(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗ｓｕＰＡＲ抗体の治療上の有効量を含むことを特徴とする、蛋白尿を特徴とする疾患又は障害の蛋白尿の治療への使用のための医薬組成物。
【請求項２】
蛋白尿を特徴とする前記疾患又は障害は、足細胞疾患又は足細胞障害、蛋白尿症、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節性糸球体腎炎、微小変化群、ネフローゼ症候群、子癇前症、子癇、腎臓損傷、膠原病性血管疾患、ストレス、激しい運動、良性起立性（体位性）蛋白尿症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ腎症、膜性増殖性糸球体腎炎、膜性腎症、サルコイドーシス、アルポート症候群、糖尿病、薬物が原因である腎臓損傷、ファブリー病、感染、アミノ酸尿症、ファンコニー症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球貧血、血色素尿症、多発性骨髄腫、ミオグロビン尿、糖尿病性腎症（ＤＮ）、ループス腎炎、ウェゲナー肉芽腫症及び糖原病Ｉ型からなる群から選択されることを特徴とする、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
蛋白尿を有する又は発症するリスクを有する患者の診断のための血液バイオマーカーであって、
可溶性ウロキナーゼ受容体分子（ｓｕＰＡＲ）ポリペプチドを含むことを特徴とする、血液バイオマーカー。
【請求項４】
蛋白尿を特徴とする前記疾患又は障害は、足細胞疾患又は足細胞障害、蛋白尿症、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節性糸球体腎炎、微小変化群、ネフローゼ症候群、子癇前症、子癇、腎臓損傷、膠原病性血管疾患、ストレス、激しい運動、良性起立性（体位性）蛋白尿症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ腎症、膜性増殖性糸球体腎炎、膜性腎症、サルコイドーシス、アルポート症候群、糖尿病、薬物が原因である腎臓損傷、ファブリー病、感染、アミノ酸尿症、ファンコニー症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球貧血、血色素尿症、多発性骨髄腫、ミオグロビン尿、糖尿病性腎症（ＤＮ）、ループス腎炎、ウェゲナー肉芽腫症及び糖原病Ｉ型からなる群から選択されることを特徴とする、請求項３に記載の血液バイオマーカー。
【請求項５】
患者からの血液試料を、検出可能な標識抗ｓｕＰＡＲ抗体と接触させるステップと、患者の可溶性ウロキナーゼ受容体（ｓｕＰＡＲ）を測定するステップとを含むことを特徴とする、蛋白尿を有する又は発症するリスクを有する患者を診断するために可溶性ウロキナーゼ受容体（ｓｕＰＡＲ）を測定するためのアッセイ方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の実施態様は、腎臓でのウロキナーゼ受容体（ｕＰＡＲ）の発現、機能、活性を変調する組成物を含む。
【背景技術】
【０００２】
関連出願の相互参照
本出願は、その全体が引用により本明細書に取り込まれる、２００８年１１月６日出願
の米国仮特許出願第６１／１１１，８７３号を基礎とする優先権を主張する。
【０００３】
腎移植後の糸球体腎臓疾患が手術後数時間以内に再発する場合があるという事実は、膨大な課題を抱える医学の未解明の謎の１つである。過去数十年は足細胞生物学において多くの進歩が見られたが、ほとんどの蛋白尿腎疾患の根本的な正確な病因は未だに全く明らかになっていない。このことは巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）にも当てはまる。ポドシンか、ネフリンか、アルファ−アクチニンか、ＴＲＰＣ６かを含む特定の分子の突然変異がいくつかの家族性ＦＳＧＳの原因であると主張されてきたが、後天性ＦＳＧＳの病因に関してはほとんど知られていない。ＦＳＧＳは末期腎不全を頻繁に引き起こし、移植された腎臓の３０−６０％で顕著な再発を引き起こす。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
この概要は、本発明の性質及び実体を簡潔に表すための本発明の概要を示すために提供される。概要は、特許請求の範囲又は意味を解釈するか、あるいは限定するために用いられないであろうとの理解のもとに提示される。
【０００５】
本発明の実施態様は、例えば蛋白尿症のような腎疾患又は腎障害を治療するための組成物を対象とする。
【０００６】
本発明の他の局面は以下に説明される。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１】ｓｕＰＡＲがαｖβ３インテグリンを活性化し、マウスの足突起の消失と蛋白尿症とを誘発することを示す図。図１Ａは、ｓｕＰＡＲタンパク質が培養足細胞のαｖβ３インテグリンを活性化することを示す画像。完全に分化したマウスの足細胞は１−５μｇ／ｍｌのｓｕＰＡＲタンパク質で、３７℃で２４時間インキュベーションされ、ＡＰ５抗体で染色された。図１Ｂは、ｓｕＰＡＲのＰｌａｕｒ−／−マウスへの注射が蛋白尿症を誘発することを示すグラフ。ｓｕＰＡＲタンパク質がＰｌａｕｒ−／−マウス（ｎ＝６）に尾静脈から１ｍｇ／ｋｇ注射され、対照マウス（ｎ＝６）は同量のＢＳＡを注射された。注射前、注射８時間後及び注射２４時間後の尿がブラッドフォードアッセイ（Ｂｒａｄｆｏｒｄ  ａｓｓａｙ）のために採取された。ｓｕＰＡＲ注射後２４時間対ｓｕＰＡＲ注射後０時間と、ｓｕＰＡＲ注射後２４時間対全てのＢＳＡ群とで、ｐは０．０３未満であった。図１Ｃは、ｓｕＰＡＲ注射後に、ｓｕＰＡＲが足細胞内に蓄積されたことを示す画像。Ｓｙｎｐｏは、シナプトポジン。図１Ｄは、ｓｕＰＡＲ注射が足細胞のαｖβ３インテグリンを活性化したことを示す画像。図１Ｅ、図１Ｆは、腎臓相互移植後の画像。図１Ｅは、Ｐｌａｕｒ−／−マウスから右腎臓が５７ＢＬ／６マウスに移植され、そしてＬＰＳ（右画像）又はＰＢＳ（左画像）で処理された結果を示す画像。図１Ｆは、５７ＢＬ／６マウスから右腎臓がＰｌａｕｒ−／−マウスに移植され、そしてＬＰＳ又はＰＢＳで処理された結果を示す画像。
【０００８】
【図２】ＦＳＧＳ再発患者の血清が高レベルのｓｕＰＡＲを有し、足細胞内のαｖβ３インテグリンを活性化することを示す図。図２Ａは、ＦＳＧＳ再発患者は非再発患者及び正常被験者よりも高レベルの血清ｓｕＰＡＲを有することを示すグラフ。図２Ｂは、再発ＦＳＧＳ血清は培養足細胞内のαｖβ３インテグリンを活性化したことを示す画像。
【０００９】
【図３】腎臓の相互移植及び足細胞のｓｕＰＡＲを示す図。図３Ａは、相互移植の概略図。図３Ｂは、ｓｕＰＡＲが移植されたＰｌａｕｒ−／−マウスの足細胞に蓄積されたことを示す画像。移植及びＬＰＳ処理後、腎臓切片に免疫染色が行われた。Ｓｙｎｐｏは、シナプトポジン。図３Ｃは、ＬＰＳ処理されたＰｌａｕｒ−／−マウスにおいて、移植された５７ＢＬ／６腎臓で発現の増加が見られたが、天然のＰｌａｕｒ−／−腎臓の足細胞ではｕＰＡＲが全く見られなかったことを示す画像。
【００１０】
【図４】ＷＴ  Ｂ６マウス内への電気穿孔法（ＥＰ）によるｓｕＰＡＲの皮下遺伝子送達が蛋白尿症を誘発することを示すグラフ（矢印はＥＰが行われた時を示す）。
【００１１】
【図５】ＷＴ  Ｂａｌｂ／ｃマウスにおいて、電気穿孔法（ＥＰ）によるｓｕＰＡＲの皮下遺伝子送達が蛋白尿症を誘発することを示すグラフ（矢印はＥＰが行われた時を示す）。図４及び図５はどちらも、蛋白尿症及び糸球体腎臓疾患の発症時の可溶性ウロキナーゼ受容体の役割を示す。図４及び図５は、マウスの皮下組織における、ＧＦＰでタグ化された可溶性ｕＰＡＲの発現を示す。そこから、可溶性ｕＰＡＲは血流中で生成及び分泌され、蛋白尿症を引き起こす。
【００１２】
【図６】ｕＰＡＲノックアウトマウス内への電気穿孔法（ＥＰ）によるｓｕＰＡＲの皮下遺伝子送達が蛋白尿症を誘発することを示すグラフ（矢印はＥＰが行われた時を示す）。ｕＰＡＲノックアウトマウス皮下（ＳＣ）へのｓｕＰＡＲ−ＧＦＰ遺伝子送達（ＥＰ）２４時間後、マウスは免疫蛍光顕微鏡で観察された。結果は、ＧＦＰでタグ化されたｓｕＰＡＲがｕＰＡＲノックアウトマウスの皮下領域で発現したことを示した。
【００１３】
【図７Ａ】図７は、野生型及びｕＰＡＲノックアウトマウスにおける遺伝子電気穿孔法後の可溶性ｕＰＡＲの血清発現を示すイムノブロット写真。図７Ａは、電気穿孔法による皮膚へのｓｕＰＡＲの遺伝子送達が、野生型マウス内で循環するｓｕＰＡＲレベルを増大させることを示すイムノブロット写真。皮膚へのｓｕＰＡＲ遺伝子ベクターの電気穿孔の２４時間後に、前記レベルが測定された。
【図７Ｂ】図７Ｂは、電気穿孔法による皮膚へのｓｕＰＡＲの遺伝子送達がｕＰＡＲノックアウトマウス内で循環するｓｕＰＡＲを生成することを示すイムノブロット写真。皮膚へのｓｕＰＡＲ遺伝子ベクターの電気穿孔の２４時間後に、前記レベルが測定された。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
詳細な説明
本発明の実施態様は、ウロキナーゼ受容体（ｕＰＡＲ）、特に、可溶性ウロキナーゼ受容体（ｓｕＰＡＲ）を変調及び／又は抑制する薬剤を含む発見に関する。したがって、本発明の方法は、例えば、蛋白尿症によって特徴づけられる腎臓疾患又は障害を治療するために用いられる場合がある。
【００１５】
本発明の多くの局面が、例示のための応用例に関連して以下に説明される。多数の具体的な詳細、相互関係及び方法が、本発明の完全な理解を提供するために列挙されると理解されるべきである。しかし、当業者は、本発明が１つ又は２つ以上の具体的な詳細なしにか、あるいは別の方法とともに実施される場合があると容易に認識するであろう。本発明は、いくつかの作業が、異なる順番で、及び／又は、別の作業又は事象と同時に起こる場合があるように、作業又は事象の図示された順番によって限定されない。さらに、図示された作業又は事象の全てが、本発明による方法を実行するために必要とされるわけではない。
【００１６】
本明細書で説明された全ての遺伝子と、遺伝子名と、及び遺伝子産物は、本明細書で説明された組成物及び方法が適用可能であるためのいずれかの種からのホモログに対応するように意図されている。したがって、用語はヒト及びマウスからの遺伝子及び遺伝子産物を含むが、これらに限られない。特定の種からの遺伝子又は遺伝子産物が説明されている際に、当該説明は模範的なもののみが意図され、状況が明示される場合を除いて限定的なものとして解釈されないと理解される。したがって、例えば、本明細書で説明された遺伝子に関しては、いくつかの実施態様において、哺乳類の核酸配列及びアミノ酸配列に関するものは、その他の哺乳類と、魚類と、両生類と、爬虫類と、鳥類とを含むが、限定されないその他の動物からのホモログ及び／又はオーソログ遺伝子及び遺伝子産物を含むことが意図される。好ましい実施態様では、遺伝子又は核酸配列がヒトである。
【００１７】
定義
本明細書で用いられる用語は、特定の実施態様をただ説明するだけの目的であり、本発明を限定することを意図するものではない。本明細書で用いられるところの単数形の「１つ（ａ）」、「１つ（ａｎ）」及び「前記又は該（ｔｈｅ）」は、状況が別に明示される場合を除いて、複数形も含むことが意図される。さらに、詳細な説明及び／又は特許請求の範囲のいずれかで用いられる「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「有する（ｗｉｔｈ）」又はそれらの変形（ｖａｒｉａｎｔｓ）の用語である限り、かかる用語は前記用語の「含む」と類似するやり方で含むことが意図される。
【００１８】
「約（ａｂｏｕｔ）」又は「おおよそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という用語は、当業者によって決定されるときの特定の値についての許容可能な誤差範囲を意味し、該誤差範囲は、どのように前記値が測定されるか、決定されるか、すなわち、測定システムの限界に部分的に依存するであろう。例えば、「約」は、本技術分野における実務の上で、標準偏差の１倍以上の範囲内を意味する場合がある。代替的に、「約」は、特定の値の２０％までの範囲を意味する場合があり、１０％までが好ましく、５％までがより好ましく、１％までがさらにより好ましい。代替的に、特に生物学的システム又は過程に関して、前記用語は、１０倍以内（ｏｒｄｅｒ  ｏｆ  ｍａｇｎｉｔｕｄｅ）を意味する場合があり、値の５倍以内が好ましく、２倍以内がより好ましい。特定の値が、明細書及び特許請求の範囲に記載されるとき、別に記載される場合を除いて、前記特定の値についての許容可能な誤差範囲を意味する「約」という前記用語は推定されるべきである。
【００１９】
本明細書で用いられるところの「安全かつ有効な量」又は「治療量」という用語は、本発明のやり方で用いられた際に、妥当な利益／リスク割合に相応の（毒性、刺激作用又はアレルギー応答のような）不適切で有害な副作用なしに所望の治療応答を生じさせるのに十分な成分量を指す。「治療上の有効量」とは、所望の治療応答を生じさせるのに有効な本発明の化合物量を意味する。特定の安全かつ有効な量か、治療上の有効量かは、治療されている特定の条件と、患者の身体の状態と、治療されている哺乳類又は動物のタイプと、治療の持続期間と、（存在する場合には）同時療法の性質と、供された特定の製剤かつ化合物又はその誘導体の構造とのようなかかる因子で変わるであろう。
【００２０】
本明細書で用いられるところの「蛋白尿」とは、例えば、足細胞傷害のある足細胞を介して通過する多量のタンパク質か、通常ではタンパク質の通過が全く不可能であった足細胞を介する障壁（ｐｏｄｏｃｙｔｅ  ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｂａｒｒｉｅｒ）を介して通過する多量のタンパク質かを指す。ｉｎ  ｖｉｖｏシステムでは、「蛋白尿」という用語は尿中に血清タンパク質が過剰量存在することを指す。蛋白尿は、腎臓（腎臓）、尿、膵臓障害、ネフローゼ症候群（すなわち、１日あたり３．５グラムよりも多い蛋白尿）、子癇、腎臓の毒性病変のいずれかのうちの特徴的な徴候であり、糖尿病の徴候が頻繁である。重度の蛋白尿とともに、一般的な低蛋白血症が発生する場合があり、膠質浸透圧の低下（腹水症、水腫、水胸症）を引き起こす。
【００２１】
「特異的な結合」か、「特異的である」か、「特異的な免疫反応」かという文言は、抗体を指す時、タンパク質その他の生体分子の不均一な集団の存在下で当該タンパク質の存在を決定する結合反応を指す。したがって、指定されたイムノアッセイ条件下において、特異的な抗体は特定のタンパク質に結合するが、試料中に存在する他のタンパク質には十分な量で結合しない。かかる条件下でのタンパク質への特異的な結合は、特定のタンパク質に対する特異性のために選択される抗体を必要とする場合がある。
【００２２】
本明細書で用いられるところの「アプタマー」又は「選択された核酸結合種」という用語は、改変されていないか、あるいは化学的に改変されたＲＮＡ又はＤＮＡを含む場合がある。選択方法はアフィニティークロマトグラフィーの場合があるがこれに限られず、増幅方法は、逆転写（ＲＴ）又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の場合がある。
【００２３】
本明細書で用いられるところの、ｉｎ  ｖｉｖｏでの遺伝子量において、「変調」は発現における増大（刺激）か、低下（抑制）かのいずれかを意味する。この用語は、正常対照と比較した、ｉｎ  ｖｉｖｏでのいずれかの量、機能及びそれらに類するものとを含む。用語は例えば、増加されるか、増大されるか、増加されるか、刺激されるか、促進されるか、低下されるか、減少されるか、抑制されるか、阻害されるか、拮抗されるかことを意味する。変調は、基線値を超えて、１倍、２倍、３倍、５倍、１０倍、１００倍などよりも高く活性又は量を増加する場合がある。変調は、基線値未満にその活性を低下させる場合もある。
【００２４】
「バリアント」という用語とは、ポリヌクレオチド配列に関して用いられる際には、野生型遺伝子に関するポリヌクレオチド配列を含む場合がある。この定義は、例えば、「アレル」、「スプライシング」、「種」又は「多型」のバリアントも含む場合がある。スプライシングバリアントは参照分子と顕著な同一性を有する場合があるが、ｍＲＮＡのプロセッシング中にエキソンのスプライシングが交互に起こるために、より大きいか、あるいはより小さいポリヌクレオチドであることが一般的である。対応するポリペプチドは、追加の機能的ドメインを有するか、あるいはドメインを有しない場合がある。種バリアントは、１種類の種からもう１種類の種に変化するポリヌクレオチド配列である。本発明で特に有用なものは、野生型遺伝子産物のバリアントである。バリアントは核酸配列の少なくとも１個の突然変異から生じる場合があり、構造又は機能が変化されるか、あるいは変化されない場合がある、改変型ｍＲＮＡ又はポリペプチドを生じる場合がある。特定の天然遺伝子又は組換え遺伝子のいずれかは、アレル型を、全く有しないか、１個有するか、あるいは多数有する場合がある。バリアントを生じる通常の突然変異の変化は、ヌクレオチドの天然の欠失、付加又は置換が原因であることが一般的である。これらの変化タイプのそれぞれは、特定の配列において１回又は２回以上、単独か、別の変化タイプとの組み合わせかで生じる場合がある。
【００２５】
産生されるポリペプチドは、互いに顕著なアミノ酸の同一性を有することが一般的であろう。多型バリアントは、個別の特定の種間における特定の遺伝子のポリヌクレオチド配列の変化である。多型バリアントは「一塩基多型」（ＳＮＰｓ）、すなわち、前記ポリヌクレオチド配列が１つの塩基によって変化する一塩基突然変異を含む場合もある。ＳＮＰｓの存在が、例えば、ある疾患になりやすい傾向、すなわち、抵抗性に対して感受性を有する特定の集団を示す場合がある。
【００２６】
「ポリヌクレオチド誘導体」は、化学修飾、例えば、アルキル基、アシル基又はアミノ基による水素の置換を受けた核酸を含む。誘導体、例えば、オリゴヌクレオチド誘導体は、改変型糖原子団か、糖間（ｉｎｔｅｒ−ｓｕｇａｒ）結合かのような非天然の一部分を含む場合がある。これらのうちで模範的なものは、ホスホロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ）と、当業者に知られるその他の硫黄を含む化学種とである。核酸誘導体は、放射性ヌクレオチド、酵素、蛍光剤、化学発光剤、発色剤、基質、補因子、阻害剤、磁性粒子等を含む、標識を含む場合もある。
【００２７】
ポリペプチド又はペプチドの「誘導体」は、例えば、グリコシル化、ペグ化、リン酸化、硫酸化、還元／アルキル化、アシル化、化学共役又は軽いホルマリン処理によって改変されたものである。誘導体は、放射性同位元素、蛍光及び酵素の標識を含むがこれらに限定されない、直接的又は間接的のいずれかの検出可能な標識を含むために改変される場合もある。
【００２８】
本明細書で用いられるところの「断片又はセグメント」という用語は、核酸配列、遺伝子又はポリペプチドに適用される際には、長さが、少なくとも約５個の連続的な（核酸配列又は遺伝子の）核酸塩基か、（ポリペプチドの）アミノ酸かとなることが通常であり、少なくとも約１０個の連続的な核酸塩基又はアミノ酸となることが典型的であり、少なくとも約２０個の連続的な核酸塩基又はアミノ酸となることがより典型的であり、少なくとも約３０個の連続的な核酸塩基又はアミノ酸となることが通常であり、少なくとも約４０個の連続的な核酸塩基又はアミノ酸となることが好ましく、少なくとも約５０個の連続的な核酸塩基又はアミノ酸となることがより好ましく、少なくとも約６０個ないし８０個か、あるいはそれ以上の連続的な核酸塩基又はアミノ酸となることがさらにより好ましい。本明細書で用いられるところの「重なっている断片」は、核酸又はタンパク質のアミノ末端で開始し、核酸又はタンパク質のカルボキシ末端で終了する、連続的な核酸又はペプチドの断片を指す。核酸又はペプチドの断片それぞれは、次の核酸又はペプチドの断片と共通する少なくとも１個の連続的な核酸又はアミノ酸を有し、少なくとも約３個の連続する核酸塩基又はアミノ酸の部位が共通であることがより好ましく、少なくとも約１０個の連続的な核酸塩基又はアミノ酸の部位が共通であることが最も好ましい。
【００２９】
「生体分子」又は「マーカー」という用語は、本明細書で互換的に用いられ、ＤＮＡ、（ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ及びｔｍＲＮＡを含む）ＲＮＡ、ヌクレオチド、ヌクレオシド、類似体、ポリヌクレオチド、ペプチド及びこれらのいずれかの組み合わせを指す。
【００３０】
第１の試料での遺伝子又はバイオマーカーの「発現レベル／量」が、第２の試料又は正常な試料での遺伝子又はバイオマーカーの「発現レベル／量」の少なくとも約１倍、１．２倍、１．５倍、１．７５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍の場合に、前記第１の試料での遺伝子、生体分子又はバイオマーカーの前記発現／量は、前記第２の試料でのレベルよりも「より大きな」前記レベルである。発現レベル／量は、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片及び／又は遺伝子複製物を含むが、これらに限られない、当業者に知られるいずれか適切な基準にもとづいて決定される場合がある。発現レベル／量は、定性的及び／又は定量的に決定される場合がある。
【００３１】
「検出すること（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）」か、「検出する（ｄｅｔｅｃｔ）」か、「同定する」か、「定量化する」という用語は、トランスクリプトームのバイオマーカーか、該バイオマーカーを含む生体分子の組み合わせかと、同様のものとの有無を、アッセイ、定量化、画像化その他確立することか、腎疾患、腎障害又は腎臓の状態の予後及び／又は診断を、アッセイ、画像化、確認、確立その他決定することかを含む。
【００３２】
「患者」又は「被験者」は、哺乳類を指し、ヒト及び獣医学の被験者を含む。
【００３３】
本明細書で用いられるところの「これらを必要とする患者」とは、蛋白尿を特徴とする疾患に冒されている任意の患者を指す。本発明の１つの局面では、「これらを必要とする患者」とは、蛋白尿を特徴とする疾患を有するか、あるいは有するリスクがある患者のいずれかを指す。
【００３４】
本明細書で用いられるところの「試験物質」と、「候補治療剤」と又は「薬剤」という用語は本明細書で互換的に用いられ、前記用語は、疾患その他の医学上の症状を予防するか、軽減するか、あるいは治療することが可能な分子、化合物（ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｅｎｔｉｔｙ）、組成物、薬物、治療剤、化学療法剤又は生物製剤のいずれかを含むことを意味する。前記用語は、低分子化合物、アンチセンス試薬、ｓｉＲＮＡ試薬、抗体、酵素、ペプチド、有機分子又は無機分子、天然又は合成化合物及びそれらに類するものを含む。試験物質又は薬剤は、臨床治験中か、試行前の試験中か、あるいはＦＤＡの承認後のいずれかの段階で本発明の方法に従ってアッセイされる場合がある。
【００３５】
本明細書で用いられるところの「診断（ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）」という用語は、病状の存在又は性質を同定することを意味する。診断方法は、感度及び特異度に違いがある。診断アッセイの前記「感度」は、試験結果が陽性の患者の百分率である（「真の陽性」の百分率）。前記アッセイによって検出されない患者は「偽陰性」である。前記アッセイで、病気ではなく、かつ、試験結果が陰性である被験者は「真の陰性」と称される。診断アッセイの前記「特異度」は、１から偽陽性度を減算した差であり、前記「偽陽性」度は、試験結果が陽性であるが、その疾患を有しない被験者の割合として定義される。特別な診断方法が症状の決定的な診断を提供しない場合があるが、前記方法は診断の目的とする陽性指標を提供すれば十分である。
【００３６】
本明細書で用いられるところの「診断する（ｄｉａｇｎｏｓｉｎｇ）」という用語は、疾患又は徴候を分類すること、疾患の重症度を決定すること、疾患の進行を監視すること、疾患の予後（ｏｕｔｃｏｍｅ）及び／又は回復の見込みを予測することを指す。「検出」という用語は、上記のいずれかを任意に含む場合もある。本発明による疾患の診断は、前記被験者から得られた生物学的試料中で本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドのレベルを測定することによって達成される場合があり、測定されたレベルは、前記疾患の素因か、有無かと関係づけられる場合がある。「前記被験者から得られた生物学的試料」は、以下により詳細に説明されるように、前記被験者から物理的に除去されない試料を任意に含む場合もあると特筆されるべきである。
【００３７】
本明細書で定義されているところの、化合物の治療上の有効量（すなわち、有効投与量）は治療上（例えば、臨床的に）望ましい結果をもたらすために十分な量を意味する。組成物は１日に１回又は２回以上から１週間に１回又は２回以上投与される場合があり、一日おきに１回投与される場合もある。疾病又は障害の重症度と、以前の治療と、被験者の全体的な健康及び／又は年齢と、及び現在におけるその他の疾患とを含むがこれらに限定されない特定の因子が、被験者を効果的に治療するために必要とされる投与量及びタイミングに影響を及ぼす場合があることを当業者は理解するであろう。さらに、本発明の化合物の治療上の有効量を用いた被験者の治療は一つの処置又は一連の処置を含む場合がある。
【００３８】
「試料」という用語は、その最も広範な意味で本明細書で用いられる。「試料」とは、例えば、個々の患者又は細胞培養成分から単離された（血漿と、血清と、全血と、脳脊髄液と、リンパと、涙と、尿と、唾液と、母乳と、膿と、組織滲出液及び分泌物とを含むが、これらに限られない）１種類又は２種類以上の細胞、組織又は体液と、例えば、検査手技から得られた試料とのような生物学的試料を指す。生物学的試料は、細胞から単離された染色体（例えば、分裂中期染色体の展開）、細胞から単離された細胞小器官又は膜、全ての細胞又は組織、溶液中のゲノムＤＮＡ又はサザン解析のためのような固体支持体に結合したゲノムＤＮＡのような核酸、溶液中のＲＮＡ又はノーザン解析のためのような固体支持体に結合したＲＮＡ、溶液中のｃＤＮＡ又は固体支持体に結合したｃＤＮＡ、溶液中のオリゴヌクレオチド又は固体支持体に結合したオリゴヌクレオチド、溶液中のポリペプチド又はペプチドか、あるいは固体支持体に結合したポリペプチド又はペプチド、組織、組織付着痕（ｔｉｓｓｕｅ  ｐｒｉｎｔ）等を含む場合がある。
【００３９】
組織又は体液の周知慣例の採取方法の多くが、前記被験者で興味のあるバリアントのＤＮＡ、ＲＮＡ及び／又はポリペプチドのレベルを測定するために、前記被験者から前記生物学的試料を採取するために利用される場合がある。例は、細針生検と、針生検と、太針生検（ｃｏｒｅ  ｎｅｅｄｌｅ  ｂｉｏｐｓｙ）及び外科生検（例えば、脳生検）と、洗浄とを含むが、これらに限られない。供された手法にかかわらず、生検／試料が得られるとすぐに、前記バリアントの前記レベルが測定される場合があり、したがって、診断が行われる場合がある。
【００４０】
「ウロキナーゼ受容体分子」、「ｕＰＡＲ」という用語は可溶性、膜結合型、バリアント（ｖａｒｉａｎｔｓ）、断片、全てのファミリーメンバー、アイソフォーム、前駆体、変異体、アレル、断片、種、センス及びアンチセンスのポリヌクレオチド鎖等を含むことを意味する。
【００４１】
「中和」という用語は、例えば抗体のような標的結合剤に関するとき、抗体が標的抗原の活性を除去する能力か、有意に減少させる能力かに関する。したがって、本発明の「中和」抗ｕＰＡＲ抗体は、ｕＰＡＲの活性を除去すること又は有意に減少させることが可能である。中和ｕＰＡＲ抗体は、例えば、ｕＰＡがその受容体であるｕＰＡＲに結合することを阻害することによって作用する場合がある。この結合を阻害することにより、ｕＰＡが仲介するプラスミノーゲン活性化は有意に又は完全に除去される。
【００４２】
ｕＰＡＲポリペプチドに関する「活性型」又は「活性」は、天然のｕＰＡＲポリペプチドの生物学的活性又は免疫学的活性を有するｕＰＡＲポリペプチドの一部を指す。本明細書中で用いられるところの「生物学的」は、天然のｕＰＡＲポリペプチドの活性によって生じる生物学的機能を指す。
【００４３】
組成物
蛋白尿症は、濾過の細胞機構に含まれる構造タンパク質の変化によって、主に引き起こされる場合がある。蛋白尿症の病態生理学的原因は、（１）糸球体基底膜、足細胞又はスリット膜のような「糸球体濾過ユニット」を形成する構造の遺伝的に決定された障害か、（２）自己免疫過程により直接的に生じたか、細菌により間接的に誘発されたかのいずれかによる炎症過程か、（３）薬剤により生じた糸球体の損傷か、（４）進行性尿細管間質性傷害の最終結果として、最終的に生じるネフロン全体の機能の喪失かの主要なグループに大別される。
【００４４】
足細胞内のウロキナーゼ受容体（ｕＰＡＲ）シグナリングが糸球体疾患の原因であることが近年明らかになった。以下の実施例では、腎移植のマウスモデル及び患者からの血清において、可溶性ウロキナーゼ受容体（ｓｕＰＡＲ）が腎臓に蓄積され、蛋白尿腎疾患の原因となる場合がある。内因性足細胞ｕＰＡＲのように、ｓｕＰＡＲはαｖβ３インテグリンを細胞外において依存的方法で活性化する。これらの研究は最初の循環糸球体疾患因子（ｔｈｅ  ｆｉｒｓｔ  ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  ｇｌｏｍｅｒｕｌａｒ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｆａｃｔｏｒ）を同定する。移植生存と同様に、このタンパク質の除去又は遮断は天然の器官を維持するための有望な見通しである。
【００４５】
ｕＰＡＲは３個の細胞外ドメインを有するグリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカー型タンパク質である。ＧＰＩアンカーの開裂はｓｕＰＡＲを生成する。ＨＩＶと、リウマチ疾患又は神経疾患と、血液悪性腫瘍と、上皮癌との患者の血清において、ｓｕＰＡＲが高いことが発見された。本明細書における結果は、特に、ｕＰＡＲの可溶性型も、膜アンカー型と同様に蛋白尿腎疾患の一因となることを示す。
【００４６】
ＬＰＳ又はＰＡＮのような蛋白尿刺激に応答して、足細胞内でｕＰＡＲが誘発され、活性化され、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの足細胞の運動性の増加と、ｉｎ  ｖｉｖｏでのＦＰの消失及び蛋白尿症の増加とが引き起こされる。脂質ラフト結合ｕＰＡＲはβ３インテグリンと複合体を形成し、これにより、β３インテグリンの活性化が引き起こされる。この結果、Ｃｄｃ４２及びＲａｃ１シグナリングが促進され、これにより足細胞のＦＰの消失及び蛋白尿症が引き起こされる。ｕＰＡＲ−β３インテグリンシグナリングに起因する蛋白尿症は、αｖβ３インテグリンの選択的阻害剤、４２の環状ＲＧＤｆＶによって予防され、軽減される場合がある。ヒト免疫不全ウイルス関連腎症及びＲｈｏＧＤＩアルファノックアウトマウスでは、足細胞におけるＲａｃ１シグナリングの活性化も蛋白尿症の一因となる。Ｒａｃ１誘発蛋白尿症は、Ｒａｃ１の抑制か、その下流標的のアルドステロンの阻害かによって阻害される場合がある。したがって、足細胞でのＣｄｃ４２及びＲａｃ１の遊走前（Ｐｒｏｍｉｇｒａｔｏｒｙ）シグナリングの活性化はＦＰの消失及び蛋白尿症の広汎な原因である。
【００４７】
ＰＫＡ又はＣａＭＫＩＩによるシナプトポジンのリン酸化は、ＣａｔＬ仲介開裂からシナプトポジンを保護する１４−３−３結合を促進し、この結果シナプトポジンを定常状態レベルに安定させる。シナプトポジンはＩＲＳｐ５３を抑制し（Ｃｄｃ４２及びＭｅｎａのＩＲＳｐ５３への結合を阻害することによるＭｅｎａ仲介糸状仮足）、シナプトポジンはＳｍｕｒｆ−１を仲介したＲｈｏＡのユビキチン化を競合阻害することによりストレスファイバーを誘発する。また、シナプトポジンはＣａｔＬを介したダイナミンの分解を防ぐ。シナプトポジンは、足細胞アクチン細胞骨格が遊走表現型に再組織化することを阻害することにより腎臓の濾過を安定させる。カルシニューリンによるシナプトポジンの脱リン酸化は１４−３−３との相互作用を破壊する。このことはシナプトポジンのＣａｔＬ切断箇所を接近可能にし、シナプトポジンの分解を促進する。ＬＰＳ又はさまざまなその他の近接したシグナルが足細胞でのＢ７−１及びＣａｔＬの発現を誘発し、シナプトポジン及びダイナミンの分解が増加することにより、蛋白尿症が引き起こされる。同時に、ＬＰＳ又はその他の近接したシグナルは、ｕＰＡＲ（β３インテグリンのシグナリング）を介するか、シナプトポジンを仲介したＣｄｃ４２シグナリングの抑制の消失を介するか、Ｎｅｆ（Ｓｒｃを仲介したＲａｃ１の活性化）を介するかにより、Ｃｄｃ４２及びＲａｃ１を活性化する場合もある。従って、足細胞のアクチン細胞骨格が静止状態（ｓｔａｔｉｏｎａｒｙ）から遊走性表現型へと変わることにより、足突起の消失及び蛋白尿症が引き起こされる。ＣｓＡ及びＥ６４は、足細胞内のシナプトポジン及びダイナミンを定常状態のタンパク質レベルに安定化することにより蛋白尿症を予防し、Ｃｄｃｄ４２：ＩＲＳｐ５３：Ｍｅｎａシグナリングを阻害することによりＦＰ（４）−Ｍｉｔｏを予防し、ｕＰＡＲ：β３インテグリンシグナリングを阻害することにより環状ＲＧＤｆＶを保護し、Ｒａｃ１を阻害することによりＮＳＣ２３７６６を保護し、及びアルドステロンシグナリングを阻害することによりエプレレノン（ｅｐｌｅｒｏｎｏｎｅ）を保護する。
【００４８】
ＬＰＳ又はＰＡＮのような蛋白尿刺激に応答して、足細胞内でｕＰＡＲが活性化され、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの足細胞の運動性の増加と、ｉｎ  ｖｉｖｏでのＦＰの消失及び蛋白尿症の増加とにつながり、ｕＰＡＲ欠損マウスはＬＰＳ誘発蛋白尿症から保護される。脂質ラフトにおいて、活性化されたｕＰＡＲはβ３インテグリンと会合しており、これにより、β３インテグリンの活性化が引き起こされる。活性化されたβ３インテグリンは、次に、Ｃｄｃ４２及びＲａｃ１の遊走前（ｐｒｏｍｉｇｒａｔｏｒｙ）シグナリングを誘導し、この結果、足細胞ＦＰの消失及び蛋白尿症が引き起こされる。ｕＰＡＲ（β３インテグリンシグナリング開始蛋白尿症）は、αｖβ３インテグリンの選択的阻害剤である環状ＲＧＤｆＶにより阻害される場合がある。興味深いことに、ヒト免疫不全ウイルス関連腎症及びＲｈｏＧＤＩアルファノックアウトマウスにおいて、足細胞でのＲａｃ１シグナリングの活性も蛋白尿症の一因である。Ｒａｃ１誘発蛋白尿症は、Ｒａｃ１の抑制又はその下流の標的のアルドステロンの阻害によって阻害される場合がある。したがって、足細胞でのＲｈｏＧＴＰａｓｅｓ  Ｃｄｃ４２及びＲａｃ１の遊走前（Ｐｒｏｍｉｇｒａｔｏｒｙ）の活性化は、蛋白尿症の広汎な原因である。
【００４９】
したがって、好ましい実施態様では、組成物は膜の発現、活性及び／又は可溶性ウロキナーゼ受容体分子の活性を変調する。好ましくは、薬剤は可溶性ウロキナーゼ受容体分子を変調する。前記薬剤は、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、抗体、低分子及びこれらに類するもの等のウロキナーゼ受容体分子の発現又はウロキナーゼ受容体分子の活性を変調する任意の薬剤である場合がある。
【００５０】
好ましい実施態様では、前記薬剤はウロキナーゼ受容体分子の発現、機能及び／又は活性を正常対照と比較して約５％、好ましくは約１０％、好ましくは約５０％、好ましくは８０％、９０％又は１００％変調又は抑制する。例えば、可溶性ウロキナーゼ受容体分子の発現又は量の変調は、例えばαｖβ３インテグリン活性化の減少と、蛋白尿症等の腎疾患の治療とをもたらす。
【００５１】
他の好ましい実施形態では、薬剤は活性化されたｕＰＡＲ−β３インテグリンシグナリングと、足細胞ＦＰ過剰動態（ｈｙｐｅｒｍｏｔｉｌｉｔｙ）とを抑制又は阻害する。このことは、ｕＰＡＲ活性の一例であるだろう。
【００５２】
他の好ましい実施形態では、薬剤はｕＰＡＲ分子の分解及び／又は分解率を正常対照と比較して約５％、好ましくは約５０％、好ましくは８０％、９０％又は１００％変調する。
【００５３】
他の好ましい実施形態では、ｕＰＡＲの活性及び／又は発現を変調する薬剤はオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、抗体、アプタマー、低分子、有機分子、無機分子又はこれらの組み合わせを含む。
【００５４】
他の好ましい実施形態では、組成物はｉｎ  ｖｉｖｏでのｕＰＡＲの発現、活性及び／又は機能を変調する、１種類又は２種類以上の薬剤を含む。例えば、ある薬剤はウロキナーゼ受容体分子の活性を直接的に抑制する。他の例では、薬剤はそのリガンドへのｕＰＡＲの結合を直接的に抑制する。他の好ましい実施形態では、ｕＰＡＲリガンドの模倣剤はｕＰＡＲに結合する。他の好ましい実施形態では、組成物は例えばウロキナーゼ受容体に結合することによりウロキナーゼ受容体分子を直接的に標的にする薬剤を含み、該薬剤は例えば抗体か、ウロキナーゼ受容体分子発現を抑制するアンチセンスオリゴヌクレオチドか、ウロキナーゼ受容体分子合成経路におけるもう一つの分子を標的にする第２の薬剤か、例えばＧＴＰａｓｅ等のウロキナーゼ受容体分子に関連する経路における分子かである。
【００５５】
他の好ましい実施形態では、病理学的にウロキナーゼ受容体分子の発現及び／又は活性に関連する疾患又は障害を治療する方法は、ｉｎ  ｖｉｖｏで該障害を治療するために、ウロキナーゼ受容体分子の活性、機能及び／又は発現を変調する薬剤の有効量を必要とする患者に投与するステップを含む。前記疾患又は障害は、例えば蛋白尿症等の足細胞疾患又は足細胞障害。
【００５６】
例えば、薬剤はｕＰＡＲ分子変異体を発現するベクターである場合があり、ｉｎ  ｖｉｖｏでのｕＰＡＲの産生を減少させるｕＰＡＲ核酸を標的にする薬剤である場合がある。
【００５７】
他の好ましい実施形態では、ｕＰＡＲの発現、機能及び／又は活性を変調する、及び／又はｕＰＡＲ分解を変調する、薬剤の組み合わせが、例えば、蛋白尿症を特徴とする疾患又は障害、及び／又は足細胞疾患又は障害の治療において患者に投与される。
【００５８】
好ましい実施態様では、蛋白尿症を特徴とする疾患又は障害は、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節性糸球体腎炎、微小変化群、ネフローゼ症候群、子癇前症、子癇、腎臓損傷、膠原病性血管疾患、ストレス、激しい運動、良性起立性（体位性）蛋白尿症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ腎症、膜性増殖性糸球体腎炎、膜性腎症、サルコイドーシス、アルポート症候群、糖尿病、薬物による腎臓損傷、ファブリー病、感染、アミノ酸尿症、ファンコニー症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球貧血、血色素尿症、多発性骨髄腫、ミオグロビン尿、癌、ウェゲナー肉芽腫症又は糖原病Ｉ型を含む。
【００５９】
他の好ましい実施形態では、足細胞関連障害又は足細胞関連疾患の治療において、ｕＰＡＲの発現、機能、活性等の変調は、薬剤により変調される。本発明の目的のために、「足細胞疾患」及び「足細胞障害」という用語は互換可能であり、疾患か、障害か、症候群か、異常か、病変か、足細胞の異常状態か、その構成部分の構造又は機能の異常状態かのいずれかを意味する。
【００６０】
他の好ましい実施形態では、病理学的にウロキナーゼ受容体分子の発現及び／又は活性と関連する足細胞疾患又は足細胞障害を治療する方法は、ｉｎ  ｖｉｖｏで該足細胞疾患又は足細胞障害を治療するために、ウロキナーゼ受容体分子の活性、機能及び／又は発現を変調する薬剤の有効量を必要とする患者に投与するステップを含む。
【００６１】
かかる障害又は疾患は、足細胞の喪失（足細胞の減少（ｐｏｄｏｃｙｔｏｐｅｎｉａ））か、足細胞の突然変異か、足突起の幅の増大か、スリット膜の長さの低下かを含むが、これらに限定されない。１つの局面では、足細胞関連疾患又は足細胞関連障害は、足細胞の密度の消失又は減少である場合がある。１つの局面では、足細胞密度の減少は、例えば、アポトーシスか、剥離か、増殖の欠乏か、ＤＮＡ損傷又は肥大かによる足細胞数の減少が原因である場合がある。
【００６２】
１の実施態様では、足細胞関連疾患又は足細胞関連障害は、足細胞傷害が原因である場合がある。１つの局面では、例えば、高血圧（ｈｉｇｈ  ｂｌｏｏｄ  ｐｒｅｓｓｕｒｅ）、高血圧（ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ）又は虚血などの機械的ストレスか、酸素供給の欠乏か、有害物質か、内分泌的障害か、感染か、造影剤か、機械的外傷か、細胞毒性薬（シスプラチナム、アドリアマイシン、ピューロマイシン）か、カルシニューリン阻害剤か、（例えば、感染、外傷、酸素欠乏、閉塞又は虚血が原因となる）炎症か、放射線か、感染（例えば、細菌性、真菌性又はウイルス性）か、免疫系の機能障害（例えば、自己免疫疾患、全身性疾患又はＩｇＡ腎症）か、遺伝子障害か、薬剤（例えば、抗細菌剤、抗ウイルス剤、抗真菌剤、免疫抑制剤、抗炎症剤、鎮痛剤又は抗癌剤）か、臓器不全か、臓器移植か、尿路疾患かが足細胞傷害の原因となる場合がある。１つの局面では、虚血は鎌状赤血球貧血か、血栓か、移植か、閉塞か、ショックか血液喪失かである場合がある。１つの局面では、前記遺伝子障害は、Ｆｉｎｎｉｓｈ型先天性ネフローゼ症候群か、胎生膜性腎症か、例えばα−アクチン−４、ポドシン及びＴＲＰＣ６などの足細胞特異性タンパク質での突然変異かを含む場合がある。
【００６３】
１つの局面では、足細胞関連疾患又は足細胞関連障害は、例えばポドシン、ネフリン、ＣＤ２ＡＰなどのスリット膜タンパク質と、例えばＴＲＰＣ６などの細胞膜タンパク質と、例えばシナプトポジン、アクチン結合タンパク質、ｌａｍｂファミリー（ｌａｍｂ  ｆａｍｉｌｉｅｓ）及びコラーゲンなどの細胞骨格の構成に含まれるタンパク質との異常発現又は異常機能である場合がある。他の局面では、足細胞関連疾患又は足細胞関連障害は、ＧＢＭの障害と、糸球体間質細胞機能の障害と、抗原−抗体複合体及び抗足細胞抗体の蓄積とに関連している場合がある。他の局面では、足細胞関連疾患又は足細胞関連障害は、管萎縮である場合がある。
【００６４】
好ましい実施態様では、足細胞関連疾患又は足細胞関連障害は、微量アルブミン尿か、マクロアルブミン尿かなどの蛋白尿症を含む。したがって、いくつかの好ましい実施態様では、ｕＰＡＲの発現か、機能か、活性か、分解か、分解率及び／又は発現の抑制率か、ウロキナーゼ受容体分子の活性かを変調する１種類又は２種類以上の薬剤は、足細胞疾患又は足細胞障害のいずれかを治療するために用いられる１種類又は２種類以上の他の化学療法化合物と組み合わされる場合がある。
【００６５】
多種類の薬剤は、ｕＰＡＲ、特にウロキナーゼ受容体分子を標的にするために用いられる場合がある。これらの薬剤は、ウロキナーゼ受容体分子の発現及び／又は活性を減少させるｉｎ  ｖｉｖｏでの活性を有することにより、ｕＰＡＲを標的にするために設計される場合がある。
【００６６】
前記薬剤は、ｃＤＮＡ又はウロキナーゼ受容体分子の調節領域に基づいて、ウロキナーゼ受容体分子を調節する場合がある。例えば、アンチセンス阻害剤及びリボザイムなどのＤＮＡを利用した薬剤が、ＲＮＡレベルと同様にｕＰＡＲ遺伝子のイントロン及びエクソンの両方を標的にするために利用される場合がある。
【００６７】
また、前記薬剤は、ウロキナーゼ受容体分子のプロ断片（ｐｒｏｐｉｅｃｅｓ）及び／又は三次元タンパク質構造を含むアミノ酸配列に基づいて、ウロキナーゼ受容体分子を標的にする場合がある。例えばヒト抗体、非ヒトモノクローナル抗体及びヒト化抗体などのタンパク質を利用した薬剤が、ウロキナーゼ受容体分子の異なるエピトープを特異的に標的にするために用いられる場合がある。ペプチド又はペプチド模倣物は、特定のｕＰＡＲの活性部位に特異的に結合するための高親和性阻害剤として機能する場合があり、これにより、ｕＰＡＲのｉｎ  ｖｉｖｏ活性を抑制する。また、低分子がｕＰＡＲを標的にするために供される場合があり、特に低分子はウロキナーゼ受容体分子への高選択性を有する。
【００６８】
ウロキナーゼ受容体分子を標的にすることに加えて、ウロキナーゼ受容体の天然のリガンドと競合することにより、ウロキナーゼ受容体分子を競合的に抑制する薬剤が用いられる場合がある。
【００６９】
他の実施態様では、前記薬剤の１つは、ウロキナーゼ受容体分子に対して特異的なプロテアーゼ阻害剤である場合がある。
【００７０】
抗体：本明細書に記載される本発明の別の実施態様では、ｕＰＡＲに結合し、ｕＰＡＲ機能に影響を与える標的結合剤（ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）に関する。例としては、ｕＰＡＲに結合し、ｕＰＡＲ機能に影響を与えるモノクローナル抗体が挙げられる。他の実施態様は、ｕＰＡＲへの高い結合親和性と、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及びｉｎ  ｖｉｖｏでｕＰＡＲを中和する能力と、ｕＰＡＲの発現及び／又は機能を抑制する能力とを有する抗ｕＰＡＲ抗体に関する。
【００７１】
他の好ましい実施形態では、本発明はｕＰＡＲへの高い結合親和性、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及びｉｎ  ｖｉｖｏでｕＰＡＲを中和する能力を含む、治療的観点から望ましい特性を有する完全ヒト抗ｕＰＡＲ抗体に関する。
【００７２】
１の実施態様では、本発明は、非常に高い親和性（Ｋｄ）を有するｕＰＡＲへ結合する抗体を含む。例えば、１０−５Ｍか、１０−６Ｍか、１０−７Ｍか、１０−８Ｍか、１０−９Ｍか、１０−１０Ｍか、１０−１１Ｍか、これらの範囲又は値かのいずれか以下だがこれらに限定されないＫｄを有するｕＰＡＲに結合することができるヒト、ウサギ、マウス、キメラ又はヒト化抗体。親和性及び／又は結合力（ａｖｉｄｉｔｙ）の測定は、ＫｉｎＥｘＡ（商標）及び／又はＢＩＡＣＯＲＥ（商標）によって測定される場合がある。
【００７３】
本発明の１の実施態様は、ｕＰＡＲと結合する単離された抗体か、それらの抗体の断片かを含む。当技術分野において公知であるように、前記抗体は、例えば、ポリクローナル、オリゴクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化及び／又は完全ヒト抗体である場合がある。また、本明細書に記載される本発明の実施態様は、これらの抗体を産生するための細胞を提供する。
【００７４】
本発明の実施態様は、特定の抗体の形態か、特定の作成又は産生方法かに限定されないと理解される場合がある。例えば、本発明の抗ｕＰＡＲ抗体は、（例えば、インタクトなヒトＦｃ領域を有する）完全長の抗体又は抗体の断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２、Ｆｖ又はＤａｂ（Ｄａｂはヒト抗体の最小機能結合単位））である場合がある。加えて、前記抗体は、抗体を分泌するハイブリドーマか、遺伝子又は抗体をエンコードする遺伝子により形質転換又はトランスフェクションされた組み替えで生成された細胞かから産生される場合もある。
【００７５】
本発明の他の実施態様は、標的結合薬剤か、本明細書に記載されるような抗体又はこれらの断片か、抗ｕＰＡＲ抗体をエンコードする単離された核酸分子を有するベクターか、かかる核酸分子のいずれかで形質転換された宿主細胞かのいずれかをエンコードする、単離された核酸分子を含む。加えて、本発明の１の実施態様は抗体を産生させた後に続いて抗体を回収するために核酸分子が発現する条件下で、宿主細胞を培養することによる、本発明の抗ｕＰＡＲ抗体を産生する方法である。また、本発明の実施態様は、抗体の産生のために宿主細胞へトランスフェクションするときに、抗体又はこれらの断片の産生を増大させるために最適化された核酸配列を含む本発明の抗体か、抗体の断片かをエンコードする任意の核酸分子を含むと理解されるべきである。
【００７６】
更なる実施態様は、ヒトｕＰＡＲを有する哺乳類を免疫化することによりｕＰＡＲに高親和性の抗体又はそれらの断片と、１個又は２個以上のオーソログ配列又はそれらの断片とを産生する方法を含む。
【００７７】
本発明の他の実施態様は、患者試料中のｕＰＡＲレベルを検出するために本明細書に記載されるように調製された抗体が利用される、疾患又は状態を診断する方法含む。１の実施態様では、患者試料は血液又は血清である。追加の実施態様では、抗ｕＰＡＲ抗体を用いたｕＰＡＲの過剰発現の同定を含む、危険因子と、疾患の診断と、疾患のステージとの同定のための方法が示されている。
１．本発明の他の実施態様は、標的結合剤又は本発明の抗ｕＰＡＲ抗体を用いて血清又は細胞と接触させ、その後、ｕＰＡＲの存在の検出することにより、細胞中のｕＰＡＲの発現と関連した状態を診断するための方法を含む。好ましい状態は、足細胞疾患又は足細胞障害、蛋白尿症、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節性糸球体腎炎、微小変化群、ネフローゼ症候群、子癇前症、子癇、腎臓損傷、膠原病性血管疾患、ストレス、激しい運動、良性起立性（体位性）蛋白尿症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ腎症、膜性増殖性糸球体腎炎、膜性腎症、サルコイドーシス、アルポート症候群、糖尿病、薬物が原因である腎臓損傷、ファブリー病、感染、アミノ酸尿症、ファンコニー症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球貧血、血色素尿症、多発性骨髄腫、ミオグロビン尿、糖尿病性腎症（ＤＮ）、ループス腎炎、ウェゲナー肉芽腫症又は糖原病Ｉ型を含む腎臓疾患を含む。
【００７８】
他の実施態様では、本発明は、ｕＰＡＲ関連疾患をスクリーニングするための哺乳類組織、細胞又は体液内のｕＰＡＲを検出するためのアッセイキットを含む。前記キットは、ｕＰＡＲに結合する標的結合剤又は本発明の抗体、及び、もし存在すれば、ｕＰＡＲと抗体との反応を示す手段を含む。ある実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。他の実施態様では、ｕＰＡＲと結合する抗体は、標識化される。さらに他の実施態様では、抗体は非標識１次抗体であり、キットはさらに該１次抗体を検出する手段を含む。１の実施態様では、検出する手段は、抗免疫グロブリンである標識化された２次抗体を含む。抗体は、蛍光色素と、酵素と、放射性核種と、放射線不透性物質とからなるグループから選択されるマーカーで標識化される場合がある。
【００７９】
本発明の他の実施態様は薬学的に許容される担体又は希釈剤の混合物中に、本発明の標的結合剤又は抗ｕＰＡＲ抗体の有効量を有する医薬品組成物を含む。さらに他の実施態様では、本発明の標的結合剤又は抗ｕＰＡＲ抗体か、その断片かは、治療薬とコンジュゲートされる。治療剤は、例えば、毒物又は放射性同位体である場合がある。
１．さらに他の実施態様は、本発明の標的結合剤又は抗ｕＰＡＲ抗体の有効量を患者に投与することによって、患者における、ｕＰＡＲの発現に関連する疾患又は状態を治療する方法を含む。標的結合剤又は本発明の抗ｕＰＡＲ抗体は、単独か、追加抗体又は化学療法剤又は放射線治療との組み合わせかで投与される場合がある。例えば、ｕＰＡＲ抗体のモノクローナルか、オリゴクローナルか、ポリクローナルかの混合物は、それらに関連した疾患の状態又は疾患の兆候を抑制することを示す薬剤と組み合わせて投与される場合がある。前記方法はｉｎ  ｖｉｖｏで行われる場合があり、前記患者は好ましくはヒト患者である。好ましい実施態様では、前記方法は、足細胞疾患又は足細胞障害、蛋白尿症、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節性糸球体腎炎、微小変化群、ネフローゼ症候群、子癇前症、子癇、腎臓損傷、膠原病性血管疾患、ストレス、激しい運動、良性起立性（体位性）蛋白尿症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ腎症、膜性増殖性糸球体腎炎、膜性腎症、サルコイドーシス、アルポート症候群、糖尿病、薬物が原因である腎臓損傷、ファブリー病、感染、アミノ酸尿症、ファンコニー症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球貧血、血色素尿症、多発性骨髄腫、ミオグロビン尿、糖尿病性腎症（ＤＮ）、ループス腎炎又はウェジナー肉芽腫症又は糖原病Ｉ型を含む腎臓疾患の治療に関する。
【００８０】
いくつかの実施態様では、本発明の標的結合剤又は抗ｕＰＡＲ抗体は患者に投与され、続いて、過剰に循環している抗体を血液から取り除くための除去剤が投与される。
【００８１】
核酸を利用した薬剤：核酸を利用した薬剤、例えばアンチセンス分子及びリボザイムが、その遺伝子発現を抑制するＲＮＡレベルと同様にｕＰＡＲ遺伝子のイントロン及びエキソンの両方を標的にするために利用される場合があり、この結果、標的にされたｕＰＡＲの活性を抑制する。さらに、ｕＰＡＲ遺伝子の活性の抑制に、３重らせん分子が利用される場合もある。かかる分子は野生型ｕＰＡＲ遺伝子か、適切であれば、ｕＰＡＲ遺伝子活性の変異体かのいずれかを減少又は抑制するために設計される場合がある。かかる分子の産生及び使用の手法は当業者に周知であり、以下で簡潔に説明する。
【００８２】
他の好ましい実施形態では、ｕＰＡＲ分子の発現及び／又は活性に含まれる核酸配列を標的にすることにより、ｕＰＡＲ遺伝子が変調される。例えば、調節領域は、ｕＰＡＲの発現を低下させるための標的である場合がある。
【００８３】
アンチセンスＲＮＡ及びＤＮＡ分子は、標的にされたｍＲＮＡにハイブリダイゼーションし、タンパク質翻訳を阻害することにより、ｍＲＮＡの翻訳を直接的に阻害するように作用する。アンチセンスアプローチは標的遺伝子ｍＲＮＡと相補的なオリゴヌクレオチドの設計を含む。前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子ｍＲＮＡ転写物と相補的に結合し、翻訳を予防する。完全な相補性が好ましいが、必要とされない。
【００８４】
本明細書で用いられるところのＲＮＡの一部に「相補的な」配列とは、該ＲＮＡとハイブリダイゼーションし、安定した２本鎖を形成するのに十分な相補性を有する配列を意味し、２本鎖アンチセンス核酸の場合、２本鎖ＤＮＡの１本鎖がテストされる場合があるか又は３本鎖の形成がアッセイされる場合がある。ハイブリダイゼーションする能力は、相補性の程度及びアンチセンス核酸の長さの両方に依存するであろう。一般に、ハイブリダイゼーションする核酸が長いほど、その核酸中にＲＮＡとの塩基不対合が多く含まれる場合があるにもかかわらず、安定した２本鎖（又は３本鎖の場合がある）を形成する場合がある。ハイブリダイゼーションされた複合体の融点を決定するための標準的な手法を用いることにより、当業者は不対合の耐えうる（ｔｏｌｅｒａｂｌｅ）程度を確かめる場合がある。
【００８５】
メッセージの５’末端(例えば、５’非翻訳配列からＡＵＧ開始コドンを含む配列まで)に相補的なオリゴヌクレオチドは、翻訳を抑制するために最も効果的に作用する場合がある。しかし、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列が同様にｍＲＮＡの翻訳の抑制に効果的であることが示された。Ｗａｇｎｅｒ（１９９４）  Ｎａｔｕｒｅ  ３７２：３３３−３３５。例えば、ウロキナーゼ受容体分子のヒト又はマウス遺伝子の５’又は３’側のいずれかの非翻訳、非コード領域に相補的なオリゴヌクレオチドをアンチセンスアプローチに使用して内在性ウロキナーゼ受容体分子ｍＲＮＡの翻訳を抑制する場合がある。
【００８６】
他の好ましい実施形態では、前記アンチセンスアプローチは、ｕＰＡＲ発現及び／又は機能の負の調節因子（ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ）を標的にするために用いる場合がある。
【００８７】
ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なオリゴヌクレオチドは、ＡＵＧ開始コドンの相補体を含む場合がある。ｍＲＮＡコード領域に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドはより効果の少ない翻訳阻害剤であるが、本発明に従って使用される場合がある。標的遺伝子ｍＲＮＡの５’か、３’か、コード領域かにハイブリダイズするように設計されていても、アンチセンス核酸は好ましくは少なくとも６ヌクレオチドの長さであり、より好ましくは６から約５０ヌクレオチドの長さのオリゴヌクレオチドである。特定の態様においては、オリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１７ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも２５ヌクレオチド及び最も好ましくは少なくとも５０ヌクレオチドである。
【００８８】
また、アンチセンス分子は、翻訳領域、すなわちｕＰＡＲ遺伝子のｃＤＮＡを標的にするために設計される場合がある。例えば、完全にコードする配列を標的にするアンチセンスＲＮＡ分子又は成熟マウスウロキナーゼ受容体分子の一部（Ｋｉｒｓｃｈｋｅら（２０００）Ｅｕｒｏ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ３６：７８７−７９５）は、ウロキナーゼ受容体分子の発現を抑制するために利用される場合があり、これにより、その酵素活性が減少する。また、完全長の又は部分的ウロキナーゼ受容体分子ｃＤＮＡは反転配向で、ｐｃＤＮＡ−３発現ベクターにサブクローニングされる場合があり、かかるコンストラクトは例えばウロキナーゼ受容体分子のようなｕＰＡＲの内因性翻訳を阻害するアンチセンスポリＲＮＡを生成するために、細胞へトランスフェクションされる場合があり、これにより、ｕＰＡＲの発現を抑制する。
【００８９】
Ｉｎ  ｖｉｔｒｏ研究が、遺伝子発現を抑制するアンチセンスオリゴヌクレオチドの能力を定量化するために行われる場合がある。これらの研究は、アンチセンス遺伝子抑制とオリゴヌクレオチドの非特異的生物学的影響とを区別する対照を利用することが好ましい。また、これらの研究は、標的ＲＮＡ又はタンパク質のレベルを内的対象ＲＮＡ又はタンパク質のレベルと比較するのも好ましい。さらに、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて得られた結果が、対照オリゴヌクレオチドを用いて得られた結果と比較されることが想定される。対照オリゴヌクレオチドは、テストオリゴヌクレオチドとおおよそ同じ長さであり、標的配列への特異的なハイブリダイゼーションを予防するのに必要な程度を超えずに、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列はアンチセンス配列と異なることが好ましい。
【００９０】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１本鎖又は２本鎖のＤＮＡ又はＲＮＡか、それらのキメラ混合物か、それらの誘導体か、それらの改変されたものかである場合がある。オリゴヌクレオチドは、例えば、分子、ハイブリダイゼーションなどの安定性を改善するために塩基部分、糖部分又はリン酸骨格が改変される場合がある。オリゴヌクレオチドは、例えばペプチドか、細胞膜又は血液脳関門を横切る輸送を促進する薬剤（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ  ８６：６５５３−６５５６などを参照せよ）か、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（Ｋｒｏｌ（１９８８）Ｂｉｏ．Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６などを参照せよ）か、挿入剤（Ｚｏｎ（１９８８）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９などを参照せよ）かなどの他の追加のグループを含む場合がある。オリゴヌクレオチドは他の分子、例えばペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発切断剤等とコンジュゲートされる場合がある。
【００９１】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルクエオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルクエオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、シュードウラシル、クエオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ及び２，６−ジアミノプリンを含むグループから選択される少なくとも１つの改変された塩基部分を含む場合があるが、これらに限定されない。
【００９２】
また、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アラビノース、２−フルオロアラビノース、キシルロース及びヘキソースからなるが、これらに限定されないグループから選択される少なくとも１つの改変された糖部分を含む場合がある。
【００９３】
さらに他の実施態様では、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホラミドチオエート、ホスホラミデート、ホスホルジアミデート、メチルホスホネート、アルキルホスホトリエステル及びホルムアセタール、又はそれらの類似体からなるグループから選択される少なくとも１つの修飾されたリン酸骨格を含む。
【００９４】
また、標的遺伝子ｍＲＮＡ翻訳を触媒的に切断するように設計されたリボザイム分子は、標的遺伝子ｍＲＮＡの翻訳と、それ故に、標的遺伝子産物の発現とを防止するために用いられる場合がある。Ｓａｒｖｅｒら（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ２４７：１２２２−１２２５を参照せよ。
【００９５】
リボザイムはＲＮＡの特異的な切断を触媒することができる酵素的ＲＮＡ分子である。リボザイム作用の機構は、リボザイム分子の相補的な標的ＲＮＡへの配列特異的なハイブリダイゼーションと、それに続くエンドヌクレオチド分解的な切断事象とを含む。リボザイム分子の組成物は標的遺伝子ｍＲＮＡと相補的な１個又は２個以上の配列を含む場合があり、ｍＲＮＡ切断の原因となる周知の触媒の配列を含む場合がある。
【００９６】
特異的な認識部位でｍＲＮＡを切断するリボザイムが、標的遺伝子ｍＲＮＡを破壊するために使用される場合があるが、ハンマーヘッドリボザイムの使用が好ましい。ハンマーヘッドリボザイムは、標的ｍＲＮＡと相補的な塩基対を形成する隣接領域によって決定される位置でｍＲＮＡを切断する。唯一の条件は、標的ｍＲＮＡが２塩基配列５’−ＵＧ−３’を有することである。ハンマーヘッドリボザイムの構築及び生産は当該分野において周知である。
【００９７】
また、標的相同的組換えを用いた標的ｕＰＡＲ遺伝子又はそのプロモーターを不活性化又は「ノックアウト」することによって、内因的ｕＰＡＲ遺伝子の発現を減少させる場合がある。Ｓｍｉｔｈｉｅｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ３１７：２３０−２３４、Ｔｈｏｍａｓ及びＣａｐｅｃｃｈｉ（１９８７）Ｃｅｌｌ５１：５０３−５１２及びＴｈｏｍｐｓｏｎら（１９８９）Ｃｅｌｌ５：３１３−３２１。
【００９８】
また、ｕＰＡＲ遺伝子の調節領域（すなわち、標的遺伝子のプロモーター及び／又はエンハンサー）に相補的なデオキシリボヌクレオチド配列を標的化して、体内の標的細胞中の標的遺伝子の転写を妨害する３重らせん構造を形成することによって、内因的ｕＰＡＲ遺伝子の発現を減少させる場合がある。一般的に、Ｈｅｌｅｎｅ（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９−５８４、Ｈｅｌｅｎｅら（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６及びＭａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ１４：８０７−８１５を参照せよ。
【００９９】
転写を阻害するための３重らせんの形成において用いられる核酸分子は、１本鎖で、デオキシヌクレオチドから構成される場合がある。これらのオリゴヌクレオチドの塩基組成は、フーグスティーン（Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ）塩基対合のルールにより、３重らせんの形成を促進するように設計しなくてはならない。このルールは、一般に、プリン又はピリミジンの大きなストレッチが２重らせんのうちの１本の鎖上に存在することを要する。ヌクレオチド配列はピリミジンをベースとする場合があり、これは生ずる３重らせんの３つのアソシエートする鎖を横切るＴＡＴ及びＣＧＣのトリプレットを生ずる場合がある。ピリミジンに富んだ分子は、その鎖に対して平行な向きに２重らせんの１本鎖のプリンに富んだ領域に対して相補的な塩基を提供する。さらに、プリンに富んだ、例えば、Ｇ残基のストレッチを含有する核酸分子を選択することができる。これらの分子はＧＣ残基に富んだＤＮＡ２重らせんと３重らせんを形成し、ここでプリン残基の大部分はターゲッテッド２重らせんの１本鎖上に位置し、トリプレックス中の３本の鎖を横切ってＧＧＣトリプレットを生ずる。
【０１００】
バイオマーカー
好ましい実施態様では、蛋白尿症を特徴とする疾患又は障害の診断のためのバイオマーカー及び／又は蛋白尿症を特徴とする疾患又は障害を発症するリスクを有する人の同定のためのバイオマーカーはｕＰＡＲか、ダイナミンか、シナプトポジンか、それらのバリアント（ｖａｒｉａｎｔｓ）、変異体又は断片かを含む。
【０１０１】
バイオマーカーは互いに関連する発現において、増加又は低下する場合がある。バイオマーカー発現プロファイルの画像は正常な対照と比較される。別の例では、疾患の進行と共に、細胞内局在が変化する。
【０１０２】
他の好ましい実施形態では、蛋白尿症を特徴とする疾患又は障害を発症するリスクを有する人の同定は、少なくとも１個のバイオマーカー又はその断片を検出する。
【０１０３】
他の好ましい実施形態では、蛋白尿症を特徴とする疾患又は障害の発症は、ｕＰＡＲの増加と関連づけられる。
【０１０４】
候補治療薬剤
好ましい実施態様では、モジュレーター、すなわち、ｕＰＡＲ発現、機能分解を変調し、及び／又はウロキナーゼ受容体分子の活性又は発現か、その合成経路かに直接的に作用する、候補又は試験化合物か、候補又は試験薬剤（例えば、タンパク質、ペプチド、ペプチドミメティクス、ペプトイド、小分子、類似物又はその他の薬物）かを同定するための方法（本明細書中、「スクリーニングアッセイ」とも称される）が提供される。このように同定された化合物は、標的遺伝子産物の活性を変調するか、タンパク質又はペプチドの半減期を延長するか、細胞分裂を調節するか等のため用いられる場合があり、治療プロトコルにおいては、標的遺伝子産物の生物学的機能を詳しく述べるためか、標的遺伝子相互作用を破壊する化合物を同定するためかに用いられる場合がある。
【０１０５】
他の好ましい実施形態では、ハイスループットスクリーニングアッセイ（ＨＴＳ）スクリーニングアッセイがメンバー化合物の様々なライブラリーをスクリーニングするために用いられる。「化合物」、「候補治療薬」又は「候補薬」は、有機、無機、低分子、タンパク質、抗体、アプタマー、核酸分子又は合成化合物のいずれかの場合がある。
【０１０６】
他の好ましい実施形態では、候補薬は経路に含まれるｕＰＡＲ酵素、前駆体又は分子を変調する。好ましくは、前記酵素はウロキナーゼ受容体分子である。これらの酵素は、例えば、ユビキチン、酵素経路、タンパク質輸送経路、代謝経路、シグナル伝達経路及びこれらに類する経路の合成経路、分解経路等のさまざまな生化学的経路に含まれる場合がある。
【０１０７】
他の好ましい実施形態では、前記ハイスループットアッセイは、ウロキナーゼ受容体分子の病理学的発現又は活性に含まれる経路を標的及び変調する候補薬剤を同定する。前記候補薬剤は、例えば蛋白尿症などの足細胞疾患又は障害の治療のための新規薬剤を開発及び同定するのに有用である場合がある。
【０１０８】
ある実施態様では、本発明は、例えば循環するｕＰＡＲを含むｕＰＡＲ分子の分解、分解率、活性、発現及び／又は機能を変調する、候補又は試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。
【０１０９】
他の実施態様では、本発明は、ウロキナーゼ受容体分子タンパク質又はウロキナーゼ受容体分子ポリペプチドか、その生物学的活性部位か、その変異体、断片又は融合タンパク質かと結合するか、又はウロキナーゼ受容体分子タンパク質又はウロキナーゼ受容体分子ポリペプチドか、その生物学的活性の一部か、その変異体、断片又は融合タンパク質の活性を変調する候補又は試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。
【０１１０】
候補薬剤は、典型的には、低分子有機化合物を含む有機化合物と、オリゴヌクレオチドを含む核酸と、ペプチドとであるが、多数の化学種を含む。低分子有機化合物は、例えば、約４０又は５０以上で約２，５００未満の分子量を適切に有する場合がある。候補薬剤は、タンパク質及び／又はＤＮＡと相互作用する化学官能基を含む場合がある。
【０１１１】
本発明の試験化合物は、生物学的ライブラリー；ペプトイドライブラリー（ペプチドの機能を有するが、酵素的分解に抵抗性であるにもかかわらず生物活性を維持している新規な非ペプチド骨格を有する分子のライブラリー；例えば、Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎ，Ｒ．Ｎ．ら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５を参照）；空間アドレス可能な平行固相又は液相ライブラリー；デコンボリューションを必要とする合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；及びアフィニティークロマトグラフィー選択を用いた合成ライブラリー法を含む、当業者に周知のコンビナトリアルライブラリー法における多数のアプローチのいずれかを用いて得られる場合がある。生物学的ライブラリー及びペプトイドライブラリーによるアプローチはペプチドライブラリーに限定されるのに対し、他の４つのアプローチはペプチド、非ペプチドオリゴマー又は化合物の低分子ライブラリーに適用可能である（Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．１２：１４５）。
【０１１２】
分子ライブラリーの合成方法の例は本技術分野において、例えば、ＤｅＷｉｔｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ９０：  ６９０９；  Ｅｒｂ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９１：  １１４２２；  Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  ３７：  ２６７８；  Ｃｈｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：  １３０３；  Ｃａｒｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）  Ａｎｇｅｗ．  Ｃｈｅｍ．  Ｉｎｔ．  Ｅｄ．  Ｅｎｇｌ．  ３３：  ２０５９；  Ｃａｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）  Ａｎｇｅｗ．  Ｃｈｅｍ．  Ｉｎｔ．  Ｅｄ．  Ｅｎｇｌ．  ３３：  ２０６１；及び、Ｇａｌｌｏｐ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  ３７：  １２３３において見られる場合がある。
【０１１３】
化合物のライブラリーは、溶液中に（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ，１９９２．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２−４２１）、又はビーズ上に（Ｌａｍ，１９９１．Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２−８４）、チップ上に（Ｆｏｄｏｒ，１９９３  Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５−５５６）、細菌に（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２２３，４０９号公報明細書）、胞子に（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号公報明細書）、プラスミドに（Ｃｕｌｌら、１９９２．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５−１８６９）又はファージ上に（Ｓｃｏｔｔ及びＳｍｉｔｈ，１９９０．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６−３９０；Ｄｅｖｌｉｎ，１９９０．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４−４０６；Ｃｗｉｒｌａら、１９９０．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８−６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ，１９９１．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ  ２２２：３０１−３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号公報明細書）存在する場合がある。
【０１１４】
他の好ましい実施形態では、候補治療薬剤は、タンパク質、ペプチド、有機分子、無機分子、核酸分子及びこれらに類するものを含む。これらの分子は例えば、植物、菌類、細菌由来の天然物か、合成物（ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ）又は人工物（ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ）かである場合がある。
【０１１５】
原型化合物は、当業者が入手可能な任意の情報に基づき治療上の活性を有すると考えられる場合がある。例えば、原型化合物はＰｈｙｓｉｃｉａｎ’ｓ  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅに含まれる情報に基づいて治療上の活性を有すると考えられる場合がある。加えて、限定のない例として、化合物は、臨床医の経験か、化合物の構造か、構造活性関連データか、ＥＣ５０アッセイデータか、ＩＣ５０アッセイデータか、動物又は臨床研究か、任意のその他の基礎か、かかる基礎の組み合わせかに基づいて治療上の活性を有すると考えられる。
【０１１６】
治療上の活性を有する化合物は、例えば、被験者に投与又はｉｎ  ｖｉｔｒｏで試験されるときに特異的な反応を誘発する化合物の能力を含む治療上の活性を有する化合物である。治療上の活性は、予防及び改善の処置を含む疾患又は状態の治療を含む。疾患又は状態の治療は、疾患又は状態の予防と、改善と、除去とを含む、疾患又は状態の何らかの程度の改善を含む。治療上の活性は、蛋白尿症に関連する任意の疾患又は障害に対する好ましい実施態様に含まれる、任意の疾患又は状態に対して行われる場合がある。治療上の活性を決定するために、化合物の治療上の活性が評価される場合がある任意の方法が用いられる場合がある。例えば、臨床上の評価と、ＥＣ５０及びＩＣ５０アッセイと、用量反応曲線とを含む、ｉｎ  ｖｉｖｏ及びｉｎ  ｖｉｔｒｏの方法が用いられる場合がある。
【０１１７】
本発明のアッセイで用いられる候補化合物か、本発明のアッセイで有用な医薬品製剤として同定される候補化合物かは、既に当業者に周知の医薬品製剤又はこれらの変形であるか、任意の薬理学的活性を有することが以前に周知ではない化合物であるかの場合がある。候補化合物は、天然に存在するか、実験室内で設計されるかの場合がある。候補化合物は１個のジアステレオマー又は２個以上のジアステレオマーか、１個の鏡像異性体又は２個以上の鏡像異性体かを含む場合がある。
【０１１８】
候補化合物は例えば微生物、動物又は植物から単離される場合と、組み替えで生成されるか、当業者に周知な化学的方法により合成されるかの場合とがある。所望の場合は、本発明の候補化合物は、生物学的ライブラリー；空間アドレス可能な平行固相又は液相ライブラリー；デコンボリューションを必要とする合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；及びアフィニティークロマトグラフィー選択を用いた合成ライブラリー法を含むがこれらに限定されない、当業者に周知の多数のコンビナトリアルライブラリー法のいずれかを用いて得られる場合がある。生物学的ライブラリーによるアプローチはポリペプチドライブラリーに限定される。他の４つのアプローチはポリペプチド、非ペプチドオリゴマー又は化合物の低分子ライブラリーに適用可能であり、本発明での好ましいアプローチである。Ｌａｍ  Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．  １２：１４５−１６７（１９９７）を参照せよ。
【０１１９】
１の実施態様では、本発明は候補化合物を適切なプロドラッグとして同定する方法を提供する。適切なプロドラッグは、本発明の方法により同定される場合がある任意のプロドラッグ含む。当業者に明らかな任意の方法が、適切なプロドラッグとして候補化合物を同定するために用いられる場合がある。
【０１２０】
他の局面では、本発明は、治療薬剤としての適合性について候補化合物をスクリーニングする方法を提供する。治療薬剤の適合性のスクリーニングは、治療薬剤としての化合物の能力に影響を与える場合がある化合物に関する１種類か、数種類か、多種類かの基準の評価を含む場合がある。例えば、有効性、安全性、効率性、保持率、局在性、組織選択性、分解又は細胞内残留性といった因子が考慮される場合がある。ある実施態様では、適切なプロドラッグとして同定される候補化合物を提供するステップと、候補化合物の治療上の活性を決定するステップと、候補化合物の細胞内残留性を決定するステップとを含む、治療薬剤としての適合性について候補化合物をスクリーニングする方法が提供される。細胞内残留性は、例えば、放射性トレーサー、重同位体標識又はＬＣＭＳなどの当業者に明らかな任意の手法により測定される場合がある。
【０１２１】
治療薬剤としての適合性について化合物をスクリーニングする際に、候補化合物の細胞内残留性が評価される。好ましい実施態様では、薬剤は、例えば、候補治療薬剤に対する応答の際、ある期間にわたっての細胞内ｐＨの評価を含む場合があるように、細胞内ｐＨを変調する能力について評価される。好ましい実施態様では、ヒト組織内における候補治療化合物の有無における足細胞内ｐＨが決定される。細胞内ｐＨを決定するために当業者に周知の任意の手法が本発明で用いられる場合がある。以下の実施例における実験上の詳細も参照せよ。
【０１２２】
本発明の追加の局面は、疾患又は状態を有すると考えられる試料又は被験者を本発明の化合物によって同定されるプロドラッグで処置するステップを含む、蛋白尿症に関連する状態又は疾患の活性を抑制する方法に関する。本発明の組成物は、疾患又は状態に対する治療上の活性を有するプロドラッグを同定するもの（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒｓ）として作用する。好ましい局面では、本発明の組成物は、例えば、蛋白尿症に関連する状態を含む状態に対して治療上の活性を示す薬物を同定するものとして作用する。
【０１２３】
ある実施態様では、スクリーニングアッセイは、細胞のｐＨ値の増減に対するウロキナーゼ受容体分子の活性が測定される細胞を利用したアッセイである。例えば、蛍光、タンパク質アッセイ、ブロット及びこれらに類するものを含むさまざまな方法によってｐＨを調節する試験化合物の能力を決定することと、ウロキナーゼ受容体分子の活性を決定することとである。細胞は、例えば、ヒトなどの哺乳類由来の場合がある。
【０１２４】
他の好ましい実施形態では、スクリーニングアッセイはハイスループットスクリーニングアッセイである。ｕＰＡＲの分解、発現、機能等を変調、及び／又はウロキナーゼ受容体分子の発現及び／又は活性を変調する化合物の能力は、以下の実施例において詳細に説明されるように評価される場合がある。
【０１２５】
他の好ましい実施形態では、単離されたタンパク質、変異体又はこれらの生物学的活性の一部の可溶性及び／又は膜結合型が、所望の場合は、アッセイに用いられる場合がある。膜結合型のタンパク質が用いられる場合、可溶化剤を用いることが好ましい場合がある。かかる可溶化剤の例には、非イオン性の界面活性剤、例えばｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、ＴＲＩＴＯＮ（商標）Ｘ−１００、ＴＲＩＴＯＮ（商標）Ｘ−１１４、ＴＨＥＳＩＴ（商標）、イソトリドデシポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ、３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアミニオ］−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳ）、３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアミニオ］−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳＯ）、又はＮ−ドデシル＝Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネートが含まれる。
【０１２６】
また、無細胞アッセイが用いられる場合があり、該無細胞はアッセイ試験薬剤の値及び濃度の範囲にわたり、継時的なウロキナーゼ受容体分子の活性等の測定を可能にするための条件及び期間において、ウロキナーゼ受容体分子と試験化合物とを含む反応混合物を調製することを含む。
【０１２７】
例えば、蛍光エネルギー移動（ＦＥＴ）を利用して酵素活性が検出される場合もある（例えば、Ｌａｋｏｗｉｃｚら、米国特許第５，６３１，１６９号公報明細書、Ｓｔａｖｒｉａｎｏｐｏｕｌｏｓら、米国特許第４，８６８，１０３号公報明細書を参照せよ）。第１「ドナー」分子の蛍光色素分子標識は、その放射蛍光エネルギーが第２「アクセプター」分子の蛍光標識に吸収され、この吸収されたエネルギーにより蛍光を発することができるように選択される。また、「ドナー」タンパク質分子は、トリプトファン残基の天然蛍光エネルギーを容易に利用することができる。「アクセプター」分子標識を「ドナー」の分子標識から識別できるように、異なる波長の光を放射する標識が選択される。標識間のエネルギー伝達の効率は分子間の距離に関連するので、分子間の空間的関係が評価される場合がある。分子間に結合が生じる状況において、アッセイ中の「アクセプター」分子標識の蛍光放射は最大になる場合がある。ＦＥＴ結合事象は、当業者に周知である標準的蛍光分析検出手段により（例えば蛍光光度計を用いて）好適に測定される場合がある。
【０１２８】
他の実施態様では、酵素（例えばウロキナーゼ受容体分子）の結合能又は標的分子（ｕＰＡＲ）をその結合箇所に「ドッキング（ｄｏｃｋ）」する能力を決定することが、リアルタイム生体分子相互作用分析（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ，ＢＩＡ）を用いて遂行される場合がある（例えばＳｊｏｌａｎｄｅｒ，Ｓ．及びＵｒｂａｎｉｃｚｋｙ，Ｃ．（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８−２３４５、及びＳｚａｂｏら（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９−７０５）を参照）。「表面プラズモン共鳴」又は「ＢＩＡ」は、反応体を何も標識しなくても、リアルタイムで生体特異的相互作用を検出する（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）。結合表面（結合事象を示す）での質量の変化により、表面付近の光の屈折率が変化し（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の視覚現象）、その結果、生体分子間のリアルタイムな反応の指標として使用可能な検出シグナルが生じる。
【０１２９】
ある実施態様では、標的産物又は試験物質は固相上に固定される。固相に固定された標的産物／試験化合物複合体は反応の終点で検出される場合がある。好ましくは、標的産物は、固体表面上に固定される場合があり、（固定されていない）試験化合物は本明細書中で議論された検出可能な標識を用いて、直接的か間接的かのいずれかで標識化される場合がある。
【０１３０】
候補薬剤は、合成又は天然の化合物のライブラリーを含む広範な供給源から得られる場合がある。例えば、ランダム化されたオリゴヌクレオチドの発現を含む広範な有機化合物及び生体分子のランダム合成と指向型合成とのために、多くの方法が利用される。また、例えば、細菌、真菌、植物及び動物の抽出物の形状の天然化合物ライブラリーが利用されるか、あるいは容易に作成される。
【０１３１】
化学ライブラリー
コンビナトリアルケミストリーの開発は、数百個ないし数千個の個々の化合物の迅速で、経済的な合成を可能にする。これらの化合物は、有効性のスクリーニングのために設計された低分子の中規模のライブラリーで配置されることが典型的である。コンビナトリアル法は、新規化合物を同定するために適切な偏りのないライブラリーを作成するために用いられる場合がある。さらに、作成される場合がある低分子の多様性のないライブラリーは、以前に決定された生物学的活性を有する片親の化合物に由来する。どちらの場合にも、重要な酵素の阻害剤のようなコンビナトリアルケミストリーによって作成される、治療上の適切な生体分子を特異的に標的化するための有効なスクリーニングシステムを欠くことが、それらの資源を最適に使用することを妨げる。
【０１３２】
コンビナトリアルケミストリーのライブラリーは、化学合成又は生合成のいずれかにより、試薬のような多数の化学「構成要素」を組み合わせることによって作成された多種類の化学化合物の収集物である。例えば、ポリペプチドライブラリーのような線形コンビナトリアルケミストリーのライブラリーは、特定の化合物の長さ（例えば、ポリペプチド化合物のアミノ酸の数）に対し、多数の組み合わせと、潜在的に可能なあらゆる方法とで、一組の化学構成要素（アミノ酸）を組み合わせることによって形成される。数百万の化学化合物は、化学構成要素のかかるコンビナトリアル混合を通して合成される場合がある。
【０１３３】
「ライブラリー」は、２種類ないし５０，０００，０００種類までの多様な化合物メンバーを含む場合がある。ライブラリーは少なくとも４８種類の多様な化合物を含むことが好ましく、９６種類又は９７種類以上の多様な化合物であることが好ましく、３８４種類又は３８５種類以上の多様な化合物であることがより好ましく、１０，０００種類又は１０，００１種類以上の多様な化合物であることがより好ましく、１０，０００種類よりも多い多様なメンバーであることが好ましく、１，０００，０００種類よりも多い多様な化合物メンバーであることが最も好ましい。「多様な」とは、ライブラリーの化合物の５０％よりも多くが、前記ライブラリーの別のメンバーと全く同一ではない化学構造を有することを意味する。ライブラリーの化合物の７５％よりも多くが、前記収集物の別のメンバーと全く同一ではない化学構造を有することが好ましく、９０％よりも多いことがより好ましく、約９９％よりも多いことが最も好ましい。
【０１３４】
コンビナトリアルケミストリーのライブラリーの調製は当業者に周知である。総説として、Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｍａｌｌ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｃｈｅｍ  Ｒｅｖ  ９６：５５５−６００、１９９６と、Ｋｅｎａｎら、Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｗｉｔｈ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｓｈａｐｅ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ  １９：５７−６４、１９９４と、Ｊａｎｄａ、Ｔａｇｇｅｄ  ｖｅｒｓｕｓ  ｕｎｔａｇｇｅｄ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ：  ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｏｆ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．  ９１：１０７７９−８５、１９９４と、Ｌｅｂｌら、Ｏｎｅ−ｂｅａｄ−ｏｎｅ−ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  ３７：１７７−９８、１９９５と、Ｅｉｃｈｌｅｒら、Ｐｅｐｔｉｄｅ，  ｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃ，  ａｎｄ  ｏｒｇａｎｉｃ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｍｅｄ  Ｒｅｓ  Ｒｅｖ．  １５：４８１−９６、１９９５と、Ｃｈａｂａｌ、Ｓｏｌｉｄ−ｐｈａｓｅ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  ｎｏｖｅｌ  ｔａｇｇｉｎｇ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ  ｌｅａｄｓ、Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ６：６３２−９、１９９５と、Ｄｏｌｌｅ、Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  ｅｎｚｙｍｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ｍｏｌ  Ｄｉｖｅｒｓ．  ２：２２３−３６、１９９７と、Ｆａｕｃｈｅｒｅら、Ｐｅｐｔｉｄｅ  ａｎｄ  ｎｏｎｐｅｐｔｉｄｅ  ｌｅａｄ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｕｓｉｎｇ  ｒｏｂｏｔｉｃａｌｌｙ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ  ｓｏｌｕｂｌｅ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｃａｎ  Ｊ．  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ７５：６８３−９、１９９７と、Ｅｉｃｈｌｅｒら、Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｍｏｌ  Ｍｅｄ  Ｔｏｄａｙ  １：１７４−８０、１９９５と、Ｋａｙら、Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｅｎｚｙｍｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｆｒｏｍ  ｐｈａｇｅ−ｄｉｓｐｌａｙｅｄ  ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｃｏｍｂ  Ｃｈｅｍ  Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ｓｃｒｅｅｎ  ４：５３５−４３、２００１とを参照せよ。
【０１３５】
多様な化学ライブラリーを作成するための別の化学法が用いられる場合もある。かかる化学法は、ペプチド（国際公開第ＷＯ９１／１９７３５号公報明細書）、エンコードされたペプチド（国際公開第ＷＯ９３／２０２４２号公報明細書）、ランダムなバイオオリゴマー（国際公開第ＷＯ９２／０００９１号公報明細書）、ベンゾジアゼピン（米国特許第５，２８８，５１４号公報明細書）、ヒダントイン（ｈｙｄａｎｔｏｉｎｓ）、ベンゾジアゼピン及びジペプチドのようなダイバーソマー（ｄｉｖｅｒｓｏｍｅｒｓ）（Ｈｏｂｂｓら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、９０：６９０９−６９１３（１９９３））、ビニル性ポリペプチド（Ｈａｇｉｈａｒａら、Ｊ．  Ａｍｅｒ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １１４：６５６８（１９９２））、ベータ−Ｄ−グルコースの足場（ｓｃａｆｆｏｌｄｉｎｇ）を有する非ペプチド性ペプチド模倣物（Ｈｉｒｓｃｈｍａｎｎら、Ｊ．  Ａｍｅｒ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ、１１４：９２１７−９２１８（１９９２））、低分子の化合物ライブラリーの類似体有機合成物（Ｃｈｅｎら、Ｊ．  Ａｍｅｒ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ、１１６：２６６１（１９９４））、オリゴカルバミン酸塩（Ｃｈｏら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２６１：１３０３（１９９３））及び／又はぺプチジルホスホン酸塩（Ｃａｍｐｂｅｌｌら、Ｊ．  Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．  ５９：６５８（１９９４））、核酸ライブラリー（上述のＡｕｓｕｂｅｌ、Ｂｅｒｇｅｒ及びＳａｍｂｒｏｏｋを参照せよ。）、ペプチド核酸ライブラリー（例えば、米国特許第５，５３９，０８３号公報明細書を参照せよ。）、抗体ライブラリー（例えば、Ｖａｕｇｈｎら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４（３）：３０９−３１４（１９９６）と、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９６／１０２８７号公報明細書とを参照せよ。）、炭水化物ライブラリー（例えば、Ｌｉａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７４：１５２０−１５２２（１９９６）と、米国特許第５，５９３，８５３号公報明細書とを参照せよ。）、有機低分子ライブラリー（例えば、ベンゾジアゼピン、Ｂａｕｍ  Ｃ＆Ｅ  Ｎｅｗｓ、１月１８日、３３頁（１９９３）を参照せよ。）、イソプレノイド（米国特許第５，５６９，５８８号公報明細書）、チアゾリジノン及びメタチアザノン（米国特許第５，５４９，９７４号公報明細書）、ピロリジン（米国特許第５，５２５，７３５号公報明細書及び米国特許第５，５１９，１３４号公報明細書）、モルフォリノ化合物（米国特許第５，５０６，３３７号公報明細書）、ベンゾジアゼピン（米国特許第５，２８８，５１４号公報明細書）及びこれらに類するものを含むが、これらに限られない。
【０１３６】
コンビナトリアルライブラリーを調製するためのデバイスが商業的に入手可能である（例えば、３５７  ＭＰＳ、３９０  ＭＰＳ、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｈｅｍ．  Ｔｅｃｈ、ケンタッキー州ルイスビルと、シンフォニー、レイニン、マサチューセッツ州ウォバーンと、４３３Ａ  アプライドバイオシステムズ、カリフォルニア州フォスターシティー、９０５０と、ミリポア、マサチューセッツ州ベッドフォードとを参照せよ。）。さらに、コンビナトリアルライブラリーの多くは、それ自体を商業的に入手可能である（例えば、コムジェネックス、ニュージャージー州プリンストン、アシネックス、ロシア国モスクワ、トリポス社、ミズーリ州セントルイス、ケムスター社、ロシア国モスクワ、３Ｄファーマシューティカルズ、ペンシルバニア州エクストン、マーテック（Ｍａｒｔｅｋ）バイオサイエンス、メリーランド州コロンビア等を参照せよ。）
【０１３７】
低分子
低分子テスト化合物は、最初は有機又は無機の化学ライブラリーのメンバーの場合がある。本明細書で用いられるところの「低分子」は、約３，０００ダルトン未満の分子量の有機又は無機の低分子を指す。前記低分子は、天然物又はコンビナントリアル化学ライブラリーのメンバーとなる。多様な分子のセットは、電荷、芳香族性、水素結合、可動性、サイズ、側鎖の長さ、疎水性及び剛性のような様々な作用を網羅するために用いられるべきである。低分子を合成するのに適切なコンビナントリアル法は、Ｏｂｒｅｃｈｔ及びＶｉｌｌａｌｇｏｒｄｏ、Ｓｏｌｉｄ−Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ  Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ａｎｄ  Ｐａｒａｌｌｅｌ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｍａｌｌ−Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ−Ｗｅｉｇｈｔ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄ  Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ、Ｐｅｒｇａｍｏｎ−Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  有限会社（１９９８）に示されるように当業者に知られ、「スプリット・アンド・プール（ｓｐｌｉｔ  ａｎｄ  ｐｏｏｌ）」合成法又は「パラレル（ｐａｒａｌｌｅｌ）」合成法と、固相及び液相法と、エンコード法（例えば、Ｃｚａｒｎｉｋ、Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏ．，  １：６０  （１９９７）を参照せよ。）とのようなものを含む。さらに、低分子ライブラリーの多くは商業的に入手可能である。
【０１３８】
手順全てが完全に自動化される場合がある。例えば、試料物質の試料採取は、試料容器から試料を取り出すステップと、取り出された試料の少なくとも一部をテストプラットフォームに送達するステップとを含む、複数のステップで達成される場合がある。試料採取は、追加のステップ、特に好ましくは試料調製のステップを含む場合もある。あるアプローチでは、１回につき１種類の試料のみがオート・サンプラー・プローブ（ａｕｔｏ−ｓａｍｐｌｅｒ  ｐｒｏｂｅ）に吸い込まれ、１回につき１種類の試料のみが前記プローブに存在する。他の実施態様では、多種類の試料が、溶媒によって分離されるオート・サンプラー・プローブに吸い込まれる場合がある。さらに別の実施態様では、多数のプローブが自動試料採取のために平行して用いられる場合がある。
【０１３９】
一般的な場合には、試料採取は、手動か、半自動のやり方か、自動のやり方かで達成される場合がある。試料は、例えば、ピペットか、注射器型の手動式プローブかを用いて、手動で試料容器から取り出され、その後、評価システムの充填口又は注射口に手動で送達される場合がある。半自動のプロトコルでは、該プロトコルの局面のいくつかが自動で達成される（例えば、送達される）が、別の局面のいくつかは手動操作（例えば、作業制御工程からの試料の取り出し）を必要とする。しかし、前記試料は、例えば、オート・サンプラーを用いる完全に自動化されたやり方で、試料容器から取り出され、評価システムに送達されることが好ましい。
【０１４０】
１つの実施態様では、自動採取は、マイクロプロセッサーで制御する自動化システムを用いて行われる場合がある。前記マイクロプロセッサーは、試料の変化する配置（例えば、ｎ、ｍ、ｒ及びｓが整数である、横「ｎ行」縦「ｎ列」の正方形のアレイ、横「ｎ行」縦「ｍ列」の長方形のアレイ、丸形のアレイ、一辺が「ｒ」の正三角形のアレイ、底辺が「ｒ」であり、斜辺が「ｓ」である二等辺三角形等）の試料ライブラリーに適応するために使用者がプログラム可能であることが好ましい。
【０１４１】
試料物質の自動試料採取は、加熱された注入プローブ（チップ）を有するオート・サンプラーで任意に達成される場合がある。かかるオート・サンプラーの１つの例は、（引用により取り込まれた）米国特許第６，１７５，４０９  Ｂｌ号公報明細書で開示される。
【０１４２】
本発明によれば、１種類又は２種類以上のシステム、方法又はこれら両方が、複数の試料物質を同定するために用いられる。手動又は半自動のシステム及び方法が可能であるが、自動化システム又は方法が用いられることが好ましい。さまざまなロボット又は自動のシステムは、予定されたプロトコルに従って、固体状、液体状又はガス状の物質の取扱い、接触、分注その他の操作のための予定された動作を、自動的か、あるいはプログラム可能に提供するステップを利用可能である。かかるシステムは、物質の機械的性質を決定する前記システムを補助するためのさまざまなハードウェア、ソフトウェア又は両方を含むように適合されるか、あるいは増大される場合がある。ロボットシステムを増大するためのハードウェア及びソフトウェアは、センサー、変換器、データ取得及び操作ハードウェア、データ取得及び操作ソフトウェア等を含むが、これらに限られない場合がある。模範的なロボットシステムは、ＣＡＶＲＯサイエンティフィックインストルメント（例えば、モデル第ＲＳＰ９６５２番）又はバイオドット（マイクロドットモデル３０００）から商業的に入手可能である。
【０１４３】
前記自動化システムは、情報、例えば、基板に関して配置された物質ライブラリーに関連する、合成、組成、位置の情報その他の情報でプログラムされる場合がある、適切なプロトコル設計及び実行ソフトフェアを含むことが一般的である。前記プロトコル設計及び実行ソフトフェアは、ロボットその他の自動化装置又はシステムを制御するためのロボット制御ソフトフェアと通信することが典型的である。前記プロトコル設計及び実行ソフトフェアは、応答を測定するハードウェアからの収集データのためのデータ取得ハードフェア／ソフトフェアとも通信する。いったん前記データがデータベースに収集されると、解析ソフトフェアは、前記データを解析するために、より好ましくは候補薬物の性質を決定するために用いられる場合があり、すなわち、前記データは手動で解析される場合がある。
【０１４４】
データ及び解析
本発明の実行は、従来の生物学の方法、ソフトフェア及びシステムを用いる場合もある。本発明のコンピューターソフトフェア製品は、本発明の前記方法の論理ステップを実施するためのコンピューターで実行可能な命令を有する、コンピューターで読取り可能な媒体を含むことが典型的である。適切なコンピューターで読取り可能な媒体は、フロッピーディスク、ＣＤ−ＲＯＭ／ＤＶＤ／ＤＶＤ−ＲＯＭ、ハードディスクドライブ（ｈａｒｄ−ｄｉｓｋ  ｄｒｉｖｅ）、フラッシュメモリ（ｆｌａｓｈ  ｍｅｍｏｒｙ）、ＲＯＭ／ＲＡＭ、磁気テープ等を含む。前記コンピューターで実行可能な命令は、適切なコンピューター言語か、複数の言語の組み合わせかで書き込まれる場合がある。基本的な計算生物学の方法は、例えば、Ｓｅｔｕｂａｌら、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｍｅｔｈｏｄｓ（ＰＷＳ出版社、ボストン、１９９７）と、Ｓａｌｚｂｅｒｇら（編）、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、アムステルダム、１９９８）と、Ｒａｓｈｉｄｉ及びＢｕｅｈｌｅｒ、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｂａｓｉｃｓ：Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＣＲＣ出版、ロンドン２０００）と、Ｏｕｅｌｅｔｔｅ及びＢｚｅｖａｎｉｓ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｆｏｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ社、第２版、２００１）とに説明される。米国特許第６，４２０，１０８号公報明細書を参照せよ。
【０１４５】
本発明は、プローブ設計、データ管理、解析及び機器操作のようなさまざまな目的のためにさまざまなコンピュータープログラム製品及びソフトフェアを使用する場合もある。米国特許第５，５９３，８３９号公報明細書、米国特許第５，７９５，７１６号公報明細書、米国特許第５，７３３，７２９号公報明細書、米国特許第５，９７４，１６４号公報明細書、米国特許第６，０６６，４５４号公報明細書、米国特許第６，０９０，５５５号公報明細書、米国特許第６，１８５，５６１号公報明細書、米国特許第６，１８８，７８３号公報明細書、米国特許第６，２２３，１２７号公報明細書、米国特許第６，２２９，９１１号公報明細書及び米国特許第６，３０８，１７０号公報明細書を参照せよ。
【０１４６】
さらに、本発明は、インターネットのようなネットワーク上で遺伝情報を提供するための方法を含む実施態様に関する。
【０１４７】
患者への組成物の投与
本明細書中で説明された方法により同定された組成物又は薬剤は、任意の適切な処方でヒトを含む動物に投与される場合がある。例えば、タンパク質分解を変調するための組成物は、薬学的に許容可能な担体か、生理食塩水又は緩衝塩水溶液のような希釈剤かで処方される場合がある。適切な担体及び希釈剤は、投与の様式及び経路と、標準的な薬務とにもとづいて選択される場合がある。典型的な薬学的に許容可能な担体及び希釈剤と、医薬品の処方とは、レミントンの薬学と、この分野の標準的な教科書と、ＵＰＳ／ＮＦとで知られる場合がある。別の物質が、前記組成物を安定化及び／又は保護するために組成物に添加される場合がある。
【０１４８】
本発明の前記組成物はいずれかの従来手法によって動物に投与される場合がある。前記組成物は、例えば、体内又は体外の標的部位への外科的な送達か、あるいは血管による到達可能な部位へのカテーテルによって直接的に標的部位に投与される場合がある。送達の別の方法、例えば、リポソーム送達か、前記組成物で満されたデバイスからの拡散かが当業者に知られる。前記組成物は、単回ボーラス投与か、複数回注射か、持続投与（例えば、静注）かで投与される場合がある。非経口投与のために、前記組成物は、パイロジェンを含まない殺菌された剤形で処方されることが好ましい。
【０１４９】
化合物は１つ又は２つ以上の治療で投与される場合がある。化学療法薬剤はメトロノーム投与計画（ｍｅｔｒｏｎｏｍｉｃ  ｒｅｇｉｍｅｎ）下で投与される場合がある。本明細書で用いられるところの「メトロノーム」療法は、治療薬の低投与量の連続投与を指す。
【０１５０】
かかる化合物の毒性及び治療有効性用量、すなわち、ＬＤ５０（集団の５０％に対して致命的な用量）及びＥＤ５０（集団の５０％において治療的に有効な用量）は、細胞培養又は実験動物において標準的な医薬的手順によって決定される場合がある。毒性効果と治療効果の間の用量比は、治療指数であり、ＬＤ５０／ＥＤ５０比として表す場合がある。大きな治療指数を示す抽出物が好ましい。毒性の副作用を示す化合物が用いられる場合がある間は、非感染細胞へダメージを与える可能性を最小化し、この結果、副作用を減少するために、かかる化合物を標的にし患部組織の場所へ送達するシステムを設計するのに注意を払う場合がある。
【０１５１】
細胞培養アッセイ及び動物実験から得られるデータは、ヒトにおいて使用するための投与量の範囲を説明する際に用いられる場合がある。かかる化合物の投与量は、好ましくはほとんど又は全く毒性のないＥＤ５０を含む循環濃度の範囲内である。用量は、採用される投与形態及び用いられる投与経路に応じて、この範囲内で変化する場合がある。本発明の方法において用いられるいずれかの化合物に関して、治療有効用量は、まず細胞培養アッセイから推定される場合がある。用量は、細胞培養で決定されるＩＣ５０（すなわち、症状の抑制が最大値の半分に達するときの試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を達成する動物モデルにおいて説明される場合がある。かかる情報を使用して、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定するために用いられる場合がある。血漿中のレベルを、例えば、ＨＰＬＣによって測定される場合がある。
【０１５２】
本明細書で定義されているところの化合物の治療上の有効量（すなわち、有効投与量）は、治療上（すなわち、臨床的に）望ましい結果をもたらすために十分な量を意味する。組成物は日に１度又は２度以上から週に１度又は２度以上投与される場合があり、１日おきに１度を含む。疾病又は障害の重症度と、以前の処置と、被験者の一般的健康及び／又は年齢と、現在におけるその他の疾患とを含むがこれらに限られない特定の因子が、被験者を効果的に処置するのに必要とされる投与量及びタイミングに影響を及ぼす場合があることを当業者は理解する場合がある。さらに、本発明の化合物の治療上の有効量を用いた被験者の治療は、１回の治療又は一連の治療を含む場合がある。
【０１５３】
処方
組成物を単独で投与することを可能にする一方、医薬品の処方として提供することが好ましい。活性成分が、前記処方の１０重量％であるが、好ましくは５重量％を超えない量であり、より好ましくは０．１重量％から１重量％程度の量を含む場合があるが、局所投与では、０．００１重量％から１０重量％まで、例えば、処方の１重量％から２重量％までを含む場合がある。本発明の局所処方は１種類又は２種類以上の許容されるこれらの担体と及び任意の別の治療成分とともに活性成分を含む。担体は、処方のその他の成分と適合する意味で「許容され」、受容者に無害でなければならない。
【０１５４】
局部投与のための適切な剤形は、眼、耳又は鼻への投与に適切な塗布剤と、ローション剤と、クリーム剤と、軟膏剤又はペースト剤と、ドロップ剤とのような治療が必要とされる部位に皮膚を介する浸透のための適切な液体又は半液体の調製物を含む。本発明に応じるドロップ剤は、滅菌水又は油性水溶液又は懸濁液を含む場合があり、殺菌剤及び／又は殺真菌剤及び／又はいずれかの別の適切な保存剤の適切な水溶液に活性成分を溶解することによって調製される場合があり、かつ、界面活性剤を含むことが好ましい。その後、結果として生じる溶液は濾過によって浄化及び滅菌され、無菌的手法によって容器に移される場合がある。ドロップ剤に含有するのに適切な殺菌剤及び殺真菌剤の例は、硝酸フェニル水銀又は酢酸フェニル水銀（０．００２％）、塩化ベンザルコニウム（０．０１％）及び酢酸クロルヘキシジン（０．０１％）である。油性水溶液の調製物のための適切な溶媒は、グリセロール、希釈アルコール及びプロピレングリコールを含む。
【０１５５】
本発明に従うローション剤は、皮膚又は眼に投与するのに適切なそれらのものを含む。眼用ローション剤は、任意に殺菌剤を含む滅菌水性溶液を含む場合があり、ドロップ剤の調製のためのこれらと類似した方法で調製する場合がある。皮膚への投与のためのローション剤又は塗布剤は、皮膚を急速に乾燥し、冷却する例えばアルコール又はアセトンなどの薬剤、及び／又は、例えばグリセロールか、例えばヒマシ油又は落花生油などの油かなどの保湿剤を含む場合がある。
【０１５６】
本発明によるクリーム剤、軟膏剤又はペースト剤は、外服用の有効成分の半固体剤形である場合がある。これらは、微細化又は微粉末形状の有効成分を単独か、あるいは水性又は非水性流体の溶液又は懸濁液中に、適当な装置の助けを借りて、グリース状又は非グリース状の基剤と混合するかで製造される場合がある。基剤は、炭化水素、例えば、固形か、流動か又は液体パラフィン、グリセロール、蜜蝋、金属石けん；粘液；天然源の油、例えば、アーモンド、コーン、落花生、ヒマシ又はオリーブ油；プロピレングリコール又はマクロゲル（ｍａｃｒｏｇｅｌｓ）などのアルコールと一緒にした羊毛脂又はその誘導体、あるいはステアリン酸又はオレイン酸などの脂肪酸からなる場合がある。前記剤形は、アニオン性界面活性剤か、カチオン性界面活性剤か、例えばソルビタンエステル又はそのポリオキシエチレン誘導体などの非イオン性界面活性剤かなどの任意の適当な界面活性剤を配合される場合がある。例えば天然ガムか、セルロースか、例えばケイ化シリカなどの無機材料かなどの沈殿防止剤と、例えばラノリンなどの他の成分とが含まれる場合がある。
【０１５７】
本発明のさまざまな実施態様が以上に説明されたが、これらは、例示目的のために提供され、限定的に解釈するものではないと理解されるべきである。開示された実施態様についての多くの変更が、本発明の趣旨又は技術的範囲から逸脱することなしに本明細書に応じて行われる場合がある。したがって、本発明の技術的範囲は、上記の実施態様のいずれかによって限定されるべきではない。
【０１５８】
本明細書で言及された文献全てが引用により取り込まれる。本出願で引用された全ての刊行物及び特許文献は、あたかも刊行物又は特許文献の各々が個別に表示されるように、同一の程度に全ての目的のために引用により取り込まれる。本明細書においてさまざまな引用文献を引用することによっては、特定の引用文献が本発明に対して「先行技術」でない旨を本発明の出願人は認める。本発明の組成物及び方法の実施態様は、以下の実施例で例示される。
【０１５９】
実施例
以下の非限定的な例は、本発明の選択された実施態様を例示するために役立つ。比率の変化と、示された構成要素の要素の変更とが当業者に明らかとなるであろうし、本発明の実施態様の技術的範囲内であると理解されるであろう。
【０１６０】
実施例１：可溶性ｕＰＡＲは糸球体疾患再発因子である。
材料及び方法：
【０１６１】
抗体：抗活性型β３インテグリン（ＡＰ５）、（ＧＴＩ）；ｕＰＡＲ（ＦＬ−２９０）（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）；シナプトポジンマウスモノクローナル抗体（Ｇｌ），  シナプトポジンウサギポリクローナル（ＮＴ）；ＱｕａｎｔｉｋｉｎｅヒトｕＰＡＲイムノアッセイキット（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）；ｓｕＰＡＲタンパク質。
【０１６２】
動物及び処置：動物研究全ては、マサチューセッツ総合病院の研究動物管理小委員会によって承認され、プロトコル番号は２００４Ｎ０００２８９／２であった。Ｐｌａｕｒ−／−マウスはベルギーのルーベン大学から得られた；５７ＢＬ／６マウスはジャクソン研究所から購入された。ＬＰＳマウスモデルは以前に説明されたように利用された（Ｒｅｉｓｅｒ，Ｊ．ら，Ｊ．ＣｌｉｎＩｎｖｅｓｔ．１１３，１３９０−７（２００４）。ｉｎ  ｖｉｖｏ  ｓｕＰＡＲタンパク質送達が体重１ｋｇあたり１ｍｇ、尾静脈を介して雌のＰｌａｕｒ−／−マウス（ｎ＝６）に行われた。対照マウス（ｎ＝６）は同量のＢＳＡを受けた。ｓｕＰＡＲ又はＢＳＡ注射前、注射８時間後及び注射２４時間後の尿が採取された。尿タンパク質濃度はブラッドフォードアッセイ（Ｓｉｇｍａ）によって決定された。
【０１６３】
右腎臓相互移植：本研究では、同一の週齢及び同一の体重域（７−８週齢、１５−１８ｇ）６匹の５７ＢＬ／６雌マウス及び６匹のＰｌａｕｒ−／−雌マウスがランダムに採用された。Ｐｌａｕｒ−／−マウスからの右腎臓が５７ＢＬ／６マウスの右側へ移植され、その逆も同様に行われた。腎臓移植は、以前に説明されたように行われた（Ｃｏｆｆｍａｎ，Ｔ．ら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１，４２５−４３５（１９９３）；Ｈａｎ，Ｗ．Ｒ．，Ｍｕｒｒａｙ−Ｓｅｇａｌ，ＬＪ．及びＭｏｔｔｒａｍ，ＰＸ．Ｍｉｃｒｏｓｕｒｇｅｒｙ．１９，２７２−２７４（１９９９））。手術からの回復後、マウスはランダムに体重１ｋｇあたり１０ｍｇのＬＰＳで処置されたか、又は同量のＰＢＳが対照に処理された。ＬＰＳ注射の２４時間後、マウスは屠殺され、腎臓は更なる分析のために取り出された。
【０１６４】
患者：ＦＳＧＳ再発及び非再発患者は、マサチューセッツ総合病院腎臓移植センター及びジャクソン記念病院の患者である。募集に先行して、肉親からインフォームド・コンセントが得られ、本研究はそれぞれの治験審査委員会により同意された。
【０１６５】
血清ｓｕＰＡＲの決定：血清ｓｕＰＡＲ濃度は、ＱｕａｎｔｉｋｉｎｅヒトｕＰＡＲイムノアッセイキットにより、以下の製造者のプロトコルで測定された。
【０１６６】
免疫細胞化学：足細胞は以前に報告された通りに培養された（Ｓｅｖｅｒ，Ｓ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．１１７，２０９５−２１０４（２００７））。処置後、記載されたように、完全に分化した足細胞が固定され、免疫標識された。
【０１６７】
透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）：ＴＥＭが標準プロトコルに従って行われた（Ｓｅｖｅｒ，Ｓ．ら、Ｊ  Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１１７，２０９５−２１０４（２００７））。
【０１６８】
統計解析：統計解析は対応のある又は対応のないステューデントｔ検定を用いて行われた。帰無仮説が０．０５レベルで棄却された。測定値は平均値±標準偏差値として提示される。
【０１６９】
結果：
【０１７０】
蛋白尿腎疾患における可溶性型ｕＰＡＲの役割が調べられた。培養足細胞に及ぼす精製されたｓｕＰＡＲタンパク質の影響がまず調べられた。完全に分化したマウス足細胞は１ｍｌあたり１−５μｇのヒトｓｕＰＡＲで２４時間処置され、活性型αｖβ３インテグリンの抗体であることが実証されているＡＰ５で細胞が染色された。ごく僅かなＡＰ５染色を有する、ＰＢＳ処置された対照細胞と対照的に、ヒトｓｕＰＡＲタンパク質で処理された細胞は、膜アンカーｕＰＡＲと同様に、膜の上、特に先端において（図１Ａ）、ｓｕＰＡＲタンパク質がαｖβ３インテグリンを活性化することを示す強いＡＰ５染色を有する。
【０１７１】
次に、ｓｕＰＡＲタンパク質の蛋白尿症発生に与える影響について調べられた。ｓｕＰＡＲタンパク質は体重１ｋｇあたり１ｍｇを尾静脈を介してＰｌａｕｒ−／−マウスに送達された。尿はｓｕＰＡＲ注射前（０時間）、注射８時間後及び注射２４時間後に採取され、ブラッドフォードアッセイにより総タンパク質が測定された。図１Ｂで見られるように、尿タンパク質の増加レベルはｓｕＰＡＲ注射８時間後及びｓｕＰＡＲタンパク質送達２４時間後までで観察され、マウスは著しい蛋白尿症を発生した。対照的に、同量のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を受けた対照マウスは全く蛋白脳症を発生しなかった。いずれかのｓｕＰＡＲが腎臓に蓄積するかどうかを見るために、Ｐｌａｕｒ−／−マウスが屠殺され、腎臓が凍結切片のため取り出され、免疫組織化学の処理がされた。広範なｕＰＡＲ発現がｓｕＰＡＲタンパク質送達で処置された腎臓で見られた。広く用いられる足細胞マーカーであるシナプトポジンでの二重免疫染色はｓｕＰＡＲが主に足細胞に局在することを示した（図１Ｅ）。ＢＳＡで処置された対照腎臓でのｕＰＡＲ発現又は沈殿物はなかった（図１Ｅ）。これらはｓｕＰＡＲタンパク質の送達は足細胞に沈殿することがあり、より重大なことには、そのことがＰｌａｕｒ−／−マウスにおいて蛋白尿症を誘発する場合があるということの根拠となる。ｓｕＰＡＲタンパク質送達をされた３２８３７マウスの足細胞において、ＡＰ５及びシナプトポジンによる抗体二重免疫染色により、αｖβ３インテグリンの活性も調べられ、腎臓においては最小の活性化αｖβ３インテグリンのみ観察され、さらに足細胞ではより少数しか観察されなかった（図１Ｄ）ＢＳＡ処置された対照と比較して、顕著に増加されていることが見られた。この発見は、その膜形態型のようなｓｕＰＡＲはαｖβ３インテグリンを活性化し、その結果、おそらくＤＯＣＫ１８０を含む経路を介して低分子ＧＴＰａｓｅ、Ｒａｃを活性化することの根拠となっている上記のｉｎ  ｖｉｔｒｏの研究と一致している。
【０１７２】
さらに、蛋白尿症発生及び腎臓疾患におけるｓｕＰＡＲの役割を確かめるために、相互腎臓移植が行われ、内因性可溶性型ｕＰＡＲの影響が調べられた。右の腎臓が正常５７ＢＬ／６マウスから摘出され、Ｐｌａｕｒ−／−マウスの右側に移植され、その逆も同様に行われた（図３Ａ）。手術から回復した後、蛋白尿症を誘発するためのリポ多糖（ＬＰＳ）を受けるか、又は対照のためＰＢＳを受けるかのために、マウスはランダムに選択された。ＬＰＳで処置された５７ＢＬ／６マウスでは、天然の５７ＢＬ／６マウス腎臓（図１Ｅ）において、重要な足突起の消失が見られ、さらに興味深いことに、移植されたＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓においても同様に（図１Ｅ）、大量の足突起の消失が観察された。ＰＢＳで処置された５７ＢＬ／６マウスでは、しかし、移植されたＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓又は天然の５７ＢＬ／６マウス腎臓（図１Ｅ）のいずれにおいても足突起の消失が見られなかった。ＬＰＳで処理されたＰｌａｕｒ−／−マウスでは、移植された５７ＢＬ／６マウス腎臓において、足突起の消失は容易に観察されるが、天然のＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓では観察されない（図１Ｆ）。対照的に、ＰＢＳ対照マウスの天然のＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓又は移植された５７ＢＬ／６マウス腎臓のいずれにおいても、足突起の消失は見られなかった（図１Ｆ）。これらのデータはＬＰＳで処置された５７ＢＬ／６マウスにおける移植されたＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓で観察された足突起の消失が、手術自体が原因となるか、又は直接のＬＰＳが原因となるかいずれでもないが、いくつかの循環する特別な腎臓因子が原因となっていることの根拠を構成する。ｓｕＰＡＲがその現象の原因となっているかどうかを決定するために、天然の及び移植された腎臓切片の両方がｕＰＡＲ抗体で免疫染色された。ＰＢＳ処置された５７ＢＬ／６マウス腎臓足細胞で、最小のｕＰＡＲ発現が見られたが、ＰＢＳ処置されたＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓では見られなかった。ＬＰＳ処置された５７ＢＬ／６マウスにおいて、天然の５７ＢＬ／６マウス腎臓で、増加した足細胞ｕＰＡＲ発現が観察され、興味深いことに、移植されたＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓の足細胞において、明らかなｕＰＡＲ発現又は沈殿も観察された（図３Ｂ）。ＬＰＳ処置されたＰｌａｕｒ−／−マウスにおいて、移植された５７ＢＬ／６マウス腎臓で、増加したｕＰＡＲ発現が見られたが、天然のＰｌａｕｒ−／−マウス腎臓の足細胞において、ｕＰＡＲ発現は全く見られなかった（図３Ｅ）。電子顕微鏡解析を組み合わせると、これらの結果は膜結合型ｕＰＡＲに加えて、ＬＰＳも、その結果腎臓へ行き、足細胞中に沈殿し、より重大な足突起の消失を誘発するｓｕＰＡＲの作成を誘発する場合があるということを示す。
【０１７３】
足細胞生物学においては、ここ数十年多くの進歩を経験したが、ほとんどの蛋白尿腎疾患の基礎となる正確な病因は、これまで明らかではなかった。このことは巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）にも当てはまる。ポドシンか、ネフリンか、アルファ−アクチニン４か、ＴＲＰＣ６かを含む特定の分子の突然変異がいくつかの家族性ＦＳＧＳの原因であると主張されてきたが、後天性ＦＳＧＳの病因に関してはほとんど知られていなかった。ＦＳＧＳは末期腎不全を頻繁に引き起こし、移植された腎臓の３０−６０％で顕著な再発を引き起こす。本明細書において、５７ＢＬ／６マウス及びＰｌａｕｒ−／−マウスにおいて、ｓｕＰＡＲ足突起の消失及び蛋白尿症を誘発する場合があることが見られた。このことは、ＦＳＧＳ患者におけるｓｕＰＡＲ評価のための実験を次のセット（ｓｅｔ）へ導く。ＦＳＧＳのｓｕＰＡＲの血清レベルが患者において移植前に測定され、再発ＦＳＧＳ患者（ｎ＝１４、５４６９±１８３７ｐｇ／ｍｌ）が非再発患者（ｎ＝４、３５８６±９７６ｐｇ／ｍｌ、Ｐ＜０．０２２対再発）、及び正常被験者（ｎ＝８、１６７３±３９５ｐｇ／ｍｌ、Ｐ＜０．００１対再発）（図２Ａ）よりも有意に高いｓｕＰＡＲレベルを有することが見られ、再発ＦＳＧＳにおいて、ｓｕＰＡＲが原因因子である根拠づけとなっている。ｓｕＰＡＲの豊富なＦＳＧＳ血清による影響についてさらに検討するため、血清が培養足細胞とともにインキュベーションされ、再発患者からのＦＳＧＳ血清がαｖβ３インテグリンを活性化するが、正常被験者からの血清はαｖβ３インテグリンを活性化しない（図２Ｂ）ことがわかり、この結果は精製されたｓｕＰＡＲでも観察された（図１Ａ）。
【０１７４】
要約：５７ＢＬ／６又はＰｌａｕｒ−／−マウスにおいて、αｖβ３インテグリン経路を活性化することを介してｓｕＰＡＲは足突起の消失と蛋白尿症とを誘発する。非再発ＦＳＧＳ及び正常被験者と比較して、再発ＦＳＧＳでは、ｓｕＰＡＲレベルがより高い。精製されたｓｕＰＡＲタンパク質と同様に、ｓｕＰＡＲが豊富なＦＳＧＳ血清はαｖβ３インテグリンを活性化することができた。ｓｕＰＡＲの小分子質量を考慮すると、これらの発見は、ｓｕＰＡＲがＦＳＧＳ再発因子であることの根拠となる。ｓｕＰＡＲを除去又は阻害することが可能である場合は、移植生存を増強することを期待できる戦略を保証する。
【０１７５】
本発明は、１つ又は２つ以上の実施態様に関して図示され、説明されたが、均等の変化及び改変は、この明細書及び添付図面を読み、理解することで当業者が想到するであろう。さらに、本発明の特定の特徴が多数の実施態様のうち１つのみに関して開示される場合がある際に、かかる特徴は、特定又は特別な用途のいずれかのために所望され、長所となる場合に、別の実施態様の１つ又は２つ以上の別の特徴と組み合わされる場合がある。
【０１７６】
要約書の意図は、読者に技術的開示内容の性質を素早く確かめることができるようにすることである。要約書は、以下の請求項の範囲又は意味を解釈するか、あるいは限定するために用いられないであろうとの理解のもとに提示される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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