(57)【要約】  本発明は組成物および炎症性腸疾患および過敏性腸症候群の診断かつ／または区別における該組成物の使用を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
２〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、および
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、組配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件で選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、を備え、
第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしないバイオマーカー。
【請求項２】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第３のプローブセットを備え、
第１のプローブセット、第２のプローブセットおよび第３のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項１に記載のバイオマーカー。
【請求項３】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットを備え、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、および第４のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項２に記載のバイオマーカー。
【請求項４】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットを備え、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブセットおよび第５のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項３のバイオマーカー。
【請求項５】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットを備え、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブ
セット、第５のプローブセット、および第６のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項４のバイオマーカー。
【請求項６】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第７のプローブセットを備え、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブセット、第５のプローブセット、第６のプローブセットおよび第７のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない。請求項５のバイオマーカー。
【請求項７】
プローブセットは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする請求項２−４のうちのいずれか１項に記載のバイオマーカー。
【請求項８】
第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰへ選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌへ選択的にハイブリダイズし、第３のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１へ選択的にハイブリダイズし、第４のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫへ選択的にハイブリダイズする請求項３に記載のバイオマーカー。
【請求項９】
プローブセットは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする請求項４または５のバイオマーカー。
【請求項１０】
第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａへ選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰへ選択的にハイブリダイズし、第３のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１へ選択的にハイブリダイズし、第４のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３へ選択的にハイブリダイズし、第５のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１へ選択的にハイブリダイズし、第６のプローブセットはＮＯＮＯに選択的にハイブリダイズする請求項５のバイオマーカー。
【請求項１１】
前記プローブセットは、高ストリンジェンシー条件下で、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸に選択的にハイブリダイズする請求項５または６のバイオマーカー。
【請求項１２】
第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａへ選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰへ選択的にハイブリダイズし、第３のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１へ選択的にハイブリダイズし、第４のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３へ選択的にハイブリダイズし、第５のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１へ選択的にハイブリダイズし、第６のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫへ選択的にハイブリダイズし、第７のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２ＲＲ５Ａへ選択的にハイブリダイズする請求項６に記載のバイオマーカー。
【請求項１３】
バイオマーカーであって、
（ａ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１
、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対と、
（ｂ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対と、を備え、
第１のプライマー対と第２のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しないバイオマーカー。
【請求項１４】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対をさらに備え、
第１のプライマー対、第２のプライマー対および第３のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項１３に記載のバイオマーカー。
【請求項１５】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第４のプライマー対をさらに備え、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対および第４のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項１４に記載のバイオマーカー。
【請求項１６】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第５のプライマー対をさらに備え、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、および第５のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項１５に記載のバイオマーカー。
【請求項１７】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第６のプライマー対をさらに備え、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対および第６のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項１６に記載のバイオマーカー。
【請求項１８】
ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第７のプライマー対をさらに備え、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対、第６のプライマー対、および第７のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項１７に記載のバイオマーカー。
【請求項１９】
前記プライマー対は、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する請求項１
４−１６のいずれか一項に記載のバイオマーカー。
【請求項２０】
第１のプライマー対はＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅し、第２のプライマー対はＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅し、第３のプライマー対はＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第４のプライマー対はＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する請求項１５に記載のバイオマーカー。
【請求項２１】
前記プライマー対が、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する請求項１６−１７のいずれか一項に記載のバイオマーカー。
【請求項２２】
第１のプライマー対はＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅し、第２のプライマー対はＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅し、第３のプライマー対はＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第４のプライマー対はＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅し、第５のプライマー対はＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第６のプライマー対はＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する請求項１７に記載のバイオマーカー。
【請求項２３】
プライマー対が、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する請求項１７−１８のいずれか一項に記載のバイオマーカー。
【請求項２４】
前記プライマー対はＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅し、第２のプライマー対はＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅し、第３のプローブセットのプライマー対はＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第４のプライマー対はＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅し、第５のプライマー対はＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第６のプライマー対はＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する。第７のプライマー対はＰＰＰ２ＲＲ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する請求項１８に記載のバイオマーカー。
【請求項２５】
ＩＢＤおよびＩＢＳのうちの少なくとも一方を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、２つ以上のプローブセットと接触させる工程であって、少なくとも第１のプローブセットと第２のプローブセットが、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸標的に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない工程、
（ｂ）２つ以上のプローブセットと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを前記核酸標的の遺伝子発現に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項２６】
２つ以上のプローブセットは少なくとも３つのプローブセットを含み、第１のプローブセット、第２のプローブセットおよび第３のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項２５に記載に記載の方法。
【請求項２７】
前記２つ以上のプローブセットは少なくとも４つのプローブセットを含み、第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセットおよび第４のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項２６に記載に記載の方法。
【請求項２８】
前記２つ以上のプローブセットは少なくとも５つのプローブセットを含み、第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブセットおよび第５のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項２７に記載に記載の方法。
【請求項２９】
前記２つ以上のプローブセットは少なくとも６つのプローブセットを含み、第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブセット、第５のプローブセットおよび第６のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項２８に記載に記載の方法。
【請求項３０】
前記２つ以上のプローブセットは少なくとも７つのプローブセットを含み、第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブセット、第５のプローブセット、第６のプローブセットおよび第７のプローブセットはいずれも、同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項２９に記載に記載の方法。
【請求項３１】
前記プローブセットは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、前記方法は正常患者とＩＢＳに罹患している被験者とを区別する請求項２６−２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰへ選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌへ選択的にハイブリダイズし、第３のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１へ選択的にハイブリダイズし、第４のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫへ選択的にハイブリダイズし、前記方法は正常患者とＩＢＳに罹患している被験者とを区別する請求項２７に記載に記載の方法。
【請求項３３】
前記プローブセットは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、前記方法は正常患者とＩＢＤに罹患している被験者とを区別する請求項２８または２９に記載に記載の方法。
【請求項３３】
第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａへ選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰへ選択的にハイブリダイズし、第３のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１へ選択的にハイブリダイズし、第４のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３へ選択的にハイブリダイズし、第５のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１へ選択的にハイブリダイズし、第６のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＮＯＮＯへ選択的にハイブリダイズし、前記方法は正常患者とＩＢＤに罹患している被験者とを区別する請求項２９に記載に記載の方法。
【請求項３４】
前記プローブセットは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、前記方法はＩＢＳに罹患している被験者とＩＢＤに罹患している被験者とを区別する請求項２８または２９に記載に記載の方法。
【請求項３５】
第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａへ選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰへ選択的にハイブリダイズし、第３のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１へ選択的にハイブリダイズし、第４のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３へ選択的にハイブリダイズし、第５のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１へ選択的にハイブリダイズし、第６のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫへ選択的にハイブリダイズし、第７のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２ＲＲ５Ａへ選択的にハイブリダイズする請求項２９に記載に記載の方法。
【請求項３６】
ＩＢＤおよびＩＢＳのうちの少なくとも一方を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、２つ以上のプローブセットと接触させる工程であって、少なくとも第１のプローブセットと第２のプローブセットが、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸標的の検出可能部分を選択的に増幅することが可能であり、第１のプライマー対と第２のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しない工程、
（ｂ）２つ以上のプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを前記核酸標的の遺伝子発現に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項３７】
２つ以上のプライマー対は少なくとも３つのプライマー対を含み、第１のプライマー対、第２のプライマー対および第３のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項３６に記載に記載の方法。
【請求項３８】
２つ以上のプライマー対は少なくとも４つのプライマー対を含み、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対および第４のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項３７に記載に記載の方法。
【請求項３９】
２つ以上のプライマー対は少なくとも５つのプライマー対を含み、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対および第５のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項３８に記載に記載の方法。
【請求項４０】
２つ以上のプライマー対は少なくとも６つのプライマー対を含み、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対および第６のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項３９に記載に記載の方法。
【請求項４１】
２つ以上のプライマー対は少なくとも７つのプライマー対を含み、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対、第６のプライマー対および第７のプライマー対はいずれも、同じ核酸を選択的に増幅しない請求項４０に記載に記載の方法。
【請求項４２】
前記プライマー対が、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよ
びＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅し、方法は、正常患者とＩＢＳに罹患している被験者とを区別する請求項３７−３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
第１のプライマー対が、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅し、第２のプライマー対が、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅し、第３のプライマー対が、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第４のプライマー対が、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する請求項３８に記載に記載の方法。
【請求項４４】
前記プライマー対が、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅し、前記方法は正常患者とＩＢＤに罹患している被験者とを区別する請求項３９または４０に記載に記載の方法。
【請求項４５】
第１のプライマー対は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅し、第２のプライマー対はＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅し、第３のプライマー対はＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第４のプライマー対はＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅し、第５のプライマー対はＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第６のプライマー対はＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する請求項４０に記載に記載の方法。
【請求項４６】
前記プライマー対は、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅し、前記方法はＩＢＳに罹患している被験者とＩＢＤに罹患している被験者とを区別する請求項４０または４１に記載に記載の方法。
【請求項４７】
前記プライマー対は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅し、第２のプライマー対はＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅し、第３のプライマー対はＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第４のプライマー対はＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅し、第５のプライマー対はＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅し、第６のプライマー対はＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅し、第７のプライマー対はＰＰＰ２ＲＲ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する請求項４１に記載に記載の方法。
【請求項４８】
被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを核酸標的の増幅に基づいて診断する工程は、各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することを含む請求項２５−３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを核酸標的の増幅に基づいて診断する工程は、各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、増幅産物を分析することを含む。請求項３６−４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
３〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（Ｕ
ＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第２のプローブセット、および
（ｃ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第３のプローブセット、を備え、
前記３〜３５個の異なるプローブセットの各々は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプローブセットから成り、該異なるプローブセットの各々は任意選択で検出できるように標識されているバイオマーカー。
【請求項５１】
第１のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第２のプローブセットはＴＨ１Ｌまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第３のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第４のプローブセットはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る請求項５０に記載のバイオマーカー。
【請求項５２】
３〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対であって、第１のプライマー対中の各プライマーは、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第１のプライマー対、
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対であって、第２のプライマー対中の各プライマーは、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第２のプライマー対、および
（ｃ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対であって、第３のプライマー対中の各プライマーは、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第３のプライマー対、を備え、
前記３〜３５個の異なるプライマー対の各々は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対からなり、該異なるプライマー対の各々は任意選択で検出できるように標識されているバイオマーカー。
【請求項５３】
第１のプライマー対中の各プライマーは、ＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第２のプライマー対中の各プライマーは、ＴＨ１Ｌまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第３のプライマー
対中の各プライマーは、ＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第４のプライマー対中の各プライマーは、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る請求項５２に記載のバイオマーカー。
【請求項５４】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも３つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブおよび第３のヌクレオチドプローブの各々は、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸標的またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブおよび第３のヌクレオチドプローブの各々は、異なる核酸標的の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）プローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項５５】
前記核酸標的はＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＵＢＥ２Ｇ１およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫを含む請求項５４に記載に記載の方法。
【請求項５６】
前記被験者は、腹痛、便秘、下痢および排便習慣の変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項５４または５５に記載に記載の方法。
【請求項５７】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項５４−５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することをさらに含む請求項５４−５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも３つのプライマー対と接触させる工程であって、第１のプライマー対、第２のプライマー対および第３のプライマー対は配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された異なる核酸標的またはその完全相補配列を選択的に増幅し、各プライマー対中の各プライマーは、その核酸標的の少なくとも１５の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）少なくとも３つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項６０】
前記核酸標的はＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＵＢＥ２Ｇ１およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫを含む請求項５９に記載に記載の方法。
【請求項６１】
前記被験者は、腹痛、便秘、下痢および排便習慣の変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項５９または６０に記載に記載の方法。
【請求項６２】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項５９−６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することをさらに含む請求項５９−６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
５〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第２のプローブセット、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第３のプローブセット、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第４のプローブセット、および
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第５のプローブセット、を備え、
前記５〜３５個の異なるプローブセットの各々は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプローブセットから成り、該異なるプローブセットの各々は任意選択で検出できるように標識されているバイオマーカー。
【請求項６５】
第１のプローブセットはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第２のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第３のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第４のプローブセットはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第５のプローブセットはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレ
オチドプローブであり、第６のプローブセットはＮＯＮＯまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る請求項６４に記載のバイオマーカー。
【請求項６６】
５〜３５個の異なる核酸プライマー対から成るバイオマーカーであって、該核酸プライマー対は、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対であって、第１のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第１のプライマー対、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対であって、第２のプライマー対中の各プライマーは、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第２のプライマー対、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対であって、第３のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第３のプライマー対、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第４のプライマー対であって、第４のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１、）および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第４のプライマー対、および
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第５のプライマー対であって、第５のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第５のプライマー対、を備え、
前記５〜３５個の異なるプライマー対の各々は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対からなり、該異なるプライマー対の各々は任意選択で検出できるように標識されているバイオマーカー。
【請求項６７】
第１のプライマー対中の各プライマーは、ＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第２のプライマー対中の各プライマーは、ＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第３のプライマー対中の各プライマーは、ＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第４のプライマー対中の各プライマーは、ＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第５のプライマー対中の各プライマーは、ＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第６のプライマー対中の各プライマーは、ＮＯＮＯまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る請求項６６に記載のバイオマーカー。
【請求項６８】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも５つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブ、第３のヌクレオチドプローブ、第４のヌクレオチドプローブおよび第５のヌクレオチドプローブの各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸標的またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第１、第２、第３、第４、および第５のヌクレオチドプローブの各々は、異なる核酸標的の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）ヌクレオチドプローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項６９】
前記核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１およびＮＯＮＯを含む請求項６８に記載に記載の方法。
【請求項７０】
前記被験者は、腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項６８または６９に記載に記載の方法。
【請求項７１】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項６８−７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することをさらに含む請求項６８−７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも５つのプライマー対と接触させる工程であって、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー、第４のプライマー対および第５のプライマー対の各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列
番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された異なる核酸標的または完全相補配列を選択的に増幅し、各プライマー対中の各プライマーはその核酸標的の少なくとも１５の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）少なくとも５つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか否かを核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項７４】
前記核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１およびＮＯＮＯを含む請求項７３に記載に記載の方法。
【請求項７５】
前記被験者は腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項７３または７４に記載に記載の方法。
【請求項７６】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項７３−７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することをさらに含む請求項７３−７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
６〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第２のプローブセット、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第３のプローブセット、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第４のプローブセット、
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢ
Ｅ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第５のプローブセット、および
（ｆ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第６のプローブセット、を備え、
６〜３５個の異なるプローブセットの各々は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプローブセットから成り、該異なるプローブセットの各々は任意選択で検出できるように標識されているバイオマーカー。
【請求項７９】
第１のプローブセットはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第２のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第３のプローブセットはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第４のプローブセットはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第５のプローブセットはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第６のプローブセットはＰＰＰ２Ｒ５Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第７のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブである請求項７８に記載のバイオマーカー。
【請求項８０】
６〜３５個の異なる核酸プライマー対から成るバイオマーカーであって、該核酸プライマー対は、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対であって、第１のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第１のプライマー対、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対であって、第２のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（
ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第２のプライマー対、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対であって、第３のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第３のプライマー対、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第４のプライマー対であって、第４のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第４のプライマー対、
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第５のプライマー対であって、第５のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第５のプライマー対、および
（ｆ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第６のプライマー対であって、第６のプライマー対中の各プライマーは、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第６のプライマー対、を備え、
前記６〜３５個の異なるプライマー対の各々は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対からなり、該異なるプライマー対の各々は任意選択で検出できるように標識されているバイオマーカー。
【請求項８１】
第１のプライマー対中の各プライマーは、ＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第２のプライマー対中の各プライマーは、ＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第３のプライ
マー対中の各プライマーは、ＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第４のプライマー対中の各プライマーは、ＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第５のプライマー対中の各プライマーは、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第６のプライマー対中の各プライマーは、ＰＰＰ２Ｒ５Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第７のプライマー対中の各プライマーは、ＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る請求項８０に記載のバイオマーカー。
【請求項８２】
被験者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を区別する方法であって、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも６つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブ、第３のヌクレオチドプローブ、第４のヌクレオチドプローブ、第５のヌクレオチドプローブおよび第６のヌクレオチドプローブの各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸標的またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第１、第２、第３、第４、第５、および第６のヌクレオチドプローブの各々は異なる核酸標的の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）核酸試料のヌクレオチドプローブと核酸標的の間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項８３】
前記核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５ＡおよびＢＬＣＡＰを含む請求項８２に記載に記載の方法。
【請求項８４】
前記被験者は、腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項８２または８３に記載に記載の方法。
【請求項８５】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項８２−８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することをさらに含む請求項８２−８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
被験者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を区別する方法であって、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも６つのプライマー対と接触させる工程であって、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー、第４のプライマー対、第５のプライマー対、および第６のプライマー対の各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された異
なる核酸標的またはその完全相補配列を選択的に増幅し、各プライマー対中の各プライマーは、その核酸標的の少なくとも１５の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）少なくとも６つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法。
【請求項８８】
前記核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５ＡおよびＢＬＣＡＰを含む請求項８７に記載に記載の方法。
【請求項８９】
前記被験者は、腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項８７または８８に記載に記載の方法。
【請求項９０】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項８７−８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程をさらに含む請求項８７−９０のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の属する技術分野）
本発明は、包括的に、核酸、核酸検出および腸障害の分野に関する。
（相互参照）
本願は、２００８年３月１４日出願の米国仮特許出願出願番号第６１／０３６，６３２号および２００８年９月１５日出願の米国仮特許出願出願番号第６１／０９７，１０９号の優先権を主張する。両出願全体を本願に援用する。
【背景技術】
【０００２】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）は、腹痛、便秘および下痢のうちの少なくとも一つを特徴とする慢性症状である。ＩＢＳは非常に一般的であり、胃腸科専門医の診察を受ける人の２０〜５０％を占める。ＩＢＳでは胃腸管の損傷は起こらず、結腸癌または大腸炎等のより重度の胃腸症状と関連するものでもなければ、かかる胃腸症状に発展するものでもなく、ＩＢＳは症状の緩和、食事の変更、およびストレス管理術を目的とした薬物で制御可能である場合が多い。しかしながら、ＩＢＳと確定診断され、したがって治療の適切な方針が設定される前に、より多くの重度な症状は排除されなければならない。
【０００３】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、腸管の炎症を引き起こす少なくとも２つの別個の疾患を指す。すなわち、潰瘍性大腸炎が結腸を冒しつつ、クローン病が小腸の最後の部分を最も頻繁に冒す（もっとも、消化管の任意の部分も攻撃する可能性がある）。ＩＢＤはＩＢＳに比較すると発症が稀であるが、ＩＢＤ患者はＩＢＳ患者と同じ多くの症状を経験する場合があるため、ＩＢＤの診断は複雑となっている。さらに、ＩＢＤ患者は結腸癌になる危険性がより高い。現在、ＩＢＤは、侵襲性の高い方法である結腸内視鏡検査によってのみ確定診断可能となっているが、この侵襲的方法でさえ、結腸内視鏡検査を受けている患者の約１０％は診断することができない（非特許文献１）。ＩＢＤは抗炎症薬、免疫抑制剤および損傷組織を除去する外科手術のうちの少なくとも一つで治療され得る。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Burczynski, J. Mol. Diag. 8(1): 51 (2006)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
したがって、ＩＢＤとＩＢＳを区別可能な、より優れてより特異性の高い診断検査が当該技術分野で必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
第１態様では、本発明は、２〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、および
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件で選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、を備え、
第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない、バイオマーカーを提供する。
【０００７】
第２態様では、本発明はバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対、および
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対、を備え、
第１のプライマー対と第２のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しない、バイオマーカーを提供する。
【０００８】
第３態様では、本発明は、ＩＢＤおよびＩＢＳのうちの少なくとも一方を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、２つ以上のプローブセットと接触させる工程であって、少なくとも第１のプローブセットと第２のプローブセットが、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）、および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸標的に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない工程、
（ｂ）２つ以上のプローブセットと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを前記核酸標的の遺伝子発現に基づいて診断する工程、からなる方法を提供する。
【０００９】
本発明の第３態様の１実施形態では、被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを診断する工程は、各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することを含む。
【００１０】
第４の態様では、本発明は、ＩＢＤおよびＩＢＳのうちの少なくとも一方を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅する条件下で、２つ以上のプローブセットと接触させる工程であって、少なくとも第１のプローブセットと第２のプローブセットが、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）、および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸標的の検出可能部分を選択的に増幅することが可能であり、第１のプライマー対と第２のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しない工程、
（ｂ）前記２つ以上のプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、該増幅産物は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを前記核酸標的の増幅に基づいて診断する工程、からなる方法を提供する。
【００１１】
本発明の第４の態様の１実施形態では、被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを核酸標的の増幅に基づいて診断する工程は、各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、増幅産物を分析することを含む。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】ＩＢＤ対正常分析における各トレーニングセット患者の加重和回帰スコアのグラフ。
【図２】５つの患者コホートに対する８つの遺伝子中の５つの発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロット。正常およびＩＢＤ患者の分離に注意する（ＵＣおよびクローン病）。
【図３】５つの患者コホートに対する８つの遺伝中の７つの発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロット。ＩＢＤ患者からの正常およびＩＢＳの分離に注意する（ＵＣおよびクローン病）。
【図４】５つの患者コホートに対する８つの遺伝子中の４つの発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロット。正常および規定とＩＢＳの患者の分離に注意する。
【図５】組み合わせがＩＢＤ対正常を区別する５つの遺伝子の発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロット。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本明細書に引用した文献はすべてその全体を援用する。
本願の中で、特段の記載がない場合、使用される技術は例えば以下のようないくつかの周知の文献のいずれに見出されるものでもよい：Molecular Cloning: A Laboratory Manu
al (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Gene Expression Technology (Methods in Enzymology, Vol. 185, edited by D. Goeddel, 1991. Academic Press, San Diego, CA)、“Guide to Protein Purification”in Methods in Enzymology (M.P. Deutshcer, ed., (1990) Academic Press, Inc.)、PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al. 1990. Academic Press, San Diego, CA),、Culture of Animal Cells:  A Manual of Basic Technique, 2nd Ed. (R.I. Freshney.
1987. Liss, Inc. New York, NY)、Gene Transfer and Expression Protocols, pp. 109-128, ed. E.J. Murray, The Humana Press Inc., CityCityplaceClifton, stocktickerstocktickerN.J.、およびthe Ambion 1998 Catalog (Ambion, Austin, TX)。
【００１４】
第１態様では、本発明は、２〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、および
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、組配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件で選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、を備え、
第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない、バイオマーカーを提供する。
【００１５】
上記に記載した核酸は、配列番号と遺伝子名により記載されたヒト核酸であり、当業者に理解されるように、そのようなヒト核酸配列は、本明細書に開示された配列のｍＲＮＡ相当物を包含する。参照し易さのために、核酸を明細書の残りの部分全体にわたり遺伝子名で呼ぶ。本明細書に使用する場合、遺伝子名とは、表１に記載された各遺伝子に対して記載された「配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）」と、その相補的配列と、そのＲＮＡ相当物とを意味することが理解されよう。
【００１６】
１つの非限定的例において、第１のプローブセットはＴＨ１Ｌに高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、従って配列番号４（ＮＭ＿１９８９７８）の核酸、そのｍＲＮＡ版、またはその相補的配列に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、第２のプローブセットはＲＡＰ１Ａに高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、従って配列番号１−２の核酸のうちの一方または両方、そのｍＲＮＡ版、またはその相補的配列に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする。さらなる実施形態は、いかの教示および表１に基づけば当業者には容易に明らかとなるであろう。
【００１７】
【表１】
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【００１８】
以下により詳細に説明するように、発明者は、例えばＩＢＤとＩＢＳを診断するためのプローブとして、本発明のバイオマーカーを使用可能であることを見出した。バイオマーカーは、例えば、上記に記載した遺伝子の組織ｍＲＮＡ中での発現レベルを決定するために使用可能である。本発明の上記第１態様のバイオマーカーは、血液試料（例えば末梢血単核球（ＰＢＭＣ）または赤血球（ＲＢＣ）を除去した全血）等の対象の組織中の遺伝子由来のＲＮＡ発現の分析に使用されるのが特に好ましい。
【００１９】
本明細書に使用する場合、本発明のすべての態様および実施形態に関して、「プローブセット」は、同じ標的核酸（例えば単一の特異的ｍＲＮＡ）に高ストリンジェンシー条件下で各々が選択的にハイブリダイズする１つまたは複数の単離ポリヌクレオチドである。したがって、単一の「プローブセット」は、ｍＲＮＡ発現産物等の同じ標的核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする任意の数の異なる単離ポリヌクレオチドを含んでもよい。例えば、ＢＬＣＡＰ  ｍＲＮＡに選択的にハイブリダイズするプローブセットは、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰ  ｍＲＮＡに選択的にハイブリダイズする長さが１００ヌクレオチドから成る１個のポリヌクレオチドから成ってもよいし、高ストリンジェンシー条件下で各々がＢＬＣＡＰ  ｍＲＮＡに選択的にハイブリダイズする長さが１００ヌクレオチドから成る２個の別個のポリヌクレオチドから成ってもよいし、または高ストリンジェンシー条件下で各々がＢＬＣＡＰ  ｍＲＮＡに選択的にハイブリダイズする長さが２５ヌクレオチドの２０個の別個のポリヌクレオチドから成ってもよい（例えば、大きなプローブを多くの個々のより短いポリヌクレオチドに断片化する）。当業者には多くのそのような置換が可能であることが理解されるだろう。
【００２０】
本発明のバイオマーカーは２〜３５個のプローブセットから成る。種々の実施形態で、バイオマーカーは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬ
ＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に各々が高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２または１４つのプローブセットを含んでよい。３−１４つの異なるプローブセットの各々は、異なる核酸標的に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする。したがって、当業者に明らかなように、バイオマーカーは例えば以下のようなさらなるプローブセットを含んでもよい：（ａ）上記に記載したヒト核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする追加のプローブセット（例えばＲＡＰ１Ａは多くの重複を共有する代替産物を発現し、したがってあるプローブセットは１つの転写物（または該転写物に由来するｃＤＮＡ）に選択的にハイブリダイゼーション可能であり、別のプローブセットは別の代替転写物（または該転写物に由来するｃＤＮＡ）に選択的にハイブリダイゼーション可能である、ＧＰＸは代替転写物を有する同様の例である）または（ｂ）上記に記載したヒト核酸のいずれにも高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズしないさらなるプローブセット。かかる（ｂ）のタイプのさらなるプローブセットは、対象の別の核酸に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドから成るプローブセットを含んでもよく、さらには例えば、競合核酸等の制御配列、つまり比較等のためのハイブリダイゼーションの基準を提供する配列から成るプローブセットを含んでもよい。
【００２１】
第１態様の種々の実施形態では、バイオマーカーは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５個のプローブセットから成る。種々のさらなる実施形態では、かかる異なるプローブセットの少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％または９５％、またはそれよりも高い割合が、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする。当業者には明らかなように、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズするプローブセットの割合が増大するにつれて、バイオマーカー中のプローブセットの最大数は減少する。したがって、例えばプローブセットの少なくとも５０％がＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸、またはこれらの相補的配列に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする場合、バイオマーカーは２〜２８個のプローブセットから成るだろう。当業者には、本発明のこの態様の種々の実施形態の組成物により包含される種々の他の置換が理解されるだろう。
【００２２】
本発明の各態様および実施形態に関して本明細書に使用する場合、用語「選択的にハイブリダイズする」は、記載したハイブリダイゼーション条件下で検出可能なハイブリダイゼーション複合体が生成する程度に単離ポリヌクレオチドが少なくとも自身の核酸標的の一部に完全に相補的であり、生じたハイブリダイゼーション複合体が他の核酸を用いて生じ得る任意のハイブリダイゼーションから識別可能であることを意味する。使用される特定のハイブリダイゼーションは、使用されるポリヌクレオチドプローブの長さ、そのＧＣ含量、ならびに当業者に周知の種々の他の要因に依存して決まる（例えばTijssen (1993)
Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology--Hybridization with
Nucleic Acid Probes part I, chapter 2, "Overview of principles of hybridization
and the strategy of nucleic acid probe assays," Elsevier, N.Y. (「Tijssen」参照）。本明細書に使用する場合、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、一定のイオン強度およびｐＨで、かつ特定のポリヌクレオチドに対する熱融点（Ｔｍ）よりも５℃低いように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が完全に一致するプローブにハイブリダイズする温度（一定のイオン強度およびｐＨ下）である。高ストリンジェンシー条件は、特定のポリヌクレオチドプローブのＴｍと等しいように選択される。ストリンジェンシトな条件の例は、６５℃、０．２ＸＳＳＣ中で所望の期間中に、単離ポリヌクレオチドがゲノムまたは他の標的核酸と選択的にハイブリダイズしてハイブリダイゼーション複合体を形成し、洗浄条件が０．２Ｘ  ＳＳＣ、６５℃で１５分間であるものである。これらの条件を種々の緩衝液および温度を使用して複製してもよいことが理解される。ＳＳＣ（例えばSambrook, Fritsch, and Maniatis, in: Molecular Cloning, A Laboratory
Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989参照）は、他の適切なハイブリダイゼーション緩衝液と同様に当業者に周知である。
【００２３】
プローブセット中のポリヌクレオチドは、高ストリンジェンシー条件下における対象核酸との選択的なハイブリダイゼーションを許容するものであれば、任意の長さであってよい。本発明のこの態様および関連する態様の種々の好ましい実施形態、ならびに以下に開示する実施形態では、単離ポリヌクレオチドは、記載した配列番号、その完全相補配列、または対応するＲＮＡ配列のうちの一つの少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、またはそれよりも長い連続するヌクレオチドである。
【００２４】
用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書に使用する場合、一本鎖または二本鎖形式のいずれであってもよいＤＮＡまたはＲＮＡ、好ましくはＤＮＡを指す。好ましい実施形態では、ポリヌクレオチドは、上記に記載した核酸（またはその対応ＲＮＡ配列）の「アンチセンス」である一本鎖核酸である。用語「ポリヌクレオチド」は、合成骨格を有する核酸様構造を包含する。本発明により提供されるＤＮＡ骨格類似体はホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホン酸、ホスホロアミド酸、アルキルホスホトリエステル、スルファメート、３’−チオアセタール、メチレン（メチルイミノ）、３’−Ｎ−カーバメート、モルホリノカーバメート、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）、メチルホスホナートリンケージ、またはメチルホスホナートおよびホスホジエステル結合（Strauss-Soukup (1997) Biochemistry 36:8692-8698）、およびベンジルホスホナ
ート結合（例えば米国第６，６６４，０５７号に記載）である。Oligonucleotides and Analogues, a Practical Approach, edited by F. Eckstein, IRL Press at Oxford University Press (1991）、 Antisense Strategies, Annals of the New York Academy of Sciences, Volume 600, Eds. Baserga and Denhardt (NYAS 1992）、 Milligan (1993) J. Med. Chem. 36:1923-1937; Antisense Research and Applications (1993, CRC Press)も参照。
【００２５】
本発明の態様および実施形態のすべてに対して本明細書に使用する場合、「単離」ポリヌクレオチドは、核酸が由来する生物体のゲノムＤＮＡ中のポリヌクレオチドの側面に天然で存在する配列が無い、好ましくはｃＤＮＡライブラリー等の核酸ライブラリーで見出されるリンカー配列が無いポリヌクレオチドである。さらに「単離」ポリヌクレオチドは、組換え技術によって生産される場合、他の細胞材料、ゲル材料および培地も実質的に含まず、または化学合成された場合には化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。本発明のポリヌクレオチドは、標準法を用いてゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡ由来のｃＤＮＡライブラリーからＰＣＲ増幅により種々の供給源から単離されてもよいし
、または米国第６，６６４，０５７号および該特許に開示された文献に記載されている当業者に周知の方法によりインビトロで合成されてもよい。合成ポリヌクレオチドは、種々の溶液または固相法により調製することが可能である。亜燐酸トリエステル、リン酸トリエステルおよびＨ−ホスホン酸物質によるポリヌクレオチドの固相法の手順の詳細な説明は広く利用可能である（例えば米国第６，６６４，０５７号および該特許に開示した文献）。Pearson (1983) J. Chrom. 255:137-149に記載されているように、ポリヌクレオチドの精製方法は未変性アクリルアミドゲル電気泳動および陰イオン交換ＨＰＬＣを含む。合成ポリヌクレオチドの配列は標準法を使用して確認することが可能である。
【００２６】
１実施形態では、ポリヌクレオチドは、対象の各遺伝子に対して上記に示した配列番号の全部もしくは一部またはその対応ＲＮＡ配列（すなわちこれは上記に記載した配列番号に完全に相補的である）に対して「アンチセンス」である鎖を含む一本鎖または二重鎖核酸である。１つの非限定的例では、第１のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズし、かつ配列番号４（ＮＭ＿１９８９７８）の核酸の全部もしくは一部またはそのｍＲＮＡ版に完全に相補的であり、第２のプローブセットは高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズし、かつ配列番号１および２の核酸の一方もしくは両方またはそのｍＲＮＡ版に完全に相補的である。
【００２７】
本発明の第１態様の１つの好ましい実施形態では、バイオマーカーは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする、少なくとも３つ、４つのまたは５つのプローブセットを含むか、かかるプローブセットから成る。より詳細に以下に開示するように、そのようなプローブセットは、ＩＢＳに罹患している被験者と正常被験者とを区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプローブセットの例を表１７に提供する。したがって、好ましい実施形態では、本発明は、３〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーを提供する。かかる核酸プローブセットは、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第２のプローブセット、および
（ｃ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第３のプローブセット、を備える。
【００２８】
３〜３５個の異なるプローブセットの各々は、他のプローブセットのヌクレオチドと異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプローブセットから成り、異なるプローブセットの各々は任意選択で検出できるように標識されている。この実施形態のさらに好ましいバージョンでは、第１のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第２のプローブセットはＴＨ１Ｌまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第３のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第４のプローブセットはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチ
ドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る。
【００２９】
本発明の第１態様の別の好ましい実施形態では、バイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする、少なくとも５または６つのプローブセットを含むか、かかるプローブセットから成る。より詳細に以下に開示するように、そのようなプローブセットは、正常被験者とＩＢＤに罹患している被験者とを区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプローブセットの例を表１８に提供する。この実施形態の１つの好ましいバージョンでは、バイオマーカーは５〜３５個の異なる核酸プローブセットから成る。かかる核酸プローブセットは、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第２のプローブセット、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第３のプローブセット、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第４のプローブセット、および
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第５のプローブセットを含む。
【００３０】
５〜３５個の異なるプローブセットの各々は、他のプローブセットのヌクレオチドと異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプローブセットから成り、異なるプローブセットの各々は任意選択で検出できるように標識されている。別のバージョンでは、第１のプローブセットはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第２のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第３のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第４のプローブセットはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第５のプローブセットはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブであり、第６のプローブセットはＮＯＮＯまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複
数のヌクレオチドプローブから成る。
【００３１】
本発明の第１態様のさらに好ましい実施形態では、バイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする、少なくとも６または７個のプローブセットを含むか、かかるプローブセットから成る。より詳細に以下に開示するように、そのようなプローブセットは、ＩＢＤに罹患している被験者からＩＢＳに罹患している被験者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプローブセットの例を表１９に提供する。１つの好ましい実施形態では、バイオマーカーは、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第２のプローブセット、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第３のプローブセット、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第４のプローブセット、
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第５のプローブセット、および
（ｆ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る第６のプローブセット、を備え、
６〜３５個の異なるプローブセットの各々は、他のプローブセットのヌクレオチドと異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプローブセットから成り、異なるプローブセットの各々は任意選択で検出できるように標識されている。さらに好ましい実施形態では、第１のプローブセットはＲＡＰ１
Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第２のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第３のプローブセットはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第４のプローブセットはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第５のプローブセットはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第６のプローブセットはＰＰＰ２Ｒ５Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、第７のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る。
【００３２】
本発明の第１態様の１つの特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は正常被験者とＩＢＳ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３３】
本発明の第１態様の第２の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は正常被験者とＩＢＳ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３４】
本発明の第１態様の第３の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は正常被験者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３５】
本発明の第１態様の第４の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は正常被験者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３６】
本発明の第１態様の第５の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＮＯＮＯに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットとを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は正常被験者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３７】
本発明の第１態様の第６の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２ＲＲ５Ａに選択的にハイブリダイズする第７のプローブセットとを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は正常患者およびＩＢＳ患者をＩＢＤ患者から区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３８】
本発明の第１態様の第７の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２ＲＲ５Ａに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットとを含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者はＩＢＳ患者をＩＢＤ患者から区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００３９】
本発明の第１態様の第８の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２ＲＲ５Ａに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第７のプローブセットと、を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者はＩＢＳ患者をＩＢＤ患者から区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００４０】
本発明の第１態様の第９の特定の実施形態では、バイオマーカーは、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下で選択的にＧＰＸ１ハイブリダイズする第３のプローブ
セットと、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第５のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＮＯＮＯに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットと、を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者はＩＢＳ患者およびＩＢＤ患者を正常患者から区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００４１】
したがって、本発明の第１態様の種々の他の実施形態では、バイオマーカーは以下の１つまたは複数の選択肢を含むか、かかる選択肢から成る：
（ａ）高ストリンジェンシー条件下で選択的にＲＡＰ１Ａにハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（正常な患者からＩＢＤを区別する、正常患者およびＩＢＳ患者からＩＢＤを区別する、ＩＢＳ患者からＩＢＤを区別する、ならびに正常患者からＩＢＳおよびＩＢＳ患者を区別するバイオマーカーに共通のプローブセットの対として使用）、
（ｂ）高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（正常患者からＩＢＤを診断するのに特異的な４つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために（ａ）のプローブセットの対に追加することが可能なプローブセットの対として使用）、
（ｃ）高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット（正常患者からＩＢＤを診断する５つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために（ａ）のプローブセットの対に追加することが可能なプローブトリオとして使用）、
（ｄ）高ストリンジェンシー条件下でＮＯＮＯに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（正常患者からＩＢＤを診断する６つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために（ａ）および（ｂ）のプローブセットに加えることが可能なプローブセットの対として使用、）、
（ｅ）高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２Ｒ５Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下で選択的にＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫにハイブリダイズする第２のプローブセット（ＩＢＳ患者からＩＢＤを診断するバイオマーカーに共通のプローブセットの対として使用）。この（ｅ）のプローブセットは、正常患者からＩＢＤを区別する上記に開示した（ａ）および（ｃ）のプローブセットと組み合わされると、ＩＢＤ患者から正常患者とＩＢＳ患者を診断するバイオマーカーを生成する。（ｅ）、（ａ）および（ｃ）のプローブセットの組み合わせは、個々の遺伝子の発現値が本明細書で説明するように異なる加重値で与えられた場合に、ＩＢＳ患者とＩＢＤ患者を区別するバイオマーカーとしても使用可能である、
（ｆ）高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（ＩＢＳ患者からＩＢＤを区別するために使用可能な６つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために、上述した（ａ）および（ｅ）のプローブセットに加えることが可能なプローブセットの対として使用）、
（ｇ）高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（上記の（ａ）および（ｄ）に加えた時に正常な患者からのＩＢＳまたはＩＢＤ患者を区別可能な６つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために使用可能なプローブセットの対として使用）、
ｈ）高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＫＢに選択的にハイブリダイズする
第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（上記の（ｇ）に加えた時に正常な患者からＩＢＳ患者を区別可能な４つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために使用可能なプローブセットの対として使用）、および
ｉ）高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＫＢに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセットと、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット（上記の（ｇ）に加えた時に正常な患者からＩＢＳの患者を区別可能な異なる４つの遺伝子からなるバイオマーカーを生成するために使用可能なプローブセットの対として使用）。
【００４２】
第２の態様では、本発明は以下を含むか、または以下から成るバイオマーカーを提供する：
（ａ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対、および
（ｂ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対、
第１のプライマー対と第２のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しない。
【００４３】
以下により詳細に説明するように、本願発明者は、例えばＩＢＤおよびＩＢＳを診断する増幅アッセイ用プライマーとして、本発明のバイオマーカーを使用可能であることを発見した。バイオマーカーは、例えば、上記に記載した遺伝子の組織ｍＲＮＡ中の発現レベルを決定するために使用可能である。本発明の第２態様のバイオマーカーは、血液試料（ＰＢＭＣまたはＲＢＣを除去した全血）等の、対象の組織中の遺伝子からのＲＮＡ発現分析で使用されるのが特に好ましい。
【００４４】
核酸標的は、一般にポリヌクレオチドを有しているものとして、上記に詳細に説明した。本明細書に使用する場合、「選択的増幅」とは、プライマー対がその標的に相補的であり、非特異的増幅による増幅産物から区別可能な核酸標的の検出可能部分を増幅するために使用可能であることを意味する。好ましい実施形態では、プライマーはその標的に完全に相補的である。
【００４５】
当該技術分野において周知のように、ポリヌクレオチドプライマーはプライマーと相補的な標的部分を増幅すべく種々のアッセイ（ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＴＱ−ＰＣＲ、ｓｐＰＣＲ、ｑＰＣＲおよび対立遺伝子特異的ＰＣＲ等）に使用可能である。したがって、プライマー対は、「順方向」プライマーと「逆方向」プライマー、すなわちセンス鎖（つまり本明細書で提供する配列で示される鎖）に相補的なプライマーと、「アンチセンス」鎖（つまり本明細書で提供される配列で示される鎖に相補的な鎖）に相補的なプライマーであって、増幅条件を受けると対象の標的から検出可能な増幅産物を生成できるように標的にハイブリダイズするよう設計されたプライマーを両方含む。標的核酸の各々の配列を本明細書で提供する。したがって、本明細書の教示に基づき、当業者は対象の標的（またはその相補配列）に相補的な適切なプライマー対を設計することが可能である。種々の実施形態では、プライマー対の各部材は、少なくとも長さが１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれよりも長いヌクレオチドの、核酸標的に完全に相補的な一本鎖ＤＮＡポリヌクレオチドである。種々のさらなる実施形態では、増幅される標的核酸の検出可能部分は少なくとも３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、
１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００またはそれより長いヌクレオチドである。
【００４６】
種々の実施形態においてバイオマーカーは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４つのプライマー対を含むか、それから成ってよく、３−１４のプライマー対はいずれも同じ核酸を選択的に増幅しない。好ましい実施形態では、プライマーは、その標的に完全に相補的である。したがって、当業者には明らかなように、バイオマーカーは、上記に記載したヒト核酸のいずれにも選択的に増幅しないプライマー対をさらに含んでもよい。そのようなさらなるプライマー対には、対象以外の核酸を選択的に増幅するポリヌクレオチドからなるものを含んでもよく、例えば、比較のための増幅標準を提供するプライマー対等を含む。
【００４７】
第２態様の種々の実施形態では、バイオマーカーは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５のプライマー対からなる。種々のさらなる実施形態では、異なるプライマー対の少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれよりも高い割合が、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する。
【００４８】
本発明の第２態様の１つの好ましい実施形態では、バイオマーカーは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する少なくとも３、４または５つのプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、そのようなプライマー対は、ＩＢＳに罹患している被験者から正常患者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプライマー対の例を表１７に提供される核酸の検出可能部分を増幅するプライマー対である。したがって、この実施形態の１つの好ましいバージョンでは、バイオマーカーは３〜３５個の異なる核酸プライマー対から成り、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対であって、第１のプライマー対中の各プライマーは配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第１のプライマー対、
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対であって、第２のプライマー対中の各プライマーは配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第２のプライマー対、および
（ｃ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対であって、第３のプライマー対中の各プライマーは配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドからなる第３のプライマー対、を備え、
３〜３５の異なるプライマー対の各々は、他のプライマー対のヌクレオチドと異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対から成り、異なるプライマー対の各々は任意選択で検出できるように標識されている。この実施形態のさらなる好ましいバージョンでは、第１のプライマー対中の各プライマーはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第２のプライマー対中の各プライマーはＴＨ１Ｌまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第３のプライマー対中の各プライマーはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第４のプライマー対中の各プライマーはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る。
【００４９】
本発明の第２態様の別の好ましい実施形態では、バイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する少なくとも５または６つのプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、そのようなプライマー対は、ＩＢＤに罹患している被験者から正常患者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプライマー対の例は、表１８に提供される核酸の検出可能部分を増幅するプライマー対である。この実施形態の１つの好ましいバージョンでは、バイオマーカーは５〜３５個の異なる核酸プライマー対から成り、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対であって、第１のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第１のプライマー対、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対であって、第２のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第２のプライマー対、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対であって、第３のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番
号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第３のプライマー対、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第４のプライマー対であって、第４のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第４のプライマー対、および
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第５のプライマー対であって、第５のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第５のプライマー対、を備え、
３〜３５の異なるプライマー対の各々は、他のプライマー対のヌクレオチドと異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対から成り、異なるプライマー対の各々は任意選択で検出できるように標識されている。さらなる実施形態では、第１のプライマー対中の各プライマーはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第２のプライマー対中の各プライマーはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第３のプライマー対中の各プライマーはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第４のプライマー対中の各プライマーはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第５のプライマー対中の各プライマーはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第６のプライマー対中の各プライマーはＮＯＮＯまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る。
【００５０】
本発明の第２態様のさらに好ましい実施形態では、バイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する少なくとも６または７個のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、そのようなプライマー対は、ＩＢＤに罹患している被験者からＩＢＳに罹患している被験者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプライマー対の例は、表１９に提供される核酸の検出可能部分を増幅するプライマー対である。１つの好ましい実施形態では、バイオマーカーは６〜３５個の異なる核酸プライマー対から成り、該核酸プライマー対は、
（ａ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対であって、第１のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配
列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第１のプライマー対、
（ｂ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対であって、第２のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第２のプライマー対、
（ｃ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対であって、第３のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第３のプライマー対、
（ｄ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第４のプライマー対であって、第４のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第４のプライマー対、
（ｅ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第５のプライマー対であって、第５のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第５のプライマー対、および
（ｆ）配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第６のプライマー対であって、第６のプライマー対中の各プライマーは配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列
番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る第６のプライマー対、を備え、
６〜３５の異なるプライマー対の各々は、他のプライマー対のヌクレオチドと異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対から成り、異なるプライマー対の各々は任意選択で検出できるように標識されている。別の好ましい実施形態では、第１のプライマー対中の各プライマーはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第２のプライマー対中の各プライマーはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第３のプライマー対中の各プライマーはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第４のプライマー対中の各プライマーはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第５のプライマー対中の各プライマーはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第６のプライマー対中の各プライマーはＰＰＰ２Ｒ５Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第７のプライマー対中の各プライマーはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る。
【００５１】
１つの特定の実施形態では、本発明の第２態様によるバイオマーカーは、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対と、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対と、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対とを含むかまたはそれから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＳ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５２】
本発明の第２態様の特定の実施形態では、本発明の第２態様によるバイオマーカーは、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＳ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５３】
本発明の第２態様の第３の特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、およびＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５４】
本発明の第２態様の第４の特定の実施形態では、第２態様のバイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、およびＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５５】
本発明の第２態様の第５の特定の実施形態では、第２態様のバイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、およびＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５６】
本発明の第２態様の第６の特定の実施形態では、第２態様のバイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対、およびＰＰＰ２ＲＲ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第７のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＤ患者から正常患者およびＩＢＳ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５７】
本発明の第２態様の第７の特定の実施形態では、第２態様のバイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、および選択的にＰＰＰ２Ｒ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳ患者およびＩＢＤ患者の間で区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５８】
本発明の第２態様の第８の特定の実施形態では、第２態様のバイオマーカーは、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、選択的にＰＰＰ２Ｒ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対、およびＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第７のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＤ患者からＩＢＳ患者を区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００５９】
本発明の第２態様の第９の特定の実施形態では、第２態様のバイオマーカーは、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、およびＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対を含むか、それから成る。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳ患者およびＩＢＤの患者を正常な患者から区別するプローブとして、そのようなバイオマーカーを使用可能であることを発見した。
【００６０】
したがって、本発明の第２態様の種々の他の実施形態では、バイオマーカーは以下のも
のを含むか、またはそれから成る：
（ａ）ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（正常患者からＩＢＤ、正常患者およびＩＢＳからＩＢＤ、ＩＢＳからのＩＢＤ、および正常患者からＩＢＤおよびＩＢＳを診断するバイオマーカーに共通のプライマー対セットとして使用）、
（ｂ）ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（正常患者からＩＢＤを診断するのに特異的な４つの遺伝子バイオマーカーを生成するために（ａ）のプライマー対セットに加えることが可能なプライマー対セットとして使用）、
（ｃ）ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対と、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対（正常患者からＩＢＤを診断するための５つの遺伝子バイオマーカーを生成するために（ａ）のプライマー対に追加することが可能なプライマー対トリオとして使用）、
（ｄ）ＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（正常患者からＩＢＤを診断するための６つの遺伝子バイオマーカーを生成させるために（ａ）と（ｂ）のプライマー対に追加することが可能なプライマー対セットとして使用）、
（ｅ）ＰＰＰ２Ｒ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（ＩＢＳ患者からＩＢＤを診断するバイオマーカーに共通のプライマー対セットペアとして使用）。（ｅ）のプライマー対セットは、（ａ）プライマー対セット、および正常患者からＩＢＤ患者を区別するための上記に開示した（ｃ）と組み合わせると、正常患者とＩＢＤ患者からＩＢＳ患者を診断のためのバイオマーカーを生成する。（ｅ）（ａ）、および（ｃ）のプライマー対セットの組み合わせも、個々の遺伝子の発現値に本明細書で説明されるように異なる加重値が与えられている場合に、ＩＢＳとＩＢＤの患者を区別するバイオマーカーとして使用可能である、
（ｆ）ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（ＩＢＳ患者からＩＢＤを区別するために使用可能な６つの遺伝子バイオマーカーを生成するために上記の（ａ）および（ｅ）のプライマー対セットに加えることが可能なプライマー対として使用）、
（ｇ）ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（上記の（ａ）および（ｄ）に加えた時に正常な患者からＩＢＳまたはＩＢＤ患者を区別可能な６つの遺伝子バイオマーカーを生成するために使用可能なプライマー対セットとして使用）、
ｈ）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＫＢの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（上記の（ｇ）に加えた時に正常な患者からＩＢＳの患者を区別可能な４つの遺伝子バイオマーカーを生成するために使用可能なプライマー対セットとして使用）、および
ｉ）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＫＢの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対と、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対（上記の（ｈ）に加えた時に正常な患者からＩＢＳの患者を区別可能な異なる４つの遺伝子のバイオマーカーを生成するために使用可能なプライマー対セットとして使用）。
本発明の第１および第２の態様のバイオマーカーは、凍結させて、凍結乾燥された形で、または異なるプローブセットまたはプライマー対を含む溶液として、冷凍保存することが可能である。かかる溶液はそのようなものとして製造してもよいし、または以下に説明するように標的にポリヌクレオチドをハイブリダイズする時に組成物を調製してもよい。代わりに、組成物をマイクロアレイやマイクロプレート等の形式の支持体に配置することが可能である。
【００６１】
上記の態様および実施形態ではすべて、ポリヌクレオチドを検出可能な標識で標識することが可能である。好ましい実施形態では、多数のプローブセットを使用して、異なるプローブセット中のポリヌクレオチドに対する検出可能標識が互いに区別され、例えばハイブリダイゼーション反応を行う時にそれらの信号の差の決定が促進される。標識を検出する方法には、分光学的方法、光化学的方法、生化学的方法、免疫化学的方法、物理学的方法、または化学的方法が含まれるがこれらに限定されない。例えば、有用な検出標識には、32Ｐ、3Ｈおよび14Ｃ等の放射性標識；イソチオシアン酸フルオレセイン（ＦＩＴＣ）
、ローダミン、ランタニド燐光体、およびＴｅｘａｓ  ｒｅｄ、ＡＬＥＸＩＳ（商標）（Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｓ）、ＣＹ（商標）染料（Ａｍｅｒｓｈａｍ）等の蛍光染料；金等の高電子密度試薬；西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼおよびアルカリフォスファターゼ等の酵素；金コロイド等の比色定量標識；ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ（商標）の商標で販売されているような磁気標識；ビオチン；ジオキシゲニン；またはその抗血清またはモノクローナル抗体が利用可能なハプテンおよびタンパク質；が含まれるがこれらに限定されない。標識は、ポリヌクレオチドに直接組み込んでもよいし、または、ポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションまたは結合するプローブまたは抗体に取り付けてもよい。標識は、当業者に周知の任意の適切な手段によりプローブに結合可能である。種々の実施形態で、ポリヌクレオチドはニックトランスレーション法、ＰＣＲまたはランダムプライマー伸長を使用して標識される（例えば前掲のSambrook et al.
参照）。
【００６２】
第３態様では、本発明は、ＩＢＤおよびＩＢＳのうちの少なくとも一方を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、２つ以上のプローブセットと接触させる工程であって、少なくとも第１のプローブセットと第２のプローブセットが、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸標的に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない工程、
（ｂ）２つ以上のプローブセットと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを前記核酸標的の遺伝子発現に基づいて診断する工程、からなる方法を提供する。
【００６３】
本願発明者は、本発明の方法を例えばＩＢＤとＩＢＳを診断するのに使用可能であることを発見した。特異的遺伝子、プローブセット、ハイブリダイゼーション条件、プローブの種類、ポリヌクレオチド等は、本発明の第１および／または第２の態様について上記に定義した通りである。
【００６４】
被験者は、ＩＢＳまたはＩＢＤに罹患している可能性のある任意の被験者である。上述したように、ＩＢＳは、腹痛、便秘および／または下痢、および／または排便習慣の変化を特徴とする慢性症状であるが、ＩＢＤ患者はかかる同じ症状だけでなく、嘔吐、血便、体重減少、および／または体重増加にも罹患する可能性があり、したがって、例えばこれらの徴候の１つ以上を有する被験者は本発明の方法の被験者の候補になるだろう。
【００６５】
本明細書に使用する場合、「ｍＲＮＡ由来の核酸試料」は、被験者由来のｍＲＮＡを含む試料、または被験者から得られたｍＲＮＡから生成されたｃＤＮＡ（一本鎖または二本
鎖）である。試料は、任意の適切な組織供給源から得られてよく、例えばＰＢＭＣまたはＲＢＣ（赤血球）を除去した全血が含まれるが、それらに限定されない。
【００６６】
１実施形態では、ｍＲＮＡ試料はヒトｍＲＮＡ試料である。当業者には理解されるが、ＲＮＡ試料は、ＲＮＡ分子の個々のまたはいくつかの種を単離する必要はなく、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションで分析される細胞または組織試料のような試験されるＲＮＡを含む複合試料混合物を使用することが可能である。
【００６７】
さらなる実施形態では、プローブセットは、本発明の核酸組成物の一本鎖アンチセンスポリヌクレオチドを含む。例えば、ｍＲＮＡ蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）（すなわちメッセンジャーＲＮＡを検出するＦＩＳＨ）では、アンチセンスプローブ鎖のみがＲＮＡ試料の単一鎖ｍＲＮＡにハイブリダイズし、この実施形態では「センス」鎖オリゴヌクレオチドを、陰性対照として使用することが可能である。
【００６８】
代わりに、プローブセットはＤＮＡプローブを含んでもよい。これらの実施形態（アンチセンプローブまたはｃＤＮＡプローブ）のいずれでも、細胞質ｍＲＮＡまたは核ＤＮＡのいずれかへハイブリダイゼーションを指向する制御またはプロセスを使用することが望ましい。指向されたハイブリダイゼーションがない状態で、細胞質ＲＮＡへのハイブリダイゼーションおよび核ＤＮＡへのハイブリダイゼーションを区別することが望ましい。
【００６９】
試料中のハイブリダイゼーション産物の存在または不在を評価する方法であれば任意の方法を用いてもよく、例えばノーザンブロッティング法、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（例えば血液スメアの）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、ｑＰＣＲ（定量的ＰＣＲ）、ＲＴ−ＰＣＲ（リアルタイムＰＣＲ）またはアレイに基づく方法が挙げられる。
【００７０】
１実施形態では、検出はｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（「ＩＳＨ」）によって行なわれる。ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイは当業者に周知である。一般に、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションは、以下の主なステップを含む（例えば、米国特許第６，６６４，０５７号参照）：（１）分析される試料または核酸試料の固定、（２）（実施形態の試料中の）核酸試料の接近し易さを向上し、かつ非特異的結合を減少させるための、試料または核酸試料のプレハイブリダイゼーション処理、（３）核酸試料へのプローブセットのハイブリダイゼーション、（４）ハイブリダイゼーションで結合しなかったポリヌクレオチドを除去するポストハイブリダーション洗浄、（５）ハイブリッド形成した核酸断片の検出。これらの工程および使用条件の各々に使用される試薬は、特定の用途に応じて変化する。特に好ましい実施形態では、ＩＳＨが米国特許第５，７５０，３４０号および米国特許第６，０２２，６８９号のうちの少なくとも一方に開示された方法により行われ、かかる特許全体を本明細書に援用する。
【００７１】
典型的なｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイでは、細胞が支持体、通常スライドガラスに固定される。細胞を通常、熱またはアルカリで変性し、次にハイブリダイゼーション溶液と接触させ、タンパク質をコードする核酸配列に特異的な標識プローブをアニーリングさせる。上述したように、本発明のポリヌクレオチドは通常、標識される。いくつかの適用例では、反復配列のハイブリッド形成能力を遮断することが必要である。この場合、非特異的なハイブリダイゼーションを遮断するために、ヒトゲノムＤＮＡまたはＣｏｔ−１  ＤＮＡが使用される。
【００７２】
通常はスライドガラスである支持体に固定された細胞にｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを典型的に行なう場合、細胞質ＲＮＡへのハイブリダイゼーションと核ＤＮＡへのハイブリダイゼーションを区別することが望ましい。この区別をする基準は主に２つあ
る：（１）信号強度の有意差を通常生じる標的の種類間のコピー数の差（何百〜何千のＲＮＡのコピー対２つのＤＮＡのコピー）、および（２）細胞質（ここでＲＮＡ標的へのハイブリダイゼーションが生じる）と核の明確な形態の相違により信号位置が明白になる。したがって、二本鎖ＤＮＡプローブを使用する場合、方法は、体液試料内の分析されている細胞の細胞質および核を区別することをさらに含むことが好ましい。そのような区別は、当該技術分野で周知の任意の手段によって行われてもよく、例えば分析されている細胞の核ＤＮＡの輪郭を明確に描くＨｏｅｓｃｈｓｔ  ３３３４２またはＤＡＰＩ等の核染色剤を含む。この実施形態では、核染色剤が検出プローブから区別可能であることは好ましい。核膜が維持される、つまりすべてのＨｏｅｓｃｈｓｔまたはＤＡＰＩ染色剤が核の可視構造に維持されることがさらに好ましい。
【００７３】
さらなる実施形態では、プローブセットが表面に配列され、ＲＮＡ試料が該表面上のポリヌクレオチドにハイブリッド形成される、アレイに基づく形式が使用可能である。この種の形式では、多数の種々のハイブリダイゼーション反応を実質的に「並行に」実行することが可能である。１つの標本中での発現が測定される多くの遺伝子がある場合、またはインタクトな標本ではなく、標本由来の単離核酸が利用可能な場合、この実施形態は特に有用である。これは迅速で実質的に同時の、多数の遺伝子発現アッセイの評価を提供する。アレイに基づく形式でハイブリダイゼーション反応を行なう方法は例えばPastinen (1997) Genome Res. 7:606-614、 (1997) Jackson (1996) Nature Biotechnology 14:1685、Chee (1995) Science 274:610、国際公開第96/17958号にも記載されている。表面のポリ
ヌクレオチドを固定化し、表面を誘導化する方法は当該技術分野で周知である（例えば米国特許第６，６６４，０５７号参照）。
【００７４】
上記の態様および実施形態の各々では、ハイブリダイゼーションの検出は、通常、上述したようなプローブセット中のポリヌクレオチド上の検出可能な標識の使用により行われる。いくつかの代替例では、標識が標的核酸上にあってもよい。標識は、ポリヌクレオチドに直接組み込んでもよいし、またはポリヌクレオチドにハイブリダイズまたは結合するプローブまたは抗体に取り付けてもよい。標識は、上述したような当業者に周知の種々の手段でプローブに結合可能である。標識は、上述したように、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、物理学的、または化学的技術を含むが、それらに限定されない任意の適切な技術により検出することが可能である。
【００７５】
方法は、核酸標的の遺伝子発現を、対照と比較することを含んでもよい。当該技術分野で周知の任意の適切な対照を本発明の方法に使用してよい。例えば、ＩＢＳ患者、ＩＢＤ患者および正常患者で比較的一定なレベルで発現することが知られている遺伝子の発現レベルを、比較のために使用することが可能である。代わりに、プローブに標的とされる遺伝子の発現レベルを、試験試料に匹敵する正常ＲＮＡ試料で分析することも可能である。別の実施形態は、測定されている遺伝子のｍＲＮＡの絶対コピー数を与える標準濃度曲線の使用である。これによると、発現レベルが標準濃度単位の観点から与えられるため、標準化対照の必要性をなくし得る。当業者には、本発明の方法に多くのかかる対照を使用可能であることが理解されるだろう。
【００７６】
方法は、被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないか否かを核酸標的の遺伝子発現に基づいて診断することを含む。本明細書に使用する場合、「罹患している可能性がある」とは、診断が正確であるという統計学的に有意な可能性を意味する。種々の実施形態では、方法は事例の少なくとも７０％、より好ましくは症例の少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、またはそれよりも高い割合で正確な診断が得られる。
【００７７】
本発明の方法は、各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に
、当該技術分野の種々の手段により導き出された加重値を適用してもよい。そのような手段は、ＩＢＤまたはＩＢＳの診断に本発明のバイオマーカーを使用するための分類規則を定義するのに適した任意の手段であってよい。そのような分類規則は当該技術分野で周知の任意の適切な手段により生成可能であり、それには監視分離技術または非監視分類技術が含まれるが、それらに限定されるわけではない。好ましい実施形態では、分類規則は監視分類技術の使用により生成される。本明細書に使用する場合、「監視分類」（supervised classification）は、特定の決定規準によって各測定ベクトルがクラスに割り当てら
れ、可能なクラスが公知ＩＤ（識別番号）の代表トレーニング試料に基づいて定義されるコンピュータ実行プロセスである。そのような監視分類の例には、分類ツリー、ニューラルネットワーク、最近傍アルゴリズム、一次判別分析（ＬＤＡ）、二次判別分析（ＱＤＡ）、およびサポートベクタマシーンが含まれるが、これらに限定されない、
１つの非限定的例において、遺伝子の重み付けられた組み合わせは、例えば個々の患者内のすべての遺伝子からの発現データを使用する監視分類技術により達成される。患者中の各遺伝子の発現レベルに、その遺伝子の重み付け係数を掛け、各遺伝子の発現に対するそれらの重み付け値を各患者について合計する。任意選択で、かかる比較のための特定の別個の係数を合計に加えて最終スコアを与えてもよい。各比較の組はそれぞれ遺伝子重み付けのそれ自身の特定の組を生じさせる。すなわち、以下にさらに論じるように、ＩＢＤ対正常は、ＩＢＳ対正常とは異なる遺伝子発現加重値を有する。加重値はプラス記号でもマイナス記号であってもよい。ある分類中のすべての患者が同じＧｅｎｅ １ ｕｐ、Ｇｅｎｅ  ２  ｄｏｗｎ等を有するとは限らない（以下の実施例を参照）。
【００７８】
本発明の第３態様の種々の実施形態では、２つ以上のプローブセットが、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個のプローブセットを含むか、かかるプローブセットから成り、３〜１４個のプローブセットはいずれも同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない。プローブセットのこれらの実施形態は、本発明の第１および第２の態様でさら議論じており、第１および第２態様のプローブセットおよびポリヌクレオチドのすべての他の実施形態は、本発明の方法に使用可能である。
【００７９】
本発明の第３態様の１つの好ましい実施形態では、少なくとも３、４、または５つのプローブセットは、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする。より詳細に以下に開示するように、この方法は、ＩＢＳに罹患している被験者から正常患者とを区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。本発明の方法に使用されるそのような好ましいプローブセットの例を表１７に提供する。この実施形態の１つの好ましいバージョンは、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも３つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブおよび第３のヌクレオチドプローブの各々は、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸標的またはその相補的配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブおよび第３のヌクレオチドプローブの各々は、異なる核酸標的の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）プローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数が核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを、前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、から成る方法を提供する。
【００８０】
この実施形態のさらに好ましいバージョンでは、核酸標的はＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＵＢＥ２Ｇ１およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫを含む。この実施形態のさらに好ましいバージョンでは、被験者は腹痛、便秘、下痢および排便習慣の変化のうちの１つまたは複数に罹患している。この実施形態の別のバージョンでは、ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる。この実施形態のさらなるバージョンでは、方法はさらに、各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程を含む。
【００８１】
本発明の第３態様の別の好ましい実施形態では、少なくとも５つまたは６つのプローブセットが、高ストリンジェンシー条件下で、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸に選択的にハイブリダイズする。より詳細に以下に開示するように、そのようなプローブセットは、ＩＢＤに罹患している被験者を正常患者から区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。本発明の方法で使用されるそのような好ましいプローブセットの例を表１８に提供する。この実施形態のある１つの好ましいバージョンでは、方法は、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも５つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブ、第３のヌクレオチドプローブ、第４のヌクレオチドプローブおよび第５のヌクレオチドプローブの各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された核酸標的またはその相補的配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第１、第２、第３、第４、第５のヌクレオチドプローブの各々は、異なる核酸標的の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）ヌクレオチドプローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数が核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、
（ｃ）被験者がＩＢＤを有する可能性があるか否かを核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる方法を提供する。さらに好ましい実施形態では、核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１およびＮＯＮＯを含む。別の実施形態では、被験者は腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している可能性がある。さらなる実施形態では、ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる。さらなる実施形態では、方法は、各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析することをさらに含む。
【００８２】
本発明の第３態様のさらに好ましい実施形態では、少なくとも６または７つのプローブセットは、高ストリンジェンシー条件下で、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸に選択的にハイブリダイズする。より詳細に以下に開示するように、そのようなプローブセットは、ＩＢＤに罹患している被験者からＩＢＳに罹患している被験者を区別するために本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。本発明の方法で使用されるそのような好ましいプローブセットの例を表１９に提供する。この実施形態の１つの好ましいバージョンでは、被験者において炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を区別する方法は、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも６つのヌクレオチドプローブと接触させる工
程であって、第１のヌクレオチドプローブ、第２のヌクレオチドプローブ、第３のヌクレオチドプローブ、第４のヌクレオチドプローブ、第５のヌクレオチドプローブおよび第６のヌクレオチドプローブの各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された核酸標的またはその相補的配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、第１、第２、第３、第４、第５、および、第６のヌクレオチドプローブの各々は異なる核酸標的の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程と、
（ｂ）ヌクレオチドプローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数が核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを、核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、から成る。さらに好ましい実施形態では、核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５ＡおよびＢＬＣＡＰを含む。別の実施形態では、被験者は腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している。さらなる実施形態では、ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる。別の実施形態では、方法はさらに、各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程を含む。
【００８３】
本発明の第３態様の１つの特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＳ患者とを区別するために使用可能であることを発見した。
【００８４】
本発明の第３態様の第２の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＳ患者とを区別するために使用可能であることを発見した。
【００８５】
本発明の第３態様の第３の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＤ患者とを区別するプローブとして、かかる方法が使用可能であることを発見した。
【００８６】
本発明の第３態様の第４の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａにハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰにハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件
下でＣＡＬＭ３にハイブリダイズする第４のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１にハイブリダイズする第５のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＤ患者とを区別するために使用可能であることを発見した。
【００８７】
本発明の第３態様の第５の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第５のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＮＯＮＯに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＤ患者とを区別可能であることを発見した。
【００８８】
本発明の第３態様の第６の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする、第４のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第５のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２ＲＲ５Ａに選択的にハイブリダイズする第７のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法がＩＢＤ患者から正常患者とＩＢＳ患者を区別可能であることを発見した。
【００８９】
本発明の第３態様の第７の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下で選択的にＵＢＥ２Ｇ１にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ１に選択的にハイブリダイズする第５のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２Ｒ５Ａに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳ患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、かかる方法が使用可能であることを発見した。
【００９０】
本発明の第３態様の第８の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＲＡＰ１Ａに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＵＢＥ２Ｇ１に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第４のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫに選択的にハイブリダイズする第５のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＰＰＰ２Ｒ５Ａに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第７のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳ患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、かかる方法が使用可能であることを発見した。
【００９１】
本発明の第３態様の第９の特定の実施形態では、方法は、高ストリンジェンシー条件下でＢＬＣＡＰに選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＣＡＬＭ３に選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＧＰＸ１に選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下でＴＨ１Ｌに選択的にハイブリダイズする第４のプローブセット、高ストリンジェンシー条件下で選択的にＲＡＰ１Ａにハイブリダイズする第５のプローブセット、および高ストリンジェンシー条件下でＮＯＮＯに選択的にハイブリダイズする第６のプローブセットの使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳとＩＢＤの患者と正常な患者を区別するプローブとして、かかる方法が使用可能であることを発見した。
【００９２】
第４の態様では、本発明はＩＢＤおよびＩＢＳのうちの少なくとも一方を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、２つ以上のプローブセットと接触させる工程であって、少なくとも第１のプローブセットと第２のプローブセットが、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸標的に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズし、第１のプローブセットと第２のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない工程、
（ｂ）２つ以上のプローブセットと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか、ＩＢＳに罹患している可能性があるか、またはいずれにも罹患していないかを前記核酸標的の遺伝子発現に基づいて診断する工程、からなる方法を提供する。
【００９３】
上記に使用されるプライマー対の定義は、本発明のこの態様にも、他のすべての共通の用語にも適用される。また、本発明の他の態様に対する上記に開示した実施形態はすべて、第４の態様にも適する。
【００９４】
上記の方法では、遺伝子発現産物を検出するために、ハイブリダイゼーションの代わりにプライマー対を使用した標的核酸の増幅が使用される。任意の適切な増幅技術を使用することが可能であり、それにはＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＴ、ｑＰＣＲ、ｓｐＰＣＲ等が含まれるが、これらに限定されるわけではない。適切な増幅条件は、教示に本明細書で基づいた特定のプライマー対の設計および他の要因に基づいて当業者により決定することが可能である。種々の実施形態では、２つ以上のプライマー対は少なくとも３−１４個のプライマー対を含み、３−１４個のプライマー対はいずれも同じ核酸を選択的に増幅しない。
【００９５】
本発明の第４の態様の１つの好ましい実施形態では、少なくとも３、４、または５つのプライマー対が、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＢＬＣＡＰおよびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する。より詳細に以下に開示するように、そのようなプライマー対を、ＩＢＳに罹患している被験者から正常患者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。そのような好ましいプライマー対の例は、表１７に提供される核酸の検出可能部分を選択的に増幅するプライマー対である。この実施形態の１つの好ましいバージョンでは、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法は、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅する条件下で、少なくとも３つのプライマー対と接触させる工程であって、第１の
プライマー対、第２のプライマー対および第３のプライマー対は配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された異なる核酸標的または相補的配列を選択的に増幅し、各プライマー対中の各プライマーは、その核酸標的の少なくとも１５つの連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）少なくとも３つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、該増幅産物の数が、核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを、核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる。この実施形態のさらなるバージョンでは、核酸標的はＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＵＢＥ２Ｇ１およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫを含む。別のバージョンでは、被験者は、腹痛、便秘、下痢および排便習慣の変化のうちの１つまたは複数に罹患している。ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られてよい。方法はさらに、各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程を含む。
【００９６】
本発明の第４の態様の別の好ましい実施形態では、少なくとも５または６つのプライマー対が、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１、ＣＡＬＭ３およびＮＯＮＯから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する。より詳細に以下に開示するように、かかるプライマー対は、ＩＢＤに罹患している被験者から正常患者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。かかる好ましいプライマー対の例は、表１８に提供する核酸の検出可能部分を選択的に増幅するプライマー対である。好ましい実施形態では、ＩＢＤ診断のための方法は、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも５つのプライマー対と接触させる工程であって、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー、第４のプライマー対、および第５のプライマー対の各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、および配列番号１３（ＮＯＮＯ）から成る群から選択された異なる核酸標的またはその相補的配列を選択的に増幅し、各プライマー対中の各プライマーは、その核酸標的の少なくとも１５の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）前記少なくとも５つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、該増幅産物の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか否かを核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、からなる。さらに好ましい実施形態では、核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１およびＮＯＮＯを含む。別の実施形態では、被験者は腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している。さらなる実施形態では、ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる。別の実施形態では、方法はさらに、各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程を含む。
【００９７】
本発明の第４の態様のさらに好ましい実施形態では、少なくとも６または７個のプライマー対は、ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａから成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する。より詳細に以下に開示するように、かかるプライマー対は、ＩＢＤに罹患している被験者からＩＢＳに罹患している被験者を区別する本発明の方法の好ましい実施形態に使用可能である。かかる好ましいプライマー対の例は、表１９に提供する核酸の検出可
能部分を選択的に増幅するプライマー対である。１つの好ましいバージョンでは、被験者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を区別する方法は、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのある被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも６つのプライマー対と接触させる工程であって、第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー、第４のプライマー対、第５のプライマー対、および第６のプライマー対の各々は、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号６（ＣＡＬＭ３）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）および配列番号３（ＢＬＣＡＰ）から成る群から選択された異なる核酸標的またはその相補的配列を増幅し、各プライマー対中の各プライマーはその核酸標的の少なくとも１５の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）少なくとも６つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物の数が、核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）被験者がＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程、から成る。好ましい実施形態では、核酸標的はＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５ＡおよびＢＬＣＡＰを含む。さらなる実施形態では、被験者は腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している。別の実施形態では、ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる。さらなる実施形態では、方法はさらに、各核酸標的に対して形成された増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程を含む。
【００９８】
本発明の第４の態様の１つの特定の実施形態では、方法は、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＳ患者とを区別可能であることを発見した。
【００９９】
本発明の第４の態様の第２の特定の実施形態では、方法は、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＳ患者とを区別可能であることを発見した。
【０１００】
本発明の第４の態様の第３の特定の実施形態では、方法は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、およびＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、かかる方法が使用可能であることを発見した。
【０１０１】
本発明の第４の態様の第４の特定の実施形態では、方法は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、およびＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＤ患者とを区別可能である
ことを発見した。
【０１０２】
本発明の第４の態様の第５の特定の実施形態では、方法は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、および、ＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法が正常患者とＩＢＤ患者とを区別可能であることを発見した。
【０１０３】
本発明の第４の態様の第６の特定の実施形態では、方法は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対、およびＰＰＰ２ＲＲ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第７のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、かかる方法がＩＢＤ患者から正常患者およびＩＢＳ患者を区別可能であることを発見した。
【０１０４】
本発明の第４の態様の第７の特定の実施形態では、方法は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、および、ＰＰＰ２Ｒ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳ患者とＩＢＤ患者を区別するためにかかる方法を使用可能であることを発見した。
【０１０５】
本発明の第４の態様の第８の特定の実施形態では、方法は、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＵＢＥ２Ｇ１の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫの検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、ＰＰＰ２Ｒ５Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対、およびＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第７のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、ＩＢＳ患者とＩＢＤ患者を区別するプローブとして、かかる方法を使用可能であることを発見した。
【０１０６】
本発明の第４の態様の第９の特定の実施形態では、方法は、ＢＬＣＡＰの検出可能部分を選択的に増幅する第１のプライマー対、ＣＡＬＭ３の検出可能部分を選択的に増幅する第２のプライマー対、ＧＰＸ１の検出可能部分を選択的に増幅する第３のプライマー対、ＴＨ１Ｌの検出可能部分を選択的に増幅する第４のプライマー対、ＲＡＰ１Ａの検出可能部分を選択的に増幅する第５のプライマー対、およびＮＯＮＯの検出可能部分を選択的に増幅する第６のプライマー対の使用を含む。より詳細に以下に開示するように、本願発明者は、正常な患者からＩＢＳおよびＩＢＤの患者を区別するプローブとして、かかる方法を使用可能であることを発見した。
【０１０７】
種々の実施形態では、方法はさらに、増幅産物を対照と比較する工程を含んでもよい。
本発明のすべての方法のさらなる実施形態では、方法は自動化され、方法の一部または
全部の工程を行うために適切なソフトウェアが使用される。
【０１０８】
さらなる態様では、本発明は、本発明のバイオマーカーおよびプライマー対のセットのうちの少なくとも一方と、その使用のための説明書とを備えたキットを提供する。好ましい実施形態では、ポリヌクレオチドが検出可能に標識され、最も好ましくは、上記に開示されるように、所与のプローブセットまたはプライマー対の各ポリヌクレオチド上の検出可能な標識は同じあり、他のプローブセットまたはプライマー対のポリヌクレオチド上の検出可能な標識とは異なる。さらに好ましい実施形態では、プローブ／プライマー対は溶液の形で提供され、最も好ましくは、本発明の方法に使用されるハイブリダイゼーション緩衝液または増幅緩衝液の形で提供される。さらなる実施形態では、キットは洗浄溶液、プレハイブリダイゼーション溶液、増幅試薬、方法の自動化のためのソフトウェア等もさらに含む。
【０１０９】
実施例１
ＩＢＳ患者、ＩＢＤ患者および正常患者から採取した全血試料を区別可能な遺伝子発現プロフィールを同定し、従って最小侵襲性の診断検査の基礎を提供するために、本願発明者は、以降で「Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉデータ」と称するクローン病（ＣＤ）患者および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者から収集した公衆利用可能なデータを分析するための専用データマイニングプログラムを使用した（Burczynski et al., Molecular Classification of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Patients Using Transcriptional Profiles in Peripheral Blood Mononuclear Cells, Journal of Molecular Diagnostics 8(1):51-61, February 2006）。
【０１１０】
Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉデータは１組の個々の発現レベル特徴から成り、各特徴は一つのマイクロアレイスポットに由来する定量的蛍光シグナルである。Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉら（２００６）に記載されているように、信号は、一人の患者に由来する蛍光標識ＲＮＡを、単一のＤＮＡに基づくオリゴヌクレオチドマイクロアレイのスポットのすべてにハイブリダイズさせることにより生成した。これらのデータから、本願発明者らは、ＩＢＤ患者と罹患していない正常対照被験者とを有効に区別する、発現レベル特徴の複数の組から構成された分子署名を同定した。次に、それらのアレイ特徴により表わされる遺伝子の発現レベルを、患者の予め確認された試料にて測定した（下記に述べる「予備的研究」）。Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉの発見データセットは、２６人の潰瘍性大腸炎患者、５９人のクローン病患者、および４２人の正常対照由来のＲＮＡについての１２７個の別個のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイハイブリダイゼーション実験から成るものであった。
【０１１１】
本願発明者らは、公衆利用可能なＢｕｒｃｚｙｎｓｋｉデータを分析するために、上記専用データマイニングプログラムを使用した。本願発明者らは、分析用Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉデータセットに関し、患者をランダムに２つのほぼ等しい群、つまりバイオマーカーセット発見のためのトレーニングセットと、トレーニングセットから発見されたバイオマーカーの評価のための個別の非重複テストセットとに分割した。トレーニングセットは３０人のＣＤ患者、１３人のＵＣ患者、および２１人の正常対照から成った。テストセットは２９人のＣＤ患者、１３人のＵＣ患者、および２１人の正常対照から成った。ＣＤ患者とＵＣ患者を「罹患している」として定義し、正常対照を「罹患していない」として定義した。
【０１１２】
その後、本願発明者らの専用データマイニングプログラムを使用して、罹患した患者セットと罹患していない患者セットに対する組み合わせの発現レベルデータの遺伝的アルゴリズム検索を行なった。マーカーセットの組み合わせを構成する特徴の数は４で固定した。Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉデータセットは２２，２８３個の発現レベル特徴を含み、そのデータセット中の特徴の４つの組み合わせ数は以下の通りであった：
（！２２，２８３／＝（！４＊！２２，２７９）１０，２６９，９０５，６４６，７１６，１７０。
【０１１３】
専用データマイニングプログラムを、パラメータの３つの特定のセットを使用して、Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉデータセットに対し３回別個に実行した。（１）第１のパラメータセットは、感度が高い方に（偽陰性を最小限にするように）重み付けされた計算結果を与える追加設定で、上記に定義したトレーニングセットとテストセットを使用した、（２）第２のセットは、特異性が高い方に（偽陽性を最小限にするように）同様に重み付けした、（３）第３のセットは特異性にも感度にも重み付けしないランダムクロス確認（「ブートストラップ」）を使用した。分析された４つの特徴の組み合わせに、罹患群と非罹患群を区別する際の精度を特徴付けるスコアを割り当てた。発現特徴範囲の各組み合わせのスコアは、「完全に正確」の１．００から、「完全に不正確」の０．００までに及ぶ。
【０１１４】
感度がより高くなるように重み付けられたセット（セット１）の場合、トレーニングセットの組み合わせスコアが０．９９５を超えるように、またはテストセットの組み合わせスコアが０．９２を超えるように、トップスコアの４つの特徴のセットを得た。特異性がより高くなるように重み付けられたセット（セット２）の場合、トレーニングセットの組み合わせスコアが０．９９７５を超えるように、またはテストセットの組み合わせスコアが０．９２を超えるように、トップスコアの４つの特徴のセットを得た。感度と特異性の間に等しい重み付けを加えたブートストラップ結果（セット３）の場合、トレーニングセットの組み合わせスコアが０．９９５（つまり約９９．５％の精度）を超えるように、トップスコアの４つの特徴のセットを得た。
【０１１５】
マーカーセットの有意差を、ランダム反復再ラベリングにより経験的に評価した。患者の罹患状態および非罹患状態をランダムに再度割り当て、次に専用データマイニングプログラムを実行して、ランダムにラベルされたセットに対するトップマーカー溶液を決定した。これを１００，０００個のマーカーセットを得るよう反復した。ランダムに再ラベリングしたセットでは、トレーニングセットスコアは最大０．９２７に達した：０．８８２以下で９５％の溶液をスコアリング（経験的ｐ＝０．０５レベル）、０．８９３以下で９９％の溶液をスコアリング（経験的ｐ＝０．０１＝レベル）。再ラベリングされた溶液のテストセットスコアは最大０．９１５に達した；０．７５３以下で９５％の溶液をスコアリング（経験的ｐ＝０．０５レベル）、０．８０９以下で９９％の溶液をスコアリング（経験的ｐ＝０．０１レベル）。
【０１１６】
各々が４つの特徴から構成される合計１６のセット（Ｂｕｒｃｚｙｎｓｋｉマイクロアレイデータでは、いくつかの遺伝子は１つを超える特徴によって表わされ、いくつかの特徴は１つを超える遺伝子にハイブリダイズする）が閾値の組み合わせを使用して得られた。トレーニングセットのスコアは０．９９７５を超え、および／かつテストセットのスコアは０．９２を超えた。
【０１１７】
表２は、ＩＢＤ患者と罹患していない正常対照被験者とを有効に区別する末梢血単核球の遺伝子発現プロフィールから識別された遺伝子の組み合わせを含んでいる。
【０１１８】
【表２】
2011514162.tif 000003
【０１１９】
１４の個々の発現アレイ特徴が１６セットを構成する。特徴セットおよびそのメンバーを以下の表３に示す。各特徴は、単一の遺伝子からの転写物の発現レベルを表わし、各特徴に対するヒトゲノム機構（ＨＵＧＯ）遺伝子名が示される。ＩＢＤ患者における平均発現レベルを正常患者における平均発現レベルで除算することにより計算されるＩＢＤおよび正常群の間の発現の平均倍差も示される。１よりも大きい倍差は、遺伝子が正常患者に比べてＩＢＤ患者で高く発現していることを示し、１よりも低い倍差は、遺伝子が正常患者に比べてＩＢＤ患者で低く発現していることを示している。「頻度」と名付けた列は、上位１６位のマーカーセット中に何回そのマイクロアレイ特徴が出現するかを示している。
【０１２０】
【表３】
2011514162.tif 000004
【０１２１】
遺伝子リスト（表４）は、これらの組み合わせにおける遺伝子の固有のセットの分析（表３）から導いたものである。
【０１２２】
【表４】
2011514162.tif 000005
【０１２３】
分析されたデータセットに関する発見バイオマーカーセットの診断性能の一例を図１に示す。ロジスティク回帰を、患者が罹患した／罹患していない状態で、発見マーカーセットからの４つの特徴の定量的レベルに対して行なった。トレーニングセット患者データを使用して回帰分析を行なった。その後、得られた回帰係数を使用して、テストセット患者における４つの特徴の発現レベルの加重和を計算した。その後、各トレーニングセット患者に対する得られた加重和回帰スコアをプロットした。ＩＢＤ患者は白抜きの記号であり、正常患者は黒く塗りつぶした記号である。以下のグラフに示す実施例では、約２．７５の回帰スコアカットオフ値は、「罹患」の試験結果を４０人のＩＢＤ患者と、１人の正常患者に割り当てる。「非罹患」の結果は、２人のＩＢＤ患者と２０人の正常患者に割り当てられる。医学診断法の標準計算に使用すると、これは感度＝４０／４２の＝０．９５２、特異性＝２０／２１＝０．９５２、陽性予測値＝４０／４１＝０．９７６、および陰性予測値＝２０／２２＝０．９０９を与える。
【０１２４】
実施例２
９８人の正常対照、９１人の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者、９８人のクローン病患者、９８人のＩＢＳ患者、および９７人の非胃腸炎症性疾患患者から得た合計４８２個のＲＢＣ（赤血球）を除去した全血試料についての以下の研究で、表３に示した上位セットに頻繁に生じる表４に列挙された遺伝子のうちの８を、対照遺伝子としてのアクチンＢと共に評価した。試料は米国内の種々の地理的位置の７つの臨床場所から得た。分析では、クローン病とＵＣの間には区別がなかった。
【０１２５】
上位の発見マーカーセット中の１４の特徴中の８つの遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、罹患患者および非罹患対照の予測確認試料のＲＢＣ除去全血で定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。追加の９番目の遺伝子を、患者間の内部参照標準として役立てるために測定した。患者の５つのコホートをＲＮＡ分析した：
○９８人  正常
○９８人  クローン病
○９１人  潰瘍性大腸炎
○９８人  過敏性腸症候群
○９７人  非胃腸炎症性疾患
患者の５つのコホートにおけるＲＮＡ発現レベルを測定した９つの遺伝子（１つの対照を含む）は以下の通りであった：（ヒトゲノム機構（ＨＵＧＯ）遺伝子命名法委員会名を与える。）
○ＲＡＰ１Ａ
○ＢＬＣＡＰ
○ＰＰＰ２Ｒ５Ａ
○ＵＢＥ２Ｇ１
○ＧＰＸ１
○ＴＨ１−Ｌ
○ＣＡＬＭ３
○ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ
○ＡＣＴＢ（内部参照遺伝子）
すべての患者から全血試料および臨床情報を得た。各ＩＢＤ患者を認定胃腸科専門医により診断し、ＩＢＤ診断を内視鏡検査で確認した。各ＩＢＳ患者はＲｏｍｅ  Ｉ基準を使用して、胃腸科専門医により診断した。プロトコルはすべて施設内治験審査委員会（ＩＲＢ）に承認されたものであり、インフォームド・コンセントを得、末梢血試料および臨床データはすべての患者から集めた。ＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡを合成し、各遺伝子の定量的リアルタイムＰＣＲをApplied Biosystems 73-Real-Time PCT Systemで行なった。発現レベルをＣｔ（サイクルまたは交点閾値）として出力した。各患者の各遺伝子のＤｅｌｔａＣｔｓを計算し、被験者内参照遺伝子（β−アクチンとも称されるＡＣＴＢ）に対して８つの標識遺伝子の遺伝子発現レベルを標準化した。ＤｅｌｔａＣｔ＝Ｃｔ［マーカー遺伝子］−Ｃｔ［ＡＣＴＢ］。そしてＤｅｌｔａＣｔｓを診断分類性能の分析に使用した。２Ａ．ＩＢＤ  対  正常  ５つの遺伝子の組み合わせ
バイオマーカー性能の例を図２に示す。図２は、その組み合わせが正常患者とＩＢＤ患者間で異なる８つの遺伝子のうちの５つ（ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３およびＧＰＸ１）の発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロットである。ＩＢＤ  対  正常の組み合わせの分類マトリックスおよび診断精度をグラフの下に、表５ａ−ｂに示す。
【０１２６】
【表５】
2011514162.tif 000006
【０１２７】
２Ｂ．ＩＢＤ  対  正常  ４つの遺伝子の組み合わせ
最初のロジスティク回帰モデルを、８つの遺伝子すべてに対するデータを使用して構築した。モデルに統計学的に有意に寄与しない遺伝子を除外することにより、モデルをトリミングした。この分析結果は４つの遺伝子のモデルの組み合わせである：ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１およびＧＰＸ１。正常試料からＩＢＤ試料を区別する際のこのモデルの精度は、この４つの遺伝子の組み合わせの他の性能測定値と共に以下の表６ｂに示されるように、８０．４％である。
【０１２８】
【表６】
2011514162.tif 000007
【０１２９】
２Ｃ．正常およびＩＢＳ  対  ＩＢＤ  ７つの遺伝子の組み合わせ
バイオマーカー性能の例を図３に示す。図３は、その組み合わせが正常／ＩＢＳ患者とＩＢＤ患者間を区別する８つの遺伝子のうちの７つ（ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、およびＰＰＰ２Ｒ５Ａ）の発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロットである。ＩＢＤ  対  正常／ＩＢＳの組み合わせの分類マトリックスおよび診断精度を、グラフの下に表７ａ−ｂに示す。
【０１３０】
【表７】
2011514162.tif 000008
【０１３１】
２Ｄ．ＩＢＳ  対  正常  ４つの遺伝子の組み合わせ
最初のロジスティク回帰モデルを、８つの遺伝子すべてに対するデータを使用して構築
した。モデルに統計学的に有意に寄与しない遺伝子を除外することにより、モデルをトリミングした。この分析結果は４つの遺伝子のモデルの組み合わせである：ＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＣＡＬＭ３およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ。正常試料からＩＢＳ試料を区別する際のこのモデルの精度は８４．７％である。
【０１３２】
バイオマーカー性能を図４に示す。図４は、その組み合わせが正常患者とＩＢＳ患者を区別する８つの遺伝子のうちの４つの発現レベルに基づくロジスティク回帰スコアのボックスプロットである。正常  対  ＩＢＳの組み合わせの分類マトリックスおよび診断精度を、グラフの下に表８ａ−ｂに示す。
【０１３３】
【表８】
2011514162.tif 000009
【０１３４】
２Ｅ．ＩＢＤ  対  ＩＢＳ  ６つの遺伝子組み合わせ
上記のように、最初のロジスティク回帰モデルを、８つの遺伝子すべてに対するデータを使用して構築した。モデルに統計学的に有意に寄与しない遺伝子を除外することにより、モデルをトリミングした。この分析結果は６つの遺伝子モデルの組み合わせである：ＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴＨ２ＢＫおよびＰＰＰ２Ｒ５Ａ。ＩＢＤ試料からＩＢＳ試料を区別する際のこのモデルの精度は８３．０％である。
【０１３５】
【表９】
2011514162.tif 000010
【０１３６】
要約：ＲＴ−ＰＣＲにより測定されると共にアクチンＢ発現によって標準化される、ＩＢＤと正常対照、ＩＢＳからＩＢＤ、正常およびＩＢＳからＩＢＤ、および正常からＩＢＳを個々に区別するこれらの遺伝子の発現レベルの能力を表１０（以下）に示す。各組のコホート間の各遺伝子の発現レベルの有意差のｐ値を示す。各ｐ値の右には、被験者ペアの一人のΔＣｔがもう一人に対して高い（または低い）ことを示すために実験値（ΔＣｔ）が「＋」（または「−」）として示される（表１０の凡例参照）。ΔＣｔは発現レベルに反比例する。
【０１３７】
【表１０】
2011514162.tif 000011
【０１３８】
８つすべての遺伝子が統計的に有意にＩＢＤまたはＩＢＳに関連していることが分かったが、種々のサブグループを区別するには個々の遺伝子は高度に正確ではない。本願発明者らは、８つの遺伝子から選択された遺伝子の組み合わせが臨床的に有用なマーカー精度を可能にし得るか否かを調べた。
【０１３９】
データ・サブセットの各々：ＩＢＤ  対  正常対照、ＩＢＳ  対  正常対照、ＩＢＳおよび正常  対  ＩＢＤ、およびＩＢＤ  対  ＩＢＳに対し、本願発明者らはロジスティク回帰を使用して遺伝子組み合わせの精度を評価した。当業者には、遺伝子の特定セットに対する遺伝子発現値のような１セットの測定値が与えられ、ＩＢＤ試料の群および「正常」試料の群のような特定セットの試料にわたりかかる測定値が与えられると、かかるデータからＩＢＳまたは正常などの試料を分類する「１セットの規則」を導き出す多くの技術があることが理解されるだろう。当業者には、それ自体「データマイニング」のサブフィールドと考えることが可能な「機械学習」のサブフィールドである「教師有り学習」（supervised learning）として知られる知識体系の１つの方法によれば、各遺伝子発現レベ
ルの重み付けを含むアルゴリズムが、ロジスティック回帰分析に続いて起こることが理解されるだろう。教師有り学習はデータからアルゴリズム（または規則）を導き出す技術を包含する。当業者には、標準的な統計学的アプローチと「教師有り学習」アプローチとの間には明瞭な境界がなく、以下に提起する分類式が「教師有り学習」法から導かれるが、
標準統計学的アプローチとも称され得ることが理解するだろう。
【０１４０】
上記の実施例におけるボックスプロットは、所与の比較のために最適化された加重値のための各コホート内の個人スコアの分配の目に見える表示である。分類スコアの閾値はすべての場合で０である。ＩＢＤ  対  正常の場合、ＩＢＤは０よりも大きく、正常は０よりも小さい。ＩＢＳおよび他のカテゴリが情報として含まれているが、それらは遺伝子発現加重値を決定するのに使用しなかった。同様に、ＩＢＤ  対  正常およびＩＢＳの場合、ＩＢＤは０よりも大きく、正常およびＩＢＳは０よりも小さく、他のカテゴリは加重値を導き出すのに使用しなかった。ＩＢＳ  対  正常でも同じく、ＩＢＳは０よりも大きく、正常は０よりも小さく、ＩＢＤおよび他のカテゴリは発現加重値を導き出すためには使用しなかった。したがって、マーカーセット中の個々の遺伝子の発現レベルの特定の上下は、分類子にとって重要であるが、直接常に上昇または常に下降する様式ではない。重要なことは、重み付けされた発現値の合計が、０より大きいか、または０よりも小さいかである。スコアがマーカーセット中の他の遺伝子の発現の適切に重み付けられた変化により「補正」されている場合、特定の遺伝子は、１人の正確に分類された患者では発現が増加し得るが、もう一人の正確に分類された患者では発現が減少し得る。
【０１４１】
非限定的な例により、１つの特定の測定では、以下の遺伝子加重値を適用した：
ＩＢＳ  対  正常
４つの遺伝子  ＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＣＡＬＭ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ
条件式  If(-16.6856+11.2898(BLCAP)-4.9722(TH1L)-3.7663(CALM3)+2.5060(HIST1H2BK))>0
Then    ＩＢＳ  （真の場合）
Else    正常  （偽の場合）
ＩＢＳ  対  正常の場合、上記の遺伝子加重値と、ゼロの閾値（ＩＢＳはゼロより大きく、正常はゼロ以下）とを与えると、ＢＬＣＡＰ＝２．０、ＴＨ１Ｌ＝１．０、ＣＡＬＭ３＝１．０およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ＝２．０の発現レベルを有する仮説患者は(-16.6856+11.2898(2.0)-4.9722(1.0)-3.7663(1.0)+2.5060(2.0) = 2.1675の重み付けスコアを有
し、ＩＢＳに分類される。
【０１４２】
かかる加重値の他の非限定的例は以下の通りである：
ＩＢＳおよび正常  対  ＩＢＤ
７つの遺伝子  ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ：
条件式  If(-.1602+4.487(RAP1A)+2.5746(BLCAP)-2.8938(UBE2G1)+3.8415(CALM3)-2.3682(GPX1)-1.5623(HIST1H2BK)-1.4927(PPP2RR5A))>0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else    ＩＢＳまたは正常  （偽の場合）
ＩＢＤ  対  正常
４つの遺伝子  ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＧＰＸ１
条件式  If(-10.8729+3.3467(RAP1A)+5.1866(BLCAP)-3.4559(UBE2G1)+3.237(CALM3)-3.225(GPX1))>0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else     正常  （偽の場合）
ＩＢＤ  対  正常
５つの遺伝子  ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１：
式： ( -10.7716 + ΔＣｔ RAP1A*3.2485 + ΔＣｔBLCAP*5.4360 - ΔＣｔ UBE2G1*3.4723 + ΔＣｔCALM3*3.3511 - ΔＣｔ GPX1*3.4642)
条件式  If( -10.7716 + ΔＣｔ RAP1A*3.2485 + ΔＣｔBLCAP*5.4360 - ΔＣｔ UBE2G1*3.4723 + ΔＣｔCALM3*3.3511 - ΔＣｔ GPX1*3.4642) >0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else    正常  （偽の場合）
ＩＢＳ  対  ＩＢＤ
６つの遺伝子  ＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ：
式： ( 16.6895 + ΔCt RAP1A*5.1550  - ΔCt UBE2G1*2.5462 + ΔCtCALM3*4.8674 - ΔCt GPX1*2.3979 - ΔCtHIST1H2BK*2.8183 - ΔCtPPP2R5A*2.9778)
条件式  If 16.6895 + ΔCt RAP1A*5.1550  - ΔCt UBE2G1*2.5462 + ΔCtCALM3*4.8674 - ΔCt GPX1*2.3979 - ΔCtHIST1H2BK*2.8183 - ΔCtPPP2R5A*2.9778> 0.0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else     正常  （偽の場合）
５つの遺伝子のＩＢＤ対正常バイオマーカーを使用したＩＢＤ対正常を分類するためのＢｕｒｃｚｙｎｓｋｉら（２００６）のデータのロジスティック回帰分析から導き出された例証的な１つの分類規則は以下の通りである：
条件式
-1.1704 - .2815*RAP1A + 0.7027*BLCAP + 0.3143*UBE2G1 + 0.1089*CALM3 - 0.4782*GPX1 < 0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else    正常  （偽の場合）
【０１４３】
【表１１】
2011514162.tif 000012
【０１４４】
精度９６．９％
感度９６．５％
特異性９７．６％
ＰＰＶ  ９８．８％
ＮＰＶ  ９３．２％
図５は、その組み合わせがＩＢＤを正常から区別する５つの遺伝子（ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３およびＧＰＸ１）の発現レベルに基づく回帰スコアのボックスプロットを示す。
【０１４５】
上記に開示された加重値は最適な例であり、当業者には明らかなように、加重値は、例えば加重値を生成する異なる分類子の使用またはより精度は低いが特異性の改善を提供し得る修正加重値の使用（またはユーザへの対象の測定の何らかの他の変更）に基づき、幅広く変わり得る。
【０１４６】
実施例３
９８人の正常対照、９１人の潰瘍性大腸炎患者（ＵＣ）、９８人のクローン病患者、９８人のＩＢＳ患者、および９７人の非胃腸炎症性疾患患者から得た合計４８２個のＲＢＣ
（赤血球）を除去した全血試料についての以下の研究で、表３に示される上位セットに頻繁に生じる表４に列挙された遺伝子のうちの１０個を、対照遺伝子としてのアクチンＢと共に評価した。試料は米国内の種々の地理的位置の７つの臨床場所から得た。分析では、クローン病とＵＣの間には区別がなかった。
【０１４７】
上位の発見マーカーセット中の１５の特徴中の１０個の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、罹患患者および非罹患対照の予測確認試料のＲＢＣ除去全血で定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。追加の１１番目の遺伝子を、患者間の内部参照標準として役立てるために測定した。患者の５つのコホートをＲＮＡ分析した：
○９８人  正常
○９８人  クローン病
○９１人  潰瘍性大腸炎
○９８人  過敏性腸症候群
○９７人  非胃腸炎症性疾患
患者の５つのコホートにおけるＲＮＡ発現レベルを測定した１１つの遺伝子（１つの対照を含む）は以下の通りであった：（ヒトゲノム機構（ＨＵＧＯ）遺伝子命名法委員会名を与える。）
○ＲＡＰ１Ａ
○ＢＬＣＡＰ
○ＰＰＰ２Ｒ５Ａ
○ＵＢＥ２Ｇ１
○ＧＰＸ１
○ＴＨ１−Ｌ
○ＣＡＬＭ３
○ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ
○ＮＯＮＯ
○ＨＭＧＢ１
○ＡＣＴＢ（内部参照遺伝子）
すべての患者から全血試料および臨床情報を得た。各ＩＢＤ患者を認定胃腸科専門医により診断し、ＩＢＤ診断を内視鏡検査で確認した。各ＩＢＳ患者はＲｏｍｅ  Ｉ基準を使用して、胃腸科専門医により診断した。プロトコルはすべて施設内治験審査委員会（ＩＲＢ）に承認されたものであり、インフォームド・コンセントを得、末梢血試料および臨床データはすべての患者から集めた。全ＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡを合成し、各遺伝子の定量的リアルタイムＰＣＲをApplied Biosystems 73-Real-Time PCT Systemで行なうことにより、末梢全血試料（単核の濃縮は無し）から実験データを得た。発現レベルをＣｔ（サイクルまたは交点閾値）として出力した。各患者の各遺伝子のＤｅｌｔａＣｔｓを計算し、被験者内参照遺伝子（β−アクチンとも称されるＡＣＴＢ）に対して１０個の標識遺伝子の遺伝子発現レベルを標準化した。ＤｅｌｔａＣｔ＝Ｃｔ［マーカー遺伝子］−Ｃｔ［ＡＣＴＢ］。そしてＤｅｌｔａＣｔｓを診断分類性能の分析に使用した。
３Ａ．ＩＢＤ  対  正常（６つの遺伝子）
ＩＢＤまたは正常として患者を分類するための最適スコアリングアルゴリズムを、１０個の試験した遺伝子のうちの６つ（ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＮＯＮＯ）に基づいて導出した。このバイオマーカーの分類マトリックスおよび診断性能測定値をそれぞれ表１１ａおよび１１ｂにそれぞれ与える。
【０１４８】
【表１２】
2011514162.tif 000013
【０１４９】
ＩＢＤ（rule-out（疾患でない）シナリオ）の調整された２５％の検査前確率のＮＰＶは９５％である。ＩＢＤ（rule-in（疾患である）シナリオ）の調整された７５％の検査
前確率のＰＰＶは９１％である。
３Ｂ．ＩＢＳ  対  正常（４つの遺伝子）
ＩＢＳまたは正常として患者を分類するための最適なスコアリングアルゴリズムを、１０個の試験した遺伝子のうちの４つ（ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）に基づいて導出した。臨床診断とテスト結果による患者の分類を表１２ａに与える。分類の診断性能を表１２ｂに要約する。
【０１５０】
【表１３】
2011514162.tif 000014
【０１５１】
ＩＢＳ（rule-out（疾患でない）シナリオ）の調整された２５％の検査前確率のＮＰＶは９６％である。ＩＢＳ（rule-in（疾患である）シナリオ）の調整された７５％の検査
前確率のＰＰＶは９３％である。
３Ｃ．ＩＢＳ  対  ＩＢＤ（７つの遺伝子）
ＩＢＳまたはＩＢＤとして患者を分類するための最適なスコアリングアルゴリズムを、１０個の試験した遺伝子のうちの７つ（ＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＢＬＣＡＰ）に基づいて導出した。臨床診断とテスト結果による患者の分類を表１３ａに与える。分類の診断性能を表１３ｂに要約する。
【０１５２】
【表１４】
2011514162.tif 000015
【０１５３】
ＩＢＤ（rule-in（疾患である）ＩＢＤシナリオ）の調整された７５％の検査前確率の
ＰＰＶは９０．９％である。ＩＢＤ（rule-out（疾患でない）ＩＢＤシナリオ）の調整された２５％の検査前確率のＮＰＶは９５．１％である。
３Ｄ．（ＩＢＸ  対  正常）
ＩＢＳまたはＩＢＤのいずれか  対  正常として患者を分類用するための最適なスコアリングアルゴリズムを、正常、１０個の試験した遺伝子のうちの６つ（６つの遺伝子ＢＬＣＡＰ、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＴＨ１Ｌ、ＲＡＰ１Ａ、ＮＯＮＯ  ＩＢＸ  対  正常）に基づいて導出した。
臨床診断とテスト結果による患者の分類を表１４ａに与える。分類の診断性能を表１４ｂに要約する。
【０１５４】
【表１５】
2011514162.tif 000016
【０１５５】
３Ｅ．バイオマーカー中の遺伝子の生物学の共有
実施例３の１０個のバイオマーカー遺伝子候補の発現レベルを、個々の患者の標本について測定し、患者内の参照遺伝子に対して標準化した。
【０１５６】
ＩＢＤ対正常およびＩＢＳ対正常としての患者の分類の最適なスコアリングアルゴリズムを、かかる予備的研究の患者において測定した１０個の遺伝子の発現レベルを別々に使用して導き出した。各テストおよび各セット性能に対する最適な遺伝子セットを表１５に示す。分類結果は、それぞれ２３．０および２８．３のオッズ比を有し、いずれもｐ値は＜２×１０-16であった。２つの遺伝子が両方の診断マーカーセットに共通していた。比
較のための診断手段として識別された遺伝子は、ＩＢＤ患者とＩＢＳ患者間の重複を明らかにする。非常統計学的に有意なこのバイオマーカーの重複は、２つの疾病状態の間の生物学の共有を示唆している。２つの遺伝子が共通していることは、遺伝子が原因となる役割を有しているか、遺伝子が共通の反応機構の一部であることを示している可能性がある。
【０１５７】
【表１６】
2011514162.tif 000017
【０１５８】
要約：ＲＴ−ＰＣＲによって測定し、かつアクチンＢ発現により標準化したこれらの１０個の遺伝子の発現レベルが、ＩＢＤと正常対照、ＩＢＳからＩＢＤ、正常患者からＩＢＳ、および正常患者からＩＢＳおよびＩＢＤを区別する能力を表１６（以下）に示す。被験者対間の各遺伝子の発現レベルの有意差のｐ値を示す。各ｐ値の右には、被験者ペアの一人のΔＣｔがもう一人に対して高い（または低い）ことを示すために実験値（ΔＣｔ）が「＋」（または「−」）として示される（表１６の凡例参照）。ΔＣｔは発現レベルに反比例する。
【０１５９】
【表１７】
2011514162.tif 000018
【０１６０】
８個すべての遺伝子が統計的に有意にＩＢＤまたはＩＢＳに関連していることが分かっ
たが、種々のサブグループを区別するには個々の遺伝子は高度に正確ではない。本願発明者らは、１０個の遺伝子から選択された遺伝子の組み合わせが臨床的に有用なマーカー精度を可能にし得るか否かを調べた。
【０１６１】
データ・サブセットの各々：ＩＢＤ対正常対照、ＩＢＳ対正常対照、ＩＢＤ対ＩＢＤ、ならびにＩＢＤおよびＩＢＳ対正常に対し、本願発明者らはロジスティク回帰を使用して遺伝子組み合わせの精度を評価した。当業者には、遺伝子の特定セットに対する遺伝子発現値のような１セットの測定値を与えられ、ＩＢＤ試料の群および「正常」試料の群のような特定セットの試料にわたりかかる測定値を与えられると、かかるデータからＩＢＳまたは正常などの試料を分類する「１セットの規則」を導き出す多くの技術があることが理解されるだろう。当業者には、それ自体「データマイニング」のサブフィールドと考えることが可能な「機械学習」のサブフィールドである「教師有り学習」として知られる知識体系の１つの方法によれば、各遺伝子発現レベルの重み付けを含むアルゴリズムが、ロジスティック回帰分析に続いて起こることが理解されるだろう。教師有り学習はデータからアルゴリズム（または規則）を導き出す技術を包含する。当業者には、標準的な統計学的アプローチと「教師有り学習」アプローチとの間には明瞭な境界がなく、以下に提起する分類式が「教師有り学習」法から導かれるが、標準統計学的アプローチとも称され得ることが理解するだろう。
【０１６２】
分類スコアの閾値はすべての場合で０である。ＩＢＤ  対  正常の場合、ＩＢＤは０よりも大きく、正常は０よりも小さい。ＩＢＳおよび他のカテゴリが情報として含まれているが、それらは遺伝子発現加重値を決定するのに使用しなかった。同様に、ＩＢＳ  対  正常の場合、ＩＢＳは０よりも大きく、正常は０よりも小さく、他のカテゴリは加重値を導き出すのに使用しなかった。ＩＢＤ  対  ＩＢＳの場合、ＩＢＤは０よりも大きく、ＩＢＳは０よりも小さく、正常および他のカテゴリは発現加重値を導き出すためには使用しなかった。最後に、ＩＢＤおよびＩＢＳ  対  正常の場合、ゼロより大きいスコアはＩＢＤまたはＩＢＳを示し、ゼロより小さいスコアは正常を示し、他のカテゴリは加重値を導き出すためには使用しなかった。したがって、マーカーセット中の個々の遺伝子の発現レベルの特定の上下は、分類子にとって重要であるが、直接常に上昇または常に下降する様式ではない。より重要なことは、重み付けされた発現値の合計が、０より大きいか、または０よりも小さいかである。スコアがマーカーセット中の他の遺伝子の発現の適切に重み付けられた変化により「補正」されている場合、特定の遺伝子は、１人の正確に分類された患者では発現が増加し得るが、もう一人の正確に分類された患者では発現が減少し得る。
【０１６３】
以下の例証的な遺伝子加重値を適用した：
ＩＢＤ  対  正常
６つの遺伝子  ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＮＯＮＯ：
ＩＢＤ診断指標：= (-16.5312 + 4.7721[dCt BLCAP ] -  3.3249[dCt \*stocktickerGPX1 ] + 3.6521[dCt RAP1A]   -  3.0221[dCt UBE2G1]  +  3.0669[ dCt \*stocktickerCALM3]  + 0.8405[ dCt NONO] )
条件式  If  (-16.5312 + 4.7721[dCt BLCAP ] -  3.3249[dCt \*stocktickerGPX1 ] + 3.6521[dCt RAP1A]   -  3.0221[dCt UBE2G1]  +  3.0669[ dCt \*stocktickerCALM3]  + 0.8405[ dCt NONO] )  >0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else    正常  （偽の場合）
ＩＢＳ  対  正常
４つの遺伝子  ＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ：
式：＝= -22.1323 + 5.4337 [dCtBLCAP] + 3.3187[dCtUBE2G1] - 4.1747 [dCtTH1L ]   +
1.6902[dCtHIST1H2BK]
条件式  [-22.1323 + 5.4337 [dCtBLCAP] + 3.3187[dCtUBE2G1] - 4.1747 [dCtTH1L ]   + 1.6902[dCtHIST1H2BK]  >0
Then    ＩＢＳ  （真の場合）
Else    正常  （偽の場合）
ＩＢＤ  対  ＩＢＳ
７つの遺伝子  ＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＢＬＣＡＰ：
式：( 17.6564 + ΔCtRAP1A*5.7988 - ΔCtUBE2G1*5.6479 + ΔCtCALM3*3.4257 - ΔCt GPX1*2.5535  - ΔCtHIST1H2BK*2.1366 - ΔCtPPP2R5A*2.4503 + ΔCt BLCAP*3.0325)
条件式  IF ( 17.6564 + ΔCtRAP1A*5.7988 - ΔCtUBE2G1*5.6479 + ΔCtCALM3*3.4257 -
ΔCt GPX1*2.5535  - ΔCtHIST1H2BK*2.1366 - ΔCtPPP2R5A*2.4503 + ΔCt BLCAP*3.0325)>0
Then    ＩＢＤ  （真の場合）
Else     ＩＢＳ  （偽の場合）
ＩＢＸ  対  正常
６つの遺伝子  ＢＬＣＡＰ、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＴＨ１Ｌ、ＲＡＰ１Ａ、ＮＯＮＯ：
式：(-13.5528 + ΔCtBLCAP*4.9346 + ΔCtCALM3*2.8244 - ΔCtGPX1*1.8043 - ΔCtTH1L*2.8452 + ΔCtRAP1A*1.2203 + ΔCtNONO*1.04)
条件式  IF (-13.5528 + ΔCtBLCAP*4.9346 + ΔCtCALM3*2.8244 - ΔCtGPX1*1.8043 - 
ΔCtTH1L*2.8452 + ΔCtRAP1A*1.2203 + ΔCtNONO*1.04)>0
Then    ＩＢＤまたはＩＢＳ  （真の場合）
Else    正常  （偽の場合）
本願発明者らは、その組み合わせが正常患者とＩＢＳ患者間を区別する、上記に試験した５つの遺伝子（ＢＬＣＡＰ、ＴＨ１Ｌ、ＣＡＬＭ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫおよびＵＢＥ２Ｇ１）のうちの３つの組み合わせの発現レベルに基づくバイオマーカー性能を続いて分析した（実施例２Ｄおよび３Ｂ）。ＩＢＳ  対  正常の組み合わせの分類マトリックスおよび診断精度を、例証的な遺伝子加重値と共に、表１７に示す。
【０１６４】
【表１８】
2011514162.tif 000019
【０１６５】
本願発明者らは、その組み合わせが正常患者とＩＢＤ患者間を区別する、上記に試験した６つの遺伝子（ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１およびＮＯＮＯ）のうちの５つの組み合わせの発現レベルに基づくバイオマーカー性能を続いて分析した（実施例２Ａ、２Ｂおよび３Ａ）。ＩＢＤ  対  正常の組み合わせの分類マトリックスおよび診断精度を、例証的な遺伝子加重値と共に、表１８に示す。
【０１６６】
上記に教示した５つの遺伝子  ＩＢＤ  対  正常の組み合わせ（ＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３およびＧＰＸ１、実施例２Ａ）のための方程式および加重値は、表１８に列挙した最初の組み合わせと同一である。セットＲＡＰ１Ａ、ＢＬＣＡＰ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３およびＧＰＸ１に対する表５ａおよび５ｂの性能測定値は、追加の患者が表１８のデータに含まれていたためわずかに異なる：表５ａは２８０人の患者からの結果を要約し、表１８は２８７人の患者からの結果を要約している。
【０１６７】
【表１９】
2011514162.tif 000020
【０１６８】
本願発明者らは、その組み合わせがＩＢＳ患者とＩＢＤ患者間を区別する、上記に試験した７つの遺伝子（ＲＡＰ１Ａ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＣＡＬＭ３、ＧＰＸ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ１、ＰＰＰ２Ｒ５ＡおよびＢＬＣＡＰ）のうちの６つの組み合わせの発現レベルに基づくバイオマーカー性能を続いて分析した（実施例２Ｅおよび３Ｃ）。ＩＢＳ  対  ＩＢＤの組み合わせの分類マトリックスおよび診断精度を、例証的な遺伝子加重値と共に、表１９に示す。
【０１６９】
【表２０】
2011514162.tif 000021
【図１】
2011514162.tif 000022
【図２】
2011514162.tif 000023
【図３】
2011514162.tif 000024
【図４】
2011514162.tif 000025
【図５】
2011514162.tif 000026
【配列表】
2011514162000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成22年11月11日(2010.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
４〜３５個の異なる核酸プローブセットから成るバイオマーカーであって、
（ａ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第１のプローブセット、
（ｂ）配列番号４（ＴＨ１Ｌ）、配列番号１１（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ）、配列番号１２（ＴＦＥ３）、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）、配列番号１３（ＮＯＮＯ）、配列番号１４（ＰＣＢＰ１）、配列番号１および２のうちの少なくとも一方（ＲＡＰ１Ａ）、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）、配列番号１５（ＰＧＲＭＣ１）、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）、組配列番号７および８のうちの少なくとも一方（ＧＰＸ１）、配列番号１６（ＨＭＧＢ１）および配列番号６（ＣＡＬＭ３）から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件で選択的にハイブリダイズする第２のプローブセット、
（ｃ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第３のプローブセット、および
（ｄ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１、およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸に高ストリンジェンシー条件下で選択的にハイブリダイズする第４のプローブセット
を備え、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、および第４のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしないバイオマーカー。
【請求項２】
第１のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第２のプローブセットはＴＨ１Ｌまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第３のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第４のプローブセットはＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成る請求項１に記載のバイオマーカー。
【請求項３】
第１のプローブセットはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第２のプローブセットはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第３のプローブセットはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第４のプローブセットはＣＡＬＭ３またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第５のプローブセットはＧＰＸ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第６のプローブセットはＮＯＮＯまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプローブセット、第５のプローブセット、および第６のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない
請求項１に記載のバイオマーカー。
【請求項４】
第１のプローブセットは配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第２のプローブセットは配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第３のプローブセットは配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第４のプローブセットは配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第５のプローブセットは配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第６のプローブセットおよび第７のプローブセットは、
（ｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、完全
（ｉｉｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、および
（ｉｖ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
から成る群から選択された核酸の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第１のプローブセット、第２のプローブセット、第３のプローブセット、第４のプロー
ブセット、第５のプローブセット、第６のプローブセット、および第７のプローブセットは同じ核酸に選択的にハイブリダイズしない請求項１に記載のバイオマーカー。
【請求項５】
４〜３５個の異なる核酸プライマー対から成るバイオマーカーであって、
（ａ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第１のプライマー対、
（ｂ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第２のプライマー対、
（ｃ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第３のプライマー対、および
（ｄ）ＴＨ１Ｌ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＴＦＥ３、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＵＢＥ２Ｇ１、ＮＯＮＯ、ＰＣＢＰ１、ＲＡＰ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＧＲＭＣ１、ＢＬＣＡＰ、ＧＰＸ１、ＨＭＧＢ１およびＣＡＬＭ３から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅することが可能な第４のプライマー対、を備え、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対および第４のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しないバイオマーカー。
【請求項６】
第１のプライマー対中の各プライマーは、ＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第２のプライマー対中の各プライマーは、ＴＨ１Ｌまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第３のプライマー対中の各プライマーは、ＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第４のプライマー対中の各プライマーは、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成る請求項５に記載のバイオマーカー。
【請求項７】
第１のプライマー対中の各プライマーはＲＡＰ１Ａまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第２のプライマー対中の各プライマーはＢＬＣＡＰまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第３のプライマー対中の各プライマーはＵＢＥ２Ｇ１またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第４のプライマー対中の各プライマーはＣＡＬＭ３の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第５のプライマー対中の各プライマーはＧＰＸ１の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第６のプライマー対中の各プライマーはＮＯＮＯの１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対、および第６のプライマー対は、他のプローブセットのｍＲＮＡとは異なる単一ｍＲＮＡまたはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のプライマー対から成り、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対、および第６のプライマー対は、同じ核酸を選択的に増幅しない請
求項５に記載のバイオマーカー。
【請求項８】
第１のプライマー対中の各プライマーは配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第２のプライマー対中の各プライマーは配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第３のプライマー対中の各プライマーは配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第４のプライマー対中の各プライマーは配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第５のプライマー対中の各プライマーは配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第６のプライマー対および第７のプライマー対中の各プライマーは、
（ｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、および
（ｉｖ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
から成る群から選択された核酸の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第１のプライマー対、第２のプライマー対、第３のプライマー対、第４のプライマー対、第５のプライマー対、第６のプライマー対および第７のプライマー対は同じ核酸を選択的に増幅しない請求項５に記載のバイオマーカー。
【請求項９】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）および過敏性腸症候群（ＩＢＳ）のうちの少なくとも一方を診断するための請求項１−８のいずれか一項に記載のバイオマーカーの使用方法。
【請求項１０】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのあるヒト被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも４つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、
第１のヌクレオチドプローブは、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第２のヌクレオチドプローブは、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第３のヌクレオチドプローブは、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドの１つまたは複数のヌクレオチドプローブから成り、
第４のヌクレオチドプローブは、配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列、および、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列から成る群から選択された核酸の１５以上の連続するヌクレオチドからなる工程、
（ｂ）プローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）ヒト被験者がＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程であって、核酸標的の遺伝子発現レベルがＩＢＳと正常で異なる工程、からなる方法。
【請求項１１】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのあるヒト被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも４つのプライマー対と接触させる工程であって、
第１のプライマー対は、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第２のプライマー対は、配列番号４（ＴＨ１Ｌ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第３のプライマー対は、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第４のプライマー対は、配列番号６（ＣＡＬＭ３）および配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅し、
各プライマー対中の各プライマーは、その核酸標識の少なくとも１５の連続するヌクレオチドから成る工程と、
（ｂ）少なくとも４つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）ヒト被験者がＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程であって、核酸標識の遺伝子発現レベルがＩＢＳと正常で異なる工程、からなる方法。
【請求項１２】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＤに罹患している疑いのあるヒト被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも６つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、
第１のヌクレオチドプローブは、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第２のヌクレオチドプローブは、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第３のヌクレオチドプローブは、配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第４のヌクレオチドプローブは、配列番号１３（ＮＯＮＯ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第５のヌクレオチドプローブおよび第６のヌクレオチドプローブは、
（ｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、および
（ｉｖ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
から成る群から選択された核酸の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）ヌクレオチドプローブと核酸試料中の核酸標的との間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）ヒト被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程であって、核酸標的の遺伝子発現レベルがＩＢＤと正常で異なる工程、からなる方法。
【請求項１３】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法であって、
（ａ）ＩＢＳに罹患している疑いのあるヒト被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも６つのプライマー対と接触させる工程であって、
第１のプライマー対は、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第２のプライマー対は、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第３のプライマー対は、配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第４のプライマー対は、配列番号１３（ＮＯＮＯ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第５のプライマーおよび第６のプライマーは
（ｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、および
（ｉｖ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
から成る群から選択された核酸の検出可能部分を選択的に増幅する工程、
（ｂ）少なくとも６つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）ヒト被験者がＩＢＤに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程であって、核酸標識の遺伝子発現レベルがＩＢＤと正常で異なる工程、からなる方法。
【請求項１４】
ヒト被験者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を区別する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのあるヒト被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、ハイブリダイズする条件下で、少なくとも７つのヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、
第１のヌクレオチドプローブは、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第２のヌクレオチドプローブは、配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第３のヌクレオチドプローブは、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第４のヌクレオチドプローブは、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第５のヌクレオチドプローブは、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の１５以上の連続するヌクレオチドから成り、
第６のヌクレオチドプローブおよび第７のヌクレオチドプローブは、
（ｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、および
（ｉｖ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完
全相補的配列、
から成る群から選択された核酸の１５以上の連続するヌクレオチドから成る工程、
（ｂ）核酸試料のヌクレオチドプローブと核酸標的の間のハイブリダイゼーション複合体の形成を検出する工程であって、該ハイブリダイゼーション複合体の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）ヒト被験者がＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程であって、核酸標識の遺伝子発現レベルがＩＢＤとＩＢＳで異なる工程、からなる方法。
【請求項１５】
ヒト被験者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を区別する方法であって、
（ａ）ＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している疑いのあるヒト被験者から得られたｍＲＮＡ由来の核酸試料を、増幅条件下で、少なくとも７つのプライマー対と接触させる工程であって、
第１のプライマー対は、配列番号５（ＵＢＥ２Ｇ１）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第２のプライマー対は、配列番号６（ＣＡＬＭ３）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第３のプライマー対は、配列番号９（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第４のプライマー対は、配列番号１０（ＰＰＰ２Ｒ５Ａ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第５のプライマー対は、配列番号３（ＢＬＣＡＰ）またはその完全相補配列の検出可能部分を選択的に増幅し、
第６のプライマー対および第７のプライマー対は、
（ｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号７（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
（ｉｉｉ）配列番号１（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、および
（ｉｖ）配列番号２（ＲＡＰ１Ａ）および配列番号８（ＧＰＸ１）、またはそれらの完全相補的配列、
から成る群から選択された核酸の検出可能部分をそれぞれ選択的に増幅する工程、
（ｂ）少なくとも７つのプライマー対による核酸試料中の核酸標的の増幅により生成された増幅産物を検出する工程であって、かかる増幅産物の数は核酸標的の遺伝子発現の基準を提供する工程、および
（ｃ）ヒト被験者がＩＢＤまたはＩＢＳに罹患している可能性があるか否かを前記核酸標的の遺伝子発現の基準に基づいて診断する工程であって、核酸標識の遺伝子発現レベルがＩＢＤとＩＢＳで異なる工程、からなる方法。
【請求項１６】
前記ヒト被験者は、腹痛、便秘、下痢、排便習慣の変化、嘔吐、血便および体重変化のうちの１つまたは複数に罹患している請求項１０−１５のいずれか一項に記載に記載の方法。
【請求項１７】
ｍＲＮＡ由来の核酸試料は、末梢血単核球または赤血球を除去した全血から得られる請求項１０−１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
各核酸標的に対して形成されたハイブリダイゼーション複合体または増幅産物の数に加重値を適用することにより、核酸標的の遺伝子発現を分析する工程をさらに含む請求項１
０−１５のいずれか一項に記載の方法。
【国際調査報告】
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