(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
多数のヌクレオチドを有した配列のＤＮＡ配列解析のための方法であって：
多くのヌクレオチドの配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、前記ＤＮＡデータベースに含まれるヌクレオチドに対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップであり、前記エネルギースペクトル密度値は、以下の式、
【数７】
0005785094.tif 000008
を計算することによって計算され、ωは角周波数であり、Ｆ（ω）は、無限の数の要素にわたる離散要素のフーリエ変換であり、さらに、Ｆ＊（ω）はＦ（ω）の共役複素数である、ステップ；
ＤＮＡ問い合わせ配列を入力するステップ；
前記ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるステップ；
前記エネルギースペクトル密度クエリー値と前記ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算するステップ；及び、
第１のヌクレオチド群に関連し、所定の閾値範囲内（±ΦΔ）にある、計算された差を選択するステップ；
を含む方法。
【請求項２】
前記ＤＮＡスペクトルグラムのデータベース由来の前記第１のヌクレオチド群に対して配列アライメントを行うステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースは、ゲノムエネルギースペクトル密度のデータベースである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記配列アライメントはローカルアライメントである、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記配列アライメントはグローバルアライメントである、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
プロセッサユニットを含む装置であって、前記プロセッサユニットが：
多くのヌクレオチドの配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、前記ＤＮＡデータベースに含まれるヌクレオチドに対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築し、前記エネルギースペクトル密度値は、以下の式、
【数８】
0005785094.tif 000009
を計算することによって計算され、ωは角周波数であり、Ｆ（ω）は、無限の数の要素にわたる離散要素のフーリエ変換であり、さらに、Ｆ＊（ω）はＦ（ω）の共役複素数である；
ＤＮＡ問い合わせ配列を受ける；
前記ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じる；
前記エネルギースペクトル密度クエリー値と前記ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算する；及び、
所定の閾値よりも小さい差を選択する；
よう構成される、装置。
【請求項７】
コンピュータにより読み取り可能な媒体であって、当該媒体には、プロセッサにより処理するためのコンピュータプログラムが具体化され、前記コンピュータプログラムが：
多くのヌクレオチドの配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、前記ＤＮＡデータベースに含まれたヌクレオチドに対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するための第１のコードセグメントであり、前記エネルギースペクトル密度値は、以下の式、
【数９】
0005785094.tif 000010
を計算することによって計算され、ωは角周波数であり、Ｆ（ω）は、無限の数の要素にわたる離散要素のフーリエ変換であり、さらに、Ｆ＊（ω）はＦ（ω）の共役複素数である、第１のコードセグメント；
ＤＮＡ問い合わせ配列を入力するための第２のコードセグメント；
前記ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるための第３のコードセグメント；
前記エネルギースペクトル密度クエリー値と前記ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算するための第４のコードセグメント；及び、
所定の閾値よりも小さい差を選択するための第５のコードセグメント；
を含む、コンピュータにより読み取り可能な媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般に、ＤＮＡ配列解析の分野に関する。特に、本発明は、ＤＮＡ配列解析のための方法及びＤＮＡ配列解析のための装置に関する。
【背景技術】
【０００２】
生物情報学は、おびただしい量の生物学的データを理解可能な情報に組織化しようと努力しており、その組織化された情報は有用な知識を引き出すために使用することができる。
【０００３】
生物情報学の分野内で一般的に使用される１つのツールは、Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）である。実行するために、ＢＬＡＳＴは、標的配列とも呼ばれる問い合わせ配列を検索用に必要とし、さらに、配列又は該配列を多数含んだ配列データベースをその配列又はデータベースに対して前記検索用の配列等を探すために必要とする。その問い合わせ配列に基づき、ＢＬＡＳＴは、クエリーにおけるサブシーケンスと類似のデータベースにおけるサブシーケンスを探すことになる。典型的な使用において、問い合わせ配列は、データベースよりもはるかに小さく、例えば、クエリーは１０００ヌクレオチドでありえ、一方、データベースは数十億ヌクレオチドであり得る。
【０００４】
ＢＬＡＳＴ及び当技術分野において知られた他の検索ツールに共通の問題は、問い合わせ配列が限定されてしまうことである。問い合わせ配列の長さが約数千ヌクレオチドよりも長い場合、検索ツールは容認しがたく時間のかかるものである。さらに、問い合わせ配列が長すぎると、検察ツールの精度は落ちる。
【０００５】
現存する生物情報学ツールをより速く正確なものにするために、問い合わせ配列は、通常、手動で修正され、最も適切であると考えられるデータのみが検索に使用される。この主観的アプローチは、容認できない近似のため信頼できない結果を生じる。
【０００６】
ＤＮＡスペクトル分析は、ＤＮＡ配列データから有用な情報を引き出すという問題に系統的に取り組むためのアプローチを提供する。一般的に、ＤＮＡスペクトル分析は、個々のデジタル信号としてＤＮＡ配列における各ヌクレオチド塩基の出現の同定、及び、４つの異なるヌクレオチド信号のそれぞれを周波数領域に変えることを含む。従って、周波数成分の大きさを使用して、どのくらい強くヌクレオシド塩基のパターンがその周波数で繰り返されたかを明らかにすることができる。大きさ／値が大きいほど、通常示される反復の存在は激しくなる。
【０００７】
国際公開ＷＯ２００７／１０５，１５０号に記載されたもの等のスペクトル分析技術は、一般的に、手動のＤＮＡパターン分析技術と比較して改善を表し、重要な生物学的プロセスに関連した生物学的マーカーとして役立つＤＮＡパターンを同定することを目標とする。従来、自動分析は、４つのヌクレオチド塩基を表す４つの文字Ａ、Ｔ、Ｃ、及びＧから構成されるＤＮＡ配列の紐に対して直接行われる。しかし、（例えば、最も短いヒト染色体の長さが４６．９Ｍｂである等）おびただしい長さのＤＮＡ配列、限られた文字のセットに付随した広範囲のパターン、及び、問題の統計学的性質のため、不可能でない場合所望の目的を達成するのにそのような直感的／手動のアプローチは非効率的である。
【０００８】
従って、ＤＮＡ配列解析に対して改善された方法が有利であり、特に、増加された適応性、費用効果、又は、より迅速なＤＮＡ配列解析を可能にする方法が有利である。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
従って、本発明は、例えば、ヌクレオチドスペクトルグラムのデータベースに基づくヌクレオチド配列解析に対する方法を提供することによって、上記の当技術分野における欠失及び欠点のうち１つ又は複数を個々に若しくはいかなる組み合わせでも軽減、緩和、又は、排除しようと努力する、並びに、少なくとも上記の問題を解決することが好ましい。そのようなデータベースは、例えば、当業者にはよく知られたＤＮＡデータベース又はＲＮＡデータベースであり得る。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
１つの態様において、ＤＮＡ配列解析に対する方法が提供される。当該方法は、多くのヌクレオチドの配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、ＤＮＡデータベースに含まれる各ヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップを含む。当該方法は、さらに、ＤＮＡ問い合わせ配列を入力するステップを含む。さらに、当該方法は、ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるステップを含む。当該方法は、エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算するステップをさらに含む。また、当該方法は、第１のヌクレオチド群に関連し、所定の閾値範囲内（±ΦΔ）にある、計算された差を選択するステップを含む。
【００１１】
別の態様において、遺伝性疾患を診断するための試験キットを設計することにおける当該方法の使用が提供される。
【００１２】
１つの態様において、プロセッサユニットを含む装置が提供される。当該プロセッサユニットは、多くのヌクレオチド配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、ＤＮＡデータベースに含まれるヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するよう構成される。当該プロセッサユニットは、ＤＮＡ問い合わせ配列を受けるようさらに構成される。さらに、当該プロセッサユニットは、ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるよう構成される。また、当該プロセッサユニットは、エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算するよう構成される。プロセッサユニットは、さらに、所定の閾値よりも小さい差を選択するよう構成される。
【００１３】
さらに別の態様では、コンピュータにより読み取り可能な媒体が提供され、そこには、プロセッサにより処理するためのコンピュータプログラムが具体化されている。当該コンピュータプログラムは、多くのヌクレオチド配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、ＤＮＡデータベースに含まれたヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するための第１のコードセグメントを含む。当該コンピュータプログラムは、さらに、ＤＮＡ問い合わせ配列を入力するための第２のコードセグメントを含む。さらに、コンピュータプログラムは、ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるための第３のコードセグメントを含む。また、コンピュータプログラムは、エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算するための第４のコードセグメントを含む。コンピュータプログラムはまた、所定の閾値よりも小さい差を選択するための第５のコードセグメントを含む。
【００１４】
当該方法は、ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップを含み得る。スペクトルグラムのデータベースは、多くのヌクレオチド配列を含むＤＮＡデータベースに基づき得る。これは、ＤＮＡデータベースに含まれたヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによって行うことができる。ＤＮＡ問い合わせ配列は、インプットとして使用することができる。ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算して、エネルギースペクトル密度クエリーを生じることができる。次に、エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算することができる。この後、第１のヌクレオチド群に関して、所定の閾値範囲（±ΦΔ）内にある、計算された差を選択することができる。
【００１５】
いくつかの実施形態による本発明は、従来の技術と比較して、多数のヌクレオチドを有した配列を比較する可能性を提供するという利点を有している。さらに、改善された配列の比較は、従来の解決策よりも速く行うことができる。
【００１６】
本発明の他の実施形態が、以下においてさらに詳細に説明される。
【００１７】
本発明の前記及び他の態様、特徴、並びに利点は、添付の図面を参考にして、以下の本発明における実施形態の説明から明らかになる及び説明される。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】一実施形態に従った方法の流れ図である。
【図２】一実施形態に従った方法の構築ステップの流れ図である。
【図３】一実施形態に従った装置の構成図である。
【図４】一実施形態に従ったコンピュータにより読み取り可能な媒体の構成図である。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
本発明のいくつかの実施形態が、以下において付随の図面を参考にして、当業者が本発明を実行することができるようになるためにより詳細に説明される。しかし、本発明は、多くの異なる形態で具体化することができ、本明細書に定められる実施形態に限定されるとして解釈されるべきではない。正しくは、本開示が徹底的及び完全であり、当業者に対して本発明の範囲を完全に伝えるように、これらの実施形態は提供される。実施形態は本発明を限定しないが、本発明は付属の特許請求の範囲によってのみ限定される。さらに、付随の図面に例示される特定の実施形態の詳細な説明に使用される用語法は、本発明を限定するよう意図されない。
【００２０】
以下の説明は、ＤＮＡスペクトルグラムのエネルギーバンドに基づいた、ＤＮＡ配列データベースにおける効率的なＤＮＡ配列の検索に適用可能な本発明の実施形態に焦点を合わせている。
【００２１】
一実施形態において、図１によると、ＤＮＡ配列解析のための方法１０が開示されている。当該方法は、多くのヌクレオチド配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、ＤＮＡデータベースに含まれたヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップ１１０を含む。当該方法は、ＤＮＡ問い合わせ配列を入力するステップ１２０をさらに含み得る。さらに、当該方法は、ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるステップ１３０を含む。また、当該方法は、エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差を計算するステップ１４０を含み得る。当該方法は、所定の閾値よりも小さい差を選択するステップ１５０も含み得る。
【００２２】
次に、選択された差に対応するヌクレオチドの群を、例えばＢＬＡＳＴアルゴリズム等の配列アライメントを使用してさらに処理することができる。従って、当該方法は、選択された群に含まれるヌクレオチドに対して配列アライメントを行うステップ１６０をさらに含み得る。
【００２３】
一実施形態によると、ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースは、エネルギースペクトル密度（ＥＳＤ）のデータベースである。ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースは、ゲノムＤＮＡスペクトルのデータベースであり得る。ＥＳＤは、信号のエネルギー（若しくは分散）又は時系列値がどのように周波数によって分布されるかを説明する。ｆ（ｔ）が有限エネルギー（二乗可積分）の信号である場合、信号のスペクトル密度Φ（ω）は、信号の連続フーリエ変換の大きさの二乗である。エネルギーは、信号の二乗の積分によって表される。
【００２４】
信号は、無限の数の要素にわたった
【００２５】
【数１】
0005785094.tif 000002
という値を有した離散型であるため、
【００２６】
【数２】
0005785094.tif 000003
というエネルギースペクトル密度を依然として有し、ωは角周波数（２π掛ける周期周波数）であり、Ｆ（ω）は、
【００２７】
【数３】
0005785094.tif 000004
の離散時間型フーリエ変換であり、Ｆ＊（ω）はその共役複素数である。１／２πの乗法因子（ｍｕｌｔｉｐｌｉｃａｔｉｖｅ  ｆａｃｔｏｒ）は絶対値ではなく、正しくは、種々のフーリエ変換の定義に使用される特定の正規化定数に依存する。
【００２８】
一実施形態によると、ＤＮＡセグメント等のヌクレオチドセグメントの一組の色のスペクトルが、当業者にはよく知られた方法で得られる。次に、異なる色のスペクトルの周期性が、以下の式
【００２９】
【数４】
0005785094.tif 000005
によって計算される。
【００３０】
ここで、ＳＴＦＴウィンドウサイズは、当業者にはよく知られた短時間フーリエ変換（ＳＴＦＴ）によって計算されるウィンドウサイズであり、周波数は、異なる色のスペクトルが整列した場合に特定の色のスペクトルが生じる周波数である。特定のＳＴＦＴウィンドウサイズに対して、離散フーリエ変換（ＤＦＴ）が、色空間において組み合わされ、特定の周波数を示す。次に、ＤＦＴ値は、ＥＳＤを得るために二乗されてＳＴＦＴウィンドウサイズで割られる。
【００３１】
図２による実施形態において、ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップ１１０が示されている。第１のＤＮＡスペクトルグラムが、多数のゲノム配列に対して予め計算されるステップ１１１にかけられる。多数のＥＳＤが、上記のものに従って、ＤＮＡ配列のデータベースに含まれる種々の長さの配列、及び、種々の重なり合う出発点に対して計算される。そのような予め計算されたＥＳＤ値は、当技術分野において知られたＦＡＳＴＡヘッダに類似した問い合わせ配列のヘッダ情報の一部として使用することができる。ＥＳＤ値は、例えば、２５６、１０２４．．．、８１９６のヌクレオチド長に対してそれぞれΦ１、Φ２、．．．、Φｎである等、ヌクレオチド長の範囲において異なり得る。これは、クエリーをトリガーして、別のＥＳＤの計算を不必要にし得る。例えば、特定の色空間において、ＥＳＤ計算は、ＤＦＴ値を二乗してからＳＴＦＴウィンドウサイズにより割ることによって引き出すことができる。
【００３２】
ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップ１１０は、系統学的距離に基づき構造において、ステップ１１１で予め計算したＤＮＡスペクトルグラムに指標を付けるステップ１１２をさらに含むことができる。ＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップ１１０は、ポインターをスペクトルグラムに割り当てるステップ１１３をさらに含むことができる。そのようなポインターは、例えば、局所データベースに対する基準、Ｗｅｂリソースに対するＵＲＬ、又は、保護された配列であり得る。スペクトルグラムは、次に、保管するステップ１１４にかけられる。
【００３３】
一実施形態において、ＥＳＤのデータベースは、ＤＮＡ配列データベースから有望な配列の候補のすばやいベースラインを提供するように使用することができ、その候補は、ＥＳＤに基づき問い合わせ配列に関連し得る。従って、問い合わせ配列のＥＳＤ値と類似のＥＳＤ値を有した候補を、さらなる処理のために迅速に同定することができる。これは、問い合わせ配列のＥＳＤ値と類似のＥＳＤ値を有した配列を当該方法が同定するという事実によるものである。従って、±ΦΔ内のＥＳＤ値を有した配列を、後の処理のために選択することができる。
【００３４】
ＥＳＤデータベースは、ＤＮＡ配列内の突然変異を同定する可能性も与える。特定のＤＮＡ配列の位置が例えばすでに知られている場合、「健常／妥当な」配列のエネルギースペクトル密度
【００３５】
【数５】
0005785094.tif 000006
が計算される。他のＤＮＡ配列のその位置でのいかなる突然変異も調べるために、現行の解決策に従いヌクレオチドあたりの配列を比較する代わりに、「エネルギースペクトル密度」を直接計算することができ、「エネルギースペクトル密度（Φｓａｍ）」の値の変化を調べることができる。
【００３６】
【数６】
0005785094.tif 000007
である場合、突然変異は存在し、ＢＬＡＳＴのような現存の検察ツールを使用して、致死的であるかどうかが徹底的に比較される必要がある。
【００３７】
別の実施形態では、当該方法は、保管された配列のデータベースに対して「全体」の染色体又はゲノム配列を比較するステップを含み、その比較は「エネルギースペクトル密度」に基づいているため、検索結果を生じるために全てのヌクレオチドを比較するといういかなる莫大な不利もない。
【００３８】
一実施形態によると、配列アライメントのステップ１６０は、短配列のアライメント又はショットガン配列決定結果のアライメント等のローカルアライメントである。
【００３９】
別の実施形態によると、配列アライメントのステップ１６０は、同時の多数の配列のアライメント又は２つ以上のゲノムのアライメント等のグローバルアライメントである。
【００４０】
一実施形態において、図３によると、装置３０が提供されている。当該装置は、多くのヌクレオチド配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、ＤＮＡデータベースに含まれたヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップ３１を行うよう構成されたプロセッサユニットを含む。プロセッサユニットは、ＤＮＡ問い合わせ配列を受けるステップ３２を行うようさらに構成される。さらに、当該プロセッサは、ＤＮＡ問い合わせ配列に対するエネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるステップ３３を行うよう構成される。また、プロセッサユニットは、エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれるエネルギースペクトル密度値との差１４０を計算するステップ３４を行うよう構成される。当該プロセッサユニットは、さらに、所定の閾値よりも小さい差を選択するステップ３５を行うよう構成される。
【００４１】
一実施形態において、プロセッサユニットは、選択された群に含まれるヌクレオチドの配列アライメントを実行するステップ３６を行うようさらに構成される。
【００４２】
一実施形態において、プロセッサユニットは、いくつかの実施形態による方法のステップのうちいずれも行うよう構成される。
【００４３】
別の実施形態によると、上記の方法のいずれも、遺伝性疾患を診断する試験キットを設計するために使用することができる。
【００４４】
一実施形態において、臨床遺伝学のプログラムが開示されており、当該プログラムは、類似の疾患状態を有した患者の類似のゲノムへの高速アクセスを提供する、又は、類似の治療反応を有した類似の患者への高速アクセスを提供する手段を含む。当該プログラムは、治療反応に対する薬理学的データベース、及び、この治療反応を有した関連する遺伝子に対する薬理学的データベース、並びに、（医学用画像に対するＰＡＣＳのような）ゲノム配列決定の貯蔵からの情報も含み得る。
【００４５】
一実施形態によると、ゲノム配列決定機器が開示されており；該機器は、十分なゲノムを集める必要がある。
【００４６】
本発明による上記の方法の適用及び使用は多様であり、臨床遺伝学又は臨床ゲノム等の例証的な分野を含む。
【００４７】
一実施形態において、当該装置は、いくつかの実施形態による方法を操作及び／又は行うようされたシステムに含まれる。当該システムは、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）システム、磁気共鳴映像法（ＭＲＩ）システム、又は、超音波イメージング（ＵＳ）システム等、医療ワークステーション若しくは医療システムであり得る。
【００４８】
一実施形態において、図４によると、コンピュータにより読み取り可能な媒体が提供されており、そこには、プロセッサによる処理のためのコンピュータプログラムが具体化されている。当該コンピュータプログラムは、多くのヌクレオチド配列を含むＤＮＡデータベースに基づき、ＤＮＡデータベースに含まれたヌクレオチド群に対するエネルギースペクトル密度値を計算することによってＤＮＡスペクトルグラムのデータベースを構築するステップ１１０のための第１のコードセグメント４１；ＤＮＡ問い合わせ配列を入力するステップ１２０のための第２のコードセグメント４２；ＤＮＡ問い合わせ配列に対する
エネルギースペクトル密度値を計算し、エネルギースペクトル密度クエリーを生じるステップ１３０のための第３のコードセグメント４３；エネルギースペクトル密度クエリー値とＤＮＡスペクトルグラムのデータベースに含まれたエネルギースペクトル密度値との差を計算するステップ１４０のための第４のコードセグメント；及び、所定の閾値よりも小さい差を選択するステップ１５０のための第５のコードセグメント４５；を含む。
【００４９】
一実施形態において、当該コンピュータプログラムは、選択された群に含まれるヌクレオチドの配列アライメントを行うステップ４６のための第６のコードセグメントをさらに含む。
【００５０】
一実施形態において、当該コンピュータプログラムは、コンピュータ処理特性を有した器具によって動かされた場合に、いくつかの実施形態において定められた当該方法のステップのうちいずれも行うために配置されるコードセグメントを含む。
【００５１】
本発明は、ハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又は、これらのいかなる組み合わせも含めたいかなる適切な形状においても実行することができる。しかし、好ましくは、本発明は、１又は複数のデータプロセッサ及び／又はデジタル信号プロセッサで作動するコンピュータソフトウェアとして実行される。本発明の実施形態の要素及び構成成分は、いかなる適切な方法においても物理的、機能的、及び、論理的に与えることができる。実際、単一のユニットにおいて、複数のユニットにおいて、又は、他の機能ユニットの一部として機能性を与えることができる。それ自体、本発明は、単一のユニットにおいて実行することができるか、又は、種々にユニットとプロセッサとの間で物理的及び機能的に割り当てることができる。
【００５２】
本発明は、特定の実施形態を参考にして記述されてきたけれども、本明細書に明記された特定の形状に限定されるようには意図されない。正しくは、本発明は、付随の特許請求の範囲によってのみ限定され、上記のもの以外の実施形態が、これらの添付の特許請求の範囲内で等しく可能である。
【００５３】
特許請求の範囲において、「含む／含んだ」という用語は、他の要素又はステップの存在を除外しない。ＤＮＡ配列及びＤＮＡスペクトログラムのデータベースという用語は、特許請求の範囲において提示された場合、当業者によって容易に理解されるいかなるヌクレオチド配列又はヌクレオチドスペクトログラムのデータベースでもあり得る。さらに、個々に列挙されるけれども、複数の手段、要素、又は、方法のステップは、例えば単一のユニット若しくはプロセッサよって実行することができる。さらに、個々の特徴が異なる特許請求に含まれ得るけれども、これらの特徴は、おそらく有利に組み合わせることができ、異なる特許請求における包含は、特徴の組み合わせが実行可能でない及び／又は有利でないということを意味しているわけではない。さらに、単数の参照は、複数形を除外しない。不定冠詞及び「第一」「第二」等といった用語は、複数形を排除しない。特許請求の範囲における参照番号は、明らかにする例として単に提供されているだけであり、いかなる方法でも特許請求の範囲を限定するとして解釈されるべきではない。
【図１】
0005785094.tif 000011
【図２】
0005785094.tif 000012
【図３】
0005785094.tif 000013
【図４】
0005785094.tif 000014