(57)【要約】  癌の状態と適切な免疫療法剤及び／又はレジメンとを適合させる方法が開示される。また、特定の種類の癌の診断を確認する方法も開示される。開示される本発明の実施形態は、効果的なＴｕＡＡの組合せを使用し、それにより、患者の癌の状態と可能な免疫療法との適合を最適化することを対象とする。
2008503498.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記抗原プロファイルに基づいて前記患者に対する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記抗原プロファイル中の前記発現された抗原の１つ以上を標的とする方法。
【請求項２】
前記ＴｕＡＡの少なくとも１つが、癌精巣抗原、組織特異的抗原、癌胎児性抗原、分化抗原、成長因子、成長因子受容体、接着因子、シグナル伝達タンパク質、転写因子、癌遺伝子産物、腫瘍抑制遺伝子産物及び微生物抗原から成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記事前に選択されたパネルが、ＳＳＸタンパク質、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＭＡＧＥタンパク質、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１及びチロシナーゼから成る群より選択される２つ以上の抗原を含み、且つ前記癌の状態は癌腫である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記癌腫が、乳房、結腸直腸、前立腺、膵臓、肺、卵巣、腎細胞及びメラニン細胞から成る群より選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記免疫療法剤が、能動免疫療法薬である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記免疫療法剤が、前記発現されたＴｕＡＡの少なくとも１つのセグメントを、少なくとも１つ含む又はコードする、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記免疫療法剤が、受動免疫療法薬である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記免疫療法剤が、モノクローナル抗体である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
病気の経過中の異なる時点で行われる少なくとも２つの検査工程を含み、該検査工程から比較情報を得る、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記得られた情報が、療法を実施、変更又は中断するのに使用される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記腫瘍がメラノーマであり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＳＳＸタンパク質がＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＭＡＧＥタンパク質がＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記腫瘍が乳癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＮＹ−ＥＳＯ−１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも
２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記腫瘍が結腸直腸癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＣＥＡ、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記腫瘍が肺癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記腫瘍は前立腺癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記腫瘍が卵巣癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＭＡＧＥタンパク質、ＳＣＰ−１、ＳＳＸタンパク質、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＬＡＧＥから成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記卵巣癌が、漿液性癌腫、非漿液性癌腫、粘液性（細胞）癌腫及び明細胞癌腫から成る群より選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍が腎臓癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記腫瘍が膵臓癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
抗原発現が、ＲＴ−ＰＣＲ、転写決定、タンパク質決定、エピトープ決定又はこれらの組合せの少なくとも１つを含む技術により検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
抗原発現が、新生細胞、腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記腫瘍関連間質細胞が新生血管系である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記新生血管系関連抗原がＰＳＭＡであり、且つ前記新生細胞抗原がＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＬＡＧＥ及びＰＲＡＭＥから成る群より選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記腫瘍組織が原発腫瘍組織を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記腫瘍組織が転移性腫瘍組織を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
患者の癌の状態と免疫療法レジメンとを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記抗原プロファイルに基づいて、免疫療法レジメンを選択する工程
を含み、前記免疫療法レジメンが、前記抗原プロファイル中の２つ以上の抗原を標的とする１つ以上の免疫療法剤を投与することを含む方法。
【請求項２９】
前記免疫療法レジメンが、能動免疫療法剤と受動免疫療法剤との両方を投与することを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者のクラスＩＭＨＣタイプを決定する工程、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査する工程、
該患者の腫瘍組織を、ＭＨＣクラスＩ又はβ２−マイクログロブリンの発現に関して検査する工程、及び
前記検査に基づいて、該患者に投与する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記腫瘍により発現される２つ以上の抗原のそれぞれに関して、該患者のクラスＩＭＨＣタイプにより制限されるエピトープを含む又はコードする方法。
【請求項３１】
抗原発現が、新生細胞、腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記腫瘍により発現される前記２つ以上の抗原が、新生細胞により発現される抗原及び腫瘍関連間質細胞により発現される抗原を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
癌診断を確認する方法であって、
患者の腫瘍組織を検査して、２つ以上のＴｕＡＡ及び少なくとも１つの系統マーカを含む事前に選択されたパネル中の１つ以上の発現されたポリペプチドを検出し、前記腫瘍に関する発現プロファイルを求める工程、及び
前記発現プロファイルに基づいて癌診断を確認する工程を含む方法。
【請求項３４】
前記パネルが、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも３つのＴｕＡＡを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記診断がメラノーマであり、且つ前記系統マーカがｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、チロシナーゼ及びｇｐ１００から成る群より選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記診断が乳癌であり、且つ前記系統マーカがマンマグロビン及びプロラクチン誘導性タンパク質（Ｂｒｓｔ２）から成る群より選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記診断が大腸癌であり、且つ前記系統マーカがＣＥＡである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記診断が肺癌であり、且つ前記系統マーカが甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
前記診断が前立腺癌であり、且つ前記系統マーカがＰＳＡ及びＰＳＭＡから成る群より選択される、請求項３３に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［発明の分野］
本明細書には、癌の状態と、適切な免疫療法剤及び／又はレジメンとを適合させる方法が開示される。また、本明細書には、特定の種類の癌の診断を確認する方法も開示される。
【０００２】
［関連出願の相互参照］
本出願は、２００４年６月１７日付けで出願された、「各種癌の診断における腫瘍関連抗原の組合せ(COMBINATIONS OF TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENS IN DIAGNOSTICS FOR VARIOUS TYPES OF CANCERS」と題する米国仮出願第６０／５８０，９６９号（その開示は、その内容全体が参照により本明細書に援用される）の優先権を、米国特許法第１１９条（ｅ）項に基づいて主張するものである。
【背景技術】
【０００３】
［関連技術の説明］
米国癌学会は、年間、百万を超える人々が癌にかかり、米国人男性の約２人に１人及び米国人女性の約３人に１人が、人生のある時点で何らかの種類の癌を有するであろうと推定している。
【０００４】
癌は通常、体の一部の細胞が制御不能に増殖し始めると発症する。さまざまな種類の癌があるが、これらは大抵、異常細胞の制御不能増殖のために起こる。
【０００５】
正常な体細胞は、規則的な様式で成長し、分裂し、死ぬ。癌細胞は、増殖及び分裂し続けるとういう点で異なっている。死ぬ代わりに、癌細胞は正常細胞よりも長く生き、且つ新たな異常細胞を形成し続ける。
【０００６】
癌に対する通常の治療選択肢としては、手術、放射線療法及び化学療法が挙げられる。免疫療法と呼ばれる、第四の治療分野が開発されている。免疫療法は、免疫系が癌細胞を認識することを助け、且つ／又は癌を消滅させるために癌細胞に対する応答を強めることを試みている。免疫療法には、能動免疫療法及び受動免疫療法が含まれる。能動免疫療法は、体自体の免疫系を刺激して病気と戦わせる。受動免疫療法は、通常、体が病気を攻撃することを当てにはしておらず、代わりに、体の外で作られた免疫系成分（抗原等）を用いる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
各種の治療が存在するにもかかわらず、患者の癌の状態又は種類とより厳密に適合するさらなる治療選択肢の必要性が引き続き存在している。また、より正確な癌診断ツールが必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
［発明の概要］
本明細書中に開示される本発明の実施の形態は、腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）の事前に選択されたパネルを使用し、それにより、患者の癌の状態又は種類と適切な免疫療法剤又はレジメンとを適合させることを対象とする。好ましい実施の形態においては、ＴｕＡＡは、癌細胞自体により発現される抗原である。代替的な実施の形態においては、ＴｕＡＡは、腫瘍関連の新生血管系(neovasculature)又は他の間質等の、腫瘍の非癌構成成分と関連
する抗原である。抗原の事前に選択されたパネルを使用して癌の種類を決定、診断又は診断を確認する方法も開示される。癌患者における病気の進行を予測する方法も開示される。
【０００９】
本発明のいくつかの実施の形態は、患者の癌の状態又は種類と免疫療法剤とを適合させる方法であって、上記患者の腫瘍組織を、抗原の事前に選択されたパネルの発現に関して検査する工程、及び、この検査結果に基づいて上記患者の腫瘍組織により発現される抗原の１つ、２つ又は３つ以上の抗原を標的とする免疫療法剤を選択する工程を含む、方法を対象とする。上記方法は、腫瘍に関する抗原プロファイルを作成し、且つ上記プロファイルに基づいて上記免疫療法剤を選択する工程をさらに含む。いくつかの実施の形態において、選択された免疫療法剤は、能動免疫療法薬である。いくつかの実施の形態において、免疫療法剤は、発現された抗原の少なくとも１つの少なくとも一部を含む又はコードする免疫原を含む。他の実施の形態において、上記選択された免疫療法剤は、受動免疫療法剤である。いくつかの実施の形態において、免疫療法剤はモノクローナル抗体を含む。
【００１０】
さらに他の実施の形態は、癌免疫療法組成物を調製する方法に関連し、ここで、免疫療法剤は、上記免疫療法剤が、発現されたＴｕＡＡの少なくとも１つの少なくとも１つのセグメントを含む又はコードするように、事前に選択されたパネル中の少なくとも２つの腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して、腫瘍組織の発現プロファイルに基づいて選択され、且つ上記免疫療法剤は、薬学的に許容可能な賦形剤と任意選択的に組み合わされる。
【００１１】
本発明の実施の形態は、患者の癌の状態と免疫療法レジメンとを適合させる方法であって、上記患者の腫瘍組織を、抗原の事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査する工程であって、それにより、上記腫瘍に関する抗原プロファイルを作成する工程、及び上記抗原プロファイルに基づいて免疫療法レジメンを選択する工程を含む方法も対象とする。いくつかの実施の形態において、上記レジメンは、発現された抗原の２つ、３つ又は４つ以上を標的とする少なくとも１つの免疫療法剤を投与することを含む。上記免疫療法剤は、例えば、核酸、ポリペプチド、細胞性若しくは体液性、能動若しくは受動等の形態であり得る。上記レジメンが２つ以上の免疫療法剤を投与することを含む実施の形態に関して、免疫療法剤は同様の形態でも異なる形態でもあり得る。したがって、いくつかの実施の形態において、上記レジメンは、能動免疫療法剤と受動免疫療法剤との両方を含むことができる。
【００１２】
いくつかの実施の形態において、患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法が開示される。該方法は、上記患者のクラスＩＭＨＣタイプを決定する工程、上記患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査する工程、上記患者の腫瘍組織を、ＭＨＣクラスＩ又はβ２−マイクログロブリンの発現に関して検査する工程、及び該検査に基づいて上記患者に投与するための免疫療法剤を選択する工程を含み、ここで上記免疫療法剤は、上記腫瘍により発現された２つ以上の抗原のそれぞれに関して、上記患者のクラスＩＭＨＣタイプにより制限されるエピトープを含む又はコードする。いくつかの実施の形態において、抗原発現は新生細胞、腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出される。いくつかの実施の形態において、上記腫瘍により発現される上記２つ以上の抗原は、新生細胞により発現される抗原と、腫瘍関連間質細胞により発現される抗原とを含む。
【００１３】
他の実施の形態は、癌の種類を決定し、その診断を確立又は確認することを対象としており、これは、患者の腫瘍組織を検査する工程であって、それにより２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡ及び少なくとも１つの系統特異的マーカを含む事前に選択されたパネル中の１つ以上の発現されたポリペプチドを検出し、検査する工程、及び該検査に基づいて上記癌診断を確認する工程を含む。一実施の形態において、上記パネルはＮＹ−ＥＳＯ−１
、ＣＥＡ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。いくつかの実施の形態において、上記系統特異的マーカはＴｕＡＡであり、他の実施の形態においては、上記系統特異的マーカはＴｕＡＡではない。メラノーマに対しては、上記系統特異的マーカは、例えば、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１又はｇｐ１００であり得る。乳癌に対しては、上記系統特異的マーカは、例えば、マンマグロビン又はプロラクチン誘導性タンパク質（Ｂｒｓｔ２）であり得る。大腸癌に対しては、上記系統特異的マーカはＣＥＡであり得る。肺癌に対しては、上記系統特異的抗原は、例えば、甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）であり得る。前立腺癌に対しては、上記系統特異的マーカは、例えば、ＰＳＡ又はＰＳＭＡであり得る。
【００１４】
さらに他の実施の形態は、癌の発生を確定又は確認する方法であって、少なくとも１つのポリペプチドに関する腫瘍組織の発現プロファイルを決定する工程を含み、上記ポリペプチドは、少なくとも２つのＴｕＡＡ及び少なくとも１つの系統マーカを含む事前に選択されたパネルの一部である方法、に関する。
【００１５】
ＴｕＡＡの上記事前に選択されたパネルは、例えば癌精巣抗原、組織特異的抗原、癌胎児性抗原、分化抗原、成長因子、成長因子受容体、接着因子、シグナル伝達タンパク質、転写因子、癌遺伝子産物、腫瘍抑制遺伝子産物及び微生物抗原等を含むことができるが、これらに限定されない。いくつかの実施の形態において、上記事前に選択されたパネルはＳＳＸタンパク質、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＭＡＧＥタンパク質、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１及びチロシナーゼから成る群より選択される、２つ又は３つ以上の抗原を含む。いくつかの実施の形態において、上記癌は癌腫である。癌種は、例えば乳房、結腸直腸、前立腺、膵臓、肺、卵巣、腎細胞又はメラニン細胞であり得る。
【００１６】
検査される腫瘍組織は、原発腫瘍組織又は転移性腫瘍組織を含むことができる。抗原発現は、新生細胞、腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出することができる。いくつかの実施の形態において、上記事前に選択されたパネルは、新生細胞により発現される抗原及び腫瘍関連間質細胞により発現される抗原を含む。間質細胞は新生血管系であり得る。新生血管系関連抗原はＰＳＭＡであることができ、新生細胞抗原はＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＬＡＧＥ又はＰＲＡＭＥであることができる。
【００１７】
抗原発現は、直接的に又は間接的に検出することができる。例えば、上記検査はｍＲＮＡ、ポリペプチド、成熟タンパク質、ペプチド又はＭＨＣ−ペプチド複合体の存在の有無及び／又は存在量を検出することができる。いくつかの実施の形態において、上記検査はＴｕＡＡの状態、例えばプロセッシングの状況、分化スプライシング、生殖細胞からの突然変異、ヒト集団内のコンセンサス配列のバリエーション、細胞局在化、細胞内局在化及び他のマーカとの同時発現等を検出する。有用な検査の例として、ＲＴ−ＰＣＲ、転写決定、タンパク質決定、エピトープ決定又はこれらの任意の組合せが挙げられる。いくつかの実施の形態において、上記検査は逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ、定量ＰＣＲ、ノーザンハイブリダイゼーション、オートラジオグラフィ、化学発光検出、オートフルオログラフィ、フローサイトメトリ、遺伝子チップ発現プロファイリング、免疫組織化学法、ウェスタンハイブリダイゼーション、放射性免疫測定法又はｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを、独立して又はこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施の形態において、少なくとも２つの検査工程が病気の経過中の異なる時点で行われ、これらの検査工程から比較情報を得る。得られた情報は、療法を実施、変更又は中断するのに使用することができる。
【００１８】
一実施の形態において、上記腫瘍はメラノーマであり、且つ抗原の事前に選択された上
記パネルは、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。
【００１９】
別の実施の形態において、上記腫瘍は乳癌であり、且つ抗原の事前に選択された上記パネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、Ｃ３５、Ｈｅｒ２／Ｎｅｕ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。
【００２０】
さらに別の実施の形態において、上記腫瘍は結腸直腸癌であり、且つ抗原の事前に選択された上記パネルは、ＣＥＡ、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。
【００２１】
さらなる実施の形態において、上記腫瘍は卵巣癌であり、且つ抗原の事前に選択された上記パネルは、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＭＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、Ｃ３５、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＣＥＡ、ＬＡＧＥ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。上記卵巣癌は、例えば、漿液性癌腫、非漿液性癌腫、粘液性（細胞）癌腫及び明細胞癌腫等であることができる。
【００２２】
さらに別の実施の形態において、上記腫瘍は肺癌であり、且つ抗原の上記事前に選択されたパネルは、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記癌は、例えば非小細胞肺癌であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。
【００２３】
さらなる実施の形態において、上記腫瘍は前立腺癌であり、且つ抗原の上記事前に選択されたパネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。
【００２４】
別の実施の形態において、上記腫瘍は膵臓癌であり、且つ上記抗原のパネルは、ＰＳＭＡ、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＭＡＧＥタンパク質及びＳＳＸタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であることができる。
【００２５】
さらに別の実施の形態において、上記腫瘍は腎細胞癌腫又は腎臓癌であり、且つ上記抗原のパネルは、ＰＳＭＡ、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＭＡＧＥタンパク質及びＳＳＸタンパク質から成る群より選択される、少なくとも２つ、３つ又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。上記ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であることができる。上記ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３である
ことができる。
【００２６】
別の実施の形態は、癌免疫療法剤を販売する(market)方法であって、癌診断研究所との関係を確立することを含み、該研究所はその標準的な試験パネル中のＴｕＡＡ発現を含み、且つ該ＴｕＡＡは販売される免疫療法剤の免疫原への対応に関して検査され、及び各患者の試験結果の報告を送る研究所であって、それにより、該患者の腫瘍により発現されるＴｕＡＡに対応する免疫原を含む免疫療法薬を同定することを含む、方法に関する。いくつかの実施の形態において、上記関係は、契約サービス(contract service)を含む。いくつかの実施の形態において、上記関係はパートナーシップである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２７】
[好ましい実施形態の詳細な説明]
さまざまな種類の癌において、多くの腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）の発現頻度が知られている。しかし、いくつかの抗原、特にさまざまな種類の癌におけるＴｕＡＡのある組合せの出現頻度は報告されていなかった。腫瘍組織中のＴｕＡＡの存在を正確に測定することは、どのＴｕＡＡが特定の種類の癌の治療に対して有用であるかを決定するのを助ける。
【００２８】
癌に対する能動免疫療法を開発する多くの試みにおいては、単一抗原を対象としてきた。これは、２つの明確な理由により問題となり得る。第一に、癌中における任意の特定のＴｕＡＡの発現はモザイク様(mosaic)であり得、抗原発現は、腫瘤中のいくつかの細胞においては高いが、他の細胞においては完全にない。さらに、ＴｕＡＡはいくつかの病巣において発現され得るが、その他では発現されない。１つより多い抗原に対して免疫応答を導くことにより、適切に選択すると、認識することができる腫瘍細胞の数は最大化され得る。第二に、免疫化に続いて、腫瘍がＴｕＡＡ発現を失い、耐性集団を生じさせる場合がいくつか観察された。免疫応答が１つ以上のＴｕＡＡに対して導かれれば、次に、回避するために、各抗原の発現を同時に失わなければならないため、耐性腫瘍が生じるのははるかに難しくなる。このように、免疫療法を用いた癌の治療において、ＴｕＡＡの組合せを用いることは、腫瘍細胞の集団のより完全な被覆度(coverage)のため及びＴｕＡＡ発現消失による腫瘍回避の機会が少なくなるであろうため、有利であり得る。好ましい実施形態では、用いた組合せの２つ、３つ、４つ、又はそれ以上のＴｕＡＡに対して腫瘍が陽性である場合に、このような多面的な攻撃(multivalent attack)技法が採用される。
【００２９】
多面的な攻撃は、攻撃に対する腫瘍の感受性を増大させるにあたり別の利点を提供することができる。１つの腫瘍細胞の１つより多い抗原が標的とされると、抗腫瘍剤の有効濃度は高くなる。また、腫瘍に関連する間質、例えば血管系等への攻撃は、腫瘍細胞と、その腫瘍細胞を標的とする薬剤（複数可）との接近性を高めることができる。したがって、一部の正常な組織においても発現される抗原であっても、多面的攻撃において標的とされる他の抗原もその組織により発現されないならば、標的抗原としてより大きな注目を集めることができる。
【００３０】
定義
本明細書中における用語の使用の状況から明らかでない限り、以下に列挙された用語は、通常、本明細書の目的に対して指示された意味を有すべきである。
【００３１】
プロフェッショナル抗原提示細胞（ｐＡＰＣ）：Ｔ細胞同時刺激分子を所有し、且つＴ細胞応答を誘導することができる細胞。よく特徴付けられたｐＡＰＣは、樹状細胞、Ｂ細胞及びマクロファージを含む。
【００３２】
周辺細胞：ｐＡＰＣではない細胞。
【００３３】
ハウスキーピングプロテアソーム：通常は周辺細胞中で活性であるプロテアソーム。通常、ｐＡＰＣ中に存在しないか、又は強い活性を示さない。
【００３４】
免疫プロテアソーム：通常はｐＡＰＣ中で活性であるプロテアソーム。免疫プロテアソームはまた、感染組織又はその後のインターフェロンへの露出中におけるいくつかの周辺細胞においても活性である。
【００３５】
エピトープ：免疫応答を刺激することができる分子又は物質。好ましい実施形態において、本定義によるエピトープは、ポリペプチド又はポリペプチドをコードする核酸（ポリペプチドは免疫応答を刺激することができる）を含むが、必ずしもこれらに限定されない。他の好ましい実施形態において、本定義によるエピトープは、細胞表面に提示されたペプチド（ペプチドは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）と相互作用できるように、クラスＩＭＨＣの結合溝に非共有結合的に結合している）を含むが、必ずしもこれらに限定されない。クラスＩＭＨＣにより提示されるエピトープは、未成熟形でも成熟形でもよい。「成熟」とは、任意の前駆体（「未成熟」）と対照的に、本質的にハウスキーピングエピトープを含み得る、又はハウスキーピングエピトープから成り得るＭＨＣエピトープを示すが、プロセッシング（プロテアソーム消化、Ｎ末端トリミング、又は外来性酵素活性の作用を、単独で、又は任意の組合せで含むが、限定されない）により除去される一次翻訳産物中の他の配列も含む。このように、成熟エピトープを若干長いポリペプチド中に埋め込むことができ、その免疫潜在能力は、少なくとも部分的に、埋め込まれたエピトープに応じる。同様に、成熟エピトープはその最終形として提供され、ＭＨＣ結合溝中に結合することで、ＴＣＲにより認識されることができる。
【００３６】
ＭＨＣエピトープ：哺乳類のクラスＩ又はクラスＩＩ主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対する、既知の又は予測された結合親和力を有するポリペプチド。
【００３７】
ハウスキーピングエピトープ：好ましい実施形態において、ハウスキーピングエピトープは、ＭＨＣエピトープであり、且つハウスキーピングプロテアソームが主に活性である細胞上に表示されるポリペプチド断片として定義される。別の好ましい実施形態において、ハウスキーピングエピトープは、１個〜複数個のさらなるアミノ酸が隣接した、上記した定義によるハウスキーピングエピトープを含有するポリペプチドとして定義される。別の好ましい実施形態において、ハウスキーピングエピトープは、上記した定義によるハウスキーピングエピトープをコードする核酸として定義される。例示的なハウスキーピングエピトープは、２００２年４月４日付けで出願された米国出願第１０／１１７，９３７号（公開番号２００３０２２０２３９  Ａ１）及び同第１０／６５７，０２２号、２００３年５月９日付けで出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７７０６（公開番号ＷＯ０４０２２７０９Ａ２）、２００１年４月６日付けで出願された米国仮出願第６０／２８２，２１１号、２００１年１１月７日付けで出願された同第６０／３３７，０１７号、２００２年７月３日付けで出願された同第６０／３６３２１０号、及び２００２年９月５日付けで出願された同第６０／４０９，１２３号において提供されている。列挙された各出願は、「エピトープ配列」と題されている。この段落に記載されている各出願は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【００３８】
免疫エピトープ：好ましい実施形態において、免疫エピトープは、ＭＨＣエピトープであり、且つ免疫プロテアソームが主に活性である細胞上に表示されるポリペプチド断片として定義される。別の好ましい実施形態において、免疫エピトープは、１個〜複数個のさらなるアミノ酸が隣接した、上記した定義による免疫エピトープを含有するポリペプチドとして定義される。別の好ましい実施形態において、免疫エピトープは、既知の又は予測されたクラスＩＭＨＣに対する親和力を有する少なくとも２つのポリペプチド配列を有する、エピトープクラスタ配列を含むポリペプチドとして定義される。さらに別の好ましい
実施形態において、免疫エピトープは、上記した定義のいずれかによる免疫エピトープをコードする核酸として定義される。
【００３９】
標的細胞：好ましい実施形態において、標的細胞とは、免疫系の成分により作用され得る発病状態を伴なう細胞、例えば、ウイルス若しくは他の細胞内寄生生物に感染した細胞又は新生細胞である。別の実施形態において、標的細胞は本発明のワクチン及び方法により標的とされる細胞である。本定義による標的細胞の例として、新生細胞、及び細胞内寄生生物（例えばウイルス、細菌又は原生生物）を保持する細胞が挙げられるが、必ずしもこれらに限定されない。また、標的細胞は、免疫プロテアソームを発現している細胞による適切なエピトープ遊離及びプロセッシングを決定又は確認する検定の一部として、ＣＴＬにより標的とされる細胞も含み、これにより所望のエピトープに対するＴ細胞の特異性又は免疫原性を決定する。このような細胞を形質転換させて遊離配列を発現させることができ、又は、細胞をペプチド／エピトープで単にパルスさせることもできる。
【００４０】
標的関連抗原（ＴＡＡ）：標的細胞中に存在するタンパク質又はポリペプチド。
【００４１】
腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）：標的細胞が新生細胞であるＴＡＡ。代替的な実施形態においては、ＴｕＡＡは、腫瘍新生血管系、又は腫瘍微小環境内の他の間質細胞等の、腫瘍の非癌細胞と関連する抗原である。
【００４２】
ＨＬＡエピトープ：ヒトのクラスＩ又はクラスＩＩのＨＬＡ複合体分子に対して、既知の又は予測される結合親和力を有するポリペプチド。
【００４３】
抗体：自然免疫グロブリン（Ｉｇ）、ポリ又はモノクローナル、又はＩｇ結合ドメインの全て若しくは一部から成る任意の分子であって、生化学的に又は組み換えＤＮＡを用いて、又は任意の他の手段を用いて得られる分子。例として、とりわけ、Ｆ（ａｂ）、単鎖Ｆｖ及びＩｇ可変領域−ファージ被覆タンパク質融合体が挙げられる。
【００４４】
実質的類似性：本用語は、参照配列の検査から判断されるように、重要度が低い様式で（in an inconsequential way）参照配列とは異なる配列を示すのに用いられる。同じアミノ酸配列をコードする核酸配列は、変性する位置の違い、又は任意の非コード領域の長さ又は組成におけるわずかな違いがあるにもかかわらず、実質的に類似している。保存的置換又はわずかな長さの変異のみにより異なるアミノ酸配列は、実質的に類似している。さらに、Ｎ末端に隣接している残基の数が異なるハウスキーピングエピトープ、又は両端に隣接している残基の数が異なる免疫エピトープ及びエピトープクラスタを含むアミノ酸配列は、実質的に類似している。実質的に類似しているアミノ酸配列をコードする核酸も、それら自体が実質的に類似している。
【００４５】
機能的類似性：本用語は、参照配列が実質的に類似していなくとも、生物学的又は生化学的特性の検査から判断されるように、重要度が低い様式で参照配列とは異なる配列を示すのに用いられる。例えば、２つの核酸は、異なるアミノ酸配列をコードする同じ核酸配列に対するハイブリダイゼーションプローブとして、有用であり得る。交差反応性ＣＴＬ応答を誘導する２つのペプチドは、それらが非保存的アミノ酸置換により異なっていても（したがって、実質的類似性の定義の範囲ではない場合もある）、機能的に類似である。同じエピトープを認識する一対の抗体又はＴＣＲは、どのような構造的差異が存在しようとも、互いに機能的に類似であり得る。免疫原性の機能的類似性の試験は、「改変」抗原で免疫性を与えること及び誘発された応答（抗体応答、ＣＴＬ応答及びサイトカイン応答等を含むが、これらに限定されない）の能力を試験することにより実施され、標的抗原を認識することができる。したがって、２つの配列は、同じ機能を有しながら、ある観点では異なるように設計されてもよい。開示される又は請求される配列の、このように設計さ
れた配列変異体は、本発明の実施形態中に含まれる。
【００４６】
発現カセット：操作可能にプロモータ並びに他の転写及び翻訳制御要素に結合した、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列であって、エンハンサー、終止コドン、内部リボソーム侵入部位及びポリアデニル化部位を含むが、これらに限定されない、ポリヌクレオチド配列。本カセットは、１つの宿主分子から別の分子への移動を容易にする配列も含むことができる。
【００４７】
埋め込みエピトープ：いくつかの実施形態において、埋め込みエピトープとは、より長いポリペプチドに完全に含有されているエピトープである。他の実施形態において、本用語は、Ｎ末端又はＣ末端のみが埋め込まれたエピトープも含むことができ、それによってエピトープが、より長いポリペプチドに対して完全には内側に存在しないようにする。
【００４８】
成熟エピトープ：エピトープがＭＨＣペプチド結合溝中に結合したときに、存在する配列を上回るさらなる配列が存在しないペプチド。
【００４９】
エピトープクラスタ：ポリペプチド又はこれをコードする核酸配列であって、未変性(native)タンパク質配列を含むタンパク質配列のセグメントであり、共有ＭＨＣ制限要素に対する結合親和力を有し、２以上の既知の又は予測されるエピトープを含むポリペプチド又はこれをコードする核酸配列。好ましい実施形態において、クラスタ中のエピトープの密度は、完全なタンパク質配列中の共有ＭＨＣ制限要素に対する結合親和力を有する、全ての既知の又は予測されるエピトープの密度よりも大きい。エピトープクラスタは、「エピトープクラスタ」と題される米国特許出願第０９／５６１，５７１号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に開示され、且つより完全に定義されている。
【００５０】
遊離配列：免疫プロテアソーム活性、Ｎ末端トリミング、及び／又はその他の過程又は作用を、単独で、又は任意の組合せで含むプロセッシング活性によりハウスキーピングエピトープが遊離される状況を提供する、より大きな配列中に埋め込まれたハウスキーピングエピトープを含む又はコードする、設計又は遺伝子操作配列。
【００５１】
ＣＴＬｐ：ＣＴＬ前駆体は、細胞溶解活性を発現するのに誘導することができるＴ細胞である。ＣＴＬｐが通常観察される、二次ｉｎ  ｖｉｔｒｏ溶解活性は、ｉｎ  ｖｉｖｏで、ナイーブ、エフェクター及びメモリーＣＴＬの任意の組合せから発生することができる。
【００５２】
メモリーＴ細胞：体中の位置に関係なく、抗原により予め活性化されたＴ細胞であるが、エフェクター機能を獲得するためには抗原への再露出が必要である静止生理的状態(quiescent physiologic state)にある。表現型としては、これらは通常、ＣＤ６２Ｌ-、ＣＤ４４hi、ＣＤ１０７α-、ＩＧＮ−γ-、ＬＴβ-及びＴＮＦ−α-であり、細胞周期のＧ０期にある。
【００５３】
エフェクターＴ細胞：抗原と遭遇する際に、直ちにエフェクター機能を示すＴ細胞。エフェクターＴ細胞は、通常リンパ系から出て、周囲の免疫系に入ることができる。表現型としては、これらは通常、ＣＤ６２Ｌ-、ＣＤ４４hi、ＣＤ１０７α+、ＩＧＮ−γ+、ＬＴβ+及びＴＮＦ−α+であり、活発に循環している。
【００５４】
エフェクター機能：通常は、細胞溶解活性及び／又はサイトカイン分泌の獲得を通常含む、Ｔ細胞活性化。
【００５５】
Ｔ細胞応答を誘導：多くの実施形態において、未処置細胞、又は状況によっては静止細
胞から、Ｔ細胞応答を生じさせる過程を含む。すなわち、Ｔ細胞を活性化。
【００５６】
Ｔ細胞応答を増幅：多くの実施形態において、細胞数、活性化細胞数、活性レベル、増殖速度、又は特定の応答に伴なうＴ細胞の同様のパラメータを増加させる過程を含む。
【００５７】
同調：多くの実施形態において、誘導されたＴ細胞系統の免疫プロファイルに、特定の安定性を与える誘導を含む。
【００５８】
トール様受容体（ＴＬＲ）：トール様受容体（ＴＬＲ）は、微生物の特異的成分及び特定の宿主分子により活性化される、パターン認識受容体ファミリーである。先天性免疫系の一部として、これらは多くの病原体に対する防御の第一線に寄与するが、適応免疫においても役割を果たす。
【００５９】
トール様受容体（ＴＬＲ）リガンド：トール様受容体に結合且つトール様受容体を活性化することができる任意の分子。例として、インターフェロンを誘導することで知られる、ポリＩＣ合成二本鎖ＲＮＡが挙げられるが、これに限定されない。上記ポリマーは、ポリイノシン酸及びポリシチジル酸の各一本鎖、二本鎖ＲＮＡ、非メチル化ＣｐＧオリゴデオキシリボヌクレオチド又は他の免疫刺激配列（ＩＳＳ）、リポ多糖（ＬＰＳ）、β−グルカン類、及びイミダゾキノリン類、並びにこれらの誘導体及び類似体から成る。
【００６０】
免疫増強アジュバント：ｐＡＰＣ又はＴ細胞を活性化するアジュバントであって、例えばＴＬＲリガンド、エンドサイトーシスパターン認識受容体（ＰＲＲ）リガンド、キラヤサポニン類（quillaja saponins）、ツカレソール及びサイトカイン等を含むアジュバント。いくつかの好ましいアジュバントが、Marciani, D. J. Drug Discovery Today 8: 934-943, 2003（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に開示されている。
【００６１】
免疫刺激配列（ＩＳＳ）：通常は、非メチル化ＣｐＧ配列を含有するオリゴデオキシリボヌクレオチド。ＣｐＧは、細菌により生産されたＤＮＡ（特にプラスミド）中に埋め込まれてもよい。さらなる実施形態は、さまざまな類似体を含み、好ましい実施形態の中では、ホスホロチオエート結合又は非生理的塩基を１つ以上有する分子がある。
【００６２】
ワクチン：好ましい実施形態において、ワクチンは、病気の予防を提供又は助ける免疫性組成物であり得る。他の実施形態において、ワクチンは、病気の治癒を提供又は助けることができる組成物である。その他においては、ワクチン組成物は、病気の改善を提供又は助けることができる。ワクチン免疫性組成物のさらなる実施形態は、治療薬及び／又は予防薬として使用することができる。
【００６３】
免疫化：病気に対して、部分的な又は完全な防御を誘導する過程。代替的には、抗原に対する免疫系応答を誘導又は増幅する過程。第二の定義としては、防御免疫応答、特に炎症誘発性又は能動免疫を暗示し得るが、制御応答も含み得る。したがって、いくつかの実施形態においては、免疫化は寛容化（免疫系が、炎症誘発性又は能動免疫を生成することを回避する過程）とは区別される一方、他の実施形態においてはこの用語は寛容化を含む。
【００６４】
コード：特定のアミノ酸配列をコードする核酸が、その（ポリ）ペプチドを特定するコドンからなり得るが、翻訳可能な、又は転写、翻訳若しくは複製を制御するために、又は或る宿主核酸構築物の取り扱いを容易にするために、さらなる配列も含み得るような、制約のない用語。
【００６５】
被覆度（coverage）：特定のＴｕＡＡ、又は選択された一組のＴｕＡＡから、少なくと
も１つのＴｕＡＡを発現している腫瘍細胞の比又は割合。
【００６６】
余剰（redundancy）：腫瘍細胞集団又はその或るサブセットが、選択されたＴｕＡＡの組の１つより多いＴｕＡＡを発現する程度。
【００６７】
同時標的化：好ましい実施形態において、同時標的化とは、標的細胞に対する免疫応答を誘導及び／又は増幅することを含み、且つ腫瘍の近傍及び／又は中間(milieu)において、少なくとも１つの他の因子(agent)に対する免疫応答を誘導することも含む。いくつかの実施形態において、上記腫瘍の上記近傍及び／又は中間内の因子として、癌細胞、新生血管系と関連するものを含む間質細胞、内皮細胞、繊維芽細胞、炎症細胞、上皮細胞、自己分泌因子及びパラ分泌因子が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、新生細胞及び間質細胞が特異的に標的化される。他の実施形態において、免疫応答は、腫瘍微小環境内の新生血管系及び他の非形質転換の非リンパ系細胞に対して、誘導及び／又は増幅される。さらに他の実施形態において、免疫応答は、腫瘍微小環境における細胞により生産される自己分泌及び／又はパラ分泌因子並びに癌細胞に対して誘導される。
【００６８】
癌免疫療法及び診断
癌免疫療法は、メラノーマ及び前立腺癌が、この分野において最も初期から最も広く取り上げられてきた標的であるため、これらの研究により大きく影響されてきた。これらの癌に対する治療ワクチンを開発するさまざまな試みにおいて使用される抗原の多くは、分化マーカ、すなわち、その細胞型に特異的な抗原であった。結果として、既存のパラダイムは、特定の種類の癌に対する免疫療法剤を開発するものである。この場合、この薬剤のみを用いて患者を治療するが、これは、この患者が特定の種類の癌を有すると診断されているからである。いくつかの場合、まず、患者の腫瘍を、特定の標的抗原の発現に関して評価する。しかし、現在知られているＴｕＡＡの多くは、分化マーカとして元来分類されたものであっても、多くの種類の癌において発現される。したがって、ＴｕＡＡにより腫瘍を分類することは、腫瘍がその由来する組織ではなく、又は組織に加えてＴｕＡＡを発現するため、有用であり得る。したがって、いくつかの実施形態において、単一の免疫療法薬、好ましくは多面的な単一の免疫療法剤を、広範な種類の腫瘍を治療するのに使用することができる。これは、任意の特定の抗原又は抗原の組合せが、全ての又は多くの腫瘍型に一様に有用であることを言っているのではない。それとは反対に、発現頻度は種類間でかなり異なり得る。さらに、広く発現されたＴｕＡＡのうち、任意の特定腫瘍型の一部のみにおいて発現されることが一般的である。事実、これは、各種腫瘍型に対するこれらの抗原に基づいて免疫療法剤を投与する弾み(impetus)の一部である。それにもかかわらず、個々の抗原及びそれらの組合せの両方が、特定腫瘍型に関連して確定可能な頻度を有するであろう。したがって、より好ましい観察される頻度に基づいて設計された免疫療法剤が、それらの特定腫瘍型に投与されると、より有効及び／又は効率的であり得る。
【００６９】
特定腫瘍型における、特定のＴｕＡＡ又はその組合せの蔓延にもかかわらず、特定の種類の腫瘍を有する患者を、優勢抗原若しくはその腫瘍型により発現される抗原を標的とする免疫療法薬で単に処置するたけでは十分でない場合がある。好ましくは、販売されている又は臨床試験中の利用可能な対応する免疫療法薬が存在するため、患者の腫瘍組織を、ＴｕＡＡの発現に関してスクリーニングしなくてはならない。癌免疫療法の数及び種類が増大すると、任意の特定患者の腫瘍組織を、その腫瘍型により発現され得る多様なＴｕＡＡの発現に関してスクリーニングすることが、より有利になり、それにより、臨床医に、癌の状態と可能な免疫療法との適合における最も広範な選択を提供するであろう。
【００７０】
本開示のほとんどは、クラスＩＭＨＣ制限Ｔ細胞により介在される免疫性を積極的に誘導する薬剤に焦点を当てているが、記載される適合手順も同等に、全種類の免疫療法、能
動若しくは受動、細胞性若しくは体液性、又はそれらの組み合わせと適用可能である。本明細書において請求される方法は、各種抗原を標的としている免疫療法がかなりの数存在する、この開発環境に合わせられる。本明細書において具体化される方法は、特定の患者の癌の種類又は状態と可能な免疫療法薬との適合を最適化する。この方法は、１つの特定薬剤を用いる治療に患者を適格（又は不適格）であると単にみなすために設計された現存する現行方法とは対照的である。
【００７１】
好ましくは、特定腫瘍型において比較的高い頻度で発現されるＴｕＡＡのパネルを組み立て、検査を確立する。したがって、本明細書中に記載される本発明の一実施形態は、上記パネルの組み立て及び適切な検査の確立を含む。上記パネル中には、多種多様な腫瘍型において幅広く発現されるＴｕＡＡが含まれることが有利であり得る。
【００７２】
本明細書中に開示される方法は、抗原の事前に選択されたパネルの発現に関する、対応する予測種類の腫瘍組織の検査で始めることができる。いくつかの実施形態において、１つの腫瘍型に関して組み立てたＴｕＡＡのパネルを、同一抗原の少なくともいくつかを発現することができる他の腫瘍型をスクリーニングするのに使用することができる。いくつかの実施形態において、上記検査結果を使用して発現プロファイルを作成する。適切な免疫療法薬の選択は、免疫原（又は受動免疫療法の場合はエフェクター剤）等の免疫療法薬の組成物が、上記パネルの検出された抗原とどれほどよく対応するかに基づいて成すことができる。上記パネルは、明確に定義された組成物の任意の免疫療法薬により標的化されるよりも、又は任意の１つの組織サンプルにおいて検出されるよりも多くの抗原を含むことができる。
【００７３】
したがって、免疫療法剤は、パネル中の全ての抗原と対応する免疫原を含む必要はない。また、パネル抗原の全てが、免疫療法のレジメンにおいて適度に組み合わせられ得る、いくつかの免疫療法剤のセットの標的となる必要はない。また、有利ではあるが、免疫療法薬（複数可）の組成物と腫瘍の発現プロファイルとが完全に適合する必要はない。患者の腫瘍による抗原発現の不均一性はよく見られる。したがって、或る組織サンプルにおいては検出不可能な抗原が、別の部位で発現される可能性がかなり存在する。これは、特定腫瘍型により最も一般的に発現される抗原に関して、特に当てはまる。したがって、構成免疫原の１つ、いくつか又は全てが、患者の腫瘍の検査された部分により発現されるＴｕＡＡに対応する、多面的免疫療法薬は、臨床家の判断に基づいてその患者を治療するのに使用することができる。同様に、患者を、多面的及び単価(monovalent)薬剤の組合せを用いて治療し、それにより、発現プロファイルと標的化抗原との適合を最適化することができる。特に受動免疫療法剤はしばしば単価であるが、いかにしてさらなる受動又は能動免疫療法薬と組み合わせて有用な免疫療法レジメンにすることができるかは、熟練した臨床家ならば理解するであろう。当該技術分野において現在知られている受動免疫療法薬として、ＴｕＡＡであるＨＥＲ２／Ｎｅｕを標的とするトラスツズマブ（ハーセプチン（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ）（登録商標））；腫瘍の血管新生を阻害するために、ＶＥＧＦ（血管内皮成長因子）を標的とするベバシズマブ（アバスチン（ＡＶＡＳＴＩＮ）（登録商標））；上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ、ＨＥＲ１、ｃ−ｅｒｂＢ−１）を標的とするセツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））；及び同じく上皮細胞増殖因子受容体を標的とするパニツムマブが挙げられる。さらに、複数の単価及び多面的能動免疫療法薬が開発中である。これらとして、前立腺酸性リン酸化酵素を標的とするＡＰＣ８０１５（ＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標））；ＨＥＲ２／Ｎｅｕを標的とするＡＰＣ８０２４；ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸ−２及びＮＹ−ＥＳＯ−１を標的とするＭＫＣ１１０６；Ｍｅｌａｎ−Ａを標的とするｐＳＥＭ（ＳＹＮＣＨＲＯＶＡＸ（登録商標）ＳＥＭ）；Ｍｅｌａｎ−Ａ及びチロシナーゼを標的とするＭＫＣ１２０７；チロシナーゼを標的とするｐＴＡ２Ｍ（ＳＹＮＣＨＲＯＴＯＰＥ（登録商標）ＴＡ２Ｍ）；ＰＳＭＡを標的とするＤＣＶＡＸ（登録商標）前立腺；ｇｐ１００を標的とするＡＬＶＡＣ（２）−ｇｐ１００Ｍ；ＭＡＧＥ−
１及びＭＡＧＥ−３を標的とするＡＬＶＡＣ  ＭＡＧＥ１，３；ＣＥＡを標的とするＡＬＶＡＣ  ＣＥＡ；ＮＹ−ＥＳＯ−１を標的とするＮＹ−ＥＳＯ−１／ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ（登録商標）ワクチン；ＣＥＡを標的とするＰＡＮＶＡＣ（登録商標）−ＶＦ；及びＭＵＣ−１；及びＰＳＡを標的とするＰＲＯＳＴＶＡＣ（登録商標）が挙げられる。
【００７４】
癌種類の診断は取り組みがいがあるが、不確実性がもたらされる。パネル中に系統特異的マーカを含ませることにより、同様のスクリーニング検査を、腫瘍型の診断を確立又は確認するのに使用することができる。上記マーカは、例えば、メラノーマのためのチロシナーゼ及び前立腺のためのＰＳＡのように、それ自体がＴｕＡＡであることができる。代替として、上記マーカは問題となっている細胞型に適度に特異的である任意の抗原であることができ、例えば、乳房組織のためのマンマグロビンのように、その発現は、新生細胞中で維持される。
【００７５】
検査技術
本発明の検査工程を行う多くの技術が、当該技術分野で知られている。通常、特異的タンパク質又はｍＲＮＡを検出する任意の信用性のある方法を採用することができる。好ましくは、大量のサンプルを検査する及び／又は結果を迅速に提供する能力、検査の実施が低価格であること、又はこれらのパラメータのいくつかの最適条件等の特徴に基づく技術である。検査用の腫瘍組織は、手術から得られる組織塊(bulk tissue)、又は血液、骨髄、細胞吸引物、腹膜洗浄液、複数吸引物若しくは気管支洗浄液等から得られる細胞形態であることができる。
【００７６】
上記検査工程は、パネル中のＴｕＡＡの存在の有無、存在量及び状態の少なくとも１つを決定することを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記決定は、ｍＲＮＡ、ペプチド、ポリペプチド、成熟タンパク質及びＭＨＣ−ペプチド複合体の少なくとも１つを解析することを含む。いくつかの実施形態において、上記決定は、ポリペプチドのプロセッシング状況、核酸の分化スプライシング、生殖系配列と比較した場合の核酸の突然変異、ヒト集団内のコンセンサス配列と核酸又はポリペプチド配列とのバリエーション、細胞局在化、細胞内局在化並びに他のマーカとの同時発現の少なくとも１つを解析することを含む。
【００７７】
普通、特異的タンパク質の検出は、抗体の使用を伴なう。免疫組織化学法（ＩＨＣ）が広く適用可能であるが、ウェスタンハイブリダイゼーション、放射性免疫測定法（ＲＩＡ）及びフローサイトメトリも使用することができ、これらは集合的にタンパク質決定と呼ばれる。特異的ペプチド−ＭＨＣ複合体を認識する、ＴＲＣテトラマー及び抗体も使用することができる。多種多様な免疫学的検査（Ｅｌｉｓｐｏｔ、Ｔ細胞ハイブリドーマ反応性、微小細胞傷害性等）における標的又は刺激因子として腫瘍組織を使用することができる。このような検査は、親抗原だけではなく標的エピトープにも特異的であり、したがって、エピトープ決定と称することができる。特異的ｍＲＮＡの検出は、ＲＴ−ＰＣＲ（逆転写ポリメラーゼ連鎖反応）並びに類似した核酸増幅技術（例えば、３ＳＲ）、ノーザンハイブリダイゼーション、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡを用いた遺伝子アレイのクエリー（querrying)、及びｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションの複数の様式のいずれかを使用して達成することができ、これらは集合的に転写決定と呼ばれる。標的抗原からの特定Ｔ細胞エピトープの提示を検出する試薬も使用することができる。これらとして、例えば、Ｔ細胞系列及びハイブリドーマ、並びに、より好ましくはペプチド−ＭＨＣ複合体に特異的な抗体及びＴＣＲテトラマーが挙げられる（例えば、Li et al. Nature Biotech. 23:349-354, 2005（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）を参照）。
【００７８】
ＰＣＲ技術は、感度がよく、且つ通常簡単に実施されるが、サンプル内の抗原発現のモザイク性を検出することができない。ＩＨＣ（及び他のｉｎ  ｓｉｔｕ技術）は潜在的に
はより労働集約的ではあるが、サンプル内の発現の空間的バリエーションの観察を可能にする。したがって、同一細胞内の抗原の同時発現と、同一サンプル内の異なる細胞間の同時発現の識別が可能となる。両方の状況が望ましくあり得るが、前者は標的化のより多い余剰及び抗原欠失エスケープミュータントの発生の見込みの減少を提供し、後者は全腫瘍組織のより多い割合がいかにして直接的に標的化され得るかを示す。このような情報は、より複雑な発現パターンを有する抗原の使用にも関連する。例えば、ＰＳＭＡは前立腺細胞及び腫瘍新生血管系により発現され得るが、ＰＳＭＡは、その発現が新生細胞と特異的に関連し得る場合には、前立腺系統マーカとして、ｉｎ  ｓｉｔｕ検出方法論又は発現を検査する前の顕微解剖の使用により、使用することができる。
【００７９】
本発明の好ましい実施形態において、免疫療法剤はＴ細胞応答、特にクラスＩＭＨＣ制限Ｔ細胞応答を誘導する。したがって、腫瘍組織によるＭＨＣ発現を確認するのに有利であり得る。ＰＣＲ及び抗体ベースの方法を含む、ＭＨＣの検出に使用される試薬は、当該技術分野において広く知られている。クラス−、座−及びタイプ−特異的試薬が通常使用される。クラスＩ発現は、β２−マイクログロブリンの検出により評価することもできる。クラス−及び座−特異的試薬は、広く適用可能な一様な手順の利点を提供する。タイプ−特異的試薬は、発現及びＭＨＣタイプの同時確認を可能とする。抗体ベースの技術は、細胞表面でタンパク質発現を直接的に検出するという利点を提供することができ、それは臨床的関連であり、ＲＴ−ＰＣＲ等とは対照的に表面発現については暗示することができるだけである。ＴＣＲテトラマーベースの検査は、ＭＨＣ及び標的抗原（実際は、標的エピトープでさえもある）発現の両方の同時確認を可能とし、且つ、もともと、タイプ特異的である。
【００８０】
パネル設計
開示される方法の複数の様式を描く。第１の様式は主に、特定の患者の腫瘍組織において標的化することが可能な抗原を同定することに関する。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書中に開示される方法の実行において検査される抗原のパネルは、免疫療法薬を標的化することが可能な、より一般的に発現されたＴｕＡＡ（販売されている又は開発中）から組み立てられる。予測を基に、例えば、１つ若しくは別の腫瘍サブセットにおける通常の若しくは高い特異的発現に基づいて、又は対応する治療産物の開発の期待において、パネル中に抗原を含ませることができる。したがって、抗原が良好な免疫療法標的となり得ること（例えば、特異性、蔓延及び発現レベル；Ｔ細胞ベース産物の提示又は抗体ベース産物の表面発現；及び多面的免疫療法に含めることにより標的化の余剰又は全幅を増大することができる）を示す同一の調査観察結果は、その抗原を本発明の診断パネルへの含有を正当化することができる。
【００８１】
メラノーマにおけるチロシナーゼのような、特定腫瘍型に特異的な発現を有する抗原は、その腫瘍型のスクリーニング(sceening)において使用されるパネルに好適である。各種腫瘍型において発現される抗原は、いかなる特定の腫瘍型においてもあまり一般的(highly prevalent)でなくとも、その各種腫瘍型のスクリーニングに使用されるパネル、又は（例えば、個々の腫瘍型に固執することなく）通常のスクリーニングとして使用されるパネルへの含有に好適であり得る。いくつかの実施形態において、抗原のパネルは、免疫療法の標的として不適切である、癌に伴なう複雑な発現プロファイルからのマーカ等を特異的に排除する。
【００８２】
通常、腫瘍の組織学的由来は、例えば、治療戦略の設計、又は明白な再発が推定される元来の癌と関連していることの確認において、臨床的関心がもたれている。この目的を達成するために、系統マーカを抗原のパネル中に含ませることができる。
【００８３】
癌免疫療法薬の販売
本明細書中に開示される発明の実施形態は、特定癌免疫療法薬の恩恵を受けることができる患者を同定する方法に関し、この方法は、このような製品の臨床試験における参加の候補の同定及びワクチンの販売においても有用であり得る。癌に関する診断作業のほとんどは集中管理された研究所で行われる。採用又は販売にかかわらず、これらの研究所の１つ以上との取り決めが成される。この取り決めは、診療ごとの支払い(fee-for-service)契約又はパートナーシップ又は共同事業を伴なうことができる。研究所は、依頼された腫瘍サンプルに関して行われる標準的な試験パネルにおける、本明細書中に記載されるようなＴｕＡＡ発現プロファイリング検査を含み、その結果は、他の試験の結果と併せて報告される。ワクチンの構成免疫原に対応する１つ以上の抗原に関して陽性であると腫瘍サンプルが同定される場合、医師（又は、試験の結果が患者に直接報告される場合は患者）に、その患者が適格であり得る臨床試験の可能性又はその患者が恩恵を受け得る製品の可能性についての通知が、試験報告と同じ連絡に含まれる。
【００８４】
腫瘍関連抗原
本明細書中に開示される実施形態において有用なＴｕＡＡの例として、チロシナーゼ（配列番号１）、Ｍｅｌａｎ−Ａ（配列番号２）、ＳＳＸ−２（配列番号３）、ＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）（配列番号４）、ＭＡＧＥ−１（配列番号５）、ＭＡＧＥ−３（配列番号６）、ＮＹ−ＥＳＯ−１（配列番号７）、ＰＲＡＭＥ（配列番号８）、Ｈｅｒ２／Ｎｅｕ（配列番号９）、ＰＳＡ（配列番号１０）、Ｃ３５（配列番号１１）、ＳＳＸ−４（配列番号１２）、ｇｐ１００（配列番号１３）、甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）（配列番号１４）、マンマグロビン（配列番号１５）、プロラクチン誘導性タンパク質（Ｂｒｓｔ２）（配列番号１６）、メソテリンアイソフォーム１（配列番号１７）、メソテリンアイソフォーム２（配列番号１８）、ＰＳＣＡ（配列番号１９）及びＳＣＰ−１（配列番号２０）が挙げられる。これら２０個のタンパク質に対する自然コード配列、又はこれらの任意のセグメントは、これらのｃＤＮＡ又は完全コード配列（ｃｄｓ）（それぞれ配列番号２１〜４０）より決定することができる。表１に示される配列は、本明細書と一緒に出願される配列リストに提供される。
【００８５】
【表１】
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【００８６】
チロシナーゼは、メラニン細胞分化の最も特異的なマーカの一つであると考えられているメラニン生合成酵素である。チロシナーゼはわずかな細胞型（主にメラニン細胞）で発現され、しばしばメラノーマにおいて高レベルであることが分かった。ＴｕＡＡとしてのチロシナーゼの有用性は、「異常細胞の一部がＨＬＡ−Ａ２／チロシナーゼ由来ペプチドの複合体を提示する細胞異常を患う個体を識別する方法、及び固体を治療する方法(METHOD OF IDENTIFYING INDIVIDUALS SUFFERING FROM A CELLULAR ABNORMALITY SOME OF WHOSE
ABNORMAL CELLS PRESENT COMPLEXES OF HLA-A2/TYROSINASE DERIVED PEPTIDES, AND METHODS FOR TREATING SAID INDIVIDUALS)」と題される米国特許第５，７４７，２７１号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に教示されている。
【００８７】
ＰＭｅ１１７としても知られているＧＰ１００も、メラノーマにおいて高レベルで発現する別のメラニン生合成タンパク質である。ＴｕＡＡとしてのＧＰ１００は、「メラノーマ抗原並びに診断方法及び治療方法におけるその使用(MELANOMA ANTIGENS AND THEIR USE
IN DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC methods）」と題される米国特許第５，８４４，０７５号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に開示されている。
【００８８】
ＭＡＲＴ−１（Ｔ細胞認識メラノーマ抗原）としても知られるＭｅｌａｎ−Ａは、メラノーマにおいて高レベルで発現する別のメラニン生合成タンパク質である。ＴｕＡＡとして有用なＭｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１は、「メラノーマ抗原並びに診断方法及び治療方法におけるその使用(MELANOMA ANTIGENS AND THEIR USE IN DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC
METHODS)」と題される米国特許第５，８７４，５６０号及び同第５，９９４，５２３号の両方、並びに「ＨＬＡ−Ａ２により提示される少なくとも１つの腫瘍拒絶抗原にプロセッシングされる腫瘍拒絶抗原先駆体をコードする単離核酸分子(ISOLATED NUCLEIC ACID SEQUENCE CODING FOR A TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR PROCESSED TO AT LEAST ONE
TUMOR REJECTION ANTIGEN PRESENTED BY HLA-A2)」と題される米国特許第５，６２０，８８６号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に教示されている。
【００８９】
Ｈｏｍ−Ｍｅｌ−４０としても知られているＳＳＸ−２は、高度に保存された癌・精巣（ＣＴ）抗原のファミリーの一員である（Gure, A. O.他、Int. J. Cancer 72: 965-971,
1997（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。ＳＳＸ−２のＴｕＡＡとしての識別は、「メラノーマ特異的抗原をコードする単離核酸分子及びその使用(ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULES WHICH ENCODE A MELANOMA SPECIFIC ANTIGEN AND USES THEREOF)」と題される米国特許第６，０２５，１９１号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に教示されている。癌・精巣抗原は、さまざまな腫瘍において見られるが、通常は、精巣以外の正常な成人組織には存在しない。ＳＳＸファミリーの種々の成員の発現は、さまざまな腫瘍細胞系において見られる。ＳＳＸファミリー成員の高い配列同一性の程度に応じ、ファミリーの１つより多い成員から、類似したエピトープが生じ、且つＭＨＣ分子に結合することができ、それによりこのファミリーの一員に対して向けられたいくつかのワクチンは、交差反応することができ、且つこのファミリーの他の成員に対して効果的である。
【００９０】
ＭＡＧＥ−１（メラノーマ関連抗原−１）、ＭＡＧＥ−２（メラノーマ関連抗原−２）及びＭＡＧＥ−３（メラノーマ関連抗原−３）は、癌・精巣抗原の別のファミリーの成員であり、もともとはメラノーマ中で発見されたが、さまざまな腫瘍中に見られる。ＴｕＡＡとしてのＭＡＧＥタンパク質の識別は、「腫瘍拒絶抗原前駆体をコードする核酸配列（ＭＡＧＥ−１）(NUCLEOTIDE SEQUENCE ENCODING THE TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR,MAGE-1)」と題される米国特許第５，３４２，７７４号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）及び多数のそれに続く特許に教示されている。現在、ＳＷＩＳＳタンパク質データベースには、（ヒト）ＭＡＧＥに関して１７個の登録がある。これらの
タンパク質には広範な類似性があり、したがって、多くの場合、あるものからのエピトープは、ファミリーの他の成員に交差反応応答を誘導することができる。少数のＭＡＧＥファミリーの成員、とりわけ、それぞれ精巣及び脳、並びに骨髄間質細胞において発現されるＭＡＧＥ−Ｈ１及びＭＡＧＥ−Ｄ１は腫瘍中には観察されていない。これらが、他のＭＡＧＥタンパク質と最低限類似している事実により、正常組織における交差反応の可能性は改善される。
【００９１】
ＧＡＧＥ−１は、癌・精巣抗原のＧＡＧＥファミリーの一員である（Van den Eynde, B.他、J. Exp. Med. 182: 689-698, 1995；米国特許第５，６１０，０１３号；同第５，６４８，２２６号；同第５，８５８，６８９号；同第６，０１３，４８１号；及び同第６，０６９，００１号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される））。ＰｕｂＧｅｎｅデータベースは現在、１２個の別個のアクセス可能な成員を列挙しており、そのうちのいくつかはＰＡＧＥ又はＸＡＧＥというシノニムで知られている。ＧＡＧＥ−１からＧＡＧＥ−８は、非常に高い配列同一性の程度を有し、それゆえほとんどのエピトープがファミリーの複数の成員間で共有され得る。
【００９２】
ＢＡＧＥは、一般に、メラノーマ、特に転移性メラノーマ、並びに肺、乳房、膀胱及び頭部及び頚部の扁平上皮細胞の癌腫において発現する癌・精巣抗原である。そのＴｕＡＡとしての有用性は、「腫瘍拒絶抗原前駆体ＢＡＧＥ中のアミノ酸配列に対応する腫瘍拒絶抗原、及びその使用(TUMOR REJECTION ANTIGENS WHICH CORRESPOND TO AMINO ACID SEQUENCES IN TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR BAGE, AND USES THEREOF)」と題される米国特許第５，６８３，８８号、及び「ＢＡＧＥ腫瘍拒絶抗原前駆体をコードする単離核酸分子(ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULES CODING FOR BAGE TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSORS)」と題される同第５，５７１，７１１号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に、それぞれ教示されている。
【００９３】
ＣＴＡＧ−１（癌・精巣抗原−１）及びＣＡＧ−３（癌抗原−３）としても知られているＮＹ−ＥＳＯ−１は、多種多様な腫瘍において見られる癌・精巣抗原である。ＴｕＡＡとしてのＮＹ−ＥＳＯ−１は、「食道癌関連抗原をコードする単離核酸分子、抗原自体、及びそれらの使用(ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULE ENCODING AN ESOPHAGEAL CANCER ASSOCIATED ANTIGEN, THE ANTIGEN ITSELF, AND USES THEREOF)」と題される米国特許第５，８０４，３８１号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に開示されている。広範な配列同一性を有する抗原をコードするパラロガス(paralogous)な遺伝子座であるＬＡＧＥ−１ａ／ｓ及びＬＡＧＥ−１ｂ／Ｌは、公的に入手可能なヒトゲノムのアセンブリ中に開示されており、選択的スプライシングを介して生じると結論付けられている。さらに、ＣＴ−２（又はＣＴＡＧ−２、癌・精巣抗原−２）は、ＬＡＧＥ−１ｂ／Ｌの対立遺伝子、突然変異体又は配列不一致のいずれかであるように思われる。広範な配列の一致により、ＮＹ−ＥＳＯ−１の多くのエピトープはまた、これら他の抗原を発現している腫瘍に対して免疫性を誘導することができる。ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＬＡＧＥは、アミノ酸７０までは事実上同一である。アミノ酸７１からアミノ酸１３４では、２つのタンパク質間の同一性の最長距離は６残基であるが、潜在的に交差反応可能な配列が存在する。アミノ酸１３５からアミノ酸１８０では、ＮＹ−ＥＳＯ及びＬＡＧＥ−１ａ／ｓは、ただ一つの残基以外は同一であるが、ＬＡＧＥ−１ｂ／Ｌは選択的スプライシングにより関連性がない。ＣＡＭＥＬ及びＬＡＧＥ−２抗原は、ＬＡＧＥ−１のｍＲＮＡからではなく、選択的リーディングフレームに由来すると思われ、そのため関連性のないタンパク質配列が生じてしまう。つい最近、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２７７３１５．５（ヒト染色体ＸのクローンであるＲＰ５−８６５Ｅ１８及びＲＰ５−１０８７Ｌ１９、完全配列）は、この領域内の３つの独立遺伝子座を報告しており、これらはＬＡＧＥ１（ゲノムアセンブリ中のＣＴＡＧ−２に対応）、ＬＡＧＥ２−Ａ及びＬＡＧＥ２−Ｂ（両者ともゲノムアセンブリ中のＣＴＡＧ−１に対応）と標識されている。
【００９４】
ＭＡＰＥ、ＤＡＧＥ及びＯＩＰ４としても知られているＰＲＡＭＥは、もともとはメラノーマ抗原として観察された。その後、これは癌・精巣（ＣＴ）抗原として認識されたが、多くのＣＴ抗原（ＭＡＧＥ、ＧＡＧＥ及びＢＡＧＥ等）とは異なり、ＰＲＡＭＥは急性骨髄性白血病において発現する。ＰＲＡＭＥはＭＡＰＥファミリーの一員であり、大部分は限定された配列類似性を共有する仮定タンパク質(hypothetical protein)からなる。ＴｕＡＡとしてのＰＲＡＭＥの有用性は、「腫瘍拒絶抗原前駆体ＤＡＧＥをコードする単離核酸分子、及びその使用(ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULES CODING FOR TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR DAGE AND USES THEREOF)」と題される米国特許第５，８３０，７５３号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に教示されている。
【００９５】
「前立腺特異的膜抗原(PROSTATE-SPECIFIC MEMBRANES ANTIGEN)」と題される米国特許第５，５３８，８６６号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に記載されるＴｕＡＡであるＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）は、正常な前立腺上皮により発現され、前立腺癌中において高レベルである。さらに、発現は、卵巣癌腫にも見られる。これは、非前立腺腫瘍の新生血管系においても見られる。したがって、ＰＳＭＡは前立腺癌及び卵巣癌並びに他の腫瘍の新生血管系の両方に向けられるワクチンの基礎を形成することができる。後者の概念は、２００１年３月７日付けで出願された「癌に対する抗新生血管ワクチン(ANTI-NEOVASCULAR VACCINES FOR CANCER)」と題される米国仮出願第６０／２７４，０６３号、及び２００２年３月７日付けで出願された「癌に対する抗新生血管製剤(ANTI-NEOVASCULAR PREPARATIONS FOR CANCER)」と題される米国出願第１０／０９４，６９９号（公開番号２００３００４６７１４  Ａ１）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）により完全に記載されている。簡便には、腫瘍が成長するに従い、新たな血管の内部成長を補充する。血管を発達させていない腫瘍の中心は通常壊死するため成長を維持する必要があることが理解され、血管形成阻害剤が腫瘍退縮を起こすと報告されてきた。このような新たな血管又は新生血管系は確立した血管には見られない抗原を発現し、したがって、特異的に標的化することができる。新生血管系抗原に対するＣＴＬを誘導することにより、血管を阻害することができ、腫瘍への栄養分の流れ及び腫瘍からの老廃物の除去を妨げ、腫瘍を退縮させる。
【００９６】
ＰＳＭＡｍＲＮＡの選択的スプライシングは、Ｍｅｔ58で明らかに始まるタンパク質へと導き、「選択的スプライシングされた前立腺特異的膜抗原をコードする単離核酸分子、及びその使用(ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULE ENCODING ALTERNATIVELY SPLICED PROSTATE-SPECIFIC MEMBRANES ANTIGEN AND USES THEREOF)」と題される米国特許第５，９３５，８１８号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に記載されるように、ＰＳＭＡの推定膜アンカー領域を欠失する。ＰＳＭＡ様タンパク質と称されるタンパク質（Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ２６１７１５）はＰＳＭＡのアミノ酸３０９〜７５０とほぼ同一であるが、異なる発現プロファイルを有する。したがって、最も好ましいエピトープは、アミノ酸５８〜３０８に位置するＮ末端を有するものである。
【００９７】
ＰＳＡ（前立腺特異的抗原）は、カリクレインファミリーのペプチダーゼであり、前立腺の分化抗原である。乳房組織における発現も報告されている。代替的名称には、γ−セミプロテイン、カリクレイン３、セミノゲラーゼ(seminogelase)、セミニン及びＰ−３０抗原が挙げられる。ＰＳＡは、さまざまな選択的スプライシング産物（前立腺／腺カリクレイン−１及び−２、並びにカリクレイン−４）と高程度の配列同一性を有し、前立腺及び乳房組織においても発現する。他のカリクレインは、通常、より少ない配列同一性を共有し、且つ異なる発現プロファイルを有する。それにもかかわらず、任意の特定のエピトープにより引き起こされ得る交差反応性は、そのエピトープが非標的組織中におけるプロセッシング（最も一般的には、ハウスキーピングプロテアソームによる）により遊離され得る見込みに加え、ワクチンの設計において考慮されるべきである。
【００９８】
ＳＣＡＨ−２としても知られているＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原）は、前立腺上皮細胞において選択的に（preferentially）発現し、且つ前立腺癌において過剰発現する分化抗原である。低レベルの発現は、消化管及び腎臓の集合管の神経内分泌細胞を含むいくつかの正常細胞において見られる。ＰＳＣＡは、「ヒト幹細胞抗原(HUMAN STEM CELL ANTIGENS)」と題される米国特許第５，８５６，１３６号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。
【００９９】
ＨＯＭ−ＴＥＳ−１４としても知られているシナプトネマ複合体タンパク質１（ＳＣＰ−１）は、減数分裂関連タンパク質であり、癌・精巣抗原でもある（Tureci, O.他、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 5211-5216, 1998（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。癌抗原として、その発現は細胞周期により制御されてはおらず、しばしばグリオーマ、乳房、腎細胞及び卵巣癌腫において見られる。これは、ミオシンといくつかの類似性を有するが、交差反応性エピトープが直ちに期待できないほど同一性が小さい。
【０１００】
フィブロネクチンのＥＤ−Ｂドメインもまた、潜在的標的である。フィブロネクチンは、ＥＤ−Ｂドメインが、主として腫瘍胎児組織中で使用される単一エクソンにコードされる、発生学的に制御される選択的スプライシングを受けやすい（Matsuura, H.及びS. Hakomori、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 6517-6521, 1985；Carnemolla, B.他、J. Cell
Biol. 108: 1139-1148, 1989；Loridon-Rosa, B.他、Cancer Res. 50: 1608-1612, 1990；Nicolo, G.他、Cell Differ. Dev. 32: 401-408, 1990；Borsi, L.他、Exp. Cell Res.
199: 98-105, 1992；Oyama, F.他、Cancer Res. 53: 2005-2011, 1993；Mandel, U.他、APMIS 102: 695-702, 1994；Farnoud, M. R.他、Int. J. Cancer 61: 27-34, 1995；Pujuguet, P.他Am. J. Pathol. 148:579-592, 1996；Gabler, U.他、Heart 75: 358-362, 1996；Chevalier, X. Br. J. Rheumatol. 35: 407-415, 1996；及びMidulla, M. Cancer Res. 60:164-169, 2000（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される））。
【０１０１】
ＥＤ−Ｂドメインは、新生血管系のフィブロネクチンにおいても発現する（Kaczmarek,
J.他、Int. J. Cancer 59: 11-16, 1994；Castellani, P.他、Int. J. Cancer 59: 612-618, 1994；Neri, D.他、Nat. Biotech. 15: 1271-1275, 1997；Karelina, T. V.及びA. Z. Eisen, Cancer Detect. Prev. 22: 438-444, 1998；Tarli, L.他、Blood 94: 192-198, 1999；及びCastellani, P.他、Acta Neurochir. (Wien) 142: 277-282, 2000（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される））。腫瘍胎児性ドメインとして、ＥＤ−Ｂドメインは一般に、新生血管系により発現されるのに加えて、新生細胞により発現されるフィブロネクチンにおいて見られる。したがって、ＥＤ−Ｂドメインを標的とするＣＴＬ誘導ワクチンは、２つの作用機構を示すことができる、すなわち、腫瘍細胞の直接的溶解、及び腫瘍関連新生血管系の崩壊による腫瘍の血液供給の阻害である。ＣＴＬ活性はワクチンの使用中止後迅速に減衰するため、正常な血管形成への干渉は最小限となり得る。新生血管系を標的とするワクチンの設計及び試験は、２００１年３月７日付けで出願された「癌に対する抗新生血管系ワクチン(ANTI-NEOVASCULATURE VACCINES FOR CANCER)」と題される米国仮特許出願第６０／２７４，０６３号、及び２００２年３月７日付けで出願された「癌に対する抗新生血管系製剤(ANTI-NEOVASCULATURE PREPARATION FOR
CANCER)」と題される米国出願第１０／０９４，６９９号（公開番号２００３００４６７１４  Ａ１）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に記載されている。腫瘍細胞系統は、２００２年３月７日付けで出願された「ＨＬＡトランスジェニックマウス腫瘍細胞系統(HLA-TRANSGENIC MURINE TUMOR CELL LINE)」と題される米国仮出願第６０／３６３，１３１号（この内容全体は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。
【０１０２】
癌胎児性抗原（ＣＥＡ）は、１９６５年に始めて記載されたパラダイムの（paradigmatic）腫瘍胎児タンパク質である（Gold及びFreedman, J. Exp. Med. 121: 439-462, 1965（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。より十分な参照は、「オンライン・人類のメンデル遺伝；登録番号１１４８９０（the Online Mendelian Inheritance
in Man; record* 114890）」に見出すことができる。これは、癌胎児性抗原関連細胞接着分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）と公式に改名された。その発現は、消化管及び胎児の結腸の上皮層の腺癌と、最も強く関連する。ＣＥＡは免疫グロブリンスーパーファミリーの一員であって、且つＣＥＡサブファミリーを定義付ける一員である。
【０１０３】
バキュロウイルスＩＡＰ反復含有タンパク質５（ＢＩＲＣ５）としても知られているサバイビンは、腫瘍胎児発現パターンを有する別のタンパク質である。これはアポトーシスタンパク質（ＩＡＰ）遺伝子ファミリーの阻害剤の一員である。これは癌において広範に過剰発現され（Ambrosini, G.他、Nat. Med. 3: 917-921, 1997；及びVelculiscu V. E.他、Nat. Genet. 23: 387-388, 1999（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））、アポトーシス阻害剤としてのその機能は、悪性の表現型に寄与すると信じられている。
【０１０４】
ＨＥＲ２／ＮＥＵは上皮成長因子受容体に関係する癌遺伝子であり（van de Vijver他、New Eng. J. Med. 319: 1239-1245, 1988（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））、ｃ−ＥＲＢＢ２癌遺伝子と明らかに同一である（Di Fiore他、Science 237: 178-182, 1987（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。ＥＲＢＢ２の過剰発現は、前立腺癌の新生物形質転換に関係があるとされてきた。ＨＥＲ２に関しては、発現レベルが腫瘍の悪性度と相関する他の腫瘍中、乳癌の２５〜３０％において増幅且つ過剰発現される（Slamon他、New Eng. J. Med. 344: 783-792, 2001（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。より詳細な記載は、オンライン・人類のメンデル遺伝；登録番号１６４８７０において入手可能である。
【０１０５】
メソテリンは、もともと中皮腫において発見された抗原であるが、多くの膵臓癌及び卵巣癌において上方制御されることも知られている。ワクチン標的、並びに有用なエピトープとしてのその使用は、Thomas, A. M. et al., J. Exp． Med. 200:297−306, 2004に記載され、その内容全体は、参照により本明細書に援用される。
【０１０６】
腫瘍関連抗原のさらなる例として、Ｍｅｌａｎ−Ａ（ＭＡＲＴ−１）、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ  １７）、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ｐ１５（５８）、ＣＥＡ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ（ＬＡＧＥ）、ＳＣＰ−１、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ−４０、ＰＲＡＭＥ、ｐ５３、Ｈ−Ｒａｓ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＢＣＲ−ＡＢＬ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタイン・バーウイルス抗原、ＥＢＮＡ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６及びＥ７、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡ  １９−９、ＣＡ  ７２−４、ＣＡＭ  １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、β−カテニン、ＣＤＫ４、Ｍｕｍ−１、ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＣＴ７、テロメラーゼ、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、α−フェトプロテイン、β−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ  １２５、ＣＡ  １５−３（ＣＡ  ２７．２９／ＢＣＡＡ）、ＣＡ  １９５、ＣＡ  ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８／ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合タンパク質／シクロフィリンＣ関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ並びに
ＴＰＳ等が挙げられる。
【０１０７】
さらなる腫瘍関連抗原は、www.cancerimmunotherapy.org/SEREX/における「血清学的発現クローニングによるヒト腫瘍抗原の同定：ＳＥＲＥＸのオンラインレビュー（Identification of human tumor antigens by serological expression cloning: an online review on SEREX）」、Chen, YT、Cancer Immun. 2004（２００４年３月１０日更新；２００４年４月１日アップデート）；及び「Ｔ細胞によって認識される腫瘍抗原の列挙（A listing of tumor antigens recognized by T cells）」、Renkvist, N.他、Cancer Immunology Immunotherapy, 50: 3-15 (2001)（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に記載されている。
【０１０８】
Scanlan他、「癌／精巣遺伝子：レビュー、標準化及び論評（The cancer/testis genes: Review, standardization, and commentary）」、Cancer Immunity 4: 1（２００４年１月２３日）（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）から出典された表２は、ＣＴ抗原のリストを提供する。表３は、表２のＣＴ抗原に対する、さまざまな腫瘍型におけるｍＲＮＡの発現頻度を提供する。Scanlan他、「癌／精巣遺伝子：レビュー、標準化及び論評(The cancer/testis genes:Review,standardization,and commentary)」、Cancer Immunity 4: 1（２００４年１月２３日）（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）。
【０１０９】
【表２−１】
2008503498.tif 000004
【表２−２】
2008503498.tif 000005
【０１１０】
【表３−１】
2008503498.tif 000006
【表３−２】
2008503498.tif 000007
【表３−３】
2008503498.tif 000008
【０１１１】
腫瘍新生血管系と関連するさらなる抗原は、米国特許第６，３４２，２２１号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に記載されているＶＥＧＦＲ２（血管内皮成長因子受容体２）；及び国際特許ＷＯ９９４３８０１（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に記載されている内皮特異的受容体トリプシンキナーゼであるＴｉｅ−２である。
【０１１２】
上記に列挙されるような抗新生血管系剤を使用することにより達成することができる、腫瘍への血流の阻害に加えて、基礎を成す非形質転換間質細胞（例えば、新生血管系及び間質組織を含む）で発現される分子と同様に、癌細胞で発現される同時標的分子も、腫瘍増殖の限定及び他のメカニズムによる癌退縮の促進における多面的免疫療法薬の有効性を改善することができる。間質は、新生血管系及び繊維芽細胞、並びに通常は、腫瘍の微小環境内の全ての非形質転換の非リンパ系細胞を包含する。例えば、上皮細胞の免疫介在性攻撃（細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）又は抗体依存性傷害性細胞（ＡＤＣＣ）を介する）は、原発腫瘍及び転移性病巣内の新生細胞を標的とする、ＣＴＬ等の免疫エフェクターの採用及び転移を引き起こす、新生血管系易透過及び炎症現象の始動をもたらすことができる。癌細胞のみを標的とする戦略と比べると、関連間質組織を同時標的化する方法は、前者の効力を改善する。同様に、新生血管系のみを標的とする戦略と比べると、癌細胞を同時標的化する方法は、大きさ及び血管新生が限定された病巣を含む病巣、特に、重要組織内に存在し悪影響を与える病巣、を攻撃することにより全体的な療法効果を改善する。新生血管系に関しては、ＶＥＧＦＲ（ＩＩ等）、ＣＤ５５及びＰＳＭＡ、並びに新生血管系により発現される他の分子の同時標的化は、ＣＴＬ、又はＡＤＣＣを始動すること若しくは活性細胞傷害を補完することが可能な抗体を生成することにより達成することができる。代替として、初期の上皮傷害は、可能な抗血管形成抗体を使用する受動免疫療法を介してもたらすことができる。
【０１１３】
さらに、又は代替として、標的関連抗原と、細胞外区画において見られる（細胞外マトリクスを拡散又は同伴している）癌細胞若しくは非形質転換細胞により生産される成長、転移若しくは生存促進因子との同時標的化は、より大きい療法効果をもたらすこともできる。癌細胞内又は癌細胞で発現される抗原、並びに自己分泌又はパラ分泌効果（成長、生存及び／又は侵襲性）を発揮する因子の同時標的化により、かなりの程度、発病過程を遅らせる又は阻害することができる。自己分泌又はパラ分泌因子（ＮＦ−ｋＢ活性化分子であるＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ８、ＣＣＬ２等であるが、これらに限定されないか、又は絨毛性性腺刺激ホルモン及びガストリン等の成長因子であるが、これらに限定されない）の同時標的化は、中和抗体の同時誘導により、又は、副次的に、このような因子を生産する細胞を認識するＣＴＬにより行うことができる。
【０１１４】
総括して、腫瘍増殖及び転移に関する生物学的に重要な複数の要素の同時標的化は、クローン選択の過程、免疫回避及び逃避に影響を与えることにより悪化過程の進行を制限することができる。したがって、間質関連抗原の同時標的化は、このような活性が阻害且つ／中断される、さらなる攻撃様式を提供する。
【０１１５】
当業者は、血管細胞又は腫瘍関連間質細胞に関連する任意の他の抗原若しくはタンパク質が、本免疫性組成物（現在知られているもの及びいまだ同定されていないものも含む）の標的になり得ることを理解するであろう。
【０１１６】
組成物
例えばワクチンを含む免疫性組成物は、完全な抗原又はエピトープ性ペプチドを用いて調製することができる。ペプチド免疫原は、例えば、当業者に既知である標準的ペプチド合成手段を用いて容易に調製することができる。免疫原は、化学合成を行う多数の企業の
１つにより商業的に調製することができる。このような企業の例として、卸売業者がクリナルファＡＧ（CLINALFA AG）（Laufelfingen、スイス）であるアメリカン・ペプチド社（American Peptides, Inc.）がある。抗原又は免疫原はＧＭＰスタンダードに基づいて調製することができ、ＨＰＬＣ解析により純度を評価することができる。産物は、アミノ酸解析により特徴付けることができ、滅菌性及び発熱原の不在を試験することができる。
【０１１７】
免疫性組成物は、アジュバント又は他の生物学的応答調整物質（ＢＲＭ）を含むこともできる。アジュバント及びＢＲＭを使用する特に有利な方法は、「リンパ系器官への生物学的応答調整物質の標的投与により、免疫応答を誘発、維持及び操作する方法(METHODS TO TRIGGER, MAINTAIN AND MANIPULATE IMMUNE REPONSES BY TARGETED ADMINISTRATION OF
BIOLOGICAL RESPONSE MODIFIERS INTO LYMPHOID ORGANS)」と題する、２００４年１２月２９日付けで出願された米国仮特許出願第６０／６４０，７２７号（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に開示されている。
【０１１８】
抗原は、直接的に又は間接的に動物の系に送達されてもよい。例えば、ポリペプチドは、ポリペプチドとして直接的に送達されてもよく、又は、例えばＤＮＡ構築物若しくはベクター、又は所望の抗原をコードする組み換えウイルスを用いて、間接的に送達されてもよい。プロフェッショナル抗原提示細胞中におけるいずれの発現推進ベクターもこの目的に好適であり得る。間接的送達において、抗原は細胞中で発現され、次いで細胞表面上のＭＨＣクラスＩにより提示され、ＣＴＬ応答を刺激する。この抗原の分泌型の発現は、膜タンパク質である抗原を認識する抗体応答を誘導するのに有用であり得る。
【０１１９】
好ましい実施形態において、コードされた抗原は、裸のプラスミド発現ベクターの形態で送達されることができる。特に有用な構築物は、「標的関連抗原のエピトープをコードする発現ベクター(EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OF TARGET-ASSOCIATED ANTIGENS)」と題される米国特許出願第０９／５６１，５７２号、「標的関連抗原のエピトープをコードする発現ベクター及びその設計方法(EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OF
TARGET-ASSOCIATED ANTIGENS AND METHODS FOR THEIR DESIGN)」と題される米国特許出願第１０／２９２，４１３号（公開番号２００３０２２８６３４  Ａ１）、２００２年８月２０日付けで出願された米国特許出願第１０／２２５，５６８号（公開番号２００−０１３８８０８）、２００３年８月１９日付けで出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２６２３１（公開番号ＷＯ２００４／０１８６６６）、「プラスミド増殖における望ましくない複製中間産物の回避(AVOIDANCE OF UNDESIRABLE REPLICATION INTERMEDIATES IN PLASMIND PROPAGATION)」と題される米国特許第６，７０９，８４４号、及び「抗原提示細胞におけるエピトープ同調(EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS)」と題される、２００１年１２月７日付けで出願された米国出願第１０／０２６，０６６号（公開番号２００３０２１５４２５  Ａ１）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に開示されている。付加的な方法論、組成物、ペプチド及びペプチド類似体が、２００４年６月１７日付けで出願された米国仮出願第６０／５８１，００１号、「ＳＳＸ−２ペプチド類似体(SSX-2 PEPTIDE ANALOGS)」と題される当該出願と同じ日付で出願された米国仮出願  ／  ,  （代理人整理番号第０３８Ａ）、２００４年６月１７日付けで出願された米国仮出願第６０／５８０，９６２号、「ＮＹ−ＥＳＯペプチド類似体(NY-ESO PEPTIDE ANALOGS)」と題される当該出願と同じ日付で出願された米国仮出願  ／  ,  （代理人整理番号第０３９Ａ）、「抗原を販売する方法(METHODS OF COMMERCIALIZING AN ANTIGEN)」と題される２００１年１１月７日付けで出願された米国特許出願第０９／９９９，１８６号、「予防又は治療目的で、ＭＨＣクラスＩ制限エピトープに対する免疫応答を誘発、増強及び維持する方法(METHODS TO ELICIT, ENHANCE AND SUSTAIN IMMUNE RESPONSES AGAINST MHC CLASS I-RESTRICTED EPITOPES, FOR PROPHYLACTIC
OR THERAPEUTIC PURPOSES)」と題される２００４年１２月２９日付けで出願された米国仮出願第６０／６４０，４０２号、及び「免疫応答の誘導においてＣＤ４＋細胞を迂回す
る方法(METHODS TO BYPASS CD4+ CELLS IN THE INDUCTION OF AN IMMUNE RESPONSE)」と題される２００４年１２月２９日付けで出願された米国仮出願第６０／６４０，８２１号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に開示されている。免疫化に対する裸ＤＮＡの使用の実行可能性及びそれに関連した一般的手順は、「ＤＮＡ配列の注射による哺乳類における防御免疫応答の誘導(INDUCTION OF A PROTECTIVE IMMUNE RESPONSE IN A MAMMAL BY INJECTING A DNA SEQUENCE)」と題される米国特許第５，５８９，４６６号、及び「腫瘍関連抗原ペプチドをコードする裸ポリヌクレオチドの投与による、腫瘍関連抗原に対して宿主に免疫性を与える方法及び装置(METHODS AND DEVICES FOR IMMUNIZING A HOST AGAINST TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENS THROUGH ADMINISTRATIONS OF NAKED POLYNUCLEOTIDES WHICH ENCODE TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENIC PEPTIDES)」と題される米国特許第５，６７９，６４７号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に記載されている。前者は、筋肉内又は皮内注射のみを教示し、後者は皮膚又は粘膜への投与のみを教示する。
【０１２０】
好ましい実施形態において、抗原は、直接的にリンパ系に投与することができる。ＣＴＬの発生のための節内投与が、それぞれ「ＣＴＬ応答を誘導する方法(A METHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE)」と題される、１９９９年９月１日付けで出願された米国特許出願第０９／３８０，５３４号及び２００１年２月２日付けで出願された同第０９／７７６，２３２号（公開番号２００２０００７１７３  Ａ１）並びに１９９８年７月１０日付けで出願された国際特許ＰＣＴＵＳ９８／１４２８９（公開番号ＷＯ９９０２１８３  Ａ２）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に教示されている。リンパ節内（ｉ．ｌｎ．）への単回ボーラス注射は、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射によるＣＴＬ応答と同様のレベルを得るために必要な用量の０．１％しか必要としなかった。したがって、リンパ節内へ送達される単回ボーラスを用いて全身ウイルス感染に対する防御応答を確立することができるが、筋肉内へ送達される実用上の限界に近い用量では確立できない。筋肉内へのボーラス注射を繰り返すと、末梢ウイルス感染又は移植腫瘍に対する防御応答を確立することに失敗したのに対して、低用量をリンパ節内へ投与すると、完全に効果的であった。特に有用な節内免疫化プロトコルは、ともに「ＭＨＣクラスＩ制限免疫応答の規模及び質を制御する方法(METHODS TO CONTROL MAGNITUDE AND QUALITY THE MHC CLASS I-RESTRICTED IMMUNE RESPONSE)」と題される、２００３年６月１７日付けで出願された米国仮特許出願第６０／４７９，３９３号及び２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０８号、並びに「予防又は療法目的で、ＭＨＣクラスＩ制限エピトープに対する免疫応答を誘発、増強及び維持する方法(METHODS TO ELICIT, ENHANCE AND SUSTAIN IMMUNE RESPONSES AGAINST MHC CLASS I-RESTRICTED EPITOPES, FOR PROPHYLACTIC OR THERAPEUTIC PURPOSES)」と題される、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０７号（公開番号２００５０７９１５２  Ａ１）及び２００４年１２月２９日付けで出願された米国仮特許出願第６０／６４０，４０２号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に教示されている。
【０１２１】
抗癌免疫性組成物において有利であり得るエピトープのクラスは、ハウスキーピングエピトープである。これらはハウスキーピング（又は標準的）プロテアソームの作用により生成される。ハウスキーピングエピトープは、プロフェッショナル抗原提示細胞（ｐＡＰＣ）の免疫プロテアソームによるタンパク質分解プロセッシングを介して、発現ベクターの翻訳産物から遊離され得る。本発明の一実施形態において、ハウスキーピングエピトープ（複数可）に隣接している配列は、所望の位置（複数可）で免疫プロテアソームによる切断を促進するように改変することができる。ハウスキーピングエピトープ、その使用及び同定は、２０００年４月２８日付けで出願された米国特許出願第０９／５６０，４６５号、及び２００１年１２月７日付けで出願された「抗原提示細胞におけるエピトープ同調(EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS)」と題される米国特許出願第
１０／０２６，０６６号（公開番号２００３０２１５４２５  Ａ１）、並びに２０００年４月２８日付で出願された「エピトープの発見方法(METHOD OF EPITOPE DISCOVERY)」と題される米国特許第６，８６１，２３４号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に記載されている。
【０１２２】
ハウスキーピングエピトープの例は、２００１年４月６日付けで出願された米国仮特許出願第６０／２８２，２１１号；２００１年１１月７日付けで出願された同第６０／３３７，０１７号；２００２年３月７日付けで出願された同第６０／３６３２１０号；及び２００２年９月５日付けで出願された同第６０／４０９，１２３号；２００２年４月４日付けで出願された米国特許出願第１０／１１７，９３７号（公開番号２００３０２２０２３９  Ａ１）；並びに両者とも「エピトープ配列(EPITOPE SEQUENCES)」と題される、２００３年９月５日付けで出願された米国特許出願第１０／６５７，０２２号（公開番号２００４０１８０３５４  Ａ１）及び２００３年９月５日付けで出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７７０６（公開番号ＷＯ０４０２２７０９  Ａ２）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に開示されている。
【０１２３】
本発明の他の実施形態において、ハウスキーピングエピトープ（複数可）には、任意配列が、又は免疫プロテアソーム切断部位において好まれることで知られている残基を組込んでいる配列が隣接することができる。本明細書中で使用する場合、「任意配列」という用語は、エピトープの天然配列状況、プロセッシングを促進するその能力、又は免疫学的機能への言及なく選択される配列を意味する。本発明のさらなる実施形態において、複数のエピトープを、頭−尾状に配置させることができる。これらの配置は、全てハウスキーピングエピトープから成り得る。同様に、配置は、代替ハウスキーピング及び免疫エピトープを含むことができる。代替的には、配置は、完全であるか又は遠位で切断されているにかかわらず、免疫エピトープが隣接するハウスキーピングエピトープを含むことができる。さらに、配置は、任意の他の類似した並びであり得る。配置の末端位置にハウスキーピングエピトープを置くことになんら制限はない。ベクターは、免疫エピトープ源としてエピトープクラスタを含有する、真正のタンパク質コード配列又はそのセグメントを付加的に含有することができる。「真正の」という用語は、天然タンパク質配列を示す。
【０１２４】
エピトープクラスタ及びその使用は、２０００年４月２８日付けで出願された「エピトープクラスタ(EPITOPE CLUSTERS)」と題される米国特許出願第０９／５６１，５７１号；「抗原提示細胞におけるエピトープ同調(EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS)」とそれぞれ題される、２０００年４月２８日付けで出願された同第０９／５６０，４６５号、２００１年１１月７日付けで出願された同第１０／００５，９０５号及び２００１年１２月７日付けで出願された同第１０／０２６，０６６号；並びに「癌のための抗血管新生製剤(ANTI-NEOVASCULATURE PREPARATIONS FOR CANCER)」と題される、２００２年３月７日付けで出願された同第１０／０９４，６９９号（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に記載されている。
【０１２５】
本発明の別の実施形態において、コードされた抗原は、ウイルスベクターの型で送達することができる。修飾ゲノムを有する多彩なウイルスは、割り込みリーディングフレームを発現するのに適しているが、当業者には多くの場合ウイルスタンパク質が知られていないか、少なくとも少数のウイルスタンパク質が知られている。これには、レンチウイルスを含むレトロウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルスを含むパルボウイルス、ヘルペスウイルス、及びワクシニアウイルスを含むポックスウイルスが限定無しに含まれる。このようなウイルスベクターは、発現を可能にする細胞内への核酸成分の送達を容易にする。これらベクターのサブセット（例えばレトロウイルスとパルボウイルス）は、これらの核酸成分の宿主ゲノム内への取り込みを促進するが、他は行わない。
【０１２６】
また、細菌もベクターとして働くことができ、すなわち抗原の発現を起こすことができる核酸分子を送達するのに用いることができる。例えば、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓの株は、マクロファージ（正常標的）の細胞質に進入する際、それ自体の溶解に影響を及ぼすことによりプラスミドを放出し、その後このプラスミドから抗原が発現するように創出されてきた。（Dietrich, G.他、Biotechnology 16: 181-185, 1998（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。Ｓｈｉｇｅｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉも同様に使用されてきた（それぞれ、Sizemore, D. R.他、Science 270: 299-302, 1995、及びCourvalin, P.他、Life Sci. 318: 1207-1212, 1995（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される））。
【０１２７】
核酸送達に関する微生物ベクターの使用は、ベクター自体が招く免疫反応によって複雑化され得る。長期又は繰り返しの投与が必要な場合、以前の処置によって誘発された抗体は、有用な量のベクターが、意図された宿主に届くのを防止し得る。しかし、リンパ節への直接投与により、例えば、宿主細胞への接近及び非常に低減された有効量の組合せは、存在する抗体力価を避ける又は圧倒することができる用量を投与することを可能にする。
【０１２８】
ベクターという単語は、本明細書中及び他において、いくつかの様相で、且つさまざまに変更されて使用されてきた（例えば、発現ベクター、ウイルスベクター、送達ベクター等）。根底にある原理は、抗原自体よりも、抗原の発現を生じることが可能な核酸が最終的にＡＰＣに到達するということである。修飾されない限り、明白に又は局部的な状況により、本明細書中で使用されるベクターという用語は、このような可能性全てを包含することが意図される。
【０１２９】
上記で論じられた技術は、抗原が微生物の成分として生成され、次いでそれ自体が免疫原として投与されるような、微生物ゲノムを修飾する手法（過剰染色体ＤＮＡを含む）からは明確に区別される。ゲノム修飾手法において使用される微生物の例として、ウイルス、細菌、菌類及び原生生物が挙げられる。本明細書中で記載される本発明の実施形態において、ワクチンを含む組成物は、合成済み抗原、又はＡＰＣにｉｎ  ｖｉｖｏで抗原を発現させることができる核酸を含むことができる。代替的な実施形態において、これら２つの技術の組合せが使用される。例えば、一実施形態では、上記で論じられたようなウイルスベクターの使用が意図され、これもまた、標的エピトープをカプシド又はエンベロープタンパク質中に組込む。
【０１３０】
抗原は、単独で使用してもよく、他の抗原又はサイトカインのような他の化合物と組み合わせて送達してもよい。ＣＴＬ応答の免疫刺激を増強することが知られているサイトカインは、例えばＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２、ＩＬ−２、ＴＮＦ、ＩＦＮ、ＩＬ−１８、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１３、ＩＬ−１０、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、Ｇ−ＳＣＦ、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮγ、ＴＧＦα及びＴＧＦβ等を含む。サイトカインは当該分野において既知であり、文献内で又は商業的に容易に入手可能である。多くの動物及びヒトの腫瘍は、免疫応答の強力な調節因子であり且つ免疫介在性の破壊から腫瘍を防御するサイトカイン（ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−Ｂ等）を生成することが示されている。腫瘍によるＩＬ−４、ＩＬ−１０又はＴＧＦ−Ｂの生成は、ＣＴＬ応答の確立を含む細胞性免疫の誘導を抑制することにより、この防御効果を達成し得る。代替的には、ＣＴＬ応答を支持するサイトカインは、抗腫瘍細胞が介在する応答及び非腫瘍崩壊の体液性応答の誘導のバランスを助けるのに、外来的に添加することができる。いくつかのこのような外来性サイトカインは、ＣＴＬ応答を増強することで知られている実験的マウスワクチン投与モデルにおいて、有益性を示す（ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮ及びＩＦ−２を含む）。使用され得る効果的な外来性サイトカインの例は、ＧＭ−ＣＳＦである。ＧＭ−ＣＳＦは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）上のＢ７−１又はＢ７−２のようないわゆる「同時刺激」分子の発現を増強することが報告されている。これらの同時刺激分子は、ＡＰＣ
によるＣＴＬの刺激中に起こるさまざまな相互作用において、重要な役割を演じる。また、ＧＭ−ＣＳＦはＡＰＣの活性化を誘導するとともに、ＡＰＣの成長及び分化を容易にすることが知られており、これらのＡＰＣを、多数且つ高いポテンシャルで得られる重要なＣＴＬ刺激細胞としている。
【０１３１】
免疫性組成物は、標的抗原への応答を改善するために、非標的抗原をさらに含むことができる。したがって、例えば、腫瘍過程又は体内で発現されない非自己又は外来性抗原に対するＴｈ及び／又はＢ細胞免疫性等の、ヘルパー応答の同時誘導は、腫瘍又は基礎を成す間質内で発現される「自己」又は「自己修飾」標的抗原に対する免疫応答の程度及び質をかなり改善することができる。例えば、破傷風トキソイド等の非標的抗原に対するＴｈ免疫応答の同時始動は、標的腫瘍又は自己抗原に対するＣＴＬ又はＢ細胞応答の発生に関連する、バイスタンダー効果を有するヘルパー細胞の発生をもたらすことができる。レシピエントにより発現される少なくとも１つのクラスＩＩＭＨＣタンパク質と結合するペプチドモチーフを発現又は包含する任意の定義された配列を使用することができ、このような配列は、自己抗原に対して非相同性であるか、非相同性セグメントを含む。このような配列は微生物由来であることが好ましく、且つ、ＨＬＡにより定義された又はより広い集団において免疫原性であることが示されることが好ましい。破傷風トキソイド（全体又は部分であり、部分としては、完全トキソイドの９０％、８０％、７５％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％又は５％があるが、これらに限定されない）に加えて、さらなる例として、ＨＢＶコア、インフルエンザ赤血球凝集素、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｃｉｒｃｕｍｓｐｏｒｏｚｏｉｔｅの抗原及びＨＴＬＶ−１エンベロープタンパク質に由来する配列、並びにこれらの配列の断片、すなわち、各完全長配列の９０％、８０％、７５％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％又は５％である断片があるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、破傷風トキソイド部分は、完全トキソイドの５％〜９０％であり、他の実施形態においては、上記部分は完全トキソイドの１５％〜８０％であり、さらに他の実施形態においては、上記トキソイド部分は完全トキソイドの２５％〜７０％であり、さらに他の実施形態においては、上記トキソイド部分は完全トキソイドの３５％〜６０％であり、さらに他の実施形態においては、上記トキソイド部分は完全トキソイドの４５％〜５５％である。同様に、標的エピトープ（自己、且つ腫瘍性）とＴｈエピトープ（非自己抗原）を用いる又は用いない、強力な免疫原性Ｂ細胞エピトープ（非自己抗原）との同族様式（すなわち、同一分子内で）の同時投与は、免疫抗体−抗原複合体及びバイスタンダーＴ細胞ヘルプを介して、免疫応答の改善、さらには療法標的に対する寛容性（Ｔ細胞）の破壊をもたらすことができる。
【０１３２】
抗原の送達
いかなる特定の理論にも縛られたくはないが、Ｔ細胞は長命の機能的メモリを有さないと考えられている。一方、抗体介在性Ｂ細胞メモリは、長命のエフェクタメモリを有するように見える。したがって、標的細胞を攻撃するように患者の免疫系が適切に刺激されることを保持するためには、長期にわたって、ＣＴＬ応答を誘導する抗原を送達することが最も好ましい。一手法において、「ＣＴＬ応答を誘導する方法(A METHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE)」と題される米国特許出願第０９／７７６，２３２号（公開番号２００２０００７１７３  Ａ１）（参照により本明細書中に明確に援用される）に開示されているように、エフェクタＣＴＬ機能を維持するために、抗原の存在は事実上、リンパ系中に継続して維持される。別の手法において、２００３年６月１７日付けで出願された「ＭＨＣクラスＩ制限免疫応答の規模及び質を制御する方法(METHODS TO CONTROL MAGNITUDE AND QUALITY THE MHC CLASS I-RESTRICTED IMMUNE RESPONSE)」と題される米国仮特許出願第６０／４７９，３９３号、及び２００４年６月１７日付けで出願された「予防又は療法目的で、ＭＨＣクラスＩ制限エピトープに対する免疫応答を誘発、増強及び維持する方法(METHODS TO ELICIT, ENHANCE AND SUSTAIN IMMUNE RESPONSES AGAINST MHC CLASS I-RESTR
ICTED EPITOPES, FOR PROPHYLACTIC OR THERAPEUTIC PURPOSE)」と題される米国特許出願第１０／８７１,７０７号（公開番号２００５−００７９１５２  Ａ１）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に記載されているように、Ｔ細胞メモリは繰り返し誘導され、再増幅且つ再活性される。抗体及びアジュバントは、生分解性ミクロスフェア又はリポソームとして調製され得ることが示唆されているが、これらの製剤のどれもが、これまでは、長期間にわたって癌細胞又は病原体を攻撃するのに有用なＣＴＬ応答を提供しなかった。好ましくは、抗原の送達は、所望期間の間、所望の応答を得るための抗原レベルを維持するのに十分なレベルに維持される。一実施形態において、液体抗原組成物を有する貯蔵槽（reservoir）は、抗原が、動物のリンパ系に到達するように送達するのに用いることができる。以下の考察のほとんどは、抗原を送達する注入(infusion)の使用に焦点を当てているが、リンパ系へ直接的にボーラス注射を用いることも可能である。（その数及び頻度は、使用する抗原の特定の型及び配合により与えられる抗原の持続性に応じるであろう）。
【０１３３】
最終的に、抗原は、ＣＴＬを最も効果的に刺激するために、リンパ系にたどり着く。抗原の送達は、体のさまざまな区画への注入を包含し得る（皮下、静脈内、腹腔内及びリンパ管内へが含まれ、リンパ管内が好ましいが、これらに限定されない）。これら注入点はそれぞれ、リンパ系への抗原取り込みを生じるが、有益なＣＴＬ応答を誘導するのに必要な抗原の相対量は注入部位に応じて変化する。一般的に、リンパ系への抗原の直接的注入は、ＣＴＬ応答を誘導する最も効果的な手段であると見なされるが、いかなる送達経路を使用してもよい。ポンプシステムは、必須量の抗原を、ＣＴＬ応答を誘導するのに好適な範囲で、体の全区画への送達を介して送達することが可能である。さまざまな経路を介する抗原の送達に続くＣＴＬ刺激は、種々の抗原の特性に応じて変化するであろう（体液中での抗原安定性、体液中での抗原の溶解性、ＨＬＡへの結合親和力及びＣＴＬ刺激物質としての能力などの、体中での抗原の行動及びリンパ系への平衡速度（又はそこでの寿命）に影響する因子を含む）。
【０１３４】
好ましい実施形態において、抗原の導入は、体内での代謝による抗原の崩壊を回避するため、可能な限りリンパ系へ直接的に行われる。皮下に液体抗原組成物の導入がされる場合、十分な抗原が、リンパ系へ到達することを確かなものとするのに、より大量の抗原が必要である。このような皮下注入は、コスト、抗原の安定性、どれくらいの速さで抗原がリンパ系へ届くか、これがどれくらいよくリンパ系により平衡化されるか、及び担当医師又は専門家が認識するであろう他の因子等に応じて、本明細書中に開示される発明により意図される。皮下送達は、通常、リンパ系への直接送達よりも１００〜１，０００倍多い抗原を必要とし得る。したがって、抗原組成物は、リンパ系（例えば脾臓、リンパ節又はリンパ管）への局所投与用装置により導入されることが好ましい。局所投与用装置は、患者の体外に配置されるか、患者の体内に移植され得る。どちらの場合においても、この装置は、液体抗原含有組成物を含有する貯蔵槽、上記組成物を輸送するポンプ、及び患者の体の好ましい投与領域に直接的に向けられる、上記貯蔵槽から通じている伝送路を有し得る。どちらの場合においても、携帯可能であることが好ましい。
【０１３５】
患者の体の外側に配置される装置（外部装置）の場合、本明細書中に記載の実施形態による抗原を送達するのに有用である、糖尿病患者にインスリンを送達するのに用いられる数々の装置が存在する。一般的に、これらの装置は、抗原組成物（インスリンの代わり）を保持する槽、槽から上記組成物を送り出すプログラム制御可能なポンプ、上記組成物を伝達する伝達路又はライン（line）、及び上記組成物を動物の体内に導入し、最終的にリンパ系に到達させる手段を有し得る。
【０１３６】
好ましくは、抗原組成物のための貯蔵槽は、長期にわたって所望量の抗原を送達するのに十分な大きさであるべきであって、リンパ系へ抗原組成物を導入する手段を使用者が再
挿入する必要なく、容易に詰め替え可能又は交換可能であるべきである。
【０１３７】
本明細書中に開示される発明の実施形態の抗原組成物の調製において、組成物（好ましくは水性）は、リンパ系と適合性があり、且つ処置される動物に対して生理学的に許容可能であるように調製され得る。関連性のある考慮は、例えば、等電点、分子量、グリコシル化又は他の翻訳後修飾及び全アミノ酸組成等を含む、抗原の物理化学的特性を含む。これらの特性は、種々の溶液（例えば、種々の緩衝液、補因子等）中にある薬剤の任意の既知の挙動、並びにそのｉｎ  ｖｉｖｏでの挙動に加えて、配合成分の選択を導くのを助けることができる。全ての主要分解経路に影響を与える一つのパラメータは、溶液のｐＨである。したがって、初期配合（initial formulations）は、各溶液中のタンパク質の安定性を決定するために、分解反応のｐＨ依存性及び分解のメカニズム（ｐＨ依存性からしばしば決定され得る）も評価する。迅速なスクリーニング方法は、通常、当該分野において既知である技術を用いた、高温（例えば４０℃）での促進された安定性の使用を包含する。
【０１３８】
一般に、本明細書中に記載される実施形態において有用である抗原組成物は、非常に少量で、非経口注射に好適であり得る。よって組成物は、汚染物を含まず、且つリンパ系にｐＨ適合性であるべきである。しかし、上記抗原組成物の非常に少量が送達されるであろうため、血液又はリンパ液と同じｐＨでなくてもよく、且つ水性でなくてもよい。適合性である好ましいｐＨ範囲は、約６．７〜７．３であり、ＵＳＰ規格を満たすため、注射用水を用いて調製することができる（Remington著「薬学の科学及び実践(The Science and Practice of Pharmacy)」１９版；８６〜８８章参照（その内容全体は、参照により本明細書に援用される））。溶解しにくい抗原に対しては、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）又はＰＬＵＲＯＮＩＣブランド界面活性剤等の、好適な補溶剤又は界面活性剤を使用してもよい。一般的に、生理学的に許容可能な弱酸及びその共役塩基で緩衝された標準生理食塩溶液（例えば、リン酸塩又はクエン酸緩衝系）が、抗原組成物の基礎となるであろう。いくつかの場合において、少量の抗酸化剤が、組成物を安定化し、且つ酸化を防止するのに有用であり得る。抗原組成物の調製において考慮すべき因子は、Jeffery L. Cleland及びRovert Langer編「タンパク質及びペプチドの配合及び送達(Formulation and Delivery of Proteins and Peptides)」（Acs Symposium Series, No. 567）と題される米国化学会の本（１９９４年）（その内容全体は、参照により本明細書に援用される）に見出され得る。
【０１３９】
ポリペプチドではさまざまな物理化学的特性が未だ不明であるが、核酸にコードされた抗原に関しても同様の考慮を適用することができ、そのため許容可能な配合物はほぼ普遍的な利用可能性を有するであろう。実施例６から実施例１０において見られるように、標準的リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のプラスミドＤＮＡは、許容可能且つ効果的な配合物である。本発明のいくつかの実施形態において、ＤＮＡは、患者の体に装着又は移植された貯蔵槽から、連続的に又は短い間隔で断続的に投与される。ＤＮＡは、溶解した安定的な形態で、体温で又は体温近くで、最低数日である期間にわたって、維持されることが好ましい。配合された核酸が数日の期間又はそれ以上にわたって貯蔵槽から送達されるような場合においては、その期間中の室温又は体温での核酸の安定性は、その継続的な滅菌性とともに、重要性が増す。静菌剤（例えばベンジル又はエチルアルコール）及びキレート剤（例えばＥＤＴＡ）の添加は、これらの結果に対して、有用である。約０．５〜２％のエチルアルコール、０．２５〜０．５ｍＭのＥＤＴＡを含有する配合物は、通常うまく機能する。このような配合物はボーラス注射にも適切である。
【０１４０】
一般的に、抗原組成物中の抗原の量は、患者ごと及び抗原ごとに異なり、抗原が応答を誘導する活性及び患者の系をリンパ液が流れる速度等の因子に応じる。一般に、抗原組成物は、約１〜約５００μｌ／時、又は約２４〜約１２，０００μｌ／日の速度で送達され
てもよい。抗原の濃度は、約０．１μｇ〜約１０，０００μｇの抗原が２４時間の間送達されるであろう濃度である。流速は、１分間に約１００〜約１，０００μｌのリンパ液が成人の鼠経リンパ節を流れるという知見に基づいいている。目的は、リンパ系におけるワクチン配合物の局所濃度を最大化することである。患者の一定量の経験的調査が、ヒトにおける所与のワクチン製剤に関する最も効果的な注入レベルを決定するのに必要であろう。
【０１４１】
患者のリンパ系内に抗原組成物を導入するために、組成物はリンパ管、リンパ節、脾臓又はリンパ系の他の適切な部分に向けられることが好ましい。好ましくは、組成物は、カテーテル又は針を節に挿入し、カテーテル又は針を送達の間維持することにより、鼠経リンパ節又は腋窩リンパ節等のリンパ節に向けられる。好適な針又はカテーテルは、金属又はプラスチック（例えばポリウレタン、ポリ塩化ビニル[ＰＶＣ]、テフロン（登録商標）、ポリエチレン等）から作製することが可能である。カテーテル又は針を例えば鼠経リンパ節に挿入する際に、鼠経リンパ節は、Ｔｅｇａｄｅｒｍ（登録商標）フィルム型ドレッシング（transparent dressing）（Ｔｅｇａｄｅｒｍ（登録商標）１６２４、3M, St. Paul, MN 55144, USA）を用いて固定される、２４Ｇ３／４（Beckton Dickinson, USA）のＶｉａｌｏｎ（登録商標）Ｉｎｓｙｔｅ−Ｗ（登録商標）カニューレ及びカテーテルを用いた超音波検査による制御下で孔が開けられる。この手順は、通常熟練した放射線科医により行われる。鼠経リンパ節内のカテーテル先端の位置は、最低容量の生理食塩水の注射（直ちに且つ可視的に、リンパ節の大きさを増す）により確認される。後者の手順は、先端が節内にあることを確認することを可能にする。この手順は、先端がリンパ節から滑り出ないことを保証するのに実行することができ、且つカテーテルの移植後さまざまな日に繰り返すことができる。先端がリンパ節内の位置から滑り出てしまった場合、新たなカテーテルを移植することができる。
【０１４２】
配合及び治療プロトコル
ＴｕＡＡとＤＮＡワクチンとの組合せを利用するいくつかのアプローチがある。第一のアプローチは、所定の組合せの全ての抗原又は全ての抗原からのエピトープを単一ＤＮＡ発現ベクター中に含めることである。このアプローチは、製造及び患者への投与に関する簡便性という利点を有する。しかし、場合によっては、エピトープ競合がこのアプローチの有用性を限定し得る。すなわち、全てのＴｕＡＡを提示しているいくつかのエピトープを組み合わせて有するワクチンが患者に与えられたとき、最も免疫原性が高いエピトープのみが、免疫応答を誘発するであろう可能性がある。また、全てのエピトープが高い有効性で発現するＤＮＡワクチンを設計且つ構築することは、より難しい。それにもかかわらず、各種類の癌において患者を処置する手順が簡便且つ均一であるため、以下に記載される他のアプローチよりもコストが低くなる見込みがある。
【０１４３】
代替的なアプローチは、１つの抗原のみ、又は１つの抗原のエピトープのみをＤＮＡ発現ベクター中に含むものである。このアプローチは、ＤＮＡベクターを設計且つ構築することにおける簡便性、柔軟性、及び患者へのカスタマイズ投与の利点を有する。大量の個別ＴｕＡＡワクチンが可能であれば、各患者個人のＴｕＡＡ発現プロファイルを基に、その患者の腫瘍に対する治療をカスタマイズできる。例えば、所定種類の癌を治療する標準的組合せがＴｕＡＡ−Ａ、Ｂ及びＣ（ここでＡ、Ｂ及びＣは異なる腫瘍関連抗原を明示する）であって、患者の腫瘍はＴｕＡＡ−Ａ、Ｃ及びＺ（Ｂではない）を発現するとすると、Ａ、Ｃ及びＺのそれぞれに対する別個のワクチンで患者を治療することができる。抗原余剰が各患者に対して達成され得るため、この柔軟性及びカスタマイズ性は、免疫療法の成功率を改善する。しかし、患者を治療する手順は、より複雑であってもよい。例えば、このアプローチを用いた送達は、順次の投与スキーム（１度に１抗原）、又はほぼ同時の、患者の複数の解剖学上別個の部位への注射を含んでもよい。
【０１４４】
さらに別のアプローチは、ＤＮＡ発現ベクター（いくつかの組合せに関して、１つ以上のベクターを使用してもよい）中に、類似した免疫原性を有する複数のＴｕＡＡからのエピトープを組み合わせることである。
【０１４５】
特定腫瘍の抗原発現のプロファイルは、どの抗原又は抗原の組合せを使用するかを決定するのに使用することができる。特定癌に対する免疫応答を方向づける上で特に有益な特異的抗原組合せ及び例示的な方法論は、すべて「各種癌に対するワクチンにおける腫瘍関連抗原の組合せ(COMBINATIONS OF TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENS IN VACCINES FOR VARIOUS
TYPES OF CANCER)」と題する、２００４年６月１７日付けで出願された米国仮出願第６０／４７９，５５４号、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０８号（公開番号２００５００７９１５２  Ａ１）、２００４年６月１７日付けで出願されたＰＣＴ特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１９５７１、及び２００４年１２月２９日付けで出願された米国仮特許出願第６０／６４０，５９８号（それら内容はそれぞれ、参照により本明細書に完全に援用される）に開示される。
【０１４６】
このような免疫化の方法により利益を受け得る患者は、彼等のＭＨＣタンパク質発現プロファイル及び免疫応答性の通常レベルを決定する方法を用いて採用することができる。さらに、彼等の免疫性レベルは、標準的技術を末梢血の利用と併せて用いてモニターすることができる。最終的に、治療プロトコルは、誘導又は増幅相への応答性及び抗原発現の変異に基づいて調整することができる。例えば、いくつかの設定された回数の同調用量を増幅するのではなく、繰り返しの同調用量を、検出可能な応答が得られるまで投与することができ、次いで、増幅ペプチド用量（複数可）を投与することができる。同様に、計画された（scheduled）増幅又は維持用量のペプチドの有効性が衰退し、抗原特異的制御Ｔ細胞数が増加し、又はいくつかの他の寛容化の証拠が観察されたら、それらを打ち切ることができ、且つペプチドの増幅が再開される前にさらなる同調を投与することができる。免疫応答性を評価且つモニターする診断技術と免疫化の方法との統合は、ともに「診断と療法方法との統合による、能動免疫療法の改善された効果(IMPROVED EFFICACY OF ACTIVE
IMMUNOTHERAPY BY INTEGRATING DIAGNOSTIC WITH THERAPEUTIC METHODS)」と題される、２００４年６月１７日付けで出願された米国仮特許出願第６０／５８０，９６４号、及び米国特許出願第  ／  ,  号（代理人整理番号、No. MANNK. 040A）（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される）に、より完全に記載されている。
【０１４７】
本明細書中に開示されるような、他の治療様式と能動免疫療法との組合せは、誘発された免疫応答に対する腫瘍過程の感受性を高め、それにより療法利益を増加することができる。能動免疫療法の前又は能動免疫療法中の腫瘍デバルキングは、任意の特定レベルの免疫応答が、病気の進行を遅らせる若しくは中止する、又は腫瘍退縮若しくは消失をもたらす可能性を増加する。さらに、抗体療法、放射線療法、生物療法、化学療法、受動免疫療法又は手術とともに始まる組織傷害、壊死又はアポトーシスは、抗原特異的エフェクターを含む免疫エフェクター細胞の補充をもたらす通常の炎症により能動免疫療法的アプローチを容易にすることができる。通常、１つ又は複数の腫瘍／転移性病巣内に、一過性又はより永続的な通常の炎症を誘導する任意の方法が、上記能動免疫療法を容易にすることができる。エフェクターの補充を容易にすることの代替として、又はこれに加えて、通常の炎症は、免疫介在性攻撃に対する標的細胞の感受性を増加することもできる（例えば、インターフェロンは、癌細胞及び基礎を成す間質での標的分子発現を増加する）。免疫介在性攻撃に対する腫瘍細胞の感受性を増加するさらに他の戦略は、「ストレス応答」を妨害するか、又は癌細胞又は間質細胞での標的分子を増加する因子を提供することにより、能動免疫療法と協同することができる。
【０１４８】
本発明の多くのバリエーション及び代替的要素が開示されてきた。さらなるバリエーション及び代替的要素は、当業者には明白であろう。これらの変形は、スクリーニングパネ
ル中の、又は療法製品により標的とされる、抗原の具体数、抗原の種類、癌の種類及び規定される特定抗原（複数可）を含むが、これらに限定されない。本発明のさまざまな実施形態は、これらの変形又は要素のいずれかを特異的に含む又は排除することができる。
【０１４９】
本明細書中に列挙された参照文献のそれぞれは、参照により本明細書に完全に援用される。
【０１５０】
以下の実施例は、例示のみを目的とし、いかなる方法によっても実施形態の範囲を限定することを意図しない。
［実施例］
【実施例１】
【０１５１】
ＴｕＡＡ解析及び組合せの選択
ＴｕＡＡの存在を、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）により測定した。簡単に言うと、全ＲＮＡを標準方法を用いて腫瘍検体から単離し、ｃＤＮＡを標準逆転写手順を用いて作製した。相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を、ｃＤＮＡのみとアニールするがゲノムＤＮＡとはアニールしない、特異的に設計された遺伝子特異的プライマーを用いて増幅した。１２個の卵巣腫瘍検体及び７個の結腸直腸腫瘍検体のＴｕＡＡ発現パターンを、ＲＴ−ＰＣＲにより解析した。以下の表４に結果をまとめた。
【０１５２】
【表４】
2008503498.tif 000009
【実施例２】
【０１５３】
卵巣癌
卵巣癌の場合、解析したすべてのサンプルはＰＲＡＭＥに対して陽性であった。したがって、組合せへのＰＲＡＭＥの包含は、卵巣癌を伴なう場合の被覆率を改善する。
【０１５４】
抗原余剰を達成するため、及び大集団の被覆度を改善するため、他の抗原の組合せが、ＰＲＡＭＥに加えて考慮された。ＳＳＸ−２並びにＰＳＭＡは、独立して、１２個のうち６個の場合に存在したが、ＳＳＸ−２とＰＳＭＡとの組合せは１２個のうち９個の場合に被覆度を提供した。ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２はそれぞれ１２個のうち５及び６個の場合にしか存在しないにもかかわらず、ＮＹ−ＥＳＯ−１又はＳＳＸ−２のいずれも１２個のうち７個の場合で検出された。
【０１５５】
したがって、パネルの組み立てについて、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２及びＰＳＭＡ、又はＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の組合せは、ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡの組合せ又はＰＲＡＭＥ及びＳＳＸ−２の組合せと比較して、好ましい被覆度及び余剰を提供した。解析した卵巣腫瘍サンプルの大部分は、存在する組合せの４つのＴｕＡＡのうち少なくとも２つを有していたため、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２及びＰＳＭＡの組合せは、優れた被覆度及び良好な抗原余剰を提供した。ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２、ＰＳＭＡ及びＮＹ−
ＥＳＯ−１の組合せは、より好ましい抗原余剰を提供したため、腫瘍逃避の可能性が低くなった。
【実施例３】
【０１５６】
結腸直腸癌
結腸直腸癌の場合、ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡはそれぞれ、解析された７個のサンプルのうち５個で検出された。７個のうち６個の場合で、ＰＲＡＭＥ又はＰＳＭＡのいずれかが検出された。ＳＳＸ−２は７個のうち２個の場合でしか検出されなかったが、ＳＳＸ−２−ＰＲＡＭＥ及びＳＳＸ−２−ＰＳＭＡの組合せの両方で、被覆度が７個のうち６個に増加した。同様に、ＮＹＥ−ＳＯ−１は７個のうち１個の場合のみで検出されたが、ＮＹ−ＥＳＯ−１−ＰＲＡＭＥの組合せ、及びＮＹ−ＥＳＯ−１−ＰＳＭＡの組合せは、被覆度が、７個のうち６個に増加した。ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡの組合せへのＳＳＸ−２又はＮＹ−ＥＳＯ−１の添加は、被覆度が、７個のうち７個へと改善した。したがって、パネルの組み立てについて、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ及びＮＹ−ＥＳＯ−１の組合せ、又はＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ及びＳＳＸ−２の組合せは、患者の大部分に良好な被覆率及び抗原の余剰を提供した。ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の組合せはさらなる余剰を提供した。
【実施例４】
【０１５７】
膵臓癌
リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を使用して、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＰＳＭＡの存在を決定した。簡単に言うと、５つの膵臓腫瘍検体から、全ＲＮＡを標準法により単離し、ｃＤＮＡを標準逆転写手順を用いて作製した。相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を、ｃＤＮＡのみとアニールするがゲノムＤＮＡとはアニールしない、特別に設計された遺伝子特異的プライマーを用いて増幅した。
【０１５８】
上記膵臓癌検体において、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＰＳＭＡの存在はそれぞれ、検体の１００％、４０％、２０％及び１００％で検出された（表５参照）。他では、ＰＳＭＡ及びＨＥＲ２／ｎｅｕの過剰発現がそれぞれ、膵臓腫瘍の１００％及び２１％において存在することが報告されている（Chang SS et al, Cancer Res 1999,
59:3192、及びSafran H et al, Am J Clin Oncol. 2001, 24:496（それぞれの内容全体は、参照により本明細書に援用される））。ＨＥＲ２／ｎｅｕの過剰発現は、癌組織を好ましい標的とし、免疫療法にいくらかの特異性を与えるが、正常組織におけるＨＥＲ２／ｎｅｕの低レベル発現が問題となったままである。したがって、抗原のパネルを組み立てるために、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、及びＰＲＡＭＥ又はＰＳＭＡの組合せが、膵臓癌に関するいくらかの余剰及び優れた被覆度をもたらす。ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡの両方を含むことにより余剰が大きく改善される。
【０１５９】
【表５】
2008503498.tif 000010
【実施例５】
【０１６０】
腎細胞癌腫
腎細胞癌腫に関しては、ＳＳＸ−２、ＰＳＭＡ及びＰＲＡＭＥがそれぞれ、５、１００及び４０％の頻度で検出された（Sahin, U他、Clin Cancer Res. 2000, 6: 3916；Chang SS他、Urology 2001, 57: 801；Neumann E他、Cancer Res. 1998, 58: 4090（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される））。したがって、ＰＳＭＡ及びＰＲＡＭＥの組合せは、腎細胞癌腫に対して優れた被覆度及び余剰を提供する。ＰＳＭＡ及びＰＲＡＭＥの組合せにＳＳＸ−２を添加すると、余剰を改善する。
【実施例６】
【０１６１】
非小細胞肺癌
非小細胞肺癌に関しては、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕの過剰発現及びＰＳＭＡの報告された存在は、それぞれ、２１、１５、６０、６、１６及び１００％であった（Scanlan MJ他、Cancer lett 2000, 150: 155；Chang SS他、Cancer Res 1999, 59: 3192；Selvaggi G他、Cancer 2002, 94: 2669（これらの内容全体はそれぞれ、参照により本明細書に援用される））。したがって、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＭＡＧＥ−３及びＰＳＭＡの組合せは、非小細胞肺癌の免疫療法に対する被覆度及び抗原余剰を提供する。
【実施例７】
【０１６２】
メラノーマ
メラノーマに関しては、Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２がそれぞれ、腫瘍検体の９２、９２、４１及び３５％に存在すると報告された（Fetsch PA他、Cancer 1999, 87: 37；Fetsch PA他、Cancer 2000, 90: 252；Schultz-Thater E他、Br J Cancer 2000, 83:204；Sahin, U他、Clin Cancer Res. 2000, 6: 3916）。したがって、Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の組合せは、メラノーマの免疫療法に対して優れた被覆度及び抗原余剰を提供する。かなりの余剰が、チロシナーゼ及びＭｅｌａｎ−Ａを共に使用すること、又はＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２をチロシナーゼ又はＭｅｌａｎ−Ａのいずれかと組み合わせることにより達成される。
【実施例８】
【０１６３】
上記腫瘍型を含むさらなる調査は、観察された発現パターンに関するより強固な支持及びＴｕＡＡの好ましいパネルを確立した。さまざまな供給業者から得た、合計で３４個の卵巣、４４個の大腸、１８個の腎臓及び１３個の膵臓組織サンプルを、腫瘍関連抗原発現に関してｑＲＴＰＣＲを使用して解析した。これらの検査の結果から、ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡは、調査された４種類全ての腫瘍において頻繁（６８％〜１００％の範囲）に発現されたことがわかった。ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２は、卵巣及び膵臓腫瘍の２０％〜４０％において発現されたが、結腸直腸及び腎臓腫瘍におけるＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の発現はかなり低かった（６％〜１２％）。
【０１６４】
【表６】
2008503498.tif 000011
【実施例９】
【０１６５】
２つの抗原からのエピトープ発現プラスミドを用いた免疫化のスケジュール
２群のＨＨＤマウス（ｎ＝４）を、図１に示されるように、Ｍｅｌａｎ−Ａ26-35Ａ２７Ｌ（ＥＬＡ）発現ｐＳＥＭ及びＳＳＸ−２41-49発現ｐＣＢＰを混合物として、又はｐＳＥＭを左の鼠経リンパ節に及びｐＣＢＰを右の鼠経リンパ節に２回（０日目及び４日目）、リンパ節内注射より免疫化した。プラスミド量は２５μｇ／プラスミド／用量であった。２週間後、動物を屠殺し、パルスした又はペプチドを有さないＴ２細胞に対する細胞傷害性を計測した。
【実施例１０】
【０１６６】
異なる抗原を保有する異なるベクターの同時投与
実施例９に記載されたように免疫化した動物を屠殺し、各群からの脾細胞をプールし、２つのペプチド（ＥＬＡ又はＳＳＸ−２41-19）で並行して刺激した。細胞傷害性を、Ｃｒ51をタグ付けしたペプチド付加Ｔ２標的細胞とインキュベートすることにより計測した。図２のデータは、さまざまな標的細胞に対する特異的細胞傷害性の平均（ｎ＝４／群）を示す。
【０１６７】
結果から、プラスミド混合物の使用は、ｐＣＢＰプラスミドにより誘発された応答を妨げることが示されるが、投与部位の関連する２つのプラスミドを分離すると、ｐＣＢＰの活性が救援される。したがって、異なる抗原を保有する異なるベクターの同時投与は、免疫原性に関する階層の確立をもたらし得る。ベクター分離は、非優性成分の免疫原性を救援することができ、多面的応答を生じる。
【実施例１１】
【０１６８】
ペプチド追加免疫工程の付加による多面的応答の救援
４群のＨＨＤマウス（ｎ＝６）を、図３に示されるように、ｐＳＥＭ及びｐＣＢＰを混合物として、又はｐＳＥＭを左の鼠経リンパ節に及びｐＣＢＰを右の鼠経リンパ節に２回（０日目及び４日目）、リンパ節内注射より免疫化した。対照として、ｐＳＥＭ又はｐＣＢＰプラスミドのいずれかでマウスを免疫化した。プラスミド量は２５μｇ／プラスミド／用量であった。２週間後、動物をＭｅｌａｎ−Ａ及び／又はＳＳＸ−２ペプチドで追加免疫し、プラスミド免疫化用量及び組合せをミラーリングした（mirroring）。２週間後、動物を、ＣＦＳＥで染色し、且つＭｅｌａｎ−Ａ又はＳＳＸ−２ペプチドを添加した又は有さない脾臓細胞で攻撃誘発し、ｉｎ  ｖｉｖｏでの細胞傷害性を評価した。
【実施例１２】
【０１６９】
ペプチド増幅は、非優性エピトープの免疫性を救援する
実施例１１に記載されたようにマウスを免疫化し、ＥＬＡ又はＳＳＸ−２ペプチドでコートしたＨＨＤ同腹子脾臓細胞で攻撃誘発した。同時に２つの抗原標的の特異的溶解を評価することが可能な３ピークＣＦＳＥ  ｉｎ  ｖｉｖｏ細胞傷害性検定を採用した。同数の対照ＣＦＳＥlo、ＳＳＸ−２41-49−ＣＦＳＥmed、及びＥＬＡ−ＣＦＳＥhi細胞を、免疫化マウスに静脈内注入し、１８時間後にマウスを屠殺し、フローサイトメトリを用いて、ＣＦＳＥ蛍光により脾臓における標的細胞消失を計測した（図４）。図４は、個々のマウスからのＳＳＸ−２及びＭｅｌａｎ−Ａ抗原標的の特異的溶解割合、並びに各群の平均各群のＳＥＭを示す。
【０１７０】
結果から、プラスミドを含む２つのワクチンの混合物で、その後ペプチドで動物を免疫化すると、両方の抗原に対する免疫性を生じ、最も高い免疫応答を起こすことが示され、脾臓における平均ＳＳＸ−２特異的溶解割合は３０＋／−１１、及び平均Ｍｅｌａｎ−Ａ特異的溶解割合は９７＋／−１であることが示された。
【実施例１３】
【０１７１】
同調−増幅（entrain-and-amplify)免疫化に関する臨床的実践
図２及び図４のデータは、図５に示される、臨床における強い多面的応答を達成する２つのシナリオを示唆する。第一のシナリオ（Ａ）では、追加免疫のためのペプチドの使用は、プラスミド及びペプチドが混合物として使用されたとしても、多面的免疫応答を回復させる。第二のシナリオ（Ｂ）では、各プラスミド成分及びペプチド成分の分離は、多面的免疫応答の誘導を可能にする。
【実施例１４】
【０１７２】
ＭＫＣ１２０７：メラノーマに対する同調−増幅療法薬
ＭＫＣ１２０７は、プラスミドｐＳＥＭ（２００２年１１月７日付けで出願された米国特許出願第１０／２９２，４１３号（その開示は、参照により本明細書に完全に援用される）において、ｐＭＡ２Ｍとして記載される）、並びにＭｅｌａｎ−Ａ２６−３５及びチロシナーゼ３６９−３７７に相当するペプチドを含む。上記プラスミドは、Ｍｅｌａｎ−ＡエピトープのＡ２７Ｌ類似体及び自然チロシナーゼエピトープ配列をコードする。上記プラスミドは、これらエピトープの両方がｐＡＰＣにより発現且つ提示され得るように、これらエピトープをコードする。療法薬の代替的な実施形態においては、上記ペプチドは
、「エピトープ類似体(EPITOPE ANALOGUES)」と題する、本開示と同じ日付で出願された米国特許出願第  ／  ，  号（代理人整理番号、No. MANNK. 051A）（その開示は、参照により本明細書に完全に援用される））に開示されるような、類似体であることができるか、自然配列を含むことができる。
【０１７３】
簡単に言うと、上記プラスミドは、同調免疫原として、鼠径リンパ節に節内投与される。続いて、上記ペプチドは、増幅免疫原として、一方は左、もう一方は右の節に節内投与される。この同調−増幅プロトコルは、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０７号及び２００３年６月１７日付けで出願された同第６０／６４０，４０２号（参照によりすでに援用されている）に、より詳細に記載されている。
【０１７４】
本明細書中に開示される方法に従って、メラノーマ患者をスクリーニングすることができ、腫瘍抗原プロファイルにＭｅｌａｎ−Ａ及び／又はチロシナーゼが含まれる患者にＭＫＣ１２０７を投与することができる。好ましい実施形態において、患者の腫瘍組織は、ＨＬＡ−Ａ２、特にＨＬＡ−Ａ*０２０１も発現する。
【実施例１５】
【０１７５】
ＭＫＣ１１０６：癌種に対する３価同調−増幅療法薬
ＭＫＣ１１０６は、プラスミドｐＣＢＰ（２００２年１１月７日付けで出願された米国特許出願第１０／２９２，４１３号（その開示は、参照により本明細書に完全に援用される）に記載される）、及びプラスミドｐＲＰ１２（「癌細胞及び腫瘍間質で発現される、優性及び亜優性エピトープに対する多面的免疫応答を惹起する方法及び組成物(METHODS AND COMPOSITIONS TO ELICIT MULTIVALENT IMMUNE RESPONSES AGAINST DOMINANT AND SUBDOMINANT EPITOPES, EXPRESSED ON CANCER CELLS AND TUMOR STROMA)」と題する、本開示と同じ日付で出願された米国仮出願第  ／  ，  号（代理人整理番号、No. MANNK. 053PR）（その開示は、参照により本明細書に完全に援用される）に記載される）；並びにＮＹ−ＥＳＯ−１  １５７−１６５、ＳＳＸ−２  ４１−４９、ＰＲＡＭＥ４２５−４３３及びＰＳＭＡ２８８−２９７に対応するペプチドを含む。上記プラスミドは、これらエピトープの両方がｐＡＰＣにより発現且つ提示され得るように、これらエピトープをコードする。療法薬の代替的な実施形態においては、上記ペプチドは、「ＳＳＸ−２ペプチド類似体(SSX-2 PEPTIDE ANALOGS)」と題する米国特許出願第  ／  ，  号（代理人整理番号、No. MANNK. 038A）、「ＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチド類似体(NY-ESO-1 PEPTIDE ANALOGS)」と題する同第  ／  ，  号（代理人整理番号、No. MANNK. 039A）、「エピトープ類似体(EPITOPE ANALOGS)」と題する同第  ／  ，  号（代理人整理番号、No. MANNK. 051A）、及び「エピトープ類似体(EPITOPE ANALOGS)」と題する米国仮特許出願第  ／  ，  号（代理人整理番号、No. MANNK. 052PR）（これらはそれぞれ本出願と同じ日付で出願され、且つ、これらの開示はそれぞれ、参照により明確に完全に援用される））に開示されるような、類似体であることができるか、自然配列を含むことができる。
【０１７６】
簡単に言うと、上記プラスミドは、同調免疫原として、一方は左側、もう一方は右側の鼠径リンパ節に節内投与される。続いて、上記ペプチドは増幅免疫原として、一方は左の節に異なる日に２回、そしてもう一方は右の節に異なる日に２回、順次に節内投与される。上記ペプチドは、対応するエピトープをコードするプラスミドを受容したリンパ節と同じリンパ節に投与されることが好ましいが、必ずしも必要としない。この同調−増幅プロトコルは、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０７号及び２００３年６月１７日付けで出願された同第６０／６４０，４０２号（それぞれ参照により明確に完全に援用される）に、より詳細に記載されている。
【０１７７】
本明細書中に開示される方法に従って、癌種患者、特に、卵巣、結腸直腸、膵臓又は腎細胞癌種を有する患者をスクリーニングすることができ、腫瘍プロファイルにＰＲＡＭＥ
、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及び／又はＳＳＸ−２を含む患者に、ＭＫＣ１１０６を投与することができる。ＭＫＣ１１０６により標的とされる上記ＮＹ−ＥＳＯ−１エピトープは、ＬＡＧＥ  １ａ／ｓ中にも見られ、従って、プロファイル中のこの抗原の存在もまた適合であると考えられる。腫瘍抗原発現は異質である傾向があるため、いずれの特定組織サンプルも、発現された抗原全ての完全な指示をもたらさない可能性が高い。したがって、或る患者がＭＫＣ１１０６を用いる治療の候補となるために、その患者のプロファイルが、４つの抗原全てを含有する必要はない。しかし、上記プロファイルは２つ、３つ又は４つの抗原を含有することが好ましい。
【図面の簡単な説明】
【０１７８】
【図１】図１は、２つのプラスミド（ＳＳＸ−２  ４１−４９を発現しているｐＣＢＰ、及びＭｅｌａｎ−Ａを発現しているｐＳＥＭ）を用いる免疫化のスケジュールを描く時系列表である。
【図２】図２は、図１のプロトコルを使用して得られるＣＴＬ活性を示す棒グラフである。
【図３】図３は、２つのエピトープを示すペプチド及びプラスミドを使用した、同調−増幅免疫化プロトコルの免疫化のスケジュールを描く時系列表である。
【図４】図４は、図３のプロトコルに従って免疫化したマウスのエピトープパルス(epitope-pulsed)細胞のｉｎ  ｖｉｖｏクリアランスを示す表である。
【図５Ａ】図５Ａは、強力な多面的応答を誘導するための免疫化プロトコルを描く時系列表である。追加免疫用のペプチドを使用すると、プラスミド及びペプチドが混合物として使用された場合でも、多面的免疫応答が回復されることを示す。
【図５Ｂ】図５Ｂは、強力な多面的応答を誘導するための免疫化プロトコルを描く時系列表である。プラスミド成分及びペプチド成分の分離が多面的免疫応答の誘導を可能とすることを示す。
【図１】
2008503498.tif 000012
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【配列表】
2008503498000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成18年8月24日(2006.8.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程であって、事前に選択されたパネルは、ＳＳＸタンパク質、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＭＡＧＥタンパク質、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１及びチロシナーゼから成る群より選択される４つ以上の抗原を含む工程、及び
前記プロファイルに基づいて前記患者に対する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記プロファイル中の前記発現された腫瘍関連抗原の１つ以上を標的とする方法。
【請求項２】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記プロファイルに基づいて前記患者に対する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記プロファイル中の前記発現された腫瘍関連抗原の１つ以上を標的とし、前記免疫療法剤が節内投与に適している方法。
【請求項３】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記プロファイルに基づいて前記患者に対する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記プロファイル中の前記発現された腫瘍関連抗原の１つ以上を標的とし、前記免疫療法剤が患者のリンパ系への直接投与に適している方法。
【請求項４】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記プロファイルに基づいて前記患者に対する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記プロファイル中の前記発現された腫瘍関連抗原の１つ以上を標的とし、前記免疫療法剤が免疫増強アジュバントを含む方法。
【請求項５】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）であって、少なくとも１つの発現された腫瘍関連抗原が腫瘍関連間質抗原である前記腫瘍関連抗原に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記プロファイルに基づいて前記患者に対する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記プロファイル中の前記発現された腫瘍関連抗原の１つ以上を標的とする方法。
【請求項６】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記プロファイルに基づいて前記患者に対する受動免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤が、前記プロファイル中の前記発現された腫瘍関連抗原に応答するＭＨＣ−ペプチド複合体の１つ以上を標的とする方法。
【請求項７】
前記ＴｕＡＡの少なくとも１つが、癌精巣抗原、組織特異的抗原、癌胎児性抗原、分化抗原、成長因子、成長因子受容体、接着因子、シグナル伝達タンパク質、転写因子、癌遺伝子産物、腫瘍抑制遺伝子産物及び微生物抗原から成る群より選択される、請求項２〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記事前に選択されたパネルが、ＳＳＸタンパク質、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＭＡＧＥタンパク質、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１及びチロシナーゼから成る群より選択される２つ以上の抗原を含み、且つ前記癌の状態は癌腫である、請求項２〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記癌腫が、乳房、結腸直腸、前立腺、膵臓、肺、卵巣、腎細胞及びメラニン細胞から成る群より選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記免疫療法剤が、能動免疫療法薬である、請求項１又は５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記免疫療法剤が、少なくとも１つの前記発現されたＴｕＡＡの少なくとも１つのセグメントを含む又はコードする、請求項１〜４のいずれか１項又は請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
前記免疫療法剤が、受動免疫療法薬である、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１３】
前記免疫療法剤が、モノクローナル抗体である、請求項７に記載の方法。
【請求項１４】
前記免疫療法剤が、モノクローナル抗体である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
病気の経過中の異なる時点で行われる少なくとも２つの検査工程をさらに含み、該検査工程から比較情報を得る、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記得られた情報が、療法を実施、変更又は中断するのに使用される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記腫瘍がメラノーマであり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＳＳＸタンパク質がＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＭＡＧＥタンパク質がＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍が乳癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＮＹ−ＥＳＯ−１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記腫瘍が結腸直腸癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＣＥＡ、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法。
【請求項２２】
前記腫瘍が肺癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記腫瘍が前立腺癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記腫瘍が卵巣癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＭＡＧＥタンパク質、ＳＣＰ−１、ＳＳＸタンパク質、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＬＡＧＥから成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記卵巣癌が、漿液性癌腫、非漿液性癌腫、粘液性（細胞）癌腫及び明細胞癌腫から成る群より選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記腫瘍が腎臓癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記腫瘍が膵臓癌であり、且つＴｕＡＡの前記パネルが、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
抗原発現が、ＲＴ−ＰＣＲ、転写決定、タンパク質決定、エピトープ決定又はこれらの組合せの少なくとも１つを含む技術により検出される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも１つの発現された腫瘍関連抗原が、新生細胞抗原、腫瘍関連間質抗原又はその両方である、請求項１〜４のいずれか１項又は請求項６に記載の方法。
【請求項３０】
前記腫瘍関連間質抗原が新生血管系関連抗原である、請求項５に記載の方法。
【請求項３１】
前記腫瘍関連間質抗原が新生血管系関連抗原である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記新生血管系関連抗原がＰＳＭＡであり、且つ前記新生細胞抗原がＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＬＡＧＥ及びＰＲＡＭＥから成る群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記新生血管系関連抗原がＰＳＭＡであり、且つ前記新生細胞抗原がＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＬＡＧＥ及びＰＲＡＭＥから成る群より選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記腫瘍組織が原発腫瘍組織を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記腫瘍組織が転移性腫瘍組織を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
患者の癌の状態と免疫療法レジメンとを適合させる方法であって、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査し、該腫瘍に関する抗原プロファイルを求める工程、及び
前記プロファイルに基づいて、免疫療法レジメンを選択する工程
を含み、前記免疫療法レジメンは、前記プロファイル中の２つ以上の抗原を標的とする１つ以上の免疫療法剤を投与することを含む方法。
【請求項３７】
前記免疫療法レジメンが、能動免疫療法剤と受動免疫療法剤との両方を投与することを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
患者の癌の状態と免疫療法剤とを適合させる方法であって、
該患者のクラスＩＭＨＣタイプを決定する工程、
該患者の腫瘍組織を、事前に選択されたパネル中の２つ以上の発現された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して検査する工程、
該患者の腫瘍組織を、ＭＨＣクラスＩ又はβ２−マイクログロブリンの発現に関して検査する工程、及び
前記検査に基づいて、該患者に投与する免疫療法剤を選択する工程
を含み、前記免疫療法剤は、前記腫瘍により発現される２つ以上の抗原のそれぞれに関して、該患者のクラスＩＭＨＣタイプにより制限されるエピトープを含む又はコードする方法。
【請求項３９】
抗原発現が、新生細胞、腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記腫瘍により発現される前記２つ以上の抗原が、新生細胞により発現される抗原及び腫瘍関連間質細胞により発現される抗原を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
癌診断を確認する方法であって、
患者の腫瘍組織を検査し、２つ以上のＴｕＡＡ及び少なくとも１つの系統マーカを含む事前に選択されたパネル中の１つ以上の発現されたポリペプチドを検出し、前記腫瘍に関する発現プロファイルを求める工程、及び
前記発現プロファイルに基づいて癌診断を確認する工程を含む方法。
【請求項４２】
前記パネルが、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群より選択される少なくとも３つのＴｕＡＡを含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記診断がメラノーマであり、且つ前記系統マーカがｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、チロシナーゼ及びｇｐ１００から成る群より選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記診断が乳癌であり、且つ前記系統マーカがマンマグロビン及びプロラクチン誘導性タンパク質（Ｂｒｓｔ２）から成る群より選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
前記診断が大腸癌であり、且つ前記系統マーカがＣＥＡである、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
前記診断が肺癌であり、且つ前記系統マーカが甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
前記診断が前立腺癌であり、且つ前記系統マーカがＰＳＡ及びＰＳＭＡから成る群より選択される、請求項４１に記載の方法。
【国際調査報告】
2008503498.tif 000052
2008503498.tif 000053
2008503498.tif 000054
2008503498.tif 000055
2008503498.tif 000056