(57)【要約】  本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での癌患者の治療の有効性を予測するための診断および予後診断法を提供する。上皮および／又は間葉バイオマーカーの発現レベルを測定することによって腫瘍細胞が上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしているか否かを評価することを含む（ＥＭＴを起こしている腫瘍細胞は実質的にＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対して感受性が低い。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対して腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法が提供される。上記方法を組み込むＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により癌患者を治療するための改良法も提供される。さらに、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の反応性を予測する新しいバイオマーカーの同定のための方法が提供される。さらに、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する、ＥＭＴを起こしている腫瘍細胞の感受性を回復させる薬剤の同定のための方法も提供される。ｐＥｒｋ、ＨＥＲ３およびｐＨＥＲもまた、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を予測するための有効なバイオマーカーであることが示される。
2011501660.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、
腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること；および
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること（腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーの高レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、
ならびに間葉バイオマーカーがＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される。）
を含む方法。
【請求項２】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞により発現される２以上の間葉バイオマーカーのレベルを評価すること（２以上の間葉バイオマーカーは、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される。）；およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含み、腫瘍細胞による間葉バイオマーカーの何れか１つの高レベル発現がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する、方法。
【請求項３】
評価される腫瘍細胞により発現される２以上の間葉バイオマーカーがＳｎａｉｌおよびＺｅｂ１である、請求項２の方法。
【請求項４】
評価される腫瘍細胞により発現される２以上の間葉バイオマーカーがＳｉｐ１およびＺｅｂ１である、請求項２の方法。
【請求項５】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベル評価すること；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること；およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比率が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、ならびに間葉バイオマーカーがＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される、方法。
【請求項６】
上皮バイオマーカーがＥ−カドヘリンを含む、請求項５の方法。
【請求項７】
上皮バイオマーカーがＢｒｋを含む、請求項５の方法。
【請求項８】
上皮バイオマーカーがγ−カテニンを含む、請求項５の方法。
【請求項９】
患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法であって、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階：およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含み、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階が、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される間葉バイオマーカーのレベルを評価することを含むＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法を使用することにより行われる、方法。
【請求項１０】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法が、請求項１、請求項２および請求項５の方法から選択される、請求項９の方法。
【請求項１１】
１以上のさらなる抗癌剤がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とともに同時に又は逐次的に併用投与される、請求項９の方法。
【請求項１２】
腫瘍細胞がＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である、請求項１の方法。
【請求項１３】
腫瘍細胞がＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である、請求項２の方法。
【請求項１４】
腫瘍細胞がＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である、請求項５の方法。
【請求項１５】
腫瘍細胞がＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である、請求項９の方法。
【請求項１６】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること、およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、ならびに間葉バイオマーカーが、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子のプロモーターのメチル化である、方法。
【請求項１７】
腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子がＥ−カドヘリンである、請求項１６の方法。
【請求項１８】
腫瘍細胞がＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である、請求項１６の方法。
【請求項１９】
患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法であって、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階：およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含み、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階が、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること、およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することにより行われ、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、ならびに間葉バイオマーカーが、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子のプロモーターのメチル化である、方法。
【請求項２０】
腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子がＥ−カドヘリンである、請求項１９の方法。
【請求項２１】
腫瘍細胞がＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である、請求項１９の方法。
【請求項２２】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とともに同時に又は逐次的に１以上のさらなる抗癌剤が併用投与される、請求項１９の方法。
【請求項２３】
癌患者が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法であって、
腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価すること；および
腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することを含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応する腫瘍と相関し、
上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎおよびホスホ−ＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項２４】
癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法であって、
腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること；および
腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することを含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に対する反応性がより低い腫瘍と相関し、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／��ＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−ＲｏｎおよびＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項２５】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価すること；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること；およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、
上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン１、ラミニンα−５およびＳＴ１４から選択され、
ならびに間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧ−ファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡ��（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−ＲｏｎおよびＳＨＣ１から選択されるか、
あるいは、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎおよびホスホ−ＳＨＣ１から選択され、
ならびに間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧ−ファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡ��（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３およびエピモルフィンから選択される、
方法。
【請求項２６】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価すること；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること；およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、
上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン１、ラミニンα−５、ＳＴ１４、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌα、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン−１、ホスホ−４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
ならびに間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧ−ファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡ��（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ホスホ−α−インターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンテターゼ、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、ホスホ−ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ−活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモローグ２、ホスホ−ＥＲＫ−２、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、ホスホ−ＰＤＧＦ−Ｒ−α、ホスホ−プロゲステロン−誘導性阻止因子１、ピリン、プロフィリン−１、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、ホスホ−ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルへキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼおよびジキシンから選択されるか、
あるいは、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭ��  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌα、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン−１、ホスホ−４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
ならびに間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧ−ファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡ��（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３、エピモルフィン、ホスホ−α−インターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンテターゼ、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、ホスホ−ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ−活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモローグ２、ホスホ−ＥＲＫ−２、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、ホスホ−ＰＤＧＦ−Ｒ−α、ホスホ−プロゲステロン−誘導性阻止因子１、ピリン、プロフィリン−１、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、ホスホ−ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルへキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼおよびジキシンから選択される、
方法。
【請求項２７】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価すること；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価すること；およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、
上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン（ｓｔｒａｔａｆｉｎ）１、ラミニンα−５、ＳＴ１４、１４−３−３β／α、ホスホ−Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、フィラミンＡ、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ホスホ−パキシリン、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼおよびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
ならびに間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧ−ファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡ��（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合Ａｒａｌａｒ２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラボタンパク質、脂肪酸−結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ−結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋ−グルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、ホスホ−ロイパキシン、ミリストイル化アラニンリッチＣ−キナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、ホスホ−Ｃ−ｒｅｔおよびＳＴＡＴ３から選択されるか、
あるいは、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、１４−３−３β／α、ホスホ−Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、フィラミンＡ、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ホスホ−パキシリン、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼおよびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
ならびに間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧ−ファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡ��（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３、エピモルフィン、酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合Ａｒａｌａｒ２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラボタンパク質、脂肪酸−結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ−結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋ−グルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、ホスホ−ロイパキシン、ミリストイル化アラニンリッチＣ−キナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、ホスホ−Ｃ−ｒｅｔおよびＳＴＡＴ３から選択される、
方法。
【請求項２８】
患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法であって、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために、請求項２３に記載の方法を用いてＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性がある者として患者を同定する段階、およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、方法。
【請求項２９】
患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法であって、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために、請求項２４に記載の方法を用いることによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性がある者として患者を同定する段階、およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、方法。
【請求項３０】
患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法であって、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために、請求項２５に記載の方法を用いることによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性がある者として患者を同定する段階、およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、方法。
【請求項３１】
患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法であって、腫瘍細胞が上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしているか否かを示すバイオマーカーのレベルを評価することにより、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階；患者の腫瘍におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２のレベルを評価する段階；および患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断され、ならびに腫瘍がＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２を有すると判定された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、方法。
【請求項３２】
投与されるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤がＯＳＩ−９０６である、請求項９の方法。
【請求項３３】
投与されるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤がＯＳＩ−９０６である、請求項１９の方法。
【請求項３４】
投与されるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤がＯＳＩ−９０６である、請求項３１の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、癌患者を診断し、治療するための方法に関する。特に本発明は、どの患者がインスリン様成長因子−１受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）キナーゼ阻害剤での治療により最も利益を得るかを判定するための方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
癌は、制御されない増殖、分化の欠如および局所組織に浸潤し、転移する能力を特徴とする、広範な細胞性悪性腫瘍に対する一般名である。これらの新生物悪性腫瘍は、体内のあらゆる組織および器官において多様な罹患率で発症する。
【０００３】
様々な癌を治療するために、複数の治療薬が過去数十年にわたって開発されてきた。最も一般に使用される抗癌剤タイプには、ＤＮＡアルキル化剤（例えば、シクロホスファミド、イホスファミド）、代謝拮抗剤（例えば、メトトレキセート、葉酸アンタゴニストおよび５−フルオロウラシル、ピリミジンアンタゴニスト）、微小管分裂剤（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、パクリタキセル）、ＤＮＡ挿入剤（例えば、ドキソルビシン、ダウノマイシン、シスプラチン）およびホルモン療法（例えば、タモキシフェン、フルタミド）などが挙げられる。
【０００４】
ＩＧＦ−１Ｒは、主としてＩＧＦ−１に結合するが、ＩＧＦ−ＩＩおよびインスリンにもより低い親和性で結合する膜貫通ＲＴＫである。ＩＧＦ−１受容体へのＩＧＦ−１の結合により、受容体のオリゴマー化、チロシンキナーゼの活性化、分子間受容体自己リン酸化および細胞基質のリン酸化が起こる（主な基質は、ＩＲＳ１およびＳｈｃである。）。リガンドによって活性化されたＩＧＦ−１Ｒは、正常な細胞中で有糸分裂促進活性を誘導し、異常な増殖において重要な役割を果たす。ＩＧＦ−１系の主要な生理的役割は、正常な増殖および再生を促進することである。ＩＧＦ−１Ｒ（１型インスリン様成長因子受容体）の過剰発現により、有糸分裂が開始され、リガンド依存性新生物形質転換が促進され得る。さらに、ＩＧＦ−１Ｒは、悪性表現型の確立および維持に重要な役割を果たす。上皮成長因子（ＥＧＦ）受容体とは異なり、ＩＧＦ−１Ｒの変異発癌形態は同定されていない。しかし、一部の発癌遺伝子は、ＩＧＦ−１およびＩＧＦ−１Ｒ発現に影響を与えることが示されている。ＩＧＦ−１Ｒ発現低下と形質転換に対する耐性との間の相関関係が分かっている。ＩＧＦ−１Ｒ  ＲＮＡに対してアンチセンスであるｍＲＮＡに細胞を曝露することによって、軟寒天培地で一部のヒト腫瘍細胞株の増殖が抑制される。ＩＧＦ−１Ｒは、インビボおよびインビトロの両方で、アポトーシスへの進行を停止させる。野生型レベルを下回るＩＧＦ−１Ｒレベル低下により、インビボで腫瘍細胞のアポトーシスが引き起こされることも示されている。ＩＧＦ−１Ｒ破壊がアポトーシスを引き起こす能力は、正常な非腫瘍原性細胞中では低下していると思われる。
【０００５】
ヒト腫瘍の発育におけるＩＧＦ−１経路は重要な役割を有する。ＩＧＦ−１Ｒ過剰発現は、様々な腫瘍（乳癌、結腸癌、肺癌、肉腫）中に見出されることが多く、多くの場合、侵襲性の表現型を伴う。高いＩＧＦ１循環濃度は、前立腺癌、肺癌および乳癌のリスクと強く相関する。さらに、インビトロおよびインビボにおいて、形質転換表現型の確立および維持にＩＧＦ−１Ｒが必要とされる（Ｂａｓｅｒｇａ  Ｒ．Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ．Ｒｅｓ．、１９９９、２５３、１−６）。ＩＧＦ−１Ｒのキナーゼ活性は、一部の癌遺伝子：ＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ、ＳＶ４０Ｔ抗原、活性化Ｒａｓ、Ｒａｆおよびｖ−Ｓｒｃの形質転換活性に不可欠である。正常な繊維芽細胞中でのＩＧＦ−１Ｒの発現は、新生物表現型を誘導し、次いで、インビボで新生物表現型は腫瘍を形成し得る。ＩＧＦ−１Ｒ発現は、足場非依存性増殖において重要な役割を果たす。ＩＧＦ−１Ｒは、化学療法、放射線照射およびサイトカインによって誘導されるアポトーシスから細胞を保護することも示されている。逆に、ドミナントネガティブＩＧＦ−１Ｒ、三重らせん形成又はアンチセンス発現ベクターによる内在性ＩＧＦ−１Ｒの阻害は、インビトロにおいて形質転換活性を抑制し、動物モデルにおいて腫瘍増殖を抑制することが示されている。
【０００６】
タンパク質チロシンキナーゼの阻害剤は、哺乳動物の癌細胞の増殖の選択的阻害剤として有用であることが認められている。例えば、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合遺伝子産物のキナーゼ活性を阻害する２−フェニルピリミジンチロシンキナーゼ阻害剤であるＧｌｅｅｖｅｃＴＭ（イマチニブメシル酸塩としても知られている。）が、ＣＭＬの治療に対して、Ｕ．Ｓ．Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎにより承認されている。４−アニリノキナゾリン化合物ＴａｒｃｅｖａＴＭ（エルロチニブＨＣｌ）も、最近、ＦＤＡにより承認されており、高い効力でＥＧＦ受容体キナーゼを選択的に阻害する。ＩＧＦ−１Ｒのキナーゼ活性を直接阻害する化合物ならびにＩＧＦ−１Ｒの活性化を阻止することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ活性を低下させる抗体又はＩＧＦ−１Ｒ発現を阻止するアンチセンスオリゴヌクレオチドを抗癌剤として使用するための開発は、多大な研究努力が向けられている分野である（例えば、Ｌａｒｓｓｏｎ、Ｏ．ら（２００５）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ９２：２０９７−２１０１；Ｉｂｒａｈｉｍ、Ｙ．Ｈ．およびＹｅｅ、Ｄ．（２００５）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１１：９４４ｓ−９５０ｓ；Ｍｉｔｓｉａｄｅｓ、Ｃ．Ｓ．ら（２００４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５：２２１−２３０；Ｃａｍｉｒａｎｄ、Ａ．ら（２００５）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ７：Ｒ５７０−Ｒ５７９（ＤＯＩ  １０．１１８６／ｂｃｒ１０２８）；Ｃａｍｉｒａｎｄ、Ａ．およびＰｏｌｌａｋ、Ｍ．（２００４）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ９０：１８２５−１８２９；Ｇａｒｃｉａ−Ｅｃｈｅｖｅｒｒｉａ、Ｃ．ら（２００４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５：２３１−２３９参照）。
【０００７】
抗新生物薬は、非悪性細胞へのその毒性に対して広い治療指数で、癌細胞を選択的に死滅させることが理想的である。抗新生物薬はまた、その薬物に長時間曝露した後であっても、悪性細胞に対してその効力を保持する。残念ながら、現行の化学療法では、このような理想的な特性を有するものはない。むしろ、大分部の治療指数は非常に狭い。さらに、致死濃度をわずかに下回る化学療法剤に曝露された癌細胞は、このような薬剤に対して耐性を獲得することが非常に多く、いくつかのその他の抗腫瘍剤に対しても交差耐性を獲得することが多い。さらに、何らかの所定の癌タイプに対して、特定の治療に対してどの患者が反応する可能性があるかということを予測することは、タンパク質チロシンキナーゼ阻害剤などのより新しい遺伝子標的療法でも不可能であることが多く、従って、最も有効な療法を見出すために多大な試行錯誤を必要とし、患者に対して大きなリスクおよび不快感を与えることが多い。
【０００８】
従って、新生組織形成およびその他の増殖性障害に対するより効果的な治療およびどの腫瘍がどの治療に反応するかを判定するためのより有効な手段が求められている。既存薬物の治療効力を向上させるための戦略には、その投与スケジュールの変更が含まれ、その他の抗癌剤又は生化学的調節物質と併用したそれらの使用も含まれている。併用療法は、各薬剤単独の治療上妥当な用量を使用するより場合よりも、効力を向上させ、副作用を減少させ得る方法としてよく知られている。薬剤併用の効力が相加的である（併用の効力が各薬物単体の効果の合計とほぼ同等）場合もあるが、効果が相乗的である（併用の効力が、単独で投与された各薬物の効果の合計よりも大きい。）場合もある。標的特異的な治療アプローチは、一般に、従来の細胞毒製剤と比較して毒性が低く、従って、併用治療計画において、このようなアプローチが使用される。
【０００９】
いくつかのグループが、タンパク質チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ＥＧＦＲ阻害剤に対する患者の反応を予測するためのバイオマーカー候補を検討した（例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ２００４／０６３７０９、ＷＯ２００５／０１７４９３、ＷＯ２００４／１１１２７３およびＷＯ２００４／０７１５７２および米国特許出願公開ＵＳ２００５／００１９７８５号およびＵＳ２００４／０１３２０９７号参照）。しかし、このような阻害剤による患者の治療において実施する医師の指針となり得る診断又は予後試験は依然として存在しない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】国際公開第２００４／０６３７０９号
【特許文献２】国際公開第２００５／０１７４９３号
【特許文献３】国際公開第２００４／１１１２７３号
【特許文献４】国際公開第２００４／０７１５７２号
【特許文献５】米国特許出願公開第２００５／００１９７８５号明細書
【特許文献６】米国特許出願公開第２００４／０１３２０９７号明細書
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Ｂａｓｅｒｇａ  Ｒ．Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ．Ｒｅｓ．、２５３、１９９９年、ｐ．１−６
【非特許文献２】Ｌａｒｓｓｏｎ、Ｏ．他、Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ９２、２００５年、ｐ．２０９７−２１０１
【非特許文献３】Ｉｂｒａｈｉｍ、Ｙ．Ｈ．およびＹｅｅ、Ｄ．、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１１、２００５年、ｐ．９４４−９５０
【非特許文献４】Ｍｉｔｓｉａｄｅｓ、Ｃ．Ｓ．他、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５、２００４年、ｐ．２２１−２３０
【非特許文献５】Ｃａｍｉｒａｎｄ、Ａ．他、Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ７、２００５年、ｐ．Ｒ５７０−Ｒ５７９（ＤＯＩ  １０．１１８６／ｂｃｒ１０２８）
【非特許文献６】Ｃａｍｉｒａｎｄ、Ａ．およびＰｏｌｌａｋ、Ｍ．、Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ９０、２００４年、ｐ．１８２５−１８２９
【非特許文献７】Ｇａｒｃｉａ−Ｅｃｈｅｖｅｒｒｉａ、Ｃ．他、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５、２００４年、ｐ．２３１−２３９
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
従って、何らかの特定の癌患者に対する最適な治療様式を決定するための改良法は現在も非常に必要とされている。本発明は、腫瘍細胞が上皮から間葉への移行を起こしているか否かに基づいて、何れの腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に対して最も効果的に反応するか否かを決定するための方法（「ＥＭＴ」；Ｔｈｉｅｒｙ、Ｊ．Ｐ．（２００２）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ  ２：４４２−４５４；Ｓａｖａｇｎｅｒ、Ｐ．（２００１）Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ  ２３：９１２−９２３；Ｋａｎｇ  Ｙ．およびＭａｓｓａｇｕｅ、Ｊ．（２００４）Ｃｅｌｌ  １１８：２７７−２７９；Ｊｕｌｉｅｎ−Ｇｒｉｌｌｅ、Ｓ．ら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６３：２１７２−２１７８；Ｂａｔｅｓ、Ｒ．Ｃ．ら（２００３）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １３：１７２１−１７２７；Ｌｕ  Ｚ．ら（２００３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．４（６）：４９９−５１５）および癌患者のためのより有効な治療計画にこのような決定を取り込むために、このような阻害剤が、単一の薬剤として使用されるか又はその他の抗癌剤と組み合わされて使用されるかを決定するための方法を提供する。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による癌患者の治療の有効性を予測するための、診断および予後判定法を提供する。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性が、このような腫瘍細胞がＥＭＴを起こしているか否かに依存するという驚くべき発見に基づき、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を予測するための上皮および／又は間葉バイオマーカーを測定するために、方法を考案した。
【００１４】
従って、本発明は、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。
【００１５】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。
【００１６】
上記方法を組み込むＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による癌患者の治療のための改良法も提供される。従って、本発明は、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する。
【００１７】
さらに、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の反応性を予測する新しい上皮又は間葉バイオマーカーの同定のための方法が提供される。
【００１８】
従って、例えば、本発明は、新生物状態にある患者からの新生物細胞含有試料中の候補上皮バイオマーカーのレベルを測定することと、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態の治療の有効性との、患者からの試料中のこれらの候補上皮バイオマーカー間の相関性を同定することと、を含み、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態のより効果的な治療との上皮バイオマーカーの高レベルの相関性が、これらの上皮バイオマーカーがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態のより効果的な治療を診断することを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態のより効果的な治療を診断する上皮バイオマーカーを同定する方法をさらに提供する。
【００１９】
本発明は、（ａ）新生物状態のある患者からの新生物細胞含有試料中の候補間葉バイオマーカーのレベルを測定することと、（ｂ）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態の治療の有効性と患者由来の試料中のこれらの候補間葉バイオマーカーのレベルとの間の相関性を同定することと、を含み、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態の治療効果がより低いことと間葉バイオマーカーが高レベルであることとの相関性が、これらの間葉バイオマーカーがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による新生物状態の治療効果がより低いことを診断することを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での効果のより低い新生物状態の治療を診断する間葉バイオマーカーを同定する方法をさらに提供する。
【００２０】
さらに、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する、ＥＭＴを起こしている腫瘍細胞の感受性を修復する薬剤の同定のための方法も提供される。従って、例えば、本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とこれらの腫瘍細胞の試料を接触させることと、試験薬剤存在下でＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とこれらの腫瘍細胞の同一試料を接触させることと、試験薬剤の存在下および非存在下でＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤介在性増殖阻害を比較することと、試験薬剤が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の増殖の感受性を促進する薬剤であるか否かを判定することと、を含む、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の増殖の感受性を促進する薬剤の同定のための方法を提供する（これらの腫瘍細胞は、上皮間葉移行を既に起こしていることを特徴とする。）。
【００２１】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋの高レベル発現が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。
【００２２】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋの高レベル発現は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。
【００２３】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３の高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。
【００２４】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＨＥＲ３の高レベル発現は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物６６に対するＮＳＣＬＣ細胞株の感受性。
【図２】ＩＧＦ−１受容体阻害に対する感受性があるＮＳＣＬＣ株は、γ−およびα−カテニンについて観察される傾向と同じく、Ｅ−カドヘリンの発現レベルが上昇している。２つの別個の抗体とともにＥ−カドヘリン免疫ブロットを行い、同様の結果であった（データを示さない。）。化合物６６による増殖阻害に対して比較的感受性が低いＮＳＣＬＣ株は、間葉タンパク質ビメンチンおよび／又はフィブロネクチンを発現した。
【図３】〜５００ｍｍ３の体積までＳＣＩＤマウスにおいて皮下異種移植片としてＮＳＣＬＣ株を増殖させ、切除し、液体窒素中で瞬間凍結させた（１細胞株あたり４匹の動物）。腫瘍組織を凍結状態のまま粉砕し、界面活性剤で溶解させ、記載のようにＳＤＳ−ＰＡＧＥにかけ、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、Ｂｒｋ、フィブロネクチン、ビメンチンおよびＧＡＰＤＨに対する抗体で免疫ブロットにより調べた。インビトロの結果と一致して、Ｅ−カドヘリン発現は化合物６６感受性株に限定され、フィブロネクチンは比較的感受性が低い株に限定された。
【図４】免疫ブロットから、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害に対して最も感受性が高いＮＳＣＬＣ細胞株においてＢｒｋ発現レベルがより高いことが示される。
【図５】ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰは、腫瘍細胞増殖の阻害に対して広いスペクトル活性を示す。一連の２６種類の腫瘍細胞株に対する細胞増殖における３μＭ  ＰＱＩＰの効果を示す。これらの細胞株に対するＥＭＴ状態が示され、ＰＩ３Ｋにおいて既知の活性化突然変異を有する腫瘍細胞株に＊印を付す。ＥＭＴ状態は、本明細書において、ＣＤＨ１プロモーターのメチル化状態又はＣＤＨ１遺伝子転写抑制タンパク質（例えばＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１）の存在の何れかにより示される、ＣＤＨ１（Ｅ−カドヘリンをコードする遺伝子）の転写活性に従い定義される。転写抑制因子のメチル化又は高レベルのメチル化は、ＣＤＨ１の抑制と関連があり、従って間葉細胞の指標である。Ｃｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ  Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて細胞増殖を測定し、投与から７２時間後に測定を行った。データは最大腫瘍増殖阻害の％として表し、３回以上の独立した実験を代表するものである。
【図６】ｐＥｒｋは、ＮＳＣＬＣ、膵臓および結腸直腸腫瘍細胞においてＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する不感受性を予測する。ｐＥｒｋ１／２に対するウエスタンブロットを示すが、ｐＥｒｋシグナルは、ＥｒｋのｐＴ２０２／ｐＹ２０４に対する抗体を用いて捕捉される。３μＭ  ＰＱＩＰにより達成される最大増殖阻害も示す。影付きの細胞株名は、図５に対して上記で定義されるように、その細胞タイプでのＣＤＨ１遺伝子のＥＭＴ状態を示し、濃い文字は上皮腫瘍細胞を示し、薄い文字は間葉様腫瘍細胞を示す。
【図７−Ａ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｂ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｃ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｄ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｅ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｆ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｇ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｈ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｉ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｊ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｋ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｌ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｍ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｎ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｏ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｐ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｑ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｒ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｓ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｔ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｕ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図７−Ｖ】（Ａ−Ｕ）：上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）又は間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞タイプで上方制御又は下方制御される、細胞分画法および質量分析により同定されるタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後に細胞において減少し（即ち上皮マーカー）；（ｂ）ＥＭＴ後に細胞において増加し（即ち間葉マーカー）；（ｃ）ＥＭＴ後に細胞において混合性に増加し；（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞において減少し；（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞において増加し；（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において減少し；（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞において増加するものとして列挙される。次の分画：細胞質（Ｃｙｔｏ）；膜（Ｍｅｍ）；細胞表面（ＣＳ）；およびホスホチロシン含有分画において、基底（ｐＹ−Ｂ）；細胞の血清刺激後（ｐＹ−Ｓ）；および細胞のＥＧＦ刺激後（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）に、タンパク質レベルを評価した。「Ａｃｃ」は、指名されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号を指す。タンパク質比はｌｏｇ２値として表す。
【図８】Ｅ−カドヘリン遺伝子抑制因子タンパク質は間葉腫瘍細胞で上方制御され、Ｓｎａｉｌ、Ｓｉｐ１およびＺｅｂ１  ＲＮＡ転写レベルは、間葉膵臓腫瘍細胞Ｍｉａｐａｃａ−２およびＰａｎｅ１および上皮膵臓腫瘍細胞ＣＦＰＡＣ、ＨＰＡＣおよびＢＸＰＣ３においてＲＴ−ＰＣＲによりを調べた。
【図９】ＨＥＲ３の高レベル発現は、一連の２８種類の腫瘍細胞株におけるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する感受性を予測する。抗ＨＥＲ３抗体を用いた細胞抽出物の免疫ブロッティング分析によりＨｅｒ３発現を調べた。ＨＥＲ３発現細胞を（＋）により示し、ＨＥＲ３が検出可能ではない細胞は（−）で示す。ＰＩ３Ｋにおいて既知の活性化突然変異を有する腫瘍細胞株に＊印を付す。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
動物における「癌」という用語は、制御されない増殖、不死、転移能、急速な成長および増殖速度およびある種の特徴的な形態特性など、発癌細胞の典型的な特性を有する細胞の存在を指す。癌細胞は、腫瘍の形態であることが多いが、このような細胞は、動物内に単独で存在し得るか又は白血病細胞などの独立細胞として血流中を循環し得る。
【００２７】
本明細書中で使用される場合、「異常な細胞増殖」とは、別段の記載がない限り、正常な制御機構（例えば接触阻止の喪失）とは独立である細胞増殖を指す。これには、（１）変異チロシンキナーゼの発現又は受容体チロシンキナーゼの過剰発現によって増殖する腫瘍細胞（腫瘍）、（２）異常なチロシンキナーゼ活性化が起こるその他の増殖性疾患の良性および悪性細胞、（４）受容体チロシンキナーゼによって増殖するあらゆる腫瘍、（５）異常なセリン／スレオニンキナーゼ活性化によって増殖するあらゆる腫瘍および（６）異常なセリン／スレオニンキナーゼ活性化が起こるその他の増殖性疾患の良性および悪性細胞、の異常な増殖が含まれる。
【００２８】
本明細書中で使用される場合、「治療する」という用語は、別段の記載がない限り、患者における腫瘍、腫瘍転移もしくはその他の発癌細胞もしくは新生腫瘍細胞の進行を逆転、緩和、阻害すること、又は腫瘍、腫瘍転移もしくはその他の発癌細胞もしくは新生腫瘍細胞の増殖を部分的もしくは完全に抑制することを意味する。本明細書で使用される場合、「治療」という用語は、別段の記載がない限り、治療行為を指す。
【００２９】
「治療方法」という句又はその等価物は、例えば癌に適用されるとき、動物における癌細胞数を減少させるかもしくは消失させるように又は癌の症候を緩和するために設計される行為の手順もしくは過程を指す。癌又は別の増殖性障害の「治療方法」は、癌細胞もしくはその他の障害が実際に除去されること、細胞数もしくは障害が実際に抑制されること、又は癌もしくはその他の障害の症候が実際に軽減されることを必ずしも意味しない。癌を治療する方法は、成功の可能性が低い場合でも実施されるが、動物の病歴および推定余命を考慮して、それでも全体として有益な方針と考えられるものであることが多い。
【００３０】
「治療的有効薬」という用語は、研究者、獣医師、医師又はその他の臨床家によって求められる、組織、系、動物又はヒトの生物学的又は医学的反応を誘発する組成物を意味する。
【００３１】
「治療的有効量」又は「有効量」という用語は、研究者、獣医師、医師又はその他の臨床家によって求められる、組織、系、動物又はヒトの生物学的又は医学的反応を誘発する対象化合物又は組み合わせの量を意味する。
【００３２】
以下の本明細書の実施例に示すデータから、細胞培養又はインビボの何れかで増殖したＮＳＣＬＣ細胞などの腫瘍細胞は、それらが上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしたか否かに依存して、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対してある範囲の感受性を示すことが示される。ＥＭＴ前には、腫瘍細胞は、化合物６６（強力で（約５０ｎＭのＩＣ５０）ＩＧＦ−１Ｒ選択的な低分子量ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤）などのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対して非常に感受性が高いが、ＥＭＴを起こした腫瘍細胞は、このような化合物による阻害に対する感受性がかなり低い。このデータから、ＥＭＴが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の感受性レベルを決定する「全般的な生物学的スイッチ」であり得ることが示される。ＥＭＴ現象の前に又はそれに続いて、腫瘍細胞によって発現される、細胞に特徴的である、バイオマーカーのレベルを測定することによって、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の感受性レベルを評価できることが明らかになった。例えば、Ｅ−カドヘリンなどの上皮バイオマーカーの腫瘍細胞発現レベルが高いことは、細胞がＥＭＴをまだ起こしていないことを示し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する高感受性と相関する。逆に、ビメンチン又はフィブロネクチン、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１又はＳｉｐ１などの間葉バイオマーカーの腫瘍細胞発現レベルが高いことは、細胞がＥＭＴを起こしていることを示し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する低感受性と相関する。細胞のＥＭＴ状態の代替的指標は、転写抑制の指標である、Ｅ−カドヘリン遺伝子（ＣＨＤ１）プロモーターのメチル化状態である。ＣＤＨ１プロモーターメチル化は、腫瘍細胞が、ＥＭＴ移行を起こしていることを示す。本明細書中のデータから、ＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性の程度は、ＣＤＨ１遺伝子のメチル化状態と相関し、ＣＤＨ１プロモーターのメチル化が低いか又はないことが観察される腫瘍細胞は、ＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性が顕著に高いことを示す。さらに、腫瘍細胞の上皮又は間葉状態およびそれに続いて起こる、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性に関する情報を提供するために、形態計測細胞分析を使用することができる。従って、最後に、本明細書中で与えられるデータから、腫瘍細胞におけるｐＥｒｋレベルは、ＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために使用することができ、ｐＥｒｋレベルが低いほど、ＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性が高いことを予測し、腫瘍細胞におけるＨＥＲ３又はｐＨＥＲ３のレベルはＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために使用することができ、ＨＥＲ３又はｐＨＥＲ３レベルが高いほど、ＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性が高いと予測する。従って、これらの知見は、腫瘍増殖に対するＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の効果を予測するための価値ある新しい診断法の基礎を形成し得、患者に対して最も適切な治療を選択するのに役立つさらなるツールを腫瘍専門医に提供し得る。
【００３３】
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。上皮バイオマーカーの好ましい例には、Ｅ−カドヘリンおよびＢｒｋ（即ちＰＴＫ−６）が含まれる（表１参照）。本発明の方法で利用することができる上皮バイオマーカーの追加の例には、γ−カテニン（即ちジャンクションプラコグロビン）、α−カテニン（即ちα１、α２又はα３カテニン）、ケラチン８およびケラチン１８（表１参照）が含まれる。
【００３４】
本発明はまた、腫瘍細胞によって発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。間葉バイオマーカーの好ましい例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる（表１参照）。本発明の方法で利用することができる間葉バイオマーカーのさらなる例には、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリンおよび胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチンが含まれる（表１参照）。
【００３５】
本発明の実施において、好ましい上皮バイオマーカーを用いて、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性が高い腫瘍細胞における発現レベルは、一般に、検出に対して例えば特異的抗バイオマーカー抗体を用いて、バイオマーカーを極めて容易に検出可能であるような高いレベルである。好ましい上皮バイオマーカーを用いた場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して比較的不感受性である腫瘍細胞における発現レベルは、一般に、バイオマーカーが類似の手順を用いて検出されたとしてもわずかであるような低いレベルである（例えば、以下の本明細書の実施例に記載のデータにおいて、図２および３の感受性の高い腫瘍細胞と比較的不感受性の腫瘍細胞との間のＥ−カドヘリンレベルを比較）。
【００３６】
しかし、その他のそれほど好ましくない上皮バイオマーカーの場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して比較的感受性が低い腫瘍細胞におけるバイオマーカー発現レベルは、容易に検出可能であり得るが、それでも、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性が高い腫瘍細胞よりもかなり低い発現レベルである（例えば、以下の本明細書の実施例に記載のデータにおいて、図２の感受性の比較的低い腫瘍細胞ＳＷ１５７３と、感受性の高い腫瘍細胞Ｈ４４１、Ｈ３５８およびＨ２９２に対するα−カテニンレベルを比較）。
【００３７】
同様に、本発明の実施において、好ましい間葉バイオマーカーを用いた場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性の比較的低い腫瘍細胞における発現レベルは、一般に、例えば特異的抗バイオマーカー抗体を検出に用いてバイオマーカーを極めて容易に検出することができるような高いレベルである。好ましい間葉バイオマーカーを用いた場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性の比較的高い腫瘍細胞における発現レベルは、一般に、類似の手順を用いてバイオマーカーが検出されたとしてもわずかであるような低いレベルである（例えば、以下の本明細書の実施例に記載のデータにおいて、図２および３の感受性の高い腫瘍細胞と感受性の比較的低い腫瘍細胞との間のフィブロネクチン又はビメンチンレベルを比較）。
【００３８】
また、その他のそれほど好ましくない間葉バイオマーカーの場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性が比較的高い腫瘍細胞におけるバイオマーカー発現レベルは、容易に検出可能であり得るが、それでも、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性の比較的低い腫瘍細胞よりもかなり低い発現レベルである。
【００３９】
何らかの所定の上皮又は間葉バイオマーカーの場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性が比較的低い腫瘍細胞と感受性の高い腫瘍細胞と間の発現レベルの範囲は、例えば、本明細書に記載のような腫瘍細胞パネル上で試験することによって（例えば図２）、又は腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤（例えば化合物６６）に対してある範囲の感受性を示す患者からの腫瘍生検で試験することによって、当業者により容易に評価され得る。
【００４０】
本発明に関連して、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性の比較的低い腫瘍細胞の割合が比較的小さい場合、単一のバイオマーカーレベルのみを評価するときには、腫瘍細胞によって発現される上皮又は間葉バイオマーカーのレベルを評価することを含む、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための上記方法では、腫瘍細胞増殖が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対して感受性が高いと誤って予測される恐れがある。例えば、以下の本明細書の実施例に記載されるデータにおいて、Ｈ４６０腫瘍細胞における上皮バイオマーカーγ−カテニンおよびα−カテニンのレベル又はＨ４６０細胞における間葉バイオマーカービメンチンのレベルにより、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性が高いことが誤って予測される（図２参照）。従って、このような誤った予測に基づいて、医師がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いて治療する患者数は少数となり得、その腫瘍は、阻害剤に対して感受性がない可能性がある。しかし、腫瘍細胞の大多数（例えば、以下の本明細書の実施例に記載のデータから、少なくとも９０％）では、単一のバイオマーカー発現レベルの評価によって、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性レベルが正確に予測されると期待される。
【００４１】
さらに、本発明に関連して最も重要なことには、上記方法によって試験した場合（単一のバイオマーカーレベルのみを評価する場合）、腫瘍細胞増殖がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対して不感受性であるという誤った予測を与える、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して感受性が高い腫瘍細胞は見出されなかった。従って、本明細書に記載の試験方法を利用することによって、患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療から利益を得ることができる場合に、医師がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療を差し控えることはないはずである。
【００４２】
さらに医薬分野の当業者は、特に診断テストおよび治療用物質による治療の適用に関して、生体系はある程度可変であり、必ずしも完全に予測可能ではなく、従って多数の良好な診断テスト又は治療用物質が無効である場合もあることを認識している。従って、試験結果、患者の状態および病歴および主治医自身の経験に基づき、個々の患者に最適な治療コースを決定するのは、最終的には主治医の判断による。例えば、診断テストから又はその他の基準からのデータに基づき、腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して特に感受性が高いと予測されない場合でも、特に、その他の明白な治療選択肢の全部もしくは大部分が役に立たない場合、又は別の治療と併用したときにある相乗作用が予測される場合には、医師がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いて患者を治療することを選択する場合もあり得る。化合物のクラスとしてのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、癌治療で使用されるより伝統的な化学療法又は細胞毒性薬などの多数のその他の抗癌剤と比べて、比較的耐容性が良好であることから、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はより実行可能な選択肢になっている。また、本明細書中で開示されるバイオマーカーが、腫瘍を有するどの患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤から最も利益を受ける可能性があるかを予測すると同時に、より穏やかな効果が期待されるはずである、最適のバイオマーカー特徴のない腫瘍を有する患者が利益を受けないということを必ずしも意味するわけではないことに注意されたい。
【００４３】
Ｅ−カドヘリンなどの本発明における使用に適切な上皮バイオマーカーの好ましい例は、上記方法において使用した場合（単一のバイオマーカーレベルのみを評価する場合）、誤った予測をもたらさない。
【００４４】
さらに、本発明は、複数のバイオマーカーレベルの腫瘍細胞での発現レベルの同時評価を利用するさらなる方法も提供する。（以下に記述する）これらの方法の好ましい実施形態において、単一のバイオマーカー発現レベルを評価する上記方法のいくつかの場合と同様に、誤った予測レベルはない。
【００４５】
従って、本発明は、腫瘍細胞により発現される１以上の（又は一連の）上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、評価される腫瘍細胞上皮バイオマーカー全ての同時に起こる高発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。本発明のある好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンおよびＢｒｋを含み、２種類の腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高発現レベルは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンおよびγ−カテニンを含み、２種類の腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高発現レベルは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。２つの後者の好ましい実施形態において、両バイオマーカーの高発現レベルが高感受性を示すために必要とされることに注意すること。
【００４６】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される１以上の（又は一連の）間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、評価される腫瘍細胞間葉バイオマーカーの全ての同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、間葉バイオマーカーはビメンチンおよびフィブロネクチンを含み、この場合、この２種類の腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。後者の好ましい実施形態において、両バイオマーカーの低発現又は検出不可能な発現が高感受性を示すのに必要とされることに注意されたい。
【００４７】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＢｒｋを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含み、間葉バイオマーカーはビメンチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはγ−カテニンを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。
【００４８】
本発明はまた、腫瘍の細胞により発現される１以上の（又は一連の）上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することと、を含み、評価される腫瘍細胞上皮バイオマーカーの全ての同時に起こる高発現レベルは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンおよびＢｒｋを含み、この場合、この２種類の腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンおよびγ−カテニンを含み、この場合、２種類の腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。２つの後者の好ましい実施形態において、両バイオマーカーの高発現レベルが高感受性を示すのに必要とされることに注意されたい。
【００４９】
本発はまた、腫瘍細胞により発現される１以上の（又は一連の）間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することと、を含み、評価される腫瘍細胞間葉バイオマーカーの全ての同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、間葉バイオマーカーはビメンチンおよびフィブロネクチンを含み、この場合、この２種類の腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。後者の好ましい実施形態において、両バイオマーカーの低発現又は検出不可能な発現が高感受性を示すのに必要とされることに注意されたい。
【００５０】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＢｒｋを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含み、間葉バイオマーカーはビメンチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはγ−カテニンを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。
【００５１】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される１以上の（又は一連の）上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの全ての同時に起こる高発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍と相関する、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンおよびＢｒｋを含み、この場合、この２種類の腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍と相関する。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンおよびγ−カテニンを含み、この場合この２種類の腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍と相関する。２つの後者の好ましい実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を示すのに両バイオマーカーの高発現レベルが必要とされることに注意されたい。
【００５２】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される１以上の（又は一連の）間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの全ての同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍と相関する、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、間葉バイオマーカーはビメンチンおよびフィブロネクチンを含み、この場合、この２種類の腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍と相関する。後者の好ましい実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を示すために、両バイオマーカーの低発現又は検出不可能な発現が必要とされることに注意されたい。
【００５３】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍と相関する、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。本発明のある好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＢｒｋを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含み、間葉バイオマーカーはビメンチンを含む。本発明の別の好ましい実施形態において、上皮バイオマーカーはγ−カテニンを含み、間葉バイオマーカーはフィブロネクチンを含む。
【００５４】
本発明の方法の関連において、腫瘍細胞により発現される上皮又は間葉バイオマーカーは、腫瘍細胞の移行状態を示す分子および細胞マーカーを含み得る。好ましい実施形態において、バイオマーカーは、腫瘍の特定の移行状態、即ち上皮もしくは間葉特性を示す腫瘍に特徴的な個々のマーカータンパク質又はそれをコードするｍＲＮＡである。代替的な実施形態において、ある種の状況において、バイオマーカーは、上皮状態又は間葉状態の何れかに特徴的である細胞の巨大分子によって、腫瘍細胞中に形成される特徴的な形態学的パターンであり得る。従って、腫瘍細胞の上皮又は間葉状態およびそれに続く、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性に関する情報を提供するために、形態計測的細胞分析を使用することができる。さらなる好ましい実施形態において、腫瘍細胞の移行状態を示すバイオマーカーはＥ−カドヘリン遺伝子（ＣＤＨ１）プロモーターのメチル化である。ＣＤＨ１プロモーターメチル化は、腫瘍細胞がＥＭＴ移行を起こしていることを示す。
【００５５】
【表１】
2011501660.tif 000003
【００５６】
表１に、本明細書中に記載の本発明の方法の実施において使用することができる上皮又は間葉分子バイオマーカーの例をコードする遺伝子を列挙する。上皮又は間葉分子バイオマーカーは、これらの遺伝子（これらの変異体を含む）により発現されるあらゆる産物、例えば、発現ｍＲＮＡ又はタンパク質、スプライス変異体、同時翻訳および翻訳後修飾タンパク質、多形変異体など、を含み得る。ある実施形態において、バイオマーカーは、フィブロネクチン１遺伝子により発現されるスプライス変異体である胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチンである（Ｋｉｌｉａｎ、Ｏ．ら（２００４）Ｂｏｎｅ  ３５（６）：１３３４−１３４５）。フィブロネクチンのこの胚型を決定するということに対する考えられる利点は、間葉様腫瘍を周囲の間質組織から容易に区別することができることである。さらなる実施形態において、バイオマーカーは、ヒト遺伝子産物の動物ホモローグであり得る（例えば、イヌ、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、サル、類人猿由来など）。
【００５７】
本発明に記載の本発明の方法の何れかの別の実施形態において、本方法で使用される間葉バイオマーカーは、ヒト転写抑制因子Ｓｎａｉｌ（ＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ６６１５）、Ｚｅｂ１（ＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ６９３５）、Ｔｗｉｓｔ（ＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ７２９１）、Ｓｉｐ１  ＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ８４８７）およびＳｌｕｇ（ＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ６５９１）から選択される。さらなる実施形態において、転写抑制因子バイオマーカーは、ヒト遺伝子産物の動物ホモローグ（例えばイヌ、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、サル、類人猿由来など）であり得る。
【００５８】
従って、本発明は、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞による間葉バイオマーカーの高レベル発現がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、間葉バイオマーカーがＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞はＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００５９】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される２以上の間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞による間葉バイオマーカーの何れか１つの高レベル発現がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、この２以上の間葉バイオマーカーがＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。この方法において、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇのうちただ１つの発現から、それらが（例えばＥ−カドヘリン遺伝子の）転写抑制因子として作用する能力においてこれらの遺伝子により発現されるタンパク質が互いに競合する能力により、間葉細胞タイプへの移行およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性が示され得る。
【００６０】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される１以上の間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、評価される腫瘍細胞間葉バイオマーカーの全ての同時に起こる低発現レベル又は検出不可能な発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、間葉バイオマーカーの少なくとも１つがＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。ある実施形態において、「１以上の間葉バイオマーカー」は、ビメンチンおよび、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される間葉バイオマーカを含む。別の実施形態において、「１以上の間葉バイオマーカー」は、フィブロネクチンおよび、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される間葉バイオマーカーを含む。本発明の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００６１】
バイオマーカーＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１又はＳｌｕｇが調べられる本明細書に記載の本発明の方法の何れかの実施形態において、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１又はＳｌｕｇバイオマーカーのレベルを評価するために、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１又はＳｌｕｇ  ｍＲＮＡ転写レベルのレベルを調べる。
【００６２】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、間葉バイオマーカーはＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、上皮バイオマーカーはＥ−カドヘリンを含む。本発明の別の実施形態において、上皮バイオマーカーはＢｒｋを含む。本発明の別の実施形態において、上皮バイオマーカーはγ−カテニンを含む。本発明の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００６３】
本発明はまた、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し：ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含み、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階が、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される１以上の間葉バイオマーカーのレベルを評価することを含む、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法を使用することにより行われる、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。本方法のある実施形態において、「ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法」は、本明細書中に記載のような、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇから選択される１以上の間葉バイオマーカーのレベルを評価することを含む、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法の何れかから選択される。本方法の別の実施形態において、１以上のさらなる抗癌剤は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤と同時に又は逐次的に併用投与される。本発明の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００６４】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、間葉バイオマーカーが、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子のプロモーターのメチル化である、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法に関連して、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高レベルは、基本的に、プロモーターの容易に検出可能なメチル化（例えば、プロモーターメチル化部位由来のメチル化特異的ＰＣＲ増幅核酸産物の検出中の強いシグナル）を意味し、一方で腫瘍細胞間葉バイオマーカーが低レベルであることは、基本的に、プロモーターのメチル化が検出不可能であること又はメチル化レベルが低いこと（例えばプロモーターメチル化部位由来のメチル化特異的ＰＣＲ増幅核酸産物の検出中、シグナルがないか又は比較的低い。）を意味する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子は、Ｅ−カドヘリン遺伝子である（即ちＣＤＨ１；ＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ９９９）。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子は、γ−カテニン遺伝子である（即ちＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ３７２８）。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子はα−カテニン遺伝子である（例えばＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ１４９５、１４９６又は２９１１９）。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子は、サイトケラチン遺伝子である（例えばＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ３８５６（ケラチン８）又は３８７５（ケラチン１８））。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００６５】
本発明はまた、腫瘍細胞が上皮−間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含み、腫瘍細胞が上皮−間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階が、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することにより行われ、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、間葉バイオマーカーが腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子のプロモーターのメチル化である、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞でのＥＭＴの結果として転写が抑制される遺伝子は、Ｅ−カドヘリン遺伝子（即ちＣＤＨ１）である。本方法の別の実施形態において、１以上のさらなる抗癌剤は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤と同時に又は逐次的に併用投与される。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００６６】
本発明はまた、本明細書中に記載のＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療のあらゆる方法を提供し、記載のような方法は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を患者に投与する段階の前に、患者の腫瘍におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２（即ちインスリン様成長因子１および／又は２）のレベルの評価というさらなる段階が含まれる。ＩＧＦ−１Ｒはリガンド（即ちＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２）結合においてのみ活性化されることが報告されているので、腫瘍においてＩＧＦ−１Ｒリガンドが存在しない場合、本発明の方法の１以上が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害にそれが感受性があるはずであることを予測するとしても、腫瘍細胞は、このような環境下で、増殖および生存に対するＩＧＦ−１Ｒシグナル伝達経路に依存し得ず、従って、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はおそらく有効な治療ではない。多くの腫瘍は、腫瘍細胞それ自身由来、腫瘍中に存在する間質細胞由来又は非腫瘍細胞（例えば肝臓細胞）由来の血管系を介したものであり得る、ＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２を高レベル発現することが分かっている（Ｐｏｌｌａｃｋ、Ｍ．Ｎ．ら（２００４）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｃａｎｃｅｒ  ４：５０５−５１８）。ＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２レベルの評価は、例えばバイオマーカーレベルの評価、例えばＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２タンパク質レベルの免疫アッセイ判定；ＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２ｍＲＮＡ転写レベルの判定のための本明細書中に記載の方法の何れかなど、当技術分野で公知の何らかの方法によって行われ得る。代替的な実施形態において、患者の腫瘍におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２（即ちインスリン様成長因子１および／又は２）のレベルの評価の段階は、患者の血液又は血清中のＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２（即ちインスリン様成長因子１および／又は２）のレベルの評価の段階と置換され得る。この代替法は、腫瘍におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２のレベルの直接的測定を通じたものではなく、腫瘍におけるＩＧＦ−１Ｒに対するリガンドの潜在的利用可能性の指標を与えることができ、より単純で安価な試験である。ＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２のこの間接的評価の潜在的欠点は、腫瘍細胞それ自身又は腫瘍中の間質細胞の何れかによりＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２が腫瘍において局所的に産生される場合、腫瘍におけるリガンドレベルの真の指標を与えることができないということである。
【００６７】
従って、本発明は、腫瘍細胞が上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしているか否かを評価することにより、例えば腫瘍細胞により発現される上皮および／又は間葉バイオマーカーを評価することにより、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（上皮バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、間葉バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する。）；患者の腫瘍（又は血液もしくは血清）におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２レベルを評価し；患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断され、腫瘍がＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２を有すると判定された場合（又は血液もしくは血清レベルが、腫瘍細胞に対するＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２の潜在的利用可能性を示す。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法を提供する。さらなる実施形態において、腫瘍細胞が上皮−間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を評価するための、本明細書中に記載のような１以上のその他のバイオマーカー（例えばｐＥｒｋ、ＨＥＲ３、ｐＨＥＲ３）を評価する段階により置き換えることができる。あるいは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を評価するためのこれらの１以上のその他のバイオマーカーの評価は、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かの評価に加えて行うことができる。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために複数のバイオマーカーが評価される方法において、患者は、方法の少なくとも１つにより潜在的感受性が示される場合に、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性がある可能性があると診断される。
【００６８】
本発明はまた、腫瘍細胞が上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしているか否かを示すバイオマーカーのレベルを評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し；患者の腫瘍におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２のレベルを評価し；患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に反応性である可能性があると診断され、腫瘍がＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２を有すると判定された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。
【００６９】
本発明はまた、ｐＥｒｋ、ＨＥＲ３およびｐＨＥＲ３から選択されるバイオマーカーのレベルを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し；患者の腫瘍におけるＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２のレベルを評価し；患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に反応性がある可能性があると診断され、腫瘍がＩＧＦ−１および／又はＩＧＦ−２を有すると判定された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。
【００７０】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍と相関し、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニ���ト１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎおよびホスホ−ＳＨＣ１から選択される、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。上皮バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなくタンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化の変化レベルはまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化レベルの変化によるものであるとも理解される。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はＯＳＩ−９０６を含む。
【００７１】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対する反応性がより低い腫瘍と相関し、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１.３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、ア���チル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−ＲｏｎおよびＳＨＣ１から選択される、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。間葉バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなくタンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化の変化レベルはまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化レベルの変化によるものであるとも理解される。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はＯＳＩ−９０６を含む。
【００７２】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、���ンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン１、ラミニンα−５およびＳＴ１４から選択され、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ＣＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ���連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−ＲｏｎおよびＳＨＣ１から選択されるか、又はあるいは、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチ��７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ
、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎおよびホスホ−ＳＨＣ１から選択され、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストン１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストン１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトク��ムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３およびエピモルフィンから選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はＯＳＩ−９０６を含む。
【００７３】
本発明の方法の何れかにおいて使用され得るさらなる上皮マーカーの例には、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、��イソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン１、ラミニンα−５およびＳＴ１４が含まれる（表１および図７参照）。上皮バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなく、タンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化のレベル変化はまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化のレベルの変化によるものであると理解される。
【００７４】
本発明の方法の何れかにおいて使用され得るさらなる間葉マーカーの例には、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィン��ータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３およびエピモルフィンが含まれる（表１および図７参照）。間葉バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなく、タンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化のレベル変化はまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化のレベルの変化によるものであると理解される。
【００７５】
本発明の方法の何れかで使用され得るが腫瘍細胞型（例えばＨ１７０３細胞）の一部での使用に限定されると思われる、さらなる上皮バイオマーカーには、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌα、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン−１、ホスホ−４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）および腫瘍タンパク質Ｄ５４が含まれる。上皮バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなく、タンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化のレベル変化はまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化のレベルの変化によるものであると理解される。
【００７６】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍と相関し、上皮バイオマーカーが、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌα、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン−１、ホスホ−４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択される、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。
【００７７】
本発明の方法の何れかで使用され得るが腫瘍細胞型の一部での使用に限定されると思われる（例えばＨ１７０３細胞）さらなる間葉バイオマーカーには、ホスホ−α−インターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンテターゼ、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、ホスホ−ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ−活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモローグ２、ホスホ−ＥＲＫ−２、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、ホスホ−ＰＤＧＦ−Ｒ−α、ホスホ−プロゲステロン−誘導性阻止因子１、ピリン、プロフィリン−１、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、ホスホ−ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルへキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼおよびジキシンが含まれる。間葉バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなく、タンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化のレベル変化はまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化のレベルの変化によるものであると理解される。
【００７８】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対する反応性がより低い腫瘍と相関し、間葉バイオマーカーが、ホスホ−α−インターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンテターゼ、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、ホスホ−ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ−活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモローグ２、ホスホ−ＥＲＫ−２、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、ホスホ−ＰＤＧＦ−Ｒ−α、ホスホ−プロゲステロン誘導性阻止因子１、ピリン、プロフィリン−１、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、ホスホ−ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルへキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼおよびジキシンから選択される、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。
【００７９】
本発明の方法の何れかで使用され得るが、腫瘍細胞型（例えばＣａｌｕ６細胞）の異なる一部での使用に限定されると思われるさらなる上皮バイオマーカーには、１４−３−３β／α、ホスホ−Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、フィラミンＡ、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ホスホ−パキシリン、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼおよびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼが含まれる。上皮バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなく、タンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化のレベル変化はまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化のレベルの変化によるものであると理解される。
【００８０】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍と相関し、上皮バイオマーカーが、１４−３−３β／α、ホスホ−Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、フィラミンＡ、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ホスホ−パキシリン、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼおよびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択される、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。
【００８１】
本発明の方法の何れかで使用され得るが、腫瘍細胞型の異なる一部（例えばＣａｌｕ６細胞）での使用に限定されると思われるさらなる間葉バイオマーカーには、酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合Ａｒａｌａｒ２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラボタンパク質、脂肪酸−結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ−結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋ−グルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、ホスホ−ロイパキシン、ミリストイル化アラニンリッチＣ−キナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、ホスホ−Ｃ−ｒｅｔおよびＳＴＡＴ３が含まれる。間葉バイオマーカーがリン−「タンパク質」である場合、タンパク質それ自身のレベルではなく、タンパク質のリン酸化の程度が、ＥＭＴ後に変化するパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化のレベル変化はまた、タンパク質の１以上のチロシン残基のリン酸化のレベルの変化によるものであると理解される。
【００８２】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に対する反応性がより低い腫瘍と相関し、間葉バイオマーカーが、酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合Ａｒａｌａｒ２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラボタンパク質、脂肪酸−結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ−結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋ−グルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、ホスホ−ロイパキシン、ミリストイル化アラニンリッチＣ−キナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、ホスホ−Ｃ−ｒｅｔおよびＳＴＡＴ３から選択される、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法も提供する。
【００８３】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３���タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン１、ラミニンα−５、ＳＴ１４、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌα、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン−１、ホスホ−４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎ��ＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ホスホ−α−インターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンテターゼ、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、ホスホ−ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ−活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモローグ２、ホスホ−ＥＲＫ−２、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、ホスホ−ＰＤＧＦ−Ｒ−α、ホスホ−プロゲステロン−誘導性阻止因子１、ピリン、プロフィリン−１、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、ホスホ−ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルへキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼおよびジキシンから選択されるか、又はあるいは、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴ��シンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク
質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ−様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌα、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン−１、ホスホ−４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依��性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３、エピモルフィン、ホスホ−α−インターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンテターゼ、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、ホスホ−ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ−活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモローグ２、ホスホ−ＥＲＫ−２、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、ホスホ−ＰＤＧＦ−Ｒ−α、ホスホ−プロゲステロン−誘導性阻止因子１、ピリン、プロフィリン−１、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、ホスホ−ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルへキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼおよびジキシンから選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はＯＳＩ−９０６を含む。
【００８４】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ−カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、���ンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、Ｅ−カドヘリン、Ｂｒｋ、γ−カテニン、α１−カテニン、α２−カテニン、α３−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラタフィン１、ラミニンα−５、ＳＴ１４、１４−３−３β／α、ホスホ−Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、フィラミンＡ、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ホスホ−パキシリン、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼおよびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７−様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ��）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−Ｆｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合Ａｒａｌａｒ２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラボタンパク質、脂肪酸−結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ−結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋ−グルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、ホスホ−ロイパキシン、ミリストイル化アラニンリッチＣ−キナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、ホスホ−Ｃ−ｒｅｔおよびＳＴＡＴ３から選択されるか、又はあるいは、上皮バイオマーカーが、ホスホ−１４−３−３ε、１４−３−３γ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３σ（ストラチフィン（Ｓｔｒａｔｉｆｉｎ））、１４−３−３ζ／δ、ホスホ−セリン／スレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ホスホ−ＣＲＫ−結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、ホスホ−Ｐ−カドヘリン、ホスホ��カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン−２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン−１、カルパイン小サブユニット１、カテニンβ−１、カテニンδ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、ホスホ−ＤＡＺ−結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、ダイアファナス関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−δ、ホスホ−ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、ホスホ−焦点接着キナーゼ１、ホスホ−ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、ホスホ−ＧＲＢ−２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩα、ホスホ−ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−α、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンα−６、インテグリンβ−４、ホスホ−サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、α、タンパク質キナーゼＣ、δ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、ホスホ−エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２ｌｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＡ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン−３結合タンパク質、ホスホ−ＬＩＮ−７ホモローグＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、ホスホ−Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合血統白血病タンパク質２、モノカルボン酸トランスポーター４、ホスホ−Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン−９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ、ニバン様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、ホスホ−オクルディン、ユビキチンチオールエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢβサブユニット、ホスホ−区画−欠損型（ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ−ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）３（ＰＡＲ−３）、ホスホ−プログラム細胞死６−結合タンパク質、ホスホ−プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼ、ホスホ−プラコフィリン−２、ホスホ−プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化因子複合体サブユニ
ット１、プロサイモシンα、レチノイン酸誘導性タンパク質３、ホスホ−ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ａ、ホスホ−Ｓｅｃ２３Ｂ、ライソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、ホスホ−アンプラキシン（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、γ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質１、腫瘍カルシウムシグナル伝達物質２、トランスゲリン−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンβ−２鎖、翻訳調節（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、ホスホ−ｐ６１−Ｙｅｓ、ホスホ−密着結合タンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ホスホ−ＡＴＰシンターゼβ鎖、ホスホ−ＡＴＰシンターゼδ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラキンＩＩＩ、プレクチン１、ホスホ−ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ、ホスホ−ＳＨＣ１、１４−３−３β／α、ホスホ−Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（Ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、脳酸可溶性タンパク質１、ホスホ−カベオリン−１、フィラミンＡ、ホスホ−ｐ３８α、ヌクレオシドジホスフェートキナーゼＢ、ホスホ−パキシリン、ホスホ−チロシン−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンテターゼおよびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、間葉バイオマーカーが、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ−様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロン調節因子−２、ホスホ−水疱性類天疱瘡抗原、ホスホ−タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、ホスホ−クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨ−ｂｏｘタンパク質９、基本ホモローグのホスホ−エンハンサー（ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｒｕｄｉｍｅｎｔａｒｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ホスホ−フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、ホスホ−ヒストンＨ１．０、ホスホ−ヒストンＨ１．２、ホスホ−ヒストンＨ１．３、ホスホ−ヒストンＨ１．４、ホスホ−ヒストンＨ１．５、ホスホ−ヒストンＨ１ｘ、ホスホ−ヒストンＨ２ＡＦＸ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｏ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｑ、ホスホ−ヒストンＨ２Ａ．ｚ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、ホスホ−ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、ホスホ−ヒストンＨ４、ホスホ−ＨＭＧ−１７様３、ホスホ−ＨＭＧ−１４、ホスホ−ＨＭＧ−１７、ホスホ−ＨＭＧＩ−Ｃ、ホスホ−ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、ホスホ−甲状腺受容体結合タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、ホスホ−ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンβ−３、ｃＡＭＰ−依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、ホスホ−ラミニンα−３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン−１、ホスホ−��ｅｚ１、ヒアルロナン結合タンパク質１、ホスホ−微小管−アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン−３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン−１０、ホスホ−Ｎ−アシルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、ホスホ−ＮＨＰ２−様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リンタンパク質ｐ１３０、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｎｏｖａ−２、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、ホスホ−ポリアデニル酸−結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン−２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト−結合タンパク質１、パラサイモシン、Ｒａｂ−２Ａ、ホスホ−ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ−結合タンパク質３、ホスホ−６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２小核リボ核タンパク質Ｂ、ホスホ−リアノジン受容体３、ホスホ−スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン−１、チロシン−ｔＲＮＡリガーゼ、ホスホ−タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンβ−３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、ホスホ−ｂＺＩＰ促進因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノール−チトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質選別１６、ホスホ−亜鉛フィンガータンパク質６４、ホスホ−ＡＨＮＡＫ（デスモヨーキン）、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼδ鎖、ホスホ−低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、ホスホ−プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン−１、フィブリリン−２、コラーゲンα−２（ＩＶ）、コラーゲンα−２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ナイドジェン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎ−カドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンα−３、エピモルフィン、酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合Ａｒａｌａｒ２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラボタンパク質、脂肪酸−結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ−結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋ−グルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、ホスホ−ロイパキシン、ミリストイル化アラニンリッチＣ−キナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、ホスホ−Ｃ−ｒｅｔおよびＳＴＡＴ３から選択される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はＯＳＩ−９０６を含む。
【００８５】
本発明はまた、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために本明細書中に記載の方法の何れかを用いることによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に対して有効な反応を示す可能性がある者として患者を同定し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。ある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤はＯＳＩ−９０６を含む。
【００８６】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること、とを含み、腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋの高レベル発現がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００８７】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋの高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とともに同時に又は逐次的に１以上のさらなる抗癌剤が併用投与される。本発明の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するさらなる段階が行われ、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階は、本明細書中に記載の方法の何れかを用いて１以上のバイオマーカーのレベルを評価することによって行われる。治療前にｐＥｒｋおよびＥＭＴ状態を示すバイオマーカーが両者とも評価されるこの代替的二重バイオマーカー実施形態は、潜在的信頼性が向上した方法を提供する。この実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するための段階の何れか１つ又は両方が、患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を有する可能性があることを示した場合、患者は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を有する可能性があると診断され、従ってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量が投与される。
【００８８】
従って、本発明は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋ発現の低レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）、腫瘍細胞により発現される上皮又は間葉バイオマーカーを評価することによって腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価し（上皮バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、間葉バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する。）；バイオマーカー評価の何れかによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。評価される上皮又は間葉バイオマーカーは、本明細書中で開示される上皮又は間葉バイオマーカーの何れかであり得る。
【００８９】
先行する段落に記載の二重バイオマーカーの実施形態の一例は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋ低発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞により発現されるＥ−カドヘリンレベルを評価し（Ｅ−カドヘリンの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法である。
【００９０】
上記の二重バイオマーカー実施形態の別の例は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋ低レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞におけるＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態を評価し（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化の欠失はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法である。
【００９１】
本明細書中に記載の本発明の方法の何れかにおいて、本方法で使用されるバイオマーカーがｐＥｒｋである場合、「ｐＥｒｋ」という用語は、「リン酸化Ｅｒｋタンパク質」を指し、「Ｅｒｋ」は、Ｅｒｋ１および／又はＥｒｋ２（例えば５５９５および５５９４のＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ番号を有するヒトＥｒｋ１およびＥｒｋ２遺伝子によりコードされるタンパク質）であり、チロシンおよびスレオニンアミノ酸残基両方での各リン酸化はＥｒｋキナーゼ活性化に必要である（即ちヒトＥｒｋ１におけるＴ２０２およびＹ２０４；およびヒトＥｒｋ２におけるＴ１８５およびＹ１８７；これらのリン酸化部位のすぐ近くのアミノ酸残基はヒトＥｒｋ１およびＥｒｋ２において同一である。）。Ｅｒｋの二重リン酸化は、酵素のキナーゼ活性の活性化に必要とされることが示されている。ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびｐＥｒｋ−特異的抗体により調べた免疫ブロットで分析したヒト腫瘍細胞溶解液において、Ｅｒｋ１およびＥｒｋ２が両者とも存在する場合、ｐ４２／ｐ４４リン酸化Ｅｒｋ１／Ｅｒｋ２の２つのバンドが典型的に観察される。本明細書中に記載の本発明の何れかの実施形態において、ｐＥｒｋが含まれ、腫瘍細胞又は患者が非ヒトである場合、Ｅｒｋは、Ｅｒｋの対応する動物ホモローグであり、ｐＥｒｋは、酵素の活性化中に、アミノ酸残基の類似ペアにおいてリン酸化されている（Ｎ．Ｂ．２つのリン酸化残基の付番は種に依存して変化し得るが、ヒトＥｒｋ１又はＥｒｋ２リン酸化部位周辺のアミノ酸配列と相同の動物配列を調べることにより当業者にとって容易に明らかとなろう。）。
【００９２】
本発明の方法において、腫瘍細胞により発現されるｐＥｒｋバイオマーカーのレベルは、例えば、本明細書中で詳述するような、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、免疫沈降法、免疫ブロッティング、免疫蛍光顕微鏡などを含む、リンタンパク質のレベルの測定のための免疫学的方法又は例えばタンパク質精製法又はタンパク質機能もしくは活性アッセイを含む、リンタンパク質の発現レベルの測定に対して当技術分野で公知の標準的バイオアッセイ手順の何れかを用いて評価され得る。ヒトｐＥｒｋのアッセイのための好ましい実施形態において、（ヒトＥｒｋ２のＴ１８５／Ｙ１８７リン酸化部位と同一である）ヒトＥｒｋ１におけるＴ２０２／Ｙ２０４周辺の残基に対応する合成ホスホペプチドで免疫付与される動物から誘導されるハイブリッドーマから産生される抗体（例えばタンパク質Ｇアフィニティークロマトグラフィーにより精製されるＩｇＧ断片）が免疫アッセイにおいて使用される。
【００９３】
本発明の方法において、ｐＥｒｋバイオマーカー発現レベルは、発現レベルが一定のままである対照分子（例えばＧＡＰＤＨ、β−アクチン、チューブリンなどの「ハウスキーピング遺伝子」）の発現に対して評価することができる。ｐＥｒｋバイオマーカー発現レベルはまた、腫瘍細胞バイオマーカー（即ち上皮、間葉）の別の型に対して、又は、同じ組織の非腫瘍細胞において又はアッセイ基準として使用される別の細胞もしくは組織源におけるバイオマーカーレベルに対しても、評価され得る。例えば、ｐＥｒｋレベルが測定され、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性と相関する、実験セクションにおいて本明細書中に記載の細胞株のうち１つをアッセイ基準として使用し得る。
【００９４】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３の高レベル発現がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【００９５】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３の高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とともに同時に又は逐次的に１以上のさらなる抗癌剤が併用投与される。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するさらなる段階が行われ、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階は、本明細書中に記載の方法の何れかを用いて１以上のバイオマーカーのレベルを評価することにより行われる。治療前にＨＥＲ３およびＥＭＴ状態を示すバイオマーカーが両者とも評価されるこの代替的二重バイオマーカー実施形態は、潜在的信頼性が向上した方法を提供する。この実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するための段階の何れか１つ又は両方が、患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を有すると思われることを示した場合、患者は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を有する可能性があると診断され、従ってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量が投与される。
【００９６】
先行する段落に記載の二重バイオマーカーの実施形態の一例は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３の高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞により発現されるＥ−カドヘリンレベルを評価し（Ｅ−カドヘリンの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法である。
【００９７】
上記の二重バイオマーカー実施形態の別の例は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞におけるＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態を評価し（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化の欠失はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法である。
【００９８】
バイオマーカーＨＥＲ３が測定される本明細書に記載の本発明の方法の何れかの実施形態において、バイオマーカーＨＥＲ３のレベルを評価するために、ＨＥＲ３ｍＲＮＡ転写レベルのレベルが測定される。
【００９９】
本発明はまた、腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＨＥＲ３のレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することとを含み、腫瘍細胞におけるバイオマーカーｐＨＥＲ３の高レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供する。本方法のある実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。
【０１００】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを評価することにより、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＨＥＲの高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。本方法のある実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とともに同時に又は逐次的に１以上のさらなる抗癌剤が併用投与される。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞は、ＮＳＣＬ、結腸、乳房、頭頸部又は膵臓腫瘍細胞である。本方法の別の実施形態において、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するさらなる段階が行われ、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する段階は、本明細書中に記載の方法の何れかを用いて１以上のバイオマーカーのレベルを評価することにより行われる。治療前にＨＥＲ３およびＥＭＴ状態を示すバイオマーカーが両者とも評価されるこの代替的二重バイオマーカー実施形態は、潜在的信頼性が向上した方法を提供する。この実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するための段階の何れか１つ又は両方が、患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に反応性があると思われることを示した場合、患者は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤への反応性を有する可能性があると診断され、従ってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量が投与される。
【０１０１】
従って、先行する段落に記載の二重バイオマーカーの実施形態の一例は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞により発現されるＥ−カドヘリンレベルを評価し（Ｅ−カドヘリンの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法である。
【０１０２】
上記の二重バイオマーカー実施形態の別の例は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＨＥＲ３のレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＨＥＲ３高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞におけるＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態を評価し（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化の欠失はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法である。
【０１０３】
本発明は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３のレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーＨＥＲ３の高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを評価し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋの低レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；何れか又は両方のバイオマーカー評価によりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する。
【０１０４】
本発明は、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＨＥＲ３のレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＨＥＲ３の高レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを評価し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋの低レベル発現はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；何れか又は両方のバイオマーカー評価によりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する。
【０１０５】
本発明は、患者の腫瘍細胞により発現されるＨＥＲ３およびｐＨＥＲ３から選択されるバイオマーカーのレベルを両方評価することによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーＨＥＲ３又はｐＨＥＲ３が高レベルであることはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞により発現される上皮又は間葉バイオマーカーを評価することにより腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価し（上皮バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、間葉バイオマーカーの高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する。）；バイオマーカー評価の何れかによりＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する。
【０１０６】
方法中で使用されるバイオマーカーがｐＨＥＲ３である本明細書中に記載の本発明の方法の何れかにおいて、「ｐＨＥＲ３」という用語は、「リン酸化ＨＥＲ３タンパク質」を指し、「ＨＥＲ３」は、例えば、２０６５のＮＣＢＩ  ＧｅｎｅＩＤ番号を有するヒトＨＥＲ３遺伝子によりコードされるタンパク質であり、ＨＥＲ３は（ヒトタンパク質における）Ｙ１２８９部位でリン酸化される。ｐＨＥＲ３が含まれ、腫瘍細胞又は患者が非ヒトである本明細書中に記載の本発明の何れかの実施形態において、ＨＥＲ３は、ＨＥＲ３の対応する動物ホモローグであり、ｐＨＥＲ３は類似アミノ酸残基においてリン酸化される（注：リン酸化残基の付番は種に依存して変化し得るが、ヒトＨＥＲ３リン酸化部位周辺のアミノ酸配列と相同の動物配列を調べることにより当業者にとって容易に明らかとなろう。）。
【０１０７】
本発明の方法において、腫瘍細胞により発現されるＨｅｒ３およびｐＨＥＲ３バイオマーカーのレベルは、例えば、本明細書中で詳述するような、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、免疫沈降法、免疫ブロッティング、免疫蛍光顕微鏡などを含むリンタンパク質のレベルの測定のための免疫学的方法又は例えばタンパク質精製法又はタンパク質機能もしくは活性アッセイを含む、タンパク質又はリンタンパク質の発現レベルの測定に対して当技術分野で公知の標準的バイオアッセイ手順の何れかを用いて評価され得る。ヒトｐＨＥＲ３のアッセイのための好ましい実施形態において、ヒトｐＨＥＲ３におけるＹ１２８９周辺の残基に対応する合成ホスホペプチドで免疫付与される動物から誘導されるハイブリドーマから産生される抗体（例えばタンパク質Ｇアフィニティークロマトグラフィーにより精製されるＩｇＧ断片）が免疫アッセイにおいて使用される。
【０１０８】
本発明の方法において、Ｈｅｒ３又はｐＨＥＲ３バイオマーカー発現レベルは、発現レベルが一定のままである対照分子（例えばＧＡＰＤＨ、β−アクチン、チューブリンなどの「ハウスキーピング」遺伝子）の発現に対して評価することができる。Ｈｅｒ３又はｐＨＥＲ３バイオマーカー発現レベルは、腫瘍細胞バイオマーカー（即ち上皮、間葉）の別の型に対して又は同じ組織の非腫瘍細胞又はアッセイ基準として使用される別の細胞もしくは組織源におけるバイオマーカーレベルに対しても、評価され得る。例えば、Ｈｅｒ３又はｐＨＥＲ３レベルが測定され、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性と相関する実験セクションにおいて本明細書中に記載の細胞株のうち１つをアッセイ基準として使用し得る。
【０１０９】
本明細書中に記載のように、本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍感受性を予測するために様々なバイオマーカーを用いる方法を提供する。これらの方法のそれぞれは、潜在的な長所および短所を有し、好ましい方法は、最終的に個々の患者の状況に依存するが、一方で、複数の診断法を使用することにより、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の使用を含む治療計画の起こり得る結果を予測する能力が向上し得る。従って、本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測するための、本明細書中に記載の診断法の何れかの２以上の、同時に又は逐次的にの何れかの、最初の使用と、それに続き、診断法の１以上が、患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を有する可能性があることを示す場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与することと、を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法を提供する。
【０１１０】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍感受性を予測するために好ましい診断法を調べることにおいて考慮されるべき因子には、方法の使用に影響を与える方法および技術考察のそれぞれの両方の固有の特徴が含まれる。例えば、少数の腫瘍細胞は、Ｅ−カドヘリンをコードする遺伝子において突然変異を有することが記載されている（例えばＨＣＴ−１１６、Ｃｏｌｏ２０５およびＤＵ４４７５腫瘍細胞；Ｂｕｃｋ、Ｅ．ら（２００７）Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ  ６：５３２−５４１）。これらの細胞株におけるＥ−カドヘリンは転写抑制されていないが、細胞は、この突然変異により同型細胞接着を形成することができない。従って、これらの腫瘍細胞は、表現型の面で間葉様であるがＥＭＴが起こっておらず、従って、上皮腫瘍細胞の予想されるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を保持する。このようにして、形態学的細胞分析によって、この型の腫瘍細胞の場合にＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性が比較的低いという間違った予測がもたらされる。しかし、形態学的細胞分析は、腫瘍細胞の大部分に対して感受性を正しく予測し、比較的単純であり、安価な分析である。また、上述のように、ある種の上皮又は間葉バイオマーカーは、単一のバイオマーカーを用いるその他の診断法より好ましい。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を正しく予測する能力の向上は、診断法において２以上のバイオマーカー測定を使用することにより達成され得ることが多い。一般に、腫瘍細胞により発現されるＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態を評価すること（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化の欠失はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために非常に信頼できるバイオマーカーであると思われる。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して比較的感受性が低いと同定される高ｐＥｒｋの腫瘍細胞の例はないので、腫瘍ｐＥｒｋレベルを評価することもまた、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するための特に信頼性の高いバイオマーカーであると思われる。
【０１１１】
上皮又は間葉バイオマーカーレベルの測定は、上皮関連（例えばＥ−カドヘリン）又は間葉関連（例えばビメンチン、Ｚｅｂ１）バイオマーカーとして分かれるタンパク質の直接分析を含む多くの様々なアプローチにより評価され得る。このアプローチの長所は、ＥＭＴマーカーが直接読み取られることである。しかし、このアプローチはまた、分析を行うために組織の十分な量を必要とする（例えば免疫組織化学）。組織の十分量は、ＦＮＡ（細針吸引）などのある種の手順から得ることは困難であり得る。コア生検は、より多くの組織を提供するが、診断中に日常的に行われないことがある。あるいは、これらのＥＭＴバイオマーカーは、定量的ＰＣＲに基づくアプローチを用いて、それらのコードＲＮＡ転写産物の発現レベルに基づき、評価され得る。このアプローチの長所は、この測定のために必要とされる腫瘍細胞が少量であることであり、ＦＮＡを介して十分な物質を得ることができる可能性が非常に高い。しかし、ここで、ある一定のバイオマーカーに対する転写レベルは、腫瘍からの腫瘍細胞ならびに浸潤間質細胞の両方由来であり得る。間質細胞がまた間葉細胞マーカーも発現するならば、これにより、腫瘍細胞に対するＥＭＴ状態の検出が妨げられ得る。インシトゥハイブリッド形成（例えばＦＩＳＨ）又は組織マイクロダイセクションの使用は、本発明において、この潜在的限界を克服するために有用であり得る。
【０１１２】
Ｅ−カドヘリンの発現レベルが腫瘍細胞に対するＥＭＴ状態の顕著な特徴であるならば、ＥＭＴはまた、Ｅ−カドヘリンプロモーターのメチル化状態に基づき上昇し得、本明細書中に記載のように、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために使用され得る。メチル化は転写を抑制し、メチル化の高レベルは間葉様状態と相関する。このアプローチの潜在的利益は、転写レベルの測定のように、ＤＮＡのメチル化状態を測定するために必要であるのはごく少量の物質であることである。ＦＮＡから十分な物質を得ることができる可能性が高いと思われ、コア生検を必要としない。さらに、このアプローチはＤＮＡの評価を含み、ＲＮＡの評価を含まないので、試料の中期又は長期保存の間、長時間にわたりより安定に読み出すことができる可能性がある。
【０１１３】
本明細書中に記載のデータは、ｐＥｒｋが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する相対的不感受性を予測するバイオマーカーであることを示す。間葉バイオマーカーが、本明細書中にも記載のように、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する相対的不感受性の予測因子でもあることを考えると、予測され得るように、高レベルのｐＥｒｋが間葉腫瘍細胞において観察される。本明細書中で示されるように、腫瘍ｐＥｒｋレベルは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために、特に信頼できるバイオマーカーであると思われる。しかし、このバイオマーカーのある潜在的短所は、ｐＥｒｋのレベルが、腫瘍試料が適切に操作されない場合、長時間にわたり安定ではない可能性があることである。従って、診断法としてのこのバイオマーカーの適用には、例えば、生検時に瞬間冷凍すること又はタンパク質変性を用いて急速に固定することによってなど、Ｅｒｋタンパク質のリン酸化状態を維持する（即ちタンパク質の脱リン酸化を阻害する）ように、腫瘍物質が調製されることが必要である。しかし、このような方法は、当技術分野で周知であり、日常的に組織試料を維持するために使用される。
【０１１４】
本明細書中に記載の方法において、腫瘍細胞は、典型的には、癌、前癌状態又は異常細胞増殖の別の形態と診断された患者、および治療を要する患者から得られる。癌は、肺癌（例えば非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、膵臓癌、頭頸部癌、胃癌、乳癌、結腸癌、卵巣癌、又は本明細書に記載の以下の様々なその他の癌の何れかであり得る。癌は、好ましくは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により治療可できる可能性があることが知られている癌である。
【０１１５】
本発明の方法において、上皮又は間葉バイオマーカー発現レベルは、発現レベルがＥＭＴを通じて一定である対照分子と比較して、又は分子バイオマーカー（例えば、ＧＡＰＤＨ、β−アクチン、チューブリンなどの「ハウスキーピング」遺伝子）によって示されるような上皮もしくは間葉移行状態を発現する腫瘍細胞を比較したときに、評価することができる。バイオマーカー発現レベルは、腫瘍細胞バイオマーカーのその他のタイプと比較して（即ち、間葉に対する上皮）、又は同じ組織の非腫瘍細胞中のバイオマーカーレベルと比較して、又はアッセイ基準として使用される別の細胞もしくは組織源と比較して評価することもできる。
【０１１６】
本発明の方法において、腫瘍細胞によって発現される上皮又は間葉バイオマーカーのレベルは、以下で詳述するように、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、免疫沈降、免疫ブロット、免疫蛍光顕微鏡検査、ＲＴ−ＰＣＲ、インシトゥハイブリッド形成、ｃＤＮＡマイクロアレイなどを含む、遺伝子の発現レベルを測定するための、当技術分野で公知の標準的バイオアッセイ手順の何れかを用いることによって評価することができる。
【０１１７】
本発明の方法において、腫瘍細胞上皮又は間葉バイオマーカーの発現レベルは、好ましくは腫瘍生検をアッセイすることによって評価される。しかし、別の実施形態において、腫瘍細胞バイオマーカーの発現レベルは、腫瘍又は腫瘍細胞から生じるバイオマーカーの検出可能なレベルを含有する体液又は排出物中で評価することができる。本発明において有用である体液又は排出物には、血液、尿、唾液、便、胸膜液、リンパ液、痰、腹水、前立腺液、脳脊髄液（ＣＳＦ）又は何らかのその他の体液分泌物もしくはその誘導体が含まれる。血液とは、全血、血漿、血清又は血液の何らかの誘導体を含むものとする。このような体液又は排出物中の腫瘍上皮又は間葉バイオマーカーの評価は、侵襲的試料採取方法が不適当又は不都合である状況において好ましいことがある。
【０１１８】
本発明の方法において、腫瘍細胞は、肺癌腫瘍細胞（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、膵臓癌腫瘍細胞、乳癌腫瘍細胞、頭頸部癌腫瘍細胞、胃癌腫瘍細胞、結腸癌腫瘍細胞、卵巣癌腫瘍細胞又は本明細書で下記に記載のような様々なその他の癌の何れかに由来する腫瘍細胞であり得る。腫瘍細胞は、好ましくは、固形腫瘍由来の全腫瘍細胞がそうであるように、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼを発現することが知られているか又は予想されるタイプである。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼは、野生型又は突然変異体であり得る。
【０１１９】
本発明の方法において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、本明細書で下記に記載のような何らかのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤（医薬的に許容可能なその塩又は多形体を含む。）であり得る。
【０１２０】
以下の方法は、本発明の方法のさらなる具体的な実施形態である。
【０１２１】
本発明は、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の高感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法を提供する。
【０１２２】
本発明は、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の低感受性と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法を提供する。
【０１２３】
本発明は、腫瘍細胞により発現される上皮バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に効果的に反応する腫瘍と相関する、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法を提供する。
【０１２４】
本発明の方法において、腫瘍は、肺癌腫瘍（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、膵臓癌腫瘍、乳癌腫瘍、頭頸部癌腫瘍、胃癌腫瘍、結腸癌腫瘍、卵巣癌腫瘍、又は本明細書中で以下に記載のような様々なその他の癌の何れかに由来する腫瘍であり得る。腫瘍は、好ましくは、全固形腫瘍がそうであるように、細胞がＩＧＦ−１Ｒキナーゼを発現することが知られているか又は予想されるタイプである。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼは、野生型又は突然変異体であり得る。
【０１２５】
本発明は、腫瘍細胞により発現される間葉バイオマーカーのレベルを評価することと；腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療に効果的に反応するか否かを予測することと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高発現レベルがＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対する反応性がより低い腫瘍と相関する、癌患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に効果的に反応する腫瘍を患っているか否かを予測する方法を提供する。
【０１２６】
本発明は、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルと比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、有用な上皮バイオマーカーポリペプチドの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋが含まれる。
【０１２７】
本発明は、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルと比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞対照ポリヌクレオチドに対する比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、上皮バイオマーカーポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋが挙げられる。
【０１２８】
本発明は、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルと少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する比が低いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、有用である間葉バイオマーカーポリペプチドの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる。
【０１２９】
本発明は、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルと比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドと腫瘍細胞対照ポリヌクレオチドの比が低いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、バイオマーカーポリヌクレオチドによってコードされる有用なポリペプチドの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる。
【０１３０】
本発明は、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルと比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関して、有用である上皮バイオマーカーポリペプチドの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋが含まれる。
【０１３１】
本発明は、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルとポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドに対する比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、上皮バイオマーカーポリヌクレオチドによってコードされる有用なポリペプチドの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋが含まれる。
【０１３２】
本発明は、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルと比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する比が低いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、有用である間葉バイオマーカーポリペプチドの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる。
【０１３３】
本発明は、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルとポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルとを比較することと、を含み、腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドに対する比が低いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、バイオマーカーポリヌクレオチドによってコードされる有用なポリペプチドの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる。
【０１３４】
本発明は、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドのレベルを少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドのレベルと比較することを含み、上皮バイオマーカーポリペプチドの間葉バイオマーカーポリペプチドに対する比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、有用な上皮バイオマーカーポリペプチドの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋが含まれる。この方法に関し、有用な間葉バイオマーカーポリペプチドの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる。
【０１３５】
本発明は、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定することと、（ｃ）少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリヌクレオチドのレベルを少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドのレベルと比較することと、を含み、上皮バイオマーカーポリヌクレオチドの間葉バイオマーカーポリヌクレオチドに対する比が高いことは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性が予測されることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。この方法に関し、上皮バイオマーカーポリヌクレオチドによってコードされる有用なポリペプチドの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋが含まれる。この方法に関し、間葉バイオマーカーポリヌクレオチドによってコードされる有用なポリペプチドの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンが含まれる。
【０１３６】
本発明は、患者試料中の間葉バイオマーカーの発現レベルと対照非癌試料中のバイオマーカー発現の正常レベルとを比較することを含み、正常レベルに対する患者試料中の間葉バイオマーカーの発現レベルの有意な上昇が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する可能性が低い癌に患者が罹患していることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する癌に癌患者が罹患しているか否かを評価する方法を提供する。この方法に関し、有用な間葉バイオマーカーの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンおよびこれらのタンパク質をコードする核酸が含まれる。
【０１３７】
本発明は、患者試料中の上皮バイオマーカーの発現レベルと対照非癌試料中のバイオマーカー発現の正常レベルとを比較することを含み、正常レベルに対する患者試料中の上皮バイオマーカーの発現レベルの有意な低下が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する可能性が低い癌に患者が罹患していることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する癌に癌患者が罹患しているか否かを評価する方法を提供する。この方法に関し、有用なる上皮バイオマーカーの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋおよびこれらのタンパク質をコードする核酸が含まれる。
【０１３８】
本発明は、患者試料中の上皮バイオマーカーの発現レベルと患者試料中の間葉バイオマーカーの発現レベルとを比較することを含み、上皮バイオマーカーの発現レベルの間葉バイオマーカーの発現レベルに対する比が高いことが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する可能性が高い癌に患者が罹患していることを示す、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する癌に癌患者が罹患しているか否かを評価する方法を提供する。この方法に関し、有用な上皮バイオマーカーの例には、Ｅ−カドヘリン、γ−カテニン、ケラチン８、ケラチン１８およびＢｒｋおよびこれらのタンパク質をコードする核酸が含まれる。この方法に関し、有用な間葉バイオマーカーの例には、ビメンチンおよびフィブロネクチンおよびこれらのタンパク質をコードする核酸が含まれる。
【０１３９】
患者試料に関する上記方法の何れかにおいて、このような試料の例は腫瘍生検であり得る。
【０１４０】
本発明は、（ａ）ヒト対象の細胞由来のヒト核酸又はタンパク質を含有する生体物質の試料を回収することと、（ｂ）試料中の１以上の上皮細胞バイオマーカータンパク質又は１以上の上皮細胞バイオマーカータンパク質特異的ｍＲＮＡの発現レベルを試料において定量的又は半定量的に測定することと、（ｃ）（ｂ）における発現レベルを正常対照におけるバイオマーカー発現レベルと、又は試料中の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、を含み、対照レベルに対して、１以上の上皮細胞バイオマーカータンパク質又は１以上の上皮細胞バイオマーカータンパク質特異的ｍＲＮＡの発現の低下が、ヒト対象においてＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する可能性が低い腫瘍の存在を示す、ヒト対象において腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対して反応性を有するか否かを判定する方法を提供する。
【０１４１】
本発明は、（ａ）ヒト対象の細胞由来のヒト核酸又はタンパク質を含有する生体物質の試料を回収することと、（ｂ）１以上の間葉細胞バイオマーカータンパク質又は１以上の間葉細胞バイオマーカータンパク質特異的ｍＲＮＡの発現レベルを試料中で定量的又は半定量的に測定することと、（ｃ）（ｂ）における発現レベルを正常対照におけるバイオマーカー発現レベルと、又は試料中の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、を含み、対照レベルに対して、１以上の間葉細胞バイオマーカータンパク質又は１以上の間葉細胞バイオマーカータンパク質特異的ｍＲＮＡの発現の上昇が、ヒト対象においてＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に有効に反応する可能性が低い腫瘍の存在を示す、ヒト対象において腫瘍がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対して反応性を有するか否かを判定する方法を提供する。
【０１４２】
本発明は、腫瘍細胞中の１以上の上皮バイオマーカーのレベルを測定することと、このレベルを非腫瘍対照における上皮バイオマーカー発現レベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、腫瘍細胞が含有する１以上の上皮バイオマーカーが比較的高レベルであるか否かを判定することと、を含み、高レベルであることが、腫瘍を有する患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療から比較的長い延命的利益を示すことを示す、腫瘍を有する患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療から比較的長い延命的利益を示す可能性を判定する方法を提供する。
【０１４３】
本発明は、腫瘍細胞中の１以上の間葉バイオマーカーのレベルを測定することと、このレベルを非腫瘍対照における間葉バイオマーカー発現レベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、腫瘍細胞が含有する１以上の間葉バイオマーカーが比較的低レベルであるか否かを判定することと、を含み、低レベルであることが、腫瘍を有する患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療から比較的長い延命的利益を示すことを示す、腫瘍を有する患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療から比較的長い延命的利益を示す可能性を判定する方法を提供する。
【０１４４】
本発明は、腫瘍細胞中の１以上の上皮バイオマーカーのレベルを測定することと、このレベルを非腫瘍対照における上皮バイオマーカー発現レベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、腫瘍細胞が１以上の上皮バイオマーカーの比較的高いレベルを含有するか否かを判定することと、腫瘍細胞中の１以上の間葉バイオマーカーのレベルを測定することと、このレベルを非腫瘍対照における間葉バイオマーカー発現レベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、腫瘍細胞が含有する１以上の間葉バイオマーカーが比較的低レベルであるか否かを判定することと、を含み、１以上の上皮バイオマーカーの高レベルおよび１以上の間葉バイオマーカーの低レベルが、腫瘍患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療からの比較的長い延命的利益を示すことを示す、腫瘍患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療から比較的長い延命的利益を示す可能性を判定するための方法を提供する。
【０１４５】
本発明は、新生腫瘍細胞に関連する上皮バイオマーカーのレベルを測定することと、この上皮バイオマーカーのレベルを非腫瘍性上皮バイオマーカー基準レベルと、又は新生腫瘍細胞に関連する対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、を含み、新生腫瘍細胞に関連する上皮バイオマーカーの低レベルが前記患者の生存低下と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対して腫瘍性症状の患者の生存についての予後を判定する方法を提供する。
【０１４６】
本発明は、新生腫瘍細胞に関連する間葉バイオマーカーレベルを測定することと、この間葉バイオマーカーレベルを非腫瘍性間葉バイオマーカー基準レベルと、又は新生腫瘍細胞に関連する対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較することと、を含み、新生腫瘍細胞に関連する間葉バイオマーカーレベル上昇がこの患者の生存低下と相関する、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対して腫瘍性症状の患者の生存についての予後を判定する方法を提供する。
【０１４７】
腫瘍細胞上皮又は間葉バイオマーカー発現の評価に対して、腫瘍細胞又はこれらの腫瘍細胞によって産生されるタンパク質もしくは核酸を含有する患者試料を本発明の方法で使用し得る。これらの実施形態において、腫瘍細胞試料、例えば、患者から得られた腫瘍生検又は腫瘍由来の物質を含有するその他の患者試料（例えば、血液、血清、尿又は本明細書中上記のようなその他の体液もしくは排出物）中のマーカー量（例えば絶対量又は濃度）を評価することによって、バイオマーカーの発現レベルを評価することができる。細胞試料は、試料中のマーカー量を評価する前に、様々な周知の回収後調製および保存技術（例えば、核酸および／又はタンパク質抽出、固定、保存、凍結、限外ろ過、濃縮、蒸発、遠心分離など）に供することができることは言うまでもない。同様に、腫瘍生検も、回収後調製および保存技術、例えば、固定に供することができる。
【０１４８】
本発明の方法において、バイオマーカータンパク質を発現する腫瘍細胞の表面に提示される少なくとも一部分を有するバイオマーカータンパク質の発現を検出することができる。マーカータンパク質又はその一部が細胞表面に露出しているか否かを判定することは当業者にとって簡単なことである。例えば、全細胞上のこのようなタンパク質を検出するために免疫学的方法が使用され得るか、又は少なくとも１個の細胞外ドメイン（即ち、分泌タンパク質および少なくとも１個の細胞表面ドメインを有するタンパク質を含む。）の存在を予測するために、周知のコンピュータ配列解析法が使用され得る。マーカータンパク質を発現する細胞の表面に提示される少なくとも一部分を有するマーカータンパク質の発現は、腫瘍細胞を必ずしも溶解せずに（例えば、タンパク質の細胞表面ドメインに特異的に結合する標識抗体を用いて）検出することができる。
【０１４９】
本発明に記載のバイオマーカーの発現は、転写された核酸又はタンパク質の発現を検出するための多岐にわたる周知の方法の何れかによって評価され得る。このような方法の非限定例には、分泌された、細胞表面タンパク質、細胞質タンパク質又は核タンパク質を検出するための免疫学的方法、タンパク質精製方法、タンパク質の機能又は活性アッセイ、核酸ハイブリッド形成法、核酸逆転写法および核酸増幅方法が含まれる。
【０１５０】
ある実施形態において、バイオマーカーの発現は、腫瘍細胞において通常受ける翻訳後修飾（例えばグリコシル化、リン酸化、メチル化など）の全部又は一部が起こっているバイオマーカータンパク質を含む、バイオマーカータンパク質又はその断片と特異的に結合する、抗体（例えば、放射性標識、発色団標識、フルオロフォア標識又は酵素標識抗体）、抗体誘導体（例えば、基質もしくはタンパク質との複合抗体又はタンパク質−リガンド対｛例えばビオチン−ストレプトアビジン｝のリガンド）又は抗体断片（例えば、１本鎖抗体、単離抗体超可変ドメインなど）を用いて評価される。
【０１５１】
別の実施形態において、バイオマーカーの発現は、患者試料中の細胞からｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（即ち転写ポリヌクレオチド）を調製することによって、および、ｍＲＮＡ／ｃＤＮＡをバイオマーカー核酸又はその断片の相補体である基準ポリヌクレオチドとハイブリッド形成させることによって、評価される。ｃＤＮＡは、場合によっては、基準ポリヌクレオチドとのハイブリッド形成前に、様々なポリメラーゼ連鎖反応法の何れかを用いて、増幅され得る。１以上のバイオマーカーの発現は、同様に、バイオマーカーの発現レベルを評価するための定量ＰＣＲを用いて検出され得る。あるいは、患者におけるバイオマーカーの存在を検出するために、本発明のバイオマーカーの突然変異体又は変異体（例えば、一塩基多形体、欠失体など）を検出する多数の公知の方法の何れかが使用され得る。
【０１５２】
関連する実施形態において、試料から得られた転写ポリヌクレオチドの混合物を、バイオマーカー核酸の少なくとも一部（例えば、少なくとも７、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、５００以上のヌクレオチド残基）と相補的又は相同であるポリヌクレオチドが固定された基質と接触させる。相補的又は相同のポリヌクレオチドが、基質上で別々に検出可能である（例えば、異なる発色団もしくはフルオロフォアを用いて検出可能であるか又は異なる選択位置に固定されている）場合、複数のバイオマーカーの発現レベルは、単一の基質（例えば、選択位置に固定されたポリヌクレオチドの「遺伝子チップ」マイクロアレイ）を用いて同時に評価され得る。１つの核酸と別の核酸のハイブリッド形成を含むバイオマーカー発現評価方法が使用される場合、厳密な（ストリンジェンシーが高い）ハイブリッド形成条件下でハイブリッド形成が行われることが好ましい。
【０１５３】
本発明の方法において本発明の複数のバイオマーカーが使用される場合、単一反応混合物中（即ち、各バイオマーカーに対する異なる蛍光プローブなどの試薬を用いて）又はバイオマーカーの１以上に対応する個々の反応混合物中の何れかで、患者試料中の各バイオマーカーの発現レベルを、同じタイプの非癌試料中の複数のバイオマーカーの各々の正常発現レベルと比較することができる。
【０１５４】
正常（即ち非癌）ヒト組織におけるバイオマーカー発現レベルは、様々な方法で評価され得る。ある実施形態において、この正常発現レベルは、非癌性であると考えられる細胞部分におけるバイオマーカーの発現レベルを評価し、次いでこの正常発現レベルを腫瘍細胞部分における発現レベルと比較することによって評価される。交互に、特に、本明細書に記載の方法の日常的な実施の結果としてさらなる情報が利用可能になるので、本発明のバイオマーカーの正常発現に対する集団平均値が使用され得る。その他の実施形態において、「正常」バイオマーカー発現レベルは、非癌罹患患者から得られた患者試料中の、患者における癌の発症が疑われる前に患者から得られた患者試料からの、患者の保存試料などからの、バイオマーカーの発現を評価することによって求められ得る。
【０１５５】
生体試料中のバイオマーカータンパク質又は核酸の有無を検出するための代表的方法は、生体試料（例えば、腫瘍に関連する体液）を対象から採取することと、生体試料をポリペプチド又は核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡ）を検出することができる化合物又は薬剤と接触させることと、を含む。従って、例えば生体試料中で、インビトロおよびインビボで、ｍＲＮＡ、タンパク質、ｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡを検出するために、本発明の検出方法が使用され得る。例えば、ｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術には、ノーザンハイブリッド形成およびインシトゥハイブリッド形成が含まれる。バイオマーカータンパク質の検出のためのインビトロ技術には、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロット法、免疫沈降、免疫蛍光が含まれる。ゲノムＤＮＡの検出のためのインビトロ技術には、サザンハイブリッド形成が含まれる。ｍＲＮＡの検出のためのインビボ技術には、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）、ノーザンブロットハイブリッド形成およびインシトゥハイブリッド形成が含まれる。さらに、バイオマーカータンパク質の検出のためのインビボ技術には、タンパク質又はその断片に対する標識抗体を対象に導入することが含まれる。例えば、抗体は、対象における存在および場所が標準画像化技術によって検出され得る放射性マーカーで標識することができる。
【０１５６】
このような診断および予後アッセイの一般的原理は、適切な条件下で、バイオマーカーおよびプローブが相互作用し、結合して、反応混合物中で除去および／又は検出され得る複合体を形成するのに十分な時間、バイオマーカーを含有し得る試料又は反応混合物およびプローブを調製することを含む。これらのアッセイは、種々の方法で実施され得る。
【０１５７】
例えば、このようなアッセイを実施するためのある方法は、バイオマーカー又はプローブを基質とも呼ばれる固相支持体上に固定することと、固相に固定された標的バイオマーカー／プローブ複合体を反応の最後に検出することと、を含む。このような方法のある実施形態において、バイオマーカーの存在および／又は濃度をアッセイする、対象由来の試料を担体又は固相支持体上に固定することができる。別の実施形態において、逆の状況が考えられ、プローブを固相に固定し、対象由来の試料をアッセイの非固定成分として反応させることができる。
【０１５８】
アッセイ成分を固相に固定する多数の方法が確立されている。これらの方法には、以下に限定されないが、ビオチンとストレプトアビジンの結合によって固定されるバイオマーカー又はプローブ分子が含まれる。このようなビオチニル化アッセイ成分は、当分野で公知の技術（例えば、ビオチニル化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）を用いて、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド）から調製することができ、ストレプトアビジン被覆９６ウェルプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル中に固定することができる。ある実施形態において、固定化アッセイ成分を含む表面を前もって調製し、保存することができる。
【０１５９】
このようなアッセイに対するその他の適切な担体又は固相支持体には、バイオマーカー又はプローブが属する分子クラスに結合することができる何らかの物質が含まれる。周知の支持体又は担体には、以下に限定されないが、ガラス、ポリスチレン、ナイロン、ポリプロピレン、ナイロン、ポリエチレン、デキストラン、アミラーゼ、天然および修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑れい岩および磁鉄鉱が含まれる。
【０１６０】
上記アプローチによってアッセイを実施するために、非固定成分を固相に添加し、その後、第２の成分を固定する。反応が完結した後に、形成された何らかの複合体が固相上に固定されたままになるような条件下で非複合成分を（例えば洗浄によって）除去することができる。固相に固定されたバイオマーカー／プローブ複合体の検出は、本明細書で概説するいくつかの方法で行うことができる。
【０１６１】
ある実施形態において、プローブが非固定アッセイ成分である場合、プローブは、アッセイの検出および読み取り目的で、本明細書で考察される、当業者にとって周知の検出可能な標識で直接又は間接的に標識することができる。
【０１６２】
バイオマーカー／プローブ複合体の形成は、例えば蛍光エネルギー移動技術（即ちＦＥＴ、例えば、Ｌａｋｏｗｉｃｚら、米国特許第５，６３１，１６９号、Ｓｔａｖｒｉａｎｏｐｏｕｌｏｓら、米国特許第４，８６８，１０３号参照）を利用することによって、何れかの成分（バイオマーカー又はプローブ）をさらに操作又は標識せずに、直接検出することもできる。第１の「供与体」分子上のフルオロフォア標識は、適切な波長の入射光によって励起されると、その放射蛍光エネルギーが第２の「受容体」分子上の蛍光標識によって吸収され、吸収されたエネルギーによって蛍光標識が蛍光を発することができるように選択される。交互に、「供与体」タンパク質分子は、トリプトファン残基の天然蛍光エネルギーを単に利用することもできる。異なる波長の光を発する標識が選択され、その結果、「受容体」分子標識を「供与体」の標識から区別することができる。標識間のエネルギー移動効率は分子間の距離に関係するので、分子間の空間的関係を評価することができる。結合が分子間で起こる状況において、アッセイにおける「受容体」分子標識の蛍光発光は最大になるはずである。ＦＥＴ結合現象は、当分野で周知の標準的な蛍光定量検出手段（例えば、蛍光光度計を用いて）都合よく測定することができる。
【０１６３】
別の実施形態において、プローブのバイオマーカー認識能力は、アッセイ成分の何れか（プローブ又はバイオマーカー）を標識せずに、リアルタイム生体分子間相互作用解析（ＢＩＡ）などの技術を利用することによって求めることができる（例えば、Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ、Ｓ．およびＵｒｂａｎｉｃｚｋｙ、Ｃ．、１９９１、Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８−２３４５およびＳｚａｂｏら、１９９５、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９−７０５参照）。本明細書で使用される場合、「ＢＩＡ」又は「表面プラズモン共鳴」は、相互作用物の何れも標識せずに、生体分子特異的相互作用をリアルタイムで研究するための技術である（例えばＢＩＡｃｏｒｅ）。（結合現象を示している）結合表面における質量変化の結果、表面近傍の光の屈折率が変化し（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学現象）、生体分子間のリアルタイム反応の指標として使用することができる検出可能なシグナルが生じる。
【０１６４】
あるいは、別の実施形態において、液相中の溶質としてバイオマーカーおよびプローブを用いて、類似の診断および予後アッセイを実施することができる。このようなアッセイにおいて、複合体化されたバイオマーカーおよびプローブは、以下に限定されないが、分画遠心分離、クロマトグラフィー、電気泳動および免疫沈降を含む、いくつかの標準技術の何れかによって、非複合成分から分離される。分画遠心分離において、バイオマーカー／プローブ複合体は、異なるサイズおよび密度に基づき複合体が異なる沈降平衡を有するために、一連の遠心段階によって非複合アッセイ成分から分離することができる（例えば、Ｒｉｖａｓ、Ｇ．およびＭｉｎｔｏｎ、Ａ．Ｐ．、１９９３、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ．１８（８）：２８４−７参照）。複合分子を非複合分子から分離するために、標準クロマトグラフィー技術を使用することもできる。例えば、ゲルろ過クロマトグラフィーは、サイズに基づいて分子を分離し、例えば、カラム形式の適切なゲルろ過レジンを利用することによって、比較的大きい複合体を比較的小さい非複合成分から分離することができる。同様に、非複合成分と比較した場合に、バイオマーカー／プローブ複合体の比較的異なる電荷特性を利用して、例えばイオン交換クロマトグラフィーレジンを利用して、複合体を非複合成分から区別することもできる。このようなレジンおよびクロマトグラフィー技術は当業者にとって周知である（例えば、Ｈｅｅｇａａｒｄ、Ｎ．Ｈ．、１９９８、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．Ｗｉｎｔｅｒ  １１（１−６）：１４１−８；Ｈａｇｅ、Ｄ．Ｓ．およびＴｗｅｅｄ、Ｓ．Ａ．Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ｂ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ  Ａｐｐｌ  １９９７  Ｏｃｔ  １０；６９９（１−２）：４９９−５２５参照）。複合アッセイ成分を非結合成分から分離するために、ゲル電気泳動を使用することもできる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら編、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９８７−１９９９参照）。この技術において、タンパク質又は核酸複合体は、例えばサイズ又は電荷に基づいて分離される。電気泳動プロセス中、結合相互作用を維持するために、典型的には非変性ゲルマトリックス材料および還元剤の非存在下の条件が好ましい。特定のアッセイおよびその成分に適切な条件は、当業者にとって周知である。
【０１６５】
特定の実施形態において、バイオマーカーｍＲＮＡのレベルは、当技術分野で公知の方法を用いて、生体試料中で、インシトゥおよびインビトロ形式の両方により測定することができる。「生体試料」という用語は、対象から単離された組織、細胞、体液およびその単離物、ならびに対象中に存在する組織、細胞および体液を含むものとする。多数の発現検出方法で単離ＲＮＡが使用される。インビトロ法の場合、ｍＲＮＡの単離に対して選択しない何らかのＲＮＡ単離技術が、腫瘍細胞からのＲＮＡ精製のために利用され得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら編、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８７−１９９９参照）。さらに、例えば、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉの１段階ＲＮＡ単離法（１９８９、米国特許第４，８４３，１５５号）などの当業者にとって周知の技術を用いて、多数の組織試料を容易に処理することができる。
【０１６６】
単離ｍＲＮＡは、以下に限定されないが、サザン又はノザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析およびプローブアレイを含む、ハイブリッド形成又は増幅アッセイにおいて使用することができる。ｍＲＮＡレベルの検出のためのある好ましい診断法は、検出されている遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとハイブリッド形成することができる核酸分子（プローブ）と単離ｍＲＮＡを接触させることを含む。核酸プローブは、例えば、全長ｃＤＮＡ又はその一部であり得、例えば少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０又は５００ヌクレオチド長の、および本発明のバイオマーカーをコードするｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡと厳密な（ストリンジェンシーが高い）条件下で特異的にハイブリッド形成するのに十分なオリゴヌクレオチドなどである。本発明の診断アッセイに使用するのに適切なその他のプローブは本明細書中で記載されている。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリッド形成は、問題のバイオマーカーが発現されていることを示す。
【０１６７】
ある形式において、例えば単離ｍＲＮＡをアガロースゲル上で泳動し、ｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に転写することによって、ｍＲＮＡを固体表面に固定し、プローブと接触させる。別の形式において、プローブが固体表面に固定化され、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップアレイ中でｍＲＮＡをプローブと接触させる。当業者は、本発明のバイオマーカーによってコードされるｍＲＮＡのレベルの検出に使用するために、公知のｍＲＮＡ検出方法を容易に改変することができる。
【０１６８】
試料中のｍＲＮＡバイオマーカーレベルを測定するための代替法は、核酸増幅プロセス、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ（Ｍｕｌｌｉｓ、１９８７、米国特許第４，６８３，２０２号に記載の実験実施形態）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ、１９９１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８８：１８９−１９３）、自立配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−Ｂｅｔａレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉら、米国特許第５，８５４，０３３号）又は何らかのその他の核酸増幅方法と、それに続く当業者にとって周知の技術を用いた増幅分子の検出を含む。これらの検出スキームは、核酸分子がごく僅かしか存在しない場合に、このような分子の検出に特に有用である。本明細書で使用される場合、増幅プライマーは、遺伝子の５’又は３’領域でアニール形成することができる核酸分子の１対（それぞれプラスおよびマイナス鎖又はその逆）であるとして定義され、間に短い領域を含有する。一般に、増幅プライマーは、約１０から３０ヌクレオチド長であり、約５０から２００ヌクレオチド長の領域に隣接する。適切な条件下で、適切な試薬を用いて、このようなプライマーによって、プライマーが隣接するヌクレオチド配列を含む核酸分子を増幅することができる。
【０１６９】
インシトゥ法の場合、ｍＲＮＡを腫瘍細胞から検出前に単離する必要はない。このような方法において、細胞又は組織試料を公知の組織学的方法を用いて調製／処理する。次いで、試料を支持体、一般にスライドガラス上に固定し、次いでバイオマーカーをコードするｍＲＮＡとハイブリッド形成することができるプローブと接触させる。
【０１７０】
バイオマーカーの絶対発現レベルに基づく測定の代替物として、測定は、バイオマーカーの正規化された発現レベルに基づき得る。バイオマーカーの絶対発現レベルをバイオマーカーでない遺伝子、例えば、恒常的に発現されるハウスキーピング遺伝子の発現と比較して、バイオマーカーの絶対発現レベルを補正することによって、発現レベルを正規化する。正規化に適切な遺伝子には、アクチン遺伝子などのハウスキーピング遺伝子又は上皮細胞特異的遺伝子などが含まれる。この正規化によって、一試料、例えば患者試料を別の試料、例えば非腫瘍試料と、又は異なる起源由来の試料間で、発現レベルを比較することができるようになる。
【０１７１】
あるいは、発現レベルを相対発現レベルとすることができる。バイオマーカーの相対発現レベル（例えば間葉バイオマーカー）を求めるために、問題の試料の発現レベルを測定する前に、癌細胞単離株に対して正常細胞単離株の１０以上の試料、好ましくは５０以上の試料について、バイオマーカー発現レベルを測定する。より多数の試料においてアッセイされた遺伝子の各々の平均発現レベルを求め、これをバイオマーカーに対するベースライン発現レベルとして使用する。次いで、試験試料について測定したバイオマーカー発現レベル（絶対発現レベル）をそのバイオマーカーについて得られた平均発現値で除算する。これによって相対発現レベルが得られる。
【０１７２】
本発明の別の実施形態において、バイオマーカータンパク質を検出する。本発明のバイオマーカータンパク質を検出するための好ましい薬剤は、このようなタンパク質又はその断片と結合することができる抗体、好ましくは検出可能な標識を有する抗体である。抗体はポリクローナル又はより好ましくはモノクローナルであり得る。完全な抗体又はその断片もしくは誘導体（例えば、Ｆａｂ又はＦ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２）を使用することができる。プローブ又は抗体に関して「標識された」という用語は、検出可能な物質をプローブ又は抗体と連結（即ち、物理的に連結）することによるプローブ又は抗体の直接標識、および直接標識される別の試薬との反応性によるプローブ又は抗体の間接標識を包含するものとする。間接標識の例には、蛍光標識二次抗体を用いた一次抗体の検出および蛍光標識ストレプトアビジンを用いて検出することができるようなビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識が含まれる。
【０１７３】
腫瘍細胞由来のタンパク質は、当業者に周知の技術を用いて単離することができる。用いられるタンパク質単離方法は、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、１９８８、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．）に記載されている方法などである。
【０１７４】
所与の抗体に結合するタンパク質を試料が含有するか否かを判定するために、様々な形式が用いられ得る。このような形式の例には、以下に限定されないが、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、放射性免疫測定法（ＲＩＡ）、ウエスタンブロット分析および酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）が含まれる。当業者は、腫瘍細胞が本発明のバイオマーカーを発現するか否かの判定に使用するために公知のタンパク質／抗体検出方法を容易に改変することができる。
【０１７５】
ある形式において、発現されたタンパク質を検出するするために、抗体又は抗体断片もしくは誘導体をウエスタンブロット又は免疫蛍光技術などの方法で使用することができる。このような使用において、抗体又はタンパク質の何れかを固体支持体に固定することが一般に好ましい。適切な固相支持体又は担体には、抗原又は抗体と結合することができる何らかの支持体などが含まれる。周知の支持体又は担体には、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然および修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑れい岩および磁鉄鉱が含まれる。
【０１７６】
当業者は、抗体又は抗原と結合する多数のその他の適切な担体を知っており、このような支持体を本発明での使用のために改変することができる。例えば、腫瘍細胞から単離されたタンパク質を、ポリアクリルアミドゲル電気泳動において泳動させ、ニトロセルロースなどの固相支持体上に固定化することができる。次いで、支持体を適切な緩衝液で洗浄し、続いて検出可能な標識抗体を用いて処理することができる。次いで、非結合抗体を除去するために、固相支持体を再度緩衝液で洗浄することができる。次いで、固体支持体上の結合標識の量を従来手段によって検出することができる。
【０１７７】
ＥＬＩＳＡアッセイの場合、特異的結合対は、免疫型又は非免疫型であり得る。免疫特異的結合対は、抗原−抗体系又はハプテン／抗ハプテン系によって例示される。フルオレセイン／抗フルオレセイン、ジニトロフェニル／抗ジニトロフェニル、ビオチン／抗ビオチン、ペプチド／抗ペプチドなども挙げることができる。特異的結合対の抗体メンバーは、当業者にとって公知の通例の方法によって作製することができる。このような方法は、特異的結合対の抗原メンバーによって動物を免疫化することを含む。特異的結合対の抗原メンバーが免疫原性でない場合、例えば、ハプテンである場合、担体タンパク質と共有結合させて免疫原性にすることができる。非免疫結合対は、２つの成分が互いに天然の親和性を共有するが、抗体ではない系を含む。例示的な非免疫対は、ビオチン−ストレプトアビジン、内因子−ビタミンＢ１２、葉酸−葉酸塩結合タンパク質などである。
【０１７８】
様々な方法を利用して、抗体を特異的結合対のメンバーで共有結合標識することができる。特異的結合対メンバーの性質、所望の連結のタイプおよび様々な複合化化学物質に対する抗体の寛容性に基づいて方法が選択される。ビオチンは、市販の活性誘導体を利用して抗体へ共有結合的に連結させることができる。これらの一部は、タンパク質上のアミン基に結合するビオチン−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド；炭水化物部分、アルデヒドおよびカルボキシル基をカルボジイミド連結を介して結合するビオチンヒドラジド；およびスルフヒドリル基と結合するビオチンマレイミドおよびヨードアセチルビオチンである。フルオレセインは、フルオレセインイソチオシアネートを用いてタンパク質アミン基と連結させることができる。ジニトロフェニル基は、２，４−ジニトロベンゼン硫酸塩又は２，４−ジニトロフルオロベンゼンを用いてタンパク質アミン基と連結させることができる。ジアルデヒド、カルボジイミド連結、ホモ官能性架橋およびヘテロ二官能性架橋を含め、特異的結合対メンバーとモノクローナル抗体を連結させるために、複合化のその他の標準的方法を使用することができる。カルボジイミド連結は、ある物質上のカルボキシル基を別の物質上のアミン基と連結させる有効な方法である。カルボジイミド連結は、市販試薬１−エチル−３−（ジメチル−アミノプロピル）−カルボジイミド（ＥＤＡＣ）を用いることによって促進される。
【０１７９】
二官能性イミドエステルおよび二官能性Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルを含むホモ二官能性架橋剤は市販されており、ある物質上のアミン基と別の物質上のアミン基の連結に使用される。ヘテロ二官能性架橋剤は、異なる官能基を有する試薬である。最も一般的な市販ヘテロ二官能性架橋剤は、アミン反応性Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルを第１の官能基として有し、スルフヒドリル反応基を第２の官能基として有する。最も一般的なスルフヒドリル反応基は、マレイミド、ピリジルジスルフィドおよび活性ハロゲンである。官能基の１つは、照射時に様々な基と反応する光活性アリールニトレンであり得る。
【０１８０】
検出可能に標識された抗体、又は検出可能に標識された特異的結合対メンバーは、放射性同位体、酵素、蛍光発生材料、化学発光材料又は電気化学材料であり得るレポーターと連結させることによって調製される。一般に使用される２種類の放射性同位体は１２５Ｉおよび３Ｈである。標準放射性同位体標識手順には、クロラミンＴ、ラクトペルオキシダーゼおよび１２５Ｉに対するＢｏｌｔｏｎ−Ｈｕｎｔｅｒ法および３Ｈに対する還元的メチル化が含まれる。「検出可能に標識された」という用語は、標識の内因性酵素活性によって、又はそれ自体容易に検出することができる別の成分の標識との結合によって、容易に検出することができるように標識された分子を指す。
【０１８１】
本発明での使用に適切な酵素には、以下に限定されないが、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、ホタルおよびウミシイタケを含むルシフェラーゼ、β−ラクタマーゼ、ウレアーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）およびリゾチームが含まれる。酵素標識は、抗体と特異的結合対メンバーとの連結に対して上記に記載のようなジアルデヒド、カルボジイミド連結、ホモ二官能性架橋剤およびヘテロ二官能性架橋剤を使用することによって促進される。
【０１８２】
選択される標識方法は、酵素および標識される物質において利用可能な官能基および連結条件に対する両方の耐性に依存する。本発明で使用される標識方法は、以下に限定されないが、ＥｎｇｖａｌｌおよびＰｅａｒｌｍａｎｎ、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ８、８７１（１９７１）、ＡｖｒａｍｅａｓおよびＴｅｒｎｙｎｃｋ、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ８、１１７５（１９７５）、Ｉｓｈｉｋａｗａら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ  ４（３）：２０９−３２７（１９８３）およびＪａｂｌｏｎｓｋｉ、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１４８：１９９（１９８５）に記載の方法を含む、現在使用される何らかの従来法の１つであり得る。
【０１８３】
標識は、スペーサー又は特異的結合対のその他のメンバーの使用などの間接的方法により行うことができる。この例は、逐次又は同時に添加されるストレプトアビジンおよびビオチニル化酵素での、非標識ストレプトアビジンおよびビオチニル化酵素を有するビオチニル化抗体の検出である。従って、本発明によれば、検出に使用される抗体は、レポーターによって直接的に、又は第１の特異的結合対メンバーによって間接的に、検出可能に標識することができる。抗体を第１の特異的結合対メンバーと連結させる場合、抗体−第１の特異的結合複合体メンバーを第２の標識又は非標識結合対メンバーと上述のように反応させることによって、検出が行われる。
【０１８４】
さらに、非標識検出抗体は、非標識抗体を非標識抗体に特異的な標識抗体と反応させることによって検出することができる。この場合、上記で使用される「検出可能に標識された」は、非標識抗体に特異的な抗体が結合することができるエピトープを含有することを意味する。このような抗抗体は、上記で考察したアプローチの何れかを用いて直接的又は間接的に標識することができる。例えば、抗抗体は、上記で考察されるストレプトアビジン−西洋ワサビペルオキシダーゼ系と反応させることによって検出されるビオチンと連結させることができる。
【０１８５】
本発明のある実施形態において、ビオチンが使用される。次いで、ビオチン化抗体をストレプトアビジン−西洋ワサビペルオキシダーゼ複合体と反応させる。オルトフェニレンジアミン、４−クロロ−ナフトール、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）、ＡＢＴＳ、ＢＴＳ又はＡＳＡを色素検出に使用することができる。
【０１８６】
本発明を実施するためのある免疫測定法形式において、捕捉試薬が従来技術を用いて支持体表面に固定されたフォワード（ｆｏｒｗａｒｄ）サンドイッチアッセイが使用される。アッセイに使用される適切な支持体には、ポリプロピレン、ポリスチレン、置換ポリスチレン、例えばアミノ化又はカルボキシル化ポリスチレン、ポリアクリルアミド、ポリアミド、ポリ塩化ビニル、ガラスビーズ、アガロース又はニトロセルロースなどの合成高分子支持体が含まれる。
【０１８７】
本発明は、生体試料中のバイオマーカータンパク質又は核酸の存在を検出するためのキットも包含する。このようなキットは、対象が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対して影響されにくい腫瘍に罹患しているか否か、又はその発症リスクが高いか否かを判定するために使用することができる。例えば、本キットは、生体試料中のバイオマーカータンパク質又は核酸を検出することができる標識化合物又は試薬、および試料中のタンパク質又はｍＲＮＡの量を測定する手段（例えば、タンパク質もしくはその断片に結合する抗体又はタンパク質をコードするＤＮＡもしくはｍＲＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）を含み得る。キットは、キットを用いて得られた結果を解釈する説明書も含み得る。
【０１８８】
抗体に基づくキットの場合、このキットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質と結合する（例えば、固体支持体に付着した）第１の抗体および場合によっては（２）タンパク質又は第１の抗体と結合し、検出可能な標識に連結される、第２の異なる抗体を含み得る。
【０１８９】
オリゴヌクレオチドに基づくキットの場合、このキットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成するオリゴヌクレオチド、例えば検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド又は（２）バイオマーカー核酸分子の増幅に有用であるプライマー対を含み得る。本キットは、例えば、緩衝試薬、防腐剤又はタンパク質安定化剤を含み得る。本キットは、検出可能な標識の検出に必要な構成要素（例えば酵素又は基質）をさらに含み得る。本キットは、アッセイされ、試験試料と比較され得る対照試料又は一連の対照試料も含有し得る。キットの各構成要素は、個々の容器に封入され得、様々な容器全てが、キットを用いて実施されるアッセイの結果を解釈する説明書と一緒に、単一包装中で包装され得る。
【０１９０】
本発明は、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することによって、例えば、腫瘍細胞上皮および／又は間葉バイオマーカーの発現レベルを測定するための本明細書に記載の方法の何れかによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与する段階を含む、患者における腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法もさらに提供する。この方法に関して、好ましいＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の例は、薬理学的に許容可能なその塩又は多形体を含む、化合物６６と類似の特性（例えば、選択性、効力）を有するものである。この方法において、個々の患者に関する何らかのさらなる状況と組み合わせて、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性の予測を考慮して、投与医師によって適切であると判断された場合に、１以上のさらなる抗癌剤又は治療薬をＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤と同時に又は逐次的に投与することができる。
【０１９１】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する反応性を予測するためのその他のバイオマーカー測定法とともに又はこれなしで、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性の予測因子としてＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化を使用することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断する最初の段階を含む、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤によって、その他の抗癌化合物とともに又はこれなしで、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する（ＣＤＨ１プロモーターメチル化がないか又は低いことは、ＩＧＦＩＲキナーゼ阻害剤に対する感受性がより高いことを示す。）。これに関連して、ＩＧＦＩ−Ｒキナーゼに対する反応性を診断するための複数の方法が使用される場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断するための方法の少なくとも１つが、患者がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性がある可能性があることを示す場合、患者は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると診断され、従って、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量が投与される。
【０１９２】
従って、本発明は、腫瘍細胞においてＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態を評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化がないか又は低いことは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法を提供する。
【０１９３】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現されるバイオマーカーｐＥｒｋのレベルを両方評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞によるバイオマーカーｐＥｒｋ発現が低レベルであることはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞においてＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態を評価し（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化が低いこと又はないことは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断された場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。
【０１９４】
本発明はまた、患者の腫瘍細胞により発現される上皮又は間葉バイオマーカーの遺伝子発現レベルを評価することによってＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し（腫瘍細胞による間葉バイオマーカー発現が低レベルであること又は上皮バイオマーカー発現が高レベルであることはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；腫瘍細胞におけるＥ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化状態もまた評価し（Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターメチル化がないこと又は低いことはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。）；ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があると患者が診断される場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法も提供する。上皮又は間葉バイオマーカーの遺伝子発現レベルの評価は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡ転写レベルを測定することにより行われ得る。
【０１９５】
医学分野の熟練者にとって当然のことながら、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性の診断後のＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量の患者への投与の正確な方法は、主治医の判断に任される。投与量を含む投与方式、その他の抗癌剤との組み合わせ、投与のタイミングおよび頻度などは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性の診断ならびに患者の状態および病歴により影響を受け得る。従って、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して比較的感受性が低いと予測される腫瘍があると診断される患者でさえも、特にその他の抗癌剤又はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の感受性を変化させ得る薬剤と組み合わせて、このような阻害剤での治療から利益を受け得る。
【０１９６】
本発明は、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することにより、例えば腫瘍細胞上皮および／又は間葉バイオマーカーの発現レベルを測定するための本明細書中に記載の何れかの方法により、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性がある者として患者を同定し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する。
【０１９７】
本発明は、腫瘍細胞が上皮間葉移行を起こしているか否かを評価することにより、例えば腫瘍細胞上皮および／又は間葉バイオマーカーの発現レベルを測定するための本明細書中に記載の何れかの方法により、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する患者の推定反応性を診断し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療に対して有効な反応を示す可能性が少ないか又は示す可能性がないものとして患者を同定し、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤以外の抗癌療法で患者を治療する段階を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供する。
【０１９８】
本発明は、（ａ）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対してある範囲の感受性を示す腫瘍細胞パネル中の上皮バイオマーカー候補の発現レベルを測定することと、（ｂ）腫瘍細胞中の前記上皮バイオマーカー候補の発現レベルとＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性との相関関係を明らかにすることを含み、上皮バイオマーカーレベルが高いこととＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高感受性との相関関係により、前記上皮バイオマーカーの発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することが示される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性をその発現レベルが予測する上皮バイオマーカーを同定する方法をさらに提供する。この方法のある実施形態において、腫瘍細胞パネルは腫瘍細胞系パネルである。代替的実施形態において、腫瘍細胞パネルは、患者又は実験動物モデル由来の腫瘍試料から調製される原発腫瘍細胞パネルである。さらなる実施形態において、腫瘍細胞パネルは、マウス異種移植片中の腫瘍細胞系パネルであり、腫瘍細胞増殖は、例えば、増殖の分子マーカー又は腫瘍増殖の肉眼的測定、例えば腫瘍寸法又は重量を監視することによって測定することができる。
【０１９９】
本発明は、（ａ）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対してある範囲の感受性を示す腫瘍細胞パネルでの間葉バイオマーカー候補の発現レベルを測定することと、（ｂ）腫瘍細胞中のその間葉バイオマーカー候補の発現レベルとＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性との間の相関関係を明らかにすることと、を含み、間葉バイオマーカーレベルが高いこととＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の低感受性との間の相関関係によって、その間葉バイオマーカーの発現レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性の欠如が予測されることが示される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性をその発現レベルが予測する間葉バイオマーカーを同定する方法をさらに提供する。この方法のある実施形態において、腫瘍細胞パネルは腫瘍細胞株パネルである。代替的な実施形態において、腫瘍細胞パネルは、患者モデル又は実験動物モデル由来の腫瘍試料から調製される原発腫瘍細胞パネルである。さらなる実施形態において、腫瘍細胞株パネルは、マウス異種移植片中の腫瘍細胞系パネルであり、腫瘍細胞増殖は、例えば、増殖の分子マーカー又は腫瘍増殖の肉眼的測定、例えば腫瘍寸法又は重量を監視することによって測定することができる。
【０２００】
本発明は、（ａ）腫瘍性症状の患者からの新生腫瘍細胞含有試料中の上皮バイオマーカー候補のレベルを測定することと、（ｂ）患者からの試料中の前記上皮バイオマーカー候補のレベルとＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による腫瘍性症状の治療の有効性との間の相関関係を明らかにすることと、を含み、上皮バイオマーカーのレベルが高いこととＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による腫瘍性症状のより有効な治療との間の相関関係によって、前記上皮バイオマーカーが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による腫瘍性症状のより有効な治療の診断指標になることが示される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による腫瘍性症状のより有効な治療に対する診断指標になる上皮バイオマーカーを同定する方法をさらに提供する。
【０２０１】
本発明は、（ａ）腫瘍性症状の患者からの新生腫瘍細胞含有試料中の間葉バイオマーカー候補のレベルを測定することと、（ｂ）患者からの試料中の前記間葉バイオマーカー候補のレベルとＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による腫瘍性症状の治療の有効性との間の相関関係を明らかにすることと、を含み、間葉バイオマーカーのレベルが高いこととＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による有効性が低い腫瘍性症状の治療との間の相関関係によって、この間葉バイオマーカーが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による腫瘍性症状のさほど有効でない治療の診断指標になることが示される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による有効性が低い腫瘍性症状の治療の診断指標になる間葉バイオマーカーを同定する方法をさらに提供する。
【０２０２】
先述の方法における治療の有効性は、例えば、腫瘍性症状を有する患者における腫瘍サイズの減少を測定することによって、又は腫瘍細胞の増殖度の分子決定要因をアッセイすることによって、調べることができる。
【０２０３】
本発明は、（ａ）腫瘍性症状を有する患者からの新生腫瘍細胞含有試料中の上皮バイオマーカー候補のレベルを測定することと、（ｂ）患者からの試料中のこの上皮バイオマーカー候補のレベルとＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により治療した際の患者の生存との間の相関関係を明らかにすることと、を含み、上皮バイオマーカーとこの患者の生存との相関関係によって、この上皮バイオマーカーが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により治療した際の、腫瘍性症状を有する患者の延命の診断指標になることが示される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を用いて治療した際に、腫瘍性症状を有する患者の延命の診断指標になる上皮バイオマーカーを同定する方法を提供する。
【０２０４】
本発明は、（ａ）腫瘍性症状を有する患者からの新生腫瘍細胞含有試料中の間葉バイオマーカー候補のレベルを測定することと、（ｂ）患者からの試料中のこの間葉バイオマーカー候補のレベルとＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により治療したときの患者の生存との逆相関関係を明らかにすることと、を含み、間葉バイオマーカーとこの患者の生存との逆相関関係によって、この間葉バイオマーカーが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により治療した際の、前記腫瘍性症状を有する患者の生存短縮の診断指標になることが示される、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤により治療した際に、腫瘍性症状を有する患者の生存短縮の診断指標になる間葉バイオマーカーを同定する方法を提供する。
【０２０５】
本発明は、腫瘍細胞が、以前に上皮間葉移行した腫瘍細胞として特徴づけられ、この腫瘍細胞の試料をＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤と接触させることと、この腫瘍細胞の同一試料を試験薬剤の存在下でＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤と接触させることと、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤が介在する増殖阻害を試験薬剤の存在下および非存在下で比較することと、試験薬剤がＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を高める薬剤であるか否かを判定することと、を含む、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を高める薬剤を同定する方法を提供する。この方法に関し、好ましいＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の例は、薬理学的に許容可能なその塩又は多形体を含む化合物６６と類似の特性を有する化合物である。この方法のある実施形態において、腫瘍細胞試料は、腫瘍細胞株、原発腫瘍細胞培養物などのインビトロでの細胞であり得る。代替的実施形態において、腫瘍細胞試料は、マウス異種移植片中の腫瘍細胞などのインビボでの細胞であり得る。後者の実施形態において、腫瘍細胞増殖は、例えば、増殖の分子マーカー又は腫瘍増殖の肉眼的測定、例えば腫瘍寸法又は重量を監視することによって測定することができる。
【０２０６】
先述の方法において試験され得る適切な試験薬剤には、コンビナトリアルライブラリ、特定の化学物質、ペプチドおよびペプチド模倣物、オリゴヌクレオチドおよびディスプレイ（例えばファージディスプレイライブラリ）などの天然物ライブラリおよび抗体産物などが含まれる。試験薬剤は、例えば１回の反応あたり１０種類の物質の初期スクリーニングに使用され得、阻害又は活性化を示すこれらのバッチの物質を個々に試験することができる。試験薬剤は、１ｎＭから１０００μＭ、好ましくは１μＭから１００μＭ、より好ましくは１μＭから１０μＭの濃度で使用され得る。
【０２０７】
先述の方法によって同定されたＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を高める薬剤は、（肺癌又は本明細書に記載のその他の癌タイプの何れかを含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する反応性が低いことが予測される癌患者の治療に使用することができ、これは本発明のさらなる実施形態である。従って、本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に関連して本明細書に記載の方法を含む、当技術分野で公知の方法の何れかによって処方および投与することができるこのような薬剤を含む組成物をさらに提供する。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を高めるこのような薬剤は、例えば、間葉上皮移行（ＭＥＴ）を誘発する薬剤又はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する低感受性に関与する特定の細胞活性を阻害する薬剤又はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を高める特定の細胞活性を誘導する薬剤であり得る。適切な薬剤の例には、ＥＭＴ誘導剤のアンタゴニストが含まれる。
【０２０８】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量と、さらに１以上のその他の細胞毒性薬、化学療法剤もしくは抗癌剤又はこのような薬剤の効果を高める化合物とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２０９】
本発明に関連して、さらなるその他の細胞毒性薬、化学療法剤もしくは抗癌剤又はこのような薬剤の効果を高める化合物には、例えば、シクロホスファミド（ＣＴＸ；例えば、ＣＹＴＯＸＡＮ（Ｒ））、クロラムブシル（ＣＨＬ；例えば、ＬＥＵＫＥＲＡＮ（Ｒ））、シスプラチン（ＣｉｓＰ；例えば、ＰＬＡＴＩＮＯＬ（Ｒ））ブスルファン（例えばＭＹＬＥＲＡＮ（Ｒ））、メルファラン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ストレプトゾトシン、トリエチレンメラミン（ＴＥＭ）、マイトマイシンＣなどのアルキル化剤又はアルキル化作用を有する薬剤；メトトレキセート（ＭＴＸ）、エトポシド（ＶＰ１６；例えば、ＶＥＰＥＳＩＤ（Ｒ））、６−メルカプトプリン（６ＭＰ）、６−チオｃグアニン（６ＴＧ）、シタラビン（Ａｒａ−Ｃ）、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、カペシタビン（例えばＸＥＬＯＤＡ（Ｒ））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）などの代謝拮抗物質；アクチノマイシンＤ、ドキソルビシン（ＤＸＲ；例えば、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（Ｒ））、ダウノルビシン（ダウノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシンなどの抗生物質；ビンクリスチン（ＶＣＲ）、ビンブラスチンなどのビンカアルカロイドなどのアルカロイド；およびパクリタキセル（例えばＴＡＸＯＬ（Ｒ））およびパクリタキセル（ｐａｃｔｉｔａｘｅｌ）誘導体などのその他の抗腫瘍薬、細胞増殖抑制剤、デキサメタゾン（ＤＥＸ；例えばＤＥＣＡＤＲＯＮ（Ｒ））などのグルココルチコイドおよびプレドニゾンなどのコルチコステロイド、ヒドロキシ尿素などのヌクレオシド酵素阻害剤、アスパラギナーゼなどのアミノ酸枯渇酵素、ロイコボリンおよびその他の葉酸誘導体および類似の多様な抗腫瘍薬が含まれる。以下の薬剤もさらなる薬剤として使用することができる：アミフォスチン（ａｒｎｉｆｏｓｔｉｎｅ）（例えば、ＥＴＨＹＯＬ（Ｒ））、ダクチノマイシン、メクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、ストレプトゾシン、シクロホスファミド、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、ドキソルビシンリポ（例えばＤＯＸＩＬ（Ｒ））、ゲムシタビン（例えばＧＥＭＺＡＲ（Ｒ））、ダウノルビシンリポ（例えばＤＡＵＮＯＸＯＭＥ（Ｒ））、プロカルバジン、マイトマイシン、ドセタキセル（例えばＴＡＸＯＴＥＲＥ（Ｒ））、アルデスロイキン、カルボプラチン、オキサリプラチン、クラドリビン、カンプトテシン、ＣＰＴ１１（イリノテカン）、１０−ヒドロキシ７−エチル−カンプトテシン（ＳＮ３８）、フロクスウリジン、フルダラビン、イホスファミド、イダルビシン、メスナ、インターフェロンβ、インターフェロンα、ミトキサントロン、トポテカン、ロイプロリド、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、プリカマイシン、ミトタン、ペガスパルガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、タモキシフェン、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、ウラシルマスタード、ビノレルビン、クロラムブシル。
【０２１０】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに１以上の抗ホルモン剤とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。本明細書中で使用される場合、「抗ホルモン剤」という用語は、腫瘍においてホルモン作用を調節又は阻害するように作用する天然又は合成の有機又はペプチド化合物を含む。
【０２１１】
抗ホルモン剤には、例えば、ステロイド受容体アンタゴニスト、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）−イミダゾール、その他のアロマターゼ阻害剤、４２−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストンおよびトレミフェン（例えばＦＡＲＥＳＴＯＮ（Ｒ））などの抗エストロゲン；フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリドおよびゴセレリンなどの抗アンドロゲン；および医薬的に許容可能な、上記の何れかの塩、酸又は誘導体；卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）および黄体形成ホルモン（ＬＨ）およびＬＨＲＨ（黄体形成（ｌｅｕｔｅｉｎｉｚｉｎｇ）ホルモン放出ホルモン）などの糖タンパク質ホルモンのアゴニストおよび／又はアンタゴニスト；ＺＯＬＡＤＥＸ（Ｒ）（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）として市販されているＬＨＲＨアゴニスト酢酸ゴセレリン；ＬＨＲＨアンタゴニストＤ−アラニンアミドＮ−アセチル−３−（２−ナフタレニル）−Ｄ−アラニル−４−クロロ−Ｄ−フェニルアラニル−３−（３−ピリジニル）−Ｄ−アラニル−Ｌ−セリル−Ｎ６−（３−ピリジニルカルボニル）−Ｌ−リシル−Ｎ６−（３−ピリジニルカルボニル）−Ｄ−リシル−Ｌ−ロイシル−Ｎ６−（１−メチルエチル）−Ｌ−リシル−Ｌ−プロリン（例えば、ＡＮＴＩＤＥ（Ｒ）、Ａｒｅｓ−Ｓｅｒｏｎｏ）；ＬＨＲＨアンタゴニストガニレリクス酢酸塩；ステロイド性抗アンドロゲン酢酸シプロテロン（ＣＰＡ）およびＭＥＧＡＣＥ（Ｒ）（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）として市販されている酢酸メゲストロール；ＥＵＬＥＸＩＮ（Ｒ）（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐ．）として市販されている非ステロイド性抗アンドロゲンフルタミド（２−メチル−Ｎ−［４，２０−ニトロ−３−（トリフルオロメチル）フェニルプロパンアミド）；非ステロイド性抗アンドロゲンニルタミド、（５，５−ジメチル−３−［４−ニトロ−３−（トリフルオロメチル−４’−ニトロフェニル）−４，４−ジメチル−イミダゾリジン−ジオン）；およびＲＡＲ、ＲＸＲ、ＴＲ、ＶＤＲなどに対するアンタゴニストなどのその他の非許容受容体に対するアンタゴニストが含まれる。
【０２１２】
化学療法計画における上記細胞毒性薬および他の抗癌剤の使用は、一般に、癌治療分野において特徴が明らかになっており、本明細書中でのその使用も、耐性および有効性の監視および投与経路および投与量の制御について、ある程度の調節の上、同様に考慮される。例えば、細胞毒性薬の実際の投与量は、組織培養法を使用することによって求められる患者の培養細胞反応に応じて変化し得る。一般に、投与量は、さらなるその他の薬剤の非存在下で使用される量と比較して少ない。
【０２１３】
有効な細胞毒性薬の典型的な投与量は、製造者によって推奨される範囲内であり得、インビトロでの反応又は動物モデルにおける反応によって示される場合には、最高で約１桁の濃度又は量を減少させ得る。従って、実際の投与量は、医師の判断、患者の状態および初代培養悪性細胞もしくは組織培養した組織試料のインビトロでの反応性に基づくか又は適切な動物モデルにおいて観察される反応に基づく治療方法の有効性に依存して決まる。
【０２１４】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに１以上の血管新生阻害剤とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者における腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２１５】
抗血管新生剤には、例えば、ＳＵ−５４１６およびＳＵ−６６６８（Ｓｕｇｅｎ  Ｉｎｃ．ｏｆ  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．、ＵＳＡ）又は例えば、国際出願ＷＯ９９／２４４４０、ＷＯ９９／６２８９０、ＷＯ９５／２１６１３、ＷＯ９９／６１４２２、ＷＯ９８／５０３５６、ＷＯ９９／１０３４９、ＷＯ９７／３２８５６、ＷＯ９７／２２５９６、ＷＯ９８／５４０９３、ＷＯ９８／０２４３８、ＷＯ９９／１６７５５号およびＷＯ９８／０２４３７号および米国特許第５，８８３，１１３号、同５，８８６，０２０号、同５，７９２，７８３号、同５，８３４，５０４号および同６，２３５，７６４号に記載のものなどのＶＥＧＦＲ阻害剤；ＩＭ８６２（Ｃｙｔｒａｎ  Ｉｎｃ．ｏｆ  Ｋｉｒｋｌａｎｄ、Ｗａｓｈ．、ＵＳＡ）などのＶＥＧＦ阻害剤；ａｎｇｉｏｚｙｍｅ、Ｒｉｂｏｚｙｍｅ（Ｂｏｕｌｄｅｒ、Ｃｏｌｏ．）およびＣｈｉｒｏｎ（Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ、Ｃａｌｉｆ．）からの合成リボザイム；およびベバシズマブ（例えばＡＶＡＳＴＩＮＴＭ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ）、ＶＥＧＦに対する組み換えヒト化抗体などのＶＥＧＦに対する抗体；αｖβ３、αｖβ５およびαｖβ６インテグリンおよびそのサブタイプ、例えば、シレンギチド（ＥＭＤ１２１９７４）などのインテグリン受容体アンタゴニストおよびインテグリンアンタゴニスト又は例えば、αｖβ３特異的ヒト化抗体（例えば、ＶＩＴＡＸＩＮ（Ｒ））などの抗インテグリン抗体；ＩＦＮ−α（米国特許第４１５３０，９０１号、同４，５０３，０３５号および同５，２３１，１７６号）などの因子；アンギオスタチンおよびプラスミノゲン断片（例えば、クリングル１−４、クリングル５、クリングル１−３（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ、Ｍ．Ｓ．ら（１９９４）Ｃｅｌｌ  ７９：３１５−３２８；Ｃａｏら（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２９４６１−２９４６７；Ｃａｏら（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：２２９２４−２２９２８）；エンドスタチン（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ、Ｍ．Ｓ．ら（１９９７）Ｃｅｌｌ  ８８：２７７および国際特許公開ＷＯ９７／１５６６６）；トロンボスポンジン（ＴＳＰ−１；Ｆｒａｚｉｅｒ（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．３：７９２）；血小板因子４（ＰＦ４）；プラスミノゲン活性化因子／ウロキナーゼ阻害剤；ウロキナーゼ受容体アンタゴニスト；ヘパリナーゼ；ＴＮＰ−４７０１などのフマギリン類似体；スラミンおよびスラミン類似体；血管新生抑制ステロイド；ｂＦＧＦアンタゴニスト；ｆｌｋ−１およびｆｌｔ−１アンタゴニスト；ＭＭＰ−２（マトリックス−メタロプロテイナーゼ２）阻害剤およびＭＭＰ−９（マトリックス−メタロプロテイナーゼ９）阻害剤などの抗血管新生剤が含まれる。有用なマトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤の例は、国際特許公開ＷＯ９６／３３１７２、同９６／２７５８３、同９８／０７６９７、同９８／０３５１６、同９８／３４９１８、同９８／３４９１５、同９８／３３７６８、同９８／３０５６６、同９０／０５７１９、同９９／５２９１０、同９９／５２８８９号、同９９／２９６６７号および同９９／０７６７５、欧州特許公開��８１８，４４２号、同７８０，３８６号、同１，００４，５７８号、同６０６，０４６号および同９３１，７８８号；英国特許公開第９９１２９６１号および米国特許第５，８６３，９４９号および同５，８６１，５１０号に記載されている。好ましいＭＭＰ−２およびＭＭＰ−９阻害剤は、ＭＭＰ−１を阻害する活性を殆ど又は全く持たない阻害剤である。その他のマトリックス−メタロプロテイナーゼ（即ちＭＭＰ−１、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−４、ＭＭＰ−５、ＭＭＰ−６、ＭＭＰ−７、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ−１０、ＭＭＰ−１１、ＭＭＰ−１２およびＭＭＰ−１３）に対して、ＭＭＰ−２および／又はＭＭＰ−９を選択的に阻害する阻害剤がより好ましい。
【０２１６】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに１以上の腫瘍細胞アポトーシス促進剤又はアポトーシス刺激剤とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者における腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２１７】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに１以上のシグナル伝達阻害剤とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２１８】
シグナル伝達阻害剤には、例えば、ｅｒｂ２受容体阻害剤、例えば有機分子など、又はｅｒｂ２受容体に結合する抗体、例えばトラスツズマブ（例えばＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（Ｒ））；その他のタンパク質チロシンキナーゼの阻害剤、例えばイマチニブ（ｉｍｉｔｉｎｉｂ）（例えばＧＬＥＥＶＥＣ（Ｒ））；ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤（本明細書下記参照）；ｒａｓ阻害剤；ｒａｆ阻害剤；ＭＥＫ阻害剤；ｍＴＯＲ１およびｍＴＯＲ２キナーゼの両方に結合し、直接阻害するｍＴＯＲ阻害剤を含む、ｍＴＯＲ阻害剤；二重ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤であるｍＴＯＲ阻害剤、例えばＦａｎ  Ｑ−Ｗら（２００６）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ９：３４１−３４９およびＫｎｉｇｈｔ、Ｚ．Ａ．ら（２００６）Ｃｅｌｌ  １２５：７３３−７４７に記載のような化合物ＰＩ−１０３など；ｍＴＯＲキナーゼおよび１以上のその他のＰＩＫＫ（又はＰＩＫ関連）キナーゼファミリーメンバーの二重阻害剤であるｍＴＯＲ阻害剤が含まれる。このようなメンバーには、ＭＥＣ１、ＴＥＬ１、ＲＡＤ３、ＭＥＩ−４１、ＤＮＡ−ＰＫ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＴＲＲＡＰ、ＰＩ３ＫおよびＰＩ４Ｋキナーゼ；サイクリン依存性キナーゼ阻害剤；プロテインキナーゼＣ阻害剤；ＰＩ−３キナーゼ阻害剤；およびＰＤＫ−１阻害剤（このような阻害剤のいくつかの例の記述、および癌治療の臨床試験におけるその使用については、Ｄａｎｃｅｙ、Ｊ．およびＳａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ２：９２−３１３を参照）が含まれる。
【０２１９】
ＥＧＦＲ阻害剤には、例えば、［６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリン−４−イル］−（３−エチニルフェニル）アミン（ＯＳＩ−７７４、エルロチニブ又はＴＡＲＣＥＶＡＴＭ（エルロチニブＨＣｌ）としても知られる；ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）（米国特許第５，７４７，４９８号；国際特許公開ＷＯ０１／３４５７４およびＭｏｙｅｒ，Ｊ．Ｄ．ら（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４８３８−４８４８）；ＣＩ−１０３３（従来、ＰＤ１８３８０５として知られる。；Ｐｆｉｚｅｒ）（Ｓｈｅｒｗｏｏｄら、１９９９、Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４０：７２３）；ＰＤ−１５８７８０（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＧ−１４７８（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；ＣＧＰ−５９３２６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＰＫＩ−１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；ＧＷ−２０１６（ＧＷ−５７２０１６又は二トシル酸ラパチニブとしても知られる；ＧＳＫ）；ゲフィチニブ（ＺＤ１８３９又はＩＲＥＳＳＡＴＭとしても知られる；Ａｓｔｒａｚｅｎｅｃａ）（Ｗｏｏｄｂｕｒｎら、１９９７、Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．３８：６３３）；および抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤が含まれる。本発明に従い使用することができる特に好ましい低分子量ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、［６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリン−４−イル］−（３−エチニルフェニル）アミン（即ちエルロチニブ）、その塩酸塩（即ちエルロチニブＨＣｌ、ＴＡＲＣＥＶＡＴＭ）又はその他の塩形態（例えばメシル酸エルロチニブ）である。抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤には、その天然リガンドによって、ＥＧＦＲの活性化を部分的又は完全に阻止することができる何らかの抗ＥＧＦＲ抗体又は抗体断片が含まれる。抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の非限定例には、「Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ、Ｈ．ら、１９９３、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２４７−２５３；Ｔｅｒａｍｏｔｏ、Ｔ．ら、１９９６、Ｃａｎｃｅｒ  ７７：６３９−６４５；Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎら、１９９５、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１：１３１１−１３１８；Ｈｕａｎｇ、Ｓ．Ｍ．ら，１９９９、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１５：５９（８）：１９３５−４０；およびＹａｎｇ、Ｘ．ら、１９９９、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５９：１２３６−１２４３に記載されているものが含まれる。従って、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、モノクローナル抗体ＭａｂＥ７．６．３（Ｙａｎｇ、Ｘ．Ｄ．ら（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５９：１２３６−４３）又はＭａｂＣ２２５（ＡＴＣＣ受託番号ＨＢ−８５０８）又は抗体もしくは結合特異性を有するその抗体断片であり得る。適切なモノクローナル抗体ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤には、以下に限定されないが、ＩＭＣ−Ｃ２２５（セツキシマブ又はＥＲＢＩＴＵＸＴＭとしても知られる；Ｉｍｃｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ＡＢＸ−ＥＧＦ（Ａｂｇｅｎｉｘ）、ＥＭＤ７２０００（Ｍｅｒｃｋ  ＫｇａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ）、ＲＨ３（Ｙｏｒｋ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｉｎｃ．）およびＭＤＸ−４４��（Ｍｅｄａｒｅｘ／Ｍｅｒｃｋ  ＫｇａＡ）が含まれる。
【０２２０】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤にはまた、例えばＥＧＦＲキナーゼにおいて活性を有する多重キナーゼ阻害剤、即ちＥＧＦＲキナーゼおよび１以上のさらなるキナーゼを阻害する阻害剤である。このような化合物の例には、ＥＧＦＲおよびＨＥＲ２阻害剤ＣＩ−１０３３（従来、ＰＤ１８３８０５として知られる；Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＧＦＲおよびＨＥＲ２阻害剤ＧＷ−２０１６（ＧＷ−５７２０１６又はトシル酸ラパチニブとしても知られる；ＧＳＫ）；ＥＧＦＲおよびＪＡＫ２／３阻害剤ＡＧ４９０（チロホスチン）；ＥＧＦＲおよびＨＥＲ２阻害剤ＡＲＲＹ−３３４５４３（Ａｒｒａｙ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ）；ＢＩＢＷ−２９９２、不可逆二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２キナーゼ阻害剤（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｃｏｒｐ．）；ＥＧＦＲおよびＨＥＲ２阻害剤ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；ＶＥＧＦ−Ｒ２およびＥＧＦＲ阻害剤ＺＤ６４７４（ＺＡＣＴＩＭＡＴＭとしても知られる；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）およびＥＧＦＲおよびＨＥＲ２阻害剤ＢＭＳ−５９９６２６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）が含まれる。
【０２２１】
ＥｒｂＢ２受容体阻害剤には、例えば、ＧＷ−２８２９７４（Ｇｌａｘｏ  Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  ｐｌｃ）などのＥｒｂＢ２受容体阻害剤、ＡＲ−２０９（Ａｒｏｎｅｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｉｎｃ．ｏｆ  Ｗｏｏｄｌａｎｄｓ、Ｔｅｘ．、ＵＳＡ）および２Ｂ−１（Ｃｈｉｒｏｎ）などのモノクローナル抗体および国際公開ＷＯ９８／０２４３４、同９９／３５１４６、同９９／３５１３２、同９８／０２４３７、同９７／１３７６０および同９５／１９９７０および米国特許第５，５８７，４５８号、同５，８７７，３０５号、同６，４６５，４４９号および同６，５４１，４８１号に記載のものなどのｅｒｂＢ２阻害剤が含まれる。
【０２２２】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに抗ＨＥＲ２抗体又は免疫療法的に活性なその断片とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２２３】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに１以上のさらなる抗増殖剤とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２２４】
さらなる抗増殖剤には、例えば、米国特許第６，０８０，７６９号、同６，１９４，４３８号、同６，２５８，８２４号、同６，５８６，４４７号、同６，０７１，９３５号、同６，４９５，５６４号、同６，１５０，３７７号、同６，５９６，７３５号および同６，４７９，５１３号および国際特許公開ＷＯ０１／４０２１７に開示および特許請求される化合物を含む、酵素ファルネシルタンパク質トランスフェラーゼの阻害剤および受容体チロシンキナーゼＰＤＧＦＲの阻害剤が含まれる。
【０２２５】
本発明に従い使用することができるＰＤＧＦＲキナーゼ阻害剤の例には、イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（Ｒ）；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＳＵ−１２２４８（リンゴ酸スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ（Ｒ）；Ｐｆｉｚｅｒ）；ダサチニブ（ＳＰＲＹＣＥＬ（Ｒ）；ＢＭＳ、ＢＭＳ−３５４８２５としても知られる。）；ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（Ｒ）；Ｂａｙｅｒ；Ｂａｙ−４３−９００６としても知られる。）；ＡＧ−１３７３６（アキシチニブ；Ｐｆｉｚｅｒ）；ＲＰＲ１２７９６３（Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ）；ＣＰ−８６８５９６（Ｐｆｉｚｅｒ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＭＬＮ−５１８（タンズチニブ；Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＡＭＧ−７０６（モテサニブ；Ａｍｇｅｎ）；ＡＲＡＶＡ（Ｒ）（レフルノミド；Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ；ＳＵ１０１としても知られる。）およびＯＳＩ−９３０（ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）が含まれ；本発明に従い使用され得るＦＧＦＲキナーゼ阻害剤でもある低分子量ＰＤＧＦＲキナーゼ阻害剤のさらなる好ましい例には、ＸＬ−９９９（Ｅｘｅｈｘｉｓ）；ＳＵ６６６８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＣＨＩＲ−２５８／ＴＫＩ−２５８（Ｃｈｉｒｏｎ）；ＲＯ４３８３５９６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）およびＢＩＢＦ−１１２０（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）が含まれる。
【０２２６】
本発明に従い使用することができるＦＧＦＲキナーゼ阻害剤の例には、ＲＯ−４３９６６８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）；ＣＨＩＲ−２５８（Ｃｈｉｒｏｎ；ＴＫＩ−２５８としても知られる。）；ＰＤ１７３０７４（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＤ１６６８６６（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＮＫ−８３４およびＥＮＫ−８３５（両者ともＥｎｋａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ａ／Ｓ）；およびＳＵ５４０２（Ｐｆｉｚｅｒ）が含まれる。本発明に従い使用され得るＰＤＧＦＲキナーゼ阻害剤でもある低分子量ＦＧＦＲキナーゼ阻害剤のさらなる好ましい例には、ＸＬ−９９９（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）；ＳＵ６６６８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＣＨＩＲ−２５８／ＴＫＩ−２５８（Ｃｈｉｒｏｎ）；ＲＯ４３８３５９６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）およびＢＩＢＦ−１１２０（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）が含まれる。
【０２２７】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらにＣＯＸＩＩ（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害剤とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。有用なＣＯＸ−ＩＩ阻害剤の例には、アレコキシブ（例えばＣＥＬＥＢＲＥＸＴＭ）、バルデコキシブおよびロフェコキシブが含まれる。
【０２２８】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量とさらに放射線治療又は放射性医薬品とを同時又は逐次的に患者に投与することを含む、患者における腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２２９】
放射線源は、治療する患者の外部又は内部であり得る。放射線源が患者の外部にある場合、治療法は外照射療法（ＥＢＲＴ）として知られている。放射線源が患者の内部にある場合、治療法は近接照射療法（ＢＴ）と呼ばれる。本発明に関連する使用のための放射性原子は、以下に限定されないが、ラジウム、セシウム−１３７、イリジウム−１９２、アメリシウム−２４１、金−１９８、コバルト−５７、銅−６７、テクネチウム−９９、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１およびインジウム−１１１を含む群から選択され得る。本発明によるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤が抗体である場合、抗体をこのような放射性同位体で標識することもできる。
【０２３０】
放射線療法は、切除不能又は手術不能な腫瘍および／又は腫瘍転移を制御するための標準的な治療である。放射線療法が化学療法と組み合わせられる場合、結果が向上する。放射線療法は、標的領域に対して与えられる高線量照射によって、腫瘍組織および正常組織の両方において生殖細胞が死滅するという原理に基づく。照射投与計画は、一般に、放射線吸収線量（Ｇｙ）、時間および分割法の点から定義され、腫瘍専門医によって慎重に定められなければならない。患者が受ける照射量は、様々な検討事項に依存するが、２つの最も重要な検討事項は、体のその他の重要な構造又は器官に対する腫瘍の場所および腫瘍の拡散度である。放射線療法を受けている患者に対する典型的な治療コースは、１から６週間にわたる治療スケジュールであり、１０から８０Ｇｙの間の総線量を患者に約１．８から２．０Ｇｙに分割して１日１回、週５日与える。本発明の好ましい実施形態において、ヒト患者の腫瘍を本発明および放射線の併用治療により治療する場合、相乗作用がある。言い換えると、本発明の組み合わせを含む薬剤による腫瘍増殖阻害は、放射線と併用した場合に、場合によってはさらなる化学療法剤又は抗癌剤と併用した場合に増強される。補助放射線療法のパラメータは、例えば、国際特許公開ＷＯ９９／６００２３に含有される。
【０２３１】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の治療的有効量を患者に投与することと、さらに抗腫瘍免疫反応を増強し得る１以上の薬剤による同時又は逐次的治療と、を含む、患者において腫瘍又は腫瘍転移を治療するための先述の方法をさらに提供する。
【０２３２】
抗腫瘍免疫反応を増強することができる薬剤には、例えば、ＣＴＬＡ４（細胞傷害性リンパ球抗原４）抗体（例えば、ＭＤＸ−ＣＴＬＡ４）およびＣＴＬＡ４を遮断することができるその他の薬剤が含まれる。本発明で使用することができる特異的ＣＴＬＡ４抗体には、米国特許第６，６８２，７３６号に記載のものが含まれる。
【０２３３】
本発明に関連して、薬剤又は治療法の「有効量」は上記で定義した通りである。薬剤又は治療法の「治療量未満」とは、薬剤又は治療法の有効量未満の量であるが、別の薬剤又は治療法の有効量又は治療量未満と組み合わせた場合に、例えば、得られる有効な効果における相乗作用により、又は副作用が減少することにより、医師が望む結果がもたらされ得る。
【０２３４】
本明細書中で使用される場合、「患者」という用語は、好ましくは、あらゆる目的でＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療を要するヒトを指し、より好ましくは、癌又は前癌状態もしくは病変を治療するためのこのような治療を要するヒトを指す。しかし、「患者」という用語は、非ヒト動物、好ましくはイヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジおよび非ヒト霊長類などの哺乳動物、とりわけ、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による治療を要する哺乳動物も指し得る。
【０２３５】
好ましい実施形態において、患者は、癌、前癌状態もしくは病変又はその他の異常細胞増殖形態の治療を要するヒトである。癌は、好ましくは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の投与によってある程度又は完全に治療可能である何らかの癌である。癌は、例えば、肺癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬ）癌、細気管支肺胞細胞肺癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚黒色腫又は眼内黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門領域の癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、結腸癌、乳癌、子宮癌、ファロピウス管の癌腫、子宮内膜の癌腫、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、食道癌、小腸癌、内分泌系の癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、膀胱癌、腎癌又は尿管癌、腎細胞癌、腎盂癌、中皮腫、肝細胞癌、胆道癌、慢性もしくは急性白血病、リンパ球性リンパ腫、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、多形神経膠芽腫、星状細胞腫、シュワン腫、上衣細胞腫、髄芽腫、髄膜腫、扁平上皮癌、下垂体腺腫（上記癌の何れかの難治性のものを含む。）又は上記癌の１以上の組み合わせであり得る。前癌状態又は病変には、例えば、口腔白板症、光線性角化症（日光性角化症）、結腸又は直腸の前癌ポリープ、胃上皮形成異常、腺腫性異形成、遺伝性非ポリポーシス大腸癌症候群（ＨＮＰＣＣ）、バレット食道、膀胱異形成および子宮頸部前癌状態からなる群が含まれる。
【０２３６】
本明細書で使用される場合、「難治性」という用語は、治療（例えば、化学療法剤、生物剤および／又は放射線療法）が無効であることが証明された癌を定義するために使用される。難治性の癌腫瘍は、縮小し得るが、治療が有効であると判定される点までは縮小しない。しかし、典型的には、この腫瘍は、治療前と同じ大きさに留まるか（安定型疾患）又は増大する（進行性疾患）。
【０２３７】
本発明の目的に対して、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤とさらなる抗癌剤（両方の成分を以下では「２種類の活性薬剤」と呼ぶ。）「の同時投与」および「同時投与する」とは、２種類の活性薬剤の別個又は一緒の何らかの投与を指し、併用療法の利点が得られるように設計された適切な投薬計画の一部として、２種類の活性薬剤が投与される。従って、２種類の活性薬剤は、同じ医薬組成物の一部として、又は個別の医薬組成物として、投与され得る。さらなる薬剤は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の投与前に、投与と同時に、もしくは投与に続いて投与され得るか又はそれらの何らかの組み合わせにおいて投与され得る。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤が、例えば標準治療コース中に、患者に繰り返して投与される場合、さらなる薬剤は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤又はそれらの何らかの組み合わせの各投与前に、投与と同時に、もしくは投与に続いて、又はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤治療に対して異なる間隔で投与され得るか、又はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤での治療コース前に、治療コース中の任意の時間に、もしくは治療コースに続いて単回投与され得る。
【０２３８】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、典型的に、当分野で公知のような、および例えば国際特許公開ＷＯ０１／３４５７４で開示されるような、患者が治療されている癌の（効力および安全性の両方の観点から）最も有効な治療をもたらす投薬計画で患者に投与される。本発明による治療方法を実施する際、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、治療される癌のタイプ、使用されるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤のタイプ（例えば、小分子、抗体、ＲＮＡｉ、リボザイム又はアンチセンスコンストラクト）および、例えば公開された臨床試験の結果に基づくような、処方医師の医学的判断に応じて、経口、局所、静脈内、腹膜内、筋肉内、関節内、皮下、鼻腔内、眼球内、膣、直腸又は皮内経路などの、当技術分野で公知の何らかの有効な方式で投与され得る。
【０２３９】
投与されるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の量およびＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤投与のタイミングは、治療されている患者のタイプ（人種、性別、年齢、体重など）および状態、治療されている疾患又は症状の重症度および投与経路に依存する。例えば、低分子ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、患者に０．００１から１００ｍｇ／ｋｇ体重／日もしくは週の範囲の用量で単回もしくは分割投与することができるか又は連続注入することができる（例えば国際公開第０１／３４５７４号参照）。特に、化合物６６などの化合物又は類似の化合物は、患者に５−２００ｍｇ／日もしくは１００−１６００ｍｇ／週の範囲の用量で単回もしくは分割投与され得るか又は連続注入され得る。好ましい用量は１５０ｍｇ／日である。抗体に基づくＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤又はアンチセンス、ＲＮＡｉ又はリボザイムコンストラクトは、患者に０．１から１００ｍｇ／ｋｇ体重／日又は週の範囲の用量で単回もしくは分割投与され得るか又は連続注入され得る。ある例では、前記範囲の下限未満の投与量レベルが十二分であり得るが、最初に１日を通していくつかの小投与用量に分割すれば、有害な副作用を何ら起こさずにさらに多い用量が使用され得る。
【０２４０】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤およびその他のさらなる薬剤は、同じ又は異なる経路によって、別個に又は一緒に、多岐にわたる様々な剤形で、投与され得る。例えば、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、好ましくは、経口又は非経口投与される。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤が化合物６６又は類似のこのような化合物である場合には、経口投与が好ましい。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤およびその他のさらなる薬剤の両方を単回又は複数回投与することができる。
【０２４１】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、医薬的に許容される様々な不活性担体とともに、錠剤、カプセル剤、舐剤、トローチ剤、ハードキャンデー剤、散剤、噴霧剤、クリーム剤、軟膏剤（ｓａｌｖｅ）、坐剤、ゼリー剤、ゲル剤、ペースト剤、ローション剤、軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、エリキシル剤、シロップ剤などの形態で投与され得る。このような剤形の投与は、単回又は複数回投与で実施することができる。担体には、固体希釈剤又は充填剤、無菌水性媒体および様々な無毒有機溶媒などが含まれる。経口医薬組成物は、適切に甘味付け、および／又は香味付けされ得る。
【０２４２】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、噴霧剤、クリーム剤、軟膏剤（ｓａｌｖｅ）、坐剤、ゼリー剤、ゲル剤、ペースト剤、ローション剤、軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）などの形態で、医薬的に許容可能な不活性担体と組み合わせることができる。このような剤形の投与は、単回又は複数回投与で実施することができる。担体には、固体希釈剤又は充填剤、無菌水性媒体および様々な無毒有機溶媒などが含まれる。
【０２４３】
タンパク質性ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を含む全製剤は、阻害剤の変性および／又は分解および生物活性喪失を回避するように選択されるべきである。
【０２４４】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物を調製する方法は当技術分野で公知であり、例えば国際特許公開ＷＯ０１／３４５７４に記載されている。本発明の教示を考慮して、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物の調製方法は、上記刊行物およびＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｅａｓｔｏｎ、Ｐａ．第１８版（１９９０）などのその他の公知参考文献から明らかである。
【０２４５】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の経口投与の場合、活性薬剤の一方又は両方を含有する錠剤は、例えば、微結晶セルロース、クエン酸ナトリウム、炭酸カルシウム、リン酸二カルシウムおよびグリジンなどの様々な賦形剤の何れか、デンプン（および好ましくは、トウモロコシ、ジャガイモ又はタピオカデンプン）、アルギン酸およびある種の複合ケイ酸塩などの様々な崩壊剤とともに、ポリビニルピロリドン、スクロース、ゼラチンおよびアラビアゴムのような造粒結合剤と、組み合わせられる。さらに、ステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウムおよびタルクなどの潤滑剤は、錠剤化に非常に有用であることが多い。類似のタイプの固体組成物は、ゼラチンカプセル中の充填剤としても使用され得、これに関連して好ましい材料にはまた、ラクトース又は乳糖ならびに高分子量ポリエチレングリコールも含まれる。水性懸濁剤および／又はエリキシル剤が経口投与に対して望ましい場合、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は様々な甘味剤又は香味料、着色剤又は色素と組み合わせられ得、必要に応じて、乳化剤および／又は懸濁剤も、水、エタノール、プロピレングリコール、グリセリンおよびこれらの様々な類似の組み合せなどの希釈剤と一緒に組み合わせられ得る。
【０２４６】
活性薬剤の一方又は両方の非経口投与の場合、ゴマもしくはピーナツ油又は水性プロピレングリコールの何れか中の溶液ならびに活性薬剤又は対応するその水溶性塩を含む滅菌水溶液が使用され得る。このような滅菌水溶液は、好ましくは適切に緩衝され、また、好ましくは例えば十分な食塩水又はグルコースによって等張にされる。これらの特定の水溶液は、静脈内、筋肉内、皮下および腹腔内注射用に特に適切である。油状溶液は、関節内、筋肉内および皮下注射用に適切である。これらの全溶液の無菌条件下での調製は、当業者にとって周知の標準製薬技術によって容易に実施され得る。タンパク質性ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の投与に選択される何らかの非経口製剤は、阻害剤の変性および生物活性の喪失を回避するように選択されるべきである。
【０２４７】
さらに、標準製薬実務に従って、例えば、クリーム剤、ローション剤、ゼリー剤、ゲル剤、ペースト剤、軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏剤（ｓａｌｖｅ）などにより、活性薬剤の一方又は両方を局所投与することができる。例えば、約０．１％（ｗ／ｖ）から約５％（ｗ／ｖ）の濃度のＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を含む局所製剤を調製することができる。
【０２４８】
獣医学用の場合、活性薬剤は、上記剤形の何れかを用いて、および上記経路の何れかによって、別個に又は一緒に動物に投与され得る。好ましい実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、カプセル剤、ボーラス、錠剤、水薬（ｌｉｑｕｉｄ  ｄｒｅｎｃｈ）の形態で、注射によって又は移植片として投与される。別の方法として、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は動物飼料と一緒に投与され得、このために、濃厚飼料添加剤又は混合飼料を正常な動物飼料用に調製することができる。このような製剤は、標準獣医実務に従って従来の様式で調製される。
【０２４９】
本明細書で使用される場合、「ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤」という用語は、当技術分野で現在公知であるか又は将来同定される、何らかのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を指し、患者に投与されると、下流の生物学的効果の何れか（投与されない場合、その天然リガンドがＩＧＦ−１Ｒと結合することによって生じる。）を含め、患者におけるＩＧＦ−１受容体の活性化に関連する生物活性を結果として阻害する、何らかの化学物質を含む。このようなＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤には、ＩＧＦ−１Ｒの活性化を遮断し得るか又は患者における癌治療に関連するＩＧＦ−１Ｒ活性化の下流の生物学的効果の何れかを遮断し得る、何らかの薬剤が含まれる。このような阻害剤は、受容体の細胞内ドメインに直接結合し、そのキナーゼ活性を阻害することによって作用し得る。あるいは、このような阻害剤は、ＩＧＦ−１受容体のリガンド結合部位又はその一部を占め、それによってその天然リガンドが受容体に接近できないようにし、その正常な生物活性を阻止又は抑制することによって作用し得る。あるいは、このような阻害剤は、ＩＧＦ−１Ｒポリペプチドの２量体化もしくはＩＧＦ−１Ｒポリペプチドとその他のタンパク質の相互作用を調節することによって作用し得るか又はＩＧＦ−１Ｒのユビキチン化およびエンドサイトーシス分解を増強し得る。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害は、ＩＧＦ−１Ｒを活性化するために利用可能なＩＧＦ−１の量を低下させることによって、例えばＩＧＦ−１のその受容体への結合に拮抗することによって、ＩＧＦ−１のレベルを低下させることによって、又はＩＧＦ結合タンパク質などのＩＧＦ−１Ｒ以外のタンパク質（例えばＩＧＦＢＰ３）とのＩＧＦ−１の会合を促進することによって、作用し得る。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤には、以下に限定されないが、低分子量阻害剤、抗体又は抗体断片、アンチセンスコンストラクト、低分子干渉ＲＮＡ（即ちｄｓＲＮＡによるＲＮＡ干渉；ＲＮＡｉ）およびリボザイムが含まれる。好ましい実施形態において、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、ヒトＩＧＦ−１Ｒに特異的に結合する、低分子量有機分子又は抗体である。
【０２５０】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤には、例えば、イミダゾピラジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、キナゾリンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、ピリド−ピリミジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、ピリミド−ピリミジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、ピロロ−ピリミジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、ピラゾロ−ピリミジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、フェニルアミノ−ピリミジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、オキシインドールＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、インドロカルバゾールＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、フタラジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、イソフラボンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤、キナロン（ｑｕｉｎａｌｏｎｅ）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤およびチロホスチンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤およびこのようなＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の医薬的に許容可能な全ての塩および溶媒和物が含まれる。
【０２５１】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤のさらなる例には、イミダゾピラジンＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤を記載する国際特許公開ＷＯ０５／０３７８３６、ＩＧＦ−１Ｒ関連疾患を治療するためのピリミジンを記載する国際特許公開ＷＯ０３／０１８０２１およびＷＯ０３／０１８０２２、シクロリグナンおよびＩＧＦ−１Ｒ阻害剤としてのシクロリグナンを記載する国際特許公開ＷＯ０２／１０２８０４およびＷＯ０２／１０２８０５、ＩＧＦ−１Ｒチロシンキナーゼの阻害に対して反応する疾患の治療のためのピロロピリミジンを記載する国際特許公開ＷＯ０２／０９２５９９、チロシンキナーゼ阻害剤としてピロロピリミジンを記載する国際特許公開ＷＯ０１／７２７５１およびキナーゼのピロロトリアジン阻害剤を記載する国際特許公開ＷＯ００／７１１２９；およびピロロ［２，３−ｄ］ピリミジンおよびチロシンキナーゼ阻害剤としてのそれらの使用を記載する国際特許公開ＷＯ９７／２８１６１、インビトロおよびインビボでＩＧＦ−１Ｒ阻害活性を有するチロホスチンを記載するＰａｒｒｉｚａｓら（Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ、１３８：１４２７−１４３３（１９９７））、ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤としてのヘテロアリール−アリール尿素を記載する国際特許公開ＷＯ００／３５４５５、ＩＧＦ−１Ｒの調節物質としてのピリミジン誘導体を記載する国際特許公開ＷＯ０３／０４８１３３、キナーゼタンパク質に対する阻害的効果を有する化学的化合物を記載する、国際特許公開ＷＯ０３／０２４９６７、ＷＯ０３／０３５６１４、ＷＯ０３／０３５６１５、ＷＯ０３／０３５６１６およびＷＯ０３／０３５６１９、過剰増殖症状を治療するための方法および組成物を記載する国際特許公開ＷＯ０３／０６８２６５、タンパク質キナーゼ阻害剤としてのピロロピリミジンを記載する国際特許公開ＷＯ００／１７２０３、セフェム化合物、その産生および抗微生物組成物を記載する日本国特許公開ＪＰ０７／１３３２８０、プテリジン研究および４位が置換されていないプテリジンを記載する、Ａｌｂｅｒｔ、Ａ．ら、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ、１１：１５４０−１５４７（１９７０）および３，４−ジヒドロプテリジンを介して、ピラジンからプテリジン（４位が置換されていない）の合成を記載するＡｌｂｅｒｔ、Ａ．ら、Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．Ｐｔｅｒｉｄｉｎｅｓ  Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ．Ｓｙｍｐ．、４ｔｈ，４：１−５（１９６９）中のものが含まれる。
【０２５２】
本発明において有用なさらなるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤には、ＵＳ公開特許出願２００６／０２３５０３１又は国際特許公開ＷＯ２００５／０９７８００  Ａ１に記載のような式（Ｉ）により表される化合物が含まれる。ＯＳＩ−９０６は、式（Ｉ）に従うＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に相当し、具体的な式ｃｉｓ−３−［８−アミノ−１（２−フェニル−キノリン−７−イル）−イミダゾ［１，５−α］ピラジン−３−イル］−１−メチル−シクロブタノール）および次のような構造を有する。
【０２５３】
【化１】
2011501660.tif 000004
【０２５４】
本発明に従い使用され得るＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤のさらなる具体例には、ｈ７Ｃ１０（Ｃｅｎｔｒｅ  ｄｅ  Ｒｅｃｈｅｒｃｈｅ  Ｐｉｅｒｒｅ  Ｆａｂｒｅ）、ＩＧＦ−１アンタゴニスト；ＥＭ−１６４（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ  Ｉｎｃ．）、ＩＧＦ−１Ｒ調節物質；ＣＰ−７５１８７１（Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）、ＩＧＦ−１アンタゴニスト；ランレオチド（Ｉｐｓｅｎ）、ＩＧＦ−１アンタゴニスト；ＩＧＦ−１Ｒオリゴヌクレオチド（Ｌｙｎｘ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  Ｉｎｃ．）；ＩＧＦ−１オリゴヌクレオチド（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）；Ｎｏｖａｒｔｉｓによって開発中のＩＧＦ−１Ｒタンパク質−チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＮＶＰ−ＡＥＷ５４１、Ｇａｒｃｉａ−Ｅｃｈｅｖｅｒｒｉａ、Ｃ．ら（２００４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５：２３１−２３９；又はＮＶＰ−ＡＤＷ７４２、Ｍｉｔｓｉａｄｅｓ、Ｃ．Ｓ．ら（２００４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５：２２１−２３０）；ＩＧＦ−１Ｒタンパク質−チロシンキナーゼ阻害剤（Ｏｎｔｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ）；ＯＳＩ−９０６（ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＡＧ−１０２４（Ｃａｍｉｒａｎｄ、Ａ．ら（２００５）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ７：Ｒ５７０−Ｒ５７９（ＤＯＩ１０．１１８６／ｂｃｒ１０２８）；Ｃａｍｉｒａｎｄ、Ａ．およびＰｏｌｌａｋ，Ｍ．（２００４）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ９０：１８２５−１８２９；Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）、ＩＧＦ−１アンタゴニスト；チロホスチンＡＧ−５３８およびＩ−ＯＭｅ−ＡＧ５３８；ＢＭＳ−５３６９２４、ＩＧＦ−１Ｒの低分子量阻害剤；ＰＮＵ−１４５１５６Ｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  ＆  Ｕｐｊｏｈｎ  ＳｐＡ）、ＩＧＦ−１アンタゴニスト；ＢＭＳ５３６９２４、二重ＩＧＦ−１ＲおよびＩＲキナーゼ阻害剤（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）；ＡＥＷ５４１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＳＫ６２１６５９Ａ（Ｇｌａｘｏ  Ｓｍｉｔｈ−Ｋｌｉｎｅ）；ＩＮＳＭ−１８（Ｉｎｓｍｅｄ）；およびＸＬ−２２８（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）が含まれる。
【０２５５】
抗体に基づくＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤には、その天然リガンドによるＩＧＦ−１Ｒ活性化を部分的又は完全に阻止し得る何らかの抗ＩＧＦ−１Ｒ抗体又は抗体断片が含まれる。抗体に基づくＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤にはまた、ＩＧＦ−１Ｒ活性化を部分的又は完全に阻止し得る何らかの抗−ＩＧＦ−１抗体又は抗体断片も含まれる。抗体に基づくＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤の非限定例には、Ｌａｒｓｓｏｎ、Ｏ．ら（２００５）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ９２：２０９７−２１０１およびＩｂｒａｈｉｍ、Ｙ．Ｈ．およびＹｅｅ、Ｄ．（２００５）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１１：９４４−９５０に記載のもの又はＩｍｃｌｏｎｅ（例えばＡ１２）又はＳｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（例えば１９Ｄ１２；又はＵＳ公開特許出願公開２００５／０１３６０６３Ａ１およびＵＳ２００４／００１８１９１  Ａ１に記載のようなもの）により開発されているものが含まれる。ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、モノクローナル抗体又はその結合特異性を有する抗体もしくは抗体断片であり得る。
【０２５６】
さらなる抗体に基づくＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、公知の方法に従い、例えば、とりわけ、ブタ、ウシ、ウマ、ウサギ、ヤギ、ヒツジおよびマウスから選択される宿主動物に対して適切な抗原又はエピトープを投与することによって、生成され得る。抗体産生を促進するために、当技術分野で公知の様々なアジュバントを使用することができる。
【０２５７】
本発明の実施に有用である抗体はポリクローナルであり得るが、モノクローナル抗体が好ましい。ＩＧＦ−１Ｒに対するモノクローナル抗体は、培養中の連続細胞株によって抗体分子の産生をもたらす何らかの技術を用いて、調製され、単離され得る。産生および単離のための技術には、以下に限定されないが、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎによって最初に記載されたハイブリドーマ技術（Ｎａｔｕｒｅ、１９７５、２５６：４９５−４９７）；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｓｂｏｒら、１９８３、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２；Ｃｏｔｅら、１９８３、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０）およびＥＢＶ−ハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら、１９８５、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ、Ｉｎｃ．、ｐｐ．７７−９６）が含まれる。
【０２５８】
あるいは、抗ＩＧＦ−１Ｒ１本鎖抗体を生産させるために、１本鎖抗体の産生について記載された技術（例えば米国特許第４，９４６，７７８号参照）を改変することができる。本発明の実施に有用である、抗体に基づくＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤にはまた、以下に限定されないが、完全抗体分子のペプシン消化によって生成され得るＦ（ａｂ’）２断片およびＦ（ａｂ’）２断片のジスルフィド架橋を還元することによって生成され得るＦａｂ断片を含む、抗ＩＧＦ−１Ｒ抗体断片も含まれる。あるいは、ＩＧＦ−１Ｒに対して所望の特異性を有する断片を迅速に特定するために、Ｆａｂおよび／又はｓｃＦｖ発現ライブラリを構築することができる（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１参照）。
【０２５９】
モノクローナル抗体および抗体断片の作製および単離のための技術は当技術分野で周知であり、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、１９８８、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  ＬａｂｏｒａｔｏｒｙおよびＪ．Ｗ．Ｇｏｄｉｎｇ、１９８６、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｌｏｎｄｏｎに記載されている。ヒト化抗ＩＧＦ−１Ｒ抗体および抗体断片もまた、Ｖａｕｇｈｎ、Ｔ．Ｊ．ら、１９９８、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：５３５−５３９およびそこで引用されている参考文献に記載の技術などの公知技術に従い調製することができ、このような抗体又はその断片も本発明の実施に有用である。
【０２６０】
あるいは、本発明での使用のためのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、アンチセンスオリゴヌクレオチドコンストラクトに基づき得る。アンチセンスＲＮＡ分子およびアンチセンスＤＮＡ分子を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞中で、ＩＧＦ−１Ｒ  ｍＲＮＡに結合し、タンパク質翻訳を阻止するか又はｍＲＮＡ分解を増加させ、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼタンパク質のレベルを低下させ、従って活性を低下させることによって、ＩＧＦ−１Ｒ  ｍＲＮＡの翻訳を直接阻止するように作用する。例えば、少なくとも約１５塩基であり、ＩＧＦ−１ＲをコードするｍＲＮＡ転写配列特有の領域に相補的であるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば従来のリン酸ジエステル技術によって合成することができ、例えば静脈内注射又は注入によって投与することができる。配列が既知である遺伝子の遺伝子発現を特異的に阻害するためのアンチセンス技術を使用するための方法は当技術分野で周知である（例えば、米国特許第６，５６６，１３５号、同６，５６６，１３１号、同６，３６５，３５４号、同６，４１０，３２３号、同６，１０７，０９１号、同６，０４６，３２１号および同５，９８１，７３２号参照）。
【０２６１】
低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）も、本発明での使用のためのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤として機能し得る。ＩＧＦ−１Ｒの発現が特異的に阻害されるように、腫瘍、対象又は細胞を低分子二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）又は低分子二本鎖ＲＮＡを産生させるベクターもしくはコンストラクトと接触させることによってＩＧＦ−１Ｒ遺伝子発現を低下させることができる（即ちＲＮＡ干渉又はＲＮＡｉ）。適切なｄｓＲＮＡ又はｄｓＲＮＡをコードするベクターを選択するための方法は、配列が既知である遺伝子に対して当技術分野で周知である（例えば、Ｔｕｓｃｈｉ、Ｔ．ら（１９９９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１３（２４）：３１９１−３１９７；Ｅｌｂａｓｈｉｒ、Ｓ．Ｍ．ら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  ４１１：４９４−４９８；Ｈａｎｎｏｎ、Ｇ．Ｊ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ  ４１８：２４４−２５１；ＭｃＭａｎｕｓ、Ｍ．Ｔ．およびＳｈａｒｐ、Ｐ．Ａ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３：７３７−７４７；Ｂｒｅｍｍｅｌｋａｍｐ、Ｔ．Ｒ．ら（２００２）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９６：５５０−５５３；米国特許第６，５７３，０９９号および同６，５０６，５５９号および国際特許公開ＷＯ０１／３６６４６、ＷＯ９９／３２６１９およびＷＯ０１／６８８３６参照）。
【０２６２】
リボザイムも、本発明での使用のためのＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤として機能し得る。リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒することができる酵素ＲＮＡ分子である。リボザイムの作用機序は、リボザイム分子と相補的標的ＲＮＡとの配列特異的ハイブリッド形成と、それに続くヌクレオチド鎖切断を含む。ＩＧＦ−１Ｒ  ｍＲＮＡ配列のヌクレオチド鎖切断を特異的かつ効率的に触媒する、改変ヘアピン又はハンマーヘッドモチーフリボザイム分子は、それによって本発明の範囲内で有用である。何らかの潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切断部位は、最初、リボザイム切断部位について標的分子を詳しく調べることによって同定され、典型的には以下の配列、ＧＵＡ、ＧＵＵおよびＧＵＣを含む。同定されたら、オリゴヌクレオチド配列を不適当なものにし得る二次構造などの予測される構造上の特徴について、切断部位を含有する標的遺伝子領域に対応する約１５から２０リボヌクレオチドの短いＲＮＡ配列を評価することができる。候補標的の適切性は、例えばリボヌクレアーゼ保護アッセイを用いて、相補的オリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成に対する接近可能性を試験することによって評価することもできる。
【０２６３】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤として有用なアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびリボザイムの両者とも、公知の方法によって調製され得る。その方法には、例えば固相ホスホルアミダイト（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍａｄｉｔｅ）化学合成などによる化学合成技術が含まれる。あるいは、アンチセンスＲＮＡ分子は、ＲＮＡ分子をコードするＤＮＡ配列のインビトロ又はインビボでの転写によって作製することができる。このようなＤＮＡ配列は、Ｔ７又はＳＰ６ポリメラーゼプロモーターなどの適切なＲＮＡポリメラーゼプロモーターを組み込む多岐にわたるベクター中に組み込まれ得る。本発明のオリゴヌクレオチドに、細胞内の安定性を高め、半減期を延長する手段として、様々な修飾を導入することができる。考えられる修飾には、以下に限定されないが、分子の５’および／又は３’末端へのリボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドの隣接配列の付加又は、オリゴヌクレオチド骨格内のホスホジエステラーゼ結合ではなく、ホスホロチオアート又は２’−Ｏ−メチル結合の使用が含まれる。
【０２６４】
本発明は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤が使用されることを特徴とし、治療方法の代替的実施形態において何らかのさらなる薬剤、阻害剤又は条件が特定される場合に、医薬品を製造するための方法に対して対応する代替的実施形態にそれらも含まれるように、本明細書中に記載の「治療方法」の何れか、癌の治療における使用のための、および治療法について記載される、同じ適応でおよび同一条件又は様相下での使用のための、対応する「医薬品を製造するための方法」をさらに提供する。「医薬品を製造するための方法」という用語は、本明細書中で特定されるような適用での使用のための、特に、一般に腫瘍、腫瘍転移又は癌での使用のための、医薬品の製造に関する。この用語は、特定化される適応におけるいわゆる「スイスタイプ」の請求様式に関する。
【０２６５】
本発明の治療方法に関連して、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤は、医薬的に許容可能な担体と、（医薬的に許容可能なその塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物の無毒の治療的有効量と、からなる組成物として使用される。
【０２６６】
「医薬的に許容可能な塩」という用語は、医薬的に許容可能な無毒の塩基又は酸から調製される塩を指す。本発明の化合物が酸性である場合、その対応する塩は、無機塩基および有機塩基を含む医薬的に許容可能な無毒の塩基から都合良く調製され得る。このような無機塩基由来の塩には、アルミニウム、アンモニウム、カルシウム、銅（銅（ＩＩ）および銅（Ｉ））、鉄（ＩＩＩ）、鉄（ＩＩ）、リチウム、マグネシウム、マンガン（マンガン（ＩＩＩ）およびマンガン（ＩＩ））、カリウム、ナトリウム、亜鉛などの塩が含まれる。特に好ましいのは、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、カリウムおよびナトリウム塩である。医薬的に許容可能な無毒の有機塩基由来の塩には、第一級、第二級および第三級アミンならびに環状アミンおよび天然および合成置換アミンなどの置換アミンの塩が含まれる。塩が形成され得るその他の医薬的に許容可能な無毒の有機塩基には、例えば、アルギニン、ベタイン、カフェイン、コリン、Ｎ’，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン、ジエチルアミン、２−ジエチルアミノエタノール、２−ジメチルアミノエタノール、エタノールアミン、エチレンジアミン、Ｎ−エチルモルホリン、Ｎ−エチルピペリジン、グルカミン、グルコサミン、ヒスチジン、ヒドラバミン、イソプロピルアミン、リジン、メチルグルカミン、モルホリン、ピペラジン、ピペリジン、ポリアミンレジン、プロカイン、プリン、テオブロミン、トリエチルアミン、トリメチルアミン、トリプロピルアミン、トロメタミンなどのイオン交換レジンが含まれる。
【０２６７】
本発明で使用される化合物が塩基である場合、その対応する塩は、無機酸および有機酸を含む、医薬的に許容可能な無毒の酸から都合良く調製され得る。このような酸には、例えば、酢酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、カンファースルホン酸、クエン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコン酸、グルタミン酸、臭化水素酸、塩酸、イセチオン酸、乳酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、粘液酸、硝酸、パモン酸、パントテン酸、リン酸、コハク酸、硫酸、酒石酸、ｐ−トルエンスルホン酸などが含まれる。特に好ましいのは、クエン酸、臭化水素酸、塩酸、マレイン酸、リン酸、硫酸および酒石酸である。
【０２６８】
（医薬的に許容可能なその塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物を活性成分として含む、本発明で使用される医薬組成物は、医薬的に許容可能な担体を含み得、その他の治療成分又はアジュバントを場合によっては含み得る。その他の治療薬には、上記のような細胞毒性薬、化学療法剤もしくは抗癌剤又はこのような薬剤の効果を促進する薬剤が含まれ得る。本組成物は、経口、直腸、局所および（皮下、筋肉内および静脈内を含む）非経口投与に適切な組成物を含むが、何らかの所定の症例において最も適切な経路は、特定の宿主および活性成分が投与される状態の性質および重症度に依存する。医薬組成物は、好都合には単位剤形で与えられ得、医薬の技術分野で周知の方法の何れかによって調製され得る。
【０２６９】
実際には、本発明の（医薬的に許容可能なその塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物は、均質混合物中の活性成分として従来の医薬配合技術に従い医薬担体と混合され得る。担体は、投与、例えば、経口又は（静脈内を含む）非経口投与に望ましい製剤の形態に依存して多岐にわたる形態をとり得る。従って、本発明の医薬組成物は、活性成分の所定量を各々が含有するカプセル剤、カシェ剤又は錠剤などの経口投与に適切な個別単位として提供され得る。さらに、本組成物は、散剤、顆粒剤、溶液、水系懸濁剤、非水系液剤、水中油型乳剤又は油中水型液体乳剤として提供され得る。上記一般的剤形に加えて、（医薬的に許容可能なその各成分の塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物は、制御放出手段および／又は送達装置によっても投与され得る。組み合わせ組成物は、調剤方法の何れかによって調製され得る。一般に、このような方法は、１以上の必要な成分を構成する担体と活性成分を会合させる段階を含む。一般に、本組成物は、活性成分を液体担体又は微粉固体担体又はその両方と均一に十分混合することによって調製される。次いで、生成物を所望の形に都合良く成形することができる。
【０２７０】
本発明で使用される（医薬的に許容可能なその塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物はまた、１以上のその他の治療有効化合物と組み合わせた医薬組成物に含められ得る。その他の治療有効化合物には、上記のような細胞毒性薬、化学療法剤もしくは抗癌剤又はこのような薬剤の効果を促進する薬剤が含まれ得る。
【０２７１】
従って、本発明のある実施形態において、医薬組成物は、抗癌剤と組み合わせたＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物を含み得、この抗癌剤は、アルキル化剤、代謝拮抗剤、微小管阻害剤、ポドフィロトキシン、抗生物質、ニトロソ尿素、ホルモン療法、キナーゼ阻害剤、腫瘍細胞アポトーシスの活性化剤および血管新生阻害剤からなる群から選択される薬剤である。
【０２７２】
使用される医薬担体は、例えば、固体、液体又は気体であり得る。固体担体の例には、ラクトース、白土、スクロース、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アラビアゴム、ステアリン酸マグネシウムおよびステアリン酸が含まれる。液体担体の例は、糖シロップ、ピーナツ油、オリーブ油および水である。気体担体の例には二酸化炭素および窒素が含まれる。
【０２７３】
経口剤形用組成物を調製する際、何らかの好都合な医薬媒体が使用され得る。例えば、懸濁剤、エリキシル剤および溶液などの経口液体製剤を形成するために、水、グリコール、油、アルコール、香味剤、防腐剤、着色剤などが使用され得、一方で、散剤、カプセル剤および錠剤などの経口固体製剤を形成するために、デンプン、糖、微結晶セルロース、希釈剤、造粒剤、潤滑剤、結合剤、崩壊剤などの担体が使用され得る。錠剤およびカプセル剤は、投与が容易なので好ましい経口投与単位であり、それによって固体医薬担体が使用される。場合によって、錠剤は、標準の水系又は非水系技術によって被覆され得る。
【０２７４】
本発明に対して使用される組成物を含有する錠剤は、場合によっては１以上の副成分又はアジュバントと一緒に、圧縮又は成形によって調製され得る。圧縮錠剤は、場合によっては結合剤、潤滑剤、不活性希釈剤、界面活性剤又は分散剤と混合される散剤又は顆粒剤などの自由流動形態の活性成分を適切な機械で圧縮することによって調製され得る。成形錠剤は、不活性希釈液で湿らせた散剤化合物の混合物を適切な機械で成形することによって製造され得る。各錠剤は好ましくは活性成分約０．０５ｍｇから約５ｇを含有し、各カシェ剤又はカプセル剤は好ましくは活性成分約０．０５ｍｇから約５ｇを含有する。
【０２７５】
例えば、ヒトへの経口投与が意図される製剤は、全組成物の約５から約９５パーセントで変動し得る担体材料の適切で好都合な量と配合される活性薬剤の約０．５ｍｇから約５ｇを含有し得る。単位剤形は、一般に活性成分約１ｍｇから約２ｇ、典型的には２５ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、３００ｍｇ、４００ｍｇ、５００ｍｇ、６００ｍｇ、８００ｍｇ又は１０００ｍｇを含有する。
【０２７６】
非経口投与に適切な本発明で使用される医薬組成物は、活性化合物の水溶液又は水中懸濁液として調製され得る。例えばヒドロキシプロピルセルロースなどの適切な界面活性剤が含まれ得る。分散剤は、グリセロール、液状ポリエチレングリコール中で、オイル中のそれらの混合物中で調製することもできる。さらに、微生物の有害な増殖を防止するために防腐剤が含まれ得る。
【０２７７】
注射用に適切である本発明で使用される医薬組成物には、滅菌水溶液又は分散液が含まれる。さらに、本組成物は、このような滅菌注射用溶液又は分散液の即時調製のための滅菌散剤の形態であり得る。全ての場合において、最終注射用剤形は無菌でなければならず、注入が容易になるよう効率的に流動性でなければならない。本医薬組成物は、製造および貯蔵条件下で安定でなければならず、従って、細菌および真菌などの微生物の汚染作用を防止しなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセリン、プロピレングリコールおよび液状ポリエチレングリコール）、植物油およびこれらの適切な混合物を含有する溶媒又は分散媒であり得る。
【０２７８】
本発明の医薬組成物は、例えば、エアロゾル、クリーム剤、軟膏剤、ローション剤、散布剤などの局所用に適切な形態であり得る。さらに、本組成物は、経皮装置での使用に適切な形態であり得る。これらの製剤は、（医薬的に許容可能なその塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物を利用して、従来の加工方法を介して調製され得る。例として、クリーム剤又は軟膏剤は、親水性材料および水を本化合物の約５重量％から約１０重量％と一緒に混合し、所望の稠度を有するクリーム剤又は軟膏剤を製造することによって調製される。
【０２７９】
本発明のための医薬組成物は、担体が固体である直腸投与に適切な形態であり得る。混合物は単位用量坐剤を形成することが好ましい。適切な担体には、ココアバターおよび当技術分野で一般に使用されるその他の材料が含まれる。坐剤は、本組成物を軟化又は溶融担体とまず混合し、続いて型の中で冷却および成形することによって都合良く形成され得る。
【０２８０】
上記担体成分に加えて、上記医薬製剤は、希釈剤、緩衝剤、香味剤、結合剤、界面活性剤、増粘剤、潤滑剤、（抗酸化剤を含む）防腐剤などの１以上のさらなる担体成分を適宜含み得る。さらに、製剤を対象受容者の血液と等張にするためにその他のアジュバントが含まれ得る。（医薬的に許容可能なその塩を含む）ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤化合物を含有する組成物は、散剤又は濃縮液体の形態でも調製され得る。
【０２８１】
本発明を実施するために使用される化合物の投与量レベルは、およそ、本明細書に記載の通りであるか又はこれらの化合物について当技術分野に記載の通りである。しかし、何れかの特定の患者に対する具体的用量レベルは、年齢、体重、全般的健康状態、性別、食餌、投与時間、投与経路、排出速度、薬物組み合わせおよび治療を受ける特定の疾患の重症度を含む様々な要因に依存することを理解されたい。
【０２８２】
例えば、本発明に関連する技術領域で利用可能な優れた手引書および教科書の多くに記載の（例えば、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｈａｒｌｏｗ、Ｅ．およびＬａｎｅ、Ｄ．編、１９９９、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（例えばＩＳＢＮ０−８７９６９−５４４−７）；Ｒｏｅ  Ｂ．Ａ．ら、１９９６、ＤＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  Ｓｅｒｉｅｓ）、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ．（例えばＩＳＢＮ０−４７１−９７３２４−０）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：「Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ」、２０００、Ｊ．Ａｂｅｌｓｏｎ、Ｍ．Ｓｉｍｏｎ、Ｓ．Ｅｍｒ、Ｊ．Ｔｈｏｒｎｅｒ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、２００１、第３版、ｂｙ  Ｊｏｓｅｐｈ  ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＰｅｔｅｒ  ＭａｃＣａｌｌｕｍ（以前のＭａｎｉａｔｉｓ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  ｍａｎｕａｌ）（例えばＩＳＢＮ０−８７９６９−５７７−３）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｆｒｅｄ  Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（例えばＩＳＢＮ０−４７１−５０３３８−Ｘ）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｊｏｈｎ  Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（例えばＩＳＢＮ０−４７１−１１１８４−８）およびＭｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ、１９９０、Ｖｏｌ．１８２、Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ、Ｍ．Ｐ．編、Ａｃｅｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．（例えばＩＳＢＮ０−１２−２１３５８５−７））又は分子生物学における実験法を記載した多数の大学および商用のウェブサイトに記載のように、当技術分野で公知の多数の代替実験法により、本発明の実施において本明細書中に具体的に記載されている実験法を首尾良く置換することができる。
【０２８３】
本発明は、以下の実験の詳細によってより良好に理解される。しかし、当業者にとって当然のことながら、考察する特定の方法および結果は、以下の特許請求の範囲に詳述されている本発明を単に例示するためのものにすぎず、これらの方法および結果に限定されるものではない。
【実施例】
【０２８４】
実験の詳細
導入
ＩＧＦ−１受容体機能の阻害剤は臨床上有用であり、治療の利点を得る可能性が最も高い患者集団を表す重要なＩＧＦ−１受容体シグナル伝達経路の定義は、重要な検討領域となった。腫瘍細胞が、細胞外マトリックス又は細胞−細胞接触なしで増殖および生存シグナルを維持する能力は、細胞移動および転移に関して重要であるだけでなく、細胞外マトリックスが再構築され、細胞接触阻害が減弱している創傷様腫瘍環境中で細胞増殖および生存を維持することにおいても重要である。ここで、発明者らは、ＩＧＦ−１受容体阻害に対するＮＳＣＬＣ細胞およびその他の腫瘍細胞の感受性が、Ｅ−カドヘリン上皮細胞表現型によって付与されることを示す。逆に、ＩＧＦ−１受容体阻害に対する不感受性には、ビメンチンおよび／又はフィブロネクチンの発現に伴う上皮−間葉移行（ＥＭＴ）が介在した。ｐＥＲＫ、ＨＥＲ３およびｐＨＥＲもまた、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞感受性を予測し得るバイオマーカーであることも示される。
【０２８５】
材料および方法
細胞培養および細胞抽出物の調製
ＩＧＦ−１Ｒを有するＮＳＣＬＣ株、Ｈ２９２、Ｈ３５８、Ｈ３２２、Ｈ４４１、Ａ５４９、Ｃａｌｕ６、Ｈ４６０、Ｈ１７０３およびＳＷ１５７３を適切なＡＴＣＣ推奨添加培地中で培養した。プロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤を含有する界面活性剤溶解（（５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ８、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１％ＮＰ−４０、０．５％デオキシコール酸Ｎａ、０．１％ＳＤＳ）によって細胞抽出物を調製した。可溶性タンパク質濃度をｍｉｃｒｏ−ＢＳＡアッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ  ＩＬ）によって測定した。
【０２８６】
１０％ＦＣＳを含有するＡＴＣＣにより指示されるとおりの培地中で、細胞株ＨＣＴ−１１６、ＨＴ−２９、ＧＥＯ、Ｃｏｌｏ２０５、ＳＷ４８０、ＳＷ６２０、ＢｘＰＣ３、ＨＰＡＣ、ＣＦＰＡＣ−１、ＭｉａＰａｃａ−２、Ｐａｎｅ１、Ａ１１６５、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１、ＭＤＡ−ＭＢ−４３５、ＤＵ４４７５およびＭＤＡ−ＭＢ-４６８を通常どおり培養した。ＧＥＯ腫瘍細胞（Ｒｏｓｗｅｌｌ  Ｐａｒｋ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＲＰＣＩ）より入手）およびＡ１１６５（ＦＣＲＦ（ＮＣＩ−Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ）より入手）を除き、全ての腫瘍細胞をＡＴＣＣから得た。
【０２８７】
細胞分画の調製
ＰｒｏｔｅｏＥｘｔｒａｃｔ（Ｒ）試薬（ＥＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ；＃４４４８１０）を用いて膜および細胞質分画を調製した。その後、トリクロロ酢酸／デオキシコール酸共沈殿（膜又は細胞質試料に２％デオキシコール酸を添加し、氷上で３０分間温置し、その後、１００％ＴＣＡを１：１（体積／体積）の比で試料に添加した。）を用いて、タンパク質を沈殿させた。試料をボルテックス撹拌し、一晩温置し（１０℃）、１５，０００ｘｇで１０分間（４℃）遠心し、沈殿物を５ｍＬ冷アセトンで洗浄し、ボルテックス撹拌し、２回再沈殿させて風乾させた。沈殿試料を８Ｍ尿素中で再懸濁し、５ｍＭトリブチルホスフィン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ；＃Ｔ７５６７；ＲＴで１時間）で還元し、ヨードアセトアミド（ＲＴで１．５時間、１５ｍＭ）でアルキル化し、１Ｍ尿素で希釈し、２０μｇトリプシン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ；＃Ｔ６５６７；３７℃、１８時間）でのタンパク質分解に供した。トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）でペプチドを酸性化し、Ｃ１８Ｓｅｐ−Ｐａｋ  Ｐｌｕｓカートリッジ（Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ；＃ＷＡＴ０２０５１５）を用いて脱塩した。ビシンコニン酸（ＭｉｃｒｏＢＣＡ；Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）を用いてタンパク質濃度を測定し；し、各細胞株試料に対してｉＴＲＡＱ標識のために物質２００μｇを使用した。
【０２８８】
細胞表面タンパク質をビオチンに架橋し、膜脂質を可溶化し、ストレプトアビジン固相レジン上の架橋タンパク質を回収することによって細胞表面捕捉を行った。ビオチンリンカー内のチオール結合の還元によって捕捉タンパク質を固体支持体から遊離させた。試料を８Ｍ尿素になるように調整し、５ｍＭトリブチルホスフィン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ；＃Ｔ７５６７；ＲＴで１時間）で還元し、ヨードアセトアミド（ＲＴで１．５時間、１５ｍＭ）でアルキル化し、１Ｍ尿素になるように希釈し、２０μｇトリプシン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ；＃Ｔ６５６７；３７℃、１８時間）によるタンパク質分解に供した。トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）でペプチドを酸性化し、Ｃ１８Ｓｅｐ−Ｐａｋ  Ｐｌｕｓカートリッジ（Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ；＃ＷＡＴ０２０５１５）を用いて脱塩した。ビシンコニン酸（ＭｉｃｒｏＢＣＡ；Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ；）を用いてタンパク質濃度を測定し、行い、各細胞株試料に対してｉＴＲＡＱ標識のために物質２００μｇを使用した。
【０２８９】
ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ  ペプチド配列決定によるタンパク質同定および定量
標準的方法による固体支持体への共有カップリングにより、抗ホスホチロシン免疫アフィニティーレジンを調製した。結合を最大化し、持ち越しを減少させるために、各生物学的実験に対して新たに調製した免疫アフィニティーレジンを使用した。簡潔に述べると、抗ホスホチロシン抗体を固体支持体に架橋し、非共有結合ＩｇＧを低ｐＨ溶出により除去した。交差汚染を回避するために、各生物学的実験に対して新たにアフィニティーレジンを調製した。既に記載のように、トリプシンペプチドのｉＴＲＡＱ標識によって、抗ホスホチロシンアフィニティー選択により単離されるタンパク質を測定した（Ｒｏｓｓら（２００４）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ３（１２）１１５４−１１６９；Ｈａｌｅｙら、２００４）。電子スプレーＬＣ−ＭＳ／ＭＳおよびおよびデータベース検索によりペプチドの質量および配列情報を調べた。＞＝２０のスコアを有する＞＝９０％の信頼水準のペプチドを考慮し、その後、手動でスペクトルを調べた。ペプチド発現比をｌｏｇ２値に変換し、平均を算出し、エルロチニブ曝露（１μＭ）後の各時間点（１、４および２４時間）に対する単一タンパク質発現値を得た。ユークリッド階層法および自己組織化マップを用いて、時間ｌｏｇ２タンパク質発現比により、タンパク質を分類した。
【０２９０】
ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤化合物保存溶液
ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤である化合物６６（即ち３−（３−アゼチジン−１−イルメチル−シクロブチル）−１−（２−フェニル−キノリン−７−イル）−イミダゾ［１，５−ａ］ピラジン−８−イルアミン；下記構造参照）の保存溶液濃度は、１００％ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）中で１０ｍＭであった。ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤の５０％阻害用量を確定めるために、連続希釈（１：３又は１：４）を使用した。投薬の前に、阻害剤を１００％ＤＭＳＯ中で希釈し、次いで、二重に（デュプリケート）、所望の最終濃度になるように細胞に添加した。最終ＤＭＳＯ濃度は、０．３から０．５％の間であった。化合物６６は、国際特許出願公開ＷＯ２００５／０９７８００  Ａ１に記載の方法により合成した。
【０２９１】
【化２】
2011501660.tif 000005
【０２９２】
ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤化合物ＰＱＩＰ：ＰＱＩＰの合成：ｃｉｓ−３−［３−（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−シクロブチル］１−（２−フェニル−キノリン−７−イル）−イミダゾ［１，５−ａ］ピラジン−８−イルアミン（ＰＱＩＰ；下記構造参照）は、特許出願ＷＯ２００５／０９７８００  Ａ１に記載の方法により合成される１，３−２置換−８−アミノ−イミダゾピラジン誘導体である。Ｂｒｕｋｅｒ  Ａｄｖａｎｃｅ  ４００、ＷａｔｅｒｓＭｉｃｒｏｍａｓｓ  ＺＱおよびＷａｔｅｒｓ  ＬＣ  Ｍｏｄｕｌｅ  Ｉ  Ｐｌｕｓ装置をそれぞれ用いた１Ｈおよび１３Ｃ核磁気共鳴、質量分析（ＭＳ）および高速液体クロマトグラフィーにより、ならびに元素分析により、化合物同一性および純度（＞９９％）を確認した。インビトロで行われる生化学的又は細胞アッセイでの使用のために、１０ｍｍｏｌ／Ｌで、ＤＭＳＯ中でＰＱＩＰを溶解させた。インビボ実験に対しては、経口により２０ｍＬ／ｋｇで所望の用量を送達させるために、適切な濃度で２５ｍｍｏｌ／Ｌ酒石酸中でＰＱＩＰを溶解させた。
【０２９３】
【化３】
2011501660.tif 000006
【０２９４】
細胞抽出物の免疫ブロットおよびＲＮＡ分析
ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離されたタンパク質のニトロセルロースへの電気泳動的転写、抗体との温置および化学発光第２段階検出（Ｐｉｃｏ  Ｗｅｓｔ；Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）によってタンパク質免疫検出を行った。抗体には、Ｅ−カドヘリン（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ、ＣＡ；ｓｃ２１７９１）、α−カテニン（ｓｃ９９８８）、β−カテニン（ｓｃ７９６３）、γ−カテニン（ｓｃ８４１５）およびＢｒｋ（ｓｃ１１８８）；ビメンチン（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ；ＢＤ５５０５１３）およびフィブロネクチン（ＢＤ６１００７７）；ＧＡＰＤＨ（ＡｂＣａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＵＫ）；ホスホ−Ａｋｔ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ（ＣＳ）、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ＃９２７１）、Ａｋｔ（ＣＳ、＃９２７２）、ホスホ−ｐ４４／４２ＭａｐキナーゼＴ２０２／Ｙ２０４（Ｅｒｋ１／２；ＣＳ＃９１０１）、ホスホ−ＳｒｃファミリーＹ４１６（ＣＳ＃２１０１）、ホスホ−ＳＴＡＴ３Ｙ７０５（ＣＳ、＃９１３１）およびホスホ−Ｓ６Ｓ２３５／２３６（ＣＳ、＃２２１１）；β−アクチン（Ｓｉｇｍａ、Ｓａｉｎｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ＃Ａ５４４１）が含まれた。抗体には、さらに、ホスホ−Ｓｈｃ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２４３４、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ）、ホスホ−パキシリン（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２５４１）、ホスホ−Ａｋｔ（Ｓｅｒ４７３およびＴｈｒ３０８）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９２７１および９２７５）、ホスホ−ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２４５）、ホスホ−Ｈｅｒ３（Ｔｙｒ１２８９）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃４７９１）、ホスホ−ｐ４４／４２Ｍａｐキナーゼ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９１０１）、ホスホ−ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ８４５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３１）、ホスホ−ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ９９２）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３５）、ホスホ−ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ１０４５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３７）、ＥＧＦＲ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３２）、ホスホ−ｐ７０  Ｓ６キナーゼ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９２０５）、ホスホ−ＧＳＫ−３α／β（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９３３１）、ホスホ−ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ１０６８）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３６）、ホスホ−Ｓｒｃファミリー（Ｔｙｒ４１６）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃２１０１）、ホスホ−ＳＡＰＫ／ＪＮＫ（Ｔｈｒ１８３／Ｔｙｒ１８５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃９２５１）、ホスホ−ＳＴＡＴ３（Ｔｙｒ７０５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃９１３１）、ＥｒｂＢ２（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃２２４２）；ＥｒｂＢ４（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ４７９５）、ＰＹ２０（Ｅｘａｌｐｈａ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ  Ｉｎｃ．）、Ｂｒｋ（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）が含まれた。
【０２９５】
プロテアーゼ（Ｐ８３４０、Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）およびホスファターゼ（Ｐ５７２６、Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）阻害剤カクテルを含有する界面活性剤溶解（５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１％ＮＰ−４０、０．５％デオキシコール酸Ｎａ、０．１％ＳＤＳにより、細胞抽出物を調製した。マイクロＢＳＡアッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ  ＩＬ）により可溶性タンパク質濃度を測定した。
【０２９６】
下流シグナル伝達タンパク質のリン酸化におけるＩＧＦ−１Ｒ阻害剤（例えばＰＱＩＰ）効果の分析のために、およそ７０％のコンフルエンシーまで細胞株を増殖させ、その時点で化合物を指示濃度で添加し、指示通り、２時間又は２４時間の何れかにわたり細胞を３７℃で温置した。指示される場合、４０ｎｇ／ｍＬ  ＩＧＦリガンドを５分間添加した。培地を除去し、細胞をＰＢＳで２回洗浄し、既に記載のように細胞を溶解させた。
【０２９７】
次のようにＲＴ−ＰＣＲによりＳｎａｉｌ、Ｓｉｐ１およびＺｅｂ１  ＲＮＡ転写レベルを調べた：Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）から、Ｔａｑｍａｎプローブおよびｚｅｂ１、ＳｎａｉｌおよびＳｉｐ１に対するプライマーセットを得た。鋳型３０ｎｇを用いて、製造者により記載のように、相対遺伝子発現の定量を行った。細胞株にわたり相対発現を調べるために、ＧＡＰＤＨに対する遺伝子の増幅に対して特異的遺伝子の増幅を正規化した。ＲＴ−ＰＣＲによりＳｌｕｇおよびＴｗｉｓｔ  ＲＮＡ転写レベルを同様に調べる。
【０２９８】
インビトロ薬理学
細胞の生存能を測定するために、Ｐｒｏｍｅｇａからキットとして購入可能なＣｅｌｌ−Ｔｉｔｅｒ  Ｇｌｏアッセイを使用した。アッセイの基礎は、細胞培養プレートウェル中に存在するＡＴＰの発光の定量である。要約すれば、ウェル中の生存細胞の数が多いほど、存在するＡＴＰレベルが高くなる。本アッセイは、ＡＴＰに結合して発光シグナルを生成する基質を使用しており、発光シグナルは、照度計上で読み取ることができる。別段の断りがない限り、製造業者の指示書に正確に従った。簡潔に述べれば、第１日目に、白色ポリスチレン９６ウェルアッセイプレート中に、４０００細胞／ウェルの密度で１０％血清含有増殖培地１２０μＬ中に細胞を播種した。第２日目に、１５０μＬの最終ウェル体積になるように、ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤（例えば化合物６６、ＰＱＩＰ）の１０ｘ濃度１５μＬ又はＤＭＳＯのみで細胞を処理した。阻害剤とともに７２時間温置した後、細胞のアッセイを行った。結果はＤＭＳＯ対照細胞の比として計算した。
【０２９９】
腫瘍細胞におけるＣＤＨ１プロモーターメチル化状態の判定
当技術分野で公知の方法の何れかにより腫瘍細胞におけるＣＤＨ１プロモーターメチル化状態を調べる（例えばＬｏｍｂａｅｒｔｓ、Ｍ．ら（２００６）Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ９４：６６１−６７１；Ｙｏｓｈｉｕｒａ、Ｋ．ら（１９９５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９２：７４１６−７４１９；Ｌｉｎｄ、Ｇ．Ｅ．ら（２００４）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ  ３：２８；Ｋｕｍａｇａｉ、Ｔ．ら（２００７）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １２１：６５６−６６５；Ｈｅｎｎｉｇ、Ｇ．ら（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１（１）：５９５−６０２；Ｍａｒｃｈｅｖｓｋｙ、Ａ．Ｍ．ら（２００４）Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ６：２８−３６；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ、Ｗ．Ｃ．ら（２００７）Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．６：３９１−４０３；Ｈｕ、Ｘ−Ｃ．ら（２００２）Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ７１  ：１３９７−１４０４；又はＮａｋａｔａ、Ｓ．ら（２００６）Ｃａｎｃｅｒ  １０６（１０）：２１９０−２１９９参照）。腫瘍細胞におけるプロモーターメチル化状態の判定のために市販キットを利用することも可能である（例えばＰａｎｏｍｉｃｓ、Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ、ＣＡからのプロモーターメチル化ＰＣＲキット）。メチル化特異的ＰＣＲ法によりＣＤＨ１プロモーターメチル化状態を判定することができる。例えば、典型的な段階は、制限酵素でのゲノムＤＮＡの消化、ＤＮＡ／タンパク質複合体を形成させるためのメチル化結合タンパク質（例えばＭｅＣＰ２）とのＤＮＡ断片の温置、アフィニティークロマトグラフィーによる複合体の単離およびＤＮＡ断片の溶出、ＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅およびアガロースゲル電気泳動によるＰＣＲ産物の分析を含む。あるいは、メチル化ＤＮＡと非メチル化ＤＮＡとの間の差別化のために、ＰＣＲ前のゲノムＤＮＡの重亜硫酸塩修飾を使用することができる（Ｈｅｒｍａｎ、Ｊ．Ｇ．ら（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：９８２１−９８２６）。
【０３００】
インビボ薬理学
雌ＣＤ−１  ｎｕ／ｎｕマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）側腹部の腋窩部で単一皮下部位に、収集したＮＳＣＬＣ腫瘍細胞を移植した。腫瘍を２００±５０ｍｍ３まで増殖させた。腫瘍体積および体重を週に２回測定した。ノギスを用いて２方向を測定し、腫瘍体積＝（長さｘ幅２）／２の式を用いて計算することによって、腫瘍体積を求めた。動物から腫瘍を採取し、液体窒素中に瞬間凍結した。
【０３０１】
結果
ｗｔＩＧＦ−１受容体を含有するＮＳＣＬＣ株は、化合物６６に対して幅広い感受性を示す。
【０３０２】
幅広いヒトＮＳＣＬＣ細胞株での化合物６６感受性の分析によって、広範な感受性が示された。従って、発明者らは、化合物６６媒介性増殖阻害に対して、比較的不感受性である細胞株（ＳＷ１５７３およびＨ４６０）、中間の感受性を示す細胞株（Ａ５４９）および感受性がある細胞株（Ｈ４４１、Ｈ３５８およびＨ２９２）に、これらの細胞株を広く分類した。このようにして、最も感受性の高いもの（Ｈ３５８）から最も感受性が低いもの（ＳＷ１５７３）にわたって、化合物６６に対する細胞の幅広い感受性が観察された。
【０３０３】
上皮および間葉細胞マーカーの変化は、化合物６６に対するＮＳＣＬＣ細胞株の感受性と相関する。
【０３０４】
発明者らは、異常発現ビメンチンおよび／又はフィブロネクチンにおける、化合物６６感受性ＮＳＣＬＣ株と比較的不感受性のＮＳＣＬＣ株との間の顕著な差を観察した（図２）。典型的には、ビメンチンおよびフィブロネクチン発現は、間葉細胞に特徴的であり、上皮細胞系列では弱いか又は発現されない。ビメンチン発現は、主に、ＳＷ１５７３、Ｈ１７０３およびＣａｌｕ６中で見出されたが、一方で、フィブロネクチン発現はＨ４６０細胞中で観察された。ＳＷ１５７３細胞は、インビトロにおいて、化合物６６による増殖阻害に対して比較的不感受性であり、１０μＭ阻害剤での阻害は１０％未満であった。化合物６６感受性ＮＳＣＬＣ株、Ｈ２９２、Ｈ４４１およびＨ３５８又は中間感受性株Ａ５４９では、ビメンチン又はフィブロネクチン発現は、殆ど又は全く見出されなかった。
【０３０５】
化合物６６に対して相対的に不感受性であるＮＳＣＬＣ株中での間葉タンパク質の発現に基づいて、発明者らは、上皮又は間葉表現型の何れかに特徴的なマーカーの有無に関して、相対的に不感受性および感受性のＮＳＣＬＣ細胞株の同一パネルから得たタンパク質抽出物を分析した（図２）。注目すべきことに、感受性細胞株（Ｈ４４１、Ｈ３５８およびＨ２９２）でＥ−カドヘリンが検出されたが、相対的に不感受性の細胞株中には存在しなかった（ＳＷ１５７３およびＨ４６０）。中間感受性細胞株Ａ５４９は、低いが、検出可能な発現を示した。Ｈ４６０を除き、化合物６６に対して相対的に不感受性の細胞中で、γ−カテニンの同様の喪失が観察された。従って、相対的に不感受性の細胞株は、上皮細胞マーカータンパク質の発現を喪失したと思われる。次に、発明者らは、これらの細胞株が、間葉マーカーフィブロネクチンおよび／又はビメンチンを発現したか否かについて疑問を抱いた。相対的に不感受性の細胞株は、フィブロネクチンおよびビメンチンの一方又は両方を明確に発現し（図２）、一方、化合物６６に対して感受性の細胞株中では、何れのタンパク質も検出されなかった。興味深いことに、中間感受性細胞株Ａ５４９は、同じく、両タンパク質の低いが検出可能なレベルを示した。しかし、Ｅ−カドヘリンおよびビメンチンに対して特異的な抗体による免疫染色を用いた共焦点顕微鏡実験（結果は示さず。）によって、細胞の二重染色は観察されなかったので、用いたＡ５４９細胞培養は、混合細胞集団であると思われることが示された。これは、この細胞株を用いて得られる結果が若干変動することも説明し得、化合物６６に対する中間感受性と合致する。
【０３０６】
化合物６６感受性は、インビボでの腫瘍増殖中の上皮マーカーの維持と相関する。
【０３０７】
発明者らは、インビトロで同定された化合物６６感受性を予測するタンパク質マーカーがインビボでも観察可能であるか否かを調べようと考えた。Ｈ４６０、Ｃａｌｕ６、Ａ５４９、Ｈ４４１およびＨ２９２細胞から増殖させた３つの独立した腫瘍異種移植片からタンパク質抽出物を調製した。抽出物の免疫ブロッティングによって、Ｅ−カドヘリンは、化合物６６に対して比較的不感受性であるＨ４６０細胞に由来する異種移植片中での発現は検出可能ではなく、中間感受性のＡ５４９細胞に由来する異種移植片中では発現が低レベルであり、化合物６６に対して感受性があるＨ４４１およびＨ２９２細胞株中では発現が高レベルであることが示された（図３）。γ−カテニンレベルの分析において同様の結果が観察された。これに対して、Ｈ４６０由来の異種移植片試料はフィブロネクチンのみを発現し、インビトロ細胞培養から得られた結果と合致した（図２）。Ｈ４４１およびＨ２９２由来の異種移植片抽出物は、フィブロネクチン又はビメンチンを殆ど又は全く示さなかった。これらのインビボでの結果は、インビトロデータをさらに裏づけ、これらのタンパク質マーカーの存在が、細胞培養の人為的影響によるものではないことを示す。さらに、これらの結果は、化合物６６感受性が上皮表現型を有する細胞に限定され得ることおよびＥＭＴを起こした細胞は、細胞増殖および生存に対するＩＧＦ−１Ｒシグナル伝達にあまり依存しなくなるという仮説を裏付ける。
【０３０８】
ＩＧＦ−１受容体阻害に対して比較的不感受性であるか又は感受性があるＮＳＣＬＣ細胞株中でのＢｒｋの発現
興味深いことに、高いＢｒｋ発現が、化合物６６に対するより高い感受性に相当し、Ｂｒｋがないこと又はそのより低い発現が不感受性株を特徴付ける傾向がある限り、Ｂｒｋレベルと化合物６６感受性との間に非常に良好な相関関係がある。
【０３０９】
ＰＱＩＰによるＩＧＦ−１Ｒ阻害に対して、複数の腫瘍タイプが反応する。
【０３１０】
結腸直腸（ＤＬＤ−１、ＧＥＯ、ＳＷ４８０、ＳＷ６２０、ＲＫＯ、Ｃｏｌｏ２０５、ＨＣＴ−１１６およびＨＴ−２９）、乳房（ＭＣＦ−７、ＭＤＡ−ＭＢ−４６８、ＤＵ４４７５、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＤＡ−ＭＢ−４３５）、膵臓（ＢｘＰＣ３、ＨＰＡＣ、ＣＦＰＡＣ、Ａ１１６５、ＭｉａＰａｃａ−２およびＰａｎｅ１）、ＮＳＣＬＣ（ＮＣＩ−Ｈ２９２、Ｈ３５８、Ｃａｌｕ６、Ｈ３２２、ＮＣＩ−Ｈ４４１、Ｈ１７０３およびＮＣＩ−Ｈ４６０）および頭頸部腫瘍（１３８６および１１８６）由来の２８種類の腫瘍細胞株からなるパネルに対して、ＩＧＦ−１Ｒの選択的低分子量阻害剤（ＰＱＩＰ；Ｍｕｌｖｈｉｌｌ、Ｍ．Ｊ．ら（２００７）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  ＆  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  １７：１０９１−１０９７）による増殖阻害に対する感受性を調べた（図５）。３μＭ  ＰＱＩＰにより処理された細胞は、％最大増殖阻害（２％−７２％）により示されるような範囲の感受性を示し、このパネルに対する増殖阻害中央値は３７％であり、図５で破線の赤いバーにより示した。細胞増殖におけるＰＱＩＰの様々な濃度の影響を全ての細胞株に対して調べた（データは示さず。）。このことから、ＰＱＩＰによる増殖阻害が用量依存的であることが分かった。このパネルに含まれる５種類の腫瘍細胞株（ＨＣＴ−１１６、ＭＣＦ−７、ＤＬＤ−１、ＮＣＩ−Ｈ４６０およびＲＫＯ）は、ＰＩ３Ｋにおいて既知の活性化突然変異を有し（図５で「＊」で示される。）、このことから、それらの増殖および生存が成長因子と独立であり得ることが示唆される。しかし、ＤＬＤ−１、ＲＫＯおよびＮＣＩ−Ｈ４６０細胞に対して増殖のＰＱＩＰによる阻害が２０％未満であるにも関わらず、Ｐ１３Ｋにおいて活性化突然変異も有するＨＣＴ−１１６およびＭＣＦ−７細胞は７０％を超える増殖阻害を示し、このことから、ＰＩ３Ｋにおける突然変異がＩＧＦ−１Ｒアンタゴニズムに対する不感受性を一様には予測しないことが示される。この結果は、ＥＧＦＲ阻害に対する感受性に関して発明者らが以前に観察したものと一致し、ＰＩ３Ｋに対する突然変異状態もまた感受性に必ずしも相関しなかった。
【０３１１】
上皮腫瘍細胞は、ＥＭＴ様移行を起こしている腫瘍細胞よりもＥＧＦＲ阻害に対して感受性が高いことが報告されている（Ｂｕｃｋ、Ｅ．ら（２００７）Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ  ６：５３２−５４１；Ｔｈｏｍｓｏｎら（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：９４５５−９４６２；Ｙａｕｃｈ、Ｒ．Ｌ．ら（２００５）Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １１  ：８６８６−８６９８）。この実験に対して（図５参照）、腫瘍細胞は、Ｅ−カドヘリン遺伝子（ＣＤＨ１）に対する転写活性に基づき、上皮（Ｅ）又は間葉（Ｍ）として定義された。Ｅ−カドヘリン遺伝子の転写抑制は、ＥＭＴプロセスに対する顕著な特徴として既に定義されている（Ｔｈｉｅｒｙら（２００３）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １５：７４０−７４６）。ＥＭＴには、ＣＤＨ１遺伝子を転写抑制するために作用する（Ｄｅ  Ｃｒａｅｎｅ、Ｂ．ら（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６５（１４）：６２３７−６２４４；Ａｉｇｎｅｒ、Ｋ．ら（２００７）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ａｄｖａｎｃｅ  ｏｎｌｉｎｅ  ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｊ．ｏｎｃ．１２１０５０８、１−１０頁）様々な転写因子（例えばＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１又はＳｌｕｇ）の発現の上昇が付随し、これはプロモーターメチル化を伴う。このパネル内の２８種類の腫瘍細胞株のうち１９種類（ＨＣＴ−１１６、ＨＴ−２９、Ｃｏｌｏ２０５、Ｈ３５８、ＭＣＦ−７、ＳＷ６２０、ＳＷ４８０、Ｈ３２２、Ｈ４４１、ＭＤＡ−ＭＢ-４３５、ＤＵ４４７５、ＭｉａＰａｃａ−２、ＭＤＡ−ＭＢ−４８６、Ｈ１７０３、Ｐａｎｃ１、Ｈ４６０、ＲＫＯ、ＤＬＤ１およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１）に対してＣＤＨ１プロモーターメチル化状態が既に記載されており（例えばＬｏｍｂａｅｒｔｓ、Ｍ．ら（２００６）Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ９４：６６１−６７１；Ｙｏｓｈｉｕｒａ、Ｋ．ら（１９９５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９２：７４１６−７４１９；Ｌｉｎｄ、Ｇ．Ｅ．ら（２００４）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ  ３：２８；Ｋｕｍａｇａｉ、Ｔ．ら（２００７）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １２１：６５６−６６５；Ｈｅｎｎｉｇ、Ｇ．ら（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１（１）：５９５−６０２；Ｍａｒｃｈｅｖｓｋｙ、Ａ．Ｍ．ら（２００４）Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ６：２８−３６；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ、Ｗ．Ｃ．ら（２００７）Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．６：３９１−４０３参照）、ｚｅｂ１およびＳｎａｉｌを含むＥ−カドヘリンの転写抑制因子の発現と相関する（Ｂｕｃｋ、Ｅ．ら（２００７）Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ  ６：５３２−５４１；Ｔｈｏｍｓｏｎら（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：９４５５−９４６２）。パネル内のその他の腫瘍細胞株に対して、ＣＤＨ１に対するプロモーターメチル化状態は記載されていないが、腫瘍細胞株１１８６、Ｈ２９２、ＨＰＡＣ、ＧＥＯ、ＣＦＰＡＣおよびＢｘＰＣ３は、転写抑制因子を発現しないことが既に報告されており、一方、腫瘍細胞株Ｃａｌｕ６、１３８６およびＡ１１６５は転写抑制因子を発現することが報告���れている（Ｂｕｃｋ、Ｅ．ら（２００７）Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ  ６：５３２−５４１；Ｔｈｏｍｓｏｎら（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：９４５５−９４６２）。このパネルに含まれるいくつかの腫瘍細胞株がＥ−カドヘリンをコードする遺伝子において突然変異を有し（ＨＣＴ−１１６、Ｃｏｌｏ２０５およびＤＵ４４７５）（Ｂｕｃｋ、Ｅ．ら（２００７）Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．６：５３２−５４１）、これにより、これらの細胞が間葉様の形態を獲得するようになることが述べられたが、これらの細胞株においてＥ−カドヘリンは転写抑制されない。従って、ＥＭＴ状態（必ずしも間葉様形態ではない。）は、上皮腫瘍細胞が、ＥＭＴを起こしている腫瘍細胞よりも十分に感受性が高いように、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害に対する感受性と相関する。しかし、間葉様形態を有する腫瘍細胞の大部分がＥＭＴを起こしていると思われ、従って、形態計測学的分析はＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害に対する感受性の有用な予測法であろうが最も好ましい方法ではないであろうことに留意されたい。上皮腫瘍細胞の７０％が、このパネルの増殖阻害中央値（３７％）よりも増殖阻害が大きくなり、このパネルにおける何れの間葉腫瘍細胞株でも５０％以上の阻害は観察されなかった。これらのデータから、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対して最も反応性である可能性が高い患者を同定するためにＥＭＴバイオマーカーが有用であることが示唆される。間葉腫瘍から上皮腫瘍を区別するために使用することができるバイオマーカーには、Ｅ−カドヘリンなどの上皮マーカーならびに、ビメンチン、Ｓｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１およびＳｌｕｇなどの間葉マーカーが含まれる。
【０３１２】
ＮＳＣＬ腫瘍細胞において同定されるさらなるバイオマーカー
Ｃａｌｕ６においてホスホ−サイトケラチン−７、−８および−１８の減少が観察され（上皮株Ｈ２９２およびＨ３５８と比較）、Ｈ１７０３では全く観察されなかった（Ｃａｌｕ６およびＨ１７０３の間葉様表現型と一致）。同様に、α−およびβ−カテニンのリン酸捕捉は上皮状態の腫瘍細胞に限定され、上皮状態の腫瘍細胞においてδ−カテニンが顕著に上昇した（Ｈ２９２およびＨ３５８）。プラコフィリン−２、−３、−４、デスモプラキン−３およびインテグリン−β４のホスホチロシン捕捉は、上皮表現型のＮＳＣＬＣ細胞でのみ観察された。ホスホＥ−カドヘリンは、上皮表現型のＨ２９２でのみ観察された。まとめると、細胞接着を制御するタンパク質は、上皮表現型を有する腫瘍細胞で主に発現されたが、より間葉様である表現型を有する腫瘍細胞では発現が低いか又はなかった。上皮および間葉様株の間で、細胞骨格変性複合体を含有するｐ１３０ＣＡＳ／パキシリン又はＨｓｐ９０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ７１、Ｈｓｐ６０、ＨｓｐＢ１、Ｇｒｐ７８又はＧｒｐ９４を含有する熱ショックタンパク質複合体の、差次的発現および／又は制御は見られなかった。これは、上皮又は間葉表現型の間でタンパク質の大部分が量的に比較的不変であったという観察と一致する。
【０３１３】
上皮と間葉ＮＳＣＬＣ表現型との間の細胞生存シグナル伝達の変化
複数のリンタンパク質の発現および／又は制御は、生物学的に興味深い方式で特定の細胞型に限定された。例えば、高ホスホ−ＰＤＧＦ受容体発現は、Ｈ１７０３細胞でのみ観察され、少量のＦｅｒおよびＦｇｒも観察された。これには、ＳＯＳ−１、ＳＨＰ−２、インターセクチン−２、チロシン−タンパク質キナーゼＪＡＫ１、ＧＲＢ−２関連結合タンパク質ＧＡＢ１、ホスホリパーゼＣ−γ１、ＰＩ３−キナーゼｐ１１０サブユニット−αおよび−βおよびＰＩ３−キナーゼｐ８５−αおよび−βサブユニットのリン酸捕捉の上昇が付随した。
【０３１４】
ヒアルロナン受容体ＲＨＡＭＭは、間葉様株のホスホチロシン分画でのみ検出可能であり、間葉表現型に付随する移動促進および侵襲特性に関与し得る。間葉ＮＳＣＬＣ株はバシジン（ＣＤ１４７）レベルが低下しているので、これは特に重要であり得る。
【０３１５】
要するに、上記で列挙されるおよび図７のタンパク質およびリンタンパク質は、ＥＭＴ状態および従って腫瘍細胞のＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性を評価するために使用することができるさらなるバイオマーカーを提供する。特異的な細胞分画（即ち細胞質、膜又は細胞表面分画）で列挙される細胞質タンパク質バイオマーカーおよびおそらく１以上のリンタンパク質分画も、ＥＭＴの結果として発現レベルが変化するタンパク質である。１以上のリンタンパク質分画でのみ挙げられるタンパク質はリン酸化レベルが変化するが、ＥＭＴに反応してタンパク質発現レベルは変化しない。従って、後者の場合、リンタンパク質自身がバイオマーカーである。間葉様細胞において低下するものとして図７で列挙される腫瘍バイオマーカーは上皮バイオマーカーであり、その高発現レベルは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。間葉様細胞において増加するものとして図７で列挙されるバイオマーカーは間葉バイオマーカーであり、その高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する。結果として、図７で列挙されるバイオマーカーに対して、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカーの比が高いことは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。
【０３１６】
間葉様細胞において存在度が混合性であるとして図７で列挙されるバイオマーカーは、タンパク質の発現レベルの変化およびタンパク質のリン酸化状態の変化により異なる結果が予測されるものである。例えば、タンパク質「ｐ１８５−Ｒｏｎ」は、ＥＭＴ後に発現が上昇し、それに対する高発現レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する間葉マーカーであるが、一方で、「ホスホ−ｐ１８５−Ｒｏｎ」は、ＥＭＴ後に低下する上皮マーカーであり（即ちＥＭＴ後にｐ１８５−Ｒｏｎのリン酸化レベルが低下する。）、その高リン酸化レベルはＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する。
【０３１７】
間葉細胞株Ｈ１７０３又はＣａｌｕ６において上昇又は低下するものとして図７で列挙されるバイオマーカーは、調べた全ての主要細胞で同様に変化すると思われる図７で上記で列挙するその他のバイオマーカーとは異なり、細胞特異的方式で変化すると思われるバイオマーカーである。従って、間葉細胞株Ｈ１７０３又はＣａｌｕ６は、おそらく、これらの細胞特異的バイオマーカーがＥＭＴにおいて変化し、従ってこれらの腫瘍タイプにおけるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測する、腫瘍細胞タイプのサブセットの各代表である。
【０３１８】
バイオマーカーｐＥｒｋは、ＮＳＣＬＣ、膵臓、結腸直腸、乳房および卵巣腫瘍細胞におけるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する不感受性を予測する。
【０３１９】
ヒトＮＳＣＬＣ、膵臓および結腸直腸腫瘍細胞に対して（図６）、Ｅｒｋのリン酸化レベルが、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する感受性の低下および間葉状態への腫瘍細胞の移行の両方と相関することが分かった。卵巣腫瘍細胞に対して同様の結果が得られた（データは示さず。）。従って、ｐＥｒｋは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性低下を効果的に予測し得るバイオマーカーであり、従ってどの患者が抗−ＩＧＦ−１受容体抗体療法を含むＩＧＦ−１受容体キナーゼ阻害剤療法から利益を得ると思われるかを予測するための診断法として役立つ。
【０３２０】
間葉バイオマーカー、Ｚｅｂ１、ＳｎａｉｌおよびＳｉｐ１は、ＮＳＣＬＣ、膵臓、結腸直腸および乳房腫瘍細胞におけるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する不感受性を予測する。
【０３２１】
ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性があるか又は比較的耐性であるヒト細胞株（ＮＳＣＬＣ、膵臓、結腸直腸および乳房腫瘍細胞）の代表的パネルに対して、Ｚｅｂ１、ＳｎａｉｌおよびＳｉｐ１に対するｍＲＮＡ転写レベルを測定した。より高レベルのＺｅｂ１、Ｓｎａｉｌ又はＳｉｐ１を発現するこれらの細胞株（例えばＭｉａＰａｃａ−２、Ｐａｎｃ１、ＲＫＯ）はとりわけ、ＩＧＦ−１Ｒ阻害に対して比較的不感受性であった。Ｚｅｂ１又はＳｎａｉｌを比較的低いレベルで発現する腫瘍細胞株（例えばＣＦＰＡＣ、ＨＰＡＣ、ＢｘＰＣ３、ＤＬＤ１、ＧＥＯ、ＨＴ−２９およびＣｏｌｏ２０５）は全て、ＩＧＦ−１Ｒ阻害に対して比較的感受性が高かった。膵臓腫瘍細胞株に対して代表的データを図８で示すが、Ｚｅｂ１、Ｓｉｐ１又はＳｎａｉｌを比較的低いレベルで発現したもの（即ちＣＦＰＡＣ、ＨＰＡＣ、ＢｘＰＣ３）は全てＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害に対して比較的感受性が高く、一方、Ｚｅｂ１、Ｓｉｐ１又はＳｎａｉｌの何れかを高レベル発現したものは、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害に対して比較的不感受性であった。従って、高レベルの間葉バイオマーカーＺｅｂ１、ＳｎａｉｌおよびＳｉｐ１は、ＮＳＣＬＣ、膵臓、結腸直腸および乳房腫瘍細胞においてＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する不感受性を予測する。
【０３２２】
ＣＤＨ１プロモーターメチル化は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰヒト腫瘍細胞に対する不感受性を予測する。
【０３２３】
細胞のＥＭＴ状態の代替的指標は、転写抑制の指標であるＥ−カドヘリン遺伝子（ＣＤＨ１）プロモーターのメチル化状態である。図５に記載の２８種類の腫瘍細胞株のうち１９種類に対するＣＤＨ１プロモーターメチル化状態が既に調べられており（例えばＬｏｍｂａｅｒｔｓ、Ｍ．ら（２００６）Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ９４：６６１−６７１；Ｙｏｓｈｉｕｒａ、Ｋ．ら（１９９５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９２：７４１６−７４１９；Ｌｉｎｄ、Ｇ．Ｅ．ら（２００４）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ  ３：２８；Ｋｕｍａｇａｉ、Ｔ．ら（２００７）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １２１：６５６−６６５；Ｈｅｎｎｉｇ、Ｇ．ら（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１（１）：５９５−６０２；Ｍａｒｃｈｅｖｓｋｙ、Ａ．Ｍ．ら（２００４）．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ６：２８−３６；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ、Ｗ．Ｃ．ら（２００７）Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．６：３９１−４０３参照）、Ｚｅｂ１およびＳｎａｉｌを含むＥ−カドヘリンの転写抑制因子の発現と相関する（Ｂｕｃｋ、Ｅ．ら（２００７）Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ  ６：５３２−５４１；Ｔｈｏｍｓｏｎら（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：９４５５−９４６２）。これらの腫瘍細胞のうち、ＳＷ６２０、ＭＤＡ−ＭＢ−４３５、ＭｉａＰａｃａ−２、Ｈ１７０３、Ｐａｎｃ１、Ｈ４６０、ＲＫＯおよびＭＤＡ−ＭＢ−２３１は、ＣＨＤ１プロモーターメチル化があることが分かったが、一方、ＨＣＴ−１１６、ＨＴ−２９、Ｃｏｌｏ２０５、Ｈ３５８、ＭＣＦ−７、ＳＷ４８０、Ｈ３２２、Ｈ４４１、ＤＵ４４７５、ＭＤＡ−ＭＢ-４８６およびＤＬＤ１に対して、ＣＨＤ１プロモーターメチル化は検出されなかった（即ちプロモーターメチル化レベルが低いか又はゼロ）。これらの腫瘍細胞のＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性とこのデータとの比較から（図５参照）、ＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性の程度がＣＤＨ１遺伝子のメチル化状態と相関し、ＣＤＨ１プロモーターメチル化がないか又は低い腫瘍細胞が観察された場合、それはＩＧＦ１Ｒキナーゼ阻害剤に対する感受性が顕著により高いことが示される。従って、ＣＤＨ１プロモーターメチル化は、腫瘍細胞におけるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する不感受性を予測する有効なバイオマーカーである。
【０３２４】
バイオマーカーＨＥＲ３又はｐＨＥＲ３は、腫瘍細胞におけるＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰに対する感受性を予測する。
【０３２５】
２８種類のヒト腫瘍細胞のパネル（図９；結腸直腸癌（ＤＬＤ−１、ＧＥＯ、ＳＷ４８０、ＳＷ６２０、ＲＫＯ、Ｃｏｌｏ２０５、ＨＣＴ−１１６およびＨＴ−２９）、乳癌（ＭＣＦ−７、ＭＤＡ−ＭＢ−４６８、ＤＵ４４７５、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＤＡ−ＭＢ−４３５）、膵臓癌（ＢｘＰＣ３、ＨＰＡＣ、ＣＦＰＡＣ、Ａ１１６５、ＭｉａＰａｃａ−２およびＰａｎｃ１）、ＮＳＣＬＣ（ＮＣＩ−Ｈ２９２、Ｈ３５８、Ｃａｌｕ６、Ｈ３２２、ＮＣＩ−Ｈ４４１、Ｈ１７０３およびＮＣＩ−Ｈ４６０）および頭頸部腫瘍（１３８６および１１８６）由来）に対して、ＨＥＲ３の発現が、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤ＰＱＩＰによる阻害に対するより高い感受性と相関することが分かった。この方法により調べられた細胞株のサブセットに対して、ＨＥＲ３タンパク質の発現ではなく、ｐＨＥＲ３のレベルを分析することにより（リン酸化部位Ｙ１２８９に対して特異的な抗体を用いた免疫ブロッティング分析により）、同様の結果が得られた（データは示さず。）。従って、ＨＥＲ３およびｐＨＥＲ３は、ＩＧＦ−１Ｒキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の高感受性を有効に予測することができるバイオマーカーであり、従って、抗−ＩＧＦ−１受容体抗体療法を含むＩＧＦ−１受容体キナーゼ阻害剤療法から利益を最も受けると思われるのはどの患者かを予測するための診断法として役立つ。
【０３２６】
結論
Ｅ−カドヘリン発現を喪失することおよびより間葉性の表現型を獲得することは、複数の上皮由来の固形腫瘍における予後不良と相関することが示された。Ｅ−カドヘリンの喪失は、ＩＧＦ−１受容体阻害に対する細胞の不感受性と相関し、γ−カテニンおよびＢｒｋの喪失の相関はＥ−カドヘリンよりも低かった。逆に、細胞の間葉マーカー、ビメンチン、フィブロネクチン又はフィブリリンの獲得は、ＩＧＦ−１受容体阻害剤に対する感受性の喪失と相関する。発明者らは、部分的又は完全な上皮間葉移行が、ＩＧＦ−１受容体阻害剤に対する細胞反応に負の方向に影響し、抗ＩＧＦ−１受容体抗体療法を含むＩＧＦ−１受容体キナーゼ阻害剤療法から利益を得る可能性が最も高い患者に対する診断指標として役立つことを明確に示す。Ｅ−カドヘリン遺伝子プロモーターのメチル化などのＥ−カドヘリン遺伝子転写抑制又はＳｎａｉｌ、Ｚｅｂ１、Ｔｗｉｓｔ、Ｓｉｐ１又はＳｌｕｇなどの転写抑制因子タンパク質（又はｍＲＮＡ転写）の存在に関与するバイオマーカーは、ＩＧＦ−１受容体キナーゼ阻害剤に対する不感受性の有効な予測因子である。さらに、バイオマーカーｐＥｒｋの存在は、抗ＩＧＦ−１受容体抗体療法を含むＩＧＦ−１受容体キナーゼ阻害剤療法から利益を受けないであろう患者を同定するための特に有効な診断法であると思われる。一方、バイオマーカーＨＥＲ３又はｐＨＥＲ３の存在は、抗ＩＧＦ−１受容体抗体療法を含むＩＧＦ−１受容体キナーゼ阻害剤療法から利益を受けるであろう患者を同定するための特に有効な診断法であると思われる。
【０３２７】
略語
ＥＧＦ、上皮成長因子；ＥＭＴ、上皮間葉移行；ＮＳＣＬＣ、非小細胞肺癌；ＨＮＳＣＣ、頭頸部扁平上皮癌；ＣＲＣ、結腸直腸癌；ＭＢＣ、転移性乳癌；ＥＧＦＲ、上皮成長因子受容体；ＥｒｂＢ３、「ｖ−ｅｒｂ−ｂ２赤芽球性白血病ウイルス癌遺伝子ホモローグ３」（ＨＥＲ−３としても知られる。）；ｐＨＥＲ３、リン酸化ＨＥＲ３；Ｅｒｋキナーゼ、細胞外シグナル制御タンパク質キナーゼ（分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼとしても知られる。）；ｐＥｒｋ、リン酸化Ｅｒｋ；Ｂｒｋ、（タンパク質チロシンキナーゼ６（ＰＴＫ６）としても知られる。）乳房腫瘍キナーゼ；ＬＣ、液体クロマトグラフィー；ＭＳ、質量分析法；ＩＧＦ−１、インスリン様成長因子−１；ＩＧＦ−１Ｒ又はＩＧＦＲ、インスリン様成長因子−１受容体；ＴＧＦα、トランスフォーミング成長因子α；ＨＢ−ＥＧＦ、ヘパリン結合性上皮成長因子；ＬＰＡ、リゾホスファチジン酸；ＴＧＦα、トランスフォーミング成長因子α；ＩＣ５０、最大半量の阻害濃度；ＲＴ、室温；ｐＹ、ホスホチロシン；ｐＰＲＯＴＥＩＮ、ホスホ−ＰＲＯＴＥＩＮ、「ＰＲＯＴＥＩＮ」は、リン酸化され得る何れかのタンパク質であり得る。例えばＥＧＦＲ、ＥＲＫ、ＨＥＲ３、Ｓ６など；ｗｔ、野生型；ＰＩ３Ｋ、ホスファチジルイノシトール−３キナーゼ；ＧＡＰＤＨ、グリセルアルデヒド３−ホスフェートデヒドロゲナーゼ。
【０３２８】
参照による組み込み
本明細書で開示される全ての特許、公開特許出願およびその他の参考文献は、明確に参照により本明細書に組み込まれる。
【０３２９】
均等物
当業者は、本明細書中で具体的に記載される本発明の具体的実施形態の多数の均等物を、定型的な実験法に過ぎない実験法を用いて認識するか又は確認することができる。かかる均等物は以下の特許請求の範囲に包含されるものとする。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７−Ａ】
2011501660.tif 000013
【図７−Ｂ】
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【図７−Ｃ】
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【図７−Ｄ】
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【図７−Ｅ】
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【図７−Ｆ】
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【図７−Ｇ】
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【図７−Ｈ】
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【図７−Ｉ】
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【図７−Ｊ】
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【図７−Ｋ】
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【図７−Ｌ】
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【図７−Ｍ】
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【図７−Ｎ】
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【図７−Ｏ】
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【図７−Ｐ】
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【図７−Ｑ】
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【図７−Ｒ】
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【図７−Ｓ】
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【図７−Ｔ】
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【図７−Ｕ】
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【図７−Ｖ】
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【図８】
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【図９】
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【国際調査報告】
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