(57)【要約】  抗上皮増殖因子受容体（「ＥＧＦｒ」）特異的結合因子治療が癌を治療する上で有効であるかどうかを予測する方法及び抗ＥＧＦｒ特異的結合因子で患者を治療する方法が提供され、これらの方法では、ＥＧＦｒ遺伝子の遺伝子コピー数が決定される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象から得た試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することを含み、前記試料中の増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の存在が、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が前記対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であるかどうかを予測する方法。
【請求項２】
ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が抗ＥＧＦｒ抗体を含む、請求項１の方法。
【請求項３】
抗ＥＧＦｒ抗体がヒト抗ＥＧＦｒ抗体である、請求項２の方法。
【請求項４】
ヒト抗ＥＧＦｒ抗体がパニツムマブである、請求項３の方法。
【請求項５】
ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む、請求項１の方法。
【請求項６】
ＥＧＦｒ関連癌が固形腫瘍である、請求項１の方法。
【請求項７】
固形腫瘍が、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌である、請求項６の方法。
【請求項８】
試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することが、試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を、正常な参照試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数と比較することを含む、請求項１の方法。
【請求項９】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することが蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む、請求項８の方法。
【請求項１０】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することが定量的ＰＣＲ分析を含む、請求項８の方法。
【請求項１１】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することがサザンブロット分析を含む、請求項８の方法。
【請求項１２】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することが、
（ａ）対象中の腫瘍から得た検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定すること、
（ｂ）前記検査試料中の少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定すること、及び
（ｃ）前記ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数と比較すること、
を含み、前記少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数に対する、前記検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子の増加したコピー数が、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が前記対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する、請求項１の方法。
【請求項１３】
少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数が細胞当り２コピーである、請求項１２の方法。
【請求項１４】
少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列が動原体性配列である、請求項１２の方法。
【請求項１５】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することが蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む、請求項１２の方法。
【請求項１６】
ＥＧＦｒ遺伝子コピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することが定量的ＰＣＲ分析を含む、請求項１２の方法。
【請求項１７】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することがサザンブロット分析を含む、請求項１２の方法。
【請求項１８】
ＥＧＦｒ関連癌が固形腫瘍である、請求項１２の方法。
【請求項１９】
固形腫瘍が、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、膀胱癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌である、請求項１８の方法。
【請求項２０】
ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が抗ＥＧＦｒ抗体を含む、請求項１２の方法。
【請求項２１】
抗ＥＧＦｒ抗体がヒト抗ＥＧＦｒ抗体である、請求項２０の方法。
【請求項２２】
ヒト抗ＥＧＦｒ抗体がパニツムマブである、請求項２１の方法。
【請求項２３】
ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む、請求項１２の方法。
【請求項２４】
ＥＧＦｒ遺伝子コピー数を決定することが、
（ａ）対象から得た検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子コピー数を決定すること、
（ｂ）前記検査試料中の核の数を決定すること、及び
（ｃ）ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を核の数と比較すること、
を含み、２を上回る比が、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が前記対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する、請求項１の方法。
【請求項２５】
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び核の数を決定することが蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む、請求項２４の方法。
【請求項２６】
ＥＧＦｒ関連癌が固形腫瘍である、請求項２４の方法。
【請求項２７】
固形腫瘍が、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、膀胱癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌である、請求項２６の方法。
【請求項２８】
ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が抗ＥＧＦｒ抗体を含む、請求項２４の方法。
【請求項２９】
抗ＥＧＦｒ抗体がヒト抗ＥＧＦｒ抗体である、請求項２８の方法。
【請求項３０】
ヒト抗ＥＧＦｒ抗体がパニツムマブである、請求項２９の方法。
【請求項３１】
ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む、請求項２４の方法。
【請求項３２】
ＥＧＦｒ関連癌を有する対象を治療する方法であり、
（ａ）対象から得た試料中のＥＧＦｒ遺伝子コピー数を決定すること、
（ｂ）前記試料中に増加したＥＧＦｒ遺伝子コピー数が存在するかどうかを決定すること、及び
（ｃ）前記試料中に増加したＥＧＦｒ遺伝子コピー数が存在すれば、ＥＧＦｒ特異的結合因子の医薬的有効量を前記対象に投与すること、
を含む前記方法。
【請求項３３】
ＥＧＦｒ特異的結合因子が抗ＥＧＦｒ抗体である、請求項３２の方法。
【請求項３４】
抗ＥＧＦｒ抗体がヒト抗ＥＧＦｒ抗体である、請求項３３の方法。
【請求項３５】
ヒト抗ＥＧＦｒ抗体がパニツムマブである、請求項３４の方法。
【請求項３６】
ＥＧＦｒ特異的結合因子が少なくとも１つの化学療法剤とともに投与される、請求項３２の方法。
【請求項３７】
患者中の治療の効力を測定する方法であり、
（ａ）患者から得られた第一の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定して、第一のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルを取得すること、
（ｂ）前記患者に前記治療を施すこと、
（ｃ）前記治療を施した後の時点で、前記患者から得られた第二の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することにより、第二のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルを生成すること、及び
（ｄ）前記第一及び第二のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルを比較すること、
を含み、前記第一のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルに対する前記第二のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルにおけるＥＧＦｒ遺伝子コピー数の減少が、前記治療が前記患者において有効であることを示す、前記方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、抗上皮増殖因子受容体（「ＥＧＦｒ」）特異的結合因子治療が癌を治療する上で有効であるかどうかを予測する方法及び抗ＥＧＦｒ特異的結合因子で患者を治療する方法に関する。治療の効果を決定する方法が提供される。
【背景技術】
【０００２】
癌治療におけるモノクローナル抗体のある種の適用は、抗体が免疫増強イソタイプ、トキシン又は薬物などの細胞毒性エフェクター機能を癌性組織へ特異的に送達する能力に依存している。別のアプローチは、増殖因子の受容体を通じて増殖因子によって媒介されるものなど、不可欠な細胞外増殖シグナルを腫瘍細胞から奪うことによって、腫瘍細胞の生存に直接影響を与えるためにモノクローナル抗体を使用することである。本アプローチにおける魅力的な標的の１つは、ＥＧＦ及び形質転換増殖因子α（ＴＧＦα）を結合する上皮増殖因子受容体（ＥＧＦｒ）である（例えば、Ｕｌｌｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ６１：２０３−２１２，１９９０；Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，１９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ６０７−６２３，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，１９９５；Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．１０：６７−７３，１９９８参照）。ＥＧＦ又はＴＧＦαのＥＧＦｒ（１７０ｋＤａの膜貫通細胞表面糖タンパク質）への結合は、細胞増殖に至る細胞性生化学的現象（ＥＧＦｒの自己リン酸化及び内部移行など）のカスケードの引き金を引く（例えば、Ｕｌｌｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ６１：２０３−２１２，１９９０を参照。）。
【０００３】
幾つかの観察は、ＥＧＦｒがヒト固形腫瘍の発達及び進行を支えていることを示唆している。ＥＧＦｒは、ヒト固形腫瘍の多くの種類上で過剰発現されることが示されている（例えば、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌｓ  ７：３５９（１９８９），  Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １：３３９−３４４（１９９０），  Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６（１９９４）を参照。）。例えば、ＥＧＦｒ過剰発現は、ある種の肺癌、乳癌、大腸癌、胃癌、脳腫瘍、膀胱癌、頭頸部癌、卵巣癌及び前立腺癌中に観察されている（例えば、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６（１９９４）参照。）。ある種のグループは、受容体レベルの増加には、不良な臨床的予後を伴うことを報告している（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，  １９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．６０７−６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６，  １９９４；Ｇｕｌｌｉｃｋ，  Ｂｒ．  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ，  ４７：８７−９８，  １９９１  ；Ｓａｌｏｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  １９：１８３−２３２，  １９９５参照。）。しかしながら、他の研究は、予後がＥＧＦｒの過剰発現に直接相関し得ないことを示唆する（例えば、Ｒｕｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃｌｉｎ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．３：５１５−５２２，  １９９７；Ｐｆｅｉｆｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ７４：８６−９１，  １９９６；Ｆｏｎｔａｎｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｌｉｎ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４：２４１−２４９，  １９９８；Ｇｒｅａｔｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｍ．  Ｊ．  Ｒｅｓｐｉｒ．  Ｃｒｉｔ．  Ｃａｒｅ．  Ｍｅｄ．  １５７：１０９３−１０９７，  １９９８；Ｄ’Ａｍｉｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｔｈｏｒａｃ．  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．  Ｓｕｒｇ．  １１７：７３６−７４３，  １９９９；Ｐａｓｔｏｒｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．  １５：２８５８−２８６５，１９９７を参照。）。上皮増殖因子（ＥＧＦ）及び形質転換増殖因子−α（ＴＧＦ−α）は何れも、ＥＧＦｒに結合し、細胞の増殖及び腫瘍の成長をもたらすことが示されている。多くの事例で、増加した表面ＥＧＦｒ発現には、腫瘍細胞による、ＴＧＦα又はＥＧＦの産生が伴い、これらの腫瘍の進行に、自己分泌型成長調節が関与していることを示唆する（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，  １９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．６０７−６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６，  １９９４；Ｓａｌｏｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  １９：１８３−２３２，  １９９５参照。）。
【０００４】
従って、ある種のグループは、ＥＧＦ−ｒを発現又は過剰発現する腫瘍の治療において、ＥＧＦ、ＴＧＦ−α及びＥＧＦｒに対する抗体が有用であり得ることを提案した（例えば、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌｓ  ７：３５９（１９８９），  Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １：３３９−３４４（１９９０），  Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６（１９９４）、Ｔｏｓｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６２：６４３−６５０（１９９５）を参照。）。実際に、ＥＧＦ及びＴＧＦ−αの受容体への結合を遮断する抗ＥＧＦｒ抗体が腫瘍細胞増殖を阻害するように見受けられることが示されている。しかしながら、同時に、抗ＥＧＦｒ抗体は、ＥＧＦ及びＴＧＦ−α非依存性細胞増殖を阻害しないようである（Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６（１９９４））。
【０００５】
ＥＧＦ及びＴＧＦαの腫瘍細胞への結合を中和することができ、並びにインビトロでリガンド媒介性細胞増殖を阻害することができる、ヒトＥＧＦｒに対して特異的なモノクローナル抗体が、マウス及びラットから作製されている（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，  １９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ６０７−６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５；Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．  １０：６７−７３，  １９９８；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６，  １９９４参照。）。マウス１０８、２２５（例えば、Ａｂｏｕｄ−Ｐｉｒａｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ８０：１６０５−１６１１，１９８８を参照。）及び５２８（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，  １９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ６０７−６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５）又はラットＩＣＲ１６、ＩＣＲ６２及びＩＣＲ６４（例えば、Ｍｏｄｊｔａｊｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６，  １９９４；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２４７−２５３，  １９９３；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２５４−２６１，１９９３）モノクローナル抗体などの抗体の幾つかが、異種移植マウスモデルでの腫瘍増殖に影響を与えるそれらの能力について広く評価された。抗ＥＧＦｒモノクローナル抗体の多くは、ヒト腫瘍細胞とともに投与されると、胸腺除去マウスでの腫瘍形成を予防する上で有効であった（Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，  １９９４；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２５４−２６１  ，１９９３）。確立されたヒト腫瘍異種移植を有するマウス中に注射されると、マウスモノクローナル抗体２２５及び５２８は、部分的な腫瘍の退行を引き起こし、腫瘍の根絶のためには、ドキソルビシン又はシスプラチンなどの化学療法剤の同時投与を必要とした（Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：１２７−１５４，  １９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ６０７−６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５；Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ５３：４６３７−４６４２，  １９９３；Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ８５：１３２７−１３３３，１９９３）。マウス抗体可変領域がヒト定常領域に連結されている２２５モノクローナル抗体のキメラバージョン（Ｃ２２５）は、高用量でのみ、インビボで改善された抗腫瘍活性を示した（例えば、Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１：１３１１−１３１８，  １９９５；Ｐｒｅｗｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  Ｅｍｐｈａｓｉｓ  Ｔｕｍｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９：４１９−４２７，１９９６参照。）。ラットＩＣＲ１６、ＩＣＲ６２及びＩＣＲ６４抗体は、確立された腫瘍の退行を引き起こしたが、それらの完全な根絶は引き起こさなかった（Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２５４−２６１，１９９３）。これらの結果は、ＥＧＦｒ発現固形腫瘍に対する抗体治療の有望な標的としてＥＧＦｒを確立し、複数のヒト固形癌におけるＣ２２５モノクローナル抗体を用いたヒト臨床試験へと結実した（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．６４：１２７−１５４，１９９４；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．６０７−６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７−２９６，  １９９４参照。）。
【０００６】
生物の分野におけるある種の進歩は、完全なヒト抗ＥＧＦｒ抗体を産生することを可能とした。ヒト免疫グロブリン遺伝子に対して遺伝子導入されたマウス（ＸｅｎｏｍｏｕｓｅＴＭ技術、Ａｂｇｅｎｉｘ、Ｉｎｃ．）を用いて、ヒトＥＧＦｒに対して特異的なヒト抗体を開発した（例えば、Ｍｅｎｄｅｚ，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，  １５：１４６−１５６，  １９９７；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ，  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，  ３１（１−２）：３３−４２，  １９９８；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ，  Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｏｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎａｌ  Ｄｒｕｇｓ，  ７（４）：６０７−６１４，１９９８；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．３８（１）：１７−２３，２００１；ＷＯ９８／２４８９３；ＷＯ９８／５０４３３参照。）。このような抗体の１つであり、ヒトＥＧＦｒに対して５×１０−１１Ｍの親和性を有するヒトＩｇＧ２モノクローナル抗体であるパニツムマブは、ＥＧＦのＥＧＦｒへの結合を遮断すること、受容体シグナル伝達を遮断すること、並びにインビトロで腫瘍細胞の活性化及び増殖を阻害することが示されている（例えば、ＷＯ９８／５０４３３；米国特許第６，２３５，８８３号参照）。胸腺除去マウスでの研究は、パニツムマブはインビボ活性も有することを示し、胸腺除去マウスでのヒト扁平上皮癌Ａ４３１異種移植の形成を予防するのみならず、既に確立された巨大なＡ４３１腫瘍異種移植を根絶した（例えば、Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  ３８（１）：１７−２３，  ２００１  ；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５９（６）：１２３６−４３，１９９９参照。）。パニツムマブは、癌の中でも特に、腎臓癌、結腸直腸腺癌、前立腺癌及び非小細胞扁平上皮肺癌の治療について検討されており（例えば、米国特許公開２００４／００３３５４３号参照。）、この抗体を用いた臨床試験が進行中である。
【０００７】
ある種の細胞種では、ＥＧＦｒなどの増殖因子の結合が、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（「ＰＩ３Ｋ」）及びＢ−Ｒａｆの刺激によってアポトーシスを予防する。ＰＩ３Ｋの活性化は、分子カスケードの引き金を引き、プログラム化された細胞死を調節する中央経路の下方制御をもたらす（Ｙａｏ，Ｒ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ２６７：２００３−２００６，１９９５）。Ｒａｆファミリーのメンバーも、哺乳動物でのプログラム化された細胞死の制御物質として同定されている（Ｈｕｎｔｅｒ，Ｃｅｌｌ  ８０：２２５−２３６，１９９５）。Ｒａｆノックアウトでは、Ｂ−Ｒａｆを欠如するマウスは細胞の生存の擾乱を示したのに対して、Ｒａｆ−１又はＡ−Ｒａｆを欠如するマウスは、このような擾乱を示さず（例えば、Ｐｒｉｔｃｈａｒｄ，  Ｃｕｒｒ．  Ｂｉｏｌ．  ６：６１４−６１７，  １９９６；Ｗｏｊｎｏｗｓｋｉ，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  １６：２９３−２９７，  １９９７を参照。）、Ｂ−Ｒａｆが細胞死制御において特異的な機能を有し得ることを示唆している。ＰＩ３Ｋ及びＢ−Ｒａｆは何れも、細胞増殖疾患、特に癌において興味深い。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
ある種の実施形態において、対象から得た試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することを含み、前記試料中の増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の存在が、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が前記対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であるかどうかを予測する方法が提供される。
【０００９】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌を有する対象を治療する方法であり、（ａ）対象から得た試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定すること、（ｂ）前記試料中に増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が存在するかどうかを決定すること、及び（ｃ）前記試料中に増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が存在すれば、ＥＧＦｒ特異的結合因子の医薬的有効量を前記対象に投与すること、を含む前記方法が提供される。
【００１０】
ある種の実施形態において、患者中の治療の効力を測定する方法であり、（ａ）患者から得られた第一の試料中のＥＧＦｒ遺伝子コピー数を決定して、第一のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルを取得すること、（ｂ）前記患者に前記治療を施すこと、（ｃ）前記治療を施した後の時点で、前記患者から得られた第二の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することにより、第二のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルを生成すること、及び（ｄ）前記第一及び第二のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルを比較すること、を含み、前記第一のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルに対する前記第二のＥＧＦｒ遺伝子コピー数レベルにおけるＥＧＦｒ遺伝子コピー数の減少が、前記治療が前記患者において有効であることを示す、前記方法が提供される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１１】
本願に引用されている全ての参考文献（特許、特許出願、論文、教科書など、及びこれらの中に引用されている参考文献を含む。）は、それらが既にされていない程度まで、参照により、その全体が、本明細書に組み込まれる。本明細書に使用されている節の見出しは、整理の目的のためにすぎず、記載されている主題を限定するものと解釈すべきではない。
【００１２】
定義
別段の定義がなければ、本発明に関連して使用される科学及び技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の必要がなければ、単数形の用語は複数を含むものとし、複数形の用語は単数を含むものとする。
【００１３】
一般的に、本明細書に記載されている細胞及び組織培養、分子生物学並びにタンパク質及びオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド化学及びハイブリダイゼーションに関連して使用される命名法及びこれらの技術は、周知のものであり、本分野において一般的に使用されている。標準的な技術は、組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成及び組織培養及び形質転換（例えば、電気穿孔、リポフェクション）に対しては標準的な技術が使用される。酵素反応及び精製技術は、製造業者の説明書に従って、又は本分野で一般的に遂行されているように、又は本明細書に記載されているように、実施される。一般に、先述の技術及び手順は、本分野で周知の慣用的な方法に従い、並びに本明細書を通じて引用及び論述されている様々な一般的参考文献及びより具体的な参考文献中に記載されているように、実施される。例えば、「Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｄ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．（１９８９））」（参照により、本明細書に組み込まれる。）を参照されたい。具体的な定義が記されていなければ、本明細書に記載されている分析化学、合成有機化学及び医薬品化学及び薬化学に関して使用される命名法、並びに本明細書に記載されている分析化学、合成有機化学及び医薬品化学及び薬化学の実験室操作及び技術は、周知のものであり、本分野で一般的に使用されているものである。化学合成、化学分析、医薬の調製、調合、及び送達、及び患者の治療に対しては、標準的な技術を使用が使用される。
【００１４】
本願において、「又は」の使用は、別段の記載がなければ、「及び／又は」を意味する。さらに、「含んでいる」という用語並びに「含む」及び「含まれた」などのその他の形式の使用は、限定的なものではない。また、「要素」又は「成分」などの用語は、具体的に別段の記載がなければ、一つのユニットを含む要素及び成分並びに１より多いサブユニットを含む要素及び成分を包含する。
【００１５】
本発明に従って使用される場合、以下の用語は、別段の記載がなければ、以下の意味を有するものと理解しなければならない。
【００１６】
「単離されたポリペプチド」及び「単離された核酸」という用語は互換的に使用され、本明細書において使用される場合、ゲノム、ｃＤＮＡ若しくは合成起源又はこれらの幾つかの組み合わせのポリヌクレオチドを意味し、その起源に基づいて、（１）「単離されたポリヌクレオチド」が、本来その中に見出されるポリヌクレオチドの全部又は一部を伴わない、（２）本来連結されていないポリヌクレオチドに作用可能に連結されている、又は（３）より大きな配列の一部として本来存在しない。
【００１７】
「単離されたタンパク質」及び「単離されたポリペプチド」という用語は、互換的に使用され、本明細書において、その起源又は由来により、（１）天然に見出されるタンパク質を伴わない、（２）同じ起源由来の他のタンパク質が存在しない（例えば、マウスタンパク質が存在しない。）、（３）異なる種由来の細胞によって発現されている、又は（４）自然には存在しない、ｃＤＮＡ、組み換えＲＮＡ若しくは合成起源の、タンパク質又はこれらの幾つかの組み合わせを意味する。
【００１８】
本明細書において、「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は互換的に使用され、原型タンパク質、断片、ペプチド又はポリペプチド配列の類縁体を表すための包括的な用語として使用される。従って、原型タンパク質、断片及び類縁体は、ポリペプチド属の種である。
【００１９】
「ＥＧＦｒポリペプチド」という用語は、固有のタンパク質並びに固有のタンパク質の断片、類縁体及び変異体を包含する。従って固有のＥＧＦｒタンパク質並びに固有のＥＧＦｒタンパク質の断片、類縁体及び変異体は、ＥＧＦｒポリペプチド属の種である。
【００２０】
ポリペプチド配列中の変異に関連する「Ｘ＃Ｙ」という用語は本分野で認知されており、ここにおいて、「＃」はポリペプチドのアミノ酸数に関連する変異の位置を表し、「Ｘ」は野生型アミノ酸配列中の位置に見出されるアミノ酸を表し、「Ｙ」はその位置における変異体アミノ酸を表す。例えば、Ｒａｓポリペプチドに関する「Ｇ１３Ｄ」という表記は、野生型Ｒａｓ配列のアミノ酸数１３にグリシンが存在すること、及び変異体Ｒａｓ配列中でグリシンがアスパラギン酸で置換されていることを示している。
【００２１】
ある対象に対して適用される、本明細書で使用する「天然に存在する」という用語は、対象を自然の状態で見出すことができるという事実を表す。例えば、自然の取得源から単離することができる生物（ウイルスを含む。）中に存在し、実験室その他においてヒトが意図的に修飾を加えていないポリペプチド又はポリヌクレオチド配列は、天然に存在する。
【００２２】
本明細書において使用される「作用可能に連結された」という用語は、それらを所期の様式で機能させることができる関係にある成分の位置を表す。例えば、コード配列に対して「作用可能に連結された」制御配列は、制御配列と適合的な条件下で、コード配列の発現が達成されるように連結されている。
【００２３】
本明細書において使用される「制御配列」という用語は、それらが連結されているコード配列の発現及びプロセッシングに影響を与えるのに必要なポリヌクレオチド配列を表す。このような制御配列の性質は、宿主生物に応じて異なる。原核生物では、このような制御配列は、一般に、プロモーター、リボソーム結合部位及び転写終結配列を含む。真核生物では、一般的に、このような制御配列にはプロモーター及び転写終結配列が含まれ得る。「制御配列」という用語は、最小限、その存在が発現及びプロセッシングに不可欠である全ての成分を含むものとし、その存在が有利である追加の成分、例えば、リーダー配列及び融合対配列も含むことが可能である。
【００２４】
「本明細書において使用される「ポリヌクレオチド」という用語は、少なくとも１０塩基長のヌクレオチド（リボヌクレオチド若しくはデオキシヌクレオチドの何れか又はヌクレオチドの何れかのタイプの修飾された形態）のポリマー形態を意味する。本用語は、ＤＮＡの一本鎖及び二本鎖形態を含む。
【００２５】
本明細書において使用される「オリゴヌクレオチド」という用語には、天然に存在するオリゴヌクレオチド連結及び天然に存在しないオリゴヌクレオチド連結によって互いに連結された天然に存在するヌクレオチド及び修飾されたヌクレオチドが含まれる。オリゴヌクレオチドは、一般的に、２００塩基又はそれ以下の長さを含むポリヌクレオチドサブセットである。好ましくは、オリゴヌクレオチドは、１０から６０塩基の長さであり、最も好ましくは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０ないし４０塩基の長さである。オリゴヌクレオチドは、通常、一本鎖であるが（例えば、プローブの場合）、オリゴヌクレオチドは二本鎖であり得る（例えば、遺伝子変異体の構築において使用する場合）。本発明のオリゴヌクレオチドは、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドの何れかであり得る。
【００２６】
本明細書において使用される「天然に存在するヌクレオチド」という用語には、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドが含まれる。本明細書において使用される「修飾されたヌクレオチド」という用語には、修飾又は置換された糖基などを有するヌクレオチドが含まれる。本明細書において使用される「オリゴヌクレオチド連結」という用語には、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート、ホスホロセレノアート、ホスホロジセレノアート、ホスホロアニロチオアート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｎｉｌｏｔｈｉｏａｔｅ）、ホスホルアニラダート（ｐｈｏｓｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホロアミダートなどのオリゴヌクレオチド連結が含まれる。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１４：９０８１（１９８６）；Ｓｔｅｃ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １０６：６０７７（１９８４）；Ｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１６：３２０９（１９８８）；Ｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  ６：５３９（１９９１）；Ｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｐｐ．８７−１０８（Ｆ．  Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，  Ｅｄ．，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｅｎｇｌａｎｄ（１９９１  ））；Ｓｔｅｃ  ｅｔ  ａｌ．米国特許第５，１５１，５１０号；Ｕｈｌｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｐｅｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ９０：５４３（１９９０）（これらの開示内容は、参照により、本明細書に組み込まれる。）を参照されたい。オリゴヌクレオチドは、所望であれば、検出用の標識を含むことができる。
【００２７】
核酸の「コピー数」は、所定の試料中の当該核酸の分離した事例の数を表す。試料中の「ＥＧＦｒ遺伝子コピー数」とは、当該試料中のＥＧＦｒ遺伝子の分離したコピーの数を表す。試料中の「増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数」とは、試料中のＥＧＦ遺伝子の分離したコピーの数が参照から増加していることを意味する。ある種のこのような実施形態において、参照は別の試料である。ある種のこのような実施形態において、参照は、同じ個体から採取された別の試料である。ある種のこのような実施形態において、参照は、異なる個体から採取された別の試料である。ある種のこのような実施形態において、参照は、ある集団に特徴的なＥＧＦｒ遺伝子コピー数である。
【００２８】
本明細書において使用される「選択的にハイブリッド形成する」という用語は、検出可能に及び特異的に結合することを意味する。ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びこれらの断片は、非特異的な核酸への検出可能な結合の感知可能な量を最小限に抑えるハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、核酸鎖に選択的にハイブリッド形成する。本分野において公知の、及び本明細書に論述されている選択的ハイブリダイゼーション条件を達成するために、高厳密性条件を使用することが可能である。一般的に、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及び断片と対象核酸配列間の核酸配列相同性は、少なくとも８０％、より典型的には、好ましくは、少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％及び１００％の増加する相同性を有する。それらの配列間に部分的な同一性又は完全な同一性が存在すれば、２つのアミノ酸配列は相同である。例えば、８５％の相同性は、２つの配列が最大の一致を有するように並置されたときに、アミノ酸の８５％が同一であることを意味する。合致を最大化する際には、（合致されている２つの配列の何れか中の）ギャップが許容される。５又はそれ以下のギャップ長が好ましく、２又はそれ以下がさらに好ましい。あるいは及び好ましくは、変異データマトリックス及び６又はそれ以上のギャップペナルティーを用いるプログラムＡＬＩＧＮを用いて、２つのタンパク質配列（又は少なくとも３０アミノ酸の長さのタンパク質配列から誘導されるポリペプチド配列）が（標準偏差単位で）６以上のアラインメントスコアを有すれば、本用語が本明細書において使用される場合、それらは相同である。Ｄａｙｈｏｆｆ，  Ｍ．Ｏ．，  ｉｎ  Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，  ｐｐ．１０１−１１０（Ｖｏｌｕｍｅ  ５，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ（１９７２）及びこの巻に対する補遺２、ｐｐ．１−１０を参照されたい。ＡＬＩＧＮプログラムを用いて最適に並置された場合に、２つの配列又はその一部のアミノ酸が５０％超又は５０％に等しい同一性であれば、２つの配列又はその一部は、より好ましく相同である。本明細書において、「対応する」という用語は、参照ポリヌクレオチド配列の全部若しくは一部に対してポリヌクレオチド配列が相同である（すなわち、厳格に進化的に関連せずに同一である。）こと、又はポリペプチド配列は参照ポリヌクレオチド配列と同一であることを意味するために使用される。これに対して、本明細書において、「に相補的」という用語は、相補的な配列が、参照ポリヌクレオチド配列の全部又は一部に対して相同であることを意味するために使用される。例として、ヌクレオチド配列「ＴＡＴＡＣ」は参照ヌクレオチド配列「ＴＡＴＡＣ」に対応し、参照ヌクレオチド配列「ＧＴＡＴＡ」に対して相補的である。
【００２９】
以下の用語：「参照配列」、「比較ウィンドウ」、「配列同一性」、「配列同一性のパーセント」及び「実質的な同一性」が、２つ又はそれ以上のポリヌクレオチド又はアミノ酸配列間の配列関連性を記載するために使用される。「参照配列」とは、配列比較のための基礎として使用される所定の配列である。参照配列は、例えば、配列表に掲載されている完全長ｃＤＮＡ若しくは遺伝子配列のセグメントとして、より大きな配列のサブセットであり得、又は完全なｃＤＮＡ若しくは遺伝子配列を含み得る。一般的に、参照配列は、少なくとも１８ヌクレオチド又は６アミノ酸長であり、頻繁に、少なくとも２４ヌクレオチド又は８アミノ酸長であり、しばしば、少なくとも４８ヌクレオチド又は１６アミノ酸長である。２つのポリヌクレオチド又はアミノ酸配列は、各々、（１）２つの分子間で類似する配列（すなわち、完全なポリヌクレオチド又はアミノ酸配列の一部）を含んでもよく、及び（２）２つのポリヌクレオチド又はアミノ酸配列間で相違する配列をさらに含んでもよく、配列同一性の局所領域を同定及び比較するために、２つ（又はそれ以上の）分子間の配列比較は、典型的には、「比較ウィンドウ」にわたって２つの分子の配列を比較することによって行われる。本明細書において使用される「比較ウィンドウ」は、少なくとも１８の連続するヌクレオチド位置又は６つのアミノ酸の概念的セグメントを表し、ここにおいて、ポリヌクレオチド配列又はアミノ酸配列は、少なくとも１８の連続するヌクレオチド又は６つのアミノ酸配列の参照配列と比較することができ、及び比較ウィンドウ中のポリオヌクレオチド配列の一部は、２つの配列の最適なアラインメントのために、（付加又は欠失を含まない）参照配列と比べて、２０パーセント又はそれ以下の付加、欠失、置換など（すなわちギャップ）を含み得る。比較ウィンドウを並置するための配列の最適なアラインメントは、「Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ  Ａｄｖ．  Ａｐｐｌ．  Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）」の局所相同性アルゴリズムによって、「Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）」の相同性アラインメントアルゴリズムによって、「Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：２４４４（１９８８）の類似法に対する検索によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ７．０（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）における、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ及びＴＦＡＳＴＡ、Ｇｅｎｅｗｏｒｋｓ又はＭａｃＶｅｃｔｏｒソフトウェアパッケージ）によって又は目視によって実施することができ、様々な方法によって得られた最高のアラインメント（すなわち、比較ウィンドウにわたって相同性の最高のパーセントをもたらす。）が選択される。
【００３０】
「配列同一性」という用語は、比較ウィンドウにわたって、２つのポリヌクレオチド又はアミノ酸配列が同一であること（すなわち、ヌクレオチド対ヌクレオチド又は残基対残基ベースで）を意味する。「配列同一性のパーセント」という用語は、比較のウィンドウにわたって最適に並置された２つの配列を比較し、合致した位置の数を得るために、両配列中で、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ又はＩ）又は残基が生じる位置の数を測定し、合致した位置の数を、比較ウィンドウ中の位置の総数（すなわち、ウィンドウサイズ）によって割り、及び配列同一性のパーセントを得るために、結果に１００を乗じることにより計算される。本明細書において使用される「実質的な同一性」という用語は、少なくとも１８ヌクレオチド（６アミノ酸）位置の比較ウィンドウにわたって、しばしば、少なくとも２４〜４８ヌクレオチド（８〜１６アミノ酸）位置のウィンドウにわたって参照配列に対して比較した場合に、ポリヌクレオチド又はアミノ酸が、少なくとも８５％の配列同一性、好ましくは少なくとも９０〜９５％の配列同一性、より一般的には、少なくとも９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列を含む、ポリヌクレオチド又はアミノ酸配列の特徴を表し、ここにおいて、配列同一性のパーセントは、比較ウィンドウにわたって、参照配列の計２０％又はそれ以下の欠失又は付加を含み得る配列に対して参照配列を比較することによって計算される。参照配列は、より大きな配列のサブセットであり得る。
【００３１】
本明細書において使用される、２０の慣用アミノ酸及びそれらの略号は、慣用的な用法に従う。「Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ−Ａ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｅ．Ｓ．  Ｇｏｌｕｂ  ａｎｄ  Ｄ．  Ｒ．  Ｇｒｅｎ，  Ｅｄｓ．，  Ｓｉｎａｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，  Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，  Ｍａｓｓ．（１９９１））」（参照により、本明細書に組み込まれる。）を参照されたい。本明細書において使用される「アミノ酸」又は「アミノ酸残基」という用語は、天然に存在するＬアミノ酸又はＤアミノ酸を表す。アミノ酸に対して一般的に使用される一文字及び三文字の略号が、本明細書において使用される（Ｂｒｕｃｅ  Ａｌｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｅｌｌ，  Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（４ｔｈ  ｅｄ．  ２００２））。２０の慣用アミノ酸、α−、α−二置換されたアミノ酸などの非天然アミノ酸、Ｎ−アルキルアミノ酸、乳酸及びその他の非慣用アミノ酸の立体異性体（例えば、Ｄ−アミノ酸）も、本発明のポリペプチドに対する適切な成分であり得る。非慣用アミノ酸の例には、４−ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、ε−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルリジン、ε−Ｎ−アセチルリジン、Ｏ−ホスホセリン、Ｎ−アセチルセリン、Ｎ−ホルミルメチオニン、３−メチルヒスチジン、５−ヒドロキシリジン、σ−Ｎ−メチルアルギニン並びに他の類似のアミノ酸及びイミノ酸（例えば、４−ヒドロキシプロリン）が含まれる。本明細書において使用されるポリペプチドの表記法では、標準的な用法と慣習に従って、左手方向がアミノ末端方向であり、右手方向がカルボキシ末端方向である。
【００３２】
同様に、別段の記載がなければ、一本鎖ポリヌクレオチド配列の左手末端は５’末端である。二本鎖ポリヌクレオチド配列の左手方向は、５’方向と称される。新生ＲＮＡ転写物の、５’から３’への付加の方向は、転写方向と称される。ＲＮＡと同じ配列を有し、ＲＮＡ転写物の５’末端に対して５’である、ＤＮＡ鎖上の配列領域は、「上流配列」と称される。ＲＮＡと同じ配列を有し、ＲＮＡ転写物の３’末端に対して３’である、ＤＮＡ鎖上の配列領域は、「下流配列」と称される。
【００３３】
ポリペプチドに対して適用される場合、「実質的な同一性」という用語は、初期設定ギャップウェイトを用いたプログラムＧＡＰ又はＢＥＳＴＦＩＴによるなど、最適に並置された場合に、２つのペプチド配列が、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも９０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも９５、９６、９７又は９８％配列同一性、及び最も好ましくは少なくとも９９％の配列同一性を共有することを意味する。好ましくは、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換によって異なる。本明細書において論述される場合、抗体又は免疫グロブリン分子のアミノ酸配列中の微小な変動が、本発明によって包含されるものとして想定されるが、但し、アミノ酸配列中の変動は、少なくとも７５％、より好ましくは８０％、９０％、９５％、及び最も好ましくは９９％を維持する。保存的なアミノ酸置換とは、それらの側鎖が関連するアミノ酸のファミリー内で生じる置換である。遺伝的にコードされるアミノ酸は、一般的に、以下のファミリー：（１）酸性アミノ酸（例えば、アスパラギン酸及びグルタミン酸）；（２）塩基性アミノ酸（例えば、リジン、アルギニン及びヒスチジン）；（３）非極性アミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）；及び（４）非帯電極性アミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン及びチロシン）に分けられる。アミノ酸のその他のファミリーには、以下のものが含まれるが、これらに限定されるものではない。セリン及びスレオニンは、脂肪族−ヒドロキシファミリー；アスパラギン及びグルタミンはアミド含有ファミリーであり；アラニン、バリン、ロイシン及びイソロイシンは、脂肪族ファミリーであり；フェニルアラニン、トリプトファン及びチロシンは芳香族ファミリーであり、並びにシステイン及びメチオニンは含硫側鎖ファミリーである。例えば、ロイシンの、イソロイシン又はバリンによる単離された置換、アスパラギン酸の、グルタミン酸による単離された置換、スレオニンの、セリンによる単離された置換、又はあるアミノ酸の、構造的に関連したアミノ酸による類似の置換は、特に置換がフレームワーク部位内のアミノ酸を含まなければ、生じた分子の結合又は特性に対して多大な影響を有しない。典型的な保存的アミノ酸置換基には、バリン−ロイシン−イソロイシン、フェニルアラニン−チロシン、リジン−アルギニン、アラニン−バリン、グルタミン酸−アスパラギン酸、システイン−メチオニン及びアスパラギン−グルタミンが含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００３４】
好ましいアミノ酸置換は、（１）タンパク質分解に対する感受性を低下させる置換、（２）酸化に対する感受性を低下させる置換、（３）タンパク質複合体を形成するための結合親和性を変化させる置換、（４）結合親和性を変化させる置換及び（５）このような類縁体の他の物理化学的又は機能的特性を付与又は修飾する置換である。類縁体は、天然に存在するペプチド配列以外の配列の様々な変異タンパク質を含み得る。例えば、単一又は複数のアミノ酸置換（好ましくは、保存的アミノ酸置換）は、天然に存在する配列中に（好ましくは、分子間接触を形成するドメイン外のポリペプチドの部分中に）作製し得る。保存的アミノ酸置換は、親配列の構造的特徴を実質的に変化させるべきではない（例えば、置換アミノ酸は、親配列中に生じるヘリックスを破壊する傾向を示すべきではなく、又は親配列を特徴付ける二次構造の他の種類を崩壊させるべきでない。）。本分野で認められたポリペプチド二次構造及び三次構造の例は、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ（Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，  Ｅｄ．，  Ｗ．  Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８４））；Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（Ｃ．  Ｂｒａｎｄｅｎ  ａｎｄ  Ｊ．  Ｔｏｏｚｅ，  ｅｄｓ．，  Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．（１９９１））；及びＴｈｏｒｎｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：１０５（１９９１）に記載されており、これらは各々、参照により本明細書中に組み込まれる。
【００３５】
本明細書において使用される「類縁体」という用語は、天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列の一部に対して実質的な同一性を有する少なくとも２５アミノ酸のセグメントから構成され、及び天然に存在するポリペプチドの活性の少なくとも１つを有するポリペプチドを表す。典型的には、ポリペプチド類縁体は、天然に存在する配列に関して保存的なアミノ酸置換（又は付加若しくは欠失）を含む。類縁体は、典型的には、少なくとも２０アミノ酸長、好ましくは少なくとも５０アミノ酸長さ又はそれ以上であり、しばしば、完全長の天然に存在するポリペプチドと同じ長さとすることが可能である。
【００３６】
ペプチド類縁体は、一般に、テンプレートペプチドの特性と類似の特性を有する非ペプチド薬として、製薬産業で使用される。非ペプチド化合物のこれらの種類は、「ペプチド模倣体」と名づけられている。「Ｆａｕｃｈｅｒｅ，  Ｊ．  Ａｄｖ．  Ｄｒｕｇ  Ｒｅｓ．  １５：２９（１９８６）；Ｖｅｂｅｒ  ａｎｄ  Ｆｒｅｉｄｉｎｇｅｒ  ＴＩＮＳ  ｐ．３９２（１９８５）；ａｎｄ  Ｅｖａｎｓ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  ３０：１２２９（１９８７）」、参照により、本明細書に組み込まれる。このような化合物は、しばしば、コンピュータ化された分子モデリングの助けを借りて開発される。治療的に有用なペプチドと構造的に類似するペプチド模倣体は、同等の治療効果又は予防効果を生じさせるために使用し得る。一般的に、ペプチド模倣体は、ヒト抗体などの模範ポリペプチド（すなわち、生化学的特性又は薬理学的活性を有するポリペプチド）と構造的に類似するが、本分野で周知の方法によって、−−ＣＨ２ＮＨ−−、−−ＣＨ２Ｓ−−、−−ＣＨ２−ＣＨ２−−、−−ＣＨ＝ＣＨ−（シス及びトランス）、−−ＣＯＣＨ２−−、−−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−−及び−−ＣＨ２ＳＯ−−からなる群から選択される結合によって必要に応じて置換された１つ又はそれ以上のペプチド結合を有する。コンセンサス配列の１つ又はそれ以上のアミノ酸を同種のＤアミノ酸で体系的に置換すること（例えば、Ｌ−リジンに代えてＤ−リジン）は、より安定なペプチドを作製するために使用し得る。さらに、コンセンサス配列又は実質的に同一なコンセンサス配列変異を含む拘束されたペプチドは、本分野で公知の方法によって、例えば、ペプチドを環状化する分子内ジスルフィド架橋を形成することができる内部システイン残基を付加することによって、作製され得る（Ｒｉｚｏ  ａｎｄ  Ｇｉｅｒａｓｃｈ  Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  ６１：３８７（１９９２）、参照により、本明細書に組み込まれる。）。
【００３７】
断片又は類縁体の好ましいアミノ及びカルボキシ末端は、機能的ドメインの境界付近に生じる。構造的及び機能的ドメインは、ヌクレオチド及び／又はアミノ酸配列データを、公共の配列データベース又は独自の配列データベースと比較することによって同定することが可能である。好ましくは、コンピュータ化された比較法は、公知の構造及び／又は機能の他のタンパク質中に生じる配列モチーフ又は予測されるタンパク質立体構造ドメインを同定するために使用される。公知の三次元構造に折り畳まれるタンパク質配列を同定するための方法は公知である（Ｂｏｗｉｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５３：１６４（１９９１）を参照。）。当業者であれば、本発明に従って構造及び機能的ドメインを定義するために使用され得る配列モチーフ及び構造的立体構造を認めることができる。
【００３８】
「特異的結合因子」という用語は、標的に特異的に結合する天然分子又は非天然分子を表す。特異的結合因子の例には、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質及び小分子化合物が含まれるが、これらに限定されるものではない。ある種の実施形態において、特異的結合因子は抗体である。ある種の実施形態において、特異的結合因子は抗体の抗原結合領域である。
【００３９】
「ＥＧＦｒ特異的結合因子」という用語は、ＥＧＦｒポリペプチドの任意の部分を特異的に結合する特異的結合因子を表す。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒポリペプチドを特異的に結合する抗体である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒポリペプチドを特異的に結合するヒト抗体である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒポリペプチドに対して特異的な抗体の抗原結合領域である。
【００４０】
「特異的に結合する」という用語は、特異的結合因子が、非標的への結合より大きな親和性で、標的に結合する能力を表す。ある実施形態において、特異的結合とは、非標的に対する親和性より少なくとも１０、５０、１００、２５０、５００又は１０００倍大きな親和性での、標的への結合を表す。ある実施形態において、親和性は、アフィニティＥＬＩＳＡアッセイによって決定される。ある実施形態において、親和性は、ＢＩＡｃｏｒｅアッセイによって決定される。ある種の実施形態において、親和性は、速度論的な方法によって決定される。ある種の実施形態において、親和性は、ある実施形態において、親和性は、平衡／溶液法によって測定される。ある種の実施形態において、抗体とその認識されるエピトープの１つ又はそれ以上との間の解離定数が１μＭ以下、好ましくは１００ｎＭ以下及び最も好ましくは１０ｎＭ以下である場合に、抗体は、抗原を特異的に結合すると言われる。
【００４１】
「原型の抗体及び免疫グロブリン」は、通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖から構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は１つの共有ジスルフィド結合によって重鎖に連結されているが、異なる免疫グロブリンイソタイプの重鎖間で、ジスルフィド結合の数は異なる。各重及び軽鎖は、等間隔の鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一つの末端に、可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後に、多数の定常ドメインが続く。各軽鎖は、１つの末端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、及びその他方の末端に定常ドメインを有する。軽鎖の定常ドメインは、重鎖の最初の第一の定常ドメインとともに並置され、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと並置される。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインの間にインターフェースを形成すると考えられている（Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １８６：６５１（１９８５；Ｎｏｖｏｔｎｙ  ａｎｄ  Ｈａｂｅｒ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８２：４５９２（１９８５）；Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３４２：８７７−８８３（１９８９））。
【００４２】
「抗体」という用語は、原型の状態の抗体及び特異的結合について、原型の状態の抗体と競合するその抗原結合断片の両方を表す。「その抗原結合断片」とは、断片が抗原結合機能を保持している、原型の状態の抗体分子の一部又は断片を表す。結合断片は、組換えＤＮＡ技術によって、又はパパインを用いた切断によるなど、原型の状態の抗体の酵素的若しくは化学的切断によって産生される。結合断片には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、一本鎖抗体（「ｓｃＦｖ」）、Ｆｄ’及びＦｄ断片が含まれる。モノクローナル抗体から様々な断片を産生する方法は、当業者に周知である（例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，  １９９２，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｒｅｖ．  １３０：１５１−１８８を参照されたい。）。「二重特異的」又は「二機能性」抗体以外の抗体は、その結合部位の各々が同一であると理解される。抗体の過剰が、（インビトロ競合結合アッセイで測定した場合に）カウンター受容体に結合された受容体の量を少なくとも約２０％、４０％、６０％又は８０％低下させ、より一般的には、約８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超低下させる場合に、抗体は、カウンター受容体への受容体の接着を実質的に阻害する。
【００４３】
「単離された」抗体とは、その天然環境の成分から同定され、及び分離され、及び／又は回収されている抗体である。その天然環境の夾雑成分は、抗体に対する診断又は治療用途を妨害する物質であり、酵素、ホルモン及びその他のタンパク質又は非タンパク質性溶質が含まれ得る。好ましい実施形態において、抗体は、（１）Ｌｏｗｒｙ法によって、及びスピニングカップシークエネータの使用による末端又は内部アミノ酸配列決定によって測定された場合に、抗体の９５重量％超まで、又は（２）クマシーブルー、若しくは好ましくは、銀染色を用いた、還元若しくは非還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均一状態まで精製される。抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないので、単離された抗体には、組換え細胞内のインシチュ抗体が含まれる。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製工程によって調製される。
【００４４】
「可変」という用語は、可変ドメインのある部分の配列が抗体間で大幅に異なり、並びに各特定の抗体の、その特定の抗原に対する結合及び特異性において使用されるという事実を表す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体に均一に分布しているわけではない。可変性は、何れも軽鎖及び重鎖可変ドメイン中に存在する相補性決定領域（ＣＤＲ）又は超可変領域と呼ばれる３つのセグメント中に集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク（ＦＲ）と称される。原型の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、それぞれ、４つのＦＲ領域（大部分はβシート立体構造を採り、３つのＣＤＲによって接続されており、３つのＣＤＲは、βシート構造を接続するループを形成し、幾つかの事例では、βシート構造の一部を形成する。）を含む。各鎖中のＣＤＲは、ＦＲ領域及び他の鎖由来のＣＤＲによって、互いに近接した状態に保たれ、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ（１９９１）参照）。定常ドメインは、抗体を抗原に結合する上で直接に関与していないが、抗体依存性細胞毒性への抗体の関与など、様々なエフェクター機能を示す。
【００４５】
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識及び結合部位を含有する最小の抗体断片である。二本鎖Ｆｖ種では、この領域は、緊密に非共有会合した１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ種では、１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインは、軽鎖及び重鎖が二本鎖Ｆｖ種の構造と類似の「二量体」構造に会合できるように、柔軟なペプチドリンカーによって共有結合され得る。各可変ドメインの３つのＣＤＲが、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面上の抗原結合部位を規定するように相互作用するのは、この立体配置中である。一括して、６つのＣＤＲが抗体に対する抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に対して特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、完全な結合部位より低い親和性であるが、抗原を認識及び結合する能力を有する。
【００４６】
「超可変領域」という用語は、本明細書において使用される場合、抗原結合に必要とされる抗体のアミノ酸残基を表す。超過片領域は、一般に、「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」由来のアミノ酸残基（例えば、軽鎖可変ドメイン中の残基２４−３４（Ｌ１）、５０−６２（Ｌ２）及び８９−９７（Ｌ３）並びに重鎖可変ドメイン中の３１−５５（Ｈ１）、５０−６５（Ｈ２）及び９５−１０２（Ｈ３）；Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  ５ｔｈ  Ｅｄ．  Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，  Ｂｅｔｈｅｓｄａ，  ＭＤ．（１９９１））及び／又は「超可変ループ」由来のアミノ酸残基（例えば、軽鎖可変ドメイン中の残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）及び９１−９６（Ｌ３）並びに重鎖可変ドメイン中の２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）及び９６−１０１（Ｈ３）；Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ  １９６：９０１−９１７（１９８７））を含む。「フレームワーク領域」又は「ＦＲ」残基は、本明細書において定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。
【００４７】
本明細書において使用される場合、「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」という用語は、特異的なリガンドと接触し、その特異性を決定する免疫学的受容体の一部を表す。免疫学的受容体のＣＤＲは、受容体タンパク質の最も可変的な部分であり、受容体に多様性を付与し、受容体の可変ドメインの遠位末端に位置する６つのループ上に担持され、３つのループは、受容体の２つの可変ドメインの各々に由来する。
【００４８】
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」及び「ＡＤＣＣ」は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）を発現する非特異的細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球及びマクロファージ）が標的細胞上の結合された抗体を認識し、続いて、標的細胞の溶解を引き起こす、細胞によって媒介される反応を表す。ＡＤＣＣを媒介するための主要な細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対して、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上のＦｃ発現は、「Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９：４５７−９２（１９９１）」４６４ページの表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、米国特許第５，５００，３６２号又は第５，８２１，３３７号に記載されているものなどのインビトロＡＤＣＣアッセイを行い得る。このようなアッセイに対する有用なエフェクター細胞には、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。これに代えて又はこれに加えて、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、「Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ  ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）９５：６５２−６５６（１９８８）」に開示されているものなどの動物モデル中にて、インビボで評価し得る。
【００４９】
「エピトープ」という用語には、免疫グロブリン及び／又はＴ細胞受容体に特異的な結合をすることができる、あらゆるポリペプチド決定基が含まれる。エピトープ決定基は、通常、アミノ酸又は糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基からなり、通常、特異的な三次元構造的特徴及び特異的な電荷特性を有する。
【００５０】
本明細書において、「因子」という用語は、本明細書において、化学的化合物、化学的化合物の混合物、生物学的高分子又は生物物質から作製された抽出物を表記するために使用される。
【００５１】
本明細書において使用される、「標識」又は「標識された」という用語は、例えば、放射性標識されたアミノ酸を取り込ませることによって、又は印を付けたアビジン（例えば、光学的方法又は比色分析法によって検出することができる、蛍光マーカー又は酵素活性を含有するストレプトアビジン）によって検出することができるビオチン部分をポリペプチドに付着させることによって、検出可能なマーカーを取り込むことを表す。
【００５２】
ある状況において、前記標識又はマーカーは、治療用とすることもできる。ポリペプチド及び糖タンパク質を標識する様々な方法が本分野において公知であり、使用することができる。ポリペプチド用の標識の例には、以下の放射性同位体又は放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニドリン光体）、酵素的標識（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光基、ビオチニル基、及び二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体に対する結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）が含まれるが、これらに限定されない。幾つかの実施形態において、発生し得る立体的障害を減らすために、標識には、様々な長さのスペーサーアームが付着される。
【００５３】
本明細書において使用される「医薬又は薬物」という用語は、患者に適切に投与されたときに、所望の治療効果を誘導することができる化学的化合物又は組成物を表す。本明細書中の他の化学用語は、「ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｒｍｓ（Ｐａｒｋｅｒ，  Ｓ．，  Ｅｄ．，  ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ（１９８５））、参照により、本明細書に組み込まれる。）」に例示されているように、本分野における慣用の用法に従って使用される。
【００５４】
本明細書において、「抗癌剤」という用語は、ヒトの新生物、特に、癌腫、肉腫、リンパ腫又は白血病などの悪性（癌性）病変の発症又は進行を阻害するという機能的特性を有する因子を表すために使用される。転移の阻害は、しばしば、抗癌剤の特性である。
【００５５】
本明細書において使用される「実質的に純粋な」とは、対象種が存在する主な種であることを意味し（すなわち、モルベースでは、対象種が、組成物中の他の何れの各種より豊富である。）、好ましくは、実質的に精製された画分は、対象種が存在する全ての高分子種の少なくとも約５０％（モルベースで）を占める組成物である。一般的に、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在する全ての高分子種の約８０％超、より好ましくは、８５％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超又は９９％超を含む。最も好ましくは、対象種は、組成物が実質的に単一の高分子種からなる、実質的な均一状態（慣用的な検出法によって、莢雑種が組成物中に検出できない。）に精製される。
【００５６】
「患者」及び「対象」という用語には、ヒト及び動物対象が含まれる。
【００５７】
治療における「哺乳動物」及び「動物」という用語は、ヒト、家畜及び農場動物、並びに動物園、スポーツ又はペット動物（イヌ、ウマ、ネコ、ウシなど）などの哺乳動物として分類される全ての動物を表す。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
【００５８】
「疾病状態」という用語は、細胞若しくは身体機能、系又は臓器の中断、停止又は異常が起こった細胞又は哺乳動物個体の生理的状態を表す。
【００５９】
「治療する」又は「治療」という用語は、治療的処置及び予防的又は防止的措置の両方を表し、ここにおいて、目的は、癌の発達又は広がりなど、望ましくない生理的変化又は疾患を予防し、又は遅くする（弱める）ことである。本発明において、有益な又は所望の臨床的結果には、検出可能であると、又は検出不能であるとを問わず、症候の緩和、疾病の程度の減弱、疾病の安定化された（すなわち悪化しない）状態、疾病の進行の遅延又は減速、疾病状態の軽減又は緩和及び寛解（部分的又は完全であるとを問わない。）が含まれるが、これらに限定されるものではない。「治療」は、治療を受けていない場合に予測される生存に比べて、延長された生存も意味することが可能である。治療を必要とする者には、症状若しくは疾患を既に有する者及び症状若しくは疾患を有する傾向がある者又は症状若しくは疾患が予防されるべき者が含まれる。
【００６０】
治療が「有効」であるという記述は、その治療が施される疾病又は症状を治療するのに当該治療が有用であることを意味する。
【００６１】
「疾患」とは、１つ又はそれ以上の治療が有益である何らかの症状である。これには、哺乳動物が問題の疾患に罹患し易い病理的症状を含む慢性及び急性の疾患又は疾病が含まれる。本明細書において治療されるべき疾患の非限定的な例には、良性及び悪性腫瘍、白血病及びリンパ系悪性腫瘍、特に、乳癌、直腸癌、卵巣癌、胃癌、子宮内膜癌、唾液腺癌、肺癌、腎臓癌、大腸癌、甲状腺癌、膵臓癌、前立腺癌又は膀胱癌が含まれる。本発明に従って治療されるべき好ましい疾患は、結腸直腸癌、子宮頸癌（例えば、頸部上皮内扁平上皮及び腺新生物）、肺癌、腎細胞癌（ＲＣＣ）、食道腫瘍、上皮悪性腫瘍及び癌腫由来の細胞株などの悪性腫瘍である。
【００６２】
「ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病又は症状」には、ＥＧＦｒポリペプチドによって引き起こされる疾病又は症状、ＥＧＦｒポリペプチドによって悪化される疾病又は症状、ＥＧＦｒポリペプチドによって寄与される疾病又は症状、及びＥＧＦｒポリペプチドの存在と関連する疾病又は症状から選択される少なくとも１つの疾病又は症状が含まれる。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病又は症状は、ＥＧＦｒポリペプチドの不存在下で存在し得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒポリペプチドの量の増加又は減少は、ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病又は症状を引き起こす。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病又は症状は、ＥＧＦｒポリペプチドの量の増加又は減少によって悪化され得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病又は症状は癌である。「ＥＧＦｒ関連癌」には、ＥＧＦｒポリペプチドによって引き起こされる癌、ＥＧＦｒポリペプチドによって悪化される癌、ＥＧＦｒポリペプチドによって寄与される癌及びＥＧＦｒポリペプチドと関連する癌から選択される少なくとも１つの癌が含まれる。典型的なＥＧＦｒ関連癌には、結腸直腸癌、肺癌（非小細胞肺癌を含むが、これに限定されない。）、乳癌、腎臓癌、大腸癌、胃癌、脳腫瘍、膀胱癌、頭頸部癌、卵巣癌並びに前立腺癌が含まれるが、これらに限定されない。
【００６３】
「併用された療法」又は「併用療法」において、患者は、化学療法剤又は抗癌剤及び／又は放射線療法と組み合わせて、ＥＧＦｒ特異的結合因子を用いて治療される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は、標準的な第一次及び第二次療法に、ＥＧＦｒポリペプチドに対する特異的結合因子を追加することによるプロトコール下で治療される。ある種の実施形態において、プロトコールの設計は、腫瘍塊の減少によって評価される有効性及び標準的な化学療法の通常の用量を減少させる能力に注目する。ある種の実施形態において、これらの投薬量の減少は、化学療法剤の用量関連毒性を減少させることによって、追加の治療及び／又は延長された治療を可能とする。
【００６４】
「単独療法」は、化学療法剤又は抗癌剤又は放射線治療を伴わずに、ＥＧＦｒ特異的結合因子を患者に施すことによる疾患の治療を表す。
【００６５】
ある種の典型的な実施形態
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定するある種の典型的な方法
様々な実施形態において、試料のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、本分野で公知の様々な方法で決定することが可能である。典型的な方法には、ハイブリダイゼーションを基礎としたアッセイ、増幅を基礎としたアッセイ並びに遺伝子転写及びタンパク質発現の検出が含まれるが、これらに限定されない。
【００６６】
ある種の実施形態において、試料中のＥＧＦｒ遺伝子コピー数を決定するために、ハイブリダイゼーションを基礎としたアッセイが使用される。ある種の実施形態において、ハイブリダイゼーションを基礎としたアッセイは、蛍光インシチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）である（例えば、Ａｎｇｅｒｅｒ，  Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １５２：６４９（１９８７）；Ｐｉｎｋｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８５：９１３８−４２（１９８８）を参照。）。ある種のこのような実施形態において、試料は固定される。ある種のこのような実施形態において、試料は、１つ又はそれ以上の標的核酸の到達性を増加させるために処理される。ある種のこのような実施形態において、試料は、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上のプローブに曝露される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブは標識される。ある種の実施形態において、試料は、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列に特異的に結合する１つ又はそれ以上のプローブにも曝露される。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブは標識される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブは、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブの標識とは異なる標識で標識される。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、７番染色体上に位置する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列の２コピーが、試料中の各細胞中に存在する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、動原体性配列である。ある種の実施形態において、標識されたプローブは、蛍光顕微鏡によって検出される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数と比較される。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数に対する検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子の増加したコピー数は、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する。
【００６７】
ある種の実施形態において、試料中に存在する核の数が決定される。ある種の実施形態において、試料中に存在する核の数は、蛍光顕微鏡によって決定される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子コピー数は、試料中の核の数と比較される。ある種の実施形態において、核の数に対するＥＧＦｒ遺伝子コピー数の比は、正常な試料中では２であると予測される。ある種の実施形態において、核の数に対するＥＧＦｒ遺伝子コピー数の２を上回る比は、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する。
【００６８】
ある種の実施形態において、ハイブリダイゼーションを基礎としたアッセイは、サザンブロットである（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ，  “Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ”  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  ３ｄ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂ．Ｐｒｅｓｓ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ（２００１）参照。）。ある種のこのような実施形態において、試料から得られた核酸は電気泳動によって分離される。ある種のこのような実施形態において、分離された核酸は、固体支持体に転写される。典型的な固体支持体には、ニトロセルロース、ナイロン、ガラス、石英、ジアゾ化された膜（紙又はナイロンを含むが、これらに限定されない。）、シリコーン、ポリホルムアルデヒド、セルロース、酢酸セルロース、プラスチック（ポリエチレン、ポリプロピレン及びポリスチレンを含むが、これらに限定されない。）、紙、セラミック、金属、半金属、半導体材料並びにゼラチン、リポ多糖、ケイ酸塩、アガロース及びポリアクリルアミドを含む（但し、これらに限定されない。）ゲルを形成する物質が含まれるが、これらに限定されない。ある種のこのような実施形態において、固体支持体上の分離された核酸は、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上のプローブに曝露される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブは標識される。ある種の実施形態において、固体支持体上の分離された核酸は、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列に特異的に結合する１つ又はそれ以上のプローブにも曝露される。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブは標識される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブは、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列に特異的に結合する１つ又はそれ以上プローブの標識とは異なる標識で標識される。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、７番染色体上に位置する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列の２コピーが、試料中の各細胞中に存在する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、動原体性配列である。ある種の実施形態において、標識されたプローブは、検出される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数と比較される。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数に対する検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子の増加したコピー数は、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する。
【００６９】
ある種の実施形態において、ハイブリダイゼーションを基礎としたアッセイは、サンドイッチアッセイである（例えば、Ｈａｍｅｓ  ａｎｄ  Ｈｉｇｇｉｎｓ，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ（１９８５）；Ｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ６３：３７８−３８３（１９６９）；ａｎｄ  Ｊｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ２２３：５８２−５８７（１９６９）を参照。）。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する核酸は、固体支持体に固定化される。典型的な固体支持体には、ニトロセルロース、ナイロン、ガラス、石英、ジアゾ化された膜（紙又はナイロンを含むが、これらに限定されない。）、シリコーン、ポリホルムアルデヒド、セルロース、酢酸セルロース、プラスチック（ポリエチレン、ポリプロピレン及びポリスチレンを含むが、これらに限定されない。）、紙、セラミック、金属、半金属、半導体材料並びにゼラチン、リポ多糖、ケイ酸塩、アガロース及びポリアクリルアミドを含む（但し、これらに限定されない。）、ゲルを形成する物質が含まれるが、これらに限定されない。固定化の典型的な種類には、カルボン酸、アルデヒド、アミノ基、シアノ基、エチレン基、ヒドロキシル基及びメルカプト基を含む（但し、これらに限定されない。）１つ又はそれ以上の官能基を介した、共有結合又は連結が含まれるが、これらに限定されない。
【００７０】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する固定化された核酸は、試料から得られた核酸に曝露される。ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上のＥＧＦｒ遺伝子は、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する固定化された核酸にハイブリッド形成する。ある種の実施形態において、洗浄工程は、固定化された核酸から、ハイブリッド形成しなかった試料核酸及び／又は誤ってハイブリッド形成した試料核酸を除去する。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子：固定化された核酸複合体は、ＥＧＦｒ遺伝子特異的プローブに曝露される。ある種の実施形態において、プローブは標識されている。ある種の実施形態において、標識は定量的に検出される。ある種の実施形態において、試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、当該試料中の少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数と比較される。ある種の実施形態において、腫瘍原性試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、正常な試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数と比較される。ある種の実施形態において、悪性試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、正常な試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数と比較される。
【００７１】
ある種の実施形態において、試料のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、増幅を基礎としたアッセイによって決定される。増幅を基礎とした典型的なアッセイには、定量的ＰＣＲ（例えば、Ｐｏｒｏｐａｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍ．４４：７２４−７３０，  １９９８を参照。）、リガーゼ連鎖反応（例えば、Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４：５６０（１９８９）；Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１  ：１０７７（１９８８）；ａｎｄ  Ｂａｒｒｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｅｎｅ  ８９：１１７（１９９０）を参照。）、転写増幅（例えば、Ｋｗｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８６：１１７３（１９８９）を参照。）、競合的ＰＣＲ（例えば、Ｈｏｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｅｘｐ．Ｂｏｔａｎｙ  ５３：１５１５−２０（２００２）を参照。）及び自律的配列複製（例えば、Ｇｕａｔｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８７：１８７４（１９９０）を参照。）が含まれるが、これらに限定されない。
【００７２】
ある種の実施形態において、試料のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、上記方法の何れかを用いて、試料中のＥＧＦｒ遺伝子転写物の量を定量することによって決定される。
【００７３】
ある種の実施形態において、試料のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、本分野で公知の方法を用いたＥＧＦｒポリペプチド発現の定量によって決定される。典型的なポリペプチド定量法には、２８０ｎｍの吸光度を測定することを含む（但し、これに限定されない。）吸光分析；標識された抗ＥＧＦｒ抗体との試料抽出物の温置に続く、特異的に結合された抗ＥＧＦｒ抗体の定量、並びに電気泳動後の濃度測定又はウェスタン分析及び検出装置に連結されたカラムクロマトグラフィーを含む（但し、これらに限定されない。）クロマトグラフィーが含まれるが、これらに限定されない。
【００７４】
ある種の実施形態において、試料のＥＧＦｒのコピー数を決定するために、アレイを基礎としたシステムが使用される。アレイを基礎とした典型的なシステムには、ハイブリダイゼーションを基礎としたアッセイ、増幅を基礎としたアッセイ、遺伝子転写の定量及びタンパク質発現の定量を伴うアレイを基礎としたシステムが含まれるが、これらに限定されない。ある種の典型的なアレイ法は、以下に記載されている。
【００７５】
ある種の典型的なアレイ
ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上の対象から得られた試料中のＥＧＦｒ遺伝子コピー数は、本分野において公知であるマイクロアレイ技術を用いて決定される（例えば、Ｐｏｌｌａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２３：４１−４６（１９９９）；Ｐａｓｔｉｎｅｎ，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．７：６０６−６１４（１９９７）；Ｊａｃｋｓｏｎ，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：１６８５（１９９６）；Ｃｈｅｅ，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７４：６１０（１９９５）；ａｎｄ  Ｐｉｎｋｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２０：２０７−２１１（１９９８）参照。）。ある種の実施形態において、１又はそれ以上の対象から得た２つ又はそれ以上の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、マイクロアレイ技術を用いて測定される。ある種のこのような実施形態において、２つ又はそれ以上の試料は、単一の対象から採取される。ある種のこのような実施形態において、２つ又はそれ以上の試料の一方はＥＧＦｒ関連腫瘍から得られ、２つ又はそれ以上の試料の他方は非腫瘍原性の正常な組織から得られる。
【００７６】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の決定の前に、試料は処理されない。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の決定の前に、試料は処理される。ある種の実施形態において、試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、試料の処理前及び処理後の両方で決定される。
【００７７】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に特異的に結合する１つ又はそれ以上の分子を含むマイクロアレイが提供される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子に対して相補的な１つ又はそれ以上の核酸を含むマイクロアレイが提供される。ある種のこのような実施形態において、核酸は、１つ又はそれ以上の対象から得られた１つ又はそれ以上の試料から抽出され、抽出された核酸は、ＥＧＦｒ遺伝子ハイブリダイゼーション複合体を形成させるために、マイクロアレイ中のＥＧＦｒ遺伝子に対して相補的な１つ又はそれ以上の核酸に曝露される。ある種のこのような実施形態において、マイクロアレイ中のＥＧＦｒ遺伝子ハイブリダイゼーション複合体の量が定量される。ある種のこのような実施形態において、定量は、ＥＧＦｒ遺伝子ハイブリダイゼーション複合体へ、標識された分子を結合すること及び標識を定量的に検出することによって行われる。ある種のこのような実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子は標識され、ＥＧＦｒ遺伝子ハイブリダイゼーション複合体の形成後に、定量的に検出される。
【００７８】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌に対する候補治療は、マイクロアレイ技術を用いてスクリーニングされる。ある種のこのような実施形態において、患者に治療を施す前に患者から得られた第一の試料中で、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が決定され、治療を施した後の時点で、患者から得られた第二の試料中で、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が決定される。ある種のこのような実施形態において、第一の試料及び第二の試料のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が比較され、前記第一の試料のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数に対する前記第二の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の減少は、治療が前記患者において有効であることを示す。
【００７９】
ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上の試料中の１つ又はそれ以上のＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在は、マイクロアレイ技術を用いて評価される。ある種のこのような実施形態において、ｍＲＮＡは、まず、細胞又は組織試料から抽出され、続いて、ｃＤＮＡへと変換され、ｃＤＮＡがマイクロアレイにハイブリッド形成される。ある種のこのような実施形態において、マイクロアレイに特異的に結合されたｃＤＮＡの存在又は不存在は、ＥＧＦｒの存在又は不存在の指標である。ある種のこのような実施形態において、１つ又はそれ以上のＥＧＦポリペプチドの発現レベルは、マイクロアレイに特異的に結合されたｃＤＮＡの量を定量することによって評価される。ある種のこのような実施形態において、細胞又は組織は評価前に処理され、この処理が１つ又はそれ以上のＥＧＦｒポリペプチドの発現に影響を与える能力も評価される。
【００８０】
ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上のＥＧＦｒポリペプチドを含むマイクロアレイが提供される（例えば、ＭｃＢｅａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２８９：１７６０−１７６３，  ２０００参照）。ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上のＥＧＦｒポリペプチドに対する候補特異的結合因子は、ＥＧＦｒポリペプチドマイクロアレイを用いてスクリーニングされる。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒポリペプチドに対する１つ又はそれ以上の特異的結合因子を含むマイクロアレイが提供される。ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上の試料中のＥＧＦｒポリペプチドの量が評価される。
【００８１】
ある種の典型的な特異的結合因子及び抗体
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子が提供される。ある種のこのような実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は抗体又はその抗原結合断片である。
【００８２】
ある種の実施形態において、モノクローナル抗体は、「Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ，  Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５（１９７５）」によって初めて記載されたハイブリドーマ法を用いて作製し得る。ある種の実施形態において、モノクローナル抗体は、組換えＤＮＡ法によって作製し得る（米国特許第４，８１６，５６７号）。
【００８３】
ハイブリドーマ法のある種の実施形態において、マウス又は他の適切な宿主動物（ハムスター又はマカクザルを含むが、これらに限定されない。）は、免疫化のために使用されるタンパク質に特異的に結合する抗体を産生し、又は産生することができるリンパ球を惹起するために免疫される。ある種の実施形態において、リンパ球はインビトロで免疫され得る。ある種の実施形態において、リンパ球又はＢ細胞が濃縮されたリンパ球は、電気細胞融合法によって、又はポリエチレングリコールなどの適切な融合剤を用いることによって骨髄腫と融合されて、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，  ｐｐ．５９−１０３，［Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９６］）。
【００８４】
ある種の実施形態において、ハイブリドーマ細胞は、非融合親骨髄腫細胞の増殖又は生存を阻害する１つ又はそれ以上の物質を好ましくは含有する適切な媒地中に播種され、増殖される。ある種の実施形態において、親骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ）を欠如している場合には、ハイブリドーマ用培地は、典型的には、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の増殖を抑制する物質である、ヒポキサンチン、アミノプテリン及びチミジン（ＨＡＴ培地）を含む。
【００８５】
ある種の実施形態において、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定な高レベル産生を支持し、及びＨＡＴ培地などの培地に対して感受性である骨髄腫細胞が選択される。典型的な骨髄腫細胞株には、「Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  ＵＳＡ」から入手可能なＭＯＰ−２１及びＭＣ−１１マウス腫瘍並びに「Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，  Ｍａｒｙｌａｎｄ  ＵＳＡ」から入手可能なＳＰ−２又はＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞から誘導されるものなどのマウス骨髄腫株が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、ヒト骨髄腫及び／又はマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株が、ヒトモノクローナル抗体の産生のために使用される（Ｋｏｚｂｏｒ，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，  ｐｐ．５１−６３，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，［１９８７］）。
【００８６】
ある種の実施形態において、ハイブリドーマ細胞がその中で増殖している培地は、抗原に対して誘導されたモノクローナル抗体の産生についてアッセイされる。ある種の実施形態において、ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって、又はインビトロでの結合アッセイによって測定される。典型的な結合アッセイには、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）及び「Ｍｕｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎａｌ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  １０７：２２０（１９８０）」のスキャッチャード分析が含まれるが、これらに限定されない。
【００８７】
ある種の実施形態において、所望される特異性、親和性及び／又は活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定された後、細胞は、限界希釈操作によってサブクローニングし、及び標準的な方法によって増殖させ得る（Ｇｏｄｉｎｇ，  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，  ｐｐ．５９−１０３，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９６）。この目的のための典型的な培地には、ＤＭＥＭ及びＲＰＭＩ−１６４０培地が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、ハイブリドーマ細胞は、動物中の腹水腫瘍としてインビボで増殖され得る。
【００８８】
ある種の実施形態において、サブクローンによって分泌されるモノクローナル抗体は、例えば、プロテインＡ−セファロース、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析又はアフィニティークロマトグラフィーなどの慣用の免疫グロブリン精製操作によって、培地、腹水液又は血清から適切に分離される。
【００８９】
ある種の実施形態において、モノクローナル抗体をコードする核酸は、慣用の手順を用いて（例えば、モノクローナル抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを用いることによって）容易に単離及び配列決定される。ある種のこのような実施形態において、ハイブリドーマ細胞は、このような核酸の好ましい採取源としての役割を果たす。ある種の実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは発現ベクター中に配置され得る。ある種のこのような実施形態において、発現ベクターは、組換え宿主細胞中でのモノクローナル抗体の合成を取得するために宿主細胞中に形質移入される。典型的な宿主細胞には、本来免疫グロブリンタンパク質を産生しない、Ｅ．コリ細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞又は骨髄腫細胞が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、核酸は、例えば、非免疫グロブリンポリペプチドに対するコード配列の全部又は一部を免疫グロブリンコード配列に共有結合させることにより、修飾することができ、「キメラ」又は「ハイブリッド」抗体を作製する。
【００９０】
ある種の実施形態において、非免疫グロブリンポリペプチドが、抗体の定常ドメインを置換する。ある種の実施形態において、標的抗原に対して特異性を有する１つの抗原結合部位と異なる抗原に対して特異性を有する抗原結合部位とを含むキメラ二価抗体を作製するために、非免疫グロブリンポリペプチドが、抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインを置換する。
【００９１】
ある種の実施形態において、キメラ又はハイブリッド抗体は、架橋剤を含むものなど（これに限定されない。）の合成タンパク質化学中の公知の方法を用いてインビトロで調製することが可能である。ある種のこのような実施形態において、イムノトキシンは、ジスルフィド交換反応を用いて、又はチオエーテル結合を形成することによって構築することが可能である。この目的のための典型的な試薬には、イミノチオラート及びメチル−４−メルカプトブチルイミダートが含まれるが、これらに限定されない。
【００９２】
ある種の実施形態において、標的抗原に対するヒト抗体が提供される。ある種の実施形態において、融合対としてヘテロ骨髄腫（マウス×ヒトハイブリッド骨髄腫）を用いてヒト抗体を作製するために、ハイブリドーマ技術が拡張される（Ｋｏｚｂｏｒ，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，  ｐｐ．５１−６３，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，［１９８７］）。ある種の実施形態において、ヒト抗体分泌細胞は、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）での感染によって不死化することが可能である（Ｊａｍｅｓ  ａｎｄ  Ｂｅｌｌ，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  １００：５−４０［１９８７］）。ある種の実施形態において、ヒトＢ細胞の不死化は、形質転換遺伝子の所定の組み合わせを導入することによって達成することが可能である（Ｈａｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ４００：４６４−４６８［１９９９］）。
【００９３】
ある種の実施形態において、免疫化すると、内在性免疫グロブリン産生の不存在下でヒト抗体のレパートリーを作製することができるトランスジェニック動物（例えば、マウス）が、ヒト抗体を作製するために使用される（例えば、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ，  Ｎａｔｕｒｅ  ３６２：２５５−２５８［１９９３］；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ，  Ｉｎｔ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３：６５−９３［１９９５］；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  １４：８４５−８５１［１９９６］；Ｍｅｎｄｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  １５：１４６−１５６［１９９７］；Ｇｒｅｅｎ，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２３１  ：１１−２３［１９９９］；Ｔｏｍｉｚｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９７：７２２−７２７［２０００］を参照；Ｌｉｔｔｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｔｏｄａｙ  ２１  ：３６４−３７０［２０００］に概説）。キメラ及び生殖系列変異体マウス中の抗体重鎖連結領域（ＪＨ）遺伝子のホモ接合欠失は、内在性抗体産生の完全な阻害をもたらすことが記載されている（Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  ＳｃＬ  ＵＳＡ  ９０：２５５１−２５５５［１９９３］）。このような生殖系列変異体マウス中にヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子アレイを導入することにより、抗原誘発時にヒト抗体の産生をもたらす（Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３６２：２５５−２５８［１９９３］）。
【００９４】
Ｍｅｎｄｅｚら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １５：１４６−１５６［１９９７］）は、抗原で誘発されたときに、高親和性の完全なヒト抗体を生成する、「Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ（登録商標）ＩＩ」と称されるトランスジェニックマウスの系列を作製した。これは、内在性ＪＨセグメント中に欠失を有するマウス中への、メガベースヒト重鎖及び軽鎖遺伝子座の生殖系列組み込みによって達成された。ＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（登録商標）ＩＩは、約６６のＶＨ遺伝子、完全なＤＨ及びＪＨ領域及び３つの異なる定常領域（μ、δ及びλ）を含有するヒト重鎖遺伝子座の１，０２０ｋｂを保有し、３２Ｖκ遺伝子遺伝子、Ｊκセグメント及びＣκ遺伝子を含有するヒトκ遺伝子座の８００ｋｂも保有する。ある種の実施形態において、これらのマウス中で産生される抗体は、遺伝子再編成、集合及びレパートリーを含む全ての点でヒトに見られる抗体と酷似する。ある種の実施形態において、ヒト抗体は、マウス遺伝子座中の遺伝子再編成を抑制する内在性ＪＨセグメント中の欠失のために、内在性抗体に比べて優先的に発現される。
【００９５】
ある種の実施形態において、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含むトランスジェニック動物（例えば、Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ（登録商標）ＩＩ（Ａｂｇｅｎｉｘ，Ｉｎｃ．））は、ＥＧＦｒポリペプチドなど、特に興味のある抗原で免疫化され得る。ある種の実施形態において、これらの免疫化された動物から得られる血清は、初期抗原に対する抗体反応性についてスクリーニングされる。ある種の実施形態において、リンパ球はリンパ節又は脾細胞から単離され、ＣＤ１３８陰性及びＣＤ１９＋細胞について選択することにより、Ｂ細胞に関してさらに濃縮され得る。ある種の実施形態において、これらのＢ細胞培養（ＢＣＣ）は、上に詳述されているようにハイブリドーマを作製するために、骨髄腫細胞に融合される。ある種の実施形態において、これらのＢ細胞培養物は、初期抗原に対する反応性についてさらにスクリーニングされる。このようなスクリーニングには、ＥＬＩＳＡ、目的の抗原を結合する公知の抗体を用いた競合アッセイ及び抗原を発現する一過性に形質移入されたＣＨＯ細胞へのインビトロ結合が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、目的の抗体を分泌する単一のＢ細胞が、特異的な溶血斑アッセイによって同定される。ある種のこのような実施形態において、溶解の標的とされる細胞は、前記抗原で被覆されたヒツジ赤血球（ＳＲＢＣ）である。ある種のこのような実施形態において、斑の形成は、標的細胞の特異的抗原媒介性溶解を示し、従って、目的の免疫グロブリン及び補体を分泌するＢ細胞培養の存在を示す。ある種のこのような実施形態において、斑の中心にある単一の抗原特異的形質細胞を単離し、ｍＲＮＡの単離のために使用することが可能である。
【００９６】
ある種の実施形態において、分泌された抗体の可変領域をコードする核酸は、逆転写酵素ＰＣＲを用いてクローニングすることが可能である。ある種の実施形態において、クローニングされた核酸は、ｐｃＤＮＡなどのベクターカセット、又は免疫グロブリン重鎖及び軽鎖の定常ドメインを含有するｐｃＤＮＡベクターなどの適切な発現ベクター中にさらに挿入される。ある種の実施形態において、作製されるベクターは宿主細胞（すなわち、ＣＨＯ細胞）中に形質移入され、プロモーターを誘導し、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードする遺伝子を増幅するのに適するように修飾された慣用の栄養素培地中で培養される。
【００９７】
ある種の実施形態において、ファージディスプレイ技術は、免疫化されていないドナーから得られる免疫グロブリン可変（Ｖ）ドメイン遺伝子レパートリーから、ヒト抗体及び抗体断片をインビトロで作製するために使用される（例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５３［１９９０］；Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ  ａｎｄ  Ｌｉｔｔｌｅ，  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  １２：１７３−２０１［１９９９］に概説；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｃｈａｍｅｓ，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｔｏｄａｙ  ２１：３７１−３７８［２０００］参照）。ある種のこのような実施形態において、抗体Ｖドメイン遺伝子は、Ｍ１３又はｆｄなどの糸状バクテリオファージのメジャー又はマイナーコートタンパク質遺伝子の何れか中に、インフレームにクローニングされ、ファージ粒子の表面上に、機能的抗体断片として提示される。ある種の実施形態において、糸状粒子は、ファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを含有し、抗体の機能的特性に基づく選択も、これらの特性を示す抗体をコードする遺伝子の選択をもたらす。ファージディスプレイは、以下の文書：Ｊｏｈｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｃｈｉｓｗｅｌｌ，  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３：５６４−５７１［１９９３）］；Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １２：４３３−４５５［１９９４］；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ａｎｄ  Ｃａｒｔｅｒ，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｓｔｒｕｃｔ．  Ｂｉｏｌ．  ８：４４３−４５０［１９９８］；及びＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｃｈａｍｅｓ，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  ２１：３７１−３７８［２０００］中に特定されているものを含む（但し、これらに限定されない。）様々な形式で実施することが可能である。ファージディスプレイ用のＶ遺伝子セグメントの源には、免疫化されたマウスの脾臓から誘導されたＶ遺伝子の小さなランダムコンビナトリアルライブラリー（Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，（Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８［１９９１］）及び免疫されていないヒトドナー由来のＶ遺伝子のレパートリー（Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２２：５８１−５９７（１９９１）、又はＧｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １２：７２５−７３４（１９９３））が含まれるが、これに限定されるものではない。
【００９８】
ある種の実施形態において、天然免疫反応において、抗体遺伝子は高い速度で変異を蓄積する（体細胞超変異）。ある種の実施形態において、導入された変化の幾つかは、より高い親和性を付与する。ある種の実施形態において、高親和性表面免疫グロブリンを提示するＢ細胞は、その後の抗原誘発の間に、優先的に複製及び分化される。ある種の実施形態において、この天然の過程は、「チェーンシャフリング」として知られる技術（Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌ．１０：７７９−７８３［１９９２］）を用いることによって模倣することが可能である。ある種のこのような実施形態において、ファージディスプレイによって得られた「一次」ヒト抗体の親和性は、重鎖及び軽鎖Ｖ領域遺伝子を、免疫化されていないドナーから得られたＶドメイン遺伝子の天然に存在するバリアントのレパートリー（レパートリー）と順次交換することによって改善することが可能であり、ｎＭ域の親和性を有する抗体及び抗体断片の産生を可能とする。ある種の実施形態において、「Ｗａｔｅｒｈｏｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２１  ：２２６５−２２６６（１９９３）」によって記載されているように、極めて巨大なファージ抗体レパートリーが構築される（「マザー・オブ・オール・ライブラリー」としても知られる。）。ある種のこのような実施形態において、高親和性ヒト抗体は、巨大なファージライブラリーから直接単離される（例えば、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３２４５−３２６０（１９９４）を参照。）。ある種の実施形態において、げっ歯類抗体からヒト抗体を誘導するために遺伝子シャッフリングを使用することが可能であり、ヒト抗体は、出発するげっ歯類抗体と類似の親和性及び特異性を有する。ある種のこのような実施形態において、ファージディスプレイ技術によって得られたげっ歯類抗体の重鎖又は軽鎖Ｖドメイン遺伝子は、ヒトＶドメイン遺伝子のレパートリーと交換され、げっ歯類−ヒトキメラ（「エピトープインプリンティング」とも称される。）を作出する。ある種の実施形態において、抗原による可変領域の選択は、機能的な抗原結合部位を回復することが可能なヒト可変領域の単離をもたらす。すなわち、エピトープがパートナーの選択を支配（インプリント）する。ある種の実施形態において、残存するげっ歯類Ｖドメインを置換するために本過程が反復される場合には、フレームワークを有しないか、又はげっ歯類起源のＣＤＲ残基を有するヒト抗体が得られる（例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ９３／０６２１３号を参照。）。
【００９９】
ある種の典型的な治療
ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療の中に含めることによって、治療的使用を有し得る。この用途では、疾病又は症状を治療するためのＥＧＦｒ特異的結合因子の使用について述べる場合、このような使用は、ＥＧＦｒ特異的結合因子そのもの、ＥＧＦｒ特異的結合因子を含む組成物及び／又はＥＧＦｒ特異的結合因子及び１つ又はそれ以上の追加の活性成分を含む併用療法の使用を含み得る。ＥＧＦｒ特異的結合因子は、疾病又は症状を「治療する」ために使用される場合には、このような治療は、疾病又は症状の予防を含んでもよく、又は含まなくてもよい。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦ受容体の、そのリガンドであるＥＧＦとの相互作用を遮断することが可能である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子はＥＧＦ受容体を活性化することが可能である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子はＥＧＦ受容体を恒常的に活性化することが可能である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子はＥＧＦ受容体の活性化を遮断することが可能である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子はＥＧＦ受容体の活性化を恒常的に遮断することが可能である。
【０１００】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は単独で投与される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、少なくとも１つの他の治療剤の投与の前に投与される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、少なくとも１つの他の治療剤の投与と同時に投与される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、少なくとも１つの他の治療剤の投与の後に投与される。典型的な治療剤には、少なくとも１つの他の癌治療剤が含まれるが、これに限定されない。典型的な癌治療剤には、放射線療法及び化学療法が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０１】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子医薬組成物は、併用療法において、すなわち、他の薬剤と組み合わせて投与することが可能である。ある種の実施形態において、併用療法は、少なくとも１つの抗血管新生因子と組み合わせた、ＥＧＦｒ特異的結合因子を含む。典型的な因子には、インビトロで合成的に調製された化学的組成物、抗体、抗原結合領域、放射性核種並びにこれらの組み合わせ及び抱合物が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、因子は、アゴニスト、アンタゴニスト、アロステリック調節物質又は毒素として作用し得る。ある種の実施形態において、因子は、その標的（例えば、受容体又は酵素の活性化又は阻害）を阻害又は刺激することによって、細胞死を促進し、又は細胞増殖を停止させるように作用し得る。
【０１０２】
典型的な化学療法治療には、アルキル化剤（ナイトロジェンマスタード（メクロレタミン、シクロホスファミド、イフォスファミド、メルファラン及びクロラムブシルを含むが、これらに限定されない。）；ニトロソウレア（カルムスチン、ＢＣＮＵ、ロムスチン、ＣＣＮＵ及びセムスチン、メチル−ＣＣＮＵを含むが、これらに限定されない。）；ＴｅｍｏｄａｌＴＭ、テモゾラミド；エチレンイミン／メチルメラミン（トリエチレンメラミン（ＴＥＭ）、トリエチレン、チオホスホルアミド、チオテパ、ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ）及びアルトレタミンを含むが、これらに限定されない。）；スルホン酸アルキル（ブサルファンを含むが、これに限定されない。）を含むが、これらに限定されない。）；トリアジン（ダカルバジン（ＤＴＩＣ）を含むが、これに限定されない。）；代謝拮抗剤（メトトレキサート及びトリメトレキサートなどの葉酸類縁体を含むが、これらに限定されない。）；ピリミジン類縁体（５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、フルオロデオキシウリジン、ゲムシタビン、シトシンアラビノシド（ＡｒａＣ、シタラビン）、５−アザシチジン及び２，２’−ジフルオロデオキシシチジンを含むが、これらに限定されない。）；プリン類縁体（６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アザチオプリン、２’−デオキシコホルマイシン（ペントスタチン）、エリスロヒドロキシノニルアデニン（ＥＨＮＡ）、リン酸フルダラビン、クラドリビン及び２−クロロデオキシアデノシン（２−ＣｄＡ）を含むが、これらに限定されない。）；天然産物（パクリタキセルなどの有糸分裂阻害薬を含むが、これらに限定されない。）；ビンカアルカロイド（ビンブラスチン（ＶＬＢ）、ビンクリスチン及びビノレルビンを含むが、これらに限定されない。）；タキソテール；エストラムスチン及びリン酸エストラムスチン；ｐｐｉポドフィロトキシン（エトポシド及びテニポシドを含むが、これらに限定されない。）；抗生物質（アクチノマイシンＤ，ダウノマイシン、ルビドマイシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、イダルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン、ミトラマイシン、マイトマイシンＣ及びアクチノマイシン含むが、これらに限定されない。）；酵素（Ｌ−アスパラギナーゼを含むが、これに限定されない。）；インターフェロン−α、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ及びＧＭ−ＣＳＦを含む（但し、これらに限定されない。）生物応答修飾物質：ドキシサイクリン（ｄｏｘｙｃｙｃｋｉｎｅ）；塩酸イリノテカン；分類不能な因子（シスプラチン及びカルボプラチンなどの白金配位錯体を含むが、これに限定されない。）；アントラセンジオン（ミトキサントロンを含むが、これに限定されない。）；置換された尿素（ヒドロキシ尿素を含むが、これに限定されない。）；メチルヒドラジン誘導体（Ｎ−メチルヒドラジン（ＭＩＨ）及びプロカルバジン含むが、これに限定されない。）；副腎皮質抑制物質（ミトタン（ｏ，ｐ’−ＤＤＤ）及びアミノグルテチミドを含むが、これらに限定されない。）；ホルモン及びアンタゴニスト（プレドニゾン及び均等物、デキサメサゾン並びにアミノグルテチミドなどの副腎皮質ステロイドアンタゴニストを含むが、これらに限定されない。）；Ｇｅｍ���ａｒＴＭ、ゲムシタビン；プロゲスチン（カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロールを含むが、これらに限定されない。）；エストロゲン（ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール均等物を含むが、これらに限定されない。）；抗エストロゲン（タモキシフェンを含むが、これに限定されない。）；アンドロゲン（プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／均等物を含むが、これらに限定されない。）；抗アンドロゲン（フルタミド、性腺刺激ホルモン放出ホルモン類縁体及びリュープロリドを含むが、これらに限定されない。）；オキサリプラチン、Ｅｌｏｘａｔｉｎ（登録商標）、カペシタビン、Ｘｅｌｏｄａ（登録商標）、ペメトレキセド、Ａｌｉｍｔａ（登録商標）、レトロゾール、Ｆｅｍａｒａ（登録商標）、アナストロゾール、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標）及び非ステロイド性抗アンドロゲン（フルタミドを含むが、これに限定されない。）を含む（但し、これらに限定されない）抗癌剤が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０３】
ＥＧＦｒ特異的結合因子とともに施され得る典型的な癌療法には、標的化された療法が含まれるが、これに限定されない。標的化された治療の例には、治療抗体の使用が含まれるが、これに限定されない。典型的な治療抗体には、マウス、マウス−ヒトキメラ、ＣＤＲグラフト化、ヒト化及びヒト抗体並びに抗体ライブラリーをスクリーニングすることによって選択されたものを含む（これらに限定されない。）合成抗体が含まれるが、これらに限定されない。典型的な抗体には、細胞表面タンパク質Ｈｅｒ２、ＣＤＣ２０、ＣＤＣ３３及びムチン様糖タンパク質に結合するものが含まれ（但し、これらには限定されない。）、これらのタンパク質を提示する腫瘍細胞に対して、細胞抑制及び／又は細胞毒性効果を場合によって誘導する。典型的な抗体には、乳癌及び癌の他の形態を治療するために使用し得る、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮＴＭ、トラスツズマブ；非ホジキンリンパ腫及び癌の他の形態を治療するために使用し得る、ＲＩＴＵＸＡＮＴＭ、リツキシマブ、ＺＥＶＡＬＩＮＴＭ、イブリツモマブチウキセタン及びＬＹＭＰＨＯＣＩＤＥＴＭ、エプラツズマブ；慢性骨髄性白血病及び消化管間質腫瘍を治療するために使用し得るＧＬＥＥＶＥＣＴＭ、メシル酸イマチニブ；並びに非ホジキンリンパ腫を治療するために使用し得る、ＢＥＸＸＡＲＴＭ、ヨウ素１３１トシツモマブも含まれるが、これらに限定されない。ある種の典型的な抗体には、ＥＲＢＩＴＵＸＴＭ；ＩＭＣ−Ｃ２２５；ＩｒｅｓｓａＴＭ；ゲフィチニブ；ＴＡＲＣＥＶＡＴＭ、エルチノリブ；ＫＤＲ（キナーゼドメイン受容体）阻害剤；抗ＶＥＧＦ抗体及びアンタゴニスト（例えば、ＡｖａｓｔｉｎＴＭ及びＶＥＧＡＦ−ＴＲＡＰ）；抗ＶＥＧＦ受容体抗体及び抗原結合領域；抗Ａｎｇ−１及びＡｎｇ−２抗体及び抗原結合領域；Ｔｉｅ−２並びにその他のＡｎｇ−１及びＡｎｇ−２受容体に対する抗体；Ｔｉｅ−２リガンド；Ｔｉｅ−２キナーゼ阻害剤に対する抗体；及びＣａｍｐａｔｈ（登録商標）、アレムツズマブも含まれる。ある種の実施形態において、癌治療剤は、ＴＲＡＩＬなどのＴＮＦ関連ポリペプチドを含む（これに限定されない。）、腫瘍細胞中にアポトーシスを選択的に誘導するその他のポリペプチドである。
【０１０４】
ある種の実施形態において、癌治療剤は、血管新生を減少させる抗血管新生剤である。ある種のこのような薬剤には、ＥＲＢＩＴＵＸＴＭ、ＩＭＣ−Ｃ２２５；ＫＤＲ（キナーゼドメイン受容体）阻害剤（例えば、キナーゼドメイン受容体に特異的に結合する、抗体及び抗原領域）；ＡＶＡＳＴＩＮＴＭ又はＶＥＧＦ−ＴＲＡＰＴＭなどの抗ＶＥＧＦ剤（例えば、ＶＥＧＦを特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合領域又は可溶性ＶＥＧＦ受容体若しくはそのリガンド結合領域）；抗ＶＥＧＦ受容体因子（例えば、ＶＥＧＦ受容体に特異的に結合する、抗体又は抗原結合領域）；ＩＲＥＳＳＡＴＭ、ゲフィチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡＴＭ、エルロチニブ、抗Ａｎｇ１及び抗Ａｎｇ２剤（例えば、これら又はこれらの受容体（例えば、Ｔｉｅ２／Ｔｅｋ）に特異的に結合する、抗体又は抗原結合領域）などのＥＧＦＲ阻害剤；並びに抗Ｔｉｅ−２キナーゼ阻害剤（例えば、Ｔｉｅ−２キナーゼに特異的に結合する、抗体又は抗原結合領域）が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、医薬組成物は、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ、Ｓｃａｔｔｅｒ  Ｆａｃｔｏｒとしても知られる。）のアンタゴニスト及びその受容体「ｃ−ｍｅｔ」を特異的に結合する抗体又は抗原結合領域など、増殖因子の活性を特異的に結合及び阻害する１つ又はそれ以上の因子（例えば、抗体、抗原結合領域又は可溶性受容体）も含み得る。
【０１０５】
典型的な抗血管新生剤には、Ｃａｍｐａｔｈ、ＩＬ−８、Ｂ−ＦＧＦ、Ｔｅｋアンタゴニスト（Ｃｅｒｅｔｔｉら、米国特許出願公開第２００３／０１６２７１２号；米国特許第６，４１３，９３２号）；抗ＴＷＥＡＫ剤（例えば、特異的に結合する抗体若しくは抗原結合領域又は可溶性ＴＷＥＡＫ受容体アンタゴニスト；例えば、Ｗｉｌｅｙ、米国特許第６，７２７，２２５参照）；インテグリンがそのリガンドへ結合するのを拮抗するためのＡＤＡＭディスインテグリンドメイン（Ｆａｎｓｌｏｗら、米国特許出願公開第２００２／００４２３６８号）；特異的に結合する抗ｅｐｈ受容体及び／又は抗エフリン抗体若しくは抗原結合領域（米国特許第５，９８１，２４５号；同第５，７２８，８１３号；同第５，９６９，１１０号；同第６，５９６，８５２号；同第６，２３２，４４７号；同第６，０５７，１２４号；並びにこれらの特許ファミリーの一員）；抗体ＰＤＧＦ−ＢＢアンタゴニスト（例えば、特異的に結合する抗体又は抗原結合領域）並びにＰＤＧＦ−ＢＢリガンドに特異的に結合する、抗体又は抗原結合領域並びにＰＤＧＦＲキナーゼ阻害剤（例えば、ＰＤＧＦＲキナーゼに特異的に結合する、抗体又は抗原結合領域）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０６】
典型的な抗血管新生／抗腫瘍剤には、ＳＦ−７７８４（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ）；シレンギチド（ｃｉｌｅｎｇｉｔｉｄｅ）（Ｍｅｒｃｋ  ＫｇａＡ，  Ｇｅｒｍａｎｙ，  ＥＰＯ  ７７０６２２）；ペガプタニブ八ナトリウム（Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＵＳＡ）；アルファスタチン（ＢｉｏＡｃｔａ，ＵＫ）；Ｍ−ＰＧＡ（Ｃｅｌｇｅｎｅ，ＵＳＡ，米国特許第５，７１２，２９１号）；イロマスタット（Ａｒｒｉｖａ，ＵＳＡ，米国特許第５，８９２，１１２号）；エマキサニブ（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ，米国特許第５，７９２，７８３号）；バタラニブ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）；２−メトキシエストラジオール（ＥｎｔｒｅＭｅｄ，ＵＳＡ）；ＴＬＣ  ＥＬＬ−１２（Ｅｌａｎ，Ｉｒｅｌａｎｄ）；酢酸アネコルタブ（Ａｌｃｏｎ，ＵＳＡ）；α−Ｄ１４８  Ｍａｂ（Ａｍｇｅｎ，ＵＳＡ）；ＣＥＰ−７０５５（Ｃｅｐｈａｌｏｎ，ＵＳＡ）；抗Ｖｎ  Ｍａｂ（Ｃｒｕｃｅｌｌ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）；ＤＡＣ：抗血管新生（ＣｏｎｊｕＣｈｅｍ，  Ｃａｎａｄａ）；Ａｎｇｉｏｃｉｄｉｎ（ＩｎＫｉｎｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，ＵＳＡ）；ＫＭ−２５５０（Ｋｙｏｗａ  Ｈａｋｋｏ，  Ｊａｐａｎ）；ＳＵ−０８７９（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ）；ＣＧＰ−７９７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ，  Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，ＥＰ  ９７００７０）；ＡＲＧＥＮＴ技術（Ａｒｉａｄ，ＵＳＡ）；ＹＩＧＳＲ−Ｓｔｒｅａｌｔｈ（Ｊｏｈｎｓｏｎ  ＆  Ｊｏｈｎｓｏｎ，ＵＳＡ）；フィブロノゲン−Ｅ断片（ＢｉｏＡｃｔａ，ＵＫ）；血管新生阻害剤（Ｔｒｉｇｅｎ，ＵＫ）；ＴＢＣ−１６３５（Ｅｎｃｙｓｉｖｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，ＵＳＡ）；ＳＣ−２３６（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ）；ＡＢＴ−５６７（Ａｂｂｏｔｔ，ＵＳＡ）；Ｍｅｔａｓｔａｔｉｎ（ＥｎｔｒｅＭｅｄ，ＵＳＡ）；血管新生阻害剤（Ｔｒｉｐｅｐ，Ｓｗｅｄｅｎ）；マプシン（Ｓｏｓｅｉ，Ｊａｐａｎ）；２−メトキシエストラジオール（Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，ＵＳＡ）；ＥＲ−６８２０３−００（ＩＶＡＸ，ＵＳＡ）；ベネフィン（Ｌａｎｅ  Ｌａｂｓ，ＵＳＡ）；Ｔｚ−９３（Ｔｓｕｍｕｒａ，Ｊａｐａｎ）；ＴＡＮ−１１２０（Ｔａｋｅｄａ，Ｊａｐａｎ）；ＦＲ−１１１１４２（Ｆｕｊｉｓａｗａ，Ｊａｐａｎ，ＪＰ  ０２２３３６１０）；血小板因子４（ＲｅｐｌｉＧｅｎ，ＵＳＡ，ＥＰ  ４０７１２２）；血管内皮増殖因子アンタゴニスト（Ｂｏｒｅａｎ，Ｄｅｎｍａｒｋ）；テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９）（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈ  Ｃａｒｏｌｉｎａ，ＵＳＡ）；ベバシズマブ（ｐＩＮＮ）（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，ＵＳＡ）；血管新生阻害剤（ＳＵＧＥＮ，ＵＳＡ）；ＸＬ７８４（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ，ＵＳＡ）；ＸＬ６４７（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ，ＵＳＡ）；Ｍａｂ、α５β３インテグリン、Ｖｉｔａｘｉｎ及び第二世代Ｖｉｔａｘｉｎ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，ＵＳＡ  ａｎｄ  Ｍｅｄｌｍｍｕｎｅ  ＵＳＡ）；Ｒｅｔｉｎｏｓｔａｔ（登録商標）遺伝子治療（Ｏｘｆｏｒｄ  ＢｉｏＭｅｄｉｃａ，ＵＫ）；塩酸エンザスタウリン（ＵＳＡＮ）（Ｌｉｌｌｙ，ＵＳＡ）；ＣＥＰ  ７０５５（Ｃｅｐ��ａｌｏｎ，ＵＳＡ  ａｎｄ  Ｓａｎｏｆｉ−Ｓｙｎｔｈｅｌａｂｏ，Ｆｒａｎｃｅ）；ＢＣ１（Ｇｅｎｏａ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  Ｉｔａｌｙ）；血管新生阻害剤（Ａｌｃｈｅｍｉａ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）；ＶＥＧＦ  アンタゴニスト（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ，ＵＳＡ）；ｒＢＰＩ２１及びＢＰＩ由来の抗血管新生薬（ＸＯＭＡ，ＵＳＡ）；Ｐｌ８８（Ｐｒｏｇｅｎ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）；シレンギチド（ｐＩＮＮ）（Ｍｅｒｃｋ  ＫｇａＡ，Ｇｅｒｍａｎｙ；Ｍｕｎｉｃｈ  Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｇｅｒｍａｎｙ；Ｓｃｒｉｐｐｓ  Ｃｌｉｎｉｃ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，ＵＳＡ）；セツキシマブ（ＩＮＮ）（Ａｖｅｎｔｉｓ，Ｆｒａｎｃｅ）；ＡＶＥ８０６２（Ａｊｉｎｏｍｏｔｏ，Ｊａｐａｎ）；ＡＳ１４０４（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｚｅａｌａｎｄ）；ＳＧ２９２（Ｔｅｌｉｏｓ，ＵＳＡ）；エンドスタチン（Ｂｏｓｔｏｎ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，ＵＳＡ）；２−メトキシエストラジオール（Ｂｏｓｔｏｎ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，ＵＳＡ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ，ＵＫ）；ＺＤ６１２６（Ａｎｇｉｏｇｅｎｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，ＵＫ）；ＰＰＩ２４５８（Ｐｒａｅｃｉｓ，ＵＳＡ）；ＡＺＤ９９３５（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ，ＵＫ）；ＡＺＤ２１７１（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ，ＵＫ）；バタラニブ（ｐＩＮＮ）（Ｎｏｖａｒｔｉｓ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ  ａｎｄ  Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；組織因子経路阻害剤（ＥｎｔｒａＭｅｄ，ＵＳＡ）；ペガプタニブ（Ｐｉｎｎ）（Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＵＳＡ）；キサントロライゾール（ｘａｎｔｈｏｒｒｈｉｚｏｌ）（Ｙｏｎｓｅｉ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｏｕｔｈ  Ｋｏｒｅａ）；ワクチン、遺伝子ベース、ＶＥＧＦ−２（Ｓｃｒｉｐｐｓ  Ｃｌｉｎｉｃ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，ＵＳＡ）；ＳＰＶ５．２（Ｓｕｐｒａｔｅｋ，Ｃａｎａｄａ）；ＳＤＸ１０３（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  ａｔ  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）；ＰＸ４７８（Ｐｒｏ１Ｘ，ＵＳＡ）；メタスタチン（ＥｎｔｒｅＭｅｄ，ＵＳＡ）；トロポニンＩ（Ｈａｒｖａｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；ＳＵ６６６８（ＳＵＧＥＮ，ＵＳＡ）；ＯＸＩ４５０３（ＯＸｉＧＥＮＥ，ＵＳＡ）；ｏ−グアニジン（Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，ＵＳＡ）；モツポラミンＣ（Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｃｏｌｕｍｂｉａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃａｎａｄａ）；ＣＤＰ７９１（Ｃｅｌｌｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐ，ＵＫ）；アチプリモド（ｐＩＮＮ）（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ，ＵＫ）；Ｅ７８２０（Ｅｉｓａｉ，Ｊａｐａｎ）；ＣＹＣ３８１（Ｈａｒｖａｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；ＡＥ９４１（Ａｅｔｅｒｎａ，Ｃａｎａｄａ）；ＦＧＦ２癌ワクチン（ＥｎｔｒｅＭｅｄ，ＵＳＡ）；ウロキナーゼプラスミノーゲン活性化因子阻害剤（Ｄｅｎｄｒｅｏｎ，ＵＳＡ）；オグルファニド（ｐＩＮＮ）（Ｍｅｌｍｏｔｔｅ，ＵＳＡ）；ＨＩＦ−１α阻害剤（Ｘｅｎｏｖ��，ＵＫ）；ＣＥＰ５２１４（Ｃｅｐｈａｌｏｎ，ＵＳＡ）；ＢＡＹ  ＲＥＳ２６２２（Ｂａｙｅｒ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；アンギオシジン（ＩｎＫｉｎｅ，ＵＳＡ）；Ａ６（Ａｎｇｓｔｒｏｍ，ＵＳＡ）；ＫＲ３１３７２（Ｋｏｒｅａｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｏｕｔｈ  Ｋｏｒｅａ）；ＧＷ２２８６（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ，ＵＫ）；ＥＨＴ０１０１（ＥｘｏｎＨｉｔ，Ｆｒａｎｃｅ）；ＣＰ８６８５９６（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ）；ＣＰ５６４９５９（ＯＳＩ，ＵＳＡ）；ＣＰ５４７６３２（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ）；７８６０３４（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ，ＵＫ）；ＫＲＮ６３３（Ｋｉｒｉｎ  Ｂｒｅｗｅｒｙ，Ｊａｐａｎ）；薬物送達系、眼内、２−メトキシエストラジオール（ＥｎｔｒｅＭｅｄ，ＵＳＡ）；アンギネックス（Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ，  ａｎｄ  Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；ＡＢＴ５１０（Ａｂｂｏｔｔ，ＵＳＡ）；ＡＡＬ９９３（Ｎｏｖａｒｔｉｓ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）；ＶＥＧＩ（ＰｒｏｔｅｏｍＴｅｃｈ，ＵＳＡ）；腫瘍壊死因子α阻害剤（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｎ  Ａｇｉｎｇ，ＵＳＡ）；ＳＵ１１２４８（Ｐｆｉｚｅｒ，ＵＳＡ  ａｎｄ  ＳＵＧＥＮ  ＵＳＡ）；ＡＢＴ５１８（Ａｂｂｏｔｔ，ＵＳＡ）；ＹＨ１６（Ｙａｎｔａｉ  Ｒｏｎｇｃｈａｎｇ，Ｃｈｉｎａ）；Ｓ−３ＡＰＧ（Ｂｏｓｔｏｎ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，ＵＳＡ  ａｎｄ  ＥｎｔｒｅＭｅｄ，ＵＳＡ）；Ｍａｂ，ＫＤＲ（ＩｍＣｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，ＵＳＡ）；Ｍａｂ、α５β１（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄｅｓｉｇｎ，ＵＳＡ）；ＫＤＲキナーゼ阻害剤（Ｃｅｌｌｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐ，ＵＫ，  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓｏｎ  ＆  Ｊｏｈｎｓｏｎ，ＵＳＡ）；ＧＦＢ１１６（Ｓｏｕｔｈ  Ｆｌｏｒｉｄａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ  ａｎｄ  Ｙａｌｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；ＣＳ７０６（Ｓａｎｋｙｏ，Ｊａｐａｎ）；コンブレタスタチンＡ４プロドラッグ（Ａｒｉｚｏｎａ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；コンドロイチナーゼＡＣ（ＩＢＥＸ，Ｃａｎａｄａ）；ＢＡＹ  ＲＥＳ  ２６９０（Ｂａｙｅｒ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；ＡＧＭ１４７０（Ｈａｒｖａｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ，Ｔａｋｅｄａ，Ｊａｐａｎ，ａｎｄ  ＴＡＰ，ＵＳＡ）；ＡＧ１３９２５（Ａｇｏｕｒｏｎ，ＵＳＡ）；テトラチオモリブダート（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｈｉｇａｎ，ＵＳＡ）；ＧＣＳ１００（Ｗａｙｎｅ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；ＣＶ  ２４７（Ｉｖｙ  Ｍｅｄｉｃａｌ，ＵＫ）；ＣＫＤ７３２（Ｃｈｏｎｇ  Ｋｕｎ  Ｄａｎｇ，Ｓｏｕｔｈ  Ｋｏｒｅａ）；Ｍａｂ、血管内皮増殖因子（Ｘｅｎｏｖａ，ＵＫ）；イルソグラジン（ＩＮＮ）（Ｎｉｐｐｏｎ  Ｓｈｉｎｙａｋｕ，Ｊａｐａｎ）；ＲＧ１３５７７（Ａｖｅｎｔｉｓ，Ｆｒａｎｃｅ）；ＷＸ３６０（Ｗｉｌｅｘ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；スクアラミン（ｐＩＮＮ）（Ｇｅｎａｅｒａ，ＵＳＡ）；ＲＰＩ４６１０（Ｓｉｒｎａ，ＵＳＡ）；ガラクトフカンサルファート（Ｍａｒｉｎｏｖａ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）；ヘ��ラナーゼ阻害剤（ＩｎＳｉｇｈｔ，Ｉｓｒａｅｌ）；ＫＬ３１０６（Ｋｏｌｏｎ，Ｓｏｕｔｈ  Ｋｏｒｅａ）；Ｈｏｎｏｋｉｏｌ（Ｅｍｏｒｙ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵＳＡ）；ＺＫ  ＣＤＫ（Ｓｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；ＺＫ  Ａｎｇｉｏ（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；ＺＫ２２９５６１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，ａｎｄ  Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ，Ｇｅｒｍａｎｙ）；ＸＭＰ３００（ＸＯＭＡ，ＵＳＡ）；ＶＧＡ１１０２（Ｔａｉｓｈｏ，Ｊａｐａｎ）；ＶＥＧＦ受容体調節物質（Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ，ＵＳＡ）；ＶＥ−カドヘリン−２アンタゴニスト（ＩｍＣｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，ＵＳＡ）；バソスタチン（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，ＵＳＡ）；ワクチン、Ｆｌｋ−１（ＩｍＣｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，ＵＳＡ）；ＴＺ９３（Ｔｓｕｍｕｒａ，Ｊａｐａｎ）；ＴｕｍＳｔａｔｉｎ（Ｂｅｔｈ  Ｉｓｒａｅｌ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，ＵＳＡ）；末端切断された可溶性ＦＬＴ１（血管内皮増殖因子受容体１）（Ｍｅｒｃｋ  ＆  Ｃｏ，ＵＳＡ）；Ｔｉｅ−２リガンド（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ，ＵＳＡ）；及びトロンボスポンディン１阻害剤（Ａｌｌｅｇｈｅｎｙ  Ｈｅａｌｔｈ，  Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，ＵＳＡ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０７】
ある種の癌の治療剤には、サリドマイド及びサリドマイド類縁体（Ｎ−（２，６−ジオキソ−３−ピペリジル）フタルイミド）；テコガランナトリウム（硫酸化された多糖ペプチドグリカン）；ＴＡＮ１１２０（８−アセチル−７，８，９，１０−テトラヒドロ−６，８，１１−トリヒドロキシ−１−メトキシ−１０−［［オクタヒドロ−５−ヒドロキシ−２−（２−ヒドロキシプロピル）−４，１０−ジメチルピラノ［３，４−ｄ］−１，３，６−ジオキサゾシン−８−イル］オキシ］−５，１２−ナフタセンジオン）；スラジスタ（７，７’−［カルボニルビス［イミノ（１−メチル−１Ｈ−ピロール−４，２−ジイル）カルボニルイミノ（１−メチル１Ｈ−ピロール−４，２−ジイル）カルボニルイミノ］］ビス−１，３−ナフタレンジスルホン酸四ナトリウム塩）；ＳＵ３０２；ＳＵ３０１；ＳＵ１４９８（（Ｅ）−２−シアノ−３−［４−ヒドロキシ−３，５−ビス（１−メチルエチル）フェニル］−Ｎ−（３−フェニルプロピル）−２−プロペンアミド）；ＳＵ１４３３（４−（６，７−ジメチル−２−キノキサリニル）−１，２−ベンゼンジオール）；ＳＴ１５１４；ＳＲ２５９８９；可溶性Ｔｉｅ−２；ＳＥＲＭ誘導体；Ｐｈａｒｍｏｓ；セマキサニブ（ｐＩＮＮ）（３−［（３，５−ジメチル−１Ｈ−ピロル−２−イル）メチレン］−１，３−ジヒドロ−２Ｈ−インドール−２−オン）；Ｓ８３６；ＲＧ８８０３；ＲＥＳＴＩＮ；Ｒ４４０（３−（１−メチル−１Ｈ−インドール−３−イル）−４−（１−メチル−６−ニトロ−１Ｈ−インドール−３−イル）−１Ｈ−ピロール−２，５−ジオン）；Ｒ１２３９４２（１−［６−（１，２，４−チアジアゾール−５−イル）−３−ピリダジニル］−Ｎ−［３−（トリフルオロメチル）フェニル］−４−ピペリジンアミン）；プロリルヒドロキシラーゼ阻害剤；進行性上昇遺伝子（ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｅｌｅｖａｔｅｄ  ｇｅｎｅ）；プリノマスタット（ＩＮＮ）（（Ｓ）−２，２−ジメチル−４−［［ｐ−（４−ピリジルオキシ）フェニル］スルホニル］−３−チオモルホリンカルボヒドロキサム酸）；ＮＶ１０３０；ＮＭ３（８−ヒドロキシ−６−メトキシ−α−メチル−１−オキソ−１Ｈ−ベンゾピラン−３−酢酸）；ＮＦ６８１；ＮＦ０５０；ＭＩＧ；ＭＥＴＨ２；ＭＥＴＨ１；マナサンチンＢ（α−［１−［４−［５−［４−［２−（３，４−ジメトキシフェニル）−２−ヒドロキシ−１−メチルエトキシ］−３−メトキシフェニル］テトラヒドロ−３，４−ジメチル−２−フラニル］−２−メトキシフェノキシ］エチル］−１，３−ベンゾジオキソール−５−メタノール）；ＫＤＲモノクローナル抗体；α５β３インテグリンモノクローナル抗体；ＬＹ２９０２９３（２−アミノ−４−（３−ピリジニル）−４Ｈ−ナフト［１，２−ｂ］ピラン−３−カルボニトリル）；ＫＰ０２０１４４８；ＫＭ２５５０；インテグリン特異的ペプチド；ＩＮＧＮ４０１；ＧＹＫＩ６６４７５；ＧＹＫＩ６６４６２；グリーンスタチン（１０１−３５４−プラスミノーゲン（ヒト））；関節リウマチ、前立腺癌、卵巣癌、神経膠腫、エンドスタチン、結腸直腸癌、ＡＴＦ  ＢＴＰＩ、抗血管新生遺伝子、血管新生阻害剤又は血管新生のための遺伝子治療；ゼラチナーゼ���害剤、ＦＲ１１１１４２（４，５−ジヒドロキシ−２−ヘキセン酸５−メトキシ−４−［２−メチル−３−（３−メチル−２−ブテニル）オキシラニル］−１−オキサスピロ［２．５］オクト−６−イルエステル）；フォルフェニメックス（ｐＩＮＮ）（Ｓ）−α−アミノ−３−ヒドロキシ−４−（ヒドロキシメチル）ベンゼン酢酸）；フィブロネクチンアンタゴニスト（１−アセチル−Ｌ−プロリル−Ｌ−ヒスチジル−Ｌ−セリル−Ｌ−システイニル−Ｌ−アスパルタミド）；繊維芽細胞増殖因子受容体阻害剤；繊維芽細胞増殖因子アンタゴニスト；ＦＣＥ２７１６４（７，７’−［カルボニルビス［イミノ（１−メチル−１Ｈ−ピロール−４，２−ジイル）カルボニルイミノ（１−メチル−１Ｈ−ピロール−４，２−ジイル）カルボニルイミノ］］ビス−１，３，５−ナフタレントリスルホン酸六ナトリウム塩）；ＦＣＥ２６７５２（８，８’−［カルボニルビス［イミノ（１−メチル−１Ｈ−ピロール−４，２−ジイル）カルボニルイミノ（１−メチル−１Ｈ−ピロール−４，２−ジイル）カルボニルイミノ］］ビス−１，３，６−ナフタレントリスルホン酸）；内皮性単球活性化ポリペプチドＩＩ；ＶＥＧＦＲアンチセンスオリゴヌクレオチド；抗血管新生及び栄養性因子：ＡＮＣＨＯＲ血管新生抑制因子；エンドスタチン；Ｄｅｌ−１血管新生タンパク質；ＣＴ３５７７；コントートロスタチン；ＣＭ１０１；コンドロイチナーゼＡＣ；ＣＤＰ８４５；ＣａｎＳｔａｔｉｎ；ＢＳＴ２００２；ＢＳＴ２００１；ＢＬＳ０５９７；ＢＩＢＦ１０００；ＡＲＲＥＳＴＩＮ；アポミグレン（１３０４−１３８８−型ＸＶコラーゲン（ヒト遺伝子ＣＯＬ１５Ａ１α鎖前駆体））；アンギオインヒビン；ａａＡＴＩＩＩ；Ａ３６；９α−フルオロメドロキシプロゲステロンアセタート（（６−α）−１７−（アセチルオキシ）−９−フルオロ−６−メチル−プレグネ−４−エン−３，２０−ジオン）；２−メチル−２−フタルイミジノ−グルタル酸（２−（１，３−ジヒドロ−１−オキソ−２Ｈ−イソインドール−２−イル）−２−メチルペンタン二酸）；イットリウム９０標識されたモノクローナル抗体ＢＣ−１；セマキサニブ（３−（４，５−ジメチルピロル−２−イルメチレン）インドリン−２−オン）（Ｃ１５Ｈ１４Ｎ２Ｏ）；ＰＩ８８（ホスホマンノペンタオース硫酸塩）；アルボシジブ（４Ｈ−１−ベンゾピラン−４−オン，２−（２−クロロフェニル）−５，７−ジヒドロキシ−８−（３−ヒドロキシ−１−メチル−４−ピペリジニル）−シス−（−）−）（Ｃ２１Ｈ２０ＣｌＮＯ５）；Ｅ７８２０；ＳＵ１１２４８（５−［３−フルオロ−２−オキソ−１，２−ジヒドロインドール−（３Ｚ）−イリデンメチル］−２，４−ジメチル−１Ｈ−ピロール−３−カルボン酸（２−ジエチルアミノエチル）アミド）（Ｃ２２Ｈ２７ＦＮ４Ｏ２）；スクアラミン（コレスタン−７，２４−ジオール、３−［［３−［（４−アミノブチル）アミノプロピル］アミノ］−，２４−（硫酸水素）、（３．β、５．α、７α．）−）（Ｃ３４Ｈ６５Ｎ３Ｏ５Ｓ）；Ｅｒｉｏｃｈｒｏｍｅ  Ｂｌａｃｋ  Ｔ；ＡＧＭ１４７０（カルバミン酸、（クロロアセチル）−，５−メトキシ−４−［２−メチル−３−（３−メチル−２−ブテニル）オキ���ラニル］−１−オキサスピロ［２，５］オクト−６−イルエステル、［３Ｒ−［３α，４α（２Ｒ，３Ｒ），５β，６β］］）（Ｃ１９Ｈ２８ＣｌＮＯ６）；ＡＺＤ９９３５；ＢＩＢＦ１０００；ＡＺＤ２１７１；ＡＢＴ８２８；ＫＳ−インターロイキン２；Ｕｔｅｒｏｇｌｏｂｉｎ；Ａ６；ＮＳＣ６３９３６６（１−［３−（ジエチルアミノ）−２−ヒドロキシプロピルアミノ］−４−（オキシラン−２−イルメチルアミノ）アントラキノンフメラート）（Ｃ２４Ｈ２９Ｎ３Ｏ４Ｃ４Ｈ４Ｏ４）；ＩＳＶ６１６；抗−ＥＤ−Ｂ融合タンパク質；ＨＵＩ７７；トロポニンＩ；ＢＣ−１モノクローナル抗体；ＳＰＶ５．２；ＥＲ６８２０３；ＣＫＤ７３１（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−２（Ｅ）−プロペン酸（３Ｒ，４Ｓ，５Ｓ，６Ｒ）−４−［２（Ｒ）−メチル−３（Ｒ）−３（Ｒ）−（３−メチル−２−ブテニル）オキシラン−２−イル］−５−メトキシ−１−オキサスピロ［２．５］オクト−６−イルエステル）（Ｃ２８Ｈ３８Ｏ８）；ＩＭＣ−１Ｃ１１；ａａＡＴＩＩＩ；ＳＣ７；ＣＭ１０１；Ａｎｇｉｏｃｏｌ；Ｋｒｉｎｇｌｅ５；ＣＫＤ７３２（３−［４−［２−（ジメチルアミノ）エトキシ］フェニル］−２（Ｅ）−プロペン酸）（Ｃ２９Ｈ４１ＮＯ６）；Ｕ９９５；Ｃａｎｓｔａｔｉｎ；ＳＱ８８５；ＣＴ２５８４（１−［１１−（ドデシルアミノ）−１０−ヒドロキシウンデシル］−３，７−ジメチルキサンチン）（Ｃ３０Ｈ５５Ｎ５Ｏ３）；Ｓａｌｍｏｓｉｎ；ＥＭＡＰＩＩ；ＴＸ１９２０（１−（４−メチルピペラジノ）−２−（２−ニトロ−１Ｈ−１−イミダゾイル）−１−エタノン）（Ｃ１０Ｈ１５Ｎ５Ｏ３）；α−ｖβ−ｘ阻害剤；ＣＨＩＲ１１５０９（Ｎ−（１−プロピニル）グリシル−［Ｎ−（２−ナフチル）］グリシル−［Ｎ−（カルバモイルメチル）］グリシンビス（４−メトキシフェニル）メチルアミド）（Ｃ３６Ｈ３７Ｎ５Ｏ６）；ＢＳＴ２００２；ＢＳＴ２００１；Ｂ０８２９；ＦＲ１１１１４２；４，５−ジヒドロキシ−２（Ｅ）−ヘキセン酸（３Ｒ，４Ｓ，５Ｓ，６Ｒ）−４−［１（Ｒ），２（Ｒ）−エポキシ−１，５−ジメチル−４−ヘキセニル］−５−メトキシ−１−オキサスピロ［２．５］オクタン−６−イルエステル（Ｃ２２Ｈ３４Ｏ７）；及びＮ−（４−クロロフェニル）−４−（４−ピリジニルメチル）−１−フタラジンアミンを含む（但し、これに限定されない。）キナーゼ阻害剤；４−［４−［［［［４−クロロ−３−（トリフルオロメチル）フェニル］アミノ］カルボニル］アミノ］フェノキシ］−Ｎ−メチル−２−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−［２−（ジエチルアミノ）エチル］−５−［（５−フルオロ−１，２−ジヒドロ−２−オキソ−３Ｈ−インドール−３−イリデン）メチル］−２，４−ジメチル−１Ｈ−ピロール−３−カルボキサミド；３−［（４−ブロモ−２，６−ジフルオロフェニル）メトキシ］−５−［［［［４−（１−ピロリジニル）ブチル］アミノ］カルボニル］アミノ］−４−イソチアゾールカルボキサミド；Ｎ−（４−ブロモ−２−フルオロフェニル）−６−メトキシ−７−［（１−メチル−４−ピペリジニル）メトキシ］−４−キナゾリンアミン；３−［５，６，７，１３−テトラヒドロ−９−［（１−メチルエトキシ���メチル］−５−オキソ−１２Ｈ−インデノ［２，１−ａ］ピロロ［３，４−ｃ］カルバゾール−１２−イル］プロピルエステルＮ，Ｎ−ジメチル−グリシン；Ｎ−［５−［［［５−（１，１−ジメチルエチル）−２−オキサゾリル］メチル］チオ］−２−チアゾリル］−４−ピペリジンカルボキサミド；Ｎ−［３−クロロ−４−［（３−フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］−６−［５−［［［２−（メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］−２−フラニル］−４−キナゾリンアミン；４−［（４−メチル−１−ピペラジニル）メチル］−Ｎ−［４−メチル−３−［［４−（３−ピリジニル）−２−ピリミジニル］アミノ］−フェニル］ベンズアミド；Ｎ−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−７−メトキシ−６−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−４−キナゾリンアミン；Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミン；Ｎ−（３−（（（（２Ｒ）−１−メチル−２−ピロリジニル）メチル）オキシ）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−２−（（３−（１，３−オキサゾール−５−イル）フェニル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；２−（（（４−フルオロフェニル）メチル）アミノ）−Ｎ−（３−（（（（２Ｒ）−１−メチル−２−ピロリジニル）メチル）オキシ）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−［３−（アゼチジン−３−イルメトキシ）−５−トリフルオロメチル−フェニル］−２−（４−フルオロ−ベンジルアミノ）−ニコチンアミド；６−フルオロ−Ｎ−（４−（１−メチルエチル）フェニル）−２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−Ｎ−（３−（（（２Ｓ）−２−ピロリジニルメチル）オキシ）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（３−（１，１−ジメチルエチル）−１Ｈ−ピラゾール−５−イル）−２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（３，３−ジメチル−２，３−ジヒドロ−１−ベンゾフラン−６−イル）−２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（３−（（（（２Ｓ）−１−メチル−２−ピロリジニル）メチル）オキシ）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−２−（（４−ピリジニ
ルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−Ｎ−（３−（（２−（１−ピロリジニル）エチル）オキシ）−４−（トリフルオロメチル）フェニル）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（３，３−ジメチル−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インドール−６−イル）−２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（４−（ペンタフルオルエチル）−３−（（（２Ｓ）−２−ピロリジメチル）オキシ）フェニル）−２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（３−（（３−アゼチジニルメチル）オキシ）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−２−（（４−ピリジニルメチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（３−（４−ピペリジニルオキシ）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−２−（（２−（３−ピリジニル）エチル）アミノ）−３−ピリジンカルボキサミド；Ｎ−（４，４−ジメチル−１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−７−イル）−２−（１Ｈ−インダゾ−６−イルアミノ）−ニコチンアミド；２−（１Ｈ−インダゾ−６−イルアミノ）−Ｎ−［３−（１−メチルピロリジ２−イルメトキシ）−５−トリフルオロメチル−フェニル］−ニコチンアミド；Ｎ−［１−（２−ジメチルアミノ−アセチル）−３，３−ジメチル−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インドール−６−イル］−２−（１Ｈ−インダゾ−６−イルアミノ）−ニコチンアミド；２−（１Ｈ−インダゾール−６−イルアミノ）−Ｎ−［３−（ピロリジン−２−イルメトキシ）−５−トリフルオロメチル−フェニル］−ニコチンアミド；Ｎ−（１−アセチル−３，３−ジメチル−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インドール−６−イル）−２−（１Ｈ−インダゾール−６−イルアミノ）−ニコチンアミド；Ｎ−（４，４−ジメチル−１−オキソ−１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−７−イル）−２−（１Ｈ−インダゾール−６−イルアミノ）−ニコチンアミド；Ｎ−［４−（ｔｅｒｔ−ブチル）−３−（３−ピペリジルプロピル）フェニル］［２−（１Ｈ−インダゾ−６−イルアミノ）（３−ピリジル）］カルボキサミド；Ｎ−［５−（ｔｅｒｔ−ブチル）イソオキサゾール−３−イル］［２−（１Ｈ−インダゾール−６−イルアミノ）（３−ピリジル）］カルボキサミド；及びＮ−［４−（ｔｅｒｔ−ブチル）フェニル］［２−（１Ｈ−インダゾ−６−イルアミノ）（３−ピリジル）］カルボキサミド、並びに米国特許第６，２５８，８１２号；同第６，２３５，７６４号；同第６，６３０，５００号；同第６，５１５，００４号；同第６，７１３，４８５号；同第５，５２１，１８４号；同第５，７７０，５９９号；同第５，７４７，４９８号；同第５，９９０，１４１号；米国特許出願公開ＵＳ２００３／０１０５０９１；特許協力条約公開番号ＷＯ０１／３７８２０；ＷＯ０１／３２６５１；ＷＯ０２／６８４０６；ＷＯ０２／６６４７０；ＷＯ０２／５５５０１；ＷＯ０４／０５２７９；ＷＯ０４／０７４８１；ＷＯ０４／０７４５８；ＷＯ０４／０９７８４；ＷＯ０２／５９１１０；ＷＯ９９／４５００９；ＷＯ９８／３５９５８；ＷＯ００／５９５０９；ＷＯ９９／６１４２２；ＷＯ００／１２０８９；及びＷＯ００／０２８７１（これらの公報の各々は、参照により、あらゆる目的のために本明細書に組み込まれる。）に開示されているキナーゼ阻害剤が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０８】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、単独で、又はＥＧＦｒ関連癌の治療用の少なくとも１つの追加の治療剤とともに使用され得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、追加の治療剤の治療的有効量とともに使用される。ＥＧＦｒ特異的結合因子とともに投与され得る典型的な治療剤には、アニサマイシン抗生物質のゲルダナマイシンファミリーのメンバー；Ｐｒｏ−ＨＧＦ、ＮＫ２；ｃ−Ｍｅｔペプチド阻害剤；Ｇｒｂ２Ｓｒｃ相同性２のアンタゴニスト；Ｇａｂ１調節物質；優性阻害のＳｒｃ、フォン・ヒッペル・ランダウ阻害剤（ウォルトマンニンを含むが、これに限定されない。）；Ｐ１３キナーゼ阻害剤、他の抗受容体治療、ＣＯＸ−２阻害剤、ＣｅｌｅｂｒｅｘＴＭ、セレコキシブ、ＶｉｏｘｘＴＭ、ロフェコキシブ、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、ＶＥＧＦ調節物質、繊維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）、ＦＧＦ調節物質、上皮増殖因子（ＥＧＦ）；ＥＧＦ調節物質、ケラチン生成細胞増殖因子（ＫＧＦ）、ＫＧＦ関連分子、ＫＧＦ調節物質；及びマトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）調節物質が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０９】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、様々な癌を治療するために特定の治療剤とともに使用される。ある種の実施形態において、症状及び治療の所望されるレベルに照らして、２、３又はそれ以上の因子を投与し得る。化合物が１つ又はそれ以上の他の成分とともに使用される場合には、化合物及び１つ又はそれ以上の成分は、一緒に、別々に、又は順次に（例えば、医薬形式で）投与され得る。ある種の実施形態において、このような因子は、同じ製剤中に含めることによって、一緒に提供され得る。ある種の実施形態において、このような因子及び抗ＥＧＦｒ特異的結合因子は、同じ製剤中に含めることによって、一緒に提供され得る。ある種の実施形態において、このような因子は、治療キット中に含めることによって、別々に調合され得、及び一緒に提供され得る。ある種の実施形態において、このような因子及びＥＧＦｒ特異的結合因子は、別々に調合され得、及び治療キット中に含めることによって一緒に提供され得る。ある種の実施形態において、このような因子は別々に提供され得る。
【０１１０】
ある種の実施形態において、遺伝子治療によって投与される場合、タンパク質因子及び／又はＥＧＦｒ特異的結合因子をコードする遺伝子は、同一のベクター中に含め得る。ある種の実施形態において、タンパク質因子をコードする遺伝子及び／又はＥＧＦｒ特異的結合因子は、同一のプロモーター領域の制御下に置かれ得る。ある種の実施形態において、タンパク質剤及び／又はＥＧＦｒ特異的結合因子をコードする遺伝子は、別個のベクター中に存在し得る。
【０１１１】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ペット（イヌ、ネコ、鳥、霊長類など）及び家畜動物（ウマ、ウシ、ヒツジ、ブタ、鳥など）の非ヒト動物を治療するために使用され得る。ある種のこのような事例において、適切な用量は、動物の体重に従って決定され得る。例えば、  ある種の実施形態において、０．２〜１ｍｇ／ｋｇの用量が使用され得る。ある種の実施形態において、用量は、動物の表面積に従って決定され得、典型的な用量は、０．１〜２０ｍｇ／平方インチ又は５〜１２ｍｇ／ｍ２の範囲である。イヌ又はネコなどの小動物の場合、  ある種の実施形態において、適切な用量は０．４ｍｇ／ｋｇである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、動物の症状が改善されるまで、毎週１回若しくはそれ以上、注射若しくは他の適切な経路によって投与されるか、又は無限に投与され得る。
【０１１２】
前記医薬又は併用療法への各患者による応答は変動し得、それぞれの患者に対する薬物の適切な有効的組み合わせは、患者の医師によって決定され得る。
【０１１３】
カニクイザルは、ある種の疾病に対する有用なモデルを提供する。典型的な疾病には、移植拒絶症候群及び炎症性腸疾患様疾病が含まれるが、これらに限定されない。カニクイザルのヒト疾病モデルにおいて、ヒトモノクローナル抗体の効果を検査する場合、  ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子が、ヒト及びカニクイザル中において、同等のレベルでＥＧＦｒに結合するかどうかを測定することが有用である。
【０１１４】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒ特異的結合因子の全部又は一部と、及び細胞毒性剤とを含む抱合体分子の一部であり得る。「細胞毒性剤」という用語は、細胞の機能を阻害若しくは抑制し、及び／又は細胞の死亡若しくは破壊を引き起こす物質を表す。本用語は、放射性同位体（例えば、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０及びＲｅ１８６）、化学療法剤及び細菌、真菌、植物若しくは動物起源の酵素的に活性な毒素などの毒素又はその断片が含まれるが、これらに限定されない。典型的な細胞毒製剤には、アドリアマイシン、ドキソルビシン、５−フルオロウラシル、、シトシンアラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、タキソテール（ドセタキセル）、ブサルファン、サイトキシン、タキソール、メトトレキサート、シスプラチン、メルファラン、ビンブラスチン、ブレオマイシン、エトポシド、イフォスファミド、マイトマイシンＣ、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ビノレルビン、カルボプラチン、テニポシド、ダウノマイシン、カルミノマイシン、アミンプテリン、ダクチノマイシン、マイトマイシン、エスペラマイシン、メルファラン及びその他の関連するナイトロジェンマスタードが含まれるが、これらに限定されない。
【０１１５】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒ特異的結合因子の全部又は一部と、及びプロドラッグとを含む抱合体分子の一部であり得る。ある種の実施形態において、「プロドラッグ」という用語は、医薬として活性な物質の前駆体又は誘導体形態を表す。ある種の実施形態において、プロドラッグは、親薬物と比べて、細胞に対する細胞毒性がより低く、及びより活性な細胞毒性の親形態へと酵素的に活性化され、又は変換されることができる。典型的なプロドラッグには、より活性な細胞毒性遊離薬物へと変換されることができる、ホスファート含有プロドラッグ、チオホスファート含有プロドラッグ、サルファート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸によって修飾されたプロドラッグ、グリコシル化されたプロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、場合によって置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ及び場合によって置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、５−フルオロシトシン及び他の５−フルオロウリジンプロドラッグが含まれるが、これらに限定されない。プロドラッグ形態へと誘導体化することが可能な細胞毒性薬物の例には、上記の細胞毒製因子が含まれるが、これらに限定されない。例えば、米国特許第６，７０２，７０５号を参照。
【０１１６】
ある種の実施形態において、抗体抱合体は、分子の細胞毒性部分又はプロドラッグ部分を患者中の細胞の特異的集団へ、分子の抗体部分を標的誘導することによって機能する。ＥＧＦｒ特異的結合因子の場合には、このような抱合体分子は、例えば、ある種の実施形態において、がん細胞などの異常に増殖する細胞を破壊するために使用し得る。
【０１１７】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子の治療的有効量を投与することを含む、患者を治療する方法が提供される。ある種の実施形態において、抗体抱合体の治療的有効量を投与することを含む、患者を治療する方法が提供される。ある種の実施形態において、抗体は、上述のように、少なくとも１つの追加の治療剤の治療的有効量とともに使用される。
【０１１８】
上述のように、ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、同じ患者に投与される１つ又はそれ以上の他の薬物と同時に投与され得、各薬物は、その医薬に適した治療計画に従って投与される。このような治療は、前処理、同時処理、逐次処理及び交互治療計画を包含する。このような薬物のさらなる例には、抗ウイルス剤、抗生物質、鎮痛薬、コルチコステロイド、炎症性サイトカインのアンタゴニスト、ＤＭＡＲＤ、非ステロイド性抗炎症薬、化学療法剤及び血管新生の刺激物質が含まれるが、これらに限定されない。
【０１１９】
ある種の実施形態において、様々な医学的疾患が、アポトーシスの刺激物質と組み合わせて、ＥＧＦｒ特異的結合因子により治療される。例えば、ある種の実施形態において、１つ又はそれ以上の細胞のアポトーシスを刺激する化合物も含有する組成物中に、ＥＧＦｒ特異的結合因子が投与され得る。ある種の実施形態において、アポトーシスのＥＧＦｒ特異的結合因子及び刺激物質は、別個の組成物として投与され得、これらは同一又は別個の経路によって投与され得る。
【０１２０】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子の治療的有効量と、及び医薬として許容される、希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、防腐剤及び／又はアジュバントとを含む医薬組成物が提供される。
【０１２１】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子の治療的有効量と、及び少なくとも１つのさらなる治療剤の治療的有効量と、及び医薬として許容される、希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、防腐剤及び／又はアジュバントとを含む医薬組成物が提供される。
【０１２２】
ある種の実施形態において、許容される製剤材料は、好ましくは、使用される投薬量及び濃度で、服用者に対して無毒である。
【０１２３】
ある種の実施形態において、医薬組成物は、例えば、ｐＨ、モル浸透圧濃度、粘度、透明性、色、等張性、匂い、無菌性、安定性、溶解又は放出の速度、組成物の吸収又は浸透を修飾し、維持し、又は保持するための製剤材料を含有し得る。ある種の実施形態において、適切な製剤材料には、アミノ酸（グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリジンなど）、抗菌剤、抗酸化剤（アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウム又は亜硫酸水素ナトリウムなど）、緩衝剤（ボラート、バイカーボナート、Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、シトラート、ホスファート又は他の有機酸など）、増量剤（マニトール又はグリシンなど）、キレート剤（エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）など）、錯化剤（カフェイン、ポリビニルピロリドン、β−シクロデキストリン又はヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリンなど）、充填剤、単糖、二糖及びその他の炭水化物（グルコース、マンノース又はデキストリンなど）、タンパク質（血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリンなど）、着色、着香及び希釈剤、乳化剤、親水性ポリマー（ポリビニルピロリドンなど）、低分子量ポリペプチド、塩形成カウンターイオン（ナトリウムなど）、防腐剤（塩化ベンズアルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸又は過酸化水素）、溶媒（グリセリン、プロピレングリコール又はポリエチレングリコールなど）、糖アルコール（マニトール又はソルビトールなど）、懸濁剤、界面活性剤又は湿潤剤（プルロニック、ＰＥＧ、ソルビタンエステル、ポリソルベート２０、ポリソルベート８０などのポリソルベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサパルなど）、安定性増強剤（スクロース又はソルビトールなど）、張度増強剤（アルキル金属ハロゲン化物、好ましくは塩化ナトリウム又は塩化カリウム、マニトールソルビトールなど）、送達ビヒクル、希釈剤、賦形剤及び／又は医薬アジュバントが含まれるが、これらに限定されない（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  １８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ａ．Ｒ．  Ｇｅｎｎａｒｏ，  ｅｄ．，  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ（１９９０））。
【０１２４】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子及び／又はさらなる治療分子は、本分野で公知の半減期伸長ビヒクルに連結される。このようなビヒクルは、Ｆｃドメイン、ポリエチレングリコール及びデキストランが含まれるが、これらに限定されない。このようなビヒクルは、例えば、米国特許第６，６６０，８４３号及び公開されたＰＣＴ出願ＷＯ９９／２５０４４に記載されている。
【０１２５】
ある種の実施形態において、最適な医薬組成物は、例えば、初期の投与経路、送達形式及び所望される投薬量に応じて、当業者によって決定される。例えば、上記Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓを参照されたい。ある種の実施形態において、このような組成物は、ＥＧＦｒ特異的結合因子の物理的状態、安定性、インビボ放出の速度及びインビボクリアランス速度に影響を与え得る。
【０１２６】
ある種の実施形態において、医薬組成物中の主要なビヒクル又は担体は、水性又は非水性の性質であり得る。例えば、ある種の実施形態において、適切なビヒクル又は担体は、非経口投与用組成物と共通の他の材料を補充し得る、注射用の水、生理的食塩水溶液又は人工脳脊髄液であり得る。ある種の実施形態において、中性に緩衝化された生理的食塩水又は血清アルブミンと混合された生理的食塩水は、さらなる典型的ビヒクルである。ある種の実施形態において、医薬組成物は、約ｐＨ７．０から８．５のＴｒｉｓ緩衝液又は約ｐＨ４．０〜５．５の酢酸緩衝液を含み、これらの緩衝液は、ソルビトール又は適切なソルビトール代替物をさらに含み得る、ある種の実施形態において、医薬組成物は、約ｐＨ４．０〜５．５の酢酸緩衝液、ポリオール（ポリアルコール）を含み、場合によって界面活性剤を含む水性又は液体製剤であり、前記組成物は、塩（例えば、塩化ナトリウム）を含まず、前記組成物は患者に対して等張である。典型的なポリオールには、スクロース、グルコース、ソルビトール及びマニトールが含まれるが、これらに限定されない。典型的な界面活性剤には、ポリソルベートが含まれるが、これに限定されない。ある種の実施形態において、医薬組成物は、約ｐＨ５．０の酢酸緩衝液、ソルビトール及びポリソルベートを含む水性又は液体製剤であり、前記組成物は、塩（例えば、塩化ナトリウム）を含まず、前記組成物は患者に対して等張である。ある種の典型的な組成物は、例えば、米国特許第６，１７１，５８６号に記載されている。追加の医薬担体には、石油、動物油、植物油、落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油などの油が含まれるが、これらに限定されるものではない。ある種の実施形態において、水性デキストロース及びグリセロール溶液は、特に注射可能な溶液に対して、液体担体として使用することも可能である。ある種の実施形態において、少なくとも１つの追加の治療剤とともに、又は少なくとも１つの追加の治療剤なしに抗体を含む組成剤は、純度の所望される程度を有する選択された組成物を、凍結乾燥されたケーキ又は水溶液の形態の、場合によって使用される処方剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、上記）を混合することによって保存のために調製され得る。さらに、ある種の実施形態において、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしで抗体を含む組成物は、適切な賦形剤溶液（例えば、スクロース）を希釈剤として用いて、凍結乾燥物質として調合され得る。
【０１２７】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、生理的に許容される、担体、賦形剤又は希釈剤とともに、精製された組換えタンパク質を含む生理的に許容される組成物の形態で投与される。ある種の実施形態において、このような担体は、使用される投薬量及び濃度で、服用者に対して無毒である。ある種の実施形態において、このような組成物を調製することは、ＥＧＦｒ特異的結合因子を、緩衝液、アスコルビン酸などの抗酸化剤、低分子量ポリペプチド（１０アミノ酸より少ないアミノ酸を有するものなど）、タンパク質、アミノ酸、グルコース、スクロース又はデキストリンなどの炭水化物、ＥＤＴＡなどのキレート剤、グルタチオン及び／又は他の安定化剤並びに賦形剤と組み合わせることを含み得る。ある種の実施形態において、適切な投薬量は、標準的な投薬試験において決定され、選択された投与経路に従って変動し得る。ある種の実施形態において、適切な業界標準に従い、防腐剤（ベンジルアルコールが含まれるが、これに限定されない。）も添加し得る。ある種の実施形態において、投与の量及び頻度は、治療されている疾病の性質及び重篤度、所望される応答、患者の年齢及び症状などの要因に基づいて決定され得る。
【０１２８】
ある種の実施形態において、医薬組成物は、非経口送達のために選択することが可能である。ある種のこのような医薬として許容される組成物の調製は、当分野の技術に属する。
【０１２９】
ある種の実施形態において、製剤成分は、投与部位に対して許容される濃度で存在する。ある種の実施形態において、生理的ｐＨ又はこれより若干低いｐＨに、典型的には、約５から約８までのｐＨ範囲内に組成物を維持するために、緩衝液が使用される。
【０１３０】
ある種の実施形態において、非経口投与が想定される場合、治療的組成物は、追加の治療剤とともに、又は追加の治療剤なしに、医薬として許容されるビヒクル中に所望の抗体を含む非経口的に許容される無発熱物質の水溶液の形態であり得る。ある種の実施形態において、非経口注射用ビヒクルは、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしに、適切に防腐された無菌の等張溶液として、その中で抗体が調合される無菌蒸留水である。ある種の実施形態において、調製は、その後デポ注射を介して送達され得る産物の徐放又は持続的放出を提供し得る、注射可能な小球体、生体内分解性粒子、ポリマー性化合物（ポり乳酸又はポリグリコール酸など）、ビーズ又はリポソームなどの因子とともに、所望される分子を調合することを含むことができる。ある種の実施形態において、ヒアルロン酸も使用することができ、循環中の持続時間を促進する効果を有し得る。ある種の実施形態において、所望の分子を導入するために、インプラント可能な薬物送達装置を使用し得る。
【０１３１】
ある種の実施形態において、医薬組成物は、吸入のために調合され得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしで、吸入用乾燥粉末として調合され得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子を含む吸入溶液は、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしで、エアロゾル送達用噴射剤とともに調合され得る。ある種の実施形態において、溶液は、噴霧状にされ得る。経肺投与は、化学的に修飾されたタンパク質の経肺送達を記載するＰＣＴ公開ＷＯ９４／２００６９にさらに記載されている。
【０１３２】
ある種の実施形態において、製剤は経口投与され得ることが想定される。ある種の実施形態において少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしで、この様式で投与される、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、錠剤及びカプセルなどの固体剤形の配合において慣用的に使用される担体あり又はなしに調合され得る。ある種の実施形態において、生物学的利用可能性が最大化され、前全身的分解が最小化される胃腸管内の地点で、製剤の活性部分を放出するように、カプセルを設計し得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦ特異的結合因子及び／又は何れかのさらなる治療剤の吸収を促進するために、少なくとも１つの追加の因子を含めることが可能である。ある種の実施形態において、希釈剤、着香剤、低融点の蝋、植物油、潤滑剤、懸濁剤、錠剤崩壊剤及び／又は結合剤も使用し得る。
【０１３３】
ある種の実施形態において、医薬組成物は、錠剤の製造に適した無毒の賦形剤との混合物中に、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしで、ＥＧＦｒ特異的結合因子の有効量を含み得る。ある種の実施形態において、無菌水又は別の適切なビヒクル中に錠剤を溶解させることによって、溶液は単位投薬形態中に調製され得る。適切な賦形剤には、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム若しくは重炭酸ナトリウム、ラクトース又はリン酸カルシウムなどの不活性な希釈剤、並びにデンプン、ゼラチン及びアラビアゴムなどの結合剤、並びにステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸及びタルクなどの潤滑剤が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０１３４】
持続的送達又は徐放送達製剤中に、少なくとも１つのさらなる治療剤とともに、又は少なくとも１つのさらなる治療剤なしに、ＥＧＦｒ特異的結合因子を含む製剤など、さらなる医薬組成物が当業者に自明である。ある種の典型的な持続的送達又は徐放送達製剤において、リポソーム担体、生体内分解性微粒子、多孔性ビーズ及びデポ注射が含まれるが、これらに限定されるものではない。ある種の製剤を調製するためのある種の典型的技術は、当業者に公知である。例えば、医薬組成物の送達用の多孔性ポリマー微粒子の徐放について記載しているＰＣＲ公開ＷＯ９３／１５７２２号を参照。ある種の実施形態において、徐放調製物は、成型された製品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形態の半透過性ポリマーマトリックスを含み得る。徐放マトリックスには、ポリエステル、ヒドロゲル、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号及びＥＰ０５８，４８１）、Ｌ−グルタミン酸とγエチル−Ｌ−グルタミン酸の共重合体（Ｓｉｄｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ，２２：５４７−５５６（１９８３））、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリラート）（Ｌａｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｂｉｏｍｅｄ．  Ｍａｔｅｒ．  Ｒｅｓ．，１５：１６７−２７７（１９８１）及びＬａｎｇｅｒ，Ｃｈｅｍ．Ｔｅｃｈ．，１２：９８−１０５（１９８２））、エチレン酢酸ビニル（Ｌａｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，上記）及びポリ−Ｄ（−）−３−ヒドロキシ酪酸（ＥＰ１３３，９８８）が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施形態において、徐放組成物は、リポソームも含み得、これは、ある種の実施形態において、本分野で公知の幾つかの方法の何れかによって調製することが可能である。例えば、Ｅｐｐｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８２：３６８８−３６９２（１９８５）；ＥＰ  ０３６，６７６；ＥＰ  ０８８，０４６及びＥＰ  １４３，９４９を参照されたい。
【０１３５】
ある種の実施形態において、インビボ投与のために使用されるべき医薬組成物は無菌である。ある種の実施形態において、インビボ投与のために使用されるべき医薬組成物は、無菌ろ過膜を通じたろ過によって無菌とされる。組成物が凍結乾燥されるある種の実施形態において、無菌ろ過膜を用いた滅菌は、凍結乾燥及び再構成の前又は後の何れかにおいて実施し得る。ある種の実施形態において、非経口投与用組成物は、凍結乾燥された形態で、又は溶液中に保存し得る。ある種の実施形態において、非経口組成物は、一般的に、無菌アクセスポートを有する容器中に、例えば、皮下注射針によって突き刺すことが可能なストッパーを有する静脈内溶液袋又は容器中に配置される。
【０１３６】
ある種の実施形態において、非経口組成物は、医薬組成物が調合された後、溶液、懸濁液、ゲル、エマルジョン、固体として、又は脱水若しくは凍結乾燥された粉末として、無菌容器中に保存され得る。ある種の実施形態において、このような製剤は、即時使用形態で、又は投与前に再構成される形態（例えば、凍結乾燥された形態）の何れかで保存し得る。
【０１３７】
ある種の実施形態において、単回投薬投与単位を製造するためのキットが提供される。ある種の実施形態において、キットは、それぞれ、乾燥されたタンパク質を有する第一の容器と、水性製剤を有する第二の容器の両方を含有し得る。ある種の実施形態において、単一及び／又は複数チャンバー化された、予め充填された注射器（例えば、液体注射器及びリオシリンジ（ｌｙｏｓｙｒｉｎｇｅ））を含有するキットが含まれる。
【０１３８】
ある種の実施形態において、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしに、治療的に使用されるべきＥＧＦｒ特異的結合因子を含む医薬組成物の有効量は、例えば、治療的な文脈及び目的に依存する。当業者は、ある種の実施形態に従って、治療用の適切な投薬レベルは、従って、送達される分子、少なくとも１つの追加の治療剤とともに又は少なくとも１つの追加の治療剤なしにＥＧＦｒ特異的結合因子が使用されている適応症、投与の経路及びサイズ（体重、体表面又は臓器サイズ）及び／又は患者の状態（年齢及び一般的な健康）に部分的に依存して変動する。ある種の実施形態において、医師は、最適な治療効果を得るために、投薬量を滴定し、投与の経路を修飾し得る。ある種の実施形態におい、典型的な投薬量は、上述の要因に応じて、約０．１μｇ／ｋｇから最大約１００ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上の範囲であり得る。ある種の実施形態において、投薬量は、０．１μｇ／ｋｇから最大約１００ｍｇ／ｋｇまで又は１μｇ／ｋｇから最大約１００ｍｇ／ｋｇまで又は５μｇ／ｋｇから最大１００ｍｇ／ｋｇまでの範囲であり得る。
【０１３９】
ある種の実施形態において、投薬の頻度は、使用される製剤中のＥＧＦ特異的結合因子及び／又は何れかのさらなる治療剤の薬物動態学的パラメータを考慮に入れる。ある種の実施形態において、臨床医は、所望の効果を達成する投薬量が達成するまで、組成物を投与する。ある種の実施形態において、組成物は、従って、単回用量として、又は経時的に２回若しくはそれ以上の用量（所望の分子の同じ用量を含有してもよく、含有しなくてもよい。）として、又は埋め込み装置又はカテーテルを介した連続注入として投与され得る。適切な投薬量をさらに精密にするある種の方法は、当分野の技術に属する。ある種の実施形態において、適切な投薬量は、適切な用量応答データの使用を通じて確認し得る。
【０１４０】
ある種の実施形態において、医薬組成物の投与経路は、公知の方法に従い、例えば、経口的に、静脈内、腹腔内、脳内（実質内）、脳室内、筋肉内、眼内、動脈内、門脈内、又は病変内経路による注射を通じて、徐放システムによって又は埋め込み装置によって行われる。ある種の実施形態において、組成物は、ボーラス注射によって、又は注入により連続的に、又は埋め込み装置によって投与され得る。
【０１４１】
上述のように、様々な実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子を投与するために、有効な投与経路の何れも使用し得る。注射されるのであれば、ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、例えば、関節内、静脈内、筋肉内、病変内、腹腔内、頭蓋内、鼻内、吸入又はボーラス注射による若しくは連続注入による皮下経路を介して投与され得る。投与の典型的な方法には、埋め込み物からの持続的放出、エアロゾル吸入、点眼薬、丸薬、シロップ、トローチ剤及びチューインガムを含む経口調製物並びにローション、ゲル、スプレー、軟膏及び他の適切な技術などの局所調製物が含まれるが、これらに限定されない。
【０１４２】
ある種の実施形態において、肺疾患に関連する疾病を治療する場合には、吸入による投与が有益である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は、ＥＧＦｒ特異的結合因子を発現する培養細胞を埋め込むことによって投与され得る。ある種の実施形態において、ＥＧＦ特異的結合因子をコードする１つ又はそれ以上のベクターでの、インビボ又はエキソビボ形質移入によって作製するために、患者自身の細胞が誘導される。ある種の実施形態において、このベクターは、例えば、ＥＧＦ特異的結合因子をコードする裸のＤＮＡ又はリポソーム封入されたＤＮＡを注入することによって、又は形質移入の他の方法によって、患者の細胞中に導入することが可能である。ＥＧＦ特異的結合因子が１つ又はそれ以上の他の生物学的に活性な化合物と組み合わせて投与される場合には、ある種の実施形態において、これらは、同じ経路又は異なる経路によって投与され得、及び一緒に、別個に、又は順次に投与され得る。
【０１４３】
ある種の実施形態において、組成物は、膜、スポンジ又は所望の分子がその上に吸収又は封入された別の適切な材料の埋め込みを介して、局所的に投与され得る。埋め込み装置が使用されるある種の実施形態において、装置は、あらゆる適切な組織又は臓器中に埋め込むことができ、所望の分子の送達は、拡散、持続放出型の巨丸剤又は連続投与を介して行われ得る。
【０１４４】
ある種の実施形態において、エキソビボ様式で、少なくとも１つの追加の治療剤あり又はなしで、ＥＧＦｒ特異的結合因子を含む医薬組成物を使用することが望ましい場合があり得る。このような実施形態において、患者から採取された細胞、組織及び／又は臓器は、少なくとも１つのさらなる治療剤あり又はなしに抗体を含む医薬組成物に曝露され、この後、細胞、組織及び／又は臓器は、続いて、患者中に戻されて埋め込まれる。
【０１４５】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子及び全てのさらなる治療剤は、ポリペプチドを発現及び分泌するために、本明細書に記載されている方法などの方法を用いて、遺伝的に改変されたある種の細胞を埋め込むことによって送達することが可能である。ある種の実施形態において、このような細胞は、動物又はヒト細胞であり得、自家性、異種性又は異種間であり得る。ある種の実施形態において、細胞は不死化され得る。ある種の実施形態において、免疫学的応答の可能性を減少させるために、細胞は、周囲の組織の浸潤を避けるために封入され得る。ある種の実施形態において、封入材料は、典型的には、タンパク質産物の放出を可能とするが、患者の免疫系による、又は周囲組織からの他の有害な因子による細胞の破壊を防ぐ生体適合的半透過性ポリマー封入物又は膜である。
【０１４６】
ある種の典型的な方法
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であるかどうかを予測する方法が提供される。ある種の実施形態において、前記方法は、対象から得た試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することを含む。ある種の実施形態において、試料中の増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の存在が、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は抗ＥＧＦｒ抗体を含む。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はヒト抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。
【０１４７】
ある種の実施形態において、試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を、正常な参照試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数と比較することを含む。ある種の実施形態において、正常な参照試料は、試料と同じ対象から得られる。ある種の実施形態において、正常な参照試料は、試料と同じ対象から得られない。ある種の実施形態において、正常な参照試料は、試料と同じ組織から得られる。ある種のこのような実施形態において、正常な参照試料は非腫瘍原性組織から得られ、試料は腫瘍原性組織から得られる。ある種のこのような実施形態において、正常な参照試料は非悪性組織から得られ、試料は悪性組織から得られる。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、定量的ＰＣＲを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、サザンブロット分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、本明細書に記載されている別の遺伝子コピー数の決定法を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は抗ＥＧＦｒ抗体を含む。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はヒト抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は、抗ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。
【０１４８】
ある種の実施形態において、試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、対象中の腫瘍から得た検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定すること、検査試料中の少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定すること、及び検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を、検査試料中の少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数と比較すること、を含む。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数に対する検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子の増加したコピー数は、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、ＥＧＦｒ遺伝子と同じ染色体上に位置する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、ＥＧＦｒ遺伝子が位置する染色体とは別の染色体上に位置する。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数は、細胞当り２コピーである。ある種の実施形態において、少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列は、動原体性配列である。ある種の実施形態において、正常な試料中の少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数に対するＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の比は、１である。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することは、蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することは、定量的ＰＣＲを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することは、サザンブロット分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び少なくとも１つの参照ヌクレオチド配列のコピー数を決定することは、本明細書に記載されている別の遺伝子コピー数の決定法を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は抗ＥＧＦｒ抗体を含む。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はヒト抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。
【０１４９】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、対象から得た検査試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定すること、検査試料中の核の数を決定すること、及びＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を核の数と比較することを含む。ある種のこのような実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数と核の数の間の２を上回る比は、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が対象中のＥＧＦｒ関連癌を治療する上で有効であることを予測する。ある種の実施形態において、正常な治療中における、核の数に対するＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の比は、２である。ある種の実施形態において、試料中の増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、核の数に対するＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の２を超える比によって示される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は抗ＥＧＦｒ抗体を含む。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はヒト抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。
【０１５０】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び核の数を決定することは、蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び核の数を決定することは、定量的ＰＣＲを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び核の数を決定することは、サザンブロット分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数及び核の数を決定することは、本明細書に記載されている別の遺伝子コピー数の決定法を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は抗ＥＧＦｒ抗体を含む。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体治療はヒト抗ＥＧＦｒ抗体を含む。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。
【０１５１】
ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌を有する対象を治療する方法であり、
対象から得た試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定すること、試料中に増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が存在するかどうかを決定すること、及び試料中に増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数が存在すれば、ＥＧＦｒ特異的結合因子の医薬的有効量を対象に投与すること、を含む前記方法が提供される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子は抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はヒト抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療が、ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、定量的ＰＣＲを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、サザンブロット分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、本明細書に記載されている別の遺伝子コピー数の決定法を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。
【０１５２】
ある種の実施形態において、患者中の治療の効力を測定する方法であり、（ａ）患者から得られた第一の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定して、第一のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数レベルを取得すること、（ｂ）前記患者に前記治療を施すこと、（ｃ）前記治療を施した後の時点で、前記患者から得られた第二の試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することにより、第二のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数レベルを生成すること、及び（ｄ）前記第一及び第二のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数レベルを比較すること、を含み、前記第一のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数レベルに対する前記第二のＥＧＦｒ遺伝子のコピー数レベルにおけるＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の減少が、前記治療が前記患者において有効であることを示す、前記方法が提供される。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、蛍光インシチュハイブリダイゼーション分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、定量的ＰＣＲを含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、サザンブロット分析を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を決定することは、本明細書に記載されている別の遺伝子コピー数の決定法を含む。ある種の実施形態において、前記治療はＥＧＦｒ特異的結合因子を含む。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ特異的結合因子治療は抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はヒト抗ＥＧＦｒ抗体である。ある種の実施形態において、抗ＥＧＦｒ抗体はパニツムマブである。ある種の実施形態において、前記治療は、抗ＥＧＦｒ特異的結合因子と、及び少なくとも１つの化学療法剤とを含む。ある種の実施形態において、前記治療はＥＧＦｒ関連癌に対する。ある種の実施形態において、ＥＧＦｒ関連癌は固形腫瘍である。ある種の実施形態において、固形腫瘍は、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌並びに頭頸部癌から選択される少なくとも１つの癌を含む。
【０１５３】
実施された実験及び達成された結果を含む以下の実施例は、例示の目的のために提供されており、本発明を限定するものと解釈すべきでない。
【０１５４】
実施例
【実施例１】
【０１５５】
ＣＲＣ腫瘍試料の単離及びパニツムマブ治療との相関
ＥＧＦｒ発現結腸直腸癌（「ＣＲＣ」）の治療のためのパニツムマブ（ＥＧＦｒに対するヒトＩｇＧ２モノクローナル抗体；Ａｍｇｅｎ  Ｉｎｃ．）臨床試験のために、Ｏｓｐｅｄａｌｅ  Ｎｉｇｕａｒｄａ  Ｃａ’Ｇｒａｎｄａに登録した患者から１０人の患者を選択した。治療プロトコールは、機関の倫理委員会によって承諾された。患者には、パニツムマブの投与並びに腫瘍によって発現されたＥＧＦｒ及びＥＧＦｒ活性化に関与する分子の分析に対するインフォームドコンセントの書面を与えた。１０人の患者は全員、以前の化学療法計画に対して抵抗性があった。従来の化学療法計画は、下表１に示されている。患者の腫瘍試料は、製造業者の指示書に従い、ＥＧＦＲＰｈａｒｍＤＸキット（ＤＡＫＯ  Ｃｏｒｐ．）を用いて、ＥＧＦｒ発現に対して評価を行った。本研究に対して選択された全ての患者は、ＥＧＦｒを発現する転移性ＣＲＣを有しており、悪性細胞の少なくとも１％中におけるＥＧＦｒ染色の存在によって確認された。疾病の観察が観察されるまで、２週ごとに、６ｍｇ／ｋｇの用量で、パニツムマブを患者に静脈内処理した。
【０１５６】
パニツムマブ処理に対する腫瘍の応答は、臨床プロトコールに従い、機関の放射線医及び独立の放射線医によって、固形腫瘍における応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ；Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ）を用いて、コンピュータ断層撮影画像化（「ＣＴスキャン」）によって評価した。ＲＥＣＩＳＴは、腫瘍サイズに基づいて、改善、安定な疾病又は進行性の疾病を明らかにするためのガイドラインを提供する（Ｔｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２０００，  “Ｎｅｗ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  Ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ，”  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ９２（３）：２０５−２１６を参照。）。パニツムマブで処理された患者のＲＥＣＩＳＴ分析の結果が、表１に示されている。
【０１５７】
【表１】
2008536493.tif 000002
【０１５８】
このように、１０人の患者のうち６人は、パニツムマブ治療に対して陽性に反応し、安定な疾病又は部分的な応答を示している。
【実施例２】
【０１５９】
ＣＲＣ腫瘍試料におけるＥＧＦＲ、ＰＩ３Ｋ、ＲＡＳ及びＲＡＦの変異分析
実施例１に論述されているパニツムマブ治療の開始前に、各患者から得たＣＦＣ腫瘍試料をパラフィン中に包埋した。各患者の試料から１０ミクロンの切片を調製した。腫瘍組織を呈する切片の領域に印をつけ、０．２ＭＮａＯＨ／１ｍＭＥＤＴＡで組織を抽出した。続いて、１００ｍＭＴｒｉｓ−ＴＥで試料を中和した。抽出及び中和後、製造業者の指示書に従い、ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて、各試料から得たＤＮＡを精製した。
【０１６０】
一般ユーザのための及び生物学者プログラマーのためのインターネット上のプログラムＰｒｉｍｅｒ３（Ｒｏｚｅｎ  Ｓ，  Ｓｋａｌｅｔｓｋｙ  Ｈ（２０００）Ｐｒｉｍｅｒ３．Ｉｎ：Ｋｒａｗｅｔｚ，  Ｓ．，  Ｍｉｓｅｎｅｒ，  Ｓ．（ｅｄｓ）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｔｏｔｏｗａ，  ＮＪ，  ｐｐ  ３６５−３８６）。を用いて、エキソン特異的ＰＣＲプライマー及び配列決定プライマーを設計した。設計されたプライマーは、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎＴＭ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）によって合成された。ＥＧＦｒエキソン１８に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＧＣＴＧＡＧＧＴＧＡＣＣＣＴＴＧＴＣＴＣ（配列番号１）であり、ＥＧＦｒエキソン１８に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＡＣＡＧＣＴＴＧＣＡＡＧＧＡＣＴＣＴＧＧ（配列番号２）であり、ＥＧＦｒエキソン１８に対する配列決定プライマーはＴＧＧＡＧＣＣＴＣＴＴＡＣＡＣＣＣＡＧＴ（配列番号３）であった。ＥＧＦｒエキソン１９に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＣＣＣＡＧＴＧＴＣＣＣＴＣＡＣＣＴＴＣ（配列番号４）であり、ＥＧＦｒエキソン１９に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＣＣＡＣＡＣＡＧＣＡＡＡＧＣＡＧＡＡＡＣ（配列番号５）であり、ＥＧＦｒエキソン１９に対する配列決定プライマーはＧＣＴＧＧＴＡＡＣＡＴＣＣＡＣＣＣＡＧＡ（配列番号６）であった。ＥＧＦｒエキソン２１に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＴＧＡＴＣＴＧＴＣＣＣＴＣＡＣＡＧＣＡＧ（配列番号７）であり、ＥＧＦｒエキソン２１に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＴＣＡＧＧＡＡＡＡＴＧＣＴＧＧＣＴＧＡＣ（配列番号８）であり、ＥＧＦｒエキソン２１に対する配列決定プライマーはＴＴＣＡＧＧＧＣＡＴＧＡＡＣＴＡＣＴＴＧＧ（配列番号９）であった。ＰＩ３Ｋエキソン９に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＧＧＧＡＡＡＡＡＴＡＴＧＡＣＡＡＡＧＡＡＡＧＣ（配列番号１０）であり、ＰＩ３Ｋエキソン９に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＣＴＧＡＧＡＴＣＡＧＣＣＡＡＡＴＴＣＡＧＴＴ（配列番号１１）であり、ＰＩ３Ｋエキソン９に対する配列決定プライマーはＴＡＧＣＴＡＧＡＧＡＣＡＡＴＧＡＡＴＴＡＡＧＧＧＡＡＡ（配列番号１２）であった。ＰＩ３Ｋエキソン２０に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＣＴＣＡＡＴＧＡＴＧＣＴＴＧＧＣＴＣＴＧ（配列番号１３）であり、ＰＩ３Ｋエキソン２０に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＴＧＧＡＡＴＣＣＡＧＡＧＴＧＡＧＣＴＴＴＣ（配列番号１４）であり、ＰＩ３Ｋエキソン２０に対する配列決定プライマーはＴＴＧＡＴＧＡＣＡＴＴＧＣＡＴＡＣＡＴＴＣＧ（配列番号１５）であった。Ｒａｓエキソン２に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＧＧＴＧＧＡＧＴＡＴＴＴＧＡＴＡＧＴＧＴＡＴＴＡＡＣ（配列番号１６）であり、Ｒａｓエキソン２に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＡＧＡＡＴＧＧＴＣＣＴＧＣＡＣＣＡＧＴＡＡ（配列番号１７）であり、Ｒａｓエキソン２に対する配列決定プライマーはＴＣＡＴＴＡＴＴＴＴＴＡＴＴＡＴＡＡＧＧＣＣＴＧＣＴＧ（配列番号１８）であった。Ｂ−Ｒａｆエキソン１５に対するフォワードＰＣＲプライマーは、ＴＧＣＴＴＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＧＡＡＡＡＴＧ（配列番号１９）であり、Ｂ−Ｒａｆエキソン１５に対するリバースＰＣＲプライマーは、ＡＧＣＡＴＣＴＣＡＧＧＧＣＣＡＡＡＡＡＴ（配列番号２０）であり、Ｂ−Ｒａｆエキソン１５に対する配列決定プライマーはＴＧＴＴＴＴＣＣＴＴＴＡＣＴＴＡＣＴＡＣＡＣＣＴＣＡ（配列番号２１）であった。
【０１６１】
上記ＰＣＲプライマーを用いて、精製された腫瘍ゲノムＤＮＡから、ＰＣＲによって、ＥＧＦｒエキソン１８、１９及び２１、ＰＩ３Ｋエキソン９及び２０、Ｒａｓエキソン２並びにＢ−Ｒａｆエキソン１５を増幅した。ＰＣＲは、タッチダウンＰＣＲプログラムを用いて、２０μＬの総容積で行った。増幅プログラムは、以下のとおりであった。９４℃２分間；９４℃３０分間、６４℃３０秒間、７０℃３０秒間の３サイクル；９４℃３０秒間、５８℃３０秒間、７０℃３０秒間の３サイクル；９４℃３０秒間、５７℃３０秒間及び７０℃３０秒間の３５サイクル；並びに７０℃５分間の１サイクル。反応が完了した後、ＡＭＰｕｒｅＰＣＲ精製システム（Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｃｏｒｐ．）を用いて、アンプリコンを精製した。製造業者の指示書に従ってＢｉｇＤｙｅ（登録商標）Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｖ．３．１  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、精製されたアンプリコンの配列を決定し、３７３０ＡＢＩキャピラリー電気泳動システムで分析した。何らかの変異の存在を同定するために、特定の患者の腫瘍ＤＮＡから得た各エキソン配列を、同じ患者の正常なＤＮＡから得た野生型エキソン配列と比較した。この分析の結果は、表２に示されている。
【０１６２】
【表２】
2008536493.tif 000003
【０１６３】
表１及び２中の結果は、ＥＧＦｒ触媒ドメイン（エキソン１８、１９及び２１）中の変異並びにＲａｓエキソン１中、ＰＩ３Ｋエキソン９及び２０中の変異並びにＢ−Ｒａｆエキソン１５中の変異は、１０人の検査されたＣＲＣ患者中のパニツムマブ処理の効果と相関していなかった。
【実施例３】
【０１６４】
ＣＲＣ腫瘍試料におけるＥＧＦＲのコピー数及び局在の分析
患者腫瘍試料中のＥＧＦｒ遺伝子のコピーの数は、蛍光インシチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）及び定量的ＰＣＲという２つの方法で決定された。ＦＩＳＨ分析は、製造業者の指示書に従い、Ｈｅｒ１ＦＩＳＨ検出キット（Ｄａｋｏｃｙｔｏｍａｔｉｏｎ，  Ｄｅｎｍａｒｋ）を用いて行った。本キットによって、試料中に存在する、各ＥＧＦｒ遺伝子、各７番染色体α動原体配列（「ＣＥＰ７」）及び各核の識別的蛍光標識が可能となった。患者の試料を、（キットに提供されている）前処理溶液中に、９６℃で３０分間配置し、続いて、（キットに提供されている）ペプシン溶液で、室温で３０分間消化した。ＬＳＩ  ＥＧＦＲ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｏｒａｎｇｅ  ｐｒｏｂｅ（Ｖｙｓｉｓ，  Ｄｏｗｎｅｒｓ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）及びＣＥＰ７  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｇｒｅｅｎプローブ（Ｖｙｓｉｓ，  Ｄｏｗｎｅｒｓ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）を用いて、二色二重標的ＦＩＳＨアッセイを行った。（キットに提供された）１０μＬのプローブ溶液で、組織切片を覆い、ＥＧＦｒ及びＣＥＰ７プローブを同時変性させるために、７５℃で５分間、温置した。３７℃で、変性されたプローブを用いて、切片を一晩ハイブリッド形成させた。マイクロプロセッサーで制御されたシステム（Ｈｙｂｒｉｄｉｚｅｒ，  Ｄａｋｏｃｙｔｏｍａｔｉｏｎ，  Ｄｅｎｍａｒｋ）中で、順次、同時変性及びハイブリダイゼーション工程を実施した。ハイブリダイゼーション後、キットに提供されている洗浄緩衝液を用いて、１洗浄当り６５℃で１０分間、切片を２回洗浄し、室温で１５分間乾燥させた。クロマチン対比染色のために、組織切片を４，６−ジアミジノ−２フェニルインドール（ＤＡＰＩＩ、Ｖｙｓｉｓ）で覆い、蛍光顕微鏡によって調べた。
【０１６５】
ＦＩＳＨ可視化のために、Ｃｈｒｏｍｏｗｉｎワークステーション（Ａｍｐｌｉｍｅｄｉｃａｌ、Ｉｔａｌｙ）を装備した蛍光顕微鏡（Ｚｅｉｓｓ  Ａｘｉｏｓｋｏｐ，  Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用した。テトラメチル−ローダミンイソチオシアナート（ＴＲＩＴＣ）フィルターを用いて、ＥＧＦｒ遺伝子を、赤いシグナルとして観察した。フルオレセインイソチオシアナート（ＦＩＴＣ）フィルターを用いて、ＣＥＰ７配列を、緑のシグナルとして観察した。ＤＡＰＩフィルターを用いて、細胞核を、青のシグナルとして観察した。各試料の代表的映像は、続いて、Ｃａｓｔｉ  Ｉｍａｇｉｎｇ  Ｆｉｓｈ  Ｍｕｌｔｉｃｏｌｏｒソフトウェア（Ａｍｐｌｉｍｅｄｉｃａｌ）によって統合された単色層中のＨａｍａｍａｔｓｕＣ５８９５冷却ＣＣＤカメラ（Ｕｐｓｔａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  Ｅｑｕｉｐｍｅｎｔ  Ｃｏ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）で撮影した。各患者試料中の腫瘍に対して隣接する培養網膜色素上皮細胞及び正常な結腸直腸粘膜細胞を、正常細胞対照として使用した。増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数に対する対照として、Ａ４３１ヒト扁平上皮癌細胞を使用した。患者５から得た試料は、１０ミクロンの切片としてのみ取得可能であり、組織の厚さが過剰であるために、複数回の試みにも関わらず、ＦＩＳＨ分析は結論を与えるものではなかった。
【０１６６】
２つの独立した観察者が、予め確定されたスコア付けガイドラインを用いて、各試料から得た少なくとも２００個の非重複中間期核にスコアを与えた。患者の臨床的特徴並びに他の観察者のスコア及び評価の何れも、観察者には知らせなかった。それぞれの核内において、ＥＧＦｒ遺伝子及びＣＥＰ７配列のコピーの数を独立に評価した。核の数に対するＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の比（ＥＧＦｒ：核）及びＣＥＰ７配列数に対するＥＧＦｒ遺伝子のコピー数（ＥＧＦｒ：ＣＥＰ７）を記録した。結果は、表３に示されている。
【０１６７】
【表３】
2008536493.tif 000004
【０１６８】
ＥＧＦｒ遺伝子は、正常には、７番染色体上に位置しているので、ＥＧＦｒ遺伝子数：ＣＥＰ７配列数の予想される比率は１であった。核内には、通常、７番染色体の２コピーが存在するとすれば、ＥＧＦｒ遺伝子数：核の予想される比は２であった。増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、７番染色体の多染色体性及びＥＧＦｒ遺伝子増幅から生じ得る。従って、１のＥＧＦｒ遺伝子：ＣＥＰ７比及び２のＥＧＦｒ遺伝子：核比によって、正常な二染色体性が示される。１のＥＧＦｒ遺伝子：ＣＥＰ７比及び２を上回るＥＧＦｒ遺伝子：核比によって、平衡多染色体性が示される。１を上回るＥＧＦｒ遺伝子：ＣＥＰ７比及び２を上回るＥＧＦｒ遺伝子：核比によって、ＥＧＦｒ遺伝子の増幅を伴う正常な二染色体性が示される。増加したＥＧＦｒ遺伝子のコピー数は、任意に、ＥＧＦ遺伝子：核の比における３以上の値として定義された。
【０１６９】
図１は、ある種の二色ＦＩＳＨアッセイ画像を示しており、ＥＧＦｒ遺伝子は赤く見え、ＣＥＰ７配列は緑に見える。図１Ａは、正常な直腸結腸粘膜細胞の染色パターンを示しており、ここでは、平衡二染色体性が観察される。図１Ｂは、患者７から得られた腫瘍細胞の染色パターンを示しており、同じく、平衡二染色体性を表している。図１Ｃは、患者４から得られた腫瘍細胞の染色パターンを示しており、平衡多染色体性を表している。図１Ｄは、患者１から得られた腫瘍細胞の染色パターンを示しており、ＥＧＦｒ遺伝子増殖を伴う二染色体性を表している。
【０１７０】
定量的ＰＣＲを用いて、各患者に対して、ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数も決定される。製造業者の指示書に従い、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ装置及びＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，  Ｉｎｃ．）検出システム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、リアルタイムＰＣＲを行う。ＥＧＦｒ遺伝子の小さな（１００〜２００ｂｐ）非反復領域を増幅するために、フォワードプライマーＧＡＡＴＴＣＧＧＡＴＧＣＡＧＡＧＣＴＴＣ（配列番号２２）及びリバースプライマーＧＡＣＡＴＧＣＴＧＣＧＧＴＧＴＴＴＴＣ（配列番号２３）を使用する。ＥＧＦｒ遺伝子結果の標準化を可能とするために、Ｌｉｎｅ−１（二倍体ゲノム当りのコピー数が全てのヒト細胞において同様である反復要素）も、各患者試料から増幅される。Ｌｉｎｅ−１反復要素に対するフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、ＡＡＡＧＣＣＧＣＴＣＡＡＣＴＡＣＡＴＧＧ（配列番号２４）及びＴＧＣＴＴＴＧＡＡＴＧＣＧＴＣＣＣＡＧＡＧ（配列番号２５）である。増幅条件は、以下のとおり、すなわち、９５℃で１０分間の１サイクル、９５℃で１５秒及び６０℃で１分の４５サイクルである。ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍソフトウェアを用いて、閾値サイクル数を取得する。増幅反応は３つ組みで行い、閾値サイクル数の平均を求める。コピー数の変化は、式ｓ（Ｄｔ−Ｄｌｉｎｅ）−（Ｎｔ−Ｎｌｉｎｅ）を使用することによって算出される。本式において、Ｄｔは、患者試料中のＥＧＦｒ遺伝子配列に対して観察された平均閾値サイクル数であり、Ｄｌｉｎｅは、患者試料中のＬｉｎｅ−１配列に対して観察された平均閾値サイクル数であり、Ｎｔは、網膜色素上皮細胞（「ＲＰＥ」）細胞から得たＤＮＡ中のＥＧＦｒ遺伝子配列に対して観察された閾値サイクル数であり、Ｎｌｉｎｅは、ＲＰＥ細胞から得たＤＮＡ中のＬｉｎｅ−１配列に対して観察された閾値サイクル数である。
【実施例４】
【０１７１】
細胞増殖阻害アッセイ
ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数の正常な数又はＥＧＦｒ遺伝子コピーの増加した数を有する細胞株に対するパニツムマブの効果を研究する。まず、実験用ＣＲＣ細胞株中のＥＧＦｒのコピー数を決定した。ＤｉＦｉ（Ｊｏｓｅ  Ｂａｓｅｌｇａ，ＶａＩＩ  ｄ’Ｈｅｂｒｏｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂａｒｃｅｌｏｎａ，Ｓｐａｉｎ）、ＤＬＤ−１、ＨＣＴ−１１６、ＨＴ−２９、ＬｏＶｏ、ＳＷ４８、ＳＷ４８０及びＳＷ６２０（全てＡＴＣＣから入手）という８つの異なるＣＲＣ細胞株を研究した。実施例３に上述されているＦＩＳＨ法を用いて、各ＣＲＣ細胞株のＥＧＦｒコピー数を決定した。１０％ウシ胎児血清、ペニシリン及びストレプトマイシンを補充したＤＭＥＭ中で、各細胞株（ＤｉＦｉ細胞を除く。）を増殖した。１０％ＦＣＳ及び抗生物質を補充したＦ−１２培地中で、ＤｉＦｉ細胞を増殖した。ＤｉＦｉ細胞に対する典型的なＦＩＳＨ蛍光染色映像が、図２Ｂに示されている。ＦＩＳＨ分析から得られた値は、表４に示されている。
【０１７２】
【表４】
2008536493.tif 000005
表４に示されているように、ＤｉＦｉ細胞は、極めて高いＥＧＦｒ遺伝子のコピー数を有する。
【０１７３】
ＥＧＦｒ遺伝子発現は、細胞のＥＧＦｒタンパク質のウェスタンブロット分析によって、細胞株の各々中で調べた（図２Ａ参照）。タンパク質抽出物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥを用いた電気泳動に供し、高強度の湿潤ブロッティングによって、ポリビニリデン二フッ化物の膜に転写した。表記抗体でフィルターをプローブし、増強された化学発光システム（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を用いて、特異的結合を検出した。上記ＦＩＳＨデータから予測されるように、ＤｉＦｉ細胞は、ＥＧＦｒタンパク質の極めて高いレベルを有していた。ＳＷ６２０を除き、他の細胞株は、ＥＧＦｒタンパク質の変動するレベルを示した。ＳＷ２６０細胞は、高ＥＧＦｒ遺伝子のコピー数に関わらず、ＥＧＦｒタンパク質を含有していなかった。
【０１７４】
各ＣＲＣ腫瘍細胞株の増殖に対するパニツムマブの効果は、ブロモデオキシウリジン（「ＢｒｄＵ」）取り込みアッセイを用いて測定する。９６ウェルの黒のプレート（Ｃｕｌｔｕｒｅ  ＰｌａｔｅＴＭ９６Ｆ（Ｐａｃｋａｒｄ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ））中の、２％ＦＢＳを補充したＤＭＥＭ中で細胞を増殖させる。０．０１〜１００ｎＭの間のパニツムマブ（Ａｍｇｅｎ  Ｉｎｃ．）の変動する濃度を用いて、播種された細胞を、５日間温置する。細胞増殖は、ＢｒｄＵ取り込みをアッセイする化学発光ＥＬＩＳＡ法（Ｒｏｃｈｅ）によって測定する。各細胞株に対するウェル辺りの細胞播種密度は、ＤｉＦｉ：４０００；ＬｏＶｏ：４０００；ＤＬＤ：５００；ＨＣＴ１１６：１０００；ＨＴ２９：１０００；ＳＷ４８０：１０００；ＳＷ３８７：４０００；ＳＷ４８：５００；及びＳＷ６２０：５００である。ＢＲｄＵアッセイは、製造業者の指示書に従って、３つの別個の３つ組みの実験で行われ、標識溶液の添加から２０時間後に終了する。各パニツムマヅ濃度での細胞増殖のパーセントは、以下の式：［（検査試料−ブランク試料）／（対照試料−ブランク試料）×１００］を用いて計算され、ここにおいて、対照試料はパニツムマブを欠く媒地中で増殖された細胞であり、ブランク試料は、ＤＭＥＭ中の０．０２％ＴｒｉｔｏｎＸ中で増殖された細胞（すなわち、増殖なし）からなる。
【図面の簡単な説明】
【０１７５】
【図１】図１Ａ−１Ｄは、実施例３に記載されている作業に従って、蛍光顕微鏡によって観察される二色ＦＩＳＨアッセイ分析から得られる画像である。４つの全ての図で、ＥＧＦｒ遺伝子は赤く見え、ＣＥＰ７配列は緑に見える。図１Ａは、正常な直腸結腸粘膜細胞のパターンの染色を示す。図１Ｂは、患者７から得られた腫瘍細胞の染色パターンを示す。図１Ｃは、患者４から得られた腫瘍細胞の染色パターンを示す。図１Ｄは、患者１から得られた腫瘍細胞の染色パターンを示す。
【図２】図２Ａは、実施例４に記載されている作業に従って、異なる結腸直腸癌細胞株中でのＥＧＦｒの発現のレベルを示すウェスタンブロットである。図２Ｂは、実施例４に記載されている作業に従って、蛍光顕微鏡によって観察されるＤｉＦｉ結腸直腸癌細胞の二色ＦＩＳＨアッセイ分析から得られる画像である。ＥＧＦｒ遺伝子は赤く見え、ＣＥＰ７配列は緑に見える。
【図１】
2008536493.tif 000006
【図２】
2008536493.tif 000007
【配列表】
2008536493000001.app
【国際調査報告】
2008536493.tif 000008
2008536493.tif 000009
2008536493.tif 000010
2008536493.tif 000011
2008536493.tif 000012