(57)【要約】  本発明は、一般的に、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に、そして特に、ＨＩＶ疾患進行の制限に関連する遺伝的変異体に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＡＩＤＳに迅速に進行するリスクが増加した個体を同定する方法であって、染色体１９ｑ１３．４２でのコピー数変動（ＣＮＶ）の存在に関して、患者由来のＤＮＡをアッセイする工程を含み、染色体１９ｑ１３．４２で欠失を所持する患者が、前記欠失を所持しない非体系的（ｎｏｎ−ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ）ＨＩＶ患者よりも、より迅速にＡＩＤＳに進行するリスクが増加している、前記方法。
【請求項２】
前記欠失がＫＩＲ遺伝子中である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記進行が３５０細胞／ｍｌ未満のＣＤ４細胞の減少によって定義される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
ＡＩＤＳに迅速に進行するリスクが減少した個体を同定する方法であって、染色体１９ｑ１３．４２での重複の存在に関して、患者由来のＤＮＡをアッセイする工程を含み、染色体１９ｑ１３．４２で重複を所持する患者が、その重複を所持しない非体系的ＨＩＶ患者よりも、迅速にＡＩＤＳに進行するリスクが減少している、前記方法。
【請求項５】
前記重複がＫＩＲ遺伝子中である、請求項４記載の方法。
【請求項６】
前記進行が３５０細胞／ｍｌ未満のＣＤ４細胞の減少によって定義される、請求項４記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、本明細書にその全体が援用される、２００８年４月１５日出願の米国仮出願第６１／０７１，１４１号に優先権を請求する。
【０００２】
本発明は、米国国立衛生研究所によって授与された助成金番号第Ａ１０６７８５０１号のもとに米国政府の援助を受けて作成された。米国政府は、本発明において特定の権利を有する。
【０００３】
技術分野
本発明は、一般的に、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に、そして特に、ＨＩＶ疾患進行の制限と関連する遺伝子変異体に関する。
【背景技術】
【０００４】
ヒトは、ＨＩＶ−１による感染に対する脆弱性において、そして特に感染後の臨床的転帰において、顕著な変動を示す。最も著しい相違の１つは、ＡＩＤＳへの進行に先行する無症候期におけるウイルスの血漿レベル（ウイルスセットポイント）である。低いかまたはさらに検出不能レベルにウイルスを制御するよう管理する個体もある一方、他の個体ははるかにより高い血漿ウイルス負荷（ＶＬ）を有し、４〜５ｌｏｇ（基底１０）に渡る患者間変動がルーチンに観察される（Ｔｅｌｅｎｔｉら，  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ４：８６５（２００６）の図３を参照されたい）。この変動性のわずかな部分は、人口統計学的要因、ならびにケモカイン、ケモカイン受容体およびサイトカインなどの既知の遺伝子の変異体によって説明可能である（データセット中の変動の約１５％、やはり、Ｔｅｌｅｎｔｉら，  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ４：８６５（２００６）、Ｏ’Ｂｒｉｅｎら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ３６：５６５（２００４）、Ｔｅｌｅｎｔｉら，  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １：５５（２００６）、Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎら，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｍｅｄ．  ５４：５３５（２００３）、Ｎｅｌｓｏｎら，  Ｊ．  Ａｃｑｕｉｒ．  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｄｅｆｉｃ．  Ｓｙｎｄｒ．  ４２：３４７（２００６）、Ｂｌｅｉｂｅｒら，  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７９：１２６７４（２００５）を参照されたい）。
【０００５】
ＨＩＶ−１セットポイントは特に重要な表現型であり、これは個体間の劇的な変動性のためだけではなく、長期に渡る個体内の相対的安定性、および疾患進行に、そして感染性に及ぼす影響のためでもある（Ｍｅｌｌｏｒｓら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７２：１１６７（１９９６））。ＶＬの相違の原因をよりよく理解すれば、ウイルスを制御する新規ワクチンおよび薬剤に対する示唆が提供されうる。しかし、ウイルス制御に影響を及ぼしうる遺伝子変異体いずれかの発見を容易にするためには、今日まで働くと見なされてきた、標的候補遺伝子研究を超えていくことが必須である（Ｔｅｌｅｎｔｉら，  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ４：８６５（２００６））。
【０００６】
ＶＬセットポイントの決定要因に、そして次に、ＡＩＤＳへの進行（ＣＤ４陽性細胞の減少によって測定）に重点を置いて、ＨＩＶ−１の宿主制御における変動の全ゲノム関連研究が行われてきている。この研究は、ＨＩＶ負荷および疾患進行の制限に関連する、３つの遺伝的変異体（または変異体群）の同定を生じた。こうした変異体は、以下に、そしてＰＣＴ／ＵＳ２００８／００３９６４に記載される。本発明は、少なくとも部分的にＨＩＶ進行と染色体１９ｑ１３．４２での欠失の関連の同定に関する（ｐ＝０．００１０）。以下に記載するように、領域のより綿密な分析によって、この同じ位に欠失および重複があり、そして遺伝子座はＫＩＲ遺伝子のものであることが明らかになった。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／００３９６４
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Ｔｅｌｅｎｔｉら，  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ４：８６５（２００６）
【非特許文献２】Ｏ’Ｂｒｉｅｎら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ３６：５６５（２００４）
【非特許文献３】Ｔｅｌｅｎｔｉら，  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １：５５（２００６）
【非特許文献４】Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎら，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｍｅｄ．  ５４：５３５（２００３）
【非特許文献５】Ｎｅｌｓｏｎら，  Ｊ．  Ａｃｑｕｉｒ．  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｄｅｆｉｃ．  Ｓｙｎｄｒ．  ４２：３４７（２００６）
【非特許文献６】Ｂｌｅｉｂｅｒら，  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７９：１２６７４（２００５）
【非特許文献７】Ｍｅｌｌｏｒｓら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７２：１１６７（１９９６）
【発明の概要】
【０００９】
本発明は、一般的に、ＨＩＶに関する。より具体的には、本発明は、ＨＩＶ疾患進行の制限に関連する遺伝的変異体に、そして予後マーカーとしてこうした変異体を用いる方法に関する。
【００１０】
本発明の目的および利点は、以下の説明から明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】図１Ａおよび１Ｂ。セットポイントでのＨＩＶ−１ウイルス負荷は、ＨＣＰ５  ｒｓ２３９５０２９遺伝子型（Ｔ多数アレル、Ｇ少数アレル）（図１Ａ）と、そしてＨＬＡ−Ｃ  ５’領域ｒｓ９２６４９４２遺伝子型（Ｔ多数アレル、Ｃ少数アレル）（図１Ｂ）と非常に相関している。
【図２】ＨＬＡクラスＩ領域（染色体６  ｐ２１．３）の部分的マップ。遺伝子構造とともに注釈付けされた、すべての遺伝子型決定されたＳＮＰのｐ値［−ｌｏｇ（Ｐ）］を示す。セットポイントでのＨＩＶ−１  ＶＬとゲノム規模で有意な関連を示す２つの独立のＳＮＰを示し、そして赤でマークする。ＷＧＡ  Ｖｉｅｗｅｒソフトウェアによってグラフを描く（ウェブサイト：ｇｅｎｏｍｅ．ｄｕｋｅ．ｅｄｕ／ｃｅｎｔｅｒｓ／ｐｇ２／ｉｎｄｅｘ＿ｈｔｍｌ／ｄｏｗｎｌｏａｄｓ／ＡｎｎｏｔａｔｉｏｎＳｏｆｔｗａｒｅを参照されたい）。
【図３】図３Ａ〜３Ｃ。図３Ａ。セットポイントでのＨＩＶ−１  ＶＬに対する、ＨＬＡ−Ｃ発現レベルの非線形の影響。それぞれ、発現データに関してはＳａｎｇｅｒ  Ｇｅｎｅｖａｒデータベースにおける、そしてセットポイント結果に関してはコホートにおける、各ポイントに関連づけられた患者数を斜字で示す。図３Ｂおよび３Ｃは、遺伝子型にしたがったそれぞれのデータの分布を示す。
【図４】図４Ａ〜４Ｊ。（図４Ａ）ｒｓ９２６４９４２；（図４Ｂ）ｒｓ６４５７３７４；（図４Ｃ）ｒｓ２３９５０２９；（図４Ｄ）ｒｓ９２６１１７４；（図４Ｅ）ｒｓ２０７４４８０、（図４Ｆ）ｒｓ７７５８５１２、（図４Ｇ）ｒｓ９２６１１２９；（図４Ｈ）ｒｓ３８６９０６８；（図４Ｉ）ｒｓ２３０１７５３；および（図４Ｊ）ｒｓ２０７４４７９。
【図５】ＫＩＲ遺伝子座での欠失および重複の例。サンプル名を左に示し、遺伝子名を底部に示す。ＣＮＶを赤（より濃い）（欠失）または緑（より明るい）（重複）のバーとして示す。
【図６】図６Ａおよび６Ｂ。ＨＩＶ進行（図６Ａ）およびセットポイント（図６Ｂ）に対するＫＩＲ２遺伝子座でのＣＮＶの影響。エラーバーは、標準誤差を示し、サンプルサイズを上に示す。
【図７】図７Ａおよび７Ｂ。両側５００ｋｂに関して評価した、ＫＩＲ  ＣＮＶとの連鎖不平衡。図７Ａは、欠失とのＬＤ、図７Ｂは、重複とのＬＤを示す。
【図８】Ｍａｒｔｉｎ  ＆  Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎ  ２００８からのＫＩＲ遺伝子およびハプロタイプの描写。
【図９】１００万ＳＮＰチップ上で実行したアフリカ起源のサンプルにおけるＫＩＲ遺伝子座に関するＣＮＶコール。ＣＮＶはより長いようであるが、これは、５５０チップ上の領域カバーがより劣っている結果であるようである。
【図１０（１）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（３）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（４）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（５）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（６）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（７）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（８）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（９）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１０）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１１）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１２）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１３）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１４）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１５）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１６）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１７）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１８）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（１９）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２０）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２１）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２２）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２３）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２４）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２５）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２６）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２７）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２８）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（２９）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【図１０（３０）】ＨＩＶ−１に対する初期応答に影響を及ぼす遺伝子変異体の同定。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本発明は、部分的に、ＨＩＶ疾患進行の最も重要な予後マーカーであるＨＩＶ負荷における重要な相違と関連する３つの遺伝的変異体（または変異体群）の同定から生じる。これらの変異体は合わせて、ＨＩＶ血漿レベルにおける個体間変動性のかなりの部分を説明しうる。これらの変異体の同定は、ＨＩＶ発病に、そして免疫系およびウイルス間の相互作用に新たな光を当て、それによって新たな療法標的を明らかにする。本発明はまた、部分的に、染色体１９ｑ１３．４２での欠失およびＨＩＶ進行の間の関連の同定から生じる（以下の実施例２を参照されたい）。
【００１３】
第一の態様において、本発明は、染色体６上のＭＨＣクラスＩ領域中のＨＬＡ−Ｃ遺伝子の５’領域に位置する２つの一塩基多型に関する：ＳＮＰ参照番号はｒｓ９２６４９４２およびｒｓ６４５７３７４である（本明細書で言及する多型の同一性に関しては、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ＳＮＰを参照されたい）。（図４）これらの遺伝的変異体は、ＨＬＡ−Ｃ  ｍＲＮＡ発現における相違に関連し、そしてその５’の位置がこの影響を説明するようである（プロモーター／エンハンサー）。ＨＬＡ＊ＣｗＡは、迅速なＨＩＶ進行に関連すると推測されていた（Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８３（５４０８）：１７４８−１７５２（１９９９））が、より最近、この影響はＨＬＡ＊Ｂ３５−Ｐｘとこの型の連鎖に起因するとされた（Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎ，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｍｅｄ．  ５４：５３５−５５１（２００３））。実際、ｒｓ９２６４９４２との部分的連鎖（ｐａｒｔｉａｌ  ｌｉｎｋａｇｅ）がより可能性が高い説明である。これは、ＨＬＡ型とは独立に、ＨＩＶウイルス負荷に対するＨＬＡクラスＩタンパク質の最初に観察された定量的影響である。
【００１４】
第二の態様において、本発明は、染色体６上のＭＨＣクラスＩ領域中のＨＣＰ５遺伝子の推定上のコード領域に位置する一塩基多型に関する：ＳＮＰ参照番号はｒｓ２３９５０２９である。ＨＣＰ５遺伝子の機能は以前は未知であった。しかし、ヒト内因性レトロウイルスとの構造的類似性に基づいて、抗レトロウイルス免疫との関連が示唆されている（Ｋｕｌｓｋｉら，  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４９（５）：４０４−４１２（１９９９））。本明細書で同定された遺伝的変異体は、特定のレトロウイルス（ヒト内因性レトロウイルス）のｐｏｌ配列と相同性を共有する領域中に位置する。これは非同義変化であり、すなわちこれは、このゲノム配列から生じる、予測されるペプチドのアミノ酸配列の変化の原因である。このＳＮＰは、ＨＩＶ疾患に対して最強の既知の宿主遺伝的影響を有するＨＬＡ＊Ｂ５７０１と高い連鎖不平衡にある（Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎ，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｍｅｄ．  ５４：５３５−５５１（２００３））。これがこの型に関連する影響のタグとしてのみ働くのか、または因果関係を示すのかはまだ明らかでない。これは、ＨＩＶ疾患とＨＣＰ５の関連の最初の文書化された記載であり、そしてＨＣＰ５がＨＩＶ制御に関与するのであって、そして＊Ｂ５７０１ではない可能性を提起する。
【００１５】
第三の態様において、本発明は、染色体６上のＭＨＣクラスＩ領域中の３つの遺伝子：ＨＣＧ９、ＲＮＦ３９およびＺＮＲＤ１間に分布する７つの一塩基多型に関する。ＳＮＰ参照番号は、ｒｓ９２６１１７４、ｒｓ２０７４４８０、ｒｓ７７５８５１２、ｒｓ９２６１１２９、ｒｓ３８６９０６８、ｒｓ２３０１７５３およびｒｓ２０７４４７９である。これらの変異体は、完全連鎖不平衡にあり、そしてしたがって、観察される表現型（ＨＩＶウイルス負荷のより優れたまたはより劣った制御）に対する因果関係に関して、これらの間を区別することは不可能である。これらは、転写関連遺伝子である亜鉛リボンドメイン含有１（ＺＮＲＤ１）遺伝子の発現における有意な相違に関連する。ＺＮＲＤ１は、他の遺伝子の上方制御を通じて、胃癌細胞の多剤耐性表現型において役割を果たすことが知られている（Ｓｈｉら，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌ  Ｔｈｅｒ．  ３（４）：３７７−３８１（２００４））。その構造および機能を考慮すると、ＨＩＶ転写の制御に直接影響を有すると予測される。
【００１６】
ＨＬＡ−ＣおよびＺＮＲＤ１遺伝子の示差発現がＨＩＶ感染性において重要な役割を果たしていると予測される。さらに、ＨＣＰ５がＨＩＶ負荷に対する観察される影響に関与するならば、その産物（ＲＮＡ、ペプチド）は、レトロウイルスに対する防御において、直接の機能的役割を有すると予測されうる。
【００１７】
さらに別の態様において、本発明は、無症候性ＨＩＶ患者がＡＩＤＳに進行する速度を評価する方法に関する。該方法は、該患者由来のＤＮＡを染色体１９ｑ１３．４２でのコピー数変異体（ＣＮＶ）の存在に関してアッセイする工程を含む。以下の実施例２に示すように（図１０もまた参照されたい）、染色体１９ｑ１３．４２での欠失を所持する患者は、欠失を所持しない非体系的（ｎｏｎ−ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ）ＨＩＶ患者よりも、ＡＩＤＳにより迅速に進行するようである。逆に、染色体１９ｑ１３．４２での重複を所持する患者は、重複を所持しない非体系的ＨＩＶ患者よりも、ＡＩＤＳにより迅速でなく進行するようである。
【００１８】
遺伝的変異体が、しばしば、染色体に沿った群で生じることが知られる（ハプロタイプブロック）。したがって、ウイルス負荷に関連するとして上に言及するＳＮＰの同定は、こうしたハプロタイプブロック中に存在するさらなるＳＮＰ（単数または複数）をユニークに同定しうる。ウイルス負荷に関連するＳＮＰが、その影響を生じる決定的な原因ＳＮＰでないことが見出された場合であっても、それにもかかわらず、こうしたＳＮＰは、原因ＳＮＰと、しばしば連鎖不平衡にあるか、または直接ハプロタイプブロック中にある、有効なマーカーである。本明細書で特に同定するＳＮＰ周囲のゲノムＤＮＡ領域を再配列決定すると、ウイルス負荷／疾患進行に関連する他のＳＮＰ（単数または複数）（すなわち関連区間）が明らかになる可能性もあり、これらは、同じハプロタイプにおける存在に基づくか、または本明細書に開示する特定のＳＮＰと連鎖不平衡にあることによって、予測可能である。
【００１９】
当該技術分野に知られる多様な遺伝子型決定技術（例えば「ＣＨＩＰ」またはＳＮＰパネル）を用いて、サンプル（例えば血液などの生物学的サンプル）中の上述の多型いずれかの存在を決定してもよい。本明細書記載のすべてのＳＮＰは、ＩｌｌｕｍｉｍａのＨｕｍａｎＨａｐ５５０遺伝子型決定ＢｅａｄＣｈｉｐ上に存在する（ｉｌｌｕｍａ．ｃｏｍを参照されたい）。適切な技術にはまた、ポリメラーゼ連鎖反応および伸長プライマー、ＲＦＬＰ分析および質量分析法の使用が含まれる（Ｙｅら，  Ｈｕｍ．  Ｍｕｔａｔ．  １７（４）：３０５（２００１）、Ｃｈｅｎら，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．  １０：５４９（２０００）もまた参照されたい）。
【００２０】
遺伝的変異体に関してスクリーニングすると、臨床医が療法的介入のために所定の患者をよりよく層別化することが可能になる。さらに、遺伝的変異体を知ることで、患者が、より情報を与えられた方式で、医師と相談して、利用可能な療法的アプローチから選択することが可能になる。
【００２１】
本発明はまた、本明細書に同定する多型の存在に関して試験する際に用いるのに適したキットにも関する。こうしたキットには、例えば、上に言及する多型の存在を同定するのに必要な試薬（例えばプローブまたはプライマー）が含まれてもよい。
【００２２】
本発明の特定の側面を、以下の限定されない実施例により詳細に記載する（そのすべての内容が本明細書に援用される、２００７年３月２７日出願の米国仮出願第６０／９０７，２７１号、２００７年６月２７日出願の米国仮出願第６０／９２９，４３２号、および２００８年３月２７日出願のＰＣＴ／ＵＳ２００８／００３９６４もまた参照されたい）（Ｆｅｌｌａｙら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１７：９４４−９４７（２００７）もまた参照されたい）。
【実施例】
【００２３】
実施例１
実験詳細
包含基準
患者は：（ｉ）生物学的マーカー：
１．文書化された陽性試験および日付、ならびに最初の陽性試験の２年前以内の文書化された陰性試験；
２．あるいは一次感染の１以上の生物学的基準：不完全ウエスタンブロットおよび／または陽性ｐ２４  Ａｇおよび／または高いウイルス血症（血液１ミリリットルあたり、＞１００万コピー）および生物学的パラメーターの一貫した動的パターン（ウェスタンブロットの完了、ｐ２４  Ａｇの陰性化（ｎｅｇａｔｉｖｉｚａｔｉｏｎ）、ウイルス血症ピークの減少）を示すならば、被験体を含めてもよく、矛盾がない臨床的症候群は裏付け証拠と見なされた；
３．個体サブセットは、１０００ＲＮＡコピー／ｍｌ未満の長期自発的ウイルス負荷制御を有し、そして実際の抗体陽転日に関わらず含められた
によって証明される有効な抗体陽転日推定；ならびに
（ｉｉ）抗体陽転後３ヶ月〜３年の間、抗レトロウイルス治療の非存在下での血漿ＨＩＶ  ＲＮＡ測定
を有する場合に、研究に適格とされた。
【００２４】
セットポイント定義
第一の工程：臨床的または生物学的議論に基づいて、外れ値ＶＬを排除
Ａ．（Ｅｕｒｏ−ＣＨＡＶＩコホートに関してのみ）個々のデータ、ならびに臨床センターおよび実験室に向けたクエリーアドレスの定義の外観検査。次いで、急性疾患または慢性疾患の急性悪化、予防接種、免疫調節治療、重大な外傷または実験室の問題などの十分な説明が得られた場合は、問題となるポイントを排除した。
【００２５】
Ｂ．（どちらのコホートに関しても）同時に存在するＶＬ結果および続くＶＬ結果の排除につながる、ＨＩＶ−１疾患進行（３５０細胞／ｍｌ未満へのＣＤ４細胞の減少によって定義される）に伴う、ＣＤ４細胞プロフィールの検査。
【００２６】
第二の工程：コンピュータ化されたアルゴリズムを通じた、安定状態を反映しないＶＬの排除。ＨＩＶ−１ウイルス血症の３相発展に対応する、外れ値の３つのタイプを同定した：
Ａ．セットポイントに到達する前に測定したＶＬ、一次ＨＩＶ感染中に観察されるウイルス血症の最初のピークの一部：これらは抗体陽転後の最初の１年の間に測定されなければならず、そして続くＶＬの平均よりも＞０．２５  ｌｏｇ１０高い値を有する。
【００２７】
Ｂ．迅速進行者が短期間に疾患進行に発展しうる事実を反映する、疾患の加速期中に測定したＶＬ（後期上向傾斜）：顕著に上向するＶＬ傾斜を伴う患者では、セットポイント計算のため、最初の３つの結果のみを保持した。
【００２８】
Ｃ．セットポイント期間中に測定したが、他の入手可能な結果と矛盾するＶＬ；おそらく、報告されていない干渉条件、実験室エラー、転写またはデータ管理エラーに関連づけられる：すべての残りのポイントの平均より＞０．５ｌｏｇ１０高いかまたは低いＶＬとして定義される。
【００２９】
第三の工程：すべての残りのＶＬ結果の平均としてセットポイントを計算。
【００３０】
コホート
ＨＩＶ−ＡＩＤＳワクチン免疫センター（ＣＨＡＶＩ）は、Ｂａｒｔｏｎ  Ｈａｙｎｅｓ（Ｄｕｋｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、米国ノースカロライナ州ダーハム）に率いられる。その宿主遺伝学コアは、Ｄａｖｉｄ  Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ（Ｄｕｋｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、米国ノースカロライナ州ダーハム）に率いられる。ＣＨＡＶＩは、米国アレルギー感染性疾患国立研究所（米国）によって設立されている。Ｅｕｒｏ−ＣＨＡＶＩコンソーシアムは、Ｓ．  Ｃｏｌｏｍｂｏ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｌａｕｓａｎｎｅ、スイス）およびＪ．  Ｐ．  Ａ．  Ｉｏａｎｎｉｄｉｓ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｏａｎｎｉｎａ、ギリシャ・ヨアニナ）の援助で、Ａ．  Ｔｅｌｅｎｔｉ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｌａｕｓａｎｎｅ、スイス）によってコーディネートされる。参加コホート／研究（研究責任者）は：スイスＨＩＶコホート研究、スイス（Ｐ．  Ｆｒａｎｃｉｏｌｉ）；  ＩｒｓｉＣａｉｘａ、スペイン・バルセロナ（Ｂ．  Ｃｌｏｔｅｔ）；  Ｃｌｉｎｉｃｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、スペイン・バルセロナ（Ｊ．  Ｍ．  Ｇａｔｅｌｌ）；デンマーク・コホート、デンマーク（Ｎ．  Ｏｂｅｌ）；モデナ・コホート、イタリア・モデナ（Ａ．  Ｃｏｓｓａｒｉｚｚａ）；  Ｓａｎ  Ｒａｆｆａｅｌｅ  ｄｅｌ  Ｍｏｎｔｅ  Ｔａｂｏｒ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ、イタリア・ミラノ（Ａ．  Ｃａｓｔａｇｎａ）；  Ｉ．ＣＯ．ＮＡコホート、イタリア・ローマ（Ａ．  Ｄｅ  Ｌｕｃａ）；  Ｒｏｙａｌ  Ｐｅｒｔｈ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、オーストラリア・パース（Ｓ．  Ｍａｌｌａｌ）；  Ｇｕｙ  Ｋｉｎｇｓ  Ｓｔ．Ｔｈｏｍａｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、英国（Ｐ．  Ｅａｓｔｅｒｂｒｏｏｋ）である。すべての参加センターは、遺伝子分析に関して、地方施設審査委員会の認可を提供し、そして各参加者は、遺伝的インフォームドコンセントを提供した。
【００３１】
データフローの品質管理
以下の品質管理工程を行って、遺伝子型決定が正しくコールされていることを確実にした。
【００３２】
１．  Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ＢｅａｄＳｔｕｄｉｏ生データ分析
すべてのサンプルを単一のＢｅａｄＳｔｕｄｉｏファイルに集め、そして標準的Ｉｌｌｕｍｉｎａクラスターファイルを用いる。すべてのサンプルのクラスタリングの評価を行う。ＳＮＰのランダムセットに関して、サンプルの大多数がクラスターにフィットしない場合、これらのサンプル用に別個のＢｅａｄＳｔｕｄｉｏファイルを作成する。すべてのファイルを作成したら、非常に低い強度またはＩｌｌｕｍｉｎａクラスターを用いて非常に低いコール率（＜９５％）を有するいかなるサンプルも削除する。次いで、１００％未満のコール頻度を有するすべてのＳＮＰを再クラスタリングする。再クラスタリング後、９８％コール率未満のいかなるサンプルも削除する。次に、９９％未満のコール頻度を有するすべてのＳＮＰを削除する、「１％ルール」を適用する。サンプルの１％より多くがコールされないかまたは曖昧にコールされる場合のいかなるＳＮＰも削除する。多くのサンプルでコールされない（または潜在的にミスコールされる）ＳＮＰは、統計的関連において、偽陽性につながりうることが示されてきている（未公表データ）。
【００３３】
再クラスタリング工程は、ＳＮＰコーリングエラーを生じる（ファイル中の１０００サンプルを用いても）が、最終報告において、誤ったコールがリリースされるのを防ぐための手順が同定されている。ＳＮＰデータは、２つの基準を見ることによって、ＢｅａｄＳｔｕｄｉｏ内でスクリーニングされる。第一に、０．３未満のクラスター分離値を持つすべてのＳＮＰを手動でチェックして、コールが正しいことを確実にする。これらのＳＮＰの多くは手動で固定されうるが、いくつかは削除しなければならない。次に、−１．０〜−０．１および０．１〜１．０の間のＨｅｔ過剰値を持つＳＮＰ（Ｘ染色体ＳＮＰを除く）をいずれも評価して、生データおよび規準化データがクリーンなコールを示すかどうかを決定する。正常に見えないＳＮＰクラスターはいずれも削除する。これには、欠失（ヘミ接合体およびホモ接合型欠失）を示すように見えるＳＮＰが含まれる。これは、これらがハイブリダイゼーション中の化学反応または干渉ＳＮＰのいずれかに由来するアーチファクトでありうるために行われる。
【００３４】
これらの手順は、９７．５％〜９９％の範囲の遺伝子型決定コールの成功率を生じた（１３，７０９−５３５５削除ＳＮＰ）。品質目的のため、サンプルの２パーセントをランダムに選択して、独立に２回遺伝子型決定した。二つ組遺伝子型決定に関する一致率は９９．９９％であった。また、ＴａｑＭａｎアッセイを用いて、異なる染色体由来の１０のＳＮＰを再遺伝子型決定した。ＢｅａｄＣｈｉｐおよびＴａｑｍａｎ遺伝子型コーリング間の一致は１００％であった。総数５３５のサンプルを全ゲノムチップ上で実行した。全部で４９のサンプルを排除した。これらのうちのいくつかは、完全遺伝子型失敗のためであった（すなわち９８％未満）が、大部分は高レベルのコーリングストリンジェンシーのためであった（１％ルール）。
【００３５】
２．データ取り扱い精度のための少数アレル頻度（ＭＡＦ）チェック
この工程は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ遺伝子型決定設備の出力から分析プロセスへのデータフロー・パイプラインに関するデータ精度の基本的なチェックを行う。ＰｉｐｅＱＣソフトウェアを用いて、ＰＬＩＮＫ由来のＭＡＦレポートを、遺伝子型決定設備によって生じた元来の遺伝子座レポートに対してチェックした。２つのＭＡＦレポートが正確にマッチするか、チェックを行った。
【００３６】
３．性別の特定
この工程は、染色体Ｘ、および入手可能な場合はＹ上のＳＮＰの観察される遺伝子型を用いた、表現型データベースから得られる性別特定に関するチェックを行う。「男性」とマークされるが、有意な量のヘテロ接合体Ｘ遺伝子型（＞＝１％）を持つ個体、または「女性」とマークされるが、高頻度のホモ接合体Ｘ遺伝子型（＞＝８０％）またはＹ遺伝子型読み取りを持つ個体のすべてを、元来のデータ供給源に対して個々に検査した。十分な訂正が得られない場合、これらの個体をさらなる分析から排除した。４人の患者をこの工程で排除した。
【００３７】
４．潜在的同系性（Ｃｒｙｐｔｉｃ  ｒｅｌａｔｅｄｎｅｓｓ）
この工程は、研究参加者間の潜在的同系性（ｃｒｙｐｔｉｃ  ｒｅｌａｔｅｄｎｅｓｓ）に関するチェックを行う。ＰＬＩＮＫソフトウェアを用いて、家系同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ  ｂｙ  ｄｅｓｃｅｎｔ）（ＩＢＤ）を推定することによって、遺伝的情報の共有の推定を行った。
【００３８】
【化１】
2011517948.tif 000002
【００３９】
（アレルＩＢＤの推定される比率）を示すＤＮＡサンプルのすべての対を個々に検査して、そして各対中の１つのサンプルをさらなる分析から排除した。この工程で７つのサンプルが除去された。
【００４０】
５．遺伝子型欠如
この工程は、遺伝子型欠如が、高いまたは低い表現型値に向かって歪曲されているかどうか、そしてしたがって、誤った関連ｐ値を生じさせる可能性があるかどうかのチェックを行う。ＰＬＩＮＫソフトウェアを用いて、本明細書に論じるトップＳＮＰに対してこのチェックを行った。どの遺伝子型データもこのチェックに違反しなかった。
【００４１】
６．低いＭＡＦ
ＭＡＦ＜０．００６のＳＮＰすべてを除去した。この基準は、稀な遺伝子型の少なくとも６人の個体がデータセット中に存在し、漸近ｐ値の推定におけるエラーを制御することを確実にした。
【００４２】
７．  Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡（ＨＷＥ）
この工程は、観察された遺伝子型データがＨＷＥから逸脱するかどうかのチェックを行う。トップＳＮＰに対してＰＬＩＮＫソフトウェアを用いて、このチェックを行った。０．０５未満のＰ値の基準を用いて、ＨＷＥからの逸脱を定義した。どの遺伝子型データもこのチェックに違反しなかった。
【００４３】
８．遺伝子型決定品質の再チェック
有意な関連を示すトップＳＮＰを、その遺伝子型決定品質に関して二重チェックに供した。これは、生データおよび規準化データに対する個々の再チェックであり、「Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ＢｅａｄＳｔｕｄｉｏ生データ分析」プロセスに記載されるように、正しくコールされていることを確実にする。どの遺伝子型データもこのチェックに違反しなかった。
【００４４】
層別化に関して管理するための修飾ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ法
この方法は、遺伝子変異体間の相関の主成分を得て、そして関連試験において、これらの相関に関して補正する。したがって、原則として、分析中の主成分は、集団祖先を反映するはずである。しかし、誘導軸（ｌｅａｄｉｎｇ  ａｘｅｓ）のいくつかは相関の他の供給源に依存するようであり、例えば、拡張された関連を示す、互いに近傍にある変異体セットがあることが注目されている。逆位がこの影響を生じる潜在的可能性が文書化されており、そしてこれは、拡張された連鎖不平衡の他の原因によってもまた生じうる。このため、各誘導軸に関して、ＳＮＰ「負荷」の検査を行って、所定の軸が、それぞれ、集団祖先またはより局所化された連鎖不平衡の影響を反映する場合に予期されるように、これらが多くのまたは比較的少ないＳＮＰに依存するかを決定した。この分析は、いくつかの軸が明らかに逆位のためであることを同定し、そして１７の軸が祖先調整のために保持されるべきであることを示唆した。したがって、性別もまた共変量として取り込む、対数回帰モデルにおける共変量として、ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ分析から生じる１７の主成分を用いて、有意性を評価した。
【００４５】
以下のような続く線形回帰分析において、祖先に関して調整する共変量として使用するために、ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ軸を選択した：
１．  ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ軸を見出すため、ＭＡＦ＞０．０１の常染色体ＳＮＰを用いて開始した。
【００４６】
２．各ＰＣ軸に関するＳＮＰ負荷の検査に際して（Ｐｒｉｃｅら（Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ  ３８：９０４（２００６））の「ガンマ」係数）、いくつかのトップ軸は、すべて、ゲノムの同じ領域にマッピングする少数のＳＮＰによって独占されることが見出された。例えば、１つの軸は、ｃｈｒ８ｐ２２−２３．１の領域へのＳＮＰマッピングによって独占されることが見出され、これは既知の逆位多型と一致した。
【００４７】
３．これらのＬＤ効果に関して補正するため、そしてＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ軸が、全ゲノムに渡って等しく適用した影響のみを反映する（祖先の影響がそうすべきであるように）ことを確実にするため、（ｉ）特定の既知の高ＬＤ領域を排除し（ｃｈｒ８：８００００００．．１２００００００、ｃｈｒ６：２５００００００．．３３５０００００、ｃｈｒ１１：４５００００００．．５７００００００、ｃｈｒ５：４４００００００．．５１５０００００）；（ｉｉ）１５００のウィンドウサイズ（１５０のステップサイズ）内のすべてのＳＮＰがｒ２＜０．２を有する必要があるように、ＰＬＩＮＫ中の「――ｉｎｄｅｐ−ｐａｉｒｗｉｓｅ」オプションを用いてＳＮＰをまばらにし（ｔｈｉｎｎｅｄ）；（ｉｉｉ）Ｐａｔｔｅｒｓｏｎら（Ｐａｔｔｅｒｓｏｎら，  ＰＬｏＳ  Ｇｅｎｅｔ．  ２：ｅ１９０（２００６））によって示唆されるように、各ＳＮＰを先の５ＳＮＰに対して回帰させ、そして残りをＰＣＡ分析に入力した、減少ＳＮＰセットに対して、主成分分析を再適用した。
【００４８】
４．すべての軸上のＳＮＰ負荷の検査は、通常期待値に対してＱ−Ｑプロットを用いたＰａｔｔｅｒｓｏｎらのＴｒａｃｙ−Ｗｉｄｏｍ法によって、有意と見なされ、ここで、ゲノムの単一の高ＬＤ領域によって独占される軸は現れなかった。
【００４９】
５．  Ｔｒａｃｙ  Ｗｉｄｏｍ試験は、最初の１７の生じたＰＣ軸が有意であると指名した（ｐ＜０．０５）。したがって、続く分析における共変量として、最初の１７のＰＣ軸を採用した。
【００５０】
結果
遺伝的関連研究における成功は、正確に定義されそして測定された表現型に依存する。この研究において、参加者の同定に厳密な選択基準を適用し、そして個々の患者ファイルのレベルで、データベースをキュレートした。患者は、（ｉ）生物学的マーカーによって証明されるような有効な抗体陽転日推定、および（ｉｉ）抗体陽転後３ヶ月〜３年の間、抗レトロウイルス治療の非存在下での血漿ＨＩＶ  ＲＮＡ測定を有する場合に、研究に適格とされた。重要なことに、ＨＩＶ感染被験体の管理に経験がある感染性疾患臨床医が、研究で用いたすべての長期的ＶＬデータを個々に検査した。この検査によって、典型的でないＶＬ測定値を同定し、そして適切な診療所および実験室にクエリーを行って、読み取り値を説明するかまたは読み取り値もしくは被験体を除去するかいずれかを行うことが可能となった。また、変化のパターンを考慮して、セットポイントが実際に達成されたかどうかを決定した。（Ｅｕｒｏ−ＣＨＡＶＩサブコホートおよび研究の中の、６７６人の患者がこの基準にしたがって適格であった。ウイルス負荷結果の検査後、このうち１９５人に関してクエリーを定義した。センターからの返答に基づいて、セットポイントの不正確な評価があったため、４２人の患者を排除した。）検査後に行われた決定をマッチさせる意図で、アルゴリズムを開発し、そしてすべての被験体にこれを再適用した（上記実験詳細を参照されたい）。
【００５１】
少なくとも４回のＣＤ４細胞計数結果がある患者に関して、進行表現型を、血液１ミリリットルあたり３５０未満のＣＤ４細胞に低下した時点、または抗レトロウイルス治療を開始した時点のどちらか最初に起こった方と定義した。追跡期間中にこの定義のもとでは進行しなかった患者に関しては、ＣＤ４減少の証拠があるかどうかに関して評価を行った（単純回帰によって決定される有意に減少したＣＤ４傾斜）。ＣＤ４減少を示すものに関しては、減少の推定される傾斜を用いて、ＣＤ４カウントが３５０未満に低下する時点を外挿し、そしてこれを進行までの時間として用いた（Ｄｏｕｅｋら，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２１：２６５（２００３））。進行せず、そして有意なＣＤ４減少を示さなかった被験体を非進行者と分類し、そして進行者対非進行者として別個の症例対照比較を構築した。
【００５２】
この研究のために特別に生成されたＥｕｒｏ−ＣＨＡＶＩコホートは、ＨＩＶ／ＡＩＤＳワクチン免疫学センター（ＣＨＡＶＩ）の宿主遺伝学コア・イニシアチブに参加するのに合意した、８つのヨーロッパおよび１つのオーストラリア・コホート／研究のコンソーシアムに相当する。ＣＨＡＶＩは、世界ＨＩＶワクチン事業の一部である、米国アレルギー感染性疾患研究所によって確立された大学および大学医療センターのコンソーシアムである。これらのコホートから、上述の基準に基づいて、６７６人の患者を選択した。本分析のため、自己申告で白人祖先を持つ被験体のみを考慮した：不十分な品質表現型（上記を参照されたい）または遺伝子型（実験詳細を参照されたい）を持つ個体を排除した後、最終的に４８６人の患者が包含された。このうち３８６人が、進行分析に適格とされた（３０９人の進行者および７７人の非進行者）。
【００５３】
ＩｌｌｕｍｉｎａのＨｕｍａｎＨａｐ５５０遺伝子型決定ＢｅａｄＣｈｉｐを用いてすべてのサンプルを遺伝子型決定し、総数５５５，３５２の一塩基多型（ＳＮＰ）があった。（ｉ）Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ＢｅａｄＳｔｕｄｉｏ生データ分析品質；（ｉｉ）データ取り扱い精度を評価するための少数アレル頻度一貫性；（ｉｉｉ）性別の臨床的および遺伝的に暗示される特定間のミスマッチ；（ｉｖ）潜在的同系性；（ｖ）遺伝子型欠如パターン；（ｖｉ）少数アレルの低頻度；（ｖｉｉ）Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡違反；および（ｖｉｉｉ）トップＳＮＰに関する遺伝子型決定品質の外観検査（実験詳細を参照されたい）に関するチェックを含む、一連の品質管理（ＱＣ）法を行った。これらのＱＣ法に基づいて、全部で２０，２５１のＳＮＰを除去した。サンプル中の欠失および標的コピー数変動（ＣＮＶ）を同定し、そしてこれらが表現型に影響を及ぼすかどうかを評価する方法を適用した（失敗した（ｆａｉｌｅｄ）ＳＮＰを排除するように設計された品質管理技術を用いて、失敗したＳＮＰの長いストレッチを、推定上の欠失多型と同定し、そして表現型にしたがった相違に関して調べた；こうした領域４２をチェックし、サイズは７００ｂｐ（４ＳＮＰ）〜９０ｋｂ（１６ＳＮＰ）の範囲であった）。コア関連分析は、線形回帰を用いて、ＱＣ通過ＳＮＰの単一マーカーアレル試験に重点を置いた。集団層別化から生じる誤った関連の可能性に関して制御するため、修飾ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ法を用いた（Ｐｒｉｃｅら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ３８：９０４（２００６））：主成分軸を回帰モデル中の共変量として統合した。考慮した他の共変量には、性別、年齢、ＨＩＶ感染様式およびＨＩＶ獲得年が含まれた：性別のみがセットポイントに独立の影響を有し（ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ共変量の包含後）、そしてしたがってこれを線形回帰モデル中に含めた。有意性を評価するため、ここで考慮する５３５，１０１の多型すべてを計上するストレートＢｏｎｆｅｒｒｏｎｉ補正に基づいて、関連を保存的閾値に比較して（Ｐカットオフ＝９．３ｘ１０−８）、ゲノム規模の有意性を宣言した。利用可能な４桁ＨＬＡクラスＩアレル決定を用いて、１５６人の患者のサブグループに対して、ＳＮＰ変異および古典的ＨＬＡ型決定の両方を取り込む分析を実行した。
【００５４】
これらの分析は、多型の２つの独立に作用する群を同定し、これらは古典的ＨＬＡ遺伝子座ＢおよびＣに関連し、セットポイントで、ＨＩＶ−１  ＶＬの総変動の１５％を説明する。ＲＮＡポリメラーゼ・サブユニットをコードするＺＮＲＤ１遺伝子上流の多型の第三のセットは、臨床的進行の総変動の５．８％を説明する。
【００５５】
ＨＣＰ５−ＨＬＡ−Ｂ＊５７０１
ＨＬＡ複合体Ｐ５（ＨＣＰ５）遺伝子中に位置する１つの多型は、０．０５の少数アレル頻度にも関わらず、ＨＩＶ−１セットポイントの総変動の９．６％を説明し、このＳＮＰに関連するハプロタイプの影響の度合いを立証する（ｄｂＳＮＰ  ｒｓ２３９５０２９、ｐ＝９．３６ｅ−１２）。セットポイントでの中央値ＶＬは、一般的アレルに関してホモ接合体である患者（ＴＴ、Ｎ＝４３９）では、血液１ミリリットルあたり１９３４４コピー（ｃｐ／ｍｌ）であり、一方、少数アレルを１コピー（ＴＧ、Ｎ＝４５）または２コピー（ＧＧ、Ｎ＝２）持つ患者では５９２ｃｐ／ｍｌであり（図１）、そしてｐ＝９．３６ｅ−１２で、関連は優にゲノム規模で有意である。
【００５６】
ＨＣＰ５遺伝子は、染色体６上でＨＬＡ−Ｂから１００ｋｂセントロメア寄りに位置し（図２）、そして関連変異体は、ＨＬＡアレルＢ５７０１と高い連鎖不平衡（ＬＤ）にあることが知られる（ｄｅ  Ｂａｋｋｅｒら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ３８：１１６６（２００６））（本発明者らのデータセット中ではｒ２＝１）。この特定のＨＬＡ−Ｂアレルは、ＨＩＶ−１疾患進行に対して記載される最強の防御効果を有し（Ｍｉｇｕｅｌｅｓら，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９７：２７０９（２０００））、そして低いＨＩＶ−１ウイルス負荷と関連づけられてきている（Ａｌｔｆｅｌｄら，  ＡＩＤＳ  １７：２５８１（２００３））。したがって、全ゲノム影響の背景において、ＨＬＡ−Ｂ５７０１は、実際、初期ウイルス負荷に対する直接の影響を通じて、ＨＩＶ−１感染を制限する最強の宿主遺伝的因子である（Ａｌｔｆｅｌｄら，  ＰＬｏＳ  Ｍｅｄ．  ３：ｅ４０３（２００６））。
【００５７】
ＨＩＶを制限する際のＨＬＡ−Ｂ５７０１の役割を支持する強固な機能的データを考慮すると、最初の仮説は、ここで観察される関連が、ＨＣＰ５内のタグ化ＳＮＰに反映されるＨＬＡ−Ｂ５７０１の効果によるというものでなければならない（ｄｅ  Ｂａｋｋｅｒら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ３８：１１６６（２００６））。しかし、遺伝学は、この影響が、もっぱらＢ５７０１によるものであるか、またはＨＩＶ−１の制御には、ＨＣＰ５変異もまた寄与しているかの解明を可能にしない。実際、ＨＣＰ５自体もまた、新規であり、そしてＨＩＶ−１制御に寄与する強固な候補である。ＨＣＰ５は、レトロウイルスＰｏｌ遺伝子に配列相同性を持つ、ヒト内因性レトロウイルスファミリー（ＨＥＲＶ）のメンバーである（Ｋｕｌｓｋｉら，  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４９：４０４（１９９９））。該遺伝子の発現は、リンパ球において記録されている（Ｖｅｒｎｅｔら，  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３８：４７（１９９３））ため、レトロウイルスに対する潜在的なアンチセンス活性が示唆されている（Ｋｕｌｓｋｉら，  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４９：４０４（１９９９））。さらに、ＨＣＰ５は、２つのタンパク質をコードすると予測され、そして関連多型はこれらの一方でアミノ酸置換を生じる。
【００５８】
新規関連ＨＣＰ５変異体およびＨＬＡ−Ｂ５７０１アレルが、ＨＩＶ−１セットポイントに対して、合わせたハプロタイプ効果を有するモデルは、ＨＩＶ−１が細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）が仲介する制限から逃れることを可能にする突然変異を経た後であってさえ、Ｂ５７０１エリート制御者において、ウイルス血症の抑制が維持可能であるという観察と一致する（Ｂａｉｌｅｙら，  Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．  ２０３：１３５７（２００６））。おそらく最も興味深いことに、Ｂ５７０１患者は、一貫してより低いピークのウイルス血症を示し、そして急性ＨＩＶ−１感染中の症状をより頻繁に提示しない（Ａｌｔｆｅｌｄら，  ＡＩＤＳ  １７：２５８１（２００３））ことから、最大ＣＴＬ応答時点前に制御していることが示唆される（ＭｃＭｉｃｈａｅｌら，  Ｎａｔｕｒｅ  ４１０：９８０（２００１））。したがって、Ｂ５７０１陽性患者および細胞種で観察される制御に、ＨＣＰ５が寄与しているかどうかを評価することが緊急優先事項である。
【００５９】
ＨＬＡ−Ｃ
関連研究における第二の最も有意な結果であるｒｓ９２６４９４２は、転写開始から３５ｋｂ離れたＨＬＡ−Ｃ遺伝子の５’領域に位置する（図２）。このＳＮＰは、セットポイントでのＶＬにおいて観察される変動の６．５％を説明し（図１）、そしてまた、ゲノム規模の有意な関連も示す（ｐ＝３．７７ｅ−０９）。
【００６０】
驚くべきことに、この同じＳＮＰは、独立の集団において、ＨＬＡ−Ｃ発現レベルにおける劇的な相違と関連する（ｐ＝１．６９ｅ−０７、ＨａｐＭａｐサンプルに対して生成された、Ｔｈｅ  Ｓａｎｇｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｇｅｎｅｖａｒ発現データベース（Ｓｔｒａｎｇｅｒら，  ＰＬｏＳ  Ｇｅｎｅｔ．  １：ｅ７８（２００５））：  ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｈｕｍｇｅｎ／ｇｅｎｅｖａｒ）。防御アレルは、より低いウイルス負荷につながり、そしてＨＬＡ−Ｃ遺伝子のより高い発現と関連する。このＨＬＡ−Ｃ発現レベルとの強固なそして独立の関連は、古典的ＨＬＡ遺伝子の発現レベルの遺伝的制御がウイルス制御に影響を及ぼすことを初めて示唆する。
【００６１】
ＨＩＶ−１を制限する際のＨＬＡ−Ｃ発現レベルのこうした役割に関するさらなる裏付けは、同じデータベース中で同定された、ＨＬＡ−Ｃ発現にさらにより高い影響を持つ（ｐ＝４．４２ｅ−０８）第二の近くのＳＮＰから生じる（図２）。第二の変異体、ｒｓ６４５７３７４は、ＨＬＡ−Ｃ遺伝子にさらに３ｋｂ近くに位置し（５’領域中の−３２ｋｂ）、そしてＨＬＡ−Ｃ発現に対して、独立の影響を有し、そしてまた、ＨＩＶ−１セットポイントと関連するが、ｒｓ９２６４９４２から独立ではない。
【００６２】
上述のように、ＨＬＡ−Ｃ  ５’領域中の２つのＳＮＰ（ｒｓ９２６４９４２およびｒｓ６４５７３７４）は、ＨａｐＭａｐ  ＣＥＵサンプル中のＨＬＡ−Ｃ発現レベルと高い関連を有することが見出された。６０のＣＥＵ親における規準化ＨＬＡ−Ｃ発現レベルに対する線形回帰に基づいて、別個にフィットさせた各ＳＮＰに関して、アレル回帰係数（［０、１、２］とコードされる遺伝子型に対する）およびｐ値は：ｒｓ９２６４９４２（ベータ＝０．３５、ｐ＝３．３８ｅ−０７）、ｒｓ６４５７３７４（ベータ＝−０．２９、ｐ＝４．４２ｅ−０８）である。ｒｓ９２６４９４２が回帰モデル中にある場合、ｒｓ６４５７３７４をモデルに付加すると、フィットが有意に改善される（ｐ＝０．０００８、Ｒ二乗は０．３６から０．４６に改善される）。ｒｓ６４５７３７４が回帰モデル中にある場合、ｒｓ９２６４９４２をモデルに付加すると、フィットが有意に改善される（ｐ＝０．００５、Ｒ二乗は０．３９から０．４６に改善される）。Ｅｕｒｏ−ＣＨＡＶＩコホート中のＨＩＶ−１セットポイントに対する線形回帰に基づいて、性別および有意なｅｉｇｅｎｓｔｒａｔ軸を共変量として用いると、別個にフィットさせた各ＳＮＰに関するアレル回帰係数およびｐ値は：ｒｓ９２６４９４２（ベータ＝−３９、ｐ＝３．７７ｅ−０９）、ｒｓ６４５７３７４（ベータ＝−０．３２、ｐ＝２．６８ｅ−０４）である。ｒｓ９２６４９４２が回帰モデル中にある場合、ｒｓ６４５７３７４をモデルに付加すると、フィットは改善されない（ｐ＝０．２７、Ｒ二乗＝どちらの場合も０．１５）。ｒｓ６４５７３７４が回帰モデル中にある場合、ｒｓ９２６４９４２をモデルに付加すると、フィットが有意に改善される（ｐ＝１．４６ｅ−０６、Ｒ二乗は０．１０から０．１５に改善される）。
【００６３】
ＨＬＡ−Ｃ発現レベルおよびウイルス制御間の関係をよりよく記載するため、ｒｓ９２６４９４２およびｒｓ６４５７３７４を含む、ありうる二倍体遺伝子型各々を考慮し、そしてＧｅｎｅｖａｒデータベース中で観察される各遺伝子型の平均ｍＲＮＡレベル（ＣＥＵ親、Ｎ＝６０）を、研究において各遺伝子型に関して観察される平均ウイルス負荷に比較した。これらのデータは、ＶＬに対する発現レベル増加の非線形の影響を強く示唆する。発現におけるより低いＨＬＡ−Ｃ発現レベル変動は、ウイルス制御を変化させない。しかし、ひとたび閾値発現レベルに到達すると、増加したＨＬＡ−Ｃ発現は、セットポイントでのウイルス負荷を急激に減少させる。
【００６４】
これらのデータは、ＨＬＡ−Ｃ発現レベルが原因となる役割を持つ強固な例となるが、ＨＬＡ領域全体に広範なＬＤがあることから、実際の原因変異体が別の場所にあるかどうかを直接試験する必要が生じる。具体的には、入れ子回帰モデルを用いて、観察された関連が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびＨＬＡ−Ｃのすでに記載された機能アレルによって引き起こされうるかどうかを評価した。
【００６５】
驚くべきことに、ＨＬＡ−Ｃ発現ＳＮＰは、ＨＬＡ−Ｂ５７０１、Ｂ２７、Ｂ３５Ｐｘと有意な関連を示すとともに、ＨＬＡアレル群Ｂｗ４およびＢｗ６とも関連を示す。しかし、各場合で、ＨＬＡ−Ｃ発現変異体は、ＨＩＶ−１セットポイントに対するこれらのアレルの影響を説明しうるが、逆は当てはまらない。線形回帰モデルにまずＨＬＡアレル（またはアレル群）が含まれる場合、ｒｓ９２６４９４２の付加は、説明される変動の有意な増加を生じる（表１を参照されたい）。一方、ＨＣＰ５／Ｂ５７０１以外、考慮したＨＬＡアレルのいずれも、ＨＬＡ−Ｃ変異体をすでに取り込んだモデルに有意に付加しなかった（表１）。
【００６６】
表１．  セットポイントに対するＨＬＡ−Ｃ  ５’発現多型ｒｓ９２６４９４２の影響は、ＨＩＶ−１制御に以前関連づけられたＨＬＡ−Ｂアレルとの関連からは独立である。表１ａに示すように、線形回帰モデルへのｒｓ９２６４９４２の付加は、ＨＩＶ疾患に対する影響を有すると推測されるすべてのＨＬＡ−Ｂアレルまたはアレル群に関して有意にフィットを改善する。対照的に、ｒｓ９２６４９４２の影響を考慮した後、ＨＬＡ−Ｂ５７０１のみが、独立の影響を有する。ＨＬＡ−Ｃの独立性はまた、各ｒｓ９２６４９４２遺伝子型に関するＨＩＶ−１セットポイントの平均値においても明らかに見られる（表１ｂ）：少数アレルＣは、すべての考慮したアレルおよびアレル群からは独立に、ＶＬにおける減少と関連する。数字は、利用可能な４桁のＨＬＡクラスＩアレル結果を持つ１５６患者のサブグループを指す。
【００６７】
【表１】
2011517948.tif 000003
【００６８】
この観察は、ＨＩＶ−１発病におけるＨＬＡ−Ｃのこれまでに提唱される役割の全体的な背景において興味深い。ＨＩＶ−１  ｎｅｆは、感染細胞表面上のＨＬＡ−Ａおよび−Ｂの発現を選択的に下方制御するが、ＨＬＡ−Ｃの発現は下方制御しない（Ｃｏｈｅｎら，  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １０：６６１（１９９９））。元来、この戦略は、ＨＬＡ−Ａおよび−Ｂが外来（特にウイルス）エピトープをＣＤ８  Ｔ細胞に提示して、細胞破壊を生じる一方、ＨＬＡ−Ｃが自己ペプチドに結合し、そしてＮＫ攻撃を回避するため、ナチュラルキラー細胞（ＮＫ）と相互作用するために、ウイルスに好適であると見なされた。しかし、ＨＬＡ−Ｃはまた、ウイルスペプチドを細胞傷害性ＣＤ８＋  Ｔ細胞に提示し、そしてその結果、ＨＩＶ−１を制限する能力も有する（Ｇｏｕｌｄｅｒら，  ＡＩＤＳ  １１：１８８４（１９９７））；１０のＨＬＡ  Ｃ制限ＣＴＬエピトープが、ＬＡＮＬデータベース中に記載されている（ｗｗｗ．ｈｉｖ．ｌａｎｌ．ｇｏｖ）。これらの観察によって、これより上であれば、ＨＬＡ−Ｃが仲介するウイルス制限が、ＨＩＶ−１に対する有効な防御機構となる、発現閾値がありうることが示唆される。こうしたシナリオにおいて、ＨＩＶ−１  ｎｅｆが天然にＨＬＡ−Ｃ分子を下方制御できないことは、免疫系に関して重要な利点となる。
【００６９】
他のセットポイント変数
他の単一マーカーはいずれも、多数の試験に関する補正後、ゲノム有意性に到達せず、そして同定されたコピー数変動はいずれも、セットポイントでのＨＩＶ−１  ＶＬといかなる関連も示さなかった。しかし、非常に低いｐ値を持つものの中で、他のＳＮＰもまた実際の影響があることが予期される。したがって、１００のより低いｐ値を持つＳＮＰおよびそれぞれの遺伝子（すなわちＩｌｌｕｍｉｎａのＨｕｍａｎＨａｐ５５０  ＳＮＰリストに注釈付けされるような、最も近い遺伝子）を表２に報告する。さらに、ＨＩＶ−１生物学との確認されるかまたは推測される関連に基づいて、特定の遺伝子変異体を調べた：関心対象のＳＮＰおよび遺伝子を表３（既知のまたは推測されるＨＩＶ−１制限遺伝子に関する）、表４（ＨＩＶ−１と相互作用する宿主細胞因子、Ｒｅｆに関する（Ｇｏｆｆ，  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｍｉｃｒｏ．  ５：２５３（２００７）））および表５（遺伝子オントロジーカテゴリーにしたがった遺伝子群に関する）に列挙する。このアプローチは、セットポイントでのＨＩＶ−１  ＶＬとより低い関連を持つ潜在的に興味深い候補をいくつか明らかにする。
【００７０】
表２．セットポイント関連研究におけるトップ１００のｐ値を持つＳＮＰ
【００７１】
【表２−１】
2011517948.tif 000004
【００７２】
【表２−２】
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【００７３】
【表２−３】
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【００７４】
表３．  ＨＩＶ−１疾患に対して影響を有することが知られる産物をコードする遺伝子中のＳＮＰ分析
【００７５】
【表３】
2011517948.tif 000007
【００７６】
表４．  ＨＩＶ−１生物学において関与する宿主細胞因子をコードする遺伝子中のＳＮＰ分析（Ｇｏｆｆ  ＳＰ．  Ｈｏｓｔ  ｆａｃｔｏｒｓ  ｅｘｐｌｏｉｔｅｄ  ｂｙ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ．  Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ２００７  Ａｐｒ；５（４）：２５３−６３）。
【００７７】
【表４】
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【００７８】
表５．遺伝子オントロジー（ＧＯ）の免疫および炎症用語にしたがった、遺伝子群中のＳＮＰの分析
【００７９】
【表５−１】
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【００８０】
【表５−２】
2011517948.tif 000010
【００８１】
ＺＮＲＤ１および進行
臨床的進行との最強の関連には、それぞれ、リングフィンガータンパク質３９（ＲＮＦ２９）および亜鉛リボンドメイン含有１（ＺＮＲＤ１）遺伝子中およびこれらの近傍の７つの多型セットが含まれる（ｒｓ９２６１１７４、ｒｓ３８６９０６８、ｒｓ２０７４４８０、ｒｓ７７５８５１２、ｒｓ９２６１１２９、ｒｓ２３０１７５３およびｒｓ２０７４４７９）。この多型群は、臨床的進行における変動の５．８％を説明し、そしてゲノム規模の有意性にはわずかに不足している（ｐ＝３．８９ｅ−０７）。これはまた、セットポイントでのウイルス負荷と穏やかに関連する（ｐ＝７．１１ｅ−０３）。やはりＭＨＣ領域中であるが、これらの変異は先の候補ＳＮＰからは＞１ＭＢセントロメア寄りである。
【００８２】
Ｇｅｎｅｖａｒ発現データベースを用いて、ＺＮＲＤ１発現は、同定されるＳＮＰと有意に関連する（ｐ＝２．０ｅ−０３）ことが観察され、そして特に、このうち２つは、推定上の制御５’領域中、遺伝子から２５および３２ｋｂ離れて位置する（それぞれｒｓ３８６９０６８およびｒｓ９２６１１７４）。ＺＮＲＤ１はＲＮＡポリメラーゼ・サブユニットをコードするため、この遺伝子が実際にＨＩＶ−１を制限するならば、転写中の、ＨＩＶ−１との相互作用の可能性が、最もありうる原因機構である。プロウイルス転写における効率は、個体間で非常に多様である。１つの研究において、転写効率のみの相違が、進入後細胞因子に起因しうるウイルス産生の総変化の６４〜８３％を占める（Ｃｉｕｆｆｉら，  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７８：１０７４７  （２００４））。
【００８３】
第二の遺伝子、ＲＮＦ３９はほとんど性質決定されていないが、関連多型のうち２つが同義およびアミノ酸変化を生じるため、候補として排除することは不可能である（それぞれ、ｒｓ２３０１７５３およびｒｓ２０７４４７９）。
【００８４】
定量的進行表現型に関しては、または進行者対非進行者の症例対照比較に関しては、他の適切な関連は観察されなかった。
【００８５】
独立サンプルにおける確認
ウイルス制御に対するこれらの多型の影響を確認するため、１４０人の白人患者の複製コホートを確立した。上に報告する関連各々に関して代表的な多型を選択し（ＨＣＰ５、ｒｓ２３９５０２９；  ＨＬＡ−Ｃ  ５’領域、ｒｓ９２６４９４２；  ＺＮＲＤ１  ５’領域、ｒｓ９２６１１７４）、そしてこれらを複製コホートにおいて遺伝子型決定した。報告される関連各々に関して、同じ方向の複製が観察された（ＨＣＰ５に関して：  ｐ＝０．０１４、このデータセット中のセットポイントにおける変動の４％を説明する；  ＨＬＡ−Ｃに関して：  ｐ＝２．８ｅ−０３、セットポイントにおける変異の５．６％を説明する；  ＺＮＲＤ１に関して：  ｐ＝０．０４８、進行における変異の３．５％を説明する）。
【００８６】
要約すると、ＨＩＶ−１疾患に対するヒト遺伝的影響の最初の包括的全ゲノム関連研究の結果を上記に提供する。ＨＬＡ−Ｃ発現は、ＨＩＶ−１の制御に強い影響を有することが示される。ＨＥＲ  Ｖ由来遺伝子が、ＨＬＡ−Ｂ５７０１アレルと関連することが知られる制御に寄与しうる可能性がある。この知見は、ＨＩＶ−１制限におけるＭＨＣ領域の中心的な役割を確認し、そしてその作用様式を考慮する新しい方法を提供する：おそらく、ＨＬＡ領域における古典的アレル識別を超えていく時が来ている。宿主決定要因のこのゲノム規模の研究が、２つの全ゲノム有意ヒットを有し、そしてウイルス負荷および進行との最強の関連のうちの３つすべてを複製することに成功したこともまた注目に値する。これは、宿主応答の決定要因に、しばしば、主要な影響の遺伝子変異体が含まれうることを示し、そして他の感染性疾患に関して類似の研究を実行する緊急度があることを示唆する。
【００８７】
最後に、上述の結果は、療法的介入に２つの方向がありうることを示唆する。第一に、これらは、ＨＣＰ５がＨＬＡ−Ｂ５７０１と関連する制御に寄与しうる可能性を示し、これは真実であれば、即時の療法的機会を提示するであろう。おそらくより重要なことに、ＨＬＡ−Ｃ制限は、ＨＬＡ−Ｃの十分に高い発現レベルで、ＨＩＶ−１制御の重要な部分を構成しうることが示される。後者の結果は、ＨＩＶ−１  ｎｅｆが、ＨＬＡクラスＩ分子の示差下方制御を通じた病原性決定に関与し、ＨＬＡ−Ａおよび−Ｂアレルの機能を制限するが、ＨＬＡ−Ｃがｎｅｆに耐性であるためＨＬＡ−Ｃが脚光を浴びることを示唆する。将来のワクチン戦略は、ＨＬＡ−Ｃ制限Ｔ細胞応答を標的としうる。
【００８８】
実施例２
実験詳細
ＰｅｎｎＣＮＶ
ＰｅｎｎＣＮＶ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｅｕｒｏｇｅｎｏｍｅ．ｏｒｇ／ｃｎｖ／ｐｅｎｎｃｎｖ／）は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ高密度ＳＮＰ遺伝子型決定データからＣＮＶを検出するための隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）に基づくアプローチである。ＣＮＶをコールするため、ＰｅｎｎＣＮＶは、各ＳＮＰマーカーでの総シグナル強度およびアレル強度比、隣接するＳＮＰ間の距離、ＳＮＰのアレル頻度、および利用可能である場合、家系情報を含む、多数の情報供給源を用いる。インプットは、キュレーション後に提供されるＢｅａｄＳｔｕｄｉｏファイル生強度データである。ＱＣによるサンプル失敗を減少させるため、自動化波形修正を用いて、ＰｅｎｎＣＮＶの２００８年３月１１日バージョンで、ＣＨＡＶＩファイルを実行した。
【００８９】
ＱＣ要約
総数２２７６のサンプルを実行した。これらのうち、１１９２（５２％）が、対数Ｒ比ＱＣに「失敗した」（ＬＲＲ＿ＳＤ＞０．２０）。０．２〜０．２８の間で、サンプルは注意すれば使用可能であり、これは多数の偽陽性が予期されるためである。１１９２の失敗した試料のうち、１９６のみがＬＲＲ＿ＳＤ＞０．２８０を有し、これはこれらが使用不能であることを意味する。さらに４つのサンプルは、これらサンプルがすべて、新しい波形調節法で実行されたものの、波形要因が許容されないため、省かれた。したがって、すべての結果は、ＢｅａｄＳｔｕｄｉｏにおいて視覚的にチェックされ（Ｉ型およびＩＩ型エラー両方に関して）、ＣＮＶ状態が確認される。
【００９０】
ゲノム規模の分析
新規Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎパイプライン・コマンドを用いて、生ＣＮＶアウトプットを、ゲノム規模の分析のため、ｐｌｉｎｋで使用可能であるファイルに変換した。欠失および重複に関して、別個のファイルを生成し、ホモ接合体ＣＮＶをＢＢ、ヘテロ接合体ＣＮＶをＡＢ、そしてホモ接合体ＣＮＶをＡＡと示した。次いで、共変量として性別、年齢、および１１のＥｉｇｅｎｓｔｒａｔ軸を含む加法線形回帰モデルを用いて、白色サンプル（ｗｈｉｔｅ  ｓａｍｐｌｅｓ）に対してＷＧＡ分析を実行した。
【００９１】
結果
ＫＩＲ遺伝子座
ＨＩＶ進行との最も有意な関連の１つは、染色体１９ｑ１３．４２での欠失であった（ｐ＝０．００１０）。領域のより綿密な分析によって、この同じ位には欠失および重複の両方があり、そして遺伝子座はＫＩＲ遺伝子のものであることが明らかになった（図５）。欠失は、サンプルの２．８％に存在し、そして重複は３．７％に存在し、そして、ほぼｃｈｒ１９：６０，０１４，７８７−６０，０１８，５５１（約３．８ｋｂ）にマッピングされた。
【００９２】
ＨＩＶ表現型との関連
共変量として性別、年齢、および１１のｅｉｇｅｎｓｔｒａｔ軸を伴う線形回帰において、付加モデルを用いると、セットポイントとの関連はｐ＝０．００２であり、そして遺伝子座は、変動の０．７％を説明する。進行までの時間との関連はｐ＝０．０２であり、そして遺伝子座は、変動の０．８％を説明する。これはまた、エリート制御者状態とも関連した（ロジスティック回帰、同じ共変量）：ｐ＝０．０２８、ＯＲ＝３．５（表６、図６）。先に関連するＳＮＰとは交互作用はまったく見出されなかった。
【００９３】
表６．コピー数による付加遺伝子モデルを用いた、ＫＩＲ２ＤＬ遺伝子座でのＣＮＶ状態の関連
【００９４】
【表６】
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【００９５】
既知のＳＮＰとＣＮＶの連鎖不平衡
ＣＮＶの５００ｋｂ両側に関して、すべてのＨｕｍａｎＨａｐ５５０  ＳＮＰ（およびそのＨａｐＭａｐ代理）とＣＮＶの連鎖不平衡をチェックした（図７）。どちらのＣＮＶでも非常に強いｒ２にあるＳＮＰはなかった。欠失に関して、ｒ２はｒｓ３８５９３２でピークとなり、これはＬＩＬＲＡ５遺伝子のすぐ上流の遺伝子間領域中であった。重複に関して、ｒ２は、ＫＩＲ３ＤＰ１のイントロン性ＳＮＰであるｒｓ６３３５２２で、０．０５７でピークとなった。これは次いで、ＫＩＲ２ＤＬ４の非同義コーディングＳＮＰ（Ｔｙｒ５３Ｃｙｓ）、ｒｓ６１８８３５で、０．０１７に低下し、そして次いで、０．０１未満に低下した。ＫＩＲ遺伝子座内のＳＮＰカバーは非常に低密度であり、そしてＨｕｍａｎＨａｐ５５０チップを用いては検出不能である、強く関連するＳＮＰがこの領域内にある可能性もある。欠失および重複両方に関して、１Ｍｂ領域に渡るＤ’を調べた。
【００９６】
ＣＮＶエンドポイント
図８は、ＫＩＲ遺伝子遺伝子座を示す（ＭａｒｔｉｎおよびＣａｒｒｉｎｇｔｏｎ，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ４１５：４９−６４（２００８）より）。ＣＮＶは、ＳＮＰデータを用いてコーリングされるため、事象の正確なエンドポイントを得ることは不可能であり、したがって、欠失および重複が、どのように、本明細書に示す異なる遺伝子に影響を及ぼすかは明らかではない。図７は、ＳＮＰカバーにギャップがあることを例示し、これは、ＨｕｍａｎＨａｐ５５０チップがバージョン１（この領域に１３ＳＮＰ）からバージョン３（この領域に６ＳＮＰ）にアップグレードされた際に増加した。ＳＮＰが失われた理由は明らかでないが、これらの比較的一般的なＣＮＶが遺伝子型コール低下を引き起こし、そしてしたがって、ＱＣの目的のために除去された可能性がある。アフリカ起源のＣＨＡＶＩサンプルを１００万チップ上で実行し、このチップはこの領域中にさらに３２のＳＮＰを有した。図９は、１００万ＳＮＰチップ上のＣＮＶコールを示す。アフリカおよび欧州起源のサンプル間の母集団相違があるかどうかは明らかでないが、現在のところ、１００万ＳＮＰチップを用いて、欧州サンプル中のＣＮＶがアフリカサンプル中で見られるものより短いと考える理由はない。したがって、ＫＩＲ２ＤＬ３の下流のすべてのＫＩＲ遺伝子は、このＣＮＶによって何らかの点で影響を及ぼされうる可能性がある。
【００９７】
以前の研究に対する関連における妥当性
ＮＫ細胞は、エフェクターおよび制御機能の両方を有し、ウイルス感染を調節する際に重要な役割を果たす。これらは、阻害性および活性化受容体のアレイを発現し、特にＫＩＲがあり、該遺伝子は、極度の変動のため、自己寛容および細胞傷害性の間のバランスを微調整するユニークな役割を有する。ＫＩＲは、ターゲット細胞の表面上のリガンド、主にＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。共遺伝するＫＩＲおよびＭＨＣクラスＩ遺伝子産物間の相互作用によって仲介される阻害の度合いは、ＮＫ細胞の活性化閾値を決定する。
【００９８】
いくつかの研究によって、ＨＩＶに対する宿主応答を調節する特定のＫＩＲおよびＭＨＣクラスＩ遺伝子間の上位相互作用が記載されてきている。ＨＬＡ−Ｂ  Ｂｗ４−８０Ｉ（８０位にイソロイシンを持つ）の受容体をコーディングする３ＤＬ１／３ＤＳ１遺伝子座は、特に重要であるようである。ＨＬＡ−Ｂ  Ｂｗ４−８０Ｉと組み合わせて、活性化ＫＩＲ３ＤＳ１アレルが存在すると、ＨＩＶ疾患進行に対する保護（Ｍａｒｔｉｎら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ３１（４）：４２９−３４（２００２），  Ｅｐｕｂ  ２００２  Ｊｕｌ  ２２）と、ならびにＨＩＶ＋個体における日和見感染に対する保護（Ｑｉら，  Ｐｌｏｓ  Ｐａｔｈｏｇ  ２（８）：ｅ７９（２００６））と関連することが示されてきている。他方、阻害性ＫＩＲ３ＤＬ１およびＨＬＡ−Ｂの多様な別個のアレル組み合わせは、一貫した方式で、ＡＩＤＳ進行およびＨＩＶウイルス負荷に有意に影響を及ぼすようであった：遺伝子データは、ＫＩＲ３ＤＬ１アロタイプを区別する機能的相違と相関した（Ｍａｒｔｉｎら，  Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３９（６）：７３３−４０（２００７），  Ｅｐｕｂ  ２００７  Ｍａｙ  １３）。
【００９９】
しかし、いくつかの論争がある。他のグループは、ＨＩＶ進行に対するＫＩＲ３ＤＳ１およびＨＬＡ−Ｂ  Ｂｗ４の影響は、互いからほぼ独立であることを見出している（Ｇａｕｄｉｅｒｉら，  Ｇｅｎｅｓ  Ｉｍｍｕｎ  ６（８）：６８３−９０（２００５）；  Ｂａｒｂｏｕｒら，  Ｐｌｏｓ  Ｐａｔｈｏｇ  ３（４）：ｅ４３（２００７））。２つの非常に最近の論文は、ＨＬＡ−Ｂとの相互作用に依存しない、ＫＩＲ３ＤＳ１のありうる効果を新たに明らかにした。研究によって、ＨＩＶに曝露された感染していない個体において、ＫＩＲ３ＤＳ１ホモ接合体の比率が増加していることが明らかにされ（Ｂｏｕｌｅｔら，  ＡＩＤＳ  ２２（５）：５９５−９（２００８））；別の研究者らによって、ＫＩＲ３ＤＳ１の所持が、初期ＨＩＶ−１疾患における、より高いＮＫ細胞エフェクター機能およびＣＤ８  Ｔ細胞活性化減少に関連することが観察された（Ｌｏｎｇら，  Ｊ  Ｖｉｒｏｌ，  ｅｐｕｂ，  Ｆｅｂ  ２７  ２００８）。最後に、ＫＩＲ遺伝子２ＤＬ２、２ＤＬ３、２ＤＳ２および異なるＨＬＡ−Ｃ型の間のありうる相互作用に関するいくつかの決定的でない証拠がある（Ｇａｕｄｉｅｒｉら，  Ｇｅｎｅｓ  Ｉｍｍｕｎ  ６（８）：６８３−９０（２００５））。
【０１００】
このデータセットにおいて、異なるＫＩＲ遺伝子量によるようである、異なるＨＬＡ−Ｂ型とこのＫＩＲ  ＣＮＶの相互作用があるという予備的証拠がある。ＫＩＲ  ＣＮＶのＨＩＶに関連する影響の方向性、およびアレル頻度は、ＨＬＡ−Ｂ  Ｂｗ４−８０Ｉと共遺伝していた際のＫＩＲ２ＤＳ１およびＫＩＲ２ＤＬ１のいずれかの受益者効果の公表された証拠と一致する。
【０１０１】
上記に引用するすべての文書および他の情報供給源は、その全体が本明細書に援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０（１）】
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【図１０（２）】
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【図１０（３）】
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【図１０（４）】
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【図１０（５）】
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【図１０（６）】
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【図１０（７）】
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【図１０（８）】
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【図１０（９）】
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【図１０（１０）】
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【図１０（１１）】
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【図１０（１２）】
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【図１０（１３）】
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【図１０（１４）】
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【図１０（１５）】
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【図１０（１６）】
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【図１０（１７）】
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【図１０（１８）】
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【図１０（１９）】
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【図１０（２０）】
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【図１０（２１）】
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【図１０（２２）】
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【図１０（２３）】
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【図１０（２４）】
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【図１０（２５）】
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【図１０（２６）】
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【図１０（２７）】
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【図１０（２８）】
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【図１０（２９）】
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【図１０（３０）】
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【国際調査報告】
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