(57)【要約】  ＡＭＩなどのＣＨＤに対する疾患感受性や素因と関連する遺伝子、ＳＮＰマーカー及びハプロタイプを開示する。ＡＭＩリスク遺伝子に存在する多型を用いた診断方法、及び臨床経過やＡＭＩに対する治療の効果を予測するための方法も開示する。本発明の遺伝子、遺伝子産物及び薬剤は、ＡＭＩやＣＨＤの予防や治療の効果をモニタリングするのにも有用である。ＣＨＤとＡＭＩの診断、治療の選択及び予後判定を行うためのキットも提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
急性心筋梗塞（ＡＭＩ）を発症する危険度やＡＭＩに対する疾患感受性が変化した個体を同定するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）該個体の個人情報及び臨床情報を集め、
ｃ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰ（一塩基多型）マーカーに関するデータを得、そして
ｄ）ＳＮＰマーカーに関するデータを個人情報及び臨床情報と組み合わせて、個体がＡＭＩを発症する危険度を評価する
ことを包含する方法。
【請求項２】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の上昇であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の低下であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
多型部位が、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプに存在するものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ＡＭＩを発症する危険度やＡＭＩに対する疾患感受性が変化した個体を同定するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｃ）ＳＮＰマーカーに関するデータを組み合わせて、個体がＡＭＩを発症する危険度を評価する
ことを包含する方法。
【請求項９】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の上昇であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の低下であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
多型部位が、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプに存在するものであることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
該１種又は数種の多型部位が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内に存在するものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
ＡＭＩリスク遺伝子が、ハプロタイプパターンマイニングによって定義されるゲノム領域に存在し、該遺伝子は、表４、５、６、１０及び１１に示したものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）防御ハプロタイプ“GAGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10515495 (A/G) (配列番号５０９)、rs4976445 (A/G) (配列番号１４５１)、
rs10491335 (A/G) (配列番号１４８) と rs6878439 (A/G) (配列番号１５８４)；
ｂ）リスクハプロタイプ“AATTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10486559 (A/G) (配列番号８８)、rs10486562 (A/G) (配列番号８９)、rs757397 
(C/T) (配列番号１７１７)、rs735664 (C/T) (配列番号１６９５) と rs720659 
(G/T) (配列番号１６５６)；
ｃ）防御ハプロタイプ“GCCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10503555 (A/G) (配列番号３４７)、rs10503557 (C/T) (配列番号３４８)、
rs2410361 (A/C) (配列番号１１５９) と rs10503561 (C/T) (配列番号３５０)；
ｄ）防御ハプロタイプ“GCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs260816 (C/G) (配列番号１１８８)、rs260818 (A/C) (配列番号１１８９) と
rs361315 (A/G) (配列番号１３００)；
ｅ）防御ハプロタイプ“CGAA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs762721 (A/C) (配列番号１７２９)、rs10491992 (C/G) (配列番号１７０)、
rs10491993 (A/G) (配列番号１７１) と rs2213177 (A/G) (配列番号１０８４)；
ｆ）リスクアレル“T”のホモ接合体を定義する、rs10509423 (C/T) (配列番号４０２)；
ｇ）リスクアレル保有者の“A”を定義する、rs1004361 (A/G) (配列番号３)；
ｈ）リスクアレル保有者の“A”を定義する、rs10483262 (A/C) (配列番号５１)；
ｉ）リスクアレル保有者の“G”を定義する、rs7342999 (A/G) (配列番号１６９４)；
ｊ）リスクアレル保有者の“T”を定義する、rs1554472 (C/T) (配列番号８５１)；
ｋ）防御アレル保有者の“A”を定義する、rs9294536 (A/C) (配列番号１９０５) 及び
ｌ）防御アレル保有者の“A”を定義する、rs1125465 (A/G) (配列番号６２７)。
【請求項２１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10515495 (A/G) (配列番号５０９)、rs4976445 (A/G) (配列番号１４５１)、
rs10491335 (A/G) (配列番号１４８) 及び rs6878439 (A/G) (配列番号１５８４)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10486559 (A/G) (配列番号８８)、rs10486562 (A/G) (配列番号８９)、
rs757397 (C/T) (配列番号１７１７)、rs735664 (C/T) (配列番号１６９５) 及び
rs720659 (G/T) (配列番号１６５６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10503555 (A/G) (配列番号３４７)、rs10503557 (C/T) (配列番号３４８)、
rs2410361 (A/C) (配列番号１１５９) 及び rs10503561 (C/T) (配列番号３５０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs260816 (C/G) (配列番号１１８８)、rs260818 (A/C) (配列番号１１８９) 及び 
rs361315 (A/G) (配列番号１３００)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs762721 (A/C) (配列番号１７２９)、rs10491992 (C/G) (配列番号１７０)、
rs10491993 (A/G) (配列番号１７１) 及び rs2213177 (A/G) (配列番号１０８４)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
ＳＮＰマーカーが、rs10509423 (C/T) (配列番号４０２) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
ＳＮＰマーカーが、rs1004361 (A/G) (配列番号３) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
ＳＮＰマーカーが、rs10483262 (A/C) (配列番号５１) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
ＳＮＰマーカーが、rs7342999 (A/G) (配列番号１６９４) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
ＳＮＰマーカーが、rs1554472 (C/T) (配列番号８５１) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
ＳＮＰマーカーが、rs9294536 (A/C) (配列番号１９０５) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
ＳＮＰマーカーが、rs1125465 (A/G) (配列番号６２７) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）ハプロタイプ“TGCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs834485 
(C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６)、rs1260817 (A/C)
(配列番号６５３) と rs1260772 (A/G) (配列番号６５２)；
ｂ）ハプロタイプ“GA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs7605386 
(C/G) (配列番号１７２７) と rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)；
ｃ）ハプロタイプ“CGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10483879 
(C/T) (配列番号５７)、rs2885625 (A/G) (配列番号１２５４) と rs6574333 (A/G)
(配列番号１５５１)；
ｄ）ハプロタイプ“GTGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs223128 
(G/T) (配列番号１０９８)、rs223154 (G/T) (配列番号１０９９)、rs315499 (A/G)
(配列番号１２８１) と rs10512437 (A/G) (配列番号４５３)；
ｅ）ハプロタイプ“TGGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs799275 
(C/T) (配列番号１８０５)、rs5957801 (A/G) (配列番号１４９２)、rs5909851 
(A/G) (配列番号１４８６) と rs10521707 (A/G) (配列番号６０３)；
ｆ）リスクアレル保有者の“G”を定義する、rs953304 (C/G) (配列番号１９９１)；
ｇ）リスクアレル保有者の“C”を定義する、rs1881922 (C/T) (配列番号９２６)；
ｈ）リスクアレル保有者の“C”を定義する、rs10486619 (C/T) (配列番号９１)；
ｉ）リスクアレル“C”のホモ接合体を定義する、rs192714 (C/T) (配列番号９５０)；
ｊ）リスクアレル保有者の“C”を定義する、rs7100162 (C/T) (配列番号１６１９)；
ｋ）リスクアレル“C”のホモ接合体を定義する、rs9301916 (C/G) (配列番号１９１３)；及び
ｌ）リスクアレル“C”のホモ接合体を定義する、rs6564876 (C/G) (配列番号１５４７)。
【請求項３４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs834485 (C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６)、
rs1260817 (A/C) (配列番号６５３) 及び rs1260772 (A/G) (配列番号６５２)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs7605386 (C/G) (配列番号１７２７) 及び rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10483879 (C/T) (配列番号５７)、rs2885625 (A/G) (配列番号１２５４) 及び 
rs6574333 (A/G) (配列番号１５５１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs223128 (G/T) (配列番号１０９８)、rs223154 (G/T) (配列番号１０９９)、
rs315499 (A/G) (配列番号１２８１) 及び rs10512437 (A/G) (配列番号４５３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。 
【請求項３８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs799275 (C/T) (配列番号１８０５)、rs5957801 (A/G) (配列番号１４９２)、
rs5909851 (A/G) (配列番号１４８６) 及び rs10521707 (A/G) (配列番号６０３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。 
【請求項３９】
ＳＮＰマーカーが、rs953304 (C/G) (配列番号１９９１) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
ＳＮＰマーカーが、rs1881922 (C/T) (配列番号９２６) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４１】
ＳＮＰマーカーが、rs10486619 (C/T) (配列番号９１) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
ＳＮＰマーカーが、rs192714 (C/T) (配列番号９５０) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
ＳＮＰマーカーが、rs7100162 (C/T) (配列番号１６１９) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
ＳＮＰマーカーが、rs9301916 (C/G) (配列番号１９１３) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４５】
ＳＮＰマーカーが、rs6564876 (C/G) (配列番号１５４７) であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４６】
該個体の個人情報及び臨床情報、即ち、非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）ハプロタイプ“TGCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs834485 
(C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６)、rs1260817 (A/C)
(配列番号６５３) と rs1260772 (A/G) (配列番号６５２)；
ｂ）ハプロタイプ“CC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1932818 
(C/T) (配列番号９５２) と rs6663269 (C/G) (配列番号１５６０)；
ｃ）ハプロタイプ“GA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs7605386 
(C/G) (配列番号１７２７) と rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)；
ｄ）ハプロタイプ“ATGGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs3903306 
(A/T) (配列番号１３４２)、rs6432539 (C/T) (配列番号１５２６)、rs1364703 
(C/G) (配列番号７０６)、rs1966530 (A/G) (配列番号９７６) と rs5002908 (A/G)
(配列番号１４５５)；
ｅ）ハプロタイプ“TC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs997274 (C/T)
(配列番号２０３５) と rs6788511 (A/C) (配列番号１５７４)；
ｆ）ハプロタイプ“TAAGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs864391 
(C/T) (配列番号１８５６)、rs854202 (A/G) (配列番号１８４２)、rs2014378 (A/G)
(配列番号９９６)、rs952621 (A/G) (配列番号１９８５) と rs1877960 (C/T)
(配列番号９２２)；
ｇ）ハプロタイプ“AATG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1445362 
(A/G) (配列番号７９３)、rs10513252 (A/G) (配列番号４７０)、rs10513253 (C/T)
(配列番号４７１) と rs4610179 (A/G) (配列番号１３９５)；
ｈ）ハプロタイプ“TAG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs682913 
(C/T) (配列番号１５８１)、rs725425 (A/C) (配列番号１６７４) と rs1423260 
(A/G) (配列番号７６８)；
ｉ）ハプロタイプ“CA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs919740 (C/T)
(配列番号１８６８) と rs10515639 (A/G) (配列番号５１１)；
ｊ）ハプロタイプ“TAGT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10499001 
(C/T) (配列番号２６５)、rs4144270 (A/G) (配列番号１３６８)、rs4515397 (A/G) 
(配列番号１３８５) と rs10499000 (C/T) (配列番号２６４)；
ｋ）ハプロタイプ“CTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1407658 
(C/T) (配列番号７４９)、rs2025272 (G/T) (配列番号１００５) と rs9283864 
(C/G) (配列番号１８８０)；
ｌ）ハプロタイプ“ACGT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10503268 
(A/C) (配列番号３３２)、rs1038062 (C/T) (配列番号４１)、rs10503269 (A/G)
(配列番号３３３) と rs1038058 (C/T) (配列番号４０)；
ｍ）ハプロタイプ“CCCGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10503616 
(C/T) (配列番号３５２)、rs10503617 (C/T) (配列番号３５３)、rs2717719 (C/T)
(配列番号１２１３)、rs1488925 (A/G) (配列番号８１６) と rs2035681 (C/T)
(配列番号１００９)；
ｎ）ハプロタイプ“CGTC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs2994298 
(C/T) (配列番号１２７１)、rs7463074 (A/G) (配列番号１７０６)、rs2975534 
(C/T) (配列番号１２６７) と rs2975533 (C/T) (配列番号１２６６)；
ｏ）ハプロタイプ“GGTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10491744 
(A/G) (配列番号１５９)、rs1543587 (A/G) (配列番号８４４)、rs1074789 (C/T)
(配列番号６２３) と rs7025842 (C/T) (配列番号１６０５)；
ｐ）ハプロタイプ“ACTA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10491753 
(A/C) (配列番号１６１)、rs13284133 (A/C) (配列番号６７６)、rs10491756 (G/T) 
(配列番号１６２) と rs10491757 (A/G) (配列番号１６３)；
ｑ）ハプロタイプ“GTGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1542750 
(A/G) (配列番号８４３)、rs10501763 (C/T) (配列番号２９９)、rs10501764 (A/G) 
(配列番号３００) と rs10501765 (C/T) (配列番号３０１)；
ｒ）ハプロタイプ“ATCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs721346 
(A/C) (配列番号１６６４)、rs1400549 (C/T) (配列番号７３９)、rs503208 (C/G) 
(配列番号１４５８) と rs7127296 (A/C) (配列番号１６３３)； 
ｓ）ハプロタイプ“CGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10483879 
(C/T) (配列番号５７)、rs2885625 (A/G) (配列番号１２５４) と rs6574333 (A/G)
(配列番号１５５１)；
ｔ）ハプロタイプ“ATTA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1049884 
(A/T) (配列番号２５６)、rs1364256 (C/T) (配列番号７０５)、rs7185078 (C/T)
(配列番号１６４８) と rs7193075 (A/G) (配列番号１６５２)；
ｕ）ハプロタイプ“GG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10521277 
(A/G) (配列番号５９９)とrs1019156 (A/G) (配列番号１１)；
ｖ）ハプロタイプ“GTGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs223128 
(G/T) (配列番号１０９８)、rs223154 (G/T) (配列番号１０９９)、rs315499 (A/G) 
(配列番号１２８１) と rs10512437 (A/G) (配列番号４５３)；
ｗ）ハプロタイプ“TAT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10513997 
(C/T) (配列番号４８２)、rs10513998 (A/G) (配列番号４８３) と rs10514026 
(T/G) (配列番号４８６)；
ｘ）ハプロタイプ“TGGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs799275 
(C/T) (配列番号１８０５)、rs5957801 (A/G) (配列番号１４９２)、rs5909851 
(A/G) (配列番号１４８６) と rs10521707 (A/G) (配列番号６０３)；及び
ｙ）ハプロタイプ“GACT”（又はその相補鎖のヌクレオチド)、rs764198 (A/G)
(配列番号１７３５)、rs10521816 (A/G) (配列番号６０９)、rs10521817 (C/T)
(配列番号６１０) と rs3135496 (C/T) (配列番号１２７９)。
【請求項４８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs834485 (C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６)、
rs1260817 (A/C) (配列番号６５３) 及び rs1260772 (A/G) (配列番号６５２)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４９】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1932818 (C/T) (配列番号９５２) 及び rs6663269 (C/G) (配列番号１５６０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs7605386 (C/G) (配列番号１７２７) 及び rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs3903306 (A/T) (配列番号１３４２)、rs6432539 (C/T) (配列番号１５２６)、
rs1364703 (C/G) (配列番号７０６)、rs1966530 (A/G) (配列番号９７６) 及び
rs5002908 (A/G) (配列番号１４５５)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs997274 (C/T) (配列番号２０３５) 及び rs6788511 (A/C) (配列番号１５７４) 
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs864391 (C/T) (配列番号１８５６)、rs854202 (A/G) (配列番号１８４２)、
rs2014378 (A/G) (配列番号９９６)、rs952621 (A/G) (配列番号１９８５) 及び
rs1877960 (C/T) (配列番号９２２)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1445362 (A/G) (配列番号７９３)、rs10513252 (A/G) (配列番号４７０)、
rs10513253 (C/T) (配列番号４７１) 及び rs4610179 (A/G) (配列番号１３９５)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs682913 (C/T) (配列番号１５８１)、rs725425 (A/C) (配列番号１６７４) 及び 
rs1423260 (A/G) (配列番号７６８)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。 
【請求項５６】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs919740 (C/T) (配列番号１８６８) 及び rs10515639 (A/G) (配列番号５１１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10499001 (C/T) (配列番号２６５)、rs4144270 (A/G) (配列番号１３６８)、
rs4515397 (A/G) (配列番号１３８５) 及び rs10499000 (C/T) (配列番号２６４)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1407658 (C/T) (配列番号７４９)、rs2025272 (G/T) (配列番号１００５) 及び 
rs9283864 (C/G) (配列番号１８８０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５９】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10503268 (A/C) (配列番号３３２)、rs1038062 (C/T) (配列番号４１)、
rs10503269 (A/G) (配列番号３３３) 及び rs1038058 (C/T) (配列番号４０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。 
【請求項６０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10503616 (C/T) (配列番号３５２)、rs10503617 (C/T) (配列番号３５３)、
rs2717719 (C/T) (配列番号１２１３)、rs1488925 (A/G) (配列番号８１６) 及び 
rs2035681 (C/T) (配列番号１００９)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs2994298 (C/T) (配列番号１２７１)、rs7463074 (A/G) (配列番号１７０６)、
rs2975534 (C/T) (配列番号１２６７) 及び rs2975533 (C/T) (配列番号１２６６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10491744 (A/G) (配列番号１５９)、rs1543587 (A/G) (配列番号８４４)、
rs1074789 (C/T) (配列番号６２３) 及び rs7025842 (C/T) (配列番号１６０５)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10491753 (A/C) (配列番号１６１)、rs13284133 (A/C) (配列番号６７６)、
rs10491756 (G/T) (配列番号１６２) 及び rs10491757 (A/G) (配列番号１６３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1542750 (A/G) (配列番号８４３)、rs10501763 (C/T) (配列番号２９９)、
rs10501764 (A/G) (配列番号３００) 及び rs10501765 (C/T) (配列番号３０１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。 
【請求項６５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs721346(A/C) (配列番号１６６４)、rs1400549(C/T) (配列番号７３９)、
rs503208 (C/G) (配列番号１４５８) 及び rs7127296 (A/C) (配列番号１６３３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６６】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10483879 (C/T) (配列番号５７)、rs2885625 (A/G) (配列番号１２５４) 及び 
rs6574333 (A/G) (配列番号１５５１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1049884 (A/T) (配列番号２５６)、rs1364256 (C/T) (配列番号７０５)、
rs7185078 (C/T) (配列番号１６４８) 及び rs7193075 (A/G) (配列番号１６５２)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10521277 (A/G) (配列番号５９９) 及び rs1019156 (A/G) (配列番号１１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６９】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs223128 (G/T) (配列番号１０９８)、rs223154 (G/T) (配列番号１０９９)、
rs315499 (A/G) (配列番号１２８１) 及び rs10512437 (A/G) (配列番号４５３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10513997 (C/T) (配列番号４８２)、rs10513998 (A/G) (配列番号４８３) 及び 
rs10514026 (T/G) (配列番号４８６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs799275 (C/T) (配列番号１８０５)、rs5957801 (A/G) (配列番号１４９２)、
rs5909851 (A/G) (配列番号１４８６) 及び rs10521707 (A/G) (配列番号６０３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs764198 (A/G) (配列番号１７３５)、rs10521816 (A/G) (配列番号６０９)、
rs10521817 (C/T) (配列番号６１０) 及び rs3135496 (C/T) (配列番号１２７９)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）ハプロタイプ“CC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs623360 (C/G)
(配列番号１５１３) と rs627069 (C/G) (配列番号１５１５)；
ｂ）ハプロタイプ“CTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs7547716 
(A/C) (配列番号１７１３)、rs1891174 (C/T) (配列番号932) と rs10494841 (A/G) 
(配列番号２０１)；
ｃ）ハプロタイプ“CGTGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10493353 
(C/T) (配列番号１８７)、rs1323851 (G/T) (配列番号６７２)、rs834485 (C/T)
(配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６) と rs1260817 (A/C)
(配列番号６５３)；
ｄ）ハプロタイプ“ATAC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs3106653 
(A/C) (配列番号１２７４)、rs2961958 (A/T) (配列番号１２６４)、rs2591169 
(A/T) (配列番号１１８４) と rs10497144 (C/G) (配列番号２２７)；
ｅ）ハプロタイプ“CGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10497192 
(C/T) (配列番号２３５)、rs7605386 (C/G) (配列番号１７２７) と rs9288697 
(A/C) (配列番号１８９１)；
ｆ）ハプロタイプ“GCGT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1851328 
(A/G) (配列番号９１２)、rs6711457 (C/T) (配列番号１５６６)、rs10498053 (C/G)
(配列番号２５２) と rs6744504 (C/T) (配列番号１５７１)；
ｇ）ハプロタイプ“AGCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs9310496 
(A/G) (配列番号１９３０)、rs10510450 (A/G) (配列番号４２３)、rs4685356 (A/C)
(配列番号１４０５) と rs10510452 (A/G) (配列番号４２５)；
ｈ）ハプロタイプ“ACTGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10510660 
(A/G) (配列番号４２７)、rs951973 (C/T) (配列番号１９８２)、rs1487994 (G/T)
(配列番号８１５)、rs10510661 (C/G) (配列番号４２８) と rs6805290 (C/T)
(配列番号１５７６)；
ｉ）ハプロタイプ“GCG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1018341 
(G/T) (配列番号１０)、rs953304 (C/G) (配列番号１９９１) と rs10514726 (G/T)
(配列番号４９６)；
ｊ）ハプロタイプ“CGTC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1355533 
(C/T) (配列番号６９８)、rs1357287 (A/G) (配列番号７０３)、rs1403101 (C/T)
(配列番号７４０) と rs1356612 (C/T) (配列番号７００)；
ｋ）ハプロタイプ“TC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10513261 
(C/T) (配列番号４７２) と rs1881922 (C/T) (配列番号９２６)；
ｌ）ハプロタイプ“AACAC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1023714 
(A/T) (配列番号１７)、rs2400502 (A/G) (配列番号１１５７)、rs2400503 (C/T) 
(配列番号１１５８)、rs10515605 (A/G) (配列番号５１０) と rs7709159 (C/T)
(配列番号１７４７)；
ｍ）ハプロタイプ“GAGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10515495 
(A/G) (配列番号５０９)、rs4976445 (A/G) (配列番号１４５１)、rs10491335 (A/G)
(配列番号１４８) と rs6878439 (A/G) (配列番号１５８４)； 
ｎ）ハプロタイプ“ACCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs786135 
(A/C) (配列番号１７８２)、rs1357194 (C/T) (配列番号７０２)、rs9285412 (C/T) 
(配列番号１８８４) と rs9320498 (A/C) (配列番号１９５１)；
ｏ）ハプロタイプ“AATTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10486559 
(A/G) (配列番号８８)、rs10486562 (A/G) (配列番号８９)、rs757397 (C/T)
(配列番号１７１７)、rs735664 (C/T) (配列番号１６９５) と rs720659 (G/T)
(配列番号１６５６)；
ｐ）ハプロタイプ“CCTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1961352 
(A/C) (配列番号９７４)、rs2029832 (C/T) (配列番号１００７)、rs9741 (C/T)
(配列番号２０２１) と rs10503616 (C/T) (配列番号３５２)；
ｑ）ハプロタイプ“GCCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10503555 
(A/G) (配列番号３４７)、rs10503557 (C/T) (配列番号３４８)、rs2410361 (A/C)
(配列番号１１５９) と rs10503561 (C/T) (配列番号３５０)；
ｒ）ハプロタイプ“GCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs260816 
(C/G) (配列番号１１８８)、rs260818 (A/C) (配列番号１１８９) と rs361315 
(A/G) (配列番号１３００)；
ｓ）ハプロタイプ“CCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1940357 
(A/C) (配列番号９６０)、rs535908 (C/T) (配列番号１４７０) と rs510628 (A/T)
(配列番号１４６１)；
ｔ）ハプロタイプ“TCGCG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs2706218 
(C/T) (配列番号１２０９)、rs897167 (C/T) (配列番号１８６２)、rs10506333 
(C/G) (配列番号３８２)、rs998401 (C/T) (配列番号２０３８) と rs3741673 (A/G)
(配列番号１３０４)；
ｕ）ハプロタイプ“CGAA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs762721 
(A/C) (配列番号１７２９)、rs10491992 (C/G) (配列番号１７０)、rs10491993 
(A/G) (配列番号１７１) と rs2213177 (A/G) (配列番号１０８４)；
ｖ）ハプロタイプ“CCTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs760002 
(A/C) (配列番号１７２４)、rs10483259 (A/C) (配列番号４８)、rs956163 (C/T)
(配列番号１９９９) と rs10483261 (A/G) (配列番号５０)；
ｗ）ハプロタイプ“AATC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs2713961 
(A/G) (配列番号１２１１)、rs10512591 (A/G) (配列番号４５５)、rs2344989 (C/T)
(配列番号１１３８) と rs2452932 (C/G) (配列番号１１６６)；
ｘ）ハプロタイプ“TAAG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10502579 
(C/T) (配列番号３１７)、rs627346 (A/G) (配列番号１５１６)、rs10502582 (A/T)
(配列番号３１８) と rs10502584 (A/G) (配列番号３２０)；
ｙ）ハプロタイプ“AGAC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs5949853 
(A/T) (配列番号１４８９)、rs4348668 (A/G) (配列番号１３７７)、rs707289 (A/G)
(配列番号１６１３) と rs20369 (C/T) (配列番号１０１０)；
ｚ）ハプロタイプ“GACT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs764198 
(A/G) (配列番号１７３５)、rs10521816 (A/G) (配列番号６０９)、rs10521817 
(C/T) (配列番号６１０) と rs3135496 (C/T) (配列番号１２７９)；
ａａ）ハプロタイプ“CGGTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10521773 (C/T) (配列番号６０４)、rs2022565 (A/G) (配列番号１００１)、
rs1569890 (A/G) (配列番号８６３)、rs5977614 (C/T) (配列番号１４９４) と 
rs10521774 (C/G) (配列番号６０５)。
【請求項７４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs623360 (C/G) (配列番号１５１３) 及びrs627069 (C/G) (配列番号１５１５)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs7547716 (A/C) (配列番号１７１３)、rs1891174 (C/T) (配列番号９３２) 及び 
rs10494841 (A/G) (配列番号２０１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７６】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10493353 (C/T) (配列番号１８７)、rs1323851 (G/T) (配列番号６７２)、
rs834485 (C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６) 及び 
rs1260817 (A/C) (配列番号６５３)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs3106653 (A/C) (配列番号１２７４)、rs2961958 (A/T) (配列番号１２６４)、
rs2591169 (A/T) (配列番号１１８４) 及び rs10497144 (C/G) (配列番号２２７)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10497192 (C/T) (配列番号２３５)、rs7605386 (C/G) (配列番号１７２７) 及び 
rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７９】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1851328 (A/G) (配列番号９１２)、rs6711457 (C/T) (配列番号１５６６)、
rs10498053 (C/G) (配列番号２５２) 及び rs6744504 (C/T) (配列番号１５７１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs9310496 (A/G) (配列番号１９３０)、rs10510450 (A/G) (配列番号４２３)、
rs4685356 (A/C) (配列番号１４０５) 及び rs10510452 (A/G) (配列番号４２５)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10510660 (A/G) (配列番号４２７)、rs951973 (C/T) (配列番号１９８２)、
rs1487994 (G/T) (配列番号８１５)、rs10510661 (C/G) (配列番号４２８) 及び 
rs6805290 (C/T) (配列番号１５７６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1018341 (G/T) (配列番号１０)、rs953304 (C/G) (配列番号１９９１) 及び 
rs10514726 (G/T) (配列番号４９６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1355533 (C/T) (配列番号６９８)、rs1357287 (A/G) (配列番号７０３)、
rs1403101 (C/T) (配列番号７４０) 及び rs1356612 (C/T) (配列番号７００)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10513261 (C/T) (配列番号４７２) 及びrs1881922 (C/T) (配列番号９２６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1023714 (A/T) (配列番号１７)、rs2400502 (A/G) (配列番号１１５７)、
rs2400503 (C/T) (配列番号１１５８)、rs10515605 (A/G) (配列番号５１０) 及び 
rs7709159 (C/T) (配列番号１７４７)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８６】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10515495 (A/G) (配列番号５０９)、rs4976445 (A/G) (配列番号１４５１)、
rs10491335 (A/G) (配列番号１４８) 及び rs6878439 (A/G) (配列番号１５８４)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs786135 (A/C) (配列番号１７８２)、rs1357194 (C/T) (配列番号７０２)、
rs9285412 (C/T) (配列番号１８８４) 及び rs9320498 (A/C) (配列番号１９５１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10486559 (A/G) (配列番号８８)、rs10486562 (A/G) (配列番号８９)、
rs757397 (C/T) (配列番号１７１７)、rs735664 (C/T) (配列番号１６９５) 及び 
rs720659 (G/T) (配列番号１６５６)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８９】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1961352 (A/C) (配列番号９７４)、rs2029832 (C/T) (配列番号１００７)、
rs9741 (C/T) (配列番号２０２１) 及び rs10503616 (C/T) (配列番号３５２)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10503555 (A/G) (配列番号３４７)、rs10503557 (C/T) (配列番号３４８)、
rs2410361 (A/C) (配列番号１１５９) 及び rs10503561 (C/T) (配列番号３５０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs260816 (C/G) (配列番号１１８８)、rs260818 (A/C) (配列番号１１８９) 及び 
rs361315 (A/G) (配列番号１３００)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs1940357 (A/C) (配列番号９６０)、rs535908 (C/T) (配列番号１４７０) 及び 
rs510628 (A/T) (配列番号１４６１)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs2706218 (C/T) (配列番号１２０９)、rs897167 (C/T) (配列番号１８６２)、
rs10506333 (C/G) (配列番号３８２)、rs998401 (C/T) (配列番号２０３８) 及び 
rs3741673 (A/G) (配列番号１３０４)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９４】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs762721 (A/C) (配列番号１７２９)、rs10491992 (C/G) (配列番号１７０)、
rs10491993 (A/G) (配列番号１７１) 及び rs2213177 (A/G) (配列番号１０８４)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９５】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs760002 (A/C) (配列番号１７２４)、rs10483259 (A/C) (配列番号４８)、
rs956163 (C/T) (配列番号１９９９) 及び rs10483261 (A/G) (配列番号５０) 
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９６】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs2713961 (A/G) (配列番号１２１１)、rs10512591 (A/G) (配列番号４５５)、
rs2344989 (C/T) (配列番号１１３８) 及び rs2452932 (C/G) (配列番号１１６６)
らなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９７】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10502579 (C/T) (配列番号３１７)、rs627346 (A/G) (配列番号１５１６)、
rs10502582 (A/T) (配列番号３１８) 及び rs10502584 (A/G) (配列番号３２０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９８】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs5949853 (A/T) (配列番号１４８９)、rs4348668 (A/G) (配列番号１３７７)、
rs707289 (A/G) (配列番号１６１３) 及び rs20369 (C/T) (配列番号１０１０)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９９】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs764198 (A/G) (配列番号１７３５)、rs10521816 (A/G) (配列番号６０９)、
rs10521817 (C/T) (配列番号６１０) 及び rs3135496 (C/T) (配列番号１２７９)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１００】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、
rs10521773 (C/T) (配列番号６０４)、rs2022565 (A/G) (配列番号１００１)、
rs1569890 (A/G) (配列番号８６３)、rs5977614 (C/T) (配列番号１４９４) 及び 
rs10521774 (C/G) (配列番号６０５)
からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１０１】
該個体の個人情報及び臨床情報、即ち、非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項４７に記載の方法。
【請求項１０２】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子について、個体における発現レベルの変化を検出することを包含し、発現レベルの変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標として評価することを特徴とする方法。
【請求項１０３】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子について、個体における転写レベルの変化を検出することを包含し、転写レベルの変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項１０４】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードするｍＲＮＡについて、個体における翻訳の変化を検出することを包含し、翻訳の変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項１０５】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードする１種又は数種のポリペプチドについて、個体における生物活性の変化を検出することを包含し、１種又は数種のポリペプチドの生物活性の変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項１０６】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードする１種又は数種のポリペプチドについて、個体における構造の変化を検出することを包含し、１種又は数種のポリペプチドのポリペプチド構造の変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項１０７】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードするポリペプチドの１種又は数種の代謝産物について、個体における量的変化を検出することを包含し、１種又は数種の代謝産物の量的変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項１０８】
該個体の個人情報及び臨床情報、即ち、非遺伝学的情報が、年齢；性別；行動パターンと習慣；生化学検査の結果；臨床検査の結果；肥満度；先天性心疾患（ＣＨＤ)、脳血管障害、他の心血管障害、高コレステロール血症、肥満及び糖尿病の家族歴；ウエスト/ヒップ比（ｃｍ／ｃｍ)；社会経済的状態；精神的性向と精神状態；並びに対象生物の治療歴に関するものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１０９】
該行動パターンと習慣に、喫煙；運動；食事による栄養摂取、アルコール摂取とその消費パターン；並びにコーヒーの消費量とその質が含まれることを特徴とする、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
該生化学検査に、血液、血清又は血漿のＶＬＤＬ、ＬＤＬ、ＨＤＬや総コレステロール；トリグリセリド；アポリポタンパクＡ；フィブリノーゲン；フェリチン、トランスフェリン受容体；Ｃ反応性タンパク質；グルコース；あるいは血清又は血漿インシュリン濃度の検査が含まれることを特徴とする、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１１】
非遺伝学的情報が、表１１に示したものであることを特徴とする、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１２】
非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１３】
下記ロジスティック回帰式を用いて、ＡＭＩの危険度を計算する工程を更に包含する、請求項１０８に記載の方法。
ＡＭＩの危険度 ＝［１＋ｅ-(a+Σ(ｂi×Ｘi)］-1 
式中、ｅはネーピアの定数であり、ＸiはＡＭＩの危険度に関連した変数であり、ｂiは上記変数のロジスティック関数における係数であり、ａはロジスティック関数の定数項である。
【請求項１１４】
ａ値とｂi値が、この方法を実施する集団から求められる値であることを特徴とする、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
Ｘi値が、この方法を実施する集団で測定した変数から選ばれる値であることを特徴とする、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１６】
Ｘi値が、表３、４、５、７、８、１０又は１１のＳＮＰマーカー、表４、５、７、８、１０又は１１のハプロタイプ領域とハプロタイプ、及び本発明の非遺伝学的変数から選ばれる値であることを特徴とする、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１７】
下記条件の少なくとも一方を満足することを特徴とする、請求項１１３に記載の方法。
ｂi値が−２０〜２０の範囲内である、及び
Ｘi値が、−９９９９９〜９９９９９の範囲以内であるか、０又は１とコード化される変数である。
【請求項１１８】
ｉ値が０（即ち、なし）〜１００，０００の範囲内であることを特徴とする、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１９】
対象生物がＡＭＩを発症する短期危険度、中期危険度及び長期危険度の少なくとも１つを予測することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１２０】
ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物を同定するための方法であって、
生存細胞において、化合物が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドの生物活性に及ぼす影響を測定し、そして
ポリペプチドの生物活性を変化させる化合物を、ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物と評価する
ことを包含する方法。
【請求項１２１】
ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物を同定するための方法であって、
生存細胞において、化合物が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドに関連した生体ネットワーク及び代謝経路の少なくとも一方に及ぼす影響を測定し、そして
生体ネットワーク及び代謝経路から選ばれる１種又は数種の活性を変化させる化合物を、ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物と評価する
ことを包含する方法。
【請求項１２２】
ＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療するための方法であって、
表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドの生物活性を増強又は減退させる化合物、及び
該ポリペプチドに関連した生体ネットワーク及び代謝経路から選ばれる１種又は数種の活性を増強又は減退させる化合物
からなる群より選ばれる少なくとも１種の化合物の有効量を、薬学的に許容される担体と共に、治療を必要とする哺乳類である対象生物に投与することを特徴とする方法。
【請求項１２３】
ＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療するための方法であって、
表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子の発現を増強又は減退させる化合物、及び
該ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドに関連した生体ネットワーク及び代謝経路の少なくとも一方に含まれる、１種又は数種の遺伝子の発現を増強又は減退させる化合物
からなる群より選ばれる少なくとも１種の化合物の有効量を、薬学的に許容される担体と共に、治療を必要とする哺乳類である対象生物に投与することを特徴とする方法。
【請求項１２４】
ＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療するための方法であって、心血管障害に関与し、且つ表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドに関連した、１種又は数種の病態生理学的経路の活性を増強又は減退させる化合物の有効量を、薬学的に許容される担体と共に、治療を必要とする哺乳類である対象生物に投与することを特徴とする方法。
【請求項１２５】
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）発現及び生物活性の少なくとも一方の変化に関連し、且つ、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子に存在する、１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを、該個体の核酸配列から検出し、そして
ｃ）多型部位のジェノタイプデータを組み合わせて、対象生物にとって効果的な、ＡＭＩなどのＣＨＤの治療法を選択する
ことを包含する、請求項１２２〜１２４のいずれかに記載の方法。
【請求項１２６】
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子の発現、及び表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドの生物活性の少なくとも一方を、該個体の生物学的サンプルから検出し、そして
ｃ）発現と生物活性の少なくとも一方について得られたデータを組み合わせて、対象生物にとって効果的な、ＡＭＩなどのＣＨＤの治療法を選択する
ことを包含する、請求項１２２〜１２４のいずれかに記載の方法。
【請求項１２７】
該治療が、遺伝子治療又は遺伝子導入であることを特徴とする、請求項１２２〜１２４のいずれかに記載の方法。
【請求項１２８】
該治療が、表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子、その変異体、断片又は誘導体の導入を包含することを特徴とする、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
表９に示したＡＭＩリスク遺伝子、その変異体、断片又は誘導体が、ＡＭＩなどのＣＨＤの危険度の低下と関連することを特徴とする、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３０】
該治療が、対象生物の体細胞の有する遺伝子調節領域及び遺伝子含有領域の少なくとも一方の処置を包含し、該遺伝子は、表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子、その変異体、断片又は誘導体であることを特徴とする、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３１】
該治療が、幹細胞の有する遺伝子調節領域及び遺伝子含有領域の少なくとも一方の処置を包含し、該遺伝子は、表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子、その変異体、断片又は誘導体であることを特徴とする、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３２】
該治療が、心血管障害を発症した組織中の幹細胞の有する遺伝子調節領域及び遺伝子含有領域の少なくとも一方の処置を包含し、該遺伝子は、表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子、その変異体、断片又は誘導体であることを特徴とする、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
該化合物が表９に示したＡＭＩリスク遺伝子、その変異体、断片又は誘導体のコードする組み換えポリペプチドであることを特徴とする、請求項１２２〜１２４のいずれかに記載の方法。
【請求項１３４】
該治療が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子に対するｍＲＮＡ及びｈｎＲＮＡの少なくとも一方とハイブリダイズするｓｉＲＮＡに基づくことを特徴とする、請求項１２２〜１２４のいずれかに記載の方法。
【請求項１３５】
該治療が、ｍＲＮＡ及びｈｎＲＮＡの少なくとも一方とハイブリダイズするｓｉＲＮＡに基づき、ｍＲＮＡ及びｈｎＲＮＡは、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドに関連した生体ネットワーク及び代謝経路の少なくとも一方に含まれる１種又は数種の遺伝子に対するものであることを特徴とする、請求項１２２〜１２４のいずれかに記載の方法。
【請求項１３６】
該治療方法が、食餌療法又は予防接種であることを特徴とする、請求項１２４又は１２５に記載の方法。
【請求項１３７】
ＡＭＩなどのＣＨＤを患うか、ＡＭＩなどのＣＨＤの危険度が高まっているヒトを対象とする治療方法であって、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドの生物活性について、ＣＨＤを発症していない健常対象生物と比べて変化が見られるものを、少なくとも部分的に修復する療法を包含することを特徴とする方法。
【請求項１３８】
ＡＭＩなどのＣＨＤを患うか、ＡＭＩなどのＣＨＤの危険度が高まっているヒトを対象とする治療方法であって、表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子の発現について、ＣＨＤを発症していない健常対象生物と比べて変化が見られるものを、少なくとも部分的に修復する療法を包含することを特徴とする方法。
【請求項１３９】
対象生物となるヒトにおけるＡＭＩなどのＣＨＤの治療の効果を追跡するための方法であって、
対象生物から得た生物学的試料について、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のｍＲＮＡレベル、該ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドのレベル、及び該ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの生物活性からなる群より選ばれる少なくとも１種を測定し、そして
治療後のｍＲＮＡレベル、ポリペプチドレベル又はポリペプチドの生物活性の変化を、治療効果の指標として評価する
ことを包含する方法。
【請求項１４０】
特定の個体において特定の療法がＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療する効果を予測するための方法であって、請求項１５又は１６で定義したＡＭＩリスク遺伝子の１種又は数種の内に、ＡＭＩ関連ＳＮＰマーカー、ハプロタイプ又はハプロタイプ領域が存在するか否かをスクリーニングすることを包含する方法。
【請求項１４１】
特定の個体において特定の療法がＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療する効果を予測するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｃ）ＳＮＰマーカーに関するデータを組み合わせて、個体において特定の療法がＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療する効果を予測する
ことを包含する方法。
【請求項１４２】
ＡＭＩを発症した個体について、ＡＭＩのサブタイプを診断するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｃ）ＳＮＰマーカーに関するデータを組み合わせて、個体のＡＭＩのサブタイプを評価する
ことを包含する方法。
【請求項１４３】
ＡＭＩを発症した個体について、ＡＭＩのサブタイプを診断するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）該個体の個人情報及び臨床情報を集め、
ｃ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｄ）ＳＮＰマーカーに関するデータを個人情報及び臨床情報と組み合わせて、個体のＡＭＩのサブタイプを評価する
ことを包含する方法。
【請求項１４４】
該１種又は数種のＳＮＰマーカーが、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内に存在するものであることを特徴とする、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
ＡＭＩリスク遺伝子が、ハプロタイプパターンマイニングによって定義されるゲノム領域に存在し、該遺伝子は、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したものであることを特徴とする、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４６】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４７】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４８】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４９】
非遺伝学的情報を、請求項１２１〜１４１及び１４３〜１４８のいずれかの方法で得られた結果と組み合わせる工程を更に包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５０】
該非遺伝学的情報が、年齢；性別；行動パターンと習慣；生化学検査の結果；臨床検査の結果；肥満度；ＣＨＤ、脳血管障害、他の心血管障害、高コレステロール血症、肥満及び糖尿病の家族歴；ウエスト/ヒップ比（ｃｍ／ｃｍ)；社会経済的状態；精神的性向と精神状態；並びに対象の治療歴に関するものであることを特徴とする、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５１】
該行動パターンと習慣には、喫煙；運動；食事による栄養摂取、アルコール摂取とその消費パターン；並びにコーヒーの消費量とその質が含まれることを特徴とする、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５２】
該生化学検査には、血液、血清又は血漿のＶＬＤＬ、ＬＤＬ、ＨＤＬや総コレステロール；トリグリセリド；アポリポタンパクＡ；フィブリノーゲン；フェリチン、トランスフェリン受容体；Ｃ反応性タンパク質；グルコース；あるいは血清又は血漿インシュリン濃度の検査が含まれることを特徴とする、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５３】
非遺伝学的情報が、表１１に示したものであることを特徴とする、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５４】
非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５５】
対象生物から得た生物学的サンプルについて、ＡＭＩリスク遺伝子産物であるタンパク質の発現、産生又は濃度を測定するための方法であって、
ａ）個体から得た、試験に付すための生物学的サンプルを提供し、そして
ｂ）該サンプルにおける該タンパク質の発現、産生又は濃度を検出し、発現、産生又は濃度の変化を該対象生物が心血管障害を発症する危険度の変化の指標とする
ことを包含し、該ＡＭＩリスク遺伝子は表９に示したものであることを特徴とする方法。
【請求項１５６】
対象生物における、ＡＭＩを発症する危険度やＡＭＩに対する疾患感受性の変化を検出するための、請求項１の方法に基づく試験キット。
【請求項１５７】
対象生物における、ＡＭＩを発症する危険度の変化を検出するために、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを、該個体の核酸配列から検出するための試験キット。
【請求項１５８】
対象生物における、ＡＭＩを発症する危険度の変化を検出するために、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを、該個体の核酸配列から検出するための試験キットであって、
ａ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを検出するための試薬及び材料、並びに
ｂ）検出結果を解析するためのソフトウエア
を包含する試験キット。
【請求項１５９】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を、対象生物の核酸配列から増幅するためのＰＣＲプライマーのセットを更に包含する、請求項１５６に記載の試験キット。
【請求項１６０】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＡＭＩ関連マーカー及びハプロタイプ領域に存在する１種又は数種のＳＮＰマーカーに特異的に結合する捕捉用核酸プローブのセットを包含する、請求項１５６に記載の試験キット。
【請求項１６１】
ジェノタイプを評価するためのマイクロアレイ又はマルチウエルプレートを包含する、請求項１５６に記載の試験キット。
【請求項１６２】
年齢、性別、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、皮下脂肪や脂肪組織の厚み、体脂肪率、肥満や糖尿病に関する家族歴、及びＡＭＩの治療歴に関する個体情報及び臨床情報を集めるためのアンケートを包含する、請求項１５６に記載の試験キット。
【請求項１６３】
表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを生物学的サンプルから検出するための試験キットであって、該ＳＮＰマーカーは、ＡＭＩに対する疾患感受性を示さない対象生物から得た生物学的サンプルよりも、ＡＭＩに対する疾患感受性を示す対象生物から得た生物学的サンプルにおいて、より高頻度で存在するものであり、
ａ）表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを検出するための試薬及び材料、並びに
ｂ）検出結果を解析するためのソフトウエア
を包含する試験キット。
【請求項１６４】
表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を、対象生物の核酸配列から増幅するためのＰＣＲプライマーのセットを更に包含する、請求項１６３に記載の試験キット。
【請求項１６５】
表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内の１種又は数種のＳＮＰマーカーに特異的に結合する、捕捉用核酸プローブのセットを更に包含する、請求項１６３に記載の試験キット。
【請求項１６６】
ジェノタイプを評価するためのマイクロアレイ又はマルチウエルプレートを更に包含する、請求項１６３に記載の試験キット。
【請求項１６７】
年齢、性別、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、皮下脂肪や脂肪組織の厚み、体脂肪率、肥満や糖尿病に関する家族歴、及びＡＭＩの治療歴に関する個体情報及び臨床情報を集めるためのアンケートを更に包含する、請求項１６３に記載の試験キット。
【請求項１６８】
請求項１３７〜１５５のいずれかの方法に基づく試験キット。
【請求項１６９】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を、対象生物の核酸配列から増幅するためのＰＣＲプライマーのセットを包含する、請求項１６８に記載の試験キット。
【請求項１７０】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＡＭＩリスク遺伝子内の１種又は数種のＳＮＰマーカーに特異的に結合する捕捉用核酸プローブのセットを包含する、請求項１６８に記載の試験キット。
【請求項１７１】
ジェノタイプを評価するためのマイクロアレイ又はマルチウエルプレートを包含する、請求項１６８に記載の試験キット。
【請求項１７２】
年齢、性別、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、皮下脂肪や脂肪組織の厚み、体脂肪率、肥満や糖尿病に関する家族歴、及びＡＭＩの治療歴に関する個体情報及び臨床情報を集めるためのアンケートを包含する、請求項１６８に記載の試験キット。
【請求項１７３】
個体の家系を評価するためのマーカーのセットを包含する、請求項１５６又は１６８に記載の試験キット。
【請求項１７４】
個体の家系を評価するためのＳＮＰマーカーのセットを包含する、請求項１７３に記載の試験キット。
【請求項１７５】
個体の家系を評価するためのマイクロサテライトマーカーのセットを包含する、請求項１７３に記載の試験キット。
【請求項１７６】
個体の家系を評価するためのマーカーのセットを使用することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７７】
個体の家系を評価するためのＳＮＰマーカーのセットを使用することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７８】
個体の家系を評価するためのマイクロサテライトマーカーのセットを使用することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、急性心筋梗塞（ＡＭＩ）などの先天性心疾患（coronary heart diesease）（ＣＨＤ）の診断の分野に関する。より詳細には、本発明は、ＡＭＩの素因、発症傾向や感受性を診断又は判定するための方法を提供する。特に本発明は、試験する対象生物から得た生物学的サンプルを提供し、そして生物学的サンプルから、ゲノム上の１種又は数種の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーの存在又は不存在を検出することを包含する方法に関する。更に本発明は、ＡＭＩを発症する確率を提供するスコアを構築するために、遺伝的情報及び表現型の情報に加えて、アンケートで得られた情報をも使用する。また、本発明は、この方法を実施するためのキットを提供する。このキットは、治療的及び予防的介入（例えば、食事についての助言）を行う対象を決めるためのみならず、治験薬や他の介入方法に関する臨床試験の対象を層化するための、病因論に基づくＡＭＩの診断に使用することができる。本発明は、ＣＨＤとＡＭＩの治療方法にも関する。
【背景技術】
【０００２】
公衆衛生におけるＣＶＤとＣＨＤの重要性 
心血管障害（ＣＶＤ）（ＩＣＤ／１０コード Ｉ００−Ｉ９９、Ｑ２０−Ｑ２８）には、他の疾患と共に、虚血性（冠動脈）心疾患（ＣＨＤ）、高血圧症、脳血管性疾患（脳卒中）及びリュウマチ熱／リュウマチ性心疾患が含まれる（AHA, 2004）。疾病率、死亡率及び費用の観点から、ＣＨＤはＣＶＤの中でも最も重要な疾患のグループを形成する。ＣＨＤ（ＩＣＤ／１０コード Ｉ２０−Ｉ２５）には、急性心筋梗塞（ＡＭＩ）、他の急性虚血性（冠動脈）心疾患、狭心症、アテローム性心血管障害及び他の形態の急性虚血性心疾患が含まれる（AHA, 2004）。ここでは、厳密にはＡＭＩではないが、急性の心事故も“ＡＭＩ”に含める。ＡＭＩと狭心症は屡々アテローム性冠状動脈硬化によって発症するが、常にそれが原因ではない。他の、屡々、寄与性の病理生理学的要因には、動脈血栓症、心収縮及び重度の不整脈が含まれる。これらは、アテローム性動脈硬化による動脈狭窄を伴うことなくＡＭＩを発症させうる。
【０００３】
２００１年には、推定１，６６０万人  −即ち地球上の全死亡者数の三分の一−  が色々な形のＣＶＤ（７２０万人がＣＨＤ、５５０万人が脳血管障害、そして更に３９０万人が高血圧又は他の心臓の病態）によって死亡した。少なくとも年間２千万人が心臓麻痺や脳卒中から生還し、その中のかなりの人数が高額な臨床介護を必要とし、長期介護財源に大きな負担を課す。ＣＶＤは男性、女性そして子供にとっても、破壊的な疾患であることを認識する必要がある（ADA, 2004）。
【０００４】
全世界のＣＶＤ死亡者の約８０％が、発展途上の低所得国及び中所得国で生じた。２０１０年までには、ＣＶＤは先進国と発展途上国の両方で主な死因となることが推定される。ＣＶＤ発症率の上昇は、工業化、都市化、経済発展及び食糧市場のグローバリゼーションに伴う、世界中での食習慣、運動量及びタバコ消費量の著しい変化を反映している（WHO, 2004）。これについては比較的最近の環境危険因子及び行動危険因子の役割が強調される。しかし、人種間に見られるＣＶＤの発病率と罹患率の差及び家系間に見られるＣＶＤ発症率の偏りは、遺伝性の危険因子が主要な役割を担うことを示唆している。
【０００５】
障害調整生存年数（ＤＡＬＹ）によって障害を計測すると、ＣＶＤは、全世界のＤＡＬＹの９．７％、先進国のＤＡＬＹの２０．４％、そして発展途上国のＤＡＬＹの８．３％をもたらした（Murray CJL and Lopez AD, 1997）。
【０００６】
ＮＨＡＮＥＳ III 研究（１９８８〜１９９４）からのデータによると、２００１年には、６，４４０万のアメリカ人が何らかの形態のＣＶＤに罹患していたと推定され、これは有病率２２．６％（男性が２１．５％、女性が２２．４％）に相当する。このうち、１，３２０万人がＣＨＤを発症していた（有病率は６．４％）。
【０００７】
アメリカ合衆国において２００４年にＣＶＤに係った費用は、推定３，６８４億ドル（ＣＨＤが１，３３２億ドル、脳卒中が５３６億ドル、高血圧症が５５５億ドル）である。この額には、健康維持に係った費用（直接損害額）及び疾病と死亡に伴う生産性の低下（間接損害額）が含まれている（AHA, 2004）。
【０００８】
保健機関にとって、ＡＭＩを予防するための戦略を開発することは重要である。ＡＭＩの臨床症状がひとたび現れると、心筋の中で不可逆的な細胞死と組織破壊が始まる。不幸なことに、死んだ心筋細胞を生き返らせたり、幹細胞集団で置き換えたりすることはできない。更に、ＣＨＤの最初の臨床症状の多くがが突然死である。従って、初めからＡＭＩが発症しないように予防する、即ち、一次予防が好ましい。ＡＭＩの危険度を高めるいくつかの臨床危険因子はすでに知られてているが、疾病危険度や感受性をより正確に評価するために必要なＡＭＩに関与する遺伝因子を定義することに対しては、満たされない臨床需要が存在する。
【０００９】
ＣＨＤ：多遺伝子性疾患 
ＣＶＤの病因論及び病態生理学は複雑であるが、その主要な危険因子には、不健康な生活習慣や行動、そして環境因子と遺伝的因子との複雑な相互作用が含まれることが知られている。４つの主要なＣＶＤ危険因子は、習慣的な有害な食生活（主としてコレステロールと飽和脂肪の高摂取）、習慣的な喫煙、異常に高い総コレステロール値で表される脂質代謝異常、及び最適値を超える血圧である（Stamler J et al, 1998）。その他の確立されたＣＶＤ危険因子としては、年齢、男性であること、肥満、運動不足及び糖尿病が挙げられる。ＣＶＤについて明らかになりつつあるその他の危険因子 −血栓原因因子、ホモシステイン、炎症性マーカー、感染症と遺伝因子− に関しては、危険度の予測及び管理におけるそれらの役割は確立されていない（Wood D, 2001）。
【００１０】
早発性ＣＨＤの家族歴が陽性であることは、他の主要なＣＶＤ危険因子とは独立してＣＶＤ発症を予測し（Sholtz RI et al, 1975；Heller RF and Kelson MC, 1983；Barrett-Connor E and Khaw K, 1984；Colditz GA et al, 1986；Hopkins PN et al, 1988；Myers RH et al, 1990；Colditz GA et al, 1009；Jousilahti P et al, 1996；Boer JM et al, 1999；Li R et al, 2000；Hawe E et al, 2003）、家族性の早発性ＣＨＤ往歴を有する個人で、この点を除けば、標準的な危険因子からは危険性は低いと判定される個人は、この疾患の発症をもたらす実質的な遺伝的成分を有していると考えられる（Heller RF and Kelson MC, 1983；Myers RH et al, 1990）。両親のいずれかが早発性ＣＨＤ陽性の場合と関連するＡＭＩの危険度は、男性では１．６１、女性では１．８５である（Jousilahti P et al, 1996）。更に、このような疾患危険度に対する遺伝的寄与を支持する結果が双子に関する研究で得られている。Marenberg et al, 1994 は、ＣＨＤ発症年齢に高い一致性が見られることを示した。男性では、５５歳になる前に双子の一人が死亡しなかった場合と比較して、５５歳になる前に双子の一人がＣＨＤで死亡した場合にもう一人がＣＨＤで死亡する相対危険度は、一卵性双生児では８．１、二卵性双生児では３．８である。女性では、６５歳になる前に双子の一人が死亡しなかった場合と比較して、６５歳になる前に双子の一人がＣＨＤ死亡した場合にもう一人がＣＨＤで死亡する相対危険度は、一卵性双生児では１５．０、二卵性双生児では２．６である。
【００１１】
分子レベルでは、アテローム性動脈硬化は、時間依存的な多段階からなる過程であり、リポタンパク質の代謝（Chisolm GM and Steinberg D, 2000）、リポタンパク質の酸化（Salonen JT et al, 1992）、凝固反応（Tremoli E et al, 1999）及び炎症反応（Ross R. 1999）などの、複数の重要な経路の相互作用を含むものである。これらの経路における遺伝子変異は、危険度に部分的にしか寄与しない。高血圧、糖尿病、喫煙や肥満などの中間的な表現型は、遺伝子−遺伝子相互作用や遺伝子−環境相互作用と同様に、相互作用して危険度が調節される（Stephens JW and Humphries SE, 2003）。本来、全てのＣＨＤが多遺伝子性ではなく、例外は家族性高コレステロール血症（ＦＨ）である（Civeira F, 2004）。今では、早期発見と早期治療を開始するために、高リスク個体からＦＨを引き起こす原因変異をスクリーニングすることができる。
【００１２】
アテローム性冠状動脈硬化の他にも、ＣＨＤとＡＭＩは、血栓症、血管狭窄や不整脈などの他の機構によって生じる場合がある。アテローム性動脈硬化と同様に、血栓症にも複数の経路が考えられる。血小板機能、即ち、血液凝固及び線溶機構の役割は、アテローム性動脈硬化よりも冠状動脈血栓症において重要であると考えられる。更に、アテローム性動脈硬化の病因と血栓症の病因は互いに相互作用する。
【００１３】
単遺伝子性疾患をもたらす稀であり重症の遺伝的欠陥とは異なり、多因子性疾患（例えば、ＣＶＤ）に対する個体の感受性を調節する遺伝的因子は、遺伝子多型の一般的な、機能的に異なる諸形態であり、単独では通常は中程度の効果しか示さないが、人口に対するその高キャリアー頻度故に、人口寄与危険度と関連付けることができることができるものである。環境因子は、このようなＡＭＩリスク遺伝子の表現型発現を引き起こしたり促進したりすることができる。
【００１４】
ＣＨＤとの関連が推定される遺伝子が百以上も報告されているものの、広く再現可能なものはほんのわずかである（Fuentes RM, 2004、発行前の報告）。APOA4（Rewers M et al, 1994；Wong WM et al, 2003）、APOB （Chiodini BD et al, 2003、メタアナリシス）、APOE（Eichner JE et al, 1993；Nakai K et al, 1998；Inbal a et al, 1999；Brscic E et al, 2000；Humphries SE et al, 2001；Baroni MG et al, 2003；Kumar P et al, 2003）、F2（Kim RJ and  Becker RC, 2003；Burzotta F et al, 2004、共にメタアナリシス）、F5（Kim RJ and  Becker RC, 2003、メタアナリシス）、IL6（Rundek T et al, 2002；Georges JL et al, 2001；Humphries SE et al, 2001）、MMP3（Terashima M et al, 1999；Rundek T et al, 2002；Beyzade S et al, 2003）、NOS3（Shimasaki Y et al, 1998；Hibi K et al, 1998；Hingorani AD et al, 1999；Park JE et al, 2000；Cine N et al, 2002）、PON1（Serrato M and Marian AJ, 1995；Sanghera DK et al, 1997；Salonen JT et al, 1999；Senti M et al, 2001）、SERPINE1（Pastinen T et al, 1998；Gardemann A et al, 1999；Ardissino D et al, 1999；Mikkelsson J et al, 2000；Fu L et al, 2001；Zhan M et al, 2003）、及びTHBD（Norlund L et al, 1997；Wu KK et al, 2001；Li YH et al, 2002；Park HY et al, 2002；Chao TH et al, 2004）の関連は、個別のグループによって再現されている。IL6とMMP3の相互作用（Rauramaa R et al, 2000）及び喫煙とAPOE（Humphries SE et al, 2001）、F5（Holm J et al, 1999）、IL6（Humphries SE et al, 2001）、MMP3（Humphries SE et al, 2002）及びPON1（Sen-Banerjee S et al, 2000）のそれぞれとの相互作用が、ＣＨＤの危険度に影響を与える遺伝子−遺伝子相互作用及び遺伝子−環境相互作用の例として報告されている。
【００１５】
アテローム性冠状動脈硬化の病態生理学 
ヒトアテローム性病変の進行：  冠状動脈と大動脈のヒトアテローム性病変は、研究のための標本として、治療的介入の際、又は病気以外の原因で突然死したヒトの検死解剖の際に得ることができる。近年の組織学的基準によると、ヒトのアテローム性動脈硬化は、病変を２つの大きな分類、即ち、微小病変と進行病変、に仕分けすることができる（Stary HC et al, 1994；Stary HC et al, 1995；Stary HC, 2000）。このような大きな分類のそれぞれから、３種の特徴的な型の病変を区別することができる：微小病変からI（初期）型、II（脂肪線状）型とIII（中間、前アテローム）型、そして進行病変からIV（アテローム）型、V（繊維性アテローム）型とVI（合併性）型（図１）。組織学的変化の連続性と特定の変化が顕著となる一生の中の時期は、上記の型がいずれも時間経過における段階又はステージを表していることを示している。
【００１６】
それぞれの型の微小病変は局所性で比較的小さく、リポタンパク質とコレステロールエステルの異常な蓄積を含んでいる。細胞数、主としてマクロファージ数の増加と、主としてマクロファージにおける脂質滴の蓄積は、顕微鏡で観察することができる。マトリックスの組成変化及び脈間内膜構造の破壊はないか微量である。病変部に隣接する中膜は罹患しておらず、外膜も冒されていない（Stary HC et al, 1994）。脂質、細胞及び（ミネラル類を含む）マトリックス構成成分の蓄積が、内膜の構造破壊、修復と肥厚のみならず、動脈壁の変形と関連付けられた時に、アテローム性病変が進行したとみなす（Stary HC et al, 1995）。
【００１７】
高い感受性を示す位置においては、出生時から動脈内膜が厚いことが知られている。この過程は適応性の内膜肥厚と呼ばれ、動脈全体の全ての点において同じ最適血流を維持するために、流体の機械的な力の正常な非対称性に応答して発達するものである。肥厚は胎児のときから始まり、誕生した時に全ての人に見られる（Stary HC et al, 1992）。厚い内膜は、動脈の分岐点とその近傍及び小さな分岐静脈の開口部で見られ、そこでは局所性且つ遠心性である。人生の早い時期における脂質及びマクロファージ泡沫細胞の初期蓄積は、適応性の内膜肥厚を患う部分集団においてより顕著である。このような場所における流体の機械的な力とは弱い剪断応力である（Stary HC et al, 1992）。剪断応力の低い領域では、循環している血漿内粒子はより長い間、内皮表面と接している。これが粒子の内膜への侵入頻度を増加させる。血漿がリポタンパク質にあまりに富んでいる場合、このような場所に最も多量に蓄積する。その後にアテローマが発見される場合には、最初に見つかるのはここである。
【００１８】
I型及びII型の病変のみが乳児及び子供で生じるが、これらは成人でも生じる。III型病変は思春期の後まもなく発生し、IV型病変は２０代から先で頻繁に見られるようになる。３０代からは、V型病変及びVI型病変の組成が出現し始める。中年及び高齢者では、これらが主な病変の型となる（Stary HC et al, 1995；Stary HC, 2000）。V型病変及びVI型病変は、I型〜IV型とは大部分において異なる機構によって発生し、進行し、I型〜IV型を形成した連続的な脂質蓄積の上に重なって生じる（Stary HC et al, 1994；Stary HC et al, 1995；Steinberg D and Lewis A, 1997；Chisolm GM and Steinberg D, 2000）。IV型病変においては、内膜深部に局在化した細胞外脂質の大きな蓄積（脂質コア）が、内膜構造の乱れのほぼ単独の原因である。V型病変においては、実質的な修復性線維性組織層によって内膜が肥厚する。表面の欠陥、血腫及び血栓性の堆積物（VI型病変）は、更に内膜を破壊、変形及び肥厚化し、臨床的に無症状の状態から明らかに罹患している状態への変化を加速化する。
【００１９】
I型、II型及びIII型病変の臨床上の重要性は、将来起こりうる疾患に対する無症状前駆状態としての役割とそれらの可逆的性質の可能性にある。III型病変が始まる年代を認識することは、その年齢、好ましくはそれ以前の集中的な予防策の開始につながるであろう（Stary HC et al, 1995；Stary HC, 2000）。アテローム性動脈硬化による疾病率と死亡率の大部分がIV型病変とV型病変によるものであり、これらは病変表面の破壊、血腫又は出血、及び血栓性の堆積物の発生をもたらし（VI型病変）、急性虚血性動脈症候群と臨床上の相関を示す（Davies MJ, 1990；Libby P, 1995）。
【００２０】
ヒト アテローム性病変の分子生物学：  アテローム性動脈硬化の病変の形成に先立つ最も早い変化は、内皮で起こる。これらの変化には、酸化窒素、プロスタサイクリン、血小板誘導成長因子、アンジオテンシンII及びエンドセリンの仲介する、リポタンパク質や他の血漿構成成分に対する内皮浸透性の上昇；Ｌ−セレクチン、インテグリンと血小板−内皮−細胞接着分子１を含む白血球接着分子の上方制御、及びＥ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、細胞内接着分子１と血管−細胞接着分子１を含む内皮接着分子の上方制御；並びに酸化型低比重リポタンパク質、単球走化性タンパク質１、インターロイキン−８、血小板誘導成長因子、マクロファージコロニー刺激因子及びオステオポンチンの仲介する、動脈壁への白血球の遊走が含まれる（Ross R, 1999）。
【００２１】
初めのうち脂肪線状は、脂肪を持った単球とマクロファージ（泡沫細胞）と共にＴリンパ球からなる。後に種々の数の平滑筋細胞がそこに加わる。この機構に含まれる工程には、血小板誘導成長因子、線維芽細胞成長因子２及びトランスフォーミング成長因子βによって刺激される、平滑筋細胞の遊走；腫瘍壊死因子α、インターロイキン−２、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子の仲介する、Ｔ細胞の活性化；酸化型低比重リポタンパク質、マクロファージコロニー刺激因子、腫瘍壊死因子α及びインターロイキン−１の仲介する、泡沫細胞の形成；並びにインテグリン、Ｐ−セレクチン、フィブリン、トロンボキサンＡ２、組織因子及び上述した、白血球の接着と遊走を担う因子によって刺激される、血小板の接着と凝固（Ross R, 1999）が含まれる。
【００２２】
脂肪線状が中間病変及び進行病変に移行するにつれ、管腔から病変を隔てる線維帽を形成する傾向がある。これは、一種の治癒、即ち、損傷に対する線維性反応を表す。繊維帽は、壊死性コアを形成しうる白血球、脂質および残渣の混合物を覆う。これらの病変は、内皮の機能不全と脂肪線状の形成に関与するのと同じ因子が引き起こす連続的な白血球の接着と侵入によって、その肩の部分から膨張する。マクロファージの蓄積と関連する主要な因子には、マクロファージコロニー刺激因子、単球走化性タンパク質１及び酸化型低比重リポタンパク質が含まれる。壊死性コアは、アポトーシスと壊死、タンパク質分解活性の上昇及び脂肪蓄積の結果を表す。繊維帽は、血小板由来成長因子、トランスフォーミング成長因子β、インターロイキン−１、腫瘍壊死因子αとオステオポンチンの活性上昇及び結合組織分解の低下の結果として形成される（Ross R, 1999）。
【００２３】
線維帽の破裂又は繊維性プラークの潰瘍形成は、急速に血栓症をもたらすことが可能であり、通常は進行病変を覆う線維帽の薄化が生じた部位で発生する。線維帽の薄化は、この部位でメタロプロテナーゼや他のタンパク質分解性酵素を放出するマクロファージの連続的な流入と活性化によることは明らかである。これらの酵素はマトリックスの分解を起こし、それが脈管の血管や動脈の管腔からの出血につながり、結果として血栓形成と動脈の閉塞を招くことがある（Ross R, 1999）。
【００２４】
ＣＨＤに関するゲノムワイドスキャン研究 
遺伝子マーカー地図の使用は、遺伝子マーカーはＣＨＤ／ＡＭＩをもたらす遺伝子座と共に分離するという考えに基づいている。家族内で受け継ぐ染色体部位は非常に大きく、典型的には数ｃＭ単位である。理論的には、全ゲノムを網羅するためには、マイクロサテライトマーカー地図は５，０００個〜１０，０００個のマーカーを含有しなければならない。実際には、ゲノムワイドスキャン（ＧＷＳ）による家族研究では典型的には４００個前後のマーカーを使用しており、これでは疾患遺伝子の大部分を発見するのに不十分である。
【００２５】
これまでに、ＣＨＤに関する合計６件のＧＷＳ研究（Pajukanta P et al, 2000；Francke S et al, 2001； Broeckel U et al, 2002；Harrap SB et al, 2002； Wang Q et al, 2004；Fox CS et al, 2004）と、もとの４件のＧＷＳのデータを含む１件のメタアナリシス（Chiodini BD and Lewis CM, 2003）について報告されている。これら研究の大部分が慢性ＣＨＤ生存者を含んでいるため、生存率へ偏る傾向にある（表１を参照）。
【００２６】
【表１】
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【００２７】
Pajukanta P et al, 2000 は、１５６家族（３６４人の対象者）に対する、たった３００個のマイクロサテライトマーカーを用いた連鎖研究で、２つの大きな連鎖領域として2q22-q23とXq23-q25を発見した。初めの連鎖領域は、それぞれ４０ｃＭと３０ｃＭだった。平均２．５ｃＭのマーカー間隔といった非常に限られた数のマーカーで詳細なマッピングをいくらか実施した。最も強い連鎖領域に含まれる候補遺伝子が推測された。
【００２８】
１６１３人の対象者を含む４２８のアメリカ人（主として白色人種から派生した）家族に対する、４０８個のマイクロサテライトマーカーを用いたより大規模の連鎖研究によって、Wang Q et al, 2004 は、1p36に非常に大きな、３２ｃＭの新規な冠状動脈疾患（ＣＡＤ）／ＡＭＩ感受性遺伝子座を発見した。
【００２９】
他のＧＷＳ研究は、急性冠動脈症候群（ＡＣＳ）に関する連鎖を 2q36-q37、3q26-q27と20q11-q13に見出し（Harrap SB et al, 2002）、頚動脈内膜の内部厚に関する連鎖を 12q24 に見出し（Fox CS et al, 2004）、ＡＭＩに関する連鎖を 14q32 に見出し（Broeckel U et al, 2002）、そしてＣＨＤに関する連鎖を 3q27-q29、8q23、10q23と16p13に見出した（Francke S et al, 2001）。Chiodini BD and Lewis CM, 2003 によるメタアナリシスは、遺伝子領域 2q34-q37 と 3q26-q27 はＣＨＤに対するＡＭＩリスク遺伝子を含んでいるかもしれないと結論付けた。
【００３０】
まとめると、ＣＨＤ、ＡＭＩ又はアテローム性動脈硬化に関するこれまでのＧＷＳ連鎖研究による知見は一致していない。それぞれの研究、そして全ての研究が連鎖信号を別の染色体領域から検出している。遺伝子マーカーの数が少ないため、同定された領域は数ｃＭといずれも大きかった。
【００３１】
集団遺伝学の機会 
ＣＨＤとＡＭＩの遺伝的病因学に関連した過去の医学的研究は、その大部分が後向きの対照研究とヒトの家族研究、及び遺伝子組み換え動物に関する研究に基づいている。つい最近になって分ったことであるが、後向きの対照研究は生存率と選択率の偏りが起きやすく、このような研究は、多数の候補遺伝子に関して無数の偏った知見を生み出した。一般的に用いられる手法は、罹患したヒトと罹患していないヒトとの間で遺伝子発現を比較することである。大部分が横断研究による遺伝子発現研究では、原因と結果を分けることはできない。ヒトの病態生理学は独特なので、ＣＨＤについて動物モデルから得られた知見をヒトに対して一般化することはできない。ヒト疾病の遺伝的疫学を明確にするための最も重要な手法が遺伝的疫学的研究である理由は、動物研究が役に立たないためである。
【００３２】
ヒトにおける前向きコホート研究はこのような問題を解決する。ＧＷＳ、シークエンシング技術及びデータ解析方法の発展によって、複雑且つ多因子性の性質に係る罹病性遺伝子を特定し、この疾病における遺伝的素因及び環境／生活習慣因子の役割を新たな精密さをもって分析する試みが今では可能となった。遺伝的効果及び環境効果は一生の間に変化し、遺伝子情報データセットにおける縦断研究のみがこのような効果の研究を可能にする。疾病遺伝子の発見において集団遺伝学的手法が他の方法よりも優れる主な利点は、ヒトにおいて有効な診断マーカーが得られる点である。
【００３３】
ＣＨＤのような主要な公衆衛生問題を引き起こす遺伝子の同定は、以下に示す分子生物学、集団遺伝学及びバイオインフォマティクスにおける最近の発展によって、今では可能になった：  １．操作コストの低下とスループットの増加に劇的な変化をもたらす、新しいジェノタイピング・プラットフォームの入手可能性；  ２．高密度マーカー地図（＞１００，０００マーカー）を用いたゲノムスキャンの応用；  ３．ハプロタイプ共有分析を用いた、連鎖不平衡を試験するための新しい強力な統計学的手法によるデータ解析；そして  ４．遺伝的に均一な集団におけるゲノムスキャンには、従来考えられていたよりも少数の遺伝子マーカーで充分であるという認識。
【００３４】
マイクロサテライトマーカーと連鎖解析を用いた古典的なＧＷＳは、一般的な疾病の原因となる遺伝子の発見には成功していない。失敗の一因はＧＷＳに用いた遺伝子マーカーの数があまりにも少なかったことであり、他の一因は研究した集団があまりにも不均一だったことである。ヒトゲノムプロジェクトとジェノタイピング技術の発展により、全ヒトゲノムのマッピングのために、初めての高密度マーカー地図が最近入手可能となった。ユリラブ社（Jurilab）の使用したマイクロアレイは１００，０００個以上の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーのためのプローブを含有する。これらのＳＮＰは、ＡＭＩの原因となる疾病遺伝子の大部分を発見するのに充分に密集した、全ゲノムを網羅するマーカー地図を始めて形成する。
【００３５】
東フィンランド創始者集団における遺伝的均一性 
フィンランド人は、約４，０００年前と約２，０００年前に起きた２つのヒト移民群を先祖とする。Ｙ−染色体ハプロタイプとミトコンドリア配列の両方が、他のヨーロッパ集団と比べて低い遺伝的多様性を示し、フィンランドが長い間孤立していたことを裏付ける（Sajantila A et al, 1996）。３００年以上前のグスタヴ・ヴァーサ王の時代（１５２３年〜１５６０年）には、後期移住地域（late settlements）と呼ばれる、地域的な孤立集団（regional subisolates）が内部移住によって形成された（Peltonen L et al, 1999）。この中でも最も孤立していた地域が東フィンランドである。
【００３６】
東フィンランドの人口は、効果的な遺伝子発見プログラムを実施するのに充分な大きさを有する、現在知られる遺伝的に最も均一な隔離集団である。均一性の理由は、人口の年齢が若いこと（世代数が少ない）；創始者が少ないこと；長期に渡る地理的な隔離；そして戦争、飢餓と致死病の流行のよる人口増加の妨害が生じたことである。
【００３７】
東フィンランド人口の遺伝的均一性故に、重要な疾病素因遺伝子に含まれる変異とハプロタイプは少なく、罹患した個体は類似した遺伝的背景を共有している。より強力な連鎖不平衡（ＬＤ）故に、ＧＷＳ研究に必要なＳＮＰと対象者はより少数である。
【００３８】
発明の概要 
本発明は、ＡＭＩや他の心事故に対する危険度の変化に関連する一塩基多型（ＳＮＰ）マーカー、これらマーカーの組み合わせ及びハプロタイプ、並びに該マーカーやこれらマーカーの形成するハプロタイプが位置する遺伝子座が内部又は近傍に存在する、ＡＭＩや他の心事故に関連する遺伝子に関する。該ＳＮＰマーカーは、ＡＭＩを発症する危険度の上昇又はＡＭＩを発症する危険度の低下、即ち、ＡＭＩに対する防御、のいずれかに関連する。ここで「予測」又は危険度とは、危険度の上昇又は低下を含意する。
【００３９】
従って本発明は、ＡＭＩ関連ＳＮＰマーカー、ＳＮＰマーカーの組み合わせ、ＡＭＩ関連遺伝子領域に含まれるハプロタイプ、公知の遺伝子ではあるがＡＭＩとの関連は知られていない遺伝子、そしてＡＭＩリスク遺伝子に存在する多型を用いた、ＡＭＩに対する疾患感受性又は素因を推定するための方法のみならず、ＡＭＩの治療の臨床経過及び効果を予測するための方法を提供する。更に本発明は、本願で開示するＡＭＩ関連ＳＮＰマーカー、ＳＮＰマーカーの組み合わせ、ハプロタイプ及び遺伝子に基づく、新規な方法及び組成物を提供する。
【００４０】
更に本発明は、ＡＭＩに対する個体の疾患感受性や素因を推定するための方法であって、ＳＮＰマーカーとハプロタイプの存在を検出するか、表３〜１１に示したＡＭＩリスク遺伝子の発現の変化や、表３〜１１に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの変化を検出することを包含する方法に関する。変化は、量的変化、質的変化又はその両方である。
【００４１】
更に本発明は、ＡＭＩに対する個体の疾患感受性や素因を推定するための方法に関する。ＡＭＩに対する個体の疾患感受性や素因を推定するための該方法は、個体の核酸配列に存在する、危険性を示すハプロタイプの検出を包含する。
【００４２】
更に本発明は、ＡＭＩに対する個体の疾患感受性を推定するためのキットであって、その全体又は一部として、ＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を増幅するための増幅試薬、ＳＮＰマーカーのジェノタイピング用の検出試薬、及びデータ解析と危険度の評価のためのソフトウエアを包含する試験キットに関する。
【００４３】
１つの態様において本発明は、ＡＭＩに対する素因を診断するための方法に関する。ＡＭＩに対する個体の素因を診断するための該方法には、ＡＭＩを予測するＳＮＰマーカーの存在の検出みならず、該マーカーに関連する遺伝子の発現の変化の検出も含まれる。変化は、量的変化、質的変化又はその両方である。 
【００４４】
本発明の更なる目的は、対象生物の生物学的サンプルからＳＮＰマーカーを検出することで、ＡＭＩとＣＨＤに対する危険度を同定するための方法である。この方法によって得られた情報は、個体に関する他の情報、例えば、血液検査、臨床検査及びアンケート、と組み合わせることができる。血液検査としては、血漿又は血清のコレステロール及び高比重リポタンパク質コレステロールの測定が挙げられるが、これらに限定されるものではない。アンケートによって集める情報には、性別、年齢、家族歴や病歴、例えばＣＨＤと糖尿病の家族歴に関する情報が含まれる。検査によって集める臨床情報には、例えば、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、収縮期と拡張期の血圧及び心拍数が含まれる。
【００４５】
本発明の方法は、疾病発症前又は後のＡＭＩの正確な診断を可能とし、ＡＭＩによる衰弱効果を減少又は最小化する。この方法は、臨床症状やＣＨＤの兆候を示さない者、ＣＨＤを既に発症した者、ＣＨＤの家族歴を有する者、あるいはＡＭＩ又はＣＨＤに対する危険因子のレベルが上昇している者に適用することができる。
【００４６】
更に本発明は、ＡＭＩに対する個体の疾患感受性を診断するための方法を提供する。この方法は、一般的な集団と比べてＡＭＩ感受性の個体により高頻度で存在するＡＭＩを予測する、危険性を示すハプロタイプのスクリーニングを行うことを包含し、危険性を示すハプロタイプの存在をＡＭＩに対する疾患感受性の指標とする。「危険性を示すハプロタイプ」は、ＡＭＩに対する危険度の上昇ではなく、危険度の低下と関連してもよい。「危険性を示すハプロタイプ」は、ＡＭＩと高い関連性を示すマーカーと共に、本願で開示するハプロタイプの１種又は組み合わせを包含する。ＡＭＩに対する個体の疾患感受性を診断するためのキットも開示する。
【００４７】
当業者は、個体の核酸配列に存在する、１種又は数種の本発明のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドの解析は、多型部位に存在するヌクレオチドを決定することのできる方法や技術によって行うことができることを容易に理解する。当業界では明らかなように、ＳＮＰマーカーに存在するヌクレオチドは、いずれかの核酸配列又は両方の鎖から検出することができる。
【００４８】
本発明の主な利用法には、ＡＭＩや他の急性の心事故を発症する危険性の高い者を予測することが含まれる。ＡＭＩに寄与する遺伝的因子を特定する診断試験は、単独で使用するか、又は一般的な集団に対する個体の危険度を定義するための公知の臨床危険因子と組み合わせて使用することができる。ＡＭＩを発症する危険性を有する個体を同定するためのより良い方法は、より良い予防的及び治療的な養生法につながると考えられ、養生法には、以下に示す現在の臨床危険因子に対するより積極的な管理が含まれる：喫煙、高コレステロール血症、上昇したＬＤＬコレステロール値、低いＨＤＬコレステロール値、高血圧と血圧の上昇、糖尿病、グルコース不耐性、インシュリン耐性、メタボリック症候群、肥満、運動不足、及びＣ反応性タンパク質レベルや他の炎症性マーカーの上昇によって反映される炎症性成分。遺伝的危険度に関する情報は、特定の患者に生活習慣の調整（例えば、禁煙、カロリー摂取量の削減、運動量の増加）を医師が説得するために使用することもできる。
【００４９】
本発明の更なる目的は、薬物の抗動脈効果及び抗高血圧効果を試験するための対象となるヒトを選択するための方法を提供することにある。
【００５０】
本発明の更なる目的は、抗動脈薬及び抗高血圧薬を試験するための、臨床試験の対象を選択するための方法を提供することにある。
【００５１】
本発明の更なる目的は、ＡＭＩリスク遺伝子に存在する多型を用いた、ＡＭＩの治療の臨床経過及び効果を予測するための方法を提供することにある。本発明の遺伝子、遺伝子産物及び薬物は、狭心症などの他の臨床事故又は心事故の治療、その治療効果のモニタリング、及び薬物の開発にも有用である。ＣＨＤとＡＭＩの診断、治療及び予後判定のためのキットも提供する。
【００５２】
本発明の更なる目的は、ＣＨＤを発症した対象生物におけるＣＨＤの治療、又はＡＭＩを発症した対象生物におけるＡＭＩの治療のための方法であって、対象となるヒト又は動物の有する本発明の遺伝子のＤＮＡ配列、その発現又はタンパク質に影響を与える方法である。これに関連する本発明の目的は、対象生物におけるＣＨＤの発症又は対象生物におけるＡＭＩの発症を予防するための方法であって、対象となるヒト又は動物の有する本発明の遺伝子のＤＮＡ配列、その発現又はタンパク質に影響を与える方法である。
【００５３】
発明の詳細な説明 
典型的な標的集団 
ＡＭＩを発症する危険がある個体とは、例えば以下に挙げる危険因子の少なくとも１つを有する個体である：ＡＭＩの家族歴、喫煙、高コレステロール血症、上昇したＬＤＬコレステロール値、低いＨＤＬコレステロール値、高血圧症や血圧値の上昇、糖尿病、ブドウ糖不耐性、インシュリン耐性、メタボリック症候群、肥満症、運動不足、炎症性マーカーの上昇、及び１種又は数種のＡＭＩリスクＳＮＰマーカーを含む、危険性を示すアレルやハプロタイプ。
【００５４】
本発明の別の態様において、ＡＭＩを発症する危険性がある個体とは、ＡＭＩリスク遺伝子内にリスク増加アレルが存在する個体であり、多型の存在は、ＡＭＩ感受性が高いことを示す。本明細書で使用する「遺伝子」という用語は、ポリペプチドコード配列内のエレメントのみならず、その上流と下流に位置する調節エレメントの両方を含み、更にｍＲＮＡの５'及び３'非翻訳領域と、遺伝子の全てのエクソン配列とイントロン配列（更に選択的スプライシングが行われるエクソンとイントロン）を含有する全長ポリペプチドコード配列を含む全体の総称である。
【００５５】
危険性を示すアレルと危険性を示すハプロタイプの評価 
遺伝子マーカーは、ＡＭＩと関連する「多型部位」に存在する特定の「アレル」である。集団の中に複数の配列をもたらしうるヌクレオチドの位置を、本明細書では「多型部位」と称する。多型部位の長さが１ヌクレオチドの場合は、ＳＮＰと称する。例えば、特定の染色体位置のヌクレオチドが、集団に属するある個体ではアデニンであり、同じ集団の別の個体ではチミンの場合、この位置は多型部位であり、より詳細には、この多型部位はＳＮＰである。多型部位は、挿入、欠失、変換又は転座によってその長さが数ヌクレオチドであってもよい。多型部位に見られる各種の配列を、本明細書では、多型部位の「アレル」と称する。従って、上記の例では、ＳＮＰとしてアデニンアレルとチミンアレルの両方が可能である。
【００５６】
典型的には、特定の遺伝子について参照ヌクレオチド配列に参照する。参照配列と異なるアレルを、「変異型（variant）」アレルと称する。参照ヌクレオチド配列のコードするポリペプチドは、特定の参照アミノ酸配列を有する「参照」ポリペプチドであり、変異型アレルのコードするポリペプチドを、変異型アミノ酸配列を有する「変異型」ポリペプチドと称する。
【００５７】
変異型ヌクレオチド配列は、ポリペプチドの特性に作用する変化をもたらすことがある。参照ヌクレオチド配列との比較から明らかになるこうした配列差としては、挿入、欠失、変換及び置換が挙げられ、具体例としては、上記で詳細に説明したような、変異型ポリペプチドを生成するフレームシフトをもたらすことのある、挿入、欠失又は変換；中途終止コドン、アミノ酸の変化又は異常なｍＲＮＡスプライシングをもたらすことがある、少なくとも１つのヌクレオチドの置換；ヌクレオチドのコードする１種又は数種のアミノ酸の欠失をもたらすことがある、いくつかのヌクレオチドの欠失；読み枠中のコード配列の中断をもたらすことがある、不均等な組み換えや遺伝子変換などの、いくつかのヌクレオチドの挿入；配列の全て又は一部の重複；トランスポジション；又は詳しく上記したような、ヌクレオチド配列の再編成が挙げられる。このような配列の変化は、ＡＭＩ感受性遺伝子のコードするポリペプチドを変化させる。例えば、ポリペプチド配列の変化をもたらすヌクレオチドの変化は、ポリペプチドの活性、分布及び安定性の変化、あるいはポリペプチドの特性に別の作用をもたらすことによって、ポリペプチドの生理学的特性を劇的に変化させることができる。
【００５８】
あるいはまた、変異型ヌクレオチド配列は、遺伝子の転写又はそのｍＲＮＡの翻訳に影響する変化をもたらすことがある。遺伝子の調節領域に存在する多型部位は、組織特異性、転写率、転写因子への応答などの変化によって、遺伝子の転写に変化をもたらすことがある。ｍＲＮＡに対応する遺伝子領域に存在する多型部位は、安定した二次構造をｍＲＮＡに誘導し、ｍＲＮＡの安定性に影響を与えることなどによって、ｍＲＮＡの翻訳に変化をもたらすことがある。こうした配列の変化は、ＡＭＩ感受性遺伝子の発現を変化させることがある。
【００５９】
本明細書に記載する「ハプロタイプ」とは、例えば、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したような、遺伝子マーカー（「アレル」）の全ての組み合わせを意味する。またハプロタイプは、２個以上のアレルを含んでいてもよい。
【００６０】
当業者には認知されているように、ハプロタイプを定義するアレルを異なる鎖から求めることによって、同じハプロタイプであっても、異なった形で記載されることがある。例えば、本明細書に記載したハプロタイプ rs834485、rs856283、rs1260817、rs1260772 (T G C A) は、全てのアレルをもう一方の鎖から決定したハプロタイプ rs834485、rs856283、rs1260817、rs1260772 (A C G T) や、１番目のアレルのみをもう一方の鎖から決定したハプロタイプ rs834485、rs856283、rs1260817、rs1260772 (A G C A) と同じである。
【００６１】
例えば、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したような、本発明で開示するハプロタイプは、ＡＭＩを有していない個体よりも、ＡＭＩを有している個体においてより頻繁に見られるものである。従って、これらのハプロタイプは、個体におけるＡＭＩ又はＡＭＩ感受性を検出するための予測力を有する。多型部位に存在する配列を検出するための公知の方法によって、ハプロタイプの検出を行うことができる。
【００６２】
本発明で開示する、危険性を示すＡＭＩ関連アレルと危険性を示すＡＭＩ関連ハプロタイプは、本発明のＡＭＩ関連遺伝子に存在する他の「多型部位」と関連するとも考えられることが理解されよう。こうした他のＡＭＩ関連多型部位は、遺伝子マーカーと同等に有用か、あるいは危険性を示す本発明のアレルとハプロタイプについて観察されるＡＭＩとの関連を説明する、原因性変異型（causative variations）としてより有用である。
【００６３】
本明細書で説明したいくつかの方法においては、ＡＭＩを発症する危険性のある個体とは、危険性を示すアレル又は危険性を示すハプロタイプが同定された個体である。１つの態様においては、危険性を示すアレル又は危険性を示すハプロタイプは、ＡＭＩの有意な危険度を示すものである。１つの態様においては、アレル又はハプロタイプと関連する有意性はオッズ比で測定する。更に別の態様においては、有意性は百分率で測定する。１つの態様においては、有意な危険度を示すオッズ比は少なくとも約１．２であり、具体的にはオッズ比が０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．５、３．０、４．０、５．０、１０．０、１５．０、２０．０、２５．０、３０．０及び４０．０の場合が挙げられるが、これらに限定されるものではない。更に別の態様においては、危険度の有意な増加と低下は少なくとも約２０％であり、具体的には、約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％及び９８％が挙げられるが、これらに限定されるものではない。更に別の態様においては、危険度の有意な増加は少なくとも約５０％である。しかし、危険度が医学的に有意か否かの判定は、特定の疾患、アレルやハプロタイプ、そして屡々環境因子を含む、多様な因子にも依存することが理解されよう。
【００６４】
ＡＭＩリスク遺伝子内に存在するかＡＭＩリスク遺伝子の一部を包含する、リスクを示すハプロタイプとは、健康な個体（対照者）に存在する頻度と比べて、ＡＭＩを発症する危険性のある個体（ＡＭＩ感受性保持者（affected））に存在する頻度の方がより高いハプロタイプであり、ハプロタイプの存在が、ＡＭＩの存在又はＡＭＩに対する疾患感受性の指標となるものである。
【００６５】
好ましい対応においては、この方法は、ＡＭＩリスク遺伝子内の所定の部位に置けるＳＮＰの存在又は出現頻度を個体について検出することを包含し、健常対照個体と比べて、過剰なＳＮＰ又はその出現頻度の上昇は、ＡＭＩを発症しているかＡＭＩ感受性が高いことを示す。スクリーニング用のツールとして使用することのできるハプロタイプを構成することのできるＳＮＰについては、例えば、表４、５、６、７、８、１０及び１１を参照。危険性を示すハプロタイプからこのようなＳＮＰマーカーを同定することができる。例えば、危険性を示すハプロタイプには、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したようなマイクロサテライトマーカー及び／又はＳＮＰが含まれる。ハプロタイプの存在は、ＡＭＩの存在又は、ＡＭＩに対する疾患感受性が高いことを示すので、本明細書で説明する治療法の標的集団に該当する個体の指標となる。
【００６６】
従って、本発明の方法は特に、ＡＭＩの指標となる、危険性を示す以下のハプロタイプを定義する、１種又は数種のＳＮＰマーカーの検出に関するものである。
【００６７】
1) ハプロタイプ“T G C A”を定義する、rs834485 (C/T)、rs856283 (A/G)、rs1260817
(A/C) と rs1260772 (A/G)；
2) ハプロタイプ“C C”を定義する、rs1932818 (C/T) と rs6663269 (C/G)；
3) ハプロタイプ“G A”を定義する、rs7605386 (C/G) と rs9288697 (A/C)；
4) ハプロタイプ“A T G G A”を定義する、rs3903306 (A/T)、rs6432539 (C/T)、
rs1364703 (C/G)、rs1966530 (A/G) と rs5002908 (A/G)；
5) ハプロタイプ“T C”を定義する、rs997274 (C/T) と rs6788511 (A/C)；
【００６８】
6) ハプロタイプ“T A A G C”を定義する、rs864391 (C/T)、rs854202 (A/G)、
rs2014378 (A/G)、rs952621 (A/G) と rs1877960 (C/T)；
7) ハプロタイプ“A A T G”を定義する、rs1445362 (A/G)、rs1O513252 (A/G)、
rs1O513253 (C/T) と rs4610179 (A/G)；
8) ハプロタイプ“T A G”を定義する、rs682913 (C/T)、rs725425 (A/C) と rs1423260
(A/G)；
9) ハプロタイプ“C A”を定義する、rs919740 (C/T) と rs10515639 (A/G)；
10) ハプロタイプ“T A G T”を定義する、rs10499001 (C/T)、rs4144270 (A/G)、
rs4515397 (A/G) と rs10499000 (C/T)；
【００６９】
11) ハプロタイプ“C T G”を定義する、rs1407658 (C/T)、rs2025272 (G/T) と 
rs9283864 (C/G)；
12) ハプロタイプ“A C G T”を定義する、rs10503268 (A/C)、rs1038062 (C/T)、
rs10503269 (A/G) と rs1038058 (C/T)；
13) ハプロタイプ“C C C G C”を定義する、rs10503616 (C/T)、rs10503617 (C/T)、
rs2717719 (C/T)、rs1488925 (A/G) と rs2035681 (C/T)；
14) ハプロタイプ“C G T C”を定義する、rs2994298 (C/T)、rs7463074 (A/G)、
rs2975534 (C/T) と rs2975533 (C/T)；
15) ハプロタイプ“G G T T”を定義する、rs1O491744 (A/G)、rs1543587 (A/G)、
rs1O74789 (C/T) と rs7025842 (C/T)；
【００７０】
16) ハプロタイプ“A C T A”を定義する、rs1O491753 (A/C)、rs13284133 (A/C)、
rs1O491756 (G/T) と rs1O491757 (A/G)；
17) ハプロタイプ“G T G C”を定義する、rs1542750 (A/G)、rs10501763 (C/T)、
rs10501764 (A/G) と rs10501765 (C/T)；
18) ハプロタイプ“A T C C”を定義する、rs721346 (A/C)、rs1400549 (C/T)、
rs503208 (C/G)、rs7127296 (A/C)；
19) ハプロタイプ“C G A”を定義する、rs10483879 (C/T)、rs2885625 (A/G) と 
rs6574333 (A/G)； 
20) ハプロタイプ“A T T A”を定義する、rslO49884 (A/T)、rs1364256 (C/T)、
rs7185078 (C/T) と rs7193075 (A/G)；
【００７１】
21) ハプロタイプ“G G”を定義する、rs1O521277 (A/G) と rs1O19156 (A/G)；
22) ハプロタイプ“G T G G”を定義する、rs223128 (G/T)、rs223154 (G/T) と rs315499 
(A/G)、rs10512437 (A/G)；
23) ハプロタイプ“T A T”を定義する、rs1O513997 (C/T)、rs1O513998 (A/G) と 
rs10514026 (T/G)；
24) ハプロタイプ“T G G A”を定義する、rs799275 (C/T)、rs5957801 (A/G)、
rs5909851 (A/G) と rs10521707 (A/G)；
25) ハプロタイプ“G A C T”を定義する、rs764198 (A/G)、rs1O521816 (A/G)、
rs1O521817 (C/T) と rs3135496 (C/T)；
【００７２】
26) ハプロタイプ“C C”を定義する、rs623360 (C/G) と rs627069 (C/G)；
27) ハプロタイプ“C T G”を定義する、rs7547716 (A/C)、rs1891174 (C/T) と 
rs1O494841 (A/G)；
28) ハプロタイプ“C G T G C”を定義する、rs1O493353 (C/T)、rs1323851 (G/T)、
rs834485 (C/T)、rs856283 (A/G) と rs1260817 (A/C)；
29) ハプロタイプ“A T A C”を定義する、rs3106653 (A/C)、rs2961958 (A/T)、rs2591169 
(A/T) と rs1O497144 (C/G)；
30) ハプロタイプ“C G A”を定義する、rs1O497192 (C/T)、rs7605386 (C/G) と 
rs9288697 (A/C)；
【００７３】
31) ハプロタイプ“G C G T”を定義する、rs1851328 (A/G)、rs6711457 (C/T)、
rs10498053 (C/G) と rs6744504 (C/T)；
32) ハプロタイプ“A G C A”を定義する、rs9310496 (A/G)、rs10510450 (A/G)、
rs4685356 (A/C) と rs10510452 (A/G)；
33) ハプロタイプ“A C T G C”を定義する、rs10510660 (A/G)、rs951973 (C/T)、
rs1487994(G/T)、rs10510661 (C/G) と rs6805290 (C/T)；
34) ハプロタイプ“G C G”を定義する、rs1O18341 (G/T)、rs953304 (C/G) と rs1O514726
(G/T)；
35) ハプロタイプ“C G T C”を定義する、rs1355533 (C/T)、rs1357287 (A/G)、
rs1403101 (C/T) と rs1356612 (C/T)；
【００７４】
36) ハプロタイプ“T C”を定義する、rs1O513261 (C/T) と rs1881922 (C/T)；
37) ハプロタイプ“A A C A C”を定義する、rs1O23714 (A/T)、rs2400502 (A/G)、
rs2400503 (C/T)、rs10515605 (A/G) と rs7709159 (C/T)；
38) ハプロタイプ“G A G G”を定義する、rs1O515495 (A/G)、rs4976445 (A/G)、
rs1O491335 (A/G) と rs6878439 (A/G)；
39) ハプロタイプ“A C C C”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs786135 (A/C)、rs1357194 (C/T)、rs9285412 (C/T) と rs9320498 (A/C)；
40) ハプロタイプ“A A T T T”を定義する、rs10486559 (A/G)、rs10486562 (A/G)、
rs757397 (C/T)、rs735664 (C/T) と rs720659 (G/T)；
【００７５】
41) ハプロタイプ “C C T T”を定義する、rs1961352 (A/C)、rs2029832 (C/T)、
rs9741 (C/T) と rs10503616 (C/T)；
42) ハプロタイプ“G C C C”を定義する、rs10503555 (A/G)、rs10503557 (C/T)、
rs2410361 (A/C) と rs10503561 (C/T)；
43) ハプロタイプ“G C A”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs260816 
(C/G)、rs260818 (A/C) と rs361315 (A/G)；
44) ハプロタイプ“C C A”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1940357 
(A/C)、rs535908 (C/T) と rs510628 (A/T)；
45) ハプロタイプ“T C G C G”を定義する、rs2706218 (C/T)、rs897167 (C/T)、rs10506333
(C/G)、rs998401 (C/T) と rs3741673 (A/G)；
【００７６】
46) ハプロタイプ“C G A A”を定義する、rs762721 (A/C)、rs1O491992 (C/G)、
rs1O491993(A/G) と rs2213177 (A/G)；
47) ハプロタイプ“C C T G”を定義する、rs760002 (A/C)、rs10483259 (A/C)、
rs956163 (C/T) と rs1O483261 (A/G)；
48) ハプロタイプ“A A T C”を定義する、rs2713961 (A/G)、rs1O512591 (A/G)、
rs2344989 (C/T) と rs2452932 (C/G)；
49) ハプロタイプ“T A A G”を定義する、rs10502579 (C/T)、rs627346 (A/G)、
rs10502582 (A/T) と rs10502584 (A/G)；
50) ハプロタイプ“A G A C”を定義する、rs5949853 (A/T)、rs4348668 (A/G)、
rs1O521497 (C/T)、rs707289 (A/G) と rs20369 (C/T)；
51) ハプロタイプ“G A C T”を定義する、rs764198 (A/G)、rs1O521816 (A/G)、
rs1O521817 (C/T) と rs3135496 (C/T)；
52) ハプロタイプ“C G G T G”を定義する、rs1O521773 (C/T)、rs2022565 (A/G)、
rs1569890 (A/G)、rs5977614 (C/T) と rs1O521774 (C/G)。
【００７７】
治療の経過のモニタリング 
本発明は、１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子の発現（例えば、相対的又は絶対的な発現）に対する、ＡＭＩ治療の効果をモニタリングするための方法に関する。ＡＭＩ感受性遺伝子のｍＲＮＡ、それがコードするポリペプチド、コードするポリペプチドの生物活性は、末梢血又はそこから誘導した細胞のサンプルから測定することができる。発現やポリペプチドの生物活性のレベルは、ＡＭＩ治療剤による治療を行う前と治療中に評価することができる。
【００７８】
例えば、本発明の１つの態様においては、標的集団の一員である個体について、ＡＭＩ阻害剤による治療に対する応答を評価する。評価は、末梢血中全体又は特定の細胞副画分、あるいは細胞副画分の組み合わせにおける、ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの生物活性、あるいはＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチド又はｍＲＮＡの絶対的及び／又は相対的なレベルを測定することで行う。
【００７９】
更に、ＡＭＩリスク遺伝子の内部又は近傍（１〜数百ｋｂの範囲内）に見られるハプロタイプや変異などの変異型は、ＡＭＩやその合併症を予防したり治療したりするための医薬製剤（pharmaceutical agent）に関して行う臨床試験の効力や効率を高めるために、ＡＭＩの危険性の高い個体を同定するのに用いることができる。ハプロタイプやその他の変異型は、他の経路が関与するＡＭＩを発症している患者を排除するか分別することで、試験する治療法に適した経路の関与する患者を集め、臨床試験の効力と感受性を増加させるために用いることもできる。このような変異型は、個体のための医薬製剤の選択を手引きする薬理遺伝学的試験（pharmacogenetic test）に用いることもできる。
【００８０】
プライマー、プローブ及び核酸分子 
「プローブ」や「プライマー」は、塩基特異的な形式で核酸分子の相補鎖にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである。「塩基特異的な形式」とは、プライマーやプローブがハイブリダイズするのに十分な程度のヌクレオチド相補性を２つの配列が有していることを意味する。従って、プライマーやプローブの配列は、テンプレートの配列に対して完全に相補的である必要はない。塩基置換がハイブリダイゼーションを阻害しない限り、非相補的な塩基や修飾塩基がプライマーやプローブ中に散在していてもよい。核酸テンプレートは、プライマーやプローブに対して種々の相補性を示す「非特異的プライミング配列」又は「非特異的配列」を更に包含してもよい。このようなプローブとプライマーとしては、ポリペプチド核酸（polypeptide nucleic acid）が挙げられる（Nielsen PE et al, 1991）。
【００８１】
プローブやプライマーは、本発明の核酸の中の連なった少なくとも約１５ヌクレオチド、例えば約２０〜２５ヌクレオチド、特定の態様においては約４０、５０又は７５ヌクレオチド（例えば、連続した核酸の配列）にハイブリダイズする核酸領域を包含する。
【００８２】
好ましい態様においては、プローブやプライマーは、１００個以下のヌクレオチドを包含し、特定の態様においては６〜５０ヌクレオチド、例えば１２〜３０ヌクレオチドを包含する。別の態様においては、プローブやプライマーは、連続した核酸の配列又はその相補鎖と少なくとも７０％同一であり、例えば、少なくとも８０％同一、特定の態様においては少なくとも９０％同一、別の態様においては少なくとも９５％同一である。あるいはプローブやプライマーは、連続した核酸配列又はその相補鎖に選択的にハイブリダイズすることさえ可能である。プローブやプライマーは、屡々、ラジオアイソトープ、蛍光化合物、酵素又は酵素の補因子などの標識を更に包含する。
【００８３】
本発明のアンチセンス核酸分子は、表３〜８、１０と１１のヌクレオチド配列、及び／又は表３〜８、１０と１１の配列の相補鎖、及び／又は表３〜８、１０と１１の配列及び／又は表３〜８、１０と１１の配列の相補鎖の一部、及び／又はアミノ酸配列をコードする配列（但し、これらのいずれも、所望により、表３〜８、１０と１１に示した多型の少なくとも１種を包含してもよい）に基づいて設計し、公知の方法を用いて、化学合成及び酵素による連結反応によって構築することができる。例えば、アンチセンス核酸分子（アンチセンスオリゴヌクレオチドなど）は、自然界に見られるヌクレオチドや、もしくは、分子の生物学的安定性の増加や、アンチセンス核酸とセンス核酸の間で形成される２本鎖の物理的安定性の増加を目的として設計された種々の修飾ヌクレオチド（例えばホスホロチオエート誘導体やアクリジン置換ヌクレオチド）を用いて化学合成することができる。また、アンチセンス核酸分子は、アンチセンスの方向に核酸分子がサブクローニングされた（つまり、挿入した核酸分子から転写したＲＮＡが、目的の標的核酸に対してアンチセンスの方向になるようにした）発現ベクターを用いて生物学的に製造することもできる。
【００８４】
本発明で開示するＡＭＩ関連遺伝子の核酸配列は、患者の内在性ＤＮＡ配列と比較することで遺伝的障害（ＡＭＩ素因又は感受性など）を同定するために用いることができ、また、プローブとして用い、関連するＤＮＡ配列とハイブリダイズして発見したり、公知の配列をサンプルから取り除いたりすることができる。核酸配列は更に、遺伝子フィンガープリント法のためのプライマーの誘導、ＤＮＡ免疫法を用いた抗ポリペプチド抗体の産生、及び抗ＤＮＡ抗体の産生や免疫応答の誘発のための抗原として用いることができる。本願で同定したヌクレオチド配列（及び対応する完全な遺伝子配列）の一部、即ち断片は、ポリヌクレオチド試薬として種々の用途に用いることができる。例えば、これらの配列は、（ｉ）各配列に対応する遺伝子を染色体上にマッピングすることによる、遺伝性疾患に関連する遺伝子領域の位置の特定；（ii）微小な生物学的サンプルからの個体の同定（組織タイピング）；そして（iii）生物学的サンプルの法医学的な同定の補助に用いることができる。加えて、本発明のヌクレオチド配列は、解析、特徴づけ又は治療用途に用いるための組み換えポリペプチドの同定と発現に用いたり、対応するポリペプチドが恒常的に、又は組織分化の際に、又は疾患状態で発現される組織のためのマーカーとして使用したりすることができる。加えて核酸配列は、本発明で開示するスクリーニング及び／又は診断アッセイのための試薬として用いることができ、また本発明で開示するスクリーニング及び／又は診断アッセイに使用するキット（例えば試薬キット）の構成成分として含めることができる。
【００８５】
ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体 
遺伝子産物の１つの形態には特異的に結合するが、遺伝子産物の他の形態には結合しないポリクローナル抗体及び／又はモノクローナル抗体を提供する。変異型又は参照遺伝子産物のいずれかの、１種又は数種の多型部位を含む部分に結合する抗体も提供する。本明細書に記載される「抗体」とは、免疫グロブリン分子、及び免疫グロブリン分子の免疫学的活性部位（即ち、ある抗原に特異的に結合する抗原結合部位を含む分子）の総称である。本発明のポリペプチドに特異的に結合する分子は、該ポリペプチドやその断片には結合するが、サンプル（例えば、天然に該ポリペプチドを含む生物学的サンプル）の中の他の分子とは実質的に結合しない分子である。免疫グロブリン分子の免疫学的活性部位の例としては、ペプシンなどの酵素で抗体を処理することによって得られるＦ(ａｂ) 断片とＦ(ａｂ')2 断片が挙げられる。本発明は、本発明のポリペプチドと結合するポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体を提供する。本明細書に記載される「モノクローナル抗体」や「モノクローナル抗体組成物」とは、本発明のポリペプチドの特定のエピトープと免疫反応可能な抗原結合部位の内、同じ１種を含む一群の抗体分子の総称である。従って、典型的なモノクローナル抗体組成物は、この組成物が免疫反応を示す特定の本発明のポリペプチドに対して、１つの結合親和性のみを提示する。
【００８６】
ポリクローナル抗体は、当業者に公知の方法、即ち、適切な対象生物を所望の免疫原（例えば、本発明のポリペプチド又はその断片）で免疫することによって製造することができる。免疫した対象生物における抗体力価は、例えば、固定したポリペプチドを用いる酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）などの標準的な方法で、経時的にモニタリングすることができる。所望であれば、ポリペプチドに対する抗体分子を哺乳動物（例えば、その血液）から単離し、更にプロテインＡクロマトグラフィー法などの公知の処理方法で精製して、ＩｇＧ画分を得ることができる。免疫後の適当な時点（例えば、抗体力価が最大値に達した時点）で抗体産生細胞を対象生物から採取し、それを用いて、ハイブリドーマ法（Kohler G and Milstein C, 1975）、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ法（Kozbor D et al, 1982）、ＥＢＶ−ハイブリドーマ法（Cole SP et al, 1994）又はトリオーマ法（Hering S et al, 1988）などの標準的な技術でモノクローナル抗体を製造することができる。ハイブリドーマを製造するためには、不死化細胞株（典型的には骨髄腫）を、上記の免疫原で免疫した哺乳動物に由来するリンパ球（典型的には脾細胞）に融合し、得られたハイブリドーマ細胞の培養上清のスクリーニングを行って、本発明のポリペプチドと結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを同定する。
【００８７】
リンパ球と不死化細胞株の融合に用いる公知のプロトコルのどれでも、本発明のポリペプチドに対するモノクローナル抗体の産生に適用することができる（Bierer B et al, 2002）。更に、当業者であれば、同じように有用な、上記の方法のバリエーションも存在することを理解できよう。
【００８８】
モノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマを調製する代わりに、ポリペプチドで組み換え免疫グロブリンコンビナトリアルライブラリー（例えば、抗体ファージディスプレーライブラリー）のスクリーニングを行い、ポリペプチドに結合する免疫グロブリンライブラリーのメンバーを単離することで、本発明のポリペプチドに対するモノクローナル抗体を同定して単離することができる（Hayashi N et al, 1995；Hay BN et al, 1992；Huse WD et al, 1989；Griffiths AD et al, 1993）。ファージディスプレーライブラリーを産生し、スクリーニングするためのキットは市販されている。
【００８９】
加えて、通常の組み換えＤＮＡ法を用いた製造が可能な、ヒト化キメラモノクローナル抗体などの、ヒト由来の部分とヒトに由来しない部分を包含する組み換え抗体も本発明の範囲内に含まれる。こうしたヒト化キメラモノクローナル抗体は、公知の組み換えＤＮＡ技術によって製造することができる。
【００９０】
一般的に、本発明の抗体（例えばモノクローナル抗体）は、アフィニティークロマトグラフィー法又は免疫沈降法などの標準的な技術で本発明のポリペプチドを単離するために用いることができる。ポリペプチド特異的抗体は、細胞からの天然ポリペプチドの精製と、宿主細胞で発現される、組み換えによって産生されたポリペプチドの精製を容易にする。更に、本発明のポリペプチドに特異的な抗体は、ポリペプチドの発現量と発現パターンを評価するために、（例えば、細胞溶解物、細胞上清又は組織サンプル中の）ポリペプチドの検出に用いることができる。抗体は、ＡＭＩ感受性を予測するための試験の一部、あるいは臨床試験の手順の一部（例えば、養生法の有効性を決めるための手順）として、組織（例えば血液）に存在するタンパク質のレベルを診断目的でモニタリングするために用いることができる。検出は、抗体を検出可能物質にカップリングさせることによって容易になる。検出可能物質としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料、生物発光材料及び放射性材料が挙げられる。好適な酵素の具体例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ及びアセチルコリンエステラーゼが挙げられ；好適な補欠分子族複合体の具体例としては、ストレプトアビジン／ビオチン及びアビジン／ビオチンが挙げられ；好適な蛍光材料の具体例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド及びフィコエリトリンが挙げられ；好適な発光材料としては、ルミノールが挙げられ；好適な生物発光材料としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン及びエクオリンが挙げられ；好適な放射性材料としては、125Ｉ、131Ｉ、35Ｓ及び3Ｈが挙げられる。
【００９１】
診断アッセイ 
本発明で開示するプローブ、プライマー及び抗体は、ＡＭＩ又はＡＭＩ感受性の診断方法のみならず、ＡＭＩ、ＡＭＩ感受性やＡＭＩ関連疾患や病態に対する感受性の診断に有用なキットにも用いることができる。
【００９２】
本発明の１つの態様においては、本発明で開示する危険性を示す１種又は数種のアレル、ハプロタイプ、又はそれらの組み合わせを、本発明で開示する対象生物の核酸から検出することによって、ＡＭＩ又はＡＭＩ感受性の診断（もしくはＡＭＩ関連疾患や病態又はＡＭＩ関連疾患や病態に対する感受性の診断）を行う。
【００９３】
本発明の１つの態様においては、本発明で開示する危険性を示すアレル及び／又はハプロタイプに関連する１種又は数種の多型部位を本発明で開示する対象生物の核酸から検出することによって、ＡＭＩ又はＡＭＩ感受性の診断（もしくはＡＭＩ関連疾患や病態又はＡＭＩ関連疾患や病態に対する感受性の診断）を行う。診断において最も有用な多型部位は、フレームシフト、中途終止コドン、アミノ酸の変化又は異常なｍＲＮＡスプライシングによって、ＡＭＩ関連遺伝子のポリペプチド構造を変化させる多型部位である。多くの場合、ポリペプチドのアミノ酸配列に変化をもたらすヌクレオチドの変化は、ポリペプチドの生理学的特性を変化させ、その結果、ポリペプチドの活性、分布及び安定性が変化したり、その他のポリペプチドの特性が影響を受けたりする。診断において有用な他の多型部位としては、組織特異性の変化、転写率の変化、生理学的状態に対する応答の変化、ｍＲＮＡの翻訳効率の変化、及びｍＲＮＡの安定性の変化によって、ＡＭＩ関連遺伝子の転写又はそのｍＲＮＡの翻訳に影響を与える多型部位である。ＡＭＩ関連遺伝子のポリペプチド構造の変化や、ＡＭＩ関連遺伝子の発現の変化を伴う変異型ヌクレオチド配列の存在によって、ＡＭＩ感受性を有すると診断することができる。
【００９４】
診断用途においては、機能的多型と連鎖不平衡の状態にある、疾患危険度を予測するための情報を提供する多型を用いてもよい。こうした機能的多型は、スプライシング部位の変化や、ｍＲＮＡの安定性又は輸送の変化を伴うか、あるいは核酸の転写と翻訳の変化を伴う。機能的多型に関連する変異型ヌクレオチド配列の存在によって、ＡＭＩ感受性を有すると診断することができる。
【００９５】
我々は限られた数のＳＮＰマーカーについてジェノタイピングを行い、それらを本願の実施例に記載したが、本発明で同定したＡＭＩリスク遺伝子のいずれかにおいて、上述したような機能的変異、調節的変異又は他の変異のいずれかが見られる場合、ＡＭＩ危険度の予測が可能であると期待される。
【００９６】
診断アッセイにおいては、１種又は数種の本発明のＡＭＩ関連ＳＮＰマーカーに存在するヌクレオチドのみならず、本発明のＡＭＩ関連ＳＮＰマーカーと関連する多型部位も個体の核酸から検出するが、この検出は、多型部位に存在するヌクレオチドを正確に検出することが可能ないかなる方法や技術で行ってもよい。数多くの好適な方法が当業界では報告されており（Kwok P-Y, 2001；Syvanen A-C, 2001）、そのような方法としては、ハイブリダイゼーションアッセイ、連結反応アッセイ、プライマー伸長アッセイ、酵素開裂アッセイ、化学的開裂アッセイ及びこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されるものではない。アッセイは、ＰＣＲ、固相固定工程、修飾オリゴヌクレオチド、標識プローブ又は標識ヌクレオチドを含んでいても、含んでいなくてもよく、アッセイはマルチプレックスでもシングルプレックスでもかまわない。当業界では自明であるように、多型部位に存在するヌクレオチドは、核酸の２本鎖の内の１本又は両方から検出することができる。
【００９７】
本発明の別の態様においては、ＡＭＩ感受性の診断を、１種又は数種のＡＭＩ関連遺伝子の転写の検査によって行うことが可能である。転写の変化は、ハイブリダイゼーション法、酵素開裂アッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ及びマイクロアレイなどの、当業界で報告されている多様な方法で解析することができる。個体から試験サンプルを採取し、サンプル中に含まれるＲＮＡからＡＭＩ関連遺伝子の転写の変化を評価する。転写の変化によって、ＡＭＩ感受性を有すると診断することができる。
【００９８】
本発明の別の態様においては、ＡＭＩ感受性の診断は、ＡＭＩ感受性ポリペプチドの発現及び／又は構造及び／又は機能の検査によっても行うことが可能である。個体から得た試験サンプルについて、ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの発現及び／又は構造及び／又は機能の変化の存在、あるいはＡＭＩリスク遺伝子のコードする特定の変異型ポリペプチド（例えばイソフォーム）の存在のいずれかを評価する。ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの発現の変化とは、例えば、ポリペプチド発現の量的変化（即ち、産生ポリペプチド量の変化）であり、ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの構造及び／又は機能の変化とは、ポリペプチド発現の質的変化（例えば、変異型ＡＭＩ感受性ポリペプチド、異なるスプライシング変異体やイソフォームの発現）である。好ましい態様においては、ＡＭＩリスク遺伝子のコードする特定のスプライシング変異体、又はスプライシング変異体の特定のパターンの検出によって、ＡＭＩに関連する疾患や病態、又はＡＭＩに関連する疾患や病態に対する感受性を診断することができる。
【００９９】
ＡＭＩ感受性ポリペプチドの発現及び／又は構造及び／又は機能の変化は、当業界でよく知られる多様な方法、例えば、クロマトグラフィー法、分光法、比色分析法、電気泳動法、等電点電気泳動法、特異的開裂法、免疫学的手法、及び生物活性の測定に基づくアッセイや、種々のアッセイの組み合わせによって測定することができる。本明細書において、ポリペプチドの発現又は組成における「変化」とは、対照サンプルにおけるＡＭＩリスク遺伝子によるポリペプチドの発現や、ポリペプチドの組成と比較した際に、試験サンプルに見られる発現と組成の変化である。対照サンプルとは、試験サンプルに対応するサンプル（例えば、同じ種類の細胞から得たもの）であって、ＡＭＩを発症していない（not affected）個体から得たものである。対照サンプルと比べて変化した、試験サンプルにおけるポリペプチドの発現と組成は、ＡＭＩに対する感受性が高いことを示す。
【０１００】
変異型ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドに特異的に結合する上記の抗体、変異していない遺伝子のコードするポリペプチドに特異的に結合する抗体、又はＡＭＩリスク遺伝子のコードする特定のスプライシング変異体に特異的に結合する抗体を用いたウエスタンブロット法によって、試験サンプルにおける、特定のスプライシング変異体やイソフォーム、又は多型ＡＭＩリスク遺伝子や変異型ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの存在、あるいは特定のスプライシング変異体やイソフォーム、又は多型ではない遺伝子や変異していない遺伝子のコードするポリペプチドの不存在を検出することができる。ＡＭＩリスク遺伝子のコードする特定のスプライシング変異体の存在（又は不存在）と同様に、多型遺伝子や変異型遺伝子のコードするポリペプチドの存在、又は多型でない遺伝子や変異していない遺伝子のコードするポリペプチドの不存在によって、ＡＭＩ感受性を有すると診断することができる。
【０１０１】
上記方法の１つの態様においては、試験サンプル中のＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドのレベル又は量を、対照サンプル中のＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドのレベル又は量と比較する。試験サンプル中のポリペプチドのレベル又は量が、対照サンプル中のポリペプチドのレベル又は量よりも高いか低く、この差が統計的に有意である場合には、試験サンプル中のポリペプチドのレベル又は量は、ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの発現の変化を示し、これによってＡＭＩ感受性を有すると診断することができる。上記方法に代わる方法としては、試験サンプル中のＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの組成を、対照サンプル中のＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの組成（例えば、種々のスプライシング変異体の存在）と比較する。試験サンプル中のポリペプチドの組成と対照サンプル中のポリペプチドの組成の違いによって、ＡＭＩ感受性を有すると診断することができる。更に別の態様においては、ポリペプチドのレベルや量と組成の両方を試験サンプルと対照サンプルにおいて評価することができる。試験サンプルと対照サンプルとの比較から明らかなポリペプチドの量やレベルの違い、組成の違い、又は量やレベルの違いと組成の違いの両方が、ＡＭＩに対する感受性が高いことを示す。
【０１０２】
別の態様においては、ＡＭＩリスク遺伝子の多型又は変異型がコードするポリペプチドのスプライシング変異体やイソフォームを評価することができる。この評価は、直接的に（例えば、ポリペプチドそのものの検査によって）又は間接的に（例えば、ｍＲＮＡのプロファイリングなどによる、ポリペプチドをコードするｍＲＮＡの検査によって）行うことができる。例えば、本発明で開示するプローブやプライマーは、標準的な方法によって、ＡＭＩリスク遺伝子のｍＲＮＡがどのスプライシング変異体やイソフォームをコードしているのかを決定することができる。
【０１０３】
ＡＭＩ又はＡＭＩ危険度に関連する特定のスプライシング変異体やイソフォームの試験サンプルにおける存在、又はＡＭＩ又はＡＭＩ危険度と関連のない特定のスプライシング変異体やイソフォームの試験サンプルにおける不存在によって、ＡＭＩリスク遺伝子に関連する疾患や病態、又はＡＭＩリスク遺伝子の関連する疾患や病態に対する感受性を有すると診断することができる。同様に、ＡＭＩ又はＡＭＩ危険度に関連する特定のスプライシング変異体やイソフォームの試験サンプルにおける不存在、又はＡＭＩ又はＡＭＩ危険度に関連のない特定のスプライシング変異体やイソフォームの試験サンプルにおける存在によって、ＡＭＩリスク遺伝子に関連する疾患や病態ではない、又はＡＭＩリスク遺伝子の関連する疾患や病態に対する感受性を有していないと診断することができる。
【０１０４】
更に本発明は、ＡＭＩリスク遺伝子に存在する危険性を示すアレル又は危険性を示すハプロタイプを同定することによって、個体におけるＡＭＩ感受性の診断と同定を行うための方法に関する。１つの態様においては、この危険性を示すアレル又は危険性を示すハプロタイプは、ハプロタイプの存在によってＡＭＩの危険度が有意に増加するアレル又はハプロタイプである。危険度が有意か否かの判定は、特定の疾患、ハプロタイプ、そして屡々環境因子を含む多様な因子に依存すると理解すべきであるが、有意性はオッズ比又は百分率で求めることもできる。更に別の態様においては、有意性は百分率で求める。１つの態様においては、有意な危険度とはオッズ比が０．８以下又は少なくとも約１．２の場合であり、具体的にはオッズ比が０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．５、３．０、４．０、５．０、１０．０、１５．０、２０．０、２５．０、３０．０及び４０．０の場合が挙げられるが、これらに限定されるものではない。更に別の態様においては、オッズ比が少なくとも１．２の場合を有意とする。更に別の態様においては、オッズ比が少なくとも約１．５の場合を有意とする。更に別の態様においては、危険度の有意な増加又は低下とは、オッズ比が少なくとも約１．７の場合である。更に別の態様においては、危険度の有意な増加とは少なくとも約２０％の増加であり、具体的には、約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％及び９８％の増加が挙げられるが、これらに限定されるものではない。更に別の態様においては、危険度の有意な増加又は低下は少なくとも約５０％の変化である。しかし、危険度が医学的に有意か否かの判定は、特定の疾患、アレルやハプロタイプ、そして屡々環境因子を含む多様な因子に依存することを理解されよう。
【０１０５】
本発明はまた、個体におけるＡＭＩ又はＡＭＩ感受性を診断する方法であって、健常個体（対照）と比較して、ＡＭＩに対して感受性の高い（発症している（affected））個体において存在頻度が高まっている、ＡＭＩリスク遺伝子に含まれる危険性を示すハプロタイプのスクリーニングを包含し、ハプロタイプの存在が、ＡＭＩ又はＡＭＩに対する感受性を意味することを特徴とする方法に関する。スクリーニング用のツールとして使用することのできるハプロタイプを構成するＳＮＰマーカーについては、例えば、表４、５、６、７、８、１０及び１１を参照。これ等の表に列挙したＳＮＰマーカーは危険性を示すハプロタイプを表し、ＡＭＩに対する感受性を決定するための診断試験の設計に用いることができる。
【０１０６】
診断方法に有用なキット（試薬キットなど）は、本明細書で説明したいかなる方法においても有用な構成成分を包含しており、そのような成分としては、例えば、以下のものが挙げられる：ＰＣＲプライマー、本明細書で説明したハイブリダイゼーション用のプローブやプライマー（標識したプローブやプライマーなど）、ＳＮＰマーカーのジェノタイピングのための試薬、標識分子を検出するための試薬、（ＲＦＬＰ分析などのための）制限酵素、アレル特異的なオリゴヌクレオチド、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、標識用酵素、変化した又は変化していない（天然の）ＡＭＩ感受性ポリペプチドと結合する抗体、１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子を包含する核酸断片を増幅する手段、１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子の核酸配列を分析するための手段、又は１種又は数種のＡＭＩ感受性ポリペプチドのアミノ酸配列を分析するための手段。１つの態様においては、ＡＭＩに対する感受性を診断するためのキットは、ＡＭＩに対する感受性の高い個体において存在頻度が高まっている、危険性を示すハプロタイプを含むＡＭＩリスク遺伝子領域の核酸増幅を行うためのプライマーを包含してもよい。このようなプライマーは、ＡＭＩの指標となるＳＮＰに隣接する核酸の一部を用いて設計することができる。
【０１０７】
本発明は、１回又は少数回のジェノタイピングを行い、ＡＭＩ及び／又はＣＨＤを予測する能力に基づいて、タイピングする変異を選択するという原理に基づいている。従って、ゲノムＤＮＡサンプル中の変異体のジェノタイピングはいかなる方法を用いてもよい。リアルタイムＰＣＲなどの非並列法を用いる場合には、タイピングは連続して行う。ＰＣＲ反応は、マルチプレックスで行うか、あるいはそれぞれ独立系で連続して行うか、又は等量を用いて並列に行う。
【０１０８】
本発明の検出方法は、検出工程で得られた指標を確認するために、本発明の方法（クレーム１参照）の工程ｂ）で得られた結果を、対象生物の年齢；性別；高血圧、糖尿病や高コレステロール血症に関する家族歴、及びＣＶＤと糖尿病の治療歴に関する情報と組み合わせる工程を更に包含してもよい。このような情報には、家族内での高コレステロール血症、喫煙状況、家族内でのＣＶＤ、ＣＶＤの家族歴、家族内での肥満、及びウエスト/ヒップ比（waist-to-hip circumference ratio）（ｃｍ／ｃｍ）が含まれていてもよい。
【０１０９】
本発明の検出方法は、血液、血清又は血漿中の、コレステロール、ＨＤＬコレステロール、ＬＤＬコレステロール、トリグリセリド、アポリポタンパクＢとＡＩ、フィブリノーゲン、フェリチン、トランスフェリン受容体、Ｃ反応性タンパク質、あるいは血清又は血漿インシュリン濃度を測定する工程を更に包含してもよい。
【０１１０】
ＡＭＩ又はＣＨＤを発症する確率を予測するスコアは、多変量故障時間モデル（multivariate failure time model）又はロジスティック回帰式を用いて計算することができる。上述した、本発明の方法に付加する更なる工程で得られる結果によって、ＡＭＩを発症する確率を以下のロジスティック回帰式で計算する工程が可能となる。
【０１１１】
ＡＭＩを発症する確率 ＝１／［１＋ｅ(−(−ａ＋Σ(ｂi×Ｘi))］  
式中、ｅはネーピアの定数であり、ＸiはＡＭＩに関連した変数であり、ｂiは上記変数のロジスティック関数における係数であり、ａはロジスティック関数の定数項であるが、但し、ａ値とｂi値は、この方法を実施する対象の属する集団から求められる値であることが好ましく、Ｘi値は、この方法を実施する対象の属する集団で測定した変数から選ばれる値であることが好ましい。ｂi値は−２０と２０の間であることが好ましく、ｉ値は０（即ち、なし）と１００，０００の間であることが好ましい。ｂi値が負の係数であるということは、このマーカーが危険度の低下を示すことを意味し、正の係数であるということは、このマーカーが危険度の増加を示すことを意味する。
【０１１２】
Ｘi値は、ＳＮＰマーカーのように０又は１と表されるかコード化される２値変数である。加えてこのモデルには、変数Ｘiのいかなる相互作用（積）や項（例えば、ｂiＸi）が含まれてもよい。１年、２年、５年、１０年又は２０年以内にＡＭＩを発症する危険度を百分率で示す単純な予測を行うために、情報を組み合わせるアルゴリズムも開発されている。
【０１１３】
これに代わる統計学的モデルとしては、コックスの比例ハザードモデル、他の反復モデル及びニューラルネットワークモデルなどの故障時間モデルが挙げられる。
【０１１４】
この試験は、ＡＭＩを発症する危険度を試験するために健常者に実施することも、スクリーニング又は素因の試験として高リスク患者（即ち、ＣＨＤの家族歴、高い血漿コレステロール濃度、高血圧又は糖尿病、あるいはこれらの組み合わせ、あるいは他の心臓病リスク因子の高い者）に実施することもできる。
【０１１５】
この方法は、成人におけるＡＭＩの予測又は初期診断、臨床試験のための対象者の層化と選択、予防的及び治療的な集中介入を行う対象者の層化と選択に用いることができる。その目的は、治験薬の臨床試験及び健康管理のコスト削減である。
【０１１６】
医薬組成物 
本発明は、本願に記載した薬剤（agent）、特にＡＭＩリスク遺伝子内のヌクレオチド及び／又はＡＭＩリスク遺伝子のコードする他のスプライシング変異体を包含する薬剤；及び／又は本願に記載したように、ＡＭＩリスク遺伝子の発現又はＡＭＩ感受性遺伝子ポリペプチドの活性を変化（例えば、増強又は阻害）する薬剤を包含する医薬組成物に関する。例えば、ポリペプチド、タンパク質（例えば、受容体）、ＡＭＩリスク遺伝子の発現を変化させる薬剤、ＡＭＩ感受性ポリペプチド結合性物質や結合パートナー、それらの断片、融合タンパク質やプロドラッグ、あるいは本発明のヌクレオチドを包含するヌクレオチド又は核酸構築物（ベクター）、あるいはＡＭＩ感受性遺伝子ポリペプチド活性を変化させる薬剤を、生理的に許容される担体や賦形剤と共に処方し、医薬組成物を調製することができる。担体と組成物は滅菌することができる。処方は投与方法に適したものでなければならない。
【０１１７】
本発明に適した薬学的に許容される担体に特に限定はなく、水、塩溶液（例えば、ＮａＣｌ）、生理食塩水、緩衝化生理食塩水、アルコール類、グリセロール、エタノール、アラビアガム、植物油、ベンジルアルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、炭水化物（乳糖、アミロース、デンプンなど）、デキストロース、マグネシウムステアレート、タルク、珪酸、粘性パラフィン、香油、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドンや、これ等の組み合わせなどが挙げられる。所望により医薬組成物は、有効成分と有害な反応を起こさない付加的な成分、例えば、潤滑剤、保存料、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧を調整するための塩類、緩衝剤、着色剤、調味料及び／又は香料などと混合してもかまわない。
【０１１８】
所望により組成物は更に、微量の浸潤剤か乳化剤又はｐＨ調節剤を含有してもよい。組成物は、溶液、懸濁液、乳状液、錠剤、丸剤、カプセル、徐放性製剤又は粉剤とすることができる。組成物は、古典的なバインダーや担体であるトリグリセリドなどと共に、座薬として処方することもできる。経口製剤は、標準的な担体、例えば、医薬用のマニトール、ラクトース、デンプン、マグネシウムステアレート、ポリビニルピロリドン、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどを含んでいてもよい。
【０１１９】
上記の組成物を導入する方法に特に限定はなく、皮内、筋肉内、腹膜内、眼内、静脈内、皮下、局所、経口及び鼻腔内への投与が挙げられる。他の適した導入方法としては、（以下で説明する）遺伝子療法、再充電可能か生体分解可能な機構、粒子加速化装置（“ジーンガン”）及び薬物徐放型高分子機構が挙げられる。本発明の医薬組成物は、他の成分と共に、コンビナトリアル療法の一部として投与することもできる。
【０１２０】
医薬組成物は、慣例的な手順に従って処方し、ヒトへの投与に適合した医薬組成物とすることができる。例えば、典型的な静脈注射用の組成物は、滅菌済みの等張水性緩衝液の溶液である。必要な場合には、医薬組成物は更に可溶化剤と、注射する部位の痛みを低減するための局所麻酔剤を含んでもよい。一般的に、処方材料はそれぞれ個別に供給するか、投与単位形式に混合したもの（例えば、有効成分の量を表示したアンプルや小袋などの容器に密封した、凍結乾燥品の乾燥粉末又は水を含まない濃縮物）として供給する。医薬組成物を点滴で投与する場合には、医薬組成物は、医薬用の滅菌水、生理食塩水又はデキストロース／水の入った点滴用ビンに分配することができる。医薬組成物を注射によって投与する場合には、投与前に処方材料を混合できるように、注射用の滅菌水又は生理食塩水の入ったアンプルを提供することができる。
【０１２１】
局所投与のためには、局所投与に適合し、好ましくは水よりも力学的粘性率の高い担体を包含する、非スプレー形態あるいは粘性〜半固体又は固体の形態を用いることができる。適当な処方に特に限定はないが、溶液、懸濁液、乳液、クリーム、軟膏、粉末、浣腸、ローション、ゾル、塗布剤、膏薬、エアゾールなどが挙げられ、これらは、所望により、滅菌してもよいし、また補助剤（例えば、保存料、安定化剤、湿潤剤、浸透圧を調整するための塩類や緩衝剤など）と混合してもかまわない。有効成分は化粧品処方剤に導入してもよい。局所投与にはスプレー可能なエアゾール製剤も適しており、この場合は有効成分を、好ましくは固体状又は液状の不活性担体と共にスクィーズボトルに梱包したり、加圧した揮発性の、通常は気体状の噴射剤（例えば、圧縮空気）と更に混合して梱包したりする。
【０１２２】
本願に記載した薬剤は、中性の形態でも、塩の形態でも処方することができる。薬学的に許容される塩類としては、塩酸、リン酸、酢酸、蓚酸、酒石酸などから誘導した、遊離アミノ基を有するもの、及びナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第二鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどから誘導した、遊離カルボキシル基を有するものが挙げられる。
【０１２３】
薬剤は、治療効果を発揮する量を投与する。特定の疾患又は病態を治療する上で治療効果を発揮する量は、疾患や病態の性質に依存し、標準的な臨床技術で決定することができる。更に、最適投与範囲の同定を助けるために、in vitro又はin vivoのアッセイを所望により用いてもよい。製剤に用いる厳密な量は投与経路及びＣＨＤの病状の重症度にも依存するので、医療従事者の判断と各患者の状況とに基づいて決定しなければならない。効果的な投与量は、in vitroの試験システム又は動物モデルの試験システムから得られた用量−反応曲線から外挿することもできる。
【０１２４】
更に本発明は、本発明の医薬組成物の１つ以上の材料の入った１つ以上の容器を包含する、医薬用パック又はキットを提供する。所望により、このような容器と関連して、医薬品及び生物学的製品の製造、使用又は販売を監督する政府機関の定める書式に基づく説明書が添付されてもよく、このような説明書は、医薬組成物がヒト投与用としての製造、使用又は販売が政府機関に認められていることを反映する。パックやキットは、投与方法、薬物投与の順序（例えば、個別に、順番に又は一緒に）などの情報を記載したラベルを添付してもよい。パックやキットは、更に患者が薬剤摂取を忘れないようにする手段を含んでもよい。パックやキットは、組み合わせ療法の中の単一投与単位からなるものでも、複数の投与単位からなるものでもよい。特に、薬剤は、個別でも、いかなる組み合わせで混合してもよいし、１つのバイアルや錠剤の形で存在してもかまわない。薬剤は、ブリスターパックや他のディスペンサー手段にまとめられていることが好ましい。本発明の目的においては、単位用量とは、各成分の薬力学に依存する用量を意味し、標準的な投与間隔のもとにＦＤＡ許可用量で投与するものである。
【０１２５】
治療方法 
本発明は、ＡＭＩ治療剤を用いた、ＣＨＤ、ＡＭＩ又はＡＭＩに対する感受性を有する個体、例えば、本願明細書で開示した標的集団に属する個体、を治療するための方法（予防方法及び／又は療法）を包含する。「ＡＭＩ治療剤」とは、ＡＭＩリスク作用性のポリペプチド（の酵素活性又は量）及び／又は本願明細書で開示したＡＭＩリスク遺伝子の発現を変化（例えば、増加又は低下）させる薬剤（例えば、ＡＭＩのアゴニスト又はアンタゴニスト）である。ＡＭＩ治療剤は、以下に例示する種々の方法でＡＭＩ感受性ポリペプチドの活性又はＡＭＩ核酸の発現を変化させることができる：付加的なＡＭＩ感受性ポリペプチドの提供、あるいはＡＭＩリスク遺伝子の転写又は翻訳の上方制御；ＡＭＩ感受性ポリペプチドの翻訳後プロセシングの変更；ＡＭＩリスク遺伝子のスプライシング変異体の転写の変更；ＡＭＩ感受性ポリペプチド活性への（例えば、ＡＭＩ感受性ポリペプチドに結合することによる）干渉；ＡＭＩリスク遺伝子の転写又は翻訳の下方制御；あるいはＡＭＩ感受性ポリペプチドの排除の阻害又は向上。
【０１２６】
特に本発明は、ＡＭＩ又はＡＭＩに対する感受性（例えば、本願明細書で開示した、危険性を示す集団に属する個体）を治療する方法のみならず、ＣＨＤの症状発現やサブタイプの治療方法に関する。ＣＨＤとしては、心筋梗塞、狭心症、アテローム性動脈硬化症、急性冠状動脈症候群（例えば、不安定狭心症、非ＳＴ上昇型心筋梗塞（ＮＳＴＥＭＩ）又はＳＴ上昇型心筋梗塞（ＳＴＥＭＩ））、下肢閉塞性動脈硬化症、脳卒中、及びＡＭＩの合併症や後遺症（例えば、うっ血性心不全、心肥大や不整脈）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０１２７】
ＡＭＩ治療剤の代表例としては、以下のものが挙げられる：
本願で開示した核酸、その断片又は誘導体、特に本願で開示したポリペプチドをコードするヌクレオチドや、このような核酸（例えば、遺伝子、ｃＤＮＡ及び／又はｍＲＮＡ；２本鎖干渉ＲＮＡ；ＡＭＩ感受性ポリペプチド、その活性断片や誘導体、又はオリゴヌクレオチド、例えば、表３〜１１、をコードする核酸）を包含するベクター；
他のポリペプチド（例えば、ＡＭＩ感受性受容体）；ＡＭＩ感受性ポリペプチドに対する結合性物質；模倣ペプチド；上記ポリペプチドの融合タンパク質やプロドラッグ、抗体（例えば、上述したような、ＡＭＩ感受性ポリペプチド変異体に対する抗体、変異体ではないＡＭＩ感受性ポリペプチドに対する抗体、ＡＭＩリスク遺伝子のコードする特定のスプライシング変異体に対する抗体）；リボザイム；他の低分子；
ＡＭＩリスク遺伝子の発現又はポリペプチドの活性を変える（例えば、阻害又は拮抗する）薬剤、ＡＭＩリスク遺伝子のスプライシング変異体の転写を調節する薬剤（例えば、どのスプライシング変異体が発現されるかに影響を与える薬剤や、発現されるそれぞれのスプライシング変異体の量に影響を与える薬剤）などの他の薬剤；及び
ＡＭＩリスク遺伝子の発現又はポリペプチドの活性を変える（例えば、誘導又はアゴナイズする）薬剤、ＡＭＩリスク遺伝子のスプライシング変異体の転写を調節する薬剤（例えば、どのスプライシング変異体が発現されるかに影響を与える薬剤や、発現されるそれぞれのスプライシング変異体の量に影響を与える薬剤）などの他の薬剤。
【０１２８】
所望により、１種を超えるＡＭＩ治療剤を同時に使用することもできる。
【０１２９】
核酸であるＡＭＩ治療剤は、ＡＭＩの治療に用いられる。本願において「治療」という用語は、疾患に関連した症状を改善することだけでなく、疾患の発症を予防又は遅らせることも意味し、更には、疾患に伴う症状の重症度や頻度を減少させること、疾患又は病態の再発を予防又は遅らせること及び／又は疾患又は病態に伴う症状の重症度や頻度を減少させることも意味する。アテローム性動脈硬化症の場合、「治療」は、更にプラーク発生の最小化又は退縮も意味する。治療法は、個体におけるＡＭＩポリペプチドの活性を変化（例えば、阻害又は増加）、置換又は補足するように設計する。例えば、ＡＭＩ治療剤は、ＡＭＩリスク遺伝子やＡＭＩ感受性遺伝子の特定のスプライシング変異体の発現や存在量を上方制御又は増加させるために投与することができ、あるいはそれとは反対に、ＡＭＩリスク遺伝子やＡＭＩ感受性遺伝子の特定のスプライシング変異体の発現や存在量を下方制御又は低下させるために投与することもできる。本来のＡＭＩリスク遺伝子やその特定のスプライシング変異体の発現や存在量の上方制御又は増加は、欠陥遺伝子や別のスプライシング変異体の発現や活性に干渉したり、補ったりすることができる。又、本来のＡＭＩリスク遺伝子やその特定のスプライシング変異体の発現や存在量の下方制御又は低下は、欠陥遺伝子や別のスプライシング変異体の発現や活性を最小化することで、欠陥遺伝子や特定のスプライシング変異体の影響を最小化することができる。
【０１３０】
ＡＭＩ治療剤は、治療効果を発揮する量（即ち、疾患に関連した症状を改善する、疾患の発症を予防又は遅らせる、及び／又は疾患に伴う症状の重症度や頻度を減少させたりすることで、疾患を治療するのに充分な量）を投与する。特定の個体の有する障害又は病状を治療する上で治療効果を発揮する量は、疾患に伴う病状や重症度に依存し、標準的な臨床技術で決定することができる。更に、最適投与範囲の同定を助けるために、in vitro又はin vivoのアッセイを所望により用いてもよい。製剤に用いる厳密な量は投与経路及び疾患又は障害の重症度にも依存するので、医療従事者の判断と各患者の状況とに基づいて決定しなければならない。効果的な量は、in vitroの試験システム又は動物モデルの試験システムから得られた用量−反応曲線から外挿することもできる。
【０１３１】
１つの態様においては、本発明の核酸（例えば、表３〜１１の、ＡＭＩ感受性ペプチドをコードする核酸であり、所望により表３〜１１に示した少なくとも１種の多型を包含するもの）；又はＡＭＩ感受性ポリペプチド、そのスプライシング変異体、誘導体又は断片をコードする他の核酸を、それぞれ単独で、又は上述した医薬組成物として用いることができる。例えば、ＡＭＩリスク遺伝子又はＡＭＩ感受性ポリペプチドをコードするｃＤＮＡは、単独で又はベクターに入れた形態で細胞に（in vitro又はin vivo）で導入し、細胞に本来のＡＭＩ感受性ポリペプチドを産生させる。必要であれば、遺伝子、ｃＤＮＡ、又は遺伝子かｃＤＮＡを含むベクターで形質転換した細胞を、疾患に罹患した個体に導入（又は再導入）することができる。こうすることで、天然では本来のＡＭＩリスク遺伝子の発現及び活性を失っているか、ＡＭＩ変異体の発現又は活性を有するか、又は疾患関連ＡＭＩリスク遺伝子のスプライシング変異体を発現する細胞を、ＡＭＩ感受性ポリペプチド、あるいはＡＭＩ感受性ポリペプチド（又はＡＭＩ感受性ポリペプチドの別の変異型）の活性断片を発現するように操作することができる。好ましい態様においては、ＡＭＩ感受性ポリペプチドをコードする核酸、その活性断片又は誘導体を発現ベクター（例えば、ウイルスベクター）に導入し、得られたベクターを動物内の適切な細胞に導入することができる。ウイルス性導入システムと非ウイルス性導入システムを含む他の遺伝子導入システムも用いることができる。また、リン酸カルシウム共沈殿法や機械的技法（例えば、マイクロインジェクション）などの非ウイルス性導入システム、膜融合リポソームによる導入（membrane fusion-mediated transfer）、又はＤＮＡの直接取り込みも用いることができる。
【０１３２】
本発明の他の態様においては、上記方法の代わりに、本発明の核酸、本発明の核酸に相補的な核酸、又はこのような核酸の一部（例えば、後述するオリゴヌクレオチド）を「アンチセンス」療法に使用する。この場合は、ＡＭＩリスク遺伝子のｍＲＮＡ及び／又はゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズする核酸（例えば、オリゴヌクレオチド）を投与するか又はin situで産生する。ｍＲＮＡ及び／又はＤＮＡに特異的にハイブリダイズするアンチセンス核酸は、例えば、翻訳及び／又は転写を阻害することで、ＡＭＩ感受性ポリペプチドの発現を阻害する。アンチセンス核酸の結合は、型どおりの相補的塩基対の結合によるものでもよいし、あるいは、例えば、２本鎖ＤＮＡへの結合のように、二重らせんの主溝との特異的な相互作用によるものでもよい。
【０１３３】
本発明のアンチセンス構築物は、例えば、上述した発現プラスミドとして送達することができる。細胞内でプラスミドが転写されると、ｍＲＮＡ及び／又はＤＮＡのＡＭＩ感受性ポリペプチドをコードする部分と相補的なＲＮＡを産生する。また、アンチセンス構築物は、ex vivoで作製して細胞に導入したオリゴヌクレオチドプローブでもよく、これはＡＭＩリスク遺伝子のｍＲＮＡ及び／又はゲノムＤＮＡとハイブリダイズすることで発現を阻害する。１つの態様において、オリゴヌクレオチドプローブは、in vivoで安定になるように、内在性のヌクレアーゼ（例えば、エキソヌクレアーゼ及び／又はエンドヌクレアーゼ）に耐性の修飾オリゴヌクレオチドである。アンチセンスオリゴヌクレオチドとして用いる核酸分子の具体例としては、ＤＮＡのホスホロアミデートアナログ、ホスホロチオエートアナログ及びメチルホスホネートアナログが挙げられる。更に、アンチセンス療法に有用なオリゴマーを構築するための一般的な方法が、例えば、van der Krol AR et al, 1988とStein CA and Cohen JS, 1988に記載されている。アンチセンスＤＮＡについては、翻訳開始部位（例えば、ＡＭＩリスク遺伝子配列の−１０〜＋１０の領域）から誘導したオリゴデオキシリボヌクレオチドが好ましい。
【０１３４】
アンチセンス療法を実施するために、ＡＭＩ感受性ポリペプチドをコードするｍＲＮＡに相補的なオリゴヌクレオチド（ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ又はＤＮＡ）を設計する。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＡＭＩ感受性のｍＲＮＡ転写産物に結合し、翻訳を防止する。絶対的な相補性が好ましいものの、必ずしも必要ない。本明細書で述べるような、ＲＮＡのある部分に「相補的」な配列とは、ＲＮＡにハイブリダイズし、安定な２本鎖を形成するのに充分な相補性を有している配列である。２本鎖アンチセンス核酸の場合には、２本鎖ＤＮＡの１本鎖を試験するか、又は３本鎖の形成をアッセイする。ハイブリダイズする能力は、上記で詳細に説明したようなアンチセンス核酸の有する相補性の程度と長さの両方に依存する。一般的に、ハイブリダイズする核酸が長いほど、そこに含まれる、ＲＮＡに対してミスマッチな塩基の数が増えても、安定な２本鎖（場合によっては３本鎖）を形成することができる。当業者は、標準的な方法を用いて許容されるミスマッチの程度を確認することができる。
【０１３５】
アンチセンス療法に用いるオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はそれらのキメラ混合物、誘導体又は修飾したものであり、１本鎖でも２本鎖でもよい。オリゴヌクレオチドは、例えば、分子やハイブリダイゼーションの安定性を高めるために、その塩基成分、糖成分又はリン酸骨格が修飾されていてもよい。オリゴヌクレオチドには、他の付加的な基が含まれていてもよく、（例えば、in vivoで宿主細胞の受容体のターゲティングを行うための）ペプチドや、細胞膜の通過を容易にする物質（Letsinger RL et al, 1989; Lemaitre M et al, 1987）や血液脳関門の通過を容易にする物質（Jaeger LB and Banks WA, 2004）、更にはハイブリダイゼーションに伴って開裂を引き起こす試薬（hybridization-triggered cleavage agent）（van der Krol AR et al, 1988）やインターカレーション試薬（Zon G, 1988）が含まれていてもよい。そのためにオリゴヌクレオチドは他の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーションに伴って架橋を引き起こす試薬（hybridization triggered cross-linking agent）、輸送試薬、又はハイブリダイゼーションに伴って開裂を引き起こす試薬）に結合していてもよい。 
【０１３６】
アンチセンス分子は、in vivoでＡＭＩリスク遺伝子を発現する細胞に送達される。アンチセンスＤＮＡ又はＲＮＡの細胞への送達には、数々の方法を用いることができ、例えば、アンチセンス分子を組織部位に直接注射したり、目的の細胞を標的とするように修飾したアンチセンス分子（例えば、標的細胞の表面に発現されている受容体や抗原に特異的に結合するペプチド又は抗体に連結したアンチセンス分子）を全身に投与したりすることができる。又、好ましい態様においては、アンチセンスオリゴヌクレオチドが強力なプロモーター（例えば、pol III又はpol II）の制御下におかれている組み換えＤＮＡ構築物を利用する。患者の中の標的細胞をトランスフェクトするためにこのような構築物を使用すると、内在性ＡＭＩリスク遺伝子転写産物と相補的な塩基対を形成するのに充分な量の１本鎖ＲＮＡが転写され、ＡＭＩ感受性ｍＲＮＡの翻訳を防止する。例えば、細胞がベクターを取り込み、アンチセンスＲＮＡの転写を誘導するように、ベクターをin vivoで導入することもできる。このようなベクターは、転写されて目的アンチセンスＲＮＡを産生する限り、エピソームのままでも、染色体に組み込まれてもかまわない。このようなベクターは、上述した標準的な組み換えＤＮＡ工学的手法で構築することができる。例えば、プラスミド、コスミド、ＹＡＣ又はウイルスベクターを用いて組み換えＤＮＡ構築物を調製し、調製した構築物を組織部位に直接導入することができる。又、目的の組織に選択的に感染するウイルスベクターを用いて、他の方法（例えば、全身的な方法）で投与を達成することもできる。
【０１３７】
標的化相同組み換えによってＡＭＩリスク遺伝子又はそのプロモーターを不活化又は「ノックアウト」することで、内在性のＡＭＩリスク遺伝子の発現も減少させることもできる（Smithies O et al, 1985； Thomas KR and Capecchi MR, 1987；Thompson S et al, 1989）。例えば、内在性ＡＭＩリスク遺伝子（又はＡＭＩリスク遺伝子のコード領域又は調節領域）に相同なＤＮＡが隣接した、非機能的なＡＭＩリスク遺伝子の変異体（又は全く関係のないＤＮＡ配列）を、単独あるいは選択マーカー及び／又は負の選択マーカーと共に用い、ＡＭＩリスク遺伝子をin vivoで発現する細胞にトランスフェクトする。標的化相同組み換えによるＤＮＡ構築物の挿入は、ＡＭＩリスク遺伝子の不活化をもたらす。組み換えＤＮＡ構築物は、直接投与するか、又は上述したような適切なベクターを用いることで、必要な部位にin vivoでターゲティングすることができる。代わりに、以下の類似した方法を用いて、変異体ではないＡＭＩリスク遺伝子の発現を増加させることもできる：  変異体ではない機能的なＡＭＩリスク遺伝子（例えば、表３〜１１に示したいずれかの遺伝子であって、所望により、表３〜１１に示した少なくとも１種の多型を包含するもの）又はその部分配列を包含するＤＮＡ構築物を、標的化相同組み換えを用いて、上述したような細胞の有するＡＭＩリスク遺伝子変異体と置き換わるように挿入する。他の態様においては、細胞に存在するものとは異なる変異型ＡＭＩ感受性ポリペプチドをコードする核酸を包含するＤＮＡ構築物を、標的化相同組み換えを用いて挿入する。
【０１３８】
又、ＡＭＩリスク遺伝子の調節領域（即ち、ＡＭＩリスク遺伝子のプロモーター及び／又はエンハンサー）に相補的なデオキシリボヌクレオチド配列のターゲティングを行い、体内の標的細胞において、ＡＭＩリスク遺伝子の転写を防止する三重らせん構造を形成することで、内在性ＡＭＩリスク遺伝子の発現を減少することもできる（Helene C, 1991；Helene C et al, 1992；Maher LJ, 1992）。同様に、ＡＭＩタンパク質の１つの正常な生物活性と拮抗する、本願明細書に開示したアンチセンス構築物は、in vivoの組織とex vivoの培養組織の両方において、組織の操作（例えば、組織分化）に用いることができる。更にアンチセンス技術（例えば、アンチセンス分子のマイクロインジェクション、又は転写産物がＡＭＩｍＲＮＡ又は遺伝子配列のアンチセンスとなるプラスミドのトランスフェクション）は、成体組織におけるＡＭＩリスク遺伝子の正常細胞機能のみならず、発生段階におけるＡＭＩリスク遺伝子の役割を研究するために用いることができる。このような技術は、細胞培養に利用することができ、トランスジェニック動物の作製にも使用することできる。
【０１３９】
本発明の別の態様においては、本明細書に開示した他のＡＭＩ治療剤もＡＭＩの治療又は予防に用いることができる。治療剤は、上述したような組成物の形態で送達するか、又は治療剤そのものを送達することができる。治療剤は全身的に投与するか、又は特定の組織にターゲティングすることができる。治療剤は、化学合成、組み換え体による産生、in vivoでの産生（例えば、トランスジェニック動物による産生（Meade H et al, 1990））などの種々の方法で製造し、本願明細書に記載したような標準的な方法で単離することができる。
【０１４０】
上記の治療方法のいかなる組み合わせ（例えば、変異体ではないＡＭＩ感受性ポリペプチドの投与と、ＡＭＩ感受性ｍＲＮＡ変異体を標的とするアンチセンス療法の組み合わせ；又はＡＭＩリスク遺伝子のコードする第１のスプライシング変異体の投与と、ＡＭＩリスク遺伝子のコードする第２のスプライシング変異体を標的とするアンチセンス療法の組み合わせ）も使用することができる。
【０１４１】
本願は、実施細則８０１(ａ)(ｉ) に基づいて電子データとして提出した配列表及び表を含む。
【０１４２】
本発明を、以下の実施例によって更に説明するが、これらは本発明を限定するものではない。本明細書で参照する文献の教示の全てが、参照することによって組み込まれたものとする。
【０１４３】
実施例 
フィンランド東部のＡＭＩ患者とその表現型の特徴づけ 
クオピオ虚血性心疾患危険因子研究（Kuopio Ischaemic Heart Disease Risk Factor Study；ＫＩＨＤ）、即ち、ＡＭＩやＣＶＤを含む、中年男性に見られる慢性疾患の危険因子を調査するために進行中の、前方視的な集団群研究（prospective population-based study）の参加者を被験者とした（Salonen JT 1988, Salonen JT et al 1999, Tuomainen T-P et al 1999）。研究対象となる集団は、基礎検査を実施した１９８４年〜１９８９年の時点で４２歳、４８歳、５４歳又は６０歳であったフィンランド東部在住の男性から無作為に抽出した年齢別サンプルである。１９８４年〜１９８９年の間に合計２６８２人の男性を検査した。男性コホートの１１年目の追跡調査期間に当たる１９９８年〜２００１年に最初の検査を実施した、人口から無作為に抽出した９２０人の女性によって、男性コホートを補完した。心事故の追跡調査を２００２年の末まで実施したことで、追跡年数が１３年間〜１８年間にわたった。被験者の募集と検査方法については、既に詳細に報告した（Salonen JT 1988）。この研究は、クオピオ大学研究倫理委員会（University of Kuopio Research Ethics Committee）の承認済みである。全ての参加者から書面による同意を得ている。
【０１４４】
追跡調査期間中のＣＨＤとＡＭＩに関するデータは、国立電子化退院登録（national computerized hospital discharge registry）とのコンピューターによる記録連鎖（computer record linkage）によって得た。診断情報は病院から集め、全ての心臓麻痺症例を厳格な、既に確立された基準に従って分類した。急性心事故の診断的分類は、症状、心電図による知見、心筋酵素の上昇、解剖知見とＣＨＤの病歴に基づいていた。心事故と推定された症例（ＩＣＤ−９コード ４１０−４１４及びＩＣＤ−１０コード Ｉ２０−Ｉ２５）は、次のように分類した：  １）ＡＭＩであることが確実な症例、２）ＡＭＩと考えられる症例、３）ＣＨＤを示す、２０分以上続く典型的な急性の胸の痛み、４）蘇生に成功した虚血性心停止、５）急性の心事故なし、又は６）分類不能な致命的な症例。ＡＭＩを明示するための本解析には、分類１）〜３）をまとめて使用した。
【０１４５】
症例群は、ＡＭＩであることが確実であるか、又はＡＭＩと考えられるもの、あるいは典型的な長時間の胸の痛みを患い、ＡＭＩの家族歴のある（ＡＭＩ患者（親か兄弟／姉妹）が家族に少なくとも一人いる）ものと定義した。これらの特徴は、対象となる症例の心疾患が遺伝子によって生じたものであり、非遺伝的因子によるものではない可能性を高めるために決定した。類推的理由から、対照群は親にも兄弟／姉妹にもＡＭＩの家族歴がなかった。
【０１４６】
同じＫＩＨＤコホートから、症例群と同じ数の健常対照対象者を選んだ。これらは親にも兄弟／姉妹にもＣＨＤの家族歴がなかった。対照の希薄化による偏り（後からＡＭＩを発症する対照者）を最小化するために、非常に健康な人たちからＣＨＤに罹患していない対照を選んだ。広範にわたって評価しても、対照はＣＨＤに罹患していなかった。ＧＷＳのための対照群は、ＣＨＤと診断されず、ＣＨＤの兆候や兆しがなく、ニトログリセリンの投薬、最大運動試験における虚血性ＥＣＧの所見、２型糖尿病や中庸から重症の高血圧がなかった。症例群と対照群のそれぞれの男性の割合は同じだった。交絡を制御するために、対照群は、性別、喫煙状況と居住地が症例群と一致するようにした。この創始者集団に基づく家族性の症例−対照計画において初期のＧＷＳに用いた人数は、症例群も対照群も１２５人（１２５人＋１２５人＝２５０人）だった。症例群と対照群の選択した特徴を表２に示した。対照群の特徴は症例群と一致するようにしたので、年齢と一日の喫煙量は２つの群で類似していた。
【０１４７】
【表２】
2008516595.tif 000003
【０１４８】
表２に症例群と対照群について選択した特徴をまとめた。年齢と喫煙量は、インタビューワーの監督下で、自己記入式のアンケートに記入されたものである。空腹時血糖値は、トリクロロ酢酸でタンパク質を沈殿させた後にグルコースデヒドロゲナーゼ法を用いて測定した。血清インシュリンはNovo Biolabsラジオイムノアッセイキット（Novo Nordisk製）で測定した。ＨＤＬ画分は、超遠心分離と沈殿の組み合わせによって新鮮血清から分離した。リポタンパク質画分のコレステロール含量と血清トリグリセリドは、酵素を用いて測定した。フィブリノーゲンは、希釈血漿の過剰トロンビンによる凝固に基づいて測定した。
【０１４９】
高血圧は、収縮期血圧（ＳＢＰ）が１６５ｍｍＨｇ以上又は拡張期血圧（ＤＢＰ）が９５ｍｍＨｇ以上、又は抗高血圧治療を受けていると定義した。血圧は、朝に看護師によってランダムゼロ水銀血圧計で測定した。測定用プロトコルには、あおむけの状態で３回、立った状態で１回、座った状態で２回の測定を５分間隔で行うことが含まれる。６回の測定の平均値をＳＢＰとＤＢＰとして使用した。
【０１５０】
対象者の母、父又は兄弟／姉妹にＡＭＩか狭心症の病歴がある場合を、ＣＨＤの家族歴が陽性であると定義した。脳卒中と糖尿病の家族歴も同様に定義した。成人期の社会経済状況（ＳＥＳ）は、教育、職業、収入及び物質的な生活状態の評価を包含する指標である。この基準は逆関数であり、低いスコアが高いＳＥＳに対応する。これらのデータは自己記入式のアンケートで集めた。
【０１５１】
血清フェリチンは、市販の２重抗体ラジオイムノアッセイ（英国、アマシャム、Amersham International製）で測定した。高比重リポタンパク質（ＨＤＬ）と低比重リポタンパク質（ＬＤＬ）を含むリポタンパク質は、新鮮血清サンプルから、超遠心分離とそれに続く超低比重リポタンパク質（ＶＬＤＬ）の直接的な除去とＬＤＬ沈殿によって分離した（Salonen et al 1991）。その後、酵素を用いてコレステロール濃度を測定した。血清Ｃ反応性タンパク質は、市販の高感度イムノメトリックアッセイ（Immulite 高感度ＣＲアッセイ；ロサンジェルス、DPC製）で測定した。
【０１５２】
ゲノムＤＮＡの単離と質的試験 
高分子量ゲノムＤＮＡサンプルを、標準的な方法を用いて凍結した静脈全血から抽出し、標準的なＴＥバッファーに溶解した。各ＤＮＡサンプルの量と純度は、２６０ｎｍと２８０ｎｍの吸光度を測定することで評価し、単離したＤＮＡサンプルの完全性は、０．９％アガロースゲル電気泳動とエチジウムブロマイド染色によって評価した。Ａ２６０／Ａ２８０比が１．７以上であり、アガロースゲル電気泳動で得た単離ＤＮＡの平均サイズが２０ｋｂを超えた場合に、サンプルはゲノムワイドスキャン（ＧＷＳ）に使用可能であると判断した。ＧＷＳ解析の前には、サンプルの濃度が５０ｎｇ／μｌとなるように還元型ＥＤＴＡ−ＴＥバッファー（TEKnova）で希釈した。
【０１５３】
ゲノムワイドスキャン
Affymetrix GeneChipR ヒト マッピング１００Ｋシステム（Affymetrix GeneChipR human mapping 100k system）の技術アクセスバージョンを用いて、ＳＮＰマーカーのジェノタイピングを行った。このアッセイは２つのアレイ、即ち、XbaとHindからなり、これらを用いて各ＤＮＡサンプルから１２６，０００個を超えるＳＮＰマーカーのジェノタイピングを行った。アッセイは、製造者の提供する説明書に従って実施した。合計２５０ｎｇのゲノムＤＮＡをそれぞれのアッセイに付した。ＤＮＡサンプルは、Xba I又はHind III（New England Biolabs（ＮＥＢ）製）で消化した。具体的には、ＮＥバッファー２（１×；ＮＥＢ製）、ウシ血清アルブミン（１×；ＮＥＢ製）、及びXba I又はHind III（０．５Ｕ／μｌ；ＮＥＢ製）からなる混合溶液中で消化反応を＋３７℃で２時間行い、続いて酵素の不活化を＋７０℃で２０分間行った。Xba Ｉアダプター又はHind IIIアダプター（０．２５μＭ；Affymetrix製）、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼバッファー（１×；ＮＥＢ製）及びＴ４ ＤＮＡリガーゼ（２５０Ｕ；ＮＥＢ製）を消化したＤＮＡサンプルに加えることで、Xba Iアダプター又はHind IIIアダプターをサンプルに連結した。連結反応を＋１６℃で２時間行い、続いて＋７０℃で２０分間インキュベートした。連結したＤＮＡサンプルを７５μｌの分子生物学用の水（BioWhittaker Molecular Applications／Cambrex製）で希釈した。
【０１５４】
１０μｌ等量のＤＮＡサンプルをPfx 増幅バッファー（Pfx Amplification Buffer）（１×；Invitrogen製）、ＰＣＲエンハンサー（１×；Invitrogen製）、ＭｇＳＯ4（１ｍＭ；Invitrogen製）、ｄＮＴＰ（３００μＭ；Takara製）、ＰＣＲプライマー（1μＭ；Affymetrix製）及びPfx ポリメラーゼ（各０．０５Ｕ／μｌ；Invitrogen製）と共に使用することで、希釈したＤＮＡサンプルを１００μｌ容のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に同じ条件下で４回付した。ＰＣＲを＋９４℃で３分間進行させた後に、＋９４℃で１５秒、＋６０℃で３０秒、＋６８℃で６０秒のサイクルを３０回行い、そして＋６８℃で７分の最後の伸長反応を実施した。ＰＣＲの性能は、１×ＴＢＥバッファー中での標準的な２％アガロースゲル電気泳動を１２０Ｖで１時間行うことで確認した。
【０１５５】
ＰＣＲ産物の精製は、Affymetrixのマニュアルに従い、MinElute 96 UF ＰＣＲ精製キット（MinElute 96 UF PCR Purification kit）（Qiagen製）を用い、それぞれのサンプルについて得られた４個のＰＣＲ産物をまとめて１回の精製反応に付すことで行った。精製したＰＣＲ産物は、４０μｌのＥＢバッファー（Qiagen製）で溶出し、産物の収率を２６０ｎｍの吸光度で測定した。合計４０μｇの各ＰＣＲ産物を、０．２Ｕ／μｌの断片化試薬（Affymetrix製）と１×断片化バッファー（Fragmentation Buffer）からなる断片化反応に付した。断片化反応は＋３７℃で３５分間行い、続いて＋９５℃で１５分間インキュベートすることで酵素を不活化した。断片化したＰＣＲ産物について、１×ＴＢＥバッファー中での４％アガロースゲル電気泳動（BMA Reliant製のプレキャストゲル使用）を１２０Ｖで３０〜４５分間行うことで、断片化が完全であるかどうかを確認した。
【０１５６】
断片化したＰＣＲ産物は、次に１×ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ（Terminal Deoxinucleotidyl Transferase）（TdT）バッファー（Affymetrix製）、GeneChip ＤＮＡ標識試薬（GeneChip DNA Labeling Reagent）（０．２１４ｍＭ； Affymetrix製）とＴｄＴ（１．５Ｕ／μｌ； Affymetrix製）を用いて、標識反応を＋３７℃で２時間行い、続いて＋９５℃で１５分間インキュベートした。標識したＤＮＡサンプルを、０．０５６ＭのＭＥＳ溶液（Sigma製）、５％のＤＭＳＯ（Sigma製）、２．５×デンハルト溶液（Sigma製）、５．７７ｍＭのＥＤＴＡ（Ambion製）、０．１１５ｍｇ／ｍｌのニシン精子ＤＮＡ（Promega製）、１×オリゴヌクレオチドコントロール試薬（Oligonucleotide Control reagent）（Affymetrix製）、１１．５μｇ／ｍｌのヒトＣｏｔ−１（Invitrogen製）、０．０１１５％のTween-20（Pierce製）及び２．６９Ｍの塩化テトラメチルアンモニウム（Sigma製）からなるハイブリダイゼーションバッファーと混合した。ＤＮＡ−ハイブリダイゼーション混合物は、対応するXba又はHind GeneChipRアレイとのハイブリダイゼーションを行う前に、＋９５℃で１０分間変性処理し、１０秒間氷冷してから、＋４８℃で２分間インキュベートした。ハイブリダイゼーションは、６０ｒｐｍ、＋４８℃の Affymetrix GeneChip ハイブリダイゼーションオーブンに１６〜１８時間入れることで完了した。ハイブリダイゼーションに続いて、アレイの染色と洗浄をGeneChip Fluidics Station 450の中で、推奨されるプロトコルであるMapping 10Kv1_450に従って行った。アレイはGeneChip 3000スキャナーでスキャンし、アレイ上の各ＳＮＰマーカーに対するジェノタイプコール（genotype call）は、Affymetrix ジェノタイピングツール（Genotyping Tools）（GTT）ソフトウエアを用いて作製した。ＳＮＰコールアルゴリズムにおける信頼スコアを０．２０に調整した。
【０１５７】
統計解析のためのＳＮＰの初期選択 
統計解析を行う前に、ＳＮＰの質を次の３つの値に基づいて判定した：コール頻度（call rate）（ＣＲ）、マイナーアレル頻度（minor allele frequency）（ＭＡＦ）及びハーディワインバーグ平衡（Hardy-Weinberg equilibrium）（Ｈ−Ｗ）。コール頻度は、ジェノタイピングの結果が得られたサンプルの比率を示す。この値は、遺伝型が正しいかどうかは考慮しない。コール頻度は、以下の式で求めた：ＣＲ＝ジェノタイプコールが得られたサンプルの数／サンプルの合計数。マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）は、研究対象サンプルにより低い頻度で出現するアレルの頻度である。ＭＡＦは以下の式で求めた：ＭＡＦ＝min(p, q)［但し、ｐはＳＮＰアレル‘Ａ’の頻度であり、ｑはＳＮＰアレル‘Ｂ’の頻度であり、ｐ＝（遺伝型‘ＡＡ’を有するサンプルの数＋０．５×遺伝型‘ＡＢ’を有するサンプルの数）／ジェノタイプコールが得られたサンプルの数であり、ｑ＝１−ｐである］。ホモ接合型（ＭＡＦ＝０）のＳＮＰは遺伝子解析に用いることができないので取り除いた。ハーディワインバーグ（Ｈ−Ｗ）平衡は、対照のために試験した。この試験は、適合度を求めるための標準的なχ二乗検定に基づいている。観察された遺伝型の分布を、Ｈ−Ｗ平衡の元で予想される遺伝型分布と比較する。２つのアレルの場合、‘ＡＡ’、‘ＡＢ’と‘ＢＢ’という遺伝型に対する分布はそれぞれｐ2、２ｐｑとｑ2である。ＳＮＰがＨ−Ｗ平衡にない場合には、それはジェノタイピングの誤り又は未知のポピュレーションダイナミクス（例えば、機会的浮動や選択）によるものと考えられる。
【０１５８】
ＣＲ＞５０％であり、ＭＡＦ＞１％であり、更にＨ−Ｗ平衡にある（χ二乗検定の統計値＜２３．９３である）ＳＮＰのみを統計解析に使用した。合計で１０７，８９５個のＳＮＰが上記の基準を満たし、統計解析に含まれた。
【０１５９】
統計的手法 
単一ＳＮＰ解析
発症例と対照例との間のアレル分布の差を、全１０７，８９５個のＳＮＰについてスクリーニングした。スクリーニングは、ｄｆ＝１とした標準的なχ二乗独立検定（アレル分布、２×２のテーブル）で行った。Ｐ値が０．００５未満（ｄｆ＝１のχ2分布が７．８８以上）のＳＮＰを統計的に有意とみなし、更なる解析のために選択した。この条件を満たすＳＮＰが６５６個あった。
【０１６０】
ハプロタイプ解析
データのセットは、ＨＰＭ−Ｇソフトウエア（Sevon P et al, 2004）又はＨＰＭソフトウエア（Toivonen HT et al, 2000）を用いた、ハプロタイプパターンマイニング（pattern mining）のアルゴリズムて解析した。ＨＰＭソフトウエアを用いる場合には、ジェノタイプのフェーズが分っていなければならない、即ち、母から受け継いだアレルと父から受け継いだアレルを判別しなければならない。家族データがない場合は、フェーズを集団データに基づいて推定しなければならない。我々は、フェーズを推定するためにHaploRecプログラム（Eronen L et al, 2004）を用いた。ＨＰＭ−ＧとＨＰＭは非常に高速で、１回の処理で大量のＳＮＰを扱うことができる。
【０１６１】
ＨＰＭとＨＰＭ−Ｇとの違いは、ＨＰＭ−Ｇはフェーズの分らないジェノタイプデータを扱うことが可能であり、ＨＰＭはフェーズの分っている（又はHaploRecや同様のプログラムでフェーズを推定した）データを用いる点である。ＨＰＭ−Ｇは、遺伝型構造（genotype configuration）の一致する全てのハプロタイプパターンを検出する。ハプロタイプパターンの長さは色々ある。例えば、４個のＳＮＰがあり、個体がＳＮＰ１についてアレルはA／T、ＳＮＰ２についてアレルはC／C、ＳＮＰ３についてアレルはC／G、そしてＳＮＰ４についてアレルはA／Cの場合、ＨＰＭ−Ｇは、（長さが４個のＳＮＰの）ハプロタイプパターンは： ACCA、TCGC、TCCA、ACGC、ACGA、TCCC、TCGA、ACCCと判定する。一方、ＨＰＭは（HaploRecで）推定したフェーズと合致するハプロタイプパターンのみを考慮する。推定したフェーズが（母／父からの）ACGAと（父／母からの）TCCCの場合、ＨＰＭは、（長さが４個のＳＮＰの）たった２つのハプロタイプパターン：ACGA とTCCCを考慮する。
【０１６２】
ＳＮＰのスコア付けは、症例群と対照群との間で異なるハプロタイプパターンにＳＮＰが含まれる回数に基づいて行われる（χ二乗値の閾値はユーザーが選択することができる）。スコア値の有意性は、順列検定に基づいて評価する。
【０１６３】
ＨＰＭ−ＧプログラムとＨＰＭプログラムにおいて変更することのできるパラメーターとしては、χ二乗閾値（−ｘ）、最大ハプロタイプパターン長さ（−ｌ）、ハプロタイプパターンに含めることのできるワイルドカードの最大数（−ｗ）、及びＰ値を推定するための順列検定の回数（−ｐ）が挙げられる。ワイルドカードはハプロタイプ内にギャップが存在することを可能にする。ＨＰＭ−Ｇプログラムは、パラメーターを次のように設定して実行した：１）５個のＳＮＰによるハプロタイプ解析（−ｘ９ −ｌ５ −ｗ１ −ｐ１００００）、と２）８個のＳＮＰによるハプロタイプ解析（−ｘ９ −ｌ８ −ｗ２ −ｐ１００００）。ＨＰＭプログラムは、パラメーターを次のように設定して実行した：５個のＳＮＰによるハプロタイプ解析（−ｘ９ −ｌ５ −ｗ１ −ｐ１００００）。１０，０００回の反復（−ｐ１００００）に基づき、ＨＰＭ−Ｇは、Ｐ値が０．００５未満の時に１０６７個のＳＮＰが有意であると解析し、ＨＰＭ解析では８０２個という結果が得られた。両方の方法によると、Ｐ値が０．００５未満の時に合計１６６５個のＳＮＰ（その内、２０４個のＳＮＰが両方の解析で選ばれた）が有意だった。
【０１６４】
ハプロタイプ解析結果で使用する用語の定義
「ハプロタイプゲノム領域」や「ハプロタイプ領域」という用語は、ハプロタイプ解析（ＨＰＭ、ＨＰＭＧ又は同様の統計的方法／プログラム）によって、有意であると判定されたゲノム領域である。ハプロタイプ領域は、統計解析（ハプロタイプ解析）に含まれた、最初／最後のＳＮＰの物理的な位置から１００Ｋｂｐ上流／下流の領域であり、統計的に有意と判定された領域と定義する。この領域は、ゲノムビルド（genome build）に基づく塩基対、例えば、ＮＣＢＩのヒトゲノムビルド３５（NCBI Human Genome Build 35）に従ったＳＮＰの物理的位置（塩基対の位置）として得られる。
【０１６５】
本明細書に記載される「ハプロタイプ」という用語は、任意のアレルの組み合わせを意味し、例えば、ある遺伝子マーカー（例えば、rs834485、rs856283、rs1260817とrs1260772）に存在するT G C A である。定義したハプロタイプは遺伝子マーカー（ＳＮＰのｄｂＳＮＰ ｒｓ−ｉｄ）とそのアレルに名前を与える。当業者には認知されているように、ハプロタイプを定義するアレルを異なる鎖から求めることによって、同じハプロタイプであっても、異なった形で記載されることがある。例えば、本明細書に記載したハプロタイプ rs834485、rs856283、rs1260817、rs1260772 (T G C A) は、全てのアレルをもう一方の鎖から決定したハプロタイプ rs834485、rs856283、rs1260817、rs1260772 (A C G T) や、１番目のアレルのみをもう一方の鎖から決定したハプロタイプ rs834485、rs856283、rs1260817、rs1260772 (A G C A) と同じである。
【０１６６】
本願に記載したハプロタイプ、例えば、表４、５、６、７、８、１０と１１に示したマーカーを有するものは、ＡＭＩに罹患していない個体よりも、ＡＭＩに罹患している個体においてより頻繁に見出される。従ってこれらのハプロタイプは、個体からＡＭＩやＡＭＩに対する感受性を検出する上で予測的な価値を有する。ハプロタイプの検出は、多型部位に存在する配列を検出するために当業界で使用される方法で実施することができる。
【０１６７】
本発明で開示した、ＡＭＩ関連リスクを示すアレルとハプロタイプは、本発明のＡＭＩ関連遺伝子に位置する他の「多型部位」と関連してもよい。他のＡＭＩ関連多型部位は、遺伝子マーカーとして同等に有用であるか、あるいはリスク示す本発明のアレルやハプロタイプとＡＭＩとの間に見られる関連性を説明する、病因となる変異としてより有用である。
【０１６８】
多変量モデリング 
６５６個のＳＮＰが得られた個別のマーカーのスクリーニングと、１６６５個のＳＮＰが得られたハプロタイプパターン解析によって、２０３９個のＳＮＰ（２８２個のＳＮＰは２つのスクリーニングに共通していた）を得た。モデリングには、最も強力な予測性ＳＮＰマーカー１４６５個をエントリーのために検定した。これらマーカーは、２つの方法でダミー変数として記録した：ａ）マイナーアレルのホモ接合体を１とコードし、その他を０とした、そしてｂ）マイナーアレルのキャリアーを１とコードし、その他を０とした。多変量２値ロジスティック回帰分析は、ａ）ＡＭＩの予測性が最も高いＳＮＰを発見し、そしてｂ）最も強力にＡＭＩを予測する多変量モデルを構築するために用いた。
【０１６９】
前向きのステップアップモデル構築体（forward step-up model construction）を、入力するｐ値を０．０１、モデルから除外するｐ値を０．０２として使用した。モデルの予測性は、以下の２つの方法で推定した： NagelkerkeのＲ2値と、構築したロジスティックモデルに基づく、症例群と対照群に含まれる対象者の再分類。カットオフ値として使用した予測確率は０．５だった。データ還元解析は、ステップダウン及びステップアップロジスティックモデルで実施した。使用した統計処理ソフトウエアはウインドウズ用のＳＰＳＳ、バージョン１１．５である。
【０１７０】
結果 
表３（ＣＤに収めた）には、個別のマーカー解析において、ＡＭＩと最も強力な関連性が見出されたＳＮＰマーカーの特徴をまとめた。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰデータベース ビルド１２４（NCBI db SNP database build 124）に基づく。ＳＮＰの物理的位置は、ＮＣＢＩ ヒト ゲノム ビルド３５（NCBI Human Genome Build 35）に基づく。遺伝子座は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４で報告されたものである。ＳＮＰ隣接配列は、Affymetrix "csv" 一般アクセス可能なヒトマッピング１００Ｋアレイ アノテーションファイル（Affymetrix "csv" commercial access Human Mapping 100K array annotation files）の提供するものである。
【０１７１】
表４（ＣＤに収めた）には、５個のＳＮＰを用いたＨＰＭ−Ｇ解析において、ＡＭＩと最も強力な関連性が見出されたハプロタイプゲノム領域の特徴をまとめた。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４に基づく。ＳＮＰの物理的位置は、ＮＣＢＩヒトゲノム ビルド３５に基づく。関連遺伝子は、ＮＣＢＩヒトゲノム ビルド３５に基づいて、ＮＣＢＩマップビューワー（NCBI MapViewer）で見出したハプロタイプゲノム領域の両側に位置するＳＮＰの物理的位置から、１００Ｋｂｐ上流／下流の領域に位置する遺伝子である。ＳＮＰ隣接配列は、Affymetrix "csv" 一般アクセス可能なヒトマッピング１００Ｋアレイ アノテーションファイルの提供するものである。
【０１７２】
表５（ＣＤに収めた）には、８個のＳＮＰを用いたＨＰＭ−Ｇ解析において、ＡＭＩと最も強力な関連性が見出されたハプロタイプゲノム領域の特徴をまとめた。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４に基づく。ＳＮＰの物理的位置は、ＮＣＢＩヒトゲノム ビルド３５に基づく。関連遺伝子は、ＮＣＢＩヒトゲノム ビルド３５に基づいて、ＮＣＢＩマップビューワーで見出したハプロタイプゲノム領域の両側に位置するＳＮＰの物理的位置から、１００Ｋｂｐ上流／下流の領域に位置する遺伝子である。ＳＮＰ隣接配列は、Affymetrix "csv" 一般アクセス可能なヒトマッピング１００Ｋアレイ アノテーションファイルの提供するものである。
【０１７３】
表６（ＣＤに収めた）には、８個のＳＮＰを用いたＨＰＭ解析において、ＡＭＩと最も強力な関連性が見出されたハプロタイプゲノム領域の特徴をまとめた。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４に基づく。ＳＮＰの物理的位置は、ＮＣＢＩヒトゲノム ビルド３５に基づく。関連遺伝子は、ＮＣＢＩヒトゲノム ビルド３５に基づいて、ＮＣＢＩマップビューワーで見出したハプロタイプゲノム領域の両側に位置するＳＮＰの物理的位置から、１００Ｋｂｐ上流／下流の領域に位置する遺伝子である。ＳＮＰ隣接配列は、Affymetrix "csv" 一般アクセス可能なヒトマッピング１００Ｋアレイ アノテーションファイルの提供するものである。
【０１７４】
表７（ＣＤに収めた）には、ＨＰＭ−Ｇ解析において、ＡＭＩと最も強力な関連性が見出されたハプロタイプブロックを列挙した。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４に基づく。
【０１７５】
表８（ＣＤに収めた）には、HaploRec＋ＨＰＭ解析において、ＡＭＩと最も強力な関連性が見出されたハプロタイプブロックを列挙した。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４に基づく。
【０１７６】
表９（ＣＤに収めた）には、点別の解析又はハプロタイプ解析によって、ＡＭＩとの関連性が見出された全ての遺伝子を列挙した。遺伝子の名称は、ＨＵＧＯの遺伝子専門用語委員会（HUGO Gene Nomenclature Committee）（ＨＧＮＣ）に従った。
【０１７７】
表１０（ＣＤに収めた）には、多変量ロジスティックモデルにおいて、ＡＭＩの危険度を最も確実に予測するＳＮＰマーカーとハプロタイプを列挙した。モデルは、入力条件をＰ＝０．０１、除外条件をＰ＝０．０２としたステップアップ方法で構築した。モデリングのためには、最も予測性の高いＳＮＰマーカー１４６５個とハプロタイプ２７個をエントリーのために検定した。ＳＮＰ登録番号は、ＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰ データベース ビルド１２４に基づく。モデルには、５個のハプロタイプと７個の個別のＳＮＰマーカーが含まれる。１２変量モデルはＡＭＩの９５．２％を正しく予測する。統計は、１９８４年〜２００２年の間にＡＭＩを発症した１２５人のＫＩＨＤ参加者と、ＫＩＨＤ基準値のＣＨＤを有しておらず、２００２年に終了した追跡調査期間内に臨床的なＡＭＩを発症していない１２５人のＫＩＨＤ参加者に基づく。対照群は、性別、喫煙状況と居住地が症例群と一致するようにした。
【０１７８】
表１１（ＣＤに収めた）には、上述したように最も予測性の高いゲノム領域を選択した後にハプロタイプを構築した、多変量ロジスティックモデルの他の例を示した。モデルは同様に構築した。５個のハプロタイプと７個のＳＮＰマーカーの他に、２つの表現型変数も入力した。モデルはＡＭＩの９５．６％を予測した。
【０１７９】
推測と考察 
我々は、家族性の症例群と非常に健康な対照群からなる、集団に基づく前向きなネストされた集合体において、２０３９個のＳＮＰマーカーとＡＭＩの危険度との間に関連性を見出した。これらの内、６５６個を個別のＳＮＰの解析で同定し、１６６５個をハプロタイプ共有解析で同定した。２０３９個のマーカーの内、２８３個は両方の統計解析でＡＭＩを予測すると判定された。我々は更にＳＮＰマーカーとハプロタイプの集合体をいくつか同定し、これらは多変量ロジスティックモデルにおいて、実質的に完全にＡＭＩの発症を予測した。
【０１８０】
点別の解析とハプロタイプ解析の結果によって、ＡＭＩと関連する合計９７８個の遺伝子が同定され、この内、３８０個の遺伝子には、２０３９個のＳＮＰマーカーの少なくとも１個が物理的に遺伝子に結合していた。
【０１８１】
１９世紀から一般に知られている学識によると、ＡＭＩの原因は虚血性心疾患であり、虚血性心疾患は冠状動脈の血流低下によって起こるものである。血流の低下は、アテローム性動脈硬化症による定常的な動脈の狭窄、動脈の閉塞症や血栓症、一時的な動脈の緊縮、又はこれらの２種又は３種の組み合わせによって生じる。しかし、ＡＭＩによって死亡した患者の大部分においては、検出可能な動脈狭窄が検死で発見されることはなかった。この結果は、冠状動脈の狭窄以外の経路もＡＭＩの原因となることを示唆している。我々は、ＡＭＩの病因となる４つの主要な経路を同定した：
（１）冠状動脈の狭窄
ａ．（リポタンパク異常血症、グルコースとインシュリンの代謝異常、高血圧、血小板の過剰活性、血液凝固の増強、繊維素溶解現象の低下、炎症や過剰免疫応答、抗酸化機構や副酸化機構の障害、動脈損傷に対する修復や治療の機能不全のいずれかによる）冠状動脈硬化症やアテローム性動脈硬化症が原因となるもの、
ｂ． 冠状動脈血栓症が原因となるもの、又は
ｃ． 冠状動脈血管収縮が原因となるもの；
（２）心臓性不整脈や刺激伝導障害；
（３）(虚血性以外の）心筋性の現象や機構；及び
（４）胎児期と乳児期における心臓と動脈の発生と成長。
【０１８２】
本発明の一部として、我々は、遺伝子がＡＭＩの危険度に影響を与えるためのより特定の経路を同定することができた。このような経路は：心筋性の現象や機構；不整脈や心臓の刺激伝導障害；炎症過程や免疫応答；脂質の合成、吸収、分布、代謝、除去と輸送；血小板機能、凝固と繊維素溶解；グルコースとインシュリンの代謝異常；血圧調節と高血圧；内因性の抗酸化機構と副酸化機構；心筋や動脈のアポトーシス；動脈の効果と機構、アテローム性動脈硬化症と動脈硬化症；鉄分の蓄積と代謝；胎児期と乳児期の発生と成長；心臓と動脈の膜内外の輸送；心臓と動脈の細胞性シグナル伝達。
【０１８３】
発見した遺伝子の中で、心筋の直接的な効果や機構のみならず、胎児の発生と成長の際に働くものは驚くほど多い。我々の発見によると、これら経路のＣＨＤとＡＭＩの原因における役割は過小評価されていた。
【０１８４】
ＣＨＤとＡＭＩの病因論において心筋現象の役割が強調されていたことは、過去の観察結果、即ち、ＡＭＩによって死亡した患者の大部分が、重度のアテローム性動脈硬化症や心血栓症を患っていなかったことを説明する。ＡＭＩは、従来考えられていたように心筋への血流の低下によって生じる虚血症の結果ではなく、心筋そのもので始まる機構によるものと考えることが妥当である。更に、初めは虚血症による血流の減少によって発症した心筋障害が、心筋に対する直接効果によって悪化することも考えられる（Tun A and Khan IA, 2001；Waller BF et al, 1996；Virmani R et al, 2001；Franz WM et al, 2001；Gomes AV and Potter JD, 2004；Fatkin D and Graham RM, 2002）。
【０１８５】
今まで考えられていたよりも重要であると思われる、ＡＭＩに至る第２の経路は、胎児期と乳児期の発生と成長である。初期発生が心筋と動脈の両方の傷つきやすさに影響すると考えるのは妥当であり、更にこれら両方の防御及び修復機構にも影響を与える可能性があると考えるのも妥当である。我々の知見を支持する過去の証拠はないが、その理由の大部分は、この課題をヒトで研究することの難しさにあると思われる。
【０１８６】
我々は、その遺伝子マーカーがいずれもＡＭＩの予測に用いることのできる、合計９７８個のＡＭＩ遺伝子を同定した。従って、これらのマーカーは、ＡＭＩ素因に対する分子診断試験の一部として用いることができる。更に我々は、ＡＭＩ予測性の２０３９個のＳＮＰマーカーのセットを開示した。これらマーカーは、抗心臓病性の薬剤や組成物の効果や副作用を予測する薬理遺伝学試験の一部として用いることができる。発見した遺伝子は、新しいＡＭＩ治療法、例えば薬物、の標的となる。他の治療法としては、遺伝子導入を含む分子導入が挙げられる。新しい遺伝子は、抗心臓病性の薬剤や化合物を研究するための新規なトランスジェニック動物の開発と製造にも使用することができる。
【０１８７】
本発明をその好ましい態様に参照しながら具体的に開示し説明したが、当業者は、請求の範囲で定義した本発明の精神及び範囲から逸脱することなく、本発明の形態及びその細部に変更を加えることが可能であることを理解するであろう。
【０１８８】
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【図面の簡単な説明】
【０１８９】
【図１】ヒトアテローム病変の発生と進行に係る経路（Stary HC et al, 1995から変更を加えずに転記）。
【図１】
2008516595.tif 000004
【配列表】
2008516595000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成19年6月14日(2007.6.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
急性心筋梗塞（ＡＭＩ）を発症する危険度やＡＭＩに対する疾患感受性が変化した個体を同定するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）該個体の個人情報及び臨床情報を集め、
ｃ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰ（一塩基多型）マーカーに関するデータを得、そして
ｄ）ＳＮＰマーカーに関するデータを個人情報及び臨床情報と組み合わせて、個体がＡＭＩを発症する危険度を評価する
ことを包含する方法。
【請求項２】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の上昇であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の低下であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
多型部位が、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプに存在するものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ＡＭＩを発症する危険度やＡＭＩに対する疾患感受性が変化した個体を同定するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｃ）ＳＮＰマーカーに関するデータを組み合わせて、個体がＡＭＩを発症する危険度を評価する
ことを包含する方法。
【請求項９】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の上昇であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
危険度の変化が、ＡＭＩを発症する危険度の低下であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
多型部位が、表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプに存在するものであることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
多型部位が、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
該１種又は数種の多型部位が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内に存在するものであることを特徴とする、請求項４に記載の方法。
【請求項１６】
ＡＭＩリスク遺伝子が、ハプロタイプパターンマイニングによって定義されるゲノム領域に存在し、該遺伝子は、表４、５、６、１０及び１１に示したものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）防御ハプロタイプ“GAGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10515495 (A/G) (配列番号５０９)、rs4976445 (A/G) (配列番号１４５１)、
rs10491335 (A/G) (配列番号１４８) と rs6878439 (A/G) (配列番号１５８４)；
ｂ）リスクハプロタイプ“AATTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10486559 (A/G) (配列番号８８)、rs10486562 (A/G) (配列番号８９)、rs757397 
(C/T) (配列番号１７１７)、rs735664 (C/T) (配列番号１６９５) と rs720659 
(G/T) (配列番号１６５６)；
ｃ）防御ハプロタイプ“GCCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10503555 (A/G) (配列番号３４７)、rs10503557 (C/T) (配列番号３４８)、
rs2410361 (A/C) (配列番号１１５９) と rs10503561 (C/T) (配列番号３５０)；
ｄ）防御ハプロタイプ“GCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs260816 (C/G) (配列番号１１８８)、rs260818 (A/C) (配列番号１１８９) と
rs361315 (A/G) (配列番号１３００)；
ｅ）防御ハプロタイプ“CGAA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs762721 (A/C) (配列番号１７２９)、rs10491992 (C/G) (配列番号１７０)、
rs10491993 (A/G) (配列番号１７１) と rs2213177 (A/G) (配列番号１０８４)；
ｆ）リスクアレル“T”のホモ接合体を定義する、rs10509423 (C/T) (配列番号４０２)；
ｇ）リスクアレル保有者の“A”を定義する、rs1004361 (A/G) (配列番号３)；
ｈ）リスクアレル保有者の“A”を定義する、rs10483262 (A/C) (配列番号５１)；
ｉ）リスクアレル保有者の“G”を定義する、rs7342999 (A/G) (配列番号１６９４)；
ｊ）リスクアレル保有者の“T”を定義する、rs1554472 (C/T) (配列番号８５１)；
ｋ）防御アレル保有者の“A”を定義する、rs9294536 (A/C) (配列番号１９０５) 及び
ｌ）防御アレル保有者の“A”を定義する、rs1125465 (A/G) (配列番号６２７)。
【請求項２１】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）ハプロタイプ“TGCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs834485 
(C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６)、rs1260817 (A/C)
(配列番号６５３) と rs1260772 (A/G) (配列番号６５２)；
ｂ）ハプロタイプ“GA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs7605386 
(C/G) (配列番号１７２７) と rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)；
ｃ）ハプロタイプ“CGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10483879 
(C/T) (配列番号５７)、rs2885625 (A/G) (配列番号１２５４) と rs6574333 (A/G)
(配列番号１５５１)；
ｄ）ハプロタイプ“GTGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs223128 
(G/T) (配列番号１０９８)、rs223154 (G/T) (配列番号１０９９)、rs315499 (A/G)
(配列番号１２８１) と rs10512437 (A/G) (配列番号４５３)；
ｅ）ハプロタイプ“TGGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs799275 
(C/T) (配列番号１８０５)、rs5957801 (A/G) (配列番号１４９２)、rs5909851 
(A/G) (配列番号１４８６) と rs10521707 (A/G) (配列番号６０３)；
ｆ）リスクアレル保有者の“G”を定義する、rs953304 (C/G) (配列番号１９９１)；
ｇ）リスクアレル保有者の“C”を定義する、rs1881922 (C/T) (配列番号９２６)；
ｈ）リスクアレル保有者の“C”を定義する、rs10486619 (C/T) (配列番号９１)；
ｉ）リスクアレル“C”のホモ接合体を定義する、rs192714 (C/T) (配列番号９５０)；
ｊ）リスクアレル保有者の“C”を定義する、rs7100162 (C/T) (配列番号１６１９)；
ｋ）リスクアレル“C”のホモ接合体を定義する、rs9301916 (C/G) (配列番号１９１３)；及び
ｌ）リスクアレル“C”のホモ接合体を定義する、rs6564876 (C/G) (配列番号１５４７)。
【請求項２２】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
ａ）ハプロタイプ“TGCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs834485 
(C/T) (配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６)、rs1260817 (A/C)
(配列番号６５３) と rs1260772 (A/G) (配列番号６５２)；
ｂ）ハプロタイプ“CC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1932818 
(C/T) (配列番号９５２) と rs6663269 (C/G) (配列番号１５６０)；
ｃ）ハプロタイプ“GA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs7605386 
(C/G) (配列番号１７２７) と rs9288697 (A/C) (配列番号１８９１)；
ｄ）ハプロタイプ“ATGGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs3903306 
(A/T) (配列番号１３４２)、rs6432539 (C/T) (配列番号１５２６)、rs1364703 
(C/G) (配列番号７０６)、rs1966530 (A/G) (配列番号９７６) と rs5002908 (A/G)
(配列番号１４５５)；
ｅ）ハプロタイプ“TC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs997274 (C/T)
(配列番号２０３５) と rs6788511 (A/C) (配列番号１５７４)；
ｆ）ハプロタイプ“TAAGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs864391 
(C/T) (配列番号１８５６)、rs854202 (A/G) (配列番号１８４２)、rs2014378 (A/G)
(配列番号９９６)、rs952621 (A/G) (配列番号１９８５) と rs1877960 (C/T)
(配列番号９２２)；
ｇ）ハプロタイプ“AATG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1445362 
(A/G) (配列番号７９３)、rs10513252 (A/G) (配列番号４７０)、rs10513253 (C/T)
(配列番号４７１) と rs4610179 (A/G) (配列番号１３９５)；
ｈ）ハプロタイプ“TAG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs682913 
(C/T) (配列番号１５８１)、rs725425 (A/C) (配列番号１６７４) と rs1423260 
(A/G) (配列番号７６８)；
ｉ）ハプロタイプ“CA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs919740 (C/T)
(配列番号１８６８) と rs10515639 (A/G) (配列番号５１１)；
ｊ）ハプロタイプ“TAGT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10499001 
(C/T) (配列番号２６５)、rs4144270 (A/G) (配列番号１３６８)、rs4515397 (A/G) 
(配列番号１３８５) と rs10499000 (C/T) (配列番号２６４)；
ｋ）ハプロタイプ“CTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1407658 
(C/T) (配列番号７４９)、rs2025272 (G/T) (配列番号１００５) と rs9283864 
(C/G) (配列番号１８８０)；
ｌ）ハプロタイプ“ACGT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10503268 
(A/C) (配列番号３３２)、rs1038062 (C/T) (配列番号４１)、rs10503269 (A/G)
(配列番号３３３) と rs1038058 (C/T) (配列番号４０)；
ｍ）ハプロタイプ“CCCGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10503616 
(C/T) (配列番号３５２)、rs10503617 (C/T) (配列番号３５３)、rs2717719 (C/T)
(配列番号１２１３)、rs1488925 (A/G) (配列番号８１６) と rs2035681 (C/T)
(配列番号１００９)；
ｎ）ハプロタイプ“CGTC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs2994298 
(C/T) (配列番号１２７１)、rs7463074 (A/G) (配列番号１７０６)、rs2975534 
(C/T) (配列番号１２６７) と rs2975533 (C/T) (配列番号１２６６)；
ｏ）ハプロタイプ“GGTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10491744 
(A/G) (配列番号１５９)、rs1543587 (A/G) (配列番号８４４)、rs1074789 (C/T)
(配列番号６２３) と rs7025842 (C/T) (配列番号１６０５)；
ｐ）ハプロタイプ“ACTA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10491753 
(A/C) (配列番号１６１)、rs13284133 (A/C) (配列番号６７６)、rs10491756 (G/T) 
(配列番号１６２) と rs10491757 (A/G) (配列番号１６３)；
ｑ）ハプロタイプ“GTGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1542750 
(A/G) (配列番号８４３)、rs10501763 (C/T) (配列番号２９９)、rs10501764 (A/G) 
(配列番号３００) と rs10501765 (C/T) (配列番号３０１)；
ｒ）ハプロタイプ“ATCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs721346 
(A/C) (配列番号１６６４)、rs1400549 (C/T) (配列番号７３９)、rs503208 (C/G) 
(配列番号１４５８) と rs7127296 (A/C) (配列番号１６３３)； 
ｓ）ハプロタイプ“CGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10483879 
(C/T) (配列番号５７)、rs2885625 (A/G) (配列番号１２５４) と rs6574333 (A/G)
(配列番号１５５１)；
ｔ）ハプロタイプ“ATTA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1049884 
(A/T) (配列番号２５６)、rs1364256 (C/T) (配列番号７０５)、rs7185078 (C/T)
(配列番号１６４８) と rs7193075 (A/G) (配列番号１６５２)；
ｕ）ハプロタイプ“GG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10521277 
(A/G) (配列番号５９９)とrs1019156 (A/G) (配列番号１１)；
ｖ）ハプロタイプ“GTGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs223128 
(G/T) (配列番号１０９８)、rs223154 (G/T) (配列番号１０９９)、rs315499 (A/G) 
(配列番号１２８１) と rs10512437 (A/G) (配列番号４５３)；
ｗ）ハプロタイプ“TAT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10513997 
(C/T) (配列番号４８２)、rs10513998 (A/G) (配列番号４８３) と rs10514026 
(T/G) (配列番号４８６)；
ｘ）ハプロタイプ“TGGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs799275 
(C/T) (配列番号１８０５)、rs5957801 (A/G) (配列番号１４９２)、rs5909851 
(A/G) (配列番号１４８６) と rs10521707 (A/G) (配列番号６０３)；及び
ｙ）ハプロタイプ“GACT”（又はその相補鎖のヌクレオチド)、rs764198 (A/G)
(配列番号１７３５)、rs10521816 (A/G) (配列番号６０９)、rs10521817 (C/T)
(配列番号６１０) と rs3135496 (C/T) (配列番号１２７９)。
【請求項２３】
１種又は数種のＳＮＰマーカーが、以下のハプロタイプ及び個々のＳＮＰからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項４に記載の方法。
ａ）ハプロタイプ“CC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs623360 (C/G)
(配列番号１５１３) と rs627069 (C/G) (配列番号１５１５)；
ｂ）ハプロタイプ“CTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs7547716 
(A/C) (配列番号１７１３)、rs1891174 (C/T) (配列番号932) と rs10494841 (A/G) 
(配列番号２０１)；
ｃ）ハプロタイプ“CGTGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10493353 
(C/T) (配列番号１８７)、rs1323851 (G/T) (配列番号６７２)、rs834485 (C/T)
(配列番号１８３０)、rs856283 (A/G) (配列番号１８４６) と rs1260817 (A/C)
(配列番号６５３)；
ｄ）ハプロタイプ“ATAC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs3106653 
(A/C) (配列番号１２７４)、rs2961958 (A/T) (配列番号１２６４)、rs2591169 
(A/T) (配列番号１１８４) と rs10497144 (C/G) (配列番号２２７)；
ｅ）ハプロタイプ“CGA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10497192 
(C/T) (配列番号２３５)、rs7605386 (C/G) (配列番号１７２７) と rs9288697 
(A/C) (配列番号１８９１)；
ｆ）ハプロタイプ“GCGT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1851328 
(A/G) (配列番号９１２)、rs6711457 (C/T) (配列番号１５６６)、rs10498053 (C/G)
(配列番号２５２) と rs6744504 (C/T) (配列番号１５７１)；
ｇ）ハプロタイプ“AGCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs9310496 
(A/G) (配列番号１９３０)、rs10510450 (A/G) (配列番号４２３)、rs4685356 (A/C)
(配列番号１４０５) と rs10510452 (A/G) (配列番号４２５)；
ｈ）ハプロタイプ“ACTGC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10510660 
(A/G) (配列番号４２７)、rs951973 (C/T) (配列番号１９８２)、rs1487994 (G/T)
(配列番号８１５)、rs10510661 (C/G) (配列番号４２８) と rs6805290 (C/T)
(配列番号１５７６)；
ｉ）ハプロタイプ“GCG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1018341 
(G/T) (配列番号１０)、rs953304 (C/G) (配列番号１９９１) と rs10514726 (G/T)
(配列番号４９６)；
ｊ）ハプロタイプ“CGTC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1355533 
(C/T) (配列番号６９８)、rs1357287 (A/G) (配列番号７０３)、rs1403101 (C/T)
(配列番号７４０) と rs1356612 (C/T) (配列番号７００)；
ｋ）ハプロタイプ“TC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10513261 
(C/T) (配列番号４７２) と rs1881922 (C/T) (配列番号９２６)；
ｌ）ハプロタイプ“AACAC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1023714 
(A/T) (配列番号１７)、rs2400502 (A/G) (配列番号１１５７)、rs2400503 (C/T) 
(配列番号１１５８)、rs10515605 (A/G) (配列番号５１０) と rs7709159 (C/T)
(配列番号１７４７)；
ｍ）ハプロタイプ“GAGG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10515495 
(A/G) (配列番号５０９)、rs4976445 (A/G) (配列番号１４５１)、rs10491335 (A/G)
(配列番号１４８) と rs6878439 (A/G) (配列番号１５８４)； 
ｎ）ハプロタイプ“ACCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs786135 
(A/C) (配列番号１７８２)、rs1357194 (C/T) (配列番号７０２)、rs9285412 (C/T) 
(配列番号１８８４) と rs9320498 (A/C) (配列番号１９５１)；
ｏ）ハプロタイプ“AATTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10486559 
(A/G) (配列番号８８)、rs10486562 (A/G) (配列番号８９)、rs757397 (C/T)
(配列番号１７１７)、rs735664 (C/T) (配列番号１６９５) と rs720659 (G/T)
(配列番号１６５６)；
ｐ）ハプロタイプ“CCTT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1961352 
(A/C) (配列番号９７４)、rs2029832 (C/T) (配列番号１００７)、rs9741 (C/T)
(配列番号２０２１) と rs10503616 (C/T) (配列番号３５２)；
ｑ）ハプロタイプ“GCCC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10503555 
(A/G) (配列番号３４７)、rs10503557 (C/T) (配列番号３４８)、rs2410361 (A/C)
(配列番号１１５９) と rs10503561 (C/T) (配列番号３５０)；
ｒ）ハプロタイプ“GCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs260816 
(C/G) (配列番号１１８８)、rs260818 (A/C) (配列番号１１８９) と rs361315 
(A/G) (配列番号１３００)；
ｓ）ハプロタイプ“CCA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs1940357 
(A/C) (配列番号９６０)、rs535908 (C/T) (配列番号１４７０) と rs510628 (A/T)
(配列番号１４６１)；
ｔ）ハプロタイプ“TCGCG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs2706218 
(C/T) (配列番号１２０９)、rs897167 (C/T) (配列番号１８６２)、rs10506333 
(C/G) (配列番号３８２)、rs998401 (C/T) (配列番号２０３８) と rs3741673 (A/G)
(配列番号１３０４)；
ｕ）ハプロタイプ“CGAA”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs762721 
(A/C) (配列番号１７２９)、rs10491992 (C/G) (配列番号１７０)、rs10491993 
(A/G) (配列番号１７１) と rs2213177 (A/G) (配列番号１０８４)；
ｖ）ハプロタイプ“CCTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs760002 
(A/C) (配列番号１７２４)、rs10483259 (A/C) (配列番号４８)、rs956163 (C/T)
(配列番号１９９９) と rs10483261 (A/G) (配列番号５０)；
ｗ）ハプロタイプ“AATC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs2713961 
(A/G) (配列番号１２１１)、rs10512591 (A/G) (配列番号４５５)、rs2344989 (C/T)
(配列番号１１３８) と rs2452932 (C/G) (配列番号１１６６)；
ｘ）ハプロタイプ“TAAG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs10502579 
(C/T) (配列番号３１７)、rs627346 (A/G) (配列番号１５１６)、rs10502582 (A/T)
(配列番号３１８) と rs10502584 (A/G) (配列番号３２０)；
ｙ）ハプロタイプ“AGAC”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs5949853 
(A/T) (配列番号１４８９)、rs4348668 (A/G) (配列番号１３７７)、rs707289 (A/G)
(配列番号１６１３) と rs20369 (C/T) (配列番号１０１０)；
ｚ）ハプロタイプ“GACT”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、rs764198 
(A/G) (配列番号１７３５)、rs10521816 (A/G) (配列番号６０９)、rs10521817 
(C/T) (配列番号６１０) と rs3135496 (C/T) (配列番号１２７９)；
ａａ）ハプロタイプ“CGGTG”（又はその相補鎖のヌクレオチド）を定義する、
rs10521773 (C/T) (配列番号６０４)、rs2022565 (A/G) (配列番号１００１)、
rs1569890 (A/G) (配列番号８６３)、rs5977614 (C/T) (配列番号１４９４) と 
rs10521774 (C/G) (配列番号６０５)。
【請求項２４】
該個体の個人情報及び臨床情報、即ち、非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子について、個体における発現レベルの変化を検出することを包含し、発現レベルの変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標として評価することを特徴とする方法。
【請求項２６】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子について、個体における転写レベルの変化を検出することを包含し、転写レベルの変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項２７】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードするｍＲＮＡについて、個体における翻訳の変化を検出することを包含し、翻訳の変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項２８】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードする１種又は数種のポリペプチドについて、個体における生物活性の変化を検出することを包含し、１種又は数種のポリペプチドの生物活性の変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項２９】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードする１種又は数種のポリペプチドについて、個体における構造の変化を検出することを包含し、１種又は数種のポリペプチドのポリペプチド構造の変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項３０】
個体が有する、ＡＭＩに対する疾患感受性や素因を評価するための方法であって、表９に示した１種又は数種の遺伝子がコードするポリペプチドの１種又は数種の代謝産物について、個体における量的変化を検出することを包含し、１種又は数種の代謝産物の量的変化を、ＡＭＩに対する疾患感受性の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項３１】
該個体の個人情報及び臨床情報、即ち、非遺伝学的情報が、年齢；性別；行動パターンと習慣；生化学検査の結果；臨床検査の結果；肥満度；先天性心疾患（ＣＨＤ)、脳血管障害、他の心血管障害、高コレステロール血症、肥満及び糖尿病の家族歴；ウエスト/ヒップ比（ｃｍ／ｃｍ)；社会経済的状態；精神的性向と精神状態；並びに対象生物の治療歴に関するものであることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
該行動パターンと習慣に、喫煙；運動；食事による栄養摂取、アルコール摂取とその消費パターン；並びにコーヒーの消費量とその質が含まれることを特徴とする、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
該生化学検査に、血液、血清又は血漿のＶＬＤＬ、ＬＤＬ、ＨＤＬや総コレステロール；トリグリセリド；アポリポタンパクＡ；フィブリノーゲン；フェリチン、トランスフェリン受容体；Ｃ反応性タンパク質；グルコース；あるいは血清又は血漿インシュリン濃度の検査が含まれることを特徴とする、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
非遺伝学的情報が、表１１に示したものであることを特徴とする、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項３１に記載の方法。
【請求項３６】
下記ロジスティック回帰式を用いて、ＡＭＩの危険度を計算する工程を更に包含する、請求項３１に記載の方法。
ＡＭＩの危険度 ＝［１＋ｅ-(a+Σ(bi×Xi)］-1 
式中、ｅはネーピアの定数であり、ＸiはＡＭＩの危険度に関連した変数であり、ｂiは上記変数のロジスティック関数における係数であり、ａはロジスティック関数の定数項である。
【請求項３７】
ａ値とｂi値が、この方法を実施する集団から求められる値であることを特徴とする、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
Ｘi値が、この方法を実施する集団で測定した変数から選ばれる値であることを特徴とする、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
Ｘi値が、表３、４、５、７、８、１０又は１１のＳＮＰマーカー、表４、５、７、８、１０又は１１のハプロタイプ領域とハプロタイプ、及び本発明の非遺伝学的変数から選ばれる値であることを特徴とする、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
下記条件の少なくとも一方を満足することを特徴とする、請求項３６に記載の方法。
ｂi値が−２０〜２０の範囲内である、及び
Ｘi値が、−９９９９９〜９９９９９の範囲以内であるか、０又は１とコード化される変数である。
【請求項４１】
ｉ値が０（即ち、なし）〜１００，０００の範囲内であることを特徴とする、請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】
対象生物がＡＭＩを発症する短期危険度、中期危険度及び長期危険度の少なくとも１つを予測することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物を同定するための方法であって、
生存細胞において、化合物が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドの生物活性に及ぼす影響を測定し、そして
ポリペプチドの生物活性を変化させる化合物を、ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物と評価する
ことを包含する方法。
【請求項４４】
ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物を同定するための方法であって、
生存細胞において、化合物が、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のコードする１種又は数種のポリペプチドに関連した生体ネットワーク及び代謝経路の少なくとも一方に及ぼす影響を測定し、そして
生体ネットワーク及び代謝経路から選ばれる１種又は数種の活性を変化させる化合物を、ＡＭＩなどのＣＨＤの予防や治療に有用な化合物と評価する
ことを包含する方法。
【請求項４５】
対象生物となるヒトにおけるＡＭＩなどのＣＨＤの治療の効果を追跡するための方法であって、
対象生物から得た生物学的試料について、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子のｍＲＮＡレベル、該ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドのレベル、及び該ＡＭＩリスク遺伝子のコードするポリペプチドの生物活性からなる群より選ばれる少なくとも１種を測定し、そして
治療後のｍＲＮＡレベル、ポリペプチドレベル又はポリペプチドの生物活性の変化を、治療効果の指標として評価する
ことを包含する方法。
【請求項４６】
特定の個体において特定の療法がＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療する効果を予測するための方法であって、請求項１５又は１６で定義したＡＭＩリスク遺伝子の１種又は数種の内に、ＡＭＩ関連ＳＮＰマーカー、ハプロタイプ又はハプロタイプ領域が存在するか否かをスクリーニングすることを包含する方法。
【請求項４７】
特定の個体において特定の療法がＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療する効果を予測するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種の多型部位に含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｃ）ＳＮＰマーカーに関するデータを組み合わせて、個体において特定の療法がＡＭＩなどのＣＨＤを予防又は治療する効果を予測する
ことを包含する方法。
【請求項４８】
ＡＭＩを発症した個体について、ＡＭＩのサブタイプを診断するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｃ）ＳＮＰマーカーに関するデータを組み合わせて、個体のＡＭＩのサブタイプを評価する
ことを包含する方法。
【請求項４９】
ＡＭＩを発症した個体について、ＡＭＩのサブタイプを診断するための方法であって、
ａ）個体から得た生物学的サンプルを提供し、
ｂ）該個体の個人情報及び臨床情報を集め、
ｃ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを該個体の核酸配列から検出して、ＳＮＰマーカーに関するデータを得、そして
ｄ）ＳＮＰマーカーに関するデータを個人情報及び臨床情報と組み合わせて、個体のＡＭＩのサブタイプを評価する
ことを包含する方法。
【請求項５０】
該１種又は数種のＳＮＰマーカーが、表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内に存在するものであることを特徴とする、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
ＡＭＩリスク遺伝子が、ハプロタイプパターンマイニングによって定義されるゲノム領域に存在し、表４、５、６、１０及び１１に示したものであることを特徴とする、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーに関連することを特徴とする、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
多型部位が、ハプロタイプ領域、ハプロタイプ、又は表４、５、６、７、８、１０及び１１に示したハプロタイプを定義するＳＮＰマーカーと完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
多型部位が、該方法を実施する集団において完全な連鎖不平衡状態にあることを特徴とする、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
非遺伝学的情報を、請求項４４〜４７及び４９〜５４のいずれかの方法で得られた結果と組み合わせる工程を更に包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項５６】
該非遺伝学的情報が、年齢；性別；行動パターンと習慣；生化学検査の結果；臨床検査の結果；肥満度；ＣＨＤ、脳血管障害、他の心血管障害、高コレステロール血症、肥満及び糖尿病の家族歴；ウエスト/ヒップ比（ｃｍ／ｃｍ)；社会経済的状態；精神的性向と精神状態；並びに対象の治療歴に関するものであることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
該行動パターンと習慣には、喫煙；運動；食事による栄養摂取、アルコール摂取とその消費パターン；並びにコーヒーの消費量とその質が含まれることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
該生化学検査には、血液、血清又は血漿のＶＬＤＬ、ＬＤＬ、ＨＤＬや総コレステロール；トリグリセリド；アポリポタンパクＡ；フィブリノーゲン；フェリチン、トランスフェリン受容体；Ｃ反応性タンパク質；グルコース；あるいは血清又は血漿インシュリン濃度の検査が含まれることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
非遺伝学的情報が、表１１に示したものであることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
非遺伝学的情報に、対象生物の平均血圧と不整脈の家族歴が含まれることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６１】
対象生物から得た生物学的サンプルについて、ＡＭＩリスク遺伝子産物であるタンパク質の発現、産生又は濃度を測定するための方法であって、
ａ）個体から得た、試験に付すための生物学的サンプルを提供し、そして
ｂ）該サンプルにおける該タンパク質の発現、産生又は濃度を検出し、発現、産生又は濃度の変化を該対象生物が心血管障害を発症する危険度の変化の指標とする
ことを包含し、該ＡＭＩリスク遺伝子は表９に示したものであることを特徴とする方法。
【請求項６２】
対象生物における、ＡＭＩを発症する危険度やＡＭＩに対する疾患感受性の変化を検出するための、請求項１の方法に基づく試験キット。
【請求項６３】
対象生物における、ＡＭＩを発症する危険度の変化を検出するために、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを、該個体の核酸配列から検出するための試験キット。
【請求項６４】
対象生物における、ＡＭＩを発症する危険度の変化を検出するために、表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを、該個体の核酸配列から検出するための試験キットであって、
ａ）表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーに含まれるヌクレオチドを検出するための試薬及び材料、並びに
ｂ）検出結果を解析するためのソフトウエア
を包含する試験キット。
【請求項６５】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示した１種又は数種のＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を、対象生物の核酸配列から増幅するためのＰＣＲプライマーのセットを更に包含する、請求項６２に記載の試験キット。
【請求項６６】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＡＭＩ関連マーカー及びハプロタイプ領域に存在する１種又は数種のＳＮＰマーカーに特異的に結合する捕捉用核酸プローブのセットを包含する、請求項６２に記載の試験キット。
【請求項６７】
ジェノタイプを評価するためのマイクロアレイ又はマルチウエルプレートを包含する、請求項６２に記載の試験キット。
【請求項６８】
年齢、性別、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、皮下脂肪や脂肪組織の厚み、体脂肪率、肥満や糖尿病に関する家族歴、及びＡＭＩの治療歴に関する個体情報及び臨床情報を集めるためのアンケートを包含する、請求項６２に記載の試験キット。
【請求項６９】
表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを生物学的サンプルから検出するための試験キットであって、該ＳＮＰマーカーは、ＡＭＩに対する疾患感受性を示さない対象生物から得た生物学的サンプルよりも、ＡＭＩに対する疾患感受性を示す対象生物から得た生物学的サンプルにおいて、より高頻度で存在するものであり、
ａ）表９に示した１種又は数種のＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを検出するための試薬及び材料、並びに
ｂ）検出結果を解析するためのソフトウエア
を包含する試験キット。
【請求項７０】
表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を、対象生物の核酸配列から増幅するためのＰＣＲプライマーのセットを更に包含する、請求項６９に記載の試験キット。
【請求項７１】
表９に示したＡＭＩリスク遺伝子内の１種又は数種のＳＮＰマーカーに特異的に結合する、捕捉用核酸プローブのセットを更に包含する、請求項６９に記載の試験キット。
【請求項７２】
ジェノタイプを評価するためのマイクロアレイ又はマルチウエルプレートを更に包含する、請求項６９に記載の試験キット。
【請求項７３】
年齢、性別、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、皮下脂肪や脂肪組織の厚み、体脂肪率、肥満や糖尿病に関する家族歴、及びＡＭＩの治療歴に関する個体情報及び臨床情報を集めるためのアンケートを更に包含する、請求項６９に記載の試験キット。
【請求項７４】
請求項４５〜６１のいずれかの方法に基づく試験キット。
【請求項７５】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＡＭＩリスク遺伝子内のＳＮＰマーカーを含有する核酸断片を、対象生物の核酸配列から増幅するためのＰＣＲプライマーのセットを包含する、請求項７４に記載の試験キット。
【請求項７６】
表３、４、５、６、７、８、１０及び１１に示したＡＭＩリスク遺伝子内の１種又は数種のＳＮＰマーカーに特異的に結合する捕捉用核酸プローブのセットを包含する、請求項７４に記載の試験キット。
【請求項７７】
ジェノタイプを評価するためのマイクロアレイ又はマルチウエルプレートを包含する、請求項７４に記載の試験キット。
【請求項７８】
年齢、性別、身長、体重、ウエストとヒップのサイズ、皮下脂肪や脂肪組織の厚み、体脂肪率、肥満や糖尿病に関する家族歴、及びＡＭＩの治療歴に関する個体情報及び臨床情報を集めるためのアンケートを包含する、請求項７４に記載の試験キット。
【請求項７９】
個体の家系を評価するためのマーカーのセットを包含する、請求項６２又は７４に記載の試験キット。
【請求項８０】
個体の家系を評価するためのＳＮＰマーカーのセットを包含する、請求項７９に記載の試験キット。
【請求項８１】
個体の家系を評価するためのマイクロサテライトマーカーのセットを包含する、請求項７９に記載の試験キット。
【請求項８２】
個体の家系を評価するためのマーカーのセットを使用することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８３】
個体の家系を評価するためのＳＮＰマーカーのセットを使用することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８４】
個体の家系を評価するためのマイクロサテライトマーカーのセットを使用することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【国際調査報告】
2008516595.tif 000005
2008516595.tif 000006
2008516595.tif 000007
2008516595.tif 000008
2008516595.tif 000009
2008516595.tif 000010
2008516595.tif 000011
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