(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｒｓ４５５３８０８のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１４７４６４２のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１２５６８７５７のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１１９７４６１０のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１２６１１３４のマイナー対立遺伝子及びｒｓ９１６７５８のマイナー対立遺伝子のうちの１つ以上からなる群より選択されるバイオマーカーを同定するためのプローブを含む、患者が癌治療に応答して有害な神経学的事象を発現する増大したリスクを有しているかどうかを同定する方法に使用するための診断キットであって、前記有害な神経学的事象が、末梢性ニューロパシー、末梢性感覚性ニューロパシー、及び神経痛からなる群より選択され、前記方法が、前記患者が前記リスク増大に関する１つ以上の前記バイオマーカーを有するかどうかを判定することを含み、前記バイオマーカーの存在が、前記有害な神経学的事象のリスク増大を示す、上記診断キット。
【請求項２】
前記癌治療が、プロテオソーム阻害剤の投与を含む、請求項１に記載の診断キット。
【請求項３】
前記プロテオソーム阻害剤がボルテゾミブを含む、請求項２に記載の診断キット。
【請求項４】
前記判定が、前記患者から生体サンプルを得ること、及び前記サンプルに対して遺伝子型解析を実施することを含む、請求項１に記載の診断キット。
【請求項５】
ｒｓ４５５３８０８のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１４７４６４２のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１２５６８７５７のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１１９７４６１０のマイナー対立遺伝子、ｒｓ１２６１１３４のマイナー対立遺伝子及びｒｓ９１６７５８のマイナー対立遺伝子のうちの１つ以上からなる群より選択されるバイオマーカーを同定するためのプローブと、前記バイオマーカーを同定するためのプローブを使用して、癌治療に応答して末梢性ニューロパシーを発現する可能性がある患者を同定するための説明書とを含む、癌治療に応答して有害事象を発現する可能性のある患者を同定するための診断キット又は等価物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本願は、２００９年３月２４日出願の米国特許仮出願第６１／１６２，８４８号の優先権を主張する。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、概して薬理ゲノミクスの分野に関し、より具体的には、末梢性ニューロパシーの候補遺伝子の薬理ゲノミクス的解析に関する。
【背景技術】
【０００３】
ボルテゾミブ等の制癌剤による治療は、末梢性ニューロパシー（ＰＮ）等の有害事象（ＡＥ）に関連している。ボルテゾミブによって誘導される末梢性ニューロパシーは、典型的には、ボルテゾミブによる治療の第１の過程中に生じ、一般的に、５サイクル目でプラトーに達する（Ｗｉｎｄｅｂａｎｋ  ＆  Ｇｒｉｓｏｌｄ（２００８）Ｊ．Ｐｅｒｉｐｈｅｒ．Ｎｅｒｖ．Ｓｙｓｔ．１３：２７〜４６）。主に、細径線維性及び有痛性、軸索性、感覚性遠位性ニューロパシーが生じる。関連する疼痛は、７．８の平均評点を有する（評点０は、疼痛無しであり、評点１０は、想像しうる最も最悪の疼痛である）（Ｃａｔａら（２００７）Ｊ．Ｐａｉｎ  ８：２９６〜３０６）。
【０００４】
ボルテゾミブによって誘導される疼痛は、感覚神経の３つの主な線維型（Ａβ、Ａδ、及びＣ内径（caliber）一次求心性線維）に関連している。電気生理学的神経伝導検査は、低振幅の感覚活動電位（遠位性、感覚性、軸索性ニューロパシー）を示している（Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎら（２００６）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ  ２４：３１１３〜３１２０）。伝導検査は、一次ミエリン−シュワン細胞の損傷又は高速伝導線維の変性（尺骨神経において述べられた脱髄性ニューロパシー）のため、一次又は二次性脱髄プロセスと一致する（Ｂａｄｒｏｓら（２００７）Ｃａｎｃｅｒ  １１０：１０４２〜１０４９）。
【０００５】
他の要因に加えて、ミトコンドリア及び小胞体の損傷が、ボルテゾミブによって誘導されるヒトの末梢性ニューロパシーの発現において重要な役割を果たしている可能性がある。ボルテゾミブは、ミトコンドリアに基づくアポトーシス経路を活性化する（Ｐｅｉら（２００４）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１０：３８３９〜３８５２）。また、ボルテゾミブは、ニューロン生存を媒介する神経成長因子（ＮＧＦ）（ＮＧＦは、感覚神経細胞の分化及び生存を誘導する）の転写をブロックすることが示されているＮＦ−ｋＢ活性化の阻害により証明されているように、ニューロトロフィンの脱制御において何らかの役割を果たしている可能性がある（Ｌａｎｄｏｗｓｋｉら（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６５：３８２８〜３８３６）。
【０００６】
ボルテゾミブによって誘導される末梢性ニューロパシーは、主に感覚性であることが観察されている。末梢性ニューロパシーの既存の徴候を有する患者は、治療中に末梢性ニューロパシーの悪化を経験する場合がある。用量を減少させると、第２相の多発性骨髄腫治験において等級＞２のＰＮを有する患者の５１％において末梢性ニューロパシーが改善又は分解する。投与を中止すると、第２相の多発性骨髄腫治験において、等級２の末梢性ニューロパシーのため中止している患者又は等級＞３の末梢性ニューロパシーを有する患者の７３％において末梢性ニューロパシーが改善又は分解する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
薬剤に対する有害な反応は、主な医学的問題を構成している。これら有害な事象の一部が、薬剤の作用に影響を及ぼす経路における患者間の遺伝的にコード化されている生化学的多様性に起因する限り、かかる影響を予測する変異の同定により、薬剤の使用がより効率的且つ安全になる。したがって、ボルテゾミブによって誘導されるニューロパシーのリスクが最も高い患者を同定するために有用なバイオマーカーが必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、患者が、癌治療に応答して有害な神経学的事象を発現するリスクが増大しているかどうかを同定する方法であって、前記患者が前記リスク増大に関する１つ以上のバイオマーカーを有するかどうかを判定することを含み、前記バイオマーカーの存在が、前記有害な神経学的事象のリスク増大を示す方法を提供する。バイオマーカーの存在は、前記患者から生体サンプルを得、前記サンプルについて遺伝子型解析を実施することにより判定することができる。特定の実施形態では、有害な神経学的事象は、末梢性ニューロパシー、末梢性感覚性ニューロパシー、又は神経痛である。癌治療は、ボルテゾミブ等のプロテオソーム阻害剤の投与を含み得る。バイオマーカーは、ｒｓ４５５３８０８，ｒｓ１４７４６４２，ｒｓ１２５６８７５７，ｒｓ１１９７４６１０，又はｒｓ１２６１３４のうちの１つ以上であり得る。
【０００９】
また、癌治療に応答して有害な神経学的事象を発現する可能性のある患者を同定する診断キット、及び癌を治療する方法、又は癌の治療レジメンを個別化する方法も提供する。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
本発明は、制癌剤に対する有害な応答を予測するための有用な分子ツールとして機能する末梢性ニューロパシー候補遺伝子の同定について記載する。具体的には、本発明は、患者が、ボルテゾミブ等のプロテオソーム阻害剤による治療に応答して有害な神経学的事象を被るリスクが増大しているかどうかを同定する方法を目的とする。
【００１１】
本発明は、癌治療に応答する有害な神経学的事象のリスク増大と相関する、本明細書において「変異」、「マーカー」及び／又は「バイオマーカー」とも呼ばれる遺伝変異の同定を伴う。患者の薬物治療に対する応答とこれらのマーカーとの関連は、薬物開発の新しい機会をもたらすことを可能にしたり、その安全性及び／又は効果に対する信頼度がより高いため、他の治療選択肢の中で薬物の徴候を区別することを可能にしたりする。
【００１２】
癌治療は、単一の薬物の投与若しくは治療、又は１つ以上の薬物の投与若しくは治療を含み得る。特定の実施形態では、癌治療は、プロテオソーム阻害剤を患者に投与することを含む。プロテオソーム阻害剤としては、ボルテゾミブ及び／又はボルテゾミブと類似の構造を有する化合物が挙げられる。ボルテゾミブと類似の構造を有するプロテオソーム阻害剤としては、米国特許第７，１１９，０８０号、同第６，７４７，１５０号、同第６，６１７，３１７号、同第６，５４８，６６８号、同第６，４６５，４３３号、同第６，２９７，２１７号、同第６，０８３，９０３号、同第５，７８０，４５４号、同第７，４２２，８３０号、同第７，１０９，３２３号、同第６，９５８，３１９号、同第６，７１３，４４６号、及び同第６，６９９，８３５号に開示されている化合物が挙げられる。
【００１３】
有害な神経学的事象は、末梢性感覚性ニューロパシー、神経痛、末梢性ニューロパシー（ＮＥＣ）であり得る。本発明の方法は、１つの神経学的事象のみのリスク増大、又は１つを超える神経学的事象のリスク増大を同定することができる。
【００１４】
リスク増大は、平均リスクに対する任意の増大であり得、任意の水準の治療に応答して有害な神経学的事象が発現するリスクの増大、治療の初期に有害な神経学的事象を発現するリスクの増大、又はより高用量の治療に応答して有害な事象を発現するリスクの増大を含む。リスク増大は、用量依存的であっても、用量非依存的であってもよい。
【００１５】
バイオマーカーの有無は、患者から生体サンプルを得、前記生体サンプルがバイオマーカーを含んでいるかどうかを判定することにより評価できる。本明細書で使用するとき、「生体サンプル」とは、被験体から単離された細胞又は生物学的流体等の、細胞又は組織物質を含有するか又はこれらからなるサンプルを指す。生体サンプルの例としては、例えば、痰、血液、血球（例えば、白血球）、羊水、血漿、血清、精液、唾液、骨髄、組織又は細針生検試料、尿、腹水、胸水及び細胞培養物（cell cultures）が挙げられる。生体サンプルはまた、組織学的目的のためにとられた凍結切片のような、組織の切片を含んでもよい。試験生体サンプルは、分析、モニタリング、又は観察の対象となっている生体試料である。対照生体サンプルは、試験生体サンプルに対するポジティブ又はネガティブコントロールのいずれかであることができる。対照生体サンプルは、試験生体サンプルと同種の関心組織、細胞及び／又は生物学的流体を含有することが多い。特定の実施形態では、生体サンプルは「臨床サンプル」であり、これはヒト患者由来のサンプルである。
【００１６】
本明細書で使用するとき、「含む」、「含有する」、「有する」及び「包含する」は、制限がなく非限定的な意味で用いられる。
【００１７】
「遺伝子型解析」とは、生物学的アッセイの使用により個体の遺伝子型を決定するプロセスを指す。これを行う現在の方法としては、ＰＣＲ、ＤＮＡシークエンシング、アンチセンスオリゴヌクレオチドプローブ、及びＤＮＡマイクロアレイ若しくはビーズへのハイブリダイゼーションが挙げられる。前記技術は、疾患に関連する遺伝子及び応答に関連する遺伝子を調べるための臨床研究で使用される。現在の技術的限界により、殆ど全ての遺伝子型解析は、不完全である。即ち、個体の遺伝子型のほんの一部しか決定されない。
【００１８】
「一塩基多型」（ＳＮＰ、スニップと発音される）は、ゲノム（又は他の共有配列）における一塩基Ａ、Ｔ、Ｃ、又はＧが、ある種のメンバー間で（又は個体の染色体対間で）異なるときに生じるＤＮＡ配列変異である。例えば、異なる個体の２つの配列決定されたＤＮＡ断片であるＡＡＧＣＣＴＡとＡＡＧＣＴＴＡでは、一塩基が異なっている。この場合、２つの対立遺伝子Ｃ及びＴが存在していると言われる。殆ど全ての一般的なＳＮＰは、２つの対立遺伝子のみを有する。
【００１９】
個体群内では、ＳＮＰにはマイナー対立遺伝子頻度−特定の個体群においてみられる遺伝子座において最も低い対立遺伝子頻度が割り当てられる場合がある。これは、単に、一塩基多型について２つの対立遺伝子頻度の低い方である。ヒト個体群間で変異が存在するので、１つの地理的又は民族的群に共通するＳＮＰ対立遺伝子が、別の群よりも稀である場合がある。
【００２０】
有害な神経学的事象のリスク増大と相関する本発明に係るバイオマーカーとしては、ｒｓ４５５３８０８；ｒｓ１４７４６４２；ｒｓ１２５６８７５７；ｒｓ１１９７４６１０；及びｒｓ１２６１３４が挙げられる。
【００２１】
この用途は、哺乳類の治療、及びヒト個体群のヒトゲノム内の遺伝子配列分散を含むホストの遺伝情報を利用する治療レジメンの選択の分野に関する。前記用途は更に、治療応答に影響を与える可能性のあるＤＮＡ配列の変異を同定する方法に関する。
【００２２】
本発明は、一般的に、哺乳類、特にヒトの遺伝子型に基づいて、疾患の適切な治療レジメンを同定する分野に関する。本発明は更に、薬物治療を含む治療に応答する患者間の変異の遺伝的基準に関する。具体的には、本発明は、薬物治療の効果及び安全性を最適化するための治療法の分野において有用な遺伝子配列分散の同定について記載する。これら分散は、ボルテゾミブ等の既に承認されている化合物の最適な使用の指導において有用であり得る。候補遺伝子（即ち、薬物の作用に妥当と思われる影響を及ぼし得る遺伝子）におけるＤＮＡ配列分散は、臨床試験において試験され、新規医薬製品の開発及び／又は既存の医薬製品のより有効な使用を改善するために有用な診断試験の確立を導く。遺伝分散の同定及び特定の患者に対する最適な治療法の選択における有用性の判定についても記載される。広くは、本発明は、治療効果、又は末梢性ニューロパシー等の副作用（即ち、安全性に関する問題を引き起こす総体的症状又はその他の望ましくない徴候若しくは症状）のいずれかで薬物治療に応答する患者集団のサブセットの同定に関する。
【００２３】
薬物の作用に関与している可能性のある遺伝子における遺伝子配列分散の同定は、遺伝分散が可変的薬物効果及び安全性の主な原因であるかどうかを判定するため、及び個々の患者において所与の薬物又は他の治療法が安全且つ有効であり得るかどうかを判定するために有用である。本発明では、治療に対する応答の差の予測に関連して有用であり得る遺伝子及び配列分散の同定が提供される。標的遺伝子及び分散は、例えば、特定の薬物の使用又は他の治療法を改良するための薬理ゲノミクス関連研究及び診断試験において有用である。
【００２４】
本発明の実施形態では、遺伝子の分散又は変異型は、薬物に対する特定の応答と関連している。遺伝子の特定の分散又は変異型の頻度は、薬物の投与に対する有効な応答の頻度に対応し得る。あるいは、遺伝子の特定の分散又は変異型の頻度は、薬物の投与から生じる有害な事象の頻度に対応し得る。あるいは、遺伝子の特定の分散又は変異型の頻度は、有益な又は有害な応答の頻度と密接に対応しない場合があるが、分散は、応答性又は毒性の高い患者のほんの一部のみを説明し得るので、応答性又は毒性の発生率の高い患者のサブセットを同定するために分散が有用である場合がある。このような場合、好ましい方針は、第１の分散によって有用に同定されない患者群を同定できる第２又は第３又は更なる分散を同定することである。
【００２５】
また、他の実施形態では、治療を選択する方法は、治療を除外する又は除くことを含み、この場合、少なくとも１つの分散の有無が、治療が無効又は禁忌であることの指標となる。他の好ましい実施形態では、特定の治療的処置により望ましくない副作用が生じる可能性がある場合、又は生じることが予測される場合、治療法の選択は、第１の治療及び第２の治療の両方を同定することを含んでもよく、ここで、第１の治療は、疾患又は状態を治療するのに有効であり、第２の治療は、第１の治療の有害な作用を低減する。
【００２６】
「治療を除く」又は「治療を除外する」という語句は、例えば、患者の細胞中の１つ以上の遺伝子における特定の分散の有無に基づいて特定の患者に用いるための可能な治療を対象から取り除く、又は治療の投与を中止することを指す。
【００２７】
通常、治療は、ある遺伝子型を有する患者において優先的に活性又は安全である化合物を投与することを伴い、ここで、この遺伝子は、本明細書において同定されるものである。投与は、化合物の組み合わせを含んでもよい。したがって、好ましい実施形態では、前記方法は、このような活性化合物又は化合物の組み合わせを同定することを伴い、ここで前記化合物又は化合物の組み合わせは、異なる型の遺伝子を有する患者に投与したとき、活性が低いか又は安全性が低いか又はこれらの両方である。
【００２８】
また、好ましい実施形態では、治療を選択する方法は、化合物、化合物の組み合わせ、又は医薬組成物を投与する方法を選択すること、例えば、好適な投与量レベル及び／又は投与頻度及び／又は投与方式を選択することを伴う。投与方法は、より良好な、好ましくは、最大の治療効果をもたらすよう選択することができる。この状況では、「最大」とは、考慮されるパラメータに基づいてほぼ極大であることを指し、絶対最大ではない。
【００２９】
更にこの状況では、「好適な投与量レベル」とは、薬理学的有効性と有害な作用との間の治療上合理的なバランスを提供する投与量レベルを指す。この投与量レベルは、特定の投与量レベルで薬物を投与することにより生じるピーク又は平均血清濃度に関連していることが多い。
【００３０】
同様に、「投与頻度」とは、治療が投与される特定の期間においてどのくらいの頻度であるかを指し、例えば、１日１回、２回、又は３回、１日おき、１週間に１回等である。薬物の場合、投与頻度は、一般的に、過剰な有害作用を引き起こすことなく、薬学的に有効な平均又はピーク血清濃度が得られる（自己投与される薬物の場合、好ましくは、同時に、合理的な患者のコンプライアンスを得ることができる）ように選択される。したがって、分別のある医師であれが特定の投与量レベルの投与頻度を減少させるように、そのような有害な作用なしに、可能な限り高い時間の割合に対して治療濃度域内に薬物の血清濃度を維持することが望ましい。
【００３１】
「遺伝子型」という用語は、被験体又は患者からのＤＮＡ中に存在する対立遺伝子を指し、ここで対立遺伝子は、特定の部位における核酸配列中に存在する特定のヌクレオチドにより定義することができる。遺伝子型は、ヒトの個体群において変動することが知られている単一多形部位に存在するヌクレオチドであることが多い。
【００３２】
少なくとも１つの分散の有無の検出は、本明細書において同定される遺伝子のうちの１つに対応する核酸配列又はそのような遺伝子産物とプローブとを接触させることを伴う。プローブは、例えば、異なる結合又はハイブリダイゼーションによって、遺伝子若しくは遺伝子産物の特定の形態、又は存在、又は特定の分散を区別することができる。
【００３３】
用語「遺伝子の変異型」、「遺伝子の形態」、又は「対立遺伝子」という用語は、集団内の遺伝子の１つの特定の形態、遺伝子の配列内の少なくとも１つの、しばしば１つ超の変異部位の配列における同遺伝子の他の形態とは異なる特定の形態を指す。遺伝子の異なる対立遺伝子間で異なるこれら変異部位の配列は、「遺伝子配列分散」又は「分散」又は「変異」と呼ばれる。「代替形態」とは、遺伝子配列内の少なくとも１つの、しばしば１つ超の変異部位において別個の分散を有することにより、他の対立遺伝子と区別することができる対立遺伝子を指す。
【００３４】
２つの対立遺伝子を比較するとき、ヒトのゲノム中には５００〜１，０００塩基ごとに約１塩基、ヒトゲノム中で分散が生じる。無関係の個体からの複数の対立遺伝子を比較するとき、異なる個体は、レファレンス配列と比較したとき異なる部位において配列分散を有することが多いので、変異部位の密度は上昇する。ほとんどの変異部位において、１つの塩基の別の塩基への置換、又は１つ以上のヌクレオチドの挿入／欠失を含む代替ヌクレオチドが２つだけ存在する。遺伝子内には、幾つかの変異部位が存在し得る。遺伝子又は代替対立遺伝子の変異型は、単一変異部位における代替分散の存在、又は異なる部位における幾つかの異なる分散の組み合わせ（ハプロタイプ）の存在により区別することができる。
【００３５】
遺伝分散又は遺伝子の変異型を「同定」することは、集団中に存在する分散を発見することを伴う。分散の同定は、疾患、状態、若しくは疾病素質、又は薬剤の効果若しくは安全性に関連することが既知である遺伝子の変異型を患者が有しているかどうかを判定する診断試験の開発に必要である。未だ発見されていない遺伝分散の同定は、診断試験で既知の分散の状態を「判定する」プロセス（遺伝子型解析と呼ばれることが多い）とは異なる。本発明は、本明細書に含まれ説明される遺伝子表に列挙される遺伝子の例示的分散を提供する。
【００３６】
本発明の状況では、「ハプロタイプ」という用語は、２つ以上の多型ヌクレオチドのシス配置、即ち、特定の染色体、例えば特定遺伝子上に存在する分散を指す。ハプロタイプは、多型ヌクレオチドの相、即ち、どの分散のセットが一方の親から遺伝し、どの分散が他方の親から遺伝するかということに関する情報を保存している。遺伝子型解析試験では、相に関する情報を得られない。例えば、ある遺伝子の２５番目のヌクレオチド（ＡとＣの両方が存在する）、また１００番目のヌクレオチド（ＧとＴの両方が存在する）がヘテロ接合性である個体は、ハプロタイプ２５Ａ−１００Ｇ及び２５Ｃ−１００Ｔ、あるいは、２５Ａ−１００Ｔ及び２５Ｃ−１００Ｇを有し得る。ハプロタイプ解析試験でのみ、これら２つの場合を明確に区別することができる。
【００３７】
本明細書で使用するとき、「分散」、「変異」及び「多型」という用語は、特に指定しない限り、一連の分散、ハプロタイプ、又は両方の混合物を指すこともある。更に、本明細書で使用するとき、単数形の分散、変異、又は多型という用語は、特に指定しない限りハプロタイプも包含する。この用法は、本出願を通して「．．．薬物応答と、１つの分散、複数の分散、１つのハプロタイプ、複数のハプロタイプ、又は分散及びハプロタイプの組み合わせとの間の相関を測定し．．．」といった煩わしい表現の必要性を最小限に抑えることを意図している。同様に、本明細書で使用するとき、「遺伝子型解析」という用語は、ある遺伝子上の１つ以上の分散の状態を判定する手順を意味し、ハプロタイプを含む一連の分散を含む。したがって「．．．患者の遺伝子型解析．．．」という句は、相が既知である一連の分散を含む１つ以上の分散の状態（即ち、ハプロタイプ）を決定することを意味する。
【００３８】
本発明の好ましい実施形態では、ある集団における遺伝子の分散又は変異型の頻度が既知である。当該技術分野で既知である頻度の尺度には、「対立遺伝子頻度」、即ち、１つの特定の分散又は一連の分散を有する集団内の遺伝子の割合が含まれる。任意の遺伝子に関する対立遺伝子頻度は合計すると１になるはずである。当該技術分野で既知の頻度の別の尺度は、「ヘテロ接合体頻度」、即ち、２つの対立遺伝子を保有するか、又はある遺伝子の特定の分散若しくは変異型の２つの形態（１つが各親から遺伝する）を保有する集団内の個体の割合である。あるいは、遺伝子の特定の形態についてホモ接合である個体数が有用な尺度となる場合がある。対立遺伝子頻度、ヘテロ接合体頻度及びホモ接合体頻度間の関係は、ハーディー−ワインベルグの等式で多くの遺伝子について報告されており、この等式は、平衡状態の自由に繁殖する集団における対立遺伝子頻度、ヘテロ接合体頻度及びホモ接合体頻度間の関係を提供するものである。ほとんどのヒトの分散は、実質的にハーディー−ワインベルグの平衡状態にある。
【００３９】
「集団」とは、限定的な個体群、又は特定の疾患若しくは症状を有する個体群、又は、これらに限定されないが、地理的、民族的、人種的、性別的、及び／又は文化的指標等により同定される特定の薬物により治療され得る個体を指す。ほとんどの場合、一集団は、好ましくは、少なくとも一万の、十万の、百万の、一千万の、又はそれ以上の個体を含み、人数が多いほどより好ましい。本発明の実施形態では、ある遺伝子の特定の分散又は変異型の対立遺伝子頻度、ヘテロ接合体頻度、又はホモ接合体頻度が既知である。本発明の好ましい実施形態では、治療に対する応答を予測し得る１つ以上の分散の頻度は、１つ以上の集団において診断試験を用いて決定される。
【００４０】
現時点において、特定の疾患若しくは症状、又は治療に対する応答と、遺伝子の特定の分散又は変異型との間の関係を明らかにするために集団全体について研究することは、一般的に現実的でないことを強調すべきである。このような研究は、疾患に罹患している集団を代表すると考えられる限定数の患者を用いる比較臨床試験で実施するのが好ましい。薬物開発プログラムは、一般的に、可能な限り大規模な集団を標的とするので、研究集団は一般に、男性及び女性からなり、更に臨床試験を実施する場所に依存して、様々な人種及び民族集団のメンバーからなる。このことは、集団の全てのセグメントにおける治療の効果を明らかにする上で重要である。
【００４１】
本明細書で使用するとき、「有効」及び「有効性」という用語は、薬理学的有効性及び生理学的安全性の両方を含む。薬理学的有効性とは、望ましい生物学的効果を患者にもたらす治療の能力を指す。生理学的安全性とは、治療の投与に起因する細胞、器官及び／又は生物体のレベルでの毒性又は他の有害な生理学的作用（副作用と呼ばれることが多い）の程度を指す。一方で「無効」という用語は、治療が、少なくとも層別化されていない集団において、たとえ有害作用がなくとも、治療上有用な十分な薬理学的効果をもたらさないことを示す（このような治療法は、１つ以上の配列分散又は対立遺伝子の存在により同定できる亜集団で無効な場合がある）。「効果が低い」とは、治療が治療的に有意に低い程度の薬理学的効果及び／又は治療的に大きな程度の有害な生理学的作用（例えば、より大きい肝毒性）をもたらすことを意味する。
【００４２】
したがって、ある薬物の投与に関して、ある疾患又は症状「に対して有効」である薬物とは、臨床的に適切な方法における投与が、少なくとも統計学的に有意な割合の患者に対して、例えば、症状の改善、治癒、疾病負荷の縮小、腫瘍塊の縮小又は細胞数の減少、寿命の延長、生活の質の改善、又は特定の種類の疾患若しくは症状の治療に慣れている医師が一般に肯定的であると認めている他の効果等の有益な効果をもたらすことを意味する。
【００４３】
有効性は特定の集団で測定される。従来の薬物開発では、集団は一般に、参加基準を満たす全ての被験者である（即ち治療される特定の種類の疾患又は症状を有する被験者）。遺伝的基準による研究集団の区分化が、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）等の薬物の投与が末梢性ニューロパシーを引き起こし得る可能性のある亜集団を同定する基盤を提供し得ることが本発明の１つの態様である。
【００４４】
「有害な作用」という用語は、医学的に望ましくないと考えられる、治療の投与によって引き起こされる患者の身体的作用を意味する。したがって、例えば、有害作用としては、中でも、疾患細胞のみが死ぬことが望ましい状況における正常に機能する細胞の死、吐き気、発熱、食物を保持する能力の欠落、脱水、例えば、不整脈、尿細管壊死、脂肪肝、又は心血管系、腎臓、肝臓、若しくは肺の不全に至る肺線維症などの重要な器官の損傷等、健康に有害である広範囲の毒性作用を挙げることができる。これに関して、「禁忌」という用語は、このような患者の治療を行う慎重な医師が、治療の実施が好適ではないとみなすような有害な作用を生じさせる治療を意味する。このような決定に至る主な要因としては、例えば、代替治療の利用可能性及び相対的な利点、治療を行わない場合の結果、並びに治療の有害作用の永続性を挙げることができる。
【００４５】
多くの治療法、例えば、特定の化合物又は化合物の組み合わせの投与が、患者に副作用又は他の有害作用をもたらす場合があることが認められている。このような作用は、特定の患者における治療法の使用を制限したり、更には除外したりすることもあるほか、不可逆的な損傷、機能不全、若しくは患者の死を引き起こす場合がある。したがって、特定の実施形態では、分散情報を用いて第１の治療法及び第２の治療法の両方を選択する。通常、第１の治療は、疾患若しくは症状、又はその症候に対して生理学的効果をもたらす一次治療である。第２の治療は、第１の治療の１つ以上の有害作用を緩和又は除去する、例えば、全身毒性又は一次治療の副作用を低減することを目的とする。したがって、例えば、第２の方法を用いて第１の治療の用量の増加又は期間延長を可能にしたり、第１の治療に耐性がないか、又は第２の治療法を行うことなく、第１の治療の有害作用を低減したり第１の治療の有効性を強化したりすることが禁忌である患者に対し、第１の治療を行うことを可能にすることができる。
【００４６】
上記態様と同様に、ある実施形態では、少なくとも１つの治療法は、疾患若しくは症状を有する少なくとも何人かの患者において有効な化合物の投与を伴い、少なくとも１つの分散の有無は、前記治療が患者において有効であることの指標となり、及び／又は少なくとも１つの分散の有無は、前記治療が患者において無効又は禁忌であることの指標となり、及び／又は治療は第１の治療であり且つ少なくとも１つの分散の有無が、第２の治療が第１の治療の有害な作用を低減したり有効性を強化するのに有用であることの指標となり、及び／又は少なくとも１つの治療は複数の治療方法である。複数の治療に関しては、好ましくは、選択は、任意の治療法が複数の治療法のうちの少なくとも他の１つよりも有効であるか否かを判定することを伴う。
【００４７】
別の態様において、本発明は、患者の細胞において上記のように同定された遺伝子における少なくとも１つの分散の有無を、遺伝子における分散のリストと比較することによって、疾患若しくは症状を治療する方法を投与するために患者を選択するための方法、又は治療の投与方法に関して患者を選択する方法を提供し、この少なくとも１つの分散の有無は、治療若しくは投与方法が患者において有効であることの指標となる。患者の細胞に少なくとも１つの分散が存在する場合、患者は、代替治療を考慮するために選択される。
【００４８】
別の態様において、本発明は、患者の疾患又は症状のための治療法に対する応答又は耐性の増強又は低減された患者のサブセットを同定する方法を提供する。前記方法は、複数の患者において上記態様で同定された１つ以上の遺伝子における１つ以上の分散を、治療法に対する応答と関連づけることを伴う。前記関連づけは、複数の患者において１つ以上の遺伝子における１つ以上の分散を決定し、前記分散それぞれの有無（単独で又は様々な組み合わせで）を治療に対する患者の応答、特に、末梢性ニューロパシーの発現と関連づけることによって実施してもよい。前記応答は、統計学的に有意であるべきである。末梢性ニューロパシーの証拠により実証される、１つ以上の分散の存在と治療に対する応答との間の正の相関は、前記治療がそれらの分散を有する患者群において特に無効であることの指標となる。このような情報は、例えば、特定の治療若しくは治療の投与方法に関して患者を選択するために、若しくは選択から外すために、又は治療若しくは治療法が特に有用若しくは禁忌である患者群が存在することを立証するために有用である。
【００４９】
好ましい実施形態では、患者の遺伝子型に従って患者の応答を治療と関連づけることは、例えば、記載される変異のいずれかに従って本明細書に記載されるように、臨床試験のデータを用いて実施される。
【００５０】
研究の主目標は、医療で与えられた患者の薬物応答を正確に予測するマーカーを同定することである。そのような個別の評価は、個人に合った治療を大いに促進することができる。このような性質のアプローチは、一般に使用される薬物が、多くの患者にとって効果がなく、また副作用が頻繁な、癌の治療及び療法で特に必要とされる。薬物応答は標的細胞に固有の特性及び宿主の代謝特性の両方を反映するため、患者の薬物感度を予測する能力は、特に困難である。
【００５１】
本明細書で引用する全ての刊行物は、参照することにより組み入れられるものとする。特に規定のない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者に一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
【実施例】
【００５２】
（実施例１）
治療前（スクリーニング）段階、非盲検治療段階、及び治療後段階の３段階からなる無作為化、非盲検、多施設治験を実施した。未だ治療されていない多発性骨髄腫の被験体約６８０人を、２つの治療群のうちの１つに無作為に割り付け、ベースラインのβ２−マイクログロブリン、ベースラインのアルブミン濃度、及び地域（北米、欧州、その他）に従って層別化した。被験体に、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）／メルファラン／プレドニゾン（ＶＭＰ）（治療群Ａ）又はメルファラン／プレドニゾン（ＭＰ）（治療群Ｂ）を投与した。治療群Ａの被験体に、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）１．３ｍｇ／ｍ2（４回の６週間サイクル中週２回［１週目、２週目、４週目、及び５週目］［１サイクル当り８投与］、続いて、５回の６週間サイクル中週１回［１週目、２週目、４週目、及び５週目］［１サイクル当り４投与］に加えて、メルファラン９ｍｇ／ｍ2及びプレドニゾン６０ｍｇ／ｍ2（各６週間サイクルの１日目〜４日目に１日１回）を投与した。治療群Ｂの被験体には、各６週間サイクルの１日目〜４日目に１日１回、メルファラン９ｍｇ／ｍ2及びプレドニゾン６０ｍｇ／ｍ2を９サイクル投与した。両群とも、最大９サイクル（５４週間）治療を続け、疾患が進行したり許容できないほどの治療に関連する毒性が生じた場合、又は被験体が同意を取り消した場合、治療を中断した。
【００５３】
試験の被験体からのＤＮＡサンプルをプレーティングし、液体処理ロボットを用いて≧５０ｎｇ／μＬの濃度に正規化した。次いで、プライマー伸長法に依存するＧｏｌｄｅｎＧａｔｅプラットフォームを用いて、遺伝子型解析のためにＤＮＡのプレートをＩｌｌｕｍｉｎａに移動した。各プレートには１つの盲検対照が含まれていた。対照は、二つ組のサンプルと、ＨａｐＭａｐデータを作成するために用いられたＣｏｒｉｅｌｌ  ＤＮＡ（Ｃｏｒｉｅｌｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、４０８  Ｈａｄｄｏｎ  Ａｖｅｎｕｅ、Ｃａｍｄｅｎ、ＮＪ）サンプル（これらサンプルについて公的に入手可能な遺伝子型のデータと比較することにより遺伝子型解析の正確性を立証するため）とからなっていた。
【００５４】
実施例に含まれる候補遺伝子は、遺伝性ニューロパシー、末梢性ニューロパシー、エネルギー生成及び速やかな軸索輸送、侵害受容及び痛覚伝達、神経発生並びに神経保護と既に関連づけられている。実施例において遺伝子型が解析された候補としては、ＡＣＣＮ２、ＡＣＥ、ＡＣＴＢ、ＡＣＴＧ１、ＡＣＴＲ１Ａ、ＡＣＴＲ１Ｂ、ＡＤＯＲＡ２Ａ、ＡＤＲＡ２Ｂ、ＡＧＴ、ＡＧＴＲ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＰＣ、ＡＲＰ１１、ＡＸＩＮ１、ＢＭＦ、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＣＡＣＮＡ１Ｂ、ＣＡＰＺＡ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＡＰＺＡ３、ＣＡＰＺＢ、ＣＤ８６、ＣＯＭＴ、ＣＴＬＡ４、ＣＴＮＮＢ１、ＣＴＳＳ、ＣＹＰ３Ａ４、ＣＹＰ３Ａ５、ＤＣＴＮ１、ＤＣＴＮ２、ＤＣＴＮ３、ＤＣＴＮ４、ＤＣＴＮ６、ＤＮＣＬ１、ＤＮＣＬ２Ａ、ＤＮＭ２、ＤＶＬ１、ＤＶＬ２、ＤＶＬ３、ＤＹＮＣ１Ｈ１、ＤＹＮＣ１Ｉ１、ＤＹＮＣ１Ｉ２、ＤＹＮＣ１ＬＩ１、ＤＹＮＣ１ＬＩ２、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＤＹＮＣ２ＬＩ１、ＤＹＮＬＬ２、ＤＹＮＬＲＢ２、ＥＣＧＦ１、ＥＧＲ２、ＦＧＤ４、ＦＩＧ４、ＧＡＲＳ、ＧＣＨ１、ＧＤＡＰ１、ＧＪＢ１、ＧＪＢ２、ＧＪＢ３、ＧＪＥ１、ＧＬＲＡ３、ＧＬＳ２、ＧＬＵＬ、ＧＳＫ３Ａ、ＧＳＫ３Ｂ、ＨＡＰ１、ＨＳＮ２、ＨＳＰＢ１、ＨＳＰＢ８、ＨＴＲ１Ｂ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＬ６、ＫＩＦ１Ａ、ＫＩＦ１Ｂ、ＫＩＦ３Ａ、ＫＩＦ３Ｂ、ＫＩＦ５Ａ、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＩＦ５Ｃ、ＬＩＴＡＦ、ＬＭＮＡ、ＭＡＰＫ１、ＭＡＰＫ１０、ＭＡＰＫ１１、ＭＡＰＫ１２、ＭＡＰＫ１３、ＭＡＰＫ１４、ＭＡＰＫ３、ＭＡＰＫ４、ＭＡＰＫ６、ＭＡＰＫ７、ＭＡＰＫ８、ＭＡＰＫ９、ＭＣ１Ｒ、ＭＦＮ２、ミトコンドリアゲノム、ＭＰＺ、ＭＴＭＲ２、ＮＤＲＧ１、ＮＥＦＬ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＧＦＢ、ＮＰＹ、ＮＲ１Ｉ２、ＮＴＲＫ１、ＯＰＲＤ１、ＯＰＲＫ１、ＯＰＲＬ１、ＯＰＲＭ１、ＰＬＰ１、ＰＭＰ２２、ＰＮＯＣ、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＧ２、ＰＯＮ１、ＰＲＰＳ１、ＰＲＸ、ＰＳＭＢ１、ＰＳＭＢ１０、ＰＳＭＢ２、ＰＳＭＢ３、ＰＳＭＢ４、ＰＳＭＢ５、ＰＳＭＢ６、ＰＳＭＢ７、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＰＴＧＥＲ１、ＰＴＧＥＲ２、ＰＴＧＥＲ３、ＰＴＧＥＲ４、ＰＴＧＳ１、ＰＴＧＳ２、ＳＢＦ２、ＳＣＮ３Ａ、ＳＣＮ９Ａ、ＳＨ３ＴＣ２、ＳＬＣ１２Ａ６、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＰＴＢＮ４、ＳＰＴＢＮ５、ＳＰＴＬＣ１、ＳＵＲＦ１、ＴＣＦ１、ＴＣＦ４、ＴＨ、ＴＮＦ、ＴＲＡＫ２、ＴＲＰＶ１、ＴＲＰＶ４、ＴＴＲ、ＶＩＰ、ＷＮＴ１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、及びＹＡＲＳが挙げられる。
【００５５】
以下の基準を全て満たす３６８人の被験体が分析に含まれていた：ＤＮＡ解析に同意した、付録１に列挙されるＳＮＰに関する遺伝子型のデータが使用可能であった、治療前及び少なくとも１サイクルのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）治療後に有害事象に関連する臨床データを有していた（神経学的事象を有するもの及び神経学的事象が生じずに治療が完了したものを含む）。これら３６８人の被験体は、治療群Ａ（１５４人の白人、２人の黒人、１０人のアジア人）、治療群Ｂ（１６８人の白人、４人の黒人、１２人のアジア人）及び治療を受けなかった１８人を含んでいた。
【００５６】
一次有害事象のエンドポイントは、末梢性ニューロパシーＮＥＣ、末梢性感覚性ニューロパシー、及び神経痛を含む、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）によって引き起こされる治療中に発現する末梢性ニューロパシーである。各特定の末梢性ニューロパシーのエンドポイントについて、帰無仮説では、この特定の治療中に発現する末梢性ニューロパシーに関連する、遺伝子型解析に成功したＳＮＰは存在しないものとした。各遺伝子型解析に成功したＳＮＰを試験して、この特定のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）治療中に発現する末梢性ニューロパシーを有する患者と有さない患者との間でこのＳＮＰの遺伝子型の分布に差が存在するかどうかを調べる。試験結果は、次に、多重度を補正するために遺伝子型解析に成功したＳＮＰの総数によって調整される。
【００５７】
二次有害事象のエンドポイントは、任意の末梢性ニューロパシーを発症するまでの時間、等級２以上の末梢性ニューロパシーを発症するまでの時間、及び等級３以上の末梢性ニューロパシーを発症するまでの時間を含む、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）によって引き起こされる治療中に発現する末梢性ニューロパシーが最初に発症するまでの時間である。各特定の発症までの時間のエンドポイントについて、帰無仮説では、この特定の治療中に発現する末梢性ニューロパシーの発症までの時間に関連する、遺伝子型解析に成功したＳＮＰは存在しないものとする。各遺伝子型解析に成功したＳＮＰについて、患者をこのＳＮＰの遺伝子型に従って層別化し、異なる遺伝子型の患者間で、任意の時点における治療中に発現する末梢性ニューロパシーの発症確率に差が存在するかどうかを調べるために試験する。試験結果は、次に、多重度を補正するために遺伝子型解析に成功したＳＮＰの総数によって調整される。一部の被験体は、末梢性ニューロパシーの多重発症、即ち、ＡＥの回復後に１つ以上の再発事象を有する。同一患者における多重発症の場合、「任意の等級のニューロパシー」の分析については、最初のニューロパシーまでの時間、及び特定の等級のニューロパシーまでの時間は、この特定の等級が報告された最初の日とみなした。
【００５８】
一連の品質管理（ＱＣ）工程を実施して、分析で用いられる遺伝子型のデータの品質を保証した。遺伝子型のデータの品質は、内部対照（二つ組）サンプルを用いて評価した。この研究から７人の被験体について遺伝子型解析を２回行った。二つ組のサンプル間の一致率は、１００％であった。この研究からの二つ組のサンプルのデータを、以下の方法で処理した。以下のルールによってデータをマージした：１）一致する遺伝子型のコール（call）を維持した。２）一方のサンプルが遺伝子型のコールを有していたが、他方のサンプルが欠損値（ＮＡ）を有していた場合、マージしたデータにコールされた遺伝子型を割り当てた。３）両方のサンプルが欠損値を有していた場合、マージしたデータは、欠損値を有していた。４）両方のサンプルが遺伝子型のコールを有しており、それらが互いに不一致である場合、マージしたデータに欠損値を割り当てた。
【００５９】
ＨａｐＭａｐデータ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈａｐｍａｐ．ｏｒｇ／）を作成するために用いられたＣｏｒｉｅｌｌ  ＤＮＡサンプルの遺伝子型のデータを、公的に入手可能な遺伝子型のデータと比較して、遺伝子型解析の正確性を立証した。Ｈａｐｍａｐ  ＣＥＵ被験体ＮＡ１２０４３を品質対照として遺伝子型解析した（ＩＤ：ＧＳ００３４３１４−ＤＮＡＨ１１＿Ｊ３６９、ＣＥＰＨ１３４６−１１）。１９２７個の非ｍｔＳＮＰについて遺伝子型解析が成功し、そのうち１９２１個は、Ｈａｐｍａｐプロジェクトにおいても遺伝子型解析された。これらのサンプル間の一致率は、９８．２３％であった。
【００６０】
遺伝子型のコール率が０．９未満であるサンプル、即ち、欠損遺伝子型データが１０％超であるサンプルは、後続の解析から除外した。全ての遺伝子型解析されたサンプルは、９５％超のコール率を有していた。したがって、欠損データが１０％超であるために除外されたサンプルはなかった。３人の被験体のサンプルは、複数回試みたが遺伝子型解析に成功しなかった。
【００６１】
ヒトミトコンドリアゲノムの６４個のタグ付けしているＳＮＰもこの解析に含まれていた。６４個のタグ付けしているＳＮＰを、９２８個の公的に入手可能なヨーロッパ人のミトコンドリアゲノム配列のアラインメントに基づいて選択して、１％超のＭＡＦ及び９個のハプログループを有する１４４個の一般的なミトコンドリアＳＮＰ（ｍｔＳＮＰ）を捕捉した（Ｓａｘｅｎａ，Ｒ．ら（２００６）「Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｔｅｓｔｉｎｇ  ｏｆ  ｃｏｍｍｏｎ  ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ  ＤＮＡ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｄｉｓｅａｓｅ」、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ７９：５４〜６１）。
【００６２】
サンプルの遺伝子型間のペアワイズ相関を計算して、疑わしいサンプルを同定した。２人の被験体が同一の遺伝子型を有するにもかかわらず、表現型のデータは不一致である場合、両方の被験体を後続の解析から除外した。Ｘ染色体のＳＮＰのヘテロ接合性を計算して、人口統計学的データを用いて性別の差異を同定した。３人の被験体は、性別制御遺伝子座解析下で差異を有していたので、解析から除外した。１人の更なる被験体が、Ｘ染色体ＳＮＰ（ｒｓ１２１１６３８２）においてヘテロ接合性ハプロイド遺伝子型を有することがＰＬＩＮＫにより同定され、これは潜在的な性別のエラーを示す。この被験体は、後続の解析から除外した。
【００６３】
品質管理対策及び人種による選別後、１３９人のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）で治療されたサンプルが解析に含まれていた。
【００６４】
（実施例２）
新たに多発骨髄腫であると診断された６５歳以下の患者において自家造血幹細胞移植（ＡＨＳＣＴ）前の誘導処理としての、ビンクリスチン／アドリアマイシン／デキサメタゾン（ＶＡＤ）とＶＥＬＣＡＤＥ（商標）／デキサメタゾンとを比較する無作為化、非盲検、多施設治験を実施した。約４８０人の患者がこの研究に含まれていた。被験体は、診断時に以下の４つの誘導処理群のうちの１つに無作為化された：
・Ａ１ＶＡＤ（４サイクル）
・Ａ２ＶＡＤ（４サイクル）、続いて、デキサメタゾン／シクロホスホミド／エトポシド／シスプラチナム（ＤＣＥＰ）（２サイクル）
・Ｂ１ＶＥＬＣＡＤＥ＋デキサメタゾン（４サイクル）
・Ｂ２ＶＥＬＣＡＤＥ＋デキサメタゾン（４サイクル）、続いてＤＣＥＰ（２サイクル）
【００６５】
無作為化は、初期β２マイクログロブリン濃度（＞又は≦３ｍｇ／Ｌ）及び蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）分析によって同定された１３番染色体異常の存在に基づいて層別化された。誘導処理後（群Ａ１及びＢ１）、又は圧密（consolidation）処理後（群Ａ２及びＢ２）、全ての患者にＡＨＳＣＴを行った。
【００６６】
１７２個の非ミトコンドリア遺伝子における２０１６個のＳＮＰの遺伝子型解析のために、４７０個のサンプルをＩｌｌｕｍｉｎａに移動させた。４７０個のサンプルのうち、２９個のサンプルはＨａｐｍａｐ対照被験体であり（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈａｐｍａｐ．ｏｒｇ／）、３個のサンプルは、ベルギーの家族に由来する対照被験体であり、別の４個は、品質管理のための実施例１のサンプルである。したがって、この研究から合計４３４人の独特の被験体が存在していた（Ａ１群１０３人、Ａ２群１０５人、Ｂ１群１１１人、Ｂ２群１１１人、及び未処理４人）。
【００６７】
遺伝子型解析のデータセットは、遺伝子型解析の品質の対照としてＨａｐｍａｐプロジェクトから２９個のサンプルを含んでいた。１９３９個の遺伝子型解析されたＳＮＰのうち、１９３４個が対応するＨａｐｍａｐデータを有していた。遺伝子型のコールを比較すると、２９個のサンプルが９９．６３％の平均一致率を有していた。しかし、一対のＳＮＰ（ｒｓ５６９９及びｒｓ９２６１０３）は、Ｈａｐｍａｐデータとデータセットとの間の一致率がほぼ０％であり、これは、これらＳＮＰにおいて潜在的な遺伝子型解析のエラーを示す。データの品質を管理するために、Ｈａｐｍａｐデータと処理データセットとの間で＜９０％の一致率を有する８個のＳＮＰを関連解析から除去した。
【００６８】
品質管理及び選別後、２１２人のＶＥＬＣＡＤＥで治療された被験体が、非ｍｔＳＮＰに対する関連解析に含まれていた。
【００６９】
（実施例３）
０．０１未満のマイナー対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）のＳＮＰは、後続の解析から除外したが、その理由は、遺伝子型解析コールを作成するために用いられるクラスタリングアルゴリズムの正確性が、非常に低いマイナー対立遺伝子頻度のＳＮＰでは比較的低いためである。実施例１の解析全体においてコール率が９０％未満であるＳＮＰは１１個存在しており、これらを除外した。残りのＳＮＰのうち、２６個のＳＮＰは、０．０１未満のＭＡＦを有しており、これらを除外した。ハーディー−ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）試験を実施した。ハーディー−ワインベルグ平衡からの有意な偏差は、均質集団における潜在的な遺伝子型解析のエラーを示す場合がある。しかし、ＨＷＥからの軽度の偏差は、研究のエンドポイントとの正の関連を示す場合がある。実施例１の研究では、白人の被験体でＨＷＥ試験を実施したが、その理由は、彼らが、本明細書において報告される研究の最も大きな均質集団を形成しているためである。ｐ値が０．０５／２０００未満であるＨＷＥから逸脱しているＳＮＰは、後続の解析から除外した。実施例１の研究からの５個のＳＮＰはＨＷＥ試験に失敗したので、これらは除外した。付録１は、試験したＳＮＰ、遺伝子型の状態、コール率、ＭＡＦ、ＨＷＥ試験のＰ値、及び最終的な統計分析状態の全てのセットを列挙する。ＳＮＰレベルのＱＣ後、１８８５個の非ｍｔＳＮＰを関連解析のために保持した。
【００７０】
実施例２の研究の被験体から遺伝子型解析された２０１６個の非ｍｔＳＮＰのうち、１９３９個のＳＮＰの遺伝子型解析に成功した。コール率が９０％未満であるＳＮＰが６個存在していたので、除外した。残りのＳＮＰのうち、１１個のＳＮＰは、０．０１未満のマイナー対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）を有していたので、除外した。２１２人のＶＥＬＣＡＤＥで治療された白人被験体に対して実施されたＨＷＥ試験に失敗した（Ｐ＿ＨＷＥ＜０．０５／２０００）実施例２の研究からの６個のＳＮＰが存在していたので、これらを除外した。２０１６個のＳＮＰのアノテーションを、遺伝子型の状態、コール率、ＭＡＦ、ＨＷＥ試験のＰ値、及び最終的な統計分析状態と共に付録１に列挙する。ＱＣ後、１９０８個の非ｍｔＳＮＰが関連解析に含まれていた。
【００７１】
各非ｍｔＳＮＰについて、関連解析中に３つのゲノミックモデル：相加的、優性、及び劣性を試験した。研究した全ての非ｍｔＳＮＰは、メジャー対立遺伝子（Ａ）とマイナー対立遺伝子（Ｂ）とを有する二対立遺伝子ＳＮＰである。優性モデルは、遺伝子型ＡＡの被験体と遺伝子型ＡＢ又はＢＢの被験体とを比較する。劣性モデルは、遺伝子型ＡＡ又はＡＢの被験体と遺伝子型ＢＢの被験体とを比較する。相加的モデルは、Ｂが０コピーである被験体（ＡＡ）と、Ｂが１コピーである被験体（ＡＢ）及びＢが２コピーである被験体（ＢＢ）とを比較する。１％超のＭＡＦを閾値として用いて、品質管理プロセス中にＳＮＰを選別した。この解析には、以下が含まれている：１）優性モデルの場合、少なくとも４人のＡＢ／ＢＢ被験体のＳＮＰのみが解析される、２）劣性モデルの場合、少なくとも４人のＢＢ被験体のＳＮＰのみが解析される、３）相加的モデルの場合、少なくとも４人のＢＢ被験体、又は少なくとも４人のＡＢ被験体及び０人のＢＢ被験体のＳＮＰのみが解析される。この選別後、解析用に、相加的モデルには合計１４４５個の解析用ＳＮＰが含まれ、優性モデルには１８８５個のＳＮＰが含まれ、劣性モデルには１１３６個のＳＮＰが含まれていた。実施例２のＳＮＰの場合、関連解析中に３つのゲノミックモデルを試験し、１％超のマイナー対立遺伝子頻度を閾値として用いて、品質管理プロセス中にＳＮＰを選別した。この条件下で、各ＳＮＰが有するＢ対立遺伝子の最低数は５であるが、その理由は、２１２×２×１％＝４．２４であるためであり、これは、３つの可能性のある遺伝子型分布：１）２０７  ＡＡ、５  ＡＢ、０  ＢＢ、２）２０８  ＡＡ、３ＡＢ、１ＢＢ、３）２０９  ＡＡ、１  ＡＢ、２  ＢＢのうちのいずれか１つであり得る。この解析には、以下が含まれている：１）優性モデルの場合、少なくとも５人のＡＢ／ＢＢ被験体のＳＮＰのみが解析される、２）劣性モデルの場合、少なくとも５人のＢＢ被験体のＳＮＰのみが解析される、３）相加的モデルの場合、少なくとも５人のＢＢ被験体、又は少なくとも５人のＡＢ被験体及び０人のＢＢ被験体のＳＮＰのみが解析される。この選別後、解析用に、相加的モデルには１４４１個の解析用ＳＮＰが含まれ、優性モデルには１９０８個のＳＮＰが含まれ、劣性モデルには１２５９個のＳＮＰが含まれていた。
【００７２】
実施例１の研究で解析された６４個のタグ付けしているｍｔＳＮＰは全て、＞９０％のコール率を有していた。この遺伝子型ｍｔＳＮＰの遺伝子型情報を用いて、Ｓａｘｅｎａ及び共同研究者（Ｓａｘｅｎａら（２００６）、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、ｖｏｌ．７９、ｐａｇｅｓ  ５４〜６１）によって記載された方法に従って、他の８０個の一般的なｍｔＳＮＰ及び９個のハプログループの遺伝子型を補完した。ＳＮＰレベルの品質管理及びこの選別プロセス後、６２個のｍｔＳＮＰを関連解析用に維持した。僅かに高いＭＡＦ閾値（０．０１の代わりに０．０２５）をｍｔＳＮＰに用いたことに留意すべきであるが、その理由は、ｍｔＳＮＰがヘテロ接合性遺伝子型を形成せず、遺伝子型ＢＢの被験体に対して遺伝子型ＡＡの被験体を解析したためである。遺伝子型を解析し、補完したｍｔＳＮＰの一覧を、付録１に列挙する。ミトコンドリアＳＮＰと末梢性ニューロパシーの分類との間に有意な関係は存在しなかったので、実施例２のデータセットの遺伝子型解析は行わなかった。
【００７３】
分位数−分位数プロット（Ｑ−Ｑプロット）は、統計の順序値と特定の理論的分布の分位数とを比較するためのグラフデータ解析方法である。大規模な候補遺伝子関連研究では、結果を可視化するために関連についてのｐ値のＱ−Ｑプロットを用いることが多い。このようなプロットでは、−ｌｏｇ１０に変換されたｐ値を順番に並べ、次いで、−ｌｏｇ１０に変換された一様分布の分位数に対してプロットする。対象エンドポイントに関連するＳＮＰが存在しないという帰無仮説下では、ｐ値は、一様分布に従うべきであり、Ｑ−Ｑプロットは、予測される線上にのるはずである。極めて右側の裾における予測される線からのＱ−Ｑプロットの逸脱は、有意な関連を示す場合があるが、Ｑ−Ｑプロットの大部分の逸脱は、遺伝子型解析のエラー又は集団層別化等の潜在的なデータエラーを示す場合がある。エンドポイントのそれぞれについて、優性モデルにχ2試験を用いて初期解析を実施し、Ｑ−Ｑプロットを用いてデータの潜在的問題を同定した。
【００７４】
実施例１における１３９人のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）で治療された白人被験体では、１８８５個の非ｍｔＳＮＰに対する、優性モデルを用いた対象となる３つの有害事象（末梢性感覚性ニューロパシー、末梢性ニューロパシー、ＮＥＣ、及び神経痛）のそれぞれについてのχ2試験のＱ−Ｑプロットは、データに明らかな遺伝子型解析の問題が存在しないことを示した。観察されたＰ値は、一般的に、予測Ｐ値よりも大きい（−ｌｏｇ１０目盛では小さい）が、予測Ｐ値の９５％信頼区間に入る。しかし、幾つかの観察されたＰ値は、−１０ｌｏｇ目盛上の９５％信頼区間の下限から外れる。これは、比較的検出力の小さい、この解析を用いた小さなサンプルサイズと一致する。
【００７５】
実施例１における１３９人のＶＥＬＣＡＤＥで治療された白人被験体の人口統計学的及びベースラインの特徴を表１及び２に要約する。「地域」を除いて、薬理ゲノミクス研究に含まれる１３９人の被験体のサブセットと、実施例１の研究のＶＭＰ群における３４０人の被験体との間にこれらベースラインの特徴の有意な差は存在しなかったが、その理由は、非白人被験体を薬理ゲノミクス（ＰＧｘ）コホートにおいて除外したためである。
【００７６】
【表１】
0005775064.tif 000002
【００７７】
【表２】
0005775064.tif 000003
【００７８】
表３及び４に示すように、実施例２における２１２人のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）で治療された被験体の人口統計学的情報及びベースラインの特徴を、実施例１における１３９人のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）で治療された白人の被験体と比較した。被験体の年齢、身長、ＢＭＩ、ベースラインのβ−マイクログロブリン、ベースラインのアルブミン、ベースラインのクレアチニンクリアランス、ニューロパシー及び糖尿病歴における有意な差が、実施例１の１３９人の被験体と実施例２の２１２人の被験体との間でみられた。
【００７９】
【表３】
0005775064.tif 000004
*両側ｔ検定により得られたＰ値
【００８０】
【表４】
0005775064.tif 000005
*カイ二乗検定により得られたＰ値
【００８１】
全ての統計分析検定は、特に明記しない限り、５％の有意水準（両側（2-tailed））で解釈した。単一遺伝子座（ＳＮＰ）関連試験のためのボンフェローニ調整及び複数遺伝子座（ハプロタイプ）関連試験のための無作為置換（１０００回）を用いて多重検定補正を実施した。
【００８２】
個々のＳＮＰとＶＥＬＣＡＤＥ（商標）治療中に発現する末梢性ニューロパシー事象との関連を、ＳＡＳのロジスティック回帰を用いて遺伝子型、優性、及び劣性モデルに基づいて実施した（ＰＲＯＣ  ＬＯＧＩＳＴＩＣ、ＳＡＳ、ｖ．９．１）。各末梢性ニューロパシーサブグループ内のサンプルは、ＡＥ発症数、有害事象の最大ＮＣＩ毒性等級、可逆性、及び有害事象の持続期間に従って更に層化することができる。年齢、性別、人種、国籍、ベースライン時の神経系疾患の毒性等級、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の有害事象の臨床研究において決定される末梢性ニューロパシーのリスク要因等のベースライン時の人口統計学的データを共変数として用いた。ボンフェローニ調整を用いて多重検定補正を実施した。
【００８３】
ＨｅｌｉｘＴｒｅｅ（ＨｅｌｉｘＴｒｅｅ，ｖ．６．２）におけるロジスティック回帰モジュールを用いてハプロタイプトレンド回帰に基づいてハプロタイプ関連分析を実施した。末梢性ニューロパシーと同じ染色体上の２〜４個の近接するＳＮＰにより形成されるハプロタイプの関連を、共変数として年齢、性別、人種、国籍、及び進行中のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）有害事象臨床研究で決定される末梢性ニューロパシーのリスク要因を用いて試験した。ＨｅｌｉｘＴｒｅｅの期待値最大化（ＥＭ）アルゴリズムを用いてハプロタイプ頻度を推定した。全てのマーカーの並べ替え（１０００回）により多重検定補正を実施した。各並べ替え中、各サンプルについて群の標識（例えば、神経痛の有無）を無作為に並べ替えた。並べ替えた群の標識に基づいてハプロタイプ関連試験を実施した。ハプロタイプマーカーが元のデータセットよりも並べ替えたデータセットにおいてより有意なＰ値を有していた頻度を、並べ替えによって調整されたＰ値として用いた。
【００８４】
一次エンドポイントは、対象となる３つの有害事象のそれぞれの発症を含んでいた：末梢性感覚性ニューロパシー（６８症例／７１対照）、末梢性ニューロパシーＮＥＣ（７２症例／６７対照）、神経痛（５９症例／８０対照）、及び前記３つの有害事象のうちのいずれか１つの任意の発生（ＡＥ３：８４症例／５５対照）。患者を症例（対象となる有害事象のうちいずれかが発症している）及び対照（対象となる有害事象がない）に分類した。表５に示すように、薬理ゲノミクスサブセットの１３９人の選択された被験体における対象となる有害事象の発症頻度は、実施例１のＶＥＬＣＡＤＥで治療された群と類似していた。
【００８５】
【表５】
0005775064.tif 000006
【００８６】
実施例１と実施例２との間の一致について、回帰モデルは、以下を含む所定の共変数を全て含んでいた：年齢、性別、ベースライン時のｂ２−マイクログロブリン、ベースライン時のアルブミン、体表面積（ＢＳＡ）、肥満度指数（ＢＭＩ）、参加時のニューロパシー状態（感覚性ニューロパシー又は運動性ニューロパシーのいずれか）、ベースライン時における糖尿病状態、及びベースライン時におけるクレアチニンクリアランス（４群に分類：＜３０ｍＬ／分、≧３０且つ≦５０ｍＬ／分、＞５０且つ≦８０ｍＬ／分、＞８０ｍＬ／分）。
【００８７】
閾値としてＡＰ＝０．０５／（１８８５＋６２）＝２．５７Ｅ−５を用いて多重試験のためのボンフェローニ補正を行った後、１８８５個の非ｍｔＳＮＰ及び６２個のｍｔＳＮＰはいずれも、実施例１で試験された有害事象のエンドポイントのいずれかの発症と任意の有意な関連を示さなかった。誤発見率（ＦＤＲ）＜０．０５による補正を多重試験の閾値として用いたところ、ＳＮＰは、試験した有害事象のうちいずれかの発生とは有意な関連を示さなかった。
【００８８】
ＨｅｌｉｘＴｒｅｅ（ＨｅｌｉｘＴｒｅｅ  ｖ．６．２）におけるロジスティック回帰モジュールを用いてハプロタイプトレンド回帰に基づいてハプロタイプ関連分析を実施した。末梢性ニューロパシーと同染色体上の２〜４個の近接する非ｍｔＳＮＰにより形成されるハプロタイプの関連を試験した。ＨｅｌｉｘＴｒｅｅの期待値最大化（ＥＭ）アルゴリズムを用いてハプロタイプ頻度を推定した。全てのマーカーの並べ替え（１０００回）により多重検定補正を実施した後、試験したハプロタイプはいずれも、研究下の有害事象のエンドポイントのいずれかと任意の有意な関連（Ｐ−並べ替え＜０．０５）を示さなかった。
【００８９】
個々のＳＮＰとＶＥＬＣＡＤＥで治療中に発症した末梢性ニューロパシー事象の発症時との関連付けを、ログランク検定及びＳＡＳ（ＰＲＯＣ  ＬＩＦＥＴＥＳＴ及びＰＲＯＣ  ＰＨＲＥＧ、ＳＡＳ  ｖ．９．１）におけるＣｏｘ回帰を用いて、遺伝子型解析、優性及び劣性モデルに基づいて実施した。年齢、性別、人種、国籍、ベースライン時における神経系疾患の毒性等級、進行中のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）有害事象臨床研究において決定される末梢性ニューロパシーのリスク要因等の、ベースライン時における人口統計学的データを、Ｃｏｘ比例ハザードモデルの共変数として試験した。ボンフェローニ調整を用いて多重検定補正を実施した。
【００９０】
試験した二次エンドポイントは、任意の末梢性ニューロパシーの発症までの時間（７２事象／６７打ち切り）、等級２以上の末梢性ニューロパシーの発症までの時間（５０事象／８９打ち切り）、及び等級３以上の末梢性ニューロパシーの発症までの時間（２１事象／１１８打ち切り）を含んでいた。ロジスティック回帰で用いられる共変数と同じセットを、エンドポイントそれぞれについてＣｏｘ比例ハザードモデルの共変数として用いた。
【００９１】
閾値としてＰ＝０．０５／（１８８５＋６２）＝２．５７Ｅ−５を用いて多重試験のためにボンフェローニ補正を行った後、１つのＳＮＰ（遺伝子ＣＴＬＡ４のｒｓ４５５３８０８）が、劣性モデルにおける末梢性ニューロパシーの発症までの時間と有意な関連を示した（ワルド３型試験Ｐ＝１．６８Ｅ−６、ＦＤＲ＝０．００１９）。比例検定は、Ｃｏｘ回帰の比例仮説がこのモデルによって妨げられないことを示した。ｒｓ４５５３８０８のマイナー対立遺伝子のホモ接合性遺伝子型（ＧＧ）を有する患者は、マイナー対立遺伝子を１又は０コピーしか含まない（ＡＡ／ＡＧ）患者よりも末梢性ニューロパシーの発症が早い傾向があり、これら被験体の発症までの中央時間は、８９．５日に比べて３６日であった。データセットの中でＧＧ遺伝子型を有していた患者は６人しかいなかった。その全てが、実施例１の研究中何らかのレベルの末梢性ニューロパシーを有していた：２人の被験体は、最高等級１の末梢性ニューロパシーを有し、２人は最高等級２の末梢性ニューロパシーを有し、また２人の被験体は、最大等級３の末梢性ニューロパシーを有していた。ＶＥＬＣＡＤＥで治療されなかった群のｒｓ４５５３８０８の遺伝子型がＧＧである５人の被験体は、いずれも、治験中任意の末梢性ニューロパシーを有していなかった。
【００９２】
単一マーカーと末梢性ニューロパシーの発症時におけるＶＥＬＣＡＤＥの累積投与量との関連について試験した。このエンドポイントについて、ｒｓ４５５３８０８は、わずかに有意な関連を示した。ｒｓ４５５３８０８のマイナー対立遺伝子のホモ接合性遺伝子型（ＧＧ）を有する患者は、マイナー対立遺伝子を１又は０コピーしか含まない（ＡＡ／ＡＧ）患者よりも、低累積投与量のＶＥＬＣＡＤＥ（商標）において末梢性ニューロパシーを発症する傾向があり、これら被験体の発症までの中央時間は、１８．８ｍｇ／ｍ2に対し８．４５ｍｇ／ｍ2であった。
【００９３】
ＰＳＭＢ１遺伝子の１つのＳＮＰであるｒｓ１４７４６４２は、ボンフェローニ補正後の劣性モデルにおけるレベル２以上の末梢性ニューロパシーの発症までの時間と有意な関連を示した。閾値としてＦＤＲ＜０．０５を用いる場合、別のＳＮＰ、ＣＴＳＳのｒｓ１２５６８７５７も有意な関連を示した。比例検定は、Ｃｏｘ回帰の比例仮説がこのモデルによって妨げられないことを示した。
【００９４】
エンドポイントとしてレベル２以上の末梢性ニューロパシーの発症までのＶＥＬＣＡＤＥの累積投与量を用いたところ、ｒｓ１４７４６４２及びｒｓ１２５６８７５７は、わずかに有意な関連を示した。しかし、別のＳＮＰ、ＤＹＮＣ１Ｉ１のｒｓ９１６７５８は、優性モデルにおいてレベル２以上の末梢性ニューロパシーの発症までのＶＥＬＣＡＤＥの累積投与量と有意な関連を示した：ワルド３型検定Ｐ＝６．１４Ｅ−６、ＦＤＲ＝０．０１２。
【００９５】
ｒｓ１４７４６４２のマイナー対立遺伝子のホモ接合性遺伝子型（ＧＧ）を有する患者は、マイナー対立遺伝子を１又は０コピーしか含まない（ＡＡ／ＡＧ）患者よりもレベル２以上の末梢性ニューロパシーの発症が早い傾向があり、これら被験体の発症までの中央時間は、１０９日に対し２６日であった。一方、発症時までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の中央累積投与量は、２２．１ｍｇ／ｍ2に対し６．９ｍｇ／ｍ2であった。ホモ接合性遺伝子型ＧＧを有する患者は４人であった。そのうち２人の被験体が最高等級３の末梢性ニューロパシーを有し、１人が等級２の末梢性ニューロパシーを有し、１人は、治験中末梢性ニューロパシーを有していなかった。実施例１の研究のＭＰ治療群では、１４２人の遺伝子型解析に成功したＭＰ治療を受けた白人被験体のうちの６人が、ｒｓ１４７４６４２の遺伝子型ＧＧを有していた。これら被験体はいずれも、治験中に任意の末梢性ニューロパシーを有していなかった。
【００９６】
同様に、ｒｓ１２５６８７５７のマイナー対立遺伝子のホモ接合性遺伝子型（ＧＧ）を有する患者は、マイナー対立遺伝子を１又は０コピーしか含まない（ＡＡ／ＡＧ）患者よりも等級２以上の末梢性ニューロパシーの発症が早い傾向があり、発症までの中央時間は、１１３日に対し８８日であった。一方、発症時までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の中央累積投与量は、２３．２ｍｇ／ｍ2に対し１８．４ｍｇ／ｍ2であった。ＧＧ遺伝子型の患者は３９人存在していた：１０人は等級３の末梢性ニューロパシーを有し、１１人は等級２、６人は等級１であり、１２人は、治験中末梢性ニューロパシーを有していなかった。実施例１の研究のＭＰ治療群では、１４２人の遺伝子型解析に成功したＭＰ治療を受けた白人被験体のうちの３９人が、ｒｓ１２５６８７５７の遺伝子型ＧＧを有していた。しかし、そのうち２人だけが、治験中末梢性ニューロパシーを有し、１人は等級１、もう１人は等級２であった。
【００９７】
ｒｓ９１６７５８のマイナー対立遺伝子１又は２コピー有する（ＡＧ／ＧＧ）患者は、マイナー対立遺伝子を含まない（ＡＡ）患者よりもレベル２以上の末梢性ニューロパシーの発症が早い傾向があり、発症までの中央時間は、１０９日に対し７５日であった。一方、発症時までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の中央累積投与量は、２３．２ｍｇ／ｍ2に対し１６．６ｍｇ／ｍ2であった。ＡＧ／ＧＧ遺伝子型の患者は３２人存在していた：８人は等級３の末梢性ニューロパシーを有し、９人は等級２、２人は等級１であり、１３人は、治験中末梢性ニューロパシーを有さなかった。実施例１の研究のＭＰ治療群では、１４２人の遺伝子型解析に成功したＭＰ治療を受けた白人被験体のうちの３３人が、ｒｓ９１６７５８の遺伝子型ＡＧ／ＧＧを有していた。しかし、そのうち２人だけが、治験中等級１の末梢性ニューロパシーを有していた。
【００９８】
ＳＮＰはいずれも、ボンフェローニ補正後に等級３以上の末梢性ニューロパシーの発症までの時間と有意な関連を示さなかった。しかし、閾値としてＦＤＲ＜０．０５を用いた場合、１つのＳＮＰ、遺伝子ＧＪＥ１のｒｓ１１９７４６１０は、有意な関連を示した。エンドポイントとして等級３以上の末梢性ニューロパシーの発症までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の累積投与量を用いたところ、ｒｓ１１９７４６１０は、わずかに有意な関連を示した。ｒｓ１１９７４６１０のマイナー対立遺伝子のホモ接合性遺伝子型（ＡＡ）を有する患者は、マイナー対立遺伝子を１又は０コピーしか含まない（ＧＧ／ＧＡ）患者よりも等級３以上の末梢性ニューロパシーの発症が早い傾向があり、発症までの中央時間は、１１３日に対し９７日であった。一方、発症時までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の中央累積投与量は、２４．７ｍｇ／ｍ2に対し１７．６ｍｇ／ｍ2であった。遺伝子型ＡＡの患者は６人であった。そのうち４人が最高等級３の末梢性ニューロパシーを有しており、２人は、治験中末梢性ニューロパシーを有していなかった。実施例１の研究のＭＰ治療群では、１４２人の遺伝子型解析に成功したＭＰ治療を受けた白人被験体のうちの５人が、ｒｓ１１９７４６１０の遺伝子型ＡＡを有していた。そのうち１人だけが、治験中等級２の末梢性ニューロパシーを有していた。
【００９９】
ｒｓ４５５３８０８、ｒｓ１４７４６４２、及びｒｓ１１９７４６１０のマイナー対立遺伝子のホモ接合性遺伝子型を有する被験体は、重複していなかった。しかし、遺伝子型ＧＧのｒｓ１２５６８７５７を有する３９人の被験体の中で、２人はｒｓ４５５３８０８がＧＧであり、１人はｒｓ１４７４６４２がＧＧであり、３人はｒｓ１１９７４６１０がＡＡであった。同定されたマーカーを２コピー有する６人の被験体全てが、実施例１の研究中末梢性ニューロパシーを発症した。遺伝子型ＡＧ／ＧＧのｒｓ９１６７５８を有する３２人の被験体のうち、１６人はｒｓ１２５６８７５７もＧＧであり（そのうち１１人が末梢性ニューロパシーを発症した）、２人は、ｒｓ４５５３８０８もｒｓ１２５６８７５７もＧＧであり、１人は、ｒｓ１４７４６４２もｒｓ１２５６８７５７もＧＧであり、１人は、ｒｓ１１９７４６１０がＡＡ、ｒｓ１２５６８７５７がＧＧであり、１人は、ｒｓ１４７４６４２がＧＧであった。
【０１００】
様々なレベルの末梢性ニューロパシーの発症時間、又は実施例１における末梢性ニューロパシーの発症までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の累積投与量のいずれかと有意な関連を示す５つのＳＮＰは、実施例２の研究により検証された。末梢性ニューロパシー事象の発症率（末梢性ニューロパシー、感覚異常、及び知覚異常を含む）は、実施例２では実施例１の５１．８％と同程度の４４．８％である（Ｐ＝０．２４）。解析結果を表６に要約する。関連検定の未処理ｐ値に基づいて、実施例１で同定された有意な関連は、いずれも実施例２では再現されなかった。しかし、ｒｓ４５５３８０８は、劣性モデルにおいて末梢性ニューロパシーの発症までの時間との関連において同じ傾向を示した（ワルド３型Ｐ値＝０．１３８）。ｒｓ４５５３８０８のマイナー対立遺伝子の均質な遺伝子型（ＧＧ）を有する患者は、マイナー対立遺伝子を１又は０コピーしか含まない（ＡＡ／ＡＧ）患者よりも末梢性ニューロパシーの発症が早い傾向があり、発症までの中央時間は、７０日に対し６８日であった。ｒｓ９１６７５８も比較的に低い関連Ｐ値（ワルド３型Ｐ値＝０．１１３）を有していたにもかかわらず、傾向は、実施例１でみられたものと逆であった。
【０１０１】
【表６】
0005775064.tif 000007
【０１０２】
実施例２における１９０８個のＳＮＰ全てにおいて様々なレベルの末梢性ニューロパシーの発症までの時間と、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の累積投与量との関連を試験した。ボンフェローニを用いた多重検定補正の後、有意な関連は同定されなかった（０．０５／１９０８＝２．６２Ｅ−０５）。実施例２における一次エンドポイントを１９０８個の遺伝子型解析されたＳＮＰ全てにおいて試験した：末梢性感覚性ニューロパシー（８症例／２０４対照）、末梢性ニューロパシーＮＥＣ（４４症例／１６８対照）、神経痛（９症例／２０３対照）、及び前記３つの有害事象のうちのいずれか１つの任意の発生（ＡＥ３：５１症例／１６１対照）。１つのＳＮＰ（遺伝子ＴＣＦ４のｒｓ１２６１１３４）は、ＦＤＲ調整による多重検定補正後、相加的モデルにおいて対象となる有害事象のうちのいずれか１つの発症と有意な関連を示した。
【０１０３】
本発明者らは、劣性モデルにおいて様々なレベルの末梢性ニューロパシーの発症までの時間と有意な関連を示した４つのＳＮＰ（ＣＴＬＡ４のｒｓ４５５３８０８、ＰＳＭＢ１のｒｓ１４７４６４２、ＣＴＳＳのｒｓ１２５６８７５７、及びＧＪＥ１のｒｓ１１９７４６１０）を同定した。これらＳＮＰも、劣性モデルにおいて末梢性ニューロパシーの発症までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の累積投与量とわずかに有意な関連を示した。別のＳＮＰ、ＤＹＮＣ１Ｉ１のｒｓ９１６７５８は、実施例１の優性モデルにおいて等級２以上の末梢性ニューロパシーの発症までのＶＥＬＣＡＤＥ（商標）の累積投与量と有意な関連を示した。しかし、それは、末梢性ニューロパシーの発症までの時間と有意な関連を有していなかった。これらの関連は、ＶＥＬＣＡＤＥ（商標）治療に関するが、その理由は、ＭＰ治療群で同定されたマーカーを有する被験体が、０又は非常に低い頻度の、治験中の末梢性ニューロパシーの発症を有していたためである。これらの関連はいずれも実施例２において再現されなかった。１つのＳＮＰ、ｒｓ４５５３８０８は、実施例２において末梢性ニューロパシーの発症までの時間との関連と同じ傾向を示した（Ｐ＝０．１３８）。
【０１０４】
【表７−１】
0005775064.tif 000008
【０１０５】
【表７−２】
0005775064.tif 000009
【０１０６】
【表７−３】
0005775064.tif 000010
【０１０７】
【表７−４】
0005775064.tif 000011
【０１０８】
【表７−５】
0005775064.tif 000012
【０１０９】
【表７−６】
0005775064.tif 000013
【０１１０】
【表７−７】
0005775064.tif 000014
【０１１１】
【表７−８】
0005775064.tif 000015
【０１１２】
【表７−９】
0005775064.tif 000016
【０１１３】
【表７−１０】
0005775064.tif 000017
【０１１４】
【表７−１１】
0005775064.tif 000018
【０１１５】
【表７−１２】
0005775064.tif 000019
【０１１６】
【表７−１３】
0005775064.tif 000020
【０１１７】
【表７−１４】
0005775064.tif 000021
【０１１８】
【表７−１５】
0005775064.tif 000022
【０１１９】
【表７−１６】
0005775064.tif 000023
【０１２０】
【表７−１７】
0005775064.tif 000024
【０１２１】
【表７−１８】
0005775064.tif 000025
【０１２２】
【表７−１９】
0005775064.tif 000026
【０１２３】
【表７−２０】
0005775064.tif 000027
【０１２４】
【表７−２１】
0005775064.tif 000028
【０１２５】
【表７−２２】
0005775064.tif 000029
【０１２６】
【表７−２３】
0005775064.tif 000030
【０１２７】
【表７−２４】
0005775064.tif 000031
【０１２８】
【表７−２５】
0005775064.tif 000032
【０１２９】
【表７−２６】
0005775064.tif 000033
【０１３０】
【表７−２７】
0005775064.tif 000034
【０１３１】
【表７−２８】
0005775064.tif 000035
【０１３２】
【表７−２９】
0005775064.tif 000036
【０１３３】
【表７−３０】
0005775064.tif 000037
【０１３４】
【表７−３１】
0005775064.tif 000038
【０１３５】
【表７−３２】
0005775064.tif 000039
【０１３６】
【表７−３３】
0005775064.tif 000040
【０１３７】
【表７−３４】
0005775064.tif 000041
【０１３８】
【表７−３５】
0005775064.tif 000042
【０１３９】
【表７−３６】
0005775064.tif 000043
【０１４０】
【表７−３７】
0005775064.tif 000044
【０１４１】
【表７−３８】
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【０１４２】
【表７−３９】
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【０１４３】
【表７−４０】
0005775064.tif 000047
【０１４４】
【表７−４１】
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【０１４５】
【表７−４２】
0005775064.tif 000049
【０１４６】
【表７−４３】
0005775064.tif 000050
【０１４７】
【表７−４４】
0005775064.tif 000051
【０１４８】
【表７−４５】
0005775064.tif 000052
【０１４９】
【表８−１】
0005775064.tif 000053
【０１５０】
【表８−２】
0005775064.tif 000054