(57)【要約】受容体チロシンキナーゼのアイソフォームを含めた細胞表面受容体のアイソフォームおよび受容体チロシンキナーゼのアイソフォームを含む薬剤組成物を提供する。一部分、たとえば１つの細胞表面受容体由来の細胞外ドメインまたはその一部、および第２の細胞表面タンパク質由来の第２の部分、特にイントロンにコードされた部分を含む細胞表面受容体を含む、キメラならびにコンジュゲートも提供する。アイソフォームは、細胞表面受容体の活性を変調する。受容体チロシンキナーゼを含めた細胞表面受容体のアイソフォームの同定方法および調製方法を提供する。また、細胞表面受容体アイソフォームを用いた治療方法も提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＥｐｈＡ受容体の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、エフリンリガンド結合ドメインを含んでおり、ＥｐｈＡ受容体の膜貫通ドメインに対応する１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＥｐｈＡ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項２】
ＥｐｈＡ受容体がＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、およびＥｐｈＡ８からなる群から選択される、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
ＥｐｈＡ受容体が配列番号２５３〜２６０のいずれかに記載のアミノ酸の配列を含むか、またはその対立遺伝子変異体である、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
対立遺伝子変異体が配列番号２８９〜２９３のいずれか１つに記載の対立遺伝子変異のうちの１つまたは複数を含む、請求項３に記載のポリペプチド。
【請求項５】
ポリペプチドが、ＥｐｈＡ受容体と比較してプロテインキナーゼドメインの全体または一部を欠いている、請求項１〜４のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６】
ポリペプチドが、ＥｐｈＡ受容体と比較して不稔性αモチーフドメイン（ＳＡＭ）の全体または一部を欠いている、請求項１〜５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７】
配列番号２５３に記載のＥｐｈＡ１受容体の少なくとも１つのドメインを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項８】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＥｐｈＡ１受容体をコードしている遺伝子由来である、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
ポリペプチドが、ＥｐｈＡ１受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＥｐｈＡ１受容体の少なくとも１つのドメインを含む、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
ポリペプチドが、ＥｐｈＡ１受容体のプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＥｐｈＡ１受容体と比較してポリペプチドのキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項７〜９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１１】
ポリペプチドが、配列番号１４９、１５１および１５３のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項１２】
配列番号１４９、１５１および１５３のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、またはその対立遺伝子変異体である、請求項１１に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
対立遺伝子変異体が配列番号２８９に記載の対立遺伝子変異のうちの１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
ポリペプチドが、配列番号１４９、１５１および１５３のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項７〜１３のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１５】
配列番号２５４に記載のＥｐｈＡ２受容体の少なくとも１つのドメインを含むポリペプチドであって、ＥｐｈＡ２受容体と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＥｐｈＡ２受容体と比較して膜局在化およびポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＥｐｈＡ２受容体をコードしている遺伝子由来である、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
ポリペプチドが、ＥｐｈＡ２受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＥｐｈＡ２受容体の少なくとも１つのドメインを含む、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
ポリペプチドが、ＥｐｈＡ２受容体と比較してフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、請求項１５〜１７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１９】
ポリペプチドが、配列番号１６８に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１８に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
配列番号１６８に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項１９に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
対立遺伝子変異体が、配列番号２９０に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項２０に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
ポリペプチドが配列番号１６８に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１５〜２１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項２３】
ＥｐｈＢ受容体の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、ＥｐｈＢ受容体と比較して膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＥｐｈＢ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項２４】
ＥｐｈＢ受容体が、ＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２、ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、ＥｐｈＢ５、およびＥｐｈＢ６からなる群から選択される、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２５】
ＥｐｈＢ受容体が、配列番号２６１〜２６５のいずれか１つに記載のアミノ酸の配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項２４に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
対立遺伝子変異体が、配列番号２９４〜２９８のいずれか１つに記載の対立遺伝子変異のうちの１つまたは複数を含む、請求項２５に記載のポリペプチド。
【請求項２７】
ＥｐｈＢ受容体のプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＥｐｈＢ受容体と比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項２３〜２６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項２８】
ポリペプチドが、ＥｐｈＢ受容体の不稔性αモチーフドメイン（ＳＡＭ）の１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、請求項２３〜２７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項２９】
ポリペプチドがエフリンリガンド結合ドメインを含む、請求項２３〜２８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項３０】
ポリペプチドが、ＥｐｈＢ受容体のフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、請求項２３〜２９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項３１】
ポリペプチドがイントロンにコードされたアミノ酸の配列を含んでおり、イントロンがＥｐｈＢ受容体をコードしている遺伝子由来である、請求項２３〜３０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項３２】
ポリペプチドが、ＥｐｈＢ受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＥｐｈＢ受容体の少なくとも１つのドメインを含む、請求項３１に記載のポリペプチド。
【請求項３３】
ポリペプチドが、配列番号１５５、１７０、１７２および１７４のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２３〜３２のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項３４】
配列番号１５５、１７０、１７２および１７４のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項３３に記載のポリペプチド。
【請求項３５】
対立遺伝子変異体が、配列番号２９４または２９７に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項３４に記載のポリペプチド。
【請求項３６】
ポリペプチドが、配列番号１５５、１７０、１７２および１７４のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項２３〜３５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項３７】
ＦＧＦＲ−１の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、配列番号２６８に記載のＦＧＦＲ−１のアミノ酸２５３〜３５７に対応する免疫グロブリンドメインを含んでおり、ＦＧＦＲ−１のアミノ酸３７５〜３９７に対応する膜貫通ドメインの全体を欠いている、ポリペプチド。
【請求項３８】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＦＧＦＲ−１をコードしている遺伝子由来である、請求項３７に記載のポリペプチド。
【請求項３９】
ポリペプチドが、ＦＧＦＲ−１をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＦＧＦＲ−１の少なくとも１つのドメインを含む、請求項３７に記載のポリペプチド。
【請求項４０】
ＦＧＦＲ−１のプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＦＧＦＲ−１と比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項３７〜３９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項４１】
ポリペプチドが、ＦＧＦＲ−１のアミノ酸１５６〜２４６に対応する免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項３７〜４０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項４２】
ポリペプチドが、配列番号１１９または１７６に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項３７〜４１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項４３】
配列番号１１９および１７６のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項４２に記載のポリペプチド。
【請求項４４】
対立遺伝子変異体が、配列番号３００に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項４３に記載のポリペプチド。
【請求項４５】
ポリペプチドが、配列番号１１９または１７６に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項３７〜４４のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項４６】
線維芽細胞成長因子受容体−２（ＦＧＦＲ−２）の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、
ＦＧＦＲ−２は配列番号２６９に記載のアミノ酸の配列を含んでおり；
ポリペプチドはＦＧＦＲ−２と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、それによってＦＧＦＲ−２と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており；かつ
ポリペプチドは配列番号１７８、１８０、１８２および１８４に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、
ポリペプチド。
【請求項４７】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＦＧＦＲ−２をコードしている遺伝子由来である、請求項４６に記載のポリペプチド。
【請求項４８】
ポリペプチドが、ＦＧＦＲ−２をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＦＧＦＲ−２の少なくとも１つのドメインを含む、請求項４６に記載のポリペプチド。
【請求項４９】
ポリペプチドが、ＦＧＦＲ−２のアミノ酸４１〜１２５に対応する免疫グロブリンドメインを欠いている、請求項４６〜４８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５０】
配列番号１７８、１８０、１８２または１８４に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項４６〜４８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５１】
対立遺伝子変異体が配列番号３０１に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項５０に記載のポリペプチド。
【請求項５２】
ポリペプチドが、配列番号１７８、１８０、１８２および１８４のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項４６〜５１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５３】
ＦＧＦＲ−４の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、配列番号２７１に記載のＦＧＦＲ−４のアミノ酸２４９〜３５１に対応する免疫グロブリンドメインを含んでおり、ＦＧＦＲ−４の膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、それによってＦＧＦＲ−４と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項５４】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＦＧＦＲ−４をコードしている遺伝子由来である、請求項５３に記載のポリペプチド。
【請求項５５】
ポリペプチドが、ＦＧＦＲ−４をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＦＧＦＲ−４の少なくとも１つのドメインを含む、請求項５３に記載のポリペプチド。
【請求項５６】
ポリペプチドが、配列番号１２１に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項５３〜５５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５７】
配列番号１２１に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項５３〜５６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５８】
対立遺伝子変異体が配列番号３０３に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項５７に記載のポリペプチド。
【請求項５９】
ポリペプチドが配列番号１２１に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項５３〜５８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６０】
配列番号２５０に記載のＤＤＲ１の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、ＤＤＲ１と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、それによってＤＤＲ１と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており、配列番号１１５または１１７に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、ポリペプチド。
【請求項６１】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＤＤＲ１をコードしている遺伝子由来である、請求項６０に記載のポリペプチド。
【請求項６２】
ポリペプチドが、ＤＤＲ１をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＤＤＲ１の少なくとも１つのドメインを含む、請求項６１に記載のポリペプチド。
【請求項６３】
配列番号１１５または１１７に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項６０〜６２のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６４】
対立遺伝子変異体が配列番号２８６に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項６３に記載のポリペプチド。
【請求項６５】
ポリペプチドが配列番号１１５または１１７に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項６０〜６４のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６６】
ＭＥＴ受容体の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、
ポリペプチドは、ＭＥＴをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＭＥＴの少なくとも１つのドメインを含んでおり；かつ
ポリペプチドは、配列番号２７４に記載のＭＥＴ受容体と比較して膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメインおよび少なくとも１つの追加のドメインを欠いており、それによってＭＥＴ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、
ポリペプチド。
【請求項６７】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＭＥＴをコードしている遺伝子由来である、請求項６６に記載のポリペプチド。
【請求項６８】
ポリペプチドが、ＭＥＴをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＭＥＴの少なくとも１つのドメインを含む、請求項６６に記載のポリペプチド。
【請求項６９】
追加のドメインがＳｅｍａドメイン、プレキシンドメインおよびＩＰＴ／ＴＩＧドメインからなる群から選択される、請求項６６〜６８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７０】
ポリペプチドが、配列番号１８６、１８８、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８および２１４のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項６６〜６９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７１】
配列番号１８６、１８８、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８および２１４のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項６６〜７０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７２】
対立遺伝子変異体が配列番号３０６に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項７１に記載のポリペプチド。
【請求項７３】
ポリペプチドが、配列番号１８６、１８８、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８および２１４のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項６６〜７２のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７４】
ＲＯＮ受容体の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、
ポリペプチドは、ＲＯＮ受容体配列番号２７７に記載のプレキシンドメインを含んでおり；かつ
ポリペプチドはＲＯＮ受容体の膜貫通ドメインを欠いており、それによってＲＯＮ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、
ポリペプチド。
【請求項７５】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＲＯＮ受容体をコードしている遺伝子由来である、請求項７４に記載のポリペプチド。
【請求項７６】
ポリペプチドが、ＲＯＮをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＲＯＮの少なくとも１つのドメインを含む、請求項７４に記載のポリペプチド。
【請求項７７】
ポリペプチドが、配列番号２７７に記載のＲＯＮ受容体と比較してプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＲＯＮ受容体と比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項７４〜７６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７８】
ポリペプチドが、ＲＯＮ受容体の少なくとも１つのＩＰＴ／ＴＩＧドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項７４〜７７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項７９】
ポリペプチドが、配列番号２１６、２１８および２２０のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項７４〜７８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８０】
配列番号２１６、２１８および２２０のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項７４〜７９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８１】
対立遺伝子変異体が配列番号３０８に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項８０に記載のポリペプチド。
【請求項８２】
ポリペプチドが、配列番号２１６、２１８および２２０のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項７４〜８１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８３】
配列番号２７８に記載のＴＥＫ受容体の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、
ポリペプチドは膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、それによってＴＥＫ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており；かつ
ポリペプチドは、ＴＥＫ受容体と比較して少なくとも１つのフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、
ポリペプチド。
【請求項８４】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＴＥＫ受容体をコードしている遺伝子由来である、請求項８３に記載のポリペプチド。
【請求項８５】
ポリペプチドが、ＴＥＫ受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＴＥＫ受容体の少なくとも１つのドメインを含む、請求項８３に記載のポリペプチド。
【請求項８６】
ポリペプチド中に欠いているフィブロネクチンドメインが、配列番号２７８のアミノ酸４４４〜５２９、５４３〜６２６、または６３９〜７２４に対応する、請求項８３〜８５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８７】
ポリペプチドが、配列番号２７８のアミノ酸４４４〜５２９、５４３〜６２６、および６３９〜７２４に対応するＴＥＫ受容体の３つのフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、請求項８３〜８６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８８】
ポリペプチドが、配列番号１３１および１３３のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項８３〜８７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８９】
配列番号１３１および１３３のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項８３〜８８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項９０】
対立遺伝子変異体が配列番号３０９に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項８９に記載のポリペプチド。
【請求項９１】
ポリペプチドが、配列番号１３１および１３３のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項８３〜９０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項９２】
配列番号２７９に記載のＴｉｅ−１受容体の少なくとも１つのドメインの全体または一部を含む単離したポリペプチドであって、
ポリペプチドは、Ｔｉｅ−１受容体と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、それによってＴｉｅ−１受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており；かつ
ポリペプチドは、配列番号１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、
ポリペプチド。
【請求項９３】
対立遺伝子変異体が配列番号３１０に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項９２に記載のポリペプチド。
【請求項９４】
ポリペプチドが、配列番号１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項９２または９３に記載のポリペプチド。
【請求項９５】
単離したポリペプチドであって、
ポリペプチドは、配列番号１２３に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含んでおり；かつ
ポリペプチドは、配列番号２８２に記載のＶＥＧＦＲ−１受容体と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている、
ポリペプチド。
【請求項９６】
配列番号１２３に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項９５に記載のポリペプチド。
【請求項９７】
ポリペプチドが配列番号１２３に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項９５〜９６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項９８】
配列番号２８３および２８４のいずれかに記載のＶＥＧＦＲの少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、ＶＥＧＦＲの膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＶＥＧＦＲと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項９９】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＶＥＧＦＲをコードしている遺伝子由来である、請求項９８に記載のポリペプチド。
【請求項１００】
ポリペプチドが、ＶＥＧＦＲをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＶＥＧＦＲの少なくとも１つのドメインを含む、請求項９９に記載のポリペプチド。
【請求項１０１】
ポリペプチドが、プロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＶＥＧＦＲと比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項９８〜１００のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１０２】
ポリペプチドが、ＶＥＧＦＲと比較して免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、請求項９８〜１０１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１０３】
ポリペプチドが、配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１０２に記載のポリペプチド。
【請求項１０４】
配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項９９〜１０３のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１０５】
対立遺伝子変異体が、配列番号３１３または３１４に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１０４に記載のポリペプチド。
【請求項１０６】
ポリペプチドが、配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項９９〜１０５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１０７】
配列番号２７６に記載のＰＤＧＦＲ−Ｂの少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、ＰＤＧＦＲ−Ｂの膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＰＤＧＦＲ−Ｂと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項１０８】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＰＤＧＦＲ−Ｂをコードしている遺伝子由来である、請求項１０７に記載のポリペプチド。
【請求項１０９】
ポリペプチドが、ＰＤＧＦＲ−Ｂをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＰＤＧＦＲ−Ｂの少なくとも１つのドメインを含む、請求項１０７に記載のポリペプチド。
【請求項１１０】
ポリペプチドが、ＰＤＧＦＲ−Ｂのプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＰＤＧＦＲ−Ｂと比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項１０７〜１０９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１１１】
ポリペプチドが、ＰＤＧＦＲ−Ｂの免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１０７〜１１０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１１２】
ポリペプチドが配列番号１４７に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１０７〜１１１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１１３】
配列番号１４７に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項１０７〜１１２のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１１４】
対立遺伝子変異体が配列番号３０７に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１１３に記載のポリペプチド。
【請求項１１５】
ポリペプチドが配列番号１４７に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１０７〜１１４のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１１６】
配列番号２４９に記載のＣＳＦ１Ｒの少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドであって、ＣＳＦ１Ｒの膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＣＳＦ１Ｒと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項１１７】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＣＳＦ１Ｒをコードしている遺伝子由来である、請求項１１６に記載のポリペプチド。
【請求項１１８】
ポリペプチドが、ＣＳＦ１Ｒをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＣＳＦ１Ｒの少なくとも１つのドメインを含む、請求項１１７に記載のポリペプチド。
【請求項１１９】
ポリペプチドが、ＣＳＦ１Ｒのプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、それによってＣＳＦ１Ｒと比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、請求項１１６〜１１８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２０】
ポリペプチドが、ＣＳＦ１Ｒの免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１１６〜１１９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２１】
ポリペプチドが配列番号１４５に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１１６〜１２０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２２】
配列番号１４５に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項１１６〜１２１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２３】
対立遺伝子変異体が配列番号２８５に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１２２に記載のポリペプチド。
【請求項１２４】
ポリペプチドが配列番号１４５に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１１６〜１２３のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２５】
配列番号２７３に記載のＫＩＴ受容体の少なくとも１つのドメインを含んでおり、かつＫＩＴ受容体の膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている単離したポリペプチドであって、それによってＫＩＴ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項１２６】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＫＩＴ受容体をコードしている遺伝子由来である、請求項１２５に記載のポリペプチド。
【請求項１２７】
ポリペプチドが、ＫＩＴ受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＫＩＴ受容体の少なくとも１つのドメインを含む、請求項１２５に記載のポリペプチド。
【請求項１２８】
ポリペプチドがＫＩＴ受容体の少なくとも１つの免疫グロブリンドメインを含む、請求項１２５〜１２７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２９】
ポリペプチドが配列番号９３に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１２５〜１２８のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１３０】
配列番号９３に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項１２５〜１２９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１３１】
対立遺伝子変異体が配列番号３０５に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１３０に記載のポリペプチド。
【請求項１３２】
ポリペプチドが配列番号９３に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１２５〜１３１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１３３】
配列番号２８０または２８１に記載のＴＮＦＲの少なくとも１つのシステインに富んだｃ６ドメインを含んでおり、かつＴＮＦＲの膜貫通ドメインの全体を欠いている単離したポリペプチドであって、それによってＴＮＦＲと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ポリペプチド。
【請求項１３４】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドであって、イントロンがＴＮＦＲをコードしている遺伝子由来である、請求項１３３に記載のポリペプチド。
【請求項１３５】
ポリペプチドが、ＴＮＦＲをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＴＮＦＲの少なくとも１つのドメインを含む、請求項１３３に記載のポリペプチド。
【請求項１３６】
ポリペプチドが、ＴＮＦＲの少なくとも２つのシステインに富んだｃ６ドメインを含む、請求項１３３〜１３５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１３７】
ポリペプチドが配列番号９５に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１３３〜１３６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１３８】
配列番号９５に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、請求項１３３〜１３７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１３９】
対立遺伝子変異体が配列番号３１２に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１３８に記載のポリペプチド。
【請求項１４０】
ポリペプチドが配列番号９５に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１３３〜１３９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１４１】
ポリペプチドが細胞表面受容体の生物学的機能を変調する、請求項１〜１４０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１４２】
ポリペプチドが同族受容体の生物学的機能を変調する、請求項１４１に記載のポリペプチド。
【請求項１４３】
ポリペプチドによって変調される活性が、二量体化、ホモ二量体化、ヘテロ二量体化、三量体化、キナーゼ活性、受容体関連キナーゼの活性、受容体関連プロテアーゼの活性、細胞表面受容体の自己リン酸化、細胞表面受容体のリン酸転移、シグナル伝達分子のリン酸化、リガンド結合、リガンド結合に対する細胞表面受容体との競合、シグナル伝達、シグナル伝達分子との相互作用、アポトーシスの誘導、膜会合および膜局在化のうちの１つまたは複数である、請求項１４１または請求項１４２に記載のポリペプチド。
【請求項１４４】
請求項１〜１４３のいずれかに記載のポリペプチドを含む薬剤組成物。
【請求項１４５】
細胞表面受容体の活性を変調するために有効な量のポリペプチドを含む、請求項１４４に記載の組成物。
【請求項１４６】
ポリペプチドが同族受容体の生物学的機能を変調する、請求項１４５に記載の組成物。
【請求項１４７】
ポリペプチドによって変調される活性が、二量体化、ホモ二量体化、ヘテロ二量体化、三量体化、キナーゼ活性、受容体関連キナーゼの活性、受容体関連プロテアーゼの活性、細胞表面受容体の自己リン酸化、細胞表面受容体のリン酸転移、シグナル伝達分子のリン酸化、リガンド結合、リガンド結合に対する細胞表面受容体との競合、シグナル伝達、シグナル伝達分子との相互作用、アポトーシスの誘導、膜会合および膜局在化のうちの１つまたは複数である、請求項１４５または請求項１４６に記載の組成物。
【請求項１４８】
変調が活性の阻害である、請求項１４５〜１４７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４９】
組成物のポリペプチドが、受容体チロシンキナーゼまたは腫瘍壊死因子受容体と複合体形成する、請求項１４５〜１４８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５０】
請求項１〜１４３のいずれかに記載のポリペプチドをコードしている核酸の配列を含む核酸分子。
【請求項１５１】
イントロンおよびエクソンを含む核酸分子であって、
イントロンはストップコドンを含み；
核酸分子は、エクソンとイントロンとの接合点にまたがるオープンリーディングフレームをコードしており；かつ
オープンリーディングフレームは、イントロン中のストップコドンで終結する、
請求項１５０に記載の核酸分子。
【請求項１５２】
イントロンが、コードされたポリペプチドの１つまたは複数のアミノ酸をコードしている、請求項１５１に記載の核酸分子。
【請求項１５３】
ストップコドンがイントロンの最初のコドンである、請求項１５１または請求項１５２に記載の核酸分子。
【請求項１５４】
配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３および２２５のいずれかに記載の核酸の配列またはその対立遺伝子変異体を含む、単離した核酸分子。
【請求項１５５】
請求項１５０〜１５４のいずれかに記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項１５６】
請求項１５５に記載のベクターを含む細胞。
【請求項１５７】
請求項１４４〜１４９のいずれかに記載の薬剤組成物を投与することを含む、疾患または状態の治療方法。
【請求項１５８】
疾患または状態が、癌、炎症性疾患、感染症、血管形成関連状態（血管形成に関わる状態）、細胞増殖関連状態、細胞の過剰増殖に関わる状態、免疫障害および神経変性疾患からなる群から選択される、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１５９】
疾患または状態が、関節リウマチ、多発性硬化症、眼球後部の炎症、ブドウ膜炎の障害、眼球表面の炎症性障害、血管新生病、増殖性硝子体網膜症、アテローム性動脈硬化症、関節リウマチ、血管腫、真性糖尿病、炎症性腸疾患、乾癬、アルツハイマー病、ループス、血管狭窄症、再狭窄、炎症性関節疾患、アテローム性動脈硬化症、尿路閉塞性症候群、および喘息からなる群から選択される、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１６０】
疾患または状態が、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、白血病、リンパ性悪性疾患、扁平細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌、胃癌、消化管癌、膵臓癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌もしくは子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、および頭頚部癌からなる群から選択される、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１６１】
疾患または状態にウイルスもしくは寄生虫による感染症が含まれる、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１６２】
ウイルスが、粘液腫ウイルス、ワクシニアウイルス、タナポックスウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単純ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス  サイミリ、Ｂ型肝炎ウイルス、アフリカブタ熱ウイルス、パロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、デングウイルスおよびエボラウイルスからなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
薬剤組成物が、血管形成、細胞増殖、細胞遊走、ウイルス侵入、ウイルス感染症、腫瘍細胞成長または腫瘍細胞転移を阻害するポリペプチドを含む、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１６４】
配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４および２２６のいずれか１つの配列を含む、単離したポリペプチド。
【請求項１６５】
本質的に配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４および２２６のいずれか１つの配列からなる、単離したポリペプチド。
【請求項１６６】
配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３または１５５のいずれかに記載のアミノ酸の配列またはその対立遺伝子変異体と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む単離したポリペプチドであって、
配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較し；
配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３および１５５のそれぞれは細胞表面受容体アイソフォームである、
ポリペプチド。
【請求項１６７】
配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３または１５５のいずれかに記載のアミノ酸の配列を含む、単離したポリペプチド。
【請求項１６８】
ポリペプチドが、それが同一性を示す配列番号に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１６６に記載の単離したポリペプチド。
【請求項１６９】
ポリペプチドが哺乳動物内で生じる、請求項１６６に記載の単離したポリペプチド。
【請求項１７０】
哺乳動物がげっ歯類、霊長類またはヒトである、請求項１６９に記載の単離したポリペプチド。
【請求項１７１】
細胞表面受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結した細胞表面受容体の少なくとも１つのドメインを含む、単離したポリペプチドであって、
細胞表面受容体は、ＤＤＲ１、ＫＩＴ、ＦＧＦＲ−１、ＦＧＦＲ−４、ＴＮＦＲ２、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−３、ＲＯＮ、ＴＥＫ、Ｔｉｅ−１、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲ−Ｂ、ＥｐｈＡ１、およびＥｐｈＢ１からなる群から選択されるか；または
ポリペプチドは、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３および１５５からなる群から選択されるアミノ酸の配列を含む、
ポリペプチド。
【請求項１７２】
膜貫通ドメインの少なくとも全体または一部を欠いている短縮した細胞表面受容体を含む単離したポリペプチドであって、
膜局在性ではなく；
細胞表面受容体の活性を変調し；
細胞表面受容体は、ＤＤＲ１、ＫＩＴ、ＦＧＦＲ−１、ＦＧＦＲ−４、ＴＮＦＲ２、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−３、ＲＯＮ、ＴＥＫ、Ｔｉｅ−１、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲ−Ｂ、ＥｐｈＡ１、およびＥｐｈＢ１からなる群から選択されるか、または単離したポリペプチドは、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３もしくは１５５のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有し；かつ
配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長の配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較する、
ポリペプチド。
【請求項１７３】
細胞表面受容体がさらに細胞表面受容体の細胞質ドメインを欠いている、請求項１７２に記載の単離したポリペプチド。
【請求項１７４】
イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含む単離したポリペプチドであって、
イントロンは、ＫＩＴ、ＦＧＦＲ−４、ＴＮＦＲ２、ＶＥＧＦＲ−１、ＲＯＮ、ＴＥＫ、Ｔｉｅ−１、およびＥｐｈＡ１からなる群から選択される細胞表面受容体の遺伝子由来であるか；または
配列番号９１、９３、９５、１２１、１２３、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４９、１５１および１５３のいずれかのイントロンにコードされた配列であり；かつ
ポリペプチドは細胞表面受容体の細胞質ドメインを欠いている、
ポリペプチド。
【請求項１７５】
ポリペプチドがさらに膜貫通ドメインを欠いている、請求項１７４に記載のポリペプチド。
【請求項１７６】
単離したポリペプチドが細胞表面受容体の生物学的機能を変調する、請求項１７４または請求項１７５に記載の単離したポリペプチド。
【請求項１７７】
ポリペプチドがＴＮＦＲアイソフォームを含み、ＴＮＦＲが、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＴＮＦＲｒｐ、低親和性の神経成長因子受容体、Ｆａｓ抗原、ＣＤ４０、ＣＤ２７、ＣＤ３０、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、およびヘルペスウイルス侵入媒介物質（ＨＶＥＭ）からなる群から選択される、請求項１６６〜１７６のいずれかに記載の単離したポリペプチド。
【請求項１７８】
請求項１７１〜１７７のいずれかに記載のポリペプチドを含む薬剤組成物。
【請求項１７９】
細胞表面受容体の活性を変調するために有効な量のポリペプチドを含む、請求項１７８に記載の組成物。
【請求項１８０】
ポリペプチドによって変調される細胞表面受容体の活性が、二量体化、ホモ二量体化、ヘテロ二量体化、三量体化、キナーゼ活性、受容体関連キナーゼの活性、受容体関連プロテアーゼの活性、細胞表面受容体の自己リン酸化、細胞表面受容体のリン酸転移、シグナル伝達分子のリン酸化、リガンド結合、リガンド結合に対する細胞表面受容体との競合、シグナル伝達、シグナル伝達分子との相互作用、アポトーシスの誘導、膜会合および膜局在化のうちの１つまたは複数である、請求項１７９に記載の組成物。
【請求項１８１】
変調が活性の阻害である、請求項１７９または請求項１８０に記載の組成物。
【請求項１８２】
組成物のポリペプチドが、受容体チロシンキナーゼまたは腫瘍壊死因子受容体と複合体形成する、請求項１７９または請求項１８０に記載の組成物。
【請求項１８３】
請求項１６６〜１７７のいずれかに記載のポリペプチドをコードしている核酸分子。
【請求項１８４】
イントロンおよびエクソンを含む核酸分子であって、
イントロンはストップコドンを含み；
核酸分子は、エクソンとイントロンとの接合点にまたがるオープンリーディングフレームをコードしており；かつ
オープンリーディングフレームは、イントロン中のストップコドンで終結する、
請求項１８３に記載の核酸分子。
【請求項１８５】
イントロンが、コードされたポリペプチドの１つまたは複数のアミノ酸をコードしている、請求項１８４に記載の核酸分子。
【請求項１８６】
ストップコドンがイントロンの最初のコドンである、請求項１８４または請求項１８５に記載の核酸分子。
【請求項１８７】
配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２または１５４のいずれかに記載のヌクレオチドの配列およびその対立遺伝子変異体と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチドの配列を含む、単離した核酸分子であって、
配列同一性は、単離した核酸分子の完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較し；かつ
配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２および１５４のそれぞれは細胞表面受容体アイソフォームである、
核酸分子。
【請求項１８８】
配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２または１５４を含む単離した核酸分子。
【請求項１８９】
請求項１８３〜１８８のいずれかに記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項１９０】
請求項１８９に記載のベクターを含む細胞。
【請求項１９１】
請求項１７８〜１８２のいずれかに記載の薬剤組成物を投与することを含む、疾患または状態の治療方法。
【請求項１９２】
疾患または状態が、癌、炎症性疾患、感染症、血管形成関連状態、細胞増殖関連状態、免疫障害および神経変性疾患からなる群から選択される、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９３】
疾患または状態が、関節リウマチ、多発性硬化症、眼球後部の炎症、ブドウ膜炎の障害、眼球表面の炎症性障害、血管新生病、増殖性硝子体網膜症、アテローム性動脈硬化症、関節リウマチ、血管腫、真性糖尿病、炎症性腸疾患、乾癬、アルツハイマー病、ループス、血管狭窄症、再狭窄、炎症性関節疾患、アテローム性動脈硬化症、尿路閉塞性症候群、および喘息からなる群から選択される、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９４】
疾患または状態が、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、白血病、リンパ性悪性疾患、扁平細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌、胃癌、消化管癌、膵臓癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌もしくは子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、および頭頚部癌からなる群から選択される、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９５】
疾患または状態がウイルスもしくは寄生虫による感染症である、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９６】
ウイルスが、粘液腫ウイルス、ワクシニアウイルス、タナポックスウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単純ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス  サイミリ、Ｂ型肝炎ウイルス、アフリカブタ熱ウイルス、パロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、デングウイルスおよびエボラウイルスからなる群から選択される、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
薬剤組成物が、血管形成、細胞増殖、細胞遊走、ウイルス侵入、ウイルス感染症、腫瘍細胞成長または腫瘍細胞転移を阻害するポリペプチドを含む、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９８】
細胞または組織を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏで、ＣＳＲの１つもしくは複数のドメインまたは活性を欠いている細胞表面受容体アイソフォーム（ＣＳＲ）と接触させることを含む、発生および／あるいは病状の調節方法であって、ＣＳＲが血管形成または発生に関与している方法。
【請求項１９９】
ＣＳＲがイントロン融合タンパク質である、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２００】
１つの細胞表面受容体（ＣＳＲ）アイソフォームの一部分および第２の異なるＣＳＲアイソフォームの一部分を含むキメラポリペプチドであって、
キメラアイソフォームは、１つまたは複数のチロシンキナーゼ受容体の活性を変調し；かつ
それぞれの部分が少なくとも４、５、６、７、８、１０、１２、１５個以上のアミノ酸残基を含む、
キメラポリペプチド。
【請求項２０１】
第１および第２の細胞表面受容体アイソフォームが、請求項１〜１４３および１６５〜１７７のいずれかに記載のポリペプチドから選択されたポリペプチドを含むか、またはヘルスタチンポリペプチドである、請求項２００に記載のポリペプチド。
【請求項２０２】
第１の部分が細胞表面受容体の細胞外ドメインの全体または一部を含み、第２の部分がイントロン融合タンパク質由来のイントロンを含む、請求項２００または請求項２０１に記載のポリペプチド。
【請求項２０３】
イントロンにコードされた部分がヘルスタチンのイントロンにコードされた部分である、請求項２０１に記載のポリペプチド。
【請求項２０４】
イントロンが配列番号３２０〜３５９のいずれかに記載されている、請求項２０３に記載のポリペプチド。
【請求項２０５】
イントロン融合ポリペプチドのイントロンにコードされた部分に直接またはリンカーを介して連結された、第１の部分を含むコンジュゲートであって、その結果生じるポリペプチドが細胞表面受容体の活性を変調するコンジュゲート。
【請求項２０６】
第１の部分が任意の細胞表面受容体（ＣＳＲ）の細胞外ドメインの全体または一部である、請求項２０５に記載のコンジュゲート。
【請求項２０７】
ＣＳＲが受容体チロシンキナーゼである、請求項２０６に記載のコンジュゲート。
【請求項２０８】
第１および第２の部分が、請求項１〜１４３および１６４〜１７７のいずれかに記載のポリペプチド由来であるか、またはヘルスタチン由来であり、その一部分がヘルスタチン由来である場合、第１もしくは第２の部分は、リンカーを介して連結されているか、またはヘルスタチン由来ではない部分に連結される、請求項２０５〜２０７のいずれかに記載のコンジュゲートあるいは請求項２００〜２０４のいずれかに記載のキメラポリペプチド。
【請求項２０９】
第１の部分が血清アルブミン由来である、請求項２００〜２０７のいずれかに記載のコンジュゲートまたはキメラ。
【請求項２１０】
ヘルスタチンのイントロンであるイントロンにコードされた部分を含む、請求項２００〜２０９のいずれかに記載のコンジュゲートまたはキメラ。
【請求項２１１】
ＨＥＲ−２以外の細胞表面受容体由来のＮ末端部分とイントロンとを含み、
膜貫通ドメインの少なくとも全体または一部を欠いており、
細胞表面受容体の活性を変調する、ポリペプチド。
【請求項２１２】
ＣＳＲがＲＴＫである、請求項２１１に記載のポリペプチド。
【請求項２１３】
１つの細胞表面受容体アイソフォームのＮ末端をイントロン融合タンパク質由来のイントロンに連結させることを含む、合成イントロン融合タンパク質の調製方法。
【請求項２１４】
連結が共有結合である、請求項２１３に記載の方法。
【請求項２１５】
連結がペプチド結合である、請求項２１３に記載の方法。
【請求項２１６】
ＣＳＲアイソフォームがイントロン融合タンパク質である、請求項２１３に記載の方法。
【請求項２１７】
請求項２００〜２１２のいずれかに記載のポリペプチド、キメラポリペプチドまたはコンジュゲートを含む薬剤組成物。
【請求項２１８】
請求項２１７に記載の薬剤組成物を投与することを含む、疾患または状態の治療方法。
【請求項２１９】
疾患または状態が、癌、炎症性疾患、感染症、血管形成関連状態、細胞増殖関連状態、免疫障害および神経変性疾患からなる群から選択される、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２０】
疾患または状態が、関節リウマチ、多発性硬化症、眼球後部の炎症、ブドウ膜炎の障害、眼球表面の炎症性障害、血管新生病、増殖性硝子体網膜症、アテローム性動脈硬化症、関節リウマチ、血管腫、真性糖尿病、炎症性腸疾患、乾癬、アルツハイマー病、ループス、血管狭窄症、再狭窄、炎症性関節疾患、アテローム性動脈硬化症、尿路閉塞性症候群、および喘息からなる群から選択される、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２１】
疾患または状態が、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、白血病、リンパ性悪性疾患、扁平細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌、胃癌、消化管癌、膵臓癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌もしくは子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、および頭頚部癌からなる群から選択される、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２２】
疾患または状態がウイルスもしくは寄生虫による感染症である、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２３】
ウイルスが、粘液腫ウイルス、ワクシニアウイルス、タナポックスウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単純ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス  サイミリ、Ｂ型肝炎ウイルス、アフリカブタ熱ウイルス、パロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、デングウイルス  および  エボラウイルスからなる群から選択される、請求項２２２に記載の方法。
【請求項２２４】
薬剤組成物が、血管形成、細胞増殖、細胞遊走、ウイルス侵入、ウイルス感染症、腫瘍細胞成長または腫瘍細胞転移を阻害するポリペプチドを含む、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２５】
細胞または組織を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏで、請求項１〜１４３、１６５〜１７７、２００〜２１２のいずれかに記載のポリペプチド、キメラポリペプチドもしくはコンジュゲートと接触させることによって、病状の症状を寛解させるまたは発生を調節することを含む、発生および／あるいは病状の調節方法。
【請求項２２６】
ＦＧＦＲ−４、ＫＩＴ、ＴＮＦＲｓ、ＤＤＲ１、ＦＧＦＲ−１、ＦＧＦＲ−４、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、ＲＯＮ、ＴＥＫ、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲ−Ｂ、ＥｐｈＡ、ＥｐｈＢ、およびＭＥＴのアイソフォームから選択された、ポリペプチド受容体アイソフォームをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸を含む、単離したポリペプチド。
【請求項２２７】
ポリペプチドには膜貫通ドメインが含まれない、請求項２２６に記載のポリペプチド。
【請求項２２８】
請求項２２６または請求項２２７に記載のポリペプチドであって、少なくとも１つの追加のドメインもしくはその一部分を欠いており、それによって活性が取り除かれている、低下しているまたは改変されているポリペプチド。
【請求項２２９】
受容体拮抗剤である、請求項２２６に記載の単離したポリペプチド。
【請求項２３０】
２つおよび１つまたは複数の異なる細胞表面受容体アイソフォームおよび／もしくは治療薬、または細胞表面受容体アイソフォームおよび治療薬
を含む組合せ。
【請求項２３１】
アイソフォームおよび／または薬物が個別の組成物中にあるか、または単一の組成物中にある、請求項２３０に記載の組合せ。
【請求項２３２】
請求項２３０に記載の組合せの成分を投与することを含む治療方法であって、それぞれの成分を、個別に、同時に、断続的に、単一の組成物中でまたはそれらの組合せで投与する方法。
【請求項２３３】
血管形成関連障害、腫瘍および／もしくは免疫障害を治療するための、請求項２３０または請求項２３１に記載の組合せの使用。
【請求項２３４】
血管形成関連障害、腫瘍および／もしくは免疫障害を治療するための医薬品を配合するための、請求項２３０または請求項２３１に記載の組合せの使用。
【発明の詳細な説明】
【関連出願】
【０００１】
２００５年３月３０日出願、題名「ＣＥＬＬ  ＳＵＲＦＡＣＥ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  ＩＳＯＦＯＲＭＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＩＤＥＮＴＩＦＹＩＮＧ  ＡＮＤ  ＵＳＩＮＧ  ＳＡＭＥ（細胞表面受容体アイソフォームならびにその同定および使用方法）」の、Ｐｅｉ  ＪｉｎおよびＨ．Ｍｉｃｈａｅｌ  ＳｈｅｐａｒｄのＵ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．６０／６６６，８２５；２００４年５月１４日出願、題名「ＣＥＬＬ  ＳＵＲＦＡＣＥ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  ＩＳＯＦＯＲＭＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＩＤＥＮＴＩＦＹＩＮＧ  ＡＮＤ  ＵＳＩＮＧ  ＳＡＭＥ（細胞表面受容体イソフォームならびにその同定および使用方法）」の、Ｐｅｉ  ＪｉｎのＵ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．６０／５７１，２８９；および２００４年６月１８日出願、題名「ＣＥＬＬ  ＳＵＲＦＡＣＥ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  ＩＳＯＦＯＲＭＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＩＤＥＮＴＩＦＹＩＮＧ  ＡＮＤ  ＵＳＩＮＧ  ＳＡＭＥ（細胞表面受容体イソフォームならびにその同定および使用方法）」の、Ｐｅｉ  ＪｉｎのＵ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．６０／５８０，９９０の優先権の利益を主張する。
【０００２】
本出願は、２００４年５月１４日出願のＵ．Ｓ．ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．１０／８４６，１１３号明細書、および関連する２００５年２月２４日公開、題名「（ＩＮＴＲＯＮ  ＦＵＳＩＯＮ  ＰＲＯＴＥＩＮＳ，ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＩＤＥＮＴＩＦＹＩＮＧ  ＡＮＤ  ＵＳＩＮＧ  ＳＡＭＥ）イントロン融合タンパク質、ならびにその同定および使用方法」の、公開された国際ＰＣＴ特許出願である国際公開第０５／０１６９６６号パンフレットに関する。本出願は、本明細書と同日に出願、題名「（ＣＥＬＬ  ＳＵＲＦＡＣＥ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  ＩＳＯＦＯＲＭＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＩＤＥＮＴＩＦＹＩＮＧ  ＡＮＤ  ＵＳＩＮＧ  ＴＨＥ  ＳＡＭＥ）細胞表面受容体アイソフォームならびにその同定および使用方法」の、Ｐｅｉ  ＪｉｎおよびＨ．Ｍｉｃｈａｅｌ  ＳｈｅｐａｒｄのＵ．Ｓ．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．１１／１２９，７４０にも関する。
【０００３】
認められる場合は、これらの特許出願、仮特許出願および国際特許出願のそれぞれの主題は、それを参考とすることによって本明細書中に組み込まれている。
【発明の分野】
【０００４】
受容体チロシンキナーゼのアイソフォームを含めた細胞表面受容体のアイソフォームおよび受容体チロシンキナーゼのアイソフォームを含む薬剤組成物を提供する。細胞表面受容体アイソフォームおよびそれらを含む組成物を癌および炎症性疾患などの疾患の治療方法で用いることができる。
【背景】
【０００５】
細胞シグナル伝達経路は、相互作用して細胞外、細胞間および細胞内のシグナルを中継する、ポリペプチドおよび小分子を含めた分子のネットワークを含む。このような経路は中継のように相互作用し、シグナルを経路の一メンバーから次のメンバーへと渡していく。経路の一メンバーの変調はシグナル伝達経路によって中継することができ、経路の他のメンバーの活性の変調ならびにシグナルに対する細胞または生物の表現型および応答に影響を与えることなどの、このようなシグナル伝達の結果の変調がもたらされる。疾患および障害は、シグナル伝達経路の変調の誤調節または変化を含み得る。薬物開発の目的は、シグナル伝達経路において、正常な調節が回復されるようにこのように誤調節された経路を標的とすることである。
【０００６】
受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）は、多くのシグナル伝達経路に関与するポリペプチドのうちの１つである。ＲＴＫは、細胞の分裂、増殖、分化、遊走および代謝を含めた様々な細胞プロセスにおいて役割を果たす。ＲＴＫはリガンドによって活性化することができる。このような活性化は立ち代って、自己分泌またはパラ分泌性の細胞シグナル伝達経路、たとえば二次メッセンジャーの活性化を始動することなどによって、シグナル伝達経路中の現象を活性化させ、これは特異的な生物学的効果をもたらす。ＲＴＫに対するリガンドは同族受容体に特異的に結合する。
【０００７】
ＲＴＫは、乳癌および結腸直腸癌、胃癌、神経膠腫ならびに中胚葉性由来の腫瘍などの癌を含めたいくつかの疾患に関連するとされている。ＲＴＫの調節不備がいくつかの癌で注目されている。たとえば、乳癌をｐ１８５−ＨＥＲ２の発現の増幅と関連づけることができる。ＲＴＫはまた、糖尿病性網膜症および黄斑変性症を含めた眼の疾患に関連づけられている。ＲＴＫはまた、生理的な血管形成および腫瘍性血管形成を含めた血管形成に関与する経路の調節にも関連している。ＲＴＫはまた、細胞の増殖、遊走および生存の調節に関連するとされている。
【０００８】
ヒト表皮成長因子受容体２遺伝子（ＨＥＲ−２；ＥｒｂＢ２とも呼ばれる）は、癌遺伝子として暗示されている受容体チロシンキナーゼをコードしている。ＨＥＲ−２は、約１８５ｋＤのポリペプチド（Ｐ１８５ＨＥＲ２）をコードしている４．５Ｋｂの主要なｍＲＮＡ転写物を有する。Ｐ１８５ＨＥＲ２は、チロシンキナーゼ活性を有する細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメイン含む。いくつかのポリペプチドの型がＨＥＲ−２遺伝子から産生され、これには、タンパク質分解性プロセッシングによって生じたポリペプチドおよび選択的スプライシングされたＲＮＡから生じた型が含まれる。ヘルスタチン（ｈｅｒｓｔａｔｉｎ）およびその断片は、ＨＥＲ−２遺伝子によってコードされているＨＥＲ−２結合タンパク質である。ヘルスタチン（ｐ６８ＨＥＲ−２とも呼ばれる）は、ｐ１８５−ＨＥＲ２受容体をコードしている遺伝子の選択的スプライシングされた変異体によってコードされている。たとえば、１つのヘルスタチンは胎児の腎臓および肝臓で生じ、Ｃ末端に、膜局在受容体に関連する、７９個のアミノ酸のイントロンにコードされた挿入物を含む（Ｕ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，４１４，１３０およびＵ．Ｓ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．２００４００２２７８５参照）。いくつかのヘルスタチン変異体が同定されている（たとえば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，４１４，１３０；Ｕ．Ｓ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．２００４００２２７８５、Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｎ．Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．０９／２３４，２０８；Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｎ．Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．０９／５０６，０７９；公開された国際出願の国際公開第００４４４０３号パンフレットおよび国際公開第０１６１３５６号パンフレット参照）。ヘルスタチンは表皮成長因子（ＥＧＦ）相同ドメインを欠いており、ｐ１８５−ＨＥＲ２の細胞外ドメインの一部、典型的には最初の３４０個のアミノ酸を含む。ヘルスタチンは、ヒト表皮成長因子受容体のサブドメインＩおよびＩＩ、ＨＥＲ−２細胞外ドメインおよびイントロンによってコードされているＣ末端ドメインを含む。その結果生じるヘルスタチンポリペプチドは、典型的には４１９個のアミノ酸を含む（サブドメインＩおよびＩＩから３４０個のアミノ酸、加えてイントロン８から７９個のアミノ酸）。ヘルスタチンタンパク質は細胞外ドメインＩＶ、ならびに膜貫通ドメインおよびキナーゼドメインを欠いている。
【０００９】
対照的に、表皮成長因子およびトランスフォーミング成長因子−αなどの正に作用するＥＧＦＲリガンドが、このようなドメインを保有する。さらに、ヘルスタチンの結合によって受容体は活性化されない。ヘルスタチンは、受容体チロシンキナーゼのＥＧＦファミリーのメンバー、ならびにインスリン様成長因子−１（ＩＧＦ−１）受容体および他の受容体を阻害することができる。ヘルスタチンは、リン酸転移および受容体活性化に必要である生産的な受容体二量体（ホモ二量体およびヘテロ二量体）の形成を妨げる。あるいはまたはそれに加えて、ヘルスタチンは、受容体末端への結合に関してリガンドと競合することができる（Ｕ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，４１４，１３０；Ｕ．Ｓ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．２００４００２２７８５、Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｎ．Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．０９／２３４，２０８；Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｎ．Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．０９／５０６，０７９；公開された国際出願の国際公開第００４４４０３号パンフレットおよび国際公開第０１６１３５６号パンフレット参照）。
【００１０】
腫瘍壊死因子受容体ファミリー（ＴＮＦＲ）は、シグナル伝達および調節に関与している受容体ファミリーの別例である。ＴＮＦリガンドおよび受容体ファミリーは、細胞の分化、活性化、および生存度に関与するものを含めた様々なシグナル伝達経路を調節する。ＴＮＦＲは、シグナル伝達に関わる、リガンド結合ドメインを含めた細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含む。さらに、ＴＮＦＲは典型的には、細胞表面で三量体化する三量体タンパク質である。ＴＮＦＲは、炎症性疾患、中枢神経系疾患、自己免疫疾患、喘息におけるものなどの気道過敏症状態、関節リウマチおよび炎症性腸疾患において役割を果たす。ＴＮＦＲは、ウイルス感染症などの感染症においても役割を果たす。
【００１１】
ＴＮＦ受容体ファミリー（ＴＮＦＲ）は細胞外ドメイン間で相同性を示す。これらの受容体の一部はアポトーシスを開始し、一部は細胞増殖を開始し、一部はいずれの活性についても開始する。このファミリーによるシグナル伝達は、三量体リガンドによる受容体のクラスタリング、および続くタンパク質と受容体の細胞質領域との会合を要する。ＴＮＦＲファミリーは、相同的な、細胞質の８０個のアミノ酸のドメインを有するサブファミリーを含む。このドメインはデスドメイン（ＤＤ）と呼ばれ、このドメインを含むタンパク質がアポトーシスに関与していることから命名された。ＴＮＦＲファミリーのメンバー間の区別は、明確に異なる遺伝子によってコードされた２つのＴＮＦＲによって例示される。ＴＮＦＲＩ（５５ｋＤａ）は、アポトーシスの開始および転写因子ＮＦｋＢの活性化のシグナルを行う。ＴＮＦＲＩＩ（７５ｋＤａ）の機能はＮＦｋＢの活性化のシグナルを行うが、アポトーシスの開始のシグナルを行わない。ＴＮＦＲＩはＤＤを含んでおり、ＴＮＦＲＩＩはＤＤを含まない。
【００１２】
様々な疾患および状態に関与しているので、ＲＴＫおよびＴＮＦＲなどの細胞表面受容体（ＣＳＲ）は治療行為の標的である。ＲＴＫを標的とする小分子治療剤が設計されている。小分子を、細胞表面受容体および／または他の受容体を標的とする治療剤として設計することは可能であり得るが、このような戦略にはいくつかの制限が存在する。小分子は１つの受容体との相互作用に限定される場合があり、したがって、複数のファミリーメンバーが誤調節されている可能性のある状態に対処することができない。小分子はまた、無差別的である可能性があり、意図する標的以外の受容体に影響を与える可能性がある。さらに、一部の小分子は、受容体と不可逆的にまたは実質的に不可逆的に結合する（すなわちナノモル以下の結合親和性である）。このような手法の利点は有効ではなかった。受容体および／または受容体リガンドに対する抗体を治療剤として用いることができる。しかし、抗体治療は対象において免疫応答をもたらす可能性があり、したがって、このような治療は多くの場合、治療における合併症を回避するために大規模なカスタマイズを必要とする。したがって、癌、ならびにＲＴＫ活性を示す細胞表面受容体および／もしくは他の細胞表面タンパク質に関与する、望ましくない細胞増殖や炎症性反応に関与する他の疾患を含めた疾患の治療の治療法の必要性が依然として存在する。したがって、本明細書中の目的のうち、とりわけ、このような治療法ならびに候補治療剤および治療方法を同定または発見する方法を提供することが目的である。
【概要】
【００１３】
シグナル伝達経路および他の細胞表面受容体の相互作用に関与する疾患ならびに障害を治療するための治療分子を提供する。治療分子は、血管形成および血管新生ならびに細胞増殖、特定の異常な血管形成、血管新生および／または細胞増殖に関与するものを含めた、シグナル伝達経路に関わったＲＴＫを特に標的とする。その分子を含む組成物、ならびに疾患および状態、特に、異常な血管形成、血管新生および／または細胞増殖を含むもしくは示す、またはそれを呈する疾患を治療するための方法も提供する。また、候補治療剤の同定方法ならびに治療分子および組成物を投与することによる治療方法も提供する。治療分子は、任意のこのような疾患または障害を治療するために用いることができ、活性を示し、それによりこのような治療が有効となる。増殖性障害を含めた疾患および障害には、腫瘍、免疫障害および炎症性障害が含まれる。標的には、血管形成および血管新生に関与する細胞ならびに炎症反応、癌および他のこのような障害に関与する細胞が含まれる。活性には、受容体との相互作用によって直接、またはリガンドとの相互作用によって間接的に活性を変更することによってなど、ＲＴＫおよびＴＮＦＲを含めた細胞表面受容体の活性の変調が含まれる。
【００１４】
本明細書中で提供する治療分子には、とりわけ、血管形成因子の細胞性受容体の活性を変調し（正および負）、複数の疾患プロセスにおいて介入点として役割を果たすものが含まれる。「多すぎる」血管形成が悪い状況の例には、腫瘍の病巣、または他の疾患部位（糖尿病におけるヒトの眼など）に血液を供給する血管形成が含まれる。このような場合には、本明細書中に提供する、このプロセスを阻害する治療分子を用いる。
【００１５】
本明細書中に提供する治療分子によって変調される受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）もしくはＴＮＦＲ（または他の細胞表面受容体）の活性には、それだけには限定されないが、たとえば、二量体化、ホモ二量体化、ヘテロ二量体化、三量体化、キナーゼ活性、受容体チロシンキナーゼの自己リン酸化、受容体チロシンキナーゼのリン酸転移、シグナル伝達分子のリン酸化、リガンド結合、リガンド結合に対する受容体チロシンキナーゼとの競合、シグナル伝達、シグナル伝達分子との相互作用、アポトーシスの誘導、受容体関連キナーゼの活性、受容体関連プロテアーゼの活性、膜会合および膜局在化のうちの１つまたは複数が含まれる。変調には、たとえば、活性の阻害（拮抗剤としての活性など）および活性の亢進（作用剤としての活性）が含まれる。このような活性の変調により、このような受容体の効果が変調されるか、他の様式で改変される。
【００１６】
本明細書中に提供する治療分子は、典型的には、たとえば生体利用度、送達、安定性、プロテアーゼ耐性および他の特性を改善するために設計された、ポリペプチドもしくはペプチド模倣体（改変された結合を有するポリペプチドを含む）またはポリペプチドの他の改変された形態である。生体利用度、タンパク質安定性および他のこのような特性などの特性を変更する変化を有する分子の、治療剤として用いるための改変が企図される。
【００１７】
分子の例はポリペプチドである。任意のポリペプチドの対立遺伝子変異体も含まれる。対立遺伝子変異体には、受容体の任意の変異体、具体的には特定の受容体が発生する哺乳動物の集団に存在する細胞外ドメイン内の変異体が含まれる。キメラ分子、コンジュゲートおよびイントロン融合タンパク質のイントロン部分のコンジュゲートも提供される。キメラ分子およびコンジュゲートは、異なるリガンド結合および／または受容体相互作用特異性を有する分子からの部分を含むことができる。たとえば、ヘルスタチンのイントロンなどのイントロン領域に直接もしくは間接的に連結した細胞外ドメインまたはその一部分を含む、コンジュゲートまたはキメラを提供する。キメラおよびコンジュゲートには、本明細書中に提供し、以下に記載の任意のものを含めた当業者に周知のＣＳＲアイソフォーム由来の部分が含まれる：Ｕ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．６０／５７１，２８９、Ｕ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．６０／５８０，９９０、Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．１０／８４６，１１３、公開された国際ＰＣＴ特許出願の国際公開第０５／０１６９６６号パンフレット、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，４１４，１３０；Ｕ．Ｓ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．２００４００２２７８５、Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｎ．Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．０９／２３４，２０８；Ｕ．Ｓ．ａｐｐｌｎ．Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．０９／５０６，０７９；公開された国際出願の国際公開第００４４４０３号パンフレットおよび国際公開第０１６１３５６号パンフレット。
【００１８】
単離したポリペプチドおよびその変異体を提供する。ポリペプチドは、細胞表面受容体のアイソフォーム（ＣＳＲアイソフォーム）ならびにそのキメラおよびコンジュゲートである。イントロン融合タンパク質などの一部のＣＳＲアイソフォームは、完全長の同族受容体と比較してドメインの活性が低下もしくは排除されるように、および／または構造が変更されているように、機能的ドメインの全体もしくは一部または他の構造的特徴を欠いている。他の例には、選択的スプライシング中に起こる再配置により正または負のいずれかに作用する分子が生じることができる、イントロン融合タンパク質が含まれる。具体的には、本明細書中に提供するポリペプチドのうち、とりわけ、受容体の可溶性型または非膜結合型が含まれる。ポリペプチドには、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、ならびにその対立遺伝子変異体が含まれる。このような相同性は、ポリペプチドの完全長の少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％または１００％に沿って示される。配列同一性は、前記単離したポリペプチドの完全長配列に対して、それぞれの配列番号によって表されるポリペプチドの完全長に沿って比較し、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、および２２６のそれぞれは細胞表面受容体アイソフォームである。このようなポリペプチドの例は、配列番号９１、９３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３および１５５のいずれかに記載のアミノ酸の配列を含む単離したポリペプチドを提供し、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列を有する単離したポリペプチドも提供する。また、これらの分子のキメラおよびこれらの分子とヘルスタチンとのキメラも提供される。
【００１９】
受容体アイソフォームであり、かつ同族の細胞表面受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に連結した細胞表面受容体の少なくとも１つのドメインを含む、単離したポリペプチドを提供する。細胞表面受容体は、ＤＤＲ１（ジスコイジンドメイン受容体）、ＫＩＴ（ｃ−ｋｉｔの受容体）、ＦＧＦＲ−１、ＦＧＦＲ−２、ＦＧＦＲ−４、（線維芽細胞成長因子受容体１、２および４）、ＴＮＦＲ２（腫瘍壊死因子受容体）、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、（血管内皮成長因子受容体１、２、および３）、ＲＯＮ（ｒｅｃｅｐｔｅｕｒ  ｄ’ｏｒｉｇｉｎｅ  ｎａｎｔａｉｓ；マクロファージ刺激１受容体としても知られる）、ＭＥＴ（肝細胞成長因子受容体としても知られる）、ＴＥＫ（内皮特異的受容体チロシンキナーゼ）、Ｔｉｅ−１（免疫グロブリンおよび表皮成長因子相同ドメインを有するチロシンキナーゼの受容体）、ＣＳＦ１Ｒ（コロニー刺激因子１受容体）、ＰＤＧＦＲ−Ｂ（血小板由来成長因子受容体Ｂ）、ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、およびＥｐｈＢ１（それぞれエリスロポエチン産生肝細胞受容体Ａ１、Ａ２およびＢ１）から選択される。このようなポリペプチドの例は、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、および２２６に記載のアミノ酸の配列から選択されたアミノ酸配列を含むものである。
【００２０】
また、生じるポリペプチドが膜局在性でもなく結合もしておらず、生物活性を含めた細胞表面受容体の活性を変調するように膜貫通ドメインの少なくとも一部を欠いている細胞表面受容体である、単離したポリペプチドも提供する。ポリペプチドはエクソン挿入を含むことができる。これらには、とりわけ、ＦＧＦＲ−４、ＫＩＴおよびＴＮＦＲのアイソフォームから選択される細胞表面受容体アイソフォームが含まれる。単離したポリペプチドの例は、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有するものである。配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長の配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較する。単離したポリペプチドはさらに細胞表面受容体の細胞質ドメインを欠いていることができる。
【００２１】
また、イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含んでおり、細胞表面受容体の細胞質ドメインを欠いている、単離したポリペプチドも提供する。このイントロンはイントロンであり、核酸ＫＩＴ、ＦＧＦＲ−４、ＴＮＦＲ２、ＶＥＧＦＲ−１、ＲＯＮ、ＴＥＫ、Ｔｉｅ−１、およびＥｐｈＡ１から選択されるか、または配列番号９１、９３、９５、１２１、１２３、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４９、１５１、または１５３のいずれかからのイントロンである。また、さらに膜貫通ドメインを欠いているポリペプチドも提供する。これらには、とりわけ、細胞表面受容体の活性または機能を変調する単離したポリペプチドが含まれる。このようなポリペプチドには、それだけには限定されないがＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２およびＴＮＦＲｒｐなどのＴＮＦＲアイソフォーム、低親和性の神経成長因子受容体、Ｆａｓ抗原、ＣＤ４０、ＣＤ２７、ＣＤ３０、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、ならびにヘルペスウイルス侵入媒介物質（ＨＶＥＭ）が含まれる。
【００２２】
また、イントロンまたはその一部分などのイントロンに連結したＣＳＲへの結合に影響を与えるＮ末端部分を含むキメライントロン融合タンパク質アイソフォームであって、その結果生じるキメラが１つまたは複数のＣＳＲの活性を変調する、具体的には阻害するアイソフォームも提供する。キメラには、本明細書中に提供するアイソフォームのうちの任意のものおよびヘルスタチンのＮ末端ならびに／またはイントロン部分が、異なるイントロン融合タンパク質アイソフォームからのイントロンと連結したものが含まれる。キメラの各部分は、リンカーまたは２つ以上のアミノ酸を介して連結されていることができる。あるいは、キメラは化学的コンジュゲートであることができる。
【００２３】
また、Ｎ末端部分とイントロンにコードされた部分とが直接またはリンカーを介して連結されており、本明細書中に提供する任意のもの、ヘルスタチンもしくは任意の他のＣＳＲを含めた同一または異なるＣＳＲアイソフォーム由来である、ＣＳＲアイソフォームコンジュゲートおよびキメラも提供する。２つの部分はポリペプチドまたは化学的リンカーなどのリンカーを介して連結されていることができる。アイソフォームコンジュゲートは、１つまたは複数のＣＳＲの活性を変調する、典型的には阻害する。ＣＳＲには、シグナル伝達に関わるもの、具体的には血管形成、炎症反応および細胞増殖に関わる経路に関与するＣＳＲが含まれる（たとえば図１参照）。
【００２４】
本明細書では、ＣＳＲ受容体の少なくとも１つのドメインを含んでおり、膜貫通ドメインおよび／もしくはプロテインキナーゼドメインなどのＣＳＲ受容体の別のドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＣＳＲと比較して活性が低下または消滅しているＣＳＲアイソフォームを提供する。ＣＳＲアイソフォームには、イントロンがＣＳＲをコードしている遺伝子由来である、イントロンにコードされたアミノ酸の配列を含むポリペプチドが含まれる。たとえば、ＣＳＲアイソフォームは、ＣＳＲをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結した、ＣＳＲ受容体の少なくとも１つのドメインを含んでいることができる。本明細書中に提供するＣＳＲアイソフォームには、とりわけ、エフリン（Ｅｐｈ）受容体、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）受容体、ＤＤＲ受容体、ＭＥＴ受容体、ＲＯＮ受容体、ＴＥＫ／ＴＩＥ受容体、ＶＥＧＦ受容体、ＰＤＧＦ受容体、ＣＳＦ１受容体、ＫＩＴ受容体およびＴＮＦＲ受容体の１つまたは複数のドメインを含むポリペプチドが含まれる。
【００２５】
本明細書では、ＥｐｈＡアイソフォームを提供する。アイソフォームは、ＥｐｈＡ受容体の少なくとも１つのドメインを含む単離したポリペプチドである。ポリペプチドは、エフリンリガンド結合ドメインを含んでおり、ＥｐｈＡ受容体の膜貫通ドメインに対応する１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＥｐｈＡ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している。これには、ＥｐｈＡ受容体がとりわけＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、およびＥｐｈＡ８から選択されるポリペプチドが含まれる。一例では、このようなポリペプチドには、配列番号２５３〜２６０のいずれか１つに記載の配列またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体は、配列番号２８９〜２９３のいずれか１つに存在する対立遺伝子変異であることができる。ＥｐｈＡアイソフォームには、ＥｐｈＡ受容体と比較してプロテインキナーゼドメインの全体もしくは一部を欠いている、および／またはＥｐｈＡ受容体と比較して不稔性αモチーフドメイン（ＳＡＭ）の全体もしくは一部を欠いているポリペプチドが含まれる。
【００２６】
一例では、ＥｐｈＡアイソフォームは、配列番号２５３に記載の、ＥｐｈＡ１受容体の少なくとも１つのドメインを有する。このようなアイソフォームには、ポリペプチドがＥｐｈＡ１受容体のプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＥｐｈＡ１受容体と比較してポリペプチドのキナーゼ活性が低下または消滅しているＥｐｈＡ１アイソフォームが含まれる。また、ＥｐｈＡ１アイソフォームには、配列番号１４９、１５１および１５３のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド、または配列番号１４９、１５１および１５３のいずれかに記載のアミノ酸配列もしくはその対立遺伝子変異体を含むポリペプチドも含まれる。対立遺伝子変異体には、配列番号２８９に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＥｐｈＡ１アイソフォームには、配列番号１４９、１５１および１５３のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含むポリペプチドが含まれる。
【００２７】
本明細書では、ＥｐｈＡ２アイソフォームを提供する。ＥｐｈＡ２アイソフォームには、ＥｐｈＡ２受容体と比較してポリペプチドが膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＥｐｈＡ２受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、配列番号２５４に記載のＥｐｈＡ２受容体の少なくとも１つのドメインが含まれる。ＥｐｈＡ２アイソフォームには、ＥｐｈＡ２受容体と比較してフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含むポリペプチドが含まれる。ＥｐｈＡ２アイソフォームの例には、配列番号１６８に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド、または配列番号１６８に記載のアミノ酸配列もしくはその対立遺伝子変異体を含むポリペプチドも含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号２９０に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＥｐｈＡ２アイソフォームには、配列番号１６８に記載の配列と同数のアミノ酸を含むアイソフォームが含まれる。
【００２８】
本明細書ではまた、ＥｐｈＢ受容体と比較して膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＥｐｈＢ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅しているポリペプチドを含むＥｐｈＢアイソフォームも提供する。提供するＥｐｈＢアイソフォームには、とりわけ、ＥｐｈＢ受容体がＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２、ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、ＥｐｈＢ５、およびＥｐｈＢ６から選択されるもの、ならびにＥｐｈＢ受容体が配列番号２６１〜２６５のいずれか１つに記載の配列を含むもの、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号２９４〜２９８に記載の対立遺伝子変異が含まれる。例示的なＥｐｈＢアイソフォームには、ＥｐｈＢ受容体のプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＥｐｈＢ受容体と比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しているアイソフォーム、およびＥｐｈＢ受容体の不稔性αモチーフドメイン（ＳＡＭ）の１つまたは複数のアミノ酸を欠いているアイソフォームが含まれる。一例では、ＥｐｈＢ１アイソフォームにはエフリン結合ドメインが含まれる。ＥｐｈＢアイソフォームには、ＥｐｈＢ受容体のフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いているアイソフォームも含まれる。本明細書中で提供するＥｐｈＢアイソフォームには、とりわけ、配列番号１５５、１７０、１７２および１７４のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、ならびに配列番号１５５、１７０、１７２および１７４のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号２９４および２９７に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＥｐｈＢアイソフォームには、配列番号１５５、１７０、１７２および１７４のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含むアイソフォームが含まれる。
【００２９】
ＦＧＦＲアイソフォームを本明細書中に提供する。これには、ＦＧＦＲ−１の少なくとも１つのドメインを含んでおり、ポリペプチドが配列番号２６８に記載のＦＧＦＲ−１のアミノ酸２５３〜３５７に対応する免疫グロブリンドメインを含んでおり、ＦＧＦＲ−１のアミノ酸３７５〜３９７に対応する膜貫通ドメインの全体を欠いている、ＦＧＦＲアイソフォームが含まれる。また、ＦＧＦＲアイソフォームには、ＦＧＦＲ−１のプロテインキナーゼドメインの１つもしくは複数のアミノ酸を欠いており、ＦＧＦＲ−１と比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下もしくは消滅しているアイソフォーム、および／またはＦＧＦＲ−１アミノ酸１５６〜２４６に対応する免疫グロブリンドメインの１つもしくは複数のアミノ酸を含むアイソフォームが含まれる。提供されるＦＧＦＲアイソフォームには、配列番号１１９もしくは１７６に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、ならびに配列番号１１９および１７６のいずれかを含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３００に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＦＧＦＲ−１アイソフォームには、配列番号１１９および１７６のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。
【００３０】
また、配列番号２６９に記載のＦＧＦＲ−２の少なくとも１つのドメインを有しており、ＦＧＦＲ−２と比較してポリペプチドが膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、ＦＧＦＲ−２と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、ＦＧＦＲ−２アイソフォームも提供する。このようなアイソフォームには、配列番号１７８、１８０、１８２および１８４に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド、ならびに配列番号１７８、１８０、１８２もしくは１８４に記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３０１に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＦＧＦＲ−２アイソフォームには、配列番号１７８、１８０、１８２または１８４のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。また、例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームには、ＦＧＦＲ−２のアミノ酸４１〜１２５に対応する免疫グロブリンドメインを欠いているアイソフォームも含まれる。
【００３１】
本明細書では、配列番号２７１に記載のＦＧＦＲ−４のアミノ酸２４９〜３５１に対応する免疫グロブリンドメインなど、ＦＧＦＲ−４の少なくとも１つのドメインを含んでおり、ＦＧＦＲ−４の膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、ＦＧＦＲ−４と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、ＦＧＦＲ−４アイソフォームを提供する。ＦＧＦＲアイソフォームには、配列番号１２１に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、および配列番号１２１に記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３０３に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＦＧＦＲ−４アイソフォームには、配列番号１２１に記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。
【００３２】
本明細書では、配列番号２５０に記載のＤＤＲ１の少なくとも１つのドメインを含むポリペプチドであり、ＤＤＲ１と比較してポリペプチドが膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、ＤＤＲ１と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており、ポリペプチドが配列番号１１５または１１７に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する、ＤＤＲ１アイソフォームを提供する。ＤＤＲ１アイソフォームには、配列番号１１５もしくは１１７に記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはそれだけには限定されないが配列番号２８６に記載の対立遺伝子変異などのその対立遺伝子変異体が含まれる。ＤＤＲ１アイソフォームには、配列番号１１５または１１７に記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。
【００３３】
本明細書ではまた、ＭＥＴをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結したＭＥＴ受容体の少なくとも１つのドメインを含むポリペプチドであり、配列番号２７４に記載のＭＥＴ受容体と比較してポリペプチドが膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメインおよび少なくとも１つの追加のドメインを欠いており、ＭＥＴ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、ＭＥＴ受容体アイソフォームも提供する。ＭＥＴ受容体アイソフォームには、ＭＥＴ受容体と比較して欠いている追加のドメインがＳｅｍａドメイン、プレキシンドメインまたはＩＰＴＧ／ＴＩＧドメインであるアイソフォームが含まれる。ＭＥＴ受容体アイソフォームには、配列番号１８６、１８８、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８および２１４のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、ならびに配列番号１８６、１８８、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８および２１４のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３０６に記載の対立遺伝子変異が含まれる。ＭＥＴアイソフォームには、配列番号１８６、１８８、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８および２１４のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。
【００３４】
ＲＯＮ受容体アイソフォームを本明細書中に提供する。ＲＯＮ受容体アイソフォームには、配列番号２７７に記載のＲＯＮ受容体のプレキシンドメインを有しており、ＲＯＮ受容体の膜貫通ドメインを欠いており、ＲＯＮ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅しているポリペプチドが含まれる。ＲＯＮ受容体アイソフォームには、配列番号２７７に記載のＲＯＮ受容体と比較してプロテインキナーゼドメインの１つもしくは複数のアミノ酸を欠いており、ＲＯＮ受容体と比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下もしくは消滅しており、および／またはＲＯＮ受容体の少なくとも１つのＩＰＴＧ／ＴＩＧドメインの１つもしくは複数のアミノ酸を含むアイソフォームが含まれる。ＲＯＮ受容体アイソフォームには、配列番号２１６、２１８および２２０のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、ならびに配列番号２１６、２１８および２２０のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはそれだけには限定されないが配列番号３０８に記載の対立遺伝子変異などのその対立遺伝子変異体が含まれる。また、ＲＯＮ受容体アイソフォームには、配列番号２１６、２１８および２２０のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームも含まれる。
【００３５】
本明細書では、配列番号２７８に記載のＴＥＫ受容体の少なくとも１つのドメインを含んでおり、アイソフォームが膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、ＴＥＫ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており、ＴＥＫ受容体と比較して少なくとも１つのフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いている、ＴＥＫアイソフォームを提供する。ＴＥＫアイソフォームには、欠いているフィブロネクチンドメインが配列番号２７８のアミノ酸４４４〜５２９、５４３〜６２６、または６３９〜７２４に対応しており、配列番号２７８のアミノ酸４４４〜５２９、５４３〜６２６、および６３９〜７２４に対応するＴＥＫ受容体の３つのフィブロネクチンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いているアイソフォームが含まれる。ＴＥＫアイソフォームには、配列番号１３１および１３３のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、ならびに配列番号１３１および１３３のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはそれだけには限定されないが配列番号３０９に記載の対立遺伝子変異などのその対立遺伝子変異体が含まれる。また、Ｔｅｋアイソフォームには、配列番号１３１および１３３のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含むアイソフォームも含まれる。
【００３６】
本明細書中には、配列番号２７９に記載のＴｉｅ−１受容体の全体または一部の少なくとも１つのドメインを含んでおり、Ｔｉｅ−１受容体と比較してアイソフォームが膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、Ｔｉｅ−１受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しており、アイソフォームが配列番号１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含む、Ｔｉｅ受容体アイソフォームを提供する。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３１０に記載の対立遺伝子変異が含まれる。Ｔｉｅ受容体アイソフォームには、配列番号１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。
【００３７】
本明細書では、ＶＥＧＦＲアイソフォームを提供する。ＶＥＧＦＲアイソフォームには、配列番号１２３に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含んでおり、配列番号２８２に記載のＶＥＧＦＲ−１受容体と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いているＶＥＧＦＲ−１アイソフォームが含まれる。このようなアイソフォームには、配列番号１２３に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子変異体を含むポリペプチド、および配列番号１２３のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含むアイソフォームが含まれる。ＶＥＧＦＲアイソフォームには、配列番号２８３および２８４のいずれかに記載のＶＥＧＦＲの少なくとも１つのドメインを含んでおり、ポリペプチドがＶＥＧＦＲの膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＶＥＧＦＲと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ＶＥＧＦＲ−２ならびにＶＥＧＦＲ−３アイソフォームが含まれる。また、ＶＥＧＦＲ−２およびＶＥＧＦＲ−３アイソフォームには、プロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＶＥＧＦＲと比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しているアイソフォーム、およびＶＥＧＦＲと比較して免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いているアイソフォームが含まれる。ＶＥＧＦＲ−２ならびにＶＥＧＦＲ−３アイソフォームには、配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド、ならびに配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３１３および３１４に記載の対立遺伝子変異が含まれていることができる。また、ＶＥＧＦＲ−２ならびにＶＥＧＦＲ−３アイソフォームには、配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームも含まれる。
【００３８】
ＰＤＧＦＲアイソフォームを本明細書中に提供する。これには、配列番号２７６に記載のＰＤＧＦＲ−Ｂの少なくとも１つのドメインを含んでおり、ポリペプチドがＰＤＧＦＲ−Ｂの膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＰＤＧＦＲ−Ｂと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ＰＤＧＦＲアイソフォームが含まれる。また、ＰＤＧＦＲアイソフォームには、ＰＤＧＦＲ−Ｂのプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＰＤＧＦＲ−Ｂと比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しているアイソフォーム、およびＰＤＧＦＲ−Ｂの免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含むアイソフォームが含まれる。また、これには、配列番号１４７に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するＰＤＧＦＲアイソフォーム、および配列番号１４７に記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異体には、それだけには限定されないが、配列番号３０７に記載の対立遺伝子変異が含まれていることができる。また、ＰＤＧＦＲアイソフォームには、配列番号１４７に記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームも含まれる。
【００３９】
本明細書ではまた、配列番号２４９に記載のＣＳＦ１Ｒの少なくとも１つのドメインを含んでおり、ポリペプチドがＣＳＦ１Ｒの膜貫通ドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＣＳＦ１Ｒと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ＣＳＦ１Ｒアイソフォームも提供する。また、ＣＳＦ１Ｒアイソフォームには、ＣＳＦ１Ｒのプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＣＳＦ１Ｒと比較してポリペプチドのプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しているアイソフォーム、およびＣＳＦ１Ｒの免疫グロブリンドメインの１つまたは複数のアミノ酸を含むアイソフォームも含まれる。これには、配列番号１４５に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するＣＳＦ１Ｒアイソフォーム、および配列番号１４５に記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはそれだけには限定されないが配列番号２８５に記載の対立遺伝子変異などのその対立遺伝子変異体が含まれる。また、例示的なＣＳＦ１Ｒアイソフォームには、配列番号１４５に記載の配列と同数のアミノ酸を含むアイソフォームも含まれる。
【００４０】
ＫＩＴ受容体アイソフォームを本明細書中に提供する。これには、配列番号２７３に記載のＫＩＴ受容体の少なくとも１つのドメインを含んでおり、ＫＩＴ受容体の膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインの１つまたは複数のアミノ酸を欠いており、ＫＩＴ受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅しているＫＩＴ受容体アイソフォーム、ならびにＫＩＴ受容体の少なくとも１つの免疫グロブリンドメインを含むアイソフォームが含まれる。ＫＩＴアイソフォームには、配列番号９３に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、および配列番号９３に記載のアミノ酸配列を含むアイソフォーム、またはそれだけには限定されないが配列番号３０５に記載の対立遺伝子変異などのその対立遺伝子変異体が含まれる。ＫＩＴ受容体アイソフォームには、配列番号９３に記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームが含まれる。
【００４１】
本明細書では、配列番号２８０または２８１に記載のＴＮＦＲの少なくとも１つのシステインに富んだｃ６ドメインを含んでおり、ＴＮＦＲの膜貫通ドメインの全体を欠いており、ＴＮＦＲと比較してポリペプチドの膜局在化が低下または消滅している、ＴＮＦＲアイソフォームを提供する。ＴＮＦＲアイソフォームには、ＴＮＦＲの少なくとも２つのシステインに富んだｃ６ドメインを含むアイソフォームが含まれる。また、ＴＮＦＲアイソフォームには、配列番号９５に記載のアミノ酸の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアイソフォーム、および配列番号９５に記載の配列を含むアイソフォーム、またはその対立遺伝子変異体が含まれる。対立遺伝子変異には、それだけには限定されないが、配列番号３１２に記載の対立遺伝子変異が含まれる。また、ＴＮＦＲアイソフォームには、配列番号９５に記載の配列と同数のアミノ酸を有するアイソフォームも含まれる。
【００４２】
単離したポリペプチド（たとえばＣＳＲアイソフォーム）は、哺乳動物、特にヒト中の遺伝子によってコードされていることができ、哺乳動物細胞から単離するか、もしくはそのような細胞からクローニングした核酸から調製することができ、または任意の手段によって調製した核酸から合成するか、もしくはポリペプチドとして合成することができる。例示的な哺乳動物には、ヒトや他の霊長類、ウマ、ウシ、イヌ、ネコおよび他の家畜、ならびにラットやマウスなどのげっ歯類が含まれる。単離したポリペプチドは、本明細書中に提供する方法、当業者に知られている方法、および／またはたとえば同時係属出願のＵ．Ｓ．ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏ．１０／８４６，１１３および公開されたＰＣＴ特許出願の国際公開第２００５／０１６９６６号パンフレットに記載の方法によって同定することができる。
【００４３】
また、単離したポリペプチドのうちの任意のものまたはそれらの組合せを含む薬剤組成物も提供する。組成物には、とりわけ、受容体チロシンキナーゼまたは腫瘍壊死因子受容体と複合体形成するポリペプチドを含むものが含まれる。薬剤組成物は、炎症性疾患、免疫疾患、癌、および異常な血管形成もしくは血管新生または細胞増殖を現す他の疾患を含めた疾患の治療に用いることができる。癌には、乳癌、肺癌、結腸癌、胃癌、膵臓癌および他の癌が含まれる。炎症性疾患には、たとえば、糖尿病性網膜症ならびに／または糖尿病の神経障害および他の炎症性血管合併症、自己免疫性糖尿病を含めた自己免疫疾患、アテローム性動脈硬化症、クローン病、糖尿病性腎臓病、嚢胞性線維症、子宮内膜症、糖尿病に誘発される血管損傷、炎症性腸疾患、アルツハイマー病および他の神経変性疾患、ならびに増殖性応答、免疫応答および炎症反応に関与する当業者に知られている他の疾患、およびＲＴＫ、特に図１や本明細書の開示中全体にわたって記載したものが関連するとされている、関与している、または参加している他の疾患が含まれる。
【００４４】
また、ポリペプチドのうちの任意のものをコードしている核酸分子も提供する。核酸分子を含むベクターを提供し、そのベクターまたは核酸分子を含む細胞も提供する。提供する核酸分子には、とりわけ、イントロンおよびエクソンを含んでおり、イントロンがストップコドンを含んでおり、核酸分子がエクソンとイントロンとの接合点にまたがるオープンリーディングフレームをコードしており、オープンリーディングフレームがイントロン中のストップコドンで終結する核酸分子が含まれる。イントロンは、コードされているポリペプチドの１つもしくは複数のアミノ酸をコードしていることができ、または、コドンはイントロン中の最初のコドン（かつ場合によっては唯一のコドン）であることができる。
【００４５】
また、配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、および２２５のいずれかに記載のヌクレオチドの配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチドの配列またはその対立遺伝子変異体を含む核酸分子も提供する。配列同一性は、単離した核酸分子の完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較し、配列番号９０、９２、９４；１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、および２２５のそれぞれは細胞表面受容体アイソフォームである。具体的には、配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、および２２５のいずれかに記載のヌクレオチドの配列を含む核酸分子を提供する。また、その核酸分子のうちの任意のものを含むベクター、およびその核酸分子またはベクターを含む細胞も提供する。
【００４６】
核酸分子および／またはベクターを含む薬剤組成物を提供する。このような組成物は、ｉｎ  ｖｉｖｏ方法およびｅｘ  ｖｉｖｏ方法を含めた遺伝子治療方法に用いることができる。
【００４７】
薬剤組成物のうちの任意のものを投与することによる疾患または状態の治療方法を提供する。疾患または状態には、それだけには限定されないが、たとえば、癌、炎症性疾患、感染症、血管形成関連状態、他の細胞増殖性状態、免疫障害および神経変性疾患が含まれる。また、これには、薬剤組成物が、血管形成、細胞増殖、細胞遊走、ウイルス侵入、ウイルス感染症、腫瘍細胞成長または腫瘍細胞転移を阻害する１つもしくは複数のポリペプチドを含む、治療方法も含まれる。
【００４８】
疾患および障害の例は、関節リウマチ、多発性硬化症および眼球後部の炎症、ブドウ膜炎の障害、眼球表面の炎症性障害、血管新生病、増殖性硝子体網膜症、アテローム性動脈硬化症、子宮内膜症、関節リウマチ、血管腫、真性糖尿病、糖尿病性網膜症、炎症性腸疾患、クローン病、乾癬、アルツハイマー病、ループス、血管狭窄症、再狭窄、炎症性関節疾患、アテローム性動脈硬化症、尿路閉塞性症候群、喘息、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、ならびに白血病、リンパ性悪性疾患、扁平細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）、消化管癌、膵臓癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、頭頚部癌および他の癌のうちの任意のものである。他の疾患または状態には、それだけには限定されないが、粘液腫ウイルス、ワクシニアウイルス、タナポックスウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単純ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス  サイミリ、Ｂ型肝炎ウイルス、アフリカブタ熱ウイルス、パロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、デングウイルスおよびエボラウイルスなどの、ウイルスもしくは寄生虫によって引き起こされるまたは媒介されるまたはそれに関与するものが含まれる。
【００４９】
また、組合せおよび組合せを含むキット、ならびに任意選択の指示書および／または試薬も提供する。これらの組合せは、２つ以上の異なる細胞表面受容体アイソフォームおよび／もしくは治療薬、または細胞表面受容体アイソフォームおよび治療薬を含む組成物を含む。アイソフォームおよび／または薬物は、個別の組成物中もしくは単一の組成物中にあるか、または一方の組成物が薬物を２つ以上含み、他方が他の薬剤を含む様式、もしくは他のそのような様式であることができる。組合せの成分を投与することによる治療方法を提供する。それぞれの成分は、個別に、同時に、断続的に、単一の組成物中で、またはそれらの組合せで投与することができる。
【詳細な説明】
【００５０】
Ａ．定義
別段に定義しない限りは、本明細書中で用いるすべての専門用語および科学用語は、発明が属する分野の技術者に一般に理解される意味と同様の意味を持つ。本明細書の開示の全体にわたって言及するすべての特許、特許出願、公開出願および出版物、ＧＥＮＢＡＮＫの配列、ウェブサイトおよび他の公開された資料は、別段に指摘しない限りは、その全体で参考として組み込まれる。本明細書中の用語に複数の定義が存在する場合は、本セクション中の定義が優勢である。ＵＲＬまたは他のそのような識別子もしくはアドレスを参考としている場合は、そのような識別子は変わる可能性があり、またインターネット上の特定の情報は現れてはすぐ消える可能性があるが、同等の情報が知られており、インターネットおよび／または適切なデータベースを検索することなどによって容易にアクセスすることができることを理解されよう。それへの言及が、そのような情報の利用可能性および一般への普及の証拠である。
【００５１】
本明細書中で使用する細胞表面受容体（ＣＳＲ）とは、細胞の表面上に発現されるタンパク質であり、典型的にはそれを細胞の表面に固定する膜貫通ドメインまたは他の部分を含む。受容体として、これはシグナル伝達もしくはリガンドの内部移行などの細胞表面受容体の活性を媒介するまたはそれに参加するリガンドと結合する。細胞表面受容体には、それだけには限定されないが、単一膜貫通受容体およびＧタンパク質共役型受容体が含まれる。とりわけ、成長因子受容体などの受容体チロシンキナーゼもこのような細胞表面受容体に含まれる。
【００５２】
本明細書中で使用する受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）とは、成長因子受容体のタンパク質ファミリーのメンバーであるタンパク質、典型的には糖タンパク質をいう。典型的には、成長因子受容体は細胞成長、細胞分裂、分化、代謝および細胞遊走を含めた細胞プロセスに関与している。ＲＴＫは、細胞増殖、分化および細胞運命の決定、ならびに腫瘍増殖に関与していることも知られている。ＲＴＫは、細胞外ドメイン、膜にまたがる（膜貫通）ドメインおよび細胞内チロシンキナーゼドメインを含めた保存されたドメイン構造を有する。典型的には、細胞外ドメインはポリペプチド成長因子もしくは細胞膜に会合した分子または他のリガンドに結合する。チロシンキナーゼドメインは受容体の正の調節および負の調節に関与している。
【００５３】
受容体チロシンキナーゼは、たとえばその細胞外ドメイン内における配列モチーフの構造的配置に基づいてファミリーに分類される。構造モチーフには、それだけには限定されないが、免疫グロブリン、フィブロネクチン、カドヘリン、表皮成長因子およびクリングル反復の領域の反復が含まれる。構造モチーフによる分類から、それぞれが保存されたチロシンキナーゼドメインを有する、１６を超えるＲＴＫファミリーが同定された。ＲＴＫの例には、それだけには限定されないが、エリスロポエチン産生肝細胞（ＥＰＨ）受容体、表皮成長因子（ＥＧＦ）受容体、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）受容体、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）受容体、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）受容体、細胞接着ＲＴＫ（ＣＡＫ）、Ｔｉｅ／Ｔｅｋ受容体、インスリン様成長因子（ＩＧＦ）受容体、およびインスリン受容体関連（ＩＲＲ）受容体が含まれる。ＲＴＫをコードしている遺伝子の例には、それだけには限定されないが、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ８、ＦＧＦＲ−２、ＦＧＦＲ−４、Ｆｌｔ１（ｆｍｓ関連チロシンキナーゼ１受容体；ＶＥＧＦＲ−１としても知られる）、ＦＬＫ１（ＶＥＧＦＲ−２としても知られる）、ＭＥＴ、ＰＤＧＦＲ−Ａ、ＰＤＧＦＲ−Ｂ、およびＴＥＫ（ＴＩＥ−２としても知られる）。
【００５４】
ＲＴＫの二量体化は、受容体の触媒チロシンキナーゼドメインおよびチロシンの自己リン酸化を活性化させる。キナーゼドメインの自己リン酸化によりチロシンキナーゼドメインが活性状態に維持される。タンパク質の他の領域における自己リン酸化は、受容体と他の細胞タンパク質との相互作用に影響を与える。一部のＲＴＫでは、細胞外ドメインに結合するリガンドが受容体の二量体化をもたらす。一部のＲＴＫでは、受容体はリガンドが存在していなくても二量体化することができる。また、二量体化は受容体の過剰発現によっても増大する可能性がある。
【００５５】
本明細書中で使用する腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）とは、ＴＮＦＲ１およびＴＮＦＲ２中に見つかるものなどの、特徴的な反復性かつ細胞外のシステインに富んだモチーフを有する受容体ファミリーのメンバーをいう。また、ＴＮＦＲは、ＴＮＦＲファミリーのメンバー間で異なる可変性の細胞内ドメインも有する。ＴＮＦＲ受容体ファミリーには、それだけには限定されないが、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＴＮＦＲｒｐ、低親和性の神経成長因子受容体、Ｆａｓ抗原、ＣＤ４０、ＣＤ２７、ＣＤ３０、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、およびヘルペスウイルス侵入媒介物質（ＨＶＥＭ）が含まれる。ＴＮＦＲに対するリガンドには、ＴＮＦ−α、リンフォトキシン、神経成長因子、Ｆａｓリガンド、ＣＤ４０リガンド、ＣＤ２７リガンド、ＣＤ３０リガンド、４−１ＢＢリガンド、ＯＸ４０リガンド、ＡＰＯ３リガンド、ＴＲＡＩＬおよびＬＩＧＨＴが含まれる。ＴＮＦＲには、シグナル伝達に関与する、リガンド結合ドメインを含めた細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインが含まれる。ＴＮＦＲは、典型的には細胞表面で三量体化する三量体タンパク質である。
【００５６】
本明細書中で使用する、受容体チロシンキナーゼのアイソフォームなどの細胞表面受容体のアイソフォーム（本明細書中ではＣＳＲアイソフォームとも呼ぶ）とは、ドメインまたは受容体の野生型および／もしくは優性型と比較して、受容体の活性を変更するまたは活性を変調するために十分なその一部分を欠いている受容体、あるいはドメインなどの構造的特徴を欠いている受容体をいう。したがって、ＣＳＲアイソフォームとは、受容体の活性、典型的にはドメインまたは生物活性を変更するために十分なドメインの一部分を欠いている受容体をいう。ＣＳＲアイソフォームは、ドメインまたは受容体の活性を変更もしくは変調するために十分なドメインの一部分を欠いている。ＣＳＲアイソフォームは、受容体から変更されている１つまたは複数の生物活性を有するアイソフォームを含むことができる。たとえば、アイソフォームは、アイソフォームを、受容体の正に作用する調節ポリペプチドからアイソフォームの負に作用する調節ポリペプチドへと変更する、たとえば受容体ドメインからリガンドへと変更する、ｐ１８５−ＨＥＲ２の細胞外ドメインの変更を含むことができる。一般に、アイソフォーム中で活性は、受容体の野生型および／または優性型と比較して、少なくとも０．１、０．５、１、２、３、４、５、もしくは１０倍変更されている。典型的には、活性は２、５、１０、２０、５０、１００または１０００倍以上変更されている。一実施形態では、活性の変更は活性の低下である。アイソフォームに関して、活性の変更とは、受容体の短縮されていない形態と比較した、短縮された特定のアイソフォームの活性の差をいう。活性の変更には活性の亢進または低下が含まれる。一実施形態では、活性の変更は生物活性の低下であり、低下は、受容体の野生型および／または優性型と比較して、少なくとも０．１、０．５、１、２、３、４、５、もしくは１０倍であることができる。典型的には、生物活性は５、１０、２０、５０、１００または１０００倍以上低下している。
【００５７】
本明細書中で使用する場合、細胞表面受容体の活性を変調することへの言及は、ＣＳＲが受容体と何らかの様式で相互作用し、リガンド結合もしくは二量体化または他のシグナル伝達に関連する活性などの活性が変更されていることを意味する。
【００５８】
本明細書中で使用する場合、変更された活性を有するＣＳＲアイソフォームへの言及は、同族受容体と比較して異なるＣＳＲアイソフォームの構造または配列に基づく、活性の変更をいう。
【００５９】
本明細書中で使用するイントロン融合タンパク質とは、１つもしくは複数のドメインまたは１つもしくは複数のドメインの一部分を欠いており、その結果受容体の活性の変更をもたらすアイソフォームをいう。活性は、イントロン融合タンパク質によって、受容体と相互作用することなどによって直接、または受容体リガンドもしくは補因子または受容体活性の他のモジュレーターと相互作用することによって間接的に、変更されることができる。細胞もしくは組織から単離したイントロン融合タンパク質、または細胞もしくは組織から単離したそのようなポリペプチドの配列を有するイントロン融合タンパク質は、「天然」である。自然に存在せず、生じる構築物がＣＳＲの活性を変調するように合成または分子をイントロンに連結させることによって調製するものは、「合成」である。イントロン融合タンパク質には、とりわけ、１つもしくは複数のドメインまたは１つもしくは複数のドメインの一部分を欠いており、その結果受容体の活性の変更をもたらす細胞表面受容体アイソフォームが含まれる。さらに、イントロン融合タンパク質は、エクソンにコードされたアミノ酸に動作可能に連結した、（受容体の優性型または野生型に関して）エクソンによってコードされていない１つまたは複数のアミノ酸を含む。一般に、このようなアイソフォームは、ＣＳＲ遺伝子によってコードされている野生型または優性型と比較して短縮されている。しかし、これらはエクソン部分内に挿入または他の修飾を含んでいることができ、したがって、優性型と同じ大きさまたはそれよりも大きくなることができる。しかし、そのそれぞれは、イントロンにコードされた部分を含む（少なくとも１つのアミノ酸、一般には少なくとも、２、３、４、５、８、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５個およびそれを超えるアミノ酸）。イントロン融合タンパク質は、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで同定された選択的スプライシングされたＲＮＡおよび／またはＲＮＡ分子によってコードされていることができ、これは、潜在的なスプライス部位を同定し、その後組換え方法によってこのような分子を産生させることによって行う。典型的には、イントロン融合タンパク質は、ＣＳＲポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡの対応する配列中に存在しない、イントロン融合タンパク質をコードしているＲＮＡ中の１つまたは複数のストップコドンの存在によって短縮されている。アミノ酸および／またはストップコドンの付加は、ポリペプチドの野生型または優性型とは大きさおよび配列が異なるイントロン融合タンパク質をもたらす可能性がある。
【００６０】
本明細書中の目的のためのイントロン融合タンパク質には、天然コンビナトリアルおよび合成のイントロン融合タンパク質が含まれる。天然のイントロン融合タンパク質とは、遺伝子の１つもしくは複数のエクソンによってコードされているポリペプチドの１つまたは複数の部分に連結したイントロンによってコードされている、１つあるいは複数のアミノ酸を含む選択的スプライシングされたＲＮＡ分子によってコードされている、ポリペプチドをいう。選択的スプライシングされたｍＲＮＡは、単離するか、または遺伝子内でスプライスドナー部位およびアクセプター部位を連結させることによって合成して調製することができる。天然のイントロン融合タンパク質は、イントロン配列によってコードされている１つもしくは複数のアミノ酸および／またはストップコドンを含み、一般に細胞および／または組織中に存在するが、スプライスドナー部位およびアクセプター部位を同定すること、ならびにコードされた潜在的なスプライシング変異体を同定することによって、遺伝子から同定することができる。コンビナトリアルイントロン融合タンパク質とは、ポリペプチドの野生型または優性型と比較して短縮されているポリペプチドをいう。典型的には、短縮することにより、活性が変更されるように１つまたは複数のドメインもしくはその一部分がポリペプチドから取り除かれる。コンビナトリアルイントロン融合タンパク質は多くの場合、１つまたは複数のドメインもしくはその一部分が、同じ遺伝子由来または関連遺伝子ファミリー中の遺伝子由来の天然のイントロン融合タンパク質では欠失しているという点で、天然のイントロン融合タンパク質を模倣する。自然に存在せず、生じる構築物がＣＳＲの活性を変調するように合成または分子をイントロンに連結させることによって調製するものは、「合成」である。
【００６１】
イントロン融合タンパク質に関して本明細書中で使用する天然とは、（適切なスプライスアクセプター／ドナー部位の存在によって）動物のゲノム内にコードされている、および／あるいは動物内で産生もしくは作製されるまたは遺伝子から産生することができる、任意のタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドまたはその断片をいう。天然のイントロン融合タンパク質には対立遺伝子変異体が含まれる。イントロン融合タンパク質は翻訳後に修飾することができる。
【００６２】
本明細書中で使用するエクソンとは、ＲＮＡへと転写され、スプライシングおよび他のＲＮＡプロセッシングののちにｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）などのＲＮＡの成熟型で表されるヌクレオチドの配列を含む、核酸分子をいう。ｍＲＮＡは、動作可能に連結した１つまたは複数のエクソンを含む。エクソンは、ポリペプチドまたはポリペプチドの一部分をコードしていることができる。また、エクソンは、非翻訳配列、たとえば翻訳調節配列も含むことができる。エクソン配列は多くの場合保存されており、遺伝子ファミリーメンバー間で相同性を示す。
【００６３】
本明細書中で使用するイントロンとは、ＲＮＡへと転写され、その後、典型的にはスプライシングによってＲＮＡから取り除かれてＲＮＡの成熟型、たとえばｍＲＮＡを生じる、ヌクレオチドの配列をいう。典型的には、イントロンのヌクレオチド配列は成熟ＲＮＡ内に取り込まれず、また、イントロン配列またはその一部分は、典型的には翻訳されずにポリペプチド内にも取り込まれない。細胞のスプライシング機構によってスプライスドナーおよびアクセプターなどのスプライスシグナル配列が用いられて、ＲＮＡからイントロンが取り除かれる。１つのスプライシング変異体中のイントロンが、別の変異体中ではエクソン（すなわちスプライシングされた転写物中に存在する）となることができることは、注目すべきである。したがって、イントロン融合タンパク質をコードしているスプライシングされたｍＲＮＡはエクソンおよびイントロンを含んでいることができる。
【００６４】
本明細書中で使用するスプライシングとは、ｍＲＮＡ中のイントロンが取り除かれ、エクソンが動作可能に連結されて、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）が作製されるＲＮＡ成熟のプロセスをいう。
【００６５】
本明細書中で使用する選択的スプライシングとは、１つの遺伝子から複数のｍＲＮＡを産生するプロセスをいう。選択的スプライシングには、１つの遺伝子のエクソンのすべてではないエクソンを動作可能に連結させること、および／または１つの遺伝子に由来するすべての転写物中には存在しない１つもしくは複数の選択的エクソンを動作可能に連結させることが含まれていることができる。
【００６６】
本明細書中で使用するエクソン欠失とは、ポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ分子と比較して、少なくとも１つのエクソンを欠いている核酸分子を産生する選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。欠失したエクソンを有するＲＮＡ分子は、このような選択的スプライシングによって、または、エクソンを欠失させるためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法などの任意の他の方法によって、産生することができる。
【００６７】
本明細書中で使用するエクソン挿入とは、ポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ分子中に典型的には存在しない少なくとも１つのエクソンを含む核酸分子を産生する、選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。挿入されたエクソンを有するＲＮＡ分子は、このような選択的スプライシングによって、またはエクソンを付加もしくは挿入するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法などの任意の他の方法によって産生することができる。
【００６８】
本明細書中で使用するエクソン伸長とは、ポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ中の対応するエクソンよりも長い（エクソン中に含まれるヌクレオチド数が多い）少なくとも１つのエクソンを含む核酸を産生する、選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。伸長されたエクソンを有するＲＮＡ分子は、このような選択的スプライシングによって、またはエクソンを伸長させるｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法などの任意の他の方法によって産生することができる。場合によっては、本明細書中に記載のように、エクソン伸長によって産生されたｍＲＮＡはイントロン融合タンパク質をコードしている。
【００６９】
本明細書中で使用するエクソン切断とは、１つもしくは複数のエクソンがポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ分子中の対応するエクソンよりも短い（ヌクレオチド数が少ない）ように、１つもしくは複数のエクソンの切断または短縮を含む核酸分子を産生する、選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。切断されたエクソンを有するＲＮＡ分子は、このような選択的スプライシングによって、またはエクソンを切断するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法などの任意の他の方法によって産生することができる。
【００７０】
本明細書中で使用するイントロン保持とは、１つまたは複数のエクソンに動作可能に連結したイントロンまたはその一部分を含む核酸分子を産生する、選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。イントロンまたはその一部分を保持しているＲＮＡ分子は、このような選択的スプライシングによって、または、保持されたエクソンを有するＲＮＡ分子を産生するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法などの任意の他の方法によって産生することができる。場合によっては、本明細書中に記載のように、イントロン保持によって産生されたｍＲＮＡ分子はイントロン融合タンパク質をコードしている。
【００７１】
本明細書中で使用する、遺伝子配列とも呼ばれる遺伝子とは、少なくとも１つのポリペプチドをコードしているヌクレオチド配列を含めた、ＲＮＡ（イントロンおよびエクソン）へと転写されるヌクレオチドの配列をいう。遺伝子には、ＲＮＡの転写およびプロセッシングを調節するヌクレオチドの配列が含まれる。遺伝子にはまた、プロモーターおよびエンハンサーなどのヌクレオチドの調節配列、ならびに翻訳調節配列も含まれる。
【００７２】
本明細書中で使用するスプライス部位とは、イントロンの除去および／またはエクソンの結合に関与する、遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドをいう。スプライス部位にはスプライスアクセプター部位およびスプライスドナー部位が含まれる。
【００７３】
本明細書中に提供するアイソフォームに関して本明細書中で使用する同族受容体とは、特定のアイソフォームと同じ遺伝子によってコードされている受容体をいう。一般に、同族受容体は特定の細胞または組織内の有性型でもある。たとえば、ヘルスタチンは、ｐ１８５−ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２受容体）をコードしているｐｒｅ−ｍＲＮＡのスプライシング変異体によってコードされている。したがって、ｐ１８５−ＨＥＲ２はヘルスタチンの同族受容体である。
【００７４】
本明細書中で使用する野生型、たとえばポリペプチドの野生型とは、遺伝子によってコードされているポリペプチドをいう。典型的には、野生型とは、突然変異または機能もしくは構造を変更する他の修飾を有さない遺伝子（またはそれに由来するＲＮＡもしくはタンパク質）をいう。野生型には種にわたる対立遺伝子変異および種間の対立遺伝子変異が含まれる。
【００７５】
本明細書中で使用する優性型、たとえばポリペプチドの優性型とは、遺伝子から産生される主要なポリペプチドであるポリペプチドをいう。「優性型」はその源に応じて異なる。たとえば、異なる細胞または組織の型により、たとえば選択的スプライシングによっておよび／または選択的タンパク質プロセッシングによって、異なる型のポリペプチドが産生されることができる。それぞれの細胞または組織の型において、異なるポリペプチドが「優性型」となることができる。
【００７６】
本明細書中で使用するドメインとは、１つまたは複数の構造モチーフ（たとえばループ領域によって結合されたαへリックスおよび／もしくはβ鎖の組合せ）からなる、および／あるいはキナーゼ活性などの機能的活性によって認識される、タンパク質内に独立して折畳み構造を形成することができるポリペプチド鎖の一部分（典型的には３つ以上、一般には５または７つ以上のアミノ酸の配列）をいう。タンパク質は１つまたは複数の明確に異なるドメインを有することができる。たとえば、ドメインは、細胞外ドメインを定義する相同性およびモチーフなどの、関連するファミリーメンバーに対するドメイン内の配列の相同性によって同定、定義または識別することができる。別の例では、ドメインは、酵素活性、たとえばキナーゼ活性などのその機能によって、またはＤＮＡ結合、リガンド結合、および二量体化などの生体分子と相互作用する能力によって、識別することができる。ドメインは、ドメインが独立してまたは別の分子と融合してたとえばタンパク質分解活性などの活性もしくはリガンド結合を行うことができるように、独立して生物学的機能または活性を示すことができる。ドメインは、ポリペプチド由来のアミノ酸の直鎖状配列またはアミノ酸の非直鎖状配列であることができる。多くのポリペプチドは複数のドメインを含む。たとえば、受容体チロシンキナーゼは、典型的には細胞外ドメイン、膜にまたがる（膜貫通）ドメインおよび細胞内チロシンキナーゼドメインを含む。
【００７７】
本明細書中で使用するドメインのすべてまたは一部分を欠いているポリペプチドとは、同族ポリペプチドと比較して、ドメインの１つもしくは複数のアミノ酸またはすべてのアミノ酸が欠失しているポリペプチドをいう。ドメインの全体または一部を欠いているポリペプチドにおいて欠失しているアミノ酸は、同族ポリペプチドのドメイン内の連続したアミノ酸である必要はない。ドメインのすべてまたは一部を欠いているポリペプチドには、同族ポリペプチドの活性と比較したポリペプチドの活性の損失もしくは低下、またはポリペプチド中の構造の損失が含まれていることができる。
【００７８】
たとえば、同族受容体が膜貫通ドメインを有する場合は、膜貫通ドメインのすべてまたは一部を欠いている受容体アイソフォームポリペプチドは、同族受容体中の同じアミノ酸位置に対応するアミノ酸間で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上のアミノ酸の欠失を有することができる。
【００７９】
本明細書中で使用するドメインを含むポリペプチドとは、同族受容体の対応するドメインに関して完全なドメインを含むポリペプチドをいう。完全なドメインは、同族ポリペプチド内のその特定のドメインの定義に関連して決定される。たとえば、ドメインを含む受容体アイソフォームとは、同族受容体中で見つかる完全なドメインに対応するドメインを含むアイソフォームをいう。たとえば、同族受容体がアミノ酸位置４００〜４２０に２１個のアミノ酸の膜貫通ドメインを含む場合は、このような膜貫通ドメインを含む受容体アイソフォームは、同族受容体の２１個のアミノ酸のドメインと実質的な同一性を有する２１個のアミノ酸のドメインを含む。実質的な同一性とは、同族受容体のドメインと比較して、対立遺伝子変異および保存的置換を含むことができるドメインをいう。実質的に同一であるドメインは、同族受容体のドメインと比較して、アミノ酸の欠失、非保存的な置換または挿入を有さない。ドメイン（すなわちフリン（ｆｕｒｉｎ）ドメイン、Ｉｇ様ドメイン）は多くの場合、ドメイン、具体的にはタンパク質に対する構造的および／または配列相同性によって同定される。
【００８０】
このようなドメインは、これを同定することができる当業者に知られている。本明細書中での例のために定義を提供するが、特定のドメインを名称によって認識することは当業者の技術範囲内にあることを理解されたい。必要な場合は、ドメインを同定するために適切なソフトウェアを用いることができる。
【００８１】
本明細書中で使用する細胞外ドメインとは、受容体の表面に生じる細胞表面受容体の部分であり、リガンド結合部位が含まれる。一例では、エフリン受容体リガンド結合ドメイン（ＥＰＨ＿ｌｂｄ）が、タンパク質受容体とエフリンリガンドとの結合を媒介するポリペプチド部分である。典型的には、ＥｐｈＡ受容体がＧＰＩに固定されたエフリン−Ａリガンドと結合し、一方でＥｐｈＢ受容体が膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを有するエフリン−Ｂタンパク質と結合する。
【００８２】
たとえばＥｒｂＢ２中のものなどの受容体Ｌドメイン（ＲＬＤ）は、リガンド結合部位を含むドメインの別例である。それぞれのＬドメインは、第２のＬドメインと会合してリガンド分子を収容するために十分な大きさの中心空間を取り囲む三次元の二葉性構造を形成することができる、一本鎖の右方向βヘリックスを含む。
【００８３】
本明細書中で使用するフリンドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、システインに富んだ領域である。フリンは１型膜貫通セリンプロテアーゼである。フリンドメインはフリンプロテアーゼの切断部位として機能する。
【００８４】
本明細書中で使用するＳｅｍａドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、受容体の認識および結合モジュールである。Ｓｅｍａドメインは、４つのジスルフィド結合を形成して構造を安定化させる保存された一組のシステイン残基によって特徴づけられている。Ｓｅｍａドメインの折畳みはβプロペラトポロジーの変形であり、７つの羽根が中心軸の周りに放射状に配置されている。それぞれの羽根は４本鎖の逆平行のβシートを含む。Ｓｅｍａドメインは最初と最後の羽根の間の円を閉じるために「ループ−フック」システムを用いている。羽根は、第７の（Ｃ末端の）羽根の最も外側の鎖を提供することによってＮ末端のβ鎖が円を閉じ、逐次的に構成される。βプロペラは、羽根６の外側の端にＮ末端を伸長して追加の第５のβ鎖を提供することによって、さらに安定化される。
【００８５】
本明細書中で使用するプレキシンドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、システインに富んだ反復を含む。プレキシンとは、複合体として膜結合したセマフォリンと相互作用する受容体である。プレキシンは、散乱係数に誘導される運動性の受容体であるｃ−ｍｅｔに対して相同性を有する３つのドメインを含むが、ｃ−ｍｅｔの本来のチロシンキナーゼ活性を欠いている。細胞内では、不変のアルギニンによりグアノシントリホスファターゼ活性化タンパク質に対して相同性を有するプレキシンドメインが同定される。タンパク質は１つまたは複数のプレキシンドメインを含むことができる。本明細書中に記載のように、ＭＥＴ受容体は単一のプレキシンドメインを含む。
【００８６】
本明細書中で使用するＦ５／８Ｃ型ドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、２つのβシートに配置された８つの逆平行鎖を含む、歪んだジェリーロール型のβバレルモチーフを示すドメインである。βバレルの下方部分は、塩基性残基の優勢および３つの隣接した突出したループによって特徴づけられている。Ｆ５／８Ｃ型ドメインを形成するポリペプチド部分は２つの保存されたシステインを含んでおり、これはドメインの末端をジスルフィド結合によって連結される。
【００８７】
本明細書中で使用するＩｇ様ドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、疎水性の相互作用によって安定化され、かつ鎖間のジスルフィド結合によって一緒になって挟まれている（ｓａｎｄｗｉｃｈｅｄ）、２つのβシートの緻密な折畳み構造を形成するβ鎖の折畳みを含むドメインである。一例では、Ｉｇ様Ｃ型ドメインは、４つのβ鎖が１つのβシートを形成し、３つのβ鎖が第２のβシートを形成するように、４本の鎖および３本の鎖として配置されている７つのβ鎖を含む。別の例では、Ｉｇ様Ｖ型ドメインは、４つのβ鎖および５つのβ鎖として配置されている９つのβ鎖を含む（Ｊａｎｅｗａｙ  Ｃ．Ａ．他（編）：免疫生物学−健康および疾患における免疫系（Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ−ｔｈｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｙｓｔｅｍ  ｉｎ  ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ）、第５版、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ、２００１）。
【００８８】
本明細書中で使用するフィブロネクチンＩＩＩ型（ＦＮ３）ドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、一方のβシートが４本の鎖を含み、他方のシートが３本の鎖を含む、保存されたβサンドイッチ折畳みを含む。ＦＮ３ドメインおよびＩｇ様ドメインの折畳み構造は、ＦＮ３ドメインが保存されたジスルフィド結合を欠いている以外は位相幾何学的に非常に類似している。ＦＮ３ドメインをコードしているポリペプチド部分はまた、血栓症、炎症、および腫瘍転移を変調する細胞接着分子との相互作用を媒介する、Ａｒｇ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ（ＲＧＤ）を含むアミノ酸の短いストレッチによって特徴づけられている。一例では、ＥｐｈＡ１は２つのＦＮ３ドメインを含む。
【００８９】
本明細書中で使用するＩＰＴ／ＴＩＧドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、免疫グロブリンの折畳み様のドメインを有する。タンパク質は１つまたは複数のＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含む。ＩＰＴ／ＴＩＧドメインは、プレキシン、転写因子、ならびにたとえば細胞増殖および細胞接着を調節すると考えられている本明細書中に記載の細胞表面受容体ＭＥＴおよびＲＯＮなどの受容体タンパク質の細胞外領域中に見つかる（Ｊｏｈｎｓｏｎ  ＣＡ他、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、４０：３１１〜３１９、（２００３））。
【００９０】
本明細書中で使用するＥＧＦドメインとは、当業者によってそのように認識されるドメインであり、タンパク質の三次元構造に重要であり、したがって受容体および他の分子によるその認識に重要であるいくつかの保存されたシステイン残基を含む、反復パターンを含む。本明細書中に記載のＥＧＦドメインは、ジスルフィド結合の形成に関与している６つのシステイン残基を含む。ＥＧＦドメインは２本鎖のβシート、次いでループを形成し、Ｃ末端の短い２本鎖のシートを形成する。保存されたシステイン間のサブドメインは長さが異なる。ＥＧＦドメインの反復は、典型的には、たとえば本明細書中に記載のＴｉｅ−１などのように膜結合タンパク質の細胞外ドメイン中に見つかる。ＥＧＦドメインの変形は、本明細書中に記載のように６つではなく８つの保存されたシステインを有し、したがって平均的なＥＧＦモジュールよりも長く、かつＥＧＦ様領域のさらなるジスルフィド結合Ｃ末端を含む、ラミニン（Ｌａｍ）ＥＧＦドメインである。
【００９１】
本明細書中で使用するＣ６ドメインとは、ポリペプチドのＮ末端領域中の典型的には約１１０〜１６０個のアミノ酸の、システインに富んだドメインである。これは、鎖間のジスルフィド結合に関与する６つの保存されたシステインを含む、約４０個の残基ずつの４つ、または場合によっては３つ以上のモジュールに細分することができる。タンパク質は１つまたは複数のＣ６ドメインを有することができる。本明細書中に記載のように、たとえばＴＮＦＲ２は３つのＣ６ドメインを含む。
【００９２】
本明細書中で使用する膜貫通ドメインとは、受容体を固定している形質膜にまたがり、一般に疎水性残基を含む。
【００９３】
本明細書中で使用する細胞質ドメインとは、シグナル伝達に関与し、膜貫通細胞表面受容体の細胞質部分中に生じるドメインである。一例では、細胞質ドメインはプロテインキナーゼ（ＰＫ）ドメインを含むことができる。ＰＫドメインとは、当業者によってそのように認識され、かつ保存された触媒核を含むドメインである。保存された触媒核は、ＡＴＰ結合に関与することが示されているドメインのＮ末端の端にあるリシン残基の近傍に、および酵素の触媒活性に重要である触媒ドメインの中心部分にあるアスパラギン酸残基の近傍に、グリシンに富んだ残基のストレッチを有すると認識されている。典型的には、ＰＫドメインは、たとえばチロシンキナーゼドメインを含むタンパク質がチロシン残基上の基質タンパク質をリン酸化し、一方で、たとえばセリン／スレオニンプロテインキナーゼドメインを含むタンパク質がセリンまたはスレオニン残基上の基質タンパク質をリン酸化するなどのように、受容体ドメインの基質特異性に応じてセリン／スレオニンプロテインキナーゼまたはチロシンプロテインキナーゼドメインであることができる。
【００９４】
本明細書中で使用する不稔性αモチーフ（ＳＡＭ）ドメインは、タンパク質−タンパク質相互作用モジュールと見なされている。ＳＡＭドメインとは、当業者によってそのように認識され、典型的には約７０個の残基にわたって拡がって、２つの大きな界面を有する小さな５つのヘリックスの束に配置された独立して折り畳まれた構造を形成するドメインである。一例、たとえばＥｐｈＢ２のＳＡＭドメインなどでは、界面のそれぞれが二量体を形成する能力を有する。ＳＡＭドメインがホモ−またはヘテロオリゴマーを形成する能力により、タンパク質タンパク質の相互作用を媒介する結合表面が作製される。
【００９５】
本明細書中で使用する対立遺伝子変異体または対立遺伝子変異とは、遺伝子の基準型とは異なる遺伝子によってコードされているポリペプチド（すなわち対立遺伝子によってコードされている）を指す。典型的には、遺伝子の基準型は、種の集団または単一の基準メンバー由来のポリペプチドの野生型および／もしくは優性型をコードしている。典型的には、種間および種にわたる変異体を含めた対立遺伝子変異体には、典型的には、同一種由来の野生型および／もしくは優性型と少なくとも８０％、９０％またはそれ以上のアミノ酸の同一性が含まれ、同一性の度合いは、遺伝子、および比較が種内であるか種間であるかに依存する。一般に、種内の対立遺伝子変異体は野生型および／あるいは優性型と、少なくとも約８０％、８５％、９０％もしくは９５％の同一性またはそれ以上を有し、ポリペプチドの野生型および／または優性型と９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれ以上の同一性を有するものが含まれる。
【００９６】
ポリペプチドのアミノ酸の配列または核酸分子中のヌクレオチドの配列の修飾に関して本明細書中で使用する修飾には、それぞれアミノ酸ならびにヌクレオチドの欠失、挿入、および置換が含まれる。
【００９７】
本明細書中で使用するオープンリーディングフレームとは、機能的ポリペプチドまたはその一部分、典型的には少なくとも約５０個のアミノ酸をコードしているヌクレオチドの配列をいう。オープンリーディングフレームは、完全長のポリペプチドまたはその一部分をコードしていることができる。オープンリーディングフレームは、ストップコドンがイントロン中にあり、イントロンのすべてまたは一部分が転写されたｍＲＮＡ中に存在する場合に、１つもしくは複数のエクソンまたはエクソンとイントロンとを動作可能に連結させることによって作製することができる。
【００９８】
本明細書中で使用するポリペプチドとは、共有結合した２つ以上のアミノ酸をいう。用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は、本明細書中では互換性があるように用いる。
【００９９】
核酸分子またはタンパク質の短縮に関して本明細書中で使用する切断もしくは短縮とは、タンパク質または核酸分子の野生型もしくは優性型と比較して、完全長よりも短いヌクレオチドの配列またはアミノ酸をいう。
【０１００】
本明細書中で使用する基準遺伝子とは、遺伝子内のイントロンおよびエクソンの地図作成に用いることができる遺伝子をいう。基準遺伝子は、遺伝子中のイントロンおよびエクソンの地図作成を行うためにたとえば発現された遺伝子配列と比較することができる、ゲノムＤＮＡまたはその一部分であることができる。また、基準遺伝子はポリペプチドの野生型または優性型をコードしている遺伝子であることもできる。
【０１０１】
本明細書中で使用するタンパク質または遺伝子のファミリーもしくは関連ファミリーとは、それぞれ、互いに相同性ならびに／または構造的類似度および／もしくは機能的類似度を有する、タンパク質または遺伝子の群をいう。
【０１０２】
本明細書中で使用する早期ストップコドンとは、ポリペプチドの野生型もしくは優性型などのタンパク質の完全長の形を産生または作製するために用いるストップコドンの前に、配列のオープンリーディングフレーム中に生じるストップコドンである。早期ストップコドンの発生は、たとえば選択的スプライシングおよび突然変異の結果である場合がある。
【０１０３】
本明細書中で使用する発現された遺伝子配列とは、遺伝子から転写された、または転写されると予測された任意のヌクレオチドの配列をいう。発現された遺伝子配列には、それだけには限定されないが、ｃＤＮＡ、ＥＳＴ、ならびにたとえばスプライス部位の予測およびスプライシングされた配列のｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ作製に基づいた発現された配列のｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ予測が含まれる。
【０１０４】
本明細書中で使用する発現された配列タグ（ＥＳＴ）とは、発現された遺伝子配列から作製したヌクレオチドの配列をいう。ＥＳＴは、ｃＤＮＡを産生するためにｍＲＮＡの集団を用いて作製する。ｃＤＮＡ分子は、たとえばｍＲＮＡ上に存在するポリＡテイルから開始することによって産生することができる。また、ｃＤＮＡ分子は、ｍＲＮＡ内でｃＤＮＡの内部合成を開始する１つまたは複数のオリゴヌクレオチドを用いて、ランダムプライミングによっても産生することができる。作製されたｃＤＮＡ分子の配列決定を行い、配列を典型的にはデータベースに記憶する。ＥＳＴデータベースの例は、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｄｂＥＳＴにオンラインで見つかるｄｂＥＳＴである。それぞれのＥＳＴ配列には、典型的に固有の識別子が割り当てられており、ヌクレオチドの配列、長さ、発現された場所の組織型、および他の関連するデータなどの情報が識別子に関連づけられている。
【０１０５】
本明細書中で使用するキナーゼとは、巨大分子および小分子を含めた分子、典型的には生体分子をリン酸化する能力を有するタンパク質である。たとえば、分子は小分子またはタンパク質であることができる。リン酸化には自己リン酸化が含まれる。一部のキナーゼは構成的キナーゼ活性を有する。他のキナーゼは活性化を要する。たとえば、シグナル伝達に関与する多くのキナーゼはリン酸化されている。リン酸化により、経路中の別の生体分子に対するそのキナーゼ活性が活性化される。一部のキナーゼは、タンパク質構造の変化および／または別の分子との相互作用によって変調される。たとえば、タンパク質の複合体化または分子のキナーゼへの結合分子により、キナーゼ活性が活性化または阻害されることができる。
【０１０６】
本明細書中で使用する指定とは、基準または比較点としての分子の選択もしくはその一部分をいう。たとえば、選択されたドメイン内で修飾されたポリペプチドを構築するための指定ドメインとして、ドメインを選択することができる。別の例では、選択されたイントロンを含むまたは排除するＲＮＡ転写物を同定するために、イントロンを指定イントロンとして選択することができる。
【０１０７】
本明細書中で使用する、変調するおよび変調とは、タンパク質などの分子の活性の変化をいう。例示的な活性には、それだけには限定されないが、シグナル伝達およびタンパク質リン酸化などの生物活性が含まれる。変調には、活性の増大（すなわちアップレギュレーション作用活性）、活性の低減（すなわちダウンレギュレーションもしくは阻害）または活性の任意の他の変更（特異性、頻度、期間、速度など）が含まれていることができる。変調は状況に依存する可能性があり、典型的には、変調は指定の状態、たとえば野生型タンパク質、構成的状態のタンパク質、または指定の細胞種もしくは状態において発現されたタンパク質と比較する。
【０１０８】
本明細書中で使用する、阻害するおよび阻害とは、阻害されていない活性に対する生物活性などの活性の低下をいう。
【０１０９】
本明細書中で使用する組成物とは、任意の混合物をいう。これは、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水溶液、非水性溶液、またはその任意の組合せであることができる。
【０１１０】
本明細書中で使用する組合せとは、２つ以上の項目間またはそれにわたる任意の関連性をいう。組合せは、２つの組成物もしくは２つのコレクションなどの２つ以上の個別の項目、２つ以上の項目の単一の混合物などのその混合物、またはその任意の変形であることができる。組合せの要素は、一般に機能的に関連しているまたは関係がある。キットとは、任意選択で組合せもしくはその要素の使用説明書を含み、および／または任意選択でキットを意図する方法で用いる他の試薬および容器および道具および装置を含む、梱包した組合せをいう。
【０１１１】
本明細書中で使用する製薬上の効果とは、疾患もしくは障害の治療またはその症状の寛解を意図した薬剤を投与した際に観察される効果をいう。
【０１１２】
本明細書中で使用する治療とは、状態、障害もしくは疾患の症状または他の徴候が寛解されるか、または他の様式で有益に変更された、任意の様式を意味する。
【０１１３】
本明細書中で使用する治療効果とは、疾患もしくは状態の症状を変化させる、典型的には改善または寛解させる、あるいは疾患または状態を治癒する、対象の治療の結果生じる効果を意味する。治療上有効な量とは、対象に投与した結果として治療効果をもたらす、組成物、分子または化合物の量をいう。
【０１１４】
本明細書中で使用する用語「対象」とは、ヒトなどの哺乳動物を含めた動物をいう。本明細書中で使用する患者とは、ヒト対象をいう。
【０１１５】
本明細書中で使用する活性とは、ポリペプチドなどの生体分子の機能または機能性もしくは変化または相互作用をいう。このような活性の例は、それだけには限定されないが、複合体化、二量体化、多量体化、受容体関連キナーゼの活性または他の酵素活性もしくは触媒活性、受容体関連プロテアーゼの活性、リン酸化、脱リン酸化、自己リン酸化、他の分子と複合体形成する能力、リガンド結合、触媒活性もしくは酵素活性、自己活性化および他のポリペプチドの活性化を含めた活性化、別の分子の機能の阻害もしくは変調、細胞増殖、遊走、分化、および増殖などのシグナル伝達ならびに／または細胞応答の刺激もしくは阻害、分解、膜局在化、膜結合、発癌である。活性は、本明細書中に記載のアッセイによって、それだけには限定されないが、細胞系アッセイを含めたｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ、特定の疾患の動物モデルにおけるアッセイを含めたｉｎ  ｖｉｖｏアッセイを含む、当業者に知られている任意の適切なアッセイによって評価することができる。生物活性とは、ｉｎ  ｖｉｖｏで示された活性をいう。本明細書中の目的では、生物活性とは、本明細書中に提供するポリペプチドによって示された活性のうちの任意のものをいう。
【０１１６】
本明細書中で使用する血管形成病（もしくは血管形成関連病）とは、血管形成のバランスが変更されているまたはそのタイミングが変更されている疾患をいう。血管形成病には、望ましくない血管化などの血管形成の変更が起こるものが含まれる。このような疾患には、それだけには限定されないが、癌、糖尿病性網膜症および他の糖尿病性合併症を含めた細胞増殖性障害、炎症性疾患、子宮内膜症ならびに上述のものを含めた過剰の血管化が疾患プロセスの一部である他の疾患が含まれる。
【０１１７】
本明細書中で使用する複合体化とは、複合体を形成する、２つのタンパク質分子などの２つ以上の分子の相互作用をいう。相互作用は非共有結合および／または共有結合によるものであることができ、それだけには限定されないが、疎水性相互作用および静電気的な相互作用、ファンデルワールス力ならびに水素結合が含まれる。一般に、タンパク質−タンパク質の相互作用には疎水性相互作用および水素結合が関与する。複合体化は、温度、ｐＨ、イオン強度および圧力、ならびにタンパク質濃度などの環境条件によって影響を受けることができる。
【０１１８】
本明細書中で使用する二量体化とは、２つの受容体分子などの２つの同型の分子の相互作用をいう。二量体化には、２つの同一の分子が相互作用するホモ二量体化が含まれる。また、二量体化には、受容体の２つのサブユニットなどの２つの異なる分子のヘテロ二量体化、および２つの異なる受容体分子の二量体化も含まれる。典型的には、二量体化は、それぞれの分子に含まれる二量体化ドメインの相互作用によって互いに相互作用する２つの分子が関与する。
【０１１９】
本明細書中で使用するリガンド拮抗剤とは、リガンドとＣＳＲとの相互作用の結果生じる活性を拮抗する、ＣＳＲの活性アイソフォームをいう。
【０１２０】
本明細書中で使用するｉｎ  ｓｉｌｉｃｏとは、コンピュータを用いて行った研究および実験をいう。Ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ方法には、それだけには限定されないが、分子モデリング研究、生体分子結合実験、ならびに分子構造および／または分子の相互作用などのプロセスの仮想表示が含まれる。
【０１２１】
本明細書中で使用する生体試料とは、生命源もしくはウイルス源または巨大分子および生体分子の他の源から得た任意の試料をいい、核酸もしくはタンパク質または他の巨大分子を得ることができる対象の任意の細胞種あるいは組織が含まれる。生体試料は、生物源から直接得た試料、または加工した試料であることができる。たとえば、増幅された単離した核酸は生体試料を構成する。生体試料には、それだけには限定されないが、血液、血漿、血清、脳脊髄液、潤滑液、尿および汗などの体液、動物および植物由来の組織および器官の試料ならびにそれらに由来する加工した試料が含まれる。また、これには、土壌および水の試料ならびに他の環境試料、ウイルス、細菌、真菌藻類、原虫およびそれらの成分も含まれる。
【０１２２】
本明細書中で使用する巨大分子とは、数百から数百万までの分子量を有する任意の分子をいう。巨大分子には、ペプチド、タンパク質、ヌクレオチド、核酸、および一般に生物によって合成される他のこのような分子が含まれるが、合成によって、または組換え分子生物学方法によって調製することができる。
【０１２３】
本明細書中で使用する生体分子とは、自然に見つかる任意の化合物またはその誘導体である。例示的な生体分子には、それだけには限定されないが：オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、タンパク質、ペプチド、アミノ酸、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、オリゴ糖および単糖が含まれる。
【０１２４】
本明細書中で使用する用語「核酸」とは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）やリボ核酸（ＲＮＡ）などの一本鎖および／または二本鎖のポリヌクレオチド、ならびにＲＮＡもしくはＤＮＡのどちらかの類似体または誘導体をいう。また、用語「核酸」には、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ホスホロチオエートＤＮＡ、ならびに他のこのような類似体および誘導体などの核酸の類似体またはそれらの組合せも含まれる。核酸とは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）およびリボ核酸（ＲＮＡ）などのポリヌクレオチドをいうことができる。また、この用語には、均等物として、ヌクレオチド類似体、一本鎖（センスもしくはアンチセンス）および二本鎖ポリヌクレオチドから作製した、ＲＮＡまたはＤＮＡのどちらかの誘導体、変異体ならびに類似体も含まれる。デオキシリボヌクレオチドには、デオキシアデノシン、デオキシシチジン、デオキシグアノシンおよびデオキシチミジンが含まれる。ＲＮＡでは、ウラシル塩基はウリジンである。
【０１２５】
本明細書中で使用する用語「ポリヌクレオチド」とは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、および、たとえばヌクレオチド類似体またはリン酸ジエステル結合以外の「主鎖」結合、たとえばリン酸トリエステル結合、ホスホラミデート結合、ホスホロチオエート結合、チオエステル結合、もしくはペプチド結合（ペプチド核酸）を含むＤＮＡあるいはＲＮＡ誘導体を含めた、少なくとも２つの連結したヌクレオチドもしくはヌクレオチド誘導体を含むオリゴマーまたはポリマーをいう。また、用語「オリゴヌクレオチド」は、本明細書中では本質的に「ポリヌクレオチド」と同義で用いられるが、当業者は、オリゴヌクレオチド、たとえばＰＣＲプライマーは、一般に約５０〜１００個未満のヌクレオチド長であることを理解されよう。
【０１２６】
ポリヌクレオチドには、ヌクレオチド類似体、たとえばポリヌクレオチドの質量の識別を可能にする質量を改変したヌクレオチド；ポリヌクレオチドの検出を可能にする蛍光、放射性、発光もしくは化学発光標識などの検出可能な標識を含むヌクレオチド；またはポリヌクレオチドを固体担体に固定することを容易にするビオチン基もしくはチオール基などの反応基を含むヌクレオチドが含まれていることができる。また、ポリヌクレオチドは、たとえば化学的に、酵素的に、または光分解によって選択的に切断可能な１つもしくは複数の主鎖結合を含んでいることができる。たとえば、ポリヌクレオチドは、１つまたは複数のデオキシリボヌクレオチド、次いで１つまたは複数のリボヌクレオチドを含んでいることができ、これは次いで１つまたは複数のデオキシリボヌクレオチドを含んでいることができ、このような配列は塩基の加水分解によってリボヌクレオチド配列で切断可能である。また、ポリヌクレオチドは、切断に対して比較的耐性のある１つまたは複数の結合、たとえばキメラオリゴヌクレオチドプライマーを含んでいることもでき、これは、ペプチド核酸結合によって連結されているヌクレオチド、および３’末端にリン酸ジエステル結合または他の適切な結合によって連結されている少なくとも１つのヌクレオチドを含んでいることができ、かつポリメラーゼによって伸長可能である。ペプチドの核酸配列は周知の方法を用いて調製することができる（たとえばＷｅｉｌｅｒ他、Ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：２７９２〜２７９９（１９９７）参照）。
【０１２７】
合成配列および合成遺伝子の文脈において本明細書中で使用する合成とは、組換え方法および／または化学合成方法によって産生される核酸分子をいう。
【０１２８】
本明細書中で使用するオリゴヌクレオチドとは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡなどの核酸類似体、およびそれらの組合せを含むポリマーをいう。本明細書中の目的では、プライマーおよびプローブは一本鎖オリゴヌクレオチドであるか、部分的に一本鎖のオリゴヌクレオチドである。
【０１２９】
本明細書中で使用するプライマーとは、２つ以上、一般には３つを超えるデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、そこからプライマー伸長産物の合成を開始することができるオリゴヌクレオチドをいう。合成を助ける実験条件には、ヌクレオシド三リン酸およびＤＮＡポリメラーゼなどの重合剤や伸長剤の存在、適切な緩衝液、温度、ならびにｐＨが含まれる。
【０１３０】
本明細書中で使用する、組換えＤＮＡ方法を用いた組換え手段による産生とは、クローニングしたＤＮＡによってコードされているタンパク質を発現させるための、分子生物学の周知の方法の使用を意味する。
【０１３１】
核酸分子、オリゴヌクレオチド、ポリペプチドまたは抗体などの分子に関して本明細書中で使用する「単離した」とは、その天然の環境中で見つかるものから人工的に変更されている分子を示す。たとえば、組換え宿主細胞によって産生させたおよび／またはそれ内に含まれる分子は、「単離した」とみなされる。同様に、自然の源または組換え宿主細胞から部分的にもしくは実質的に精製した、あるいは合成方法によって産生した分子は、「単離した」と見なされる。意図する用途に応じて、単離した分子は、動物、細胞もしくはその抽出物中；脱水した形、蒸気、溶液もしくは懸濁液の形；または固体担体上に固定した形などの任意の形態で存在することができる。
【０１３２】
本明細書中で使用する用語「ベクター」とは、核酸分子であって、それに連結している別の核酸を輸送する能力を有する核酸分子をいう。ベクターの一種は、エピソーム、すなわち染色体外複製が可能な核酸である。ベクターには、それが連結している核酸の自律複製および／または発現が可能なものが含まれる。それに動作可能に連結した遺伝子の発現を指揮する能力を有するベクターは、本明細書中では「発現ベクター」と呼ぶ。一般に、発現ベクターは多くの場合、そのベクターの形態では染色体に結合していない、一般に環状の二本鎖ＤＮＡループである「プラスミド」の形態にある。ベクターの最も一般的な形態がプラスミドであるので、「プラスミド」および「ベクター」は互換性があるように使用される。同等の機能を果たし、本明細書ののちに当分野で知られるようになる、発現ベクターの他のこのような形態。
【０１３３】
本明細書中で使用する「トランスジェニック動物」とは、動物の細胞のうちの１つまたは複数が、当分野で周知のトランスジェニック技術などの人の介入によって導入された異種核酸を含む、任意の動物、一般に非ヒト動物、たとえば哺乳動物、鳥または両生類をいう。核酸は、微量注入もしくは組換えウイルスを用いた感染などによる意図的な遺伝子操作によって細胞の前駆体内に導入することにより、直接または間接的に細胞に導入する。この分子は、染色体内に安定に組み込まれる、すなわち染色体の一部として複製されることができるか、または染色体外でＤＮＡを複製することができる。典型的なトランスジェニック動物では、導入遺伝子により、細胞によるタンパク質の組換え型の発現が引き起こされる。
【０１３４】
本明細書中で使用するレポーター遺伝子構築物とは、転写制御配列に動作可能に連結したレポーターをコードしている核酸を含む核酸分子である。レポーター遺伝子の転写はこれらの配列によって制御されている。これらの制御配列のうちの少なくとも１つまたは複数の活性は、細胞表面タンパク質、細胞内のシグナル伝達に関与しているタンパク質もしくは小分子などの別の分子によって直接または間接的に調節されている。転写制御配列には、プロモーター、およびプロモーターの活性を変調するエンハンサー配列またはＲＮＡポリメラーゼの活性もしくは効率を変調する制御配列などの他の調節領域が含まれる。このような配列は、本明細書中で転写制御要素または配列と総称する。さらに、構築物は、結果的に生じるｍＲＮＡの翻訳を変更し、したがってレポーター遺伝子産物の量を変更するヌクレオチドの配列を含んでいることができる。
【０１３５】
本明細書中で使用する「レポーター」または「レポーター部分」とは、細胞によって発現されたタンパク質または生物粒子などの目的分子の検出を可能にする任意の部分をいう。典型的なレポーター部分には、たとえば、赤色、青色および緑色蛍光タンパク質（たとえばウミシイタケ種および他の種由来のＧＦＰを提供するＵ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，２３２，１０７参照）などの蛍光タンパク質、大腸菌由来のｌａｃＺ、アルカリホスファターゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）および他のこのような周知の遺伝子が含まれる。細胞内での発現には、本明細書中で「レポーター遺伝子」と呼ぶ、レポーター部分をコードしている核酸を、目的タンパク質との融合タンパク質として、または目的プロモーターの制御下で、発現させることができる。
【０１３６】
核酸の配列に関して本明細書中で使用する語句「動作可能に連結した」とは、核酸分子またはそのセグメントが、一本鎖または二本鎖の形態のどちらであろうとＤＮＡもしくはＲＮＡなどの一片の核酸へと共有結合されていることを意味する。セグメントは必ずしも連続している必要はなく、むしろ、２つ以上の成分は、成分がその意図される様式で機能することを可能にする関係にあるように並列されている。たとえば、ＲＮＡのセグメント（エクソン）は、スプライシングなどによって動作可能に連結され単一のＲＮＡ分子を形成することができる。別の例では、ＤＮＡセグメントは動作可能に連結されていることができ、ここで、１つのセグメントの制御体上の制御配列あるいは調節配列が、他のセグメント発現もしくは複製または他のそのような制御を可能にする。したがって、レポーターもしくは任意の他のポリヌクレオチドに動作可能に連結した調節領域、または調節領域に動作可能に連結したレポーターもしくは任意のポリヌクレオチドの場合、ポリヌクレオチド／レポーターの発現は調節領域によって影響を受けるまたは制御される（たとえば、増大もしくは減少など、変調または変更される）。遺伝子発現には、ヌクレオチド配列および調節配列は、転写活性化タンパク質などの適切な分子シグナルが調節配列に結合した場合に遺伝子発現が制御されるまたは可能になるように結合されている。ＤＮＡなどの異種核酸と、プロモーター、エンハンサー、転写終結部位や翻訳終結部位、および他のシグナル配列などのヌクレオチドの調節配列ならびにエフェクター配列との動作可能な連結とは、このようなＤＮＡとこのようなヌクレオチドの配列との関係性をいう。たとえば、異種ＤＮＡのプロモーターへの動作可能な連結とは、このようなＤＮＡの転写が、読み枠中のＤＮＡを特異的に認識、結合および転写するＲＮＡポリメラーゼによってプロモーターから開始されるような、ＤＮＡとプロモーターとの物理的な関係性をいう。
【０１３７】
ポリペプチド中のアミノ酸に関して本明細書中で使用する用語「動作可能に連結した」とは、アミノ酸の共有結合（直接または間接）をいう。たとえば、語句「細胞表面受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結した細胞表面受容体の少なくとも１つのドメイン」の文脈中で用いた場合、細胞表面受容体からのドメインのアミノ酸が、結合、典型的にはペプチド結合を介した直接結合などによって、細胞表面受容体の遺伝子からのイントロンによってコードされているアミノ酸と共有結合しているか、またはリンカーまたは非ペプチド結合などを介して間接的にもたらすこともできることを意味する。したがって、細胞表面受容体をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸に動作可能に連結した細胞表面受容体の少なくとも１つのドメインを含むポリペプチドは、イントロン融合タンパク質であることができる。これは、受容体の優性型中には見つからないが、優性型をコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている部分を含んでいる、１つまたは複数のアミノ酸を含む。これら１つまたは複数のアミノ酸は、細胞表面受容体をコードしている遺伝子のイントロン配列によってコードされている。このようなポリペプチドをコードしている核酸は、イントロン配列がスプライシングされた場合、または他の様式で細胞表面受容体のドメインをコードしているエクソン配列とフレーム内で共有結合された場合に産生されることができる。核酸分子の翻訳により、イントロン配列のアミノ酸が細胞表面受容体ドメインに共有結合しているポリペプチドが産生される。また、これらは、エクソンがイントロン部分とは異なる細胞表面受容体アイソフォームの遺伝子によってコードされているキメライントロン融合タンパク質を含めて、エクソンを含む部分とイントロンを含む部分とを連結させることによっても合成して産生することができる。
【０１３８】
アイソフォームおよびイントロン融合タンパク質などのポリペプチドの作製に関して本明細書中で使用する語句「核酸から作製した」には、核酸配列からアミノ酸の配列への翻訳による、文字通りポリペプチド分子の作製およびポリペプチドのアミノ酸配列の作製が含まれる。
【０１３９】
本明細書中で使用するプロモーター領域とは、それが動作可能に連結したＤＮＡの転写を制御する、遺伝子のＤＮＡの一部分をいう。プロモーター領域には、ＲＮＡポリメラーゼによる認識、結合および転写開始に十分なＤＮＡの特異的配列が含まれる。プロモーター領域のこの一部分がプロモーターと呼ばれる。さらに、プロモーター領域には、ＲＮＡポリメラーゼのこの認識、結合および転写開始の活性を変調する配列が含まれる。このような配列は、シス作用性であるか、またはトランス作用性因子に応答性であることができる。プロモーターは、調節の性質に応じて構成的であるか調節されていることができる。
【０１４０】
本明細書中で使用する調節領域とは、動作可能に連結した遺伝子の発現に正または負の影響を与える、シス作用性のヌクレオチド配列を意味する。調節領域には、遺伝子の誘導性の（すなわち転写の増大に物質もしくは刺激を要する）発現をもたらすヌクレオチドの配列が含まれる。誘導物質が存在するか、または濃度が上昇している場合は、遺伝子発現を増大させることができる。また、調節領域には遺伝子発現の抑制（すなわち物質または刺激が転写を減少させる）をもたらす配列が含まれていることもできる。抑制物質が存在するか、または濃度が上昇している場合は、遺伝子発現を減少させることができる。調節領域は、細胞増殖、細胞成長および細胞死、細胞分化ならびに免疫変調を含めた多くのｉｎ  ｖｉｖｏ生物活性に影響を与える、それを変調する、または制御することが知られている。調節領域は典型的には１つまたは複数のトランス作用性タンパク質に結合し、その結果、遺伝子の転写の増大または減少のどちらかがもたらされる。
【０１４１】
遺伝子調節領域の具体例はプロモーターおよびエンハンサーである。プロモーターとは、転写または翻訳開始部位の周辺に位置する、典型的には翻訳開始部位の５’に配置されている配列である。プロモーターは通常、翻訳開始部位の１Ｋｂ以内に位置するが、さらに離れて、たとえば、２Ｋｂ、３Ｋｂ、４Ｋｂ、５Ｋｂ以上、１０Ｋｂを含めてそれ以内に位置することができる。エンハンサーは、遺伝子の５’もしくは３’に配置されている場合、あるいはエクソンもしくはイントロンの中またはその一部に配置されている場合に、遺伝子発現に影響を与えることが知られている。また、エンハンサーは、遺伝子から顕著な距離、たとえば、約３Ｋｂ、５Ｋｂ、７Ｋｂ、１０Ｋｂ、１５Ｋｂ以上の距離でも機能することができる。
【０１４２】
また、調節領域には、プロモーター領域に加えて、翻訳を促進する配列、イントロンのスプライシングシグナル、ｍＲＮＡのフレーム内翻訳を可能にするための遺伝子の正しい読み枠の維持、ストップコドン、リーダー配列および融合パートナー配列、内部リボソーム結合部位（ＩＲＥＳ）、多重遺伝子または多シストロン性メッセージを作製するための要素、目的遺伝子の転写物の正確なポリアデニル化をもたらすためのポリアデニル化シグナルならびにストップコドンが含まれ、任意選択で発現ベクター中に含められていることができる。
【０１４３】
本明細書中で使用する、本明細書中に表わす様々なアミノ酸配列中に出現する「アミノ酸」は、その周知の三文字または一文字の略記に従って同定される（表１参照）。様々なＤＮＡ断片中に出現するヌクレオチドは、当分野で日常的に使用される標準の一文字の名称を用いて指定する。
【０１４４】
本明細書中で使用する「アミノ酸残基」とは、ペプチド結合におけるポリペプチドの化学的消化（加水分解）の際に形成されるアミノ酸をいう。本明細書中に記載のアミノ酸残基は一般に「Ｌ」異性体である。「Ｄ」異性体中の残基で任意のＬ−アミノ酸残基を置き換えることができるが、ただし、所望の機能特性がポリペプチドに保持されてなければならない。ＮＨ２とは、ポリペプチドのアミノ末端に存在する遊離アミノ基をいう。ＣＯＯＨとは、ポリペプチドのカルボキシル末端に存在する遊離カルボキシ基をいう。Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２４３：３５５２〜５９（１９６９）に記載されており、３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．§§１．８２１〜１．８２２で採用された標準のポリペプチド命名法を順守して、アミノ酸残基の略記を表１に示す。
【０１４５】
【表１】
2008506366.tif 000002
【０１４６】
式によって本明細書中に表すアミノ酸残基すべての配列は、アミノ末端からカルボキシル末端への習慣的な方向で、左から右への方向である。さらに、語句「アミノ酸残基」は、対応表に記載のアミノ酸の修飾されたアミノ酸、非天然アミノ酸および異例のアミノ酸が含まれるように定義されている。さらに、アミノ酸残基の配列の始めまたは終わりのダッシュ記号は、１つもしくは複数のアミノ酸残基のさらなる配列、あるいはＮＨ２などのアミノ末端基またはＣＯＯＨなどのカルボキシル末端基へのペプチド結合を示すことに留意されたい。
【０１４７】
ペプチドまたはタンパク質では、アミノ酸の適切な保存的置換は当業者に知られており、一般に、その結果生じる分子の生物活性を変更せずに行うことができる。当業者は、一般に、ポリペプチドの非必須領域中の単一のアミノ酸置換によっては生物活性が実質的に変更されないことを理解されよう（たとえばＷａｔｓｏｎ他、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｅ（遺伝子の分子生物学）、第４版、１９８７、Ｔｈｅ  Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ  Ｐｕｂ．ｃｏ．、ページ２２４参照）。
【０１４８】
このような置換は、以下の表２に記載のものに従って行い得る。
【０１４９】
【表２】
2008506366.tif 000003
【０１５０】
他の置換も許容され、他の知られている保存的または非保存的置換に従って決定することができる。
【０１５１】
本明細書中で使用するペプチド模倣体とは、特定のペプチドの生物活性のある型のコンホメーションおよび特定の立体化学的な特徴を模倣する化合物である。一般に、ペプチド模倣体は、化合物の特定の望ましい特性を模倣するが、生物活性のあるコンホメーションの損失および結合の崩壊をもたらす柔軟性などの望ましくない特性は模倣しないように設計されている。ペプチド模倣体は、望ましくない特性に寄与する特定の基または結合をバイオイソスターで置き換えることによって、生物活性のある化合物から調製することができる。バイオイソスターは当業者に知られている。たとえば、メチレンバイオイソスターＣＨ２Ｓはエンケファリン類似体においてアミドの置換えとして用いられている（たとえばＳｐａｔｏｌａ（１９８３）ページ２６７〜３５７、Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ａｍｉｎｏ  Ａｃｉｄｓ，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（アミノ酸、ペプチド、およびタンパク質の化学および生化学）、Ｗｅｉｎｓｔｅｉｎ編、第７巻、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ参照）。経口投与することができるモルヒネは、ペプチドエンドルフィンのペプチド模倣体化合物である。本明細書中の目的では、ポリペプチドの主鎖を形成する１つまたは複数のペプチド結合がバイオイソスターで置き換えられているポリペプチドはペプチド模倣体である。
【０１５２】
本明細書中で使用する２つのタンパク質または核酸間の「類似度」とは、タンパク質のアミノ酸配列間または核酸のヌクレオチド配列間の関連性をいう。類似度は、残基の配列およびそれに含まれている残基の同一性ならびに／または相同性の度合に基づくことができる。タンパク質間または核酸間の類似度の度合の評価方法は当業者に知られている。たとえば、配列の類似度の評価方法の１つでは、２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を、配列間で最大レベルの同一性をもたらす様式でアラインメントを行う。「同一性」とは、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列が不変である程度をいう。アミノ酸配列のアラインメント、ならびにある程度はヌクレオチド配列のアラインメントには、保存的差異および／またはアミノ酸（もしくはヌクレオチド）の頻繁な置換も考慮することができる。保存的差異とは、関与する残基の物理化学的特性が保たれるものである。アラインメントは、全体的（配列の全長にわたり、すべての残基を含む配列を比較したアラインメント）または局所的（最も類似した領域もしくは複数の領域のみを含む配列の一部分のアラインメント）であることができる。
【０１５３】
「同一性」とは、それ自体で当分野において理解される意味をもち、公開されている技術を用いて計算することができる。（たとえば、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（コンピュータ分子生物学）Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．編、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ（バイオコンピューティング：情報科学およびゲノムプロジェクト）、Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ  Ｉ（配列データのコンピュータ解析、パート１）、Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．およびＧｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．編、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ、１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（分子生物学における配列解析）、ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９８７；ならびにＳｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ（配列解析プライマー）、Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．およびＤｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．編、Ｍ  Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９１参照）。２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド間の同一性を測定するいくつかの方法が存在するが、用語「同一性」は当業者には周知である（Ｃａｒｉｌｌｏ，Ｈ．＆Ｌｉｐｔｏｎ，Ｄ．、ＳＩＡＭ  Ｊ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ、４８：１０７３（１９８８））。
【０１５４】
本明細書中で使用する、別のポリペプチドと比較して、ポリペプチドの完全長に沿って比較した配列同一性とは、その完全長に沿った、ポリペプチド中のアミノ酸の同一性の割合をいう。たとえば、ポリペプチドＡが１００個のアミノ酸を有し、ポリペプチドＢがポリペプチドＡのアミノ酸１〜９５と同一である９５個のアミノ酸を有する場合は、ポリペプチドＢの完全長に比べてポリペプチドＡの完全長に沿って配列同一性を比較した場合にポリペプチドＢは９５％の同一性を有する。下に記載しており、かつ当業者に知られているように、同一性を評価する様々なプログラムおよび方法が当業者に知られている。９０％または９５％の同一性などの高レベルの同一性は、ソフトウェアを用いずに容易に決定することができる。
【０１５５】
本明細書中で使用する（核酸配列および／またはアミノ酸配列に関して）相同的とは、約２５％以上の配列相同性、典型的には２５％、４０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％または９５％以上の配列相同性を意味し、必要な場合は正確な割合を指定することができる。本明細書中の目的では、用語「相同性」および「同一性」は、別段に指定しない限りは多くの場合互換性があるように用いられる。一般に、相同性または同一性の割合を決定するために、最も高い桁数の一致が得られるように配列のアラインメントを行う（たとえば、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（コンピュータ分子生物学）Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．編、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ（バイオコンピューティング：情報科学およびゲノムプロジェクト）、Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ  Ｉ（配列データのコンピュータ解析、パート１）、Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．およびＧｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．編、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ、１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（分子生物学における配列解析）、ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９８７；ならびにＳｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ（配列解析プライマー）、Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．およびＤｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．編、Ｍ  Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９１；Ｃａｒｉｌｌｏ他（１９８８）ＳＩＡＭ  Ｊ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ、４８：１０７３参照）。配列相同性によって、標準のアラインメントアルゴリズムプログラムによって保存されたアミノ酸の数が決定され、これを、それぞれの供給者によって確立されている初期設定のギャップペナルティと共に用いることができる。実質的に相同的な核酸分子は、典型的には、目的核酸の全長に沿って中程度のストリンジェンシーまたは高いストリンジェンシーでハイブリダイズするであろう。また、ハイブリダイズする核酸分子においてコドンの替わりに縮重コドンを含む核酸分子も企図される。
【０１５６】
任意の２つの核酸分子が少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくは９９％「同一である」または「相同的である」ヌクレオチド配列を有するかどうかは、たとえばＰｅａｒｓｏｎ他（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５：２４４４に記載の初期設定パラメータを用いた「ＦＡＳＴ  Ａ」プログラムなどの知られているコンピュータアルゴリズムを用いて決定することができる（他のプログラムにはＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．他、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１２（Ｉ）：３８７（１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ（Ａｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．他、Ｊ  Ｍｏｌｅｃ  Ｂｉｏｌ、２１５：４０３（１９９０）；Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｈｕｇｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ（大コンピュータへの手引き）Ｍａｒｔｉｎ  Ｊ．Ｂｉｓｈｏｐ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、１９９４、およびＣａｒｉｌｌｏ他（１９８８）ＳＩＡＭ  Ｊ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ、４８：１０７３）が含まれる。たとえば、米国バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）データベースのＢＬＡＳＴ機能を用いて同一性を決定することができる。他の市販されているまたは一般に利用可能なプログラムには、ＤＮＡＳｔａｒの「ＭｅｇＡｌｉｇｎ」プログラム（ウィスコンシン州Ｍａｄｉｓｏｎ）およびウィスコンシン大学遺伝子コンピュータグループ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ、ＵＷＧ）の「ギャップ」プログラム（ウィスコンシン州Ｍａｄｉｓｏｎ）が含まれる）。タンパク質および／または核酸分子の相同性もしくは同一性の割合は、たとえば、ギャップコンピュータプログラムを用いて配列情報を比較することによって決定することができる（たとえばＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ（（１９８１）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．、２：４８２））が改良したＮｅｅｄｌｅｍａｎ他（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、４８：４４３。手短に述べると、ギャッププログラムは、類似度を、類似しているアラインメントされた記号（すなわちヌクレオチドまたはアミノ酸）の数を、２つの配列のうちの短い方中の記号の合計数で割り算した数値として定義する。ギャッププログラムの初期設定パラメータには、（１）単項比較マトリクス（同一性には値１、非同一性には０）、およびＳｃｈｗａｒｔｚおよびＤａｙｈｏｆｆ編、ＡＴＬＡＳ  ＯＦ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＳＥＱＵＥＮＣＥ  ＡＮＤ  ＳＴＲＵＣＴＵＲＥ（タンパク質配列および構造のアトラス）、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ、ページ３５３〜３５８（１９７９）に記載のＧｒｉｂｓｋｏｖ他（１９８６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、１４：６７４５の重みつき比較マトリクス；（２）それぞれのギャップに３．０のペナルティおよびそれぞれのギャップ中のそれぞれの記号にさらに０．１０のペナルティ；ならびに（３）末端のギャップにはペナルティなしが含まれていることができる��
【０１５７】
したがって、本明細書中で使用する用語「同一性」または「相同性」とは、試験および基準のポリペプチドまたはポリヌクレオチド間の比較を表す。本明細書中で使用する用語少なくとも「９０％同一である」とは、基準の核酸またはアミノ酸配列に対して９０〜９９．９９の同一性の割合をいう。９０％以上のレベルの同一性は、例示目的で１００個のアミノ酸の長さの試験および基準のポリペプチドを比較したと仮定した場合、試験ポリペプチド中１０％（すなわち１００個のうち１０個）未満のアミノ酸しか基準ポリペプチドのアミノ酸と異ならないという事実の指標である。試験および基準のポリヌクレオチド間で類似の比較を行うことができる。このような差異は、アミノ酸配列の全長にわたるランダムな点突然変異として表れるか、または、これらは最大の許容であるたとえば１０／１００個のアミノ酸の差異（約９０％の同一性）までの様々な長さの１つもしくは複数の位置で集まっていることができる。差異は、核酸もしくはアミノ酸の置換、挿入または欠失として定義される。約８５〜９０％を超える相同性または同一性レベルでは、その結果はプログラムおよびギャップパラメータのセットと独立しているべきであり、このような高レベルの同一性は、多くの場合ソフトウェアに依存しない手動のアラインメントによって容易に評価することができる。
【０１５８】
本明細書中で使用するアラインメントされた配列とは、ヌクレオチドまたはアミノ酸の配列中の対応する位置のアラインメントを行うための相同性（類似度および／または同一性）の使用をいう。典型的には、５０％以上の同一性で関連している２つ以上の配列はアラインメントされている。アラインメントされた配列のセットとは、対応する位置でアラインメントされた２つ以上の配列をいい、ＥＳＴなどのＲＮＡ由来のアラインメントされた配列およびゲノムＤＮＡ配列とアラインメントされた他のｃＤＮＡが含まれていることができる。
【０１５９】
本明細書中で使用する「プライマー」とは、適切な条件下（たとえば４種の異なるヌクレオシド三リン酸およびＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼまたは逆転写酵素などの重合化剤の存在下）で、適切な緩衝液中かつ適切な温度において、鋳型に指揮されるＤＮＡ合成開始点として作用することができる核酸分子をいう。特定の核酸分子が「プローブ」および「プライマー」として役割を果たすことができることは理解されよう。しかし、プライマーは伸長用の３’ヒドロキシル基を有する。プライマーは、たとえば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲ、ＲＮＡ  ＰＣＲ、ＬＣＲ、多重ＰＣＲ、パンハンドル（ｐａｎｈａｎｄｌｅ）ＰＣＲ、捕捉ＰＣＲ、発現ＰＣＲ、３’および５’ＲＡＣＥ、ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＰＣＲ、ライゲーション媒介ＰＣＲおよび他の増幅プロトコルを含めた様々な方法において用いることができる。
【０１６０】
本明細書中で使用する「プライマー対」とは、（たとえばＰＣＲによって）増幅する配列の５’末端とハイブリダイズする５’（上流）プライマーおよび増幅する配列の３’末端の相補体とハイブリダイズする３’（下流）プライマーを含むプライマーの組をいう。
【０１６１】
本明細書中で使用する「特異的にハイブリダイズする」とは、核酸分子（たとえばオリゴヌクレオチド）の標的核酸分子への、相補的な塩基対合によるアニーリングをいう。当業者は、特異的ハイブリダイゼーションに影響を与える、特定分子の長さおよび組成などのｉｎ  ｖｉｔｒｏならびにｉｎ  ｖｉｖｏのパラメータに精通している。特にｉｎ  ｖｉｔｒｏハイブリダイゼーションに関連するパラメータには、アニーリングおよび洗浄温度、緩衝液の組成ならびに塩濃度がさらに含まれる。高ストリンジェンシーにおいて非特異的に結合した核酸分子を除去する例示的な洗浄条件は０．１×ＳＳＰＥ、０．１％のＳＤＳ、６５℃であり、中程度のストリンジェンシーでは０．２×ＳＳＰＥ、０．１％のＳＤＳ、５０℃である。匹敵するストリンジェンシー条件が当分野で知られている。当業者は、特定の用途に適切な、核酸分子と標的核酸分子との特異的ハイブリダイゼーションを成すために、これらのパラメータを容易に調節することができるであろう。
【０１６２】
本明細書中で使用する有効量とは、疾患または障害の症状の予防、治癒、寛解、抑制もしくは部分的抑制に必要な治療剤の量である。
【０１６３】
本明細書中で使用する単位用量とは、ヒトおよび動物対象に適した、当分野で知られているように個別にパッケージングされた、物理的に分離された単位をいう。
【０１６４】
Ｂ．細胞表面受容体（ＣＳＲ）アイソフォーム
本明細書では、細胞表面受容体（ＣＳＲ）アイソフォーム、ＣＳＲアイソフォームのファミリー、およびＣＳＲアイソフォームの調製方法を提供する。ＣＳＲアイソフォームは、挿入および／または欠失が存在し、その結果生じるＣＳＲアイソフォームが同族受容体と比較して１つもしくは複数の活性または機能において差異を示すという点で、同族受容体とは異なる。このような変化には、キナーゼ活性の排除などの生物活性の変化、および／または膜貫通ドメインの全体もしくは一部の排除が含まれる。本明細書中に提供するＣＳＲアイソフォームは、細胞表面受容体の活性を変調するために用いることができる。これらはまた、薬物もしくは毒素または核酸などの分子を、標的細胞または組織へ送達するための標的化剤としても用いることができる。
【０１６５】
ＣＳＲアイソフォームは、受容体の野生型および／または優性型と比較して、新しいドメインを含んでいるおよび／または新しいもしくは異なる生物学的機能を含んでいることができる。たとえば、イントロンにコードされたアミノ酸は、新しいドメインまたはその一部分をアイソフォーム内に導入することができる。変更することができる生物活性には、それだけには限定されないが、二量体化、多量体化および複合体形成などのタンパク質−タンパク質相互作用、リガンドに対する特異性および／または親和性、細胞の局在化および再局在化、膜への固定、キナーゼ活性などの酵素活性、調節タンパク質、補因子、ならびにシグナル伝達経路におけるものなどの他のシグナル伝達分子を含めた調節分子に対する応答が含まれる。
【０１６６】
一般に、生物活性は、受容体の野生型および／または優性型と比較して、アイソフォームにおいて少なくとも０．１、０．５、１、２、３、４、５、または１０倍変更されている。典型的には、生物活性は、１０、２０、５０、１００または１０００倍以上変更されている。たとえば、アイソフォームは生物活性が低下していることができる。
【０１６７】
また、ＣＳＲアイソフォームは受容体の野生型および／または優性型の活性を変調することもできる。たとえば、ＣＳＲアイソフォームは、ＣＳＲアイソフォームと直接または間接的に相互作用して受容体の生物活性を変調することができる。変更することができる生物活性には、それだけには限定されないが、二量体化、多量体化および複合体形成などのタンパク質−タンパク質相互作用、リガンドに対する特異性および／または親和性、細胞の局在化および再局在化、膜への固定、キナーゼ活性などの酵素活性、調節タンパク質、補因子、ならびにシグナル伝達経路におけるものなどの他のシグナル伝達分子を含めた調節分子に対する応答が含まれる。
【０１６８】
ＣＳＲアイソフォームは、細胞表面受容体と直接または間接的に相互作用して、細胞表面受容体の生物活性を変調することなどによって生物学的効果を引き起こすまたはそれに関与することができる。また、ＣＳＲアイソフォームは、細胞表面受容体とは独立して相互作用して、シグナル伝達経路を開始または阻害することなどによって生物学的効果を引き起こすこともできる。たとえば、ＣＳＲアイソフォームは、シグナル伝達経路を開始し、細胞成長を亢進または促進することができる。別の例では、ＣＳＲアイソフォームは、たとえば細胞成長を妨害または阻害することができるシグナル伝達経路を阻害することによって、生物学的効果を引き起こすリガンドとして細胞表面受容体と相互作用することができる。したがって、本明細書中に提供するアイソフォームは、同族リガンドが受容体の活性と相互作用してそれを変更する様式と同じ様式で標的受容体と相互作用するという点で、細胞表面受容体リガンドとして機能することができる。アイソフォームは、必ずしも必要ではないが、リガンドとしてリガンド結合部位と結合して、受容体の二量体化を遮断する役割を果たすことができる。これらは、受容体と相互作用するという点でリガンドとして作用することができる。また、ＣＳＲアイソフォームは、受容体に対するリガンドに結合することによって、および／または二量体化などの受容体活性を防止することによっても作用することができる。
【０１６９】
たとえば、ＣＳＲアイソフォームは、リガンド結合に対してＣＳＲと競合することができる。ＣＳＲアイソフォームは、受容体と結合した場合に、受容体機能の阻害をもたらす負のエフェクターリガンドとなることができる。また、一部のＣＳＲアイソフォームが同族受容体に結合し、受容体の活性化がもたらされる可能性もある。ＣＳＲアイソフォームは、たとえばＣＳＲアイソフォームと複合体形成し、ＣＳＲが他のＣＳＲと多量体化する（たとえば二量体化または三量体化する）能力を変更することによって、ＣＳＲの競合的阻害剤として作用することができる。ＣＳＲアイソフォームは、シグナル伝達経路中の他のポリペプチドおよび補因子との相互作用に対してＣＳＲと競合することができる。本明細書中に提供する細胞表面アイソフォームおよびアイソフォームファミリーには、それだけには限定されないが、受容体チロシンキナーゼのアイソフォーム（本明細書中ではＲＴＫアイソフォームとも呼ぶ）ならびにＴＮＦおよび他のＧタンパク質共役型受容体などの他のＣＳＲファミリーのアイソフォームが含まれる。一例では、ＣＳＲアイソフォームは可溶性ポリペプチドである。たとえば、ＣＳＲアイソフォームは膜貫通ドメインの少なくとも一部または全体を欠いている。可溶性アイソフォームは受容体の野生型または優性型の生物活性を変調することができる（たとえば、Ｋｅｎｄａｌｌ他（１９９３）ＰＮＡＳ、９０：１０７０５、Ｗｅｒｎｅｒ他（１９９２）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．、１２：８２、Ｈｅａｎｅｙ他（１９９５）ＰＮＡＳ、９２：２３６５、Ｆｕｋｕｎａｇａ他（１９９０）ＰＮＡＳ、８７：８７０２、Ｗｙｐｙｃｈ他（１９９５）Ｂｌｏｏｄ、８５：６６〜７３、Ｂａｒｒｏｎ他（１９９４）Ｇｅｎｅ、１４７：２６３、Ｃｈｅｎｇ他（１９９４）Ｓｃｉｅｎｃｅ、２６３：１７５９、Ｄａｓｔｏｔ他（１９９６）ＰＮＡＳ、９３：１０７２３、Ａｂｒａｍｏｖｉｃｈ他（１９９４）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ、３３８：２９５、Ｄｉａｍａｎｔ他（１９９７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ、４１２：３７９、Ｋｕ他（１９９６）Ｂｌｏｏｄ、８８：４１２４、Ｈｅａｎｅｙ  ＭＬおよびＧｏｌｄｅ  ＤＷ（１９９８）、Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  Ｂｉｏｌ．、６４：１３５〜１４６参照）。
【０１７０】
細胞表面受容体アイソフォームは、細胞、組織および生物中で発現されたアイソフォームの単離を含めた当分野で知られている任意の方法によって、組換え方法、ならびにｉｎ  ｓｉｌｉｃｏステップを含む方法、合成方法および当業者に知られている任意の方法によって、産生することができる。受容体チロシンキナーゼのアイソフォームを含めた細胞表面受容体のアイソフォームは、受容体チロシンキナーゼの遺伝子から転写された、選択的スプライシングされたＲＮＡ分子によってコードされていることができる。このようなアイソフォームには、エクソン欠失、エクソン伸長、エクソン切断およびイントロン保持された、選択的スプライシングされたＲＮＡが含まれる。ＣＳＲアイソフォームには、イントロン（または選択的エクソン）によってコードされている配列を含む受容体アイソフォームが含まれ、これはイントロン分裂タンパク質とも呼ばれる。
【０１７１】
１つまたは複数の異なるＣＳＲアイソフォームを含む薬剤組成物を提供する。また、アイソフォームをコードしているベクターを投与することなどの、薬剤組成物を投与するまたはＣＳＲアイソフォームを送達することによる、疾患および状態の治療方法も提供する。投与はｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏで成すことができる。
【０１７２】
ＣＳＲアイソフォームおよびＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子を同定および産生する方法を本明細書中に提供する。また、ＣＳＲアイソフォームを発現、単離および配合する方法も提供する。
【０１７３】
ＣＳＲアイソフォームのクラス
記載のように、ＣＳＲアイソフォームとは、ドメインあるいは受容体の同族の結合していない形態と比較して、生物活性を除去もしくは低下させるまたはそれに正もしくは負の効果を有することを含めた他の方法で変更するために十分なドメインの一部分を欠いているポリペプチドである。また、一部のＣＳＲアイソフォームは、ドメインの獲得もしくは損失の結果、またはさらには単一のアミノ酸置換の結果、完全に新規な機能も有する。ＣＳＲアイソフォームは遺伝子のスプライシング変異体（または組換えの短縮された変異体）を表し、選択的スプライシングによって、または組換えもしくは合成方法によって作製することができる。ＣＳＲアイソフォームは、選択的スプライシングされたＲＮＡによってコードされていることができる。また、ＣＳＲアイソフォームは、組換え方法によって、ならびにｉｎ  ｓｉｌｉｃｏおよび合成の方法を用いることによっても作製することができる。
【０１７４】
典型的には、選択的スプライシングされたＲＮＡから産生したＣＳＲアイソフォームは、遺伝子によってコードされているポリペプチドの優性型ではない。場合によっては、ＣＳＲアイソフォームは、組織特異的もしくは発生段階特異的のポリペプチドであるか、または疾患特異的であることができる（すなわち、組織間または段階間で異なるレベルで発現される、あるいは健常状態と比較して病状において異なるレベルで発現される、あるいはその組織中でのみ、疾患のプロセスもしくは進行の段階またはその間にのみ発現されることができる）。ＣＳＲアイソフォームをコードしていることができる、選択的スプライシングされたＲＮＡの形態には、それだけには限定されないが、エクソン欠失、エクソン保持、エクソン伸長、エクソン切断、およびイントロン保持された、選択的スプライシングされたＲＮＡが含まれる。ＣＳＲアイソフォームには、とりわけイントロン融合タンパク質が含まれる。
【０１７５】
（ａ）ＣＳＲアイソフォームの選択的スプライシングおよび作製
真核生物中の遺伝子には、ＲＮＡポリメラーゼによって、一般にｐｒｅ−ｍＲＮＡと呼ばれるＲＮＡ産物へと転写されるイントロンおよびエクソンが含まれる。Ｐｒｅ−ｍＲＮＡとは、典型的には、ＲＮＡスプライシングおよびプロセッシングによりさらにプロセッシングされて最終的なメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を生じる、中間産物である。典型的には、最終的なｍＲＮＡはエクソン配列を含み、イントロンをスプライシングして除去することによって得られる。イントロンとエクソンとの境界は、スプライス接合点、すなわち、細胞のスプライシング機構にシグナルとして用いられるヌクレオチドの配列およびイントロンを除去してエクソン配列を結合するための基質によって印されている。エクソンが動作可能に連結されて、成熟ＲＮＡ分子を形成する。典型的には、ｍＲＮＡ中の１つまたは複数のエクソンが、ポリペプチドをコードしているオープンリーディングフレームを含む。多くの場合、オープンリーディングフレームは、２つ以上のエクソンを動作可能に連結させることによって作製することができ、たとえば、コード配列はエクソン接合点にまたがることができ、オープンリーディングフレームは接合点にわたって維持される。
【０１７６】
ＲＮＡはまた、選択的スプライシングを受けて、単一の遺伝子から様々な異なるｍＲＮＡ転写物を産生することもできる。選択的スプライシングされたｍＲＮＡは、異なる数および／または配置のエクソンを含んでいることができる。たとえば、１０個のエクソンを有する遺伝子により様々な選択的スプライシングされたｍＲＮＡを作製することができる。一部のｍＲＮＡは１０個のエクソンすべてを含んでいることができ、一部は９、８、７、６、５個などのみを含んでいることができる。さらに、たとえば１０個のうち９個のエクソンの産物が、それぞれが異なるエクソンを欠いている様々なｍＲＮＡのうちの１つであることができる。選択的スプライシングされたｍＲＮＡは、典型的には、優性または野生型をコードしているＲＮＡ中に存在しない追加のエクソンを含んでいることができる。エクソンの付加および欠失には、５’エクソン、３’エクソンおよびＲＮＡ内部のエクソンのそれぞれ付加および欠失が含まれる。また、選択的スプライシングされたＲＮＡ分子には、ＲＮＡに動作可能に連結したまたはその内部への、イントロンもしくはイントロンの一部分の付加も含まれる。たとえば、通常は野生型または優性型をコードしているＲＮＡ中でのスプライシングによって除去されるイントロンが、選択的スプライシングされたＲＮＡ中に存在することができる。イントロンまたはイントロン部分が、ＲＮＡ内の２つのエクソンの間などで動作可能に連結されていることができる。イントロンまたはイントロン部分は、転写物の３’末端などのＲＮＡの一端で動作可能に連結されていることができる。一部の例では、ＲＮＡ内にイントロン配列が存在することにより、イントロン内のポリアデニル化配列に基づいた転写が終結される。
【０１７７】
選択的ＲＮＡスプライシングのパターンは、細胞および組織の型に応じて変化する可能性がある。また、選択的ＲＮＡスプライシングは、生物、細胞の型または組織の型の発生段階によっても調節されることができる。たとえば、ＲＮＡスプライシング酵素およびＲＮＡスプライシングを調節するポリペプチドは、特定の細胞および組織の型中ならびに特定の発生段階において、様々な濃度で存在することができる。場合によっては、特定の酵素または調節ポリペプチドは、特定の細胞もしくは組織の型中または特定の発生段階において存在しない場合がある。このような差異は、細胞もしくは組織の型または段階において様々なＲＮＡスプライシングパターンを生じることができ、これにより、様々なｍＲＮＡ集団が生じる。このような複雑さにより、特定の細胞種または発生段階において適切ないくつかのタンパク質産物が生じることができる。
【０１７８】
選択的スプライシングされたｍＲＮＡにより、様々な異なるポリペプチドを作製することができ、本明細書中ではアイソフォームとも呼ぶ。このようなアイソフォームには、欠失、付加および短縮を有するポリペプチドを含めることができる。たとえば、通常はエクソンによってコードされているオープンリーディングフレームの一部分を選択的スプライシングされたｍＲＮＡにおいて除去することができ、その結果より短いポリペプチドが生じる。アイソフォームは、アミノ酸がＮ末端もしくはＣ末端から除去されていることができ、または欠失は内部的であることができる。アイソフォームは、エクソンを欠失させた結果ドメインまたはドメインの一部分を欠いていることができる。また、選択的スプライシングされたｍＲＮＡにより、追加の配列を有するポリペプチドも作製することができる。たとえば、エクソン中にストップコドンを含むことができ、このエクソンがｍＲＮＡ中に含まれていない場合は、ストップコドンが存在せず、オープンリーディングフレームは下流のエクソンに含まれる配列へと続く。このような例では、追加のオープンリーディングフレーム配列によりポリペプチドに追加のアミノ酸配列が付加され、これには新しいドメインまたはその一部分の付加が含まれる。
【０１７９】
（ｂ）イントロン融合タンパク質
アイソフォームクラスの１つは、イントロン融合タンパク質である。イントロン融合タンパク質とは、ドメインまたは受容体の生物活性を除去もしくは低下させるために十分なドメインの一部分を欠いている、アイソフォームである。さらに、イントロン融合タンパク質は、エクソンによってコードされておらず、エクソンにコードされたアミノ酸に動作可能に連結しており、および／またはＣＳＲ遺伝子によってコードされている野生型もしくは優性型と比較して短縮されている、１つあるいは複数のアミノ酸を含む。典型的には、イントロン融合タンパク質は、ＣＳＲポリペプチドの野生型もしくは優性型をコードしているＲＮＡの対応する配列中には存在しないイントロン融合タンパク質をコードしているＲＮＡ中に、１つまたは複数のストップコドンが存在することによって、短縮されている。アミノ酸および／またはストップコドンの付加の結果、ポリペプチドの野生型または優性型とは大きさおよび配列が異なるイントロン融合タンパク質を生じさせることができる。
【０１８０】
イントロン融合タンパク質は、１つまたは複数の生物活性が改変されている。たとえば、イントロン融合タンパク質におけるアミノ酸の付加により、ポリペプチドの野生型または優性型と比較して生物活性が追加、拡張または改変されることができる。たとえば、イントロンにコードされたアミノ酸配列とタンパク質との融合の結果、新しい機能を有するドメインの付加をもたらすことができる。また、イントロンにコードされたアミノ酸配列とタンパク質との融合は、生物活性を阻害することによって、たとえば二量体化の阻害もしくはキナーゼ活性の阻害などによって、タンパク質の既存の生物活性を変調することもできる。
【０１８１】
イントロン融合タンパク質には、天然およびコンビナトリアルのイントロン融合タンパク質が含まれる。天然のイントロン融合タンパク質は、遺伝子の１つまたは複数のエクソンに動作可能に連結した１つまたは複数のイントロンもしくはその一部分を含む、選択的スプライシングされたＲＮＡによってコードされている。天然のイントロン融合タンパク質は、イントロン配列によってコードされている１つもしくは複数のアミノ酸を含むか、および／あるいは１つもしくは複数のエクソンに動作可能に連結したイントロン配列によってコードされている１つまたは複数のストップコドンの結果短縮されたイントロン融合タンパク質である。コンビナトリアルイントロン融合タンパク質とは、ポリペプチドの野生型または優性型と比較して短縮されているポリペプチドである。典型的には、短縮によりポリペプチドから１つまたは複数のドメインもしくはその一部分が除去される。コンビナトリアルイントロン融合タンパク質は、多くの場合、同じ遺伝子配列由来あるいは関連遺伝子ファミリー中の遺伝子配列由来の天然のイントロン融合タンパク質と同様に１つまたは複数のドメインもしくはその一部分が欠失しているという点で、天然のイントロン融合タンパク質を模倣する。
【０１８２】
ｉ．天然のイントロン融合タンパク質
天然のイントロン融合タンパク質は、イントロン配列ならびにイントロン保持ＲＮＡ分子および一部のエクソン伸長ＲＮＡなどのエクソン配列をｍＲＮＡ内に組み込んだｍＲＮＡを含めた、選択的スプライシングされたｍＲＮＡのクラスから作製する。これには、細胞もしくは組織中に発生してそれから単離することができる変異体、データベース中で同定された変異体、または遺伝子の配列および構造に基づいて合成した変異体のすべてが含まれる。可能かつイントロン由来の１つまたは複数のコドン（ストップコドンのみも含まれる）を含むすべてのスプライシング変異体が天然のイントロン融合タンパク質と見なされる。
【０１８３】
組み込まれたイントロン配列は、１つまたは複数のイントロンもしくはその一部分を含む。このようなｍＲＮＡは、イントロン保持の機構によって生じることができる。たとえば、スプライシング機構によって１つまたは複数のイントロンが除去される前に、ｐｒｅ−ｍＲＮＡが細胞の核から細胞質へと搬出される。場合によっては、スプライス部位は、たとえば細胞タンパク質によって能動的に遮断されて、１つまたは複数のイントロンのスプライシングを防止することができる。
【０１８４】
１つまたは複数のイントロンもしくはその一部分の保持も、本明細書中で天然のイントロン融合タンパク質と呼ぶアイソフォームの作製をもたらすことができる。たとえば、イントロン配列は、ＲＮＡスプライシングによってエクソン配列に動作可能に連結しているオープンリーディングフレームを含むことができる。イントロンにコードされた配列により、ポリペプチドに、たとえばポリペプチドのＮ末端もしくはＣ末端のどちらかまたはポリペプチドの内部に、アミノ酸を付加することができる。一部の例では、イントロン配列は１つまたは複数のストップコドンも含んでいることができる。１つまたは複数のエクソン中のオープンリーディングフレームに動作可能に連結した、イントロンにコードされたストップコドンは、コードされたポリペプチドを終結させることができる。したがって、ストップコドンの結果短縮されているアイソフォームを産生することができる。一部の例では、ｍＲＮＡ中に保持されているイントロンは、オープンリーディングフレームに１つまたは複数のアミノ酸およびストップコドンの付加をもたらすことができ、これにより、イントロンにコードされた配列で終結されるアイソフォームが産生される。
【０１８５】
本明細書では、イントロンによってコードされているドメインまたはドメイン部分を付加したイントロン融合タンパク質、および１つまたは複数のドメインもしくはドメインの部分が欠失しているイントロン融合タンパク質を含めた、イントロン保持によって作製することができる天然のイントロン融合タンパク質を提供する。たとえば、イントロン配列が、典型的には遺伝子のｍＲＮＡ中にあるエクソン配列の代わりに動作可能に連結していることができる。したがって、エクソンによってコードされているメインもしくはその一部分が欠失しており、イントロンにコードされたアミノ酸がコードされたポリペプチドに含まれる。
【０１８６】
別の例では、典型的に存在するｍＲＮＡ中のエクソンに加えて、イントロン配列が動作可能に連結している。一例では、動作可能に連結したイントロン配列により、ストップコドンをフレーム内で、ポリペプチドをコードしているエクソン配列と共に導入することができる。別の例では、動作可能に連結したイントロン配列により、１つまたは複数のアミノ酸をポリペプチド内に導入することができる。一部の実施形態では、フレーム内ストップコドンもポリペプチドをコードしているエクソン配列に動作可能に連結しており、これにより、イントロンにコードされたアミノ酸をＣ末端に有する、ポリペプチドをコードしているｍＲＮＡが作製される。
【０１８７】
天然のイントロン融合タンパク質の一例では、イントロン配列によってコードされている１つまたは複数のアミノ酸がポリペプチドのＣ末端に動作可能に連結している。たとえば、イントロン融合タンパク質は、ＲＮＡの５’末端に１つまたは複数のエクソン配列を含み、次いでＲＮＡの３’末端に１つまたは複数のイントロン配列もしくはイントロンの一部分配列が保たれている核酸配列から作製される。このような核酸から産生したイントロン融合タンパク質は、エクソンにコードされたアミノ酸をＮ末端に含み、イントロン配列によってコードされている１つまたは複数のアミノ酸をＣ末端に含む。別の例では、イントロン融合タンパク質は、イントロン配列中にコードされているストップコドンを１つまたは複数のエクソン配列に動作可能に連結させて、短縮ポリペプチドをコードしている核酸配列を作製することによって、核酸から作製する。
【０１８８】
ｉｉ．コンビナトリアルイントロン融合タンパク質
イントロン融合タンパク質は、ポリペプチドの野生型もしくは優性型と比較して修飾されているポリペプチドを産生するための組換え方法ならびに／またはｉｎ  ｓｉｌｉｃｏおよび合成方法によっても作製することができる。典型的には、コンビナトリアルイントロン融合タンパク質は、野生型または優性型と比較して短縮されたポリペプチドである。短縮により、１つまたは複数のドメインもしくはその一部分を除去することができる。
【０１８９】
コンビナトリアルイントロン融合タンパク質は、同じ遺伝子配列由来もしくは関連遺伝子ファミリー中の遺伝子配列由来の天然のイントロン融合タンパク質中で欠失している１つあるいは複数のドメインまたはその一部分が欠失しているという点で、いわゆる天然のイントロン融合タンパク質を模倣している。たとえば、本明細書中でさらに説明するように、遺伝子ファミリーメンバーの配列アラインメントを行うことによって、イントロンおよびエクソン、構造およびコードされたタンパク質ドメインを核酸中で同定することができる。１つまたは複数のエクソンおよびイントロンまたはその一部分を含む、ポリペプチドをコードしている組換え核酸分子を合成することができる。このような組換え分子は、イントロンによってコードされており、エクソンに動作可能に連結しており、イントロン融合タンパク質を産生する、１つもしくは複数のアミノ酸および／またはストップコドンを含んでいることができる。また、コンビナトリアルイントロン融合タンパク質を含む組換えポリペプチドも産生することができる。この方法の一部として、モチーフ走査を用いて潜在的な免疫原性エピトープを認識し、保存的アミノ酸置換またはペグ化などの当分野で周知の他の修飾によって修飾することができる。一般に、最適化された薬物動態学を達成するまたは免疫原性回避するために、任意の治療的イントロン融合タンパク質を同様に修飾することができる。
【０１９０】
（ｃ）イントロンにコードされたアイソフォーム
別のＣＳＲアイソフォームは、イントロンにコードされたアイソフォームである。イントロンにコードされたアイソフォームは、天然のイントロン融合タンパク質などの、アイソフォーム由来のイントロン配列またはその一部分を含む。イントロンにコードされたアイソフォームは、イントロンにコードされたアイソフォームと同じ遺伝子から産生したポリペプチドの野生型または優性型と相互作用することができる。イントロンにコードされたアイソフォームは、イントロンにコードされたアイソフォームと同じ遺伝子から産生したポリペプチドの野生型または優性型と相互作用する、シグナル伝達経路内の分子と相互作用することができる。イントロンにコードされたアイソフォームは、エクソンにコードされた配列との融合として発現または産生させることができる。イントロンにコードされたアイソフォームは、開始メチオニンなどの異種配列との融合として発現または産生させることができる。ストップコドンは、イントロンにコードされたアイソフォームがイントロン配列の内部またはその末端で終結されるように、コードしている核酸分子中で操作されていることができる。
【０１９１】
（ｄ）エクソンの修飾によって作製したアイソフォーム
ＣＳＲアイソフォームは、ＣＳＲポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡの対応するエクソンに対してエクソンの修飾を行うことによって作製することができる。エクソンの修飾には、エクソン切断、エクソン伸長、エクソン欠失およびエクソン挿入などの選択的スプライシングされたＲＮＡの形態が含まれる。このような選択的スプライシングされたＲＮＡ分子は、追加のアミノ酸を含むことによって、および／またはＣＳＲポリペプチドの野生型もしくは優性型中に存在するアミノ酸配列を欠いていることによって、ＣＳＲポリペプチドの野生型あるいは優性型とは異なるＣＳＲアイソフォームをコードしていることができる。
【０１９２】
エクソン挿入とは、典型的にはポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ中に存在しない少なくとも１つのエクソンを含む、選択的スプライシングされたＲＮＡ分子である。挿入されたエクソンは、挿入されたエクソンによってコードされている追加のアミノ酸を、ＲＮＡ中に存在する他のエクソンに動作可能に連結させることができる。また、挿入されたエクソンは、ストップコドンの結果ＲＮＡにコードされたポリペプチドの終結がもたらされるように、１つまたは複数のストップコドンを含んでいることもできる。このようなストップコドンを含むエクソンを、ポリペプチドの野生型または優性型のポリペプチド終結に用いられるストップコドンを含むエクソンの上流に挿入した場合に、短縮ポリペプチドを産生することができる。
【０１９３】
挿入されたエクソンは、エクソンが挿入された場合に、ＲＮＡが、挿入されたエクソンによってコードされている追加のアミノ酸を有するポリペプチドの野生型または優性型のアミノ酸配列を含むアイソフォームをコードしているように、オープンリーディングフレームを維持していることができる。挿入されるエクソンは、挿入されるエクソンによってコードされている追加のアミノ酸がアイソフォームのＮ末端、Ｃ末端または内部に連結されているように、それぞれ５’、３’またはＲＮＡ内部に挿入することができる。また、挿入されたエクソンは、ポリペプチドの野生型または優性型中のアミノ酸の配列の一部分のみを含むアイソフォームが産生されるように、それを挿入するＲＮＡの読み枠を変化させることもできる。このようなアイソフォームは、挿入されたエクソンによってコードされているアミノ酸配列をさらに含んでいることができ、また、挿入されたエクソン中に含まれるストップコドンの結果は終結されることもできる。
【０１９４】
ＣＳＲアイソフォームは、エクソン欠失現象からも産生することができる。エクソン欠失とは、ポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡと比較して少なくとも１つのエクソンを欠いている核酸分子が産生される、選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。エクソンの欠失により、たとえばアミノ酸をコードしている配列を除去することによって、およびポリペプチドをコードしているＲＮＡの読み枠を変えることによって、代替の大きさのポリペプチドを産生することができる。エクソン欠失によりコードされたポリペプチドから１つまたは複数のアミノ酸を除去することができ、そのようなアミノ酸は、ＲＮＡ配列中におけるエクソンの位置に応じてポリペプチドのＮ末端、Ｃ末端またはその内部であることができる。また、ＲＮＡ中におけるエクソンの欠失は、ポリペプチドの野生型または優性型中に存在しない１つもしくは複数のアミノ酸を含むアイソフォームが産生されるように、読み枠にシフトを生じさせることもできる。また、読み枠中のシフトは読み枠中にストップコドンをもたらす場合もあり、これにより、ポリペプチドの野生型または優性型とは異なる配列で終結されるアイソフォームが産生される。一例では、読み枠のシフトにより、ポリペプチドの野生型または優性型と比較して短縮されているアイソフォームが産生される。また、このような短縮アイソフォームは、ポリペプチドの野生型または優性型中には存在しないアミノ酸の配列を含んでいることもできる。
【０１９５】
また、ＣＳＲアイソフォームは、ＲＮＡ中におけるエクソン伸長によっても産生することができる。エクソン伸長とは、ポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ中の対応するエクソンよりも長い少なくとも１つのエクソン（エクソン中に含まれるヌクレオチド数が多い）を含む核酸分子を産生させる、選択的ＲＮＡスプライシングの現象をいう。エクソン伸長に含まれる追加の配列は、追加のアミノ酸をコードしていることができる、および／またはポリペプチドを終結させるストップコドンを含んでいることができる。フレーム内にストップコドンを含むエクソン挿入は、エクソン伸長の配列中で終結する短縮アイソフォームを産生させることができる。また、エクソン挿入はＲＮＡの読み枠をシフトさせることもでき、これにより、ポリペプチドの野生型または優性型中に存在しない１つもしくは複数のアミノ酸を含むアイソフォーム、および／またはポリペプチドの野生型または優性型とは異なる配列で終結するアイソフォームが生じる。エクソン伸長は、ポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡのイントロン中に含まれる配列を含んでいることができ、したがってイントロン融合タンパク質を産生することができる。
【０１９６】
また、ＣＳＲアイソフォームは、エクソン切断によっても産生される。エクソン切断とは、１つもしくは複数のエクソンがポリペプチドの野生型または優性型をコードしているＲＮＡ中の対応するエクソンよりも短い（ヌクレオチド数が少ない）ように１つもしくは複数のエクソンの短縮を含む、ＲＮＡ分子である。エクソン切断を有するＲＮＡ分子は、ポリペプチドの野生型または優性型と比較して短縮されているポリペプチドを産生させることができる。また、エクソン切断は、ポリペプチドの野生型または優性型中に存在しない１つもしくは複数のアミノ酸を含むアイソフォームが産生されるように、読み枠中にシフトを生じさせることもできる。また、読み枠中のシフトは読み枠中にストップコドンを生じさせる場合もあり、ポリペプチドの野生型または優性型とは異なる配列で終結されるアイソフォームが産生される。
【０１９７】
エクソンの修飾を含めた選択的スプライシングされたＲＮＡ分子により、ドメインまたは生物活性を低下させるもしくは除去するために十分なその一部分を欠いているＣＳＲアイソフォームを産生することができる。たとえば、エクソンを修飾したＲＮＡ分子は、ドメインもしくはその一部分を欠いている短縮ＣＳＲポリペプチドをコードしていることができる。また、エクソンを修飾したＲＮＡ分子は、ドメインが、挿入したアミノ酸によって、および／またはポリペプチドの野生型または優性型中に存在しない１つもしくは複数のアミノ酸でドメインを中断する読み枠中のシフトによって中断されているポリペプチドをコードしていることもできる。
【０１９８】
Ｃ．受容体チロシンキナーゼのアイソフォーム
本明細書中に提供するＣＳＲアイソフォームには、受容体チロシンキナーゼイントロン融合タンパク質を含めた受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）のアイソフォームが含まれる。受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）とは、構造的に関連している成長因子受容体の大ファミリーである。ＲＴＫは、細胞成長、分化、代謝および細胞遊走を含めた細胞プロセスに関与している。また、ＲＴＫは、細胞増殖、分化および細胞運命の決定に関与していることも知られている。ファミリーのメンバーには、それだけには限定されないが、表皮成長因子（ＥＧＦ）受容体、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）受容体、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）受容体、インスリン様成長因子（ＩＧＦ）受容体、神経成長因子（ＮＧＦ）受容体、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）受容体、エフリンに対する受容体（Ｅｐｈと呼ぶ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）受容体（ＭＥＴと呼ぶ）、ＴＥＫ／Ｔｉｅ−２（アンジオポイエチン−１に対する受容体）、ジスコイジンドメイン受容体（ＤＤＲ）およびＴｙｒｏ３／Ａｘ１などの他のものが含まれる。
【０１９９】
本明細書では、ＲＴＫのドメインまたはＲＴＫの生物活性を除去するもしくは低下させるために十分なドメインの一部分を欠いているように、ＲＴＫのドメインをもう１つ修飾したＲＴＫアイソフォームを提供する。また、短縮および／またはアミノ酸をもう１つ付加することなどによってＲＴＫ配列の１つもしくは複数のアミノ酸を修飾したＲＴＫアイソフォームも提供する。追加のアミノ酸により、新しいドメインまたはその一部分を追加することができる。ＲＴＫアイソフォームは、それだけには限定されないが、二量体化、キナーゼ活性、シグナル伝達、リガンド結合、膜会合および膜局在化を含めた生物活性について改変することができる。また、ＲＴＫアイソフォームはＲＴＫの生物活性も変調することができる。
【０２００】
１．ＲＴＫのドメインおよび生物活性
ＲＴＫは、細胞外ドメイン、膜にまたがる（膜貫通）ドメインおよび細胞内チロシンキナーゼドメインを含めた保存されたドメイン構造を有する。細胞外ドメインは、ポリペプチド成長因子または細胞膜に会合した分子などのリガンドと結合することができる。一部のＲＴＫは、同定したリガンドを有さないオーファン受容体として分類されている。一部のＲＴＫは、リガンド結合なしで活性を有する構成的ＲＴＫとして分類されている。
【０２０１】
典型的には、ＲＴＫの二量体化により受容体の触媒チロシンキナーゼドメインが活性化され、次いでシグナル伝達における活性が活性化される。ＲＴＫはホモ二量体またはヘテロ二量体であることができる。たとえば、ＰＤＧＦは、αおよびβサブユニットからなるヘテロ二量体である。ＶＥＧＦ受容体はホモ二量体である。ＥＧＦ受容体は、ヘテロ二量体またはホモ二量体のどちらかであることができる。別の例では、ＥｒｂＢ３は、リガンドであるヘレグリンの存在下で、ＥｒｂＢ２およびＥｒｂＢ３などのＥｒｂＢファミリー（ＥＧＦＲファミリー）の他のメンバーとヘテロ二量体化する。多くのＲＴＫは、二量体化した際にサブユニット間のリン酸転移などによって自己リン酸化する能力を有する。キナーゼドメインの自己リン酸化によりチロシンキナーゼドメインが活性状態に維持される。タンパク質の他の領域における自己リン酸化は、受容体と他の細胞タンパク質との相互作用に影響を与える場合がある。
【０２０２】
ＲＴＫはシグナル伝達経路において相互作用する。たとえば、ＲＴＫは、活性化された場合に他のシグナル伝達分子をリン酸化することができる。たとえば、ＥＧＦＲは、増殖、脱分化、アポトーシス、細胞遊走および血管形成を含めたプロセスに関与するシグナル伝達経路において相互作用する。ＥＧＦＲファミリーメンバーは、タンパク質：タンパク質相互作用を介してシグナル伝達分子を動員することができ、一部の相互作用はシグナル伝達分子と受容体上のチロシンリン酸化部位との特異的結合を含む。たとえば、Ｇｒｂ２／Ｓｏｓ複合体はＥＧＦＲ上のホスホチロシン部位に結合することができ、これは立ち代ってＲａｓ／Ｒａｆ／ＭＡＰＫシグナル伝達カスケードを活性化し、さらにこれは細胞増殖、遊走および分化に影響を与える。他の例示的なシグナル伝達分子には、他のＲＴＫ、Ｇ−共役型受容体、インテグリン、ホスホリパーゼＣ、Ｃａ２＋／カルモジュリン依存性キナーゼ、転写活性化剤、サイトカインおよび他のキナーゼが含まれる。
【０２０３】
２．受容体チロシンキナーゼのアイソフォーム
ＲＴＫアイソフォームは、受容体チロシンキナーゼのドメインまたはドメインの一部分を欠いている。したがって、ＲＴＫアイソフォームは、１つまたは複数の生物活性においてその同族ＲＴＫと異なる。さらに、ＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫと直接または間接的に相互作用することなどによってＲＴＫの生物活性を変調することができる。生物活性には、それだけには限定されないが、二量体化、多量体化および複合体形成などのタンパク質−タンパク質相互作用、リガンドに対する特異性および／または親和性、細胞の局在化および再局在化、膜への固定、キナーゼ活性などの酵素活性、調節タンパク質、補因子、ならびにシグナル伝達経路におけるものなどの他のシグナル伝達分子を含めた調節分子に対する応答が含まれる。
【０２０４】
ＲＴＫアイソフォームの構造および活性
一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームはキナーゼドメインが修飾されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームはキナーゼドメインまたはその一部分の欠失を含む。欠失はドメイン全体の欠失である必要はなく、ドメイン内の１つまたは複数のアミノ酸だけが欠失していることができる。欠失は、キナーゼドメインのＮ末端、Ｃ末端またはドメイン内部であることができる。別の例では、ＲＴＫアイソフォームはキナーゼドメイン中のアミノ酸の付加を含む。アミノ酸の付加は、ドメインのＮ末端、Ｃ末端またはキナーゼドメイン内部の任意の箇所であることができる。
【０２０５】
実施形態の一態様では、ＲＴＫアイソフォームのキナーゼ活性が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームのキナーゼ活性が低下しているまたは排除されている。一例では、ＲＴＫアイソフォームのキナーゼ活性の基質特異性が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは自己リン酸化する能力を有するが、シグナル伝達経路中のポリペプチドなどの他のポリペプチドをリン酸化することはできない。別の例では、ＲＴＫアイソフォームは他のポリペプチドをリン酸化するが、自己リン酸化する能力を有さない。ＲＴＫアイソフォームのキナーゼ活性は、活性が亢進されていることができる。ＲＴＫアイソフォームのキナーゼ活性は、その調節において変更されることができる。たとえば、キナーゼ活性は構成的に活性であるか、または構成的に不活性である、たとえば、リガンドの追加によって、受容体の二量体化によって、タンパク質：タンパク質相互作用などを介した複合体化によって、および／または自己リン酸化によって調節されない場合がある。
【０２０６】
一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームは膜貫通ドメインが修飾されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは膜貫通ドメインまたはその一部分の欠失を含む。欠失は、膜貫通ドメインのＮ末端、Ｃ末端またはドメイン内部であることができる。別の例では、ＲＴＫアイソフォームは膜貫通ドメイン中のアミノ酸の付加を含む。アミノ酸の付加は、ドメインのＮ末端、Ｃ末端または膜貫通ドメイン内部の任意の箇所であることができる。
【０２０７】
実施形態の一態様では、ＲＴＫアイソフォームの膜会合および／または局在化が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫの野生型または優性型が膜局在性であるのに対して可溶性タンパク質であることができる（たとえば膜局在性でない）。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、細胞外へ分泌されるか、または細胞質中もしくは細胞オルガネラ内部に局在することができる。ＲＴＫアイソフォームは、その膜局在化において変更されることができる。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは細胞オルガネラの膜などの内部膜と会合することができるが、細胞質膜と会合することはできない。ＲＴＫアイソフォームは、膜会合したタンパク質の割合が変更されているように、膜とのその会合を低下させることができる；たとえば、タンパク質の一部は可溶性であり、一部は膜会合している。また、ＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫの野生型または優性型の配向と比較した、膜に対するもしくは膜内の配向において変更されていることができる。たとえば、ポリペプチドのいくつかを膜内に包埋することができる。ポリペプチドのいくつかは、細胞膜のどちら側とも会合することができる。たとえば、ＲＴＫの野生型または優性型と比較してＲＴＫアイソフォームのより多くが細胞質内もしくは細胞外で見つかるように、配向を変更することができる。
【０２０８】
一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームは、その二量体化活性が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームはホモ二量体化するが（すなわちＲＴＫアイソフォーム：ＲＴＫアイソフォーム複合体）、同じ遺伝子由来のＲＴＫの野生型もしくは優性型とはヘテロ二量体化しないか、またはヘテロ二量体化が低下している。別の例では、ＲＴＫアイソフォームはそれ自身とホモ二量体化しないか、あるいはホモ二量体化活性が低下しているが、同じ遺伝子もしくは異なる遺伝子由来のＲＴＫの野生型または優性型とヘテロ二量体化することができる。別の例では、ＲＴＫアイソフォームは、他の遺伝子由来のＲＴＫとのヘテロ二量体化が低下しているが、同じ遺伝子由来のＲＴＫとヘテロ二量体化する。
【０２０９】
一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームは、そのシグナル伝達活性が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、シグナル伝達経路中の他の細胞タンパク質または補因子とのその会合が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、それだけには限定されないが、別のＲＴＫ、Ｇ−共役型受容体、インテグリン、ホスホリパーゼＣ、Ｃａ２＋／カルモジュリン依存性キナーゼ、転写活性化剤または調節剤、サイトカインおよび別のキナーゼとの相互作用などの相互作用が変更されている。別の例では、ＲＴＫアイソフォームはＲＴＫのシグナル伝達を変更する。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫと相互作用し、ＲＴＫによるシグナル伝達を阻害または刺激することなどによってシグナル伝達におけるその活性を変更する。
【０２１０】
一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームは、２つ以上の生物活性が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、キナーゼ活性および膜会合が変更されている。別の例では、ＲＴＫアイソフォームは、キナーゼ活性および二量体化が変更されている。さらに別の例では、ＲＴＫアイソフォームは、キナーゼ活性、二量体化および膜会合が変更されている。たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、キナーゼドメインおよび膜貫通ドメインが修飾されている。別の例では、アミノ酸の付加または挿入は、キナーゼドメインおよび膜貫通ドメインを中断する。別の実施形態では、ＲＴＫアイソフォームは、ドメイン接合点またはドメインのアミノ酸直鎖状配列の外側で修飾されており、修飾により、キナーゼドメインもしくは膜貫通ドメインなどのドメインの三次元構造などの構造が変更される。
【０２１１】
ＲＴＫアイソフォームによるＲＴＫの変調
ＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫと直接もしくは間接的に相互作用することなどによってＲＴＫの生物活性を変調または変更することができる。生物活性には、それだけには限定されないが、二量体化、多量体化および複合体形成などのタンパク質−タンパク質相互作用、リガンドに対する特異性および／または親和性、細胞の局在化および再局在化、膜への固定、キナーゼ活性などの酵素活性、調節タンパク質、補因子、ならびにシグナル伝達経路におけるものなどの他のシグナル伝達分子を含めた調節分子に対する応答が含まれる。一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームとＲＴＫとの相互作用は、ＲＴＫの生物活性を阻害する。別の実施形態では、ＲＴＫアイソフォームとＲＴＫとの相互作用は、ＲＴＫの生物活性を刺激する。
【０２１２】
たとえば、ＲＴＫアイソフォームは、リガンド結合についてＲＴＫと競合する。ＲＴＫアイソフォームは、遊離リガンドを除去することによってＲＴＫの活性を調節または変調する「リガンドスポンジ」として用いることができる。別の例では、ＲＴＫアイソフォームは、たとえばトランス自己リン酸化を防止することによってＲＴＫとヘテロ二量体化または複合体形成させた場合に、負に作用するリガンドとして作用する。プロテインキナーゼドメイン、またはキナーゼ活性を変更するために十分なその一部分を欠いているＲＴＫアイソフォームは、トランス優性の様式でＲＴＫの活性化を阻害することができる。
【０２１３】
一実施形態では、ＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫの二量体化の競合的阻害剤として作用する。たとえば、ＲＴＫアイソフォームはＲＴＫと相互作用し、そのＲＴＫがホモ二量体化またはヘテロ二量体化することを防止する。受容体の二量体化を阻害するアイソフォームは、受容体と複合体形成して下流のシグナル伝達としての受容体活性化を阻害することなどによって、下流のシグナル伝達経路を変調することができる。また、ＲＴＫアイソフォームは、シグナル伝達経路中の他のポリペプチドおよび補因子との相互作用についてＲＴＫと直接競合することによって、ＲＴＫの競合的阻害剤としても作用する。
【０２１４】
Ｄ．ＴＮＦＲアイソフォーム
本明細書中に提供するＣＳＲアイソフォームには、腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）のアイソフォームが含まれる。ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲ受容体のドメインまたはドメインの一部分を欠いている。したがって、ＴＮＦＲアイソフォームは、１つまたは複数の生物活性においてその同族ＴＮＦＲと異なる。さらに、ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲと直接または間接的に相互作用することなどによってＴＮＦＲの生物活性を変調することができる。生物活性には、それだけには限定されないが、三量体化、多量体化および複合体形成などのタンパク質−タンパク質相互作用、リガンドに対する特異性および／または親和性、細胞の局在化および再局在化、膜への固定、調節タンパク質、補因子、ならびにシグナル伝達経路におけるものなどの他のシグナル伝達分子を含めた調節分子に対する応答が含まれる。
【０２１５】
１．ＴＮＦＲのドメインおよび生物活性
ＴＮＦリガンドおよび受容体ファミリーは、細胞の分化、活性化、および生存度に関与するものを含めた様々なシグナル伝達経路を調節する。ＴＮＦＲは、特徴的な反復性かつ細胞外のシステインに富んだモチーフおよびＴＮＦＲファミリーのメンバー間で異なる可変性の細胞内ドメインを有する。ＴＮＦＲ受容体ファミリーには、それだけには限定されないが、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＴＮＦＲｒｐ、低親和性の神経成長因子受容体、Ｆａｓ抗原、ＣＤ４０、ＣＤ２７、ＣＤ３０、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、およびヘルペスウイルス侵入媒介物質（ＨＶＥＭ）が含まれる。ＴＮＦＲに対するリガンドには、ＴＮＦ−α、リンフォトキシン、神経成長因子、Ｆａｓリガンド、ＣＤ４０リガンド、ＣＤ２７リガンド、ＣＤ３０リガンド、４−１ＢＢリガンド、ＯＸ４０リガンド、ＡＰＯ３リガンド、ＴＲＡＩＬおよびＬＩＧＨＴが含まれる。ＴＮＦＲには、シグナル伝達に関与する、リガンド結合ドメインを含めた細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインが含まれる。これらの受容体には名称がある。たとえば、ＴＮＦＲ１はｐ５５またはｐ６０とも呼ばれ、ＴＮＦＲ２はｐ７５またはｐ８０とも呼ばれる。ＴＮＦＲは、典型的には細胞表面で三量体化する三量体タンパク質である。三量体化はＴＮＦＲの生物活性に重要である。
【０２１６】
ＴＮＦＲは、システインに富んだモチーフを有する特徴的な細胞外ドメインを有する。細胞外ドメインにはリガンド結合ドメインが含まれる。典型的には、それぞれのＴＮＦＲメンバーが個別のリガンドと結合する。ＴＮＦＲ１とＴＮＦＲ２およびＤＲ４とＤＲ５などの少数の受容体は、重複するリガンド特異性を有する。また、ＴＮＦＲは三量体化する。三量体化は、リガンドの相互作用によって誘導することができる。また、ＴＮＦＲリガンドは三量体であることもできる。一部のＴＮＦＲは、タンパク質分解によりプロセッシングされて、受容体の分泌された型を産生することができる。また、分泌された型も三量体化し、リガンド結合、受容体の膜結合した型との相互作用、および受容体の膜結合した型の阻害などの特定の生物活性を保っている。
【０２１７】
ＴＮＦＲは、シグナル伝達を始動することができる。たとえば、ＴＮＦＲ１は、アポトーシスに関与する細胞内経路を活性化させる。ＴＮＦＲ１は、ＴＮＦリガンドと結合した際に三量体化する。三量体化は、受容体のデスドメインの会合を誘導する。ＴＲＡＤＤ、ＴＲＡＦ−２、ＦＡＤＤおよびＲＩＰなどのアダプタータンパク質も受容体と会合する。ＴＲＡＦ−２およびＲＩＰの会合は、キナーゼカスケードを含めたＮＦ−κＢおよびＪＮＫ／ＡＰ−１経路を活性化させる。ＦＡＤＤの会合は、カスパーゼカスケードおよびそれに次ぐアポトーシスを活性化させる。
【０２１８】
２．ＴＮＦＲアイソフォームの構造および活性
一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、膜貫通ドメインが修飾されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは膜貫通ドメインまたはその一部分の欠失を含む。欠失は膜貫通ドメインのＮ末端、Ｃ末端またはドメイン内部であることができる。別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームは、膜貫通ドメイン中のアミノ酸の付加を含む。アミノ酸の付加は、ドメインのＮ末端、Ｃ末端または膜貫通ドメイン内部の任意の箇所であることができる。
【０２１９】
実施形態の一態様では、ＴＮＦＲアイソフォームの膜会合および／または局在化が変更されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲの野生型または優性型が膜局在性であるのに対して可溶性タンパク質であることができる（たとえば膜局在性でない）。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、細胞外へ分泌されるか、または細胞質中もしくは細胞オルガネラ内部に局在することができる。ＴＮＦＲアイソフォームは、その膜局在化において変更されることができる。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは細胞オルガネラの膜などの内部膜と会合することができるが、細胞質膜と会合することはできない。ＴＮＦＲアイソフォームは、膜会合したタンパク質の割合が変更されているように、膜とのその会合を低下させることができる；たとえば、タンパク質の一部は可溶性であり、一部は膜会合している。また、ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲの野生型または優性型の配向と比較した、膜に対するもしくは膜内の配向において変更されていることができる。たとえば、ポリペプチドのいくつかを膜内に包埋することができる。ポリペプチドのいくつかは、細胞膜のどちら側とも会合することができる。たとえば、ＴＮＦＲの野生型または優性型と比較してＴＮＦＲアイソフォームのより多くは細胞質内もしくは胞外で見つかるように、配向を変更することができる。
【０２２０】
一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは細胞内ドメインが修飾されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは細胞内ドメインまたはその一部分の欠失を含む。欠失は、細胞内ドメインのＮ末端、Ｃ末端またはドメイン内部であることができる。別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームは細胞内ドメイン中のアミノ酸の付加を含む。アミノ酸の付加は、ドメインのＮ末端、Ｃ末端または細胞内ドメイン内部の任意の箇所であることができる。
【０２２１】
一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、その三量体化活性が変更されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームはホモ三量体化するが（すなわちＴＮＦＲアイソフォーム：ＴＮＦＲアイソフォーム複合体）、同じ遺伝子由来のＴＮＦＲの野生型もしくは優性型とはヘテロ三量体化しないか、またはヘテロ三量体化が低下している。別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームはそれ自身とホモ三量体化しないか、またはホモ三量体化活性が低下しているが、同じ遺伝子もしくは異なる遺伝子由来のＴＮＦＲの野生型または優性型とヘテロ三量体化することができる。一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲ三量体化の競合的阻害剤として作用する。たとえば、ＴＮＦＲはＴＮＦＲと相互作用し、そのＴＮＦＲが三量体化することを防止する。
【０２２２】
一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、そのシグナル伝達活性が変更されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、シグナル伝達経路中の他の細胞タンパク質または補因子とのその会合が変更されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、それだけには限定されないが、リガンドと、ＴＲＡＤＤ（ＴＮＦＲ結合デスドメイン）、ＴＲＡＦ−２、ＦＡＤＤ（Ｆａｓ結合デスドメイン）およびＲＩＰ（受容体相互作用タンパク質）などのアダプタータンパク質との相互作用などの相互作用が変更されている。別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームはＴＮＦＲのシグナル伝達を変更する。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲと相互作用し、ＴＮＦＲによるシグナル伝達を阻害または刺激することなどによってシグナル伝達におけるその活性を変更する。
【０２２３】
例示的な実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、２つ以上の生物活性が変更されている。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、シグナル伝達および膜会合が変更されている。別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームは、シグナル伝達および三量体化が変更されている。さらに別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームは、キナーゼ活性、三量体化および膜会合が変更されている。別の実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、細胞内ドメインおよび膜貫通ドメインが修飾されている。たとえば、２つのドメイン、またはそれらドメインの一部分が欠失している。別の例では、アミノ酸の挿入または付加は、細胞内ドメインおよび膜貫通ドメインを中断する。別の実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、ドメイン接合点またはドメインのアミノ酸直鎖状配列の外側で修飾されており、修飾により、細胞内ドメインもしくは膜貫通ドメインなどのドメインの三次元構造などの構造が変更される。
【０２２４】
ＴＮＦＲアイソフォームによるＴＮＦＲの変調
ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲと直接もしくは間接的に相互作用することなどによって、ＴＮＦＲの生物活性を変調または変更することができる。生物活性には、それだけには限定されないが、三量体化、多量体化および複合体形成などのタンパク質−タンパク質相互作用、リガンドに対する特異性および／または親和性、細胞の局在化および再局在化、膜への固定、調節タンパク質、補因子、ならびにシグナル伝達経路におけるものなどの他のシグナル伝達分子を含めた調節分子に対する応答が含まれる。一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームとＴＮＦＲとの相互作用は、ＴＮＦＲの生物活性を阻害する。別の実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームとＴＮＦＲとの相互作用は、ＴＮＦＲの生物活性を刺激する。
【０２２５】
たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームは、リガンド結合についてＴＮＦＲと競合する。ＴＮＦＲアイソフォームは、遊離リガンドを除去することによってＴＮＦＲの活性を調節または変調する「リガンドスポンジ」として用いることができる。別の例では、ＴＮＦＲアイソフォームは、たとえば、シグナル伝達を防止することによって、および／またはアダプタータンパク質などのシグナル伝達経路のメンバーとの相互作用を阻害することによってＴＮＦＲと三量体化または複合体形成させた場合に、負に作用するリガンドとして作用する。一実施形態では、ＴＮＦＲアイソフォームは、ＴＮＦＲ三量体化の競合的阻害剤として作用する。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームはＴＮＦＲと相互作用し、そのＴＮＦＲが三量体化することを防止する。受容体の三量体化を阻害するアイソフォームは、受容体と複合体形成して下流のシグナル伝達としての受容体活性化を阻害することなどによって、下流のシグナル伝達経路を変調することができる。
【０２２６】
Ｅ．ＣＳＲアイソフォームを同定および作製する方法
ＣＳＲアイソフォームは、クローニング方法を配列アラインメントならびにドメイン地図作成および選択などの生物情報学的方法と組み合わせて用いた、天然に存在する遺伝子ならびに発現産物（ＲＮＡ）の解析および同定によって作製することができる。
【０２２７】
本明細書では、発現された遺伝子配列のクローニングおよびゲノムＤＮＡ配列などの遺伝子配列とのアラインメントを利用してＣＳＲアイソフォームを同定および単離する、本明細書中の方法を提供する。たとえば、受容体チロシンキナーゼなどの候補遺伝子を選択することによって、１つまたは複数のアイソフォームを単離することができる。ｃＤＮＡ分子またはｃＤＮＡの領域などの発現された配列が単離される。ｃＤＮＡまたはｃＤＮＡの領域を増幅するためにプライマーを設計することができる。一例では、候補遺伝子のオープンリーディングフレームの開始コドンに重複または隣接するプライマーを設計し、また、オープンリーディングフレームのストップコドンに重複または隣接するプライマーを設計する。プライマーを、ｍＲＮＡを用いた逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）などのＰＣＲで用いて、オープンリーディングフレームをコードしている核酸分子を増幅することができる。このような核酸分子の配列決定を行い、アイソフォームをコードしているものを同定することができる。一例では、予測される大きさ（野生型または優性型をコードしていると予測される大きさなど）から、様々な大きさ（たとえば分子質量）の核酸分子を候補アイソフォームとして選択する。その後、本明細書中に記載の方法などによってこのような核酸分子を解析し、指定した特性を有する、アイソフォームをコードしている分子をさらに選択することができる。
【０２２８】
得られた核酸配列を用いてコンピュータ解析を行い、候補アイソフォームをさらに選択する。たとえば、ｃＤＮＡ配列と選択された候補遺伝子のゲノム配列とのアラインメントを行う。このようなアラインメントは、手動で、またはスプライシング変異体を解析するためのコンピュータプログラムであるＳＩＭ４などの生物情報学的プログラムを用いることによって、行うことができる。正準のドナー−アクセプタースプライシング部位（たとえばＧＴ−ＡＧ）を有する配列が選択される。エクソン欠失、エクソン保持、エクソン伸長およびイントロン保持などの選択することができる選択的スプライシングされた産物を表す分子を選択することができる。
【０２２９】
また、単離した核酸分子の配列解析を用いても、野生型もしくは優性型と比較してドメインおよび／または生物学的機能を保持しているあるいは欠いているアイソフォームをさらに選択することができる。たとえば、単離した核酸分子によってコードされているアイソフォームを、本明細書中に記載のものなどの生物情報学的プログラムを用いて、タンパク質ドメインを同定するために解析することができる。その後、ドメインもしくはその一部分を保持しているまたは欠いているアイソフォームを選択することができる。
【０２３０】
本方法の一実施形態では、膜貫通ドメインまたは膜局在化を欠くもしくは顕著に低下させるために十分なその一部分を欠いているアイソフォームを選択する。たとえば、膜貫通ドメインの前が短縮されているまたは膜貫通ドメインが短縮されているアイソフォームを選択する。また、膜貫通ドメインまたはその一部分を欠いており、かつその欠失しているドメインまたはドメインの一部分の代わりに動作可能に連結した１つもしくは複数のアミノ酸を有するアイソフォームを選択することもできる。このようなアイソフォームは、エクソン伸長、イントロン保持、エクソン欠失およびエクソン挿入などの選択的スプライシング現象の結果である場合がある。場合によっては、このような選択的スプライシングされたＲＮＡ分子は、ＲＮＡの読み枠を変更する、および／または野生型もしくは優性型をコードしているＲＮＡ中で見つからない配列を動作可能に連結する。また、キナーゼドメインまたはその一部分を欠いているアイソフォームを選択することもできる。キナーゼドメインまたはその一部分を欠いており、かつ膜貫通ドメインもしくはその一部分も欠いているアイソフォームを選択することができる。また、二量体化もしくは三量体化ドメインなどの多量体化ドメイン、および／またはシグナル伝達活性と相互作用し、それに関与する細胞内ドメインを欠いているアイソフォームも選択することができる。
【０２３１】
たとえば、候補ＲＴＫアイソフォームをコードしている核酸分子を、キナーゼドメイン、膜貫通ドメイン、細胞外ドメインまたはその一部分を欠いているアイソフォームについてさらに選択することができる。ＲＴＫアイソフォームをコードしており、ＲＴＫの野生型または優性型とは異なる生物活性を有する核酸分子を選択することができる。一例では、アイソフォームが膜局在性でなく、細胞から分泌されるように膜貫通ドメインを欠いているＲＴＫアイソフォームを選択する。別の例では、膜貫通ドメインまたはその一部分を欠いているＴＮＦＲアイソフォームを同定および選択する。また、細胞内ドメインを欠いている、または細胞内ドメインおよび膜貫通ドメインを欠いているＴＮＦＲアイソフォームも選択することができる。
【０２３２】
アイソフォームの対立遺伝子変異体
特定のＣＳＲアイソフォームとは１つもしくは複数のアミノ酸が異なる、ＣＳＲアイソフォーム配列の対立遺伝子変異体を作製または同定することができる。対立遺伝子変異は、集団または種のメンバー間で起こり、種間でも起こる。たとえば、アイソフォームは、１つの遺伝子の異なる対立遺伝子に由来することができ、それぞれの対立遺伝子は互いに１つまたは複数のアミノ酸の差異を有していることができる。このような対立遺伝子は、保存的および／または非保存的なアミノ酸の差異を有していることができる。また、対立遺伝子変異体には、個々の対象もしくは動物モデルまたは他の動物などの様々な対象から産生あるいは同定したアイソフォームも含まれる。アミノ酸の変化は、アイソフォームの生物活性の変調をもたらす場合がある。場合によっては、アミノ酸の差異は「サイレント」である、すなわち生物活性に検出可能な影響を与えないまたは事実上与えないことができる。また、アイソフォームの対立遺伝子変異体は、突然変異誘発によって作製することもできる。このような突然変異誘発は、ランダムまたは部位特異的であることができる。たとえば、選択的グリコシル化、アイソフォーム中の部位におけるグリコシル化の増加もしくは阻害を含めたアイソフォームのグリコシル化の変化を成すためにアミノ酸配列または潜在的なグリコシル化部位を変更する、対立遺伝子変異体アイソフォームを作製することができる。対立遺伝子変異体アイソフォームは、配列がアイソフォームと少なくとも９０％同一であることができる。一般に、同じ種由来の対立遺伝子変異体アイソフォームは、アイソフォームと少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であり、典型的には、対立遺伝子変異体はアイソフォームと９８％、９９％、９９．５％同一である。
【０２３３】
Ｆ．例示的なＣＳＲアイソフォーム
本明細書中の方法を用いて、様々な遺伝子からＣＳＲアイソフォームを作製することができる。１つの例示的な遺伝子群は受容体チロシンキナーゼである。受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）とは、たとえばポリペプチド内における配列モチーフの構造的配置に基づいてファミリーに分類することができる、遺伝子およびコードされたポリペプチドの大きなコレクションである。たとえば、免疫グロブリン、フィブロネクチン、カドヘリン、表皮成長因子およびクリングル反復などの細胞外ドメイン中の構造モチーフを用いて、ＲＴＫを群に分類することができる。このような構造モチーフによる分類から１６を超えるＲＴＫファミリーが同定されており、それぞれが保存されたチロシンキナーゼドメインを有する。ＲＴＫの例には、それだけには限定されないが、エリスロポエチン産生肝細胞（ＥＰＨ）受容体（エフリン受容体とも呼ばれる）、表皮成長因子（ＥＧＦ）受容体、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）受容体、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）受容体、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）受容体、細胞接着ＲＴＫ（ＣＡＫ）、Ｔｉｅ／Ｔｅｋ受容体、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）受容体（ＭＥＴと呼ぶ）、ＴＥＫ／Ｔｉｅ−２（アンジオポイエチン−１に対する受容体）、ジスコイジンドメイン受容体（ＤＤＲ）、インスリン成長因子（ＩＧＦ）受容体、インスリン受容体関連（ＩＲＲ）受容体、およびＴｙｒｏ３／Ａｘ１などの他のものが含まれる。ＲＴＫをコードしている遺伝子の例には、それだけには限定されないが、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、ＥｐｈＡ８、ＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２、ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、ＥｐｈＢ５、ＥｐｈＢ６、ＦＧＦＲ−１、ＦＧＦＲ−２、ＦＧＦＲ−３、ＦＧＦＲ−４、Ｆｌｔ１（ＶＥＧＦＲ−１としても知られる）、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３（ＶＥＧＦＲＣとしても知られる）、ＭＥＴ、ＲＯＮ、ＰＤＧＦＲ−Ａ、ＰＤＧＦＲ−Ｂ、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆｌｔ３、ＫＩＴ、ＴＩＥ−１およびＴＥＫ（ＴＩＥ−２としても知られる）、ならびに上述のＲＴＫをコードしているが記載していない遺伝子が含まれる。
【０２３４】
ＲＴＫは様々なシグナル伝達経路に関与している。ＲＴＫは、細胞増殖、脱分化、アポトーシス、細胞遊走および血管形成を含めた重要な細胞プロセスを調節する。ＲＴＫの活性化、ひいてはそれに次ぐシグナル伝達経路の活性化は、一般に、リガンド結合および自己リン酸化による受容体の活性化などによって、受容体の活性化に依存している。ＲＴＫは誤調節を受ける場合があり、これによりシグナル伝達の誤調節がもたらされる。このような誤調節はいくつかの疾患および状態に関連している。あるいは、特定のＲＴＫが細胞上で発現され、これは発癌性形質転換などの細胞活性の変更をもたらす、またはそれに関与する。このような発現および／または誤調節は、それだけには限定されないが、新生物疾患などの異常細胞増殖に関与する疾患、再狭窄、前眼部疾患、心血管病、肥満症および様々な他のものを含めたいくつかの疾患ならびに状態に関与している。
【０２３５】
本明細書中に提供し、本明細書中に提供する方法によって作製したＲＴＫアイソフォームを用いて、特定の細胞種または組織に内在するＲＴＫなどのＲＴＫの生物活性を変調することができる。ＲＴＫの生物活性を変調する能力により、誤調節されたＲＴＫおよびＲＴＫが関与する細胞経路の指示された調節の再調節が可能となる。ＲＴＫの生物活性の変調には、ＲＴＫとの複合体化などによってＲＴＫアイソフォームがＲＴＫと相互作用する直接の変調、ＲＴＫのホモ二量体化および／もしくはヘテロ二量体化の変調ならびに／またはＲＴＫのリン酸化の阻害を含めたＲＴＫのトランスリン酸化の変調が含まれる。また、ＲＴＫの変調には、ＲＴＫアイソフォームがＲＴＫの生物活性に間接的な影響を与える、間接的な変調も含まれる。間接的な変調には、リガンド結合についてＲＴＫと競合する、「リガンドスポンジ」として作用するアイソフォームが含まれる。また、間接的な変調には、アイソフォームとシグナル伝達経路中のシグナル伝達分子との相互作用が含まれ、したがって、このようなシグナル伝達分子とＲＴＫとの相互作用と競合することなどによって活性が変調される。例示的なＲＴＫアイソフォーム、ならびにＲＴＫ活性の標的化および調節におけるこのようなＲＴＫアイソフォームの使用を以下に記載する。
【０２３６】
１．ＥＧＦＲ
ＥＧＦＲ（表皮成長因子受容体）とは、表皮細胞および様々な他の細胞種の増殖を刺激する小さな５３個のアミノ酸タンパク質リガンドであるＥＧＦに結合する、１７０ｋＤａのタンパク質である。ＥＧＦ受容体は上皮組織、間葉組織および神経組織中で広く発現され、増殖および分化において重要な役割を果たす。ＥＧＦ受容体は、いくつかの機能的ドメインによって特徴づけられている。ＥＧＦＲタンパク質（配列番号２５２として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００５２１９）は、アミノ酸５７〜１６８およびアミノ酸３６１〜４８１の２つの受容体Ｌドメインによって特徴づけられている。受容体Ｌドメインは、二葉性のリガンド結合部位を構成する。典型的には受容体チロシンキナーゼのシグナル伝達機構および受容体の凝集に関与している、フリン様のシステインに富んだ領域は、ＥＧＦＲ中のアミノ酸１８４〜３３８に見つけることができる。ＥＧＦＲの膜貫通ドメインはアミノ酸６４６〜６６８にわたり、プロテインキナーゼドメインはアミノ酸７１２〜９６８にわたる。
【０２３７】
ＥＧＦＲポリペプチドには、ＥＧＦＲの対立遺伝子変異体が含まれる。たとえば、対立遺伝子変異体は、配列番号２５２と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異が、ＥＧＦＲのプロテインキナーゼドメイン中に起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＣで置き換えられている位置７１９、またはたとえばＬがＲで置き換えられている位置８５８、またはたとえばＬがＱで置き換えられている位置８６１において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異は、たとえばＲがＫで置き換えられていることができる位置５２１（ＳＮＰ番号１１５４３８４８）などで１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることもできる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２５２と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。プロテインキナーゼドメイン中に位置７１９、８５８、または８６１などで起こるアミノ酸の変化は、非小細胞肺癌に罹患している患者におけるゲフィチニブに対する応答と関連づけることができ、これは、腫瘍におけるＥＧＦＲシグナル伝達経路の重要な役割を示しており、または、位置８５８などで起こるアミノ酸の変化は、ＥＧＦＲの自己リン酸化によって評価したＥＧＦに対する応答においてＥＧＦＲ受容体の亢進された活性に関連づけることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＥＧＦＲ対立遺伝子変異体を、配列番号２８８として記載した。
【０２３８】
ＥＧＦ受容体は、ｅｒｂＢ遺伝子（たとえばＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４）およびＨＥＲ遺伝子（たとえばＨｅｒ−２）としても知られている、関連遺伝子のファミリーによってコードされている。ＥＧＦ受容体ファミリーには４つのメンバー、すなわちＥＧＦ−受容体（ＨＥＲ−１；ＥｒｂＢ１）、ヒト表皮成長因子受容体−２（ＨＥＲ−２；ＥｒｂＢ２）、ＨＥＲ−３（ＥｒｂＢ３）およびＨＥＲ−４（ＥｒｂＢ４）が含まれる。ＥＧＦＲ／ＨＥＲ−１に対するリガンドはＥＧＦであり、ＨＥＲ−２、ＨＥＲ−３およびＨＥＲ−４に対するリガンドはニューレグリン−１（ＮＲＧ−１）である。ＮＲＧ−１はＨＥＲ−３またはＨＥＲ−４のどちらかに優先的に結合し、その後、結合した受容体サブユニットがＨＥＲ−２とヘテロ二量体化する。また、ＨＥＲ−４も、ホモ二量体化して活性のある受容体を形成する能力を有する。
【０２３９】
ＥｒｂＢファミリーの誤調節は、いくつかの異なる種類の癌に関連するとされている。たとえば、ＥＧＦＲの過剰発現は、それだけには限定されないが、食道癌、胃癌、膀胱癌および結腸癌、神経膠腫および髄膜腫、肺扁平上皮癌、ならびに卵巣癌、子宮頚癌および腎癌を含めたいくつかのヒトの腫瘍に関連づけられている。本明細書中に提供する方法を用いて、ＥＧＦ受容体の誤調節を標的とし、再調節する治療剤として用いるためのＲＴＫアイソフォームおよびＲＴＫアイソフォームを含む薬剤組成物を作製することができる。
【０２４０】
ａ．ＥｒｂＢ２
ＥｒｂＢ２とは、ＥＧＦ受容体ファミリーのメンバーである。ＥｒｂＢ２タンパク質（配列番号２６６として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００４４３９）は、アミノ酸５２〜１７３およびアミノ酸３６６〜４８６の２つの受容体Ｌドメイン；アミノ酸１８９〜３４３のフリン様のシステインに富んだ領域；アミノ酸６５３〜６７５の膜貫通ドメイン；ならびにアミノ酸７２０〜９７６のタンパク質キナーゼドメインによって特徴づけられている。高い親和性で結合するリガンドは、ＥｒｂＢ２について同定されていない。その代わり、ＥｒｂＢ３またはＥｒｂＢ４は、リガンド（ＮＲＧ−１）によって結合された場合にＥｒｂＢ２とヘテロ二量体化して活性のある受容体の二量体を形成する。さらに、ＥｒｂＢ２は、リガンドが存在しない場合に構成的活性（ホモ二量体化およびキナーゼ活性）を示す。さらに、ＥｒｂＢ２の過剰発現は細胞の形質転換を行う能力を有する。ＥｒｂＢ２の過剰発現が、乳癌、子宮癌、胃癌および子宮内膜癌を含めた様々な癌において同定されている。したがって、ＥｒｂＢ２のホモ二量体を標的とすることにより、ＥｒｂＢ２のホモ二量体化を調節することができる。たとえば、ＥｒｂＢ２のＲＴＫアイソフォームは、ＥｒｂＢ２の過剰発現を標的としてそれをダウンレギュレーションすることができる。さらに、ＥｒｂＢ２のＲＴＫアイソフォームは、ヘテロ二量体化によってＥｒｂＢ３および／またはＥｒｂＢ４を標的とすることができる。
【０２４１】
ＥｒｂＢ２タンパク質には、ＥｒｂＢ２の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２６６と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＥｒｂＢ２の膜貫通ドメイン中に起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＩがＶで置き換えられている位置６５５において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。一例では、対立遺伝子変異体には配列番号２６６と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。位置６５５などでＥｒｂＢ２膜貫通ドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、前立腺癌、胃癌、または乳癌のリスクの上昇に関連づけることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＥｒｂＢ２対立遺伝子変異体を、配列番号２９９として記載した。
【０２４２】
本明細書では、配列番号２６６に記載のものなどの同族ＥｒｂＢ２と比較して１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている、例示的なＥｒｂＢ２アイソフォームを提供する。これには、配列番号９６〜９８および１０８に記載のポリペプチドなどの、膜貫通ドメインを欠いており、キナーゼドメインを欠いている例示的なＥｒｂＢ２アイソフォームが含まれる。このようなアイソフォームはＥｒｂＢ２の他のドメイン含んでいることができる。たとえば、配列番号９６として記載した例示的なＥｒｂＢ２アイソフォームは、アミノ酸５４〜１７５およびアミノ酸３６８〜４８８の２つの受容体Ｌドメイン、ならびにアミノ酸１９１〜３４５のフリン様のシステインに富んだ領域によって特徴づけられている。配列番号９７および９８として記載した例示的なＥｒｂＢ２アイソフォームは、アミノ酸５２〜１７３およびアミノ酸３６６〜４８６の２つの受容体Ｌドメイン、ならびにアミノ酸１８９〜３４３のフリン様のシステインに富んだ領域によって特徴づけられている。配列番号１０８として記載した例示的なＥｒｂＢ２アイソフォームは、アミノ酸５２〜７５の受容体Ｌドメインの一部分によって特徴づけられている。
【０２４３】
ＥｒｂＢ２アイソフォームは、ＥｒｂＢ２および／またはＥｒｂＢ３の過剰発現によって特徴づけられているものなどのＥＧＦＲ受容体の過剰発現によって特徴づけられている癌の治療などにおいて、ＲＴＫを変調するために用いることができる。ＥｒｂＢ２アイソフォームは、喘息を含めた、炎症および過剰増殖の維持においてＥＧＦＲファミリーメンバーに関与する自己免疫疾患の治療として用いることができる。また、ＥｒｂＢ２アイソフォームは、メネトリエ病、アルツハイマー病を含めた状態においてＲＴＫを標的とするために用いるか、またはモジュレーターとして、たとえば骨吸収の拮抗剤として用いることもできる。
【０２４４】
ｂ．ＥｒｂＢ３
ＥｒｂＢ３も、神経生存の発生およびシナプス形成、アストロサイト分化ならびにミクログリアの活性化の調節に関与している、ＥＧＦ受容体ファミリーのメンバーである。ＥｒｂＢ３タンパク質（配列番号２６７として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００１９７３）は、アミノ酸５５〜１６７およびアミノ酸３５３〜４７４の２つの受容体Ｌドメイン；アミノ酸１８０〜３３２のフリン様のシステインに富んだ領域；アミノ酸６４４〜６６６の膜貫通ドメイン；ならびにアミノ酸７０９〜９６５のプロテインキナーゼドメインによって特徴づけられている。ＥｒｂＢ３に対するリガンドはＮＲＧ−１である。ＮＲＧ−１はＥｒｂＢ３およびＥｒｂＢ４に結合することができるが、ＥｒｂＢ３はＥｒｂＢ４よりも低い規模の親和性でＮＲＧ−１に結合する。ＥｒｂＢ３はＥＧＦＲファミリーの他のメンバーと比較してより低いチロシンキナーゼ活性を有する。これは、代替シグナル伝達分子、たとえばホスファチジルイノシトール−３キナーゼを動員する能力を有する。ＥｒｂＢ３の過剰発現は、乳癌、肺癌および膀胱癌ならびに腺癌などのいくつかのヒトの癌に関連するとされている。
【０２４５】
ＥｒｂＢ３アイソフォームは、ＥｒｂＢ２および／またはＥｒｂＢ３の過剰発現によって特徴づけられているものなどのＥＧＦＲ受容体の過剰発現によって特徴づけられている癌の治療などにおいて、ＲＴＫを標的とするために用いることができる。ＥｒｂＢ３アイソフォームはＥｒｂＢ３ホモ二量体を標的とすることができる。ＥｒｂＢ３アイソフォームは、ＥｒｂＢ３アイソフォームとＥｒｂＢ２とのヘテロ二量体化を介してＥｒｂＢ２を標的とすることができる。ＥｒｂＢ３アイソフォームは、ＥＧＦＲ受容体が関与している疾患および状態の治療に用いることができる。たとえば、ＥｒｂＢ３アイソフォームは、喘息を含めた、炎症および過剰増殖の維持においてＥＧＦＲファミリーメンバーに関与する自己免疫疾患の治療として用いることができる。ＥｒｂＢ３アイソフォームは、メネトリエ病、アルツハイマー病を含めた状態においてＲＴＫを標的とするために用いるか、またはモジュレーターとして、たとえば骨吸収の拮抗剤として用いることもできる。
【０２４６】
２．ジスコイジンドメイン受容体−ＤＤＲ１
ジスコイジンドメイン受容体（たとえばＤＤＲ−１）とは、細胞接着に役割を果たすと考えられているＲＴＫのファミリーである。ＤＤＲ１タンパク質（配列番号２５０として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿０５４６９９）は、ジスコイジン（ＤＳ）ドメインとしても知られるアミノ酸４６〜１８２のＦ５／８Ｃ型ドメイン；アミノ酸４１７〜４３９の膜貫通ドメイン；およびアミノ酸６１０〜９１３のプロテインキナーゼドメインによって特徴づけられている。ジスコイジンドメインとは、細胞凝集に関与する炭水化物結合タンパク質であるキイロタマホコリカビ（Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍ  ｄｉｓｃｏｉｄｅｕｍ、粘菌）タンパク質ジスコイジン−１に相同的な、細胞外ドメイン中の独特の構造モチーフである。ジスコイジン様ドメインは、他のＲＴＫ中には見つからないが、細胞膜タンパク質と相互作用することが知られている他の細胞外分子中（たとえば凝固因子ＶおよびＶＩＩＩ）では見つかる。
【０２４７】
ＤＤＲ１タンパク質には、ＤＤＲ１の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２５０と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＤＤＲ１のＦ５／８Ｃ型またはジスコイジンドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＷがＡで置き換えられていることができる位置５３、またはたとえばＤがＡで置き換えられていることができる位置５５、またはたとえばＳがＡで置き換えられていることができる位置６６、またはたとえばＤがＡで置き換えられていることができる位置６８、またはたとえばＲがＡで置き換えられていることができる位置１０５、またはたとえばＨがＡで置き換えられていることができる位置１０６、またはたとえばＬがＡで置き換えられていることができる位置１１０、またはたとえばＫがＡで置き換えられていることができる位置１１２、またはたとえばＶがＡで置き換えられていることができる位置１７３、またはたとえばＭがＡで置き換えられていることができる位置１７４、またはたとえばＳがＡで置き換えられていることができる位置１７５において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２５０と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。位置１０５および１７５などでＤＤＲ１のジスコイジンドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、コラーゲンに結合することができないことによるＤＤＲ１の活性化およびリン酸化の低下をもたらす場合がある。位置１０６、１７３、および１７４などでのＤＤＲ１のジスコイジンドメイン中の他のアミノ酸の変化は、ＤＤＲ１がコラーゲンに結合する能力の顕著な低下をもたらす場合がある。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＤＤＲ１対立遺伝子変異体を、配列番号２８６として記載した。
【０２４８】
ＤＤＲは、胎児のおよび成人の器官ならびに組織中で広く発現されている。ＤＤＲ１は主に脳、肺、腎臓および胃腸管の上皮細胞中で発現され、ＤＤＲ２は脳、心臓、および筋肉中で発現される。また、ＤＤＲは脳の発生においても重要な役割を果たし得る。ＤＤＲチロシンキナーゼがヒトの癌に関連づけられている。たとえば、ＤＤＲ１はコラーゲン（たとえばＩ〜ＶＩ型）と結合してコラーゲン誘導性のマトリックスメタロプロテイナーゼ−１の活性化を媒介することができる。マトリックスメタロプロテイナーゼ−１は細胞外基質の分解に関与しており、これにより新生細胞の転移が可能となる。ＤＤＲ−１の過剰発現は、乳癌、子宮癌および食道癌ならびに小児脳癌などの様々な中枢神経系新生物等の癌に関連づけられている。また、ＤＤＲ１活性化も炎症反応に関連するとされている。
【０２４９】
例示的なＤＤＲアイソフォームには、配列番号１０６、１１５および１１７に記載のＤＤＲ１アイソフォームが含まれる。これらの例示的なＤＤＲ１アイソフォームは、配列番号２５０に記載のものなどの同族ＤＤＲ１と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１０６、１１５、および１１７として記載した例示的なＤＤＲ１アイソフォームは、アミノ酸４６〜１８２のＦ５／８Ｃ型ドメインを含み、膜貫通およびプロテインキナーゼドメインを欠いている。
【０２５０】
本明細書中のＤＤＲ１アイソフォームを含めたＤＤＲ１アイソフォームは、ＤＤＲ１ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＤＤＲ１アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸を含んでいることができる。一例では、ＤＤＲ１アイソフォームは、配列番号２８６に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異を含む。対立遺伝子変異の例には、それだけには限定されないが、配列番号２８６のアミノ酸５３、５５、６６、６８、１０５、１０６、１１０、１１３、１７３、１７４、または１７５に対応する位置でのアミノ酸の変異を含めた、Ｆ５／８Ｃ型およびジスコイジンドメインにおける変異体が含まれる。
【０２５１】
ＤＤＲ−１アイソフォームを用いてＤＤＲ−１  ＲＴＫを変調することができる。たとえば、ＤＤＲ−１アイソフォームを用いて、ＤＤＲ−１の過剰発現ならびにまたはＤＤＲ−１が関与している疾患および状態の活性化をダウンレギュレーションすることができる。
【０２５２】
３．Ｅｐｈ受容体
Ｅｐｈ受容体（エリスロポエチン産生肝細胞受容体；エフリン受容体とも呼ばれる）は、最も大きな知られているＲＴＫファミリーである。Ｅｐｈ受容体に対するリガンドはエフリン（Ｅｐｈ受容体相互作用タンパク質）である。Ｅｐｈおよびエフリンの系には、少なくとも１４のＥｐｈ受容体チロシンキナーゼタンパク質および９つのエフリン膜リガンドが含まれる。Ｅｐｈ受容体およびエフリン膜タンパク質は、疾患および発生において重要な役割を果たす（たとえば図１参照）。たとえば、細胞表面Ｅｐｈとエフリンタンパク質との結合により、相互作用する細胞の細胞骨格特性、接着特性および運動特性を調節する二方向のシグナルがもたらされる。このようなシグナルを介して、Ｅｐｈおよびエフリンタンパク質は、胚葉を確立させる初期の胚細胞の運動、ならびに組織境界の形成および軸索の経路探索に関与している細胞運動に関与している。リガンドおよび受容体は膜結合した分子であり、シグナル伝達はどちらのタンパク質を介しても行われる。エフリンは、それが細胞膜に固定されている様式に基づいて２つのクラスに分類されている；Ａ型リガンドはグリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）結合によって細胞膜に連結されており、Ｂ型リガンドは膜貫通ドメインをコードしている。Ｅｐｈ受容体には、それだけには限定されないが、ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、ＥｐｈＡ８、ＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２、ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、ＥｐｈＢ５、ＥｐｈＢ６が含まれる。
【０２５３】
エフリン受容体は、細胞質チロシンキナーゼドメイン、保存されたシステインに富んだドメイン、２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインおよび免疫グロブリン様Ｎ末端リガンド結合ドメインによって特徴づけられている。さらに、膜貫通ドメイン付近の２つのチロシン残基は高度に保存されており、リガンド結合に応答してリン酸化され、酵素機能に重要であると考えられる。タンパク質−タンパク質相互作用他の部位も、不稔性αモチーフおよび一部のＥｐｈ受容体のＣ末端に位置するディスク状の大きな閉鎖帯結合モチーフであるシナプス後性の密度タンパク質によって媒介される。不稔性αモチーフ（ＳＡＭ）は、ＳＨ２含有タンパク質と、リン酸化されており、かつ多くの場合ホモ二量体化を媒介する保存されたチロシンとの結合に媒介される、細胞−細胞によるシグナル伝達の開始を媒介する。
【０２５４】
ＲＴＫのＥｐｈファミリーは、胚性パターン形成、神経標的化、血管発生および血管形成を含めた様々な細胞プロセスに関与している。特に血管形成における役割により、Ｅｐｈ受容体は乳癌などのヒトの癌に関連するとされている。ＥｐｈＡ受容体の誤調節も病的状態に関与している。たとえば、ＥｐｈＡ受容体チロシンキナーゼのアップレギュレーションは、特定の眼疾患、関節リウマチおよび癌に一般的な血管内皮細胞成長因子（ＶＥＧＦ）誘導性血管形成を刺激する。ＥｐｈＡ受容体拮抗剤として作用するアイソフォームなどのＥｐｈＡアイソフォームを用いて、不適切な血管形成を遮断または阻害することができる。ＥｐｈＢ受容体は、結腸直腸癌などの癌に関連するとされている。また、ＥｐｈＢ受容体は樹状突起棘の発生（興奮性シナプスに対する後シナプスの標的）においても役割を果たし、神経変性障害に結び付け得る。例示的なＥｐｈＡおよびＥｐｈＢアイソフォームを、配列番号１０７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、および１７４に記載した。
【０２５５】
ａ．ＥｐｈＡ１
ＥｐｈＡ１とはＡ型Ｅｐｈ受容体である。ＥｐｈＡ１タンパク質（配列番号２５３として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００５２２３）は、アミノ酸２７〜２０４のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３３３〜４３１およびアミノ酸４４８〜５２８の２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン；アミノ酸５４８〜５７０の膜貫通ドメイン；アミノ酸６２４〜８８０のプロテインキナーゼドメイン、ならびにカルボキシ末端の２つのＳＡＭドメイン（アミノ酸９１１〜９７５のＳＡＭ−１およびアミノ酸９１０〜９７６のＳＡＭ−２）によって特徴づけられている。
【０２５６】
ＥｐｈＡ１タンパク質には、ＥｐｈＡ１の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、配列番号２８９に記載の対立遺伝子変異などのように、対立遺伝子変異体は、配列番号２５３と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。１つまたは複数のアミノ酸の変異は、たとえばＡがＶで置き換えられていることができる位置１６０アミノ酸の変化などで、たとえばＥｐｈＡ１のエフリンリガンド結合ドメイン中で起こることができる。
【０２５７】
Ａ型Ｅｐｈ受容体は、ＧＰＩアンカーを介して細胞膜に連結されているＡ型エフリンに結合する。ＥｐｈＡ１は、皮膚、成人の胸腺、腎臓および副腎皮質を含めた、分化した上皮細胞中で広く発現される。ＥｐｈＡ１の過剰発現は、頭頚部癌を含めた様々なヒトの癌に関連するとされている。ＥｐｈＡ１アイソフォームは、Ｅｐｈ受容体が関連するとされているこのような疾患および他の状態を標的とするために用いることができる。
【０２５８】
例示的なＥｐｈＡ１アイソフォームには、配列番号１０７、１４９、１５１、および１５３に記載のＥｐｈＡ１アイソフォームが含まれる。これらの例示的なＥｐｈＡ１アイソフォームは、配列番号２５３に記載のものなどの同族ＥｐｈＡ１と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１４９および１５３として記載した例示的なＥｐｈＡ１アイソフォームは、アミノ酸２７〜２０４のエフリンリガンド結合ドメインおよびアミノ酸３３３〜４３１の２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインのうちの１つを含む。配列番号１４９として記載したアイソフォームは、同族受容体と比較してフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメイン、および２つのＳＡＭドメインを欠いている。配列番号１５１として記載した例示的なＥｐｈＡ１アイソフォームは、アミノ酸２７〜２０４のエフリンリガンド結合ドメインを含むが、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメインおよびＳＡＭドメインを含まない。配列番号１０７として記載した例示的なＥｐｈＡ１アイソフォームは、アミノ酸１〜１１４のエフリンリガンド結合ドメインを含むが、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメインおよびＳＡＭドメインを含まない。
【０２５９】
本明細書中のＥｐｈＡ１アイソフォームを含めたＥｐｈＡ１アイソフォームは、ＥｐｈＡ１ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＥｐｈＡ１アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＥｐｈＡ１アイソフォームには、配列番号２８９に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、位置１６０などでエフリンリガンド結合ドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２６０】
ｂ．ＥｐｈＡ２
ＥｐｈＡ２はエフリン−Ａ３、エフリン−Ａ１、エフリン−Ａ４、およびエフリン−Ａ２に結合する。ＥｐｈＡ２の発現は癌において頻繁に上昇しており、乳房、前立腺、非小細胞肺癌、結腸、腎臓、肺、卵巣、胃、子宮、および侵攻性黒色腫を含めた腫瘍組織において高度に発現されている。また、ＥｐｈＡ２は、限定された発現パターンでシュワン細胞、原条および後脳中でも見つかっている。ＥｐｈＡ２は、単にマーカーとして機能するだけではなく、悪性進行において積極的に参加することが示唆されている。ＥｐｈＡ２の正常な細胞機能はよく理解されていないが、腫瘍に基づいたモデルにより、細胞成長、生存、遊走、および血管形成の調節におけるＥｐｈＡ２の潜在的な役割が示唆されている。
【０２６１】
配列番号２５４として記載したＥｐｈＡ２受容体（ＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００４４２２）は、アミノ酸２８〜２０１のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３２９〜４２４およびアミノ酸４３６〜５１９の２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、アミノ酸５３６〜５５８の膜貫通ドメイン、アミノ酸６１３〜８７１のプロテインキナーゼドメイン；ならびにカルボキシ末端の２つのＳＡＭドメイン（アミノ酸９０２〜９６６のＳＡＭ−１およびアミノ酸９０１〜９６８のＳＡＭ−２）によって特徴づけられている。
【０２６２】
ＥｐｈＡ２タンパク質には、ＥｐｈＡ２の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２５４として記載したアミノ酸配列に対応する位置と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異がＥｐｈＡ２のエフリンリガンド結合ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＩがＮで置き換えられていることができる位置９４（ＳＮＰ番号１０５８３７０）、またはたとえばＩがＦで置き換えられていることができる位置９６（ＳＮＰ番号１０５８３７１）、またはたとえばＫがＮで置き換えられていることができる位置９９（ＳＮＰ番号１０５８３７２）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。対立遺伝子変異のさらなる例は、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＰがＴで置き換えられている位置３５０（ＳＮＰ番号１１５４３９３４）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。１つまたは複数のアミノ酸の変異は、プロテインキナーゼドメイン中においても起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＥがＫで置き換えられていることができる位置８２５において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＥｐｈＡ２対立遺伝子変異体を、配列番号２９０として記載した。
【０２６３】
例示的なＥｐｈＡ２アイソフォームは、配列番号２５４に記載のものなどの同族ＥｐｈＡ２と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１６８として記載した例示的なＥｐｈＡ２アイソフォームは、アミノ酸２８〜２０１のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３２９〜４２４のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインおよびアミノ酸４３６〜４９７の別のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインの一部分を含む。配列番号１６８は膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメイン、およびＳＡＭドメインを含まない。本明細書中のＥｐｈＡ２アイソフォームを含めたＥｐｈＡ２アイソフォームは、ＥｐｈＡ２ポリペプチド中の対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＥｐｈＡ２アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＥｐｈＡ２アイソフォームには、配列番号２９０に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、配列番号２５４中、またはたとえばフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中、配列番号２５４中のアミノ酸３５０に対応する位置などで、アミノ酸位置９４、９６、もしくは９９に対応する位置を含んでいることができる。
【０２６４】
ｃ．ＥｐｈＡ８
ＥｐｈＡ８はＡ型Ｅｐｈ受容体である。Ａ型Ｅｐｈ受容体は、ＧＰＩアンカーを介して細胞膜に連結しているＡ型エフリンに結合する。ＥｐｈＡ８は、細胞遊走および細胞接着、ならびに軸索ガイダンスを含めた神経系の発生に関連するとされている。ＥｐｈＡ８アイソフォームは、Ｅｐｈ受容体が関連するとされているこのような疾患および他の状態を標的とするために用いることができる。
【０２６５】
ＥｐｈＡ８受容体（配列番号２６０として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿０６５３８７）は、アミノ酸３１〜２０４のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３２９〜４２５およびアミノ酸４３７〜５２４の２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、アミノ酸５４１〜５６３の膜貫通ドメイン、６３５〜８９２のプロテインキナーゼドメインならびに２つのＳＡＭドメイン（アミノ酸９３１〜９９２のＳＡＭ−１およびアミノ酸９２７〜９９４のＳＡＭ−２）によって特徴づけられている。
【０２６６】
ＥｐｈＡ８タンパク質には、ＥｐｈＡ８の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２６０として記載したアミノ酸配列に対応する位置と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＥｐｈＡ８のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＭで置き換えられていることができる位置４４４（ＳＮＰ番号２２９５０２１）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。対立遺伝子変異は、たとえばＡがＶで置き換えられていることができる位置３０１（ＳＮＰ番号６３８５２４）、またはたとえばＥがＱで置き換えられていることができる位置６１２（ＳＮＰ番号９９９７６５）においても起こることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＥｐｈＡ８対立遺伝子変異体を、配列番号２９３として記載した。
【０２６７】
ｄ．ＥｐｈＢ１
ＥｐｈＢ１は、エフリン−Ｂ２、エフリン−Ｂ１、エフリン−Ａ３、エフリン−Ａ１およびエフリン−Ｂ３に結合することが示されている。ＥｐｈＢ１は発生中のおよび成人の神経組織中で発現される。ＥｐｈＢ１シグナル伝達経路は、細胞付着、遊走および毛細様アセンブリ応答を含めた血管発生に関する応答に影響を与える。
【０２６８】
ＥｐｈＢ１タンパク質（配列番号２６１として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００４４３２）は、アミノ酸１９〜１９６のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３２３〜４１４およびアミノ酸４３４〜５１８の２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、アミノ酸５４１〜５６３の膜貫通ドメイン、アミノ酸６１９〜８７８のプロテインキナーゼドメイン、ならびにカルボキシ末端の２つのＳＡＭドメイン（アミノ酸９０９〜９７３のＳＡＭ−１およびアミノ酸９０８〜９７５のＳＡＭ−２）によって特徴づけられている。
【０２６９】
ＥｐｈＢ１タンパク質にはＥｐｈＢ１の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２６１として記載したアミノ酸配列に対応する位置と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＥｐｈＢ１のエフリンリガンド結合ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＴがＳで置き換えられていることができる位置８７（ＳＮＰ番号１０４２７９４）、またはたとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置１５２（ＳＮＰ番号１０４２７９３において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。アミノ酸の変化のさらなる例は、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＲがＧで置き換えられている位置３６７（ＳＮＰ番号１０４２７８９）、またはたとえばＲがＳで置き換えられている位置４８５（ＳＮＰ番号１０４２７８８）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。また、１つまたは複数のアミノ酸の変化は、プロテインキナーゼドメイン中でも起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＩで置き換えられていることができる位置８１３（ＳＮＰ番号１０４２７８６）、またはたとえばＭがＴで置き換えられていることができる位置８４７（ＳＮＰ番号１０４２７８５）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。アミノ酸の変化の別の例は、ＳＡＭドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＲがＷで置き換えられている位置９７３（ＳＮＰ番号１０４２７８４）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。対立遺伝子変異は、たとえばＴがＲで置き換えられている位置２７４（ＳＮＰ番号１１２６９０６）においても起こることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＥｐｈＢ１対立遺伝子変異体を、配列番号２９４として記載した。
【０２７０】
例示的なＥｐｈＢ１アイソフォームは、配列番号２６１に記載のものなどの同族ＥｐｈＢ１と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１５５として記載した例示的なＥｐｈＢ１アイソフォームは、同族ＥｐｈＢ１受容体（たとえば配列番号２６１）比較して、アミノ酸１９〜１６７のエフリンリガンド結合ドメインの一部分を含んでおり、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメイン、およびＳＡＭドメインを欠いている。
【０２７１】
本明細書中のＥｐｈＢ１アイソフォームを含めたＥｐｈＢ１アイソフォームは、ＥｐｈＢ１ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＥｐｈＢ１アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＥｐｈＢ１アイソフォームには、配列番号２９４に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、配列番号２６１のアミノ酸位置８７および１５２に対応する位置などで、エフリンリガンド結合ドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２７２】
ｅ．ＥｐｈＢ４
ＥｐｈＢ４受容体はエフリン−Ｂ２およびエフリン−Ｂ１タンパク質に結合する。エフリン−Ｂタンパク質は、Ｅｐｈ受容体と相互作用した際に二方向のシグナル伝達が起こることができるように、シグナルを伝達する。
【０２７３】
ＥｐｈＢ４受容体ポリペプチド（配列番号２６４として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００４４３５）は、アミノ酸１７〜１９７のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３２４〜４１４およびアミノ酸４３４〜５１９の２つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、アミノ酸５４１〜５６３の膜貫通ドメイン、６１５〜８７４の細胞質タンパク質キナーゼドメイン、ならびにカルボキシ末端の２つのＳＡＭドメイン（アミノ酸９０５〜９６９のＳＡＭ−１およびアミノ酸９０４〜９７１のＳＡＭ−２）によって特徴づけられている。
【０２７４】
ＥｐｈＢ４タンパク質には、ＥｐｈＢ４の対立遺伝子変異体が含まれていることができる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２６４と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＥｐｈＢ４のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＡがＤで置き換えられていることができる位置４６３（ＳＮＰ番号７４５７２４５）、またはたとえばＹがＤで置き換えられていることができる位置４７１（ＳＮＰ番号３８９１４９５）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。さらなるアミノ酸の変化は、ＳＡＭドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＥがＤで置き換えられていることができる位置９２６（ＳＮＰ番号１０５６９９７）において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＥｐｈＢ４対立遺伝子変異体を、配列番号２９７として記載した。
【０２７５】
例示的なＥｐｈＢ４アイソフォームには、配列番号１７０、１７２および１７４に記載のＥｐｈＢ４アイソフォームが含まれる。これらの例示的なＥｐｈＢ４アイソフォームは、配列番号２６４に記載のものなどの同族ＥｐｈＢ４と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１７０として記載した例示的なＥｐｈＢ４アイソフォームは、アミノ酸１７〜１９７のエフリンリガンド結合ドメインを含む。配列番号１７０は、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメイン、およびＳＡＭドメインを含まない。配列番号１７２として記載した例示的なＥｐｈＢ４アイソフォームは、アミノ酸１７〜１９７のエフリンリガンド結合ドメイン、アミノ酸３２４〜４１４のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインおよびアミノ酸４３４〜５１４の別のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインの一部分を含む。配列番号１７２は、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメイン、およびＳＡＭドメインを含まない。配列番号１７４として記載した例示的なＥｐｈＢ４アイソフォームは、アミノ酸１７〜１９７のエフリンリガンド結合ドメインおよびアミノ酸３２４〜４１３のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインの一部分を含む。配列番号１７４は、第２のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、膜貫通ドメイン、プロテインキナーゼドメイン、およびＳＡＭドメインを含まない。
【０２７６】
本明細書中のＥｐｈＢ４アイソフォームを含めた本明細書中のＥｐｈＢ４アイソフォームは、ＥｐｈＢ４ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＥｐｈＢ４アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＥｐｈＢ４アイソフォームには、配列番号２９７に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、配列番号２６４のアミノ酸位置４６３または４７１に対応する位置などで、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２７７】
４．線維芽細胞成長因子受容体
線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）ファミリーにはＦＧＦＲ−１、ＦＧＦＲ−２、ＦＧＦＲ−３、ＦＧＦＲ−４およびＦＧＦＲ−５が含まれる。１つまたは複数のＦＧＦ受容体に結合する能力を有するＦＧＦタンパク質は少なくとも２３種知られている。ＦＧＦ受容体は、３つのＮ末端Ｉｇ様ドメイン（細胞外）、膜貫通ドメインおよびＣ末端のスプリットチロシンキナーゼドメイン（細胞質）によって構造的に特徴づけられている。ＦＧＦおよびその受容体は、細胞増殖の刺激、血管形成および創傷治癒の促進、ならびに細胞運動性および分化の変調に関与している。ＦＧＦＲは、様々なヒトの癌および眼の疾患に関連するとされている。
【０２７８】
ａ．ＦＧＦＲ−１
ＦＧＦＲ−１ＦＧＦ−１、−２、および−４に対して特異性を有しており、線維芽細胞、内皮細胞、特定の上皮細胞、血管平滑筋細胞、リンパ球、マクロファージ、および数々の腫瘍細胞を含めたいくつかの細胞種中で発現される。
【０２７９】
ＦＧＦＲ−１ポリペプチド（配列番号２６８として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＡＡＡ３５８３５）は、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸３５〜１１９のドメイン１、アミノ酸１５６〜２４６のドメイン２、およびアミノ酸２５３〜３５７のドメイン３によって特徴づけられている。また、ＦＧＦＲ−１は、アミノ酸３７５〜３９７の膜貫通ドメインおよびアミノ酸４７６〜７５２のプロテインキナーゼドメインも有する。
【０２８０】
ＦＧＦＲ−１タンパク質には、ＦＧＦＲ−１の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２６８として記載したアミノ酸配列に対応する位置と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＦＧＦＲ−１の免疫グロブリンドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＤで置き換えられていることができる位置９７、またはたとえばＹがＣで置き換えられていることができる位置９９、またはたとえばＡがＳで置き換えられていることができる位置１６５、またはたとえばＫがＥで置き換えられていることができる位置１９０、またはたとえばＳがＧで置き換えられていることができる位置１９２、またはたとえばＤがＧで置き換えられていることができる位置１９８、またはたとえばＣがＹで置き換えられていることができる位置２７５において、アミノ酸の変化を含んでいることができる。さらなるアミノ酸の変化は、プロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＭで置き換えられていることができる位置６０５、またはたとえばＷがＲで置き換えられていることができる位置６６４、またはたとえばＭがＲで置き換えられていることができる位置７１７において、アミノ酸を含んでいることができる。１つもしくは複数のアミノ酸の変化は、たとえばＲがＳで置き換えられていることができる位置２２、またはたとえばＰがＲで置き換えられていることができる位置２５０、またはたとえばＰがＳで置き換えられていることができる位置７７０、またはたとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置８１６、またはたとえばＲがＣで置き換えられていることができる位置８２０でも起こることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２６８と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。位置９７、９９、１６５、２７５、６０５、６６４、もしくは７１７などのＦＧＦＲ−１の免疫グロブリンまたはプロテインキナーゼドメインのいずれかにアミノ酸の変化を含むポリペプチドは、機能の突然変異の損失として特徴づけることができる。同族受容体の文脈（配列番号２６８など）では、このような変化により常染色体性優性のカルマン症候群が引き起こされる。位置７１７などでプロテインキナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、ＰＬＣγの受容体との会合を損ない、ＦＧＦ媒介性のホスホチジルイノシトールおよびＣａ２＋の流動を阻害する場合があるが、このような変化はＦＧＦ媒介性の有糸分裂誘発に影響を与えない。位置２５０などでのさらなる対立遺伝子変異体は、ファイファー症候群などの常染色体性優性の骨格障害に関連づけることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＦＧＦＲ−１対立遺伝子変異体を、配列番号３００として記載した。
【０２８１】
例示的なＦＧＦＲ−１アイソフォームには、配列番号１１９および１７６に記載のＦＧＦＲ−１アイソフォームが含まれる。これらの例示的なＦＧＦＲ−１アイソフォームは、配列番号２６８に記載のものなどの同族ＦＧＦＲ−１と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１１９として記載した例示的なＦＧＦＲ−１アイソフォームは、アミノ酸６７〜１５７の免疫グロブリン様ドメイン２およびアミノ酸１６４〜２２０の免疫グロブリン様ドメイン３の一部分を含む。配列番号１７６として記載した例示的なＦＧＦＲ−１アイソフォームは、アミノ酸７０〜１５９の免疫グロブリン様ドメイン２およびアミノ酸１６６〜２６８の免疫グロブリン様ドメイン３を含む。これらの例示的なアイソフォームは、同族ＦＧＦＲ−１ポリペプチド（たとえば配列番号２６８）と比較して、それぞれ膜貫通およびプロテインキナーゼドメインを欠いている。
【０２８２】
本明細書中のＦＧＦＲ−１アイソフォームを含めたＦＧＦＲ−１アイソフォームは、ＦＧＦＲ−１ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＦＧＦＲ−１アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＦＧＦＲ−１アイソフォームには、配列番号３００に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異体は、配列番号２６８のアミノ酸位置９７、９９、１６５、１９０、１９２、および１９８に対応する位置などで、免疫グロブリンドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。さらなる対立遺伝子変異体は、配列番号２６８のアミノ酸位置２２に対応する位置における１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２８３】
ｂ．ＦＧＦＲ−２
ＦＧＦＲ−２は、線維芽細胞成長因子受容体ファミリーのメンバーである。ＦＧＦＲ−２に対するリガンドには、それだけには限定されないが、ＦＧＦ−１（塩基性ＦＧＦ）、ＦＧＦ−２（酸性ＦＧＦ）、ＦＧＦ−４およびＦＧＦ−７などのいくつかのＦＧＦタンパク質が含まれる。ＦＧＦ受容体は、発生中における組織リモデリングの細胞−細胞の連絡および成人組織における細胞恒常性に関与している。ＦＧＦＲ−２の過剰発現、またはその突然変異は、乳房悪性腫瘍、膵臓悪性腫瘍、結腸直腸悪性腫瘍、膀胱悪性腫瘍および子宮頚悪性腫瘍を含めた様々なヒトの癌を含めた過剰増殖性疾患に関連づけられている。ＦＧＦＲ−２イントロン融合タンパク質などのＦＧＦＲ−２アイソフォームは、癌を含めた、ＦＧＦＲ−２がアップレギュレーションされた状態の治療に用いることができる。
【０２８４】
ＦＧＦＲ−２タンパク質（配列番号２６９として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿０００１３２）は、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸４１〜１２５のドメイン１、アミノ酸１５９〜２４９のドメイン２、およびアミノ酸２５６〜３６０のドメイン３によって特徴づけられている。また、ＦＧＦＲ−２は、アミノ酸３７８〜４００の膜貫通ドメインおよびアミノ酸４８１〜７５７のプロテインキナーゼドメインも含む。
【０２８５】
ＦＧＦＲ−２タンパク質には、ＦＧＦＲ−２の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２６９と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＦＧＦＲ−２の免疫グロブリンドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＹがＣで置き換えられていることができる位置１０５、またはたとえばＭがＴで置き換えられていることができる位置１６２、またはたとえばＡがＦで置き換えられていることができる位置１７２、またはたとえばＭがＴで置き換えられていることができる位置１８６（ＳＮＰ番号７５５７９３）、またはたとえばＳがＰで置き換えられていることができる位置２６７、またはたとえばＦがＶで置き換えられていることができる位置２７６、またはたとえばＣがＦで置き換えられていることができる位置２７８、またはたとえばＹがＣで置き換えられていることができる位置２８１、またはたとえばＱがＰで置き換えられていることができる位置２８９、またはたとえばＷがＣで置き換えられていることができる位置２９０、またはたとえばＡがＳで置き換えられていることができる位置３１５、またはたとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置３３８、またはたとえばＹがＨで置き換えられていることができる位置３４０、またはたとえばＴがＰで置き換えられていることができる位置３４１、またはたとえばＣがＲ、Ｙ、Ｓ、Ｆ、もしくはＷで置き換えられていることができる位置３４２、またはたとえばＡがＰもしくはＧで置き換えられていることができる位置３４４、またはたとえばＳがＣで置き換えられていることができる位置３４７、またはたとえばＳがＣで置き換えられていることができる位置３５１、またはたとえばＳがＣで置き換えられていることができる位置３５４において、アミノ酸を含んでいることができる。アミノ酸の変化のさらなる例は、膜貫通ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置３８４において、アミノ酸を含んでいることができる。また、さらなるアミノ酸の変化は、プロテインキナーゼドメイン中でも起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＮがＨで置き換えられていることができる位置５４９、またはたとえばＥがＧで置き換えられていることができる位置５６５、またはたとえばＫがＲで置き換えられていることができる位置６４１、またはたとえばＫがＮで置き換えられていることができる位置６５９、またはたとえばＧがＥで置き換えられていることができる位置６６３、またはたとえばＲがＧで置き換えられていることができる位置６７８において、アミノ酸を含んでいることができる。対立遺伝子変異は、たとえばＲがＰで置き換えられていることができる位置６、またはたとえばＴがＩで置き換えられていることができる位置３１、またはたとえばＲがＧで置き換えられていることができる位置１５２、またはたとえばＳがＷもしくはＬで置き換えられていることができる位置２５２、またはたとえばＰがＳもしくはＲで置き換えられていることができる位置２５３、またはたとえばＳがＣで置き換えられていることができる位置３７２、またはたとえばＹがＣで置き換えられていることができる位置３７５においても起こることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２６９と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。免疫グロブリンドメイン中、位置１０５、１７２、２６７、２７６、２７８、２８１、２８９、２９０、３１５、３３８、３４０、３４１、３４２、３４４、３４７、３５１、３５４などで起こるアミノ酸の変化、またはプロテインキナーゼドメイン中、位置５４９、５６５、６４１、６５９、６６３、もしくは６７８など起こるアミノ酸の変化、あるいは位置２５２、２５３、もしくは３７５などでの他のアミノ酸の変化は、このようなアミノ酸の変化が配列番号２６９に記載のものなどの同族ＦＧＦＲ−２中に存在する場合、アペール症候群、クルゾン症候群、またはファイファー症候群を含めた症候性頭蓋骨早期癒合症に関連づけられている。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＦＧＦＲ−２対立遺伝子変異体を、配列番号３０１として記載した。
【０２８６】
例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームには、配列番号１７８、１８０、１８２および１８４に記載のＦＧＦＲ−２アイソフォームが含まれる。これらの例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームは、配列番号２６９に記載のものなどの同族ＦＧＦＲ−２と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１８４として記載した例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームは、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸４１〜１２５のドメイン１、アミノ酸１５９〜２４９のドメイン２およびアミノ酸２５６〜３６０のドメイン３を含んでいるが、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。配列番号１８０として記載した例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームは、免疫グロブリン様ドメイン１、２およびドメイン３の一部分（それぞれアミノ酸４１〜１２５、１５９〜２４９および２５６〜３１３）を含んでいるが、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインが欠失している。配列番号１７８として記載した例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームは、アミノ酸４１〜１２５の免疫グロブリン様ドメイン１およびアミノ酸１５９〜２４９のドメイン２を含んでいるが、免疫グロブリン様ドメイン３、ならびに膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。配列番号１８２として記載した例示的なＦＧＦＲ−２アイソフォームは、アミノ酸４４〜１３４の免疫グロブリン様ドメイン２およびアミノ酸１４１〜２４５のドメイン３を含むが、免疫グロブリン様ドメイン１、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを含まない。
【０２８７】
本明細書中のＦＧＦＲ−２アイソフォームを含めたＦＧＦＲ−２アイソフォームは、ＦＧＦＲ−２ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＦＧＦＲ−２アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＦＧＦＲ−２アイソフォームには、配列番号３０１に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、位置１０５、１６２、１７２、１８６、２６７、２７６、２７８、２８１、２８９、２９０、３１５、３３８、３４０、３４１、３４２、３４４、３４７、３５１、または３５４などで、免疫グロブリンドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。さらなる対立遺伝子変異は、位置６、３１、１５２、２５２、または２５３などにおける１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２８８】
ｃ．ＦＧＦＲ−４
ＦＧＦＲ−４は、ＦＧＦ受容体チロシンキナーゼファミリーのメンバーである。ＦＧＦＲ−４の調節は一部の癌細胞において改変されている。たとえば、一部の腺癌では、ＦＧＦＲ−４は、正常な線維芽細胞中での発現と比較してダウンレギュレーションされている。ＦＧＦＲ−４の代替形態が一部の腫瘍細胞中で発現される。たとえば、ｐｔｄ−ＦＧＦＲ−４はＦＧＦＲ−４細胞外ドメインの一部分を欠いているが、第３のＩｇ様ドメイン、膜貫通ドメインおよびキナーゼドメインを含む。このアイソフォームは下垂体腫瘍中に見つかり、腫瘍形成性がある。ＦＧＦＲ−４アイソフォームは、ＦＧＦＲ−４が誤調節されている疾患および状態の治療に用いることができる。たとえば、ＧＦＲ−４アイソフォームは、ｐｔｄ−ＦＧＦＲ−４などの腫瘍形成性ＦＧＦＲ−４アイソフォームのダウンレギュレーションを行うために用いることができる。
【０２８９】
ＦＧＦＲ−４タンパク質（配列番号２７１として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００２００２）は、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸３５〜１１３のドメイン１、アミノ酸１５２〜２４２のドメイン２、およびアミノ酸２４９〜３５１のドメイン３によって特徴づけられている。また、ＦＧＦＲ−４は、アミノ酸３７０〜３８６の膜貫通ドメインおよびアミノ酸４６７〜７４３のプロテインキナーゼドメインも含む。
【０２９０】
ＦＧＦＲ−４タンパク質には、ＦＧＦＲ−４の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２７１と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＦＧＦＲ−４の免疫グロブリンドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＳがＲで置き換えられている位置２７５（ＳＮＰ番号１１９５４４５６）、またはたとえばＤがＶで置き換えられている位置２９７（ＳＮＰ番号１０５７６３３）において、アミノ酸を含んでいることができる。さらなるアミノ酸の変化は、プロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＲがＬで置き換えられていることができる位置６１６（ＳＮＰ番号２３０１３４４）でアミノ酸の変化を含んでいることができる。対立遺伝子変異は、たとえばＶがＩで置き換えられていることができる位置１０（ＳＮＰ番号１９６６２６５）、またはたとえばＰがＬで置き換えられていることができる位置１３６（ＳＮＰ番号３７６６１８）、またはたとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置３８８（ＳＮＰ番号３５１８５５）においても起こることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＦＧＦＲ−４対立遺伝子変異体を、配列番号３０３として記載した。
【０２９１】
例示的なＦＧＦＲ−４アイソフォームは、配列番号２７１に記載のものなどの同族ＦＧＦＲ−４と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。例示的なＦＧＦＲ−４アイソフォームには、配列番号９１、１０９および１２１に記載のＦＧＦＲ−４アイソフォームが含まれる。配列番号１２１として記載した例示的なＦＧＦＲ−４アイソフォームは、アミノ酸３５〜１１３の免疫グロブリン様ドメイン１、アミノ酸１５２〜２４２のドメイン２、およびアミノ酸２４９〜３５１のドメイン３を含んでいるが、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。配列番号１０９として記載した例示的なＦＧＦＲ−４アイソフォームは、免疫グロブリン様アミノ酸６２〜１５４のドメイン２およびアミノ酸１６１〜２０９のドメイン３の一部分を含むが、免疫グロブリン様ドメイン１、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを含まない。配列番号９１として記載した例示的なＦＧＦＲ−４アイソフォームは、同族受容体（たとえば配列番号２７１）中に存在する免疫グロブリン様ドメイン、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。
【０２９２】
本明細書中のＦＧＦＲ−４アイソフォームを含めたＦＧＦＲ−４アイソフォームは、ＦＧＦＲ−４ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＦＧＦＲ−４アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＦＧＦＲ−４アイソフォームには、配列番号３０３に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、配列番号２７１の位置２７５または２９７に対応するアミノ酸などで、免疫グロブリンドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。さらなる対立遺伝子変異体は、配列番号２７１のアミノ酸位置１０または１３６に対応するアミノ酸などで、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２９３】
５．血小板由来成長因子受容体
血小板由来成長因子受容体（ＰＤＧＦＲ）とは、２つのサブユニット、αおよびβを含むホモまたはヘテロ二量体である。受容体のサブユニットは、Ｎ末端の５つのＩｇ様ドメイン、１つの膜貫通ドメイン、およびＣ末端の１つのスプリットキナーゼドメインからなる。
【０２９４】
ＰＤＧＦＲ−Ａタンパク質（配列番号２７５として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００６１９７）は、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸４２〜１０２のドメイン１、アミノ酸２２８〜２９２のドメイン２、およびアミノ酸３１９〜４１２のドメイン３によって特徴づけられている。また、ＰＤＧＦＲ−Ａは、アミノ酸５２７〜５４９の膜貫通ドメインおよびアミノ酸５９３〜９５３のプロテインキナーゼドメインも含む。ＰＤＧＦＲ−Ｂタンパク質（配列番号２７６として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００２６００）は、アミノ酸３２〜１１９およびアミノ酸２１３〜３１１の２つの免疫グロブリン様ドメイン、アミノ酸５３４〜５５６の膜貫通ドメイン、ならびにアミノ酸６００〜９５８のプロテインキナーゼドメインによって特徴づけられている。
【０２９５】
ＰＤＧＦ受容体には、対立遺伝子変異、たとえばＰＤＧＦＲ−ＢおよびＰＤＧＦＲ−Ａ対立遺伝子変異体が含まれていることができる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２７５または２７６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、ＰＤＧＦＲ−Ｂに関して、対立遺伝子変異は、たとえばＩがＦで置き換えられている位置２９（ＳＮＰ番号１７１１０９４４）、またはたとえばＩがＴで置き換えられている位置１９４（ＳＮＰ番号２２２９５６０）、またはたとえばＰがＳで置き換えられている位置３４５（ＳＮＰ番号２２２９５５８）で、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＰＤＧＦＲ−Ｂ対立遺伝子変異体を、配列番号３０７として記載した。
【０２９６】
ＰＤＧＦ受容体およびリガンドは、血塊の形成、細胞外基質の合成、免疫細胞のアポトーシスの化学走性および胚の発生を含めた様々な細胞プロセスに関与している。ＰＤＧＦ受容体の過剰発現は、胃、膵臓、肺および前立腺を含めたいくつかのヒトの癌腫に関連づけられている。血小板由来成長因子受容体（ＰＤＧＦＲ）の活性化は、良性前立腺肥大症および前立腺癌ならびに他の癌種に関連している。また、ＰＤＧＦ−Ｒの活性化は、アテローム性動脈硬化症の発生における平滑筋の増殖にも関連している。また、ＰＤＧＦＲは、網膜の後ろの線維芽細胞の増殖によって引き起こされ、網膜剥離を生じる一般的な医学的問題である増殖性硝子体網膜症の変調にも関連するとされている。その受容体と同様、ＰＤＧＦリガンドはＡおよび／またはＢ鎖のホモまたはヘテロ二量体である。α−ＰＤＧＦ受容体は、ＰＤＧＦ−ＡまたはＰＤＧＦ−Ｂのどちらかによって活性化することができる。β−ＰＤＧＦ受容体はＰＤＧＦ−Ｂ鎖のみによって活性化することができる。ＰＤＧＦファミリーの２つのさらなるメンバー、ＰＤＧＦ−ＣおよびＰＤＧＦ−Ｄも単離されている。
【０２９７】
例示的なＰＤＧＦＲアイソフォームには、配列番号１１１および１４７に記載のアイソフォームが含まれる。これらの例示的なＰＤＧＦＲアイソフォームは、配列番号２７６に記載のものなどの同族ＰＤＧＦＲと比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１１１として記載した例示的なＰＤＧＦＲ−Ａアイソフォームは、アミノ酸４１〜１０２の１つの免疫グロブリン様ドメインによって特徴づけられているが、膜貫通ドメインまたはプロテインキナーゼドメインを含まない。配列番号１４７として記載した例示的なＰＤＧＦＲ−Ｂアイソフォームは、アミノ酸３２〜１１９およびアミノ酸２１３〜３１０の２つの免疫グロブリン様ドメインによって特徴づけられているが、膜貫通ドメインまたはプロテインキナーゼドメインを含まない。
【０２９８】
本明細書中のＰＤＧＦＲアイソフォームを含めたＰＤＧＦＲアイソフォームは、ＰＤＧＦＲポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＰＤＧＦＲアイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＰＤＧＦＲアイソフォームは、配列番号３０７に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異には、配列番号２７６の位置２９または１９４に対応するアミノ酸などで、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０２９９】
ＰＤＧＦＲアイソフォームは、増殖性硝子体網膜症、およびアテローム性動脈硬化症を含めた平滑筋の過剰増殖状態などの過剰増殖性疾患を含めた、ＰＤＧＦＲが関与する疾患および状態を標的とするために用いることができる。
【０３００】
Ｆｌｔ３（ｆｍｓ関連チロシンキナーゼ３）、ＣＳＦ１Ｒ（コロニー刺激因子１受容体）およびＫＩＴ（ｃ−ｋｉｔの受容体）も、ＰＤＧＦＲ  ＲＴＫサブファミリーのメンバーである。ＣＳＦ１Ｒタンパク質（配列番号２４９として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００５２０２）は、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸１９〜１０２のドメイン１、アミノ酸２０２〜３２４のドメイン２、およびアミノ酸４１２〜４８７のドメイン３によって特徴づけられている。また、ＣＳＦ１Ｒは、アミノ酸５１５〜５３７の膜貫通ドメインおよびアミノ酸５８２〜９１０のプロテインキナーゼドメインによっても特徴づけられている。ＣＳＦ１Ｒタンパク質には、ＣＳＦ１Ｒの対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２４９に記載のものなどの同族ＣＳＦ１Ｒ受容体と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＣＳＦ１Ｒの免疫グロブリン様ドメイン２中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＭで置き換えられていることができる、位置２７９（ＳＮＰ番号３８２９９８６）での１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。または、対立遺伝子変異体は、たとえばＨがＲで置き換えられていることができる位置３６２（ＳＮＰ番号１００７９２５０）、またはたとえばＹがＣで置き換えられていることができる位置９６９（ＳＮＰ番号１８０１２７１において、アミノ酸を含んでいることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＣＳＦ１Ｒ対立遺伝子変異体を、配列番号２８５として記載した。
【０３０１】
配列番号１４５として記載した例示的なＣＳＦ１Ｒアイソフォームは、免疫グロブリン様アミノ酸１９〜１０２のドメイン１、アミノ酸２０２〜２９６の部分的な免疫グロブリン様ドメイン２を含む。配列番号１４５は、Ｉｇ様ドメイン３、膜貫通ドメインまたはプロテインキナーゼドメインを含まない。本明細書中のＣＳＦ１Ｒアイソフォームを含めたＣＳＦ１Ｒアイソフォームは、ＣＳＦ１Ｒポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＣＳＦ１Ｒアイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＣＳＦ１Ｒアイソフォームには、配列番号２８５に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、位置２７９などで、免疫グロブリン様ドメイン２中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異には、位置３６２などで、１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれていることもできる。
【０３０２】
ＫＩＴ受容体（配列番号２７３として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿０００２１３）は、アミノ酸２１０〜３３６の免疫グロブリン様ドメイン、アミノ酸５２１〜５４３の膜貫通ドメイン、およびアミノ酸５８９〜９２４のプロテインキナーゼドメインによって特徴づけられている。ＫＩＴ受容体には、ＫＩＴの対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号３０５に記載のものなど、配列番号２７３と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＫＩＴの膜貫通ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＭがＬもしくはＶで置き換えられていることができる位置５４１（ＳＮＰ番号３８２２２１４）において、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。アミノ酸の変化のさらなる例は、プロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置６６４、またはたとえばＣがＲで置き換えられていることができる位置７８８、またはたとえばＴがＩで置き換えられていることができる位置８０１、またはたとえばＤがＶ、Ｈ、もしくはＹで置き換えられていることができる位置８１６、またはたとえばＤがＶで置き換えられている位置８２０、またはたとえばＮがＫもしくはＹで置き換えられていることができる位置８２２、またはたとえばＹがＤもしくはＣで置き換えられていることができる位置８２３、またはたとえばＷがＲで置き換えられていることができる位置８３５、またはたとえばＰがＳで置き換えられていることができる位置８６９、またはたとえばＹがＦで置き換えられていることができる位置９００において、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異体は、たとえばＤがＮで置き換えられている位置５２、またはたとえばＣがＲで置き換えられている位置１３６、またはたとえばＡがＴで置き換えられている位置１７８、またはたとえばＷがＲで置き換えられている位置５５７においても、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０３０３】
一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２７３と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。たとえば、対立遺伝子変異体は、位置８１６、８２３、８２２、または８０１などで、ＫＩＴのプロテインキナーゼドメイン中に起こる１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。別の例では、１つまたは複数のアミノ酸の変化は、位置９００などで、プロテインキナーゼドメイン中に起こり、受容体のリン酸化の減少、ＣｒｋＩＩなどのアダプタータンパク質との会合、および活性化に関連している。受容体の野生型または優性型の文脈では、このような対立遺伝子変異は、疾患または状態、たとえば精巣精上皮腫、頭蓋内胚細胞腫、慢性骨髄性白血病、ヒト斑症および特発性骨髄線維症に関連している場合がある。
【０３０４】
配列番号９３として記載した例示的なＫＩＴアイソフォームは、アミノ酸２１０〜３３６の免疫グロブリン様ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたはプロテインキナーゼドメインを含まない。本明細書中のＫＩＴアイソフォームを含めたＫＩＴアイソフォームは、ＫＩＴポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＫＩＴアイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＫＩＴアイソフォームには、配列番号３０５に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、配列番号２７３の位置１３６または１７８に対応するアミノ酸などで、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０３０５】
Ｆｌｔ３受容体（配列番号２７２として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００４１１０）は、アミノ酸７８〜１６１およびアミノ酸２５７〜３４５の免疫グロブリン様ドメイン、アミノ酸５４２〜５６４の膜貫通ドメイン、ならびにアミノ酸６１０〜９４３のチロシンキナーゼドメインによって特徴づけられている。Ｆｌｔ３タンパク質には、Ｆｌｔ３の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号３０４に記載のものなど、配列番号２７２と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、Ｆｌｔ３のチロシンキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＤがＹ、Ｈ、もしくはＦで置き換えられていることができる位置８３５、またはたとえばＩがＳで置き換えられていることができる位置８３６、またはたとえばＮがＩもしくはＹで置き換えられていることができる位置８４１、またはたとえばＹがＨで置き換えられていることができる位置８４２において、アミノ酸を含んでいることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２７２と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。位置８３５または８４１などで、Ｆｌｔ３受容体のチロシンキナーゼドメイン中に起こる１つまたは複数のアミノ酸の変化は、Ｆｌｔ３リガンドの刺激が存在しない場合に、転写ＳＴＡＴ５のシグナル伝達物質および活性化剤などの、Ｆｌｔ３の下流の標的の構成的活性化をもたらす場合がある。１つまたは複数のアミノ酸の変化は、位置８３５、８３６、および８４２などで、Ｆｌｔ３のチロシンキナーゼドメイン中に存在することができ、また、疾患または状態、たとえば小児および成人における脊髄形成異常症候群から急性骨髄白血病への進行と関連づけることができる。
【０３０６】
Ｆｌｔ３は、胎盤ならびに性腺、脳および造血細胞などの様々な成人組織中で発現される。Ｆｌｔ３は、性腺、脳および神経系における生物学的調節に関連している。Ｆｌｔ３は、小児ＡＭＬなどの小児癌の標的として示唆されている。ＫＩＴは、赤血球細胞、間質細胞、肥満細胞および生殖細胞を含めた幅広い様々な細胞種の調節に関与している。ＫＩＴは、消化管間質腫瘍を含めた様々な癌に関与している。Ｆｌｔ３、ＣＳＦ１ＲおよびＫＩＴのＲＴＫアイソフォームは、ＲＴＫが関与している疾患および状態の治療で用いることができる。
【０３０７】
６．ＭＥＴ（ヘパトサイト成長因子に対する受容体）
ＭＥＴとは、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、すなわち細胞成長、形態形成および運動性を制御する多機能性サイトカインに対するＲＴＫである。主に間葉細胞によって産生されるパラ分泌因子であるＨＧＦは、迅速な膜のラフリング、微小突起の形成、および細胞の運動性の増加を含めた、分裂促進的ならびに形態形成的な変化を誘導する。ＭＥＴによるシグナル伝達は、腫瘍形成性を増加させ、細胞運動性を誘導し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの侵襲性およびｉｎ  ｖｉｖｏでの転移を亢進することができる。また、ＭＥＴシグナル伝達は、プロテアーゼおよびウロキナーゼの産生を増加させることもでき、これにより、腫瘍の転移の促進に重要な細胞外基質／基底膜の分解がもたらされる。
【０３０８】
ＭＥＴは、肝細胞中で高度に発現されるＲＴＫである。ＭＥＴは、２つのジスルフィドで連結されたサブユニット、すなわち５０ｋＤのαサブユニットおよび１４５ｋＤのβサブユニットからなる。完全にプロセッシングされたＭＥＴタンパク質では、αサブユニットは細胞外にあり、βサブユニットは細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、およびチロシンキナーゼドメインを有する。ＭＥＴに対するリガンドは肝細胞成長因子（ＨＧＦ）である。ＦＧＦおよびＭＥＴによるシグナル伝達は、細胞成長、運動性および侵襲を含めた、肝細胞ならびに上皮細胞における分裂促進的な活性を刺激する。他のＲＴＫと同様に、これらの特性はＭＥＴを発癌性活性に関連づける。癌における役割に加えて、ＭＥＴは、マラリア感染症の発生において重要な因子であることも示されている。肝細胞をマラリアによる感染症に対して感受性をもたせるためにＭＥＴの活性化が必要であり、したがって、ＭＥＴはこの疾患の予防の主要な標的である。
【０３０９】
ＭＥＴ受容体（配列番号２７４として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号Ｎｐ＿０００２３６）は、アミノ酸５５〜５００のＳｅｍａドメインによって特徴づけられている。Ｓｅｍａドメインは、肝細胞成長因子受容体に加えて、その一部が軸索ガイダンスの間に忌避性シグナルとして機能する、分泌された膜貫通タンパク質の大きなファミリーであるセマフォリン中に発生する。ＭＥＴ中では、Ｓｅｍａドメインは、リガンド結合に加えて受容体の二量体化に関与していることが示されている。また、ＭＥＴタンパク質は、アミノ酸５１９〜５６２のプレキシンのシステインに富んだ反復、アミノ酸５６３〜６５５、アミノ酸６５７〜７３９およびアミノ酸７４２〜８３６の３つのＩＰＴ／ＴＩＧドメインによって特徴づけられている。ＩＰＴとは、プレキシンおよび転写因子に共有される免疫グロブリン様の折畳みの略である。ＴＩＧとは、転写因子中の免疫グロブリン様ドメイン（転写因子ＩＧ）の略である。ＭＥＴ中のＴＩＧドメインは、細胞外基質と受容体シグナル伝達との間の相互作用の一部を媒介する役割を担っている可能性がある。また、ＭＥＴタンパク質は、アミノ酸９５１〜９７３の膜貫通ドメインおよびアミノ酸１０７８〜１３３７の細胞質タンパク質キナーゼドメインによっても特徴づけられている。
【０３１０】
ＭＥＴ受容体には、ＭＥＴの対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２７４と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＭＥＴのＳｅｍａドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＫがＲで置き換えられている位置１１３、またはたとえばＤがＮで置き換えられている位置１１４、またはたとえばＶがＡで置き換えられている位置１４５、またはたとえばＨがＲで置き換えられている位置１４８、またはたとえばＴがＰで置き換えられている位置１５１、またはたとえばＶがＡで置き換えられている位置１５８、またはたとえばＥがＤで置き換えられている位置１６８、またはたとえばＩがＴで置き換えられている位置１９３、またはたとえばＶがＬで置き換えられている位置２１６、またはたとえばＶがＡで置き換えられている位置２３７、またはたとえばＴがＡで置き換えられている位置２７６、またはたとえばＦがＬで置き換えられている位置３１４、またはたとえばＬがＰで置き換えられている位置３３７、またはたとえばＤがＶで置き換えられている位置３４０、またはたとえばＮがＤで置き換えられている位置３８２、またはたとえばＲがＧで置き換えられている位置４００、またはたとえばＨがＲで置き換えられている位置４７６、またはたとえばＬがＭで置き換えられている位置４８１、またはたとえばＤがＧで置き換えられている位置５００において、アミノ酸を含んでいることができる。さらなる例では、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＭＥＴのプレキシンのシステインに富んだ反復ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＨがＹで置き換えられていることができる位置５４２において、アミノ酸を含んでいることができる。他の例では、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＭＥＴのＩＰＴ／ＴＩＧドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＬがＳで置き換えられている位置６２２、またはたとえばＦがＳで置き換えられている位置７２０、またはたとえばＡがＴで置き換えられている位置７２９において、アミノ酸を含んでいることができる。さらなる例では、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＭＥＴのプロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＨがＲで置き換えられている位置１０９４、またはたとえばＮがＹで置き換えられている位置１１００、またはたとえばＹがＣで置き換えられている位置１２３０、またはたとえばＹがＤで置き換えられている位置１２３５、またはたとえばＭがＴで置き換えられている位置１２５０において、アミノ酸を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＡで置き換えられている位置３７、またはたとえばＭがＴで置き換えられている位置３９、またはたとえばＱがＲで置き換えられている位置４２、またはたとえばＹがＨで置き換えられていることができる位置５０１、またはたとえばＴがＡで置き換えられていることができる位置５１１などにおいても、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２７４と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＭＥＴ対立遺伝子変異体を、配列番号３０６として記載した。上述のものなどの、ＭＥＴ受容体のチロシンキナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、ＭＥＴの調節不備の機能と関連づけることができる。たとえば、受容体の野生型または優性型の文脈では、ＭＥＴ受容体中の対立遺伝子の変化は、腫瘍の侵襲、血管形成、および転移の促進を含めたヒトの癌の発生に関連するとされている。
【０３１１】
本明細書中に提供するＭＥＴの例示的なアイソフォームは、配列番号２７４に記載のものなどの同族ＭＥＴ受容体と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。本明細書中に提供する例示的なＭＥＴ受容体アイソフォーム（たとえば配列番号１０３、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、および２１４）は、膜貫通ドメインおよび／またはプロテインキナーゼドメインを欠いている。さらに、本明細書中に提供する例示的なＭＥＴアイソフォームは、ＭＥＴ受容体の野生型または優性型の１つもしくは複数のドメインを含む（たとえば配列番号２７４として記載）。たとえば、配列番号１０３、１９０、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、および２１４として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、すべて完全なＳｅｍａドメインを含む。配列番号１０３、１９２、１９６、１９８、２００、２０２、２０６、２０８、２１０、２１２、および２１４として記載したＭＥＴアイソフォームは、完全なプレキシンのシステインに富んだ反復ドメインを含む。ＭＥＴ受容体アイソフォームは、１つまたは複数のＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含んでいることができる。たとえば、配列番号１０３、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、および２１４として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、少なくとも１つの完全なＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含む。配列番号１０３、２０８、２１０、２１２、および２１４として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームはすべて、少なくとも２つの完全なＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含む。配列番号１０３および２１２として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、３つの完全なＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含む。本明細書中に提供するＭＥＴ受容体アイソフォームには、とりわけ、ＭＥＴ受容体の野生型または優性型と比較してドメインの一部分しか含まないアイソフォームが含まれる（たとえば配列番号２７４として記載）。たとえば、配列番号１８６、１８８、および１９４として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、それぞれアミノ酸５５〜４１２、５５〜４６８、および５５〜４００のＳｅｍａドメインの一部分を含む。配列番号１９６として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、アミノ酸５６３〜６２１のＩＰＴ／ＴＩＧドメインの一部分を含む。配列番号１９８、２００および２０４として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、１つの完全なＩＰＴ／ＴＩＧドメインに加えて、第２のＩＰＴ／ＴＩＧドメイン（それぞれアミノ酸６５７〜６６４、６５７〜７１９、および６２９〜６７２）の一部分を含む。配列番号２１０として記載したＭＥＴ受容体アイソフォームは、２つの完全なＩＰＴ／ＴＩＧドメインに加えて、アミノ酸７４２〜８２３の第３のＩＰＴ／ＴＩＧドメインの一部分を含む。
【０３１２】
本明細書中のＭＥＴアイソフォームを含めたＭＥＴアイソフォームは、ＭＥＴポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＭＥＴアイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＭＥＴアイソフォームには、配列番号３０６に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異は、位置１１３、１１４、１４５、１４８、１５１、１５８、１６８、１９３、２１６、２３７、２７６、３１４、３３７、３４０、３８２、４００、４７６、４８１、４８１、または５００などで、Ｓｅｍａドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。対立遺伝子変異は、位置５４２などで、プレキシンのシステインに富んだ反復ドメイン中においても起こることができる。さらなる対立遺伝子変異は、位置６２２、７２０、または７２９などで、ＩＰＴ／ＴＩＧドメイン中においても起こることができる。また、対立遺伝子変異には、位置３７、３９、４２、５０１、または５１１などで、他のアミノ酸の変化が含まれていることもできる。
【０３１３】
ＭＥＴアイソフォームは、転移癌の治療または予防、および腫瘍増殖に必要な血管形成などの血管形成の阻害において用いることができる。ＭＥＴアイソフォームの治療的応用には、肺癌、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、結腸癌、胃癌、および皮膚の悪性黒色腫が含まれる。
【０３１４】
また、ＭＥＴアイソフォームは、腫瘍細胞の侵襲性を予防するために、他の抗血管形成薬と組み合せて用いることもできる。抗血管形成薬は腫瘍において低酸素状態を生じさせ、これにより、細胞をＨＧＦ刺激に対して感作させることによって腫瘍細胞の侵襲を促進することができる。ＭＥＴアイソフォームは、抗血管形成薬を与えた場合にＭＥＴの阻害またはダウンレギュレーションを行うことなどによって、ＭＥＴの生物活性を標的とし、それを変調することができ、したがって、腫瘍細胞の侵襲性が予防または阻害される。
【０３１５】
また、ＭＥＴアイソフォームの治療的応用には、マラリアの予防も含まれる。マラリアの原因物質であるプラスモジウムは、哺乳動物への感染を開始するためにまず肝細胞に感染しなければならない。スポロゾイトはいくつかの肝細胞を、その形質膜を破ることによってそれを通って遊走し、その後、最終的にその１つで感染が確立される。スポロゾイトの遊走による肝細胞の創傷は肝細胞成長因子（ＨＧＦ）の分泌を誘導し、これにより、肝細胞が感染に対して感受性を持つこととなる。感染は、分泌されたＨＧＦによるＨＧＦ受容体であるＭＥＴの活性化に依存する。マラリアの寄生虫は、ＭＥＴを、宿主細胞を感染に対して感受性を持たせるシグナルの媒介物質として利用する。ＨＧＦ／ＭＥＴシグナル伝達は、肝細胞中における寄生虫の初期発生に必要な、宿主細胞のアクチン細胞骨格の再配置を誘導する。ＭＥＴアイソフォームは、ＭＥＴをダウンレギュレーションし、したがってマラリア寄生虫によるＭＥＴシグナル伝達の誘導を阻害または予防し、それによりマラリア感染症を阻害または予防するための治療剤として投与することができる。
【０３１６】
ＲＯＮ（ｒｅｃｅｐｔｅｕｒ  ｄ’ｏｒｉｇｉｎｅ  ｎａｎｔａｉｓ；マクロファージ刺激１受容体としても知られる）とは、ＲＴＫのＭＥＴサブファミリーの別のメンバーである。ＲＯＮに対するリガンドはマクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）である。ＲＯＮは、上皮由来の細胞中で発現される。ＲＯＮは、肺癌および結腸癌を含めた上皮癌において役割を果たす。ＲＯＮおよびＭＥＴは卵巣癌において発現され、また、癌細胞に選択的利点を与えることによって癌の進行を促進することが示唆されている。また、ＲＯＮは特定の結腸直腸癌中で過剰発現される。ＲＯＮ遺伝子中の生殖系列の突然変異はヒトの腫瘍化に関連づけられている。ＲＯＮアイソフォームは、ＲＯＮが過剰発現される疾患および状態においてＲＯＮの活性を変調することなどによって、ＲＯＮを変調するために用いることができる。
【０３１７】
ＲＯＮタンパク質（配列番号２７７として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００２４３８）は、アミノ酸５８〜５０７のＳｅｍａドメイン、アミノ酸５２６〜５６８のプレキシンのシステインに富んだドメイン、３つのＩＰＴ／ＴＩＧドメイン（アミノ酸５６９〜６７１、アミノ酸６８４〜７６７、およびアミノ酸７７０〜８６０）、アミノ酸９６０〜９８２の膜貫通ドメインならびにアミノ酸１０８２〜１３４１の細胞質タンパク質キナーゼドメインによって特徴づけられている。
【０３１８】
ＲＯＮ受容体には、ＲＯＮの対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号３０８に記載のものなど、配列番号２７７と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＲＯＮのＳｅｍａドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＳで置き換えられている位置１１３（ＳＮＰ番号３７３３１３６）、またはたとえばＧがＡで置き換えられている位置２０９、またはたとえばＱがＲで置き換えられている位置３２２（ＳＮＰ番号２２３０５９３）、またはたとえばＮがＳで置き換えられている位置４４０（ＳＮＰ番号２２３０５９２）において、一塩基多型（ＳＮＰ）を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＲがＱで置き換えられている位置５２３（ＳＮＰ番号２２３０５９０）、またはたとえばＶがＭで置き換えられている位置９４６（ＳＮＰ番号１３０７８７３５）においても起こることができる。さらに、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＲＯＮのプロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＳで置き換えられている位置１１９５（ＳＮＰ番号７４３３２３１）、またはたとえばＲがＧで置き換えられている位置１３３５（ＳＮＰ番号１０６２６３３）、またはたとえばＤがＶで置き換えられている位置１２３２、またはたとえばＭがＴで置き換えられている位置１２５４において、アミノ酸を含んでいることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２７７と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。対立遺伝子変異体は、たとえば受容体の野生型または優性型の文脈では、疾患または状態に関連していることができる。たとえば、配列番号２７７の１２３２および１２５４に対応する位置などで、ＲＯＮのチロシンキナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、ｂ−カテニンの細胞蓄積を引き起こすことによって発癌性の細胞形質転換および腫瘍発生に関連していることができ、ここで、ｂ−カテニンのレベルの増加は癌に関連している。
【０３１９】
配列番号１２９、２１６、２１８および２２０は、例示的なＲＯＮアイソフォームを示す。例示的なＲＯＮアイソフォームは、配列番号２７７に記載のものなどの同族ＲＯＮと比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。たとえば、配列番号１２９、２１６、２１８および２２０として記載した例示的なＲＯＮアイソフォームは、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。配列番号１２９として記載した例示的なＲＯＮアイソフォームは、アミノ酸５８〜４９５の切断されたＳｅｍａドメインによって特徴づけられている。配列番号１２９は、プレキシンのシステインに富んだドメインおよびＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含まない。配列番号２１６として記載した例示的なＲＯＮアイソフォームも、アミノ酸５８〜４１０の切断されたＳｅｍａドメイン、アミノ酸４２０〜４６２の完全なプレキシンのシステインに富んだドメイン、およびアミノ酸４６３〜５２１のＩＰＴ／ＴＩＧドメインの一部分によって特徴づけられている。配列番号２２０として記載した例示的なＲＯＮアイソフォームは、完全なＳｅｍａドメインおよびプレキシンのシステインに富んだドメイン、ならびにアミノ酸５６９〜６２７のＩＰＴ／ＴＩＧドメインの一部分を含む。配列番号２１８は、完全なＳｅｍａドメイン、プレキシンのシステインに富んだドメイン、および３つのＩＰＴ／ＴＩＧドメインを含む例示的なＲＯＮアイソフォームを示す。
【０３２０】
本明細書中のＲＯＮアイソフォームを含めたＲＯＮアイソフォームには、ＲＯＮポリペプチド中の対立遺伝子変異も含まれていることができる。たとえば、ＲＯＮアイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＲＯＮアイソフォームには、配列番号３０８に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異体は、位置１１３、２０９、３２２、または４４０などで、Ｓｅｍａドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。また。対立遺伝子変異体は、位置５２３などで、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０３２１】
７．血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）
血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）とは、８つのシステイン残基の保存されたパターンを有し、共通のＶＥＧＦ受容体を共有する、密に関連する成長因子のファミリーである。ＶＥＧＦ受容体には、ＶＥＧＦＲ−１（Ｆｌｔ−１）ＶＥＧＦＲ−２（Ｆｌｋ−１／ＫＤＲ）、およびＶＥＧＦＲ−３（Ｆｌｔ−４）が含まれる。ＶＥＧＦ受容体に対するリガンドには、血管内皮成長因子−Ａ（ヴァスキュロトロピン（ｖａｓｃｕｌｏｔｒｏｐｉｎ、ＶＡＳ）または血管透過性因子（ＶＰＦ）としても知られる）ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−Ｄおよび胎盤性成長因子（ＰｌＧＦ）が含まれる。ＶＥＧＦタンパク質および受容体は、細胞遊走、増殖および管の形成を含めた血管形成の多くの側面において重要な役割を果たし、したがって、これらのタンパク質が多種の癌の病因に関連づけられる。Ｆｌｔ−１、Ｆｌｋ、およびＦｌｔ−４／ＫＤＲは、ＶＥＧＦＲファミリーメンバーをコードしている遺伝子である。
【０３２２】
ＶＥＧＦＲに関連する疾患および状態を標的化するための例示的なＲＴＫアイソフォームには、配列番号９９〜１０２、１１０、１２３、１２５、１２７、２２４および２２６に記載のＶＥＧＦＲアイソフォームが含まれる。このようなアイソフォームは、川崎病、関節リウマチ、糖尿病性網膜症、網膜症および乾癬などの急性炎症性疾患の治療、ならびに異常な血管形成の再調節において用いることができる。さらに、ＶＥＧＦＲアイソフォームは、乳癌を含めた癌の治療に用いることができる。
【０３２３】
ａ．ＶＥＧＦＲ−１（Ｆｌｔ−１）
Ｆｌｔ−１（ｆｍｓ様チロシンキナーゼ−１）は、チロシンキナーゼのＶＥＧＦ受容体ファミリーのメンバーである。Ｆｌｔ−１に対するリガンドには、ＶＥＧＦ−ＡおよびＰｌＧＦ（胎盤性成長因子）が含まれる。Ｆｌｔ−１およびそのリガンドは血管形成に重要であるので、これらのタンパク質の調節不備は、固形腫瘍の増殖または転移、関節リウマチ、糖尿病性網膜症、網膜症および乾癬などの異常な血管形成から生じる様々な疾患に顕著な影響を与える。また、Ｆｌｔ−１は、微小血管の透過性亢進を伴った全身性血管炎である川崎病にも関連するとされている。
【０３２４】
配列番号２８２として記載したＶＥＧＦＲ−１ポリペプチド（ＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００２０１０）は、４つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸２３１〜３３７のドメイン１、３３２〜４２７のドメイン２、アミノ酸５５８〜６５６のドメイン３、およびアミノ酸６６１〜７４９のドメイン４によって特徴づけられている。また、ＶＥＧＲ−１は、アミノ酸７６４〜７８０の膜貫通ドメインおよびアミノ酸８２７〜１１５４のプロテインキナーゼドメインも含む。
【０３２５】
配列番号９９〜１０２、１１０および１２３は、例示的なＶＥＧＦＲ−１アイソフォームを示す。例示的なＶＥＧＦＲ−１アイソフォームは、配列番号２８２に記載のものなどの同族ＶＥＧＦＲ−１と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。たとえば、例示的なＶＥＧＦＲ−１アイソフォームは、同族ＶＥＧＦＲ−１（たとえば配列番号２８２）と比較して、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。また、このようなアイソフォームは、追加のドメインまたは同族ＶＥＧＦＲ−１のドメインの一部分も欠いている。配列番号９９、１００および１１０として記載した例示的なＶＥＧＦＲ−１アイソフォームは、アミノ酸２３１〜３３７およびアミノ酸３３２〜４２７の２つの免疫グロブリン様ドメインを含むが、免疫グロブリン様ドメイン２および３を含まない。配列番号１０１として記載した例示的なＶＥＧＦＲ−１アイソフォームは、アミノ酸２３１〜３３７の免疫グロブリン様ドメイン１およびアミノ酸３３２〜３９４の免疫グロブリン様ドメイン２の一部分を含む。配列番号１０２として記載した例示的なＶＥＧＦＲ−１アイソフォームは、アミノ酸２３１〜３３１の１つの免疫グロブリン様ドメインの一部分を含む。本明細書中のＶＥＧＦＲ−１アイソフォームを含めたＶＥＧＦＲ−１アイソフォームは、同族ＶＥＧＦＲ−１ポリペプチド（たとえば、配列番号２８２）と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化などの、ＶＥＧＦＲ−１ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。
【０３２６】
ｂ．ＶＥＧＦＲ−２（ＫＤＲ／Ｆｌｋ−１）
ＶＥＧＦＲ−２（ＫＤＲ／Ｆｌｋ−１）は、チロシンキナーゼのＶＥＧＦ受容体ファミリーのメンバーである。ＶＥＧＦＲ−２に対するリガンドには、ＶＥＧＦが含まれる。ＶＥＧＦは、内皮および造血幹細胞上で発現されたその受容体、すなわちＶＥＧＦＲ−２およびＶＥＧＦＲ−１と相互作用し、それにより、新血管形成部位への動員を促進して血管再生プロセスを加速する。したがって、ＶＥＧＦは数種の腫瘍中で見つかっており、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏにおいて腫瘍血管形成活性を有する。ＶＥＧＦとＶＥＧＦＲ−１との相互作用は細胞遊走を媒介し、一方で、ＶＥＧＦとＶＥＧＦＲ−２との相互作用は細胞増殖を媒介する。ＶＥＧＦＲ−２受容体は生理的および病理学的な血管発生においてＶＥＧＦ活性を司っている主要なヒト受容体であり、ＶＥＧＦ−ＫＤＲシグナル伝達経路は抗血管形成剤および血管形成促進剤の開発における潜在的な標的である。
【０３２７】
ＶＥＧＦＲ−２タンパク質（配列番号２８３として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００２２４４）は、３つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸２２４〜３２５のドメイン１、アミノ酸３３３〜４１８のドメイン２、およびアミノ酸６６６〜７６６のドメイン３によって特徴づけられている。また、ＶＥＧＦＲ−２は、アミノ酸７６３〜７８５の膜貫通ドメインおよびアミノ酸８３４〜１１６０のプロテインキナーゼドメインも含む。
【０３２８】
ＶＥＧＦＲ−２タンパク質には、ＶＥＧＦＲ−２の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２８３と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＶＥＧＦＲ−２の免疫グロブリン様ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＩで置き換えられていることができる位置２９７（ＳＮＰ番号２３０５９４８）、またはたとえばＲがＫで置き換えられていることができる位置３４９（ＳＮＰ番号１８２４３０２）、またはたとえばＤがＮで置き換えられていることができる位置３９２（ＳＮＰ番号２０３４９６４）において、一塩基多型（ＳＮＰ）を含んでいることができる。さらに、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＶＥＧＦＲ−２のプロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＫがＮで置き換えられている位置８３５（ＳＮＰ番号１１３９７７５）、またはたとえばＶがＥで置き換えられている位置８４８（ＳＮＰ番号１１３９７７６）、またはたとえばＶがＩで置き換えられている位置９５２（ＳＮＰ番号１３１２９４７４）において、アミノ酸を含んでいることができる。また、１つまたは複数のアミノ酸の変化は、膜貫通ドメイン中でも起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえば  ＡがＴで置き換えられている位置７７２（ＳＮＰ番号１０６２８３２）において、アミノ酸を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＱがＨで置き換えられている位置４７２（ＳＮＰ番号１８７０３７７）、またはたとえばＲがＧで置き換えられている位置７８７（ＳＮＰ番号１１３９７７４）、またはたとえばＰがＳで置き換えられている位置１１４７、またはたとえばＰがＩで置き換えられている位置１２１０（ＳＮＰ番号１１５４０５０７）、またはたとえばＳがＴで置き換えられている位置１３４７（ＳＮＰ番号１１３９７７７）においても起こることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２８３と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。対立遺伝子変異体は、たとえば受容体の野生型または優性型の文脈では、疾患または状態に関連していることができる。たとえば、本明細書中に記載の位置１１４７などで、キナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、若年性血管腫中に見つかるものなどの腫瘍に関連していることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＶＥＧＦＲ−２対立遺伝子変異体を、配列番号３１３として記載した。
【０３２９】
ＶＥＧＦＲ−２の例示的なアイソフォームには、配列番号２８３に記載のものなどの同族ＶＥＧＦＲ−２と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いているアイソフォームが含まれる。このようなアイソフォームには、膜貫通ドメインもプロテインキナーゼドメインも含まない、配列番号２２４に記載のアイソフォームが含まれる。配列番号２２４として記載した例示的なＶＥＧＦＲ−２アイソフォームは、アミノ酸２２４〜３２５の、アミノ酸３３３〜４１８の免疫グロブリン様ドメイン、およびアミノ酸６６６〜６９１の第３の免疫グロブリン様ドメインの一部分によって特徴づけられている。
【０３３０】
本明細書中のＶＥＧＦＲ−２アイソフォームを含めたＶＥＧＦＲ−２アイソフォームは、ＶＥＧＦＲ−２ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＶＥＧＦＲ−２アイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＶＥＧＦＲ−２アイソフォームには、配列番号３１３に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異体は、位置２９７、３４９、または３９２などで、免疫グロブリン様ドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異体は、位置４７２などにおいても、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０３３１】
ｃ．ＶＥＧＦＲ−３
ＶＥＧＦＲ−３は、リンパ内皮細胞中で優勢に発現される。ＶＥＧＦＲ−３シグナル伝達は、リンパ管の発生および維持に重要である。ＶＥＧＦＲ−３を発現しているマウスモデルを、ＶＥＧＦＲ−３アイソフォームの存在下におけるリンパ組織の発生および維持に対する効果を評価するために用いることができる。また、ＶＥＧＦＲ−３は血管内皮に対して効果を有する場合もある。
【０３３２】
ＶＥＧＦＲ−３ポリペプチド（配列番号２８４として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００２０１１）は、４つの免疫グロブリン様ドメイン；アミノ酸２３１〜３２８のドメイン１、アミノ酸３４９〜３９８のドメイン２、アミノ酸５７１〜６５５のドメイン３およびアミノ酸６７７〜７６６のドメイン４によって特徴づけられている。また、ＶＥＧＦＲ−３は、アミノ酸７７６〜７９８の膜貫通ドメインおよびアミノ酸８４５〜１１６９のプロテインキナーゼドメインも含む。
【０３３３】
ＶＥＧＦＲ−３ポリペプチドには、ＶＥＧＦＲ−３の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２８４と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＶＥＧＦＲ−３のプロテインキナーゼドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＧがＳで置き換えられていることができる位置８５４、またはたとえばＱがＨで置き換えられていることができる位置８９０（ＳＮＰ番号４４８０１２）、またはたとえばＡがＰで置き換えられていることができる位置９１５、またはたとえばＣがＷで置き換えられていることができる位置９１６、またはたとえばＧがＲで置き換えられていることができる位置９３３、またはたとえばＰがＳで置き換えられていることができる位置９５４、またはたとえばＰがＬで置き換えられていることができる位置１００８、またはたとえばＲがＷもしくはＱで置き換えられていることができる位置１０４１、またはたとえばＰがＬで置き換えられていることができる位置１１３７、またはたとえばＤがＥで置き換えられていることができる位置１１６４（ＳＮＰ番号１０４９０８０）において、一塩基多型（ＳＮＰ）を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＤがＧで置き換えられている位置２４、またはたとえばＤがＧで置き換えられている位置１３４、またはたとえばＮがＤで置き換えられていることができる位置１４９、またはたとえばＴがＡで置き換えられていることができる位置４９４（ＳＮＰ番号３０７８２６）、またはたとえばＲがＣで置き換えられていることができる位置１１８９（ＳＮＰ番号７４４２８２）においても起こることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２８４と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。本明細書中に記載の位置８５４、９１５、９１６、９３３、１０４１、および１１３７での変化などの、チロシンキナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、ＶＥＧＦＲ−３シグナル伝達を妨害する場合がある。対立遺伝子変異体は、たとえば受容体の野生型または優性型の文脈では、疾患または状態に関連していることができる。たとえば、チロシンキナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、原発性の先天性リンパ浮腫に関連していることができ；位置９５４でのアミノ酸の変化は、若年性血管腫などの腫瘍に関連していることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＶＥＧＦＲ−３対立遺伝子変異体を、配列番号３１４として記載した。
【０３３４】
例示的なＶＥＧＦＲ−３アイソフォームは、配列番号２８４に記載のものなどの同族ＶＥＧＦＲ−３と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号１２５、１２７および２２６は、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている例示的なＶＥＧＦＲ−３アイソフォームを示す。このようなアイソフォームは、ＶＥＧＦＲ−３の他のドメインを含む。配列番号２２６として記載した例示的なＶＥＧＦＲ−３アイソフォームは、アミノ酸２３１〜３２８の免疫グロブリン様ドメイン１、アミノ酸３４９〜３９８のドメイン２、アミノ酸５７１〜６５５のドメイン３、およびアミノ酸６７７〜７２３のドメイン４の一部分によって特徴づけられている。配列番号１２７は、１つのアミノ酸２３１〜２７２の免疫グロブリン様ドメインによって特徴づけられている。
【０３３５】
本明細書中のＶＥＧＦＲ−３アイソフォームを含めたＶＥＧＦＲ−３アイソフォームには、配列番号２８４に記載のものなどの同族ＶＥＧＦＲ−３受容体と比較して、ＶＥＧＦＲ−３ポリペプチド中の対立遺伝子変異も含まれていることができる。たとえば、ＶＥＧＦＲ−３アイソフォームには、たとえば配列番号２８４の位置２４、１３４、１４９または４９４に対応する位置で、配列番号３１４に記載のものなどの対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。
【０３３６】
８．ＴＩＥ
Ｔｉｅ−１およびＴｉｅ−２／ＴＥＫ（免疫グロブリン様およびＥＧＦ様ドメインを有するチロシンキナーゼ）受容体は、免疫グロブリンおよび表皮成長因子相同ドメインを有する内皮ＲＴＫである。Ｔｉｅ／ＴＥＫ受容体の標的化のための例示的なＲＴＫアイソフォームには、配列番号１０４、１０５、１１２、１１３、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２に記載のＲＴＫアイソフォームが含まれる。このようなＲＴＫアイソフォームは癌、眼疾患、および関節リウマチなどの疾患における抗血管形成治療を含めた、Ｔｉｅ／Ｔｅｋ受容体が関連するとされている疾患および状態の治療に用いることができる。ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを用いて治療することができる他の疾患および状態には、関節炎、リウマチ、および乾癬などの炎症性疾患、良性腫瘍および新生物発生前の状態、心筋血管形成、血友病性関節、強皮症、血管癒着、アテローム硬化斑血管新生、毛細血管拡張、および創傷肉芽形成が含まれる。ＴＥＫ受容体アイソフォームのさらなる標的には、ＴＥＫが過剰発現される疾患、たとえば慢性骨髄白血病が含まれる。
【０３３７】
ａ．Ｔｉｅ−１
Ｔｉｅ−１は、血管の成熟および安定化に必要であると考えられている血管発生および血管形成において重要な役割を果たす受容体チロシンキナーゼである。また、Ｔｉｅ−１は、抗アポトーシス性の生存シグナルとしても作用する。Ｔｉｅ−１の発現は内皮細胞および血管新生に関連しており、関連の受容体ＴＥＫと物理的に会合する。Ｔｉｅ−１は、様々な腫瘍ならびに肺および乳房を含めた転移中においても発現され、また、甲状腺の腫瘍化にも関与している。Ｔｉｅ−１は、創傷治癒の間に強力に誘発される。Ｔｉｅ−１の活性化を司っているリガンドは依然として同定されていない。
【０３３８】
配列番号２７９として記載したＴｉｅ−１受容体（配列番号２７９として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００５４１５）は、アミノ酸１３９〜１９７およびアミノ酸３６５〜４２８の２つの免疫グロブリンドメイン、アミノ酸２２４〜２５５のＥＧＦドメイン、アミノ酸２３１〜２７２のラミニンＥＧＦ様ドメイン、３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（アミノ酸４４６〜５３３の、アミノ酸５４６〜６３２、およびアミノ酸６４４〜７２９）、アミノ酸７６４〜７８６の膜貫通ドメイン、ならびに８３９〜１１０７の細胞質タンパク質キナーゼドメインによって特徴づけられている。
【０３３９】
Ｔｉｅ−１タンパク質には、Ｔｉｅ−１の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２７９と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、Ｔｉｅ−１の免疫グロブリンドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＡがＴで置き換えられていることができる位置１４２（ＳＮＰ番号１１５４５３８０）において、一塩基多型（ＳＮＰ）を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＲがＣで置き換えられている位置１１０９（ＳＮＰ番号６６９８９９８）においても起こることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＴｉｅ−１対立遺伝子変異体を、配列番号３１０として記載した。
【０３４０】
例示的なＴｉｅ−１アイソフォームは、配列番号２７９に記載のものなどの同族Ｔｉｅ−１と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。たとえば、本明細書中に提供する例示的なＴｉｅ−１アイソフォームは、膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている。このような例示的なＴｉｅ−１アイソフォームには、配列番号１１３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２に記載のＴｉｅ−１アイソフォームが含まれる。これらのアイソフォームは、Ｔｉｅ−１受容体の他のドメインを含む。配列番号１１３および２２２として記載した例示的なＴｉｅ−１アイソフォームは、アミノ酸１３９〜１９７およびアミノ酸３６５〜４２８の２つの免疫グロブリンドメイン、アミノ酸２２４〜２５５のＥＧＦドメイン、アミノ酸２３１〜２７２のラミニンＥＧＦ様ドメイン、ならびに３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（アミノ酸４４６〜５３３の、アミノ酸５４６〜６３２、およびアミノ酸６４４〜７２９）によって特徴づけられている。配列番号１３７、１４１および１４３として記載した例示的なＴｉｅ−１アイソフォームは、アミノ酸１３９〜１９７の免疫グロブリンドメイン、アミノ酸２２４〜２５５のＥＧＦドメインならびにアミノ酸２３１〜２７２のラミニンＥＧＦ様ドメインを含む。配列番号１３５および１３９として記載した例示的なＴｉｅ−１アイソフォームは、免疫グロブリンドメインの少なくとも一部分を含む。
【０３４１】
本明細書中のＴｉｅ−１アイソフォームを含めたＴｉｅ−１アイソフォームは、Ｔｉｅ−１ポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、Ｔｉｅ−１アイソフォームは、同族Ｔｉｅ−１受容体（たとえば配列番号２７９）と比較して、１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、Ｔｉｅ−１アイソフォームには、配列番号３１０に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。たとえば、Ｔｉｅ−１アイソフォームの対立遺伝子変異体は、位置１４２などで、免疫グロブリンドメイン中にアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０３４２】
ｂ．Ｔｉｅ−２（ＴＥＫ）
Ｔｉｅ−２／ＴＥＫに対する既知のリガンドには、アンジオポイエチン（Ａｎｇ）−１およびＡｎｇ−２。これらのＲＴＫは、胚の血管構造の発生において重要な役割を果たし、成人の内皮細胞中で発現され続ける。Ｔｉｅ−２／ＴＥＫは、血管内皮中でほぼ排他的に発現されるＲＴＫである。Ｔｉｅ−２／ＴＥＫの発現は、胚の血管構造の発生に重要である。Ｔｉｅ−２／ＴＥＫの過剰発現および／または突然変異は、病原性血管形成、したがって腫瘍増殖、ならびに骨髄白血病に関連づけられている。
【０３４３】
Ｔｉｅ−２／ＴＥＫタンパク質（配列番号２７８として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿０００４５０）は、アミノ酸２１９〜２６８のラミニンＥＧＦ様ドメイン、３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（アミノ酸４４４〜５２９の、アミノ酸５４３〜６２６、およびアミノ酸６３９〜７２４）、アミノ酸７４８〜７７０の膜貫通ドメイン、ならびにアミノ酸８２４〜１０９２の細胞質タンパク質キナーゼドメインによって特徴づけられている。
【０３４４】
ＴＥＫタンパク質には、ＴＥＫの対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２７８と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＴＥＫのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＶがＩで置き換えられていることができる位置４８６（ＳＮＰ番号１３３４８１１）、またはたとえばＩがＴで置き換えられていることができる位置６９５、またはたとえばＡがＴで置き換えられていることができる位置７２４（ＳＮＰ番号４６３１５６１）において、一塩基多型（ＳＮＰ）を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異体は、ＴＥＫのプロテインキナーゼドメイン中でも起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＲがＷで置き換えられていることができる位置８４９において、アミノ酸を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＰがＱで置き換えられていることができる位置３４６においても起こることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２７８と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。対立遺伝子変異体は、たとえば受容体の野生型または優性型の文脈では、疾患または状態に関連していることができる。たとえば、位置８４９などで、ＴＥＫ受容体のキナーゼドメイン中に起こるアミノ酸の変化は、ＴＥＫの活性の増加による血管の異常形態形成に関連していることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＴＥＫ対立遺伝子変異体を、配列番号３０９として記載した。
【０３４５】
例示的なＴｉｅ−２／ＴＥＫアイソフォームは、配列番号２７８に記載のものなどの同族ＴＥＫと比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。たとえば、配列番号１０４、１０５、１１２、１３１および１３３に記載の例示的なＴＥＫアイソフォームは、膜貫通ドメインおよびキナーゼドメインを欠いている。Ｔｉｅ−２／ＴＥＫアイソフォームは、Ｔｉｅ−２／ＴＥＫ同族受容体の他のドメインを含んでいることができる。配列番号１０４として記載した例示的なＴＥＫアイソフォームは、アミノ酸２１９〜２６８のラミニンＥＧＦ様ドメインならびにアミノ酸４０１〜４８６、アミノ酸５００〜５８０、およびアミノ酸５９３〜６７８の３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインを含む。配列番号１０５として記載した例示的なＴＥＫアイソフォームは、アミノ酸２１９〜２６８のラミニンＥＧＦ様ドメインならびにアミノ酸４４４〜５２９、アミノ酸５４３〜６２３、およびアミノ酸６３６〜７２１の３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインを含む。配列番号１１２として記載した例示的なＴＥＫアイソフォームは、アミノ酸１９６〜２４５のラミニンＥＧＦ様ドメインならびにアミノ酸３７８〜４６３、アミノ酸４７７〜５５７、およびアミノ酸５７０〜６５５の３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインを含む。配列番号１３１として記載した例示的なＴＥＫアイソフォームは、アミノ酸２１９〜２６８のラミニンＥＧＦ様ドメインを含むが、３つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインが欠失している。配列番号１３３として記載した例示的なＴＥＫアイソフォームは、アミノ酸２１９〜２６８のラミニンＥＧＦ様ドメインおよびアミノ酸４４４〜４９７のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインの一部分を含む。
【０３４６】
本明細書中のＴＥＫアイソフォームを含めたＴＥＫアイソフォームは、ＴＥＫポリペプチド中に対立遺伝子変異を含んでいることができる。たとえば、ＴＥＫアイソフォームは、対立遺伝子変異体中に存在する１つまたは複数のアミノ酸の差異を含んでいることができる。一例では、ＴＥＫアイソフォームには、配列番号３０９に記載の１つまたは複数の対立遺伝子変異が含まれる。対立遺伝子変異体は、位置４８６または６９５などで、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン中に１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。また、対立遺伝子変異体は、位置３４６などで、１つまたは複数のアミノ酸の変化を含んでいることができる。
【０３４７】
９．腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）
ＴＮＦ（腫瘍壊死因子）リガンドおよび受容体ファミリーは、細胞の分化、活性化、および生存度に関与するものなどを含めた様々なシグナル伝達経路を調節する。ＴＮＦＲは、特徴的な反復性かつ細胞外のシステインに富んだモチーフおよびＴＮＦＲファミリーのメンバー間で異なる可変性の細胞内ドメインを有する。ＴＮＦＲ受容体ファミリーには、それだけには限定されないが、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＴＮＦＲｒｐ、低親和性の神経成長因子受容体、Ｆａｓ抗原、ＣＤ４０、ＣＤ２７、ＣＤ３０、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、およびヘルペスウイルス侵入媒介物質（ＨＶＥＭ）が含まれる。ＴＮＦＲに対するリガンドには、ＴＮＦ−α、リンフォトキシン、神経成長因子、Ｆａｓリガンド、ＣＤ４０リガンド、ＣＤ２７リガンド、ＣＤ３０リガンド、４−１ＢＢリガンド、ＯＸ４０リガンド、ＡＰＯ３リガンド、ＴＲＡＩＬおよびＬＩＧＨＴが含まれる。ＴＮＦＲには、シグナル伝達に関与する、リガンド結合ドメインを含めた細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインが含まれる。さらに、ＴＮＦＲは、典型的には細胞表面で三量体化する三量体タンパク質である。三量体化は、ＴＮＦＲの生物活性に重要である。
【０３４８】
ＴＮＦは、炎症性疾患および感染症において主要な役割を果たす。ＴＮＦは、細胞表面上で発現された場合に細胞内シグナルを伝達することができる２つの受容体であるＴＮＦ−Ｒ１およびＴＮＦ−Ｒ２に結合する。ＴＮＦＲ１は、細胞アポトーシス、細胞毒性、線維芽細胞増殖、プロスタグランジンＥ２の合成およびクラミジア耐性に関与する生物学的シグナル伝達の主要な媒介物質である。ＴＮＦＲ２は、サーモサイト（ｔｈｅｒｍｏｃｙｔｅ）の増殖、単核細胞に対するＴＮＦ依存性の増殖性応答、ＧＭ−ＣＳＦ分泌の誘導、初期造血の阻害、およびアポトーシスの誘導による活性化したＴ細胞のダウンレギュレーションに関与している。ＴＮＦＲ１およびＴＮＦＲ２も、可溶性の形態として、タンパク質分解的切断によって産生される（ｓＴＮＦＲ）。ＴＮＦＲレベルの上昇が炎症性疾患および感染症で見つかっている。
【０３４９】
ＴＮＦ／ＴＮＦＲは、多くのウイルスの標的である。ウイルスは、ＴＮＦなどの宿主サイトカインに結合してそれを隔離し、これにより、ウイルスが免疫系を逃れることが可能となる。多くのウイルスが、ＴＮＦに結合することによってＴＮＦＲを模倣するタンパク質、またはＴＮＦＲのウイルス相同体であるタンパク質をコードしている。ウイルスは、ＴＮＦの遺伝子活性および／または発現アップレギュレーションし、ＴＮＦ／ＴＮＦＲの効果を変調し、ＴＮＦＲに結合することができる。本明細書中に記載のものなどのＴＮＦＲアイソフォームは、ウイルスＴＮＦＲ相同体および模倣体を含めたＴＮＦＲを変調するために用いることができる。ＴＮＦ／ＴＮＦＲと相互作用し、ＴＮＦＲアイソフォームの標的であるウイルスの例には、それだけには限定されないが、粘液腫ウイルス、ワクシニアウイルス、タナポックスウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単純ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス  サイミリ、Ｂ型肝炎ウイルス、アフリカブタ熱ウイルスおよびパロウイルスを含めたＤＮＡウイルス、ならびにヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、デングウイルスおよびエボラウイルスを含めたＲＮＡウイルスが含まれる（たとえばＨｅｒｂｅｉｎ他（２０００）Ｐｒｏｃ  Ｓｏｃ  Ｅｘｐ  Ｂｉｏｌ  Ｍｅｄ．、２２３（３）：２４１〜５７参照）。例示的なＴＮＦＲアイソフォームには、配列番号９５に記載のものなどの、ＴＮＦＲ１のアイソフォームが含まれる。
【０３５０】
ａ．ＴＮＦＲ１
配列番号２８０として記載した例示的なＴＮＦＲ１ポリペプチド（ＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００１０５６）は、３つのＴＮＦＲｃ６ドメイン（アミノ酸４４〜８１、アミノ酸８４〜１２５、およびアミノ酸１２７〜１６６）、アミノ酸２１２〜２３４の膜貫通ドメイン、ならびに細胞質テイル内のアミノ酸３５７〜４４１のデスドメインによって特徴づけられている。ＴＮＦＲｃ６ドメインとは、６つの保存されたシステインを含む反復に細分することができる、Ｎ末端領域のシステインに富んだドメインであり、これらのすべてが鎖間ジスルフィド結合に関与している。デスドメインはＴＮＦＲ１受容体ファミリーに特徴的であり、アポトーシスの開始ならびにリガンド結合におけるＮＦ−κＢおよび他のシグナル伝達経路に関与している。
【０３５１】
ＴＮＦＲ１ポリペプチドには、ＴＮＦＲ１の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２８０と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、ＴＮＦＲ２のｃ６ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＰがＩで置き換えられていることができる位置７５（ＳＮＰ番号４１４９６３７）、またはたとえばＲがＱで置き換えられていることができる位置１２１（ＳＮＰ番号４１４９５８４）において、一塩基多型（ＳＮＰ）を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＰがＴで置き換えられていることができる位置３０５においても起こることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＴＮＦＲ１対立遺伝子変異体を、配列番号３１１として記載した。
【０３５２】
ｂ．ＴＮＦＲ２
ＴＮＦＲ２（配列番号２８１として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＰ＿００１０５７）は、アミノ酸４０〜７５、アミノ酸７８〜１１８およびアミノ酸１２０〜１６１の３つのＴＮＦＲｃ６ドメインならびにアミノ酸２５８〜２８０の膜貫通ドメインによって特徴づけられている。ＴＮＦＲ２タンパク質には、ＴＮＦＲ２の対立遺伝子変異体が含まれる。一例では、対立遺伝子変異体は、配列番号２８１と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む。たとえば、１つまたは複数のアミノ酸の変異は、膜貫通ドメイン中で起こることができる。対立遺伝子変異体は、たとえばＱがＲで置き換えられていることができる位置２９５（ＳＮＰ番号５７４６０３２）で、一塩基多型を含んでいることができる。また、アミノ酸の変異は、たとえばＶがＭで置き換えられていることができる位置１８７（ＳＮＰ番号５７４６０２５）、またはたとえばＭがＲで置き換えられていることができる位置１９６（ＳＮＰ番号１０６１６２２）、またはたとえばＥがＫで置き換えられていることができる位置２３２（ＳＮＰ番号５７４６０２６）、またはたとえばＡがＴで置き換えられていることができる位置２３６（ＳＮＰ番号５７４６０２７）、またはたとえばＬがＰで置き換えられていることができる位置２６４（ＳＮＰ番号５７４６０３１）においても起こることができる。一例では、対立遺伝子変異体には、配列番号２８１と比較して１つまたは複数のアミノ酸の変化が含まれ、変異体は生物活性に変化を示す。対立遺伝子変異体は、たとえば受容体の野生型または優性型の文脈では、疾患または状態に関連していることができる。たとえば、位置１９６で起こるアミノ酸の変化は、たとえば、関節リウマチおよび急性移植片対宿主疾患などの自己免疫疾患ならびに多嚢胞性卵巣症候群および高アンドロゲン症に関連する疾患に関連していることができる。上述の１つまたは複数のアミノ酸の変化を含む例示的なＴＮＦＲ２対立遺伝子変異体を、配列番号３１２として記載した。
【０３５３】
例示的なＴＮＦＲ２アイソフォームは、配列番号２８１に記載のものなどの同族ＴＮＦＲ２と比較して、１つもしくは複数のドメインまたはその一部を欠いている。配列番号９５として記載した例示的なＴＮＦＲ２アイソフォームは、膜貫通ドメインを欠いている。さらに、このアイソフォームは、アミノ酸４０〜７５およびアミノ酸７８〜１１８のＴＮＦＲｃ６ドメインならびにアミノ酸１２０〜１５２の第３のｃ６ドメインの一部分によって特徴づけられている。
【０３５４】
Ｇ．ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸の産生方法およびＣＳＲアイソフォームポリペプチドの産生方法
ＣＳＲアイソフォームの核酸分子およびポリペプチドを作製するための例示的な方法を、本明細書中に提供する。このような方法には、ＰＣＲ、合成遺伝子構築ならびに単離および／または合成した核酸断片のｉｎ  ｖｉｔｒｏライゲーションなどの、核酸分子のｉｎ  ｖｉｔｒｏ合成方法が含まれる。また、ＣＳＲアイソフォーム核酸分子は、細胞から単離したＲＮＡおよびＤＮＡのＰＣＲならびにハイブリダイゼーションおよび／または発現スクリーニング方法による核酸分子ライブラリのスクリーニングを含めたクローニング方法によっても単離することができる。
【０３５５】
ＣＳＲアイソフォームポリペプチドは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏの合成方法を用いてＣＳＲアイソフォーム核酸分子から作製することができる。ＣＳＲアイソフォームは、投与ならびに治療に必要となるアイソフォームの所要の量および形態を産生することに適した、任意の生物中で発現させることができる。発現用宿主には、大腸菌、酵母、植物、昆虫細胞、ヒト細胞系およびトランスジェニック動物を含めた哺乳動物細胞などの原核生物ならびに真核生物が含まれる。また、ＣＳＲアイソフォームは、アイソフォームが組換えによって産生される細胞および生物、ならびにアイソフォームが選択的スプライシング現象によって産生されたゲノムにコードされたアイソフォームなどの組換え手段なしで合成される細胞および生物を含めた、それが発現される細胞および生物から単離することができる。
【０３５６】
１．合成遺伝子およびポリペプチド
ＣＳＲアイソフォーム核酸分子およびポリペプチドは、合成遺伝子の合成を用いた、当業者に知られている方法によって合成することができる。このような方法では、アイソフォームをコードしている１つまたは複数の核酸分子を作製するためにＣＳＲアイソフォームのポリペプチドを「逆翻訳」する。その後、逆翻訳された核酸分子を、自動ＤＮＡ合成技法などを用いて１つまたは複数のＤＮＡ断片として合成する。その後、断片を動作可能に連結させて、アイソフォームをコードしている核酸分子を形成する。また、核酸分子を、ベクター、転写および翻訳を調節するための調節配列ならびに他のポリペプチドをコードしている核酸分子などのさらなる核酸分子と結合させることもできる。また、アイソフォームをコードしている核酸分子は、放射標識を含めた追跡などのための標識、および蛍光部分と結合させることもできる。
【０３５７】
逆翻訳のプロセスでは、ＣＳＲアイソフォームなどの任意の目的ポリペプチドのヌクレオチド遺伝子配列を得るために遺伝暗号を用いる。遺伝暗号は縮重しており、６４種のコドンが２０個のアミノ酸および３個のストップコドンを特定する。このような縮重により核酸の設計および作製における柔軟性が可能となり、これにより、たとえば、核酸断片の連結およびそれぞれの合成断片内における独特の識別配列の配置を容易にするための、制限部位の付加が可能となる。また、遺伝暗号の縮重は、望ましくない制限部位、スプライシングドナーもしくはアクセプター部位、または効率的な翻訳に有害な可能性のある他のヌクレオチド配列を含めた、望ましくないヌクレオチド配列を回避するための核酸分子の設計も可能にする。さらに、生物は、場合によっては、特定のコドン使用頻度および／または確定したＧＣ対ＡＴヌクレオチドの比を好む。したがって、遺伝暗号の縮重により、特定の生物または生物群中での発現用にあつらえられた核酸分子の設計が可能となる。さらに、核酸分子は、配列の最適化（または非最適化）に基づいて、様々な発現レベル用に設計することができる。逆翻訳は、ポリペプチドをコードしているコドンを選択することによって行われる。このようなプロセスは、遺伝暗号の表およびポリペプチドを用いて、手動で行うことができる。あるいは、公的に利用可能なソフトウェアを含めたコンピュータプログラムを用いて、逆翻訳された核酸配列を作製することができる。
【０３５８】
逆翻訳された核酸分子を合成するためには、核酸合成のための当分野で利用可能な任意の方法を用いることができる。たとえば、ＣＳＲアイソフォームをコードしているヌクレオチド配列の断片に対応する個々のオリゴヌクレオチドを標準の自動方法によって合成し、アニーリングまたはハイブリダイゼーション反応中で混合する。このようなアニーリングによって合成されたこのようなオリゴヌクレオチドは、長さが一般に約１００個のヌクレオチドである二重鎖を形成する相補配列上に形成された重複する一本鎖突出部を用いて、オリゴヌクレオチド由来の遺伝子の自己アセンブリをもたらす。二重鎖ＤＮＡ中の一本のヌクレオチド「切れ目」は、ライゲーション、たとえばバクテリオファージＴ４ＤＮＡリガーゼを用いたライゲーションを用いて閉じられる。その後、たとえば制限エンドヌクレアーゼリンカー配列を用いて、合成遺伝子をタンパク質の発現に適した様々な組換えＤＮＡベクターのうちの任意の１つに挿入することができる。別の類似の方法では、一連の重複オリゴヌクレオチドは化学的なオリゴヌクレオチド合成方法によって調製する。これらのオリゴヌクレオチドのアニーリングは、ギャップを含むＤＮＡ構造をもたらす。ＤＮＡポリメラーゼＩなどの酵素によって触媒されるＤＮＡ合成を用いてこれらのギャップを埋めることができ、二重鎖構造中に切れ目が存在する場合はライゲーションを用いてそれをすべて閉じる。ＰＣＲおよび／または他のＤＮＡ増幅技術を適用して、形成された直鎖状ＤＮＡ二重鎖を増幅することができる。
【０３５９】
さらなるヌクレオチド配列は、ベクター、たとえばタンパク質発現ベクターまたはコアタンパク質をコードしているＤＮＡ配列を増幅するために設計されたベクター内にクローニングするために制限エンドヌクレアーゼ部位を含むリンカー配列を含めて、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子と結合することができる。さらに、機能的ＤＮＡ要素を特定するさらなるヌクレオチド配列を、アイソフォームをコードしている核酸分子に動作可能に連結させることができる。このような配列の例には、それだけには限定されないが、細胞内でのタンパク質の発現を促進するために設計されたプロモーター配列、およびタンパク質の分泌を促進するために設計された分泌配列が含まれる。また、タンパク質の結合領域を特定する配列などのさらなるヌクレオチド配列も、アイソフォームをコードしている核酸分子に連結させることができる。このような領域には、それだけには限定されないが、特異的標的細胞内へのアイソフォームの取込みを促進するための配列、または他の様式で合成遺伝子の薬物動態学を亢進する配列が含まれる。
【０３６０】
また、ＣＳＲアイソフォームは、自動化された合成ポリペプチドの合成を用いて合成することもできる。クローニングしたおよび／またはｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで作製したポリペプチドは、断片として合成し、その後化学的に連結させることができる。あるいは、アイソフォームを単一のポリペプチドとして合成することができる。その後、このようなポリペプチドを、本明細書中に記載のアッセイおよび治療的投与において用いることができる。
【０３６１】
２．ＣＳＲアイソフォームのクローニングおよび単離方法
ＣＳＲアイソフォームは、核酸分子クローニングおよび単離するための当分野で知られている任意の利用可能な方法を用いて、クローニングまたは単離することができる。このような方法には、核酸のＰＣＲ増幅、ならびに核酸ハイブリダイゼーションスクリーニング、抗体系スクリーニングおよび活性系スクリーニングを含めた、ライブラリのスクリーニングが含まれる。
【０３６２】
核酸の増幅方法を用いてアイソフォームコードしている核酸分子を単離することができ、たとえばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）方法が含まれる。材料を含む核酸を出発物質として用いることができ、これから、アイソフォームをコードしている核酸分子を単離することができる。たとえば、ＤＮＡおよびｍＲＮＡ調製物、細胞抽出物、組織抽出物、流体試料（たとえば血液、血清、唾液）、健康な対象および／または疾患状態の対象由来の試料を、増幅方法で用いることができる。また、核酸ライブラリを出発物質源として用いることもできる。アイソフォームを増幅するためにプライマーを設計することができる。たとえば、それからアイソフォームが作製される発現された配列に基づいて、プライマーを設計することができる。プライマーは、アイソフォームのアミノ酸配列の逆翻訳に基づいて設計することができる。増幅によって作製した核酸分子は、配列決定を行って、アイソフォームをコードしていることを確認することができる。
【０３６３】
また、アイソフォームをコードしている核酸分子は、ライブラリのスクリーニングを用いて単離することもできる。たとえば、発現されたＲＮＡ転写物をｃＤＮＡ分子として表す核酸ライブラリを、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子またはその一部分とのハイブリダイゼーションによってスクリーニングすることができる。たとえば、ＣＳＲ遺伝子由来のイントロン配列またはその一部分を用いて、相同配列へのハイブリダイゼーションに基づいて、イントロン保持を含む分子のスクリーニングを行うことができる。発現ライブラリのスクリーニングを用いて、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子を単離することができる。たとえば、特異的アイソフォームまたはアイソフォームの一部分を認識する抗体を用いて、発現ライブラリのスクリーニングを行うことができる。ＣＳＲアイソフォームまたはアイソフォームに含まれる領域もしくはペプチドに特異的に結合する抗体を、得るおよび／または調製することができる。アイソフォームに特異的に結合する抗体を用いて、イントロン融合タンパク質などのアイソフォームをコードしている核酸分子を含む発現ライブラリのスクリーニングを行うことができる。ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体ならびにそれら由来の断片を含めた抗体の調製および単離方法は、当分野で周知である。組換え抗体および合成抗体の調製および単離方法も、当分野で周知である。たとえば、このような抗体は、固相ペプチド合成を用いて構築するか、またはヌクレオチドおよび候補ポリペプチドに特異的に結合する抗体の抗原結合部位のアミノ酸配列情報を用いて、組換えによって産生することができる。また、抗体は、可変重鎖および可変軽鎖、またはその抗原結合部分を含むコンビナトリアルライブラリのスクリーニングを行うことによっても得ることができる。ポリクローナル、モノクローナルおよび非天然の抗体の調製、単離ならびに使用方法は、たとえば、ＫｏｎｔｅｒｍａｎｎおよびＤｕｂｅｌ編（２００１）「Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（抗体工学）」Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ；ＨｏｗａｒｄおよびＢｅｔｈｅｌｌ編（２００１）「Ｂａｓｉｃ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ（抗体の産生および特徴づけの基本的方法）」ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ；ならびにＯ’ＢｒｉｅｎおよびＡｉｔｋｉｎ編（２００１）「Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ（抗体ファージディスプレイ）」Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓに総説されている。また、このような抗体は、アイソフォームポリペプチドが存在するかどうかのスクリーニング、たとえば細胞、組織または抽出物中におけるＣＳＲアイソフォームの発現の検出に用いることもできる。
【０３６４】
３．合成アイソフォーム
アイソフォームの様々な合成型を提供する。それらには、とりわけ、アイソフォームまたはイントロンにコードされたその一部分が、直接もしくはリンカーを介して標的化剤などの別の薬剤に、またはＣＳＲの活性が変調されるようにイントロンにコードされた部分もしくはアイソフォーム部分をＣＳＲに提示または提供する分子に連結されているコンジュゲートが含まれる。他の合成型には、細胞外ドメイン部分およびイントロンにコードされた部分などのＣ末端部分が異なるアイソフォーム由来であるキメラが含まれる。また、ペプチド主鎖中の１つもしくは複数の結合がバイオイソスターまたは他の結合で置き換えられており、その結果生じるポリペプチドのペプチド模倣体が、改変されていない形態と比較してプロテアーゼ耐性などの特性が改善されている、「ペプチド模倣体」アイソフォームも提供する。
【０３６５】
ａ．アイソフォームコンジュゲート
また、ＣＳＲアイソフォームは、アイソフォームと別の薬剤とのコンジュゲートとして提供することもできる。コンジュゲートは、アイソフォームが相互作用する受容体および／またはアイソフォームを送達するための別の標的受容体を標的とするために用いることができる。このようなコンジュゲートには、ＣＳＲアイソフォームと標的薬剤および／または標的化剤との連結が含まれる。コンジュゲートは、化学的コンジュゲート形成を含めた任意の適切な方法によって、または、たとえば、リンカー領域を有するもしくは有さない、標的薬剤もしくは標的化剤をコードしているＤＮＡが、ＲＴＫアイソフォームをコードしているＤＮＡに動作可能に連結している融合タンパク質の発現によって、産生することができる。また、コンジュゲートは、化学的カップリングによって、典型的には成分中に存在するもしくは付加したシステイン残基間のジスルフィド結合によって、またはアミド結合もしくは他の適切な結合によって、産生することもできる。イオン結合または他の結合も企図される。
【０３６６】
ＣＳＲアイソフォームコンジュゲートを含む薬剤組成物を調製することができ、治療上有効な量のコンジュゲートを、たとえば生理的に許容される賦形剤中で投与することによって治療を行うことができる。また、ＣＳＲアイソフォームコンジュゲートは、ＣＳＲアイソフォームコンジュゲートを融合タンパク質としてコードしている核酸を含むベクターを送達することなどによるｉｎ  ｖｉｖｏ治療方法において用いることもできる。
【０３６７】
コンジュゲートは、直接またはリンカーを介して１つもしくは複数の標的薬剤に連結された、１つもしくは複数のＣＳＲアイソフォームを含んでいることができる：（ＣＳＲアイソフォーム）ｎ、（Ｌ）ｑ、（標的薬剤）ｍ；ここで、少なくとも１つのＣＳＲアイソフォームは、直接または１つもしくは複数のリンカー（Ｌ）を介して少なくとも１つの標的薬剤に連結されている。また、このようなコンジュゲートは、治療用の標的細胞種などの標的に結合するために十分な、ＣＳＲアイソフォームの任意の一部分を用いて産生することもできる。コンジュゲートの要素間の任意の適切な会合、ならびに任意数の要素（ただし、ｎおよびｍは１を超える整数であり、ｑは０もしくは１を超える任意の整数である）が、その結果生じるコンジュゲートが標的としたＣＳＲまたは標的細胞種と相互作用する限り、企図される。
【０３６８】
標的薬剤の例には、薬物、ならびに細胞表面においてまたは細胞表面を介して作用する毒素および細胞内で作用する毒素などの他の細胞毒性分子が含まれる。このような部分の例には、ＣＳＲアイソフォームとカップリングさせた場合に標的とすることができる、放射性核種、崩壊してたとえば電離α粒子もしくはβ粒子、またはＸ線もしくはγ線を発する放射性原子が含まれる。他の例には、アイソフォームとカップリングさせることによって標的とすることができる化学療法剤が含まれる。たとえば、ゲルダナマイシンはプロテオソームを標的とする。アイソフォーム−ゲルダナマイシン分子を細胞内プロテオソームに向けさせ、標的アイソフォームを分解してプロテオソームの位置でゲルダナマイシンを遊離させることができる。他の毒性分子には、リシン、サポリンおよび巻貝または軟体動物門の他のメンバー由来の天然産物などの毒素が含まれる。標的薬剤とのコンジュゲートの別例は、たとえばタンパク質融合として抗体または抗体断片とカップリングされたＣＳＲアイソフォームである。たとえば、好中球、天然キラー細胞、およびマクロファージにおいてキラーＴ細胞活性を誘導するために、アイソフォームを、特異的細胞表面マーカーに結合する抗体のＦｃ断片とカップリングさせることができる。様々な毒素が当業者に周知である。
【０３６９】
コンジュゲートは、直接またはリンカーを介して１つもしくは複数の標的化剤に連結された、１つもしくは複数のＣＳＲアイソフォームを含んでいることができる：（ＣＳＲアイソフォーム）ｎ、（Ｌ）ｑ、および（標的化剤）ｍ；ここで、少なくとも１つのＣＳＲアイソフォームは、直接または１つもしくは複数のリンカー（Ｌ）を介して少なくとも１つの標的化剤に連結されている。コンジュゲートの要素間の任意の適切な会合、ならびに任意数の要素（ただし、ｎおよびｍは１を超える整数であり、ｑは０もしくは１を超える任意の整数である）が、その結果生じるコンジュゲートが標的細胞種などの標的と相互作用する限り、企図される。
【０３７０】
標的化剤には、ＣＳＲアイソフォームを、標的、たとえば特定の組織または細胞種または器官の標的とする、任意の分子が含まれる。標的化剤の例には、細胞表面抗原、細胞表面受容体、タンパク質、脂質、ならびに細胞表面上または細胞膜内の炭水化物部分、細胞表面上でプロセッシングされた分子、分泌された分子および他の細胞外分子が含まれる。標的化剤として有用な分子には、それだけには限定されないが、有機化合物；無機化合物；金属錯体；受容体；酵素；抗体；タンパク質；核酸；ペプチド核酸；ＤＮＡ；ＲＮＡ；ポリヌクレオチド；オリゴヌクレオチド；オリゴ糖；脂質；リポタンパク質；アミノ酸；ペプチド；ポリペプチド；ペプチド模倣体；炭水化物；補因子；薬物；プロドラッグ；レクチン；糖；糖タンパク質；生体分子；巨大分子；バイオポリマー；ポリマー；および他のそのような生体物質が含まれる。標的化剤として有用な例示的な分子には、タンパク質性リガンドおよび小分子リガンドなどの受容体に対するリガンド、ならびに抗原結合タンパク質などの抗体および結合タンパク質が含まれる。
【０３７１】
あるいは、特定の受容体（または複数の受容体）と特異的に相互作用するＣＳＲアイソフォームが標的化剤であり、これが毒素、薬物または核酸分子などの標的薬剤に連結されている。核酸分子は、標的細胞中で転写および／もしくは翻訳されることができるか、または調節核酸分子であることができる。
【０３７２】
ＣＳＲは、標的薬剤（もしくは標的化剤）に直接、またはリンカーを介して連結させることができる。リンカーにはペプチドリンカーおよび非ペプチドリンカーが含まれ、標的薬剤もしくは標的化剤がＣＳＲアイソフォームに接近していることによって引き起こされる立体障害を軽減または低下させるため、および／あるいは特異性、毒性、溶解度、血清安定性および／もしくは細胞内利用脳などのコンジュゲートの他の特性を増大または変更させるため、および／あるいはＣＳＲアイソフォームと標的薬剤または標的化剤との結合の柔軟性を増加させるためなどの機能性について選択することができる。リンカーおよびコンジュゲート形成方法の例は当分野で知られている（たとえば国際公開第００／０４９２６号パンフレット参照）。また、ＣＳＲはリポソームおよびカプセル封入された分子または包括した分子の送達を指示する他のそのような部分を用いて、標的とすることもできる。
【０３７３】
ｂ．キメラおよび合成イントロン融合ポリペプチド
また、キメラおよび合成イントロン融合ポリペプチドも提供する。これらは、生じる分子が、炎症反応、血管形成、血管新生および／または細胞増殖に関与する経路に関わる任意のものを含めたＣＳＲ、具体的にはＲＴＫの活性を変調するようにＮ末端で別のポリペプチドまたは他の分子に動作可能に連結したイントロン融合ポリペプチド由来のイントロンを含む。これらの合成「ポリペプチド」には、とりわけ、ＣＳＲの細胞外ドメイン由来のＮ末端がヘルスタチンのイントロン８（たとえば配列番号３２０〜３５９参照）などのイントロン融合タンパク質のイントロンに連結されている、キメライントロン融合ポリペプチドが含まれる。例示的なヘルスタチンを配列番号３２０〜３５９に記載した。以下の表３Ａに配列を明らかにする。他のヘルスタチン変異体には、対立遺伝子変異体、特に細胞外ドメイン部分内に変異を有するものが含まれる。
【０３７４】
【表３】
2008506366.tif 000004
【０３７５】
Ｎ末端部分は、直接またはポリペプチドリンカーもしくは化学的リンカーなどのリンカーを介して、合成イントロン融合タンパク質のＣ末端（イントロンにコードされた部分）に連結させることができる。連結は、リンカーが存在しない場合またはリンカーがポリペプチドである場合は、融合タンパク質の組換え発現によって行うことができる。化学合成を用いることもできる。リンカーがポリペプチドでない場合は、化学的に連結させることができる。
【０３７６】
任意の適切なリンカーは、その結果生じる分子がＣＳＲと相互作用し、その活性を変調する、典型的には阻害するように選択することができる。リンカーは、血清安定性、溶解度および／または細胞内濃度を上昇させるため、ならびに１つまたは複数のリンカーがＮ末端部分とイントロンにコードされた部分との間に挿入された場合の接近によって引き起こされる立体障害を低減させるためなどの、望ましい特性を付加するように選択することができる。その結果生じる分子は、炎症反応、血管新生、血管形成および細胞増殖に関与する経路に関わる任意のものを含めたＣＳＲ、特にＲＴＫの活性を変調する能力を保持するように、設計または選択される。
【０３７７】
リンカーには、連結された部分の柔軟性または溶解度を増大させるペプチドおよび化学的リンカーなどの、化学的リンカーならびにペプチドリンカーが含まれる。たとえば、リンカーは、以下に記載したものなどのヘテロ二官能性試薬を用いて挿入するか、または、ポリペプチドリンカーをコードしているＤＮＡを、Ｎ末端（および／またはＣ末端部分）をコードしているＤＮＡに連結させて、その結果生じるキメラを発現させることによって連結させることができる。さらに、リンカーが存在しない場合は、Ｎ末端を直接、イントロンにコードされた部分に連結させることができる。一部の実施形態では、Ｎ末端部分を、イントロンにコードされた部分が受容体の活性と相互作用してそれを変調することを可能にする十分な立体障害およびかさをもたらす、非ペプチド部分で置き換えることができる。上述のように、Ｎ末端は、選択された１つもしくは複数のＣＳＲがイントロンにコードされた部分の標的となるように、選択することもできる。
【０３７８】
例示的なリンカーには、それだけには限定されないが、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ、（Ｓｅｒ４Ｇｌｙ）ｎおよび（ＡｌａＡｌａＰｒｏＡｌａ）ｎ（配列番号３１９参照）［式中、ｎは１、２、３または４などの１〜４である］が含まれ、たとえば以下である：
（１）ＮｃｏＩ末端を有するＧｌｙ４Ｓｅｒ、配列番号３１５
ＣＣＡＴＧＧＧＣＧＧ  ＣＧＧＣＧＧＣＴＣＴ  ＧＣＣＡＴＧＧ
（２）ＮｃｏＩ末端を有する（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）２、配列番号３１６
ＣＣＡＴＧＧＧＣＧＧ  ＣＧＧＣＧＧＣＴＣＴ  ＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧ  ＧＣＴＣＴＧＣＣＡＴ  ＧＧ
（３）ＮｃｏＩ末端を有する（Ｓｅｒ４Ｇｌｙ）４、配列番号３１７
ＣＣＡＴＧＧＣＣＴＣ  ＧＴＣＧＴＣＧＴＣＧ  ＧＧＣＴＣＧＴＣＧＴ  ＣＧＴＣＧＧＧＣＴＣ
ＧＴＣＧＴＣＧＴＣＧ  ＧＧＣＴＣＧＴＣＧＴ  ＣＧＴＣＧＧＧＣＧＣ  ＣＡＴＧＧ
（４）ＮｃｏＩ末端を有する（Ｓｅｒ４Ｇｌｙ）２、配列番号３１８
ＣＣＡＴＧＧＣＣＴＣ  ＧＴＣＧＴＣＧＴＣＧ  ＧＧＣＴＣＧＴＣＧＴ  ＣＧＴＣＧＧＧＣＧＣ  ＣＡＴＧＧ
（５）（ＡｌａＡｌａＰｒｏＡｌａ）ｎ［式中、ｎは１〜４、たとえば２または３である］（配列番号３１９参照）
【０３７９】
ｃ．ヘテロ二官能性架橋結合試薬
アミノ基とチオール基との間に共有結合を形成し、チオール基をタンパク質内に導入するために用いられる数々のヘテロ二官能性架橋結合試薬が当業者に知られている（たとえば、そのような試薬の調製および使用を記載しており、そのような試薬の市販の入手源を提供しているＰＩＥＲＣＥ  ＣＡＴＡＬＯＧ、ＩｍｍｕｎｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｃａｔａｌｏｇ  ＆  Ｈａｎｄｂｏｏｋ、１９９２〜１９９３を参照；また、たとえば、Ｃｕｍｂｅｒ他（１９９２）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．、３：３９７〜４０１；Ｔｈｏｒｐｅ他（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．、４７：５９２４〜５９３１；Ｇｏｒｄｏｎ他（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．ＡｃａｄＳｃｉ．、８４：３０８〜３１２；Ｗａｌｄｅｎ他（１９８６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、２：１９１〜１９７；Ｃａｒｌｓｓｏｎ他（１９７８）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．、１７３：７２３〜７３７；Ｍａｈａｎ他（１９８７）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１６２：１６３〜１７０；Ｗａｗｒｙｚｎａｃｚａｋ他（１９９２）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ、６６：３６１〜３６６；Ｆａｔｔｏｍ他（１９９２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ＆Ｉｍｍｕｎ．、６０：５８４〜５８９も参照）。このような試薬は、Ｎ末端部分とＣ末端のイントロンにコードされた部分との間、またはこれらの部分のそれぞれとリンカーとの間に共有結合を形成するために用い得る。このような試薬には、それだけには限定されないが、：Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ；ジスルフィドリンカー）；スルホスクシンイミジル６−［３−（２−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ヘキサノエート（スルホ−ＬＣ−ＳＰＤＰ）；スクシンイミジルオキシカルボニル−α−メチルベンジルチオスルフェート（ＳＭＢＴ、ヒンダード二硫酸リンカー）；スクシンイミジル６−［３−（２−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ヘキサノエート（ＬＣ−ＳＰＤＰ）；スルホスクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（スルホ−ＳＭＣＣ）；スクシンイミジル３−（２−ピリジルジチオ）ブチレート（ＳＰＤＢ；ヒンダードジスルフィド結合リンカー）；スルホスクシンイミジル２−（７−アジド−４−メチルクマリン−３−アセトアミド）エチル−１，３’−ジチオプロピオネート（ＳＡＥＤ）；スルホ−スクシンイミジル７−アジド−４−メチルクマリン−３−アセテート（ＳＡＭＣＡ）；スルホスクシンイミジル−６−［α−メチル−α−（２−ピリジルジチオ）トルアミド］−ヘキサノエート（スルホ−ＬＣ−ＳＭＰＴ）；１，４−ジ−［３’−（２’−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ブタン（ＤＰＤＰＢ）；４−スクシンイミジルオキシカルボニル−α−メチル−α−（２−ピリジルチオ）トルエン（ＳＭＰＴ、ヒンダード二硫酸リンカー）；スルホスクシンイミジル−６−［α−メチル−α−（２−ピリミジルジチオ）トルアミド］ヘキサノエート（スルホ−ＬＣ−ＳＭＰＴ）；ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＭＢＳ）；ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスルホ−スクシンイミドエステル（スルホ−ＭＢＳ）；Ｎ−スクシンイミジ��（４−ヨードアセチル）アミノベンゾエート（ＳＩＡＢ；チオエーテルリンカー）；スルホスクシンイミジル−（４−ヨードアセチル）アミノベンゾエート（スルホ−ＳＩＡＢ）；スクシンイミジル−４−（ｐ−マレイミドフェニル）ブチレート（ＳＭＰＢ）；スルホスクシンイミジル４−（ｐ−マレイミド−フェニル）ブチレート（スルホ−ＳＭＰＢ）；アジドベンゾイルヒドラジド（ＡＢＨ）が含まれる。これらのリンカーは、たとえば、柔軟性もしくは溶解度を上昇させるもの、または立体障害をもたらすもしくは排除するものなどのペプチドリンカーと組み合わせて用いることができる。ポリペプチド分子を別の分子に連結させるための、当業者に知られている任意の他のリンカーを用いることができる。一般的な特性は、生じる分子が（ヒトを含めた動物に投与するために）生体適合性を有し、また、生じる分子がＣＳＲの活性を変調することである。
【０３８０】
４．発現系
天然およびコンビナトリアルのイントロン融合タンパク質を含めたＣＳＲアイソフォームは、ｉｎ  ｖｉｖｏ方法およびｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法を含めた、当業者に知られている任意の方法によって産生することができる。ＣＳＲアイソフォームは、投与ならびに治療に必要となるＣＳＲアイソフォームの所要の量および形態を産生することに適した、任意の生物中で発現させることができる。発現用宿主には、大腸菌、酵母、植物、昆虫細胞、ヒト細胞系およびトランスジェニック動物を含めた哺乳動物細胞などの原核生物ならびに真核生物が含まれる。発現用宿主は、そのタンパク質産生レベルおよび発現されたタンパク質上に存在する翻訳後修飾の種類が異なっていることができる。発現用宿主の選択は、これらならびに規制および安全性の考慮、産生コスト、精製の必要性およびの方法などの他の要素に基づいて行うことができる。
【０３８１】
多くの発現ベクターが利用可能かつ当業者に知られており、ＣＳＲアイソフォームの発現に用いることができる。発現ベクターの選択は、宿主の発現系の選択に影響を受ける。一般に、発現ベクターには、転写プロモーター、ならびに任意選択でエンハンサー、翻訳シグナル、転写停止シグナル、および翻訳停止シグナルが含まれていることができる。安定した形質転換に用いられる発現ベクターは、典型的には、形質転換細胞の選択および維持を可能にする選択マーカーを有する。場合によっては、ベクターのコピー数を増幅するために複製起点を用いることができる。
【０３８２】
また、ＣＳＲアイソフォームは、タンパク質融合体として利用または発現させることもできる。たとえば、アイソフォームにさらなる機能性を付加するためにアイソフォーム融合体を作製することができる。アイソフォーム融合タンパク質の例には、それだけには限定されないが、シグナル配列、局在化などのためのタグ、たとえばｈｉｓ６タグもしくはｍｙｃタグ、または精製のためのタグ、たとえばＧＳＴ融合、ならびにタンパク質の分泌および／または膜会合を指示するための配列の融合が含まれる。
【０３８３】
ａ．原核生物での発現
原核生物、特に大腸菌は、ＣＳＲアイソフォームなどのタンパク質を大量に産生する系を提供する。大腸菌の形質転換は、当業者に周知の単純かつ迅速な技法である。大腸菌の発現ベクターは誘導性プロモーターを含んでいることができ、このようなプロモーターは、高いタンパク質発現レベルの誘導および宿主細胞にある程度の毒性を示すタンパク質の発現に有用である。誘導性プロモーターの例には、ｌａｃプロモーター、ｔｒｐプロモーター、ハイブリッドｔａｃプロモーター、Ｔ７およびＳＰ６ＲＮＡプロモーターならびに温度調節されたλＰＬプロモーターが含まれる。
【０３８４】
アイソフォームは、大腸菌の細胞質環境中で発現させることができる。細胞質は還元性の環境であり、一部の分子にとって、これは不溶性の封入体の形成がもたらされる原因となる場合がある。ジチオスレイトールおよびβ−メルカプトエタノールなどの還元剤ならびにグアニジン−ＨＣｌおよび尿素などの変性剤を用いて、タンパク質を再度溶解させることができる。代替手法は、酸化的環境ならびにシャペロニン様およびジスルフィドイソメラーゼを提供し、可溶性タンパク質の産生をもたらすことができる、細菌のペリプラズム空隙におけるＣＳＲアイソフォームの発現である。典型的には、リーダー配列を発現させるタンパク質と融合させ、これによりタンパク質がペリプラズムに向けられる。その後、リーダーは、ペリプラズム内のシグナルペプチダーゼによって取り除かれる。ペリプラズムを標的とするリーダー配列の例には、ペクチン酸リアーゼの遺伝子由来のｐｅｌＢリーダーおよびアルカリホスファターゼ遺伝子由来のリーダーが含まれる。場合によっては、ペリプラズムでの発現により、発現されたタンパク質が培地中に漏れることが可能となる。タンパク質の分泌は、培養上清からの急速かつ単純な精製を可能にする。分泌されなかったタンパク質は、浸透圧溶解によってペリプラズムから得ることができる。細胞質での発現と同様に、場合によってはタンパク質が不溶性となる可能性があり、変性剤および還元剤を用いて可溶化および再折畳みを促進することができる。誘導および増殖の湿度も発現レベルおよび溶解度に影響を与える場合があり、典型的には２５℃〜３７℃の温度を用いる。典型的には、細菌はグリコシル化されていないタンパク質を産生する。したがって、タンパク質が機能のためにグリコシル化を要する場合は、宿主細胞から精製したあとにグリコシル化をｉｎ  ｖｉｔｒｏで付け足すことができる。
【０３８５】
ｂ．酵母
サッカロミセスセレヴィシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓａｅ）、シゾサッカロミセスポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ）、ヤロウィアリポリティカ（Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）、クルイヴェロミセスラクチス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ）およびピキアパストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）などの酵母は、ＣＳＲアイソフォームの産生に用いることができる周知の酵母発現用宿主である。酵母は、エピソーム複製ベクターを用いて、または相同組換えによる安定した染色体への組込みによって形質転換させることができる。典型的には、誘導性プロモーターを用いて遺伝子発現を調節する。このようなプロモーターの例には、ＧＡＬ１、ＧＡＬ７およびＧＡＬ５ならびにＣＵＰ１、ＡＯＸ１などのメタロチオネインプロモーター、または他のピキアもしくは他の酵母プロモーターが含まれる。発現ベクターには、多くの場合、形質転換させたＤＮＡを選択および維持するためのＬＥＵ２、ＴＲＰ１、ＨＩＳ３およびＵＲＡ３などの選択マーカーが含まれる。酵母中で発現されたタンパク質は、多くの場合は可溶性である。Ｂｉｐおよびタンパク質ジスルフィドイソメラーゼなどのシャペロニンとの同時発現は、発現レベルおよび溶解度を改善させる場合がある。さらに、酵母中で発現されたタンパク質は、サッカロミセスセレヴィシエ由来の酵母交配型α−因子の分泌シグナルなどの分泌シグナルペプチド融合体、およびＡｇａ２ｐ交配接着受容体またはアルクスラアデニニボランス（Ａｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ）のグルコアミラーゼなどの酵母細胞表面タンパク質との融合体を用いた分泌に向けることができる。発現されたポリペプチドが分泌経路を出る際に、融合した配列がその発現されたポリペプチドから除去されるように、Ｋｅｘ−２プロテアーゼの切断部位などのプロテアーゼ切断部位を設計することができる。また、酵母もＡｓｎ−Ｘ−Ｓｅｒ／Ｔｈｒモチーフにおいてグリコシル化が可能である。
【０３８６】
ｃ．昆虫細胞
昆虫細胞、特にバキュロウイルス発現を用いたものは、ＣＳＲアイソフォームなどのポリペプチドの発現に有用である。昆虫細胞はタンパク質を高レベルで発現し、高等真核生物によって用いられる翻訳後修飾のほとんどを行うことができる。バキュロウイルスは宿主範囲が制限されており、これにより、安全性が向上し、真核発現における規制面の懸案事項が軽減される。典型的な発現ベクターは、バキュロウイルスのポリヘドリンプロモーターなど、高レベル発現用のプロモーターを用いる。一般的に用いられるバキュロウイルス系には、オートグラファカリフォルニカ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ）、およびボンビクスモリ（ｂｏｍｂｙｘ  ｍｏｒｉ）核多角体病ウイルス（ＢｍＮＰＶ）などのバキュロウイルス、ならびにスポドプテラフルジペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）、スーダレチアユニプンクタ（Ｐｓｅｕｄａｌｅｔｉａ  ｕｎｉｐｕｎｃｔａ）（Ａ７Ｓ）およびダナウスプレキシップス（Ｄａｎａｕｓ  ｐｌｅｘｉｐｐｕｓ）（ＤｐＮ１）由来のＳｆ９などの昆虫細胞系が含まれる。高レベルの発現には、発現させる分子のヌクレオチド配列をウイルスのポリヘドリン開始コドンのすぐ下流に融合させる。哺乳動物分泌シグナルは昆虫細胞中で正確にプロセッシングされ、発現されたタンパク質を培地中に分泌させるために用いることができる。さらに、細胞系スーダレチアユニプンクタ（Ａ７Ｓ）およびダナウスプレキシップス（ＤｐＮ１）は、哺乳動物細胞系と類似したグリコシル化パターンを有するタンパク質を産生する。
【０３８７】
昆虫細胞における代替発現系は、安定に形質転換した細胞の使用である。シュニーダー（Ｓｃｈｎｉｅｄｅｒ）２（Ｓ２）ならびにＫｃ細胞（ドロスフィラメラノガスター（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ））およびＣ７細胞（エーデスアルボピクタス（Ａｅｄｅｓ  ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ））などの細胞系を発現に用いることができる。ドロスフィラのメタロチオネインプロモーターは、カドミウムまたは銅を用いた重金属での誘導の存在下で、高い発現レベルを誘導することができる。発現ベクターは、典型的には、ネオマイシンおよびハイグロマイシンなどの選択マーカーを用いることによって維持される。
【０３８８】
ｄ．哺乳動物細胞
哺乳動物発現系を用いてＣＳＲアイソフォームを発現させることができる。発現構築物は、アデノウイルスなどのウイルス感染によって、またはリポソーム、リン酸カルシウム、ＤＥＡＥ−デキストランならびに電気穿孔および微量注入などの物理的手段等の直接ＤＮＡ移行によって、哺乳動物細胞に移行させることができる。哺乳動物細胞の発現ベクターには、典型的には、ｍＲＮＡキャップ部位、ＴＡＴＡボックス、翻訳開始配列（コザックコンセンサス配列）およびポリアデニル化要素が含まれる。このようなベクターには、多くの場合、高いレベルの発現のために転写プロモーター−エンハンサー、たとえばＳＶ４０プロモーター−エンハンサー、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーターおよびラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）の末端反復配列が含まれる。これらのプロモーター−エンハンサーは、多くの細胞種中で活性がある。また、組織および細胞種のプロモーターおよびエンハンサー領域も、発現に用いることができる。例示的なプロモーター／エンハンサー領域には、それだけには限定されないが、エラスターゼＩ、インスリン、免疫グロブリン、マウス乳癌ウイルス、アルブミン、αフェトプロテイン、α１抗トリプシン、βグロビン、ミエリン塩基性タンパク質、ミオシン軽鎖２、および性腺刺激放出ホルモン遺伝子制御などの遺伝子由来のものが含まれる。発現構築物と共に細胞を選択および維持するために選択マーカーを用いることができる。選択マーカー遺伝子の例には、それだけには限定されないが、ハイグロマイシンＢホスホトランスフェラーゼ、アデノシンデアミナーゼ、キサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ、アミノグリコシド  ホスホトランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸還元酵素およびチミジンキナーゼが含まれる。ＴＣＲ−ζおよびＦｃεＲＩ−γなどの細胞表面シグナル伝達分子との融合により、細胞表面上に活性状態でのタンパク質の発現を指示することができる。
【０３８９】
多くの細胞系が哺乳動物の発現に利用可能なであり、マウス、ラット、ヒト、サル、ニワトリおよびハムスター細胞が含まれる。例示的な細胞系には、それだけには限定されないがＣＨＯ、Ｂａｌｂ／３Ｔ３、ＨｅＬａ、ＭＴ２、マウスＮＳ０（非分泌性）および他の骨髄腫細胞系、ハイブリドーマおよびヘテロハイブリドーマ細胞系、リンパ球、線維芽細胞、Ｓｐ２／０、ＣＯＳ、ＮＩＨ３Ｔ３、ＨＥＫ２９３、２９３Ｓ、２Ｂ８、ならびにＨＫＢ細胞が含まれる。また、無血清培地に適合させた細胞系も利用可能であり、これにより、分泌されたタンパク質を細胞培養培地から精製することが容易となる。その一例は無血清ＥＢＮＡ−１細胞系である（Ｐｈａｍ他、（２００３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．、８４：３３２〜４２）。
【０３９０】
ｅ．植物
トランスジェニック植物細胞および植物を用いてＣＳＲアイソフォームを発現させることができる。発現構築物は、典型的には、微粒子銃およびプロトプラストへのＰＥＧ−媒介の移行などの直接ＤＮＡ移行、ならびにアグロバクテリウム媒介の形質転換を用いて植物へ移行される。発現ベクターには、プロモーターおよびエンハンサー配列、転写停止要素ならびに翻訳制御要素が含まれていることができる。発現ベクターおよび形質転換技術は、通常、白イヌナズナおよびタバコなどの双子葉植物宿主と、トウモロコシおよびコメなどの単子葉植物宿主とで分けられる。発現に用いられる植物プロモーターの例には、カリフラワーモザイクウイルスプロモーター、ノパリンシンターゼプロモーター、リボービスホスフェートカルボキシラーゼプロモーターならびにユビキチンおよびＵＢＱ３プロモーターが含まれる。ハイグロマイシン、ホスホマンノースイソメラーゼおよびネオマイシンホスホトランスフェラーゼなどの選択マーカーが、多くの場合、形質転換細胞の選択および維持を容易にするために用いられる。形質転換させた植物細胞を、細胞として、凝集体（カルス組織）または植物全体に再生して培養中に維持することができる。また、トランスジェニック植物細胞には、ＣＳＲアイソフォームを産生するように遺伝子操作した藻が含まれていることもできる（たとえばＭａｙｆｉｅｌｄ他（２００３）ＰＮＡＳ、１００：４３８〜４４２参照）。植物は哺乳動物細胞とは異なるグリコシル化パターンを有するので、これらの宿主中で産生されるＣＳＲアイソフォームの選択に影響が与えられる可能性がある。
【０３９１】
５．遺伝子操作したＣＳＲアイソフォーム
ＣＳＲアイソフォームは、１つまたは複数の改変された特性を有するように設計および産生することができる。このような特性には、それだけには限定されないが、タンパク質半減期の増加などのタンパク質安定性の増加、熱および／または１つもしくは複数のプロテアーゼに対する耐性の増加が含まれる。たとえば、ＣＳＲアイソフォームを、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎ  ｖｉｖｏにおいてタンパク質安定性が増加するように改変することができる。Ｉｎ  ｖｉｖｏの安定性には、血液、唾液、および／または消化液中での安定性など、特定の投与条件下でのタンパク質の安定性が含まれていることができる。
【０３９２】
ａ．改変されたタンパク質
ＣＳＲアイソフォームは、タンパク質の改変について当分野で知られている任意の方法を用いて改変することができる。このような方法には、部位特異的突然変異誘発およびランダム突然変異誘発が含まれる。タンパク質安定性を増加させるために、非天然アミノ酸および／またはポリペプチドのアミノ酸間に非天然共有結合をＣＳＲアイソフォーム内に導入することができる。このような改変されたＣＳＲアイソフォームでは、アイソフォームの生物学的機能は未改変のアイソフォームと比較して変化していない可能性もある。本明細書中に提供し、当分野で知られている生物学的機能のためのアッセイなどのアッセイを用いて、改変したＣＳＲアイソフォームの生物学的機能を評価することができる。
【０３９３】
ｂ．ペプチド模倣体アイソフォーム。
また、ペプチド主鎖中の１つもしくは複数の結合（または他の結合（もしくは複数の結合））がバイオイソスターまたは他の結合によって置き換えられ、その結果生じるポリペプチド模倣体のプロテアーゼ耐性などの特性が未改変の形と比較して向上する、「ペプチド模倣体」アイソフォームも提供する。
【０３９４】
Ｈ．アイソフォームの活性もしくはＣＳＲ活性に対する影響を評価または監視するためのアッセイ
ＣＳＲアイソフォームは、受容体の完全長の野生型もしくは優性型と比較して、構造またはもう１つの活性の変更を示すことができる。さらに、ＣＳＲアイソフォームはＣＳＲの活性を変更（変調）することができる。このようなアイソフォームすべてが候補治療剤である。
【０３９５】
アイソフォームが活性に差異を示す場合は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏアッセイを用いてＣＳＲアイソフォームの監視またはスクリーニングを行うことができる。また、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏアッセイを用いて、特定の受容体もしくは経路の活性を変調するものを選択または同定するためにＣＳＲアイソフォームのスクリーニングを行うこともできる。このようなアッセイは当業者に周知である。当業者は、ＣＳＲもしくはＣＳＲリガンドとの相互作用について特定のアイソフォームの試験を行う、および／またはＣＳＲと比較した活性の任意の変化を評価するために試験を行うことができる。その一部を本明細書中に例示する。
【０３９６】
例示的なｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏアッセイを、ＲＴＫアイソフォームの活性をＲＴＫの野生型または優性型の活性と比較するために本明細書中に提供する。多くのアッセイが他のＣＳＲおよびＣＳＲアイソフォームに適応可能である。さらに、ＣＳＲのキナーゼ活性および細胞増殖活性のアッセイなどの数々のアッセイが当業者に知られている。ＲＴＫアイソフォームおよびＲＴＫの活性用のアッセイには、それだけには限定されないが、キナーゼアッセイ、ホモ二量体化およびヘテロ二量体化アッセイ、タンパク質：タンパク質相互作用アッセイ、構造的アッセイ、細胞シグナル伝達アッセイならびにｉｎ  ｖｉｖｏ表現型アッセイが含まれる。また、アッセイには、活性を観察および／もしくは測定することができる、または他の方法で評価することができる疾患モデルを含めた動物モデルの使用も含まれる。このようなアッセイにおけるＣＳＲアイソフォームの用量応答曲線は、生物活性の変調を評価するため、および投与するＣＳＲアイソフォームの治療上有効な量を決定するために用いることができる。ＲＴＫアイソフォームおよびＲＴＫのアッセイには、それだけには限定されないが、キナーゼアッセイ、ホモ二量体化およびヘテロ二量体化アッセイ、タンパク質：タンパク質相互作用アッセイ、構造的アッセイ、細胞シグナル伝達アッセイならびにｉｎ  ｖｉｖｏ表現型アッセイが含まれる。ＴＮＦＲのアッセイには、それだけには限定されないが、三量体化アッセイ、膜局在化アッセイなどの局在化アッセイ、タンパク質：タンパク質相互作用アッセイ、構造的アッセイ、細胞シグナル伝達アッセイおよびｉｎ  ｖｉｖｏ表現型アッセイが含まれる。例示的なアッセイを以下に記載する。
【０３９７】
１．キナーゼアッセイ
キナーゼ活性は、直接および間接的に検出ならびにおよび／または測定することができる。たとえば、ホスホチロシンに対する抗体を用いて、ＲＴＫのリン酸化、ＲＴＫアイソフォーム、ＲＴＫ：ＲＴＫアイソフォーム複合体ならびに他のタンパク質およびシグナル伝達分子のリン酸化を検出することができる。たとえば、ＲＴＫのチロシンキナーゼ活性の活性化は、ＲＴＫに対するリガンドの存在下で測定することができる。リン酸転移は、抗ホスホチロシン抗体によって検出することができる。リン酸転移は、ＲＴＫアイソフォームを存在させておよび存在させずに測定ならびに／または検出することができ、したがって、ＲＴＫアイソフォームがＲＴＫのリン酸転移を変調する能力が測定される。手短に述べると、ＲＴＫアイソフォームを発現する細胞、またはＲＴＫアイソフォームに曝された細胞を、リガンドで処理する。細胞を溶解し、タンパク質抽出物（全細胞抽出物または分画した抽出物）をポリアクリルアミドゲルに載せ、電気泳動によって分離して、ウエスタンブロッティングで用いるものなどの膜に移す。また、抗ＲＴＫ抗体を用いた免疫沈降も、ゲル電気泳動およびウエスタンブロッティングを行う前にＲＴＫタンパク質を分画ならびに単離するために用いることができる。抗ホスホチロシン抗体を用いて膜のプロービングを行ってリン酸化を検出することができ、また、抗ＲＴＫ抗体を用いてプロービングを行って全ＲＴＫタンパク質を検出することができる。比較のために、ＲＴＫアイソフォームを発現しない細胞およびリガンドに曝されていない細胞などの対照細胞を同じ手順に供することができる。
【０３９８】
また、チロシンのリン酸化は、質量分析などによって直接測定することもできる。たとえば、ＲＴＫのリン酸化状態に対するＲＴＫアイソフォームの効果を、無傷の細胞を様々な濃度のＲＴＫアイソフォームで処理してＲＴＫの活性化に対する効果を測定することなどによって、測定することができる。ＲＴＫは、免疫沈降によって単離することができ、質量分析による解析用のペプチド断片を産生するためにトリプシン処理することができる。ペプチドの質量分析は、タンパク質のチロシンリン酸化の程度を定量的に決定するためのよく確立された方法である。チロシンのリン酸化は、ホスホチロシンを含むペプチドイオンの質量を増加させ、このペプチドは質量分析によってリン酸化されていないペプチドから容易に分離することができる。
【０３９９】
たとえば、チロシン−１１３９およびチロシン−１２４８は、ＥｒｂＢ２  ＲＴＫ中で自己リン酸化されていることが知られている。トリプシン処理したペプチドは、たとえばＥｘＰＡＳｙ−ＰｅｐｔｉｄｅＭａｓｓプログラムを用いることによって、ポリペプチドに基づいて経験的に決定または予測することができる。チロシン−１１３９およびチロシン−１２４８のリン酸化の程度は、これらのチロシンを含むペプチドの質量分析データから決定することができる。このようなアッセイを用いて、ＲＴＫアイソフォームの自己リン酸化の程度およびＲＴＫアイソフォームがＲＴＫのトランスリン酸化を行う能力を評価することができる。
【０４００】
２．複合体化
ＲＴＫおよびＲＴＫアイソフォームの二量体化ならびにＴＮＦＲおよびＴＮＦＲアイソフォームの三量体化などの複合体化を、検出および／または測定することができる。たとえば、単離したポリペプチドを混合して、ゲル電気泳動およびウエスタンブロッティングに供することができる。また、ＣＳＲならびに／またはＣＳＲアイソフォームを細胞および全細胞もしくは分画した抽出物などの細胞抽出物に加えることができ、ゲル電気泳動およびウエスタンブロッティングに供することができる。ポリペプチドを認識する抗体を用いて、単量体、二量体および他の複合体形成した型の存在を検出することができる。あるいは、標識したＣＳＲおよび／または標識したＣＳＲアイソフォームをアッセイで検出することができる。
【０４０１】
たとえば、このようなアッセイを用いて、ＲＴＫアイソフォームを存在させておよび存在させずに、ＲＴＫのホモ二量体化または２つ以上のＲＴＫのヘテロ二量体化を比較することができる。また、ＲＴＫアイソフォームのホモ二量体化、および／またはＲＴＫとヘテロ二量体化するその能力を評価するために、アッセイを行うこともできる。たとえば、ＥｒｂＢ２  ＲＴＫアイソフォームを、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３およびＥｒｂＢ４とヘテロ二量体化するその能力について評価することができる。さらに、ＥｒｂＢ２  ＲＴＫアイソフォームを、ＥｒｂＢ２が自己とホモ二量体化する能力を変調するその能力について、評価することができる。
【０４０２】
３．リガンド結合
一般に、ＣＳＲは１つまたは複数のリガンドに結合する。リガンド結合は受容体の活性を変調し、したがって、たとえばシグナル伝達経路のシグナル伝達を変調する。ＣＳＲアイソフォームのリガンド結合およびＣＳＲアイソフォームの存在下におけるＣＳＲのリガンド結合を測定することができる。たとえば、放射標識したリガンドなどの標識したリガンドを、ＣＳＲアイソフォームを存在させてまたは存在させずに（対照）、精製したもしくは部分的に精製したＣＳＲに加えることができる。免疫沈降および放射活性の測定を用いて、ＣＳＲアイソフォームが存在する場合および存在しない場合にＣＳＲに結合したリガンドの量を定量することができる。また、ＣＳＲアイソフォームは、ＣＳＲアイソフォームを標識したリガンドと共にインキュベートし、たとえば対応するＣＳＲの野生型または優性型によって結合された量と比較してＣＳＲアイソフォームに結合された標識したリガンドの量を決定することなどによって、リガンド結合について評価することもできる。
【０４０３】
４．細胞増殖アッセイ
いくつかのＲＴＫ、たとえばＶＥＧＦＲが、細胞増殖に関与している。細胞増殖に対するＲＴＫアイソフォームの効果を測定することができる。たとえば、リガンドを、ＲＴＫを発現する細胞に加えることができる。ＲＴＫアイソフォームは、リガンドを加えて細胞増殖に対する効果を測定する前、それと同時に、またはその後に、このような細胞に加えることができる。あるいは、ＲＴＫアイソフォームは、このような細胞モデル中で、たとえばアデノウイルスベクターを用いて発現させることができる。たとえば、ＶＥＧＦＲアイソフォームを、ＶＥＧＦＲを発現する内皮細胞に加える。アイソフォームを加えたあと、ＶＥＧＦリガンドを加え、細胞を標準の増殖温度（たとえば３７℃）で数日間インキュベーションした。細胞をトリプシン処理し、トリパンブルーで染色し、生細胞を計数した。ＶＥＧＦＲアイソフォームおよび／またはリガンドに曝されていない細胞は、比較用の対照として用いる。他の適切な対照を用いることができる。
【０４０４】
５．細胞疾患モデルアッセイ
疾患もしくは状態由来の細胞、または疾患もしくは状態を模倣するように変調させることができる細胞を用いて、ＣＳＲアイソフォームの測定および／もしくは検出することができる。数々の動物モデルおよびｉｎ  ｖｉｔｒｏ疾患モデルが当業者に知られている。たとえば、ＣＳＲアイソフォームを細胞に加えるか、または細胞中で発現させ、ＣＳＲアイソフォームに曝していない、もしくはそれを発現しない細胞と比較して、表現型を測定または検出する。このようなアッセイは、細胞増殖、転移、炎症、血管形成、病原体感染症および骨吸収に対する効果を含めた効果を測定するために用いることができる。
【０４０５】
たとえばＭＥＴアイソフォームの効果を、このようなアッセイを用いて測定することができる。ＨｅｐＧ２肝細胞などの肝細胞モデルを用いて、スポロゾイトによる培養中のマラリアの感染力を監視することができる。ＭＥＴアイソフォームなどのＲＴＫアイソフォームを細胞に加えるか、および／または細胞中で発現させる。その後、感染の結果産生されるスポロゾイトのＥＥＦ（赤血球外型）を染色および計数することなどによって、マラリアスポロゾイトを用いたこのような細胞の感染を測定するＣａｒｒｏｌｏ他（２００３）Ｎａｔ  Ｍｅｄ、９（１１）：１３６３〜１３６９。ＲＴＫアイソフォームの効果は、この結果を、曝されていない細胞またはＲＴＫアイソフォームを発現する細胞および／または未感染の細胞と比較することによって評価することができる。
【０４０６】
また、ＣＳＲアイソフォームの効果は、血管形成において測定することができる。たとえば、ヒト臍静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）などの内皮細胞によるｉｎ  ｖｉｔｒｏでの細管形成は、血管形成および血管形成に対する効果を測定するアッセイとして用いることができる。様々な量のＣＳＲアイソフォームをｉｎ  ｖｉｔｒｏ血管形成のアッセイに加えることは、血管形成のモジュレーターとしてのＣＳＲアイソフォームの有効性のスクリーニングに有用な方法である。
【０４０７】
破骨細胞培養物を用いることなどによってＲＴＫアイソフォームの有効性を測定するために、細胞培養物における骨吸収を測定することができる。破骨細胞とは、生物において骨を再吸収する造血系由来の高度に分化した細胞であり、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで骨切片から骨を再吸収することができる。破骨細胞の細胞培養方法および破骨細胞培養物において骨吸収を測定する定量的技法は、当分野で記載されている。たとえば、単核細胞をヒト末梢血から単離して培養することができる。ＣＳＲアイソフォームの添加および／または発現を用いて、酒石酸耐性酸ホスファターゼに陽性である多核細胞ならびに再吸収された面積および骨切片から放出されたコラーゲン断片を測定することなどによって、破骨細胞の形成に対する効果を評価することができる。用量応答曲線を用いて、骨吸収の変調に必要なＣＳＲアイソフォームの治療上有効な量を決定することができる。
【０４０８】
６．動物モデル
動物モデルを用いてＣＳＲアイソフォームの効果を評価することができる。一例では、疾患の動物モデルを研究して、ＣＳＲアイソフォームの導入により疾患に影響が与えられるかどうかを決定することができる。たとえば、癌細胞増殖、遊走および侵襲性を含めた腫瘍形成に対するＣＳＲアイソフォームの効果を測定することができる。このようなアッセイの１つでは、卵巣癌細胞などの癌細胞を、ＣＳＲアイソフォームを発現するアデノウイルスで感染させる。一定のｉｎ  ｖｉｔｒｏ培養期間ののち、細胞をトリプシン処理し、適切な緩衝液に懸濁させ、マウスに注射する（たとえば、Ｂａｌｂ／ｃヌードマウスなどモデルマウスの脇腹および肩に皮下注射する）。経時的に腫瘍増殖を監視する。比較のために、ＣＳＲアイソフォームを発現しない対照細胞をマウスに注射することができる。他の細胞種および動物モデル、たとえばＮＩＨ３Ｔ３細胞、ネズミ肺癌（ＬＬＣ）細胞、原発性膵腺癌（ＰＡＮＣ−１）細胞、ＴＡＫＡ−１膵管細胞、ならびにＣ５７ＢＬ／６マウスおよびＳＣＩＤマウスを用いて、同様のアッセイを行うことができる。さらなる例では、角膜マイクロポケットアッセイなどのアッセイを用いて眼球障害に対するＣＳＲアイソフォームの効果を評価することができる。手短に述べると、アッセイの２〜３日前に、ＣＳＲアイソフォーム（または対照）を発現する細胞をマウスに注射によって与える。次いで、マウスに麻酔し、リガンドのペレットを眼の角膜マイクロポケット内に埋め込む。その後、たとえば埋込みの５日後に血管新生を測定する。その後、対照と比較した血管形成および眼の表現型に対するＣＳＲアイソフォームの効果を評価する。さらなる例では、ＩＩ型コラーゲン誘導性関節炎（ＣＩＡ）のモデルにおけるＣＳＲアイソフォームの効果は、ＳＣＩＤマウスに、ＣＳＲアイソフォームのｃＤＮＡを含むレトロウイルスベクターで形質導入したＤＢＡ／１マウス由来の脾細胞または未改変の脾細胞を腹腔内注射することによって評価することができる。未改変の脾細胞を与えたマウスは１１〜１３日以内に関節炎を発生し、これは、たとえば関節炎の臨床的、組織学的、または免疫学的（すなわち抗体レベル）パラメータによって評価される、関節炎の発生に対するＣＳＲアイソフォームを発現する脾細胞の効果を決定するための基準対照として用いることができる。
【０４０９】
疾患の動物モデルに対するＣＳＲアイソフォームの効果は、ＣＳＲアイソフォームの精製した形または組換え型を投与することによってさらに評価することができる。たとえば、創傷治癒は、遺伝的に糖尿病性であるｄｂ＋／ｄｂ＋マウスを利用して、創傷治癒障害のモデルで評価することができ、全層の切除創傷を糖尿病性マウスの背に与える。ＣＳＲアイソフォームを用いて表面的または全身的に治療したあと、創縫合、創傷部位における炎症細胞の浸潤、炎症性サイトカインの発現について解析することによって創傷治癒を評価することができる。創傷治癒に対するＣＳＲアイソフォームの効果を経時的に評価することができ、その効果を、対照治療、たとえばベヒクルのみの対照を与えたマウスと比較することができる。さらなる例では、たとえば肺損傷の組織学的切片の解析およびブレオマイシン／シリカに誘導される肺中のヒドロキシプロリン含有量の増加に対する効果のアッセイを行うことによって評価した肺線維症が軽減されるかどうかを決定するために、ブレオマイシンまたはシリカによって誘発させた肺線維症のモデルに組換えＣＳＲアイソフォームを投与することができる。
【０４１０】
また、ＣＳＲアイソフォームを欠く動物を用いてＣＳＲアイソフォームの生物活性を監視することもできる。たとえば、受容体タンパク質が早期に終結することを確実にするためにＩＲＥＳ−ＬａｃＺカセットの上流の適切な読み枠内に翻訳ストップコドンを導入した標的構築物を作製することによって、アイソフォームに特異的な破損を行うことができる。あるいは、ＬｏｘＰ／Ｃｒｅ組換え戦略を用いることができる。標的とした破損が確認されたあと、たとえば肺、肢、瞼、下垂体前葉腺、および膵臓などの様々な器官の発生を含めた、野生型マウスと比較した欠乏マウスの表現型を解析することによって、ＣＳＲアイソフォームの欠乏の結果を確立することができる。さらに、特異的細胞集団の組織学または単離によってアポトーシスまたは細胞増殖などの他のパラメータを評価して、野生型ＣＳＲとＣＳＲアイソフォームを欠く動物または単離した細胞とを比較した場合に差が存在するかどうかを決定することができる。また、シグナル伝達カスケードの構成要素および下流遺伝子の発現を評価して、ＣＳＲアイソフォームが存在しないことにより受容体のシグナル伝達および遺伝子発現に影響が与えられるかどうかを決定することもできる。
【０４１１】
Ｉ．ＣＳＲアイソフォームおよびＣＳＲアイソフォーム組成物の調製、配合ならびに投与
ＲＴＫおよびＴＮＦＲアイソフォームならびにＲＴＫおよびＴＮＦＲアイソフォーム組成物を含めたＣＳＲアイソフォームならびにＣＳＲアイソフォーム組成物は、筋肉内、静脈内、皮内、腹腔内注射、皮下、硬膜外、経鼻、経口、直腸、表面的、吸入、頬側（たとえば舌下）、および経皮投与または任意の経路を含めた、当業者に知られている任意の経路による投与用に配合することができる。ＣＳＲアイソフォームは、任意の都合のよい経路によって、たとえばインフュージョンまたはボーラス注射によって、上皮または粘膜皮膚の裏層（たとえば口腔粘膜、直腸および腸管粘膜など）を通る吸収によって投与することができ、また、他の生物活性のある薬剤と共に、逐次的に、断続的にまたは同じ組成物中で投与することができる。投与は、治療の位置に応じて局所投与、表面投与または全身投与であることができる。治療を必要としている領域への局所投与は、たとえば、それだけには限定されないが、手術中の局所動注によって、たとえば手術後の創傷被覆材と共に表面塗布することによって、注射によって、カテーテルを用いて、坐薬を用いて、または植込錠を用いて行うことができる。また、投与には、徐放性配合物およびポンプを用いるものなど装置で制御する徐放系が含まれていることができる。任意の与えられた事例において最も適切な経路は、治療する疾患または状態の性質および重篤度に依存し、また、使用する具体的な組成物の性質にも依存する。
【０４１２】
様々な送達系が知られており、ＣＳＲアイソフォームを投与するために用いることができる。それには、それだけには限定されないが、リポソームへのカプセル封入、微粒子、マイクロカプセル、化合物を発現する能力を有する組換え細胞、受容体媒介エンドサイトーシス、およびレトロウイルス送達系などのＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子の送達が挙げられる。
【０４１３】
ＣＳＲアイソフォームを含む薬剤組成物を調製することができる。一般に、製薬上許容される組成物は、規制機関による認可を考慮して調製するか、または動物およびヒトでの使用について、一般に認識されている薬局方に従って調製した他のものである。薬剤組成物には、アイソフォームを一緒に投与する希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはベヒクルなどの担体が含まれていることができる。このような製薬担体は、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱物油、およびゴマ油など、石油、動物、野菜または合成由来のものを含めた、水および油などの無菌の液体であることができる。薬剤組成物を静脈内投与する場合、水が典型的な担体である。また、生理食塩水ならびにデキストロース水溶液およびグリセロール溶液も、液体担体として、特に注射剤用に用いることができる。組成物は、活性成分と共に、ラクトース、スクロース、リン酸二カルシウム、またはカルボキシメチルセルロースなどの希釈剤；ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウムおよびタルクなどの潤滑剤；ならびにデンプン、アカシアゼラチンゴム等の天然ゴム、グルコース、糖蜜、ポリビニルピロリジン、セルロースやその誘導体、ポビドン、クロスポビドンおよび当業者に知られている他のそのような結合剤などの結合剤を含んでいることができる。適切な製薬用賦形剤には、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥脱脂乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、およびエタノールが含まれる。また、所望する場合は、組成物は少量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはｐＨ緩衝剤、たとえば、アセテート、クエン酸ナトリウム、シクロデキストリン誘導体、モノラウリン酸ソルビタン、酢酸トリエタノールアミンナトリウム、オレイン酸トリエタノールアミン、および他のそのような薬剤を含んでいることもできる。これらの組成物は、液剤、懸濁液、乳剤、錠剤、丸薬、カプセル、散剤、および持続放出配合物の形をとることができる。組成物は、トリグリセリドなどの従来の結合剤および担体を用いて、坐薬として配合することができる。経口製剤には、製薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム、および他のそのような薬剤などの標準の担体が含まれていることができる。適切な製薬担体の例は、Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎの「レミントンの製薬科学（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）」に記載されている。このような組成物は、患者に正確に投与するための形態を提供するために、一般に精製した形の治療上有効な量の化合物を適切な量の担体と共に含む。配合物は、投与様式に適しているべきである。
【０４１４】
錠剤、カプセル、丸薬、散剤、顆粒、無菌的非経口液剤または懸濁液、および経口液剤または懸濁液、ならびに適切な量の化合物または製薬上許容されるその誘導体を含む油水乳剤など、単位剤形でヒトおよび動物に投与するための配合物を提供する。製薬上かつ治療上活性のある化合物およびその誘導体を典型的に配合し、単位剤形または複数の剤形で投与する。それぞれの単位用量が、所望の治療効果を生じるために十分な所定量の治療上活性のある化合物を、所要の製薬担体、ベヒクルまたは希釈剤と共に含む。単位剤形の例には、アンプルおよびシリンジならびに個別にパッケージングした錠剤またはカプセルが含まれる。単位剤形は、少量単位でまたは複数の少量単位で投与することができる。複数剤形とは、区分した単位剤形で投与するための、単一の容器中に梱包した複数の同一の単位剤形をいう。複数剤形の例には、バイアル、錠剤もしくはカプセルの瓶またはパイントもしくはガロン単位の瓶が含まれる。したがって、複数剤形とは、梱包が区別されていない複数の単位用量である。
【０４１５】
０．００５％〜１００％の範囲の活性成分を含み、バランスを無毒性の担体で構成した剤形または組成物を調製することができる。経口投与には、薬剤組成物は、結合剤（たとえば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンもしくはヒドロキシプロピルメチルセルロース）；充填剤（たとえば、ラクトース、結晶セルロースもしくはリン酸水素カルシウム）；潤滑剤（たとえば、ステアリン酸マグネシウム、タルクもしくはシリカ）；崩壊剤（たとえば、ジャガイモデンプンもしくはグリコール酸ナトリウムデンプン）；または湿潤剤（たとえば、ラウリル硫酸ナトリウム）などの製薬上許容される賦形剤を用いて、従来の手段によって調製した、たとえば錠剤あるいはカプセルの形態をとることができる。錠剤は、当分野で周知の方法によってコーティングすることができる。
【０４１６】
また、薬剤調製物は、液体形態、たとえば、液剤、シロップもしくは懸濁液であるか、または使用前に水もしくは他の適切なベヒクルで再構成するための薬物製品として提供することもできる。このような液体調製物は、懸濁剤（たとえば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体または水素化食用脂）；乳化剤（たとえば、レシチンまたはアカシア）；非水性ベヒクル（たとえば、アーモンド油、油状エステル、または分留した植物油）；および保存料（たとえば、メチルもしくはプロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸またはソルビン酸）などの製薬上許容される添加剤を用いて、従来の手段によって調製することができる。
【０４１７】
直腸投与に適した配合物を単位用量の坐薬として提供することができる。これらは、活性化合物を１つまたは複数の従来の固体担体、たとえばカカオ脂と混合し、その後、生じた混合物を成型することによって調製することができる。
【０４１８】
皮膚または眼への表面塗布に適した配合物には、軟膏、クリーム、ローション、ペースト、ゲル、スプレー、エアロゾルおよび油が含まれる。例示的な担体には、ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、アルコール、およびこれらのうち２つ以上の組合せが含まれる。また、表面用配合物は、とりわけヒドロキシプロピルメチルセルロース、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、ポリ（アルキレングリコール）、ポリ／ヒドロキシアルキル、（メタ）アクリレートまたはポリ（メタ）アクリルアミドから選択される０．０５〜１５、２０、２５重量％のシックナーを含んでいることができる。表面用配合物は、多くの場合、結膜嚢への滴下によってまたは軟膏として施用する。また、これは、眼、顔面洞、および外耳道の灌注または潤滑に用いることもできる。また、これは、眼球前房および他の箇所内に注射することもできる。また、液状の表面用配合物は、条片またはコンタクトレンズの形態で親水性の三次元ポリマーマトリックス中に存在することもでき、これから活性成分が放出される。
【０４１９】
吸入による投与には、本明細書中で用いるための化合物は、適切な噴霧剤、たとえば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素または他の適切な気体と共に使用して、加圧パックまたは噴霧器からエアロゾルスプレーを提供する形態で送達することができる。加圧エアロゾルの場合は、計量された量を送達するために弁を設けることによって単位用量を決定することができる。吸入器または注入器で用いるためのたとえばゼラチンのカプセルおよびカートリッジは、化合物とラクトースまたはデンプンなどの適切な粉末基剤との粉末混合物を含むように配合することができる。
【０４２０】
頬側（舌下）投与に適した配合物には、たとえば、味付き基剤、通常はスクロースおよびアカシアまたはトラガカント中に活性化合物を含むロゼンジ；ならびにゼラチンおよびグリセリンまたはスクロースおよびアカシアなどの不活性基剤中に化合物を含むトローチが含まれる。
【０４２１】
ＣＳＲアイソフォームの薬剤組成物は、注射、たとえばボーラス注射または持続注入による非経口投与用に配合することができる。注射用の配合物は、単位剤形で、たとえば、アンプルまたは複数用量の容器中で、保存料を加えて提示することができる。組成物は懸濁液、油状または水性ベヒクル中の液剤または乳剤であることができ、懸濁化剤、安定化剤および／または分散剤などの配合剤を含んでいることができる。あるいは、活性成分は、使用前に適切なベヒクル、たとえば無菌的かつ発熱物質を含まない水または他の溶媒で再構成するための散剤形態であることができる。
【０４２２】
経皮投与に適した配合物は、長期にわたってレシピエントの表皮と密接して保たれるように適応させた個別のパッチとして提示することができる。このようなパッチは、活性化合物を、活性化合物に関してたとえば０．１〜０．２Ｍの濃度の任意選択で緩衝した水溶液として、適切に含む。また、経皮投与に適した配合物は、イオン泳動によって送達することもでき（たとえばＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、３（６）、３１８（１９８６）参照）、典型的には、活性化合物の任意選択で緩衝した水溶液の形態をとる。
【０４２３】
また、薬剤組成物は、徐放性の手段および／または送達装置によって投与することもできる（たとえば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏｓ．３，５３６，８０９；３，５９８，１２３；３，６３０，２００；３，８４５，７７０；３，８４７，７７０；３，９１６，８９９；４，００８，７１９；４，６８７，６１０；４，７６９，０２７；５，０５９，５９５；５，０７３，５４３；５，１２０，５４８；５，３５４，５６６；５，５９１，７６７；５，６３９，４７６；５，６７４，５３３および５，７３３，５６６を参照）。
【０４２４】
特定の実施形態では、リポソームおよび／またはナノ粒子もＣＳＲアイソフォーム投与に用い得る。リポソームは水性媒体中に分散させたリン脂質から形成され、多重膜の同心二重層の小胞を自発的に形成する（多重膜小胞（ＭＬＶ）とも呼ぶ）。ＭＬＶは一般に２５ｎｍ〜４μｍの直径を有する。ＭＬＶの超音波処理により、核に水溶液を含む、２００〜５００．ＡＮＧ．の範囲の直径を有する小さな単層小胞（ＳＵＶ）の形成がもたらされる。
【０４２５】
リン脂質は、水に分散させた際に、水に対する脂質のモル比に応じてリポソーム以外の様々な構造を形成することができる。低い比では、リポソームが形成される。リポソームの物理的特徴は、ｐＨ、イオン強度および二価陽イオンの存在に依存する。リポソームはイオン性および極性物質に対して低い透過性を示すが、高温ではその透過性を顕著に変更させる相転移を受ける。相転移は、ゲル状態として知られる密に詰められた秩序ある構造から、流体状態として知られる緩く詰められた秩序の低い構造への変化を含む。これは特徴的な相転移温度で起こり、イオン、糖および薬物への透過性の増加をもたらす。
【０４２６】
リポソームは、マクロファージおよび好中球などの細網内皮系の食細胞によるエンドサイトーシス；非特異的な弱い疎水性もしくは静電気的な力、または細胞表面成分との特異的相互作用のいずれかによる細胞表面への吸着；リポソーム内容物を細胞質中に同時放出することを伴った、リポソームの脂質二重層を形質膜内に挿入することによる形質細胞膜との融合；ならびにリポソーム内容物の会合をまったく伴わない、細胞膜もしくは細胞下膜へのリポソーム脂質の移行、またはその逆による、様々な機構を介して細胞と相互作用する。リポソームの配合を変動することによりどの機構が作動するかを変更することができるが、複数の機構が同時に作動することも可能である。一般に、ナノカプセルは化合物を安定かつ再現性のある様式で捕捉することができる。細胞内の高分子過負担による副作用を回避するために、このような超微粒子（０．１μｍ付近の大きさ）はｉｎ  ｖｉｖｏで分解されることができるポリマーを用いて設計すべきである。これらの要件を満たす生分解性ポリアルキル−シアノアクリレートナノ粒子が本明細書中で用いるために企図され、このような粒子は容易に作製することができる。
【０４２７】
タンパク質分解性の分解ならびに抗原および免疫原性応答による免疫学的介入などの、ＣＳＲアイソフォームを分解性プロセスに曝すことを減らすための投与方法を用いることができる。このような方法の例には、治療部位における局所投与が含まれる。治療剤のペグ化は、タンパク質分解に対する耐性を増大させ、血漿半減期を増加させ、抗原性および免疫原性を低減させることが報告されている。ペグ化方法の例は、当分野で知られている（たとえば、ＬｕおよびＦｅｌｉｘ、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．、４３：１２７〜１３８、１９９４；ＬｕおよびＦｅｌｉｘ、Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｒｅｓ．、６：１４２〜６、１９９３；Ｆｅｌｉｘ他、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｒｅｓ．、４６：２５３〜６４、１９９５；Ｂｅｎｈａｒ他、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２６９：１３３９８〜４０４、１９９４；Ｂｒｕｍｅａｎｕ他、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、１５４：３０８８〜９５、１９９５参照；また、Ｃａｌｉｃｅｔｉ他（２００３）Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．、５５（１０）：１２６１〜７７ならびにＭｏｌｉｎｅｕｘ（２００３）Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ、２３（８Ｐｔ２）：３Ｓ〜８Ｓも参照）。また、ペグ化は、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける核酸分子の送達に用いることができる。たとえば、アデノウイルスのペグ化は安定性および遺伝子導入性を増加させることができる（たとえばＣｈｅｎｇ他（２００３）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．２０（９）：１４４４〜５１参照）。
【０４２８】
望ましい血液レベルは、血漿レベルによって確かめられるように活性剤を持続注入することによって維持することができる。担当医は、毒性、または骨髄、肝臓もしくは腎臓の機能不全により、どのようにおよびいつ治療を終結する、中断する、またはより低い用量に調整するかを理解しているであろうことに、留意されたい。逆に、担当医は、臨床反応が十分でない場合は（毒性がある副作用を除外する）、治療をどのようにおよびいつ、より高いレベルに調整するかも理解しているであろう。たとえば、経口、肺、非経口（筋肉内、腹腔内、静脈内（ＩＶ）もしくは皮下注射）、吸入（微粉配合物による）、経皮、経鼻、経膣、直腸、または舌下の投与経路によって投与し、それぞれの投与経路に適切な剤形で配合することができる（たとえば、国際ＰＣＴ特許出願の国際公開第９３／２５２２１号パンフレットおよび国際公開第９４／１７７８４号パンフレット；ならびにＥｕｒｏｐｅａｎ  Ｐａｔｅｎｔ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ６１３，６８３参照）。
【０４２９】
ＣＳＲアイソフォームは、治療する患者に対して望ましくない副作用が存在しないように治療上有用な効果を発揮するために十分な量を、製薬上許容される担体中に含める。治療上有効な濃度は、化合物を本明細書中に提供するアッセイなどの既知のｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏ系で試験することによって、経験的に決定することができる。
【０４３０】
組成物中のＣＳＲアイソフォームの濃度は、複合体の吸収速度、失活速度および排泄速度、複合体の物理化学的特徴、投薬スケジュール、投与量、ならびに当業者に知られている他の因子に依存する。疾患または状態、たとえば癌、自己免疫疾患および感染症を治療するために投与するＣＳＲアイソフォームの量は、標準の臨床技法によって決定することができる。さらに、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイおよび動物モデルを用いて最適用量範囲の決定を支援することができる。経験的に決定することができる正確な用量は、投与経路および疾患の重篤度に依存する可能性がある。投与するための適切な用量範囲は、体重１ｋｇあたり約０．０１ｐｇ〜１ｍｇ／ｋｇ、より典型的には患者の体重１ｋｇあたり０．０５ｍｇ〜２００ｍｇのＣＳＲアイソフォームの範囲であることができる。
【０４３１】
ＣＳＲアイソフォームは、一度に投与するか、または一定の時間の間隔をあけて投与する、いくつかのより少ない用量に分けることができる。ＣＳＲアイソフォームは、治療期間、たとえば数時間、数日、数週間、または数カ月にわたる１つまたは複数の用量で投与することができる。場合によっては、連続投与が有用である。正確な用量および治療期間は治療する疾患と相関関係にあり、既知の試験プロトコルを用いて、またはｉｎ  ｖｉｖｏもしくはｉｎ  ｖｉｔｒｏ試験データから外挿することによって経験的に決定することができることを理解されたい。また、濃度および用量の値も、緩和させる状態の重篤度に応じて変動する可能性があることも留意されたい。さらに、任意の特定の対象について、個々の要求および投与を行う人もしくは組成物の投与を管理する人の専門的な判断に従って具体的な投薬レジメンを時間と共に調節すべきであり、また、本明細書中に記載した濃度範囲は例示的なもののみであり、組成物およびそれを含む組合せの範囲または使用を限定することを意図しないことを、理解されたい。
【０４３２】
Ｊ．ＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現および遺伝子治療
ＣＳＲアイソフォームは、核酸分子の発現によって細胞および組織に送達することができる。ＣＳＲアイソフォームは、ｅｘ  ｖｉｖｏ技法およびｉｎ  ｖｉｖｏでの直接発現を含めて、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子として投与することができる。
【０４３３】
１．核酸の送達
核酸は、当業者に知られている任意の方法によって細胞および組織に送達することができる。
【０４３４】
ａ．エピソームベクターおよび組込みベクター
コードしている核酸分子の発現によるＣＳＲアイソフォームの投与方法には、組換えベクターの投与が含まれる。ベクターは、複製起点を含めることなどによってエピソームとして保持されるように設計するか、または細胞の染色体中に組み込まれるように設計することができる。
【０４３５】
また、ＣＳＲアイソフォームは、非ウイルスベクターを用いたｅｘ  ｖｉｖｏ遺伝子発現治療にも用いることができる。たとえば、ＣＳＲアイソフォームを発現するよう細胞を操作することができ、これは、調節配列に動作可能に連結して、またはゲノム位置内で調節配列に動作可能に連結して配置されるように、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸をゲノム位置内に組み込むことなどによる。その後、このような細胞を、治療を必要としている患者などの対象に局所投与または全身投与することができる。
【０４３６】
ウイルスベクターには、たとえばアデノウイルス、ヘルペスウイルス、レトロウイルスが含まれ、遺伝子治療用に設計された他のものを用いることができる。ベクターは、エピソームとして保持されるか、または治療する対象の染色体内に組み込まれることができる。ＣＳＲアイソフォームはウイルスによって発現されることができ、これを、治療を必要としている対象に投与する。遺伝子治療に適したウイルスベクターには、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、レトロウイルス、レンチウイルスおよび上述の他のウイルスが含まれる。たとえば、アデノウイルス発現技術は当分野で周知であり、アデノウイルスの産生および投与方法も周知である。アデノウイルスの血清型は、たとえばアメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ、メリーランド州Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ）から入手可能である。アデノウイルスをｅｘ  ｖｉｖｏで用いることができ、たとえば、治療を必要としている患者から細胞を単離し、ＣＳＲアイソフォームを発現するアデノウイルスベクターを用いて形質導入する。適切な培養期間ののち、形質導入された細胞を、対象に局所投与および／または全身投与する。あるいは、対象の疾患もしくは状態の予防、治療または寛解に治療上有効な量を送達するために、ＣＳＲアイソフォームを発現するアデノウイルス粒子を単離して製薬上許容される担体中に配合する。典型的には、アデノウイルス粒子を対象の重量１ｋｇあたり粒子１個〜１０１４個の範囲、一般に対象の重量１ｋｇあたり粒子１０６または１０８個〜１０１２個の範囲の用量で送達する。一部の状況では、核酸源を、細胞表面膜タンパク質もしくは標的細胞に特異的な抗体または標的細胞上の受容体に対するリガンドなどの細胞を標的とする薬剤と共に提供することが望ましい。
【０４３７】
ＣＳＲアイソフォームをウイルスによって発現させ、そのウイルスを、治療を必要としている対象に投与することができる。遺伝子治療に適したウイルスベクターには、たとえば、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、レトロウイルス、レンチウイルスが含まれる。アデノウイルス発現技術は当分野で周知であり、アデノウイルスの産生および投与方法も周知である。アデノウイルスの血清型は、たとえばアメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ、メリーランド州Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ）から入手可能である。アデノウイルスをｅｘ  ｖｉｖｏで用いることができ、たとえば、治療を必要としている患者から細胞を単離し、ＣＳＲアイソフォームを発現するアデノウイルスベクターを用いて形質導入する。適切な培養期間ののち、形質導入された細胞を、対象に局所投与および／または全身投与する。別例として、対象の疾患もしくは状態の予防、治療または寛解に治療上有効な量を送達するために、ＣＳＲアイソフォームを発現するアデノウイルス粒子を単離して製薬上許容される担体中に配合する。典型的には、アデノウイルス粒子を、対象の重量１ｋｇあたり粒子１個〜１０１４個の範囲、一般に対象の重量１ｋｇあたり粒子１０６または１０８個〜１０１２個の範囲の用量で送達する。一部の状況では、核酸源を、細胞表面膜タンパク質もしくは標的細胞に特異的な抗体または標的細胞上の受容体に対するリガンドなどの細胞を標的とする薬剤と共に提供することが望ましい。リポソームを用いる場合は、標的化ならびに／または取込みの促進のために、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質と結合するタンパク質、たとえばキャプシドタンパク質もしくは特定の細胞種に向性を有するその断片、サイクリングにおいて内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、および細胞内局在化を標的として細胞内半減期を亢進するタンパク質を用い得る。
【０４３８】
ｂ．人工染色体および他の非ウイルスベクターの送達方法
また、ＣＳＲアイソフォームを、非ウイルスベクターを用いたｅｘ  ｖｉｖｏ遺伝子発現治療で用いることもできる。たとえば、細胞を操作してＣＳＲアイソフォームを発現するものを作製することができ、これは、調節配列に動作可能に連結して、またはゲノム位置内で調節配列に動作可能に連結して配置されるように、ＣＳＲアイソフォーム配列をゲノム位置内に組み込むことなどによる。その後、このような細胞を、治療を必要としている患者などの対象に局所投与または全身投与することができる。
【０４３９】
核酸分子を人工染色体および他の非ウイルスベクター内に導入することができる。人工染色体（たとえば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，０７７，６９７およびＰＣＴ国際ＰＣＴ出願の国際公開第０２／０９７０５９号パンフレット参照）は、アイソフォームをコードしてそれを発現するように操作することができる。
【０４４０】
ｃ．リポソームおよび他のカプセル封入された形態ならびに核酸を含む細胞の投与
核酸をリポソームなどのベヒクル中にカプセル封入するか、または細菌細胞、特に弱毒化した細菌などの細胞内に導入するもしくはウイルスベクター内に導入することができる。たとえば、リポソームを用いる場合は、標的化ならびに／または取込みの促進のために、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質と結合するタンパク質、たとえばキャプシドタンパク質もしくは特定の細胞種に向性を有するその断片、サイクリングにおいて内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、および細胞内局在化を標的として細胞内半減期を亢進するタンパク質を用い得る。
【０４４１】
２．ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｅｘ  ｖｉｖｏ送達
ｅｘ  ｖｉｖｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏ方法には、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子を、適切なドナーまたは治療する対象由来である細胞内に導入する。ＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現は、さらなる分子の発現と連関している可能性がある。たとえば、ＣＳＲアイソフォームの発現は、操作したウイルス中などの細胞毒性がある産物の発現、または細胞毒性があるウイルス中で発現された細胞毒性産物と連関している可能性がある。このようなウイルスは、治療効果の標的である特定の細胞種を標的とすることができる。発現されたＣＳＲアイソフォームは、ウイルスの細胞毒性を亢進するために用いることができる。
【０４４２】
ＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現には、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子を、細胞に特異的なまたは組織に特異的なプロモーターなどの特異的調節配列に動作可能に連結させることが含まれていることができる。また、ＣＳＲアイソフォームは、標的細胞種および／もしくは組織中で特異的に感染ならびに／または複製されるベクターから発現させることもできる。誘導性プロモーターを用いてＣＳＲアイソフォームの発現を選択的に調節することができる。
【０４４３】
治療目的のために核酸を導入することができる細胞には、それだけには限定されないが、上皮細胞、内皮細胞、ケラチノサイト、線維芽細胞、筋肉細胞、肝細胞；Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、単球、マクロファージ、好中球、好酸球、巨核球、顆粒球などの血液細胞；様々な幹細胞または前駆細胞、具体的には造血幹細胞または前駆細胞、たとえば骨髄、臍帯血、末梢血、胎児肝臓、およびそれらの他の源から得た幹細胞などを含めた、治療する疾患または状態に適した任意の所望する利用可能な細胞種が包含される。また、腫瘍細胞もＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現の標的細胞であることができる。また、アイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現に用いる細胞には、患者の自己細胞も含まれる。このような細胞を患者から取り出し、ＣＳＲアイソフォームを発現させるための核酸を導入し、その後、注射または移植などによって患者に投与することができる。
【０４４４】
核酸をｉｎ  ｖｉｔｒｏで哺乳動物細胞内に移行させるために適切な技術には、リポソームおよびカチオン性脂質の使用（たとえば、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥおよびＤＣ−Ｃｈｏｌ）、電気穿孔、微量注入、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、ならびにリン酸カルシウム沈降方法が含まれる。ＤＮＡ送達方法を用いてＣＳＲアイソフォームをｉｎ  ｖｉｖｏで発現させることができる。このような方法には、電気穿孔、超音波、リン酸カルシウム送達を用いたものなどの局所送達および全身送達を含めた、核酸のリポソーム送達ならびに裸のＤＮＡの送達が含まれる。他の技術には、微量注入、細胞融合、染色体媒介遺伝子導入、微小核体媒介遺伝子導入およびスフェロプラスト融合が含まれる。
【０４４５】
ｅｘ  ｖｉｖｏ治療では、治療する対象に適合性のあるドナーからの細胞または治療する対象の細胞を取り出し、核酸をこれら単離した細胞内に導入し、改変した細胞を対象に投与する。
【０４４６】
治療には、直接投与、たとえば多孔性膜内にカプセル封入したものなどが含まれ、これを患者に移植する（たとえばＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．４，８９２，５３８および５，２８３，１８７参照）。核酸をｉｎ  ｖｉｔｒｏで哺乳動物細胞内に移行させるために適した技術には、リポソームおよびカチオン性脂質の使用（たとえば、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥおよびＤＣ−Ｃｈｏｌ）、電気穿孔、微量注入、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、ならびにリン酸カルシウム沈降方法が含まれる。ＤＮＡ送達方法を用いてＣＳＲアイソフォームをｉｎ  ｖｉｖｏで発現させることができる。このような方法には、電気穿孔、超音波、リン酸カルシウム送達を用いたものなどの局所送達および全身送達を含めた、核酸のリポソーム送達ならびに裸のＤＮＡの送達が含まれる。他の技術には、微量注入、細胞融合、染色体媒介遺伝子導入、微小核体媒介遺伝子導入およびスフェロプラスト融合が含まれる。
【０４４７】
ＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現は、さらなる分子の発現と連関している可能性がある。たとえば、ＣＳＲアイソフォームの発現は、操作したウイルス中などの細胞毒性がある産物の発現、または細胞毒性があるウイルス中で発現された細胞毒性産物と連関している可能性がある。このようなウイルスは、治療効果の標的である特定の細胞種を標的とすることができる。発現されたＣＳＲアイソフォームは、ウイルスの細胞毒性を亢進するために用いることができる。
【０４４８】
ＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現には、ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子を、細胞に特異的なまたは組織に特異的なプロモーターなどの特異的調節配列に動作可能に連結させることが含まれていることができる。また、ＣＳＲアイソフォームは、標的細胞種および／もしくは組織中で特異的に感染ならびに／または複製されるベクターから発現させることもできる。誘導性プロモーターを用いてＣＳＲアイソフォームの発現を選択的に調節することができる。
【０４４９】
３．全身送達、局所送達および表面送達
裸の核酸としての核酸分子、またはベクター、人工染色体、リポソームおよび他のベヒクル中の核酸分子は、全身投与、表面的、局所的および他の投与経路によって対象に投与することができる。全身投与およびｉｎ  ｖｉｖｏ投与する場合、核酸分子または核酸分子を含むベヒクルは、細胞を標的とすることができる。
【０４５０】
また、投与は、典型的には細胞もしくは組織を標的とするベクターまたは細胞の投与などによる、直接投与であることができる。たとえば、腫瘍細胞および増殖細胞を、ＣＳＲアイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現の標的細胞とすることができる。また、アイソフォームのｉｎ  ｖｉｖｏ発現に用いる細胞には、患者の自己細胞も含まれる。このような細胞を患者から取り出し、ＣＳＲアイソフォームを発現させるための核酸を導入し、その後、注射または移植などによって患者に投与することができる。
【０４５１】
Ｋ．ＣＳＲおよび血管形成
ＣＳＲは、様々な経路に関わる経路に関与し、これにはとりわけ、血管形成、細胞増殖、炎症反応、および血管新生に関与するものが含まれる。血管形成とは、新しい血管が形成されるプロセスである。これは、健康な個体において創傷治癒の間などに、および異常状態において腫瘍中などで起こる。これは、たとえば、健康な身体において創傷治癒中に、および傷害または外傷後に組織へ血流を復活させるために起こる。血管形成は、増殖中の腫瘍塊を養うために血液細胞の増殖を要する腫瘍化の構成要素である。女性では、血管形成は、子宮の内層を再生するための毎月の生殖周期の間、排卵中に卵子を成熟させるため、および妊娠中に胎盤を作るためにも起こる。
【０４５２】
血管形成は、一連の「オン」および「オフ」スイッチによって制御される。主要な「オン」スイッチは血管形成刺激成長因子である。主要な「オフスイッチ」は血管形成阻害剤である。血管形成成長因子が血管形成阻害剤よりも過剰に産生された場合、バランスは血管増殖に有利となる場合がある。阻害剤が刺激因子よりも過剰に存在する場合、血管形成が停止する。健康な身体は血管形成モジュレーターのバランスを保っている。いくつかの血管形成成長因子が知られている。これらには、たとえば、アンジオゲニン、アンジオポイエチン−１、Ｄｅｌ−１、酸性（ａＦＧＦ）および塩基性（ｂＦＧＦ）線維芽細胞成長因子、フォリスタチン、顆粒球コロニー−刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、散乱係数（ＳＦ）、インターロイキン−８（ＩＬ−８）、レプチン、ミッドカイン、胎盤性成長因子、血小板由来内皮細胞成長因子（ＰＤ−ＥＣＧＦ）、血小板由来成長因子−ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）、プレイオトロフィン（ＰＴＮ）、プログラニュリン、プロリフェリン、トランスフォーミング成長因子−α（ＴＧＦ−α）、トランスフォーミング成長因子−β（ＴＧＦ−β）、腫瘍壊死因子−α（ＴＮＦ−α）、および血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）／血管透過性因子（ＶＰＦ）が含まれる。
【０４５３】
１．血管形成および疾患
血管形成因子（正および負）の細胞性受容体は、複数の疾患プロセス、たとえば血管形成成長因子のバランスが変更されたおよび／または血管形成の量もしくはタイミングが変更されている疾患ならびに状態において、介入点として作用することができる。たとえば、血液を腫瘍の病巣に供給する血管形成、炎症反応、および他の異常な血管形成関連状態などの一部の状況では、「多すぎる」血管形成は有害な場合がある。腫瘍の増殖、または慢性炎症における増殖部位は、一般に、その代謝要件を支持するために近隣の血管および血管内皮細胞の動員を要する。これは、組織中の酸素の拡散が制限されているからである。血管形成を要する例示的な状態には、それだけには限定されないが、病的骨髄中で血管数の増加が観察される固形腫瘍ならびにリンパ腫、急性白血病、および多発性骨髄腫などの血液学的悪性疾患が含まれる。
【０４５４】
原発性腫瘍の増殖および転移部位の形成の重大な要素は血管形成スイッチ、すなわち腫瘍または炎症部位が既に存在する宿主血管から新しい毛細血管の形成を促進する能力である。この文脈中で用いる血管形成スイッチとは、癌および関節リウマチなどの炎症性疾患の進行に必要な疾患関連の血管形成をいう。これは、最終的には疾患状態の組織の増殖を支持するために新しい血管の伸長をもたらす生理活性のカスケードを活性化させるスイッチである。新血管形成の刺激には、低酸素症、炎症、および疾患細胞の遺伝子発現を変更する癌遺伝子または腫瘍抑制因子における遺伝子病変が含まれる。
【０４５５】
また、血管形成は炎症性疾患においても役割を果たす。このような疾患は、腫瘍の病巣に類似した増殖性構成成分を有する。関節リウマチでは、この一成分は、パンヌスの形成をもたらす滑膜線維芽細胞の異常増殖によって特徴づけられている。パンヌスは、形質転換細胞のある程度の表現型特徴を有する滑膜線維芽細胞からなる。パンヌスが関節内で増殖するにつれて、多くの前血管形成シグナルが発現され、腫瘍の新血管形成要件と同じ要件が多く経験される。さらなる血液供給、すなわち新血管形成の必要性は重大である。同様に、多くの慢性炎症状態は、それを構成する細胞の一部が通常は形質転換細胞に起因する特徴を有し得る、増殖性構成成分も有する。
【０４５６】
過剰な血管形成に関与する状態の別例は、糖尿病性網膜症である（Ｌｉｐ他、Ｂｒ  Ｊ  Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ、８８：１５４３、２００４））。糖尿病性網膜症は血管形成、炎症性および増殖性の構成成分を有し、ＶＥＧＦおよびアンジオポイエチン−２の過剰発現が一般的である。この過剰発現は疾患関連のリモデリングおよび血管の枝分かれに必要である可能性が高く、これは、疾患の増殖性構成成分を支持する。
【０４５７】
２．血管形成
血管形成には、循環内皮細胞前駆体（ＣＥＰ）の動員、成長因子による新しい内皮細胞（ＥＣ）の増殖の刺激、プロテアーゼによるＥＣＭの分解、ＥＣの増殖、および炎症によって引き起こされる腫瘍部位または別の増殖部位であることができる標的内への遊走を含めた数個のステップが含まれる。これは、最終的には新しい毛細管の形成をもたらす。このような血管は必ずしも構造が正常ではない。これらは無秩序な構造および血流を有している可能性がある。血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）およびアンジオポイエチンなどの血管形成調節因子の不釣合いが原因で、腫瘍部位または炎症部位に供給する新しい血管は蛇行状かつ拡張しており、不均一な直径、過剰の枝分かれ、および短絡を有する。血流は変化しやすく、低酸素症およびアシドーシスの領域により、低酸素症によって誘導されるアポトーシス（多くの場合、ｐ５３の発現の損失による）に対して耐性を有する変異体ならびに前血管形成シグナルの生成の亢進の選択がもたらされる。疾患関連の血管壁は、数々の開口部、広がった内皮間接合点、および不連続の基底膜を有するか、または基底膜が存在しない。これは、これらの血管の血管透過性が高いことに貢献し、機能的なリンパ管／排液法の欠如と一緒になって、間質性高血圧を引き起こす。疾患関連の血管は、通常は組織の代謝要求に応答して血管作動性の制御を調節する、周皮細胞および平滑筋細胞などの血管周囲細胞を欠いている可能性がある。正常な血管とは異なり、腫瘍血管の血管内膜はＥＣの均一な層ではなく、多くの場合、ＥＣおよび腫瘍細胞のモザイクからなる。腫瘍細胞によって分泌されたＥＣＭによって裏打ちされている可能性がある、癌細胞由来の血管チャネルの概念を、血管模倣と呼ぶ。
【０４５８】
血管が迅速に急性炎症部位を浸潤する場合に、同様の状況が起こる。血管形成血管のＥＣは、ＥＣの０．０１％のみが分裂している成人の血管中に見つかる静止状態のＥＣとは異なる。腫瘍の血管形成の間、ＥＣは増殖性が高く、成長因子受容体およびインテグリンなどの接着分子を含めた、活性内皮に特徴的ないくつかの形質膜タンパク質を発現する。腫瘍は、その血管化を促進するためにいくつかの機構を利用し、それぞれの事例において、この目的に適するように正常な血管形成プロセスを覆す。このため、内皮に関した増殖性因子および構造的因子（新血管構造の枝分かれの増加を許容する）のどちらにおいても、癌または慢性炎症性疾患と同様に、疾患の病巣においても血管形成因子の産生の増加が起こる可能性が高い。
【０４５９】
３．血管形成における細胞表面受容体
ＲＴＫを含めた細胞表面受容体およびそのリガンドは、血管形成の調節において役割を果たす（たとえば図１参照）。血管形成内皮は、静止内皮上では見つからないいくつかの受容体を発現する。これには、細胞外基質に結合して内皮細胞の接着、遊走、および侵襲を媒介する受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）ならびにインテグリンが含まれる。
【０４６０】
また、内皮細胞（ＥＣ）は、多くの他の細胞種上に見つかるＲＴＫ（すなわちＦＧＦおよびＰＤＧＦ受容体）も発現する。活性化されたＲＴＫによって媒介される機能には、内皮細胞の増殖、遊走、および生存の亢進、ならびに血管周囲細胞および血液に運ばれる循環内皮前駆体や造血幹細胞の腫瘍への動員の調節が含まれる。血管形成に関与しているＣＳＲの一例はＶＥＧＦＲである。ＶＥＧＦＲ−１受容体およびＶＥＧＦ−Ａリガンドは、血管形成における細胞の増殖、遊走および分化に関与している。ＶＥＧＦ−Ａは、ＲＴＫ、ＶＥＧＦＲ−１およびＶＥＧＦＲ−２への結合によって血管形成を調節する少なくとも４つのアイソフォームを有する、ヘパリン結合糖タンパク質である。これらのＶＥＧＦ受容体は、すべてのＥＣ、および造血細胞のサブセット上で発現される。ＶＥＧＦＲ−２はＥＣの増殖、遊走、および生存を調節し、一方で、ＶＥＧＦＲ−１はＥＣにおいてＲ１の拮抗剤として作用し得るが、胚形成中の血管芽細胞の分化においても役割を果たすことができる。
【０４６１】
さらなるシグナル伝達経路も血管形成に関与している。間質細胞によって産生されるアンジオポイエチン、Ａｎｇ１はＥＣ  ＲＴＫ  ＴＥＫに結合し、密な漏れのない血管を形成するためのＥＣとＥＣＭならびに周皮細胞および平滑筋細胞などの血管周囲細胞との相互作用を促進する。ＰＤＧＦおよび塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ）はこれら血管周囲細胞の動員を補助する。成熟血管の静止状態および安定性を維持し、通常ＶＥＧＦおよび炎症性サイトカインによって誘導される血管透過性を予防するためには、Ａｎｇ１が必要である。
【０４６２】
間質細胞または炎症細胞によって分泌された、ｂＦＧＦ、トランスフォーミング成長因子−α、ＴＮＦ−α、およびＩＬ−８を含めた前血管形成サイトカイン、ケモカイン、および成長因子は、血管新生に重要な貢献を行う。正常な内皮とは対照的に、血管形成内皮は、ＥＣの接着、遊走、および生存を媒介するＥＣＭ結合タンパク質のインテグリンファミリーの特異的メンバーを過剰発現する。インテグリンは、ＥＣの拡散および遊走を媒介し、ＶＥＧＦおよびｂＦＧＦによって誘導される血管形成に必要であり、これは立ち代ってＥＣのインテグリン発現のアップレギュレーションを行うことができる。ＥＣ接着分子をアップレギュレーションすることができる（すなわちＶＥＧＦ、ＴＮＦ−αによる）。ＶＥＧＦは、循環内皮細胞前駆体（ＣＥＰ）および造血幹細胞（ＨＳＣ）の腫瘍への流動ならびに動員を促進し、ここでこれらは共存し、新血管形成に協力すると考えられる。ＣＥＰはＶＥＧＦＲ−２を発現し、一方で、ＨＳＣはＶＥＧＦＲ−１、受容体、またはＶＥＧＦおよびＰｌＧＦを発現する。ＣＥＰおよびＨＳＣはいずれも共通の前駆体、すなわち血管芽細胞に由来する。ＣＥＰはＥＣへと分化すると考えられており、一方、ＨＳＣ由来細胞（腫瘍関連マクロファージなど）の役割は、ＥＣ（ＶＥＧＦ、ｂＦＧＦ、アンジオポイエチン）の発芽および安定化に必要な血管形成因子を分泌する、ならびにＭＭＰを活性化させてＥＣＭのリモデリングおよび成長因子の放出をもたらすことであり得る。マウス腫瘍モデルおよびヒトの癌では、数多くのＣＥＰおよびＶＥＧＦＲ−１またはＶＥＧＦＲを発現するＨＳＣのサブセットを循環中に検出することができ、これは血清ＶＥＧＦレベルの上昇と相関している可能性がある。
【０４６３】
４．腫瘍および炎症性疾患
腫瘍は、宿主ＥＣの増殖および腫瘍内への遊走を誘導する、内皮成長因子のＶＥＧＦファミリーなどの向性の血管形成分子を分泌する。腫瘍血管は、増殖および生存について正常なＥＣよりもＶＥＧＦＲシグナル伝達に依存的であると考えられる。正常および病原性の血管形成における発芽は、ＥＣおよびそのリガンド上に発現された３つの膜貫通ＲＴＫファミリー、すなわち疾患部位の微小環境中で腫瘍細胞、炎症細胞、または間質細胞によって産生されるＶＥＧＦ、アンジオポイエチン、およびエフリンによって調節される。腫瘍または炎症性疾患関連の血管形成は、微小環境からのシグナルに応答して増殖、遊走、浸潤、および分化する多くの異なる細胞種を含む、複雑なプロセスである。内皮細胞（ＥＣ）はＶＥＧＦ、ｂＦＧＦ、Ａｎｇ２、および他の前血管形成刺激に応答して宿主血管から発芽する。発芽は、ＶＥＧＦ／ＶＥＧＦＲ−２、Ａｎｇ２／ＴＥＫ、およびインテグリン／細胞外基質（ＥＣＭ）の相互作用によって刺激される。骨髄由来の循環内皮前駆体（ＣＥＰ）は、ＶＥＧＦに応答して腫瘍へと遊走し、ＥＣへと分化する一方で、造血幹細胞は血管形成成長因子を分泌する腫瘍／疾患部位関連のマクロファージを含めた白血球へと分化し、ＥＣＭのリモデリングを行って結合された成長因子を放出するＭＭＰを産生する。
【０４６４】
腫瘍細胞が無血管性領域中に生じるまたはそこに転移した場合、これらは、低酸素および栄養素の欠乏によって制限される大きさまで増殖する。他の局在増殖性疾患でも起こる可能性が高いこの状態は、血管形成因子を産生する細胞の選択をもたらす。腫瘍血管形成の主要な調節因子である低酸素は、転写因子低酸素誘導性因子（ＨＩＦ）１の安定化を含むプロセスによって、ＶＥＧＦをコードしている遺伝子（または複数の遺伝子）の転写製誘導を引き起こす。正常酸素圧条件下では、ＥＣ  ＨＩＦ−１レベルは、ＶＨＬ（フォンヒッペル−リンダウ）腫瘍抑制因子位置によってコードされているユビキチンＥ３−リガーゼに調節される、プロテアソームに媒介される破壊によって低く維持される。しかし、低酸素条件下では、ＨＩＦ−１タンパク質はヒドロキシル化されず、ＶＨＬとの会合が起こらない。したがって、ＨＩＦ−１レベルが上昇し、ＶＥＧＦを含めた標的遺伝子、一酸化窒素合成酵素（ＮＯＳ）、およびＡｎｇ２が誘導される。家族性および散発性の腎細胞癌で起こるＶＨＬ遺伝子の損失も、ＨＩＦ−１の安定化およびＶＥＧＦの誘導をもたらす。乏しい血流が原因でほとんどの腫瘍が低酸素領域を有し、この領域内の腫瘍細胞はＨＩＦ−１発現について陽性に染色される。これが、胚の発生、ならびに正常下（創傷治癒、黄体形成）および病的プロセス（腫瘍血管形成、関節リウマチなどの炎症状態）における血管形成中に起こる、分化中の内皮細胞から血管の新規形成をもたらす条件である。
【０４６５】
たとえば腫瘍の病巣を増殖させることまたは関節リウマチにおけるパンヌスの形成によって産生し得る疾患状態の細胞由来のＶＥＧＦでは、宿主血管からの発芽を開始させるために、Ａｎｇ１／ＴＥＫ経路によって与えられた安定性を撹乱させなければならない。これは、活動的なリモデリングを受けているＥＣによるＡｎｇ２の分泌によって起こる。Ａｎｇ２はＴＥＫに結合し、Ａｎｇ１の作用の競合的阻害剤である。Ａｎｇ２の影響下では、既存の血管がリモデリングシグナルに対してより応答性をもち、ＥＣのストローマおよび関連する血管周囲細胞への接着が低下し、ＶＥＧＦへの応答性が増える。したがって、宿主ＥＣを血管形成シグナルに対してより感度をもたせることによって血管構造を不安定化するために、Ａｎｇ２が新血管形成の初期段階に必要である。腫瘍のＥＣはＡｎｇ２によって遮断されるので、Ａｎｇ１／ＴＥＫの相互作用による安定化は存在せず、腫瘍の血管は漏れが多く、昜出血性であり、ＥＣと下に横たわるストローマとの会合が乏しい。発芽腫瘍のＥＣは、膜貫通タンパク質エフリン−Ｂ２およびその受容体、ＲＴＫ  ＥＰＨを高レベルで発現し、そのシグナル伝達は血管のリモデリングの間、アンジオポイエチンと共に作動すると考えられる。胚の形成中では、ＥＰＨ受容体は原始静脈の内皮上で発現され、一方で、膜貫通リガンドエフリン−Ｂ２は原始動脈の細胞によって発現される。同様の表現を血管構造の分化およびパターン形成の規制に用い得る。
【０４６６】
また、腫瘍リンパ管の発生も、ＶＥＧＦＲ−３ならびにそのリガンドＶＥＧＦ−ＣおよびＶＥＧＦ−Ｄなどの細胞表面受容体の発現に関連づけられている。上述のように、腫瘍内の間質圧力が高く、ほとんどのリンパ管が崩壊した機能的でない状態で存在し得るので、所属リンパ節への腫瘍細胞転移におけるこれらの血管の役割は依然として決定されていない。しかし、肺、前立腺、および結腸直腸癌を含めた原発性ヒト腫瘍におけるＶＥＧＦ−Ｃのレベルは、所属リンパ節への転移と有意に相関しており、したがって、原発部位からリンパ節およびその先までの腫瘍細胞の出口を維持することによって、ＶＥＧＦ−Ｃ，Ｄ／Ｒ３の発現が疾患の拡散に寄与し得ることが可能である。
【０４６７】
５．細胞表面受容体ならびに血管形成病および血管形成状態の治療
血管形成、血管新生および／または細胞増殖の変調を用いて、血管形成が役割を果たす疾患および状態を治療することができる。たとえば、血管形成阻害剤は、その多くが腫瘍中の活性化された内皮に独特である、ＥＣの増殖、遊走、および／または生存に関与する重要な分子経路を標的化することによって、機能することができる。成長因子および接着依存性のシグナル伝達経路の阻害は、同時に腫瘍増殖の阻害を伴ったＥＣのアポトーシスを誘発する可能性がある。腫瘍の血管構造を含むＥＣは遺伝的に安定しており、腫瘍細胞と遺伝的変化を共有しない。したがって、ＥＣのアポトーシス経路は無傷である。腫瘍血管のそれぞれのＥＣは多くの腫瘍細胞への栄養の供給を補助し、腫瘍の血管形成はいくつかの外来性前血管形成刺激に駆動されることができるが、実験データから、単一の成長因子（たとえばＶＥＧＦ）の遮断により腫瘍誘導性の血管増殖を阻害できることが示される。腫瘍血管は正常な血管とは明確に異なるので、正常な血管に影響を与えることなくこれらを選択的に破壊し得る。
【０４６８】
細胞表面受容体は血管形成の調節に関与しているので、これらを、血管形成に関与する疾患および状態の治療の治療的標的とすることができる。本明細書では、血管形成プロセスの１つまたは複数のステップを変調することができるＣＳＲアイソフォームを提供する。ＣＳＲアイソフォームは、単独で、平行して、または他の組合せで投与することができる。たとえば、ｂＦＧＦによって誘発される血管形成は、ＣＳＲアイソフォームなどｂＦＧＦＲの阻害剤によって遮断することができ、ひいてはこれがＶＥＧＦ経路の活性化を阻害することができる。また、ＶＥＧＦＲ経路をＶＥＧＦＲアイソフォームによって遮断することもできる。また、血管形成を変調するために、Ａｎｇ／ＴＥＫおよびエフリン／ＥＰＨ経路を変調するＣＳＲアイソフォームを投与することもできる。ＶＥＧＦＲ、ｂＦＧＦ、Ａｎｇ２、ＴＮＦ−α、ＴＧＦ−α、およびエフリン拮抗剤などの他の因子の活性の拮抗剤として作用するＣＳＲアイソフォームを、投与することができる。これらのリガンドおよびその受容体は、新しい内皮細胞の誘引、および／あるいは循環内皮前駆体（ＣＥＰ）からの分化または管の形成もしくは枝分かれの必要性のいずれかを阻害することによる、血管へのその構造的形質転換に必要である。したがって、これらの因子のうちの１つまたは複数の拮抗により、癌および炎症性疾患の発生および進行を阻害することができる。本明細書中に記載のように、このような疾患および状態の治療剤としてＣＳＲアイソフォームを投与することができる。
【０４６９】
Ｌ．ＣＳＲアイソフォームを用いた例示的な治療および研究
本明細書では、ＣＳＲアイソフォームを用いた疾患および状態の治療方法を提供する。ＲＴＫアイソフォームおよびＴＮＦＲアイソフォームなどのＣＳＲアイソフォームを、本明細書中に記載のものを含めた様々な疾患および状態の治療で用いることができる。治療は、適切な経路でポリペプチドの配合物を投与することによって行うことができる、これは、標的送達のためもしくはリポソームなどの送達ベヒクル中にカプセル封入して、ポリペプチドとして組成物中で提供することができ、また標的化剤と連結させることができる。あるいは、ポリペプチドをコードしている核酸を裸の核酸として、またはベクター、特に遺伝子治療ベクター中で投与することができる。遺伝子治療は、当業者に知られている任意の方法によって行うことができる。遺伝子治療は、核酸またはベクターを直接投与することによってｉｎ  ｖｉｖｏで行うことができる。たとえば、核酸を全身送達、局所送達、表面送達、または任意の適切な経路によって送達することができる。ベクターまたは核酸は、ウイルスもしくはリポソームなどの送達ベヒクル中に標的化剤を含めることによって標的とするか、または抗体などの標的化剤にコンジュゲートさせることができる。ベクターまたは核酸は、細胞を対象または適切なドナーから取り出し、ベクターまたは核酸を細胞内に導入し、その後、改変した細胞を対象内に導入することによって、ｅｘ  ｖｉｖｏで細胞に導入することができる。
【０４７０】
本明細書中に提供するＣＳＲアイソフォームは、様々な障害、特に増殖性、免疫性および炎症性の障害の治療に用いることができる。治療には、それだけには限定されないが、眼球疾患、アテローム性動脈硬化症、癌および血管損傷、アルツハイマー病を含めた神経変性疾患、アテローム性動脈硬化症を含めた炎症性疾患および状態、癌を含めた細胞増殖に関連する疾患および状態、および平滑筋細胞関連状態、ならびに様々な自己免疫疾患を含めた、血管形成関連病およびその状態の治療が含まれる。例示的な治療および前臨床研究が、ＲＴＫおよびＴＮＦＲアイソフォームを用いた処置および治療について記載されている。このような記載は例示的であることのみを意図し、特定のＲＴＫまたはＴＮＦＲアイソフォームに限定されない。具体的な治療および用量は当業者が決定することができる。治療の評価における検討事項には、治療する疾患、疾患の重篤度および経過、分子を予防目的または治療目的のどちらのために投与するのか、以前の治療、患者の病歴および治療に対する応答、ならびに担当医の指示が含まれる。
【０４７１】
１．血管形成関連状態
それだけには限定されないが、ＶＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ、ＴＩＥ／ＴＥＫ、ＥＧＦＲ、およびＥｐｈＡを含めたＲＴＫアイソフォーム、ならびにＴＮＦＲ１およびＴＮＦＲ２を含めたＴＮＦＲアイソフォームは、血管新生を伴う眼球疾患を含めた、眼球の疾患および状態などの血管形成に関連する疾患ならびに状態の治療に用いることができる。眼球の血管新生病は、網膜または角膜などの眼の構造中への新しい血管侵襲によって特徴づけられている。これは失明の最も一般的な原因であり、約２０種の眼疾患に関与している。年齢関連性の黄斑変性症では、関連するウイルス性の問題は、網膜色素上皮下における維管束組織の増殖を伴ったブルッフ膜中の欠陥を介した脈絡毛細血管の内植によって引き起こされる。また、血管形成の損傷は、糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、角膜移植拒絶、血管新生緑内障および水晶体後線維増殖症にも関連している。角膜血管新生に関連する他の疾患には、それだけには限定されないが、流行性角結膜炎、ビタミンＡ欠乏症、コンタクトレンズの過剰装着、アトピー性角膜炎、上輪部結膜炎、翼状片乾燥性角膜炎、シェーグレン、酒さ性ざ瘡、フリクテン症、梅毒、マイコバクテリア感染症、脂質の変性、化学熱傷、細菌性潰瘍、真菌性潰瘍、単純ヘルペス感染症、帯状疱疹感染症、原虫感染症、カポジ肉腫、モーレン潰瘍、テリエン周辺変性症、周辺角質溶解、関節リウマチ、全身性ループス、多発性動脈炎、外傷、ウェゲナーサルコイドーシス、強膜炎、スティーブンスジョンソン病、類天疱瘡放射状角膜切開、および角膜移植拒絶が含まれる。網膜／脈絡の血管新生に関連する疾患には、それだけには限定されないが、糖尿病性網膜症、黄斑変性症、鎌状赤血球貧血、サルコイド、梅毒、弾性線維性偽黄色腫、パジェット病、静脈閉塞、動脈閉塞、頸動脈閉塞性疾患、慢性ブドウ膜炎／硝子体炎、マイコバクテリア感染症、ライム病、全身性エリテマトーデス、未熟児網膜症、イールズ病、ベーチェット病、網膜炎または脈絡膜炎を引き起こす感染症、推定眼ヒストプラスマ症、ベスト病、近視、視窩、スタルガルト病、扁平部炎、慢性網膜剥離、過粘稠度症候群、トキソプラズマ症、外傷およびレーザー後合併症が含まれる。他の疾患には、それだけには限定されないが、ルベオーシス（隅角の血管新生）に関連する疾患、および増殖性硝子体網膜症のすべての形態を含めた、維管束組織または線維組織の異常な増殖によって引き起こされる疾患が含まれる。
【０４７２】
眼球疾患の治療などにおける血管形成に対するＲＴＫおよびＴＮＦＲアイソフォームの治療効果は、動物モデル、たとえば本明細書中に記載のものなどの角膜移植において評価することができる。たとえば、ＲＴＫなどにおける血管形成の変調は、ヌードマウスにおける類表皮Ａ４３１腫瘍およびヌードマウスに移植した、ＶＥＧＦまたはＰＩＧＦで形質導入したラットＣ６神経膠腫などの、ヌードマウスモデルで評価することができる。ＣＳＲアイソフォームは、タンパク質として局所注射または全身注射することができる。あるいは、ＣＳＲアイソフォームを発現する細胞を局所的にまたは腫瘍から離れた部位に接種することができる。腫瘍は、対照で処置したモデルおよびＣＳＲアイソフォームで処置したモデル間で比較を行って、血管化の乏しい蒼白な腫瘍、壊死、増殖の低下および腫瘍細胞アポトーシスの増加を含めた、腫瘍の阻害の表現型を観察することができる。このような治療の１つでは、Ｆｌｔ−１アイソフォームを用いて眼球疾患を治療し、このようなモデルにおいて評価する。
【０４７３】
ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを用いて治療することができる眼球障害の例は、それだけには限定されないが、糖尿病性網膜症（糖尿病の主要な合併症）、未熟児網膜症（高頻度で慢性の視覚問題をもたらし、失明のリスクが高いこの荒廃的な眼状態は、未熟児の介護における重篤な合併症である）、血管新生緑内障、網膜芽細胞腫、水晶体後線維増殖症、ルベオーシス、ブドウ膜炎、黄斑変性症、および角膜移植血管新生を含めた、眼球の血管新生によって特徴づけられている眼疾患である。他の眼の炎症性疾患、眼球腫瘍、および脈絡または虹彩の血管新生に関連する疾患も、ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを用いて治療することができる。
【０４７４】
また、ＰＤＧＦＲアイソフォームも増殖性硝子体網膜症の治療に用いることができる。たとえば、ＰＤＧＦＲアイソフォームをコードしている核酸分子を含む、レトロウイルスベクターなどの発現ベクターを構築する。この発現ベクターを含むウサギ結膜線維芽細胞（ＲＣＦ）を、レトロウイルスベクターなどには形質移入によって、またはプラスミドもしくは染色体に基づいたベクターなどには形質転換によって産生する。ＰＤＧＦＲアイソフォームの発現は、ＰＤＧＦＲアイソフォームを認識する抗体の使用ならびにペプチドタグ（たとえばｍｙｃタグ）および対応する抗体の使用を含めた、当分野で知られている手段によって、細胞中で監視することができる。ＲＣＦを眼の硝子体部分に注射する。たとえば、ウサギ動物モデルでは、約１×１０５ＲＣＦを、気体硝子体切除（ｇａｓ  ｖｉｔｒｅｏｍｙ）によって注射する。ＰＤＧＦＲアイソフォームを発現するレトロウイルスの〜２×１０７ＣＦＵを同じ日に注射する。疾患症状の減衰などの増殖性硝子体網膜症に対する効果は、たとえば手術の２〜４週間後に観察することができる。
【０４７５】
ＥｐｈＡアイソフォームを用いて、眼疾患などにおいて誤調節されたおよび／もしくは不適切な血管形成を有する疾患または状態を治療することができる。たとえば、ＥｐｈＡアイソフォームを、マウス角膜モデルなどの動物モデルにおいて、エフリンＡ−１誘導性の血管形成に対する効果について評価することができる。エフリンＡ−１を単独でまたはＥｐｈＡアイソフォームタンパク質と共に含むヒドロンペレットを、マウスの角膜に移植する。移植後の日に視覚的な観察を行い、ＥｐｈＡアイソフォームの阻害または血管形成の低下を観察する。ＶＥＧＦＲアイソフォームについて記載したものなどの抗血管形成治療および方法がＥｐｈＡアイソフォームに適応可能である。
【０４７６】
２．血管形成関連アテローム性動脈硬化症
ＲＴＫアイソフォーム、たとえばＶＥＧＦＲ  Ｆｌｔ−１およびＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを用いて、アテローム性動脈硬化性斑の血管新生などの、アテローム性動脈硬化症に関連する血管形成状態を治療することができる。血管の管腔内に形成された斑は、血管形成刺激活性を有することが示されている。ヒト冠状動脈アテローム硬化性の病変におけるＶＥＧＦの発現は、ヒト冠状動脈アテローム性動脈硬化症の進行に関連している。
【０４７７】
動物モデルを用いて、アテローム性動脈硬化症の治療においてＲＴＫアイソフォームを評価することができる。アポリポタンパク質−Ｅ欠乏マウス（ＡｐｏＥ−／−）はアテローム性動脈硬化症を罹患しやすい。このようなマウスは、ＲＴＫアイソフォーム、たとえばＦｌｔ−１イントロン融合タンパク質などのＶＥＧＦＲアイソフォームを、５、１０および２０週齢から開始して５週間などの一定期間の間注射することによって治療する。アイソフォームで処置したマウスにおけるアテローム硬化性病変の低下を観察するために、大動脈起始部の病変を、対照ＡｐｏＥ−／−マウスとアイソフォームで処置したＡｐｏＥ−／−マウスとの間で評価する。
【０４７８】
３．さらなる血管形成関連治療
ＶＥＧＦＲアイソフォーム、たとえばＦｌｔ１アイソフォームなどのＲＴＫアイソフォーム、ならびにＥｐｈＡアイソフォームも、関節リウマチ（ＲＡ）などにおいて存在する、滑膜細胞の増殖、炎症細胞の浸潤、軟骨の破壊およびパンヌスの形成などの血管形成ならびに炎症性関連の状態の治療に用いることができる。マウスで誘導した多関節関節炎などの、ＩＩ型コラーゲン誘導性関節炎の自己免疫モデルを、ヒトＲＡのモデルとして用いることができる。タンパク質の局所注射などによってＶＥＧＦＲアイソフォームで治療したマウスを、足の膨張、紅班および強直症を含めた関節炎の症状の低下について観察することができる。また、滑膜血管形成および滑膜炎症の低下も観察することができる。
【０４７９】
ＶＥＧＦＲアイソフォームを用いた治療が受け入れられる他の血管形成関連状態には、血管腫が含まれる。小児期に最も頻繁に起こる血管形成病の１つが血管腫である。ほとんどの症例で、腫瘍は良性であり、介入なしに消失する。より重篤な症例では、腫瘍は大きな空洞性かつ浸潤性のある型に進行し、臨床的合併症を生じる。血管腫の全身性形態である血管腫症は、死亡率が高い。現在用いられている治療剤では治療することができない、または治療が困難な血管腫の症例が数多く存在する。
【０４８０】
ＶＥＧＦＲアイソフォームを、オスラー−ウェーバー−ランドー病、または遺伝性昜出血性毛細血管拡張などの、血管形成が損傷の原因であるそのような疾患および状態の治療に用いることができる。これは、複数の小さな血管腫、すなわち血液またはリンパ管の腫瘍によって特徴づけられている、遺伝する疾患である。血管腫は皮膚および粘膜中に見つかり、多くの場合、鼻出血（鼻血）または消化管出血および場合によっては胚または肝臓の動静脈瘻を伴う。また、望ましくない血管透過性によって特徴づけられている疾患および障害も、ＶＥＧＦＲアイソフォームによって治療することができる。これには、脳腫瘍に関連する浮腫、悪性疾患に関連する腹水、メーグス症候群、肺炎症、ネフローゼ症候群、心外膜液および胸水が含まれる。
【０４８１】
また、血管形成は、再生および創傷治癒などの正常な生理的プロセスにも関与している。血管形成は排卵の重要なステップであり、受精後の胞肺の着床にも重要なステップである。ＶＥＧＦＲアイソフォームによる血管形成の変調を用いて、排卵を遮断するまたは肺胞の着床を予防するために無月経を誘発することができる。ＶＥＧＦＲアイソフォームも手術手順で用いることができる。たとえば、創傷治癒では、過剰の修復または線維増殖が手術手順の有害な副作用となる場合があり、これは血管形成によって引き起こされるまたは悪化する場合がある。癒着は手術の頻繁な合併症であり、小腸閉塞などの問題をもたらす。
【０４８２】
ＰＤＧＦＲアイソフォームを、動脈手術などにおける動脈傷害後の新生内膜形成の調節に用いることができる。たとえば、ＰＤＧＦＲ−Ｂアイソフォームを用いて、新生内膜形成に関与しているものなどのＰＤＧＦ−ＢＢ誘導性の細胞増殖を調節することができる。ＰＤＧＦＲアイソフォームは、たとえば、バルーン損傷の雄鶏大腿動脈モデルにおいて評価することができる。ＰＤＧＦＲアイソフォームを発現するアデノウイルスベクターを構築し、動脈モデルにｉｎ  ｖｉｖｏで形質導入した。新生内膜関連の血栓症を形質導入した動脈で評価して、対照と比較した場合の低下を観察した。
【０４８３】
血管形成関連病およびその状態の治療に有用なＲＴＫアイソフォームは、抗血管形成薬、ＶＥＧＦＲリガンドの変調を含めてＲＴＫ関連経路において他のシグナル伝達分子と相互作用する分子などとの併用療法で用いることもできる。たとえば、既知の抗リウマチ薬であるブシラミン（ＢＵＣ）は、その作用機構に滑膜細胞によるＶＥＧＦ産生の阻害を含むことが示された。ＢＵＣの抗リウマチ効果は、滑膜細胞によるＶＥＧＦ産生の阻害による、関節炎滑膜における血管形成および滑膜増殖の抑制に媒介される。このような薬物とＶＥＧＦＲアイソフォームとの併用療法により、治療の複数の作用機構および作用部位を可能とすることができる。
【０４８４】
４．癌
ＥＧＦＲ、ＴＩＥ／ＴＥＫ、ＶＥＧＦＲおよびＦＧＦＲのアイソフォームなどのＲＴＫアイソフォームを癌の治療に用いることができる。それだけには限定されないが、ＥｒｂＢ２およびＥｒｂＢ３アイソフォームなどのＥＧＦＲ  ＲＴＫアイソフォーム、Ｆｌｔ１アイソフォームなどのＶＥＧＦＲアイソフォーム、ＦＧＦＲ−４アイソフォームなどのＦＧＦＲアイソフォーム、ならびにＥｐｈＡ１アイソフォームを含めたＲＴＫアイソフォームを、癌の治療に用いることができる。本発明で治療する癌の例には、それだけには限定されないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病またはリンパ性悪性疾患が含まれる。このような癌のさらなる例には、扁平細胞癌（たとえば上皮扁平細胞癌）、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌および肺扁平上皮癌を含めた肺癌、腹膜癌、肝細胞癌、消化管癌を含めた消化管（ｇａｓｔｒｉｃ）癌または胃（ｓｔｏｍａｃｈ）癌、膵臓癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌もしくは子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌（ｋｉｄｎｅｙ）または腎臓（ｒｅｎａｌ）癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、ならびに頭頚部癌が含まれる。併用療法は、抗ホルモン性化合物、心保護剤、ならびに化学療法剤および増殖阻害剤などの抗癌剤を含めたＥＧＦＲアイソフォームと共に用いることができる。
【０４８５】
ＥＧＦＲアイソフォームを用いて治療可能な癌は、一般に、ＥＧＦＲ受容体またはＥＧＦリガンドが相互作用する受容体を発現する癌である。このような癌は当業者に知られており、および／またはＥＧＦＲの発現を検出するための当分野で知られている任意の手段によって同定することができる。ＥｒｂＢ２発現の利用可能な診断的／予後的アッセイの例には、ＨＥＲＣＥＰＴＥＳＴ．ＲＴＭ．（Ｄａｋｏ）が含まれる。パラフィンに包埋した腫瘍生検の組織切片をＩＨＣアッセイに供し、ＥｒｂＢ２タンパク質の染色強度基準を認容した。閾値よりも低いスコアが認められた腫瘍は、ＥｒｂＢ２を過剰発現していないと特徴づけることができ、一方で、閾値を超えるまたは閾値に等しいスコアを有する腫瘍は、ＥｒｂＢ２を過剰発現していると特徴づけることができる。治療の一例では、ＥｒｂＢ２を過剰発現する腫瘍を、ＥｒｂＢ２アイソフォームなどのＥＧＦＲアイソフォームを用いた治療の候補として評価する。
【０４８６】
本明細書中に提供するアイソフォームを癌の治療に用いることができる。たとえば、ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを、腫瘍関連の血管形成を変調することなどによる癌の治療に用いることができる。血管化は、癌の増殖および拡散の調節に関与している。たとえば、血管形成および血管新生の阻害により、固体腫瘍の増殖および拡大が阻害される。ＴＥＫなどのＴｉｅ／Ｔｅｋ受容体は、正常組織および癌組織において血管発生に影響を与えることが示されている。ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームは、腫瘍血管形成の阻害剤として用いることができる。ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームは、細胞中でのタンパク質の発現などによって産生される。たとえば、ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームの分泌された型を細胞中で発現させ、培地から収穫することができる。タンパク質は、当分野で知られている生化学的手段によって、ならびにＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームもしくはその一部分に対して産生させた抗体などの抗体精製を用いることによって、またはタグを付加したＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームおよび対応する抗体を用いることによって、精製あるいは部分的に精製することができる。血管形成の効果は、動物モデルにおいて、ラット角膜を、手術によってラット角膜のマイクロポケット内に移植したヒドロンペレット中の馴化培地として、またはウィンドウチャンバに投与した精製したタンパク質（たとえば１００μｇ／用量）として配合したＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを用いて処理することなどによって監視することができる。たとえば、無血管角膜を有するＦ３４４ラットなどのラットモデルを、腫瘍細胞馴化培地と組み合せて、または血管形成を誘導するために腫瘍の断片を眼のウィンドウチャンバ内に移植することによって、用いることができる。腫瘍細胞馴化培地によって誘導された血管形成の阻害を検出するために、角膜を組織学的に検査することができる。また、ＴＩＥ／ＴＥＫアイソフォームを用いて、原発性および転移性の肉腫および癌腫を含めた固形腫瘍などの悪性状態ならびに転移状態を治療することもできる。
【０４８７】
ＦＧＦＲ−４アイソフォームを用いて、癌、たとえば下垂体腫瘍を治療することができる。動物モデルを用いて、ヒト下垂体腫瘍進行の進行を模倣することができる。たとえば、トランスジェニックマウス内で発現されたＦＧＦＲのＮ末端が短縮された型、ｐｔｄ−ＦＧＦＲ−４は、持続的かつ巨大な過形成が存在しない下垂体腺種の形成を含めて、下垂体の腫瘍形成を再現している（Ｅｚｚａｔ他（２００２）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．、１０９：６９〜７８）。ＦＧＦＲ−４アイソフォームをｐｔｄ−ＦＧＦＲ−４マウスに投与することができ、下垂体の構築および腫瘍進行の経過を対照マウスと比較する。
【０４８８】
５．アルツハイマー病
ＥＧＦＲアイソフォームなどの受容体アイソフォームも、炎症性状態ならびにアルツハイマー病および関連状態などのこのような応答を含む他の状態の治療に用いることができる。突然変異アミロイド前駆体タンパク質を過剰発現するトランスジェニックマウスおよび家族性常染色体性優性関連ＰＳ１を発現するマウスならびに両方のタンパク質（ＰＳ１  Ｍ１４６Ｌ／ＡＰＰＫ６７０Ｎ：Ｍ６７１Ｌ）を発現するマウスを含めて、様々なヒトアルツハイマー病用のマウスモデルが利用可能である。アルツハイマー病のモデルは、ＥｒｂＢアイソフォームの注射などによって治療する。斑の発生は、染色および抗体免疫反応アッセイを用いて、海馬、嗅内皮質、および大脳皮質中での神経斑の観察などによって評価することができる。
【０４８９】
６．平滑筋増殖に関連する疾患および状態
ＥｒｂＢアイソフォームなどのＥＧＦＲアイソフォームを含めたＣＳＲアイソフォームを、ヒトなどの哺乳動物における平滑筋細胞増殖に関与する様々な疾患および状態の治療に用いることができる。一例は、血管平滑筋細胞（ＶＳＭＣ）の増殖を含み、血管狭窄症などの内膜の過形成、血管形成術もしくは手術またはステント移植から生じる再狭窄、アテローム性動脈硬化症および高血圧をもたらす、心疾患の治療である。このような状態では、様々な細胞および放出されたサイトカインが自己分泌、パラ分泌または接触分泌の様式で互いに作用し、これにより、培地中のその正常な位置から損傷した内膜へのＶＳＭＣの遊走がもたらされる。遊走したＶＳＭＣは過剰に増殖し、内膜の肥厚をもたらし、これは狭窄症または血管の閉塞をもたらす。この問題は、血小板の凝集および病変部位での堆積により度合が強まる。多機能性セリンプロテアーゼであるα−トロンビンが血管損傷部位で濃縮されており、ＶＳＭＣの増殖を刺激する。この受容体が活性化されたのち、ＶＳＭＣはＰＤＧＦ−ＡＡ、ＨＢ−ＥＧＦおよびＴＧＦを含めた様々な自己分泌成長因子を産生および分泌する。ＥＧＦＲは、最終的に線維芽細胞およびＶＳＭＣの遊走ならびに増殖をもたらすシグナル伝達カスケード、ならびに内皮細胞に分裂促進的な様々な因子を分泌させるＶＳＭＣの刺激および内皮細胞における化学走性応答の誘導に関与している。ＥＧＦＲアイソフォームを用いた治療を用いて、このようなシグナル伝達および応答を変調することができる。
【０４９０】
ＥｒｂＢ２およびＥｒｂＢ３アイソフォームなどのＥＧＦＲアイソフォームを用いて、ＥｒｂＢ２およびＥｒｂＢ３などのＥＧＦＲが、尿路下部に影響を与える閉塞性症候群に応答して起こる膀胱壁の肥厚などの膀胱のＳＭＣを変調する状態を治療することができる。ＥＧＦＲアイソフォームを、膀胱平滑筋細胞の増殖の制御、結果的には尿路閉塞性症候群の予防または治療に用いることができる。
【０４９１】
ＥＧＦＲアイソフォームを用いて、平滑筋細胞増殖に関与する根本的な病理学を有する閉塞性気道疾患を治療することができる。一例は、気道の炎症および気管支収縮に現れる喘息である。ＥＧＦは、ヒト気道ＳＭＣの増殖を刺激することが示されており、閉塞性気道疾患において気道ＳＭＣの病理学的増殖に関与する因子の１つである可能性が高い。ＥＧＦＲアイソフォームは、ＥＧＦＲによる、ＥＧＦに対する効果および応答を変調するために用いることができる。
【０４９２】
７．炎症性疾患
ＴＮＦＲアイソフォームなどのＣＳＲアイソフォームは、中枢神経系疾患（ＣＮＳ）、自己免疫疾患、喘息におけるものなどの気道過敏症状態、関節リウマチおよび炎症性腸疾患を含めた炎症性疾患の治療に用いることができる。
【０４９３】
ＴＮＦαおよびＬＴは炎症誘発性サイトカインであり、多発性硬化症などの疾患および状態の炎症反応における重大な媒介物質である。ＴＮＦαおよびＬＴ−αは、リンパ球およびマクロファージを浸潤することによって産生され、また、さらに活性化されたＣＮＳ実質細胞、ミクログリア細胞および星細胞によって産生される。ＭＳ患者では、ＴＮＦ−αは血清および脳脊髄液中で過剰に産生されている。病変中では、ＴＮＦ−αおよびＴＮＦＲが大規模に発現される。ＴＮＦαおよびＬＴ−αは原発性オリゴデンドロサイトの選択的毒性を誘発させることができ、ＣＮＳ組織においてミエリン損傷を誘発させる。したがって、これら２つのサイトカインは脱髄に関連するとされている。
【０４９４】
実験的自己免疫脳脊髄炎（ＥＡＥ）は、多発性硬化症（ＭＳ）のモデルとして役割を果たすことができる（たとえばＰｒｏｂｅｒｔ他（２０００）Ｂｒａｉｎ、１２３：２００５〜２０１９参照）。ＥＡＥは、ミエリンならびにミエリン塩基性タンパク質、プロテオリピドタンパク質およびミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）などのミエリン成分を用いて免疫化を行うことによって、いくつかの遺伝的に感受性のある種において誘発させることができる。たとえば、ＭＯＧ誘導性ＥＡＥは、炎症の病理組織学的三徴候の慢性的かつ再発性の臨床疾患経過、反応性グリオーシス、および大きなコンフルエントな脱ミエリン化された斑の掲形成を含めたヒトＭＳの本質的な特徴を再現している。さらなるＭＳモデルには、非自己免疫媒介のＭＳのモデルである、ＴＮＦαを過剰発現するトランスジェニックマウスが含まれる。トランスジェニックマウスはＴＮＦαを局所的にグリア細胞中で発現するように操作されている。ヒトおよびネズミのＴＮＦαはＭＳ様の症状を始動させる。ＴＮＦＲアイソフォームは、ＥＡＥ動物モデルにおいて評価することができる。アイソフォームを注射などによって投与し、症状の経過および進行を対照動物と比較して監視する。
【０４９５】
ＴＮＦαなどのサイトカインは、気道平滑筋の収縮特性にも関与している。ＴＮＦＲ１およびＴＮＦＲ２は、気道平滑筋における生物学的影響の変調に役割を果たしている。ＴＮＦＲ２はカルシウム恒常性を変調し、したがって気道平滑筋の応答性亢進を変調する。ＴＮＦＲ１は、気道平滑筋におけるＴＮＦαの効果を変調する。気道平滑筋の応答は、カルバコールを用いて誘発させたネズミの気管輪において評価することができる。ＴＮＦαが存在する場合および存在しない場合におけるカルバコール誘導性収縮などの効果を監視することができる。気道平滑筋に対するアイソフォームの効果を評価するために、ＴＮＦＲアイソフォームを気管輪に加えることができる。
【０４９６】
ＴＮＦα／ＴＮＦＲは、関節リウマチ（ＲＡ）などの疾患において炎症を変調する（Ｅｄｗａｒｄｓ他（２００３）Ａｄｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．、５５（１０）：１３１５〜３６）。ＴＮＦＲ１アイソフォームを含めたＴＮＦＲアイソフォームを用いて、ＲＡを治療することができる。たとえば、ＴＮＦＲアイソフォームを局所注射または全身注射することができる。アイソフォームは、毎日または週１回投薬することができる。ＰＥＧ化したＴＮＦＲアイソフォームは、免疫原性を低下させるために用いることができる。ＲＡ治療用の霊長類モデルが利用可能である。ＴＮＦＲアイソフォーム治療を評価するために、柔らかい関節および膨張した関節の応答をＴＮＦＲアイソフォームで治療した対象ならびに対照において監視することができる。
【０４９７】
８．併用療法
疾患および状態を治療するために、ＲＴＫアイソフォームなどのＣＳＲアイソフォームを、互いにならびに他の既存の薬物および治療剤と組み合わせて用いることができる。たとえば、本明細書中に記載のように、いくつかのＲＴＫアイソフォームを用いて血管形成関連状態および疾患ならびに／または対照腫瘍増殖を治療することができる。このような治療は、抗血管形成薬および／もしくは抗腫瘍形成薬ならびに／または治療剤と併せて行うことができる。抗血管形成薬および抗腫瘍形成薬ならびに併用療法に有用な治療の例には、チロシンキナーゼ阻害剤、ならびにそれだけには限定されないが４−アミノピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン（たとえばＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．５，６３９，７５７参照）、キナゾリン化合物および組成物（たとえばＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．５，７９２，７７１）を含めたチロシンキナーゼシグナル伝達を変調する能力を有する分子が含まれる。併用療法において有用な他の化合物には、アンジオスタチン４，９（１１）−ステロイドおよびＣ２１−含酸化ステロイドなどのステロイド、アンジオスタチン、エンドスタチン、バスキュロスタチン（ｖａｓｃｕｌｏｓｔａｔｉｎ）、キャンスタチン（ｃａｎｓｔａｔｉｎ）およびマスピン、アンジオポイエチン、細菌性多糖ＣＭ１０１ならびに抗体ＬＭ６０９（Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．５，７５３，２３０）、トロンボスポンジン（ＴＳＰ−１）、血小板因子４（ＰＦ４）、インターフェロン、メタロプロテイナーゼ阻害剤、ＡＧＭ−１４７０／ＴＮＰ−４７０、サリドマイド、およびカルボキシアミドトリアゾール（ＣＡＩ）を含めた薬物、ヘパリンまたはヘパリン断片が存在する場合などのコルチゾン、抗侵襲性因子、レチノイン酸およびパクリタキセル（本明細書中に参考として組み込まれているＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．５，７１６，９８１）、サメ軟骨抽出物、陰イオン性ポリアミドもしくはポリ尿素オリゴマー、オキシインドール誘導体、エストラジオール誘導体およびチアゾロピリジミン誘導体が含まれる。
【０４９８】
ＥＧＦＲを過剰発現する癌の治療を含めた癌の治療には、抗癌剤、化学療法剤および増殖阻害剤との併用療法が含まれていることができ、様々な化学療法剤のカクテルの同時投与が含まれる。化学療法剤の例には、タキサン（パクリタキセルおよびドキセタキセルなど）およびアントラサイクリン抗生物質が含まれる。このような化学療法剤の調製および投薬スケジュールは、製造者の指示に従って、または当業者によって経験的に決定されるように使用し得る。このような化学療法の調製および投薬スケジュールは、化学療法サービス（Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  Ｓｅｒｖｉｃｅ）、Ｍ．Ｃ．Ｐｅｒｒｙ編、Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ、メリーランド州Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ（１９９２）にも記載されている。
【０４９９】
さらなる化合物を、ＲＴＫアイソフォームと共に併用療法において用いることができる。抗ホルモン化合物を、ＥＧＦＲアイソフォームと共になど、併用療法で用いることができる。このような化合物の例には、タモキシフェンなどの抗エストロゲン化合物；オナプリストンなどの抗プロゲステロンおよびフルタミエオなどの抗アンドロゲンが、このような分子について知られている用量で含まれる。また、心保護剤（治療に関連している可能性のある心筋機能不全を予防または軽減させるため）または１つもしくは複数のサイトカインも同時投与することも有用な可能性がある。上記治療レジームに加えて、患者は手術による癌細胞の除去および／または放射線療法を受ける場合がある。
【０５００】
アジュバントおよび他の免疫変調剤は、癌の治療において、たとえば腫瘍細胞に対する免疫応答を増大させるために、ＣＳＲアイソフォームと組み合わせて用いることができる。併用療法は治療の有効性を増大させることができ場合によっては、組合せが治療の個別の相加効果よりも有効であるように相乗効果が生じる。アジュバントの例には、それだけには限定されないが、細菌ＤＮＡ、弱毒化マイコバクテリア細胞の核酸画分（ＢＣＧ；バチルス−カルメット−ゲラン）、ＢＣＧゲノム由来の合成オリゴヌクレオチド、およびＣｐＧモチーフを含む合成オリゴヌクレオチド（ＣｐＧ  ＯＤＮ；Ｗｏｏｌｄｒｉｄｇｅ他（１９９７）Ｂｌｏｏｄ、８９：２９９４〜２９９８）、レバミゾール、水酸化アルミニウム（ミョウバン）、ＢＣＧ、フロイトの不完全アジュバント（ＩＦＡ）、ＱＳ−２１（植物由来の免疫賦活剤）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、およびジニトロフェニル（ＤＮＰ）が含まれる。免疫変調剤の例には、それだけには限定されないが、インターロイキン（たとえば、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、およびＩＬ−１ＲＡ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、オンコスタチンＭ、エリスロポエチン、白血病阻害因子（ＬＩＦ）、インターフェロン、Ｂ７．１（ＣＤ８０としても知られる）、Ｂ７．２（Ｂ７０、ＣＤ８６としても知られる）、ＴＮＦファミリーメンバー（ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−β、ＬＴ−β、ＣＤ４０リガンド、Ｆａｓリガンド、ＣＤ２７リガンド、ＣＤ３０リガンド、４−１ＢＢＬ、Ｔｒａｉｌ）、ＭＩＦなどのサイトカイン、インターフェロン、ＩＬ−２およびＩＬ−１２などのサイトカイン；ならびにメトトレキサートおよびクロラムブシルなどの化学療法剤が含まれる。
【０５０１】
９．前臨床研究
モデル動物の研究を、候補治療剤であるＲＴＫアイソフォームの前臨床評価で用いることができる。評価することができるパラメータには、それだけには限定されないが、有効性濃度応答、安全性、薬物動態学、種間スケーリングおよび組織分布が含まれる。モデル動物の研究には、本明細書中に記載のものなどのアッセイおよび当業者に知られているアッセイが含まれる。動物モデルを用いて、その後に臨床治験およびＲＴＫアイソフォームを用いた治療を設計するためにヒト用量に外挿することができるデータを得ることができる。たとえば、ヒトで使用するための所要の有効な範囲のＶＥＧＦＲに対する抗体などの、治療的阻害剤を維持するために有効な臨床的投薬レジメンを定義するために、腫瘍保有マウスにおける有効性濃度応答ＶＥＧＦＲ阻害剤を、ヒトでの治療に外挿することができる（Ｍｏｒｄｅｎｔｉ他、（１９９９）Ｔｏｘｉｃｏｌ  Ｐａｔｈｏｌ．、１月〜２月；２７（１）：１４〜２１）。同様のモデルおよび用量の研究を、ＶＥＧＦＲアイソフォームの用量の決定および適切なヒト用量への翻訳、ならびに当業者に知られている他の技術に適応することができる。前臨床安全性研究および前臨床薬物動態学を、たとえばサル、マウス、ラットおよびウサギにおいて行うことができる。マウス、ラットおよびサルからの薬物動態学データは、非比例的スケーリングを用いて、ヒトにおける対応治療剤の薬物動態学の予測に用いられている。したがって、関節リウマチ、眼球血管新生および癌を含めたヒトの病的状態を治療するための適切な用量の情報を決定することができる。抗ＶＥＧＦ抗体のヒト化した変種が抗癌剤として臨床治験で用いられており（Ｂｒｅｍ、（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．、５８（１３）：２７８４〜９２；Ｐｒｅｓｔａ他、（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．、５７（２０）：４５９３〜９）このような臨床データも、ＶＥＧＦＲアイソフォームの治療的用量を設計する場合に基準源としてみなすことができる。
【０５０２】
Ｍ．併用療法
本明細書中に提供するものを含めたＣＳＲアイソフォームは、互いに組み合わせて、ヘルスタチンもしくは任意のたとえばＵ．Ｓ．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏｓ．０９／９４２，９５９、０９／２３４，２０８、０９／５０６，０７９；Ｕ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏｓ．６０／５７１，２８９、６０／５８０，９９０および６０／６６６，８２５；ならびにＵ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，４１４，１３０、公開された国際ＰＣＴ特許出願の国際公開第００／４４４０３号パンフレット、国際公開第０１／６１３５６号パンフレット、国際公開第２００５／０１６９６６号パンフレットに記載の、それだけには限定されないが、配列番号３２０〜３５９に記載のものを含めたアイソフォームなどの他の細胞表面受容体アイソフォームと共に、ならびに／または、それだけには限定されないが、本明細書中に記載し、当業者に知られている癌および他の増殖性障害、炎症性疾患、自己免疫障害を含めた、疾患および状態、特に異常な血管形成および／もしくは血管新生を有するものを治療するための他の既存の薬物および治療剤と共に、用いることができる。
【０５０３】
たとえば、ＶＥＧＦアイソフォームなどのＣＳＲアイソフォームを、糖尿病を治療するための薬剤と共に投与することができる。このような薬剤には、糖尿病性歯周病、糖尿病性血管疾患、尿細管間質性疾患および糖尿病性神経障害などの任意またはすべての状態を治療するための薬剤が含まれる。別の例では、ＣＳＲアイソフォームを、扁平細胞癌（たとえば上皮扁平細胞癌）、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌および肺扁平上皮癌を含めた肺癌、腹膜癌、肝細胞癌、消化管癌を含めた消化管癌または胃癌、膵臓癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌（ｋｉｄｎｅｙ）または腎臓（ｒｅｎａｌ）癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、ならびに頭頚部癌を含めた癌を治療する薬剤と共に投与する。ＣＳＲアイソフォームのうちの任意のものを、疾患または状態を治療するための２つ以上の薬剤と組み合わせて投与することができる。
【０５０４】
アジュバントおよび他の免疫変調剤は、癌の治療において、たとえば腫瘍細胞に対する免疫応答を増大させるために、アイソフォームと組み合わせて用いることができる。併用療法は治療の有効性を増大させることができ、場合によっては、組合せが治療の個別の相加効果よりも有効であるように相乗効果が生じる。アジュバントの例には、それだけには限定されないが、細菌ＤＮＡ、弱毒化マイコバクテリア細胞の核酸画分（ＢＣＧ；バチルス−カルメット−ゲラン）、ＢＣＧゲノム由来の合成オリゴヌクレオチド、およびＣｐＧモチーフを含む合成オリゴヌクレオチド（ＣｐＧ  ＯＤＮ；Ｗｏｏｌｄｒｉｄｇｅ他（１９９７）Ｂｌｏｏｄ、８９：２９９４〜２９９８）、レバミゾール、水酸化アルミニウム（ミョウバン）、ＢＣＧ、フロイトの不完全アジュバント（ＩＦＡ）、ＱＳ−２１（植物由来の免疫賦活剤）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、およびジニトロフェニル（ＤＮＰ）が含まれる。免疫変調剤の例には、それだけには限定されないが、インターロイキン（たとえば、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、およびＩＬ−１ＲＡ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、オンコスタチンＭ、エリスロポエチン、白血病阻害因子（ＬＩＦ）、インターフェロン、Ｂ７．１（ＣＤ８０としても知られる）、Ｂ７．２（Ｂ７０、ＣＤ８６としても知られる）、ＴＮＦファミリーメンバー（ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−β、ＬＴ−β、ＣＤ４０リガンド、Ｆａｓリガンド、ＣＤ２７リガンド、ＣＤ３０リガンド、４−１ＢＢＬ、Ｔｒａｉｌ）、およびＭＩＦなどのサイトカイン、インターフェロン、ＩＬ−２およびＩＬ−１２などのサイトカイン；ならびにメトトレキサートおよびクロラムブシルなどの化学療法剤が含まれる。
【０５０５】
ヘルスタチンおよび他の薬剤との組合せを含めた、異なるＣＳＲアイソフォームの組合せを、癌および異常な血管形成を含む他の障害の治療に用いることができる（たとえば、このようなポリペプチドの血管形成および血管新生経路における標的の概要を示す図１を参照、本明細書中および上述の同時係属かつ公開された出願のＵ．Ｓ．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏｓ．０９／９４２，９５９、０９／２３４，２０８、０９／５０６，０７９；Ｕ．Ｓ．Ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｎｏｓ．６０／５７１，２８９、６０／５８０，９９０および６０／６６６，８２５；ならびにＵ．Ｓ．Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．６，４１４，１３０、公開された国際ＰＣＴ特許出願の国際公開第００／４４４０３号パンフレット、国際公開第０１／６１３５６号パンフレット、国際公開第２００５／０１６９６６号パンフレットに記載のものを提供する。細胞表面受容体には、ＶＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ（Ｒα、Ｒβ、ＣＳＦ１Ｒ、Ｋｉｔを含む）、Ｍｅｔ（ｃ−ｍｅｔ、ｃ−ＲＯＮを含む）、ＴＥＫおよびＥｐｈＡ２ファミリーのメンバーなどの受容体チロシンキナーゼが含まれる。また、これには、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥｐｈＡ、ＥｐｈＢ、ＦＧＦＲ−２、ＦＧＦＲ−３、ＦＧＦＲ−４、ＭＥＴ、ＰＤＧＦＲ、ＴＥＫ、Ｔｉｅ−１、ＫＩＴ、ＥｒｂＢ２、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、Ｆｌｔ１、Ｆｌｔ３、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＲＯＮ、ＣＳＦＲも含まれる。このようなアイソフォームの例は、ヘルスタチン（配列番号３２０〜３４５参照）、すなわちヘルスタチンのイントロン部分および本明細書中に提供する任意のアイソフォームを含めたポリペプチドである。選択したアイソフォームおよび／または薬物の組合せは治療する疾患と相関関係にあり、標的組織および細胞ならびにそれ上で発現された受容体の検討に基づいている。
【０５０６】
組合せは、たとえば、血管形成および／もしくは内皮細胞の維持経路中の２つ以上の細胞表面受容体またはステップを標的とするか、あるいは疾患プロセス中の２つ以上の細胞表面受容体またはステップを標的とすることができ、たとえば、炎症性疾患、腫瘍および本明細書中に記載し、当業者に知られているすべての他のものなどの、これらの経路のうち一方または両方が関連するとされている任意のものである。２つ以上の薬剤は、単一の組成物として投与するか、または２つ以上の組成物として（２つを超える薬剤が存在する場合は）同時に、断続的にもしくは逐次的に投与することができる。これらは、２つ以上の組成物を個別にまたは合わせた組成物を含み、任意選択で投与の指示書および／もしくはシリンジなど投与するための装置を含むキットとして梱包することができる。
【０５０７】
以下の実施例は例示目的のみのために含め、本発明の範囲を限定することを意図しない。
【０５０８】
Ｎ．実施例
実施例１
ＣＳＲアイソフォームのクローニング方法
Ａ．メッセンジャーＲＮＡの調製
健康なまたは疾患状態の組織もしくは細胞系由来の主要なヒト組織型から単離したｍＲＮＡを、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、カリフォルニア州Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ）およびＳｔｒａｔａｇｅｎｅ（カリフォルニア州Ｌａ  Ｊｏｌｌａ）から購入した。等量のｍＲＮＡをプールし、逆転写に基づいたＰＣＲ増幅（ＲＴ−ＰＣＲ）用の鋳型として用いた。
【０５０９】
Ｂ．ｃＤＮＡの合成
ｍＲＮＡを４０％のＤＭＳＯの存在下、７０℃で１０分間変性させ、氷上で急冷した。１本目のｃＤＮＡ鎖は、１０％のＤＭＳＯ、５０ｍＭのトリス−ＨＣｌ（ｐＨ８．３）、７５ｍＭのＫＣｌ、３ｍＭのＭｇＣｌ２、１０ｍＭのＤＴＴ、２ｍＭずつの各ｄＮＴＰ、５μｇのｍＲＮＡ、および２００単位のＳｔｒａｔａｓｃｒｉｐｔ逆転写酵素（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、カリフォルニア州Ｌａ  Ｊｏｌｌａ）を含む２０μｌの反応液中の２００ｎｇのオリゴ（ｄＴ）または２０ｎｇのランダム六量体のいずれかを用いて合成した。３７℃で１時間インキュベーションを行ったあと、両方の反応からのｃＤＮＡをプールし、１０単位のＲＮａｓｅＨ（Ｐｒｏｍｅｇａ、ウィスコンシン州Ｍａｄｉｓｏｎ）で処理した。
【０５１０】
Ｃ．ＰＣＲ増幅
オリゴ６．６ソフトウェア（Ｍｏｌｅｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｉｎｓｉｇｈｔｓ，Ｉｎｃ．、コロラド州Ｃａｓｃａｄｅ）を用いて遺伝子に特異的なＰＣＲプライマーを選択し、Ｑｉａｇｅｎ−Ｏｐｅｒｏｎ（カリフォルニア州Ｒｉｃｈｍｏｎｄ）によって合成した。順方向プライマーが開始コドンに隣接する。逆方向プライマーはストップコドンに隣接するか、または開始コドンから少なくとも１．５ｋｂ下流の領域から選択した（表４参照）。それぞれのＰＣＲ反応液は、１０ｎｇの逆転写されたｃＤＮＡ、０．０２５Ｕ／μｌのＴａｑＰｌｕｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、０．００３５Ｕ／μｌのＰｆｕＴｕｒｂｏ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、０．２ｍＭのｄＮＴＰ（Ａｍｅｒｓｈａｍ、ニュージャージー州Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ）、ならびに０．２μＭの順方向および逆方向プライマーを、全体積５０μｌ含んでいた。ＰＣＲ条件は、３５サイクルならびに９４．５℃で４５秒間、５８℃で５０秒間、および７２℃で５分間であった。反応は、７２℃で１０分間の伸長ステップで終結させた。
【０５１１】
【表４−１】
2008506366.tif 000005
【表４−２】
2008506366.tif 000006
【表４−３】
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【０５１２】
【表５−１】
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【表５−２】
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【表５−３】
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【０５１３】
Ｄ．ＰＣＲ産物のクローニングおよび配列決定
ＰＣＲ産物を１％のアガロースゲル上で電気泳動させ、検出可能なバンドからのＤＮＡをＧｅｌｓｔａｒ（ＢｉｏＷｈｉｔａｋｅｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ、メリーランド州Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ）で染色した。ＤＮＡバンドをＱｉａＱｕｉｃｋゲル抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ、カリフォルニア州Ｖａｌｅｎｃｉａ）で抽出し、ｐＤｒｉｖｅ  ＵＡ−クローニングベクター（Ｑｉａｇｅｎ）内にライゲーションさせ、大腸菌中に形質転換させた。１００μｇ／ｍｌのカルベニシリンを含むＬＢ寒天プレート上で組換えプラスミドを選択した。それぞれの形質移入において１９２個コロニーをランダムに選択し、Ｍ１３順方向および逆方向ベクタープライマーを用いたＰＣＲによってそのｃＤＮＡ挿入物のサイズを決定した。その後、蛍光イメージング（Ａｌｐｈａ  Ｉｎｎｏｔｅｃｈ、カリフォルニア州Ｓａｎ  Ｌｅａｎｄｒｏ）によって可視化して区別可能な分子質量を有するＰＣＲ産物由来の代表的なクローンについて、ベクタープライマー（Ｍ１３順方向および逆方向）を用いて両方向から配列決定を行った。ギャップを含む領域にわたる方向付けした配列決定の完成のためのカスタムプライマーを用いて、すべてのクローンの全体の配列決定を行った。
【０５１４】
Ｅ．配列解析
選択的スプライシングのコンピュータ解析は、ＳＩＭ４（スプライシング変異体を解析するためのコンピュータプログラム）を用いて、それぞれのｃＤＮＡ配列を、そのそれぞれのゲノム配列とアラインメントさせることによって行った。正準（たとえばＧＴＡＧ）のドナー−アクセプタースプライシング部位を有する転写物のみの解析を検討した。ＣＳＲアイソフォームをコードしているクローンのさらなる研究を行った（以下の表５参照）。
【０５１５】
Ｆ．標的クローニングおよび発現
公開ＥＳＴデータベースのコンピュータ解析により、イントロンの保持または挿入を有する潜在的なスプライシング変異体が同定された。ＥＳＴデータベースの解析によって同定された潜在的なスプライシング変異体のクローニングは、上述のようにオープンリーディングフレームに隣接するプリマーを用いたＲＴ−ＰＣＲによって行った。
【０５１６】
ｃＤＮＡ分子をコードしている配列が確認されたＣＳＲアイソフォームを、製造者の指示（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ＃Ｋ４９３０−００）に従ってＣＭＶプロモーターの制御下にある複製を欠く組換えアデノウイルスベクター内にサブクローニングすることができ、サブクローニングした。組換えアデノウイルスは２９３Ａ細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて産生した。感染した２９３細胞由来の上清を、適切な抗体を用いた免疫ブロッティングによって解析した。
【０５１７】
Ｇ．例示的なＣＳＲアイソフォーム
本明細書中に記載の方法を用いて調製した例示的なＣＳＲアイソフォームを、以下の表５に記載する。ＣＳＲアイソフォームをコードしている核酸分子を提供し、これには、配列番号９２、９４、９６、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、および２２５のいずれかに記載のヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドまたはヌクレオチドもしくはリボヌクレオチド類似体の配列が含まれる。例示的なＣＳＲアイソフォームポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１８２、１８４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、および２２６のいずれかに記載されている。
【０５１８】
【表６−１】
2008506366.tif 000011
【表６−２】
2008506366.tif 000012
【０５１９】
実施例２
ＣＳＲアイソフォーム発現アッセイ
Ａ．ｍＲＮＡ発現の解析
クローニングしたＣＳＲアイソフォームの発現は、脳、心臓、腎臓、胎盤、前立腺、脾臓、脊髄、気管、精巣、子宮、胎児脳、胎児肝臓、副腎、肝臓、肺、小腸、唾液腺、骨格筋、胸腺、甲状腺を含めた様々な組織、ならびに乳房、結腸、腎臓、肺、卵巣、胃、子宮、ＭＤＡ４３５およびＨＥＰＧ２を含めた様々な腫瘍組織におけるＲＴ−ＰＣＲ（または定量的ＰＣＲ）によって決定した。ＰＣＲプライマー（実施例１、表４に記載のものなど）は、可溶性の受容体に特異的なシグナルのみが増幅されるように、保持されたイントロンまたは選択的エクソンの排他的な範囲内で選択した。半定量的な結果を得るために、それぞれのＰＣＲ反応を２つのサイクル数（たとえば３２サイクル対３８サイクル）で行った。クローニングしたそれぞれのＣＳＲアイソフォームの発現を、対応する野生型の膜受容体の発現と比較した。
【０５２０】
ＥｐｈＡ２（ＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＭ＿００４４３１または配列番号２２９）ｍＲＮＡは、脳、心臓、腎臓、胎盤、前立腺、脾臓、脊髄、気管、精巣、子宮、胎児脳、胎児肝臓、副腎、肝臓、肺、小腸、唾液腺、骨格筋、胸腺、および甲状腺中で高度に発現され、また、乳房、結腸、腎臓、肺、卵巣、胃、子宮、ＭＤＡ４３５およびＨＥＰＧ２の腫瘍組織中でも発現される。可溶性ＥｐｈＡ２（配列番号１６７）ｍＲＮＡは、気管、肺、小腸、および唾液腺中で高度に発現され、腎臓、胎盤、胎児脳、胎児肝臓、副腎、骨格筋、胸腺、脳、心臓、脾臓、脊髄、子宮、および肝臓中でより少ない程度で発現され、また、胃腫瘍中で高度に発現され、結腸、腎臓、肺、卵巣、子宮、ＭＤＡ４３５およびＨＥＰＧ２の腫瘍組織中でより少ない程度に発現される。
【０５２１】
ＦＧＦＲ−４（配列番号２として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＭ＿００２０１１）ｍＲＮＡは、脳、心臓、腎臓、胎盤、前立腺、脾臓、脊髄、気管、精巣、子宮、胎児脳、胎児肝臓、副腎、肝臓、肺、小腸、唾液腺、骨格筋、胸腺、および甲状腺を含めた様々なヒト組織中で発現される。また、ＦＧＦＲ−４のｍＲＮＡは、乳房、結腸、腎臓、肺、卵巣、胃、子宮、およびＨＥＰＧ２の腫瘍組織中でも発現される。可溶性ＦＧＦＲ−４（配列番号１２０）ｍＲＮＡは、腎臓、脾臓、精巣、胎児脳、胎児肝臓、副腎、肝臓、肺、小腸中で高度に発現され、脳、心臓、胎盤、前立腺、脊髄、気管、子宮、骨格筋、胸腺および甲状腺中でより少ない程度で発現される。また、可溶性ＦＧＦＲ−４（配列番号１２０）ｍＲＮＡは、腎臓および胃の腫瘍組織中でも高度に発現され、乳房、結腸、肺、卵巣、およびＨＥＰＧ２の腫瘍組織中でより少ない程度に発現される。
【０５２２】
ＲＯＮ（配列番号１５９として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＭ＿００２４４７）ｍＲＮＡは、気管、精巣、胎児脳、肺、小腸、および胸腺中で高度に発現され、唾液腺、腎臓、胎盤、心臓、前立腺、甲状腺中で発現され、脳、脾臓、脊髄、子宮、胎児肝臓、副腎、肝臓、および骨格筋中でより少ない程度に発現される。また、ＲＯＮのｍＲＮＡは、乳房、結腸、肺、卵巣、胃、ＨＥＰＧ２の腫瘍組織中でも発現され、腎臓および子宮の腫瘍組織中でより少ない程度に発現される。可溶性ＲＯＮ（配列番号１２８）ｍＲＮＡは、結腸および胃の腫瘍組織中で高度に発現される。可溶性ＲＯＮ（配列番号１２８）ｍＲＮＡは、気管、小腸および胸腺中、ならびに乳房、肺、および卵巣の腫瘍組織中でより少ない程度に発現される。可溶性ＲＯＮ（配列番号２１９）ｍＲＮＡは、前立腺、気管、胎児脳、肺、小腸、胸腺中、ならびに乳房、結腸、肺、卵巣、および胃の腫瘍組織中で高度に発現される。また、可溶性ＲＯＮ（配列番号２１９）ｍＲＮＡは、脳、心臓、腎臓、胎盤、脾臓、脊髄、精巣、子宮、胎児肝臓、副腎、肝臓、唾液腺、骨格筋、甲状腺中、ならびに腎臓、子宮、ＭＤＡ４３５およびＨＥＰＧ２の腫瘍組織中でも、より少ない程度に発現される。可溶性ＲＯＮ（配列番号２１７）ｍＲＮＡは、気管、肺、小腸、胸腺中、ならびに乳房および結腸の腫瘍組織中で高度に発現される。可溶性ＲＯＮ（配列番号２１７）ｍＲＮＡは、脳、心臓、腎臓、胎盤、前立腺、脾臓、精巣、子宮、胎児脳、唾液腺、甲状腺中、ならびに肺、卵巣、および胃の腫瘍組織中でより少ない程度に発現される。
【０５２３】
ＴＥＫ（配列番号１６０として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＭ＿０００４５９）ｍＲＮＡは、心臓、腎臓、胎盤、脾臓、肺中、ならびに結腸、腎臓、肺、および卵巣の腫瘍組織中で高度に発現される。また、ＴＥＫのｍＲＮＡは、脳、前立腺、脊髄、気管、精巣、子宮、胎児脳、胎児肝臓、副腎、肝臓、小腸、骨格筋、胸腺、甲状腺中、ならびに乳房および胃の腫瘍組織中でも、より少ない程度に発現される。可溶性ＴＥＫ（配列番号１３２）ｍＲＮＡは、心臓および腎臓中、ならびに結腸腫瘍組織中で発現レベルが低い。
【０５２４】
ＶＥＧＦＲ−１（配列番号１５７として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＭ＿００２０１９）ｍＲＮＡは、脳、心臓、腎臓、胎盤、前立腺、脾臓、脊髄、精巣、子宮、胎児脳、胎児肝臓、副腎、肺、小腸、骨格筋中で高度に発現され、気管、肝臓、唾液腺、胸腺および甲状腺中でより少ない程度に発現される。また、ＶＥＧＦＲ−１のｍＲＮＡは、結腸、腎臓、肺および卵巣の腫瘍組織中でも高度に発現され、乳房および胃の腫瘍組織中でより少ない程度で発現される。可溶性ＶＥＧＦＲ−１（配列番号１００）ｍＲＮＡは、胃腫瘍組織中で発現レベルが低い。
【０５２５】
ＶＥＧＦＲ−３（配列番号１５８として記載したＧｅｎＢａｎｋ番号ＮＭ＿００２０２０）ｍＲＮＡは、心臓、腎臓、胎盤、脾臓、胎児脳、胎児肝臓、肺、小腸中、ならびに乳房、結腸、腎臓、肺、卵巣、胃および子宮の腫瘍組織中で高度に発現される。ＶＥＧＦＲ−３（配列番号１５８）ｍＲＮＡは、脳、前立腺、脊髄、気管、精巣、子宮、副腎、肝臓、唾液腺、骨格筋、胸腺、甲状腺中でより少ない程度で発現される。可溶性ＶＥＧＦＲ−３（配列番号２２５）ｍＲＮＡは、胎盤、副腎、肺、小腸中、および乳房、腎臓、肺の腫瘍組織中で高度に発現される。また、可溶性ＶＥＧＦＲ−３（配列番号２２５）ｍＲＮＡは、脳、心臓、腎臓、前立腺、脾臓、脊髄、気管、精巣、子宮、胎児脳、胎児肝臓、肝臓、唾液腺、骨格筋、胸腺、および甲状腺中、ならびに結腸、卵巣、胃、および子宮の腫瘍組織中でも、より少ない程度に発現される。
【０５２６】
要約すると、ｍＲＮＡの発現はすべてのＣＳＲアイソフォームで検出可能であったが、一般に膜受容体アイソフォームの発現よりも低かった。
【０５２７】
Ｂ．可溶性受容体の細胞分泌
分泌されたアイソフォームを評価するために、推定上のＣＳＲアイソフォームを培養ヒト細胞中で分析した。候補ＣＳＲアイソフォームをコードしているスプライシング変異体ｃＤＮＡ分子を、その検出を容易にするためにタンパク質のＣ末端においてインフレームでＭｙｃ−Ｈｉｓタグと融合させた哺乳動物発現ベクター（ｐｃＤＮＡ３．１ＭｙｃＨｉｓベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州Ｃａｒｌｓｂａｄ））内にサブクローニングした。
【０５２８】
ヒト胚性腎臓２９３Ｔ細胞を２×１０６個の細胞／ウェルで６ウェルプレートに播種し、ダルベッコ変法イーグル培地および１０％のウシ胎児血清（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中に維持した。細胞を、製造者の指示に従ってリポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を形質移入させた。形質移入の日に、０．５ｍｌの無血清ＤＭＥＭ中で５μｇのプラスミドＤＮＡを１５μｌのリポフェクタミン２０００と混合した。混合物を２０分間室温でインキュベーションし、その後、細胞に加えた。３７℃で細胞をＣＯ２インキュベーター内で４８時間インキュベーションした。トランス遺伝子発現を調査するために、上清を採取し、細胞を０．２％のＴｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００を含むＰＢＳ緩衝液に溶かした。細胞溶解液および上清のどちらにおいても、トランス遺伝子発現についてアッセイを行った。
【０５２９】
Ｎｉ−アガロースＮＴＡ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて、製造者の指示に従ってネイティブ条件下のＨｉｓ６タグを付加したタンパク質を精製した。精製したＨｉｓ６タグを付加したタンパク質を溶出させ、抗Ｍｙｃ抗体を用いた免疫ブロッティングのためにＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル上で分離した（どちらもＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎから入手）。抗体は１：５０００に希釈した。
【０５３０】
抗Ｍｙｃ抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いたウエスタンブロットによって、分泌されたＣＳＲアイソフォームの発現が細胞溶解液および馴化培地中で検出された。ＦＧＦＲ−４（配列番号１２１）、ＲＯＮ（配列番号１２９、２１６、２１８、２２０）、ＶＥＧＦＲ−２（配列番号２２４）、ＶＥＧＦＲ−３（配列番号１２７）、ＥｐｈＡ２（配列番号１６８）、ＥｐｈＡ１（配列番号１５３、１４９）、ＴＥＫ（配列番号１３１、１３３）、およびＴｉｅ−１（配列番号２２２）タンパク質が細胞溶解液中で検出され、Ｔｉｅ−１（配列番号２２２）、ＶＥＧＦＲ−２（配列番号２２４）、ＶＥＧＦＲ−３（配列番号１２７）およびＥｐｈＡ２（配列番号１６８）タンパク質が馴化培地中で検出された。
【０５３１】
Ｃ．受容体の結合
ＣＳＲアイソフォームおよび分泌されたアイソフォームの、膜に固定されたそのそれぞれの完全長受容体との結合を示すために、免疫共沈降アッセイを行った（たとえば、Ｊｉｎ他、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ、２００４、２７９：１４０８ならびにＪｉｎ他Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ、２００４、２７９：１４１７９参照）。ヒト胚腎臓２９３Ｔ細胞を、可溶性ＶＥＧＦＲ−３を発現する組換えｐｃＤＮＡ３．１（ＭｙｃＨｉｓ）プラスミドを用いて一過的に形質移入させた（上述）。形質移入の４８時間後、馴化培地を採取し、ＶＥＧＦ−Ｄの結合を評価した。形質移入した２９３Ｔ細胞からの馴化培地（１００μｌ）を、２μｇの可溶性ＶＥＧＦＲ−１−ＦｃもしくはＶＥＧＦＲ−３−Ｆｃ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を存在させてまたは存在させずに、１時間、ＶＥＧＦ−Ｄ（１００ｎｇ）と共にインキュベーションした。０．２μｇ／反応の抗ＶＥＧＦ−Ｄ抗体を用いてタンパク質複合体を免疫沈降させ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、抗Ｍｙｃ抗体でプロービングする変性タンパク質ゲル上で分離した。ウエスタンブロットにより、ＶＥＧＦ３−ＭｙｃとＶＥＧＦ−Ｄとの間のタンパク質結合が示された。さらに、５×モル過剰のｓＶＥＧＦＲ−３−Ｆｃは結合を低下させたが、一方で、ｓＶＥＧＦＲ−１−Ｆｃの存在は結合に僅かしか影響を与えなかったか影響を与えなかった。
【０５３２】
Ｄ．増殖アッセイ
ＣＳＲアイソフォームの生物活性は、細胞増殖に対するその効果を測定することによって評価した。第４継代のＨＵＶＥＣ細胞（Ｃｌｏｎｉｔｉｘ）を、ＤＭＥＭ／１０％ＦＢＳ中、４，０００個の細胞／ウェルの密度で９６ウェルプレートに播種した。細胞を、０．５ｎＭのＶＥＧＦ−Ａ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を用いてもしくは用いずに、２．５ｎＭのｓＶＥＧＦＲ−１−Ｆｃ、２．５ｎＭのｓＶＥＧＦＲ−２−Ｆｃ、または１．６〜１２．５ｎＭの精製したｓＶＥＧＦＲ−２を存在させてもしくは存在させずに、処理した。処理した細胞を７日間、標準の細胞培養条件下で培養した。細胞増殖は、ＣｙＱｕａｎｔ蛍光アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎカタログ＃Ｃ７０２６）を用いて、製造者の指示に従って３つ組試料で決定した。０．５ｎＭのＶＥＧＦ−ＡによりＨＵＶＥＣの増殖が誘発された。ｓＶＥＧＦＲ−１−Ｆｃ（２．５ｎＭ）およびｓＶＥＧＦＲ−２−Ｆｃ（２．５ｎＭ）は、それぞれがＶＥＧＦＡ誘導性のＨＵＶＥＣ増殖を阻害した。可溶性ＶＥＧＦＲ−２（配列番号２２４）は、ＶＥＧＦ−Ａ誘導性のＨＵＶＥＣ増殖を用量に依存する形で阻害した。
【０５３３】
当業者には変形が明らかであると思われるため、本発明は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるものとする。
【図面の簡単な説明】
【０５３４】
【図１】血管形成および内皮細胞の維持経路を示す図である。１つまたは複数の経路ステップでのＣＳＲアイソフォームの変調の標的点を示す。具体的には、この図は、血管構造の形成、維持およびリモデリングにおけるステップを示す。これには、循環内皮前駆体（ＣＥＰ）の動員におけるＶＥＧＦの役割、および血管不安定化におけるアンジオポイエチン−２の役割が含まれる。
【図１】
2008506366.tif 000013
【配列表】
2008506366000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成19年1月16日(2007.1.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列を含む、単離したポリペプチドであって、細胞表面受容体の膜貫通ドメインを欠いているポリペプチド、
（ｂ）配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列を有する、単離したポリペプチド、
（ｃ）配列番号９１、９３、９５、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列、その対立遺伝子変異体およびその種変異体と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む単離したポリペプチドから選択される単離した細胞表面受容体（ＣＳＲ）アイソフォームポリペプチドであって、
配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較するポリペプチド。
【請求項２】
ポリペプチドが、（ｃ）のポリペプチドであり、それが同一性を示す配列番号に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１に記載の単離したポリペプチド。
【請求項３】
ポリペプチドが哺乳動物内で生じる、請求項１に記載の単離したポリペプチド。
【請求項４】
哺乳動物がげっ歯類、霊長類またはヒトである、請求項３に記載の単離したポリペプチド。
【請求項５】
ポリペプチドが、配列番号１２３に記載のアミノ酸の配列、またはその対立変異体もしくは種変異体と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含んでおり：
配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較し；かつ
ポリペプチドは、配列番号２８２に記載のＶＥＧＦＲ−１受容体と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いている、
請求項１に記載の単離したポリペプチド。
【請求項６】
配列番号１２３に記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子もしくは種変異体を含む、請求項５に記載のポリペプチド。
【請求項７】
ポリペプチドが配列番号１２３に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項５〜６のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項８】
ポリペプチドが、配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸の配列、またはその対立変異体もしくは種変異体と少なくとも８０％の配列同一性を有し：
配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較する、
請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項９】
配列番号１２５、１２７、２４４および２２６のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子もしくは種変異体を含む、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
対立遺伝子変異体が配列番号３１３または３１４に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項９に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
ポリペプチドが配列番号１２５、１２７、２２４および２２６のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項８〜１０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１２】
配列番号１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立変異体もしくは種変異体を含んでおり；
配列番号２７９に記載のＴｉｅ−１受容体の少なくとも１つのドメインの全体または一部を含んでおり；かつ
Ｔｉｅ−１受容体と比較して膜貫通ドメインおよびプロテインキナーゼドメインを欠いており、それによってＴｉｅ−１受容体と比較してポリペプチドの膜局在化およびプロテインキナーゼ活性が低下または消滅している、
請求項１に記載の単離したポリペプチド。
【請求項１３】
対立遺伝子変異体が配列番号３１０に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
ポリペプチドが配列番号１３５、１３７、１３９、１４１、１４３および２２２のいずれかに記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１２または１３に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
ポリペプチドが、配列番号１１９または１７６に記載のアミノ酸の配列、またはその対立変異体もしくは種変異体と少なくとも８０％の配列同一性を有し、
配列同一性は、単離したポリペプチドの完全長配列に対して、それぞれの配列番号の完全長に沿って比較する、
請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
配列番号１１９および１７６のいずれかに記載のアミノ酸配列またはその対立遺伝子もしくは種変異体を含む、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
対立遺伝子変異体が、配列番号３００に記載の対立遺伝子変異の１つまたは複数のアミノ酸を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
ポリペプチドが配列番号１１９または１７６に記載の配列と同数のアミノ酸を含む、請求項１５〜１７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１９】
ＫＩＴ、ＴＮＦＲｓ、ＦＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、ＲＯＮ、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲ−Ｂ、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＢ、およびＭＥＴのアイソフォームから選択された、ポリペプチド受容体アイソフォームをコードしている遺伝子のイントロンによってコードされている少なくとも１つのアミノ酸を含む、単離したポリペプチド。
【請求項２０】
ポリペプチドには膜貫通ドメインが含まれない、請求項１９に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
少なくとも１つの追加のドメインもしくはその一部分を欠いており、それによって活性が取り除かれている、低下しているもしくは改変されている、請求項１９または請求項２０に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
受容体拮抗剤である、請求項１９に記載の単離したポリペプチド。
【請求項２３】
ポリペプチドが細胞表面受容体の活性を変調する、請求項１〜２２のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項２４】
細胞表面受容体が同族受容体である、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２５】
ポリペプチドによって変調される活性が、二量体化、ホモ二量体化、ヘテロ二量体化、三量体化、キナーゼ活性、受容体関連キナーゼの活性、受容体関連プロテアーゼの活性、細胞表面受容体の自己リン酸化、細胞表面受容体のリン酸転移、シグナル伝達分子のリン酸化、リガンド結合、リガンド結合に対する細胞表面受容体との競合、シグナル伝達、シグナル伝達分子との相互作用、アポトーシスの誘導、膜会合および膜局在化のうちの１つまたは複数である、請求項２３または請求項２４に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
アイソフォームポリペプチドに直接または間接的に連結したＦｃ断片をさらに含む、請求項１〜２５のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項２７】
請求項１〜２６のいずれかに記載のポリペプチドをコードしているヌクレオチドの配列からなる核酸分子。
【請求項２８】
イントロンおよびエクソンを含む核酸分子であって、
イントロンはストップコドンを含み；
核酸分子は、エクソンとイントロンとの接合点にまたがるオープンリーディングフレームをコードしており；かつ
オープンリーディングフレームは、イントロン中のストップコドンで終結する、
請求項２７に記載の核酸分子。
【請求項２９】
イントロンが、コードされたポリペプチドの１つまたは複数のアミノ酸をコードしている、請求項２８に記載の核酸分子。
【請求項３０】
ストップコドンがイントロンの最初のコドンである、請求項２８または請求項２９に記載の核酸分子。
【請求項３１】
配列番号９０、９２、９４、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３および２２５のいずれかに記載の核酸の配列、その対立遺伝子変異体およびその種変異体からなる、単離した核酸分子。
【請求項３２】
プロモーターに動作可能に連結した請求項２７〜３１のいずれかに記載の核酸分子を含むベクターであって、それによってＣＳＲアイソフォームポリペプチドが発現されるベクター。
【請求項３３】
請求項３２に記載のベクターを含む細胞。
【請求項３４】
１つの細胞表面受容体（ＣＳＲ）アイソフォームの第１の部分および第２の異なるＣＳＲアイソフォームの一部分を含むキメラポリペプチドであって、
キメラポリペプチドは、１つまたは複数のチロシンキナーゼ受容体の活性を変調し；
それぞれの部分が少なくとも４、５、６、７、８、１０、１２、１５個以上のアミノ酸残基を含み；かつ
第１および第２の細胞表面受容体アイソフォームが、請求項１〜２６のいずれかに記載のポリペプチドから選択されたポリペプチドを含むか、またはヘルスタチンポリペプチドである、キメラポリペプチド。
【請求項３５】
イントロン融合タンパク質のイントロンにコードされた部分に直接またはリンカーを介して連結された、第１の部分を含むコンジュゲートであって、
第１の部分が細胞表面受容体アイソフォームの細胞外ドメインの全体または一部を含み；
第２の部分がイントロン融合タンパク質由来のイントロンを含み；かつ
第１および第２の部分は異なる同族受容体由来である、
コンジュゲート。
【請求項３６】
イントロンにコードされた部分がヘルスタチンのイントロンにコードされた部分である、請求項３５に記載のポリペプチド。
【請求項３７】
イントロンにコードされた部分が配列番号３３４〜３４５のいずれかに記載されている、請求項３６に記載のポリペプチド。
【請求項３８】
イントロン融合ポリペプチドのイントロンにコードされた部分に連結した血清アルブミンを含むコンジュゲート。
【請求項３９】
請求項１〜２６のいずれかに記載のポリペプチド、または請求項２７もしくは３１に記載の核酸分子、または請求項３２に記載のベクター、または請求項３３に記載の細胞、または請求項３４に記載のキメラポリペプチド、または請求項３５もしくは請求項３８に記載のコンジュゲートを含む、薬剤組成物。
【請求項４０】
細胞表面受容体の活性を変調するために有効な濃度または量のポリペプチドを含む、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
変調が活性の阻害である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４２】
組成物のポリペプチドが、受容体チロシンキナーゼまたは腫瘍壊死因子受容体と複合体形成する、請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４３】
疾患を治療するための、請求項３９〜４２のいずれかに記載の組成物の使用。
【請求項４４】
疾患を治療するための医薬品を配合するための、請求項３９〜４２のいずれかに記載の組成物の使用。
【国際調査報告】
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2008506366.tif 000015
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