(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／Ｇ、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃ、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／ＣおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡならびにＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔという組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪もしくは低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、方法。
【請求項２】
前記低脂肪食が、総カロリーの３５パーセント以下を脂肪から提供する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記低炭水化物食が、総カロリーの５０パーセント未満を炭水化物から提供する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡおよびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃ、ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／Ｃ、Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、方法。
【請求項６】
前記低脂肪食が、総カロリーの３５パーセント以下を脂肪から提供する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡおよびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、方法。
【請求項９】
前記低炭水化物食が、総カロリーの５０パーセント未満を炭水化物から提供する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡおよびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、方法。
【請求項１２】
前記低炭水化物食が、総カロリーの５０パーセント未満を炭水化物から提供する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＡもしくはＧ／Ｇのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、方法。
【請求項１５】
前記低脂肪食が、総カロリーの３５パーセント以下を脂肪から提供する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記低炭水化物食が、総カロリーの５０パーセント未満を炭水化物から提供する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／Ｃ、Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つ、およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測される、方法。
【請求項２０】
前記低脂肪食が、総カロリーの３５パーセント以下を脂肪から提供する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、方法。
【請求項２４】
前記低炭水化物食が、総カロリーの５０パーセント未満を炭水化物から提供する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
被験体の遺伝子型を、該被験体にとって適切な治療／食餌レジメンの推奨または生活習慣の推奨の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型が決定され；そして
ｂ）該被験体は、起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに分類され、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択され、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、方法。
【請求項２８】
前記低炭水化物食が、総カロリーの５０パーセント未満を炭水化物から提供する、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記治療／食餌レジメンの推奨が、ニュートラシューティカルの摂取についての推奨である、請求項１、５、８、１１、１４、１９、２３および２７に記載の方法。
【請求項３２】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／Ｇ、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃ、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／ＣおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡならびにＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔという組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪もしくは低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３３】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡおよびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃ、ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／Ｃ、Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３４】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡおよびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３５】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ａ／ＡおよびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／Ｔと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３６】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＡもしくはＧ／Ｇのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３７】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／Ｃ、Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／Ｃの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３８】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）Ｃ／ＧもしくはＧ／Ｇのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【請求項３９】
ａ）配列番号１４の３０１位に対応する、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；配列番号１５の４０１位に対応する、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；配列番号１６の２５６位に対応する、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；配列番号１７の３０３位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；および配列番号１８の３３６位に対応する、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備え、
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）Ｇ／ＧもしくはＧ／Ａのうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）Ｔ／ＣもしくはＣ／Ｃのうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇのうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）Ｇ／ＧまたはＧ／Ａのうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する該被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測され、
該試薬が、表５から選択される１または複数のプライマーを含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願への相互参照）
本願は、２００８年５月１６日に出願された米国仮特許出願第６１／０５３，８８８号の利益を主張し、この米国仮特許出願の全体の内容は、本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
発明の分野
本願は、被験体の代謝遺伝子型を決定する方法、ならびに有害な体重管理の問題に対する被験体の代謝プロファイルおよび感受性に基づいて適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
背景
世界保健機関（ＷＨＯ）によって１９９８年に発表された報告によれば、肥満症は、世界中で蔓延の比率に達した：世界の約１７億人が、過体重であり、そのうちの３億人が、肥満である。米国では、約１億２７００万人の成人が、過体重であり、６９００万人が、肥満である。肥満の被験体は、糖尿病、心臓疾患、高血圧および高血中コレステロールをはじめとした１つ以上の重篤な病状を発症するリスクが高い。肥満症の有病率は、過去２５年間で２倍超増加し、現在、２０歳以上の米国成人の３１％に達する。より高い肥満症の割合が、アフリカ系アメリカ人およびラテンアメリカ系アメリカ人において、特に、女性において見られる（３０％〜５０％）。
【０００４】
過去数十年間において世界中で観察された肥満症有病率の増加は、身体活動レベルが徐々に低下していることおよび非常に美味な食物が大量にあることを特徴とする環境の変化において生じている。ＷＨＯの報告は、これらの変化を、肥満症の発症を促進する現代的な生活習慣の修正可能な２つの主要な特徴として特定した。しかしながら、人々が同じ環境にさらされているという事実があるにもかかわらず、すべての人が肥満になるわけではないことから、体重管理の問題の発生における被験体の遺伝的プロファイルに対する役割が示唆される。すなわち、遺伝的特質が、好ましくない環境に曝されているときの被験体の肥満になりやすさ、ならびに被験体が食餌および運動に対して応答し得る様式を決定している。
【０００５】
したがって、遺伝情報を考慮に入れない同様のプログラムよりも体重減少および体重維持の成果を改善するために、自身の肥満症に対する遺伝的感受性を考慮した個人仕様の体重減少プログラムを確立するための手段が必要とされている。被験体の代謝遺伝子型を食餌および／または運動に対する応答と関連付けるための手段が必要とされている。
【０００６】
既知の方法に関連する欠点および問題に関する本明細書中の説明は、この文書に記載される実施形態の範囲を除外すると限定するように決して意図されない。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
発明の要旨
本発明は、被験体の代謝遺伝子型を決定するため、および被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法およびキットを提供する。いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を決定し、その被験体が応答性である可能性のある一連の栄養カテゴリーおよび運動カテゴリーの１つ以上にその被験体を分類し、そしてその被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨について被験体に伝える方法が提供される。この様式において、個人仕様の減量プログラムは、被験体の代謝遺伝子型に基づいて選択され得る。そのような個人仕様の減量プログラムは、遺伝情報を考慮に入れない従来の減量プログラムに対して、明らかな利益を有し得る（例えば、体重減少および体重維持に関してよりよい結果をもたらし得る）。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法であって、
ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のいずれか４つに関して該被験体の遺伝子型を決定する工程；および
ｂ）起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類する工程であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、ここで、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、工程
を包含する、方法。
（項目２）
ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２ならびにＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１という組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪もしくは低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記低脂肪食が、総カロリーの約３５パーセント以下を脂肪から提供する、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記低炭水化物食が、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目２に記載の方法。
（項目６）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記低脂肪食が、総カロリーの約３５パーセント以下を脂肪から提供する、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目６に記載の方法。
（項目９）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記低炭水化物食が、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目９に記載の方法。
（項目１２）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記低炭水化物食が、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．２もしくは１．１のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１およびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記低脂肪食が、総カロリーの約３５パーセント以下を脂肪から提供する、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記低炭水化物食が、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する、項目１５に記載の方法。
（項目１８）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目１５に記載の方法。
（項目１９）
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、項目１５に記載の方法。
（項目２０）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つ、およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測される項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記低脂肪食が、総カロリーの約３５パーセント以下を脂肪から提供する、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、項目２０に記載の方法。
（項目２４）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記低炭水化物食が、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、項目２４に記載の方法。
（項目２８）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１もしくは１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記低炭水化物食が、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記カロリー制限食が、総カロリーを前記被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
前記被験体が、通常の運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される、項目２８に記載の方法。
（項目３２）
前記治療／食餌レジメンが、栄養と薬効のある食品を投与する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目３３）
被験体の代謝遺伝子型を同定する方法であって、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも３つに関して該被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する、方法。
（項目３４）
被験体の代謝遺伝子型を同定する方法であって、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも４つに関して該被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する、方法。
（項目３５）
ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；および
ｂ）該被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を該被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに該被験体を分類するための手段であって、ここで、該栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、該運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される、使用説明書および手段
を備えた、キット。
（項目３６）
ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２ならびにＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目３７）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目３８）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目３９）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食；通常の運動；またはその両方に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目４０）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．２もしくは１．１のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１およびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目４１）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目４２）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目４３）
ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する前記被験体が、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、項目３５に記載のキット。
（項目４４）
被験体の代謝遺伝子型を決定するための試薬および使用説明書を備えたキットであって、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも３つに関して該被験体の遺伝子型を同定する工程を含む、キット。
（項目４５）
被験体の代謝遺伝子型を決定するための試薬および使用説明書を備えたキットであって、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座、および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも４つに関して該被験体の遺伝子型を同定する工程を含む、キット。
【０００８】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか２つ、いずれか３つまたはいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定する工程を包含し、ここで、前記遺伝子座に関する被験体の遺伝子型は、有害な体重管理の問題に対する被験体の高い感受性についての情報を提供し、有害な体重管理の問題に対する被験体の感受性に適した治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨の選択を可能にする。
【０００９】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座に関して被験体の遺伝子型を決定する工程を包含し、ここで、前記遺伝子座に関する被験体の遺伝子型は、有害な体重管理の問題に対する被験体の高い感受性についての情報を提供し、有害な体重管理の問題に対する被験体の感受性に適した治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨の選択を可能にする。
【００１０】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか２つ、いずれか３つまたはいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定する工程、およびｂ）その被験体の遺伝子型を栄養応答カテゴリーおよび／または運動応答カテゴリーに分類する工程を包含する。いったん、被験体の遺伝子型が栄養応答カテゴリーおよび／または運動応答カテゴリーに分類されるかまたはカテゴリー化されると、治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨（その被験体が最も応答性である可能性のある適切な食餌および活動レベルを選択することを含むがこれらに限定されない）が、その被験体に提供され得る。
【００１１】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座に関して被験体の遺伝子型を決定する工程、およびｂ）その被験体の遺伝子型を栄養応答カテゴリーおよび／または運動応答カテゴリーに分類する工程を包含する。
【００１２】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、（ａ）以下：ＦＡＢＰ２  ＳＮＰ  ｒｓ１７９９８８３、対立遺伝子１（遺伝子型：Ｇ；アミノ酸：Ａｌａ）；ＦＡＢＰ２  ＳＮＰ  ｒｓ１７９９８８３、対立遺伝子２（遺伝子型：Ａ；アミノ酸：Ｔｈｒ）；ＰＰＡＲＧ  ＳＮＰ  ｒｓ１８０１２８２、対立遺伝子１（遺伝子型：Ｃ；アミノ酸：Ｐｒｏ）；ＰＰＡＲＧ  ＳＮＰ  ｒｓ１８０１２８２、対立遺伝子２（遺伝子型：Ｇ；アミノ酸：Ａｌａ）；ＡＤＲＢ３  ＳＮＰ  ｒｓ４９９４、対立遺伝子１（遺伝子型：Ｔ；アミノ酸：Ｔｒｐ）；ＡＤＲＢ３  ＳＮＰ  ｒｓ４９９４、対立遺伝子２（遺伝子型：Ｃ；アミノ酸：Ａｒｇ）；ＡＤＲＢ２  ＳＮＰ  ｒｓ１０４２７１３、対立遺伝子１（遺伝子型：Ｇ；アミノ酸：Ｇｌｙ）；ＡＤＲＢ２  ＳＮＰ  ｒｓ１０４２７１３、対立遺伝子２（遺伝子型：Ａ；アミノ酸：Ａｒｇ）；ＡＤＲＢ２  ＳＮＰ  ｒｓ１０４２７１４、対立遺伝子１（遺伝子型：Ｃ；アミノ酸：Ｇｌｎ）；およびＡＤＲＢ２  ＳＮＰ  ｒｓ１０４２７１４、対立遺伝子２（遺伝子型：Ｇ；アミノ酸：Ｇｌｕ）遺伝子座から選択される少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つまたは少なくとも８つの対立遺伝子の対立遺伝子パターンを検出する工程（ここで、対立遺伝子パターンの存在は、食餌および／または運動に対する被験体の応答を予測するものである）、および（ｂ）食餌および／または運動に対するその被験体の予測される応答に適した治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択する工程を包含する。
【００１３】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定する方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つまたは少なくとも４つに関して被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する。
【００１４】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定する方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座に関して被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する。
【００１５】
いくつかの実施形態によれば、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座に関する被験体の遺伝子型に関して被験体の遺伝子型を決定するための手段を備えるキットが提供される。そのキットは、サンプル回収手段も備え得る。そのキットは、ポジティブもしくはネガティブコントロールサンプルまたは標準物質および／あるいは結果を評価するためのアルゴリズムデバイス、ならびに追加の試薬および構成要素も備え得る。
【００１６】
本発明のキットは、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座に関する被験体の遺伝子型に基づいて食餌および運動の推奨を提供するために使用されるＤＮＡ試験の形態であり得る。被験体の遺伝子型によって提供される情報は、肥満症の予防および処置を改善する個人仕様の食餌および運動の介入を医療専門家が開発するのを補助し得る。
【００１７】
本発明の他の実施形態および利点は、以下の詳細な説明および請求項に示される。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
好ましい実施形態の詳細な説明
本発明のキットおよび方法は、ある特定の代謝遺伝子の対立遺伝子のパターンと、特定の食餌および運動レジメンに対する被験体の応答性との間に関連があるという知見に少なくとも部分的に依存する。すなわち、代謝遺伝子の対立遺伝子のパターンと、体重管理に関する臨床成績および表現型との間に関連が存在する。ある特定の遺伝子は、体重に影響を及ぼす様々な経路に影響し、肥満症に対する高いリスク、および遺伝子型による体重管理介入に対する被験体の応答を識別する能力に関連する。本発明の目的のために、そのような遺伝子は、「代謝遺伝子」または「体重管理遺伝子」と称される。これらの遺伝子としては、脂肪酸結合タンパク質２（ＦＡＢＰ２）；ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター−ガンマ（ＰＰＡＲＧ）；ベータ−２アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ２）；およびベータ−３アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ３）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００１９】
本発明は、被験体の「代謝遺伝子型」を決定する体重管理試験を提供し、それは、１つ以上（例えば、２、３、４つなど）の代謝遺伝子について被験体の遺伝子型を決定することを含む。そのような代謝遺伝子型解析の結果は、運動ありまたはなしで、体重減少のための食餌における多量養素の相対量およびカロリー制限に対する被験体の応答性を予測するために使用され得る。被験体の遺伝子型の同定は、体重減少を達成し、そして／または維持するストラテジーを考案するために、被験体を、治療もしくは栄養または生活習慣の変更、あるいはそれらの組み合わせと対にするために使用され得る。したがって、いくつかの実施形態によれば、多型遺伝子型解析の結果（単一の多型または組み合わせについて）は、１）体重管理介入／成果に対する遺伝的影響、および２）運動ありまたはなしで、体重減少のための食餌における多量養素およびエネルギー制限に対する応答性を判定するために使用され得る。
【００２０】
まとめると、１つ以上の代謝遺伝子について被験体の遺伝子型を決定することによって、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するためにすぐに使用可能な情報を提供する解釈が可能になる。被験体の代謝遺伝子型は、１つ以上の代謝遺伝子に関して被験体の遺伝的多型パターンを検出するように設計された体重管理試験から決定される。関連性のある遺伝子多型および遺伝子型パターンの結果を同定することによって、その試験は、起こり得る体重管理の成果に対するリスクを評価し得、個人的な遺伝子構造にマッチする栄養および生活習慣介入の選択に関する指導を被験体に提供し得る。
【００２１】
代謝遺伝子
代謝遺伝子としては、脂肪酸結合タンパク質２（ＦＡＢＰ２）；ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター−ガンマ（ＰＰＡＲＧ）；ベータ−２アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ２）；およびベータ−３アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ３）が挙げられるが、これらに限定されない。これらの遺伝子の１つ以上に関する被験体の遺伝的多型パターンは、被験体の代謝遺伝子型を明らかにする。より好ましくは、被験体の代謝遺伝子型は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの１つ以上（すなわち、２、３、４または５つ）に関して被験体の遺伝的多型パターンを同定することによって決定され得る。
【００２２】
ＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３（Ａｌａ５４Ｔｈｒ；Ｇ／Ａ）多型
ＦＡＢＰ２遺伝子は、脂質の輸送および代謝を調節するタンパク質のファミリーである脂肪酸結合タンパク質の腸管型をコードする。ＦＡＢＰ２タンパク質は、小腸上皮細胞において見られ、そこで脂肪吸収を制御する。インビトロにおいて、Ｔｈｒ５４型のこのタンパク質は、長鎖脂肪酸に対して２倍高い結合親和性を示し（Ｂａｉｅｒら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ９５：１２８１−１２８７，１９９５）、腸における強い脂肪吸収と関連すると示された（Ｌｅｖｙら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７６：３９６７９−３９６８４，２００１）。したがって、Ｔｈｒ５４バリアントは、腸による食餌性脂肪酸の吸収および／またはプロセシングを高め、それより、脂肪酸化を高める。最新の肥満症遺伝子マップによれば、合計５つの研究から、ＦＡＢＰ２遺伝子と肥満症との間に関連があるとの証拠が示され；それらのうちの４つが、Ａｌａ５４Ｔｈｒ多型を含んでいた。５４Ｔｈｒバリアントは、高いＢＭＩおよび体脂肪（Ｈｅｇｅｌｅら、Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ８１：４３３４−４３３７，１９９６）、日本人男性における多い腹部脂肪（Ｙａｍａｄａら、Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ  ４０：７０６−７１０，１９９７）、および肥満症ならびに女性におけるより高いレプチンレベル（Ａｌｂａｌａら、Ｏｂｅｓ  Ｒｅｓ  １２：３４０−３４５，２００４）と関連している。
【００２３】
複数の研究が、Ａｌａ５４Ｔｈｒ多型が、試験食における食餌性脂肪の変化に対する応答に影響すると示した。非エステル化脂肪酸（ＮＥＦＡ）は、５４Ａｌａ／Ａｌａホモ接合体と比べて５４Ｔｈｒ／Ｔｈｒホモ接合体被験体において、高脂肪食の７時間後に２０％高かった（Ｐｒａｔｌｅｙら、Ｊ  Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓ  ４１：２００２−２００８，２０００）。脂肪摂取後、５４Ｔｈｒ対立遺伝子は、高レベルの食後のトリグリセリド（Ａｇｒｅｎら、Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ  Ｔｈｒｏｍｂ  Ｖａｓｃ  Ｂｉｏｌ  １８：１６０６−１６１０，１９９８）および１４−１８炭素鎖脂肪酸（Ａｇｒｅｎら、Ａｍ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｎｕｔｒ  ７３：３１−３５，２００１）に関連することも見出された。シス脂肪酸が豊富な類似の食餌と比べてトランス脂肪酸が豊富な試験食の後の食後の（ｐｏｓｔｐｒａｎｄｒｉａｌ）代謝プロファイルは、少なくとも１つのコピーのＴｈｒ５４対立遺伝子を有する被験体が、Ａｌａ５４対立遺伝子についてホモ接合性である被験体よりも食後のグルコースレベルおよび脂質生合成のより大きい増加を示したことを示した（Ｌｅｆｅｖｒｅら、Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ５４：１６５２−１６５８，２００５）。低カロリー食（１，５２０ｋｃａｌ／日）および１週間に３回の有酸素運動からなる生活習慣改変プログラムの前および３ヶ月後に解析された肥満の非糖尿病患者の群（ｄｅ  Ｌｕｉｓ  ＤＡら、Ａｎｎ  Ｎｕｔｒ  Ｍｅｔａｂ  ５０：３５４−３６０，２００６）は、５４Ｔｈｒ対立遺伝子の保有者の脂肪質量、ＬＤＬ−コレステロールレベルおよびレプチンレベルは（野生型５４Ａｌａ／Ａｌａホモ接合体と比べて）有意に減少しなかったことを示した。他の研究は、中程度の炭水化物摂取のときのＦＡＢＰ２遺伝子型と食餌性脂肪摂取との間の関連を証明した（Ｍａｒｉｎら、Ａｍ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｎｕｔｒ  ８２：１９６−２００，２００５；Ｔａｋａｋｕｒａら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ６７：３６−４２，２００５）。
【００２４】
ＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（Ｃ／Ｇ；Ｐｒｏ１２Ａｌａ）多型
ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体レセプター（ＰＰＡＲ）は、転写因子の核内ホルモンレセプターサブファミリーのメンバーである。ＰＰＡＲ−ガンマ（ＰＰＡＲＧ）は、脂肪細胞において大量に発現され、脂肪細胞の形成、脂質代謝および２型糖尿病の発症において鍵となる役割を果たす。ＰＰＡＲＧノックアウトマウスは、正常な脂肪組織を発生せず、高脂肪食を与えられたとき低い体重増加を示し、インスリン抵抗性を示さなかった（Ｊｏｎｅｓら、ＰＮＡＳ  １０２：６２０７−６２１２，２００５）。１２Ａｌａバリアントは、レセプターと標的遺伝子におけるＰＰＡＲ応答エレメントとの結合親和性の低下、ゆえに、これらの標的遺伝子の発現を調節する能力の低下と関連する（Ｄｅｅｂら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ２０：２８４−２８７，１９９８）。２００６年の肥満症遺伝子マップ（Ｒａｎｋｉｎｅｎら、Ｏｂｅｓｉｔｙ  １４：５２９−６４４）によれば、合計３０の研究から、ＰＰＡＲＧ遺伝子と肥満症との関連の証拠、およびＰｒｏ１２Ａｌａ多型に関わる正の知見の大部分が示された。
【００２５】
大規模な横断的研究であるＱｕｅｂｅｃ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｓｔｕｄｙ（ＱＦＳ）（Ｒｏｂｉｔａｉｌｌｅら、Ｃｌｉｎ  Ｇｅｎｅｔ  ６３：１０９−１１６，２００３）は、１２Ｐｒｏ対立遺伝子を保有する被験体が、食餌中の脂肪の量に対してより応答性であることを示した。類似の研究（Ｍｅｍｉｓｏｇｌｕら、Ｈｕｍａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １２：２９２３−２９２９，２００１）もまた、多量の脂肪を摂取する１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ被験体が、少量の脂肪を摂取する被験体よりも高いボディマス指数（ＢＭＩ）を有することを示した。この食餌性脂肪摂取とＢＭＩとの関連は、１２Ａｌａ保有者には見られなかったことから、再度、１２Ｐｒｏ／＊被験体が、食餌中の脂肪の量に対してより感受性であることが示唆される。食餌性介入に対する応答における遺伝子型の差異についての強力な証拠が、Ｆｉｎｎｉｓｈ  Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ  Ｓｔｕｄｙから得られた（Ｌｉｎｄｉら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  ５１：２５８１−２５８６，２００２）。食餌および運動を含む３年間の介入に応答して、１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ被験体（−３．４ｋｇ）よりもＰｒｏ１２Ａｌａ被験体（−４．０ｋｇ）よりも１２Ａｌａ／Ａｌａ被験体において体重減少が大きかった（−８．３ｋｇ）。過体重および肥満の女性の研究から、６ヶ月間の低カロリー食に対する応答における１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏと１２Ａｌａ／＊保有者との間には体重減少に差が無いが、経過観察（１年）中の体重の再増加は、Ａｌａ対立遺伝子を有する女性のほうが１２Ｐｒｏ対立遺伝子についてホモ接合性の女性よりも多かったことが示された。この介入に応答して、Ａｌａ保有者は、インスリン感度および空腹時の炭水化物酸化をより大きく増加させ、空腹時の脂質酸化をより大きく減少させた（Ｎｉｃｋｌａｓら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  ５０：２１７２−２１７６，２００１）。
【００２６】
１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ被験体（最も頻度の高い遺伝子型）は、食餌中の脂肪の量により感受性であり、体重減少により抵抗性であり、そして糖尿病のリスクが高い。この遺伝子に対する遺伝子と食餌との相互作用の証拠は、強力である。食餌介入研究からの知見は、１２Ａｌａ保有者における脂肪の貯蔵および動員におけるより高い代謝の柔軟性を示唆し、このことは、高ＢＭＩ、介入に応答するより大きい体重減少、およびより高いインスリン感度、および糖尿病の低リスクを示す研究と一致する。したがって、研究は、１２Ｐｒｏ対立遺伝子が高リスク対立遺伝子であることを示すことにおいて一致している。
【００２７】
ＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３（Ｇ／Ａ；Ａｒｇ１６Ｇｌｙ）およびＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４（Ｃ／Ｇ；Ｇｌｎ２７Ｇｌｕ）多型
ベータ−２アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ２）は、脂肪細胞において発現されるレセプターの優勢な形態であり、それは、カテコールアミンに応答してエネルギーのための脂肪細胞からの脂肪の分解において鍵となる役割を果たす。アミノ酸を変化させるこの遺伝子のいくつかの多型が同定されており、Ａｒｇ１６ＧｌｙおよびＧｌｎ２７Ｇｌｕ多型が、白人において最も一般的な多型であり、肥満症について最も頻繁に調査されている多型である。この２つの多型は、強い連鎖不平衡にある（Ｍｅｉｒｈａｅｇｈｅら、Ｉｎｔｎｔｌ  Ｊ  Ｏｂｅｓｉｔｙ  ２４：３８２−８７，２０００）。チャイニーズハムスター線維芽細胞におけるこれらのレセプターの組換え発現のインビトロ研究から、この２つの多型の機能的影響が示された（Ｇｒｅｅｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：９４１４−９４１９，１９９４）。それぞれの正常な対立遺伝子と比較するとき、１６Ｇｌｙ対立遺伝子は、アゴニスト（イソプロテレノール（ｉｓｏｐｒｏｔｅｒａｎｏｌ））処理に応答してＡＤＲＢ２発現の大きなダウンレギュレーションと関連し、２７Ｇｌｕは、ＡＤＲＢ２発現のいくらかの増加と関連した（すなわち、ダウンレギュレーションに対して抵抗性）。興味深いことに、両方の変異対立遺伝子（１６Ｇｌｙおよび２７Ｇｌｕ）の組み合わせが、レセプター産生を大きくダウンレギュレーションさせた。最近の肥満症遺伝子マップによれば（Ｒａｎｋｉｎｅｎら、Ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｏｂｅｓｉｔｙ  ｇｅｎｅ  ｍａｐ：Ｔｈｅ  ２００５  ｕｐｄａｔｅ．Ｏｂｅｓｉｔｙ  １４：５２９−６４４）、合計２０の研究が、ＡＤＲＢ２遺伝子と肥満症との関連についての証拠を示し、その正の知見のほとんどが、Ａｒｇｌ６ＧｌｙまたはＧｌｎ２７Ｇｌｕ多型を含んでおり、より強い関連が２７Ｇｌｕ対立遺伝子とともに存在するという示唆がいくつかある。いくつかの研究は、これらの多型による肥満症に対するリスクにおける性差を証明した（２２．Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍら、Ｊ  Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ  ２４５：２５３−２５９，１９９９；Ｇａｒｅｎｃら、Ｏｂｅｓ  Ｒｅｓ  １１：６１２−６１８，２００３）が、証拠が数でまさることは、このパネルにおける性別特異的遺伝子型の解釈を裏付けない。
【００２８】
２７Ｇｌｕ対立遺伝子が腹部肥満症と正に関連すると見出されたという証拠を複数の研究が示し（Ｌａｎｇｅら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｂｅｓ（Ｌｏｎｄ）２９：４４９−４５７，２００５；Ｇｏｎｚａｌｅｚら、Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ（Ｏｘｆ）５９：４７６−４８１，２００３）、ならびに研究によって、肥満症および多い脂肪質量のリスクについて２７Ｇｌｕと１６Ｇｌｙ対立遺伝子の両方が考察された（Ｍａｓｕｏら、Ａｍ  Ｊ  Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓ，１９：１０８４−９１，２００６）。縦断的研究から、小児期から成人期までの体重増加（Ｅｌｌｓｗｏｒｔｈら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｂｅｓ  Ｒｅｌａｔ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｏｒｄ  ２６：９２８−９３７，２００２）および成人期における体重増加（Ｍａｓｕｏら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ  １１１：３４２９−３４３４，２００５；ｖａｎ  Ｒｏｓｓｕｍら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｂｅｓ  Ｒｅｌａｔ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｏｒｄ  ２６：５１７−５２８，２００２）が、１６Ａｒｇ／Ａｒｇ被験体と比較して、１６Ｇｌｙ対立遺伝子を保有する被験体において高いことが示された。
【００２９】
肥満症の高いリスク（ＯＲ＝２．５６）が、高炭水化物を摂取した（総エネルギー摂取の＞４９％のＣＨＯ）２７Ｇｌｎ／Ｇｌｕ女性において見られたが、２７Ｇｌｎ／Ｇｌｎ女性ではその関連は観察されなかった（Ｍａｒｔｉｎｅｚら、Ｊ  Ｎｕｔｒ  １３３：２５４９−２５５４，２００３）。いくつかの場合では、最良の多型および対立遺伝子を判定することにより食餌の選択を行うための対立遺伝子の解釈は、逆の介入（過食）研究および逆の対立遺伝子の選択から生じる。例えば、男性の一卵性双生児の対において行われた過食研究（１００日間、１０００ｋｃａｌ／日多い）からの結果は、２７Ｇｌｎ／Ｇｌｎ被験体が、２７Ｇｌｕ対立遺伝子の保有者よりも多く体重および皮下脂肪を得たことを示した（Ｕｋｋｏｌａら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｂｅｓ  Ｒｅｌａｔ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｏｒｄ  ２５：１６０４−１６０８，２００１）。２４ヶ月の体重減少プログラム（低カロリー食（１，６００ｋｃａｌ／日）および有酸素運動（１日１時間）に登録された過体重の日本人男性の研究において、体重減少に対して抵抗性である男性（ＢＭＩ変化が１０％未満と定義される；ｎ＝８１）および最初の体重減少を成功させた６ヶ月後に体重を再増加させた男性では１６Ｇｌｙ対立遺伝子のより高い頻度が示された（Ｍａｓｕｏら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ  １１１：３４２９−３４３４，２００５）。余暇時間中により活動的であり、２７Ｇｌｕ対立遺伝子の保有者である女性は、非保有者と比較して、より高いＢＭＩを有したことから、これらの女性が、減量により抵抗性であり得ることが示唆される（Ｃｏｒｂａｌａｎら、Ｃｌｉｎ  Ｇｅｎｅｔ  ６１：３０５−３０７，２００２）。
【００３０】
ＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４（Ｃ／Ｔ；Ａｒｇ６４Ｔｒｐ）多型
アドレナリン作動性ベータ−３レセプター（ＡＤＲＢ３）は、白色脂肪組織における脂肪分解の制御に関与し、肥満症関連代謝合併症と密接に関連する脂肪の貯蔵所である内臓脂肪組織において主に発現される。単離された脂肪細胞におけるインビトロ研究から、突然変異が、６４Ａｒｇ対立遺伝子を保有する細胞における特定のアゴニストに応答して脂肪分解の低下をもたらすことが示された（Ｕｍｅｋａｗａら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  ４８：１１７−１２０，１９９９）。６４Ａｒｇバリアントを含む、ＡＤＲＢ３遺伝子における３つのバリアントから形成されるハプロタイプは、高いＢＭＩ（ｎ＝２０８）、および選択的β３−レセプターアゴニストに対する内臓脂肪細胞の感度（誘導される脂肪分解）の１０倍低下に関連することが見出された（Ｈｏｆｆｓｔｅｄｔら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  ４８：２０３−２０５，１９９９）。これらの３つのバリアントは、連鎖不平衡にあることから、６４Ａｒｇバリアントが、低いレセプター機能と関連すると示唆される。合計２９の研究が、ＡＤＲＢ３遺伝子と肥満症との関連についての証拠を示した。９，０００人を超える被験体を用いた３１の研究に基づく１つのメタアナリシスは、ホモ接合性の６４Ｔｒｐ／Ｔｒｐ被験体よりも６４Ａｒｇバリアントの保有者のほうが高いＢＭＩ（平均して、０．３０ｋｇ／ｍ２高い）を示した（Ｆｕｊｉｓａｗａら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ８３：２４４１−２４４４，１９９８）。２２の研究からの６，５００人を超える被験体（主に日本人の被験体）に基づく第２のメタアナリシスもまた、非保有者よりも６４Ａｒｇバリアントの保有者のほうが高いＢＭＩ値（平均して０．２６ｋｇ／ｍ２高い）を示した（Ｋｕｒｏｋａｗａら、Ｏｂｅｓ  Ｒｅｓ  ９：７４１−７４５，２００１）。
【００３１】
ケースコントロール研究（１５８人の肥満、１５４人の正常な体重）では、坐業被験体だけにおいて、６４Ａｒｇ保有者（より高いＢＭＩ）が高い肥満症リスク（ＯＲ＝２．９８）を有したが、遺伝子型によるＢＭＩの差が見られなかった物理的に活動的な被験体では、高い肥満症リスクはないことが示された（Ｍａｒｔｉら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｏｂｅｓ  Ｍｅｔａｂ  ４：４２８−４３０，２００２）。低カロリー食と運動とを組み合わせた３ヶ月間の介入を受けた２型糖尿病を有する６１人の肥満女性の研究では、６４Ａｒｇバリアントを有する女性が、６４Ｔｒｐ／Ｔｒｐ女性よりも、少なく体重（８．３ｋｇに対する４．６ｋｇ）およびボディマス（ｂｏｄｙ  ｍａｓｓ）（３．４ｋｇ／ｍ２に対する１．９ｋｇ／ｍ２）を減少させたことが示された（Ｓａｋａｎｅら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｃａｒｅ  ２０：１８８７−１８９０，１９９７）。運動と食餌とを組み合わせた３ヶ月間の介入を受けた７６人の閉経期前後の女性において行われた研究から、６４Ａｒｇバリアントを有しない女性の６９％と比較して、６４Ａｒｇバリアントを有する女性の４８％が、体重を減少させたことが見出された（Ｓｈｉｗａｋｕら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｂｅｓ  Ｒｅｌａｔ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｏｒｄ  ２７：１０２８−１０３６，２００３）。これらの２つの研究から、そのバリアントが、食餌および運動による減量の困難さと関連すると示唆される。２９人の男性および４１人の女性において行われた研究（Ｐｈａｒｅｓら、Ｏｂｅｓ  Ｒｅｓ  １２：８０７−８１５，２００４）から、監督された有酸素運動のトレーニングの２４週間後に、ＡＤＲＢ３  ６４Ａｒｇ保有者が、非保有者よりも多く脂肪の質量および体幹脂肪を減少させたことが示された。これらの結果は、運動に対する逆の対立遺伝子の応答を証明しているとみられるが、この研究のレジメンにおける運動のレベルは、より激しく、監督された耐久トレーニングだった。肥満の状態が、エネルギー支出に対するそのバリアントの中程度の効果を隠す交絡因子であり得るので、運動に応答する遺伝子型の差異の解釈は、多くの研究においてさらに複雑であり得る（Ｔｃｈｅｒｎｏｆら、Ｄｉａｂｅｔｅｓ  ４８：１４２５−１４２８，１９９９）。
【００３２】
したがって、いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２遺伝子座、ＰＰＡＲＧ遺伝子座、ＡＤＲＢ３遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２遺伝子座のうちの１つ以上（すなわち、２、３または４つ）に関して被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する。いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの１つ以上（すなわち、２、３、４または５つ）を有する被験体の遺伝子型を入手することに関する被験体の遺伝子型の同定を包含する。
【００３３】
いくつかの実施形態によれば、被験体の単一の多型代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される代謝遺伝子の対立遺伝子に関する遺伝子型の同定を包含する。
【００３４】
いくつかの実施形態によれば、被験体の複合代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される少なくとも２つの代謝遺伝子の対立遺伝子に関する遺伝子型の同定を包含する。
【００３５】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される少なくとも３つの代謝遺伝子の対立遺伝子に関する複合多型遺伝子型の同定を包含する。
【００３６】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される少なくとも４つの代謝遺伝子の対立遺伝子に関して複合多型遺伝子型の同定を包含する。
【００３７】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、代謝遺伝子の対立遺伝子ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座の各々に関して複合多型遺伝子型を同定する工程を包含する。
【００３８】
被験体の単一の多型代謝遺伝子型および／または複合代謝遺伝子型の結果は、食餌介入および／または運動介入による「より低い応答性」または「より高い応答性」の結果を構成するものを含む体重管理リスクとの関係、２）関連する臨床結果または健康関連の生物学的マーカーの結果、３）体重管理のための介入の選択との関係、および４）各遺伝子型の有病率に従って分類され得る。下記の表１および２は、ある特定の代謝遺伝子の対立遺伝子を定義し、ある特定の代謝障害／パラメータに対する感受性についての高リスクを説明している。
【００３９】
【表１】
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【００４０】
【表２−１】
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【００４１】
【表２−２】
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【００４２】
【表２−３】
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【００４３】
【表２−４】
0005651585.tif 000006
いくつかの実施形態によれば、適切な治療的介入もしくは食餌性介入または生活習慣の変更について被験体を選択するためまたはスクリーニングするために被験体における血中脂質レベルを測定するための方法およびキットが提供される。本発明は、被験体のＨＤＬ、ＬＤＬおよび／またはトリグリセリドの測定を提供する。被験体は、男性の場合、約４０ｍｇ／ｄＬ以下および女性の場合、５０ｍｇ／ｄＬ以下の低レベルのＨＤＬ、もしくは約１００ｍｇ／ｄＬ以上の高レベルのＬＤＬ、もしくは約１５０ｍｇ／ｄＬ以上の高レベルのトリグリセリド、またはそれらの任意の組み合わせを有するとスクリーニングされたときに、異常な脂質プロファイルまたは異脂肪血症を有すると考えられる。
【００４４】
いくつかの実施形態によれば、低レベルのＨＤＬは、２０〜６０ｍｇ／ｄＬまたは５０〜５９ｍｇ／ｄＬまたは４０〜４９ｍｇ／ｄＬまたは３０〜３９ｍｇ／ｄＬまたは＜３０ｍｇ／ｄＬであり；高レベルのＬＤＬは、１００〜＞１９０ｍｇ／ｄＬまたは１００〜１２９ｍｇ／ｄＬまたは１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬまたは１６０〜１９０ｍｇ／ｄＬまたは＞１９０ｍｇ／ｄＬであり；そして高レベルのトリグリセリドは、１５０〜＞５００ｍｇ／ｄＬまたは１５０〜１９９ｍｇ／ｄＬまたは２００〜５００ｍｇ／ｄＬまたは＞５００ｍｇ／ｄＬである。
【００４５】
いくつかの実施形態によれば、被験体は、体重管理ストラテジーに対する応答についての臨床試験または治療的介入にむけてスクリーニングされ得、そのスクリーニングは、対立遺伝子プロファイルおよび／または本発明の複合遺伝子型によって被験体を同定する工程、ならびにＨＤＬまたはＬＤＬまたはトリグリセリドの予測レベルを用いて、推奨される治療／食餌／生活習慣またはそれらの組み合わせに対する応答について予測する工程を含む。
【００４６】
いくつかの実施形態によれば、体重管理のための臨床試験にむけて被験体をスクリーニングするための方法およびキットが提供され、ここで、低体重の被験体は、＜１８．５のＢＭＩを有し；過体重の被験体は、２５〜２９．９の範囲を有し、肥満の被験体は、３０〜３９．９のＢＭＩを有し、そして＞４０．０のＢＭＩは、非常に肥満であると考えられる。これらの被験体において代謝遺伝子型を同定することにより、ＢＭＩ２５を有する被験体が低カロリー食のみによってＢＭＩ２２に達する困難さについて検討するツールが医療専門家に提供され得る。
【００４７】
表３は、ある特定の代謝遺伝子型についての民族的な有病率を提供している。
【００４８】
【表３】
0005651585.tif 000007
これらの遺伝子の変異の組み合わせは、１）食餌中の特定の多量養素に対して被験体がどのように応答するか、および２）運動を通じて体重を維持するかまたは減少させる能力に最終的に影響するエネルギー代謝における様々な傾向に影響する。代謝遺伝子型の決定は、健常被験体が、まだ顕れていない有害な体重管理の問題についての遺伝的リスクを同定することを補助し得る。遺伝子関連のリスクを早期に知ることにより、健康に関する個別の個人仕様の判断（栄養、生活習慣）が助けられ得、それにより、将来の健康が保存され得、ならびに最適な体重および体組成を管理するための栄養および生活習慣の選択に対する被験体の注目に優先順位をつける最良の方法についての指示が提供され得る。
【００４９】
被験体の代謝遺伝子型から得た情報は、有害な体重管理の問題に対する被験体の遺伝的リスクを予測するために使用され得る。被験体の遺伝子型は、リスクを評価するため、および適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨の選択を可能にするために使用され得る。標記の遺伝子型の同定は、体重減少を達成するためおよび／または維持するためのストラテジーを考案するために、治療もしくは栄養または生活習慣の変更あるいはいずれか２つまたは３つの組み合わせとその被験体とを対にするために使用され得る。一般に、１つ以上の代謝遺伝子の被験体の対立遺伝子パターンが、体重減少管理プログラムにおける、運動ありまたはなしでの、食餌中の多量養素およびエネルギー制限に対する被験体の予測される応答性を分類するために使用され得る。したがって、個人仕様の体重管理プログラムは、被験体の予測される応答に基づいて被験体に対して選択され得る。例えば、体重管理プログラムは、ある特定の多量養素および運動の程度に対する応答性についての被験体の素因に基づいて、一連の栄養カテゴリーのうちの１つおよび一連の運動カテゴリーのうちの１つに被験体の代謝遺伝子型を分類し得る。栄養カテゴリー、運動カテゴリーまたはそれらの組み合わせは、被験体の遺伝的パターンに基づいて被験体に対して選択され得る。
【００５０】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座からなる群から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定する工程を包含し、ここで、前記遺伝子座に関する被験体の遺伝子型は、有害な体重管理の問題に対する被験体の高い感受性についての情報を提供し、有害な体重管理の問題に対する被験体の感受性に適した治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨の選択を可能にする。
【００５１】
いくつかの実施形態によれば、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００５２】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００５３】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００５４】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００５５】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．２もしくは１．１のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１およびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００５６】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つのいずれかと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００５７】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００５８】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００５９】
いくつかの実施形態によれば、治療／食餌レジメンは、ニュートラシューティカル（ｎｕｔｒａｃｅｕｔｉｃａｌ）を投与することを含む。
【００６０】
いくつかの実施形態によれば、上記の方法は、治療／食餌レジメンまたは生活習慣の変更から起こり得る利益に関して被験体を分類する工程をさらに包含する。
【００６１】
いくつかの実施形態によれば、上に記載された方法の低脂肪食は、総カロリーの約３５パーセント以下を脂肪から提供する。
【００６２】
いくつかの実施形態によれば、上に記載された方法の低炭水化物食は、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する。
【００６３】
いくつかの実施形態によれば、上に記載された方法のカロリー制限食は、総カロリーを被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する。
【００６４】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも３つに関して被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する。
【００６５】
いくつかの実施形態によれば、被験体の代謝遺伝子型を同定するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも４つに関して被験体の遺伝子型を同定する工程を包含する。
【００６６】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定する工程；およびｂ）起こり得る利益をその被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーにその被験体を分類する工程を包含し、ここで、栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食から選択され、運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動から選択される。
【００６７】
いくつかの実施形態によれば、被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択するための方法が提供され、その方法は、（ａ）ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）対立遺伝子１（ＡｌａまたはＧ）、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）対立遺伝子２（ＴｈｒまたはＡ）、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子１（ＰｒｏまたはＣ）、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子２（ＡｌａまたはＧ）、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）対立遺伝子１（ＴｒｐまたはＴ）、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）対立遺伝子２（ＡｒｇまたはＣ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）対立遺伝子１（ＧｌｙまたはＧ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）対立遺伝子２（ＡｒｇまたはＡ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）対立遺伝子１（ＧｌｎまたはＣ）およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）対立遺伝子２（ＧｌｕまたはＧ）からなる群から選択される少なくとも２つの対立遺伝子の対立遺伝子パターンを検出する工程（ここで、その対立遺伝子パターンの存在は、食餌および／または運動に対する被験体の応答を予測するものである）、および（ｂ）食餌および／または運動に対する被験体の予測される応答に適した治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択する工程を包含する。
【００６８】
いくつかの実施形態によれば、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１（Ｐｒｏ／ＰｒｏまたはＣ／Ｃ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１（Ｇｌｎ／ＧｌｎまたはＣ／Ｃ）およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＡ／Ａ）およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１（Ｔｒｐ／ＴｒｐまたはＴ／Ｔ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００６９】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＡ／Ａ）およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１（Ｔｒｐ／ＴｒｐまたはＴ／Ｔ）と組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）または１．２（Ａｌａ／ＴｈｒまたはＧ／Ａ）のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１（Ｐｒｏ／ＰｒｏまたはＣ／Ｃ）、ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１（Ｇｌｎ／ＧｌｎまたはＣ／Ｃ）、１．２（Ｇｌｎ／ＧｌｕまたはＣ／Ｇ）または２．２（Ｇｌｕ／ＧｌｕまたはＧ／Ｇ）のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００７０】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＡ／Ａ）およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１（Ｔｒｐ／ＴｒｐまたはＴ／Ｔ）と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２（Ｐｒｏ／Ａｌａ（Ｃ／Ｇ）もしくは２．２（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２（Ｇｌｎ／ＧｌｕまたはＣ／Ｇ）もしくは２．２（Ｇｌｕ／ＧｌｕまたはＧ／Ｇ）のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００７１】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＡ／Ａ）およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１（Ｔｒｐ／ＴｒｐまたはＴ／Ｔ）と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２（Ｐｒｏ／ＡｌａまたはＣ／Ｇ）または２．２（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）または１．２（Ａｌａ／ＴｈｒまたはＧ／Ａ）のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される。
【００７２】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．２（Ｇｌｙ／ＡｒｇまたはＧ／Ａ）もしくは２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＡ／Ａ）のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２（Ａｒｇ／ＴｒｐまたはＴ／Ｃ）もしくは２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＣ／Ｃ）のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）およびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１（Ｐｒｏ／ＰｒｏまたはＣ／Ｃ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００７３】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１（Ｇｌｎ／ＧｌｎまたはＣ／Ｃ）、１．２（Ｇｌｎ／ＧｌｕまたはＣ／Ｇ）または２．２（Ｇｌｕ／ＧｌｕまたはＧ／Ｇ）のうちの１つおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１（Ｇｌｙ／ＧｌｙまたはＧ／Ｇ）もしくは１．２（Ｇｌｙ／ＡｒｇまたはＧ／Ａ）のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２（Ｔｒｐ／ＡｒｇまたはＴ／Ｃ）もしくは２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＣ／Ｃ）のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）もしくは１．２（Ａｌａ／ＴｈｒまたはＧ／Ａ）のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１（Ｐｒｏ／ＰｒｏまたはＣ／Ｃ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００７４】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１（Ｇｌｙ／ＧｌｙまたはＧ／Ｇ）もしくは１．２（Ｇｌｙ／ＡｒｇまたはＧ／Ａ）のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２（Ｔｒｐ／ＡｒｇまたはＴ／Ｃ）もしくは２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＣ／Ｃ）のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２（Ｐｒｏ／ＡｌａまたはＣ／Ｇ）もしくは２．２（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２（Ｇｌｎ／ＧｌｕまたはＣ／Ｇ）もしくは２．２（Ｇｌｕ／ＧｌｕまたはＧ／Ｇ）のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００７５】
いくつかの実施形態によれば、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１（Ｇｌｙ／ＧｌｙまたはＧ／Ｇ）もしくは１．２（Ｇｌｙ／ＡｒｇまたはＧ／Ａ）のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２（Ｔｒｐ／ＡｒｇまたはＴ／Ｃ）もしくは２．２（Ａｒｇ／ＡｒｇまたはＣ／Ｃ）のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２（Ｐｒｏ／ＡｌａまたはＣ／Ｇ）または２．２（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１（Ａｌａ／ＡｌａまたはＧ／Ｇ）または１．２（Ａｌａ／ＴｈｒまたはＧ／Ａ）のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体は、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される。いくつかの実施形態によれば、その被験体は、定期的な運動に対してより低い応答性であるとさらに予測される。
【００７６】
いくつかの実施形態によれば、有害な体重管理の問題に対する被験体の遺伝的リスクを予測するための方法が提供され、その方法は、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）対立遺伝子１（ＡｌａまたはＧ）、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）対立遺伝子２（ＴｈｒまたはＡ）、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子１（ＰｒｏまたはＣ）、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子２（ＡｌａまたはＧ）、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）対立遺伝子１（ＴｒｐまたはＴ）、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）対立遺伝子２（ＡｒｇまたはＣ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）対立遺伝子１（ＧｌｙまたはＧ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）対立遺伝子２（ＡｒｇまたはＡ）、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）対立遺伝子１（ＧｌｎまたはＣ）およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）対立遺伝子２（ＧｌｕまたはＧ）からなる群から選択される少なくとも２つの対立遺伝子を含む遺伝的多型パターンを検出する工程を包含し、ここで、その遺伝的多型パターンの存在は、食餌および／または運動に対する被験体の応答を予測するものである。
【００７７】
いくつかの実施形態によれば、治療／食餌レジメンは、ニュートラシューティカルを投与することを含む。
【００７８】
いくつかの実施形態によれば、上記の方法は、治療／食餌レジメンまたは生活習慣の変更から起こり得る利益に関して被験体を分類する工程をさらに包含する。
【００７９】
いくつかの実施形態によれば、上に記載された方法の低脂肪食は、総カロリーの約３５パーセント以下を脂肪から提供する。
【００８０】
いくつかの実施形態によれば、上に記載された方法の低炭水化物食は、総カロリーの約５０パーセント未満を炭水化物から提供する。
【００８１】
いくつかの実施形態によれば、上に記載された方法のカロリー制限食は、総カロリーを被験体の体重管理レベルの９５％未満に制限する。
【００８２】
いくつかの実施形態によれば、ａ）以下：ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座；ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座；ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座；ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座；およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座から選択される多型遺伝子座のうちのいずれか４つに関して被験体の遺伝子型を決定するための試薬；およびｂ）被験体の代謝遺伝子型を決定するための使用説明書、ならびに起こり得る利益を被験体が得ると予測される栄養カテゴリーおよび／または運動カテゴリーに被験体を分類するための手段を備えたキットが提供され、ここで、栄養カテゴリーは、低脂肪食；低炭水化物食；高タンパク質食；およびカロリー制限食からなる群から選択され、運動カテゴリーは、軽い運動；通常の運動；および激しい運動からなる群から選択される。
【００８３】
いくつかの実施形態によれば、キットは、治療／食餌レジメンまたは生活習慣の変更から起こり得る利益に関して被験体をさらに分類する。
【００８４】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１の組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００８５】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低脂肪のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１、ならびにさらにＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００８６】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型を有する被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００８７】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低炭水化物のカロリー制限食；定期的な運動；またはその両方に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）２．２およびＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．１と組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００８８】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．２もしくは１．１のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１およびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００８９】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低脂肪のカロリー制限食に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．１、１．２または２．２のうちの１つおよびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つおよびＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．１の組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００９０】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２もしくは２．２のうちの１つおよび／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）１．２もしくは２．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００９１】
いくつかの実施形態によれば、キットは、低炭水化物のカロリー制限食に応答性であると予測される、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）１．１もしくは１．２のうちの１つまたはＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４）１．２もしくは２．２のうちの１つと組み合わされる、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）１．２または２．２のうちの１つおよびＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３）１．１または１．２のうちの１つの組み合わせ遺伝子型について被験体を遺伝子型解析するための試薬を備える。
【００９２】
いくつかの実施形態によれば、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも４つに関して被験体の遺伝子型を同定することを含む被験体の代謝遺伝子型を決定するための試薬および使用説明書を備えるキットが提供される。
【００９３】
いくつかの実施形態によれば、ＦＡＢＰ２（ｒｓ１７９９８８３；Ｇ／Ａ）遺伝子座、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２；Ｃ／Ｇ）遺伝子座、ＡＤＲＢ３（ｒｓ４９９４；Ｃ／Ｔ）遺伝子座、ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３；Ａ／Ｇ）遺伝子座および／またはＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４；Ｃ／Ｇ）遺伝子座のうちの少なくとも３つに関して被験体の遺伝子型を同定することを含む被験体の代謝遺伝子型を決定するための試薬および使用説明書を備えるキットが提供される。
【００９４】
栄養カテゴリー
栄養カテゴリーは、通常、被験体の代謝遺伝子型に基づいて被験体に対して推奨される多量養素（すなわち、脂肪、炭水化物、タンパク質）の量に基づいて分類される。被験体にとって適切な治療／食餌レジメンまたは生活習慣の推奨を選択する主要な目標は、被験体の代謝遺伝子型を、その被験体が応答性である可能性が最も高い栄養カテゴリーと対にすることである。栄養カテゴリーは、通常、被験体の食餌に対してまたはカロリー制限（例えば、被験体に与えられる総カロリー数の制限および／または特定の多量養素から被験体に与えられるカロリー数の制限）に関して提案される多量養素の相対量に関して表される。例えば、栄養カテゴリーとしては、１）低脂肪の低炭水化物食；２）低脂肪食または３）低炭水化物食が挙げられ得るが、これらに限定されない。あるいは、栄養カテゴリーは、被験体の代謝遺伝子型に基づいて被験体に対して推奨されるある特定の多量養素の制限に基づいて分類され得る。例えば、栄養カテゴリーは、１）バランス食もしくはカロリー制限食；２）脂肪制限食または３）炭水化物制限食として表され得る。
【００９５】
脂肪制限食または低脂肪食に応答性である代謝遺伝子型を有する被験体は、より多くの食餌性脂肪を体内に吸収する傾向があり、より遅い代謝を有する。その被験体は、体重増加する傾向が高い。臨床研究から、これらの被験体が、食餌性脂肪全体を減少させることによって健常な体重に容易に達すると示されている。これらの被験体は、低脂肪食および／または低カロリー食を守ることによって、減量を大きく成功させ得る。さらに、これらの被験体は、低カロリー食における飽和脂肪を一不飽和脂肪で置き換えることからも恩恵を受ける。臨床研究から、これらの同じ食餌の改変によって、身体が糖および脂肪を代謝する能力が改善されることも示されている。
【００９６】
炭水化物制限食または低炭水化物食に応答性である代謝遺伝子型を有する被験体は、過剰な炭水化物摂取からの体重増加に対してより感受性である傾向がある。その被験体は、低カロリー食における炭水化物を減少させることによって、減量を大きく成功させ得る。この遺伝的パターンを有する被験体は、１日の炭水化物摂取が、例えば、総カロリーの４９％を超える場合などの、１日の炭水化物摂取が高い場合、肥満症になりがちであり、血糖調節が困難である。炭水化物の減少は、血糖調節を最適化し、さらなる体重増加のリスクを低下させると示されている。その被験体が、食餌中に多い飽和脂肪および少ない一不飽和脂肪を有する場合、体重増加および高血糖のリスクが高まる。これらの被験体は、総カロリーを制限しつつ、炭水化物全体の摂取を制限し、その食餌の脂肪組成を一不飽和脂肪に変えること（例えば、飽和脂肪が少なく、かつ炭水化物が少ない食餌）から恩恵を受け得る。
【００９７】
脂肪と炭水化物とのバランスに対して応答性である代謝遺伝子型を有する被験体は、低脂肪食または低炭水化物食に対して一貫した必要性を示さない。これらの被験体において、鍵となる生物学的マーカー（例えば、体重、体脂肪および血漿脂質プロファイル）は、脂肪および炭水化物のバランスがとれた食餌に対して良好に応答する。体重減少に興味があるこの遺伝的パターンを有する被験体の場合、カロリーが制限されたバランス食が、体重減少および体脂肪の減少を促進すると見出されている。
【００９８】
低脂肪食とは、総カロリーの約１０％〜約４０％未満を脂肪から提供する食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、総カロリーの約３５パーセントしか（例えば、約１９％、２１％、２３％、２２％、２４％、２６％、２８％、３３％などしか）脂肪から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、総カロリーの約３０％以下を脂肪から提供する食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、総カロリーの約２５％以下を脂肪から提供する食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、総カロリーの約２０％以下を脂肪から提供する食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、総カロリーの約１５％以下を脂肪から提供する食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、総カロリーの約１０％以下を脂肪から提供する食餌のことを指す。
【００９９】
いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、１日あたり約１０グラム〜約６０グラムの脂肪である食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、１日あたり約５０グラム未満（例えば、約１０、２５、３５、４５グラム未満などの）の脂肪である食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、１日あたり約４０グラム未満の脂肪である食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、１日あたり約３０グラム未満の脂肪である食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低脂肪食とは、１日あたり約２０グラム未満の脂肪である食餌のことを指す。
【０１００】
脂肪は、飽和脂肪酸と不飽和（一不飽和および多価不飽和）脂肪酸の両方を含む。いくつかの実施形態によれば、飽和脂肪をカロリーの１０パーセント未満に減少させることが、飽和脂肪が少ない食餌である。いくつかの実施形態によれば、飽和脂肪をカロリーの１５パーセント未満に減少させることが、飽和脂肪が少ない食餌である。いくつかの実施形態によれば、飽和脂肪をカロリーの２０パーセント未満に減少させることが、飽和脂肪が少ない食餌である。
【０１０１】
低炭水化物（ＣＨＯ）食とは、総カロリーの約２０％〜約５０％未満を炭水化物から提供する食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物（ＣＨＯ）食とは、総カロリーの約５０パーセントしか（例えば、約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％などしか）炭水化物から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食とは、総カロリーの約４５パーセントしか炭水化物から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食とは、総カロリーの約４０パーセントしか炭水化物から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食とは、総カロリーの約３５パーセントしか炭水化物から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食とは、総カロリーの約３０パーセントしか炭水化物から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食とは、総カロリーの約２５パーセントしか炭水化物から提供されない食餌のことを指す。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食とは、総カロリーの約２０パーセントしか炭水化物から提供されない食餌のことを指す。
【０１０２】
低炭水化物（ＣＨＯ）食とは、１日あたり約２０〜約２５０グラムの炭水化物の食餌などの、食餌中の炭水化物のグラム量を制限する食餌のことを指し得る。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約２２０グラムを超えない（例えば、わずか約４０、７０、９０、１１０、１３０、１８０、２１０グラムなどの）炭水化物を含む。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約２００グラムを超えない炭水化物を含む。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約１８０グラムを超えない炭水化物を含む。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約１５０グラムを超えない炭水化物を含む。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約１３０グラムを超えない炭水化物を含む。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約１００グラムを超えない炭水化物を含む。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物食は、１日あたり約７５グラムを超えない炭水化物を含む。
【０１０３】
カロリー制限食またはバランス食とは、多量養素に対するいかなる優先も関係なく摂取総カロリーを被験体の体重維持レベル（ＷＭＬ）未満に制限する食餌のことを指す。バランス食またはカロリー制限食は、例えば、任意の特定の多量養素から摂取されるカロリーを制限することに対して特別焦点を当てることなく被験体の総カロリー摂取を被験体のＷＭＬ未満に減少させることによって、被験体のカロリー摂取全体を減少させようとするものである。したがって、いくつかの実施形態によれば、バランス食は、被験体のＷＭＬのパーセンテージとして表され得る。例えば、バランス食は、ＷＭＬの約５０％〜約１００％の総カロリー摂取を含む食餌である。いくつかの実施形態によれば、バランス食は、ＷＭＬの１００％未満（例えば、約９９％、９７％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％未満）の総カロリー摂取を含む食餌である。この枠組み内において、バランス食は、その食餌中の多量養素の健康的なバランスまたは所望のバランスを達成し、そしてそれは、低脂肪；低飽和脂肪；低炭水化物；低脂肪および低炭水化物；または低飽和脂肪および低炭水化物であり得る。例えば、食餌は、低脂肪のカロリー制限食であり得る（ここで、低脂肪は、本明細書の上で提供されたような意味を有する）。食餌は、低炭水化物のカロリー制限食であり得る（ここで、低炭水化物は、本明細書の上で提供されたような意味を有する）。食餌は、カロリーが制限されたバランス食であり得る（例えば、摂取総カロリーがＷＭＬ未満である場合に、多量養素の相対的な割合が変動し得る）。いくつかの実施形態によれば、低炭水化物（ｌｏｗ−ｃａｒｂ）食（炭水化物：４５％、タンパク質：２０％および脂肪：３５％）は、Ａｔｋｉｎｓ  ｄｉｅｔ、Ｇｌｙｃｅｍｉｃ  Ｉｍｐａｃｔ  Ｄｉｅｔ、Ｓｏｕｔｈ  Ｂｅａｃｈ  Ｄｉｅｔ、Ｓｕｇａｒ  Ｂｕｓｔｅｒｓ  Ｄｉｅｔおよび／またはＺｏｎｅ  Ｄｉｅｔのうちのいずれかを含む。
【０１０４】
いくつかの実施形態によれば、低脂肪食（炭水化物：６５％、タンパク質：１５％、脂肪：２０％）は、Ｌｉｆｅ  Ｃｈｏｉｃｅ  Ｄｉｅｔ（Ｏｒｎｉｓｈ  Ｄｉｅｔ）、Ｐｒｉｔｉｋｉｎ  Ｄｉｅｔおよび／または市販の他の心臓健康食のうちのいずれかを含む。
【０１０５】
いくつかの実施形態によれば、バランス食（炭水化物：５５％、タンパク質：２０％、脂肪：２５％）は、Ｂｅｓｔ  Ｌｉｆｅ  Ｄｉｅｔ、Ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅａｎ  Ｄｉｅｔ、Ｓｏｎｏｍａ  Ｄｉｅｔ、Ｖｏｌｕｍｅｔｒｉｃｓ  Ｅａｔｉｎｇ  Ｄｉｅｔ、Ｗｅｉｇｈｔ  Ｗａｔｃｈｅｒｓ  Ｄｉｅｔのうちのいずれかを含む。
【０１０６】
他の低炭水化物食、低脂肪食、バランス食およびカロリー制限食が、当該分野で周知であり、ゆえに、それらが、被験体の代謝遺伝子型、およびカロリー制限または他のタイプの食餌に対する予測される応答に応じて、被験体に推奨され得る。
【０１０７】
運動カテゴリー
運動カテゴリーは、通常、代謝遺伝子型が与えられた被験体が運動に対してどのように応答性であるかに基づいて分類される。例えば、被験体は、軽い運動、中程度の運動、強い運動または非常に強い運動に応答性であり得る。
【０１０８】
運動に応答性である代謝遺伝子型を有する被験体は、身体活動に応答して、体脂肪を効率的に分解することができる。その被験体は、著しい体重減少を伴って運動に応答する傾向があり、その体重減少を維持する可能性が高い。軽い運動または中程度の運動に応答性である場合、その被験体は、このカテゴリーに入る。
【０１０９】
運動に対する応答性が低い代謝遺伝子型を有する被験体は、代替の遺伝的パターンを有する被験体よりも、運動に応答してエネルギーのために体脂肪を分解する能力が低い。この被験体は、中程度の運動によって予想されるよりも少なく体重および体脂肪を減少させる傾向がある。これらの被験体は、エネルギーのための体脂肪の分解および体重減少を活性化するために、より多くの運動が必要である。また、これらの被験体は、体重を減らすために、一貫した運動プログラムを維持しなければならない。
【０１１０】
軽い活動とは、通常、１週間あたり１〜３日運動する（積極的なワークアウト（ｗｏｒｋｏｕｔ）またはスポーツに取り組む）被験体のことを指す。中程度の活動とは、通常、１週間あたり３〜５日運動する（積極的なワークアウトまたはスポーツに取り組む）被験体のことを指す。強い活動とは、通常、１週間あたり６〜７日運動する（積極的なワークアウトまたはスポーツに取り組む）被験体のことを指す。非常に強い活動または極度の活動とは、通常、平均して１日に１回より多く（例えば、１日に２回）運動する（積極的なワークアウトまたはスポーツに取り組む）被験体のことを指す。定期的な運動とは、少なくとも軽い運動または少なくとも中程度の運動である活動のことを指す。
【０１１１】
より正確には、活動レベルは、ＢＭＲに対するパーセンテージに関して表され得る。例えば、Ｈａｒｒｉｓ−ＢｅｎｅｄｉｃｔまたはＫａｔｃｈ−ＭｃＡｒｄｌｅの式の乗数が、活動レベルを定義する基準として使用され得る。したがって、軽い運動とは、被験体のＴＤＥＥをＢＭＲの約１２５％（すなわち、約２５％の増加）からＢＭＲの約１４０％未満（例えば、約１２８％、１３０％、１３３％、１３５％、１３７．５％など）に増加させるように設計される推奨活動レベルのことを指す。中程度の運動とは、被験体のＴＤＥＥをＢＭＲの約１４０％からＢＭＲの約１６０％未満（例えば、約１４２％、１４５％、１５０％、１５５％、１５８％など）に増加させるように設計される推奨活動レベルのことを指す。強い運動とは、被験体のＴＤＥＥをＢＭＲの約１６０％からＢＭＲの約１８０％未満（例えば、約１６２％、１６５％、１７０％、１７２．５％、１７５％、１７８％など）に増加させるように設計される推奨活動レベルのことを指す。非常に強い運動または極度の運動とは、被験体のＴＤＥＥをＢＭＲの約１８０％からＢＭＲの約２１０％超（例えば、約１８２％、１８５％、１９０％、１９５％、２００％など）に増加させるように設計される推奨活動レベルのことを指す。
【０１１２】
あるいは、いくつかの実施形態によれば、「通常の運動」のルーチンは、１週間あたり２．５時間（１５０分）の中程度の強度の活動（中程度の強度の活動は、３．０〜５．９ＭＥＴと定義される）を含み、「軽い運動」のルーチンは、１週間あたり２．５時間未満の中程度の強度の活動を含み、「激しい運動」のルーチンは、１週間あたり１３ＭＥＴ超の強い強度の活動（強い強度の活動は、６ＭＥＴ以上と定義される）を含む。１ＭＥＴは、１カロリー／ｋｇ体重／時と等しい。被験体によって消費される総ｋｃａｌ＝活動のＭＥＴ値×体重（単位はｋｇ）×時間（単位は時間）。
【０１１３】
体重の増加または減少は、摂取カロリーと消費カロリーとのバランスに依存する。摂取カロリーの量が、消費カロリー数よりも大きいとき、体重増加が生じ得る。対照的に、摂取カロリーが、消費カロリー数よりも少ない場合、体重減少が生じ得る。被験体のＷＭＬとは、現在の体重を維持するために被験体が摂取する必要がある総カロリー摂取のことを指す。被験体のＷＭＬは、当該分野で公知の任意の方法を用いて決定され得るかまたは計算され得る。ＷＭＬは、しばしば、１日の総エネルギー消費量（ＴＤＥＥ）または推定エネルギー必要量（ＥＥＲ）として表される。当該分野において使用されるときのＴＤＥＥおよびＥＥＲの意味は、被験体の体重維持レベルを計算する様式を反映する技術的な相違を有し得るが、これらの用語は、それらの技術的な相違を維持しつつ、全般的な意味において交換可能に使用され得る。ＷＭＬは、被験体のＷＭＬを決定するために当該分野において使用される任意の方法（例えば、ＴＤＥＥまたはＥＥＲ）を用いて計算され得る。
【０１１４】
平均して、米国における女性の場合、ＷＭＬは、１日あたり２０００〜２１００カロリーである。男性は、平均して、１日あたり２７００〜２９００カロリーというより高いＷＭＬに達する。ＴＤＥＥを計算するための好ましい方法は、当業者に周知のＨａｒｒｉｓ−Ｂｅｎｅｄｉｃｔ計算またはＫａｔｃｈ−ＭｃＡｒｄｌｅの式を用いることによるものである。簡潔には、Ｈａｒｒｉｓ−Ｂｅｎｅｄｉｃｔの式は、まず、被験体の基礎代謝率（ＢＭＲ）を決定し、次いで、活動レベルについてのベースを調整することにより、被験体のＴＤＥＥを得る。例えば、女性に対するＢＭＲは、以下の式に従って計算され得る：ＢＭＲｆ＝６５．５１＋（９．５６３×ｋｇ）＋（１．８５０×ｃｍ）−（４．６７６×年齢）。男性に対するＢＭＲは、以下の式に従って計算され得る：ＢＭＲｍ＝６６．５＋（１３．７５×ｋｇ）＋（５．００３×ｃｍ）−（６．７７５×年齢）。そして、このＢＭＲは、ＢＭＲに、特定の活動レベルに割り当てられた乗数を乗じることによって調整される。以下の表に、そのような乗数の例が提供されている。結果は、被験体のＴＤＥＥである。
【０１１５】
【表４】
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Ｋａｔｃｈ＆ＭｃＡｒｄｌｅの式は、被験体の除脂肪体重（ＬＢＭ）に基づく。例えば、ＢＭＲは、以下の式に従って計算される：ＢＭＲ（男性および女性）＝３７０＋（２１．６×除脂肪質量（ｌｅａｎ  ｍａｓｓ）（単位はｋｇ））。Ｋａｔｃｈ−ＭｃＡｒｄｌｅの式は、ＬＢＭを説明するものであるので、この単一の式が、男性と女性の両方に等しく適用される。そして、ＴＤＥＥは、Ｈａｒｒｉｓ−Ｂｅｎｅｄｉｃｔ計算において使用されるような活動の乗数を用いて決定される（上表）。
【０１１６】
分類
通常、被験体の代謝遺伝子型は、単一の栄養カテゴリーおよび単一の運動カテゴリーに入ることになる。したがって、いくつかの実施形態によれば、被験体は、その代謝遺伝子型に基づいて栄養カテゴリーおよび運動カテゴリーに分類され得る。例えば、被験体は、以下の６つのカテゴリーのうちの１つに分類され得る：１）脂肪制限に応答性かつ運動に応答性；２）脂肪制限に応答性かつ運動に低い応答性；３）炭水化物制限に応答性かつ運動に応答性；４）炭水化物制限に応答性かつ運動に低い応答性；５）脂肪と炭水化物とがバランスをとれていて運動に応答性；および６）脂肪と炭水化物とがバランスをとれていて運動に低い応答性。
【０１１７】
１）脂肪制限に応答性かつ運動に応答性：この遺伝的パターンを有する被験体は、より多くの食餌性脂肪を体内に吸収し、より遅い代謝を有する。この被験体は、体重増加する傾向が高い。臨床研究から、これらの被験体が、食餌性脂肪全体を減少させることによって健常な体重に容易に達すると示されている。これらの被験体は、低脂肪の低カロリー食を守ることによって減量を大きく成功させ得る。さらに、これらの被験体は、低カロリー食における飽和脂肪を一不飽和脂肪で置き換えることからも恩恵を受ける。臨床研究から、これらの同じ食餌の改変によって、身体が糖および脂肪を代謝する能力が改善されることも示されている。
【０１１８】
この遺伝的パターンを有する被験体は、身体活動に応答して体脂肪を効率的に分解することができる。この被験体は、著しい体重減少を伴って運動に応答する傾向があり、その体重減少を維持する可能性が高い。そのような被験体は、少なくとも軽い運動または少なくとも中程度の運動などの任意のレベルの活動の増加から恩恵を受け得る。
【０１１９】
２）脂肪制限に応答性かつ運動に低い応答性−この遺伝的パターンを有する被験体は、より多くの食餌性脂肪を体内に吸収し、より遅い代謝を有する。この被験体は、体重増加する傾向が高い。臨床研究から、これらの被験体が、食餌性脂肪全体を減少させることによって健常な体重に容易に達すると示されている。これらの被験体は、低脂肪の低カロリー食を守ることによって減量を大きく成功させ得る。さらに、これらの被験体は、低カロリー食における飽和脂肪を一不飽和脂肪で置き換えることからも恩恵を受ける。臨床研究から、これらの同じ食餌の改変によって、身体が糖および脂肪を代謝する能力が改善されることも示されている。
【０１２０】
この遺伝的パターンを有する被験体は、代替の遺伝的パターンを有する被験体よりも、運動に応答してエネルギーのために体脂肪を分解する能力が低い。この被験体は、中程度の運動によって予想されるよりも少なく体重および体脂肪を減少させる傾向がある。これらの被験体は、エネルギーのための体脂肪の分解および体重減少を活性化するために、より多くの運動が必要である。また、これらの被験体は、体重を減らすために、一貫した運動プログラムを維持しなければならない。
【０１２１】
３）炭水化物制限に応答性かつ運動に応答性−この遺伝的パターンを有する被験体は、過剰な炭水化物摂取からの体重増加により感受性である。この被験体は、低カロリー食における炭水化物を減少させることによって、減量を大きく成功させ得る。この遺伝的パターンを有する被験体は、その１日の炭水化物摂取が、総カロリーの４９％を超える場合、肥満症になりがちであり、血糖調節が困難である。炭水化物の減少は、血糖調節を最適化し、さらなる体重増加のリスクを低下させると示されている。この被験体が、その食餌中に多い飽和脂肪および少ない一不飽和脂肪を有する場合、体重増加および高血糖のリスクが高まる。これらの被験体は、総カロリーを制限しつつ、炭水化物全体の摂取を制限し、その食餌の脂肪組成を一不飽和脂肪に変えることから恩恵を受け得る。
【０１２２】
この遺伝的パターンを有する被験体は、身体活動に応答して体脂肪を効率的に分解することができる。この被験体は、著しい体重減少を伴って運動に応答する傾向があり、その体重減少を維持する可能性が高い。
【０１２３】
４）炭水化物制限に応答性かつ運動に低い応答性−この遺伝的パターンを有する被験体は、過剰な炭水化物摂取からの体重増加により感受性である。この被験体は、低カロリー食における炭水化物を減少させることによって、減量を大きく成功させ得る。この遺伝的パターンを有する被験体は、１日の炭水化物摂取が総カロリーの４９％を超える場合、肥満症になりがちであり、血糖調節が困難である。炭水化物の減少は、血糖調節を最適化し、さらなる体重増加のリスクを低下させると示されている。この被験体が、その食餌中に多い飽和脂肪および少ない一不飽和脂肪を有する場合、体重増加および高血糖のリスクが高まる。これらの被験体は、総カロリーを制限しつつ、炭水化物全体の摂取を制限し、その食餌の脂肪組成を一不飽和脂肪に変えることから恩恵を受け得る。
【０１２４】
この遺伝的パターンを有する被験体は、代替の遺伝的パターンを有する被験体よりも、運動に応答してエネルギーのために体脂肪を分解する能力が低い。この被験体は、中程度の運動によって予想されるよりも少なく体重および体脂肪を減少させる傾向がある。これらの被験体は、エネルギーのための体脂肪の分解および体重減少を活性化するために、より多くの運動が必要である。また、これらの被験体は、体重を減らすために、一貫した運動プログラムを維持しなければならない。
【０１２５】
５）脂肪と炭水化物とがバランスをとれていて運動に応答性−この遺伝的パターンを有する被験体は、低脂肪食または低炭水化物食の一貫した必要性を示さない。これらの被験体では、鍵となる生物学的マーカー（例えば、体重、体脂肪および血漿脂質プロファイル）は、脂肪と炭水化物とのバランスがとれた食餌にうまく応答する。減量に興味があるこの遺伝的パターンを有する被験体の場合、カロリーを制限したバランス食が、体重減少および体脂肪の減少を促進すると見出されている。
【０１２６】
この遺伝的パターンを有する被験体は、身体活動に応答して体脂肪を効率的に分解することができる。この被験体は、著しい体重減少を伴って運動に応答する傾向があり、その体重減少を維持する可能性が高い。
【０１２７】
６）脂肪と炭水化物とがバランスをとれていて運動に低い応答性−この遺伝的パターンを有する被験体は、低脂肪食または低炭水化物食の一貫した必要性を示さない。これらの被験体では、鍵となる生物学的マーカー（例えば、体重、体脂肪および血漿脂質プロファイル）は、脂肪と炭水化物とのバランスがとれた食餌にうまく応答する。減量に興味があるこの遺伝的パターンを有する被験体の場合、カロリーを制限したバランス食が、体重減少および体脂肪の減少を促進すると見出されている。
【０１２８】
この遺伝的パターンを有する被験体は、代替の遺伝的パターンを有する被験体よりも、運動に応答してエネルギーのために体脂肪を分解する能力が低い。この被験体は、中程度の運動によって予想されるよりも少なく体重および体脂肪を減少させる傾向がある。これらの被験体は、エネルギーのための体脂肪の分解および体重減少を活性化するために、より多くの運動が必要である。また、これらの被験体は、体重を減らすために、一貫した運動プログラムを維持しなければならない。
【０１２９】
栄養および運動の推奨に加えて、個人仕様の治療／食餌レジメンは、食餌性サプリメント、フード・サプリメントまたはニュートラシューティカルについての推奨も含み得る。「ニュートラシューティカル」は、その栄養面の恩恵以外の追加の恩恵を提供する任意の機能性食品である。このカテゴリーは、栄養ドリンク（ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  ｄｒｉｎｋｓ）、ダイエットドリンク（ｄｉｅｔ  ｄｒｉｎｋｓ）（例えば、ＳｌｉｍｆａｓｔＴＭなど）ならびにスポーツハーブ（ｓｐｏｒｔｓ  ｈｅｒｂａｌ）飲料および他の強化飲料を含み得る。
【０１３０】
キット
いくつかの実施形態によれば、試薬（オリゴヌクレオチド、塩、酵素、緩衝液など）およびキットを使用するための使用説明書を備えた、被験体の代謝遺伝子型を検出するためのキットが提供される。
【０１３１】
いくつかの実施形態によれば、キットは、サンプル回収手段（唾液を回収するためのスワブを含むがこれに限定されない）、回収されたサンプルを保存するためおよび発送するための保存手段を備える。そのキットは、サンプルの回収方法、サンプルの発送方法についての使用説明書を含むＣＤまたはＣＤ−ＲＯＭ、およびサンプルＤＮＡから取得された遺伝子型情報を解釈する手段、ならびにその情報を治療／食餌または生活習慣の推奨に変換する手段をさらに備える。遺伝子型パターンは、コンピュータネットワークおよびインターネットを介して、保存され得、伝送され得、そして表示され得る。その治療／食餌および生活習慣の推奨としては、本発明において記載されるものが挙げられるがこれらに限定されない。
【０１３２】
対立遺伝子の検出
対立遺伝子パターン、多型パターンまたはハプロタイプパターンは、種々の利用可能な手法のいずれかを用いて構成対立遺伝子のいずれかを検出することによって同定され得、その手法としては、１）核酸サンプルと、その対立遺伝子にハイブリダイズすることができるプローブとの間のハイブリダイゼーション反応を行うこと；２）その対立遺伝子の少なくとも一部を配列決定すること；または３）その対立遺伝子またはそのフラグメント（例えば、エンドヌクレアーゼ消化によって生成されるフラグメント）の電気泳動移動度を測定することが挙げられる。対立遺伝子は、必要に応じて、増幅工程に供された後、検出工程が行われ得る。好ましい増幅方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、クローニングおよび上記のものの変法（例えば、ＲＴ−ＰＣＲおよび対立遺伝子特異的増幅）からなる群から選択される。増幅に必要なオリゴヌクレオチドは、例えば、目的のマーカーに隣接する（ＰＣＲ増幅に必要とされる）か、またはそのマーカーと直接重複する（対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーションにおけるとき）、代謝遺伝子座内から、選択され得る。特に好ましい実施形態において、サンプルは、血管疾患関連対立遺伝子に対するセンス配列またはアンチセンス配列における５’および３’にハイブリダイズするプライマーのセットとハイブリダイズされ、そしてＰＣＲ増幅に供される。
【０１３３】
対立遺伝子は、間接的に、例えば、そのＤＮＡによってコードされるタンパク質産物を解析することによっても、検出され得る。例えば、対象のマーカーが、変異タンパク質の翻訳をもたらす場合、そのタンパク質は、種々のタンパク質検出方法のいずれかによって検出され得る。そのような方法としては、免疫検出試験およびサイズ分画などの生化学的試験（タンパク質が、切断、伸長、フォールディングの変化または翻訳後修飾の変化によって見かけの分子量が変化する場合）が挙げられる。
【０１３４】
独特のヒト染色体ゲノム配列を増幅するためのプライマーを設計するための一般的なガイドラインは、そのプライマーが、少なくとも約５０℃の融解温度を有するということであり、ここで、およその融解温度は、式Ｔ融解＝［２×（ＡまたはＴの数）＋４×（ＧまたはＣの数）］を用いて推定され得る。
【０１３５】
ヒト多型遺伝子座において特定の対立遺伝子を検出するための多くの方法が利用可能である。特定の多型対立遺伝子を検出するための好ましい方法は、その多型の分子の性質に部分的に依存し得る。例えば、多型遺伝子座の様々な対立遺伝子の形態は、そのＤＮＡの一塩基対だけ異なり得る。そのような単一ヌクレオチド多型（またはＳＮＰ）は、既知のすべての多型の８０％くらいを構成する遺伝的変異に対する主要な寄与物であり、ヒトゲノム内のその密度は、平均して１，０００塩基対あたり１塩基対であると推定される。ＳＮＰは、最も頻繁には、たった２つの異なる形態で、２対立遺伝子で存在する（が、理論的には、ＤＮＡに存在する４つの異なるヌクレオチド塩基に対応する最大４つの異なる形態のＳＮＰが可能である）。それにもかかわらず、ＳＮＰは、他の多型よりも突然変異的に安定であることから、それらは、マーカーと未知のバリアントとの間の連鎖不平衡を用いることにより疾患の原因となる突然変異をマッピングする関連研究に適する。さらに、ＳＮＰは、代表的には、たった２つの対立遺伝子しか有しないので、それらは、長さの測定ではなく単純なプラス／マイナスアッセイによって遺伝子型解析され得ることから、自動化に適する。
【０１３６】
被験体における特定の単一ヌクレオチド多型対立遺伝子の存在を検出するための種々の方法が利用可能である。この分野における進歩は、正確、簡便、かつ安価な大規模ＳＮＰ遺伝子型解析を提供してきた。ごく最近、例えば、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、マイクロプレートアレイ対角ゲル電気泳動（ＭＡＤＧＥ）、ピロシーケンス、オリゴヌクレオチド特異的ライゲーション、ＴａｑＭａｎシステム、ならびにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰチップなどの様々なＤＮＡ「チップ」技術をはじめとしたいくつかの新しい手法が報告された。これらの方法は、標的遺伝領域の増幅、代表的にはＰＣＲによる増幅を必要とする。侵襲性切断（ｉｎｖａｓｉｖｅ  ｃｌｅａｖａｇｅ）によって小シグナル分子を生成した後の、質量分析または固定化パッドロック（ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  ｐａｄｌｏｃｋ）プローブおよびローリングサークル増幅に基づいたなおも他の新しく開発された方法は、最終的にＰＣＲの必要性を無くし得る。特定の単一ヌクレオチド多型を検出するための当該分野で公知の方法のいくつかを、下記で要約する。本発明の方法は、利用可能なすべての方法を含むと理解される。
【０１３７】
単一ヌクレオチド多型の解析を容易にするいくつかの方法が開発されている。１つの実施形態において、一塩基多型は、例えば、Ｍｕｎｄｙ，Ｃ．Ｒ．（米国特許第４，６５６，１２７号）に記載されているような、特殊化されたエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチドを用いることによって検出され得る。その方法によれば、多型部位に対してすぐ３’側の対立遺伝子配列に相補的なプライマーは、特定の動物またはヒトから得られた標的分子にハイブリダイズすることが可能である。その標的分子上の多型部位が、存在する特定のエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチド誘導体に相補的なヌクレオチドを含む場合、その誘導体は、ハイブリダイズされたプライマーの末端上に組み込まれ得る。そのような組み込みは、そのプライマーをエキソヌクレアーゼに対して抵抗性にし、それによって、その検出が可能になる。そのサンプルのエキソヌクレアーゼ抵抗性誘導体の正体（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）が既知であるので、そのプライマーがエキソヌクレアーゼに対して抵抗性になるという知見から、標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドが、その反応において使用されるヌクレオチド誘導体のそれに相補的だったことが明らかになる。この方法は、大量の無関係な配列データを決定する必要がないという利点を有する。
【０１３８】
本発明の別の実施形態において、多型部位のヌクレオチドの正体を決定するために、溶液ベースの方法が使用される。Ｃｏｈｅｎ，Ｄ．ら（仏国特許２，６５０，８４０；ＰＣＴ  Ａｐｐｌｎ．Ｎｏ．ＷＯ９１／０２０８７）。米国特許第４，６５６，１２７号のＭｕｎｄｙ法におけるように、多型部位に対してすぐ３’側の対立遺伝子配列に相補的なプライマーが使用される。この方法は、多型部位のヌクレオチドに相補的である場合にプライマーの末端上に組み込まれるようになる、標識されたジデオキシヌクレオチド誘導体を用いてその部位のヌクレオチドの正体を決定する。
【０１３９】
Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｂｉｔ  ＡｎａｌｙｓｉｓまたはＧＢＡＴＭとして知られている代替方法が、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．らにとって報告されている（ＰＣＴ公開番号ＷＯ９２／１５７１２）。Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．らの方法は、標識されたターミネーターと、多型部位に対して３’側の配列に相補的なプライマーとの混合物を使用する。したがって、組み込まれた標識されたターミネーターは、評価される標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドによって測定され、そのヌクレオチドと相補的である。Ｃｏｈｅｎら（仏国特許２，６５０，８４０；ＰＣＴ公開番号ＷＯ９１／０２０８７）の方法と対照的に、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．らの方法は、好ましくは、プライマーまたは標的分子が固相に固定化された、不均一相アッセイである。
【０１４０】
最近、ＤＮＡにおける多型部位をアッセイするための、いくつかのプライマー誘導ヌクレオチド組み込み法（ｐｒｉｍｅｒ−ｇｕｉｄｅｄ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ  ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ）が報告されている（Ｋｏｍｈｅｒ，Ｊ．Ｓ．ら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１７：７７７９−７７８４（１９８９）；Ｓｏｋｏｌｏｖ，Ｂ．Ｐ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８：３６７１（１９９０）；Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．，ら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８：６８４−６９２（１９９０）；Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ，Ｍ．Ｎ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ）８８：１１４３−１１４７（１９９１）；Ｐｒｅｚａｎｔ，Ｔ．Ｒ．ら、Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１：１５９−１６４（１９９２）；Ｕｇｏｚｚｏｌｉ，Ｌ．ら、ＧＡＴＡ  ９：１０７−１１２（１９９２）；Ｎｙｒｅｎ，Ｐ．ら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０８：１７１−１７５（１９９３））。これらの方法のすべてが、多型部位における塩基を識別するために、標識されたデオキシヌクレオチドの組み込みに依存する点で、これらの方法は、ＧＢＡＴＭと異なる。そのような形式では、シグナルが、組み込まれるデオキシヌクレオチドの数と比例するので、同じ一続きのヌクレオチドに存在する多型は、その一続きの長さに比例するシグナルをもたらし得る（Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．，ら、Ａｍｅｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５２：４６−５９（１９９３））。
【０１４１】
タンパク質翻訳を途中で終結させる突然変異の場合、タンパク質切断試験（ＰＴＴ）によって、効率的な診断アプローチが提供される（Ｒｏｅｓｔら（１９９３）Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２：１７１９−２１；ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｌｕｉｊｔら、（１９９４）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２０：１−４）。ＰＴＴの場合、最初に、入手可能な組織からＲＮＡが単離され、逆転写され、そして目的のセグメントがＰＣＲによって増幅される。次いで、逆転写ＰＣＲの産物が、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターおよび真核生物の翻訳を開始するための配列を含むプライマーを用いるネステッドＰＣＲ増幅用の鋳型として使用される。目的の領域が増幅された後、プライマーに組み込まれている独特のモチーフによって、ＰＣＲ産物のインビトロにおける連続的な転写および翻訳が可能になる。翻訳産物のドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル電気泳動の際、切断されたポリペプチドの出現が、翻訳を途中で終結させる突然変異の存在の証拠となる。この手法の変法では、目的の標的領域が単一エキソンに由来するとき、（ＲＮＡに対して）ＤＮＡが、ＰＣＲ鋳型として使用される。
【０１４２】
任意の細胞型または組織を利用することにより、本明細書中に記載される診断法において使用するための核酸サンプルが得られ得る。好ましい実施形態において、ＤＮＡサンプルは、体液、例えば、公知の手法（例えば、静脈穿刺）によって得られる血液または唾液から得られる。あるいは、核酸試験は、乾燥サンプル（例えば、毛または皮膚）に対して行われ得る。ＲＮＡまたはタンパク質を使用するとき、利用され得る細胞または組織は、目的の代謝遺伝子を発現していなければならない。
【０１４３】
診断手順は、生検または切除から得られた患者組織の組織切片（固定切片および／または凍結切片）におけるインサイチュにおいても直接行われ得る（これは核酸を精製する必要がない）。核酸試薬は、そのようなインサイチュ手順（例えば、Ｎｕｏｖｏ，Ｇ．Ｊ．，１９９２，ＰＣＲ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ａｎｄ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと）用のプローブおよび／またはプライマーとして使用され得る。
【０１４４】
主に１つの核酸配列の検出に焦点を当てた方法に加えて、そのような検出スキームではプロファイルも評価され得る。例えば、ディファレンシャルディスプレイ法、ノーザン解析および／またはＲＴ−ＰＣＲを利用することによって、フィンガープリントプロファイルが生成され得る。
【０１４５】
好ましい検出方法は、代謝遺伝子またはハプロタイプの少なくとも１つの対立遺伝子の領域と重複し、かつ突然変異領域または多型領域の周囲に約５、１０、２０、２５または３０ヌクレオチドを有するプローブを用いる対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーションである。本発明の好ましい実施形態において、鍵となる代謝遺伝子の他の対立遺伝子バリアントと特異的にハイブリダイズすることができるいくつかのプローブが、固相支持体、例えば、「チップ」（最大約２５０，０００個のオリゴヌクレオチドを保持し得る）に接着される。オリゴヌクレオチドは、リソグラフィーをはじめとした種々のプロセスによって固体支持体に結合され得る。オリゴヌクレオチドを含むこれらのチップ（「ＤＮＡプローブアレイ」とも呼ばれる）を用いた突然変異検出解析は、例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４に記載されている。１つの実施形態において、チップは、ある遺伝子の少なくとも１つの多型領域の対立遺伝子バリアントのすべてを含む。次いで、固相支持体を試験核酸と接触させ、そして特異的プローブへのハイブリダイゼーションが検出される。したがって、１つ以上の遺伝子の数多くの対立遺伝子バリアントの正体は、単純なハイブリダイゼーション実験において同定され得る。
【０１４６】
これらの手法は、解析の前に核酸を増幅する工程も含み得る。増幅手法は、当業者に公知であり、それらとしては、クローニング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、特異的な対立遺伝子のポリメラーゼ連鎖反応（ＡＳＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、ネステッドポリメラーゼ連鎖反応、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，Ｊ．Ｃ．ら、１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅系（Ｋｗｏｈ，Ｄ．Ｙ．ら、１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）およびＱ−ベータレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ，Ｐ．Ｍ．ら、１９８８，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１４７】
増幅産物は、種々の方法においてアッセイされ得、その方法としては、サイズ解析、制限消化後のサイズ解析、反応産物中の特異的なタグ化オリゴヌクレオチドプライマーの検出、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的５’エキソヌクレアーゼ検出、配列決定、ハイブリダイゼーションなどが挙げられる。
【０１４８】
ＰＣＲベースの検出手段は、複数のマーカーを同時に多重に増幅することを含み得る。例えば、サイズが重複せず、かつ同時に解析され得るＰＣＲ産物を生成するＰＣＲプライマーを選択することは、当該分野で周知である。あるいは、標識が異なるがゆえに各々異なって検出され得るプライマーを用いて様々なマーカーを増幅することが可能である。当然のことながら、ハイブリダイゼーションベースの検出手段は、サンプル中の複数のＰＣＲ産物の差次的な検出を可能にする。複数のマーカーの多重解析を可能にする他の手法が当該分野で公知である。
【０１４９】
単なる例証的な実施形態において、上記方法は、（ｉ）患者から細胞のサンプルを回収工程、（ｉｉ）そのサンプルの細胞から核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）を単離する工程、（ｉｉｉ）その核酸サンプルを、対立遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じる条件下において、代謝遺伝子またはハプロタイプの少なくとも１つの対立遺伝子に対して５’および３’側に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーと接触させる工程、および（ｉｖ）増幅産物を検出する工程を包含する。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に少ない数で存在する場合、そのような核酸分子の検出に特に有用である。
【０１５０】
その対象アッセイの好ましい実施形態において、代謝遺伝子またはハプロタイプの対立遺伝子は、制限酵素切断パターンの変化によって同定される。例えば、サンプルおよびコントロールＤＮＡを単離し、増幅し（必要に応じて）、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼで消化し、そしてフラグメント長のサイズをゲル電気泳動によって測定する。
【０１５１】
なおも別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを用いることにより、対立遺伝子の配列を直接決定することができる。例示的な配列決定反応としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７４：５６０）またはＳａｎｇｅｒ（Ｓａｎｇｅｒら（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７４：５４６３）によって開発された手法に基づく反応が挙げられる。質量分析による配列決定（例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  ３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ３８：１４７−１５９を参照のこと）を含む対象アッセイ（例えば、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９９５）１９：４４８を参照のこと）を行う際に、種々の自動化された配列決定手順のいずれかを利用してもよいことも企図される。ある特定の実施形態については、１、２または３種の核酸塩基の存在だけを配列決定反応において決定することで済むことが、当業者には明らかであろう。例えば、１種の核酸だけが検出される、例えば、Ａ−ｔｒａｃｋなどが行われ得る。
【０１５２】
さらなる実施形態において、切断物質（例えば、ヌクレアーゼ、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムおよびピペリジンを有するもの）からの保護が、ＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡまたはＤＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出するために使用され得る（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２）。一般に、「ミスマッチ切断」の技術手法は、サンプルとともに野生型対立遺伝子を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡをハイブリダイズすることによって形成されたヘテロ二重鎖を提供することによって開始する。その二本鎖の二重鎖を、その二重鎖の一本鎖領域（例えば、コントロール鎖とサンプル鎖との間の塩基対のミスマッチに起因して存在するもの）を切断する薬剤で処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖は、ＲＮａｓｅで処理され得、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドは、ミスマッチ領域を酵素的に消化するＳ１ヌクレアーゼで処理される。他の実施形態において、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖が、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムおよびピペリジンで処理され得る。ミスマッチ領域を消化した後、得られる材料を、変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズによって分離することにより、突然変異の部位が判定される。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：４３９７；およびＳａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。好ましい実施形態において、コントロールＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０１５３】
なおも別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチにおけるＡを切断し、ＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチにおけるＴを切断する（Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７−１６６２）。例示的な実施形態によれば、代謝遺伝子遺伝子座ハプロタイプの対立遺伝子に基づくプローブを、試験細胞由来のＣＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物とハイブリダイズする。その二重鎖を、ＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理し、もしあれば、その切断産物を、電気泳動プロトコルなどから検出し得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０１５４】
他の実施形態において、電気泳動移動度の変化を用いることにより、代謝遺伝子座の対立遺伝子が同定され得る。例えば、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型（ＳＳＣＰ）を用いることにより、変異核酸と野生型核酸との電気泳動移動度の差異が検出され得る（Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：２７６６、Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ  Ｒｅｓ  ２８５：１２５−１４４；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ  Ａｎａｌ  Ｔｅｃｈ  Ａｐｐｌ  ９：７３−７９もまた参照のこと）。サンプルおよびコントロール代謝（ｍｅｔａｂｏｌｉｆ）遺伝子座対立遺伝子の一本鎖ＤＮＡフラグメントを変性し、復元させる。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、その結果として生じる電気泳動移動度の変化は、一塩基の変化でさえも検出することができる。そのＤＮＡフラグメントは、標識されたプローブを用いて標識され得るか、または検出され得る。二次構造が配列の変化に対してより感受性であるＲＮＡ（ＤＮＡではなく）を使用することによって、アッセイの感度が増強され得る。好ましい実施形態において、標記の方法は、電気泳動移動度の変化に基づいて二本鎖ヘテロ二重鎖分子を分離するためにヘテロ二重鎖解析を利用する（Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ  ７：５）。
【０１５５】
なおも別の実施形態において、変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおける対立遺伝子の移動は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５）を用いてアッセイされる。ＤＧＧＥが解析方法として使用されるとき、例えば、約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプをＰＣＲによって付加することによって、ＤＮＡが完全に変性しないことを確実なものにするために、そのＤＮＡを改変し得る。さらなる実施形態において、温度勾配が、変性剤勾配の代わりに用いられることにより、コントロールＤＮＡおよびサンプルＤＮＡの移動度の差異が特定される（Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ  ａｎｄ  Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ  ２６５：１２７５３）。
【０１５６】
対立遺伝子を検出するための他の手法の例としては、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅または選択的プライマー伸長が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、既知の突然変異またはヌクレオチド差異（例えば、対立遺伝子バリアントにおいて）が中央に位置し、次いで、完全なマッチが見られる場合にのみハイブリダイゼーションを可能にする条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる、オリゴヌクレオチドプライマーが調製され得る（Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３）；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：６２３０）。そのような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション法を用いることにより、１反応あたり１つの突然変異または多型領域（オリゴヌクレオチドが、ＰＣＲによって増幅された標的ＤＮＡにハイブリダイズされるとき）またはいくつかの異なる突然変異もしくは多型領域（オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ膜に接着され、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされるとき）が試験され得る。
【０１５７】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術が、本発明とともに使用され得る。特異的増幅用のプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、その分子の中央に（増幅がディファレンシャルハイブリダイゼーションに依存するように）（Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７−２４４８）、または適切な条件下においてミスマッチがポリメラーゼ伸長を防ぎ得るかもしくは減少させ得る一方のプライマーの最も３’末端に（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８）、目的の突然変異または多型領域を保有し得る。さらに、切断ベースの検出をもたらすために、新規制限酵素認識部位を突然変異の領域に導入することが望ましいことがある（Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１）。ある特定の実施形態において、増幅が、増幅用のＴａｑリガーゼを用いて行われ得ることも予想される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８８：１８９）。そのような場合、増幅の有無を調べることによって、特異的な部位における既知の突然変異の存在の検出を可能にする、５’配列の３’末端における完全なマッチが存在する場合だけ、ライゲーションが生じ得る。
【０１５８】
別の実施形態において、対立遺伝子バリアントの同定は、例えば、米国特許第４，９９８，６１７号およびＬａｎｄｅｇｒｅｎ，Ｕ．ら（（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０）に記載されているようなオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）を用いて行われる。ＯＬＡプロトコルは、標的の一本鎖の隣接配列にハイブリダイズできるように設計された２つのオリゴヌクレオチドを使用する。それらのオリゴヌクレオチドのうちの一方が、分離マーカーに連結されており、例えば、ビオチン化されており、他方が、検出可能に標識される。正確な相補配列が、標的分子において見られる場合、それらのオリゴヌクレオチドは、それらの末端が隣接し、ライゲーション基質を生成するように、ハイブリダイズし得る。次いで、ライゲーションにより、標識されたオリゴヌクレオチドを、アビジンまたは別のビオチンリガンドを用いて回収することが可能になる。Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ａ．らは、ＰＣＲおよびＯＬＡの特質が組み合わさった核酸検出アッセイを報告している（Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ａ．ら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：８９２３−２７）。この方法では、ＰＣＲを用いることにより、標的ＤＮＡの指数関数的増幅が達成され、次いで、ＯＬＡを用いてそれが検出される。
【０１５９】
このＯＬＡ法に基づくいくつかの手法が開発されており、それを用いることにより、代謝遺伝子座のハプロタイプの対立遺伝子が検出され得る。例えば、米国特許第５，５９３，８２６号は、３’−アミノ基および５’−リン酸化オリゴヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドを用いることにより、ホスホルアミデート結合を有する結合体を形成するＯＬＡを開示している。Ｔｏｂｅら（（１９９６）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３７２８）に記載されているＯＬＡの別の変法では、ＰＣＲと組み合わされたＯＬＡは、１つのマイクロタイターウェルにおいて２つの対立遺伝子のタイピングを可能にする。独特のハプテン、すなわち、ジゴキシゲニンおよびフルオレセインで対立遺伝子特異的プライマーの各々に印を付すことによって、異なる酵素レポーター、アルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼで標識されたハプテン特異的抗体を使用することによって各ＯＬＡ反応が検出され得る。この系は、２つの異なる色を生成させるハイスループット形式を用いて２つの対立遺伝子の検出を可能にする。
【０１６０】
別の局面において、本発明は、上に記載されたアッセイを行うためのキットを特徴とする。いくつかの実施形態によれば、本発明のキットは、１つ以上の代謝遺伝子に関して被験体の遺伝子型を決定するための手段を備え得る。本キットは、核酸サンプル回収手段も備え得る。本キットは、ポジティブもしくはネガティブのコントロールサンプルまたは標準物質および／あるいは結果を評価するためのアルゴリズムデバイス、ならびに追加の試薬および構成要素（ＤＮＡ増幅試薬、ＤＮＡポリメラーゼ、核酸増幅試薬、制限酵素、緩衝液、核酸サンプリングデバイス、ＤＮＡ精製デバイス、デオキシヌクレオチド、オリゴヌクレオチド（例えば、プローブおよびプライマー）などを含む）も備え得る。
【０１６１】
キットにおいて使用する場合、オリゴヌクレオチドは、種々の天然の組成物および／または合成の組成物（例えば、合成オリゴヌクレオチド、制限フラグメント、ｃＤＮＡ、合成ペプチド核酸（ＰＮＡ）など）のいずれかであり得る。本アッセイキットおよび方法は、アッセイにおける同定を容易にするために、標識されたオリゴヌクレオチドも使用し得る。使用され得る標識の例としては、放射標識、酵素、蛍光化合物、ストレプトアビジン、アビジン、ビオチン、磁性部分、金属結合部分、抗原または抗体部分などが挙げられる。
【０１６２】
上に記載されたように、コントロールは、ポジティブコントロールまたはネガティブコントロールであり得る。さらに、コントロールサンプルは、使用される対立遺伝子検出手法のポジティブ（またはネガティブ）産物を含み得る。例えば、対立遺伝子検出手法がＰＣＲ増幅の後のサイズ分画である場合、コントロールサンプルは、適切なサイズのＤＮＡフラグメントを含み得る。同様に、対立遺伝子検出手法が、変異タンパク質の検出を含む場合、コントロールサンプルは、変異タンパク質のサンプルを含み得る。しかしながら、コントロールサンプルは、試験される材料を含むことが好ましい。例えば、コントロールは、ゲノムＤＮＡのサンプルまたは代謝遺伝子のクローニングされた一部であり得る。しかしながら、試験されるサンプルがゲノムＤＮＡである場合、そのコントロールサンプルは、好ましくは、ゲノムＤＮＡの高度に精製されたサンプルである。
【０１６３】
前記キット内に存在するオリゴヌクレオチドは、目的の領域の増幅のため、または対象のマーカーに対する直接的な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーションのために、使用され得る。したがって、それらのオリゴヌクレオチドは、目的のマーカーと隣接し得るか（ＰＣＲ増幅に必要とされるとき）、またはマーカーと直接重複し得る（ＡＳＯハイブリダイゼーションにおけるとき）。
【０１６４】
本明細書中に記載されるアッセイおよびキットを用いて得られた情報（単独で、または変形性関節症の一因となる別の遺伝的欠損もしくは環境要因に対する情報と組み合わせて）は、無症候性被験体が、特定の疾患または状態を有するか否か、またはそれを発症する可能性があるか否かを判定するために有用である。さらに、その情報は、その疾患または状態の発症または進行の予防に対してよりカスタマイズされたアプローチを可能にし得る。例えば、この情報は、臨床医が、その疾患または状態の分子基盤に対処する治療をより効果的に処方することを可能にし得る。
【０１６５】
本キットは、ＤＮＡサンプリング手段も必要に応じて備え得る。ＤＮＡサンプリング手段は、当業者に周知であり、それらとしては、基材（例えば、濾紙、ＡｍｐｌｉＣａｒｄＴＭ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｓ１０  ２ＪＦ；Ｔａｒｌｏｗ，Ｊ  Ｗら、Ｊ．ｏｆ  Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１０３：３８７−３８９（１９９４））など；ＤＮＡ精製試薬（例えば、ＮｕｃｌｅｏｎＴＭキット、溶解緩衝液、プロテイナーゼ溶液など）；ＰＣＲ試薬（例えば、１０×反応緩衝液、耐熱性（ｔｈｅｒｎｏｓｔａｂｌｅ）ポリメラーゼ、ｄＮＴＰなど）；および対立遺伝子検出手段（例えば、ＨｉｎｆＩ制限酵素、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド、乾燥血液からのネステッドＰＣＲ用の変性オリゴヌクレオチドプライマー）が挙げられ得るが、これらに限定されない。
【０１６６】
本発明の別の実施形態は、ある特定の食餌および／または活動レベルに対する応答性についての素因を検出するためのキットに関する。このキットは、１つ以上のオリゴヌクレオチド（代謝遺伝子の遺伝子座またはハプロタイプの少なくとも１つの対立遺伝子の５’および３’にハイブリダイズする５’および３’オリゴヌクレオチドを含む）を備え得る。ＰＣＲ増幅オリゴヌクレオチドは、その後の解析にとって好都合なサイズのＰＣＲ産物を生成するために、２５〜２５００塩基対離れて、好ましくは、約１００〜約５００塩基離れて、ハイブリダイズするべきである。
【０１６７】
【表５】
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本発明の方法による代謝遺伝子多型対立遺伝子の増幅および検出において使用するための追加のオリゴヌクレオチドの設計は、ヒト染色体４ｑ２８〜ｑ３１（ヒトＦＡＢＰ２遺伝子座を含む）からの更新された配列情報と、この遺伝子座に対して利用可能な更新されたヒト多型情報の両方が利用可能であることによって容易になる。代謝遺伝子におけるヒト多型の検出に適したプライマーは、この配列情報ならびにプライマー配列の設計および最適化のため当該分野で公知の標準的な手法を用いて容易に設計され得る。そのようなプライマー配列の最適な設計は、例えば、市販のプライマー選択プログラム（例えば、Ｐｒｉｍｅｒ  ２．１、Ｐｒｉｍｅｒ  ３またはＧｅｎｅＦｉｓｈｅｒ）を使用することによって達成され得る（Ｎｉｃｋｌｉｎ  Ｍ．Ｈ．Ｊ．，Ｗｅｉｔｈ  Ａ．Ｄｕｆｆ  Ｇ．Ｗ．，“Ａ  Ｐｈｙｓｉｃａｌ  Ｍａｐ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｅｇｉｏｎ  Ｅｎｃｏｍｐａｓｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１α，ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１β，ａｎｄ  Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ａｎｔａｇｏｎｉｓｔ  Ｇｅｎｅｓ”Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １９：３８２（１９９５）；Ｎｏｔｈｗａｎｇ  Ｈ．Ｇ．ら、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１  ｇｅｎｅ  Ｃｌｕｓｔｅｒ：Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＹＡＣ／ＰＡＣ  Ｃｏｎｔｉｇ  ａｎｄ  ａ  ｐａｒｔｉａｌ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  Ｍａｐ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ２ｑ１３”Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４１：３７０（１９９７）；Ｃｌａｒｋら（１９８６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．，１４：７８９７−７９１４［公開された正誤表はＮｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１５：８６８（１９８７）に見られる］およびＧｅｎｏｍｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＧＤＢ）プロジェクトもまた参照のこと）。
【０１６８】
別の局面において、本発明は、上に記載されたアッセイを行うためのキットを特徴とする。いくつかの実施形態によれば、本発明のキットは、１つ以上の代謝遺伝子に関して被験体の遺伝子型を決定するための手段を備え得る。本キットは、核酸サンプル回収手段も備え得る。本キットは、ポジティブもしくはネガティブのコントロールサンプルまたは標準物質および／あるいは結果を評価するためのアルゴリズムデバイス、ならびに追加の試薬および構成要素（ＤＮＡ増幅試薬、ＤＮＡポリメラーゼ、核酸増幅試薬、制限酵素、緩衝液、核酸サンプリングデバイス、ＤＮＡ精製デバイス、デオキシヌクレオチド、オリゴヌクレオチド（例えば、プローブおよびプライマー）などを含む）も備え得る。
【０１６９】
キットにおいて使用する場合、オリゴヌクレオチドは、種々の天然の組成物および／または合成の組成物（例えば、合成オリゴヌクレオチド、制限フラグメント、ｃＤＮＡ、合成ペプチド核酸（ＰＮＡ）など）のいずれかであり得る。本アッセイキットおよび方法は、アッセイにおける同定を容易にするために、標識されたオリゴヌクレオチドも使用し得る。使用され得る標識の例としては、放射標識、酵素、蛍光化合物、ストレプトアビジン、アビジン、ビオチン、磁性部分、金属結合部分、抗原または抗体部分などが挙げられる。
【０１７０】
上に記載されたように、コントロールは、ポジティブコントロールまたはネガティブコントロールであり得る。さらに、コントロールサンプルは、使用される対立遺伝子検出手法のポジティブ（またはネガティブ）産物を含み得る。例えば、対立遺伝子検出手法がＰＣＲ増幅の後のサイズ分画である場合、コントロールサンプルは、適切なサイズのＤＮＡフラグメントを含み得る。同様に、対立遺伝子検出手法が、変異タンパク質の検出を含む場合、コントロールサンプルは、変異タンパク質のサンプルを含み得る。しかしながら、コントロールサンプルは、試験される材料を含むことが好ましい。例えば、コントロールは、ゲノムＤＮＡのサンプルまたは代謝遺伝子のクローニングされた一部であり得る。しかしながら、試験されるサンプルがゲノムＤＮＡである場合、そのコントロールサンプルは、好ましくは、ゲノムＤＮＡの高度に精製されたサンプルである。
【０１７１】
前記キット内に存在するオリゴヌクレオチドは、目的の領域の増幅のため、または対象のマーカーに対する直接的な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーションのために、使用され得る。したがって、それらのオリゴヌクレオチドは、目的のマーカーと隣接し得るか（ＰＣＲ増幅に必要とされるとき）、またはマーカーと直接重複し得る（ＡＳＯハイブリダイゼーションにおけるとき）。
【０１７２】
本明細書中に記載されるアッセイおよびキットを用いて得られた情報（単独で、または変形性関節症の一因となる別の遺伝的欠損もしくは環境要因に対する情報と組み合わせて）は、無症候性被験体が、特定の疾患または状態を有するか否か、またはそれを発症する可能性があるか否かを判定するために有用である。さらに、その情報は、その疾患または状態の発症または進行の予防に対してよりカスタマイズされたアプローチを可能にし得る。例えば、この情報は、臨床医が、その疾患または状態の分子基盤に対処する治療をより効果的に処方することを可能にし得る。
【０１７３】
本キットは、ＤＮＡサンプリング手段も必要に応じて備え得る。ＤＮＡサンプリング手段は、当業者に周知であり、それらとしては、基材（例えば、濾紙、ＡｍｐｌｉＣａｒｄＴＭ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｓ１０  ２ＪＦ；Ｔａｒｌｏｗ，Ｊ  Ｗら、Ｊ．ｏｆ  Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１０３：３８７−３８９（１９９４））など；ＤＮＡ精製試薬（例えば、ＮｕｃｌｅｏｎＴＭキット、溶解緩衝液、プロテイナーゼ溶液など）；ＰＣＲ試薬（例えば、１０×反応緩衝液、耐熱性ポリメラーゼ、ｄＮＴＰなど）；および対立遺伝子検出手段（例えば、ＨｉｎｆＩ制限酵素、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド、乾燥血液からのネステッドＰＣＲ用の変性オリゴヌクレオチドプライマー）が挙げられ得るが、これらに限定されない。
【０１７４】
定義
別段定義されない限り、本明細書中で使用される専門用語および科学用語のすべては、本発明が属する分野の当業者が通常理解している意味と同じ意味を有する。本明細書中に記載されるものと類似または等価な方法および材料が、本発明の実施または試験において使用され得るが、適当な方法および材料が、以下に記載される。本明細書中で述べられるすべての刊行物、特許出願、特許および他の参考文献の全体が、参考として援用される。矛盾する場合、定義を含む本明細書が、支配する。さらに、材料、方法および例は、単なる例証であって、限定と意図されない。本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および請求項から明らかになるだろう。
【０１７５】
本明細書中に記載される実施形態の理解を促す目的で、好ましい実施形態が言及され、そして特定の術語を使用することにより、それが説明される。本明細書中で使用される用語は、特定の実施形態だけを説明する目的のためであり、本発明の範囲を限定する意図はない。単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、本開示全体で使用されるとき、文脈が明らかに別のことを述べていない限り、複数の言及を含む。したがって、例えば、「組成物（ａ  ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ）」に対する言及は、単一の組成物と同様に複数のそのような組成物を含み、「治療薬（ａ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ａｇｅｎｔ）」に対する言及は、１つ以上の治療薬および／または医薬品ならびに当業者に公知のそれらの等価物などに対する言及である。
【０１７６】
用語「対立遺伝子」とは、異なる多型領域において見られる異なる配列バリアントのことを指す。その配列バリアントは、単一または複数の塩基の変化であり得、それらには、挿入、欠失または置換が含まれるがこれらに限定されないか、またはそれらは様々な数の配列反復であり得る。
【０１７７】
用語「対立遺伝子パターン」とは、１つ以上の多型領域における対立遺伝子の独自性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）のことを指す。例えば、対立遺伝子パターンは、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子１について、多型部位における単一の対立遺伝子からなり得る。あるいは、対立遺伝子パターンは、単一の多型部位におけるホモ接合性またはヘテロ接合性の状態のいずれかからなり得る。例えば、ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子２．２は、２コピーの第２対立遺伝子が存在する対立遺伝子パターンであり、ホモ接合性ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）対立遺伝子２の状態に対応する。あるいは、対立遺伝子パターンは、１つより多い多型部位における対立遺伝子の独自性からなり得る。
【０１７８】
用語「コントロール」または「コントロールサンプル」とは、使用される検出手法にとって適切な任意のサンプルのことを指す。コントロールサンプルは、使用される対立遺伝子検出手法の産物、または試験される材料を含み得る。さらに、コントロールは、ポジティブコントロールまたはネガティブコントロールであり得る。例としては、対立遺伝子検出手法が、ＰＣＲ増幅の後のサイズ分画である場合、コントロールサンプルは、適切なサイズのＤＮＡフラグメントを含み得る。同様に、対立遺伝子検出手法が、変異タンパク質の検出を含む場合、コントロールサンプルは、変異タンパク質のサンプルを含み得る。しかしながら、コントロールサンプルが、試験される材料を含むことが好ましい。例えば、コントロールは、ゲノムＤＮＡのサンプル、または１つ以上の代謝遺伝子を含むクローニングされた一部であり得る。しかしながら、試験されるサンプルがゲノムＤＮＡである場合、そのコントロールサンプルは、好ましくは、ゲノムＤＮＡの高度に精製されたサンプルである。
【０１７９】
句「遺伝子の破壊」および「標的化された破壊」または任意の類似の句は、その遺伝子の野生型コピーと比較するとき、細胞内でのその遺伝子の発現を妨害するような天然ＤＮＡ配列の部位特異的中断のことを指す。その中断は、その遺伝子に対する欠失、挿入もしくは改変またはそれらの任意の組み合わせによって引き起こされ得る。
【０１８０】
用語「ハプロタイプ」は、本明細書中で使用されるとき、統計学的に有意なレベル（Ｐｃｏｒｒ＜０．０５）で１群として共に遺伝される（連鎖不平衡にある）対立遺伝子のセットのことを指すと意図される。本明細書中で使用されるとき、句「代謝ハプロタイプ」とは、代謝遺伝子座のハプロタイプのことを指す。
【０１８１】
「高リスク」とは、特定の多型対立遺伝子を保有していない集団のメンバーにおける疾患または状態の出現の頻度と比較して、その特定の多型対立遺伝子を保有する被験体におけるその疾患または状態の出現の、統計学的により高い頻度のことを指す。
【０１８２】
用語「単離された」は、ＤＮＡまたはＲＮＡなどの核酸に関して本明細書中で使用されるとき、その高分子の天然の起源に存在するそれぞれ他のＤＮＡまたはＲＮＡから分離されている分子のことを指す。単離されたという用語は、本明細書中で使用されるとき、細胞材料、ウイルス材料もしくは培養液（組換えＤＮＡ法によって生成されるとき）、または化学前駆体もしくは他の化学物質（化学的に合成されるとき）を実質的に含まない核酸またはペプチドのことも指す。さらに、「単離された核酸」は、フラグメントとして天然に存在せず、天然の状態においては見られない、核酸フラグメントを含むと意味される。用語「単離された」は、他の細胞タンパク質から単離されたポリペプチドを指すためにも本明細書中で使用され、精製されたポリペプチドと組換えポリペプチドの両方を包含すると意味される。
【０１８３】
「連鎖不平衡」とは、所与のコントロール集団における各対立遺伝子の存在の別個の頻度から予想される頻度よりも高い頻度での２つの対立遺伝子の共遺伝のことを指す。独立して遺伝する２つの対立遺伝子が存在する予想頻度は、第１対立遺伝子の頻度と第２対立遺伝子の頻度とを乗じたものである。予想頻度で同時に存在する対立遺伝子は、「連鎖不平衡」にあるといわれる。連鎖不平衡の原因は、不明であることが多い。連鎖不平衡は、ある特定の対立遺伝子の組み合わせに対する選択または遺伝的に不均一な集団が最近混合されたことに起因し得る。さらに、疾患遺伝子と非常に強く連鎖しているマーカーの場合において、特定の染色体領域における組換え事象を介して平衡が達成されるには十分な時間が経過していないような、近い過去に疾患突然変異が起きた場合、対立遺伝子（または連鎖する対立遺伝子の群）と疾患遺伝子との関連が予想される。１つより多い対立遺伝子を含む対立遺伝子パターンについて言及するとき、第１の対立遺伝子パターンを含むすべての対立遺伝子が、第２の対立遺伝子パターンの対立遺伝子の少なくとも１つと連鎖不平衡にある場合、第１の対立遺伝子パターンは、第２の対立遺伝子パターンと連鎖不平衡である。
【０１８４】
用語「マーカー」とは、被験体間で異なると知られている、ゲノム内の配列のことを指す。
【０１８５】
「変異遺伝子」または「突然変異」または「機能的突然変異」とは、変異した遺伝子を有しない被験体に対して、変異遺伝子を有する被験体の表現型を変更することができる遺伝子の対立遺伝子型のことを指す。突然変異によって引き起こされる表現型の変更は、ある特定の薬剤によって是正され得るか、または補償され得る。被験体が、変更される表現型を有するためにその突然変異に対してホモ接合性でなければならない場合、その突然変異は、劣性であるといわれる。被験体の表現型を変更するために１コピーの変異遺伝子で十分である場合、その突然変異は、優性であるといわれる。被験体が、変異遺伝子の１コピーを有し、（その遺伝子について）ホモ接合性被験体の表現型とヘテロ接合性被験体の表現型の中間である表現型を有する場合、その突然変異は、共優性であるといわれる。
【０１８６】
本明細書中で使用されるとき、用語「核酸」とは、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（例えば、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、および必要に応じて、リボ核酸（ＲＮＡ））のことを指す。この用語は、等価物として、ヌクレオチドアナログ（例えば、ペプチド核酸）から作製された、ＲＮＡまたはＤＮＡのアナログ、ならびに記載される実施形態に適応可能であるとき、一本鎖（センスまたはアンチセンス）および二本鎖ポリヌクレオチドを包含するとも理解されるべきである。
【０１８７】
用語「多型」とは、遺伝子またはその一部（例えば、対立遺伝子バリアント）の１つより多い形態の共在のことを指す。少なくとも２つの異なる形態、すなわち、２つの異なるヌクレオチド配列が存在する遺伝子の一部は、「遺伝子の多型領域」と呼ばれる。遺伝子の多型領域における特定の遺伝子配列は、対立遺伝子である。多型領域は、単一ヌクレオチドであり得、その独自性は、様々な対立遺伝子において異なる。多型領域は、いくつかの一続きのヌクレオチドでもあり得る。
【０１８８】
用語「疾患に対する性向」、また、疾患に対する「素因」もしくは「感受性」または任意の類似の句は、ある特定の対立遺伝子が、特定の疾患（例えば、血管疾患）を発症する被験体の発生率と関連するか、またはそれを予測すると発見されていることを意味する。したがって、それらの対立遺伝子は、健常な被験体と比較するとき、疾患を有する被験体での頻度において大きな比率を占める。したがって、これらの対立遺伝子は、発症前または病気にかかる前の被験体においてでさえも疾患を予測するために使用され得る。
【０１８９】
本明細書中で使用されるとき、用語「特異的にハイブリダイズする」または「特異的に検出する」とは、核酸分子がサンプル核酸の少なくとも約６つ連続したヌクレオチドにハイブリダイズできることを指す。
【０１９０】
「転写制御配列」は、それが作動可能に連結しているタンパク質コード配列の転写を誘導するかまたは制御するＤＮＡ配列（例えば、開始シグナル、エンハンサーおよびプロモーター）のことを指すために明細書全体にわたって使用される一般的な用語である。
【０１９１】
用語「ベクター」とは、それに連結されている別の核酸を運搬することができる核酸分子のことを指す。好ましいベクターの１つのタイプは、エピソーム、すなわち、染色体外の複製が可能な核酸である。好ましいベクターは、それに連結している核酸の自律複製および／または発現が可能なものである。作動可能に連結されている遺伝子の発現を指示することができるベクターは、本明細書中で「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ法において有用な発現ベクターは、「プラスミド」の形態であることが多く、それは、通常、染色体に結合されていないベクターの形態である、環状二本鎖ＤＮＡループのことを指す。プラスミドは、最もよく使用されるベクターの形態であるので、本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、交換可能に使用される。しかしながら、本発明は、等価な機能を果たし、後に当該分野で公知になる、そのような発現ベクターの他の形態を包含すると意図される。
【０１９２】
用語「野生型対立遺伝子」とは、被験体に２コピー存在するときに、野生型の表現型をもたらす遺伝子の対立遺伝子のことを指す。遺伝子におけるある特定のヌクレオチドの変更は、そのヌクレオチドの変更を有する遺伝子を２コピー有する被験体の表現型に影響しないことがあるので、特定の遺伝子のいくつかの異なる野生型対立遺伝子が存在し得る。
【０１９３】
以下の実施例は、本発明の方法および組成物の例示であって、限定ではない。治療において通常生じ、かつ当業者に明らかである、種々の条件およびパラメータの他の適当な改変および適応は、実施形態の精神および範囲内である。
【実施例】
【０１９４】
実施例１
体重管理試験は、体重管理に関係する代謝における遺伝子と変異との相関を同定する臨床研究；食餌および生活習慣を変更することによって潜在的に改変可能である方法においてどの遺伝的変異が代謝経路に影響するかを特定する受け入れ基準を確立する臨床研究；どの遺伝子型がリスクを高めると示されるかを決定し、食餌および／または生活習慣の介入によって改変可能であり得るリスクを示唆する臨床研究；ならびに、選択される試験形状、試験結果の解釈、食餌／生活習慣の介入、および利益／リスク解析を裏付ける証拠を集める臨床研究の包括的な再検討から開発された。
【０１９５】
この遺伝子／多型選択基準は、同じ遺伝子型の関連を示した３つ以上の独立した類似の研究からの証拠に見られるような、多型が体重管理の表現型（例えば、体重、体脂肪、ボディマス指数）と著しい関連を有するという証拠；その遺伝子が、体重管理において生物学的に妥当な役割を有するという証拠；その多型が、分子遺伝的レベルで、または体重および／もしくは健康上のアウトカムに影響を及ぼすと知られている生物学的マーカーの測定によって判定されるときに、機能的影響と関連するという証拠；ならびに特定の推奨カテゴリーに導く多型遺伝子型に関する２つ以上の独立した類似の研究からの証拠に見られるように、介入に対する応答（例えば、食餌または運動）が、遺伝子型によって異なると示されている証拠を必要とした。
【０１９６】
試験パネルに対する科学的根拠（Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒａｔｉｏｎａｌ）
この試験に対する科学的論拠は、２００７年４月から入手可能な科学文献の大規模な再検討に基づく。公開されている証拠を、先を見越して関連づけられた受け入れ基準のセットに対して評価した。この証拠を、遺伝子＞多型＞複合遺伝子型という階層で組み立てることにより、そのパネルに対する試験結果の解釈を定義し、かつその根拠とした。
【０１９７】
評価プロセスは、以下を包含した：
１．体重ホメオスタシスに関係する代謝経路の著しい改善を特定することによって候補遺伝子を確定すること。
【０１９８】
２．どの遺伝的変異が、食餌および運動パターンを変更することによって潜在的に改変可能な方法で代謝経路に影響するかを決定する、受け入れ基準を確立すること。これらは、以下の証拠を含んでいた：
ａ）遺伝子型と表現型との同じ関連を示した３つ以上の独立した研究によって証明されるとき、多型は、関連性のある表現型（体重、体脂肪またはボディマス指数）との著しい関連を有する。
【０１９９】
ｂ）その遺伝子は、体重管理において生物学的に妥当な役割を有する。
【０２００】
ｃ）その多型が、ＤＮＡレベルで機能的影響と関連するか、または体重ホメオスタシスに影響する生理学的経路と関連すると知られている生物学的マーカーの測定によって判定されるとき、機能的影響と関連する。
【０２０１】
ｄ）食餌または運動などの介入に対する被験体の応答は、遺伝子型によって階層化され得る。そのような証拠は、少なくとも２つにおいて独立して提供されなければならない。
【０２０２】
３．ａ）代謝メカニズム；ｂ）肥満症／体重管理および健康上のアウトカムの関連、ならびにｃ）体重もしくは脂肪蓄積の変化または生物学的マーカーの変化によって測定されるような介入に対する応答、に対する遺伝的変異の影響を評価する科学文献の包括的検索を行うこと。
【０２０３】
４．どの遺伝子型が被験体の体重を増加しやすくすると示されるか、およびその増加が、特定の食餌ストラテジーまたは運動ストラテジーによって改変可能であり得るか、を判定すること。
【０２０４】
５．選択された試験形状、試験結果の解釈、食餌／生活習慣の介入および利益／リスク解析を裏付ける証拠を集めること。
【０２０５】
以下の遺伝子が、上で概説した基準を満たしている。それらの遺伝子は、体重に影響を及ぼす様々な経路に対する影響について選択されており、肥満症に対する高リスクと関連している。それらの遺伝子は、遺伝子型によって体重管理介入に対する応答を区別するために使用され得るので、選択された。それらの遺伝子は、脂肪酸結合タンパク質２（ＦＡＢＰ２）；ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター−ガンマ（ＰＰＡＲＧ）；ベータ−２アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ２）；およびベータ−３アドレナリン作動性レセプター（ＡＤＲＢ３）である。
【０２０６】
複合遺伝子型に対する根拠（Ｒａｔｉｏｎａｌ）
試験パネルに含めるために、先を見越して開発された基準を満たすかまたはそれを超える遺伝子／多型を同定した後、５つすべての多型について生じる複合遺伝子型が、特定の解釈を裏付け得る異なるカテゴリーに分配され得るかを判定するために、組み合わせを解析した。食餌性多量養素に対する応答（脂肪制限に対する応答性、炭水化物制限に対する応答性および脂肪と炭水化物とのバランス）の証拠に基づいて結果を３つのカテゴリーに分けた。また、それらを、運動に対する応答（運動に対する応答性および運動に対する低い応答性）の証拠に基づいて２つの別個のカテゴリーに分配した。得られたカテゴリーまたは遺伝子型パターンに関する３×２（６セル）マトリックスを表７に示す。
【０２０７】
脂肪制限食に対する応答性
このカテゴリーは、複合遺伝子型：ＦＡＢＰ２  Ａｌａ５４ＴｈｒおよびＰＰＡＲＧ  Ｐｒｏ１２Ａｌａを有する人から構成される。ＦＡＢＰ２  Ｔｈｒ５４対立遺伝子の保有者でもあるＰＰＡＲＧ  １２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ遺伝子型を有する人も、このカテゴリー内に入る。これらの被験体は、特定の脂肪摂取を制限せずには体重管理が困難であることを示す。ＦＡＢＰ２  Ｔｈｒ５４バリアントは、長鎖脂肪（１）酸に対する２倍高い結合親和性、ならびに腸による高い脂肪吸収および／または食餌性脂肪酸のプロセシング（２）を有する。Ｔｈｒ５４バリアントは、腸による食餌性脂肪酸の吸収および／またはプロセシングを増加させる。ＰＰＡＲＧは、脂肪細胞の形成（脂肪の貯蔵）および脂質代謝（脂肪動員）において鍵となる役割を果たす。ＰＰＡＲＧは、脂肪細胞の核に位置するレセプターである。ＰＰＡＲＧレセプターは、食餌性脂肪によって活性化されるとき、特定のＤＮＡ配列に結合し、次いで、脂肪細胞における食餌性脂肪の貯蔵を促進するある特定の遺伝子を「オンにする」。ヒトでは、高いＰＰＡＲＧ活性は、高い脂肪蓄積と関連する。Ａｌａ１２バリアントは、低いＰＰＡＲＧ活性と関連する（４３，４４）。１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏである人は、１２Ａｌａ保有者よりも、食餌性脂肪の量に対して応答性である可能性がある。Ａｌａ１２バリアントの保有者は、介入に応答して脂肪の貯蔵および動員においてより大きな代謝順応性を有する。したがって、１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏである被験体は、食餌からの脂肪の蓄積においてより有効である。Ａｌａ１２保有者と比較すると、１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ遺伝子型を有する被験体は、ＤＮＡへのＰＰＡＲＧの結合が強く、それにより、レセプターのより効率的な活性化がもたらされ、脂肪貯蔵が促進される。
【０２０８】
炭水化物制限に対する応答性
このカテゴリーは、２つの異なる遺伝的組み合わせ：ＰＰＡＲＧ  Ｐｒｏ１２ＡｌａおよびＡＤＲＢ２  Ｇｌｎ２７Ｇｌｕのうちの１つを有する人を含む。ＰＰＡＲＧ  １２Ａｌａ／＊遺伝子型（Ａｌａ対立遺伝子保有者）を有し、かつ／またはＡＤＲＢ２  Ｇｌｕ２７対立遺伝子を保有する人は、炭水化物の食餌性摂取を制限しない限り、体重管理が困難である。２つの別個の研究（各々がその２つの遺伝子／ＳＮＰのうちの１つだけに焦点を当てている）において、研究者らは、５０％を超えて炭水化物を摂取していた同じ遺伝子型を有する被験体と比較して、炭水化物摂取が総カロリーの５０％未満に制限されたときの、このバリアント対立遺伝子を保有する被験体における体重増加／肥満症に対する低い傾向を見出した（３０，３８）。このことは、これらの変異の各々が、炭水化物制限下における肥満症に対するリスクに差があることを示すことを示唆している。さらに、それらの研究のうちの１つが、炭水化物摂取が総カロリーの５０％未満だったときの、そのバリアント対立遺伝子を保有する被験体におけるインスリン抵抗性のリスクが低いことを証明した（３０）。Ａｌａ１２保有者を用いた介入研究の結果は、低カロリー食（１９）および運動トレーニング（４５〜４７）に応答して、非保有者よりも、大きな体重減少（１８）およびインスリン感度のより大きな改善を有することを示唆している。これらの結果は、Ａｌａ１２バリアントと関連する低いＰＰＡＲＧ活性（より少ない脂肪蓄積（脂肪を貯蔵する低い能力）、そしてより高いインスリン感度を引き起こす、ＰＰＡＲＧ標的遺伝子のより有効でない刺激をもたらす）によって説明され得る。Ａｌａ１２またはＧｌｕ２７対立遺伝子のいずれかの保有者であることは、高炭水化物食の際に肥満症のリスクを高めるので、炭水化物制限食をそれらの対立遺伝子の保有者に推奨することが適切であり、これらの遺伝子型は、食餌／運動介入とともにインスリン感度の改善と関連する。
【０２０９】
体重およびインスリン感度の変更を用いる介入研究の結果は、ＰＰＡＲＧ  １２Ａｌａ／＊およびＡＤＲＢ２  ２７Ｇｌｕ／＊に対して強力である（１８，３０，３８，４５〜４７）。しかしながら、研究では、１つの集団において両方の多型の効果が評価されなかった。したがって、両方のＳＮＰ遺伝子型の組み合わせを必要とするよりも、ＰＰＡＲＧ  １２Ａｌａ／＊「および／または」ＡＤＲＢ２  ２７Ｇｌｕ／＊遺伝子型の被験体をこのパターンに含めることが、より適切である。
【０２１０】
５つのＳＮＰ遺伝子型パターンの間の唯一の矛盾は、ＡＤＲＢ２  Ｇｌｕ２７対立遺伝子を保有する被験体が、この被験者らを「脂肪制限に対して応答性」パターンに対して適格とし得る、ＰＰＡＲＧ  １２Ｐｒｏ／ＰｒｏとＦＡＢＰ２  ５４Ｔｈｒ／＊との組み合わせも有するときである。体重および／または体脂肪に関係する表現型に対するＰＰＡＲＧおよびＦＡＢＰ２多型の遺伝子と食餌との相互作用についての科学的証拠が数でまさること（１，２，９，１０，１６，１８）が、炭水化物調節に対する身体の応答についてのＡＤＲＢ２の遺伝子と食餌との相互作用について見出された証拠より大きい（２１，３０，３１）ので、この試験は、そのような被験体を、「脂肪制限に対して応答性」パターンに割り当てる。
【０２１１】
複数の研究が、ＦＡＢＰ２  Ｔｈｒ５４対立遺伝子を保有する被験体に、代謝症候群のリスクがあることを証明している（４８〜５０）。その他の研究は、飽和脂肪の摂取を減少させることによる、グルコース代謝関連危険因子（インスリン、血糖、トリグリセリド）の改善を証明している（１０，１１，１２）。食餌中の脂肪のタイプに焦点をあてた介入調査は、ほとんどの場合において、中程度の量の食餌性炭水化物も含んだ。ＦＡＢＰ２遺伝子型に直接結びつかない他の調査は、炭水化物摂取を調節することによる、インスリンレベルおよび血糖管理の改善を証明している（５１〜５３）。食餌中の脂肪を減少させることに焦点を当てることよりも；ＰＰＡＲＧ  １２／Ａｌａ／＊とＦＡＢＰ２  ５４Ｔｈｒ／＊遺伝子型とが組み合わされた被験体は、炭水化物摂取を減少させることによって、より多くの起こり得る利益を享受し得る。
【０２１２】
運動に対する低い応答性
ＡＤＲＢ３遺伝子またはＡＤＲＢ２遺伝子のいずれかにおいて特定の遺伝子型を有する人は、体重を管理するストラテジーとしての運動に対して自身を低い応答性にする傾向がある遺伝的素因を有する。これらの多型の両方が、カテコールアミンに対する応答を媒介することによって脂肪組織からの脂肪の代謝（脂肪分解）において鍵となる役割を果たす。ＡＤＲＢ２  Ｇｌｙ１６バリアントは（インビトロ研究においてＧｌｕ２７バリアントと組み合わされるときでさえも）、より低いアドレナリン作動性レセプター応答性と関連する（２１）。これらの２つの多型は、密接な連鎖不平衡にある。したがって、Ｇｌｙ１６バリアントについての試験は、同じ素因と関連するＧｌｕ２７バリアントを保有するほとんどの被験体も同定する。ＡＤＲＢ３  Ａｒｇ６４バリアントは、低いレセプター機能および低い脂肪分解と関連する。運動において、そのバリアントの保有者は、低い脂肪分解、ゆえに、脂肪を燃焼する低い能力を示す可能性があり、それは、運動に応答して小さい体重減少をもたらし得る。複数の介入研究が、Ａｒｇ６４バリアントを有する人が、非保有者よりも、食餌／運動に応答した減量がより困難であることを一貫して示している。ＡＤＲＢ２のＧｌｙ１６バリアントの保有者は、非保有者よりも、運動（２３）または食餌と運動の組み合わせ（２８）によって減量する可能性が低い。両方のアドレナリン作動性レセプターが、運動中にカテコールアミンに対する応答に影響することと、ＡＤＲＢ２  Ｇｌｙ１６とＡＤＲＢ３  Ａｒｇ６４の両方が、低いレセプター機能を有することを考慮すると、これらの多型のいずれかを有する被験体は、より低い運動応答性の複合パターンに含められるべきである。
【０２１３】
結果は、食餌性多量養素に対する応答の証拠に基づいて３つの別個のカテゴリーに、そして運動に対する応答の証拠に基づいて２つの別個のカテゴリーに分けられた。得られたカテゴリーまたは遺伝子型パターンの３×２のマトリックスを以下に示す（表６）。
【０２１４】
【表６】
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複合遺伝子型パターン＃１−脂肪と炭水化物とのバランスに対して応答性、運動に対して応答性：ＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３、１．１またはＧ／Ｇ（５４Ａｌａ／Ａｌａ）、ＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２、１．１またはＣ／Ｃ（１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ）およびＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４、１．１またはＣ／Ｃ（２７Ｇｌｎ／Ｇｌｎ）およびＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３  ２．２またはＡ／Ａ（１６Ａｒｇ／Ａｒｇ）およびＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４  １．１またはＴ／Ｔ（６４Ｔｒｐ／Ｔｒｐ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体。このカテゴリーは、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食から様々な体重で応答性であると知られている標記遺伝子型を含む。このパネルにおいて試験されるバリアントが原因で、これらの被験体は、食餌中の脂肪または炭水化物と切り離されるとき、損なわれた応答に対する一貫した遺伝的傾向を示さない。これらの被験体は、体重管理の目標を達成するための定期的な運動に対して正常なエネルギー代謝応答を示す。この複合遺伝子型は、白人集団の２％に存在する。
【０２１５】
複合遺伝子型パターン＃２−脂肪制限に対して応答性、運動に対して応答性：ＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３、２．２（Ａ／Ａ）（１６Ａｒｇ／Ａｒｇ）およびＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４、１．１（Ｔ／Ｔ）（６４Ｔｒｐ／Ｔｒｐ）と組み合わされる、ＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３、２．２または１．２（Ａ／ＡまたはＧ／Ａ）（５４Ｔｈｒ／＊）およびＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２、１．１またはＣ／Ｃ（１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ）、ならびにＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４、１．２または２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）（２７Ｇｌｕ＊）またはＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４、１．１（Ｃ／Ｃ）（２７Ｇｌｎ／Ｇｌｎ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体。これらの被験体は、より多くの食餌性脂肪を吸収し、それを代謝において代謝するのではなく、脂肪細胞内に貯蔵する傾向がある。これらの被験体は、体重管理の目標を達成するための定期的な運動に対して正常なエネルギー代謝応答を示す。この複合遺伝子型は、白人集団の約５％と予想される。
【０２１６】
複合遺伝子型パターン＃３−炭水化物制限に対して応答性、運動に対して応答性：ＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（１２Ａｌａ／＊）１．２もしくは２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）および／またはＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４（２７Ｇｌｕ／＊）１．２もしくは２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）を含む遺伝子型を有する被験体、ならびにＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（１２Ａｌａ／＊）１．２または２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）およびＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３（５４Ｔｈｒ／＊）２．２または１．２（Ａ／ＡまたはＧ／Ａ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体。上の適格遺伝子型のすべてが、ＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３（１６Ａｒｇ／Ａｒｇ）２．２（Ａ／Ａ）およびＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４（６４Ｔｒｐ／Ｔｒｐ）１．１（Ｔ／Ｔ）と組み合わされることにより、運動カテゴリーの必要条件に対する応答性が満たされる。これらの被験体は、食餌性炭水化物を多く摂取することによって体重を増やすかまたは保持する傾向があり、グルコース代謝およびインスリン代謝が損なわれているという徴候を示す。これらの被験体は、体重管理の目標を達成するための定期的な運動に対して正常なエネルギー代謝応答を示す。この複合遺伝子型は、白人集団の約５％と予想される。
【０２１７】
複合遺伝子型パターン＃４−脂肪と炭水化物とのバランスに対して応答性、運動に対して低い応答性：ＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３（５４Ａｌａ／Ａｌａ）１．１（Ｇ／Ｇ）およびＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ）１．１（Ｃ／Ｃ）およびＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３（１６Ｇｌｙ＊）１．２もしくは１．１（Ｇ／ＧまたはＧ／Ａ）またはＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４（６４Ａｒｇ＊）１．２もしくは２．２（Ｃ／ＴまたはＣ／Ｃ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体。このカテゴリーは、低脂肪または低炭水化物のカロリー制限食から様々な体重で応答性であると知られている標記遺伝子型を含む。このパネルにおいて試験されるバリアントが原因で、これらの被験体は、食餌中の脂肪または炭水化物と切り離されるとき、損なわれた応答に対する一貫した遺伝的傾向を示さない。これらの被験体は、エネルギー代謝が損なわれている傾向があり、体重管理の目標を達成するための定期的な運動に対して低い応答性である傾向がある。この複合遺伝子型は、白人集団の１４％に存在する。
【０２１８】
複合遺伝子型パターン＃５−脂肪制限に対して応答性、運動に対して低い応答性：ＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３（１６Ｇｌｙ＊）１．２もしくは１．１（Ｇ／ＡまたはＧ／Ｇ）またはＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４（６４Ａｒｇ＊）２．１もしくは２．２（Ｃ／ＴまたはＣ／Ｃ）と組み合わされる、ＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３（５４Ｔｈｒ／＊）２．２または２．１（Ａ／ＡまたはＡ／Ｇ）およびＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（１２Ｐｒｏ／Ｐｒｏ）１．１（Ｃ／Ｃ）、ならびにＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４（２７Ｇｌｕ＊）１．２もしくは２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）またはＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４（２７Ｇｌｎ／Ｇｌｎ）１．１（Ｃ／Ｃ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体。これらの被験体は、より多くの食餌性脂肪を吸収し、それを代謝において代謝するのではなく、脂肪細胞内に貯蔵する傾向がある。これらの被験体は、エネルギー代謝が損なわれている傾向があり、体重管理の目標を達成するための定期的な運動に対して低い応答性である傾向がある。この複合遺伝子型は、白人集団の約３４％と予想される。
【０２１９】
複合遺伝子型パターン＃６−炭水化物制限に対して応答性、運動に対して低い応答性：ＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（１２Ａｌａ／＊）１．２もしくは２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）および／またはＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１４（２７Ｇｌｕ／＊）１．２もしくは２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）を含む遺伝子型を有する被験体、ならびにＰＰＡＲＧ  ｒｓ１８０１２８２（１２Ａｌａ／＊）１．２または２．２（Ｃ／ＧまたはＧ／Ｇ）およびＦＡＢＰ２  ｒｓ１７９９８８３（５４Ｔｈｒ／＊）２．２または２．１（Ａ／ＡまたはＡ／Ｇ）の組み合わせ遺伝子型を有する被験体。上記の適格遺伝子型のすべてが、運動の必要条件に対する低い応答性を満たすために、ＡＤＲＢ２  ｒｓ１０４２７１３（１６Ｇｌｙ＊）１．２または１．１（Ｇ／ＡまたはＧ／Ｇ）またはＡＤＲＢ３  ｒｓ４９９４（６４Ａｒｇ＊）２．１または２．２（Ｃ／ＴまたはＣ／Ｃ）とも組み合わされなければならない。これらの被験体は、食餌性炭水化物を多く摂取することによって体重を増やすかまたは保持する傾向があり、グルコース代謝およびインスリン代謝が損なわれているという徴候を示す。これらの被験体は、エネルギー代謝が損なわれている傾向があり、体重管理の目標を達成するための定期的な運動に対して低い応答性である傾向がある。この複合遺伝子型は、白人集団の約４０％と予想される。
【０２２０】
【表７−１】
0005651585.tif 000011
【０２２１】
【表７−２】
0005651585.tif 000012
【０２２２】
【表７−３】
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実施例２．臨床上の遺伝子型解析法
ＤＮＡを、頬側スワブ（ＳＯＰ＃１２，バージョン１．３）から抽出するか、またはＣｏｒｉｅｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｉｅｓから購入した。単離されたＤＮＡを用いることにより、５つのＳＮＰ周囲の配列の領域をＰＣＲ増幅した（ＳＯＰ＃２９，バージョン１．０）。各サンプルから得られた４つのアンプリコンを、エキソヌクレアーゼＩ（Ｅｘｏ）およびエビアルカリホスファターゼ（ＳＡＰ）で処理することにより、過剰なプライマーおよびヌクレオチドを除去した（ＳＯＰ＃２９，バージョン１．０）。精製されたアンプリコンを、そのＳＮＰ標的に特異的なプライマーとともに、一塩基伸長（ＳＢＥ）反応において使用した（ＳＯＰ＃３０，バージョン１．０）。いったんＳＢＥが完了したら、ＳＡＰを再び加えることにより、組み込まれていないヌクレオチドを除去した（ＳＯＰ＃３０，バージョン１．０）。次いで、ＳＢＥ産物を、既知の泳動サイズの標準物質とともにＢｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  ＣＥＱ８８００において解析した（ＳＯＰ＃１５，バージョン１．４およびＳＯＰ＃１６，バージョン１．３）。ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）を除くすべての遺伝子型を、順方向ＤＮＡ鎖についてアッセイした。ＰＰＡＲＧ（ｒｓ１８０１２８２）は、逆方向ＤＮＡ鎖に対してアッセイされ、ＣＥＱ８８００の追跡において相補的な（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）塩基として表示される。得られた遺伝子型を記録し、次いで、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎにおけるＤＮＡ配列決定によって生成された遺伝子型またはＮＣＢＩに記録されている公知の遺伝子型と比較した。シングルプレックス（ｓｉｎｇｌｅｐｌｅｘ）形式：標記のＰＣＲ産物を、別々に増幅し、対応するＳＢＥプライマーによって主題的に（ｓｕｂｊｅｃｔｌｙ）遺伝子型解析した。プールプレックス（ｐｏｏｌｐｌｅｘ）形式：標記のＰＣＲ産物を、別々に増幅し、次いで、共にプールした。プールされたＤＮＡを、ＳＢＥプライマーの混合物を用いる単一反応において、５つすべてのＳＮＰについて遺伝子型解析する。マルチプレックス（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ）形式：４つすべてのＰＣＲ産物を単一反応において生成した。マルチプレックスのＰＣＲ産物を、ＳＢＥプライマーの混合物を用いる単一反応において５つすべてのＳＮＰについて遺伝子同定した。
【０２２３】
標準化
市販のサイズ標準物質（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  ｐａｒｔ＃６０８３９５）を、遺伝子型解析に対する内部基準としてサンプルとともに泳動した。
【０２２４】
精度および特異性
正確な遺伝子が、標的化され、正確に遺伝子型解析されることを保証するために、ＰＣＲ産物を、配列決定および遺伝子型解析のために、独立した研究室（Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）に提出した。Ａｇｅｎｃｏｕｒｔでは、その配列をＳＮＰに隣接するゲノム配列と比較し、次いで、各サンプルの遺伝子型をＩｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓに報告した。次いで、ＡｇｅｎｃｏｕｒｔおよびＩｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎの結果を、一致するか比較した。
【０２２５】
ＳＮＰの名称および省略形
以下のＳＮＰの名称および省略形が、このアッセイの確認において使用される：ＡＤＲＢ２（Ｒ１６Ｇ）、ｒｓ１０４２７１３＝Ａ１；ＡＤＲＢ２（Ｑ２７Ｅ）、ｒｓ１０４２７１４＝Ａ２；ＡＤＲＢ３（Ｒ６４Ｗ）、ｒｓ４９９４＝Ａ３；ＦＡＢＰ２（Ａ５４Ｔ）、ｒｓ１７９９８８３＝ＦＡ；ＰＰＡＲＧ（Ｐ１２Ａ）、ｒｓ１８０１２８２＝ＰＰ。
【０２２６】
結果
ＰＣＲの結果
単離されたＤＮＡを、別表Ｂに列挙されているプライマーセットを用いてＰＣＲ増幅した。ＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１３）およびＡＤＲＢ２（ｒｓ１０４２７１４）は、３３ヌクレオチド離れており、単一のＰＣＲ産物として増幅された。ＰＣＲ産物をアガロースゲルにおいて泳動することにより、Ａ１／Ａ２＝４２２ｂｐ、Ａ３＝５６９ｂｐ、ＦＡ＝３１１ｂｐ、ＰＰ＝３６７ｂｐという予想される産物のサイズが確認された。
【０２２７】
遺伝子型解析の結果
ピーク移動
ＣＥＱ８８００キャピラリー電気泳動装置において泳動したときに既知のサイズ標準物質に対して特定の位置にピークをもたらすような独特の長さで各ＳＮＰ特異的単一塩基伸長プライマーを設計した。ピークの位置は、色素の移動度、プライマー配列および解析ソフトウェアの影響に起因してプライマーサイズと正確にマッチしないことがあるが、常に一貫して移動する。単一塩基伸長プライマーは、予想されるピーク移動とともに別表Ｃに列挙されている。
【０２２８】
塩基の呼び出し
一塩基伸長反応は、蛍光標識された塩基をＳＮＰ特異的プライマーの３’末端に付加する。この産物は、ＣＥＱ８８００内の２つのレーザーによって読み出される。その結果は、ＣＥＱ８８００ソフトウェアによって解析され、色づけされたピークとして表される（各色は、異なる塩基を表す）。特定の遺伝子座における１つの単色ピークの存在は、ホモ接合体を示し、異なる色の２つのピークは、ヘテロ接合体を示す。確認において遺伝子型解析された３９個のサンプルは、５つすべてのＳＮＰについて、ほとんどすべてのホモ接合性遺伝子型およびすべてのヘテロ接合性遺伝子型を表した。１つの例外は、ＰＰＡＲＧ  ＳＮＰに対するホモ接合性のＣ遺伝子型である。一般的な集団におけるＣ対立遺伝子の頻度が、たった０．１であるので（ｒｓ＃１８０１２８２に対するｄｂＳＮＰデータベースによって示されるとき）、これは、予想外ではなかった。しかしながら、ホモ接合性Ｃ遺伝子型は、この確認の範囲外の他のサンプルにおいて生じている。
【０２２９】
ＣＥＱ８８００ソフトウェアは、ユーザーがＳＮＰ遺伝子座タグを特定することができることを特徴とする。ユーザーは、ＳＮＰ特異的プライマーの予想される移動に基づく移動サイズ（ヌクレオチドにおける）を指定する。これにより、コンピュータが、サンプルとともに泳動された標準化マーカーに関する移動に基づいて、ＳＮＰを同定することが可能になる。そのコンピュータは、それが検出する色素指示薬に基づいてＳＮＰ内の塩基も同定し得る。この確認のために、コンピュータは、各ＳＮＰの最初のコールを作成した。次いで、確証のために、そのデータを再度、２人の技術者によって独立して解析した。すべての場合において、コンピュータのコールと２つの独立した（手動の）コールとが一致した。
【０２３０】
Ｃｏｒｉｅｌｌサンプル
１５個のＣｏｒｉｅｌｌ  ＤＮＡサンプルにおいてシングルプレックス形式で遺伝子型解析を行った後、その結果を既知の遺伝子型と比較し、その結果が、１００％一致した（表８を参照のこと）。
【０２３１】
【表８】
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本発明を、特に好ましい実施形態および例に関して記載してきたが、当業者は、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、様々な改変が本発明に対して行われ得ることを認識する。
【０２３２】
本明細書において言及された、および／またはＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｄａｔａ  Ｓｈｅｅｔに列挙されている、上記の米国特許、米国特許出願公報、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許刊行物のすべての全体が、本明細書中で参考として援用される。
【０２３３】
【数１】
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【０２３４】
【数２】
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【０２３５】
【数３】
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【０２３６】
【数４】
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【０２３７】
【数５】
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【０２３８】
【数６】
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【０２３９】
【数７】
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【０２４０】
【数８】
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【０２４１】
【数９】
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【０２４２】
【数１０】
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【配列表】
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