(57)【要約】本発明は、うつ病および不安における処置の効力を予測するため、ならびに特定の医薬または処置に対する患者の応答を予測するための、組成物（例えば、キット）および方法を含む遺伝子学的手段を提供する。本発明は、精神医学的障害の存在を診断するためまたは精神医学的障害についての処置の結果を決定するための方法を提供する。本発明は、どの１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォームが個体において発現されるかを決定することにより、個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法を提供する。本研究は、どのタンパク質または転写物のアイソフォームが個体において発現されるかを決定することにより、個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法を提供し、ここで、このタンパク質は、視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するための方法であって、ここで、該被験体はうつ病および不安であると診断されていて、以下の工程を含む方法：
（ａ）該被験体由来の核酸含有サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを分析して、該被験体がＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプについてホモ接合性（ｒｓ１８７６８２８（配列番号２）、ｒｓ２４２９３９（配列番号６）、およびｒｓ２４２９４１（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）についてホモ接合性）であるか否かを検出する工程であって、ここで、該ＣＲＨＲ１遺伝子型についてのホモ接合性の存在が該治療に対する応答性と相関する、前記工程。
【請求項２】
精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するために該被験体のスクリーニングを行うための方法であって、コルチコトロピン放出ホルモンレセプター１（ＣＲＨＲ１）の遺伝子に関連する精神医学的障害を予防または処置する薬剤の使用を含み、以下の工程を含む方法：
（ａ）該被験体由来の核酸含有サンプルを提供する工程；
（ｂ）該被験体がＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプについてホモ接合性（ｒｓ１８７６８２８（配列番号２）、ｒｓ２４２９３９（配列番号６）、およびｒｓ２４２９４１（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）についてホモ接合性）であるか否かを検出する工程であって、ここで、該ＣＲＨＲ１遺伝子型についてのホモ接合性の存在が該治療に対する応答性と相関する、工程。
【請求項３】
被験体が、うつ病および不安を含む精神医学的障害を有すると診断される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
精神医学的障害が、大うつ病および不安障害を含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項５】
精神医学的障害の治療が、抗うつ剤による処置を含む、請求項１または請求項２のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
抗うつ剤が、三環系抗うつ剤、選択的セロトニン再取り込み阻害薬、およびＣＲＨＲ１アンタゴニストからなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
核酸含有サンプルが、血液サンプル、唾液サンプル、または細胞サンプルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
細胞サンプルが、生検、口腔、または皮膚のスクレーピングもしくはサンプル由来の細胞を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
被験体が、患者の亜集団より選択される、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
患者の亜集団が、メキシコ系アメリカ人亜集団を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＣＲＨＲ１、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプに関する被験体の遺伝子型が、増幅遺伝子型決定法、インサイチュハイブリダイゼーション技術、ＤＮＡアレイ（バイオチップ）分析、および／または直接的なＤＮＡシークエンシング法によって決定される、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
増幅遺伝子型決定法が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を包含する、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するのに適したキットであって、ここで、該被験体は、うつ病および不安を有すると診断されていて、該キットは、（ａ）該被験体が、ＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」のハプロタイプについてホモ接合性（ハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）であるｒｓ１８７６８２８（配列番号２）、ｒｓ２４２９３９（配列番号６）、およびｒｓ２４２９４１（配列番号７）についてホモ接合性）であるか否かを決定するための資材；（ｂ）適切な包装材；ならびに、必要に応じて（ｃ）該キットの使用のための教示的資材を含む、キット。
【請求項１４】
資材が、ｒｓ１８７６８２８（配列番号２）、ｒｓ２４２９３９（配列番号６）、およびｒｓ２４２９４１（配列番号７）のｈｔＳＮＰに特異的に結合する少なくとも一種の核酸を含む、請求項１３に記載のキット。
【請求項１５】
ｈｔＳＮＰに特異的に結合する核酸が、少なくとも一種のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーまたはハイブリダイゼーションプローブを含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
核酸含有生物学的サンプルを処理するための資材をさらに含む、請求項１３に記載のキット。
【請求項１７】
個体における精神医学的障害の治療に対する特異的応答と関連するヌクレオチド多型を決定するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体由来の染色体の１７ｑ１１−ｑ２２のヌクレオチド配列の全てまたは一部をシークエンシングし、該個体由来の１７ｑ１１−ｑ２２配列を他の個体の染色体の１７ｑ１１−ｑ２２配列と比較し、そしてシークエンシングされた１７ｑ１１−ｑ２２配列中のヌクレオチド多型の存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）精神医学的障害の治療に対する該個体の特異的応答を該ヌクレオチド多型の存在または非存在と関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害の治療は、うつ病および不安の薬物治療である。
【請求項１８】
個体における精神医学的障害の存在と関連するヌクレオチド多型を決定するための方法であって、以下：
（ａ）該個体由来の染色体の１７ｑ１１−ｑ２２のヌクレオチド配列の全てまたは一部をシークエンシングし、該個体由来の１７ｑ１１−ｑ２２配列を同じ精神医学的障害を有する個体の染色体の１７ｑ１１−ｑ２２配列と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間におけるヌクレオチド多型の存在または非存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）該精神医学的障害の診断を該ヌクレオチド多型の存在または非存在に関連づける工程
を包含する方法であって、
ここで、必要に応じて、該精神医学的障害は、うつ病、またはうつ病および不安である、方法。
【請求項１９】
個体におけるヌクレオチド多型を決定することによって該個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体由来の染色体の１７ｑ１１−ｑ２２のヌクレオチド配列の全てまたは一部をシークエンシングし、該個体由来の１７ｑ１１−ｑ２２配列を同じ精神医学的障害を有する個体の染色体の１７ｑ１１−ｑ２２配列と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間におけるヌクレオチド多型の存在または非存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）該ヌクレオチド多型の存在または非存在を精神医学的障害の存在または非存在に関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害は、うつ病、またはうつ病および不安である。
【請求項２０】
個体において精神医学的障害の治療に対して特異的な応答と関連するコルチコトロピン放出ホルモンレセプター１（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォームを決定するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害の治療を受けている個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較する工程；ならびに、
（ｂ）該精神医学的障害の治療に対する該個体の応答を、該発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害の治療は薬物治療である。
【請求項２１】
個体における精神医学的障害の存在と関連するコルチコトロピン放出ホルモンレセプター１（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォームを決定するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害を有する個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間におけるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）該精神医学的障害の診断を該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害はうつ病である。
【請求項２２】
個体において発現されるコルチコトロピン放出ホルモンレセプター１（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォームを決定することによって、該個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、該個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害を有する個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォームと比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）該個体間で発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と、精神医学的障害の存在または非存在とを関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害はうつ病である。
【請求項２３】
タンパク質のアイソフォームまたはその転写物のアイソフォームを個体における精神医学的障害の治療に対する特異的応答と関連づけるための方法であって、ここで、該タンパク質は、視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与し、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ神経医学的疾患治療を受けている個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較する工程；ならびに、
（ｂ）該精神医学的障害の治療に対する該個体の応答を該発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害の治療は薬物治療であり、
必要に応じて、該視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【請求項２４】
タンパク質アイソフォームまたはその転写物のアイソフォームを個体における精神医学的障害の存在と関連づける方法であって、ここで、該タンパク質は、視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与し、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害を有する個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして該同じ精神医学的障害を有する個体間でタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）該精神医学的障害の診断を該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害はうつ病であり、
さらに、必要に応じて、該視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【請求項２５】
個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォームを決定することによって該個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法であって、ここで、該タンパク質は、視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与し、以下の工程を含む方法：
（ａ）該個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を、同じ精神医学的障害を有する個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程；ならびに、
（ｂ）該個体において発現される該タンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を、精神医学的障害の存在または非存在と関連づける工程であって、ここで、必要に応じて、該精神医学的障害はうつ病であり、
さらに、必要に応じて、該視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本願は、２００４年８月１３日に出願された米国仮出願第６０／６０１，３６１号からの、合衆国法典第３５巻第１１９条（ｅ）による優先権の利益を主張し、この米国仮出願第６０／６０１，３６１号の内容は、全ての目的について本明細書において参照によって援用される。
【０００２】
連邦政府助成金
本発明は、部分的に、ＮＩＨ助成金番号GM61394、同HL65899、同RR017365、同MH062777、同RR000865、同K30HL04526、同RR16996、同HG002500、同DK063240、および同T32MH017140のＮＩＨ助成金の下に、連邦政府からの助成金を使用して提供された。したがって、連邦政府は、本発明において所定の権利を有する。
【０００３】
技術分野
本発明は、医薬、精神医学、および分子細胞学に関する。一局面において、本発明は、患者の亜集団におけるうつ病の処置の効力を予測するためおよび特定の医薬または処置に対する患者の応答を予測するための、組成物および方法を含む遺伝子的手段を提供する。一局面において、本発明は精神医学的障害の存在を診断するためまたは精神医学的障害についての処置の結果を決定するための方法を提供する。一局面において、本発明は、個体において発現されるコルチコトロピン放出ホルモンレセプター１（ＣＲＨＲ１）のタンパク質のアイソフォームまたは転写物のアイソフォームを決定することによって、個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法を提供する。
【背景技術】
【０００４】
背景
大うつ病は、一般的かつ複雑な遺伝−環境相互作用の障害である。その特異的な遺伝的気質および蓄積する環境因子は、まだ解明されていない。男性の１０％および女性の２０％がこの障害に罹患し、点有病率は３％である。米国の経済に対するその経費は一年あたり１０００億ドルを超過する。２０種を超える薬物が、うつ病の処置について米国食品医薬品局によって認可され、各々が約６０％の効力を有する。各々の薬物に対して患者の種々の亜群が異なる応答をするので、複数の試験が行われる場合、患者の８５％が最終的に応答する。処置応答の臨床的予測因子またはバイオマーカー予測因子が存在しないので、うつ病患者の薬物に対する指示は、偶然にのみ基づくか、または特定の医薬を用いた場合により起こり得る副作用を最小限にする試みにのみ基づく。
【０００５】
種々のクラスの抗うつ剤が、齧歯類においてのみならずうつ病のヒトもしくは健康なヒトにおいてもまた、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）レセプター（ＣＲＲ遺伝子発現）を抑制することが示されている。視床下部−下垂体−副腎（ＰＨＡ）軸の機能の失調とうつ病との間に関連性（例えば、コルチゾール産生の２４時間での上昇の増大、デキサメタゾンによる血漿コルチゾールレベルの抑制の喪失、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のＣＲＨ濃度の増大、外因性ＣＲＨ投与に対するＨＰＡ応答の調節不全、および血漿コルチゾールと持続的に収集されるＣＳＦ  ＣＲＨとの間の負の相関関係の喪失などが挙げられる）が存在することが示されている。ＣＲＨ活性の抑制は抗うつ剤処置の一般的な最終的効果であることが提案されている。また、１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）遺伝子の変異体は、喘息において吸入されるステロイドへの応答と関連があり得ることが例証されている。
【０００６】
多重の作用機構を通して作用する薬物は、ＣＮＳ  ＣＲＨ遺伝子発現のダウンレギュレーションに対して等価の効果を有することが示されている。したがって、いくつかのグループによる広範に反復された研究に基づいて、ＣＲＨ活性の抑制が、例えばイミプラミン（またはその代謝物であるデシプラミン）などの三環系薬物、フルオキセチンなどの選択的セロトニン再取り込み阻害薬を用いる抗うつ剤処置、そしてまた電撃痙攣などの非薬理学的処置による一般的な最終的効果であることが提案されている。うつ病におけるＣＲＨＲ１の役割についての意見の一致に起因して、ＣＲＨＲ１アンタゴニストが開発されて、臨床研究との関連で、ストレスに対するＨＰＡ応答への長期作用なしに、抗うつ剤として首尾よく使用されている。
【０００７】
抗うつ剤処置応答への表現型の遺伝子的関連性は、いくつかのグループによって研究されている。もっとも一致した知見は、抗うつ剤処置応答とセロトニントランスポーター遺伝子の上流調節領域の挿入／欠失の多型との関連の知見であった。抗うつ剤処置応答と関連することが示された他の遺伝子として、トリプトファンヒドロキシラーゼおよびセロトニン２Ａレセプターが挙げられる。
【発明の開示】
【０００８】
要約
本発明は、１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）の特定の配列変異体（いわゆるハプロタイプ）とヒトの亜集団（特に、大うつ病の診断を有し、かつ高レベルの不安を有する亜集団）中での異なる抗うつ剤媒介性応答とを関連づけるための、組成物および方法を提供する。したがって、本発明の組成物および方法は、抗うつ剤への患者の（ハプロタイプによって定義されるような）亜集団の応答を予測するため、そして進行中の抗うつ薬物治療のレジメンのモニタリング、評価、および調節を補助するために使用され得る。特に、本発明の組成物および方法は、１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）遺伝子のＧＡＧハプロタイプ（すなわち、下記の例１において考察されるように、「ハプロタイプ１」）についてのホモ接合性の存在または非存在を決定することによって、うつ病患者の表現型亜群（phenotypic subgroup）（すなわち、高不安うつ病患者亜集団）における処置応答を予測およびモニタリングするために使用され得る。抗うつ剤処置応答と、ＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプ、（rs1876828 （配列番号２）、rs242939 （配列番号６）およびrs242941（配列番号７）として同定されるハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（haplotype-tag single nucleotide polymorphism: ｈｔＳＮＰ）の存在）についてホモ接合性である遺伝子型との著しい関連性は、高不安うつ病患者群においてのみ起こった。
【０００９】
本発明は、特定の個体または亜集団のいずれかに対して本組成物および方法を実施することに制限されないが、本明細書において記載される「ＣＲＨ−Ｒ１」のハプロタイプはアメリカ人のラテン系亜集団において相対的に頻出するので、本発明の組成物および方法は、メキシコ系アメリカ人における抗うつ剤処置応答を予測するために特に有用であり得る。
【００１０】
本発明は、第一に、高不安うつ病患者において、抗うつ剤処置に対する応答の層別化がＣＲＨＲ１のハプロタイプに従って存在することを示す。下記の例１において詳細に考察されるように、rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のｈｔＳＮＰを利用して、ＧＡＧハプロタイプについてのホモ接合性が、ＨＡＭ−Ａスコアの７０％著しい減少（ホモ接合性において６３．１±４．５％、ヘテロ接合性において３７．１±６．９％、Ｐ＝０．００２）、ならびに処置の後のＨＡＭ−Ｄスコアの３１％著しい減少（ホモ接合性において６７．３±４．３％、ヘテロ接合性において５１．２±６．０％、Ｐ＝０．０３）と関連することが示された。
【００１１】
本発明は、精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するための方法を提供し、ここで、この被験体は、うつ病および不安を診断され、この方法は、以下の工程：（ａ）上記の被験体由来の核酸含有サンプルを提供する工程；（ｂ）そのサンプルを分析し、その被験体がＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプについてホモ接合性（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）についてホモ接合性）であるか否かを検出する工程を包含し、ここで、ＣＲＨＲ１遺伝子型についてのホモ接合性の存在は、上記の治療に対する応答性と相関する。本発明はまた、１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＨＲ１）遺伝子に関連する精神医学的障害を予防または処置する薬剤の使用を含む精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定または予測するために、被験体をスクリーニングする方法を提供する。この方法は、以下：（ａ）上記の被験体由来の核酸含有サンプルを提供する工程；（ｂ）その被験体がＣＲＨＲ１についてホモ接合性、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプ（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）についてホモ接合性）であるか否かを検出する工程を包含し、ここで、ＣＲＨＲ１遺伝子型についてのホモ接合性の存在は、上記の治療に対する応答性と相関する。したがって、本発明の方法は、処置治療または処置レジメンを開発するために、または進行中の処置レジメンを評価もしくは批判することを補助するために、保健専門家によって使用され得る。
【００１２】
上記の方法の一局面において、被験体は、うつ病および不安を含む精神医学的障害を有することを（例えば、下記において考察されるように、ＤＳＭ−ＩＶのための客観的臨床面接（Structured Clinical Interview）または任意の他の認容された診断プロトコルに従って診断されるように）診断される。一局面において、上記の精神医学的障害は、大うつ病および不安障害を含む。一局面において、上記の精神医学的障害の治療は、抗うつ剤（例えば、三環系抗うつ剤、選択的セロトニン再取り込み阻害薬、および／もしくはＣＲＨＲ１アンタゴニストまたは同等の薬物）を用いる処置を含む。
【００１３】
上記の方法の一局面において、上記の核酸含有サンプルは、血液サンプル、唾液サンプルまたは細胞サンプルを含む。細胞サンプルは、任意の供給源（例えば、生検、口腔内または皮膚のスクレーピングもしくはサンプル）に由来する細胞を含み得る。
【００１４】
上記の方法の一局面において、被験体のＣＲＨＲ１に関する遺伝子型、すなわち「ＧＡＧ」）ハプロタイプは、増幅遺伝子型決定法（amplification genotyping）、インサイチュハイブリダイゼーション技術、ＤＮＡアレイ（バイオチップ）分析および／または直接的なＤＮＡのシークエンシングによって決定される。増幅遺伝子型決定法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を含んでもよい。
【００１５】
上記の方法の一局面において、上記の被験体は、患者の亜集団（例えば、メキシコ系アメリカン人の亜集団を含む患者の亜集団）から選択される。
【００１６】
本発明は、精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するのに適したキットを提供し、ここで、その被験体は、うつ病および不安を診断されていて、そのキットは、以下：（ａ）その被験体がＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプについてホモ接合性（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）についてホモ接合性）であるか否かを決定するための資材；（ｂ）適切な包装材；ならびに、必要に応じて（ｃ）そのキットの使用のための教示的資材を含む。このキットの一局面において、上記の資材は、rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のｈｔＳＮＰに特異的に結合する少なくとも一つの核酸を含む。ｈｔＳＮＰに特異的に結合する核酸は、（例えば、自動化されたサザン分析、または遺伝子型と被験体がＣＲＨＲ１の１つについてホモ接合性であるか否かとを決定し得る等価の分析のための）少なくとも一つのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーまたはハイブリダイゼーションプローブを含んでもよい。このキットは、核酸含有生物学的サンプルを処理するための資材をさらに含んでもよい。
【００１７】
本発明はまた、個体における精神医学的障害の存在と関連するヌクレオチド多型を決定するための方法を提供し、この方法は、以下：（ａ）その個体由来の染色体１７ｑ１１−ｑ２２のヌクレオチド配列の全てまたは一部をシークエンシングし、この個体由来の１７ｑ１１−ｑ２２塩基配列を、同じ精神医学的障害を有する個体の染色体１７ｑ１１−ｑ２２配列と比較し、そして、同じ精神医学的障害を有する個体間においてヌクレオチド多型の存在または非存在を決定する工程；ならびに（ｂ）上記の精神医学的障害の診断を、上記のヌクレオチド多型の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、この精神医学的障害はうつ病である。
【００１８】
本発明はまた、個体におけるヌクレオチド多型を決定することによって、個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法を提供し、この方法は、以下：（ａ）その個体由来の染色体１７ｑ１１−ｑ２２のヌクレオチド配列の全てまたは一部をシークエンシングし、この個体由来の１７ｑ１１−ｑ２２塩基配列を、同じ精神医学的障害を有する個体の染色体１７ｑ１１−ｑ２２配列と比較し、そして、同じ精神医学的障害を有する個体間においてヌクレオチド多型の存在または非存在を決定する工程；ならびに（ｂ）ヌクレオチド多型の存在または非存在を精神医学的障害の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、上記の精神医学的障害は、うつ病である。
【００１９】
本発明の一つまたは二つ以上の態様の詳細は、添付の図面および以下の記載において示される。本発明の他の特徴、目的、および利点は、明細書および図面から、ならびに特許請求の範囲から明白である。
【００２０】
本明細書において言及される全ての刊行物、特許、特許出願、GenBankの配列およびＡＴＣＣの寄託物は、全ての目的のために本明細書に参照によって明示的に援用される。
【００２１】
詳細な説明
本発明は、特定の１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）配列変異体（いわゆるハプロタイプ）と、うつ病患者の表現型亜群（すなわち、高不安うつ病患者亜集団）における異なる抗うつ剤媒介性応答とを関連づけるための組成物および方法を提供する。特に、本発明の組成物および方法は、ＣＲＨＲ１のＧＡＧハプロタイプについてホモ接合性である（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）として同定されるハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）の存在として同定される）不安症のうつ病患者における抗うつ剤に対する応答の増大を予測し得る。図６は、本発明の方法および組成物を実施するために使用される「ＧＡＧ」ハプロタイプを作り出すために使用されるrs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）として同定されるｈｔＳＮＰを、図式的に例示する。
【００２２】
本発明は、コルチコトロピン放出ホルモンレセプター１（ＣＲＨＲ１）遺伝子と関連する精神医学的障害（うつ病および／または不安障害、ならびに関係する病態が挙げられる）の診断、予後、および処置のための遺伝子学的な方法および組成物を提供する。本発明によって包含される不安障害として、パニック障害、脅迫性障害、心的外傷後ストレス症候群、および恐怖症（特定恐怖症および対人恐怖症の両方を含む）が挙げられる。本発明の方法および組成物は、患者をスクリーニングして、特定の精神医学的治療に対するそれらの患者の応答性、ＣＲＨＲ１遺伝子と関連する精神医学的障害の診断および治療の開発、ならびにＣＲＨＲ１遺伝子に関する個体の遺伝子型プロフィールに基づいて個別化された薬物処置の開発を評価するために、ＣＲＨＲ１遺伝子における多型変異体を利用する。
【００２３】
下記の例１において考察されるように、本発明の組成物および方法の効力、ロサンゼルスの８０個体のうつ病のメキシコ系アメリカン人におけるＣＲＨＲ１遺伝子型と抗うつ剤処置応答の表現型との関連性を例証する上で、これらの患者は、８週間にわたる積極的治療とともに、フルオキセチンまたはデシプラミンのあらかじめランダム化されプラセボ導入された二重盲検処置を完了した。被験体を、ＤＳＭ−ＩＶ（ＳＣＩＤ）のための構造化臨床面接に従って診断し、その被験体らが他の交絡する医学的または精神医学的な診断もしくは処置を受けずうつ病の診断を有する場合、上記の研究に含めた。全ての患者を毎週経過観察し、ハミルトン不安評価尺度（ＨＡＭ−Ａ）およびハミルトンうつ病評価尺度（ＨＡＭ−Ｄ）の変化について評価した。上記の研究における選定基準（inclusion criteria）は、１８以上のＨＡＭ−Ｄを含めた。患者を、そのＨＡＭ−Ａスコアが１８以上の場合は高不安（ＨＡ）群に分類し、そのＨＡＭ−Ａスコアが１８未満の場合は低不安（ＬＡ）群に分類した。
【００２４】
rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）を利用して、本発明者らは、ＣＲＨＲ１と毎日の抗うつ剤処置に対する８週間の応答との間のハプロタイプによる関連性について試験した。ＨＡ群（ｎ＝５４）において、ＧＡＧハプロタイプについてのホモ接合性は、ヘテロ接合性と比較して相対的に７０％著しいＨＡＭ−Ａスコアの減少（すなわち、より軽度の不安：それぞれ６３．１±４．５％対３７．１±６．９％、Ｐ＝０．００２）と関連していた。ＨＡＭ−Ｄについて、ＧＡＧハプロタイプのホモ接合性は、ヘテロ接合性と比較して処置の後での３１％著しいスコアの減少（すなわち、より軽度のうつ病）と関連していた（それぞれ、６７．３±４．３％対５１．２±６．０％、Ｐ＝０．０３）。スクリーニングでより軽度の不安レベルを有する群においては、ＣＲＨＲ１遺伝子型とＨＡＭ−ＡまたはＨＡＭ−Ｄの％変化との間には関連性は存在しなかった。これらのデータは、ＣＲＨＲ１のＧＡＧハプロタイプについてホモ接合性である不安の高い患者における抗うつ剤への応答の増大を例証する。
【００２５】
一局面において、本発明は、部分的に、ＣＲＨＲ１遺伝子について多型変異体を有する被験体が抗うつ薬治療に対して異なる応答を示すという観察に基づく。一局面において、本発明の方法は、ＣＲＨＲ１遺伝子に関する被験体の遺伝子型の決定を包含する。そのような遺伝子型（例えば、ＣＲＨＲ１のＧＡＧハプロタイプについてホモ接合性）は、任意のハプロタイプ（遺伝子型）分析プロトコルを使用して（例えば、被験体のＤＮＡのサンプルの分析によって）決定され得る。本発明を実施するために、当該分野において公知の任意のハプロタイプ−遺伝子型分析の技術またはプロトコルが使用され得、そのような技術またはプロトコルとして、増幅遺伝子型決定法、インサイチュハイブリダイゼーション技術、および直接的なＤＮＡシークエンシング法が挙げられる。
【００２６】
本発明はまた、個体を疾患に罹患させる遺伝子を含む固有の染色体領域を同定するための、ならびに、ハプロタイプの変異体を薬物処置に対する応答性と関連づける研究（メキシコ系アメリカ人の亜集団または等価もしくは他の亜集団のさらなる分析を含む）において薬物治療（抗うつ病および抗不安の処置のレジメンもしくはプロトコルを含む）に対する患者の応答性を決定するための、さらなるハプロタイプ分析を提供する。潜在的なハプロタイプの周期および頻度を概算するために、コンピューターによる方法が使用される。この局面において、ハプロタイプ頻度を予測するために、任意のアルゴリズム（例えば、期待値最大化（ＥＭ）アルゴリズム）が使用され得、これは、通常、高い精度を有する。
【００２７】
核酸の生成および操作
本発明は、被験体由来のサンプルから核酸を単離して遺伝子型を分析する工程を包含して、その被験体がＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプについてホモ接合性（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）についてホモ接合性）であるか否かを検出する工程を包含するする組成物および方法を提供する。被験体の遺伝子型、例えば、ＣＲＨＲ１に関するもの、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプに関する遺伝子型は、当該分野において公知の任意の方法またはプロトコルまたはデバイスによって決定され得、そのような方法またはプロトコルまたはデバイスとして、増幅遺伝子型決定法、インサイチュハイブリダイゼーション技術、ＤＮＡアレイ（バイオチップ）分析および／または直接的なＤＮＡシークエンシングが挙げられる。ハプロタイプは、機能的かつ／または空間的に連鎖した２つまたは３つ以上のＳＮＰの群である。本発明は、当該分野において公知の任意の方法またはプロトコルまたはデバイスと組み合わせて実施され得、そのような方法またはプロトコルまたはデバイスは、科学文献および特許文献中で詳しく記載される。
【００２８】
本発明を実施するために使用される核酸（例えば、増幅検出、シークエンシング、サザンなどにおける使用のためのプライマー、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ベクター、ウイルスまたはそれらのハイブリッドのいずれであるかに関わらず）は、種々の供給源から単離され得、遺伝子的に操作され得、合成され得、増幅され得、そして／または組み替えて発現／生成される（組み替えポリペプチドは、本発明に従って修飾されるかまたはアレイに固定され得る）。任意の組み替え発現系が使用され得、そのような系として、細菌、哺乳動物、酵母、昆虫、または植物細胞の発現系が挙げられる。
【００２９】
あるいは、上記の核酸は、例えば、Carruthers (1982) Cold Spring Harbor Symp. Quant.Biol. 47:411-418; Adams (1983) J. Am. Chem. Soc. 105:661; Belousov (1997) Nucleic Acids Res. 25:3440-3444; Frenkel (1995) Free Radic. Biol. Med. 19:373-380; Blommers (1994) Biochemistry 33:7886-7896; Narang (1979) Meth. Enzymol. 68:90; Brown (1979) Meth. Enzymol. 68:109; Beaucage (1981) Tetra. Lett. 22:1859; 米国特許第4,458,066号において記載されるように、周知の化学合成技術によってインビトロで合成されてもよい。次いで、二本鎖ＤＮＡフラグメントは、その相補鎖を合成して適切な条件下でそれらの鎖をアニーリングすることによって、またはＤＮＡポリメラーゼとプライマー配列とを使用して相補鎖を加えることによって得ることができる。
【００３０】
サブクローニング、プローブの標識（例えば、Klenowポリメラーゼを使用するランダムプライマー標識、ニックトランスレーション、増幅）、シークエンシング、ハイブリダイゼーションなどの、核酸の操作のための技術は、科学文献および特許文献において詳しく記載される（例えば、以下を参照のこと：Sambrook編、MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL （第二版）、第１〜３巻、Cold Spring Harbor Laboratory, (1989); CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, Ausubel編、 John Wiley & Sons, Inc., New York (1997); LABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY: HIBRIDIZATION WITH NUCLEIC ACID PROBES, 第１部、Theory and Nucleic Acid Preparation, Tijssen編、Elsevier, N.Y. (1993)）。
【００３１】
本発明を実施するために使用される核酸は、ＲＮＡ、アンチセンス核酸、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ベクター、ウイルス、またはそれらのハイブリッドのいずれであるかに関わらず、種々の供給源から単離されても、遺伝子的に操作されても、合成されても、増幅されても、そして／または組み替えて発現／生成されてもよい。任意の組み替え発現系が使用され得、そのような系として、細菌、哺乳動物、酵母、昆虫、または植物細胞の発現系が挙げられる。
【００３２】
本発明の方法を実施するために使用される核酸を得て操作する別の有用な手段は、ゲノムサンプルからクローニングすることであり、望ましい場合、例えば、ゲノムのクローンまたはｃＤＮＡクローンから単離または増幅された挿入断片（insert）をスクリーニングしてリクローニング（re-cloning）することである。本発明の方法において使用される核酸の供給源として、例えば、哺乳動物人工染色体（ＭＡＣ：例えば、米国特許第5,721,118号;同第6,025,155号を参照のこと）；ヒト人工染色体（例えば、Rosenfeld (1997) Nat. Genet. 15:333-335を参照のこと）；酵母人工染色体（ＹＡＣ）；細菌人工染色体（ＢＡＣ）；Ｐ１人工染色体（例えば、Woon (1998) Genomics 50:306-316を参照のこと）；Ｐ１由来ベクター（ＰＡＣ：例えば、Kern (1997) Biotechniques 23:120-124を参照のこと）；コスミド、組み替えウイルス、ファージもしくはプラスミドの中に含まれるゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーが挙げられる。
【００３３】
本発明の実施において、核酸（例えば、患者サンプル由来のＤＮＡ）は検出され得、シークエンシングされ得、そして／または増幅によって複製され得る。増幅はまた、本発明の核酸をシークエンシング、クローニング、または修飾するためにも使用され得る。したがって、本発明は、核酸を検出、シークエンシング、または増幅するための増幅プライマー配列対を（例えば、キット中に）提供する。当業者は、これらの配列の任意の一部分もしくは全長についての増幅プライマー配列対を設計することができる。
【００３４】
増幅反応はまた、サンプル中の核酸の量（細胞サンプル中のメッセージ（message）の量など）を定量するため、核酸を標識するため（例えば、その核酸をアレイもしくはブロットに適用するため）、核酸もしくは配列（例えば、ＳＮＰ）を検出するため、またはサンプル中の特定の核酸の量を定量するためにも使用され得る。本発明の一局面において、細胞から単離されたメッセージ（message）またはｃＤＮＡライブラリーが増幅される。
【００３５】
当業者は、（例えば、患者のサンプル中の核酸の遺伝子型／ハプロタイプを検出するための）適切なオリゴヌクレオチド増幅プライマーを選択して設計することができる。増幅方法はまた、当該分野において周知であり、そのような増幅方法として、例えば、以下が挙げられる：ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications編、Innis, Academic Press, N.Y. (1990) およびPCR Strategies (1995), 編、Innis, Academic Press, Inc., N.Y.を参照のこと）；リガーゼ連鎖反応（ＬＣＰ）（例えば、Wu (1989) Genomics 4:560; Landegren (1988) Science 241:1077; Barringer (1990) Gene 89:117を参照のこと）；転写増幅（例えば、Kwoh (1989)  Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173を参照のこと）；ならびに、３ＳＲ（self-sustained sequence replication）（例えば、Guatelli (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874を参照のこと）；Ｑ  Ｂｅｔａレプリカーゼ増幅（例えば、Smith (1997) J. Clin. Microbiol. 35:1477-1491を参照のこと）、自動化Ｑ−Ｂｅｔａレプリカーゼ増幅アッセイ（例えば、Burg (1996) Mol. Cell. Probes 10:257-271を参照のこと）および他のＲＮＡポリメラーゼ媒介技術（例えば、NASBA, Cangene, Mississauga, Ontario）；また、Berger (1987) Methods Enzymol. 152:307-316; Sambrook; Ausubel; 米国特許第 4,683,195号および同第4,683,202号;ならびに Sooknanan (1995) Biotechnology 13:563-564も参照のこと。
【００３６】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、一本鎖構造多型（single-strand conformation polymorphism）分析を使用して検出されてもよい。一本鎖構造多形分析は、例えば、米国特許第5,879,884号; Oritaら、Proc. Nat. Acad. Sci. USA 86:2766-2770 (1989) において記載されるように、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動による移動の変化によって塩基の相違を同定する。増幅されたＰＣＲ産物は、上記のように生成され得、そして加熱されるかまたは変性され、一本鎖増幅産物を形成する。一本鎖の核酸は、再折り畳み（refold）するかまたは塩基配列に部分的に依存的な二次構造を形成する。一本鎖増幅産物の電気泳動の移動性により、対立遺伝子間または標的配列間の塩基配列の相違を検出することができる。
【００３７】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、対立遺伝子特異的ＰＣＲを使用して検出されてもよい。対立遺伝子特異的ＰＣＲは、変異もしくは多型の存在または非存在について異なる対立遺伝子の間を区別する。ＰＣＲ増幅プライマーは、標的配列の特定の対立遺伝子にのみ結合するように設計される（例えば、Gibbs (1989) Nucleic Acid Res. 17:12427-2448を参照のこと）。
【００３８】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、（例えば、Saiki (1986) Nature 324:163-166によって記載されるような）対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）スクリーニング法を使用して検出されてもよい。１つまたは２つ以上の塩基対ミスマッチを有するオリゴヌクレオチドは、あらゆる特定の対立遺伝子について設計される。ＡＳＯスクリーニング法は、ハプロタイプ間の変異を検出し得る。変異体ハプロタイプ間またはＰＣＲによって増幅されたＤＮＡ間のミスマッチは、変異体（variant）ハプロタイプ（もしくは変異体（mutant））オリゴヌクレオチドと比較して、オリゴヌクレオチドの結合の低下を示す。オリゴヌクレオチドプローブは、低ストリンジェンシー下では対立遺伝子の多型形態の両方に結合するが、高ストリンジェンシー下ではそのプローブが対応する対立遺伝子に対して検出可能な程度により強く結合するように設計され得る。ストリンジェンシー条件は、本質的に二元的な応答が得られるように考案され得る（例えば、あるハプロタイプに対応するＡＳＯは、その対立遺伝子にハイブリダイズし、代替え的なハプロタイプの対立遺伝子にはハイブリダイズしない）。
【００３９】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、例えば、Landegren (1988) Science 241:1077-1080において記載されるように、リガーゼ媒介性対立遺伝子検出（ligase-mediated allele detection）を使用して検出されてもよい。リガーゼはまた、例えば、Wu (1989) Genomics 4:560-569において記載されるように、ライゲーション増幅反応におけるハプロタイプＳＮＰ（例えば、変異）を検出するためにも使用され得る。ライゲーション増幅反応（ＬＡＲ）は、例えば、Wu (1990) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 88:189-193において記載されるように、温度依存的ライゲーションの連続的な繰り返しを使用する特定のＤＮＡ配列の増幅を利用する。
【００４０】
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して生成される増幅産物は、変性勾配ゲル電気泳動の使用によって分析されてもよい。異なるハプロタイプ対立遺伝子は、溶液中のＤＮＡの異なる配列依存的融解特性および異なる電気泳動による移動に基づいて同定され得る。ＤＮＡ分子は、温度が上昇するかまたは変性が増大する条件下で、融解ドメイン（melting domain）と呼ばれるセグメントで融解する。各々の融解ドメインは、明確な塩基特異的な融解温度（Ｔｍ）で、協調して融解する。融解ドメインは、少なくとも２０塩基対長であり、数百塩基対長までであり得る。配列特異的融解ドメインの相違に基づくハプロタイプ（ＳＮＰ）間の識別は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動を使用して評価され得る。
【００４１】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、患者および家族のメンバーにおける制限酵素フラグメント長多型を含む多型に基づいて、増幅の工程なしで検出されてもよい。ハイブリダイゼーションプローブは、一般的に、標的核酸の全てまたは一部に対する相補的塩基対形成を介して結合するオリゴヌクレオチドである。プローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーに依存して、そのプローブ配列との完全な相補性を欠く標的配列に結合し得る。プローブは、直接的または間接的に標識され得る。プローブの存在または非存在についてアッセイすることによって、標的配列の存在または非存在が検出され得る。直接的な標識方法として、例えば、３２Ｐまたは３５Ｓなどを用いる放射性同位元素標識が挙げられる。間接的な標識方法として、蛍光タグ、アビジンもしくはストレプトアビジンに結合され得るビオチン複合体、またはペプチドタグもしくはタンパク質タグが挙げられる。可視検出方法として、フォト−ルミネセント、テキサス・レッド（Texas red）、ローダミンおよびその誘導体、レッド・ロイコ（red leuco）色素および３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）、フルオレセインおよびその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン（umbelliferone）など、または西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなどを用いるものが挙げられる。
【００４２】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、例えば、米国特許第4,998,617号; Landegren (1988) Science 241:1077-1080において記載されるような、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）を使用して検出されてもよい。ＯＬＡプロトコルは、標的の一本鎖の隣接する配列（複数）にハイブリダイズする事が可能であるように設計される、二つのオリゴヌクレオチドを使用する。これらのオリゴヌクレオチドの一つは、分離マーカーに連結し（例えば、ビオチン化される）、もう一方は、検出可能なように標識される。標的分子中に正確な相補配列が見いだされる場合、これらのオリゴヌクレオチドは、それらの末端が隣接するようにハイブリダイズし、ライゲーション基質を作り出す。次いで、ライゲーションによって、アビジンまたは別のビオチンのリガンドを使用して、標識されたオリゴヌクレオチドが回収されることが可能となる。一つの変異体核酸検出アッセイは、ＰＣＲおよびＯＬＡの特質を組み合わせる（例えば、Nickerson (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8923-8927を参照のこと）。この方法において、ＰＣＲは、標的ＤＮＡの指数関数的な増幅を達成するために使用され、次いで、増幅されたＤＮＡは、ＯＬＡを使用して検出される。
【００４３】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、特殊化されたエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチドを使用して検出されてもよい（例えば、米国特許第4,656,127号を参照のこと）。多型部位のすぐ３’側の対立遺伝子配列に対して相補的なプライマーは、特定の動物またはヒトから得られる標的分子にハイブリダイズし得る。標的分子上の多型部位が、存在する特定のエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチド誘導体に対して相補的であるヌクレオチドを含む場合は、その誘導体は、上記のハイブリダイズしたプライマーの末端に結合される。このような結合は、そのプライマーをエキソヌクレアーゼに対して耐性にし、それによって、そのプライマーの検出を可能にする。サンプルのエキソヌクレアーゼ耐性誘導体の正体はわかっているので、プライマーがエキソヌクレアーゼに対して耐性になったという知見は、標的分子の多型部位において存在するヌクレオチドが、この反応において使用されたヌクレオチド誘導体に対して相補的であったことを明らかにする。この方法は、大量の外来性配列データの決定を必要としないという利点を有する。
【００４４】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、配列特異的リボザイムを使用して決定されてもよい（例えば、米国特許第5,498,531号を参照のこと）。この方法は、リボザイム切断部位の発達または喪失に基づいてＳＮＰを得点付けするために使用され得る。ヌクレアーゼ切断分解アッセイによって、または融解温度の相違によって、完全にマッチした配列は、ミスマッチした配列から区別され得る。ＳＮＰが制限酵素切断部位に影響を及ぼす場合、制限酵素分解パターンの変化、およびゲル電気泳動によって決定される核酸フラグメント長の対応する変化によって、ＳＮＰが同定され得る。
【００４５】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、Genetic Bit AnalysisすなわちGBA（商品名）を使用して検出されてもよい（例えば、Nikiforov (1994) Nucleic Acids Res. 22(20): 4167-4175を参照のこと）。これは、ＤＮＡ中の一本鎖ヌクレオチド多型をタイピングするための方法である。多型を含むゲノムＤＮＡの特定のフラグメントは、第一に一つの通常プライマーと一つのホスホロチオエート修飾プライマーとを使用するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅される。二本鎖ＰＣＲ産物は、酵素であるＴ７遺伝子６エキソヌクレアーゼ（T7 gene 6 exonuclease）を用いる処理により一本鎖化され、固定されたオリゴヌクレオチドプライマーへのハイブリダイゼーションによって、９６ウェルポリスチレンプレートの個々のウェルにキャプチャー（capture）される。このプライマーは、目的の多型部位にすぐ隣接して、一本鎖化された標的ＤＮＡにハイブリダイズするように設計される。E.coliのＤＮＡポリメラーゼＩまたは改変されたＴ７  ＤＮＡポリメラーゼのKlenowフラグメントを使用して、キャプチャーされたオリゴヌクレオチドの３’末端は、一つのビオチン標識ジデオキシヌクレオシド三リン酸、一つのフルオレセイン標識ジデオキシヌクレオシド三リン酸、および二つの未標識ジデオキシヌクレオシド三リン酸の混合物を使用して、一塩基伸長される。次いで、アルカリホスファターゼおよび西洋ワサビペルオキシダーゼの抗体結合体が、ＥＬＩＳＡ形式において伸長された塩基の性質を決定するために使用される。
【００４６】
一局面において、ハプロタイプもしくはＳＮＰは、バイオチップすなわちアレイを使用して検出される。例えば、対立遺伝子（ハプロタイプ）変異体に特異的にハイブリダイズし得るいくつかのプローブは、固相支持体（例えば、「チップ」）に結合される。オリゴヌクレオチドは、リソグラフィーを含む種々のプロセスによって、固体支持体に結合され得る。例えば、一つのチップは、２５０，０００のオリゴヌクレオチドを支持することができる（GeneChip, Affymetrix）。オリゴヌクレオチドを含むこれらのチップを使用する変異体検出分析は、「ＤＮＡプローブアレイ」とも呼ばれ、例えば、Croninら、(1996) Human Mutation 7:244およびKozalら、(1996) Nature Medicine 2:753において記載される。一態様において、一つのチップは、全てのハプロタイプ（対立遺伝子）の変異体遺伝子（例えば、コルチコトロピン放出ホルモンレセプター１型（ＣＲＨＲ１）遺伝子およびその配列変異体）を含む。固相支持体は、試験核酸と接触され得、特異的なプローブへのハイブリダイゼーションが検出される。したがって、一つまたは二つ以上の遺伝子の多数の対立遺伝子の正体が、簡易なハイブリダイゼーション実験において同定され得る。
【００４７】
本発明の方法を実施する上で、例えば、以下に記載するような任意の公知のアレイおよび／またはアレイを作成して使用する方法は、それらの全体もしくは一部、または改変が、援用され得る：米国特許第6,277,628号; 同第6,277,489号; 同第6,261,776号; 同第6,258,606号; 同第6,054,270号; 同第6,048,695号; 同第6,045,996号; 同第6,022,963号; 同第6,013,440号; 同第5,965,452号; 同第5,959,098号; 同第5,856,174号; 同第5,830,645号; 同第5,770,456号; 同第5,632,957号; 同第5,556,752号; 同第5,143,854号; 同第5,807,522号; 同第5,800,992号; 同第5,744,305号; 同第5,700,637号; 同第5,556,752号; 同第5,434,049号；また、例えば、WO 99/51773; WO 99/09217; WO 97/46313; WO 96/17958も参照のこと；また、例えば、Johnston (1998) Curr. Biol. 8:R171-R174; Schummer (1997) Biotechniques 23:1087-1092; Kern (1997) Biotechniques 23:120-124; Solinas-Toldo (1997) Genes, Chromosomes & Cancer 20:399-407; Bowtell (1999) Nature Genetics Supp. 21:25-32。また、公開された米国特許出願番号20010018642; 20010019827; 20010016322; 20010014449; 20010014448; 20010012537; 20010008765も参照のこと。
【００４８】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、微少溶液ベースの系すなわち「ラボ・オン・ア・チップ（lab on a chip）」系などの多成分統合系（multicomponent integrated systems）を使用して検出されてもよい。これらの系は、単一の機能的デバイスにおけるＰＣＲおよびキャピラリー電気泳動反応などのプロセスを小型化および区画化する。例えば、チップ内でのＰＣＲ増幅とキャピラリー電気泳動との統合を記載する米国特許第5,589,136号を参照のこと。
【００４９】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、特に、微少溶液系が使用される場合、統合系を使用して検出されてもよい。これらの系は、マイクロチップ上に組み込まれたガラス、シリコン、クォーツ、またはプラスチックのウエハ上に設計された微小チャネルのパターンを含み得る。サンプルの移動は、マイクロチップの異なる領域を超えて適用されて部品を動かすことなく機能的かつ顕微鏡的な弁およびポンプを作り出す電気的な力、電気浸透性の力、または静水学的な力によって、制御され得る。電圧を変化させることは、微小機械化されたチャネル間の交点での液体流量を制御し、マイクロチップの異なるセクションを超えてのポンピング（pumping）のための液体流速を変化させる。このような系において、キットの容器／区画は、微少溶液系のチャンバーおよび／またはチャネルとして具体化される。
【００５０】
ハプロタイプ（ＳＮＰ）は、質量分析を使用して検出されてもよい。質量分析は、ＤＮＡの４種のヌクレオチドの各々の固有の質量を利用する。ＳＮＰは、二つ以上のＳＮＰ対立遺伝子を有する核酸の質量の相違を測定することによる質量分析によって、正確に遺伝子型決定され得る。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化−飛行時間）質量分析技術が、分子量の非常に正確な決定（例えば、ＳＮＰ）のために好ましい。ＳＮＰ分析への多数のアプローチが、質量分析に基づいて開発されている。例示的な分析は、ミニシークエンシング（mini-sequencing）プライマー伸長であり、これはまた、古典的なゲルベースの形式およびマイクロアレイなどの他のアプローチと組み合わせて利用され得る。
【００５１】
多型領域がエキソン中に位置する場合、その遺伝子のコード領域または非コード領域において、ｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ前駆体、またはｃＤＮＡの分子構造を決定することによって、対立遺伝子変異体の正体が決定され得る。分子構造は、ゲノムＤＮＡの分子構造を決定するための任意の上記の方法（例えば、シークエンシング、および一本鎖構造多型（ＳＳＣＰ））を使用して決定され得る。
【００５２】
ハプロタイプ決定手段は、核酸の精製が必要ないように、生検または切除術から得られる患者の組織の組織切片（固定および／または凍結）上で直接的に、インサイチュで行われてもよい。核酸試薬は、プローブおよび／またはプライマーとして、このようなインサイチュの手段のために使用され得る。
【００５３】
精神医学的障害を診断および評価する
本発明は、精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するために方法を提供し、この方法において、被験体はうつ病および不安を有すると診断される。本発明はまた、１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）遺伝子と関連する精神医学的障害を予防または処置する薬剤の使用を包含する精神医学的障害（例えば、うつ病および不安）の治療に対する、その被験体の応答性を決定するために、被験体をスクリーニングする方法を提供する。本発明を実施する上で、精神医学的障害（例えば、うつ病および不安）を診断するために、または精神医学的障害（例えば、うつ病および不安）についての処置の進行を評価するために、任意の方法（例えば、「評価尺度」）またはプロトコルが使用され得る。
【００５４】
本発明の方法および組成物を実施する上で診断されるうつ病は、うつ病と関連する全ての疾患および状態を含み、そのような疾患および状態として、ＩＤＣ−１０および診断および統計の手引き（Diagnostic and Statistical Manual IV: DSM-IV）の評価尺度において分類されるものが挙げられる。これらの疾患または障害は、うつ病、気分変調性障害、双極性障害のうつ状態のエピソード、および他の気分障害に関連するうつ状態のエピソード（季節的な気分障害、および一般的な医学的状態に起因する気分障害、および物質誘発性気分障害を含む）を含む。
【００５５】
例えば、本発明を実施する上で、被験体における精神医学的障害（例えば、うつ病および不安）の重篤度を測定するために、任意の評価尺度が使用され得る。例えば、うつ病においては、最も頻繁に使用される尺度として、ハミルトンうつ病評価（ＨＡＭ−Ｄ）尺度、ベックうつ病評価尺度（Beck Depression Inventory: ＢＤＩ）、モンゴメリー−アスバーグうつ病評価尺度（Montgomery-Åsberg Depression Rating Scale: ＭＡＤＲＳ）、高齢者うつ病尺度（ＧＤＳ）、およびツング自己評価うつ病尺度（ＺＳＲＤＳ）が挙げられる。不安については、最も頻繁に使用される尺度として、ハミルトン不安評価尺度（ＨＡＭ−Ａ）、およびベック不安評価尺度（ＢＡＩ）が挙げられる。被験体における精神医学的障害（例えば、うつ病および不安）を診断および／または評価するためのこれらの手段または任意の当該分野において受容され得る手段が、使用され得る。
【００５６】
例えば、本明細書において記載される研究において、８週間にわたる積極治療とともにあらかじめランダム化されプラセボ導入されたフルオキセチンまたはデシプラミンの二重盲検処置を完了した、うつ病のメキシコ系アメリカ人において、ＣＲＨＲ１遺伝子型と抗うつ剤処置応答の表現型との関連性を研究した。この研究では、関連性分析の一次結果の基準は、ハミルトン不安評価尺度（ＨＡＭ−Ａ）およびハミルトンうつ病評価尺度（ＨＡＭ−Ｄ）の変化であった。
【００５７】
用語「処置」とは、本明細書において使用される場合、疾患または状態（例えば、うつ病もしくは不安）の少なくとも一つの症状を、部分的にまたは完全に緩和すること、部分的にまたは完全に処置または治癒すること、および／あるいはそのような症状の発症を予防することを指す。
【００５８】
例えば、うつ病についてのＤＳＭ−ＩＶ基準およびうつ病についての臨床評価尺度（Clinical Rating Scale）は、以下に要約される：

主要なうつ病障害：ＤＳＭ−ＩＶ診断基準
以下の症状のうち少なくとも５つが、同じ期間中に存在する。少なくとも（１）抑うつ気分、または（２）関心もしくは快楽の喪失が存在しなければならない。症状が、一日の大半、ほぼ毎日、少なくとも２週間にわたって存在する。
１． 一日の大半、ほぼ毎日の抑うつ気分（小児および青年においては時に興奮性）
２． 一日の大半、ほぼ毎日の、ほとんど全ての活動についての関心または快楽の著しい減退（一日の大半の感情鈍麻の被験体による自覚的評価または他人による観察のいずれかによって示される）
３． 有意な体重の減少／増加
４． 不眠症／過眠症
５． 精神運動性激越／精神運動遅滞
６． 疲労（エネルギーの喪失）
７． 無価値感（罪悪感）
８． 集中力の障害
９． 周期的な死または自殺の思考
【００５９】

うつ病についての臨床評価尺度
なし          スコア＝０
うつ病障害（大うつ病、気分変調症、または短期再発性うつ病（brief recurrent depression））についてのどのＤＳＭ基準にも合致しない
うつ病症状のための援助を求めたことがない
うつ病症状のための処方薬を摂取したことがない
可能性がある    スコア＝１
いくつかのうつ病症状を有し得る
家族のメンバーがうつ病症状を報告し得る
うつ病障害のためのＤＳＭ基準に合致しない
援助を求めたことがない
うつ病症状のための処方薬を摂取したことがない
軽度          スコア＝２
うつ病のためのＤＳＭ基準に合致し得る
援助を求めたことがあり得る
うつ病症状のための処方薬を摂取したことがない
うつ病症状は一過性である
中程度        スコア＝３
ＤＳＭ基準に合致する
援助を求めたことがあり得る
うつ病のための処方薬を摂取したことがあり得る
うつ病のエピソードは一過性であるが再発性である
重篤          スコア＝４
ＤＳＭ基準に合致する
援助を求めたことがある
うつ病のための処方薬を通常に摂取していたことがある
うつ病のエピソードが生涯を通じて複数回あった
２０歳未満である場合、１２歳までにうつ病が始まった
重篤および慢性  スコア＝５
「重篤」についての全ての基準に合致する
うつ病の診断を受けたことがある
うつ病のエピソードは生涯を通じて慢性であった
【００６０】
キット
本発明は、精神医学的障害の治療に対する被験体の応答性を決定するのに適したキットを提供する。例えば、本発明のキットは、被験体がうつ病および不安を有すると診断される場合に、最適な処置（例えば、薬物レジメン、投薬計画、もしくは処置プロトコル）を評価するかまたは決定するために使用され得る。このキットは、あらゆる特定のハプロタイプ（例えば、被験体がＣＲＨＲ１の１つ、すなわち「ＧＡＧ」ハプロタイプについてホモ接合性（ハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）であるrs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）についてホモ接合性）であるか否か）を決定するための資材を包含し得る。このキットは、適切な包装材を包含し得る。このキットは、そのキットの使用のための教示的資材（例えば、本発明の方法を実施するうえでの説明書）を包含し得る。
【００６１】
上記のキットは、上で考察されるような特定のハプロタイプまたは遺伝子型を決定するための核酸を包含し得る。例えば、このキットは、ｈｔＳＮＰに特異的に結合する核酸（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーなどのプライマーまたはハイブリダイゼーションプローブ）を包含し得る。このキットはまた、被験体由来の核酸含有サンプルを回収するため、および／または核酸含有生物学的サンプルを貯蔵もしくは処理するための資材または品目を包含し得る。このキットは、被験体から単離された核酸もしくは被験体由来の核酸（例えば、増幅産物）にハイブリダイズする一つまたは二つ以上のオリゴヌクレオチドまたはプライマーを含有する、バイアル、チューブ、または任意の他の容器を包含する。このキットはまた、増幅系の構成要素を包含し、そのような構成要素として、緩衝液および熱安定性ポリメラーゼなどのＰＣＲ反応資材が挙げられる。本発明のキットは、市販の増幅キット（例えば、GIBCO BRL (Gaithersburg, Md.) Stratagene (La Jolla, Calif.), Invitrogen (San Diego, Calif.), Schleicher & Schuell (Keene, N.H.), Boehringer Mannheim (Indianapolis, Ind.)製）と組み合わせて使用されてもよい。本発明のキットはまた、正または負のコントロール反応物またはマーカー、ゲル電気泳動のための分子量マーカーなどを包含し得る。本発明のキットはまた、うつ病の診断についてのこのキットの適正を示し、この目的のためにオリゴヌクレオチドを使用する方法を示すラベルまたは説明書を包含し得る。
【００６２】
１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォーム
本発明は、個体において精神医学的障害の治療（例えば、うつ病、不安、またはうつ病および不安などのあらゆるＣＲＨＲ１関連精神医学的障害）に対する特定の応答と関連する１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォームを決定するための方法を提供し、この方法は、以下：（ａ）その個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定して、その個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を、同じ精神医学的障害の治療を受けている個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較する工程；ならびに、（ｂ）精神医学的障害の治療に対する個体の応答を、発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数または複数）の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、この精神医学的障害の治療は（例えば、うつ病および／または不安のための）薬物治療である。この方法の結果は、どの治療もしくは薬物を、どの組み合わせにおいておよび／もしくはどの投与量において、またはどの患者集団に対して使用するかを決定するために、臨床化によって使用され得る。
【００６３】
本発明は、個体において精神医学的障害（例えば、うつ病、不安、またはうつ病および不安などの任意のＣＲＨＲ１関連精神医学的障害）の存在に関連する１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）のタンパク質または転写物のアイソフォームを決定するための方法を提供し、この方法は、以下：（ａ）その個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定して、その個体において発現されるＣＨＲＨ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害を有する個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間におけるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程、ならびに（ｂ）その精神医学的障害の診断をその個体において発現されるＣＲＨＲ１のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、この精神医学的障害の治療は、うつ病および／または不安の治療である。
【００６４】
本発明は、個体において発現される１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）または２型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ２）のタンパク質または転写物のアイソフォームを決定することによって、個体における精神医学的障害（例えば、うつ病、不安、またはうつ病および不安などの、任意のＣＲＨＲ１関連精神医学的障害）の存在を診断するための方法を提供し、この方法は、（ａ）その個体において発現されるＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、その個体において発現されるＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的を有する個体において発現されるＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間において発現されるＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程；ならびに、（ｂ）その個体において発現されるＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を、精神医学的障害の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、この精神医学的障害の治療は、うつ病および／または不安の治療である。この方法の結果はまた、精神医学的障害の予後においてまたは精神医学的障害についての治療（例えば、うつ病および／または不安についての治療）の結果の予測の上でも使用され得る。
【００６５】
ＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の決定は、任意の方法またはプロトコル（例えば、本明細書において記載されるような）を使用して達成され得、それらの全ては、当該分野において周知である。そのような方法またはプロトコルとして、例えば、ＰＣＲまたは他の増幅プロトコル、電気泳動による分子サイズ決定（molecular sizing）、特定の選択的プライシングされたタンパク質モチーフについて特異的な抗体などが挙げられる。
【００６６】
あるいは、発現されるＣＲＨＲ１またはＣＲＨＲ２のタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）は、例えば、Pisarchik (2001) The FASEB Journal 15:2754-2756によって記載されている、Pisarchikは、ヒトおよびマウスのＣＲＨ−Ｒ１ｅアイソフォームが二つの読み枠を含み、そのうちの一つは、ヒトにおいて１９４ａａ、マウスにおいて１３９ａａの可溶性タンパク質をコードし、これは、最初の４０ａａの末端アミノ末端配列と、フレームシフトに起因してＣＲＨ−Ｒ１レセプターと異なる残りの配列とを含むことを記す。これは、エキソン３、エキソン４、および膜貫通ドメインの欠失に起因して、ＣＲＨ結合タンパク質としては作用しないはずである。ヒトにおいては第三の膜貫通ドメイン、マウスにおいては第一の膜貫通ドメインから始まる配列を有する第二の形態（ヒト：２４０ａａ；マウス：３０９ａａ）は、カルボキシル末端を含む。これは、ＮＨ２末端の欠失に起因して、リガンドに結合することができない。ヒトＣＲＨ−Ｒ１ｆは、ＣＲＨ結合ドメイン全体および最初の５個の膜貫通領域をコードする；したがって、これは、ＣＲＨに結合してＣＨＲを細胞膜の外表面に固定するはずである。したがって、これは、ＣＲＨの局所濃度を低下させるかまたは結合ホルモンのプールとして役立ち得る。このレセプターのマウスの形態もまた、ＮＨ２末端全体および５個の膜貫通ドメインをコードする。読み枠は保存されているがタンパク質配列が膜貫通ドメイン５および膜貫通ドメイン６に対応する７４アミノ酸の欠失を有するＣＲＨ−Ｒ１ｇは、潜在的にｃＡＭＰ産生に共役し得る。ＣＲＨ−Ｒ１ｈは、ＣＲＨ結合ドメインのみを有する短縮されたタンパク質をコードし、潜在的にＣＲＨ結合に干渉するかまたはＣＲＨ結合タンパク質のアナログとして役立ち得る。
【００６７】
また、選択的スプライシングの事象によって生成された別のヒトＣＲＨ−Ｒ１転写形態を図示する図７、図８、および図９も参照のこと。これらの別のヒトＣＲＨ−Ｒ１アイソフォームは、どのヒトのＣＲＨ−Ｒ１転写物またはタンパク質のアイソフォームが特定の精神医学的疾患の治療と関連するかを決定するための手引きとして役立ち得るが、本発明の方法を使用して使用され得るかまたは見いだされ得るＣＲＨ−Ｒ１の転写物またはタンパク質のアイソフォームについて制限するものではない。
【００６８】
本発明は、特定の作用の機構によって制限されないが、ストレスによって誘導されるＨＰＡ軸活性化は、うつ病の症状の行動的変化を調節する脳の神経伝達物質系と相互作用することによってうつ病の症状を直接的に引き起こすと考えられるので、本発明の方法はまた、タンパク質アイソフォームまたは転写物アイソフォームを個体における精神医学的障害の治療に対する特定の応答と関連づけるための方法を包含し、ここで、このタンパク質は、視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与する。一局面において、この方法は、（ａ）個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、その個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害の治療を受けている個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較する工程；ならびに、（ｂ）精神医学的障害に対する個体の応答を発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、一局面において、この精神医学的障害の治療は薬物治療であり、一局面において、この視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、ＣＲＨＲ１、ＣＲＨＲ２、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ウロコルチン（ＵＣＮ）、ストレスコピン（stresscopin：ＵＣＮ３）、ストレスコピン関連ペプチド（ＵＣＮ２）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【００６９】
この局面は、抗うつ剤によるＨＰＡ活性の正常化がうつ病の症状に対する治療効果に先立つことを示す臨床研究によって、さらに支持される。本発明は、特定の作用の機構によって制限されないが、ＨＰＡ軸の活性化がうつ病の発症に関与し得る二つの経路として、以下が挙げられる：コルチゾールのレベルの上昇がうつ病の症状を誘導する（例えば、クッシング病において）；そして、コルチゾールの作用の欠失がうつ病の症状を誘導する（例えば、アジソン病において）。したがって、一局面において、本発明は、タンパク質のアイソフォームまたはその転写物のアイソフォームを個体における精神医学的障害の治療に対する特定の応答と関連づけるための方法を提供し、ここで、このタンパク質は、視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与し、この方法は、（ａ）この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォームを決定し、この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害の治療を受けている個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間におけるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程；ならびに、（ｂ）精神医学的疾患の治療に対する個体の応答を発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、一局面において、この精神医学的障害の治療は薬物治療であり、さらに、一局面において、この視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、ＣＲＨＲ１、ＣＲＨＲ２、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ウロコルチン（ＵＣＮ）、ストレスコピン（ＵＣＮ３）、ストレスコピン関連ペプチド（ＵＣＮ２）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【００７０】
本発明はまた、個体においてタンパク質のアイソフォームまたはその転写物のアイソフォームを精神医学的障害の存在に関連づけるための方法を提供し、ここで、このタンパク質は視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与し、この方法は、（ａ）この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的を有する個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較する工程、ならびに、（ｂ）この精神医学的障害の診断を、この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、一局面において、この精神医学的障害はうつ病であり、さらに、一局面において、この視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、ＣＲＨＲ１、ＣＲＨＲ２、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ウロコルチン（ＵＣＮ）、ストレスコピン（ＵＣＮ３）、ストレスコピン関連ペプチド（ＵＣＮ２）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【００７１】
本発明はまた、個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォームを決定することによって、個体における精神医学的障害の存在を診断するための方法を提供し、ここで、このタンパク質は視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与し、この方法は、（ａ）この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を決定し、この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）を同じ精神医学的障害を有する個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）と比較し、そして同じ精神医学的障害を有する個体間におけるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を決定する工程、ならびに、（ｂ）この個体において発現されるタンパク質または転写物のアイソフォーム（単数もしくは複数）の存在または非存在を精神医学的障害の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、この精神医学的障害はうつ病であり、さらに必要に応じて、この視床下部−下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸経路に関与するタンパク質は、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、ＣＲＨＲ１、ＣＲＨＲ２、プロオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）、ウロコルチン（ＵＣＮ）、ストレスコピン（ＵＣＮ３）、ストレスコピン関連ペプチド（ＵＣＮ２）、ステロイドの合成もしくは分解に関与するタンパク質、またはＨＰＡ軸経路に関与する転写因子である。
【００７２】
本発明は、以下の例を参照してさらに説明される；しかし、本発明がそのような例に限定されないことが、理解されるべきである。
【００７３】
例
例１：抗うつ剤に対する患者の応答性を予測する
以下の例は、本発明の例示的な組成物の製造および使用、ならびに本発明の組成物および方法を実施する方法を説明する。以下の例はまた、これらの組成物および方法が患者の亜集団（例えば、メキシコ系アメリカ人）の抗うつ剤に対する応答を予測するため、ならびに抗うつ薬物治療の進行中のレジメンをモニタリング、評価、および調節するのを補助するために効果的であることを例証する研究およびデータを記載する。特に、これらの研究は、本発明の組成物および方法が、１型コルチコトロピン放出ホルモンレセプター（ＣＲＨＲ１）遺伝子のＧＡＧハプロタイプについてのホモ接合性の存在または非存在を決定することによって、うつ病の患者の表現型亜群である高不安うつ病患者亜集団における処置応答を予測およびモニタリングするために使用され得ることを例証する。抗うつ薬に対する処置応答の層別化は、高不安うつ病患者の表現型亜群においてＣＲＨＲ１のハプロタイプに従って観察された。
【００７４】
ＣＲＨＲ１遺伝子型と抗うつ剤処置応答の表現型との関連性を、８週間にわたる積極治療とともに、あらかじめランダム化されプラセボ導入されたフルオキセチンまたはデシプラミンの二重盲検処置を完了した、８０個体のロサンゼルスのうつ病のメキシコ系アメリカ人において研究した。本発明は特定の民族群に限定されないが、あり得る集団層別化についての懸念を最少化するために、本明細書において報告する分析は、メキシコ系アメリカ人に限る。関連性分析の一次結果の基準は、ハミルトン不安評価尺度（ＨＡＭ−Ａ）およびハミルトンうつ病評価尺度（ＨＡＭ−Ｄ）の変化であった。
【００７５】
ＣＲＨＲ１アンタゴニストはうつ病の症状および不安様行動の両方の緩和に効果的であるので、研究した表現型を、有効性が高く立証されている不安についての評価尺度であるＨＡＭ−Ａでのそれらの被験体のスコアによって定義して、うつ病の被験体を二つの群（高不安および低不安）に区別するために絞り込んだ。ＣＲＨＲ１遺伝子の変異体が、大うつ病の現行のエピソードについて診断基準に合致してまた高い不安をも有する患者の亜群における処置応答と、より関連し得ることを仮説とした。
【００７６】
ＣＲＨＲ１遺伝子のＳＮＰを、半自動化されたプライマー設計プログラム（SPECTRODESIGNER（商品名）, Sequenom）を備えた未標識単一塩基伸長ミニシークエンシング反応の分析のためのSEQUENOM MASSARRAY（商品名）MALDI-TOF質量分析器（Sequenom, San Diego, CA, USA）を介して遺伝子型決定した。このプロトコルは、非常に短い伸長方法を実行し、それによって、シークエンシング産物は、４種のヌクレオチドのうち３種については一塩基のみ、４番目のヌクレオチド（所与のＳＮＰについての対立遺伝子の一つを表す）についてはさらに数塩基伸長され、所与の遺伝子座での二つの対立遺伝子の変異体の質量分離を明白に描写することを可能にする。９個のＳＮＰを、以下のｄｂＳＮＰ識別子（identifier）に対応して、ＣＲＨＲ１について分析した：rs171440（配列番号１）、rs1876828（配列番号２）、rs1876829（配列番号３）、rs1876831（配列番号４）、rs242938（配列番号５）、rs242939（配列番号６）、rs242941（配列番号７）、rs242949（配列番号８）、rs242950（配列番号９）。
【００７７】
ＣＲＨＲ１遺伝子に関するハプロタイプ頻度を、患者およびコントロール被験体の群全体について、S-PLUS（商品名）ソフトウェアパッケージのHAPLO.STATS Version 1.1.0（商品名）において実行されるＥＭアルゴリズムに基づく推定用ルーチンを使用して帰属させた：最大事後確率に基づいて、ハプロタイプを個体に割り当てた。一個体が一つより多くのハプロタイプを有し得るので、各々の被験体についてのハプロタイプの数および型を計数した。ハプロタイプの数について０、１、または２の値を有するハプロタイプ変数を作成した。ＣＲＨＲ１遺伝子の２７ｋｂにわたる９個のＳＮＰを、患者群およびコントロール群の両方において首尾よく遺伝子型決定した。続いて、ハプロタイプタグのアプローチを使用して、５％以上の頻度を有するハプロタイプタグ（haplotype-tagging）ＳＮＰと呼ばれる小さいセットのＳＮＰを同定した。集団の中のハプロタイプ変異体を識別することが可能なｈｔＳＮＰの最小のサブセットを、患者およびコントロールの両方について同一であるものから選択した。これらのＳＮＰを、SASプログラム（SAS、バージョン８（Cary, NC, USA））中のPROC GLM（商品名）を使用して、ハプロタイプ関連性について試験した。
【００７８】
被験体を、ＤＳＭ−ＩＶ（ＳＣＩＤ）のための構造化臨床面接に従って診断し、その被験体が他の交絡する医学的または精神医学的な診断または処置を受けずにうつ病の診断を有する場合、本研究に含めた。全ての患者を、毎週経過観察し、ハミルトン不安評価尺度（ＨＡＭ−Ａ）およびハミルトンうつ病評価尺度（ＨＡＭ−Ｄ）の変化について評価した。本研究における選定基準では、１８以上のＨＡＭ−Ａを含めた。患者を、それらの患者のＨＡＭ−Ａスコアが１８以上の場合は高不安（ＨＡ）群に、ＨＡＭ−Ａスコアが１８未満の場合は低不安（ＬＡ）群に分類した。
【００７９】
抗うつ薬物に対する処置応答の層別化は、ＣＲＨＲ１のハプロタイプに従って、高不安うつ病患者の表現型亜群において観察された。rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）、およびrs242941（配列番号７）として同定されるハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）を利用して、ＣＲＨＲ１と、毎日の抗うつ剤処置に対する８週間の応答との間のハプロタイプの関連性を決定した。ＨＡ群（ｎ＝５４）においては、ＧＡＧハプロタイプについてのホモ接合性は、ヘテロ接合性と比較して相対的に７０％著しいＨＡＭ−Ａスコアの減少（それぞれ６３．１±４．５％対３７．１±６．９％、Ｐ＝０．００２）と関連していた。ＨＡＭ−Ｄについては、ＧＡＧハプロタイプのホモ接合性は、ヘテロ接合性と比較して処置の後での３１％著しいスコアの減少（すなわち、より軽度のうつ病）と関連していた（それぞれ、６７．３±４．３％対５１．２±６．０％、Ｐ＝０．０３）。スクリーニングでより低い不安レベルを有する群においては、ＣＲＨＲ１遺伝子型とＨＡＭ−ＡまたはＨＡＭ−Ｄの％変化との間には関連性は存在しなかった。
【００８０】
抗うつ剤処置応答とＣＲＨＲ１ハプロタイプ（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）、およびrs242941（配列番号７）として同定されるハプロタイプタグ単一ヌクレオチド多型（ｈｔＳＮＰ）の存在）との重要な関連性は、高不安群においてのみ起こった。この関連性は、低不安群において、または低不安の被験体と高不安の被験体とをともにグループ化した場合では、存在しなかった。これらの結果は、処置を受けている全ての患者の一群への集合は、病態生理学的に定義される亜群での遺伝的変異体の効果を検出する能力を制限し得ることを提案する。ＣＲＨＲ１のＧＡＧハプロタイプについてホモ接合性である高不安うつ病患者における抗うつ剤に対する応答の増大の発見は、抗うつ剤処置に対する応答が不均一なものであるという仮説、ならびにＣＲＨＲ１遺伝子および場合によっては他のストレス−炎症経路の遺伝子が抗うつ剤処置に対する応答に関与するという仮説を支持する。これらの知見はまた、ＣＲＨＲ１遺伝子変異体がＣＲＨＲ１のアゴニストまたはアンタゴニストに対する応答に影響を及ぼし得ることを例証した。ＣＲＨＲ１ハプロタイプは、うつ病の診断によって層別化されず、うつ病被験体およびコントロール被験体において同様に分布した。
【００８１】
これらの知見はまた、染色体１７ｑ１１−ｑ２２は、抗うつ剤応答に関与することが示されている遺伝子についてのホットスポット（hot spot）であることを例証した。なぜならば、抗うつ剤応答に関与することが既に示されているＣＲＨＲ１およびセロトニントランスポーター遺伝子は、染色体１７ｑ１１−ｑ２２に位置するからである。これらの知見はまた、炎症経路および染色体１７ｑ１１−ｑ２２は、大うつ病の病態生理学に関与することを例証した。したがって、本発明は、個体における精神医学的障害の治療に対する応答（例えば、正の応答、負の応答、応答なし、副作用、用量反応（dosage response）など）と関連するヌクレオチド多型を決定するための方法を提供し、この方法は、以下：（ａ）個体由来の染色体１７ｑ１１−ｑ２２のヌクレオチド配列の全てまたは一部をシークエンシングし、その個体由来の１７ｑ１１−ｑ２２の配列を他の個体の染色体１７ｑ１１−ｑ２２の配列と比較し、そしてシークエンシングされた１７ｑ１１−ｑ２２の配列におけるヌクレオチド多型の存在を決定する工程；ならびに、（ｂ）精神医学的障害の治療に対する個体の応答を上記のヌクレオチド多型の存在または非存在と関連づける工程を包含し、ここで、必要に応じて、この精神医学的障害の治療は薬物治療である。
【００８２】
【化１】
2008509674.tif 000002
【００８３】
研究対象集団
研究対象集団（study population）は、進行中のデシプラミンまたはフルオキセチンに対する抗うつ処置応答の遺伝薬理学的研究において登録された、２３３個体のうつ病の被験体からなった。上記のプロトコルを完了してさらに本発明者らが利用可能な遺伝子データを有した、最初の８０個体の被験体からのデータを、本明細書において報告する。また、ロサンゼルスの同じメキシコ系アメリカ人コミュニティから募集された２５１個体の年齢および性別が合致したコントロール被験体も研究した。これらの被験体は、UCLAのデヴィッド・ゲフィン医学部、神経精神医学研究所、薬理ゲノミクスおよび臨床薬学のためのセンター（the Center for Pharmacogenomics and Clinical Pharmacology, Neuropsychiatric Institute, David Geffen School of Medicine）で、同じバイリンガルの臨床調査チームによって研究された。コントロールは、一般に健康であったが、バイアスを避けるために、医学的疾患または精神医学的疾患についてはスクリーニングしなかった。全ての患者は、年齢２１〜６８歳のメキシコ系アメリカ人の男性および女性であって、ＤＳＭ−ＩＶによって診断される現行のうつ病のエピソードを有した。本研究において、全てのメキシコ系アメリカ人被験体は、少なくとも３人のメキシコにおいて出生した祖父母を有した。本発明者らは、英語およびスペイン語で完全に有効性が立証されている診断および評価の手段を使用し、全ての評価を被験体の一次言語において行った。
【００８４】
選定基準では、２１項目のハミルトンうつ病評価尺度（ＨＡＭ−Ｄ）のスコアが１８以上であり、項目番号１（抑うつ気分）の評価が２以上である、現行の単極性大うつ病のエピソードのＤＳＭ−ＩＶ診断を含んだ。選定について不安の閾値はなかった。主要なうつ病の障害の他に任意の一次軸（primary axis）Ｉ障害（例えば、認知症、精神病性疾患、双極性障害、適応障害）を有する被験体、過去６ヶ月間に電撃治療を受けた被験体、またはデシプラミンまたはフルオキセチンに対して以前に応答の欠失を有した被験体を、排除した。不安はうつ病の兆候であり得るので、うつ病についての基準に合致した患者であり、また不安障害についての基準にも合致した患者は、排除しなかった。排除基準は、以下を含んだ：進行中のうつ病のエピソードと病原学的に関連し得る活発な（active）医学的疾患（例えば、無関係な恒常性機能低下症、過去６ヶ月以内の心血管発作、制御されない高血圧症もしくは糖尿病）、現行の、計画および強い意図を伴う積極的な自殺念慮、最近の深刻な自殺企図の病歴、妊娠、授乳、著しい中枢神経系の活動を原因とするＥＥＧ活性を妨げる医薬の現行の使用（例えば、ベンゾジアゼピン）、または登録前２週間以内の任意の他の抗うつ剤処置、過去３ヶ月間以内の違法な薬物使用および／もしくはアルコール中毒、または現在の精神療法への登録。
【００８５】
全ての患者は、最初の包括的な精神医学的および医学的評価を受け、登録された場合、９週間の構造化された追跡評価を受けた。本研究は、二期からなった：プラセボ応答者を排除するための１週間の単純盲検プラセボ導入期と、被験体が第一期後に続けて選定基準に合致する場合、その後の、以下の二つの処置群のうちの一つに対するランダム評価：フルオキセチン１０ｍｇ〜４０ｍｇ／日またはデシプラミン５０ｍｇ〜２００ｍｇ／日（臨床結果に基づく用量の段階的増量を伴う二重盲検様式において８週間にわたり投与される）。研究対象集団は、この試験を完了し毎週のデータ収集を受けた最初の８０個体の被験体からなり、本発明者らは、これらの被験体から遺伝子データを得た。本研究は、選択的セロトニン再取り込み阻害薬であるフルオキセチンまたは三環系抗うつ剤であるデシプラミンを摂取する患者の組み合わされたサンプルを使用した。なぜならば、両方の薬物が、ＣＮＳ  ＣＲＨ遺伝子発現のダウンレギュレーションに対して同等の効果を有することが示されているからである。その結果、この遺伝子におけるＳＮＰを研究する目的のために、デシプラミンおよびイミプラミンを摂取する患者をともにグループ化することが正当化される。なぜならば、これらの薬物の両方が、一般的な作用の最終経路として、ＣＲＨの機能に対して効果を有するからである。さらに、本発明者らの進行中の臨床的研究において、二種の薬物の間で抗うつ剤有効性に関して差異は観察されなかった。このことは、文献からの知見と合致する。
【００８６】
ＳＮＰ遺伝子型決定方法
上記のように、以下のｄｂＳＮＰ識別子に対応する９個のＳＮＰを、ＣＲＨＲ１についてアッセイした：rs171440（配列番号１）、rs1876828（配列番号２）、rs1876829（配列番号３）、rs1876831（配列番号４）、rs242938（配列番号５）、rs242939（配列番号６）、rs242941（配列番号７）、rs242949（配列番号８）、rs242950（配列番号９）。これらのＳＮＰを、半自動化されたプライマー設計プログラム（SpectroDESIGNER, Sequenom）を備えた未標識単一塩基伸長ミニシークエンシング反応の分析のためのSEQUENOM MassARRAY MALDI-TOF質量分析器（Sequenom, San Diego, CA, USA）を介して遺伝子型決定した。このプロトコルは、非常に短い伸長方法を実行し、それによって、シークエンシング産物は、４種のヌクレオチドのうち３種については一塩基のみ、４番目のヌクレオチド（所与のＳＮＰについての対立遺伝子の一つを表す）についてはさらに数塩基伸長され、所与の遺伝子座での二つの対立遺伝子の変異体の質量分離を明白に描写することを可能にする。
【００８７】
ハプロタイプ得点付け方法
ハプロタイプ頻度は、うつ病およびコントロールの被験体の群全体について、S-PLUS（商品名）ソフトウェアパッケージのHAPLO.STATS Version 1.1.0（商品名）において実行されるＥＭアルゴリズムに基づく推定用ルーチンを使用して帰属させた：最大事後確率に基づいて、ハプロタイプを個体に割り当てた。一個体が一つより多くのハプロタイプを有し得るので、各々の被験体についてのハプロタイプの数および型を計数した。ハプロタイプの数について０、１、または２の値を有するハプロタイプ変数を作成した。ＣＲＨＲ１遺伝子の２７ｋｂにわたる９個のＳＮＰを、うつ病群およびコントロール群の両方において首尾よく遺伝子型決定した。続いて、本発明者らは、ハプロタイプタグのアプローチを使用して、５％について、ｈｔＳＮＰを同定した。本発明者らは、うつ病およびコントロールの両方について同一であるｈｔＳＮＰの最小のサブセットを選択した。これらのＳＮＰを、SASプログラム（SAS、バージョン８（Cary, NC, USA））中のproc GLM（商品名）を使用して、ハプロタイプ関連性について試験した。
【００８８】
ハーディ・ワインベルグ平衡：ハーディ・ワインベルグの公式を使用して、目的のハプロタイプ中の個々のＳＮＰの実際の頻度と期待される頻度との間の差異について試験した。
【００８９】
統計学的方法
一次表現型の結果の基準であるＨＡＭ−Ｄを、ＨＡＭ−Ｄの％変化に変換した。ＨＡＭ−Ｄの％変化は、下記の式によって定義される：
【数１】
2008509674.tif 000003
同様に、ＨＡＭ−Ａの％変化は、以下の式によって定義される：
【数２】
2008509674.tif 000004
【００９０】
８０個体の被験体を、スクリーニングで１８未満のＨＡＭ−Ａスコアを有した低不安群（ＬＡ）と、スクリーニングで１８以上であったＨＡＭ−Ａスコアを有した高不安群（ＨＡ）とに分けた。本研究への選定基準では、１８以上のＨＡＭ−Ｄを含めた。したがって、ＨＡ被験体は、１８以上であるＨＡＭ−ＤスコアおよびＨＡＭ−Ａスコアを有し、ＬＡ被験体は、１８以上であるＨＡＭ−Ｄと１８未満であるＨＡＭ−Ａスコアを有した。一般化線形モデル（SAS中のProc GLM）を加法型モデル（additive model）の仮説のもとで使用して、ハプロタイプと抗うつ剤応答との間の関連性を試験した。ＬＡ群およびＨＡ群の人口統計学を、適切にχ２またはｔ−検定を使用して、均一性について評価した。
【００９１】
結果
遺伝子型決定された２３３個体のうつ病患者のうち、１９８個体は、目的のＳＮＰ中に欠落するデータは有さず、これは、遺伝子型決定成功の割合の８５％に相当した。１９８個体の遺伝子型決定された被験体のうち、８０個体は処置試験を完了し、これらの被験体をこの分析に含めた。これらの８０個体の患者のうち、５４個体の被験体がＨＡ群に、そして２６個体の被験体がＬＡ群に存在した。臨床的変数および人口統計学的変数を下記の表１に示す：
【表１】
2008509674.tif 000005
【００９２】
性別、処置、ハプロタイプ１のコピー数（ＧＡＧ；表２を参照のこと）および応答者の状態のχ２試験は、ＨＡ群とＬＡ群との間で差異を示さなかった。また、ＨＡ群とＬＡ群とは、年齢（Ｐ＝０．３２６）および文化変容スコア（Ｐ＝０．９）においても類似していた。予測したように、ＨＡ群における第０週での２３．０±４．２の平均ＨＡＭ−Ｄスコアは、ＬＡ群（１９．６±１．９）より有意に高かった（Ｐ＝０．０００１）。下記の表２に示すように、HAPLO.SCORE（商品名）（スコア統計を算出してハプロタイプと多様な特性（バイナリ特性、順序（ordinal）特性、定量的特性、およびポアソン特性を含む；Rowlandら、Mayo Foundation for Medical Education and Research）との間の関連性を試験するために使用され得るルーチンの一組）を使用して、ハプロタイプ頻度を概算した：
【表２】
2008509674.tif 000006
うつ病群およびコントロール群におけるハプロタイプの頻度に差異なし（Ｐ＝０．９）。
【００９３】
うつ病群およびコントロール群におけるハプロタイプの頻度に差異は見いだされなかった（Ｐ＝０．９）。うつ病群およびコントロール群の両方について、４個の一般的なハプロタイプが、全ハプロタイプ下部構造の９９．６％を構成した。本発明者らの全てのうつ病被験体と全てのコントロール被験体との集団におけるこれらのハプロタイプの頻度／被験体を、図１に示す（図１は、２３３個体のうつ病被験体と２５１個体のコントロール被験体との集団におけるＣＲＨＲ１ハプロタイプの頻度／被験体を図示する）。
【００９４】
rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のｈｔＳＮＰを利用して、本発明者らは、ＧＡＧハプロタイプ（ハプロタイプ１）を有する患者におけるＨＡＭ−ＡおよびＨＡＭ−Ｄの改善の割合を分析した。ＧＡＧハプロタイプは、うつ病において０．６３１９７、コントロールにおいて０．６６３２７（有意でない）の対立遺伝子頻度を有する。毎日の抗うつ剤処置（フルオキセチンまたはデシプラミン）に対する被験体の８週間の応答を、rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のｈｔＳＮＰを利用して、ＣＲＨＲ１のＧＡＧハプロタイプの状態によって層別化した。この８０個体の被験体の群において、ハプロタイプ１のコピー数がゼロである個体は存在しなかった；したがって、患者を、ホモ接合性（このハプロタイプが２コピー）またはヘテロ接合性（このハプロタイプが１コピー）のいずれかであると分類した。
【００９５】
ＨＡ群（ｎ＝５４）において、ＧＡＧハプロタイプについてホモ接合性であった個体は、ＨＡＭ−Ａが６３．１±４．５％（平均値±標準誤差）減少した；ＧＡＧハプロタイプについてヘテロ接合性であった個体においては、この割合は３７．１±６．９％であった（Ｐ＝０．００２）。したがって、ＧＡＧハプロタイプについてのホモ接合性は、ヘテロ接合性と比較して相対的に７０％著しいＨＡＭ−Ａスコアの減少と関連していた。
【００９６】
スクリーニングでより低い不安レベルを有した個体（ｎ＝２６）においては、図２、図３、および図４において示すように、ＨＡＭ−Ａスコアは、ハプロタイプ１についてホモ接合性の患者において２９．９±６．２％減少し、このハプロタイプについてヘテロ接合性であった個体において５０．５±４．１％減少した（Ｐ＝０．４３、有意でない）。
【００９７】
図２ａおよび図２ｂは、高レベルの不安（１８以上のＨＡＭ−Ａスコア）を有する５４個体のうつ病のメキシコ系アメリカ人における、二重盲検抗うつ剤処置の８週間にわたっての、ＨＡＭ−Ｄ（図２（ａ））およびＨＡＭ−Ａ（図２（ｂ））の％減少を示すデータを図示する。ＣＲＨＲ１遺伝子のハプロタイプ１（rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のｈｔＳＮＰでのＧＡＧによって定義される）についてホモ接合性である個体は、１コピーのこのハプロタイプを有するヘテロ接合性である個体よりも有意に高い応答を有した（ＨＡＭ−ＤについてＰ＝０．００２（ａ）、ＨＡＭ−ＡについてＰ＝０．０３（ｂ））。
【００９８】
図３ａおよび図３ｂは、より低レベルの不安（１８未満のＨＡＭ−Ａスコア）を有する２６個体のうつ病のメキシコ系アメリカ人における、二重盲検抗うつ剤処置の８週間にわたっての、ＨＡＭ−Ｄ（図３（ａ））およびＨＡＭ−Ａ（図３（ｂ））の％減少を示すデータを図示する。ＣＲＨＲ１ハプロタイプ１（ＧＡＧ）についてホモ接合性またはヘテロ接合性であった患者において、ＨＡＭ−ＤスコアおよびＨＡＭ−Ａスコアの有意差は存在しなかった。
【００９９】
図４は、rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）およびrs242941（配列番号７）のｈｔＳＮＰを利用して計算されＣＲＨＲ１のＧＡＧハプロタイプによって層別化された、毎日の抗うつ剤処置（フルオキセチンまたはデシプラミン）に対する８週間の応答のデータを図示する。ＧＡＧ／ＧＡＧホモ接合性ハプロタイプを有する高不安（ＨＡ）のうつ病患者のＨＡＭ−Ａ減衰の平均％は、このハプロタイプについてヘテロ接合性であった患者より７０％大きかった（左側のバー）。スクリーニングでより低い不安（ＬＡ）を有した患者（右側のバー）においては、ハプロタイプ１についてのホモ接合性において、ヘテロ接合性と比較して、ＨＡＭ−Ａスコアの％減少に有意差は存在しなかった。バーは、平均値±標準誤差を表す；＊は、Ｐ＝０．００２を示す。
【０１００】
図５は、メキシコ系アメリカ人における、ＨＡＭ−Ｄスコアの％減衰によって評価され、ＧＡＧハプロタイプによって層別化される、毎日の抗うつ剤処置（フルオキセチンまたはデシプラミン）に対する８週間の応答を図示する。ＧＡＧ／ＧＡＧホモ接合性ハプロタイプを有するＨＡ患者におけるＨＡＭ−Ｄスコアの減少の平均％は、ヘテロ接合性より３１％大きかった（左側のバー、Ｐ＝０．０３）。ＬＡ患者（右側のバー）においては、抗うつ剤処置の経過の間でのＨＡＭスコアの減少は、ＣＲＨＲ１ハプロタイプ１のホモ接合性とヘテロ接合性との間で、有意差はなかった。バーは、平均値±標準誤差を表す；＊は、Ｐ＝０．０３を示す。
【０１０１】
同様に、ＨＡ群において、ＧＡＧハプロタイプについてのホモ接合性は、６７．３±４．３％の有意なＨＡＭ−Ｄの減少と関連した；ＧＡＧハプロタイプについてヘテロ接合性の個体においては、この減少の割合は、有意により低かった：５１．２±６．０％（Ｐ＝０．０３）。このことは、ホモ接合性において、ヘテロ接合性と比較して、処置の後で相対的に３１％著しいスコアの減少を表す。
【０１０２】
スクリーニングでより低い不安レベルを有する個体において、ＨＡＭ−Ｄスコアは、ハプロタイプ１についてホモ接合性の個体において６１．０±１．９％減少し、ヘテロ接合性の個体において６０．５±１．４％減少した（Ｐ＝０．９５、有意でない）。
【０１０３】
図４は、不安のレベルおよびＣＲＨＲ１の遺伝子型によって層別化される、抗うつ剤処置された患者における有意なＨＡＭ−Ａの％減少の知見を要約する（この関連性はまた、ＨＡＭ−Ｄの％変化の表現型についても有意である）。ＬＡ群においては、ハプロタイプ１のコピー数とＨＡＭ−Ａ（またはＨＡＭ−Ｄ）のパーセント（％）変化の間に、有意な関連性は存在しなかった。薬物の間で、臨床効果とこのサンプルにおけるＣＲＨＲ１の遺伝子型との関連性に差異は存在しなかった。
【０１０４】
各々のｈｔＳＮＰでの遺伝子型の結果を試験し、特定のＳＮＰが処置応答とハプロタイプ１との関連性を促していたか否かを決定した。８０個体のうつ病の群全体において、各々のＳＮＰとＨＡＭ−ＡまたはＨＡＭ−Ｄの減少との間に、関連性は存在しなかった（Ｐ＝０．２）。ＨＡ亜群において、本発明者らは、処置応答と個々のＳＮＰとの関連性についての有意でない傾向を見いだした： rs1876828A1（配列番号２）のｈｔＳＮＰについて、Ｇ対立遺伝子を有するｈｔＳＮＰにおいて、Ａ対立遺伝子を有するｈｔＳＮＰに対して、ＨＡＭ−Ａ減少の割合の差異について傾向が存在した（それぞれ、５６．０±４．６％、および３８．２±９．６％、Ｐ＝０．０９）。Ｇ対立遺伝子の頻度は、４２／５２であり、Ａ対立遺伝子の頻度は、１０／５２であった。
【０１０５】
rs1876828A2（配列番号２）のｈｔＳＮＰの遺伝子型決定は、８０個体の被験体の全体の群においてＧを示した。rs242939（配列番号６）のｈｔＳＮＰにおいて、処置されたうつ病被験体の群において、変異が存在し、その群の全てがＡを有した（表２を参照のこと）。rs242941A2（配列番号７）のｈｔＳＮＰにおいては、ＨＡＭ−Ａの％減少とＧ対立遺伝子との間の関連性について、Ｔ対立遺伝子に対して、傾向が存在した（それぞれ、５７．０±４．４％、および３９．５±９．９％、Ｐ＝０．０７）。Ｇ対立遺伝子の頻度は３９／４２であり、Ｔ対立遺伝子の頻度は１３／４２であった。rs242941A1（配列番号７）のｈｔＳＮＰにおいて、８０個体の被験体の全体の群においてＧが存在した。
【０１０６】
rs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）、およびrs242941A2（配列番号７）のｈｔＳＮＰの対立遺伝子頻度は、ハーディ・ワインベルグ平衡にあり、実際の頻度と期待される頻度との間に有意差はなかった。
【０１０７】
データの蓄積およびデータの共有
本明細書において報告される全てのデータは、PharmGKB（the Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base）において蓄積されている。PharmGKBは、公共で利用可能なインターネット研究ツールであり、全国的に共同した研究共同体であるNIH Pharmacogenetics Research Network（PGRN）の一部である。この目的は、個体間の遺伝子変異がどのようにして薬物に対する反応の差異に寄与するかを研究者が理解するのを補助することである。
【０１０８】
本発明の多数の態様が記載されている。しかし、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、種々の変更がなされ得ることが理解される。したがって、他の態様は、添付の特許請求の範囲の範囲内である。
【図面の簡単な説明】
【０１０９】
【図１】図１は、上の例１に詳細に記載される、うつ病およびコントロールの集団におけるＣＲＨＲ１ハプロタイプの頻度／被験体を図示する。
【図２Ａ】図２ａおよび図２ｂは、上の例１に詳細に記載される、うつ病診断され高レベルの不安を有する亜集団における、二重盲検抗うつ剤処置の８週間にわたる、ＨＡＭ−Ｄ（図２（ａ））およびＨＡＭ−Ａ（図２（ｂ））の％減少を示すデータを図示する。
【図２Ｂ】図２ａおよび図２ｂは、上の例１に詳細に記載される、うつ病診断され高レベルの不安を有する亜集団における、二重盲検抗うつ剤処置の８週間にわたる、ＨＡＭ−Ｄ（図２（ａ））およびＨＡＭ−Ａ（図２（ｂ））の％減少を示すデータを図示する。
【図３Ａ】図３ａおよび図３ｂは、上の例１に詳細に記載される、うつ病を診断されより低レベルの不安を有する亜集団における、二重盲検抗うつ剤処置の８週間にわたる、ＨＡＭ−Ｄ（図３（ａ））およびＨＡＭ−Ａ（図３（ｂ））の％減少を示すデータを図示する。
【図３Ｂ】図３ａおよび図３ｂは、上の例１に詳細に記載される、うつ病を診断されより低レベルの不安を有する亜集団における、二重盲検抗うつ剤処置の８週間にわたる、ＨＡＭ−Ｄ（図３（ａ））およびＨＡＭ−Ａ（図３（ｂ））の％減少を示すデータを図示する。
【０１１０】
【図４】図４は、上の例１に詳細に記載される、毎日の抗うつ剤処置に対する８週間の応答のデータを図示する。
【図５】図５は、上の例１に詳細に記載される、毎日の抗うつ剤処置に対する８週間の応答のデータを図示する。
【図６】図６は、上に詳細に記載される、「ＧＡＧ」ハプロタイプを生成するために使用されるrs1876828（配列番号２）、rs242939（配列番号６）、およびrs242941（配列番号７）として同定されるｈｔＳＮＰを、図式的に同定する。
【図７】図７、図８、および図９は、上に詳細に記載される、選択的スプライシングの事象によって生成される代替的なＣＲＨ−Ｒ１転写物の形態を図示する。
【図８】図７、図８、および図９は、上に詳細に記載される、選択的スプライシングの事象によって生成される代替的なＣＲＨ−Ｒ１転写物の形態を図示する。
【図９】図７、図８、および図９は、上に詳細に記載される、選択的スプライシングの事象によって生成される代替的なＣＲＨ−Ｒ１転写物の形態を図示する。  種々の図中の類似の参照記号は、類似の要素を示す。
【図１】
2008509674.tif 000007
【図２Ａ】
2008509674.tif 000008
【図２Ｂ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【国際調査報告】
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