(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
水産養殖において、病原体に対する無脊椎動物の耐性を増加させるための物質であって、配列番号１を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号２を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号３を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号４を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号５を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号６を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号７を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号８を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号９を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、配列番号１０を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチド、及び配列番号１１を含む５０ものアミノ酸からなる少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドを含む前記物質。
【請求項２】
水産養殖において、病原体に対する無脊椎動物の耐性を増加させるための物質であって、以下の配列：ＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、及びＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）の単離された又は合成のペプチドからなる混合物を含む前記物質。
【請求項３】
該無脊椎動物が甲殻類である、請求項１又は２に記載の物質。
【請求項４】
該甲殻類がエビである、請求項３に記載の物質。
【請求項５】
該少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドが合成のものである、請求項１又は２に記載の物質。
【請求項６】
請求項１又は２に記載の物質を含むワクチン。
【請求項７】
さらに、医薬として許容される担体を含む、請求項６に記載のワクチン。
【請求項８】
病原体がウイルスである、請求項７に記載のワクチン。
【請求項９】
該病原体がタウラ症候群ウイルスである、請求項８に記載のワクチン。
【請求項１０】
該ワクチンがエビ用の飼料と混合されている、請求項７に記載のワクチン。
【請求項１１】
請求項５に記載の物質を含む、請求項９に記載のワクチン。
【請求項１２】
該単離された又は合成のペプチドの各々が同等な重量の混合物を含む、請求項１０に記載のワクチン。
【請求項１３】
請求項１に記載の物質を無脊椎動物に投与することを含む、無脊椎動物において病原体に対する耐性を提供する方法。
【請求項１４】
該物質が、経口、該物質を含有する水性媒体中での無脊椎動物の潜水を介して、又は注射を介して投与される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
（１）無脊椎動物と同一種である複数の無脊椎動物の少なくとも１つの個体において病気を引き起こすのに十分なレベルでの病原体で該複数の無脊椎動物を攻撃すること；
（２）病気に罹るか、又は死んだ該複数の無脊椎動物の少なくとも１つの個体を捨てること；
（３）工程（１）及び（２）を少なくとも１回繰り返すこと；ならびに
（４）該無脊椎動物の病原体に対する耐性を増大させる、請求項１又は２に記載の物質を工程（１）、（２）及び／又は（３）において該複数の無脊椎動物に少なくとも１回投与すること
を含む、病原体に対する無脊椎動物の耐性を増加させる方法。
【請求項１６】
請求項１又は２に記載の物質を含む動物飼料。
【請求項１７】
エビ生産用のＲａｎｇｅｎ３５マッシュ、１％アルギン酸ナトリウム、１％ヘキサメタリン酸ナトリウム、ならびに請求項１又は２に記載の物質を含む動物飼料。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２００８年１月１８日に出願された米国出願第１２／０１０，０２７号、２００７年１１月３０日に出願された米国仮出願第６０／９９１，６７６号、２００７年１０月２４日に出願された米国出願第１１／９２３，５５９号、２００７年１０月２４日に出願された米国仮出願第６０／９８２，３３６号、２００７年１０月２４日に出願された米国仮出願第６０／９８２，３３３号、２００７年１０月２４日に出願された米国仮出願第６０／９８２，３３８号、２００７年８月３１日に出願された米国仮出願第６０／９３５，８１６号、２００７年８月１６日に出願された米国仮出願第６０／９３５，４９９号、２００７年８月８日に出願された米国仮出願第６０／９５４，７４３号、及び２００７年５月３０日に出願された米国出願第１１／７５５，５９７号に対する優先権を主張する（各々は参照により本明細書にその全体を援用する）。さらに、本出願は、２００７年１月３０日に出願された米国仮出願第６０／８９８，０９７号、２００７年１月１８日に出願された米国仮出願第６０／８８０，９６６号、２００６年１０月２４日に出願された米国仮出願第６０／８５３，７４４号、２００６年２月１６日に出願された米国出願第１１／３５５，１２０号、２００５年４月２８日に出願された米国出願第１１／１１６，２０３号、２００４年６月４日に出願された米国出願第１０／８６０，０５０号、２００２年７月８日に出願された米国出願第１０／１８９，４３７号、２００２年３月２６日に出願された米国出願第１０／１０５，２３２号、現在の米国特許第７，１８９，８００号、２００１年１０月２６日に出願された米国出願第０９／９８４，０５７号、及び２００１年１０月２６日に出願された米国出願第０９／９８４，０５６号、現在の米国特許第７，１７６，２７５号を各々参照により本明細書にその全体を援用する。
【背景技術】
【０００２】
水産養殖とは、一般に、食物用の水生動物の繁殖及び育成をいう。水産養殖は２１世紀において迅速に拡大している世界的産業である。該産業における経済的損失の最も重要な原因は病気である。Ｍｅｙｅｒ，Ｆ．Ｐ．，Ｊ  Ａｎｉｍ  Ｓｃｉ  １９９１，６９：４２０１−４２０８。水産養殖、特に無脊椎動物水産養殖は、しばしば、販売前に、又は脱皮を誘導するために、ペン又はタンクでの密集した多数の動物の短期間の保持を含む。同上。これらの密集は、エビ、二枚貝、カキ、ロブスター、ホタテガイ、アワビ等の無脊椎動物にとってはストレスとなる。該ストレスの条件は、ビブリオ（Ｖｉｂｒｉｏ）、クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）様、及びリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）様種のような細菌、タウラ症候群ウイルス及び白斑症候群ウイルス等のウイルス、ならびに他の微生物病原体を含む病原体の伝搬にとって理想的である。
【０００３】
水産養殖における１つの特に深刻なウイルス病はタウラ症候群であり、これは世界中のエビ養殖産業にかなりのインパクトを与える。タウラ症候群はタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）によって引き起こされ、これは、Ｃｒｉｐａｖｉｒｕｓ属におけるＤｉｓｃｉｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅファミリーのメンバーであり、約１０，０００のヌクレオチドの正の一本鎖ゲノムを有する。該ゲノムは２つのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含有する。ＯＲＦ１は、報告されているところによると、ヘリカーゼ、プロテアーゼ及びＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼについてのコーディングを含有する。ＯＲＦ２は、報告されているところによると、３つのキャプシドタンパク質についてのコーディングを含有する。
【０００４】
タウラ症候群は、現在、アメリカにおける風土病であると考えられており、発生はアジアで観察されている。感染したエビは、一般に、赤い尾を有し、食欲不振であって、その挙動は異常であり、尾の筋肉は不透明となり得、クチクラは柔軟となり得る。５％〜９５％の死亡率は、該病気の急性期の間に観察されている。ＴＳＶの発生で生存するエビは、感染性を維持しながら、再感染が無効であるように見える。
【０００５】
迅速な複製は、ウイルス病であるクラミジア様病及び白斑症候群等の水産養殖におけるＴＳＶならびに他のウイルス及び細菌病を含む、ある種の細菌、ウイルス及び悪性腫瘍における病原性の特徴である。本発明者らは、レプリキン（Ｒｅｐｌｉｋｉｎ）と称される、迅速な複製に関連する保存されたペプチド配列のファミリーを見出した。本発明者らは、インフルエンザ及び他のウイルスの菌株におけるレプリキンペプチドの濃度の増加をウイルスの病原性の増大に関連付けた。レプリキン配列の複製機能を操作することによって病原性感染を予防及び治療する方法、ならびにワクチン及び他の療法を含む、悪性の感染の治療用のレプリキン配列の複製機能に関連する分子標的を同定する方法に対する要望が当該分野で存在する。さらに、集団を通じて迅速に拡大するか、又は高度に突然変異性を有するか、あるいはその双方である出現する病原体に対するワクチン及び他の療法の開発で要求される時間の短縮に対する要望が当該分野で存在する。ワクチンの開発のため、３〜１２か月の本タイムフレームは、しばしば、流行病が終了してから長時間経過した後、あるいは依然として活性である場合、病原体における突然変異がワクチンをより効果的でなくし、又は無益とした後、ワクチンを送達する。当該分野におけるこれらの問題は、ヒト及び動物の健康の専門家及び政府にとってかなりの心配事である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明は、水産養殖における無脊椎動物での病原体の発生の予防及び治療用の合成ペプチド配列及び単離された、合成の又は合成されたレプリキンペプチド配列、ならびに単離された、合成の、又は合成されたレプリキンペプチド配列の１つ以上を含む、又はそれよりなる１つ以上の物質を水産養殖における無脊椎動物に投与して、無脊椎動物における病原体の発生を予防及び／又は治療する方法を提供する。
【０００７】
本発明の第１の非限定的態様は、約７〜約５０個のアミノ酸の少なくとも１つの合成ペプチドを含む水産養殖で用いられる物質であって、該少なくとも１つの合成ペプチドが、水中で培養することができる少なくとも１つの無脊椎動物に投与された場合に、少なくとも１つの病原体に対するその無脊椎動物の耐性を増加させる物質を提供する。非限定的実施形態において、該少なくとも１つの無脊椎動物は甲殻類である。さらなる非限定的実施形態において、該少なくとも１つの甲殻類はエビである。
【０００８】
本発明の第１の態様のさらなる非限定的実施形態は、無脊椎動物に対する病原体からの少なくとも１つのペプチドの少なくとも１つの単離された又は合成の形態である少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドを含む、水産養殖において無脊椎動物の耐性を増加させるための物質であって、該少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドは、レプリキンモチーフを含む７〜約５０個のアミノ酸よりなる少なくとも１つの単離された又は合成のレプリキンペプチドであり、該レプリキンモチーフが、
（１）該モチーフの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基、及び該モチーフの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；
（２）第２のリジン残基から６〜１０残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに
（４）少なくとも６％のリジン残基
を含む、物質を提供する。
【０００９】
さらなる非限定的実施形態において、該少なくとも１つの単離された又は合成のレプリキンペプチドはレプリキンモチーフよりなる。さらなる非限定的実施形態において、該レプリキンモチーフは約７〜約１０個のアミノ酸、約１０〜約１５個のアミノ酸、約１５〜約２０個のアミノ酸、約２０〜約２５個のアミノ酸、約２５〜約３０個のアミノ酸、約３０〜約３５個のアミノ酸、約３５〜約４０個のアミノ酸、約４０〜約４５個のアミノ酸、又は約４５〜約５０個のアミノ酸よりなる。
【００１０】
本発明のさらなる非限定的実施形態において、該少なくとも１つの単離された又は合成のレプリキンペプチドは、配列番号１〜１１、８６、８７、１０３〜１１２、及び１１４〜１９８のいずれか１つを含む。さらなる非限定的実施形態において、該物質は配列番号１〜１１、８６、８７、１０３〜１１２、及び１１４〜１９８の単離された又は合成のレプリキンペプチドの１種以上からなる混合物を含む。さらなる非限定的実施形態において、該少なくとも１つの単離された又は合成のレプリキンペプチドはＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）を含む。さらなる非限定的実施形態において、本発明の第１の態様の該物質は、合成レプリキンペプチドのいずれかの２種以上からなる混合物を含む。さらなる非限定的実施形態において、該物質は合成レプリキンペプチドの同等な重量の混合物を含む。
【００１１】
本発明の第２の非限定的態様は、約７〜約５０個のアミノ酸の少なくとも１つの単離された又は合成ペプチドを含む、水産養殖で用いる物質を含むワクチンであって、該少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドが、水中で培養できる少なくとも１つの無脊椎動物に投与した場合、少なくとも１つの病原体に対する無脊椎動物の耐性を増加させるワクチンを提供する。
【００１２】
本発明の第２の態様の非限定的実施形態において、該ワクチンの物質の少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドは少なくとも１つのレプリキンペプチドであり、該レプリキンペプチドが約７〜５０個のアミノ酸よりなり、
（１）該モチーフの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基、及び該モチーフの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；
（２）第２のリジン残基から６〜１０個の残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに
（４）少なくとも６％のリジン残基
を含むレプリキンモチーフを含む。さらなる実施形態において、該ワクチンは、さらに、医薬として許容される担体を含む。
【００１３】
本発明の第２の態様のさらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、甲殻類又は軟体動物等無脊椎動物において少なくとも１つの病原体から保護する。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、エビにおいて少なくとも１つの病原体から保護する。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンはエビへの投与のためにエビの飼料と混合される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、エビの飼料の１日の配給量と混合される。さらなる非限定的実施形態において、病原体はウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、病原体はタウラ症候群ウイルスである。
【００１４】
本発明の第２の態様のさらなる非限定的実施形態において、ワクチンの少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドは配列番号１〜１１、８６、８７、１０３〜１１２、及び１１４〜１９８のいずれか１つである。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、配列番号１〜１１、８６、８７、１０３〜１１２、及び１１４〜１９８の単離された又は合成のレプリキンペプチドの１種以上からなる混合物を含む。
【００１５】
本発明の第２の態様のさらなる非限定的実施形態において、ワクチンの少なくとも１つの合成ペプチドは配列番号ＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）である。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは合成ペプチドのいずれかの２種以上からなる混合物を含む。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは合成ペプチドの各々からなる混合物を含む。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、合成ペプチドの各々が同等な重量の混合物である。
【００１６】
本発明の第２の態様のさらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．００１ｍｇ〜約１０ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．００５ｍｇ〜約５ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．０１ｍｇ〜約２ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．０２ｍｇ〜約１．５ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．０８ｍｇ〜約１．０ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．１ｍｇ〜約０．９ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．２ｍｇ〜約０．８ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、１日当たり、処理される各エビの体重１ｇ当たり約０．５ｍｇのワクチンを少なくとも１匹のエビに投与される。
【００１７】
本発明の第２の態様のさらなる非限定的実施形態において、本発明のワクチンの少なくとも１つの単離された、合成された又は合成のレプリキンペプチドは、タウラ症候群ウイルスの出現する菌株に存在する少なくとも１つのレプリキンペプチドの少なくとも１つの単離された、合成された又は合成の形態である。
【００１８】
本発明の第２の態様のさらなる非限定的実施形態において、本発明のワクチンは、タウラ症候群ウイルスの兆候の開始に先立って、予防的療法としてエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、本発明のワクチンは、タウラ症候群ウイルスの兆候の開始後に予防的療法としてエビに投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは、治療量以下の濃度で投与される。さらなる非限定的実施形態において、該ワクチンは少なくとも１匹のエビのライフライクルの実質的全てにわたって投与される。
【００１９】
本発明の第３の非限定的態様は、少なくとも１つの合成ペプチドを含む物質を投与することを含む、水産養殖での無脊椎動物において耐性を提供する方法であって、該少なくとも１つの合成ペプチドが、水中で培養することができる少なくとも１つの無脊椎動物に投与した場合、少なくとも１つの病原体に対する耐性を増加させることができる方法を提供する。非限定的実施形態において、該物質は、経口、該物質を含有する水性媒体中での無脊椎動物の潜水を介して、又は注射を介して投与される。さらなる非限定的実施形態において、該物質は経口投与される。非限定的実施形態において、無脊椎動物は甲殻類である。さらなる非限定的実施形態において、甲殻類はエビである。
【００２０】
本発明の第４の非限定的態様は、７〜約５０個のアミノ酸よりなる単離された、合成の又は合成されたタウラ症候群ウイルスのレプリキンペプチドを提供し、該レプリキンペプチドが
（１）該モチーフの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基、及び該モチーフの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；
（２）第２のリジン残基から６〜１０個の残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに
（４）少なくとも６％のリジン残基
を含むレプリキンモチーフを含む。本発明のさらなる実施形態において、該単離された、合成の又は合成されたタウラ症候群ウイルスレプリキンペプチドはレプリキンモチーフよりなる。さらなる非限定的実施形態は、タウラ症候群ウイルスレプリキンペプチドをコードするヌクレオチド配列を提供する。
【００２１】
本発明の第５の非限定的態様は
（１）末端リジン及び、場合により、該末端リジンに直接隣接したリジン；
（２）末端ヒスチジン及び、場合により該末端ヒスチジンに直接隣接したヒスチジン；
（３）もう１つのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸内のリジン；ならびに
（４）少なくとも６％のリジン
を含む、約１６〜約３４個のアミノ酸よりなる単離された、合成の又は合成されたタウラ症候群ウイルスレプリキン足場ペプチドを提供する。さらなる非限定的実施形態において、該単離された、合成の又は合成されたタウラ症候群ウイルスレプリキン足場ペプチドは約２８〜約３３個のアミノ酸よりなる。さらなる非限定的実施形態において、該ペプチドは、ＫＫＶＱＡＮＫＴＲＶＦＡＡＳＮＱＧＬＡＬＡＬＲＲＹＹＬＳＦＬＤＨ（配列番号１９７）又はＫＫＡＣＲＮＡＧＹＫＥＡＣＬＨＥＬＤＣＫＳＦＬＬＡＱＱＧＲＡＧＡＨ（配列番号１９８）を含む。
【００２２】
本発明の第６の非限定的態様は
（１）無脊椎動物と同一種である複数の無脊椎動物の少なくとも１つの個体において病気を引き起こすのに十分なレベルでの病原体で、該複数の無脊椎動物を攻撃すること；
（２）病気に罹るか、又は死んだ該複数の無脊椎動物の少なくとも１つの個体を捨てること；
（３）工程（１）及び（２）を少なくとも１回繰り返すこと；ならびに
（４）病原体に対する該無脊椎動物の耐性を増加させる、工程（１）、（２）及び／又は（３）において請求項１に記載の物質を該複数の無脊椎動物に少なくとも１回投与すること
を含む、病原体に対する無脊椎動物の耐性を増加させる方法を提供する。
【００２３】
本発明の第６の態様の非限定的実施形態において、該少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドは、７〜約５０個のアミノ酸よりなり、
（１）該モチーフの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基、及び該モチーフの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；
（２）第２のリジン残基から６〜１０残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに
（４）少なくとも６％のリジン残基
を含むレプリキンモチーフを含む少なくとも１つのレプリキンペプチドである。さらなる実施形態において、無脊椎動物はエビである。さらなる非限定的実施形態において、病原体はタウラ症候群ウイルスである。
【００２４】
本発明の第７の非限定的態様は、（１）水性媒体中で培養することができる無脊椎動物の病原体において少なくとも１つのレプリキン配列を同定すること、及び（２）ワクチンの活性剤としての少なくとも１つの同定されたレプリキン配列を化学的に合成することを含むワクチンを製造する方法を提供する。非限定的実施形態において、該ワクチンは、病原体における少なくとも１つのレプリキン配列が同定された時点から７日以内に生産される。
【００２５】
本発明の第８の非限定的態様は、約７〜約５０個のアミノ酸の少なくとも１つの合成ペプチドを含む、水産養殖で用いられる物質を含む動物飼料を提供し、該少なくとも１つの合成ペプチドは、水性媒体中で培養することができる少なくとも１つの無脊椎動物に投与された場合、少なくとも１つの病原体に対するその無脊椎動物の耐性を増加させる。非限定的実施形態において、該動物飼料は甲殻類のための飼料である。さらなる非限定的実施形態において、該動物飼料はエビのための飼料である。さらなる実施形態において、該動物飼料の物質の合成ペプチドは、合成レプリキンペプチドである。さらなる実施形態において、該動物飼料はエビ生産ランゲン３５マッシュ、１％アルギン酸ナトリウム、１％ヘキサメタリン酸ナトリウム、及びＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）である少なくとも１つの合成レプリキンペプチドを含む。
【００２６】
本発明の第９の非限定的態様は、少なくとも１つのレプリキンペプチドを含むワクチンで処理されたエビを提供し、該少なくとも１つのレプリキンペプチドが７〜約５０個のアミノ酸よりなり、
（１）該モチーフの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基、及び該モチーフの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；
（２）第２のリジン残基から６〜１０個の残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに
（４）少なくとも６％のリジン残基
を含むレプリキンモチーフを含む。
【００２７】
さらなる実施形態において、レプリキンペプチドはタウラ症候群ウイルスのレプリキンペプチドである。本発明の第９の態様のさらなる非限定的実施形態において、該エビは（１）複数の他のエビと共に、複数の該エビの少なくとも１匹において病気を引き起こすのに十分なレベルでのタウラ症候群ウイルスで攻撃され；（２）病気に罹るか、又は死んだ、あるいは双方である該複数のエビのうちのエビが捨てられ；（３）工程（１）及び（２）を少なくとも１回繰り返し；（４）工程（１）、（２）及び／又は（３）において、該複数のエビにワクチンを投与し、該ワクチンが少なくとも１つの単離された又は合成のタウラ症候群ウイルスレプリキンペプチドを含む。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１】図１は、１５日間の試行にわたって、タウラ症候群ウイルスで攻撃されたエビ（パシフィックホワイトシュリンプ（Ｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ））のパーセント生存率を示す。図１Ａは、タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）由来のレプリキン配列を含有するＴ１ワクチンを接種したエビを示す。図１Ｂは、非接種エビ（対照）を示す。図１中のデータは、下記の実施例２に記載された試行を反映する。図１Ａは、対照と共に同一の１５日間にわたって、各々行われた５つの試行を示す。図１Ｂは、同一の１５日の期間にわたる３つの対照試行を示す。（下記の実施例２に説明するように）合計して６つの試行から、１つの異常値を除去後、接種したエビは５９％の累積生存率を有した（図１Ａ）。非接種エビは２５％の累積生存率を有する（図１Ｂ）。接種したエビの累積生存率は、非接種エビの累積生存率よりも大きかった。これらのデータは、レプリキン配列の接種によりＴＳＶ感染から保護されたことを示す。接種後のＴＳＶに対する相対的パーセント生存率は４５％であった。
【００２９】
【図２】図２は、タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）で従前に攻撃され（慢性的に感染された）、引き続いて、Ｔ１ワクチン、Ｔ２阻害又は「ブロック」ワクチンでの処理後、あるいはワクチンでの処理なし（対照）の後、ＴＳＶで２回目に攻撃されたエビ（パシフィックホワイトシュリンプ（Ｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ））の１５日の累積生存率を示す。さらなる対照実験は、従前にＴＳＶで攻撃されていない（慢性的に感染されていない）エビを用い、示される。この対照はワクチンで処理されなかった。Ｔ１接種したエビでは、１３日目まで死亡はなかった。この群は、ＴＳＶへの暴露から１５日後に９１％生存率を有した。阻害されたワクチンＴ２を与えたエビでは、第１の死亡率が２日目に観察された。該群は６０％の生存率を有した。従前のＴＳＶ攻撃に付された非接種対照群では、第１の死亡率は１０日目に出現し、該群は７５％の生存率を有した。タウラ症候群ウイルスで従前に攻撃されていない、さらなる対照群（ＳＰＦエビ）では、累積生存率は２５％であった。これらの結果は、ＴＳＶで慢性的に感染したエビがＴＳＶで再度攻撃された場合、より高いパーセント生存率（６０〜９１％）を有したことを示す。特に、Ｔ１接種したエビは最も高い生存率及び最も低いウイルス負荷を有した。ＴＳＶで攻撃されたＳＰＦエビについてのパーセント生存率は２５％であった。図２に示された試行は下記の実施例３に記載されている。
【００３０】
【図３】図３は、各々、ベリーズ、タイ、ハワイ及びベネズエラから収集したタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）の単離体のレプリキン濃度と、１、２及び３日目に各ＴＳＶ単離体で攻撃されたエビ（パシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ））における５０％死亡率に至るまでの平均日数との間の直接的順次の相関を示す。各単離体についてのレプリキン濃度間の統計学的差は、ｐ＜０．００１のレベルで有意である。図３に示されたデータは後に実施例１に記載されている。
【００３１】
【図４】図４は、各々、ベリーズ、タイ、ハワイ及びベネズエラから収集したタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）の単離体におけるレプリキン濃度と、各ＴＳＶ単離体での感染から１５日後におけるエビ（パシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ））の平均累積生存率との間の直接的相関を示す。各単離体についてのレプリキン濃度の間の統計学的差は、ｐ＜０．００１のレベルで有意である。図４に示されたデータは後に実施例１に記載されている。
【００３２】
【図５】図５は、（１５日より前に１００％死亡率が起こるのでなければ）１５日にわたって４つの異なるタウラ症候群ウイルス単離体で攻撃されたエビ（パシフィックホワイトシュリンプ（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ））の累積生存率と、各単離体のオープンリーディングフレーム１（ＯＲＦ１）のレプリキン濃度との間の相関を示す。ベリーズ、タイ、ハワイ及びベネズエラ由来のＴＳＶの個々の単離体のゲノムのＯＲＦ１の翻訳されたアミノ酸配列を、レプリキン濃度について分析した。レプリキン濃度はベリーズ単離体については３．５、タイ単離体については３．４、ハワイ単離体については３．３、及びベネズエラ単離体については３．０であると決定された。グラフＡは、ＴＳＶのベリーズ単離体で攻撃されたエビの３つの試行における観察されたパーセント生存率を示す。１つの試行において、合計死亡率は６日目に観察した。他の試行においては、合計死亡率は１１日目に観察した。グラフＢ、Ｃ及びＤは、各々、タイ単離体、ハワイ単離体及びベネズエラ単離体で攻撃されたエビの観察されたパーセント生存率を示し、各々は、１５日にわたる３つの試行におけるものである。タイ単離体においては、８０％パーセント死亡率の平均は１５日目に観察した。ハワイ単離体においては、７８．３％死亡率の平均は１５日目に観察された。ベネズエラ単離体においては、５８．３％死亡率の平均が１５日目に観察された。図５に示したデータは下記の実施例１に記載されている。
【００３３】
【図６】図６は、タウラ症候群ウイルスのゲノムにおける増大したレプリキン濃度と、エビでの２０００年及び２００７年におけるウイルスの発生との間の相関を示す。ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍで入手可能なタウラ症候群ペプチド配列は、公に入手可能な配列における平均レプリキン濃度について本発明者らによって解析されたものであった。図６は、ペプチド配列が２０００年から２００５年の間に公に入手可能であった各年についての（標準偏差と共に）平均レプリキン濃度、及びタウラ症候群ウイルスの重大な発生の日にちを比較するグラフである。グラフに反映されたレプリキン濃度のデータは下記の表１３において見られる。該病気の重大な発生は２０００年及び２００７年において認められる。ウイルスの発生は、レプリキン濃度の増加後、起こることがグラフから観察された。２０００年に、ＴＳＶは２．７のレプリキン濃度を有した。２００１年から２００４年の間に、ＴＳＶは０．６という低い平均レプリキン濃度を有し、同定されたレプリキン足場は消失した。２００５年に、レプリキン足場は、リジン及びヒスチジンの増加、及び１．８までのレプリキン濃度の比例した増加、その後、２００６年〜２００７年にＴＳＶの発生の増加に伴い再度出現した。２０００年及び２００５年にＴＳＶについては実施例５におけるレプリキン足場参照。
【００３４】
【図７】図７は、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質の１００個のアミノ酸（レプリキン数）当たりの年間のレプリキン濃度（レプリキン数の平均は描かれた標準偏差と共に黒色の棒線で示される）と、州全体ベースでのＣｅｎｔｅｒｓ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ（ＣＤＣ）によって報告された合衆国におけるヒト症例の年間の数との間の相関を示すことによる、ウエストナイスウイルスのレプリキンの周期的生産、及び年間のヒト死亡率を示す。データのレビューにより、エンベロープタンパク質のレプリキン数の平均の標準偏差が、２０００年から２００１年の間に顕著に増加することが明らかになる（ｐ＜０．００１にて統計学的に有意）。ウイルス集団のレプリキン数の平均からの標準偏差のこの種の変化は、インフルエンザウイルスの全ての通常の菌株におけるシグナルの迅速な複製及びレプリキン数の範囲の拡大に対して観察されている（インフルエンザウイルスは、ウエストナイルウイルスがそうであるよりもウイルスの有意に異なるファミリーに分類される）。インフルエンザにおいては、レプリキン数の顕著な統計学的変化は、ウイルス発生に先行することが観察されている。
【００３５】
ウエストナイルウイルスにおける２０００年から２００３年の平均レプリキン数の観察された増加は、ＣＤＣによって独立に記録され、かつ公表されたヒトウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）症例の数の増加に先行する。死亡率に対するレプリキン数の同一の詳細な関係は、ヒト死亡率に対するインフルエンザ菌株、例えば、Ｈ５Ｎ１（図８参照）において、ならびにウマ死亡率に対するＨ３Ｎ８ウマ脳炎（図１２参照）において、ならびにヒト死亡率（図９参照）に対する、及びタウラ症候群ウイルスでのエビにおける死亡率（図３〜５参照）に対するトリパノソーム熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ（マラリア））において示されている。該関係はいくつかの種、すなわち、甲殻類、ウマ及びヒトにおいて既に示されて、かつレプリキン配列は植物、無脊椎動物、脊椎動物、原生動物（トリパノソーム等）、細菌（炭疽菌等）及びウイルスにおける迅速な複製に関連付けられているため（例えば、米国特許第７，１７６，２７５号及び第７，１８９，８００号参照）、死亡率に対する関連するレプリキン数は広く分布した一般的な原理であるように見える。
【００３６】
さらに、図７中のデータは，２００４年に、及び再度２００５年に、レプリキン数及びＷＮＶのヒト症例の数の双方の増加があったことを示す。２００６年に、レプリキン数の増加に続いて、２００７年におけるヒト症例（死亡率）の数の増加があった。したがって、図７は、レプリキン濃度（レプリキン数）の２つのサイクル、及びＷＮＶヒト死亡率を変化させる２つのサイクルを示す。２０００年〜２００３年及び２００４年〜２００８年の間の２つのサイクル（ウイルスレプリキンのサイクル）は図７において相関するように観察される。レプリキン数におけるサイクルは、Ｈ１Ｎ１及びＨ３Ｎ２での従前のインフルエンザウイルスデータにおいて観察されている（例えば、図１１参照）。該関係はそれがインフルエンザであるよりもＷＮＶデータにおいてさらにより明瞭に示されている。なぜならば、Ｈ１Ｎ１又はＨ３Ｎ２インフルエンザウイルスから得られる症例の実際の数は、それらが、現在、ウエストナイルウイルスについて記録されているのと同程度に正確に特定の菌株について歴史的には記録されていなかったからである。その代わり、Ｈ１Ｎ１及びＨ３Ｎ２は発生、流行、又はパンデミックとして記録された。繰り返されたサイクルにおけるレプリキン濃度（レプリキン数）の段階的な増加は、ウイルス拡大を予測する方法に使用することができる。レプリキン数の段階的増加のモニタリングは、当業者に、ウイルス病の発生、流行及びパンデミックを含む、ウイルス集団における拡大及び結果としての死亡率を予測するデータを与える。これらの事象における実際の死亡率は記録されなかった。２００７年及び２００８年におけるレプリキン数についてのデータは、図７から排除されていることに注意すべきである。なぜならば、ＷＮＶ配列のＣＤＣ報告は本出願の起草の時点では遅れていたからである。
【００３７】
図７中のデータも重要である。なぜならば、多くの従前の流行後のウイルスが再度訪れた国よりはむしろ、例えば、Ｈ１Ｎ１又はＨ３Ｎ２の症例においては、図７は１９９９年にニューヨーク市で最初に到来したウイルスの進行、及びその後の合衆国全土にわたる拡大を記載しているからである。該機会は、ウイルスの新たに認識されたレプリキン構造についてのこの拡大の工程、及びＣＤＣによって提供された優れた疫学的データを調べるために与えられる。
【００３８】
【図８】図８は、Ｈ５Ｎ１感染のヒト症例における２００３年から２００７年の間のパーセントヒト死亡率に対する、ヒトＨ５Ｎ１におけるレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅ  ｐＢ１遺伝子領域のレプリキン数の関係を示す。Ｈ５Ｎ１のｐＢ１遺伝子領域におけるレプリキン数の増加は、宿主におけるより高い死亡率に定量的に関連することが観察される。グラフにおいて、（１）明るい灰色は所定の年の全ウイルス単離体の平均レプリキン数を表わし、（２）暗い灰色は、所定の年のヒトＨ５Ｎ１の単離体の公に入手可能な配列のｐＢ１領域での平均レプリキン数を表わし、（３）白色棒線は、所定の年のレプリキン数の平均からの標準偏差を表わし、及び（４）黒色棒線は、最終的には８６％死亡率に到達する、所定の年のＨ５Ｎ１感染の同定されたヒト症例のパーセント死亡率の１０％を表わす（図８において８．６として示す）。
【００３９】
【図９】図９は、熱帯熱マラリア原虫由来のヒトにおける臨床学的症例１０００例当たりの死亡率が、熱帯熱マラリア原虫ＡＴＰアーゼ酵素におけるレプリキン数と相関することを示す。高いマラリア罹患率及び死亡率は、１９９０年代後半に起こり、これらの率は微生物の適合、及び抗マラリア剤の減少した有効性によるものと考えられた。ＡＴＰアーゼはマラリアのアルテミニシン治療の主な標的である。アルテミニシンの使用の増大、及び公衆の健康尺度の改善に伴い、罹患率及び死亡率は１９９９年から２００６年に減少した。熱帯熱マラリア原虫ＡＴＰアーゼのレプリキン数は、マラリア症例１例当たりの死亡率の増加と共に、１９９７年から１９９８年に増加した。熱帯熱マラリア原虫ＡＴＰアーゼのレプリキン数は、１９９８年から２００６年まで死亡率と共に減少した（２００５年までのみ現在入手可能な死亡率に一致）。１９９７年から２００５年までのマラリアのヒト症例１０００例当たりの死亡率は以下の通りであった：１９９７年の死亡率は１７であり；１９９８年の死亡率は１７であり；１９９９年の死亡率は１９であり；２０００年の死亡率は１６であり；２００１年の死亡率は１３であり；２００２年の死亡率は１０であり；２００３年の死亡率は１０であり；２００４年の死亡率は９であり；及び２００５年の死亡率は９であった。死亡率は世界保健機構によって宣言されたように記録される。ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ参照。
【００４０】
【図１０】図１０は、１９９５年から２００７年の間に単離された白斑症候群ウイルス（ＷＳＳＶ）の公に入手可能なアミノ酸配列で観察されたレプリキン配列の平均レプリキン数及び標準偏差と、エビにおける２００１年でのＷＳＳＶのかなりの発生との間の相関を示す。２０００年のレプリキン濃度９７．６から２００１年の発生を予測する。さらに、レプリキン濃度１０３．８がＷＳＳＶの２０００年の単離体由来のリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質配列で観察され、レプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅは１１０．７のより高いレプリキン濃度で同定された。
【００４１】
【図１１】図１１は、前世紀の３つのインフルエンザのパンデミックにおける合計血球凝集素レプリキン数を示す。菌株特異的高レプリキン数には３つのパンデミック：１９１８年、１９５７年、及び１９６８年の各々を伴う。各場合において、このピークには、（おそらく宿主における免疫性による）減少、次に、回復そして「リバウンドの」流行が続く。これらの相関が偶然による確率は非常に低い。というのは、それらは各菌株について特異的であり、該世紀のうち３つのパンデミックの年の各々について特異的であり、各パンデミック後の減少について特異的であり、各リバウンド流行に特異的だからである。
【００４２】
【図１２】図１２は、ウマインフルエンザ１９７７年〜２００７年のｐＢ１、ｐＢ２、及びｐＡゲノム領域内で同定されたレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅのレプリキン数と、Ｈ３Ｎ８ウマインフルエンザによって引き起こされたウマ脳炎の流行との間の関係を示す。シリーズ１は、ゲノムのｐＢ１領域におけるレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅで同定された平均レプリキン数を反映する。シリーズ２は、ｐＢ１遺伝子領域における平均レプリキン数からの標準偏差を反映する。シリーズ３は、ｐＢ１遺伝子領域に隣接するゲノムのｐＡ遺伝子領域におけるレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅで領域されたレプリキン数を反映する。シリーズ４は、ｐＢ１遺伝子領域にも隣接するゲノムのｐＢ２遺伝子領域におけるレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅで同定されたレプリキン数を反映する。ｐＢ１遺伝子領域におけるレプリキン数の増加は、流行的発生から１〜３年前に起こることが観察されるが、他方、ｐＢ２及びｐＡ遺伝子領域においてはレプリキン数の増加は観察されない。
【発明を実施するための形態】
【００４３】
定義
本明細書中で用いるように、「合成ペプチド」は、当該プロセスにおける少なくとも１つの工程が生きた細胞の外側で行われ、当該プロセスがヒトによって直接的に又は間接的に開始されるか、又は指令されるプロセスによって生産されたペプチドを意味する。
【００４４】
本明細書中で用いるように、「水産養殖」は、貝の培養等の天然の水産物の養殖を意味する。
【００４５】
本明細書中で用いるように、「投与する」、「投与」、又は関連する用語は、化合物の治療目的での動物又は他の対象への任意の導入を意味し、該導入は口を介する適用、皮膚への適用、皮膚を介しての適用、鰓を介しての適用、経皮注射を使用する適用、又は現在及びこれ以降に当業者に知られた任意の他の方法を用いる適用を通じて達成することができ、それにより、化合物は動物又は他の対象の身体に直接的に又は間接的に導入される。
【００４６】
本明細書中で用いるように、ペプチド又は他の化合物は別々に又は他の化合物と組合せて、生きた動物において免疫応答又は耐性応答を刺激することができる場合、そのペプチド又は他の化合物は「免疫原性」である。
【００４７】
本明細書中で用いるように、「耐性」を刺激する、あるいは「耐性な」無脊椎動物又は他の動物の発生を刺激する化合物、処置、又は療法は、別々に、あるいは他の化合物、処置又は療法と組合せて、例えば、無脊椎動物を含む生きた動物において免疫応答又は耐性応答を刺激することができる化合物、処置又は療法である。
【００４８】
本明細書中で用いるように、「治療濃度」は、病原性病気が該病気の少なくとも１つのライフサイクルにわたって統計学的に測定可能なレベルで阻害される治療剤の濃度を意味する。
【００４９】
本明細書中で用いるように、「治療量以下の濃度」は、病原性病気が該病気の少なくとも１つのライフサイクルにわたって統計学的に測定可能なレベルで阻害されない治療剤の濃度を意味する。
【００５０】
本明細書中で用いるように、「ワクチン」は、病原体に対する耐性、又は病原体に対する免疫応答を刺激することができる化合物の動物又はヒトの身体への投与を意味する。投与は口、鰓、経皮注射、ある濃度のワクチンでの潜水、又は現在及びこれ以降に当業者に知られた任意の他の投与方法によってよい。エビ、二枚貝、ホタテ貝等の無脊椎動物の免疫系の詳細は、十分には理解されていない。例えば、エビは見掛け上、抗体を生産することができない。それにも拘らず、感染への耐性の現象は本明細書中のデータによって確立されている。この耐性は、「原始的免疫系」に基づくものであり得る。理論に拘束されないが、エビ及びいくつかの他の無脊椎動物の「原始的免疫系」は、他の動物における「トール受容体」及び関連系と同様であると理論付けされている。
【００５１】
本明細書中で用いるように、「動物」はエビ及び任意の他の動物を含む。
【００５２】
本明細書中で用いるように、「無脊椎動物」は脊柱を欠如するいずれの動物も意味する。水産養殖を行いやすい無脊椎動物は、限定されるものではないが、軟体動物、甲殻類、及び棘皮動物を含む。軟体動物は、限定されるものではないが、二枚貝、イガイ、カキ、タマビキ、ホタテ貝、及びイカ、タコ、甲イカ及び陸生カタツムリのような頭足動物を含む。甲殻類は、限定されるものではないが、エビ、カニ、ロブスター、パシフィックホワイトシュリンプ、及びザリガニを含む。棘皮動物は、限定されるものではないが、ナマコ及びウニを含む。
【００５３】
本明細書中で用いるように、「甲殻類」は、当業者によって理解されるように、一般的に水性の節足動物の群であり、限定されるものではないが、エビ、カニ、ロブスター、パシフィックホワイトシュリンプ、及びザリガニを含む。
【００５４】
本明細書中で用いるように、用語「ペプチド」又は「タンパク質」とは、１つのアミノ酸のカルボキシル基がペプチド結合を介してもう１つのアミノ酸のアミノ基に結合した２以上のアミノ酸の化合物をいう。本明細書中で用いるように、「単離された」又は「精製された」ペプチド又は生物学的活性なその部分とは、精製後、細胞物質、あるいはペプチドが由来する細胞又は組織源からの他の汚染性タンパク質又はペプチドを実質的に含まないペプチドをいう。「合成」又は「合成された」ペプチド又は生物学的に活性なその断片とは、合成後、任意の方法によって化学的に合成された場合、化学前駆体又は他の化学物質を実質的に含まない、あるいは組換え遺伝子技術によって合成された場合、汚染性ペプチドを実質的に含まないペプチドをいう。
【００５５】
「コードされた」タンパク質、タンパク質配列、タンパク質断片配列又はペプチド配列は、タンパク質又はペプチド配列のアミノ酸をコードする核酸配列によってコードされたペプチド配列であり、該核酸は、現在又はこれ以降に当業者に公知のいずれかのコドンを用いて、アミノ酸をコードする。遺伝暗号における縮重のため、個々のヌクレオチドはコドンを容易に交換することができ、依然として、同一アミノ酸配列をもたらすことは当該分野でよく知られていることに注意すべきである。当業者によって理解されるように、レプキリンアミノ酸配列を同定する方法は、レプリキンアミノ酸配列をコードする核酸配列を同定する方法を含み、レプリキンアミノ酸配列は同定された核酸配列によってコードされる。
【００５６】
本明細書中で用いるように、レプリキン配列は、
（１）第２のリジン残基から６〜１０個のアミノ酸残基に位置した少なくとも１つのリジン残基；
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；及び
（３）少なくとも６％のリジン残基
を含む、７〜約５０個のアミノ酸を有するアミノ酸配列である。レプリキン配列は、末端リジンを含んでもよく、さらに末端リジン又は末端ヒスチジンを含んでもよい。レプリキンペプチド又はレプリキンタンパク質は、レプリキン配列よりなるペプチド又はタンパク質である。レプリキン配列は、レプリキンモチーフを含む、又はそれよりなる７〜約５０個のアミノ酸のレプリキン配列としても記載することができ、レプリキンモチーフは（１）単離されたペプチドの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン、及び単離されたペプチドの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；（２）第２のリジン残基から６〜１０個の残基に位置した第１のリジン残基；（３）少なくとも１つのリジン残基；ならびに（４）少なくとも６％のリジン残基を含む。レプリキン濃度を決定するため、レプリキン配列は一方の末端にリジン残基、他方の末端にリジン残基又はヒスチジン残基を有してもよい。
【００５７】
用語「レプリキン配列」とは、
（１）第２のリジン残基から６〜１０個のアミノ酸残基に位置した少なくとも１つのリジン残基；
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；及び
（３）少なくとも６％のリジン残基
を含む、７〜約５０個のアミノ酸を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列をいうこともでき、該アミノ酸配列は末端リジンを含んでもよく、さらに、末端リジン又は末端ヒスチジンを含んでもよい。
【００５８】
本明細書中で用いるように、レプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅ（ＲＰＧ）又はレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅ領域（ＲＰＧＡ）は相互交換可能に用いて、ゲノムのセグメント、タンパク質、タンパク質のセグメント、又はタンパク質断片を意味し、発現された遺伝子又は遺伝子セグメントは、連続的な中断されていない、かつ重複するレプリキン配列を有するゲノムの他のセグメント又は命名された遺伝子と比較した場合、レプリキンの最も高い濃度を有する（アミノ酸１００個当たりのレプリキン配列の数）。一般に、全タンパク質、又はタンパク質発現遺伝子に関連する遺伝子又は他のセグメントはレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅとして知られ、及びタンパク質断片と会合した遺伝子又は遺伝子断片はレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅ領域として知られている。１を超えるＲＰＧ又はＲＰＧＡは遺伝子、遺伝子断片、タンパク質又はタンパク質断片内で同定することができる。ＲＰＧ又はＲＰＧＡは末端リジン又は末端ヒスチジン、２つの末端リジン、あるいは末端リジン及び末端ヒスチジンを有してもよい。ＲＰＧ又はＲＰＧＡは、同様に、それがレプリキン配列の定義によって定義されたレプリキン配列又はレプリキン複数配列、すなわち、
（１）第２のリジン残基から６〜１０個のアミノ酸残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；及び
（３）少なくとも６％のリジン残基；
を含む、７〜約５０個のアミノ酸を有するアミノ酸配列を含有する限り、末端リジンも末端ヒスチジンも有しなくてもよい。
【００５９】
本明細書中で用いるように、「出現菌株」とは、生物の他の菌株におけるレプリキンの濃度に対して、そのタンパク質配列の１つ以上におけるレプリキン配列の増大した又は増大している濃度を有することとして定義されたウイルス又は他の病原体の菌株をいう。ウイルスの出現菌株は、病原性又は複製の増加を示す。
【００６０】
本明細書中で用いるように、「発生」は、同一のウイルス病における感染のより早く上昇する疫学的パターンと比較して、ウイルス病における病原性、罹患率、又は死亡率の増加である。
【００６１】
本明細書中で用いるように、「レプリキン数」又は「レプリキン濃度」とは、タンパク質、タンパク質断片、ウイルス又は生物におけるアミノ酸１００個当たりのレプリキンの数をいう。ウイルス又は生物におけるより高いレプリキン濃度はより低いレプリキン濃度を有するウイルス又は生物の第２の、より早い又はより後に生起する菌株と比較して、第１のウイルス又は生物のより迅速な複製と相関することが判明している。
【００６２】
本明細書中で用いるように、「レプリキン足場」とは、一連の保存されたレプリキンペプチドをいい、該レプリキンペプチド配列の各々は約１６〜約３４個のアミノ酸、好ましくは、約２８〜約３３個のアミノ酸を含み、さらに、（１）末端リジン及び、場合により、該末端リジンに直接隣接したリジン；（２）末端ヒスチジン及び、場合により、該末端ヒスチジンに直接隣接したヒスチジン；（３）もう１つのリジンから６〜１０個のアミノ酸残基内のリジン；ならびに（４）約６％のリジンを含む。「レプリキン足場」とは、一連のレプリキン足場の個々のメンバー又は複数のメンバーもいう。
【００６３】
タウラ症候群ウイルスにおいて、レプリキン足場とは、約１６〜約３４個のアミノ酸残基、好ましくは、約２７〜約３３個のアミノ酸残基、より好ましくは、約３０〜３３個のアミノ酸残基を含むレプリキンペプチド配列をいうことができる。インフルエンザウイルスにおいては、レプリキン足場とは、約１６〜約３４個のアミノ酸残基、より好ましくは、約２８〜約３０個のアミノ酸残基を含むレプリキンペプチド配列をいうことができる。白斑症候群ウイルスにおいては、レプリキン足場とは、約１６〜約３４個のアミノ酸残基、より好ましくは約２７〜約２９個のアミノ酸残基を含むレプリキンペプチド配列をいうことができる。
【００６４】
本明細書中で用いるように、エビの「ライフサイクル」は、エビが収穫されるまででエビが口で食物を消費することができる時点から実質的に延長される。
【００６５】
本明細書中で用いるように、「時間周期」又は「時点」は、相互に異なってもよい任意の２つの「時間周期」又は「時点」である。例えば、２００４年の間、単離されたウイルスの単離体は、２００５年の間、単離された同一ウイルスの単離体よりも異なる時間周期において単離される。同様に、２００４年５月に単離されたウイルスの単離体は、２００４年６月に単離された同一ウイルスの単離体とは異なる時間周期に単離される。
【００６６】
エビを含む無脊椎動物における治療化合物としてのレプリキン配列
本発明者らは、エビ、ホタテガイ、カキ、ロブスターなどの無脊椎動物におけるウイルス、細菌及び原生動物病に対する治療化合物としてのタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）のゲノムにおけるレプリキン配列を含む水産養殖における無脊椎動物に対する病原体のゲノムにおいてレプリキン配列を同定した。同定された治療化合物は、クラミジア様、リケッチア様、ビブリオ、タウラ症候群ウイルス、白斑症候群ウイルス、及び他の病原体のような病原体で攻撃された無脊椎動物において耐性を刺激する。同定された配列は、（１）当該モチーフの第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基、及び当該モチーフの第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基、（２）第２のリジン残基から６〜１０個の残基に位置した第１のリジン残基、（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに（４）少なくとも６％のリジン残基を含むレプリキンモチーフを含む、７〜約５０個のアミノ酸よりなる群から選択される単離された又は合成されたレプリキンペプチドであり、該単離された又は合成されたペプチドは、同定されたモチーフを選択し、該モチーフを含む該ペプチドを単離又は合成することを含むことによって単離又は合成される。さらなる実施形態において、レプリキンペプチドはレプリキンモチーフよりなる。当業者であれば、上述の方法を用いる、レプリキンペプチドの単離及び合成の方法を理解するであろう。公知の構造のペプチドを生産する任意の方法を用いてもよい。
【００６７】
レプリキンペプチドは、植物、動物、細菌、ウイルス、トリパノソーム及び他の生きたものにおける迅速な複製に関連付けられてきた。米国特許第７，１７６，２７５号及び第７，１８９，８００号参照。レプリキンは、さらに、インフルエンザ、ウエストナイルウイルス、マラリア、白斑症候群ウイルス、及びタウラ症候群ウイルス等の病原体における、病原性、罹患率及び死亡率と関連付けられてきた。図６〜１２参照。さらに、レプリキン配列は、ニワトリ、ウサギ、エビ及びヒトにおいて含む、今日までに行われた全てのテスト又は実験において、免疫原性及び／又は耐性刺激、あるいは双方であることが示されている。２００６年２月１６日に出願された米国出願第１１／３５５，１２０号（実施例６及び７）、米国特許第６，６３８，８０５号参照。さらに、病原体のゲノムにおける（又はレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅとして知られた病原体のゲノムにおける特に注目する領域における）レプリキン配列の濃度は、病原体の発生、罹患率及び死亡率に関連付けられている。図３〜１２参照。特に、レプリキン濃度は、タウラ症候群ウイルスにおける無脊椎動物（エビ）での死亡率に、ならびにタウラ症候群ウイルス及び白斑症候群ウイルス双方における無脊椎動物での（エビでの）病原体の発生に関連付けられている。図３〜６及び１０参照。レプリキン配列は、病原性、罹患率、及び死亡率と広く関連付けられており、ウマ、ウサギ、ニワトリ、ヒト及びエビにおいて含む、免疫原性及び耐性に一致して関連付けられている。これらの広い範囲のデータは、水産養殖における病原体由来のレプリキン配列を含有するワクチンについての裏付けを含む、レプリキン配列を含有するワクチンについての裏付けを提供する。
【００６８】
次いで、水産養殖における無脊椎動物に対する病原体で同定された、単離された又は合成されたレプリキンポリペプチドを、ＴＳＶ又は他の病原性病を含む病原性疾病の可能な発生に対する予防として、疾病の予測される発生に先立って、又は疾病の発生の間に、エビ、ホタテガイ、カキ、ロブスターなどの無脊椎動物に供給され、注射され、そうでなければ投与される。ペプチドは、単独で、あるいは規定飼料と又はペプチドを運ぶために処方された補足的飼料と組み合わせて、無脊椎動物に投与してもよい。当業者であれば、無脊椎動物にレプリキン配列を経口により供給する、飼料を処方する任意の方法を用いることもできると理解するだろう。安定化剤又は保存剤あるいは双方をレプリキン配列の混合物、又はレプリキン配列及び無脊椎動物飼料の混合物に加えて、エビ、ホタテガイ、カキ、二枚貝、カニ、アワビ、ロブスターなどを含む、一定期間にわたって、培養された無脊椎動物の供給及び処置のために治療上有効な配給量を維持した。当業者であれば、飼料及び治療混合物において、短いペプチドを安定化させる方法の広範な選択肢を理解するだろう。
【００６９】
ペプチドの投与は、感染が起こる前に又は後に、治療量又は治療量以下のレベルであってもよい。投与が、慢性的に感染された集団に行われてもよい。
【００７０】
病原体のゲノムにおいて同定された、又は病原体によって発現されるように同定された任意のレプリキンも治療化合物として投与して、エビにおける耐性応答を刺激することができる。以下の例示的な配列は、タウラ症候群ウイルスに対するワクチンとして、単独で、あるいは任意の組合せでエビに供給することができる：ＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）。後に議論するように、レプリキン配列及びレプリキン足場配列を含む例示的な配列は、全てのタウラ症候群ウイルスレプリキン配列に関して、供給されるか、又は投与の浸漬方法で用いるか、又は注射することができる。該配列は個々に、又は同等な重量のペプチドの組み合わせを含む任意の組合せで投与してもよい。任意のレプリキン配列、又は約７〜約５０個のアミノ酸の免疫原性配列を、ワクチンとしての使用を含む、無脊椎動物への投与のための化合物として用いてもよい。例えば、配列番号１〜１１、８６、８７、１０３〜１１２、１１４〜１９８は、各々、ＴＳＶ感染に対して無脊椎動物への投与用の化合物として、単独で又は組み合わせて用いてもよい。
【００７１】
ウイルス負荷低下及び用量応答曲線
免疫原性又は耐性刺激合成ペプチドは、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．００１ｍｇ〜約１０ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．００５ｍｇ〜約５ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．０１ｍｇ〜約２ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．０２ｍｇ〜約１．５ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．０８ｍｇ〜約１．０ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約１．０ｍｇ〜約０．９ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．２ｍｇ〜約０．８ｍｇの合成ペプチド、１日当たり処理した各無脊椎動物の体重１ｇ当たり約０．５ｍｇの合成ペプチドにて、無脊椎動物に投与してよい。当業者であれば、治療量又は治療量以下の投与に適した合成ペプチドの用量の決定方法を理解するであろう。
【００７２】
同等な重量のペプチドの混合物を含有するＴＳＶワクチン用量は、現在、エビにおいてテストされ、保護的効果を提供することが示されている。以下のペプチドがテストされている：ＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）。異なる実験において、該ワクチンは、１日当たり、テストしたエビの重量の１ｇ当たりほぼ０．０２、０．０８及び０．５０ｍｇのレプリキンワクチンで与えられた。該用量は、個々のエビ消費の個々の差のため近似的なものである。１ｇ〜４ｇの体重のエビが経口的に摂取する場合、全ての３つの用量レベルはよく許容されており、非接種対照と比較して、全てがエビにおいて統計学的に有意なより低いウイルス負荷を生じた。０．０８ｍｇ及び０．５ｍｇ用量は統計学的に有意な保護を提供した。２つの実験のうちの１つにおいて、０．０２ｍｇの最低用量は、統計学的有意性に達しなかった保護を与えるが、それにもかかわらず、先に示したように、統計学的に有意なより低いウイルス負荷が観察された。「エビ１ｇ」当たり０．５０ｍｇの用量（今日までにテストした最高用量）は、９１％の最良な統計学的に有意な保護を提供した。したがって、今日までの結果から、「エビ１ｇ」当たり０．５０ｍｇ、おそらくはより高い用量が本発明の態様の好ましい実施形態である。
【００７３】
約７日以内におけるワクチンの製造
本発明のもう１つの非限定的態様はワクチンを製造する方法を提供し、少なくとも１つのレプリキン配列が病原体において同定され、該少なくとも１つのレプリキン配列はワクチンの活性剤として化学的に合成される。本発明者らは、病原体が同定された時から７日以内にそのような有効なワクチンを首尾よく製造した。
【００７４】
一旦病原体が同定されたならば、そのゲノムを決定する。次いで、当業者であれば、例えば、レプリキンＦｏｒｅｃａｓｔ（商標）（Ｒｅｐｌｉｋｉｎｓ  ＬＬＣ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）を用いてレプリキン配列についてのゲノムを調べる。一旦レプリキン配列が同定されたならば、化学合成のために任意の１つ以上のレプリキン配列を選択することができる。好ましいレプリキン配列は、レプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅで同定されたレプリキン配列であり得る。同定された少なくとも１つのレプリキン配列の化学合成が、当業者によって理解されるように行われる。
【００７５】
次いで、該合成ペプチド又は複数ペプチドを病原体の宿主に投与する。ワクチンの投与は、経口で、経口消費のための食料源と混合させて、鰓を介して、鰓、皮膚、口などを介して身体にワクチンを吸収させる集中した出現において、注射を使用して、又は現在及びこれ以降に当業者に知られた任意の他の方法を用いてもよい。ワクチンは、当業者に知られた医薬として許容される担体、賦形剤、バインダー又は助けとなる化合物、補助剤、溶液又は混合物と合わせてもよい。
【００７６】
該プロセスは、病原体のゲノム中のレプリキン配列の同定の容易性、及び大きな容量のペプチドの化学合成の容易性に基づいて、７日以内に容易に達成される。７日以内にワクチンのための効果的な有効成分を提供する新規なプロセスは当該分野で臨界的な問題を解決する。なぜならば、ワクチンの現在の製造方法は一般には３〜１２か月を必要とするからである。ワクチン製造のこの遅延は、流行病が終わってから、長時間経過した後に、あるいは、依然として活性であるならば、病原体における突然変異がワクチンをより有効ではなく、又は無益とした後に、ワクチンを送達し得る。ワクチン開発の長いプロセスは、健康の専門家及び政府の間でかなり悩ましいものである。本発明者らは、現在、ワクチン開発における遅延を大いに低下させる方法を提供している。
【００７７】
培養無脊椎動物の抵抗菌株の開発
本発明のもう１つの非限定的態様は、
（１）無脊椎動物と同一の種である複数の無脊椎動物の少なくとも１つの個体において病気を引き起こすのに十分なレベルでの病原体で該複数の無脊椎動物を攻撃すること；
（２）病気に罹るか、又は死んだ該複数の無脊椎動物の少なくとも１つの個体を捨てること；
（３）工程（１）及び（２）を少なくとも１回繰り返すこと；ならびに
（４）病原体に対する該無脊椎動物の耐性を増大させる、請求項１に記載の物質を、工程（１）、（２）及び／又は（３）において該複数の無脊椎動物の少なくとも１回投与する
ことを含む、病原体に対する無脊椎動物の耐性を増加させる方法を提供する。該プロセスは、１００％生存率を含む所望のレベルの生存率が、養殖された無脊椎動物で観察されるまで多数回繰り返してもよい。次いで、養殖された耐性無脊椎動物を、水産養殖用の無脊椎動物の耐性系の製造のために育種ストックとして用いてもよい。免疫原性ペプチドを含む化合物は、工程（１）及び（２）の各繰り返しにおいて投与されてもよく、工程（１）及び（２）の第２の繰り返しにおいて投与されてもよく、又は工程（１）及び（２）のいくつかのより遅い繰り返しにおいて投与されてもよい。下記の実施例３において、及び図２において示されるように、同等な重量の１１のタウラ症候群ウイルスの免疫原性ペプチドを含む化合物のエビ体重１ｇ当たり約０．５ｍｇの投与に先立って、タウラ症候群ウイルスで慢性的に感染したエビは、ＴＳＶで攻撃されたエビの９１％生存率をもたらした。対照的に、従前にＴＳＶで攻撃されなかった、かつワクチンを投与されなかったエビの２５％のみが該攻撃で生き残った。また、ワクチンを投与しなかったＴＳＶで慢性的に感染したエビの７５％は、さらに該攻撃で生き残った。
【００７８】
実施例３及び図２で報告された試行は、今日までに、ワクチン処理と組合せた難治性耐性が、ＴＳＶからの攻撃に対して最高の観察された保護をもたらしたことを示す。それ自体、本発明の１つの態様は、ワクチンの投与と組合せた、選択された病原体での無脊椎動物の周期的な攻撃を用いて耐性を増加させる方法を提供する。好ましい実施形態において、ワクチンの少なくとも１つの単離された又は合成のペプチドはレプリキンペプチドである。レプリキンペプチドは、脊椎動物及び無脊椎動物において免役原性及び／又は耐性応答を刺激することが示されている。例えば、ＳＡＲＳレプリキン配列及びＨ５Ｎ１インフルエンザウイルスレプリキン足場に対するワクチン製品が示されており（例えば、２００６年２月１６日に出願された米国出願第１１／３５５，１２０号（実施例６及び７）参照）、ウサギ又はニワトリでテストされた全てのレプリキン配列は免疫応答を誘導し、及び神経膠腫レプリキン配列は癌細胞で同定されており、ウサギにおいて免疫応答を誘導し、ヒトにおいて天然抗体応答と反応するペプチドにて単離され、又はそのペプチドに合成されている。米国特許第６，６３８，５０５号参照。
【００７９】
レプリキン構造の保存は病原性及び致死性に関連する。
任意の構造の保存も、その構造が攻撃及び破壊する、又は刺激する安定な不変標的を堤供するか否かにとって臨界的である。レプリキン配列は一般的に保存されていることが示されている。構造がいくつかの方法で生物の基本的な生存メカニズムに結び付けられている場合、該構造が保存されている傾向にある。変化する構造は一定でない標的を堤供し、これは、従前の構造に対して特異的に作成されており、したがって、修飾された形態に対して有効でない抗体のようなアタッカーを回避するための良好な戦略である。この戦略は、例えば、従前のワクチンが現行の悪性ウイルスに対してかなり有効でないように、インフルエンザウイルスによって用いられている。
【００８０】
しかし、生存機能に余りにも密接に関連したある種の構造は見掛け上一定に変化することができない。レプリキン構造の必須の成分はヒスチジン（ｈ）であり、これはレドックス酵素における金属基へのその頻繁な結合で知られており、複製で必要なエネルギーの可能な源である。ヒツチジン構造は一定のままであるので、レプリキン配列構造は依然としてかなり魅力的な破壊又は刺激のための標的である。さらに、表１及び２において後に示されるように、レプリキン構造は、一般に、無脊椎動物に対する病原体を含む悪性の病原体を通じて保存されている。
【００８１】
無脊椎動物病原体におけるレプリキン構造の保存に鑑みれば、本発明の態様は、水産養殖における病原体のタンパク質又はタンパク質断片内の、又はレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅ内の、又は水産養殖における病原体でのレプリキンＰｅａｋ  Ｇｅｎｅを含むタンパク質又は遺伝子領域内の、少なくとも１つの単離された又は合成されたレプリキン配列に対する抗体、又は抗体断片、又は抗レプリキン小分子を提供する。レプリキンに対する抗体及び抗レプリキン小分子は、病原体発生に対する療法として有用である。病原体におけるレプリキン配列の同定に続き、当業者は、治療及び診断目的の抗体又は抗体断片を開発する多くの方法を知っている。同様に、当業者であれば、同定されたレプリキン配列に結合させるための小分子の製造方法を知っている。
【００８２】
治療的標的及びプレディクターとしてのレプリキン足場
本発明者らは、インフルエンザの菌株において、白斑症候群ウイルスにおいて、及びタウラ症候群ウイルスにおいて、レプリキン足場の存在が流行病を予測することを確立した。それ自体、ウイルスにおけるレプリキンの合計数に加えて、時間を通じての各レプリキンの構造は情報的であり、レプリキン足場は、エビを含む水産養殖における無脊椎動物での病原体疾病の発生を含む迅速な複製を同定及び制御するための特に有用な標的を提供する。以下の表１は、１９１７年にインフルエンザで感染されたガチョウで最初に観察されたレプリキン足場を示す（ガチョウレプリキン）。一定の長さ、アミノ末端における一定のリジン、及びカルボキシ末端におけるヒスチジン残基は、数十年の間に固定された足場において異なる菌株で保存されていた。ガチョウレプリキンの相同体は、１９１８年、１９５７年、及び１９６８年の３つのパンデミックの原因である各菌株、Ｈ１Ｎ１，Ｈ２Ｎ２及びＨ３Ｎ２を含む菌株において、１９１７年〜２００６年に出現した。さらなる置換を伴う相同体もまたＨ１Ｎ２、Ｈ７Ｎ７、Ｈ５Ｎ２及びＨ５Ｎ１で観察される。
【００８３】
表１：１９１７年のガチョウインフルエンザレプリキン及び１９１８年のヒトパンデミックインフルエンザから２００６年のＨ５Ｎ１「トリインフルエンザ」相同体に至る、迅速な複製に関連するインフルエンザウイルスレプリキンペプチドの８９年の保存において秩序立った置換を示すレプリキン足場（出現の順序で、各々、配列番号１２〜７４）
【００８４】
【表１】
0005675348.tif 000002
【００８５】
【表２】
0005675348.tif 000003
【００８６】
【表３】
0005675348.tif 000004
【００８７】
＊ガチョウレプリキンアミノ酸と同一の残基は陰影を付さず；アミノ酸置換は軽くかつ暗く陰影を付けて、年及び菌株にわたる足場パターンを示す。２００４年及び２００６年のＨ５Ｎ１、１９５７年のＨ２Ｎ２、１９６８年のＨ３Ｎ２及びＨ７Ｎ７における位置２４での置換はボックスに入れる。
【００８８】
表１は、他のインフルエンザレプリキンにおけるガチョウレプリキン及びその相同体のタンパク質構造中での存在の、年又はより短い期間での履歴を示す。表１は、さらに、それらの相同体におけるアミノ酸置換の履歴、及びレプリキンの定義、及びレプリキンによって供給される迅速な複製の機能に必須であるレプリキン構造のある種のアミノ酸の保存を示す。
【００８９】
表１のレビューは、もしアミノ酸のランダムな置換が１９１７年から現在の間にインフルエンザの悪性の菌株で起こったとすれば、ガチョウレプリキンのある種のフレームワークアミノ酸は、流行病が起こった菌株において年毎に保存されなかったであろうことを示す。しかし、ランダムな置換に由来するであろうものとは対照的に、毎年のインフルエンザの悪性の菌株は、終始一貫して、レプリキンを規定する位置において保存されたアミノ酸を含有する。すなわち、置換がレプリキンを規定するアミノ酸の１つ、例えば、リジン又はヒスチジンで起こる場合、レプリキンの規定は喪失するであろう。それにもかかわらず、レプリキンの配列は８９年を超える長さにわたって保存されている。したがって、数十年間にわたってある種のアミノ酸の保存が存在するので、置換は完全にランダムなものであるということはできない。置換はレプリキンの規定で必須ではないアミノ酸（すなわち、リジン又はヒスチジン以外のアミノ酸）で起こるという事実は、該菌株の病原性におけるレプリキン及びレプリキン足場の重要性を示す。
【００９０】
表１より、置換が起こった場合、それはレプリキン足場のある種の見掛け上好ましい位置で起こるように見えることにさらに注意することができる。表１は、位置１、３〜２４、２６〜２７における再発性置換を示す。さらに、置換はこれらの位置を通じて起こるが、リジンは存在し続けている。（これらの悪性の菌株において置換されたことがない）第２のリジンから６〜１０個のアミノ酸の位置において存在する。
【００９１】
表１で見られるように、２９個のアミノ酸のストレッチ内にリジン位置の置換がある場合でさえ、１９５７年に見られるように、位置１１におけるＫが位置１０にシフトした場合、その新しい位置は２００５年まで維持される。さらに、（位置６〜７における）ＹＰ、（位置１２〜１３における）ＳＹ、（位置１５における）Ｎ、及び（位置２２〜２６における）ＬＶＬＷＧ（配列番号７５）は、少数の例外はあるが、レプリキン足場の相同な構造を保存する。
【００９２】
インフルエンザ、ＷＳＳＶ、及びＴＳＶにおける相同なレプリキン足場配列
本発明者らは、以下の表２に見ることができるように、さらに、ウイルスのレプリキン足場部分において、悪性のインフルエンザウイルス及びＴＳＶ及び白斑症候群ウイルス（エビにおけるもう１つのウイルス病原体）の間の関係を確立した。広範な置換があるが、白斑症候群ウイルスのいくつかの短いレプリキンは、特に、長さ及び鍵となるリジン（ｋ）及びヒスチジン（ｈ）残基に関して、インフルエンザウイルスレプリキン配列に対する有意な相同性を示す。同様であるが、余り広範ではない相同性がタウラ症候群ウイルスで見られる。これらの相同性は、該配列が共有された貯蔵所に由来し、及び／又はレプリキン生産の同様なメカニズムが双方のウイルス群で用いられており、相同体が共有されるウイルスの各々について病原性に対して有意であることを示唆する。レプリキンの構造は貯蔵所内で、あるいは共有されたメカニズム内で保存されているように見えるので、迅速な複製、病原性、死亡率、及び罹患率に対するレプリキン構造の関係は、エビ、ホタテガイ、二枚貝、カニ、イガイなどを含む、水産養殖における無脊椎動物での病原体を含む、広い範囲の病原体及び宿主にわたって保存されているように見えるのは驚くことではない。
【００９３】
表２−エビ白斑及びタウラ症候群ウイルス足場（出現の順序で、各々、配列番号７６〜８７）
【００９４】
【表４】
0005675348.tif 000005
【００９５】
元の１９１７年ガチョウレプリキン残基と同一の残基は中程度の灰色で示す。明るい灰色及び暗い灰色でのアミノ酸置換。
【００９６】
レプリキン及びレプリキン足場治療化合物
本発明のもう１つの態様は、約１６〜約３４個のアミノ酸を含むレプリキン足場を同定し、次いで、無脊椎動物水産養殖における病原体に対して予防的又は治療的処置として用いられる該レプリキン足場を単離するか、又は合成することを含む、予防又は治療化合物の製造方法であって、該レプリキン足場が、（１）末端リジン、及び該末端リジンに直接隣接したリジン；（２）末端ヒスチジン、及び該末端ヒスチジンに直接隣接したヒスチジン；（３）もう１つのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸内のリジン；ならびに（４）少なくとも６％のリジンを含む、製造方法を提供する。レプリキン足場は２７〜約３３個のアミノ酸よりなることができ、さらに、約３０〜約３３個のアミノ酸よりなることができる。さらなる非限定的実施形態において、レプリキン足場は３２又は３３個のアミノ酸よりなる。
【００９７】
本発明のもう１つの態様において、エビにおけるタウラ症候群ウイルス及び白斑症候群ウイルス、及びイガイ、二枚貝、ホタテガイ等におけるクラミジア様及びリケッチア様細菌病原体を含む、水中で食料用に養殖した無脊椎動物の病原体からの少なくとも１つの単離された又は合成されたレプリキン配列を含む、予防又は治療化合物が提供される。本発明の非限定的実施形態において、ＴＳＶ等の病原体から単離されるか、又は合成された少なくとも１つのレプリキン配列又は少なくとも１つのレプリキン足場配列を含む、予防又は治療化合物が提供される。本発明の非限定的実施形態において、少なくとも１つの単離された又は合成されたレプリキン配列、又は少なくとも１つのレプリキン足場配列はＴＳＶ等の病原体の出現菌株に存在する。本発明のさらなる非限定的実施形態において、予防又は治療化合物は２つ以上のレプリキン配列を含む。さらなる非限定的実施形態において、予防又は治療化合物は２つ以上のレプリキン足場配列を含む。さらなる非限定的実施形態において、予防又は治療化合物は少なくとも１つのレプリキン、及び少なくとも１つのレプリキン足場配列を含む。もう１つの非限定的実施形態において、予防又は治療化合物は少なくとも１つのレプリキン配列又は少なくとも１つのレプリキン足場配列、及び医薬として許容される担体を含む。
【実施例】
【００９８】
実施例１−独立した研究上によるタウラ症候群ウイルスの４つの菌菌株のレプリキン濃度の比較
各々、ハワイ、ベリーズ、タイ及びベネズエラからの４つのタウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）単離体のタンパク質配列のレプリキン濃度を、４つの菌株の病原性の正確な順序の知識なく調べ、病原性をレプリキン濃度の順番で定量的にランク付けした。４つのＴＳＶ単離体の病原性を、レプリキン濃度の正確な順序の知識なく、独立した研究所で比較した。病原性を、パシフィックホワイトシュリンプ幼虫における経口研究所感染を通じて比較した（Ｋｏｎａストック，Ｏｃｅａｎｉｃ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ハワイ）。結果は、ベリーズ単離体が最も悪性であり、タイ単離体は二番目に悪性であり、続いて、ハワイ単離体、及びベネズエラ単離体であり、これは最も悪性でない。これは、バイオアッセイの最後の累積的生存率の分析に基づき、かつ５０％死亡率の時間に基づく。死亡の原因としてのＴＳＶ感染は、ＲＴ−ＰＣＲ検出における陽性反応によって、及び組織学的分析で観察された特徴的病巣の出現によって確認した。死亡率によって示されるレプリキン濃度と病原性との相関は定量的であって、かつ実質的に直線状であった。
【００９９】
攻撃方法：
特異的病原体を持たないパシフィックホワイトシュリンプの小さな幼虫（１タンク当たり２０匹のエビ、平均体重：１．８ｇ）に、その体重の５％にて、３日間、（ベリーズ、タイ、ベネズエラ及びハワイに由来する４つの単離体の各々で別々に感染させた）ミンチしたＴＳＶ感染組織を与えた。これらのエビを、次の１２日間、ペレット化された配合量（Ｒａｎｇｅｎ  ３５％）で維持した。特異的単離体の各攻撃バイオアッセイを三連で行った。バイオアッセイの期間の間、死亡した又は瀕死のエビについて毎日全てのタンクをチェックした。全ての死骸をタンクから除去し、凍結した。各単離体からの１〜３匹の瀕死のエビをＤａｖｉｄｓｏｎ’ｓ  ＡＦＡ定着剤で維持し、ルーチン的な履歴のために処理し、ウイルスの感染を確認した。各単離体について、６匹の瀕死のエビを急性相の感染の間に収集し、全ＲＮＡをＨｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＲＮＡ組織キット（Ｒｏｃｈｅ）でその鰓組織から抽出した。抽出されたＲＮＡをリアル−タイムＲＴ−ＰＣＲによってＴＳＶの存在について分析した。
【０１００】
全てのタンクに、順化した生物学的フィルター及びエアレーションを備え、プラスチックで被覆して、エアロゾルを含有させた。水の平均塩分濃度は２３ｐｐｔ、水の温度は２８℃であった。生存体として生きた動物をカウントして、１５日後に攻撃実験を終了した。
【０１０１】
結果
病原性の比較：エビにおける死亡率
第１の死亡率は、全ての４つの単離体において、ＴＳＶへの暴露から２日後に見られた。ベリーズ単離体では、エビのほとんど（８３％）が４日目までに死滅し、１１日目に０％の生存率であった。タイ単離体では、６３％死亡率が４日目までに起こり、１５日目のバイオアッセイの終わりには２０％生存率であった。ハワイ単離体では、死亡率は２日目から増加し、５日目にピークに到達し；最終の生存率は２２％であった。ベネズエラ単離体では、死亡率はゆっくりと２日目及び３日目に出現し、４日目に２２％死亡率であり、その後、死亡率は減少し、エビの４２％が実験の最後までを通じて生存した。図５及び表６参照。べリーゼ、タイ、ハワイ及びベネズエラの単離体についてのＴＳＶ感染によって引き起こされた５０％死亡率に到達する期間は、各々、２．８、３．５、４．５及び７日目であった（表３）。
【０１０２】
表３−ＳＰＥ  パシフィックホワイトシュリンプ（Ｋｏｎａストック）における経口ＴＳＶ攻撃の結果
【０１０３】
【表５】
0005675348.tif 000006
【０１０４】
＊高い変動がベネズエラの三連のタンクで観察され、したがって、５０％死亡率の日は、Ｓｔａｔｉｓｔｉｘ８プログラムでのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ生存分析によって決定した。
【０１０５】
病理学
パシフィックホワイトシュリンプ幼虫の試料の組織学的分析を表４にまとめる。
【０１０６】
【表６】
0005675348.tif 000007
【０１０７】
重症度のグレード：Ｇ１：感染の兆候；Ｇ２：感染の中程度の兆候；Ｇ３：感染の中程度〜高い兆候；Ｇ４：酷い感染
１．ＴＳＶ病巣＝鰓、口、胃、外皮クチクラ上皮、及び付属器官におけるＴＳＶ特徴的病巣の存在。
２．ＬＯＳ＝リンパ系器官内のリンパ系器官スフェロイドの存在。
【０１０８】
ベリーズＴＳＶ。診断ＴＳＶ感染の急性病巣は、Ｇ４の重症度グレードの１つの代表的なエビ試料で見出された。核濃縮及び核崩壊が、一般的身体表面、付属器官、鰓、胃及び食道のクチクラ上皮で観察された。リンパ系器官のスフェロイドは、やはり重症度グレードＧ４で見出された。
【０１０９】
タイＴＳＶ。重症の（Ｇ４）ＴＳＶ感染は３匹のエビのうち２匹で検出され、もう１匹のエビは感染の中程度〜高いグレード（Ｇ３）を示した。リンパ系器官のスフェロイドはＧ２及びＧ３の重症度で見出された。
【０１１０】
ハワイＴＳＶ。ＴＳＶ感染の中程度のレベル（Ｇ２）は４日目に収集された２匹のエビで検出された。リンパ系器官のスフェロイドはＧ３及びＧ４の重症度で見出された。
【０１１１】
ベネズエラＴＳＶ。重症の（Ｇ４）ＴＳＶ感染は４日目にサンプリングされた１匹の代表的なエビで検出された。リンパ系器官のスフェロイドはＧ２の重症度で見出された。
【０１１２】
リアル−タイムＴＳＶ  ＰＲ−ＰＣＲ
全ての２４の試料（各単離体から６）は、全て、ＴＳＶ感染で陽性であった。これにより、バイオアッセイから観察された死亡率はＴＳＶ感染からのものであることが確認される。
【０１１３】
【表７】
0005675348.tif 000008
【０１１４】
【表８】
0005675348.tif 000009
【０１１５】
病原性の順番：ベリーズ＞タイ＞又は＝ハワイ＞ベネズエラは、レプリキン濃度と合致する。レプリキン濃度の差は小さいように見えるが、それはｐ＜０．００１のレベルで統計学的に有意である。図３及び４参照。
【０１１６】
実施例２−合成レプリキンの投与によるタウラ症候群ウイルスに対する増大した宿主耐性
要約
等しい重量部のＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）を含むワクチン（Ｔ１ワクチン）は、タウラ症候群ウイルス（ハワイ単離体）のゲノムにおける１１のレプリキン配列を同定し、次いで、後に記載するように、エビにおけるワクチン試行のために十分な容量の１１のレプリキン配列を化学的に合成することによって７日で開発した。
【０１１７】
Ｔ１ワクチンを、実験室バイオアッセイにおいてエビ（パシフィックホワイトシュリンプ）への経口投与によってテストした。ワクチン接種から１ヶ月後に、エビをＴＳＶで経口的に攻撃させて、ワクチンが保護を誘導したかを判別した。結果はワクチンを与えられたエビはＴＳＶに対する耐性を示したことを示す（Ｐ＝０．００３８＜０．０５）。ワクチン接種したエビは５９％生存率を有し、ワクチン接種していないエビは２５％生存率を有した。相対的なパーセント生存率は４５％であった。エビの死亡率がＴＳＶ感染によって引き起こされたことは、リアル−タイムＲＴ−ＰＣＲ検出における陽性反応によって、又は組織学的分析で観察された特徴的な病巣の出現によって確認した。
【０１１８】
材料及び方法
動物及び攻撃の設計：パシフィックホワイトシュリンプ（Ｏｃｅａｎｉｃ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅからの１２０匹のエビ、Ｋｏｎａストック、平均体重：２．０ｇ）を、６つのタンクにストックし（２０匹のエビ／タンク）、４週間毎日、合計体重の５％のワクチンＴ１を与えた。４週間の最後に、２日間朝に、合計体重の５％の供給を通じてエビをＴＳＶに暴露させ；夕方に、エビにワクチン−混合飼料も与えた。３日目から、全てのエビをさらに２週間、ワクチン−混合飼料で維持した。
【０１１９】
ワクチン接種していない群では、６０匹のエビ（１タンク当たり２０匹のエビ）に、ウイルス感染組織についての陽性対照として、４週間、対照ダイエット飼料を与えた。
【０１２０】
ワクチン−混合飼料の調製：凍結乾燥されたワクチンＴ１（Ｒｅｐｌｉｋｉｎｓ，ＬＬＣ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）をエビ生産用３５マッシュ（Ｒａｎｇｅｎ）、１％アルギン酸ナトリウム、（バインダーとして加えた）１％ヘキサメタリン酸ナトリウム、及び５０％水と（氷上で）混合した。混合飼料を押し出し、凍結乾燥し、次いで、各タンクにつきほぼ４２のバッグに充填し（各タンクにつき：４週間のワクチン接種のために２８バッグ、及びＴＳＶ攻撃のために１４バッグ；バッグ当たり２ｇ）、用いるまで−２０℃で貯蔵した。陽性対照のためのエビ試料は、（対照ダイエットと名付けた）Ｔ１ワクチンを加えることなく、上述したように調製した。
【０１２１】
表７−タンクの設定。全てのタンクに、順化した生物学的フィルター及びエアレーションを備え、プラスチックで被覆して、エアロゾルを含有させた。
【０１２２】
【表９】
0005675348.tif 000010
【０１２３】
統計学的分析。ワクチン接種した、及びワクチン接種していない（陽性対照）群の間の生存率は、相対的パーセント生存（ＲＰＳ：１−ワクチン接種群死亡率／陽性対照群死亡率）×１００として計算した（Ａｍｅｎｄ  ＤＦ，１９８１．Ｐｏｔｅｎｃｙ  ｔｅｓｔｉｎｇ  ｏｆ  ｆｉｓｈ  ｖａｃｃｉｎｅｓ．Ｉｎ：Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ＤＰ，Ｈｅｎｎｅｓｓｅｎ  Ｗ（Ｅｄｓ．）Ｆｉｓｈ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ：Ｓｅｒｏｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ａｎｄ  ｖａｃｃｉｎｅｓ．Ｓ．Ｋａｒｇｅｒ，Ｂａｓｅｌ．Ｐｐ．４４７−４５４）。
【０１２４】
結果
片側ＡＮＯＶＡ、１５日目の生存率の比較によって、パーセント生存率はワクチン接種した群（６つのタンク：Ａ１〜３及びＢ１〜３を合わせる）について５１％であり、ワクチン接種していない群（３タンク：Ｃ１〜３）の２５％よりも高かった。しかし、該差は統計学的に有意ではなかった（Ｐ＝０．１０１０＞０．０５）。しかし、ワクチン接種した群におけるタンクＢ−３は異常値であった（１０％生存率）。このタンクにおいて、重症の死亡率は早期に起こり、このタンクについての最終の値は他のものよりもはるかに大きく、したがって、それは分析から排除された。
【０１２５】
５つのワクチン接種群（Ａ１〜３及びＢ１，２）から、最初の死亡率はＴＳＶへの暴露から２日後に見られた（図１Ａ）。非ワクチン接種群では、最初の死亡率は３日目に起こり、及びエビの５０％は８．５日目までに死んだ（図１Ｂ）。ワクチン接種群はハワイＴＳＶ感染に対して有意な（５％レベル）耐性を有した。確率は片側ＡＮＯＶＡ検定分析によれば０．００３８である。ワクチン接種群は５９％の累積生存率を有し、非ワクチン接種群についての２５％よりも高く、Ｔ１でのワクチン接種はＴＳＶ感染からの保護を提供したことを示す。ワクチン接種後のＴＳＶに対する相対的パーセント生存率（ＲＰＳ）は４５％であった。
【０１２６】
【表１０】
0005675348.tif 000011
【０１２７】
エビ（エビは抗体を生産しないように見える）及び他の無脊椎動物の免疫系の詳細についてはほとんど知られていないので、感染に対する「耐性」の現象は、「トール受容体」及び関連系とおそらくは同様な「原始的な免疫系」に基づいているように見える。したがって、用語「耐性の増大」が観察された現象で用いられ、レプリキン飼料は、耐性を増大させる投与された物質についての「ワクチン」よりはむしろときどき用いられる。それにもかかわらず、ワクチンは、本明細書中に供される実施例に開示された試行においてエビに投与された化合物を含む。
【０１２８】
実施例３−合成レプリキンの投与と組合せた、ウイルスでの周期的攻撃によるタウラ症候群ウイルスに対する宿主耐性の増大
要約
ＴＳＶ感染から生き残ったパシフィックホワイトシュリンプ（Ｐｅｎａｅｕｓ  ｖａｎｎａｍｅｉ）は、第２のＴＳＶ感染にて対してより許容されることが判明した。ＴＳＶ慢性的感染エビの３つの群に（１）等しい重量部のＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨ（配列番号１）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫ（配列番号２）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨ（配列番号３）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号４）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫ（配列番号５）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨ（配列番号６）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫ（配列番号７）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫ（配列番号８）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫ（配列番号９）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫ（配列番号１０）、又はＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫ（配列番号１１）（タウラ症候群ウイルス−ハワイ単離体からのレプリキン配列）を含有するＴ１ワクチン、（２）等しい重量部のＫＶＧＳＲＲＹＫＳＨＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号８８）、ＨＦＡＴＫＣＦＧＥＶＰＫＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号８９）、ＫＡＥＮＥＦＷＤＧＶＫＱＳＨＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９０）、ＫＧＨＲＫＶＰＣＥＱＫＫＫＫＫＫＨＫ、（配列番号９１）、ＨＲＫＶＰＣＥＱＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９２）、ＫＶＰＣＥＱＫＩＷＬＨＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９３）、ＫＩＷＬＨＱＮＰＧＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９４）、ＨＱＮＰＧＫＴＱＱＤＭＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９５）、ＫＧＮＴＲＶＨＶＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９６）、ＫＥＨＶＥＫＩＶＤＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９７）、及びＨＶＥＫＩＶＤＫＡＫＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号９８）（ＫＫＫＫＫＨＫ（配列番号２０４）の７−残基アミノ酸テイルが、正確なレプリキン構造が耐性効果に対して有する効果を調べるために１１のレプリキン配列の各々のＣ末端に加えられた以外は同一のレプリキン配列）を含有する阻害されたワクチンＴ２、又は（３）２週間の間の対照ダイエット（３５％Ｒａｎｇｅｎ）、続いての、２日間のＴＳＶ（ハワイ単離体）感染組織の供給のいずれかが与えられた。ＴＳＶ感染に暴露されなかったエビの第４の群には対照ダイエットがやはり与えられた。ＴＳＶへの暴露から１５日後までに、ワクチン接種（Ｔ１）エビの９１％が生き残った。また、リアル−タイムＴＳＶ  ＲＴ−ＰＶＲは、Ｔ１ワクチン接種エビが試行においてエビの４つの群の最低のウイルス負荷を有したことを示した。阻害されたワクチン（Ｔ２）が与えられたエビでは、６０％エビが生き残り、該エビはわずかにより高いウイルス負荷を有した。対照ダイエットを与えられたエビでは、７５％生存率があり、該エビは１０倍高いウイルス負荷を含んだ。従前にＴＳＶ（ＳＰＥ  パシフィックホワイトシュリンプ）に従前に暴露されていないエビはＴＳＶへの暴露後に２５％生存率を有したに過ぎなかった。試行の設定は以下の表９に記載される。
【０１２９】
【表１１】
0005675348.tif 000012
【０１３０】
1慢性ＴＳＶ感染、エビにＴ１を与え、ＴＳＶで攻撃させた。
2慢性ＴＳＶ感染、エビにＴ２を与え、ＴＳＶで攻撃させた。
3慢性ＴＳＶ感染、エビに対照ダイエットを与え、ＴＳＶで攻撃させた。
【０１３１】
材料及び方法
ワクチン−混合飼料の調製：各凍結乾燥されたワクチン（Ｒｅｐｌｉｋｉｎｓ，ＬＬＣ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）によって提供されたＴ１及びＴ２）をエビ生産用の３５マッシュ（Ｒａｎｇｅｎ）、１％アルギン酸ナトリウム、（バインダーとして加えた）１％ヘキサメタリン酸ナトリウム、及び５０％水と（氷上で）混合した。混合した飼料を押し出し、凍結乾燥し、次いで、ほぼ３０のバッグに充填し（バッグ当たり４ｇ、合計で１２０ｇのワクチン−混合飼料）、用いるまで−２０℃で貯蔵した。対照群のためのエビ試料は、（対照ダイエットと名付けた）ワクチンを加えることなく上述したように調製した。
【０１３２】
ワクチン接種群各群（ワクチンＴ１及び阻害されたワクチンＴ２）では、１１及び１０  ＴＳＶを慢性的に感染させたパシフィックホワイトシュリンプを、表９に記載されたように１０００Ｌのタンクの各々にストックし、２週間の間毎日、その合計体重の５％のワクチン−混合飼料を与えた。１日当たり合計エビ体重１ｇ当たり投与されたＴ１レプリキン配列の合計質量は約０．５０ｍｇであった。エビに、引き続いて、朝に、２日間毎日、その体重の５％のミンチされたＴＳＶ感染組織（ハワイ単離体）を与えた。午後に、また、エビにワクチン−混合飼料を加えた。３日目から、全てのエビをさらに２週間の間、ワクチン−混合飼料で維持した。
【０１３３】
非ワクチン接種群：１２匹のエビ（ワクチン接種されていない、従前にＴＳＶ感染で生き残った者）に対照ダイエットを２週間与えた。エビに、引き続いて、２日間、その体重の５％のミンチされたＴＳＶ感染組織を加えた。３日から、全てのエビを対照ダイエットで維持した。
【０１３４】
組織学。ハワイＴＳＶに暴露の後に、全てのタンクを死んだ又は瀕死のエビについて１日に２回チェックした。全ての死骸をタンクから除去し、−７０℃で凍結させた。タンクＣからの１匹の瀕死のエビをＤａｖｉｄｓｏｎのＡＦＡ固定剤で維持し、ルーチン的な組織学のために処理して、ＴＳＶ感染の重症度を評価した。
【０１３５】
リアル−タイムＴＳＶ  ＲＴ−ＰＣＲ。各群について、生存するエビを１５日目にサンプリングした。全ＲＮＡをＨｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＲＮＡ組織キット（Ｒｏｃｈｅ）で腹脚及び鰓から抽出した。抽出されたＲＮＡをＴａｎｇら（Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  １１５：１０９−１１４，２００４）によって記載されたリアル−タイムＲＴ−ＰＣＲによってＴＳＶの存在について分析した。
【０１３６】
結果
Ｔ１でワクチン接種したエビ、阻害されたＴ２ワクチンを与えたエビ、対照ダイエットを与えた慢性的に感染させたＴＳＶエビについての、及びＴＳＶに従前に暴露されておらず、かつ対照ダイエットを与えたエビについての、ＴＳＶでの再攻撃後のパシフィックホワイトシュリンプの累積生存率を図２に記載する。Ｔ１ワクチン接種エビについては、１３日目までに死亡はなかった。この群は、ＴＳＶへの暴露から１５日後に９１％の生存率を有した（表１０）。阻害されたワクチンＴ２を与えたエビでは、最初の死亡は２日目に観察された。該群は６０％の生存率を有した。非ワクチン接種群では、最初の死亡は１０日目に起こり、該群は７５％の生存率を有した。ハワイＴＳＶを供給した後のＳＰＦエビについてのパーセント生存率は２５％であった。
【０１３７】
【表１２】
0005675348.tif 000013
【０１３８】
病理学
ＴＳＶでの攻撃の後のパシフィックホワイトシュリンプの試料の組織学的分析を表１１にまとめる。
【０１３９】
【表１３】
0005675348.tif 000014
【０１４０】
リンパ系器官スフェロイドの中程度〜高い（Ｇ３）レベルが、１０日目に収集した非ワクチン接種群で見出され、慢性的ＴＳＶ感染を示す。
【０１４１】
リアル−タイムＴＳＶ  ＲＴ−ＰＣＲ
リアル−タイムＴＳＶ  ＲＴ−ＰＣＲアッセイを用いて、生存するエビにおけるウイルス負荷を定量した（表１２）。結果は、ウイルス負荷がＴ１、２．４６×１０3コピー／μＬのＲＮＡでワクチン接種されたエビにおいて最低であることを示した。Ｔ２阻害ワクチンを与えたエビはより高いウイルス負荷、８．８８×１０3コピー／μＬのＲＮＡを含んだ。非ワクチン接種群ではエビは最高のウイルス負荷、５．２０×１０4コピー／μＬＲＮＡを有した。
【０１４２】
【表１４】
0005675348.tif 000015
【０１４３】
これらの結果は、ＴＳＶで慢性的に感染させたエビは、ＴＳＶで再度攻撃させた場合に、より高いパーセント（６０〜９１％）を有したことを示した。特に、Ｔ１ワクチン接種パシフィックホワイトシュリンプは最高の生存率及び最低のウイルス負荷を有した。ハワイＴＳＶで攻撃させたＳＰＦパシフィックホワイトシュリンプについてのパーセント生存率は２５％であった。
【０１４４】
実施例４−２０００年〜２００５年のＴＳＶの単離体についての公に入手可能なアクセッション番号におけるレプリキン濃度の決定
平均レプリキン濃度は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍにおいて公に入手可能なアクセッション番号を持つタウラ症候群ウイルスについての全てのアミノ酸配列について決定した。アミノ酸配列は、（１）該配列の第１の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基及び該配列の第２の末端に位置する少なくとも１つのリジン残基又は少なくとも１つのヒスチジン残基；（２）第２のリジン残基から６〜１０個の残基に位置する第１のリジン残基；（３）少なくとも１つのヒスチジン残基；ならびに（４）少なくとも６％リジン残基を含む７〜５０個のアミノ酸のレプリキン配列についてスキャンした。レプリキン配列の合計数を、各入手可能なアクセッション番号について決定した。次いで、各アクセッション番号におけるレプリキン配列の合計数を、該アクセッション番号において開示されたアミノ酸残基の合計数で割った。結果はレプリキン濃度であった。次いで、平均レプリキン濃度を、特定の年度に単離され報告された全てのウイルスについて決定した。表１３はその結果を供する。
【０１４５】
【表１５】
0005675348.tif 000016
【０１４６】
実施例５−アクセッション番号ＡＡＭ７３７６６及びＡＡＹ８９０９６において公に入手可能なＴＳＶの２００１年及び２００５年単離体でのレプリキン濃度の決定
タウラ症候群ウイルス（ＴＳＶ）は、一般に、白斑症候群ウイルス（ＷＳＳＶ）よりも悪性でないウイルスであり、ＴＳＶレプリキン足場の向上は、ＷＳＳＶレプリキン足場の構造よりもインフルエンザウイルスにあまり密接に関連していない。後のレプリキン足場配列参照。２０００年に、ＴＳＶは２．７のレプリキン濃度を有した。２００１年から２００４年の間に、ＴＳＶは０．６という低い平均レプリキン濃度を有し、そのレプリキン足場は消失した。２００５年に、レプリキン足場はリジン及びヒスチジンの増加、及びレプリキン濃度（１．８）の比例した増加、その後、２００６年〜２００７年におけるＴＳＶ発生の増加と共に再度出現した。後の図６及びレプリキン足場参照。
【０１４７】
以下に、２０００年からのＴＳＶの単離体におけるアクセッション番号ＡＡＫ７２２２０で同定されたレプリキン足場、及び２００５年からのＴＳＶの単離体におけるアクセッション番号ＡＡＹ８９０９６で同定されたレプリキン足場の比較を示す。また、ＴＳＶレプリキン足場を、１９１８年のパンデミック及び２０００年におけるエビＷＳＳＶでのＨ１Ｎ１インフルエンザウイルスでの２つのレプリキン足場配列と比較する。
レプリキン足場配列（出現の順で、各々、配列番号９９〜１０４）
【０１４８】
【表１６】
0005675348.tif 000017
【０１４９】
アクセッション番号ＡＡＭ７３７６６及びＡＡＹ８９０９６の以下の分析は、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍにおける公に入手可能なアクセッション番号を有するタウラ症候群ウイルスの単離体のアミノ酸配列のレプリキン濃度分析を示す。
【０１５０】
ＰｕｖＭｅｄコード：ＡＡＭ７３７６６
単離：２００１年
源：タウラ症候群ウイルス
M1P2A3N4P5V6E7I8D9N10F11D12T13T14T15S16G17G18L19I20P21G22G23S24V25T26N27S28E29G30S31T32I33L34M35N36D37
I38P39I40T41N42Q43N44V45V46L47S48K49N50V51T52D53N54L55F56E57V58Q59D60Q61A62L63I64E65S66L67S68R69D70V71L72L73H74N75D76S77W78T79S80S81D82D83E84I85G86T87T88M89T90Q91E92Q93L94A95T96E97F98N99Q100P101H102L103Y104E105I106S107L108P109D110D111I112V113R114K115S116L117F118M119S120N121K122L123A124N125I126A127Y128M129R130C131D132
Y133E134V135T136V137R138V139Q140A141T142P143F144L145Q146G147A148L149W150L151W152N153K154M155N156A157K158
Q159T160S161I162I163R164R165T166L167T168E169H170L171R172S173I174T175S176F177P178G179I180E181M182N183L184Q185S186
E187A188R189A190I191T192L193S194I195P196Y197T198S199E200F201Q202V203F204N205P206R207N208V209N210N211L212N213S214
I215R216L217S218V219L220S221Q222L223Q224G225P226E227D228V229E230S231A232S233Y234S235I236Y237G238R239L240K241N242I243K244L245Y246G247H248A249P250S251V252T253S254S255V256Y257P258S259T260Q261S262G263Y264D265D266D267C268P269I270V271H272A273G274T275D276E277D278S279S280K281Q282G283I284V285S286R287V288A289D290T291V292G293A294V295A296N297V298V299D300G301V302G303V304P305I306L307S308T309I310A311K312P313V314S315W316V317S318G319V320V321S322N323V324
A325S326M327F328G329F330S331K332D333R334D335M336T337K338V339N340A341Y342E343N344L345P346G347K348G349F350T351H352G353V354G355F356D357Y358G359V360P361L362S363L364F365P366N367N368A369I370D371P372T373I374A375V376P377E378G379L380D381E382M383S384I385E386Y387L388A389Q390R391P392Y393M394L395N396R397Y398T399I400R401G402G403D404T405P406
D407V408H409G410T411I412V413A414D415I416P417V418S419P420V421N422F423S424L425Y426G427K428V429I430A431K432Y433
R434T435L436F437A438A439P440V441S442L443A444V445A446M447A448N449W450W451R452G453N454I455N456L457N458L459R460F461A462K463T464Q465Y466H467Q468C469R470L471L472V473Q474Y475L476P477Y478G479S480G481V482Q483P484I485E486S487
I488L489S490Q491I492I493D494I495S496Q497V498D499D500K501G502I503D504I505A506F507P508S509V510Y511P512N513K514W515M516R517V518Y519D520P521A522K523V524G525Y526T527A528D529C530A531P532G533R534I535V536I537S538V539L540N541P542
L543I544S545A546S547T548V549S550P551N552I553V554M555Y556P557W558V559H560W561S562N563L564E565V566A567E568P569
G570T571L572A573K574A575A576I577G578F579N580Y581P582A583D584V585P586E587E588P589T590F591S592V593T594R595A596
P597V598S599G600T601L602F603T604L605L606Q607D608T609K610V611S612L613G614E615A616D617G618V619F620S621L622Y623
F624T625N626T627T628T629G630R631R632H633R634L635T636Y637A638G639L640P641G642E643L644G645S646C647E648I649V650
K651L652P653Q654G655Q656Y657S658I659E660Y661A662A663T664S665A666P667T668L669V670L671D672R673P674I675F676S677E678P679I680G681P682K683Y684V685V686T687K688V689K690N691G692D693V694V695S696I697S698E699E700T701L702V703T704C705
G706S707M708A709A710L711G712G713A714T715V716A717L718Q719S720V721D722E723T724I725E726I727L728K729L730E731S732
D733F734E735S736K737A738P739V740K741F742T743P744G745N746Y747T748V749V750T751E752A753S754D755V756E757L758V759
T760N761Q762D763I764T765V766N767E768H769N770P771R772T773H774A775G776I777D778E779E780P781P782V783K784R785S786
V787I788G789R790I791V792R793R794V795A796R797Y798V799P800N801K802L803I804R805R806I807L808R809D810L811S812Q813S814P815C816I817Y818P819S820T821H822A823G824L825D826Y827S828S829S830D831T832S833T834M835L836T837T838M839G840E841Q842F843V844S845L846R847M848L849T850R851R852S853S854P855V856D857I858L859R860G861D862L863V864T865L866P867G868I869S870F871G872T873D874N875S876L877R878Q879S880L881V882N883I884I885S886Y887M888Y889R890F891T892H893G894S895I896S897Y898K899I900I901P902K903N904K905G906D907L908Y909I910T911T912T913S914P915D916S917I918E919T920S921T922S923A924Y925Q926
F927D928T929N930R931A932M933H934Y935I936N937T938S939L940N941P942M943A944Q945I946S947L948P949Y950Y951S952P953
A954E955N956L957V958I959D960S961K962S963F964P965Q966L967S968D969L970S971I972S973N974L975E976R977T978E979N980E981Y982F983V984L985A986S987A988G989D990D991H992T993F994S995Q996L997A998G999C1000P1001A1002F1003T1004F1005G1006P1007A1008E1009L1010A1011 （配列番号１０５）
【０１５１】
ペプチドのアミノ末端部分におけるレプリキン配列
(1)    H102L103Y104E105I106S107L108P109D110D111I112V113R114K115S116L117F118M119S120N121K122 （配列番号１０６）
(2)    K332D333R334D335M336T337K338V339N340A341Y342E343N344L345P346G347K348G349F350T351H352 （配列番号１０７）
(3)    K338V339N340A341Y342E343N344L345P346G347K348G349F350T351H352 （配列番号１０８）
【０１５２】
ペプチドの中央分子部分におけるレプリキン配列
ゼロレプリキン
【０１５３】
ペプチドのカルボキシ末端部分におけるレプリキン配列
(4)    K729L730E731S732D733F734E735S736K737A738P739V740K741F742T743P744G745N746Y747T748V749V750T751E752A753 S754D755V756E757L758V759T760N761Q762D763I764T765V766N767E768H769N770P771R772T773H774 （配列番号１０９）
(5)    K729L730E731S732D733F734E735S736K737A738P739V740K741F742T743P744G745N746Y747T748V749V750T751E752A753 S754D755V756E757L758V759T760N761Q762D763I764T765V766N767E768H769 （配列番号１１０）
(6)    H893G894S895I896S897Y898K899I900I901P902K903N904K905 （配列番号１１１）
(7)    K899I900I901P902K903N904K905G906D907L908Y909I910T911T912T913S914P915D916S917I918E919T920S921T922S923A924 Y925Q926F927D928T929N930R931A932M933H934 （配列番号１１２）
レプリキン数＝１００個のアミノ酸当たりのレプリキンの番号＝７／１０１１＝０．７
【０１５４】
ＰｕｂＭｅｄコード：ＡＡＹ８９０９６
単離：２００５年
源：タウラ症候群ウイルス
M1A2S3Y4Y5L6N7I8K9T10H11N12L13R14R15T16P17G18A19H20R21A22F23Y24V25M26N27D28D29G30E31N32R33I34Y35S36L37I38G39T40L41R42R43A44P45A46F47K48V49G50S51R52R53Y54K55S56H57I58P59Y60R61R62K63A64T65V66A67E68L69C70
N71Q72L73H74D75R76V77L78P79F80A81N82P83Q84V85W86K87E88V89I90S91E92N93K94V95Q96P97D98S99M100L101K102A103A104F105G106N107W108E109E110W111P112K113D114K115V116C117E118E119L120Y121S122E123C124E125C126G127Y128V129G130T131C132Y133V134S135V136D137W138L139R140P141Q142A143T144K145C146N147D148C149I150L151K152M153N154R155N156V157E158Y159P160Y161H162T163I164G165V166S167G168N169V170V171T172N173T174D175I176V177Y178T179G180Y181A182D183V184
F185K186C187E188K189C190D191L192L193M194G195A196W197A198P199N200D201I202P203A204L205T206H207N208I209R210S211
S212Q213C214V215Q216F217K218L219P220T221E222N223L224A225A226R227N228Y229V230L231L232C233E234E235I236E237R238
E239N240I241P242V243I244F245Q246D247Y248S249E250G251N252V253F254T255C256R257I258V259S260G261D262L263T264A265V266G267T268A269S270N271M272Y273T274A275R276D277V278A279S280K281S282L283L284D285Q286L287H288N289T290P291N292V293H294M295H296S297L298H299S300L301P302Y303E304N305F306P307C308E309A310L311E312F313A314V315E316Q317G318I319I320P321P322V323T324F325D326E327V328F329A330N331D332E333Y334V335I336T337I338S339C340S341L342L343V344V345S346D347V348G349P350T351Q352A353V354A355R356E357R358A359A360K361R362F363L364K365M366Y367D368Y369S370A371S372Y373P374S375T376
H377M378F379T380L381S382T383L384P385Q386R387S388G389E390T391L392E393L394A395N396A397T398L399N400H401V402N403
N404V405I406D407R408H409D410E411A412I413S414N415V416R417Q418N419V420E421V422K423L424T425D426V427S428R429Q430
V431G432A433M434L435P436K437V438E439T440V441I442D443D444V445S446S447T448L449S450S451F452R453G454V455L456D457
K458I459S460A461W462M463P464S465S466N467P468K469I470I471D472L473I474K475E476T477F478V479S480L481F482F483A484I485
L486T487K488S489L490Y491P492I493I494Q495G496I497S498S499Y500A501L502R503N504N505L506M507A508N509H510L511T512A513L514S515E516W517L518M519T520L521E522Y523D524S525P526D527E528E529E530M531P532S533T534H535G536F537M538D539D540
L541T542S543R544L545P546G547L548N549G550A551K552V553Q554A555A556T557I558Y559E560S561I562G563T564G565L566C567
V568A569L570S571G572I573L574S575F576I577A578V579M580C581L582G583I584T585D586L587S588A589V590T591F592N593K594L595L596T597Q598S599S600L601V602G603R604A605L606V607G608V609R610S611F612K613D614V615F616F617G618I619W620D621Y622
V623D624N625Q626V627C628E629I630L631Y632G633K634S635R636K637N638L639D640L641L642K643E644Y645P646S647L648D649
S650L651L652S653I654F655N656Y657F658H659D660T661V662D663A664N665V666L667I668S669C670N671R672A673A674C675E676L677L678V679K680A681D682N683L684Y685Q686G687Y688L689D690K691S692I693T694L695M696H697R698E699I700S701S702R703L704
K705E706A707R708N709S710V711K712D713L714I715A716K717A718Q719V720Y721L722T723C724G725D726G727S728R729V730P731
P732V733V734V735Y736M737Y738G739D740A741G742C743G744K745T746E747L748S749M750A751L752Q753D754H755F756A757T758K759Y760F761G762E763V764P765K766K767D768V769I770Y771S772R773K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784Q785S786H787K788I789I790A791Y792D793D794V795L796Q797I798V799D800S801A802Q803K804P805N806P807E808L809F810E811F812I813R814L815N816N817S818D819P820Y821Q822V823H824M825S826S827V828S829D830K831A832N833T834F835I836A837P838S839F840
V841F842A843T844S845N846V847N848P849G850T851Y852V853P854K855S856I857H858S859A860D861A862F863R864R865R866L867
D868L869C870V871Y872V873D874V875K876D877E878F879A880R881I882V883A884G885S886K887G888H889R890K891V892P893C894
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I922T923P924E925T926A927V928Y929E930L931H932V933D934T935T936L937A938G939D940A941Q942S943K944V945C946A947Y948
D949G950L951V952S953L954I955E956Q957V958R959R960L961R962V963A964A965H966S967D968K969V970E971T972D973V974P975
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H1025F1026V1027S1028R1029S1030A1031N1032D1033G1034S1035M1036F1037I1038P1039A1040S1041E1042V1043A1044D1045L1046L1047C1048Q1049R1050H1051N1052N1053T1054N1055L1056N1057E1058E1059L1060V1061Y1062L1063T1064W1065M1066T1067Q1068I1069
T1070D1071K1072E1073L1074A1075S1076S1077L1078V1079Y1080F1081T1082N1083N1084G1085M1086D1087K1088S1089I1090W1091
K1092K1093S1094A1095E1096R1097S1098A1099Q1100A1101I1102S1103Q1104C1105K1106N1107A1108W1109T1110R1111I1112N1113D1114F1115L1116K1117N1118H1119W1120I1121S1122I1123S1124A1125V1126I1127G1128S1129A1130L1131L1132I1133G1134G1135V1136S1137
S1138A1139V1140K1141C1142A1143T1144K1145C1146R1147V1148R1149K1150I1151L1152Q1153D1154G1155G1156S1157I1158M1159Q1160L1161V1162G1163V1164R1165S1166C1167M1168Y1169A1170C1171Q1172L1173C1174K1175R1176I1177K1178N1179C1180D1181L1182
R1183L1184R1185V1186R1187N1188R1189S1190E1191G1192V1193T1194T1195F1196V1197P1198G1199D1200V1201R1202R1203V1204
A1205R1206H1207V1208I1209S1210A1211A1212D1213V1214C1215E1216V1217P1218V1219H1220H1221S1222F1223I1224Q1225S1226L1227C1228D1229E1230A1231F1232T1233V1234H1235S1236D1237K1238E1239E1240T1241F1242S1243I1244L1245D1246F1247T1248P1249E1250
A1251K1252G1253R1254N1255P1256P1257E1258S1259A1260V1261V1262E1263S1264H1265Q1266D1267Y1268R1269V1270K1271A1272
A1273V1274V1275E1276S1277H1278Q1279D1280F1281K1282P1283K1284D1285A1286I1287V1288E1289S1290T1291I1292D1293T1294V1295F1296T1297E1298S1299H1300Q1301D1302V1303R1304V1305K1306L1307H1308P1309Q1310I1311E1312S1313H1314Q1315D1316F1317R1318A1319K1320N1321P1322I1323V1324E1325S1326R1327K1328P1329D1330Y1331Q1332V1333E1334W1335T1336D1337L1338R1339T1340E1341S1342S1343N1344D1345R1346N1347A1348Q1349D1350I1351S1352N1353R1354I1355L1356S1357R1358N1359F1360V1361R1362L1363Y1364V1365P1366G1367S1368S1369L1370Y1371T1372H1373G1374L1375F1376A1377Y1378G1379R1380M1381L1382L1383M1384P1385K1386
H1387M1388F1389D1390M1391L1392N1393G1394S1395V1396E1397I1398V1399S1400I1401A1402D1403K1404G1405N1406T1407R1408
V1409H1410V1411K1412I1413Q1414S1415H1416K1417T1418V1419T1420R1421G1422G1423Y1424E1425V1426D1427I1428V1429I1430C1431E1432M1433G1434N1435S1436I1437S1438A1439R1440K1441D1442I1443T1444S1445Y1446F1447P1448T1449V1450K1451E1452L1453P1454
G1455L1456T1457G1458M1459M1460S1461S1462G1463R1464M1465R1466V1467F1468S1469T1470A1471K1472F1473K1474A1475S1476
D1477S1478C1479S1480Y1481L1482M1483P1484Q1485D1486F1487V1488A1489K1490Y1491I1492A1493A1494V1495D1496H1497I1498T1499S1500K1501S1502P1503E1504K1505K1506S1507Y1508F1509I1510R1511Q1512G1513F1514E1515A1516E1517S1518D1519S1520M1521Q1522G1523D1524C1525C1526S1527P1528Y1529V1530L1531F1532N1533S1534A1535S1536R1537A1538K1539I1540V1541G1542L1543H1544C1545A1546G1547F1548D1549G1550T1551A1552R1553V1554F1555A1556Q1557I1558I1559T1560Q1561E1562D1563I1564M1565A1566A1567T1568P1569T1570T1571H1572A1573G1574R1575V1576T1577T1578E1579F1580P1581H1582T1583S1584L1585R1586D1587S1588P1589L1590P1591
N1592S1593M1594A1595I1596G1597S1598V1599K1600T1601A1602P1603N1604P1605T1606K1607S1608E1609I1610T1611R1612S1613P1614
I1615H1616G1617C1618F1619P1620V1621R1622T1623A1624P1625A1626T1627L1628Y1629S1630P1631T1632E1633N1634L1635L1636I1637
K1638N1639A1640M1641K1642V1643T1644K1645N1646V1647E1648L1649L1650E1651E1652D1653L1654I1655D1656A1657C1658V1659
H1660D1661V1662K1663R1664I1665L1666N1667A1668P1669G1670V1671S1672D1673V1674E1675K1676R1677V1678L1679T1680H1681E1682E1683S1684I1685T1686G1687I1688E1689N1690R1691Q1692Y1693M1694N1695A1696L1697N1698R1699S1700T1701S1702A1703G1704F1705
P1706Y1707S1708S1709R1710K1711A1712K1713G1714K1715S1716G1717K1718Q1719T1720W1721L1722G1723S1724E1725E1726F1727I1728V1729D1730N1731P1732D1733L1734K1735E1736H1737V1738E1739K1740I1741V1742D1743K1744A1745K1746D1747G1748I1749V1750
D1751V1752S1753L1754G1755I1756F1757A1758A1759T1760L1761K1762D1763E1764R1765R1766P1767L1768E1769K1770V1771Q1772A1773N1774K1775T1776R1777V1778F1779A1780A1781S1782N1783Q1784G1785L1786A1787L1788A1789L1790R1791R1792Y1793Y1794L1795
S1796F1797L1798D1799H1800V1801M1802T1803N1804R1805I1806D1807N1808E1809I1810G1811L1812G1813V1814N1815V1816Y1817S1818Y1819D1820W1821T1822R1823I1824V1825N1826K1827L1828K1829R1830V1831G1832D1833K1834V1835I1836A1837G1838D1839F1840
S1841N1842F1843D1844G1845S1846L1847N1848S1849Q1850I1851L1852S1853R1854V1855S1856E1857I1858V1859T1860D1861W1862Y1863G1864D1865D1866A1867E1868N1869G1870L1871I1872R1873H1874T1875L1876L1877E1878Y1879L1880F1881N1882A1883T1884W1885L1886M1887N1888G1889K1890V1891F1892Q1893L1894N1895H1896S1897Q1898P1899S1900G1901N1902P1903L1904T1905T1906L1907I1908N1909C1910V1911Y1912N1913M1914I1915I1916F1917R1918Y1919V1920Y1921L1922L1923A1924Q1925R1926E1927N1928G1929F1930P1931M1932T1933L1934S1935G1936F1937T1938T1939N1940V1941A1942C1943I1944F1945Y1946G1947D1948D1949S1950L1951C1952S1953V1954S1955D1956K1957V1958S1959E1960W1961F1962N1963Q1964H1965V1966I1967T1968R1969L1970M1971A1972A1973T1974G1975H1976E1977
Y1978T1979D1980E1981T1982K1983S1984G1985S1986P1987P1988P1989Y1990R1991S1992L1993N1994E1995V1996T1997F1998L1999K2000R2001E2002F2003V2004L2005R2006D2007H2008F2009W2010I2011A2012P2013L2014S2015R2016N2017T2018I2019E2020D2021M2022C2023M2024W2025S2026R2027K2028N2029I2030D2031A2032Q2033D2034A2035L2036L2037Q2038T2039T2040R2041I2042A2043S2044F2045E2046A2047S2048L2049H2050E2051K2052N2053Y2054F2055L2056M2057F2058C2059D2060V2061I2062K2063K2064A2065C2066R2067N2068
A2069G2070Y2071K2072E2073A2074C2075L2076H2077E2078L2079D2080C2081K2082S2083F2084L2085L2086A2087Q2088Q2089G2090
R2091A2092G2093A2094H2095D2096S2097E2098F2099L2100S2101Q2102L2103L2104D2105L2106N2107 （配列番号１１３）
【０１５５】
ペプチドのアミノ末端部分におけるレプリキン配列
(1)    H20R21A22F23Y24V25M26N27D28D29G30E31N32R33I34Y35S36L37I38G39T40L41R42R43A44P45A46F47K48V49G50 S51R52R53Y54K55S56H57I58P59Y60R61R62K63 （配列番号１１４）
(2)    K48V49G50S51R52R53Y54K55S56H57 （配列番号１１５）
(3)    K48V49G50S51R52R53Y54K55S56H57I58P59Y60R61R62K63A64T65V66A67E68L69C70N71Q72L73H74 （配列番号１１６）
(4)    K55S56H57I58P59Y60R61R62K63 （配列番号１１７）
(5)    K55S56H57I58P59Y60R61R62K63A64T65V66A67E68L69C70N71Q72L73H74 （配列番号１１８）
(6)    H57I58P59Y60R61R62K63A64T65V66A67E68L69C70N71Q72L73H74D75R76V77L78P79F80A81N82P83Q84V85W86K87 E88V89I90S91E92N93K94 （配列番号１１９）
(7)    H57I58P59Y60R61R62K63A64T65V66A67E68L69C70N71Q72L73H74D75R76V77L78P79F80A81N82P83Q84V85W86K87 E88V89I90S91E92N93K94V95Q96P97D98S99M100L101K102 （配列番号１２０）
(8)    H74D75R76V77L78P79F80A81N82P83Q84V85W86K87E88V89I90S91E92N93K94V95Q96P97D98S99M100L101K102 （配列番号１２１）
(9)    H74D75R76V77L78P79F80A81N82P83Q84V85W86K87E88V89I90S91E92N93K94 （配列番号１２２）
(10)   K145C146N147D148C149I150L151K152M153N154R155N156V157E158Y159P160Y161H162 （配列番号１２３）
(11)   K469I470I471D472L473I474K475E476T477F478V479S480L481F482F483A484I485L486T487K488S489L490Y491P492I493I494 Q495G496I497S498S499Y500A501L502R503N504N505L506M507A508N509H510 （配列番号１２４）
(12)   K634S635R636K637N638L639D640L641L642K643E644Y645P646S647L648D649S650L651L652S653I654F655N656Y657F658 H659 （配列番号１２５）
(13)   K637N638L639D640L641L642K643E644Y645P646S647L648D649S650L651L652S653I654F655N656Y657F658H659 （配列番号１２６）
(14)   H697R698E699I700S701S702R703L704K705E706A707R708N709S710V711K712 （配列番号１２７）
【０１５６】
ペプチドの中央分子部分におけるレプリキン配列
(15)   K705E706A707R708N709S710V711K712D713L714I715A716K717A718Q719V720Y721L722T723C724G725D726G727S728R729V730P731P732V733V734V735Y736M737Y738G739D740A741G742C743G744K745T746E747L748S749M750A751L752Q753 D754H755 （配列番号１２８）
(16)   H755F756A757T758K759Y760F761G762E763V764P765K766 （配列番号１２９）
(17)   H755F756A757T758K759Y760F761G762E763V764P765K766K767 （配列番号１３０）
(18)   H755F756A757T758K759Y760F761G762E763V764P765K766K767D768V769I770Y771S772R773K774 （配列番号１３１）
(19)   H755F756A757T758K759Y760F761G762E763V764P765K766K767D768V769I770Y771S772R773K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784 （配列番号１３２）
(20)   K759Y760F761G762E763V764P765K766K767D768V769I770Y771S772R773K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784Q785S786H787 （配列番号１３３）
(21)   K766K767D768V769I770Y771S772R773K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784Q785S786H787 （配列番号１３４）
(22)   K767D768V769I770Y771S772R773K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784Q785S786H787 （配列番号１３５）
(23)   K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784Q785S786H787 （配列番号１３６）
(24)   K774A775E776N777E778F779W780D781G782V783K784Q785S786H787K788I789I790A791Y792D793D794V795L796Q797I798 V799D800S801A802Q803K804P805N806P807E808L809F810E811F812I813R814L815N816N817S818D819P820Y821Q822V823 H824 （配列番号１３７）
(25)   H858S859A860D861A862F863R864R865R866L867D868L869C870V871Y872V873D874V875K876D877E878F879A880R881I882V883A884G885S886K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906 （配列番号１３８）
(26)   H858S859A860D861A862F863R864R865R866L867D868L869C870V871Y872V873D874V875K876D877E878F879A880R881I882V883A884G885S886K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897 （配列番号１３９）
(27)   K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910 M911K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921I922T923P924E925T926A927V928Y929E930L931H932 （配列番号１４０）
(28)   K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901 （配列番号１４１）
(29)   K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897 （配列番号１４２）
(30)   K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909 （配列番号１４３）
(31)   K887G888H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910 M911K912H913 （配列番号１４４）
(32)   H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912 H913E914I915V916A917G918T919Y920K921 （配列番号１４５）
(33)   H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906 （配列番号１４６）
(34)   H889R890K891V892P893C894E895Q896K897 （配列番号１４７）
(35)   H889R890K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912 （配列番号１４８）
(36)   K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901 （配列番号１４９）
(37)   K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909 （配列番号１５０）
(38)   K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912H913 （配列番号１５１）
(39)   K891V892P893C894E895Q896K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921I922T923P924E925T926A927V928Y929E930L931H932 （配列番号１５２）
(40)   K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906 （配列番号１５３）
(41)   K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909 （配列番号１５４）
(42)   K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912H913 （配列番号１５５）
(43)   K897I898W899L900H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921I922T923P924E925T926A927V928Y929E930L931H932 （配列番号１５６）
(44)   H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912 （配列番号１５７）
(45)   H901Q902N903P904G905K906T907Q908H909D910M911K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921 （配列番号１５８）
(46)   K906T907Q908H909D910M911K912 （配列番号１５９）
(47)   K906T907Q908H909D910M911K912H913 （配列番号１６０）
(48)   K906T907Q908H909D910M911K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921I922T923P924E925T926A927V928Y929E930 L931H932 （配列番号１６１）
(49)   H909D910M911K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921 （配列番号１６２）
(50)   K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921 （配列番号１６３）
(51)   K912H913E914I915V916A917G918T919Y920K921I922T923P924E925T926A927V928Y929E930L931H932 （配列番号１６４）
(52)   H1119W1120I1121S1122I1123S1124A1125V1126I1127G1128S1129A1130L1131L1132I1133G1134G1135V1136S1137S1138A1139 V1140K1141C1142A1143T1144K1145C1146R1147V1148R1149K1150 （配列番号１６５）
(53)   H1278Q1279D1280F1281K1282P1283K1284D1285A1286I1287V1288E1289S1290T1291I1292D1293T1294V1295F1296T1297E1298 S1299H1300Q1301D1302V1303R1304V1305K1306L1307H1308P1309Q1310I1311E1312S1313H1314Q1315D1316F1317R1318A1319K1320N1321P1322I1323V1324E1325S1326R1327K1328 （配列番号１６６）
(54)   H1300Q1301D1302V1303R1304V1305K1306L1307H1308P1309Q1310I1311E1312S1313H1314Q1315D1316F1317R1318A1319K1320N1321P1322I1323V1324E1325S1326R1327K1328 （配列番号１６７）
(55)   H1308P1309Q1310I1311E1312S1313H1314Q1315D1316F1317R1318A1319K1320N1321P1322I1323V1324E1325S1326R1327K1328 （配列番号１６８）
(56)   H1314Q1315D1316F1317R1318A1319K1320N1321P1322I1323V1324E1325S1326R1327K1328 （配列番号１６９）
(57)   H1373G1374L1375F1376A1377Y1378G1379R1380M1381L1382L1383M1384P1385K1386H1387M1388F1389D1390M1391L1392 N1393G1394S1395V1396E1397I1398V1399S1400I1401A1402D1403K1404G1405N1406T1407R1408V1409H1410V1411K1412 （配列番号１７０）
(58)   H1387M1388F1389D1390M1391L1392N1393G1394S1395V1396E1397I1398V1399S1400I1401A1402D1403K1404G1405N1406T1407R1408V1409H1410V1411K1412 （配列番号１７１）
(59)   K1404G1405N1406T1407R1408V1409H1410V1411K1412 （配列番号１７２）
(60)   K1404G1405N1406T1407R1408V1409H1410V1411K1412I1413Q1414S1415H1416 （配列番号１７３）
ペプチドのカルボキシ末端部分におけるレプレケン配列
(61)   H1410V1411K1412I1413Q1414S1415H1416K1417T1418V1419T1420R1421G1422G1423Y1424E1425V1426D1427I1428V1429I1430 C1431E1432M1433G1434N1435S1436I1437S1438A1439R1440K1441D1442I1443T1444S1445Y1446F1447P1448T1449V1450K1451 （配列番号１７４）
(62)   H1416K1417T1418V1419T1420R1421G1422G1423Y1424E1425V1426D1427I1428V1429I1430C1431E1432M1433G1434N1435S1436 I1437S1438A1439R1440K1441D1442I1443T1444S1445Y1446F1447P1448T1449V1450K1451 （配列番号１７５）
(63)   H1582T1583S1584L1585R1586D1587S1588P1589L1590P1591N1592S1593M1594A1595I1596G1597S1598V1599K1600T1601A1602 P1603N1604P1605T1606K1607 （配列番号１７６）
(64)   K1600T1601A1602P1603N1604P1605T1606K1607S1608E1609I1610T1611R1612S1613P1614I1615H1616 （配列番号１７７）
(65)   H1616G1617C1618F1619P1620V1621R1622T1623A1624P1625A1626T1627L1628Y1629S1630P1631T1632E1633N1634L1635L1636 I1637K1638N1639A1640M1641K1642V1643T1644K1645 （配列番号１７８）
(66)   K1638N1639A1640M1641K1642V1643T1644K1645N1646V1647E1648L1649L1650E1651E1652D1653L1654I1655D1656A1657C1658V1659H1660 （配列番号１７９）
(67)   K1638N1639A1640M1641K1642V1643T1644K1645N1646V1647E1648L1649L1650E1651E1652D1653L1654I1655D1656A1657C1658V1659H1660D1661V1662K1663R1664I1665L1666N1667A1668P1669G1670V1671S1672D1673V1674E1675K1676R1677V1678L1679T1680H1681 （配列番号１８０）
(68)   H1681E1682E1683S1684I1685T1686G1687I1688E1689N1690R1691Q1692Y1693M1694N1695A1696L1697N1698R1699S1700T1701 S1702A1703G1704F1705P1706Y1707S1708S1709R1710K1711A1712K1713G1714K1715S1716G1717K1718 （配列番号１８１）
(69)   K1711A1712K1713G1714K1715S1716G1717K1718Q1719T1720W1721L1722G1723S1724E1725E1726F1727I1728V1729D1730N1731P1732D1733L1734K1735E1736H1737 （配列番号１８２）
(70)   K1735E1736H1737V1738E1739K1740I1741V1742D1743K1744 （配列番号１８３）
(71)   H1737V1738E1739K1740I1741V1742D1743K1744A1745K1746D1747G1748I1749V1750D1751V1752S1753L1754G1755I1756F1757 A1758A1759T1760L1761K1762D1763E1764R1765R1766P1767L1768E1769K1770 （配列番号１８４）
(72)   H1737V1738E1739K1740I1741V1742D1743K1744A1745K1746 （配列番号１８５）
(73)   K1762D1763E1764R1765R1766P1767L1768E1769K1770V1771Q1772A1773N1774K1775T1776R1777V1778F1779A1780A1781S1782N1783Q1784G1785L1786A1787L1788A1789L1790R1791R1792Y1793Y1794L1795S1796F1797L1798D1799H1800 （配列番号１８６）
(74)   H1800V1801M1802T1803N1804R1805I1806D1807N1808E1809I1810G1811L1812G1813V1814N1815V1816Y1817S1818Y1819D1820W1821T1822R1823I1824V1825N1826K1827L1828K1829R1830V1831G1832D1833K1834 （配列番号１８７）
(75)   K1827L1828K1829R1830V1831G1832D1833K1834V1835I1836A1837G1838D1839F1840S1841N1842F1843D1844G1845S1846L1847N1848S1849Q1850I1851L1852S1853R1854V1855S1856E1857I1858V1859T1860D1861W1862Y1863G1864D1865D1866A1867E1868N1869G1870L1871I1872R1873H1874 （配列番号１８８）
(76)   H2050E2051K2052N2053Y2054F2055L2056M2057F2058C2059D2060V2061I2062K2063K2064A2065C2066R2067N2068A2069G2070Y2071K2072 （配列番号１８９）
(77)   H2050E2051K2052N2053Y2054F2055L2056M2057F2058C2059D2060V2061I2062K2063K2064A2065C2066R2067N2068A2069G2070Y2071K2072E2073A2074C2075L2076H2077E2078L2079D2080C2081K2082 （配列番号１９０）
(78)   K2063K2064A2065C2066R2067N2068A2069G2070Y2071K2072E2073A2074C2075L2076H2077 （配列番号１９１）
(79)   K2063K2064A2065C2066R2067N2068A2069G2070Y2071K2072E2073A2074C2075L2076H2077E2078L2079D2080C2081K2082 S2083F2084L2085L2086A2087Q2088Q2089G2090R2091A2092G2093A2094H2095 （配列番号１９２）
(80)   K2064A2065C2066R2067N2068A2069G2070Y2071K2072E2073A2074C2075L2076H2077E2078L2079D2080C2081K2082S2083F2084L2085L2086A2087Q2088Q2089G2090R2091A2092G2093A2094H2095 （配列番号１９３）
(81)   K2064A2065C2066R2067N2068A2069G2070Y2071K2072E2073A2074C2075L2076H2077 （配列番号１９４）
(82)   K2072E2073A2074C2075L2076H2077E2078L2079D2080C2081K2082 （配列番号１９５）
(83)   K2072E2073A2074C2075L2076H2077E2078L2079D2080C2081K2082S2083F2084L2085L2086A2087Q2088Q2089G2090R2091A2092G2093A2094H2095 （配列番号１９６）
レプリキン数＝１００個のアミノ酸当たりのレプリキンの数＝８３／２１０７＝３．９
【０１５７】
実施例６−ウエストナイルウイルスのレプリキンの周期的生産及び年間のヒト罹患率、及び予測の方法
本発明のさらなる態様において、ウイルス生化学的周期とウイルス罹患率周期との間の相関を同定し、これを用いて、宿主集団においてウイルスにおける罹患率の増加を予測する。本発明の態様の非限定的実施形態は、（１）複数の連続的時点において複数のウイルスの単離体のゲノムにおける平均レプリキン数を決定すること；（２）少なくとも４つの連続的時点において平均レプリキン数を比較し、次いで、少なくとも４つの時点にわたって増大する平均レプリキン数の少なくとも２つの周期を同定すること；ならびに（４）該周期の少なくとも１つにおける平均レプリキン数の増加時に続いて、罹患率の増加を予測することを含む、ウイルス疾病における罹患率の増加を予測する方法を提供する。さらなる非限定的実施形態において、段階的周期を連続的時点の間で同定する。さらなる実施形態において、特異的保存されたレプリキン配列が段階的周期内で同定される。例えば、ＫＩＩＱＫＡＨＫ（配列番号１９９）、ＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫ（配列番号２００）、ＫＬＴＳＧＨＬＫ（配列番号２０１）、及びＨＮＤＫＲＡＤＰＡＦＶＣＫ（配列番号２０２）。
【０１５８】
ウエストナイルウイルスにおける以下のデータは、ウイルスにおける平均レプリキン数でのサイクリングの例を提供し、該周期が罹患率を予測する。該データは、さらに、無脊椎動物での水産養殖におけるワクチンを支持する。なぜならば、それらは、特に、レプリキン配列がウイルス疾病における病原性及び罹患率で果たす役割、病気におけるレプリキン数と一般的に病原性との相関性、ならびに迅速な複製及び病気の制御におけるレプリキン構造の標的化を含む、そのようなレプリキンワクチン及び他の療法が基づく原理を支持するからである。
【０１５９】
周期は、繰り返される保存されたウイルスの構造、及び経時的なレプリキン現象の連続性のため検出可能である。同定された周期は、（１）出現する病気の成長、拡大、及び経路を決定する、（２）レプリキン数の変化を手動で追跡することによって、又はＲｅｐｌｉｎｉｋｉｎｓＦｏｒｅｃａｓｔ（商標）（Ｒｅｐｌｉｋｉｎｓ  ＬＬＳ）等のコンピュータープログラムを用いて、ウイルス及び他の生物の発生の出現及び強度を予測し、追跡する（例えば、２００５年４月２８日に出願された米国特許出願第１１／１１６，２０３号参照（参照により本明細書にその全体を援用する））、（３）より古い保存されたレプリキン及びより新しい保存されたレプリキンの双方を含有するワクチンを設計し、化学的に合成し、最も正確かつ最大の抗生物免疫刺激特性を提供する、（４）より古い保存されたレプリキン及びより新しい保存されたレプリキン双方に対する反応性部位を含有する抗体を設計し、化学的に合成し、最も正確かつ最大の抗生物免疫保護特性を提供する、ならびに、（５）より古い保存されたレプリキン及びより新しい保存されたレプリキン双方に対する反応性部位を含有する化合物を設計し、化学的に合成し、最も正確かつ最大の抗生物保護特性を提供する、新規な方法を提供する。
【０１６０】
図７は、ウエストナイルウイルス罹患率のサイクリングと相関したウエストナイルウイルスにおけるレプリキン数のサイクリングのためのデータを提供する。ＷＮＶのエンベロープタンパク質の年間のレプリキン数（黒色）、平均及び標準偏差を、ＣＤＣレポート当たり合衆国におけるヒト症例の年間の数（灰色）と比較する。
【０１６１】
２０００年〜２００３年：エンベロープタンパク質のレプリキン数の平均の標準偏差は、２０００年から２００１年まで顕著に増加する（ｐ＜０．００１）。この変化は、シグナルの迅速な複製、及びウイルスの発生に先行するレプリキン数、かくして、レプリキン数によって定義されるウイルス集団の範囲の拡大に対してインフルエンザの全ての通常の菌株（ＷＮＶと同一のウイルス属ではない）と観察されている。２０００年から２００３年の平均レプリキン数の増加には、Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ（ＣＤＣ）によって独立して記録され、公表されたヒトＷＮＶ症例の数の増加を伴い、又はそれに先行するように見える。罹患率に対するレプリキン数の同一の関係が、ヒト死亡率に対するインフルエンザ菌株、例えば、Ｈ５Ｎ１において、及びウマ罹患率に対するＨ３Ｎ８ウマ脳炎において、及びヒト罹患率に対する、及びエビウイルスでのエビにおける死亡率に対するトリパノソーム熱帯熱マラリア原虫（マラリア）において、示されている。該関係は甲殻類、ウマ、及びヒトを含む、いくつかの種において既に示されているので、それは広く分布した一般的な原理であるように見える。２００４年〜２００８年：２００４年及び２００５年において、ＷＮＹのレプリキン数及びヒト症例の数の双方において２００３年から減少があった。２００６年において、レプリキン数の増加、続いての、ヒト症例の数の２００７年における増加があった。
【０１６２】
図７において、レプリキン濃度（数）の２つの周期、及びＷＮＶヒト罹患率の２つの周期を観察することができる。１年当たりのヒトＷＮＶ症例の数によって反映されるように、同一データの、ウイルスのレプリキン数、２つの「ヒト感染性サイクル」によって反映されるように、２つの「ウイルスレプリキン周期」、２０００年〜２００３年、及び２００４年〜２００８年は、図面において相関することが示される。このようなレプリキン数データ周期は、Ｈ１Ｎ１及びＨ３Ｎ２での、従前の適用における従前のインフルエンザウイルスデータから示唆されるが、明瞭には示されない。なぜならば、Ｈ１Ｎ１又はＨ３Ｎ２の特別の菌株のため、症例の実際の数は、それらがウエストナイルウイルスについてのように（ただ「発生」、「流行」又は「パンデミック」よりはむしろ）記録されていなかったからである。
【０１６３】
第１の周期と比較した場合、第２の周期２００４年〜２００８年におけるレプリキン数及び症例の数の双方についての数の増加は、第１の周期と比較して、第２の周期における増大したレプリキン数を伴う感染性効率の増加又は「改良」を示唆する。ウイルスの有効性の降下は、おそらく、宿主における耐性の発生のためであろう；第２の周期における感染性の次の上昇は、ＷＮＶにおける新しいレプリキンの出現に関連する。再度、感染性に関するレプリキンの密接な関係が示されたならば；双方は文字通り一緒に上昇及び下降する。
【０１６４】
したがって、本データは、従前に入手可能なものよりもより正確なレベルでの感染性に対するレプリキンの関係の直接的な定量的証拠を提供する。例えば、Ｈ５Ｎ１インフルエンザの症例においては、周期はホンコン発生と共に１９９６年に開始された。それは、ホンコンにおけるニワトリの完全な選抜除去によって１９９８年に一時的に終了した。２０００年に再度起こったＨ５Ｎ１臨床的「サブサイクル」は、現在まで続いており、レプリキン数によって毎年予め予測された。この場合、西アジア諸国で最も出現する、Ｈ５Ｎ１は、本明細書中に示すように、合衆国におけるウエストナイルウイルスの症例におけるように罹患率及び死亡率のＷＨＯによる正確な疫学的報告に対する主題ではなく、ＣＤＣは罹患率及び死亡率のより正確な観察の記録を維持する。
【０１６５】
理論によって拘束されるつもりはないが、罹患率及び死亡率に対するレプリキン数の密接は関係、及び他の証拠は、レプリキンが、迅速な複製の生化学に密接に関与していることに加えて、実際は、感染性のユニットであり、ウイルス及びトリパノソームはレプリキン感染性ユニットの単にキャリアであるが、他のウイルス又はトリパノソーム構造が宿主における感染性を生じさせるのに必要とされるという仮説を導いた。
【０１６６】
図７は、レプリキン数の変化の初期の検出は、例えば、ＲｅｐｌｉｋｉｎＦｏｒｅｃａｓｔ（商標）ソフトウエア（Ｒｅｐｌｉｋｉｎｓ  ＬＬＳ）を用いる出現するレプリキン配列の同定から７日以内に合成することができる出現するレプリキン構造に対するワクチンでの迅速な応答に直接的に翻訳することができることを示す。
【０１６７】
以下のデータが、ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｃｏｍからのアクセッション番号、単離体の数、平均レプリキン数、ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質で入手可能なアクセッション番号についての標準偏差及び有意性を提供する。該データは図７に反映されている。
【０１６８】
【表１７】
0005675348.tif 000018
【０１６９】
【表１８】
0005675348.tif 000019
【０１７０】
【表１９】
0005675348.tif 000020
【０１７１】
保存したＷＮＰレプリキンの例
年単位での配列の履歴：ＷＮＶが合衆国で出現する（ほぼ２０００年）前の年についてのエントリーは、中央西及びアフリカからのように、合衆国以外の検体からのものであることに注意されたし。
【０１７２】
ＫＩＩＱＫＡＨＫ（配列番号１９９）
年単位での配列の全ての出現１９８８
P14335 位置835 , BAA00176 位置 835 .
1999
AAF20205 位置 835 , AAF20092 位置 835 , AAG02040 位置 835 , AAF18443 位置 835 .
2000
AAK06624 位置 835 , AAG02039 位置 835 , AAG02038 位置 835 .
2001
AAM81753 位置 835 , AAM81752 位置 835 , AAM81751 位置 835 , AAM81750 位置 835 , AAM81749 位置 835 .
2002
AAN85090 位置 835 , AAL87234 位置 835 , CAD60131 位置 835 .
2003
AAP20887 位置 835 , AAX99361 位置 835 , AAQ55854 位置 835 , AAR84614 位置 835 , AAQ00999 位置 835 , AAP22087 位置 835 , AAP22086 位置 835 , AAP22089 位置 835 .
2004
AAU00153 位置 835 , AAV54504 位置 835 , ABG67747 位置 835 , ABG67746 位置 835 , BAD34491 位置 835 , BAD34490 位置 835 , BAD34489 位置 835 , BAD34488 位置 835 , ABV82765 位置 835 , AAW56064 位置 835 , AAW56066 位置 835 , AAW56065 位置 835 , AAW28871 位置 835 , AAT92099 位置 835 , AAT92098 位置 835 , AAV52690 位置 835 , AAV52689 位置 835 , AAV52688 位置 835 , AAV52687 位置 835 , AAV68177 位置 835 , AAX09982 位置 835 .
2005
YP 001527877 位置 835 , ABB01533 位置 835 , ABA62343 位置 835 , AAY55949 位置 835 , AAZ32750 位置 835 , AAZ32749 位置 835 , AAZ32748 位置 835 , AAZ32747 位置 835 , AAZ32746 位置 835 , AAZ32745 位置 835 , AAZ32744 位置 835 , AAZ32743 位置 835 , AAZ32742 位置 835 , AAZ32741 位置 835 , AAZ32740 位置 835 , AAZ32739 位置 835 , AAZ32738 位置 835 , AAZ32737 位置 835 , AAZ32736 位置 835 , AAZ32735 位置 835 , AAZ32734 位置 835 , AAZ32733 位置 835 , AAZ32732 位置 835 , AAZ32731 位置 835 , AAZ32730 位置 835 , AAZ32729 位置 835 , ABA54595 位置 835 , ABA54594 位置 835 , ABA54593 位置 835 , ABA54592 位置 835 , ABA54591 位置 835 , ABA54590 位置 835 , ABA54589 位置 835 , ABA54588 位置 835 , ABA54587 位置 835 , ABA54586 位置 835 , ABA54585 位置 835 , ABA54584 位置 835 , ABA54583 位置 835 , ABA54582 位置 835 , ABA54581 位置 835 , ABA54580 位置 835 , ABA54579 位置 835 , ABA54578 位置 835 , ABA54577 位置 835 , ABA54576 位置 835 , ABA54575 位置 835 , AAY54162 位置 835 .
2006
CAL49454 位置 835 , ABI97486 位置 835 , ABG81344 位置 835 , ABG81343 位置 835 , ABG81342 位置 835 , ABG81341 位置 835 , ABG81340 位置 835 , ABG76816 位置 835 , ABG76815 位置 835 , ABG76814 位置 835 , ABG76813 位置 835 , ABG76812 位置 835 , ABG76811 位置 835 , ABG76810 位置 835 , ABG76809 位置 835 , ABG76808 位置 835 , ABG76807 位置 835 , ABG76806 位置 835 , ABG76805 位置 835 , ABG76804 位置 835 , ABG76803 位置 835 , ABG76802 位置 835 , ABG76801 位置 835 , ABG76800 位置 835 , ABG76799 位置 835 , ABG76798 位置 835 , ABG76797 位置 835 , ABG76796 位置 835 , ABG76795 位置 835 , ABD19642 位置 835 , ABD19641 位置 835 , ABD19640 位置 835 , ABD19513 位置 835 , ABD19512 位置 835 , ABD19511 位置 835 , ABD19510 位置 835 , ABD85083 位置 835 , ABD85082 位置 835 , ABD85081 位置 835 , ABD85080 位置 835 , ABD85078 位置 835 , ABD85077 位置 835 , ABD85076 位置 835 , ABD85075 位置 835 , ABD85074 位置 835 , ABD85073 位置 835 , ABD85072 位置 835 , ABD85070 位置 835 , ABD85069 位置 835 , ABD85068 位置 835 , ABD85067 位置 835 , ABD85066 位置 835 , ABD85065 位置 835 , ABD85064 位置 835 , ABD67762 位置 835 , ABD67761 位置 835 , ABD67760 位置 835 , ABD67759 位置 835 , ABD67758 位置 835 , ABD67757 位置 835 , ABD67756 位置 835 .
2007
ABV22897 位置 835 , ABU54838 位置 835 , ABU52997 位置 835 , ABQ52692 位置 835 , CAM91200 位置 835 , ABR10608 位置 377 .
【０１７３】
年単位での配列の履歴
ＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫ（配列番号２００）
年単位での配列の全ての出現：１９８２
ABC49717 position 575 .
1985
P06935 位置 571 , AAA48498 位置 571 .
1988
P14335 位置 575 , BAA00176 位置 575 .
1989
ABR19636 位置 575 .
1993
NP 776014 位置 281 , NP 041724 位置 571 .
1998
AAD28624 位置 550 .
1999
AAD31720 位置 285 , AAF20205 位置 575 , AAF26360 位置 575 , AAD28623 位置 550 , AAF20092 位置 575 , AAG02040 位置 575 , AAF18443 位置 575 .
2000
ABR19638 位置 575 , AAK06624 位置 575 , AAG02039 位置 575 , AAG02038 位置 575 .
2001
AAM70028 位置 285 , AAL14222 位置 285 , AAL14221 位置 285 , AAL14220 位置 285 , AAL14219 位置 285 , AAL14218 位置 285 , AAL14217 位置 285 , AAL14216 位置 285 , AAL14215 位置 285 , AAK58104 位置 285 , AAK58103 位置 285 , AAK58102 位置 285 , AAK58101 位置 285 , AAK58100 位置 285 , AAK58099 位置 285 , AAK58098 位置 285 , AAK58097 位置 285 , AAK58096 位置 285 , AAK52303 位置 285 , AAK52302 位置 285 , AAK52301 位置 285 , AAK52300 位置 285 , AAK62766 位置 285 , AAK62765 位置 285 , AAK62764 位置 285 , AAK62763 位置 285 , AAK62762 位置 285 , AAK62761 位置 285 , AAK62760 位置 285 , AAK62759 位置 285 , AAK62758 位置 285 , AAK62757 位置 285 , AAK62756 位置 285 , AAK91592 位置 176 , ABR19637 位置 575 , AAM81753 位置 575 , AAM81752 位置 575 , AAM81751 位置 575 , AAM81750 位置 575 , AAM81749 位置 575 , AAM21944 位置 198 , AAM21941 位置 264 .
2002
AAO26579 位置 285 , AAO26578 位置 285 , AAN85090 位置 575 , AAO73303 位置 452 , AAO73302 位置 452 , AAO73301 位置 452 , AAO73300 位置 452 , AAO73299 位置 452 , AAO73298 位置 452 , AAO73297 位置 452 , AAO73296 位置 452 , AAO73295 位置 452 , AAL87234 位置 575 , CAD60131 位置 575 .
2003
AAP20887 位置 575 , AAR10793 位置 128 , AAR10784 位置 128 , AAR17575 位置 285 , AAR17574 位置 285 , AAR17573 位置 285 , AAR17572 位置 285 , AAR17571 位置 285 , AAR17570 位置 285 , AAR17569 位置 285 , AAR17568 位置 285 , AAR17567 位置 285 , AAR17566 位置 285 , AAR17565 位置 285 , AAR17564 位置 285 , AAR17563 位置 285 , AAR17562 位置 285 , AAR17561 位置 285 , AAR17560 位置 285 , AAR17559 位置 285 , AAR17558 位置 285 , AAR17557 位置 285 , AAR17556 位置 285 , AAR17555 位置 285 , AAR17554 位置 285 , AAR17553 位置 285 , AAR17552 位置 285 , AAR17551 位置 285 , AAR17550 位置 285 , AAR17549 位置 285 , AAR17548 位置 285 , AAR17547 位置 285 , AAR17546 位置 285 , AAR17545 位置 285 , AAR17544 位置 285 , AAR17543 位置 285 , AAR17542 位置 285 , AAQ87608 位置 194 , AAQ87607 位置 194 , AAQ87606 位置 58 , AAR10804 位置 128 , AAR10803 位置 128 , AAR10802 位置 128 , AAR10801 位置 128 , AAR10800 位置 128 , AAR10799 位置 128 , AAR10798 位置 128 , AAR10797 位置 128 , AAR10796 位置 128 , AAR10795 位置 128 , AAR10794 位置 128 , AAR10792 位置 128 , AAR10791 位置 128 , AAR10790 位置 128 , AAR10789 位置 128 , AAR10788 位置 128 , AAR10787 位置 128 , AAR10786 位置 128 , AAR10785 位置 128 , AAR10783 位置 128 , AAR10782 位置 128 , AAR10781 位置 128 , AAR10780 位置 128 , AAX99361 位置 575 , AAR84198 位置 452 , AAQ55854 位置 575 , AAR14153 位置 452 , AAR84614 位置 575 , AAR06948 位置 452 , AAR06947 位置 452 , AAR06946 位置 452 , AAR06945 位置 452 , AAR06944 位置 452 , AAR06943 位置 452 , AAR06942 位置 452 , AAR06941 位置 452 , AAR06940 位置 452 , AAR06939 位置 452 , AAR06938 位置 452 , AAR06937 位置 452 , AAR06936 位置 452 , AAR06935 位置 452 , AAR06934 位置 452 , AAR06933 位置 452 , AAR06932 位置 452 , AAR06931 位置 452 , AAQ00999 位置 575 , AAQ00998 位置 575 , AAP22087 位置 575 , AAP22086 位置 575 , AAP22089 位置 575 , AAP22088 位置 572 .
2004
AAT11553 位置 285 , AAT11552 位置 285 , AAT11551 位置 285 , AAT11550 位置 285 , AAT11549 位置 285 , AAT11548 位置 285 , AAT11547 位置 285 , AAT11546 位置 285 , AAT11545 位置 285 , AAT11544 位置 285 , AAT11543 位置 285 , AAT11542 位置 285 , AAT11541 位置 285 , AAT11540 位置 285 , AAT11539 位置 285 , AAT11538 位置 285 , AAT11537 位置 285 , AAT11536 位置 285 , AAT11535 位置 285 , AAT11534 位置 285 , AAS75296 位置 128 , AAS75295 位置 128 , AAS75294 位置 128 , AAS75293 位置 128 , AAS75292 位置 128 , AAS75291 位置 128 , AAT95390 位置 575 , AAU00153 位置 575 , AAV54504 位置 575 , AAT02759 位置 571 , ABG67747 位置 575 , ABG67746 位置 575 , BAD34491 位置 575 , BAD34490 位置 575 , BAD34489 位置 575 , BAD34488 位置 575 , ABV82765 位置 575 , AAZ91684 位置 575 , AAW56064 位置 575 , AAW56066 位置 575 , AAW56065 位置 575 , AAW28871 位置 575 , AAT92099 位置 575 , AAT92098 位置 575 , AAV52690 位置 575 , AAV52689 位置 575 , AAV52688 位置 575 , AAV52687 位置 575 , AAV68177 位置 575 , AAX09982 位置 575 .
2005
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2006
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位置 275 , ABI81238 位置 275 , ABI81237 位置 275 , ABI81236 位置 275 , ABI81235 位置 275 , ABI81234 位置 275 , ABI81233 位置 275 , ABI81232 位置 275 , ABI81231 位置 275 , ABI81230 位置 275 , ABI81229 位置 275 , ABI81228 位置 275 , ABJ90133 位置 309 , ABJ90132 位置 309 , ABJ90131 位置 309 , ABJ90130 位置 309 , ABJ90129 位置 309 , ABJ90128 位置 309 , ABJ90127 位置 309 , ABJ90126 位置 309 , ABJ90125 位置 309 , ABJ90124 位置 309 , ABJ90123 位置 309 , ABJ90122 位置 309 , ABJ90121 位置 309 , ABJ90120 位置 309 , ABJ90119 位置 309 , ABJ90118 位置 309 , ABJ90117 位置 309 , ABJ90116 位置 309 , ABJ90115 位置 309 , ABJ90114 位置 309 , ABJ90113 位置 309 , ABJ90112 位置 309 , ABJ90111 位置 309 , ABJ90110 位置 309 , ABJ90109 位置 309 , ABJ90108 位置 309 , ABJ90107 位置 309 , ABJ90106 位置 309 , ABJ90105 位置 309 , ABJ90104 位置 309 , ABJ90103 位置 309 , ABJ90102 位置 309 , ABJ90101 位置 309 , ABJ90100 位置 309 , ABJ90099 位置 309 , ABJ90098 位置 309 , ABJ90097 位置 309 , ABJ90096 位置 309 , ABJ90095 位置 309 , ABJ90094 位置 309 , ABJ90093 位置 309 , ABJ90092 位置 309 , ABJ90091 位置 309 , ABJ90090 位置 309 , ABJ90088 位置 309 , ABJ90087 位置 309 , ABJ90086 位置 309 , ABJ90085 位置 309 , ABJ90084 位置 309 , ABJ90083 位置 309 , ABJ90082 位置 309 , ABJ90081 位置 309 , ABJ90080 位置 309 , ABJ90079 位置 309 , ABJ90078 位置 309 , ABJ90077 位置 309 , ABJ90076 位置 309 , ABJ90075 位置 309 , ABJ90074 位置 309 , ABJ90073 位置 309 , ABJ90072 位置 309 , ABJ90071 位置 309 , ABJ90070 位置 309 , ABJ90069 位置 309 , ABJ90068 位置 309 , ABJ90067 位置 309 , ABJ90066 位置 309 , CAL49454 位置 575 , ABI97486 位置 575 , ABG36517 位置 452 , ABG81344 位置 575 , ABG81343 位置 575 , ABG81342 位置 575 , ABG81341 位置 575 , ABG81340 位置 575 , ABG76816 位置 575 , ABG76815 位置 575 , ABG76814 位置 575 , ABG76813 位置 575 , ABG76812 位置 575 , ABG76811 位置 575 , ABG76810 位置 575 , ABG76809 位置 575 , ABG76808 位置 575 , ABG76807 位置 575 , ABG76806 位置 575 , ABG76805 位置 575 , ABG76804 位置 575 , ABG76803 位置 575 , ABG76802 位置 575 , ABG76801 位置 575 , ABG76800 位置 575 , ABG76799 位置 575 , ABG76798 位置 575 , ABG76797 位置 575 , ABG76796 位置 575 , ABG76795 位置 575 , ABI26622 位置 575 , ABI26621 位置 575 , ABD19642 位置 575 , ABD19641 位置 575 , ABD19640 位置 575 , ABD19513 位置 575 , ABD19512 位置 575 , ABD19511 位置 575 , ABD19510 位置 575 , ABD85083 位置 575 , ABD85082 位置 575 , ABD85081 位置 575 , ABD85080 位置 575 , ABD85078 位置 575 , ABD85077 位置 575 , ABD85076 位置 575 , ABD85075 位置 575 , ABD85074 位置 575 , ABD85073 位置 575 , ABD85072 位置 575 , ABD85070 位置 575 , ABD85069 位置 575 , ABD85068 位置 575 , ABD85067 位置 575 , ABD85066 位置 575 , ABD85065 位置 575 , ABD85064 位置 575 , ABD67762 位置 575 , ABD67761 位置 575 , ABD67760 位置 575 , ABD67759 位置 575 , ABD67758 位置 575 , ABD67757 位置 575 , ABD67756 位置 575 , CAM90885 位置 285 , CAM90884 位置 285 .
2007
ABR19639 位置 575 , ABV22897 位置 575 , ABU54838 位置 575 , ABU52997 位置 575 , ABQ52692 位置 575 , ABO69610 位置 452 , ABO69609 位置 452 , ABO69608 位置 452 , ABO69607 位置 452 , ABO69606 位置 452 , ABO69605 位置 452 , ABO69604 位置 452 , ABO69603 位置 452 , ABO69602 位置 452 , ABO69601 位置 452 , ABO69600 位置 452 , ABO69599 位置 452 , ABO69598 位置 452 , ABO69597 位置 452 , ABO69596 位置 452 , ABO69595 位置 452 , ABO69594 位置 452 , ABO69593 位置 452 , ABO69592 位置 452 , ABU41789 位置 575 , CAM91200 位置 575 .
2008
ABZ10682 位置 285 , ABZ10681 位置 285 , ABZ10680 位置 285 , ABZ10679 位置 285 , ABZ10678 位置 285 
【０１７４】
年単位での配列の履歴
ＫＬＴＳＧＨＬＫ（配列番号２０１）
年単位での配列の全ての出現
1982
ABC49717 位置 570 .
1985
P06935 位置 566 , AAA48498 位置 566 .
1988
P14335 位置 570 , BAA00176 位置 570 .
1989
ABR19636 位置 570 .
1993
NP 776014 位置 276 , NP 041724 位置 566 .
1998
AAD28624 位置 545 , AAW81711 位置 570 .
1999
AAD31720 位置 280 , AAF20205 位置 570 , AAF26360 位置 570 , AAD28623 位置 545 , AAF20092 位置 570 , AAG02040 位置 570 , AAF18443 位置 570 .
2000
ABR19638 位置 570 , AAK06624 位置 570 , AAG02039 位置 570 , AAG02038 位置 570 .
2001
AAM70028 位置 280 , AAL14222 位置 280 , AAL14221 位置 280 , AAL14220 位置 280 , AAL14219 位置 280 , AAL14218 位置 280 , AAL14217 位置 280 , AAL14216 位置 280 , AAL14215 位置 280 , AAK58104 位置 280 , AAK58103 位置 280 , AAK58102 位置 280 , AAK58101 位置 280 , AAK58100 位置 280 , AAK58099 位置 280 , AAK58098 位置 280 , AAK58097 位置 280 , AAK58096 位置 280 , AAK52303 位置 280 , AAK52302 位置 280 , AAK52301 位置 280 , AAK52300 位置 280 , AAK62766 位置 280 , AAK62765 位置 280 , AAK62764 位置 280 , AAK62763 位置 280 , AAK62762 位置 280 , AAK62761 位置 280 , AAK62760 位置 280 , AAK62759 位置 280 , AAK62758 位置 280 , AAK62757 位置 280 , AAK62756 位置 280 , AAK91592 位置 171 , ABR19637 位置 570 , AAM81753 位置 570 , AAM81752 位置 570 , AAM81751 位置 570 , AAM81750 位置 570 , AAM81749 位置 570 , AAM21944 位置 193 , AAM21941 位置 259 .
2002
AAO26579 位置 280 , AAO26578 位置 280 , AAN77484 位置 129 , AAN85090 位置 570 , AAO73303 位置 447 , AAO73302 位置 447 , AAO73301 位置 447 , AAO73300 位置 447 , AAO73299 位置 447 , AAO73298 位置 447 , AAO73297 位置 447 , AAO73296 位置 447 , AAO73295 位置 447 , AAL87234 位置 570 , CAD60131 位置 570 .
2003
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2004
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2005
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2006
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ABI81294 位置 270 , ABI81293 位置 270 , ABI81292 位置 270 , ABI81291 位置 270 , ABI81290 位置 270 , ABI81289 位置 270 , ABI81288 位置 270 , ABI81287 位置 270 , ABI81286 位置 270 , ABI81285 位置 270 , ABI81284 位置 270 , ABI81283 位置 270 , ABI81282 位置 270 , ABI81281 位置 270 , ABI81280 位置 270 , ABI81279 位置 270 , ABI81278 位置 270 , ABI81277 位置 270 , ABI81276 位置 270 , ABI81275 位置 270 , ABI81274 位置 270 , ABI81273 位置 270 , ABI81272 位置 270 , ABI81271 位置 270 , ABI81270 位置 270 , ABI81269 位置 270 , ABI81268 位置 270 , ABI81267 位置 270 , ABI81266 位置 270 , ABI81265 位置 270 , ABI81264 位置 270 , ABI81263 位置 270 , ABI81262 位置 270 , ABI81261 位置 270 , ABI81260 位置 270 , ABI81259 位置 270 , ABI81258 位置 270 , ABI81257 位置 270 , ABI81256 位置 270 , ABI81255 位置 270 , ABI81254 位置 270 , ABI81253 位置 270 , ABI81252 位置 270 , ABI81251 位置 270 , ABI81250 位置 270 , ABI81249 位置 270 , ABI81248 位置 270 , ABI81247 位置 270 , ABI81246 位置 270 , ABI81245 位置 270 , ABI81244 位置 270 , ABI81243 位置 270 , ABI81242 位置 270 , ABI81241 位置 270 , ABI81240 位置 270 , ABI81239 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2007
ABR19639 位置 570 , ABV22897 位置 570 , ABU54838 位置 570 , ABU52997 位置 570 , ABQ52692 位置 570 , ABO69610 位置 447 , ABO69609 位置 447 , ABO69608 位置 447 , ABO69607 位置 447 , ABO69606 位置 447 , ABO69605 位置 447 , ABO69604 位置 447 , ABO69603 位置 447 , ABO69602 位置 447 , ABO69601 位置 447 , ABO69600 位置 447 , ABO69599 位置 447 , ABO69598 位置 447 , ABO69597 位置 447 , ABO69596 位置 447 , ABO69595 位置 447 , ABO69594 位置 447 , ABO69593 位置 447 , ABO69592 位置 447 , ABU41789 位置 570 , CAM91200 位置 570 .
2008
ABZ10682 位置 280 , ABZ10681 位置 280 , ABZ10680 位置 280 , ABZ10679 位置 280 , ABZ10678 位置 280 .
「より最近の当来」１９９８年に出現したＷＮＶレプリキン
【０１７５】
年単位での配列の履歴
ＨＮＤＫＲＡＤＰＡＦＶＣＫ（配列番号２０２）
年単位での配列の全ての出現
1998
AAD28624 位置 346 .
2000
AAG02039 位置 371 .
2001
AAL87748 位置 346 , AAL87746 位置 346 .
2003
AAR84614 位置 371 .
【０１７６】
４７５７６４−ｓｅｑｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔと命名されたファイルとして保全され、２００８年４月２３日に作成され、合計８７０００バイトの配列表を参照により本明細書に、その全体を引用する。
【図１】
0005675348.tif 000021
【図２】
0005675348.tif 000022
【図３】
0005675348.tif 000023
【図４】
0005675348.tif 000024
【図５】
0005675348.tif 000025
【図６】
0005675348.tif 000026
【図７】
0005675348.tif 000027
【図８】
0005675348.tif 000028
【図９】
0005675348.tif 000029
【図１０】
0005675348.tif 000030
【図１１】
0005675348.tif 000031
【図１２】
0005675348.tif 000032
【配列表】
0005675348000001.app