【事件の表示】
　特許第２７１４０６８号「遺伝子操作による百日ぜきトキシンの無毒化」の特許に対する特許異議の申立てについて、次のとおり決定する。
【結　論】
　訂正を認める。
　特許第２７１４０６８号の請求項１ないし１９に係る特許を維持する。
【理　由】
１．手続の経緯
　特許第２７１４０６８号は、昭和６３年１１月２４日（パリ条約による優先権主張、１９８７年１１月２４日、イギリス）に出願され、平成９年１０月３１日に設定登録され、その後、カイロン　コーポレイションから特許異議の申立てがなされ、取消理由通知がなされ、その指定期間内に訂正請求がなされたものである。
　
２．訂正の適否
２ー１　訂正の内容
（ａ）特許請求の範囲の請求項１に記載の
「……………百日ぜきホロトキシン変異体であって、
　以下に示すアミノ酸の置換の少なくとも１つを含むことを特徴とする変異体。
ａ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ９であり、これがＬＹＳ９またはＨＩＳ９に置換されたもの。
ｂ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ５８であり、これがＧＬＵ５８で置換されたもの。
ｃ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９、ＧＬＮ１２９またはＡＳＮ１２９で置換されたもの。」を
「……………百日ぜきホロトキシン変異体であって、
　前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有することを特徴とする変異体。」と訂正する。
（ｂ）特許請求の範囲の請求項９に記載の
「……………で発現する能力を有するボルデテラ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）株であって、以下に示すアミノ酸の置換の少なくとも１つを含むことを特徴とするボルデテラ株。
ａ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ９であり、これがＬＹＳ９またはＨＩＳ９に置換されたもの。
ｂ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ５８であり、これがＧＬＵ５８で置換されたもの。
ｃ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９、ＧＬＮ１２９またはＡＳＮ１２９で置換されたもの。」を
「……………で発現する能力を有するボルデテラ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）株であって、
前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有することを特徴とするボルデテラ株。」と訂正する。
（ｃ）特許請求の範囲の請求項１２に記載の
「……………とを有する百日ぜきホロトキシン変異体の製造方法であって、
以下に示すアミノ酸の置換の少なくとも１つを含むことを特徴とする変異体の製造方法。
ａ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ９であり、これがＬＹＳ９またはＨＩＳ９に置換されたもの。
ｂ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ５８であり、これがＧＬＵ５８で置換されたもの。
ｃ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９、ＧＬＮ１２９またはＡＳＮ１２９で置換されたもの。」を
「……………とを有する百日ぜきホロトキシン変異体の製造方法であって、前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有することを特徴とする変異体の製造方法。」と訂正する。
（ｄ）特許請求の範囲の請求項１６に記載の　
「…………変異百日ぜきｔｏｘオペロンであって、以下に示すアミノ酸の置換の少なくとも１つを含むことを特徴とする変異百日ぜきｔｏｘオペロン。ａ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ９であり、これがＬＹＳ９またはＨＩＳ９に置換されたもの。
ｂ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＡＲＧ５８であり、これがＧＬＵ５８で置換されたもの。
ｃ．前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９、ＧＬＮ１２９またはＡＳＮ１２９で置換されたもの。」を
「……………変異百日ぜきｔｏｘオペロンであって、
前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有することを特徴とする変異百日ぜきｔｏｘオペロン。」と訂正する。
（ｅ）１）明細書第７頁１５行に記載の「ｒａｃｃｉｎｅ」を「ｖａｃｃｉｎｅ」に訂正する。
２）同第９頁２０行にある「Ｐｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓ」の記載を「Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ」に訂正する。　
３）同第１７頁５行にある「置換され、」の記載を「置換された」に訂正する。」　
４）同第１７頁１２行にある「Ｎｏｃｏｓｉａ」の記載を「Ｎｉｃｏｓｉａ」に訂正する。　
５）同第１７頁１６行にある「（Ｌｏｃｕｓ）は、」の記載を「（Ｌｏｃｕｓ）］は、」に訂正する。　
６）同第２８頁１２〜１３行にある「エレトロポレーション（Ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ）」の記載を「エレクトロポレーション（Ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ）」に訂正する。　
７）同第４８頁１４行にある「λｇ＋１１」の記載を「λｇ１１」に訂正する。　
８）同第５５頁１０行にある「Ｎａｃｌ」の記載を「ＮａＣｌ」に訂正する。　
９）同第５７頁１０行にある「（（Ｍ１３ｍｐ１８／Ｓ１）」の記載を「（Ｍ１３ｍｐ１８／Ｓ１）」に訂正する。
１０）同第６２頁１５行にある「Ｓｋｂ」の記載を「５ｋｂ」に訂正する。
１１）同第８５頁９行にある「と及び」の記載を「及び」に訂正する。
１２）同第８５頁１３行にある「を示す」の記載を「示す」に訂正する。
　
２−２　訂正の目的の適否、新規事項の有無、及び拡張・変更の存否　
　上記（ａ）〜（ｄ）の訂正は、特許請求の範囲の請求項１、９、１２及び１６に記載のアミノ酸の置換を少なくとも１つ含む変異体について、前記置換を１２９番目のアミノ酸であるＧＬＵ１２９のＧＬＹ１２９での置換に限定したものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、上記（ｅ）の１）〜１１）の訂正は、誤記や不明りょうな記載の釈明を目的とするものである。
　そして、１２９番目のアミノ酸であるＧＬＵ１２９のＧＬＹ１２９での置換については、訂正前の明細書の実施例１１及び１２等に基づく表１ａ、表１ｂ、表２にＧＬＹ１２９を有する変異体が記載されていることから、願書に添付した明細書に記載した事項の範囲内のものであり、また実質的に特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではない。
　
２−３　独立特許要件の判断
　後述の「特許異議申立てについて」に記載した理由により、訂正後の請求項１〜１９に係る発明は、独立して特許を受けることができるものである。
　
２−４　むすび
　以上のとおりであるから、上記訂正請求は、特許法第１２０条の４第２項及び同３項で準用する同法第１２６条第２項から第４項の規定に適合するので、当該訂正を認める。
　
３．特許異議申立てについて
３−１　訂正明細書の請求項に係る発明について
　訂正明細書の請求項１〜１９に係る発明は、その特許請求の範囲の請求項１〜１９に記載された事項により特定されるとおりのものと認められるところ、請求項１に係る発明は、次のとおりのものである。
「【請求項１】百日ぜきホロトキシン変異体であって、該ホロトキシンが、天然百日ぜきホロトキシン中の少なくとも１つのアミノ酸をコードする少なくとも１つのコドンを部位指定突然変異により変異させた遺伝子によってコードされたものであり、該部位指定突然変異が前記少なくとも１つのアミノ酸の削除または置換を生じさせるものであり、かつ前記天然百日ぜきホロトキシンの免疫的防御性を維持しつつ残存毒性を前記天然百日ぜきホロトキシンの１％以下に遺伝学的に解毒するものである百日ぜきホロトキシン変異体であって、前記少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有することを特徴とする変異体。」（以下、本件発明という。）　
　
３−２　異議申立ての理由の概要　
　異議申立人　カイロン　コーポレイションは、下記に示す甲第１号証〜甲第９号証を提出して、（１）訂正前の請求項１〜１９に係る発明は、特願昭６３ー５０７４６０号の先願明細書（甲第１号証参照）又は特願昭６３ー２７６３２２号の先願明細書（甲第２号証参照）に記載された発明と同一であるから、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることがでいない、また（２）訂正前の請求項１〜１９に係る発明は、甲第３号証〜甲第７号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、同法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、
旨主張している。
                  　　　　　　記
　甲第１号証　特表平４ー５０１０５１号公報
　甲第２号証　特開平１ー１６５３７０号公報
　甲第３号証　Ｐｉｚｚａ，Ｍ．ら、Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　　　　　　（１９８８，Ｏｃｔｏｂｅｒ）８５（２０）：７５２１ー７５　　　　　　　２５
　甲第４号証　Ｒａｐｐｕｏｌｉ，Ｒ．ら、Ｃｈｉｍｉｃａｏｇｇｉ（１９　　　　　　　８７年５月）４６ー４８
　甲第５号証　Ｌｏｃｈｔ，Ｃ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８６）２３２：　　　　　　　１２５８ー１２６４
　甲第６号証　Ｎｉｃｏｓｉａ，Ａ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．　　　　　　　Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８６）８３：４６３１ー４６３５
　甲第７号証　Ｂｌａｃｋ，Ｗ．Ｊ．ら、”Ｂａｃｔｅｒｉａｌ　Ｖａｃｃ　　　　　　　ｉｎｅｓ　Ａｎｄ　Ｌｏｃａｌ　Ｉｍｍｕｎｉｔｙ”ーＡｎ　　　　　　　ｎ．Ｓｃｌａｖｏ（１９８６）ｎ．１−２，ｐｐ．１７５
　　　　　　　ー１８２
　甲第８号証　Ｂｌａｃｋ，Ｗ．Ｊ．ら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ　Ａｎｄ　Ｉ　　　　　　　ｍｍｕｎｉｔｙ（１９８７年１０月）５５：２４６５ー２４　　　　　　　７０
　甲第９号証　英国出願第８７２７４８９号（本件特許の出願の優先権主張　　　　　　　の基礎となる英国出願）
　
３−３　甲各号証記載事項
　特願昭６３ー５０７４６０号の先願明細書１（甲第１号証）には、以下に示す事項が記載されている。
ア．「９．（ａ）毒素中和レベルの抗体を誘発することが可能で、（ｂ）毒素反応原性と関連する酵素活性を含まない生物学的活性を有することを特徴とするボルデテラ属菌外毒素Ｓ１サブユニットのアナログ。」（特許請求の範囲の請求項９）
イ．「１３．前記Ｓ１サブユニットが両端のバリン及びプロリンを含むバリン７からプロリン１４までの領域のＳ１サブユニットの部位特異的突然変異を含むことを特徴とする請求項１２に記載のアナログ。」（特許請求の範囲の請求項１３）
ウ．「１５．アルギニン９がリジンで置換されていることを特徴とする請求項１４に記載のアナログ」（特許請求の範囲の請求項１５）
エ．「１６．前記ボルデテラ属菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）外毒素が、百日咳菌（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、……………から成るグループから選択されることを特徴とする請求項９に記載のアナログ。」（特許請求の範囲の請求項１６）
オ．「１９．（ａ）毒素中和レベルの抗体の誘発が可能で、（ｂ）毒素反応原性と関連する酵素活性を含まない生物学的活性を有するボルデテラ属菌外毒素の遺伝子工学的に作製されたサブユニットＳ１を含む改良ワクチン。」（特許請求の範囲の請求項１９）
カ．「２９．前記遺伝子工学的に作製されたサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５が、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、酵母菌（Ｓ．ｃｅｒｉｖｉｓｉａｅ）、……………から成るグループから選択された組換え宿主中で非融合タンパク質として発現されることを特徴とする請求項１９に記載の改良ワクチン。」（特許請求の範囲の請求項２９）
キ．「本発明は、少なくともＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ外毒素のサブユニットＳ１をコード化する部分、あるいは上記部分の断片又は誘導体より成る組換えＤＮＡ分子を提供するが、ここで上記部分あるいは断片又は誘導体は、（ａ）毒素中和水準抗体を引き出す（誘発する）ことができ、（ｂ）実質的に反応原性成分を含まない生物学的活性を有するポリペプチドをコード化する。ポリペプチドＳ１サブユニット又はそのサブユニット類似体はｐｅｒｔｕｓｓｉｓ毒性に対して免疫防御を提供する際に重要であることが公知の主要エピトープより成る。毒素中和水準の抗体はｐｅｒｔｕｓｓｉｓ毒性に対する免疫防御を示す。部位特異性変異誘発により実質的には酵素的に不活性であるサブユニットＳ１の類似体が生じる。遺伝子的処理を施したＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ外毒素のＳ１サブユニット及びこのサブユニットの類似体は、ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ疾患防止に使用するための組換えＤＮＡ由来サブユニットワクチン物質を提供する。Ｓ１サブユニット及びその類似体は、単独又はサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５、並びにその混合物と併用して、ワクチン産物を提供し得る。サブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５はＢ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓから精製可能であるか、もしくは融合又は非融合産物として組換えにより得られる。」（公報４頁左上欄１６行〜右上欄１６行）
ク．「図２に示されるようにＥ．ｃｏｌｉにおけるサブユニットＳ１、Ｓ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５の高レベル組換え発現は、直接、非融合手段により達成される。」（公報５頁右上欄６行〜８行）
  特願昭６３ー２７６３２２号の先願明細書２（甲第２号証）には、以下に示す事項が記載されている。
ケ．「１　抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチドにおいて、アミノ酸１から１８０までのＳ１領域における１又はそれ以上の部位で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくＳ１の毒性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有することを特徴とする、免疫活性ポリペプチド。」（特許請求の範囲の請求項１）コ．「２　請求項１記載のものにおいて、百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５の少なくとも１つを含有してなる、免疫活性ポリペプチド。」（特許請求の範囲の請求項２）
サ．「７　請求項１記載のものにおいて、Ｓ１領域の１２９位グルタミン酸がグルシンで置換されてなる、免疫活性ポリペプチド。」（特許請求の範囲の請求項７）
シ．「１２　請求項１記載のポリペプチドの製法において、
ａ）ＤＮＡ分子の１又はそれ以上の位置において、所定のアミノ酸をコードづけする塩基配列を所望のアミノ酸をコードづけする塩基配列で置換することによって抗百日咳毒素のサブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を直接変異誘発により変性させ、
ｂ）該変性サブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントをクローニングベクターに結合させてハイブリッドプラスミドを構成し、
ｃ）前記行程ｂ）で得られたハイブリッドプラスミドによって宿主微生物を形質転換させ、
ｄ）炭素源、窒素源及び無機塩の存在下、適切な培地中で形質転換微生物を培養し、
ｅ）培地又は菌体から、変性サブユニットＳ１を含有するポリペプチドを採取すること、
を特徴とする、免疫活性ポリペプチドの製法。」（特許請求の範囲の請求項１２）
ス．「１９　請求項１記載のポリペプチドの少なくとも１を治療上の有効量で含有してなる抗百日咳ワクチン。」　（特許請求の範囲の請求項１９）
セ．「変性サブユニットＳ１に加えてＰＴサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５の少なくとも１つを含有するポリペプチドが好適である。……………このような好適なポリペプチドは、ＰＴオペロン内に含有されるＳ１をコードづけする遺伝子を変性させ、変性サブユニットＳ１及びサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５の１又はそれ以上を含有するポリペプチドをコードづけするプラスミド（変性Ｓ１遺伝子はその領域を含有する）を構成せしめることによって調製される。」（公報７頁左欄１６行〜右欄８行）
ソ．「このハイブリッドプラスミドを使用して、大腸菌、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓｕｂｔｉｌｉｓ）及び酵母の中から選ばれる宿主微生物を形質転換させた。」（公報６頁右下欄７〜９行）
　甲第３号証には、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットに関し、Ｓ１サブユニットのＧｌｕ（１２９）をグリシンやアスパラギン酸に置き換えた場合に、Ｓ１サブユニットの有する毒性に関与するＡＤＰーリボシルトランスフエラーゼ活性を低減できる旨記載されている。
  甲第４号証には、「Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現されるＳ１サブユニットは、野生型毒素と同じ酵素活性を維持しているので、我々は今や、部位指定突然変異誘発により、非機能性タンパク質をコードする遺伝子を得るために、この遺伝子における変異を導入し得る。次いで、このような遺伝子は、ＰＴオペロン中に導入され、このＰＴオペロンは百日ぜき類毒素（ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ　ｔｏｘｏｉｄ）を発現する。この百日ぜき類毒素は、百日ぜき毒素と免疫学的に同一であるが、毒性を有さず、百日ぜきに対する新たなワクチンの構築のための基礎を形成する。」（４８頁右欄下から１４行〜１行）と記載されている。
  甲第５号証には、百日ぜき毒素をコードする遺伝子のヌクレオチド配列、及び推定アミノ酸配列が記載され、そこにはさらに「クローン化および配列決定された百日ぜき毒素遺伝子は、百日ぜきに対する効率的かつより安全なワクチンの開発を容易にする。類似の生化学的機能を有する他の毒素遺伝子に対する比較により、そしてＳ１サブユニット中のＡＤＰーリボシレーションまたはサブユニットＳ２〜Ｓ４中の標的細胞結合のいずれかの活性部位の物理的同定により、今や、それらの部位を、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓゲノムの部位指定突然変異誘発により改変することが可能である。これらの改変は、百日ぜき毒素の病理生物学的活性を、その免疫原性および防御性を害することなく、なくし得る。」（第１２６３頁中央欄下から７行〜右欄７行）と記載されている。
  甲第６号証には、百日ぜき毒素をコードする遺伝子のヌクレオチド配列、及び推定アミノ酸配列が記載され、そこにはさらに「解毒されたＰＴは、百日ぜきに対する新たな無細胞ワクチンの良好な候補である。遺伝子操作による毒素遺伝子の操作は、多量の解毒されたタンパク質を産生するための方法であり得る。」（第４６３１頁右欄１２行〜１５行）、及び「ヌクレオチド配列は完全に異なるが、コレラ毒素のフラグメントＡおよびＰＴのＳ１サブユニットのアミノ酸配列は、２つのタンパク質のアミノ末端にクラスターした相同なアミノ酸残基を含む（図７）。これらは、同じＮＡＤ基質を異なるタンパク質標的のＡＤＰーリボシレーションのために用いる。このことは、２つのタンパク質の相同性領域がＮＡＤと相互作用する領域であり得ることを示唆する。」（第４６３５頁２７行〜３４行）と記載されている。
　甲第７号証には、「我々は、百日ぜき毒素オペロンの制御を、直接Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａにおいて解析した。我々のアプローチは、以下のいくつかの工程を包含した：第１に、毒素遺伝子をＥ．ｃｏｌｉ中にクローン化する工程；第２に、クローン化したＤＮＡを利用してインビトロにおいてｐｔｘ変異を構築する工程；次に、この変異を、対立遺伝子交換（Ｓｔｉｂｉｔｚら、１９８６）により、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ染色体中に適切な遺伝子座で組換える工程；および最後に、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ変異株を毒素サブユニット生合成について解析する工程。……………その結果、我々はまた、ｐｔｘ遺伝子座を遺伝的に規定した。従って、我々は、毒素サブユニット遺伝子に関連する特定の遺伝子座を、ｐｔｘＡ（Ｓ１）、ｐｔｘＢ（Ｓ２）、ｐｔｘＣ（Ｓ３）、ｐｔｘＤ（Ｓ４）、およびｐｔｘＥ（Ｓ５）ということができる（図１）。」（第１８１頁１行〜９行）、及び「Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓをモデル系として利用して、我々はここに、何が、病原体の免疫防御的成分の研究への一般的なアプローチであるかを示した。我々は、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ染色体を遺伝子操作し、そして病原性および免疫防御に関連する特徴を変化させることが可能であることを示した。最後に、病原性または免疫原性に関与する成分（および関連する遺伝子配列）の特異的領域の知見は、至適に免疫原性であるが、非毒性であるワクチンの生成に導く、特異的な変異を作製する手段を提供する。」（第１８１頁１行〜９行）と記載されている。
  甲第８号証には、「Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ　ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ毒素変異体の構造及び性質」との表題の下に、「これらのＢ．ｐｅｒｔｒｕｓｓｉｓ株を利用して百日咳毒素の生合成を研究した。Ｓ１遺伝子における極性変異は、全細胞抽出物中の検出可能なＳ２及びＳ４サブユニットの欠損を導いた。このことは、これらの遺伝子のポリシストロン性配置を意味する。Ｓ４遺伝子の変異が、Ｓ２サブユニットを検出し得なくするのに対して、Ｓ５サブユニット遺伝子における変異は、断ち切られたＳ１サブユニットを導き、毒素サブユニット間の物理的な関係が安定したサブユニットの生合成に直接反映されることを示唆する。」（第２４６５頁、要約）と記載されている。
　
３ー４　対比・判断
（１）２９条の２違反について
ｉ）先願明細書１には、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニット中の少なくとも１つのアミノ酸をコードする少なくとも１つのコドンを部位特異的突然変異により変異させた遺伝子によってコードされた実質的に毒性のない百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットのアナログが記載されているが、前記部位特異的突然変異については、「………両端のバリン及びプロリンを含むバリン７からプロリン１４までの領域のＳ１サブユニットの部位特異的突然変異を含む………」（上記イの記載事項参照）及び「………アルギニン９がリジンで置換されている………」（上記ウの記載事項参照）と記載されているのみで、本件発明において特定する「ＧＬＵ１２９がＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有する」ことについては何も記載されていない。
　してみると、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットのアナログと他の４つのサブユニット（Ｓ２〜Ｓ５）を用いて組み立てられた複合体構造を有する組立完成体、即ち百日ぜきホロトキシン変異体が先願明細書１に実質的に記載されているかどうか検討するまでもなく、本件発明は、先願明細書１に記載された発明と同一であるということはできない。
　また、訂正後の請求項２〜１９に係る発明は、いずれも「ＧＬＵ１２９がＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有する」ことを必須の構成要件とする発明であるから、本件発明と同様に、先願明細書１に記載された発明と同一であるということはできない。
ｉｉ）先願明細書２には、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニット中の少なくとも１つのアミノ酸をコードする少なくとも１つのコドンを直接変異誘発により変性させた遺伝子によってコードされた実質的に毒性のない百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットを含有する免疫活性ポリペプチドが記載され、そこには前記直接変異誘発によりＳ１サブユニット領域の１２９位のグルタミン酸をグルシンで置換することも記載されている。
　これらの記載からみて、少なくとも１つのアミノ酸がＧＬＵ１２９であり、これがＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有する、免疫防御性を有しつつ遺伝学的に解毒された百日ぜきトキシン変異体は、先願明細書２に記載されているといえる。
　しかしながら、上記百日ぜきトキシン変異体が各サブユニット（Ｓ１〜Ｓ５）を用いて組み立てられた複合体構造を有する組立完成体、即ち百日ぜきホロトキシン変異体であるか否かについて、先願明細書２には明確な記載がないので、以下この点について検討する。
　本件特許明細書の記載によれば、本件発明においては、免疫防御性を有しつつ遺伝学的に解毒された百日ぜきトキシンの変異体をコードする変異百日ぜきトキシンオペロンを、百日ぜきトキシン生産能が欠失したボルデテラ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）株に導入し、該ボルデテラ株を形質転換させるという過程を経ることにより、初めて免疫防御性を有しつつ遺伝学的に解毒された百日ぜきホロトキシン変異体を遺伝子工学的手法により製造することを可能にしたものである。
　これに対して、先願明細書２には、変性サブユニットＳ１及びサブユニットＳ２〜Ｓ５を含有するポリペプチドを遺伝子工学的手法で製造できる旨が抽象的に記載されているが（上記セの記載事項参照）、先願明細書２に具体的に開示されているのは、変性Ｓ１サブユニットを含む百日ぜきトキシン変異体を大腸菌で発現させた例のみであるから、上記セに記載のポリペプチドの製造においては、宿主微生物として大腸菌を用いて上記ポリペプチドを発現させると解するのが自然である。
　しかしながら、特許権者が審査段階で提出した参考資料（Ａｎｎ．Ｓｃｌａｖｏ，１９８６，Ｎｏ．１−２，１８３ー１８９）には、百日ぜきトキシンのオペロンの大腸菌宿主中での発現に関し、各サブユニット（Ｓ１〜Ｓ５）の発現は可能であったが、各サブユニットからのホロトキシン（ｏｌｉｇｏｍｅｒｉｃ　ｐｒｏｔｅｉｎ）の組立までには至らなかった旨記載され、また、本件特許明細書には、宿主微生物として百日ぜきトキシン生産能が欠失したボルデテラ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）株を用いることにより、初めて百日ぜきホロトキシン変異体を発現させることに成功した旨記載され、これらを併せ考えると、先願明細書２の上記セの記載を根拠に百日ぜきホロトキシン変異体が先願明細書２に記載されているとすることはできない。
　してみると、本件発明は、先願明細書２に記載された発明と同一であるということはできない。
　また、訂正後の請求項２〜１９に係る発明は、いずれも「百日ぜきホロトキシン変異体」を必須の構成要件とする発明であるから、本件発明と同様に、先願明細書２に記載された発明と同一であるということはできない。
　
（２）２９条２項違反について
　甲第３号証には、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットの１２９番目のグルタミン酸をグリシンに置き換えることにより、Ｓ１サブユニットの有する毒性に関与するＡＤＰーリボシルトランスフエラーゼ活性を低減できることが記載されている。
　ところで、甲第３号証は、本件特許の優先権主張日である１９８７年１１月２４日以降かつ本件特許の日本国への出願日である１９８８年１１月２４日以前に頒布された刊行物である。したがって、甲第３号証は、本件特許の優先権主張の基礎となった英国出願第８７２７４８９号の明細書に開示されていない事項についてのみ、本件特許に係る出願の先行技術になる。
　そこで、上記英国出願第８７２７４８９号の明細書（甲第９号証参照）をみると、該明細書には、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットの１２９番目のグルタミン酸をグリシンに置き換えることにより、Ｓ１サブユニットの有する毒性に関与するＡＤＰーリボシルトランスフエラーゼ活性を除去できることが記載されていることから、かかる事項について、本件特許に係る出願は、優先権の利益を享受できるものであり、甲第３号証の上記事項は、本件特許に係る出願の先行技術とはならない。
　また、甲第４号証には、百日ぜきトキシンのＳ１サブユニットをコードする遺伝子に部位指定突然変異を生じさせ、遺伝子組み換え法を用いて変異Ｓ１サブユニット（変異百日ぜき毒素）を製造することが、甲第５号証には、百日ぜき毒素をコードする遺伝子のヌクレオチド配列、推定アミノ酸配列、部位指定突然変異誘発を利用して変異体Ｓ１サブユニットを含むワクチンを製造すること、及びＳ１サブユニット中のＡＤＰーリボシレーションの活性部位を改変することが可能であることが、甲第６号証には、百日ぜき毒素をコードする遺伝子のヌクレオチド配列、推定アミノ酸配列、及び解毒されたＰＴは、百日ぜきに対する新たなワクチンの良好な候補であることが、甲第７号証には、百日ぜき毒素オペロンの制御をＢｏｒｄｅｔｅｌｌａにおいて解析し、毒素サブユニット遺伝子に関連する遺伝子座を、ｐｔｘＡ（Ｓ１）、ｐｔｘＢ（Ｓ２）、ｐｔｘＣ（Ｓ３）、ｐｔｘＤ（Ｓ４）、およびｐｔｘＥ（Ｓ５）と特定したことが、甲第８号証には、Ｓ１遺伝子における極性変異は、全細胞抽出物中の検出可能なＳ２及びＳ４サブユニットの欠損を導いたことが、それぞれ記載されているが、これらの刊行物には、本件発明において特定する「ＧＬＵ１２９がＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有する百日ぜきホロトキシン変異体」を示唆する記載はない。
　そして、本件発明は、上記構成要件を採用することにより、特許明細書に記載されたとおりの効果を奏するものである。
　したがって、甲第８号証の記載内容を参考にするも、本件発明は、甲第３号証〜甲第７号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものということはできない。
　また、訂正後の請求項２〜１９に係る発明は、いずれも「ＧＬＵ１２９がＧＬＹ１２９で置換されたアミノ酸の置換を少なくとも有する」ことを必須の構成要件とする発明であるから、本件発明と同様に、甲第３号証〜甲第７号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものということはできない。
　
４．むすび
　以上のとおりであるから、異議申立人の主張する理由及び提出した証拠方法によっては、本件請求項１〜１９に係る発明の特許を取り消すことはできない。
　他に、本件請求項１〜１９に係る発明の特許を取り消すべき理由を発見しない。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
平成１２年７月１８日（２０００．７．１８）