(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＣＶに感染したヒトの対象の、ペグインターフェロンアルファ−２ａ、リバビリンおよびダノプレビルを用いた治療に対する応答を予測するための方法であって、
前記のヒトの対象から提供された試料における、一塩基多型ｒｓ１２１４８４８７に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで前記の対象におけるｒｓ１２１４８４８７における少なくとも１個のＡアレルの存在は、ｒｓ１２１４８４８７に存在する２個のＧアレルを有する対象と比較して前記の対象が前記の治療に対して２週間での急速なウイルス陰性化（ＲＶＲ２）を達成する可能性がより高いことを示す、前記方法。
【請求項２】
前記の対象がＨＣＶ遺伝子型−１またはＨＣＶ遺伝子型−４に感染している、請求項１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）に感染した患者の薬理学的処置への応答を予測するために有用な方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）は世界中で慢性肝疾患の大部分の原因であり、先進国における慢性肝炎の症例の７０％を占めている。慢性Ｃ型肝炎（ＣＨＣ）の世界的有病率は約３％（０．１％から５％までの範囲）であると推定されており、世界中で推定１億７０００万人の慢性保因者がいる（米国に２７０万人および西欧に５００万人）［１，２］。ＨＣＶに慢性感染した患者のおおよそ５分の１が最終的に肝硬変を発現し、それは肝不全および肝細胞癌につながり得る［２］。ＨＣＶと関連する肝不全は、今日の肝臓移植の主な理由の１つである。
【０００３】
慢性Ｃ型肝炎感染を有する治療未経験（treatment-naive）の患者に関する現在の標準ケア（standard of care: ＳＯＣ）は、ポリエチレングリコールコンジュゲートインターフェロンアルファ（ＰＥＧ−ＩＦＮ）＋リバビリン（ＲＢＶ）を用いる併用療法である［３］。ＨＣＶに感染した患者の大部分である、ＨＣＶ遺伝子型１に慢性感染した患者において、ＰＥＧ−ＩＦＮへの応答は最適以下であり、持続性ウイルス陰性化（ＳＶＲ）率は４２〜５２％である［４，５，６］。この患者集団に関して、新規の療法選択肢に関するかなりの必要性が存在する。インターフェロンアルファ（ＩＦＮ）は、ＨＣＶに対する生理活性を有することが示された最初の薬物であった。Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ  Ｉｎｃ．は、そのインターフェロンアルファ−２ａ分子を分枝状メトキシポリエチレングリコール部分を共有結合させることにより化学修飾した［９］。ＰＥＧ−ＩＦＮはインターフェロンアルファ−２ａと比較して減少した全身クリアランス速度および血清半減期におけるおおよそ１０倍の増大を有し、結果としてＰＥＧ−ＩＦＮは親化合物よりもはるかに長く血中を循環する。その後の１４００人を超える患者における３回の大規模臨床試験での週１回（ｑｗ）１８０？ｇのＰＥＧ−ＩＦＮの評価は、ＰＥＧ−ＩＦＮを用いた治療は週３回のＩＦＮを用いた治療よりも有効であることを示した［１０］。
【０００４】
リバビリンは、広い範囲のＲＮＡおよびＤＮＡウイルスのインビトロでの複製を阻害するグアノシン類似体である［１１］。ＲＢＶが抗ウイルス薬として作用する機序は完全には定められていないが、それには細胞のヌクレオチドプールの変化およびウイルスＲＮＡ合成の阻害が含まれ得る［１２］。ＲＢＶの単剤療法はＨＣＶの複製に対する作用をほとんどまたは全く有しないが、それは結果として血清アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）活性の正常化および肝組織像の向上をもたらし得る。しかし、ＲＢＶ単独で治療されたほぼ全ての患者において再発が起こる［１３，１４］。ＲＢＶをＰＥＧ−ＩＦＮと組み合わせることは、ＣＨＣの治療においてＰＥＧ−ＩＦＮ単剤療法よりも有効であることが分かっている。全ての遺伝子型の１１２１人の患者の大規模臨床試験において、持続性ウイルス陰性化（ＳＶＲ）は、ＰＥＧ−ＩＦＮ単独で治療された患者の２９％と比較して、ＰＥＧ−ＩＦＮ＋ＲＢＶで治療された患者の５３％で達成された［１０］。
【０００５】
持続性ウイルス陰性化（Sustained Virological Response: ＳＶＲ）を達成する可能性は、患者およびウイルス的要因の集団により変動する。例えば、より若い患者、コーカサス人およびアジア人の患者、ならびに進行した肝線維症を有しない人は、治療後にＨＣＶ感染を一掃する可能性がより高い［１５〜１８］。同様に、ＨＣＶ遺伝子型１ではなく遺伝子型２または３に感染した患者および低いベースラインの血清中ＨＣＶ  ＲＮＡレベルを有する患者は、治癒の最高の見込みを有する［４〜６，１６，１８］。
【０００６】
ＳＶＲのより正確な予測は、現在治療の開始後にのみ可能である。ＨＣＶの遺伝子型に関わらず、４または１２週間の治療後にＨＣＶ  ＲＮＡを一掃する人は、持続性ウイルス血症を有する人よりもＳＶＲを達成するはるかによい見込みを有する［１９］。急速なウイルス陰性化（ＲＶＲ、４週目においてＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能）はＳＶＲの強い予測因子であり；逆に、早期のウイルス陰性化（ＥＶＲ、１２週目におけるＨＣＶ  ＲＮＡの２ｌｏｇより大きい減少）を達成できないことは、治療前の特徴と無関係に、非応答の強い予測因子である［２０］。
【０００７】
先を見越して標準ケアに対する可能性のある応答者および非応答者を識別する能力は、慢性Ｃ型肝炎を有する患者のケアへの大きな影響を有し得る。宿主およびウイルス的要因に加えて、宿主の遺伝的多様性も標準ケアによる処置への応答に影響を及ぼす［２１］。全ゲノム関連研究からの最近の証拠は、ＩＬ−２８ｂ遺伝子のプロモーター領域中の一塩基多型（ＳＮＰ）がペグインターフェロン＋リバビリンで治療された患者におけるＳＶＲの可能性に強い影響を及ぼしていることを示唆している［２２〜２４］。
【０００８】
最近、Ｃ型肝炎ウイルス遺伝子型１（ＨＣＶ−１）または遺伝子型４（ＨＣＶ−４）に感染した患者において、インターフェロンアルファ、リバビリンおよびＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が含まれる治療（３剤療法）への有益な応答は、その患者のＨＣＶ  ＲＮＡレベルが治療後２週間もの短い期間で検出不能になる場合に予測することができることが発見された。急速なウイルス陰性化−２週間（ＲＶＲ２）を示す患者および３剤療法処置の終了時における持続性ウイルス陰性化（ＳＶＲ）の達成の間の相関は、２００８年１２月１８日に出願された所有者共通の米国特許出願第ＵＳＳＮ６１／１３８，５８５号において開示されており、それを参照により本明細書にそのまま援用する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００９】
【特許文献１】米国特許出願第ＵＳＳＮ  ６１／１３８，５８５号
【非特許文献】
【００１０】
【非特許文献１】Lavanchy, D. Global Surveillance and Control of Hepatitis C: Report of a WHO Consultation. J Viral Hepatitis. 1999;6:35-47.
【非特許文献２】Consensus Statement: EASL/International Consensus Conference on Hepatitis C. J Hepatol. 1999;31(Suppl 1):3 8.
【非特許文献３】Recommendations from the National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: Management of Hepatitis C: 2002. Hepatology Nov 2002; Vol 36 No 5:1039.
【非特許文献４】Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Goncales FL Jr, et al. 2002. Peginterferon alfa-2a plus rivavirin for chronic hepatitis C virus. NEJM September 26 2002; Vol 347 No13:975-982
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【非特許文献９】PEG-IFN alfa-2a Investigator s Brochure, July, 2006.
【非特許文献１０】PEGASYS Core Data Sheet Version 1.4, January 19, 2005.
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【非特許文献１９】Ferenci P, Fried MW, Shiffman ML, Smith CI, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Chaneac M, Reddy KR. Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis C patients treated with peginterferon alfa-2a (40 KD)/ribavirin. J Hepatol 2005;43:425-433.
【非特許文献２０】Martinot-Peignoux M, Maylin S, Moucari R, Ripault MP, Boyer N, Cardoso AC, Giuily N, Castelnau C, Pouteau M, Stern C, Auperin A, Bedossa P, Asselah T, Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitis C treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 2009;14:501-511.
【非特許文献２１】Asselah T, Bieche I, Sabbagh A, Bedossa P, Moreau R, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Gene expression and hepatitis C virus infection. Gut 2009;58:846-858.
【非特許文献２２】Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance. Nature 2009;461:399-401.
【非特許文献２３】Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, Bassendine M, Spengler U, Dore GJ, Powell E, Riordan S, Sheridan D, Smedile A, Fragomeli V, Muller T, Bahlo M, Stewart GJ, Booth DR, George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 2009;41:1100-1104.
【非特許文献２４】Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Korenaga M, Hino K, Hige S, Ito Y, Mita E, Tanaka E, Mochida S, Murawaki Y, Honda M, Sakai A, Hiasa Y, Nishiguchi S, Koike A, Sakaida I, Imamura M, Ito K, Yano K, Masaki N, Sugauchi F, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 2009;41:1105-1109.
【発明の概要】
【００１１】
本発明は、ヒト１５番染色体上の一塩基多型と、例えばＨＣＶプロテアーゼ阻害剤のような直接作用型抗ウイルス剤を含んだ、インターフェロンに基づく計画（レジメン）で治療された患者におけるＲＶＲ２との間の関連の発見に基づく。１態様において、本発明は、ヒトの対象からの試料を提供し、一塩基多型ｒｓ１２１４８４８７に存在するヌクレオチドを同定することを含む、ＨＣＶに感染したヒトの対象のペグインターフェロンアルファ−２ａ、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス剤を用いた治療に対する応答を予測するための方法を提供し、ここでその対象におけるｒｓ１２１４８４８７における少なくとも１個のＡアレルの存在は、ｒｓ１２１４８４８７に存在する２個のＧアレルを有する対象と比較してその対象がその治療に対してＲＶＲ２を達成する可能性がより高いことを示している。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】ＮＶ２１０７５臨床試験の試験設計。ＰＥＧ−ＩＦＮ＝ペグインターフェロンアルファ−２ａ；ＲＢＶ＝リバビリン；Ｑ８ｈ＝ｔｉｄまたは１日３回；Ｑ１２ｈ＝ｂｉｄまたは１日２回。
【図２】１２週目までにウイルス陰性化を有する患者の百分率。
【図３】１２週目までのベースラインからの平均ＨＣＶ  ＲＮＡ（ｌｏｇ１０ＩＵ／ｍｌ）変化。
【図４】１２週目までにウイルス陰性化を有するｒｓ１２９７９８６０  ＳＮＰにおけるＣＣの患者および非ＣＣの患者の百分率。
【図５】ＮＶ２１０７５試験集団における、（Ａ）ＲＶＲ２および（Ｂ）染色体によるｒｓ１２９７９８６０に関する調整後のＲＶＲ２に関する全ゲノム関連の結果。
【図６】ＮＶ２１０７５臨床試験における４個の治療群の間のＲＶＲ２およびｒｓ１２１４８４８７遺伝子型の間の関連を示す棒プロット。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
この発明の理解を容易にするため、いくつかの用語を下記で定義する。本明細書で定義された用語は、本発明に関連する領域における当業者に一般的に理解されている通りの意味を有する。“ａ”、“ａｎ”および“ｔｈｅ”のような用語は単数の物だけを指すことを意図しているのではなく、特定の例が説明のために用いられてよい一般的なクラスを含むことを意図している。本明細書における専門用語は本発明の特定の態様を記述するために用いられているが、それらの使用は特許請求の範囲において概説されているものを除いて本発明の範囲を定めない。
【００１４】
インターフェロンを用いた治療に対する“応答”という用語は、薬剤の投与に対する望ましい応答である。ウイルス学的エンドポイントには以下のことが含まれる：処置の２週間後に（Ｃｏｂａｓ（登録商標）ＡｍｐｌｉＰｒｅｐ／Ｃｏｂａｓ（登録商標）Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＨＣＶ検査ｖ１．０、検出限界１５ＩＵ／ｍＬによる）血清中でＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であることとして定義される、“急速なウイルス陰性化−２週間”（ＲＶＲ２: rapid virological response-2 weeks）；処置の４週間後に（Ｃｏｂａｓ（登録商標）ＡｍｐｌｉＰｒｅｐ／Ｃｏｂａｓ（登録商標）Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＨＣＶ検査ｖ１．０、検出限界１５ＩＵ／ｍＬにより）血清中でＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であることとして定義される、“急速なウイルス陰性化−４週間”（ＲＶＲ４）；（Ｃｏｂａｓ（登録商標）ＡｍｐｌｉＰｒｅｐ／Ｃｏｂａｓ（登録商標）Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＨＣＶ検査ｖ１．０、定量化限界４３ＩＵ／ｍＬによる）１２週目までの血清ＨＣＶ  ＲＮＡにおけるベースラインからの？２ｌｏｇの低下として定義される、早期のウイルス陰性化（ＥＶＲ: early virological response）、処置の１２週間後に（Ｃｏｂａｓ（登録商標）ＡｍｐｌｉＰｒｅｐ／Ｃｏｂａｓ（登録商標）Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＨＣＶ検査ｖ１．０、検出限界１５ＩＵ／ｍＬにより）血清中でＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であることとして定義される、完全ＥＶＲ（ｃＥＶＲ）；および１２週間の未処置の追跡調査期間の終了時に（ＳＶＲ−１２）、または２４週間の未処置の追跡調査期間の終了時に（ＳＶＲ−２４）血清中でＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であること（１５ＩＵ／ｍＬ未満）として定義される、“持続性ウイルス陰性化”（ＳＶＲ: sustained virological response）。用語“延長された急速なウイルス陰性化”（ｅＲＶＲ: extended rapid virological response）は、４週間〜２０週間の処置の期間の間にＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であること（１５ＩＵ／ｍＬ未満）を意味する。
【００１５】
用語“試料”または“生物学的試料”は、例えば組織生検、血漿、血清、全血、脊髄液、リンパ液、皮膚、呼吸器管、腸管および泌尿生殖路の外部切片、涙液、唾液、乳汁、血球、腫瘍、器官が含まれるがそれらに限定されない、個人から単離された組織または体液の試料を指す。（細胞の培地中での増殖の結果生じる馴化培地、ウイルス感染していると推定される細胞、組み換え細胞、および細胞構成要素が含まれるがそれらに限定されない）インビトロの細胞培養構成要素の試料も含まれる。
【００１６】
用語“インターフェロン”および“インターフェロン−アルファ”は本明細書において互換的に用いられており、ウイルス複製および細胞増殖を阻害し、免疫応答を調節する高度に相同性の種特異的タンパク質のファミリーを指す。典型的な適切なインターフェロンには、組み換えインターフェロンアルファ−２ｂ、例えばＳｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ニュージャージー州ケニルワース）から入手可能なＩｎｔｒｏｎ（登録商標）Ａインターフェロン、組み換えインターフェロンアルファ−２ａ、例えばＨｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ（ニュージャージー州ナトレー）から入手可能なＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａインターフェロン、組み換えインターフェロンアルファ−２Ｃ、例えばＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，Ｉｎｃ．（コネチカット州リッジフィールド）から入手可能なＢｅｒｏｆｏｒ（登録商標）アルファ２インターフェロン、天然のアルファインターフェロン類の精製されたブレンドであるインターフェロンアルファ−ｎ１、例えば住友（日本）から入手可能なＳｕｍｉｆｅｒｏｎ（登録商標）もしくはＧｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．（イギリス、ロンドン）から入手可能なＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロンアルファ−ｎ１（ＩＮＳ）、またはコンセンサスアルファインターフェロン、例えば米国特許第４，８９７，４７１号および第４，６９５，６２３号（特にその実施例７、８または９）において記述されているコンセンサスアルファインターフェロンならびにＡｍｇｅｎ，Ｉｎｃ．（カリフォルニア州ニューベリーパーク）から入手可能な特定の製品、またはＩｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓにより製造され、Ｐｕｒｄｕｅ  Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃｏ．（コネチカット州ノーウォーク）からＡｌｆｅｒｏｎの商品名の下で入手可能な天然のアルファインターフェロン類の混合物であるインターフェロンアルファ−ｎ３が含まれるが、それらに限定されない。インターフェロンアルファ−２ａまたはアルファ−２ｂの使用が好ましい。インターフェロン類には下記で記述されるようなペグ化インターフェロン類が含まれ得る。
【００１７】
用語“ペグ化インターフェロン”、“ペグ化インターフェロンアルファ”および“ペグインターフェロン”は本明細書において互換的に用いられ、インターフェロンアルファ、好ましくはインターフェロンアルファ−２ａおよびアルファ−２ｂのポリエチレングリコール修飾されたコンジュゲートを意味する。典型的な適切なペグ化インターフェロンアルファには、Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）およびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）が含まれるが、それらに限定されない。
【００１８】
用語“リバビリン”は化合物１−（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）−３，４−ジヒドロキシ−５−ヒドロキシメチル−テトラヒドロ−フラン−２−イル）−１Ｈ−［１，２，４］トリアゾール−３−カルボン酸アミドを指し、それは合成の非インターフェロン誘導性の広いスペクトルの抗ウイルス性ヌクレオシド類似体であり、Ｖｉｒａｚｏｌｅ（登録商標）およびＣｏｐｅｇｕｓ（登録商標）の名前の下で入手可能である。
【００１９】
慢性Ｃ型肝炎を有する患者に関する現在の推奨される第一選択治療は、遺伝子型１または４のウイルスを有する患者において４８週間および遺伝子型２または３のウイルスを有する患者において２４週間のリバビリンと併用される、ペグ化インターフェロンアルファである。リバビリンとの併用治療は、インターフェロンアルファ療法の１回以上の過程後に再発した患者において、ならびに以前に治療されていない患者において、インターフェロンアルファ単剤療法よりも有効であることが分かった。しかし、リバビリンは催奇形性および発癌性を含む重大な副作用を示す。さらに、リバビリンはおおよそ１０〜２０％の患者において用量の低減またはリバビリン療法の中断を必要とする溶血性貧血を引き起こし、それは赤血球中のリバビリン三リン酸の蓄積に関連している可能性がある。従って、治療のコストおよび有害事象の発生率を低減するため、有効性を妥協せずに治療をより短い期間に調整することが望ましい。リバビリンを伴うペグ化インターフェロンアルファによる遺伝子型１の患者に関する短縮された“治療の期間”は、例えば２４週間であろう。直接作用型抗ウイルス剤との併用でのリバビリンを伴うペグ化インターフェロンアルファによる遺伝子型１の患者に関する短縮された治療の期間は、８週間、１２週間、または１６週間もの短い期間であることができるであろう。
【００２０】
用語“ダノプレビル”、“ＲＧ７２２７”、“ＲＯ５１９０５９１”および“ＩＴＭＮ−１９１”は互換的に用いられており、ＨＣＶ  ＮＳ３／４Ａプロテアーゼの大環状ペプチド模倣阻害剤である４−フルオロ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−カルボン酸  （Ｚ）−（１Ｓ，４Ｒ，６Ｓ，１４Ｓ，１８Ｒ）−１４−ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニルアミノ−４−シクロプロパンスルホニルアミノカルボニル−２，１５−ジオキソ−３，１６−ジアザ−トリシクロ［１４．３．０．０＊４，６＊］ノナデカ−７−エン−１８−イルエステルを指す。
【００２１】
他のＨＣＶ  ＮＳ３およびＮＳ３／４Ａプロテアーゼ阻害剤には、“ボセプレビル”または“ＳＣＨ−５０３０３４”：（１Ｒ，５Ｓ）−Ｎ−［３−アミノ−１（シクロブチルメチル）−２，３−ジイソプロピル］−３−［２（Ｓ）−［［［（１，１−ジメチルエチル）アミノ］カルボニル］アミノ］−３，３−ジメチル−１−オキソブチル］−６，６−ジメチル−３−アザビシクロ［３．１．０］ヘキサン−（Ｓ）−カルボキサミド；および“テラプレビル”または“ＶＸ−９５０”：（１Ｓ，３ａＲ，６ａＳ）−２−［（２Ｓ）−２−［［（２Ｓ）−シクロヘキシル［（ピラジニルカルボニル）アミノ］アセチル］アミノ］−３，３−ジメチルブタノイル］−Ｎ−［（１Ｓ）−１−［（シクロプロピルアミノ）オキソアセチル］ブチル］  オクタヒドロシクロペンタ［ｃ］ピロール−１−カルボキサミド；“バニプレビル”または“ＭＫ−７００９”：（１Ｒ，２１Ｓ，２４Ｓ）−２１−ｔｅｒｔ−ブチル−Ｎ−（（１Ｒ，２Ｒ）−１−｛［（シクロプロピルスルホニル）アミノ］カルボニル｝−２−エチルシクロプロピル）−１６，１６−ジメチル−３，１９，２２−トリオキソ−２，１８−ジオキサ−４，２０，２３−トリアザテトラシクロ［２１．２．１．１．０］ヘプタコサ−６，８，１０−トリエン−２４−カルボキサミド；“ＭＫ−５１７２”：（１ａＲ，５Ｓ，８Ｓ，１０Ｒ，２２ａＲ）−５−（１，１−ジメチルエチル）−１，１ａ，３，４，５，６，９，１０，１８，１９，２０，２１，２２ａ−テトラデカヒドロール−１４−メトキシ−３，６−ジオキソ−８Ｈ−７，１０−メタノシクロプロパ［１８，１９］［１，１０，３，６］ジオキサジアザシクロノナデンシノ［１１，１２−ｂ］キノキサリン−８−カルボン酸（（１ａＲ，５Ｓ，８Ｓ，１０Ｒ，２２ａＲ）−５−（１，１−ｄｉｍｅｔｈｙｌｅｔｈｙｌ）−１，１ａ，３，４，５，６，９，１０，１８，１９，２０，２１，２２ａ−ｔｅｔｒａｄｅｃａｈｙｄｒｏｌ−１４−ｍｅｔｈｏｘｙ−３，６−ｄｉｏｘｏ−８Ｈ−７，１０−ｍｅｔｈａｎｏｃｙｃｌｏｐｒｏｐａ［１８，１９］［１，１０，３，６］ｄｉｏｘａｄｉａｚａｃｙｃｌｏｎｏｎａｄｅｎｃｉｎｏ［１１，１２−ｂ］ｑｕｉｎｏｘａｌｉｎｅ−８−ｃａｒｂｏｘｙｌｉｃ  ａｃｉｄ）;“ＴＭＣ−４３５”（２Ｒ，１３ａＲ，１４ａＲ，１６ａＳ，Ｚ）−Ｎ−（シクロプロピルスルホニル）−２−（２−（４−イソプロピルチアゾール−２−イル）−７−メトキシ−８−メチルキノリン−４−イルオキシ）−６−メチル−５，１６−ジオキソ−１，２，３，５，６，７，８，９，１０，１１，１３ａ，１４，１４ａ，１５，１６，１６ａ−ヘキサデカヒドロシクロプロパ［ｇ］ピロロ［１，２−ｃ］［１，３，６］トリアザシクロペンタデシン−１４ａ−カルボキサミド；および“ナルラプレビル（ｎａｒｌａｐｒｅｖｉｒ）”または“ＳＣＨ−９００５１８”：（１Ｒ，２Ｓ，５Ｓ）−３−（（Ｓ）−２−（３−（１−（ｔｅｒｔ−ブチルスルホニルメチル）シクロヘキシル）ウレイド）−３，３−ジメチルブタノイル）−Ｎ−（（Ｓ）−１−（シクロプロピルアミノ）−１，２−ジオキソヘプタン−３−イル）−６，６−ジメチル−３−アザビシクロ［３．１．０］ヘキサン−��−カルボキサミドが含まれる。
【００２２】
用語“３剤療法治療（処置）”は、ペグインターフェロン、リバビリンおよび１種類以上の直接作用型抗ウイルス剤を含む、ＨＣＶに感染した患者に関する治療計画を指す。“直接作用型抗ウイルス剤”は免疫機能と無関係に特異的な抗ウイルス作用を発揮する。ＨＣＶに関する直接作用型抗ウイルス剤の例には、ＮＳ３／４Ａプロテアーゼ阻害剤、ＮＳ５Ｂポリメラーゼ阻害剤、ＮＳ５Ａ阻害剤、ＩＲＥＳ阻害剤およびヘリカーゼ阻害剤が含まれるが、それらに限定されない。３剤療法処置の一例は、ペグインターフェロン、リバビリン、およびＨＣＶ  ＮＳ５Ｂポリメラーゼ阻害剤を含む。３剤療法処置の別の例は、ペグインターフェロン、リバビリン、およびＨＣＶ  ＮＳ３／４Ａプロテアーゼ阻害剤を含む。３剤療法処置のさらなる例は、ペグインターフェロン、リバビリン、ＨＣＶ  ＮＳ５Ｂポリメラーゼ阻害剤、およびＨＣＶ  ＮＳ３／４Ａプロテアーゼ阻害剤を含む（それは“４剤療法治療（治療）”と呼ぶこともできる）。
【００２３】
慢性Ｃ型肝炎（ＣＨＣ）を有する患者に関して、“標準ケア”または“ＳＯＣ”と呼ばれる現在推奨される第１選択治療は、遺伝子型１または４のウイルスを有する患者において４８週間および遺伝子型２または３のウイルスを有する患者において２４週間の“期間”の間のリバビリンと併用したペグ化インターフェロンアルファである。最近、特定の国（例えば米国および欧州連合における加盟国）において、慢性Ｃ型肝炎遺伝子型１ウイルス感染を有する治療未経験の患者に関するＳＯＣは、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤（ボセプレビルまたはテラプレビルのどちらか）およびペグ化インターフェロンアルファ（ＰＥＧ−ＩＦＮ）＋リバビリン（ＲＢＶ）を用いる併用療法として推奨されてきた(Ghany MG et al, “An Update on Treatment of Genotype 1 Chronic Hepatitis C Virus Infection: 2011 Practice Guideline by the American Association for the Study of Liver Diseases.”Hepatology 2011; 54: 1433-1444)。しかし、この文書において用いられる際の用語“ＳＯＣ”は、ＰＥＧ−ＩＦＮ＋ＲＢＶのみを用いる治療を指す。
【００２４】
リバビリンとの併用療法は、インターフェロンアルファ療法の１回以上の過程後に再発した患者において、ならびに以前に治療されていない患者において、インターフェロンアルファ単剤療法よりも有効であることが分かった。しかし、リバビリンは催奇形性および発癌性を含む重大な副作用を示す。さらに、リバビリンはおおよそ１０〜２０％の患者において用量の低減またはリバビリン療法の中断を必要とする溶血性貧血を引き起こし、それは赤血球中のリバビリン三リン酸の蓄積に関連している可能性がある。従って、治療のコストおよび有害事象の発生率を低減するため、有効性を妥協せずに治療をより短い期間に調整することが望ましい。
【００２５】
本明細書で用いられる際、用語“アレル”および“アレル変異型”は、遺伝子またはその一部と関係しているイントロン、エキソン、イントロン／エキソン接合部および３？および／または５？非翻訳領域が含まれる遺伝子のオルタナティブな形態を指す。一般に、アレルは相同染色体上の同じ座位または位置を占める。対象がある遺伝子の２個の同一のアレルを有する場合、その対象はその遺伝子またはアレルに関してホモ接合性であると言われる。対象がある遺伝子の２個の異なるアレルを有する場合、その対象はその遺伝子に関してヘテロ接合性であると言われる。ある特定の遺伝子のアレルは、単一のヌクレオチド、またはいくつかのヌクレオチドにおいて互いに異なっていることができ、それにはヌクレオチドの置換、欠失、および挿入が含まれ得る。
【００２６】
本明細書で用いられる際、用語“多型”は、その核酸の１より多い形態（例えばアレル変異型）の共存を指す。少なくとも２つの異なる形態、すなわち２つの異なるヌクレオチド配列が存在する遺伝子の部分は、遺伝子の多型領域と呼ばれる。多型領域は単一のヌクレオチドであることができ（すなわち“一塩基多型”または“ＳＮＰ”）、その同一性は異なるアレルにおいて異なる。多型領域は数ヌクレオチド長であることもできる。
【００２７】
多型の検出のための数多くの方法が既知であり、本発明と合わせて用いられてよい。一般に、これらには基礎をなす核酸配列における１個以上の変異の直接的（例えばアレル特異的ＰＣＲ）または間接的（二次的な分子、例えばタンパク質配列に対する変化の同定）のどちらかでの同定が含まれる。
【００２８】
一塩基多型を遺伝子型決定するための１つの周知の方法は、断片化し、変性させたＤＮＡ試料をチップ上のビーズに結合した対応する５０塩基長のオリゴにハイブリダイズさせる、イルミナ  ＳＮＰビーズチップの使用である。ハイブリダイゼーション後、そのチップを酵素的一塩基伸長のために処理し、続いて蛍光染色および画像化を行う。最後に、蛍光強度を検出し、ＳＮＰ遺伝子型判定のために用いる。
【００２９】
一塩基多型“ｒｓ１２９７９８６０”、“ｒｓ１２９８０２７５”および“ｒｓ８０９９９１７”は、ＳＮＰのデータベース（ｄｂＳＮＰ，www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）中のそれらの受入番号により同定されるＳＮＰを指し、ヒト１９番染色体上で、ＩＬ２８ｂ遺伝子の周辺の様々な領域に位置している。
【００３０】
一塩基多型“ｒｓ１２１４８４８７”はｄｂＳＮＰ中のその受入番号により同定されるＳＮＰを指し、ヒト１５番染色体上で、溶質キャリヤー有機陰イオントランスポーターファミリーのメンバーであるＳＬＣＯ３Ａ１遺伝子のイントロン領域中に位置している。ＳＬＣＯ３Ａ１に関する同意語である用語には、ＯＡＴＰ−Ｄ、ＯＡＴＰ３Ａ１、ＯＡＴＰＤ、およびＳＬＣ２１Ａ１１が含まれる。
【実施例】
【００３１】
導入
ＨＣＶプロテアーゼは、非構造遺伝子３／４Ａ（ＮＳ３／４Ａ）によりコードされ、臨床的に検証された抗ＨＣＶ標的であり、ＨＣＶポリペプチドの翻訳後修飾およびウイルス複製に必須である。ダノプレビルは、ＲＯ５１９０５９１、ＲＧ７２２７またはＩＴＭＮ−１９１としても知られ、ＨＣＶのＮＳ３／４Ａプロテアーゼを競合阻害する大環状ペプチド模倣化合物である。ダノプレビルは、その高い抗ウイルス効力、特異性、および安全性プロフィールのため、慢性ＨＣＶ（ＣＨＣ）を有する患者の治療のための経口薬剤としての開発のために選択された。
【００３２】
試験設計
試験ＮＶ２１０７５は、ペグインターフェロンアルファ２ａおよびリバビリンとの併用でのダノプレビル（３剤療法併用）の、慢性Ｃ型肝炎遺伝子型１を有する治療未経験の患者において１２週間投与された際の、現在認可されているペグインターフェロンアルファ２ａおよびリバビリンの併用（標準ケアまたはＳＯＣ）と比較した場合の有効性および安全性を評価するためのランダム化二重盲検式多施設第２相臨床試験であった。試験ＮＶ２１０７５に登録された患者はランダム化されて４つの治療群の１つの中に入れられた（図１）（群Ａ〜Ｃに関しておおよそ６０人の患者、群Ｄに関しておおよそ３０人の患者）。（下記で記述されるような）応答を導かれた（ｒｅｓｐｏｎｓｅ−ｇｕｉｄｅｄ）治療群において、延長されたＲＶＲ（ｅＲＶＲ、４週目から２０週目までＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であることとして定義される）を有する患者は２４週目において全ての療法を停止した。
【００３３】
治療群Ａ、Ｂ、Ｃ：患者は、３００ｍｇ  ＴＩＤ（群Ａ）、６００ｍｇ  ＢＩＤ（群Ｂ）、または９００ｍｇ  ＢＩＤ（群Ｃ）でのダノプレビルによる二重盲検式実験治療および標準ケア治療（ＳＯＣ、Ｐｅｇａｓｙｓ  １８０ｇ  ｓｃ  ｑｗ  ＋  Ｃｏｐｅｇｕｓ  １０００ｍｇ（７５ｋｇ未満）または１２００ｍｇ（？７５ｋｇ）ｐｏ  ｑｄ）を１２週間受け、続いてＳＯＣを１２週間受けた。４週目においてＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であることとして定義されるＲＶＲを達成し、２２週目を通して検出不能のままである（すなわちｅＲＶＲを達成している）患者は、２４週目において全ての治療を停止した。ｅＲＶＲを達成しなかった患者はＳＯＣをさらに２４週間、４８週間の総治療期間の間受けた。治療群Ｄ：患者は二重盲検式プラセボ治療を１２週間、続いてＳＯＣを３６週間、４８週間の総治療期間の間受けた。
【００３４】
ＩＬ２８Ｂ遺伝子型決定および全ゲノム関連研究（genome wide association study: ＧＷＡＳ）を有するＲＣＲ患者集団
ロッシュ臨床リポジトリ（ＲＣＲ）は、別の同意を必要とする任意のプログラムであり；データは患者のプライバシーを保証するために匿名化される。そのＲＣＲのＤＮＡ試料を用いて、ｒｓ１２９７９８６０に関するＴａｑＭａｎ（登録商標）リアルタイムＰＣＲを用いてＩＬ２８Ｂの状態を決定した。有効性エンドポイントを２つの亜群：ＣＣ対非ＣＣ（ＣＴおよびＴＴ）に関して要約した。ＮＶ２１０７５試験に関して、遺伝子型決定のデータは１７１人の患者の試料から入手可能であった。加えて、これらのＲＣＲのＤＮＡ試料をＧＷＡＳのために用いて、総数７３３，２０２の一塩基多型（ＳＮＰ）を有するイルミナ  Ｈｕｍａｎ  ＯｍｎｉＥｘｐｒｅｓｓビーズチップにより遺伝子型決定した。７３３，２０２の内の７２５，９４７のＳＮＰが品質管理（ＱＣ）に合格した。全ゲノム関連分析を完全な臨床データセットを有する１６６個の試料において実施した。
【００３５】
結果
ＮＶ２１０７５の中間的分析のため、治療の最初の１２週間の間の有効性を、ウイルス陰性化（Ｒｏｃｈｅ  Ｃｏｂａｓ（登録商標）ＡｍｐｌｉＰｒｅｐ／Ｃｏｂａｓ（登録商標）Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＨＣＶ検査ｖ１．０［検出限界１５ＩＵ／ｍＬ］により測定した際にＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能）を有する患者の百分率により測定した。患者は彼らがデータを取りそこねていた場合は予定された訪問において非応答者とみなされ、それはその訪問に関して取り損ねた、もしくは許容可能なウィンドウから外れた評価、または追跡評価の取りそこないを伴う治療からの早期脱退によるものであった可能性がある。
【００３６】
予備的な結果は、ＳＯＣを受けた患者の４３．３％と比較して治療群Ａ、Ｂ、およびＣにおける患者のそれぞれ８８．１％、８９．２％、および９２．０％が１２週間の治療の終了時に検出不能なＨＣＶ  ＲＮＡレベルを有していたことを示している（図２）。ダノプレビルで治療された患者は治療の最初の２〜４週間以内に平均ＨＣＶ  ＲＮＡレベルにおける急峻な低下を経験し、１２週目までＳＯＣを受けた患者と比較して一貫して低いままであった（図３）。
【００３７】
ＩＬ２８Ｂ遺伝子におけるｒｓ１２９７９８６０  ＳＮＰに関して遺伝子型決定データが入手可能であった１７１人の患者の試料に関して、５６人の患者はＣＣ（治療に有利な）遺伝子型を有し、一方で１１５人の患者は非ＣＣ（治療に不利な）遺伝子型を有していた。彼らがどの治療群にいるかに関わらず、ＣＣの患者は非ＣＣの患者よりも、特に治療の最初の２週間以内によりよいウイルス陰性化率を示した（図４）。
【００３８】
１２週間の治療後の追跡調査（すなわち治療の停止後の１２週間）におけるＨＣＶ  ＲＮＡレベルが入手可能である治療群ＡおよびＢからの患者の亜集団において、早期の応答の尺度であるＲＶＲ２、ＲＶＲ４、ｅＲＶＲを達成した患者およびＳＶＲ−１２を達成した患者の間の相関を決定した。ＲＶＲ２を達成した治療群ＡおよびＢ中の６８人の患者の間で、６４人の患者がＳＶＲ−１２を達成し、それは９４％のＲＶＲ２のＳＶＲ−１２に関する陽性的中率（ＰＰＶ）をもたらした。比較して、ＲＶＲ４を達成した９７人の患者の内で、８７人の患者がＳＶＲ−１２を達成し、それは９０％のＲＶＲ４のＳＶＲ−１２に関するＰＰＶをもたらす。ｅＲＶＲを達成した９３人の患者中の８４人の患者がＳＶＲ−１２も達成したため、ｅＶＲのＳＶＲ−１２に関するＰＰＶも９０％であった。これらの結果は、早期の応答の尺度、特にＲＶＲ２はＳＶＲ−１２と高度に相関していることを示した。
【００３９】
ダノプレビル＋ＳＯＣの３剤療法またはＳＯＣ療法単独に応答するＨＣＶ治療における臨床的有効性エンドポイントと関係している可能性のある追加の一塩基多型を同定するため、患者試料をイルミナのＯｍｎｉＥｘｐｒｅｓｓチップセットにおいて遺伝子型決定した。品質管理後、遺伝子型判定を有する７２５，９４７のＳＮＰを生成した。ロジスティック回帰モデルを用いて、ベースラインにおけるウイルス負荷および試料の民族性に関して調整した後、個々のＳＮＰおよび急速なウイルス陰性化−２週間（ＲＶＲ２）の間の関連に関して検査した。驚くべきことではないが、ｒｓ１２９７９８６０  ＳＮＰは６×１０−８のｐ値を伴うＲＶＲ２との顕著な関連を示した（図５Ａ）。ｒｓ１２９７９８６０に関して調整した後、１０−５未満のｐを有する１５番染色体上の追加のＳＮＰが観察され（図５Ｂ）、最も目立つＳＮＰはｒｓ１２１４８４８７であり、それは溶質キャリヤー有機陰イオントランスポーターであるＳＬＣＯ３Ａ１をコードする遺伝子のイントロン中にある。ＮＶ２１０７５集団において、ＲＶＲ２およびｒｓ１２１４８４８７の少ない方のアレルであるＡの間の関連は、２１を超えるオッズ比（ＯＲ）（ＯＲ＝２１．８７、９５％ＣＩ［６．３０；９６．８８］、ｐ＝５．６×１０−８）で見られた。これらの結果は、ＡＡおよびＧＡ遺伝子型が‘１’をコードし、ＧＧ遺伝子型が‘０’をコードするｒｓ１２１４８４８７に関するロジスティック回帰における優性モデルを用いて得られた。図６は、ＲＶＲ２およびｒｓ１２１４８４８７の間の関連の棒プロットを示す。
【００４０】
本明細書において開示および特許請求される組成物および／または方法の全ては、本開示を考慮して、過度の実験なしで作る、および実行することができる。この発明の組成物および方法は好ましい態様に関して記述されてきたが、本明細書で記述された組成物および／または方法に、ならびにその方法の工程において、または工程の順序において、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく変更を適用することができることは当業者には明らかであろう。当業者に明らかな全てのそのような類似の代替物および修正は、添付の特許請求の範囲により定義される通りの本発明の精神、範囲および概念内にあると考えられる。
【００４１】
参考文献
【００４２】
【化１】
0005834146.tif 000002
【００４３】
【化２】
0005834146.tif 000003
【００４４】
【化３】
0005834146.tif 000004
【図１】
0005834146.tif 000005
【図２】
0005834146.tif 000006
【図３】
0005834146.tif 000007
【図４】
0005834146.tif 000008
【図５】
0005834146.tif 000009
【図６】
0005834146.tif 000010