(57)【要約】本発明は、疾患、障害、および状態（自己免疫障害、炎症、細菌感染、真菌感染、およびウイルス感染に関連する、疾患、障害、および状態；ならびに自己免疫障害、炎症、細菌感染、真菌感染、およびウイルス感染に関与する、疾患、障害、および状態；ならびに細胞の制御されていない増殖もしくは細胞の異常な増殖によって引き起こされる疾患、細胞の制御されていない増殖もしくは細胞の異常な増殖に関与する疾患（癌を含む））の処置のための構築物および方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
プロテイナーゼ関連分子に対して結合可能な結合ドメインポリペプチド；
プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド；および必要に応じて、
該結合ドメインポリペプチドと、該プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとを接続する、接続領域を含むポリペプチド；
を含む、化合物。
【請求項２】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、免疫グロブリンまたはその部分を含む、化合物。
【請求項３】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、モノクローナル抗体またはその部分を含む、化合物。
【請求項４】
請求項２に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、およびＦｖフラグメントから選択される、化合物。
【請求項５】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、単鎖タンパク質を含む、化合物。
【請求項６】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドと免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチドとを含む、化合物。
【請求項７】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、２つの免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチドを含む、化合物。
【請求項８】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、単鎖Ｆｖを含む、化合物。
【請求項９】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、合成ポリヌクレオチドによりコードされる単鎖Ｆｖを含む、化合物。
【請求項１０】
請求項９に記載の化合物であって、前記合成ポリヌクレオチドは、１つよりも多い数のオリゴヌクレオチドを合わせることによって合成される、化合物。
【請求項１１】
請求項９に記載の化合物であって、前記合成ポリヌクレオチドは、１つよりも多い数のオリゴヌクレオチドをＰＣＲ手順により合わせることによって合成される、化合物。
【請求項１２】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、ファージディスプレイを使用してライブラリーから単離されたポリヌクレオチドによりコードされる単鎖Ｆｖを含む、化合物。
【請求項１３】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、ハイブリドーマから単離されるポリヌクレオチドによりコードされる単鎖Ｆｖを含む、化合物。
【請求項１４】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、白血球上の抗原に結合する、化合物。
【請求項１５】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、Ｔリンパ球上の抗原に結合する、化合物。
【請求項１６】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、Ｔリンパ球上の抗原に結合するｓｃＦｖである、化合物。
【請求項１７】
請求項１６に記載の化合物であって、前記Ｔリンパ球抗原は、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ６９、ＣＤ１５４、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ−４）、およびＩＣＯＳから選択される、化合物。
【請求項１８】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、ヘルパーＴ細胞上の抗原に結合する、化合物。
【請求項１９】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、単球上の抗原に結合する、化合物。
【請求項２０】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、樹状細胞上の抗原に結合する、化合物。
【請求項２１】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、免疫エフェクター細胞上の抗原に結合する、化合物。
【請求項２２】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、Ｂ細胞上の抗原に結合する、化合物。
【請求項２３】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ６９、ＣＤ１５４、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ−４）、ＩＣＯＳ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＶＥＧＦから選択される抗原である標的に結合する、化合物。
【請求項２４】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、ＶＥＧＦに結合する、化合物。
【請求項２５】
請求項１に記載の化合物であって、前記結合ドメインポリペプチドは、ＣＤ２８に結合する、化合物。
【請求項２６】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、プロテイナーゼインヒビター活性を有するｔｒａｐｐｉｎポリペプチドを含む、化合物。
【請求項２７】
請求項２６に記載の化合物であって、前記ｔｒａｐｐｉｎポリペプチドは、天然に存在するＳＬＰＩポリペプチドを含む、化合物。
【請求項２８】
請求項２６に記載の化合物であって、前記ｔｒａｐｐｉｎポリペプチドは、天然に存在するＳＬＰＡポリペプチドのアナログを含む、化合物。
【請求項２９】
請求項２６に記載の化合物であって、前記ｔｒａｐｐｉｎポリペプチドは、天然に存在するｔｒａｐｐｉｎポリペプチドのアナログである、化合物。
【請求項３０】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、プロテイナーゼインヒビター活性を有するＷＡＰドメインを含む、化合物。
【請求項３１】
請求項３０に記載の化合物であって、前記ＷＡＰドメインは、天然に存在するＷＡＰモチーフポリペプチドのアナログである、化合物。
【請求項３２】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、プロテイナーゼインヒビター活性を有するＴＩＭＰを含む、化合物。
【請求項３３】
請求項３２に記載の化合物であって、前記ＴＩＭＰポリペプチドは、天然に存在するＴＩＭＰポリペプチドのアナログである、化合物。
【請求項３４】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、プロテイナーゼインヒビター活性を有するシスタチンを含む、化合物。
【請求項３５】
請求項３４に記載の化合物であって、前記シスタチンは、天然に存在するシスタチンポリペプチドのアナログである、化合物。
【請求項３６】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、デフェンシンを含む、化合物。
【請求項３７】
請求項３６に記載の化合物であって、前記デフェンシンは、天然に存在するデフェンシンポリペプチドの天然に存在しないアナログである、化合物。
【請求項３８】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビターは、エラスターゼ、α１−プロテイナーゼ、プロテイナーゼ３、キモトリプシン、トリプシン、ヒト肥満細胞カイメース、角質層キモトリプシン酵素、ヒト白血球エラスターゼ、ヒトカテプシンＧ、ウシキモトリプシン、ブタキモトリプシン、トリプターゼ、ヒト白血球エラスターゼ、ブタ膵臓エラスターゼ、角質層キモトリプシン酵素から選択されるプロテイナーゼを阻害する、化合物。
【請求項３９】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、エラスチン、プロテオグリカン、コラーゲン、ＶＥＧＦ前駆体から選択される基質を有するプロテイナーゼを阻害する、化合物。
【請求項４０】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、非変異型プロテイナーゼインヒビタードメインに対して増加したプロテイナーゼ阻害活性または減少したプロテイナーゼ阻害活性を有するように変異されている、化合物。
【請求項４１】
阻害される標的プロテイナーゼに対する特異性をもたらすように改変されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項４２】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテイナーゼは、ｉ）内因性プロテアーゼの活性を調節すること、ｉｉ）内因性プロテイナーゼの発現を調節すること、ｉｉｉ）シグナル伝達を調節すること、ｉｖ）シグナル伝達分子の活性を調節すること、およびｖ）シグナル伝達分子の発現を調節すること、から選択される少なくとも１つの生物学的活性を有する、化合物。
【請求項４３】
請求項１に記載の化合物であって、ｉ）内因性プロテアーゼの活性を調節すること、ｉｉ）内因性プロテイナーゼの発現を調節すること、ｉｉｉ）シグナル伝達を調節すること、ｉｖ）シグナル伝達分子の活性を調節すること、およびｖ）シグナル伝達分子の発現を調節すること、から選択される少なくとも１つの生物学的活性を有するプロテイナーゼインヒビターアナログを含む、化合物。
【請求項４４】
ＴＧアーゼモチーフを含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項４５】
２つ以上のＴＧアーゼモチーフを含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項４６】
請求項４４または４５に記載の化合物であって、前記ＴＧアーゼモチーフは、アミノ酸配列Ｇｌｙ−ＧＬｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−Ｌｙｓを含む、化合物。
【請求項４７】
二量体化ドメインをさらに含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項４８】
請求項４７に記載の化合物であって、前記二量体化ドメインは、免疫グロブリンＣＨ３ドメインまたはその部分を含む、化合物。
【請求項４９】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、二量体化ドメインを含む、化合物。
【請求項５０】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、ヒトヒンジまたはその部分、ヒトＩｇＧヒンジまたはその部分、ヒトＩｇＡヒンジまたはその部分、ヒトＩｇＥヒンジまたはその部分、ラクダ科ヒンジ領域またはその部分、ＩｇＧ１ラマヒンジ領域またはその部分、テンジクザメヒンジ領域またはその部分、およびスポッテッド・ラットフィッシュヒンジ領域またはその部分から選択される、天然に存在するヒンジ領域を含む、化合物。
【請求項５１】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、ヒトヒンジまたはその部分、ヒトＩｇＧヒンジまたはその部分、ヒトＩｇＡヒンジまたはその部分、ヒトＩｇＥヒンジまたはその部分、ラクダ科ヒンジ領域またはその部分、ＩｇＧ１ラマヒンジ領域またはその部分、テンジクザメヒンジ領域またはその部分、およびスポッテッド・ラットフィッシュヒンジ領域またはその部分から選択される、天然に存在するヒンジ領域を含む、化合物。
【請求項５２】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、ヒトＩｇＥヒンジまたはその部分を含む、化合物。
【請求項５３】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、０個または１個のうちのいずれかの個数のシステイン残基を有する、ヒトＩｇＧ１ヒンジ領域、ヒトＩｇＧ２ヒンジ領域、ヒトＩｇＧ３ヒンジ領域、もしくはヒトＩｇＧ４ヒンジ領域を含む、化合物。
【請求項５４】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、０個〜２個のシステイン残基を有するヒトＩｇＧヒンジ領域を含む、化合物。
【請求項５５】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、野生型ヒトＩｇＧ１免疫グロブリンヒンジ領域を含む、化合物。
【請求項５６】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、グリコシル化部位を含む、化合物。
【請求項５７】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域に結合体化している合成プロテイナーゼインヒビターをさらに含む、化合物。
【請求項５８】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、ジスルフィド結合を形成可能なシステイン残基を有さない、化合物。
【請求項５９】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、１つのシステイン残基を有する、化合物。
【請求項６０】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、１個よりも多い数のシステイン残基を含む変異した野生型免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドを含む、化合物。
【請求項６１】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、該化合物が減少した二量体化能力を有するように改変されている、化合物。
【請求項６２】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、第一システイン残基と第二システイン残基と第三システイン残基とを含む変異した野生型免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドまたはその部分を含み、該第一システイン残基は、該第二システインのＮ末端側であり、該第二システインは、該第三システインのＮ末端側であり、該第一システイン残基は、置換または欠失されている、化合物。
【請求項６３】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、約１５アミノ酸長〜約１１５アミノ酸長である、化合物。
【請求項６４】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、約１０アミノ酸長〜約５０アミノ酸長である、化合物。
【請求項６５】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、約１５アミノ酸長〜約３５アミノ酸長である、化合物。
【請求項６６】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、約１８アミノ酸長〜約３２アミノ酸長である、化合物。
【請求項６７】
請求項１に記載の化合物であって、前記接続領域は、約５アミノ酸長〜約１５アミノ酸長である、化合物。
【請求項６８】
請求項１に記載の化合物であって、免疫グロブリン定常領域ドメインをさらに含む、化合物。
【請求項６９】
請求項６８に記載の化合物であって、免疫グロブリンＣＨ３定常領域ドメインを含む、化合物。
【請求項７０】
請求項６８に記載の化合物であって、免疫グロブリンＣＨ２ＣＨ３定常領域ドメインを含む、化合物。
【請求項７１】
ｉ）標的分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する第一ポリペプチド；
ｉｉ）該第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；
ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含むかまたはプロテイナーゼインヒビターを調節するドメインを含む、第三ポリペプチド；および
ｉｖ）免疫グロブリン定常領域またはその部分を含む、第四ポリペプチド；
を含む、化合物。
【請求項７２】
請求項６８に記載の化合物であって、前記免疫グロブリン定常領域ドメインは、補体依存性細胞傷害、抗体依存性細胞傷害、ＦｃＲ結合、プロテインＡ結合、および複数の標的細胞の減少、から選択されるエフェクター機能を媒介可能である、化合物。
【請求項７３】
請求項１に記載の化合物であって、１つ以上の二量体化ドメインと１つ以上のＴＧアーゼドメインとをさらに含み、前記プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含む、化合物。
【請求項７４】
請求項１に記載の化合物であって、１つ以上の二量体化ドメインをさらに含み、前記第一ポリペプチドは、前記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、該第二ポリペプチドは、前記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、該プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、前記１つ以上のＷＡＰドメインは、該１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側である、化合物。
【請求項７５】
請求項１に記載の化合物であって、１つ以上の二量体化ドメインをさらに含み、前記第一ポリペプチドは、前記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、該第二ポリペプチドは、該１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側であり、該二量体化ドメインは、前記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、該プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含む、化合物。
【請求項７６】
請求項１に記載の化合物であって、１つ以上の二量体化ドメインと１つ以上のＴＧアーゼドメインとをさらに含み、前記第一ポリペプチドは、前記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、該第二ポリペプチドは、前記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、該プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、該１つ以上のＷＡＰドメインは、該１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側であり、該二量体化ドメインは、該１つ以上のＴＧアーゼドメインのＮ末端側である、化合物。
【請求項７７】
請求項１に記載の化合物であって、１つ以上の二量体化ドメインと１つ以上のＴＧアーゼドメインとをさらに含み、前記第一ポリペプチドは、前記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、該第二ポリペプチドは、前記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、該プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、該１つ以上のＷＡＰドメインは、該１つ以上のＴＧアーゼドメインのＮ末端側であり、該ＴＧアーゼドメインは、前記１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側である、化合物。
【請求項７８】
請求項７３〜７７のうちのいずれか１項に記載の化合物であって、前記１つ以上のＷＡＰドメインは、天然に存在するＷＡＰモチーフの天然に存在しないアナログである、化合物。
【請求項７９】
請求項７３〜７８のうちのいずれか１項に記載の化合物であって、２個〜５個のＷＡＰドメインを含む、化合物。
【請求項８０】
請求項７３〜７８のうちのいずれか１項に記載の化合物であって、１個または２個のＷＡＰドメインを含む、化合物。
【請求項８１】
抗細菌活性を有する、請求項１に記載の化合物。
【請求項８２】
細菌感染を有する患者を処置するための方法であって、
有効な抗細菌量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項８３】
抗炎症活性を有する、請求項１に記載の化合物。
【請求項８４】
免疫グロブリンドメインに接続しているプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、該免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される、化合物。
【請求項８５】
請求項１に記載の化合物であって、前記免疫グロブリンドメインは、霊長類免疫グロブリンドメインである、化合物。
【請求項８６】
請求項１に記載の化合物であって、前記免疫グロブリンドメインは、ヒト免疫グロブリンドメインである、化合物。
【請求項８７】
請求項１に記載の化合物であって、前記プロテアーゼインヒビターは、タンパク質である、化合物。
【請求項８８】
請求項１に記載の化合物であって、前記ＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインのうちの１つ以上は、アミノ酸置換またはアミノ酸欠失を含む、化合物。
【請求項８９】
請求項５に記載の化合物であって、１つよりも多い個数のアミノ酸置換もしくはアミノ酸欠失を含む、化合物。
【請求項９０】
炎症障害を有する患者を処置するための方法であって、
有効な抗炎症量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項９１】
慢性関節リウマチを有する患者を処置するための方法であって、
有効な抗炎症量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項９２】
患者におけるＨＩＶ感染の処置のために有効な、請求項１に記載の化合物。
【請求項９３】
ＨＩＶ感染を有する患者を処置するための方法であって、
有効な量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項９４】
患者における肺性障害または肺障害の処置のために有効な、請求項１に記載の化合物。
【請求項９５】
患者における肺性障害または肺障害を処置するための方法であって、
該患者に対して、有効な量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項９６】
患者における肺性炎症または肺炎症の処置のために有効な、請求項１に記載の化合物。
【請求項９７】
患者における肺性炎症または肺炎症を処置するための方法であって、
該患者に対して、有効な抗炎症量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項９８】
患者における脈管障害の処置のために有効な、請求項１に記載の化合物。
【請求項９９】
患者における脈管障害を処置するための方法であって、
該患者に対して、有効な量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項１００】
眼の疾患または障害の処置のために有効な、請求項１に記載の化合物。
【請求項１０１】
患者における眼の疾患または障害を処置するための方法であって、
該患者に対して、有効量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項１０２】
加齢性黄斑変性疾患の処置のために有効な、請求項１に記載の化合物。
【請求項１０３】
患者における加齢性黄斑変性疾患の処置のための方法であって、
該患者に対して、有効な量の請求項１に記載の化合物を投与する工程；
を包含する、方法。
【請求項１０４】
請求項１〜８１に記載の化合物のうちのいずれかをコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項１０５】
請求項１０４に記載のポリヌクレオチドであって、プロモーターに対してか、細胞における該ポリヌクレオチドの発現を増強する他の配列に対して、作動可能に連結されている、ポリヌクレオチド。
【請求項１０６】
請求項１０４または１０５に記載のポリヌクレオチドを含む、細胞。
【請求項１０７】
請求項１〜８１のうちのいずれか１項に記載のタンパク質を発現可能な、組換えベクター。
【請求項１０８】
請求項１〜８１のうちのいずれか１項に記載のタンパク質を、該タンパク質が発現される条件下で発現させるための方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本分野は、ペプチドおよびタンパク質；そのようなペプチドおよびタンパク質の調製および使用；ならびにそれらをコードする核酸；ならびに例えば、本発明のポリペプチドおよび／または核酸構築物の投与によって改善、緩和、または減少される状態、疾患、および障害（炎症、感染、および癌；ならびに制御されていない細胞増殖についての他の状態、疾患、および障害を含む）の予防および処置のための方法を包含する。
【背景技術】
【０００２】
（背景）
以下は、本発明を理解する際に有用であり得る情報を含む。これは、本明細書中に提供される情報のいずれかが、本明細書中に記載される発明もしくは本願発明に対する先行文献であるかまたは関連することの承認でも、具体的または暗示的に言及されている何らかの刊行物もしくは文献が先行技術であることの承認でも、ない。
【０００３】
多くの疾患、障害、および状態は、炎症を伴う。炎症は、複雑な多因子プロセスである。制御されていない炎症は、組織に対して損傷を与え、疾患の症状を悪化させる。炎症をもたらす疾患、障害、および状態としては、例えば、細菌感染、真菌感染、およびウイルス感染が挙げられる。細胞の望ましくない増殖または制御されていない増殖を伴う疾患、障害、および状態は、しばしば、炎症成分も有する。これらとしては、例えば、新生血管形成および血管新生を伴う疾患、障害、および状態（癌および他の増殖疾患が挙げられる）が挙げられる。
【０００４】
サイトカインは、炎症応答の開始、調節、および終結を担う、主要な種類の化学的媒介因子のうちの１つを形成する。その合成、スイッチオン、およびスイッチオフの機構、ならびにそれらの作用様式は、サイトカインネットワークと呼ばれるものにおいて緊密に調節される。初期サイトカイン（例えば、インターロイキン１（ＩＬ−１）および腫瘍壊死因子（ＴＮＦ））は、炎症開始１時間以内または刺激（例えば、細菌リポポリ多糖（ＬＰＳ））に応答して、非常に迅速に合成される。サイトカインは、炎症細胞（例えば、好中球および単球）（その機能は、傷害性因子を排除してホメオスタシスを回復することである）の遊走を開始させる。
【０００５】
炎症細胞は、種々のプロテアーゼ／プロテイナーゼ（好中球および単球／マクロファージの、メタロプロテアーゼおよびエラスターゼが挙げられる）を使用して、脈管空間から遊走して、間質を通って炎症部位へと接近すると考えられる。非特許文献１。関節炎および腫瘍の進行についての研究は、プロテアーゼ（特定環境においては、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ））は、細胞外マトリックス代謝回転において中心的役割を果たすと報告している。Ｈａｙａｓｈｉ，Ｔ．ら、Ｈｕｍ．Ｐａｔｈｏｌ．１９９７，２８，１０７１〜１０７８。これらのプロテイナーゼは、炎症および多数の他の生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たすが、プロテイナーゼに関連する望ましくない影響、およびプロテイナーゼに関連する障害が存在し得る。例えば、セリンプロテアーゼエラスターゼが、炎症部位に分泌されるかまたは異常に放出される場合、セリンプロテアーゼエラスターゼは、深刻な組織損傷を引き起こし得、そして広範な接続組織成分（例えば、エラスチン、プロテオグリカン、およびコラーゲン）を損傷させ得る。Ｗｏｌｔｅｒｓ，Ｐ．Ｊ．およびＣｈａｐｍａｎ，Ｈ．Ａ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｒｅｓ．２０００，１，１７０〜１７７。
【０００６】
プロテイナーゼはまた、多くの疾患および障害と関連付けられている。例えば、システインプロテアーゼは、慢性関節リウマチに関与すると報告されている。Ｄｕｆｆｙ，Ｊ．Ｍ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３２，４２９〜４３４。プロテイナーゼは、組織リモデリングおよび癌細胞浸潤において一定の役割を果たすことによって、増殖疾患（例えば、癌）に関連付けられている。具体的例として、システインプロテアーゼは、生理学的プロセスおよび病理学的プロセスにおいて役割を果たすことが記載されており、癌の浸潤および転移に関係付けられている。Ｍｉｇｎａｔｔｉ，Ｐ．およびＲｉｆｋｉｎ、Ｄ．Ｂ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｒｅｖ．１９９３，７３，１６１〜１９５。システインプロテアーゼはまた、肺気腫（Ｃｈａｐｍａｎ，Ｈ．Ａ．ら、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍａｅｄ．１９９４，１５０，１５５〜１５９）、筋ジストロフィ（Ｔａｋｅｄａ，Ａ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．１９９２，２８８：６４３〜６４８）、およびアルツハイマー病（Ｍａｒｋｓ，Ｎ．ら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．１９９５，４６，３０６，３１３）に関係付けられると報告された。細胞から放出されたリソソームシステインプロテアーゼは、細胞コラーゲン、フィブロネクチン、およびラミニンを分解し、Ｗｏｌｔｅｒｓ，Ｐ．Ｊ．およびＣｈａｐｍａｎ，Ｈ．Ａ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｒｅｓ２０００，１：１７０〜１７７によって概説されるように、そのマトリックスに対して有害な影響をもたらす。プロテイナーゼ３は、ヒト多形核白血球における中性セリンプロテアーゼであり、ヴェーゲナー肉芽腫症、器官（例えば、腎臓、鼻、および肺）における重篤な脈管炎において高レベルで見出される。プロテアーゼ３のアップレギュレーションは、肺損傷をもたらし得、その活性を制御すると、抗好中球細胞質抗体を伴う疾患に対する治療を提供し得る。Ｂｒｏｃｈｍａｎ，Ｈ．ら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｅｓ．２００２，４：Ｌ２２０〜２２５。
【０００７】
プロテイナーゼを調節してその潜在的な損傷効果を打ち消すように機能するプロテイナーゼのタンパク質インヒビターもまた、同定されている。これらのプロテイナーゼインヒビターは、「抗プロテイナーゼ」と呼ばれ、種々のファミリーへと分類されている。その調節および生物学的役割に基づいて、アンチプロテイナーゼは、「アラーム（ａｌａｒｍ）」インヒビターよび「合成」インヒビターとしてグループ分けされている。Ｓａｌｌｎａｖｅ  Ｊ．Ｒ．，２０００  Ｒｅｓｐ．Ｒｅｓ．，１：８７〜９２。
【０００８】
アラーム型のプロテアーゼグループは、抗ロイコプロテアーゼ（ＡＬＰ）ファミリーの２つの低分子量プロテイナーゼインヒビター（（ｉ）ＡＬＰ（ときには、分泌白血球プロテイナーゼインヒビター、すなわち、ＳＬＰＩとも呼ばれる）（Ｓｔｏｌｋ，Ｊ．およびＨｉｅｍｓｔｒａ，Ｐ．，１９９８、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｌｕｎｇ，ｖｏｌ．１：Ｅｍｐｈｙｓｅｍａ  ａｎｄ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．，Ｓｔｏｃｋｌｅｙ  ＲＡ編、Ｂａｓｅｌ：Ｂｉｒｋｈａｕｓｅｒ、５５〜６８）；およびエラスターゼ特異的インヒビター（ＥＳＩ、ときには、エラフィンまたはＳＫＡＬＰと呼ばれる；Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ  Ｊ．ら、１９９９、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  ３４０：５６９〜５７７））を含むと報告されている。
【０００９】
より最近には、名称「ｔｒａｐｐｉｎ」遺伝子ファミリーが、この遺伝子のタンパク質ファミリーをまとめて呼ぶために提唱されている。「ｔｒａｐｐｉｎ」は、トランスグルタミナーゼ基質およびｗＡＰドメイン含有タンパク質（ＴＲａｎｓｇｌｕｔａｍｉｎａｓｅ  ｓｕｂｓｔｒａｔｅ  ａｎｄ  ｗＡＰ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ＰｒｏｔｅＩＮ）の頭文字であり、これは、このタンパク質が、組織中に捕捉されて固定タンパク質として作用する能力を示す。Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊ．ら（前出）。ｔｒａｐｐｉｎファミリーメンバーは、コンセンサス配列グリシン−グルタミン−アスパラギン−プロリン−バリン−リジン（ＧＱＤＰＶＫ）を含むヘキサペプチド反復を含むＮ末端トランスグルタミナーゼ基質と、４ジスルフィフィドコアへと折り畳まれるＣ末端インヒビター（ＷＡＰ）とによって規定されている。ＡＬＰ／ＳＬＰＩは、ｔｒａｐｐｉｎ−１として公知であり、ＳＫＡＬＰ／エラフィンは、ｔｒａｐｐｉｎ−２として公知である。なぜなら、これは、ｔｒａｐｐｉｎファミリータンパク質として同定された第二のタンパク質であったかである。Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊ．ら（前出）。
【００１０】
Ｃ末端ＷＡＰドメイン（ｔｒａｐｐｉｎの活性プロテイナーゼ阻害ドメインであると報告されている）は、このドメインを安定化させるように機能する４つのジスルフィド結合を形成する８つのシステイン残基を有するとして特徴付けられる。Ｓｃｈａｌｗｉｊｋ，Ｊ．ら（前出）。ｔｒａｐｐｉｎ−１およびｔｒａｐｐｉｎ−２を３次元構造は、Ｘ線結晶学によって解明されており、これらのタンパク質のＷＡＰドメインは、同じジスルフィド架橋分布と、阻害活性中心における共通なチロシン残基とを共有する。Ｇｒｕｔｔｅｒ，Ｍ．Ｇ．ら、１９８８、ＥＭＢＯ  Ｊ．７：３４５〜３５１；Ｔｓｕｎｅｍｉ，Ｍ．ら、１９９６，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３５：１１５７０〜１５７６。各ＷＡＰドメイン中のポリペプチド鎖は、報告されているところによると、引き伸ばされた螺旋の形態で配置されており、規則的なβ−ヘアピンループが、このドメインの２つの内部鎖によって形成されており、プロテイナーゼ結合セグメントにより連結された２つの外部鎖が付随し、各ドメインは、４つのジスルフィド結合を含んだ。第二のドメインは、エラスターゼおよびキモトリプシン結合特性を有し、Ｌｅｕ７２とＭｅｔ７３との間に切れやすい結合を有する、反応性ループを含むと言われた。このペプチドセグメントは、報告されることには、他のセリンプロテアーゼインヒビターといくらか類似している立体構造を有するようである。Ｇｒｕｔｔｅｒ，Ｍ．Ｇ．ら（前出）。
【００１１】
Ｎ末端トランスグルタミナーゼ基質ドメインは、グルタミン残基およびリジン残基が豊富な、反復配列を有すると報告されている。これらの残基は、イソペプチド結合の形成において、それぞれ、アシルドナー部位およびアシルアクセプター部位として機能すると言われる。このドメインの全長は、種間で変動し、ヒトｔｒａｐｐｉｎは、このドメイン配列の５回反復を有すると報告されている。
【００１２】
ｔｒａｐｐｉｎ−１は、ＳＬＰＩと同じであると言われている。Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｒ．Ｃ．およびＯｈｌｓｓｏｎ，Ｋ．，１９８６  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：６６９２〜６６９６；Ｓａｈｅｋｉ  Ｔ．ら、１９９２、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１８５：２４９〜２４５。ｔｒａｐｐｉｎ−１／ＳＰＬＩは、１１．７ｋＤａタンパク質（８つのジスルフィド結合を形成する１６個のシステイン残基を含む１０７アミノ酸残基を含む）として記載されている。ＳＬＰＩは、ブーメランの形状を有すると記載されている。Ｇｒｕｔｔｅｒら（前出）によると、ＳＬＰＩの半体２つのドメインの境界は、アスパラギン酸５２であり、残基１〜５１（Ｖａｌ）が、第一ドメインを形成し、残基５３（Ｔｈｒ）〜１０７（Ａｌａ）が第二ドメインを形成し、この２つのドメイン間には、ほとんど非共有結合接触がない。このコアは、少数の疎水性アミノ酸残基を含み、そしていくつかの極性残基を含み、その極性残基のうちのいくつかは、このコア中の静電的相互作用において水素結合を形成する。Ｇｒｕｔｔｅｒら（前出）。ｔｒａｐｐｉｎ−１と同じであり得るかまたはこれと類似し得る分子はまた、以前には、ナトリウム／カリウムＡＴＰアーゼインヒビター１またはＳＰＡＩ−２と呼ばれていた（Ａｒａｋｉ，Ｋ．ら、１９８９，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１６４：４９６〜５０２）、抗ロイコプロテアーゼまたはＡＬＰ（Ｋｌａｓｅｎ，Ｅ．Ｅ．およびＫｒａｍｐｓ，Ｊ．Ａ．、１９８６  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１２８：２８５〜２８９）、ヒト精液インヒビターまたはＨＵＳＩ−１（Ｓｃｈｉｅｓｓｌｅｒ，Ｈ．ら、１９７６，Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ７ｓ  Ｚ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．３５７：１２５１〜１２６０；Ｓｅｅｍｕｌｅｒ，Ｕ．ら、１９８６、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．１９９：４３〜４８）、乳漿酸性タンパク質ファミリーメンバー（Ｄｒｅｎｔｈ，Ｊ．ら、１９８０、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５５：２６５２〜２６５５）、ＡＬＰ／ＨＵＳＩ−Ｉ（Ｗｉｎｇｅｎｓ，Ｍ．ら、１９９８、Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１１１：９９６〜１００２）、ＢＳＩ−ＡＴＥ（Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ，Ｊ．ら、１９８１，Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｅｒ’ｓ  Ｚ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．３６２：１３６９〜１３７５）、気管支粘液インヒビター（ＢＭＩ）、粘液プロテイナーゼインヒビター（ＭＰＩ）、およびｔｒａｐｐｉｎ−４およびｔｒａｐｐｉｎ−５（Ｚｅｅｕｗｅｎら、１９９７、Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２７２（３３）：２０４７１〜８）。
【００１３】
ブタＳＰＡＩ−２の一次構造が、Ｋｕｒｏｋｉら、１９９５、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：２２４２８〜２２４３３により報告された。これは、１８７アミノ酸残基（２１アミノ酸の疎水性プレ配列と、その後に続く１６６アミノ酸配列（最初の１０５アミノ酸（アスパラギン酸１２６で終端する）は、プロ配列と呼ばれ、これが除去されると、６１アミノ酸（プロリン１２７で始まる）を含む成熟ＳＰＡＩ−２配列を生じる）とを含むと記載された。このタンパク質は、エラフィンＴＧアーゼドメイン中の反復配列と非常に相同な１６個のヘキサペプチド反復（著者らは、細胞外マトリックスタンパク質上の特定部位に対してエラフィンを共有結合的に位置決めするためのアンカーとして作用すると結論付けた）を有すると記載された。Ｋｕｒｏｋｉら、１９９５（前出）。
【００１４】
ｈＳＬＰＩ中の保存Ｌｅｕ７２残基の変異を介してプロテイナーゼ阻害（ＰＩ）活性が変化しているＳＬＰＩムテインは、エラスターゼ、キモトリプシン、および／またはトリプシンに対してＰＩ活性が減少していると報告されている。Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら、１９９０、ＪＢＣ  ２６５（１４）：７９７６〜７９８１を参照のこと。減少したＰＩ活性を有するＳＬＰＩムテインは、親分子に対して、転移促進能力も腫瘍形成能力（Ｄｅｖｏｏｇｔら、２００３  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．１００（１０）：５７７８〜８２）（おそらく、プログラニュリンをタンパク質分解性消化から保護する能力の欠損に関連する（Ｈｅ，Ｚ．およびＢａｔｅｒｍａｎ，Ａ．２００３、Ｊ  Ｍｏｌ  Ｍｅｄ．８１（１０）：６００〜１２）も、プロエピセリンがエピセリンへと変換するのを防御する同様の能力も有さないと報告されている（Ｚｈｕら、２００２、Ｃｅｌｌ．１１１（６）：８６７〜７８）。さらに、ＰＩ欠損性ＳＬＰＩ改変体は、肺細胞によるか（Ｍｕｌｌｉｇａｎ，Ｍ．ら、２０００、Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．１５６（３）：１０３３〜９）、またはＬＰＳ誘発性単球による（Ｔａｇｇａｒｔ，Ｃ．ら、２００２、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２７７（３７）：３３６４８〜５３）ＮＦκＢ産生を阻害する能力を失う。しかし、ＳＬＰＩムテインは、他の特性（ＬＰＳもしくはＣｏｎＡにより刺激されるマクロファージによる比較的低いＰＧＥ２およびＭＭＰの産生を担う単球プロスタグランジンＨシンターゼ２の阻害（Ｚｈｎｇら、１９９７、ＪＣＩ  ５：８９４〜９００）、および単球のウイルス感染の阻害（ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．ら、１９９７、Ｂｌｏｏｄ  ９０：１１４１〜１１４９）が挙げられる）を保持する。従って、ＳＬＰＩは、複数の機能を有し、それらの機能のうちのいくつかは、ＳＬＰＩのＰＩ活性に依存し、他はそうではない。
【００１５】
ｔｒａｐｐｉｎ−２または皮膚由来抗ロイコプロテイナーゼは、２つの別個のグループによって見かけ上は独立して発見された。Ｗｉｅｄｏｗ，Ｏ．ら、１９９０、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：１４７９１〜１４７９５、Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊ．ら、１９９０，Ｂｒ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１２２：６３１〜６４１。このタンパク質に関して研究しているグループのうち、１つのグループが、このタンパク質を「エラフィン（ｅｌａｆｉｎ）」と名づけた。なぜなら、このタンパク質は、エラスターゼを阻害し得るからである。他のグループが、このタンパク質を皮膚由来抗ロイコプロテイナーゼ（ＳＫｉｎ−ｄｅｒｉｖｅｄ  ＡｎｔｉＬｅｕｋｏＰｒｏｔｅｉｎａｓｅ）（すなわち「ＳＫＡＬＰ」）と名づけた。なぜなら、このタンパク質は、その４ジスルフィドコアタンパク質について公知である乳漿タンパク質（Ｗｈｅｙ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ、すなわち、「ＷＡＰ」）ファミリーの抗ロイコプロテアーゼと構造的に類似したからである。ＳＫＡＬＰ中の１つの差は、ＷＡＰファミリーのその後公知になったメンバーとは類似性を有さないＮ末端ドメインであった。このドメインは、トランスグルタミナーゼ基質として認識され、「セメントイン（ｃｅｍｅｎｔｏｉｎ）」と呼ばれた。エラフィン中のＴＧアーゼ基質配列は、膣栓の一部を形成するモルモット精嚢タンパク質と相同する。Ｎａｒａ，Ｋ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（Ｔｏｋｙｏ）１１５４４１〜４４８，１９９４。成熟ｔｒａｐｐｉｎ−１（ＳＬＰＩ）は、アミノ末端ＴＧアーゼ基質ドメインを有さない。
【００１６】
ｔｒａｐｐｉｎ−２は、エラスターゼと相互作用する領域であると考えられる高度に可変性の領域を含む。この高度に可変性の領域を構成する３つ残基は、Ａｌａ−２４、Ｍｅｔ−２５、およびＬｅｕ−２６である。ｔｒａｐｐｉｎファミリーの他のメンバー中のこの領域はまた、プロテイナーゼについての特異性決定因子として作用し得る。エラフィンのうちの１０残基（上記の３残基は、エラフィンの高度に可変性の領域として既に同定されている）は、そのエラスターゼとの相互作用に関与すると報告されている。ｔｒａｐｐｉｎ−２は、元々、非ＳＬＰＩ低分子量抗エラスターゼとして同定された。Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ  Ｋら、１９８１、Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ’ｓ  Ｚ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ３６２：１３６９〜１３７５；Ｋｒａｍｐｓ  ＪＡおよびＫｌａｓｅｎ  ＥＣ，１９８５，Ｅｘｐ  Ｌｕｎｇ  Ｒｅｓ  ９：１５１〜１６５；Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  Ｊ−Ｍら（前出）において概説される。ｔｒａｐｐｉｎ−２は、エラフィンと同じであると報告されている。Ｗｉｅｄｏｗ，Ｏ．ら、１９９０（前出）。ｔｒａｐｐｉｎ−２と同じであり得るかまたは類似し得る分子もまた、ときに皮膚由来抗ロイコプロテイナーゼまたはＳＫＡＬＰ（Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊ．ら、１９９１、前出）、エラフィン／ＳＫＡＬＰおよびエラスターゼ特異的インヒビター（ＥＳＩ）（Ｓａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．−Ｍ．ら、１９９２、Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．Ｈｏｐｐｅ  Ｓｅｙｌｅｒ  ３７３：２７〜３３）と呼ばれている。
【００１７】
エラフィン分子は、ＳＬＰＩのＣ末端側半体と約３８％相同性を示し、両方のインヒビターの活性部位は、報告によると類似している。Ｆｒａｎｃａｒｔら、１９９７、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６８：６６６〜６７７。ＳＬＰＩと同様に、エラフィンは、高いシステイン残基含有量を有し、これらのシステイン残基は、Ｃ末端プロテイナーゼ阻害領域において４つのジスルフィド結合の状態で配置されている。組換えエラフィン（ｒ−エラフィン）のＮＭＲ分光法研究は、このタンパク質が、平坦なコアおよび可撓性アミノ末端有することを示し、中心のねじれたヘアピンに２つの外部単位が隣接すると報告されている。Ｆｒａｎｃａｒｔら、１９９７（前出）。Ｆｒａｎｃａｒｔらによると、残基１４〜５７は、報告によると、２次元の面を生じるといわれる円板様セグメントを呈し、ｒ−エラフィンは、主鎖水素結合により安定化される二本鎖のねじれたβシート形態を呈する。このコアβシートは、システイン２３−システイン４９のジスルフィド架橋によって、外部結合ループに連結されていると言われた。溶液中でのこのループの可撓性および移動性は、他のプロテアーゼインヒビター（例えば、ウシ膵臓トリプシンインヒビター）において観察されるものと類似すると言われる。Ｋｒａｕｍｓｏｅ，Ｊ．Ａ．ら、１９９６、Ｂｉｏｃｈｅｍ．３５：９０９０〜９０９６。残基４７〜５０は、βターンを形成すると報告されており、２つのジスルフィド（システイン１４−システイン２１、およびシステイン２８−システイン３１）は、ｒ−エラフィンの中心βヘアピンを両方の外部セグメントに接続して、螺旋モチーフ（各外部鎖は、中心βシート中の対応する鎖と平行に延びる）を生成すると報告されている。両方の外部セグメントは、例えばエラスターゼが相互作用する部位を含むループ（残基２２〜２７）により接続されていると言われた。切れやすいペプチド結合が、ＦｒａｎｃａｒｔらによるとＡｌａ２４とＭｅｔ２５との間に存在すると予測されている。これは、ブタ膵臓エラスターゼと複合体化したエラフィンの結晶学的構造によって確認されたと報告されている。Ｔｓｕｎｅｍｉら、１９９６、Ｂｉｏｃｈｅｍ．３５：１１５７０〜１１５７６。
【００１８】
エラフィン（エラスターゼの低分子量インヒビター）は、ＷＡＰモチーフと、ＴＧアーゼについてのアミノ酸配列基質とを保有する。精製ＳＫＡＬＰ／エラフィンは、トランスグルタミナーゼ架橋のための基質である（Ｍｏｌｈｕｉｚｅｎ，Ｈ．Ｏ．Ｆ．ら、１９９２、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０２８〜１２０３２）、これは、上記プロテアーゼインヒビターを表皮タンパク質および角化したエンベロープに固定することを補助する。エラフィンは、別個の生物学的特長（表皮タンパク質に共有結合する能力を含む）を有する大きな前駆体分子として合成される。エラフィンは、いくつかの炎症性皮膚疾患の表皮において見出されるが、正常なヒト表皮においては見出されない。ＳＫＡＬＰ／エラフィンは、乾癬性表皮の基底上層分化ケラチノサイトにおいて見出される。Ｓｃｈｗａｌｋｊｉｋ，Ｊ．ら、１９９３、Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１００：３９０〜２９３。
【００１９】
ｔｒａｐｐｉｎは、３つの得既存を含む２ｋｂの１コピー遺伝子によってコードされる。第一の得既存は、５’非翻訳領域、シグナルペプチド、およびこのタンパク質の最初のアミノ酸残基カップルをコードする。第二のエキソンは、このタンパク質のうちのほとんどについての配列を含み、第三のエキソンは、３’非翻訳領域をコードする。ｔｒａｐｐｉｎファミリーのメンバーの間では、イントロン配列の高度な保存が存在する。ヒトｔｒａｐｐｉｎ−２遺伝子（ＳＫＡＬＰ）は、第２０染色体上に位置する。ｔｒａｐｐｉｎファミリー中のこれらの遺伝子の２つのドメイン構造は、エキソンシャッフリングにより進化していると考えられる。なぜなら、多くのタンパク質は、これらのｔｒａｐｐｉｎ遺伝子と同じモチーフを有するからである。研究者らは、ＳＬＰＩ遺伝子のエキソンシャッフリングおよび遺伝子増幅ならびにＲＥＳＴと呼ばれる一群の遺伝子が、ｔｒａｐｐｉｎ遺伝子を生成したと考えている。
【００２０】
遺伝子レベルにおいて、ＷＡＰドメインとの相同性を示すタンパク質をコードする１４個の遺伝子を含む遺伝子座が、ヒト染色体２０ｑ１２−１３．１において同定されている。Ｃｌａｕｓｓ，Ａ．ら、２００２、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３６８：２３３〜２４２。上記の１４個の遺伝子には、エラフィン、ＳＬＰＩ、ヒト精巣上体遺伝子産物４、ｅｐｐｉｎ、およびｈｕＷＡＰ２が含まれる。ｈｕＷＡＰ２（アクセッション番号ＡＹ０３７８０３）（４つのジスルフィドコアタンパク質を含む）はまた、推定プロテイナーゼインヒビターとして記載されている。Ｌｕｎｄｗａｌｌ，Ａ．およびＣｌａｕｓｓ，Ａ．、２００２、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２９０：４５２〜４５６。エラフィンサブファミリーの少なくとも３つの密接に関連するメンバーが、同定されており、それらの遺伝子は、加速的進化によって生じたと提唱されている。Ｔａｍｅｃｈｉｋａら、１９９６、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：７０１２〜７０１８。エラフィンと、ＳＬＰＩのカルボキシル末端ドメインとの間での一次配列同一性は、約３８％であると報告されている。Ｔａｍｅｃｈｉｋａら（前出）。ＳＬＰＩおよびエラフィンと相同性である、種々の種に由来するいくつかの遺伝子が、発見されている。Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊ．ら、１９９９、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３４０：５６９〜５７７；Ｚｅｅｕｗｅｎ，Ｐ．Ｌ．Ｊ．Ｍ．ら、１９９７、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２，２０４７１〜２０４７８；Ｆｕｒｕｔａｎｉ，Ｙ．ら、１９９８、Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ（Ｔｏｋｙｏ）１２４：４９１〜５０２。
【００２１】
ｔｒａｐｐｉｎファミリータンパク質により阻害されるプロテアーゼが、少なくとも部分的に特徴付けされている。ＳＬＰＩは、キモトリプシンおよびトリプシン（Ｓｍｉｔｈ，Ｃ．Ｅ．およびＪｏｈｎｓｏｎ，Ｄ．Ａ．、１９８５、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．２２５：４６３〜４７２）、ヒト肥満細胞カイメース（Ｗａｌｔｅｒ，Ｍ．ら、１９９６、Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．３２７：８１〜８８）、角質層キモトリプシン酵素（Ｆｒａｎｚｋｅ，Ｃ．Ｗ．ら、１９９６、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２１８８６〜２１８９０）、ヒト白血球エラスターゼ（Ｙｉｎｇ，Ｑ．Ｌ．ら、１９９４、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：５４４５〜５４５０）、ヒトカテプシンＧ（Ｓｍｉｔｈ，Ｃ．Ｅ．ら、１９８５、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．２２５：４６３〜４７２）、ウシキモトリプシン（Ｗｉｅｄｏｗ，Ｏ．ら、１９９３、Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．３３６：６１〜６４）、ブタキモトリプシン（Ｓｍｉｔｈ，Ｃ．Ｅ．ら、１９８５）、およびトリプターゼ（Ｂｅｐｐｕ，Ｙ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１２１：３０９〜２１６，１９９７）を阻害すると報告されている。ｔｒａｐｐｉｎ−２は、ヒト白血球エラスターゼ（Ｙｉｎｇ，Ｑ．Ｌ．およびＳｉｍｏｎ，Ｓ．Ｒ．１９９３、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３２：１８６６〜１８７４）、ブタ膵臓エラスターゼ（Ｗｉｅｄｏｗ，Ｏ．ら、１９９３、Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．３３６：６１〜６４）、および角質層キモトリプシン酵素（Ｆｒａｎｚｋｅ，Ｃ．Ｗ．ら、１９９７、Ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ，ｐｐ．４３８〜４４６、ＩＯＳ  Ｐｒｅｓｓ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）を阻害すると記載されている。
【００２２】
ｔｒａｐｐｉｎ−２／エラフィン（元々、乾癬を有する患者の皮膚において見出された）の発現は、正常な皮膚において低いようであるが、外傷または刺激による誘導され得る。エラフィンにおけるシグナル配列の存在は、このタンパク質が分泌されることを示す。創傷治癒の間に、エラフィンの発現は、増加されると言われる。なぜなら、ケラチノサイトは、プロテイナーゼ（例えば、エラスターゼおよびプロテイナーゼ）を分泌している活性化好中球の増加環境を通って移動する。Ａｌｋｅｍａｄｅ，Ｈａｎｓ，Ａ．Ｃ．ら（１９９４）「Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｋｉｎ−Ｄｅｒｉｖｅｄ  Ａｎｔｉｌｕｋｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ（ＳＫＡＬＰ）  ａｎｄ  Ｉｔｓ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  Ｅｌａｓｔａｓｅ  ｉｎ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ」Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  １７４：１２１〜１２９；Ａｌｋｅｍａｄｅ，Ｊ．Ａ．Ｃ．ら（１９９４）「Ｓｋａｌｐ／ｅｌａｆｉｎ  ｉｓ  ａｎ  ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ    ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｋｅｒａｔｉｎｏｃｙｔｅｓ」Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ．１０７：２３３５〜４２；Ｂｏｅｌｓｍａ，Ｅｓｔｈｅｒら（１９９８）「Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｋｉｎ−Ｄｅｒｉｖｅｄ  Ａｎｔｉｌｅｕｋｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ（ＳＫＡＬＰ）  ｉｎ  Ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ  ａｎｄ  Ｉｔｓ  Ｖａｌｕｓ  ａｓ  ａ  Ｍａｒｋｅｒ  ｆｏｒ  Ｓｋｉｎ  Ｉｒｒｉｔａｔｉｏｎ」Ａｃｔａ  Ｄｅｒｍ．Ｖｅｎｅｒｅｏｌ．７８：１０７〜１１３；Ｇｏｓｅｌｉｎｋ，Ｈｅｎｒｉｅｔｔｅｒ  Ｍ．ら（１９９６）「Ｃｏｌｏｎｙ  Ｇｒｏｗｔｈ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ  Ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ａｂｓｅｎｃｅ  ｏｆ  Ｓｅｒｕｍ  Ｉｓ  Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ  ｂｙ  ａ  ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ    ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ  ａｓ  Ａｎｔｉｌｅｕｋｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ」Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．１８４：１３０５〜１２；Ｋｕｉｊｐｅｒｓ，Ａｓｔｒｉｄ、Ｌ．（１９９６）「ＳＫＡＬＰ  ｉｓ  ｄｅｃｒｅａｓｅｄ  ｉｎ  ｐｕｓｔｕａｌｒ  ｆｏｒｍｓ  ｏｆ  ｐｓｏｒｉａｓｉｓ．Ａ  ｃｌｕｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｏｆ  ｐｕｓｔｕｌｅ  ｆｏｒｍａｔｉｏｎ」Ａｒｃｈｉｖｅｓ  ｏｆ  Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２８８：６４１〜７；Ｍｏｌｈｕｉｚｅｎ，Ｈｅｎｒｉ  Ｏ．Ｆ．（１９９５）「Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ，ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｓｐｅｃｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓｅｒｉｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ    ＳＫＡＬＰ／Ｅｌａｆｉｎ／ＥＳＩ」Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ  ３７６：（１）１〜７；Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊｏｏｓｔら（１９９９）「Ｔｈｅ  ｔｒａｐｐｉｎ  ｇｅｎｅ  ｆａｍｉｌｙ：ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｄｅｆｉｎｅｄ  ｂｙ  ａｎ  Ｎ−ｔｅｒｍｉｎａｌ  ｔｒａｎｓｇｌｕｔａｍｉｎａｓｅ  ｓｕｂｓｔｒａｔｅ  ｄｏｍａｉｎ  ａｎｄ  Ｃ−ｔｅｒｍｉｎａｌ  ｆｏｕｒ−ｄｉｓｕｌｐｈｉｄｅ  ｃｏｒｅ」Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３４０：５６９〜５７７を参照のこと。
【００２３】
アラーム（ａｌａｒｍ）型プロテアーゼインヒビターＳＬＰＩおよびエラフィンは、局所的誘導性抗プロテイナーゼ防御ネットワーク（すなわち、炎症開始時にこれらが最初に存在することを可能にする特徴を有する、局所産生される強力なエラスターゼインヒビター）の第一波の一部であり得る。これらは、一次サイトカイン（例えば、ＩＬ−１およびＴＮＦ）に応答して損傷部位で局所的に合成および分泌されることが記載されている。Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  Ｊ．Ｍ．ら、１９９４，Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ、１１：７３３〜７４１。アラームシグナル（例えば、細菌ＬＰＳ、ＩＬ−１、ＴＮＦ、好中球エラスターゼ、およびデフェンシン）は、プロテアーゼインヒビターの産生のスイッチをオンにすることが可能であると報告されている。Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ  Ｊ．ら、１９９４（上記）；Ｖａｎ  Ｗｅｔｅｒｉｎｇ  Ｓら、２０００  Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  ２７８：Ｌ５１〜Ｌ５８；Ｊｉｎ  ＦＹら、１９９８、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  ６６：２４４７〜２４５。逆に、抗炎症性サイトカインおよびリモデリングサイトカイン（例えば、トランスフォーミング増殖因子β）は、これらのスイッチをオフにし得る（例えば、ＳＬＰＩに関して、Ｊａｕｍａｎｎ  Ｆら、２０００、Ｅｕｒ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｊ  １５：１０５２〜１０５７を参照のこと）。
【００２４】
合成型プロテアーゼインヒビター（これは、α１−プロテイナーゼインヒビター（Ａ１−Ｐｉ）および抗キモトリプシン）は、より後のサイトカイン（例えば、ＩＬ−６ファミリーのサイトカイン（例えば、ＩＬ−６およびオンコスタチンＭ））波により主にアップレギュレートされると報告されている。Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  Ｊ．Ｍ．２０００  Ｒｅｓｐ．Ｒｅｓ，１：８７〜９２。インターフェロンγは、マクロファージにおいてＬＰＳ誘導性ＳＬＰＩアップレギュレーションを阻害すると記載された。これは、おそらく、先天性免疫と適応免疫との間の境界でのＳＬＰＩの調節を示す。Ｊｉｎ  Ｆ．Ｙ．ら、１９９７  Ｃｅｌｌ  ８８：４１７〜４２６。
【００２５】
抗プロテイナーゼはまた、免疫系機能を調節することに関与すると考えられる。例えば、ＳＬＰＩは、単球におけるシグナル伝達経路において一定の役割を果たす可能性があると記載されている。ＳＬＰＩはまた、単球プロスタグランジンＨシンターゼ２（ＰＧＨＳ−２）およびマトリックスメタロプロテイナーゼ（Ｚｈａｎｇ，Ｙ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９９：８９４〜９００，１９９７）の産生を抑制すると報告されている。ＳＬＰＩの阻害効果は、必ずしも、それがプロテアーゼ活性を阻害する能力に依存するわけではない。なぜなら、顕著に低い抗プロテアーゼ活性を有するＳＬＰＩのムテインもまた、ＰＧＨＳ−２およびマトリックスメタロプロテイナーゼの誘導を抑制すると記載されたからである。その著者らは、ＳＬＰＩは、シグナル伝達経路を妨害することによって強力な抗炎症因子として機能して、単球マトリックスメタロプロテイナーゼ産生をもたらすと結論付けた。Ｚｈａｎｇ，Ｙ．（上記）。ヒト単球への組換えＳＬＰＩの添加、またはＳＬＰＩもしくはエラフィンによるマクロファージのトランスフェクションは、例えばＬＰＳによる刺激の際に炎症促進性媒介因子（例えば、ＴＮＦおよびマトリックスメタロプロテイナーゼ）をダウンレギュレートすることが記載されている（同書）；Ｚｈａｎｇ  Ｙら、１９９７，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ９９：８９４〜９００。これはまた、例えば、核因子κＢの機能をダウンレギュレートすることによって、直接的に（ＬＰＳに対する結合により）かまたは間接的に（フィードバック様式でＬＰＳにより）妨害するように機能し得る。Ｌｅｎｔｓｃｈ  ＡＢら、１９９９、Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ  １５４：２３９〜２４７。
【００２６】
免疫系の機能を調節することにおける抗プロテイナーゼについての可能性にある一作用様式は、プロテイナーゼ３を介すると仮定されている。プロテイナーゼ３は、ヒト好中球において高濃度で存在し（Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｅ．Ｊ．，１９９９ら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６５：３３６６〜３３７４，１９９９）、プロテイナーゼ３活性は、エラフィンにより阻害されると報告されている。Ｓａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．−Ｍ．ら、Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  Ｈｏｐｐｅ  Ｓｅｙｌｅｒ．３７３：２７〜３３，１９９２。ＳＬＰＩは、プロテアーゼインヒビターとしてのその役割に加えて、肺組織における再生遺伝子のアップレギュレーションを含むさらなる作用様式を有することもまた示唆されている。ＳＬＰＩによるヒト肺線維芽細胞における肝細胞増殖因子産生の正の調節もまた、報告されている。Ｋｉｋｕｃｈｉら、２０００、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２３：３６４〜３７０。
【００２７】
肺において、ＳＬＰＩは、気管細胞、気管支細胞、細気管支細胞、およびＩＩ型肺胞細胞によって、ならびに単球、肺胞マクロファージ、および好中球によって、インビトロで産生されると報告されている。同書；Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  Ｊ．Ｍ．ら、１９９７、Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ  ６１：６９５〜７０２。ＳＬＰＩはまた、気管漿液腺および細気管支クラーラ細胞によってインビボで産生され、肺胞間隙においてエラスチン線維と会合していると記載されている。ＳｔｏｌｋおよびＨｉｅｍｓｔｒａ（前出）。肺の外側では、ＳＬＰＩは、種々の粘膜部位において分泌されると報告されている（このことは、その別名である粘膜プロテイナーゼインヒビターをもたらす）。ＳｔｏｌｋおよびＨｉｅｍｓｔｒａ（前出）。ＳＬＰＩはまた、気管支粘膜および頚部粘膜（Ｏｈｌｓｓｏｎ，Ｋ．ら、１９７７、Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ’ｓ  Ｚ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．３５７（５）：５８３〜５８９）、精漿（Ｓｃｈｉｅｓｓｌｅｒ，Ｈ．ら、１９７６、Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ’ｓ  Ｚ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．３５７：１２５２〜１２６０）、ならびに耳下腺および顎下唾液腺（Ｏｈｌｓｓｏｎ，Ｍ．ら、１９８３、Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ’ｓ  Ｚ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．３６４：１３２３〜１３２８；Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｒ．Ｃ．およびＯｈｌｓｓｏ，Ｋ．，１９８６、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８３：６６９２〜６６９６）において分泌されると報告されている。
【００２８】
上記のように、プロテアーゼおよびプロテアーゼインヒビターは、疾患において一定の役割を有する。セリンプロテアーゼは、呼吸障害および免疫障害（喘息の病態生理学を含む）に関係付けられている。白血球セリンプロテアーゼおよび肥満細胞は、喘息患者の気道において増加する。Ｗｅｎｚｅｌら、１９８８、Ａｍ  Ｒｅｖ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｄｉｓ  １３７：１００２〜１００８、Ｆａｈｙら、１９９５、Ｊ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９５：８４３〜８５２。ＳＬＰＩは、急性呼吸急迫症候群（ＡＲＤＳ）を有する患者において（Ｓａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．−Ｍ．ら、１９９９、Ｅｕｒ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｊ．１４：１０２９〜１０３６）、肺炎を有する患者（Ａｓａｎｏ，Ｓ．ら、１９９５、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．１５１：１５７６〜１５８１）、および発熱患者（Ｄｕｉｔｓ，Ｌ．Ａ．ら、２００３  Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｎｆｅｃｔ．９：６０５〜６１３）増加すると報告されており、これは、炎症応答におけるアラーム（ａｌａｒｍ）インヒビターとしてのＳＬＰＩの機能と一致する。ＡＲＤＳにおいて、エラフィン発現はまた、コントロール被験体と比較して気管支肺胞洗浄液において顕著に増加すると報告されている。Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  Ｊ．Ｍ．ら、Ｅｕｒ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｊ  １９９９（前出）。  
【００２９】
エラフィンの存在はまた、他の多くの組織における粘膜部位にて記載されている。ｔｒａｐｐｉｎ−２は、気管支分泌物（Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  ＪＭおよびＲｙｌｅ  Ａｐ，１９９１，Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ  ３７２：１３〜２１）および皮膚（Ｗｉｅｄｏｗら（１９９０）前出；Ｍｏｌｈｕｉｚｅｎら、１９９３、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６８：１２０２８〜１２０３２）に存在すると報告されている。エラフィンは、肺細胞系統において発現され、末梢肺における炎症の間に役割を有すると関係付けられている。エラフィンの１つのエラフィン免疫反応性種（１２〜１４ｋＤ）は、Ａ５４９肺癌腫細胞により分泌されてると報告され、２つのエラフィン免疫反応性腫（１２〜１４ｋＤ、および６ｋＤ）は、ＮＣＩ−Ｈ３２２肺癌腫細胞により分泌されると報告されている。Ｓａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．Ｍ．ら、１９９３、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．８：１２６〜１３３。この細胞系統は、ＩＩ型肺胞細胞およびクラーラ細胞のそれぞれの特徴を有し、好中球エラスターゼに対する防御においてＩＩ型肺胞細胞について末梢肺における炎症の間に役割が存在し得る。
【００３０】
プロテアーゼインヒビターは、インビボで抗原誘発性応答を減少すると報告されている。Ｃｌａｒｋら、１９９５、Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｒｉｔ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ  １５２：２０７６〜２０８３、Ｆｕｊｉｍｏｔｏら、１９９５、Ｒｅｓｐｉｒ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  １００：９１〜１００。ＳＬＰＩは、いくつかの呼吸疾患（例えば、急性呼吸急迫症候群、喘息、嚢胞性線維症、肺炎（Ｒｅｉｄ，Ｐ．Ｔ．およびＳａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．Ｍ．２００１、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ  ２５９〜６７）、および気腫（Ｋｎｉｇｈｔ，Ｋ．Ｒ．ら、Ｒｅｓｐｉｒｏｌ．２，９１〜９５，１９９７））において一定の役割を果たすと考えられる。ＳＬＰＩの投与は、（ｉ）慢性アレルゲン曝露後の気道中への白血球流入の阻害、（ｉｉ）気管粘膜速度の抗原誘発性減少の予防、ならびに（ｉｉｉ）晩期気管支収縮の阻害および応答性亢進の発達によって決定されるように、喘息の動物モデルにおいて有益であると記載された。Ｗｒｉｇｈｔ，Ｃ．Ｄ．ら、１９９９、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．２８９：１００７〜１０１４。
【００３１】
ｒＳＬＰＩは、炎症刺激に対して防御的であるとして報告されている。Ｌｕｃｅｙ，Ｅ．Ｃ．ら、Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１１５：２２４〜２３２；Ｖｏｇｅｌｍｅｉｅｒ，Ｃ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．８７：４８２〜４８８，１９９１。炎症刺激は、ヒト白血球エラスターゼによる気管内処置によって誘発され得る。これらの研究において、３ｍｇの組換えＳＬＰＩの気管内投与と、その８時間後の０．２５ｍｇのヒト好中球エラスターゼの気管内点滴による投与とは、気腫および分泌細胞化生の誘導に対する防御を生じると記載された。また、５９％のｒＳＬＰＩおよび４４％のｒＳＬＰＩが、それぞれ投与１時間後および４時間後によって回収され得、これは、約２時間の半減期を示すと報告された。Ｌｕｃｅｙ，Ｅ．（前出）；Ｖｏｇｅｌｍｅｉｅｒら（前出）。ＳＬＩＰＩ欠損マウス（ＳＬＰＩ−／−）は、親系統（ＳＬＰＩ＋／＋）よりもＬＰＳ誘発性内毒素ショックに対して感受性であると記載されており（Ｎａｋａｍｕｒａ，Ａ．２００３ら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．５：６６９〜６７４）、これは、ＳＬＰＩは、過度の炎症応答を減弱させ得、そして先天免疫の平衡した機能を補助し得るという概念と一致する。炎症は、多くの疾患、障害、および状態における主要な要因である。
【００３２】
炎症は、例えば、嚢胞性線維症肺疾患の病院において、主要な役割を果たす。嚢胞性線維症の基礎的原因は、抗プロテアーゼが、プロテアーゼにより凌駕されること、およびこれら２つの種類の酵素の平衡状態を回復することが有益であると証明され得ることが、示唆されている。不幸なことに、ＣＦ患者に対してＳＬＰＩを投与する研究は、嚢胞性線維症患者における短い半減期および罹患領域へのその組換え生成物の乏しい接近性によって、妨害されている（ＳｔｏｌｋおよびＨｉｅｍｓｔｒａ（前出）において概説される）。著者らは、嚢胞性線維症のためのさらなる新規な抗炎症治療が有益であると論評している。Ｏｅｒｍａｎｎ，Ｃ．Ｍ．、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ  ２：９００〜９９６，２００１；Ｒｅｉｄ，Ｐ．Ｔ．およびＳａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．−Ｍ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ  ２，５９〜６７，２００１。
【００３３】
細菌ＬＰＳは、マクロファージにおいてインビトロでＳＬＰＩ産生をアップレギュレートすることが可能であり（Ｊｉｎ  ＦＹら、１９９８  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  ６６：２４４７＾２４５２）、ＳＬＰＩおよびエラフィンは、インビトロで抗菌特性を有すると報告されている。Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ  Ｊ（１９９９）ら（前出）；Ｓｉｍｐｓｏｎ  ＡＪら、１９９９  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ４５２：３０９〜３１３。ＳＬＰＩおよびエラフィンは、グラム陽性細菌およびグラム陰性細菌の両方に対して有効であると報告されている。概説のために、Ｓｃｈａｌｋｗｉｊｋ，Ｊ．，Ｗｉｅｄｏｗ，Ｏ．およびＨｉｒｏｓｅ，Ｓ．１９９９  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３４０：５６９〜５７７；Ｓａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．−Ｍ．，２０００，Ｒｅｓｉｒ．Ｒｅｓ．１：８７〜９２；Ｓａｌｌｅｍａｖｅ．Ｊ．−Ｍ．２００２、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．３０：１１１〜１１５；Ｈｉｅｍｓｔｒａ，Ｐ．Ｓ．、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．３０：１１６〜１２０．２００２；Ｔｏｍｅｅ，Ｊ．Ｆ．，Ｃ．ら、１９９８  Ｔｈｏｒａｘ  ５３：１１４〜１１６；ならびにＲｏｇｅｒｓ，Ｄ．Ｇ．，およびＬａｕｒｅｎｔ，Ｇ．Ｊ．，１９９８，Ｔｈｏｒａｘ  ５３：２００〜２０３を参照のこと。
【００３４】
２つの新規な抗菌ＷＡＰモチーフタンパク質（ＳＷＡＭ１およびＳＷＡＭ２）が、マウスからクローン化されたと報告された。Ｈｉｇｗａｒａら、２００３、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７０：１９７３〜１９７９。両方は、ＳＬＰＩおよびエラフィンと相同な単一ＷＡＰドメインを有すると記載された。濃度１０μＭにて、ＳＷＡＭ１およびＳＷＡＭ２は、Ｅ．ｃｏｌｉの増殖およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓの増殖を９０％阻害すると報告された。Ｈａｇｉｗａｒａら（前出）。ｒＳＬＰＩｈまた、（μＭ範囲の濃度で）病原性真菌（例えば、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓおよびＣａｎｄｉａ  ａｌｂｉｎｃａｎｓ）を阻害することが可能であると報告されている。休止状態のＡ．ｆｕｍｉｇａｔｕｓは、ｒＳＬＰＩに対して抵抗性であるが、細胞が代謝活性になるように誘導された場合には、ｒＳＬＰＩに対して感受性になると報告された。ＳＬＰＩのアミノ末端ドメインは、抗真菌活性を保有すると報告されている。Ｔｏｍｅｅ，Ｊ．Ｆ．Ｃ．ら、１９９７、Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  １７６：７４０〜７４７。
【００３５】
口腔分泌物中のＳＬＰＩはまた、例えば、ＨＩＶ−１によるウイルス感染に対して防御し得る。Ｓｈｉｎｅ，Ｎ．ら、Ｊ．Ｄｅｎｔ．Ｒｅｓ．７６：６３４〜６４０，１９９７；Ｗａｈｌら、Ｏｒａｌ．Ｄｉｓ．３（補遺１）：Ｓ６４〜Ｓ６９，１９９７；Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｅ．，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１７９（補遺３）：Ｓ４３１〜Ｓ４３５，１９９９；Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｃ．ら、Ａｒｃｈ．Ｏｒａｌ  Ｂｉｏｌ．４４：４５〜４５３，１９９９。しかし、Ｓｈｉｎｅら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．３０：２４９〜２６３，２００２を参照のこと。ｒＳＬＰＩは、マクロファージおよび初代Ｔ細胞のＨＩＶ−１感染を阻害することが可能であるという、いくつかの報告が存在する。Ｗａｈｌ，Ｓ．Ｍ．ら（１９９７）（前出）；Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｅ．，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１７９（補遺３）：Ｓ４３１〜Ｓ４３５，１９９９；Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｃ．ら（１９９９）（前出）；ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．Ｂ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９６：４５６〜４６４，１９９５；ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．Ｂ．ら、Ｂｌｏｏｄ  ９０：１１４１〜１１４９，１９９７；Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｃ．ら、Ｏｒａｌ．Ｄｉｓ．３（補遺１）：７０−Ｓ７２，１９９７。ＳＬＰＩは、ヒトＴ細胞株、末梢血リンパ球、および初代マクロファージに関するＨＩＶ−１感染を予防しないこと（Ｔｕｒｐｉｎ，Ｊ．Ａ．ら、１９９６、Ａｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｒｅｓ．２９：２２６９〜２７７）が報告されており、マクロファージの変動性防御もまた、報告されている（Ｋｏｎｏｐｋａ，Ｋ．ら、Ｊ．Ｄｅｎｔ．Ｒｅｓ．７８：１７７３〜１７７６，１９９９）。ＨＩＶ−１に加えて、ＳＬＰＩは、センダイウイルスおよびインフルエンザＡウイルスを阻害可能である。Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｅ．１９９９、Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１７９（補遺３）：Ｓ４３１〜Ｓ４３５。
【００３６】
ＳＬＰＩは、細胞表面に対するウイルス結合の後であるが逆転写の前に、いくつかの感染段階にてＨＩＶ−１感染を阻害し得ると示唆されている。ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．Ｂ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９６：４５６〜４６４，１９９５；ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．Ｂ．ら、Ｂｌｏｏｄ  ９０：：１１４１〜１１４９，１９９７。ＳＬＰＩは、ウイルス進入に関与する細胞表面上の分子に影響を与え得る。ｒＳＬＰＩは、ＣＤ４（ＨＩＶ−１に関する一次レセプター）以外の別の細胞表面分子と相互作用し得ると報告されている（Ｗａｈｌ，Ｓ．Ｍ．ら、Ｏｒａｌ．Ｄｉｓ．３（補遺１）：Ｓ６４−Ｓ６９，１９９７；ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．Ｂ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９６：４５６〜４６４，１９９５；ＭｃＮｅｅｌｙ，Ｔ．Ｂ．ら（１９９７）（前出）；Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｄ．Ｃ．ら、１９９７  Ｏｒａｌ．Ｄｉｓ．３（補遺１）：Ｓ７０〜Ｓ７２）。これは、ＣＤ４、ＣＤ２６、およびＣＣＲ５を発現するヒトＴ細胞に対するｒＳＬＰＩ結合の相関関係の欠如（Ｋｏｎｏｐｋａ，Ｊ．ら、１９９９、Ｊ．Ｄｅｎｔ．Ｒｅｓ．７８：３４１）と一致する。ＣＤ４に加えて、ＨＩＶ−１進入の一次レセプター、他の分子および補因子もまた、ウイルスと細胞膜との間での融合において重要な役割を果たす。Ｊ．Ｐ．Ｍｏｏｒｅら、１９９９、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｎｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７：５５１〜５６２，１９９７；Ｂｅｒｇｅｒ，Ｅ．Ａ．ら、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７：６５７〜７００。Ｅ．ｃｏｌｉに由来する組換え再生ＳＬＰＩは、ＨＩＶ−１Ｂａ−Ｌによる分化ＴＨＰ−１細胞の感染を低減させ、これは、商業的に調製された組換えＳＬＰＩに関して観察されない抗ウイルス活性を保有した。ｓＳＬＰＩ（合成遺伝子から生成されるＳＬＰＩ）およびｒＳＬＰＩ（市販のｒＳＬＰＩ）は、同等の抗プロテアーゼ活性を有すると報告されている。Ｋｏｈｎｏ，Ｔ．ら、１９９０、Ｍｅｔ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８５：１８７〜１９５。
【００３７】
メタロプロテイナーゼの組織インヒビター（ＴＩＭＰ）は、メタロプロテイナーゼ酵素のインヒビターとして元々記載された、密接に関連するタンパク質ファミリーである。Ｓｔｅｔｌｅｒ−Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，Ｗ．Ｇ．ら、１９９９、Ａｎｎ  Ｒｅｖ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．９：５４１〜５７３；Ｓｔｅｔｌｅｒ−Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，Ｗ．Ｇ．ら、１９９０、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：１３９３３〜１３９３８。ＴＩＭＰ遺伝子ファミリーは、ＴＩＭＰ１、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、およびＴＩＭＰ４を含む。各は、ＴＩＭＰモチーフを示し、ＴＩＭＰドメインを保有する。メタロプロテイナーゼ２の組織インヒビター（ＴＩＭＰ２）は、６つのジスルフィド結合を形成する１２個のシステインを含む構成的２４，０００分子量タンパク質である。ＴＩＭＰモチーフの９つのアイソフォームが、同定されている。ＴＩＭＰタンパク質は、細胞外マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）（ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−７、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１０、ＭＭＰ−１３、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−１５、ＭＭＰ−１６、およびＭＭＰ−１９を含む）、ならびにコラゲナーゼに結合し、これらを不可逆的に不活化する。例えば、ＴＩＭＰ−２は、ＭＭＰ−２を阻害する。ＭＭＰ−２は、細胞外マトリックスを消化して、癌細胞の増殖およびその組織中への浸潤を可能にする。Ｍｕｓｓｏ，Ｏ．ら、１９９７、Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．２６：５９３〜６０５。ＴＩＭＰ−４は、組織リモデリングおよび細胞外マトリックス止血において一定の役割を果たすようである。Ｇｏｍｅｚ，Ｄ．Ｅ．ら、１９９７、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．７４：１１１〜１２２。
【００３８】
ＭＭＰ活性をブロックすることに加えて、ＴＩＭＰはまた、そのＭＭＰ阻害機能とは無関係である増殖因子活性を発揮すると報告されている。Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙ  Ａ．Ｍ．ら、１９９４、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５４：５４６７〜５４７３；Ｈａｙａｋａｗａ  Ｔ．ら、１９９２  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２９８（１）：２９〜３２；Ｓｔｅｔｌｅｒ−Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，Ｗ．Ｇ．ら、１９９２、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２９６：２３１〜２３４。ＴＩＭＰ−１およびＴＩＭＰ−２はまた、腫瘍増殖、腫瘍細胞による浸潤、および腫瘍の転移性伝播を阻害し、脈管形成を阻害すると報告されている。Ｖａｌｅｎｔｅ，Ｐ．ら、１９９８、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ７５：２４６〜２５３。ＴＩＭＰ−１はまた、ＣＤ４０およびＣＤ２３をアップレギュレートすること、およびＣＤ７７をダウンレギュレートすることによって、胚芽中心Ｂ細胞分化に影響を与えると報告されている。Ｇｕｅｄｅｚら、１９９８、Ｂｌｏｏｄ  ９２：１３４２〜１３４９。ＴＩＭＰ−１発現もまた、Ｂ細胞におけるＩＬ−１０レベルを調節すると報告されている。Ｇｕｅｄｅｚら、２００１、Ｂｌｏｏｄ  ９７：１７９６〜１８０２。他の抗菌ペプチドとしては、デフェンシン、カテリシジン、およびヒスタチンが挙げられる。哺乳動物抗菌ペプチドは、粘膜表面における宿主防御の重要な成分である。肺において、気道表面は、気道の管腔表面を覆う薄い流体層である、気道表面液（ａｓｌ）によって覆われている。この気道の内側を覆うこの表面液内に存在する種々の成分および因子は、ウイルスおよび細菌に対する第一防御線を提供する。ＳＬＰＩに加えて、この流体中にまた存在するいくつかの抗菌因子は、リゾチーム、ラクトフェリン、デフェンシン、およびカテリシジンである。Ｎｉｙｏｎｓａｂａ，Ｆ．ら、２００３、Ｃｕｒｒ．Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ  Ｉｎｆｌａｍｍ．Ａｌｌｅｒｇｙ  ２：２２４〜２３１；Ｏｐｐｅｎｈｅｉｍ，Ｊ．Ｊ．ら、２００３、Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．６２（補遺２）ｉｉ：１７〜２１。
【００３９】
哺乳動物デフェンシンは、分子量約３．５ｋＤａ〜４．５ｋＤａを有するカチオン性の非グリコシル化アルギニンリッチペプチドであると特徴付けられている。これらは、３つの分子内ジスルフィド結合を形成する６つのシステイン残基を含む。Ｌｅｈｅｒ  Ｒ．，１９９１，Ｃｅｌｌ  ６４：２２９〜２３０。デフェンシンは、３つのクラス（α−デフェンシン、β−デフェンシン、およびθ−デフェンシン）へと分割され得る。Ｂａｌｓ  Ｒ．（前出）。α−デフェンシンは、約２９〜３５アミノ酸残基長であり、３つのジスルフィド架橋を含み、三本鎖βシート構造（カチオン性アミノ酸を含むβ−ヘパリンを含む）を有する。β−デフェンシンは、約３６〜４２アミノ酸残基長である。θ−デフェンシンは、２つの短縮型α−デフェンシンの翻訳後連結によって生成される環状構造を有する。Ｂａｌｓ  Ｒ．（前出）。α−デフェンシンヒト好中球ペプチド１〜４（ＨＮＰ−１〜ＨＮＰ−４）は、好中球顆粒球のアズール親和性顆粒中に局在化し、ファゴサイトーシスされた微生物の酸素非依存性死滅に寄与する。Ｇａｎｚ，Ｔ．ら、１９８５、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ７６：１４２７〜１４３５、Ｓｅｌｓｔｅｄ  Ｍ．Ｅ．ら、１９８５、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ７６：１４３６〜１４３９。
【００４０】
抗菌剤としてのその役割に加えて、これらの抗菌ペプチドは、炎症、創傷治癒、および免疫系の調節において、機能を有する。Ｂａｌｓ  Ｒ．（前出）。ヒト好中球デフェンシンは、種々の細胞型に対して細胞毒性であるとして（Ｖａｎ  Ｗｅｔｅｒｉｎｇ  Ｓ．ら、１９９７  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ  ６２：２１７〜２２６）、気道表皮細胞におけるサイトカイン合成を誘導するとして（Ｖａｎ  Ｗｅｔｅｒｉｎｇ  Ｓ．ら、１９９７、Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  ２７２：Ｌ８８８〜Ｌ８９６）、単球におけるサイトカイン合成を誘導するとして（Ｔｅｒｒｉｔｏ  Ｍ．Ｃ．ら、１９８９、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ８４：２０１７〜２０２０）、およびＴリンパ球におけるサイトカイン合成を誘導するとして（Ｃｈｅｒｔｏｖ  Ｏ．ら、１９９６、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７１：２９３５〜２９４０）、呼吸表皮細胞からのＳＬＰＩの放出を増加するとして（Ｖａｎ  Ｗｅｔｅｒｉｎｇ  Ｓ．ら、２０００  Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  ２７８：Ｌ５１〜Ｌ５８）、報告されている。また、α−デフェンシンは、単球およびＴ細胞の走化性（Ｙａｎｇ  Ｄ．ら、２０００  Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ．６８：９〜１４）、細胞増殖および応対応答の調節、ならびに補体活性化の阻害、フィブリン溶解の阻害、およびセルピンファミリーメンバーの活性の阻害（Ｖａｎ  Ｗｅｔｅｒｉｎｇ  Ｓ．ら、１９９９、Ｊ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １０４：１１３１〜１１３８において概説される）に関与するとして報告されている。ヒトβ−デフェンシンは、ケモカインレセプターＣＣＲ６の強力なリガンドとして同定されており、これは、先天免疫と後天免疫との間の連結を提供する。Ｙａｎｇ  Ｄ．ら、１９９９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８６：５２５〜５２８。デフェンシンはまた、抗原と組合せて、Ｔｈ１依存性細胞サイトカインおよびＴｈ２依存性体液性サイトカインを刺激および増強して免疫応答を生じると報告されている。Ｏｐｐｅｎｈｅｉｍ，Ｊ．Ｊ．ら、２００３、Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．６２（補遺２）ｉｉ：１７〜２１。
【００４１】
カテリシジンファミリーの抗菌ペプチドは、高度に保存されたシグナル配列およびポリペプチド領域を有するが、成熟ペプチドを含むＣ末端ドメイン中にかなりの多様性を有する。この成熟ペプチドは、約１２〜８０アミノ酸以上のサイズの範囲であり得る。Ｚａｎｅｔｔｉ  Ｍ．ら、１９９５、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ３７４：１〜５。ヒトカテリシジンＬＬ−３７／ｈＣＡＰ−１８は、顆粒として骨髄性細胞中に存在するが、炎症皮膚組織（ヒトカテリシジンＬＬ−３７／ｈＣＡＰ−１８は、炎症性刺激によって調節されると報告されている）において見出される。Ｆｒｏｈｍ  Ｍ．ら、１９９７  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７２：１５２５８〜１５２６３。ＣＡＰ  １８はまた、好中球のペルオキシダーゼ陰性顆粒において見出されることに加えて、リンパ球および単球の部分集団において、口、下、食道、頚部、膣、および肺表皮の扁平上皮において、炎症皮膚疾患におけるケラチノサイトにおいて、ならびに精巣上体において、より少ない程度に存在する。Ｏｐｐｅｎｈａｉｍ，Ｊ．Ｊ．ら（２００３）（前出）。
【００４２】
シスタチン（システインプロテイナーゼを可逆的に阻害する小さいタンパク質）（パパイン様システインプロテアーゼを含む）は、組織および体液中に広範に分布している。Ａｂｈｒａｈａｍｓｏｎ，Ｍ．，１９９４、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２４４：６８５〜７００。通常は、システインプロテイナーゼ活性は、内毒素誘発性敗血症、転移性癌、慢性関節リウマチ、（ｐｕｒｅｌｅｎｔ）気管支拡張症、および歯周炎によって例示される病理状態において以外は、体液中で測定され得ない。このことは、シスタチンによる緊密な酵素調節が正常状態において必要であることを示す。Ｎｉ，Ｊ．ら、１９９８、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：２４７４９〜２４８０４。
【００４３】
シスタチンファミリーのタンパク質は、構造的および機能的に類似しており、おそらくは、単一の進化的タンパク質スーパーファミリーを構成する。シスタチンの少なくとも３つの異なるサブクラスまたはファミリーが、存在する。ファミリーＩ（シスタチンファミリー）のシスタチンは、ジスルフィド架橋を有さず、約１００アミノ酸残基を含む。ファミリーＩＩ（ステフィンファミリー）のシスタチンは、２つのジスルフィド結合を有し、約１２０アミノ酸残基を含む。ファミリーＩＩのメンバーの例としては、シスタチンＣ、シスタチンＤ、シスタチンＳ、シスタチンＳＮ、およびシスタチンＳＡ（これらはすべて、分泌タンパク質である）が挙げられるが、これらに限定はされない。ファミリーＩＩＩ（キニノーゲンファミリー）のシスタチンは、３つのシステイン様ドメイン（その各々は、２つのジスルフィド結合を含み、グリコシル化され得る）を含む。ファミリーＩＩＩ中のシスタチン様ドメインの構造は、ファミリーＩＩシスタチンと相同である。概説のために、Ａｂｒａｈａｍｓｏｎ  Ｍ．ら、２００３、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｏｃ  Ｓｙｍｐ．７０：１７９〜９９を参照のこと。
【００４４】
シスタチンスーパーファミリーのメンバーは、プロテイナーゼの活性を調節するための保護機能を提供する。これは、この保護機能がなければ、制御されていないタンパク質分解および組織損傷を引き起こし得る。これらのペプチダーゼは、生理学的プロセスにおける重要な役割（例えば、細胞内タンパク質分解）を果たし（カテプシンＢ、カテプシンＨ、およびカテプシンＬ）、骨リモデリングにおいて重要であり（カテプシンＫ）、抗原提示の制御において重要であり得る（カテプシンＳ、哺乳動物レグマイン（ｌｅｇｕｍａｉｎ））。さらに、そのようなペプチダーゼの活性は、病態生理学的状態（例えば、癌転移および炎症）において増加される。さらに、そのようなペプチダーゼは、いくつかの病原性寄生生物および細菌にとって必須である。従って、シスタチンは、正常な身体プロセスを調節して、おそらくはダウンレギュレートされた場合に疾患を引き起こす能力を有するだけではなく、微生物感染に対する防御に関与し得る。Ａｂｒａｈａｍｓｏｎ  Ｍ．ら（前出）。
【００４５】
カテプシンＤは、乳癌の予後指標であり、カテプシンＢは、乳癌において前悪性から悪性への転移についての診断マーカーである。ＭＭＰ−９は、膀胱癌の病理状態および病期を予測し得る。ＭＴ１−ＭＭＰおよびＭＭＰ−２は、前立腺癌の病理状態および病期を予測し得る。シスタチンにおける変異はまた、疾患と関連する。例えば、シスタチンＣ（ファミリーＩＩのメンバーである）における変異は、脳血管性アミロイドーシスと関連する。シスタチンＢにおける変異は、進行性ミオクローヌス癲癇の形態で分離される。Ｐｅｎｎａｃｃｈｉｏ，Ｌ．Ａ．ら、１９９６、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７１：７３１〜１７３４。また、シスタチンがウイルス複製を阻害する能力に関するデータも存在する。例えば、ヒトシスタチンＣは、単純ヘルペスウイルスの複製を阻害する（Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ａ．Ｒ．およびＧｒｕｂｂ，Ａ．，１９８８，Ｏｒａｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：５９〜６１）。ヒトシスタチンＡは、ラブドウイルス誘発性アポトーシスを阻害する（Ｂｊｏｒｋｌｕｎｄ，Ｈ．Ｖ．ら、１９９７、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７１：５６５８〜５６６２）。シスタチンＤは、口腔中に存在するプロテイナーゼに対する防御的役割を果たし得る。Ｆｒｅｉｊｅ，Ｊ．Ｐ．ら、１９９３、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１５７３７〜１５７４４。
【００４６】
治療のためのプロテアーゼインヒビターの使用に関する可能性は、未だ実現されるべき状態である。１種のプロテアーゼインヒビター（ＺｅｍａｉｒａＴＭ）（α１−プロテイナーゼインヒビター（Ａ１−ＰＩ））が、２００３年にＦＤＡによって認可されたが、その指示されている用途は、非常に特異的である。ＺｅｍａｉｒａＴＭは、Ａ１−ＰＩ欠損および気腫の臨床的証拠を有する個体にとっての静脈内治療である。例えば、Ｓｃｈａｌｋｗｉｋｊｋ，Ｊ．ら、１９９９、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３４０：５６９〜５７７；Ｒｅｉｄ，Ｐ．Ｔ．およびＳａｌｌｅｎａｖｅ，Ｊ．Ｍ．、２００１、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ  ２：５９〜６７；Ｏｅｒｍａｎｎ，Ｃ．Ｍ．，２００１、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ  ２：９００〜９９６；Ｗａｒｄ，Ｐ．Ａ．およびＬｅｎｔｓｃｈ，Ａ．Ｂ．、２００２、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２３４・２３５：２２５〜２２８；Ｓｏｍｅｒｖｉｌｌｅ，Ｒ．Ｐ．Ｔ．ら、２００３、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．４：２１６，２００３を参照のこと。
【００４７】
処置のために利用可能な治療剤および処置方法が利用不能であるか、限定されているか、または不充分である、多数の疾患および状態が存在する。これらの疾患および状態としては、免疫系の疾患および状態（例えば、炎症）；感染症および感染性疾患；増殖疾患（例えば、癌）、呼吸障害（例えば、ＡＲＤＳ）、脈管障害、および本明細書中に記載される他の障害が挙げられる。これらの疾患の処置の改善のための機会は、大きく、利益は高い。
【００４８】
例えば、自己免疫障害は、優勢でありかつ高価な型の免疫系機能不全である。少なくとも８０種の種々の自己免疫疾患のうちのいずれか１つは、その免疫系が、調節されない状態になり、健常組織を攻撃する場合に、生じえる。自己免疫疾患は、増加中であり、米国において５，０００万人よりも多くを冒すと報告されている。多くの自己免疫疾患において、細胞、組織、関節、および器官の損傷は、膨大な炎症経路群の制御されない活性化から生じる。炎症疾患（慢性リウマチ関節、狼瘡、乾癬、多発性硬化症、および喘息が挙げられる）は、世界中で死亡率および罹患率の主要原因のままである。慢性関節リウマチ（ＲＡ）は、関節の炎症によって特徴づけられるこのような慢性炎症疾患の１つであり、腫脹、疼痛、および機能喪失をもたらす。ＲＡは、米国において少なくとも推定２５０万人を冒している。ＲＡは、事象の組合せ（初期感染もしくは損傷、異常な免疫応答、および遺伝的要因を含む）によって引き起こされる。自己反応性Ｔ細胞おおびＢ細胞が、ＲＡにおいて存在するが、関節において集まる高レベルの抗体（リウマチ因子と呼ばれる）の検出は、ＲＡの診断において使用される。
【００４９】
ＲＡについての現在の治療は、この疾患の疼痛を管理してその進行を遅くするための多くの薬物を包含する。この疾患を治癒し得る治療は、見出されていない。薬物としては、非ステロイド性抗炎症薬物（ＮＳＡＩＤＳ）、および疾患を改変する抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤＳ）を包含する。ＮＳＡＩＤＳは、良性疾患におい有用であるが、重篤なＲＡにおいて関節破壊および衰弱への進行を防止できない。ＮＳＡＩＤＳおよびＤＭＡＲＤＳの両方は、さらに、望ましくはない顕著な副作用と関連する。新規なたった１種のＤＭＡＲＤ（レフルノミド（Ｌｅｆｌｕｎｏｍｉｄｅ））が、１０年を超える期間において承認された。レフルノミドは自己抗体の産生をブロックし、炎症を低減し、ＲＡの進行を遅くする。しかし、この薬物はまた、重篤な副作用（悪心、下痢、脱毛、発疹、および肝臓傷害を含む）を引き起こす。
【００５０】
充分な治療がない他の重要な疾患としては、眼の疾患および障害が挙げられる。加齢性黄斑変性（ＡＭＤ）は、網膜の中心部分（斑）を冒す主要な失明原因である。浸出型ＡＭＤは、新生血管膜の形成を含むこの状態の２つの形態のうちの一形態である。これは、視力喪失（これは通常は不可逆的である）が生じるこれらの血管の漏出および出血を介する。浸出型ＡＭＤは、古典的および潜在性へとさらに細分され得、より視力に対して驚異的なのは、古典的形態である。浸出型ＡＭＤの有病率は、６０歳〜６４歳においては１０００人中３人であり、９０歳以上では１０００人中１１７人であると推定される。Ｍｅａｄｓ  Ｃ．ら、２００３、Ｈｅａｌｔｈ  Ｔｅｃｈｎｏｌ．Ａｓｓｅｓｓ．７（９）：ｖ〜ｖｉ、１〜９８。ＡＭＤに加えて、他の眼の疾患（色素性網膜炎、緑内障、網膜剥離、糖尿病性網膜症、および病的近視が挙げられる）は、網膜細胞のアポトーシス死を生じる。網膜細胞アポトーシスに関与するプロセスの阻害は、死細胞の数を減少させ、そしてある種の病因（たとえば、緑内障）に関連する視覚機能の不可逆的喪失を防止すると推測される。Ｇａｒｃｉａ  ＭおよびＶｅｃｉｎｏ  Ｅ．、２００３、Ａｒｃｈ  Ｓｏｃ  Ｅｓｐ  Ｏｆｔａｌｍｏｌ．７８（７）：３５１〜６４。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００５１】
癌の処置のために有用な新規薬剤について明確な必要性が存在する。癌は、広範囲の疾患を包含し、世界中で４人中約１人の個体を冒す。悪性細胞の急速かつ調節されていない増殖が、多くの型の癌（造血性悪性疾患を含む）の特徴である。多くの癌の発症は、免疫系の問題に関連し得る。年齢が高いヒトにおける多くの型の癌（腫瘍）の発生率増加は、約２５歳で生じる免疫系のピークの効率の低下と相関し得る。造血性悪性状態を有する患者は、過去２０年間において癌治療の進歩から恩恵を受けた（Ｍｕｌｔａｎｉら、１９９８、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  １６：３６９１〜３７１０）が、寛解回数が増加し、ほとんどの患者は、依然として、その疾患を再発して倒れる。細胞傷害性薬物を用いる治癒に対する障壁としては、たとえば、腫瘍細胞の抵抗性および化学療法の高い毒性が挙げられ、これは、多くの患者における最適な投与を妨げる。
【００５２】
上記の疾患および障害の処置のための新規かつ有効な分子について明確な必要性が存在する。また、低下した副作用および高い効力を有する、これらの疾患および障害の処置のための治療分子についての必要性が、存在する。本明細書において記載されそして特許請求される発明の組成物および方法は、そのような改善された組成物および方法、ならびに他の利点を提供する。
【非特許文献１】Ｓａｌｌｅｎａｖｅ  Ｊ．Ｒ．，「Ｒｅｓｐ．Ｒｅｓ．」２０００，１：８７〜９２
【課題を解決するための手段】
【００５３】
（要旨）
本明細書において記載されそして特許請求される発明は、多くの特性および実施形態（この要旨において示されるか記載されるかまたは言及されるものが挙げられるが、これらに限定はされない）を有する。本明細書において記載されそして特許請求される発明は、この要旨において同定されている特徴もしくは実施形態には限定されず、これらの特徴もしくは実施形態によっても限定されない。これらの特徴もしくは実施形態は、例示目的だけのために包含され、限定目的のためには包含されない。
【００５４】
本発明は、一局面においては、プロテアーゼの活性もしくは活性化に関連する疾患、障害および状態を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００５５】
本発明は、別の局面においては、抗プロテイナーゼ作用により恩恵を受けるかもしくは軽減される、疾患、障害および状態を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００５６】
本発明は、なお別の局面においては、免疫の疾患、障害および状態を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００５７】
本発明はまた、感染症を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００５８】
本発明はさらに、増殖性疾患（たとえば、腫瘍および癌）を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００５９】
本発明はまた、呼吸の疾患、障害および状態（ＡＲＤＳが挙げられる）を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００６０】
本発明はまた、脈管の疾患、障害および状態を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００６１】
本発明はまた、炎症ならびに炎症性の疾患、障害および状態を、処置、予防、もしくは抑制可能である、治療剤および組成物に関する。
【００６２】
本発明は、結合ドメイン融合タンパク質を提供し；結合ドメイン融合タンパク質を含むか、これらから本質的になるか、もしくはこれらからなる、組成物を提供し；そして結合ドメイン融合タンパク質の使用方法（それを必要とする患者を処置する治療方法を含む）を提供する。
【００６３】
一局面において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、プロテアーゼに対する望ましい生物学的活性を有するポリペプチドまたは他の因子を含む。上記結合ドメイン融合タンパク質はまた、プロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチド（換言すると、上記結合ドメイン融合タンパク質が標的プロテアーゼに対して結合して活性を発揮し得る、非プロテアーゼ分子）を含む。上記望ましい生物学的活性は、たとえば、上記標的プロテアーゼの調節に関連する任意の生物学的活性であり得る。プロテアーゼ関連分子としては、酵素；シグナル伝達に関与する、リガンドおよびレセプター；炎症に関与する分子；免疫系の機能に関与するタンパク質；調節タンパク質（プロテインキナーゼおよびホスファターゼを含む）；構造タンパク質など；ならびに本明細書中に記載される疾患、障害、および／もしくは状態のうちのいずれか１つ以上に関連するかもしくは関与する、標的が挙げられるが、これらに限定はされない。標的関連分子は、一般的には、プロテアーゼ活性（例えば、局所プロテアーゼ活性）と十分に近いかさもなければ物理的に会合しているか十分に近くなるかさもなければ物理的に会合するようになって、上記結合ドメイン融合タンパク質が上記標的プロテアーゼを阻害もしくは調節し得るようになる。
【００６４】
上記プロテアーゼ関連分子は、一般的には、プロテアーゼの活性部位または発現部位に対する上記結合ドメイン融合タンパク質の送達のための、プロテアーゼ関連標的である。上記望ましい生物学的活性は、調節されるべき上記プロテアーゼの活性、発現、または他の特性のうちの１つ以上の調節である。
【００６５】
特定の実施形態において、上記プロテアーゼは、本明細書中に記載されるかそうでなければ当該分野で現在公知であるかまたは後に発見されるプロテイナーゼのうちの１つ以上である。従って、プロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有するポリペプチドと、プロテイナーゼ阻害活性を有するポリペプチドとを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質を提供することが、一局面である。プロテイナーゼ阻害活性を有するポリペプチドとしては、例えば、抗プロテイナーゼ、およびプロテイナーゼに対する活性を有するプロテイナーゼインヒビタードメインが挙げられる。
【００６６】
プロテイナーゼインヒビターおよびプロテイナーゼインヒビタードメイン（本明細書中に記載されるものが挙げられるが、これらに限定はされない）が、上記結合ドメイン融合タンパク質中に含まれ得るか、または上記結合ドメイン融合タンパク質を調製するために使用され得る。現在公知であるかまたは後に発見される他のプロテアーゼおよび他のプロテイナーゼインヒビタードメインもまた、使用され得る。
【００６７】
プロテイナーゼインヒビターおよびプロテアーゼインヒビタードメインは、ポリペプチドを含み得るか、ポリペプチドから本質的になり得るか、またはポリペプチドからなり得る。非ポリペプチドプロテイナーゼインヒビター分子もまた、企図される。
【００６８】
いくつかの実施形態において、本発明は、１つ以上の免疫グロブリンドメインに結合されているプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物を提供する。上記免疫グロブリンドメインは、例えば、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択され得る。特定の実施形態において、上記免疫グロブリンドメインは、霊長類免疫グロブリンドメインである。なお他の実施形態において、上記免疫グロブリンドメインは、ヒト免疫グロブリンドメインである。他の実施形態において、上記免疫グロブリンドメインは、（全体的にかまたは部分的に）ヒト化されている免疫グロブリンドメインである。他の実施形態において、上記プロテアーゼインヒビターは、タンパク質である。
【００６９】
特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、ｉ）プロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインを有する第一ポリペプチド；ならびにｉｉ）上記プロテアーゼを阻害可能なポリペプチド（プロテイナーゼインヒビターおよびプロテアーゼインヒビタードメインを含む）を含むかまたはこのポリペプチドを構成する、第二ポリペプチド；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。
【００７０】
別の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、上記の第一ポリペプチドと第二ポリペプチドとを接続する、第三ポリペプチドを必要に応じて含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。上記接続領域は、好ましくはポリペプチドであるが、必ずしも必要というわけではない。
【００７１】
特定の実施形態において、上記結合ドメインポリペプチドは、免疫グロブリンまたはその部分を含む。例えば、上記結合ドメインポリペプチドは、モノクローナル抗体またはその部分（Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、およびＦｖフラグメント、単鎖結合タンパク質、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドと免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチドとを含むポリペプチド、免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドと免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチドとから本質的になるポリペプチド、または免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドと免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチドとからなるポリペプチドが挙げられるが、これらに限定はされない）であり得る。このような免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの部分もしくは改変体は、ネイティブ分子を包含するだけではなく、キメラ分子もしくは（全体的にかもしくは部分的に）ヒト化されている分子、そうでなければヒトでの使用もしくは他の使用のために免疫原性が少なくなるようにされている分子も包含する。
【００７２】
別の局面において、上記結合ドメインポリペプチドは、選択されたプロテアーゼ関連分子に結合すると本明細書中に記載されている結合ドメイン融合タンパク質を包含する。例えば、上記結合ドメインポリペプチドは、ＣＤ４５、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＶＥＧＦから選択される分子に結合し得る。上記結合ドメインポリペプチドは、１つ以上の特定の細胞型上にある分子（例えば、白血球、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ２抗原、ＣＤ３抗原、ＣＤ４抗原、ＣＤ５抗原、ＣＤ６抗原、ＣＤ７抗原、ＣＤ８抗原、ＣＤ２５抗原、ＣＤ２８抗原、ＣＤ６９抗原、ＣＤ１５４抗原、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ−４）抗原、およびＩＣＯＳ抗原）、ヘルパーＴ細胞、単球、樹状細胞、免疫エフェクター細胞、Ｂ細胞（例えば、ＭＨＣクラスＩＩ抗原、ＣＤ１９抗原、ＣＤ２０抗原、ＣＤ２１抗原、ＣＤ２２抗原、ＣＤ２３抗原、ＣＤ３７抗原、およびＣＤ４０抗原）に結合し得る。他の結合ドメイン標的としては、正常細胞または悪性疾患細胞に由来する細胞表面マーカー；サイトカイン（増殖因子およびシグナル伝達媒介因子が挙げられる）；血液中のタンパク質もしくは組織中のタンパク質；感染標的（ウイルス標的、細菌標的、真菌標的、および寄生生物標的）；ならびに細胞内標的（細胞内タンパク質標的が挙げられる）が挙げられる。本発明の構築物による結合のための他のプロテアーゼ関連分子としては、腫瘍抗原が挙げられる。本発明の構築物により標的とされ得る腫瘍抗原の例としては、扁平上皮癌抗原１（ＳＣＣＡ−１；タンパク質Ｔ４−Ａ）；扁平上皮癌抗原２（ＳＣＣＡ−２）；卵巣癌抗原ＣＡ１２５（１Ａ１−３Ｂ；ＫＩＡＡ００４９）；ムチン１（腫瘍関連ムチン；癌腫関連ムチン；多型上皮ムチン；Ｐｅｍ；Ｐｅｍｔ；Ｅｐｉｓｉａｉｎ；腫瘍関連上皮膜抗原；Ｅｍａ；Ｈ２３ＡＧ；ピーナッツ反応性尿ムチン；Ｐｕｍ；乳癌関連抗原ＤＦ３）；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅｌ−１；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ１４−３；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ２０−４；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ２０−９；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ３３−１；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ３７−２；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ５７−１；ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｓｅ８９−１；前立腺特異的膜抗原；５Ｔ４腫瘍胎児性栄養膜糖タンパク質；Ｏｒｆ７３カポージ肉腫関連ヘルペスウイルス；ＭＡＧＥ−Ｃ１（癌／精巣抗原ＣＴ７）；ＭＡＧＥ−Ｂ１抗原（ＭＡＧＥ−ＸＰ抗原；ＤＡＭ１０）；ＭＡＧＥ−Ｂ２抗原（ＤＡＭ６）；ＭＡＧＥ−２抗原；ＭＡＧＥ−４ａ抗原；ＭＡＧＥ−４ｂ抗原；結腸癌抗原ＮＹ−ＣＯ−４５；肺癌抗原ＮＹ−ＬＵ−１２改変体Ａ；癌関連表面抗原；腺癌ＡＲＴ１；腫瘍随伴性脳−精巣−癌抗原（腫瘍ニューロン抗原ＭＡ２；腫瘍随伴性ニューロン抗原）；神経腫瘍腹側抗原２（ＮＯＶＡ２）；造血細胞癌腫抗原遺伝子５２０；腫瘍関連抗原ＣＯ−０２９；腫瘍関連抗原ＭＡＧＥ−Ｘ２；滑膜肉腫Ｘ分岐点２；Ｔ細胞により認識される平滑上皮癌抗原；血清学的に定義された結腸癌抗原１；血清学的に定義された乳癌抗原ＮＹ−ＢＲ−１５；血清学的に定義された乳癌抗原ＮＹ−ＢＲ−１６；クロモグラニンＡ；副甲状腺分泌タンパク質１；ＤＵＰＡＮ−２；ＣＡ１９−９；ＣＡ７２−４；ＣＡ１９５；およびＬ６が挙げられる。
【００７３】
接続領域（例えば、接続領域ポリペプチド）は、分子の両端がその望ましい機能を実施することを可能にする分子（標的化ドメインまたは結合ドメインがその標的と相互作用するのを可能にし、そしてその阻害ドメインがその望ましい機能を実施するのを可能にする、分子が挙げられる）である。
【００７４】
接続領域ポリペプチドとしては、例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、およびＩｇＤからの免疫グロブリンヒンジ領域が挙げられる。これらはまた、これらの配列の改変体（これらの免疫グロブリンヒンジ領域において通常見出されるシステイン残基のうちの１つ以上の置換もしくは欠失を含む改変体が挙げられる）を包含する。
【００７５】
上記結合ドメイン融合タンパク質のプロテイナーゼインヒビターおよびプロテアーゼインヒビタードメインとしては、例えば、ｔｒａｐｐｉｎポリペプチド、またはプロテイナーゼインヒビター活性を有するその部分が挙げられるが、これらに限定はされない。プロテイナーゼインヒビターは、プロテイナーゼインヒビター活性を有するｔｒａｐｐｉｎポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログを包含する。
【００７６】
プロテイナーゼインヒビターとしてはまた、例えば、ＳＬＰＩポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するＳＬＰＩポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；エラフィンポリペプチド；ならびにプロテイナーゼインヒビター活性を有するエラフィンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログが挙げられるが、これらに限定はされない。
【００７７】
さらに、例えば、プロテイナーゼインヒビターとしてはまた、プロテイナーゼインヒビター活性を有するＷＡＰモチーフポリペプチド；ならびにプロテイナーゼインヒビター活性を有するそのようなＷＡＰモチーフポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログが挙げられるが、これらに限定はされない。
【００７８】
プロテイナーゼインヒビターとしてはまた、プロテイナーゼインヒビター活性を有するＴＩＭＰポリペプチド；ならびにプロテイナーゼインヒビター活性を有するそのようなＴＩＭＰポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログが挙げられるが、これらに限定はされない。
【００７９】
さらなるプロテイナーゼインヒビターとしては、プロテイナーゼインヒビター活性を有するシスタチンポリペプチド；ならびにプロテイナーゼインヒビター活性を有するそのようなシスタチンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログが挙げられるが、これらに限定はされない。
【００８０】
プロテイナーゼインヒビターとしてはまた、プロテイナーゼインヒビター活性を有するデフェンシンポリペプチド；ならびにプロテイナーゼインヒビター活性を有するそのようなデフェンシンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログが挙げられるが、これらに限定はされない。
【００８１】
本発明の結合ドメイン融合タンパク質による阻害のためのプロテアーゼは、望ましい任意のプロテアーゼを包含する。そのようなプロテアーゼとしては、例えば、補体活性化の調節に関与するプロテアーゼ；凝固の調節に関与するプロテアーゼ；シグナル伝達の調節に関与するプロテアーゼ；およびプロスタグランジンの発現または活性に関与するプロテアーゼ（例えば、ＰＧＨＳ−２）が挙げられるが、これらに限定はされない。他のプロテアーゼとしては、マトリクスメタロプロテイナーゼ、エラスターゼ、α１−プロテイナーゼ、プロテイナーゼ３、キモトリプシン、トリプシン、ヒト肥満細胞カイメース、角質層キモトリプシン酵素、ヒトカテプシンＧ、ウシキモトリプシン、ブタキモトリプシン、トリプターゼ、ヒト白血球エラスターゼ、ブタ膵臓エラスターゼ、角質層キモトリプシン酵素が挙げられるが、これらに限定はされない。プロテアーゼ標的としてはまた、基質（例えば、エラスチン、プロテオグリカン、およびコラーゲン）として有するプロテイナーゼが挙げられるが、これらに限定はされない。
【００８２】
別の局面においては、結合ドメイン融合タンパク質は、プロテイナーゼインヒビターポリペプチドのアナログもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインのアナログを含み得るか、これらから本質的になり得るか、またはこれらからなり得る。従って、ｉ）プロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；およびｉｉｉ）上記プロテアーゼを阻害可能なプロテイナーゼインヒビターのアナログを含む第三ポリペプチド；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質を提供することが、別の局面である。他の特定の実施形態において、上記プロテイナーゼインヒビターアナログは、減少しているプロテイナーゼ阻害活性を有する。そのようなプロテイナーゼインヒビターアナログは、例えば、本明細書中に記載されるかもしくは言及されるかそうでなければ現在公知であるかもしくは後に発見されるプロテイナーゼインヒビターポリペプチドと比較して、選択的なアミノ酸の欠失、挿入、もしくは置換を有し得る。
【００８３】
結合ドメイン融合タンパク質の特定の実施形態は、１つ以上のＴＧアーゼモチーフ（例えば、約３個〜約１５個のＴＧアーゼモチーフ（例えば、Ｇｌｙ−ＧＬｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−Ｌｙｓ）、約４個〜約１０個のＴＧアーゼモチーフ、または１個、２個、３個、４個、５個、１個もしくは２個、１個〜５個、または５個よりも多くのＴＧアーゼモチーフ）を有する。例示的ＴＧアーゼモチーフは、例えば、アミノ酸配列Ｇｌｙ−ＧＬｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−Ｌｙｓを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。従って、ｉ）プロテアーゼもしくはプロテアーゼ関連分子に結合することが可能な結合ドメインを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、これから本質的になるか、もしくはこれからなる、第二ポリペプチド；および１つ以上のＴＧアーゼモチーフを含むか、これから本質的になるか、もしくはこれからなる、第三ポリペプチド；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質を提供することが、別の局面である。必要に応じて、上記結合ドメイン融合タンパク質は、これらのポリペプチドのうちの１つ以上を連結する（例えば、上記第一ポリペプチドと第二ポリペプチドとを連結する；上記第二ポリペプチドと第三ポリペプチドとを連結する；および／または上記第一ポリペプチドと第三ポリペプチドとを連結する）接続領域を含むか、これから本質的になるか、またはこれからなる、１つ以上のさらなる分子を含み得る。これらのポリペプチドは、上記結合ドメイン融合タンパク質および／またはその成分のうちのいずれかの、望ましい機能的活性もしくは活性を保持する、望ましい任意の順番であり得る。接続領域としては、本明細書中に記載されるものが挙げられる。
【００８４】
別の局面において、上記ＴＧアーゼモチーフは、トランスグルタミナーゼの基質として作用し、トランスグルタミナーゼ架橋を促進することによって、上記結合ドメイン融合タンパク質の固定モチーフとして作用する。
【００８５】
結合ドメイン融合タンパク質の特定の実施形態はまた、１つ以上の二量体化ドメイン（例えば、１個、２個、３個、１個〜５個、または５個以上の二量体化ドメイン）を含み得る。これらとしては、２つ以上の結合ドメイン融合タンパク質が共有結合的または非共有結合的に会合することを可能にする、任意の配列または分子を含み得る。
【００８６】
例示的実施形態において、二量体化ドメインは、免疫グロブリンヒンジドメインまたはその改変体もしくはアナログ（例えば、本明細書中に記載されるものが挙げられる）を含む。他の実施形態において、二量体化ドメインは、免疫グロブリンＣＨ２ＣＨ３ドメイン、もしくは免疫グロブリンＣＨ３ドメイン、またはそれらのアナログ（本明細書中に記載されるものが挙げられる）を包含する。このような領域としては、ＩｇＧ  ＣＨ２ＣＨ３ドメインもしくはＩｇＧ  ＣＨ３ドメイン、またはそれらのアナログが挙げられる。他の免疫グロブリン（ＩｇＡ免疫グロブリンが挙げられるが、これらに限定はされない）は、ＣＨ２ＣＨ３ドメインもしくはＣＨ３ドメイン、またはそれらのアナログを構築するために使用され得る。好ましい実施形態において、上記免疫グロブリンドメインは、霊長類免疫グロブリンドメインである。上記霊長類二量体化ドメインが野生型でも天然に存在する分子でもないその他の実施形態において、上記二量体化ドメインは、霊長類二量体化ドメインから調製されるかまたは霊長類二量体化ドメインに由来する。より好ましい実施形態において、上記二量体化ドメインは、ヒト（または全体的もしくは部分的にヒト化された）二量体化ドメインである。上記ヒト二量体化ドメインが野生型でも天然に存在する分子でもないその他の実施形態において、上記二量体化ドメインは、ヒト二量体化ドメインから調製されるかまたはヒト二量体化ドメインに由来する。
【００８７】
結合ドメイン融合タンパク質の特定の実施形態は、例えば、接続領域ポリペプチドを含む。ヒトポリペプチド、およびヒトポリペプチドに由来するかまたはヒトポリペプチドから調製されたポリペプチドが、接続領域ポリペプチドとして好ましい。接続領域ポリペプチドは、例えば、約１５アミノ酸長〜約１１５アミノ酸長；約１０アミノ酸長〜約５０アミノ酸長；約１５アミノ酸長〜約３５アミノ酸長；約１８アミノ酸長〜約３２アミノ酸長、約５アミノ酸長〜約１５アミノ酸長；または他の任意の望ましいアミノ酸数の、ペプチドスペーサーもしくはポリペプチドスペーサーを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、ポリペプチドを包含し得る。他の特定の実施形態において、上記接続領域は、二量体化ドメインを含むか、二量体化ドメインから本質的になるか、または二量体化ドメインからなる。特定の実施形態において、上記接続領域は、天然に存在するまたは改変型である、免疫グロブリンヒンジポリペプチドもしくは免疫グロブリンヒンジ作用ポリペプチドを含む。免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドは、例えば、天然に存在する任意のヒンジペプチド、ヒンジ作用ペプチド、ヒンジポリペプチド、もしくはヒンジ作用ポリペプチド（例えば、ヒトヒンジもしくはその部分；ヒトＩｇＧヒンジもしくはその部分；ヒトＩｇＡヒンジもしくはその部分；ヒトＩｇＥヒンジもしくはその部分；ラクダ科（ｃａｍｅｌｉｄ）ヒンジ領域もしくはその部分；ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、もしくはＩｇＧ３のラマ（ｌｌａｍａ）ヒンジ領域もしくはその部分；テンジクザメ（ｎｕｒｓｅ  ｓｈａｒｋ）ヒンジ領域もしくはその部分；およびスポッテッド・ラットフィッシュ（ｓｐｏｔｔｅｄ  ｒａｔｆｉｓｈ）ヒンジ領域もしくはその部分；から選択される、天然に存在するヒンジ領域）を含み得るか、これらから本質的になり得るか、またはこれらからなり得る。他の特定の実施形態において、上記接続領域は、例としてであって限定ではないが、これらのヒンジ領域中に天然で存在するよりも少ないシステイン残基を有するＩｇＧ１ヒンジ領域、ＩｇＧ２ヒンジ領域、ＩｇＧ３ヒンジ領域、もしくはＩｇＧ４ヒンジ領域（例えば、０個、１個、もしくは２個のシステインアミノ酸残基を有するように改変された、３個のシステイン残基を通常は有するヒンジ領域；０個、１個、もしくは２個のシステインアミノ酸残基を有するヒトＩｇＧヒンジ領域；野生型ヒトＩｇＧ１免疫グロブリンヒンジ領域；グリコシル化部位を含むヒンジ領域（免疫グロブリンヒンジ領域を含む）；ジスルフィド結合を形成可能なシステイン残基を有さないヒンジ領域（免疫グロブリンヒンジ領域を含む）；１個のシステイン残基を含むヒンジ領域（免疫グロブリンヒンジ領域を含む）；１個以下のシステイン残基を含む変異もしくは改変された野生型の免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドを含む、ヒンジ領域；二量体化する能力が減少するように改変されたヒンジ領域（免疫グロブリンヒンジ領域を含む）；３つのシステイン残基および１つのプロリン残基を有するヒンジ領域（免疫グロブリンヒンジ領域を含む）（このシステイン残基のうちの１つ以上は欠失もしくは置換されており、このプロリン残基は置換もしくは欠失��れている）；第一システイン残基、第二システイン残基、および第三システイン残基を含む、変異もしくは改変された野生型免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドを含むヒンジ領域（その第一システイン残基は、第二システイン残基のＮ末端側にあり、第二システイン残基は、第三システイン残基のＮ末端側にあり、第一システイン残基は、置換もしくは欠失されている）を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらかなる。これは、網羅的なリストではない。
【００８８】
上記結合ドメイン融合タンパク質の特定の実施形態は、天然に存在するかまたは改変されている、免疫グロブリン定常領域ドメインを含む。従って、ｉ）プロテアーゼもしくはプロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインを含むか、これから本質的になるか、もしくはこれからなる、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、これから本質的になるか、もしくはこれからなる、第三ポリペプチド；およびｉｖ）免疫グロブリン定常領域もしくはその部分を含むか、これから本質的になるか、もしくはこれからなる、第四ポリペプチド；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質を提供することが、別の局面である。特定の実施形態において、上記免疫グロブリン定常領域は、免疫グロブリンＣＨ３領域（ＣＨ３アナログを含む）を含むか、これから本質的になるか、またはこれからなる。他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、他の免疫グロブリン定常領域またはそのアナログ（本明細書中に記載されるものが挙げられる）を含む。別の局面において、上記結合ドメイン融合タンパク質の免疫グロブリン定常領域ドメインは、免疫学的エフェクター機能（例えば、補体依存性細胞傷害、抗体依存性細胞傷害、ＦｃＲ結合、プロテインＡ結合、および多数の標的細胞の減少のうちの１つ以上が挙げられる）を媒介可能である。
【００８９】
他のさらなる特定の実施形態において、ｉ）プロテアーゼもしくはプロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、これらから本質的になるか、もしくはこれらからなる、第三ポリペプチド；およびｉｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質が、提供される。上記第一ポリペプチドは、上記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、上記第二ポリペプチドは、上記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、上記プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、上記１つ以上のＷＡＰドメインは、上記１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側である。
【００９０】
他のさらなる特定の実施形態において、ｉ）プロテアーゼもしくはプロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、これらから本質的になるか、もしくはこれらからなる、第三ポリペプチド；およびｉｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質が、提供される。上記第一ポリペプチドは、上記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、上記第二ポリペプチドは、上記１つ以上の二量体化ドメインを含み、上記１つ以上の二量体化ドメインは、上記プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、上記プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含む。
【００９１】
他のさらなる特定の実施形態において、ｉ）プロテアーゼもしくはプロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、これらから本質的になるか、もしくはこれらからなる、第三ポリペプチド；ｉｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；およびｖ）１つ以上のＴＧアーゼドメイン；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質が、提供される。上記第一ポリペプチドは、上記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、上記第二ポリペプチドは、上記プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、上記プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、上記１つ以上のＷＡＰドメインは、上記１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側であり、上記１つ以上の二量体化ドメインは、上記１つ以上のＴＧアーゼドメインのＮ末端側である。
【００９２】
他のさらなる特定の実施形態において、ｉ）プロテアーゼもしくはプロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合している接続領域を含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインを含む、第三ポリペプチド；ｉｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；およびｖ）１つ以上のＴＧアーゼドメイン；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質が、提供される。上記第一ポリペプチドは、上記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、上記第二ポリペプチドは、上記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、上記プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、上記１つ以上のＷＡＰドメインは、上記１つ以上のＴＧアーゼドメインのＮ末端側であり、上記ＴＧアーゼドメインは、上記１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側である。
【００９３】
別の局面において、結合ドメイン（例えば、免疫グロブリン可変領域）を好ましくは有さない特定の構築物が、提供される。これらの実施形態は、例えば、２つのドメイン（例えば、プロテイナーゼインヒビタードメイン、および免疫グロブリン定常領域ドメイン）を含み得るか、これらから本質的になり得るか、またはこれらからなり得る。この型の構築物の例は、ＳＬＰＩ−ＣＨ２ＣＨ３、またはＳＰＬＩアナログ−ＣＨ２ＣＨ３である。特定のさらなる実施形態において、ｔｒａｐｐｉｎファミリーの他のメンバーは、免疫グロブリン定常領域ドメインに融合または他の方法で接続され得る。これらの構築物は、本明細書中に記載される種々の処置方法において有用である。
【００９４】
また、抗細菌活性を有する結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。細菌感染を有する患者を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な抗細菌量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。
【００９５】
また、抗炎症活性を有する結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。炎症障害を有する患者を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な抗炎症量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。
【００９６】
また、抗ウイルス活性を有する結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物（例えば、患者におけるＨＩＶ感染の処置のために有効な、結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が挙げられる）が、提供される。ウイルス感染（例えば、ＨＩＶ感染）を有する患者を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な抗ＨＩＶ量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。
【００９７】
また、患者における肺性障害もしくは肺障害の処置のために有効な、結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。患者における肺性障害もしくは肺障害を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。さらに、患者における肺性炎症もしくは肺炎症の処置のために有効な、結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。患者における肺性炎症もしくは肺炎症を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。
【００９８】
また、患者における脈管障害の処置のために有効な、結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。患者における脈管障害を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。
【００９９】
また、患者における眼の疾患もしくは障害の処置のために有効な、結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。患者における眼の障害もしくは疾患を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。別の局面において、患者における加齢性黄斑変性疾患の処置のために有効な、結合ドメイン融合タンパク質およびその組成物が、提供される。患者における加齢性黄斑変性疾患を処置する方法もまた、提供され、この方法は、有効な量の結合ドメイン融合タンパク質を投与する工程を包含する。
【０１００】
本明細書中に記載されそして特許請求される発明のこれらの局面および実施形態ならびに他の局面および実施形態は、本明細書および特許請求の範囲から明らかであり、そのすべては、本明細書の記載された説明の一部であると見なされるべきである。
【発明を実施するための最良の形態】
【０１０１】
（詳細な説明）
本発明の実施は、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、核酸科学、および免疫学の種々の従来技術（これらは、当業者の範囲内にある）を使用し得る。そのような技術は、文献において完全に説明され、この文献としては、例示としてだけのために、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，第二版（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９）；ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，第三版（ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌ，２００１）（これらは、一緒に、そして個別に、「Ｓａｍｂｒｏｏｋ」と本明細書中で呼ばれる）；ＯＬＩＧＯＮＵＣＬＥＯＴＩＤＥ  ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編、１９８４）；ＡＮＩＭＡＬ  ＣＥＬＬ  ＣＵＬＴＵＲＥ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編、１９８７）；ＨＡＮＤＢＯＯＫ  ＯＦ  ＥＸＰＥＲＩＭＥＮＴＡＬ  ＩＭＭＵＮＯＬＯｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ｗｅｉｒ  ＆  Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編）；ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＶＥＣＯＴＯＲＳ  ＦＯＲ  ＭＡＭＭＡＬＩＡＮ  ＣＥＬＬＳ（Ｊ．．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ  ＆  Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編、１９８７）；ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７、２００１年までの補遺を含む）；ＰＣＴ：Ｔｈｅ  ＰＯｌＹＭＥＲＡＳＥ  ＣＨＡＩＮ  ＲＥＡＣＴＩＯＮ（Ｍｕｌｌｉｓら編、１９９４）；ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＴＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＩＭＭＵＮＯＬＯＧＹ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎら編、１９９１）；Ｔｈｅ  ＩＭＭＵＮＯＡＳＳＡＹ  ＨＡＮＤＢＯＯＫ（Ｄ．Ｗｉｌｄ編、Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９９４）；ＢＩＯＣＯＮＪＵＧＡＴＥ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｇｒｅｇ  Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９９６）；ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＩＭＭＵＮＯＬＯＧＩＣＡＬ  ＡＮＡＬＹＳＩＳ（Ｒ．Ｍａｓｓｅｙｅｆｆ，Ｗ．Ｈ．Ａｌｂｅｒｔ，およびＮ．Ａ．Ｓｔａｉｎｅｓ編、Ｗｅｉｎｈａｅｉｍ：ＶＣＨ  Ｖｅｒｌａｇ  ｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ  ｍｂＨ，１９９３）、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９８８）ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＳ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ならびにＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９９９）Ｕｓｉｎｇ  ＡＮＴいＢＯＤＩＥＳ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｌｏｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ（一緒に、そして個別に、本明細書においてＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅと呼ばれる）、Ｂｅａｕｃａｇｅら編、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤ  ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，２０００）；ならびにＡｇｒａｗａｌ編、ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＦＯＲ  ＯＬＩＧＯＮＵＣＬＥＯＴＩＤＥＳ  ＡＮＤ  ＡＮＡＬＯＧＳ，ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ  ＡＮＤ  ＰＲＯＰＥＲＴＩＥＳ，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ  Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ，１９９３）が挙げられるが、これらに限定���されない。
【０１０２】
（定義）
本発明を一般的にさらに記載し種々の非限定的な具体的実施形態に関してさらに記載する前に、本発明を記載する文脈において使用される特定の用語が、示される。そうではないと示されない限り、以下の用語は、本明細書中および添付の特許請求の範囲において使用される場合に、以下の意味を有する。本明細書中の下記においても他のどの箇所においても定義されてない用語は、その当該分野で認識されている意味を有する。
【０１０３】
用語「対立遺伝子」または「対立遺伝子配列」とは、本明細書中で使用される場合、ポリペプチドをコードする遺伝子（すなわち、結合ドメイン融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド）の天然に存在する二者択一形態を指す。対立遺伝子は、しばしば、変異（すなわち、核酸配列における変化）から生じ、ときには、構造および／または機能が変化していても変化していなくてもよい、改変型および／もしくは差次的に調節される、ｍＲＮＡまたはポリペプチドを生じる。対立遺伝子を生じる一般的な変異性変化は、一般的には、コードするアミノ酸に影響を与えても与えなくてもよいヌクレオチドの天然における欠失、付加、もしくは置換に起因する。これらの型の変化のうちの各々は、所定の遺伝子、染色体、もしくは他の細胞ポリヌクレオチド内で、単独でか、他と組み合わせてか、または１回以上、存在し得る。任意の所定遺伝子は、０個、１個、または複数の対立遺伝子形態を有し得る。本明細書中で使用される場合、用語「対立遺伝子」とは、遺伝子、またはその遺伝子から転写されるｍＲＮＡのうちのいずれかもしくは両方を指す。
【０１０４】
「アミノ酸」とは、中心炭素原子（「アルファ（α）−炭素原子」）が水素原子、カルボン酸基（その炭素原子は、「カルボキシル炭素原子」と呼ばれる）、アミノ基（その窒素原子は、「アミノ窒素原子」と呼ばれる）、および側鎖基Ｒに連結されている、構造を有する分子である。タンパク質中に組み込まれるプロセスにおいて、アミノ酸は、あるアミノ酸を別のアミノ酸に連結する脱水反応においてそのアミノ基およびカルボキシル基のうちの１つ以上の原子を失う。結果といて、タンパク質中に組み込まれた場合、アミノ酸は、しばしば、「アミノ酸残基」と呼ばれる。アミノ酸は、タンパク質中に組み込まれる前またはその後に、（例えば、グリコシル化により、２つの非連続システインアミノ酸残基のチオール側鎖の酸化を介するシステインの形成（これは、タンパク質の折り畳まれた構造を安定化することにおいて重要な役割を頻繁に果たすジスルフィド共有結合を生じる）などにより）誘導体化もしくは改変され得る。アミノ酸は、タンパク質中に天然で存在するアミノ酸であっても、天然に存在しないアミノ酸であってもよい（すなわち、合成方法（例えば、固体状態合成方法および他の自動化合成方法）により生成される）。天然に存在しないアミノ酸の例としては、α−アミノイソ酪酸、４−アミノ酪酸、Ｌ−アミノ酪酸、６−アミノヘキサン酸、２−アミノイソ酪酸、３−アミノプロピオン酸、オルニチン、ノルロイシン、ノルバリン、ヒドロキシプロリン、サルコシン、シトラリン、システイン酸、ｔ−ブチルグリシン、ｔ−ブチルアラニン、フェニリルリシン（ｐｈｅｎｙｌｙｌｙｃｉｎｅ）、シクロヘキシルアミン、β−アラニン、フルオロ−アミノ酸（βアミノ酸およびγアミノ酸を含む）、デザイナー（ｄｅｓｉｇｎｅｒ）アミノ酸（例えば、β−メチルアミノ酸、α−メチルアミノ酸、Ｎα−メチルアミノ酸）、ならびに一般的なアミノ酸アナログが挙げられる。アミノ酸アナログとは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造（すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合している、α−炭素）を有するが、例えば改変型Ｒ基（例えば、ノルロイシン）または改変型ペプチド骨格を有し、同時に、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する、化合物を指す。アミノ酸模倣物とは、アミノ酸の一般化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様の様式で一般的に機能する、化合物を指す。
【０１０５】
その置換基に加えて、各アミノ酸の２つの異なるエナンチオマー形態（ＤおよびＬと呼ばれる）が、存在する。哺乳動物において、Ｌアミノ酸のみが、天然に存在するタンパク質中に組み込まれるが、本発明は、１つ以上のＤアミノ酸およびＬアミノ酸を組み込んでいるタンパク質、ならびにＤアミノ酸残基のみまたはＬアミノ酸残基のみから構成されるタンパク質を企図する。
【０１０６】
本明細書において、略語が、以下のアミノ酸（およびその残基）に関して使用され得る：アラニン（Ａｌａ，Ａ）；アルギニン（Ａｒｇ，Ｒ）；アスパラギン（Ａｓｎ，Ｎ）；アスパラギン酸（Ａｓｐ，Ｄ）；システイン（Ｃｙｓ，Ｃ）；グリシン（Ｇｌｙ，Ｇ）；グルタミン酸（Ｇｌｕ，Ｅ）；グルタミン（Ｇｌｎ，Ｑ）；ヒスチジン（Ｈｉｓ，Ｈ）；イソロイシン（Ｉｌｅ，Ｉ）；ロイシン（Ｌｅｕ，Ｌ）；リジン（Ｌｙｓ，Ｋ）；メチオニン（Ｍｅｔ，Ｍ）；フェニルアラニン（Ｐｈｅ，Ｆ）；プロリン（Ｐｒｏ，Ｐ）；セリン（Ｓｅｒ，Ｓ）；スレオニン（Ｔｈｒ，Ｔ）；トリプトファン（Ｔｒｐ，Ｗ）；チロシン（Ｔｙｒ，Ｙ）；およびバリン（Ｖａｌ，Ｖ）。
【０１０７】
用語「アミノ酸配列」とは、オリゴペプチド配列、ペプチド配列、ポリペプチド配列、またはタンパク質配列、これらのうちのいずれかのフラグメントに関し、天然に存在する分子もしくは合成分子に関し、ならびに例えばコンピューターと組み合わせて使用するために適切な上記の電子的表示もしくは他の表示に関する。
【０１０８】
用語「抗体」とは、その最も広範な意味で使用され、具体的には、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ）、および抗体誘導体（例えば、組換え抗体もしくは合成抗体）を、それらが望ましい生物学的活性を示す限りは網羅する。抗体（Ａｂ）と免疫グロブリン（Ｉｇ）とは、同じ構造を有する糖タンパク質である。抗体は、特定の抗原に対して結合特異性を示すが、一方で、免疫グロブリンは、抗体、および抗原特異性を欠く他の抗体様分子の両方を包含する。後者の種類のポリペプチドは、例えば、リンパ系によって低レベルで産生され、骨髄腫によって高レベルで産生される。
【０１０９】
ネイティブ抗体およびネイティブ免疫グロブリンは、通常は、約１５０，０００ダルトンのヘテロテトラマー糖タンパク質（２つの同じ軽（Ｌ）鎖および２つの同じ重（Ｈ）鎖から構成される）である。各軽鎖は、１つの共有結合ジスルフィド結合によって重鎖に連結されており、一方、ジスルフィド結合の数は、種々の免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で変動する。各重鎖および軽鎖はまた、規則的に間隔を空けた鎖内ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は、一方の端部に、可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後に続けて多数の定常ドメインを有する。各軽鎖は、一方の端部に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、そのもう一方の端部に定常ドメインを有する。軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第一定常ドメインと整列され、軽鎖の可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列される。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間の境界面を形成すると考えられる（Ｃｌｏｔｈｉａら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８６，６５１〜６６，１９８５）；ＮｏｖｏｔｎｙおよびＨａｂｅｒ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２，４５９２〜４５９６（１９８５））。５つのヒト免疫グロブリンクラスが、その重鎖組成に基づいて定義されており、それらは、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＤと名付けられている。ＩｇＧクラス抗体およびＩｇＡクラス抗体は、さらに、サブクラス（すんわち、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４、ならびにＩｇＡ１およびＩｇＡ２）へと分割される。ＩｇＧ抗体、ＩｇＡ抗体、およびＩｇＤ抗体における重鎖は、３つの定常領域ドメインを有する（これらは、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３と呼ばれる）。ＩｇＭ抗体およびＩｇＥ抗体における重鎖は、４つの定常領域ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３およびＣＨ４）を有する。従って、重鎖は、１個の可変領域と、３〜４個の定常領域とを有する。免疫グロブリンの構造および機能は、例えば、Ｈａｒｌｏｗら編、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｈａｐｔｅｒ  １４、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ（１９８８）に概説されている。
【０１１０】
免疫グロブリンの重鎖はまた、３つの機能的領域：Ｆｄ領域（ＶＨおよびＣＨ１を含むフラグメント（すなわち、重鎖の２つのＮ末端））；ヒンジ領域；ならびにＦｃ領域（「フラグメント結晶化可能領域（定常領域に由来し、ペプシン消化後に形成される））へと分割され得る。Ｆｄ領域は、軽鎖と組み合わさって、Ｆａｂ（「フラグメント抗原結合」）を形成する。抗原は、各Ｆａｂのアミノ末端において抗原結合領域と立体化学的に反応するので、ＩｇＧ分子は、二価である（すなわち、ＩｇＧ分子は、２つの抗原分子に結合し得る）。Ｆｃは、細胞上の免疫グロブリンレセプターと相互作用し、かつ補体カスケードの初期エレメントと相互作用する、ドメインを含む。従って、Ｆｃフラグメントは、一般的には、免疫グロブリンのエフェクター機能（例えば、補体固定およびＦｃレセプターに対する結合）を担うと考えられる。ペプシンは、ときにはまた、重鎖の第三定常ドメイン（ＣＨ３）の前で切断して、大きなフラグメント（Ｆ（ａｂｃ））および小さなフラグメント（ｐＦｃｂ）を生じる。これらの用語はまた、他の免疫グロブリンの同様の領域に関して使用される。ヒンジ領域（ＩｇＧクラス抗体、ＩｇＡクラス抗体、およびＩｇＤクラス抗体において見出される）は、可撓性スペーサーとして作用して、Ｆａｂ部分が空間中を自由に運動することを可能にする。この定常領域とは対照的に、このヒンジドメインは、構造的に多岐であり、免疫グロブリンクラスおよび免疫グロブリンサブクラスの間で配列および長さが変動する。
【０１１１】
例えば、このヒンジ領域の長さおよび可撓性は、ＩｇＧサブクラスの間で変動する。ＩｇＧ１のヒンジ領域は、アミノ酸２１６〜２３１を含むと報告されている。この領域は自由に可撓性であるので、Ｆａｂフラグメントは、その対称軸の周囲で回転し得、そして２つの重鎖間ジスルフィド架橋のうちの最初のものを中心とする球の内部で運動する。ＩｇＧ２は、ＩｇＧ１よりも短いヒンジ（報告されることには、１２アミノ酸残基）および４つのジスルフィド架橋を有する。ＩｇＧ２のヒンジ領域は、グリシン残基を欠如する。このヒンジ領域は、比較的短く、余分な重鎖間ジスルフィド架橋により安定化される強固なポリプロリン二重螺旋を含む。これらの特性は、ＩｇＧ２分子の可撓性を制限する。ＩｇＧ３は、その独特の伸張したヒンジ領域（ＩｇＧ１ヒンジの約４倍の長さ）の分だけ他のサブクラスとは異なり、６２アミノ酸（２１個のプロリンおよび１１個のシステインを含む）を含むと報告さえており、これは、可撓性ポリプロリン二重螺旋を形成する。ＩｇＧ３において、Ｆａｂフラグメントは、Ｆｖフラグメントとは比較的離れており、このことは、この分子を、より可撓性にする。ＩｇＧ３中の伸張したヒンジは、他のサブクラスと比較して高い分子量の原因である。ＩｇＧ４のヒンジ領域は、ＩｇＧ１のヒンジ領域よりも短く、その可撓性は、ＩｇＧ１の可撓性とＩｇＧ２の可撓性との中間である。このヒンジ領域の可撓性は、ＩｇＧ３＞ＩｇＧ１＞ＩｇＧ４＞ＩｇＧ２の順序で減少すると報告されている。４つのＩｇＧサブクラスはまた、そのエフェクター機能に関して互いに異なる。この差異は、構造の差異（可変領域と、Ｆａｂフラグメントと、定常Ｆｃフラグメントとの間の相互作用に関するものを含む）に関連する。
【０１１２】
結晶学的研究に従って、免疫グロブリンヒンジ領域は、３つの領域（上部ヒンジ領域、コア領域、および下部ヒンジ領域）へと機能的にさらに細分され得る。Ｓｈｉｎら、１９９２、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  １３０：８７。上部ヒンジ領域は、ＣＨ１のカルボキシル末端から、ヒンジ中の動作を制限する第一残基（一般的には、２つの重鎖の間で鎖内ジスルフィド結合を形成する第一システイン残基）までのアミノ酸が挙げれられる。上部ヒンジ領域の長さは、その抗体のセグメント可撓性と相関する。コアヒンジ領域は、重鎖ジスルフィド架橋を含み、下部ヒンジ領域は、ＣＨ２ドメインのアミノ末端を接続し、ＣＨ２中の残基を含む。同書。ヒトＩｇＧ１のコアヒンジ領域は、配列Ｃｙｓ−Ｐｒｏ−Ｐｒｏ−Ｃｙｓを含み、この配列は、ジスルフィド結合形成により二量体化された場合に、中心として作用すると考えられる環状オクタペプチドを生じ、これによって、可撓性を付与する。このヒンジ領域はまた、１つ以上のグリコシル化部位を含み得、これらの部位は、糖質付着のための多数の構造的に別個の型の部位を含む。例えば、ＩｇＡ１は、通常は、ヒンジ領域の１７アミノ酸セグメント内に５つのグリコシル化部位を含み、腸プロテアーゼに対するヒンジ領域ポリペプチドの抵抗性を付与する。これは、分泌免疫グロブリンにとっての有利な特性であると考えられる。
【０１１３】
免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチド配列の構造および可撓性により許容される立体構造変化はまた、抗体のＦｃ部分のエフェクター機能に影響を与え得る。Ｆｃ領域に関連するエフェクター機能の３つの一般的なカテゴリーとしては、（１）古典的補体カスケードの活性化、（２）エフェクター細胞との相互作用、および（３）免疫グロブリンの区画化が挙げられる。種々のヒトＩｇＧサブクラスは、それらが補体を固定する相対的効力、または補体カスケードの段階を活性化して増幅する相対的効力の点で異なる。例えば、Ｋｉｒｓｃｈｆｉｎｋ，２００１，Ｉｍｍｕｊｎｏｌ．Ｒｅｖ．１８０：１７７；Ｃｈａｋｒａｂｏｒｔｉら、２０００，Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌ  １２：６０７；Ｋｏｈｌら、１９９９、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３６：８９３；Ｍａｒｓｈら、１９９９、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓ．８：５５７；Ｓｐｅｔｈら、１９９９、Ｗｉｅｎ  Ｋｌｉｎ．Ｗｏｃｈｅｎｓｃｈｒ．１１１：３７８を参照のこと。
【０１１４】
補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）は、特定の標的細胞（例えば、腫瘍細胞）の重要な除去機構であると考えられる。ＣＤＣは、互いによってカスケード様式で活性化される一連の酵素からなる一連の事象である。補体は、抗原を除去することにおいて重要な役割を有し、その４つの主要な機能：（１）局所的血管拡張；（２）免疫細胞（特に、食細胞）の攻撃（走化性）；（３）ファゴサイトーシス（オプソニン作用）のための異種生物のタグ化；および（４）膜攻撃複合体（ＭＡＣ攻撃）による侵入生物の破壊を伴う。その中心的分子は、Ｃ３タンパク質である。これは、古典的経路または第二経路のうちのいずれかの成分によって２つのフラグメントへと分割される、酵素である。抗体（特に、ＩｇＧ抗体およびＩｇＭ抗体）は、古典的経路を誘導し、一方、第二経路は、細菌生成物（リポ多糖類（ＬＰＳ）など）によって非特異的に刺激される。簡単に述べると、Ｃ３分割の生成物は、食細胞免疫細胞に対して走化性であり、かつＣ５からのＣ５ａフラグメントの放出を引き起こすことによって局所的血管拡張を生じる、小さいペプチドＣ３ａを含む。Ｃ３の他の部分であるＣ３ｂは、異種生物の表面上にある抗原をコートして、その生物を破壊するためにオプソニン化するように作用する。Ｃ３ｂはまた、補体系の他の成分と反応して、Ｃ５ｂ、Ｃ６、Ｃ７，Ｃ８、およびＣ９からなるＭＡＣを形成する。
【０１１５】
一般的に、ＩｇＧ１およびＩｇＧ３は、補体を最も効果的に固定し、ＩｇＧ２は、それよりも有効ではなく、ＩｇＧ４は、補体を活性化しない。補体活性化は、Ｃ１ｑ（カスケードにおける第一成分Ｃ１のサブユニット）と抗原−抗体複合体との結合によって開始される。Ｃ１ｑの結合部位は、抗体のＣＨ２ドメイン中に位置するが、ヒンジ領域は、抗体がカスケードを活性化する能力に影響を与える。例えば、ヒンジ領域を欠く組換え免疫グロブリンは、補体を活性化できないと報告されている。Ｓｈｉｎら、１９９２。ヒンジ領域により付与される可撓性がない場合には、抗原に結合した抗体のＦａｂ部分は、Ｃ１ｑがＣＨ２に結合することを可能にするために必要な立体構造を採用することができないかもしれない。同書を参照のこと。ヒンジの長さおよびセグメントの可撓性は、補体活性化と相関すると報告されている。しかし、この相関関係は、絶対的ではない。例えばＩｇＧ４と同程度に剛直である改変型ヒンジ領域を有するヒトＩｇＧ３分子は、依然として、このカスケードを有効に活性化し得る。
【０１１６】
これらの抗体、結合部分もしくはそのフラグメント、ヒンジ部分もしくはそのフラグメント、およびエフェクター領域もしくはその部分は、すべて、本発明の構築物において有用である。
【０１１７】
用語「可変」とは、抗体の可変ドメインとの関連では、その可変ドメインの特定部分が、抗体の間で配列が広範に異なり、各々の特定の抗体のその特定の抗原に対する結合および特異性において使用されるという、事実を指す。しかし、この可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたって均一に分布するわけではない。この可変性は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる３つのセグメント（軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインの両方において超可変領域としても公知である）において集中している。ＣＤＲを決定するための少なくとも２つの技術：（１）種間配列変動性に基づくアプローチ（すなわち、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  ｉｎｔｅｒｅｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．１９８７））；および（２）抗原−抗体複合体の結晶学的研究に基づくアプローチ（Ｃｈｏｔｈｉａ，Ｃ．ら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ  ３４２：８７７）が、存在する。本出願人らの抗ＩｇＥ抗体に関して、特定のＣＤＲが、ＫａｂａｔらのアプローチとＣｈｏｔｈｉａらのアプローチとを組み合わせることによって定義された。可変ドメインのより高度に保存された領域は、フレームワーク（ＦＲ）と呼ばれる。ネイティブ重鎖の可変ドメインおよびネイティブ軽鎖の可変ドメインは、各々、４つのＦＲ領域（これらは主にβ−シート構成を採る）を含み、これらは、３つのＣＤＲ（これは、上記β−シート構造を接続するループを形成し、ある場合にはβ−シート構造の一部を形成するループを形成する）によって接続されている。各鎖におけるＣＤＲは、ＦＲ領域によって近接した状態で一緒に保持され、他の鎖からのＣＤＲとともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔらを参照のこと）。定常ドメインは、抗原に対して抗体を結合させることに直接は関与しないが、種々のエフェクター機能（例えば、抗体依存性細胞傷害における抗体の関与）を示す。
【０１１８】
用語「抗体フラグメント」とは、全長抗体の一部を指し、抗原結合領域または可変領域を含む。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、およびＦｖフラグメントが挙げられる。抗体のパパイン消化は、２つの同じ抗原結合フラグメント（Ｆａｂと呼ばれ、その各々は、１つの抗原結合部位を有する）と、残りの「Ｆｃフラグメント」（容易に結晶化する能力のためにこのように呼ばれる）とを生じる。ペプシン処理は、抗原を架橋することが可能な２つの抗原結合フラグメントを有するＦ（ａｂ’）２フラグメントと、残りの他のフラグメント（これは、ｐＦｃ’と呼ばれる）とを生じる。さらなるフラグメントとしては、二重特異性抗体（ｄｈｉａｂｏｄｙ）、直鎖状（ｌｉｎｅａｒ）抗体、単鎖抗体分子、および抗体フラグメントから形成された多重特異的抗体が挙げられる。本明細書中で使用される場合、抗体に関する「結合フラグメント」とは、Ｆｖフラグメント、Ｆ（ａｂ）フラグメント、およびＦ（ａｂ’）２フラグメント、ならびにそれらの機能的変異体およびアナログを指す。
【０１１９】
Ｆａｂフラグメント（Ｆ（ａｂ）’とも呼ばれる）はまた、軽鎖の定常ドメイン、および重鎖の第一定常ドメイン（ＣＨ）を含む。Ｆａｂ’フラグメントは、重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシル末端に少数の残基（抗体ヒンジ領域Ｆａｂ’−ＳＨに由来する１つ以上のシステインを含む）が付加していることによってＦａｂフラグメントと異なり、これが、定常ドメインのシステイン残基が遊離チオール基を有するＦａｂ’についての本明細書中での表示である。Ｆ（ａｂ’）フラグメントは、Ｆ（ａｂ’）２ペプシン消化産物のヒンジシステインにおけるジスルフィド結合の切断によって生成される。抗体フラグメントのさらなる化学的カップリングは、当業者にとって公知である。
【０１２０】
任意の脊椎動物種に由来する抗体（免疫グロブリン）の軽鎖が、その定常ドメインのアミノ配列に基づいて、２つの明確に別個の型（カッパ（κ）およびラムダ（λ）と呼ばれる）のうちの１つに割り当てられ得る。
【０１２１】
用語「モノクローナル抗体」とは、本明細書中で使用される場合、実質的に抗体の集団（すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る天然に存在し得る変異以外は同じである）から得られた抗体を指す。モノクローナル抗体は、例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５（１９７５）により最初に記載されたハイブリドーマ方法によって作製され得るか、または組換え方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される）によって作製され得る。モノクローナル抗体はまた、Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４〜６２８（１９９１）に記載される技術ならびにＭａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１〜５９７（１９９１）に記載される技術を使用して、ファージ抗体ライブラリーから単離され得る。
【０１２２】
本明細書中のモノクローナル抗体としては、具体的には、ヒトにおいて免疫原性が少なくなるように任意の手段によって改変された、モノクローナル抗体もしくは組換え抗体またはそれらのフラグメントが挙げられる。
【０１２３】
従って、例えば、本明細書中のモノクローナル抗体／フラグメントは、具体的には、「キメラ」抗体および「ヒト化」抗体を包含する。一般的には、キメラ抗体において、重鎖および／または軽鎖の一部は、特定の種に由来する抗体における対応する配列または特定の抗体クラスもしくは抗体サブクラスに属する抗体における対応する配列と、同じであるかもしくは相同であり、一方、その鎖の残りは、別の種に由来する抗体または別の抗体クラスもしくは抗体サブクラスに属する抗体ならびにそのような抗体のフラグメント（それらが望ましい生物学的活性を示す限り）における対応する配列と、同じであるかもしくは相同である（米国特許第４，８１６，５６７号）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８１：６８５１〜６８５５（１９８４）。
【０１２４】
非ヒト（例えば、マウス）抗体もしくはフラグメントの「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含む、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメント（例えば、Ｆｖフラグメント、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、もしくは抗体の他の抗原結合部分配列）である。ほとんどの部分について、ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）に由来する残基が、望ましい特異性、親和性、および能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）（例えば、マウス、ラット、もしくはウサギ）のＣＤＲに由来する残基によって置換されている、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ある場合において、対応する非ヒト残基は、そのヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基を置換する。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体中においても移入されたＣＤＲ配列においてもフレームワーク配列においても見出されない残基を含み得る。これらの改変は、抗体の性能をさらに調整して最適化するためになされる。一般的には、このヒト化抗体は、少なくとも１個、代表的には２個の可変ドメインのうちの実質的にすべてを含み、そのＣＤＲ領域のうちのすべてもしくは実質的にすべては、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、そのＦＲ領域のうちのすべてもしくは実質的にすべては、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。さらなる詳細について、例えば、Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｅｉｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３〜３２９（１９８８）およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３〜５９６（１９９２）を参照のこと。
【０１２５】
「単鎖Ｆｖ」抗体フラグメントまたは「ｓｃＦｖ」抗体フラグメントは、単一のポリペプチド鎖中に存在する抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み得る。そのｓｃＦｖポリペプチドは、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間に、抗原結合のための望ましい構造をｓｃＦｖが形成することを可能にするポリペプチドリンカーをさらに含み得る。
【０１２６】
用語「二重特異性抗体（ディアボディ）（ｄｉａｂｏｄｙ）」とは、２つの抗原結合部位を有する小さい抗体フラグメントを含み、そのフラグメントは、同じポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）中において軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。例えば、リンカーを使用せずに、または短すぎて同じ鎖における２つのドメイン間で対形成が可能ではないリンカーを使用することによって、それらのドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対形成して２つの抗原結合部位を生成するようにされえる。二重特異性抗体（ｄｉａｂｏｄｙ）は、例えば、ＥＰ  ４０４，０９７；ＷＯ  ９３／１１１６１；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４〜６４４８（１９９３）において、より充分記載されている。
【０１２７】
本明細書中で使用される場合、本明細書中で現われる免疫グロブリンアミノ酸残基のすべての番号付けは、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｅｓ  ｏｆ  Ｐｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．１９８７）の免疫グロブリンアミノ酸残基番号付けシステムに従ってなされる。
【０１２８】
一般的に、用語「生物学的に活性な」とは、天然に存在する分子の機能（例えば、構造、調節、または生物学的機能）を有するタンパク質を指す。その機能的活性は、その天然に存在する分子よりも小さくても、大きくても、またはほぼ同じであってもよい。本発明の治療適用において、用語「生物学的に活性な」とは、分子が、疾患または障害に罹患している動物に正の意味で影響を与える活性、および／または病原体または寄生生物に負の意味で影響を与える活性を有することを示す。従って、生物学的に活性な分子は、病原体もしくは寄生生物の増殖および／もしくは維持に対して、または異常な増殖もしくは生物学的特徴（例えば、癌細胞または炎症）を有する動物の細胞、組織、もしくは器官の増殖および／もしくは維持に対して有害である、動物における生物学的活性もしくは生化学的活性を引き起こし得るかもしくは促進し得る。
【０１２９】
本発明の予防適用に関連して、用語「生物学的に活性な」とは、分子が、免疫反応性応答または他の望ましい応答（例えば、抗プロテアーゼ応答）を誘導もしくは刺激するために使用され得ることを示す。いくつかの好ましい実施形態において、その免疫反応性応答または他の応答は、予防的であるように設計される。他の好ましい実施形態において、その免疫反応性応答または他の応答は、動物の免疫系または他の系（例えば、プロテアーゼ系）が、異常な増殖または異常な生化学的特徴を有する動物の細胞（例えば、癌細胞）の障害に対して反応することを引き起こすように設計される。
【０１３０】
用語「結合構築物」および「結合ドメイン融合タンパク質構築物」とは、本明細書中で使用される場合、例えば、標的（例えば、抗原）に結合可能な操作された構築物（ポリペプチド、組換えポリペプチド、合成融合タンパク質、半合成融合タンパク質、または他の融合タンパク質が挙げられる）を指し得る。１つ以上の非ペプチド配列もまた、例えば、接続領域として含まれ得る。
【０１３１】
「細胞」とは、本発明の目的（結合ドメイン融合タンパク質の製造が挙げられるが、これらに限定されない）のために適切な任意の生存細胞を意味する。細胞としては、真核生物細胞および原核生物細胞が挙げられる。好ましい真核生物細胞としては、脊椎動物細胞（例えば、哺乳動物細胞（例えば、ヒト細胞、マウス細胞、ヒツジ細胞、ブタ細胞、ウマ細胞、イヌ細胞、およびネコ細胞）、鳥類細胞、魚類細胞）、および無脊椎動物細胞（例えば、昆虫細胞）および酵母細胞が挙げられる。好ましい原核生物細胞は、細菌細胞である。
【０１３２】
用語「組成物」とは、本明細書中で使用されル場合、特定の量もしくは他の量で１つ以上の特定成分を含む生成物、ならびにそのような特定の量もしくは他の量であるその特定成分の組み合わせから直接的もしくは間接的に生じる任意の生成物を包含することが、意図される。
【０１３３】
「化合物」は、分子であり、これには、例えば、低分子、タンパク質、糖質、および脂質が挙げられる。
【０１３４】
タンパク質と「相互作用することが公知である化合物」とは、タンパク質または他の標的と相互作用するとして同定されている、化合物を意味する。
【０１３５】
用語「保存的置換」とは、ポリペプチドを記載する場合、そのポリペプチドの活性を実質的に変化させないそのポリペプチドのアミノ酸組成変化（すなわち、類似する特性を有する他のアミノ酸によるあるアミノ酸の置換）を指す。機能的に類似するアミノ酸を提供する保存的置換の表は、当該分野で周知である。以下の６つのグループは、各々が、互いに対して保存的置換を示すことが一般的に理解されているアミノ酸を含む：（１）アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）；（２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；（３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；（４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；（５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；および（６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）（また、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，１９８４，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙを参照のこと）。
【０１３６】
上記に定義された保存的置換に加えて、アミノ酸残基の他の改変もまた、「保存的に改変された改変体」を生じ得る。例えば、すべての荷電アミノ酸は、それらが正であろうと負であろうと、互いに対する置換としてとして見なされ得る。さらに、保存的に改変された改変体はまた、コードされる配列中の単一のアミノ酸もしくは小さい割合のアミノ酸（例えば、５％未満）を可変、付加、もしくは欠失させる個々の置換、欠失、もしくは付加から生じ得る。さらに、保存的に改変された改変体は、ネイティブ遺伝子もしくは野生型遺伝子によって使用されるアミノ酸のコドンを、同じアミノ酸の別のコドンで置換することによって、組換えポリペプチドから作製され得る。
【０１３７】
用語「制御エレメント」または「調節配列」としては、エンハンサー、プロモーター、転写終結因子、複製起点、染色体組込み配列、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域が挙げられ、それらのポリペプチドまたは他の生体分子が、それらと相互作用して転写および翻訳を実行する。真核生物細胞について、制御配列は、一般的には、プロモーター、好ましくはエンハンサー（例えば、免疫グロブリン遺伝子、ＳＶ４０、サイトメガロウイルス、およびポリアデニル化配列に由来する）を包含し、そしてスプライスドナー配列およびスプライスアクセプター配列を含み得る。利用されるベクター系および宿主に依存して、多数の適切な転写エレメントおよび翻訳エレメント（構成的プロモーターおよび誘導性プロモーターが挙げられる）が、使用され得る。結合ドメイン融合タンパク質に言及する場合、結合ドメイン融合タンパク質コード配列に天然で関連するプロモーター以外のプロモーターは、「異種」プロモーターと呼ばれ得る。
【０１３８】
「欠失」とは、１つ以上のアミノ酸残基もしくはヌクレオチドの不在に起因する、アミノ酸配列もしくはヌクレオチド配列における変化を指す。用語「挿入」または「付加」とは、参照配列（例えば、天然に存在する分子において見出される配列）と比較した、１つ以上のアミノ酸残基もしくはヌクレオチドの、それぞれ分子もしくはその表示に対する付加を生じる、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列における変化を指す。「置換」とは、１つ以上のアミノ酸またはヌクレオチドの、それぞれ別のアミノ酸またはヌクレオチドによる置換を指す。
【０１３９】
本明細書中で使用される場合、用語「誘導体」とは、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、または他の分子の化学的可変を包含する。本発明に関して、「誘導体ポリペプチド」とは、例えば、グリコシル化、ペグ化、または同様の任意のプロセスによって改変されたものが、結合ドメイン融合タンパク質の活性を保持する。例えば、用語、結合ドメイン融合タンパク質の「誘導体」としては、例えば、１つ以上のポリエチレングリコール分子、糖、ホスフェート、および／または他のそのような分子（その分子は、野生型結合ドメイン融合タンパク質に天然では結合していない）の付加によって化学的に改変された、結合ドメイン融合タンパク質、改変体、またはフラグメントが挙げられる。ポリペプチドの「誘導体」は、参照ポリペプチドと比較して例えばアミノ酸の置換、欠失、もしくは挿入を有することによって参照ポリペプチドから「誘導」されている、ポリペプチドをさらに包含する。従って、ポリペプチドは、野生型ポリペプチドまたは他の任意のポリペプチドから「誘導」され得る。本明細書中で使用される場合、化合物（ポリペプチドを含む）はまた、特定の供給源（例えば、特定の生物、組織型）から、または特定の生物もしくは特定の組織型に存在する特定のポリペプチド、核酸、もしくは他の化合物から、「誘導」され得る。
【０１４０】
本明細書中で使用される場合、「検出可能な標識」は、当該分野における通常の意味を有し、これは、分子の存在を検出（例えば、物理的特性、化学的特性、もしくは光学的特性に起因する）するため、それを示すため、またはそれが共有結合もしくは他の方法で会合している別の分子の結合を可能にするために、使用されるかまたは使用され得る。用語「標識」はまた、検出可能な原子、分子、または複合体を生じるように基質に対して作用する、共有結合した分子または他の方法で会合している分子（例えば、酵素などの生体分子）を指す。本発明において使用するために適切な検出可能な標識としては、例えば、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、電子的手段、光学的手段、化学的手段、または他の手段によって検出可能な、任意の組成物が挙げられる。
【０１４１】
「障害」とは、本明細書中に記載される分子または組成物による処置から恩恵を受ける任意の状態である。これには、慢性障害もしくは慢性疾患、および急性障害もしくは急性疾患（哺乳動物を対象障害にかかりやすくする病理学的状態を含む）が挙げられる。
【０１４２】
用語「エピトープ」は、抗体もしくはその結合部分または他の結合分子（例えば、ｓｃＦｖ）におって認識される、抗原上の部位もしくは抗原性分子上の部位についてのその通常の意味を有する。エピトープは、アミノ酸の分子もしくはセグメント（タンパク質全体またはポリペプチド全体の小さい部分を示すセグメントを含む）であり得る。エピトープは、立体構造的（すなわち、不連続的）であり得る。すなわち、これらは、タンパク質のフォールディングにより並列された一次配列の不連続部分によってコードされるアミノ酸から形成され得る。
【０１４３】
用語「融合タンパク質」とは、１つのアミノ酸配列中で直接的もしくは間接的に一緒に融合もしくは他の方法で連結された、２つ（またはそれ以上）の別個のポリペプチドから構成された複合ポリペプチド（すなわち、１つの連続的アミノ酸配列）を指す。一般的には、それらの分子は、直接連結される。しかし、それらの分子は、その融合物の全体的機能および／または活性が望ましくないように有害に影響を受けない場合には、間接的に（例えば、別の配列もしくは分子によって）連結され得る。従って、例えば、融合タンパク質は、２つの全体的に別個のアミノ酸配列を含む１つのアミノ酸配列、または天然で見出される１つのアミノ酸配列において通常は同じ構成で一緒には見出されない２つの類似するかもしくは同じポリペプチド配列を含む１つのアミノ酸配列を包含し得る。融合タンパク質は、組換え核酸方法（すなわち、組換え遺伝子融合産物の転写および翻訳の結果として）（その融合物は、本発明のポリペプチドをコードするセグメントと、異種ポリペプチドをコードするセグメントとを含む）を使用して、または当該分野で周知である化学的合成方法によってかのいずれかによって、調製され得る。
【０１４４】
本明細書中に記載される結合ドメインポリペプチドに関する「高親和性」とは、会合定数（Ｋａ）が少なくとも約１０６Ｍ−１、好ましくは少なくとも約１０８Ｍ−１、より好ましくは少なくとも約１０９Ｍ−１以上、より好ましくは少なくとも約１０１０Ｍ−１以上（例えは、１０１２Ｍ−１以上）であることを指す。しかし、「高親和性」結合は、他の結合ドメインポリペプチドについて変化し得る。
【０１４５】
「ハイブリダイゼーション」とは、一本鎖核酸分子、その部分、または他の部分が二本鎖核酸分子の一本鎖領域が、相補的な一本鎖核酸分子、その部分、または他の部分が二本鎖核酸分子の一本鎖領域と、塩基対形成を介して結合する、任意のプロセスを指す。ハイブリダイゼーションは、両方の核酸分子が溶液中にある場合、または溶液中にある一方の拡散分子と、固体支持体（例えば、紙、膜、フィルター、チップ、ピン、スライドガラス、または核酸が固定され得る他の任意の基材）上に固定された別の核酸分子との間で、実施され得る。
【０１４６】
用語「免疫原」および「免疫原性」とは、当該分野における通常の意味を有する。すなわち、免疫原は、ヒトまたは動物中に導入された際に適応免疫応答を惹起し得る分子（例えば、ポリペプチドまたは他の抗原）である。
【０１４７】
「単離された」分子（例えば、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド）とは、その本来の環境から外側に存在するかまたはその本来の環境（例えば、それが天然で存在する場合の天然環境）から取り出されている、分子を指す。例えば、生存動物中に存在する天然に存在するポリヌクレオチドもしくはポリペプチドは、単離されてはいないが、天然の系において共存する物質（例えば、タンパク質、脂質、糖質、核酸）のうちのいくらかもしくはすべてから分離されている同じポリヌクレオチドもしくはポリペプチドは、単離されている。そのようなポリヌクレオチドは、ベクターの一部であり得、そして／またはそのようなポリヌクレオチドもしくはポリペプチドは、組成物の一部であり得、そのようなベクターまたは組成物がその天然環境の一部ではないという点で、依然として単離されている。
【０１４８】
処置のための「哺乳動物」とは、哺乳動物として分類される任意の動物（ヒト、家畜動物および農場動物、非ヒト霊長類、および動物園の動物、スポーツ動物、またはペット動物（例えば、イヌ、ウマ、ネコ、ウシなど））を指す。
【０１４９】
用語「調節する」とは、生物学的活性における変化を指す。例えば、調節は、触媒速度の増加もしくは減少、基質結合特徴、発現の増加もしくは減少などを含み得る。調節は、例えば、そのタンパク質との共有結合的相互作用もしくは非共有結合的相互作用によって生じ得、生物学的活性の増加もしくは減少を含み得る。「調節因子」とは、タンパク質の活性における変化（増加もしくは減少）を引き起こす化合物を包含し、例えば、代表的には、リガンド（ペプチド分子、ポリペプチド分子、または低分子（例えば、アゴニストもしくはアンタゴニスト））である。調節因子は、例えば、タンパク質と相互作用して活性の増加もしくは減少を引き起こすことによって、直接的に作用し得る。調節因子はまた、例えば、そのタンパク質の活性の増加もしくは減少を引き起こす別の分子の作用を妨害（すなわち、アンタゴナイズもしくはブロック）することによって、間接的に作用し得る。用語「調節因子」および目的分子の「調節」とは、その種々の形態にて本明細書中で使用される場合、目的とするプロテアーゼに関連する活性の拮抗作用、アゴニズム、部分的拮抗作用、よび／または部分的アゴニズムを包含することが意図される。種々の実施形態において、「調節因子」は、プロテアーゼの発現または活性を阻害もしくは刺激し得る。そのような調節因子としては、プロテアーゼ分子の低分子アゴニストおよびプロテアーゼ分子の低分子アンタゴニスト、アンチセンス分子、リボザイム、三重分子、およびＲＮＡｉポリヌクレオチドなどが挙げられる。
【０１５０】
句「核酸」、「核酸分子」などとは、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、またはそれらの任意のフラグメントを指す。これらの句はまた、細胞起源もしくは合成起源の、一本鎖もしくは二本鎖の、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを指す。この文脈において、「フラグメント」とは、翻訳された場合に天然に存在するポリペプチドのいくつかの機能的特徴（例えば、抗原性または構造ドメイン）を保持するポリペプチドを生成する、核酸分子を指す。本明細書中で使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドを包含する。
【０１５１】
用語「作動可能に結合している」および「作動可能に連結されている」とは、機能的に関連する核酸分子を指す。例えば、プロモーターは、そのプロモーターが適切な宿主細胞もしくは他の発現系中におけるコードポリペプチドの転写および／または翻訳の制御を補助する場合に、そのコード配列に作動可能に結合しているかまたは作動可能に連結されている。作動可能に結合している核酸分子または作動可能に連結されている核酸分子は、連続的であり得かつ同じリーディングフレーム中に存在し得るが、特定の遺伝子エレメントは、発現されるべきポリペプチドをコードする核酸に連続的に連結されている必要はない。例えば、エンハンサーは、それらが転写を増強するコード配列に近接して位置する必要はない。
【０１５２】
句「同一性パーセント（％）」とは、２つ以上のアミノ酸配列の比較において見出される配列類似性のパーセンテージを指す。同一性パーセントは、適切な任意のソフトウェアを使用して電子的に決定され得る。同様に、２つのポリペプチド（またはそれらのうちのいずれかもしくは両方の１つ以上の部分）の間での「類似性」は、あるポリペプチドのアミノ酸配列を、第二のポリペプチドのアミノ酸配列と比較することによって決定される。そのような比較のために有用な適切な任意のアルゴリズムが、本発明の状況における適用のために適合され得る。
【０１５３】
「薬学的に受容可能な」によって、例えば、処方物の他の成分と適合性でありかつそのレシピエントに対して投与するために一般的には安全である、キャリア、希釈剤、または賦形剤が意味される。
【０１５４】
用語「ポリペプチド」は、本明細書中では用語「タンパク質」と互換可能に使用され、アミド結合により連結されたアミノ酸残基（その合成アナログ、天然に存在するアナログ、および天然存在しないアナログ（アミノ酸および結合）を含む）から構成されるポリマーを指す。ペプチドは、ポリペプチドの例である。
【０１５５】
「ポリヌクレオチド」とは、複数のヌクレオチドを意味する。従って、用語「ヌクレオチド配列」または「核酸」または「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、互換可能に使用され、これらは、ヌクレオチドのヘテロポリマー、またはこれらのヌクレオチドの配列を指す。これらの句はまた、一本鎖であっても二本鎖であってもよくかつセンス鎖またはアンチセンス鎖を示し得る、ゲノム起源もしくは合成起源のＤＮＡもしくはＲＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、または任意のＤＮＡ様物質もしくはＲＮＡ様物質を指す。そのポリヌクレオチドがＲＮＡである場合に、本明細書中に提供される配列中のＴ（チミン）は、Ｕ（ウラシル）で置換されることが、企図される。ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリペプチドフラグメントをコードするポリヌクレオチド、またはポリペプチド改変体をコードするポリヌクレオチドとは、天然で見出されるポリペプチドの成熟形態；天然で見出されるポリペプチドの成熟形態＋さらなるコード配列（例えば、リーダー配列もしくはシグナル配列もしくはプロタンパク質配列）；上記のうちのいずれか＋非コード配列（例えば、イントロン、もしくは天然で見出されるポリペプチドの成熟形態のコード配列の５’側および／または３’側にある非コード配列）；天然で見出されるポリペプチドの成熟形態のフラグメント；および天然で見出されるポリペプチドの成熟形態の改変体；をコードするポリヌクレオチドを指す。従って、句「結合ドメイン融合タンパク質コードポリヌクレオチド」などは、望ましい結合ドメイン融合タンパク質、フラグメント、もしくは改変体のコード配列のみを含むポリヌクレオチド；ならびにさらなるコード配列および／もしくは非コード配列を含むポリヌクレオチド；を包含する。
【０１５６】
一般的には、用語「タンパク質」とは、あるアミノ酸（もしくはアミノ酸残基）のα−炭素に結合したカルボン酸基のカルボキシル炭素原子が、隣接するアミノ酸のα−炭素に結合しているアミノ基のアミノ窒素原子に共有結合している場合に生じるような、ペプチド結合を介して連結された２つ以上の個々のアミノ酸（天然に存在しようと、天然で存在しないものであろうと）の任意のポリマーを指す。これらのペプチド結合およびそれを構成する原子（すなわち、α−炭素原子、カルボシル炭素原子（およびその置換基酸素原子）ならびにアミノ窒素原子（およびその置換基水素原子））は、そのタンパク質の「ポリペプチド骨格」を形成する。さらに、本明細書中で使用される場合、用語「タンパク質」は、用語「ポリペプチド」および「ペプチド」（これらは、時には、本明細書においては互換可能に使用され得る）を包含することが理解される。同様に、タンパク質フラグメント、アナログ、誘導体、および改変体は、本明細書中で「タンパク質」と呼ばれ得、これは、そうではないと示されない限りは、「タンパク質」であると見なされるべきである。用語タンパク質の「フラグメント」とは、そのタンパク質のアミノ酸残基のうちのすべてよりも少ないアミノ酸残基を含むポリペプチドを指す。認識されるように、タンパク質の「フラグメント」は、アミノ末端、カルボキシ末端、および／または内部（例えば、天然のスプライシングによる）において短縮されたタンパク質の形態であり得、これはまた、改変体および／または誘導体であり得る。タンパク質の「ドメイン」はまた、フラグメントであり、これは、天然に存在するタンパク質に対応する生物学的活性を付与するために必要なタンパク質のアミノ酸残基を包含する。
【０１５７】
「改変体」または「アナログ」とは、参照タンパク質（例えば、そのタンパク質の天然に存在する形態）に関連する１つ以上のアミノ酸によって（例えば、１つ以上のアミノ酸の置換、欠失、および／または挿入によって）改変された、タンパク質を指す。改変体またはアナログは、「保存的」変化を有し得、置換されるアミノ酸は、類似する構造的特性または化学的特性を有する（例えば、イソロイシンによるロイシンの置換）。あるいは、改変体またはアナログは、１つ以上の「非保存的」変化を有し得る（例えば、トリプトファンによるグリシンの置換）。他の改変は、アミノ酸の欠失もしくは挿入、またはその両方を含む。そのような改変体およびアナログは、対応する核酸分子／改変体から調製され得、これは、例えば、結合ドメイン融合タンパク質構築物のヌクレオチド配列から相応に変化するヌクレオチド配列を有する。
【０１５８】
用語「アナログ」とは、本明細書中で使用される場合、それらがアナログである化合物（すなわち、「親」化合物）と一般的には構造的に類似する化合物を指す。一般的に、アナログは、親化合物の特定の特徴（例えば、生物学的活性または薬理学的活性）を保持する。アナログは、他のそれ程望ましくはない特徴（例えば、抗原性、タンパク質分解不安定性、毒性など）を欠き得る。アナログは、親の特定の生物学的活性が低減されており、同時にその親の１つ以上の別個の生物学的活性がその「アナログ」においては影響を受けない、化合物を包含する。ポリペプチドに対して適用される場合、用語「アナログ」とは、親化合物に対する種々の範囲のアミノ酸配列同一性（例えば、所定のアミノ酸配列におけるアミンの酸のつい少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％〜８５％、もしくは８６％〜８９％、なおより好ましくは少なくとも約９０％、約９２％、約９４％、約９６％、約９８％、もしくは約９９％）を有し得る。ポリペプチドに対して適用される場合、用語「アナログ」とは、一般的には、結合ドメイン融合タンパク質の少なくとも一部に対して実質的同一性を有する少なくとも約３アミノ酸のセグメントから構成される、ポリペプチドを指す。アナログは、代表的には、少なくとも５アミノ酸長、少なくとも２アミノ酸長、少なくとも５０アミノ酸長、少なくとも１００アミノ酸長、少なくとも１５０アミノ酸長、少なくとも２００アミノ酸長、より代表的には１５０アミノ酸長、少なくｖとも２００アミノ酸長、より代表的には、少なくとも２５０アミノ酸長、およびそれ以上である。いくつかのアナログは、実質的な生物学的活性を欠如し得るが、依然として、種々の使用のため（例えば、所定のエピトープに対する抗体を惹起するため；反応性抗体を検出しかつ／またはその反応性抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製するための免疫学的試薬として；あるいは結合ドメイン融合タンパク質融合物の競合的もしくは非競合的な、アゴニスト、アンタゴニスト、もしくは部分アゴニストとして）使用され得る。
【０１５９】
そうではないと示されない限りは、タンパク質のアミノ酸配列（すなわち、その「一次構造」または「一次配列」）は、アミノ末端からカルボキシ末端へと記載される。非生物学的系（例えば、固体状態合成を使用する系）において、タンパク質の一次構造（これはまた、ジスルフィド（システイン）結合の位置を含む）は、使用者によって決定され得る。
【０１６０】
用語「プロテイナーゼ」および「プロテアーゼ」は、本明細書において互換可能に使用される。プロテイナーゼは、標的タンパク質配列を、例えば、ポリペプチドの１つ以上のアミド結合の破壊を介して、またはその標的タンパク質から１つ以上のアミノ酸を除去する任意の他の様式を介して、分解可能である。
【０１６１】
用語「プロテイナーゼインヒビター」および「プロテアーゼインヒビター」は、本明細書において互換可能に使用され、これには、プロテイナーゼまたはプロテアーゼの活性に影響を与えるかもしくはその活性を調節する因子（タンパク質様因子もしくは非タンパク質様因子が挙げられる）が挙げられる。
【０１６２】
用語「組換え」とは、インビトロで合成もしくは他の方法で操作されたポリヌクレオチド（例えば、「組換えポリヌクレオチド」）、細胞もしくは他の生物学的系において遺伝子産物を生成するために組換えポリヌクレオチドを使用する方法、または組換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド（「組換えタンパク質」）を指す。従って、「組換え」ポリヌクレオチドは、その生成方法またはその構造のうちのいずれかにより定義される。その生成方法に関して、そのプロセスは、組換え核酸技術（例えば、ヌクレオチド配列中へのヒトの介入（代表的には、選択または生成）を含む）の使用を指す。あるいは、これは、互いに対して天然では連続しない２つ以上のフラグメントの融合物を含む配列を作製することによって作製された、ポリヌクレオチドであり得る。従って、例えば、天然に存在しない任意のベクターで細胞を形質転換することによって作製された生成物が、包含され、同様に、任意の合成オリゴヌクレオチドプロセスを使用して誘導された配列を含むポリヌクレオチドも包含される。同様に、「組換え」ポリペプチドは、組換えポリヌクレオチドから発現されたポリペプチドである。
【０１６３】
「組換え宿主細胞」は、ベクター（例えば、クローニングベクターもしくは発現ベクター）を含む細胞、または目的のタンパク質を発現するために組換え技術により他の方法で操作された細胞を包含する。
【０１６４】
「低分子」は、約５，０００ダルトン未満の分子量を一般的には有する有機分子を包含する。低分子は、天然に存在するものであっても、合成であってもよい。低分子としては、例えば、有機プロテアーゼインヒビターが挙げられる。
【０１６５】
句「具体的に免疫反応性」または「具体的に結合する」とは、抗体または他の結合分子と、タンパク質またはポリペプチドまたはエピトープとの間での相互作用に言及する場合には、目的の標的を認識してその標的に対して高親和性で検出可能に結合する、抗体または他の結合分子を指す。好ましくは、指定された条件または望ましい条件の下では、特定の抗体または結合分子は、特定のポリペプチド、タンパク質、もしくはエピトープに結合し、そしてサンプル中に存在する他の分子には対しては有意な量もしくは望ましくない量では結合しない（すなわち、非標的抗原および／もしくはエピトープと望ましくないようには交差反応しない）。種々の免疫アッセイ形式が、特定のポリペプチドと免疫反応性でありかつ望ましい特異性を有する、抗体または他の結合分子を選択するために使用され得る。例えば、固相ＥＬＩＳＡ免疫アッセイが、望ましい免疫反応性および特異性を有するモノクローナル抗体を選択するために、慣用的に使用される。Ｈａｒｌｏｗ，１９９８，ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（本明細書中で以後は「Ｈａｒｌｏｗ」）を、免疫反応性および特異性を決定もしくは評価するために使用され得る免疫アッセイ形式および条件の説明について参照すること。従って、例えば、用語「特異的結合」、「特異的に結合する」、「特異性」などは、タンパク質と調節因子（例えば、アゴニストもしくはアンタゴニスト）、抗体などとの間の、ランダムではない相互作用を指す。「選択的結合」、「選択性」などは、ある化合物が、別の分子と比較して、ある分子と相互作用する優先性を指す。好ましくは、化合物（特に、調節因子）とタンパク質との間の相互作用は、特異的かつ選択的である。
【０１６６】
用語「安定に形質転換された」とは、宿主細胞中に挿入されて、その宿主ゲノムＤＮＡの一部としてかまたは独立した分子として（例えば、染色体外に）その宿主細胞中に存在し、かつ親宿主細胞中で維持および複製されてその宿主細胞の連続する世代に伝わるようになっている、核酸分子を指す。
【０１６７】
用語「ストリンジェントな条件」とは、ポリヌクレオチド間でのハイブリダイゼーションを可能にする条件を指す。ストリンジェントな条件は、塩濃度、有機溶媒（例えば、ホルムアミド）濃度、温度、および当該分野で周知である他の条件によって規定され得る。特に、ストリンジェンシーは、塩濃度を減少すること、有機溶媒（ホルムアミド）濃度を増加すること、またはハイブリダイゼーション温度を増加することによって、増加され得る。例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常は、約７５０ｍＭ  ＮａＣｌおよび７５ｍＭクエン酸三ナトリウムよりも低く、好ましくは約５００ｍＭ  ＮａＣｌおよび５０ｍＭクエン酸三ナトリウムよりも低く、最も好ましくは約２５０ｍＭ  ＮａＣｌおよび２５ｍＭクエン酸三ナトリウムよりも低い。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーションは、有機溶媒（例えば、ホルムアミド）の非存在下で得られ得、一方、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーションは、有機溶媒（例えば、少なくとも約３５％ホルムアミド、最も好ましくは少なくとも約５０％ホルムアミド）の存在下で得られ得る。ストリンジェントな温度条件は、通常は、少なくとも約３０℃の温度、より好ましくは少なくとも約３７℃の温度、最も好ましくは少なくとも約４２℃の温度を包含する。種々のさらなるパラメーター（例えば、ハイブリダイゼーション時間、界面活性剤（例えば、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ））の濃度、およびキャリアＤＮＡを含めることもしくは排除すること）が、当業者にとって周知である。種々のレベルのストリンジェンシーが、必要な場合にこれらの種々の条件を合わせることによって達成され、これは、当業者の範囲内にある。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件はまた、標的配列の融解温度（Ｔｍ）よりも約５℃低い〜約２０℃もしくは２５℃低い範囲にある条件、およびその標的に対して性格に相補的であるかまたはほぼ正確に相補的であるプローブの条件によって、規定され得る。本明細書中で使用される場合、融解温度は、二本鎖核酸分子の集団が半分解離して一本鎖になる、温度である。核酸のＴｍを算出するための方法は、当該分野で周知である（例えば、ＢｅｒｇｅｒおよびＫｉｍｍｅｌ，１９８７，ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ，Ｖｏｌ．１５２：Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ：Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，およびＳａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｖｏｌｓ．１〜３，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙを参照のこと）。標準的参考文献によって示されるように、Ｔｍ値の簡単な推定値は、核酸が１Ｍ  ＮａＣｌにて水溶液中にある場合に、式Ｔｍ＝８１．５＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）によって算出される（例えば、ＡｎｄｅｒｓｏｎおよびＹｏｕｎｇ、「Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｆｉｌｔｅｒ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤ  ＨＹＢＲＩＤＩＺＡＴＩＯＮ（１９８５）を参照のこと）。他の参考文献は、Ｔｍの算出のために構造的特徴および配列特徴を考慮する、より洗練させ��計算を包含する。ハイブリッドの融解温度（従って、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件）は、種々の要因（例えば、プローブの長さおよび性質（ＤＮＡ、ＲＮＡ、塩基組成）、ならびに標的の性質（ＤＮＡ、ＲＮＡ、塩基組成、溶液状態で存在するかまたは固定されているかなど）、ならびに塩濃度および他の成分（例えば、ホルムアミド、硫酸デキストラン、ポリエチレングリコールの有無））によって影響を受ける。これらの要因の影響は、周知であり、当該分野における標準的参考文献（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ（前出）およびＡｕｓｕｂｅｌ（前出）を参照のこと）において考察されている。代表的には、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、ｐＨ７．０〜８．３において約１．０Ｍ未満のナトリウムイオン（代表的には、約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン）の塩濃度、および短いプローブ（例えば、１０ヌクレオチド〜５０ヌクレオチド）については少なくとも約３０℃の温度、長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチドよりも長い）については少なくとも約６０℃の温度である。上記のように、ストリンジェントな条件はまた、変性剤（例えば、ホルムアミド）の添加によって達成され得、その場合、より低い温度が使用され得る。
【０１６８】
用語「実質的に精製された」または「単離された」とは、その天然環境から取り出されて単離もしくは分離されており、天然で会合している他の成分を少なくとも約５０％含まない（好ましくは６０％含まず、より好ましくは少なくとも約７５％含まず、最も好ましくは少なくとも約９０％以上含まない）、核酸またはポリペプチドを指す。従って、タンパク質またはポリペプチドは、そのタンパク質が、そのタンパク質を含む組成物の総タンパク質含量のうちの約５０％よりも多く（代表的には、総タンパク質含量のうちの約６０％よりも多く）を構成する場合に、実質的に純粋であると考えられる。より代表的には、実質的に純粋であるかまたは単離されたタンパク質もしくはポリペプチドは、総タンパク質のうちの少なくとも７５％（より好ましくは少なくとも９０％）を構成する。好ましくは、そのタンパク質は、その組成物中にある総タンパク質のうちの約９０％よりも多く（より好ましくは約９５％よりも多く）を構成する。ポリヌクレオチドに関する場合、用語「実質的に純粋」または「単離された」とは、一般的に会合している混入物（例えば、脂質、タンパク質、および他のポリヌクレオチド）から分離されたポリヌクレオチドを一般的には指す。実質的に純粋であるかまたは単離されている本発明の構築物（ポリヌクレオチドを含む）は、約５０％よりも純粋である。代表的には、これらの構築物は、約６０％よりも純粋であり、より代表的には約７５％〜約９０％純粋であり、好ましくは約９５％〜約９８％純粋である。
【０１６９】
「置換」改変体とは、ネイティブ配列中の少なくとも１つのアミノ酸残基が除去され、かつ同じ位置においてその場所に別のアミノ酸が挿入されている、改変体である。その置換は、その分子中のただ１つのアミノ酸が置換される場合には単一であり得、または２つ以上のアミノ酸が同じ分子中で置換される場合は、その置換は複数であり得る。「挿入」改変体は、１つ以上のアミノ酸が、ネイティブ配列中の特定位置におけるアミノ酸にすぐに隣接して挿入されている、改変体である。アミノ酸にすぐに隣接するとは、そのアミノ酸のα−カルボキシル官能基またはα−アミノ官能基のうちのいずれかに接続されていることを意味する。「欠失」改変体とは、ネイティブアミノ酸配列中の１つ以上のアミノ酸が除去されている、改変体である。通常は、欠失改変体は、その分子の特定領域中の１つまたは２つのアミノ酸が欠失される。
【０１７０】
「合成の」分子（例えば、核酸、タンパク質、または低分子）は、化学合成方法によって全体的もしくは部分的に生成された分子である。
【０１７１】
「標的プロテイナーゼ」とは、本明細書中に記載される結合ドメイン融合タンパク質によって直接的または間接的に調節されるプロテイナーゼを包含する。「プロテイナーゼ関連分子」とは、特定の標的プロテイナーゼと近接して存在しているかまたは特定標的プロテイナーゼと他のように会合しており、上記結合ドメイン融合タンパク質の結合が標的プロテイナーゼを阻害もしくは調節し得るようになっている、分子。種々の非限定的例としては、特定の標的プロテイナーゼを発現する特定の細胞型中またはその細胞型の表面上で発現される、プロテイナーゼ関連分子が挙げられる。プロテイナーゼ関連分子としてはまた、特定の標的プロテイナーゼを発現することが公知である細胞型の細胞表面抗原が挙げられるが、これに限定はされない。
【０１７２】
用語「治療上有効な量」とは、例えば研究者、獣医、医者、または他の臨床医によって探求される望ましい応答（例えば、組織、系、動物、またはヒトの生物学的応答もしくは医学的応答）を惹起する対象化合物の量を意味する。
【０１７３】
「処置」とは、治療的処置、および予防的手段もしくは防止的手段の両方を指す。処置が必要な被験体とは、障害をすでに有する被験体、ならびに障害が予防されるべき被験体または障害の進行が停止もしくは遅延している被験体を包含する。
【０１７４】
「形質転換」とは、外因性核酸分子がレシピエント細胞に侵入するプロセスを記載する。形質転換は、当該分野で周知である種々の方法に従って、天然条件下もしくは人工条件下で生じ得、これは、原核生物宿主細胞もしくは真核生物宿主細胞中に外因性核酸分子を挿入するための任意の公知方法に依存し得る。形質転換のための方法は、形質転換される宿主細胞の型に基づいて選択され、この方法としては、ウイルス感染、リン酸カルシウム沈殿、エレクトロポレーション、熱ショック、リポフェクション、および粒子ボンバードメントが挙げられる。「形質転換」細胞とは、挿入されたＤＮＡが自己複製プラスミドとしてかまたは宿主染色体の一部として複製可能である、安定に形質転換された細胞；ならびに挿入された核酸分子が複製も分離もしないかもしれない、一過性に形質転換された細胞を包含する。
【０１７５】
用語「ベクター」とは、細胞に対して核酸を送達するためのプラスミド系、ファージ系、ウイルス系、または他の系の形態である、核酸分子の増幅、複製、および／または発現のためのビヒクルを指し、そのプラスミド、ファージ、またはウイルスは、細菌宿主細胞、酵母宿主細胞、無脊椎動物宿主細胞、および／または哺乳動物宿主細胞と一緒になって機能し得る。そのベクターは、宿主細胞のゲノムＤＮＡとは独立したままであっても、そのゲノムＤＮＡに全体または一部が組み込んでもよい。そのベクターは、一般的には、適合性である任意の宿主細胞中で機能性であるようにすべての必要なエレメントを含むが、必ずしも含む必要はない。「発現ベクター」とは、適切な条件下での外因性ポリヌクレオチド（例えば、結合ドメイン融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド）の発現を指向可能なベクターである。
【０１７６】
（本発明の構築物）
治療剤として、ならびに診断目的および研究目的を含む他の目的のために、有用である新規な分子および組成物が、本明細書において提供される。上記化合物は、結合機能および１つ以上の標的プロテイナーゼ調節活性を有し得る。
【０１７７】
本発明は、構築物および結合ドメイン融合タンパク質を含む組成物、ならびに構築物および結合融合タンパク質を取得するための方法を提供し、この構築物および結合ドメイン融合タンパク質は、炎症、炎症反応、ならびに細菌感染、真菌感染、およびウイルス感染、ならびに異常な細胞増殖を伴う疾患（癌が挙げられる）を例えば制御もしくは予防し；そして１つ以上の条件、反応、もしくは疾患プロセスに関与もしくは関連するプロテイナーゼを阻害する。
【０１７８】
本明細書中に提供される構築物および結合ドメイン融合タンパク質は、例えば、２個〜７個のポリペプチドドメインを有し得、いくつかの実施形態は、２個〜５個のポリペプチドドメインを含む。各ポリペプチドドメインは、一般的には、望ましい機能的特徴もしくは構造的特徴を有し、そしてこれは、各ドメインが、上記結合ドメイン融合タンパク質および／またはその成分のうちのいずれかの望ましい機能的活性を保持する任意の順序であり得るという点で、モジュラー（ｍｏｄｕｌａｒ）である。
【０１７９】
いくつかの実施形態において、構築物は、結合ドメイン（例えば、免疫グロブリン可変領域を含む結合ドメイン）を有さないことが、好ましい。これらの構築物は、本明細書中に記載される種々の処置方法において有用である。これらの実施形態は、例えば、２つのドメイン（例えば、プロテイナーゼインヒビタードメインおよび免疫グロブリン定常領域ドメイン）を含み得るか、それらから本質的になり得るか、またはそれらからなり得る。これらの型の構築物の例としては、ＳＬＰＩ−ＣＨ２ＣＨ３またはＳＬＰＩアナログ−Ｉｇが挙げられる。上記免疫グロブリン定常領域は、本明細書中に記載されるもののうちのいずれか（例えば、ＩｇＥに由来するＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、およびＣＨ４ドメインのうちの１つ以上）を包含し得る。そのような構築物は、例えば、ｔｒａｐｐｉｎファミリーのメンバータンパク質ドメインまたはそのアナログと、免疫グロブリン定常領域ドメインとを含み得るか、それらから本質的になり得るか、またはそれらからなり得る。これらの型の非限定的例としては、ＳＬＰＩ−ＣＨ２ＣＨ３およびＳＬＰＩ−ＣＨ１ＣＨ２ＣＨ３が挙げられる。特定の実施形態において、アミノ酸置換は、１つ以上の定常領域中に導入され得る。例えば、さらなる特定の実施形態において、ジスルフィド結合が、ＣＨ２ドメイン中にシステイン残基を付加することによって導入される。別の局面において、結合ドメインを有さない融合タンパク質が、提供される。他の実施形態は、３つのドメイン（例えば、プロテイナーゼインヒビタードメイン、接続領域ドメイン、および免疫グロブリン定常領域ドメイン）を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。これらの実施形態の非限定的例としては、ＳＬＰＩ−ＣＨ１−ＨＩＮＧＥ−ＣＨ２ＣＨ３およびＳＬＰＩ−ＨＩＮＧＥ−ＣＨ２ＣＨ３が挙げられる。さらなる特定の実施形態において、例えば、ＳＬＰＩ−ＣＨ１−ＨＩＮＧＥ−ＣＨ２ＣＨ３を含む構築物が、二重特異性様分子を提供するために、結合ドメイン様鎖定常領域とともに同時発現される。ｔｒａｐｐｉｎに関連する特定のタンパク質およびタンパク質ドメインが、記載されている。例えば、「Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  ｏｆ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ」という発明の名称でありＵＳ  ２００３／０１０８９６５Ａ１として公開された、Ｓｃｈｕｍｍｅｒらに対する米国特許出願第１０／２３３，１５０号（その内容は、本明細書中にその全体が参考として援用され、かつ本発明の特定の実施形態に包含されても排除されてもよい）に記載されるＨＥ４ａ融合タンパク質である。
【０１８０】
結合ドメイン融合タンパク質のいくつかの実施形態は、２つのポリペプチドドメインを有し、これらのポリペプチドドメインは、ｉ）抗プロテイナーゼ関連標的結合ドメイン、およびｉｉ）プロテイナーゼインヒビターを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、プロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する第一ポリペプチドと、上記プロテイナーゼを阻害可能な第二ポリペプチドドメイン（プロテアーゼインヒビターおよびプロテイナーゼインヒビタードメインが挙げられる）とを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。この型の分子の例は、抗ＣＤ２８ｓｃＦｖ−ＨＳＬＰＩ（配列番号）である。図５を参照のこと。
【０１８１】
特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、３つのポリペプチドドメインを有し、これらのドメインは、ｉ）プロテイナーゼまたはプロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第二ポリペプチド；およびｉｉｉ）１つ以上のＴＧアーゼモチーフを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第三ポリペプチド；を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。
【０１８２】
他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、４つのポリペプチドドメインを有し、これらのドメインは、ｉ）プロテイナーゼまたはプロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）１つ以上のＴＧアーゼモチーフを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第三ポリペプチド；および必要に応じてｉｖ）これらのポリペプチドのうちの１つ以上を連結する（例えば、上記第一ポリペプチドと第二ポリペプチドとを連結する、上記第二ポリペプチドと第三ポリペプチドとを連結する、および／または上記第一ポリペプチドと第三ポリペプチドとを連結する）接続領域；を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。
【０１８３】
他の結合ドメイン融合タンパク質は、１つ以上の二量体化ドメインを含み得、かつ４個または５個のポリペプチドドメインを有し得る。例えば、特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、４つのポリペプチドドメインを有し、ｉ）プロテイナーゼまたはプロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含む第二ポリペプチド；ｉｉｉ）１つ以上のＴＧアーゼモチーフを含む第三ポリペプチド；およびｉｖ）１つ以上（例えば、１個〜５個以上）の二量体化ドメイン；を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。これらの実施形態のために適切な二量体化ドメインは、免疫グロブリンヒンジドメインまたは改変体またはアナログであり得、例えば、二量体化ドメインは、免疫グロブリンＣＨ２ＣＨ３ドメイン、または免疫グロブリンＣＨ３ドメイン、またはアナログ（例えば、ＩｇＧ  ＣＨ２ＣＨ３もしくはＣＨ３、ＩｇＡ  ＣＨ２ＣＨ３もしくはＣＨ３）であり得る。
【０１８４】
他の結合ドメイン融合タンパク質は、５個のポリペプチドドメインを有する。例示的な実施形態は、ｉ）プロテイナーゼまたはプロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第二ポリペプチド；ｉｉｉ）１つ以上のＴＧアーゼモチーフを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第三ポリペプチド；ｉｖ）これらのポリペプチドのうちの１つ以上を連結する接続領域；ならびにｖ）１つ以上（例えば、１個〜５個以上）の二量体化ドメイン；を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。
【０１８５】
４個のポリペプチドドメインを有する結合ドメイン融合タンパク質の他の実施形態は、例えば、ｉ）プロテイナーゼまたはプロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合されている接続領域を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第三ポリペプチド；およびｉｖ）定常領域もしくはその一部を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第四ポリペプチド；を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、結合ドメイン融合タンパク質を包含する。特定の実施形態において、上記免疫グロブリン定常領域は、免疫グロブリンＣＨ３領域（ＣＨ３アナログを含む）を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、他の免疫グロブリン定常領域もしくはアナログ（本明細書中に記載されるものを含む）を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。
【０１８６】
４個のドメインを有する結合ドメイン融合タンパク質の他の実施形態は、ｉ）標的または標的関連分子に結合可能なポリペプチド結合ドメインポリペプチド；ｉｉ）接続領域；ｉｉｉ）１つ以上のＷＡＰドメインを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、ポリペプチドプロテイナーゼインヒビタードメイン（これは、ｉｖのＮ末端側にある）；ｉｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；を含み得るか、それらから本質的になり得るか、またはそれらからなり得る。他の特定の実施形態は、ｉ）プロテイナーゼまたはプロテイナーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを有する、第一ポリペプチド；ｉｉ）上記第一ポリペプチドに結合されている接続領域を含む、第二ポリペプチド；ｉｉｉ）プロテイナーゼインヒビターもしくはプロテイナーゼインヒビタードメインを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、第三ポリペプチド；およびｉｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；を含み、上記第一ポリペプチドは、上記第二ポリペプチドのＮ末端側であり、上記第二ポリペプチドは、上記プロテイナーゼインヒビタードメインのＮ末端側であり、上記プロテイナーゼインヒビタードメインは、１つ以上のＷＡＰドメインを含み、上記１つ以上のＷＡＰドメインは、上記１つ以上の二量体化ドメインのＮ末端側である。
【０１８７】
上記結合ドメイン融合タンパク質の他の実施形態は、４個のドメインを有し、これらのドメインは、ｉ）標的または標的関連分子に結合可能なポリペプチド結合ドメインポリペプチド；ｉｉ）接続領域；ｉｉｉ）１つ以上の二量体化ドメイン（これは、ｉｖのＮ末端側にある）；ｉｖ）１つ以上のＷＡＰドメインを含む、ポリペプチドプロテイナーゼインヒビタードメイン；を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。
【０１８８】
５個のドメインを有する上記結合ドメイン融合タンパク質の他の特定の実施形態はまた、ｉ）標的または標的関連分子に結合可能なポリペプチド結合ドメインポリペプチド；ｉｉ）接続領域；ｉｉｉ）１つ以上のＷＡＰドメインを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、ポリペプチドプロテイナーゼインヒビタードメイン（これは、ｉｖのＮ末端側にある）；ｉｖ）１つ以上のＴＧアーゼドメイン（これは、ｖ）のＮ末端側にある）；ｖ）１つ以上の二量体化ドメイン；を含み得るか、それらから本質的になり得るか、またはそれらからなり得る。
【０１８９】
結合ドメイン融合タンパク質のさらなる例示的実施形態としては、ＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛ＷＡＰｘ｝スペーサー｛ＩｇＧ１  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−、ＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛ＴＩＭＰ−２ｘ｝スペーサー｛ＩｇＧ１  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−、ＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛シスタチンｘ｝スペーサー｛ＩｇＧ１  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−（ｘは、０〜５であり、最も好ましくは１もしくは２であり、ｙは０〜５であり、好ましくは１もしくは２である）が挙げられるが、これらに限定はされない。本発明の第二の好ましい実施形態は、ＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛ＷＡＰｘ｝スペーサー｛ＩｇＧＡ  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−、ＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛ＴＩＭＰ−２ｘ｝スペーサー｛ＩｇＧＡ  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−、およびＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛シスタチンｘ｝スペーサー｛ＩｇＧＡ  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−であるが、これらに限定されない。本発明の範囲内には、上記結合ドメイン融合タンパク質におけるタンパク質阻害ドメインのすべての組み合わせ（ＮＨ３＋−｛ＶＬ−ＶＨもしくはＶＨ−ＶＬ｝スペーサー｛ＷＡＰａ−ＴＩＭＰ−２ｂ−シスタチンｃ｝スペーサー｛ＩｇＧ１  ＣＨ３｝ｙ−ＣＯＯ−が挙げられるが、これらに限定はされない）があり、ａ＋ｂ＋ｃは、１〜５と等しく、ａ、ｂ、およびｃは、０〜５であり、個々のタンパク質阻害ドメインは、任意の順序であり、それらを分離するスペーサーを含むかまたは含まない。
【０１９０】
これらの実施形態は、ポリペプチドドメインの具体的な組み合わせの非限定的例であり、多数の他の結合ドメイン融合タンパク質が、以下においてさらに詳細に記載される分子ポリペプチドドメインのうちのいずれかの望ましい位置決めによって取得され得る。
【０１９１】
（プロテイナーゼインヒビタードメイン）
上記結合ドメインタンパク質の適切なプロテイナーゼ阻害ドメインは、ＷＡＰモチーフを含むか、これから本質的になるか、またはこれかなる、分子（例えば、ＷＡＰモチーフを含むｔｒａｐｐｉｎ）を包含する。１つ以上のＷＡＰモチーフまたはその部分が、使用され得、それには、ＷＡＰモチーフに関連するタンパク質配列を有するドメイン；プロテイナーゼ阻害活性を有するＷＡＰモチーフのフラグメントおよび改変体を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、ドメイン；が挙げられるが、これらに限定はされない。ＷＡＰドメインは、哺乳動物起源（例えば、ヒト、非ヒト霊長類、ラクダ科（ｃａｍｅｌｉｄ）、ワラビーなどが挙げられる）であっても、または他の動物（例えば、爬虫類、鳥類（例えば、ニワトリ）が挙げられる）に由来してもよい。
【０１９２】
一般的には、上記結合ドメイン融合タンパク質のプロテイナーゼインヒビタードメインは、例えば、プロテイナーゼインヒビター活性を有するｔｒａｐｐｉｎポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するｔｒａｐｐｉｎポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；ＳＬＰＩポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するＳＬＰＩポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；エラフィンポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するエラフィンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；プロテイナーゼインヒビター活性を有するＷＡＰモチーフポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するそのようなＷＡＰモチーフポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；プロテイナーゼインヒビター活性を有するＴＩＭＰモチーフポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するＴＩＭＰモチーフポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；プロテイナーゼインヒビター活性を有するシスタチンポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するシスタチンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；プロテイナーゼインヒビター活性を有するデフェンシンポリペプチド；プロテイナーゼインヒビター活性を有するデフェンシンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；のうちのいずれかを含み得るか、それらから本質的になり得るか、またはそれらからなり得る。
【０１９３】
上記結合ドメイン融合タンパク質において使用され得るＷＡＰドメインまたはＷＡＰドメイン含有タンパク質の具体的例としては、ヒト抗ロイコプロテイナーゼ１前駆体（ＡＬＰ）（プロテアーゼインヒビターＷＡＰ４、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＡＬＫ１＿ＨＵＭＡＮ  Ｐ０３９７３）；エラフィン前駆体（エラスターゼ特異的インヒビター、ヒト皮膚由来抗ロイコプロテイナーゼ（ＳＫＡＬＰ）、プロテアーゼインヒビターＷＡＰ３、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＥＬＡＦ＿ＨＵＭＡＮ  Ｐ１９９５７）；ブタエラフィン前駆体（ＷＡＰ−１タンパク質、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＥＬＡＦ＿ＰＩＧ  Ｑ２９１２５）；ヒトエッピン（ｅｐｐｉｎ）前駆体（精巣上体プロテアーゼインヒビター）（ＫｕｎｉｔｚドメインおよびＷＡＰドメインを有するセリンプロテアーゼインヒビター様１（プロテアーゼインヒビターＷＡＰ７、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＥＰＰＩ＿ＨＵＭＡＮ  Ｏ９５９２５，ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ８６ＴＰ９、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿８５２４７９、ＡＡＨ４４８２９、ＮＰ＿０６５１３１）；アカゲザルエッピン（ｅｐｐｉｎ）前駆体（精巣上体プロテアーゼインヒビター）（ＫｕｎｉｔｚドメインおよびＷＡＰドメインを有するセリンプロテアーゼインヒビター様１、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＥＰＰＩ＿ＭＡＣＭＵ  Ｑ９ＢＤＬ１）；マウスエッピン（ｅｐｐｉｎ）前駆体（精巣上体プロテアーゼインヒビター、ＫｕｎｉｔｚドメインおよびＷＡＰドメインを有するセリンプロテアーゼインヒビター様１、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＥＰＰＩ＿ＭＯＵＳＥ  Ｑ９ＤＡ０１，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＨ４８６３７）；クロクビコブラ（ｂｌａｃｋ−ｎｅｃｋｅｄ  ｓｐｉｔｔｉｎｇ  ｃｏｂｒａ）ｎａｗａｐｒｉｎ（エラフィンと類似する）（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＮＷＡＰ＿ＮＡＪＮＧ  Ｐ６０５８９）；ブラナトリウム／カリウムＡＴＰアーゼインヒビターＳＰＡＩ−２前駆体（ＷＡＰ−２タンパク質、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＳＰＡＩ＿ＰＩＧ  Ｐ１６２２５）；マウス単一ＷＡＰモチーフタンパク質１前駆体（エラフィン様タンパク質Ｉ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＳＷＭ１＿ＭＯＵＳＥ  Ｑ９ＪＨＹ４、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿０６７０２０）；マウス単一ＷＡＰモチーフタンパク質２前駆体（エラフィン様タンパク質ＩＩ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＳＷＭ２＿ＭＯＵＳＥ  Ｑ９ＪＨＹ３）；ブタＷＡＰ−３タンパク質前駆体（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ３＿ＰＩＧ  Ｑ２９１２６）；ヒトＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質１０Ａ前駆体（推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ１０Ａ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＡＡ＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ９Ｈ１Ｆ０、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質：ＮＰ＿５４２７９１、ＸＰ＿２１５９１８）；ラットＷＡＰ  １０Ａ前駆体（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＸＰ＿２１５９１８）；マウスＷＡＰ  １０Ａ前駆体（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＸＰ＿１３０６４９）；ヒトタンパク質ＷＦＤＣ１０Ｂ前駆体（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＡＢ＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＩＵＢ３）；ニワトリＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質１前駆体（ｐｓ２０タンパク質、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ１＿ＣＨＩＣＫ  Ｑ８ＪＧ３３，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿５４２１８１）；ヒ��ＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメイン１前駆体（前立腺間質タンパク質ｐｓ２０）（ｐｓ２０増殖インヒビター、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ１＿ＲＡＴ  Ｏ７０２８０）；イヌＷＡＰ  ４−ジスルフィド結合コアドメインタンパク質２前駆体（主要精巣上体特異的タンパク質Ｅ４（ＣＥ４）、精巣上体分泌タンパク質Ｅ４、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ２＿ＣＡＮＦＡ  Ｑ２８８９４）；ヒトＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質２前駆体（主要精巣上体特異的タンパク質Ｅ４、精巣上体分泌タンパク質Ｅ４、推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ５  Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ２＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ１４５０８、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿５４２７７１、ＮＰ＿５４２７７２、ＮＰ＿５４２７７３、ＮＰ＿５４２７７４、ＮＰ００６０９４、ＮＰ＿００３０５５）；マウスＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質２前駆体（ＷＡＰドメインタンパク質ＨＥ４、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ２＿ＭＯＵＳＥ  Ｑ９ＤＡＵ７）；ブタＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質２前駆体（精巣上体分泌タンパク質Ｅ４、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ２＿ＰＩＧ  Ｑ８ＭＩ６９）；ウサギＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質２前駆体（主要精巣上体特異的タンパク質Ｅ４、精巣上体タンパク質ＢＥ−２０、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ２＿ＲＡＢＩＴ  Ｑ２８６３１）；ラットＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質２前駆体（精巣上体分泌タンパク質Ｅ４（ＲＥ４）、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ２＿ＲＡＴ  Ｑ８ＣＨＮ３）；ヒトＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質３前駆体（推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ１４、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ３＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＩＵＢ２、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質：ＮＰ＿８５２６６６、ＮＰ＿８５２７８２、ＮＰ＿８５２６６３）；ヒトＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質５前駆体（推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ１、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ５＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＴＣＶ５、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質：ＮＰ＿６６３６２７、ＡＡＨ３９１７３、ＡＡＫ７２４６４８）；ヒトＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質６前駆体（推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ６、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ６＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ９ＢＱＹ６、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿５４３０１７）；ヒトＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質８前駆体（推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ８、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ８＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＩＵＡ０、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質：ＮＰ＿５７０９６６、ＮＰ＿８５２６１１）；推定マウスＷＡＰ８（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＸＰ＿２０４９２０）；ヒトタンパク質ＷＦＤＣ９前駆体（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤ９＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＮＥＸ５）；ヒトタンパク質ＷＦＤＣ１１前駆体（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤＢ＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＮＥＸ６、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿６７１７３０）；ＷＡＰ  ４−ジスルフィドコアドメインタンパク質１２前駆体（推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ１２、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤＣ＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＷＷＹ７、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質：ＮＰ＿７４２１４３、Ｎ���＿５４３１４５、ＮＰ＿７４２００３）；タンパク質ＷＦＤＣ１３前駆体（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＦＤＤ＿ＨＵＭＡＮ  Ｑ８ＩＵＢ５）；ｋｕｎｉｔｚ／ウシ膵臓トリプシンインヒビタードメインとＷＡＰ型（乳漿酸性タンパク質）「４−ジスルフィドコア」ドメインとを有するヒトタンパク質、ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ９Ｈ３Ｙ３）；ヒトｐ２０  ＷＡＰ型４−ジスルフィドコアドメインタンパク質（ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＡＧ１５２６３．１）；ヒトコブラクダ乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ＿ＣＡＭＤＲ  Ｐ０９８３７）；ダマヤブワラビー（ｔａｍｍａ  ｗａｌｌａｂｙ）乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ＿ＭＡＣＥＵ  Ｑ９Ｎ０Ｌ８、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＣＡＢ９０３５７）；マウス乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ＿ＭＯＵＳＥ  Ｐ０１１７３、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＨ２６７８０）；ブタ乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ＿ＰＩＧ  Ｏ４６６５５）；ウサギ乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ＿ＲＡＢＩＴ  Ｐ０９４１２）；ラット乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  ＷＡＰ＿ＲＡＴ  Ｐ０１１７４、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿４４６２０３）；マウス乳漿酸性タンパク質前駆体（ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ７Ｍ７４８）；マウス乳漿酸性タンパク質類似タンパク質（ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ８Ｒ０Ｊ０）；乳漿酸性タンパク質（ＷＡＰ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ）；フクロギツネ（ｂｒｕｓｈ−ｔａｉｌｄ  ｐｏｓｓｕｍ）（ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ９５ＪＨ３、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＸＰ＿２１５９３８）；ヒト多価プロテアーゼインヒビタータンパク質（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  Ｑ８ＴＥＵ８、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＬ７７０５８）；マウスｓｅｒｐｉｎａ  ３ｇタンパク質（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＨ５７１４４）；マウス分泌白血球プロテアーゼインヒビター（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＨ２８５０９、ＮＰ＿０３５５４４）；ヒト多価プロテアーゼインヒビター（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿７８３１６５）；ラット分泌白血球プロテアーゼインヒビター（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿４４５８２４、ＸＰ＿２１５９４０）；マウスエッピン（ｅｐｐｉｎ）（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿０８３６０１）；ラットエッピン（ｅｐｐｉｎ）様（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＸＰ＿３４５４６９）；マウスおよびＷＡＰ型プロテアーゼインヒビター由来のエラフィン（ｅｌａｆｉｎ）様タンパク質類似ヒトタンパク質（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＣＡＣ３６２９１）；ヒト推定プロテアーゼインヒビターＷＡＰ２前駆体（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＫ６８８４８）；ヒト推定多価プロテアーゼインヒビター（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＬ１８８３９）が挙げられるが、これらに限定はされない。本発明の範囲内にあることが企図される他のＷＡＰドメインは、種々のデータベース（例えば、Ｍｅｄｌｉｎｅ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）、ＥＰＡＳｙ（Ｅｘｐｅｒｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍ（これは、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ／ＴｒＥＭＢＬ  Ｓｗｉｓｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｂｉ���ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，およびＰｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｓｅ（Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ，ＰＤＢ）を含む））において容易に同定される。さらなるプロテアーゼインヒビタードメインとしては、例えば、エッピン（ｅｐｐｉｎ）、ｈｕＷＡＰ２、ＳＷＡＭ１、ＳＷＡＭ２、およびＬＯＣ  １４９７０９によりヒトにおいて特定されたタンパク質が挙げられる。
【０１９４】
いくつかのヒトＷＡＰドメインについてのアライメントが、図６において示される（アクセッション番号が、この図の左側に示される）。この図の上部にある接続された矢印は、ＷＡＰモチーフの中心図であるジスルフィド結合対形成を示す。ＷＡＰドメインは、アミノ酸残基（特にシステイン残基）の相同性およびポリペプチド配列全体にわたるそれらの間隔を示すように整列されている。
【０１９５】
上記結合ドメイン融合タンパク質において利用され得る適切なｔｒａｐｐｉｎファミリーのメンバーとしては、例えば、ＢＴｒａｐｐｉｎ−２タンパク質（ウシ、ＴｒＥＭＢＬ  Ｏ４６６２５）；ＢＴｒａｐｐｉｎ−４タンパク質前駆体（ウシ、ＴｒＥＭＢＬ  Ｏ４６６２６）；ＢＴｒａｐｐｉｎ−５タンパク質前駆体（ウシ、ＴｒＥＭＢＬ  Ｏ４６６２７）；Ｔｒａｐｐｉｎ−６（ウシ、ＴｒＥＭＢＬ  Ｏ６２６５２、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＪＥ０２５２、ＢＡＡ２８１４８）；ＳＴｒａｐｐｉｎ−２タンパク質前駆体（アカゲザル、ＴｒＥＭＢＬ  Ｏ４６６４３）；Ｔｒａｐｐｉｎ（モルモット、ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ８ＶＩＤ９）；エラフィン（Ｅｌａｆｉｎ）（Ｔｒａｐｐｉｎ−２）（イボイノシシ，ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ９ＸＳ４２、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＪＥ０２５１、ＢＡＡ７７８２５）；ＳＰＡＩ（Ｔｒａｐｐｉｎ−１）（イボイノシシ，ＴｒＥＭＢＬ  ＃  Ｑ９ＸＳ４３、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＪＥ０２５０、ＢＡＡ７７８２６）；Ｔｒａｐｐｉｎ（クビワペッカリー，ＴｒＥＭＢＬ  ＃  Ｑ９ＸＳ４４、ＢＡＡ７７８２７）；Ｔｒａｐｐｉｎ−１１（カバ，ＴｒＥＭＢＬ  ＃  Ｑ９ＸＳ４５、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＪＥ０２５７）；ｔｒａｐｐｉｎ様タンパク質（ドブネズミ，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＸＰ＿３４５８７３）；エラフィン（ヒツジ，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＡＡＱ２１５９４）；ｔｒａｐｐｉｎ−７（ブタ、ＴｒＥＭＢＬ  ＃  Ｑ９ＸＳ４６、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＪＥ０２５３）；ｔｒａｐｐｉｎ−８（ブタ、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＪＥ０２５４）；ｔｒａｐｐｉｎ−９（ブタ、ＴｒＥＭＢＬ  ＃  Ｑ９ＸＳ４６、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＪＥ０２５５）；ｔｒａｐｐｉｎ−１０（クビワペッカリー、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＪＥ０２５６）；ｔｒａｐｐｉｎ（モルモット、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＢＡＢ７９６２６）；エラフィンファミリーメンバータンパク質（ブタ、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＢＡＡ０８８５８、ＢＡＡ０８８５７）；エラフィンホモログ（ブタ、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＢＡＡ１２０３８、ＢＡＡ７７８２９）；ｔｒａｐｐｉｎ（カバ、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質＃  ＢＡＡ７７８２８）；が挙げられる。｛検索したデータベース：Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ、ＴｒＥＭＢＬ、Ｅｎｔｒｅｚタンパク質、ＰＩＲ／Ｇｅｏｒｇｅｔｏｗｎ｝。他のｔｒａｐｐｉｎファミリーメンバー（本明細書中に記載されるもの、および現在公知であるかまたは後に発見されるものを含む）が、本発明の範囲にあることが企図される。
【０１９６】
他の実施形態において、上記結合タンパク質ドメイン融合タンパク質は、ＴＩＭＰドメイン（例えば、ＴＩＭＰ１由来のＴＩＭＰドメイン、ＴＩＭＰ２由来のＴＩＭＰドメイン、ＴＩＭＰ３由来のＴＩＭＰドメイン、ＴＩＭＰ４由来のＴＩＭＰドメイン、または他の任意のＴＩＭＰファミリーメンバーに由来するＴＩＭＰドメイン、または任意のＴＩＭＰモチーフのアイソフォーム）を含むプロテイナーゼ阻害ドメインを有する。そのようなＴＩＭＰドメインとしては、例えば、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−７、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１０、ＭＭＰ−１３、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−１５、ＭＭＰ−１６、およびＭＭＰ−１９、ならびにコラゲナーゼを阻害する、任意のポリペプチドまたはそれらの部分もしくは改変体が挙げられる。例えば、Ｂｏｄｅ  Ｗ．，Ｍａｓｋｏｓ  Ｋ．、２００３、Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．３８４（６）：８６３〜７２；Ｂｅａｕｄｅｕｘ  Ｊ．Ｌ．ら、２００４、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｌａｂ  Ｍｅｄ．４２（２）：１２１〜１３１；Ｎａｇａｓｅ  Ｈ．，Ｂｒｅｗ  Ｋ．、２００３、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｓｙｍｐ．７０：２０１〜１２；Ｖｉｓｓｅ  Ｒ．，Ｎａｇａｓｅ  Ｈ．，２００３、Ｃｉｒｃ．Ｒｅｓ．９２（８）：８２７〜３９；Ｂａｋｅｒ  Ａ．Ｈ．ら、２００２、Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ．１１５（１９）：３７１９〜２７；Ｓｋｉｌｅｓ  Ｊ．Ｗ．ら、２００１、Ｃｕｒｒ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．８（４）：４２５〜７４；Ｎａｇａｓｅ  Ｈ．，Ｂｒｅｗ  Ｋ．２００２、Ａｒｔｈｒｉｔｓ  Ｒｅｓ．４（補遺３）Ｓ５１〜６１（これらの内容は、すべて本明細書中に参考として援用される）を参照のこと。図７は、１２個のシステインのアライメントおよび間隔が観察される４つのヒトＴＩＭＰドメインについてのアライメントを示す。なお他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、ＴＩＭＰドメインの改変体（置換改変体、挿入改変体、および欠失改変体が挙げられる）を含む。好ましくは、ＴＩＭＰドメインの改変体は、プロテアーゼ／プロテイナーゼインヒビター活性を有する。
【０１９７】
他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、シスタチンドメインを含むか、これから本質的になるか、またはこれからなる、プロテイナーゼ阻害ドメインを有する。例示的なシスタチンドメインとしては、例えば、ファミリーＩ（シスタチンファミリー）中のシスタチンに由来するシスタチンドメイン、ファミリーＩＩ（ステフィン（ｓｔｅｆｉｎ）ファミリー）中のシスタチン（例えば、シスタチンＣ、シスタチンＤ、シスタチンＳ、シスタチンＳＮ、およびシスタチンＳＡ）に由来するシスタチンドメイン、ならびにファミリーＩＩＩ（キニノゲンファミリー）中のシスタチンに由来するシスタチンドメインが挙げられる。そのようなシスタチンドメインとしては、例えば、カテプシン（例えば、カテプシンＢ、カテプシンＨ、カテプシンＫ、カテプシンＬ、およびカテプシンＳ）を阻害する任意のポリペプチドまたはそれらの部分もしくは改変体が挙げられる。なお他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、シスタチンドメインの改変体（置換改変体、挿入改変体、および欠失改変体が挙げられる）を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。好ましくは、シスタチンドメインの改変体は、プロテアーゼ／プロテイナーゼインヒビター活性を有する。図８は、いくつかのヒトシスタチンドメインについてのなお別のそのようなアライメントを示す。
【０１９８】
他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、Ｋｕｎｉｔｚ型インヒビターであるプロテイナーゼ阻害粗メインを有し、これは、活性「Ｋｕｎｉｔｚドメイン」を含むか、これから本質的になるか、またはこれからなる。上記結合ドメイン融合タンパク質は、プロテアーゼインヒビタードメインは、例えば、１つ以上のＫｕｎｉｔｚドメインを含み得るか、またはこれらから本質的になり得るか、またはこれらかなり得る。各Ｋｕｎｉｔｚドメインは、代表的には、約５０〜６０アミノ酸を含み、二重ループ構造を生じる３つのジスルフィド結合を形成する６つのシステイン残基を含む。上記結合ドメイン融合タンパク質のプロテアーゼ胃にビタードメインにおいて使用され得る代表的なＫｕｎｉｔｚインヒビターとしては、ウシ膵臓トリプシンインヒビター（ＢＰＴＩ、アプロチニンとしても公知）（Ｔｒａｐｎｅｌｌ，Ｊ．Ｅ．ら、１９７４、Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｓｕｒｇ．６１：１７７〜１８２；Ｓｈｅｒ，Ｇ．１９７７、Ａｍ．Ｊ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．１２９：Ｃｉｒｃｕｌａｔｏｒｙ  Ｓｈｏｃｋ  ９：１０７〜１１６；Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｈ．ら、２００４、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７９：６３７１〜９）、ビクニン（Ｂｉｋｕｎｉｎ）（Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，１９９５，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ７２：１１３１〜１１３７；Ｋｏｂａｙａｓｈｉら、２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７６：２０１５−２０２２），ペンタラリス（Ｐｅｎｔｈａｌａｒｉｓ）（Ｆｒａｎｃｉｓｃｈｅｔｔｉ  ＩＭら、２００４  Ｔｈｒｏｍｂ．Ｈａｅｍｏｓｔ．９１：８８６−９８），エコチン（Ｅｃｏｔｉｎ）（Ｄｅｎｎｉｓ，ＭＳら、１９９５  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．，２７０：２５４１１−１７），アミロイド前駆体タンパク質（ＡＰＰ）（Ｐｒｅｅｃｅ，Ｐ．ら、２００４  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ  ＭｏＩ  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．１２２：１−９），ＷＦＩＫＫＮ（ＨｉＩｌ５  ＪＪら、２００３  ＭｏＩ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１７：１１４４−５４），組織因子経路インヒビター（ＴＦＰＩ）（Ｈｉｒａｉｓｈｉ  Ｓ．ら、２００２  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ．２９８：４６８−７３），尿トリプシンインヒビター（ＵＴＩ）（Ｓｕｚｕｋｉ  Ｍ．ら、２００１  Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ．１５４７：２６−３６），肝細胞増殖因子アクチベーターインヒビター２型（ＨＡＩ−２）（Ｉｔｏｈ  Ｈ．ら、１９９９  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ．２５５：７４０−  ８）が挙げられる。他の特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、１つよりも多くのプロテナーゼ阻害ドメインを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなり、少なくとも１つのプロテイナーゼインヒビタードメインは、Ｋｕｎｉｔｚ型インヒビターおよび１つ以上のさらなるプロテアーゼインヒビタードメイン（例えば、ＷＡＰモチーフを含む）を含む。
【０１９９】
別の局面において、保存されたジスルフィドドコアを含むプロテイナーゼインヒビターポリペプチドドメインが、企図され、それは例えば、システイン残基の数が、天然に存在するＷＡＰモチーフとは異なる、プロテイナーゼインヒビターである。例えば、ＷＡＰモチーフにおいて種々の数のシステイン（８つのシステイン（これは、４つのジスルフィド結合を形成する）が報告されている）を含むプロテイナーゼインヒビタードメインが、企図される。例えば、４個、６個、１０個、１２個、１４個、１６個、２０個、またはそれ以上のシステイン残基を含むプロテイナーゼインヒビタードメインが、本発明の範囲内にある。好ましくは、シス定員残基の数は、偶数であり、２つ以上のシステイン残基が、上記プロテイナーゼインヒビタードメインを安定化させるジスルフィド結合を形成可能である。
【０２００】
他の特定の実施形態において、上記プロテイナーゼインヒビターアナログは、減少しているかまたは実質的に不活化しているプロテイナーゼ阻害活性を有する。そのようなプロテイナーゼインヒビターアナログは、例えば、本明細書中に記載もしくは言及されるかまたは現在公知であるかもしくは後に発見されるプロテイナーゼインヒビターポリペプチドと比較して、選択的なアミノ酸の欠失、挿入、もしくは置換を有し得る。従って、減少しているかもしくは不活性であるプロテイナーゼインヒビター活性を有するｔｒａｐｐｉｎポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；減少しているかもしくは不活性であるプロテイナーゼインヒビター活性を有するＳＬＰＩポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；減少しているかもしくは不活性であるプロテイナーゼインヒビター活性を有するエラフィン（ｅｌａｆｉｎ）ポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；減少しているかもしくは不活性であるプロテイナーゼインヒビター活性を有するそのようなＷＡＰモチーフポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；減少しているかもしくは不活性であるプロテイナーゼインヒビター活性を有するシスタチンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；減少しているかもしくは不活性であるプロテイナーゼインヒビター活性を有するデフェンシンポリペプチドの天然に存在するアナログおよび天然に存在しないアナログ；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらかなる、上記結合ドメイン融合タンパク質のプロテイナーゼインヒビタードメインアナログを提供することが、別の局面である。
【０２０１】
プロテイナーゼによる分解に対する感受性が減少しているプロテイナーゼインヒビターアナログを提供することが、本発明の別の目的である。一実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、プロテイナーゼによる分解に対する感受性が減少しているＳＬＰＩアナログ（例えば、１つ以上の特定のプロテイナーゼに対する分解に対して抵抗性であるＳＬＰＩアナログ）を含む。特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、アミノ酸Ｔｈｒ（６７）およびＴｙｒ（６８）のうちの一方もしくは両方においてアミノ酸の置換もしくは欠失を含むＳＬＰＩアナログを、含むか、これらから本質的になるか、またはこれらかなる。他の実施形態において、ＳＬＰＩアナログは、アミノ酸Ｌｅｕ（７２）、Ｍｅｔ（７３）、およびＬｅｕ（７４）のうちの１つ以上におけるアミノ酸の置換もしくは欠失を含む。他の特定の実施形態において、ＳＬＰＩアナログは、結合ドメイン融合タンパク質のＳＬＰＩドメインをプロテイナーゼ（例えば、カテプシン）による分解に対して少なくとも部分的に抵抗性にする、アミノ酸の置換もしくは欠失を含む。ＳＬＰＩの種々のアナログおよびムテインが、例えば、ＵＳ２００２／００１０３１８（Ｎｉｖｅｎらに対する），ＵＳ  ６，２９１，６６２（Ｂａｎｄｙｏｐａｄｈｙａｙたに対する），ＵＳ  ５，８５１，９８３（Ｓｕｇｉｙａｍａらに対する），ＵＳ  ５，６３３，２２７（Ｍｕｌｌｅｒらに対する），およびＥｉｓｅｎｂｅｒｇ，Ｓ．Ｐ．ら，１９９０  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６５（１４）：７９７６−７９８１（これらの内容は、その全体が本明細書中に参考として援用され、かつ、本発明の特定の実施形態に含まれても排除されてもよい）。
【０２０２】
別の局面において、プロテイナーゼインヒビタードメインによるプロテイナーゼ阻害の特異性および効力は、変化し得る（例えば、最適化され得る）。例示のみのために、結合ドメイン融合タンパク質のＷＡＰドメイン（ＳＬＰＩもしくはエラフィンのＷＡＰドメイン）の結合ループは、上記結合ドメイン融合タンパク質の生物学的活性を増加するように改変される。遺伝子ＩＩＩもしくは遺伝子ＶＩＩＩにおけるＷＡＰドメインのファージディスプレイは、プロテイナーゼに対する阻害もしくは結合の能力が改善しているＷＡＰドメインを選択するために使用されると報告されている（Ｎｉｘｏｎ，Ａ．Ｅ．，２００２  Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３：１−１２を参照のこと）。従って、他の特定の実施形態において、プロテイナーゼインヒビターの１つ以上の改変（例えば、アミノ酸の挿入、置換、もしくは欠失）が、１つ以上の所定の属性（例えば、絶対的分子量もしくは相対的分子量、ポリペプチドおよび核酸の完全配列もしくは部分配列（アミノ酸もしくはヌクレオチド）、酵素活性、リガンド結合活性、プロテイナーゼ抵抗性、血清安定性、ｐＩ、抗原性、種々の薬学的組成物へと処方される能力、生成の容易さ、生成の間の収率、生成コスト、関連する副作用、特異性などが挙げられる）を変化させるためになされる。
【０２０３】
別の局面において、任意の望ましい天然に存在するプロテイナーゼインヒビターおよび化学合成されたプロテイナーゼインヒビターが、上記結合ドメイン融合タンパク質において使用され得る。これらとしては、有機分子（これは、例えば、単独で使用されても、生物学的分子に対する結合体として使用されてもよい）が挙げられる。例えば、低分子プロテアーゼインヒビターが、本明細書中に提供される構築物および結合ドメイン融合タンパク質と、付着、結合体化、もしくは他の方法で結合されてもよい。例えば、デオキシサイクリンを記載するＣｕｒｃｉ  Ｊ．Ａ．ら、２０００  Ｊ  Ｖａｓｅ  Ｓｕｒｇ．，３１（２）：３２５−４２）；ヒドロキサメートを記載するＭｏｏｒｅ  Ｇ．ら，１９９９  Ｊ  Ｖａｓｅ  Ｓｕｒｇ．２９（３）：５２２−３２；スルホンアミド型プロテアーゼインヒビターを記載するＳｕｐｕｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３  Ｍｅｄ．Ｒｅｓ．’  Ｒｅｖ．２３（５）：５３５−５８；ＣＸＣＲ４アンタゴニストを記載するＴａｍａｍｕｒａ  Ｈ．，Ｆｕｊｉｉ  Ｎ．，２００４  Ｃｕｒｒ．Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓｏｒｄ．，４（２）：１０３−  １０；非ペプチド性システインプロテアーゼインヒビターを記載するＳｃｈｉｒｍｅｉｓｔｅｒ  Ｔ．，Ｋａｅｐｐｌｅｒ  Ｕ．，２００３  Ｍｉｎｉ  Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，３（４）：３６１−７３；合成システインプロテアーゼインヒビターを記載するＨｅｒｎａｎｄｅｚ  Ａ．Ａ．，Ｒｏｕｓｈ  Ｗ．Ｒ．，２００３  Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．８（４）：４５９−６５；カルパインインヒビターを記載するＤｏｎｋｏｒ  ＬＯ．，２０００  Ｃｕｒｒ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，７（１２）：１１７１−８８；およびアミロイド形成プロテアーゼを記載するＳｃｈｉｍｎｉｏｌｌｅｒ  Ｆ．ら、２００２  Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ．Ｄｅｓ．８（２８）：２５２１−３１（これらの内容は、その全体が本明細書においてすべて援用され、かつ本発明のとくていの実施得形態に含まれても排除されてもよい）を参照のこと。
【０２０４】
現在公知であるかまたは後に発見される他のプロテイナーゼおよび他のプロテイナーゼインヒビタードメインが、本発明の範囲内にあることが企図される。
【０２０５】
別の局面において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、天然では存在しない組み合わせで一緒に連結されている種々の供給源に由来のプロテイナーゼインヒビターを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらかなる。ＳＬＰＩのアミノ末端ＷＡＰドメインよびカルボキシ末端ＷＡＰドメインの結晶座標の回転および並進によって、これらの２つのドメインを重ね合わせることが可能になる。このことは、上記ドメインにおけるプロテイナーゼの結合ループは、２分子のプロテイナーゼを同時に１分子のＳＬＰＩに結合可能にするように幾何学的に配置されることを示す。１つよりも多くのプロテイナーゼがプロテイナーゼインヒビタードメイン（ＷＡＰドメイン、ＴＩＭＰ−２ドメイン、およびシスタチンドメインが挙げられるが、これらに限定はされない）の組み合わせに同時に結合することを促進するためのさらなる可撓性を可能にするために、ドメインの間にスペーサーが挿入される。
【０２０６】
上記結合ドメイン融合タンパク質のプロテイナーゼインヒビタードメインは、任意の望ましい標的プロテイナーゼ/プロテアーゼ（公知のものもしくは本明細書中に記載されるもの、または後に発見されるものが挙げられる）のプロテイナーゼ活性を阻害する。例示的な標的プロテイナーゼ／プロテアーゼとしては、細胞内プロテアーゼ（カスパーゼ１〜カスパーゼ１４、補体活性化の調節に関与するプロテアーゼ、凝固の調節に関与するプロテアーゼ、シグナル伝達の調節に関与するプロテアーゼ、種々のＶＥＧＦ前駆体のプロセシングに関与するプロテアーゼ、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＨＳ−２）の発現もしくは活性に関与するプロテアーゼ、マトリックスメタロプロテイナーゼ（例えば、メタロプロテイナーゼ２）、エラスターゼ、α１−プロテイナーゼ、プロテイナーゼ３、キモトリプシン、トリプシン、ヒト肥満細胞カイメース、角質層キモトリプシン酵素、トリプターゼ、ヒト白血球エラスターゼ、角質層キモトリプシン酵素、ならびに例えば、エラスチンを基質として有するプロテイナーゼ、プロテオグリカンを基質として有するプロテイナーゼ、およびコラーゲンを基質として有するプロテイナーゼ、ヒト好中球エラスターゼ；他のエラスターゼ；多形核顆粒球；プロテイナーゼ３；ズブチリシン；アクロモバクタープロテアーゼ；α−溶解プロテアーゼ；プロテアーゼＡ；グルタミン酸特異的プロテアーゼ；プロテアーゼＢ；表皮剥離性（剥脱性）毒素Ａ；剥脱性毒素Ｂ；プロテアーゼＤｏ（ＤｅｇＰ、ＨｔｒＡ）；ミトコンドリアセリンプロテアーゼＨｔｒＡ２；プロテアーゼ特異的抗原；トロンビン；ニューロプシン；熱ショックタンパク質３１；トリプシン様プロテアーゼファミリーのメンバー（原核生物プロテアーゼ、真核生物プロテアーゼ、およびウイルスプロテアーゼ（ウイルスキャプシドタンパク質、ＴＥＶプロテアーゼ、ＮＳ３プロテアーゼ、ＮＳＰ４プロテアーゼ）が挙げられるが、これらに限定はされない）；システインプロテアーゼスーパーファミリーのメンバー（パパイン様プロテアーゼのメンバー（カテプシン、エキソペプチダーゼ、カテプシンエンドペプチダーゼ、プロカテプシンＢ、カテプシンＢ、カテプシンＣ，カテプシンＦ、カテプシンＧ、カテプシンＨ、カテプシンＫ、カテプシンＪ、カテプシンＬ、カテプシンＬ２、カテプシンＭ、カテプシンＯ、カテプシンＱ、カテプシンＲ、カテプシンＳ、カテプシンＷ、カテプシンＺ、カテプシンＶ、およびカテプシンＸ）、カテプシン（カテプシン−１、カテプシン−２、カテプシン−３、およびカテプシン６が挙げられるが、これらに限定はされない）、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｃｒｕｚｉキューザイン（ｃｕｚａｉｎ）、ヒトブレオマイシンヒドロラーゼ、スタホパイン（ｓｔａｐｈｏｐａｉｎ）、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ発熱性外毒素Ｂ、ＦＭＤＶリーダープロテアーゼ（口蹄疫ウイルス）、カルパイン（μ−カルパイン、ｍ−カルパイン、カルパイン−１〜カルパイン１４、カルパスタチン、カルパイン大サブユニット、触媒ドメイン（ドメインＩＩ）、トランスグルタミナーゼ触媒ドメイン、パラカスパーゼ、アリールアミン−Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ７、アデノウイルスプロテアーゼ様、微生物トランスグルタミナーゼ、オツバイン（ｏｔｕｂａｉｎ）ファミリー、フリン（ｆｕｒｉｎ）およびｆｕｒｉｎ（ｆｕｒｉｎ）モチーフ改変体；ＰＣ５；ＰＣ７が挙げられるが、これらに限定はされない。プロテアーゼおよびインヒビターの一般的説明については、例えば、Ｂａｒｒｅｔｔ，Ａ．Ｊ．，１９９４，「Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｅｐｔｉｄａｓｅｓ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，２４４，１−１５；Ｏｔｔｏ，Ｈ．−Ｈ．＆Ｓｃｈｉｒｍｅｉｓｔｅｒ，Ｔ．１９９７「Ｃｙｓｔｅｉｎｅ  Ｐｒｏｔｅａｓｅｓ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ」，Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．９７，１３３−１７１（その内容は、本明細書中に参考として全体が援用される）。
【０２０７】
（結合ドメイン）
上記結合ドメイン融合タンパク質は、プロテアーゼ関連分子に結合可能な結合ドメインポリペプチドを含む。本開示に従う結合ドメイン融合タンパク質（結合ドメインポリペプチドを含む）は、同族生物学的分子または１つよりも多くの分子の複合体またはそのような分子のアセンブリもしくは凝集体（安定であるかまたは一過性である）を特異的に認識して結合する能力を有する、任意のポリペプチドを包含する。そのような分子としては、例えば、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、アミノ酸、もしくはその誘導体；脂肪酸などもしくはその誘導体；炭水化物、糖質など、もしくはそれらの誘導体；核酸、ヌクレオチド、ヌクレオシド；プリン、ピリミジン、もしくは関連分子、またはそれらの誘導体など；あるいはそれらの任意の組み合わせ（例えば、糖タンパク質、糖ペプチド、糖脂質、リポタンパク質、プロテオ脂質）；あるいは他の任意の生物学的分子；が挙げられる。
【０２０８】
結合領域（結合ドメインポリペプチドを含む）は、例えば、目的とするプロテアーゼ関連構造もしくはプロテアーゼ関連分子である生物学的分子もしくは他の分子（本明細書中で「抗原」または「エピトープ」と呼ばれるが、本開示に従って、対象融合タンパク質を有するか、結合するか、もしくは特異的に結合することが望まれる、任意の生物学的分子もしくは他の分子を包含することが意図される）の、天然に存在する任意の結合パートナー、合成結合パートナー、半合成パートナー、および／または組換え生成された結合パートナーであり得る。本発明の構築物は、それらが、本明細書中に提供される抗原などの望ましい標的分子に対して、望ましいレベルで、例えば、約１０６Ｍ−１以上のＫａで、より好ましくは約１０７Ｍ−１以上のＫａで、なおより好ましくは約１０８Ｍ−１以上のＫａで結合する場合に、「特異的」、「免疫特異的」または望ましい程度に結合可能である（特異的結合を包含する）と規定される。約１０８Ｍ−１以上の親和性（例えば、約１０９Ｍ−１、約１０１０Ｍ−１、約１０１０Ｍ−１、約１０１１Ｍ−１、および約１０１２Ｍ−１以上の親和性）が、なおさらに好ましい。本発明に従う結合ドメイン融合タンパク質の親和性は、従来技術（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄら，１９４９  Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．ＳｃＬ  ５１：６６０により記載されるもの）を使用して、容易に決定され得る。融合タンパク質結合の決定はまた、他のタンパク質もしくはポリペプチドと特異的に相互作用するタンパク質を同定および取得するための多数の公知の方法のうちのいずれか（例えば、米国特許第５，２８３，１７３号および米国特許第５，４６８，６１４号、または等価物に記載されるような、酵母ツーハイブリッドスクリーニング系）を使用して、実施され得る。
【０２０９】
特定の好ましい実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、抗体および免疫グロブリンに由来する結合ドメインを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。このように、上記結合ドメインは、例えば、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体を包含する）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、トリアボディ（ｔｒｉａｂｏｄｙ）、改変型抗体（例えば、ヒト化抗体）、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、および望ましい結合活性を示す任意の抗体フラグメントを含み得る。本発明において有用な免疫グロブリン分子としては、５つのヒト免疫グロブリンクラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＤのタンパク質が挙げられる。これらとしては、ＩｇＧｌ、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡｌ、およびＩｇＡ２が挙げられる。
【０２１０】
本発明において有用な抗体フラグメントとしては、例えば、軽鎖可変領域（ＶＬおよびＶＨ）、ＦＶ領域、Ｆｄ領域（ＶＨとＣＨｌと（すなわち、重鎖の２つのＮ末端ドメイン）を含む領域）、ヒンジ領域（部分ヒンジ領域、上部ヒンジ領域、コア領域、および／もしくは下部ヒンジ領域（グリコシル化部位を含むかもしくは含まない）を含む）、Ｆｃ領域（定常領域から誘導されかつペプシン消化後に形成される、「フラグメント結晶化可能」領域）およびＦａｂ（「フラグメント抗原結合」）領域が挙げられる。本発明の構築物中に含まれる上記フラグメントのうちのいずれかまたはすべては、天然に存在し得る。本発明の構築物中に含まれる上記フラグメントのうちのいずれかまたはすべては、天然に存在しないもの（例えば、変異されているか、またはアミノ酸の欠失、置換、もしくは挿入によって改変されている）であり得る。抗体フラグメント（例えば、免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドおよび／または重鎖可変領域ポリペプチド）は、当業者にとって周知である技術によって、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応において種々のオリゴヌクレオチドプライマーセットを使用して、合成により調製され得る。これらの合成により調製された抗体フラグメントは、公知の免疫グロブリン配列もしくは天然に存在する免疫グロブリン配列と、同じアミノ酸配列またはその可変体を含み得る。
【０２１１】
本発明の一局面において、上記結合ドメインは、抗体、いずれかの方向にあるＨ鎖可変領域およびＬ鎖可変領域、細胞表面レセプターの細胞外ドメイン、Ｈ鎖可変領域、Ｌ鎖可変領域、Ｈ鎖およびＬ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）（例えば、ＣＤＲ３）、ヒト化ラクダ科Ｈ鎖、ファージディスプレイライブラリーから選択されたポリペプチド、および細胞表面上に提示されたレセプターと特異的に反応するサイトカインを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらかなる。
【０２１２】
本発明の構築物は、非従来型免疫グロブリン（例えば、ラクダ科（ラクダ、ヒトコブラクダ、およびラマ）において見出されるもの；Ｈａｍｅｒｓ’Ｃａｓｔｅｒｍａｎら、１９９３  Ｎａｔｕｒｅ  ３６３：４４６；Ｎｇｕｙｅｎら、１９９８  Ｊ．ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ  ２７５：４１３）、テンジクザメにおいて見出されるもの（Ｒｏｕｘら、１９９８  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．ＳｃＬ  ＵＳＡ  ９５：１１８０４）、スポッテッド・ラットフィッシュ（ｓｐｏｔｔｅｄ  ｒａｔｆｉｓｈ）（Ｎｇｕｙｅｎら、「Ｈｅａｖｙ−ｃｈａｉｎ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  Ｃａｍｅｌｉｄａｅ；ａ  ｃａｓｅ  ｏｆ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ，」２００２  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５４（１）：３９−４７）を含んだり利用したりしてもよいし、そうではなくてもよい。これらの抗体は、軽鎖可変領域のみを使用して抗原結合領域を形成し得る。すなわち、これらの機能的抗体は、重鎖のみのホモダイマーである（「重鎖抗体」または「ＨＣＡｂ」と呼ばれる）。
【０２１３】
本発明の構築物は、免疫グロブリン可変領域の配列もしくは配列フラグメントにおいて、変異もしくは改変を含んでも含まなくてもよい。
【０２１４】
本発明の構築物は、免疫グロブリン定常領域の配列もしくは配列フラグメントにおいて、変異もしくは改変を含んでも含まなくてもよい。
【０２１５】
本発明の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、それが望ましい結合レベルおよび選択性レベルで目的とする抗原もしくは他の望ましい標的構造に結合もしくは特異的に結合可能である限りは、少なくとも１つのネイティブ免疫グロブリン可変領域ポリペプチドもしくは操作された免疫グロブリン可変領域ポリペプチド（例えば、ネイティブ重鎖もしくは操作された重鎖、および／もしくは軽鎖Ｖ領域もしくは操作されたＶ領域のすべてもしくは部分もしくはフラグメント）を含み得る、結合ドメインを含む。
【０２１６】
他の好ましい実施形態において、上記結合領域または結合ドメインは、単鎖免疫グロブリン由来Ｆｖ生成物（例えば、ｓｃＦｖ）（これは、少なくとも１つのネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリン軽鎖Ｖ領域のうちのすべてもしくは一部、および少なくとも１つのネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリン重鎖Ｖ領域のうちのすべてもしくは一部、およびＶ領域に融合もしくは他の方法で結合されたリンカーを含み得る）を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。ｓｃＦｖは、天然に存在する可変領域および変異もしくは改版された可変領域を含む。他の調製方法および試験方法は、当該分野で周知である。Ｆｖ領域の単一ポリペプチド鎖結合分子（単鎖Ｆｖ分子）の調製は、当該分野で公知である。例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと。本発明において、本発明の構築物において含まれ得る単鎖Ｆｖ様分子は、重鎖もしくは軽鎖の第一可変領域をコードすることによって合成され得、その後、対応する軽鎖もしくは重鎖の可変領域にそれぞれ１つ以上のリンカーが続く。
【０２１７】
２つの可変領域の間の種々の適切なリンカーの選択は、米国特許第４，９４６，７７８号（例えば、Ｈｕｓｔｏｎら，１９９３  Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０：１９５を参照のこと）に記載される。本明細書中に記載される例示的なリンカーは、（Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ）３であるが、任意の望ましい長さであり得る。そのリンカーは、天然で凝集されるが化学的に別個である重鎖および軽鎖を、単一ポリペプチド鎖のアミノ末端抗原結合部分（例えば、この抗原結合部分は、２つのポリペプチド鎖から構成された元の構造と類似する構造へと折りたたまれるか、または標的（例えば、標的抗原）に結合する能力を有する）へと変換するために使用される。１つの局面において、上記結合ドメインは、標的分子を認識して結合するように、結合ドメイン融合タンパク質中でアセンブリされたＨ鎖可変領域およびＬ鎖可変領域から構成される。本発明の一局面において、Ｈ可変領域とＬ可変領域との間またはＬ可変領域とＨ可変領域との間のリンカーは、短く、１つのポリペプチド鎖上にあるＨ可変領域およびＬ可変領域（任意の方向にある）が、標的を認識する組み合わせ部位を形成するのを防止するために、１０アミノ酸未満（好ましくは３〜１０アミノ酸、より好ましくは２〜７アミノ酸、最も好ましくは４〜６アミノ酸）であり、その組み合わせ部位を形成するために２つのポリペプチド鎖上にあるＨ領域およびＬ領域を必要とする。本発明の別の局面において、Ｈ可変領域とＬ可変領域との間、またはＬ可変領域とＨ可変領域との間のリンカーは、長く、そして１つのポリペプチド鎖上にあるＨ領域およびＬ領域（任意の方向にある）が、標的を認識する組み合わせ部位を形成するのを可能にするために、１２アミノ酸よりも長い（好ましくは１２〜３０アミノ酸、より好ましくは１２〜２０アミノ酸、最も好ましくは１４〜１６アミノ酸である）。なお別の局面において、本発明は、結合領域が免疫エフェクター細胞上の抗原に結合する、構築物を包含する。具体的実施形態において結合ドメインとして利用される特定のｓｃＦｖの部分的リストが、本明細書において以下に記載される。
【０２１８】
本発明の特定の実施形態に従って、上記結合ドメインポリペプチドは、（ａ）少なくとも１つのネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチド；（ｂ）少なくとも１つのネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチド；および（ｃ）（ａ）のポリペプチドおよび（ｂ）のポリペプチドに融合もしくは接続された、少なくとも１つのリンカーポリペプチド；を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。他の特定の実施形態において、上記のネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドおよびネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドは、ヒト免疫グロブリンから構築され、他のさらなる特定の実施形態において、上記リンカーポリペプチドは、アミノ酸配列Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ  （配列番号＿）を含むかまたは有する、少なくとも１つのポリペプチドを含む。なお他の実施形態において、上記リンカーポリペプチドは、アミノ酸配列としてＧｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ（配列番号＿）を有するポリペプチドの少なくとも２回反復または３回反復を含む。他の実施形態において、上記リンカーは、グリコシル化部位を含み、これは特定のさらなる実施形態においては、アスパラギン酸結合型グリコシル化部位、Ｏ結合型グリコシル化部位、Ｃ−マンノシル化部位、グリピエーション（ｇｌｙｐｉａｔｉｏｎ）部位、またはホスホグリケーション部位である。
【０２１９】
例えば、特定の免疫グロブリン参照配列の部分、および対象とする任意の１つ以上のさらなる免疫グロブリン配列の部分は、参照配列と比較され得る。「対応する」配列、領域、フラグメントなどは、Ｋａｂａｔ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（５ｔｈ  ｅｄ．Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ：Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  （１９９１））に従って免疫グロブリンのアミノ酸位置を番号付けするための約束事に基づいて同定され得る。本明細書中に記載されそして当該分野で公知であるように、免疫グロブリンは、メンバーが高い程度配列保存を示す遺伝子ファミリーの産物を含む。２つの免疫グロブリンまたは免疫グロブリンドメインもしくは免疫グロブリン領域あるいはそれらの部分のアミノ酸配列（例えば，ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ヒンジ領域、ＣＨ２定常領域、ＣＨ３定常領域）が、整列されて分析され得る。互いに対して対応する配列の部分が、例えば配列相同性によって、同定され得る。配列相同性の決定は、多数の配列アライメントツールおよび配列分析ツール（当業者にとって周知であるコンピューターアルゴリズム（例えば、ＡｌｉｇｎまたはＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，１９９１  Ｊ  ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ．２１９：５５５−５６５；ＨｅｎｉｋｏｆｆおよびＨｅｎｉｋｏｆｆ，１９９２  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．ＳｃＬ  ＵＳＡ  ８９：１０９１５−１０９１９）（これは、ＮＣＢＩウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ／ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＢＬＡＳＴ）にて入手可能である）が挙げられる）のうちのいずれかを用いて決定され得る。デフォルトパラメーターが、使用され得る。特定の好ましい実施形態において、対象となる免疫グロブリン配列またはその領域、部分、誘導体、もしくはフラグメントは、対応する参照配列と約９５％よりも高い同一性である。特定の好ましい実施形態において、そのような対象配列は、約１アミノ酸位置以下、約２アミノ酸位置以下、約３アミノ酸位置以下、約４アミノ酸位置以下、約５アミノ酸位置以下、約６アミノ酸位置以下、約７アミノ酸位置以下、約８アミノ酸位置以下、約９アミノ酸位置以下、または約１０アミノ酸位置以下で、対応する参照配列とは異なり得る。
【０２２０】
例えば、特定の実施形態において、本発明は、適切な部分において、ヒトもしくは他の種の免疫グロブリン重鎖可変領域ポリペプチドを含む、構築物に関し、このポリペプチドは、例えば、マウスＶＨ由来配列においてアミノ酸９位、１０位、１１位、１２位、１０８位、１１０位、１１１位、および１１２位のうちの１つ以上に対応する位置のアミノ酸において、変異、改変、もしくは欠失を含む。特定の実施形態において、例えば、本発明はまた、適切な部分において、ヒト免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドまたは別の種由来の免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドを含む、構築物に関し、これらのポリペプチドは、アミノ酸１２位、８０位、８１位、８２位、１０５位、１０６位、１０７位、および１０８位のうちの１つ以上に対応する位置のアミノ酸において、変異、改変、もしくは欠失を含む。なお他の特定の実施形態において、本発明は、適切な部分において、（１）ヒト免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドまたは別の種由来の免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチド（これは、アミノ酸９位、１０位、１１位、１２位、１０８位、１１０位、１１１位、および１１２位のうちの１つ以上に対応する位置のアミノ酸において、変異、改変、もしくは欠失を有する軽鎖配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれらかなる）；ならびに（２）ヒト免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチドまたは別の種由来の免疫グロブリン軽鎖可変領域ポリペプチド（これは、アミノ酸１２位、８０位、８１位、８２位、１０５位、１０６位、１０７位、および１０８位のうちの１つ以上に対応する位置のアミノ酸において、変異、改変、もしくは欠失を有する軽鎖配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれらかなる）を含む、構築物に関する。
【０２２１】
別の例として、免疫グロブリン配列の概要およびデータベース（例えば、上記において列挙されるもの）を参照することによって、例えば、互いに対する２つ以上の免疫グロブリン配列の関連性は、起源動物種、特定の免疫グロブリンもしくは免疫グロブリン領域ポリペプチド配列のクラスおよびサブクラス（例えば、アイソタイプ）の同定を可能にする様式で、容易にかつ過度な実験を伴わずに確立され得る。任意の免疫グロブリン可変領域ポリペプチド配列（ネイティブもしくは操作された型のＶＨおよび／もしくはＶＬおよび／または他の側鎖可変領域（ｓＦｖ）配列、あるいは他のネイティブもしくは操作された型のＶ領域由来配列などを含む）が、結合領域または結合ドメインとして使用され得る。操作された型の配列としては、例えば、重鎖可変領域もしくはｓｃＦｖにおいてアミノ酸９位、１０位、１１位、１２位、１０８位、１１０位、１１１位、および１１２位のうちの１つ以上に対応する位置におけるアミノ酸の変異、改変、または欠失を含むか、および／あるいは軽鎖可変領域配列もしくはｓｃＦｖにおいてアミノ酸１２位、８０位、８１位、８２位、８３位、１０５位、１０６位、１０７位、および１０８位のうちの１つ以上の対応する位置における位置における変異、改変、または欠失を含む、任意の種（好ましくはヒトまたはマウス）に由来する免疫グロブリン配列が挙げられる。
【０２２２】
種々の実施形態は、例えば、ネイティブもしくは操作された型の免疫グロブリンＶ領域ポリペプチド配列（例えば、抗体（モノクローナル抗体を含む）（たとえば、マウスもしくは他のげっ歯類の抗体、他の供給源（例えば、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ラクダ科、もしくは他の種（トランスジェニック動物を含む）に由来する抗体もしくはモノクローナル抗体（ヒト抗体もしくはヒトモノクローナル抗体、ヒト化抗体もしくはヒト化モノクローナル抗体を含む）を包含する。非限定的例としては、モノクローナル抗体に由来する可変領域ポリペプチド配列（例えば、本明細書中および／または係属中の出願である２００３年７月２６日にＬｅｄｂｅｔｔｅｒらにより出願された、発明の名称が「ＢＩＮＤＩＮＧ  ＣＯＮＳＴＲＵＣＴＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＵＳＥ  ＴＨＥＲＥＯＦ」である米国特許出願第１０／６２７，５５６号、および２００３年１２月２４日にＬｅｄｂｅｔｔｅｒらによって出願された、発明の名称が「ＢＩＮＤＩＮＧ  ＣＯＮＳＴＲＵＣＴＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＵＳＥ  ＴＨＥＲＥＯＦ」であるＰＣＴ／ＵＳ０３／４１６００）において、より詳細に記載されているもの）が挙げられる。
【０２２３】
他の結合領域（結合ドメインポリペプチドを含む）は、本明細書中に提供される抗原（非免疫グロブリンを含む）に結合または特異的に結合する能力を保持する、任意のタンパク質またはその部分を包含し得る。従って、本発明は、ポリペプチドリガンド（例えば、ホルモン、サイトカイン、ケモカインなど）；そのようなポリペプチドリガンドの細胞表面レセプターもしくは可溶性レセプター；レシチン；細胞内接着レセプター（例えば、特定の白血病インテグリン、セレクチン、免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリー、細胞内接着分子（ＩＣＭＡ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３）など；組織適合性抗原など；に由来する結合領域もしくは結合ドメインポリペプチドを含む構築物（融合タンパク質を含む）を企図する。
【０２２４】
本発明の分子内の他の結合領域は、グリコシル化（例えば、糖質部分（例えば、単糖もしくはオリゴ糖の共有結合）部位を含むドメインを含み得る。
【０２２５】
本発明の分子内のなお他の結合領域は、別の分子（抗原を含む）に結合もしくは特異的に結合する能力を保持するタンパク質もしくはその部分を含み得る、ポリペプチドを包含する。従って、結合領域は、ホルモン、サイトカイン、ケモカインなど；そのようなポリペプチドリガンドの細胞表面レセプターもしくは可溶性レセプター；レシチン；細胞内接着レセプター（例えば、特定の白血病インテグリン、セレクチン、免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリー、細胞内接着分子（ＩＣＭＡ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３）など；組織適合性抗原など；を含み得るか、またはそれらから誘導され得る。そのような分子に由来する結合領域は、標的に対する結合のために必要であるかもしくはそのために望ましい分子の部分を含む。
【０２２６】
一般的には、標的関連分子（特に、プロテイナーゼ関連標的）としては、任意のタンパク質、糖質、核酸、または他の有機分子が挙げられる。標的関連分子は、動物もしくは被験体において、細胞表面において、特定の細胞型、特定の組織、もしくは特定の位置において、発現され得る。例えば、標的関連分子は、白血球、Ｔリンパ球（例えば，ＣＤ２，ＣＤ３，ＣＤ４，ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ８，ＣＤ２５，ＣＤ２８，ＣＤ６９，ＣＤ  １５４，ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ−４）およびＩＣＯＳ抗原），ヘルパーＴ細胞，単球，樹状細胞，免疫エフェクター細胞，Ｂ細胞（例えば，ＭＨＣクラスＩＩ，ＣＤ１９，ＣＤ２０，ＣＤ２１，ＣＤ２２，ＣＤ２３，ＣＤ３７およびＣＤ４０抗原）上で発現され得る。細胞表面マーカーは、別の型の標的関連分子（正常細胞もしくは悪性疾患細胞に由来する細胞表面マーカーを含む）である。他の結合ドメイン標的としては、サイトカイン（増殖因子およびシグナル伝達媒介因子が挙げられる）；血中タンパク質もしくは組織中タンパク質；感染標的（ウイルス標的、細菌標的、真菌標的、および寄生生物標的が挙げられる）；ならびに細胞内標的（細胞内タンパク質標的を含む）が挙げられる。
【０２２７】
結合ドメインポリペプチドのプロテイナーゼ関連標的であり得る細胞表面抗原／レセプター、あるいは結合領域もしくは結合ドメインポリペプチドもしくはそれらの部分の適切な供給源としての細胞表面抗原／レセプターとしては、ＣＤ２（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ０００２３，ＳＥＧＪＨＵＭＣＤ２，Ｍ１６３３６，Ｍ１６４４５，ＳＥＧ＿ＭＵＳＣＤ２，Ｍ１４３６２），４−１  ＢＢ（ＣＤｗｌ３７，Ｋｗｏｎら，１９８９  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．ＳｃＬ  ＵＳＡ  ８６：１９６３），４−１ＢＢリガンド（Ｇｏｏｄｗｉｎら，１９９３  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２３：２３６１；  Ｍｅｌｅｒｏら、１９９８  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３：１１６），ＣＤ５  （例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ７８９８５，Ｘ８９４０５），ＣＤ１０（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ８１５９１，Ｘ７６７３２），ＣＤ２７（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ６３９２８，Ｌ２４４９５，Ｌ０８０９６），ＣＤ２８（Ｊｕｎｅら、１９９０  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  １１：２１１；また，例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｊ０２９８８，ＳＥＧ＿ＨＵＭＣＤ２８，Ｍ３４５６３），ＣＤ１５２／ＣＴＬＡ−４（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｌ１５００６，Ｘ０５７１９，ＳＥＧＪＨＵＭＩＧＣＴＬ），ＣＤ４０（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ８３３１２，ＳＥＧ＿ＭＵＳＣ０４０Ａ０，Ｙ１０５０７，Ｘ６７８７８，Ｘ９６７１０，Ｕ１５６３７，Ｌ０７４１４），インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ；例えば，Ｆａｒｒａｒら、１９９３  Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１：５７１およびその中で引用される参考文献，Ｇｒａｙら、１９８２  Ｎａｔｕｒｅ  ２９５：５０３，Ｒｉｎｄｅｒｋｎｅｃｈｔら、１９８４  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５９：６７９０，ＤｅＧｒａｄｏら、１９８２  Ｎａｔｕｒｅ  ３００：３７９），インターロイキン−４（ＩＬ−４；例えば、５３ｒｄ  Ｆｏｒｕｍ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９９３  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４４：５５３−６４３；Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕら，１９９４  ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ，２ｎ  ｅｄ．，Ａ．Ｔｈｏｍｓｏｎ，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ｐ．９９；Ｋｅｅｇａｎら，１９９４  Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃｙｔ．Ｂｉｏｌ．．５５：２７２，およびそれらにおいて引用される参考文献），インターロイキン−１７（ＩＬ−１７）（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ３２６５９，Ｕ４３０８８）およびインターロイキン−１７レセプター（ＩＬ−１７Ｒ）（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ３１９９３，Ｕ５８９１７）が挙げられる。
【０２２８】
結合ドメインポリペプチドのプロテイナーゼ関連標的であり得るさらなる細胞表面抗原／レセプター、あるいは結合領域もしくは結合ドメインポリペプチドもしくはそれらの部分の適切な供給源としてのさらなる細胞表面抗原／レセプターとしては、ＣＤ  ５９（例えば，ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧ＿ＨＵＭＣＤ５９０，Ｍ９５７０８，Ｍ３４６７１），ＣＤ４８（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ５９９０４），ＣＤ５８／ＬＦＡ−３（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ａ２５９３３，Ｙ００６３６，Ｅ１２８１７；またＪＰ  １９９７０７５０９０−Ａを参照のこと），ＣＤ７２（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＡ３１１０３６，Ｓ４０７７７，Ｌ３５７７２），ＣＤ７０（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１３６３６，Ｓ６９３３９），ＣＤ８０／Ｂ７．１（Ｆｒｅｅｍａｎら，１９８９  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２７１４；Ｆｒｅｅｍａｎら，１９９１  Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７４：６２５；また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ３３２０８，１６８３３７９を参照のこと），ＣＤ８６／Ｂ７．２（Ｆｒｅｅｍａｎら、１９９３  Ｊ  Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７８：２１８５，Ｂｏｒｉｅｌｌｏら、１９９５  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：５４９０；また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ０９９１０５，ＳＥＧ＿ＭＭＢ７２Ｇ，Ｕ３９４６６，Ｕ０４３４３，ＳＥＧ＿ＨＳＢ７２５，Ｌ２５６０６，Ｌ２５２５９を参照のこと），Ｂ７−Ｈ１／Ｂ７−ＤＣ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１４１４３，ＡＦ１７７９３７，ＡＦ３１７０８８；Ｄｏｎｇら、２００２  Ｎａｔ．Ｍｅｄ．Ｊｕｎ  ２４（ｅｐｕｂ  ａｈｅａｄ  ｏｆ  ｐｒｉｎｔ），ＰＭＩＤ  １２０９１８７６；Ｔｓｅｎｇら、２００１  Ｊ  Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９３：８３９；Ｔａｍｕｒａら，２００１  Ｂｌｏｏｄ  ９７：１８０９；Ｄｏｎｇら，１９９９  Ｂａｔ．Ｍｅｄ．５：１３６５），ＣＤ４０リガンド（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧＪＨＵＭＣＤ４０Ｌ，Ｘ６７８７８，Ｘ６５４５３，Ｌ０７４１４），ＩＬ−１７（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ３２６５９，Ｕ４３０８８），ＣＤ４３（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ５２０７５，Ｊ０４５３６），ＩＣＯＳ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＨ０ｌ１５６８），ＣＤ３（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００００７３（γサブユニット），ＮＭ＿０００７３３（εサブユニット），Ｘ７３６１７（δサブユニット）），ＣＤ４（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０００６１６），ＣＤ２５（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０００４１７），ＣＤ８（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ１２８２８），ＣＤ８α（Ｔ細胞表面糖タンパク質ＣＤ８α鎖（Ｔリンパ球分化抗原とも呼ばれる）、Ｔ８／Ｌｅｕ−２，およびＬｙｔ−２）；ＣＤ１１ｂ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｊ０３９２５），ＣＤ１４（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＸＭ＿０３９３６４），ＣＤ５６（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ６��０４１），ＣＤ６９（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１７８１）およびＶＬＡ−４（α４β７）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｌ１２００２，Ｘ１６９８３，Ｌ２０７８８，Ｕ９７０３１，Ｌ２４９１３，Ｍ６８８９２，Ｍ９５６３２）が挙げられる。以下の細胞表面レセプターは、標的には、Ｂ細胞に関連する：ＣＤ  １９（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧＪＨＵＭＣＤ  １９Ｗ０，Ｍ８４３７１，ＳＥＧＪＶ［ＵＳＣＤ  １９Ｗ，Ｍ６２５４２），ＣＤ２０（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧ＿ＨＵＭＣＤ２０，Ｍ６２５４１），ＣＤ２２（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号１６８０６２９，Ｙ１０２１０，Ｘ５９３５０，Ｕ６２６３１，Ｘ５２７８２，Ｌ１６９２８），ＣＤ３０（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ８３５５４，Ｄ８６０４２），ＣＤ１５３（ＣＤ３０リガンド，例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｌ０９７５３，Ｍ８３５５４），ＣＤ３７（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧ＿ＭＭＣＤ３７Ｘ，Ｘ１４０４６，Ｘ５３５１７），ＣＤ５０（ＩＣＡＭ−３，例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００２１６２），ＣＤ１０６（ＶＣＡＭ−Ｉ）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ５３０５１，Ｘ６７７８３，ＳＥＧ＿ＭＭＶＣＡＭ１Ｃ，また米国特許第５，５９６，０９０号も参照のこと），ＣＤ５４（ＩＣＡＭ−Ｉ）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ８４７３７，Ｓ８２８４７，Ｘ０６９９０，Ｊ０３１３２，ＳＥＧ＿ＭＵＳＩＣＡＭ０），インターロイキン−１２（例えば、Ｒｅｉｔｅｒら、１９９３  Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：１，およびその中で引用される参考文献を参照のこと），ＣＤ  １３４（ＯＸ４０，例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２７７１５１），ＣＤ１３７（４１ＢＢ，例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｌ１２９６４，ＮＭＪＸＨ５６１），ＣＤ８３（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ００１０３６，ＡＬ０２１９１８），ＤＥＣ−２０５（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＯｌ  １３３３，Ｕ１９２７１），ＣＤ６，ＣＤ７（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＨ２４３７６［Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ］，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＹ４０７４０６［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］），ＣＤ２１（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＣＡＡ６６９１０［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＦ２９８２２４，Ｘ９８２５７［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＦ  １６８６８３［Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ］），ＣＤ２３（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＬ８４００４，ＣＡＡ５１９８１，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＦ３８１９７８，Ｘ７３５７９［Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ］，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＢ２８７９３，ＡＡＢ２８７９２，ＡＡＢ２８７９１  Ｅｎｔｒｅｚ  ヌクレオチドＡＩ４４９１６３［Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ］，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＥ０４２５０［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］，ＣＤ４５（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＳ４６９６２，ＡＡＳ４６９５４，ＡＡＳ４６９４６，ＡＡＳ４６９３８，ＡＡＳ４６９３０，ＡＡＳ４６９２２，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＹ５３９６５９，ＡＹ５３９７０７，ＡＹ５３９６９９，ＡＹ５３９６９１，ＡＹ５３９６８３，ＡＹ５３９６７５，ＡＹ５３９６６７，ＡＪ００６１０２［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＡＡＢ３４２６８，ＡＡＢ３４２７４，ＡＡＢ３４２７２，ＡＡＢ３４２７０，ＡＡＢ３４２６８［Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ］，ＣＤ４５  ＲＡ３  ＣＤ４５  ＲＯ，ＣＤ  １５４（ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＡＹ３３３７９０［Ｃａｎｉｓ  ｆａｍｉｌｉａｒｉｓ］，ＭＨＣクラスＩＩ［Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＣＡＤ６２４３６，ＣＡＤ６２４３５，ＡＡＢ０８１０９  ［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］，Ｅｎｔｒｅｚタンパク質１５６０２８［Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ］），ＶＥＧＦ（Ｅｎｔｒｅｚタンパク質ＮＰ＿００３３６８，ＡＡＤ０３７１０，ＡＡＣ６３１４３，ＣＡＡ４４４４７［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］，ＥｎｔｒｅｚヌクレオチドＮＭ＿００３３７６，ＡＹ０４７５８１［Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ］）が挙げられる。
【０２２９】
他のプロテイナーゼ関連分子としては、腫瘍抗原が挙げられる。本発明の構造物によって標的とされ得る腫瘍抗原の例としては、扁平上皮癌抗原１（ＳＣＣＡ―Ｉ）（タンパク質Ｔ４―Ａ）；扁平上皮癌抗原２（ＳＣＣＡ−２）；卵巣癌抗原ＣＡ１２５（１Ａ１―３Ｂ）（ＫＩＡＡ００４９）；ムチン１（腫瘍関連ムチン）（癌関連ムチン）（多形上皮ムチン）（Ｐｅｒｎ）（Ｐｅｍｔ）（Ｅｐｉｓｉａｌｉｎ）（腫瘍関連上皮膜抗原）（Ｅｍａ）（Ｈ２３ＡＧ）（ピーナッツ反応性尿ムチン）（Ｐｕｍ）（乳癌関連抗原ＤＦ３）、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ１―１、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ１４―３、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ２０―４、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ２０―９、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ３３―１、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ３７―２、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ５７―１、ＣＴＣＬ腫瘍抗原ｅ８９―１、前立腺特異的膜抗原、５Ｔ４癌胎児性栄養膜糖タンパク質、Ｏｒｆ７３カポージ肉腫関連ヘルペスウイルス、ＭＡＧＥ―Ｃｌ（癌／精巣抗原ＣＴ７）、ＭＡＧＥ−Ｂｌ抗原（ＭＡＧＥ―ＸＰ抗原）（ＤＡＭｌＯ）、ＭＡＧＥ―Ｂ２抗原（ＤＡＭ６）、ＭＡＧＥ―２抗原、ＭＡＧＥ―４ａ抗原、ＭＡＧＥ―４ｂ抗原、結腸癌抗原ＮＹ―ＣＯ―４５、肺癌抗原ＮＹ―ＬＵ―１２改変体Ａ、癌関連表面抗原、腺癌抗原ＡＲＴｌ、腫瘍随伴性脳−精巣−癌抗原（腫瘍ニューロン抗原ＭＡ２、腫瘍随伴性ニューロン抗原）、神経腫瘍学的腹側抗原２（ＮＯＶＡ２）Ｔ細胞、肝細胞癌抗原遺伝子５２０；腫瘍関連抗原ＣＯ―０２９、腫瘍関連抗原ＭＡＧＥ―Ｘ２、滑膜肉腫、Ｘ限界点２、Ｔ細胞により認識される平滑上皮癌抗原；血清学的に定義された結腸癌抗原１；血清学的に定義された乳癌抗原ＮＹ−ＢＲ−１５；血清学的に定義された乳癌抗原ＮＹ−ＢＲ−１６；クロモグラニンＡ；精巣上体分泌タンパク質１；ＤＵＰＡＮ―２、ＣＡ  １９―９、ＣＡ  ７２―４、ＣＡ  １９５、およびＬ６（腫瘍関連抗原Ｌ６，膜貫通４スーパーファミリーメンバー１，膜成分表面マーカー１，またはＭ３Ｓｌとも呼ばれる）が挙げられる。
【０２３０】
結合ドメインポリペプチドに対するプロテイナーゼ関連標的であり得るか、または結合領域もしくは結合ドメインポリペプチドもしくはそれらの部分の適切な供給源としての細胞表面レセプターの例としては、ＨＥＲ１（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ４８７２２，ＳＥＧ＿ＨＥＧＦＲＥＸ、ＫＯ３１９３）、ＨＥＲ２（Ｙｏｓｈｉｎｏら，１９９４  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：２３９３、Ｄｉｓｉｓら，１９９４  Ｃａｎｅ．Ｒｅｓ．５４：１６、また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ０３３６３、Ｍ１７７３０、ＳＥＧ＿ＨＵＭＨＥＲ２０もまた参照のこと）、ＨＥＲ３（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ２９３３９、Ｍ３４３０９）、ＨＥＲ４（Ｐｌｏｗｍａｎら，１９９３  Ｎａｔｕｒｅ  ３６６：４７３、また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｌ０７８６８、Ｔ６４１０５もまた参照のこと）、上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ４８７２２、ＳＥＧＪＨＥＧＦＲＥＸ、ＫＯ３１９３）、血管内皮細胞増殖因子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ  Ｎｏ．Ｍ３２９７７）、血管内皮細胞増殖因子７８：３０３９  レセプター（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ０２２３７５、１６８０１４３、Ｕ４８８０１、Ｘ６２５６８）、インスリン様増殖因子―Ｉ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ００１７３、Ｘ５６７７４、Ｘ５６７７３、Ｘ０６０４３、また、欧州特許第ＧＢ  ２２４１７０３号も参照のこと）、インスリン様増殖因子―ＩＩ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ０３５６２、Ｘ００９１０、ＳＥＧ＿ＨＵＭＧＦＩＡ、ＳＥＧ＿ＨＵＭＧＦＩ２、Ｍ１７８６３、Ｍ１７８６２）、トランスフェリンレセプター（ＴｒｏｗｂｒｉｄｇｅおよびＯｍａｒｙ，１９８１  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．ＵＳＡ、また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ０１０６０，Ｍｌ  １５０７もまた参照のこと）、エストロゲンレセプター（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ３８６５１，Ｘ０３６３５、Ｘ９９１０１、Ｕ４７６７８、Ｍ１２６７４）プロゲステロンレセプター（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ５１７３０、Ｘ６９０６８、Ｍ１５７１６）ｆｏｌｌｉｃｌｅ刺激ホルモンレセプター（ＦＳＨ―Ｒ）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｚ３４２６０、Ｍ６５０８５）レチノイン酸レセプター（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｌ  １２０６０、Ｍ６０９０９、Ｘ７７６６４、Ｘ５７２８０、Ｘ０７２８２、Ｘ０６５３８）、ＭＵＣ―Ｉ（Ｂａｒｎｅｓら，１９８９  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：７１５９、また、例えば以下を参照のこと：ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧ＿ＭＵＳＭＵＣＩＯ，Ｍ６５１３２，Ｍ６４９２８）、ＮＹ−ＥＳＯ―Ｉ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ００３１４９、Ｕ８７４５９）ＮＡ  １７―Ａ（例えば、欧州特許第ＷＯ  ９６／４００３９）９１：３５１５、Ｍｅｌａｈ−Ａ／ＭＡＲＴ−１（Ｋａｗａｋａｍｉら、１９９４  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、また、例えば以下を参照のこと：ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ０６６５４、Ｕ０６４５２）、ｔｙｒｏｓｉｎａｓｅ（Ｔｏｐａｌｉａｎら，１９９４  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．ＳｃＬ  ＵＳＡ  ９１：９４６１、また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２６７２９、ＳＥＧ＿ＨＵＭＴＹＲ０もまた参照のこと、また、Ｗｅｂｅｒら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ（１９９８）１０２：１２５８も参照のこと）、Ｇｐ―１００（Ｋａｗａｋａｍｉら，１９９４  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３５１５、また、例えばＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｓ７３００３もまた参照のこと、また、欧州特許第ＥＰ  ６６８３５０号、Ａｄｅｍａら，１９９４  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：２０１２６もまた参照のこと）、ＭＡＧＥ（ｖａｎ巣Ｂｒｕｇｇｅｎら，１９９１  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５４：１６４３、また、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ９３１６３、ＡＦ０６４５８９、Ｕ６６０８３、Ｄ３２０７７、Ｄ３２０７６、Ｄ３２０７５、Ｕ１０６９４、Ｕ１０６９３、Ｕ１０６９１、Ｕ１０６９０、Ｕ１０６８９、Ｕ１０６８８、Ｕ１０６８７、Ｕ１０６８６、Ｕ１０６８５、Ｌ１８８７７、Ｕ１０３４０、Ｕ１０３３９、Ｌ１８９２０、Ｕ０３７３５、Ｍ７７４８１もまた参照のこと）ＢＡＧＥ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ１９１８０、米国特許第５，６８３，８８６号および同第５，５７１，７１１号もまた参照のこと）ＧＡＧＥ（例えば、ＧｅｎＢａＳＳＸ２  遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ８６１７５、Ｕ９０８４２、Ｕ９０８４１、Ｘ８６１７４によって、特にＨＯＭ―ＭＥＬ―４０抗原ｅｎｃｏｄｅｄを含んでいるレセプタのＣＴＡクラスの中でｎｋアクセッション番号ＡＦ０５５４７５、ＡＦ０５５４７４、ＡＦ０５５４７３、Ｕ１９１４７、Ｕ１９１４６、Ｕ１９１４５、Ｕ１９１４４、Ｕ１９１４３、Ｕ１９１４２）、ａｎｙ）癌胎児抗原（ＣＥＡ，ＧｏｌｄおよびＦｒｅｅｄｍａｎ，１９８５  Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１２１：４３９、また、例えばＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＳＥＧ＿ＨＵＭＣＥＡ、Ｍ５９７１０、Ｍ５９２５５、Ｍ２９５４０もまた参照のこと）およびＰｙＬＴ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｊ０２２８９、Ｊ０２０３８）が挙げられる。
【０２３１】
本発明の分子の範囲内にある結合領域は、例えば、所望のプロテアーゼ関連分子の結合ドメイン（抗原結合性標的を含む）。結合ドメインは、好ましくは、単鎖ＦｖおよびｓｃＦｖドメインを含み得る。特定の実施形態において、本発明の分子は、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域ポリペプチド（これは、軽鎖可変領域ポリペプチドでも、重鎖可変領域ポリペプチドでもよい）を有する結合領域を含み得る。特定の実施形態において、本発明の分子は、少なくとも１つのそのような軽鎖Ｖ領域と、１つのそのような重鎖Ｖ領域と、それらのＶ領域を接続する少なくとも１つのリンカーペプチドとを含み得る。本発明において有用なｓｃＦｖはまた、キメラ結合ドメインもしくは配列を含むもの、または他のドメインもしくは配列を含むものを包含する。本発明において有用な他のｓｃＦｖは、ヒト化（全体的もしくは部分的）結合ドメインもしくは結合配列または他のドメインもしくは配列を有するものを包含する。このような実施形態において、非ヒト供給源に由来する免疫グロブリン結合配列もしくは他の配列のうちのすべてもしくは一部は、ヒト化抗体（すなわち、ヒトＩｇ配列が導入されて、ヒト免疫系がそのようなタンパク質を異種として受容する程度が減少される、免疫グロブリン配列）を生成するための認識された手順に従って、全体的または部分的に「ヒト化」され得る。
【０２３２】
特定の実施形態において、結合ドメイン融合タンパク質の結合ドメインは、特定のプロテイナーゼ関連分子に結合可能なｓｃＦｖを含む。本発明において有用なｓｃＦｖの例（これは、マウスｓｃＦｖもしくは他のｓｃＦｖ（ヒトｓｃＦｖを含む）、キメラｓｃＦｖ、もしくはヒト化ｓｃＦｖとして、全体的もしくは部分的に含まれる）としては、抗ヒトＣＤ２８  ｓｃＦｖｓ（例えば、「２Ｅ１２」ｓｃＦｖｓ）、ＶＥＧＦ  ｓｃＦｖｓ（例えばＴｈｏｒｐｅら、およびＡＴＣＣ  ＰＴＡ  １５９５を参照のこと）、および抗ヒトＶＥＧＦ「ＪＨｌ」ｓｃＦｖｓに対する「ＬＬ４」ｓｃＦｖｓ（Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ、Ｉｎｃ）、抗ヒトＶＥＧＦ  ｓｃＦｖｓ（ＵＳ  ６，７０３，０２０が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２３３】
特定の好ましい実施形態において、免疫グロブリン可変領域配列に対して配列相同性または配列同一性を有するポリヌクレオチド（公知であるものおよび／または公的に利用可能であるものを包含する）は、例えば、オリゴヌクレオチド合成、ＰＣＲ，および当該分野で公知の他の技術によって、合成により生成される。
【０２３４】
本発明の別の局面において、好ましい阻害されるプロテイナーゼは、マトリックスメタロプロテイナーゼ（前駆体から血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）のフラグメントを放出するマトリックスメタロプロテイナーゼが挙げられるが、これらに限定されない）である。他のプロテアーゼ、および種々のＶＥＧＦアイソフォームの発現の調節因子は、本明細書中に記載される結合ドメイン融合タンパク質および構築物の特定の実施形態の標的（例えば、プロタンパク質変換酵素の特定の実施形態の標的（例えば、フリン、フリンモチーフ含有タンパク質、フリンモチーフ改変体、ＰＣ５、およびＰＣ７が挙げられる）である。例えば、Ｓｉｅｇｆｒｉｅｄら，２００３  Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１１１（１１）１７２３―１７３２，Ｊｏｕｋｏｖ  Ｖ．ら，１９９７  ＥＭＢＯＪ  １６：３８９８―３９１１、Ｋｈａｔｉｂ  Ａ．Ｍ．ら，２００２  Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６０：１９２１―１９３５、Ｚｈｏｎｇ，Ｍ．ら，１９９９  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：３３９１３―３３９２０、Ｎａｋａｙａｍａ，Ｋ．，１９９７  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３２７：６２５―６３５、Ｓａｌｖｅｎ  Ｐ．ら、１９９８  Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１５３：１０３―１０８およびＳｅｉｄａｈ，Ｎ．Ｇ．ら，１９９９  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．８４８：４５―６２（その内容は、すべてが本明細書中に参考として援用され、これは、本発明の特定の実施形態に含まれても排除されてもよい）を参照のこと。別の局面において、結合ドメイン融合タンパク質は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）の発現を阻害するか、またはＶＥＧＦの量を減少させる。例示的な実施形態において、結合ドメイン融合タンパク質は、３つの主要なアイソフォーム（ＶＥＧＦ  １２１，ＶＥＧＦ  １６５，およびＶＥＧＦ  １８９）のうちの一つ以上の発現を阻害するか、またはその量を減少させる。特定の実施形態において、ＶＥＧＦのアイソフォーム（例えば、ＶＥＧＦ  １２１，ＶＥＧＦ  １６５，およびＶＥＧＦ  １８９）のうちの一つ以上の発現もしくは量は、所定の望ましい部位にて減少される。
【０２３５】
特定の構築物は、ＶＥＧＦに結合する結合ドメイン（例えば、抗ヒトＶＥＧＦ  ｓｃＦｖ（例えば、Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ、Ｉｎｃ．から得た「ＬＬ４」）、キメラ抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、Ｒａｎら、「Ｃｏｎｔｒｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｔｉ−ヒト  ＶＥＧＦ  １６５  Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  および  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ」Ｚｈｏｎｇｈｕａ  Ｚｈｏｎｇ  Ｌｉｕ  Ｚａ  Ｚｈｉ，１９９９，Ｎｏｖ：２１（６）：４１２〜５）、抗ヒトＶＥＧＦｓｃＦｖ（例えば、Ｋｕｌａｗｉｅｃ  Ｍ．ら「Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｕｓｉｏｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｎｇ  ａｎｔｉ−ＶＥＧＦ  ｓｉｎｇｌｅ  ｃｈａｉｎ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｆｒａｇｍｅｎｔ  ＪＨ１  および  ＨＥＲ２／ｎｅｕ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ＡＮＨＰ」ｔｈｅ  ２００３  Ａｎｎｕａｌ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｅｇｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，ｐａｇｅ  １７に提出したＡｂｓｔｒａｃｔｓに記載される「ＪＨ１」）を含み得る。
【０２３６】
本発明において有用なｓｃＦｖｓとしてはまた、ｓｃＦｖ（１つ以上のアミノ酸置換を有する、キメラｓｃＦｖおよびヒト化ｓｃＦｖを含む）が挙げられる。好ましいアミノ酸置換は、可変重鎖（ＶＨ）におけるアミノ酸１１位である。そのような置換は、「ＸｘｘＶＨ１１Ｚｘｘ」と呼ばれ得る。従って、例えば、ＶＨ１１位にある天然に存在するアミノ酸がロイシンであり、その代わりにセリンアミノ酸残基で置換される場合に、「Ｌ  ＶＨ１１Ｓ」または「Ｌｕ  ＶＨ１１Ｓｅｒ」と識別される。本発明の他の好ましい実施形態としては、ＶＨ１１位において通常見出されるアミノ酸残基が欠失されている、天然に存在するｓｃＦｖが挙げられる。本発明のなお他の好ましい実施形態としては、ＶＨ１０位および／またはＶＨ１１位および／またはＶＨ１２位において通常見出されるアミノ酸残基が置換もしくは欠失されている、ｓｃＦｖを含む分子が挙げられる。
【０２３７】
他の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、１つ以上のトランスグルタミナーゼドメイン（ＴＧアーゼドメインまたはＴＧアーゼ基質ドメイン）を含む。例示的なＴＧアーゼモチーフは、例えばアミノ酸配列Ｇｌｙ−Ｇｌｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−Ｌｙｓを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。しかし、別のアミノ酸配列を含む任意のペプチドもしくはポリペプチドが、それがトランスグルタミナーゼの機能的に活性な基質である限りは、本明細書中でＴＧアーゼモチーフとして使用され得る。結合ドメイン融合タンパク質の特定の実施形態は、１つ以上のＴＧアーゼモチーフ（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、１個もしくは２個、１〜５個、または５個よりも多くのＴＧアーゼモチーフ（例えば、Ｇｌｙ―Ｇｌｎ―Ａｓｐ―Ｐｒｏ―Ｖａｌ―Ｌｙｓ）を有する。他の特定の例示的な実施形態は、約３個〜約１５個のＴＧアーゼモチーフ（Ｇｌｙ―Ｇｌｎ―Ａｓｐ―Ｐｒｏ―Ｖａｌ―Ｌｙｓ）を有する。他の特定の実施形態は、約４個〜約１０個のＴＧアーゼモチーフ（例えば、Ｇｌｙ−Ｇｌｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−Ｌｙｓ）を有する。特定の実施形態において、結合ドメイン融合タンパク質または本明細書中に記載される他の構築物のＴＧアーゼドメインは、結合ドメイン融合タンパク質が特定部位（例えば、さらなる生物学的活性を提供して処置効力を改善する部位）にて固定されるのを可能にし得る。トランスグルタミナーゼ酵素は、「Ｔｒａｎｓｇｌｕｔａｍｉｎａｓｅ  ｃｒｏｓｓ−ｌｉｎｋａｂｌｅ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｓ  および  ｍｅｔｈｏｄｓ  ｒｅｌａｔｉｎｇ  ｔｈｅｒｅｔｏ」という発明の名称である米国特許第５，４２８，０１４号、および「ヒト  Ｔｒｎａｓｇｌｕｔａｍｉｎａｓｅｓ」という発明の名称である米国特許第５，５９５２，０１１号（その内容は、その全体が本明細書中に参考として援用され、本発明の特定の実施形態に含まれても排除されてもよい）に記載される。
【０２３８】
本願明細書において記載されかつ特許請求される発明の種々の分子は、その分子の１つドメインを別のドメインに接続する接続領域を含む。他の特定の実施形態において、上記結合ドメイン融合タンパク質は、接続領域もスペーサー領域も有さない。
【０２３９】
上記接続領域は、例えば、免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチド（天然に存在する任意のヒンジペプチドもしくはヒンジポリペプチドを含む）を含み得る。接続領域はまた、例えば、テール領域と結合領域とを接続するために有用な任意の人工的なペプチドまたは他の分子（例えば、非ペプチド分子、部分ペプチド分子、およびペプチド模倣物など）が挙げられ得る。ＣＨ１の成形内部鎖免疫グロブリンドメインＳ‐Ｓ結合に対して責任があるアミノ酸残基との間に免疫グロブリンＨ鎖ポリペチドに位置している分子の中で含む，例えば、改変、そして、発生しているヒンジ領域が含むＣＨ２  領域ｓ．天然で、、それらは定常ドメイン、ＣＨ１およびＣＨ２，ｏｆとの間にポリペチドおよびラマまたはその他ラクダ科の動物免疫グロブリンがヒンジ結合する免疫グロブリン．Ｕｓｅｆｕｌ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチド含む，例えば、ヒト免疫グロブリン・ヒンジ領域の位置を決めた役立つ領域ポリペプチド．Ｏｔｈｅｒ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドヒトの免疫グロブリンＧヒンジまたはＩｇＧ−ｄｅｒｉｖｅｄ免疫グロブリン・ヒンジ領域，野生型ヒト免疫グロブリンＡヒンジ領域ポリペプチド，ヒトの野生型ヒトＩｇＧｌ  ヒンジ、ヒト  ＩｇＧ−ｄｅｒｉｖｅｄ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，ａ部分を含む，例えば、テンジクザメおよびまだらのギンザメ類免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド．ヒト免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチド含む，例えば、ｗｉｌｄタイプ免疫グロブリンＧヒンジは、ヒト免疫グロブリンＤヒンジ領域ポリペチドの免疫グロブリンＤから派生した免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，ａ部分または免疫グロブリンＤから派生した免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，野生型ヒト免疫グロブリンＥヒンジ―行為領域，すなわち、ＩｇＥ  ＣＨ２領域ポリペプチド（ｗｈｉｃｈが一般に有するヒト免疫グロブリンＡヒンジ領域ポリペチドまたは免疫グロブリンＡから派生した免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，野生型ヒト免疫グロブリンＤヒンジ領域ポリペプチド，ヒトの免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，ａ部分を免疫グロブリンＡ引き出した５つのシステイン残基）、ヒトが、ヒト免疫グロブリンＥヒンジ―行為領域，すなわち、の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，ａ部分を免疫グロブリンＥ引き出したポリペチドが「由来した」ｏｎ．Ａまたはそれが「部分または免疫グロブリン・ポリペプチド鎖領域の断片は好ましくは、好ましくは１５―３５，ｓｔｉｌｌを機能が一つに有しているヒンジまたはペプチドｌｉｎｋａｇｅ，ｆｏｒ実施例１５―１１５アミノａｃｉｄ、ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙ  ９５―１１０，５―１５，８０―９４，６０―８０，ｏｒ  ５―６５アミノａｃｉｄ、ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙ  １０―５０，ｍｏｒｅのより多くのアミノ酸とみなした１８―３２，ｓｔｉｌｌより好ましくは２０―３０，ｓｔｉｌｌな、より好ましくは、２１，２２，２３，２４，２５，２６，２７，２８または２９匹のアミノａｃｉｄｓ．Ｌｌａｍａ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチド含む，例えば、ａｎ  ＩｇＧｌラマは丁番付けにするであるように、免疫グロブリンＥ  ＣＨ２領域ポリペチドまたは免疫グロブリンＥから派生した免疫グロブリンは領域ポリペプチド，およびをヒンジ結合する。
【０２４０】
そのような接続領域としてはまた、例えば、変異されたかもしくは他の方法で改変されたかもしくは操作された型の免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドが挙げられる。設計した免疫グロブリンサブクラスまたはその反対の免疫グロブリン・アイソタイプまたはｃｌａ、ｏｒが変えたｓｐｅｃｉｅ、ｏｆの免疫グロブリンにその起源があることを有するかまたは免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドを設計したｏｆ，ｏｒ列車ｏｆ，ａヒンジ領域は、当然３つのｃｙｓｔｅｉｎｅｓ．Ｉｎから成る一つ以上のシステイン残基，例えば、ａ野生型ヒト免疫グロブリンＧまたは免疫グロブリンＡヒンジ領域を含むそれらの派生であるか構築されたｆｒｏｍ，例えば、ａ野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域を含むシステイン残基の数がそうすることができるこの種のポリペチドが、アミノ酸置換または削除またはｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ，例えば．Ｔｈｅｓｅポリペチド含む，例えば、によって、還元しているシステイン残基の数がそうすることができるこの種のポリペチドが、アミノ酸置換によって、一つ以上のシステイン残基によって、還元している、または含まれる削除またはｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ，例えば．Ａｌｓｏが、変えられたヒンジ領域である、ｚｅｒｏ，ｏｎｅ，ｏｒ  ２システイン残基，およびを含んでいる突然変異するヒトまたは他のＩｇＧｌまたはＩｇＧ３ヒンジ領域ポリペチドは、ヒトであるか他のＩｇＡｌを変異させた、または、２つのシステイン残基．Ｍｕｔａｔｅｄまたはその反対が変えたｚｅｒｏ，ｏｎｅ，ｏｒを含むかまたは免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドを設計したＩｇＡ２ヒンジ領域ポリペチドは、引き出されるそれらを含む、または、３つ以上のシステイン残基，例えば、ａ野生型ヒトＩｇＧ２ヒンジ領域（ｗｈｉｃｈを含む構築されたｆｒｏｍ，例えば、ａ野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域は、４つのシステインを有する）または、ＩｇＧ３ヒンジ領域（ｗｈｉｃｈは、１１のシステインを有する）．Ｍｕｔａｔｅｄまたはそれ以外は変えられたか設計された免疫グロブリン，ヒンジ領域ポリペチドは、一般に５つのシステイン残基．Ｉｎを含むそれらの派生であるか造られたｆｒｏｍ，例えば、ａｎ免疫グロブリンＥ  ＣＨ２野生型免疫グロブリン領域を含むヒンジ領域のシステイン残基がセリンにより置換されるポリペチドまたはより少ないｐｏｌａｒ，ｌｅｓｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ，ｍｏｒｅ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃ，および／ｏｒ  ｎｅｕｔｒａｌ．Ｓｕｃｈである一つ以上の他のアミノ酸は１つのシステイン残基を含む、そして、変異するヒト免疫グロブリンＧとして二個以上のシステイン残基，ｓｕｃｈを有する野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドに由来する免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチド含む，例えば、ｍｕｔａｔｅｄヒンジ領域ポリペチドまたは１つのシステイン残基を含む、そして、野生型ヒト免疫グロブリンＧに由来する免疫グロブリンＡヒンジ領域ポリペチドを変異させた、または、免疫グロブリンＡ領域ポリペプチド．Ｃｏｎｎｅｃｔｉｎｇ領域ポリペチドはｉｎｔｅｒｃｈａｉｎ，ｈｏｍｏｄｉｍｅｒｉｃ  Ｓ‐Ｓ結合を形成するそれらの能力において、危うくされる免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドを含む。
【０２４１】
変異された免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドはまた、ポリペプチド，およびが変異させた野生型ヒト免疫グロブリンＧヒンジ領域に還元した能力をｄｉｍｅｒｉｚｅ，ｒｅｌａｔｉｖｅに示すヒンジ領域ポリペチドを変異させたヒンジ領域ポリペチド、ポリペチドも含む、単遺伝子性のおよびダイマーの分子ｓ．Ｍｕｔａｔｅｄ免疫グロブリン・ヒンジ領域の混成の表示を許容する。そして、ポリペチドがグリコシル化ｓｉｔｅ．Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎを含むために設計したヒンジ領域は含む，例えば、ａｎアスパラギンにリンクされたグリコシル化ｓｉｔｅ，ａｎ  Ｏ−ｌｉｎｋｅｄグリコシル化ｓｉｔｅ，ａ  Ｃ―マンノシル化ｓｉｔｅ，ａ  ｇｌｙｐｉａｔｉｏｎ  ｓｉｔｅ，およびを据え付ける燐酸グリケーション・サイト。
【０２４２】
本明細書において記載されそして特許請求される発明の分子において有用な特定の接続領域としては、例えば、以下の１８アミノ酸配列（ＤＱＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡ、ＤＱＥＰＫＳＳＤＫＴＨＴＳＰＰＳＰＡおよびＤＬＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡ）が挙げられる。
【０２４３】
免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドは、システイン残基を含まない、そして、引き出されるかまたは野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域から造られるポリペチドがそうすることができるＡｎ免疫グロブリン・ヒンジ領域基本的に含む，ｃｏｎｓｉｓｔ  ｏｒ，ｏｒ列車ｏｆ，例えば、ａｎｙ  ｏｆ（１）ｅｘａｍｐｌｅ，ａヒト免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチド含む，例えば、ａ野生型ヒト免疫グロブリンＧヒンジまたは部分ｔｈｅｒｅｏｆ，ａ野生型ヒト免疫グロブリンＡヒンジまたは部分ｔｈｅｒｅｏｆ，ａ野生型ヒト免疫グロブリンＤヒンジまたは部分ｔｈｅｒｅｏｆ，ｏｒのために当然発生するあらゆるヒンジまたはヒンジ舞台のペプチドまたはポリペチド野生型ヒト免疫グロブリンＥヒンジ―行為領域，すなわち、ＩｇＥ  ＣＨ２，ｏｒ部分ｔｈｅｒｅｏｆ，ａ野生型ラクダ科の動物ヒンジ領域、または、ＩｇＧｌラマ・ヒンジ領域または部分ｔｈｅｒｅｏｆ，ａ  ＩｇＧ２ラマがヒンジ結合する部分ｔｈｅｒｅｏｆ（含む領域またはＩｇＧ３ラマ・ヒンジ領域または部分ｔｈｅｒｅｏｆ）、ａが治療する部分ｔｈｅｒｅｏｆ，およびサメ・ヒンジ領域、または、部分ｔｈｅｒｅｏｆ，および／ｏｒまだらのギンザメ類ヒンジ領域または部分ｔｈｅｒｅｏｆ、（２）変異するか、さもなければ変えられたか設計されたヒンジ領域ポリペチド１つのシステイン残基を含んで、すなわち一つ以上のシステイン残基、（４）を有する野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドから変異したヒンジ領域ポリペチドを引き出した、変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒンジ領域ポリペチドまたはその反対が変えた一つ以上のシステイン残基、（３）を有しているか、またはものを含むかまたは加えるために設計されるポリペチドまたはより多くのグリコシル化ｓｉｔｅ、例えば、ａｎは、システイン残基の数がアミノ酸置換によって、還元している、変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒンジ領域ポリペチドまたはｄｅｌｅｔｉｏｎ，例えば、ａが変異させたグリコシル化ｓｉｔｅ，ａｎ  Ｏ−ｌｉｎｋｅｄグリコシル化ｓｉｔｅ，ａ  Ｃ―マンノシル化ｓｉｔｅ，ａ  ｇｌｙｐｉａｔｉｏｎサイトまたは燐酸グリケーションｓｉｔｅ、（５）をアスパラギン連結したかまたは、さもなければ例えば、システイン残基，ａが変異させたｚｅｒｏ，ｏｎｅ，ｏｒ  ２を含んでいるＩｇＧｌヒンジ領域を変えたかまたは設計したかまたは、さもなければ例えば、残基，ａが変異させたｚｅｒｏ，ｏｎｅ，ｔｗｏまたは３つのシステインを含んでいるＩｇＧ２ヒンジ領域を変えたかまたは設計した、または、４から残基，ａが変異させた１０のシステインまで例えばｚｅｒｏ，ｏｎｅ，ｔｗｏ，ｔｈｒｅｅ，ｏｒを含んでいるそれ以外は変えられたか設計されたＩｇＧ３ヒンジ領域またはその反対は、例えば、ゼロを含む、変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒトＩｇＡｌまたはＩｇＡ２ヒンジ領域ポリペチドまたは１、２システイン残基（例えば、ａｎ「ＳＣＣ」ヒンジ）、ａだけが変異させた、０または１つのシステイン残基，ｏｒを含んでいるＩｇＧ４ヒンジ領域を変えたかまたは設計したかまたは、さもなければシステイン残基，ｏｒを含んでいない免疫グロブリンＤヒンジ領域を��えたかまたは設計した変異するか、さもなければ変えられたか設計されたヒトの免疫グロブリンＥヒンジ―行為領域，すなわち、ＩｇＥ、ゼロまたはｏｎｅ，ｔｗｏ，ｔｈｒｅｅだけを含むＣＨ２領域ポリペチドまたは４システイン残基、ｏｒ（６）役立つ様に、記載されているかまたは本願明細書において、参照されるかまたはさもなければ公知の他のいかなる接続領域分子またはそれ以後も発見して接続近接の免疫グロブリンドメインのためにポリペチドがそうでもよいこの種のａ、例えば、ａ  ＣＨ１領域およびＣＨ２  ドメイン．例えば、ａヒンジ領域が成っているｏｆ（ｉをグループから選択したこと）野生型ヒトＩｇＧｌ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，例えば、（ｉｉ）引き出されるかまたは３つ以上のシステイン残基，ｗｈｅｒｅｉｎを有する野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドから前記変異するヒトＩｇＧｌまたは他の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドを造った変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒトＩｇＧｌまたは他の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドは２つのシステイン残基を含む、そして、野生型ヒンジ領域で初めてのシステインは変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒトＩｇＧｌまたは他の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドがすなわち野生型免疫グロブリン・ヒンジから引き出したｍｕｔａｔｅｄ，（変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒトＩｇＧｌまたは他の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドがすなわち、３を有する野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドまたは一つのシステイン残基，および（ｉｖより多くの前記変異するヒトＩｇＧｌまたは他の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドがこれ以上含まないシステイン残基，ｗｈｅｒｅｉｎから引き出したｉｉｉ）でない前記変異するかさもなければ変えられたか設計されたヒトＩｇＧｌまたは他の免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチド封じ込めシステイン残基．特定の実施形態において、例えば、ｔｈｅ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドなしがそうである３つ以上のシステイン残基，ｗｈｅｒｅｉｎを有する領域ポリペチド、野生型ヒト免疫グロブリンＧに対するｄｉｍｅｒｉｚｅ，ｒｅｌａｔｉｖｅに対する還元した能力または野生のもう一方が入力する変異するか、さもなければ変えられたか設計されたヒンジ領域ポリペチドおよび証拠物は、領域またはヒンジ代理のポリペチドをヒンジ結合する。
【０２４４】
免疫グロブリンヒンジ領域ポリペチドは、発生するいかなるヒンジ・ペプチドまたはポリペチドも含む天然で、人工的なペプチド、または、遺伝子工学の結果およびすなわち成形内部鎖免疫グロブリンドメイン・ジスルフィドに対して責任があるアミノ酸残基間の免疫グロブリンＨ鎖ポリペチドが本発明用にＣＨ１およびＣＨ２  領域ｓ．ヒンジ領域ポリペチドにおいて、結合する，例えば、ｉｎがポリペチドがそうでもよい変異するかさもなければ変えられたヒンジ領域ポリペプチド．従って、例えば、免疫グロブリン・ヒンジ領域を含むこともできるにつれて、派生が部分または断片（すなわち、または好ましくは、より好ましくは、より好ましくは、２１，２２，２３，２４，２５，２６，２７，２８についての２０―３０，についての１８―３２，についての１５―３５，についての１０―５０，についての５―６５のアミノ酸、好ましくはについての９５―１１０，約８０―９４，約６０―８０，またはについての１５―１１５のアミノ酸、好ましくはについてのペプチド結合，代表的にはのより多くのアミノ酸または２９のアミノ酸でもよくて）ヒンジ機能を有する人々が本発明に用いられるヒンジ領域ポリペチドが制限されてそのようにある必要がない本明細書を解説して、それがそうすることができる特定の領域に対する特定の残りに公知技術のを割り当てるための構造基準に一つ以上のアミノ酸（を含むことができると、古典的に考えられている免疫グロブリン・ポリペプチド鎖領域）例えば近接の免疫グロブリンドメインで、ＣＨ１領域および／またはＣＨ１領域のような近接の免疫グロブリンドメインのＩｇＧ，ＩｇＡおよびＩｇＤ（ｏｒのケースおよび／または確信しての場合ＩｇＥ）、ｏｒの場合ＣＨ３領域のＣＨ２領域は、人工的に免疫グロブリン構築物，免疫グロブリン可変部領域を設計した。
【０２４５】
野生型免疫グロブリンヒンジ領域ポリペチドは、公知のいずれでも含む、または、後に発見される自然に生じるヒンジ領域は、免疫グロブリンＥとしてＣＨ１および特定のタイプの免疫グロブリン、のＣＨ３領域との間に定常領域ドメイン、ＣＨ１およびＣＨ２，ｏｆとの間にすなわち免疫グロブリン，例えば、ヒト免疫グロブリン（ｏｒの位置を決めた）１種類の接続領域，野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドを構築する際の．使用は、好ましくはヒトＩｇＧ，ＩｇＡ，免疫グロブリンＤ  免疫グロブリン（からヒンジ領域から成るヒト免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペプチド，であるより多くの，例えば、が野生型または変異するヒトＩｇＧｌアイソタイプから本願明細書において、記載されて領域ポリペチドをヒンジ結合する免疫グロブリンＥ  免疫グロブリン）、およびの中でＣＨ２領域。
【０２４６】
当該分野で公知であるように、免疫グロブリン・アミノ酸配列、免疫グロブリン一次構造の相当な全体の多様性が呈するにとって公知であるジスルフィドのために潜在的ものは結合するそれらのシステイン残基長所の発生に関する免疫グロブリン・ポリペチドの特定の部分において、高度な配列保護他の利用できる．従ってによって、形成、接続領域としての使用のための本発明野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドの前後関係は統計学的に有意の方法の人口のものまたはより高く（例えば、を特徴とするものを含む）接続領域がそうすることができる特定の好ましい実施例において、システイン残基，および、含む，は基本的に成る。そして、変異するヒンジ領域ポリペチドがそうでもよい列車は選んだ。そして、自然に発生する、例えば、の数または中で１、２システイン残基（ｓ）より少ないものを含むＩｇＧｌヒンジ領域、０のケースまたは引き出されるかまたはを構築されるＩｇＧ４，およびの場合１つのシステイン残基、この種の野生型ヒンジ領域配列。
【０２４７】
特定の好ましい実施例において、接続領域がヒンジ領域ポリペチドである。そして、ヒンジ領域ポリペチドがであるかまたはさもなければ、引き出されるかまたは（を構築されるヒトＩｇＧｌ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドを変えた）野生型ヒンジ領域の野生型ヒンジ領域，２番システインで初めてのシステインおよびＣ末端の１／３システインは本明細書において、「ＣＣＣ」ヒンジ（ｏｒと称されることがありえるにつれて、野生型ヒトＩｇＧｌヒンジ領域ポリペチド・配列が３つの非隣接するシステイン残基，から成る野生型ヒンジ領域，が強調されて「ＷＴＨ」，すなわち、野生型ヒンジは）変異するか設計されたヒンジ領域の．は、なしでそれらを含む、３つのアミノ酸を有する変異体または設計されたヒンジに記載の、本明細書において、「ＸＸＸ」ヒンジ（例えば、「ＭＨ―ＸＸＸ」と称されることができるまたは、「ＭＨ―ＳＳＳ」が残基．がそうである自然に生じるシステインの代わりに３つのセリン残基を有する変異体ヒンジにゆだねる自然に生じるの代わりに他の分子は、条件「変異体」が事実だけに関連すると理解した、非常に異なる分子、または、分子なし分子，がこの種の改変，削除が現在の発明，接続領域の実施例がヒンジ領域ポリペチドでもよいことを確信している担持された従って、であったいかなる特定の方法もおよびヒンジ領域ポリペチドに対する参照がそうでない天然に存在する残留物およびドウの位置である２つのシステイン残基を含む、そして、ヒンジ領域が変えなかった野生型で初めてのシステインまたは，例えば．がシステイン残基をケースに入れる「ＭＨ―ＣＸＸ」ヒンジ，例えば、ａ「ＭＨ―ＣＳＣ」ヒンジ，と呼ばれることがありえる変異するヒトＩｇＧｌ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドが、セリン残基．Ｉｎと置き換えられた変異するヒトＩｇＧｌ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドが一つのシステイン残基および含む，例えば、ａ「ＭＨ―ＣＳＳ」ヒンジより少しも含まない本発明または「ＭＨ―ＳＳＣ」ヒンジの特定の他の実施例または変異するヒトＩｇＧｌ免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドが含む特定の他の実施例の「ＭＨ―ＳＣＳ」ヒンジ，およびこの種のａ、例えば、ａ「ＭＨ―ＳＳＳ」がヒンジ結合するシステイン残基。
【０２４８】
接続領域は、ゼロを含む、変異するかさもなければ変えられたヒト免疫グロブリンＡヒンジ領域ポリペチドまたは野生型未満の一つ以上のシステイン残基（ｂｕｔだけが計算する、Ａ接続領域はポリペプチド，自体が成ることができる、変異するかさもなければ変えられた免疫グロブリン・ヒンジ領域から成ることができる。そして、免疫グロブリンの免疫グロブリン・アイソタイプまたはが下位分類するｓｐｅｃｉｅ、ｏｆの免疫グロブリンにその起源があることを有するヒンジ領域は基本的に成っている尾部領域，例えば、ａ尾部領域ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ，ｏｒのそれと非常に異なる成っているｏｒ，ｏｒ  ｏｆ，ＣＨ２およびＣＨ３  ドメインｓ（ｏｒ免疫グロブリンＥ  ＣＨ３、そして、ＣＨ４領域）領域免疫グロブリン融合タンパク質，を結合している発明，ａ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，例えば、ａの実施例が溶解する結合領域ポリペチドのような結合領域から成ることを確信している．Ｆｏｒ  ｉｎｓｔａｎｃｅ，ｉｎまたはその反対は基本的に成っている免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ，ｏｒに接続した成っているｏｆ，ｏｒ  ｏｆ，ａ野生型ヒト免疫グロブリンＡヒンジ領域ポリペプチド，ｏｒｃｙｓｔｅｉｎｅｓ）、ａｓはｈｅｒｅｉｎ，ｏｒを記載したＩｇＧｌ  ヒンジ，領域  ポリペプチド，ｏｒとして野生型ヒト免疫グロブリンＧ  ヒンジ，ｓｕｃｈ野生型ヒト免疫グロブリンＥヒンジ―行為領域，すなわち、ＩｇＥ  ＣＨ２領域ポリペプチド，ｏｒ！変異するかまたは変異したかまたはさもなければ、野生型ヒンジ領域で初めてのシステインが変異しないｚｅｒｏ，ｏｎｅまたは２つのシステイン残基を含むために変わったかまたは変わったＩｇＧｌ  ヒンジ，領域ポリペチドまたはｄｅｌｅｔｅｄ，ａｓとしても変異するかさもなければ変えられたヒトの免疫グロブリンＧ  ヒンジ，ｓｕｃｈ、『ヒンジ領域ポリペチドがそうすることができる記載されているｈｅｒｅｉｎ．Ｓｕｃｈは基本的に成っているヒューズのついたかさもなければ被接続ｔｏ，例えば、ａ尾部領域ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ，ｏｒである異なる免疫グロブリン・アイソタイプから成っているｏｆ，ａｎ免疫グロブリンＨ鎖ＣＨ２領域ポリペチドまたはｃｌａ、ｆｏｒが例示するｏｆ，ｏｒ、免疫グロブリンＥ  ｓｕｂｃｌａｓｓ）、ｗｈｉｃｈからのＣＨ３領域が特定の好ましい実施例において、そうする免疫グロブリンＡまたは免疫グロブリンＤまたは免疫グロブリンＧ  ｓｕｂｃｌａｓｓ（ｏｒはＩｇＧｌまたは免疫グロブリンＡまたは免疫グロブリンＥサブクラスである。そして、特定のその他で、好ましい実施例はＩｇＧ２，ＩｇＧ３のいかなる一つまたはＩｇＧ４サブクラスでもあってもよい。
【０２４９】
同様に、本発明の特定の実施形態において、本発明は、構造物の他の実施例が溶解するかまたはさもなければ、システイン残基の数がアミノ酸置換によって、還元している、変異するかさもなければ変えられたヒンジ領域ポリペチドから成る免疫グロブリン・ヒンジ領域ポリペチドに接続している結合領域ポリペチドから成る領域免疫グロブリン融合タンパクを結合していることができることを確信しているＳｉｍｉｌａｒｌｙ，ｉｎまたはｄｅｌｅｔｉｏｎ，ｆｏｒは、記載されているｈｅｒｅｉｎ，ｏｒとしてｚｅｒｏ，ｏｎｅまたは２つのシステイン残基を含んでいる変異するか、さもなければ変えられたＩｇＧｌヒンジ領域を例示する０システイン残基を含んでいる免疫グロブリンＤヒンジ領域。
【０２５０】
変異されたかたまたは他の方法で改変されたヒンジ領域ポリペプチドは、このように引き出されることができるかまたはｆｒｏｍ（ｏｒを構築されることができる）一つ以上のシステイン残基．特定の実施形態において、ａが変異させた封じ込めまたはそれ以外は変えられたヒンジ領域ポリペチドが変異するかさもなければ変えられたヒンジ領域ポリペチドがそうである、０またはわずか１つのシステイン残基，ｗｈｅｒｅｉｎを含むことができるかまたは野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域の変異するかさもなければ変えられたヒンジ領域ポリペプチド，ｔｈｅシステイン残基が削除されるかまたは変異する発明，ａのジスルフィド結合．Ｉｎ一実施例を形成することができないアミノ酸により置換されて好ましくはある、または、それ以外は変えられたヒンジ領域ポリペチドがあるかまたはあったｃｏｎｔａｉｎ、ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ，ｏｎｅまたはより多くであるか二個以上のシステイン残基．Ｉｎがヒト免疫グロブリンＧ野生型ヒンジ領域ポリペプチド，ｗｈｉｃｈから引き出した野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域に由来した野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域は４つのヒト免疫グロブリンＧアイソタイプｓｕｂｃｌａｓｓｅ、ＩｇＧｌ，ＩｇＧ２，ＩｇＧ３またはＩｇＧ４．特のいずれかを含むことができる変異する定の好ましい実施形態において、ｔｈｅまたはポリペチドが派生ｆｒｏｍ（ｏｒであるかまたはあったそれ以外は変えられたヒンジ領域）ヒト免疫グロブリンＡまたはｅｘａｍｐｌｅ，ａの免疫グロブリンＤ野生型ヒンジ領域ポリペプチド．Ｂｙ方法は突然変異したかまたはさもなければ、ヒトＩｇＧｌに由来するかまたは由来したヒンジ領域ポリペチドを変えた、または、免疫グロブリンＡ野生型ヒンジ領域ポリペチドは全３つのシステイン残基で野生型免疫グロブリン・ヒンジ領域，ｏｒ  ｍｕｔａｔｉｏｎ、改変、ｏｒ削除の３つのシステイン残基のうちの２つでｍｕｔａｔｉｏｎ、改変、ｏｒ削除から成ることができる。
【０２５１】
野生型免疫グロブリンヒンジ領域中に存在し、本発明の特定の実施例に従って変異誘発もしくは他の任意の技術により除去されるかもしくは改変される、システイン残基としては、鎖間ジスルフィド結合を形成するかまたは形成可能である、システイン残基が挙げられる。
【０２５２】
上記結合ドメイン融合タンパク質の特定の実施例において、所望のエフェクタ機能がそうすることができる一つ以上にａｃｔｉｏｎ，ｔｈｅ本発明の特定の理論または機構に束縛されることがこの種のヒンジ領域システイン残基，ｗｈｉｃｈのそのｍｕｔａｔｉｏｎ，ｄｅｌｅｔｉｏｎ，ｏｒその他変更を考察することを願っているｐｒｅｐａｒｅｄ．Ｗｉｔｈｏｕｔでいさせている結合領域融合タンパク質，ａタンパク質の鎖間ジスルフィドｂｒｉｄｇｅ、ｒｅｄｕｃｅｓの形成に関与していると考えられている。そして、領域免疫グロブリン融合タンパクをｄｉｍｅｒｉｚｅ（ｏｒに結合している本発明の能力はより高いオリゴマを形成する）驚くほど切断していないかまたは望ましくなく、ＡＤＣＣ，および／ｏｒ  ＣＤＣを促進しておよび／またはＡＤＣＣ（例えば、ＦｃＲＩＩＩ，ＣＤ  １６を伝達するｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ．Ｉｎ  ｐａｒｔｉｃｕｌａｒ，ｔｈｅ  Ｆｃレセプタを固定する融合タンパクまたは他の構造物の能力を損なっていない鎖間のＳ‐Ｓ結合ｆｏｒｍａｔｉｏｎ，ｗｈｉｌｅを介して）ＦｃＲに対するＦｃの考え非常に機能締め具がダイマーの構造によって、Ｆｃ―ＦｃＲ複合体の結合活性安定化を必要とする免疫グロブリンＦｃ  ドメイン、ｓｕｐｐｏｒｔｉｎｇのための低親和性を呈するヒンジ領域システイン残基の置換または削除に、または、構造その他のため実施例を結合している領域免疫グロブリン融合タンパク質、ｏｆのための普通抗体Ｆｃ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｓｏｎｄｅｒｍａｎら，２０００ネイチャー４０６：２６７、Ｒａｄａｅｖら，２００１  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１６４６９、Ｒａｄａｅｖら，２００１  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１６４７８、Ｋｏｏｌｗｉｊｋら，１９８９  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：１６５６、Ｋａｔｏら，２０００  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  ２１：３１０．Ｈｅｎｃｅ，ｔｈｅ  構築物，含むによる従来のａｎｔｉｂｏｄｙ，および／ｏｒ  ＦｃＲ凝集および架橋性において、Ｈ鎖、本発明はまた、予想外に補語を準備する一つ以上の免疫学的なａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ．Ｓｉｍｉｌａｒｌｙ，ｔｈｅ能力を保持することがそれらのようなＨ鎖定常領域に関してダイマーである免疫グロブリンと典型的に関係する間、効果が毛焼き―鎖免疫グロブリン融合タンパクを含んでいる単鎖構造物と関連したと定める。そして、領域免疫グロブリン融合タンパク質、ｏｆを結合しているＦｃ，ｗｈｉｌｅさまざまな構築物，含むから成る現在の発明，ｗｈｉｃｈ  ｍａｙ，ｄｕｅ記載されているｈｅｒｅｉｎ，例えば、ｈａｖｅとしての変更局面は妥協したかまたは鎖間ジスルフィド結合、ｅｘｈｉｂｉｔを形成する能力を切断した本発明の特定の実施例に対する固着ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ．Ａｄｄｉｔｉｏｎａｌｌｙ，ａｃｃｏｒｄｉｎｇに予想外の能力ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，含む，例えば、ａ結合性領域免疫グロブリン融合タンパク質，ｍａｙが接続領域から成って、基本的に成っている領域ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ，ｏｒの後ろについて行く成っているｏｆ，ｏｎｅまたはより多くのヒト免疫グロブリンＥがヒンジ結合するｏｆ，ｏｒ―ヒト免疫グロブリンＥ  ＣＨ４定常領域ポリペプチド，ｔｈｅ発明が予想外に融合タンパクを含む構築する代理の領域，すなわち、ａ免疫グロブリンＥ  ＣＨ２領域ポリペプチド，ａヒト免疫グロブリンＥ  ＣＨ３定常領域ポリペプチド，およびは仲介している防空管制所のおよび／またはアレルギー応答機構を誘導する免疫学的活性を保持する。
【０２５３】
本発明の特定の実施形態に従って接続領域として免疫グロブリンヒンジ領域ポリペプチドの選択は、他のヒンジ領域が参照させるｓｅ．Ｉｎｓｔｅａｄ，ａｎにつきいかなる免疫グロブリン・ヒンジ領域配列にも少なくとも少なくとも１１，１２，１３，１４，１５，１６，１７，１８，１９，２０，２１―２５，２６―３０，３１―５０，５１―６０，７１―８０，８１―９０，ｏｒ  ９１―１１０アミノ酸についての特定の実施例の１０の連続的なアミノ酸または分子、およびについての他の分子ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｏｆまたは分子がすなわち、Ｕ．Ｓ．Ａ．Ｎ．１０／６２７，５５６を保留することに記載されている配列に示すアミノ酸ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｏｒから成るヒンジ領域ポリペチドまで必ずしも由来するというわけではないポリペチド・配列を含む、または、ＰＣＴ／ＵＳ０３／４１６００  ｏｒ，ｆｏｒは内部鎖・ジスルフィド生成の免疫グロブリン―ｌｉｋｅループ領域の間に位置する領域に由来するかまたは由来したポリペチド・配列を例示するマルティマまたはオリゴマまたは集計または代替的ｌｉｋｅ．Ｃｅｒｔａｉｎがヒンジ結合する融合タンパク質，ｔｏの形としての発明，ｓｕｃｈの構造物の能力を減少する免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーメンバーｓ（例えばＣＤ２（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１７６７）、ＣＤ４（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０００６１６）、ＣＤ５（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＢＣ０２７９０１）、ＣＤ６（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００６７２５）、ＣＤ７（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＸＭ＿０４６７８２，ＢＣ００９２９３，ＮＭ＿００６１３７）の）または、領域，例えば、ｍａｙがグリコシル化サイトを提供する接続として使用する非限定的なｅｘａｍｐｌｅ，ａｎ変形例ヒンジ領域のＣＤ８（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ１２８２８）、ｏｒ他のＩｇスーパーファミリーメンバーｓ．Ｂｙ方法は、ｈｅｒｅｉｎ，ｏｒが「ヒト化」の程度を強化することのためにヒト遺伝子から派生したポリペチド・配列を提供できると定めた、タンパク質，ｏｒがそうすることができる融合の中で含む，ｏｒが基本的に成ることそれが除去するｏｆ，ｏｒ列車ｏｆ，ａｎアミノ酸配列、または、人々が解説した領域ポリペチドｓｅｑｕｅｎｃｅ、含む  ｈｅｒｅｉｎ，引き出すことができてまたはｆｒｏｍ（ｏｒを構築できる）ポリペチドはｓｅ．Ｆｏｒ例につき実際の免疫グロブリンでない免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーメンバーｓの中で順序付ける。そして、内部鎖との間にある非限定的なｔｈｅｏｒｙ，ｃｅｒｔａｉｎポリペチド・配列によれば、ｈｅｒｅｉｎ，ｏｒがこの種のｕｓｅ．特定の実施形態において、ｔｈｅを接続している領域のために更に修正されることができるならば、タンパク質が他のヒンジ領域ポリペチドとして全体的にあるいは部分的に用いられることが可能である免疫グロブリン遺伝子超ファミリ部材のジスルフィド生成の免疫グロブリン・ループ領域は本来、二量体化領域がそうである二量体化ドメイン，ｔｈｅから成る他の実施例が分かれることを確信しているおよび接続領域とは別の二量体化ドメイン．しかし、ｉｎとして機能できる。
【０２５４】
本発明の別の局面において、結合領域融合タンパクがそうすることができる領域を更に含む基本的にその含む、ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｏｆ，ｏｒ列車ｏｆ，ａ二量体化領域。
【０２５５】
適切な二量体化領域は、コバレントの形成を容易にするものを含む、そして、タンパク質間の非共有結合またはホモダイマの形成または構造物および結合領域融合タンパクのヘテロダイマがｈｅｒｅｉｎ．特定の実施形態において、ｄｉｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ領域に提供したタンパク質ｓ．Ｔｈｅ二量体化領域ｍａｙ，例えば、ｐｒｏｍｏｔｅの領域は、すべての分子のためのダイマーの状態への絶対の移動を促進する、または、実質的に、二量体化ドメイン．Ｉｎ変形例実施形態，ｔｈｅ二量体化ｄｏｐａｉｎから成る人口のすべての分子は、ダイマーの状態への絶対の移動を促進するというわけではなくて、その代わりにモノマー／ダイマー平衡状態に影響を及ぼす、効果が生理的ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ、ｓｕｃｈの機能でもよい特定のｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｔｈｉｓのためにｌｉｋｅ．Ｐａｒｔｉｃｕｌａｒ二量体化領域がそうすることができるｐＨ，ｓａｌｔ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ、タンパク質  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ，およびが特定の構造物のためのモノマーｖｓ．ｄｉｍｅｒ平衡に異なる効果を与えること、そして、結合領域タンパク質、およびこれらの効果ｍａｙ，例えば、ｂｅタンパク質の範囲内で配置のサイトに従属する。
【０２５６】
適切な二量体化ドメインとしては、本明細書中に記載される接続領域のうちのいずれが挙げられる。ＣＰＰＣＰおよびＣＰＸＣＰ，ｗｈｅｒｅ  ｘがアミノ酸リシンから選択される。そして、ｔｈｅｏｒｙ，ｉｔがそうであるいずれにも縛られていることを望んでいないｇｌｕｔａｍｉｎｅ．Ｗｈｉｌｅがそれを構成している二量体化のモティーフと信じた、適切な二量体化領域は記載されているｈｅｒｅｉｎ．Ａ接続領域が通常、機能する接続領域のいずれかを含む。そして、ジスルフィド結合．Ｏｎｅの形成を促進している二量体化ドメインｂｙまたは領域を接続していないより多くの二量体化領域は任意に接続領域が本来、適切な二量体化領域が接続領域，ｓｕｃｈの接続領域または保存配列のモティーフの下位部分から成ることができる二量体化ドメイン．Ａｎｏｔｈｅｒとして機能できるかまたは機能することができない現在でもよい二量体化のモティーフが４つのアミノ酸のモティーフＣＰＰＣを含む、そして、ＣＰＸＣ，ｗｈｅｒｅ  ｘがアミノ酸リシンから選択されるにつれて、用いられることが可能である領域．例示的な保存配列およびｇｌｕｔａｍｉｎｅ．適切な  ５アミノ酸二量体化のモティーフが含む免疫グロブリン・ヒンジの保存配列を例示するシステイン残基は領域が他のモデュラー構成材であるｄｉｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ．Ｔｈｅ二量体化を促進するのに効果的であるジスルフィド結合、含む内部鎖Ｓ‐Ｓ結合の形成を容易にする。そして、構造物の範囲内でいかなる所望の場所にも配置されることができる構造物および結合ドメインは本願明細書において、記載した。
【０２５７】
二量体化領域は、促進ダイマー形成．例えば、結合領域免疫グロブリン可変部相互作用がそうすることができる他の非共有結合的相互作用が機能するイオン相互作用、疎水性相互作用、水素結合を容易にする配列から成ることができる二量体化領域。
【０２５８】
適切な二量体化領域は、免疫グロブリンＣＨ２ＣＨ３領域または免疫グロブリンＣＨ３領域またはａｎａｌｏｇ（例えば、ＩｇＧ  ＣＨ２ＣＨ３またはＣＨ３，ＩｇＡ  ＣＨ２ＣＨ３またはＣＨ３として免疫グロブリン一定の領域、ｓｕｃｈを更に含む）融合タンパクがｅｘａｍｐｌｅ，ｍａｍｍａｌｉａｎ，およびが好ましくはヒトｏｒｉｇｉｎ．しかし、ａ二量体化である動物のｏｒｉｇｉｎ，ｆｏｒでありえる結合領域の二量体化領域の免疫グロブリンドメインの．Ｔｈｅ配列は定常領域ドメイン．Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ定常領域を伴うエフェクタ機能のための二量体化ドメイン，ｆｏｒ実施例が本発明に役立つｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ定常領域が含むエフェクタを与えるために構築物，ｔｏ増加半分ｌｉｆｅ，ｏｒの構築物，例えば、ｔｏ促進浄化に組み込まれることができるにつれて、ｓｅｑｕｅｎｃｅ．
免疫グロブリン定常領域は、例えば、上記構築物の精製を促進するため、半減期を増加するため、またはエフェクター機能を付与するために、構築物中に組み込まれえた。Ａｎｔｉｂｏｄｙ定常領域が結合領域融合タンパクにおいて、使うことができるいかなる免疫グロブリン定常領域ポリペチドからも成ることができるＩｇＧ，ＩｇＡ，および免疫グロブリンＤ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅ、ｗｈｉｃｈのＨ鎖がＣＨ１，ＣＨ２，および  ＣＨ３，と称されるそして、免疫グロブリンＭおよび免疫グロブリンＥ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅ、ＣＨ１，ＣＨ２，ＣＨ３のＨ鎖およびＬ鎖の免疫グロブリン軽鎖ＣＬ（ｃｏｎｓｔａｎｔ領域のＣＨ４，および定常領域）．ＩｇＧ，ＩｇＡ，および免疫グロブリンＤ  ＣＨ２および／またはＣＨ３領域はＣＨ２，ＣＨ３および／またはＣＨ４がｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓであるｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．ＩｇＭおよび免疫グロブリンＥである。そして、本発明はまたは抗体扶養家族により媒介される細胞傷害（ＡＤＣＣを有するかまたは媒介となる）および／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）本発明の．ＣｏｎｓｔｒｕｃｔｓはＦｃレセプター，含むと結合できるかまたは結合することができなくて、ｔｏ，例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、ＦｃαＲＩ（ＣＤ８９）、および  ＦｃｙＲＩＩＩ（ＣＤ１６を制限しなかった）レセプタ。
【０２５９】
本発明の別の局面において、結合領域融合タンパクがそうすることができる領域を更に含む基本的にその含む、ｃｏｎｓｉｓｔｓ自生のｏｆ，ｏｒ列車ｏｆ，ａまたはＣＨ１，例えば、ｔｈｅ  ＣＨ２およびＩｇＧ，ｔｈｅ  ＣＨ２のＣＨ３領域より免疫グロブリン重鎖，ｏｔｈｅｒから設計された定常領域、そして、ＩｇＡ，ｏｒの中でＣＨ３領域ＣＨ３、そして、免疫グロブリンＥのＣＨ４領域。
【０２６０】
本発明の別の局面において、結合領域ポリペチド・モジュレータ融合タンパクがそうすることができる領域を更に含む基本的にその含む、ｃｏｎｓｉｓｔｓ自生のｏｆ，ｏｒ列車ｏｆ，ａ、または、ＩｇＡ，ｏｒのＩｇＧ，ｔｈｅ  ＣＨ２領域の免疫グロブリンＨ鎖ＣＨ２―タイプ領域，例えば、ｔｈｅ  ＣＨ２部位を設計する免疫グロブリンＥの中でＣＨ３領域。
【０２６１】
本発明の別の局面において、結合領域ポリペチド融合タンパクがそうすることができる領域を更に含む基本的にその含む、ｃｏｎｓｉｓｔｓ自生のｏｆ，ｏｒ列車ｏｆ，ａ、または、ＩｇＡ，ｏｒのＩｇＧ，ｔｈｅ  ＣＨ３領域の免疫グロブリン重いｃｈａｉｎ，例えば、ｔｈｅ  ＣＨ３領域からＣ末端の定常領域を設計する、本発明の範囲内のＩｇＥ．ＡｌｓｏのＣＨ４領域はＪ鎖によって、ポリペプチド鎖を橋かけすることができる免疫グロブリンＡを含んでいるＪ鎖尾部からのＣＨ３領域である。
【０２６２】
特定のいかなる理論にも機構にも拘束されることは望まないが、結合領域の若干の特定の特徴によって、結合領域融合タンパクがダイマーまたはマルティマを形成することができない限り、二量体化ドメインａの非存在下で、結合領域融合タンパクが単遺伝子性の状態に存在すると思っていた。
【０２６３】
特定の実施形態において、本発明がポリヌクレオチドまたはｖｅｃｔｏｒｓ（含むクローニングベクタに提供する、そして、発現ベクター）または、分離されるかまたは浄化される変わるかトランスフェクションするｃｅｌｌ、含むまたは分離される純粋なｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ、ｖｅｃｔｏｒ、およびは、ｃｅｌｌ、ｅｎｃｏｄｉｎｇを変えたかまたはトランスフェクションさせた、または、上記のいずれか一つを含む、または、本願明細書において、記載されて本発明が組換えクローン化に提供する領域融合タンパク質ｓ．Ｔｈｕ、ｉｎ各種実施形態を結合している発明，例えば、含むまたは発現のポリペチドまたはタンパク質構造物は、プロモータに使用可能な状態でリンクされるいずれの種類のポリヌクレオチドから成ることを造る。
【０２６４】
本発明の望ましい構築物をコードするＤＮＡ構造物は、好適な実施形態，ｔｈｅホストがそうである適当なｈｏｓｔ．Ｉｎのｖｅｃｔｏｒ，例えば、ａ  ｐｌａｓｍｉｄ，ｆｏｒ発現に導入される。そして、リガンドをコード化している哺乳類のｈｏｓｔ，例えば、ａ哺乳類の細胞ｌｉｎｅ．Ｔｈｅ配列または核酸結合領域は好ましくはコードン最適化される特定のｈｏｓｔ．Ｔｈｕ、例えば、ｉｆの発現がｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，例えば、ｉｓはヒトを結合している領域―免疫グロブリン融合は、そして、コードンがそうでもよいｂａｃｔｅｒｉａ，ｔｈｅにおいて、表して小さい符号化領域、ｔｈｅ遺伝子がそうでありえる細菌ｕｓａｇｅ．Ｆｏｒのために最適化して中で技術が操作上ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．Ｔｈｅのために互いに、プロモータとしての調節性の領域、ｓｕｃｈであるプラスミドまたは他のベクターのヌクレオチドのｕｓｅｄ．Ｔｈｅ配列およびｏｐｅｒａｔｏｒ、ａｒｅでもよい人々に知られている複数のｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ、ｍｕｔａ遺伝子ｓｉ、ｏｒ他の技術のより大きいタンパク質、ｓｐｌｉｃｉｎｇを単一のｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．Ｆｏｒとして合成する結合領域―免疫グロブリン融合タンパクをコード化しているヌクレオチドの配列は、結果として生じるペプチドがそうである分泌シグナル，ｗｈｅｒｅｂｙをコード化しているＤＮＡを含むこともできる被処理タンパク質がペリプラズム間隙または発酵媒体から取り戻されることができる結果になっている前駆体タンパク質．Ｔｈｅ。
【０２６５】
好まれしい実施形態において、ＤＮＡプラスミドは使用されるｈｅｒｅｉｎ，ａ「転写ターミネータ領域」が転写ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．Ｔｈｅ全縁転写ターミネータがタンパク質―符号化遺伝子，ｗｈｉｃｈから得られることが可能であるという信号が同じことでもよいか挿入された結合ドメイン−免疫グロブリン融合符号化遺伝子と異なってもよい配列またはソースである転写ターミネータｓｅｑｕｅｎｃｅ．Ａｓを含むこともできる。そして、プロモーター．Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎターミネータはｈｅｒｅｉｎ，ｂｕｔが就業者である発現系の任意選択要素である好ましい実施例。
【０２６６】
本願明細書において用いられるプラスミドまたは他のベクターはプロモータをタンパク質をコード化しているＤＮＡとの手術の関連または興味があるポリペチドに含んで、記載されているａｂｏｖｅ（例えば、ｂａｃｔｅｒｉａｌ，ｍｕｒｉｎｅ，ｏｒヒトとして適切なホストのタンパク質の発現のために設計される）配列をコード化している結合領域―免疫グロブリン融合を含んでいるワクチンのｐｌａｓｍｉｄ（例えば、ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎの所望の使用によって、）タンパク質の発現のための．適切なプロモータおよび本願明細書において、ポリペチドは広く利用できて、制御領域にリンクされるａｒｔ．誘導性プロモータまたは構成型プロモータでは周知である含む，例えば、ｂｕｔがＴ３，Ｔ５およびＳＰ６  プロモーター，ｔｈｅ  ｔｉｐ，ｌｐｐ，および乳プロモーター，ｓｕｃｈとしての限られたｔｏ，ｔｈｅ  Ｔ７ファージ・プロモータおよび他のＴ７のようなバクテリオファージプロモーター，ｓｕｃｈでないｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．Ｓｕｃｈプロモータがかん状ウイルス／昆虫細胞発現ｓｙｓｔｅｍｓ（例えば、米国特許第５，２４３，０４１号、同第５，２４２，６８７号、同第５，２６６，３１７号、同第４のｌａｃＵＶ５，ｆｒｏｍ  Ｅ．ｃｏｌｔ、ｔｈｅ  ＰｌＯまたはポリヘドリン遺伝子プロモータである、７４５，０５１号、および同第５，１６９，７８４号）そして、この種のプロモータがそうであるタンパク質の他の真核生物発現ｓｙｓｔｅｍｓ．Ｆｏｒ発現からの誘導性プロモータは、気象管区（例えばラックオペロン）との手術の結合のプラスミドにおいて、挿入した。
【０２６７】
好ましいプロモーター領域は、例えば、哺乳動物細胞において誘導性および機能性である領域である。適切な誘導性プロモータの哺乳類のｃｅｌｌ、例えば．Ｅｘａｍｐｌｅｓにおいて、誘導性のおよび機能的であるものである。そして、細菌発現含む，ｂｕｔのためのプロモーター領域は、イソプロピルβ―Ｄ―ｔｈｉｏｇａｌａｃｔｏｐｙｒａｎｏｓｉｄｅ（ＩＰＴＧ、ｓｅｅ  Ｎａｋａｍｕｒａら，１９７９  Ｃｅｌｌ  １８に応答する限られたｔｏ：ｔｈｅ  Ｅ．ｃｏｌｉラックオペレータでない：１１０９―１  １１７）重いｍｅｔａｌ（例えば、ｚｉｎｃに応答する、ｔｈｅ  ｍｅｔａｌｌｏｔｈｉｏｎｅｉｒｉプロモータ金属―調節エレメント）ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ（ｓｅｅ，ｅ．ｇ．，米国特許第４，８７０，００９）ＩＰＴＧ（ｓｅｅ，ｅ．ｇ．，Ｕ．Ｓ．ｌａｔｅｎｔ  Ｎｏ．４，９５２，４９６、および  Ｓｔｕｄｉｅｒら，１９９０  Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８５に応答する、ｔｈｅバクテリオファージＴ７１ａｃプロモータ：６０―８９）そして、ＴＡＣ  プロモーター．』は、選べるマーカー遺伝子が含むｈｏｓｔ．Ｔｈｕ、例えば、ａにおいて、機能的である選べるマーカー遺伝子または遺伝子を任意に含むことができる許すバクテリアにフェノタイプを与えるいかなる遺伝子も、確認されて、非形質転換ものの膨大な大多数の中から選択的に大きくなるために、菌体を変えた細菌ｈｏｓｔ、例えば、含むのためにｃｅｌｌｓ．適切な選べるマーカー遺伝子アンピシリン抵抗遺伝子（Ａｍｐｒ）、ｔｅｔｒａｃｙｃｌｉｎｅ抵抗遺伝子（Ｔｃｒ）そして、カナマイシン耐性遺伝子（「Ｋａｎｒ」）．Ｔｈｅカナマイシン耐性遺伝子は、細菌発現のために目下のところ好ましい。
【０２６８】
種々の発現系において、ｐｌａｓｍｉｄｓまたは他のベクターは（に）適した使用が広く利用できて、ａｒｔ．ＰｒｏｋａｒｙｏｔｉｃおよびＥ．ｃｏｌｉの範関数が好適な分泌シグナルがそうすることができる発現ｓｙｓｔｅｍ、ｐｒｅｓｅｎｔｌｙ上のｅｍｐｌｏｙｅｄ．Ｄｅｐｅｎｄｉｎｇでもよいという真核生物分泌信号では周知であるという使用可能な状態で連結されたタンパク質．Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ信号の分泌のための含む，ｂｕｔがアルカリ性以下のＥ．ｃｏｌｉ  遺伝子ｓ：ｏｍｐＡ，ｏｍｐＴ，ｏｍｐＦ，ｏｍｐＣ，ｂｅｔａ―ｌａｃｔａｍａｓｅ，およびによって、コード化される限られたｔｏ，ｔｈｏｓｅでないという信号をコード化しているＤＮＡを含むこともできるｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ，および  ｌｉｋｅ（ｖｏｎ  Ｈｅｉｊｎｅ，Ｊ．ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ．１８４：９９―１０５，１９８５）．Ｉｎ  ａｄｄｉｔｉｏｎ，ｔｈｅ細菌ｐｅｌＢ遺伝子分泌ｓｉｇｎａｌ（Ｌｅｉら，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １６９：昆虫細胞において、機能的なｃｅｋ２がそうすることができる４３７９，１９８７）、ｔｈｅ  ｐｈｏＡ分泌ｓｉｇｎａｌ，およびは特定の発現系のための大部分の好適な分泌シグナルがそうであるｅｍｐｌｏｙｅｄ．Ｔｈｅである当業者に知られている原核生物のＥ．ｃｏｌｉ  ｏｍｐＡ分泌ｓｉｇｎａｌ．Ｏｔｈｅｒおよび真核生物分泌シグナルがｅｍｐｌｏｙｅｄ（ｓｅｅ，ｅ．ｇ．，ｖｏｎ  Ｈｅｉｊｎｅ，Ｊ．ＭｏＩ．でもよいＢｉｏｌ．１８４：９９―１０５，１９８５）技術の方法記載されているｈｅｒｅｉｎ，ｏｎｅが従来技術において、そうすることができる．Ｕｓｉｎｇは、それらの細胞からタンパク質を分泌するためにｙｅａｓｔ，ｉｎｓｅｃｔか哺乳動物細胞において、機能的である分泌シグナルを置換する。
【０２６９】
Ｅ．ｃｏｌｉ細胞の形質転換のための好ましいプラスミドは、Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＬからｐＥＴ発現ｖｅｃｔｏｒｓ（例えば、ｐＥＴ―１１ａ，ｐＥＴ―１２ａ―ｃ，ｐＥＴ―１５ｂ、ｓｅｅ米国特許第４，９５２，４９６、ａｖａｉｌａｂｌｅを含む）．Ｏｔｈｅｒに好まれるプラスミドは２２３―３，ｗｈｉｃｈが含むｐＫＫプラスミド，ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ  ｐＫＫを含むｔａｃ  プロモーター（Ｂｒｏｓｉｕｓら，１９８４  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８１：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、米国特許第第５，１２２，４６３号，同第５，１７３，４０３号，同第５，１８７，１５３号，同第５，２０４，２５４号，同第５，２１２，０５８号，同第５，２１２，２８６号，同第５，２１５，９０７号，同第５，２２０，０１３号，同第５，２２３，４８３号，および同第５，２２９，２７９号において、６９２９、Ａｕｓｕｂｅｌら，ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌ）ｐＢｌｕｅＢａｃ（ａｌｓｏがＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎディエゴから５，１６９，７８４、ａｖａｉｌａｂｌｅでｐＪＶＥＴＬおよび誘導体をｔｈｅｒｅｏｆ）、ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ  ｐＢｌｕｅＢａｃ  ＩＩＩ（ｓｅｅ，ｅ．ｇ．，米国特許第５，２７８，０５０号，同第５，２４４，８０５号，同第５，２４３，０４１号，同第５，２４２，６８７号，同第５，２６６，３１７号，同第４，７４５，０５１号，およびと言ったので．プラスミドｐＫＫがカナマイシン耐性遺伝子．（ｐＵＣ４Ｋ，ｓｅｅ，ｅ．ｇ．，Ｖｉｅｉｒａら（１９８２  遺伝子  １９：２５９―２６８、および米国特許第４，７１９，１７９からＰｈａｒｍａｃｉａ、ｏｂｔａｉｎｅｄからＡｖａｉｌａｂｌｅな。）バクロウイルスｖｅｃｔｏｒ、ｓｕｃｈを有するアンピシリン耐性遺伝子の置換により修正されて）プラスミドが含む昆虫細胞．他のポリペチドの表示のために使用することもできるｐＩＮ―ＩＩＩｏｍｐＡプラスミド｛米国特許第４，５７５，０１３、ｓｅｅも示すｐＩＮ―ＩＩＩｏｍｐＡ２．としてＤｕｆｆａｕｄ  ｅｔａｌ．，１９８７  Ｍｅｔｈ．Ｅｍ．１５３：４９２―５０７）、ｓｕｃｈ
好ましくは、ｉｆ一つ以上ＤＮＡ分子好適なホストがそうである細菌ｃｅｌｌ、ｔｈｅにおいて、繰り返す、Ｅ．ｃｏｌｉ．Ｔｈｅに好まれるＤＮＡ分子はこの種のシステムでもあるｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，ｔｏ保証の細菌起源を含む、生成からＤＮＡ分子のこのｗａｙ，ｌａｒｇｅ量がそうでありえるｂａｃｔｅｒｉａ．Ｉｎの生成へのＤＮＡ分子の保守はｂａｃｔｅｒｉａ．Ｉｎの複製によって、細菌複製開始点含む，ｂｕｔが限られたｔｏ，ｔｈｅ  ｆｌ―複製起点および誘導性のプロモーター，ｓｕｃｈに使用可能な状態で連鎖ＤＮＡをコード化しているＴ７  ＲＮＡポリメラーゼのこの種のシステム封じ込め染色体コピーのためのｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ．好ましいホストの鞍Ｅｌ起源でないこの種の発現ｓｙｓｔｅｍ、ｐｒｅｆｅｒｒｅｄを生じたｌａｃＵＶ  プロモーター（ｓｅｅ米国特許第４，９５２，４９６）．Ｓｕｃｈホスト含む，ｂｕｔは限られたｔｏ，ｌｙｓｏｇｅｎｓ  Ｅ．ｃｏｌｉ圧力ＨＭＳ１７４（ＤＥ３）ｐＬｙ、ＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙ´、ＨＭＳ１７４（ＤＥ３）でない、そして、ＢＬ２１（ＤＥ３）．Ｓｔｒａｉｎ  ＢＬ２１（ＤＥ３）は圧力がＴ７  ＲＮＡポリメラーゼのＴ７  ｌｙｓｏｚｙｍｅ，ａ自然なインヒビターの低次に提供するｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．Ｔｈｅ  ｐＬｙｓである。
【０２７０】
提供されるＤＮＡ分子はまた、リプレッサータンパク質をコードする遺伝子を含み得る。オペレータと、または、調節タンパク質またはＤＮＡの他の領域によって、相互に作用する能力を阻害する分子を細胞増殖培養液に加えることによって、ＤＮＡ分子が提供したＴｈｅは、タンパク質．Ｔｈｅリプレッサータンパク質がリプレッサータンパク質ｂｉｎｄｓ．Ｔｈｅプロモータがｃｅｌｌ．例えば、ｔｈｅ変更の生理学的条件を変えることによって、非抑制されることができるヌクレオチドの封じ込め配列が達成されることができるプロモータの書換えを抑制してできるリプレッサのための遺伝子符号化を含むこともできる』または、発展ｍｅｄｉａ．好ましいリプレッサータンパク質の温度を変えることによって、含む，ｂｕｔがｌｉｋｅ．Ｔｈｅ  Ｅ．ｃｏｌｉ若者リプレッサがそうであるＩＰＴＧ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ，ｔｈｅ温度敏感λｃＩ８５７  ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ，およびに応答するＥ．ｃｏｌｉ若者リプレッサに限られていないこと好む。
【０２７１】
一般に、本発明のｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ構造物は転写のために必要な要素も含む、そして、要素がそうであるｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ．Ｉｎ  ｐａｒｔｉｃｕｌａｒ，ｓｕｃｈは結合領域―免疫グロブリン融合タンパクをコード化している核酸一次構造を含んでいる組換え発現構造物が宿主細胞の発現または好まれる現在の発明，ｃｅｌｌタイプのｏｒｇａｎｉｓｍ．Ｉｎ特定の実施例を目的とする、または、細胞を結合している領域―免疫グロブリン融合符号化遺伝子の細胞型に特有の発現が打込みによって、成し遂げられることが可能である所で、プロモータのプロモーター．Ｔｈｅ選択の調節の下の遺伝子が変わるために細胞型によるのを好んだ、そして、程度または制御ｄｅｓｉｒｅｄ．プロモーターのタイプは構成型でありえるか作動中でありえて、更に細胞型ｓｐｅｃｉｆｉｃ，組織特異的な，ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ細胞ｓｐｅｃｉｆｉｃ，ｅｖｅｎｔ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ，ｔｅｍｐｏｒａｌｌｙ特性またはｉｎｄｕｃｉｂｌｅ．Ｃｅｌｌ―タイプ特定のプロモータでもよい、そして、事象型に特有のプロモータは構成型であるか非特異性のプロモータのｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．Ｅｘａｍｐｌｅｓであるプロモータが従いもするウィルスプロモーター，ｃｅｌｌｕｌａｒへのプロモーター（米国特許第５，１１８，６２７）、ＣＭＶ初期遺伝子プロモーター（米国特許第５，１６８，０６２）、およびアデノウィルスプロモーター．Ｉｎ追加遅くプロモーター（米国特許第５，１１８，６２７）、ｔｈｅ  ＳＶ４０前半ＳＶ４０を含む、いわゆるハウスキーピング遺伝子のためのこの発明．Ｉｎ  ｐａｒｔｉｃｕｌａｒ，ｃｅｌｌｕｌａｒプロモータの前後関係はプロモータがそうであるｕｓｅｆｕｌ．Ｖｉｒａｌである一般にｐｒｅｆｅｒｒｅｄ，ｂｅｃａｕｓｅ、それらは細胞プロモーター．プロモーター領域が特定のホストに使用する適切なプロモータが当業者によって、直ちに選択されることができるより高い真核生物，ｓｕｃｈを含んでいる多くの真核生物の遺伝子において、確認されたより強いプロモータである。
【０２７２】
誘導性プロモータは、プロモータが含むｕｓｅｄ．Ｔｈｅｓｅでもよいｉｎｄｕｃｅｒ．Ｔｈｉｓの加算が遺伝子産物の製造のタイミング上の更なる制御を許容するまで、結合領域―免疫グロブリン融合タンパクをコード化している誘導性のプロモーター，ｔｈｅ核酸一次構造を使用しているｃＡＭＰ．ＢｙによるサイクリックＡＭＰ反応ｅｌｅｍｅｎｔ、ｉｎｄｕｃｉｂｌｅを有する重金属、およびプロモータによるデキサメタゾン、メタロチオネインプロモーター，ｉｎｄｕｃｉｂｌｅによるＭＭＴＶ  ＬＴＲ（ＰＣＴ  ＷＯ  ９１／１３１６０）、ｉｎｄｕｃｉｂｌｅが本発明発現構造物によって、細胞に分配されることができて、静止しているままで。
【０２７３】
事象型特異的プロモーターは、作動中であるかまたは腫瘍原性またはウィルス感染．Ｔｈｅとしてｅｖｅｎｔ，ｓｕｃｈの発生だけにＬＴＲが周知の実施例であるＨＩＶをｕｐ―ｒｅｇｕｌａｔｅｄした。そして、イベントに特有のプロモーター．Ｔｈｅプロモータは不活発である粗製ズック遺伝子産物がウィルス感染．Ｓｏｍｅ事象型のｐｒｅｓｅｎｔ，ｗｈｉｃｈ発生でない限り、プロモータも組織特異的で。
【０２７４】
さらに、特定の細胞遺伝子によって、同等に調整されるプロモーターは、同等に表される遺伝子のｕｓｅｄ．例えば、プロモーターでもよい領域―免疫グロブリン融合タンパク―符号化遺伝子を結合している発明，例えば、ａの特定の結合構造物の表示が一つ以上の付加的な存性の表示と協力して要求される、または、１がその組織の範囲内の特定の免疫応答細胞が起動できるかまたはさもなければ免疫応答に参加するために補充されることができる免疫系，ｓｏの特定の組織の免疫応答の誘導に関連する遺伝子形質発現のパターンを知るときにプロモータの外因的に導入された遺伝子ｓ．Ｔｈｉｓタイプが特に役立つ使用できる。
【０２７５】
上記プロモーターに加えて、サイレンサが遺伝子を一部分は治療的なｓｔｒａｔｅｇｙ．Ｍｕｌｔｉｐｌｅリプレッサで要素が転写のプロモータ領域．Ｒｅｐｒｅｓｓｉｏｎに嵌入されることができるにつれて、一過性に免疫無防備状態である特定のｓｉｔｕａｔｉｏｎ、ｓｕｃｈ  ａ、例えば、ホストにコード化しているドメイン−免疫グロブリン融合タンパクを結合して非特異的発現を減らすために嵌入されることができるプロモーター，ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ、ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ、ｏｒ  ｔｉｓｓｕｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃへのリプレッサ要素の方向に独立している、または、リプレッサ・配列のプロモーター．Ｏｎｅタイプからの距離は、１絶縁体配列である。そのような配列は、転写を阻害する（Ｄｕｎａｗａｙら，１９９７  ＭｏＩ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １７：１８２―９、Ｇｄｕｌａら，１９９６  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９３：９３７８―８３，Ｃｈａｎら，１９９６  Ｊ  Ｖｉｒｏｌ  ７０：５３１２―２８、ＳｃｏｔｔおよびＧｅｙｅｒ，１９９５  ＥＭＢＯ  Ｊ  １４：６２５８―６７、Ｋａｌｏｓである。そして、Ｆｏｕｒｎｉｅｒ，１９９５  ＭｏＩ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １５：１９８―２０７、Ｃｈｕｎｇら，１９９３、Ｃｅｌｌ  ７４：５０５―１４）そして、望ましくないバックグラウンド転写を鎮める。
【０２７６】
レプレッサーエレメントはまた、ＩＩ型（軟骨）コラーゲン遺伝子のプロモーター領域、コリンアセチルトランスフェラーゼ遺伝子のプロモーター領域、アルブミン遺伝子のプロモーター領域（Ｈｕら、１９９２、Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒ．３（９）：５７７〜５８８）、ホスホグリセリン酸キナーゼ遺伝子のプロモーター領域（ＰＧＫ−２）（Ｍｉｓｕｎｏら、１９９２、Ｇｅｎｅ  １１９（２）：２９３〜２９７）および６−ホスホフルクト−２−キナーゼ／フルクトース−２，６−ビスホスファターゼ遺伝子において、同定された。さらに、ネガティブ調節エレメントＴｓｅ−１は、多数の肝臓特異的遺伝子において同定され、肝細胞において遺伝子活性のｃＡＭＰ応答エレメント（ＣＲＥ）媒介性誘導をブロックすることが示された（Ｂｏｓｈａｒｔら、１９９０  Ｃｅｌｌ  ６１（５）：９０５−９１６。
【０２７７】
好まれる実施形態において、所望の製品の発現を増加させるｅｌｅｍｅｎｔｓは要素が含むｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｓｕｃｈに組み込まれるｓｉｔｅｓ（ＩＲＥ、ＷａｎｇおよびＳｉｄｄｉｑｕｉ，１９９５  Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０３：９９、Ｅｈｒｅｎｆｅｌｄを結合している内部リボソーム、そして、Ｓｅｍｌｅｒ，１９９５  Ｃは１２：６９４ｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０３：６５、Ｒｅｅｓら，１９９６  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２０：１０２、Ｓｕｇｉｍｏｔｏら，１９９４  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙは）．ＩＲＥＳ増加翻訳ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ．Ａｓ  ｗｅｌｌ，ｏｔｈｅｒ配列は特に５’末端阻害転写の若干の遺伝子、ｓｅｑｕｅｎｃｅｓおよび／またはｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ．Ｔｈｅｓｅ配列が通常そうであるｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｆｏｒを強化できるヘアピンｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ．Ａｎｙを形成できるパリンドロームは、届けられる核酸のこの種の配列は通常、反訳記録または翻訳された製品の濃度がそうであるｄｅｌｅｔｅｄ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎである確認するかまたはどの配列情動ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔレベルが検定されることができる周知のｍｅｔｈｏｄ，含むノーザンブロットｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ＲＮａｓｅの調査保護およびｌｉｋｅ．タンパク質により検定されることができるかについて確認するために検定するいかなる周知のｍｅｔｈｏｄ，含む  ＥＬＩＳＡ，ｗｅｓｔｅｒｎ  ｂｌｏｔ，ｉｍｍｕｎｏｃｙｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙもまたは他の周知の技術。
【０２７８】
他のエレメントは、好適な実施形態，ｔｈｅ構造物が含む現在の発明．Ｉｎの構造物をコード化している領域―免疫グロブリン融合タンパクを結合している発明，例えば、ｉｎｔｏの構造物に組み込まれることができる転写ターミネータｓｅｑｕｅｎｃｅ，含むポリアデニル化ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｓｐｌｉｃｅドナー、そして、核受容体ｓｉｔｅ、および、発現に役立つ要素および哺乳動物細胞または他の真核細胞の構造物の保守がまた、そうすることができるｅｎｈａｎｃｅｒ．Ｏｔｈｅｒは複製のｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ（例えば、ｏｒｉｇｉｎである）構造物が便利にそうである．Ｂｅｃａｕｓｅはバクテリアのｅｎｈａｎｃｅ，ｐｒｏｐａｇａｔｉｏｎが要素が含むｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ．Ｓｕｃｈである必要なｆｏｒ，ｏｒである細菌ｃｅｌｌ、ｅｌｅｍｅｎｔｓにおいて、生じたｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，ａ選べる標識の起源など。
【０２７９】
本明細書において提供されるように、遺伝子治療，例えば、ｍａｙのための細胞に発明，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合タンパク質、ｄｅｌｉｖｅｒｅｄの構造物をコード化している核酸の発現を制御するｈｅｒｅｉｎ，ａｎ追加レベルを提供されるＡｓは、同時に調整された遺伝子形質発現の複数のレベルが適切な調節性のｓｅｑｕｅｎｃｅ、含むの選択によって、同様の方法で提供されることができるが、プロモーター，ｅｎｈａｎｃｅｒｓおよび他の周知の遺伝子調節エレメントに限られていることができないような構造物方法が細胞型次第であるこの種のａ、例えば、ｓｐａｔｉｏｔｅｍｐｏｒａｌ協調および／または技術に精通している他の表されたコード化されたｃｏｍｐｏｎｅｎｔ．Ｔｈｏｓｅの存在が認める免疫応答の調整規則に許可できる複数の核酸の二個以上の差別的に調整された核酸構築物．Ｔｈｅ使用を加えることによって、設けられている。
【０２８０】
本発明はまた、周知のベクターからそれを用意される構造物にｖｅｃｔｏｒ、およびと関連づけるＴｈｅは現在の発明，および特にの核酸を含む。そして、「遺伝子治療，ｔｈａｔのためのさまざまな周知の構築物，含む送出構築物，ｕｓｅｆｕｌのいずれかが本発明に従っていかなる核酸ｅｎｃｏｄｉｎｇ，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合タンパクおよびポリペチドも含む組換え型発現構築物」，含むは、本発明のベクターおよび／または他の構造物によって、そして、発現を管理する方法または発明，ｏｒ断片または改変体ｔｈｅｒｅｏｆ，ｂｙ組換え型技術の核酸一次構造ｅｎｃｏｄｉｎｇ，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合ポリペチドおよび融合タンパクから成る他の構造物に遺伝子工学によるｈｅｒｅｉｎ、ｔｏ宿主細胞を提供した。
【０２８１】
本発明の種々の構築物（例えば、結合ドメイン免疫グロブリン融合タンパク質を含む）例，ｂｉｎｄｉｎｇ  ドメイン−免疫グロブリン融合タンパク質、ｃａｎのための発明，含むのＶａｒｉｏｕｓ構造物は、実質的に遺伝子治療，ｕｎｄｅｒのための使用で構造物の自然上の適当なプロモーター，ｄｅｐｅｎｄｉｎｇの制御場合には活発な宿主細胞のいかなるホストｃｅｌｌ，含むにおいても表される｛プロモーター，ａｓのｅ．ｇ．，ｔｙｐｅは、所望の宿主細胞の自然上のａｂｏｖｅ）、およびを記載した｛定期に区別されるｅ．ｇ．，ｗｈｅｔｈｅｒ有糸分裂後または能動的に発現構造物が起こるｄｉｖｉｄｉｎｇ、ｅ．ｇ．，ｗｈｅｔｈｅｒは、エピソームとして細胞のホストをつとめる、または、宿主細胞ゲノムに組み込む）。
【０２８２】
原核生物宿主および真核生物宿主とともに使用するための適切なクローニングおよび発現ベクターは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋにより記載される、ａｓがｈｅｒｅｉｎ，ｉｎが特に発現がそうである発明，ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔの実施例が遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ：ＭｅｔｈｏｄｓおよびＰｒｏｔｏｃｏｌｓ」、Ｗｏｌｆｆ，ＪＡ，「遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓのための本発明組換え型発現ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｓｅｅ  ａｌｓｏ，例えば、Ｍａｃｈｉｄａ，ＣＡ．，「Ｖｉｒａｌ媒介生物によって、トランスフェクションしたかまたは変わった哺乳動物細胞において、実行するのを好む点に注意したら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，（１９８９）およびＤｉｒｅｃｔ  遺伝子  Ｔｒａｎｓｆｅｒ」（Ｂｉｒｋｈａｕｓｅｒ  １９９４のＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓであるＡｐｐｒｏｐｒｉａｔｅクローン化、そして、原核生物のおよび真核生物ホストの用途に、発現ベクター＞）、Ｓｔｅｉｎ，Ｕ、そして、Ｃａｎｃｅｒ：ＭｅｔｈｏｄｓおよびＰｒｏｔｏｃｏｌｓ」（ヒトａ  Ｐｒｅｓｓ  ２０００のうちＷａｌｔｈｅｒ，Ｗ（ｅｄｓ．Ｐ，「遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ）、Ｒｏｂｂｉｎ、ＰＤ（ｅｄ．）、「遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ」（ヒトａ  Ｐｒｅｓｓ  １９９７）、Ｍｏｒｇａｎ，ＪＲ（ｅｄ．）、「遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ」（ヒトａ  Ｐｒｅｓｓ  ２００２）、Ｍｅａｇｅｒ，Ａ（ｅｄ．）、「遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ、Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ、そして、Ｃｌｉｎｉｃ」（Ｊｏｈｎワイリー社Ｉｎｃ．１９９９にＲｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ：Ｆｒｏｍ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）、ＭａｃＨｉｄａ，ＣＡ、そして、遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ：ＭｅｔｈｏｄｓおよびＰｒｏｔｏｃｏｌｓ」（ヒトａ  Ｐｒｅｓｓ  ２００２のためのＣｏｎｓｔａｎｔ，ＪＧ，「Ｖｉｒａｌ媒介生物）、「Ｎｅｗ手法Ｏｆ  遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｆｏｒ  遺伝子ｔｉｃ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ＮＩＨ  Ｇｕｉｄｅ」また、新しい巻２２，Ｎｕｍｂｅｒ  ３５，Ｏｃｔｏｂｅｒ  １，１９９３．Ｓｅｅ、遺伝子治療，含む  ｖａｃｃｉｎｅ、ｗｈｉｃｈに関するＵ．Ｓ．ｐａｔｅｎｔｓはバイオポリマーｓｙｎｔｈｅｓｉ、ｓｏｌｖｅｎｔマイクロ液滴および使用方法」のためのＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．６，３８４，２１０（「Ｓｏｌｖｅｎｔを含む）免疫調節装置の、６，３８４，２０３、「Ｆａｍｉｌｙは白血球を免疫グロブリンのようなレセプター、ＬＩＲと称した、６，３８４，２０２（「Ｃｅｌｌに特有の活性体は細胞周期」によって、調整した）、６，３８４，０１８（「Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ結核ワクチン」）治療的な分子」の細胞内の配送のために、６，３８３，８１４（「Ｃａｔｉｏｎｉｃ両親媒性物質）ポリイオンを細胞」に分配するために、６，３８３，８１１（「Ｐｏｌｙａｍｐｈｏｌｙｔｅｓ）アデノウィルス」の中で、６，３８３，７９５（「Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ浄化）高力価組換え型アデノ衛星ウィルス」を生じることで、６，３８３，７９４（「Ｍｅｔｈｏｄｓ）、���，３８３，７８５（「Ｓｅｌｆ―ｅｎｈａｎｃｉｎｇ，ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ制御可能な発現系」）、６，３８３，７５３（「Ｙｅａｓｔ細胞増殖」の中で哺乳類の調節装置）ＣＣＲ５」のために、６，３８３，７４６（「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌプロモータ）遺伝子形質発現」の連続分析のために、６，３８３，７４３（「Ｍｅｔｈｏｄ）、６，３８３，７３８（「Ｈｅｒｐｅｓ単式ウイルスＯＲＦ  Ｐはウィルス・タンパク質合成」のリプレッサである）、６，３８３，７３７（「ヒトオキサリル―コエンザイムＡ  Ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ」）腫瘍疾患」の治療のための薬理活性化合物のふるい分けの中で、６，３８３，７３３（「Ｍｅｔｈｏｄｓ）、６，３８３，５２２（「Ｔｏｘｉｃｉｔｙは抗悪性腫瘍薬およびサメ軟骨抽出物」を含んでいる構成物を還元した）、６，３８３，５１２（「Ｖｅｓｉｃｕｌａｒ複合体、そして、同じもの」を製作し使用する方法）造血の幹細胞」の移植のために、６，３８３，４８１（「Ｍｅｔｈｏｄ）脈管形成」を促進している、６，３８３，４７８（「Ｐｏｌｙｍｅｒｉｃカプセル化法システム）検体」の経皮試料採集のために、６，３８３，１３８（「Ｍｅｔｈｏｄ）別のｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ，ｐｒｅｖｅｎｔｉｖｅ，ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ，およびを有するタンパク質をコード化している、６，３８０，３８２（「遺伝子は使用する」）セレクチン・リガンドおよびケモカイン・プレゼンテーション活動」を有する、６，３８０，３７１（「Ｅｎｄｏｇｌｙｃａｎ：ａ小説タンパク質）、６，３８０，３６９（「ヒト  ＤＮＡが修理の組合せを誤るタンパク質」）、６，３８０，３６２（「Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ、ポリペプチドはポリヌクレオチドおよびそれらの使用」のための方法によって、表した）、６，３８０，１７０（「Ｎｕｃｌｅｉｃ酸は構造遺伝子」の細胞周期調節発現のために造る）乏ヌクレオシド裂開合成物を含んでいる、６，３８０，１６９（「Ｍｅｔａｌ複合体、そして、治療」）ウィルス・ベクター」として、６，３７９，９６７（「Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｕｓ  ｓａｉｍｉｒｉ）非ウイルス核の酸性プロテアーゼタンパク質、およびの、６，３７９，９６６（「Ｉｎｔｒａ血管配達はそのｊを使用する）。
【０２８３】
代表的に、例えば、ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ構造物は好適な構造物がそうであるプラスミドｖｅｃｔｏｒｓ．Ｏｎｅに由来する。そして、改質ｐＮＡＳＳ  ｖｅｃｔｏｒ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）、ｗｈｉｃｈは適切な哺乳動物発現ベクタが公知でよくあるアンピシリン抵抗遺伝子，ａポリアデニル化信号およびＴ７プロモータｓｉｔｅ．Ｏｔｈｅｒをコード化している核酸一次構造を有する｛Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡからｓｅｅ，ｅ．ｇ．，Ａｕｓｕｂｅｌら，１９９５、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，ｓｕｐｒａ、ｓｅｅ  ａｌｓｏ，ｅ．ｇ．，ｃａｔａｌｏｇｕｅ、Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ、Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ、および他）ジヒドロ葉酸ｒｅｄｕｃｔａｓｅ（ＤＨＦＲを含む．Ｐｒｅｓｅｎｔｌｙに好まれる構造物を、準備できる）結合ドメイン−免疫グロブリン融合タンパク質，ｗｈｉｃｈレベルの強化された操業度を促進している適切な調節性のｃｏｎｔｒｏｌ，ｆｏｒの下の符号化配列は適当な選択ａｇｅｎｔ（例えば、ｍｅｔｈｏｔｒｅｘａｔｅのアプリケーションの後に遺伝子増幅の結果として生じる）。
【０２８４】
一般的に、ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ発現ベクターは、複製開始点を含む、そして、プロモータが異形の構造配列がそうである下流の構造ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ａｓ記載されているａｂｏｖｅ．Ｔｈｅの転写が翻訳開始を有する適当な位相および本願明細書において、設けられているにつれて、核酸をコード化している領域―免疫グロブリン融合タンパクを結合している終了ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ｔｈｕ、例えば、ｔｈｅにおいて、集まったと指令するために非常に表された遺伝子から引き出したホストｃｅｌｌ，およびの選択マーカができるようにしている変換は、確かなｃｅｌｌ．Ｉｎが構造物がそうである実施例がｖｉｖｏ．Ｓｕｃｈベクターで投与される製剤に含むのを好んだホストの結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドを表すための組換え発現構造物として、様々な発現ベクター構造物のいずれか一つに含まれることができる。そして、構造物は、ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ，ｎｏｎｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌを含む、そして、ＳＶ４０、ｂａｃｔｅｒｉａｌプラスミド、ｐｈａｇｅ  ＤＮＡ、ｙｅａｓｔプラスミド、ｖｅｃｔｏｒｓの合成ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ、ｅ．ｇ．，ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓは、組合せに由来したの記載されているｂｅｌｏｗ．しかし、ａｎｙその他ベクターとしてのｖａｃｃｉｎｉａ，ａｄｅｎｏｖｉｒｕ、ｆｏｗｌ痘瘡ｖｉｒｕ、および  ｐｓｅｕｄｏｒａｂｉｅ、ｏｒ複製不完全なものレトロウィルスとしてのプラスミドおよびバクテリオファージＤＮＡ，ｖｉｒａｌ  ＤＮＡ，ｓｕｃｈが、この種のベクターがそうである好ましい実施例の組換え発現ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，およびの準備のために使うことができるｒｅｐｌｉｃａｂｌｅな、そして、ホストの現実的な。
【０２８５】
適切なＤＮＡ塩基配列は、様々なｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ．Ｉｎ  遺伝子ｒａｌ，ａ  ＤＮＡの塩基配列が着生しているｖｅｃｔｏｒ，例えば、ｂｙに嵌入されることができる。そして、ＤＮＡ  ｌｉｇａｓｅ，ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ，ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎエンドヌクレアーゼを含んでいるｃｌｏｎｉｎｇ，ＤＮＡ  ｉｓｏｌａｔｉｏｎ，ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎおよびｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｆｏｒ酵素反応のａｒｔ．Ｓｔおよびａｒｄ技術において、公知の手順による適当な限定エンドヌクレアーゼ・サイト（ｓ）およびｌｉｋｅ，およびさまざまな分離技術は公知で、技術がｄｅｓｃｒｉｂｅｄ，例えば、ｉｎ  Ａｕｓｕｂｅｌら（１９９３  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓである標準のａｒｔ．Ａ数に熟練した人々によって、共通に使用されるそれらであるＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌ．Ａｓｓｏｃ．Ｉｎｃ．＆  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ及びＳｏｎ、Ｉｎｃ．，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄ．，Ｃｏｌｄ春ハーバーＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，ＮＹ）、Ｍａｎｉａｔｉｓら（１９８２  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，ＮＹ）、Ｇｌｏｖｅｒ（Ｅｄ．）（１９８５  ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｖｏｌ．ｌ、そして、ＩＩ，ＩＲＬ  Ｐｒｅ、Ｏｘｆｏｒｄ，ＵＫ）、Ｈａｍｅ、そして、Ｈｉｇｇｉｎｓ（Ｅｄｓ．）、（１９８５  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ＩＲＬ  Ｐｒｅ、Ｏｘｆｏｒｄ，ＵＫ）他で、および。
【０２８６】
上記発現ベクター中のＤＮＡ配列は、少なくとも１つの適切な発現制御配列（例えば、構成的プロモーターまたは調節型プロモーター）に作動可能連結される。塩基配列は有効に少なくとも一つの適切な発現制御配列（ｓ）との関連がある｛ｅ．ｇ．，ａ１＊構成型プロモータまたは調整されたプロモータ）ａｂｏｖｅ．プロモーター領域がいかなる所望の遺伝子を使用しているＣＡＴ（ｃｈｌｏｒａｍｐｈｅｎｉｃｏｌトランスフェラーゼからも選択されることができてこの種の発現制御配列のメッセンジャーＲＮＡ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ．Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ実施例が記載されている真核細胞またはそれらのｖｉｒｕｓｅ、ａｓのプロモータを含むと指令するために）選べるｍａｒｋｅｒｓ．Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃプロモータを有するベクターまたは他のベクターはＣＭＶ即時のｅａｒｌｙ，ＨＳＶチミジンｋｉｎａｓｅ，ｅａｒｌｙを含む、そして、ｒｅｔｒｏｖｉｒｕ、およびマウスからのＳＶ４０，ＬＴＲｓ遅く、適切なベクターおよびプロモータのメタロチオネイン―Ｉ．Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎは少なくとも一つのプロモータから成る特定の特に好適な組換え型発現構造物のａｒｔ，および準備の通常の技量のレベルの中でよい、または、使用可能な状態で、結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドをコード化している核酸に結合される調整されたプロモータは本願明細書において、記載されている。
【０２８７】
高等真核生物による、本発明に含まれるタンパク質およびポリペプチドをコードするＤＮＡの転写は、エンハンサー配列をｖｅｃｔｏｒ．Ｅｎｈａｎｃｅｒｓに嵌入することによって、増加できるＤＮＡ，ｕｓｕａｌｌｙのｃｗ―作動する要素で１０から複製ｏｒｉｇｉｎ，およびアデノウィルス・エンハンサの後期側上の２７０，ａサイトメガロウィルス初期プロモータｅｎｈａｎｃｅｒ，ｔｈｅポリオーマエンハンサに複製起点塩基対１００の後期側上のＳＶ４０エンハンサを含んでいるそのｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．Ｅｘａｍｐｌｅｓを増加させるためにプロモータに作用する３００の塩基対まである。
【０２８８】
他の実施形態において、本発明が発明，例えば、タンパク質の構造物のいずれかをコード化している単離されたポリヌクレオチドに提供する、または、ポリペチドが結合領域融合タンパク質、およびを本発明が特定の更なる実施例本発明のこの種のｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ，およびから成る組換え発現構造物に提供する関連した実施例に含んでいる本発明から造るＩｎはさもなければ、変わる宿主細胞またはトランスフェクションするｗｉｔｈ，ｏｒにｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ，ｓｕｃｈを提供する他の実施例本発明が発明，例えば、ａタンパク質の構造物を生じる方法に提供する組み換え型の発現ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｉｎは、または、ポリペチドは結合領域融合タンパク質，ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇのような本発明から造るステップｏｆ（ａは）変わったかまたは結合領域融合タンパク質、および（をコード化しているｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，ｔｏｒ  ｅｘａｍｐｌｅ，ａ構造物の表示を許す状況の下で本発明のｃｏｎｔａｉｎ，ａポリヌクレオチド構造物にさもなければできたｗｉｔｈ，ｏｒをトランスフェクションさせた宿主細胞を培養する領域融合タンパク質，ｆｒｏｍを結合しているｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，例えば、ｔｈｅを分離しているｂ）宿主細胞培養株。
【０２８９】
本発明の構築物（ポリペプチド構築物を含む）は、結合領域―免疫グロブリン融合ポリペプチド，例えば、の中で、同一であるかａｒｔ，ｏｒ断片において、公知の配列と類似している領域ポリペチド・アミノ酸配列を結合することのような結合領域または部分ｔｈｅｒｅｏｆ．Ｆｏｒを有する本発明含む，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合ポリペチドおよび融合タンパクが付加的な具体例およびｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ，ａ反ＣＤ２８  ｓｃＦｖ―ｔｒａｐｐｉｎ構造物［配列番号］を経由してでない例示するＴｈｅ  構築物，含むポリペチド構築物，ｏｆは、発明，ａｓが７０％のアイデンティティより大きい少なくとも約７０％のｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ（ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙを有するこの種のポリペチドおよび／またはポリペチドの部分である瞬間に従って、使用のために考察される）そして、好ましくは、好ましくは９０％のアイデンティティより大きい９０％のｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ（ｍｏｒｅについて）より好ましくは、９５％のアイデンティティより大きい報告されたポリペチドおよびなお多く好ましくは約９５％のｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ（ｓｔｉｌｌに）報告されたポリペチドに、そして、この種のポリペプチド，ｗｈｅｒｅｉｎの部分にこの種の部分通常、少なくとも約３０のアミノ酸を含む、そして、より好ましくは、分子が一部の細胞表面分子が細胞外の領域から成るかどうか決定するための細胞外のｍｉｌｉｅｕ．Ｍｅｔｈｏｄｓが技術および含む，例えば、ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ（例えば、ｄｉｒｅｃｔにとって周知であるにつれてこの種の分子の細胞外の領域部分を公知のｃｅｌｌ，ａｌｓｏの外部環境にさらす方法または分子が形質膜が浸透しない剤によって、構造的に変えることができるかどうかの分子，ｅｖａｌｕａｔｉｏｎの間接的な標識の細胞ｓｕｒｆａｃｅ，ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙで表されるときに、特に必須膜タンパク質である、または、膜内外ドメイン，ｔｈａｔにわたっている形質膜から成る好ましい実施例細胞表面分子の細胞表面分子，およびの少なくとも約５０のアミノａｃｉｄｓ．Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ領域含む，例えば、ｐｏｒｔｉｏｎｓは形質膜リン脂質二重層の外側の小葉を越えて伸びるために構築されるタンパク分解性であるか脂肪分解性酵素で例えばある）またはポリペチドのアミノ酸配列の分子（例えば、ａｎａｌｙｓｉｓの構造に基づくトポロジ予測）または他の方法論。
【０２９０】
そこにあるＩｎその他実施例は、さもなければ、変わる宿主細胞またはトランスフェクションするｗｉｔｈ，ｏｒにこの種の組換えクローン化または発現ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｈｏｓｔ細胞が含むｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ，ａｎｙを提供した生体外細胞療法含む，例えば、ｅｘビボ遺伝子治療を受けている主題の中で細胞。
【０２９１】
本願明細書、別の局面において、ｔｈｅ本発明は含んでいる宿主細胞に関する、ドメイン−免疫グロブリン融合発現構築物．Ｈｏｓｔ細胞を結合している記載されている核酸構築物，ｓｕｃｈ  ａ、例えば、ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔは遺伝的にｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ（ｔｒａｎｓｄｕｃｅｄ，ｔｒａｎｓｆｏｒｍｅｄであるかまたはトランスフェクションする）本発明のベクターおよび／または発現構造物を有するそれｂｅ，例えば、ａクローン化ｖｅｃｔｏｒ，ａが発現ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｔｈｅ媒体動物または構造物がそうすることができるｖｅｃｔｏｒ，ｏｒを往復させることができる設計された宿主細胞がプロモーター，ｓｅｌｅｃｔｉｎｇトランスフォーマントを起動させるかまたは結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドをコード化している遺伝子のような特定の遺伝子を増幅して適当な様に、メディアが修正した従来の栄養分で培養されることができるｐｌａｓｍｉｄ，ａウィルスｐａｒｔｉｃｌｅ，ａ  ｐｈａｇｅ，ｅｔｃ．Ｔｈｅの形または特定の宿主細胞のための結合ドメイン−免疫グロブリン融合タンパク質ｓ．Ｔｈｅ培養条件がｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ，ｐＨおよびｌｉｋｅ，ｗｉｌｌとしてｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ｓｕｃｈのために選択したｂｅ，例えば、ｉｎが通常技術を示すものに直ちに明らかである職人。
【０２９２】
製造のためのＴｈｅ宿主細胞または発明，例えば、ｃａｎの構造物の表示は哺乳類のｃｅｌｌ，ｏｒとしてのより高い成熟核ｃｅｌｌ，ｓｕｃｈである。そして、本発明含む，ｂｕｔによる適当な宿主細胞の実施例がそうである必要がない細菌ｃｅｌｌ．ＲｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅがＣＨＯ，ＣＯＳとしてのショウジョウバエＳ２およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ＳＪ９、ａｎｉｍａｌ  ｃｅｌｌ、ｓｕｃｈとしてのｙｅａｓｔ、ｉｎｓｅｃｔ  ｃｅｌｌ、ｓｕｃｈまたはいかなる適切な細胞もすでに生体外伝播に適応させた２９３のｃｅｌｌ、ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅ、ｐｌａｎｔ  ｃｅｌｌ、ｏｒとしてのＥ．ｃｏｌｉ，Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｖｐｈｉｍｕｒｈｉｍ、ｆｕｎｇａｌ  ｃｅｌｌ、ｓｕｃｈとしてｔｏ，ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｃｅｌｌ、ｓｕｃｈを制限したので、宿主細胞がそうすることができるイーストｃｅｌｌ，ｏｒとしての下部の真核生物ｃｅｌｌ，ｓｕｃｈは原核生物のｃｅｌｌ，ｓｕｃｈであるほど決めるデ、適当なホストのｎｏｖｏ．Ｔｈｅ選択は本願明細書において、教示から当業者の範囲内であると考えられる。
【０２９３】
さまざまな哺乳類の細胞培養系は哺乳類の発現系のタンパク質．Ｅｘａｍｐｌｅｓが含む明確な組換え型に使用されることもできるＧｌｕｚｍａｎ，１９８１  Ｃｅｌｌ  ２３によるサル腎臓ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ、ｄｅｓｃｒｉｂｅｄの中でＣＯＳ―７線：互換性を持つｖｅｃｔｏｒ，例えば、ｔｈｅ  Ｃ１２７，３Ｔ３，ＣＨＯ，ＨｅＬａを表すことができる１７５，および他の細胞系およびＢＨＫ細胞ｌｉｎｅｓ．Ｍａｍｍａｌｉａｎ発現ベクターはｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，ａ適切なプロモータおよびｅｎｈａｎｃｅｒ，およびのも起源から成る。そして、ｓｅｑｕｅｎｃｅ、ｆｏｒ実施例を非転写されるいかなる必要なリボソームを結合しているｓｉｔｅ、ｐｏｌｙａｄｅｎｙｌａｔｉｏｎ  ｓｉｔｅ，ｓｐｌｉｃｅドナーもおよび核受容体ｓｉｔｅ、ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ終了ｓｅｑｕｅｎｃｅ、および  ５フィート・フランキングはｓｐｌｉｃｅ，およびポリアデニル化部位が宿主細胞への構造物の必要な非転写された遺伝子のｅｌｅｍｅｎｔｓ．Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎが様々な方法により遂行されることができると定めるために用いてもよいＳＶ４０に由来する領域―免疫グロブリン融合発現構築物．ＤＮＡ配列を結合する準備に関して本願明細書において、記載したそれ中で技術を示すそれら技術は、ｆａｍｉｌｉａｒ，含むである、しかし、限られたｔｏ，例えば、ｃａｌｃｉｕｍリン酸塩ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ，ＤＥＡＥ―Ｄｅｘｔｒａｎは、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙのｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ，ｏｒ  ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｄａｖｉｓら，１９８６  Ｂａｓｉｃ  Ｍｅｔｈｏｄｓを伝達しなかった）。
【０２９４】
そこの関連した実施例がそうであるＩｎは、ポリペチドまたはタンパク質を生産する方法または発明，例えば、含むの他の構造物に結合領域融合タンパク質，ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇを提供したステップｏｆ（ａ）記載されているかまたは領域融合タンパク質、および（ｂを結合しているｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，例えば、ａの表示を許す状況の下で本願明細書において、提供されるにつれて、宿主細胞を培養する）宿主細胞または宿主細胞培養株から領域融合タンパクを結合しているｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，例えば、ｔｈｅを分離すること。
【０２９５】
結合領域融合タンパクのＥｍｂｏｄｉｍｅｎｔｓは、ｔａｇ，ｗｈｉｃｈがそうでありえる連鎖球菌を含む一連の８〜９つのアミノ酸が非常に可逆的に結合するｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｓｔｒｅｐタグｉｓのために使用するストレプトアビジンは、そして、ＡＷＲＨＰＱＦＧＧ，ＡＱＲＨＰＱＦＧＧ，ＷＳＨＰＱＦＥＫ，および  ＳＷＳＨＰＱＦＥＫ．を限定されるものではないが含む
記載されていて、本願明細書において、請求されるＴｈｅ発明は診断および調査ｐｕｒｐｏｓｅｓ．Ｓｕｃｈ分子ｈａｖｅ，例えば、ａｎｔｉｇｅｎ締め具または他の結合機能（ｓ）を含む新しい分子ｕｓｅｆｕｌ，例えば、ａｓ薬物療法学および他の目的を含む、そして、本発明の一つ以上のエフェクタｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．ＤＮＡ構造物は活発なおよび生体外遺伝子療法の役立つｉｎ，例えば、遺伝子治療，含むである。
【０２９６】
遺伝子治療は、不完全な遺伝子を置き換えるかまたは新規な遺伝子を細胞に加えるためにｄｉｓｅａｓｅ．Ｉｔ構成戦略を扱う遺伝形質の使用であるおよび／または、ｔｉｓｓｕｅ、およびは、代謝異常のｃａｎｃｅｒ，ｔｈｅ修正の処置のアプリケーションのために開発されている。そして、ｉｍｍｕｎｏ治療．遺伝子の分野で、本発明の治療は、発明，ｗｉｔｈのさまざまな構造物の、または、別々のキャリアのない使用を含む、または、配達車両またはｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒ、および／ｏｒの構築物，ｆｏｒ処理は、処理のためのワクチンまたはｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒ、および／ｏｒの防止が免疫原のタンパク質をコード化しているポリヌクレオチドの有名なｈｅｒｅｉｎ．ＤＮＡ  ｖａｃｃｉｎｅ、例えば、ｍａｋｅ使用を条件づけるにつれて、有名なｈｅｒｅｉｎ．Ｓｕｃｈ構造物が使われることもできると規定する。そして、病原微生物に対して免疫系を刺激する核酸決定要素または腫瘍ｃｅｌｌｓ．Ｓｕｃｈ戦略は、獲得性であるか生来の免疫を促進できる、または、遺伝子治療が含むサイトカインｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｉｎビボによる免疫機能の変更局面を含むことができる患者への遺伝形質の直接噴射またはヒトｄｉｓｅａｓｅ．Ｖａｃｃｉｎｅｓおよび免疫変調の動物モデルはｃａｎｃｅｒ，ｌｏｃａｌｉｚｅｄ遺伝子送出および／または発現／モジュール式無線信号走査ターゲティングシステムを扱うことを意図するものがｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．Ｄｉｖｅｒｓｅ遺伝子治療ベクターが手順が物理的に特定のｔｉｓｓｕｅ、例えば、ｕｓｉｎｇ  ｃａｔｈｅｔｅｒ−ｂａｓｅｄ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ、ａｌｌを目標とするために開発された特定のｔｉｓｓｕｅ、およびを目標とするように設計されていたということであるにつれて活発なｔｈｅｒａｐｉｅ、ｓｕｃｈにおいて、組織特異全身ｔｈｅｒａｐｉｅｓ．Ｗｉｔｈである。そして、遺伝子治療へのアプローチが本願明細書において、考察されてまた、ある考察されたｈｅｒｅｉｎ．Ｅｘビボである。そして、ｒｅｍｏｖａｌ，遺伝子ｔｉｃ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｅｘｐａｎｓｉｏｎを含む、そして、患者の自身のｃｅｌｌｓ．Ｅｘａｍｐｌｅｓのｒｅ−ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎは癌治療法のための骨髄移植を含む、または、リンパ球系の原種ｃｅｌｌｓ．Ｅｘビボ遺伝子治療の遺伝子組み替えは容易にアクセス可能で、血液としての遺伝子導入ｐｒｏｃｅｓｓ（ｓｕｃｈの間の培養組織または皮膚細胞において、生存できる細胞の処理に好ましくは適用される）。
【０２９７】
有用な遺伝子治療ベクターはアデノウイルスｖｅｃｔｏｒ、ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  ｖｅｃｔｏｒ、Ａｄｅｎｏ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｖｉｒｕｓ（ＡＡＶを含む）ｖｅｃｔｏｒ、Ｈｅｒｐｅｓ  Ｓｉｍｐｌｅｘ  Ｖｉｒｕｓ（Ｈｓｖ）ｖｅｃｔｏｒ、およびレトロウイルスｖｅｃｔｏｒｓ．遺伝子治療は「裸のＤＮＡ」を使用して行われることもできる。そして、ｌｉｐｓｏｍｅベースのｄｅｌｉｖｅｒｙ，ｌｉｐｉｄベースのｄｅｌｉｖｅｒｙ（含む  ＤＮＡが正に荷電するｌｉｐｉｄｓ）、およびエレクトロポレーションに取り付けられる。
【０２９８】
本明細書中の特定の実施形態において、含むを提供されるが、遺伝子治療実施形態，ｔｈｅベクターに限られていないＡｓはウィルス・ベクターでもよいこの種のａ、例えば、ａレトロウイルスｖｅｃｔｏｒ．Ｍｉｌｌｅｒら，１９８９  ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ７：９８０、Ｃｏｆｆｉｎ、そして、レトロウイルス・プラスミドベクターがあることができるＶａｒｍｕ、１９９６  レトロウイルス，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅ、ＮＹ．例えば、ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅ、『派生含む，ｂｕｔは、限られたｔｏ，ＭｏｌｏｎｅｙミューリンＬｅｕｋｅｍｉａ  Ｖｉｒｕ、ｓｐｌｅｅｎ壊死ｖｉｒｕ、ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ（例えばラウスＳａｒｃｏｍａ  Ｖｉｒｕ、Ｈａｒｖｅｙ  Ｓａｒｃｏｍａ  ｖｉｒｕ、ａｖｉａｎ白血病ｖｉｒｕ、ｇｉｂｂｏｎ類人猿白血病ｖｉｒｕ、ヒト免疫不全ｖｉｒｕ、ａｄｅｎｏｖｉｒｕ、Ｍｙｅｌｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  Ｓａｒｃｏｍａ  Ｖｉｒｕ、および乳癌ウイルス）でない。
【０２９９】
レトロウイルスは、複製することができて、ＤＮＡ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ．Ｔｈｉｓ  ＤＮＡ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ，ｏｒ  ｐｒｏｖｉｒｕ、ｍａｙを介して宿主細胞のゲノムに統合されることができるＲＮＡウィルスである発現構造物が成ることができる現在の発明，ａｎの特定の実施例に対する宿主細胞ＤＮＡ．Ａｃｃｏｒｄｉｎｇに安定して組み込むあたかもそれが外来タンパク質の表示のホスト結果の範囲内のこの異種遺伝子のレトロウイルスｇｅｎｏｍｅ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎの一部であるかのように、外来タンパク質がそうであるコードが通常のレトロウイルスＲＮＡ．Ｗｈｅｎレトロウイルス・リボゾームリボ核酸入力の代わりに感染，ｔｈｅ異種遺伝子と一致する宿主細胞を組み込んだ異種遺伝子がｃｅｌｌ，およびにもたらされるレトロウィルスがそれから宿主細胞ＤＮＡに組み込まれることができて。
【０３００】
遺伝子治療のために開発されたＭｏｓｔレトロウイルス・ベクター系は、ウイルスの宿主細胞ＤＮＡ．Ｔｈｅウィリオンの形態に組み込まれるプロウィルスとしてのｖｉｒｉｏｎ、ｏｒが構造ものを含む、そして、酵素逆ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ）、ｔｗｏリボゾームリボ核酸がレトロウイルス・ゲノムがそうであるウィルスｅｎｖｅｌｏｐｅ糖タンパク質．Ｔｈｅを含んでいるソース細胞形質膜のウィルスｇｅｎｏｍｅ，および部分の中で複製するｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ（含むの酵素タンパク質が４つの主領域ｓ：ｔｈｅ  Ｌｏｎｇ  Ｔｅｒｍｉｎａｌ  Ｒｅｐｅａｔ（ＬＴＲ）、ｗｈｉｃｈ封じ込めシス交流電流に有機化したので、遊離ウィルス粒子が関連した２つのｆｏｒｍ、ａｓのネズミのｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ．Ｓｕｃｈレトロウィルス存在に基づく転写の開始および終了のために必要なナノグラム要素、そして、５フィートおよび符号化遺伝子、およびの３フィート位置させる遺伝子ｇａｇ，ｐｏｌ，および  ｅｎｖ．Ｔｈｅｓｅ  ３遺伝子ｇａｇ，ｐｏｌ，および  ｅｎｖ  ｅｎｃｏｄｅ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ，ｉｎｔｅｒｎａｌウイルス性ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ、ｅｎｚｙｍａｔｉｃ  タンパク質ｓ（ｓｕｃｈを符号化している三つｉｎｔｅｇｒａｓｅ）、およびであるｅｎｖｅｌｏｐｅ糖タンパク質（ｄｅｓｉｇｎａｔｅｄ  ｇｐ７０、そして、ｐｌ５ｅ）それが、感染性および寄生範囲を与えられるよく未決定機能の「Ｒ」ペプチドとしてのｖｉｒｕ、ａｓの特異性。
【０３０１】
細胞系をパックしているＳｅｐａｒａｔｅおよびベクターを延長している細胞系は発現のそれらの使用が現在の発明．Ｂｒｉｅｆｌｙ，ｔｈｉｓによって、方法論が２本のｃｏｍｐｏｎｅｎｔ、ａレトロウイルス・ベクターおよび包装電池ｌｉｎｅ（ＰＣＬの使用を使用するにつれて、構築するｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅ、含むを使用する能力に関して安全懸念のため、開発された）．Ｔｈｅレトロウイルス・ベクターは転送される長いターミナルのｒｅｐｅａｔｓ（ＬＴＲｓ）、ｔｈｅ外来性ＤＮＡおよび包装ｓｅｑｕｅｎｃｅ（ｙを含む）構造およびエンベロープ・タンパク質をコード化する遺伝子がｇａｇ，ｐｏｌ，および  ｅｎｖ  タンパク質、ｂｕｔをコード化しているベクターｇｅｎｏｍｅ．Ｔｈｅ  ＰＣＬ封じ込め遺伝子の範囲内で含まれないので、レトロウイルス・ベクターが単独で再生しない．Ｔｈｉｓがパッケージングシグナル「ｙ」．Ｔｈｕ、ａ  ＰＣＬはこの一般のｍｅｔｈｏｄ，ｔｈｅレトロウイルス・ベクターがそうであるｉｔｓｅｌｆ．Ｗｉｔｈｉｎによって、空のウィリオン粒子を形成できるだけであるベクター生成細胞ｌｉｎｅ（ＶＣＬを作成しているＰＣＬ，ｔｈｅｒｅｂｙに導く）．Ｔｈｉｓ  ＶＣＬはレトロウイルスｖｅｃｔｏｒ´ｓ（ｆｏｒｅｉｇｎだけを含んでいるウィリオン粒子を製造する）を含まないｇｅｎｏｍｅ，およびは、従って、以前、治療的な使用のための安全なレトロウィルス・ベクターであると考慮された。
【０３０２】
「Ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌベクター構造物」は、核の酸性のｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ｂｒｉｅｆｌｙ，ｔｈｅレトロウイルス・ベクター構造物をコード化している結合領域―免疫グロブリン融合が第２の索ＤＮＡ合成のｓｉｇｎａｌ，ａｎ起源をパックしているｓｉｔｅ，ａを結合している５フィートＬＴＲ，ａ運搬ＲＮＡを含まなければならないにつれて、ｉｎｔｅｒｅｓｔ，ｓｕｃｈの配列（ｓ）または遺伝子（ｓ）の発現を導く発明，ｃａｐａｂｌｅのｉ、ｗｉｔｈｉｎ好ましい実施例および異形の配列の３フィートＬＴＲ．Ａに広がるバラエティが分子ｉｔｓｅｌｆ（例えば、ａｓとして有効であるタンパク質（例えば、ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  タンパク質，ｄｉｓｅａｓｅ―ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ抗原，ｉｍｍｕｎｅアクセサリ分子，ｏｒ置換遺伝子）、ｏｒをコード化するｅｘａｍｐｌｅ，ｓｅｑｕｅｎｃｅｓのためのベクターｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，含むの中で含まれることができるアセンブリに関連するリボザイムまたはアンチセンス・配列）。４８８）。
【０３０３】
ウィルス・ベクターに用いられるプロモータが一般にそうすることができる適切な、含む，ｂｕｔは限られたｔｏ，ｔｈｅレトロウイルスＬＴＲ、ｔｈｅ  ＳＶ４０  プロモーター、およびでないヒトのｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ（ＣＭＶ）プロモータはミラー（ら，１９８９  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ７）に記載した：９８０―９９０，ｏｒ制限されない真核生物細胞プロモータ含む，ｂｕｔのような他のいかなるプロモーター（例えば、ｃｅｌｌｕｌａｒプロモータｔｏ，ｔｈｅ  ｈｉｓｔｏｎｅ，ｐｏｌ  ＩＩＩ，およびβ―アクチン・プロモータ）使用された含む，ｂｕｔでもよい．Ｏｔｈｅｒウィルス・プロモータは限られたｔｏ，ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ  プロモーター，ｔｈｙｍｉｄｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅ（ＴＫでない）適切なプロモータのプロモーター，および  Ｂ  １９パルボウィルスプロモーター．Ｔｈｅ選択は含まれたｈｅｒｅｉｎ，およびが上記の通りにいずれの調整されたプロモータまたはプロモータの中からもよい教示から当業者にとって明らかである。
【０３０４】
レトロウイルス・プラスミドベクターがそうであるＡｓ記載されているａｂｏｖｅ，ｔｈｅは、トランスフェクションする含む，ｂｕｔでもよい細胞を包装するプロデューサー細胞ｌｉｎｅｓ．Ｅｘａｍｐｌｅｓを形成するために、伝達をパックしている細胞系に使用した限られたｔｏ，ｔｈｅ  ＰＥ５０１，Ｐ  Ａ３１７，ψ―２，ψ―ＡＭ，ＰＡｌ  ２，Ｔ１９―１４Ｘ，ＶＴ―１９―１７―Ｈ２，ψＣＲＥ，ψＣＲＩＰ，ＧＰ＋Ｅ―８６，ＧＰ＋ｅｎｖＡｍｌ２，および  ＤＡＮでないのが、Ｍｉｌｌｅｒ，ヒト  遺伝子  Ｔｈｅｒａｐｙ，／にて説明したように、細胞系である：５―１４（１９９０）．Ｔｈｅベクターは含む，ｂｕｔが限られたｔｏ，ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ，ｔｈｅ使用でないａｒｔ．Ｓｕｃｈ手段において、公知のいかなる手段による包装電池も変換できる。そして、ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ，ｔｈｅレトロウイルス・プラスミドベクターがそうすることができるｌｉｐｏｓｏｍｅ、および  ＣａＰＯ４  ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ．Ｉｎ  １はそれからホストに与えられるｌｉｐｉｄ，およびに連結するｌｉｐｏｓｏｍｅ，ｏｒに被包性である。
【０３０５】
Ｔｈｅ製作者細胞系は、結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドをコード化している核酸一次構造（ｓ）を含む伝染性のレトロウイルス媒体動物のかけらを生成する、または、レトロウイルス融合タンパク質ｓ．Ｓｕｃｈは、粒子を一定方向に向けて、そして、生体外でｅｍｐｌｏｙｅｄ，ｔｏ伝達成熟核ｃｅｌｌ、ｅｉｔｈｅｒでもよい、または、変換されるｖｉｖｏ．Ｔｈｅで、真核細胞は、結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドをコード化している核酸一次構造（ｓ）を表す、または、変換された含む，ｂｕｔでもよい融合タンパク質．Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ細胞は、よく造血茎ｃｅｌｌ、ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅ、ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ、ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ末しょう血液単核としての限られたｔｏ，ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ茎ｃｅｌｌ、ａｓおよび骨髄単球性ｃｅｌｌ、ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ、ｍｙｏｂｌａｓｔ、ｔｉｓｓｕｅ  ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ、ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ、Ｋｕｐｆｆｅｒ  ｃｅｌｌ、ｌｙｍｐｈｏｉｄおよびリンパ節の網状内皮細胞を含む多形核細胞でない、そして、気管支のｓｐｌｅｅｎ，ｋｅｒａｔｉｎｏｃｙｔｅ、ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌ、および上皮細胞。
【０３０６】
ウィルス・ベクターが好適な実施形態，ｈｏｓｔ細胞が結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドの表示を導いている組換えウィルス構造物によって、変換した領域―免疫グロブリン融合発現ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，ｉｎ  １を結合しているｐｒｅｐａｒｅ，例えば、ａ組換え型に用いられる本発明の実施例の他の実施例または融合タンパクがそうすることができるＡｓは、『ウィルス出芽の間のウィルス粒子によって、組み込まれるホスト細胞膜の部分に由来する表された結合領域―免疫グロブリン融合ポリペチドまたは融合タンパクを含んでいるウィルス粒子を生じる。
【０３０７】
そこの他の実施例がそうであるＩｎは上記のいずれか一つから成る医薬品組成物を形成した、または、本願明細書において、記載されてポリペチドまたはタンパク質か何かは生理的に受け入れられるキャリアとの発明，例えば（含む，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域融合タンパク質ｓ）、ｉｎ組合せの中で構成する。
【０３０８】
他の実施例本発明がポリペチドのいずれか一つをコード化している医薬品組成物ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ，例えば、ａｎ  ｉｓｏｌａｔｅｄ，ｐｕｒｉｆｉｅｄ，ｏｒ純度ポリヌクレオチドに提供する、または、タンパク質がｅｘａｍｐｌｅ，ｉｎの組合せｗｉｔｈ，ｏｒ  ｉｎ，ａ遺伝子治療送出車両またはベクターのための生理的に受け入れられるｃａｒｒｉｅｒ，ｏｒとの発明，例えば（含む，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域融合タンパク質ｓ）、ｉｎ組合せから造るＩｎ。
【０３０９】
記載されているｈｅｒｅｉｎ（例えば、ｔｏとして同上をコード化している一つ以上のポリヌクレオチドから成る発明，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合タンパク質、ｏｒ組成物のＣｏｎｓｔｒｕｃｔｓは、状況の下で、そして、生体内で宿主細胞の結合領域―免疫グロブリン融合タンパクの、または、ｖｉｔｒｏ，ｆｏｒ遺伝子治療，例えば、ａｍｏｎｇその他ｔｈｉｎｇｓ）、ｍａｙの発現ができるようにする十分がｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｉｅｓ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ組成物が一般に薬学的に受け入れられるｃａｒｒｉｅｒ，ｅｘｃｉｐｉｅｎｔとのこの種の構築物，ｉｎ組合せの一つ以上の組換え発現構築物，および／ｏｒ発現産物から成ることを公知のウェルに従う管理またはキャリアが受取人に対する非毒性であるｄｉｌｕｅｎｔ．Ｓｕｃｈのための医薬品組成物に公式化される時の間管理される投与量および集中ｅｍｐｌｏｙｅｄ．Ｆｏｒが、約１００ｍｇ／ｋｇの本体に核酸本発明組換え型構築物，ａｂｏｕｔ  ０．０１μｇ／キログラムの発現産物から成る製剤のためのｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ、ｏｒの基礎を形成した重量はｉｎｔｒａｄｅｒｍａｌ，ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕ、ｉｎｔｒａｍｕｓｃｕｌａｒによるａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ，例えば、ｔｙｐｉｃａｌｌｙである、または、他のｒｏｕｔｅｓ．Ａによる静脈ｒｏｕｔｅ，ｏｒは特にｐｒｅｆｅｒｒｅｄ．Ｉｔがそうする約２００のμｇ／キログラムに対する５つのμｇ／キログラムについての１つのμｇ／キログラム乃至約１ｍｇ／ｋｇ，ｗｉｔｈについてのｄｏｓａｇｅ，例えば、ｉｓが管理の数および頻度がｈｏｓｔ．「Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｌｙ受け入れられるキャリアの反応に依る当業者に明らかであるのを好んだ」ｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｖｅｓ．Ｉｄ．ａｔ  １４４９．Ｉｎ  ａｄｄｉｔｉｏｎ，ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔｓおよび沈澱防止剤がｕｓｅｄ．Ｉｄ．でもよいにつれて、治療的な使用がａｒｔ，およびがそうである医薬において、公知のウェルが生理的ｐＨの．例えば、ｓｔｅｒｉｌｅ食塩水およびリン酸塩緩衝食塩水がｕｓｅｄ．Ｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｖｅ、ｓｔａｂｉｌｉｚｅｒ、ｄｙｅｓおよび剤が製薬ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ．例えば、ｓｏｄｉｕｍ  ｂｅｎｚｏａｔｅ，ｓｏｒｂｉｃ酸において、提供されることができる調味料およびエステルでもよいさえｄｅｓｃｒｉｂｅｄ，例えば、ｉｎ  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．（Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ  ｅｄｉｔ．１９８５）であるｐ―ヒドロキシ安息香酸が、加えられることが可能である
「薬学的に受容可能な塩」はこの種の合成物および有機の組合せまたは無機ａｃｉｄ（ａｃｉｄ付加塩に由来する本発明の合成物の塩類に関連する）または有機または無機ｂａｓｅ（ｂａｓｅ付加塩）本発明の．Ｔｈｅ合成物がｆｏｒｍ、ｗｉｔｈが本発明の範囲内であると思われて両方とも形成する遊離塩基か塩において、用いられることが可能である。
【０３１０】
構築物（ｏｒをコード化している発明，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合タンパクの一つ以上の核酸構造物を含むＴｈｅ医薬品組成物それらの表された製品）構成が構成がｓｏｌｉｄ，ｌｉｑｕｉｄまたはｇａｓ（ａｅｒｏｓｏｌの形でもよいｐａｔｉｅｎｔ．例えば、ｔｈｅに与えられるのを許すいかなる形でもあることができる）．Ｔｙｐｉｃａｌ投与経路含む，ｗｉｔｈｏｕｔ  ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ，ｏｒａｌ，ｔｏｐｉｃａｌ，ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ（例えば、ｓｕｂｌｉｎｇｕａｌｌｙまたは本明細書で用いられるｂｕｃｃａｌｌｙ）、ｓｕｂｌｉｎｇｕａｌ，ｒｅｃｔａｌ，ｖａｇｉｎａｌ，および  ｉｎｔｒａｎａｓａｌ．Ｔｈｅ期間非経口投与薬が、ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．Ｔｈｅ医薬品組成物が患者に与えられるｐａｔｉｅｎｔ．Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓに構成の管理に応じて生物が利用可能であるためにその中で含まれる主成分が一つ以上の投与量ｕｎｉｔ、という形をとると認めるためにそのように公式化される皮下のｉｎｊｅｃｔｉｏｎ、ｉｎｔｒａｖｅｎｏｕ、ｉｎｔｒａｍｕｓｃｕｌａｒ，ｉｎｔｒａｓｔｅｒｎａｌ，ｉｔｒａｃａｖｅｒｎｏｕ、ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ，ｉｎｔｒａｍｅａｔａｌ，ｉｎｔｒａｕｒｅｔｈｒａｌ注入または注入を含むｅｘａｍｐｌｅ，ａのために錠剤が単一の投与量ｕｎｉｔ，およびでもよい所で、エアゾールの形の本発明の一つ以上の化合物のコンテナは複数の計量装置を保持できる。
【０３１１】
Ｆｏｒ経口的なａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ａｎ賦形剤および／または結合剤は、ｐｒｅｓｅｎｔ．Ｅｘａｍｐｌｅｓでもよいｃｅｌｌｕｌｏｓｅ．Ｃｏｌｏｒｉｎｇおよび／または香料がそうでもよいｓｕｃｒｏｓｅ，ｋａｏｌｉｎ，、ｇｌｙｃｅｒｉｎ，ｓｔａｒｃｈ  ｄｅｘｔｒｉｎ、ｓｏｄｉｕｍ  ａｌｇｉｎａｔｅ，ｃａｒｂｏｘｙｍｅｔｈｙｌｃｅｌｌｕｌｏｓｅおよびエチルがコーティング・シェルがそうでもよいｐｒｅｓｅｎｔ．Ａである使用する。
【０３１２】
Ｔｈｅ合成がｌｉｑｕｉｄ，ｅ．ｇ．，ａｎ  ｅｌｉｘｉｒ，ｓｙｒｕｐ，ｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｅｍｕｌｓｉｏｎの形でありえる、または、ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ．Ｔｈｅ液体は内服のために、または、ｅｘａｍｐｌｅｓ．Ｗｈｅｎが一つ以上の結合領域―免疫グロブリン融合構造物への口頭のａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ｐｒｅｆｅｒｒｅｄ組成物ｃｏｎｔａｉｎ，ｉｎ追加に向けようとしたｉｎｊｅｃｔｉｏｎ，ａｓ  ２による配達のためにもよいかまたはｐｒｏｄｕｃｔ，ｏｎｅまたはより多くのスイートニングａｇｅｎｔ，ｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｖｅ、ｄｙｅ／着色剤を表した、そして、構成がｓｕｒｆａｃｔａｎｔ，ｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｖｅ，ｗｅｔｔｉｎｇ  ａｇｅｎｔ，ｄｉｓｐｅｒｓｉｎｇ  ａｇｅｎｔ，ｓｕｓｐｅｎｄｉｎｇ  ａｇｅｎｔ，ｂｕｆｆｅｒ，ｓｔａｂｉｌｉｚｅｒおよび均等緊張の剤で少なくともｉｎｊｅｃｔｉｏｎ，ｏｎｅにより管理されることを意図した味ｅｎｈａｎｃｅｒ．Ｉｎは含まれることができる。
【０３１３】
ｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎの形の使用されるｈｅｒｅｉｎ，ｗｈｅｔｈｅｒとしてのＡ液体医薬品組成物またはｆｏｒｍ，ｍａｙのようなもう一方は合成モノラルのようなｉｎｊｅｃｔｉｏｎ，ｓａｌｉｎｅ  ｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙ生理的ｓａｌｉｎｅ，Ｒｉｎｇｅｒのｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｉｓｏｔｏｎｉｃナトリウムｃｈｌｏｒｉｄｅ，ｆｉｘｅｄ油のための水のような以下のａｄｊｕｖａｎｔｓ：ｓｔｅｒｉｌｅ希釈液の一つ以上を含む、または、ａｃｅｔａｔｅ、ｃｉｔｒａｔｅｓまたはリン酸塩のようなエチレンジアミン四すっぱいａｃｉｄ、ｂｕｆｆｅｒｓおよび塩化ナトリウムまたはｄｅｘｔｒｏｓｅ．Ｔｈｅ非経口的製剤のような張性の調整のための剤のようなアスコルビン酸またはナトリウムｂｉｓｕｌｆｉｔｅ、ｃｈｅｌａｔｉｎｇ剤のようなベンジルアルコールまたはメチルｐａｒａｂｅｎ、ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔｓのような溶解力があるまたは懸濁ｍｅｄｉｕｍ，ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ  グリコール、ｇｌｙｃｅｒｉｎ，ｐｒｏｐｙｌｅｎｅグリコールまたは他のｓｏｌｖｅｎｔ、ａｎｔｉｂａｃｔｅｒｉａｌ剤がガラスでできているａｍｐｏｕｌｅ、ｄｉｓｐｏｓａｂｌｅシリンジまたは多回投与バイアルに入れられることが可能である、または、ｐｌａｓｔｉｃ．Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ食塩水が好適なａｄｊｕｖａｎｔ．Ａｎ注射剤医薬品組成物であるにつれて、サーブすることができるｄｉｇｙｌｃｅｒｉｄｅｓは好ましくは種子を生じない。
【０３１４】
免疫賦活性ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ（ａｄｊｕｖａｎｔｓの水の油のアルミニウムｓａｌｔ、ｗａｔｅｒ  ｅｍｕｌｓｉｏｎ、ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ油ｖｅｈｉｃｌｅ、ｏｉｌ  ｅｍｕｌｓｉｏｎ、ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  ｍｉｃｒｏｃａｐｓｕｌｅ、および  ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ．Ｅｘａｍｐｌｅｓを含むがこれに限らず配達車両として他の構成要素をｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ，ｓｕｃｈに含むことは、望ましくてもよい）この種の車両用に、Ｎ−ａｃｅｔｙｌｍｕｒａｍｙｌ―Ｌ―アラニン―Ｄ―ｉｓｏｇｌｕｔａｍｉｎｅ（ＭＤＰ）、ｌｉｐｏｐｏｌｙ―ｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ（ＬＰＳ）、ｇｌｕｃａｎ，ＩＬ−１２，ＧＭ―ＣＳＦ，ｇａｍｍａインターフェロンおよびＩＬ―１５を含む。
【０３１５】
当業者に公知のいかなる適切なキャリアもそうでもよいＷｈｉｌｅは、キャリアのタイプが投与様式に応じて変化させるこの発明，ｔｈｅの医薬品組成物において、用いた、そして、持効性がｄｅｓｉｒｅｄ．Ｆｏｒであるかどうか、皮下のｉｎｊｅｃｔｉｏｎ，ｔｈｅキャリアとしての非経口的ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ｓｕｃｈは好ましくはｗａｔｅｒ，ｓａｌｉｎｅ，ａｌｃｏｈｏｌ，ａ  ｆａｔ，ａワックスまたは上記のキャリアまたは固体のｃａｒｒｉｅｒ，ｓｕｃｈのｂｕｆｆｅｒ．Ｆｏｒ経口的なａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ａｎｙから成る、ｍａｎｎｉｔｏｌ，ｌａｃｔｏｓｅ，ｓｔａｒｃｈ，ｍａｇｎｅｓｉｕｍ  ｓｔｅａｒａｔｅ，ｓｏｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｉｎｅ，ｔａｌｃｕｍ，ｃｅｌｌｕｌｏｓｅ，ｇｌｕｃｏｓｅ，ｓｕｃｒｏｓｅ，およびマグネシウムとしてｃａｒｂｏｎａｔｅ，ｍａｙがｅｍｐｌｏｙｅｄ．Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ（例えば、ｐｏｌｙｌａｃｔｉｃ銀河系キタノウグイであること）この発明．適切な生物分解可能なミクロスフィアの医薬品組成物のためのキャリアがｄｉｓｃｌｏｓｅｄ，例えば、ｉｎ米国特許第Ｎｏｓ．４，８９７，２６８である。そして、５，０７５，１０９．Ｉｎのようにこのｒｅｇａｒｄ，ｉｔが好ましい使用することもできるミクロスフィアが、ほぼ２５ミクロンより大きい。
【０３１６】
Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ組成物は希釈液（例えばｂｕｆｆｅｒ、ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔ、例えば約１０の残りより子嚢ｒｂのａｃｉｄ，ｌｏｗ分子ｗｅｉｇｈｔ、ｌｅｓｓを含むこともできる）ＥＤＴＡ，ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅおよび他のスタビライザのようなｇｌｕｃｏｓｅ，ｓｕｃｒｏｓｅまたはｄｅｘｔｒｉｎ、ｃｈｅｌａｔｉｎｇ剤およびｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ．Ｎｅｕｔｒａｌ緩衝食塩水を含むポリペプチド，タンパク質、ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ、ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅｓまたは非特異性の血清アルブミンを混ぜ合わせられる食塩水はｄｉｌｕｅｎｔｓ．Ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙ，ｐｒｏｄｕｃｔがそうである典型的な妥当である適当な賦形剤ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ（例えば、ｓｕｃｒｏｓｅを使用しているｌｙｏｐｈｉｌｉｚａｔｅとして公式化する）希釈液である。
【０３１７】
Ａｓ記載されているａｂｏｖｅ，ｔｈｅ本発明は、タンパク質ｓ．Ｓｕｃｈ組成物が含む結合領域―免疫グロブリン融合をコード化している核酸分子を届けることができる組成物を含む組み換え型のウィルス性のｖｅｃｔｏｒｓ（例えば、ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ（ｓｅｅ  ＷＯ  ９０／０７９３６，ＷＯ  ９１／０２８０５，ＷＯ  ９３／２５２３４，ＷＯ  ９３／２５６９８，および  ＷＯ  ９４／０３６２２）、ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ（ｓｅｅ  Ｂｅｒｋｎｅｒ，１９８８  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：６１６―６２７、Ｌｉら，１９９３  Ｈｕｍ．遺伝子  Ｔｈｅｒ．４：４０３―４０９、Ｖｉｎｃｅｎｔら，Ｎａｔ．遺伝子ｔ．５：１３０―１３４、および  Ｋｏｌｌｓら，１９９４  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．米国９１：２１５―２１９）、ｐｏｘウイルス｛米国特許第４，７６９，３３０、米国特許第５，０１７，４８７、および  ＷＯ  ８９／０１９７３を示す）、ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ発現は９３／０３７０９）、および核酸がｌｉｐｏｓｏｍｅｓ（ｓｅｅ  Ｗａｎｇら，１９８７  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：７８５１と関連させたポリカチオン分子（ｓｅｅ  ＷＯに複雑になる核酸分子を造る）ＤＮＡが殺されてリンクされることができる．特定の実施形態において、ｔｈｅまたは不活性ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ（ｓｅｅ  Ｃｕｒｉｅｌら，１９９２  Ｈｕｍ．遺伝子  Ｔｈｅｒ．３：１４７―１５４、Ｃｏｔｔｏｎら，１９９２  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  Ｓ９：６０９４）．Ｏｔｈｅｒ適切な組成物はＤＮＡを含む―ｌｉｇおよび（ｓｅｅ  Ｗｕら，１９８９  Ｊ  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１６９８５―１６９８７）そして、脂質―ＤＮＡ  ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ（ｓｅｅ  Ｆｅｉｇｎｅｒら，１９８９  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：７４１３―７４１７）。
【０３１８】
生体内でのｐｒｏｃｅｄｕｒｅ、ｅｘビボ手順がどの細胞が同じことか他のホストａｎｉｍａｌ．Ｉｔに入れられるｈｏｓｔ，ｍｏｄｉｆｉｅｄ，およびから除去されるかについて用いられることが可能であると指令するＩｎ追加が明白である。そして、それは発明，例えば、ｂｉｎｄｉｎｇ領域―免疫グロブリン融合タンパクの構造物の導入のために上記の組成物の、または、ｖｉｒａｌ，ｐｈｙｓｉｃａｌのための生体外ｃｏｎｔｅｘｔ．Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓの組織細胞に核酸分子をコード化している領域―免疫グロブリン融合タンパクを結合するいずれかを利用することができて、そして、取り込みの化学法は公知技術である。
【０３１９】
Ｂ細胞ｌｙｍｐｈｏｍａ，ｏｒが検出可能な疾患および感染のｎｏｒｍａｌ（すなわち、ｆｒｅｅでもよいにつれて、本発明がＢ細胞障害を有する患者を治療して役立つ従って、ｔｈｅまたは条件「患者」が参照させるこの種のｐａｔｉｅｎｔ．Ａｓ使用されるｈｅｒｅｉｎ，ｔｈｅにヒト．Ａ患者がそうすることができるいかなる温血のａｎｉｍａｌ，ｐｒｅｆｅｒａｂｌｙまでも由来する細胞培養を処理するための悪性ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ，ｏｒは癌または悪性ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ，ｓｕｃｈに悩む）．Ａ「細胞培養」は生体外ｔｒｅａｔｍｅｎｔ，ｆｏｒ実施例に従ういかなる準備も含む免疫応答細胞を含んでいる準備は、または、制限されない免疫系（含む，ｂｕｔの中で独立気泡はｔｏ，Ｔ  ｃｅｌｌ、ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ、ｍｏｎｏｃｙｔｅ、Ｂ細胞、そして、樹状細胞は）．Ｓｕｃｈ細胞はよくａｒｔ（例えば、Ｆｉｃｏｌｌ―ｈｙｐａｑｕｅ密度遠心の当業者に知られている様々な技術のいずれかにより分離されることができる）．Ｔｈｅ細胞ｍａｙ（ｂｕｔはそうする必要はない）障害または悪性ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ，およびが患者に再導入されることができるＢ細胞で苦しめられる患者から分離する処理。
【０３２０】
非経口的であるか口頭の管理を目的とするＡ液組成はドメイン−免疫グロブリン融合タンパク符号化構造物を結合している発明，例えば、ａの構造物の量を含まなければならない、または、適切な投与量がｏｂｔａｉｎｅｄ．Ｔｙｐｉｃａｌｌｙ，ｔｈｉｓ量である表されたｐｒｏｄｕｃｔ，ｓｕｃｈは結合ドメイン−免疫グロブリン融合構造物の少なくとも０．０１の重量％である、または、口のａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ｔｈｉｓ量を目的とするｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ．Ｗｈｅｎの表された製品は口腔用組成物が約４％との間に含むｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ．好ましいの重量の０．１および約７０％の間にあるために変化に富んでもよい、そして、約５０％の結合領域―免疫グロブリン融合は製品を造るかまたは表した（ｔｈａｔ，例えば、ａ非経口的計量装置が０．０１〜１重量％の活性体との間に含有するように、組成物および準備が用意されるｓ）．好ましい。
【０３２１】
医薬品組成物がそうでもよいＴｈｅが、局所ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ．Ｉｆのための医薬品組成物が経皮ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ｔｈｅ合成のためにｄｅｖｉｃｅ．Ｔｏｐｉｃａｌ製剤が単位体積につきｖ（ｗｅｉｇｈｔ付０．１〜約１０％について領域―免疫グロブリン融合構造物を結合している発明，例えば、ａの構造物または表されたｐｒｏｄｕｃｔ，ｏｆの集中を含むことができる経皮パッチまたはイオン泳動法を含むことができることを意図することをキャリアが水およびａｌｃｏｈｏｌ，および乳化剤のようなｆｏｌｌｏｗｉｎｇ：ｐｅｔｒｏｌａｔｕｍ，ｌａｎｏｌｉｎ，ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ  グリコール、ｂｅｅｓｗａｘ，ｍｉｎｅｒａｌ  ｏｉｌ，ｄｉｌｕｅｎｔｓのｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｅｍｕｌｓｉｏｎ，ｏｉｎｔｍｅｎｔ，ｏｒゲルｂａｓｅ．Ｔｈｅ  ｂａｓｅ，例えば、ｍａｙ構成一つ以上から最適に成ることができるという場合およびｓｔａｂｉｌｉｚｅｒｓ．Ｔｈｉｃｋｅｎｉｎｇ剤が存在してもよい局所ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ｉｎのために意図した）。
【０３２２】
Ｔｈｅ合成は直腸のａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ｉｎを目的とすることができる直腸に溶ける坐薬および直腸の管理のためのｄｒｕｇ．Ｔｈｅ合成がそうすることができる解放が含むｆｏｒｍ，ｅ．ｇ．，ｏｆ、適切な非刺激性ｅｘｃｉｐｉｅｎｔ．Ｓｕｃｈとしての油脂性基剤は含む，ｗｉｔｈｏｕｔ  ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ，ｌａｎｏｌｉｎ，ｃｏｃｏａバターおよびポリエチレングリコールの基礎を形成する。
【０３２３】
発明，ａの方法が構造物をコード化している領域―免疫グロブリン融合を結合している発明，例えば、ａまたは表された製品から造るＩｎ（ｓ）、ｍａｙは、嵌入する（ｓ）、ｂｅａｄ（ｓ）、ｔｉｍｅｄ―解放製剤を用いることにより管理される（ｓ）、ｐａｔｃｈ（ｅｓ）またはｆａｓｔ−ｒｅｌｅａｓｅ製剤（ｓ）。
【０３２４】
ｔｏ，ｈｅａｄおよび首ｃａｎｃｅｒ，ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ，ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ  ｃａｎｃｅｒ，ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ，ｈｅｐａｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ，ｂｌａｄｄｅｒ  ｃａｎｃｅｒ，ｃｅｒｖｉｃａｌ  ｃａｎｃｅｒ，ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ  ｃａｎｃｅｒ，ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ（ｎｏｎ―ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ）、ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｎｃｅｒ，ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ，ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ、ｃｈｏｒｉｏｃａｒｃｉｎｏｍａ（ｌｕｎｇ癌を制限する、発明，ｍａｙの発明，例えば、ａｎｔｉｇｅｎ結合構造物のＣｏｎｓｔｒｕｃｔｓが、管理されるかまたは同じことで組合せｗｉｔｈ，ｏｒの動物または患者に共同与えられるかまたは１またはｍｏｒｅ抗原結合性構築物，ａｒｅがアルキル化ａｇｅｎｔ、ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ  ａｎａｌｏｇｕｅ、およびのような一つ以上のｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｕｔｉｃな合成物に関連して動物または患者にｌｉｋｅ．Ｔｈｅ管理に施した実施例または本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、および一つ以上のｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｕｔｉｃな剤の同時投与のための同じｔｉｍｅ，ａｓその他ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ．Ｉｎ  １  ａｓｐｅｃｔ，ｏｎｅまたはより多くの構築物，含むについて動物の腫瘍または癌の治療または含む，ｂｕｔがそうであるｐａｔｉｅｎｔ．例示的な癌のために使うことができる）、有毛細胞リンパ性ｌｅｕｋｅｍｉａ，ｃｈｒｏｎｉｃリンパ・チックｌｅｕｋｅｍｉａ，ａｃｕｔｅ  ｌｅｕｋｅｍｉａ（ｂｒｅａｓｔ及び骨髄性ｂｌａｄｄｅｒ）、ａｃｕｔｅ骨髄性ｌｅｕｋｅｍｉａ，ｍｅｎｉｎｇｅａｌ  ｌｅｕｋｅｍｉａ，ｃｈｒｏｎｉｃ共通にｌｅｕｋｅｍｉａ，ｅｒｙｔｈｒｏｌｅｕｋｅｍｉａ．Ｍｏｒｅ、癌既治療は、リンパ性ｌｅｕｋａｅｍｉａ，ｓｌｏｗｌｙ発育ｎｏｎ―Ｈｏｄｇｋｉｎのｌｙｍｐｈｏｍａ、Ｈｏｄｇｋｉｎが有するｎｏｎ―Ｈｏｄｇｋｉｎのｌｙｍｐｈｏｍａ（ｏｓｔｅｏｇｅｎｉｃ  ｓａｒｃｏｍａ，ａｄｕｌｔ軟組織ｓａｒｃｏｍａ）、Ｔ―細胞ｌｙｍｐｈｏｍａ，ｃｈｒｏｎｉｃを含むリンパ腫、そして、卵嚢癌。
【０３２５】
アルキル化することでＥｘａｍｐｌｅｓ本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、によって、共同投与されることができる薬品が、ｍｅｃｈｌｏｒｅｔｈａｍｉｎｅ，ｃｈｌｏｒａｍｂｕｃｉｌ，ｉｆｏｓｆａｍｉｄｅ，ｍｅｌｐｈａｌａｎ，ｂｕｓｕｌｆａｎ，ｃａｒｍｕｓｔｉｎｅ，ｌｏｍｕｓｔｉｎｅ，ｐｒｏｃａｒｂａｚｉｎｅ，ｄａｃａｒｄａｚｉｎｅ，ｃｉｓｐｌａｔｉｎ，ｃａｒｂｏｐｌａｔｉｎ，ｍｉｔｏｍｙｃｉｎ  Ｃ，ｃｙｃｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ，ｉｓｏｓｆａｍｉｄｅ，，ｈｅｘａｍｅｔｈｙｌｍｅｌａｍｉｎｅ，ｔｈｉｏｔｅｐａ，，および  ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ，および類似体ｔｈｅｒｅｏｆ．Ｓｅｅ（例えば内科のｍｅｌｐｈａｌａｎ，および  Ｂｒａｕｎｗａｌｄら，「ＨａｒｒｉｓｏｎのＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓの合成を記載しているｃｙｃｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ，米国特許第３，０３２，５８４の合成のためのｉｆｏｓｆａｍｉｄｅ，米国特許第３，０１８，３０２の合成を記載しているｃｈｌｏｒａｍｂｕｃｉｌ，米国特許第３，７３２，３４０の合成を記載している米国特許第３，０４６，３０１）を含んで」第１５のＥｄ．，ＭｃＧｒａｗ―Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，ｐｐ．５３６―５４４（２００１）限られたｔｏ，ｆｌｕｄａｒａｂｉｎｅ  ｐｅｎｔｏｓｔａｔｉｎ，ｍｅｔｈｏｔｒｅｘａｔｅ，ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ，でないのはヌクレオシドａｎａｌｏｇｕｅ、含む，ｂｕｔのｃｙｃｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ，ｃｈｌｏｒａｍｂｕｃｉｌ，ｍｅｌｐｈａｌａｎ，ｉｆｏｓｆａｍｉｄｅ，ｐｒｏｃａｒｂａｚｉｎｅ，ｈｅｘａｍｅｔｈｙｌｍｅｌａｍｉｎｅ，ｃｉｓｐｌａｔｉｎ，および  ｃａｒｂｏｐｌａｔｉｎ．Ｅｘａｍｐｌｅｓの間質性腎炎間であるｆｌｕｏｒｏｄｅｏｘｙｕｒｉｄｉｎｅ，ＣＢ３７１７，ａｚａｃｉｔｉｄｉｎｅ，ｃｙｔａｒａｂｉｎｅ，ｆｌｏｘｕｒｉｄｉｎｅ，ｍｅｒｃａｐｔｏｐｕｒｉｎｅ，６―ｔｈｉｏｇｕａｎｉｎｅ，，ｃｌａｄｒｉｂｉｎｅおよび類似体ｔｈｅｒｅｏｆ．Ｏｎｅ実施例は、ＣＤ２０．Ｔｈｉｓ構造物が働く構築物，含む抗原結合性構築物，ｔｈａｔひもの組合せであるｃｈｅｍｏｓｅｎｓｉｔｉｓｉｎｇする剤、そして、より少ない化学療法剤が内科のｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ，および  Ｂｒａｕｎｗａｌｄら，「ＨａｒｒｉｓｏｎのＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓの合成を記載しているｍｅｔｈｏｔｒｅｘａｔｅ，米国特許第２，８０２，００５の合成を記載しているｐｅｎｔｏｓｔａｔｉｎ，米国特許第４，０８０，３２５の合成を記載している抗腫瘍であるか抗癌ｅｆｆｅｃｔｓ．例えば、米国特許第３，９２３，７８５を達成するのに必要である化学療法のａｇｅｎｔ、ｓｕｃｈと共に工場」第１５のＥｄ．，ＭｃＧｒａｗ―Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，ｐｐ．５３６―５４４（２００１）リン酸ｍｅｔｈｏｔｒｅｘａｔｅ，５―ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ，ｃｙｔｏｓｉｎｅ  ａｒａｂｉｎｏｓｉｄｅ，６―ｍｅｒｃａｐｔｏｐｕｒｉｎｅ，６―ｔｈｉｏｇｕａｎｉｎｅ，およびフルダラビンの間質性腎炎のために。
【０３２６】
Ｇｅｒｏｎｉら。に、別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、を、管理できるかまたはさもなければ、ｅｘａｍｐｌｅ，ｔｈｉｓの組合せがそうであるｃｅｌｌｓ．Ｓｕｃｈ合成物含む，例えば、ｄｏｘｏｒｕｂｉｃｉｎ，ｅｐｉｒｕｂｉｃｉｎ，ｅｔｏｐｏｓｉｄｅ，ｔｅｎｉｐｏｓｉｄｅ，ｍｉｔｏｘａｎｔｒｏｎｅ，および類似体ｔｈｅｒｅｏｆ．Ｉｎ  １の核酸と相互に作用する阻害トポイソメラーゼＩＩまたは合成物が末しょう血液原種ｃｅｌｌｓ（ＰＢＳＣの腫瘍細胞汚染を減らすために処理において、使用した合成物を共同投与した）高投与量化学療法および自己由来の幹細胞ｓｕｐｐｏｒｔ（ＨＤＣ―ＡＳＣＴと連動して）．Ｓｅｅ米国特許第６，５８６，４２８。
【０３２７】
ａｓｐｅｃｔ，本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、が施されることができるかまたはＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ｗｈｉｃｈがそうである治療的なｄｒｕｇｓ．例えば、Ｖｉｒｕｌｉｚｉｎ（Ｌｏｒｕｓによって、ｃｏ―ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄしたＩｎ葯は生体外で腫瘍壊死因子，ＴＮＦ―ａｌｐｈａ，ｂｙ腫瘍細胞の放出を刺激して、マクロファージｃｅｌｌｓ．Ｔｈｉｓの活性化を刺激することが癌細胞アポトーシスを増加させて、Ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｍａｌｉｇｎａｎｔ  Ｍｅｌａｎｏｍａ，ＫａｐｏｓｉのＳａｒｃｏｍａ（ＫＳ）、Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｕｔｅｒｉｎｅ，Ｏｖａｒｉａｎを含んでいる様々な形の癌を治療する一つ以上の構築物，含む  １鉱石ｍｏｒｅ抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ  構築物，ｏｆ本発明およびＣａｎｃｅｒ．Ａｎｏｔｈｅｒ実施例がそうであるＣｅｒｖｉｃａｌと結合して使用されることができると思っていた。そして、ＣｐＧ  ７９０９（Ｃｏｌｅｙ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｇｒｏｕｐ）、ｗｈｉｃｈはＮＫ細胞を起動させると考えられていて、そして、単核細胞および増強ＡＤＣＣ．Ｔｈｉｓ薬が反ＣＤ２０  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，ｔｏもてなし非Ｈｏｄｇｋｉｎリンパ腫および他の癌として癌または腫瘍特異性本発明の抗原結合構築物を含む構築物，ｓｕｃｈと結合して使うことができる。
【０３２８】
本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、はｅｆｆｅｃｔｓ．Ａｎｇｉｏｇｅｎｉｓｉｓが成長である反腫瘍を増加させるためにａｎｇｉｏｇｅｎｓｉｓインヒビターと結合されることもできる方法が成長するために腫瘍に与える新しい血ｖｅｓｓｅｌｓ．Ｔｈｉ、そして、ａｎｇｉｏ遺伝子ｉｓｉｓがｍｅｔａｓｔａｓｉ、およびを防止するのを助けることができるｍｅｔａｓｔａｓｉｚｅ．Ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇは含む，ｂｕｔがそうである腫瘍ｃｅｌｌｓ．Ａｎｇｉｏｇｅｎｉｓｉｓインヒビターのスプレッドを止める。そして、限られたｔｏ，ａｎｇｉｏｓｔａｔｉｎ，ｅｎｄｏｓｔａｔｉｎ，ｔｈｒｏｍｂｏｓｐｏｎｄｉｎ，ｐｌａｔｅｌｅｔはメタロプロテイナーゼ１，２および３（ＴＩＭＰ―Ｉ，ＴＩＭＰ―２，および  ＴＩＭＰ―３の４，Ｃａｒｔｉｌａｇｅ―由来のｉｎｈｉｂｉｔｏｒ（ＣＤＩ）、ｒｅｔｉｎｏｉｄ、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ―１２，ｔｉｓｓｕｅインヒビターを因数に分解しない）そして、反ＶＥＧＦ（血管  Ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  因子としてｃａｓｃａｄｅ，ｓｕｃｈの信号を送っているａｎｇｉｏｇｅｎｓｉｓを防ぐタンパク質）そして、ＩＦＮ―ａｌｐｈａ．Ａｎｇｉｏ遺伝子ｓｉｓインヒビターを、管理できるかまたは様々な形のｃａｎｃｅｒ、例えば、と戦うためにｍｅｄｉａｔｉｎｇ，例えば、ＡＤＣＣおよび／または補体結合ができる腫瘍特異性構築物，含む抗原結合性構造物または本発明の化学療法―ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ抗原結合で共同管理されることができる固形腫瘍癌（例えば肺および乳癌）。
【０３２９】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、を、管理できるかまたは抗リウマチ性のａｇｅｎｔｓ（ＤＭＡＲ剤を修正している疾患によって、共同管理されることができる）リウマチ様のａｒｔｈｒｉｔｉ、ｐｓｏｒｉａｓｉ、ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ  ｃｏｌｉｔｕ、ｓｙｓｔｅｍｉｃ狼瘡ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ（ＳＬＥ）、Ｃｒｏｈｎのｄｉｓｅａｓｅ，ａｎｋｙｌｏｓｉｎｇ  ｓｐｏｎｄｙｌｉｔｉ、およびさまざまな炎症性疾患ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ．Ｉｎの処理のためにこの種のｔｒｅａｔｍｅｎｔ，ｔｈｅ  構築物，例えば、ａｎｔｉｇｅｎ−ｂｉｎｄｉｎｇ  構築物，ｏｆ本発明がａｚａｔｈｉｏｐｒｉｎｅ，ｃｙｃｌｏｓｐｏｒｉｎ，ｇｏｌｄ，ｈｙｄｒｏｘｙｃｈｌｏｒｏｑｕｉｎｅ，ｍｅｔｈｏｔｒｅｘａｔｅ，ｐｅｎｉｃａｌｌａｍｉｎｅ，ｓｕｌｐｈａｓａｌａｚｉｎｅ，およびのような合成物に関連して共通に投与されることのようである。
【０３３０】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、を、管理できるかまたは実施例ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１インヒビターのためのｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１，含むの生体影響に反対に作用する剤または合成物によって、共同管理されることができる。そして、ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１レセプタａｎｔａｇｏｎｉｓｔ．Ｉｔはｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１がｊｏｉｎｔｓ．ＩＬ―Ｉインヒビターの滅失がまた、そうすることができるリウマチ様のａｒｔｈｒｉｔｉｓ（ＲＡ）、ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ，およびの生成での役割に脳性麻痺のようなａｒｔｈｒｉｔｉ、ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ腸ｄｉｓｅａｓｅ，ｓｅｐｓｉｓおよび腐敗性のｓｈｏｃｋ，ｉｓｃｈｅｍｉｃ  ｉｎｊｕｒｙ，ｒｅｐｅｒｆｕｓｉｏｎ，ｉｓｃｈｅｍｉｃ脳外傷を処理するために本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、と連動して使われさせるという考えである。そして、Ｔｈｏｍｐｓｏｎら別の局面において、例えば、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、に対する複数のｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｓｅｅ米国特許第６，１５９，４６０を、管理できるかまたはｅｘａｍｐｌｅ，ｍｅｔｈｙｌｐｒｅｄｎｉｓｉｌｏｎｅ，ｄｅｘａｍｅｔｈａｓｏｎｅ，ｈｙｄｒｏｃｏｒｔｉｓｏｎｅ，およびのための一つ以上のグルココルチコイドと連動して動物または患者にｌｉｋｅ．Ｇｌｕｃｏｃｏｒｔｉｃｏｉｄｓを共同与えたアポトーシスを誘発して、合成物が結合でありえる防空管制所およびＣＤＣ．Ｔｈｅｓｅのｇｒｏｗｔｈ，ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔを阻害するために用いる、ｃｅｌｌｓ．Ｉｎ  １が例示する癌のアポトーシスを誘発できる本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、は構築物，ｗｈｉｃｈがグルココルチコイドによって、結合のＢ―ｃｅｌｌ、ａｒｅのアポトーシスに扱うよう説得するために用いることがありえる反ＣＤ２０，および反―ＣＤ４０抗原結合である。そして、Ｂ細胞非ホジキンはｌｙｍｐｈｏｍａ（ＮＨＬである）。
【０３３１】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、を、管理できるかまたはｐ３８インヒビターによって、共同管理されることができる、または、よく炎症性サイトカインの生産としてｐ３８―従属プロセスであるにつれて、ａｎｔａｇｏｎｉｓｔｓ．Ｔｈｅ  ｐ３８マイトジェンを起動するプロテインキナーゼ経路はリウマチ様のａｒｔｈｒｉｔｉｓ．例えば、ｔｈｅ活性化の開発および白血球の浸入に器械の多くの細胞過程に関係している。
【０３３２】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、は、管理されるかまたは分化を促進する合成物およびＢ―ｃｅｌｌｓ．Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ（例えば￥インターロイキン―４（ＩＬ―４）の激増によって、共同管理される）そして、他の生物学的ａｃｔｉｖｉｔｉｅ、ｈａｖｅに付加的なインターロイキン―６（ＩＬ―６）、ｉｎ活性Ｂ  ｌｙｍｐｏｃｙｔｅｓ．Ｉｎによる刺激抗体合成および分泌に認める発明，構築物，含む抗原結合性構造物の特定の局面およびひもＣＤ２０が一つ以上のインターロイキン―４（ＩＬ―４によって、共同管理されることを明らかにする）そして、インターロイキン―６（ＩＬ―６）。
【０３３３】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、ｃａｎは管理されるかまたはインターロイキン―２（ＩＬ―２によって、共同管理される）．Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ２（ＩＬ―２）単核細胞／ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ．ＩＬ―２が次々にＴ―ｃｅｌｌ、ｗｈｉｃｈを生じるのを助けるＣＤ４＋Ｔ−ｈｅｌｐｅｒ  ｃｅｌｌ、ＣＤ８細胞障害能ｃｅｌｌ、ａｎｔｉｂｏｄｙ産生性Ｂ  ｃｅｌｌ、ｎａｔｕｒａｌ殺人者ｃｅｌｌｓ（ＮＫ）、およびがより多くのＩＬ―２（ａｎを隠すにつれて、エフェクタの製造を増加させるリンフォカインがｃｅｌｌ、ｓｕｃｈである、「オートクリンは環状にする」）．ＩＬ―２は抗体依存性細胞性ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ（ＡＤＣＣを増やすために用いることがありえる）そして、ｅｘａｍｐｌｅ，ａｎ反ＣＤ２０が本発明から造る発明．Ｉｎ  １の構造物と関連した免疫療法およびＩＬ―２は他の実施例ＩＬ―２が施される再発されたか耐火性卵胞のｎｏｎ―Ｈｏｄｇｋｉｎのｌｙｍｐｈｏｍａ．Ｉｎ患者を治療するために用いるかまたはＴ細胞回復を手伝うためにＨＩＶ免疫療法によって、共同管理される。
【０３３４】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、ｃａｎは管理されるかまたはＩｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１２（ＩＬ−１２によって、共同管理される）．ＩＬ−１２はそうであるヘルパーＴ  ｃｅｌｌ、ｅｎｈａｎｃｅの現像を増強細胞溶解性Ｔ細胞ｒｅｓｐｏｎｓｅ、ｐｒｏｍｏｔｅに公知である自然なｋｉｌｌｅｒ（ＮＫの中で活性）ｃｅｌｌ、およびはＴのＩＦＮ―γの分泌を誘発する。そして、ＮＫ  ｃｅｌｌｓ．ＩＬ−１２も多くのヘルパーを増加させる。そして、発明，ｏｎｅまたはより多くの構築物，含む  １の他の局面またはｍｏｒｅ抗原結合性構築物，ａｒｅが管理したａｐｏｐｔｏｓｉｓ．Ｉｎを伝達するかまたは動物または腫瘍患者の治療のＩＬ−１２によって、共同運営したエフェクター細胞またはＢ細胞非ホジキン患者の治療のためのＩＬ―２と結合されるＣＤ２０を結合するｃａｎｃｅｒ．例えば、ａ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，含む  ａｎ抗原結合ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，ｏｆ本発明はｌｙｍｐｈｏｍａ（ＮＨＬである）。
【０３３５】
本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、は、含む，ｂｕｔがそうである発明．Ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒｓのｔｈｅ抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ構造物の効力を高めるために、免疫修飾物質と結合されることもできる限られたｔｏ，Ｃｏｌｏｎｙ  Ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ  因子ｓ（ＣＳＦ）、Ｔｕｍｏｒ壊死因子ｓ（ＴＮＦ）、および  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎｓ（ＩＦＮ）。
【０３３６】
ＣＳＦｓは顆粒球―マクロファージＣＳＦ（ＧＭ―ＣＳＦ）、ｇｒａｎｕｌｏｃｙｔｅ―ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）、およびマクロファージＣＳＦ（Ｍ―ＣＳＦを含むことができる）．ＧＭ―ＣＳＦはｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ、ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ、ｍｏｎｏｃｙｔｅｓおよびｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｓ．Ｇ―ＣＳＦの開発を調整することが好中性のｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ，および  Ｍ―ＣＳＦ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ．Ｍ―ＣＳＦを誘発することがマクロファージを刺激することを示した、そして、癌患者の好中球減少症を処理するＣＳＦのｍｏｎｏｃｙｔｅｓ．Ｔｈｅ使用が１つのｅｘａｍｐｌｅ，本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、が骨髄移植およびｃｈｅｍｏ治療．Ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌｓがｂａｃｔｅｒｉａｌ，ｆｕｎｇｉのような戦う微生物で主な役割を果たす、そして、好中球減少症を有するｐａｒａｓｉｔｅｓ．Ｐａｔｉｅｎｔｓが特に細菌および広く広げられた菌類の感染ｓ．別の例において、ａ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，含む  ａｎ抗原ｂｉｎｄｉｎｇ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，ｏｆに影響されやすかったあと、患者の好中球減少症から回復を加速する本発明がＧＭ―ＣＳＦ―既治療ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ、ｍｏｎｏｃｙｔｅｓと結合されることができるという命令およびマクロファージのＧＭ―ＣＳＦ，Ｇ―ＣＳＦまたはそれらの組み合わせと結合されることができる長いｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄ．Ｉｎであったことを明らかにされたという考えであるｂａｃｔｅｒｉａ，ｆｕｎｇｉ，ｅｔｃ，含むに対する活性を増加する恐れられたニューモシスチス‐カリニ。
【０３３７】
ＩＦＮのＡｎ実施例はインターフェロンａｌｐｈａ（ＩＦＮ―αである）．ＩＦＮ―αは本体が癌に反応する、または、ウィルス感染ｓ．Ｉｔが攻撃癌ｃｅｌｌｓ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎがそれらに免疫系，およびのより良好な目標を作る化学信号を出すために癌細胞を容易にすることがある種のｌｅｕｋｅｍｉａ．Ｉｔがｈｅｐａｔｉｔｉｓ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ―ａｌｐｈａ２ａ，例えば、ｅｎｈａｒｉｃｅｓ防空管制所のようなウィルス感染を処理するために用いてまた、あるｃａｎｃｅｒ，ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ腎臓ｃａｎｃｅｒ，ｍｅｌａｎｏｍａ，ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｍｙｅｌｏｍａ，およびで異なるいくつかのタイプのための近年において、使用されたという考えでもあるキラーＴ細胞および他の細胞の製造を促進して癌細胞の成長および激増を有するａｔｔａｃｋ，ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇおよびそれの２つの主要なモードを有して、ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．別の例において、ｏｎｅを伴うＡＤＣＣ活性またはより多くの構築物，含む  １の効率を上昇させる一つ以上の構築物，含む抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ  構築物，ｏｆ本発明またはｍｏｒｅ抗原−と結合されることができる免疫応答の一部としてある種の白血球によって、当然作られる本発明の結合構造物は、管理されるかまたは動物に共同与えられる、または、インターフェロン―ｇａｍｍａ（ＩＦＮ―γ）、ｗｈｉｃｈ患者は、Ｂ細胞上の反ＣＤ２０抗原および骨髄プラズマｃｅｌｌｓ（ＢＭＰＣの数を増加させるショーであった）．Ｔｈｉｓは、特にｍｙｅｌｏｍａ、ｗｈｉｃｈにはある並列をもつ患者の治療に役立つそれらのＢ細胞および骨髄プラズマｃｅｌｌｓ（ＢＭＰＣのＣＤ２０の中で還元した発現）ＣＤ２０，ｍａｙを結合する発明，ｉｎ特定の構造物の構築物，含む抗原結合性構造物をもつ多発性骨髄腫患者の．従って、ｔｈｅ治療が、ＩＦＮ―γと連動して有用に共同管理される。
【０３３８】
ＴＮＦはＴＮＦのｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ．Ｏｎｅ実施例がそうである抗癌を有する天然薬品のクラスである。そして、ＴＮＦ−ａｌｐｈａ．ＴＮＦ―αはＩＦＮ−ｇａｍｍａおよびＩＬ−１２．別の例において、ＴＮＦを有する協力効果を有することが管理されることができるかまたは一つ以上の腫瘍特異性構築物，含む  １または発明，およびがＩＦＮ―ｇａｍｍａ，ＩＬ−１２を有する発明，ｔｏｇｅｔｈｅｒの構造物をｃｈｅｍｏ治療―ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ抗原ｂｉｎｄｉｎｇして含むｍｏｒｅ抗原結合性構築物，ｏｆによって、共同管理されることができる、または、さまざまな組合せ抗体または拮抗剤（ｓ）がそうでありえる炎症性規定の分子．ＴＮＦ―αであることがリウマチ様のａｒｔｈｒｉｔｉ、ｐｓｏｒｉａｓｉ、ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ  ｃｏｌｉｔｕ、ｓｙｓｔｅｍｉｃ狼瘡ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ（ＳＬＥ）、Ｃｒｏｈｎのｄｉｓｅａｓｅ，ａｎｋｙｌｏｓｉｎｇ  ｓｐｏｎｄｙｌｉｔｉ、およびさまざまな炎症性疾患プロセスをもつ患者を治療するために反Ｔ細胞本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、と組み合わさったことも公知であることを明らかにされもした。
【０３３９】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、を、管理できるかまたは発明．Ｏｎｅ実施例のｏｒ抗原結合性構造物がＣＤ２２，ＣＤ  １９を結合できる構造物と結合されるＣＤ２０を結合して可能な本発明のｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，例えば、ａｎ抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ構造物である他の抗体によって、共同管理されることができる、または、鋭いＢ細胞ｌｙｍｐｈｏｍａ、およびの怠惰なおよび積極的な形のための処理およびＧｏｌｄｂｅｒｇ．別の例において、本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、に対するリンパのｌｅｕｋｅｍｉａｓ．Ｓｅｅ米国特許第６，３０６，３９３の慢性型がこの種のａｓ抗原結合が一つ以上の構築物，含む  １のａｐｏｐｔｏｓｉｓ．例えば、ａ組合せまたはＣＤ２８，ＣＤ３，ＣＤ２０を結合できる本発明のｍｏｒｅ抗原結合性構造物を伝達する際の援助または反ＣＤ２８およびＣＤ３の組合せｔｈｅｒｅｏｆ．Ｔｈｅ組合せがＴ―ｃｅｌｌｓ．Ｓｅｅ米国特許第の長期にわたる激増のための方法に提供する本発明から造る他の構造物によって、共同管理されるにつれて、組合せｔｈｅｒｅｏｆ．Ｔｈｉｓの組合せは効果的であるＪｕｎｅら．Ｔｈｉｓ長期にわたるＴ細胞増殖に対する６，３５２，６９４は、それらが反ＣＤ２０と関連させた効率免疫扶養家族ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ，ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙを増加させる。
【０３４０】
別の局面において、本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、を、管理できるかまたは１つによって、共同管理されることができる、または、より多くのＴ細胞調節性の分子ｓ．Ｏｎｅ実施例はインターロイキン―１２（ＩＬ−１２との組合せである）．Ｔｈｅ  ＩＬ−１２サイトカインは血管抑制作用ａｃｔｉｖｉｔｙ，およびが所有するｃｅｌｌ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ，ｈａｓを刺激するｍｏｄｅｌｓ．ＩＬ―１２がｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｇａｍｍａ（ＩＦＮ―γの製造を刺激するために示されもした様々な腫瘍において、重要な抗癌効果）多発性骨髄腫特定の本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、，ｉｎ患者の中で．従って、ｔｈｅ処理、ＩＬ−１２．別の例において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、と連動して共同管理されるときに、より有効であると思われるＣＤ２０，ｉｓを結合するものを、管理できるかまたはＣＴＬＡ―４にＴ細胞活性化のダウンレギュレーションを阻害している抗腫瘍免疫ｒｅｓｐｏｎｓｅ，ｂｙを強化する義務を負わせることができる本発明他のタンパク質の結合領域構造物によって、共同管理されることができる。
【０３４１】
別の局面において、本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、は本発明のｅｘａｍｐｌｅ，ａ化学療法抱合型構造物が施される遺伝子ｔｈｅｒａｐｉｅｓ．Ｉｎ  １と結合されることができるかまたはｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．Ｂｃｌ―２がｔｈｅｒａｐｉｅ、およびが防ぐと考えられている抗癌に対する腫瘍抵抗に関連しているＢｃｌ―２アンチセンスによって、共同管理されることができる。そして、他の実施例本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、がそうである化学療法―誘導細胞ｄｅａｔｈ．Ｉｎは管理したかまたは「自殺遺伝子の配達のためのアデノウィルスによって、ｃｏ―ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄした。」アデノウィルスは直接遺伝子をｃｅｌｌ、ｗｈｉｃｈがそれ以外は無効なｄｒｕｇ．Ｄｒｕｇ処理に敏感なこれらの細胞に作る腫瘍に嵌入して、そして健康な細胞に治療が逃れられた治療が復旧できる完全な迷い癌細胞およびｍｅｔａｓｔａｓｉｚｅ．Ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ遺伝子治療であるｕｎｔｏｕｃｈｅｄ．しかし、ｏｎｃｅを残している腫瘍ｃｅｌｌ、ｗｈｉｌｅを破壊する一つ以上の構築物，含む  １またはｍｏｒｅ抗原結合性構築物，ｗｉｌｌが迷い癌細胞を殺して、癌を最小化するのを助ける再発生。
【０３４２】
Ａ類似の組合せが、ｐａｌｌｉａｔｉｖｅ（ｎｏｎ―ラジカルによって、使うことができる）外科的にこの実施例本発明の１以上の抗原結合構築物を含む１以上の構築物は、が免疫応答を増加させるために腫瘍の外科的摘出の前後で施されることができる腫瘍ｓ．Ｉｎを取り除いて、手術の間に取り除かれなかったいかなる癌細胞も殺すことによって、再発生の可能性を減らす動作。
【０３４３】
Ａｎｏｔｈｅｒ局面は構造物が特有でありえるｐｏｒｔｉｏｎ，例えば、ａｎ抗原結合ｐｏｒｔｉｏｎ，ｏｆを結合している癌ｏｒ抗原ｖａｃｃｉｎｅおよびＴ細胞調節装置分子ｓ．例えば、ｔｈｅを結合する。そして、癌細胞ｏｒ抗原．Ｔｈｉｓからのタンパク質断片がｏｒ抗原．Ｓｕｃｈが造る特定の腫瘍に対して免疫応答を伝達するのを助けることができる癌細胞ｏｒ抗原，ｏｒは免疫応答の効率を上昇させるためにＴ細胞調節装置と結合されることができる。
【０３４４】
１またはｍｏｒｅ抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ  構築物，ｏｆ本発明が施されるかまたはｒｅｔｉｎｏｉｄｓ．Ｒｅｔｉｎｏｉｄｓによって、ｃｏ―ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄした別の例において、ｏｎｅまたはより多くの構築物，含むはＡおよびそのｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ、ｗｈｉｃｈが停止細胞に分かれて能力を有するビタミンを含んで、Ａが結合であるｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ．Ｖｉｔａｍｉｎにそれらを生じさせる。そして、抗癌構築する（ｓ）、含む抗原結合性であるは造る（癌のさまざまな型と戦うｓ）、ｏｆ本発明。
【０３４５】
Ｔｈｅ用語「結合構造物」および本明細書で用いられる「抗原結合性構造物」は本発明のｅｘａｍｐｌｅ，ａｎ抗原．Ａｎｔｉｇｅｎ結合性構造物がそうでもよいｔａｒｇｅｔ，ｆｏｒを結合できるｔｏ，例えば、ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  ポリペプチド，ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ポリペプチド，ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ，ｓｅｍｉｓｙｎｔｈｅｔｉｃまたは他の融合タンパクに参照させることができるさまざまなａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ、含むにおいて、使用する、抗体または関連した免疫グロブリン―タイプ構造物がｐｕｔ．本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｃａｎでもよい用途のバラエティの範囲内のそれらがｐｕｒｐｏｓｅｓ．Ｓｕｃｈが含む，例えば、ｔｈｅを使用するｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ，ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ，ｒｅｓｅａｒｃｈ，およびその他のための生体内でのおよび生体外実験において、使われる。
【０３４６】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｍａｙが、ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．例えば、ｔｈｅｙがそうでもよい免疫組織化学のために使われる構造物がそうすることができるｉｎｔｅｒｅｓｔ．Ｔｈｅｓｅの一定のおよび暖められたｗｉｔｈ抗原結合性構造物が、ｔｉｓｓｕｅ．Ｔｉｓｓｕｅのｐａｒｔｉｃｕｌａｒ抗原ｏｒグループｏｆ抗原の免疫局在性のために使用できるそれから、金の粒子または化学ｒｅａｃｔｉｏｎ，ｌｉｋｅワサビペルオキシダーゼを与える酵素またはβ―ｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ．Ａ二次抗体または結合構造物がそれを作られてしばしばあるｌａｂｅｌ，例えば、ｔｏに連結する本発明の二次抗体または結合構造物を使用して局所化される、主要な結合構造物が有する主要な結合ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｔｈｕ、例えば、ｉｆの反応ａｇａｉｎｓｔ，例えば、ａ部分がｐｏｒｔｉｏｎ，ｔｈｅ二次抗体または結合構造物がそうすることができるヒトの尾部である本発明の抗体または結合構造物がそうすることができるｂｅｔａ−ｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ．Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｌｙにリンクされたｂｅ，例えば、ａウサギ抗マウス抗体ｏｒ抗原結合構造物が、純化されて、そうすると、もう一方に接合される蛍光抗体または結合構造物を生じる分子。
【０３４７】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｃａｎも細胞の表面上のａｎ抗原ｏｒ抗原の位置を検出するかまたは密度の高い細胞内の材料ｕｓｉｎｇ，例えば、Ｉｍｍｕｎｏｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ．Ｅｌｅｃｔｒｏｎの位置を検出するために用いるフェリチンのような材料、または、コロイド状のｇｏｌｄ，例えば、ｃａｎは電子顕微鏡法が検出するために用いることがありえるａｎ抗原結合性ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｓｃａｎｎｉｎｇに抱合型である。そして、ｔｈｅ抗原／締め具の局在は総合ビルを構築する。
【０３４８】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｍａｙも様々なイムノアッセイｆｏｒｍａｔ、例えば、ａ  ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ（ＲＩＡの１つを用いたａｎ抗原ｏｒ抗原の存在を数量化するために用いる）フォーマットまたは酵素結合免疫溶解ａｓｓａｙ（ＥＬＩＳＡ）ｆｏｒｍａｔ．Ｔｈｅｒｅはそれらが類似のｉｄｅａ．例えば、ｉｆ  ａｎ抗原ｃａｎに基づいてあるこれらのａｐｐｒｏａｃｈｅ、ｂｕｔの多くの改変体であるサポートまたはｓｕｒｆａｃｅ，ｏｒがある固体に対する境界がｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｉｔ缶である発明．Ｔｈｅ存在または構造物の量のｓｐｅｃｉｆｉｃ抗原結合性構造物を有するそれがそうすることができる反応により発見されていて、それから検出される、または、それを反応によって、数量化するｗｉｔｈ，例えば、ｅｉｔｈｅｒ二次抗体または直接ラベルを本発明の主要なａｎｔｉｂｏｄｙ．Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｌｙ，例えば、ａｎ抗原結合ポリペチドに組み込むことによる本発明のｓｅｃｏｎｄ抗原結合性構造物がｔｈｅ抗原ｃａｎ上の異なったエピトープを認識する本発明の固体の表面およびｔｈｅ抗原ａｄｄｅｄ．Ａ第二抗体ｏｒ抗原結合ポリペチド（ｓ）に縛られていることがありえて、そして加えられることがありえて、ｄｅｔｅｃｔｅｄ．でありえるこの技術は、一般にと呼ばれる「サンドイッチａｓｓａｙ」，ｗｈｉｃｈは、高い背景または非特異的ｒｅａｃｔｉｏｎ、ａｍｏｎｇ他の理由の課題を回避するために多用される。
【０３４９】
締め具が本発明から造るＢｅｃａｕｓｅには高親和性／類似性があることができるおよび／または、この種のｐｒｏｃｅ、ａｎｔｉｇｅｎ結合の１つの実施例が本発明から造る親和性ｒｅａｇｅｎｔ、例えば、ｉｎタンパク質ｏｒ抗原ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｉｎが適切なｓｕｐｐｏｒｔ，例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ樹脂に固定されるにつれて、特定のエピトープまたはｅｐｉｔｏｐｅ、ｔｈｅｙのための選択性／選択性が使われることもできる、または、固定された構造物がそうであるフィルタｐａｐｅｒ．Ｔｈｅはｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ，ｏｒが．Ｔｈｅが支持するｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ，ａ標的タンパク質（ｓ）ｏｒ抗原（ｓ）の中で不必要なｍａｔｅｒｉａｌｓ．Ｔｈｅが支持する意志除去が縛られたタンパク質（ｓ）ｏｒ抗原（ｓ）をリリースする他のバッファによって、洗われる適切なバッファできれいにされると思ったサンプルにさらした。
【０３５０】
本発明の特定の結合構造物が高親和性を有するタンパク質またはｏｔｈｅｒ抗原に結合できるＢｅｃａｕｓｅおよびそれらがそうでもありえる選択性は特殊の重要性の基準として酵素を使用した、または、本発明の特定のｒｅａｃｔｉｏｎ．Ｉｆ  ａｎ抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ構造物の他の巨大分子は構造物が特にその反応に関係するタンパク質またはｏｔｈｅｒ抗原ｉｃ材料に結合していることができるｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｔｈｉｓ意志指示の反応を妨げることができる。
【０３５１】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｃａｎも、受容体しゃ断薬またはインヒビターまたは拮抗剤として使われる。
【０３５２】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｃａｎもタンパク質がその後そうでありえる特定のタンパク質，例えば、ｔｈａｔを有する本発明リアクタのタンパク質ｓ．Ｉｆ  ａｎ抗原結合構造物の機能（ｓ）を確認して、研究する際の使用されるｊであるｅｘａｍｐｌｅ．Ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎが概して本発明の二次抗体ｏｒ抗原結合構造物を使用して実行されるｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｆｏｒから沈殿させる関連初期変化群ｔｏｇｅｔｈｅｒ．Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｌｙ，ｔｈｅ複合体が溶液をｃｏｎｓｔｒｕｃｔ，ａｎ反Ｆｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ，例えば、ｗｈｉｃｈ上のいずれのプロテインＡ  ｏｒ，例えば、ｄｅｐｅｎｄｉｎｇとも作用することにより除去されることができることがｂｅａｄ、例えば、ｓｏに付属的であった、容易に削除された形でありえる溶液。
【０３５３】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｃａｎも、ｅｘａｍｐｌｅ，ＤＮＡ―結合タンパク質がそうでありえるＤＮＡ結合性タンパク質ｓ．Ｆｏｒのような特定の核酸―結合タンパク質を確認するために、ゲルシフト実験に関連して使われるタンパク質と関連したオリゴヌクレオチドの特定のｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．Ｔｈｅ可動性に、高親和性と結合するそれらの能力によって、共通に関連されるパターンおよび信号は遊離オリゴヌクレオチドの可動性およびゲル遊走の結果よりはるかに別に検定して構造物の結合実験へのゲルｓｈｉｆｔ．Ｔｈｅ追加が２つのｅｆｆｅｃｔｓ．Ｉｆのどちらでも有することができるにつれて、それを結合しているＤＮＡに関係しないタンパク質の領域に対する構造物ひもが結果としてより遅い可動性さえ有して、ｍｏｂｉｌｉｔｙ（ａ超シフトのより大きな変動として検出される複合体になることができて）構造物がＤＮＡを認識することに関係するタンパク質の領域に結合する．Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｌｙ，ｉｆ、それからそれが、締め具を崩壊させることができて、これらの実験からのいずれのｃａｓｅ，ｔｈｅデータも貢献できるｓｈｉｆｔ．Ｉｎを除去できるＤＮＡ結合性タンパク質，ｆｏｒ実施例を確認する基準として。
【０３５４】
Ｉｔは、構築物，含む抗原結合が分別されたタンパク質がそうであるＳＤＳ―ＰＡＧＥ，例えば．Ｏｎｃｅによる分画がｓｈｅｅｔ，ｔｈｅｙがさらされているニトロセルロースのような膜に移ったあと、ウエスタンブロット法によって、タンパク質を検出するために本発明から造る使用にも、可能であるリン酸塩のｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ．例えば、ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの間のタンパク質変化の可動性または西のａｎａｌｙｓｉｓ．Ｗｉｔｈ適当なｃｏｎｔｒｏｌ、ｔｈｉｓ方法によって、直接の方法で続かれることができる可動性の変化のタンパク質，ｒｅｓｕｌｔｓのｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ，ｏｒ裂開が実験的な操作に応答してタンパク質の多量を計量するために用いることがありえる場合、特にｓｅｌｅｃｔｉｖｉｔｙ，タンパク質ｓの所望の程度に対する認識がｂｌｏｔ．Ｔｈｉｓに固定したｒｅｃｏｇｎｉｚｅ、ｏｒによって、特定のタンパク質がｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ．Ｔｈｉｓ方法でありえる本発明のｐａｒｔｉｃｕｌａｒ抗原結合性構造物が特に役立って。
【０３５５】
ＳＤＳゲル類のＴｈｅ組合せおよび免疫沈降は非常、特定のタンパク質がそうでありえるｅｆｆｅｃｔｉｖｅ．Ｉｆでもありえるｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｂｏｔｈ上澄において、免疫沈降させる。そして、沈殿する断片はＳＤＳゲルに切り離されることができて、本発明のａｎ抗原結合性構造物を使用して研究されることができる。
【０３５６】
本発明の結合構造物が１つのタンパク質に対してｆｉｒｓｔ，ｃａｎとしてよく第１のタンパク質．Ｔｈｅ第２のタンパク質，ａｓと対話する第２のタンパク質も沈殿させて、そしてゲルを染色することによって、見られもするかまたはａｕｔｏｒａｄｉｏｇｒａｐｈｙ．Ｔｈｉｓ関係によって、しばしば、タンパク質が複合体の一部として機能するという、そして、それが他のｅｖｉｄｅｎｃｅ（例えば、ａ  ２ハイブリッド・スクリーンまたはｓｕｐｒｅｓｓｏｒ突然変異を基礎として相互に作用するために仮定される２つのタンパク質の物理的相互作用を示すために用いることもできるという第１の徴候でもあると指令したＳｏｍｅｔｉｍｅｓ）．Ｔｈｉｓ方法は、いくつかの極めて有効な方法の西のブロット解析と結合されることができる。
【０３５７】
本発明のＴｈｕ、例えば、ａｎｔｉｇｅｎ結合構造物が、トランスダクションおよびタンパク質ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ．例えば、ａｎ免疫沈殿タンパク質が最も役立つタンパク質．Ｔｈｅに本発明で異なる抗体ｏｒ抗原結合構造物を用いた西の分析法によって、そのひもをその後研究されることができるというｓｔｕｄｙ，例えば、ｏｆ信号の免疫沈降および西の分析の組合せにおいて、使うことができる本発明のｏｒ抗原−ｂｉｎｄｉｎｇ構造物がタンパク分解性処理を受けるタンパク質の領域に対してｏｆ抗原結合がｐｈｏｐｈｏｒｙｌａｔｅｄされたｐｅｐｔｉｄｅｓ（例えば、ａｎｔｉ  ＰＹ（ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄチロシンを認識する本発明から造る本発明または混合のタンパク分解性ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ．Ａｄｄｉｔｉｏｎａｌｌｙ，ａ構造物に続くために役立つことがありえると指令したタンパク質．Ｔｈｕ、ａｎ抗体に存在してもよい特定の構造決定要素にあてるものである）タンパク質（ｕｓｉｎｇ西の分析のリン酸化の範囲に続くために用いることができる）それが、ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｅｄ，ｏｒビザｖｅｒｓａ．であるグリコシル化反応は炭水化物を認識するｌｅｃｔｉｎ、すなわち、タンパク質ｓによって、炭水化物ｅｐｉｔｏｐｅ（ｏｒに向けられる本発明の続かれたｂｙ抗原結合性構造物でもありえる）．Ｌｉｋｅｗｉｓｅ，ｓｏｍｅ！本発明の構造物が非常に具体的には、作られることが可能である抗原結合はリン酸化されたｅｐｉｔｏｐｅ，例えば、ｔｈａｔがｂｉｎｄ（ｏｒが検出可能的に結合しないｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ，ｂｕｔ意志の後、チロシンまたはセリン残基を認識すると認識する）ｐｈｏｓｐｈａｔｅ．Ｔｈｉｓ方法がない場合エピトープはＣＲＥＢ（ｔｈｅサイクリックＡＭＰ反応要素結合タンパク質の特定のタンパク質．例えば、ｔｈｅリン酸化のリン酸化状態を決定するために用いることがありえる）特にセリン１３３のリン酸化に依存している方法のエピトープを認識する抗体によって、続くことができる。
【０３５８】
本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｃａｎも、特定の親和性または特有の発現を有する特定のｅｐｉｔｏｐｅ，ｏｒを表すかまたは示す候補ポリヌクレオチドを分離するために発現ライブラリを映写するために用いる。
【０３５９】
細胞表面に対する本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｔｈａｔひもが組合せがｕｓｅｄ，例えば、ｔｈｅ分数である本発明／蛍光染料のその標識を使用している流れｃｙｔｏｍｅｔｒｙ．Ｉｆ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ抗原ｂｉｎｄｉｎｇ構造物を表している細胞の分数を数量化する標識として用いられることもできる。そして、ｓｅｖｅｒａｌ抗原を表している細胞を、決定できる。
【０３６０】
他のａｎｔｉｂｏｄｙ，ｃａｎの結合領域に対する抗イディオタイプａｎｔｉｂｏｄｉｅ、すなわち、ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓのような本発明の抗原結合構築物を含む構築物は、ｔｈａｔ機能ｉが、中で多くの方法のいずれかで使われるそれあるｖａｃｃｉｎｅｓ（含む抗原結合が分子ａｄｊｕｖａｎｔ）、ａｓを組み込む本発明から造る癌がそのようにオンのレセプター、ａｓレセプタａｇｏｎｉｓｔ、ａｓレセプタａｎｔａｇｏｎｉｓｔ、ａｓ受容体しゃ断薬またはｉｎｈｉｂｉｔｏｒ、およびを確かめるにつれて、望ましいか、ａｎ抗原．Ｓｕｃｈ用途含む，例えば、ｕｓｅｓの構造に擬態するために役立つ。
【０３６１】
本発明の構造物がそうすることができる別の局面において、構築物，含む抗原結合同じであるか異なる細胞型上の現在が、ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃでありえるおよび、このように２つの異なったｅｐｉｔｏｐｅ、ｗｈｉｃｈに対する締め具ができることができる。
【０３６２】
ビボが発明，含む抗原結合性構築物，含む  治療，ａｌｏｎｅの構造物の中で、または、よく自己免疫ｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｉｎを含むＢ細胞障害として本発明の構造物がｃａｓｅ、ｔｈｅが構築するｐａｔｉｅｎｔ．Ｉｎその他に与えられるという若干の場合がｔａｒｇｅｔ，ｏｒを撮像する際の援助にａｒｔ，例えば、ａ蛍光分子において、公知の技術によって、他の分子に連結できるにつれて、癌を含んでいる一つ以上の他のｔｈｅｒａｐｉｅ、ｆｏｒさまざまな疾患と結合して使用するＩｎ治療薬および／または毒素、または、目標を殺す際の援助に対する有機ｉｓｏｔｏｐｅ，ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｄｒｕｇ，ｏｒその他または非有機的な酵素調節装置。
【０３６３】
例えば、ａ標識分子または原子を、接合できるかまたはさもなければイメージングの援助に本発明のｔｈｅ抗原結合性構造物との関連があることができるかまたは診断ａｇｅｎｔ．Ｔｈｅｓｅ  含む，ｂｕｔとして酵素ｌａｂｅｌ、ｒａｄｉｏｉｓｏｔｏｐｅｓまたは放射性合成物またはｅｌｅｍｅｎｔ、ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ合成物またはｍｅｔａｌ、ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ合成物に対する有限責任および本発明のｏｒ抗原結合性構造物が抱合型でありえる生物発光ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ．Ｔｈｕ、ｂｉｎｄｉｎｇ構造物でれることができない。そして、ｄｒｕｇ，ｗｈｉｃｈは全身毒性および横のｅｆｆｅｃｔｓ．Ｔｈｉｓを減らすことが管理されたｓｙｓｔｅｍｉｃａｌｌｙ．Ｄｏｓａｇｅが薬の効力次第であるときにさもなければ容認できない薬の使用および生体内での用途のキャリアｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．Ｏｔｈｅｒ実施例の効率が毒素が化学的に結合される本発明の構造物ｏｒ抗原結合構造物を結合することの使用を含むと認めると共に、薬がｔａｒｇｅｔ．Ｔｈｉｓ促進薬物療法に渡す一度を特定の薬物ターゲティングおよび増加した効率に与える、または、ポリペチドに抱合型の「免疫複合体」または「イムノ毒素と称されることができるｆｏｒｍ，例えば、分子ｓに対する発明。」毒素がそうすることができるＴｙｐｉｃａｌｌｙ，例えば、ｓｕｃｈはより１個の鉱石を含むｒａｄｉｏｉｓｏｔｏｐｅｓ（例えば、Ｉｏｄｉｎｅ―１３１，Ｙｔｔｒｉｕｍ―９０，Ｒｈｅｎｉｕｍ−１８６，Ｃｏｐｐｅｒ―６７，および／ｏｒ  Ｂｉｓｈｍｕｔｈ―２１２）、ｎａｔｕｒａｌ  ｔｏｘｉｎ、ｃｈｅｍｏ治療  ａｇｅｎｔ、ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ反応ｍｏｄｉｆｉｅｒ、ｏｒ、目標ｃｅｌｌ，ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ的状赤血球ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，ｏｒに損傷を与えるかまたは殺す際に援助できる他のいかなる物質も的状赤血球の所望の細胞機能を崩壊させることに効果的である。
【０３６４】
イムノトキシンのＴｈｅ毒素部分はさまざまな供給源．毒素がプラントに由来して共通にある派生語でありえる、または、ヒト起源の細菌，しかし毒素または合成毒素がバクテリアに由来する毒素のウェル，例えば．例として用いられることが可能である、または、プラント含むがは含むががそうである哺乳類の酵素の限られたａｂｒｉｎ，α―サルシン，ジフテリア毒素，リシン，サポリン，およびプソイドモナス外毒素．例でないｔｏ，リボヌクレアーゼ（ＲＮＡｓｅを制限する）そして、本発明の一つ以上の構造物によって、使うことができるデオキシリボヌクレアーゼ．多数のイムノトキシンはＰａｓｔａｎら、ＮｅｖｅｌｌｅにＦｒａｎｋｅｌら、米国特許第６，０９９，８４２にａｒｔ．Ｓｅｅ，例えば、米国特許第４，７５３，８９４に記載されていた、本願明細書において、記載されているら，１９８２  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ．６２：７５―９１、Ｐａｓｔａｎら，１９９２アンＲｅｖ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  ６１：３３１―３５４、Ｃｈａｕｄａｒｙら，１９８９ネイチャー３３９：３９４、および  Ｂａｔｒａら，１９９１  ＭｏＩ  Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１１：２２００．Ｍｏｄｉｆｉｅｄ毒素およびさまざまな刊行物に記載されているそれらは本発明の範囲内でもある。
【０３６５】
本発明の遺伝子学的に，ｔｈｅイムノトキシンおよび他の治療薬は、腫瘍および自己免疫疾患、アレルギーの悪性疾患、処理の処置および炎症など．このために有効薬量および投与様式が動物次第であるにつれて、特定の疾患、障害、状態を処理するかまたは防止するのに治療的に効果的である集中または患者で処理される。疾患または状態であることを施される『免疫複合体またはイムノトキシンの処理される。強さおよびこの目的，イムノトキシンがそうでもよい結合体、達成の効率は様々な受け入れられる製剤を使用することを公式化した、そして、代表的には，例えば、イムノトキシンにおいて、公知の賦形剤は静注で注射，いずれかにより管理される、または、この管理を達成する腹腔内。方法は他の局面、発明が話題として含む分野の当業者またはエアゾールのような経口投与の組成物にとって公知であるまたは粘膜全体の伝送ができてもよいクリームまたはパッチ。
【０３６６】
Ｆｏｒｍｕｌａｎｔｓは、増されることができる免疫複合体または管理の前の本発明のイムノトキシン、ためにｔｒｅａｔｅｄ．Ａ液状製剤であることが最もそうである患者他の製剤がｆｏｒｍｕｌａｎｔｓが実施例ｏｉｌ、ｐｏｌｙｍｅｒ、ｖｉｔａｍｉｎ、ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ、ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ、ｓａｌｔ、ｂｕｆｆｅｒ、ａｌｂｕｍｉｎ，ｓｕｒｆａｃｔａｎｔ、ｏｒバルキングａｇｅｎｔｓ．Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅｓのために含むことができる発明．Ｔｈｅの範囲内であるｃｏｍｍｏｎ，ｂｕｔが、糖または糖アルコール（例えば水溶性ｇｌｕｃａｎｓ．Ｔｈｅサッカライドまたはグルカンが実施例ｆｒｕｃｔｏｓｅ，ｄｅｘｔｒｏｓｅ，ｌａｃｔｏｓｅ，ｇｌｕｃｏｓｅ，ｍａｎｎｏｓｅ，ｓｏｒｂｏｓｅ，ｘｙｌｏｓｅ，ｍａｌｔｏｓｅ，ｓｕｃｒｏｓｅ，ｄｅｘｔｒａｎ，ｐｕｌｌｕｌａｎ，ｄｅｘｔｒｉｎ，ａｌｐｈａおよびβｃｙｃｌｏｄｅｘｔｒｉｎ，ｓｏｌｕｂｌｅ  ｓｔａｒｃｈ，ｈｙｄｒｏｘｅｔｈｙｌ澱粉のために含むことができるｍｏｎｏ，ｄｉ，ｏｒ  ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ、ｏｒおよびｃａｒｂｏｘｙｍｅｔｈｙｌｃｅｌｌｕｌｏｓｅ，ｏｒ混合物ｔｈｅｒｅｏｆ．「Ｓｕｇａｒアルコール）を含むことができる」確定でありえるＣ８炭化水素に対するＣ４である―ａｒａｂｉｔｏｌ．Ｔｈｅｓｅ糖または糖アルコールが上で言及したＯＨグループおよび含む、例えば、ｇａｌａｃｔｉｔｏｌ，ｉｎｏｓｉｔｏｌ，ｍａｎｎｉｔｏｌ，ｘｙｌｉｔｏｌ，ｓｏｒｂｉｔｏｌ，ｇｌｙｃｅｒｏｌ，およびが、個々に使うことができるまたは、中で、糖または糖アルコールが水性のｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ．Ｉｎ  １  ａｓｐｅｃｔ，ｔｈｅ糖に溶解する限り、ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ．Ｔｈｅｒｅは使用する量に対する一定の制限でない、または、砂糖アルコール濃度は概して２．０および６．０ｗ／ｖの％の間に１．０ｗ／ｖの％および７．０ｗ／ｖの％，ｍｏｒｅの間に０．５ｗ／ｖの％および１５ｗ／ｖの％，ｔｙｐｉｃａｌｌｙの間にある。
【０３６７】
例示的なアミノ酸はｌｅｖｏｒｏｔａｒｙ（Ｌを含む）ｃａｒｎｉｔｉｎｅ，ａｒｇｉｎｉｎｅ，および  ｂｅｔａｉｎｅ、しかし、ｏｔｈｅｒアミノ酸の形は使用されるポリマーが含むａｄｄｅｄ．Ｃｏｍｍｏｎｌｙでもよいポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）２，０００および３，０００，例えば、ｏｒポリエチレングリコール（ＰＥＧ間の平均分子量を有する）３，０００間の平均分子量および５，０００，ｆｏｒについては、ｅｘａｍｐｌｅ．Ａ緩衝装置が凍結乾燥の前に溶液のｐＨ変化を最小化するために構成において、用いられることが可能である、または、ｒｅｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ．Ａｎｙ生理的バッファがｕｓｅｄ，ｂｕｔ  ｃｉｔｒａｔｅ，ｐｈｏｓｐｈａｔｅ，ｓｕｃｃｉｎａｔｅ，およびグルタミン酸塩バッファでもよい、または、それらの混合物がより共通にｍｏｌａｒ．Ｈｉｇｈｅｒまたは低い濃度がｕｓｅｄ．Ｉｍｍｕｎｏｔｏｘｉｎｓでもよいｕｔｉｌｉｚｅｄ．Ｔｈｅ集中缶ｂｅ，例えば、ｆｒｏｍ  ０．０１〜０．３であったあと、本発明はそれらの循環半分―ｌｉｆｅ，例えば．例示的なポリマーを増加させるためにポリマーに共有結合的共役によって、化学的に改質していることがありえる。そして、それらをペプチドに取り付ける方法はＫａｔｒｅらにＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．４，７６６，１０６において、参照される、Ｄａｖｉｓらに対する４，１７９，３３７、４、ヒラタニに対するＳｈｉｍｉｚｕら、および  ４，６０９，５４６に対する４９５，２８５。
【０３６８】
ｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒｓを抑制しているｔｒｅａｔｉｎｇ，ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ，ｏｒの別の局面において、ｍｅｔｈｏｄｓおよびプロテアーゼの活動または活性化に関することが障害および状況が含むｐｒｏｖｉｄｅｄ．Ｓｕｃｈであるという状況は、ａｃｔｉｏｎ．別の局面において、ｔｈｅ発明が主題を扱う方法に提供する抗プロテイナーゼによって、非常にためになられるかまたは改善される有してまたは疑わしい患者に記載されているかまたは本願明細書において、請求される医薬品組成物のいずれかの治療上有効量を与えている悪質な状態または免疫系ｄｉｓｏｒｄｅｒ（例えば、ａ  Ｔ細胞ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇを有することの。
【０３６９】
治療薬を利用している方法により処理されることができるかまたを、改善できる疾患および障害のＳｏｍｅ実施例および本願明細書において、設けられている組成物は、免疫システム関数を調整することにより改良されることができる免疫系（例えば、ｔｈｏｓｅの疾患および障害を含む）他の寄生生物によって、感染ｓ（例えば、ｂａｃｔｅｒｉａｌ，ｖｉｒａｌ，ｆｕｎｇａｌ，および感染症）、ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｎｇ  ｄｉｓｅａｓｅｓ（例えば、腫瘍、そして、癌）、ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒｓおよびｃｏｎｄｉｔｉｏｎ、含む  ＡＲＤ、血管  ｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒｓおよびｃｏｎｄｉｔｉｏｎ、ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ、および炎症性ｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒｓおよび状況。
【０３７０】
肺炎の処置．の中で、Ｌｕｎｇ障害または缶が肺細胞ｒｅ遺伝子ｒａｔｉｏｎ．Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ肺細胞疾患を促進することによって、肺細胞ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ，ｏｒを促進している免疫系ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ｂｙを調整しているｔｒｅａｔｅｄ，例えば、ｂｙであるという状況は、気管粘液ｖｅｌｏｃｉｔｙ，ｏｒの慢性のａｌｌｅｒｇａｎ  ｅｘｐｏｓｕｒｅ，ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ  ｏｆ抗原−ｉｎｄｕｃｅｄ減少の後、航空路への白血球流入の抑制で後期気管支収縮および急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）、ｔｈｅ処理のハイパーｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ）、ｔｈｅ処置の発達の抑制を測定されるａｓｔｈｍａ（例えば、ａｓの処理を含む嚢胞性線維症，および処理
他のｄｉｓｅａｓｅ、ｄｉｓｏｒｄｅｒ、およびの数が条件づけるＡは、発明，含むの実施例の既治療でもよいが、クローン病を含む限られたｔｏ，Ｇｒａｖｅのｄｉｓｅａｓｅ，Ｈａｓｈｉｍｏｔｏのｄｉｓｅａｓｅ，ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉ、ｓｙｓｔｅｍｉｃ狼瘡ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕ、Ｓｊｏｇｒｅｎｓ  Ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｐｅｎｉｃ  ｐｕｒｐｕｒａ，ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｃｌｅｒｏｓｉ、ｍｙａｓｔｈｅｎｉａ  ｇｒａｖｉ、ｓｃｌｅｒｏｄｅｒｍａ，ｐｓｏｒｉａｓｉ、Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓｅａｓｅおよび消化系のクローン病およびＵｌｃｅｒａｔｉｖｅ  ｃｏｌｉｔｉ、ａｒｅ自己免疫性疾患を含む潰瘍性のｃｏｌｉｔｉ、Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓｅａｓｅでない。
【０３７１】
一つの実施形態は、癌または別の増殖性障害を有する患者を処置する方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３７２】
別の実施形態は、炎症性障害を有する患者を処置する方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３７３】
別の実施形態は、慢性関節リウマチを有する患者を処置する方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３７４】
別の実施形態は、患者において、ＨＩＶ感染を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３７５】
別の実施形態は、患者において、肺障害を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３７６】
別の実施形態は、患者において、肺障害を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３７７】
別の実施形態は、患者において、肺感染症を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３７８】
別の実施形態は、患者において、喘息を処置するための方法に関し、この方法は、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）本明細書中に記載される化合物もしくは組成物（例えば、免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物）の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３７９】
別の実施形態は、患者において、喘息を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３８０】
別の実施形態は、患者において、急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３８１】
別の実施形態は、患者において、嚢胞性線維症を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬ（軽鎖の定常領域）からなる群より選択される。
【０３８２】
別の実施形態は、患者において、肺炎を処置するための方法に関し、この方法は、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）本明細書中に記載される化合物もしくは組成物（例えば、免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物）の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３８３】
別の実施形態は、患者において、脈管障害を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３８４】
別の実施形態は、患者において、眼科疾患もしくは眼科障害を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３８５】
別の実施形態は、患者において、加齢に関連する黄班変性疾患を処置するための方法に関し、この方法は、本明細書中に記載される化合物もしくは組成物の有効な抗炎症量を投与する工程を包含し、この化合物もしくは組成物は、例えば、ｉ）プロテイナーゼ関連分子に結合し得る結合ドメインポリペプチド、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチド、および必要に応じて、結合ドメインポリペプチドと、プロテイナーゼインヒビタードメインを含むポリペプチドとをつなぐ接続領域を含むポリペプチド、またはｉｉ）免疫グロブリンドメインに結合されたプロテアーゼインヒビター分子を含む化合物であって、上記免疫グロブリンドメインは、ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ヒンジ−ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ３、およびＣＬからなる群より選択される。
【０３８６】
本願明細書において、設けられている処理の特定の実施形態において、ｍｅｔｈｏｄｓは結合領域が一つ以上の状態を扱っているＴ細胞ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ，ｏｒを阻害してできるＣＤ２８．特定の好ましい実施形態において、ｔｈｅを結合できる結合領域を利用する、または、障害は感染（例えば、ｂａｃｔｅｒｉａｌ，ｆｕｎｇａｌ，ｖｉｒａｌ感染症をｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ，ａ増殖のｄｉｓｏｒｄｅｒ（例えば、ｃａｎｃｅｒ）、ｏｒから選択した）細胞外の領域の２７のアミノａｃｉｄｓ．Ｔｈｅ成熟したタンパク質封じ込め１３４アミノ酸および４１のアミノ酸細胞原形質ｔａｉｌ．ＣＤ２８を有する膜内外領域の２７のアミノ酸の配列が好異種の細胞接着ｃｏｍｐｌｅｘ，およびの部材であるというアミノ末端信号を有する２２０のアミノ酸前駆物質が表面としてのＢ細胞制限されたＢ７／ＢＢ―１抗原．ＣＤ２８サーブのためのレセプタであるにつれてヒトＴ  ｃｅｌｌｓ．Ｉｔの主要サブセットの表面上の４４ｋＤダイマーがｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ糖タンパク質が表したホモ二量体Ｉ型であるにつれて．ＣＤ２８は免疫グロブリン・スーパー遺伝子ファミリの部材であって、表される膜内外接着受容体であるさまざまな免疫抑制薬ａｇｅｎｔｓ．ＣＤ２８へのＴ細胞反応の抵抗がそうである変調Ｔ細胞リンホカイン産生および増加が最も周辺Ｔ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．ＦｏｒがＣＤ２８構造の中でチェックする高度すべて成熟したＣＤ３  ｔｈｙｍｏｃｙｔｅ、ｐｌａｓｍａ  ｃｅｌｌ、およびおよびｆｕｎｃｔｉｏｎ，ｓｅｅ  Ｊｕｎｅ，Ｃ．Ｈ．（ら，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  １５：３２１，１９９４、Ｊｕｎｅ，Ｃ．Ｈ．）で表した信号伝達経路の中で成分、ＣＤ２８を結合するｓｃＦｖ免疫グロブリン領域のら，Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  １１：２１１，１９９０、および  Ｌｉｎｓｌｅｙ，Ｐ．Ｓ．，および  Ｌｅｄｂｅｔｔｅｒ，Ｊ．Ａ．，１９９３  Ａｎｎｕ．，Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１：１９１．Ｆｕｓｉｏｎタンパク質およびプロテアーゼインヒビターα―アンチトリプシン，ｗｈｉｃｈは、現在の発明，ｈａｖｅに従って領域融合タンパクを結合していないＣＤ２８および単鎖Ｆｖ−αｉを有するＣＴＬＡ―４でないことの報告されたＳｅｅ  Ｖａｎｈｏｖｅ，Ｂ．，「Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ遮断である―アンチトリプシン融合抗体」，２００３  Ｂｌｏｏｄ  １０２（２）。
【０３８７】
特定の実施形態において、本明細書中に提供される処置方法は、ＶＥＧＦの活性、発現などを調節（例えば、阻害）するために、ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ前駆体に結合することが可能な結合ドメインを利用する。特定の好ましい実施形態において、結合ドメインは、Ｔ細胞の活性化を阻害し得るか、または、新生脈管形成および脈管新生を伴う癌を含めた、増殖性の障害から選択される１以上の状態もしくは障害を処置し得る。
【０３８８】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｌ鎖を有する結合ドメイン（アミノ酸残基１−１１２）、リンカー（１１３−１１７）および可変Ｈ鎖（１１８−２３８）  ＣＤ２８（２Ｅ１２）を認識する鎖、その３つのシステイン残基のうちの１つがセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（２４９−２６５）、ＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（２６６−３７４）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＫ  Ｓｔｒｅｐタグ（残基３７５−３８２）を含む（配列番号１）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基７−７５）で報告されている。
【０３８９】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｈ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１２０）、リンカー（残基１２１−１３７）および可変Ｌ鎖（残基１３８−２４３）  ＶＥＧＦを認識する鎖、その３つのシステイン残基のうちの１つがセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（残基２４４−２６０）、ＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（残基２６１−３６０）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＫ  Ｓｔｒｅｐタグ（残基３７０−３７７）を含む（配列番号４）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基１９−７５）で報告されている。
【０３９０】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｌ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１０６）、リンカー（１０７−１２２）および可変Ｈ鎖（１２３−２４２）  ＶＥＧＦを認識する鎖、その３つのシステイン残基のうちの１つがセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（２４３−２５９）、およびＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（２６０−３６８）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＤ  Ｓｔｅｐタグ（残基３６９−３７６）を含む（配列番号５）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基２１−８３）で報告されている。
【０３９１】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｌ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１１２）、リンカー（１１３−１２７）および可変Ｈ鎖（１２８−２４８）  ＣＤ２８（２Ｅ１２）を認識する鎖、その３つのシステイン残基のうちの１つがセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（２３９−２５５）、ＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（２５６−３６４）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＫ  Ｓｔｒｅｐタグ（残基３６５−３７２）を含む（配列番号２）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基７−７５）で報告されている。
【０３９２】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｈ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１２０）、リンカー（１２１−１２７）および可変Ｌ鎖（１２８−２３３）  ＶＥＧＦを認識する鎖、３つ全てのシステイン残基がセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（２３４−２５０）、およびＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（２５１−３５９）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＤ  Ｓｔｅｐタグ（残基３６０−３６７）を含む（配列番号６）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基１９−７５）で報告されている。
【０３９３】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｌ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１０６）、リンカー（１０７−１１２）および可変Ｈ鎖（１１３−２３２）  ＶＥＧＦを認識する鎖、二量体化ドメイン（２３３−２４９）３つ全てのシステイン残基がセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む、およびＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（２５０−３５８）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＤ  Ｓｔｅｐタグ（残基３５９−３６６）を含む（配列番号７）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基２１−８３）で報告されている。
【０３９４】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｌ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１１２）、リンカー（残基１１３−１２７）および可変Ｈ鎖（残基１２８−２４８）  ＣＤ２８（２Ｅ１２）を認識する鎖、その３つ全てのシステイン残基がセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（残基２４９−２６５）、ＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（残基２６６−３７２）、スペーサー（３７３−３８８）、ＣＨ３ドメイン（残基３８９−４９７）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＫ  Ｓｔｒｅｐタグ（残基４９８−５０５）を含む（配列番号３）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基７−７５）で報告されている。
【０３９５】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｈ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１２０）、リンカー（残基１２１−１３７）および可変Ｌ鎖（残基１３８−２４３）  ＶＥＧＦを認識する鎖、３つ全てのシステイン残基がセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（残基２４４−２６０）、ＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（残基２６１−３６７）、スペーサー（３６８−３８２）、ＣＨ３ドメイン（残基３８３−４９４）、ならびに、ＷＳＨＰＱＦＥＫ  Ｓｔｒｅｐタグ（残基４９３−５００）を含む（配列番号８）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基１９−７５）で報告されている。
【０３９６】
結合ドメイン融合タンパク質の一つの実施形態は、可変Ｌ鎖を含む結合ドメイン（アミノ酸残基１−１０６）、リンカー（残基１０７−１２２）および可変Ｈ鎖（残基１２３−２４２）  ＶＥＧＦを認識する鎖、３つ全てのシステイン残基がセリンで置換されたＩｇＧ１ヒンジを含む二量体化ドメイン（残基２４３−２５９）、ＳＬＰＩに含まれるＷＡＰドメイン（残基２６０−３６６）、スペーサー（３６７−３８１）、ＣＨ３ドメイン（残基３８２−４９１）、ならびにＷＳＨＰＱＦＥＫ  Ｓｔｒｅｐタグ（残基４９２−４９９）を含む（配列番号９）。遺伝子配列は、１つのシグナルペプチド（核酸塩基２１−８３）で報告されている。
【０３９７】
本発明の範囲には、例えば、以下の例示的なプロテイナーゼ阻害ドメインを組み込んだタンパク質阻害ドメインから構成される結合ドメイン融合タンパク質が含まれる。
ない。
【０３９８】
【数１】
2008509666.tif 000002
【０３９９】
【数２】
2008509666.tif 000003
【０４００】
【数３】
2008509666.tif 000004
【０４０１】
【数４】
2008509666.tif 000005
【０４０２】
結合ドメイン融合タンパク質のＷＡＰドメイン領域は、ｔｒａｐｐｉｎの任意のドメインまたは部分から構成される。好ましいＷＡＰ成分は、
【数５】
2008509666.tif 000006
【０４０３】
【数６】
2008509666.tif 000007
である。
【０４０４】
以下の実施例は、例として提供されており、限定のために提供されるものではない。
【実施例】
【０４０５】
（実施例１）
（結合ドメインＶＬ−ＶＨ領域の合成構築物の調製）
本実施例は、標的結合分子としてＣＤ２８を認識する結合ドメイン融合タンパク質および標的結合分子としてＶＥＧＦを認識する結合ドメイン融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド構築物の作製を記載する。
【０４０６】
この構築物の作製において、Ｈ鎖およびＬ鎖の可変領域が、所望の標的と特異的に反応するｍＡｂからクローニングし得る。このｍＡｂ（このｍＡｂから可変領域がクローニングされ得る）は、例えば、マウス由来またはヒト由来であり得、好ましくはヒト由来である。このｍＡｂがマウス由来である場合は、この可変領域を、代表的に相補性決定領域（ＣＤＲ）をヒト可変領域のフレームワーク領域（ＦＲ）に置換することによって、ヒト化する。ペプチドリンカーを、その可変領域の間に配置し得る。例示的なリンカーは、グリシンおよびセリンに富んだアミノ酸配列（例えば、（Ｇ４Ｓ）ｘリンカー、ここで、ｘは２〜５の整数、または３〜４の整数）を含む。この可変領域は、ＮＨ３＋−ＶＬ−ＶＨ−ＣＯＯ−またはＮＨ３＋−ＶＨ−ＶＬ−ＣＯＯ−のいずれの様式の向きであってもよい。
【０４０７】
上記所望の結合ドメイン融合タンパク質のアミノ酸配列を、発現宿主細胞に最適に適合したコドンを使用して、核酸配列に逆に翻訳し得る。目的の遺伝子の部分は、化学合成によって合成的に合成する。種々のドメインを種々の結合ドメイン融合タンパク質に置換するのを容易にするために、上記ドメインの全てまたは一部の末端に、制限酵素切断部位を挿入する。
【０４０８】
（２Ｅ１２ＶＬ−ＶＨ単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ｗｔの合成的構築）
２Ｅ１２  ＶＬおよび２Ｅ１２  ＶＨのＤＮＡフラグメントを、ポリメラーゼ酵素を使用して、約６６塩基長〜６９塩基長の８種のヌクレオチドのセットのオーバーラップエクステンションによって、別々に生成した。これらのオリゴヌクレオチドを、ＴＡクローニングベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にクローニングした。このフラグメントを、ＶＨの前にＶＬを配したｓｃＦｖにアセンブルし、そして１５アミノ酸（［Ｇ４Ｓ］３）または５アミノ酸（Ｇ４Ｓ）のいずれかのリンカーを、２つのフラグメントを連結するために使用した。この構築物の配列を、ＤＮＡ配列決定によって確認した。
【０４０９】
上記ポリヌクレオチドは、ｓｃＦｖのＶＬおよびＶＨドメインの各々について８種のオリゴヌクレオチドが関与するオーバーラップＰＣＲエクステンション法を使用し、次いで２つの短い末端プライマーによる遺伝子増幅を使用して、構築した。１６種のオリゴヌクレオチドの一覧を、表１に示す。各々ＶＬおよびＶＨの構築のために、８種のオリゴヌクレオチドのセットを２つの短い末端オリゴヌクレオチドと混合し、ＴＡＱポリメラーゼを使用して、以下の条件を用いるＰＣＲ反応をセットアップした：９４℃で１分間、最初に融解し、次いで以下を３０サイクル：９４℃で１分間、５０℃で２分間、および７２℃で３分間。
【０４１０】
【表１】
2008509666.tif 000008
このＶＬフラグメントおよびＶＨフラグメントを、サイズに基づいてゲル単離し、ＴＯＰＯクローニングベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にライゲーションし、そして配列決定してその配列を検証した。このＶＬフラグメントおよびＶＨフラグメントを、次いで、適切な制限酵素で切断し、ｐＵＣ１９ベクターへのライゲーションによってアセンブルし、ＶＬ−ＶＨ２Ｅ１２  ｗｔ  ｓｃＦｖを生成した。この配列を、次いで、ＤＮＡ配列決定によって検証した。２Ｅ１２  ｓｃＦｖ  ｗｔのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表２に示す。このｓｃＦｖフラグメントを、次いで、ＰＤ１８ベクターにライゲーションした。このＰＤ１８ベクターは、ｓｃＦｖ遺伝子の３’末端において、ＣＯＳ細胞における２Ｅ１２  ＳＭＩＰとしての発現のための、ＳＳＳまたはＳＳＣとＣＨ２／ＣＨ３ドメインとを有する。
【０４１１】
【表２】
2008509666.tif 000009
（マウス抗ＶＥＧＦ  ＶＬ−ＶＨ単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ｗｔの合成的構築）
ポリヌクレオチドを、ｓｃＦｖのＶＬおよびＶＨドメインの各々について８種のオリゴヌクレオチドが関与するオーバーラップＰＣＲエクステンション法を使用し、次いで２つの短い末端プライマーによる遺伝子増幅を使用して、構築した。１６種のオリゴヌクレオチドの一覧を、表３に示す。各々ＶＬおよびＶＨの構築のために、８種のオリゴヌクレオチドのセットを２つの短い末端オリゴヌクレオチドと混合し、高フィデリティーのＴＡＱポリメラーゼを使用して、以下の条件を用いるＰＣＲ反応をセットアップした：９４℃で１分間、最初に融解し、次いで以下を３０サイクル：９４℃で１分間、５０℃で２分間、および７２℃で３分間。８種の長いオリゴヌクレオチドの各々の採集濃度は、１０ｎＭであった一方で、短いオリゴヌクレオチドは、１μＭであった。図２は、この８種のオリゴヌクレオチドからの全長の遺伝子の生成に関わる工程を示す。遺伝子構築および増幅は全て単一のチューブ内において、そして単一のＰＣＲ反応において生じた。
【０４１２】
このＶＬフラグメントおよびＶＨフラグメントを、サイズに基づいてゲル単離し、ＴＯＰＯクローニングベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にライゲーションし、そして配列決定してその配列を検証した。このＶＬフラグメントおよびＶＨフラグメントを、次いで、適切な制限酵素で切断し、ｐＵＣ１９ベクターへのライゲーションによってアセンブルし、ＶＬ−ＶＨ抗ＶＥＧＦ  ｗｔ  ｓｃＦｖを生成した。この配列を、次いで、ＤＮＡ配列決定によって検証した。マウス抗ヒトＶＥＧＦ  ｓｃＦｖ  ｗｔのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表３に示す。
【０４１３】
表３．２０種のオリゴヌクレオチドの配列（１６種は長く、４種は短い）。Ｆは順方向プライマーを示し、Ｒは逆方向プライマーを示す。
【０４１４】
【表３】
2008509666.tif 000010
表４．マウス抗ヒトＶＥＧＦ  ＶＬ−ＶＨについてのヌクレオチド配列およびタンパク質配列
【０４１５】
【表４】
2008509666.tif 000011
（ヒト抗ＶＥＧＦ  ＶＬ−ＶＨ単鎖Ｈｖ（ｓｃＦｖ）の合成的構築）
この方法は、重複するオリゴヌクレオチドプライマーおよび高フィデリティーのＤＮＡポリメラーゼ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ＰＣＲ  ＨＩＦＩミックス）を使用するＰＣＲの使用を包含し、免疫グロブリンＶ領域を合成する。Ｖ領域の配列の中央から開始して、４５〜７０塩基のプライマーを、伸長する鎖がどちらかの側に４０〜５０塩基伸長し、隣接するプライマーが最低２０塩基重複するように設計する。各ＰＣＲ工程は、２つのプライマーを必要とし、一方はアンチセンス鎖をプライミングし（順方向またはセンスプライマー）、そして一方はセンス鎖をプライミングして（逆方向またはアンチセンスプライマー）、以下の実施例に示されるような伸長する二重鎖ＰＣＲ産物を作製する。制限酵素部位を作製し、既存の制限酵素部位を排除し、可撓性のリンカーを加え、アミノ酸配列を改変する塩基を変更、欠失または挿入し、プライマー合成を強化するように全体のＤＮＡ配列を最適化し、そして合成遺伝子を発現するのに使用される生物体に対するコドン用法の規則を維持するために、プライマー設計の間に最終産物のヌクレオチド配列において変更をし得る。
【０４１６】
重鎖および軽鎖可変領域を別々に合成し、各Ｖ領域を二工程プロセス（ＰＣＲ１およびＰＣＲ２）において合成する。以下の実施例においては、ＶＨを合成するが、このプロセスはＶＬの合成についても同様である。プライマーは、連続的にナンバリングされ、次いで方向の指定（Ｆ＝順方向、Ｒ＝逆方向）があり、そしてＰＣＲにおける各プライマーの濃度（μＭ）がある。
工程１−９４℃、４ｍ−３サイクル  ９４℃，３０ｓ／６５℃，３０ｓ／７０℃，３０ｓ−１回７２℃，６ｍの伸長：
５１０６Ｆ  １０μＭ；５１０７Ｒ  １０μＭ
工程２−以下のプライマーの添加後に２７サイクル：
５１０２Ｆ  １０μＭ；５１０３Ｒ  １０μＭ；５１０４Ｆ  １０μＭ；５１０５Ｒ  １０μＭ
工程３−ＰＣＲ１からＰＣＲ産物を（ゲル精製によって）単離し、１：２０に希釈した。
ＰＣＲ２  工程１−９４℃，４ｍ−３０サイクル９４℃，１ｍ／５５℃，１ｍ／７２℃，１ｍ−希釈したＰＣＲ１の１μＬの１回の７２℃，６ｍの伸長；５０９８Ｆ  １０μＭ；５０９９Ｒ  １０μＭ；５１００Ｆ  １０μＭ；５１０１Ｒ  １０μＭ；５１０８Ｆ  １０μＭ；５１０９Ｒ  １０μＭ；５１００Ｆ  １０μＭ；および５１０１Ｒ  １０μＭ。
過剰のプライマーを除去するための（ゲル精製による）ＰＣＲ産物の精製
配列決定のためのＴＡ  ＴＯＰＯクローニング（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ＰＣＲ  ２．１  ｔｏｐｏベクター）
ヒト抗ＶＥＧＦ  ｖＬおよびＰＤ１８ベクターにおけるｃｓｓヒンジＩｇＧに対する制限酵素切断および三様式のライゲーション。
【０４１７】
表５．ヒト抗ＶＥＧＦｓｃＦｖ  ＶＨ＋ＶＬの合成のために使用されるプライマー
軽鎖プライマー＝＃５０８６−５０９７
重鎖プライマー＝＃５０９８−５１０９
【０４１８】
【表５−１】
2008509666.tif 000012
ライゲーション後の最終的なヒト抗ＶＥＧＦ（ｖＬ＋ｖＨ方向）ヌクレオチドおよびアミノ酸配列（配列番号）
【０４１９】
【表５−２】
2008509666.tif 000013
最終的なヒト抗ＶＥＧＦ（ｖＬ＋ｖＨ方向）アミノ酸配列（配列番号）
【０４２０】
【表５−３】
2008509666.tif 000014
ライゲーション後の最終的なヒト抗ＶＥＧＦ（ｖＨ＋ｖＬ方向）ヌクレオチド配列（配列番号）
【０４２１】
【表５−４】
2008509666.tif 000015
ライゲーション後の最終的なヒト抗ＶＥＧＦ（ｖＨ＋ｖＬ方向）アミノ酸配列
【０４２２】
【表５−５】
2008509666.tif 000016
（実施例２）
２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体の構築および特徴付け
ＳＬＰＩ  ＤＮＡを、卵巣細胞株からＰＣＲによって本来クローニングした。２つの異なるフラグメントを作製した。まず、ＳＣＣヒンジＳＬＰＩ  ｓｔｒｅｐタグを、ＰＣＲを使用して、ＳＬＰＩ遺伝子のＮ末端にＳＣＣヒンジを加え、このＳＬＰＩ遺伝子のＣ末端にｓｔｒｅｐタグを加えることによって生成した。次に、ＳＳＳヒンジＳＬＰＩ  ｓｔｒｅｐタグを、ＰＣＲを使用して、ＳＬＰＩ遺伝子のＮ末端にＳＳＳヒンジを加え、このＳＬＰＩ遺伝子のＣ末端にｓｔｒｅｐタグを加えることによって生成した。そして最後に、ＳＳＳヒンジＳＬＰＩ  ＣＨ３  ｓｔｒｅｐタグを、ＰＣＲによってＳＳＳヒンジＳＰＬＩおよびＣＨ３ｓｔｒｅｐタグフラグメントを作製し、そしてその２つのフラグメントをオーバーラップエクステンションによってそれらを融合することによって、生成した。
【０４２３】
３つの最終的な分子を、上述の異なるフラグメントを組み合わせることによって生成した。まず、１５アミノ酸リンカーを有する２Ｅ１２  ｓｃＦｖを、ＢｃｉＩ制限酵素部位を使用してＳＣＣヒンジＳＰＬＩタグと一緒にアセンブルし、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＣＣ−ＳＰＬＩタグ（図１１）を得た。次に、５アミノ酸リンカーを有する２Ｅ１２  ｓｃＦｖを、ＳＳＳヒンジＳＰＬＩタグと一緒にアセンブルし、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ（５ａａリンカー）−ＳＳＳ−ＳＰＬＩタグを得た（図１２）。最後に、１５アミノ酸リンカーを有する２Ｅ１２  ｓｃＦｖを、ＳＳＳ  ＳＬＰＩ  ＣＨ３と一緒にアセンブルし、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３タグを得た（図１３）。
【０４２４】
（タンパク質の発現および精製）
全ての構築物を、製造者のプロトコルに従ってｌｉｐｏｆｅｃｔｍｉｎｅ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、各ウェルが０．５ｍｌの培地を含む２４ウェルプレートにおいて、ＣＯＳ７細胞株にトランスフェクトした。血清培地を、トランスフェクションの１日後に、血清を含まない培地と交換した。上清を３日後に回収し、活性について試験した。より大規模な発現のために、１５０ｍｍディッシュを使用し、上清を３日ごとに３回収集し、プールし、フィルターを通して浄化した。この上清を、次いで、１００ｍＭのＴｒｉｓ  ｐＨ８緩衝液で予め平衡化されているプロテインＡ固定化カラムに通した。このカラムをＰＢＳで徹底的に洗浄し、タンパク質を１００ｍＭクエン酸（ｐＨ２．５）で溶出した。この溶出したタンパク質を、次いで、ＰＢＳに対して透析し、濃縮した。各タンパク質の濃度を、吸光計数を使用する２８０ｎｍにおける吸光度およびそのアミノ酸配列から算出される分子量によって決定した。
【０４２５】
上記３つの２Ｅ１２−ＳＬＰＩ構築物を、上述のようにＣＯＳ７細胞にトランスフェクトしたが、トランスフェクション後に、血清を含まない培地の代わりに血清を含む培地を使用した。再度上清を、上述のように回収した。精製のために、次いでその上清を結合緩衝液（１００ｍＭ  Ｔｒｉｓ−Ｃｌ（ｐＨ８．０），１５０ｍＭ  ＮａＣｌ，１ｍＭ  ＥＤＴＡ）で予め平衡化されているｓｔｒｅｐ−ｔａｃｔｉｎカラムを通した。このカラムを結合緩衝液で徹底的に洗浄した後、タンパク質を、同じ緩衝液＋２．５ｍＭデスチオビオチン（ｄｅｓｔｈｉｏｂｉｏｔｉｎ）で溶出した。この溶出したタンパク質をＰＢＳに対して透析し、濃縮し、上述のようにＯＤ２８０を使用して定量した。
【０４２６】
（２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体の結合活性）
異なる結合体遺伝子（ｓｃＦｖ−ＳＣＣ−ＳＬＰＩ、ｓｃＦｖ（５ａａリンカー）−ＳＳＳ−ＳＬＰＩおよびｓｃＦｖ−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３）を保持する哺乳動物ベクターを、ＣＯＳ細胞にトランスフェクトし、上清を回収した。その上清を、次いで、洗浄したＣＤ２８−ＣＨＯ細胞と一緒にインキュベートし、次いでヤギ抗ＳＬＰＩにより、その後ウサギ抗ヤギＦｉｔｃによりプローブにした。この細胞を、次いで、ＦＡＣＳアッセイを使用して分析した。このデータを、図１４に示す。本発明者らは、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＳＣ−ＳＬＰＩおよび２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３により機能的２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体を作製し得ることを示した。なぜなら、これらの分子は、ＣＤ２８−ＣＨＯに結合し、そしてＦＡＣＳアッセイ抗ＳＬＰＩ抗体によって検出され得るからである。
【０４２７】
（２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体およびＳＬＰＩ  Ｉｇのプロテアーゼ阻害活性）
ＳＬＰＩ  Ｉｇの精製サンプル、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＣＣ−ＳＬＰＩ、ｓｃＦｖ−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ−ＣＦＯを、エラスターゼのプロテアーゼ活性を阻害する能力について、さらに試験した。図１５が、そのデータを示す。２つの２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体（ｓｃＦｖ−ＳＬＰＩおよびｓｃＦｖ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３）ならびにＳＬＰＩ  Ｉｇは、用量依存様式でエラスターゼのタンパク質分解活性を阻害した。同様に、これらの分子は、エラスターゼ活性を遮断することによってプロテアーゼ阻害活性を示し、このことは、この結合体の先端および末端の両方が機能的であることを示唆した。
【０４２８】
（ＰＢＭＣ増殖についての２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体およびＳＬＰＩ  ＩＧの効果）
ＣＤ３およびＰＨＡ芽細胞ＰＢＭＣにおけるＳＬＰＩ  ＩＧおよび選択した２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体の効果もまた、試験した。図１６を参照のこと。本発明者らは、２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体（ｓｃＦｖ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３およびｓｃＦＶ−ＳＬＰＩ）がＰＭＢＣ増殖に対して軽度の阻害効果を有することを見出した。ＳＬＰＩ  Ｉｇ単独もまた、ＰＭＢＣ増殖に対して阻害効果を有する。
【０４２９】
（実施例３）
（結合ドメイン融合タンパク質の精製）
本実施例では、ＣＤ２８を認識する結合ドメインおよびヒトＳＬＰＩの配列の５８〜１０７を含むＷＡＰドメイン型プロテアーゼインヒビターを含む、結合ドメイン融合タンパク質を精製する。ＣＨＯ  ＤＨＦＲ−細胞を、Ｍｏｒｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｍｏｒｒｉｓ，Ａ．Ｅ．，Ｊｉａｎｇ，Ｙ．Ｊ．，ＭｃＣｈｅｓｎｅｙ，Ｒ．Ｅ．，Ｊａｃｋｓｏｎ，Ａ．Ｅ．，Ｂａｎｃｒｏｆｔ，Ｃ，およびＣｈａｓｉｎ，Ｌ．Ａ，Ｇｅｎｅ  ９４，２８９−２９４，１９９０）によって記載された一般的な方法を使用して、合成遺伝子でトランスフェクトする。チャイニーズハムスタージヒドロ葉酸レダクターゼコード遺伝子（ＤＨＦＲ）を、効率的なドミナント選択可能レポーターとして使用し、トランスフェクトする遺伝子のためのレシピエント細胞として、安定にトランスフェクトされるＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞を構築する。トランスフェクトされた細胞を、ＤＨＦＲ＋表現型に基づいて選択する。
【０４３０】
内在性ＤＨＦＲ遺伝子が欠失されたチャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ  ＤＧ４４）を、結合ドメイン融合タンパク質の発現のために使用する。このＤＨＦＲ−細胞を、ＨＴ（ヒポキサンチン、チミジン）含有培地において増殖させ、その結果、全ての生存細胞はプラスミドを維持しているはずである。結合ドメイン融合タンパク質発現のためのプラスミド（ｐＤ１８）を、染色体外（ｅｘｔｒａｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌｌｙ）で置換し、メトトレキセートにおいて増幅する。
【０４３１】
ＳＬＰＩまたはＳＬＰＩ含有結合ドメイン融合タンパク質の濃度を、ＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＨＫ３１６，ヒトＳＬＰＩ  ＥＬＩＳＡ）から購入したキットを使用するＥＬＩＳＡによって測定する。エラフィン（ｅｌａｆｉｎ）またはエラフィン含有結合ドメイン融合タンパク質の濃度を、同様にＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製の試験キット（ＨＫ３１８、ヒトＥｌａｆｉｎ／ＳＫＡＬＰ  ＥＬＩＳＡ）を使用してＥＬＩＳＡによって測定する。
【０４３２】
ＣＤ２８を認識する結合ドメイン、ヒトＳＬＰＩの配列５８〜１０７を有するＷＡＰドメイン、およびヒトＣＨ３の配列を有する二量体化ドメインからなる結合ドメイン融合タンパク質によって特定される（ｔｈｅ  ｓｐｅｃｉｆｙ）プラスミドを含有するＣＨＯ細胞を、４ｍＭのグルタミン、ｐｅｎ／ｓｔｒｅｐ、ピルビン酸ナトリウムおよびＭＥＭ非必須アミノ酸（全て、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎストック溶液由来）を補充したＥｘｃｅｌｌ３０２（ＪＲＨ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）培地において、組換えインスリン（ｉｎｓｕｌｅ）（ＺＮ全鎖）と共に、血清を含まない条件下で増殖させる。この細胞を、醗酵槽において増殖させ、その細胞の密度をモニタリングする。上記結合ドメイン融合タンパク質の濃度を、ＳＬＰＩの濃度を測定するＥＬＩＳＡキットを使用してモニタリングする。結合ドメイン融合タンパク質のピーク濃度に対応する時間において、この醗酵槽を停止し、細胞培地を細胞および細胞のデブリから、濾過によって分離した。この濾過された培地を、固定化プロテインＡカラムに通し、このカラムを緩衝液で洗浄する。２８０ｎｍにおける吸光度をモニタリングする。結合ドメイン融合タンパク質の濃度を、選択した画分において、ヒトＳＬＰＩに特異的なＥＬＩＳＡによってモニタリングする。２８０ｎｍにおける吸光度が低いレベル（すなわち、０．１〜０．３吸光度単位）に達するときに、そのカラムをｐＨ３のグリシン−クエン酸緩衝液で溶出し、結合ドメイン融合タンパク質を取り出す。この溶出したタンパク質を含む画分を、速やかにＴｒｉｓ緩衝液で中和し、その結合ドメイン融合タンパク質の安定性に適合する適切な緩衝液（１５０ｍＭのＮａＣｌを含む０．１ＭのＨｅｐｅｓ（ｐＨ  ７．２）、または１５０ｍＭのＮａＣｌを含む０．１Ｍのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．２））に透析する。この結合ドメイン融合タンパク質を滅菌濾過し、その生物学的活性を保存する条件下で保管する。
【０４３３】
（実施例４）
（抗菌作用についての結合ドメイン融合タンパク質の分析）
精製の中間段階における精製した結合ドメイン融合タンパク質またはサンプルを、抗菌性アッセイに適合性の緩衝液に移す。通常可溶性タンパク質用に使用される多く一般的に使用される緩衝液が使用され得るが、適した緩衝液は、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）；５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）；１５０ｍＭのＮａＣｌを含む５０ｍＭのリン酸カリウム（ｐＨ７．２）；および１５０ｍＭのＮａＣｌを含む５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）である。
【０４３４】
発光定量アッセイ：適した細菌は、発光プラスミドｐＣＧＬＳｌ（Ｔｒａｃｋｍａｎ，Ｓ．，ｅｔ  ａｌ．，１９９８  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９５，１４９６１−１４９６６）を含むＥ．ｃｏｌｉのＤＨ５αである。この細菌を、対数期に達するまでＬＢ（Ｌｕｒｉａ−Ｂｅｒｔａｎｉ）培地において、３０℃〜３７℃で増殖させる。次いで、この細菌を遠心分離によって収集し、１％増殖培地を含む１０ｍＭのリン酸カリウム中に再懸濁する。この細菌（１０６）を、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質と一緒に、４時間インキュベートする。ＮａＣｌ濃度もまた、１ｍＭと２００ｍＭとの間で変動させる。４時間のインキュベート後、発光を、照度計で定量する。発光は、生存細胞または発光プラスミドを含む細胞の存在の指標である。発光単位対加えた結合ドメイン融合タンパク質の濃度のグラフは、発光の５０％が阻害される濃度を示す。各結合ドメイン融合タンパク質を、高度に精製されたｔｒａｐｐｉｎタンパク質（ＳＬＰＩ）の信頼できる例と比較し、その相対的な抗菌作用を定量的に決定する。
【０４３５】
コロニー形成単位（ＣＦＵ）アッセイ：結合ドメイン融合タンパク質を、細菌サンプルに対してアッセイし、次いでその細菌サンプルを、生存について計数する。当業者は、結合ドメイン融合タンパク質の生物学的活性を決定するのに多くの異なる細菌が使用され得ることを認識する。適した細菌は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである。細菌を、適した培地（例えば、トリプチケースソイ（ｔｒｙｐｔｉｃａｓｅ  ｓｏｙ）ブロス）中、３７℃で、対数期に達するまで増殖させる。次いでこの細胞を、遠心分離によって収集し、適切な緩衝液中に２×１０５ＣＦＵ／ｍｌで再懸濁する。適した緩衝液は、１０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ７．２）である。この細菌を、３７℃で４〜６時間種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質とインキュベートする。インキュベート時間の最後に、この細菌を、寒天プレートの表面上に広げ、２４時間３７℃で増殖させる。コロニー数を決定し、ｔｒａｐｐｉｎの信頼できる精製されたサンプルを使用したＣＦＵ結果と比較する。
【０４３６】
他の適した細菌としては、例えばトリプチケースソイブロスにおいて増殖され、中期対数期において使用されるＥ．ｃｏｌｉ  ＭＬまたはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓが挙げられる。この細菌を遠心分離によって収集し、１０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．４）で洗浄し、そして１％トリプチケースソイブロスを含む１０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．４）で洗浄する。この細菌の濃度を、分光光度法によって評価する（０．２Ａ６２０＝５×１０７細菌／ｍｌ）。５×１０４細菌／ｍｌを含む４５０ｍｌの細菌細胞培地に、５０ｍｌの種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質を加える。この培地を、３７℃でインキュベートする。結合ドメイン融合タンパク質への添加のときに、１００ｍｌのサンプルを取り出し、段階希釈してコロニー形成単位を決定する。２時間のインキュベート後、別の１００ｍｌをＣＦＵ決定のために取り出す。コントロールのＣＦＵを、０時間および２時間において決定する。阻害パーセントを、１００−（１００×ＣＦＵサンプル／ＣＦＵコントロール）から決定し、コントロールのパーセントは１００×ＣＦＵサンプル／ＣＦＵコントロールである。殺菌活性は、結合ドメイン融合タンパク質での処理後の細菌の増殖の部分的または完全な阻害によって示される。
【０４３７】
阻害の特異性を、細菌への添加およびインキュベートの前に、上記結合ドメイン融合タンパク質に、種々のｔｒａｐｐｉｎと特異的に反応する抗体を加えることによって試験する。抗菌活性の最大阻害を達成するために、種々の濃度の抗体を、この結合ドメイン融合タンパク質に加える。ＳＬＰＩに対する抗体（ＨＰ９０２４ウサギポリクローナル抗ヒトＳＬＰＩ；ヒトＳＬＰＩに対するＨＭ２０３７マウスＭａｂ、ＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）；エラフィン（ｅｌａｆｉｎ）（ＨＰ９０２６ウサギポリクローナル抗ヒトエラフィン／ＳＫＡＬＰ、ヒトエラフィン／ＳＫＡＬＰに対するＨ２０６２マウスＭａｂ、ＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を使用して、その結合ドメイン融合タンパク質の抗菌活性をブロックする。
【０４３８】
（実施例５）
（結合ドメイン融合タンパク質によるエラスターゼ活性の阻害）
本実施例では、プロテアーゼインヒビターを含む結合ドメイン融合タンパク質のプロテアーゼ活性を評価する。いくつかのプロテイナーゼが、阻害および結合ドメイン融合タンパク質によるプロテアーゼの阻害の特異性を決定するために使用され得る。結合ドメイン融合タンパク質であるＳＬＰＩ、エラフィン、および結合ドメイン融合タンパク質に含まれる親プロテイナーゼのプロテアーゼ阻害活性を比較する。１つのアッセイにおいて、結合ドメイン融合タンパク質であるＳＬＰＩ、エラフィンまたは他のプロテアーゼインヒビターを使用して、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質であるＳＬＰＩ、エラフィンまたは結合ドメイン融合タンパク質に含まれる親プロテアーゼインヒビターの存在下または非存在下で、エラスターゼ、キモトリプシンおよびカテプシンＧの１つの濃度を阻害する。アッセイ緩衝液は、プロテイナーゼ活性と適合性である。適した緩衝液は、１００ｍＭのＮａＣｌを含む５０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（ｐＨ７．４）である。プロテイナーゼ濃度は、１ｎＭ〜１００ｎＭであり、より好ましくは１０ｎＭ〜６０ｎＭであり、そして使用される具体的なプロテイナーゼに依存する。キモトリプシンは、１０ｍＭ塩化カルシウムの存在下でアッセイする。比較のために使用される結合ドメイン融合タンパク質および他のプロテイナーゼインヒビターの濃度は、０．０１ｎＭ〜１００ｎＭであり、そのインヒビターの生物学的活性に依存する。結合ドメイン融合タンパク質および他のプロテイナーゼインヒビターおよびプロテイナーゼ標的は、プロテイナーゼ活性を決定する前に、２５℃で３０分間インキュベートする。キモトリプシンおよびカテプシンＧのための適した基質は、Ｎ−スクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｐｈｅ−ｐ−ニトロアニリドである。エラスターゼのための適した基質は、Ｎ−メトキシスクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−ｐ−ニトロアニリドである。ｐ−ニトロアニリド基質はいずれも、ジメチルスルホキシドに溶解する。この基質が緩衝液に希釈される場合、ジメチルスルホキシドの濃度は、可能な限り低く維持され、好ましくは１０％未満であり、より好ましくは５％未満である。結合ドメイン融合タンパク質およびプロテイナーゼの混合物を基質に加え、４０５ｎｍにおける吸光度を９６ウェル形式において経時的に（ｏｖｅｒｔｉｍｅ）記録する。インヒビターの非存在下における反応速度に対する、インヒビターの存在下における反応速度の比率は、１−（［Ｅ０］＋［Ｉ０］＋Ｋｉａｐｐ）−｛（［Ｅ０］＋［Ｉ０］＋Ｋｉａｐｐ）２−４［Ｅ０］［Ｉ０］｝１／２／（２［Ｅ０］）に等しく、ここで［Ｅ０］および［Ｉ０］は、それぞれプロテイナーゼの合計濃度および結合ドメイン融合タンパク質であり、Ｋｉａｐｐは、見かけの阻害定数である。阻害定数のＫｉ’は、Ｋｉａｐｐ＝Ｋｉ（１＋［Ｓ０］／Ｋｍ）を使用して基質濃度の効果についてＫｉａｐｐの値を補正することによって算出される。ここで、［Ｓ０］は基質濃度であり、ＫｍはＭｉｃｈａｅｌｉｓ−Ｍｅｎｔｅｎ定数である。
【０４３９】
別のアッセイにおいて、エラスターゼ（ヒト好中球エラスターゼ、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）を、種々の濃度のインヒビター（すなわち、結合ドメイン融合タンパク質であるエラフィン、ＳＬＰＩなど）と一緒に、両方のタンパク質に適合性の緩衝液中でインキュベートする。エラスターゼはいくらか不安定で、時間とともに活性を失うので、新鮮なエラスターゼの溶液を使用する。適した緩衝液は、０．２ＭのＮａＣｌおよび０．０５％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００を含む０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ  ＨＣｌ（ｐＨ７．８）である。エラスターゼの濃度は、５ｎＭと１０ｎＭとの間であり、好ましくは８ｎＭである。エラスターゼを、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質と一緒に、１０分〜２０分間、（好ましくは１５分間）、２５℃でインキュベートする。エラスターゼ活性を、そのインキュベートされた混合物のサンプル（１０〜２５ｍｌ）を、１５０ｍｌの０．３３ｍＭのメトキシスクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−ｐ−ニトロアニリド（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｍ４７６５）に、９６ウェルディッシュ中で加え、９６ウェルプレートリーダーを使用して時間の関数として４０５ｎｍの吸光度を読むことによって、決定する。同じように、トリプシンを阻害する結合ドメイン融合タンパク質の能力を、Ｎ−ベンゾイル−ＤＬ−アルギニン−ｐ−ニトロアニリド（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂ４８７５）を使用して試験する。反応速度定数を、時間経過から決定する（Ｂｉｅｔｈ，Ｊ．Ｇ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｅｄ．３２，３８７−３９７，１９８４）。
【０４４０】
別のアッセイにおいて、エラスターゼに対する蛍光発生的な基質であるＮ−メトキシスクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−７−アミド−４−メチルクマリン（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ）を、０．５ＭのＮａＣｌおよび１〜１０％のジメチルスルホキシドを含む０．１Ｍ  Ｈｅｐｅｓ（ｐＨ７．５）に溶解する。３９０ｍｌの基質を１０ｍｌのエラスターゼまたは結合ドメイン融合タンパク質と予め混合したエラスターゼに加える。蛍光光度計を使用して、３８３ｎｍの励起波長で４５５ｎｍにおける蛍光の発光を測定する。測定値を、２５℃で１０〜２０分間、時間の関数として記録する。蛍光強度対時間のプロットを作製し、初速度を算出し、記録する。このアッセイを、９６ウェルディッシュおよびプレートリーダーを使用しても実施し、経時的に蛍光強度を記録する。特異的活性を、加えたプロテイナーゼおよびインヒビター（すなわち、結合ドメイン融合タンパク質）のモル濃度に基づいて算出する。ヒト白血球エラスターゼの標準を、比較のために使用する。標準量の結合ドメイン融合タンパク質および標準量のエラスターゼのパーセント阻害を、異なる結合ドメイン融合タンパク質の相対的阻害能を比較するために使用する。
【０４４１】
（実施例６）
（結合ドメイン融合タンパク質と気道において見出される阻害性タンパク質との間の相乗作用）
層状性は、チェッカーボードアッセイ形式（Ｋｒｏｇｓｔａｄ，Ｄ．，およびＭｏｅｌｌｅｒｉｎｇ，Ｒ．Ｃ．，Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ  ｉｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，第２版、ＬｏｒｉａｎＶ．Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ編、Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，１９８６，ｐ．５５７−５７８）を使用して試験する。結合ドメイン融合タンパク質および気道表面液の成分（例えば、リゾチーム、ラクトフェリンなど）の段階的溶液を、各行および各列が固定量の結合ドメイン融合タンパク質および増加量のリゾチーム、ラクトフェリンなどを含むように作製する。ＡＳＬ内にあることが具体的には知られていない分子の使用および試験は、ＡＳＬ本発明の範囲内にある。各成分の濃度を、２倍の段階希釈に調整し、その結果、それらは各因子についてのＥＣ５０の２〜４倍以上から、１００〜２００倍未満をカバーする。相乗作用について試験される結合ドメイン融合タンパク質および気道因子は、全て、それら自身による抗菌活性について試験する。蛍光プラスミドｐＣＧＬＳｌ（５×１０ＣＦＵ）を含むＥ．ｃｏｌｉ  ＤＨ５αを各ウェルに加え、タンパク質およびタンパク質の混合物と一緒に４時間インキュベートする。発光を、照度計を使用して定量する。行列の各行または列は、組み合わせ実験を表し、各因子の阻害濃度（ＦＩＣ）を各組み合わせから算出する。別の因子と組み合わせて使用される場合に殺傷する濃度を、単独で使用される場合に同じ効果を有する濃度で除算したものが、ＦＩＣに等しい（Ｈａｌｌ，ＭＪ．，Ｍｉｄｄｌｅｔｏｎ，Ｒ．Ｆ．，およびＷｅｓｔｍａｃｏｔｔ，Ｄ．，Ｊ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．１１，４２７−４３３，１９８３）。ＦＩＣ指数を得るために、２つのタンパク質の組み合わせに対するＦＩＣ値を加える。相加性の様式で作用する組み合わせは、約１のＦＩＣ指数を有する。相乗的に作用する組み合わせは、１未満のＦＩＣ指標を有する。拮抗的に作用する組み合わせは、１より大きいＦＩＣ指数を有する。１から実質的に逸脱する相乗的または拮抗的な組み合わせは、１に近い組み合わせよりも効果的である。解釈を容易にするために、これらのデータからアイソボログラムを作製する。凹面のイソボログラムは、このアッセイにおいて２つの成分の相乗活性を示す。ｔｒａｐｐｉｎを含む結合ドメイン融合タンパク質を、リゾチーム、ラクトフェリンなどと一緒にインキュベートされたｔｒａｐｐｉｎと比較する。
【０４４２】
組換えヒトリゾチーム、ヒトラクトフェリン、カテリシジンＬＬ−３７、トブラマイシン、ヒトデフェンシン、ヒト−β−デフェンシン−１（ＨＢＤ−１）、ヒトβ−デフェンシン−２（ＨＢＤ−２）、ＨＮＰ−１デフェンシン、または分泌性ＩｇＡ（気道因子）のサンプルが、気道液における成分の例である。これらおよび他の潜在的な相乗的分子を、種々の濃度および比率で、結合ドメイン融合タンパク質と混合する。Ｅｌａｆｉｎ／ＳＫＡＬＰ（ＨＣ４０１１）、Ｅｌａｆｉｎ／ＳＫＡＬＰ  ＥＬＩＳＡ（ＨＫ３１８）、ヒトＳＬＰＩ  ＥＬＩＳＡ（ＨＣ３１６）ヒトエラスターゼＥＬＩＳＡ（ＨＫ３１９）、ヒトラクトフェリン（ＨＰ９０３４）、ヒトＬＬＣペプチド（ＨＣ４０１３）、ヒトリゾチーム（Ｈ８０３５）、ヒト好中球デフェンシン１〜３（ＨＫ３１７）を、Ｈｙｃｕｌｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓから入手する。
【０４４３】
（実施例６）
（時間殺傷法（ＴＩＭＥ−ＫＩＬＬ  ＭＥＴＨＯＤ）による結合ドメイン融合タンパク質の分析）
別の因子の殺傷能力を向上させる抑制濃度以下のある因子の経時的な能力を、結合ドメイン融合タンパク質およびＡＳＬの成分（リゾチーム、ラクトフェリンなど）を使用して試験する（Ｋｒｏｇｓｔａｄ，Ｄ．およびＭｏｅｌｌｅｒｉｎｇ，Ｒ．Ｃ．，Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ  ｉｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，第２版、Ｌｏｒｉａｎ  Ｖ．Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，１９８６，  ｐ．５５７−５７８）。蛍光プラスミドｐＣＧＬＳｌ（５×１０ｃｆｕ）を含むＥ．ｃｏｌｉ  ＤＨ５αを、（ｉ）そのＥＣ５０と等しい濃度で存在するＡＳＬ成分（例えば、りぞチーム）、（ｉｉ）発光における減少を生じない、半分の濃度の結合ドメイン融合タンパク質、（ｉｉｉ）ＡＳＬ成分と結合ドメイン融合タンパク質との組み合わせ、および（ｉｖ）緩衝液のみ、と一緒にインキュベートする。蛍光の経時変化を決定し、１時間間隔で、３０分〜６．５時間の範囲の種々のインキュベート時間を使用する。タンパク質（ｉ、ｉｉおよびｉｉｉ）を含む３つの反応各々について、蛍光単位対時間のプロットを作製し、緩衝液（ｉｖ）と比較する。抑制濃度以下の結合ドメイン融合タンパク質の存在がＡＳＬ成分による殺傷を強化する場合、このことがプロットにおいて観察される。ＡＳＬに存在すると具体的に知られていない分子の使用および試験も、本発明の範囲内にある。
【０４４４】
（実施例７）
（結合ドメイン融合タンパク質による肝細胞成長因子産生の増加）
線維芽細胞培養を、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質の存在下および非存在下において、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）の産生についてアッセイする。
【０４４５】
いくつかの型の線維芽細胞培養が使用され得るが、適した線維芽細胞は、ヒト肺線維芽細胞ＣＣＤ−Ｉ  ＩＬｕ、ＣＣＤ−２５Ｌｕ、ＣＣＤ−３２ＬｕおよびＣＣＤ−３３Ｌｕであり、これらは全て、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入する。細胞を、１０％胎仔子牛血清を含むダルベッコの改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）において、５％二酸化炭素中３７℃で増殖させる。細胞を、６ウェルディッシュまたは１２ウェルディッシュに５×１０４細胞／ｃｍ２で２４時間プレーティングし、その後それらをＰＢＳ（ＣａおよびＭｇを含まない）で３回洗浄し、次いで血清を含まないＤＭＥＭの存在下で種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質と一緒にインキュベートする。結合ドメイン融合タンパク質との１６〜２４時間のインキュベート後に、その細胞培地を回収し、遠心分離によって浄化する。ＥＬＩＳＡ（酵素免疫測定法）を使用して、ＨＧＦを定量する。このためにＥＬＩＳＡキットを使用し、このキットは、市販の供給源から入手する（例えば、ＤＨＧ００  Ｈｕｍａｎ  ＨＧＦ  Ｑｕａｎｔｉｋｉｎｅ  ＥＬＩＳＡキット（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ））。広範な濃度範囲のＨＧＦを使用する標準曲線を使用して、その細胞培地におけるＨＧＦの濃度を決定する。結合ドメイン融合タンパク質の濃度範囲を使用して、ＨＧＦ産生の増加における最大の効果を決定する。親ｔｒａｐｐｉｎを比較のために使用する。
【０４４６】
（実施例８）
（インビボでの抗炎症効果についての結合ドメイン融合タンパク質の分析）
マウスに、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ５０８および直径が２００μｍよりも小さい寒天マイクロビーズの複合体を、気管内点滴注入によって与える（Ｇｏｓｓｅｌｉｎ，Ｄ．，ＤｅＳａｎｃｔｉｓ，Ｊ．，Ｂｏｕｌｅ，Ｍ．，Ｓｋａｍｅｎｅ，Ｅ．，Ｍａｔｏｕｃｋ，ＣおよびＲａｄｚｉｏｃｈ，Ｄ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．６３，３２７２−３２７８，１９９５）。Ｊｉｎら（Ｊｉｎ，Ｆ．Ｙ．，Ｎａｔｈａｎ，Ｃ，Ｒａｄｚｉｏｃｈ，Ｄ．およびＤｉｎｇ，Ａ．，Ｃｅｌｌ  ８８，４１７−４２６，１９９７）の方法を使用して、肺系への細菌のチャレンジの炎症応答についての、結合ドメイン融合タンパク質の効果を決定する。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを対数期に達するまで増殖させ、次いでその細菌のサンプルを、氷上でトリプチケースソイ寒天および重油において激しく攪拌する。上記マイクロビーズの生存細菌の力価を、そのビーズをホモジナイズし、トリプチケースソイ寒天培地上に段階希釈でプレーティングすることによって決定する。そのマイクロビーズを注入するために、麻酔したマウスの気管上の腹部の中線に小さな切開を作製し、５×１０４個の生存細菌を含む５０μｌ量のマイクロビーズを、気管内に注射する。さらなる５０μｌの空気を、気管内に延びる２２ゲージＩＶカテーテルを通して導入する。
【０４４７】
上記切開を外科用クリップで閉じる。偽コントロールを、細菌の代わりに緩衝液で作製されたマイクロビーズを注入することによって作製する。総ＲＮＡを、その細菌サンプルの注入から種々の時間（０時間、３時間、６時間および２４時間；ならびに３日、５日、７日、および１４日）において収集した肺から調製する。５０ｍＭの酢酸ナトリウム、１ｍＭのＥＤＴＡおよび２％のホルムアルデヒドを含む２０ｍＭの３−（Ｎ−モルホリノ）プロパンスルホン酸（ＭＯＰＳ）（ｐＨ７．０）を使用して、１％アガロースゲル上の１レーン当たり２５μｇのＲＮＡの電気泳動によって、ノザンブロットを作製する。ＲＮＡをナイロンメンブレン（ＮＥＮ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）にトランスファーした後、Ｐｒｉｍｅ−ａ−Ｇｅｎｅキット（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を使用して、ハイブリダイズしたサンプルを４２℃で１８時間プローブ標識する（１０ｃｐｍ／ｍｌ）。このノザンブロットを正規化するために、ＳＬＰＩに対するｃＤＮＡおよびβ−アクチンコントロールに対するｃＤＮＡをハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション緩衝液は、５×ＳＳＣ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ溶液、５０％ホルムアミドおよび１ｍｌ当たり１００μｇの精子ＤＮＡを含む１％ＳＤＳである。このノザンブロットに対してオートラジオグラフを現像し、ＳＬＰＩおよびβ−アクチンの画像密度を決定する。時間の関数としてのＳＬＰＩ画像密度を、β−アクチンバンドの画像密度を使用して、ロードにおける差異に対して補正する。結合ドメイン融合タンパク質を、１日目、１日目、２日目、３日目、４日目および７日目に、マウスに尾静脈注射によって与える。緩衝液の偽注射を、同じスケジュールでコントロールのマウスに与える。結合ドメイン融合タンパク質の用量は、最初１ｍｇ／ｋｇであり、結果に依存してさらなる実験において調整する。用量応答を、最大効果を生じる用量に対してほとんどまたは全く影響を生じない結合ドメイン融合タンパク質の用量を使用して得る。０時間レーンを分母として使用して、時間の関数としてのＳＬＰＩ  ｃＤＮＡ含量の増加倍数をグラフにする。Ｊｉｎらは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの注入に応答してのＳＬＰＩ  ｃＤＮＡの増加を実証している。偽処置されたコントロールサンプルと比較する場合、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａによって引き起こされる炎症に対するポジティブな影響とは、処置マウスにおけるＳＬＰＩ  ｍＲＮＡの産生の減少である。
【０４４８】
（実施例９）
（ＬＰＳのインビトロ効果における阻害についての結合ドメイン融合タンパク質の分析）
ＬＰＳによる刺激に応答して、Ｂ細胞はＳＬＰＩを分泌し、同時に増殖および免疫グロブリンの産生を開始する。好ましい方法は、ＬＰＳの存在下でマウス脾臓細胞の培養物におけるＬＰＳの効果を阻害するために、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質および他のプロテイナーゼインヒビターを使用する。ＳＬＰＩを欠損しているマウス脾臓細胞およびマクロファージ（Ｎａｋａｍｕｒａ，Ａ．，Ｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｈａｇｉｗａｒａ，Ｋ．，Ｓｕｚｕｋｉ，Ｔ．，Ｓａｋａｋｉｂａｒａ，Ｔ．，Ｋｉｋｕｃｈｉ，Ｔ．，Ｉｇａｒａｓｈｉ，Ｔ．，Ｅｂｉｎａ，Ｍ．，Ａｂｅ，Ｔ．，Ｍｉｙａｚａｋｉ，Ｊ．，Ｔａｋａｉ，Ｔ．，およびＮｕｋｉｗａ，Ｔ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．５，６６９−６７４，２００３）を、野生型マウス由来の脾臓細胞およびマクロファージと比較する。マクロファージを、腹腔のＳＬＰＩから回収し、ＳＬＰＩマウスを、２ｍｌの４％チオグリコール酸培地（Ｓｉｇｍａ）で処理する。この細胞を氷冷ＰＢＳで洗浄し、次いで１時間培養して、接着細胞を培養ディッシュに接着させる。非接着細胞を洗浄によって除去する。接着した腹膜のマクロファージを、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質および他のプロテイナーゼインヒビターの存在下および非存在下で、１０％胎仔ウシ血清を含むＤＭＥＭにおいて一晩中、１００ｎｇのＬＰＳ／ｍｌまたはＬＰＳおよび１００Ｕのγインターフェロン（）と一緒にインキュベートする。培養上清におけるＩＬ−６、ＩＬ−１εおよびＴＮＦ−αの濃度を、ＥＬＩＳＡによって決定する。ＮＯ２−を、Ｎｉｔｒａｔｅ／Ｎｉｔｒｉｔｅ  ｃｏｌｏｒｏｍｅｔｒｉｃ  ｋｉｔ（Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）によって決定する。サイトカインおよびＮＯ２−の濃度を、結合ドメイン融合タンパク質の濃度の関数として、ＳＬＰＩ欠損および野生型マクロファージについて比較する。
【０４４９】
ＳＬＰＩ−／−は、ＬＰＳ誘導性エンドトキシンショックに感受性であることが知られている。ＳＬＰＩ−／−および野生型マウスに、腹腔内ＬＰＳチャレンジ（１ｍｇ／マウス）を注射し、次いで生存について観察する。ＬＰＳチャレンジの時間に、マウスに、種々の用量の結合ドメイン融合タンパク質および比較のためのプロテイナーゼインヒビター（ＳＬＰＩ、エラフィンなど）を与える。結合ドメイン融合タンパク質およびプロテイナーゼインヒビターの全ての注射は、尾静脈に対してである。毎日生存しているマウスの数を、結合ドメイン融合タンパク質およびタンパク質インヒビターについてプロットし、結合ドメイン融合タンパク質がＬＰＳチャレンジに対して保護するか否かを決定する。緩衝液コントロールと比較した、結合ドメイン融合タンパク質を与えられたマウスの死亡における遅延は、結合ドメイン融合タンパク質がＬＰＳチャレンジに対して保護したことを示す。
【０４５０】
（実施例１０）
（インビトロでの抗炎症効果についての結合ドメイン融合タンパク質の分析）
Ｊｉｎら（Ｊｉｎ，Ｆ．Ｙ．，Ｎａｔｈａｎ，Ｃ，Ｒａｄｚｉｏｃｈ，Ｄ．およびＤｉｎｇ，Ａ．，Ｃｅｌｌ  ８８，４１７−４２６，１９９７）の手順を使用して、インビトロでマクロファージ細胞に対する結合ドメイン融合タンパク質の効果を決定する。活性化された初代マウスマクロファージを、５匹のマウスの群に、２ｍｌの４％Ｂｒｅｗｅｒ’ｓチオグリコール酸ブロス（Ｄｉｆｃｏ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）の腹腔内注射によって調製する。４日後、腹腔を洗浄し、初代マクロファージを収集する。好ましいマクロファージ細胞株は、ＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から得られるＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞株である。ＲＡＷ２６４．７を、１０％熱不活性化胎仔ウシ血清を含むＲＰＭＩ１６４０培地において増殖させる。この培地を、この培地をＬＰＳ混入についてアッセイし、このＬＰＳ混入が２５ｐｇ／ｍｌを超える場合には使用しない。他のマクロファージ細胞株もまた、このアッセイにおける使用に適している。
【０４５１】
細胞の単層を、２４ウェル培養ディッシュまたは９６ウェル培養ディッシュにおいて調製する。９６ウェルディッシュについて、１０５細胞／ウェルを、１５０μｌの培地において使用する。細胞を、ＬＰＳ、ＩＦＮ（または両方）と一緒に、４８時間インキュベートする。培地（１００μｌ）を収集し、９６ウェルディッシュにプレーティングする。１００μｌのＧｒｉｅｓｓ試薬（１％スルファニルアミド、０．１％ナフチルエチレンジアミン二塩酸塩および２．５％ホスホン酸）を添加し、５５０ｎｍにおける吸光度を決定する。緩衝液における亜硝酸塩の濃度を、全ての測定値から減算する。５５０ｎｍにおける吸光度に対する亜硝酸ナトリウムの標準曲線を使用して、培養されたサンプルの亜硝酸塩濃度を決定する。種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質と一緒にインキュベートされた細胞の亜硝酸塩濃度を決定する。結合ドメイン融合タンパク質のポジティブな効果は、結合ドメイン融合タンパク質の非存在と比較した、亜硝酸塩産生の相対的減少である。
【０４５２】
（実施例１１）
（エラスターゼへの結合に対する結合ドメイン融合タンパク質のＢＩＡＣＯＲＥアッセイ）
熱動力学的結合定数を算出するのに使用され得る、結合反応速度の分析を、ＢＩＡｃｏｒｅチップ上に可溶性結合ドメイン融合タンパク質を共有結合させて固定し、そしてそのチップ表面上をプロテアーゼの溶液を通すことによって実施する。プロテアーゼもまたそのＢＩＡｃｏｒｅチップ上に固定し、結合ドメイン融合タンパク質の溶液を、そのチップ上を通す。器具が、経時的な表面プラズモン共鳴の変化を検出する。表面プラズモン共鳴は、金コーティングされたチップの表面上の薄い親水性フィルムに吸収される物質の塊に感受性である。ＳＭＩＰの塊がチップ表面上に構築されるにつれて、表面プラズモン共鳴が増加し、さらなる分析のためにコンピューター上で連続的にデータを捕捉する。自動化ソフトウェアを、微視的動力学定数を算出するために使用する。種々の濃度のＳＭＩＰでの共鳴単位における変化の速度から、会合の微視的速度を算出する。共鳴シグナルが単一濃度の溶質（プロテアーゼまたは結合ドメイン融合タンパク質）における停滞に達したとき、溶質溶液の流れは中断され、そして緩衝液を結合した溶質を洗い流すために使用する。共鳴単位が減少する（チップ上の塊が結合タンパク質が解離するにつれて失われる）速度から、結合ドメイン融合タンパク質：プロテアーゼ複合体の解離速度が算出され得る。曲線の形状はしばしば、溶質溶液における凝集体の存在についての診断である。微視的な会合の速度および解離速度定数は、熱動力学的結合定数（Ｋａ）に等しい。Ｋａの逆数が、熱動力学的解離定数（Ｋｄ）である。結合ドメイン融合タンパク質を、親ｔｒａｐｐｉｎと比較する。
【０４５３】
結合ドメインのエラスターゼに対する特異性を試験するため、活性部位を不活性化するためにＮ−メトキシスクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−クロロメチルケトン（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｍ４８１４）でエラスターゼを処理する。付加体を、上記ＢＩＡｃｏｒｅチップ上に固定化された結合ドメイン融合タンパク質の上を通す。エラスターゼが不活性化されている場合は、その付加体は、その結合ドメイン融合タンパク質に結合しない。エラスターゼの不活性化は、Ｎ−メトキシスクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−ｐ−ニトロアニリン基質に対するその活性の損失（ｐ−ニトロアニリンを放出することができない）によって実証される。
【０４５４】
結合の特異性を実証するために、固定化された結合ドメイン融合タンパク質を、その結合ドメイン融合タンパク質のｔｒａｐｐｉｎ部分に対する抗体での反応によってブロックする。結合ドメイン融合タンパク質がＢＩＡｃｏｒｅチップの表面上に固定化された後に、そのチップを、そのチップ上を抗体（例えば、ウサギポリクローナル抗ヒトＳＬＰＩまたはウサギ抗ヒトエラフィン／ＳＫＡＬＰ（Ｈｙｃｕｌｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ））溶液を通すことによってさらにブロックする。そのチップから抗体を洗い流した後、エラスターゼの溶液またはＮ−メトキシスクシニル−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−クロロメチルケトンで不活性化されたエラスターゼの溶液をそのＢＩＡｃｏｒｅチップ上を通し、共鳴単位を記録する。結合ドメイン融合タンパク質：抗体複合体を含むチップは、エラスターゼを結合する能力が減少している。
【０４５５】
（実施例１２）
（キモトリプシン、トリプシンおよび他のプロテアーゼの阻害のための結合ドメイン融合タンパク質の分析）
結合ドメイン融合タンパク質のＳＬＰＩ、エラフィン、および結合ドメイン融合タンパク質に含まれる親プロテイナーゼインヒビターの能力を、種々のプロテアーゼに対して、生物学的活性のそれらの阻害効果特性について比較する。結合ドメイン融合タンパク質のＳＬＰＩ、エラフィンまたはプロテイナーゼインヒビターを使用して、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質のＳＬＰＩ、エラフィンまたはその結合ドメイン融合タンパク質に含まれる親プロテイナーゼインヒビターの存在下または非存在下で、エラスターゼ、キモトリプシン、またはカテプシンＧのある濃度を阻害する。アッセイ緩衝液は、プロテイナーゼ活性と適合性である。好ましい緩衝液は、１０ｍｍのＮａＣｌを含む５０ｍＭのＨｅｐｅｓ（ｐＨ７．４）である。プロテイナーゼ濃度は、１ｎＭ〜１００ｎＭであり、好ましくは１０ｎＭ〜６０ｎＭである。このプロテイナーゼ濃度は、使用される具体的なプロテイナーゼに依存する。キモトリプシンは、１０ｍＭ塩化カルシウムの存在下でアッセイする。比較のために使用された結合ドメイン融合タンパク質および他のプロテイナーゼインヒビターの濃度は、インヒビター、結合ドメイン融合タンパク質および他のプロテイナーゼインヒビターの生物学的活性に依存して、０．０１ｎＭ〜１００ｎＭである。そして、プロテイナーゼ標的は、プロテイナーゼ活性が決定される前に２５℃で３０分間インキュベートする。
【０４５６】
（実施例１３）
（ＨＩＶ−１の阻害のための結合ドメイン融合タンパク質の分析）
ＨＩＶ複製の阻害を定量するため、およびＨＩＶ−Ｉに急性感染、慢性感染および潜伏感染した細胞をＨＩＶ感染についてアッセイするためのいくつかの方法が、当業者に公知である。好ましい方法（Ｓｈｉｎｅ，Ｎ．Ｒ．，Ｗａｎｇ，Ｓ．Ｃ，Ｋｏｎｏｐｋａ，Ｋ．，Ｂｕｒｋｓ，Ｅ．Ａ．，Ｄｕｚｇｕｎｅｓ，Ｎ．およびＷｈｉｔｍａｎ，Ｃ．Ｐ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．３０，２４９−２６３，２００２）において、ＰＭＡ処理されたＴＨＰ−Ｉ単球細胞（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ＴＩＢ−２０２）において、ＨＩＶ−Ｉ複製を阻害する結合ドメイン融合タンパク質の能力が試験される。細胞を、１０％熱不活性化胎仔ウシ血清を補充したＲＭＰＩ１６４０培地において、３７℃にて増殖させる。ＴＨＰ−Ｉ細胞の単一細胞懸濁液を、分化を刺激するためにホルボール１２−ミリスチン酸１３−アセテート（ＰＭＡ）で処理する。ＨＩＶの単球株であるＨＩＶ−１Ｂａ−Ｌ（Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃｏｌｕｍｂｉａ，ＭＯ）を、マクロファージにおいて繁殖させる（Ｐｒｅｔｚｅｒ，Ｅ．，Ｆｌａｓｈｅｒ，Ｄ．およびＤｕｚｇｕｎｅｓ，１９９７  Ａｎｔｉｖｉｒａｌ．Ｒｅｓ．３４：１−１５）。ＰＭＡ処理された細胞は、培養ディッシュに接着し、そして平坦なアメーバ状の形状への形態学的変化を起こす。この細胞を、約７日間増殖させる。この細胞を、種々の濃度の結合ドメイン融合タンパク質（ＳＬＰＩまたはエラフィン）と、３７℃で２時間プレインキュベートする。この細胞を次いで、ＨＩＶ−１Ｂａ−Ｌと一緒にインキュベートする。３７℃で２時間後、細胞を３回洗浄し、次いでＲＰＭＩ培地において培養する。ＨＩＶによる感染の量は、ｐ２４に特異的なＥＬＩＳＡ（ＡＩＤＳ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｐｒｏｇｒａｍ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）を使用して、培養上清に存在するウイルス性ｐ２４の量を決定することによって定量する。ＨＩＶが細胞に加えられる前に、結合ドメイン融合タンパク質もまた、ＨＩＶと一緒に２時間プレインキュベートする。緩衝液を使用するコントロールと比較して、結合ドメイン融合タンパク質が培養上清において観察されるｐ２４の量を減少させた場合は、結合ドメイン融合タンパク質は生物学的に活性である。
【０４５７】
いくつかのプロテアーゼインヒビターは、ウイルス複製の統合期後における非常に後期の事象（転写および翻訳後）に影響すると考えられている。第二に好ましい方法（Ｔｕｒｐｉｎ，Ｊ．Ａ．，Ｂｕｃｋｈｅｉｔ，Ｒ．Ｗ．，Ｊｒ．，Ｄｅｒｓｅ，Ｄ．，Ｈｏｌｌｉｎｇｓｈｅａｄ，Ｍ．，Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ，Ｋ．，Ｐａｌａｍｏｎｅ，Ｃ，Ｏｓｔｅｒｌｉｎｅ，Ｍ．Ｃ．，Ｈｉｌｌ，Ｓ．Ａ．，Ｇｒａｈａｍ，Ｌ．，Ｓｃｈａｅｆｆｅｒ，Ｃ．Ａ．，Ｂｕ，Ｍ．，Ｈｕａｎｇ，Ｍ．，Ｃｈｏｌｏｄｙ，Ｗ．Ｍ．，Ｍｉｃｈｅｊｄａ，ＣＪ．，およびＲｉｃｅ，Ｗ．Ｇ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．４２，４８７−４９４）において、慢性的に感染したＨ９／ＨＬＶ−ＩＩＩβ  ＮＩＨ１９８３細胞（５×１０４細胞／ｍｌ）を、結合ドメイン融合タンパク質またはｔｒａｐｐｉｎの存在下または非存在下で５日間培養する。５日後の培養物の上清を使用して、ビリオン関連逆転写酵素活性を決定する。細胞の生存度を、減少アッセイ（ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ）におけるＸＴＴによって決定する。緩衝液を使用するコントロールと比較して、細胞上清において結合ドメイン融合タンパク質がビリオン関連逆転写酵素活性を減少させるか、かつ／または細胞生存度を増加させる場合、結合ドメイン融合タンパク質は生物学的に活性である。
【０４５８】
上述のことから、例示のために本発明の具体的な実施形態が本明細書中に記載されているが、種々の改変が、本発明の精神および範囲から逸脱することなくなされ得ることが認識される。従って、本発明は、添付の特許請求の範囲以外によっては限定されない。
【０４５９】
全ての特許、特許出願、刊行物、化学論文、ウェブサイト、および他の文書、ならびに本明細書中で引用および言及された資料は、本発明が関連する分野における当業者のレベルを示し、そしてこのような引用された文書および資料は、あたかもそれらが個々にその全体が参考として援用されるかまたはその全体が本明細書中に記載されたかのように、同じ範囲まで参考として本明細書中に援用される。さらに、本願における全ての特許請求の範囲、および全ての優先権出願（最初の特許請求の範囲を含むが、これに限定されない）が、本発明の明細書にその全体が援用され、本明細書の一部を形成する。本出願人は、任意のこのような特許、特許出願、刊行物、化学論文、ウェブサイト、電子的に入手可能な情報、および他の引用された資料または文書から、任意かつ全ての資料および情報を、本明細書中に物理的に組み込む権利を確保している。本出願人は、上で言及された特許請求の範囲（任意の最初の特許請求の範囲を含むが、これに限定されない）を、この文書の任意の一部（本明細書の任意の部分を含む）に物理的に組み込む権利を確保している。
【０４６０】
本明細書中で記載された具体的な方法および組成物は、好ましい実施形態の典型であり、例示であり、そして本発明の範囲の限定とは意図されない。他の目的、局面および実施形態は、本明細書を考慮する際に当業者に思い付き、そして特許請求の範囲によって規定される本発明の精神の中に包含される。種々の置換および変更が、本発明の範囲および精神から逸脱することなく、本明細書に開示される本発明に対してなされ得ることが、当業者には容易に明らかになる。本明細書中に例示的に記載された本発明は、本質的に本明細書には具体的に開示されていない、任意の要素または限定の非存在下で、適切に実施され得る。従って、例えば本明細書中の例の各々において、本発明の実施形態または実施例において、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」、および「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」は、本明細書において、他の２つの用語のいずれかで置換され得る。同様に、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」などは、拡張的に、かつ限定されることなく読み取られるべきである。本明細書中に例示的に記載された方法およびプロセスは、異なる順序の工程で適切に実施され得、本明細書または特許請求の範囲において示される工程の順序には必ずしも限定されない。本明細書中で使用される場合、そして添付の特許請求の範囲において、単数形の「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈が明確にそうでないことを示さない限り、複数の言及を包含する。従って、例えば、「宿主細胞（ａ  ｈｏｓｔ  ｃｅｌｌ）」への言及は、そのような宿主細胞の複数（例えば、培養物または集団）を包含する、などである。いずれの事情も、本特許を、本明細書中に具体的に開示される具体的な例または実施形態または方法に限定されると解釈させることはない。陳述が、具体的にかつ必要条件または例外なく、本出願人による応答書類において明示的に採択された場合を除いて、いずれの事情も、本特許を、任意の審査官または特許庁の任意の他の職員または従業者によってなされた任意のそのような陳述によって限定されると解釈させることはない。
【０４６１】
使用されている用語および表現は、説明の観点から使用され、限定の観点からではない。そして、そのような用語および表現の使用には、報告および記載された特徴の任意の等価物またはその一部を除外するという意図は存在せず、種々の改変が、特許請求の範囲に記載される本発明の範囲内で可能であることが認識される。従って、本発明は好ましい実施形態および随意的な特徴によって具体的に記載されているが、本明細書中に開示される概念の改変およびバリエーションが当業者によって実施され得、そしてそのような改変およびバリエーションが添付の特許請求の範囲によって規定される本発明の範囲内であるとみなされることが理解される。
【０４６２】
本発明は、本明細書中に広範に、かつ一般的に記載されている。その一般的な開示の範囲内にあるより狭い種および亜種のグルーピングの各々もまた、本発明の一部を形成する。このことは、除外された物質が具体的に本明細書中に列挙されているか否かに関わらず、属から任意の主題を除去する条件またはネガティブな限定を伴う、本発明の一般的な説明を含む。
【０４６３】
他の実施形態は、添付の特許請求の範囲内にある。さらに、本発明の特徴または局面がマーカッシュ形式で記載されている場合、当業者は、本発明がそれによって、そのマーカッシュ形式の任意の個々のメンバーまたはサブグループのメンバーの観点からも記載されていることを認識する。
【図面の簡単な説明】
【０４６４】
【図１】ブタＳＰＡＩ−２エキソン１。ＳＰＡＩ−２エキソン１についてＳｕｓ  ｓｃｒｏｆａ（ブタ）のｃＤＮＡ（アクセッション番号Ｄ１７７５４）が、アミノ酸へと翻訳された。上向きの矢印は、アスパラギン酸とプロリンとの間のプロ配列切断部位を示す。６アミノ酸からなる交互のストレッチに、このタンパク質のアミノ末端領域において下線を付している。これらの相同性反復単位は、ＴＧアーゼ架橋の基質である。
【図２】ヒトＳＬＰＩのアミノ末端ドメインおよびカルボキシ末端ドメインの相同性。ヒト分泌白血球プロテアーゼインヒビターのアミノ酸配列（ＡＴＣＣアクセッション番号ＡＡＨ２０７０８）が、そのアミノ末端止ドメインおよびカルボキシ末端ドメインの位置、ならびに保存されたシステイン残基の位置を示すように配置されている。
【図３】図３は、ある型の結合ドメイン融合タンパク質の略図を提供し、これは、１つの結合ドメインの機能的単位および１つのプロテアーゼ阻害ドメインの機能的単位をコードする、合成遺伝子の構成を示す。スペーサー（黒い棒により示される）は、機能的単位を分離させて機能的単位の完全な生物学的活性が達成されるのを可能にすること以外の機能は有さないかもしれない単位である。各スペーサーは、結合ドメイン融合タンパク質の必要に応じた特徴である。
【図４】図４は、種々の型の結合ドメイン融合タンパク質の別の略図を提供し、これは、１つの結合ドメイン、１つのプロテイナーゼドメイン、および１つの二量体化ドメインを含む、結合ドメイン融合タンパク質の構成を示す。
【図５】図５は、種々の型の結合ドメイン融合タンパク質の別の略図を提供し、これは、ＷＡＰドメイン、ＴＩＭＰドメイン、またはシステインドメイン；および１つの二量体化ドメイン；を含む、結合ドメイン融合タンパク質の構成を示す。
【図６】図６は、ヒトＷＡＰドメイン間での相同性を示す。上記ＷＡＰドメインが抽出されたタンパク質のＡＴＣＣアクセッション番号が、この図の左側に提供される。この図の上部にある接続された矢印は、ジスルフィド結合パターンを示す。
【図７】図７は、ヒトＴＩＭＰドメイン間での相同性を示す。ＴＩＭ１＿ＨＵＭＡＮからのＴＩＭＰドメイン（ＡＴＣＣアクセッション番号Ｐ０１０３３）、ＴＩＭ２＿ＨＵＭＡＮからのＴＩＭＰドメイン（ＡＴＣＣアクセッション番号Ｐ１６０３５）、ＴＩＭ３＿ＨＵＭＡＮからのＴＩＭＰドメイン（ＡＴＣＣアクセッション番号Ｐ３５６２５）、およびＴＩＭ４＿ＨＵＭＡＮからのＴＩＭＰドメイン（ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＱ９９３７）が、全体的な相同性およびシステインの相同性を示すために整列されている。
【図８】図８は、ヒトシスタチンドメイン間での相同性を示す。シスタチンドメインが抽出されたタンパク質のＡＴＣＣアクセッション番号が、この図の左側に記録されている。
【図９】図９は、種々の型の結合ドメイン融合タンパク質の別の型の略図を提供する。これは、両方の方向の可変Ｈ鎖ドメインおよび可変Ｌ鎖ドメイン、乳漿酸性タンパク質、およびＣＨ３型二量体化ドメインから構成される結合ドメイン融合タンパク質をコードする合成遺伝子の機能的単位の構成を示す。
【図１０】図１０は、種々の型の結合ドメイン融合タンパク質の別の型の略図を提供する。これは、結合ドメインにおける両方の方向の可変Ｈ鎖および可変Ｌ鎖、免疫グロブリンヒンジ二量体化ドメイン、ＳＬＰＩプロテイナーゼ阻害ドメイン由来のＷＡＰモチーフ、およびＣＨ３二量体化ドメインから構成される、３つの種類の結合ドメイン融合タンパク質を示す。
【図１１】図１１は、抗ＣＤ２８（２Ｅ１２）構築物ＣＤ２８  ｓｃＦｖ−ＳＣＣ−ＳＬＰＩの核酸配列およびタンパク質配列を示す。ＳＣＣヒンジＳＬＰＩ  ｓｔｒｅｐタグを、Ｎ末端側からＣ末端側へＳＬＰＩ遺伝子、ＳＣＣヒンジ、およびｓｔｒｅｐタグを付加することによって、ＰＣＲにより作製した。１５アミノ酸リンカーを有する２Ｅ１２  ｓｃＦｖを、ＢｃｉＩ制限部位を使用してＳＣＣヒンジＳＰＬＩタグとともに組み立てて、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＣＣ−ＳＰＬＩを得た。この配列を、ＤＮＡ配列決定によって確認した。
【図１２】図１２は、抗ＣＤ２８（２Ｅ１２）構築物ＣＤ２８  ｓｃＦｖ−（５アミノ酸リンカー）−ＳＳＳ−ＳＬＰＩの核酸配列およびタンパク質配列を示す。ＳＣＣヒンジＳＬＰＩ  ｓｔｒｅｐタグを、Ｎ末端側からＣ末端側へＳＬＰＩ遺伝子、ＳＣＣヒンジ、およびｓｔｒｅｐタグを付加することによって、ＰＣＲにより作製した。５アミノ酸リンカーを有する２Ｅ１２  ｓｃＦｖを、ＳＣＣヒンジＳＰＬＩタグとともに組み立てて、２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−（５アミノ酸リンカー）−ＳＳＳ−ＳＰＬＩを得た。この配列を、ＤＮＡ配列決定によって確認した。
【図１３】図１３は、抗ＣＤ２８（２Ｅ１２）構築物ＣＤ２８  ｓｃＦｖ−−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３の核酸配列およびタンパク質配列を示す。ＳＳＳヒンジＳＬＰＩ  ＣＨ３  ｓｔｒｅｐタグを、ＰＣＲを介してＳＳＳヒンジＳＰＬＩフラグメントおよびＣＨ３  ｓｔｒｅｐタグフラグメントを作製してこの２つのフラグメントの重複伸長によってこれらを融合させることによって、作製した。１５アミノ酸リンカーを有する２Ｅ１２  ｓｃＦｖを、ＳＣＣ  ＳＰＬＩ  ＣＨ３とともに組み立てて、２Ｅ１２  ＣＤ２８  ｓｃＦｖ−ＳＳＳ−ＳＰＬＩ−ＣＨ３を得た。この配列を、ＤＮＡ配列決定によって確認した。
【図１４】図１４は、２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体の結合活性を示す。種々の結合体遺伝子を保有する哺乳動物ベクター（ｓｃＦｖ−ＳＣＣ−ＳＬＰＩ、ｓｃＦｖ（５アミノ酸リンカー）−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ、およびｓｃＦｖ−ＳＳＳ−ＳＬＰＩ−ＣＨ３）を、ＣＯＳ細胞中にトランスフェクトし、その上清を収集した。その後、その上清を、ＣＤ２８−ＣＨＯ細胞とともにインキュベートし、洗浄し、その後、ヤギ抗ＳＬＰＩを用いてプロービングし、その後、ウサギ抗ヤギＦＩＴＣを用いてプロービングした。ＦＡＣＳ分析は、本発明者らが、ＣＤ２８−ＣＨＯ細胞に結合可能な結合ドメインと、抗ＳＬＰＩ抗体により検出され得るＣ末端ドメインとを有する、抗ＣＤ２８  ｓｃＦｖ−ＳＬＰＩ結合体を作製したことを示す。
【図１５】図１５は、エラスターゼプロテアーゼ活性に対する、ＳＬＰＩ  Ｉｇおよび２Ｅ１２  ｓｃＦｖ−ＳＬＰＩの効果を示す。２Ｅ１２−ＳＬＰＩ結合体（ｓｃＦｖ−ＳＬＰＩおよびｓｃＦｖ−ＳＬＰＩ−ＣＨ２）ならびにＳＬＰＩ  Ｉｇは、用量依存性様式でエラスターゼタンパク質分解活性を阻害したことを示す。
【図１６】図１６は、ＣＤ３芽細胞ＰＢＭＣ増殖に対する２Ｅ１２  ＳＭＩＰの効果を示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【国際調査報告】
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