(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
３−（（ジメチルアミノ）メチル）−Ｎ−（２−（４−（ヒドロキシカルバモイル）フェノキシ）エチル）ベンゾフラン−２−カルボキサミドに感受性を有する患者の癌を分類する方法であって、
（ａ）前記癌内の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定すること、
（ｂ）前記癌内の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、該バイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値のセットと比較すること、及び
（ｃ）前記バイオマーカ遺伝子の発現レベルが、前記発現レベル閾値のセットよりも低い場合には、前記癌が３−（（ジメチルアミノ）メチル）−Ｎ−（２−（４−（ヒドロキシカルバモイル）フェノキシ）エチル）ベンゾフラン−２−カルボキサミドに感受性をもつことを示すこと、を含み、
前記少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ３、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１から選択される、方法。
【請求項２】
前記少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、又はＩＬ１８の少なくとも１つを含有する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ３、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、及びＲＡＢ２５を含有する、請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、及びＩＬ１８である、請求項１記載の方法。
【請求項５】
１以上の前記発現レベルはｍＲＮＡ発現レベルである、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記癌が結腸癌である、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
患者中の癌の前記少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが、先に３−（（ジメチルアミノ）メチル）−Ｎ−（２−（４−（ヒドロキシカルバモイル）フェノキシ）エチル）ベンゾフラン−２−カルボキサミドに感受性をもつことが決定された癌細胞に由来するバイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値の第一又は第二の組の発現レベルよりも有意に低い場合に、該患者の癌が３−（（ジメチルアミノ）メチル）−Ｎ−（２−（４−（ヒドロキシカルバモイル）フェノキシ）エチル）ベンゾフラン−２−カルボキサミドに感受性をもつことを示す、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記バイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値のセットは、先に３−（（ジメチルアミノ）メチル）−Ｎ−（２−（４−（ヒドロキシカルバモイル）フェノキシ）エチル）ベンゾフラン−２−カルボキサミドに感受性をもつことが決定された癌細胞に由来する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
高緊縮性ハイブリダイゼーション条件下で４から５０個までのバイオマーカ遺伝子の核酸にハイブリダイズする核酸プローブを含んだ核酸ハイブリダイゼーションアレイであって、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＧ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２，ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１，ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３およびＰＫＰ２から選択される、請求項１〜８のいずれかに記載の方法に用いられる核酸ハイブリダイゼーションアレイ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、患者の癌を分類する方法に関する。より詳しくは、癌において発現された少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、バイオマーカ遺伝子発現レベル閾値と比較することによって患者の癌をヒストンデアセチラーゼ阻害剤（ＨＤＡＣｉ）化合物に耐性をもつか又は感受性をもつと分類することを含む。
【０００２】
（関連出願の相互参照）
本出願は、２００７年１月３０日付で出願された「ヒストンデアセチラーゼ阻害剤に対する癌の耐性を決定する方法」という名称の米国仮特許出願第６０／８８７，３１８号、及び２００７年４月１３日付で出願された「ヒストンデアセチラーゼ阻害剤に対する癌の耐性を決定する方法」という名称の米国仮特許出願第６０／９１１，８５５号の利益を請求し、これら両方の米国仮特許出願の内容は、その全体を参照することによって援用される。
【背景技術】
【０００３】
種々の患者において所定の抗癌性化合物に対する同じタイプの癌（例えば、結腸癌）の極めて異質な反応は、現代医学の最も頭が痛くて悲劇的な問題である。化学療法に反応する変化の多くは、ヒトの遺伝的及び後成的多様性にあると広く考えられる。従って、ヒト個体群において、特定の治療剤に対する癌の耐性及び感受性の分子遺伝学的相関（すなわち、分子署名）を同定する継続的努力がある。このような努力は、医師が究極的に患者の癌を特定の抗癌性化合物を用いて効率的に治療できる可能性をあらかじめ方向付けることができるようにすることが期待される。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
患者の癌を分類する方法および組成物であって、（ｉ）少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、第一の組のバイオマーカ遺伝子発現レベルの値（これは、ＨＤＡＣｉ化合物に耐性をもつことが知られている癌細胞において決定された）と比較することか、又は第二の組のバイオマーカ遺伝子発現レベルの値（これは、ＨＤＡＣｉ化合物に感受性をもつと知られている癌細胞において決定された）と比較することと、（ｉｉ）バイオマーカ遺伝子の発現レベルが第一の組の発現レベルの値よりも有意に低い場合には、癌がＨＤＡＣｉ化合物に感受性をもつことを示すことか又はバイオマーカ遺伝子の発現レベルが第二の組の発現レベルの値よりも大きい場合には、癌がＨＤＡＣｉ化合物に耐性をもつことを示すこととによって、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤（ＨＤＡＣｉ）化合物に耐性をもつ又は感受性をもつと患者の癌を分類する方法および組成物が本明細書に記載される。前記のバイオマーカ遺伝子としては、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２が挙げられる。
【０００５】
従って、一つの態様において、患者の癌を分類する方法であって、癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、バイオマーカ遺伝子の第一又は第二の組の発現レベル閾値までの発現レベルと比較することと、バイオマーカ遺伝子の発現レベルが第一の組の発現レベル閾値よりも低い場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤に感受性をもつことを示すことか、又は発現レベルが第二の組の発現レベル閾値よりも大きい場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤に耐性をもつことを示すこととを含み、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される患者の癌を分類する方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のマーカー遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１から選択される。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、又はＩＬ１８の少なくとも１つを含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ３、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、及びＲＡＢ２５を含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１を含有する。幾つかの実施形態において、前記発現レベルの１つ又はそれ以上は、ｍＲＮＡ発現レベルである。幾つかの実施形態において、発現レベルの１つ又はそれ以上は、ポリペプチド発現レベルである。幾つかの実施形態において、患者の癌は、結腸癌である。幾つかの実施形態において、癌を分類する方法は、さらに、比較する工程に先立って癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現のレベルを決定することを含む。幾つかの実施形態において、前記のＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが、第一の組及び第二の組のバイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値と比較される。
【０００６】
別の態様において、患者の癌を分類する方法であって、癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを調べ、癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、前記バイオマーカ遺伝子の第一又は第二の組の発現レベル閾値までの発現レベルと比較することと、前記バイオマーカ遺伝子の発現レベルが前記第一の組の発現レベル閾値よりも低い場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤に感受性をもつことを示すことか、又は発現レベルが前記第二の組の発現レベル閾値よりも大きい場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤に耐性をもつことを示すこととを含み、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される患者の癌を分類する方法が、本明細書において提供される。
【０００７】
幾つかの実施形態において、少なくとも４個のマーカー遺伝子の少なくとも１つは、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１から選択される。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、又はＩＬ１８の少なくとも１つを含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ３、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、及びＲＡＢ２５を含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１を含有する。幾つかの実施形態において、バイオマーカ遺伝子の発現レベルの１つ又はそれ以上は、ｍＲＮＡ発現レベルである。幾つかの実施形態において、発現レベルの１つ又はそれ以上は、ポリペプチド発現レベルである。幾つかの実施形態において、患者の癌は、結腸癌である。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、方法は、さらに、バイオマーカ遺伝子の発現レベルの比較に基づいてＨＤＡＣ阻害剤を患者に処方することか又は投与することを含む。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルは、第一の組及び第二の組のバイオマーカ遺伝子発現レベル閾値と比較される。
【０００８】
別の態様において、癌細胞から誘導される複数の核酸を含む核酸の分離個体群であって、癌細胞がＨＤＡＣ阻害剤化合物に感受性をもつ癌細胞の一種である核酸の分離個体群が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ＲＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ｃＤＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、前記ＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、前記癌細胞は、生体外で増殖させた細胞の個体群から分離された。幾つかの実施形態において、癌細胞は、結腸癌細胞である。幾つかの実施形態において、結腸癌細胞は、結腸癌Ｒ１０５９２６１０９７、Ｒ４４９８１６０６１４、Ｒ５４５６７８１７６１、Ｒ７４２４１０７５８８、又はＲ０９４８３１１０２３から誘導される。幾つかの実施形態において、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１のうちの少なくとも４つのヌクレオチド配列が、分離個体群において示される。
【０００９】
関連する態様において、癌細胞から誘導される複数の核酸を含む核酸の分離個体群であって、癌細胞がＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつ癌細胞の一種である核酸の分離個体群が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ＲＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ｃＤＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、前記ＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、前記の癌細胞は、生体外で増殖させた細胞の個体群から分離された。幾つかの実施形態において、癌細胞は、結腸癌細胞である。幾つかの実施形態において、結腸癌細胞は、結腸癌Ｒ１０５９２６１０９７、Ｒ４４９８１６０６１４、Ｒ５４５６７８１７６１、Ｒ７４２４１０７５８８、又はＲ０９４８３１１０２３から誘導される。幾つかの実施形態において、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１のうちの少なくとも４つのヌクレオチド配列が、分離個体群において示される。
【００１０】
幾つかの実施形態において、前記の核酸の分離個体群と、該個体群のバイオマーカ遺伝子の核酸レベルと該個体群の内部発現対照遺伝子の核酸レベルの比を示すインサートとを含むキットが、本明細書において提供される。
【００１１】
幾つかの実施形態において、前記の核酸の分離個体群と、該個体群のバイオマーカ遺伝子の核酸レベルと癌細胞から誘導される核酸の個体群のバイオマーカ遺伝子の核酸レベルの比を示すインサートとを含むキットであって、癌細胞がＨＤＡＣ阻害剤化合物に感受性をもつ癌細胞の一種であるキットが、本明細書において提供される。
【００１２】
別の実施形態において、癌細胞から核酸の分離個体群を誘導することを含む発現プロファイリングのための核酸の発現レベル基準個体群の作製方法であって、癌細胞がＨＤＡＣ阻害剤化合物に感受性をもつ癌細胞の一種である、核酸の発現レベル基準個体群の作製方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ＲＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ｃＤＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、前記のＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、癌細胞は、生検試料中に存在する。幾つかの実施形態において、細胞は、生体外で増殖させた細胞の個体群中に存在する。幾つかの実施形態において、癌細胞は、結腸癌細胞である。幾つかの実施形態において、癌細胞は、結腸癌細胞Ｒ１０５９２６１０９７、Ｒ４４９８１６０６１４、Ｒ５４５６７８１７６１、Ｒ７４２４１０７５８８、又はＲ０９４８３１１０２３から誘導される。幾つかの実施形態において、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１のうちの少なくとも４つのヌクレオチド配列が、分離個体群において示される。幾つかの実施形態において、方法は、さらに、分離する工程に先立って、癌細胞の種類がＨＤＡＣ阻害剤化合物に感受性をもつことを決定することを含む。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣ阻害剤化合物に感受性をもつと決定された癌細胞の種類は、生体外でＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつと決定される。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣ阻害剤化合物は、ＰＣＩ−２４７８１である。
【００１３】
関連する態様において、癌細胞から核酸の分離個体群を誘導することを含む発現プロファイリングのための発現レベル基準試料の作製方法であって、癌細胞がＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつ癌細胞の一種である発現プロファイリングのための発現レベル基準個体群の作製方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ＲＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、分離個体群は、ｃＤＮＡを含有する。幾つかの実施形態において、前記ＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、癌細胞は、生検試料中に存在する。幾つかの実施形態において、癌細胞は、生体外で増殖させた細胞の個体群中に存在する。幾つかの実施形態において、癌細胞は、結腸癌細胞である。幾つかの実施形態において、癌細胞は、結腸癌細胞である。幾つかの実施形態において、結腸癌細胞は、結腸癌Ｒ１０５９２６１０９７、Ｒ４４９８１６０６１４、Ｒ５４５６７８１７６１、Ｒ７４２４１０７５８８、又はＲ０９４８３１１０２３から誘導される。幾つかの実施形態において、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１のうちの少なくとも４つのヌクレオチド配列が、分離個体群において示される。幾つかの実施形態において、方法は、さらに、分離する工程に先立って、癌細胞の種類がＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつことを決定することを含む。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつと決定された癌細胞の種類は、生体外でＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつと決定される。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣ阻害剤化合物は、ＰＣＩ−２４７８１である。
【００１４】
別の態様において、生体外でＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつヒト癌細胞系が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、ヒト細胞系は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１を発現する。幾つかの実施形態において、前記のヒト癌細胞系が耐性をもつＨＤＡＣ阻害剤化合物は、ＰＣＩ−２４７８１である。幾つかの実施形態において、ＰＣＩ−２４７８１耐性ヒト癌細胞系は、少なくとも約１μＭのＰＣＩ−２４７８１濃度に耐性をもつ。幾つかの実施形態において、ヒト癌細胞系は、結腸癌細胞系である。幾つかの実施形態において、結腸癌細胞系は、Ｒ５２４７６８２２６６、Ｒ９８６６１３５１５３、Ｒ１０７８１０３１１４、又はＲ４７１２７８１６０６である。
【００１５】
さらなる態様において、ＨＤＡＣ阻害剤を用いて癌の治療効果のある治療の可能性を高める方法であって、患者の癌由来の試料中の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが、４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値よりも低い場合には、患者の癌がＨＤＡＣ阻害剤を用いた治療に感受性をもつという指標を提供することか、又はバイオマーカ遺伝子の発現レベルが発現レベル閾値よりも高い場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤を用いた治療に耐性をもつという指標を提供することとからなり、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦ１２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択され、それによってＨＤＡＣ阻害剤を用いた癌の治療効果のある治療の可能性が高められる、癌の治療効果のある治療の可能性を高める方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、指標は、デジタル媒体で提供される。幾つかの実施形態において、指標は、ハードコピー媒体で提供される。幾つかの実施形態において、指標は、生物医学公表文献である。幾つかの実施形態において、指標は、バイオマーカ遺伝子の少なくとも２つの発現レベルを指す。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、又はＩＬ１８を含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ３、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、及びＲＡＢ２５を含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１を含有する。幾つかの実施形態において、癌は、結腸癌である。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＰＣＩ−２４７８１である。
【００１６】
さらに別の態様において、（ｉ）その発現が抗癌剤に対する癌の耐性又は感受性と関連づけられる第一の組のバイオマーカ遺伝子を、その発現がＨＤＡＣ阻害剤化合物に対する耐性と関連づけられる第二の組のバイオマーカ遺伝子と比較することと、（ｉｉ）第一の組のバイオマーカ遺伝子が第二の組のバイオマーカ遺伝子と異なる場合に、ＨＤＡＣ阻害剤と組み合わせて癌を治療するための抗癌剤を選択することとによって、ＨＤＡＣ阻害剤化合物と組み合わせて癌を治療するための抗癌剤の選択を最適化する方法であって、第二の組のバイオマーカ遺伝子が、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１である、ＨＤＡＣ阻害剤化合物と組み合わせて癌を治療するための抗癌剤の選択を最適化する方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、前記方法は、さらに、ＨＤＡＣ阻害剤を第二の抗癌剤と一緒に用いて処理された複数の癌細胞において第二の組のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを比較することを含む。
【００１７】
さらに別の態様において、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰから選択される少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルの解釈を伝達する手段を含む、ＨＤＡＣ阻害剤化合物を用いる癌の治療効果のある治療の可能性の指標が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、指標は、さらに、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを含む。幾つかの実施形態において、伝達する手段は、紙文書又は電子文書である。幾つかの実施形態において、解釈は、生物医学公表文献を含む。幾つかの実施形態において、解釈は、グラフを含む。幾つかの実施形態において、解釈は、患者の癌由来の試料のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値よりも低い場合には、患者の癌がＨＤＡＣ阻害剤を用いた治療に感受性をもつことを示す情報を含むか、又はバイオマーカ遺伝子の発現レベルが発現レベル閾値よりも高い場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤を用いた治療に耐性をもつことを示す情報を含む。
【００１８】
別の態様において、ＨＤＡＣ阻害剤化合物を用いて患者の癌を効果的に治療する可能性を決定する方法であって、（ｉ）癌においてＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰから選択される少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定することと、（ｉｉ）癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、ＨＤＡＣ阻害剤化合物に耐性をもつと先に決定された癌細胞から誘導される発現レベル基準試料の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルと比較することとを含み、患者由来の癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが発現レベル基準試料のバイオマーカ遺伝子の発現レベルよりも低い場合には、癌を効果的に治療する可能性がより高い、患者の癌を効果的に治療する可能性を決定する方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、前記方法は、さらに、癌を治療するためのＨＤＡＣ阻害剤化合物以外の抗癌剤を選択することを含む。
【００１９】
さらに別の態様において、患者の癌を分類する方法であって、癌の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、バイオマーカ遺伝子の第一又は第二の組の発現レベルの値と比較することと、それぞれの比較について、患者の癌がヒストンデアセチラーゼ阻害剤化合物に耐性をもつ確率をバイオマーカ遺伝子発現レベルに割り当てることとを含み、（ｉ）第一の組の発現レベルの値が、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤化合物に耐性をもつと決定された癌細胞において測定された、（ｉｉ）第二の組の発現レベルの値が、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤化合物に感受性をもつと決定された癌細胞において測定された、（ｉｉｉ）割り当てられた可能性が、第一の組の発現レベルの値からのバイオマーカ遺伝子発現レベルの負の偏差に逆比例し、且つ第二の組の発現レベルの値からのバイオマーカ遺伝子発現レベルの正の偏差に直接に比例する、及び（ｉｖ）少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＥＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される、患者の癌を分類する方法が、本明細書において提供される。
【００２０】
別の態様において、細胞の個体群を分類する方法であって、細胞の個体群の少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、バイオマーカ遺伝子の第一又は第二の組の発現レベル閾値と比較することと、バイオマーカ遺伝子の発現レベルが第一の組の発現レベル閾値よりも低い場合には、細胞の個体群がＨＤＡＣ阻害剤に感受性をもつことを示すことか、又は発現レベルが第二の組の発現レベル閾値よりも大きい場合には、細胞の個体群がＨＤＡＣ阻害剤に耐性をもつことを示すこととを含み、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される、細胞の個体群を分類する方法が、本明細書において提供される。
【００２１】
別の態様において、ＨＤＡＣ阻害を生体内で決定する方法であって、被検者がＨＤＡＣ阻害剤化合物を投与された後に、被検者から得られた生体試料中のＨＤＡＣ阻害剤反応性バイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定することを含み、ＨＤＡＣ阻害剤反応性バイオマーカ遺伝子が表５に記載の遺伝子のいずれかである、ＨＤＡＣ阻害を生体内で決定する方法が、本明細書において提供される。
【００２２】
別の態様において、ＨＤＡＣ阻害剤に対して最も反応性のある組織及びそれから誘導される腫瘍を決定する方法であって、（ｉ）第一の時間点での第一の組織の組織型（血液を含む）と、最初の時間点での適用可能な経路による第一の組織に対するＨＤＡＣ阻害剤化合物の投与とを提供することと、（ｉｉ）第二の時間点での第二の組織の組織型（血液を含む）と、第二の時間点で適用可能な経路による第二の組織に対するＨＤＡＣ阻害剤化合物の投与とを提供することと、（ｉｉｉ）表５に記載の遺伝子のいずれかについて第一の組織及び第二の組織における発現プロファイルを決定することとを含む、ＨＤＡＣ阻害剤に対して最も反応性のある組織及びそれから誘導される腫瘍を決定する方法が、本明細書において提供される。
【００２３】
さらに別の態様において、１つ又はそれ以上の細胞を分類する方法であって、１つ又はそれ以上の細胞の４〜５０個以下のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定することを含み、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される、１つ又はそれ以上の細胞を分類する方法が、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、方法は、さらに、４〜５０個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、バイオマーカ遺伝子の第一又は第二の組の発現レベル閾値と比較することと、バイオマーカ遺伝子の発現レベルが第一の組の発現レベル閾値よりも低い場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤に感受性をもつことを示すことか、又は発現レベルが第二の組の発現レベル閾値よりも大きい場合には、癌がＨＤＡＣ阻害剤に耐性をもつことを示すこととを含む。幾つかの実施形態において、１つ又はそれ以上の細胞は、癌細胞である。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰから選択される。幾つかの実施形態において、方法は、４〜２０個以下のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定することを含む。幾つかの実施形態において、方法は、４個以下のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定することを含む。幾つかの実施形態において、４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、及びＩＬ１８からなる。
【００２４】
さらに別の態様において、高緊縮性ハイブリダイゼーション条件下で４〜５０個以下のバイオマーカ遺伝子の核酸にハイブリダイズする核酸プローブを含有する核酸ハイブリダイゼーションアレイであって、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子が、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される、核酸ハイブリダイゼーションアレイが、本明細書において提供される。幾つかの実施形態において、核酸ハイブリダイゼーションアレイは、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＤＬ１８、及びＤＰＥＰから選択される少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子を含有する。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、及びＩＬ１８からなる。
【課題を解決するための手段】
【００２５】
本明細書に記載の方法及び組成物は、本明細書に記載の特定の方法、プロトコール、細胞系、組立て体、及び試薬に限定されず、それ自体変化させ得ることが理解されるべきである。本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することだけを目的とするものであり、本明細書に記載の方法及び組成物の範囲を限定することを意図するものではなく、添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることも理解されるべきである。
【００２６】
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用されるように、単数形は、特にその内容が明示しない限りは、複数形の照応を含む。
【００２７】
「バイオマーカ遺伝子」という用語は、その発現又は活性が少なくとも１つの発現産物を生成する遺伝子を指し、その発現産物の量は、関心の表現型の状態（例えば、薬剤耐性、病理学）に定量的に関連づけられる。
【００２８】
「検出可能な標識」という用語は、分析法、例えば以下に限定されないが、蛍光法、化学発光法、電子スピン共鳴法、紫外線／可視吸光度分光分析法、質量分析法、核磁気共鳴法、磁気共鳴法、及び電気化学的方法を使用して観察できる標識を指す。
【００２９】
「差次的に発現された遺伝子」、「差次的遺伝子発現」という用語、及びこれらの同義語（これらは、同じ意味で使用される）は、発現が、第一の細胞集団において第二の細胞集団の同じ遺伝子の発現と比べてアップレギュレートされるか又はダウンレギュレートされる遺伝子を指す。このような相違は、ｍＲＮＡレベルの変化、表面発現、分泌又はポリペプチドのその他の分配によって証明される。差次的遺伝子発現としては、幾つかの実施形態において、２つ以上の遺伝子又はこれらの遺伝子産物の間の発現の比較、あるいは２つ以上の遺伝子又はこれらの遺伝子産物の間の発現の割合の比較、あるいはさらに同じ遺伝子の２つの差次的に処理された産物の比較が挙げられ、これらは細胞の２つの集団の間で異なる。差次的発現としては、例えば、正常細胞及び異常細胞の間で、あるいは異なる疾患事象又は疾病状態を受けている細胞の間で、あるいはある種の治療薬に対して著しく感受性をもつか又は耐性をもつ細胞の間で遺伝子又はその発現産物の一時的又は細胞発現パターンにおける両方の定量的及び定性的な相違が挙げられる。
【００３０】
「フルオロフォア」という用語は、励起により光子を放出し、それによって蛍光を発する分子を指す。
【００３１】
「遺伝子増幅」という語句は、遺伝子又は遺伝子断片の多数のコピーが特定の細胞又は細胞系で形成されるプロセスを指す。重複領域（増幅ＤＮＡの伸長）は、多くの場合、「単位複製配列」と呼ばれる。高い頻度で、産成したメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の量、すなわち遺伝子発現のレベルもまた、特定の遺伝子からなるコピーの数に比例して増大する。
【００３２】
「遺伝子発現プロファイリング」という用語は、特に明記しない限りは、最も広い意味で使用され、生体試料中の遺伝子のｍＲＮＡ又はそれから誘導される核酸、及び／又はタンパク質レベル又はそれから誘導されるペプチド及び／又はタンパク質機能の定量化の方法を包含する。
【００３３】
「高緊縮性ハイブリダイゼーション」という用語は、６８℃で１時間インキュベートし、次いで２ＸＳＳＣ及び０．１％ＳＤＳ中で、それぞれ室温で２０分間、３回洗浄し、０．１ＸＳＳＣ及び０．１％ＳＤＳ中で、５０℃で２回洗浄するハイブリダイゼーション条件、又は当該技術分野において認められている均等のハイブリダイゼーション条件を指す。
【００３４】
「内部発現対照遺伝子」という用語は、発現レベルが１つ又はそれ以上の表現型において異なるか又は異なる実験処理に供されている細胞において極めて類似していることが知られているか又は予測される遺伝子を指す。例えば、遺伝子ＨＤＡＣ３の発現は、ＨＤＡＣｉ化合物を用いた処理に耐性をもつか又は感受性をもつ結腸癌細胞において極めて類似していることが明らかにされている。
【００３５】
「分離」という用語は、関心の成分を関心のない成分から分離し、取り出すことを指す。分離された物質は、場合により乾燥状態又は半乾燥状態にあるか、あるいは溶液、例えば限定されないが水溶液である。分離成分は、場合により均質な状態であってもよいし、又は分離成分は、場合により追加の製薬学的に許容し得る担体及び／又は賦形剤を含有する医薬組成物の一部であってもよい。純度及び均一性は、例えば分析化学技術、例えば、以下に限定されないが、ポリアクリルアミドゲル電気泳動又は高速液体クロマトグラフィを使用して決定される。さらに、関心の成分が分離され及び調製物中に存在する主要な種である場合には、本明細書では、成分は実質的に精製されていると記載する。「精製された」という用語は、本明細書で使用されるように、少なくとも８５％の純度である、少なくとも９０％の純度である、少なくとも９５％の純度である、少なくとも９９％以上の純度である関心の成分を指す。単なる例として、核酸又はタンパク質は、このような核酸又はタンパク質が、自然状態において付随する少なくとも幾つかの細胞成分を含有していない場合に、あるいは核酸又はタンパク質がその生体内又は生体外での産生の濃度よりも大きいレベルまで濃縮されている場合に「分離される」。
【００３６】
「標識」という用語は、化合物に組み込まれ、容易に検出され、それによってその物理的分布が検出される及び／又は監視される物質を指す。
【００３７】
「マイクロアレイ」という用語は、支持体上のハイブリダイズすることができるアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの規則正しい配列を指す。
【００３８】
「核酸」又は「核酸プローブ」という用語は、単数で又は複数で使用される場合には、一般に、ポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを指し、未修飾ＲＮＡ又はＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡ又はＤＮＡを包含する。従って、例えば、本明細書で定義されるような核酸としては、限定されることなく、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、並びに一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、場合により一本鎖であるか、又はさらに典型的には二本鎖であるかあるいは一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡとＲＮＡとを含む混成分子が挙げられる。また、本明細書で使用される「核酸」とは、ＲＮＡ又はＤＮＡを含むか、あるいはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。このような領域の鎖は、場合により同じ分子又は異なる分子に由来するものであってもよい。この領域は、場合により１つ又はそれ以上の分子の全部を含有していてもよいが、さらに典型的には分子の幾つかの領域のみを含有する。三重らせん領域をもつ分子の一つは、多くの場合、オリゴヌクレオチドである。「核酸」という用語は、具体的には、ｃＤＮＡを包含する。この用語は、１個又はそれ以上の修飾塩基を含有するＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）及びＲＮＡを包含する。従って、安定性又はその他の理由から修飾された主鎖を有するＤＮＡ又はＲＮＡは、本明細書において言及される「核酸」である。非通常塩基、例えばイノシン、又は修飾塩基、例えばトリチウム化された塩基を含有するＤＮＡ又はＲＮＡは、本明細書で定義される「核酸」という用語の範囲に包含される。一般的に、「核酸」という用語は、未修飾ポリヌクレオチドの全ての化学的に、酵素的に及び／又は代謝的に修飾された形態、並びにウイルス及び細胞、例えば単純型細胞及び複雑型細胞の特徴を示すＤＮＡ及びＲＮＡの化学形態を包含する。
【００３９】
「オリゴヌクレオチド」という用語は、比較的短いポリヌクレオチド、例えば、限定されることなく、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖ＤＮＡを指す。オリゴヌクレオチド、例えば一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドは、多くの場合、化学的方法によって、例えば、市販の自動オリゴヌクレオチド合成装置を使用することによって合成される。しかし、オリゴヌクレオチドは、場合によっては、種々のその他の方法、例えば生体外組換えＤＮＡ介在法で及び細胞及び生物中でのＤＮＡの発現で調製されてもよい。
【００４０】
本明細書で使用される「予測」、「予測する」、「予後の」又は「予後」という用語は、患者が１つの薬剤(例えば、抗癌性化合物)又は組の薬剤に都合よく又は都合悪く反応する可能性、及びこれらの反応の程度を指す。本明細書に記載の予測方法は、癌を患う患者がＨＤＡＣ阻害剤化合物治療計画単独又は別の治療剤（例えば、第二の抗癌性化合物）との併用に都合よく反応する可能性があるか否かを予測する際に有用なツールである。
【００４１】
「被検者」又は「患者」という用語は、処置、観察又は実験の対象である動物を指す。単なる例として、被検者としては、以下に限定されないが、哺乳動物、例えば以下に限定されないがヒトが挙げられる。
【００４２】
「実質的に精製された」という用語は、精製の前に、通常は関心の成分を伴うか又は関心の成分と相互作用する他の成分を実質的に又は本質的に含有しない関心の成分を指す。単なる例として、関心の成分は、関心の成分の調製物が汚染成分を約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、又は約１％未満（乾燥重量で）含有する場合に、「実質的に精製されている」。従って、関心の「実質的に精製された」成分は、場合により約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれよりも大きい純度レベルを有する。
【００４３】
「治療有効量」という用語は、疾患、障害又は状態をすでに患っている患者に投与される組成物の量であって、治療される疾患、障害又は状態の１つ又はそれ以上の症状を治療するか、又は少なくとも部分的に阻止するか、又はある程度まで緩和するのに十分な量を指す。このような組成物の有効性は、種々の条件、例えば以下に限定されないが、疾患、障害又は状態の重症度及び経過、前の療法、患者の健康状態及び薬剤に対する反応、並びに治療する医師の判断に左右される。単なる例として、治療有効量は、方法、例えば以下に限定されないが用量増加臨床試験によって決定される。
【００４４】
「治療する」、「治療中」又は「治療」という用語は、疾患又は状態の症状を軽減する、和らげる又は改善すること、更なる症状を予防すること、あるいは症状の原因となる代謝の原因を改善または予防すること、疾患又は状態を抑制すること、例えば疾患又は状態の発現を阻止すること、疾患または状態を緩和すること、疾患又は状態の退行を生じること、疾患又は状態によって引き起こされる状態を緩和すること、あるいは疾患又は状態の症状を停止させることを包含する。「治療する」、「治療中」又は「治療」という用語は、以下に限定されないが、予防的及び／又は治療的処置を包含する。
【００４５】
「腫瘍」又は「癌」という用語は、悪性又は良性にかかわらず全ての新生細胞の成長及び増殖、及び全ての前癌性及び癌性の細胞及び組織を指す。
【００４６】
特に明示しない限りは、細胞培養、タンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術、例えば遺伝子増幅及びハイブリダイゼーション法、質量分析、及び薬理学の慣用の方法が用いられる。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１】遺伝子発現プロファイリングに基づいた癌細胞のＨＤＡＣi化合物耐性についてバイオマーカ遺伝子を特定する方法及び特定されたバイオマーカ遺伝子の発現プロファイリング臨床応用を例示する概略のフロー図である。
【図２】一連の結腸癌細胞系についてＨＤＡＣｉ化合物ＰＣＩ−２４７８１の濃度に対する細胞増殖の生体外阻止を表す例示的グラフである。
【図３】マイクロアレイデータを解析してＨＤＡＣi化合物に耐性をもつ癌細胞と該化合物に感受性の癌細胞の個体群において差次的に発現された遺伝子を同定する統計学的アプローチを例証する例示的フロー図である。
【図４】ＨＤＡＣi化合処理及び未処理癌細胞、並びに感受性及び耐性癌細胞における遺伝子発現マイクロアレイデータの主成分分析を例証する分散プロットである。
【図５】ＰＣＩ−２４７８１結腸癌細胞と対比したＰＣＩ−２４７８１耐性結腸癌細胞における一連の同定されたＨＤＡＣｉ化合物耐性バイオマーカ遺伝子についてのｍＲＮＡ発現レベルの比を決定するためのマイクロアレイ法とＴａｑＭａｎ（登録商標）定量ＲＴ−ＰＣＲ法との結果を比較する例示的棒グラフである。
【図６】ＨＤＡＣ阻害剤化合物に感受性をもつ癌細胞におけるバイオマーカ遺伝子の発現と対比したＨＤＡＣ阻害剤化合物（ＰＣＩ−２４７８１）に耐性をもつ癌細胞における４個のＨＤＡＣi化合物耐性バイオマーカ遺伝子の相対発現レベルを比較する例示的棒グラフである。
【図７（Ａ）】ＨＤＡＣ阻害剤化合物ＰＣＩ−２４７８１で処理したマウス由来の末梢血単核細胞におけるチューブリンアセチル化の時間経過を示す例示的棒グラフである。
【図７（Ｂ）】ｍＲＮＡレベルがチューブリンアセチル化の変化と関係づけられる遺伝子の発現プロファイルの時間経過である。
【図８】マイクロアレイ分析、定量ＲＴ−ＰＣＲ、及び免疫ブロット法で決定された２つのＨＤＡＣ阻害剤反応性バイオマーカ遺伝子の発現プロファイルを例証する例示的組の２つの線グラフである。
【図９】ＨＤＡＣ阻害剤処理後３時間及び８時間での５つのＨＤＡＣ阻害剤反応性バイオマーカ遺伝子の種々の組織の平均生体内ｍＲＮＡレベルを示す例示的棒グラフである。
【図１０】示した腫瘍から誘導される腫瘍に対するＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１の効果について例示する一連の用量応答曲線である。
【図１１（Ａ）】新たに診断された、投薬を受けていない結腸癌患者から誘導された原発性結腸腫瘍細胞のＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１による生体外増殖阻止の量を例証する一連の線グラフである。
【図１１（Ｂ）】進行性の転移性結腸腫瘍を有する患者から誘導された結腸癌細胞のＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１による生体外増殖阻止の量を例証する一連の線グラフである。
【図１１（Ｃ）】生体外でＨＤＡＣ阻害剤に耐性をもつ腫瘍細胞と、ＨＤＡＣ耐性バイオマーカ遺伝子ＤＥＦＡ６のｍＲＮＡ発現レベルとの間の相関関係を例証する棒グラフである。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
本明細書に記載の方法は、本明細書に記載のように、癌において発現された少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを、バイオマーカ遺伝子発現レベル閾値と比較することによって患者の癌をヒストンデアセチラーゼ阻害剤（ＨＤＡＣｉ）化合物に耐性をもつか又は感受性をもつと分類することを含む。少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが発現レベル閾値よりも大きい場合には、癌は、ＨＤＡＣi化合物に耐性をもつと示される。反対に、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが発現レベル閾値よりも低い場合には、癌は、ＨＤＡＣi化合物に感受性をもつと示される。
【００４９】
また、癌細胞から誘導される核酸の個体群であって、癌細胞がＨＤＡＣi化合物に耐性をもつ癌細胞の一種である核酸の個体群が、本明細書に記載される。さらにまた、癌細胞から誘導される核酸の個体群であって、癌細胞がＨＤＡＣi化合物に感受性をもつ癌細胞の一種である核酸の個体群が、本明細書に記載される。また、これらの核酸の個体群を生成する方法が、本明細書に記載される。このような核酸の個体群は、場合により、本明細書に記載のようなバイオマーカ遺伝子発現閾値を設定するための発現レベル基準標準として使用される。さらに、ＨＤＡＣi化合物に耐性をもつと決定された細胞系が、本明細書に記載される。また、ＨＤＡＣi化合物に感受性をもつと決定された細胞系が、本明細書に記載される。
【００５０】
また、本明細書に記載のバイオマーカ遺伝子の少なくとも４個の発現レベルがこれらのバイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値よりも低い場合には、癌がＨＤＡＣi化合物を用いた治療に感受性をもつという指標を提供することか、又は本明細書に記載のバイオマーカ遺伝子の少なくとも４個の発現レベルがこれらのバイオマーカ遺伝子の発現レベル閾値よりも高い場合には、癌がＨＤＡＣi化合物を用いた治療に耐性をもつという指標を提供することによって、ＨＤＡＣi化合物を用いた癌の治療効果のある治療の可能性を高める方法が、本明細書に記載される。
【００５１】
さらにまた、発現が抗癌剤に対する癌の耐性又は感受性と関連づけられる第一の組のバイオマーカ遺伝子を、発現がＨＤＡＣi化合物に対する耐性と関連づけられる第二の組のバイオマーカ遺伝子と比較することと、次いで第一の組の中のバイオマーカ遺伝子の全部が第二の組のバイオマーカ遺伝子と異なる場合には、ＨＤＡＣ阻害剤のみと組み合わせて癌を治療するための抗がん剤を選択することとによって、ＨＤＡＣ化合物と組み合わせて癌を治療するための抗がん剤の選択を最適化する方法が、本明細書に記載される。
【００５２】
[ＨＤＡＣｉ化合物耐性バイオマーカ遺伝子（ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ）の同定]
癌細胞における遺伝子発現レベルがＨＤＡＣi化合物に対する細胞の耐性と有意に及び一貫して関連づけられる遺伝子を同定する方法が、本明細書に記載される。このような遺伝子は、ＨＤＡＣｉ化合物耐性バイオマーカ遺伝子（ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ）と命名される。典型的な実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧは、以下の通りに同定される。
【００５３】
種々の患者由来の原発性腫瘍細胞（例えば、結腸癌細胞）のＨＤＡＣ阻害剤に対する生体外反応を、種々の濃度のＨＤＡＣi化合物の存在下で細胞を培養することによって決定する。
【００５４】
ＨＤＡＣi化合物感受性を決定した後に、それぞれの患者からの癌細胞、ｍＲＮＡ発現プロファイルを、ＨＤＡＣi耐性及び感受性腫瘍について決定する。全ＲＮＡを分離し、蛍光プローブを調製し、製造業者の使用説明書に従って全ゲノムｃＤＮＡマイクロアレイ（例えば、〜５５，０００ユニークプローブを含有するＣｏｄｅｌｉｎｋ  Ｈｕｍａｎ  Ｗｈｏｌｅ  Ｇｅｎｏｍｅのオリゴヌクレオチドマイクロアレイ、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｂｉｏ−Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）にハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーション後に、マイクロアレイをスキャンした（例えば、ＧｅｎｅＰｉｘ  ４０００Ｂスキャナで、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ  ＣＡ）。次いで、得られた画像を、Ｃｏｄｅｌｉｎｋソフトウェアを用いて処理して、データを中央値に正規化した。
【００５５】
中央値正規化マイクロアレイデータを、主成分分析（ＰＣＡ）及び階層的クラスタリング分析のためのマイクロアレイデータ分析プログラム（例えば、Ａｇｉｌｅｎｔ製のＧｅｎｅｓｐｒｉｎｇソフトウェア）に取り込む。多重分析法を用いて、ｍＲＮＡ発現分析においてさらなる信頼を得た。多重仮説補正について、誤検出率（ＦＤＲ）についてのｑ値を、Ｓｔｏｒｅｙら、（２００３）,Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１００：９４４０−９４４５に記載のように場合により使用する。場合により、第二の分析アプローチとして、Ｉｓｈｗａｒａｎら（２００３），Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｓｔａｔ．Ａｓｓｏｃ，９８：４３８−４５５に記載のベイズ（Ｂａｙｅｓｉａｎ）ＡＮＯＶＡアプローチを使用してもよい。
【００５６】
ベイズＡＮＯＶＡ法において、ＡＮＯＶＡモデルに対する無関連遺伝子の寄与は、全誤非検出に対して全誤検出を釣り合わせるために選択的に圧縮される。アウトプットは、ＡＮＯＶＡモデルに対するその寄与が標準ｚ−スコアよりも大きい遺伝子を同定するＺｃｕｔスコアである。Ｉｓｈｗａｒａｎら、同書、及びｂａｍａｒｒａｙ．ｃｏｍ．でのウェブサイト参照。
【００５７】
上記の方法及びその変法を、場合により、その他の特定の表現型の状態、例えばＨＤＡＣi化合物以外の抗癌剤に対する耐性についてバイオマーカ遺伝子を同定するのに使用してもよい。
【００５８】
上記の方法で同定されたＨＤＡＣｉＲ−ＢＧとしては、表１に記載のものが挙げられる。表に記載の遺伝子のそれぞれのｍＲＮＡの配列を、本明細書において付属書に含める。
【００５９】
【表１】
0005670055.tif 000002
0005670055.tif 000003
0005670055.tif 000004
【００６０】
[ＨＤＡＣi化合物に耐性又は感受性をもつ個々の患者の癌の分類]
幾つかの実施形態において、遺伝子発現プロファイリングが、癌(例えば、結腸癌腫瘍)を患う個々の患者から得た生体試料について行われ、患者の癌をＨＤＡＣi化合物に耐性をもつ又は感受性をもつと分類する。遺伝子発現プロファイリングは、本明細書に記載のようにして同定された表１に記載のＨＤＡＣｉ化合物耐性バイオマーカ遺伝子（ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ）の少なくとも１つの発現をプロファイリングすることを含む。
【００６１】
幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧは、ＤＥＦＡ６、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＥＰＨＡ２、ＴＮＦＲＳＦ２、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＴＭＰＲＳＳ２、及びＣＣＬｌ５の中から選択される。
【００６２】
幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの少なくとも４個が、発現プロファイルされる。幾つかの実施形態において、４個のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧのうちの少なくとも１つは、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ３、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１の中から選択される。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの全ては、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ３、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１の中から選択される。
【００６３】
幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの少なくとも１６個の発現が、プロファイルされる。幾つかの実施形態において、少なくとも１６個のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧは、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ３、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１の１つ又はそれ以上を含む。幾つかの実施形態において、少なくとも１６個のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧは、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ３、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、又はＤＰＥＰ１を含む。
【００６４】
種々の実施形態において、ＨＤＡＣi化合物に対する耐性又は感受性について場合により分類される癌及び腫瘍の種類（個々の患者から）としては、以下に限定されないが、結腸直腸癌、卵巣癌、膵癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳及びＣＮＳ癌、乳癌、子宮頸癌、絨毛癌、結合組織癌、消化器系癌、子宮体癌、食道癌、眼癌、頭頸部癌、胃癌、上皮内癌、腎臓癌、喉頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌（例えば、小細胞及び非小細胞）、リンパ腫、例えばホジキン及び非ホジキンリンパ腫、黒色腫、骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌（例えば、唇、舌、口、及び咽頭）、前立腺癌、網膜細胞腫、横紋筋肉腫、直腸癌、腎臓癌、呼吸器系の癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、泌尿器系の癌、並びにその他の癌及び肉腫が挙げられる。
【００６５】
種々の実施形態において場合により任意に分類される癌細胞の種類としては、以下に限定されないが、扁平上皮乳頭腫、扁平上皮癌、基底細胞腫瘍、基底細胞癌、移行上皮乳頭腫、移行上皮癌、腺上皮腺腫、メラニン細胞グロムス腫瘍、メラニン細胞性母斑、悪性黒色腫、線維腫、線維肉腫、腺癌、ガストリノーマ、悪性ガストリノーマ、膨大細胞腫、胆管細胞腺腫、胆管細胞癌、肝細胞腺腫、肝細胞癌、腎尿細管腺腫、腎細胞癌（グラウィッツ腫瘍）、筋腫、粘液肉腫、脂肪腫、脂肪肉腫、平滑筋腫、平滑筋肉腫、横紋筋腫、横紋筋肉腫、良性奇形腫、悪性奇形腫、血管腫、血管肉腫、カポジ肉腫、リンパ管腫、リンパ管肉腫、骨腫、骨肉腫、骨原性肉腫、軟骨腫、軟骨肉腫、髄膜腫、悪性髄膜腫、乏突起星細胞腫、上衣細胞腫、星状細胞腫、毛様細胞性星状細胞腫、多形性膠芽腫、乏突起膠腫、神経芽細胞腫、シュワン細胞腫、網膜細胞腫、又は神経線維腫が挙げられる。別の種類の癌及び腫瘍としては、参考情報源、例えば「Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ｆｏｒ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ」，３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｇｉｓｔｒｉｅｓに記載のものが挙げられる。
【００６６】
生体試料は、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はタンパク質が場合により分離される細胞性材料を含む生体試料、例えば、固形組織試料、例えば生検標本あるいはそれから誘導される組織培養物又は細胞及びその子孫、血液及び生体起源のその他の液体試料、例えば、痰（唾液、口腔洗浄液、又は気管支擦過物)、糞便、精液、尿、腹水液、脳脊髄液、膀胱洗浄物、又は胸膜液である。「生体試料」という用語はまた、その入手後に任意の方法で、例えば試薬による処理、可溶化、又はある種の成分の濃縮によって操作されている試料を包含する。この用語は、臨床試料を包含し、また細胞培養物中の細胞、細胞上清、細胞溶解物、血清、血漿、生体液、及び組織試料、例えば新鮮な採取組織、凍結組織、保存組織、又は生体液をの包含する。
【００６７】
幾つかの実施形態において、生体試料は、１つそれ以上の癌細胞を含有する腫瘍生検(例えば、コア生検、針生検、又は切除生検)である。一つの実施形態において、生体試料は、米国特許第６，０４０，１３９号明細書に記載のように腫瘍組織片からレーザ・キャプチャ切除によって得られる癌細胞の個体群である。発現プロファイリングのための組織試料調製及び処理を最適化する方法は、例えば、Ｂｏｖａら（２００５），Ｍｅｔｈｏｄ．Ｍｅｄｓ．Ｍｏｌ．，１０３：１５−６６を含む。
【００６８】
幾つかの実施形態において、１つ又はそれ以上の細胞（例えば、培養癌細胞系から）は、本明細書に記載の４〜５０個以下のバイオマーカ遺伝子、例えば、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１６個、１８個、２０個、２４個、３０個、３２個、３５個、４０個、４４個、４５個、４７個のバイオマーカ遺伝子、又は４個から５０個までの任意のその他の数のバイオマーカ遺伝子の発現レベルを決定することによって分類される。幾つかの実施形態において、４〜４４個のバイオマーカ遺伝子が、表３から選択され、例えば、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１６個、１８個、２０個、２４個、３０個、３２個、３５個、４０個、又は４〜４４個までの任意のその他の数のバイオマーカ遺伝子が、表３から選択される。幾つかの実施形態において、バイオマーカ遺伝子の少なくとも４個は、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される。幾つかの実施形態において、４〜５０個のバイオマーカは、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰから選択される１個又はそれ以上の遺伝子を含有する。幾つかの実施形態において、細胞の分類は、決定した発現レベルを、バイオマーカ遺伝子の第一又は第二の組の発現レベル閾値と比較することと、バイオマーカ遺伝子の発現レベルが第一の組の発現レベル閾値よりも低い場合には、１つ又はそれ以上の細胞がＨＤＡＣ阻害剤に感受性をもつことを示すことか、又はバイオマーカ遺伝子の発現レベルが第二の組の発現レベル閾値よりも大きい場合には、１つ又はそれ以上の細胞がＨＤＡＣ阻害剤に耐性をもつことを示すこととからなる。幾つかの実施形態において、４〜１２個以下のバイオマーカ遺伝子の発現が、決定される。幾つかの実施形態において、４個以下のバイオマーカ遺伝子の発現レベルが、決定される。幾つかの実施形態において、発現レベルが決定される４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、及びＩＬ１８である。
【００６９】
[ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイリング方法]
ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルは、２つの試料の間での差次的遺伝子発現を決定するのに都合のよい手段、例えばｍＲＮＡ、標識ｍＲＮＡ、増幅ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡなどの定量ハイブリダイゼーション、定量ＰＣＲ、タンパク質定レベルなどのためのＥＬＩＳＡなどによって場合により作製される。
【００７０】
幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧのｍＲＮＡレベル（ｃＤＮＡコピー又はａＲＮＡコピーを含む）が定量化される。発現プロファイルは、初期核酸試料から都合のよいプロトコールを使用して場合により作製される。発現プロファイルを作製する種々様々な方法、例えば差次的遺伝子発現分析の分野で用いられる方法が知られているが、発現プロファイルを作製するための一つの代表的な及び都合のよい種類のプロトコールは、アレイに基づく遺伝子発現プロファイル作製プロトコールである。このような用途は、作製されるべきプロファイルにおいてアッセイされる／プロファイルされるべき遺伝子のそれぞれについて「プローブ」核酸を示す核酸を用いるハイブリダイゼーションアッセイである。これらのアッセイにおいて、標的核酸の試料が、最初に、アッセイされる初期核酸試料から調製され、調製は、標的核酸を、標識、例えばシグナル生成系のメンバーを用いて標識することを場合により含む。標的核酸試料の調製後に、試料を、ハイブリダイゼーション条件下でアレイと接触させ、それによってアレイ表面に付着させたプローブ配列に相補的な標的核酸同士の間で複合体が形成される。次いで、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧハイブリダイゼーション複合体が検出され、定量化される。
【００７１】
本明細書に記載の方法で用いられるＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルを作製するために場合により実施される具体的なハイブリダイゼーション技術としては、米国特許第５，１４３，８５４号、同第５，２８８，６４４号、同第５，３２４，６３３号、同第５，４３２，０４９号、同第５，４７０，７１０号、同第５，４９２，８０６号、同第５，５０３，９８０号、同第５，５１０，２７０号、同第５，５２５，４６４号、同第５，５４７，８３９号、同第５，５８０，７３２号、同第５，６６１，０２８号、同第５，８００，９９２号明細書、並びに国際公開第ＷＯ９５／２１２６５号、同第ＷＯ９６／３１６２２号、同第ＷＯ９７／１０３６５号、同第ＷＯ９７／２７３１７号明細書、欧州特許第ＥＰ３７３  ２０３号、及び同第ＥＰ７８５  ２８０号明細書に記載の技術が挙げられる。これらの方法において、発現がアッセイされる表現型決定遺伝子のそれぞれについてプローブを含む「プローブ」核酸のアレイを、前記のように標的核酸と接触させる。接触は、ハイブリダイゼーション条件、例えば、当該技術分野で実施されている条件のような緊縮ハイブリダイゼーション条件下で行われ、次いで未結合核酸が除去される。得られたハイブリダイズした核酸のパターンは、プローブされているＨＤＡＣｉＲ−ＢＧのそれぞれの発現に関して定量的な情報を提供する。
【００７２】
発現値の相違の評価は、任意の都合のよい方法を使用して、例えば、発現プロファイルのデジタル画像を比較することによって、発現データのデータベースを比較することなどによって場合により行われる。発現プロファイルを比較する方法を記載している特許としては、以下に限定されないが、米国特許第６，３０８，１７０号及び同第６，２２８，５７５号明細書並びに米国特許出願第１０／８５８，８６７号明細書が挙げられる。
【００７３】
幾つかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、高緊縮性ハイブリダイゼーション条件下で、４〜５０個以下のバイオマーカ遺伝子、例えば、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１６個、１８個、２０個、２４個、３０個、３２個、３５個、４０個、４４個、４５個、４７個のバイオマーカ遺伝子、又は４個から５０個までの任意のその他の数のバイオマーカ遺伝子の核酸にハイブリダイズする核酸プローブを含有する核酸ハイブリダイゼーションアレイ上で行われる。幾つかの実施形態において、４〜４４個のバイオマーカ遺伝子は、表３から選択される、例えば５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１６個、１８個、２０個、２４個、３０個、３２個、３５個、４０個、又は４個から４４個までの任意のその他の数のバイオマーカ遺伝子は、表３から選択される。幾つかの実施形態において、アレイプローブ用のバイオマーカ遺伝子の少なくとも４個は、ＰＴＰＮ３、ＡＢＣＣ３、ＳＡＲＧ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＮＰＤＣ１、ＣＴＥＮ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＴＰＭＴ、ＰＫＰ３、ＧＡＬＮＴ５、ＣＡＬＭＬ４、ＧＡＬＮＴ１２、ＴＰＫ１、ＤＥＦＡ６、ＥＰＬＩＮ、ＣＬＩＣ５、ＰＥＲＰ、ＳＹＫ、ＳＬＣ１２Ａ２、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＰＴＫ６、ＥＶＡ１、ＥＰＨＡ２、ＩＴＧＡ６、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＴＭ４ＳＦ３、ＩＬ１８、ＢＭＰ４、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＧＤＡ、ＭＳＴ１Ｒ、ＩＴＧＢ４、ＡＮＸＡ３、ＣＣＬ１５、ＤＰＥＰ１、ＮＯＸＯ１、ＩＦＩ２７、ＣＹＰ３Ａ４３、及びＰＫＰ２から選択される。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰから選択される。幾つかの実施形態において、少なくとも４個のバイオマーカ遺伝子は、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５、ＴＭ４ＳＦ４、及びＩＬ１８である。
【００７４】
あるいは、試料中の１個又はそれ以上の核酸のレベルを定量するアレイに基づかない方法、例えば定量ＰＣＲなどが用いられる。
【００７５】
幾つかの実施形態において、生体試料（例えば、腫瘍生検）において発現されるＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの発現プロファイリングは、定量逆転写ＰＣＲアッセイ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）で行われる。この方法では、生体試料由来のＲＮＡが、逆転写されてｃＤＮＡのセグメントを生成し、次いでこれは、遺伝子特異的定量ＰＣＲで増幅される。特異的ＰＣＲ産物の蓄積の割合は、元の試料中の対応するＲＮＡ種の存在量と場合により相関させられ、それによって遺伝子発現レベルの指標を提供する。
【００７６】
一つの実施形態において、ｑＰＣＲアッセイは、ＴａｑＭａｎ（商標）アッセイである。要するに、ＰＣＲは、典型的には、その標的単位複製配列に結合された蛍光標識ハイブリダイゼーションプローブを加水分解させるためにＴａｑ又はＴｔｈポリメラーゼの５’エキソヌクレアーゼ活性を利用するが、等価の５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素が場合により使用される。２つのオリゴヌクレオチドプライマが、ＰＣＲ反応に特有の単位複製配列を作製するのに使用される。第三のオリゴヌクレオチド、又はプローブが、２つのＰＣＲプライマの間に配置されたヌクレオチド配列にハイブリダイズするために設計される。プローブは、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素では伸張することができず、リポータ蛍光色素で５’標識され且つ消光蛍光色素で３’標識される。リポータ色素からのレーザ誘導発光は、２つの色素がプローブ上にあるように互いに近くに配置される場合には、消光色素によって消光される。増幅反応の間、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、鋳型に依存した方法でプローブを切断する。得られるプローブフラグメントが、溶液中で解離し、放出されたリポータ色素からのシグナルは、第二の発色団の消光効果を受けない。リポータ色素の１つの分子が、合成された新しい分子それぞれに対して遊離され、未消光リポータ色素の検出が、データの定量的解釈の基礎を提供する。
【００７７】
ｑＲＴ−ＰＣＲは、市販の装置、例えばＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００（商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）、又はＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（商標）（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して場合により行われる。一つの実施形態において、５’エキソヌクレアーゼ手順は、リアルタイム定量ＰＣＲ装置、例えばＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００（商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）又はこの装置のファミリの同様の装置の１つの上で操作される。この装置系は、サーモサイクラ、レーザ、電荷結合素子（ＣＣＤ）、カメラ及びコンピュータからなる。この装置は、サーモサイクラ上で９６ウェル又は３８４ウェルフォーマットで試料を増幅する。増幅中、レーザ誘導蛍光シグナルが、全ての反応ウェルについて光ファイバケーブルによってリアルタイムで採取され、ＣＣＤで検出される。この装置系は、装置を操作し且つデータを解析するソフトウェアを含む。
【００７８】
エキソヌクレアーゼアッセイデータは、最初にＣΤ値（すなわち、蛍光シグナルが最初に統計的に有意であると最初に記録されるＰＣＲサイクル）として表される。
【００７９】
エラー及び試料ごとの変化の影響並びにプロセス変動を最小限に抑えるために、ｍＲＮＡレベルの測定値は、一般的に内部発現対照遺伝子の発現レベルに正規化される。ｑＰＣＲアッセイを正規化する方法としては、例えばウェブサイトｎｏｒｍａｌｉｓａｔｉｏｎ．ｇｅｎｅ−ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．ｉｎｆｏが参照される。理想的な内部発現対照遺伝子は、種々の患者又は被検者の間で比較的一定レベルで発現されるものであり、実験的な処理によって影響されない。
【００８０】
幾つかの実施形態において、内部発現対照遺伝子は、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ（ＧｅｎＢａｎｋ受入れ番号Ｘ７４８７０）である。
【００８１】
別の実施形態において、内部発現対照遺伝子は、ＨＤＡＣ３（ＮＭ＿００３８８３）である。
【００８２】
別の実施形態において、内部発現対照遺伝子は、ＺＮＦ２１７（ＮＭ＿００６５２６）である。
【００８３】
幾つかの実施形態において、それぞれの試料についてのＨＤＡｉＲ−ＢＧのｍＲＮＡ発現レベルが、それぞれの試料中のＲＮＡの全体量によって正規化される。試料中のＲＮＡの量は、例えば、ＵＶ分光分析で又はＲＮＡ検出試薬、例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）から得られるＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）を使用することによって場合により決定される。
【００８４】
決定するべきＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルがタンパク質発現プロファイルである場合には、都合のよいタンパク質定量プロトコールが場合により用いられ、アッセイ試料中の１つ又はそれ以上のタンパク質のレベルが決定される。代表的な方法としては、以下に限定されないが、プロテオミックアレイ、質量分析、又は標準イムノアッセイ（例えば、ＲＩＡ又はＥＬＩＳＡ）が挙げられる。例えば、Ｒ．Ｓｃｏｐｅｓ，Ｐｒｅｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．（１９８２）、Ｓａｎｄａｎａ（１９９７）Ｂｉｏｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．、Ｂｏｌｌａｇら（１９９６）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，ＮＹ、Ｗａｌｋｅｒ（１９９６）Ｔｈｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＪ，Ｈａｒｒｉｓ  ａｎｄ  Ａｎｇａｌ（１９９０）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ，ＮＹ、Ｊａｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｒｙｄｅｎ（１９９８）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｈｉｇｈ  Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ，ＮＹ、及びＳａｔｉｎｄｅｒ  Ａｈｕｊａ  ｅｄ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｅｐａｒａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（２０００）、Ｈａｒｌｏｗら、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，３５３−３５５（１９８８）に記載の方法が参照される。
【００８５】
プロテオミック発現プロファイリング法検出法としては、種々の多次元電気泳動法（例えば、２−Ｄゲル電気泳動）、質量分析に基づいた方法（例えば、ＳＥＬＤＩ、ＭＡＬＤＩ、エレクトロスプレーなど）、又は表面プラズモン共鳴法が挙げられる。例えば、ＭＡＬＤＩにおいては、試料は、通常、適切なマトリックスと混合され、プローブの表面に配置され、レーザ脱離／イオン化によって決定される。例えば、米国特許第５，０４５，６９４号、同第５，２０２，５６１号及び同第６，１１１，２５１号明細書参照。同様に、ＳＥＬＤＩについては、第一のアリコートを、固体支持体結合（例えば、基質結合）吸収剤と接触させる。基質は、典型的には、場合により気相イオン分光計と識別可能に配置されているプローブ（例えば、バイオチップ）である。ＳＥＬＤＩは、診断プロテオミクスに応用されている。例えば、Ｉｓｓａｑら（２００３）、Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７５：１４９Ａ−１５５Ａ参照。
【００８６】
一つの実施形態において、上記のタンパク質検出法が、分泌タンパク質であることが知られている１つ又はそれ以上のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧタンパク質、例えばＤＥＦＡ６、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭ４ＳＦ３．ＴＧＦＡ、ＦＧＦＢＰ１、ＥＰＨＡ２、ＴＮＦＲＳＦ２、ＩＬ１８、ＣＣＬ１５、又はＴＭＰＲＳＳ２の発現レベルを決定するのに使用される。
[発現レベル基準試料]
幾つかの実施形態において、関心の生体試料（例えば、結腸癌生検）中のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの発現プロファイルが、発現レベル基準試料中のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルと比較される。発現レベル基準試料は、癌患者由来の生体試料であって、それについてＨＤＡＣｉ化合物（例えば、ＰＣＩ−２４７８１）を用いた治療に対する感受性又は耐性が決定された特定の癌又は腫瘍を患っていると決定された１人又はそれ以上の癌患者由来の生体試料である。言い換えれば、発現レベル基準試料は、試験試料中のそれぞれのＨＤＡＣｉＲ−ＢＧについての発現レベルの値を比較する標準として働く。基準試料中の発現レベルの値からのＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの偏差は、生体試料が誘導された患者の癌がＨＤＡＣi化合物を用いた治療に感受性をもつか又は耐性をもつか否かを示す。幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの閾値は、発現レベル基準試料中のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの値からの偏差について１つ又はそれ以上の統計的基準、例えば、基準試料ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの値から離れる２又はそれ以上のＳＤに基づいて場合により設定される。
【００８７】
幾つかの実施形態において、発現レベル基準試料は、「陰性」基準試料、すなわちＨＤＡＣｉ化合物に対して感受性をもつと決定された癌又は腫瘍を有する患者から誘導される試料である。従って、多数（例えば、少なくとも４個、５個、６個、８個、１０個、１２個、又は１６個）のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの発現レベルが、陰性基準試料に基づいた発現レベル閾値よりも著しく大きい場合には、患者の癌は、ＨＤＡＣi化合物に耐性をもつとして示される。
【００８８】
幾つかの実施形態において、発現レベル基準試料は、「陽性」基準試料、すなわちＨＤＡＣｉ化合物に対して耐性をもつと決定された癌又は腫瘍を有する患者から誘導される試料である。従って、多数（例えば、少なくとも４個、５個、６個、８個、１０個、１２個、又は１６個）のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの発現レベルが、陽性基準試料に基づいた発現レベル閾値よりも有意に低い場合には、患者の癌は、ＨＤＡＣi化合物に感受性をもつことが示される。
【００８９】
幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルは、陽性基準試料及び陰性基準試料の両方のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルと比較される。
【００９０】
幾つかの実施形態において、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの測定は、関心の生体試料及び（陽性又は陰性）発現レベル基準について並行して行われる。例えば、アレイハイブリダイゼーション法が使用される場合には、関心の生体試料及び発現レベル基準試料中のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧのｍＲＮＡレベルは、検出可能に異なる蛍光担体を用いてそれぞれから核酸個体群（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ａＲＮＡ個体群）を別々に標識することと、次いで蛍光標識された核酸を同じアレイにハイブリダイズすることによって同時に場合により測定される。
【００９１】
幾つかの実施形態において、発現レベル基準試料は、癌生検試料から誘導される核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ａＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はａＲＮＡ）の個体群であり、その中で少なくとも４個のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの配列が表され、それについてＨＤＡＣi化合物に対する感受性が決定される。幾つかの実施形態において、核酸の個体群は、培養物中で培養された患者腫瘍細胞から誘導される。別の実施形態において、前記個体群は、生検から細胞培養段階なしに直接に誘導される。
【００９２】
幾つかの実施形態において、発現レベル基準試料として働く核酸の個体群は、次の通りに作製される。癌生検が、上記のようにして患者から得られ、その後に、生存腫瘍細胞が、例えば、Ｋｅｒｎら（１９９０），Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，８２：５８２−５８８に記載のように分離され、培養物中で増殖される。癌細胞がＨＤＡＣｉ化合物に感受性をもつかどうかを決定するために、次いで、腫瘍細胞は、一連の濃度、例えば（０〜１０μＭ）のＨＤＡＣｉ化合物の存在下で増殖され、細胞増殖が、多数の方法によって、例えばトリチウム化チミジン取り込みによって測定される。ＨＤＡＣｉ化合物による腫瘍細胞増殖の阻止は、化合物の不存在下（すなわち、非阻害）の腫瘍細胞増殖と比較して測定される。感受性をもつ又は耐性をもつかの癌の割り当ては、多数の細胞増殖基準に基づいて場合により決定される。例えば、試験癌細胞中のＨＤＡＣi化合物のＩＣ５０が、ＨＤＡＣi化合物に対して感受性をもつと知られている細胞について観察された値よりも有意に低い(例えば、２ＳＤまで)場合には、癌は耐性をもつと特定される。従って、耐性癌から誘導された細胞(例えば、直接に又は培養における継代の後に)は、上記のようにＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベル閾値を設定するのに使用された発現レベル（陽性）基準試料として働く核酸の個体群を作製するのに場合により使用される。反対に、ＨＤＡＣi化合物に感受性をもつと認められ腫瘍細胞は、発現レベル（陰性）基準試料として働く核酸の個体群を作製するのに場合により使用される。
【００９３】
単一の細胞から直線状ａＲＮＡ増幅を含む生体試料  (例えば、組織又は細胞)  からＲＮＡを得る方法は、例えば、Ｌｕｚｚｉら（２００５），Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．，２９３：１８７−２０７を包含する。また、高品質ＲＮＡ精製用の種々のキットが市販されており、例えば、Ｑｉａｇｅｎ（Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡ）、及びＳｔｒａｔａｇｅｎｅ（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）から市販されている。
【００９４】
幾つかの実施形態において、発現レベル基準試料は、１つ又はそれ以上のＨＤＡＣｉ化合物耐性結腸癌細胞から分離されたＲＮＡ試料である。一つの実施形態において、細胞は、本明細書に記載の結腸癌生検Ｒ５２４７６８２２６６、Ｒ９８６６１３５１５３、Ｒ１０７８１０３１１４、又はＲ４７１２７８１６０６から誘導された。
【００９５】
[ＨＤＡＣi阻害剤化合物]
別の実施形態において、癌耐性又は感受性に対するＨＤＡＣi阻害剤腫瘍化合物としは、以下に限定されないが、カルボン酸エステル、短鎖脂肪酸、ヒドロキサム酸、求電子性ケトン、エポキシド、環状ペプチド、及びベンズアミドが挙げられる。別の実施形態において、癌耐性又は感受性に対するＨＤＡＣi阻害剤腫瘍化合物としては、以下に限定されないが、式（Ａ）：
【００９６】
【化１】
0005670055.tif 000005
（式中：
Ｑは、場合により置換されるＣ５−１２アリール又は場合により置換されるＣ５−１２ヘテロアリールであり、
Ｌは、少なくとも４個の原子を有するリンカであり、
Ｒ１は、Ｈ又はアルキルである）
の構造を有するヒドロキサム酸及びその製薬学的に許容し得る塩、製薬学的に許容し得るＮ−オキシド、製薬学的に活性な代謝産物、製薬学的に許容し得るプロドラッグ、製薬学的に許容し得る溶媒和物が挙げられる。
【００９７】
癌耐性又は感受性に対するＨＤＡＣi阻害剤腫瘍化合物としては、以下に限定されないが、式（Ｉ）：
【００９８】
【化２】
0005670055.tif 000006
（式中：
Ｒ１は、水素又はアルキルであり、
Ｘは、−Ｏ−、−ＮＲ２−、又は−Ｓ（Ｏ）ｎ（式中、ｎは０〜２であり及びＲ２は水素又はアルキルである）であり、
Ｙは、場合により置換されるアルキレンであって、シクロアルキル、場合により置換されるフェニル、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、場合により置換されるフェニルアルキルチオ、場合により置換されるフェニルアルキルスルホニル、ヒドロキシ、又は場合により置換されるフェノキシで場合により置換されるアルキレンであり、
Ａｒ１は、フェニレン又はヘテロアリーレンであり、この場合に前記Ａｒ１はアルキル、ハロ、ヒドロキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、又はハロアルキルから独立して選択される１個又は２個の基で場合により置換される、
Ｒ３は、水素、アルキル、ヒドロキシアルキル、又は場合により置換されるフェニルであり、
Ａｒ２は、アリール、アラルキル、アラルケニル、ヘテロアリール、ヘテロアラルキル、ヘテロアラルケニル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、又はヘテロシクロアルキルアルキルである）
の構造を有する化合物及びその個々の立体異性体、個々の幾何異性体、又はこれらの混合物、あるいはこれらの製薬学的に許容し得る塩が挙げられる。
【００９９】
別の実施形態において、癌耐性又は感受性に対するＨＤＡＣｉ阻害剤腫瘍化合物としては、以下に限定されないが、ＰＣＩ−２４７８１が挙げられる。
【０１００】
幾つかの実施形態において、患者は、本明細書に記載の方法に従ってＨＤＡＣ阻害剤に感受性をもつ又は耐性をもつ患者の癌の分類に基づいて患者にＨＤＡＣ阻害剤を処方又は投与される。
【０１０１】
幾つかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、ＨＤＡＣi化合物と併用するための抗癌剤の選択を最適化するのに使用される。幾つかの実施形態において、第二の抗癌剤の最適化された選択は、ＨＤＡＣi化合物に対する耐性について既知のバイオマーカ遺伝子の組を、他の抗癌剤について同定されたバイオマーカ遺伝子の複数の組と比較することによって行われる。次いで、第二の抗癌剤は、耐性バイオマーカ遺伝子のそれぞれの組の最小の重複に基づいてＨＤＡＣi化合物と併用するために選択される。
【０１０２】
場合によりＨＤＡＣi化合物と併用される抗癌剤の例としては、以下に限定されないが、ゴシポール（ｇｏｓｓｙｐｈｏｌ）、ジェナセンス、ポリフェノールＥ、クロロフシン、全トランス−レチノイン酸（ＡＴＲＡ）、ブリオスタチン、腫瘍壊死因子関連アポトーシス誘発性リガンド（ＴＲＡＩＬ）、５−アザ−２’−デオキシシチジン、全トランスレチノイン酸、ドキソルビシン、ビンクリスチン、エトポシド、ゲムシタビン、イマチニブ（グリベック（登録商標））、ゲルダナマイシン、１７−Ｎ−アリルアミノ−１７−デメトキシゲルダナマイシン（１７−ＡＡＧ）、フラボピリドール、ＬＹ２９４００２、ボルテゾミブ、トラスツズマブ、ＢＡＹ１１−７０８２、ＰＫＣ４１２、又はＰＤ１８４３５２、タキソール(商標)（「パクリタキセル」とも呼ばれ、微小管形成を高め且つ安定化させることによって作用する抗癌剤である）、及びタキソール（商標）の類似物質、例えばタキソテール（商標）が挙げられる。共通の構造的特徴として基本タキサン骨格を有する化合物が、安定化された微小管に起因するＧ２期〜Ｍ期において細胞を停止することができる能力を有することも明らかにされており、場合により本明細書に記載の化合物と組み合わせて癌を治療するのに有用である。
【０１０３】
ＨＤＡＣi化合物と併用するための別の抗癌剤の例としては、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼシグナル伝達の阻害剤、例えば、Ｕ０１２６、ＰＤ９８０５９、ＰＤ１８４３５２、ＰＤ０３２５９０１、ＡＲＲＹ−１４２８８６、ＳＢ２３９０６３、ＳＰ６００１２５、ＢＡＹ４３−９００６、ワートマンニン、又はＬＹ２９４００２が挙げられる。
【０１０４】
場合によりＨＤＡＣｉ化合物と組み合わせて用いられる別の抗癌剤としては、アドリアマイシン、ダクチノマイシン、ブレオマイシン、ビンブラスチン、シスプラチン、アシビシン、アクラルビシン、塩酸アコダゾール、アクロニン、アドゼレシン、アルデスロイキン、アルトレタミン、アンボマイシン、酢酸アメンタトロン、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストゾール、アントラマイシン、アスパラギナーゼ、アスペルリン、アザシチジン、アゼテパ、アゾトマイシン、バチマスタット、ベンゾデパ、ビカルタミド、塩酸ビサントレン、ビスナフィドジメシラート、ビゼレシン、硫酸ブレオマイシン、ブレキナールナトリウム、ブロピリミン、ブスルファン、カクチノマイシン、カルステロン、カラセミド、カルベチマー、カルボプラチン、カルムスチン、塩酸カルビシン、カルゼレシン、セデフィンゴール、クロラムブシル、シロレマイシン、クラドリビン、メシル酸クリスナトール、シクロホスファミド、シタラビン、ダカルバジン、塩酸ダウノルビシン、デシタビン、デキソルマプラチン、デザグアニン、メシル酸デザグアニン、ジアジコン、ドキソルビシン、塩酸ドキソルビシン、ドロロキシフェン、クエン酸ドロロキシフェン、プロピオン酸ドロモスタノロン、デュアゾマイシン、エダトレキセート、塩酸エフロミチン、エルサミトルシン、エンロプラチン、エンプロマート、エピプロピジン、塩酸エピルビシン、エルブロゾール、塩酸エソルビシン、エストラムスチン、リン酸エストラムスチンナトリウム、エタニダゾール、エトポシド、リン酸エトポシド、エトプリン、塩酸ファドロゾール、ファザラビン、フェンレチニド、フロクスウリジン、リン酸フルダラビン、フルオロウラシル、フルロシタラビン、ホスキドン、フォストリエシンナトリウム、ゲムシタビン、塩酸ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、塩酸イダルビシン、イホスファミド、イルモホシン、インターロイキンＩＩ（組換えインターロイキンＩＩ、又はｒＩＬ２を含む）、インターフェロンα−２ａ、インターフェロンα−２ｂ、インターフェロンα−ｎ１、インターフェロンα−ｎ３、インターフェロンβ−１ａ、インターフェロンγ−１ｂ、イプロプラチン、塩酸イリノテカン、酢酸ランレオチド、レトロゾール、酢酸ロイプロリド、塩酸リアロゾール、ロメトレキソールナトリウム、ロムスチン、塩酸ロソキサントロン、マソプロコール、マイタンシン、塩酸メクロレタミン、酢酸メゲストロール、酢酸メレンゲストロール、メルファラン、メノガリル、メルカプトプリン、メトトレキセート、メトトレキセートナトリウム、メトプリン、メツレデパ、ミチンドミド、マイトカルシン（ｍｉｔｏｃａｒｃｉｎ）、マイトクロミン（ｍｉｔｏｃｒｏｍｉｎ）、マイトギリン（ｍｉｔｏｇｉｌｌｉｎ）、マイトマルシン（ｍｉｔｏｍａｌｃｉｎ）、マイトマイシン、マイトスパー（ｍｉｔｏｓｐｅｒ）、ミトタン、塩酸ミトキサントロン、ミコフェノール酸、ノコダゾール、ノガラマイシン、オルマプラチン、オキシスラン、ペガスパルガーゼ、ペリオマイシン、ペンタムスチン、硫酸ペプロマイシン、ペルホスファミド、ピポブロマン、ピポスルファン、塩酸ピロキサントロン、プリカマイシン、プロメスタン、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プレドニムスチン、塩酸プロカルバジン、ピューロマイシン、塩酸ピューロマイシン、ピラゾフリン、リボプリン、ログレチミド、サフィンゴール、塩酸サフィンゴール、セムスチン、シムトラゼン、スパルホセートナトリウム、スパルソマイシン、塩酸スピロゲルマニウム、スピロムスチン、スピロプラチン、ストレプトニギリン、ストレプトゾシン、スロフェヌル、タリソマイシン、テコガランナトリウム、テガフール、塩酸テロキサントロン、テモポルフィン、テニポシド、テロキシロン、テストラクトン、チアミプリン、チオグアニン、チオテパ、チアゾフリン、チラパザミン、クエン酸トレミフェン、酢酸トレストロ、リン酸トリシリビン、トリメトレキセート、グルクロン酸トリメトレキセート、トリプトレリン、塩酸ツブロゾール、ウラシルマスタード、ウレデパ、バプレオチド、ベルテポルフィン、硫酸ビンブラスチン、硫酸ビンクリスチン、ビンデシン、硫酸ビンデシン、硫酸ビネピジン、硫酸ビングリシネート、硫酸ビンロイロシン、酒石酸ビノレルビン、硫酸ビンロシジン、硫酸ビンゾリビン、ボロゾール、ゼニプラチン、ジノスタチン、塩酸ゾルビシンが挙げられる。
【０１０５】
場合によりＨＤＡＣi化合物と組み合わせて用いられる他の抗癌剤としては、２０−エピ−１，２５−ジヒドロキシビタミンＤ３、５−エチニルウラシル、アビラテロン、アクラルビシン、アシルフルベン、アデシペノール、アドゼレシン、アルデスロイキン、ＡＬＬ−ＴＫアンタゴニスト、アルトレタミン、アンバムスチン、アミドックス、アミホスチン、アミノレブリン酸、アムルビシン、アムサクリン、アナグレリド、アナストゾール、アンドログラホリド、血管新生阻害剤、アンタゴニストＤ、アンタゴニストＧ、アンタレリックス、抗背側化形態形成タンパク質−１、抗アンドロゲン、前立腺癌、抗エステロゲン、抗新生物剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、グリシン酸アフィジコリン、アポトーシス遺伝子モジュレータ、アポトーシス調節剤、脱プリン酸、ａｒａ−ＣＤＰ−ＤＬ−ＰＴＢＡ、アルギニンデアミナーゼ、アスラクリン、アタメスタン、アトリムスチン、アキシナスタチン１、アキシナスタチン２、アキシナスタチン３、アザセトロン、アザトキシン、アザチロシン、バッカチンＩＩＩ誘導体、バラノール、バチマスタット、ＢＣＲ／ＡＢＬアンタゴニスト、ベンゾクロリン類、ベンゾイルスタウロスポリン、βラクタム誘導体、β−アレチン、ベタクラマイシンＢ、ベツリン酸、ｂＦＧＦ阻害剤、ビカルタミド、ビサントレン、ビスアジリジニルスペルミン、ビスナフィド、ビストラテンＡ、ビゼレシン、ブレフレート、ブロピリミン、ブドチタン、ブチオニンスルホキシイミン、カルシポトリオール、カルホスチンＣ、カンプトテシン誘導体、カナリア痘ＩＬ−２、カペシタビン、カルボキサミド−アミノ−トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＣａＲｅｓｔ  Ｍ３、ＣＡＲＮ  ７００、軟骨由来阻害剤、カルゼレシン、カゼインキナーゼ阻害剤（ＩＣＯＳ）、カスタノスペルミン、セクロピンＢ、セトロレリックス、クロリン類、クロロキノキサリンスルホンアミド、シカプロスト、シス−ポルフィリン、クラドリビン、クロミフェン類縁体、クロトリマゾール、コリスマイシンＡ、コリスマイシンＢ、コンブレタスタチンＡ４、コンブレタスタチン類縁体、コナゲニン、クランベシジン８１６、クリスナトール、クリプトフィシン８、クリプトフィシンＡ誘導体、クラシンＡ、シクロペンタアントラキノン類、シクロプラタム、シペマイシン、シタラビンオクホスファート、細胞溶解因子、サイトスタチン、ダクリキシマブ、デシタビン、デヒドロジデムニンＢ、デスロレリン、デキサメタゾン、デキシホスファミド、デクスラゾキサン、デクスベラパミル、ジアジコン、ジデムニンＢ、ジドックス、ジエチルノルスペルミン、ジヒドロ−５−アザシチジン、９−ジオキサマイシン、ジフェニルスピロムスチン、ドコサノール、ドラセトロン、ドキシフルリジン、ドロロキシフェン、ドロナビノール、デュオカルマイシンＳＡ、エブセレン、エコムスチン、エデルホシン、エドレコノマブ、エフロルニチン、エレメン、エミテフール、エピルビシン、エプリステリド、エストラムスチン類縁体、エストロゲンアゴニスト、エストロゲンアンタゴニスト、エタニダゾール、リン酸エトポシド、エキセメスタン、ファドロゾール、ファザラビン、フェンレチニド、フィルグラスチム、フィナステリド、フラボピリドール、フレゼラスチン、フルアステロン、フルダラビン、塩酸フルオロダウノルニシン（ｆｌｕｏｒｏｄａｕｎｏｒｕｎｉｃｉｎ  ｈｙｄｒｏｃｈｌｏｒｉｄｅ）、ホルフェニメックス、ホルメスタン、ホストリエシン、ホテムスチン、ガドリニウムテキサフィリン、硝酸ガリウム、ガロシタビン、ガニレリックス、ゼラチナーゼ阻害剤、ゲムシタビン、グルタチオン阻害剤、ヘプスルファム、ヘレグリン、ヘキサメチレンビスアセトアミド、ヒペリシン、イバンドロン酸、イダルビシン、イドキシフェン、イドラマントン、イルモホシン、イロマスタット、イミダゾアクリドン類、イミキモド、免疫刺激ペプチド、インスリン様増殖因子−１受容体阻害剤、インターフェロンアゴニスト、インターフェロン類、インターロイキン類、イオベングアン、ヨードドキソルビシン、４−イポメアノール、イロプラクト、イルソグラジン、イソベンガゾール、イソモハリコンドリンＢ、イタセトロン、ジャスプラキノリド、カハラリドＦ、ラメラリン−Ｎトリアセテート、ランレオチド、レイナマイシン、レノグラスチム、硫酸レンチナン、レプトルスタチン、レトロゾール、白血病阻害因子、白血球αインターフェロン、ロイプロリド＋エストロゲン＋プロゲステロン、ロイプロレリン、レバミゾール、リアロゾール、線状ポリアミン類縁体、親油性ジサッカライドペプチド、親油性白金化合物、リソクリナミド７、ロバプラチン、ロンブリシン、ロメトレキソール、ロニダミン、ロソキサントロン、ロバスタチン、ロキソリビン、ルルトテカン、ルテチウムテキサフィリン、リソフィリン、溶解性ペプチド、マイタンシン、マンノスタチンＡ、マリマスタット、マソプロコール、マスピン、マトリリシン阻害剤、マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤、メノガリル、メルバロン、メテレリン、メチオニナーゼ、メトクロプラミド、ＭＩＦ阻害剤、ミフェプリストン、ミルテホシン、ミリモスチム、ミスマッチ二本鎖ＲＮＡ、ミトグアゾン、ミトラクトール、マイトマイシン類縁体、ミトナフィド、マイトトキシン線維芽細胞増殖因子−サポリン、ミトキサントロン、モファロテン、モルグラモスチム、モノクロナール抗体、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、モノホスホリル脂質Ａ＋ミオバクテリウム（ｍｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）細胞壁ｓｋ、モピダモール、多剤耐性遺伝子阻害剤、多重腫瘍サプレッサー１に基づいた療法、マスタード抗癌剤、ミカペルオキシドＢ、マイコバクテリア細胞壁抽出物、ミリアポロン、Ｎ−アセチルジナリン、Ｎ−置換ベンズアミド類、ナファレリン、ナグレスチップ、ナロキソン＋ペンタゾシン、ナパビン、ナフテルピン、ナルトグラスチム、ネダプラチン、ネモルビシン、ネリドロン酸、中性エンドペプチダーゼ、ニルタミド、ニサマイシン、一酸化窒素モジュレータ、窒素酸化物酸化防止剤、ニトルリン、Ｏ６−ベンジルグアニン、オクトレオチド、オキセノン、オリゴヌクレオチド、オナプリストン、オンダンセトロン、オンダンセトロン、オラシン、経口サイトカイン誘導物質、オルマプラチン、オサテロン、オキサリプラチン、オキサウノマイシン、パラウアミン、パルミトイルリゾキシン、パミドロン酸、パナキシトリオール、パノミフェン、パラバクチン、パゼリプ��ン、ペガスパルガーゼ、ペルデシン、ペントサン多硫酸ナトリウム、ペントスタチン、ペントロゾール、パーフルブロン、ペルホスファミド、ペリリルアルコール、フェナジノマイシン、酢酸フェニル、ホスファターゼ阻害剤、ピシバニール、塩酸ピロカルピン、ピラルビシン、ピリトレキシム、プラセチンＡ、プラセチンＢ、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤、白金錯体、白金化合物、白金−トリアミン錯体、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プレドニゾン、プロピルビス−アクリドン、プロスタグランジンＪ２、プロテアソーム阻害剤、プロテインＡ系免疫モジュレータ、タンパク質キナーゼＣ阻害剤、タンパク質キナーゼＣ阻害剤類、ミクロアルガル、タンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ阻害剤、プルプリン類、ピラゾロアクリジン、ピリドキシル化ヘモグロビンポリオキシエチレン複合体、ｒａｆアンタゴニスト、ラルチトレキセド、ラモセトロン、ｒａｓファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、ｒａｓ阻害剤、ｒａｓ−ＧＡＰ阻害剤、脱メチル化レテリプチン、エチドロン酸レニウムＲｅ１８６、リゾキシン、リボザイム、ＲＩＩレチナミド、ログレチミド、ロヒツキン、ロムルチド、ロキニメクス、ルビギノンＢ１、ルボキシル、サフィンゴール、サイントピン、ＳａｒＣＮＵ、サルコフィトールＡ、サルグラモスチム、Ｓｄｉ  １模倣薬、セムスチン、老化由来阻害剤１、センスオリゴヌクレオチド、シグナル伝達阻害剤、シグナル伝達モジュレータ、一本鎖抗原結合タンパク質、シゾフィラン、ソブゾキサン、ボロカプタートナトリウム、フェニル酢酸ナトリウム、ソルベロール、ソマトメジン結合タンパク質、ソネルミン、スパルホス酸、スピカマイシンＤ、スピロムスチン、スプレノペンチン、スポンジスタチン１、スクアラミン、幹細胞阻害剤、幹細胞分裂阻害剤、スチピアミド、ストロメライシン阻害剤、スルフィノシン、超活性血管作用性腸管ペプチドアンタゴニスト、スラジスタ、スラミン、スワインソニン、合成グリコサミノグリカン類、タリムスチン、タモキシフェンメチオジド、タウロムスチン、タザロテン、テコガランナトリウム、テガフール、テルラピリリウム、テロメラーゼ阻害剤、テモポルフィン、テモゾロミド、テニポシド、テトラクロロデカオキシド、テトラゾミン、タリブラスチン、チオコラリン、トロンボポエチン、トロンボポエチン模倣薬、チマルファシン、サイモポエチン受容体アゴニスト、チモトリナン、甲状腺刺激ホルモン、スズエチルエチオプルプリン、チラパザミン、二塩化チタノセン、トプセンチン、トレミフェン、分化全能性幹細胞因子、翻訳阻害剤、トレチノイン、トリアセチルリジン、トリシリビン、トリメトレキセート、トリプトレリン、トロピセトロン、ツロステリド、チロシンキナーゼ阻害剤、チルホスチン類、ＵＢＣ阻害剤、ウベニメクス、泌尿生殖洞由来増殖阻害因子、ウロキナーゼ受容体アンタゴニスト、バプレオチド、バリオリンＢ、ベクター系、赤血球遺伝子療法、ベラレソール、ベラミン、ベルジン類、ベルテポルフィン、ビノレルビン、ビンキサルチン、ビタキシン、ボロゾール、ザノテロン、ゼニプラチン、ジラスコルビ、及びジノスタチンスチマラマーが挙げられる。
【０１０６】
場合によりＨＤＡＣｉ化合物と組み合わせて用いられる他の抗癌剤としては、アルキル化剤、代謝拮抗物質、天然物、又はホルモン、例えば、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロロエタミン、シクロホスファミド、クロラムブシルなど）、アルキルスルホン酸塩（例えば、ブスルファン）、ニトロソ尿素（例えば、カルムスチン、ロムスチンなど）、又はトリアゼン類（デカルバジンなど）が挙げられる。代謝拮抗物質の例としては、以下に限定されないが、葉酸類縁体（例えば、メトトレキセート）、又はピリミジン類縁体（例えば、シタラビン）、プリン類縁体（例えば、メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン）が挙げられる。
【０１０７】
ＨＤＡＣｉ化合物との併用に有用な天然物の例としては、以下に限定されないが、ビンカアルカロイド（例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン）、エピポドフィロトキシン類（例えば、エトポシド）、抗生物質（例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ブレオマイシン）、酵素（例えば、Ｌ−アスパラギナーゼ）、又は生体反応調節剤（例えば、インターフェロンα）が挙げられる。
【０１０８】
場合によりＨＤＡＣｉ化合物と組み合わせて使用されるアルキル化剤の例としては、以下に限定されないが、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、メルファランなど）、エチレンイミン及びメチルメラミン類（例えば、ヘキサメチルメラミン、チオテパ）、アルキルスルホン酸塩（例えば、ブスルファン）、ニトロソ尿素（例えば、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン、ストレプトゾシンなど）、又はトリアゼン類（デカルバジンなど）が挙げられる。代謝拮抗物質の例としては、以下に限定されないが、葉酸類似体（例えば、メトトレキセート）、又はピリミジン類縁体（例えば、フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン）、プリン類縁体（例えば、メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン）が挙げられる。
【０１０９】
ＨＤＡＣｉ化合物との併用に有用なホルモン及びアンタゴニストの例としては、以下に限定されないが、副腎皮質コルチコステロイド類（例えば、プレドニゾン）、プロゲスチン類（例えば、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メゲストロール、酢酸メドロキシプロゲステロン）、エストロゲン類（例えば、ジエチルスチルベストロール、エチニルエストラジオール)、抗エストロゲン（例えば、タモキシフェン）、アンドロゲン類（例えば、プロピオン酸テストステロン、フルオキシメステロン）、抗アンドロゲン（例えば、フルタミド）、ゴナドトロピン放出ホルモン類縁体（例えば、ロイプロリド）が挙げられる。癌の治療又は予防のために場合により本明細書に記載の方法及び組成物に使用される他の薬剤としては、白金配位錯体（例えば、シスプラチン、カルボブラチン（ｃａｒｂｏｂｌａｔｉｎ））、アントラセンジオール（例えば、ミトキサントロン）、置換尿素（例えば、ヒドロキシ尿素）、メチルヒドラジン誘導体（例えば、プロカルバジン）、副腎皮質抑制剤（例えば、ミトタン、アミノグルテチミド）が挙げられる。
【０１１０】
安定化された微小管によりＧ２〜Ｍ期において細胞を停止させることによって作用し且つ場合によりＨＤＡＣi化合物と併用される抗癌剤の例としては、限定されることなく、以下の市販されている薬剤及び開発中の薬剤、エルブロゾール（Ｒ−５５１０４としても知られている）、ドラスタチン１０（ＤＬＳ−１０及びＮＳＣ−３７６１２８としても知られている）、イセチオン酸ミボブリン（ＣＩ−９８０としても知られている）、ビンクリスチン、ＮＳＣ−６３９８２９、ディスコデルモライド（ＮＶＰ−ＸＸ−Ａ−２９６としても知られている）、ＡＢＴ−７５１（Ａｂｂｏｔｔ、Ｅ−７０１０としても知られている）、アルトヒルチン（例えば、アルトヒルチンＡ及びアルトヒルチンＣ）、スポンジスタチン（例えば、スポンジスタチン１、スポンジスタチン２、スポンジスタチン３、スポンジスタチン４、スポンジスタチン５、スポンジスタチン６、スポンジスタチン７、スポンジスタチン８、及びスポンジスタチン９）、塩酸セマドチン（ＬＵ−１０３７９３及びＮＳＣ−Ｄ−６６９３５６としても知られている）、エポチロン類（例えば、エポチロンＡ、エポチロンＢ、エポチロンＣ（デスオキシエポチロンＡ又はｄＥｐｏＡとしても知られている）、エポチロンＤ（ＫＯＳ−８６２、ｄＥｐｏＢ、及びデスオキシエポチロンＢとしても知られている）、エポチロンＥ、エポチロンＦ、エポチロンＢ  Ｎ−オキシド、エポチロンＡ  Ｎ−オキシド、１６−アザ−エポチロンＢ、２１−アミノエポチロンＢ（ＢＭＳ−３１０７０５としても知られている）、２１−ヒドロキシエポチロンＤ（デスオキシエポチロンＦ及びｄＥｐｏＦとしても知られている）、２６−フルオロエポチロン）、アウリスタチンＰＥ（ＮＳＣ−６５４６６３としても知られている）、ソリブドチン（ＴＺＴ−１０２７としても知られている）、ＬＳ−４５５９−Ｐ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、ＬＳ−４５７７としても知られている）、ＬＳ−４５７８（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、ＬＳ−４７７−Ｐとしても知られている）、ＬＳ−４４７７（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、ＬＳ−４５５９（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、ＲＰＲ−１１２３７８（Ａｖｅｎｔｉｓ）、硫酸ビンクリスチン、ＤＺ−３３５８（第一製薬）、ＦＲ−１８２８７７（藤沢製薬、ＷＳ−９８８５Ｂとしても知られている）、ＧＳ−１６４（武田薬品）、ＧＳ−１９８（武田薬品）、ＫＡＲ−２（Ｈｕｎｇａｒｉａｎ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＢＳＦ−２２３６５１（ＢＡＳＦ、ＩＬＸ−６５１及びＬＵ−２２３６５としても知られている）、ＳＡＨ−４９９６０（Ｌｉｌｌｙ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＳＤＺ−２６８９７０（Ｌｉｌｌｙ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＭ−９７（Ａｒｍａｄ／協和発酵）、ＡＭ−１３２（Ａｒｍａｄ）、ＡＭ−１３８（Ａｒｍａｄ／協和発酵）、ＩＤＮ−５００５（Ｉｎｄｅｎａ）、クリプトフィシン５２（ＬＹ−３５５７０３としても知られている）、ＡＣ−７７３９（味の素、ＡＶＥ−８０６３Ａ及びＣＳ−３９．ＨＣｌとしても知られている）、ＡＣ−７７００（味の素、ＡＶＥ−８０６２、ＡＶＥ−８０６２Ａ、ＣＳ−３９−Ｌ−Ｓｅｒ．ＨＣｌ、及びＲＰＲ−２５８０６２Ａとしても知られている）、ビチレブアミド（Ｖｉｔｉｌｅｖｕ���ｍｉｄｅ）、ツブリシン（Ｔｕｂｕｌｙｓｉｎ）Ａ、カナデンソール、センタウレイジン（ＮＳＣ−１０６９６９としても知られている）、Ｔ−１３８０６７（Ｔｕｌａｒｉｋ、Ｔ−６７、ＴＬ−１３８０６７及びＴＩ−１３８０６７としても知られている）、ＣＯＢＲＡ−１（Ｐａｒｋｅｒ  Ｈｕｇｈｅｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＤＤＥ−２６１及びＷＨＩ−２６１としても知られている）、Ｈ１０（Ｋａｎｓａｓ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、Ｈ１６（Ｋａｎｓａｓ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、Ｏｎｃｏｃｉｄｉｎ  Ａ１（ＢＴＯ−９５６及びＤＩＭＥとしても知られている）、ＤＤＥ−３１３（Ｐａｒｋｅｒ  Ｈｕｇｈｅｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）、フィジアノリドＢ、ラウリマライド、ＳＰＡ−２（Ｐａｒｋｅｒ  Ｈｕｇｈｅｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）、ＳＰＡ−１（Ｐａｒｋｅｒ  Ｈｕｇｈｅｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＳＰＩＫＥＴ−Ｐとしても知られている）、３−ＩＡＡＢＵ（Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ／Ｍｔ．Ｓｉｎａｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ＭＦ−５６９としても知られている）、ナルコシン（ＮＳＣ−５３６６としても知られている）、ナスカピン、Ｄ−２４８５１（Ａｓｔａ  Ｍｅｄｉｃａ）、Ａ−１０５９７２（Ａｂｂｏｔｔ）、ヘミアステルリン、３−ＢＡＡＢＵ（Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ／Ｍｔ．Ｓｉｎａｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ＭＦ−１９１としても知られている）、ＴＭＰＮ（Ａｒｉｚｏｎａ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、アセチルアセト酢酸バンドセン、Ｔ−１３８０２６（Ｔｕｌａｒｉｋ）、モンサトロール、イナノシン（ＮＳＣ−６９８６６６としても知られている）、３−ＩＡＡＢＥ（Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ／Ｍｔ．Ｓｉｎａｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）、Ａ−２０４１９７（Ａｂｂｏｔｔ）、Ｔ−６０７（Ｔｕｉａｒｉｋ、Ｔ−９００６０７としても知られている）、ＲＰＲ−１１５７８１（Ａｖｅｎｔｉｓ）、エロイテロビン類(例えば、デスメチルエロイテロビン、デスアセチルエロイテロビン、イソエロイテロビンＡ、及びＺ−エロイテロビン)、カリベオシド、カリベオリン、ハリコンドリンＢ、Ｄ−６４１３１（Ａｓｔａ  Ｍｅｄｉｃａ）、Ｄ−６８１４４（Ａｓｔａ  Ｍｅｄｉｃａ）、Ａ、Ａ−２９３６２０（Ａｂｂｏｔｔ）、ＮＰＩ−２３５０（Ｎｅｒｅｕｓ）、タッカロノリドＡ、ＴＵＢ−２４５（Ａｖｅｎｔｉｓ）、Ａ−２５９７５４（Ａｂｂｏｔｔ）、ジオゾスタチン、（−）−フェニルアヒスチン（ＮＳＣＬ−９６Ｆ０３７としても知られている）、Ｄ−６８８３８（Ａｓｔａ  Ｍｅｄｉｃａ）、Ｄ−６８８３６（Ａｓｔａ  Ｍｅｄｉｃａ）、ミオセベリンＢ、Ｄ−４３４１１（Ｚｅｎｔａｒｉｓ、Ｄ−８１８６２としても知られている）、Ａ−２８９０９９（Ａｂｂｏｔｔ）、Ａ−３１８３１５（Ａｂｂｏｔｔ）、ＨＴＩ−２８６（ＳＰＡ−１１０、トリフルオロ酢酸塩としても知られている）（Ｗｙｅｔｈ）、Ｄ−８２３１７（Ｚｅｎｔａｒｉｓ）、Ｄ−８２３１８（Ｚｅｎｔａｒｉｓ）、ＳＣ−１２９８３（ＮＣＩ）、レベラスタチンホスフェートナトリウム、ＢＰＲ−ＯＹ−００７（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ）、及びＳＳ���−２５０４１１（Ｓａｎｏｆｉ）が挙げられる。
【０１１１】
[ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの応用]
本明細書に記載の方法及び組成物は、どの遺伝子がＨＤＡＣｉＲ−ＢＧであるか及びＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベル基準値（例えば、発現レベル閾値）よりも上では恐らくはＨＤＡＣｉ化合物耐性をもつ（すなわち、偶然による確率よりも大きい）又はそれよりも下では恐らくはＨＤＡＣｉ化合物感受性をもつという指標（例えば、アナローグ又はデジタル媒体における口頭又は書面による伝達によって）を提供することによって、ＨＤＡＣｉ化合物を用いた患者の癌の治療効果のある治療の可能性を高めるのに場合により使用される。
【０１１２】
幾つかの実施形態において、指標は、患者の癌がＨＤＡＣi化合物を用いた治療に耐性をもつか又は感受性をもつという可能性について、表１から選択される少なくとも４種類のバイオマーカ遺伝子の発現レベルの解釈を有する文書を含む。
【０１１３】
幾つかの実施形態において、前記文書は、ＤＥＦＡ６、ＩＴＧＢ４、ＴＭ４ＳＦ４、ＳＹＫ、ＰＰＡＰ２Ｃ、ＲＡＢ２５、ＨＥＰＨ、ＮＯＸＯ１、ＴＭ４ＳＦ４、ＰＴＰＮ３、ＥＰＨＡ２、ＦＧＦＢＰ１、ＡＢＣＣ３、ＴＰＭＴ、ＩＬ１８、及びＤＰＥＰ１から選択される少なくとも１つのＨＤＡＣｉＲ−ＢＧの発現レベルの解釈を含む。
【０１１４】
幾つかの実施形態において、指標は、１つ又はそれ以上のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ、例えば１つ又はそれ以上の発現レベル閾値であって本明細書に記載の方法のいずれかに従ってＨＤＡＣi化合物に対する癌の耐性又は感受性に対するＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの影響についての解釈を可能にする１つ又はそれ以上の発現レベル閾値、に関する情報を含む１つ又はそれ以上のデータベースにおいて提供される。このような発現レベル閾値は、例えば本明細書に記載のような発現レベル（陽性又は陰性）基準試料において対応するＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルからの試験試料におけるＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの偏差に基づいて設定された発現レベル閾値を含む。あるいは又はさらに、発現レベル閾値は、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧと、１つ又はそれ以上の内部発現対照遺伝子（例えば、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ、ＨＤＡＣ３、又はＺＮＦ２１７）との発現比の偏差に基づいて場合により設定される。例えば、本明細書に記載のように、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ  ＤＥＦＡ６と内部発現対照遺伝子ＺＮＦ２１７との平均発現比（ＴａｑＭａｎ蛍光強度に基づく）は、ＨＤＡＣi耐性結腸癌細胞では５．８３であり、ＨＤＡＣi感受性結腸癌細胞では０．２４である。
【０１１５】
幾つかの実施形態において、データベースは、１種又はそれ以上の種の癌について１つ又はそれ以上のＨＤＡＣi化合物に対する耐性に関連するＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルプロファイル又は閾値を含む。
【０１１６】
データベース又はその他の種類の指標に場合によって含まれていてもよい他の情報としては、以下に限定されないが、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ配列情報、個々の癌個体群におけるＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの頻度分布、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルについて分析される生体試料の臨床状態に関する記述的情報、又は試料が誘導される患者の臨床状態が挙げられる。データベースは、種々の部分、例えば、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧリストデータベース、及び情報ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルデータベース、例えば発現プロファイルがＨＤＡＣi化合物に対する耐性に関連するという確率を記録するそれぞれのＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルに関連するデータベースを含むために場合により設計される。データベースの設定及び構築の方法は、広く利用することができ、例えば米国特許第５，９５３，７２７号明細書が参照される。
【０１１７】
本明細書に記載のデータベースは、外部又は内部データベースに場合により接続される。幾つかの実施形態において、データベースは、外部データ源、例えばインターネットによる米国国立癌研究所又は全米バイオテクノロジー情報センターの開発治療薬プログラムのデータベースと場合により情報交換する。
【０１１８】
適切なコンピュータプラットフォームが、本明細書に記載の方法による１つ又はそれ以上のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルを解釈するための方法を実行するのに使用される。幾つかの実施形態において、コンピュータプラットフォームは、データベース、例えば本明細書に記載のデータベースの１つから入力データを直接受けつける。例えば、多数のコンピュータワークステーションが、種々の製造業者から入手可能であり、このようなコンピュータワークステーションは、Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｒａｐｈｉｃｓから入手可能なものを有する。クライアントサーバ環境、データベースサーバ及びネットワークもまた、広く利用でき、本明細書に記載のデータベースについて適切なプラットフォームである。
【０１１９】
本明細書に記載のデータベースは、個人において組のＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルを特定する情報を提供するのに場合により使用され、このような提示は、本明細書に記載のように個人の発現プロファイルとＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベル閾値との統計的比較に基づいて特定のＨＤＡＣi化合物を用いた個人の癌の有効な治療剤治療の可能性を予測又は診断するのに場合により使用される。従って、人は、癌患者を、測定されたＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現の閾値でサブグループに分けることを選択し、この場合に、発現レベル閾値が、ＨＤＡＣｉ化合物治療に耐性をもつ（すなわち、陽性基準試料）又はＨＤＡＣｉ化合物治療に感受性をもつ（すなわち、陰性基準試料）と決定された癌における発現レベルに基づくかどうかに応じて、閾値を越える発現値を有する全ての患者は高い危険性を有する及び閾値よりも低い発現値を有する全ての患者は低い危険性を有するか、又は逆も同様である。あるいは、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現プロファイルは、確率の連続（ｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙ  ｃｏｎｔｉｎｕｕｍ）に基づいてランク付けられ、この場合に、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの、発現レベル陽性基準値からのマイナス偏差が大きい（すなわち、発現レベル陽性基準値よりも小さい）ほど、癌がＨＤＡＣｉ化合物を用いた治療に感受性をもつ確率が高い。反対に、ＨＤＡＣｉＲ−ＢＧ発現レベルの、発現レベル陰性基準値からのプラス偏差が大きい（すなわち、発現レベル陰性基準値よりも大きい）ほど、癌がＨＤＡＣｉ化合物を用いた治療に耐性をもつ確率が高い。
[実施例]
以下の具体的な実施例は、単なる例示として解釈されるべきであり、決して開示の残部を限定するものではない。さらに推敲することなく、当業者は、本明細書の記載に基づいて、本発明を最大限に利用することができると考えられる。
【実施例１】
【０１２０】
生体外でのＨＤＡＣi感受性及び耐性結腸直腸腫瘍細胞のｍＲＮＡ発現プロファイリング
本発明者らは、以前に、ＨＤＡＣｉ化合物（例えば、チューブリン又はヒストンアセチル化、ｐ２１発現など）についての幾つかの薬力学的マーカーを開発した。しかし、利用できるこれらの薬剤に対する反応についての臨床的予測バイオマーカは、現在は存在しない。この研究において、本発明者らは、原発性ヒト結腸直腸腫瘍におけるＨＤＡＣｉ化合物ＰＣＩ−２４７８１についてこのようなバイオマーカを同定する方法を開発した。
【０１２１】
この方法は、原発性ヒト腫瘍を培養物中でＰＣＩ−２４７８１に曝露させる軟寒天化学的感受性アッセイを使用した。この場合に、トリチウム化チミジンアッセイ又はアラマーブルーアッセイのいずれかを使用して、ＰＣＩ−２４７８１に対する耐性の割合を評価した。例えば、トリチウム化チミジンアッセイでは、薬剤によって影響を受けた感受性腫瘍細胞は、分裂が少なく、従ってチミジンの取り込みが少ない。これに対して耐性腫瘍細胞は、増殖及び分裂を続け、従ってそのＤＮＡ中により多くのチミジンを取り込んだ。このアッセイの最適化条件下で、その腫瘍が所定の薬剤に対して耐性をもつと分類される患者は、臨床においてその薬剤にして＜１％反応の確率を有することが病歴的に明らかにされている（臨床結果に対する公表された相関関係において、これらのアッセイは、固形癌において９９％の精度及び血液癌において９２％の精度で耐性を予測した)。例えば、最近の研究論文は、Ｂ細胞ＣＬＬ患者におけるＤｉＳＣアッセイにおいて、臨床結果（耐性の患者では平均生存率７．９ヶ月、これに対して感受性の患者で４１．７ヶ月）と共に生体外でフルダラビンに対する感受性又は耐性を相互に関連付けた。同様のデータは、固体腫瘍についても公表されている。例えば、卵巣腫瘍におけるＰｔに対する感受性及び耐性、並びに乳房の腫瘍におけるＣＰＸ及びＤＯＸに対する感受性及び耐性についても公表されている。
【０１２２】
それぞれの腫瘍についてＰＣＩ−２４７８１に対する感受性又は耐性を生体外で決定した後に、腫瘍細胞から分離されたＲＮＡをマイクロアレイ上でプロファイルし、マーカーセットをデータの統計的分析により同定した。このマーカーセットは、ＲＴ−ＰＣＲ（ＴａｑＭａｎ（商標））分析により確証した。臨床において患者の層別化に使用されるこのような薬理遺伝学的バイオマーカは、ＰＣＩ−２４７８１の開発において競争的優位性を提供する。前記方法及びその臨床応用のグラフによる要約を、図１に例示する。
【０１２３】
本発明者らは、種々の患者由来の原発性結腸直腸腫瘍のＨＤＡＣ阻害剤、ＰＣＩ−２４７８１に対する生体外反応を調べ、その後にＨＤＡＣi処理に先立って感受性腫瘍細胞と耐性腫瘍細胞のｍＲＮＡ発現プロファイルに大きな相違があるか否かを決定した。
【０１２４】
原発性結腸直腸癌（ＣＲＣ）試料を、患者の生検から得た（表２）。生存腫瘍細胞を、Ｋｅｒｎら（１９９０），Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，８２：５８２−５８８に記載のように軟寒天に移植し、培養し、一連の濃度（０．０１〜２μＭ）のＰＣＩ−２４７８１で処理した。薬剤に３日間曝露した後に、培養物にトリチウム化チミジンを加え、さらに２日後に細胞に取り込まれた放射能の量を定量化した。細胞増殖阻止率（％ＧＩ）を、処理細胞を対照細胞と比較することによって算出し、これらの増殖プロファイルから、腫瘍を、プロファイル中央値からの偏差に基づいて感受性又は耐性をもつと分類した。図２に示すように、原発性腫瘍は、試験したＰＣＩ−２４７８１濃度（最大２μＭまで）で、対照と比べて１００％〜０％の増殖阻止表現型のスペクトルを示した。
【０１２５】
【表２】
0005670055.tif 000007
【０１２６】
ＰＣＩ−２４７８１に対する腫瘍感受性を決定した後に、遺伝子発現プロファイルを、ＰＣＩ−２４７８１（２μＭ）で処理されたか又は処理されていない耐性及び感受性をもつ腫瘍について決定した。全ＲＮＡを、Ｑｉａｇｅｎ手順（Ｑｉａｇｅｎ、Ｉｎｃ．、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を使用して分離し、蛍光プローブを調製し、〜５５，０００ユニークプローブ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｂｉｏ−Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を含有するＣｏｄｅｌｉｎｋ  Ｈｕｍａｎ  Ｗｈｏｌｅ  Ｇｅｎｏｍｅオリゴヌクレオチドイクロアレイに、製造業者の取扱説明書に従ってハイブリダイズした。マイクロアレイを、ＧｅｎｅＰｉｘ  ４０００Ｂスキャナ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ  ＣＡ）でスキャンした。画像を、Ｃｏｄｅｌｉｎｋソフトウェアを用いて処理し、エクスポートされたデータを以下の通り分析した。
【０１２７】
中央値正規化マイクロアレイデータを、Ｇｅｎｅｓｐｒｉｎｇソフトウェア（Ａｇｉｌｅｎｔ）にインポートし、主成分分析（ＰＣＡ）及び階層的クラスタリング分析を行った。本発明者らは、多重分析法から矛盾のない結果を探して、発明者らの結果においてさらなる信頼性を得た。多重仮定補正のために、本発明者らは、Ｓｔｏｒｅｙら（２００３），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１００：９４４０−９４４５に記載のような誤検出率（ＦＤＲ）についてｑ値アプローチを使用した。第二の分析アプローチとして、本発明者らは、Ｉｓｈｗａｒａｎら（２００３），Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｓｔａｔ．Ａｓｓｏｃ，９８：４３８−４５５に記載のベイズＡＮＯＶＡアプローチを採用した。
【０１２８】
ベイズＡＮＯＶＡ法において、ＡＮＯＶＡモデルに対する無関係遺伝子の寄与を、全ての誤非検出に対する全ての誤検出を釣り合わせるために選択的に圧縮した。アウトプットは、ＡＮＯＶＡモデルに対する寄与が標準ｚスコアよりも大きい遺伝子を同定するＺｃｕｔスコアである。Ｉｓｈｗａｒａｎら、同書、及びウェブサイトｂａｍａｒｒａｙ．ｃｏｍ．参照。ＰＣＩ−２４７８１耐性を予測するバイオマーカの同定のために、本発明者らは、前記のアッセイにおける感受性又は耐性との分類に基づいてプールに分けた未処理対照試料のみを使用した。この分析アプローチを、図３に要約する。
【０１２９】
図４に示すように、主成分分析は、未処理細胞発現プロファイルと、処理細胞発現プロファイルとを明確に区別した。対照（矢印）は、相互により類似しており、処理試料から十分に分離された。主要成分ＰＣＡ１は、処理試料を対照試料から明確に分離する。興味深いことには、耐性細胞発現プロファイル（処理試料及び未処理試料の両方を丸で囲んだ）は、処理の前後に群がり、これに対して感受性試料は、ＰＣＩ−２４７８１を用いた処理後にそのプロファイルにおいて広く変化した。これは、最も耐性を示す腫瘍を有する患者を特定し、感受性腫瘍を有する患者を特定することよりもむしろその患者を臨床試験から除外することがより容易であることを示唆した。
【０１３０】
マイクロアレイ分析に基づいて、本発明者らは、遺伝子の発現のレベルがＰＣＩ−２４７８１感受性細胞（データは示さない）におけるよりもＰＣＩ−２４７８１耐性細胞において著しく高かった（３．５よりも大きいｚ−スコア）全体で４４個の遺伝子（表３参照）を同定した。同定されたバイオマーカ遺伝子の発現がＰＣＩ−２４７８１を用いた処理によって変化しなかったことは注目すべきである。
【０１３１】
【表３】
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【０１３２】
これらの遺伝子に関連した生物学的経路の分析は、相同的組換え、ヌクレオチド切除修復、細胞周期、及びアポトーシスが、ＰＣＩ−２４７８１に対する感受性に影響を及ぼすものの中にあったことを明らかにした。
【０１３３】
マイクロアレイ分析によって同定されたそれぞれの耐性バイオマーカ遺伝子のより高い発現を確証するために、本発明者らは、以下に記載のようにしてＴａｑＭａｎ（登録商標）定量ＲＴ−ＰＣＲ法でそれぞれのバイオマーカ遺伝子の発現を分析した。
【０１３４】
選択した遺伝子についてのＴａｑＭａｎ（登録商標）遺伝子発現アッセイは、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）から得た。ワンステップＲＴ−ＰＣＲを、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ配列検出装置を用いて、それぞれの試料から２５ｎｇの全ＲＮＡについて三重反復で行った。それぞれの遺伝子についてのｍＲＮＡレベルは、Ｒｉｂｏｇｒｅｅｎ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｉｎｃ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を使用して並行して測定されるように、ウェルのＲＮＡの量に正規化した。次いで、本発明者らは、耐性及び感受性試料（Ｒ／Ｓ）中のバイオマーカ遺伝子の発現レベルの割合を算出し、これらをマイクロアレイから得られた割合と比較した。表３に示した１６個のバイオマーカ遺伝子についての比較分析を、表４に示す。本発明者らのマイクロアレイ分析のさらなる確証として本発明者らは、マイクロアレイハイブリダイゼーションによって測定されるような発現が、ＰＣＩ−２４７８１耐性と相関することが認められなかった３つの遺伝子（表３の最後の３つの遺伝子参照）についてＴａｑＭａｎアッセイを行った。
【０１３５】
【表４】
0005670055.tif 000010
【０１３６】
マイクロアレイと結果の比較を、図２にグラフとして要約する。表４及び図２に示すように、マイクロアレイ法で著しくアップレギュレートされることが認められた遺伝子は、ＴａｑＭａｎ法でアップレギュレートされることも認められたが、後者は一般に高いＲ／Ｓ比を生じた。同様に、発現がマイクロアレイ分析において有意に異ならなかった３つの遺伝子もまた、ＴａｑＭａｎアッセイにおいて有意な差を示さなかった。
【０１３７】
興味深いことに、同定されたバイオマーカ遺伝子の幾つかは、癌、例えば、ＤＥＦＡ６、ＲＡＢ２５低分子量ＧＴＰアーゼ、ＭＲＰ３（ＡＢＣＣ３）、及びＴＭ４ＳＦ４に関連して以前に研究されている。また、多数の同定された遺伝子が、その細胞外ドメインを取り除いた分泌タンパク質又は貫膜タンパク質をコードする。分泌可能なタンパク質をコードする遺伝子としては、例えば、ＤＥＦＡ６（ＮＭ＿００１９２６）、ＴＭ４ＳＦ４（ＮＭ＿００４６１７）、ＴＧＦＡ（ＮＭ＿００３２３６）、ＦＧＦＢＰ１（ＮＭ＿００５１３０）、ＥＰＨＡ２（ＮＭ＿００４４３１）、ＴＮＦＲＳＦ２１（ＮＭ＿０１４４５２）、ＴＭＦ４ＳＦ３（ＮＭ＿００４６１６）、ＩＬ１８（ＮＭ＿００１５６２）、ＴＭＰＲＳＳ２（ＮＭ＿００５６５６）、及びＣＣＬ１５（ＮＭ＿０３２９６５）が挙げられる。
【０１３８】
これらのデータに基づいて、本発明者らは、同定されたバイオマーカ遺伝子のサブセット（例えば、４個又はそれ以上）の発現パターンが、ＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１に耐性をもつか又は感受性をもつ結腸直腸腫瘍を確実に同定するのに場合により使用される「耐性シグネチャ」を提供すると結論付けた。
【０１３９】
確証実験において、本発明者らは、１２人の新たに診断された未処置患者由来の生体外で培養された原発性結腸腫瘍が、ＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１による増殖阻止に全て感受性を示したことを見出した（図１１Ａ）。一方、本発明者らは、多くの場合に、進行性の転移性結腸腫瘍細胞が、ＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１による増殖阻止に耐性を示したこと（図１１Ｂ）、及びＤＥＦＡ６  ｍＲＮＡ発現レベルがＨＤＡＣ感受性細胞よりもＨＤＡＣ耐性細胞において高かったこと（図１１Ｃ）を見出した。
【実施例２】
【０１４０】
ＨＤＡＣ阻害剤化合物について機能的バイオマーカの同定及び相互確証並びに臨床指標の選択
関連のある腫瘍の種類を調べ且つ臨床で有用な薬力学的（ＰＤ）マーカーを同定するために、本発明者らは、マウスにおけるＨＤＡＣ阻害のバイオマーカを同定し、これらをＨＤＡＣｉ「感受性」組織を同定するのに使用した。これは、ＨＤＡＣｉ処理マウスにおいて、そのｍＲＮＡレベルがアセチル化されたチューブリンレベル、すなわちＨＤＡＣ阻止の指標と同じ時間経過を示した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の遺伝子を同定することによって行った。次いで、これらのバイオマーカ遺伝子を使用して、ＨＤＡＣｉ反応性マウス組織を同定した。次いで、感受性組織に対応する原発性ヒト腫瘍を、ＰＣＩ−２４７８１を用いて生体外で試験し、より高い活性のレベルを示した組織由来の腫瘍がＰＣＩ−２４７８１による阻害に対して感受性であり、従ってこの手法は感受性の腫瘍型を実施際に予測することを確証することを見出した。
【０１４１】
手短に言えば、雌性ＢＡＬＢ／ｃマウスに、５０ｍｇ／ｋｇのＰＣＩ−２４７８１又はビヒクルを静脈注射した。血液及び種々の組織を、投与後０．２５時間、０．５時間、１時間、２時間、３時間及び８時間で採取した。アセチル化されたヒストン及びチューブリン検出のために、臓器／組織を、それぞれビヒクル及び薬剤処理臓器群についてプールした。ＲＮＡ及びタンパク質を、試料からＰＡＲＩＳタンパク質及びＲＮＡ分離装置（Ａｍｂｉｏｎ）を用いて抽出した。アセチル化された及び全ａ−チューブリン及びヒストンのレベルを、免疫ブロット法で評価した。
【０１４２】
ＲＮＡ発現プロファイルを、ＧＥ−Ｃｏｄｅｌｉｎｋ  Ｍｏｕｓｅ  Ｕｎｉｓｅｔ１  １０オリゴヌクレオチドアレイを使用して二重反復で決定した。それぞれの処理試料を、対応するビヒクル対照に正規化した。
【０１４３】
遺伝子発現アレイアッセイによって同定されたＨＤＡＤｉ反応性遺伝子の発現プロファイルを確証するために、Ｔａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイを、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．アッセイを使用して行った。ワンステップＲＴ−ＰＣＲを、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００装置でそれぞれの試料から２５ｎｇの全ＲＮＡについて三重反復で行った。それぞれの遺伝子についての全ｍＲＮＡレベルを、Ｒｉｂｏｇｒｅｅｎ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ)を使用して並行して測定されるように、ウェル中のＲＮＡの量に正規化した。次いで、処理試料を、その時間点でビヒクル対照に正規化した。
【０１４４】
ＰＢＭＣでの発現プロファイル（図７Ａ）を厳密に追跡した組の１６個の遺伝子（表５）は、ＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１を用いて処理した後にチューブリンアセチル化量（図７Ｂ）を高める。
【０１４５】
【表５】
0005670055.tif 000011
【０１４６】
その後に、本発明者らは、２つのＨＤＡＣi反応性遺伝子、Ｆｇｆ１５及びＳｙｎｇｒ２の発現プロファイルを、定量ＲＴ−ＰＣＲ及び免疫ブロット法で検証した。図８に示すように、発現プロファイルは、相互に厳密に一致した３つの方法を得た。これはマイクロアレイ分析がＨＤＡＣi反応性遺伝子を確実に同定したことを示唆する。
【０１４７】
次いで、本発明者らは、ＰＣＩ−２４７８１（５０ｍｇ／ｋｇ）の投与後３時間又は８時間後に種々の組織の５つのＨＤＡＣi反応性バイオマーカ遺伝子の生体内発現レベルを決定した。Ｔａｑｍａｎアッセイを行って、脳、結腸、腎臓、肝臓、肝、胃、卵巣、子宮、乳房、筋肉、心臓、肺、脾臓、及び膵臓のｍＲＮＡ発現レベルを決定した。それぞれの時間点でのそれぞれの組織の５つの遺伝子全部のｍＲＮＡ発現レベルの平均及びＳＤを、図９に示す。問題の分布様式は、バイオマーカセット全体にわたり極めて再現可能であった。卵巣は、最も高い誘導のレベルを示し、次いで子宮であった。
【０１４８】
その後に、原発性ヒト腫瘍試料を得、生存腫瘍細胞を、軟寒天に移植し、ＨＤＡＣ阻害剤ＰＣＩ−２４７８１で処理した。３日後にトリチウム化チミジンを加え、その２日後に、ＤＮＡ中に取り込まれた放射能を定量化した。次いで、腫瘍を、中央値プロファイル（Ｏｎｃｏｔｅｃｈ、Ｉｎｃ．Ｔｕｓｔｉｎ、ＣＡ）からの偏差に基づいて耐性（ＥＤＲ：極度の薬剤耐性）、感受性（ＬＤＲ）又は中間（ＥＤＲ）のいずれかとして分類した。ＨＤＡＣi反応性バイオマーカ遺伝子プロファイルに基づいて予測されるように、造血腫瘍は、最も低い割合の耐性（ＥＤＲ）腫瘍を有し、且つ結腸腫瘍は最も高い割合の耐性腫瘍を有していた（３８％）。図１０及び表６参照。固体腫瘍の中で、卵巣は、この組織の高いＨＤＡＣｉバイオマーカ反応性と一致して、最も低い割合の耐性腫瘍を有していた。
【０１４９】
【表６】
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【０１５０】
上記の結果に基づいて、本発明者らは、オルソローガスヒトバイオマーカの発現プロファイルがヒト血液中でＰＣＩ−２４７８１活性を反映し、臨床においてＰＤマーカーとして働くと結論付けた。また、ＨＤＡＣi-反応性バイオマーカ遺伝子の同定された組がＨＤＡＣ阻害剤を用いた治療に対する腫瘍感受性を正確に予測する。
【０１５１】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【配列表】
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