(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験ゲノムＤＮＡにおける、４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型に基づいてイネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種を鑑定する、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の鑑定法であって、
ＲＭ１２９２７を、朝日、こがねもち、又は山田錦の鑑定に使用すること、
ＲＭ１４１３７を、ヒヨクモチ、又は五百万石の鑑定に使用すること、
ＲＭ１６６０４を、ヒヨクモチ、又はわたぼうしの鑑定に使用すること、
ＲＭ１７０３９を、朝日の鑑定に使用すること、
ＲＭ１８２０４を、彩のかがやきの鑑定に使用すること、
ＲＭ２２１９４を、こいしぶきの鑑定に使用すること、
ＲＭ２３０３６を、はくちょうもち、又は美山錦の鑑定に使用すること、
ＲＭ２４４８１を、ヒヨクモチの鑑定に使用すること、
ＲＭ２５０３６を、まっしぐら、又はハナエチゼンの鑑定に使用すること、
ＲＭ２６９５７を、秋の詩、又はヒメノモチの鑑定に使用すること、および/または
ＲＭ２８１７４を、ななつぼし、又はあきまさりの鑑定に使用すること、
を特徴とする、鑑定法。
【請求項２】
以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せである、イネにおける４塩基反復のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対を用いる、請求項１記載の鑑定法：
３ａ）配列番号３に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
３ｂ）配列番号３に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
４ａ）配列番号４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
４ｂ）配列番号４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
７ａ）配列番号７に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
７ｂ）配列番号７に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
８ａ）配列番号８に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
８ｂ）配列番号８に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
９ａ）配列番号９に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号９に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
９ｂ）配列番号９に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号９に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１５ａ）配列番号１５に示される塩基配列における１〜４７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１５ｂ）配列番号１５に示される塩基配列における１〜４７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１６ａ）配列番号１６に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１６ｂ）配列番号１６に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１８ａ）配列番号１８に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１８ｂ）配列番号１８に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１９ａ）配列番号１９に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１９ｂ）配列番号１９に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２２ａ）配列番号２２に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２２ｂ）配列番号２２に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２４ａ）配列番号２４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２４ｂ）配列番号２４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ、
であり、
ここで、前記少なくとも一部の塩基配列が、１５個以上のヌクレオチド残基からなり、
前記その均等な塩基配列が、１５個以上のヌクレオチド残基からなり、かつイネの品種間における塩基配列のバリエーションに対応する。
【請求項３】
以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せを２以上含み、かつ当該２以上の組合せのうちの少なくとも１つが請求項２記載のプライマーの組合せを含むプライマー対のセットを用いる、請求項２記載の鑑定法：
１）下記の１ａ）および１ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１ａ）配列番号１に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１ｂ）配列番号１に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２）下記の２ａ）および２ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２ａ）配列番号２に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２ｂ）配列番号２に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
３）請求項２記載の３ａ）および３ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
４）請求項２記載の４ａ）および４ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
５）下記の５ａ）および５ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
５ａ）配列番号５に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
５ｂ）配列番号５に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
６）下記の６ａ）および６ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
６ａ）配列番号６に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
６ｂ）配列番号６に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
７）請求項２記載の７ａ）および７ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
８）請求項２記載の８ａ）および８ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
９）請求項２記載の９ａ）および９ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１０）下記の１０ａ）および１０ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１０ａ）配列番号１０に示される塩基配列における１〜４５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０に示される塩基配列における５４５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１０ｂ）配列番号１０に示される塩基配列における１〜４５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０に示される塩基配列における５４５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１１）下記の１１ａ）および１１ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１１ａ）配列番号１１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１１ｂ）配列番号１１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１２）下記の１２ａ）および１２ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１２ａ）配列番号１２に示される塩基配列における１〜４７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１２ｂ）配列番号１２に示される塩基配列における１〜４７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１３）下記の１３ａ）および１３ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１３ａ）配列番号１３に示される塩基配列における１〜４５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１３ｂ）配列番号１３に示される塩基配列における１〜４５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１４）下記の１４ａ）および１４ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１４ａ）配列番号１４に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１４ｂ）配列番号１４に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１５）請求項２記載の１５ａ）および１５ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１６）請求項２記載の１６ａ）および１６ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１７）下記の１７ａ）および１７ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１７ａ）配列番号１７に示される塩基配列における１〜４６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１７ｂ）配列番号１７に示される塩基配列における１〜４６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
１８）請求項２記載の１８ａ）および１８ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１９）請求項２記載の１９ａ）および１９ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２０）下記の２０ａ）および２０ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２０ａ）配列番号２０に示される塩基配列における１〜４８２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０に示される塩基配列における５１９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２０ｂ）配列番号２０に示される塩基配列における１〜４８２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０に示される塩基配列における５１９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２１）下記の２１ａ）および２１ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２１ａ）配列番号２１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２１ｂ）配列番号２１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２２）請求項２記載の２２ａ）および２２ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２３）下記の２３ａ）および２３ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２３ａ）配列番号２３に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２３ｂ）配列番号２３に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
２４）請求項２記載の２４ａ）および２４ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ、
であり、
ここで、前記少なくとも一部の塩基配列が、１５個以上のヌクレオチド残基からなり、
前記その均等な塩基配列が、１５個以上のヌクレオチド残基からなり、かつイネの品種間における塩基配列のバリエーションに対応する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、イネまたはそれに由来する組織（例、米）、あるいはそれらの加工品の品種鑑定法などに関する。
【背景技術】
【０００２】
ＪＡＳ法に基づき、玄米および精米には、「品種」の表示が義務づけられている。しかしながら、高値で取引されるコシヒカリを中心とした良食味品種では偽装表示が後を絶たず、偽装表示を明らかとするための分析法として、また抑止力として、品種固有のＤＮＡを用いた品種識別技術の開発が進められてきた。その結果、主要品種の識別が可能となり、また抑止力としても一定の効果を発揮しているが、従来技術はあくまでイネの品種「識別」法であり、証拠能力を担保した鑑定法とするためには、ヒトのＤＮＡ鑑定レベルへの精度向上が必要である。
【０００３】
これまでに開発された米の品種識別法は、利用する技術背景によってＲＡＰＤ−ＳＴＳ法（特許文献１、２）、ＳＮＰ法（特許文献３、４）、ＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅｐｅａｔｓ）法（特許文献５〜７）の３つに大きく分けられる。ＲＡＰＤ−ＳＴＳ法は、ランダムプライマーによる分析を元に開発された手法で、ＤＮＡ増幅の有無を検出する。ＳＮＰ法は、ゲノム中の一塩基置換を検出する。ＳＳＲ法は、ゲノム中の２〜４塩基単位の反復配列の反復数（配列長）を検出する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特開２００１−０９５５８９
【特許文献２】特開２００５−０７３６５５
【特許文献３】特開２００４−２４８６３５
【特許文献４】特開２００９−２１９４９８
【特許文献５】特開平１０−０５７０７３
【特許文献６】特開２００４−０６５２５１
【特許文献７】特開２００７−０３７４６８
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、ＲＡＰＤ−ＳＴＳ法およびＳＮＰ法では、基本的に１マーカーによる分析によって２種類の多型しか得られず（情報量が少なく）、近縁種が多い稲ではその識別に多数のマーカーによる分析を必要とする。
【０００６】
一方、ＳＳＲ法では、１マーカーの分析により数種〜十数種の多型が得られる（情報量が多い）ため、効率的な識別が可能である。しかしながら、従来開発されたＳＳＲ法では、主に２塩基反復のＳＳＲを利用しているため、ＰＣＲの特性上検出されるスタッター産物により判定が困難となる場合があった。なお、ヒトのＤＮＡ鑑定においては、スタッター産物が少ない４塩基反復のＳＳＲしか用いられていない。
【０００７】
したがって、本発明の目的は、イネにおいて、識別性の高い４塩基反復のＳＳＲ領域を利用した品種鑑定法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明者らは、鋭意検討した結果、イネにおいて、識別性の高い４塩基反復のＳＳＲ領域を同定することに成功した。また、かかるＳＳＲ領域を同定することにより、当該ＳＳＲ領域を検出するためのイネのＤＮＡマーカー及びそのマーカーを利用した品種鑑定法を開発することに成功し、本願発明を完成するに至った。
【０００９】
すなわち、本発明は、４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型に基づいてイネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種を鑑定する、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の鑑定法、ならびにイネにおける４塩基反復のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対、およびプライマーの組合せを２以上含む、プライマー対のセットを提供する。
【発明の効果】
【００１０】
ＳＳＲ法は、従来のＲＡＰＤ−ＳＴＳ法およびＳＮＰ法に比べ情報量が多いため、より効率的に、かつより広範な品種の識別が可能である。また、従来の２塩基反復ではなく４塩基反復のＳＳＲを用いることで、ヒトのＤＮＡ鑑定と同一の高い精度が得られる（図１）。したがって、本発明の鑑定法は、イネまたはそれに由来する組織（例、米）、あるいはそれらの加工品の鑑定能力に優れている。また、本発明の鑑定法では、効率的な品種鑑定のために、イネの品種間で遺伝的多型性に富む４塩基反復のＳＳＲ領域のみを使用してもよく、特異的な品種鑑定のために、イネの特定の品種に特異的な（稀な）遺伝的多型性を示す（すなわち、特定の品種についての識別性の高い）４塩基反復のＳＳＲ領域のみを使用してもよい。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】図１は、２塩基反復（２−ｂｐ  ｒｅｐｅａｔ）と４塩基反復（４−ｂｐ  ｒｅｐｅａｔ）のＳＳＲ領域の遺伝子型の分析例を示す図である。２塩基反復では、本来のピークの前後に複数のピークが検出され、複数品種が混在した場合などにピークの識別が困難となる場合がある。４塩基反復では、ほぼ単一のピークとなるため、識別性が高い。
【図２】図２は、本発明による、８つのＳＳＲ領域（ＲＭ１００００、ＲＭ１１４９９、ＲＭ１２９２７、ＲＭ１４１３７、ＲＭ１５０４３、ＲＭ１５７６４、ＲＭ１６６０４、ＲＭ１７０３９）の遺伝子型の分析例を示す図である。それぞれのピークの数値を検出し、それを基準となる品種と比較することで品種の特定が行われる。日本晴：左から順に（１）ＲＭ１７０３９；（２）ＲＭ１４１３７；（３）ＲＭ１５０４３；（４）ＲＭ１００００；（５）ＲＭ１６６０４；、（６）ＲＭ１５７６４；（７）ＲＭ１２９２７；（８）ＲＭ１１４９９。コシヒカリ：左から順に（１’）ＲＭ１７０３９；（２’）ＲＭ１４１３７；（３’）ＲＭ１５０４３；（４’）ＲＭ１００００；（５’）ＲＭ１６６０４；、（６’）ＲＭ１５７６４；（７’）ＲＭ１２９２７；（８’）ＲＭ１１４９９。ひとめぼれ：左から順に（１’’）ＲＭ１７０３９；（２’’）ＲＭ１４１３７；（３’’）ＲＭ１５０４３；（４’’）ＲＭ１００００；（５’’）ＲＭ１５７６４；、（６’’）ＲＭ１６６０４；（７’’）ＲＭ１２９２７；（８’’）ＲＭ１１４９９。なお、コシヒカリ、ひとめぼれの（１’）および（２’）のピーク、（１’’）および（２’’）のピークは見かけ上重なっているが、異なる蛍光色を発する蛍光物質による標識を利用することで、実際には識別可能である。
【図３】図３は、ＲＭ１００００のＳＳＲ領域周辺（第１染色体：２１８４５〜２２８４４）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔａｔｃ」×１５）を示す。下線を付記した部分は、実施例で用いられたプライマーの位置を示す（図４〜２６も同様）。なお、染色体上の位置は、ＭＳＵ  Ｒｉｃｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ６．１（ｈｔｔｐ：／／ｒｉｃｅ．ｐｌａｎｔｂｉｏｌｏｇｙ．ｍｓｕ．ｅｄｕ／ｉｎｄｅｘ．ｓｈｔｍｌ）に従っている（図４〜２６も同様）。
【図４】図４は、ＲＭ１１４９９のＳＳＲ領域周辺（第１染色体：２７７５２８３１〜２７７５３８３０）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｇ」×１３）を示す。
【図５】図５は、ＲＭ１２９２７のＳＳＲ領域周辺（第２染色体：９６０９３９９〜９６１０３９８）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｃ」×２３）を示す。
【図６】図６は、ＲＭ１４１３７のＳＳＲ領域周辺（第２染色体：３４２９３４７６〜３４２９４４７５）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｇ」×１５）を示す。
【図７】図７は、ＲＭ１５０４３のＳＳＲ領域周辺（第３染色体：１４６９８３５０〜１４６９９３４９）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔｃｔａ」×１４）を示す。
【図８】図８は、ＲＭ１５７６４のＳＳＲ領域周辺（第３染色体：２８３８２１４５〜２８３８３１４４）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｇ」×１２）を示す。
【図９】図９は、ＲＭ１６６０４のＳＳＲ領域周辺（第４染色体：１１４６１８４７〜１１４６２８４６）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｇ」×１４）を示す。
【図１０】図１０は、ＲＭ１７０３９のＳＳＲ領域周辺（第４染色体：２１７９８４７７〜２１７９９４７６）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｃ」×１２）を示す。
【図１１】図１１は、ＲＭ１８２０４のＳＳＲ領域周辺（第５染色体：９４７９１２３〜９４８０１２２）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｃ」×１５）を示す。
【図１２】図１２は、ＲＭ１８９５０のＳＳＲ領域周辺（第５染色体：２４９５３０９０〜２４９５４０８９）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔｔａｔ」×２２）を示す。
【図１３】図１３は、ＲＭ１９２３２のＳＳＲ領域周辺（第６染色体：２１５８８０〜２１６８７９）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｃ」×１２）を示す。
【図１４】図１４は、ＲＭ２００９２のＳＳＲ領域周辺（第６染色体：１７２９６１５２〜１７２９７１５１）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｇａｔ」×１４）を示す。
【図１５】図１５は、ＲＭ２１３６７のＳＳＲ領域周辺（第７染色体：１０２７５８７１〜１０２７６８７０）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔｇｔ」×２０）を示す。
【図１６】図１６は、ＲＭ２１８５９のＳＳＲ領域周辺（第７染色体：２３２２８１８５〜２３２２９１８４）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔａｔｃ」×１８）を示す。
【図１７】図１７は、ＲＭ２２１９４のＳＳＲ領域周辺（第８染色体：９４３７２〜９５３７１）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｃａｔａ」×１３）を示す。
【図１８】図１８は、ＲＭ２３０３６のＳＳＲ領域周辺（第８染色体：１８７６０４４２〜１８７６１４４１）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｇａｔ」×１５）を示す。
【図１９】図１９は、ＲＭ２３７７８のＳＳＲ領域周辺（第９染色体：３９６５６９６〜３９６６６９５）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａａ」×２０）を示す。
【図２０】図２０は、ＲＭ２４４８１のＳＳＲ領域周辺（第９染色体：１７２６３４３２〜１７２６４４３１）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔｃｔ」×２３）を示す。
【図２１】図２１は、ＲＭ２５０３６のＳＳＲ領域周辺（第１０染色体：３８０４６１９〜３８０５６１８）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔａｔｇ」×１８）を示す。
【図２２】図２２は、ＲＭ２５４１６のＳＳＲ領域周辺（第１０染色体：１４５７２９６３〜１４５７３９６２）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔｃｔ」×９）を示す。
【図２３】図２３は、ＲＭ２６２４５のＳＳＲ領域周辺（第１１染色体：５５９０５７２〜５５９１５７１）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔｃｔ」×１２）を示す。
【図２４】図２４は、ＲＭ２６９５７のＳＳＲ領域周辺（第１１染色体：２１２３５６１４〜２１２３６６１３）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ａｔａｇ」×１４）を示す。
【図２５】図２５は、ＲＭ２７６９５のＳＳＲ領域周辺（第１２染色体：４８２８３８８〜４８２９３８７）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔｇｔａ」×１３）を示す。
【図２６】図２６は、ＲＭ２８１７４のＳＳＲ領域周辺（第１２染色体：１７６５７６０７〜１７６５８６０６）の塩基配列を示す図である。ボックス部分は、ＳＳＲ領域（日本晴：「ｔａｔｇ」×１５）を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本発明は、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品（以下、必要に応じて、「イネ等」と省略する）の品種の鑑定法を提供する。
【００１３】
一実施形態では、本発明は、イネの品種の鑑定法に関する。本発明において、「イネ」とは、成長した植物体および未熟な植物体（例、苗）のみならず、枯れた植物体である稲わらをも意味するものとする。イネの品種としては、例えば、コシヒカリ、ひとめぼれ、あきたこまち、ヒノヒカリ、はえぬき、ななつぼし、きらら３９７、つがるロマン、まっしぐら、キヌヒカリ、こしいぶき、あさひの夢、ほしのゆめ、夢つくし、ハナエチゼン、ちば２８号（ふさこがね）、ふさおとめ、ササニシキ、めんこいな、あいちのかおりＳＢＬ（あいちのかおり）、日本晴、アケボノ、夢しずく、彩のかがやき、ゆめみづほ、ミルキークイーン、てんたかく、おぼろづき、ふっくりんこ、森のくまさん、まなむすめ、ハツシモ岐阜ＳＬ（ハツシモ）、きぬむすめ、ゆめぴりか、チヨニシキ、秋の詩、あきまさり、なすひかり、朝日、ヒヨクモチ、ヒメノモチ、こがねもち、はくちょうもち、わたぼうし、風の子もち、山田錦、五百万石、美山錦が挙げられる。なお、これらの品種の他にも、４塩基反復のＳＳＲ領域を用いることにより、鑑定可能なイネの品種が数多く存在し得る。
【００１４】
別の実施形態では、本発明は、イネに由来する組織の品種の鑑定法に関する。本発明において、「イネに由来する組織」とは、イネの植物体の一部を意味するものとし、例えば、茎、葉、根部、米（即ち、イネ種子）が挙げられる。米は、玄米または精米のいずれであってもよい。米としてはまた、うるち米、もち米、醸造用米が挙げられる。うるち米、もち米、醸造用米の品種は、表６の記載より明らかである。
【００１５】
さらに別の実施形態では、本発明は、イネまたはそれに由来する組織の加工品の品種の鑑定法に関する。本発明において、イネまたはそれに由来する組織の「加工品」とは、イネまたはそれに由来する組織（例、米）を含む物であって、本発明により使用され得るイネＤＮＡを抽出できるものである限り特に限定されない。このような加工品としては、例えば、米の加工品（例、炊飯米、加工米飯、みそ、米菓、米穀粉、包装もち、ビーフン、玄米茶、米粉パン、米粉麺、日本酒、ビール）、稲わらの加工品（例、飼料、敷料、床敷、民芸品）が挙げられる。
【００１６】
イネは、第１〜１２染色体を有する。したがって、イネ等の品種鑑定では、４塩基反復のＳＳＲ領域として、これらの染色体上に存在するものが用いられる。また、同一染色体上に存在する４塩基反復のＳＳＲ領域を品種鑑定に用いる場合には、より少ない数のＳＳＲ領域を測定対象としつつ、遺伝的連鎖の影響を回避することにより品種鑑定の精度を向上させるため、染色体上の位置が離れているＳＳＲ領域が用いられる。具体的には、このような４塩基反復のＳＳＲ領域は、ＲＭ（ｒｉｃｅ  ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ）番号により特定できる。例えば、このような４塩基反復のＳＳＲ領域としては、第１染色体上に存在するＲＭ１００００およびＲＭ１１４９９、第２染色体上に存在するＲＭ１２９２７およびＲＭ１４１３７、第３染色体上に存在するＲＭ１５０４３およびＲＭ１５７６４、第４染色体上に存在するＲＭ１６６０４およびＲＭ１７０３９、第５染色体上に存在するＲＭ１８２０４およびＲＭ１８９５０、第６染色体上に存在するＲＭ１９２３２およびＲＭ２００９２、第７染色体上に存在するＲＭ２１３６７およびＲＭ２１８５９、第８染色体上に存在するＲＭ２２１９４およびＲＭ２３０３６、第９染色体上に存在するＲＭ２３７７８およびＲＭ２４４８１、第１０染色体上に存在するＲＭ２５０３６およびＲＭ２５４１６、第１１染色体上に存在するＲＭ２６２４５およびＲＭ２６９５７、第１２染色体上に存在するＲＭ２７６９５およびＲＭ２８１７４が挙げられる。以下の表１〜３において、主要４８品種の遺伝子型について、４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型を示す。なお、表１〜３中のデータは、実施例１、２および表１２〜１４に基づき作成されたものであり、品種間における４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型は、これまでに報告されていない。
【００１７】
【表１】
0005749466.tif 000002
【００１８】
【表２】
0005749466.tif 000003
【００１９】
【表３】
0005749466.tif 000004
【００２０】
品種鑑定に用いられる４塩基反復のＳＳＲ領域の数は、１以上であれば特に限定されないが、例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、２２以上、２３以上、または２４以上であってもよい。
【００２１】
具体的には、イネ等の品種の鑑定法は、ＰＣＲ法等の遺伝子増幅法を用いて行うことができる。本発明はまた、このような用途に使用できる、イネにおける４塩基反復のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対を提供する。４塩基反復のＳＳＲ領域としては、例えば、上述したＲＭ番号により特定されるものが挙げられる。以下、各ＲＭ番号で特定される４塩基反復のＳＳＲ領域、および本領域を増幅するためのプライマー対について、詳述する。
【００２２】
１）ＲＭ１００００
ＲＭ１００００のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔａｔｃ」×１５）は、配列番号１に示される塩基配列（ＲＭ１００００のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７１〜５３０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１）。したがって、ＲＭ１００００のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１を参照）。
【００２３】
２）ＲＭ１１４９９
ＲＭ１１４９９のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｇ」×１３）は、配列番号２に示される塩基配列（ＲＭ１１４９９のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７５〜５２６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図２）。したがって、ＲＭ１１４９９のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号２に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号２に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図２を参照）。
【００２４】
３）ＲＭ１２９２７
ＲＭ１２９２７のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｃ」×２３）は、配列番号３に示される塩基配列（ＲＭ１２９２７のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４５５〜５４６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図３）。したがって、ＲＭ１２９２７のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号３に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号３に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図３を参照）。
【００２５】
４）ＲＭ１４１３７
ＲＭ１４１３７のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｇ」×１５）は、配列番号４に示される塩基配列（ＲＭ１４１３７のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７１〜５３０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図４）。したがって、ＲＭ１４１３７のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図４を参照）。
【００２６】
５）ＲＭ１５０４３
ＲＭ１５０４３のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔｃｔａ」×１４）は、配列番号５に示される塩基配列（ＲＭ１５０４３のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７３〜５２８番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図５）。したがって、ＲＭ１５０４３のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号５に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号５に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図５を参照）。
【００２７】
６）ＲＭ１５７６４
ＲＭ１５７６４のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｇ」×１２）は、配列番号６に示される塩基配列（ＲＭ１５７６４のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７７〜５２４番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図６）。したがって、ＲＭ１５７６４のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号６に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号６に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図６を参照）。
【００２８】
７）ＲＭ１６６０４
ＲＭ１６６０４のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｇ」×１４）は、配列番号７に示される塩基配列（ＲＭ１６６０４のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７３〜５２８番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図７）。したがって、ＲＭ１６６０４のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号７に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号７に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図７を参照）。
【００２９】
８）ＲＭ１７０３９
ＲＭ１７０３９のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｃ」×１２）は、配列番号８に示される塩基配列（ＲＭ１７０３９のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７７〜５２４番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図８）。したがって、ＲＭ１７０３９のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号８に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号８に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図８を参照）。
【００３０】
９）ＲＭ１８２０４
ＲＭ１８２０４のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｃ」×１５）は、配列番号９に示される塩基配列（ＲＭ１８２０４のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７１〜５３０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図９）。したがって、ＲＭ１８２０４のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号９に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号９に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号９に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号９に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図９を参照）。
【００３１】
１０）ＲＭ１８９５０
ＲＭ１８９５０のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔｔａｔ」×２２）は、配列番号１０に示される塩基配列（ＲＭ１８９５０のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４５７〜５４４番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１０）。したがって、ＲＭ１８９５０のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１０に示される塩基配列における１〜４５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０に示される塩基配列における５４５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１０に示される塩基配列における１〜４５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０に示される塩基配列における５４５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１０を参照）。
【００３２】
１１）ＲＭ１９２３２
ＲＭ１９２３２のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｃ」×１２）は、配列番号１１に示される塩基配列（ＲＭ１９２３２のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７７〜５２４番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１１）。したがって、ＲＭ１９２３２のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１１を参照）。
【００３３】
１２）ＲＭ２００９２
ＲＭ２００９２のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｇａｔ」×１４）は、配列番号１２に示される塩基配列（ＲＭ２００９２のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７３〜５２８番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１２）。したがって、ＲＭ２００９２のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１２に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１２に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１２を参照）。
【００３４】
１３）ＲＭ２１３６７
ＲＭ２１３６７のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔｇｔ」×２０）は、配列番号１３に示される塩基配列（ＲＭ２１３６７のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４６１〜５４０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１３）。したがって、ＲＭ２１３６７のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１３に示される塩基配列における１〜４６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１３に示される塩基配列における１〜４６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１３を参照）。
【００３５】
１４）ＲＭ２１８５９
ＲＭ２１８５９のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔａｔｃ」×１８）は、配列番号１４に示される塩基配列（ＲＭ２１８５９のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４６５〜５３６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１４）。したがって、ＲＭ２１８５９のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１４に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１４に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１４を参照）。
【００３６】
１５）ＲＭ２２１９４
ＲＭ２２１９４のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｃａｔａ」×１３）は、配列番号１５に示される塩基配列（ＲＭ２２１９４のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７５〜５２６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１５）。したがって、ＲＭ２２１９４のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１５に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１５に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１５を参照）。
【００３７】
１６）ＲＭ２３０３６
ＲＭ２３０３６のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｇａｔ」×１５）は、配列番号１６に示される塩基配列（ＲＭ２３０３６のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７１〜５３０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１６）。したがって、ＲＭ２３０３６のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１６に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１６に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１６を参照）。
【００３８】
１７）ＲＭ２３７７８
ＲＭ２３７７８のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａａ」×２０）は、配列番号１７に示される塩基配列（ＲＭ２３７７８のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４６１〜５４０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１７）。したがって、ＲＭ２３７７８のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１７に示される塩基配列における１〜４６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１７に示される塩基配列における１〜４６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７に示される塩基配列における５４１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１７を参照）。
【００３９】
１８）ＲＭ２４４８１
ＲＭ２４４８１のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔｃｔ」×２３）は、配列番号１８に示される塩基配列（ＲＭ２４４８１のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４５５〜５４６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１８）。したがって、ＲＭ２４４８１のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１８に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１８に示される塩基配列における１〜４５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８に示される塩基配列における５４７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１８を参照）。
【００４０】
１９）ＲＭ２５０３６
ＲＭ２５０３６のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔａｔｇ」×１８）は、配列番号１９に示される塩基配列（ＲＭ２５０３６のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４６５〜５３６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図１９）。したがって、ＲＭ２５０３６のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号１９に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号１９に示される塩基配列における１〜４６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９に示される塩基配列における５３７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図１９を参照）。
【００４１】
２０）ＲＭ２５４１６
ＲＭ２５４１６のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔｃｔ」×９）は、配列番号２０に示される塩基配列（ＲＭ２５４１６のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４８３〜５１８番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図２０）。したがって、ＲＭ２５４１６のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号２０に示される塩基配列における１〜４８２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０に示される塩基配列における５１９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号２０に示される塩基配列における１〜４８２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０に示される塩基配列における５１９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図２０を参照）。
【００４２】
２１）ＲＭ２６２４５
ＲＭ２６２４５のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔｃｔ」×１２）は、配列番号２１に示される塩基配列（ＲＭ２６２４５のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７７〜５２４番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図２１）。したがって、ＲＭ２６２４５のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号２１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号２１に示される塩基配列における１〜４７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１に示される塩基配列における５２５〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図２１を参照）。
【００４３】
２２）ＲＭ２６９５７
ＲＭ２６９５７のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ａｔａｇ」×１４）は、配列番号２２に示される塩基配列（ＲＭ２６９５７のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７３〜５２８番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図２２）。したがって、ＲＭ２６９５７のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号２２に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号２２に示される塩基配列における１〜４７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２に示される塩基配列における５２９〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図２２を参照）。
【００４４】
２３）ＲＭ２７６９５
ＲＭ２７６９５のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔｇｔａ」×１３）は、配列番号２３に示される塩基配列（ＲＭ２７６９５のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７５〜５２６番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図２３）。したがって、ＲＭ２７６９５のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号２３に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号２３に示される塩基配列における１〜４７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３に示される塩基配列における５２７〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図２３を参照）。
【００４５】
２４）ＲＭ２８１７４
ＲＭ２８１７４のＳＳＲ領域（例、日本晴では「ｔａｔｇ」×１５）は、配列番号２４に示される塩基配列（ＲＭ２８１７４のＳＳＲ領域周辺の塩基配列）において、４７１〜５３０番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する（図２４）。したがって、ＲＭ２８１７４のＳＳＲ領域を増幅するためのプライマー対として、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する第２のプライマーの組合せを用いることができる。このようなプライマー対としては、例えば、ａ）配列番号２４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ、ならびにｂ）配列番号２４に示される塩基配列における１〜４７０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４に示される塩基配列における５３１〜１０００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せが挙げられる（例、図２４を参照）。
【００４６】
上述した「均等な塩基配列」は、イネの品種間における塩基配列のバリエーションに対応する塩基配列であり得る。したがって、所定の塩基配列（例、配列番号Ｘに示される塩基配列においてＹ〜Ｚ番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列）に均等な塩基配列は、所定の塩基配列において数個（より好ましくは１、２または３個）の塩基の修飾（置換、欠失、挿入または付加）を含む塩基配列であり得る。このような均等な塩基配列は、当該技術分野における当業者にとって明らかであり、イネの品種の遺伝子情報を登録しているデータベースを参照することにより、あるいはイネの品種において上記ＲＭ番号で特定されるＳＳＲ領域周辺の塩基配列を解読することにより、決定できる。
【００４７】
プライマーを構成するヌクレオチド残基（標的部位にアニーリングする相補部分のヌクレオチド残基）の数は、プライマーが標的部位にアニーリングして、４塩基反復のＳＳＲ領域を含む目的産物を特異的に増幅できる限り特に限定されず、例えば、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、または２０個以上であってもよい。また、プライマーを構成するヌクレオチド残基の数は、例えば、５０個以下、４０個以下、または３０個以下であってもよい。
【００４８】
プライマーは、増幅産物の検出のため、蛍光物質で標識されていてもよい。このような蛍光物質としては、例えば、６−ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＮＥＤ、ＰＥＴが挙げられる。プライマーはまた、標的部位にアニーリングする相補部分に加えて、他の部分を含んでいてもよい。このような他の部分としては、例えば、増幅産物の末端にＡ残基を付加するための部分（例、ｇｔｔｔｃｔｔ）が挙げられる。Ａ残基を付加するためのこのような部分がない場合、増幅産物の末端にＡ残基が付加したもの、および付加しなかったものの混合物が、増幅産物として得られる場合がある。このような場合、シークエンサー等の検出器において検出されるピークが二又になることがあり、好ましくない。したがって、１つのシャープなピークを検出するためには、上記のような部分を用いることが好ましい。
【００４９】
増幅産物のサイズは、測定機器において、４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型に基づく増幅長の差異を検出できるようなサイズである限り特に限定されない。例えば、増幅産物のサイズの決定にシークエンサーが用いられる場合、１塩基長の長さの差異でさえも検出し得るため、４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型に基づく増幅長の差異を高感度に検出できる。増幅産物の下限サイズは、使用される測定機器において、増幅産物のサイズが検出できるかぎり特に限定されないが、例えば、５０ｂｐ以上、１００ｂｐ以上、１５０ｂｐ以上、２００ｂｐ以上であってもよい。増幅産物の上限サイズは、使用される測定機器において、増幅産物のサイズが検出できるかぎり特に限定されないが、例えば、５００ｂｐ以下、４５０ｂｐ以下、４００ｂｐ以下、３５０ｂｐ以下、または３００ｂｐ以下であってもよい。したがって、プライマー対は、このような長さの増幅産物が増幅されるように、このような長さで離れている２つの領域に対して設計され得る。
【００５０】
上述したように、イネ等の品種の鑑定法は、ＰＣＲ法等の遺伝子増幅法を用いて行うことができるが、本発明はまた、このような用途に使用できる、２以上のプライマー対を含む、プライマー対のセットを提供する。本発明の知見なしに、上述したプライマー対を２以上組み合せる動機付けは、従来存在しない。本発明のセットに含まれる２以上のプライマー対は、異なる蛍光色を発する別々の蛍光物質により標識されたものであってもよい。このような別々の蛍光物質により標識された２以上のプライマー対を用いて４塩基反復のＳＳＲ領域を多重的に増幅することにより、異なる蛍光色を発する２以上の増幅産物が得られ、これを、シークエンサーの１レーンに供することにより、複数の４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型性を効率的に解析できる（例、図２を参照）。本発明のセットに含まれるプライマー対の数は２以上であれば特に限定されないが、上限数は、蛍光色のバリエーションに応じて調製してもよい。したがって、本発明のセットに含まれるプライマー対の数は、例えば、２個、３個、または４個であってもよい。
【００５１】
本発明のセットは、例えば、以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せを２以上（例、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１１以上、１２以上）含んでいてもよい：
１）上記１ａ）および１ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２）上記２ａ）および２ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
３）上記３ａ）および３ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
４）上記４ａ）および４ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
５）上記５ａ）および５ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
６）上記６ａ）および６ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
７）上記７ａ）および７ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
８）上記８ａ）および８ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
９）上記９ａ）および９ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１０）上記１０ａ）および１０ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１１）上記１１ａ）および１１ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１２）上記１２ａ）および１２ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１３）上記１３ａ）および１３ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１４）上記１４ａ）および１４ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１５）上記１５ａ）および１５ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１６）上記１６ａ）および１６ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１７）上記１７ａ）および１７ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１８）上記１８ａ）および１８ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
１９）上記１９ａ）および１９ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２０）上記２０ａ）および２０ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２１）上記２１ａ）および２１ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２２）上記２２ａ）および２２ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２３）上記２３ａ）および２３ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ；
２４）上記２４ａ）および２４ｂ）のいずれか１つのプライマーの組合せ。
【００５２】
より具体的には、本発明の鑑定法は、被験ゲノムＤＮＡにおける、４塩基反復のＳＳＲ領域の遺伝的多型に基づいてイネ等の品種を鑑定することによって達成される。被験ゲノムＤＮＡは、イネ等（例、米）から自体公知の方法によって調製できる。具体的には、イネ等（例、米）の品種の鑑定は、ａ）イネに由来する組織（例、米）あるいはイネまたはイネに由来する組織の加工品からゲノムＤＮＡを抽出し、ｂ）ＰＣＲ法等の遺伝子増幅法により、４塩基反復のＳＳＲ領域を含む部分を増幅し、ｃ）４塩基反復のＳＳＲ領域の増幅長を決定し（例、４塩基反復のＳＳＲ領域（２４種）の遺伝子型を同定し）、次いで、決定された４塩基反復のＳＳＲ領域の増幅長の情報を、各品種についての４塩基反復のＳＳＲ領域の増幅長の情報と照合すること（例、同定された遺伝子型の情報を、各品種の遺伝子型の情報と照合すること）により、行われる。具体的には、照合は、４塩基反復のＳＳＲ領域の増幅長の情報を開示するデータ（例、表１〜５、表１２〜１４）を用いて行われてもよい。照合はまた、標品を併用することにより、被験物および標品との間において、４塩基反復のＳＳＲ領域を含む部分が増幅された増幅産物の検出ピークの概要を比較することにより行なわれてもよい。標品は、任意のイネの品種であり特に限定されないが、例えば、基準品種である日本晴、ならびに被験物と同じ品種であることが疑われる特定の品種が挙げられる。本発明の鑑定法は、例えば、米の品種の決定、混入米の有無の決定などに有用である。
【００５３】
本発明の鑑定法では、上述したＲＭ番号で特定される４塩基反復のＳＳＲ領域を用いることができるが、目的に応じて、特定のＲＭ番号で特定される４塩基反復のＳＳＲ領域を用いてもよい。
【００５４】
例えば、イネの品種間で遺伝的多型性に富むＳＳＲ領域が、効率的な品種鑑定に資するため、好適に使用され得る。ＳＳＲ領域の遺伝的多型性は、例えば、以下の表４より明らかである。したがって、本発明では、例えば、少なくとも５種以上の遺伝的多型が認められるＳＳＲ領域（ＲＭ１２９２７、ＲＭ１４１３７、ＲＭ１５７６４、ＲＭ１６６０４、ＲＭ２３０３６、ＲＭ２４４８１、ＲＭ２５０３６、ＲＭ２６９５７、ＲＭ２８１７４）、少なくとも６種以上の遺伝的多型が認められるＳＳＲ領域（ＲＭ１２９２７、ＲＭ２５０３６、ＲＭ２６９５７）、少なくとも８種の遺伝的多型が認められるＳＳＲ領域（ＲＭ１２９２７）が、品種鑑定において好適に使用されてもよい。
【００５５】
【表４】
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【００５６】
また、イネの特定の品種に特異性の高い（稀な）遺伝的多型を示す（すなわち、特定の品種についての識別性の高い）ＳＳＲ領域が、特異的な品種鑑定に資するため、好適に使用され得る。特定の品種に特異性の高いＳＳＲ領域の遺伝的多型は、例えば、以下の表５より明らかである。したがって、本発明では、例えば、下記特定の品種の検査が求められている場合（例、下記特定の品種の同定が要求されている場合、および下記特定の品種の米の混入が疑われている場合）において、下記特定の品種に特異性な遺伝的多型を示す下記特定のＲＭ番号により特定されるＳＳＲ領域が、品種鑑定において好適に使用されてもよい。
【００５７】
【表５】
0005749466.tif 000006
【００５８】
以下に、本発明を詳細に説明するが、本実施例により本発明が限定されるものではない。
【実施例】
【００５９】
実施例１：米飯（粒状）からの品種識別のプロトコル
〔一般事項〕
品種の育成地もしくは最大生産地から入手した原種の分析結果を基準とし（表６）、被検査物の分析結果を照合することにより、品種を判別する。
【００６０】
【表６】
0005749466.tif 000007
【００６１】
〔測定の原理〕
ゲノムＤＮＡ上に存在する単純反復配列（ＳＳＲ：Ｓｉｍｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅｐｅａｔ）を含む領域を特異的に増幅するプライマーを用い、ＰＣＲ法でＤＮＡ断片を増幅し、その長さの違いを利用して品種識別を行う。
【００６２】
〔方法の要旨〕
米飯１粒から、抽出キット（ＧＭ  ｑｕｉｃｋｅｒ  ２）を用いてＤＮＡを抽出する。そのＤＮＡを鋳型に、片方を蛍光標識したプライマーペアを用いて、ＳＳＲを含むＤＮＡ領域をＰＣＲ増幅する。得られた蛍光標識ＤＮＡ断片は、Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒを用いて泳動し、フラグメント長を検出する。２４のプライマーセットから得られるＤＮＡ断片すべてについて、このフラグメント解析を行い、それらを基準品種と比較することで品種の特定を行う。
【００６３】
〔検査試料〕
米飯１粒を試料とする。
【００６４】
〔購入試薬〕
−  イソプロピルアルコール（９９．５％，特級）
−  ＧＭ  ｑｕｉｃｋｅｒ  ２（ニッポン・ジーン，Ｃａｔ．Ｎｏ．３１０−０６５０９１）
−  Ｇｏｔａｑ  Ｃｏｌｏｒｌｅｓｓ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（プロメガ，Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｍ７１３２（５ｍＬ），Ｍ７１３３（２５ｍＬ））
−  ＨｉＤｉホルムアミド（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ．Ｎｏ．４３１１３２０）
−  ＧｅｎｅＳｃａｎ  ５００ＬＩＺ  Ｓｉｚｅ  Ｓｔａｎｄａｒｄ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ．Ｎｏ．４３５２７５９）
−  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  Ｂｕｆｆｅｒ  ｗｉｔｈ  ＥＤＴＡ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ．Ｎｏ．４０２８２４）
−  ＰＯＰ−４  ポリマー（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，使用するＧｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒに応じる）
−  プライマー（表７）
【００６５】
【表７】
0005749466.tif 000008
【００６６】
〔調製試薬〕
−プライマーＭｉｘ
蛍光標識プライマー（フォワードプライマー）、非標識プライマー（リバースプライマー）（いずれも１００μＭ原液）を等量混合し、その混合液を滅菌水にて５０倍希釈する（終濃度１μＭ  ｅａｃｈ）。−２０℃で冷凍保存する。
【００６７】
〔機器・プログラム〕
−  微量遠心機（１３，０００ｘｇ以上の遠心力が得られ、１．５ｍＬのチューブが遠心可能なもの）
−  ボルテックスミキサー
−  恒温水槽またはヒートブロック（１．５  ｍＬチューブを６０℃に加温可能なもの）
−  サーマルサイクラー（４．６．６に示す反応プログラムが実行可能なもの。開発元において、ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、ｉＣｙｃｌｅｒ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）、Ｔｈｅｒｍａｌ  Ｃｙｃｌｅｒ  Ｄｉｃｅ（タカラバイオ）の３機種では確認済）
−  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）
−  ＧｅｎｅＭａｐｐｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）
【００６８】
〔実験操作〕
Ａ）操作準備作業
操作者は、白衣、眼鏡、手袋を着用する。
【００６９】
Ｂ）操作場所
ＤＮＡ抽出からＰＣＲ増幅反応液調製まで、供試サンプル以外のＤＮＡが混入しないクリーンな環境で操作する。
【００７０】
Ｃ）試薬及び器具
−  滅菌蒸留水
−  イソプロピルアルコール（９９．５％，特級）
−  ＧＭ  ｑｕｉｃｋｅｒ  ２（ニッポン・ジーン，Ｃａｔ．Ｎｏ．３１０−０６５０９１）
−  Ｇｏｔａｑ  Ｃｏｌｏｒｌｅｓｓ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（プロメガ，Ｃａｔ．Ｎｏ．  Ｍ７１３２（５ｍＬ），Ｍ７１３３（２５ｍＬ））
−  ＨｉＤｉホルムアミド（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ．Ｎｏ．  ４３１１３２０）
−  ＧｅｎｅＳｃａｎ  ５００ＬＩＺ  Ｓｉｚｅ  Ｓｔａｎｄａｒｄ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ．Ｎｏ．４３５２７５９）
−  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  Ｂｕｆｆｅｒ  ｗｉｔｈ  ＥＤＴＡ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ．Ｎｏ．４０２８２４）
−  プライマーＭｉｘ（４．４参照）
−  １．５  ｍＬマイクロチューブ（オートクレーブして使用）
−  ９６ｗｅｌｌ  ＰＣＲプレート及びプレートシール（またはキャップ）
−  ピペットチップ（オートクレーブして使用）
−  マイクロピペット
−  ホモジナイゼーション用ペッスル（ディスポーザブル）
−  微量遠心機（１３，０００ｘｇ以上の遠心力が得られ、１．５ｍＬのチューブが遠心可能なもの）
−  ボルテックスミキサー
−  恒温水槽またはヒートブロック（１．５ｍＬチューブを６０℃に加温可能なもの）
−  サーマルサイクラー
−  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）
【００７１】
Ｄ）試験材料の取り出し
米飯１粒を試料とする。損傷を受けた粒や、他の粒が付着したものは使用しない。包装米飯等で、容器壁面に水滴が付着している場合には、その水滴に触れないように採取する。
【００７２】
Ｅ）ＤＮＡの抽出操作
本工程は、ＧＭ  ｑｕｉｃｋｅｒ  ２（ニッポン・ジーン）を使用する。イソプロパノール以外の試薬及びＳｐｉｎ  Ｃｏｌｕｍｎは、キット内容物を使用する。
（１）米飯１粒を１．５ｍＬマイクロチューブに取り、２５０μＬのＧＥ１  Ｂｕｆｆｅｒを加える。
（２）ホモジナイゼーション用ペッスルを用いて、固形物がなくなりペースト状になるまで米飯を破砕する。
（３）破砕液に、１０μＬのＰｒｏｔｅｉｎａｓｅ  Ｋ、２μＬのα−Ａｍｙｌａｓｅ及び５μＬのＲＮａｓｅ  Ａを添加する。ボルテックスミキサーにて３０秒間攪拌する。
（４）恒温水槽またはヒートブロックにて１５分間、６０℃で加温する。途中５分おきに、ボルテックスミキサーにて攪拌する。
（５）４０μＬのＧＥ２−Ｋ  Ｂｕｆｆｅｒを添加し、ボルテックスミキサーにてよく混和する。
（６）１３，０００ｘｇ以上、５分間、室温で遠心する。
（７）沈殿や浮遊物を可能な限りとらないようにして、上清２８０μＬを新しい１．５ｍＬチューブに回収する。
（８）１０５μＬのＧＢ３  Ｂｕｆｆｅｒ、１０５μＬのイソプロパノールを添加した後、１０〜１２回チューブを激しく転倒させ、よく混和する。析出物が生じ白濁した場合には、液が透明になるまで十分混和する。
（９）（８）の混合液全量をＳｐｉｎ  Ｃｏｌｕｍｎに移し、１３，０００ｘｇ以上、３０秒間、室温で遠心する。濾液は廃棄する。
（１０）６５０μＬのＧＷ  ＢｕｆｆｅｒをＳｐｉｎ  Ｃｏｌｕｍｎに加え、１３，０００ｘｇ以上、１分間、室温で遠心する。濾液は廃棄する。
（１１）Ｓｐｉｎ  Ｃｏｌｕｍｎを新しい１．５  ｍＬチューブに移し、５０μＬのＴＥ  （ｐＨ８．０）を滴下する。
（１２）３分間、室温で静置した後、１３，０００ｘｇ以上、１分間、室温で遠心する。得られた溶出液をＤＮＡ溶液とする。ＤＮＡ溶液は、短期の場合は４℃、長期の場合は、−２０℃で保存する。
【００７３】
Ｆ）ＰＣＲ増幅操作
本工程は、ＰＣＲ用の酵素、バッファー、ｄＮＴＰがあらかじめ混合されたＧｏｔａｑ  Ｃｏｌｏｒｌｅｓｓ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（プロメガ）を用いる。反応液調製は、基本的に氷上もしくは、それに準拠した環境で行う。
【００７４】
（１）ＤＮＡ溶液ごとに２５反応分（２４プライマー＋１）のプレミックスを調製する。
【００７５】
【表８】
0005749466.tif 000009
【００７６】
（２）ＰＣＲプレートの２４ｗｅｌｌに、２４種類のプライマーｍｉｘ（１μＭ  ｅａｃｈ、４．４参照）を２．５μＬずつ加える。
（３）（１）のプレミックスをボルテックスミキサーにて良く混合し、スピンダウンした後、７．５μＬずつ（２）の２４ｗｅｌｌに分注する。
（４）プレートをシールもしくはキャップで閉じ、溶液をスピンダウンした後、以下のプログラムにより増幅反応を行う。なお、反応条件はすべてのＰｒｉｍｅｒで共通である。
【００７７】
【表９】
0005749466.tif 000010
【００７８】
Ｇ）ＤＮＡマーカーの検出
（１）泳動を効率的に行うため、２４種のＰＣＲ産物ａ〜ｇの６本に混合（Ｐｏｏｌｉｎｇ）する（表３参照。なお、それぞれのセットは４種の蛍光標識を１つずつ含む）。また、ＰＣＲ産物の濃度を調製するため、Ｐｏｏｌｉｎｇの際には混合比率の調製も同時に行う。表３には、開発元にて採用しているＰＣＲ産物ごとの希釈倍率（２０〜１６０倍）を目安として記載したが、使用機器により変動するため、希釈倍率は適宜変更する。なお、表３には１６０μＬの希釈サンプルの調製例も記載したが、必ずしもこれに従う必要はなく、効率的な方法で希釈と混合を行う。
【００７９】
【表１０】
0005749466.tif 000011
【００８０】
（２）以下の通り、９６ｗｅｌｌプレート内で泳動サンプルを調製する。なお、Ｓｉｚｅ  ＳｔａｎｄａｒｄとＨｉＤｉホルムアミドについてはあらかじめ、サンプル数＋１分の混合液を作製し、それを９μＬずつ希釈ＰＣＲ溶液１μＬに加えてもよい。
【００８１】
【表１１】
0005749466.tif 000012
【００８２】
（３）サーマルサイクラーを用いて、９５℃、５分間加熱し、直ちに氷上で５分静置する。
（４）使用するＧｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒの機種のフラグメント解析のプロトコルに従い、ＰＯＰ−４ポリマー、Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  Ｂｕｆｆｅｒ  ｗｉｔｈ  ＥＤＴＡ、キャピラリーを用いて解析を行う。
（５）ＧｅｎｅＭａｐｐｅｒソフトウェアを用いて、結果の解析を行う。
【００８３】
実施例２：米の品種の遺伝子型の同定
実施例１に記載されたプロトコルにしたがって、各品種について、遺伝的多型性が認められた、４塩基反復のＳＳＲ領域（２４種）の遺伝子型を同定した。結果を表１２〜１４に示す。表１２〜１４では、遺伝子型は、「日本晴」を基準〔＝Ａ（ｂｐ）〕とし、その値から何ｂｐ離れているかで表示した。また、本発明による、８つのＳＳＲ領域の遺伝子型の分析例を図２に示す。なお、２４種のマーカーはいずれも、４塩基反復のＳＳＲ領域を用いて作製されているため、一部を除いて基本的に４の倍数塩基離れた値が検出された。
【００８４】
【表１２】
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【００８５】
【表１３】
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【００８６】
【表１４】
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【００８７】
実施例３：米の品種の鑑定
実施例１中の〔実験操作〕の項目Ａ）〜Ｇ）にしたがってアッセイする。次いで、得られた遺伝子型の情報を、表１〜３および／または表４、５、あるいは表１２〜１４中の情報と照合することによって、米の品種を鑑定する。なお、表中の空欄の部分は、品種内で遺伝的多型が認められる可能性があるため、判定には用いない。
【００８８】
参考例１：うるち米の品種間における特定のＳＳＲ領域の遺伝的多型の評価
他の４塩基反復のＳＳＲ領域（１８種：ＲＭ１１４８９、ＲＭ１２２８１、ＲＭ１２３３３、ＲＭ１４２７２、ＲＭ１６２８２、ＲＭ１７３３１、ＲＭ１７８２２、ＲＭ１８１０２、ＲＭ２０１８３、ＲＭ２１１７２、ＲＭ２１８０２、ＲＭ２２１９５、ＲＭ２４４６１、ＲＭ２５２８３、ＲＭ２５７３３、ＲＭ２６０１２、ＲＭ２７８２４、ＲＭ２８５０４）について、イネの品種間における遺伝的多型を評価した。評価したイネの品種は、うるち米の１６品種（日本晴、コシヒカリ、ひとめぼれ、あきたこまち、ヒノヒカリ、はえぬき、ななつぼし、きらら397、つがるロマン、まっしぐら、キヌヒカリ、こしいぶき、あさひの夢、ほしのゆめ、夢つくし、あいちのかおり）であった。
その結果、上記ＳＳＲ領域（１８種）は、上記１６品種間で遺伝的多型を示さなかった。
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図１】
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【図２】
0005749466.tif 000041
【配列表】
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