(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の式ＩＶのモノマーを少なくとも１つ含んでなるオリゴマー化合物であって、８〜４０のモノマーサブユニットを含み標的核酸の少なくとも１部と相補的であるオリゴマー化合物：
【化１】
0005763539.tif 000099
［式中、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ７は、リン部分であり；
Ｔ８は、式ＩＶのモノマーをオリゴマー化合物の５’末端へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そして
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、Ｇ１はヒドロキシル以外である］。
【請求項２】
それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである、請求項１のオリゴマー化合物。
【請求項３】
Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、請求項１又は２のオリゴマー化合物。
【請求項４】
Ｇ１が、Ｆ、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、請求項１〜３のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項５】
前記リン部分が式：
【化２】
0005763539.tif 000100
［式中：
ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；Ｒｂは、Ｏ又はＳである］
を有する、請求項１〜４のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項６】
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、Ｑ４がそれぞれＨである、請求項１〜５のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項７】
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、Ｑ４の１つがＦ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、Ｑ４の他の３つがＨである、請求項１〜５のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項８】
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、Ｑ４の２つがＦである、請求項１〜５のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項９】
Ｑ１とＱ２がそれぞれＨであり、Ｑ３とＱ４がそれぞれＦである、請求項１〜５のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項１０】
Ｑ１がＣＨ３、Ｑ２、Ｑ３、Ｑ４がそれぞれＨであるか、Ｑ２がＣＨ３、Ｑ１、Ｑ３、Ｑ４がそれぞれＨである、請求項１〜５のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項１１】
式ＩＶのそれぞれのモノマーが、以下の構造：
【化３】
0005763539.tif 000101
を有する、請求項１〜１０のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項１２】
それぞれのヌクレオシド間連結基が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、請求項１〜１１のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項１３】
それぞれのヌクレオシド間連結基が本質的にホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、請求項１〜１１のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれか１項のオリゴマー化合物を１以上の組織または細胞と接触させることを含む、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで遺伝子発現を阻害する方法。
【請求項１５】
請求項１〜１３のいずれか１項のオリゴマー化合物を１以上の組織、細胞、動物と接触させることを含むｉｎ  ｖｉｔｒｏで遺伝子発現を阻害する方法に使用するための、請求項１〜１３のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【請求項１６】
療法における使用のための、請求項１〜１３のいずれか１項のオリゴマー化合物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
政府支援の陳述
本発明は、ＮＩＨにより報奨された契約＃５Ｒ４４ＧＭ０７６７９３−０３の下に米国政府の支援でなされた。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。
【０００２】
配列表
本出願は、配列表と共に電子フォーマットで出願されている。配列表は、２００９年１０月２３日に創出されて、サイズが８Ｋｂである、ＣＨＥＭ００５５ＷＯ２ＳＥＱ．ｔｘｔと題するファイルとして提供される。配列表の電子フォーマット中の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００３】
技術分野
本発明で提供するのは、修飾ヌクレオシドと、それより製造されるオリゴマー化合物である。より特別には、少なくとも１つの５’−置換基と２’−置換基を有する修飾ヌクレオシド、これら修飾ヌクレオシドの少なくとも１つを含んでなるオリゴマー化合物、及びこれらオリゴマー化合物の少なくとも１つを含んでなる組成物を提供する。いくつかの態様において、本発明で提供するオリゴマー化合物は、標的ＲＮＡの一部へハイブリダイズして、標的ＲＮＡの通常の機能の損失をもたらすことが期待される。このオリゴマー化合物はまた、診断薬の応用においてプライマー及びプローブとして有用であることが期待される。
【背景技術】
【０００４】
疾患原因遺伝子の配列を標的とすることが最初に示唆されたのは３０年以上前で（Belikova et al., Tet. Lett., 1967, 37, 3557-3562)、それから１０年以上経って、細胞培養物中でのアンチセンス活性が実証された（Zamecnik et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 1978, 75, 280-284）。疾患原因遺伝子に由来する疾患又は状態の治療におけるアンチセンス技術の１つの利点は、それが特定の疾患原因遺伝子の発現を調節する（増加させるか又は減少させる）能力を有する、直接の遺伝的アプローチであることである。別の利点は、アンチセンス化合物を使用する治療標的の検証が薬物候補品の直接的かつ即時的な発見をもたらすことである；つまり、アンチセンス化合物は、潜在的な治療薬剤なのである。
【０００５】
一般に、アンチセンス技術の背後にある原理は、アンチセンス化合物が標的核酸へハイブリダイズして、転写又は翻訳のような遺伝子発現の活性又は機能を調節することである。遺伝子発現の調節は、例えば、標的の分解、又は占有ベースの阻害によって達成することができる。ＲＮＡ標的機能の分解による調節の例は、ＤＮＡ様アンチセンス化合物とのハイブリダイゼーション時の、標的ＲＮＡのＲＮアーゼＨベースの分解である。遺伝子発現の標的分解による調節の別の例は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）である。ＲＮＡｉは、標的指向された内因性ｍＲＮＡ量の配列特異的な低下をもたらす、ｄｓＲＮＡの導入に関連したアンチセンス媒介性の遺伝子サイレンシングに言及する。ＲＮＡ標的機能の占有ベースの機序による調節の追加の例は、マイクロＲＮＡ機能の調節である。マイクロＲＮＡは、タンパク質コーディングＲＮＡの発現を制御する、低分子のノンコーディングＲＮＡである。アンチセンス化合物がマイクロＲＮＡへ結合すると、そのマイクロＲＮＡがそのメッセンジャーＲＮＡ標的へ結合することを妨げて、それによりマイクロＲＮＡの機能が干渉される。その特異的な機序がどうであれ、この配列特異性は、アンチセンス化合物を、標的検証と遺伝子機能付与（functionalization）のツールとしてだけでなく、悪性腫瘍や他の疾患の病理発生に関与する遺伝子の発現を選択的に調節する治療薬としてきわめて魅力的なものとしている。
【０００６】
アンチセンス技術は、１以上の特定の遺伝子産物の発現を低下させるのに有効な手段であり、それ故に、数多くの治療、診断、及び研究応用において独自に有用であることがわかる可能性がある。化学的に修飾されたヌクレオシドは、ヌクレアーゼ抵抗性、薬物動態、又は標的ＲＮＡへの親和性のような１以上の特性を高めるために、アンチセンス化合物への取込みに常套的に使用されている。１９９８年に、アンチセンス化合物のＶｉｔｒａｖｅｎｅ（登録商標）（フォミビルセン；開発元：Isis Pharmaceuticals 社、カリフォルニア州カールスバッド）は、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）からの販売許可を獲得した最初のアンチセンス薬であって、現在では、ＡＩＤＳ患者におけるサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）誘発性網膜炎の治療薬である。
【０００７】
新しい化学修飾によりアンチセンス化合物の能力及び効力が向上し、経口送達の可能性を明らかにしただけでなく、皮下投与を強化し、副作用の可能性を減少させて、患者簡便性の向上をもたらしてきた。アンチセンス化合物の能力を高める化学修飾により、より低用量の投与が可能になり、このことは、毒性の可能性を低下させるだけでなく、治療コスト全体を減少させる。分解に対する抵抗性を高める修飾は、身体からのより遅いクリアランスをもたらして、より低頻度の投薬を可能にする。１つの化合物の中で異なる種類の化学修飾を組み合わせて、その化合物の効力をさらに最適化することができる。
【０００８】
５’−置換ＤＮＡ及びＲＮＡ誘導体の合成とオリゴマー化合物へのその取込みについては、文献（Saha et al, J. Org. Chem., 1995, 60, 788-789; Wang et al, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1999, 9, 885-890; Mikhailov et al, Nucleosides & Nucleotides, 1991, 10(1-3), 339-343; Leonid etal, 1995, 14(3-5), 901-905; 及び Eppacher et al, Helvetica Chimica Acta, 2004, 87, 3004-3020）に報告されている。５’−置換モノマーは、修飾塩基があるモノリン酸エステルとしても作製されたことがある（Wang et al, Nucleosides Nucleotides & Nucleic Acids, 2004, 23 (1 & 2), 317-337）。
【０００９】
糖環の５’位及び２’位が含まれる複数の位置での任意選択の修飾が含まれる修飾ヌクレオシドの属と、これらの修飾ヌクレオシドをその中に取り込むオリゴマー化合物について報告されている（１９９４年１０月１３日にＷＯ９４／２２８９０として公開された、国際特許出願番号：ＰＣＴ／ＵＳ９４／０２９９３を参照のこと）。
【００１０】
５’−ＣＨ２置換２’−Ｏ−保護化ヌクレオシドの合成とオリゴマーへのその取込みについては、すでに報告されている（Wu et al, Helvetica Chimica Acta, 2000, 83, 1127-1143 及び Wu et al Bioconjugate Chem. 1999, 10, 921-924 を参照のこと）。
【００１１】
オリゴヌクレオチドへの取込みのためにアミド連結ヌクレオシド二量体が製造されて、ここでその二量体中の３’連結（５’→３’）ヌクレオシドは、２’−ＯＣＨ３と５’−（Ｓ）−ＣＨ３を含む（Mesmaeker et al, Synlett, 1997, 1287-1290）。
【００１２】
２’−置換５’−ＣＨ２（又はＯ）修飾ヌクレオシドの属と、それらをオリゴヌクレオチドへ取り込むことの考察については、すでに報告されている（１９９２年２月７日にＷＯ９２／１３８６９として公開された、国際特許出願番号：ＰＣＴ／ＵＳ９２／０１０２０を参照のこと）。
【００１３】
２’−置換を有する修飾５’−メチレンホスホネートモノマーの合成と、修飾された抗ウイルス二量体を作製するためのその使用については、すでに報告されている（２００６年４月６日にＵＳ２００６／００７４０３５として公開された米国特許出願番号：１０／４１８，６６２を参照のこと）。
【００１４】
アンチセンス機序を介して遺伝子発現を特異的に制御する薬剤への待望されたニーズが依然としてある。本明細書に開示するのは、遺伝子発現経路を調節するのに有用なアンチセンス化合物のようなオリゴマー化合物であり、ＲＮアーゼＨ、ＲＮＡｉ、及びｄｓＲＮＡ酵素のような作用機序だけでなく、標的分解又は標的占有に基づいた他の作用機序にも依拠するものが含まれる。当業者は、本開示で情報武装すれば、過度の実験をすることなく、アンチセンス化合物を上記の使用のために同定、製造、及び利用することができよう。
【発明の概要】
【００１５】
本発明で提供するのは、少なくとも１つの２’−置換基と、５’−置換基、５’−リン部分、又は５’−置換基と５’−リン部分の両方のいずれかを有する修飾ヌクレオシド、そのような修飾ヌクレオシドが含まれるオリゴマー化合物、及びそのオリゴマー化合物を使用する方法である。本発明でまた提供するのは、これらの修飾ヌクレオシド及びオリゴマー化合物を製造するための中間体及び方法である。ある態様では、オリゴマー化合物へ取り込むことができる、５’−モノ（Ｒ、Ｓ、又は混合）若しくはビス置換で２’−Ｏ−置換された修飾ヌクレオシドを提供する。本発明で提供する修飾ヌクレオシドは、それらがその中へ取り込まれるオリゴマー化合物の１以上の特性（例えば、ヌクレアーゼ抵抗性のような）を増強するのに有用であることが期待される。ある態様において、これら修飾ヌクレオシドの１以上を取り込む、本発明で提供するオリゴマー化合物及び組成物は、標的ＲＮＡの一部へハイブリダイズして、標的ＲＮＡの通常の機能の損失をもたらすことが期待される。本オリゴマー化合物はまた、診断応用におけるプライマー及びプローブとして有用であることが期待される。
【００１６】
諸変数については、本明細書においてさらに詳しく個々に定義する。本発明で提供する修飾ヌクレオシド及びオリゴマー化合物には、本明細書において開示する態様と定義される諸変数のすべての組合せが含まれると理解されたい。
【００１７】
ある態様では、式Ｉ：
【００１８】
【化１】
0005763539.tif 000002
【００１９】
［式中：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ａは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｒ１）であり；
Ｒ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
Ｔ１とＴ２の一方は、Ｈ、保護基、又はリン部分であり、そしてＴ１とＴ２の他方は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；
Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、そしてＡがＯであるとき、Ｇ１は、ハロゲン以外である］を有する化合物を本発明で提供する。
【００２０】
ある態様では、Ｂｘが、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである。ある態様では、Ｂｘが、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである。
【００２１】
ある態様では、Ｑ１がＨである。ある態様では、Ｑ２がＨである。ある態様では、Ｑ１とＱ２がそれぞれＨ以外である。ある態様では、Ｑ１とＱ２が置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む。
【００２２】
ある態様では、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｑ１がメチルである。ある態様では、Ｑ２がメチルである。
【００２３】
ある態様では、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。ある態様では、Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある態様では、Ｇ１がＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である。ある態様では、Ｇ１がＦである。
【００２４】
ある態様では、Ｔ１及びＴ２の少なくとも１つが、ベンジル、ベンゾイル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシラート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）より選択されるヒドロキシル保護基である。ある態様では、Ｔ１が、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、及びジメトキシトリチルより選択される。ある態様では、Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルである。
【００２５】
ある態様では、Ｔ１がリン部分である。ある態様において、リン部分は、式：
【００２６】
【化２】
0005763539.tif 000003
【００２７】
［式中：
ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そして
Ｒｂは、Ｏ又はＳである］を有する。
【００２８】
ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である。ある態様では、ＲｂがＯである。ある態様では、ＲｂがＳである。
【００２９】
ある態様では、ＲａがＲｃとは異なる。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨ以外である。
【００３０】
ある態様では、Ｔ２が反応性リン基である。ある態様では、Ｔ２が、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト及びＨ−ホスホネートより選択される反応性リン基である。ある態様では、Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルであり、Ｔ２がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである。ある態様では、Ｔ１がリン部分であり、Ｔ２がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである。
【００３１】
ある態様では、ＡがＯである。ある態様では、ＡがＳである。ある態様では、ＡがＮ（Ｒ１）である。ある態様では、Ｒ１がＨ又はＣＨ３である。
【００３２】
ある態様では、式Ｉａ：
【００３３】
【化３】
0005763539.tif 000004
【００３４】
の構造を有する化合物を本発明で提供する。
【００３５】
ある態様では、Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ１は、Ｈ又は保護基であり；Ｔ２は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ１とＱ２の一方は、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｈであり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、式Ｉａを有する化合物を提供する。ある態様では、Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ１は、Ｈ又は保護基であり；Ｔ２は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ１がＣＨ３であって、Ｑ２は、Ｈであり、そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、式Ｉａを有する化合物を提供する。ある態様では、Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ１は、Ｈ又は保護基であり；Ｔ２は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ１がＣＨ３であって、Ｑ２は、Ｈであり、そしてＧ１は、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、式Ｉａを有する化合物を提供する。
【００３６】
ある態様では、Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ１は、Ｈ又は保護基であり；Ｔ２は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ２がＣＨ３であって、Ｑ１は、Ｈであり、そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、式Ｉａを有する化合物を提供する。ある態様では、Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ１は、Ｈ又は保護基であり；Ｔ２は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ２がＣＨ３であって、Ｑ１は、Ｈであり、そしてＧ１は、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、式Ｉａを有する化合物を提供する。
【００３７】
ある態様では、式ＩＩ：
【００３８】
【化４】
0005763539.tif 000005
【００３９】
［式中、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ａは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｒ１）であり；
Ｒ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；
Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、そしてＡがＯであるとき、Ｇ１は、ハロゲン以外である］の少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【００４０】
ある態様では、それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである。ある態様では、それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである。
【００４１】
ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１がＨである、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、それぞれのＱ２がＨである。ある態様では、それぞれのＱ１とそれぞれのＱ２がＨ以外である。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、それぞれの置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより独立して選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、それぞれの置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、フルオロ及びＯＣＨ３より独立して選択される少なくとも１つの置換基を含む。
【００４２】
ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１がメチルである。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ２がメチルである。
【００４３】
ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、それぞれのＧ１が、独立して、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。ある態様では、それぞれのＧ１が、独立して、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある態様では、それぞれのＧ１が、独立して、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である。ある態様では、それぞれのＧ１がＦである。
【００４４】
ある態様では、Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つが５’若しくは３’−末端基である、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つがコンジュゲート基である、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、Ｔ３がリン部分である、式ＩＩの１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【００４５】
ある態様では、１つのＴ２が式：
【００４６】
【化５】
0005763539.tif 000006
【００４７】
［式中：
ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そして
Ｒｂは、Ｏ又はＳである］を有するリン部分である、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【００４８】
ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である。ある態様では、ＲｂがＯである。ある態様では、ＲｂがＳである。
【００４９】
ある態様では、ＲａがＲｃとは異なる。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨ以外である。
【００５０】
ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーが式ＩＩａ：
【００５１】
【化６】
0005763539.tif 000007
【００５２】
の構造を有する、式ＩＩの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【００５３】
ある態様では、式ＩＩａのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ１とＱ２の一方がＣＨ３であって、Ｑ１とＱ２の他方は、Ｈであり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、式ＩＩａの少なくとも１つのモノマーを有するオリゴマー化合物を提供する。
【００５４】
ある態様では、式ＩＩａのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ１がＣＨ３であって、Ｑ２は、Ｈであり、そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、式ＩＩａの少なくとも１つのモノマーを有するオリゴマー化合物を提供する。Ｑ１がＣＨ３であって、Ｑ２は、Ｈである。
【００５５】
ある態様では、式ＩＩａのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ１がＣＨ３であって、Ｑ２は、Ｈであり、そしてＧ１は、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、式ＩＩａの少なくとも１つのモノマーを有するオリゴマー化合物を提供する。
【００５６】
ある態様では、式ＩＩａのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ２がＣＨ３であって、Ｑ１は、Ｈであり、そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、式ＩＩａの少なくとも１つのモノマーを有するオリゴマー化合物を提供する。
【００５７】
ある態様では、式ＩＩａのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ２がＣＨ３であって、Ｑ１は、Ｈであり、そしてＧ１は、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、式ＩＩａの少なくとも１つのモノマーを有するオリゴマー化合物を提供する。
【００５８】
ある態様では、式ＩＩの１つのモノマーを５’端に含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【００５９】
ある態様では、式ＩＩのモノマーが２つ以上連続する少なくとも１つの領域を含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様において、この少なくとも１つの領域は、式ＩＩのモノマーを２〜５連続して含む。
【００６０】
ある態様では、少なくとも２つの領域を含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここでそれぞれの領域は、独立して、式ＩＩのモノマーを１〜約５連続して含み、そしてここでそれぞれの領域は、式ＩＩを有するモノマーとは異なって、ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、少なくとも１つのモノマーサブユニットによって分離される。ある態様では、式ＩＩのモノマーが連続する１つの領域が５’端に位置して、式ＩＩのモノマーが連続する第二領域が３’端に位置しているギャップ化（gapped）オリゴマー化合物を提供し、ここでこの２つの領域は、式ＩＩを有するモノマーとは異なるヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、約６〜約１８のモノマーサブユニットを含んでなる内部領域によって分離される。ある態様において、この内部領域は、約８〜約１４の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む。ある態様において、この内部領域は、約９〜約１２の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む。
【００６１】
ある態様では、式ＩＩのモノマーが２〜３連続する第一領域、式ＩＩのモノマーが１〜３連続する任意選択の第二領域、及び８〜１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの第三領域を含んでなり、ここで前記第三領域は、前記第一領域と前記第二領域の間に位置している、オリゴマー化合物を提供する。
【００６２】
ある態様では、それぞれのヌクレオシド間連結基が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、それぞれのヌクレオシド間連結基が本質的にホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、オリゴマー化合物を提供する。
【００６３】
ある態様では、第一オリゴマー化合物と第二オリゴマー化合物を含んでなる二本鎖組成物を提供し、ここで第一オリゴマー化合物は、第二オリゴマー化合物に相補的であり、そして第二オリゴマー化合物は、核酸標的に相補的であり、第一及び第二オリゴマー化合物の少なくとも１つは、本発明で提供されるようなオリゴマー化合物であって、ここで前記組成物は、１以上の５’若しくは３’−末端基を含んでもよい。
【００６４】
ある態様では、本発明で提供されるようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と細胞を接触させることを含んでなる方法を本発明で提供し、ここでこのオリゴマー化合物又は二本鎖組成物の１つの鎖は、標的ＲＮＡに相補的である。ある態様において、その細胞は、動物にある。ある態様において、その細胞は、ヒトにある。ある態様において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、及び他のノンコーディングＲＮＡより選択される。ある態様において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。ある態様において、標的ＲＮＡは、ヒトｍＲＮＡである。ある態様において、標的ＲＮＡは、切断されて、それによりその機能を阻害する。ある態様において、該方法は、オリゴマー化合物又は二本鎖組成物の前記細胞に対するアンチセンス活性を評価する工程をさらに含む。ある態様において、評価工程は、標的ＲＮＡの量を検出することを含む。ある態様において、評価工程は、タンパク質の量を検出することを含む。ある態様において、評価工程は、１以上の表現型効果の検出を含む。
【００６５】
ある態様では、そのオリゴマー化合物と二本鎖組成物を療法における使用に提供する。ある態様において、療法は、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患を治療することを含む。ある態様において、療法は、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療することである。ある態様において、療法は、ノンコーディングＲＮＡの調節（低下させるか又は増加させること）に関連し、これが次に、疾患状態を創出することに関与している他の遺伝子の発現に影響を及ぼす。ある態様において、療法は、本発明で提供するようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と動物中の細胞を接触させることを含む。
【００６６】
ある態様では、そのオリゴマー化合物及び二本鎖組成物を、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患の治療用医薬品の製造へ提供する。
【００６７】
ある態様では、そのオリゴマー化合物及び二本鎖組成物を、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療するための医薬品の製造へ提供する。
【００６８】
ある態様では、本発明で提供するようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と医薬的に許容される担体を含んでなる医薬組成物を提供する。
【００６９】
ある態様では、式ＩＩＩ：
【００７０】
【化７】
0005763539.tif 000008
【００７１】
［式中：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ５は、リン部分又は反応性リン基であり；
Ｔ６は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そして
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、又はＱ１とＱ２がＨであってＱ３とＱ４がそれぞれＦであるとき、又はＱ１とＱ２がそれぞれＨであってＱ３とＱ４の一方がＨでありＱ３とＱ４の他方がＲ９であるとき、このときＧ１は、Ｈ、ヒドロキシル、ＯＲ９、ハロゲン、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＨＣｌ２、及びＣＨ２ＯＨ以外であり、ここでＲ９は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアルカリールである］を有する化合物を提供する。
【００７２】
ある態様では、Ｂｘが、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである。ある態様では、Ｂｘが、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである。
【００７３】
ある態様では、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。ある態様では、Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある態様では、Ｇ１がＦである。
【００７４】
ある態様では、Ｔ５がリン部分である。ある態様では、リン部分が式：
【００７５】
【化８】
0005763539.tif 000009
【００７６】
［式中：
ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そして
Ｒｂは、Ｏ又はＳである］を有する。
【００７７】
ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である。ある態様では、ＲｂがＯである。ある態様では、ＲｂがＳである。
【００７８】
ある態様では、ＲａがＲｃとは異なる。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨ以外である。
【００７９】
ある態様では、Ｔ５が反応性リン基である。ある態様では、Ｔ６が、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、及びジメトキシトリチルより選択される。ある態様では、Ｔ６が４，４’−ジメトキシトリチルである。ある態様では、Ｔ６が反応性リン基である。ある態様では、Ｔ６が、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト及びＨ−ホスホネートより選択される反応性リン基である。ある態様では、Ｔ５がリン部分であり、Ｔ６がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである。
【００８０】
ある態様において、リン部分は、−Ｐ（ＯＨ）２（＝Ｏ）である。
【００８１】
ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がＨである。ある態様では、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む。
【００８２】
ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｑ１及びＱ２の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｑ３とＱ４がＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、Ｃ１−Ｃ６アルキルは、メチルである。ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の他の３つがＨである。ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＦである。ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の２つがＦである。ある態様では、Ｑ１とＱ２がそれぞれＦである。ある態様では、Ｑ３とＱ４がそれぞれＦである。ある態様では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４のそれぞれがＦ又はＨである。
【００８３】
ある態様では、構造：
【００８４】
【化９】
0005763539.tif 000010
【００８５】
を有する化合物を提供する。
【００８６】
ある態様では、式ＩＶ：
【００８７】
【化１０】
0005763539.tif 000011
【００８８】
［式中、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ７とＴ８の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ７とＴ８の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そして
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、又はＱ１とＱ２がＨであってＱ３とＱ４がそれぞれＦであるとき、又はＱ１とＱ２がそれぞれＨであってＱ３とＱ４の一方がＨでありＱ３とＱ４の他方がＲ９であるとき、このときＧ１は、Ｈ、ヒドロキシル、ＯＲ９、ハロゲン、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＨＣｌ２、及びＣＨ２ＯＨ以外であり、ここでＲ９は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアルカリールである］の少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【００８９】
ある態様では、それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである、式ＩＶの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである。
【００９０】
ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、式ＩＶの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｇ１がＦである。
【００９１】
ある態様では、１つのＴ８が３’−末端基である。ある態様では、Ｔ７及びＴ８の少なくとも１つがコンジュゲート基である。ある態様では、１つのＴ７がリン部分である。ある態様において、リン部分は、式：
【００９２】
【化１１】
0005763539.tif 000012
【００９３】
［式中：
ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そして
Ｒｂは、Ｏ又はＳである］を有する。
【００９４】
ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である。ある態様では、ＲｂがＯである。ある態様では、ＲｂがＳである。
【００９５】
ある態様では、ＲａがＲｃとは異なる。ある態様では、ＲａとＲｃがそれぞれＯＨ以外である。
【００９６】
ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の他の３つがＨである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の他の３つがＨである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む。
【００９７】
ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ３及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、Ｃ１−Ｃ６アルキル基は、メチルである。
【００９８】
ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の３つがＨである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＦである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の２つがＦである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１とＱ２がそれぞれＦである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ３とＱ４がそれぞれＦである。ある態様では、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＦ又はＨである。
【００９９】
ある態様では、式ＩＶの少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここで式ＩＶのそれぞれのモノマーは、構造：
【０１００】
【化１２】
0005763539.tif 000013
【０１０１】
を有する。
【０１０２】
ある態様では、式ＩＶの１つのモノマーを５’端に含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【０１０３】
ある態様では、式ＩＶのモノマーが２つ以上連続する少なくとも１つの領域を含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様において、その少なくとも１つの領域は、式ＩＶのモノマーを２〜５連続して含む。
【０１０４】
ある態様では、少なくとも２つの領域を含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここでそれぞれの領域は、独立して、式ＩＶのモノマーを１〜約５連続して含み、そしてここでそれぞれの領域は、式ＩＶを有するモノマーとは異なって、ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、少なくとも１つのモノマーサブユニットによって分離される。ある態様では、式ＩＶのモノマーが連続する１つの領域が５’端に位置して、式ＩＶのモノマーが連続する第二領域が３’端に位置しているギャップ化オリゴマー化合物を提供し、ここでこの２つの領域は、式ＩＶを有するモノマーとは異なるヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、約６〜約１８のモノマーサブユニットを含んでなる内部領域によって分離される。ある態様において、この内部領域は、約８〜約１４の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む。ある態様において、この内部領域は、約９〜約１２の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む。
【０１０５】
ある態様では、式ＩＶのモノマーが２〜３連続する第一領域、式ＩＶのモノマーが１〜３連続する任意選択の第二領域、及び８〜１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの第三領域を含んでなり、ここで前記第三領域は、前記第一領域と前記第二領域の間に位置している、オリゴマー化合物を提供する。
【０１０６】
ある態様では、それぞれのヌクレオシド間連結基が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、それぞれのヌクレオシド間連結基が本質的にホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、オリゴマー化合物を提供する。
【０１０７】
ある態様では、第一オリゴマー化合物と第二オリゴマー化合物を含んでなる二本鎖組成物を提供し、ここで第一オリゴマー化合物は、第二オリゴマー化合物に相補的であり、そして第二オリゴマー化合物は、核酸標的に相補的であり、第一及び第二オリゴマー化合物の少なくとも１つは、本発明で提供されるようなオリゴマー化合物であり、そしてここで前記組成物は、１以上の５’若しくは３’−末端基を含んでもよい。
【０１０８】
ある態様では、本発明で提供されるようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と細胞を接触させることを含んでなる方法を本発明で提供し、ここでこのオリゴマー化合物又は二本鎖組成物の１つの鎖は、標的ＲＮＡに相補的である。ある態様において、その細胞は、動物にある。ある態様において、その細胞は、ヒトにある。ある態様において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、及びマイクロＲＮＡより選択される。ある態様において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。ある態様において、標的ＲＮＡは、ヒトｍＲＮＡである。ある態様において、標的ＲＮＡは、切断されて、それによりその機能を阻害する。ある態様において、該方法は、オリゴマー化合物又は二本鎖組成物の前記細胞に対するアンチセンス活性を評価する工程をさらに含む。ある態様において、評価工程は、標的ＲＮＡの量を検出することを含む。ある態様において、評価工程は、タンパク質の量を検出することを含む。ある態様において、評価工程は、１以上の表現型効果の検出を含む。
【０１０９】
ある態様では、そのオリゴマー化合物と二本鎖組成物を療法における使用に提供する。ある態様において、療法は、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患を治療することを含む。ある態様において、療法は、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療することである。ある態様において、療法は、ノンコーディングＲＮＡの調節（低下させるか又は増加させること）に関連し、これが次に、疾患状態を創出することに関与している他の遺伝子の発現に影響を及ぼす。ある態様において、療法は、本発明で提供するようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と動物中の細胞を接触させることを含む。
【０１１０】
ある態様では、そのオリゴマー化合物及び二本鎖組成物を、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患の治療用医薬品の製造へ提供する。
【０１１１】
ある態様では、そのオリゴマー化合物及び二本鎖組成物を、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療するための医薬品の製造へ提供する。
【０１１２】
ある態様では、本発明で提供するようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と医薬的に許容される担体を含んでなる医薬組成物を提供する。
【０１１３】
本発明で提供するのは、式Ｉ：
【０１１４】
【化１３】
0005763539.tif 000014
【０１１５】
［式中：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ１とＴ２の一方は、Ｈ又はヒドロキシル保護基であり、そしてＴ１とＴ２の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、又は反応性リン基であり；
Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１とＥ２は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
ここでそれぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外である］を有する化合物である。
【０１１６】
ある態様では、Ｂｘが、ウラシル、５−メチルウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである。ある態様では、Ｂｘが、ウラシル、５−メチルウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである。
【０１１７】
ある態様では、Ｔ１及びＴ２の少なくとも１つが、ベンジル、ベンゾイル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシラート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）より選択されるヒドロキシル保護基である。ある態様では、Ｔ１が、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、及びジメトキシトリチルより選択される。ある態様では、Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルである。ある態様では、Ｔ２が反応性リン基である。ある態様では、Ｔ２が、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト及びＨ−ホスホネートより選択される反応性リン基である。ある態様では、Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルであり、Ｔ２がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである。
【０１１８】
ある態様では、Ｑ１がＨである。ある態様では、Ｑ２がＨである。ある態様では、Ｑ１とＱ２がそれぞれＨ以外である。ある態様では、Ｑ１及びＱ２の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様において、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルは、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む。ある態様では、Ｑ１とＱ２がＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがメチルである。
【０１１９】
ある態様では、Ｇが、ＣＨ３、ＣＨ２Ｆ、ＣＨＦ２、ＣＦ３、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２Ｆ、ＣＨ２ＣＨＦ２、ＣＨ２ＣＦ３、ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、（ＣＨ２）２−Ｓ−ＣＨ３、（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＦ３、（ＣＨ２）３−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、（ＣＨ２）２−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ａ３）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、又は（ＣＨ２）２−Ｎ（Ａ３）−Ｃ（＝ＮＡ４）［Ｎ（Ａ１）（Ａ２）］であり、ここでＡ１、Ａ２、Ａ３、及びＡ４は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、Ｇが、ＣＨ３、ＣＦ３、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＦ３、ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、（ＣＨ２）２−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。ある態様では、Ｇ１が、ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１２０】
ある態様において、本発明で提供する化合物は、構造：
【０１２１】
【化１４】
0005763539.tif 000015
【０１２２】
を有する。
【０１２３】
本発明でまた提供するのは、オリゴマー化合物であり、ここでそれぞれのオリゴマー化合物は、式ＩＩ：
【０１２４】
【化１５】
0005763539.tif 000016
【０１２５】
［式中、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；
Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇは、［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚであり；
それぞれのＲ１及びＲ２は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ１）（Ｅ２）であり；
Ｅ１とＥ２は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
ここでそれぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外である］の少なくとも１つのモノマーを含む。
【０１２６】
ある態様では、それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、５−メチルウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである。ある態様では、それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、５−メチルウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである。
【０１２７】
ある態様では、Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つが５’若しくは３’−末端基である。ある態様では、Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つがコンジュゲート基又はリン酸エステル部分である。
【０１２８】
ある態様では、それぞれのＱ１がＨである。ある態様では、それぞれのＱ２がＨである。ある態様では、それぞれのＱ１とそれぞれのＱ２がＨ以外である。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、それぞれの置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、それぞれの置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがメチルである。
【０１２９】
ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｇが、ＣＨ３、ＣＨ２Ｆ、ＣＨＦ２、ＣＦ３、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２Ｆ、ＣＨ２ＣＨＦ２、ＣＨ２ＣＦ３、ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、（ＣＨ２）２−Ｓ−ＣＨ３、（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＦ３、（ＣＨ２）３−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、（ＣＨ２）２−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ａ３）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ａ１）（Ａ２）、又は（ＣＨ２）２−Ｎ（Ａ３）−Ｃ（＝ＮＡ４）［Ｎ（Ａ１）（Ａ２）］であり、ここでＡ１、Ａ２、Ａ３、及びＡ４は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｇが、ＣＨ３、ＣＦ３、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＦ３、ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、（ＣＨ２）２−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｇが、ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３、ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１３０】
ある態様では、式ＩＩのそれぞれのモノマーが構造：
【０１３１】
【化１６】
0005763539.tif 000017
【０１３２】
を有するオリゴマー化合物を提供する。
【０１３３】
ある態様では、式ＩＩのモノマーが２つ以上連続する少なくとも１つの領域を含んでなるオリゴマー化合物を提供する。ある態様において、その少なくとも１つの領域は、式ＩＩのモノマーを２〜５連続して含む。
【０１３４】
ある態様では、少なくとも２つの領域を含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここでそれぞれの領域は、独立して、式ＩＩのモノマーを１〜約５連続して含み、そしてここでこの２つの領域は、式ＩＩを有するモノマーとは異なって、ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、少なくとも１つのモノマーサブユニットを含んでなる内部領域によって分離される。ある態様では、式ＩＩのモノマーが連続する１つの領域が５’端に位置して、式ＩＩのモノマーが連続する第二領域が３’端に位置しているギャップ化オリゴマー化合物を含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここでこの２つの領域は、式ＩＩを有するモノマーとは異なり、ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、約６〜約１８のモノマーサブユニットを含んでなる内部領域によって分離される。ある態様において、この内部領域は、約８〜約１４の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む。ある態様において、この内部領域は、約９〜約１２の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む。
【０１３５】
ある態様では、式ＩＩのモノマーが２〜３連続する第一領域、式ＩＩのモノマーが１又は２連続する任意選択の第二領域、及び８〜１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの第三領域を含んでなり、ここで前記第三領域は、前記第一領域と前記第二領域の間に位置している、オリゴマー化合物を提供する。
【０１３６】
ある態様では、それぞれのヌクレオシド間連結基が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、それぞれのヌクレオシド間連結基が本質的にホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、オリゴマー化合物を提供する。
【０１３７】
ある態様では、本発明で提供されるようなオリゴマー化合物と細胞を接触させることを含んでなる方法を提供し、ここで前記オリゴマー化合物は、標的ＲＮＡに相補的である。ある態様において、その細胞は、動物にある。ある態様において、その細胞は、ヒトにある。ある態様において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、及びマイクロＲＮＡより選択される。ある態様において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。ある態様において、標的ＲＮＡは、ヒトｍＲＮＡである。ある態様において、標的ＲＮＡは、切断されて、それによりその機能を阻害する。
【０１３８】
ある態様において、該方法は、前記オリゴマー化合物の前記細胞に対するアンチセンス活性を評価する工程をさらに含む。ある態様において、評価には、標的ＲＮＡの量を検出することが含まれる。ある態様において、評価には、タンパク質の量を検出することが含まれる。ある態様において、評価には、１以上の表現型効果の検出が含まれる。
【０１３９】
ある態様では、そのオリゴマー化合物を療法における使用に提供する。ある態様において、療法は、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患を治療することを含む。ある態様において、療法は、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療することである。ある態様において、療法は、ノンコーディングＲＮＡの調節（低下させるか又は増加させること）に関連し、これが次に、疾患状態を創出することに関与している他の遺伝子の発現に影響を及ぼす。ある態様において、療法は、本発明で提供するようなオリゴマー化合物又は二本鎖組成物と動物中の細胞を接触させることを含む。ある態様では、動物中の細胞を本オリゴマー化合物と接触させることができる。
【０１４０】
ある態様では、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患の治療用医薬品の製造へのオリゴマー化合物の使用を提供する。ある態様では、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療するための医薬品の製造へのオリゴマー化合物の使用を提供する。
【０１４１】
また提供するのは、本発明で提供するようなオリゴマー化合物と医薬的に許容される担体をそれぞれ含む医薬組成物である。
【発明を実施するための形態】
【０１４２】
ある態様では、少なくとも１つの５’−置換基と２’−置換基を有する修飾ヌクレオシド、これら修飾ヌクレオシドが含まれるオリゴマー化合物、及びこれらオリゴマー化合物を使用する方法を提供する。本発明でまた提供するのは、これらの修飾ヌクレオシド及びオリゴマー化合物を製造するための中間体及び方法である。より特別には、オリゴマー化合物へ取り込むことができる、５’−モノ（Ｒ、Ｓ、又は混合）若しくはビス置換で２’−置換された修飾ヌクレオシドを提供する。本発明で提供する修飾ヌクレオシドは、それらがその中へ取り込まれるオリゴマー化合物の１以上の特性（例えば、ヌクレアーゼ抵抗性のような）を増強するのに有用であることが期待される。ある態様において、本発明で提供するオリゴマー化合物及び組成物は、標的ＲＮＡの一部へハイブリダイズして、標的ＲＮＡの通常の機能の損失をもたらすことが期待される。本オリゴマー化合物はまた、診断応用におけるプライマー及びプローブとして有用であることが期待される。
【０１４３】
本発明の１つの側面において、式Ｉ：
【０１４４】
【化１７】
0005763539.tif 000018
【０１４５】
［式中：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ａは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｒ１）であり；
Ｒ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
Ｔ１とＴ２の一方は、Ｈ、保護基、又はリン部分であり、そしてＴ１とＴ２の他方は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；
Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、そしてＡがＯであるとき、Ｇ１は、ハロゲン以外である］を有する化合物を提供する。
【０１４６】
ある態様では、構造：
【０１４７】
【化１８】
0005763539.tif 000019
【０１４８】
を有する式Ｉの化合物を提供する。
【０１４９】
本発明の１つの側面において、式ＩＩ：
【０１５０】
【化１９】
0005763539.tif 000020
【０１５１】
［式中、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ａは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｒ１）であり；
Ｒ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；
Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、そしてＡがＯであるとき、Ｇ１は、ハロゲン以外である］を有する少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【０１５２】
ある態様では、式ＩＩを有する少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここで式ＩＩのそれぞれのモノマーは、構造：
【０１５３】
【化２０】
0005763539.tif 000021
【０１５４】
を有する。
【０１５５】
本発明の１つの側面において、式ＩＩＩ：
【０１５６】
【化２１】
0005763539.tif 000022
【０１５７】
［式中：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ５は、リン部分又は反応性リン基であり；
Ｔ６は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そして
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、又はＱ１とＱ２がＨであってＱ３とＱ４がそれぞれＦであるとき、又はＱ１とＱ２がそれぞれＨであってＱ３とＱ４の一方がＨでありＱ３とＱ４の他方がＲ９であるとき、このときＧ１は、Ｈ、ヒドロキシル、ＯＲ９、ハロゲン、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＨＣｌ２、及びＣＨ２ＯＨ以外であり、ここでＲ９は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアルカリールである］を有する化合物を提供する。
【０１５８】
ある態様では、構造：
【０１５９】
【化２２】
0005763539.tif 000023
【０１６０】
を有する式ＩＩＩの化合物を提供する。
【０１６１】
本発明の１つの側面において、式ＩＶ：
【０１６２】
【化２３】
0005763539.tif 000024
【０１６３】
［式中、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ７とＴ８の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ７とＴ８の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；
それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；
Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；
ｎは、１〜約６であり；
ｍは、０又は１であり；
ｊは、０又は１であり；
それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；
Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そして
Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、又はＱ１とＱ２がＨであってＱ３とＱ４がそれぞれＦであるとき、又はＱ１とＱ２がそれぞれＨであってＱ３とＱ４の一方がＨでありＱ３とＱ４の他方がＲ９であるとき、このときＧ１は、Ｈ、ヒドロキシル、ＯＲ９、ハロゲン、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＨＣｌ２、及びＣＨ２ＯＨ以外であり、ここでＲ９は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアルカリールである］を有する少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【０１６４】
ある態様では、式ＩＶを有する少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物を提供し、ここで式ＩＶのそれぞれのモノマーは、構造：
【０１６５】
【化２４】
0005763539.tif 000025
【０１６６】
を有する。
【０１６７】
ある態様では、本発明で提供するようなオリゴマー化合物の少なくとも１つを含んでなる二本鎖組成物を提供する。ある態様では、そのようなオリゴマー化合物のそれぞれに、式ＩＩのモノマー及び／又は式ＩＶのモノマーより選択される１以上のモノマーを含めることができる。ある態様では、この二本鎖組成物の１つの鎖だけが本発明で提供するようなモノマーの１以上を含む。ある態様では、この二本鎖組成物の１つの鎖だけが本発明で提供するような単一のモノマーを含み、ここでそのようなモノマーに好ましい位置は、５’−末端モノマーである。
【０１６８】
ある態様において、本発明で提供する５’及び２’−修飾ヌクレオシドは、オリゴマー化合物を１以上の位置で修飾するのに有用である。そのような修飾オリゴマー化合物は、特別なモチーフを有すると記載することができる。モチーフには、制限なしに、ギャップ化モチーフ、ヘミマーモチーフ、ブロックマーモチーフ、均一完全修飾モチーフ、位置的修飾モチーフ、及び交替モチーフが含まれる。これらのモチーフと共同して、限定されないが、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間連結が含まれる、多種多様なヌクレオシド間連結も使用し得て、これらは均一に、又は様々な組合せで取り込むことができる。本オリゴマー化合物には、例えば、コンジュゲート又はレポーター基のような、少なくとも１つの５’若しくは３’−末端基をさらに含めることができる。本発明で提供する５’及び２’−修飾ヌクレオシドのポジショニング、連結戦略の使用、及び５’若しくは３’−末端基については、選択される標的へ望まれる活性を増強するために容易に最適化することができる。
【０１６９】
本明細書に使用するように、「モチーフ」という用語は、モノマーサブユニットのオリゴマー化合物内での相対的なポジショニングによって創出されるパターンに言及し、ここでそのパターンは、糖基を比較することによって決定される。オリゴマー化合物のモチーフについての唯一の決定因子は、糖基の間の違い、又は違いの不足なのである。本明細書に使用するように、「糖基」という用語には、それがモチーフへ適用される場合、フラノース環を有する天然に存在する糖、修飾フラノース環を有する糖、及び、糖代用物（ここではフラノース環が、例えば、モルホリノ又はヘキシトール環系のような別の環系に置き換わっている）が含まれる。それぞれの糖基が同じである（ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾、又は代用物）とき、このモチーフは、均一完全修飾と呼ばれる。２以上の種類の糖基が存在しているとき、このモチーフは、オリゴマー化合物内部での、異なる種類の糖基を有するモノマーサブユニットのポジショニングに対する、第一種の糖基を有するモノマーサブユニットのポジショニングより創出されるパターンによって規定される。
【０１７０】
モチーフを有するオリゴマー化合物の製造において有用ないくつかの異なる種類の糖基の具体例には、制限なしに、β−Ｄ−リボース、β−Ｄ−２’−デオキシリボース、置換糖（２’，５’及びビス置換糖のような）、４’−Ｓ−糖（４’−Ｓ−リボース、４’−Ｓ−２’−デオキシリボース、及び４’−Ｓ−２’−置換リボースのような）、二環系修飾糖（２’−Ｏ−ＣＨ２−４’若しくは２’−Ｏ−（ＣＨ２）２−４’架橋リボース由来の二環系糖のような）、及び糖代用物（リボース環がモルホリノ又はヘキシトール環系で置き換えられた場合のような）が含まれる。それぞれの位置で使用される複素環式塩基及びヌクレオシド間連結の種類は可変的であり、モチーフを決定するときの因子ではない。限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる１以上の他の基の存在も、モチーフを決定するときの因子ではない。
【０１７１】
モチーフの製造について教示する代表的な米国特許には、制限なしに、５，０１３，８３０；５，１４９，７９７；５，２２０，００７；５，２５６，７７５；５，３６６，８７８；５，４０３，７１１；５，４９１，１３３；５，５６５，３５０；５，６２３，０６５；５，６５２，３５５；５，６５２，３５６；及び５，７００，９２２号が含まれ、このうちあるものは、本出願とともに共有されて、このそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。モチーフについては、国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２１９（２００５年６月２日出願、ＷＯ２００５／１２１３７１として２００５年１２月２２日公開）及びＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２２０（２００５年６月２日出願、ＷＯ２００５／１２１３７２として２００５年１２月２２日公開）においても開示され；そのいずれも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０１７２】
本明細書に使用するように、「交替モチーフ」という用語は、連結したモノマーサブユニットの連続配列を含んでなるオリゴマー化合物に言及し、ここでそのモノマーサブユニットは、オリゴマー化合物の本質的に全体の配列で交替する、２つの異なる種類の糖基を有する。交替モチーフを有するオリゴマー化合物は、式：５’−Ａ（−Ｌ−Ｂ−Ｌ−Ａ）ｎ（−Ｌ−Ｂ）ｎｎ−３’（ここでＡとＢは、異なる糖基を有するモノマーサブユニットであり、それぞれのＬは、独立して、ヌクレオシド間連結基であり、ｎは、約４〜約１２であり、ｎｎは、０又は１である）によって記載することができる。複素環式塩基とヌクレオシド間連結は、独立して、それぞれの位置で可変的である。このモチーフには、限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる、１以上の他の基の使用がさらに含まれてもよい。これにより、長さが約９〜約２６のモノマーサブユニットの交替オリゴマー化合物が可能になる。この長さ範囲は、より長いオリゴマー化合物もより短いオリゴマー化合物も本発明で提供するオリゴマー化合物に受け容れられるので、制限的であることを意味しない。ある態様では、Ａ及びＢの１つが、本発明で提供するような５’及び２’−修飾ヌクレオシドである。
【０１７３】
本明細書に使用するように、「均一完全修飾モチーフ」という用語は、同じ種類の糖基をそれぞれ有する連結したモノマーサブユニットの連続配列を含んでなるオリゴマー化合物に言及する。複素環式塩基とヌクレオシド間連結は、独立して、それぞれの位置で可変的である。このモチーフには、限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる、１以上の他の基の使用がさらに含まれてもよい。ある態様において、均一完全修飾モチーフには、５’及び２’−修飾ヌクレオシドの連続配列が含まれる。ある態様では、５’及び２’−修飾ヌクレオシドの連続配列の５’及び３’−端の一方又は両方が１以上の非修飾ヌクレオシドのような５’若しくは３’−末端基を含む。
【０１７４】
本明細書に使用するように、「ヘミマーモチーフ」という用語は、同じ種類の糖基をそれぞれ有するモノマーサブユニットの連続配列を、５’端又は３’端に位置して、異なる種類の糖基を有するモノマーサブユニットのさらに短い連続配列とともに含んでなるオリゴマー化合物に言及する。複素環式塩基とヌクレオシド間連結は、独立して、それぞれの位置で可変的である。このモチーフには、限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる、１以上の他の基の使用がさらに含まれてもよい。一般に、ヘミマーは、均一であるが異なる糖基がオリゴマー化合物の３’端又は５’端のいずれかに位置する短い領域（１、２、３、４、又は約５のモノマーサブユニット）をさらに含んでなる、均一な糖基のオリゴマー化合物である。
【０１７５】
ある態様において、ヘミマーモチーフは、第一種の糖基を有する約１０〜約２８のモノマーサブユニットの連続配列を、第二種の糖基が末端の一方に位置する１〜５又は２〜約５のモノマーサブユニットとともに含む。ある態様において、ヘミマーは、１〜１２の連続した５’及び２’−修飾ヌクレオシドが末端の一方に位置する、約８〜約２０のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの連続配列である。ある態様において、ヘミマーは、１〜５の連続した５’及び２’−修飾ヌクレオシドが末端の一方に位置する、約８〜約２０のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの連続配列である。ある態様において、ヘミマーは、１〜３の連続した５’及び２’−修飾ヌクレオシドが末端の一方に位置する、約１２〜約１８のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの連続配列である。ある態様において、ヘミマーは、１〜３の連続した５’及び２’−修飾ヌクレオシドが末端の一方に位置する、約１０〜約１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの連続配列である。
【０１７６】
本明細書に使用するように、「ブロックマーモチーフ」という用語は、それぞれのモノマーサブユニットの糖基が、異なる種類の糖基を有する連続したモノマーサブユニットの中断的な内部ブロックを除けば同じである、モノマーサブユニットの他の点では連続した配列を含んでなるオリゴマー化合物に言及する。複素環式塩基とヌクレオシド間連結は、独立して、ブロッカーオリゴマー化合物のそれぞれの位置で可変的である。このモチーフには、限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる、１以上の他の基の使用がさらに含まれてもよい。ブロックマーは、その定義においてギャップマーと幾分重なるが、典型的には、ブロックマーでは、ブロック中のモノマーサブユニットだけが天然に存在しない糖基を有して、ギャップマーでは、外部領域中のモノマーサブユニットだけが天然に存在しない糖基を有するのであり、ブロックマー又はギャップマーにおける残りのモノマーサブユニットは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシド又はβ−Ｄ−リボヌクレオシドである。ある態様では、モノマーサブユニットのすべてが天然に存在しない糖基を含む、ブロックマーのオリゴマー化合物を本発明で提供する。
【０１７７】
本明細書に使用するように、「位置的修飾モチーフ」という用語は、別の種類の糖基を有する１〜約５の連続したモノマーサブユニットの２以上の領域で中断された、第一種の糖基を有するモノマーサブユニットの他の点では連続した配列が含まれることを意味する。１〜約５の連続したモノマーサブユニットの２以上の領域のそれぞれは、糖基の種類に関して、独立して均一に修飾される。ある態様では、２以上の領域のそれぞれが同じ種類の糖基を有する。ある態様では、２以上の領域のそれぞれが異なる種類の糖基を有する。ある態様では、２以上の領域のそれぞれが、独立して、同じか又は異なる種類の糖基を有する。複素環式塩基とヌクレオシド間連結は、独立して、位置的修飾オリゴマー化合物のそれぞれの位置で可変的である。このモチーフには、限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる、１以上の他の基の使用がさらに含まれてもよい。ある態様では、２〜約５の連続した５’及び２’−修飾ヌクレオシドの２又は３の領域がそれぞれさらに含まれる、８〜２０のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの配列を含んでなる位置的修飾オリゴマー化合物を提供する。位置的修飾オリゴマー化合物がギャップ化モチーフ、ヘミマーモチーフ、ブロックマーモチーフ、及び交替モチーフから区別されるのは、どの位置モチーフでも規定される領域置換のパターンがこれらの他のモチーフの１つについて本明細書で提供される定義に適合しないからである。「位置的修飾オリゴマー化合物」という用語には、多くの異なる特定の置換パターンが含まれる。
【０１７８】
本明細書に使用するように、「ギャップマー」又は「ギャップ化オリゴマー化合物」という用語は、２つの外部領域又はウィングと内部領域又はギャップを有するオリゴマー化合物に言及する。この３つの領域は、外部領域の糖基が内部領域の糖基とは異なる、モノマーサブユニットの連続配列を形成して、そしてここで特別な領域内のそれぞれのモノマーサブユニットの糖基は、本質的に同じである。ある態様では、特別な領域内のそれぞれのモノマーサブユニットが同じ糖基を有する。外部領域の糖基が同じであるとき、ギャップマーは、対称性のギャップマーであり、そして５’−外部領域に使用される糖基が３’−外部領域に使用される糖基とは異なるとき、ギャップマーは、非対称性のギャップマーである。ある態様において、外部領域は、小さく（それぞれ独立して、１、２、３、４、又は約５のモノマーサブユニット）、モノマーサブユニットは、天然に存在しない糖基を含み、内部領域は、β−Ｄ−２’−デオキシリボ−ヌクレオシドを含んでなる。ある態様において、外部領域は、それぞれ独立して、天然に存在しない糖基を有する１〜約５のモノマーサブユニットを含み、そして内部領域は、６〜１８の非修飾ヌクレオシドを含む。内部領域又はギャップは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドを概して含むが、天然に存在しない糖基を含む可能性もある。複素環式塩基とヌクレオシド間連結は、ギャップ化オリゴマー化合物のそれぞれの位置で、独立して可変的である。このモチーフには、限定されないが、キャッピング基、コンジュゲート基、及び他の５’若しくは３’−末端基が含まれる、１以上の他の基の使用がさらに含まれてもよい。
【０１７９】
ある態様において、ギャップ化オリゴマー化合物は、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、外部領域の一方は、本明細書に開示されるような５’及び２’−修飾ヌクレオシドを含んでなる。ある態様において、ギャップ化オリゴマー化合物は、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、外部領域の両方は、本発明で提供するような５’及び２’−修飾ヌクレオシドを含んでなる。ある態様では、モノマーサブユニットのすべてが天然に存在しない糖基を含むギャップ化オリゴマー化合物を本発明で提供する。
【０１８０】
ある態様では、１又は２の５’及び２’−修飾ヌクレオシドを５’端に、２又は３の５’及び２’−修飾ヌクレオシドを３’端に、そして１０〜１６のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含んでなる、ギャップ化オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、１つの５’及び２’−修飾ヌクレオシドを５’端に、２つの５’及び２’−修飾ヌクレオシドを３’端に、そして１０〜１６のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含んでなる、ギャップ化オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、１つの５’及び２’−修飾ヌクレオシドを５’端に、２つの５’及び２’−修飾ヌクレオシドを３’端に、そして１０〜１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含んでなる、ギャップ化オリゴマー化合物を提供する。
【０１８１】
ある態様では、約１０〜約２１のモノマーサブユニットの長さである、ギャップ化オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、約１２〜約１６のモノマーサブユニットの長さである、ギャップ化オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、約１２〜約１４のモノマーサブユニットの長さである、ギャップ化オリゴマー化合物を提供する。
【０１８２】
本明細書に使用する「置換基（substituent）」及び「置換基（substituent group）」という用語には、望まれる特性を増強するか又は他の望まれる効果を提供するために、他の基又は親化合物へ典型的には付加される基が含まれることを意味する。置換基は、保護化されても非保護化でもよく、親化合物中の１つの利用可能な部位又は多くの利用可能な部位へ付加することができる。置換基はまた、他の置換基でさらに置換されてよく、親化合物へ直接的に付けても、又はアルキル又はヒドロカービル基のような連結基を介して付けてもよい。
【０１８３】
本発明に従う置換基には、制限なしに、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル（−Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、カルボキシル（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｒａａ）、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ、置換オキシ（−Ｏ−Ｒａａ）、アリール、アラルキル、複素環式基、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、アミノ（−Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ）、イミノ（＝ＮＲｂｂ）、アミド（−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ）又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、アジド（−Ｎ３）、ニトロ（−ＮＯ２）、シアノ（−ＣＮ）、カルバミド（−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ）又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＯＲａａ）、ウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ））、チオウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒｂｂ）−（Ｒｃｃ））、グアニジニル（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（＝ＮＲｂｂ）Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ））、アミジニル（−Ｃ（＝ＮＲｂｂ）Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ）又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（＝ＮＲｂｂ）（Ｒａａ））、チオール（−ＳＲｂｂ）、スルフィニル（−Ｓ（Ｏ）Ｒｂｂ）、スルホニル（−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）、及びスルホンアミジル（−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒｂｂ）（Ｒｃｃ）又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｓ−（Ｏ）２Ｒｂｂ）が含まれる。ここで、それぞれのＲａａ、Ｒｂｂ、及びＲｃｃは、独立して、Ｈ、連結されてもよい化学官能基、又はさらなる置換基であり、好ましいリストには、制限なしに、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、脂肪族、アルコキシ、アシル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、脂環式、複素環式、及びヘテロアリールアルキルが含まれる。本明細書に記載される化合物内で選択される置換基は、再帰的な度合いで存在する。
【０１８４】
この文脈において、「再帰的置換基」は、ある置換基からそれ自体の別の例が引用され得ることを意味する。このような置換基の再帰的な性質のために、所与の特許請求項には、理論上、大きな数が存在し得る。医化学及び有機化学の当業者は、そのような置換基の全体数が、企図される化合物に望まれる特性によって合理的に制約されることを理解されよう。そのような特性には、例示すれば、そして制限なしに、分子量、溶解度、又は対数Ｐのような物理特性、企図される標的に対する活性のような応用特性、そして合成の容易さのような実地特性が含まれる。
【０１８５】
再帰的置換基は、本発明の企図される側面である。医化学及び有機化学の当業者は、このような置換基の多様性を理解されよう。再帰的置換基が本発明の特許請求項に存在する度合いまで、全体数は、上記に述べたように決定されよう。
【０１８６】
本明細書に使用する「安定した化合物」及び「安定した構造」という用語は、反応混合物からの有用な純度までの単離、及び有効な治療薬剤への製剤化に耐えるのに十分頑丈である化合物を示すものである。本発明では、安定した化合物だけを考慮する。
【０１８７】
本明細書に使用する「アルキル」という用語は、２４までの炭素原子を含有する、飽和した直鎖又は分岐鎖の炭化水素基を意味する。アルキル基の例には、制限なしに、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｎ−ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシル、等が含まれる。アルキル基には、典型的には、１〜約２４の炭素原子、より典型的には、１〜約１２の炭素原子（Ｃ１−Ｃ１２アルキル）が含まれ、１〜約６の炭素原子がより好ましい。本明細書に使用する「低級アルキル」という用語には、１〜約６の炭素原子が含まれる。本明細書に使用するアルキル基には、１以上のさらなる置換基が含まれてもよい。
【０１８８】
本明細書に使用する「アルケニル」という用語は、２４までの炭素原子を含有して、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を有する、直鎖又は分岐鎖の炭化水素基を意味する。アルケニル基の例には、制限なしに、エテニル、プロペニル、ブテニル、１−メチル−２−ブテン−１−イル、１，３−ブタジエンのようなジエン、等が含まれる。アルケニル基には、典型的には、２〜約２４の炭素原子、より典型的には２〜約１２の炭素原子が含まれ、２〜約６の炭素原子がより好ましい。本明細書に使用するアルケニル基には、１以上のさらなる置換基が含まれてもよい。
【０１８９】
本明細書に使用する「アルキニル」という用語は、２４までの炭素原子を含有して、少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を有する、直鎖又は分岐鎖の炭化水素基を意味する。アルキニル基の例には、制限なしに、エチニル、１−プロピニル、１−ブチニル、等が含まれる。アルキニル基には、典型的には、２〜約２４の炭素原子、より典型的には、２〜約１２の炭素原子が含まれ、２〜約６の炭素原子がより好ましい。本明細書に使用するアルキニル基には、１以上のさらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９０】
本明細書に使用する「アシル」という用語は、有機酸からヒドロキシル基の除去によって生成する残基を意味し、一般式：−Ｃ（Ｏ）−Ｘ（ここでＸは、典型的には、脂肪族、脂環式、又は芳香族である）を有する。例には、脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族リン酸エステル、脂肪族リン酸エステル、等が含まれる。本明細書に使用するアシル基には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９１】
「脂環式」という用語は、環が脂肪族である、環式の環系に言及する。この環系は、少なくとも１つの環が脂肪族である、１以上の環を含むことができる。好ましい脂環には、環中に約５〜約９の炭素原子を有する環が含まれる。本明細書に使用する脂環には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９２】
本明細書に使用する「脂肪族」という用語は、どの２つの炭素原子間の飽和も、単結合、二重結合、又は三重結合である、２４までの炭素原子を含有する直鎖又は分岐鎖の炭化水素基に言及する。脂肪族基は、好ましくは、１〜約２４の炭素原子、より典型的には、１〜約１２の炭素原子を含有し、１〜約６の炭素原子がより好ましい。脂肪族基の直鎖又は分岐鎖は、窒素、酸素、イオウ、及びリンが含まれる、１以上のヘテロ原子で中断されてよい。ヘテロ原子によって中断されるこのような脂肪族基には、制限なしに、ポリアルキレングリコールのようなポリアルコキシ、ポリアミン、及びポリイミンが含まれる。本明細書に使用するように脂肪族基には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９３】
本明細書に使用する「アルコキシ」という用語は、アルキル基と酸素原子の間で形成される残基を意味し、ここではアルコキシ基を親分子へ付けるのに酸素原子が使用される。アルコキシ基の例には、制限なしに、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｓｅｃ−ブトキシ、ｔｅｒｔ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ネオペントキシ、ｎ−ヘキソキシ、等が含まれる。本明細書に使用するアルコキシ基には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９４】
本明細書に使用する「アミノアルキル」という用語は、アミノ置換されたＣ１−Ｃ１２アルキル残基を意味する。この残基のアルキル部分は、親分子と共有結合を形成する。アミノ基は、どの位置にあってもよくて、アミノアルキル基は、アルキル及び／又はアミノ部分にて、さらなる置換基で置換され得る。
【０１９５】
本明細書に使用する「アラルキル」及び「アリールアルキル」という用語は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル残基へ共有結合している芳香族基を意味する。得られるアラルキル（又はアリールアルキル）基のアルキル残基部分は、親分子と共有結合を形成する。例には、制限なしに、ベンジル、フェネチル、等が含まれる。本明細書に使用するアラルキル基には、そのアルキル、そのアリール、又は両方の基へ付いてその残基を形成する、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９６】
本明細書に使用する「アリール」及び「芳香族」という用語は、１以上の芳香族環を有する、単環式若しくは多環式の炭素環式環系の残基を意味する。アリール基の例には、制限なしに、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、イデニル、等が含まれる。好ましいアリール環系は、１以上の環に約５〜約２０の炭素原子を有する。本明細書に使用するアリール基には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９７】
本明細書に使用する「ハロ」及び「ハロゲン」という用語は、フッ素、塩素、臭素、及びヨウ素より選択される原子を意味する。
【０１９８】
本明細書に使用する「ヘテロアリール」及び「複素芳香族」という用語は、環の少なくとも１つが芳香族であり、１以上のヘテロ原子が含まれる、単環式若しくは多環式の芳香族環、環系、又は縮合環系を含んでなる残基を意味する。ヘテロアリールには、縮合環の１以上がヘテロ原子を含有しない系が含まれる、縮合環系も含まれることを意味する。ヘテロアリール基には、典型的には、イオウ、窒素、又は酸素より選択される１つの環原子が含まれる。ヘテロアリール基の例には、制限なしに、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニル、等が含まれる。ヘテロアリール残基は、親分子へ直接的に付けても、又は脂肪族基又はヘテロ原子のような連結部分を介して付けてもよい。本明細書に使用するヘテロアリール基には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０１９９】
本明細書に使用する「ヘテロアリールアルキル」という用語は、共有結合したＣ１−Ｃ１２アルキル残基がさらに含まれる、先に定義したようなヘテロアリール基を意味する。得られるヘテロアリールアルキル基のアルキル残基部分は、親分子と共有結合を形成することが可能である。例には、制限なしに、ピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピル、等が含まれる。本明細書に使用するヘテロアリールアルキル基には、ヘテロアリール部分又はアルキル部分の一方又は両方の上に、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０２００】
本明細書に使用する「複素環式残基」という用語は、少なくとも１つのヘテロ原子が含まれて、不飽和、一部飽和、又は完全飽和であり、それによりヘテロアリール基が含まれる、単環式若しくは多環式の環系を意味する。複素環式には、縮合環の１以上が少なくとも１つのヘテロ原子を含有して、他の環が１以上のヘテロ原子を含有しても、ヘテロ原子を含有しなくてもよい、縮合環系も含まれることを意味する。複素環式残基には、典型的には、イオウ、窒素、又は酸素より選択される少なくとも１つの原子が含まれる。複素環式残基の例には、［１，３］ジオキソラニル、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリル、等が含まれる。本明細書に使用する複素環式基には、さらなる置換基が含まれてもよい。
【０２０１】
「ヒドロカービル」という用語には、Ｃ、Ｏ、及びＨを含む残基が含まれる。含まれるのは、あらゆる飽和度を有する、直鎖、分岐鎖、及び環式の基である。このようなヒドロカービル基には、Ｎ、Ｏ、及びＳより選択される１以上のヘテロ原子が含まれ得て、１以上の置換基でさらに単置換又は多置換され得る。
【０２０２】
本明細書に使用する「単環式若しくは多環式構造」という用語には、環が縮合又は連結している単環式若しくは多環式残基の環系より選択されるすべての環系が含まれて、脂肪族、脂環式、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、複素環式、ヘテロアリール、複素芳香族、及びヘテロアリールアルキルより個別に選択される単一及び混合の環系が含まれることを意味する。このような単環式及び多環式の構造は、それぞれが同じ飽和レベルをを有するか、又はそれぞれ独立して、完全飽和、一部飽和、又は完全不飽和が含まれる、多様な飽和度を有する複数の環を含有し得る。それぞれの環は、Ｃ、Ｎ、Ｏ、及びＳより選択される環原子を含んで、複素環式環、並びに、Ｃだけの環原子を含んでなる環を生じる可能性があり、これは、例えば、１つの環が炭素環原子だけを有して、縮合環が２つの窒素原子を有するベンゾイミダゾールのような混合モチーフにおいて存在し得る。単環式若しくは多環式構造は、例えば、２つの＝Ｏ基が環の１つへ付く、フタルイミドのような置換基でさらに置換され得る。単環式若しくは多環式構造は、環原子を介して直接的に、置換基を介して、又は二官能性の連結部分を介して、といった様々な戦略を使用して、親分子へ付けることができる。
【０２０３】
「オキソ」という用語は、（＝Ｏ）基を意味する。
【０２０４】
当該技術分野で知られているような連結基又は二官能性連結部分は、化学官能基、コンジュゲート基、レポーター基、及び他の基を、例えば、オリゴマー化合物のような親化合物中の選択部位へ付けるのに有用である。一般に、二官能性連結部分は、２つの官能基を有するヒドロカービル部分を含む。この官能基の一方は、親分子又は目的の化合物へ結合するように選択されて、他方は、化学官能基又はコンジュゲート基のような本質的にすべての選択基へ結合するように選択される。いくつかの態様において、このリンカーは、エチレングリコール又はアミノ酸単位のような反復単位の鎖構造又はポリマーを含む。二官能性連結部分において常套的に使用される官能基の例には、制限なしに、求核基と反応するための求電子体と、求電子基と反応するための求核体が含まれる。いくつかの態様において、二官能性連結部分には、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和物（例、二重若しくは三重結合）、等が含まれる。二官能性連結部分のいくつかの非限定的な例には、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、及び６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸ又はＡＨＡ）が含まれる。他の連結基には、制限なしに、置換Ｃ１−Ｃ１０アルキル、置換若しくは未置換Ｃ２−Ｃ１０アルケニル、又は置換若しくは未置換Ｃ２−Ｃ１０アルキニルが含まれ、ここで好ましい置換基の非限定的なリストには、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが含まれる。
【０２０５】
ある態様において、本発明で提供するオリゴマー化合物は、１以上のコンジュゲート基の共有結合によって修飾することができる。一般に、コンジュゲート基は、それらが付くオリゴマー化合物の１以上の特性を変化させる。そのようなオリゴヌクレオチド特性には、制限なしに、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取込み、電荷、及びクリアランスが含まれる。コンジュゲート基は、化学の技術分野で常套的に使用されて、直接的に、又は任意選択の連結部分又は連結基を介して、オリゴマー化合物のような親化合物へ連結される。コンジュゲート基の好ましいリストには、制限なしに、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、及び色素が含まれる。
【０２０６】
ある態様において、本発明で提供するオリゴマー化合物は、１以上の５’若しくは３’−末端基の共有結合によって修飾され得る。本明細書に使用する「５’若しくは３’−末端基」、「５’−末端基」及び「３’−末端基」という用語には、オリゴマー化合物の追跡を可能にすること（蛍光標識又は他のレポーター基）、オリゴマー化合物の薬物動態又は薬力学を改善すること（例えば、取込み及び／又は送達を増強することのような）、又は、オリゴマー化合物の１以上の他の望ましい特性を増強すること（ヌクレアーゼ安定性又は結合親和性を向上させるための基）といった様々な目的のために、オリゴマー化合物の５’及び３’端の一方又は両方にそれぞれ配置され得る、当業者に知られた有用な基が含まれることを意味する。ある態様において、５’及び３’−末端基には、制限なしに、修飾又は非修飾ヌクレオシド；独立して修飾又は非修飾である、２以上の連結ヌクレオシド；コンジュゲート基；キャッピング基；リン酸エステル部分；及び、保護基が含まれる。ある態様において、５’及び３’−末端基には、制限なしに、修飾又は非修飾ヌクレオシド；独立して修飾又は非修飾であり、核酸標的及び／又は、例えば、二本鎖組成物中の第二鎖のいずれかに対してハイブリダイズし得るか又はハイブリダイズし得ない、１以上の連結ヌクレオシド；コンジュゲート基；キャッピング基；リン酸エステル部分；及び、保護基が含まれる。
【０２０７】
本明細書に使用する「リン酸エステル部分」という用語は、リン酸エステル並びに修飾リン酸エステルが含まれる、末端リン酸基を意味する。リン酸エステル部分は、いずれの末端に位置してもよいが、５’−末端ヌクレオシドであることが好ましい。１つの側面において、末端リン酸は、式：−Ｏ−Ｐ（＝Ｏ）（ＯＨ）ＯＨを有して非修飾である。別の側面において、末端リン酸は、Ｏ及びＯＨ基の１以上が、Ｈ、Ｏ、Ｓ、Ｎ（Ｒ）、又はアルキル（ここでＲは、Ｈ、アミノ保護基、又は未置換若しくは置換アルキルである）に置き換わるように修飾される。ある態様において、５’及び／又は３’−末端基は、それぞれ独立して非修飾又は修飾である、１〜３のリン酸エステル部分を含むことができる。
【０２０８】
本明細書に使用するように、「リン部分」という用語は、１価のＰＶリン残基を意味する。ある態様において、リン部分は、式：
【０２０９】
【化２５】
0005763539.tif 000026
【０２１０】
［式中：
ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そして
Ｒｂは、Ｏ又はＳである］を有する。
【０２１１】
本明細書に使用する「保護基」という用語は、ヒドロキシル、アミノ、及びチオール基が制限なしに含まれる反応性の基を、合成手順の間の望まれない反応に対して保護することが当該技術分野において知られている、不安定な化学部分を意味する。保護基は、典型的には、他の反応部位での反応の間に部位を保護するために、選択的及び／又は直交的に使用されて、非保護基をそのままにして、又はさらなる反応のために利用可能にして、外すことができる。当該技術分野で知られているような保護基については、グリーン（Greene）著の「有機合成の保護基（Protective Groups in Organic Synthesis）」第４版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ、ニューヨーク（2007）に概ね記載されている。
【０２１２】
本発明で提供するようなオリゴマー化合物へ種々の基を前駆体として選択的に取り込むことができる。例えば、アミノ基を本発明で提供するような化合物中へアジド基として入れることができて、これは、合成中の望ましい時点でアミノ基へ化学的に変換することができる。一般に、種々の基は、その最終の基への適正な時点での変換のために、保護化されるか又は、親化合物の他の領域を修飾する反応に対しては不活性である前駆体として存在する。さらなる代表的な保護基又は前駆体基については、Agrawal et al,「オリゴヌクレオチドコンジュゲートのプロトコール（Protocols for Oligonucleotide Conjugates）」、ヒュマナプレス；ニュージャージー、1994, 26, 1-72 に考察されている。
【０２１３】
「直交的に保護された」という用語は、異なる群の保護基で保護されている官能基に言及して、ここで保護基の各群は、どの順序でも、そして他のすべての群の存在下で外すことができる（Barany et al, J. Am. Chem. Soc, 1977, 99, 7363-7365 ;Barany et al, J. Am. Chem. Soc, 1980, 102, 3084-3095 を参照のこと）。直交保護化は、例えば、自動オリゴヌクレオチド合成において広く使用されている。官能基は、脱保護手順によって影響を受けない、１以上の他の保護された官能基の存在下で脱保護される。この脱保護された官能基は、何らかのやり方で、そしてある時点で反応して、異なる反応条件のセットの下で、さらなる直交保護基を外す。これにより、望まれる化合物又はオリゴマー化合物へ達すべき選択的な化学が可能になる。
【０２１４】
ヒドロキシル保護基の例には、制限なしに、アセチル、ｔ−ブチル、ｔ−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１−エトキシエチル、１−（２−クロロエトキシ）エチル、ｐ−クロロフェニル、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ−ニトロベンジル、ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、２−トリメチルシリルエチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（ＴＯＭ）、ベンゾイルホルメート、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、ベンゾイル、ｐ−フェニルベンゾイル、９−フルオレニルメチルカーボネート、メシレート、トシラート、トリフェニルメチル（トリチル）、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、トリメトキシトリチル、１−（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル（ＦＰＭＰ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）が含まれる。ここで、より一般的に使用されるヒドロキシル保護基には、制限なしに、ベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、ベンゾイル、メシレート、トシラート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）が含まれる。
【０２１５】
アミノ保護基の例には、制限なしに、２−トリメチルシリルエトキシカルボニル（Ｔｅｏｃ）、１−メチル−ｌ−（４−ビフェニリル）エトキシカルボニル（Ｂｐｏｃ）、ｔ−ブトキシカルボニル（ＢＯＣ）、アリルオキシカルボニル（Ａｌｌｏｃ）、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）、及びベンジル−オキシカルボニル（Ｃｂｚ）のようなカルバメート保護基；ホルミル、アセチル、トリハロアセチル、ベンゾイル、及びニトロフェニルアセチルのようなアミド保護基；２−ニトロベンゼンスルホニルのようなスルホンアミド保護基；並びに、フタルイミド及びジチアスクシノイルのようなイミン及び環式イミド保護基が含まれる。
【０２１６】
チオール保護基の例には、制限なしに、トリフェニルメチル（トリチル）、ベンジル（Ｂｎ）、等が含まれる。
【０２１７】
ある態様では、１以上の保護化されていてもよいリン含有ヌクレオシド間連結を有する、本発明で提供するようなオリゴマー化合物を製造することができる。ホスホジエステル及びホスホロチオエート連結のようなリン含有ヌクレオシド間連結の代表的な保護基には、β−シアノエチル、ジフェニルシリルエチル、δ−シアノブテニル、シアノｐ−キシリル（ＣＰＸ）、Ｎ−メチル−Ｎ−トリフルオロアセチルエチル（ＭＥＴＡ）、アセトキシフェノキシエチル（ＡＰＥ）、及びブテン−４−イル基が含まれる。例えば、米国特許第４，７２５，６７７号及びＲｅ．３４,０６９（β−シアノエチル）；Beaucage et al, Tetrahedron, 1993, 49(10), 1925-1963 ;Beaucage et al, Tetrahedron, 1993, 49(46), 10441-10488 ;Beaucage et al, Tetrahedron, 1992, 48(12), 2223-2311 を参照のこと。
【０２１８】
ある態様では、例えば、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間連結が含まれるヌクレオシド間連結を形成するのに有用である、反応性リン基を有する化合物を製造する。当該技術分野では、このような反応性リン基が知られていて、ＰＩＩＩ又はＰＶ原子価状態のリン原子を含有して、限定されないが、ホスホロアミダイト、Ｈ−ホスホネート、リン酸トリエステル、及びリン含有キラル補助剤が含まれる。ある態様では、フリーの３’−ヒドロキシル基との反応時に５’−メチレンホスホネートヌクレオシド間連結を提供する、反応性リン基が含まれる。このような反応性リン基には、制限なしに、６’−（Ｐ＝Ｒｅ）（ＯＲｄ）２［ここでそれぞれのＲｄは、独立して、保護基、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、アリール、又は置換アリールであり、Ｒｅは、Ｏ又はＳである］が含まれる。ある態様では、反応性リン基が、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト（−Ｏ＊−Ｐ［Ｎ［（ＣＨ（ＣＨ３）２］２］Ｏ（ＣＨ２）２ＣＮ）、Ｈ−ホスホネート（−Ｏ＊−Ｐ（＝Ｏ）（Ｈ）ＯＨ）［ここでＯ＊は、モノマーについてのマーカッシュ（Markush）群より提供される］より選択される。好ましい合成の固相合成は、ホスホロアミダイト（ＰＩＩＩ化学）を反応性亜リン酸エステルとして利用する。引き続き、この中間体の亜リン酸エステル化合物は、既知の方法を使用してリン酸エステル又はチオリン酸エステル（ＰＶ化学）へ酸化されて、ホスホジエステル又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結を得る。追加の反応性リン酸エステル及び亜リン酸エステルについては、Tetrahedron Report Number 309（Beaucage and Iyer, Tetrahedron, 1992, 48, 2223-2311）に開示されている。
【０２１９】
本明細書に使用するように、「ヌクレオシド間連結」又は「ヌクレオシド間連結基」という用語は、当該技術分野で知られているあらゆる種類のヌクレオシド間連結基が含まれることを意味し、限定されないが、ホスホジエステル及びホスホロチオエートのようなリン含有ヌクレオシド間連結基、並びにホルムアセチル及びメチレンイミノのような非リン含有ヌクレオシド間連結基が含まれる。ヌクレオシド間連結には、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、及びホスホン酸メチル（ここでは、リン原子が必ずしも存在しない）のような中性の非イオン性ヌクレオシド間連結も含まれる。
【０２２０】
ある態様では、修飾された（例えば、天然に存在しない）ヌクレオシド間連結を含有する１以上のヌクレオシド間連結を有する、本発明で提供するようなオリゴマー化合物を製造することができる。ヌクレオシド間連結の２つの主要な群は、リン原子の存在又は非存在によって定義される。リン原子を有する修飾ヌクレオシド間連結には、制限なしに、正常な３’−５’連結を有する、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチル及び他のホスホン酸アルキル（３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、及びキラルホスホネートが含まれる）、ホスフィネート、ホスホロアミデート（３’−アミノホスホロアミデート及びアミノアルキルホスホロアミデートが含まれる）、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノリン酸エステル、及びボラノリン酸エステル、これらの中の２’−５’連結類似体、並びに、１以上のヌクレオチド間連結が３’→３’、５’→５’、又は２’→２’連結である、逆極性を有するものが含まれる。逆極性を有するオリゴヌクレオチドは、３’端ヌクレオチド間連結に、単一の３’→３’連結、即ち、脱塩基であり得る単一の逆位ヌクレオシド残基（ヌクレオ塩基は欠失しているか、又はその代わりにヒドロキシル基を有する）を含む可能性がある。様々な塩、混合塩、及び遊離酸の形態も含まれる。
【０２２１】
上記のリン含有連結の製造について教示する代表的な米国特許には、制限なしに、米国特許第３，６８７，８０８；４，４６９，８６３；４，４７６，３０１；５，０２３，２４３；５，１７７，１９６；５，１８８，８９７；５，１９４，５９９；５，２６４，４２３；５，２７６，０１９；５，２７８，３０２；５，２８６，７１７；５，３２１，１３１；５，３９９，６７６；５，４０５，９３９；５，４５３，４９６；５，４５５，２３３；５，４６６，６７７；５，４７６，９２５；５，５１９，１２６；５，５２７，８９９；５，５３６，８２１；５，５４１，３０６；５，５５０，１１１；５，５６３，２５３；５，５６５，５５５；５，５７１，７９９；５，５８７，３６１；５，６２５，０５０；５，６７２，６９７、及び５，７２１，２１８号が含まれ、このうちあるものは、本出願とともに共有されて、このそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２２２】
ある態様では、１以上の非リン含有ヌクレオシド間連結を有する、本発明で提供するようなオリゴマー化合物を製造することができる。このようなオリゴマー化合物には、制限なしに、短鎖アルキル若しくはシクロアルキルヌクレオシド間連結、混合ヘテロ原子及びアルキル若しくはシクロアルキルヌクレオシド間連結、又は１以上の短鎖ヘテロ原子若しくは複素環式ヌクレオシド間連結によって生成されるものが含まれる。これらには、シロキサン骨格；スルフィド、スルホキシド、及びスルホン骨格；ホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格；メチレンホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格；リボアセチル骨格；アルケン含有骨格；スルファメート骨格；メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノ骨格；スルホネート及びスルホンアミド骨格；アミド骨格；並びに、混合したＮ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２成分部分を有する他の骨格を有するものが含まれる。
【０２２３】
上記のオリゴヌクレオシドの製造について教示する代表的な米国特許には、制限なしに、米国特許第５，０３４，５０６；５，１６６，３１５；５，１８５，４４４；５，２１４，１３４；５，２１６，１４１；５，２３５，０３３；５，２６４，５６２；５，２６４，５６４；５，４０５，９３８；５，４３４，２５７；５，４６６，６７７；５，４７０，９６７；５，４８９，６７７；５，５４１，３０７；５，５６１，２２５；５，５９６，０８６；５，６０２，２４０；５，６０８，０４６；５，６１０，２８９；５，６１８，７０４；５，６２３，０７０；５，６６３，３１２；５，６３３，３６０；５，６７７，４３７；５，６７７，４３９；５，６４６，２６９、及び５，７９２，６０８号が含まれ、このうちあるものは、本出願とともに共有されて、このそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２２４】
本明細書に使用するように、「中性ヌクレオシド間連結」という句には、非イオン性であるヌクレオシド間連結が含まれると企図される。中性ヌクレオシド間連結には、制限なしに、ホスホトリエステル、ホスホン酸メチル、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、及びチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が含まれる。さらなる中性ヌクレオシド間連結には、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル及びアミドを含んでなる非イオン性の連結が含まれる（例えば、「アンチセンス研究における炭水化物の修飾（Carbohydrate Modifications in Antisense Research）」Y. S. Sanghvi and P. D. Cook（監修），ACS Symposium Series 580; 第3及び4章、40-65 を参照のこと）。さらなる中性ヌクレオシド間連結には、混合したＮ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２成分部分を含んでなる非イオン性連結が含まれる。
【０２２５】
本発明で提供する５’及び２’−修飾ヌクレオシドは、例えば、以下の実施例において例解されるような、適用可能な有機合成技術のいずれによっても製造することができる。当該技術分野では、多くのそのような技術がよく知られている。しかしながら、この既知技術の多くは、「有機合成法概論（Compendium of Organic Synthetic Methods）」ジョン・ウィリー・アンド・サンズ、ニューヨーク：第1巻、Ian T. Harrison and Shuyen Harrison（1971）；第2巻、Ian T. Harrison and Shuyen Harrison（1974）；第3巻、Louis S. Hegedus and Leroy Wade（1977）；第4巻、Leroy G. Wade Jr., 1980；第5巻、Leroy G. Wade Jr.（1984）；及び第6巻、Michael B. Smith；並びに、March, J.「先端有機化学（Advanced Organic Chemistry）」第3版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ、ニューヨーク（1985）；「有機合成総覧：現代有機化学における選択性、戦略、及び効率（Comprehensive Organic Chemistry. Selectivity, Strategy & Efficiency in Modern Organic Chemistry）」第9巻中、Barry M. Trost（主任監修者）、ペルガモン・プレス、ニューヨーク（1993）；「先端有機化学・パートＢ：反応及び合成（Advanced Organic Chemistry, Part B: Reactions and Synthesis）」第4版; Carey and Sundberg, Kluwer Academic/Plenum Publishers, ニューヨーク（2001）；「先端有機化学：反応、機序、及び構造（Advanced Organic Chemistry, Reactions, Mechanisms, and Structure）」第2版、March, マクグローヒル（1977）; Greene, T. W., and Wutz, P.G.M.「有機合成の保護基（Protecting Groups in Organic Synthesis）」第4版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ、ニューヨーク（1991）; 及び Larock, R.C.「有機変換総説（Comprehensive Organic Transformations）」第2版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ、ニューヨーク（1999）に詳述されている。
【０２２６】
本明細書に記載の化合物は、１以上の不斉中心を含有するので、（Ｒ）−又は（Ｓ）−、α又はβ、あるいは、アミノ酸の場合のような（Ｄ）−又は（Ｌ）−といった絶対的な立体化学に関して定義され得る、鏡像異性体、ジアステレオマー、及び他の立体異性型を生じる。本発明に含まれるのは、すべてのそのようなあり得る異性体、並びにそのラセミ型と光学的に純粋な形態である。光学異性体は、そのそれぞれの光学活性前駆体より、上記に記載の手順によっても、ラセミ混合物を分割することによっても、製造してよい。この分割は、分割剤の存在下で、クロマトグラフィーによるか又は反復結晶化によって、又は当業者に知られているこれらの技術の何らかの組合せによって行うことができる。分割に関するさらなる詳細については、Jacques, et al.「鏡像異性体、ラセミ体、及び分割（Enantiomers, Racemates, and Resolutions）」ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（1981）に見出すことができる。本明細書に記載の化合物が、オレフィン二重結合、他の不飽和、又は他の幾何学的非対称性の中心を含有して、他に特定されなければ、該化合物には、Ｅ及びＺ幾何異性体又はｃｉｓ及びｔｒａｎｓ−異性体のいずれも含まれると企図される。同様に、すべての互変異性型も含まれると企図される。本明細書において出現するどの炭素−炭素二重結合の配置も、便宜上のためにのみ選択されて、本文でそのように述べられなければ、特別な配置に限定することを企図しない。
【０２２７】
当該技術分野で知られているように、ヌクレオシドは、塩基−糖の組合せである。ヌクレオシドの塩基部分は、通常、複素環式塩基部分である。このような複素環式塩基の最も一般的な２つの群は、プリンとピリミジンである。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分へ共有結合したリン酸エステル基がさらに含まれるヌクレオシドである。ペントフラノシル糖が含まれるヌクレオシドでは、リン酸エステル基は、糖の２’、３’又は５’のいずれかのヒドロキシル部分へ連結することができる。オリゴヌクレオチドを生成する場合、リン酸エステル基は、隣接するヌクレオシドを互いに共有結合させて、線状のポリマー化合物を生成する。この線状ポリマー構造のそれぞれの端は、ハイブリダイゼーションによるか又は共有結合の形成によって、結合して環状の構造を形成する可能性がある。しかしながら、開いた線状構造が一般的には望ましい。このオリゴヌクレオチド構造の内部で、リン酸エステル基は、通常、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間連結を形成すると言われる。ＲＮＡ及びＤＮＡの正常なヌクレオシド間連結は、３’→５’ホスホジエステル連結である。
【０２２８】
本明細書に使用する「ヌクレオチド模倣体」という用語には、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）又はモルホリノ（−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−によって連結する）のような、糖及び連結の代用基がある、オリゴマー化合物へ取り込まれるモノマーが含まれることを意味する。一般に、各位の複素環式塩基は、核酸標的へのハイブリダイゼーションのために維持されるが、糖と連結は、ネイティブ基と同様に機能するが、１以上の増強された特性を有することが期待される代用基で置き換えられる。
【０２２９】
本明細書に使用するように、「ヌクレオシド模倣体」という用語には、オリゴマー化合物の１以上の位置で糖と塩基を置き換えるために使用される構造が含まれると企図される。ヌクレオシド模倣体の例には、制限なしに、複素環式塩基部分を、フェノキサジン部分（例えば、グアノシン塩基とハイブリダイズするときに４つの水素結合を形成する、Ｇ−クランプとも呼ばれる、９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン基）のようなその模倣体で置き換えることと、例えば、モルホリノ、シクロヘキセニル、又なビシクロ［３．１．０］ヘキシルのような基で糖基をさらに置き換えることが含まれる。
【０２３０】
本明細書に使用するように、「修飾ヌクレオシド」という用語には、オリゴマー合成を使用してオリゴマー化合物へ取り込むことができる、あらゆる種類の修飾ヌクレオシドが含まれることを意味する。この用語には、修飾された立体化学構造、１以上の置換、及び（本明細書の他所で記載する代用基の使用とは対照的な）基の欠失といった、ヌクレオシドへなされる修飾が含まれると企図される。この用語には、フラノース糖（又は４’−Ｓ類似体）部分を有するヌクレオシドが含まれて、複素環式塩基を含めることができるが、脱塩基修飾ヌクレオシドも想定される。代表的な修飾ヌクレオシドの１つの群には、制限なしに、置換ヌクレオシド（２’、５’及び／又は４’−置換ヌクレオシドのような）、４’−Ｓ−修飾ヌクレオシド（４’−Ｓ−リボヌクレオシド、４’−Ｓ−２’−デオキシリボヌクレオシド、及び４’−Ｓ−２’−置換リボヌクレオシドのような）、二環系修飾ヌクレオシド（例えば、糖基が２’−Ｏ−ＣＨＲａ−４’架橋基［ここでＲａは、Ｈ、アルキル、又は置換アルキルである］を有する二環系ヌクレオシドのような）、及び塩基修飾ヌクレオシドが含まれる。糖は、例えば、５’−置換がさらに含まれる二環系修飾ヌクレオシド、又は２’−置換基がさらに含まれる５’若しくは４’置換ヌクレオシドのように、収載した上記置換の１より多くで修飾される可能性がある。「修飾ヌクレオシド」という用語には、塩基及び糖修飾ヌクレオシドのような上記修飾の組合せも含まれる。これらの修飾は、当該技術分野では他の修飾が知られていて、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドについて可能な修飾としても想定されるので、例示であって、網羅的でないことを意味する。
【０２３１】
本明細書に使用するように、「モノマーサブユニット」という用語には、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシド、修飾ヌクレオシド［置換ヌクレオシド（２’、５’及びビス置換ヌクレオシドのような）、４’−Ｓ−修飾ヌクレオシド（４’−Ｓ−リボヌクレオシド、４’−Ｓ−２’−デオキシリボヌクレオシド、及び４’−Ｓ−２’−置換リボヌクレオシドのような）、二環系修飾ヌクレオシド（二環系ヌクレオシドのような、ここで糖基は、２’−Ｏ−ＣＨＲａ−４’架橋基を有して、ここでＲａは、Ｈ、アルキル、又は置換アルキルである）、他の修飾ヌクレオシドが含まれる］、ヌクレオシド模倣体、及び糖代用物を有するヌクレオシドのようなモノマーサブユニットが含まれる、１つの好ましいリストを用いたオリゴマー合成に受け入れられる、あらゆる種類のモノマー単位が含まれることを意味する。
【０２３２】
「オリゴヌクレオチド」という用語は、リボ核酸（ＲＮＡ）又はデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）のオリゴマー又はポリマーに言及する。この用語には、天然に存在するヌクレオ塩基、糖、及び共有性ヌクレオシド間連結より構成されるオリゴヌクレオチドが含まれる。「オリゴヌクレオチド類似体」という用語は、１以上の天然に存在しない部分を有するオリゴヌクレオチドを意味する。このような天然に存在しないオリゴヌクレオチドは、しばしば、例えば、細胞取込みの増強、核酸標的への親和性の増強、及び／又はヌクレアーゼの存在下での安定性の増加といった望まれる特性のために、天然に存在する形態に優って望ましい。
【０２３３】
「オリゴヌクレオシド」という用語は、リン原子を有さないヌクレオシド間連結によって結合したヌクレオシドの配列に言及する。この種のヌクレオシド間連結には、短鎖アルキル、シクロアルキル、混合ヘテロ原子アルキル、混合ヘテロ原子シクロアルキル、１以上の短鎖ヘテロ原子（連結）、及び１以上の短鎖複素環式（連結）が含まれる。これらのヌクレオシド間連結には、制限なしに、シロキサン、スルフィド、スルホキシド、スルホン、アセチル、ホルムアセチル、チオホルムアセチル、メチレンホルムアセチル、チオホルムアセチル、アルケニル、スルファメート、メチレンイミノ、メチレンヒドラジノ、スルホネート、スルホンアミド、アミド、及び混合したＮ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２成分部分を有する他のものが含まれる。
【０２３４】
本明細書に使用する「複素環式塩基部分」及び「ヌクレオ塩基」という用語には、非修飾又は天然に存在するヌクレオ塩基、修飾又は天然に存在しないヌクレオ塩基、並びにこれらの合成模倣体（例えば、フェノキサジンのような）が含まれる。一般に、複素環式塩基部分は、核酸の塩基へ水素結合することが可能な１以上の原子又は原子群を含有する複素環式系である。
【０２３５】
本明細書に使用するように、「非修飾ヌクレオ塩基」及び「天然に存在するヌクレオ塩基」という用語には、プリン塩基のアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）と、ピリミジン塩基のチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）が含まれる。修飾ヌクレオ塩基には、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニル（−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル及びシトシンとピリミジン塩基の他のアルキニル誘導体、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル及び他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル及び他の５−置換ウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン、３−デアザグアニン及び３−デアザアデニン、普遍塩基、疎水性塩基、雑多塩基、サイズ拡張塩基、及びフッ素化塩基といった、本明細書に定義される他の合成及び天然ヌクレオ塩基が含まれる。さらなる修飾ヌクレオ塩基には、フェノキサジンシチジン（１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン）、フェノチアジンシチジン（１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン）、置換フェノキサジンシチジン（例、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン）のようなＧ−クランプ、カルバゾールシチジン（２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン）、ピリドインドールシチジン（Ｈ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オン）のような三環系ピリミジンが含まれる。修飾ヌクレオ塩基には、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環で置き換わっているもの、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドンも含めてよい。さらなるヌクレオ塩基には、米国特許第３，６８７，８０８号に開示されるもの、「高分子科学及び工学コンサイス事典（The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering）」Kroschwitz, J. I.（監修）、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（1990）858-859 に開示されるもの；Englisch et al., Angewandte Chemie（国際版）、1991, 30, 613 によって開示されるもの；及び、Sanghvi, Y. S., 第15章、「アンチセンスの研究及び応用（Antisense Research and Applications）」Crooke, S. T. and Lebleu, B.（監修）、ＣＲＣプレス（1993）273-288 によって開示されるものが含まれる。
【０２３６】
５’及び２’−修飾ヌクレオシドのそれぞれの複素環式塩基部分は、標的鎖への親和性のような１以上の特性を増強するか又は他の特性に有利なやり方で影響を及ぼすために、１以上の置換基で修飾することができる。修飾ヌクレオ塩基には、制限なしに、本明細書に定義されるような、普遍塩基、疎水性塩基、雑多塩基、サイズ拡張塩基、及びフッ素化塩基が含まれる。これらのヌクレオ塩基のあるものは、本発明で提供するようなオリゴマー化合物の結合親和性を増加させるのに特に有用である。これらには、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、及びＮ−２、Ｎ−６及びＯ−６置換プリンが含まれ、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル、及び５−プロピニルシトシンが含まれる。５−メチルシトシン置換は、核酸二重鎖の安定性を０．６〜１．２℃高めることが示されている（「アンチセンスの研究及び応用（Antisense Research and Applications）」Sanghvi, Y. S., Crooke, S. T. and Lebleu, B.（監修）、ＣＲＣプレス、ボカラトン（1993）276-278）。
【０２３７】
上記の修飾ヌクレオ塩基、並びに他の修飾ヌクレオ塩基のいくらかの製造について教示する代表的な米国特許には、制限なしに、Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８；４，８４５，２０５；５，１３０，３０２；５，１３４，０６６；５，１７５，２７３；５，３６７，０６６；５，４３２，２７２；５，４５７，１８７；５，４５９，２５５；５，４８４，９０８；５，５０２，１７７；５，５２５，７１１；５，５５２，５４０；５，５８７，４６９；５，５９４，１２１；５，５９６，０９１；５，６１４，６１７；５，６４５，９８５；５，６８１，９４１；５，７５０，６９２；５，７６３，５８８；５，８３０，６５３、及び６，００５，０９６号が含まれ、このうちあるものは、本出願とともに共有されて、このそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０２３８】
一般に、「オリゴマー化合物」という用語は、連結したモノマーサブユニットの連続配列に言及する。一般に、それぞれの連結したモノマーサブユニットは、直接的又は間接的に複素環式塩基部分へ付くが、脱塩基部位もあり得る。オリゴマー化合物中の複素環式塩基の少なくともいくつか、そして概してそのほとんどは、本質的にはすべてではないとしても、核酸分子、通常は、予め選択されたＲＮＡ標的へハイブリダイズすることが可能である。故に、「オリゴマー化合物」という用語には、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド類似体、及びオリゴヌクレオシドが含まれる。それにはまた、複数の天然に存在しないヌクレオシド模倣体、及び／又は糖代用基を有するヌクレオシドを有するポリマーが含まれる。ある態様では、オリゴマー化合物が、天然に存在するヌクレオシド、天然に存在しないヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシド模倣体、及び糖代用基を有するヌクレオシドより独立して選択される複数のモノマーサブユニットを含む。
【０２３９】
本明細書に開示されるような特定のモチーフを有するオリゴマー化合物を製造するとき、本発明で提供する５’及び２’−修飾ヌクレオシドのような天然に存在しないモノマーサブユニットを他の天然に存在しないモノマーサブユニット、天然に存在するモノマーサブユニット（ヌクレオシド）、又はこれらの混合物と混合することが有利であり得る。ある態様では、少なくとも１つのモノマーサブユニットが本発明で提供するような５’及び２’−修飾ヌクレオシドである、連結したモノマーサブユニットの連続配列を含んでなるオリゴマー化合物を本発明で提供する。ある態様では、本発明で提供するような複数の５’及び２’−修飾ヌクレオシドを含んでなるオリゴマー化合物を提供する。
【０２４０】
オリゴマー化合物は、常套的には線状で製造するが、環状であるように結合するか又は他のやり方で製造することもできる、及び／又は分岐が含まれるように製造することもできる。オリゴマー化合物は、例えば、ハイブリダイズして二本鎖組成物を生成する２つの鎖のような、二本鎖構築体を形成することができる。二本鎖組成物は、連結又は分離し得て、その両端にコンジュゲート及び／又は突出（overhangs）のような様々な他の基を含めることができる。
【０２４１】
本発明で提供するオリゴマー化合物は、糖基が修飾された１以上のヌクレオシドを含有してもよい。そのような糖修飾ヌクレオシドは、増強されたヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、又は他の何らかの有益な生物学的特性をオリゴマー化合物へ付与し得る。本明細書に使用するように、「修飾糖」という用語は、本発明において有用な他の点では非修飾であるか又は修飾されたヌクレオシドのフラノース糖部分へなされ得る修飾に言及する。このような修飾糖には、制限なしに、１以上の置換基での置換、２つのノンジェミナル環炭素原子の架橋形成による二環系ヌクレオシドの生成、又は二置換メチレン基［Ｃ（Ｒ）２］又はヘテロ原子若しくは置換ヘテロ原子（ＮＲ）での４’−Ｏ原子の置換が含まれる。修飾糖部分はまた、例えば、５’−置換基を二環系ヌクレオシドに付けることといった、これら修飾の混合物を含み得る。
【０２４２】
ある態様では、フラノース糖部分（例、ヌクレオシドのために使用される糖置換基）を修飾するのに有用な置換基の例には、制限なしに、２’−Ｆ、２’−アリル、２’−アミノ、２’−アジド、２’−チオ、２’−Ｏ−アリル、２’−ＯＣＦ３、２’−Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、２’−Ｏ−ＣＨ３、ＯＣＦ３、２’−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ３、２’−Ｏ−（ＣＨ２）２ＣＨ３、２’−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、２’−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２（ＭＯＥ）、２’−Ｏ−（ＣＨ２）Ｓ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、２’−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、２’−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、２’−Ｏ−ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、２’−Ｏ−ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）及び２’−Ｏ−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＲｍ）［Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）］、５’−ビニル、５’−メチル（Ｒ又はＳ）、及び４’−Ｓ（ここでそれぞれのＲｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、置換又は未置換Ｃ１−Ｃ１０アルキル、又は保護基である）が含まれる。修飾糖部分のさらなる例には、制限なしに、二環系糖（例、以下に考察する二環系核酸又は二環系ヌクレオシド）が含まれる。
【０２４３】
本発明では、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（他の開示された５’，２’ビス置換ヌクレオシドについては、ＰＣＴ国際特許出願ＷＯ２００８／１０１１５７、２００８年８月２１日公開を参照のこと）、及びリボシル環酸素原子のＳで置き換えと２’位でのさらなる置換（公開された米国特許出願ＵＳ２００５−０１３０９２３、２００５年６月１６日公開）、またあるいは二環系核酸の５’−置換（ＰＣＴ国際特許出願ＷＯ２００７／１３４１８１、２００７年１１月２２日公開を参照のこと、ここでは、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’二環系ヌクレオシドが５’位で、５’−メチル又は５’−ビニル基でさらに置換されている）といった、上記修飾の組合せも制限なしに提供される。
【０２４４】
本明細書に使用するように、「二環系核酸」及び「二環系ヌクレオシド」という用語は、その糖部分が二環系（例、二環系糖）であるヌクレオシドに言及する。ある態様では、二環系核酸が、フラノース環が２つのノンジェミナル環炭素原子の間に架橋を含む、ヌクレオシドを含む。二環系ヌクレオシドの例には、制限なしに、４’及び２’リボシル環原子の間に架橋を含んでなるヌクレオシドが含まれる。ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物には、その架橋が式：４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）；４’−（ＣＨ２）−Ｓ−２’；４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）；４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’及び４’−Ｃ−Ｈ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、２００８年７月１５日発行の米国特許第７，３９９，８４５号を参照のこと）；４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、公開された国際特許出願ＷＯ／２００９／００６４７８、２００９年１月８日公開を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’（及びその類似体、公開された国際特許出願ＷＯ／２００８／１５０７２９２、２００８年１２月１１日公開を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（公開された米国特許出願ＵＳ２００４−０１７１５７０、２００４年９月２日公開を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（ここでＲは、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、又は保護基である）（米国特許第７，４２７，６１２号、２００８年９月２３日発行を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（Chattopadhyaya, et al, J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134 を参照のこと）；及び、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’（及びその類似体、公開された国際特許出願ＷＯ２００８／１５４４０１、２００８年１２月８日公開を参照のこと）の１つを含む、１以上の二環系ヌクレオシドが含まれる。上述の二環系ヌクレオシドのいずれも、例えば、α−Ｌ−リボフラノース及びβ−Ｄ−リボフラノースが含まれる、１以上の立体化学的な糖構造を有して製造することができる（ＰＣＴ国際特許出願ＰＣＴ／ＤＫ９８／００３９３，ＷＯ９９／１４２２６として１９９９年３月２５日公開）。
【０２４５】
本明細書に使用するように、「糖代用物」にという用語は、別の環系若しくは開放系のような別の構造がある非フラノース（又は４’−置換フラノース）基での、ヌクレオシドフラノース環の置き換えに言及する。このような構造は、５員フラノース環に対する６員環のように単純であっても、ペプチド核酸に使用される非環系の場合のようにより複雑であってもよい。この用語には、当該技術分野で知られたあらゆる種類の糖代用物での糖基の置き換えが含まれることを意味して、制限なしに、モルホリノ、シクロヘキセニル、及びシクロヘキシトールのような糖代用基が含まれる。糖代用基を有するほとんどのモノマーサブユニットにおいて、複素環式塩基部分は、概して、ハイブリダイゼーションを可能にするように維持される。
【０２４６】
ある態様において、糖代用基を有するヌクレオシドには、制限なしに、下記に例示するようなテトラヒドロピラニル環系（ヘキシトールとも呼ばれる）のような代用環系でのリボシル環の置き換えが含まれる：
【０２４７】
【化２６】
0005763539.tif 000027
【０２４８】
当該技術分野では、多くの他の単環系、二環系、及び三環系の環系が知られていて、本発明で提供するようなオリゴマー化合物へ取り込むヌクレオシドを修飾するために使用し得る糖代用物として適している（例えば、総説：Leumann, Christian J. を参照のこと）。このような環系は、様々な追加の置換を受けて、その活性をさらに増強させることができる。
【０２４９】
このような修飾糖の製造について教示するいくつかの代表的な米国特許には、制限なしに、米国特許第４，９８１，９５７；５，１１８，８００；５，３１９，０８０；５，３５９，０４４；５，３９３，８７８；５，４４６，１３７；５，４６６，７８６；５，５１４，７８５；５，５１９，１３４；５，５６７，８１１；５，５７６，４２７；５，５９１，７２２；５，５９７，９０９；５，６１０，３００；５，６２７，０５３；５，６３９，８７３；５，６４６，２６５；５，６７０，６３３；５，７００，９２０；５，７９２，８４７、及び６，６００，０３２号と国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２１９（２００５年６月２日出願、２００５年１２月２２日にＷＯ２００５／１２１３７１として公開）が含まれ、このうちあるものは、本出願とともに共有されて、このそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０２５０】
本開示の所有権を有する当業者は、本明細書に開示される方法を実践するために、連結したモノマーサブユニットの連続配列を含んでなる、本質的にあらゆる実行可能な長さのオリゴマー化合物を製造することができよう。このようなオリゴマー化合物には、本発明で提供する少なくとも１つ、そして好ましくは複数の５’及び２’−修飾ヌクレオシドが含まれて、限定されないが、ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、糖代用基を含んでなるヌクレオシド、及びヌクレオシド模倣体が含まれる、他のモノマーサブユニットも含めてよい。
【０２５１】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約８〜約８０のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、又は８０のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５２】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約８〜４０のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５３】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約８〜２０のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５４】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約８〜１６のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又は１６のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５５】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１０〜１４のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１０、１１、１２、１３、又は１４のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５６】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１０〜１８のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、又は１８のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５７】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１０〜２１のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又は２１のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５８】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１２〜１４のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１２、１３、又は１４のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２５９】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１２〜１８のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１２、１３、１４、１５、１６、１７、又は１８のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２６０】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１２〜２１のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又は２１のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２６１】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物が約１４〜１８のモノマーサブユニットの長さを含む。当業者は、これにより、１４、１５、１６、１７、又は１８のモノマーサブユニットの長さ、又はその中のあらゆる範囲のオリゴマー化合物が具体化されることを理解されよう。
【０２６２】
ある態様では、様々な範囲のあらゆる長さの連結したモノマーサブユニットのオリゴマー化合物を提供する。ある態様では、Ｘ〜Ｙの連結したモノマーサブユニットからなるオリゴマー化合物を提供し、ここでＸとＹは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０よりそれぞれ独立して選択される（但し、Ｘ＜Ｙ）。例えば、ある態様では、これにより、８〜９、８〜１０、８〜１１、８〜１２、８〜１３、８〜１４、８〜１５、８〜１６、８〜１７、８〜１８、８〜１９、８〜２０、８〜２１、８〜２２、８〜２３、８〜２４、８〜２５、８〜２６、８〜２７、８〜２８、８〜２９、８〜３０、９〜１０、９〜１１、９〜１２、９〜１３、９〜１４、９〜１５、９〜１６、９〜１７、９〜１８、９〜１９、９〜２０、９〜２１、９〜２２、９〜２３、９〜２４、９〜２５、９〜２６、９〜２７、９〜２８、９〜２９、９〜３０、１０〜１１、１０〜１２、１０〜１３、１０〜１４、１０〜１５、１０〜１６、１０〜１７、１０〜１８、１０〜１９、１０〜２０、１０〜２１、１０〜２２、１０〜２３、１０〜２４、１０〜２５、１０〜２６、１０〜２７、１０〜２８、１０〜２９、１０〜３０、１１〜１２、１１〜１３、１１〜１４、１１〜１５、１１〜１６、１１〜１７、１１〜１８、１１〜１９、１１〜２０、１１〜２１、１１〜２２、１１〜２３、１１〜２４、１１〜２５、１１〜２６、１１〜２７、１１〜２８、１１〜２９、１１〜３０、１２〜１３、１２〜１４、１２〜１５、１２〜１６、１２〜１７、１２〜１８、１２〜１９、１２〜２０、１２〜２１、１２〜２２、１２〜２３、１２〜２４、１２〜２５、１２〜２６、１２〜２７、１２〜２８、１２〜２９、１２〜３０、１３〜１４、１３〜１５、１３〜１６、１３〜１７、１３〜１８、１３〜１９、１３〜２０、１３〜２１、１３〜２２、１３〜２３、１３〜２４、１３〜２５、１３〜２６、１３〜２７、１３〜２８、１３〜２９、１３〜３０、１４〜１５、１４〜１６、１４〜１７、１４〜１８、１４〜１９、１４〜２０、１４〜２１、１４〜２２、１４〜２３、１４〜２４、１４〜２５、１４〜２６、１４〜２７、１４〜２８、１４〜２９、１４〜３０、１５〜１６、１５〜１７、１５〜１８、１５〜１９、１５〜２０、１５〜２１、１５〜２２、１５〜２３、１５〜２４、１５〜２５、１５〜２６、１５〜２７、１５〜２８、１５〜２９、１５〜３０、１６〜１７、１６〜１８、１６〜１９、１６〜２０、１６〜２１、１６〜２２、１６〜２３、１６〜２４、１６〜２５、１６〜２６、１６〜２７、１６〜２８、１６〜２９、１６〜３０、１７〜１８、１７〜１９、１７〜２０、１７〜２１、１７〜２２、１７〜２３、１７〜２４、１７〜２５、１７〜２６、１７〜２７、１７〜２８、１７〜２９、１７〜３０、１８〜１９、１８〜２０、１８〜２１、１８〜２２、１８〜２３、１８〜２４、１８〜２５、１８〜２６、１８〜２７、１８〜２８、１８〜２９、１８〜３０、１９〜２０、１９〜２１、１９〜２２、１９〜２３、１９〜２４、１９〜２５、１９〜２６、１９〜２９、１９〜２８、１９〜２９、１９〜３０、２０〜２１、２０〜２２、２０〜２３、２０〜２４、２０〜２５、２０〜２６、２０〜２７、２０〜２８、２０〜２９、２０〜３０、２１〜２２、２１〜２３、２１〜２４、２１〜２５、２１〜２６、２１〜２７、２１〜２８、２１〜２９、２１〜３０、２２〜２３、２２〜２４、２２〜２５、２２〜２６、２２〜２７、２２〜２８、２２〜２９、２２〜３０、２３〜２４、２３〜２５、２３〜２６、２３〜２７、２３〜２８、２３〜２９、２３〜３０、２４〜２５、２４〜２６、２４〜２７、２４〜２８、２４〜２９、２４〜３０、２５〜２６、２５〜２７、２５〜２８、２５〜２９、２５〜３０、２６〜２７、２６〜２８、２６〜２９、２６〜３０、２７〜２８、２７〜２９、２７〜３０、２８〜２９、２８〜３０、又は２９〜３０の連結したモノマーサブユニットを含んでなるあるオリゴマー化合物を提供する。
【０２６３】
ある態様において、本明細書に収載されるオリゴマー化合物の範囲は、オリゴマー化合物中のモノマーサブユニットの数を制限することを意味するが、このようなオリゴマー化合物には、限定されないが、ヒドロキシル保護基のような保護基、連結されてもよいコンジュゲート基、及び／又は他の置換基が含まれる、５’及び／又は３’−末端基がさらに含まれてよい。
【０２６４】
ある態様において、本明細書に開示されるようなオリゴマー化合物の製造は、ＤＮＡについては「オリゴヌクレオチド及び類似体のプロトコール（Protocols for Oligonucleotides and Analogs）」Agrawal（監修），ヒュマナプレス（1993）、及び／又はＲＮＡについては、Scaringe, Methods, 2001, 23, 206-217；Gait et al「化学合成ＲＮＡのＲＮＡ：タンパク質相互作用における応用（Applications of Chemically synthesized RNA in RNA: Protein Interactions）」Smith（監修），1998, 1-36；Gallo et al, Tetrahedron, 2001, 57, 5707-5713 の文献手順に従って実施する。追加の固相合成法を、Caruthers 米国特許第４，４１５，７３２；４，４５８，０６６；４，５００，７０７；４，６６８，７７７；４，９７３，６７９；及び，１３２，４１８号と、Koster 米国特許第４，７２５，６７７及びＲｅ．３４，０６９号に見出すことができる。
【０２６５】
オリゴマー化合物は、液相法ではなく、固体支持体法を使用して常套的に製造する。固体支持体法を利用するオリゴマー化合物の製造に通常使用される市販の機器は、例えば、アプライド・バイオシステムズ（カリフォルニア州フォスターシティ）が含まれるいくつかのベンダーによって販売されている。当該技術分野で知られているそのような合成についての他のどの手段も、追加的又は代替的に利用してよい。自動化合成技術が含まれる好適な固相技術については、「オリゴヌクレオチドと類似体：実践アプローチ（Oligonucleotides and Analogues, a Practical Approach）」F. Eckstein（監修）オックスフォード大学出版局、ニューヨーク（1991）に記載されている。
【０２６６】
ＲＮＡと関連類似体の合成は、ＲＮＡ干渉及びマイクロＲＮＡにおける努力が増加するにつれて、ＤＮＡと関連類似体の合成に比べて増加しつつある。現在、商業的に使用されている主要なＲＮＡ合成戦略には、５’−Ｏ−ＤＭＴ−２’−Ｏ−ｔ−ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、５’−Ｏ−ＤＭＴ−２’−Ｏ−［１（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル］（ＦＰＭＰ）、２’−Ｏ−［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（２’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−Ｓｉ（ｉＰｒ）３（ＴＯＭ）、及び５’−Ｏ−シリルエーテル−２’−ＡＣＥ（５’−Ｏ−ビス（トリメチルシロキシ）シクロドデシルオキシシリルエーテル（ＤＯＤ）−２’−Ｏ−ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）が含まれる。ＲＮＡ製品を現在提供している主要企業のいくつかの現行リストには、Pierce Nunleic Acid Technologies、Dharmacon Research 社、Ameri Biotechnologies 社、及びIntegrated DNA Technologies 社が含まれる。ある企業、Princeton Separations は、特に、ＴＯＭ及びＴＢＤＭＳ化学でのカップリング時間を減らすことが宣伝されたＲＮＡ合成アクチベータを市販している。市販のＲＮＡ合成に使用されている主要な群は、ＴＢＤＭＳ：５’−Ｏ−ＤＭＴ−２’−Ｏ−ｔ−ブチルジメチルシリル；ＴＯＭ：２’−Ｏ−［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル；ＤＯＤ／ＡＣＥ：（５’−Ｏ−ビス（トリメチルシロキシ）シクロドデシルオキシシリルエーテル−２’−Ｏ−ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル；及び、ＦＰＭＰ：５’−Ｏ−ＤＭＴ−２’−Ｏ−［ｌ（２−フルオロフェニル）−４−エトキシピペリジン−４−イル］である。ある態様では、上記ＲＮＡ合成戦略のそれぞれを本発明で使用することができる。ある態様では、上記のＲＮＡ合成戦略をハイブリッド形式で、例えば、ある戦略からの５’−保護基を別の戦略からの２’−Ｏ−保護基とともに使用して、一緒に実施することができる。
【０２６７】
本明細書に使用するように「ハイブリダイゼーション」という用語には、本発明で提供するようなオリゴマー化合物の標的核酸への結合が含まれるように、オリゴマー化合物の相補鎖の対合が含まれる。ある態様において、対合の機序には、水素結合への近さに十分接近している、ヌクレオシド（又はモノマーサブユニット）の相補的な複素環式塩基部分の間での（ワトソン−クリック、フーグスティーン、又は逆フーグスティーン水素結合であり得る）水素結合が関与する。例えば、アデニンとチミンは、水素結合の形成を介して対合する相補的なヌクレオ塩基である。ハイブリダイゼーションは、様々な環境条件下で起こり得る。
【０２６８】
オリゴマー化合物が特異的にハイブリダイズ可能であるのは、その化合物の標的核酸への結合が標的核酸の正常機能に干渉して活性の損失をもたらすときである。特異的にハイブリダイズ可能であるには、特異結合が望まれる条件、即ち、生理学的条件（in vivo アッセイ又は療法的処置のための）又は他の診断条件（in vitro アッセイを実施するための）の下で、オリゴマー化合物の非標的核酸配列への非特異的な結合を回避するのに十分な度合いの相補性も求められる。
【０２６９】
本明細書に使用するように、「相補的な」という用語は、２つのヌクレオ塩基がどこに位置しているかに拘らない、２つのヌクレオ塩基の正確な対合の能力に言及する。例えば、オリゴマー化合物のある位置にあるヌクレオ塩基が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はオリゴヌクレオチド分子である標的核酸のある位置にあるヌクレオ塩基と水素結合することが可能であれば、オリゴヌクレオチドと標的核酸の間の水素結合の位置は、相補的な位置であるとみなされる。このオリゴマー化合物とさらなるＤＮＡ、ＲＮＡ、又はオリゴヌクレオチド分子は、それぞれの分子中の十分な数の相補的な位置が互いと水素結合することができるヌクレオ塩基によって占められるとき、互いに相補的である。このように、「特異的にハイブリダイズ可能」と「相補的な」は、オリゴマー化合物とその標的核酸の間で安定して特異的な結合が起こるように、十分な数のヌクレオ塩基にわたる十分な度合いの正確な対合又は相補性を示すために使用される用語である。
【０２７０】
当該技術分野では、オリゴマー化合物の配列は、特異的にハイブリダイズ可能であるために、その標的核酸の配列に対して１００％相補的である必要はないと理解されている。さらに、オリゴマー化合物は、介在又は隣接のセグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しない（例、ループ構造又はヘアピン構造）ように、１以上のセグメントにわたってハイブリダイズする場合がある。ある態様では、オリゴマー化合物が、それらが標的指向される標的核酸配列内の標的領域に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又は少なくとも約９９％の配列相補性を含み得る。例えば、その２０のヌクレオ塩基うち１８が標的領域へ相補的であり、それ故に特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物は、９０パーセントの相補性を示すことになる。この例において、残りの非相補的なヌクレオ塩基は、密集しても、相補的なヌクレオ塩基で分散されてもよく、互いに、又は相補的なヌクレオ塩基に対して連続しているに及ばない。このように、１８ヌクレオ塩基の長さであり、４つの非相補的なヌクレオ塩基が標的核酸との完全な相補性の２つの領域に並列しているオリゴマー化合物は、標的核酸と７７．８％の全体相補性を有するので、この範囲に該当することになる。標的核酸の領域とオリゴマー化合物のパーセント相補性は、当該技術分野で知られたＢＬＡＳＴプログラム（基本ローカルアライメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Altschul et al, J. Mol. Biol, 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res.,1997,7,649-656）を使用して常套的に決定することができる。
【０２７１】
本発明にさらに含まれるのは、標的核酸の少なくとも一部へハイブリダイズする、アンチセンスオリゴマー化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、選択的スプライサー、プライマー、プローブのようなオリゴマー化合物と他のオリゴマー化合物である。これらのオリゴマー化合物は、それ自体として、一本鎖、二本鎖、環状、又はヘアピンのオリゴマー化合物の形態で導入されてよく、内部又は末端のバルジ（bulges）又はループのような構造要素を含有してよい。ある系へ導入されたならば、本発明で提供するオリゴマー化合物は、標的核酸の修飾をもたらす、１以上の酵素又は構造タンパク質の作用を誘発し得る。あるいは、オリゴマー化合物は、占有ベースの方法を介して標的核酸の活性を阻害して、それにより標的核酸の活性に干渉する場合がある。
【０２７２】
このような酵素の１つの非限定的な例は、ＲＮアーゼＨ（ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼ）である。当該技術分野では、「ＤＮＡ様」である一本鎖オリゴマー化合物がＲＮアーゼＨを誘発することが知られている。故に、ＲＮアーゼＨの活性化は、ＲＮＡ標的の切断をもたらして、それにより遺伝子発現のオリゴヌクレオチド媒介性の阻害の効率を大いに高める。ＲＮアーゼＩＩＩ及びリボヌクレアーゼＬの酵素ファミリーにおける役割のように、他のリボヌクレアーゼについても同様の役割が提唱されてきた。
【０２７３】
オリゴマー化合物の１つの形態が一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドであるのに対して、多くの種では、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子のような二本鎖構造の導入により、遺伝子又はその関連した遺伝子産物の機能の強力で特異的なアンチセンス媒介性の低下が誘発されることが示されてきた。この現象は、植物と動物の両方で起きて、ウイルス防御やトランスポゾン抑制との進化上の連関があると考えられている。
【０２７４】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物が１以上のヌクレアーゼに結合する、及び／又はそれを活性化する。ある態様では、そのような結合及び／又は活性化が最終的にはアンチセンス活性をもたらす。ある態様では、本発明のオリゴマー化合物が標的核酸と、そしてヌクレアーゼと相互作用して、ヌクレアーゼの活性化と標的核酸の切断をもたらす。ある態様では、本発明のオリゴマー化合物が標的核酸と、そしてヌクレアーゼと相互作用して、ヌクレアーゼの活性化と標的核酸の不活性化をもたらす。ある態様では、本発明のオリゴマー化合物が標的核酸との二重鎖を形成して、その二重鎖がヌクレアーゼを活性化して、オリゴマー化合物と標的核酸の一方又は両方の切断及び／又は不活性化をもたらす。ある態様では、本発明のオリゴマー化合物がヌクレアーゼに結合する、及び／又はそれを活性化して、その結合及び／又は活性化されたヌクレアーゼが標的核酸を切断するか又は不活性化する。ヌクレアーゼには、限定されないが、リボヌクレアーゼ（リボヌクレオチドを特異的に切断するヌクレアーゼ）、二本鎖ヌクレアーゼ（二本鎖二重鎖の一方又は両方の鎖を特異的に切断するヌクレアーゼ）、及び二本鎖リボヌクレアーゼが含まれる。例えば、ヌクレアーゼには、限定されないが、ＲＮアーゼＨ、アルゴノートタンパク質（限定されないが、Ａｇｏ２が含まれる）、及びダイサー（dicer）が含まれる。
【０２７５】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物がＲＮアーゼＨを活性化する。ＲＮアーゼＨは、ＲＮＡ鎖とＤＮＡ若しくはＤＮＡ様鎖を含んでなる二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞ヌクレアーゼである。ある態様では、本発明のオリゴマー化合物がＲＮアーゼＨを活性化するのに十分ＤＮＡ様であり、ＲＮＡ核酸標的の切断をもたらす。あるそのような態様において、オリゴマー化合物は、ＤＮＡ若しくはＤＮＡ様ヌクレオシドより構成される少なくとも１つの領域と、他のやり方で修飾されたヌクレオシドより構成される１以上の領域を含む。ある態様では、そのように他のやり方で修飾されたヌクレオシドがオリゴマー化合物の安定性、及び／又は標的核酸へのその親和性を高める。あるそのようなオリゴマー化合物は、望ましい特性の組合せを保有する。例えば、あるそのような化合物は、ＤＮＡ若しくはＤＮＡ様領域によって、標的核酸を切断するＲＮアーゼＨ活性を支援することができる；そして、他のやり方で修飾されたヌクレオシドによって、標的核酸への高められた親和性、及び／又は高められた安定性（一本鎖特異的ヌクレアーゼに対する抵抗性が含まれる）を有する。ある態様では、そのような他のやり方で修飾されたヌクレオシドが、代謝プロフィール及び／又は薬理学的プロフィールのような、望まれる特性を有するオリゴマー化合物をもたらす。
【０２７６】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物がアルゴノートタンパク質（Ａｇｏ）と相互作用する。ある態様では、そのようなオリゴマー化合物が、初めに、ＲＩＳＣ経路の別のメンバー（例、ダイサー）と相互作用することによって、この経路に入る。ある態様では、オリゴマー化合物がＡｇｏと相互作用することによって、ＲＩＳＣ経路に入る。ある態様では、そのような相互作用が最終的にアンチセンス活性をもたらす。ある態様において、本発明は、オリゴマー化合物とＡｇｏを接触させることを含んでなる、Ａｇｏを活性化する方法を提供する。ある態様では、そのようなオリゴマー化合物が修飾５’−リン酸基を含む。ある態様において、本発明は、Ａｇｏを活性化することが可能なオリゴマー化合物と細胞を接触させて、最終的に標的核酸の切断をもたらすことを含んでなる、標的核酸の細胞における発現又は量を調節する方法を提供する。ある態様において、細胞は、動物中にある。ある態様において、細胞は、in vitro にある。ある態様において、該方法は、マンガンの存在下で実施する。ある態様において、マンガンは、内因性である。ある態様において、該方法は、マグネシウムの非存在下で実施する。ある態様において、Ａｇｏは、細胞にとって内因性である。あるそのような態様において、細胞は、動物中にある。ある態様において、Ａｇｏは、ヒトのＡｇｏである。ある態様において、Ａｇｏは、Ａｇｏ２である。ある態様において、Ａｇｏは、ヒトのＡｇｏ２である。
【０２７７】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物が酵素ダイサーと相互作用する。あるそのような態様では、オリゴマー化合物がダイサーへ結合する、及び／又はダイサーによって切断される。あるそのような態様では、ダイサーとのそのような相互作用が最終的にアンチセンス活性をもたらす。ある態様において、ダイサーは、ヒトのダイサーである。ある態様では、ダイサーと相互作用するオリゴマー化合物が二本鎖オリゴマー化合物である。ある態様では、ダイサーと相互作用するオリゴマー化合物が一本鎖オリゴマー化合物である。
【０２７８】
二本鎖オリゴマー化合物がダイサーと相互作用する態様では、そのような二本鎖オリゴマー化合物がダイサー二重鎖を形成する。ある態様では、本明細書に記載するどのオリゴマー化合物も、ダイサー二重鎖の一方又は両方の鎖として適している場合がある。ある態様では、ダイサー二重鎖のそれぞれの鎖が本発明のオリゴマー化合物である。ある態様では、ダイサー二重鎖の一方の鎖が本発明のオリゴマー化合物であり、他の鎖は、あらゆる修飾又は非修飾オリゴマー化合物である。ある態様では、ダイサー二重鎖の一方又は両方の鎖が式ＩＩのヌクレオシド又は式ＩＶのヌクレオシドを５’端に含む。ある態様では、ダイサー二重鎖の一方の鎖がアンチセンスオリゴマー化合物であり、他方の鎖がそのセンス相補体である。
【０２７９】
ある態様において、ダイサー二重鎖は、３’突出を一方又は両方の端に含む。ある態様では、そのような突出が追加のヌクレオシドである。ある態様において、ダイサー二重鎖は、３’突出をセンスオリゴヌクレオチド上に含んで、アンチセンスオリゴヌクレオチド上には含まない。ある態様において、ダイサー二重鎖は、３’突出をアンチセンスオリゴヌクレオチド上に含んで、センスオリゴヌクレオチド上には含まない。ある態様では、ダイサー二重鎖の３’突出が１〜４のヌクレオシドを含む。ある態様では、そのような突出が２つのヌクレオシドを含む。ある態様において、３’突出中のヌクレオシドは、プリンヌクレオ塩基を含む。ある態様において、３’突出中のヌクレオシドは、アデニンヌクレオ塩基を含む。ある態様において、３’突出中のヌクレオシドは、ピリミジンを含む。ある態様では、３’−プリン突出を含んでなるダイサー二重鎖が、アンチセンス化合物としては、３’−ピリミジン突出を含んでなるダイサー二重鎖より有効である。ある態様では、ダイサー二重鎖のオリゴマー化合物が１以上の３’−デオキシヌクレオシドを含む。あるそのような態様において、３’−デオキシヌクレオシドは、ｄＴヌクレオシドである。
【０２８０】
ある態様において、ダイサー二重鎖のそれぞれの鎖の５’端は、リン酸エステル部分を含む。ある態様において、ダイサー二重鎖のアンチセンス鎖は、リン酸エステル部分を含み、ダイサー二重鎖のセンス鎖は、リン酸エステル部分を含まない。ある態様において、ダイサー二重鎖のセンス鎖は、リン酸エステル部分を含み、ダイサー二重鎖のアンチセンス鎖は、リン酸エステル部分を含まない。ある態様では、ダイサー二重鎖がリン酸エステル部分を３’端に含まない。ある態様では、ダイサー二重鎖がダイサーによって切断される。そのような態様では、ダイサー二重鎖が、切断部位のヌクレオシド上に２’−ＯＭｅ修飾を含まない。ある態様では、そのような切断部位のヌクレオシドがＲＮＡである。
【０２８１】
ある態様では、ダイサーとオリゴマー化合物の相互作用が、最終的にアンチセンス活性をもたらす。ある態様では、ダイサーが二本鎖オリゴマー化合物の一方又は両方の鎖を切断して、生じる産物がＲＩＳＣ経路に入って、最終的にアンチセンス活性をもたらす。ある態様では、ダイサーが二本鎖オリゴマー化合物のいずれの鎖も切断しないが、それでもＲＩＳＣ経路への移行を促進して、最終的にアンチセンス活性をもたらす。ある態様では、ダイサーが一本鎖オリゴマー化合物を切断して、生じる産物がＲＩＳＣ経路に入り、最終的にアンチセンス活性をもたらす。ある態様では、ダイサーが一本鎖オリゴマー化合物を切断しないが、それでもＲＩＳＣ経路への移行を促進して、最終的にアンチセンス活性をもたらす。
【０２８２】
ある態様において、本発明は、オリゴマー化合物とダイサーを接触させることを含んでなる、ダイサーを活性化する方法を提供する。あるそのような態様において、ダイサーは、細胞中にある。あるそのような態様において、細胞は、動物中にある。
【０２８３】
いくつかの態様では、選択されたタンパク質の発現を調節する追加のオリゴマー化合物のスクリーニングにおいて、「好適な標的セグメント」が利用される場合がある。「モジュレーター」は、あるタンパク質をコードする核酸分子の発現を減少又は増加させて、好適な標的セグメントに相補的である少なくとも８のヌクレオ塩基部分を含むオリゴマー化合物である。このスクリーニング法は、あるタンパク質をコードする核酸分子の好適な標的セグメントを１以上の候補モジュレーターと接触させる工程と、タンパク質をコードする核酸分子の発現を減少又は増加させる１以上の候補モジュレーターを選択する工程を含む。単数又は複数の候補モジュレーターが、ペプチドをコードする核酸分子の発現を調節する（例えば、減少させるか又は増加させる）ことが可能であることが示されたならば、そのモジュレーターは、該ペプチドの機能のさらなる検討試験において、又は研究、診断、又は療法の薬剤としての使用のために、本発明で利用することができる。マイクロＲＮＡへ標的指向されるオリゴマー化合物の場合、マイクロＲＮＡ標的ＲＮＡ又はタンパク質の発現を増加させる程度によって、候補モジュレーターを評価することができる（マイクロＲＮＡの活性への干渉により、マイクロＲＮＡの１以上の標的の増加された発現がもたらされるので）。
【０２８４】
好適な標的セグメントはまた、本発明で提供するそのそれぞれの相補的なオリゴマー化合物と組み合わせて、安定した二本鎖（二重鎖）オリゴヌクレオチドを形成してもよい。当該技術分野では、そのような二本鎖オリゴヌクレオチド部分が、アンチセンス機序を介して、標的の発現を調節して、翻訳並びにＲＮＡプロセシングを制御することが示されている。さらに、この二本鎖部分は、化学修飾を受けてよい（Fire et al, Nature, 1998, 391, 806-811; Timmons and Fire, Nature, 1998, 395, 854; Timmons et al, Gene, 2001, 263, 103-112; Tabara et al, Science, 1998, 282, 430-431; Montgomery et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 15502-15507; Tuschl et al, Genes Dev., 1999, 13, 3191-3197; Elbashir et al, Nature, 2001, 411, 494-498; Elbashir et al, Genes Dev., 2001, 15, 188-200）。例えば、そのような二本鎖部分は、二重鎖のアンチセンス鎖の、標的に対する典型的なハイブリダイゼーションによって標的を阻害して、それによって標的の酵素分解の契機となることが示された（Tijsterman et al, Science, 2002, 295, 694-697）。
【０２８５】
本発明で提供するオリゴマー化合物は、薬物探索と標的検証の分野でも応用することができる。ある態様において、本発明で提供するのは、タンパク質と病態、表現型、又は状態の間に存在する関係を解明しようとする薬物探索の努力における、オリゴマー化合物と本発明で同定される標的の使用である。これらの方法には、本発明で提供する１以上のオリゴマー化合物と試料、組織、細胞、又は生物を接触させること、処置後のある時点で標的の核酸又はタンパク質量、及び／又は関連する表現型又は化学的なエンドポイントを測定すること、及びこの測定値を非処置試料又は本発明で提供するようなさらなるオリゴマー化合物で処置した試料と比較してもよいことを含んでなる、標的ペプチドを検出又は調節することが含まれる。これらの方法はまた、他の実験と並行して、又は組み合わせて実施して、標的検証の方法のために未知の遺伝子の機能を決定するか、又は特別な疾患、状態、又は表現型の治療又は予防のための標的としての特別な遺伝子産物の正当性を決することができる。ある態様では、オリゴマー化合物を療法における使用に提供する。ある態様において、療法は、標的ＲＮＡを低下させることである。
【０２８６】
本明細書に使用するように、「用量」という用語は、単一の投与において提供される医薬品の特定量に言及する。ある態様では、２以上のボーラス剤、錠剤、又は注射剤で用量を投与し得る。例えば、ある態様において、皮下投与が望まれる場合、望まれる用量には、単一の注射剤では容易に提供されない容量が求められる。そのような態様では、２以上の注射剤を使用して、望まれる用量を達成してよい。ある態様では、用量を２以上の注射剤で投与して、個体における注射部位での反応を最小化し得る。
【０２８７】
ある態様では、標的ＲＮＡに対して非修飾ＤＮＡより高い親和性を有し得る化学修飾オリゴマー化合物を本発明で提供する。あるそのような態様では、次いで、より高い親和性により増加した効力がもたらされて、そのような化合物のより少ない用量の投与、毒性の可能性の低下、治療指数の改善、及び治療コスト全体の減少が可能になる。
【０２８８】
ＲＮＡｉ活性に対するヌクレオシド修飾の効果については、既存の文献（Elbashir et al., Nature, 2001, 411, 494-498; Nishikura et al, Cell, 2001, 107, 415-416; 及び Bass et al, Cell, 2000, 101, 235-238）に従って評価する。
【０２８９】
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物を、診断、治療、予防に、そして研究の試薬及びキットとして利用することができる。さらに、遺伝子発現を鋭敏な特異性で阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当業者によって、特別な遺伝子の機能を解明するために、又は生体経路の様々なメンバーの諸機能を区別するためにしばしば使用される。ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物を、細胞及び組織の内部で発現される遺伝子の一部又は全相補体の発現パターンを解明するための示差及び／又はコンビナトリアル分析のツールとして、単独で、又は他のオリゴマー化合物又は他の治療薬剤と組み合わせて利用することができる。オリゴマー化合物はまた、遺伝子の増幅又は検出に有利である条件の下で、それぞれプライマー及びプローブとして効果的に使用することができる。これらのプライマー及びプローブは、タンパク質をコードする核酸分子の特異的な検出を必要とする方法において、そして検出又はさらなる試験における使用のための核酸分子の増幅において有用である。本発明で提供するようなオリゴマー化合物、特にプライマー及びプローブの核酸とのハイブリダイゼーションは、当該技術分野において知られた手段によって検出することができる。そのような手段には、酵素のオリゴヌクレオチドへのコンジュゲーション、オリゴヌクレオチドの放射標識化、又は他の好適な検出手段を含めてよい。選択されるタンパク質の試料中の量を検出するのにそのような検出手段を使用するキットも、製造することができる。
【０２９０】
１つの非限定的な例として、本発明で提供するオリゴマー化合物の１以上で処置された細胞又は組織内での発現パターンを、オリゴマー化合物で処置しない対照の細胞又は組織と比較して、産生されるパターンについて、例えば、検証する遺伝子の疾患関連性、シグナル伝達経路、細胞局在化、発現量、サイズ、構造、又は機能に関連する遺伝子発現の示差量を分析する。これらの分析は、被刺激及び非刺激細胞で、そして発現パターンに影響を及ぼす他の化合物及び／又はオリゴマー化合物の存在又は非存在下に実施することができる。
【０２９１】
当該技術分野において知られている遺伝子発現分析の方法の例には、ＤＮＡアレイ又はマイクロアレイ（Brazma and ViIo, FEBS Lett., 2000, 480, 17-24; Celis, et al, FEBS Lett, 2000, 480, 2-16)、ＳＡＧＥ（遺伝子発現の連続分析）（Madden, et al, Drug Discov. Today, 2000, 5, 415-425）、ＲＥＡＤＳ（消化ｃＤＮＡの制限酵素増幅）（Prashar and Weissman, Methods Enzymol, 1999, 303, 258-72）、ＴＯＧＡ（全遺伝子発現分析）（Sutcliffe, et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 1976-81）、タンパク質アレイ及びプロテオミクス（Celis, etal, FEBS Lett., 2000, 480, 2-16; Jungblut, et al, Electrophoresis, 1999, 20, 2100-10）、発現配列タグ（ＥＳＴ）配列決定（Celis, et al, FEBS Lett., 2000, 480, 2-16; Larsson, et al, J. Biotechnol, 2000, 80, 143-57）、サブトラクティブＲＮＡフィンガープリンティング（ＳｕＲＦ）（Fuchs, et al, Anal. Biochem., 2000, 286, 91-98; Larson, et al, Cytometry, 2000, 41, 203-208）、サブトラクティブクローニング、ディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）（Jurecic and Belmont, Curr. Opin. Microbiol, 2000, 3, 316-21）、比較ゲノムハイブリダイゼーション（Carulli, et al, J. Cell Biochem. Suppl, 1998, 31, 286-96）、ＦＩＳＨ（蛍光 in situ ハイブリダイゼーション）技術（Going and Gusterson, Eur. J. Cancer, 1999, 35, 1895-904）、及び質量分析法（To, Comb. Chem. High Throughput Screen, 2000, 3, 235-41）が含まれる。
【０２９２】
（１）  式Ｉ：
【数１】
0005763539.tif 000028
［式中：Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｒ１）であり；Ｒ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；Ｔ１とＴ２の一方は、Ｈ、保護基、又はリン部分であり、そしてＴ１とＴ２の他方は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；ｎは、１〜約６であり；ｍは、０又は１であり；ｊは、０又は１であり；それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；
それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；そして
ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、そしてＡがＯであるとき、Ｇ１は、ハロゲン以外である］を有する化合物。
（２）  Ｂｘが、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである、（１）の化合物。
（３）  Ｂｘが、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである、（１）の化合物。
（４）  Ｑ１がＨである、（１）〜（３）のいずれか１項の化合物。
（５）  Ｑ２がＨである、（１）〜（３）のいずれか１項の化合物。
（６）  Ｑ１とＱ２がそれぞれＨ以外である、（１）〜（３）のいずれか１項の化合物。
（７）  Ｑ１及びＱ２の一方が置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである、（１）〜（６）のいずれか１項の化合物。
（８）  前記置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（７）の化合物。
（９）  前記置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む、（７）の化合物。
（１０）  Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１）〜（９）のいずれか１項の化合物。
（１１）  Ｑ１がメチルである、（１）〜（１０）のいずれか１項の化合物。
（１２）  Ｑ２がメチルである、（１）〜（１０）のいずれか１項の化合物。
（１３）  Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（１）〜（１２）のいずれか１項の化合物。
（１４）  Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である、（１）〜（１２）のいずれか１項の化合物。
（１５）  Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（１）〜（１２）のいずれか１項の化合物。
（１６）  Ｇ１がＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、（１）〜（１２）のいずれか１項の化合物。
（１７）  Ｇ１がＦである、（１）〜（１２）のいずれか１項の化合物。
（１８）  Ｔ１及びＴ２の少なくとも１つが、ベンジル、ベンゾイル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシラート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）より選択されるヒドロキシル保護基である、（１）〜（１７）のいずれか１項の化合物。
（１９）  Ｔ１が、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、及びジメトキシトリチルより選択される、（１）〜（１７）のいずれか１項の化合物。
（２０）  Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルである、（１）〜（１７）のいずれか１項の化合物。
（２１）  Ｔ１がリン部分である、（１）〜（１７）のいずれか１項の化合物。
（２２）  前記リン部分が式：
【数２】
0005763539.tif 000029
［式中：ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そしてＲｂは、Ｏ又はＳである］を有する、（２１）の化合物。
（２３）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである、（２２）の化合物。
（２４）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である、（２２）の化合物。
（２５）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である、（２２）の化合物。
（２６）  ＲｂがＯである、（２２）〜（２５）のいずれか１項の化合物。
（２７）  ＲｂがＳである、（２２）〜（２５）のいずれか１項の化合物。
（２８）  Ｔ２が反応性リン基である、（１）〜（２７）のいずれか１項の化合物。
（２９）  Ｔ２が、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト及びＨ−ホスホネートより選択される反応性リン基である、（１）〜（２７）のいずれか１項の化合物。
（３０）  Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルであり、Ｔ２がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである、（１）〜（１７）のいずれか１項の化合物。
（３１）  Ｔ１がリン部分であり、Ｔ２がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである、（１）〜（１７）のいずれか１項の化合物。
（３２）  ＡがＯである、（１）〜（３１）のいずれか１項の化合物。
（３３）  ＡがＳである、（１）〜（３１）のいずれか１項の化合物。
（３４）  ＡがＮ（Ｒ１）である、（１）〜（３１）のいずれか１項の化合物。
（３５）  Ｒ１がＨ又はＣＨ３である、（３４）の化合物。
（３６）  構造：
【数３】
0005763539.tif 000030
を有する、（１）〜（３５）のいずれか１項の化合物。
（３７）  Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ１は、Ｈ又は保護基であり；Ｔ２は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ１とＱ２の一方は、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｈであり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（３６）の化合物。
（３８）  Ｑ１がＣＨ３であり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（３７）の化合物。
（３９）  Ｑ２がＣＨ３であり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（３７）の化合物。
（４０）  Ｇ１がＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、（３８）又は（３９）のいずれか１項の化合物。
（４１）  式ＩＩ：
【数４】
0005763539.tif 000031
［式中、式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｒ１）であり；Ｒ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ１とＱ２の一方は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；ｎは、１〜約６であり；ｍは、０又は１であり；ｊは、０又は１であり；それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；そしてｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、そしてＡがＯであるとき、Ｇ１は、ハロゲン以外である］の少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物。
（４２）  それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである、（４１）のオリゴマー化合物。
（４３）  それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである、（４３）のオリゴマー化合物。
（４４）  それぞれのＱ１がＨである、（４１）〜（４３）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（４５）  それぞれのＱ２がＨである、（４１）〜（４３）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（４６）  それぞれのＱ１とそれぞれのＱ２がＨ以外である、（４１）〜（４３）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（４７）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである、（４１）〜（４６）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（４８）  それぞれの置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより独立して選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（４７）のオリゴマー化合物。
（４９）  それぞれの置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、フルオロ及びＯＣＨ３より独立して選択される少なくとも１つの置換基を含む、（４７）のオリゴマー化合物。
（５０）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の少なくとも１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（４１）〜（４９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５１）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１がメチルである、（４１）〜（４９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５２）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｑ２がメチルである、（４１）〜（４９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５３）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（４１）〜（５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５４）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である、（４１）〜（５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５５）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（４１）〜（５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５６）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１がＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、（４１）〜（５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５７）  式ＩＩのそれぞれのモノマーについて、Ｇ１がＦである、（４１）〜（５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５８）  Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つが５’若しくは３’−末端基である、（４１）〜（５７）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（５９）  Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つがコンジュゲート基である、（４１）〜（５７）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（６０）  Ｔ３がリン部分である、（４１）〜（５９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（６１）  前記リン部分が式：
【数５】
0005763539.tif 000032
［式中：ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そしてＲｂは、Ｏ又はＳである］を有する、（５９）のオリゴマー化合物。
（６２）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである、（６０）のオリゴマー化合物。
（６３）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である、（６０）のオリゴマー化合物。
（６４）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である、（６０）のオリゴマー化合物。
（６５）  ＲｂがＯである、（６０）〜（６４）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（６６）  ＲｂがＳである、（６０）〜（６４）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（６７）  式ＩＩのそれぞれのモノマーが構造：
【数６】
0005763539.tif 000033
を有する、（４１）〜（６６）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（６８）  前記構造を有する式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘが複素環式塩基部分であり；Ａは、Ｏであり；Ｔ３とＴ４の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ３とＴ４の他方は、Ｈ、保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ１とＱ２の一方は、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、そしてＱ１とＱ２の他方は、Ｈであり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（６７）のオリゴマー化合物。
（６９）  前記構造を有する式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｑ１がＣＨ３であり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（６８）のオリゴマー化合物。
（７０）  前記構造を有する式ＩＩのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｑ２がＣＨ３であり；そしてＧ１は、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（６８）のオリゴマー化合物。
（７１）  前記構造を有する式ＩＩのそれぞれのモノマーについて：Ｇ１がＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である、（６９）又は（７０）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（７２）  式ＩＩの１つのモノマーを５’端に含んでなる、（４１）〜（７１）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（７３）  式ＩＩのモノマーが２つ以上連続する領域を少なくとも１つ含んでなる、（４１）〜（７２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（７４）  前記少なくとも１つの領域で、式ＩＩのモノマーが２〜５つ連続する、（７３）のオリゴマー化合物。
（７５）  少なくとも２つの領域を含んでなり、ここでそれぞれの領域は、独立して、式ＩＩのモノマーを１〜約５つ連続して含み、そしてここでそれぞれの領域は、式ＩＩを有するモノマーとは異なるモノマーサブユニットであって、ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、少なくとも１つのモノマーサブユニットによって分離される、（４１）〜（７１）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（７６）  式ＩＩのモノマーが連続する１つの領域が５’端に位置して、式ＩＩのモノマーが連続する第二領域が３’端に位置しているギャップ化（gapped）オリゴマー化合物を含んでなり、ここでこの２つの領域は、式ＩＩを有するモノマーとは異なるヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される、約６〜約１８のモノマーサブユニットを含んでなる内部領域によって分離される、（７５）のオリゴマー化合物。
（７７）  前記内部領域が約８〜約１４の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む、（７６）のオリゴマー化合物。
（７８）  前記内部領域が約９〜約１２の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む、（７６）のオリゴマー化合物。
（７９）  式ＩＩのモノマーが２〜３つ連続する第一領域、式ＩＩのモノマーが１〜３つ連続する任意選択の第二領域、及び８〜１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの第三領域を含んでなり、ここで前記第三領域は、前記第一領域と前記第二領域の間に位置している、（４１）〜（７１）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（８０）  それぞれのヌクレオシド間連結基が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、（４１）〜（７９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（８１）  それぞれのヌクレオシド間連結基が本質的にホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、（４１）〜（７９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（８２）  第一オリゴマー化合物と第二オリゴマー化合物を含んでなる二本鎖組成物であって：ここで第一オリゴマー化合物は、第二オリゴマー化合物に相補的であり、そして第二オリゴマー化合物は、核酸標的に相補的であり；第一及び第二オリゴマー化合物の少なくとも１つは、（４１）〜（８１）のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物であり；そして１以上の５’若しくは３’−末端基を含んでもよい、前記組成物。
（８３）  （４１）〜（８１）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（８２）の二本鎖組成物と細胞を接触させることを含んでなる方法であって、ここで前記オリゴマー化合物又は前記二本鎖組成物の１つの鎖は、標的ＲＮＡに相補的である、前記方法。
（８４）  前記細胞が動物にある、（８３）の方法。
（８５）  前記細胞がヒトにある、（８４）の方法。
（８６）  前記標的ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、及びマイクロＲＮＡより選択される、（８３）の方法。
（８７）  前記標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、（８６）の方法。
（８８）  前記標的ＲＮＡがヒトｍＲＮＡである、（８７）の方法。
（８９）  前記標的ＲＮＡが切断されて、それによりその機能を阻害する、（８３）の方法。
（９０）  前記オリゴマー化合物又は二本鎖組成物の前記細胞に対するアンチセンス活性を評価する工程をさらに含んでなる、（８３）の方法。
（９１）  前記評価工程が、標的ＲＮＡの量を検出することを含む、（９０）の方法。
（９２）  前記評価工程が、タンパク質の量を検出することを含む、（９０）の方法。
（９３）  前記評価工程が、１以上の表現型効果の検出を含む、（９０）の方法。
（９４）  療法における使用のための、（４１）〜（８１）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（８２）の二本鎖組成物。
（９５）  療法が、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患を治療することである、（９４）のオリゴマー化合物又は二本鎖組成物。
（９６）  療法が、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療することである、（９４）のオリゴマー化合物又は二本鎖組成物。
（９７）  動物中の細胞を接触させるための、（４１）〜（８２）及び（９３）〜（９５）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は二本鎖組成物。
（９８）  （４１）〜（８１）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（８２）の二本鎖組成物の、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患の治療用医薬品の製造への使用。
（９９）  （４１）〜（８１）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（８２）の二本鎖組成物の、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療するための医薬品の製造への使用。
（１００）  （４１）〜（８１）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（８２）の二本鎖組成物と医薬的に許容される担体を含んでなる医薬組成物。
（１０１）  式ＩＩＩ：
【数７】
0005763539.tif 000034
［式中：Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；Ｔ５は、リン部分又は反応性リン基であり；Ｔ６は、Ｈ、保護基、又は反応性リン基であり；Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；ｎは、１〜約６であり；ｍは、０又は１であり；ｊは、０又は１であり；それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そしてＱ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、又はＱ１とＱ２がＨであってＱ３とＱ４がそれぞれＦであるとき、又はＱ１とＱ２がそれぞれＨであってＱ３とＱ４の一方がＨでありＱ３とＱ４の他方がＲ９であるとき、このときＧ１は、Ｈ、ヒドロキシル、ＯＲ９、ハロゲン、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＨＣｌ２、及びＣＨ２ＯＨ以外であり、ここでＲ９は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアルカリールである］を有する化合物。
（１０２）  Ｂｘが、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである、（１０１）の化合物。
（１０３）  Ｂｘが、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである、（１０１）の化合物。
（１０４）  Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（１０１）〜（１０３）のいずれか１項の化合物。
（１０５）  Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である、（１０１）〜（１０３）のいずれか１項の化合物。
（１０６）  Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（１０１）〜（１０３）のいずれか１項の化合物。
（１０７）  Ｇ１がＦである、（１０１）〜（１０３）のいずれか１項の化合物。
（１０８）  Ｔ５がリン部分である、（１０１）〜（１０７）のいずれか１項の化合物。
（１０９）  前記リン部分が式：
【数８】
0005763539.tif 000035
［式中：ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そしてＲｂは、Ｏ又はＳである］を有する、（１０８）の化合物。
（１１０）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである、（１０９）の化合物。
（１１１）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である、（１０９）の化合物。
（１１２）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である、（１０９）の化合物。
（１１３）  ＲｂがＯである、（１０９）〜（１１２）のいずれか１項の化合物。
（１１４）  ＲｂがＳである、（１０９）〜（１１２）のいずれか１項の化合物。
（１１５）  Ｔ５が反応性リン基である、（１０１）〜（１０７）のいずれか１項の化合物。
（１１６）  Ｔ６が、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、及びジメトキシトリチルより選択される、（１０１）〜（１１５）のいずれか１項の化合物。
（１１７）  Ｔ６が４，４’−ジメトキシトリチルである、（１０１）〜（１１５）のいずれか１項の化合物。
（１１８）  Ｔ６が反応性リン基である、（１０１）〜（１１５）のいずれか１項の化合物。
（１１９）  Ｔ６が、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト及びＨ−ホスホネートより選択される反応性リン基である、（１０１）〜（１１５）のいずれか１項の化合物。
（１２０）  Ｔ５がリン部分であり、Ｔ６がジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである、（１０１）〜（１０７）のいずれか１項の化合物。
（１２１）  前記リン部分が−Ｐ（ＯＨ）２（＝Ｏ）である、（１２０）の化合物。
（１２２）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである、（１０１）〜（１２１）のいずれか１項の化合物。
（１２３）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の他の３つがＨである、（１２２）の化合物。
（１２４）  前記置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（１２２）又は（１２３）のいずれか１項の化合物。
（１２５）  前記置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む、（１２２）又は（１２３）のいずれか１項の化合物。
（１２６）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１０１）〜（１２１）のいずれか１項の化合物。
（１２７）  Ｑ１及びＱ２の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１２６）の化合物。
（１２８）  Ｑ３及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１２６）の化合物。
（１２９）  前記Ｃ１−Ｃ６アルキルがメチルである、（１２６）〜（１２８）のいずれか１項の化合物。
（１３０）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の他の３つがＨである、（１２６）〜（１２９）のいずれか１項の化合物。
（１３１）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＦである、（１１１）〜（１３１）のいずれか１項の化合物。
（１３２）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の２つがＦである、（１０１）〜（１２１）のいずれか１項の化合物。
（１３３）  Ｑ１とＱ２がそれぞれＦである、（１０１）〜（１２１）のいずれか１項の化合物。
（１３４）  Ｑ３とＱ４がそれぞれＦである、（１０１）〜（１２１）及び（１３３）のいずれか１項の化合物。
（１３５）  Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４のそれぞれがＦ又はＨである、（１３１）〜（１３４）のいずれか１項の化合物。
（１３６）  構造：
【数９】
0005763539.tif 000036
を有する、（１０１）〜（１３５）のいずれか１項の化合物。
（１３７）  式ＩＶ：
【数１０】
0005763539.tif 000037
［式中、式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して：Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；Ｔ７とＴ８の一方は、該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり、そしてＴ７とＴ８の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、リン部分、５’若しくは３’−末端基、又は該モノマーをオリゴマー化合物へ連結させるヌクレオシド間連結基であり；Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；Ｇ１は、Ｏ−［Ｃ（Ｒ２）（Ｒ３）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ］ｊ−Ｚ、又はハロゲンであり；それぞれのＲ２及びＲ３は、独立して、Ｈ又はハロゲンであり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮ（Ｅ１）であり；Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり；Ｅ１、Ｅ２、及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり；ｎは、１〜約６であり；ｍは、０又は１であり；ｊは、０又は１であり；それぞれの置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｌ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、及びＣ（＝Ｌ）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）より独立して選択される、１以上の保護化されていてもよい置換基を含み；Ｌは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ３であり；それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；ｊが１であるとき、Ｚは、ハロゲン又はＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり；そしてＱ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＨであるとき、又はＱ１とＱ２がＨであってＱ３とＱ４がそれぞれＦであるとき、又はＱ１とＱ２がそれぞれＨであってＱ３とＱ４の一方がＨでありＱ３とＱ４の他方がＲ９であるとき、このときＧ１は、Ｈ、ヒドロキシル、ＯＲ９、ハロゲン、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＨＣｌ２、及びＣＨ２ＯＨ以外であり、ここでＲ９は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアルカリールである］の少なくとも１つのモノマーを含んでなるオリゴマー化合物。
（１３８）  それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、５−チアゾロ−ウラシル、２−チオ−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、チミン、２’−チオ−チミン、シトシン、５−メチルシトシン、５−チアゾロ−シトシン、５−プロピニル−シトシン、アデニン、グアニン、２，６−ジアミノプリン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン、９−（２−アミノエトキシ）−Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン、２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン、又はＨ−ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オンである、（１３７）のオリゴマー化合物。
（１３９）  それぞれのＢｘが、独立して、ウラシル、チミン、シトシン、５−メチルシトシン、アデニン、又はグアニンである、（１３７）のオリゴマー化合物。
（１４０）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ４）（Ｒ５）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ６）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）、又はＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ６）−Ｃ（＝ＮＲ７）［Ｎ（Ｒ４）（Ｒ５）］であり、ここでＲ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（１３７）〜（１３９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４１）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、又はＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である、（１３７）〜（１３９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４２）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて独立して、Ｇ１が、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２である、（１３７）〜（１３９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４３）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｇ１がＦである、（１３７）〜（１３９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４４）  １つのＴ８が３’−末端基である、（１３７）〜（１４３）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４５）  Ｔ７及びＴ８の少なくとも１つがコンジュゲート基である、（１３７）〜（１４３）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４６）  １つのＴ７がリン部分である、（１３７）〜（１４５）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１４７）  前記リン部分が式：
【数１１】
0005763539.tif 000038
［式中：ＲａとＲｃは、それぞれ独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アミノ、又は置換アミノであり；そしてＲｂは、Ｏ又はＳである］を有する、（１４６）のオリゴマー化合物。
（１４８）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＨである、（１４７）のオリゴマー化合物。
（１４９）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ３である、（１４７）のオリゴマー化合物。
（１５０）  ＲａとＲｃがそれぞれＯＣＨ２ＣＨ３である、（１４７）のオリゴマー化合物。
（１５１）  ＲｂがＯである、（１４７）〜（１５０）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５２）  ＲｂがＳである、（１４７）〜（１５０）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５３）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルである、（１３７）〜（１５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５４）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つが置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の他の３つがＨである、（１３７）〜（１５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５５）  前記置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、ハロゲン、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮより選択される少なくとも１つの置換基を含み、ここでそれぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ又はＣ１−Ｃ６アルキルである、（１５３）又は（１５４）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５６）  前記置換Ｃ１−Ｃ６アルキルが、フルオロ及びＯＣＨ３より選択される少なくとも１つの置換基を含む、（１５３）又は（１５４）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５７）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１３７）〜（１５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１５８）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１及びＱ２の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１５７）のオリゴマー化合物。
（１５９）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ３及びＱ４の１つがＣ１−Ｃ６アルキルである、（１５７）のオリゴマー化合物。
（１６０）  前記Ｃ１−Ｃ６アルキル基がメチルである、（１５７）〜（１５９）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６１）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の３つがＨである、（１５７）〜（１６０）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６２）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の１つがＦである、（１３７）〜（１５３）及び（１５５）〜（１６０）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６３）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４の２つがＦである、（１３７）〜（１５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６４）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１とＱ２がそれぞれＦである、（１３７）〜（１５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６５）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ３とＱ４がそれぞれＦである、（１３７）〜（１５２）及び（１６４）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６６）  式ＩＶのそれぞれのモノマーについて、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、及びＱ４がそれぞれＦ又はＨである、（１３７）〜（１５２）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６７）  式ＩＶのそれぞれのモノマーが構造：
【数１２】
0005763539.tif 000039
を有する、（１３７）〜（１６６）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６８）  式ＩＶの１つのモノマーを５’端に含んでなる、（１３７）〜（１６７）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１６９）  式ＩＶのモノマーが２つ以上連続する領域を少なくとも１つ含む、（１３７）〜（１６７）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１７０）  前記少なくとも１つの領域が、式ＩＶのモノマーを２〜５連続して含む、（１６９）のオリゴマー化合物。
（１７１）  少なくとも２つの領域を含んでなり、ここでそれぞれの領域は、独立して、式ＩＶのモノマーを１〜約５つ連続して含み、そしてここでそれぞれの領域は、式ＩＶのモノマーとは異なるモノマーサブユニットであってヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される少なくとも１つのモノマーサブユニットによって分離される、（１３７）〜（１６７）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１７２）  式ＩＶのモノマーが連続する１つの領域が５’端に位置して、式ＩＶのモノマーが連続する第二領域が３’端に位置しているギャップ化オリゴマー化合物を含んでなり、ここでこの２つの領域は、式ＩＶを有するモノマーとは異なるヌクレオシド及び修飾ヌクレオシドより独立して選択される約６〜約１８のモノマーサブユニットを含んでなる内部領域によって分離される、（１７１）のオリゴマー化合物。
（１７３）  前記内部領域が、約８〜約１４の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む、（１７２）のオリゴマー化合物。
（１７４）  前記内部領域が、約９〜約１２の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドを含む、（１７２）のオリゴマー化合物。
（１７５）  式ＩＶのモノマーが２〜３つ連続する第一領域、式ＩＶのモノマーが１〜３つ連続する任意選択の第二領域、８〜１４のβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの第三領域を含んでなり、ここで前記第三領域は、前記第一領域と前記第二領域の間に位置している、（１３７）〜（１６７）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１７６）  それぞれのヌクレオシド間連結基が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基又はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、（１３７）〜（１７５）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１７７）  それぞれのヌクレオシド間連結基が本質的にホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、（１３７）〜（１７５）のいずれか１項のオリゴマー化合物。
（１７８）  第一オリゴマー化合物と第二オリゴマー化合物を含んでなる二本鎖組成物であって：ここで第一オリゴマー化合物は、第二オリゴマー化合物に相補的であり、そして第二オリゴマー化合物は、核酸標的に相補的であり；第一及び第二オリゴマー化合物の少なくとも１つは、（１２６）〜（１６７）のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物であり；そして１以上の５’若しくは３’−末端基を含んでもよい、前記組成物。
（１７９）  （１３７）〜（１７７）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（１７８）の二本鎖組成物と細胞を接触させることを含んでなる方法であって、ここで前記オリゴマー化合物又は前記二本鎖組成物の１つの鎖は、標的ＲＮＡに相補的である、前記方法。
（１８０）  前記細胞が動物にある、（１７９）の方法。
（１８１）  前記細胞がヒトにある、（１７９）の方法。
（１８２）  前記標的ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、及びマイクロＲＮＡより選択される、（１７９）の方法。
（１８３）  前記標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、（１８２）の方法。
（１８４）  前記標的ＲＮＡがヒトｍＲＮＡである、（１８３）の方法。
（１８５）  前記標的ＲＮＡが切断されて、それによりその機能を阻害する、（１７９）の方法。
（１８６）  前記オリゴマー化合物又は前記二本鎖組成物の前記細胞に対するアンチセンス活性を評価する工程をさらに含んでなる、（１７９）の方法。
（１８７）  前記評価工程が、標的ＲＮＡの量を検出することを含む、（１８６）の方法。
（１８８）  前記評価工程が、タンパク質の量を検出することを含む、（１８６）の方法。
（１８９）  前記評価工程が、１以上の表現型効果の検出を含む、（１８６）の方法。
（１９０）  療法における使用のための、（１３７）〜（１７７）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（１６８）の二本鎖組成物。
（１９１）  療法が、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患を治療することである、（１９０）のオリゴマー化合物又は二本鎖組成物。
（１９２）  療法が、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療することである、（１９０）のオリゴマー化合物又は二本鎖組成物。
（１９３）  動物中の細胞を接触させるための、（１３７）〜（１７７）及び（１９０）〜（１９２）のいずれか１項のオリゴマー化合物、又は（１６８）及び（１８０）〜（１８２）のいずれか１項の二本鎖組成物。
（１９４）  （１３７）〜（１７７）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（１６８）の二本鎖組成物の、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患の治療用医薬品の製造への使用。
（１９５）  （１３７）〜（１７７）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（１６８）の二本鎖組成物の、遺伝子発現を阻害することによって疾患を治療するための医薬品の製造への使用。
（１９６）  （１３６）〜（１７６）のいずれか１項のオリゴマー化合物又は（１６８）の二本鎖組成物と医薬的に許容される担体を含んでなる医薬組成物。
（１９７）  モノマーサブユニットの少なくとも１つが５’−置換−２’−Ｏ−Ｃ１−Ｃ６アルキル又は５’−置換−２’−Ｏ−Ｃ１−Ｃ６置換アルキル修飾ヌクレオシドである、長さが８〜３０のモノマーサブユニットであるオリゴマー化合物。
（１９８）  それぞれのモノマーサブユニットが５’−置換−２’−Ｏ−Ｃ１−Ｃ６置換アルキル修飾ヌクレオシドである、（１９７）のオリゴマー化合物。
（１９９）  ５’端に位置する１〜約５の連続モノマーサブユニットの第一領域と３’端に位置する１〜約５の連続モノマーサブユニットの第二領域を含んでなり、ここで第一領域と第二領域は、約６〜約１８の連続β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドを含んでなる内部領域によって分離され、ここでそれぞれのモノマーサブユニットは修飾ヌクレオシドである、（１９７）のオリゴマー化合物。
（２００）  それぞれのモノマーサブユニットが５’−置換−２’−Ｏ−Ｃ１−Ｃ６置換アルキル修飾ヌクレオシドである、（１９９）のオリゴマー化合物。
（２０１）  （１９７）〜（２００）のいずれか１項のオリゴマー化合物と細胞を接触させることを含んでなる、細胞中の標的ＲＮＡの量を低下させる方法。
（２０２）  前記オリゴマー化合物が前記標的ＲＮＡに相補的である、（２０１）の方法。
（２０３）  前記オリゴマー化合物が、単独で、又は相補鎖と組み合わせて、内因性リボヌクレアーゼを活性化する、（２０１）の方法。
（２０４）  前記内因性リボヌクレアーゼがＲＮアーゼＨ又は二本鎖リボヌクレアーゼである、（２０３）の方法。
（２０５）  二本鎖リボヌクレアーゼがアルゴノート（argonaute）タンパク質である、（２０４）の方法。
ある態様では、本発明で提供するオリゴマー化合物を記載のように利用することができるが、以下の実施例は、例解するためにのみ役立つのであって、限定することを企図しない。
【実施例】
【０２９３】
実施例（全般）
１Ｈ及び１３Ｃ  ＮＭＲスペクトルは、３００ＭＨｚ及び７５ＭＨｚ  Ｂｒｕｋｅｒ分光計でそれぞれ記録した。
【０２９４】
実施例１：ヌクレオシドホスホロアミダイトの合成
ヌクレオシドホスホロアミダイトの製造は、本明細書において、そして限定されないが、米国特許第６，４２６，２２０号と公開ＰＣＴ  ＷＯ０２／３６７４３のような当該技術分野において例解される手順に従って実施する。
【０２９５】
実施例２：オリゴマー化合物の合成
本発明に従って使用するオリゴマー化合物は、固相合成の既知の技術により、簡便的かつ常套的に作製し得る。そのような合成用の機器は、例えば、アプライド・バイオシステムズ（カリフォルニア州フォスターシティ）が含まれるいくつかのベンダーによって販売されている。当該技術分野で知られているそのような合成についての他のどの手段も、追加的又は代替的に利用してよい。アルキル化誘導体とホスホロチオエート連結を有する誘導体のようなオリゴヌクレオチドを製造するために同様の技術を使用することがよく知られている。
【０２９６】
オリゴマー化合物：オリゴヌクレオチドが制限なしに含まれる未置換及び置換ホスホジエステル（Ｐ＝Ｏ）オリゴマー化合物は、ヨウ素による酸化を伴う標準ホスホロアミダイト化学を使用して、自動化ＤＮＡ合成機（アプライド・バイオシステムズモデル  ３９４）で合成することができる。
【０２９７】
ある態様では、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結（Ｐ＝Ｓ）をホスホジエステルヌクレオシド間連結と同様に合成するが、以下を例外とする：亜リン酸エステル連結の酸化のために３，Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン１，１−ジオキシドの１０％（ｗ／ｖ）アセトニトリル溶液を利用することによってチオ化を実施する。チオ化反応工程の時間は、１８０秒へ増加して、通常のキャッピング工程がこれに先行する。５５℃で１２〜１６時間のＣＰＧカラムからの切断と濃水酸化アンモニウムにおける分解（deblocking）の後で、３容量より多いエタノールで、１Ｍ  ＮＨ４ＯＡｃ溶液より沈殿させることによって、オリゴマー化合物を回収する。ホスフィネートヌクレオシド間連結は、米国特許第５，５０８，２７０号に記載のように製造することができる。
【０２９８】
ホスホン酸アルキルヌクレオシド間連結は、米国特許第４，４６９，８６３号に記載のように製造することができる。
【０２９９】
３’−デオキシ−３’−メチレンホスホネートヌクレオシド間連結は、米国特許５，６１０，２８９号又は５，６２５，０５０号に記載のように製造することができる。
【０３００】
ホスホロアミダイトヌクレオシド間連結は、米国特許第５，２５６，７７５号又は米国特許第５，３６６，８７８号に記載のように製造することができる。
【０３０１】
アルキルホスホノチオエートヌクレオシド間連結は、公開されたＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９４／００９０２及びＰＣＴ／ＵＳ９３／０６９７６（それぞれ、ＷＯ９４／１７０９３及びＷＯ９４／０２４９９として公開）に記載のように製造することができる。
【０３０２】
３’−デオキシ−３’−アミノホスホロアミデートヌクレオシド間連結は、米国特許第５，４７６，９２５号に記載のように製造することができる。
【０３０３】
ホスホトリエステルヌクレオシド間連結は、米国特許第５，０２３，２４３号に記載のように製造することができる。
【０３０４】
ボラノリン酸エステルヌクレオシド間連結は、米国特許５，１３０，３０２号及び５，１７７，１９８号に記載のように製造することができる。
【０３０５】
１以上の非リン含有ヌクレオシド間連結を有するオリゴマー化合物（制限なしに、ＭＭＩ連結オリゴヌクレオシドとしても同定されるメチレンメチルイミノ連結オリゴヌクレオシド、ＭＤＨ連結オリゴヌクレオシドとしても同定されるメチレンジメチルヒドラゾ連結オリゴヌクレオシド、アミド−３連結オリゴヌクレオシドとしても同定されるメチレンカルボニルアミノ連結オリゴヌクレオシド、及びアミド−４連結オリゴヌクレオシドとしても同定されるメチレンアミノカルボニル連結オリゴヌクレオシドが含まれる）、並びに、例えば、交替ＭＭＩ及びＰ＝Ｏ又はＰ＝Ｓ連結を有する混合骨格オリゴマー化合物は、米国特許５，３７８，８２５、５，３８６，０２３、５，４８９，６７７、５，６０２，２４０、及び５，６１０，２８９号に記載のように製造することができる。
【０３０６】
ホルムアセタール及びチオホルムアセタールヌクレオシド間連結は、米国特許５，２６４，５６２号及び５，２６４，５６４号に記載のように製造することができる。
【０３０７】
エチレンオキシドヌクレオシド間連結は、米国特許第５，２２３，６１８号に記載のように製造することができる。
【０３０８】
実施例３：オリゴマー化合物の単離及び精製
５５℃で１２〜１６時間の制御細孔ガラス固体支持体又は他の支持媒体からの切断と濃水酸化アンモニウム中での分解の後で、オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオシドが制限なしに含まれるオリゴマー化合物を、３容量より多いエタノールで、１Ｍ  ＮＨ４ＯＡｃからの沈殿によって回収する。合成したオリゴマー化合物について、エレクトロスプレー質量分析法（分子量決定）と毛管ゲル電気泳動によって分析する。この合成において得られるホスホロチオエート連結とホスホジエステル連結の相対量は、−１６ａｍｕ［原子質量単位］産物（＋／−３２＋／−４８）に対する正確な分子量の比によって決定する。ある試験では、Chiang et al., J. Biol. Chem. 1991, 266, 18162-18171 に記載のように、オリゴマー化合物をＨＰＣＬによって精製する。ＨＰＬＣ精製済みの材料で得られる結果は、非ＨＰＬＣ精製材料で得られるものと概ね同様である。
【０３０９】
実施例４：９６ウェルプレートフォーマットを使用するオリゴマー化合物の合成
オリゴヌクレオチドが制限なしに含まれるオリゴマー化合物は、固相Ｐ（ＩＩＩ）ホスホロアミダイト化学により、９６配列を９６ウェルフォーマットにおいて同時に組み立てることが可能な自動化合成機で合成することができる。ホスホジエステルヌクレオシド間連結は、ヨウ素水溶液での酸化によって得られる。ホスホロチオエートヌクレオシド間連結は、３，Ｈ−１，２ベンゾジチオール−３−オン１，１ジオキシド（Beaucage 試薬）を無水アセトニトリルにおいて利用する硫化によって産生する。標準塩基保護化β−シアノエチル−ジイソプロピルホスホロアミダイトは、市販ベンダー（例、ＰＥ−アプライド・バイオシステムズ、カリフォルニア州フォスターシティ又はファルマシア、ニュージャージー州ピスカタウェイ）より購入することができる。非標準ヌクレオシドは、標準法又は特許保護された方法により合成して、塩基保護化β−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミダイトとして官能化することができる。
【０３１０】
濃ＮＨ４ＯＨを上昇温度（５５〜６０℃）で１２〜１６時間用いて、オリゴマー化合物を支持体より外して脱保護化してから、遊離した生成物を真空で乾燥させることができる。次いで、この乾燥した生成物を無菌水に再懸濁させてマスタープレートを得てから、これより、ロボットピペッターを利用して、すべての分析及び検査プレート試料を希釈する。
【０３１１】
実施例５：９６ウェルプレートフォーマットを使用するオリゴマー化合物の分析
各ウェル中のオリゴマー化合物の濃度は、試料の希釈とＵＶ吸収分光法によって評価することができる。個々の生成物の全長完全性については、９６ウェルフォーマット（ベックマンＰ／ＡＣＥＴＭＭＤＱ）での毛管電気泳動（ＣＥ）によって評価しても、個々に製造した試料では、市販のＣＥ装置（例、ベックマンＰ／ＡＣＥＴＭ５０００，ＡＢＩ２７０）で評価してもよい。塩基及び骨格の組成は、エレクトロスプレー質量分析法を利用する、オリゴマー化合物の質量分析によって確認する。単一及びマルチチャネルのロボットピペッターを使用して、マスタープレートより、すべてのアッセイ検査プレートを希釈する。プレートは、プレート上のオリゴマー化合物の少なくとも８５％が少なくとも８５％の全長であれば、受け容れられると判定する。
【０３１２】
実施例６：細胞のオリゴマー化合物での in vitro 処置
標的核酸の発現に対するオリゴマー化合物の効果については、その標的核酸が測定可能な量で存在していれば、多様な細胞種のいずれでも試験される。このことは、例えば、ＰＣＲ又はノーザンブロット分析を使用して、常套的に決定することができる。American Type Culture Collection（ＡＴＣＣ，バージニア州マナッサス）より、多数の組織及び種に由来する細胞系を入手することができる。
【０３１３】
以下の細胞種は、例示の目的で提供するが、他の細胞種も、その選択した細胞種において標的が発現されるならば、常套的に使用することができる。このことは、当該技術分野で常套的な方法、例えば、ノーザンブロット分析、リボヌクレアーゼ保護化アッセイ、又はＲＴ−ＰＣＲによって、容易に決定することができる。
【０３１４】
ｂ．ＥＮＤ細胞：マウスの脳内皮細胞系、ｂ．ＥＮＤは、マックス・プランク研究所（バート・ナウハイム、ドイツ）のWerner Risau 博士より得た。１０％胎仔ウシ血清（Invitrogen Life Technologies，カリフォルニア州カールスバッド）を補充した高グルコースＤＭＥＭ（Invitrogen Life Technologies，カリフォルニア州カールスバッド）においてｂ．ＥＮＤ細胞を常套的に培養する。細胞がほぼ９０％の集密度に達したときに、トリプシン処置と希釈によって、それを常套的に継代する。限定されないが、オリゴマー化合物トランスフェクション実験が含まれる使用のために、細胞をほぼ３０００細胞／ウェルの密度で９６ウェルプレート（Falcon-Primaria ＃３５３８７２，BD Biosciences，マサチューセッツ州ベドフォード）へ播く。
【０３１５】
オリゴマー化合物での細胞の処置を伴う実験：
細胞が適正な集密度に達したとき、記載のようなトランスフェクション法を使用して、それらをオリゴマー化合物で処置する。
【０３１６】
ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮＴＭ
細胞が６５〜７５％の集密度に達したとき、それらを１以上のオリゴマー化合物で処置する。オリゴマー化合物は、Ｏｐｔｉ−ＭＥＭＴＭ−１血清低減培地（Invitrogen Life Technologies，カリフォルニア州カールスバッド）においてＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮＴＭ（Invitrogen Life Technologies，カリフォルニア州カールスバッド）と混合して、望まれるオリゴマー化合物（複数）の濃度と１００ｎＭオリゴマー化合物（複数）につき２．５又は３μｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮＴＭの濃度とする。このトランスフェクション混合物を室温でほぼ０．５時間インキュベートする。９６ウェルプレートで増殖した細胞では、ウェルを１００μＬ  ＯＰＴＩ−ＭＥＭＴＭ−１で１回洗浄してから、１３０μＬのトランスフェクション混合物で処置する。２４ウェルプレート又は他の標準組織培養プレートにおいて増殖した細胞も、適正量の培地及びオリゴマー化合物（複数）を使用して、同様に処置する。細胞を処置して、データを同一２検体又は同一３検体で入手する。３７℃でほぼ４〜７時間の処置後、トランスフェクション混合物を含有する培地を新鮮な培養基に置き換える。オリゴマー化合物（複数）で処置後１６〜２４時間で細胞を採取する。
【０３１７】
当該技術分野で知られている他の好適なトランスフェクション試薬には、限定されないが、ＣＹＴＯＦＥＣＴＩＮＴＭ、ＬｆｆＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥＴＭ、ＯＬＩＧＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥＴＭ、及びＦＵＧＥＮＥＴＭが含まれる。当該技術分野で知られている他の好適なトランスフェクション法には、限定されないが、エレクトロポレーションが含まれる。
【０３１８】
実施例７：標的ｍＲＮＡ量のリアルタイム定量ＰＣＲ分析
標的ｍＲＮＡ量の定量は、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭＴＭ７６００、７７００、又は７９００配列検出システム（ＰＥ−アプライド・バイオシステムズ、カリフォルニア州フォスターシティ）を製造業者の説明書に従って使用するリアルタイム定量ＰＣＲによって達成する。これは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）産物のリアルタイムでのハイスループット定量を可能にする、閉管式で非ゲルベースの蛍光検出システムである。ＰＣＲが完了した後で増幅産物を定量する標準ＰＣＲとは対照的に、リアルタイム定量ＰＣＲでは、産物が蓄積するにつれてそれを定量する。これは、フォワード及びリバースＰＣＲプライマーの間で特異的にアニールして２つの蛍光色素を含有するオリゴヌクレオチドプローブをＰＣＲ反応に含めることによって達成される。プローブの５’端へレポーター色素（例、ＦＡＭ又はＪＯＥ、ＰＥ−アプライド・バイオシステムズ（カリフォルニア州フォスターシティ）、Operon Technologies 社（カリフォルニア州アラメダ）、又は Integrated DNA Technologies 社（アイオワ州コラルビル）のいずれかより入手）を付けて、プローブの３’端へクエンチャー色素（例、ＴＡＭＲＡ、ＰＥ−アプライド・バイオシステムズ（カリフォルニア州フォスターシティ）、Operon Technologies 社（カリフォルニア州アラメダ）、又は Integrated DNA Technologies 社（アイオワ州コラルビル）のいずれかより入手））を付ける。プローブと色素がインタクトであるとき、レポーター色素の発光は、３’クエンチャー色素の近接によって消光される。増幅の間、プローブの標的配列へのアニーリングにより、Ｔａｑポリメラーゼの５’−エクソヌクレアーゼ活性によって切断され得る基質が創出される。ＰＣＲ増幅サイクルの伸長フェーズの間、プローブのＴａｑポリメラーゼによる切断によって、プローブの残り部分より（従って、クエンチャー部分より）レポーター色素が放出されて、配列特異的な蛍光シグナルが産生される。それぞれのサイクルに伴って、追加のレポーター色素分子がそのそれぞれのプローブより切断されて、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭＴＭ配列検出システムへ組み込まれたレーザー光によって、一定の間隔で蛍光強度をモニタリングする。各アッセイにおいて、未処置対照試料からのｍＲＮＡの連続希釈液を含有する一連の並行反応物より標準曲線を作成して、これを使用して、試験試料のアンチセンスオリゴヌクレオチド処置後の阻害パーセントを定量する。
【０３１９】
定量ＰＣＲ分析に先立って、測定される標的遺伝子に特異的なプライマー−プローブセットについて、ＧＡＰＤＨ増幅反応で「多重化」される能力を評価する。多重化の時には、標的遺伝子と内部標準遺伝子ＧＡＰＤＨの両方を単一の試料において同時に増幅する。この分析では、未処置細胞より単離するｍＲＮＡも連続的に希釈する。各希釈液をＧＡＰＤＨのみ、標的遺伝子のみ（「単一化」）又は両方（多重化）に特異的なプライマー−プローブセットの存在下に増幅する。ＰＣＲ増幅に続いて、単一化試料と多重化試料の両方より、ＧＡＰＤＨと標的ｍＲＮＡシグナルの標準曲線を希釈の関数として作成する。多重化試料より産生されるＧＡＰＤＨ及び標的シグナルの傾きと相関係数の両方が単一化試料より産生されるその対応値の１０％以内に入るならば、その標的に特異的なプライマー−プローブセットは、多重化可能とみなされる。当該技術分野では、他のＰＣＲの方法も知られている。
【０３２０】
ＲＴ及びＰＣＲの試薬は、Invitrogen Life Technologies（カリフォルニア州カールスバッド）より入手される。３０μＬの全ＲＮＡ溶液（２０〜２００ｎｇ）を含有する９６ウェルプレートへ２０μＬのＰＣＲカクテル（２．５ｘＰＣＲ緩衝液−ＭｇＣｌ２、６．６ｍＭ  ＭｇＣｌ２、それぞれ３７５μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＣＴＰ、及びｄＧＴＰ、それぞれ３７５ｎＭのフォワードプライマー及びリバースプライマー、１２５ｎＭのプローブ、４単位のＲＮアーゼ阻害剤、１．２５単位のＰＬＡＴＩＮＵＭ（登録商標）Ｔａｑ、５単位のＭｕＬＶ逆転写酵素、及び２．５ｘＲＯＸ色素）を加えることによってＲＴ（リアルタイム）ＰＣＲを行う。ＲＴ反応は、４８℃で３０分間のインキュベーションによって行う。ＰＬＡＴＩＮＵＭ（登録商標）Ｔａｑを活性化する９５℃で１０分のインキュベーションに続き、４０サイクルの２工程ＰＣＲプロトコールを行う：９５℃で１５秒（変性）に続き、６０℃で１．５分（アニーリング／伸長）。
【０３２１】
ＲＴ（リアルタイム）ＰＣＲによって得られる遺伝子標的量は、ＧＡＰＤＨ（その発現が一定である遺伝子）の発現量を使用すること、又はＲＩＢＯＧＲＥＥＮＴＭ（Molecular Probes 社、オレゴン州ユージーン）を使用して全ＲＮＡを定量することによって正規化する。ＧＡＰＤＨ発現は、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって、標的と同時に実行して多重化するか又は別々に実行することによって定量する。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎＴＭＲＮＡ定量試薬（Molecular Probes 社、オレゴン州ユージーン）を使用して全ＲＮＡを定量する。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮＴＭによるＲＮＡ定量の方法については、Jones, L. J., et al,（Analytical Biochemistry, 1998, 265, 368-374）に教示されている。
【０３２２】
本アッセイでは、３０μＬの精製した細胞性ＲＮＡを含有する９６ウェルプレートへ１７０μＬのＲＩＢＯＧＲＥＥＮＴＭ作業試薬（ＲＩＢＯＧＲＥＥＮＴＭ試薬を１０ｍＭトリス−ＨＣｌ，１ｍＭ  ＥＤＴＡ（ｐＨ７．５）で３５０倍希釈）をピペット注入する。このプレートを、ＣｙｔｏＦｌｕｏｒ  ４０００（ＰＥアプライド・バイオシステムズ）において、４８５ｎｍでの励起と５３０ｎｍでの発光で読み取る。
【０３２３】
実施例８：標的発現のオリゴヌクレオチド阻害の分析
当該技術分野で知られた様々なやり方で、標的発現のアンチセンス調節についてアッセイすることができる。例えば、標的ｍＲＮＡ量は、例えば、ノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、又はリアルタイムＰＣＲによって定量することができる。現下では、リアルタイム定量ＰＣＲが望ましい。全細胞性ＲＮＡ又はポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡに対してＲＮＡ分析を実施することができる。本開示のＲＮＡ分析の１つの方法は、本発明の他の実施例において記載されるような全細胞性ＲＮＡの使用である。ＲＮＡ単離の方法は、当該技術分野においてよく知られている。ノーザンブロット分析も、当該技術分野では常套的である。リアルタイム定量（ＰＣＲ）は、簡便には、ＰＥアプライド・バイオシステムズ（カリフォルニア州フォスターシティ）より入手可能で、製造業者の説明書に従って使用する、市販のＡＢＩ  ＰＲＩＳＭＴＭ７６００、７７００、又は７９００配列検出システムを使用して達成することができる。
【０３２４】
標的のタンパク質量は、免疫沈降、ウェスタンブロット分析（イムノブロッティング）、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、又は蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）のような、当該技術分野でよく知られた様々なやり方で定量することができる。標的へ指向される抗体は、抗体のＭＳＲＳカタログ（Aerie Corporation，ミシガン州バーミンガム）のような、様々な供給源より同定して入手するか、又は当該技術分野でよく知られた慣用のモノクローナル又はポリクローナル抗体産生法により製造することができる。ポリクローナル抗血清の調製法については、例えば、Ausubel, F. M. et al.「分子生物学の最新プロトコール（Current Protocols in Molecular Biology）」第2巻、11.12.1-11.12.9 頁、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ社（1997）に教示されている。モノクローナル抗体の調製については、例えば、Ausubel, F.M. et al.「分子生物学の最新プロトコール（Current Protocols in Molecular Biology）」第2巻、11.4.1-11.11.5 頁、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ社（1997）に教示されている。
【０３２５】
免疫沈降法は、当該技術分野において標準であり、例えば、Ausubel, F.M. et al.「分子生物学の最新プロトコール（Current Protocols in Molecular Biology）」第2巻、10.16.1-10.16.11 頁、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ社（1998）に見出すことができる。ウェスタンブロット（イムノブロット）分析は、当該技術分野において標準であり、例えば、Ausubel, F.M. et al.「分子生物学の最新プロトコール（Current Protocols in Molecular Biology）」第2巻、10.8.1-10.8.21 頁、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ社（1997）に見出すことができる。酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）は、当該技術分野において標準であり、例えば、Ausubel, F.M. et al.「分子生物学の最新プロトコール（Current Protocols in Molecular Biology）」第2巻、11.2.1-11.2.22 頁、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ社（1991）に見出すことができる。
【０３２６】
実施例９：表現型アッセイの設計と標的阻害剤の使用のための in vivo 試験
表現型アッセイ
本明細書に開示される方法によって標的阻害剤が同定されたならば、そのオリゴマー化合物について、特別な病態又は状態の治療における効力の予測となる測定可能なエンドポイントをそれぞれ有する、１以上の表現型アッセイにおいてさらに検討する。
【０３２７】
当業者には、表現型アッセイ、その使用のためのキット及び試薬がよく知られていて、本発明ではこれを使用して、健康及び病気における標的の役割及び／又は関連について検討する。いくつかの市販ベンダーのいずれからも購入し得る、代表的な表現型アッセイには、細胞生存度、細胞傷害性、増殖、又は細胞生存を決定するためのもの（Molecular Probes 社、オレゴン州ユージーン；パーキンエルマー、マサチューセッツ州ボストン）、酵素アッセイが含まれるタンパク質ベースのアッセイ（Panvera，LLC，ウィスコンシン州マジソン；BD Biosciences，ニュージャージー州フランクリンレイクス；Oncogene Research Products，カリフォルニア州サンディエゴ）、細胞制御、シグナル伝達、炎症、酸化プロセス及びアポトーシス（Assay Designs 社、ミシガン州アンアーバー）、トリグリセリド蓄積（シグマ・アルドリッチ、ミズーリ州セントルイス）、血管新生アッセイ、チューブ形成アッセイ、サイトカイン及びホルモンアッセイ、及び代謝アッセイ（Chemicon International 社、カリフォルニア州テメキュラ；アマーシャム・バイオサイエンス、ニュージャージー州ピスカタウェイ）が含まれる。
【０３２８】
１つの非限定的な実施例では、特別な表現型アッセイに適正であると判定された細胞（即ち、乳癌試験用に選択されるＭＣＦ−７細胞；肥満試験用の脂肪細胞）を、in vitro 試験より同定された標的阻害剤、並びに対照化合物で、本明細書に記載の方法によって決定される最適濃度で処置する。処置期間の最後に、処置及び非処置の細胞を本アッセイに特異的な１以上の方法によって分析して、表現型のアウトカム及びエンドポイントを決定する。
【０３２９】
表現型エンドポイントには、経時的又は処置用量での細胞形態の変化、並びにタンパク質、脂質、核酸、ホルモン、糖、又は金属のような細胞成分の量の変化が含まれる。ｐＨ、細胞周期の段階、生物学的指標の細胞による取込み又は排出が含まれる、細胞状態の測定値も、目的のエンドポイントである。
【０３３０】
細胞の１以上の遺伝子の処置後の発現を測定することも、標的阻害剤の効力又は能力の指標として使用される。処置細胞と非処置細胞の両方で、特徴となる遺伝子、又は特定の病態、状態、又は表現型との関連が疑われる遺伝子を測定する。
【０３３１】
in vivo 試験
本明細書に記載の in vivo 試験の個々の被検者は、ヒトが含まれる、温血の脊椎動物である。
【０３３２】
実施例１０：ＲＮＡ単離
ポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡ単離
ポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡは、Miura et al.,（Clin. Chem., 1996, 42, 1758-1764）に従って単離する。ポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡ単離の他の方法は、当該技術分野において常套的である。簡潔に言えば、９６ウェルプレートで増殖させた細胞に対して、この細胞より増殖培地を除去して、各ウェルを２００μＬの冷ＰＢＳで洗浄する。６０μＬの溶解緩衝液（１０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ７．６）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＣｌ、０．５％  ＮＰ−４０、２０ｍＭバナジル−リボヌクレオシド錯体）を各ウェルへ加え、プレートを穏やかに振り混ぜてから、室温で５分間インキュベートする。５５μＬの溶解液をオリゴｄ（Ｔ）コート化９６ウェルプレート（AGCT 社、カリフォルニア州アーヴィン）へ移す。プレートを室温で６０分間インキュベートし、２００μＬの洗浄緩衝液（１０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ７．６）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．３Ｍ  ＮａＣｌ）で３回洗浄する。最終洗浄の後で、プレートをペーパータオルで拭って過剰の洗浄緩衝液を除去してから、５分間空気乾燥させる。７０℃へ予熱した６０μＬの溶出緩衝液（５ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ７．６））を各ウェルへ加え、プレートを９０℃のホットプレート上で５分間インキュベートしてから、溶出液を新鮮な９６ウェルプレートへ移す。
【０３３３】
すべての溶液の適正量を使用して、１００ｍｍ又は他の標準プレートで増殖させた細胞を同様に処置してよい。
【０３３４】
全ＲＮＡ単離
キアジェン社（カリフォルニア州バレンシア）より購入するＲＮＥＡＳＹ９６ＴＭキット及び緩衝液を製造業者の推奨手順に従って使用して、全ＲＮＡを単離する。簡潔に言えば、９６ウェルプレートで増殖させた細胞に対して、この細胞より増殖培地を除去して、各ウェルを２００μＬの冷ＰＢＳで洗浄する。１５０μＬの緩衝液ＲＬＴを各ウェルへ加えて、プレートを２０秒間激しく振り混ぜる。次いで、各ウェルへ１５０μＬの７０％エタノールを加えて、上下３回のピペッティングによって、その中身を混合する。次いで、この試料を、排液回収トレイを備えて真空源が付いたＱＩＡＶＡＣＴＭマニフォールドへ接続したＲＮＥＡＳＹ９６ＴＭウェルプレートへ移す。真空を１分間かける。ＲＮＥＡＳＹ９６ＴＭプレートの各ウェルへ５００μＬの緩衝液ＲＷ１を加えて、１５分間インキュベートして、真空を再び１分間かける。ＲＮＥＡＳＹ９６ＴＭプレートの各ウェルへ追加の５００μＬの緩衝液ＲＷ１を加えて、真空を２分間かける。次いで、ＲＮＥＡＳＹ９６ＴＭプレートの各ウェルへ１ｍＬの緩衝液ＲＰＥを加えて、真空を９０秒の時間帯の間かける。次いで、緩衝液ＲＰＥでの洗浄を繰り返して、真空をさらに３分間かける。次いで、ＱＩＡＶＡＣＴＭマニフォールドよりプレートを外して、ペーパータオルで拭って乾燥させる。次いで、このプレートを、１．２ｍＬ回収管を含有する回収管ラックを備えたＱＩＡＶＡＣＴＭマニフォールドへ再び付ける。次いで、１４０μＬのＲＮアーゼフリー水を各ウェルへピペット注入し、１分間インキュベートしてから、真空を３分間かけることによって、ＲＮＡを溶出させる。
【０３３５】
この反復的なピペッティング及び溶出の工程は、ＱＩＡＧＥＮ  Ｂｉｏ−Ｒｏｂｏｔ  ９６０４（キアジェン社、カリフォルニア州バレンシア）を使用して自動化し得る。本質的には、培養プレート上での細胞の溶解の後で、プレートをロボットデッキへ移して、ここでピペッティング、ＤＮアーゼ処理、及び溶出の工程を行う。
【０３３６】
実施例１１：標的特異的なプライマー及びプローブ
公知の配列情報を使用して、標的配列へハイブリダイズするようにプローブとプライマーを設計することができる。
【０３３７】
例えば、ヒトのＰＴＥＮでは、公知の配列情報（ＧＥＮＢＡＮＫＴＭ登録番号：Ｕ９２４３６．１，配列番号１）を使用して、以下のプライマー−プローブセットを設計した。
【０３３８】
フォワードプライマー：ＡＡＴＧＧＣＴＡＡＧＴＧＡＡＧＡＴＧＡＣＡＡＴＣＡＴ（配列番号２）
リバースプライマー：ＴＧＣＡＣＡＴＡＴＣＡＴＴＡＣＡＣＣＡＧＴＴＣＧＴ（配列番号３）
及び、ＰＣＲプローブ：ＦＡＭ−ＴＴＧＣＡＧＣＡＡＴＴＣＡＣＴＧＴＡＡＡＧＣＴＧＧＡＡＡＧＧ−ＴＡＭＲＡ（配列番号４）、ここでＦＡＭは蛍光色素であり、ＴＡＭＲＡはクエンチャー色素である。
【０３３９】
実施例１２：標的タンパク質量のウェスタンブロット分析
標準法を使用して、ウェスタンブロット分析（イムノブロット分析）を行う。オリゴヌクレオチド処置の１６〜２０時間後に細胞を採取し、ＰＢＳで１回洗浄し、レムリ緩衝液（１００μｌ／ウェル）に懸濁させ、５分間煮沸して、１６％  ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上にロードする。ゲルを１５０Ｖで１．５時間操作して、ウェスタンブロッティングのために膜へ移す。標的へ指向した適正な一次抗体を、この一次抗体の種に対して指向された放射標識又は蛍光標識二次抗体とともに使用する。ＰＨＯＳＰＨＯＲＩＭＡＧＥＲＴＭ（Molecular Dynamics，カリフォルニア州サニーヴェイル）を使用して、バンドを可視化する。
【０３４０】
実施例１３：化合物３の製造
【０３４１】
【化２７】
0005763539.tif 000040
【０３４２】
ａ）化合物２の製造
公知の文献（Prakash et al., Org. Let. 2003, 5, 403-406）に従って、エチル−２−ブロモアセテートをアルキル化のために使用して、化合物１を製造した。化合物１（５．３７８ｇ，８．５０ミリモル）を無水ＴＨＦ（６６ｍＬ）に溶かした。これへＮ，Ｎ−ジメチルエチレンジアミン（１８．７ｍＬ，１７０ミリモル）を加えて、この反応混合物を周囲温度で撹拌した。６時間後、トルエン（８０ｍＬ）を加えて、溶媒を真空で蒸発させて、化合物２（６．１２ｇ，９５％）を白色のフォームとして得た。1H NMR (CDCl3): δ 7.64 (s, 3H), 7.41-6.79 (m, 13H), 5.94 (d, 1H, J 1', 2' = 2.4 Hz), 4.41 (m, 1H), 4.31 (q ab, 2H), 4.19 (m, 1H), 3.95 (m, 1H), 3.75 (s, 6H), 3.52 (m, 2H), 2.75 (m, 2H), 2.48 (m, 2H), 2.24 (s, 6H), 1.36 (s, 3H)。13C NMR (CDCl3): δ 170.1, 164.7, 158.7, 151.0, 144.4, 135.5, 135.3, 134.9, 130.1, 129.0, 128.1, 127.7, 127.1, 113.3, 110.9, 88.5, 86.7, 84.8, 83.3, 70.7, 68.2, 61.8, 58.4, 45.4, 36.0, 12.0。HRMS (MALDI) C37H44N4O9 + Na+の計算値：711.3006。実測値：711.3001。TLC: CH2Cl2-EtOAc-MeOH-NEt3, 64:21:21:5, v/v/v/v; Rf 0.4。
【０３４３】
ｂ）化合物３の製造
無水ピリジン（２ｘ７５ｍＬ）との共蒸発によって化合物２（５．７５４ｇ，８．３５ミリモル）を乾燥させてから、ＣＨ２Ｃｌ２（６０ｍＬ）に溶かした。この溶液へジイソプロピルアミンテトラゾリド（７１５ｍｇ，４．１８ミリモル）と２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト（３．１８ｍＬ，１０．０２ミリモル）を加えた。１３時間後、ＥｔＯＡｃ（４２０ｍＬ）を加えて、約６０ｍＬの溶媒を真空で蒸発させた。この有機物を半飽和ＮａＨＣＯ３（３ｘ８０ｍＬ）で、次いで塩水（２ｘ４０ｍＬ）で洗浄し、ＭｇＳＯ４で乾燥させ、濾過して２７℃の真空で蒸発させて、オイルを得た。得られる残渣をトルエン（２ｘ３００ｍＬ）と共蒸発させてフォームを得てから、ＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）に溶かした。迅速に撹拌する溶液へヘキサン（１０００ｍＬ）を滴下漏斗よりゆっくり加えてワックスを得て、上清をデカントした。このワックスをヘキサンで３回洗浄して、洗液をデカントした。この沈殿操作をもう１回繰り返して白色のワックスを得て、これを周囲温度で真空乾燥させて、化合物３（６．６０ｇ，８９％）をフォームとして得た。LRMS (ES): m/z 889 (M+H+), 911 (M+Na+)。31P NMR (CDCl3): δ 151.5, 151.0。
【０３４４】
標準的な固相合成手順に従って、化合物３をオリゴヌクレオチドへ取り込んだ。合成の間に、Glen Research（バージニア州スターリング）化学リン酸化試薬を使用することによって、オリゴヌクレオチドの５’端でのリン酸化を達成した。
【０３４５】
実施例１４：化合物４の製造
【０３４６】
【化２８】
0005763539.tif 000041
【０３４７】
公知の特許出願ＷＯ９４／２２８９０に記載の手順に従って化合物４を製造した。標準的な固相合成手順に従って、化合物４をオリゴヌクレオチドへ取り込んだ。合成の間に、Glen Research（バージニア州スターリング）化学リン酸化試薬を使用することによって、オリゴヌクレオチドの５’端でのリン酸化を達成した。
【０３４８】
実施例１５：化合物１３の製造
【０３４９】
【化２９】
0005763539.tif 000042
【０３５０】
ａ）化合物６の製造
ＢｎＢｒの代わりにＮａｐＢｒを使用する、De Mesmaeker の方法（Mesmaeker et al, Synlett, 1997, 1287-1290）に従って、化合物５を製造した。乾燥した化合物５（２１．１ｇ，４７．０４ミリモル）を氷酢酸（１０４ｍＬ）及び無水酢酸（１７．２ｍＬ）の混合物に溶かした。この溶液へ１４滴の濃Ｈ２ＳＯ４を加えた。１．５時間後、得られる淡褐色の溶液をＥｔＯＡｃ（６００ｍＬ）に希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３（５ｘ６００ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、蒸発させて高真空下に乾燥させて、化合物６（２２．７ｇ，９９％）を薄色のオイルとして得た。ES MS m/z 515.1 [M+Na]+。
【０３５１】
ｂ）化合物７の製造
化合物６（２３．３ｇ，４６．７０ミリモル）及びチミン（１０．０１ｇ，７９．４０ミリモル）の混合物を無水ＣＨ３ＣＮ（２３３ｍＬ）に懸濁させた。この混合物へＮ，Ｏ−ビス−トリメチルシリルアセトアミド（４１．０６ｍＬ，１６７．９４ミリモル）を加えて、５５℃で１時間の加熱を続けた。この混合物を０℃へ冷やしてから、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル（１９．０７ｍＬ，１０５．５４ミリモル）を１５分にわたり滴下した。引き続き、この混合物を５５℃で加熱した。３時間後、この混合物を０℃へ冷やして、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２０ｍＬ）の滴下で冷ました。この混合物をＥｔＯＡｃへ注ぎ、塩水（４ｘ０．８ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、蒸発させて、高真空下に乾燥させた。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ヘキサン中２０％〜５０％  ＥｔＯＡｃで溶出させて、化合物７（２２．２７ｇ，８５％）を白色のフォームとして得た。ES MS m/z 559.2 [M+H]+。
【０３５２】
ｃ）化合物８の製造
化合物７（１１．７１ｇ，２０．９８ミリモル）を無水ＤＭＦ（１１５ｍＬ）に溶かした。これへ１，８−ジアザビシクル−［５−４−０］ウンデク−７−エン（ＤＢＵ，９．３０ｍＬ，６２．４１ミリモル）を加えた。この反応混合物を氷浴中で冷やした。これへベンジルクロロメチルエーテル（４．３６ｍＬ，３１．４７ミリモル）を加えて、０℃で１時間撹拌した。この混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２００ｍＬ）と塩水（２００ｍＬ）で洗浄してから乾燥（Ｎａ２ＳＯ４）させ、濾過して蒸発させた。得られた残渣をメタノール（８９ｍＬ）及びＫ２ＣＯ３（８．７６ｇ，６３．４０ミリモル）に溶かした。この反応混合物を室温で１時間撹拌した。この混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）へ注ぎ、水（２００ｍＬ）と塩水（２００ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、蒸発させた。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ＣＨ２Ｃｌ２中５％メタノールで溶出させて、化合物８（８．９３ｇ，８０％）を白色のフォームとして得た。ES MS m/z 533.2 [M+H]+。
【０３５３】
ｄ）化合物９の製造
化合物８（４．３０ｇ，８．０７ミリモル）を減圧下にＰ２Ｏ５で乾燥させて、無水ＤＭＦ（２４ｍＬ）に溶かした。この混合物を−２０℃へ冷やした。これへＮａＨ（０．４８ｇ，１２．１１ミリモル、鉱油中６０％分散液）を撹拌しながら３０分間加えて、１−メトキシ−２−ヨードエタン（２．２５ｇ，１２．１１ミリモル）の添加を続けた。この反応混合物を０℃へ温めた。０℃で１．５時間撹拌後、この反応混合物を−２０℃へ冷やして、追加のＮａＨ（０．４８ｇ，１２．１１ミリモル、鉱油中６０％分散液）を加えた。撹拌を−２０℃で３０分間続けて、１−メトキシ−２−ヨードエタン（２．２５ｇ，１２．１１ミリモル）を加えた。この反応混合物を０℃へ温めて、さらに１．５時間撹拌した。この反応物をメタノール（５ｍＬ）で冷まし、ＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）で希釈し、水（１００ｍＬ）と塩水（１００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、減圧下に蒸発させた。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ＣＨ２Ｃｌ２中５％メタノールで溶出させて、化合物９（２．９５ｇ，６２％）を得た。ES MS m/z 591.2 [M+H]+。
【０３５４】
ｅ）化合物１０の製造
化合物９（２．２ｇ，３．７３ミリモル）を無水ピリジン（７ｍＬ）に溶かして、氷浴中で冷やした。これへ塩化ベンゾイル（０．８８ｍＬ，７．６１ミリモル）を加えて、添加が終わったらすぐに、反応混合物をそのまま室温へ戻した。この反応混合物をアルゴン雰囲気下に室温で４時間撹拌して、引き続きこの反応混合物を氷浴中で冷やして、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（５ｍＬ）を加えることによって冷ました。この反応混合物をＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２ｘ５０ｍＬ）、塩水（５０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、濃縮した。得られた残渣をＣＨ２Ｃｌ２（４０ｍＬ）に溶かし、２，４−ジクロロ−５，６−ジシアノ−１，４−ベンゾキノン（ＤＤＱ，１．９３ｇ，８．５ミリモル）とＨ２Ｏ（０．１５ｍＬ，８．５ミリモル）を加えて、室温で撹拌した。１８時間後、反応混合物をＥｔＯＡｃ（６０ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２ｘ８０ｍＬ）、塩水（５０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、減圧下に蒸発させた。残渣をＭｅＯＨ（３０ｍＬ）と水酸化パラジウム（１．１ｇ，２０重量％  Ｐｄ担持カーボン、乾燥ベース）に溶かして、Ｈ２雰囲気下に６時間撹拌した。これへ酢酸（０．５６ｍＬ）を加えて、５分間撹拌した。この反応混合物をセライト５４５のパッドに通して濾過して、このセライトを大量のＭｅＯＨで洗浄した。合わせた濾液及び洗液を減圧下に濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ＣＨ２Ｃｌ２中５％メタノールで溶出させて、化合物１０（１．４３ｇ，８８％）を得た。ES MS m/z 435.1 [M+H]+。
【０３５５】
ｆ）化合物１１の製造
化合物１０（１．３３ｇ，３．０６ミリモル）及びイミダゾール（２．０９，３０．７０ミリモル）の混合物を無水ＤＭＦ（１１．４ｍＬ）に溶かした。この溶液へ塩化ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル（２．３１ｇ，１５．３３ミリモル）を加えて、アルゴンの雰囲気下に室温で１６時間撹拌した。この反応混合物をＥｔＯＡｃ（７５ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３（２ｘ６０ｍＬ）水溶液と塩水（５０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、濃縮した。得られた残渣をメタノール性アンモニア（２０ｍＬ，７Ｍ）に溶かして、５５℃で２４時間撹拌した。溶媒を減圧下に除去し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ヘキサン中５０％  ＥｔＯＡｃで溶出させて、化合物１１（１．２１ｇ，８９％）を得た。ES MS m/z 455.2 [M+H]+。
【０３５６】
ｇ）化合物１２の製造
化合物１１（０．４２ｇ，０．９６ミリモル）を塩化４，４’−ジメトキシトリチル（０．８２ｇ，２．４１ミリモル）と混合して、減圧下にＰ２Ｏ５で乾燥させた。この混合物を無水ピリジン（３ｍＬ）に溶かして、アルゴンの雰囲気下に４５℃で１８時間撹拌した。この反応混合物を室温へ冷やし、ＥｔＯＡｃ（４０ｍＬ）で希釈して、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（６０ｍＬ）と塩水（４０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、濃縮した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、初めにヘキサン中５０％  ＥｔＯＡｃで、次いでＣＨ２Ｃｌ２中５％メタノールで溶出させた。得られた生成物を、ＴＨＦ（８．４ｍＬ）中の三フッ化水素酸トリエチルアミン（１．３８ｍＬ，８．４４ミリモル）及びトリエチルアミン（０．５８ｍＬ，４．２２ミリモル）の混合物に溶かした。７２時間後、この混合物をＥｔＯＡｃ（６０ｍＬ）で希釈し、水（４０ｍＬ）、飽和ＮａＨＣＯ３（４０ｍＬ）水溶液、及び塩水（４０ｍＬ）で洗浄してから、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、蒸発させた。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ヘキサン中７０％  ＥｔＯＡｃで溶出させて、化合物１２（０．４４ｇ，７３％）を得た。ES MS m/z 631.2 [M+H]+。
【０３５７】
ｈ）化合物１３の製造
化合物１２（０．３５ｇ，０．５５ミリモル）を減圧下にＰ２Ｏ５で乾燥させてから、無水ＤＭＦ（１．８ｍＬ）に溶かした。これへ１Ｈ−テトラゾール（０．０３３ｍｇ，０．４８ミリモル）、Ｎ−メチルイミダゾール（０．０１２ｍＬ，０．１５ミリモル）、及び２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト（０．２７ｍＬ，０．８６ミリモル）を加えた。３時間後、ＥｔＯＡｃ（４０ｍＬ）を加えて、この混合物を飽和ＮａＨＣＯ３（３０ｍＬ）と塩水（４０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過して、真空で蒸発させて、オイルを得た。この油状の残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、ＥｔＯＡｃ／ヘキサン（１：１）で溶出させて、化合物１３（０．３８ｇ，８３％）を白色のフォームとして得た。MS (ES): m/z 831 [M+H]+; 31P NMR (121 MHz, CDCl3): δ 150.2, 149。
【０３５８】
【化３０−１】
0005763539.tif 000043
【０３５９】
【化３０−２】
0005763539.tif 000044
【０３６０】
【化３０−３】
0005763539.tif 000045
【０３６１】
【化３０−４】
0005763539.tif 000046
【０３６２】
【化３０−５】
0005763539.tif 000047
【０３６３】
ａ）化合物３６の製造
市販の１，２；５，６−ジ−Ｏ−イソプロピリデン−α−アロフラノース、化合物３５（１３５ｇ、５１９．０ｍｍｏｌ）、２−（ブロモメチル）−ナフタレン（１２６ｇ、５７０．０ｍｍｏｌ）を、ＤＭＦ（５００ｍＬ）に５００ｍＬ容三首フラスコで溶解させ、反応液を氷浴で冷却した。水酸化ナトリウム（６０％ｗ／ｗ、２９ｇ、７２７．０ｍｍｏｌ）を反応液に注意深く添加し（１０分ごとに６ｇずつ）、添加後もさらに６０分間攪拌を継続した。この時点でＴＬＣ分析では、糖（化合物３５）は確認されなかった。反応液を注意深く砕氷（約５００ｇ）に注ぎ、氷が溶けるまで得られたスラリーを強く攪拌した。得られた淡白色固体を濾過で回収し、水中に懸濁させた。懸濁液をメカニカルスターラーで３０分間強く攪拌し、濾過で固体を回収し、４〜６時間空気で乾燥させ、さらに、Ｐ２Ｏ５上で減圧下にて１６時間乾燥して、化合物３６（２０６．０ｇ、９９％）を淡白色固体として得た。1H NMR (300 MHz, CDCl3) δ: 7.85 (m, 4H), 7.48 (m, 3H), 5.74 (s, IH), 4.92 (d, IH, J= 11.7), 4.75 (d, IH, J= 11.6), 4.58 (m, IH), 4.36 (m, IH), 4.15 (m, IH), 4.03-3.86 (m, 3H), 1.61 (s, 3H), 1.36 (s, 9H)
ｂ）化合物３７の製造
化合物３６(200.0 g, 0.5モル)を少量にて、酢酸（2.2Ｌ）と水（740ｍＬ）の溶液に添加した。反応液を室温で１６時間攪拌した後、ＴＬＣ分析（３０％EtOAc／ヘキサン）で化合物３６が完全に消費されたことを確認した。次いで、反応液を減圧下で濃縮し、大部分の酢酸を除去した。得られた溶液を、EtOAc（１Ｌ）と水（１Ｌ）の攪拌溶液に注入した。次いで、固体ＫＯＨをこの混合物に加えて、水層を強塩基性（ｐＨ＞１２）にした。次いで、有機層を分離し、飽和重炭酸ナトリウム溶液とブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥し、濾過および減圧濃縮して、化合物３７を黄色泡状物として得て、これをさらに精製せずに使用した。
【０３６４】
【化３１−１】
0005763539.tif 000048
【０３６５】
【化３１−２】
0005763539.tif 000049
【０３６６】
【化３１−３】
0005763539.tif 000050
【０３６７】
【化３１−４】
0005763539.tif 000051
【０３６８】
【化３１−５】
0005763539.tif 000052
【０３６９】
【化３１−６】
0005763539.tif 000053
【０３７０】
【化３１−７】
0005763539.tif 000054
【０３７１】
【化３１−８】
0005763539.tif 000055
【０３７２】
【化３１−９】
0005763539.tif 000056
【０３７３】
【化３１−１０】
0005763539.tif 000057
【０３７４】
【化３１−１１】
0005763539.tif 000058
【０３７５】
【化３１−１２】
0005763539.tif 000059
【０３７６】
【化３１−１３】
0005763539.tif 000060
【０３７７】
ａ）化合物８８の製造
化合物８７、5'-アミノ−デオキシチミジンは市販されている。化合物８８は、Mag及びEngelsの方法によって製造した（Mag, M.; Engles, J. W. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 5973- 5988）。
【０３７８】
ｂ）化合物８９の製造
化合物８８（1.05 g, 1.88モル）とテトラゾール（0.11 g、1.5ミリモル）の無水ＤＭＦ（９ｍＬ）溶液に１−メチルイミダゾール（0.039ｍＬ， 0.5ミリモル）を攪拌しながら窒素雰囲気下で添加した。反応混合物を０℃に冷却し、２−シアノエチル−N,N,N',N'−テトライソプロピルホスホロヂアミダイト（0.89ｍＬ，2.8ミリモル）を添加した。３．５時間後、反応をブタノール（2 mL）で停止し、減圧下で反応液の容積を５０％容に減容した。反応混合物をEtOAc（50 mL）で希釈し、飽和NaHCO3（35 mL）で洗浄し、さらにブライン（50 mL）で洗浄して、無水Na2SO4上で簡単に乾燥した。有機層を濾過し、減圧濃縮した。残渣をジエチルエーテルCH2Cl2 (1:1, 2.25 mL）に溶解させ、氷冷したペンタン溶液（300 mL）滴下した。得られた固体を濾過して化合物８９（1.24 g、86.7％）を得た。31P NMR (121 MHz5 CD3CN): δ 148.31 and 148.08
【０３７９】
【化３２−１】
0005763539.tif 000061
【０３８０】
【化３２−２】
0005763539.tif 000062
【０３８１】
【化３２−３】
0005763539.tif 000063
【０３８２】
【化３２−４】
0005763539.tif 000064
【０３８３】
【化３２−５】
0005763539.tif 000065
【０３８４】
【化３２−６】
0005763539.tif 000066
【０３８５】
【化３２−７】
0005763539.tif 000067
【０３８６】
【化３２−８】
0005763539.tif 000068
【０３８７】
【化３２−９】
0005763539.tif 000069
【０３８８】
【化３２−１０】
0005763539.tif 000070
【０３８９】
【化３２−１１】
0005763539.tif 000071
【０３９０】
【化３２−１２】
0005763539.tif 000072
【０３９１】
【化３２−１３】
0005763539.tif 000073
【０３９２】
【化３２−１４】
0005763539.tif 000074
【０３９３】
【化３２−１５】
0005763539.tif 000075
【０３９４】
【化３２−１６】
0005763539.tif 000076
【０３９５】
【化３２−１７】
0005763539.tif 000077
【０３９６】
【化３２−１８】
0005763539.tif 000078
【０３９７】
【化３２−１９】
0005763539.tif 000079
【０３９８】
【化３２−２０】
0005763539.tif 000080
【０３９９】
【化３２−２１】
0005763539.tif 000081
【０４００】
【化３２−２２】
0005763539.tif 000082
【０４０１】
【化３２−２３】
0005763539.tif 000083
【０４０２】
実施例５７：ＰＴＥＮに標的指向する化学修飾ｓｓＲＮＡ（in vivo試験）
オリゴマー化合物のアンチセンス活性を in vivo で試験することができる。５〜６週齢のＢａｌｂ／ｃマウス（ジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバー）にＰＴＥＮへ標的指向した修飾ｓｓＲＮＡを８０ｍｇ／ｋｇ／日、６０ｍｇ／ｋｇ／日、又は４０ｍｇ／ｋｇ（１日２回）の用量で数日間注射する。このマウスを最終投与の７２時間後に犠牲にする。肝臓組織をホモジェナイズして、本明細書で例示した手順を使用するリアルタイムＰＣＲを使用して、未処置対照レベルと比較したｍＲＮＡレベル（％  ＵＴＣ）を定量する。本明細書に開示したような他の修飾及びモチーフも、in vivo 試験を受けることができる。肝臓トランスアミナーゼ量、血清中のアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）も、生理食塩水注射マウスに比べて測定する。この試験の最後に、修飾ｓｓＲＮＡで処置した動物より肝臓及び脾臓の組織を採取し、この組織を秤量して、大まかな臓器変化について評価する。
【０４０３】
【化３３】
0005763539.tif 000084
【０４０４】
それぞれのヌクレオシドをホスホジエステルヌクレオシド間連結によって後続のヌクレオシドへ結合するが、下線を施したヌクレオシドは、後続のヌクレオシドへホスホロチオエートヌクレオシド間連結（５’→３’）によって結合する。５’端での「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。下付き文字ｘ、ｆ、ｍ、又はｅが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。下付き文字「ｆ」は、２’−フルオロ修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｍ」は、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｅ」は、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（ＭＯＥ）修飾ヌクレオシドを示して、下付き文字Ｒｄ又はＳｄ又はｘは、以下に収載する２’，５’−ビス修飾ヌクレオシド（Ｒｄ、Ｓｄ、Ｒｂ、Ｓｂ、Ｒｃ、又はＳｃ）の１つを示す。一般に、その後にｘを有する各修飾ヌクレオシドは、同じ糖修飾を有する。
【０４０５】
【化３４】
0005763539.tif 000085
【０４０６】
実施例５８：ＰＴＥＮに標的指向するギャップ化オリゴマー化合物（in vivo 試験）
本開示に従って、オリゴマー化合物を合成して、２０及び６０ｍｇ／ｋｇの用量でＰＴＥＮ発現を in vivo で低下させるその能力を試験する。６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（ジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバー）に２０又は６０ｍｇ／ｋｇの２−１０−２ギャップ化オリゴマーでの単回腹腔内（ｉ．ｐ）注射を投与する。本発明で提供するような２’−Ｏ−ＭＯＥ修飾ヌクレオシド又は他の修飾ヌクレオシドをウィングに有する５−１０−５ギャップ化オリゴマーも比較に含める。本明細書に開示したような他のモチーフも、in vivo 試験を受けることができる。
【０４０７】
各用量群に４匹の動物を含める。最終投与から４８時間後にマウスを犠牲にして、リアルタイムＰＣＲ及びＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）ＲＮＡ定量試薬（Molecular Probes 社、オレゴン州ユージーン）を標準プロトコールに従って使用して、肝臓中のＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ量を定量する。ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ量は、生理食塩水処置対照に対する正規化に先立って、全ＲＮＡ（Ｒｉｂｏｇｒｅｅｎを使用する）に対して定量する。生理食塩水注射対照に対して正規化した、各処置群のｍＲＮＡ発現の平均阻害（％）を定量する。
【０４０８】
肝臓トランスアミナーゼ量、血清中のアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）を生理食塩水注射マウスに対して測定する。
【０４０９】
【化３５】
0005763539.tif 000086
【０４１０】
それぞれの非修飾ヌクレオシドは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドである。それぞれのヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結である。５’端での「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。ｍｅＣは、５’−メチルシトシンヌクレオシドを示す。下付き文字ｘを有する各ヌクレオシドは、実施例５７の末尾のリスト、例えば、Ｒｂ、Ｓｂ、Ｒｃ、Ｓｃ、Ｒｄ、及びＳｄより選択される。
【０４１１】
一般に、その後にｘを有する各修飾ヌクレオシドは、同じ糖修飾を有するが、異なる塩基を有する可能性がある。
【０４１２】
実施例５９：ＰＴＥＮに標的指向するオリゴマー化合物（in vitro 試験）
本開示に従って、オリゴマー化合物を合成して、ある用量範囲にわたってＰＴＥＮ発現を低下させるその能力を試験した。ヒトのヒーラ細胞をＩＳＩＳ  ４４７５８１又はＩＳＩＳ  ４０４３２０のいずれかで処置した。本明細書に記載の方法を使用して、０．２０、０．６２、１．９、５．５、１６．７、及び５０ｎＭの用量濃度で用量比較を評価した。リアルタイムＰＣＲを使用してＰＴＥＮの発現量を定量して、本明細書に記載の方法を使用して、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮＴＭに対して正規化した。ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡの阻害パーセントを定量した。得られる用量−応答曲線を使用して、ＥＣ５０を決定した。４μＭ修飾オリゴマーと４μＭ相補的ＲＮＡを使用して、１００ｍＭリン酸緩衝液、０．１ｍＭ  ＥＤＴＡ（ｐＨ７）において２６０ｎｍでＴｍを評価した。ＥＣ５０を以下に収載する。
【０４１３】
【化３６】
0005763539.tif 000087
【０４１４】
それぞれのヌクレオシドをホスホジエステルヌクレオシド間連結によって後続のヌクレオシドへ結合するが、下線を施したヌクレオシドは、後続のヌクレオシドへホスホロチオエートヌクレオシド間連結（５’→３’）によって結合する。５’端での「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。下付き文字ｆ、ｍ、又はｅが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。下付き文字「ｆ」は、２’−フルオロ修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｍ」は、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｅ」は、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（ＭＯＥ）修飾ヌクレオシドを示して、下付き文字Ｒｃは、実施例５７に収載する２’，５’−ビス修飾ヌクレオシドを示す。
【０４１５】
実施例６０：修飾ｓｓＲＮＡ５’リン酸の血清安定性アッセイ
血清安定性アッセイは、血清に見出されるヌクレアーゼや他の酵素の存在下でのオリゴマー化合物の安定性を評価するのに有用である。例えば、オリゴマー化合物の５’−末端リン酸基の安定性は、血清の存在下でオリゴマー化合物へ付いたままでいる５’−末端リン酸基の能力を評定することによって評価することができる。従って、血清安定性アッセイを利用して、５’−末端リン酸基を有する修飾ｓｓＲＮＡの安定性を評価した。
【０４１６】
下記に示す、５’−末端リン酸基を有する様々な修飾ｓｓＲＮＡ（１０μＭ）を９５％の新鮮マウス血清に溶かして、３７℃でインキュベートした。０、１、３、６又は２４時間のインキュベーション時間の後で血清のアリコート（１００μＬ）を取り出した。血清試料は、すぐに冷まして、瞬間凍結した。先の試料を強アニオン交換（ＳＡＸ）及びオクタデシルシリル（Ｃ−１８）カラムによって抽出した。それぞれのインキュベーション時間について、５’−末端リン酸基を有する全長修飾ｓｓＲＮＡの量をＬＣ／ＭＳによって定量して、５’−末端リン酸基を有する全長修飾ｓｓＲＮＡの半減期を計算した。この結果を以下の表に半減期（Ｔ１／２）として示す。これらのデータは、オリゴマー化合物への修飾が５’−末端リン酸基の安定性を向上させ得ることを実証する。
【０４１７】
【化３７】
0005763539.tif 000088
【０４１８】
それぞれのヌクレオシドをホスホジエステルヌクレオシド間連結によって後続のヌクレオシドへ結合するが、下線を施したヌクレオシドは、後続のヌクレオシドへホスホロチオエートヌクレオシド間連結（５’→３’）によって結合する。５’端での「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。下付き文字ｄ、ｅ、ｆ、Ｒ、又はＳｆが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。下付き文字「ｄ」は、２’−Ｏ−ジメチルアミノエチルアセトアミド（ＤＭＡＥＡｃ）修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｅ」は、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（ＭＯＥ）修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｆ」は、２’−フルオロ修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「Ｒ」は、（Ｒ）−５’−メチル−２’−デオキシリボヌクレオシドを示して、下付き文字「Ｓｆ」は、下記に収載する２’，５’−ビス修飾ヌクレオシドを示す。
【０４１９】
【化３８】
0005763539.tif 000089
【０４２０】
実施例６１：二重鎖アンチセンス化合物の設計及びスクリーニング
本発明に従って、本発明の化合物とその相補体を含んでなる一連の核酸二重鎖を設計することができる。この二重鎖のアンチセンス鎖のヌクレオ塩基配列は、本明細書に記載の標的配列へ標的指向されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を含む。この鎖の両端は、１以上の天然又は修飾ヌクレオシドの付加によって修飾して、突出を形成させてよい。次いで、このｄｓＲＮＡのセンス鎖をアンチセンス鎖の相補体として設計及び合成して、いずれかの末端への修飾又は付加も含有してよい。例えば、１つの態様では、ｄｓＲＮＡ二重鎖の両鎖が中央のヌクレオ塩基に相補的であり、それぞれが一方又は両方の末端に突出を有する。
【０４２１】
例えば、配列：ＣＧＡＧＡＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＡＣＣＧ（配列番号１０）を有して、デオキシチミジン（ｄＴ）の２ヌクレオ塩基突出を有するアンチセンス鎖を含んでなる二重鎖は、以下の構造：
【０４２２】
【化３９】
0005763539.tif 000090
【０４２３】
を有するだろう。
【０４２４】
別の態様では、同じ配列：ＣＧＡＧＡＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＡＣＣＧ（配列番号１０）を有するアンチセンス鎖を含んでなる二重鎖を、以下に示すように、平滑末端（一本鎖突出なし）で製造してよい：
【０４２５】
【化４０】
0005763539.tif 000091
【０４２６】
二重鎖のＲＮＡ鎖は、本明細書に開示する方法によって合成しても、Dharmacon Research 社（コロラド州ラファイエット）より購入してもよい。合成したならばすぐに、相補的な鎖をアニールする。一本鎖の一定量を取って、５０μＭの濃度へ希釈する。希釈したならばすぐに、それぞれの鎖の３０μＬをアニーリング緩衝液の５Ｘ溶液の１５μＬと合わせる。緩衝液の最終濃度は、１００ｍＭ酢酸カリウム、３０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ（ｐＨ７．４）、及び２ｍＭ酢酸マグネシウムである。最終容量は、７５μＬである。この溶液を９０℃で１分間インキュベートしてから、１５秒間遠心分離させる。この試験管をそのまま３７℃で１時間静置して、この時点でｄｓＲＮＡ二重鎖を実験法に使用する。ｄｓＲＮＡ二重鎖の最終濃度は、２０μＭである。
【０４２７】
製造したらすぐに、この二重鎖化合物について、標的ｍＲＮＡ量を調節するその能力を評価する。細胞が８０％の集密度に達するとき、それらを本発明の二重鎖化合物で処置する。９６ウェルプレートで増殖させた細胞では、ウェルを２００μＬのＯＰＴＩ−ＭＥＭ−１ＴＭ血清低減培地（Gibco BRL）で１回洗浄してから、５μｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ  ２０００ＴＭ（Invitrogen Life Technologies，カリフォルニア州カールスバッド）を含有する１３０μＬのＯＰＴＩ−ＭＥＭ−１ＴＭと、望まれる最終濃度での二重鎖アンチセンス化合物で処置する。約４時間の処置後、培地を新鮮な培地と交換する。処置後１６時間で細胞を採取し、この時点でＲＮＡを単離して、本明細書に記載のような定量的リアルタイムＰＣＲによって、標的の低下を測定する。
【０４２８】
実施例６２：ＰＴＥＮに標的指向する５’及び２’ビス置換修飾オリゴマー化合物（in vitro 試験、ｓｓＲＮＡ対ｓｉＲＮＡ）
一連の５’及び２’ビス置換修飾オリゴマー化合物を一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）として製造した。下記に収載するアンチセンス（ＡＳ）鎖は、ヒトＰＴＥＮに標的指向するように設計して、それぞれについても、同じセンス鎖（ＩＳＩＳ  ３４１４０１、下記に示す）との二重鎖の一部として、ＰＴＥＮ発現量を低下させるその能力をアッセイした。本明細書に記載の方法を使用して、以下に示すアンチセンス化合物で創出した一本鎖又は二本鎖オリゴマー化合物でヒーラ細胞を処置した。正規化したｍＲＮＡ量を、使用した濃度の対数に対してプロットすることによって作成する線形回帰式を使用して、ＩＣ５０を計算した。
【０４２９】
【化４１】
0005763539.tif 000092
【０４３０】
それぞれのヌクレオシド間連結はホスホジエステルであるが、下線を施したヌクレオシドは、後続のヌクレオシドへホスホロチオエート（５’→３’）によって連結する。下付き文字が続かないそれぞれのヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。５’端の「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。５’端の「Ｐｙ」は、５’−メチレンホスホネート基（ＰＯ（ＯＨ）２ＣＨ２−）を示す。５’端の「Ｐｚ」は、５’−ジフルオロメチレンホスホネート基（ＰＯ（ＯＨ）２ＣＦ２−）を示す。下付き文字が続くヌクレオシドは、修飾を以下のように示す：下付き文字「ｄ」は、２’−Ｏ−ジメチルアミノエチルアセトアミド（ＤＭＡＥＡｃ）修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｅ」は、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（ＭＯＥ）修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｆ」は、２’−フルオロ修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｍ」は、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオシドを示し；そして、下付き文字「Ｒ」は、（Ｒ）−５’−メチル−２’−デオキシリボヌクレオシドを示す。上付き文字「ｍｅ」は、ヌクレオシドのピリミジン塩基上の５−メチル基を示す。下付き文字「Ｒｃ」又は「Ｓｃ」があるヌクレオシドは、以下に示す。
【０４３１】
【化４２】
0005763539.tif 000093
【０４３２】
実施例６３：ＰＴＥＮに標的指向する修飾オリゴマー化合物（in vitro試験）
本開示に従って、オリゴマー化合物を合成して、ある用量範囲にわたってＰＴＥＮ発現を低下させるその能力を試験した。ヒトのヒーラ細胞をＩＳＩＳ４４７５８１、４６７０７４、４１８０４６、又は４６７０７６のいずれかで処置した。本明細書に記載の方法を使用して、０．０６７、０．２、０．６２、１．９、５．５、１６．７、及び５０ｎＭの用量濃度で用量比較を評価した。リアルタイムＰＣＲを使用してＰＴＥＮの発現量を定量して、本明細書に記載の方法を使用して、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮＴＭに対して正規化した。ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡの阻害パーセントを定量して、得られる用量−応答曲線を使用して、ＥＣ５０を決定した。ＥＣ５０を以下に収載する。
【０４３３】
【化４３】
0005763539.tif 000094
【０４３４】
それぞれのヌクレオシド間連結はホスホジエステルであるが、下線を施したヌクレオシドは、後続のヌクレオシドへホスホロチオエート（５’→３’）によって結合する。５’端での「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。５’端の「Ｐｙ」は、５’−メチレンホスホネート基（ＰＯ（ＯＨ）２ＣＨ２−）を示す。下付き文字ｅ、ｆ、又はｍが続くヌクレオシドは、以下のような修飾を示す：下付き文字「ｅ」は、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（ＭＯＥ）修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｆ」は、２’−フルオロ修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｍ」は、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオシドを示す。上付き文字「ｍｅ」は、ヌクレオシドのピリミジン塩基上の５−メチル基を示す。下付き文字「Ｒｃ」又は「Ｓｃ」があるヌクレオシドは、以下に示す。
【０４３５】
【化４４】
0005763539.tif 000095
【０４３６】
実施例６４：肝細胞ホモジェネートアッセイにおけるｓｓＲＮＡの安定性（in vivo 試験）
オリゴマー化合物の安定性を細胞ホモジェネートアッセイにおいて評価することができる。ｂａｌ／ｃマウスより、胎仔ウシ血清を含む氷冷した肝細胞洗浄培地（William E 培地）において肝細胞を採取し、１０００ｇで８分間の遠心分離によって沈降させてから、肝細胞洗浄培地で洗浄した。肝細胞をＲＩＰＡ緩衝液（５０ｍＭトリス（ｐＨ７．５）、１０ｍＭ  ＭｇＣｌ２、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、０．５％  ＮＰ−４０代替物、１錠の Roche プロテアーゼ阻害剤＃１１８３６１７０００１）とともにホモジェナイズして、４℃で１５分間、１４０００ｇで遠心分離させて、上清を取り出して、氷中に保存した。タンパク質濃度（ＢＳＡ  ｍｇ／ｍＬ）を Bradford アッセイで定量して、Ripa 緩衝液容量又は細胞ホモジェネート容量の添加によって、２ｍｇ／ｍＬの最終タンパク質濃度へ調整した。
【０４３７】
フェノール／クロロホルム抽出
ｓｓＲＮＡ（１ｍＬ，２０μＬ）をホモジェナイゼーション緩衝液（０．５％  ＮＰ−４０中２０ｍＭトリス（ｐＨ８）、２０ｍＭ  ＥＤＴＡ、及び０．１Ｍ  ＮａＣｌ）において、０、５、１０、２０、３０、４０、及び６０分の時点でホモジェナイズした（例外：０６／４０８８７７は、０、１５、３０、６０、１２０、及び２４０分の時点、０６／４０９０４４は、０、０．５、１、２、４、８、及び１８時間の時点）。抽出に先立って、内部標準（１８／３５５８６８、２７マー、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、又は１９／１１６８４７、５−１０−５ギャップマー、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド）を２０μｇ／ｇの濃度で加えた。組織試料を７０μＬのＮＨ４ＯＨと２４０μＬのフェノール／クロロホルム／イソアミルアルコール（２５：２４：１）で抽出した。１４０００ｒｐｍで２分間の遠心分離後に、上清を取り出した。残る抽出溶媒を追加の５００μＬの水とともに激しく撹拌して、水層を取り出して、１４０００ｒｐｍで２分間の遠心分離後の上清と合わせた。
【０４３８】
固相抽出
１Ｍの酢酸トリエチルアンモニウム溶液（５００μＬ）を上清へ加えた。９０００ｒｐｍで２０分間の遠心分離後に、この混合物の水層を予め条件付けたＢｉｏｔａｇｅＴＭフェニル固相抽出プレート（ＳＰＥプレート）上へロードした。ＳＰＥプレートを水で数回洗浄した。次いで、この試料を１．５ｍＬの９０％  ＭｅＯＨ中１％  ＴＥＡで溶出させて、タンパク質沈殿プレート（ＰｈｅｎｏｍｅｎｅｘＴＭ）に通して濾過した。溶出液を蒸発乾固させて、５０％の急冷緩衝液（８Ｍ尿素、５０ｍＭ  ＥＤＴＡ）と水で２００μＬへ希釈した後で、試料を注入した。
【０４３９】
ＬＣ−ＭＳ
Ａｇｉｌｅｎｔ  １１００シリーズＬＣ／ＭＳＤシステムを質量分析へ直列式に接続した。質量分析器は、エレクトロスプレー陰イオン化モードで作動した。ネブライザーの窒素ガスは３２５ｐｓｉで設定して、乾燥用の窒素ガスは、１２Ｌ／分で設定した。乾燥温度は、３２５℃であった。試料（２５μＬ／ウェル）を自動サンプラーより導入して、３００μＬ／分の流速を５５℃で使用するＸＢｒｉｄｇｅ  ＯＳＴ  Ｃ１８  ２．５μｍ  ２．１ｍｍｘ５０ｍｍ  ＨＰＬＣカラムで逆相クロマトグラフィーを行った。イオン対緩衝液は、Ａ：２０％アセトニトリル中５ｍＭ酢酸トリブチルアンモニウム（ＴＢＡＡ）とＢ：９０％アセトニトリル中５ｎＭ  ＴＢＡＡからなり、ローディング緩衝液は、２５％アセトニトリル中２５ｍＭ  ＴＢＡＡであった。分離は、９分で３０％〜７０％  Ｂ、次いで１１分で８０％  Ｂの勾配で実施した。
【０４４０】
最も豊富なイオンの抽出イオンクロマトグラムによるオリゴヌクレオチド及び内部標準の定量分析は、ＭＳＤ  ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎソフトウェアを使用して実施した。
【０４４１】
実施例６５：ＰＴＥＮに標的指向する５’−修飾オリゴマー化合物（in vivo試験）
本開示に従って、オリゴマー化合物を合成して、７５ｍｇ／ｋｇの用量でＰＴＥＮ発現を in vivo で低下させるその能力を試験した。６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（ジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバー）に７５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳ  ４６７０７４（５’−リン酸基を有する）と４６７０７４（５’−メチレンホスホネート基：ＰＯ（ＯＨ）２ＣＨ２−を有する）での単回腹腔内（ｉ．ｐ）注射を投与する。２’−Ｏ−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドを５’−ホスホロチオエート基のウィングに有する５−１０−５ギャップ化オリゴマー、ＩＳＩＳ  １１６８４７を比較に含めた。
【０４４２】
各用量群は、４匹の動物からなった。最終投与から４８時間後にマウスを犠牲にして、リアルタイムＰＣＲ及びＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）ＲＮＡ定量試薬（Molecular Probes 社、オレゴン州ユージーン）を標準プロトコールに従って使用して、肝臓中のＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ量を定量した。ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ量は、生理食塩水処置対照に対する正規化に先立って、全ＲＮＡ（Ｒｉｂｏｇｒｅｅｎを使用する）に対して定量した。生理食塩水注射対照に対して正規化した、各処置群のＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ発現の平均阻害（％）として、結果を以下に収載する。
【０４４３】
【化４５】
0005763539.tif 000096
【０４４４】
それぞれのヌクレオシド間連結はホスホジエステルであるが、下線を施したヌクレオシドは、後続のヌクレオシドへホスホロチオエート（５’→３’）によって結合する。５’端の「Ｐ」は、５’−リン酸基を示す。５’端の「Ｐｙ」は、５’−メチレンホスホネート基（ＰＯ（ＯＨ）２ＣＨ２−）を示す。それぞれの非修飾ヌクレオシドは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドである。下付き文字ｅ、ｆ、又はｍが続くヌクレオシドは、以下のような修飾を示す：下付き文字「ｅ」は、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（ＭＯＥ）修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｆ」は、２’−フルオロ修飾ヌクレオシドを示し、下付き文字「ｍ」は、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオシドを示す。上付き文字「ｍｅ」は、ヌクレオシドのピリミジン塩基上の５−メチル基を示す。下付き文字「Ｓｃ」があるヌクレオシドは、以下に示す。
【０４４５】
【化４６】
0005763539.tif 000097
【０４４６】
実施例６６：ＰＴＥＮに標的指向する５’−修飾オリゴマー化合物の安定性（in vivo 試験）
実施例６５の３つのオリゴマー化合物の in vivo 安定性について評価した。ＰＴＥＮを評価した動物より組織試料を入手した。実施例６４の記載と同じ技術を使用して、組織試料を採取して調製した。オリゴヌクレオチド標準の定量分析は、Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎソフトウェアを使用して、最も豊富な電荷状態（−４）での抽出イオンクロマトグラムによって実施した。ＩＳＩＳ  １１６８４７、４６７０７４、及び４６７０７６のインタクト化合物の組織レベル（μｇ／ｇ）を測定して、以下に提供する。
【０４４７】
【化４７】
0005763539.tif 000098
【０４４８】
５−１０−５ＭＯＥギャップマー化合物は、高いレベルで存在して、ＰＴＥＮの強力な阻害剤であった。インタクトな４６７０７６は、より低い濃度で存在して、ＰＴＥＮのより少ない阻害をもたらした。インタクトな４６７０７４は検出されず、最低量のＰＴＥＮ低下をもたらした。５’−リン酸を欠いている４６７０７４をいくらか検出した。
【配列表】
0005763539000001.xml