(57)【要約】  態様は、ペプチドおよび該ペプチドを含有するタンパク質、核酸、抗体、ならびに該ペプチドまたはタンパク質を検出するアッセイ、ならびにアルツハイマー病および他の神経変性疾患に罹患しているかまたはこれらを発展させるリスクがある患者を同定する方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項２】
実質的に純粋である、請求項１のペプチド。
【請求項３】
組換えペプチドである、請求項１のペプチド。
【請求項４】
配列番号１４のアミノ酸配列の一端または両端に、１以上のさらなるアミノ酸が隣接している、請求項１のペプチド。
【請求項５】
コンジュゲート化ペプチドにコンジュゲート化されている、請求項１のペプチド。
【請求項６】
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるコンジュゲート化ペプチドにコンジュゲート化されている、請求項１のペプチド。
【請求項７】
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるコンジュゲート化ペプチドにコンジュゲート化されている、請求項１のペプチド。
【請求項８】
配列番号１５の核酸配列によって、または配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列によって、コードされているペプチド。
【請求項９】
ストリンジェントな条件が、高ストリンジェンシー・サザン・ハイブリダイゼーション条件である、請求項８のペプチド。
【請求項１０】
配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを含む組成物。
【請求項１１】
キャリアーをさらに含む、請求項１０の組成物。
【請求項１２】
配列番号１５の核酸配列を有するポリヌクレオチド。
【請求項１３】
配列番号１４のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１４】
生物学的試料において、請求項１に請求するようなペプチドを精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；それによって、（Ａ）請求項１に請求するようなペプチド；および（Ｂ）１以上のコンジュゲート化ペプチドのペプチド・コンジュゲートを形成し；
（２）生じたペプチド・コンジュゲートを単離し；そして
（３）ペプチド・コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドを得る
工程を含む、前記方法。
【請求項１５】
（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチド；（ｂ）配列番号１５の核酸配列によってコードされるペプチド；または（ｃ）配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列によってコードされるペプチドを特異的に認識する、抗体。
【請求項１６】
生物学的試料において、請求項１に請求するようなペプチドを精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ、それによって、（Ａ）請求項１に請求するようなペプチド；および（Ｂ）１以上のコンジュゲート化ペプチドのペプチド・コンジュゲートを形成し；
（２）生じたペプチド・コンジュゲートを単離し；そして
（３）１以上のコンジュゲート化ペプチドから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドを得る
工程を含む、前記方法。
【請求項１７】
生物学的試料において、請求項１に請求するようなペプチドを精製するための方法であって：
（ａ）生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ、それによって、（Ａ）請求項１に請求するようなペプチド；および（Ｂ）１以上のコンジュゲート化ペプチドのペプチド・コンジュゲートを形成し；
（ｂ）生じたコンジュゲートを単離し；そして
（ｃ）コンジュゲート化ペプチドから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドを得る
工程を含む、前記方法。
【請求項１８】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（１）生物学的試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項１９】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項２０】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項２１】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（ａ）生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ；
（ｂ）試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（ｃ）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項２２】
請求項１のペプチドを含む、ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質。
【請求項２３】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（１）生物学的試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項２４】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項２５】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【請求項２６】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：
（ａ）生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ；
（ｂ）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（ｃ）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記試験。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明の態様は、例えば、結合アッセイ、タンパク質および抗体精製、治療学、ならびに診断学において有用なペプチドに向けられる。
【背景技術】
【０００２】
関連技術の説明
アルツハイマー病（ＡＤ）は、現在は不治の神経変性疾患であり、世界中で少なくとも１５００万人の人々に影響を及ぼしている。ＡＤは、主に、年配者の疾患であり、年齢６５歳の人の発症率は、約１％であり、そして８５歳までに４０％に上昇すると概算される。医学が進歩し、推定寿命が増加し、そしてベビーブーム世代の加齢が進んだために、全体としての集団が加齢するにつれて、ＡＤの全体の発症率は、医療制度に対して、そして患者およびその介護者および家族に対して、さらなる負担を上昇させ、そして提示すると予期される。
【０００３】
今日、ＡＤの有効な治療はない。Ａｒｉｃｅｐｔ（登録商標）（ドネペジルＨＣｌ；  Ｐｆｉｚｅｒ社）、Ｅｘｅｌｏｎ（登録商標）（酒石酸リバスティグミン；  Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ社）、ならびにＮａｍｅｎｄａＴＭおよびＡｘｕｒａ（登録商標）（メマンチン；  Ｍｅｒｚ  Ｐｈａｒｍａ  ＫｇａＡおよびＦｏｒｅｓｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，  Ｉｎｃ．）などの、現在利用可能な治療は、軽症から中程度のＡＤの患者に症状軽減手段を提供することを意図し、そして該疾患の原因には取り組んでいない。
【０００４】
ＡＤの臨床診断もまた、不完全であり；正確さは、一般開業医のおおよそ５０〜６０％から、紹介センターのアルツハイマー病専門医の８０〜９０％まで、多様である（Ｍｏｌｓａら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，  ４８（１１）：１０８５−９０（１９８５）；  Ｒｏｃｃａら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  １９：４１５−４２４（１９８６）；  Ｂｕｒｎｓら，  ＢＭＪ，  ３０１（６７５９）：ｌ０２６（１９９０）；  Ｒｉｓｓｅら，  Ａｍ．  Ｊ．  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，  １４７（２）：１６８−７２（１９９０）；  Ｇｉｌｌｅａｒｄら，  Ａｃｔａ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒ．  Ｓｃａｎｄ．，  ８５（４）：２６４−９（１９９２）；  Ｍｅｎｄｅｚら，  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ  Ｄｉｓ．  Ａｓｓｏｃ．  Ｄｉｓｏｒｄ．，  ６：３５−４３（１９９２）；  Ｆｌｅｍｉｎｇら，  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎ．  Ｐｒｏｃ．，  ７：１０９３−１１０７（１９９５）；  Ｃｏｒｅｙ−Ｂｌｏｏｍら，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，  ４５：２１１−２１８（１９９５）；およびＢｏｗｌｅｒら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，  ６４（１）：１８−２４（１９９８）。最初の症状から、ＡＤの診断がなされる時点までに、平均して３年近い遅延がある（Ｊｏｓｔら，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｇｅｒｉａｔｒ．  Ｓｏｃ．，  ４３（１１）：１２４８−５５（１９９５））。
【０００５】
ＡＤの正確でそして早期の診断において、信頼性があるバイオマーカーが非常に役立つであろうことが認識されてきている（Ｇｒｏｗｄｏｎら，  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．  Ａｇｉｎｇ，  １９：１０９−１１６（１９９８））。現在、いくつかの生化学的マーカーおよび遺伝子マーカーが利用可能であるが、一般的に、その臨床病理学的相関は、ルーチンの臨床的使用には低すぎると見なされる。例えば、アポリポタンパク質Ｅ  ε４アレルは、遺伝的リスク要因であるが、ＡＤの症例の５０％にしか見られず（Ｍｙｅｒｓら，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，  ４６（３）：６７３−７（１９９６））、そして脳脊髄液（ＣＳＦ）中のタウおよびβ−アミロイドタンパク質測定値および血清Ａβは、ＡＤおよび非ＡＤレベルの間に有意な重複を有すると考えられ、これによって有用性が限定されている（Ｐｉｒｔｔｉｌａら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １２７（１）：９０−５（１９９４）；  Ａｒａｉら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ３８：６４９−６５２（１９９５）；  Ｊｅｎｓｅｎら，  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．  Ｌｅｔｔ．，  １８６（２−３）：１８９−９１（１９９５）；  Ｍｏｔｔｅｒら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ３８（４）：６４３−８（１９９５）；  Ｍｕｎｒｏｅら，  Ａｎｎ．  Ｃｌｉｎ．  Ｌａｂ．  Ｓｃｉ．，  ２５（３）：２０７−１７（１９９５）；  Ｔａｔａら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒ．，  ５９：２８０−２８３（１９９５）；  Ｖｉｇｏ−Ｐｅｌｆｒｅｙら，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，  ４５（４）：７８８−９３（１９９５）；  Ｉｗａｔｓｕｂｏ  Ｔ．，  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．  Ａｇｉｎｇ，  １９：１６１−１６３（１９９８）；  Ｎｉｔｓｃｈら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ３７（４）：５１２−８（１９９５）；  ｖａｎ  Ｇｏｏｌら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ３７（２）：２７７−９（１９９５）；  Ｔａｍａｏｋａら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １５１（１−２）：６５−８（１９９６）；およびＰｉｒｔｉｌｌａら，  Ａｒｃｈ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ５３（２）：１８９−９３（１９９６））。トロピカミドへの瞳孔応答（Ｓｃｉｎｔｏら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２６６：１０５１−１０５４（１９９４）；およびＧｒｏｗｄｏｎら，  Ａｒｃｈ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ５４（７）：８４１−４（１９９７））およびｐ−９７などの血清因子（Ｋｅｎｎａｒｄら，  Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．，  ２（１１）：１２３０−５（１９９６））などの他の提唱されるマーカーは、まだ、反復比較臨床試験において、認証されていない。提唱されるＡＤマーカーの大部分の大きな欠点は、これらが通常、ＡＤ病理に関連する脳特異的分子ではなく、そして末梢体液中で確実に測定可能でないことである。
【０００６】
神経糸（ｎｅｕｒａｌ  ｔｈｒｅａｄ）タンパク質（ＮＴＰ）は、比較的最近、性質決定された脳タンパク質のファミリーである。ＮＴＰは、神経出芽（ｎｅｕｒｉｔｉｃ  ｓｐｒｏｕｔｉｎｇ）および細胞死に関連する機能を持つ、〜４１ｋＤ膜会合リンタンパク質である（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−３１０４（１９９７）；およびｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｌｚ．．  Ｒｅｐ．，  ２：３２７−３３２（１９９９））。ＮＴＰとＡＤをつなぐ、説得力がある証拠がある。ＮＴＰ  ｍＲＮＡは、対照に比較して、ＡＤ脳で上方制御され；脳およびＣＳＦ中のＮＴＰタンパク質レベルは、対照よりもＡＤにおいて高く；そしてＡＤおよびダウン症候群の脳において、老人斑中、神経線維のもつれ（ＮＦＴ）中、変性しつつあるニューロン中、神経網糸中、およびジストロフィー性神経出芽で、ＮＴＰ免疫反応性が、明らかに見られる（Ｏｚｔｕｒｋら，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８６：４１９−４２３（１９８９）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  ８６：１００４−１３（１９９０）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １１３：１５２−６４（１９９２）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ３２：７３３−４２（１９９２）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ．  Ｅｘｐ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ５５：１０３８−５０（１９９６），  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １３８：２６−３５（１９９６）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １３５：１１８−２５（１９９６）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−３１０４（１９９７）；およびｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｌｚ．．  Ｒｅｐ．，  ２：３２７−３３２（１９９９））。ニューロンにおけるＮＴＰ集積は、ＡＤ神経変性初期に起こる（ＮＦＴ形成前）。ＮＴＰはまた、ダウン症候群の脳組織も同定している（Ｗａｎｄｓら、国際特許公報第ＷＯ  ９０／０６９９３号；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｌｚ．．  Ｒｅｐ．，  ２：３２７−３３２（１９９９））。ダウン症候群の患者の大部分は、中年以後のＡＤのものと類似の神経病理を示し、そして高齢期に、ＡＤのものと類似の多くの認知欠陥を発展させる。ＮＴＰの過剰発現は、アポトーシスによって仲介される神経細胞死およびミトコンドリア機能障害を引き起こし、これには、ＡＤの脳で観察されるアポトーシス促進性経路の活性化が伴う（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｐａｔｈ  Ｅｘｐ  Ｎｅｕｒｏｌ  ６０：１９５−２０７（２００１）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら  Ｃｅｌｌ．  Ｍｏｌ．  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ．  ５８：８４４−９（２００１）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら  Ｊ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒｓ  Ｄｉｓ．  ６：２３１−４２（２００４））。
【０００７】
ＡＤ患者および対照の脳脊髄液（ＣＳＦ）中のＮＴＰレベルは、ＡＤでは一貫して上昇していることが示された（Ｃｈｏｎｇら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｌａｂ  Ａｎａｌ．，  ６（６）：３７９−８３（１９９２）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｎｎ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  ３２：７３３−７４２（１９９２）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−３１０４（１９９７）；  Ｇｈａｎｂａｒｉら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｌａｂ．  Ａｎａｌ．，  １２（４）：２２３−６（１９９８）；  Ｇｈａｎｂａｒｉら，  Ｊ．  Ｃｏｎｔｅｍｐ．  Ｎｅｕｒｏｌ．，  １９９８：２−８（１９９８）；  Ｋａｈｌｅら，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，  ５４（７）：１４９８−５０４（２０００））。非ＡＤ神経学的疾患対照に比較して、ＡＤにおけるＮＴＰ上昇が特異的であることが示され、そしてＮＴＰ上昇は、痴呆の度合いと正に相関した（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ，  １００：３０９３−３１０４（１９９７）；およびｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｌｚ．．  Ｒｅｐ．，  ２：３２７−３３２（１９９９）；およびＫａｈｌｅら，  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，  ５４：１４９８−５０４（２０００））。１つの大規模な研究において、初期ＡＤ患者の８９％が、２ｎｇ／ＣＳＦ  ｍｌのＮＴＰレベルを有し、そして非ＡＤ対照の８９％が、２ｎｇ／ＣＳＦ  ｍｌ未満であった（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−３１０４（１９９７））。
【０００８】
続いて、高性能液体クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、およびＥＬＩＳＡによって、尿中でＮＴＰタンパク質が同定された（Ｇｈａｎｂａｒｉら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｌａｂ．  Ａｎａｌ．，  １２（４）：２８５−２８８（１９９８）；およびｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｌｚ．．  Ｒｅｐ．，  ２：３２７−３３２（１９９９））。尿ＮＴＰレベルは、ＡＤ患者および対照において、ＣＳＦレベルと相関し、そして非ＡＤ患者に比較した際、ＡＤ患者において有意に上昇していることが見出された（Ｇｈａｎｂａｒｉら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｌａｂ．  Ａｎａｌ．，  １２：２８５−２８８（１９９８）  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  ３：３４５−３５３（２００１））。尿試料用に、液相における、結合したモノクローナル抗ＮＴＰを伴う金粒子を用いたアッセイが開発され、そしてこのアッセイは、ＡＤに感受性であり、そして特異的であることが立証された（Ｆｉｔｚｐａｔｒｉｃｋら，  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｒｅｐｏｒｔｓ，  ３：１５５−１５９（２０００））。尿試料用に、ＥＬＩＳＡ形式のアッセイもまた、開発され、そしてこのアッセイは、ＡＤに非常に感受性であり、そしてなおかつ特異的であることが見出された（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら  Ｆｒｏｎｔ  Ｂｉｏｓｃｉ  ７：ｄ９８９−９６（２００２）；  Ｍｕｎｚａｒら  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  ５：１−６（２００２）；  Ｍｕｎｚａｒら  Ｎｅｕｒｏｌ  Ｃｌｉｎ  Ｎｅｕｒｏｐｈｙｓｉｏｌ  ２００２（１）：２−７（２００２）；  Ｍｕｎｚａｒら  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  ４：６１−６５（２００１））。
【０００９】
ＮＴＰ（ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ）のｃＤＮＡおよび予測されるタンパク質配列が、同定され、そして記載されている（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−３１０４（１９９７））。すべて「神経糸タンパク質遺伝子発現およびアルツハイマー病の検出」に関する、米国特許第５，９４８，６３４号；第５，９４８，８８８号；および第５，８３０，６７０号に、神経糸タンパク質もまた、記載され、そして請求されている。
【００１０】
他の種の神経糸タンパク質（〜２６ｋＤ、〜２１ｋＤ、〜１７ｋＤおよび〜１５ｋＤ）が同定され、そして神経外胚葉腫瘍、星状細胞腫、および神経膠芽腫と、そして低酸素症、虚血または脳梗塞による傷害と関連付けられてきている（ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ．  Ｅｘｐ．  Ｎｅｕｒｏｌ，  ５５：１０３８−５０（１９９６），  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １３８：２６−３５（１９９６）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｌ．  Ｓｃｉ．，  １３５：１１８−２５（１９９６）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−３１０４（１９９７）；およびｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ａｌｚ．．  Ｒｅｐ．，  ２：３２７−３３２（１９９９））。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
概要
これらの進歩にもかかわらず、改善されたアッセイ、およびアッセイにおいて有用なタンパク質またはペプチド構成要素を開発する必要がある。ＡＤおよび他の神経変性疾患に関して、現存するアッセイおよびバイオマーカーを改良する必要もまたある。費用効率が高い方式で、尿から天然ペプチドマーカーをルーチンに精製する方法などの技術的進歩もまた、こうしたアッセイのいずれも改善するであろう。
【００１２】
ＡＤおよびダウン症候群に関連する治療学および診断学で有用な、改善された組成物に関する、そして神経外胚葉腫瘍、星状細胞腫、神経膠芽腫、および他の神経変性障害の、そして低酸素症、虚血および脳梗塞による傷害の、治療学および診断学に有用な組成物に関する必要性もまた、ある。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本発明の態様は、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを提供する。
本発明のさらなる態様は、配列番号１５の核酸配列によって、または配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列によって、コードされるペプチドを提供する。
【００１４】
本発明のさらにさらなる態様は、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを含む組成物を提供する。本発明のさらにさらなる態様は、配列番号１５の核酸配列を有するポリヌクレオチドを提供する。本発明の別の態様は、配列番号１４のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを提供する。
【００１５】
本発明の別の態様は、配列番号１４のアミノ酸配列を含有する、ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を提供する。さらなる態様には、少なくとも配列番号１５の核酸配列を含むＤＮＡによって、または少なくとも配列番号１５の核酸配列を含むＤＮＡにハイブリダイズする配列によって、コードされるタンパク質が含まれる。
【００１６】
本発明のさらに別の態様は、生物学的試料から、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを検出するための方法、ならびに配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を同定する方法であって：
（１）生物学的試料を、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質に結合する、１以上のペプチドまたは抗体と接触させ、それによって、それぞれの結合実体を含有するペプチドまたは抗体コンジュゲートを形成し；
（２）生じたペプチドまたは抗体を単離し；そして
（３）ペプチドおよび／または抗体コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチド、または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外の精製タンパク質を得る
工程を含む、前記方法を提供する。
【００１７】
本発明のさらなる態様は、（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチド；（ｂ）配列番号１５の核酸配列によってコードされるペプチド；または（ｃ）配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列によってコードされるペプチドを特異的に認識する、抗体を提供する。
【００１８】
さらなる態様は、（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を含む、ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質；（ｂ）配列番号１５の核酸配列を含有するＤＮＡによってコードされる、ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質；または（ｃ）配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含有するＤＮＡによってコードされる、ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を特異的に認識する、抗体を提供する。
【００１９】
さらにさらなる態様は、生物学的試料から、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出するかまたは精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；およびこうしたアミノ酸配列の相同体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させて、少なくとも（Ａ）１以上のコンジュゲート化ペプチド、および（Ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質のコンジュゲートを形成し；
（２）生じたコンジュゲートを単離し；そして
（３）コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を得る
工程を含む、前記方法を提供する。
【００２０】
本発明のさらにさらなる態様は、生物学的試料から、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出するかまたは精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；およびその相同体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ、それによって、少なくとも（Ａ）１以上のコンジュゲート化ペプチド、および（Ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を含むコンジュゲートを形成し；
（２）生じたコンジュゲートを単離し；そして
（３）コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を得る
工程を含む、前記方法を提供する。
【００２１】
別の態様は、生物学的試料から、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出するかまたは精製するための方法であって：
（ａ）生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ、それによって、少なくとも（Ａ）１以上のコンジュゲート化ペプチド、および（Ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を含むコンジュゲートを形成し；
（ｂ）生じたコンジュゲートを単離し；そして
（ｃ）コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を得る
工程を含む、前記方法を提供する。
【００２２】
他の態様は、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって、生物学的試料に存在する配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質の量を決定し、そして次いで、試料に存在するペプチドおよび／またはタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する工程を含む、前記試験を提供する。
【００２３】
別の態様は、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって、生物学的試料から、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出するかまたは精製する、前述の方法のいずれかを含む、前記試験を提供する。該方法は、試料に存在する配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質の量を決定し、そして次いで、試料に存在するペプチドおよび／またはタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する工程をさらに含む。
【００２４】
前述の一般的な説明および以下の詳細な説明はどちらも、例示的であり、そして説明のためのものであり、そして請求するような本発明のさらなる説明を提供することを意図する。当業者には、好ましい態様の以下の詳細な説明から、他の特徴および利点が容易に明らかであろう。さらに、既知の系、組成物、および方法に関するいかなる不都合な点または有害な特性の本明細書の記述も、本明細書に記載する態様の範囲を、これらの排除に限定することを決して意図しない。実際、本発明の多様な態様は、不都合な点または有害な特性に悩まされることなく、１以上の既知の系、組成物、または方法を含むことも可能である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２５】
好ましい態様の詳細な説明
本発明の態様は、アルツハイマー病（ＡＤ）および関連神経変性疾患と関連する新規ペプチドに関する。該ペプチドは、予想外に、ＡＤの正確でそして早期の診断のための信頼しうるバイオマーカーとして働くことが見出された。該新規ペプチドは、ＡＤに関するアッセイおよび診断試験において、ならびにＡＤおよび他の状態を治療するための治療学において、有用である。
【００２６】
態様の実施にしたがって、ペプチドは、以下のアミノ酸配列（配列番号１４）によって示され、そして示す核酸配列（配列番号１５）によってコードされる。
核酸配列（配列番号１５）およびアミノ酸配列（配列番号１４）
【００２７】
【化１】
2008531002.tif 000002
【００２８】
操作のいかなる理論にも束縛されるよう意図することなく、本発明者らは、配列番号１４のアミノ酸配列に示されるペプチドが、予想外に、本開示に記載するコンジュゲート化ペプチドに対して、改善された結合アフィニティーを提供すると考えている。その結果、配列番号１４のアミノ酸配列を有する同じまたは類似のペプチドまたはポリペプチドに由来する標準曲線を伴うアッセイで用いた際、このペプチドを用いて、尿試料を性質決定し、そしてアルツハイマー病の個体を対照被験体から区別することも可能である。
【００２９】
態様はまた、ストリンジェントな条件下で、配列番号１５の核酸配列にハイブリダイズする核酸配列によってコードされるペプチドも意図する。本発明の実施にしたがって、ストリンジェントな条件は、高ストリンジェンシー・サザン・ハイブリダイゼーション条件である。
【００３０】
態様のペプチドおよびポリヌクレオチドに加えて、態様は、該ペプチドおよびタンパク質に対する抗体、該ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドおよび／または該ペプチドを含むＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質の阻害剤、該ペプチド、ポリヌクレオチド、抗体および阻害剤を含む組成物、ならびに患者における状態を診断し、そして／または治療する、例えばＡＤを診断するための、前述のいずれかを用いた方法を、さらに意図する。
【００３１】
表現「ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ」は、ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．，  １００：３０９３−１０４（１９９７）に、米国特許第５，９４８，６３４号、第５，９４８，８８８号、および第５，８３０，６７０号の配列１２０および１２１に、そしてＧｅｎＢａｎｋ  ＃ＡＦ０１０１４４に記載される、〜４１ｋＤａのタンパク質、ならびに該タンパク質をコードするｃＤＮＡおよび核酸配列を指す。したがって、表現「ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質」は、上述の刊行物に報告されるものと同一のアミノ酸配列を持たないタンパク質を指す。
【００３２】
表現「ペプチド」には、本明細書において、特定のペプチド・アミノ酸配列、ならびに相同体、誘導体、変異体、断片、融合タンパク質、ならびにこれらの具体的に列挙するペプチドのペプチド模倣体、ならびにこれらに対応する核酸配列が含まれる。
【００３３】
用語「断片」は、タンパク質またはペプチドのアミノ酸配列の連続下位配列からなるタンパク質またはポリペプチドを指し、そして該用語には、スプライス変異体および天然存在ｉｎ  ｖｉｖｏプロテアーゼ活性から生じる断片などの天然存在断片が含まれる。こうした断片は、アミノ末端、カルボキシ末端、および／または内部（天然スプライシングによるなど）で、一部切除（ｔｒｕｎｃａｔｅｄ）されていてもよい。こうした断片は、アミノ末端メチオニンを伴いまたは伴わずに調製可能である。用語「断片」には、直接またはリンカーを通じてのいずれかで、ともに連結される、共通の隣接アミノ酸配列を含み、または含まず、同じタンパク質またはペプチド由来の同一または異なる、断片が含まれる。
【００３４】
用語「変異体」は、本明細書記載のタンパク質またはペプチドのアミノ酸配列に比較した際、１以上のアミノ酸置換、欠失、および／または挿入が存在している、タンパク質またはポリペプチドを指し、そして該用語には、こうして記載されるタンパク質またはペプチドの天然存在アレル変異体または選択的スプライシング変異体が含まれる。用語「変異体」には、類似のまたは相同のアミノ酸（単数または複数）あるいは似ていないアミノ酸（単数または複数）での、ペプチド配列中の１以上のアミノ酸の置換が含まれる。どのアミノ酸を類似または相同と位置付け可能であるかに関する多くの基準がある（Ｇｕｎｎａｒ  ｖｏｎ  Ｈｅｉｊｎｅ，  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ｐ．１２３−３９（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  ニューヨーク州ニューヨーク  １９８７）。好ましい変異体には、１以上のアミノ酸位でのアラニン置換が含まれる。他の好ましい置換には、タンパク質の全体の正味電荷、極性、または疎水性に対してほとんどまたはまったく影響しない、保存的置換が含まれる。保存的置換を、以下の表２に示す。
【００３５】
表２
保存的アミノ酸置換
【００３６】
【表１】
2008531002.tif 000003
【００３７】
表３は、アミノ酸置換の別のスキームを示す：
表３
【００３８】
【表２】
2008531002.tif 000004
【００３９】
他の変異体は、より保存されていないアミノ酸置換からなることも可能であり、（ａ）例えばシートまたはらせんコンホメーションとしての、置換領域のポリペプチド主鎖の構造、（ｂ）標的部位での分子の電荷または疎水性、あるいは（ｃ）側鎖の大きさの維持に対して、影響がより有意に異なる残基を選択することなどがある。一般的に、機能に対して、より有意な影響を有すると期待される置換は、（ａ）グリシンおよび／またはプロリンが別のアミノ酸に置換されるか、あるいは欠失されるかまたは挿入されるもの；（ｂ）親水性残基、例えばセリルまたはスレオニルが、疎水性残基、例えばロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル、またはアラニルに対して（またはこれらによって）置換されるもの；（ｃ）システイン残基が任意の他の残基に対して（またはこれらによって）置換されるもの；（ｄ）電気的陽性側鎖を有する残基、例えばリジル、アルギニル、またはヒスチジルが、陰性電荷を有する残基、例えばグルタミルまたはアスパルチルに対して（またはこれらによって）置換されるもの；あるいは（ｅ）大きな側鎖を有する残基、例えばフェニルアラニンが、こうした側鎖を持たないもの、例えばグリシンに対して（またはこれらによって）置換されるものである。他の変異体には、新規グリコシル化部位（単数または複数）および／またはリン酸化部位（単数または複数）を生成するように設計されたもの、あるいは存在するグリコシル化部位（単数または複数）および／またはリン酸化部位（単数または複数）を欠失させるように設計されたもののいずれかが含まれる。変異体には、グリコシル化部位、タンパク質分解的切断部位および／またはシステイン残基での少なくとも１つのアミノ酸置換が含まれる。変異体にはまた、リンカーペプチド上、タンパク質またはペプチド・アミノ酸配列の前または後に、さらなるアミノ酸残基を含む、タンパク質およびペプチドも含まれる。例えば、ジスルフィド結合形成による環化を可能にするため、アミノ末端およびカルボキシ末端両方に、システイン残基を付加することも可能である。用語「変異体」はまた、ペプチドの３’端または５’端いずれかに隣接した、少なくとも１つで、そして２５まで、またはそれより多いさらなるアミノ酸を持つペプチドのアミノ酸配列を有するポリペプチドも含む。
【００４０】
用語「誘導体」は、プロセシングおよび他の翻訳後修飾などの天然プロセスによるだけでなく、例えば１以上のポリエチレングリコール分子、糖、ホスフェート、および／または他のこうした分子が、野生型タンパク質またはペプチドに天然に付着していない場合、単数または複数のこうした分子の付加によるなどの、化学的修飾技術によって化学的に修飾されている、化学的修飾タンパク質またはポリペプチドを指す。誘導体には塩が含まれる。こうした化学的修飾は、基本的教科書に、そしてより詳細なモノグラフに、それとともに多量の研究文献によく記載され、そしてこれらは当業者に周知である。同じ種類の修飾が、所定のタンパク質またはポリペプチドのいくつかの部位に同じ度合いでまたは異なる度合いで存在してもよいことが認識されるであろう。また、所定のタンパク質またはポリペプチドが、多くの種類の修飾を含有してもよい。修飾は、タンパク質またはポリペプチドのどこで生じることも可能であり、これには、ペプチド主鎖、アミノ酸側鎖、およびアミノ末端またはカルボキシ末端が含まれる。修飾には、例えば、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有架橋の形成、システインの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシ化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセシング、ホスホリル化、プレニル化、ラセミ化、グリコシル化、脂質付着、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマ−カルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などのトランスファーＲＮＡが仲介するタンパク質へのアミノ酸の付加、およびユビキチン化が含まれる。例えばＰｒｏｔｅｉｎｓ−−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，  第２版，  Ｔ．Ｅ．  Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，  Ｗ．Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  ニューヨーク（１９９３）およびＷｏｌｄ，  Ｆ．，  “Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ：  Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ，”  Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｖａｌｅｎｔ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ中，  １〜１２ページ，  Ｂ．Ｃ．  Ｊｏｈｎｓｏｎ監修，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  ニューヨーク（１９８３）；  Ｓｅｉｆｔｅｒら，  Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １８２：６２６−６４６（１９９０）およびＲａｔｔａｎら，  “Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：  Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  Ａｇｉｎｇ，”  Ａｎｎ．  Ｎ．Ｙ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ６６３：４８−６２（１９９２）を参照されたい。用語「誘導体」には、分枝する、あるいは分枝して環状に、または分枝せずに環状になる、タンパク質またはポリペプチドを生じる化学的修飾が含まれる。環状、��枝および分枝環状タンパク質またはポリペプチドは、翻訳後天然プロセスから生じる可能性があり、そしてまた、完全に合成的な方法で作成することも可能である。
【００４１】
用語「相同体」は、場合によって、２つのポリペプチドのアミノ酸の位における類似性を比較するのに一般的に用いられる標準法によって決定されるように、本明細書記載のタンパク質またはペプチドのアミノ酸配列と少なくとも６０％同一であるタンパク質を指す。２つのタンパク質の間の類似性または同一性の度合いは、限定されるわけではないが、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｌｅｓｋ，  Ａ．Ｍ．監修，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  ニューヨーク，  １９８８；  Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，  Ｓｍｉｔｈ，  Ｄ．Ｗ．監修，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  ニューヨーク，  １９９３；  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ，  第Ｉ部，  Ｇｒｉｆｆｉｎ，  Ａ．Ｍ．およびＧｒｉｆｆｉｎ，  Ｈ．Ｇ．監修，  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，  ニュージャージー州，  １９９４；  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ，  Ｇ．，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８７；  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ，  Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，  Ｍ．およびＤｅｖｅｒｅｕｘ，  Ｊ．監修，  Ｍ  Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，  ニューヨーク，  １９９１；ならびにＣａｒｉｌｌｏ  Ｈ．およびＬｉｐｍａｎ，  Ｄ．，  ＳＩＡＭ，  Ｊ．  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ．，  ４８：１０７３（１９８８）に記載されるものを含む、既知の方法によって、容易に計算可能である。同一性を決定する好ましい方法を設計して、試験する配列間で最大のマッチを生じさせる。同一性および類似性を決定する方法は、公的に利用可能なコンピュータプログラムに体系化されている。
【００４２】
２つの配列間の同一性および類似性を決定する際に有用な好ましいコンピュータプログラム法には、限定されるわけではないが、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，  Ｊ．ら，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  １２（１）：３８７（１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ、Ａｔｓｃｈｕｌ，  Ｓ．Ｆ．ら，  Ｊ．  Ｍｏｌｅｃ．  Ｂｉｏｌ．，  ２１５：４０３−４１０（１９９０）が含まれる。ＢＬＡＳＴ  Ｘプログラムは、ＮＣＢＩおよび他の供給源から公的に入手可能である（ＢＬＡＳＴ  Ｍａｎｕａｌ，  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｓ．ら，  ＮＣＢＩ  ＮＬＭ  ＮＩＨ  Ｂｅｔｈｅｓｄａ，  Ｍｄ．  ２０８９４；  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｓ．ら，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  ２１５：４０３−４１０（１９９０））。例えば、ＧＡＰ（ウィスコンシン大学遺伝子コンピュータグループ、ウィスコンシン州マディソン）などのコンピュータアルゴリズムを用いて、配列同一性パーセントを決定しようとする２つのタンパク質またはポリペプチドを、各アミノ酸が最適にマッチするように、並列させる（アルゴリズムに決定されるような「マッチしたスパン」）。
【００４３】
ギャップオープニングペナルティ（平均対角の３倍として計算；「平均対角」は、用いる比較マトリックスの対角の平均であり；「対角」は、特定の比較マトリックスによる、各完全アミノ酸に割り当てられたスコアまたは数字である）およびギャップ伸長ペナルティ（通常、ギャップオープニングペナルティの１／１０）、ならびにＰＡＭ２５０またはＢＬＯＳＵＭ６２などの比較マトリックスを、アルゴリズムと組み合わせて用いる。標準比較マトリックス（ＰＡＭ２５０比較マトリックスに関しては、Ｄａｙｈｏｆｆら：  Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，  ｖｏｌ．５，  ｓｕｐｐ．３［１９７８］を参照されたい；ＢＬＯＳＵＭ６２比較マトリックスに関しては、Ｈｅｎｉｋｏｆｆら，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ  ＵＳＡ，  ８９：１０９１５−１０９１９［１９９２］を参照されたい）もまた、アルゴリズムに使用可能である。次いで、アルゴリズムによってパーセント同一性が計算される。相同体は、場合によって、対応するタンパク質またはペプチドと比較した際、典型的には、１以上のアミノ酸置換、欠失、および／または挿入を有するであろう。
【００４４】
用語「ペプチド模倣体（ｍｉｍｅｔｉｃ）」または「模倣体」は、ペプチドまたはタンパク質の生物学的活性を模倣するが、もはや化学的性質はペプチド性でない、すなわちもはやペプチド結合（すなわちアミノ酸間のアミド結合）をまったく含有しない、生物学的活性化合物を指す。本明細書において、用語、ペプチド模倣体は、より広い意味で用いられ、事実上、もはや完全にペプチド性でない分子、例えばシュードペプチド、半ペプチドおよびペプトイドなどが含まれる。この、より広い意味でのペプチド模倣体の例（ペプチドの一部が、ペプチド結合を欠く構造と交換されている場合）を以下に記載する。完全な非ペプチドであれ、また部分的な非ペプチドであれ、本発明記載のペプチド模倣体は、そのペプチド模倣体の基となるペプチドの活性基の三次元配置を緊密に真似る、反応性化学部分の空間的配置を提供する。活性部位の幾何学的形状がこのように類似である結果、ペプチド模倣体は、ペプチドの生物学的活性に似た、生物学的系に対する影響を有する。
【００４５】
態様のペプチド模倣体は、好ましくは、三次元形状および生物学的活性両方において、本明細書記載のペプチドに実質的に類似である。当該技術分野に知られるペプチドを構造的に修飾してペプチド模倣体を生成する方法の例には、Ｄ−アミノ酸残基構造を導く、主鎖キラル中心の反転が含まれ、Ｄ−アミノ酸残基構造は、特にＮ末端で、不都合に影響を及ぼす活性を伴わずに、タンパク質分解的分解に対して、増進した安定性を導く。この例は、論文“Ｔｒｉｔｒｉａｔｅｄ  Ｄ−ａｌａ１−Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｔ  Ｂｉｎｄｉｎｇ”，  Ｓｍｉｔｈ  Ｃ．Ｓ．ら，  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  Ｒｅｓ．，  １５，  ｐｐ．３７１−３７９（１９８８）に記載される。第二の方法は、ＮからＣの鎖間イミドおよびラクタムなどの、安定性のための環状構造の改変である（Ｅｄｅら，  ＳｍｉｔｈおよびＲｉｖｉｅｒ（監修）“Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，  Ｅｓｃｏｍ，  Ｌｅｉｄｅｎ（１９９１）中，  ｐｐ．２６８−２７０）。この例は、その開示が本明細書に全体として援用される、米国特許第４，４５７，４８９号（１９８５）、Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ，  Ｇ．らに開示されるものなどの、コンホメーション的に制限されたチモペンチン様化合物に提供される。第三の方法は、ペプチドのペプチド結合を、タンパク質分解に耐性を与えるシュードペプチド結合によって置換することである。
【００４６】
ペプチド構造および生物学的活性に概して影響を与えない、いくつかのシュードペプチド結合が記載されている。このアプローチの１つの例は、逆反転（ｒｅｔｒｏ−ｉｎｖｅｒｓｏ）シュードペプチド結合で置換することである（“Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  ａｃｔｉｖｅ  ｒｅｔｒｏｉｎｖｅｒｓｏ  ａｎａｌｏｇｕｅｓ  ｏｆ  ｔｈｙｍｏｐｅｎｔｉｎ”，  Ｓｉｓｔｏ  Ａ．ら，  Ｒｉｖｉｅｒ，  Ｊ．Ｅ．およびＭａｒｓｈａｌｌ，  Ｇ．Ｒ．（監修）“Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，  Ｅｓｃｏｍ，  Ｌｅｉｄｅｎ（１９９０）中，  ｐｐ．７２２−７７３、およびＤａｌｐｏｚｚｏら（１９９３），  Ｉｎｔ．  Ｊ．  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．，  ４１：５６１−５６６、本明細書に援用される）。この修飾にしたがって、ペプチドのアミノ酸配列は、１以上のペプチド結合が、逆反転シュードペプチド結合と交換されていることを除いて、上述のペプチドの配列と同一であってもよい。好ましくは、最もＮ末端のペプチド結合が置換されており、これはこうした置換が、Ｎ末端に作用するエキソペプチダーゼによるタンパク質分解に対して、耐性を与えるであろうためである。アミノ酸の化学基を、類似の構造の他の化学基と交換することによって、さらなる修飾もまた、作製可能である。生物学的活性をまったく損失させないか、またはほとんど損失させずに、酵素的切断に対する安定性を増進させることが知られる、別の適切なシュードペプチド結合は、還元アイソスター・シュードペプチド結合である（Ｃｏｕｄｅｒら（１９９３），  Ｉｎｔ．  Ｊ．  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．，  ４１：１８１−１８４、本明細書にその全体が援用される）。
【００４７】
したがって、これらのペプチドのアミノ酸配列は、１以上のペプチド結合が、アイソスター・シュードペプチド結合によって交換されていることを除いて、ペプチドの配列と同一であることも可能である。表現「アミノ酸配列（単数または複数）」は、好ましくは、本明細書において、少なくとも２つのアミノ酸、好ましくは少なくとも４つのアミノ酸、そしてさらに好ましくは少なくとも５つのアミノ酸の配列を意味するよう用いられる。好ましくは、最もＮ末端のペプチド結合が置換されており、これはこうした置換が、Ｎ末端に作用するエキソペプチダーゼによるタンパク質分解に対して、耐性を与えるであろうためである。１以上の還元アイソスター・シュードペプチド結合を持つペプチドの合成が当該技術分野に知られる（Ｃｏｕｄｅｒら（１９９３）、上記引用）。他の実施例には、ペプチド結合を置換する、ケトメチレン結合またはメチルスルフィド結合の導入が含まれる。
【００４８】
本明細書記載のペプチドのペプトイド誘導体は、生物学的活性に重要な構造的決定基を保持するが、ペプチド結合が取り除かれ、それによってタンパク質分解に対する耐性が与えられた、別の種類のペプチド模倣体に相当する（Ｓｉｍｏｎら，  １９９２，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８９：９３６７−９３７１、本明細書にその全体が援用される）。ペプトイドは、Ｎ−置換グリシンのオリゴマーである。いくつかのＮ−アルキル基が記載されており、各々は天然アミノ酸の側鎖に対応する（Ｓｉｍｏｎら（１９９２）、上記引用）。ペプチドのアミノ酸のいくつかまたはすべてを、交換されるアミノ酸に対応するＮ−置換グリシンと交換することが可能である。
【００４９】
表現「ペプチド模倣体」または「模倣体」にはまた、以下に定義するような、逆Ｄペプチドおよび鏡像異性体も含まれる。句「逆Ｄペプチド」は、ＮＴＰペプチドのＬ−アミノ酸配列に比較した際、逆の順に配置されたＤ−アミノ酸からなる、生物学的活性タンパク質またはペプチドを指す。したがって、Ｌ−アミノ酸ＮＴＰペプチドのカルボキシ末端残基は、Ｄ−アミノ酸ペプチドのアミノ末端になるなどである。例えば、ＮＴＰペプチド、ＳＳＷＤＹ（配列番号３１）は、ＹｄＤｄＷｄＳｄＳｄになり、ここで、Ｄｄ、Ｓｄ、Ｗｄ、およびＹｄは、それぞれ、Ｌ−アミノ酸、Ｄ、Ｓ、Ｗ、およびＹに対応するＤ−アミノ酸である。
【００５０】
１つの態様は、示す核酸配列（配列番号１５）によってコードされる、以下のアミノ酸配列（配列番号１４）によって示されるペプチドを提供する。
核酸配列（配列番号１５）およびアミノ酸配列（配列番号１４）
【００５１】
【化２】
2008531002.tif 000005
【００５２】
該態様のペプチドおよびポリヌクレオチドに加えて、態様は、ペプチドおよびタンパク質に対する抗体、該ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドおよび／または該ペプチドを含むＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質の阻害剤、該ペプチド、ポリヌクレオチド、抗体および阻害剤を含む組成物、ならびに患者における状態を診断し、そして／または治療する、例えばＡＤを診断するための前述のいずれかを用いる方法をさらに意図する。
【００５３】
態様は、組換えペプチドおよびタンパク質（ならびに該ペプチドおよびタンパク質をコードする核酸配列）、天然供給源から単離されるペプチドおよびタンパク質、ならびに合成的に製造されるペプチドおよびタンパク質を意図する。組換えペプチドおよびタンパク質を調製する方法が当該技術分野に周知である。当業者に知られるであろうように、任意の適切な方式で、組換えペプチドおよびタンパク質を調製してもよい。
【００５４】
ペプチドは、不純から純粋の範囲で、多様な純度であるよう意図される。好ましくは、ペプチドは実質的に純粋である。ペプチドを精製するための方法が当該技術分野に周知である。当業者に知られるであろうように、任意の適切な方式によってペプチドを精製してもよい。
【００５５】
やはり意図されるのは、他のアミノ酸および化合物から単離されたペプチド、ならびに、さらなるアミノ酸が一端または両端で隣接し、そして／あるいはさらなるペプチドを含めた他の化合物がコンジュゲート化されているペプチドである。別の態様は、配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を提供する。さらなる態様には、少なくとも配列番号１５の核酸配列を含むＤＮＡによって、または少なくとも配列番号１５の核酸配列を含むＤＮＡにハイブリダイズする配列によって、コードされるタンパク質が含まれる。
【００５６】
本発明の実施にしたがって、ペプチドまたはタンパク質を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択される、さらなるペプチド（「コンジュゲート化ペプチド」）にコンジュゲート化してもよい。
【００５７】
特定の態様は、生物学的試料において、配列番号１４のペプチド、または配列番号１４のペプチドを含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質の存在を検出するため、以下のような、「Ｈａｒｌｉｌ配列」と称される配列、または「Ｈａｒｌｉｌペプチド」と称されるペプチドの使用を意図する：
（ａ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）
（ｂ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）
（ｃ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）
（ｄ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）
態様は、領域（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、あるいはこれらの相同体、誘導体または変異体のいずれかの配列を有するペプチド（限定されるわけではないが、「ＨＡＲＬＭＬ」配列番号３２を含む）の使用を含む。Ｈａｒｌｉｌペプチドはまた、リンカーペプチド上、Ｈａｒｌｉｌ配列の前または後に、さらなるアミノ酸残基を有してもよい。したがって、態様で使用するためのＨａｒｌｉｌペプチドには、ペプチドＧＩＴＧＭＣＴＨＡＲＬＩＬＹＦＦＬＶ（配列番号３３）が含まれる。ペプチドには、隣接配列が含まれてもよい。好ましくは、さらなるアミノ酸残基を有するＨａｒｌｉｌペプチドは、全長２５アミノ酸残基を超えない。
【００５８】
Ｈａｒｌｉｌペプチドの相同体、誘導体および変異体もまた、本発明の態様での使用を意図される。
別の実施にしたがって、ペプチドを：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択される、さらなるペプチド（「コンジュゲート化ペプチド」）にコンジュゲート化する。
【００５９】
別の態様にしたがって、ペプチドを非ペプチド化合物にコンジュゲート化する。配列番号１４のペプチド、または配列番号１４のペプチドを含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を、これらのペプチドすべてにコンジュゲート化させてもよく、これらのペプチドは本明細書において、「コンジュゲート化ペプチド」と称される。したがって、本明細書記載の態様には、配列番号１４のペプチドにコンジュゲート化可能な上述のコンジュゲート化ペプチドを用いて、該ペプチドを検出し、該ペプチドを含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出し、該ペプチドの断片および変異体を検出し、そしてアルツハイマー病を診断するアッセイが含まれる。本明細書記載のさらなる態様には、配列番号１４のペプチドまたは配列番号１４のペプチドを含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質にコンジュゲート化可能な抗体を用いて、該ペプチドを検出し、該ペプチドを含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出し、該ペプチドの断片および変異体を検出し、そしてアルツハイマー病を診断するアッセイが含まれる。
【００６０】
本発明はまた、コンジュゲート化ペプチドの相同体、変異体および／または誘導体であるタンパク質、ペプチドおよび他の化合物も提供する。
態様は、態様に記載するペプチドまたはタンパク質（集合的に、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチド、配列番号１４のアミノ酸配列を持つペプチドを有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質、配列番号１５の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、少なくとも配列番号１５の核酸配列を有するＤＮＡによってコードされるタンパク質、ストリンジェントな条件下で、配列番号１５の核酸配列にハイブリダイズする核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、およびストリンジェントな条件下で、配列番号１５の核酸配列にハイブリダイズする核酸配列を少なくとも有するＤＮＡによってコードされるタンパク質）を含む組成物を意図する。やはり意図されるのは、ペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのアッセイまたは精製のための、Ｈａｒｌｉｌペプチド、ペプチド模倣体、結合パートナー、および／または相同体、誘導体、または変異体を含む組成物の、本発明のペプチドおよびタンパク質のアフィニティー結合パートナーとしての使用、ペプチドまたはタンパク質上のＨａｒｌｉｌペプチド部位をブロッキングするための、Ｈａｒｌｉｌペプチド、ペプチド模倣体、およびその相同体、誘導体または変異体の使用、あるいはＨａｒｌｉｌ配列を通じて、ペプチドまたはタンパク質と相互作用する物質の使用である。やはり含まれるのは、態様に記載のペプチドまたはタンパク質、Ｈａｒｌｉｌペプチド配列に向けられる抗体、ならびに該ペプチド、Ｈａｒｌｉｌペプチドおよびその相同体、誘導体または変異体に対応する核酸である。
【００６１】
当業者に知られるであろうように、限定なしに、いかなる適切なキャリアー、結合剤、希釈剤等を、本発明の組成物中で用いてもよい。
Ｈａｒｌｉｌ配列は、態様に記載するペプチドおよびタンパク質に結合特異性を示す。Ｈａｒｌｉｌペプチドまたは他の「コンジュゲート化ペプチド」、あるいはその相同体、誘導体または変異体を固定すると、溶液から、態様のペプチドまたはタンパク質を精製するのに使用可能である。アフィニティー・アッセイの一部として、態様のペプチドまたはタンパク質を捕捉するために用いると、ペプチドへの結合は非常に特異的であり、そしてｐＨ３．５からｐＨ８まで、ｐＨによる影響を受けない。このアフィニティー・アッセイの感度は、少なくともイムノアッセイと同程度に高い。例えば、ＥＬＩＳＡによると約０．５ｎｇ／ｍｌのペプチドまたはタンパク質を含有する陽性尿プールを、ほぼ４倍に希釈して、そしてなおこのアフィニティー・アッセイによって、陰性プールから区別可能である。さらに、より高感度の検出手段を用いることによって、例えば蛍光または化学発光基質あるいは放射標識アッセイを用いることによって、アッセイ感度を改善することも可能である。
【００６２】
Ｈａｒｌｉｌペプチド（またはコンジュゲート化ペプチド）は、本明細書記載のペプチドまたはタンパク質に特異的に結合するため、生物学的試料において、該ペプチドまたは該ペプチドに対する抗体の存在を検出するための診断アッセイにおいて、使用可能である。本発明者らは、体液において、本明細書記載のペプチドおよび／またはタンパク質が正常レベルより高い場合、ＡＤ、ダウン症候群、または他の変性脳疾患が存在することが示されることを示す。本発明の実施および態様にしたがって、本発明のペプチドの尿中濃度が少なくとも約２２μｇ／ｍｌであると、ＡＤの存在が示される。
【００６３】
そのユニークな自己結合特性のため、アッセイにおいて、Ｈａｒｌｉｌペプチドを、本発明の態様において記載されるペプチドに対する類似体として用いてもよい。連続アッセイまたは競合アッセイにおいて、本明細書記載のペプチドは、固相のＨａｒｌｉｌペプチド・コンジュゲートに結合し、そして洗浄中も結合し続けて、免疫グロブリン（ウサギＩｇＧなど）の結合をブロッキングするであろう。また、サンドイッチアッセイにおいて、Ｈａｒｌｉｌペプチドを捕捉抗体代替物として用いてもよい。
【００６４】
態様のペプチドが、神経変性カスケードに関与すると考えられる。ペプチドをターゲティングすることによって、カスケードを中断させるかまたはその方向を変える能力は、療法的機会を提供する。例えば、Ｈａｒｌｉｌペプチドが該ペプチドと相互作用し、したがって反応部位をブロッキングする能力を用いることによって、療法的に介入することも可能でありうる。あるいは、Ｈａｒｌｉｌペプチドおよび模倣体は、Ｈａｒｌｉｌ配列を発現している細胞に、薬剤をターゲティングするのに有用でありうる。
【００６５】
本明細書記載の多様な態様において有用な抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、および抗イディオタイプ抗体が含まれる。ポリクローナル抗体は、抗原で免疫した動物の血清に由来する抗体分子の不均質集団である。モノクローナル抗体は、特定の抗原に対する抗体の実質的に均質な集団である。当業者に知られる方法、例えばＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，  １９７５，  Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７および米国特許第４，３７６，１１０号によって、モノクローナル抗体を得てもよい。こうした抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、ＧＩＬＤおよびそのいかなるサブクラスも含めて、任意の免疫グロブリン・クラスであってもよい。
【００６６】
キメラ抗体および分子は、異なる部分が異なる動物種由来のものである分子であり、例えばネズミ・モノクローナル抗体由来の可変領域およびヒト免疫グロブリン定常領域を有するものがある。キメラ抗体およびその産生法が当該技術分野に知られる（Ｃａｂｉｌｌｙら，  １９８４，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８１：３２７３−３２７７；  Ｍｏｒｒｉｓｏｎら，  １９８４，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５；  Ｂｏｕｌｉａｎｎｅら，  １９８４，  Ｎａｔｕｒｅ  ３１２：６４３−６４６；  Ｃａｂｉｌｌｙら、欧州特許出願１２５０２３（１９８４年１１月１４日公開）；  Ｔａｎｉｇｕｃｈｉら、欧州特許出願１７１４９６（１９８５年２月１９日公開）；  Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、欧州特許出願１７３４９４（１９８６年３月５日公開）；  Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら、ＰＣＴ出願ＷＯ  ８６／０１５３３（１９８６年３月１３日公開）；  Ｋｕｄｏら、欧州特許出願１８４１８７（１９８６年６月１１日公開）；  Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、欧州特許出願１７３４９４（１９８６年３月５日公開）；  Ｓａｈａｇａｎら，  １９８６，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３７：１０６６−１０７４；  Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９（１９８７年５月７日公開）；  Ｌｉｕら，  １９８７，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８４：３４３９−３４４３；  Ｓｕｎら，  １９８７，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８４：２１４−２１８；  Ｂｅｔｔｅｒら，  １９８８，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−１０４３）。これらの参考文献は、その全体が本明細書に援用される。
【００６７】
抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体は、抗体の抗原結合部位と一般的に関連するユニークな決定基を認識する抗体である。抗Ｉｄ抗体は、モノクローナル抗体の供給源と同じ種および遺伝子型（例えばマウス系統）の動物を、抗Ｉｄを調製しようとしているモノクローナル抗体で免疫することによって、調製される。免疫された動物は、免疫抗体のイディオタイプ決定基を認識し、そしてこれらのアイソタイプ決定基に対する抗体（抗Ｉｄ抗体）を産生することによって、応答するであろう。
【００６８】
したがって、態様のペプチド、タンパク質、またはポリペプチドに対して生成されるモノクローナル抗体を用いて、適切な動物において、抗Ｉｄ抗体を誘導してもよい。こうした免疫マウス由来の脾臓細胞を用いて、抗Ｉｄモノクローナル抗体を分泌する抗Ｉｄハイブリドーマを産生してもよい。さらに、抗Ｉｄ抗体を、キーホールリンペット（ｋｅｙｈｏｌｅ  ｌｉｍｐｅｔ）・ヘモシアニン（ＫＬＨ）などのキャリアーとカップリングして、そしてさらなるＢＡＬＢ／ｃマウスを免疫するのに用いてもよい。これらのマウス由来の血清は、Ｒ−ＰＴＰアーゼ・エピトープに特異的な最終ｍＡｂの結合特性を有する抗抗Ｉｄ抗体を含有するであろう。したがって、抗Ｉｄ抗体はそのイディオタイプ・エピトープ、または評価されているエピトープと構造的に類似の「イディオトープ」、例えば化膿連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ポリペプチドを有する。
【００６９】
用語「抗体」はまた、損なわれていない（ｉｎｔａｃｔ）分子、ならびに抗原に結合可能なＦａｂなどの断片の両方を含むことを意味する。Ｆａｂ断片は、損なわれていない抗体のＦｃ断片を欠き、循環からより迅速に一掃され、そして損なわれていない抗体よりも非特異的組織結合が少ない可能性もある（Ｗａｈｌら，  １９８３，  Ｊ．  Ｎｕｃｌ．  Ｍｅｄ．  ２４：３１６−３２５）。態様で有用なＦａｂおよび抗体の他の断片は、損なわれていない抗体分子に関する方法に準じて、髄膜炎菌（Ｎ．  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）ポリペプチドの検出および定量化に使用可能であることが認識されるであろう。
【００７０】
抗体は、例えば、タンパク質が発現されていることを確認するため、またはタンパク質がどこで発現されているかを確認するため、多様な方式で用いられる。例えば、標識抗体（例えばＦＡＣＳのための蛍光標識）を、損なわれていない細菌とインキュベーションし、そして細菌表面上の標識の存在が、タンパク質の位置を確認することも可能である。
【００７１】
ルーチンのプロトコルを用いて、ペプチドまたはタンパク質またはエピトープ所持断片、類似体、あるいは細胞を動物に投与することによって、本明細書記載のペプチドまたはタンパク質に対して生成された抗体を得てもよい。モノクローナル抗体を調製するため、連続細胞株培養によって産生される抗体を提供する、任意の技術を用いる。
【００７２】
態様には、態様に記載されるペプチドおよびタンパク質をコードするポリヌクレオチドが含まれる。好ましくは、ポリヌクレオチドは、配列番号１５の核酸配列、または配列番号１５の核酸配列を含むポリヌクレオチドを有する。本発明の態様にはまた、減少したストリンジェンシーの条件下で、より好ましくはストリンジェントな条件下で、そして最も好ましくは非常にストリンジェントな条件下で、本明細書記載のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドもまた含まれる。ストリンジェンシー条件の例を、以下のストリンジェンシー条件の表に示す：非常にストリンジェントな条件は、例えば条件Ａ〜Ｆと少なくとも同程度にストリンジェントなものであり；ストリンジェントな条件は、例えば条件Ｇ〜Ｌと少なくとも同程度にストリンジェントであり；そして減少したストリンジェンシー条件は、例えば条件Ｍ〜Ｒと少なくとも同程度にストリンジェントである。
【００７３】
ストリンジェンシー条件−表Ｉ
【００７４】
【表３】
2008531002.tif 000006
【００７５】
ｂｐＩ：ハイブリッド長は、ハイブリダイズするポリヌクレオチドのハイブリダイズする領域（単数または複数）と予測されるものである。ポリヌクレオチドを未知の配列の標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズさせる際、ハイブリッド長は、ハイブリダイズするポリヌクレオチドのものと推測される。既知の配列のポリヌクレオチドをハイブリダイズさせる際、ハイブリッド長は、ポリヌクレオチドの配列を並列させ、そして最適配列相補性の単数または複数の領域を同定することによって、決定可能である。
【００７６】
緩衝液Ｈ：ハイブリダイゼーションおよび洗浄緩衝液中、ＳＳＰＥ（１ｘＳＳＰＥは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、１０ｍＭ  ＮａＨ２ＰＯ４、および１．２５ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４である）をＳＳＣ（１ｘＳＳＣは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウムである）と交換してもよい；ハイブリダイゼーションが完了した１５分後に洗浄を行う。
【００７７】
ＴＢからＴＲ：長さ５０塩基対未満と予測されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの融点（Ｔｍ）より５〜１０ＥＣ低くなければならず、ここでＴｍは以下の等式にしたがって決定される。長さ１８塩基対未満のハイブリッドに関しては、Ｔｍ（ＥＣ）＝２（Ａ＋Ｔ塩基の数）＋４（Ｇ＋Ｃ塩基の数）。長さ１８〜４９塩基対の間のハイブリッドに関しては、Ｔｍ（ＥＣ）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）、式中、Ｎはハイブリッド中の塩基の数であり、そして［Ｎａ＋］は、ハイブリダイゼーション緩衝液中のナトリウムイオン濃度である（１ｘＳＳＣの［Ｎａ＋］＝０．１６５Ｍ）。
【００７８】
ポリヌクレオチド・ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー条件のさらなる例は、本明細書に援用される、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  Ｊ．，  Ｅ．Ｆ．  ＦｒｉｔｓｃｈおよびＴ．  Ｍａｎｉａｔｉｓ，  １９８９，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  ニューヨーク州コールドスプリングハーバー，  第９章および第１１章、ならびにＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  １９９５，  Ｆ．Ｍ．  Ａｕｓｕｂｅｌら監修，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｉｎｃ．，  セクション２．１０および６．３−６．４に提供される。
【００７９】
本発明の態様はまた、これらのポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドも提供し、そしてまた、アンチセンス配列も提供する。アンチセンス配列は、アンチセンス・オリゴヌクレオチドとも称され、これには、内部で生成されるものおよび外部から投与される配列両方が含まれ、これらは、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの発現を遮断する。本明細書記載の態様のアンチセンス配列には、例えば、約１５〜２０塩基対が含まれる。例えば、上流非翻訳配列へのプロモーター結合を妨げることによって、またはリボソームが結合するのを妨げることにより本発明のポリペプチドをコードする転写物の翻訳を妨げることによって、転写を阻害するよう、アンチセンス配列を設計してもよい。
【００８０】
態様のポリヌクレオチドは、多くの方式で（例えば、化学合成によって、ＤＮＡライブラリーから、生物自体から）調製され、そして多様な型（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プローブ、プライマー）を取りうる。用語「ポリヌクレオチド」には、ＤＮＡおよびＲＮＡが含まれ、そしてまた、その類似体、例えば修飾主鎖を含有するものが含まれる。さらなる態様にしたがって、ポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡライブラリーなどのＤＮＡライブラリーを含む。
【００８１】
本明細書記載の多様な態様の方法には、本明細書記載のペプチドおよびタンパク質を検出し、同定し、そして／または精製するための方法が含まれる。いかなる適切な方法も本明細書に意図される。１つの態様にしたがって、生物学的試料からペプチドまたはタンパク質を精製するための方法は：（１）本明細書記載のペプチドまたはタンパク質を含有すると考えられる生物学的試料を、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させて、コンジュゲートを形成し；（２）生じたコンジュゲートを単離し；そして（３）１以上のコンジュゲートから、本明細書記載のペプチドまたはタンパク質を分離して、精製ペプチドを得る工程を含む。
【００８２】
好ましくは、１以上のコンジュゲート化ペプチドは：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する。
【００８３】
より好ましくは、１以上のコンジュゲート化ペプチドは、上記（ｉ）〜（ｖ）のいずれか、および該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含んでもよい。
【００８４】
さらにより好ましくは、１以上のコンジュゲート化ペプチドは：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊ＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ＊（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；およびその相同体
からなる群より選択される。
【００８５】
さらにより好ましくは、１以上のコンジュゲート化ペプチドは：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する。
【００８６】
当該技術分野に周知の技術および方法を用いて、生物学的試料からコンジュゲートを単離してもよい。同様に、当業者に知られる任意の方式で、コンジュゲート化されたペプチドから、本明細書記載のペプチドおよびタンパク質を分離してもよい。用いるペプチドまたはタンパク質の生物学的供給源は、好ましくは、ＡＤと診断された患者の尿である。好ましくは、カラム物質に適用する前に、その開示が本明細書に全体として援用される、２０００年１０月２７日出願、表題：「神経糸タンパク質の好ましいセグメントおよび該セグメントを用いる方法」の米国特許出願第０９／６９７，５９０号の解説にしたがって、生物学的試料をプロセシングする。
【００８７】
上述のように試料を調製したら、好ましくは、製造者の指示にしたがって、臭化シアン活性化アガロース（Ｓｉｇｍａ、ミズーリ州セントルイス）にコンジュゲート化する。調製したら、０．０１％アジドを含む、２５ｍＭ  ＴＲＩＳ緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）、ｐＨ７中にカラム物質を保存する。
【００８８】
好ましくは、コンジュゲート化に続いて、以下のようにクロマトグラフィーを用いる。１１ｍｌのアフィニティーカラム物質を、２５ｍｌの尿試料（上述のようにプロセシングして、ＴＢＳ（ｐＨ７）中の４倍濃縮試料を得る）および２５ｍｌの０．０２５Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ３．５）と１時間インキュベーションする。未吸収物質（通過分）を収集する。次いで、カラムを５倍量の１ｘＴＢＳ（ｐＨ７）で洗浄し、そして１１ｍｌの０．１Ｍグリシン（ｐＨ２）中に溶出させる。溶出直後、溶出物をＮａＯＨでｐＨ７に調整し、その後、Ａｍｉｃｏｎ  Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ（登録商標）ＹＭ−１０（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、マサチューセッツ州ビバリー）を用いて１ｍｌに濃縮する。
【００８９】
好ましくは、次いで、アフィニティーカラム溶出物に存在するペプチド活性の分析を行う。尿中のペプチドに関して試験するストリップまたはアッセイを用いて、アフィニティー・アッセイ活性をアッセイする（「ペプチドアッセイ」）（例えば、Ｎｙｍｏｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ社、ニュージャージー州メイウッドを参照されたい。例えば、Ｆｉｔｚｐａｔｒｉｃｋら，  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｒｅｐｏｒｔｓ，  ３：１５５−１５９（２０００）；  ｄｅ  ｌａ  Ｍｏｎｔｅら  Ｆｒｏｎｔ  Ｂｉｏｓｃｉ  ７：ｄ９８９−９６（２００２）；  Ｍｕｎｚａｒら  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  ５：１−６（２００２）；  Ｍｕｎｚａｒら  Ｎｅｕｒｏｌ  Ｃｌｉｎ  Ｎｅｕｒｏｐｈｙｓｉｏｌ  ２００２（１）：２−７（２００２）；  Ｍｕｎｚａｒら  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ'ｓ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  ４：６１−６５（２００１）を参照されたい）。
【００９０】
好ましくは、クーマシーブルー染色（ＢｉｏＲａｄ、カリフォルニア州ハーキュルス）によって、溶出物中のタンパク質濃度を決定する（出発タンパク質濃度は、ビシンコニン酸キット（カタログ番号２３２２３、ＢｉｏＲａｄ）によって決定されるとおりでありうる）。緩衝液に関して２８０ｎｍで吸光度を補正する。
【００９１】
好ましくは、以下のように、ゲル電気泳動を用いて、アフィニティーカラム溶出物由来のペプチドを分析する。１μｇの溶出物（およそ１１０〜１４５ｎｇ）を１２．５％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ミニゲル（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、スウェーデン）上で泳動し、そして銀で染色して、そしてバンドを観察する。観察されたバンドに合わせてゲルをスライスし、そして１００μｌのＴＢＳ中に入れ、そしてＴＢＳに対して一晩透析する。次いで、Ａｍｉｃｏｎ  Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ（登録商標）ＹＭ−１０を用いて、バンド溶出物を濃縮し、そしてペプチドアッセイを用いて、活性に関してアッセイする。反応性を観察して、ペプチドが存在するかどうかを決定する。
【００９２】
態様の方法にはまた、診断試験、例えばＡＤまたは他の神経変性状態の存在を決定するための試験も含まれる。実施にしたがって、態様は、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：（１）生物学的試料に存在する配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドの量を決定し；そして（３）試料に存在する配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する工程を含む、前記試験を提供する。好ましい態様は、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在を決定するための診断試験であって：（１）１以上のコンジュゲート化ペプチドと生物学的試料を接触させ、（２）試料に存在する配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドの量を決定し；そして（３）試料に存在する配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する工程を含む、前記試験を提供する。好ましくは、コンジュゲート化ペプチドは、精製法に関して上に記載されるものである。
【００９３】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量は、好ましくは少なくとも約２２μｇ／ｍｌである。本発明の態様はまた、ＡＤの段階を示す他の閾値も意図する。
【００９４】
これらの閾値は、本明細書に提供する指針に基づいて、当業者によって容易に決定される。
好ましくは、２０００年１０月２７日出願、表題：「神経糸タンパク質の好ましいセグメントおよび該セグメントを用いる方法」の米国特許出願第０９／６９７，５９０号に記載される方式で、コンジュゲート化ペプチドを用いることによって、本明細書記載の好ましい態様のペプチドの存在を検出し、そして定量化する。
【００９５】
ＡＤまたは他の神経学的障害を検出するため、本明細書記載のアッセイにおいて、配列番号１４に同定するアミノ酸配列を有するペプチドおよび／またはタンパク質を標準として用いることが好ましい。本発明者らは、予想外に、配列番号１４に同定するアミノ酸配列を有するペプチドを標準として用いる本明細書記載のアッセイが、尿試料において、ＡＤの存在を検出するのに有効であることを見出した。
【実施例】
【００９６】
実施例
本発明を例示するため、以下の例を提供する。しかし、本明細書記載の態様は、これらの実施例に記載する、特定の条件または詳細に限定されないことを理解しなければならない。明細書全体を通じて、米国特許を含めた、公的に入手可能な文書に関するあらゆる言及は、特に参照によって組み入れられる。
【００９７】
実施例１−アッセイによって検出されるペプチドの同定
本明細書記載の１以上のＨａｒｌｉｌペプチドおよびウサギ免疫グロブリンでコーティングされたマイクロタイタープレートを用いた。被験体由来の尿試料を以下のようにプロセシングした：
無菌プラスチック容器を用いて、早朝尿（first morning void urine）試料を収集した。Ｓｔａｂｉｌｕｒ（Ｇｌｏｂｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）の錠剤を尿試料に添加した。プロセシング前に、最長２４時間まで、尿を直ちに４℃で冷蔵した。Ｓｏｒｖａｌ  ＲＣ２−Ｂ遠心分離装置中、３０００ｇで１５分間、試料を遠心分離して、細胞破片を取り除いた。次いで、０．２２μｍ酢酸セルロース（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）フィルター付きのＧｅｌｍａｎシリンジを用いて尿をろ過し、そしてろ過した上清を用い、０．５％アジ化ナトリウムを１：１０で添加することによって、ろ液を０．０５％アジ化ナトリウムにした。次いで、この溶液をＡｍｉｃｏｎ  Ｍｉｃｒｏｃｏｎ  ＹＭ−１０の最上部に入れ、そして５０００ｒｐｍで１時間遠心分離し、そして次いで、ＴＢＳで元来の体積に再構成した。次いで、Ａｍｉｃｏｎ  ＹＭ−１０遠心分離および再構成工程を、各スピン３０分間で、２回反復した。最終保持液（ｒｅｔｅｎｔａｔｅ）をＰＢＳで０．５ｍｌに再構成した。次いで、この溶液をＡｍｉｃｏｎ  Ｍｉｃｒｏｃｏｎ  ＹＭ−１００の最上部に入れ、そしてＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｍａｒａｔｈｏｎ  １３Ｋ／Ｍ遠心分離装置中、１００００ｒｐｍで５分間遠心分離した。Ｍｉｃｒｏｃｏｎ中の量を、ＴＢＳ中で１：１４に希釈した。
【００９８】
ある範囲の濃度（０．０１〜５．０ｍｇ／ｍｌ）に渡って、下の表に示す合成ポリペプチドを尿試料に添加し、そして次いで、以下のように処理した：
表
【００９９】
【表４】
2008531002.tif 000007
【０１００】
体積５０μｌの試料および５０μｌのアルカリホスファターゼ・コンジュゲート化ウサギ抗マウス抗体を各ウェルにピペッティングして、そして室温で６０分間インキュベーションし、そしてＴＢＳ／Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）緩衝液で３回洗浄し；次いで、１５０μｌのＰＮＰＰ（パラニトロフェニルホスフェート）（Ｍｏｓｓ、メリーランド州パサデナ）を添加し、そして４０５ｎｍで、ＢｉｏＲａｄ  ５５０マイクロプレート読取り装置（Ｂｉｏ  Ｒａｄ、カリフォルニア州ハーキュルス）上、色反応を読み取った。組換えＡＤ７Ｃ−ＮＴＰを含むウェルからのデータを用いて、Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ  Ｍａｎａｇｅｒ  ＩＩＩを用いて構築した標準曲線から、読取り値を得た。
【０１０１】
ペプチド＃１４の連続希釈は、一貫した直線吸光度読取り値を提供した。したがって、上記方法は、試料において、このペプチド、あるいはこのペプチドまたはその断片を含有する物質の量を決定可能であると決定された。
【０１０２】
実施例２：
実施例１で上述したのと同じ形式を用い、標準曲線を生成するのに試料＃１４の連続希釈を用いて、ヒト血清アルブミン、酸−１−糖タンパク質、ヒト・ガンマ・グロブリン（１００μｇ／ｍｌ）およびアセトアミノフェン、アルプラズ（ａｌｐｒａｚ）、セファレックス、ジルチアゼム、フロセミド、カポテン、ｋ−デュル（ｋ−ｄｕｒ）、フォサマックス、ラノキシン、リピトール、ロセック、ペプシド、バソテック、ゾロフト、アダラート、アテノロール、グリブリド、ヒドロクロロチアジド、メトプロロール、テマゼパム、アモキシシリン、アチバン、ビアキシン、デメロール、インデュル（ｉｎｄｕｒ）、ノルバスク、テトラサイクリン、シンスロイド、プロザック、フルラゼパム、イブプロフェン、クマジン、メトフォルミンおよびリン酸コデイン（２５μｇ／ｍｌ）を、プロセシングされた正常尿試料と混合した。これらの尿試料のＵＶ吸収を実施例１におけるように読み取った。上記物質は、正常尿と比較して、吸光度読取り値にまったく影響がなかった。
【０１０３】
実施例３：
標準曲線を生成するのに試料＃１４の連続希釈を用いて、２０の正常個体由来の尿試料を、実施例１に上述するのと同じ形式で試験した。２０の正常個体の吸光度読取り値は、一貫して、０．９６１〜１．３１０の範囲であった。
【０１０４】
実施例４：
標準曲線を生成するのに試料＃１４の連続希釈を用いて、実施例１に上述するように、２０例のＡＤおよび２０例の非ＡＤ個体由来の尿試料を試験した。２０の正常個体の吸光度読取り値は、０．９６１〜１．３１０の範囲であった。ＡＤ個体の読取り値は、０．１６９〜０．７５４の範囲であった。
【０１０５】
上記例は、ＡＤの個体が、その尿中に、正常被験体では見られない量の特定のタンパク質物質を有することを示す。これらのタンパク質物質はまた、配列番号１４に含有されるアミノ酸配列の一部またはすべてを含有すると決定された。例えば、尿中のタンパク質は、この配列を部分的にまたは完全に含有してもよい。
【０１０６】
このアッセイおよび関連法は、診断上および療法上の有用性を有する。配列番号１４のアミノ酸配列を有するポリペプチドを連続希釈して、そして試験中の個体の尿において、類似のまたは同一の物質（単数または複数）の量を概算するのに使用可能であることが、予想外にさらに見出された。
【０１０７】
当業者には、本発明の精神または範囲から逸脱することなく、本発明の方法および組成に、多様な修飾および変動を作製可能であることが明らかであろう。したがって、付随する請求項およびその同等物の範囲内にある限り、本発明の修飾および変動を、本発明が含むことが意図される。
【配列表】
2008531002000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成20年2月12日(2008.2.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項２】
実質的に純粋である、請求項１のペプチド。
【請求項３】
組換えペプチドである、請求項１のペプチド。
【請求項４】
配列番号１４のアミノ酸配列の一端または両端に、１以上のさらなるアミノ酸が隣接している、請求項１のペプチド。
【請求項５】
コンジュゲート化ペプチドにコンジュゲート化されている、請求項１のペプチド。
【請求項６】
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるコンジュゲート化ペプチドにコンジュゲート化されている、請求項１のペプチド。
【請求項７】
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるコンジュゲート化ペプチドにコンジュゲート化されている、請求項１のペプチド。
【請求項８】
配列番号１５の核酸配列によって、または配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列によって、コードされているペプチド。
【請求項９】
ストリンジェントな条件が、高ストリンジェンシー・サザン・ハイブリダイゼーション条件である、請求項８のペプチド。
【請求項１０】
配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを含む組成物。
【請求項１１】
キャリアーをさらに含む、請求項１０の組成物。
【請求項１２】
配列番号１５の核酸配列を有するポリヌクレオチド。
【請求項１３】
配列番号１４のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１４】
生物学的試料において、請求項１に請求するようなペプチドを精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；それによって、（Ａ）請求項１に請求するようなペプチド；および（Ｂ）１以上のコンジュゲート化ペプチドのペプチド・コンジュゲートを形成し；
（２）生じたペプチド・コンジュゲートを単離し；そして
（３）ペプチド・コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドを得る
工程を含む、前記方法。
【請求項１５】
（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチド；（ｂ）配列番号１５の核酸配列によってコードされるペプチド；または（ｃ）配列番号１５の核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列によってコードされるペプチドを特異的に認識する、抗体。
【請求項１６】
生物学的試料において、請求項１に請求するようなペプチドを精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ、それによって、（Ａ）請求項１に請求するようなペプチド；および（Ｂ）１以上のコンジュゲート化ペプチドのペプチド・コンジュゲートを形成し；
（２）生じたペプチド・コンジュゲートを単離し；そして
（３）１以上のコンジュゲート化ペプチドから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドを得る
工程を含む、前記方法。
【請求項１７】
生物学的試料において、請求項１に請求するようなペプチドを精製するための方法であって：
（ａ）生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ、それによって、（Ａ）請求項１に請求するようなペプチド；および（Ｂ）１以上のコンジュゲート化ペプチドのペプチド・コンジュゲートを形成し；
（ｂ）生じたコンジュゲートを単離し；そして
（ｃ）コンジュゲート化ペプチドから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドを分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドを得る
工程を含む、前記方法。
【請求項１８】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（１）被験者より得た生物学的試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項１９】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（１）被験者より得た生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項２０】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（１）被験者より得た生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項２１】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（ａ）被験者より得た生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ；
（ｂ）試料に存在する請求項１のペプチドの量を決定し；そして
（ｃ）試料に存在する請求項１のペプチドの量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項２２】
請求項１のペプチドを含む、ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質。
【請求項２３】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（１）被験者より得た生物学的試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項２４】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（１）被験者より得た生物学的試料を：
（ａ）ＨＨＡＲＬ（配列番号１）；
（ｂ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｃ）ＨＡＲＬＩ（配列番号３）；
（ｄ）ＨＡＲＬＩＬ（配列番号１２）；
（ｅ）ＨＨＡＲＬＣＬ（配列番号１３）；
（ｆ）ＡＲＬＩＬ（配列番号１６）；
（ｇ）ＨＨＡＲＬＩＦ（配列番号１７）；
（ｈ）ＴＨＡＲＬＩＬ（配列番号１８）；
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｊ）ＡＲＬ（配列番号２０）；
（ｋ）ＨＡＲＬＣＬ（配列番号２１）；
（ｌ）ＡＲＬＣＬ（配列番号２２）；
（ｍ）ＡＲＣＬ（配列番号２３）；
（ｎ）ＭＦＡＲＬＩＬ（配列番号２４）；
（ｏ）ＦＡＲＬＩＬ（配列番号２５）；
（ｐ）ＦＡＲＬＩ（配列番号２６）；
（ｑ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｒ）ＨＡＲＬＩＦ（配列番号２８）；
（ｓ）ＡＲＬＩＦ（配列番号２９）；ならびにこうしたアミノ酸配列の相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項２５】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（１）被験者より得た生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ；
（２）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（３）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【請求項２６】
アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標を得るためのアッセイであって：
（ａ）被験者より得た生物学的試料を：
（ｉ）ＡＲＬＩ（配列番号１９）；
（ｉｉ）ＨＡＲＬ（配列番号２）；
（ｉｉｉ）ＦＡＲＬ（配列番号２７）；
（ｉｖ）ＡＲＬ（配列番号２０）；および
（ｖ）ＡＲＬＣ（配列番号３０）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドであって；該ペプチドの３’端または５’端のいずれかに隣接した、少なくとも１であり、そして最大２５であるさらなるアミノ酸を含む、該ペプチドと接触させ；
（ｂ）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量を決定し；そして
（ｃ）試料に存在する請求項２２のタンパク質の量が、アルツハイマー病または他の神経変性障害の存在の指標となる閾値量を超えているかどうかを決定する
工程を含む、前記アッセイ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
本発明のさらにさらなる態様は、生物学的試料から、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を検出するかまたは精製するための方法であって：
（１）生物学的試料を：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；およびその相同体
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、１以上のコンジュゲート化ペプチドと接触させ、それによって、少なくとも（Ａ）１以上のコンジュゲート化ペプチド、および（Ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を含むコンジュゲートを形成し；
（２）生じたコンジュゲートを単離し；そして
（３）コンジュゲートから、配列番号１４のアミノ酸配列を有するペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を分離して、配列番号１４のアミノ酸配列を有する精製ペプチドおよび／または配列番号１４のアミノ酸配列を含有するＡＤ７ｃ−ＮＴＰ以外のタンパク質を得る
工程を含む、前記方法を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５８】
Ｈａｒｌｉｌペプチドの相同体、誘導体および変異体もまた、本発明の態様での使用を意図される。
別の実施にしたがって、ペプチドを：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；ならびにその相同体、誘導体および変異体
からなる群より選択される、さらなるペプチド（「コンジュゲート化ペプチド」）にコンジュゲート化する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
さらにより好ましくは、１以上のコンジュゲート化ペプチドは：
（ａ）ＬＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＲＮＲＶ（配列番号４）；
（ｂ）ＬＡＲＬＣＬＡＮＦＣＧＮＮＮＶ（配列番号５）；
（ｃ）ＣＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＭ（配列番号６）；
（ｄ）ＨＨＡＲＬＰＬＡＮＦＣＧ（配列番号７）；
（ｅ）ＲＴＧＨＨＡＲＬＣＬＡＮＦＣ（配列番号８）；
（ｆ）ＣＥＳＡＲＹＲＴＧＨＨＡＲＬＣ（配列番号９）；
（ｇ）ＤＮＴＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１０）；
（ｈ）ＳＨＨＡＲＬＩＬ（配列番号１１）；およびその相同体
からなる群より選択される。
【国際調査報告】
2008531002.tif 000021
2008531002.tif 000022
2008531002.tif 000023