および/または結腸直腸癌に罹っている患者の試料から単離される核酸などの、1つまたは複数の対照鋳型を提供してもよい。
【０１０７】
キットは、固体担体上で特定の標的を増幅するキットの使用のための説明書を含んでいてもよい。キットが、たとえば、標的ポリヌクレオチドの特定のセットを増幅するために、プライマーのセットがすでに固体担体上に固定されている調製された固体担体を含有する場合、キットは、たとえば、担体がインサイツ型PCR装置を使用したPCR増幅が可能であるインサイツ型または固相型PCR法を使用して、固体担体上でPCRを行うのに必要な試薬も含む。キット内に含まれるPCR試薬には、常用のPCR緩衝液、熱安定性ポリメラーゼ(たとえば、Taq DNAポリメラーゼ)、ヌクレオチド(たとえば、dNTP)、ならびに他の成分および標識化分子(たとえば、直接的または間接的標識化のための)が挙げられる。キットは、固定化プライマーのみを、または、代わりに液相プライマーと一緒に使用するPCR増幅法の実施を支援するように組み立てることができる。
【０１０８】
一実施形態では、キットは、それぞれの対が本発明の標的遺伝子によりコードされるRNAを増幅することができる、1つまたは複数のプライマー対を提供し、それにより、一反応でのまたは数回の平行反応での生物試料中の本発明のいくつかの異なる標的遺伝子のRNA発現解析のためのキットを提供する。キット中のプライマーは、増幅産物の検出および結果としてのRNAレベルの解析を促進するために標識されている、たとえば、蛍光的に標識されていてもよい。
【０１０９】
一実施形態では、2つ以上の標的遺伝子によりコードされるRNAのレベルは一解析で決定することができる。したがって、組合せキットは、異なる標的遺伝子によりコードされるRNA由来のcDNAを増幅することができるプライマーを含んでいてよい。プライマーは、異なる標的遺伝子由来のRNAを区別するために、たとえば、異なる蛍光標識を使用して差次的に標識されていてもよい。
【０１１０】
二重などの多重リアルタイムRT-PCRを使用すれば、同一の反応で2つの標的の同時定量化が可能になり、それにより時間は節約され、費用は減らされ、試料は保存される。多重リアルタイムRT-PCRのこうした利点から、この技術はハイスループット遺伝子発現解析に適している。リアルタイムフォーマットでの多重qPCRアッセイは、定量的測定を促進し偽陰性結果のリスクを最小限に抑える。全試料の単位複製配列がPCRのサブ定常期に比較されるように、多重PCRが最適化されていることが必要不可欠である。Yun, Z.、I. Lewensohn-Fuchs、P. Ljungman、L. Ringholm、J. Jonsson、and J. Albert. 2003年. A real-time TaqMan PCR for routine quantitation of cytomegalovirus DNA in crude leukocyte lysates from stem cell transplant patients. J. Virol. Methods 110:73〜79頁[PubMed]. Yun, Z.、I. Lewensohn-Fuchs、P. Ljungman、and A. Vahlne. 2000年. Real-time monitoring of cytomegalovirus infections after stem cell transplantation using the TaqMan polymerase chain reaction assays. Transplantation 69:1733〜1736頁[PubMed]。最大2、3、4、5、6、7および8以上の標的の同時定量化が有用である可能性がある。
【０１１１】
キット内に含有されるプライマーおよびプローブは、19に収載されているプライマーおよびプローブならびにその様々な小組合せを含んでいてよい。
【０１１２】
「対照集団」とは、結腸直腸癌に罹っているまたは罹っていない個体の限定された群または個体の群のことであり、任意選択で、地理上の、民族的な、人種的な、性的な、1つもしくは複数の他の状態または疾患、および/または文化的指標によりさらに同定されてもよいが、これらに限定されるものではない。大半の場合で、対照集団は、少なくとも10、50、100、1000人以上の個体を包含してもよい。
【０１１３】
「陽性対照データ」は、本発明の結腸直腸癌に罹っている1人または複数の被験者のそれぞれにおいて本発明の標的遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータを包含し、本発明の結腸直腸癌に罹っている複数の被験者において本発明の標的遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルを表す単一データポイントを包含する。
【０１１４】
「陰性対照データ」は、本発明の結腸直腸癌に罹っていない1人または複数の被験者のそれぞれにおいて本発明の標的遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータを包含し、本発明の結腸直腸癌に罹っていない複数の被験者において本発明の標的遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルを表す単一データポイントを包含する。
【０１１５】
本発明の試験データが本発明の陽性対照データまたは陰性対照データに「一致する」確率とは、それぞれ、試験データがどんな結腸直腸病態にも罹っていない被験者よりも結腸直腸癌に罹っている被験者において得られるデータのほうの特徴を示す可能性が高い、または結腸直腸癌に罹っている被験者よりもどんな結腸直腸病態にも罹っていない被験者において得られるデータのほうの特徴を示す可能性が高い確率のことである。
【０１１６】
標的ポリヌクレオチドと「選択的にハイブリダイズする」プライマーは、ヒト血液のRNAからなる、またはヒト血液のRNAに相補的なDNAからなるポリヌクレオチドの混合物中の単一標的ポリヌクレオチドのみと、または大部分と、ハイブリダイズすることができるプライマーである。
【０１１７】
ANXA3遺伝子、CLEC4D遺伝子、IL2RB遺伝子、LMNB1遺伝子、PRRG4遺伝子、TNFAIP6遺伝子およびVNN1遺伝子を含むが、好ましくは、これらに限定されることはない1つまたは複数の遺伝子のRNAレベルで血液中で見出される結腸直腸癌についての本発明の遺伝子発現プロファイルは、たとえば、本明細書の実施例においてさらに考察されるPCR法、ノーザン解析、およびマイクロアレイ技術を含むが、好ましくはこれらに限定されることはない多くの技術を使用して同定するまたは確証することができる。この遺伝子発現プロファイルは、血液などの身体試料において、マイクロアレイ技術を使用して測定することができる。この方法の実施形態では、蛍光的に標識されたcDNAプローブは、血液から抽出されるRNAの逆転写による蛍光ヌクレオチドの組込みを通じて作製してもよい。チップの適用される標識されたcDNAプローブは、アレイ上の各スポットのDNAに特異的にハイブリダイズする。各配列されたエレメントのハイブリダイゼーションの定量化により、対応するmRNA量を評価することが可能になる。たとえば、二重の色素蛍光を用いて、RNAの2つの供給源から作製される別々に標識されたcDNAプローブは、アレイに対でハイブリダイズされる。したがって、各特定の遺伝子に対応する2つの供給源由来の転写物の相対量は、同時に決定される。そのような方法は、細胞あたり数コピーで発現される希少な転写物を検出するのに必要な感度を有しており、少なくともほぼ2倍の発現レベルの差を再現性よく検出することが明らかにされている(Schenaら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2):106〜149頁(1996))。マイクロアレイ解析は、Affymetrix GenChip技術またはIncyteマイクロアレイ技術を使用することなどにより、製造元のプロトコルに従って、市販の機器により実施することができる。
【０１１８】
本発明の他の特色および利点は、以下の詳細な説明により明らかになるであろう。しかし、詳細な説明および特定の実施例は、本発明の好ましい実施形態を示してはいるが、例証としてのみ与えられていることを理解すべきである。なぜならば、本発明の精神および範囲内の様々な変化および改変は、この詳細な説明から当業者には明らかになるからである。
【０１１９】
以下、本発明を図面に関連して説明する。
【図面の簡単な説明】
【０１２０】
【図１Ａ】ACTBの遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｂ】ANXA3の遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｃ】CLEC4Dの遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｄ−１】IL2RBの遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｄ−２】図１Ｄ−１の続きである。
【図１Ｅ】LMNB1の遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｆ】PRRG4の遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｇ】TNFAIP6の遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図１Ｈ】VNN1の遺伝子のヌクレオチド配列を示す配列図である。
【図２】本明細書中に記載の方法のうちの特定のものを実施するための例示的なコンピュータシステムを示す模式図である。
【発明を実施するための形態】
【０１２１】
本発明は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っている確率を決定するための方法、キット、コンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒体である。具体的には、本発明を用いて、本明細書中に開示する血液中の結腸直腸癌の新規マーカーの解析を介して、そのような確率を決定することができる。
【０１２２】
本発明の少なくとも1つの実施形態を詳細に説明する前に、本発明は、その応用が以下の説明に記載したまたは実施例によって例示した詳細に限定されないことを理解されたい。本発明は、他の実施形態または様々な方法で実施もしくは実行されることが可能である。また、本明細書中で使用する表現および用語は、説明することを目的とし、限定すると見なされるべきでないことも理解されたい。
【０１２３】
血液マーカーの解析により結腸直腸癌を試験する有効な方法は、過剰に侵襲性、厄介、危険、利用不可能および/または低い患者スクリーニングコンプライアンス率に関連している、従来技術の方法の重大な不利点に打ち勝つであろう。従来技術において、血液中のこの疾患のマーカーの解析による結腸直腸癌を試験するための様々な手法が提案されているが(Hundt S.ら、Blood markers for early detection of colorectal cancer:a systematic review. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007年10月;16(10):1935〜53頁に総説)、これらの手法のいずれでも、被験者が結腸直腸癌に罹っていない確率に対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定を十分に可能にする能力が実証されていない。
【０１２４】
したがって、従来技術は、血液試料中の遺伝子ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の血液マーカーのうちの1つまたは複数によりコードされるRNAのレベルの解析によって、被験者を結腸直腸癌について試験する有効な方法を提供することに成功していない。
【０１２５】
本発明を実施する際に、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、結腸直腸癌に罹っている被験者の血液において、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液よりも顕著に高く、IL2RBによりコードされるRNAのレベルは、結腸直腸癌に罹っている被験者の血液において、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液よりも顕著に低いことが、驚くべきことに見い出された(実施例2)。本発明をさらに実施する際に、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別することができる、被験者の血液中の結腸直腸癌マーカー遺伝子ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の127個の可能な組合せによりコードされるRNAのレベルに基づく数学モデルを導くことができることが、驚くべきことに見い出された(実施例2)。本発明をさらに実施する際に、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した場合に、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別することができる、被験者の血液中の結腸直腸癌マーカー遺伝子ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、およびVNN1の63個の可能な組合せによりコードされるRNAのレベルに基づく数学モデルを導くことができることが、驚くべきことに見い出された(実施例3)。そのような数学モデルを、本明細書中に開示する前述の新規結腸直腸癌マーカー遺伝子によりコードされるRNAの被験者中の血液レベルを表す試験データに適用することで、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を提供するために使用できることを理解されたい。
【０１２６】
本発明を実施する際に、結腸直腸の病理を全く有さない被験者に対して結腸直腸癌に罹っている被験者における、IL2RBに対して正規化したレベルの倍率変化を含めた、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルの倍率変化が、驚くべきことに見い出された(実施例2、実施例3および実施例6)。
【０１２７】
したがって、本発明の一態様によれば、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法を提供する。第1の段階では、この方法は、結腸直腸癌マーカー遺伝子:ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成することによって達成される。第2の段階では、この方法は、試験データが、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データに一致し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに一致しない確率を決定することによって達成される。試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す。
【０１２８】
したがって、本発明の一態様によれば、被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法を提供する。分類方法は、被験者の血液中のANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1からなる遺伝子のセットのうちの1つまたは複数によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成し、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用することによって達成される。ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【０１２９】
被験者の血液中のANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6またはVNN1によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていない対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを決定する段階は、最小の倍率変化よりも高いおよび/または倍率変化の範囲内にある、被験者と結腸直腸癌に罹っていない対照被験者との間にレベルの倍率変化が存在するかどうかを決定することによって達成され得る。
【０１３０】
被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていない対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを決定する段階は、最大の倍率変化よりも低いおよび/または倍率変化の範囲内にある、被験者と結腸直腸癌に罹っていない対照被験者との間にレベルの倍率変化が存在するかどうかを決定することによって達成され得る。
【０１３１】
本発明に従って被験者を分類するための適切な倍率変化および倍率変化の範囲の例は、以下の実施例2、実施例3および実施例6中に提供し、以下のものが含まれる。
【０１３２】
ANXA3によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.6倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.6〜約11.5倍である。
【０１３３】
CLEC4DによりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.4倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.4〜約15.9倍である。
【０１３４】
LMNB1によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.3倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.3〜約7.0倍である。
【０１３５】
PRRG4によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.5倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.5〜約6.3倍である。
【０１３６】
TNFAIP6によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.4倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.45〜約16.8倍である。
【０１３７】
VNN1によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.5倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.45〜約23.6倍である。
【０１３８】
IL2RBによりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最大の倍率変化は約0.8倍であり、倍率変化の適切な範囲は約0.8〜約0.1倍である。
【０１３９】
IL2RBに対して正規化したANXA3によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.7倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.7〜約20.7倍である。
【０１４０】
IL2RBに対して正規化したCLEC4DによりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.5倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.5〜約12.0倍である。
【０１４１】
IL2RBに対して正規化したLMNB1によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.5倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.5〜約10.6倍である。
【０１４２】
IL2RBに対して正規化したPRRG4によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.3倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.3〜約13.1倍である。
【０１４３】
IL2RBに対して正規化したTNFAIP6によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.5倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.5〜約16.4倍である。
【０１４４】
IL2RBに対して正規化したVNN1によりコードされるRNAのレベルでは、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAの平均レベルと比較して、適切な最小の倍率変化は約1.3倍であり、倍率変化の適切な範囲は約1.3〜約11.9倍である。
【０１４５】
本明細書中で使用する用語「約」とは、10%の増減のばらつきをいう。
【０１４６】
したがって、本発明の被験者は、本発明の分類方法を実施するために使用する特定のセットの本発明のマーカー遺伝子のそれぞれのマーカー遺伝子について、結腸直腸癌の病理を全く有さない対照被験者の血液に対する被験者の血液中のその遺伝子によりコードされるRNAのレベルの倍率変化により、本発明の教示に従って、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される場合に、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【０１４７】
逆に、本発明の被験者は、本発明の分類方法を実施するために使用する特定のセットの本発明のマーカー遺伝子のそれぞれのマーカー遺伝子について、結腸直腸癌の病理を全く有さない対照被験者の血液に対する被験者の血液中のその遺伝子によりコードされるRNAのレベルの倍率変化により、本発明の教示に従って、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類されない場合に、結腸直腸癌に罹っているよりも結腸直腸癌に罹っていない可能性が高いに分類される。
【０１４８】
本発明の一態様では、1つまたは複数の結腸直腸癌マーカー遺伝子のセットは、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数の可能な組合せのうちの任意の1つからなり得る(Table6(表7)に示し、表中、それぞれのロジスティック回帰モデルは1つの特定の遺伝子の組合せに基づき、組合せのそれぞれの遺伝子にロジスティック回帰係数値が割り当てられている)。
【０１４９】
本発明を実施するために使用できる、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数からなる本発明のマーカー遺伝子のセットには、以下が含まれる: ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、VNN1; ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4; IL2RB、PRRG4、VNN1; ANXA3、IL2RB、PRRG4、VNN1; CLEC4D、IL2RB、PRRG4、VNN1; IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ANXA3、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; IL2RB、PRRG4; ANXA3、IL2RB、PRRG4; CLEC4D、IL2RB、PRRG4; IL2RB、LMNB1、PRRG4; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4; IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、IL2RB、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、VNN1; ANXA3、IL2RB、LMNB1、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、VNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1; ANXA3、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、IL2RB; ANXA3、CLEC4D、IL2RB; ANXA3、IL2RB、LMNB1; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、VNN1; ANXA3、IL2RB、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6; ANXA3、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; IL2RB、LMNB1、VNN1; ANXA3、LMNB1、PRRG4、VNN1; ANXA3、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、PRRG4; ANXA3、LMNB1、PRRG4; CLEC4D、IL2RB、VNN1; ANXA3、CLEC4D、PRRG4、VNN1; IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; IL2RB、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; IL2RB、LMNB1; CLEC4D、IL2RB、LMNB1; IL2RB、VNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、VNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1; ANXA3、PRRG4; ANXA3、CLEC4D、VNN1; ANXA3、LMNB1、VNN1; ANXA3、PRRG4、VNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6; ANXA3、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ANXA3、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ANXA3; ANXA3、CLEC4D; ANXA3、LMNB1; ANXA3、VNN1; ANXA3、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、TNFAIP6; IL2RB、TNFAIP6; CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6; ANXA3、LMNB1、TNFAIP6; ANXA3、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、IL2RB; PRRG4、VNN1; CLEC4D、PRRG4、VNN1; LMNB1、PRRG4、VNN1; CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1; PRRG4、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; PRRG4; CLEC4D、PRRG4; LMNB1、PRRG4; CLEC4D、LMNB1、PRRG4; PRRG4、TNFAIP6; CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6; LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; LMNB1、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、VNN1; LMNB1、VNN1; CLEC4D、LMNB1、VNN1; LMNB1、TNFAIP6; LMNB1、TNFAIP6; TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、TNFAIP6、VNN1; CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; LMNB1; CLEC4D、LMNB1; VNN1; CLEC4D、TNFAIP6; TNFAIP6; CLEC4D;およびIL2RB。
【０１５０】
1つまたは複数の結腸直腸癌マーカー遺伝子のセットがANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の127個の可能な組合せのうちの任意の1つからなる本発明の態様によれば、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAのレベルに対する比として決定され得る。個々の試料内のハウスキーピング遺伝子と比較した、遺伝子によりコードされるRNAのレベルのそのような測定は、試料間のばらつきの対照として使用できることを理解されたい。
【０１５１】
ハウスキーピング遺伝子は、当業者に知られている血液中で発現される様々な遺伝子のうちの任意の1つであり得る。本方法の一態様では、ハウスキーピング遺伝子はACTBである。あるいは、ハウスキーピング遺伝子は18S rRNAをコードしていてよい。
【０１５２】
本発明の標的遺伝子(ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1)のヌクレオチド配列は、図1A〜Hおよび以下のTable1(表2)に記載されている。
【０１５３】
本発明の別の態様では、1つまたは複数の結腸直腸癌マーカー遺伝子のセットは、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数の可能な組合せのうちの任意の1つからなり得る(Table5(表6)に示し、表中、それぞれのロジスティック回帰モデルは1つの特定の遺伝子の組合せに基づき、組合せのそれぞれの遺伝子にロジスティック回帰係数値が割り当てられている)。
【０１５４】
本発明を実施するために使用できる、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数の可能な組合せには、以下が含まれる: ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、PRRG4およびTNFAIP6; CLEC4D、LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6; ANXA3、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、PRRG4およびTNFAIP6; ANXA3、LMNB1、PRRG4およびVNN1; ANXA3、LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6; CLEC4D、LMNB1、PRRG4およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4; ANXA3、CLEC4D、PRRG4およびVNN1; LMNB1、PRRG4およびVNN1; LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6; ANXA3、CLEC4DおよびPRRG4; ANXA3、LMNB1およびPRRG4; ANXA3およびPRRG4; ANXA3、PRRG4およびVNN1; CLEC4D、LMNB1およびPRRG4; LMNB1およびPRRG4; CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; CLEC4D、PRRG4およびTNFAIP6; CLEC4D、PRRG4およびVNN1; CLEC4DおよびPRRG4; PRRG4、TNFAIP6およびVNN1; PRRG4およびVNN1; PRRG4およびTNFAIP6; PRRG4; TNFAIP6およびVNN1; VNN1; ANXA3、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1; LMNB1、TNFAIP6およびVNN1; CLEC4D、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1; CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1; ANXA3およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1およびTNFAIP6; CLEC4D、LMNB1およびTNFAIP6; CLEC4DおよびVNN1; LMNB1およびVNN1; ANXA3、CLEC4DおよびVNN1; ANXA3、LMNB1およびVNN1; ANXA3、LMNB1およびTNFAIP6; LMNB1およびTNFAIP6; CLEC4D、LMNB1およびVNN1; ANXA3、CLEC4D、LMNB1およびVNN1; ANXA3、CLEC4DおよびTNFAIP6; CLEC4DおよびTNFAIP6; CLEC4D、LMNB1; ANXA3、CLEC4DおよびLMNB1; LMNB1; ANXA3およびTNFAIP6; ANXA3およびLMNB1; TNFAIP6; ANXA3およびCLEC4D; CLEC4D;およびANXA3。
【０１５５】
1つまたは複数の結腸直腸癌マーカー遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の63個の可能な組合せのうちの任意の1つからなる、本発明の態様によれば、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定され得る。
【０１５６】
本発明の遺伝子のセットによりコードされるRNAのレベルを表すデータを、結腸直腸の病理を全く有さない被験者に対して結腸直腸癌に罹っている被験者中の血液中で示差的に発現される他の遺伝子の遺伝子産物レベルを表すデータと組み合わせて、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率対結腸直腸の病理を全く有さない確率を決定し得ることを理解されたい。
【０１５７】
別の態様では、本方法は、結腸直腸癌に罹っている対照ヒト被験者の集団の血液中、および/または結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによってそれぞれ陽性対照データおよび/または陰性対照データを提供する段階をさらに含む。あるいは、本発明の対照被験者中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、本発明の対照データに一致する従来技術データによって提供できることが想定される。
【０１５８】
本発明の方法は、様々な種類の対照被験者のうちの任意の1つを用いて実施し得る。
【０１５９】
本発明の方法の一態様では、結腸癌に罹っていない対照被験者とは、結腸鏡検査の結果として結腸直腸の病理を全く有さないとして診断された被験者である。以下の実施例セクションに記載のように、本発明の方法は、結腸直腸の病理を全く有さない被験者を、結腸直腸癌に罹っていない対照被験者として用いて実施し得る。
【０１６０】
本発明の方法の一態様では、結腸直腸癌に罹っている対照被験者とは、結腸鏡検査の結果として結腸直腸癌に罹っていると診断された被験者である。以下の実施例セクションに記載のように、本発明の方法は、結腸直腸の病理を全く有さないとして診断された被験者を、結腸直腸癌に罹っていない対照被験者として用いて実施し得る。
【０１６１】
本発明の方法は、さらに、様々な数の対照被験者のうちの任意の1つを用いて実施し得る。当業者は、所望の信頼性のレベルで本発明の方法を実施するための、所望の統計的有意性を有する対照データを得るために十分な数の対照被験者を選択する、必要な専門知識を有するであろう。
【０１６２】
たとえば、本発明の方法は、10人以上、20人以上、30人以上、40人以上、50人以上、60人以上、70人以上、80人以上、90人以上、100人以上、10人以上、20人以上、30人以上、40人以上、50人以上、60人以上、70人以上、80人以上、90人以上、100人以上、110人以上、120人以上、130人以上、140人以上、150人以上、160人以上、170人以上、180人以上、190人以上、または200人以上の、結腸直腸癌に罹っている対照被験者および/または結腸直腸癌に罹っていない対照被験者を用いて実施することができる。
【０１６３】
本発明の一態様では、被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、同一の方法によって決定する。以下の実施例セクションに記載のように、被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを同一の方法によって決定する方法を実施することができる。あるいは、本発明の被験者の血液中および本発明の対照被験者の血液中の本発明の遺伝子のレベルを、異なる方法を用いて決定できることが想定される。本発明の被験者中および対照被験者中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するために同一の方法を使用することで、異なる方法を使用することで生じ得る任意のばらつきを最小限にするための方法間の較正を避けることができることを理解されたい。
【０１６４】
本方法の一態様では、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルの決定は、被験者から単離された血液試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することによって達成される。あるいは、本発明の被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルの決定は、そのような目的に適した方法を用いて、in vivo試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することによって達成され得ることが想定される。
【０１６５】
本方法の一態様では、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、被験者の血液から単離されたRNAの試料中で決定する。あるいは、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子のRNAのレベルは、そのような目的に適した方法を用いて、被験者の血液のRNAが含まれるが、それからRNAを単離していない試料中で決定され得ることが想定される。
【０１６６】
RNAを血液から単離するために当分野で通常使用されている様々な方法のうちの任意の1つを用いてRNAを本発明の被験者の血液から単離して、本発明の方法の実施を可能にし得る。
【０１６７】
本方法の一態様では、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、全血の試料のRNA中で決定する。RNAを全血から単離するために当分野で通常使用されている様々な方法のうちの任意の1つを用いて、本方法を実施し得る。
【０１６８】
あるいは、本発明の被験者の血液中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、本方法を可能にするように遺伝子を十分に特異的に発現する、血液の画分の試料のRNA中で決定できることが想定される。そのような血液画分の例には、単離された白血球種の調製物、単離された末梢血単核球の調製物、単離された顆粒球の調製物、単離された全白血球の調製物、単離された白血球の特定種の調製物、血漿枯渇血液、単離されたリンパ球の調製物、および血液の血漿画分が含まれる。
【０１６９】
本方法の一態様では、本発明の被験者の全血からのRNAの単離は、PAXgene血液RNAチューブ(PreAnalytiXから入手可能)を用いて、PAXgene血液RNAキットプロトコルの指示書に従って達成される。以下の実施例セクションに記載のように、本発明の方法は、PAXgene血液RNAチューブを用いて、本発明の被験者および対照被験者からの血液から単離されたRNA中の本発明の遺伝子のレベルを決定することによって実施し得る。
【０１７０】
本発明の試料中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することは、当分野で通常実施されている様々な方法のうちの任意の1つで達成され得る。
【０１７１】
たとえば、本発明の試料中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するために当分野で通常使用されている、定量的ポリヌクレオチド増幅に基づいた様々な方法のうちの任意の1つによって決定され得る。
【０１７２】
あるいは、本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するために当分野で通常使用されている、固定プローブとの定量的ポリヌクレオチドハイブリダイゼーションに基づいた様々な方法のうちの任意の1つによって決定され得る。
【０１７３】
本発明の方法の一態様では、本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するために使用する、定量的ポリヌクレオチド増幅に基づいた方法は、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)解析である。試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するために当分野で通常使用されている様々な種類の定量的逆転写酵素PCR解析のうちの任意の1つを用いて、本発明を実施し得る。たとえば、様々なプライマーセットのうちの任意の1つを用いて、本発明の方法を実施するために定量的逆転写酵素PCR解析を行い得る。
【０１７４】
本発明の方法の一態様では、本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定するために使用する定量的逆転写酵素PCR解析は、遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物と特異的に結合できる標識されたプローブを用いた、遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAの定量的リアルタイムPCR解析である。たとえば、定量的リアルタイムPCR解析は、遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖と選択的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを含む標識されたプローブを用いて行い得る。遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物と特異的にハイブリダイズすることができる様々な核酸配列のうちの任意の1つを有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブを用いて、本発明の方法を実施し得る。
【０１７５】
本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルの定量的リアルタイムPCR解析は、当分野で通常使用されている様々な方法のうちの任意の1つで行い得る。
【０１７６】
本発明の方法の一態様では、定量的リアルタイムPCR解析は、QuantiTect(商標)プローブRT-PCRシステム(Qiagen、カリフォルニア州Valencia、製品番号204345)、TaqMan二重標識プローブ、およびリアルタイムPCRシステム7500装置(Applied Biosystems)を使用して、本発明の被験者の血液のRNAから調製した相補的DNAを解析することによって行う。以下の実施例セクションに記載のように、そのような定量的リアルタイムPCR解析を用いて、本発明の方法を実施し得る。
【０１７７】
上記に特定したように、本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、固定プローブとの定量的ポリヌクレオチドハイブリダイゼーションに基づいた方法によって決定され得る。
【０１７８】
一態様では、定量的ポリヌクレオチドハイブリダイゼーションに基づいた方法による本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルの決定は、Affymetrix U133Plus 2.0 GeneChipオリゴヌクレオチドアレイ(Affymetrix、カリフォルニア州Santa Clara)などのマイクロアレイを用いて達成される。
【０１７９】
上記に特定したように、本発明の試料中の本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、様々なプライマーおよび標識されたプローブの組の任意の1つを用いて、そのような解析中に生じた本発明のマーカー遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAを増幅および定量する、定量的逆転写酵素PCR解析によって決定され得る。本発明の標的遺伝子によりコードされるRNAのレベルの定量的逆転写酵素PCR解析で使用するための適切なプライマーの例は、Table19(表1)に記載されている。さらに、この表には、本発明の方法に従って定量的リアルタイムPCR解析を実施するための、標識されたプローブ中に含まれる適切なポリヌクレオチドの例も記載する。
【０１８０】
Table19(表1).定量的PCR解析のための標識されたプローブのPCRプライマーおよび一致するポリヌクレオチド。
【０１８１】
【表１Ａ】
2011517941.tif 000002
【０１８２】
【表１Ｂ】
2011517941.tif 000003
【０１８３】
【表１Ｃ】
2011517941.tif 000004
【０１８４】
本発明のマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルをハウスキーピング遺伝子に対する比として決定することは、1つの遺伝子によりコードされるRNAのレベル対ACTBなどのハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比を決定するために当分野で通常使用されている、様々な方法のうちの任意の1つで達成され得る。
【０１８５】
本方法の一態様では、本発明の遺伝子によりコードされるRNAのレベルをハウスキーピング遺伝子に対する比として決定することは、本発明の試料中の遺伝子によりコードされるRNAおよびハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素PCR解析によって達成される。そのような「二重定量的逆転写酵素PCR解析」とは、本発明の遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAおよびハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAを同じ試料/反応混合物中で同時増幅する、定量的逆転写酵素PCR解析をいう。
【０１８６】
ハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAは、様々な適切なプライマーのうちの任意の1つを用いた定量的逆転写酵素PCR解析によって増幅し得る。
【０１８７】
一態様では、プライマーは、標的cDNA鋳型の領域に相補的なヌクレオチド配列を有するプライマーが含まれるように選択してよく、領域は、一対のエクソンを連結するスプライスジャンクションにまたがる。そのようなプライマーは、メッセンジャーRNA、すなわち成熟したスプライシングされたRNAに相補的なDNAの増幅を促進するために使用できることを理解されたい。
【０１８８】
ハウスキーピング遺伝子がACTBである本方法の一態様では、ハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAを増幅するために使用するプライマーには、配列番号1として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマー、配列番号2として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマー、または両方のプライマーが含まれ得る。
【０１８９】
本方法の別の態様では、被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAのレベルは、ハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖とハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを含む標識されたプローブを用いた、定量的逆転写酵素PCR解析によって決定される。
【０１９０】
ハウスキーピング遺伝子がACTBであり、被験者の血液中のハウスキーピング遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、配列番号1として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号2として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーならびに標識されたプローブを用いた定量的逆転写酵素PCR解析によって決定される、本方法の一態様では、プローブは配列番号3として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
【０１９１】
以下の実施例セクション実施例2中で実証するように、本発明の方法は、マーカー遺伝子ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの任意の1つによりコードされるRNAのレベルを、本発明の被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定することによって実施でき、レベルは、配列番号1として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマー、配列番号2として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマー、および配列番号3として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブを用いた二重定量的逆転写酵素PCR解析によって決定される。
【０１９２】
ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6またはVNN1によりコードされるRNAのレベルをIL2RBに対する比として決定することは、様々な方法のうちの任意の1つで達成され得る。
【０１９３】
本方法の一態様では、本発明の試料中のANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6またはVNN1のレベルを、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定することは、試料中のANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6またはVNN1によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素PCR解析によって達成される。そのような「二重定量的逆転写酵素PCR解析」とは、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6またはVNN1によりコードされるRNAに相補的なDNAおよびIL2RBによりコードされるRNAに相補的なDNAを同じ試料/反応混合物中で同時増幅する、定量的逆転写酵素PCR解析をいう。
【０１９４】
上述のように、試験データを得る段階の後、本発明の方法は、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階を含む。
【０１９５】
被験者が結腸直腸癌に罹っていることに対して結腸直腸の病理を全く有さない確率は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率から容易に決定できることを理解されたい。たとえば、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率をパーセント確率として表す場合、被験者が結腸直腸癌に罹っていることに対して結腸直腸の病理を全く有さない確率は、100%から被験者が結腸直腸癌に罹っていることに対して結腸直腸の病理を全く有さない確率を減算したものに対応する。
【０１９６】
試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階は、被験者の遺伝子発現プロフィールが、病理を有する被験者の遺伝子発現プロフィールに対応し、病理を有さない被験者の遺伝子発現プロフィールには対応しない確率を決定するために当業者に知られている様々な方法のうちの任意の1つで達成される場合があり、ここで、病理を有する被験者および病理を有さない被験者の遺伝子発現プロフィールは有意に異なる。
【０１９７】
本方法の一態様では、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階は、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルを試験データに適用することによって達成される。
【０１９８】
疾患マーカーを使用した、医学診断の分野で周知の様々な適切な数学モデルを用い、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類して、本発明の教示に従って、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い確率を決定し得る、または被験者を結腸直腸癌に罹っているとして診断し得る。一般に、これらの数学モデルは、クラスタリングを行う教師なし方法であり得る一方で、教師あり方法がデータセットの分類により適切である。(Dreiseitl S、Ohno-Machado L. Logistic regression and artificial neural network classification models:a methodology review. J Biomed Inform.、2002年10月〜12月;35(5-6):352-9頁、Pepe MS. The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction. 英国Oxford:Oxford University Press;2003年、Dupont WD. Statistical Modeling for Biomedical Researchers. 英国Cambridge:Cambridge University Press;2002年、Pampel FC. Logistic regression:A Primer. 出版物#07-132、Sage Publications:カリフォルニア州Thousand Oaks、2000年、King EN、Ryan TP. A preliminary investigation of maximum likelihood logistic regression versus exact logistic regression. Am Statistician、2002年;56:163〜170頁、Metz CE. Basic principles of ROC analysis. Semin Nucl Med、1978年;8:283〜98頁、Swets JA. Measuring the accuracy of diagnost
ic systems. Science、1988年;240:1285〜93頁、Zweig MH、Campbell G. Receiver-operating characteristic (ROC) plots:a fundamental evaluation tool in clinical medicine. Clin Chem、1993年;39:561〜77頁、Witten IH、Frank Eibe. Data Mining:Practical Machine Learning Tools and Techniques (第2版)、Morgan Kaufman、2005年、Deutsch JM. Evolutionary algorithms for finding optimal gene sets in microarray prediction. Bioinformatics、2003年;19:45〜52頁、Niels Landwehr、Mark HallおよびEibe Frank (2003)、Logistic Model Trees. 241〜252頁、Machine Learning:ECML 2003年:14th European Conference on Machine Learning、クロアチアCavtat-Dubrovnik、2003年9月22〜26、プロシーディングス、出版社:Springer-Verlag GmbH、ISSN:0302-9743を参照されたい)。学習機械に関連するそのような数学モデルの例には、ランダムフォレスト方法、ロジスティック回帰方法、神経回路網方法、k平均方法、主成分分析方法、最近傍分類器分析方法、線形判別分析、方法、二次判別分析方法、サポートベクターマシーン方法、決定木方法、遺伝的アルゴリズム方法、バギング方法を用いた分類子最適化、ブースティング方法を用いた分類子最適化、ランダムサブスペース方法を用いた分類子最適化、投影追跡方法、遺伝的プログラミングおよび加重投票方法が含まれる。
【０１９９】
本発明の一態様では、使用するモデルはロジスティック回帰モデルである。以下の実施例セクションに記載のように、ロジスティック回帰モデルを本発明の方法に従って使用して、本発明の被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる。また、ロジスティック回帰モデルは、当分野で「ロジスティックモデル」および「ロジットモデル」としても呼ばれ得る。
【０２００】
ロジスティック回帰モデルの様々な特定の事例のうちの任意の1つを、任意の所定の本発明の遺伝子セットについて、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定するために使用し得る。
【０２０１】
本方法の一態様では、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階は、実施例2、実施例3および実施例6中に開示されているロジスティック回帰モデルのうちの1つまたは複数を用いることによって達成される。
【０２０２】
本発明の方法に従って、数学モデルを用いて被験者が結腸直腸癌に罹っている確率を決定するために、コンピュータを使用し得ることを理解されたい。
【０２０３】
当業者は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いか低いかを示す値を作成するための適切な数式を知っているであろう。
【０２０４】
たとえば、適切な式は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル対結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比を表す値を生じる式である。1より大きい比は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを示し、1より小さい比は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを示す。そのような比の値を作成するための式は、以下の式を有し得る:
値=[被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]/[結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]
【０２０５】
あるいは、適切な式は、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルから減算して、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルの結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルからの差を表す値を生じる式である。陽性の値を有する差は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを示し、陰性の値を有する差は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを示す。そのような差の値を作成するための式は、以下の式を有し得る:
値=[被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]-[結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]
【０２０６】
したがって、本発明の別の態様によれば、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定するためのコンピュータベースの方法を提供する。この方法は、コンピュータを使用して本発明による数学モデルを試験データに適用させ、確率を出力し、それによって被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定を可能にすることによって達成される。
【０２０７】
本発明の方法が可能になるように、被験者が疾患に罹っていないことに対して疾患に罹っている確率を決定するためのコンピュータの適用は、コンピュータシステム、および任意選択で、当分野で通常使用されているコンピュータ可読媒体を用いて、当分野で通常実施されている。
【０２０８】
したがって、本発明のさらなる態様によれば、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を提供するためのコンピュータシステムを提供する。コンピュータシステムは、プロセッサ、およびユーザに確率を提供することをプロセッサに行わせる命令を設定したメモリを含み、命令は、本発明の数学モデルを本発明の試験データに適用させることによって、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することを含む。
【０２０９】
命令は、当分野で通常使用されている様々な方法のうちの任意の1つでコンピュータに提供し得る。一態様では、命令は、コンピュータ可読媒体を用いてコンピュータに提供する。
【０２１０】
したがって、本発明のさらに別の態様によれば、本発明の数学モデルを本発明の試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体を提供する。
【０２１１】
上述のように、試験データを得る段階の後、本発明の分類方法は、本発明のマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、結腸直腸の病理を全く有さない被験者中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データと比較し、レベル間の倍率変化を決定する段階を含む。
【０２１２】
本発明の方法に従って、本発明のマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを結腸直腸の病理を全く有さない被験者中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データと比較し、レベル間の倍率変化を決定するために、コンピュータを使用し得ることを理解されたい。
【０２１３】
したがって、本発明の別の態様によれば、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法を提供する。この方法は、コンピュータを用いて、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうか、またはIL2RBではそれよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、本発明による被験者からの試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用することによって達成される。ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【０２１４】
本発明の方法が可能になるように、被験者を疾患に罹っていないよりも疾患に罹っている可能性が高いに分類することを提供するためのコンピュータの適用は、コンピュータシステム、および任意選択で、当分野で通常使用されているコンピュータ可読媒体を用いて、当分野で通常実施されている。
【０２１５】
したがって、本発明のさらなる態様によれば、被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類することを提供するためのコンピュータシステムを提供する。コンピュータシステムは、プロセッサ、およびユーザに分類を提供することをプロセッサに行わせる命令を設定したメモリを含み、命令は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルとの間の倍率変化を表す値を作成するための数式を、試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用することをプロセッサに行わせることを含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高い、たとえば本明細書中に教示した適切な倍率変化の範囲内にあることを示す値は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低い、たとえば本明細書中に開示する適切な倍率変化の範囲内にあることを示す値は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【０２１６】
命令は、当分野で通常使用されている様々な方法のうちの任意の1つでコンピュータに提供し得る。一態様では、命令は、コンピュータ可読媒体を用いてコンピュータに提供する。
【０２１７】
したがって、本発明のさらに別の態様によれば、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルとの間の倍率変化を表す値を作成するための数式を、試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の本発明のマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体を提供し、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高い、たとえば本明細書中に開示する倍率変化の適切な範囲内にあることを示す値は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低い、たとえば本明細書中に開示する倍率変化の適切な範囲内にあることを示す値は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【０２１８】
したがって、本発明のさらに別の態様によれば、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、ヒト被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体を提供し、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される。
【０２１９】
本明細書中に記載の方法のうちの特定のものを実施するための例示的なコンピュータシステムを図2に記載する。
【０２２０】
図2は、本明細書中に記載の方法の実施に適切な汎用コンピュータシステム100の模式図を示す。自立型のユニットとして示すが必ずしもそれには限定されないコンピュータシステム100は、少なくとも1つのデータ処理ユニット(CPU)102、典型的には高速ランダムアクセスメモリおよび不揮発性メモリ(1つまたは複数の磁気ディスクドライブなど)がどちらも含まれるが単純にフラッシュメモリであり得るメモリ104、ユーザインターフェース108、任意選択で、ディスクコントローラ112によって制御されるディスク110、ならびに他のコンピュータおよび他の装置と通信するための少なくとも1つの任意選択のネットワークまたは他の通信インターフェースカード114を含む。少なくともCPU102、メモリ104、ユーザインターフェース108、存在する場合はディスクコントローラ、およびネットワークインターフェースカードは、少なくとも1つのコミュニケーションバス106を介して互いに通信する。
【０２２１】
メモリ104は、基本的なシステムサービスを提供するためのオペレーティングシステム140、データを表示および操作し、被験者を診断する目的で式を評価するためのユーザレベルプログラムなどのアプリケーションプログラム152、コンピュータプログラムの書き込みを支援するためのオーサリングツール、ファイルシステム142、ユーザインターフェース108を介したユーザとの通信を取り扱うためのユーザインターフェースコントローラ144、ならびに任意選択で、本発明のデータおよび他の情報を格納するための1つまたは複数のデータベース146、任意選択で、データの表示を制御するためのグラフィックスコントローラ148、ならびに任意選択で、数学演算の実行専用の浮動小数点コプロセッサ150が典型的に含まれる、手順およびデータを格納する。また、本発明の方法は、図2には示さないが、メモリ104中もしくはディスク110上のいずれかに格納された、またはネットワークインターフェース接続114を介してアクセス可能な、1つまたは複数の動的にリンクされたライブラリ内に含有される機能も利用し得る。
【０２２２】
ユーザインターフェース108は、ディスプレイ128、マウス126、およびキーボード130を含み得る。図2中には別々の構成要素として示したが、これらのユーザインターフェース構成要素の1つまたは複数は、携帯型コンピュータなどの実施形態中では互いに一体化されている場合がある。ディスプレイ128は、陰極線管(CRT)、またはアクティブマトリックスもしくはTFT実施形態に基づいたLCDなどのフラット表示ディスプレイ、あるいはコンジュゲートした小分子またはポリマーなどの発光性有機分子に基づいた電気発光ディスプレイであり得る。図2に示していないユーザインターフェースの他の実施形態には、たとえば、キーパッド上の数個のボタン、カードリーダ、専用のタッチ装置を備えたもしくは備えていないタッチスクリーン、トラックパッド、トラックボール、または音声認識ソフトウェアと併せて使用するマイク、またはその任意の組合せ、あるいは無許可のユーザがシステム100中に格納されているデータおよびプログラムにアクセスすることを禁止する指紋センサまたは網膜スキャンなどのセキュリティ装置が含まれる。
【０２２３】
また、システム100は、シリアルもしくはUSBポートと接続された専用のプリンタケーブルによって直接、または無線、またはネットワーク接続を介して、プリンタなどの出力装置と接続されていてもよい(示さず)。
【０２２４】
任意選択で、データベース146は、データベース中のデータの量がメモリ104中に効率的に格納されるためには大きすぎる状況下では、代わりにディスク110上に格納し得る。また、データベースは、ネットワークインターフェース接続114を介してコンピュータシステム100と通信する1つまたは複数のリモートコンピュータ上に、代わりにまたは部分的に格納し得る。
【０２２５】
ネットワークインターフェース134は、ケーブルもしくはモデム、またはイーサネット（登録商標）、ファイアワイヤ、もしくはUSB接続、あるいはデジタル加入者回線を介して、インターネットまたはローカルエリアネットワークと接続され得る。好ましくは、コンピュータネットワーク接続は、無線、たとえば、CDMA、GSM、もしくはGPRS、またはブルートゥース、あるいは802.11a、802.11b、または802.11gなどの標準を利用したものである。
【０２２６】
様々な装置および位置に及ぶシステム100の構成要素の様々な実施形態ならびに構成および配線は、本明細書中に記載の方法の実施と矛盾がないことを理解されたい。たとえば、ユーザは、被験者からデータを受信し、別の装置または位置とのネットワーク接続を通してデータを転送する携帯型の実施形態を使用してよく、データは本明細書中に記載の式に従って解析される。そのような解析の結果は、他の位置に格納されるか、かつ/またはさらに携帯型の実施形態に逆転送され得る。そのような構成では、被験者からデータを受信する動作には、ユーザが情報を入力する動作が含まれる場合がある。ネットワーク接続には、たとえば医療提供者の遠隔部位とのウェブベースのインターフェースが含まれる場合がある。あるいは、システム100は、被験者からデータを受信し、本明細書中にさらに記載する式にデータを入力することなどによってデータを解析し、結果を生成してそれをユーザに表示する、携帯型装置などの装置であり得る。その後、任意選択で、無線インターフェースなどのネットワークインターフェースを介して結果をリモート位置に逆転送することができる。システム100は、ユーザが電子メールによって解析の結果を直接、医療提供者、または診断施設、または患者などの何らかの他の関係者に転送することを許可するように、さらに構成し得る。
【０２２７】
本発明の一態様では、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法を提供する。本方法は、血液の試験生体試料を被験者から入手する段階と、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される遺伝子のセットごとに、試験生体試料中の遺伝子によりコードされるRNAの量を決定する段階と、これらの遺伝子のそれぞれの決定されたRNAの量を1つまたは複数の血液の対照生体試料中の量と比較する段階と、試験生体試料中のそれぞれの遺伝子によりコードされるRNAの量が、遺伝子ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では対照生体試料中のそれよりも高い場合、IL2RBでは低い場合に、一般集団に比べて、被験者の結腸直腸癌に罹るリスクが増加している、リスクが平均的であるまたはリスクが減少していることを結論づけるまたは決定する段階を含む。
【０２２８】
被験者は、試験生体試料中に存在するANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1によりコードされるRNAの量が、対照試料中で見られるものよりも本明細書中の実施例中で見られる適切な程度(プラスマイナス10%)高い場合に、結腸直腸癌に罹っているまたはそれを発生する「リスクが増加している」と見なされる。被験者は、試験生体試料中に存在するIL2RBによりコードされるRNAの量が、対照試料中で見られるものよりも本明細書中の実施例中で見られる適切な程度(プラスマイナス10%)低い場合に、結腸直腸癌に罹っているまたはそれを発生する「リスクが増加している」と見なされる。
【０２２９】
ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1、およびIL2RBなどの本発明のマーカー遺伝子の組合せを既知のCRC有病率と共に使用して、平均リスク集団における結腸直腸癌に罹っている確率を重層化するための有用な閾値を決定することができる。実施例に記載の組み合わせた訓練/盲検セット(IL2RB二重鎖)を用いて、増加した確率の閾値を選択して、基底の疾患有病率に対して3倍の増加である1.5%の結腸直腸癌の発生率を有する部分集団を同定することができ、この閾値は、結腸直腸癌に罹っている一等親血縁者を有することに関連するものと同じ相対リスクを反映している。たとえば、80%、75%、70%、65%の結腸直腸癌の検出の感度を反映する、減少した確率の閾値を選択して、平均より低い確率の部分集団を同定することができる。この手法を用いて、患者を増加した確率の群、減少した確率、および平均的な確率の群へと重層化することができる。
【０２３０】
当業者は、本発明の実施形態を実施するための結腸直腸癌の適切な有病率を、文献から直接決定することができるか、または利用可能な統計データから計算することができるであろう。たとえば、50歳を超える平均リスク集団における結腸直腸癌の有病率は、0.7%であると決定されている(たとえばImperiale TF.ら、2004年、Colorectal Cancer Study Group、Fecal DNA versus fecal occult blood for colorectal-cancer screening in an average-risk population. New Engl J Med 351:2704〜14頁を参照されたい)。
【０２３１】
本発明の方法による定量的PCRを実施するための成分をキット中に構築し得ることを理解されたい。
【０２３２】
したがって、本発明のさらに別の態様によれば、キットを提供する。キットは、包装を含み、本発明の標的遺伝子であるACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの2つ以上のセットの遺伝子ごとに、ヒト被験者において前記遺伝子のみによりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセットを含有する。
【０２３３】
本発明のキットの様々な態様では、遺伝子のセットは、本明細書中で以上および以下の実施例セクションに記載のように、本発明の標的遺伝子のうちの2つ以上の任意の組合せであり得る。
【０２３４】
本発明の一態様では、キットは、以下の成分:熱安定性ポリメラーゼ、逆転写酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸、ヌクレオチド三リン酸および酵素緩衝液のうちの2つ以上をさらに含有する。
【０２３５】
本発明の別の態様では、キットは、増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかと選択的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの標識されたプローブをさらに含有する。
【０２３６】
本発明のさらに別の態様では、キットは、本発明のコンピュータ可読媒体をさらに含有する。
【０２３７】
一態様では、キットは、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率、たとえば、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定するためのものであることが、印刷され、または包装上に同定されている。
【０２３８】
別の態様では、キットは、被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高い、および/または結腸直腸癌に罹っているよりも結腸直腸癌に罹っていない可能性が高いに分類するためのものであることが、印刷され、または包装上に同定されている。
【０２３９】
さらなる態様では、キットは、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定するためのものであることが、印刷され、または包装上に同定されている。
【０２４０】
本発明のキットの様々な態様では、遺伝子のセットは、本発明の標的遺伝子のうちの2つ以上の任意の組合せであり得る。
【０２４１】
ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの2つ以上からなる本発明の遺伝子のセットには、以下が含まれる: ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4; ACTB、IL2RB、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、PRRG4、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、VNN1; ACTB、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、IL2RB、PRRG4; ACTB、ANXA3、IL2RB、PRRG4; ACTB、CLEC4D、IL2RB、PRRG4; ACTB、IL2RB、LMNB1、PRRG4; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4; ACTB、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、IL2RB、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、VNN1; ACTB、ANXA3、IL2RB、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、IL2RB、LMNB1、VNN1; ACTB、ANXA3、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、PRRG4; ACTB、ANXA3、LMNB1、PRRG4; ACTB、CLEC4D、IL2RB、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、PRRG4、VNN1; ACTB、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、IL2RB、LMNB1; ACTB、CLEC4D、IL2RB、LMNB1; ACTB、IL2RB、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1; ACTB、ANXA3、PRRG4; ACTB、ANXA3、CLEC4D、VNN1; ACTB、ANXA3、LMNB1、VNN1; ACTB、ANXA3、PRRG4、VNN1; ACTB、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、ANXA3; ACTB、ANXA3、CLEC4D; ACTB、ANXA3、LMNB1; ACTB、ANXA3、VNN1; ACTB、ANXA3、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、CLEC4D、TNFAIP6; ACTB、IL2RB、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D、IL2RB、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、ANXA3、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、IL2RB; ACTB、PRRG4、VNN1; ACTB、CLEC4D、PRRG4、VNN1; ACTB、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1; ACTB、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1; ACTB、PRRG4; ACTB、CLEC4D、PRRG4; ACTB、LMNB1���PRRG4; ACTB、CLEC4D、LMNB1、PRRG4; ACTB、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6; ACTB、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、VNN1; ACTB、LMNB1、VNN1; ACTB、CLEC4D、LMNB1、VNN1; ACTB、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、LMNB1、TNFAIP6; ACTB、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、TNFAIP6、VNN1; ACTB、CLEC4D、LMNB1、TNFAIP6、VNN1; ACTB、LMNB1; ACTB、CLEC4D、LMNB1; ACTB、VNN1; ACTB、CLEC4D、TNFAIP6; ACTB、TNFAIP6; ACTB、CLEC4D;およびACTB、IL2RB。
【０２４２】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTBなどのハウスキーピング遺伝子、ならびに結腸直腸癌マーカー遺伝子のうちの1つまたは複数:ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる。
【０２４３】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびANXA3からなる。
【０２４４】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびCLEC4Dからなる。
【０２４５】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびIL2RBからなる。
【０２４６】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびLMNB1からなる。
【０２４７】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびPRRG4からなる。
【０２４８】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびTNFAIP6からなる。
【０２４９】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびVNN1からなる。
【０２５０】
本発明のキットの別の態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットは、IL2RB、ならびに結腸直腸癌マーカー遺伝子のうちの1つまたは複数:ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる。
【０２５１】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびANXA3からなる。
【０２５２】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびCLEC4Dからなる。
【０２５３】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびLMNB1からなる。
【０２５４】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびPRRG4からなる。
【０２５５】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびTNFAIP6からなる。
【０２５６】
本発明のキットの一態様では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびVNN1からなる。
【０２５７】
本発明の一態様では、キットは、配列番号1として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号2として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２５８】
本発明の一態様では、キットは、配列番号1として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号2として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号3として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２５９】
本発明の一態様では、キットは、配列番号10として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号11として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２６０】
本発明の一態様では、キットは、配列番号10として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号11として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号12として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２６１】
本発明の一態様では、キットは、配列番号19として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号20として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２６２】
本発明の一態様では、キットは、配列番号19として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号20として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号21として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２６３】
本発明の一態様では、たとえば、キットは、配列番号28として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号29として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２６４】
本発明の一態様では、たとえば、キットは、配列番号28として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号29として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号30として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２６５】
本発明の一態様では、キットは、配列番号37として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号38として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２６６】
本発明の一態様では、キットは、配列番号37として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号38として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号39として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２６７】
本発明の一態様では、キットは、配列番号46として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号47として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２６８】
本発明の一態様では、キットは、配列番号46として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号47として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号48として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２６９】
本発明の一態様では、キットは、配列番号55として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号56として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有する。
【０２７０】
本発明の一態様では、キットは、配列番号55として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーおよび配列番号56として同定されたヌクレオチド配列を有するプライマーを含有し、キットは、配列番号57として同定された核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む標識されたプローブをさらに含有する。
【０２７１】
本発明のさらなる非限定的な特定の態様には、以下のものが含まれる。
【０２７２】
本明細書中に開示する本発明の一態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す
陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされる
RNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。
【０２７３】
本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することによって達成されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とがさらに含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することによって達成されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。この後者の実施形態の一態様には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコード
されるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。この後者の実施形態の一態様には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。
【０２７４】
本明細書中に開示する本発明の一態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを、コンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験
データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを、コンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用
する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを
試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。
【０２７５】
本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることが含まれる。本発明のコンピュータベースの方法のそれぞれの一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本発明のコンピュータベースの方法のそれぞれの一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。さらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。
【０２７６】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することによって達成されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被
験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することによって達成されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。さらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。さらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。
【０２７７】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様のさらなる実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTB
によりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様のさらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットがPRRG4からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなることである。
【０２７８】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、包装を含み、ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される2つ以上の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、ヒト被験者において前記遺伝子のみによりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセットを含有するキットである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットが、熱安定性ポリメラーゼ、逆転写酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸、ヌクレオチド三リン酸および酵素緩衝液からなる群から選択される2つ以上の成分をさらに含有することである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットが、増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかと選択的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの標識されたプローブをさらに含有することである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットが、数学モデルを、ヒト被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データに適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体をさらに含有し、数学モデルが、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出され、数学モデルが、遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とし、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表すことである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットが、ACTB、ならびにANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセッ
トがACTBおよびANXA3からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびCLEC4Dからなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびIL2RBからなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびLMNB1からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびPRRG4からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびTNFAIP6からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびVNN1からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットが、IL2RB、ならびにANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびANXA3からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびCLEC4Dからなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびLMNB1からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびTNFAIP6からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびVNN1からなることである。
【０２７９】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分
類する方法であって、(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを
作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性
対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。
【０２８０】
本発明の、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することによって達成されることが含まれる。本発明の、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明の方法の一実施形態には、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供することがさらに含まれる。本発明の、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明の方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本発明の、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明の方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることが含まれる。本発明の、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明の方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。本実施形態の一態様では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明の方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル
が、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されること、ならびに/または被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。
【０２８１】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュー
タベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていな
いヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のV
NN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルの試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。
【０２８２】
ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることが含まれる。ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。本実施形態の一態様には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する本発明のコンピュータベースの方法の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。本実施形態の一態様には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。
【０２８３】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することによって達成されることが含まれる。本態様の別の実施形態には、結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とを含むことがさらに含まれる。本態様の別の実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることが含まれる。本態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされ���RNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。さらなる実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本態様の一実施形態には、1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。本態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。
【０２８４】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:(a)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を計算するための式を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階を含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことが示された場合は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことが示された場合は、被験者が結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の本実施形態のさらなる実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態には、1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる���本明細書中に開示する本発明の本実施形態さらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。本明細書中に開示する本発明の本実施形態さらなる実施形態では、1つまたは複数の遺伝子のセットはPRRG4からなる。本明細書中に開示する本発明の本実施形態のさらなる実施形態では、1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびPRRG4からなる。
【０２８５】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、包装を含み、ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される2つ以上の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、ヒト被験者において前記遺伝子のみによりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセットを含有するキットである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態では、キットは、熱安定性ポリメラーゼ、逆転写酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸、ヌクレオチド三リン酸および酵素緩衝液からなる群から選択される2つ以上の成分をさらに含有する。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットは、増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかと選択的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの標識されたプローブをさらに含有する。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットは、ACTB、ならびにANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびANXA3からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびCLEC4Dからなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびIL2RBからなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびLMNB1からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびPRRG4からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびTNFAIP6からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはACTBおよびVNN1からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットは、IL2RB、ならびにANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびANXA3からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびCLEC4Dからなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびLMNB1からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびPRRG4からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびTNFAIP6からなる。本明細書中に開示する本発明の本態様の別の実施形態では、キットの1つまたは複数の遺伝子のセットはIL2RBおよびVNN1からなる。
【０２８６】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のアネキシンA3(ANXA3)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定されるANXA3によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のC型レクチンドメインファミリー4、メンバーD(CLEC4D)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のインターロイキン2受容体、β(IL2RB)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも低い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に
開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のラミンB1(LMNB1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のプロリンリッチなGla(Gカルボキシグルタミン酸)4(膜貫通型)(PRRG4)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中の腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質6遺伝子(TNFAIP6)によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のバニン1(VNN1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定するこれらの方法のこれら8つの態様のうちの任意の1つの一実施形態では、対照試料は、結腸直腸癌に罹っていないと診断された個体由来である。
【０２８７】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される遺伝子のセットの遺伝子ごとに、(i)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(ii)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高いかどうか、IL2RBでは、血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データ、および1つまたは複数の血液の対照試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータに適用する段階と、(b)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高いことを前記値が示す場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づけ、IL2RBでは、血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも低いことを前記値が示す場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料と、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、およびTNFAIP6からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。
【０２８８】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、核酸分子が、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物である。この組成物の一実施形態は、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、核酸分子が、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、核酸分子が、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、核酸分子が、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相���的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、核酸分子が、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、核酸分子が、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物である。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。被験者由来の血液試料と、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAまたはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む、単離された組成物。この組成物の一実施形態は、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、およびTNFAIP6からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAまたは遺伝子の群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む。
【０２８９】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、CLEC4D遺伝子により���ードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することが���きる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1のプライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2のプライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物である。
【０２９０】
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)CLEC4D、遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料と、b)VNN1遺伝子によりコードされるRNA、RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下でcDNAもしくはその相補体またはRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、およびcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子とを含む試験システムである。本段落中に記載した試験システムのうちの任意のものの実施形態には、被験者を結腸直腸癌についてスクリーニングすることが含まれる。
【０２９１】
以下の非限定的な例は本発明を例示するものである。
【０２９２】
(実施例)
(実施例1)
一般的な材料および方法
導入:以下の材料および方法には、Affymetrix U133Plus 2.0 GeneChipオリゴヌクレオチドアレイ(Affymetrix、カリフォルニア州Santa Clara)を用いたアレイハイブリダイゼーション解析(データ示さず)により、血液中の結腸直腸癌マーカー遺伝子として出願人らによって驚くべきことに同定された、遺伝子によりコードされるRNAのレベルの血液の解析が、定量的逆転写酵素PCR解析による結腸直腸癌を診断するための血液マーカーとしても役割を果たすことができることを実証するために行った実験を記載する。
【０２９３】
血液試料の採取:2.5mlの全血の試料を、結腸直腸の病理を全く有さないヒト被験者および結腸直腸癌に罹っているヒト被験者から、PAXgene血液RNAチューブ(PreAnalytiX)内に採取した。試料は、GeneNews Corp.および共同研究施設によって実施された結腸直腸癌の研究に登録された被験者から入手した。結腸直腸癌に罹っている被験者からの血液試料は腫瘍の切除前に採取し、癌の段階および組織学は施設の病理学者によって決定された。結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料は、内視鏡検査スクリーニングに現れた被験者から採取した。関与する施設の研究倫理委員会によって認可された研究プロトコルに従ってインフォームドコンセントを得た。性別、年齢、体重指数(BMI)、民族性および病歴を一致させる試みをもって実験群の試料対を選択した。試料を訓練および試験セットへと分けた。
【０２９４】
RNAの単離:2.5mlの全血の試料をPAXgene血液RNAチューブ(PreAnalytiX)内に採取し、PAXgene血液RNAキットプロトコルの指示書に従って処理した。手短に述べると、血液をPAXgeneチューブ内に少なくとも2時間保管した後、血液試料を遠心分離し、上清を廃棄した。残りの試料に、350マイクロリットルの供給された緩衝液BR1を加え、試料をピペットでスピンカラム内に入れ、遠心分離し、洗浄し、最後に単離されたRNAとして溶出させ、保管した。
【０２９５】
逆転写:血液試料由来のRNAを一本鎖の相補的DNAに逆転写することは、High Capacity cDNA逆転写キット(Applied Biosystems、カリフォルニア州Foster City、製品番号4368814)を用いて、製造者の指示書に従って行った。具体的には、1マイクログラムの単離されたRNAを、逆転写酵素緩衝液、dNTP、ランダムプライマーおよび逆転写酵素と共にインキュベートし、25℃で10分間、続いて37℃で2時間インキュベートした。
【０２９６】
定量的リアルタイムRT-PCR:Table1(表2)に記載の遺伝子によりコードされるRNAのレベルを測定するための定量的リアルタイムPCR解析を、QuantiTect(商標)プローブRT-PCRシステム(Qiagen、カリフォルニア州Valencia、製品番号204345)を使用して、示した遺伝子に対応するcDNA鋳型を増幅するためにTable2(表3)に記載のプライマーを用い、示した遺伝子に対応する単位複製配列のレベルを測定するためにTable3(表4)に記載のポリヌクレオチドを含むTaqMan二重標識プローブを用いて、cDNA試料で行った。TaqManプローブおよびプライマーは、Applied BiosystemsのAssays-On-Demand、またはIDT (Integrated DNA Technologies、アイオワ州Coralville)、またはBiosearch Technologies(カリフォルニア州Novato)から注文した。XXXは実施例中で使用したプローブを特定し、PEAmpliconのレベルは、リアルタイムPCRシステム7500装置(Applied Biosystems)を用いてリアルタイムで測定した。具体的には、逆転写から生じた20ナノグラムのcDNAを提供されたままのQuantiTectプローブPCR Master Mixに加え、マグネシウム濃度について調節は行わなかった。ウラシル-N-グリコシラーゼは加えなかった。標的遺伝子に特異的な順方向プライマーおよび逆方向プライマー(Table1(表2))をどちらも5マイクロモーラーの濃度まで加え、生じた25マイクロリットルの反応体積を以下のようにインキュベートした:50℃で2分間、次いで95℃で15分間、次いで、[94℃で15秒間、次いで55℃で35秒間、次いで72℃で30秒間]を40サイクル。55℃での40回のインキュベートのそれぞれの間に増幅データを収集した。すべての定量的逆転写酵素PCR解析は、同じ反応混合物中の標的遺伝子および参照遺伝子(示したように、ACTBまたはIL2RBのどちらか)の二重鎖の増幅として行った。値が線形範囲内にあり、増幅効率がほぼ等価であったことを確認するために標的および二重鎖パートナー遺伝子の段階希釈測定をアッセイした。ポリアクリルアミドゲル電気泳動による調査により、特異的なPCR増幅および各反応ウェル内にプライマー-二量体の形成を欠くことが確認された。
【０２９７】
Table1(表2).結腸直腸癌の確率を決定するための標的RNAコードしている遺伝子対結腸直腸の病理の非存在。
【０２９８】
【表２】
2011517941.tif 000005
【０２９９】
Table2(表3).定量的PCR解析に使用したプライマー。
【０３００】
【表３】
2011517941.tif 000006
【０３０１】
Table3(表4).定量的PCR解析に使用したTaqMan(登録商標)プローブ。
【０３０２】
【表４】
2011517941.tif 000007
【０３０３】
結腸直腸の病理を全く有さない被験者に対する結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中のマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルの倍率変化の観察された範囲の決定:試料訓練および試料試験セットのそれぞれについて、ACTBまたはIL2RBのいずれかに対して正規化したマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルにおける平均の倍率変化を、結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中のマーカー遺伝子によりコードされるRNAの平均レベル対結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のマーカー遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルの比として計算した。倍率変化の統計的有意性は、0.05未満のp値によって確認された。さらに、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液よりも結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で高いことが判明したマーカー遺伝子によりコードされるRNAの正規化したレベルにおける最大の観察された定方向倍率変化を、それぞれのマーカー遺伝子について、結腸直腸癌に罹っている被験者からの任意の単一の試料において観察された最高レベル対結腸直腸の病理を全く有さない被験者における平均レベルの比として計算した。同様に、さらに、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液よりも結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で低いことが判明したマーカー遺伝子によりコードされるRNAの正規化したレベルにおける最大の観察された定方向倍率変化を、それぞれのマーカー遺伝子について、結腸直腸癌に罹っている被験者からの任意の単一の試料において観察された最低レベル対結腸直腸の病理を全く有さない被験者における平均レベルの比として計算した。このようにして、結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中のマーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベルにおける、平均の倍率変化から最大の観察された定方向倍率変化の範囲にある、倍率変化の観察された範囲を決定した。
【０３０４】
結腸直腸癌の確率対結腸直腸の病理の非存在を決定するための数学モデルの形成:ロジスティック回帰を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定するための数学モデルを形成した。陽性および陰性の対照被験者の血液中における二重定量的逆転写酵素PCRを介して決定した、結腸直腸癌マーカー遺伝子によりコードされるRNAおよび参照遺伝子のレベルを、ロジスティック回帰によって解析することで、一般式を有する一般モデルを生成した:
P={1+e^-[K0+K1L1+K2L2+K3L3...+KnLn]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、K0は定数であり、K1は、第1のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、L1は、第1の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比であり、K2は、第2のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、L2は、第2の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比であり、K3は、第3のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、L3は、第3の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比であり、Knは、第n個目のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、Lnは、第n個目の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比である]。マーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベル対参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比は、サイクル数(Ct)の変化(ΔCt)として計算し、蛍光の増加は方程式:ΔCt=Ct(マーカー遺伝子)-Ct(参照遺伝子)に従ってマーカー遺伝子と参照遺伝子との間で指数関数的であった。本明細書中で使用するキャレット記号「^」とは、キャレットに先行する値を、キャレットに続く値に対応する値までべき乗することを示す。
【０３０５】
(実施例2)
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の任意の組合せによりコードされるRNAの血液レベルの測定を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる
【０３０６】
材料および方法:
上記「一般的な材料および方法」を参照されたい。
【０３０７】
実験結果:
試料訓練セット:
結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中のANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの有意に異なるレベルの発見:ハウスキーピング遺伝子ACTBを遺伝子発現レベルの正規化の二重鎖パートナーとして用いて、117人の結腸直腸癌に罹っている被験者および130人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の訓練セットにおける遺伝子発現の定量的逆転写酵素PCR解析を行った。測定された正規化したRNAレベルをTable4(表5)に示す。
【０３０８】
Table4(表5).ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、結腸直腸癌に罹っている被験者(群1)および結腸直腸の病理を全く有さない被験者(群0)の血液における、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの試料訓練セットのレベル。示したレベルはΔCtに対応する。
【０３０９】
【表５Ａ】
2011517941.tif 000008
【０３１０】
【表５Ｂ】
2011517941.tif 000009
【０３１１】
【表５Ｃ】
2011517941.tif 000010
【０３１２】
【表５Ｄ】
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【０３１３】
【表５Ｅ】
2011517941.tif 000012
【０３１４】
【表５Ｆ】
2011517941.tif 000013
【０３１５】
驚くべきことに、データの解析により、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAは、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で平均して有意により高いレベルで存在し(0.05未満のp値)、IL2RBによりコードされるRNAは、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で平均して有意により低いレベルで存在する(0.05未満のp値)ことが示された(Table5(表6))。結腸直腸の病理を全く有さない訓練セット被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている訓練セット被験者の血液における、ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したこれらの遺伝子によりコードされるRNAのレベルにおける倍率変化の範囲を、Table5(表6)に示す。
【０３１６】
Table5(表6).結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルにおける試料訓練セットの倍率変化の範囲。
【０３１７】
【表６】
2011517941.tif 000014
【０３１８】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.6〜11.5倍高い、ANXA3によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３１９】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.4〜15.9倍高い、CLEC4DによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３２０】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.3〜4.7倍高い、LMNB1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３２１】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜6.1倍高い、PRRG4によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３２２】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.46〜10.12倍高い、TNFAIP6によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３２３】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.45〜23.63倍高い、VNN1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３２４】
Table5(表6)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルの0.8〜0.1倍である、IL2RBによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３２５】
ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの測定を介した、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率対結腸直腸の病理を全く有さない確率を決定するためのロジスティック回帰モデルの作成:ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの直線回帰解析により、少なくとも0.61の受信者動作特性(ROC)曲線下面積(AUC)で、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別するために、試料訓練セットにおいて決定したこれらの遺伝子の1つまたは複数の127個の可能な組合せすべての血液発現レベルに基づいたロジスティック回帰モデルを作成できることが、驚くべきことに示された。これらのロジスティック回帰モデルの例をTable6(表7)に示す。ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1に基づいたモデルは(Table6(表7)、モデル#1)、0.79のROC AUCで結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者との識別を可能にすることが、驚くべきことに見い出された。
【０３２６】
例として、Table6(表7)のモデル#1は以下に対応する:
P={1+e^-[0.684+(-0.916)(LANXA3)+(0.353)(LCLEC4D)+(0.871)(LIL2RB)+(0.907)(LLMNB1)+(-0.968)(LPRRG4)+(0.154)(LTNFAIP6)+(-0.355)(LVNN1)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LANXA3は、ANXA3によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LCLEC4Dは、CLEC4DによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LIL2RBは、IL2RBによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LLMNB1は、LMNB1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LTNFAIP6は、TNFAIP6によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LVNN1は、VNN1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
【０３２７】
さらなる例として、Table6(表7)のモデル#104は以下に対応する:
P={1+e^-[4.311+(-0.659)(LPRRG4)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
【０３２８】
【表７Ａ】
2011517941.tif 000015
【０３２９】
【表７Ｂ】
2011517941.tif 000016
【０３３０】
【表７Ｃ】
2011517941.tif 000017
【０３３１】
【表７Ｄ】
2011517941.tif 000018
【０３３２】
盲検試料の試験セット:76人の結腸直腸癌に罹っている被験者および77人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の独立した盲検セットにおける遺伝子発現の定量的RT-PCR解析を、訓練セットについて上述のように行った。測定された正規化したRNAレベルをTable7(表8)に示す。
【０３３３】
Table7(表8).ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、結腸直腸癌に罹っている被験者(群1)および結腸直腸の病理を全く有さない被験者(群0)の血液における、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの試料試験セットのレベル。示したレベルはΔCtに対応する。
【０３３４】
【表８Ａ】
2011517941.tif 000019
【０３３５】
【表８Ｂ】
2011517941.tif 000020
【０３３６】
【表８Ｃ】
2011517941.tif 000021
【０３３７】
【表８Ｄ】
2011517941.tif 000022
【０３３８】
試験セットの解析の結果により、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1は、それぞれ、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で、平均して有意により高いレベル(0.05未満のp値)でRNAを発現し、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で、IL2RBは、平均して有意により低いレベル(0.05未満のp値)でRNAを発現するという、訓練セットに基づいた驚くべき発見が確認された(Table8(表9))。結腸直腸の病理を全く有さない試験セット被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている試験セット被験者の血液における、ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの倍率変化の範囲もTable8(表9)に示す。
【０３３９】
Table8(表9).結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、ACTBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1によりコードされるRNAのレベルの試料試験セットの倍率変化の範囲。
【０３４０】
【表９】
2011517941.tif 000023
【０３４１】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも2.2〜9.1倍高い、ANXA3によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４２】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.8〜13.7倍高い、CLEC4DによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４３】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜7.0倍高い、LMNB1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４４】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.8〜6.3倍高い、PRRG4によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４５】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.9〜16.8倍高い、TNFAIP6によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４６】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.7〜13.8倍高い、VNN1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４７】
Table8(表9)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルの0.8〜0.2倍である、IL2RBによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３４８】
さらに、試験セットの結果により、そのそれぞれをACTBの発現レベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数の127個の可能な組合せのうちの任意のものの血液発現レベルに基づいたロジスティック回帰モデルを用いて、少なくとも0.64のROC AUC(Table6(表7))で、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別することができるという、訓練セットに基づいた驚くべき発見が確認された。したがって、Table6(表7)に記載の新規ロジスティック回帰モデルを用いて、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の血液発現レベルに基づいて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる。
【０３４９】
(実施例3)
IL2RBによりコードされるRNAのレベルと比較した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の任意の組合せによりコードされるRNAの血液レベルの測定を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる
【０３５０】
材料および方法:
上記「一般的な材料および方法」を参照されたい。
【０３５１】
実験結果:
試料訓練セット:
結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBに対して正規化したANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1、TNFAIP6によりコードされるRNAの有意に異なるレベルの発見:IL2RBを遺伝子発現レベルの正規化の二重鎖パートナーとして用いて、116人の結腸直腸癌に罹っている被験者および127人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の訓練セットにおける遺伝子発現の定量的逆転写酵素PCR解析を行った。測定された正規化したRNAレベルをTable9(表10)に示す。
【０３５２】
Table9(表10).IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、結腸直腸癌に罹っている被験者(群1)および結腸直腸の病理を全く有さない被験者(群0)の血液における、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの試料訓練セットのレベル。示したレベルはΔCtに対応する。
【０３５３】
【表１０Ａ】
2011517941.tif 000024
【０３５４】
【表１０Ｂ】
2011517941.tif 000025
【０３５５】
【表１０Ｃ】
2011517941.tif 000026
【０３５６】
【表１０Ｄ】
2011517941.tif 000027
【０３５７】
【表１０Ｅ】
2011517941.tif 000028
【０３５８】
【表１０Ｆ】
2011517941.tif 000029
【０３５９】
驚くべきことに、データの解析により、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAは、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で平均して有意により高いレベルで存在する(0.05未満のp値)ことが示された(Table10(表11))。結腸直腸の病理を全く有さない訓練セット被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている訓練セット被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したこれらの遺伝子によりコードされるRNAのレベルにおける倍率変化の範囲を、Table10(表11)に示す。
【０３６０】
Table10(表11).結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの試料訓練セットの倍率変化の範囲。
【０３６１】
【表１１】
2011517941.tif 000030
【０３６２】
Table10(表11)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.7〜14.4倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３６３】
Table10(表11)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜12.0倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したCLEC4DによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３６４】
Table10(表11)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜6.8倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したLMNB1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３６５】
Table10(表11)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.3〜11.5倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したPRRG4によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３６６】
Table10(表11)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜13.6倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したTNFAIP6によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３６７】
Table10(表11)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.3〜11.4倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３６８】
IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの測定を介した、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率対結腸直腸の病理を全く有さない確率を決定するためのロジスティック回帰モデルの作成:IL2RBに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの直線回帰解析により、これらの遺伝子の1つまたは複数の63個の可能な組合せすべてについて、少なくとも0.67のROC AUCで、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別するために、IL2RBに対して正規化した血液発現レベルに基づいてロジスティック回帰モデルを作成できることが驚くべきことに示された。これらのロジスティック回帰モデルの例をTable11(表12)に示す。ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1に基づいたロジスティック回帰モデル(Table11(表12)、モデル#128)は、0.80のROC AUCで結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者との識別を可能にすることが、驚くべきことに見い出された。
【０３６９】
例として、Table11(表12)のモデル#128は以下に対応する:
P={1+e^-[(-0.196)+(-1.042)(LANXA3)+(0.393)(LCLEC4D)+(1.272)(LLMNB1)+(-1.837)(LPRRG4)+(0.289)(LTNFAIP6)+(-0.153)(LVNN1)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LANXA3は、ANXA3によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LCLEC4Dは、CLEC4DによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LLMNB1は、LMNB1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LTNFAIP6は、TNFAIP6によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LVNN1は、VNN1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
【０３７０】
さらなる例として、Table11(表12)のモデル#157は以下に対応する:
P={1+e^-[0.288+(-1.392)(LPRRG4)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
【０３７１】
Table11(表12).被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定するための、IL2RBの発現レベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数のうちの任意の可能な組合せの血液発現レベルに基づいたロジスティック回帰モデル。モデルのROC AUC値を、モデルを作成するために使用した試料訓練セット、およびモデルを試験するために使用した独立した盲検試料の試験セットについて示す。訓練セットのROC AUC値の減少順で記載したモデルは、IL2RBを正規化の二重鎖パートナーとして用いた定量的逆転写酵素PCR解析を介して決定した発現レベルに基づいている。これらのモデルの形式は、P={1+e^-[K0+K1L1+K2L2+K3L3...+KnLn]}^-1である[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、K0は定数であり、K1は、第1の遺伝子に特異的な係数であり、L1は、血液中の第1の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、K2は、第2の遺伝子に特異的な係数であり、L2は、血液中の第2の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、K3は、第3の遺伝子に特異的な係数であり、L3は、血液中の第3の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、Knは、第n個目の遺伝子に特異的な係数であり、Lnは、血液中の第n個目の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。所定のロジスティック回帰モデルが基づく、遺伝子の組合せに含まれない遺伝子については、回帰係数を指定しない(「-」によって示す)。
【０３７２】
【表１２Ａ】
2011517941.tif 000031
【０３７３】
【表１２Ｂ】
2011517941.tif 000032
【０３７４】
盲検試料の試験セット:165人の結腸直腸癌に罹っている被験者および171人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の独立した試験セットにおける、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の発現の定量的逆転写酵素PCR解析を、訓練セットについて上述のように行った。測定された正規化したRNAレベルをTable12(表13)に示す。
【０３７５】
Table12(表13).IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、結腸直腸癌に罹っている被験者(群1)および結腸直腸の病理を全く有さない被験者(群0)の血液における、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの試料試験セットのレベル。示したレベルはΔCtに対応する。
【０３７６】
【表１３Ａ】
2011517941.tif 000033
【０３７７】
【表１３Ｂ】
2011517941.tif 000034
【０３７８】
【表１３Ｃ】
2011517941.tif 000035
【０３７９】
【表１３Ｄ】
2011517941.tif 000036
【０３８０】
【表１３Ｅ】
2011517941.tif 000037
【０３８１】
【表１３Ｆ】
2011517941.tif 000038
【０３８２】
【表１３Ｇ】
2011517941.tif 000039
【０３８３】
【表１３Ｈ】
2011517941.tif 000040
【０３８４】
試験セットの結果により、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1は、それぞれ、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で、平均して有意により高いレベル(0.05未満のp値)でRNAを発現するという、訓練セットに基づいた驚くべき発見が確認された(Table13(表14))。結腸直腸の病理を全く有さない試験セット被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている試験セット被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの倍率変化の範囲もTable13(表14)に示す。
【０３８５】
Table13(表14).結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの試料試験セットの倍率変化の範囲。
【０３８６】
【表１４】
2011517941.tif 000041
【０３８７】
Table13(表14)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも2.1〜20.6倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３８８】
Table13(表14)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.8〜9.85倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したCLEC4DによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３８９】
Table13(表14)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.65〜10.6倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したLMNB1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３９０】
Table13(表14)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.95〜13.1倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したPRRG4によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３９１】
Table13(表14)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.9〜16.4倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したTNFAIP6によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３９２】
Table13(表14)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.7〜11.9倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０３９３】
さらに、試験セットの結果により、そのそれぞれをIL2RBの発現レベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1のうちの1つまたは複数の63個の可能な組合せのうちの任意のものの血液発現レベルに基づいたロジスティック回帰モデルを用いて、少なくとも0.66のROC AUC(Table11(表12))で、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別することができるという、訓練セットに基づいた驚くべき発見が確認された。したがって、Table11(表12)に記載の新規ロジスティック回帰モデルを用いて、IL2RBのそれに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の血液発現レベルに基づいて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる。
【０３９４】
(実施例4)
ACTBのそれに対して正規化した、結腸直腸癌マーカーANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを用いた、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定。
被験者由来の血液試料を、上記実施例1に記載のように、ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルについて解析し、それによって試験データを作成した。Table6(表7)のロジスティック回帰モデル#1を試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率が提供された。
【０３９５】
(実施例5)
IL2RBのそれに対して正規化した、結腸直腸癌マーカーANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを用いた、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定。
被験者由来の血液試料を、上記実施例1に記載のように、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルについて解析し、それによって試験データを作成した。Table11(表12)のロジスティック回帰モデル#64(表12)を試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率が提供された。
【０３９６】
(実施例6)
IL2RBによりコードされるRNAのレベルと比較した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の組合せによりコードされるRNAの血液レベルの測定を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる
【０３９７】
材料および方法:
上記「一般的な材料および方法」を参照されたい。
【０３９８】
実験結果:
試料訓練セット:
結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBに対して正規化したANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1、TNFAIP6によりコードされるRNAの有意に異なるレベルの発見:IL2RBを遺伝子発現レベルの正規化の二重鎖パートナーとして用いて、112人の結腸直腸癌に罹っている被験者および120人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の訓練セット(上記実施例3のTable9(表10)に記載の試料の部分組)における遺伝子発現の定量的逆転写酵素PCR解析を行った。測定された正規化したRNAレベルをTable14(表15)に示す。
【０３９９】
【表１５Ａ】
2011517941.tif 000042
【０４００】
【表１５Ｂ】
2011517941.tif 000043
【０４０１】
【表１５Ｃ】
2011517941.tif 000044
【０４０２】
【表１５Ｄ】
2011517941.tif 000045
【０４０３】
【表１５Ｅ】
2011517941.tif 000046
【０４０４】
【表１５Ｆ】
2011517941.tif 000047
【０４０５】
驚くべきことに、データの解析により、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAは、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で平均して有意により高いレベルで存在する(0.05未満のp値)ことが示された(Table15(表16))。結腸直腸の病理を全く有さない訓練セット被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている訓練セット被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したこれらの遺伝子によりコードされるRNAのレベルにおける倍率変化の範囲を、Table15(表16)に示す。
【０４０６】
Table15(表16).結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの試料訓練セットの倍率変化の範囲。
【０４０７】
【表１６】
2011517941.tif 000048
【０４０８】
Table15(表16)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.7〜12.3倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４０９】
Table15(表16)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜12.2倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したCLEC4DによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４１０】
Table15(表16)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.6〜12.8倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したLMNB1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４１１】
Table15(表16)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.4〜6.2倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したPRRG4によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４１２】
Table15(表16)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.7〜7.4倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したTNFAIP6によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４１３】
Table15(表16)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.5〜13.8倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４１４】
IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの測定を介した、被験者が結腸直腸癌に罹っている確率対結腸直腸の病理を全く有さない確率を決定するためのロジスティック回帰モデルの作成(実施例セクションの上記実施例3に記載のモデルと比較して最適化した):IL2RBに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの直線回帰解析により、これら6個の遺伝子の組合せについて、0.80のROC AUCで、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別するために、IL2RBに対して正規化した血液発現レベルに基づいてロジスティック回帰モデルを作成できることが驚くべきことに示された(Table16(表17)に示すモデル#191)。
【０４１５】
Table16(表17)のモデルは以下に対応する:
P={1+e^-[(0.126)+(-1.406)(LANXA3)+(0.399)(LCLEC4D)+(1.874)(LLMNB1)+(-1.846)(LPRRG4)+(0.333)(LTNFAIP6)+(-0.277)(LVNN1)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LANXA3は、ANXA3によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LCLEC4Dは、CLEC4DによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LLMNB1は、LMNB1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LTNFAIP6は、TNFAIP6によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LVNN1は、VNN1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
【０４１６】
Table16(表17).被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定するための、IL2RBの発現レベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の組合せの血液発現レベルに基づいたロジスティック回帰モデル。モデルのROC AUC値を、モデルを作成するために使用した試料訓練セット、およびモデルを試験するために使用した独立した盲検試料の試験セットについて示す。
【０４１７】
【表１７】
2011517941.tif 000049
【０４１８】
盲検試料の試験セット:202人の結腸直腸癌に罹っている被験者および208人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の独立した試験セットにおける、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の発現の定量的逆転写酵素PCR解析を、訓練セットについて上述のように行った(これらの試料には、上記実施例3のTable12(表13)に記載の試料の部分組、および追加の試料が含まれる)。測定された正規化したRNAレベルをTable17(表18)に示す。
【０４１９】
Table17(表18).IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、結腸直腸癌に罹っている被験者(群1)および結腸直腸の病理を全く有さない被験者(群0)の血液における、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの試料試験セットのレベル。示したレベルはΔCtに対応する。
【０４２０】
【表１８Ａ】
2011517941.tif 000050
【０４２１】
【表１８Ｂ】
2011517941.tif 000051
【０４２２】
【表１８Ｃ】
2011517941.tif 000052
【０４２３】
【表１８Ｄ】
2011517941.tif 000053
【０４２４】
【表１８Ｅ】
2011517941.tif 000054
【０４２５】
【表１８Ｆ】
2011517941.tif 000055
【０４２６】
【表１８Ｇ】
2011517941.tif 000056
【０４２７】
【表１８Ｈ】
2011517941.tif 000057
【０４２８】
【表１８Ｉ】
2011517941.tif 000058
【０４２９】
【表１８Ｊ】
2011517941.tif 000059
【０４３０】
試験セットの結果により、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1は、それぞれ、結腸直腸の病理を有さない被験者と比較して結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中で、平均して有意により高いレベル(0.05未満のp値)でRNAを発現するという、訓練セットに基づいた驚くべき発見が確認された(Table18(表19))。結腸直腸の病理を全く有さない試験セット被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている試験セット被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの倍率変化の範囲もTable18(表19)に示す。
【０４３１】
Table18(表19).結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルの試料試験セットの倍率変化の範囲。
【０４３２】
【表１９】
2011517941.tif 000060
【０４３３】
Table18(表19)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも2.1〜17.0倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したANXA3によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４３４】
Table18(表19)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.8〜12.4倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したCLEC4DによりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４３５】
Table18(表19)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.6〜7.7倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したLMNB1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４３６】
Table18(表19)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも2.0〜17.0倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したPRRG4によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４３７】
Table18(表19)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも2.0〜39.0倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したTNFAIP6によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４３８】
Table18(表19)に見ることができるように、結腸直腸の病理を全く有さない被験者の血液中のこの遺伝子によりコードされるRNAの平均レベルよりも1.7〜22.2倍高い、IL2RBによりコードされるRNAのレベルに対して正規化したVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを有する被験者は、結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている可能性が高い。
【０４３９】
さらに、試験セットの結果により、そのそれぞれをIL2RBの発現レベルに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の組合せの血液発現レベルに基づいたロジスティック回帰モデル#191を用いて、少なくとも0.80のROC AUC(Table16(表17))で、結腸直腸癌に罹っている被験者と結腸直腸の病理を全く有さない被験者とを識別することができるという、訓練セットに基づいた驚くべき発見が確認された。したがって、新規ロジスティック回帰モデル#191を用いて、IL2RBのそれに対して正規化した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の血液発現レベルに基づいて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる。
【０４４０】
(実施例7)
IL2RBのそれに対して正規化した、結腸直腸癌マーカーANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを用いた、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定。
被験者由来の血液試料を、上記実施例1に記載のように、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルについて解析し、それによって試験データを作成した。Table16(表17)のロジスティック回帰モデル#191を試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率が提供された。
【０４４１】
本明細書中で引用するすべての特許、特許出願、および出版されている参考文献は、その全体が本明細書中に参考として組み込まれている。
【０４４２】
当業者は、本発明が、目的を実施し、言及した結果および利点を得る、ならびに本発明固有の目的、結果および利点を実施および得るために十分に適応していることを容易に理解されよう。本発明の実施例は、本明細書中に記載の方法、手順、処置、分子、および具体的な化合物と共に、本発明において、好ましい実施形態の代表例であり、それを例示するものであり、また、本発明の範囲の限定であることを意図しない。その変化および他の使用が当業者に理解され、特許請求の範囲によって定義される本発明の精神の範囲内に包含される。
【０４４３】
本発明を、その好ましい実施形態を参照しながら具体的に示し記載したが、当業者には、添付の特許請求の範囲によって包含される本発明の範囲から逸脱せずに、それに形態および詳細の様々な変化を行い得ることが理解されよう。
【符号の説明】
【０４４４】
100  コンピュータシステム
102  データ処理ユニット(CPU)
104  メモリ
106  コミュニケーションバス
108  ユーザインターフェース
110  ディスク
112  ディスクコントローラ
114  インターフェースカード
126  マウス
128  ディスプレイ
130  キーボード
134  ネットワークインターフェース
140  オペレーティングシステム
142  ファイルシステム
144  ユーザインターフェースコントローラ
146  データベース
148  グラフィックスコントローラ
150  浮動小数点コプロセッサ
152  アプリケーションプログラム
【図１Ａ】
2011517941.tif 000061
【図１Ｂ】
2011517941.tif 000062
【図１Ｃ】
2011517941.tif 000063
【図１Ｄ−１】
2011517941.tif 000064
【図１Ｄ−２】
2011517941.tif 000065
【図１Ｅ】
2011517941.tif 000066
【図１Ｆ】
2011517941.tif 000067
【図１Ｇ】
2011517941.tif 000068
【図１Ｈ】
2011517941.tif 000069
【図２】
2011517941.tif 000070
【配列表】
2011517941000001.app
【国際調査報告】
2011517941.tif 000071
2011517941.tif 000072
2011517941.tif 000073
2011517941.tif 000074
2011517941.tif 000075
2011517941.tif 000076