(57)【要約】  本発明は、集中供給原料より構成されたバイオマスを処理して発酵性糖を生産するための方法を提供する。本明細書に記載の方法の一態様は、バイオマスが別の供給流れと融合され、比較的高濃度の生産された集中供給原料がバイオマスの乾燥重量に対して低濃度のアンモニアで処理されるという前処理工程を含む。別の態様では、前処理されたバイオマスの高固体濃度は、糖化のために別の供給流れと融合される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）バイオマスを提供する工程と、
ｂ）ａ）のバイオマスに少なくとも１つの別の供給流れを添加して集中供給原料を生産する工程、
ｃ）ｂ）の集中供給原料をアンモニアを含んでなる水溶液と接触させ、集中供給原料−水性アンモニア混合物を形成することで、前処理された集中供給原料生産物を生産する工程であって、ここで、アンモニアは集中供給原料−水性アンモニア混合物のアルカリ性ｐＨを維持するための少なくとも十分な濃度で存在するが、前記アンモニアは集中供給原料の乾燥重量に対して約１２重量パーセント未満で存在し、かつさらに乾燥重量の集中供給原料は集中供給原料−水性アンモニア混合物の重量に対して少なくとも約１５重量パーセントの高固体濃度で存在する工程、
ｄ）ｃ）の生産物を適切な条件下で糖化酵素共同体と接触させ、発酵可能な糖生産物を生産する工程、
を含んでなる、集中供給原料より構成されたバイオマスの処理方法。
【請求項２】
集中供給原料−水性アンモニア混合物のｐＨが８より大きい請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記乾燥重量の集中供給原料が少なくとも約１５％〜約８０％の初期濃度で存在する請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記乾燥重量の集中供給原料が少なくとも約１５％〜約６０％の初期濃度で存在する請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記アンモニアが集中供給原料の乾燥重量に対して約１０重量パーセント未満で存在する請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記アンモニアが集中供給原料の乾燥重量に対して約６％もしくはそれ以下の重量パーセントで存在する請求項１に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｃ）が約４℃〜約２００℃の温度で実施される請求項１に記載の方法。
【請求項８】
工程（ｃ）が約７５℃〜約１５０℃の温度で実施される請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｃ）が約９０℃より高く約１５０℃以下の温度で実施される請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ｃ）が最大約８時間の期間実施される請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
ａ）バイオマスを提供する工程と、
ｂ）ａ）のバイオマスに前処理方法を施すことで前処理されたバイオマス生産物を生産する工程と、
ｃ）ｂ）の前処理されたバイオマス生産物に少なくとも１つの別の供給流れを添加して第１または第２の集中供給原料を生産する工程と、
ｄ）ｃ）の第１または第２の集中供給原料を適切な条件下で糖化酵素共同体と接触させ、発酵可能な糖生産物を生産する工程と、
を含んでなる、集中供給原料より構成されたバイオマスの処理方法。
【請求項１２】
（ｂ）の前処理方法が、バイオマスをアンモニアを含んでなる水溶液に接触させてバイオマス−水性アンモニア混合物を形成する工程を含み、ここでアンモニアはバイオマス−水性アンモニア混合物のアルカリ性ｐＨを維持するための少なくとも十分な濃度で存在するが、前記アンモニアはバイオマスの乾燥重量に対して約１２重量パーセント未満で存在し、かつさらにバイオマスの乾燥重量はバイオマス−水性アンモニア混合物の重量に対して少なくとも約１５重量パーセントの高固体濃度にある、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
バイオマス−水性アンモニア混合物のｐＨが８より大きい請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記バイオマスの乾燥重量が少なくとも約１５％〜約８０％の初期濃度にある請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオマスの乾燥重量が少なくとも約１５％〜約６０％の初期濃度にある請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記アンモニアがバイオマスの乾燥重量に対して約１０重量パーセント未満で存在する請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記アンモニアがバイオマスの乾燥重量に対して約６％もしくはそれ以下の重量パーセントで存在する請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
工程（ｂ）が約４℃〜約２００℃の温度で実施される請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
工程（ｂ）が約７５℃〜約１５０℃の温度で実施される請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
工程（ｂ）が９０℃より高く約１５０℃以下の温度で実施される請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
工程（ｂ）が最大約８時間の期間実施される請求項１２に記載の方法。
【請求項２２】
工程ａ）のバイオマスが集中供給原料である請求項１１に記載の方法。
【請求項２３】
別の供給流れがスチラーゲよりなる請求項１１に記載の方法。
【請求項２４】
バイオマスが、バイオエネルギー作物、農業残渣、都市固体廃棄物、産業固体廃棄物、工場廃棄物、木材および林業廃棄物よりなる群から選択される請求項１または１１に記載の方法。
【請求項２５】
バイオマスが、スイッチグラス、紙くず、製紙汚泥、トウモロコシ粒、トウモロコシ穂軸、トウモロコシの皮、コーンストーバー、草、小麦、小麦のわら、まぐさ、稲わら、サトウキビバガス、モロコシ、大豆、木、枝、根、葉、ウッドチップ、おがくず、低木およびブッシュ、野菜、果物、花ならびに動物糞尿よりなる群から選択される請求項１または１１に記載の方法。
【請求項２６】
バイオマスが、トウモロコシ穂軸、コーンストーバー、トウモロコシの皮、サトウキビバガス、スイッチグラス、小麦のわら、まぐさ、大麦、大麦のわら、稲わら、および草よりなる群から選択される請求項１または１１に記載の方法。
【請求項２７】
バイオマスが、トウモロコシ穂軸、コーンストーバーおよびサトウキビバガスよりなる群から選択される請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
アンモニアが、アンモニアガス、水酸化アンモニウム、尿素、およびこれらの組み合わせよりなる群から選択される請求項１または１２に記載の方法。
【請求項２９】
アンモニアを含んでなる前記水溶液が少なくとも１つの追加塩基をさらに含んでなる請求項１または１２に記載の方法。
【請求項３０】
アンモニアが再生される請求項１または１２に記載の方法。
【請求項３１】
別の供給流れが、副産物、中間流れ、および廃棄物流れよりなる群から選択される請求項１または１１に記載の方法。
【請求項３２】
別の供給流れが、トウモロコシ、オート、小麦、大麦、米、カノーラ、ヒマワリ、綿花、エンドウ豆、または大豆、および他のマメ科植物からの種子方法流れである請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記糖化酵素共同体が少なくとも１つのグリコシダーゼを含んでなる請求項１または１１に記載の方法。
【請求項３４】
前記糖化酵素共同体が、セルロースを加水分解するグリコシダーゼ、ヘミセルロースを加水分解するグリコシダーゼ、澱粉を加水分解するグリコシダーゼ、ペプチダーゼ、リパーゼ、リグニナーゼおよびフェルロイルエステラーゼよりなる群から選択される少なくとも１つの酵素を含んでなる請求項１または１１に記載の方法。
【請求項３５】
前記糖化酵素共同体が、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、エキソグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、β−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、エンドキシラナーゼ、エキソキシラナーゼ、β−キシロシダーゼ、アラビノキシラナーゼ、マンナーゼ、ガラクターゼ、ペクチナーゼ、グルクロニダーゼ、アミラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、グルコアミラーゼ、α−グルコシダーゼ、イソアミラーゼよりなる群から選択される少なくとも１つの酵素を含んでなる請求項１または１１に記載の方法。
【請求項３６】
工程（ｄ）が約１５℃〜約１００℃の温度および約２〜約１１のｐＨで実施される請求項１または１１に記載の方法。
【請求項３７】
ａ）のバイオマスが少なくとも１つの別の供給流れよりなる請求項１１に記載の方法。
【請求項３８】
前記スチラーゲが利用されることで前処理された材料のｐＨが低下し、それにより前記物質が糖化の作用をより受けやすくなる請求項２３に記載の方法。
【請求項３９】
前記発酵可能な糖類が用いられることで、付加価値のある化学物質、燃料または他の高価値の生産物が生産される請求項１または１１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【関連出願の相互参照】
【０００１】
本出願は、２００５年４月１２日出願の米国仮特許出願第６０／６７０４３７号明細書の優先権を主張するものである。
【０００２】
政府の権利に関する声明
本発明は、エネルギー省によって授与された契約番号０４−０３−ＣＡ−７０２２４の下で米国政府後援でなされたものであった。政府は本発明における特定の権利を有する。
【技術分野】
【０００３】
本発明は、バイオマス処理の一般的分野に関する。詳細には、方法における処理および利用を目的に、穀物および他の種子加工など、工業方法からの低価値の副産物および廃棄物流れを含む別の供給流れをバイオマスに融合させて高価値の生産物を生産する方法が提供される。
【背景技術】
【０００４】
農業残渣、木材廃棄物、林業廃棄物、製紙汚泥、および都市および産業固体廃棄物などのセルロース系およびリグノセルロース系の供給原料および廃棄物は、化学物質、プラスチックス、燃料および飼料の生産を目的とした潜在的に大きい再生可能供給原料を提供する。セルロース、ヘミセルロース、グルカンおよびリグニンを含んでなる炭水化物ポリマーよりなる、セルロース系およびリグノセルロース系の供給原料および廃棄物は、一般に種々の化学的、機械的および酵素的手段によって処理されることで主にヘキソースおよびペントース糖が放出され、次いで有用な生産物に発酵されうる。
【０００５】
前処理方法を用いることで、かかる加水分解に関し糖化酵素に対してより容易に利用できるセルロース系およびリグノセルロース系材料の炭水化物ポリマーが作られる。歴史的に標準の前処理方法では、主に強酸が高温で用いられてきたが、高いエネルギーコスト、高い機器コスト、高い前処理用触媒の再生コストおよび糖化酵素との不適合性が原因で、酵素による前処理、あるいは前処理の間にバイオマスの炭水化物ポリマーの加水分解の低下が生じる場合におけるより低温での酸または塩基の使用などの代わりの方法が開発されつつあり、これらにはセルロースとヘミセルロースの双方を糖化するための改善された酵素系が必要である。
【０００６】
バイオマスを利用する場合の現在の慣行は、一般に多くの場合、１つのソースからのバイオマスの流れを提供し、上記の標準の方法によりバイオマスの流れを前処理することを目的とする。かかる慣行では、加工の異なる工程で中間流れまたは廃棄物流れなどの複数のバイオマス流れの集中が利用されることはなく、集中バイオマス流れに対する経済的に強固な処理方法が含まれない。
【０００７】
集中バイオマス供給流れの使用を組み込む経済的に強固な方法を得るため、集中バイオマス供給流れから得られるリグノセルロース中の炭水化物の加水分解を含む商用方法が求められる。経済的活力を得るため、その方法はまた、少量の化学物質を使用して高濃度で高収率の糖類を提供し、かつ糖類を付加価値のある化学物質および燃料に変換する発酵生物に対する毒性が低い発酵性糖のソースを生産しなけらばならない。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本明細書で記載の方法では、集中供給流れを、付加価値のある化学物質および燃料の生産において上記の求められる基準を満たす経済的に強固な方法に組み込むための方法が検討される。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明は、集中供給原料より構成されたバイオマスを処理して発酵性糖を生産するための方法を提供する。
【００１０】
本明細書にて記載の方法の一態様は、バイオマスが別の供給流れと集中され、かつ比較的高濃度で生産された集中供給原料がバイオマスの乾燥重量に対して低濃度のアンモニアで処理される場合の前処理工程を含む。別の態様では、高固体濃度の前処理されたバイオマスは糖化において別の供給流れと集中される。
【００１１】
一実施形態では、バイオマスは、
ａ）バイオマスを提供する工程、
ｂ）ａ）のバイオマスに少なくとも１つの別の供給流れを添加して集中供給原料を生産する工程、
ｃ）ｂ）の集中供給原料をアンモニアを含んでなる水溶液と接触させ、集中供給原料−水性アンモニア混合物を形成することで、前処理された集中供給原料生産物を生産する工程であって、ここでアンモニアは集中供給原料−水性アンモニア混合物のアルカリ性ｐＨを維持するための少なくとも十分な濃度で存在するが、アンモニアは集中供給原料の乾燥重量に対して約１２重量パーセント未満で存在し、かつさらに乾燥重量の集中供給原料は集中供給原料−水性アンモニア混合物の重量に対して少なくとも約１５重量パーセントの高固体濃度で存在する、工程、
ｄ）ｃ）の生産物を適切な条件下で糖化酵素共同体と接触させ、発酵可能な糖生産物を生産する工程、
を含んでなる方法で処理される。
【００１２】
別の実施形態では、集中供給原料は、
ａ）バイオマスを提供する工程と、
ｂ）ａ）のバイオマスに前処理方法を施すことで前処理されたバイオマス生産物を生産する工程と、
ｃ）ｂ）の前処理されたバイオマス生産物に少なくとも１つの別の供給流れを添加して第１または第２の集中供給原料を生産する工程と、
ｄ）ｃ）の第１または第２の集中供給原料を適切な条件下で糖化酵素共同体と接触させ、発酵可能な糖生産物を生産する工程と、
を含んでなる方法で処理および糖化される。本方法の態様では、ｂ）の前処理方法は、バイオマスをアンモニアを含んでなる水溶液に接触させてバイオマス−水性アンモニア混合物を形成する工程を含み、ここでアンモニアはバイオマス−水性アンモニア混合物のアルカリ性ｐＨを維持するための少なくとも十分な濃度で存在するが、アンモニアはバイオマスの乾燥重量に対して約１２重量パーセント未満で存在し、かつさらにバイオマスの乾燥重量はバイオマス−水性アンモニア混合物の重量に対して少なくとも約１５重量パーセントの高固体濃度にある。本方法のさらなる態様では、ｂ）の前処理されたバイオマス生産物に添加される別の供給流れは、種子加工の間に生産されるスチラーゲ（ｓｔｉｌｌａｇｅ）を含んでなる。さらに別の態様では、ａ）のバイオマスは、本明細書で記載の集中供給原料である場合もあればそうでない場合もある。
【００１３】
次いで、付加価値のある化学物質、燃料または他の高価値の生産物を生産するため、本明細書で記載の方法から生産される発酵性糖を使用してもよい。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１４】
出願人らは、本開示中にすべての引用文献の内容全体を具体的に援用する。さらに、量、濃度、または他の値もしくはパラメーターが、ある範囲、好ましい範囲、またはより高い好ましい値とより低い好ましい値のリストとして与えられる場合、これは、任意のより高い範囲限界または好ましい値と任意のより低い範囲限界または好ましい値との任意のペアから形成されるあらゆる範囲を、範囲が別々に開示されるか否かにかかわりなく具体的に開示するものとして理解されるべきである。本明細書中で数値の範囲が挙げられる場合、特に指定のない限り、同範囲は、その端点、ならびに範囲内のすべての整数および分数を含むように意図されている。本発明の範囲が範囲を規定する場合に挙げられる特定の値に限定されるようには意図されていない。
【００１５】
本発明は、「集中供給原料」と総称されるバイオマスおよび別の供給流れを処理して発酵性糖を生産するための方法を提供する。次いで、付加価値のある化学物質、燃料または他の高価値の生産物を生産するのに発酵性糖を使用してもよい。
【００１６】
別の供給流れは、少なくとも１つの低価値の副産物、加工流れおよび／または工業方法の廃棄物流れを含む。
【００１７】
バイオマスおよび別の供給流れを複合させて前処理加工用に集中供給原料を形成することで、バイオマスとその副産物または方法流れの同時的な前処理を行うことが可能である。あるいは、集中されていないバイオマスが前処理され、次いで副産物または方法流れが前処理されたバイオマスに添加されることで、糖化のための第２の集中供給原料が形成されうる。いずれの場合でも、比較的高濃度の集中されていないバイオマスまたは集中供給原料が初期材料の乾燥重量に対して比較的低濃度のアンモニアで処理される前処理工程が含められ、次いでアンモニアで処理された生産物が糖化酵素共同体で消化されて発酵性糖が生産される。発酵性糖は、生体触媒により化学物質、プラスチック、および燃料などの高価値の標的生産物に変換される。
に
【００１８】
定義
本開示では多数の用語が用いられる。以下の定義が提供される。
「発酵可能な糖」という用語は、発酵方法中の微生物による炭素源として使用可能なオリゴ糖および単糖を示す。
【００１９】
「リグノセルロース系」という用語は、リグニンとセルロースの双方を含んでなる組成物を示す。リグノセルロース系材料は、ヘミセルロースを含んでなる場合もある。
【００２０】
「セルロース系」という用語は、セルロースを含んでなる組成物を示す。
【００２１】
バイオマスの「乾燥重量」は、すべてまたは本質的にすべての水分が除去されたバイオマスの重量を意味する。乾燥重量は、典型的にはアメリカン・ソサエティー・フォー・テスティング・アンド・マテリアルズ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｆｏｒ  Ｔｅｓｔｉｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｔｅｒｉａｌｓ）（ＡＳＴＭ）基準Ｅ１７５６−０１（Ｓｔａｎｄａｒｄ  Ｔｅｓｔ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｏｔａｌ  Ｓｏｌｉｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｍａｓｓ）またはテクニカル・アソシエーション・オブ・ザ・パルプ・アンド・ペイパー・インダストリー（Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐｕｌｐ  ａｎｄ  Ｐａｐｅｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ，Ｉｎｃ．）（ＴＡＰＰＩ）基準Ｔ−４１２  ｏｍ−０２（Ｍｏｉｓｔｕｒｅ  ｉｎ  Ｐｕｌｐ，Ｐａｐｅｒ  ａｎｄ  Ｐａｐｅｒｂｏａｒｄ）に従って測定される。
【００２２】
「標的化学物質」という用語は、発酵によって生産される化学物質を示す。化学物質は広義で用いられ、例えばペプチド、酵素および抗体を含むタンパク質などの分子を含む。
【００２３】
「バイオマスから誘導可能な」標的化学物質は、バイオマスが加水分解されて発酵性糖を放出し、かつ発酵性糖が少なくとも１つの生体触媒を用いて発酵されて所望の標的化学物質を生産するという方法によって生産される標的化学物質である。
【００２４】
「可塑剤」および「柔軟剤」という用語は、ポリマー鎖に沿ったまたはポリマー鎖間での結合分子間力において還元を誘発する物質を示す。かかる物質は、例えば、結晶化度を低減するか、またはリグニン炭水化物繊維と非リグニン炭水化物繊維（例えば、セルロースまたはヘミセルロース）の間の結合を破壊するように作用しうる。
【００２５】
「糖化」という用語は、多糖からの発酵性糖の生産を示す。
【００２６】
「前処理されたバイオマス」という用語は、糖化に先立ち前処理を受けているバイオマスを示す。
【００２７】
「バイオマス」は、任意のセルロース系またはリグノセルロース系材料を示し、セルロースを含んでなる、かつ場合によりヘミセルロース、リグニン、澱粉、オリゴ糖および／または単糖をさらに含んでなる材料を含む。バイオマスは、タンパク質および／または脂質などの追加成分を含んでなる場合もある。本発明によると、バイオマスは単一のソースから誘導されうるか、またはバイオマスは２つ以上のソースから誘導される混合物を含んでなる可能性がある。すなわち、例えばバイオマスであれば、トウモロコシ穂軸とコーンストーバーの混合物、または草と葉の混合物を含んでなる可能性がある。バイオマスは、バイオエネルギー作物、農業残渣、都市固体廃棄物、産業固体廃棄物、製紙汚泥、工場廃棄物、木材および林業廃棄物を含むがこれらに限定されない。バイオマスの例として、トウモロコシ粒、トウモロコシ穂軸、トウモロコシの皮などの作物残渣、コーンストーバー、草、小麦、小麦のわら、まぐさ、大麦、大麦のわら、稲わら、スイッチグラス、紙くず、サトウキビバガス、モロコシ、大豆、木、枝、根、葉、ウッドチップ、おがくず、低木およびブッシュ、野菜、果物、花ならびに動物糞尿が挙げられるがこれらに限定されない。一実施形態では、本発明にとって有用なバイオマスは、比較的高い炭水化物値を有し、比較的密度が高く、かつ／または回収、運搬、保存および／または処理を行うのが比較的容易であるバイオマスを含む。本発明の一実施形態では、有用なバイオマスは、トウモロコシ穂軸、コーンストーバーおよびサトウキビバガスを含む。
【００２８】
「別の供給流れ」または「他の供給原料」は、付加価値のある化学物質および／または燃料の生産を目的としたバイオマスを発酵性糖に変換する全体方法に寄与しうる種々の材料を含む。かかる供給流れは、穀物または種子加工、食品加工、紙／パルプ加工などを含む工業方法によって生産されうる。かかる材料の１つのタイプは、トウモロコシ乾式粉砕加工、トウモロコシ乾式ミリング、およびトウモロコシ湿式ミリングを含む、穀物または他の種子加工の副産物および廃棄物を含む。本明細書にて記載のように、一部の実施形態では、農業廃棄物加工および／または工業方法は、前処理加工に混和可能な繊維材料を提供する。他の実施形態では、工業方法流れまたは別の供給流れ（低価値の流れまたは廃棄物の流れなど）が前処理後にバイオマスに混和されることで、糖化および発酵を含むさらなるバイオマス処理工程が有効となりうる。別の供給流れを創出しうる価値の低い、廃棄物の流れの限定されないソースとして、トウモロコシもしくは他の作物の外皮などの農業残渣、都市固体廃棄物、産業固体廃棄物、製紙汚泥、工場廃棄物、木材および林業廃棄物が挙げられる。
【００２９】
「集中供給原料」または「集中供給流れ」は、バイオマスと少なくとも１つの別の供給流れまたは供給原料との複合を意味する。
【００３０】
本発明の目的のための「アンモニアを含んでなる水溶液」は、水性培地内でのアンモニアガス（ＮＨ３）、水酸化アンモニウムまたはアンモニウムサルフェートなどのアンモニウムイオン（ＮＨ４＋）を含んでなる化合物、尿素など、分解時にアンモニアを放出する化合物、およびこれらの組み合わせの使用を示す。
【００３１】
前処理用の集中供給原料
本方法の態様は、任意のバイオマス供給原料と、廃棄物流れなどの低価値の副産物または工業方法流れよりなる少なくとも１つの別の供給流れとを複合させる工程を含む。
【００３２】
上記のように、オイル、澱粉、タンパク質、糖シロップおよびエタノールなどの高価値の生産物を生産するための工業方法は、低価値の副産物、中間流れおよび廃棄物流れを生産することが多い。本方法では、これらの副産物は高価値の生産物の加工流れに戻って再生させるために捕捉されるか、または付加価値のある化学物質および燃料を生産するための加工に寄与するように利用される。
【００３３】
クレームされた方法の一態様では、繊維を含む、穀物もしくは他の種子加工での副産物または方法流れを他のバイオマスと複合させることで、前処理される集中供給原料が提供されうる。
【００３４】
他の供給原料を含んでなる目的の材料は、低価値の副産物、中間流れおよび廃棄物流れを含み、これらは併せて別の流れとして言及される。例えば、低価値の副産物は、動物飼料として販売されるものである。低価値の澱粉または高価値の脂肪種子方法流れの例として、大豆、ヒマワリ種子、ピーナツおよび綿花種子の加工において分離される外皮流れが挙げられる。繊維材料を含有する廃棄物流れは、前処理における集中供給原料の調製においても使用されうる。前処理用の集中供給原料は、任意の種子、例えば、トウモロコシ、オート、小麦、大麦、米、カノーラ、ヒマワリ、綿花、エンドウ豆、大豆、および他のマメ科植物の加工において生産される繊維を含有する材料を含みうる。
【００３５】
米国では、典型的には大豆をヘキサンによる溶媒抽出によって処理することでオイルが回収される。豆を洗浄し、乾燥し、かつ１０〜１１％の水分で平衡化しておくことで、種子の被覆物または外皮が緩みやすくなる。次いでそれらを割り、スクリーニングおよび吸引により脱穀し、かつ蒸気（ｑｖ）による処理によって調整することで剥離しやすくなる。調節されたミートを剥離させかつヘキサンで抽出することで、オイルが除去される。ミセラ中のヘキサンとオイルが蒸発によって分離され、ヘキサンは回収される（Ｋｉｒｋ−Ｏｔｈｍｅｒ  Ｅｎｃｙｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第４版、１９９７年）。かかる加工の間に除去された種子の被覆物または外皮は、本方法における集中供給流れとして使用されうる。
【００３６】
ヒマワリの加工は、スクリュープレス、ヘキサンによる直接抽出、またはプリプレス−溶媒抽出よりなる。後者は米国で最も一般的に用いられる。第１の工程は、洗浄とそれに続く脱穀である。脱穀した種子は加熱により調整された上でスクリュープレスに移行するか、またはヘキサンによる直接溶媒抽出などの場合には剥離される。飼料における使用ではスクリュープレスしたケーキを挽くか、またはヘキサンにより粒状化および抽出することで、残留オイルが回収される（Ｋｉｒｋ−Ｏｔｈｍｅｒ  Ｅｎｃｙｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第４版、１９９７年）。かかる加工の間に除去された外皮は、本方法における集中供給流れとして使用されうる。
【００３７】
ピーナツ油を得るためのピーナツの加工は、スクリュープレスまたはプリプレスとその後の溶媒抽出により行われる。スクリュープレスでは、ピーナツを脱殻し、調理し、かつプレスすることで、原油に加えて約５％の残留油を含有するケーキが生産される。ケーキを挽き、挽かれたピーナツ外皮を戻して混合することで、タンパク質含量が調節される。プリプレス−溶媒抽出では、調理したミートを、低圧でスクリュープレスしてオイルの一部を除去し、次いでヘキサンで抽出することで、残留油が約１％に低下する。ミール中の残留ヘキサンは、デソルベンタイザー（ｄｅｓｏｌｖｅｎｔｉｚｅｒ）においてジャケットまたは生蒸気を適用することにより回収される。ミセラ中のヘキサンは蒸発により回収される（Ｋｉｒｋ−Ｏｔｈｍｅｒ  Ｅｎｃｙｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第４版、１９９７年）。かかる加工の間に除去された外皮は、本方法における集中供給流れとして使用されうる。
【００３８】
米国では、綿花種子は、スクリュープレスまたは溶媒抽出によりオイルおよびミールに加工される。スクリュープレスでは、プレスに先立ち、種子に洗浄、脱繊維、脱穀、剥離および調理が施される。スクリュープレスにより、２．５〜４．０％の残留油を含有するケーキが生産される。ケーキをミールに挽き、挽かれた綿花種子外皮を戻して混合することで、タンパク質含量が貿易規格に対して調節される。溶媒抽出手順では、剥離物をエキスパンダを通して処理することで剥離物が速やかに調理されかつコレットが形成されることが多く、次いでそれらはヘキサンにより抽出される。溶媒抽出器から出てくるミールは、加熱によりヘキサンを含有しない（Ｋｉｒｋ−Ｏｔｈｍｅｒ  Ｅｎｃｙｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第４版、１９９７年）。かかる加工の間に除去された外皮は、本方法における集中供給流れとして使用されうる。
【００３９】
穀物方法流れは、乾式ミリングの間に生産される外皮、湿式ミリングからの繊維性のミリング残留物、様々な方法で生産される使用済み穀物流れ、ならびに乾式粉砕方法から生産される蒸留器乾燥穀物および溶解物（ｄｉｓｔｉｌｌｅｒ  ｄｒｙ  ｇｒａｉｎｓ  ａｎｄ  ｓｏｌｕｂｌｅｓ）（ＤＤＧＳ）と蒸留器乾燥穀物（ＤＤＧ）よりなる繊維流れを含む。ＤＤＧＳは、繊維、オイル、タンパク質および酵母を含み、かつ発酵混合物からのエタノールの除去後に残存する材料である。固体を濾過して除去することでＤＤＧ画分が生産され、それは動物飼料用に販売される。残存する液体画分（スチラーゲ）は、中間流れとして戻して再生されうるか、または蒸発されかつＤＤＧと複合されることでＤＤＧＳ副産物が形成されうる。
【００４０】
別の供給流れにとって有望なソースの別の例として、サトウダイコン、ポテト（ジャガイモまたはサツマイモ）などの加工を例とする根の加工が挙げられる。糖の生産のためのサトウダイコン加工では、糖は水による向流抽出により除去される。抽出装置から排出する残留するビートの固体またはパルプをプレスすることで、水が除去されて水分レベルが約７５％に低下する。このプレスされたパルプは、そのままで地方の飼料会社に販売されうるが、より一般的には糖液と混合され、約１０％の水分まで乾燥され、牛用飼料として販売される（Ｋｉｒｋ−Ｏｔｈｍｅｒ  Ｅｎｃｙｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第４版、１９９７年）。このプレスされたパルプは、本方法における集中供給流れとして使用されうる。
【００４１】
繊維性の方法材料に加え、本方法にて用いられる別の供給流れは、タンパク質、オイル、および／または澱粉を含むより少量の成分を含有する場合もある。
【００４２】
出願人らは、加工された種子材料、澱粉、および／またはオイルと典型的に前処理にて使用されるバイオマスとの複合が、本方法を用いて前処理された集中供給原料に対する以下の糖化処理において生産される発酵性糖の収率に負の影響を及ぼさないことを見出している。さらに、本方法における集中供給原料から生産される糖の期待される収率は、集中供給原料における（ヘミセルロース系を含む）セルロース全体の含量を基準としうる。したがって、種子方法流れは前処理にて他のバイオマスに添加される場合があり、糖化のための調製において方法流れ内の繊維を他のバイオマスとともに前処理することで発酵性糖が生産される。前処理におけるこの集中供給原料の使用が有効であることから、バイオマス処理設備において豊富で、低コストでかつ連続的に使用可能な供給原料が提供される。
【００４３】
前処理
本方法における集中供給原料の前処理にて使用されるアンモニアの濃度は、最低では集中供給原料−水性アンモニア混合物のアルカリ性のｐＨを維持するための十分な濃度であり、かつ最大では集中供給原料の乾燥重量に対して約１２重量パーセント未満である。アンモニアのこの低濃度は前処理にとって十分であり、かつ低濃度は集中供給原料の乾燥重量に対して約１０重量パーセント未満でもありうる。集中供給原料の乾燥重量に対して６パーセントもしくはそれ以下の極めて低濃度のアンモニアもまた前処理において使用されうる。アルカリ性は７．０より大きいｐＨを意味する。特に適切なのは、ｐＨが８より大きい集中供給原料−水性アンモニア混合物である。一実施形態では、アンモニアは集中供給原料の乾燥重量に対して約８重量パーセント未満で存在する。一実施形態では、アンモニアは集中供給原料の乾燥重量に対して約１０重量パーセント未満で存在する。特に適切なのは、集中供給原料の乾燥重量に対して約６重量パーセント未満のアンモニアである。
【００４４】
本方法にて用いられるアンモニアは、他の塩基よりも利点をもたらす。アンモニアは液相および気相に分かれる。気体アンモニアは、バイオマスを通して液体塩基よりも容易に拡散可能であり、その結果、より低濃度でより有効な前処理が行われる。（参照により本明細書中に援用されるＣＬ２８２５の実施例１１で示されるように）アンモニアはまた、バイオマス中のアセチルエステルのアンモノリシスを介する加水分解と競合することでアセトアミドを形成する。（参照により本明細書中に援用されるＣＬ２８２５の実施例１２で示されるように）アセトアミドは、ジモモナス・モビリス（Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ  ｍｏｂｉｌｉｓ）などの特定の発酵生物に対する毒性が酢酸塩よりも低い。それ故、酢酸ではなくアセトアミドへのアセチルエステルの変換により、酢酸を除去する必要性が低下する。アンモニアの使用により、発酵の間に使用される成長培地に窒素源を補充する必要性も低下する。さらに、アンモニアが低コストの材料であることから、経済的な方法が得られる。アンモニアはまた、前処理の間に前処理反応器へ再生されうるか、またはそれ故に前処理後により経済的な方法が実現される。例えば、前処理後、温度が糖化に適する温度まで低下する時、アンモニアガスが場合により真空の存在下で放出され、かつ再生されうる。連続方法では、アンモニアは連続的に再生されうる。
【００４５】
本方法によると、アンモニアを含んでなる水溶液は、場合により、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸カリウム、水酸化カルシウムおよび炭酸カルシウムなど、少なくとも１つの追加塩基を含んでなる場合がある。少なくとも１つの追加塩基がアンモニウムと結合される量で添加されることで、バイオマスの乾燥重量に対して約２０重量パーセント未満の量の塩基全体が形成されうる。好ましくは、アンモニアを加えた第２の塩基全体は、約１５重量パーセント未満の量で存在する。追加塩基が用いられることで、例えば、バイオマス中の酸が中和され、糖化酵素における金属イオン、または発酵用成長培地における金属イオンがもたらされうる。
【００４６】
本方法では、乾燥重量の集中供給原料は、集中供給原料−水性アンモニア混合物の重量の少なくとも約１５％から最大約８０％の初期濃度で存在する。より適切には、乾燥重量の集中供給原料は、集中供給原料−水性アンモニア混合物の重量の約１５％〜約６０％の濃度で存在する。集中供給原料−水性アンモニア混合物中の集中供給原料の百分率が高く保持されることで、発酵における使用のための、前処理された集中供給原料の糖化から生産される糖類の濃度に対する要求は最小限になる。さらに集中供給原料濃度が高いと、前処理材料の総容量が低下し、方法がより経済的なものになる。
【００４７】
集中供給原料はソースから得られたものとして直接使用されるか、あるいはエネルギーが集中供給原料に適用されることで、サイズが減少し、暴露された表面積が大きくなり、かつ／あるいは本方法の第２の工程で使用されるアンモニアおよび糖化酵素に対する集中供給原料中に存在するセルロース、ヘミセルロース、および／またはオリゴ糖の可用性が高まる可能性がある。サイズを減少させ、暴露された表面積を大きくし、かつ／あるいはアンモニアおよび糖化酵素に対する集中供給原料中に存在するセルロース、ヘミセルロース、および／またはオリゴ糖の可用性を高めるのに有用なエネルギー手段は、ミリング、クラッシング、粉砕、破砕、チョッピング、ディスクリファイニング（ｄｉｓｋ  ｒｅｆｉｎｉｎｇ）、超音波、およびマイクロ波を含むがこれらに限定されない。このエネルギーの適用は、前処理の前または間、糖化の前または間、あるいはこれらの任意の組み合わせにおいて行われうる。
【００４８】
アンモニア溶液を用いた集中供給原料の前処理は、任意の適切な容器内で実施される。典型的には、容器は、耐圧性を有し、加熱のための機構を有し、かつ内容物を混合するための機構を有するものである。市販の容器の例として、ジッパークレーブ（Ｚｉｐｐｅｒｃｌａｖｅ）（登録商標）反応器（オートクレーブ・エンジニアーズ（Ａｕｔｏｃｌａｖｅ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｓ）、エリエ（Ｅｒｉｅ）、ペンシルバニア州）、ジャイゴ（Ｊａｙｇｏ）反応器（ジャイゴ・マニュファクチュアリング（Ｊａｙｇｏ  Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ，Ｉｎｃ．）、マーワー（Ｍａｈｗａｈ）、ニュージャージー州）、およびスチームガン反応器（オートクレーブ・エンジニアーズ（Ａｕｔｏｃｌａｖｅ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｓ）、エリエ（Ｅｒｉｅ）、ペンシルバニア州）が挙げられる。同様の性能を有するはるかに大型の反応器が使用される場合がある。あるいは、集中供給原料およびアンモニア溶液は、１つの容器内で複合され、次いで別の反応器に移される場合がある。また集中供給原料は、１つの容器内で前処理され、次いでスチームガン反応器（オートクレーブ・エンジニアーズ（Ａｕｔｏｃｌａｖｅ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｓ）、エリエ（Ｅｒｉｅ）、ペンシルバニア州）などの別の反応器内でさらに処理される場合がある。
【００４９】
集中供給原料とアンモニアを含んでなる水溶液との接触に先立ち、集中供給原料を含有する容器に真空が適用されうる。集中供給原料の気孔から空気を排出することにより、アンモニアの集中供給原料へのより良好な浸透が行われうる。真空を適用するための時間および集中供給原料に適用される負圧量は、集中供給原料のタイプに依存することになり、かつ（糖化後における発酵性糖の生産による測定として）集中供給原料の最適な前処理を実現するように経験的に決定可能である。
【００５０】
集中供給原料とアンモニアを含んでなる水溶液との接触は、約４℃〜約２００℃の温度で行われる。注入を可能にする４℃での集中供給原料とアンモニアとの初期の接触は、糖化の効率を高めることが判明した。別の実施形態では、集中供給原料の接触は約７５℃〜約１５０℃の温度で行われる。さらに別の実施形態では、集中供給原料の接触は９０℃より高く約１５０℃に至るまでの温度で行われる。
【００５１】
集中供給原料とアンモニアを含んでなる水溶液との接触は、最大約８時間の期間で行われる。より長期間の前処理はあり得るが、実用的および経済的理由のため、より短期間が好ましい。
【００５２】
一実施形態では、前処理方法は、比較的短期間で比較的高温、例えば約５分〜約２時間で約１００℃〜約１５０℃にて実施されうる。別の実施形態では、前処理方法は、比較的長期間でより低温、例えば約２時間〜約８時間で約７５℃〜約１００℃にて実施されうる。さらに別の実施形態では、前処理方法は、約２４時間よりもさらに長い期間で室温（約２２〜２６℃）にて実施されうる。これらに対して中間の他の温度および時間の組み合わせもまた用いられうる。
【００５３】
前処理方法においては、温度、前処理のための時間、アンモニア濃度、１つもしくはそれ以上の追加塩基の濃度、集中供給原料濃度、集中供給原料タイプおよび集中供給原料粒度が保持され、このようにこれらの変数を必要に応じて調節することで、糖化酵素共同体と接触されるべき最適な生産物が得られる場合がある。
【００５４】
ポリオール（例えばグリセロール、エチレングリコール）、ポリオールのエステル（例えばグリセロールモノアセテート）、グリコールエーテル（例えばジエチレングリコール）、アセトアミド、エタノール、およびエタノールアミンなどの、可塑剤、柔軟剤、またはこれらの組み合わせが、前処理方法（すなわち工程（ａ））にて添加されうる。可塑剤は、水性アンモニア溶液の成分、分離溶液、または乾燥成分として添加されうる。
【００５５】
前処理反応は、バッチ式反応器または連続反応器などの任意の適切な容器内で実施されうる。当業者であれば、より高温（１００℃超）では圧力容器が必要であると理解するであろう。適切な容器は、バイオマス−水性アンモニア混合物を撹拌するためのインペラーなどの手段を具備しうる。反応器の設計については、リン  Ｋ．Ｈ．（Ｌｉｎ，Ｋ．Ｈ．）およびヴァン・ネス  Ｈ．Ｃ．（Ｖａｎ  Ｎｅｓｓ，Ｈ．Ｃ．）（ペリー  Ｒ．Ｈ．（Ｐｅｒｒｙ，Ｒ．Ｈ．）およびチルトン  Ｃ．Ｈ．（Ｃｈｉｌｔｏｎ，Ｃ．Ｈ．）（編）、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒ'ｓ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ、第５版（１９７３年）、第４章、マグローヒル（ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ）、ニューヨーク州）の中で検討されている。前処理反応は、バッチ式方法または連続方法として実施されうる。
【００５６】
窒素源が発酵の間における微生物の成長に必要であり、それ故、前処理の間にアンモニアを用いることで、窒素源が提供され、かつ窒素源を伴う発酵の間に使用される成長培地を補充する必要性が低下するかまたはなくなることは当業者には周知である。もし前処理生産物のｐＨが糖化酵素の活性時でのｐＨより大きいかまたは発酵における微生物の成長に適する範囲を超える場合、酸を用いることでｐＨが低下しうる。所望のｐＨを得るのに用いられる酸の量により、糖化酵素または微生物の成長に対して阻害性を示す濃度での塩の形成がもたらされうる。所望のｐＨを得るのに必要な酸の量を減少させ、かつ本前処理方法におけるＮＨ３の原料コストを低減するため、アンモニアガスを前処理反応器から排出して再生することが可能である。
【００５７】
集中供給原料から十分な量の糖類を得るため、集中供給原料は水性アンモニア溶液で１回もしくはそれ以上の回数にわたり前処理されうる。同様に、糖化反応を１回もしくはそれ以上の回数行ってもよい。もしより高い収率の糖類を得ることが望ましい場合、前処理方法と糖化方法の双方が繰り返されうる。前処理および糖化方法の性能を別々にまたは併せて評価するのに、初期のバイオマスから誘導可能な糖類の理論収率を判定し、かつ測定された収率と比較してもよい。
【００５８】
前処理後、生産物は、アンモニア、部分的に分解された集中供給原料および発酵性糖の混合物を含んでなる。さらなる加工に先立ち、アンモニアは、真空の適用により前処理された集中供給原料から除去されうる。アンモニアの除去によりｐＨが低下することから、より少ない中和酸を用いることで糖化および発酵における所望のｐＨを得る。これは前処理混合物における塩負荷の低下を招く。典型的には、一部のアンモニアが残存し、それは発酵における窒素源をもたらすのに望ましい。
【００５９】
好ましい一実施形態では、可溶性画分と不可溶性画分の双方を含んでなる前処理混合物全体は、糖化反応にて用いられる。別の実施形態では、糖化に先立ち、アンモニアおよび可溶性糖を含んでなる水性画分は、混合物中に残存する不可溶性微粒子から分離されうる。可溶物を不可溶性画分から分離するための方法は、デカンテーションおよび濾過を含むがこれらに限定されない。不可溶性微粒子は、前処理反応器へ再生されうる。不可溶性微粒子は、前処理反応器へ再生されるのに先立ち、場合により水性溶媒（例えば水）で洗浄されることで吸着糖類が除去されうる。次いで、不可溶性画分は、前処理において上記のように水性アンモニア溶液を用いたさらなる処理が施された後、糖化酵素共同体で糖化されうる。可溶性画分はまた、糖化に先立ち、蒸発などの適切な方法を用いて濃縮されうる。
【００６０】
第２の集中供給原料−前処理後の複合
本方法の別の態様では、種子方法流れなどの別の供給流れを前処理されたバイオマスと結合させることで、糖化される第２の集中供給原料がもたらされる。前処理されたバイオマスは、本明細書に記載のように前処理されている材料でバイオマスの代わりに集中供給原料を用いたものであり、あるいは、上記を例とする別の供給流れである種子方法流れを前処理された集中供給原料と複合させることで、糖化される第２の集中供給原料が提供される。
【００６１】
種子方法流れである別の供給流れにおいては、前処理された材料と複合可能な種子方法流れは、本明細書における上記のスチラーゲ流れまたはコーンスティープリカーなどの繊維中で一般に少量の材料を含む。特に有用なものは、糖化および／または発酵糖生産物に対して有利な特性または成分をもたらす種子方法流れである。種子方法流れによってもたらされうる利点は、前処理された材料のｐＨの調節にある。酸性の種子方法流れは、前処理方法がアルカリ性ｐＨで実施される場合に特に有用である。糖化に先立ちｐＨを低下させ、糖化酵素共同体のｐＨ最適値に一致させることは一般に有用である。例えば、上記の乾燥粉砕およびエタノール発酵から得られるスチラーゲは、典型的には約３〜５のｐＨを有する。スチラーゲの前処理された材料への添加により、糖化方法におけるｐＨが低下することになる。
【００６２】
別の供給流れが前処理されたバイオマス（バイオマスは前処理された集中バイオマスである場合もそうでない場合もある）と融合される場合のこの方法では、前処理の方法は限定されない。前処理されたバイオマスは、酸加水分解または当技術分野で既知の前処理の他の方法（例えば米国特許第５，９１６，７８０号明細書を参照）などの前処理の他の従来の方法を受けている場合がある。
【００６３】
この方法の態様では、別の供給流れはスチラーゲよりなる。スチラーゲは、典型的には発酵糖生産物中で有益な酵母発酵物由来のアミノ酸および他の栄養を含有する。したがって、集中供給原料の糖化から生産される発酵糖生産物は、発酵性糖および種子方法流れ由来の他の栄養を含有しうる。その栄養の存在が、生体触媒発酵物中でのその使用に先立つ、糖化生産物中での追加の栄養に対する必要性の低下を招く可能性がある。
【００６４】
糖化
本方法では、以下の供給原料が糖化されうる。それは、１）前処理された集中供給原料；２）前処理後に少なくとも１つの別の供給流れと複合されることで糖化される第２の集中供給原料を形成する前処理された集中供給原料；または３）前処理後に少なくとも１つの別の供給流れと複合されることで第２の集中供給原料を形成する、前処理された集中されていないバイオマスである。本方法では、１〜３の番号が付与された上記の１つもしくはそれ以上の集中供給原料を糖化酵素共同体の存在下で加水分解することで、加水分解物中でオリゴ糖および／または単糖が放出される。本方法における糖化は、前処理に先立ち、前処理後、またはそれら双方において融合が行われるか否かにかかわらず、集中供給原料に関するものである。バイオマス処理のための糖化酵素および方法は、リンド  Ｌ．Ｒ．（Ｌｙｎｄ  Ｌ．Ｒ．）ら（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．（２００２年）６６：５０６−５７７頁）でレビューされている。
【００６５】
本方法の一態様では、糖化に先立ち、アンモニアおよび可溶性糖を含んでなる水性画分は、混合物中に残存する不可溶性微粒子から分離されうる。可溶物を不可溶性画分から分離するための方法は、デカンテーションおよび濾過を含むがこれらに限定されない。不可溶性微粒子は、前処理反応器へ再生されうる。不可溶性微粒子は、前処理反応器へ再生されるのに先立ち、場合により水性溶媒（例えば水）で洗浄されることで吸着糖類が除去されうる。次いで、不可溶性画分は、前処理において上記のように水性アンモニア溶液を用いてさらなる処理が施された後、糖化酵素共同体で糖化されうる。可溶性画分はまた、糖化に先立ち、蒸発などの適切な方法を用いて濃縮されうる。
【００６６】
糖化に先立ち、前処理生産物を処理し、糖化酵素共同体の酵素が活性を示すようにｐＨ、組成または温度を変更しうる。ｐＨは、本明細書で上記のように、別の供給原料または固体または液体形態での酸の添加を通じて変更されうる。あるいは、二酸化炭素（ＣＯ２）は、発酵から回収されうるものであり、使用によりｐＨが低下しうる。例えば、所望のｐＨが得られるまでｐＨを監視しながら、ＣＯ２は発酵槽から回収されかつバブリングなどにより前処理生産物に供給されうる。下記のとおり、温度は糖化酵素の活性に適合する温度に誘導されうる。糖化にて用いられる酵素の活性にとって必要な任意の共同因子が追加されうる。
【００６７】
糖化酵素共同体は、主に、二糖、オリゴ糖、および多糖のエーテル結合を加水分解する群「グリコシダーゼ」より選択される（がこれらに限定されない）１つもしくはそれ以上の酵素を含んでなり、酵素分類として、一般群「加水分解酵素」（ＥＣ３．）のＥＣ３．２．１．ｘ（Ｅｎｚｙｍｅ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  １９９２年、アカデミック・プレス（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）、サンディエゴ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）、カルフォルニア州に加え、Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  １（１９９３年）、Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ２（１９９４年）、Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ３（１９９５）、Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ４（１９９７年）およびＳｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ５［各々、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９４年）２２３：１−５頁、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９５年）２３２：１−６頁、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９６年）２３７：１−５頁、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９７年）２５０：１−６頁、およびＥｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９９年）２６４：６１０−６５０頁］）において見出される。本方法において有用なグリコシダーゼを、それらが加水分解する集中供給原料によって分類してもよい。本方法において有用なグリコシダーゼは、セルロースを加水分解するグリコシダーゼ（例えば、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、エキソグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、β−グルコシダーゼ）、ヘミセルロースを加水分解するグリコシダーゼ（例えば、キシラナーゼ、エンドキシラナーゼ、エキソキシラナーゼ、β−キシロシダーゼ、アラビノキシラナーゼ、マンナーゼ、ガラクターゼ、ペクチナーゼ、グルクロニダーゼ）、および澱粉を加水分解するグリコシダーゼ（例えば、アミラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、グルコアミラーゼ、α−グルコシダーゼ、イソアミラーゼ）を含む。さらに、ペプチダーゼ（ＥＣ３．４．ｘ．ｙ）、リパーゼ（ＥＣ３．１．１．ｘおよび３．１．４．ｘ）、リグニナーゼ（ＥＣ１．１１．１．ｘ）、ならびにフェルロイルエステラーゼ（ＥＣ３．１．１．７３）などの糖化酵素共同体に他の活性を付加することで多糖の集中供給原料の他の成分からの放出を促進することは有用でありうる。多糖を加水分解する酵素を生産する微生物が、異なる基質特異性を有する数種の酵素または酵素群によって触媒される、セルロース分解などの活性を示すことが多いことは当該技術分野で周知である。したがって、微生物由来の「セルラーゼ」は、酵素群を含んでなる場合があり、それらのすべてはセルロース分解活性に寄与しうる。セルラーゼなどの商用または非商用の酵素製剤は、酵素を得るのに用いられる精製スキームに依存し、極めて多数の酵素を含んでなる場合がある。したがって、本方法の糖化酵素共同体は「セルラーゼ」などの酵素活性を含んでなる場合があるが、この活性は２種以上の酵素によって触媒されうると理解されている。
【００６８】
糖化酵素は、スペザイム（Ｓｐｅｚｙｍｅ）（登録商標）ＣＰセルラーゼ（ジェネンコア・インターナショナル（Ｇｅｎｅｎｃｏｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）、ロチェスター（Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ）、ニューヨーク州）およびマルチフェクト（Ｍｕｌｔｉｆｅｃｔ）（登録商標）キシラナーゼ（ジェネンコア（Ｇｅｎｅｎｃｏｒ））など、商用的に入手可能である。さらに、糖化酵素は、組換え微生物の使用を含む生物学的に生産されうる。
【００６９】
当業者であれば、共同体中で使用するための酵素の有効量を決定しかつ最適な酵素活性のための条件を調節する方法を知るであろう。当業者であれば、共同体中で必要とされる酵素活性のクラスを最適化しかつ選択された条件下での所定の前処理生産物の最適な糖化を得る方法も知るであろう。
【００７０】
上記のように、集中供給原料を形成するのに用いられうる多量の繊維および他の種子方法流れなどの別の供給流れは、澱粉の成分を含みうる。この澱粉は、澱粉を加水分解するグリコシダーゼ（例えば、アミラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、グルコアミラーゼ、α−グルコシダーゼ、イソアミラーゼ）を用いて発酵性糖に分解されうる。それ故、澱粉を含む別の供給流れが前処理に先立ちまたはその後に混和される場合、本方法における糖化の間に澱粉を加水分解する酵素を含めることで発酵可能な糖の生産を促進することは特に適切である。
【００７１】
本方法にて集中供給原料を形成するのに利用可能な別の供給流れは、タンパク質の成分を含みうる。タンパク質はペプチダーゼを用いて分解されうる。それ故、タンパク質を含む穀物方法流れが前処理に先立ちまたはその後に混和される場合、本方法における糖化の間にタンパク質を加水分解する酵素を含めることでアミノ酸を用いて発酵可能な糖の生産を促進することは適切でありうる。
【００７２】
好ましくは、糖化反応は、糖化酵素における最適な温度およびｐＨでまたはそれらの近傍で行われる。本方法における糖化酵素共同体の場合に用いられる最適な温度は約１５℃〜約１００℃の範囲である。別の実施形態では、最適な温度は約２０℃〜約８０℃の範囲である。ｐＨ最適値は約２〜約１１の範囲でありうる。別の実施形態では、本方法において糖化酵素共同体の場合に用いられるｐＨ最適値は約４〜約１０の範囲である。
【００７３】
約数分〜約１２０時間、および好ましくは約数分〜約４８時間の時間で糖化を行ってもよい。反応における時間は、酵素濃度および比活性、ならびに用いられる基質および温度およびｐＨなどの環境条件に依存することになる。当業者であれば、特定の基質および糖化酵素共同体の場合に用いられるべき温度、ｐＨおよび時間の最適な条件を容易に決定できる。
【００７４】
糖化をバッチ式または連続方法で行ってもよい。さらに、糖化を１工程または多数の工程で行ってもよい。例えば、糖化に必要な異なる酵素は異なる最適なｐＨまたは温度を示しうる。ある温度およびｐＨで酵素を用いて一次処理を行った後、異なる温度および／またはｐＨで異なる酵素を用いて二次または三次（またはさらなる）処理を行ってもよい。さらに、順次工程で異なる酵素を用いた処理は、ヘミセルラーゼ、次いでセルラーゼの使用など、同じｐＨおよび／または温度で行われうる。
【００７５】
糖化後の集中供給原料または第２の集中供給原料からの糖類の可溶化の度合いを、単糖およびオリゴ糖の放出の測定により監視してもよい。単糖およびオリゴ糖を測定するための方法は、当該技術分野で周知である。例えば、１，３−ジニトロサリチル（ＤＮＳ）酸アッセイ（ミラー  Ｇ．Ｌ．（Ｍｉｌｌｅｒ，Ｇ．Ｌ．）、Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．（１９５９年）３１：４２６−４２８頁）を用いて還元糖の濃度を測定してもよい。あるいは、本明細書中の「一般的方法」の項に記載のように、適切なカラムを使用し、ＨＰＬＣにより糖類を測定してもよい。
【００７６】
集中供給原料または第２の集中供給原料から放出された発酵性糖の適切な微生物による使用により、標的化学物質を生産してもよい。糖化後であるが発酵に先立ち、糖化混合物を例えば蒸発により濃縮することで、発酵性糖の濃度が増加しうる。場合により、糖化生産物中の液体は、バッチ式または連続的な方法で固体から分離されうる。場合により、液体または糖化生産物全体は、発酵に先立ち殺菌されうる。ｐＨについては、発酵の間に用いられる微生物および糖化の間に用いられるｐＨに依存し、発酵に適するｐＨに調節されうる。さらに、糖化混合物に微生物の成長にとって必要な追加の栄養を補充することが可能である。補充物は、例えば、酵母抽出物、特定のアミノ酸、リン酸塩、窒素源、塩、および微量元素を含みうる。抗生物質など、特定の生体触媒によって作製される特定の生産物の生産にとって必要な成分もまた含まれることで、酵素触媒反応において必要とされるプラスミドまたは共同因子の維持が可能である。さらに追加の糖類が含まれることで、全糖濃度が増加しうる。糖化混合物は発酵培養液の成分として用いられ、例えば最終培地の約９０％〜約１０％を構成しうる。
【００７７】
温度および／またはヘッドスペースガスもまた、発酵微生物にとって有用な条件に応じて調節されうる。発酵は好気性または嫌気性でありうる。発酵は、糖化に続いて行われうるか、または同時糖化および発酵（ＳＳＦ）により、糖化と同時に行われうる。ＳＳＦにより、糖化によってもたらされる糖レベルが低く保持され、それにより、起こり得る糖化酵素の生産物の阻害が低下し、汚染微生物における糖の使用可能性が低下し、かつ前処理されたバイオマスの単糖および／またはオリゴ糖への変換が改善される可能性がある。
【００７８】
発酵によって生産されうる標的化学物質は、例えば、酸、アルコール、アルカン、アルケン、芳香族化合物、アルデヒド、ケトン、生体高分子、タンパク質、ペプチド、アミノ酸、ビタミン、抗生物質、および医薬品を含む。アルコールは、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノール、エチレングリコール、プロパンジオール、ブタンジオール、グリセロール、エリスリトール、キシリトール、およびソルビトールを含むがこれらに限定されない。酸は、酢酸、乳酸、プロピオン酸、３−ヒドロキシプロピオン酸、酪酸、グルコン酸、イタコン酸、クエン酸、コハク酸およびレブリン酸を含む。アミノ酸は、グルタミン酸、アスパラギン酸、メチオニン、リジン、グリシン、アルギニン、トレオニン、フェニルアラニンおよびチロシンを含む。追加の標的化学物質は、メタン、エチレン、アセトンおよび工業用酵素を含む。
【００７９】
標的化学物質への糖類の発酵が、単一または多段階の発酵において、１つもしくはそれ以上の適切な生体触媒により行われうる。生体触媒は、細菌、糸状真菌および酵母より選択される微生物でありうる。生体触媒は、野生型微生物または組換え微生物である場合があり、エスケリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ジモモナス（Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ）、サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ピキア（Ｐｉｃｈｉａ）、ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、およびクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）を含む。別の実施形態では、生体触媒は、組換え大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、ジモモナス・モビリス（Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ  ｍｏｂｉｌｉｓ）、バチルス・ステアロサーモフィラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、サッカロミセス・セレビシェ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、およびピキア・スチピチス（Ｐｉｃｈｉａ  ｓｔｉｐｉｔｉｓ）よりなる群から選択されうる。
【００８０】
標的化学物質を生産するための発酵にて用いられる多数の生体触媒については記載がなされており、他のものは発見されるか、突然変異によって生産されるか、または組換え手段によって設計されうる。本方法にて生産される発酵性糖を用いる任意の生体触媒を用いることで、本方法における発酵により生産することで知られる標的化学物質の製造が可能である。
【００８１】
発溶媒性（ｓｏｌｖｅｎｔｏｇｅｎｉｃ）クロストリジア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）によるアセトン、ブタノールおよびエタノール（ＡＢＥ発酵）への炭水化物の発酵については周知である（ジョーンズ（Ｊｏｎｅｓ）およびウッズ（Ｗｏｏｄｓ）（１９８６年）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５０：４８４−５２４頁）。クロストリジウム・アセトブチリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ）の変異株を用いる、高レベルのブタノールを生産し、さらにアセトンおよびエタノールを生産するための発酵方法が、米国特許第５，１９２，６７３号明細書に記載されている。高レベルのブタノールを生産し、さらにアセトンおよびエタノールを生産するためのクロストリジウム・バイジェリンキー（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）の変異株の使用については、米国特許第６，３５８，７１７号明細書に記載されている。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の遺伝子組換え株は、エタノール生産用の生体触媒としても用いられている（アンダーウッド（Ｕｎｄｅｒｗｏｏｄ）ら、（２００２年）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６８：６２６３−６２７２頁）。エタノールの生産を改善しているジモモナス・モビリス（Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ  ｍｏｂｉｌｉｓ）の遺伝子組換え株については、米国特許出願公開第２００３／０１６２２７１Ａ１号明細書に記載されている。
【００８２】
乳酸は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の組換え株（チョウ（Ｚｈｏｕ）ら、（２００３年）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６９：３９９−４０７頁）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の天然株（米国特許出願公開第２００５／０２５０１９２号明細書）、および糸状菌（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）（タイ（Ｔａｙ）およびヤン（Ｙａｎｇ）（２００２年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．８０：１−１２頁）による発酵において生産されている。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の組換え株は、１，３プロパンジオール（米国特許第６，０１３，４９４号明細書、米国特許第６，５１４，７３３号明細書）およびアジピン酸（ニウ（Ｎｉｕ）ら、（２００２年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．１８：２０１−２１１頁）を生産するための発酵における生体触媒として用いられている。酢酸は、組換えクロストリジア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）（チェリヤン（Ｃｈｅｒｙａｎ）ら、（１９９７年）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４３：１−３３頁）および新規に同定された酵母株（フリーア（Ｆｒｅｅｒ）、（２００２年）Ｗｏｒｌｄ  Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８：２７１−２７５頁）を用いた発酵により作られている。組換え大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）および他の細菌によるコハク酸の生産については、米国特許第６，１５９，７３８号明細書中で、および変異組換え大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）によるものについてはリン（Ｌｉｎ）ら、（２００５年）Ｍｅｔａｂ．Ｅｎｇ．７：１１６−１２７頁中で記載されている。ピルビン酸は、トルロプシス・グラブラータ（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ  ｇｌａｂｒａｔａ）変異酵母（リ（Ｌｉ）ら、（２００１年）Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．５５：６８０−６８５頁）および変異大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ヨコタ（Ｙｏｋｏｔａ）ら、（１９９４年）Ｂｉｏｓｃｉ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５８：２１６４−２１６７頁）により生産されている。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の組換え株は、パラ−ヒドロキシケイ皮酸（米国特許出願公開第２００３／０１７０８３４号明細書）およびキナ酸（米国特許出願公開第２００６／０００３４２９号明細書）を生産するための生体触媒として用いられている。
【００８３】
プロピオン酸を生産するための発酵においては、プロピオニバクテリウム・アシジプロピオニシ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ）の変異体が用いられており（スワンナックホン（Ｓｕｗａｎｎａｋｈａｍ）およびヤン（Ｙａｎｇ）（２００５年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．９１：３２５−３３７頁）、酪酸についてはクロストリジウム・チロブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｙｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）により作られている（ウ（Ｗｕ）およびヤン（Ｙａｎｇ）（２００３年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．８２：９３−１０２頁）。プロピオン酸塩およびプロパノールについては、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）株１７ｃｒ１（ジャンセン（Ｊａｎｓｓｅｎ）、（２００４年）Ａｒｃｈ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１８２：４８２−４８６頁）によるトレオニンからの発酵により作られている。酵母様の黒酵母（Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ  ｐｕｌｌｕｌａｎｓ）を用い、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）の変異体（シン（Ｓｉｎｇｈ）ら、（２００１年）Ｉｎｄｉａｎ  Ｊ．Ｅｘｐ．Ｂｉｏｌ．３９：１１３６−４３頁）によりグルコン酸が作られている（アナンタシアジス（Ａｎａｎｔａｓｓｉａｄｉｓ）ら、（２００５年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．９１：４９４−５０１頁）。５−ケト−Ｄ−グルコン酸がグルコノバクター・オキシダンス（Ｇｌｕｃｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｏｘｙｄａｎｓ）の変異体により作られ（エルファリ（Ｅｌｆａｒｉ）ら、（２００５年）Ａｐｐｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．６６：６６８−６７４頁）、イタコン酸がアスペルギルス・テレウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ）の変異体により生産され（レディ（Ｒｅｄｄｙ）およびシン（Ｓｉｎｇｈ）（２００２年）Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．８５：６９−７１頁）、クエン酸がアスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）変異株により生産され（イクラム・ウル・ハク（Ｉｋｒａｍ−Ｕｌ−Ｈａｑ）ら、（２００５年）Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．９６：６４５−６４８頁）、かつキシリトールがカンジダ・ギリエルモンディ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ）ＦＴＩ  ２００３７により生産された（ムサット（Ｍｕｓｓａｔｔｏ）およびロベルト（Ｒｏｂｅｒｔｏ）（２００３年）Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．９５：３３１−３３７頁）。４−ヒドロキシバレレートを含有するバイオポリエステルは、大量の３−ヒドロキシ酪酸、および３−ヒドロキシ吉草酸も含有するものであり、シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ）およびラルストニア・ユートロファ（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｅｕｔｒｏｐｈａ）の組換え体により生産された（ゴレンフロ（Ｇｏｒｅｎｆｌｏ）ら、（２００１年）Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ２：４５−５７頁）。Ｌ−２，３−ブタンジオールが組換え大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）により作られた（ウイ（Ｕｉ）ら、（２００４年）  Ｌｅｔｔ．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３９：５３３−５３７頁）。
【００８４】
発酵によるアミノ酸の生産は、栄養要求株およびコリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブレビバクテリウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびセラティア（Ｓｅｒｒａｔｉａ）のアミノ酸類似体−耐性菌を用いて行われている。例えば、ヒスチジン類似体に耐性を示す株を用いたヒスチジンの生産が日本特許出願公開第８５９６／８１号公報に、組換え株を用いた同生産が欧州特許第１３６３５９号明細書に記載されている。トリプトファン類似体に耐性を示す株を用いたトリプトファンの生産が、日本特許出願公開第４５０５／７２号公報および日本特許出願公開第１９３７／７６号公報に記載されている。イソロイシン類似体に耐性を示す株を用いたイソロイシンの生産が、日本特許出願公開第３８９９５／７２号公報、日本特許出願公開第６２３７／７６号公報、日本特許出願公開第３２０７０／７９号公報に記載されている。フェニルアラニン類似体に耐性を示す株を用いたフェニルアラニンの生産が、日本特許出願公開第１００３５／８１号公報に記載されている。成長にフェニルアラニンを必要とし、チロシンに耐性を示す株（Ａｇｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｊａｐａｎ  ５０（１）Ｒ７９−Ｒ８７（１９７６年））または組換え株（欧州特許第２６３５１５号明細書、欧州特許第３３２２３４号明細書）を用いたチロシンの生産、およびＬ−アルギニン類似体に耐性を示す株を用いたアルギニンの生産（Ａｇｒ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９７２年）３６：１６７５−１６８４頁、日本特許出願公開第３７２３５／７９号公報および日本特許出願公開第１５０３８１／８２号公報）が記載されている。フェニルアラニンは、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｉａ  ｃｏｌｉ）株ＡＴＣＣ３１８８２、３１８８３、および３１８８４内での発酵によっても生産された。組換えコリネフォルム細菌におけるグルタミン酸の生産が、米国特許第６，９６２，８０５号明細書に記載されている。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の変異株によるトレオニンの生産が、オカモト（Ｏｋａｍｏｔｏ）およびイケダ（Ｉｋｅｄａ）（２０００年）Ｊ．Ｂｉｏｓｃｉ  Ｂｉｏｅｎｇ．８９：８７−７９頁に記載されている。メチオニンが、コリネバクテリウム・リリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｌｉｕｍ）の変異株によって生産された（クマル（Ｋｕｍａｒ）ら、（２００５年）Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．９６：２８７−２９４頁）。
【００８５】
有用なペプチド、酵素、および他のタンパク質もまた、生体触媒（例えば、米国特許第６，８６１，２３７号明細書、米国特許第６，７７７，２０７号明細書、米国特許第６，２２８，６３０号明細書）によって作られている。
【００８６】
発酵性糖に向けてのバイオマスの前処理および糖化、その後の標的化学物質に向けての糖類の発酵についてはＣＬ２８２５（実施例９）に例示され、それはエタノールへの糖類の発酵における生体触媒としてジモモナス・モビリス（Ｚ．ｍｏｂｉｌｉｓ）を用いる、前処理されたトウモロコシ穂軸からのエタノールの生産について参照により本明細書中に援用される。本発明の方法を、バイオマスからの１，３−プロパンジオールの生産においてさらに用いてもよい。バイオマスは、本発明によって前処理および糖化を受け、ＣＬ２８２５（実施例１０）に記載のように、糖化の後（または間）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の使用により１，３−プロパンジオールが生産される。
る
【００８７】
生体触媒による発酵にて生産される標的化学物質は、当該技術分野で既知の様々な方法を用いて回収されうる。生産物は、遠心分離、濾過、精密濾過、およびナノ濾過により、他の発酵成分から分離されうる。生産物は、イオン交換、溶媒抽出、または電気透析により抽出されうる。凝集剤を使用することで、生産物の分離が促進される。具体例として、バイオ生産された１−ブタノールは、ＡＢＥ発酵についての当該技術分野で既知の方法を用いて発酵培地から単離されうる（例えば、デュレ（Ｄｕｒｒｅ）、Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．４９：６３９−６４８頁（１９９８年）、グルート（Ｇｒｏｏｔ）ら、Ｐｒｏｃｅｓｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２７：６１−７５頁（１９９２年）、およびそれらの中の参考文献を参照）。例えば、遠心分離、濾過、デカンテーションまたは同類のものにより、固体が発酵培地から除去されうる。次いで、１−ブタノールは、蒸留、共沸蒸留、液体−液体抽出、吸着、ガスストリッピング、膜蒸発、または透析蒸発などの方法を用いて発酵培地から単離されうる。発酵媒体からの１，３プロパンジオールの精製が、例えば、反応混合物に有機溶媒、蒸留、およびカラムクロマトグラフィーによる抽出を施すことにより実施されうる（米国特許第５，３５６，８１２号明細書）。この方法にとって特に良好な有機溶媒はシクロヘキサンである（米国特許第５，００８，４７３号明細書）。アミノ酸は、イオン交換樹脂吸着および／または結晶化などの方法により発酵培地から回収されうる。
【実施例】
【００８８】
一般的方法および材料
以下の略語が用いられる。
「ＨＰＬＣ」は高性能液体クロマトグラフィー、「Ｃ」は摂氏、「ｋＰａ」はキロパスカル、「ｍ」はメートル、「ｍｍ」はミリメートル、「ｋＷ」はキロワット、「μｍ」はマイクロメートル、「μＬ」はマイクロリットル、「ｍＬ」はミリリットル、「Ｌ」はリットル、「ｍｉｎ」は分、「ｍＭ」はミリモル、「ｃｍ」はセンチメートル、「ｇ」はグラム、「ｋｇ」はキログラム、「ｗｔ」は重量、「ｈｒ」は時間、「ｔｅｍｐ」または「Ｔ」は温度、「ｔｈｅｏｒｅｔ」は理論、「ｐｒｅｔｒｅａｔ」は前処理、「ＤＷＢ」はバイオマスの乾燥重量である。
【００８９】
硫酸、水酸化アンモニウム、酢酸、アセトアミド、酵母抽出物、２−モルホリノエタンスルホン酸（ＭＥＳ）、カリウムリン酸塩、グルコース、キシロース、トリプトン、塩化ナトリウムおよびクエン酸を、シグマ−アルドリッチ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）（セントルイス（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ）、ミズーリ州）から入手した。
【００９０】
前処理および酵素加水分解反応器（ＰＥＨＲ）
図２に示すような寸法および特徴を有しかつ本明細書中、上記のバイオマス処理装置はＰＥＨＲｅａｃｔｏｒと称されるものであり、以下の実施例にてそれを使用した。つまり、９ＬのＰＥＨＲｅａｃｔｏｒ（ＮＲＥＬ、ゴールデン（Ｇｏｌｄｅｎ）、コロラド州にて構築；同時係属出願ＣＬ３４４７に詳細に記載）は、処理反応体を導入するための注入ランスを具備する約１５ｃｍ×５１ｃｍのステンレス鋼製の反応容器を有する。注入ランスは、容器の一端部上でカバー内のポートに回転ジョイントを用いて接続され、それは容器に接近するための追加ポートを有する。４つのバッフルが容器壁の全長にわたり、壁に垂直に取り付けられる。バッフルおよび容器内で浮遊している３．２ｃｍ×３．２ｃｍの２２個のセラミック製の摩擦媒体シリンダー（アドバンスド・セラミックス（Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｅｒａｍｉｃｓ）、イーストパレスタイン（Ｅａｓｔ  Ｐａｌｅｓｔｉｎｅ）、オハイオ州）は、容器回転時でのバイオマスと反応物との機械的混合を適用したものであり、それにより反応物のバイオマスへの吸収が促進される。ＰＥＨＲｅａｃｔｏｒは回転のための機構を提供するベルコ・セル−プロダクション・ローラー・アパラタス（Ｂｅｌｌｃｏ  Ｃｅｌｌ−Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｒｏｌｌｅｒ  Ａｐｐａｒａｔｕｓ）（ベルコ・テクノロジー（Ｂｅｌｌｃｏ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、ヴァインランド（Ｖｉｎｅｌａｎｄ）、ニュージャージー州）上に設けられ、ローラー装置を具備する反応器は熱を供給する温度制御チャンバー内に収容される。温度制御チャンバーは、ベルコ・セル・プロダクション・アパラタス（Ｂｅｌｌｃｏ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ａｐｐａｒａｔｕｓ）を囲むコルク製の絶縁パッドを支持するためのアルミニウムフレームよりなり、それに注入ランスの中央を通して挿入される熱電対により制御されるヒーターが取り付けられる。真空および圧力を、カバー内でランスに接続されたポートに外部ソースを取り付けることにより、反応容器に適用可能である。
【００９１】
分析法
糖、アセトアミド、乳酸および酢酸含有量の測定
糖化液中の可溶性糖（グルコース、セロビオース、キシロース、ガラクトース、アラビノースおよびマンノース）を、適切なガードカラムを有するバイオ・ラッド（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）ＨＰＸ−８７Ｐおよびバイオ・ラッド（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）ＨＰＸ−８７Ｈカラム（バイオ・ラッドラボラトリーズ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ハーキュリーズ（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ）、カリフォルニア州）を用い、ＨＰＬＣ（アジレント（Ａｇｉｌｅｎｔ）モデル１１００、アジレント・テクノロジーズ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、パロアルト（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ）、カリフォルニア州）によって測定した。試料のｐＨを測定し、必要に応じ硫酸を用いて５〜６に調節した。次いで、試料を直接に０．２μｍのシリンジフィルターを通してＨＰＬＣバイアルに通過させた。ＨＰＬＣの稼動条件は以下の通りであった。
ＨＰＸ−８７Ｐ（炭水化物用）：
注入容量：１０〜５０μＬ、濃度および検出器の限界に依存
移動相：ＨＰＬＣグレードの水、０．２μｍに濾過および脱気
流速：０．６ｍＬ／分
カラム温度：８０〜８５℃、ガードカラム温度＜６０℃
検出器温度：可能な限り主カラム温度に近い
検出器：屈折率
実行時間：３５分間のデータ収集に加え、実行後の１５分間（後の溶出化合物のために可能な調節を行う）
バイオ・ラッド（Ｂｉｏｒａｄ）アミネックス（Ａｍｉｎｅｘ）ＨＰＸ−８７Ｈ（炭水化物を対象）
注入容量：５〜１０μＬ、濃度および検出器の限界に依存
移動相：０．０１Ｎ硫酸、０．２μｍに濾過および脱気
流速：０．６ｍＬ／分
カラム温度：５５℃
検出器温度：可能な限りカラム温度に近い
検出器：屈折率
実行時間：２５〜７５分間のデータ収集
【００９２】
実行後、試料中の濃度を各化合物における標準曲線から判定した。
【００９３】
実施例１
ＰＥＨＲｅａｃｔｏｒ内でのトウモロコシ穂軸および異なる使用済み穀物試料を含有する複合バイオマスの前処理および糖化
使用済み穀物試料を次のように調製した。
１．＃２黄色全粒デントコーン粒（アグウェイ（Ａｇｗａｙ）から購入）
２．イリノイ大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）で開発されたクイック・ジャーム（Ｑｕｉｃｋ  Ｇｅｒｍ）方法（シン（Ｓｉｎｇｈ）およびエックホフ（Ｅｃｋｏｆｆ）（１９９６年）  Ｃｅｒｅａｌ  Ｃｈｅｍ．７４：４６２−４６６頁）により、トウモロコシ粒からジャームを除去した（ｄｅｇｅｒｍｅｄ）。出発材料をイリノイ大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）のヴィジャイ・シン（Ｖｉｊａｙ  Ｓｉｎｇｈ）から入手した。
３．クイック・ファイバー（Ｑｕｉｃｋ  Ｆｉｂｅｒ）方法によるトウモロコシ粒方法により、ジャームおよび外皮繊維を除去した（米国特許第６，２５４，９１４号明細書）。出発材料をイリノイ大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）のヴィジャイ・シン（Ｖｉｊａｙ  Ｓｉｎｇｈ）から入手した。
４．ブリューワーズ・グリット（Ｂｒｅｗｅｒｓ’ｇｒｉｔｓ）をカーギル（Ｃａｒｇｉｌｌ）（ミネアポリス（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ）、ミネソタ州）から入手した。
【００９４】
使用済み穀物は、澱粉が糖に変換される場合の穀物加工からの残留固形物を示す。使用済み穀物を本質的に基本的なウイスキー方法により生産した。異なる出発材料を澱粉分解酵素で処理して糖類を生産し、生産されたマッシュを濾過してフィルターケーキ固形物または使用済み穀物を回収した。
【００９５】
出発材料を、フォス（Ｆｏｓｓ）（ノース・アメリカンＨＱ（Ｎｏｒｔｈ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  ＨＱ）：エデンプレーリー（Ｅｄｅｎ  Ｐｒａｒｉｅ）、ミネソタ州）シクロテック（Ｃｙｃｌｏｔｅｃ）１０９３試料ミル（上記の出発材料１および２）で挽いて２５０μｍにするかまたはブレンダー（上記の出発材料３および４）で挽き、次いで２Ｌのジャケット付きの撹拌用ガラス反応容器内で水および２００ｍＭ  ＣａＣｌ２＊Ｈ２Ｏと結合した。混合物のｐＨを１Ｎ  ＮａＯＨを用いて６．５に調節し、全α−ミラーゼ（スペザイム（Ｓｐｅｚｙｍｅ）ＨＰＡ、ジェネンコア・インターナショナル（Ｇｅｎｅｎｃｏｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）、パロ・アルト（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ）、カリフォルニア州）の半分を添加した。次いで、反応容器を９５℃まで加熱し、２０分後に残存するα−アミラーゼを添加した。容器を、９５℃で規定時間維持した後、７０℃に冷却し、混合物のｐＨを１Ｍ  ＨＣｌを用いて４．５に調節した。グルコアミラーゼ（グザイム（Ｇｚｙｍｅ）４８０、ジェネンコア（Ｇｅｎｅｎｃｏｒ））を添加し、温度をさらに５０℃まで低下させ、一晩保持した。この時点で、反応器を４０℃未満に冷却し、内容物を、１０μｍの孔サイズを有するダクロン（Ｄａｃｒｏｎ）製フィルタークロスを通して濾過した。フィルターケーキを水で洗浄し、最終のフィルターケーキまたは使用済み穀物を１０５℃で一晩乾燥させ、室温で前処理実験にて使用されるまで保存した。各出発材料における特定の反応条件を下記の表１に挙げる。
【００９６】
【表１】
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【００９７】
全粒トウモロコシ穂軸を、約０．９５ｃｍのジョー間隔を有するジョークラッシャー（２．２ｋＷモーター）、その後にデランパー（ｄｅｌｕｍｐｅｒ）（１．５ｋＷモーター、フランクリン・ミラー（Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｍｉｌｌｅｒ  Ｉｎｃ．））で加工した後、１．９ｃｍの米国標準スクリーンを具備したスウェコ（Ｓｗｅｃｏ）製スクリーンでスクリーニングした。粉砕トウモロコシ穂軸を、表３に挙げる使用済み穀物の１種とともにＰＥＨＲｅａｃｔｏｒに負荷した。使用済み穀物は、反応器内のバイオマスの全乾燥重量の約１０％であった。乾燥バイオマスの全負荷量は約４７３ｇであった。実験開始前では、負荷した各反応器をローラーインキュベータ内で回転させずに９５℃に予備加熱した。真空（約８５ｋＰａゲージ圧）を反応容器に適用し、容器を密封した。各反応容器内の温度が９５℃で再安定化した時、回転を１９ｒｐｍで開始させた。希釈水酸化アンモニウム溶液を添加し、アンモニア４ｇ／バイオマスの乾燥重量１００ｇのアンモニア濃度および固体濃度としてバイオマスの乾燥重量３０ｇ／バイオマス−アンモニア混合物の総重量１００ｇを得た。注入後、容器における真空を大気圧に解放した。反応器を９５℃で３０分間維持し、次いで温度を８５℃に低下させ、ここでは回転させながら４時間それを維持した。その時間の最後に、真空（約８５ｋＰａゲージ圧）を反応容器に３０分間適用してアンモニアを除去し、各反応器の内容物の温度を約５０℃に低下させた。次いで、二酸化炭素を各反応器に注入して真空を解放し、反応器をＣＯ２を用いて１３８ｋＰａゲージ圧に加圧し、その圧力で５０℃で３０分間回転させた。
【００９８】
この後、反応器を減圧し、開放し、７５ｍｌの１Ｍクエン酸緩衝液、ｐＨ４．８を注入することにより内容物のｐＨを約５．５に調節し、その中にクエン酸一水和物を添加および溶解した。クエン酸緩衝液を５０℃に加熱してから各反応器に注入し、次いで反応器を５０℃および１９ｒｐｍで１時間インキュベートすることで平衡化しておいた。反応器をインキュベータから取り出し、開放し、試料のｐＨを測定した。もしｐＨが５．５より大きい場合、さらなる固体クエン酸一水和物を添加し、反応器を回転させながら５０℃でさらに１時間インキュベートした。この方法を、各反応器において約５．５のｐＨを得るのに必要な度ごとに繰り返した。一旦所望のｐＨに達すると、２８．４ｍｇ／ｇのセルロース、スペザイム（Ｓｐｅｚｙｍｅ）（登録商標）ＣＰセルラーゼ（ジェネンコア（Ｇｅｎｅｎｃｏｒ））および１０．１ｍｇの活性タンパク質／ｇのセルロース、β−グルコシダーゼ、キシラナーゼ、β−キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼを含有するダイバーサ（Ｄｉｖｅｒｓａ）製Ｄ２カクテルを反応器に負荷した。反応器を５０℃および１９ｒｐｍで７２時間インキュベータ内で維持した。この前処理および糖化の後、糖の収率を一般的方法に記載のようにアッセイした。グルコースおよびキシロースの収率は双方の供給に関与するグルカンおよびキシランの全体を基準にしたものであり、これらを表２に示す。トウモロコシ穂軸と使用済み穀物とを複合させたバイオマス試料の収率は、トウモロコシ穂軸単独試料の収率に類似していた。
【００９９】
【表２】
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【０１００】
実施例２
ＰＥＨＲｅａｃｔｏｒ内でのトウモロコシ穂軸、使用済み穀物、および追加成分を含有する複合バイオマスの前処理および糖化
実施例１に記載のように調整した粉砕トウモロコシ穂軸およびウイスキーの使用済み穀物を、実施例１に記載のようにＰＥＨＲｅａｃｔｏｒ内で複合させた。さらに、他の穀物成分を添加した。一方の試料では、澱粉（シグマ（Ｓｉｇｍａ）Ｓ４１２６、ロット番号０９３Ｋ００３３）を５ｇ／バイオマスの全乾燥重量１００ｇで添加した。もう一方の試料では、トウモロコシ油（シスコクラシック（Ｓｙｓｃｏ  Ｃｌａｓｓｉｃ）製トウモロコシ油、ロット番号４１１９０９５）を約２ｇ／乾燥バイオマス全体１００ｇの濃度で添加した。実施例１に記載のように試料を前処理して糖化した。結果を表３に示す。これらの結果はまた、表２におけるトウモロコシ穂軸のみの対照データと有利に比較したものである。
【０１０１】
【表３】
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【０１０２】
実施例３
ＰＥＨＲｅａｃｔｏｒ内でのトウモロコシ穂軸およびトウモロコシ繊維を含有する複合バイオマスの前処理および糖化
粉砕トウモロコシ穂軸およびカーギル（Ｃａｒｇｉｌｌ）製ブラン８０（Ｂｒａｎ  ８０）（カーギル（Ｃａｒｇｉｌｌ）、ミネトンカ（Ｍｉｎｎｅｔｏｎｋａ）、ミネソタ州）トウモロコシ繊維を、繊維が乾燥バイオマス全体の約１０％であるように複合させた。実施例１に記載のように、複合バイオマスを前処理して糖化した。生産された糖の収率を表４に示す。トウモロコシ穂軸とトウモロコシ繊維とを複合させたバイオマスの収率は、トウモロコシ穂軸単独試料の収率に類似していた。
【０１０３】
【表４】
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【国際調査報告】
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