(57)【要約】   染色体８ｑ２４．２１上の座位が特定の形態の癌において主たる役割を果たしていることが実証された。特定のマーカー及びハプロタイプは特定の癌への感受性を示す。癌への感受性を同定するための診断的応用が記載されている。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における癌への感受性を診断する方法であって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在が癌への感受性を示す方法。
【請求項２】
該マーカー又はハプロタイプが表１３のマーカーから成る群より選択されるマーカーである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該マーカーがｒｓ１４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
該マーカー又はアットリスクハプロタイプが、ハプロタイプ１及びハプロタイプ１ａから成る群より選択されるアットリスクハプロタイプである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
該マーカー又はハプロタイプが、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなるハプロタイプである請求項１に記載の方法。
【請求項６】
該ハプロタイプが、ｒｓ１４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
該癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
該癌が、前立腺癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．５の相対リスクを有する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
該前立腺癌が、７（４＋３）〜１０の合計グリーソンスコアにより定義される進行性前立腺癌である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
該前立腺癌が、２〜７（３＋４）の合計グリーソンスコアにより定義されるより遅い進行性前立腺癌である、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
該癌が、乳癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．３の相対リスクを有する、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
該癌が、肺癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．３の相対リスクを有する、請求項７に記載の方法。
【請求項１４】
該癌が、メラノーマであり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．５の相対リスクを有する、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
該メラノーマが悪性皮膚メラノーマである、請求項７に記載の方法。
【請求項１６】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、特定の治療様式への患者の異なった応答率を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、腫瘍又はその前駆体におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１の体細胞再構成の素因を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
該体細胞再構成が、増幅、転座、挿入及び欠失から成る群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
該マーカー又はハプロタイプが、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーと、（｜Ｄ’｜＞０．８）及び／又はｒ２＞０．２により定義される強い連鎖不平衡にあるＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
該一つ又はそれより多くのマーカーが、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
癌への感受性を診断する方法であって、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は癌への感受性を示す、前記方法。
【請求項２２】
該癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
対象における進行性前立腺癌についての増加したリスクを予期する方法であって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は進行性前立腺癌への増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項２４】
該マーカー又はハプロタイプが、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
癌への感受性を検出するため、対象からのサンプルをアッセイするためのキットであって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出するための一つ又はそれより多くの試薬を含んでなる、前記キット。
【請求項２６】
該癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
該一つ又はそれより多くの試薬が、表１３のマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのマーカーを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる、請求項２６に記載のキット。
【請求項２８】
該一つ又はそれより多くの試薬が、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる、請求項２６に記載のキット。
【請求項２９】
対象における増加した癌のリスクを診断するための方法であって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプをスクリーニングすることを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプは癌を有していない対象におけるよりも、癌を有する対象中でより頻繁に存在し、及び該マーカー又はハプロタイプの存在が癌を有する対象のリスクを増加させる、前記方法。
【請求項３０】
該癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
対象における癌への感受性を診断するための方法であって：
ｉ）対象から核酸サンプルを得ること；及び
ｉｉ）ＬＤブロックＡに関連する少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在又は不存在について核酸サンプルを解析すること、ここで該マーカー又はハプロタイプの存在は癌への感受性を示す；
を含んでなる、前記方法。
【請求項３２】
該マーカー又はハプロタイプが、表１３のマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのアレルを含んでなる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
該マーカー又はハプロタイプが、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル又はｒｓｌ４４７２９５  Ａアレルを含んでなる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
該癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
対象におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を診断する方法であって、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプの存在を検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を示す、前記方法。
【請求項３６】
該マーカー又はハプロタイプが、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
該マーカー又はハプロタイプが、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル又はｒｓｌ４４７２９５  Ａアレルを含んでなる、請求項４９に記載の方法。
【請求項３８】
該Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌が、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌；Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌；Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌；及びＣｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマから成る群より選択される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
個体における前立腺癌への感受性を診断する方法であって、マーカーＤＧ８Ｓ７３７を検出することを含んでなり、ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在は前立腺癌への感受性を示す、前記方法。
【請求項４０】
該前立腺癌が、７（４＋３）〜１０の合計グリーソンスコアにより定義される進行性前立腺癌である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
該前立腺癌が、２〜７（３＋４）の合計グリーソンスコアにより定義されるより遅い進行性前立腺癌である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在が、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在が、特定の治療様式への患者の異なった応答率を示す、請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】
個体における前立腺癌の増加したリスクを診断する方法であって、マーカーＤＧ８Ｓ７３７を検出することを含んでなり、ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在は前立腺癌の増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項４５】
対象における前立腺癌についての増加したリスクを予期する方法であって、マーカーＤＧ８Ｓ７３を検出することを含んでなり、ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在は進行性前立腺癌についての増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項４６】
対象における進行性前立腺癌についての増加したリスクを予期する方法であって、マーカーＤＧ８Ｓ７３を検出することを含んでなり、ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在は進行性前立腺癌についての増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項４７】
アフリカ人先祖を含む先祖を有するヒトにおける前立腺癌への感受性を診断する方法であって、マーカーＤＧ８Ｓ７３を検出することを含んでなり、ＤＧ８Ｓ７３７中の−８アレルの存在は前立腺癌への感受性を示す、前記方法。
【請求項４８】
個体における前立腺癌への感受性を診断する方法であって、マーカーｒｓ１４４７２９５を検出することを含んでなり、ｒｓ１４４７２９５中のＡアレルの存在は前立腺癌への感受性を示す、前記方法。
【請求項４９】
該前立腺癌が、７（４＋３）〜１０の合計グリーソンスコアにより定義される進行性前立腺癌である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
該前立腺癌が、２〜７（３＋４）の合計グリーソンスコアにより定義されるより遅い進行性前立腺癌である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
ｒｓ１４４７２９５中のＡアレルの存在が、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す、請求項４８に記載の方法。
【請求項５２】
ｒｓ１４４７２９５中のＡアレルの存在が、特定の治療様式への患者の異なった応答率を示す、請求項４８に記載の方法。
【請求項５３】
個体における前立腺癌の増加したリスクを診断する方法であって、マーカーｒｓｌ４４７２９５を検出することを含んでなり、ｒｓｌ４４７２９５中のＡアレルの存在は前立腺癌の増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項５４】
対象における前立腺癌についての増加したリスクを予期する方法であって、マーカーｒｓｌ４４７２９５を検出することを含んでなり、ｒｓｌ４４７２９５中のＡアレルの存在は進行性前立腺癌についての増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項５５】
対象における進行性前立腺癌についての増加したリスクを予期する方法であって、マーカーｒｓｌ４４７２９５を検出することを含んでなり、ｒｓｌ４４７２９５中のＡアレルの存在は進行性前立腺癌についての増加したリスクを示す、前記方法。
【請求項５６】
個体における前立腺癌の減少したリスクを診断する方法であって、表２２に示されたハプロタイプを検出することを含んでなり、該ハプロタイプの存在が前立腺癌への減少した感受性を示す、前記方法。
【請求項５７】
個体における前立腺癌の減少したリスクを診断する方法であって、１未満の相対リスクを有する、表１３に示されたマーカーを検出することを含んでなり、該マーカーの存在は前立腺癌への減少した感受性を示す、前記方法。
【請求項５８】
個体における前立腺癌の増加したリスクを診断する方法であって、１より大きな相対リスクを有する、表１３に示されたマーカーを検出することを含んでなり、該マーカーの存在は前立腺癌への増加した感受性を示す、前記方法。
【請求項５９】
対象における癌への感受性を診断する方法であって、ＬＤブロックＡに関連する少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在について、対象から得られた核酸サンプルを解析することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在が癌への増加した感受性を示す、前記方法。
【請求項６０】
該マーカー又はハプロタイプが１より大きな相対リスクを有する、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカー含んでなる、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
該マーカー又はハプロタイプがＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル又はｒｓｌ４４７２９５  Ａアレルを含んでなる、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
該癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項５９〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
癌が前立腺癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．５の相対リスクを有する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
該前立腺癌が、７（４＋３）〜１０の合計グリーソンスコアにより定義される進行性前立腺癌である、請求項６２又は６３に記載の方法。
【請求項６５】
該前立腺癌が、２〜７（３＋４）の合計グリーソンスコアにより定義されるより遅い進行性前立腺癌である、請求項６２又は６３に記載の方法。
【請求項６６】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す、請求項６３又は６４に記載の方法。
【請求項６７】
該癌が乳癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．３の相対リスクを有する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６８】
該癌が肺癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．３の相対リスクを有する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６９】
該癌がメラノーマであり、及び該マーカー又はハプロタイプが少なくとも１．５の相対リスクを有する、請求項６２に記載の方法。
【請求項７０】
メラノーマが悪性皮膚メラノーマである、請求項６２に記載の方法。
【請求項７１】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、特定の治療様式への患者の異なった応答率を示す、請求項５９〜７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、腫瘍又はその前駆体におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１の体細胞再構成の素因を示す、請求項５９〜７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
該体細胞再構成が、増幅、転座、挿入及び欠失から成る群より選択される、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
該マーカー又はハプロタイプが、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーと、（｜Ｄ’｜＞０．８）及び／又はｒ２＞０．２により定義される強い連鎖不平衡にあるＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる、請求項５９〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
該表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーが、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプが、１未満の相対リスクを有し、及びｒｓ１２５４２６８５アレルＴ及びｒｓ７８１４２５１アレルＣを含んでなる、請求項５９に記載の方法。
【請求項７７】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプが、１未満の相対リスクを有する表１３に示された少なくとも一つのマーカーを含んでなる、請求項５９に記載の方法。
【請求項７８】
該癌が前立腺癌である、請求項７６〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
対象が黒人アフリカ系祖先を有する、請求項５９〜７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
癌への感受性を検出するため、対象からのサンプルをアッセイするためのキットであって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出するための一つ又はそれより多くの試薬を含んでなる、前記キット。
【請求項８１】
該癌が前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される、請求項８０に記載のキット。
【請求項８２】
該癌が前立腺癌である、請求項８１に記載のキット。
【請求項８３】
該一つ又はそれより多くの試薬が、表１３のマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのマーカーを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８０〜８２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８４】
該一つ又はそれより多くの試薬が、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８０〜８３のいずれか一項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【発明の開示】
【０００１】
関連出願
本出願は、２００５年５月１８日に出願された米国仮出願番号６０／６８２，１４７及び２００６年４月２８日に出願された米国仮出願番号６０／７９５，７６８に関連する。上記出願の全教示は本明細書において参照文献として援用される。
【０００２】
背景技術
悪性細胞の制御されない増殖である癌は、現代医学時代の主たる健康問題であり、そして先進国における主たる死因の一つである。米国において、４人に１人は癌で死亡している（Jemal,A. et al., CA Cancer J. Clin. 52:23-47（2002)) 。
【０００３】
前立腺癌の発生率はこの十年で劇的に増加しており、そして前立腺癌は現在、米国及び西欧において主たる死亡原因である（Peschel, R.E. and J. W. Colberg, Lancet 4:233-41 (2003); Nelson, W.G. et al, N. Engl. J. Med. 349(4):366-81 (2003)) 。前立腺癌は、先進工業国の男性間で最も頻繁に診断される非皮膚性悪性腫瘍であり、及び米国において、８人の内１人が生涯の間に前立腺癌を発症するであろう(Simard, J. et al.,Endocrinology 143 (6):2029-40 (2002)) 。食事因子及び生活スタイル関連因子のような環境因子が前立腺癌のリスクに寄与するけれども、遺伝因子が重要な役割を果たすことも示されている。実際、陽性家族歴は、中でも最も強い前立腺癌の疫学的リスク因子であり、そして一卵性双生児における前立腺癌の一致した出現を比較している双生児研究は、いずれか他のタイプの癌におけるよりも前立腺癌のリスクにおけるより強い遺伝性成分を一貫して明らかにした (Nelson, W.G. et al., N. Engl. J. Med. 349(4):366-81 (2003); Lichtenstein P. et. al., N. Engl. J. Med. 343(2):78-85 (2000)) 。加えて、１９５５〜２００３年にアイスランドで診断されたすべての癌症例の家族性についての全国的研究において、前立腺癌の増加したリスクが前立腺癌事例の１から５親等血縁者で観察された(Amundadottir et.al., PLoS Medicine 1(3):e65 (2004)) 。血縁者間の増加したリスクにより強調されたこの疾患についての遺伝的素地はさらに、特定の集団間の前立腺癌の研究により支持された：例えば、アフリカ系アメリカ人は中でも、最も高い前立腺癌の発生率及びこの疾患に帰する死亡率を有する：ヨーロッパ系アメリカ人よりも１．６倍、前立腺癌を発生するようであり、及び２，４倍この疾患により死亡するようである(Ries, L.A.G. et al., NIH Pub. No. 99-4649 (1999)) 。
【０００４】
前立腺癌の男性では、余命において平均４０％の減少がある。もし早期に検出されたら（転移及び被膜を超えた局所拡散に先立って）、前立腺癌を治癒させ得る（例えば、外科手術を使用して）。しかしながら、もし前立腺からの拡散及び転移後に診察されたら、前立腺癌は、典型的には、低い治癒率の致死的疾患である。前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）に基づいたスクリーニングが前立腺癌の早期診断を助けてきたが、それは高感度でもまた特異的でもない (Punglia et.al., N Engl J Med. 349(4):335-42 (2003)) 。このことは、高いパーセンテージの偽陰性及び偽陽性診断が試験に関連することを意味している。結果は、見逃された癌の多くの例及び癌を有しない例の不必要な引き続いてのバイオプシーの両方である。６５〜８５％（年齢の依存して）もの前立腺癌の個体が、正常ＰＳＡレベルの上限として慣用的に使用されてきた４．０ｎｇ／ｍＬに等しいか又はそれ未満のＰＳＡ値を有する（Punglia et.al., N Engl J Med. 349(4):335-42 (2003); Cookston, M.S., Cancer Control 8(2): 133-40 (2001); Thompson, LM. et.al., N Engl J Med. 350:2239-46 (2004)) 。低ＰＳＡレベルを有する癌のかなりの部分が、進行性（ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅ）前立腺癌の尺度であるグリーソングレードで７又はそれ以上とスコア付けされる。上記文献。
【０００５】
上に概説した感度の問題に加え、ＰＳＡ試験は特異性及び予後を予期することについての困難さも有している。ＰＳＡレベルは前立腺癌を有しないものにおいても異常である可能性がある。例えば、良性前立腺肥大（ＢＰＨ）は、偽陽性ＰＳＡ試験のよくある原因の一つである。加えて、尿貯留、前立腺炎、激しい前立腺マッサージ及び射精を含む多様な非癌状態は血清ＰＳＡレベルを上昇させることができる。上記文献。
【０００６】
陽性ＰＳＡレベルの患者において、針バイオプシーを使用する前立腺癌の続いての確認は、もし腫瘍が超音波で観察するにはあまりに小さいならば、困難である。多数のランダムサンプルが典型的には採取されるが、前立腺癌の診断は、ほんの少量のサンプルしかサンプリングされないため、見落とすかもしれない。直腸診（ＤＲＥ）も、前立腺の後葉のみが検査されるので、多くの癌を見落とす。早期癌は触診できないので、ＤＲＥにより検出された癌はすでに前立腺の外側に広がっているであろう (Mistry KJ., Am. Board Fam. Pract. 16 (2):95-1O1 (2003)) 。
【０００７】
それ故、早期段階前立腺癌検出及び予後を容易にするであろう改良された診断法、ならびに該疾患の予防的及び治癒的治療における補助に対する大きな要求が明白に存在する。加えて、前立腺癌の進行性形態を有する可能性がある患者を、前立腺内に局在して残り及び罹患率又は死亡率には有意に寄与しない、前立腺癌のより良性な形態を有する可能性が高い患者からより良好に識別するためのツールを開発することが要求されている。このことは、有意なリスクのない患者についての、侵襲的及び費用がかかる処置を避けることを助けるであろう。
【０００８】
乳癌は米国及び世界中の女性にとって、重大な健康問題である。該疾患の検出及び治療において進歩はあったが、乳癌は女性における癌関連死因の第２位で残っており、米国において１８０,０００人以上の女性が罹患している。北アメリカの女性について、生涯で乳癌にかかる可能性は現在８人に１人である。
【０００９】
乳癌の治療又は予防について普遍的に成功している方法は、現在のところ得られていない。乳癌の管理は現在、早期診断（例えば、胸部スクリーニング法を介する）及び、外科手術、放射線療法、化学療法及びホルモン療法のような種々の治療の一つ又はそれより多くを含むことができる攻撃的治療の組み合わせである。特定の乳癌のための治療過程は、特異的腫瘍マーカーの解析を含む種々の予後パラメーターに基づいてしばしば選択される。例えば、Porter-Jordan and Lippman. Breast cancer 5:73-100 (1994) を参照されたい。
【００１０】
ＢＲＣＡｌ及びＢＲＣＡ２の発見は、乳癌に関与する鍵となる遺伝子因子の同定における重要な段階であったが、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２中の変異は乳癌への遺伝的感受性のほんの一部しか説明しないことが明らかになってきている（Nathanson. K.L. et al. Human MoI. Gen. 10(7):715- 720 (2001); Anglican Breast cancer Study Group. Br. J. Cancer 53(10):1301-08 (2000); 及びSyrjakoski K. et.al., J. Natl. Cancer Inst. 92: 1529-31 (2000)) 。乳癌に対する療法へのかなりの研究にもかかわらず、乳癌は診断及び有効に治療するのが困難なまま残されており、乳癌患者で観察される高い死亡率は、該疾患の診断、治療及び予防における改善を必要としている。
【００１１】
１９５５〜２００３年にアイスランドで診断されたすべての癌の家族性の全国的な研究では、乳癌例の１〜５等親血縁者において、ｄｅＣＯＤＥが乳癌の増加したリスクを示し(Amundadottir et.al., PLoS Med. 1(3):e65 (2004); Lichtenstein P. et.al., N. Engl. J. Med. 343(2):78-85 (2000)) 、乳癌が４５，０００に近い双生児のコホートで試験されたすべての癌の中でも最も高い遺伝可能性を有することを著者は示している。
【００１２】
肺癌は、世界中でいずれか他の型の癌よりもより多くの死を引き起こす（Goodman, G.E., Thorax 57:994-999 (2002)) 。米国において、肺癌は、男性及び女性の両方で、癌死因の第１位である。２００２年に、肺癌からの死亡率は１３４，９００人と見積もられ、乳、前立腺及び結腸を合わせた総計を超えている。上記文献。肺癌は、欧州の国々でも癌死因の１位であり、途上国において急速に増加している。生活スタイル因子（例えば、喫煙）及び食事要因のような環境因子が肺癌において重要な役割を果たしているが、遺伝的因子も該疾患に寄与している。例えば、発癌物質活性化の原因となる酵素のファミリー、分解及び続いてのＤＮＡ修復が肺癌への感受性に関係付けられている。上記文献。４８年を超えてアイスランドで診断されたすべての肺癌例を解析することにより、核家族の外側の家族メンバーへの増加したリスクがｄｅＣＯＤＥ遺伝学者により示された。この増加したリスクは喫煙では完全に説明することができず、遺伝子変異体が特定の個体を肺癌にかかりやすくしてもよいことを示している（Jonson et.al,, JAMA 292(24):2977-83 (2004); Amundadottir et.al., PLoS Med. 1(3):e65 (2004)) 。
【００１３】
診断時での疾患の段階に関わらず、すべての肺癌患者の５年生存率はただの１３％である。このことは、疾患が未だ局在化している間に検出されたケースの４６％の５年生存率と対照的である。しかしながら、１６％のみの肺癌しか、疾患が広がる前に発見されていない。疾患が進行した段階に達するまではほとんど臨床的徴候が観察されないので、早期検出は困難である。現在、診断は胸Ｘ線、痰に含まれている細胞型の解析及び気管支通路の光ファイバー試験の使用により補助されている。治療計画は癌のタイプ及び段階により決定され、外科手術、放射線療法及び／又は化学療法が含まれる。この及び他の癌に対する療法へのかなりの研究にもかかわらず、肺癌は診断及び有効に治療するのが困難なまま残されている。従って、こうした癌を検出する及び治療するための改善された方法に対する大きな要求が存在する。
【００１４】
悪性メラノーマの発生は、北アメリカにおいてヒト癌のいずれの他の型よりも急速に増加している(Armstrong et al., Cancer Surv. 19- 20:219-240 (1994)) 。メラノーマは早期段階で同定された場合には治癒可能であるが、それが遠位の部位へ広がる前の検出及び原発性腫瘍の除去を必要とする。悪性メラノーマは転移する大きな性向を有し、化学療法及びγ照射のような慣用的癌治療に抵抗することで有名である。一度転移が生じたら、予後は非常に悪い。それ故、メラノーマの早期検出は、メラノーマ治療及び制御において極めて重要である。
【００１５】
遺伝的因子がメラノーマに重要な役割を果たしていることを研究は実証した。スウェーデン人及びアイスランド人集団に基づいた研究は、１等親血縁者におけるおよそ２の規格化発生比を報告した(Hemminki K., J. Invest. Dermatol.120(2):217-23 (2003); Amundadottir et al., PLoS Med. 1(3):e65 (2004)) 。家族性ケースではより低い年齢での発症を起こす、及び多発性原発性腫瘍のより高いリスクを有する傾向があり、さらに遺伝的要素を示唆している(例えば、Tucker M., Oncogene 22(20):3042-52 (2003) を参照されたい) 。遺伝的及び環境リスク要因の相互作用がメラノーマにおいて主要な役割を果たしているようである。しかしながら、どのように正常メラニン細胞がメラノーマ細胞に形質転換するかについての分子及び及び生物学的メカニズムはまだ分かっていない。
【００１６】
明らかに、特定の形態の癌（例えば、前立腺癌、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性の原因となるマーカー及び遺伝子の同定は、現在の腫瘍学が直面している一つの主要な挑戦である。癌の早期検出及び治療についてのより積極的スクリーニング及び治療介入計画が開始できるように、癌への遺伝的感受性を有する個体の早期検出のための手段を同定する必要がある。癌遺伝子は、操作することができる（例えば、小又は大分子量薬剤を使用して）鍵となる分子経路も明らかにし、及び特定の癌が最初に診断された時の癌段階に関わらず、より有効な治療に導くことができる。
【００１７】
発明の要旨 
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位が癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）において役割を果たしていることが示された。座位内の特定のＤＮＡセグメント中の特定のマーカー及び／又は遺伝子マーカーの組み合わせ（「ハプロタイプ」）は、特定の癌への感受性を示すことが発見された。
一つの態様において、本発明は対象における癌への感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は癌への感受性を示している。特定の態様において、本発明は前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される癌への感受性を診断する方法である。
【００１８】
特定の態様において癌又は癌への感受性を示すマーカー又はハプロタイプは、表１３に掲げたマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのマーカーを含んでなる。一つの態様において、本方法は表１３の少なくとも二つのマーカーから成るハプロタイプを検出することを含んでなる。
【００１９】
一つの態様において、マーカー又はハプロタイプ（例えば、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプ）の存在は、特定の治療様式（例えば、特定の療法剤、抗ホルモン剤、化学療法剤、放射線治療）に対する異なった応答比を示す。それ故、対象がマーカー又はハプロタイプを運んでいるかどうかを決定することにより、癌を治療するために使用された特定の療法剤、抗ホルモン剤及び／又は放射線療法に対して対象がより良好に又は一層悪く応答するであろうかを決定し得る。
一つの態様において、マーカー又はハプロタイプ（例えば、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプ）の存在は、腫瘍又はその前駆体におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１の体細胞再構成（例えば一つ又はそれより多くの増幅、転座、挿入及び／又は欠失）の素因を示す。
一つの態様において、該マーカー又はハプロタイプは、表１３に掲げたマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーと連鎖不平衡（相関係数の平方、ｒ２として定義される、０．２より大きい）にあるＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。
【００２０】
一つの態様において、本発明は癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断する方法であり、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は癌への感受性を示す。
一つの態様において、本発明は対象における進行性前立腺癌（例えば、７（４＋３）〜１０のグリーソンスコア、増加した段階、より悪い結果を有している）についての増加したリスクを予測する方法であり、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は、進行性前立腺癌について増加したリスクを示す。特定の態様において、該対象は前立腺癌を有すると診断されているか又は前立腺癌を有するとはまだ診断されていない。
一つの態様において、該マーカー又はハプロタイプは１より大きな相対リスクを有しており、即ち、該マーカー又はハプロタイプは癌の増加したリスクを与える（該マーカー又はハプロタイプはアットリスク（ａｔ−ｒｉｓｋ）である）。
別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは１未満の相対リスクを有しており、即ち、該マーカー又はハプロタイプは癌の減少したリスクを与える（該マーカー又はハプロタイプは保護的である）。
一つの態様において、本発明は癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）に対する遺伝的感受性を検出するため、対象からの試料（例えば、組織、血液）をアッセイするためのキットである。こうしたキットはＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出するための一つ又はそれより多くの試薬を含んでなる。特定の態様において、こうした試薬は、表１３に掲げたマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのマーカーを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる。特定の態様において、こうした試薬はｒｓ１４４７２９５Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７−８アレルを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる。
一つの態様において、本発明は対象における癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）の増加したリスクを診断するための方法であり、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプをスクリーニングすることを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプは、癌を有していない対象よりも、癌を有している対象においてより頻繁に存在し、及び該マーカー又はハプロタイプの存在は癌を有している対象のリスクを増加させる。特定の態様において該リスクは少なくとも約５％増加しているか又はリスクの増加は少なくとも約１．２の相対リスクと同定されている。
一つの態様において、本発明は対象における癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断するための方法であり、該対象から核酸サンプルを得ること及び少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在又は不存在について核酸サンプルを解析することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプは表１３に掲げたマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのマーカーを含んでなる。その態様において該マーカー又はハプロタイプの存在は癌への感受性を示している。
一つの態様において、本発明は対象における癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断するための方法であり、対象から核酸サンプルを得ること及びＬＤブロックＡに関連する少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在又は不存在について核酸サンプルを解析することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は癌への感受性を示している。特定の態様において、該マーカー又はハプロタイプは表１３に掲げたマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは１より大きな相対リスクを有しており、ＤＧ８Ｓ７３７−８アレル又はｒｓ１４４７２９５Ａアレルを含んでなる。
【００２１】
一つの態様において、本発明は対象における癌への感受性を診断するための方法であり、ＬＤブロックＡに関連する少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在について、対象から得られた核酸サンプルを解析することを含んでなる。特定の態様において、該マーカー又はハプロタイプは、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは１より大きな相対リスクを有しており、ＤＧ８Ｓ７３７−８アレル又はｒｓ１４４７２９５Ａアレルを含んでなる。別の態様において、対象は黒人アフリカ系祖先を有する。
本発明の一つの態様において、癌は前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマから成る群より選択される。一つの好ましい態様において、癌は前立腺癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．５の相対リスクを有している。別の態様において、前立腺癌は、７（４＋３）〜１０の総計グリーソンスコアにより定義される進行性前立腺癌である。別の態様において、前立腺癌は２〜７（３＋４）の総計グリーソンスコアにより定義されるより進行性でない前立腺癌である。さらに別の態様において、該マーカー又はハプロタイプの存在はより進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す。別の態様において、該癌は乳癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．３の相対リスクを有している。別の態様において、該癌は肺癌であり、及び該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．３の相対リスクを有している。さらに別の態様において、該癌はメラノーマであり、及び該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．５の相対リスクを有している。別の態様において、メラノーマは悪性皮膚メラノーマである。
【００２２】
本発明の別の態様において、該マーカー又はハプロタイプの存在は、特定の治療様式に対する対象の異なった応答比を示す。
別の態様において、該マーカー又はハプロタイプの存在は腫瘍又はその前駆体におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１の体細胞再構成の素因を示す。特定の態様において、体細胞再構成は増幅、転座、挿入及び欠失から成る群より選択される。
【００２３】
本発明の別の態様において、癌への感受性を診断するために使用された該マーカー又はハプロタイプは、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーと、（｜Ｄ’｜＞０．８）及び／又はｒ２＞０．２により定義される強い連鎖不平衡にあるＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。一つの態様において、該一つ又はそれより多くのマーカーは、表１３のマーカーから成る群より選択され、ｒｓ１４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる。
【００２４】
別の態様において、癌への感受性を診断するための該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプは１未満の相対リスクを有し、及びｒｓｌ２５４２６８５アレルＴ及びｒｓ７８１４２５１アレルＣを含んでなる。別の態様において、該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプは１未満の相対リスクを有している表１３に示した少なくとも一つのマーカーを含んでなる。好ましい態様において、該癌は前立腺癌である。別の態様において、対象は黒人アフリカ系祖先を有する。
【００２５】
一つの態様において、本発明は癌への感受性を検出するため、対象からのサンプルをアッセイするためのキットに関し、該キットはＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出するための一つ又はそれより多くの試薬を含んでなる。一つの態様において、該一つ又はそれより多くの試薬は、表１３のマーカーから成る群より選択される少なくとも一つのマーカーを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる。一つの態様において、該癌は前立腺癌である。
【００２６】
好ましい態様において、該一つ又はそれより多くの試薬は、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる領域と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる。特定の態様において、対象は黒人アフリカ系祖先を有する。
【００２７】
一つの態様において、本発明は対象におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を診断する方法であり、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプ（例えば、本明細書に記載したマーカー又はハプロタイプ）の存在を検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を示す。特定の態様において、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌又はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマである。
【００２８】
別の態様において、本発明は、マーカーＤＧ８Ｓ７３７又はマーカーｒｓ１４４７２９５を検出することにより前立腺癌又は前立腺癌について増加したリスク（例えば、進行性前立腺癌）への感受性を診断する方法であり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７のアレル８又はマーカーｒｓ１４４７２９５のアレルＡの存在は前立腺癌又は前立腺癌の増加したリスクへの感受性を示す。さらなる態様において、本発明は、マーカーＤＧ８Ｓ７３７を検出することによりアフリカ系祖先を含む祖先を有するヒトにおける前立腺癌への感受性を診断する方法であり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７のアレル８の存在は前立腺癌への感受性を示す。
【００２９】
本発明の詳細な説明
癌患者を含む集団についての広範な系統学的情報を、強力な遺伝子近親度（ｇｅｎｅ  ｓｈａｒｉｎｇ）法と結合させ、癌（例えば、乳癌、前立腺癌、肺癌、メラノーマ）において主要な役割を果たすことが示されている染色体８ｑ２４．２１上の座位の地図を作製した。多様な癌患者及び彼らの親族を、３〜４ｃＭの平均マーカー密度を有する１１００のマイクロサテライトマーカーを含む、全ゲノムマーカーセットで遺伝子型を同定した。本明細書に示されているのは、癌（例えば、乳癌、前立腺癌、肺癌、メラノーマ）の原因である遺伝子座位の全ゲノム探求からの結果である。
【００３０】
癌の多様な形態に関連する座位：前立腺癌
前立腺癌の発生は最近の１０年で劇的に増加した。前立腺癌は、その病因論に遺伝的及び環境的要素が含まれる多因子性の疾患である。それはゆっくりと増殖する腫瘍から非常に急速で高度な転位性病変に及ぶ異質な増殖パターンにより特徴付けられる。
【００３１】
遺伝因子は、前立腺癌の疫学的リスク因子のうちで最も強いけれども、該疾患に関与する遺伝決定因子の探求は挑戦的であった。研究は前立腺癌に対する関連候補遺伝子マーカーが、乳癌、卵巣癌及び結腸癌のような他の癌についての感受性遺伝子を同定することよりもより困難であったことを明らかにした。この増加した困難さについて提案されたいくつかの理由には：前立腺癌がしばしば高齢で診察されるという事実は、二つ以上の世代の生存する患者個体からＤＮＡサンプルを得ることを困難にしている：遺伝的及び散在的形態間の特色を区別することの欠如に不随する表現的模写の高リスク系統内の存在：及び前立腺癌の遺伝子不均一性及びこの複雑な疾患についての適切な統計学的伝達モデルを開発することの付随する困難さが含まれる（Simard, J. et al., Endocrinology 143 (6):2029-40 (2002))。
前立腺癌感受性遺伝子についての種々のゲノムスキャンが実施され、いくつかの前立腺癌感受性座位が報告されている。例えば、ＨＰＣ１（１ｑ２４−ｑ２５）、ＰＣＡＰ（１ｑ４２−ｑ４３）、ＨＣＰＸ（Ｘｑ２７−ｑ２８）、ＣＡＰＢ（１ｐ３６）、ＨＰＣ２０（２０ｑ１３）、ＨＰＣ２／ＥＬＡＣ２（１７ｐ１１）及び１６ｑ２３が前立腺癌感受性座位として提案されている（Simard, J. et al., Endocrinology 143 (6):2029-40 (2002); Nwosu, V. et al., Hum. Mol. Genet. 10(20):2313-18 (2001)) 。Smith et al., により行われたゲノムスキャンにおいて、連鎖の最も強い証拠はＨＰＣ１であったが、二点解析はＤ４Ｓ４３０での≧１．５のＬＯＤスコア及びＸｑ２７−２８のマーカーを含むいくつかの座位での≧１．０のＬＯＤスコアも明らかにした(Ostrander E. A. and J.L. Stanford, Am. J. Hum. Genet. 67:1361-15 (2000)) 。別のゲノムスキャンは、遺伝の常染色体優性モデルを使用して染色体１０ｑ、１２ｑ及び１４ｑ、及び遺伝の劣性モデルを使用して染色体Ｉｑ、８ｑ、１０ｑ及び１６ｐについて＞１．５の二点ＬＯＤスコアを報告している。上記文献。さらに別のゲノムスキャンは、２ｑ、１２ｐ、１５ｑ、１６ｑ及び１６ｐの連鎖についての名目上の証拠を有する領域を同定した。上記文献。小さなユタハイリスク前立腺癌系統の組及び３００多型性マーカーの組を使用した前立腺癌素因遺伝子座のゲノムスキャンは、染色体１７ｐ上の座位の連鎖についての証拠を提供した (Simard. J. et al., Endocrinology 143 (6):2029-40 (2002)) 。八つの新規連鎖解析が２００３年の後半に公表され、それは著しい異種性を示した。２．０より高いＬＯＤスコアを有する１１のピークが報告され、そのどれもが重複していなかった(Actane consortium, Schleutker et.al, Wiklund et.al., Witte et.al, Janer et.al., Xu et.al., Lange et.al., Cunningham et.al.; all of which appear in Prostate、 vol. 5７（2003)を参照されたい) 。
【００３２】
上記のように、前立腺癌に関与する特定の遺伝子の同定は、挑戦的であった。関係付けられている一つの遺伝子は、ウイルス及び細胞ＲＮＡを分解すると信じられているインターフェロン誘導可能ＲＮＡ崩壊経路に関与する、広範囲に発現されている不顕性エンドリボヌクレアーゼをコードし、ＨＰＣ座位に連鎖しているＲＮＡＳＥＬである (Carpten, J. et al., Nat. Genet. 30:181-84 (2002); Casey, G. et al., Nat. Genet. 32(4):5Sl-S3 (2002))。ＲＮＡＳＥＬ中の変異は、前立腺癌に対する増加した感受性と関係があった。例えば、一つの家族において、前立腺癌を有する４人の兄弟はＲＮＡＳＥＬ中にディスエイブリング変異を運んでおり、一方別の家族において、前立腺癌を有する６人の兄弟の内の４人が、ＲＮＡＳＥＬの開始メチオニンコドンに影響する塩基置換を運んでいた。上記文献。他の研究は、家族性前立腺癌を有するフィンランド人男性及びアシュケナージ系ユダヤ人集団において、前立腺癌の増加したリスクに関連する変異体ＲＮＡＳＥＬアレルを明らかにした (Rokman, A. et al., Am J. Hum. Genet. 70:1299-1304 (2002); Rennert, H. et al., Am J. Hum. Genet. 77:981-84 (2002)) 。加えて、Ｓｅｒ２１７Ｌｅｕ遺伝子型が、６５歳よりも若い白色人種のアメリカ人におけるすべての孤発例のおよそ９％を占めると提案されている (Stanford, J.L., Cancer Epidemiol. Biomakers Prev. 12(9):876-81 (2003)) 。これらの陽性報告とは対照的に、いくつかの研究は、ＲＮＡＳＥＬアレルと不活性化変異及び前立腺癌との間の何らかの関係を検出することに失敗している（Wang, L. et al., Am. J. Hum. Genet 71:116-23 (2002); Wiklund, F. et al., Clin. Cancer Res. 10(21)-7150-56 (2004); Maier, C. et al., Br. J. Cancer 92(6):1159-64(2005)) 。
【００３３】
８ｐ２２に位置するマクロファージ捕捉剤レセプター１（ＭＳＲｌ）遺伝子も、候補前立腺癌感受性遺伝子として同定されている (Xu, J. et al., Nat. Genet. 32:321-25 (2002)) 。変異ＭＳＲｌアレルは、非遺伝的な前立腺癌を有する男性のおよそ３％で検出されたが、罹患していない男性では０．４％しか検出されなかった。上記文献。しかしながら、すべての続いての報告がこれらの最初の発見を確認しているわけではない(例えば、Lindmark, F. et al., Prostate 59(2):132-40 (2004); Seppala, E.H. et al., Clin. Cancer Res. 9(14):5252-56 (2003); Wang, L. et al., Nat Genet. 35(2): 128-29 (2003); Miller、 D.C. et al., Cancer Res. 63(13):34S6-S9 (2003) を参照されたい) 。ＭＳＲ１は、血清中の細菌性リポ多糖及びリポテイコ酸、及び酸化高比重リポタンパク及び低比重リポタンパクを含む多様なリガンドとの結合が可能であるマクロファージ捕捉剤レセプターのサブユニットをコードする (Nelson, W.G. et. al., N. Engl. J. Med. 349(4):366-8l (2003)) 。
Ｃｈｒｌ７上のＥＬＡＣ２遺伝子は、ユタからのハイリスク前立腺癌家族においてクローン化されるべき最初の前立腺癌感受性遺伝子であった(Tavtigian, S. V., et al., Nat. Genet. 27（2): 172-80 (2001)) 。一つの系統においてフレームシフト変異（１６４１ＩｎｓＧ）が発見された。３つの追加のミスセンス変化：Ｓｅｒ２１７Ｌｅｕ；Ａｌａ５４１Ｔｈｒ；及びＡｒｇ７８１Ｈｉｓが前立腺癌の増加したリスクと関係することも見いだされた。Ｓｅｒ２１７Ｌｅｕ及びＡｌａ５４１Ｔｈｒ両方を運んでいる男性における前立腺癌の相対的リスクは、前立腺癌の家族歴に基づいて選択されていないコホートにおいて２．３７であることが見いだされた（Rebbeck, T.R., et al., Am. J. Hum. Genet. 67(4):1014-19 (2000)) 。別の研究は、一つの高発生前立腺癌家族において新規終結変異（Ｇｌｕ２１６Ｘ）を記載している(Wang, L., et al., Cancer Res. 61(17):6494-99 (2001)) 。他の報告は、これらのミスセンス変異との強い関連を示しておらず、及び最近のメタアナリシスは、これらの変異に関連する家族リスクが最初の報告に示されたよりもより控えめであることを示唆している(Vesprini, D., et al, Am. J. Hum. Genet. 68(4):912-11 (2001); Shea, P.R., et al., Hum. Genet. 111 (4-5):398-400 (2002); Suarez, B.K., et. al., Cancer Res. 61(13):4982-84 (2001); Severi, G., et al., J. Natl. Cancer Inst. 95 (11):818-24 (2003); Fujiwara, H., et al., J. Hum. Genet. 47（12):641-48(2002); Camp, NJ., et al., Am. J. Hum. Genet. 71 (6):1475-78 (2002)) 。
【００３４】
アンドロゲン作用に関与する遺伝子の多型性変異体（例えば、アンドロゲンレセプター（ＡＲ）遺伝子、チトクロームＰ−４５０ｃ１７（ＣＹＰ１７）遺伝子及びステロイド−５−α−レダクターゼ、タイプＩＩ（ＳＲＤ５Ａ２）遺伝子）も前立腺癌の増加したリスクに関係付けられてきた（Nelson, W.G. et. al., N. Engl. J. Med. 349(4):366-81 (2003)) 。アンドロゲンレセプターをコードするＡＲに関しては、いくつかの遺伝的疫学的研究が、前立腺癌の増加したリスクとアンドロゲンレセプターポリグルタミンリピートの存在間の相関を示しているが、一方、他の研究はこうした相関を検出することに失敗している。上記文献。連鎖データもＣＹＰ１７の対立形質形（性ステロイド生合成において鍵となる反応を触媒する酵素）と前立腺癌を結びつけた（Chang, B. et al., Int. J. Cancer 95:354-59 (2001)) 。前立腺において５−α−レダクターゼの主アイソザイムをコードし、テストステロンをより強力なジヒドロテストステロンに変換するように機能する、ＳＲＤ５Ａ２のアレル異型は、前立腺癌の増加したリスク及び前立腺癌を有する男性の予後不良と関係付けられてきた（Makridakis, N.M. et al., Lancet 354:975-78 (1999); Nam, R.K. et al., Urology 57:199-204 (2001)) 。
【００３５】
要するに、全世界の多くのグループの努力にもかかわらず、前立腺癌リスクの実質的一部分を説明する遺伝子は同定されていない。双生児の研究は、遺伝的因子が前立腺癌で優性であるらしいことを暗示したが、ほんの一握りの遺伝子しか前立腺癌の増加したリスクと関係していると同定されておらず、及びこれらの遺伝子は低いパーセンテージの場合しか説明していない。それ故、前立腺癌についての遺伝的リスク因子の大部分が見つかっていないことは明白である。これらの遺伝的リスク因子は比較的多くの数の低から中リスク遺伝子異型を含んでいるであろうと思われる。しかしながら、これらの低から中リスク遺伝子異型は前立腺癌の実質的一部分に関与することができ、それ故、それらの同定は公衆衛生にとって大きな利益である。さらに、公表された前立腺癌遺伝子はどれも、進行が遅い前立腺癌よりも進行性前立腺癌についてのより大きなリスクを予測するとは報告されていない。
【００３６】
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位が前立腺癌において役割を果たしていることが示されており、及び座位内の特異的ＤＮＡセグメント中に特定のマーカー及び／又はハプロタイプが、前立腺癌対象中に予期されたよりも高い頻度で存在していることが発見された。それ故、本発明の多様な態様において、本明細書に記載した方法を使用して同定された特定のマーカー及び／又はＳＮＰｓを前立腺癌への感受性の診断のために、及びまた前立腺癌への減少した感受性、又は前立腺癌に対して保護的である変異体の同定のために使用し得る。以下に示されている診断的アッセイは、これらの特別の変異体の存在又は不存在を同定するために使用し得る。
【００３７】
それ故、一つの態様において、本発明は前立腺癌（例えば、進行性又は高グリーソングレード前立腺癌、進行性のより遅い又は低グリーソングレード前立腺癌）への感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプ（例えば、１より大きなＲＰ値を有し、マーカーは疾患への感受性／増加した疾患のリスクに関係し、及びそれ故「アットリスク（ａｔ−ｒｉｓｋ）」変異体であることを示している表１３に示したマーカー；１未満のＲＰ値は、マーカーは減少した疾患への感受性／減少した疾患のリスクに関係し、及びそれ故「保護的」変異体である）を検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は、前立腺癌への感受性を示す。別の態様において、本発明は前立腺癌（例えば、進行性又は高グリーソングレード前立腺癌、進行性のより遅い又は低グリーソングレード前立腺癌）への感受性、又は前立腺癌の増加したリスクを診断する方法であり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７又はマーカーｒｓｌ４４７２９５を検出することを含んでなり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７での−８アレルの存在又はマーカーｒｓｌ４４７２９５でのＡアレルの存在は、前立腺癌への感受性又は前立腺癌の増加したリスクを示す。さらなる態様において、本発明はその先祖にアフリカ人先祖を含んでなる個体において前立腺癌への感受性を診断する方法であり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７を検出することを含んでなり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７での−８アレルの存在は前立腺癌への感受性又は前立腺癌の増加したリスクを示す。特定の態様において、前立腺癌への感受性に関連するマーカー又はハプロタイプは、少なくとも１．５又は少なくとも２．０の相対的リスクを有する。別の態様において、前立腺癌は、７（４＋３）〜１０の合計（ｃｏｍｂｉｎｅｄ）グリーソンスコアにより定義される進行性前立腺癌及び／又は進行したステージの前立腺癌（例えば、ステージ２〜４）である。さらに別の態様において、前立腺癌は２〜７（３＋４）の合計グリーソンスコアにより定義される進行がより遅い前立腺癌及び／又は初期ステージの前立腺癌（例えば、ステージ１）である。別の態様において、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプの存在は、対象が４ｎｇ／ｍｌより大きなＰＳＡレベルを有していることと併せて、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す。さらに別の態様において、正常ＰＳＡレベル（例えば、４ｎｇ／ｍｌ未満）を有する患者において、マーカー又はハプロタイプの存在は、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す。
【００３８】
他の態様において、本発明は前立腺癌への減少した感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、そのマーカー又はハプロタイプの存在は、前立腺癌への減少した感受性又は前立腺癌に対する保護的マーカー又はハプロタイプを示す。特定の態様において、マーカーは表１３に示したマーカーであり。又はハプロタイプは、一つ又はそれより多くの表１３に示したマーカーを含んでなる（例えば、表１３に示したマーカー、又はハプロタイプは、一つ又はそれより多くの表１３に示したマーカーを含んでなり、マーカーが１未満のＲＲ値を有していれば、マーカーは減少した疾患への感受性／減少した疾患のリスクに関係し、及びそれ故「保護的」変異体であることを示し；１より大きなＲＲ値は、マーカーが疾患への増加した感受性／増加した疾患のリスクに関係し、及びそれ故「アットリスク」変異体であることを示している）。別の態様において、本発明は前立腺癌への減少した感受性又は減少したリスクを診断する方法であり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７又はマーカーｒｓ１４４７２９５を検出することを含んでなり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７での−８アレル以外のアレル存在、又はマーカーｒｓｌ４４７２９５でのＣアレルの存在は、前立腺癌への減少した感受性又は前立腺癌の減少したリスクを示す（前立腺癌に対して保護的）。さらなる態様において、本発明はその先祖にアフリカ人先祖を含んでなる個体において前立腺癌への減少した感受性を診断する方法であり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７を検出することを含んでなり、マーカーＤＧ８Ｓ７３７での−８アレル以外のアレルの存在は前立腺癌への減少した感受性又は前立腺癌の減少したリスクを示す（前立腺癌に対して保護的）。
【００３９】
乳癌
本明細書に記載したように、ＢＲＣＡｌ及びＢＲＣＡ２の発見は乳癌に関与する２つの遺伝因子の同定における重要な一里塚であったが、ＢＲＣＡｌ及びＢＲＣＡ２中の変異は、乳癌に対する遺伝的感受性の一部分のみしか説明していない。女性においてすべての乳癌の５〜１０％のみが、ＢＲＣＡｌ、ＢＲＣＡ２、ｐ５３、ｐＴＥＮ及びＳＴＫ１１／ＬＫＢ１のような常染色体優性遺伝子中の変異による遺伝的感受性に関連する(Mincey, B. A. Oncologist 8:466-73 (2003)) 。染色体８ｐ上の遺伝子座位が、散在性乳癌中のこの領域でのアレル喪失を記録する研究に基づいて、乳癌感受性遺伝子の座位であると提案された（Seitz, S. et al.,Br. J. Cancer 76:983-91 (1997); Kerangueven, F. et al., Oncogene 10:1023 (1995)) 。研究は、乳癌感受性遺伝子は１３ｑ２１上に位置しているであろうことも示唆した(Kainu, T. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:9603-08 (2000)) 。しかしながら、前立腺癌の場合のように、追加の乳癌−感受性遺伝子の同定は困難であった。
【００４０】
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位は、乳癌において役割を果たしていることが示されており、及び該座位内の特異的ＤＮＡセグメント中に特定のマーカー及び／又はハプロタイプが、乳癌対象中に予期されたよりも高い頻度で存在していることが発見された。それ故、一つの態様において、本発明は乳癌への感受性を診断する方法であって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、マーカー又はハプロタイプの存在は乳癌への感受性を示す。特定の態様において、乳癌への感受性に関係しているマーカー又はハプロタイプは、少なくとも１．３の相対的リスクを有する。他の態様において、本発明は乳癌への減少した感受性を診断する方法を示しており、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、マーカー又はハプロタイプの存在は乳癌への減少した感受性又は保護的マーカー又はハプロタイプを示す（乳癌に対して保護的）。特定の態様において、乳癌への減少した感受性に関連するマーカー又はハプロタイプ（乳癌に対して保護的）は、０．７５未満の相対的リスクを有する。
【００４１】
肺癌
環境、生活習慣（例えば、喫煙）及び食事要因が肺癌に重要な役割を果たしているが、遺伝的因子も重要である。研究により、ｐ５３及びＲＢ／ｐｌ６の両方の経路における欠損が肺上皮細胞の悪性の形質転換に必須であることを明らかにした (Yokota, J. and T. Kohno, cancer  Sci 95(3):197-204 (2004)) 。Ｋ−ｒａｓ、ＰＴＥＮ及びＭＹＯ１８Ｂのような他の遺伝子は、肺癌細胞においてｐ５３及びＲＢ／ｐｌ６ほど頻繁には一般には改変されておらず、これらの遺伝子はさらなる悪性進行又は肺癌細胞の下位集団における独特の表現型に関係していることを示唆している。上記文献。ｐ５３変異及びＲＢ／ｐｌ６欠失の部位で実施された分子フットプリント（ｆｏｏｔｐｒｉｎｔ）研究は、ＤＮＡ修復活性及びＤＮＡ二本鎖中断の非相同的末端結合化が、肺癌細胞における遺伝子変化の蓄積に重要であることを実証した。上記文献。加えて、研究は、肺腺癌感受性遺伝子候補、例えば、ＮＱＯ１（ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：キノンオキシドレダクターゼ）及びＧＳＴＴ１（グルタチオンＳトランスフェラーゼＴ１）のような薬剤発癌物質代謝遺伝子、及びＸＲＣＣｌ（Ｘ線交叉相補的グループ１）のようなＤＮＡ修復遺伝子を同定した(Yanagitani, N. et al., Cancer Epidemiol. Biomakers Prev. 12:366-71 (2003); Lin, P. et al., J. Toxicol. Environ. Health A. 58:187-97（1999); Divine, K.K. et al., Mutat. Res. 461:273-78 (2001); Sunaga, N. et al., Cancer Epidemiol. Biomakers Prev. 11:730-38 (2002)) 。座位Ｄ１９Ｓ２４６を包含する染色体１９ｑｌ３．３の領域も、肺腺癌に関連する遺伝子（単数又は複数）を含有すると示唆された（Yanagitani、 N. et al., Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 12: 366-71 (2003)) 。
【００４２】
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位が肺癌において役割を果たしていることが実証されており、及び該座位内の特異的ＤＮＡセグメント中に特定のマーカー及び／又はハプロタイプが、肺癌対象中に予期されたよりも高い頻度で存在していることが発見された。一つの態様において、本発明は肺癌への感受性を診断する方法であって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、マーカー又はハプロタイプの存在は肺癌への感受性を示す。特定の態様において、肺癌への感受性に関係しているマーカー又はハプロタイプは、少なくとも１．３の相対的リスクを有する。他の態様において、本発明はＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなる肺癌への減少した感受性を診断する方法を描いており、マーカー又はハプロタイプの存在は肺癌への減少した感受性又は肺癌に対する保護的マーカー又はハプロタイプを示す（肺癌に対して保護的）。特定の態様において、肺癌への減少した感受性に関連するマーカー又はハプロタイプ（肺癌に対して保護的）は、０．７５未満の相対的リスクを有する。
【００４３】
メラノーマ
研究は、正常色素細胞から異型母斑へ、それから侵襲的原発性メラノーマ及び最後に進行性転移能を有する細胞への段階的進行に、遺伝的因子が重要な役割を果たしていることを実証した(Kim, C. J., et al., Cancer Control 9(1):49-53 (2002)) 。例えば、腫瘍抑制遺伝子を内部に有する染色体１上の再編成のような遺伝子異常が、悪性メラノーマで関係付けられている。上記文献。しかしながら、どのように成人皮膚の正常メラニン細胞がメラノーマ細胞に形質転換するのかについての分子及び生物学的機構は明らかでないままである。
【００４４】
多様な研究が、メラノーマにおける遺伝的因子を意味づけてきた。例えば、早期発症メラノーマについての上昇した家族性リスクがユタ（Ｕｔａｈ）集団データベースの検討により注目された(Cannon-Albright, L.A., et al., Cancer Res., 54(9):2378-85 (1994)) 。加えて、Ｓｗｅｄｉｓｈ  Ｆａｍｉｌｙ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄａｔａｂａｓｅは、罹患した親又は同胞を有する個体における皮膚悪性メラノーマ（ＣＭＭ）について、各々２．５４及び２．９８の家族性標準化罹患比（ＳＩＲ）を報告した。多発性原発性メラノーマを有していた両親の子孫では、ＳＩＲは６１．７８に上昇した(Hemminki, K., et al., J. Invest. Dermatol. 120(2):217-23 (2003)) 。形は変化しているが、ＣＭＭケースの約１０％は家族性であることが報告されている(Hansen, C. B., et al., Lancet Oncol. 5(5):314-19 (2004)) 。メラノーマについての既知の環境リスク要因から判断すると、遺伝子に加えて共有環境がこれらの見積もりに組み入れられるようである。しかしながら、家族性のケースは多発性原発性腫瘍の低年齢での発症及び高いリスクを有する傾向があり、遺伝的要素を示唆している。
【００４５】
一連の連鎖に基づいた研究は、Ｃｈｒ９ｐ２１上のＣＤＫＮ２ａを主ＣＭＭ感受性遺伝子として関連づけた(Bataille, V., Eur. J. Cancer 39(10): 1341-4７（2003)) 。ＣＤＫ４はそれらのすぐ後ろの経路候補として同定されているが、ＣＤＫ４中の変異は世界中で数家族でのみしか観察されていない(Zuo, L., et al., Nat. Genet. 12(1):97-99 (1996)) 。ＣＤＫＮ２ａはＣＤＫ４及びＣＤＫ６を阻害するサイクリン依存性キナーゼインヒビターｐ１６をコードし、それによりＧ１からＳへの細胞周期通過を防止する。ＣＫＤＮ２ａの別の転写体は、ＭＤＭ２−ｐ５３経路を介して作用する細胞周期阻害剤をコードするｐ１４ＡＲＦを産生する。ＣＤＫＮ２ａ突然変異体メラニン細胞は、発生状態で又はＤＮＡ損傷に応答して、細胞周期制御又は老化の確立が欠損しているようである(Ohtani, N., et al., J. Med. Invest. 51(3-4):146-53 (2004)) 。家族性ＣＭＭケースにおけるＣＤＫＮ２ａ突然変異体の全表現率は８０歳で６７％である。しかしながら、表現率は高メラノーマ有病率の領域で増加している(Bishop, D.T., et al., J. Natl. Cancer Inst. 94(12):894-903 (2002)) 。
【００４６】
Ｍｅｌａｎｏｍａ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍは、主としてオーストラリア人の、９ｐ２１又はＣＤＫ４非連鎖高リスク家族の組を使用して、ＣＭＭについての全ゲノムスキャンを完成した(Gillanders, E., et al., Am. J. Hum. Genet. 73(2):301-13 (2003)) 。１０ｃＭ分解能スキャンは、１ｐ２２領域において２．０６のノンパラメトリック多点ＬＯＤスコアを与えた。染色体４、７、１４、及び１８上の他の位置は１．０を上回るＬＯＤを与えた。１ｐ２２に対する追加のマーカー及び発症年齢制限の適用により、５．０を上回るノンパラメトリックＬＯＤが観察された。証拠は腫瘍抑制遺伝子の高表現率変異がこの位置に存在することを示唆しているが、ＬＯＨのパターンは複雑である(Walker, G. J., et al., Genes Chromosomes Cancer, 41(1):56-64 (2004)) 。
【００４７】
ＣＭＭで関係付けられた別の遺伝子座は、メラノコルチン１レセプター（ＭＣ１Ｒ）をコードするものである。ＭＣ１Ｒはフェオメラニンからのユーメラニン合成のスイッチの促進に関与するＧタンパク質結合レセプターである。ＭＣ１Ｒ遺伝子の多数のよく特徴付けられた変異体が、赤毛、青白肌、そばかすがちな表現型と関係付けられている。赤毛の個体の半分以上が、少なくとも一つのこれらのＭＣ１Ｒ変異体を運んでいる(Valverde, P., et al., Nat. Genet. ll(3):328-30 (1995); Palmer, J.S., et al., Am. J. Hum. Genet. 66(1): 176-86 (2000)) 。その後、同一の変異体が、単一変異体について約２．０の、及び形成されたヘテロ接合体について約４．０のオッズ比でＣＭＭに対するリスクを与えることが示された。最近の研究は、より強いＭＣ１Ｒの変異体はＣＤＫＮ２ａ突然変異の表現率を増加し、発症の年齢を低下させることを示した(Box, N.F., et al., Am. J. Hum. Genet. 69(4): 165-13 (2001); van der Velden, P. A., et al., Am. J. Hum. Genet, 69(4):774-79 (2001)) 。
【００４８】
多数の他の候補遺伝子がＣＭＭにおいて関係付けられている。例えば、癌ゲノミクスにおける画期的な研究は、６０％のメラノーマにおいてＢＲＡＦ（ｖ−ｒａｆマウス肉腫ウイルス腫瘍遺伝子のヒトＢｌ相同体）中の体細胞突然変異を同定した(Davies, H., et al., Nature 417（6892):949-54 (2002)) 。変異は同胞でも共通であり（定型及び非定型の両方）、突然変異は早期の事象であることを示唆している。上記文献。生殖系列変異は報告されていないが、しかしながら、ＢＲＡＦの生殖系列ＳＮＰ変異体がＣＭＭリスクと関係付けられている（Meyer, P., et al., J. Carcinog. 2(1):7(2003)) 。関連性研究を介して同定され、及びＣＭＭリスクと関係付けられている他の候補遺伝子には、例えば、ＸＲＣＣ３、ＸＰＤ、ＥＧＦ、ＶＤＲ、ＮＢＳ１、ＣＹＰ２Ｄ６及びＧＳＴＭ１が含まれる(Hayward. N.K., Oncogene. 22(20):3053-62 (2003)) 。しかしながら、こうした関連性研究は、しばしば小さなサンプルサイズ、単一ＳＮＰｓへの信頼性及び集団層別化可能性に悩まされる。
【００４９】
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位がメラノーマにおいて役割を果たしていることが実証されており、及び該座位内の特異的ＤＮＡセグメント中に特定のマーカー及び／又はハプロタイプが、メラノーマ対象中に予期されたよりも高い頻度で存在していることが発見された。一つの態様において、本発明はメラノーマへの感受性を診断する方法であって、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在はメラノーマへの感受性を示す。特定の態様において、メラノーマへの感受性に関係している該マーカー又はハプロタイプは、少なくとも１．５の相対的リスクを有する。別の態様において、該メラノーマは悪性皮膚メラノーマである。さらなる態様において、悪性皮膚メラノーマに関連する該マーカー又はハプロタイプは、少なくとも１．７の相対リスクを有する。
【００５０】
他の態様において、本発明はＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなるメラノーマへの減少した感受性を診断する方法を描いており、該マーカー又はハプロタイプの存在はメラノーマへの減少した感受性又はメラノーマに対する保護的マーカー又はハプロタイプを示す（メラノーマに対して保護的）。特定の態様において、悪性皮膚メラノーマへの減少した感受性に関連する該マーカー又はハプロタイプ（悪性皮膚メラノーマに対して保護的）は、０．７未満の相対リスクを有する。別の態様において、該メラノーマは悪性皮膚メラノーマである。さらなる態様において、悪性皮膚メラノーマに関連する該マーカー又はハプロタイプは、少なくとも０．６未満の相対リスクを有する。
【００５１】
マーカー及びハプロタイプについての評価
遺伝的多様性を示している個体の集団は同一のゲノムを有していない。むしろ、ゲノムはゲノム中の多くの位置で、個体間の配列可変性を示し、言い換えると、集団内に多くの多型部位がある。いくつかの例において、基準アレルを選ぶことなく多型部位で異なったアレルにへの基準が作製される。もしくは、基準配列が特定の多型部位について参照される。基準アレルは時には「野生型」アレルとして参照され、それは通常第一の配列決定されたアレルとして、又は「非罹患」個体（例えば、疾患又は異常な表現型を示さない個体）からのアレルとして通常選ばれる。基準と異なるアレルは「変異体」アレルと称される。
【００５２】
本明細書に記載した「マーカー」は、特定の変異体（即ち．多型部位）の特徴を示しているゲノム配列を指す。マーカーは、ゲノム中に観察されるいずれかの変異体タイプのいずれかのアレルであることができ、ＳＮＰｓ、マイクロサテライト、挿入、欠失、重複及び転座が含まれる。
【００５３】
本明細書で報告されているＳＮＰ命名は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）により各々独特のＳＮＰに帰属された公式Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ＳＮＰ（ｒｓ）  ＩＤ同定タグを指す。
【００５４】
本明細書に記載した「ハプロタイプ」は、セグメントに沿って配置された遺伝子マーカー（「アレル」）の特異的組み合わせにより特徴付けられる、ゲノムＤＮＡのセグメントを指す。ハプロタイプ１及びハプロタイプ１ａのようなアレルの組み合わせは、各々表２及び４に記載されている。特定の態様において、ハプロタイプは一つ又はそれより多くのアレル、二つ又はそれより多くのアレル、三つ又はそれより多くのアレル、四つ又はそれより多くの  アレル、又は五つ又はそれより多くアレルを含み得る。遺伝子マーカーは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する「多型部位」での特定の「アレル」である。本明細書で使用される「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１」及び「８ｑ２４．２１」は、染色体バンド８ｑ２４．２１又はＵＣＳＣ  Ｂｕｉｌｄ  ３４(www.genome.ucsc.edu中のUSCS Genome プラウザ Build 34 から)  中の１２７,２００,００１〜１３１,４００,０００ｂｐを指す。本明細書で使用される「ＬＤブロックＡ」とは、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマへの変異体の関係が観察されるＣｈｒ８ｑ２４．２１上のＬＤブロックを指す。このＬＤブロックのＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ  ３４位は１２８,４１４,０００〜１２８,５０６,０００ｂｐである。本明細書に記載される用語「アフリカ人先祖」とは、個体の自己申告性アフリカ人先祖を指す。
【００５５】
本明細書に記載される用語「感受性」は、増加した感受性及び減少した感受性の両方を包含する。それ故、本発明の特定のマーカー及び／又はハプロタイプは、１より大きな相対的リスクにより特徴付けられる、癌の増加した感受性が特徴であることができる。もしくは、本発明の特定のマーカー及び／又はハプロタイプは、１未満の相対的リスクにより特徴付けられる、癌の減少した感受性が特徴である。
【００５６】
集団（天然集団又は合成集団、例えば、合成分子のライブラリー）中で一つより多くの配列が可能であるヌクレオチド位は、「多型部位」と本明細書では称される。多型部位が単一ヌクレオチド長である場合、部位は単一ヌクレオチド多型（「ＳＮＰ」）と称される。例えば、もし特定の染色体位において、集団の１人のメンバーがアデニンを有しているならば、集団の別のメンバーは同一位置にチミンを有し、この位置は多型部位であり、及びより具体的には、多型部位はＳＮＰである。本明細書に記述したＳＮＰマーカーのためのアレルは、用いられたＳＮＰアッセイ中の多型部位に存在する塩基Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴを指す。反対の鎖をアッセイする又は読み取ることにより、各々の場合において相補的アレルを測定することが可能であることを当業者は認識するであろう。それ故、Ａ／Ｇ多型を含んでいる多型部位について、用いられるアッセイは可能な二つの塩基、即ち、Ａ及びＧのパーセンテージ又は比のどちらかを測定することができる。もしくは、ＤＮＡ鋳型上の反対の鎖を決定するアッセイを設計することにより、相補的塩基Ｔ／Ｃのパーセンテージ又は比を測定することができる。定量的には（例えば、相対的リスクに関して）、同一の結果がどちらかのＤＮＡ鎖（＋鎖又は−鎖）の測定でも得られるであろう。多型部位は置換、挿入又は欠失に基づいた配列の違いを可能にする。例えば、多型性マイクロサテライトは特定の部位に多数の小さな塩基の反復（ＣＡ反復のような）を有し、反復長の数が一般集団中で変化する。多型部位に関する配列の各バージョンが、多型部位の「アレル」として本明細書において称される。それ故、前の例において、ＳＮＰはアデニンアレル及びチミンアレルの両方を可能にする。癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）に関連するＳＮＰｓ及びマイクロサテライトマーカーは表１及び１３に記載されている。
【００５７】
典型的には、基準配列は特定の配列を称している。基準から異なるアレルは「変異体」アレルと称される。例えば、染色体８内の位置を指す、ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ  ３４の１２８,４１４,０００〜１２８,５０６,０００ｂｐからの基準ゲノム配列は、本明細書において配列番号：１（図６Ａ１−６Ａ３１）と称される。本明細書において使用される変異体配列は、配列番号：１とは異なるが、その他の点では実質的に同じである。本明細書に記載したごとく、ハプロタイプを作り上げる遺伝子マーカーは変異体である。追加の変異体にはポリペプチド、例えば、配列番号：１によりコードされているポリペプチドに影響する変化を含み得る。基準ヌクレオチド配列と比較した場合のこれらの配列相違は、本明細書に詳細に記載されている、フレームシフトを生じる単一又は１より多くのヌクレオチドの欠失；コードされたアミノ酸に変化を生じる少なくとも一つのヌクレオチド変化；早発性の終止コドンの発生を生じる少なくとも一つのヌクレオチド変化；ヌクレオチドによりコードされた一つまたはそれより多くのアミノ酸の欠失を生じるいくつかのヌクレオチドの欠失；読み取り枠のコード配列の中断を生じる、非等価組換え又は遺伝子変換によるような一つ又はいくつかのヌクレオチドの挿入；配列のすべて又は一部の重複；転座；又はヌクレオチド配列の再編成を含み得る。こうした斑列変化は、核酸によりコードされているポリペプチドを変化させる。例えば、もしヌクレオチド配列中の変化がフレームシフトを起こすとすれば、該フレームシフトはコードされたアミノ酸の変化を生じ得、及び／又は早発性の終止コドンを生じ得、端が切断されたポリペプチドの発生を起こす。もしくは、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）に関連する多型、又は癌への感受性は、一つまたはそれより多くのヌクレオチドの同義の変化であり得る（即ち、変化はアミノ酸配列の変化を生じさせない）。こうした多型は、例えば、スプライシング部位を変化し、ｍＲＮＡの安定性又は輸送に影響し、又はさもなくばコードされたポリペプチドの転写又は翻訳に影響し得る。それは、増幅又は欠失のような構造変化が腫瘍の体細胞レベルで生じる可能性を増加させるようにＤＮＡを変化させることもできる。基準ヌクレオチド配列によりコードされているポリペプチドは、特定の基準アミノ酸配列を有する「基準」ポリペプチドであり、及び変異体アレルによりコードされているポリペプチドは、変異体アミノ酸配列を有する「変異体」ポリペプチドと称される。
【００５８】
本明細書に記載したごとく、ハプロタイプは、多型部位に特定のアレルを有している多様な遺伝子マーカー（例えば、ＳＮＰｓ及びマイクロサテライト）の組み合わせである。ハプロタイプは多様な遺伝子マーカーを含み得、それ故、ハプロタイプを検出することは、多型部位の配列を検出するための当該技術分野では公知の方法により達成し得る。例えば、ＳＮＰｓ及び／又はマイクロサテライトマーカーの存在について遺伝子型決定するための、例えば、蛍光に基づいた技術（Chen, X. et al., Genome Res. 9(5): 492-98 (1999)) 、ＰＣＲ、ＬＣＲ、ネステッドＰＣＲ及び核酸増幅のための他の技術のような標準技術を使用し得る。これらのマーカー及びＳＮＰｓはアットリスクハプロタイプで同定し得る。関連するマーカー及びＳＮＰｓを同定する特定の方法には、連鎖不平衡（ＬＤ）及び／又はＬＯＤスコアの使用が含まれる。
【００５９】
連鎖不平衡
連鎖不平衡（ＬＤ）とは二つの遺伝的要素の非ランダム分類を指す。例えば、もし特定の遺伝的要素（例えば、多型部位の「アレル」）が集団中で０．２５の頻度で生じ、及び別のものが０．２５の頻度で生ずれば、要素のランダム分布を仮定すると、両方の要素を有している人の予測される出現率は０．１２５である。しかしながら、もし二つの要素が０．１２５より高い頻度で一緒に生じることが発見されるとすると、それらの独立したアレル頻度が予測するよりも高い比率で一緒に遺伝されている傾向があるので、該要素は連鎖不平衡にあると言われる。大まかに言うと、ＬＤは、二つの要素間の組換え事象の頻度に一般的に相関している。集団中の個体の遺伝子型を決定し、及び集団中の各アレルの出現率を決定することにより、集団中のアレル頻度を決定し得る。二倍体の集団（例えば、ヒト集団）では、個体は典型的には各遺伝的要素（例えば、マーカー又は遺伝子）について二つのアレルを有しているであろう。
【００６０】
連鎖不平衡（ＬＤ）の強度を評価するため、多くの異なった尺度が提案されてきた。ほとんどは両アレル部位の対間の関連の強さを捕捉する。二つの重要なＬＤの対尺度はｒ２（しばしばΔ２で表示される）及び｜Ｄ’｜である。両方の尺度とも０（不平衡なし）から１（「完全」不平衡）の範囲であるが、それらの解釈はわずかに異なっている。｜Ｄ’｜は、もし二つ又は三つの可能なハプロタイプが存在するならば、それは１に等しく、及び四つの可能なハプロタイプが存在するならば、それは＜１であるとように定義される。それで、＜１である｜Ｄ’｜の値は、二つの部位で歴史的組換えが起こってもよいことを示している（反復性変異も＜１である｜Ｄ’｜を生じ得るが、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）についてこのことは組換えよりも起こりにくいと通常考えられている）。尺度ｒ２は、二つの部位間の統計的相関を表しており、もし二つのみのハプロタイプが存在すれば１の値をとる。ｒ２間の単純な逆関係であり、及び感受性座位及びＳＮＰｓ間の関連を検出するために少量の試料しか必要とされないので、関連マッピングについての間違いなく最もよい関連尺度である。これらの尺度は対の部位について定義されているが、いくつかの適用については、多くの多型部位を含有する全領域にわたり、ＬＤがどれくらい強いかを決定することが望まれるであろう（例えば、ＬＤの強度が座位間で又は集団にわたって有意に異なっているかどうか、又は特定のモデル下で予測されるよりも領域中でＬＤが大きいか又は小さいかどうかを試験すること）。領域にわたってＬＤを測定することは容易ではないが、一つのアプローチは集団遺伝学で開発された尺度ｒを使用するものである。大まかに言うと、ｒは、データに見られるＬＤを発生させるため、特定の集団モデル下でどのくらいの組換えが必要とされるであろうかを測定する。このタイプの方法は、ＬＤデータが組換えホットスポットの存在をについての証拠を提供するかどうかを決定することへの統計的に厳密なアプローチも提供できる可能性がある。本明細書で記載されている方法について、有意なｒ２値は、少なくとも０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９又は１．０のように、少なくとも０．２であることができる。
【００６１】
それ故、ＬＤは特有のマーカーのアレル間の相関を表している。それは相関係数又は｜Ｄ’｜（ｒ２は１．０まで及び｜Ｄ’｜は１．０まで）により測定される。
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位は癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）において役割を果たしていることが実証された。特定のマーカー及び／又はハプロタイプが、特定の癌対象中に予期されたよりも高い頻度で存在していることが発見された。一つの態様において、マーカー又はハプロタイプは、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーと連鎖不平衡（相関係数の２乗として定義される、ｒ２、０．２より大きい）にあるＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。
【００６２】
感受性座位のハプロタイプ及びＬＯＤスコア定義
特定の態様において、候補感受性座位をＬＯＤスコアを使用して定義した。定義された領域は次に、１００ｋｂ未満のマーカー間の平均スペースを有するＳＮＰ及びマイクロサテライトマーカーで超微細地図作成を行った。公開データベースに見いだされた及びその領域内に位置付けられたすべての使用可能なマイクロサテライト及びＳＮＰマーカーを使用し得る。加えて、ヒトゲノムのｄｅＣＯＤＥ遺伝学配列アセンブリー内で同定されたマイクロサテライトマーカーを使用し得る。患者及び対照群中のハプロタイプの頻度は期待値最大化（ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ−ｍａｘｉｍｉｚａｔｉｏｎ）アルゴリズム(Dempster A. et al., J. R. Stat. Soc. B, 39:1-38 (1977)) を使用して見積もることが可能である。失われた遺伝子型及びフェーズでの不確かさを取り扱うことが可能なこのアルゴリズムの実行を使用し得る。帰無仮説下、患者及び対照は同一の頻度を有すると仮定した。尤度アプローチを使用し、対立仮説を試験し、そこでは、本明細書に記載したマーカーを含むことができる候補アットリスクハプロタイプは対照よりも患者でより高い頻度にし、一方、他のハプロタイプの頻度は両群で同一とした。両方の仮説下で尤度を別々に最大化し、対応する１−ｄｆ尤度比統計を、統計的有意性を評価するために使用した。
【００６３】
連鎖領域内のアットリスク及び保護的マーカー及びハプロタイプを探すため、例えば、これらのマーカーが実行領域に広がっていると仮定して、遺伝子型決定したマーカーのすべての可能な組み合わせの関連を研究した。合併した患者及び対照群を、患者及び対照の本来の群に等しいサイズで、二つの組にランダムに分割することができる。マーカー及びハプロタイプ解析を次に繰り返し、登録された最も有意なＰ値を決定した。このランダム化スキームを例えば、１００回以上繰り返すことができ、Ｐ値の実験的分布を構築した。好ましい態様において、＜０．０５のＰ値が有意なマーカー及び／又はハプロタイプの関連を示す。
【００６４】
ハプロタイプ解析の詳細な議論は以下のようである。
ハプロタイプ解析
ハプロタイプ解析の一つの一般的アプローチはネステッドモデル（ＮＥＭＯ）(Gretarsdottir S., et al., Nat. Genet.35:131-38 (2003))に応用した尤度に基づいた推論を使用することを含んでいる。該方法は、多くの多型マーカー、ＳＮＰｓ及びマイクロサテライトを許容するプログラムＮＥＭＯで実行される。方法及びソフトウェアーは、患者対照研究について具体的に設計され、異なったリスクを与えるハプロタイプ群を同定することが目的である。それはＬＤ構造を研究するためのツールでもある。ＮＥＭＯにおいて、最大尤度見積もり、尤度比及びＰ値は、観察されたデータについてそれを失われたデータ問題として取り扱う、ＥＭアルゴリズムの助けを借りて、直接的に計算される。
【００６５】
測定情報
フェーズの不確かさ及び失われた遺伝子型による情報損失を取り込んだ観察データを直接計算される尤度に基づいた尤度比試験は信頼できて、有効なＰ値を与えるが、不完全である情報のため、どのくらいの情報が失われていたかを知ることはそれでも興味あることであろう。ハプロタイプ解析についての情報量は、連鎖解析について定義された情報量の自然な流れとしてNicolae and Kong (Technical Report 537, Department of Statistics, University of Statistics, University of Chicago ; Biometrics, 60(2):368-75 (2004)) により記載されており、ＮＥＭＯで実行された。
【００６６】
統計解析
疾患への単一マーカー関連について、フィッシャーの直接確率検定を使用することができ、各個体アレルの両側Ｐ値を計算した。すべてのＰ値は特別に示されていない限り、複数比較のために調整されずに示されている。示された頻度（マイクロサテライト、ＳＮＰｓ及びハプロタイプについて）は、キャリアー頻度に対立するものとしてのアレル頻度である。連鎖解析のための家族として動員された患者の同系性による偏向を最小化するため、一等親及び二等親血縁者類は患者リストから除去し得る。さらに、Risch, N. & Teng, J.(Genome Res., 8: 1273-1288 (1998)) に記載されている分散調節法を拡大することにより、一般的家族関連性に適用できるように、及び比較のため調整及び未調整Ｐ値の両方に提示できるように同胞群についてＤＮＡをプール化することにより（前記文献）、患者間に残った同系性を補正して関連について試験を繰り返し得る。相違は、予測されたごとく一般的に非常に小さかった。多重試験のために補正された単一マーカー関連の有意性を評価するため、同一の遺伝子型データを使用してランダム化試験を実施し得る。患者及び対照のコホートをランダム化でき、関連解析を複数回（例えば、５００,０００回まで)やり直し、及びＰ値は、本来の患者及び対照のコホートを使用して観察されたＰ値より低いか又は等しい、いくつかのマーカーアレルについてのＰ値を生み出す反復の一部である。
【００６７】
単一マーカー及びハプロタイプ両解析について、相対リスク（ＲＲ）及び集団寄与リスク（ＰＡＲ）を乗法（ｍｕｌｔｉｐｌｉｃａｔｉｖｅ）モデル（ハプロタイプ相対リスクモデル）(Terwilliger, J.D. & Ott, J., Hum. Hered. 42:337-46 (1992) 及び Falk, CT. & Rubinstein, P, Ann. Hum. Genet. 51 (Pt 3):227-33 (1987)) 、即ち、二つのアレル／人が多数重なって運んでいるハプロタイプのリスク、を仮定して計算し得る。例えば、もしＲＲがａに対するＡの相対リスクであるとしたら、ホモ接合体ＡＡの人のリスクはヘテロ接合体ＡａのリスクのＲＲ倍であり、ホモ接合体ａａのそれのＲＲ２倍であろう。乗法モデルは、解析及び計算を単純化する素晴らしい特性を有する−罹患した集団内ならびに対照集団内でハプロタイプは独立している（即ち、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡で）。その結果、罹患者及び対照のハプロタイプ計算は各々多項分布を有するが、対立仮説下では異なったハプロタイプ頻度を有する。具体的には、ｈｉ及びｈｊの二つのハプロタイプについて、リスク（ｈｉ）／リスク（ｈｊ）＝（ｆｉ/ｐｉ）/（ｆｊ/ｐｊ）、式中、ｆ及びｐは、各々、患者集団及び対照集団中の頻度を表す。もし真のモデルが乗法的でないとしたら、いくらかのパワーの損失があるが、該損失は極端なケースを除いて軽度である傾向がある。最も重要なことは、Ｐ値は帰無仮説に関して計算されるので、常に有効である。
【００６８】
ＮＥＭＯを使用する連鎖不平衡
マーカーの対間のＬＤは、Ｄ’及びＲ２の標準定義を使用して計算し得る(Lewontin, R., Genetics 49:49-67(1964); Hill, W.G. & Robertson, A. Theor. Appl Genet. 22:226-231 (1968)) 。ＮＥＭＯを使用し、二つのマーカーアレルの組み合わせを、最大尤度により見積もり、及び連鎖平衡からの逸脱を尤度比試験により評価した。Ｄ’及びＲ２の定義を、辺縁アレル確率により加重した二つのマーカーのすべての可能なアレル組み合わせについての値を平均することによりマイクロサテライトを含むように拡張した。特定の領域中のＬＤ構造を評価するためにすべてのマーカーの組み合わせをプロッティングする場合、Ｄ’を左上の隅に及びＰ値を右下隅にプロットした。ＬＤプロットにおいて、もし望むなら、マーカーはそれらの物理的位置に従うよりもむしろ等距離にプロットし得る。
連鎖解析のための統計的方法
複数点、患者のみ、アレル共有法を連鎖についての証拠を評価するための解析に使用し得る。ＬＯＤスコア及びノンパラメトリック連鎖（ＮＰＬ）スコアの両方の結果は、プログラムＡｌｌｅｇｒｏ(Gudbjartsson et al., Nat. Genet. 25:12-3 (2000)) を使用して得ることが可能である。われわれのベースライン連鎖解析はＳｐａｉｒｓスコアリング関数(Whittemore, A.S., Halpern、 J. Biometrics 50:118-27（1994); Kruglyak L. et al., Am. J. Hum. Genet. 55:1347-63 (1996)) 、指数アレル共有モデル(Kong, A. and Cox, N. J., Am. J. Hum. Genet. 61:1179-88 (1997)) 、及びログスケール上、各罹患（ａｆｆｅｃｔｅｄ）対の等しい加重及び各家族の等しい加重の中間である家族加重スキームを使用した。我々が使用する情報量はＡｌｌｅｇｒｏプログラム出力の一部であり、情報値は、もしマーカー遺伝子型が完全に情報を与えなければ０に等しく、もし該遺伝子型が罹患血縁者間で家系により共有されているアレルの正確な量を決定していれば１に等しい(Gretarsdottir et al., Am. J. Hum. Genet,, 70:593-603 (2002)) 。Ｐ値は二つの異なった方法で計算され、より有意ではない結果が本明細書で報告されている。第一のＰ値は、多量サンプル理論に基づいて計算することができ；Ｚ１ｒ＝□（２［ｌｏｇｅ（１０）ＬＯＤ］）の分布は連鎖のない帰無仮説下での標準正規変数に近づく(Kong, A. and Cox, NJ., Am. J. Hum. Genet. 61:1179-88 (1997)) 。第二のP値は、帰無仮説下、観察されたＬＯＤスコアとその完全データサンプリング分布を比較することにより計算することができる(例えば、Gudbjartsson et al., Nat. Genet. 25:12-3 (2000)) 。データが数家族以上から成っている場合、これら二つのP値は非常に類似する傾向がある。
【００６９】
感受性座位のハプロタイプ及び「ハプロタイプブロック」定義
特定の態様において、マーカー及びハプロタイプ解析は「ハプロタイプブロック」（「ＬＤブロック」とも称される）に基づいた候補感受性座位を定義することを含んでいる。ヒトゲノムの一部はいくつかの共通のハプロタイプを含有する一連の別々のハプロタイプブロックに分解し得る；これらのブロックについて、連鎖不平衡データは組換えを示す証拠をほとんど示さない(例えば、Wall., J.D. and Pritchard, J.K., Nature Reviews genetics 4:587-597（2003); Daly, M. et al, Nature Genet. 29:229-232 (2001); Gabriel, S.B. et al., Science 296:2225- 2229 (2002); Patil, N. et al., Science 294:1719-1723 (2001); Dawson, E. et al., Nature 418:544-548 (2002); Phillips, M.S. et al., Nature Genet. 33:382-387（2003) を参照されたい) 。これらのハプロタイプブロックを定義するための二つの主な方法がある；ブロックは限定されたハプロタイプ多様性を有するＤＮＡの領域として (例えば、Daly, M. et al, Nature Genet. 29:229-232 (2001); Patil, N. et al., Science 294:1719-1723 (2001); Dawson, E. et al., Nature 418:544-548 (2002); Zhang, K. et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 99:7335-7339 (2002) を参照されたい) 、又は連鎖不平衡を使用して同定される広範囲の歴史的組換えを有している移行帯間の領域として(例えば、Gabriel, S.B. et al, Science 296:2225-2229 (2002); Phillips、 M.S. et al., Nature Genet. 33:382-38７（2003); Wang, N. et al., Am. J. Hum. Genet. 71:1227-1234 (2002); Stumpf, M.P., and Goldstein, D.B., Curr. Biol. 13:1-8 (2003) を参照されたい) 、定義し得る。本明細書で使用される用語「ハプロタイプブロック」又は「ＬＤブロック」は、いずれかの特徴により定義されるブロックを含む。
【００７０】
ハプロタイプブロックの同定のための代表的方法が、例えば、米国公開特許出願番号２００３００９９９６４、２００３０１７０６６５、２００４００２３２３７及び２００４０１４６８７０に示されている。ハプロタイプブロックは表現型及びハプロタイプ状態間の関連を地図にするために容易に使用し得る。主ハプロタイプが各ハプロタイプブロックで同定し得、そして次に「タグ付け」ＳＮＰｓ又はマーカーの組（ハプロタイプ間を区別するために必要とされる小さな組のＳＮＰｓ又はマーカー）を同定し得る。これらのタグ付けＳＮＰｓ又はマーカーは次に、表現型とハプロタイプ間の関連を同定するため、個体の群からのサンプルの評価に使用することが可能である。もし望むなら、近隣のハプロタイプブロックもハプロタイプブロック間の連鎖不平衡に存在することができるので、それらを同時に評価し得る。
【００７１】
ハプロタイプ及び診断
本明細書に記載したように、特定のマーカー及びハプロタイプは、癌への感受性の決定のために有用であることが見いだされた−即ち、それらは癌への感受性を診断するために有用であることが見いだされた。特定のマーカー及びハプロタイプ（下記の表のいずれかに示された一つ又はそれより多くのマーカーを含有する、例えば、ハプロタイプ１、ハプロタイプＩａ及び他のハプロタイプ）は癌のない個体よりも、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）を有する個体においてより頻繁に観察された。それ故、これらのマーカー及びハプロタイプは、個体において癌、又は癌への感受性を検出するための予測的な意義を有する。特定のタグ付けされたマーカーを含んでなるハプロタイプブロックは、癌のない個体よりも、癌を有する個体においてより頻繁に観察し得る。それ故、ハプロタイプブロック内のこれらの「アットリスク」タグ付けされたマーカーも、個体において癌、又は癌への感受性を検出するための予測的な意義を有する。ハプロタイプ又はＬＤブロック内の「アットリスク」タグ付けされたマーカーは、ハプロタイプ間を区別する他のマーカーも、これらの類似性が癌、又は癌への感受性を検出するための予測的な意義を有するので含み得る。ヒトゲノムのハプロタイプブロック構造の結果として、多数のマーカー又は変異体及び／又はハプロタイプブロック（ＬＤブロック）に関連するこうしたマーカー又は変異体を含んでなるハプロタイプは、特定の形質及び／又は表現型と関連して観察することができる。それ故、本明細書で定義されたＬＤブロックＡ内に属する、又はＬＤブロックＡと強いＬＤ（０．２より大きなｒ２により特徴付けられる）のマーカー及び／又はハプロタイプは、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌、乳癌、肺癌、メラノーマ）に関連する。これには本明細書に記載したマーカー（表１３、２０及び２１）が含まれるが、表１３、２０及び２１に掲げた一つ又はそれより多くのマーカーと強いＬＤ（０．２より大きなｒ２により特徴付けられる）の他のマーカーも含むことができる。こうした追加の変異体の同定は、当業者には公知の方法、例えば、ＬＤブロックＡゲノム領域のＤＮＡ配列決定により達成することが可能であり、本発明はこうした追加の変異体も包含する。
【００７２】
本明細書に記載したように（例えば、表１３）、ＬＤブロックＡ内の特定のマーカーは、癌を有する個体において減少した頻度で観察され、表１３、２０及び２１に掲げた二つ又はそれより多くのマーカーを含んでなるハプロタイプは、癌を有する個体においても減少した頻度で観察される。これらのマーカー及びハプロタイプはそれ故、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）に対して保護的であり、即ち、これらのマーカー及び／又はハプロタイプを運んでいる個体が癌を発生する減少したリスクを与える。こうした保護的ハプロタイプの一つの例は、マーカーｒｓ７８１４２５１Ｃアレル及びｒｓｌ２５４２６８５アレルＴアレル（表２２）を含んである。
【００７３】
本明細書に記載したハプロタイプ及びマーカーは、いくつかのケースにおいて、多様な遺伝子マーカーの組み合わせ、例えば、ＳＮＰｓ及びマイクロサテライトである。それ故、ハプロタイプを検出することは、当該技術分野で既知の、又は多型部位の配列を検出するために本明細書に記載した方法により達成し得る。さらに、特定のハプロタイプ又はマーカーの組と疾患表現型間の相関は、標準技術を使用して確認し得る。相関のための単純な試験の代表的例は、２ｘ２表のフィッシャーの直接確率検定であろう。
【００７４】
具体的態様において、ＬＤブロックＡ及び／又は  Ｃｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプは、健常な個体（対照）におけるその存在の頻度と比較して、癌のリスクがある個体（患者）により頻繁に存在するマーカー又はハプロタイプであり、該マーカー又はハプロタイプの存在は癌又は癌への感受性を示す。他の態様において、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つまたはそれより多くのマーカー又はハプロタイプと連鎖不平衡にあるハプロタイプブロック中のアットリスクタグ付けマーカーは、健常な個体（対照）におけるそれらの存在の頻度と比較して、癌のリスクがある個体（患者）により頻繁に存在するタグ付けマーカーであり、該タグ付けマーカーの存在は癌への感受性を示す。さらなる態様において、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する一つまたはそれより多くのマーカー又はハプロタイプと連鎖不平衡にあるアットリスクマーカーは、健常な個体（対照）におけるそれらの存在の頻度と比較して、癌のリスクがある個体により頻繁に存在するマーカーであり、該マーカーの存在は癌への感受性を示す。
【００７５】
本発明の特定の態様において、マーカー（単数又は複数）又はハプロタイプはＬＤブロックＡに関連する。本明細書で記載した及び例示したように、遺伝子型解析は染色体８ｑ２４．２１上のマーカー及びハプロタイプと癌の関連を明らかにした。特に、本明細書に記載された本研究は、ＬＤブロックＡ（即ち．ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ  ３４の１２８,４１４,０００〜１２８,５０６,０００ｂｐからのゲノムＤＮＡ配列（配列番号：１；図６Ａｌ〜６Ａ３１））に関連するマーカー及びハプロタイプと癌との関連を実証した。本明細書で特定的に記載されたもの以外のＬＤブロックＡ内のマーカー及びハプロタイプが、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）と関連し得、本発明に包含されることに注目すべきである。本明細書に記載された教示及び当該技術分野の知識に基づいて、実験を行うことなく他のマーカー及びハプロタイプを同定することができる（例えば、癌を有する又は有しない対象中のＬＤブロックＡの領域を配列決定することにより、又は本明細書に記載したマーカー及び／又はハプロタイプと強いＬＤにあるマーカーの遺伝子型を決定することにより）。
【００７６】
一つの態様において、マーカー（単数又は複数）又はハプロタイプは、表１３の少なくとも一つのマーカーを含んでなる。別の態様において、マーカー（単数又は複数）又はハプロタイプは、ｒｓｌ４４７２９５Ａアレル及び／又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる。
【００７７】
本明細書に記載した特定的な方法において、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）の危険性がある個体は、アットリスクハプロタイプが同定された個体であるか、又はアットリスクマーカーが同定された個体である。一つの態様において、マーカー又はハプロタイプの関連の強度は、相対リスク（ＲＲ）により測定される。ＲＲは、該マーカー又はハプロタイプの一つのコピーを運ぶ対象間の状態の発生の、該マーカー又はハプロタイプのコピーを運んでいない対象間の状態の発生に対する比である。この比は該マーカー又はハプロタイプの二つのコピーを運ぶ対象間の状態の発生の、該マーカー又はハプロタイプのコピーの一つのコピーを運ぶ対象間の状態の発生に対する比に等しい。一つの態様において、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．２の相対リスクを有する。他の態様において、該マーカー又はハプロタイプは、少なくとも１．３、少なくとも１．４、少なくとも１．５、少なくとも２．０、少なくとも２．５、少なくとも３．０、少なくとも３．５、少なくとも４．０、又は少なくとも５．０の相対リスクを有する。
【００７８】
一つの態様において、本発明は前立腺癌への感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は前立腺癌への感受性を示し、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．５の相対リスクを有する。別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも２．０の相対リスクを有する。
【００７９】
一つの態様において、本発明は乳癌への感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は乳癌への感受性を示し、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．３の相対リスクを有する。
【００８０】
一つの態様において、本発明は肺癌への感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は肺癌への感受性を示し、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．３の相対リスクを有する。
【００８１】
一つの態様において、本発明はメラノーマへの感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在はメラノーマへの感受性を示し、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．５の相対リスクを有する。別の態様において、本発明は悪性皮膚メラノーマへの感受性を診断する方法であり、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプを検出することを含んでなり、該マーカー又はハプロタイプの存在は悪性皮膚メラノーマへの感受性を示し、該マーカー又はハプロタイプは少なくとも１．７の相対リスクを有する。
【００８２】
別の態様において、マーカー又はハプロタイプに関連する有意性が相対リスクにより測定される。一つの態様において、増加したリスクは、限定されるわけではないが、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８及び１．９を含む、少なくとも約１．２の相対リスクとして測定される。さらなる態様において、少なくとも１．２の相対リスクが有意である。さらなる態様において、少なくとも１．５の相対リスクが有意である。さらなる態様において、少なくとも１．７の相対リスクが有意である。別の態様において、減少したリスクが、限定されるわけではないが、０．８、０．７、０．６、０．５及び０．４未満を含む１未満の相対リスクとして測定される。さらなる態様において、０．８未満の相対リスクが有意である。さらなる態様において、０．６未満の相対リスクが有意である。
【００８３】
さらに別の態様において、マーカー又はハプロタイプに関連する有意性がパーセンテージにより測定される。一つの態様において、リスクの有意な増加又は減少は、限定されるわけではないが、約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％及び９８％を含む、少なくとも約２０％である。さらなる態様において、リスクの有意な増加又は減少は少なくとも約５０％である。それ故、本明細書で使用される用語、癌「への感受性」は、有意である量により、癌の増加した又は減少したリスクがあり、特定のマーカー（マーカーアレル）又はハプロタイプが存在する場合；有意性は上に示したように測定されることを示している。用語、癌「への減少した感受性」及び癌「に対する保護」は、本明細書で使用される場合、特定の他のマーカー又はハプロタイプが存在する場合に応じて相対リスクが減少することを示している。しかしながら、リスクが医学的に有意であるかどうかは、特異的疾患、該マーカー又はハプロタイプ及びしばしば環境因子を含む、多様な因子にも依存してもよいことが理解される。
【００８４】
本発明の特定の態様は、個体における癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断する方法を包含し、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する核酸領域（その一部を含んでなる）中のＳＮＰｓ及び／又はマイクロサテライトの存在又は頻度を評価することを含んでなり、健常対照個体と比較した、ＳＮＰｓ及び／又はマイクロサテライトの過剰又はより高い頻度は、個体が癌を有すること、又は癌へ感受性であることを示す（例えば、スクリーニングツールとして使用し得る、及び／又はハプロタイプの成分であるＳＮＰｓ及び／又はマイクロサテライトマーカーについては、表１及び１３（下記）を参照されたい）。これらのマイクロサテライトマーカー及びＳＮＰｓはハプロタイプ中で同定し得る。例えば、ハプロタイプは下記の表に示したもののようなマイクロサテライトマーカー及び／又はＳＮＰｓを含み得る。該マーカー又はハプロタイプの存在は癌又は癌への感受性を示し、及びそれ故、療法及び／又は予防法に良好な候補である個体を示す。これらのマーカー及びハプロタイプはスクリーニングツールとして使用し得る。本発明の他の特定の態様は、個体における癌への感受性を診断する方法を包含し、一つまたはそれより多くの多型部位の一つまたはそれより多くのマーカーを検出することを含んでなり、一つまたはそれより多くの多型部位はＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１と連鎖不平衡している。
【００８５】
遺伝子試験の有用性
癌を発生するリスクを与える遺伝子変異体についての知識は、疾患を発生する増加したリスクを有する個体（即ち、リスク変異体のキャリアー）及び疾患を発生する減少したリスクを有する個体（即ち、保護的変異体のキャリアー）間を区別するための遺伝子試験を適用する機会を与える。上記の群の両方に属する個体についての遺伝子試験の中核的意義は、早期段階で疾患を診断することができる可能性であり、最も適切な治療を適用することが可能であるように疾患の予後／攻撃性について、臨床医に情報を提供することである。
【００８６】
１．早期検出を助けるため
前立腺癌についての遺伝子試験の適用は、もし局所的に発見されたら、より高い治癒率を導き、腫瘍の局所及び遠位伝搬を最小化することにより生存率を増加させる、早期段階での疾患の検出の機会を提供し得る。
【００８７】
前立腺癌については、遺伝子試験は、すでに一般的に適用されている前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）試験及び直腸診（ＤＲＥ）の感度及び特異性を増加させる可能性が高いであろう。このことは、偽陽性（それ故、針バイオプシーのような不必要な過程を最小にする）及び偽陰性（それ故、潜在性疾患の検出を増加させ、ＰＣＡによる罹患率及び死亡率を最小化する）の率を低下させることを導く。
【００８８】
２．攻撃性を決定するため
遺伝子試験は、前診断予後指標についての情報を提供し得、スクリーニング戦略の修正を導くことが可能な、進行性腫瘍タイプについて高リスク又は低リスクの個体の同定を可能にする。例えば、進行性前立腺癌の発生について高リスクアレルのキャリアーであると決定された個体は、より頻繁なＰＳＡ試験、検査を受けるであろうし、異常ＰＳＡ値の存在での針バイオプシーに対してより低い閾値を有する。さらに、進行性腫瘍タイプについて高リスク又は低リスクアレルのキャリアである個体を同定することは、治療戦略の修正を導くであろう。例えば、もし、前立腺癌の進行性形態を発生させる増加したリスクを与えるアレルのキャリアである個体で前立腺癌が診断されたら、臨床医は攻撃性が低い治療戦略の代わりに、前立腺切除術のようなより攻撃的な治療戦略を勧めるであろう。
【００８９】
当該技術分野で既知であるように、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）は、癌細胞を含む前立腺の上皮細胞により分泌されるタンパク質である。血中の上昇したレベルは、良性にせよ又は悪性にせよ、前立腺の異常状態を示している。ＰＳＡは前立腺中の潜在的問題を検出するため、及び前立腺癌療法の進行を追跡するために使用される。４ｎｇ／ｍｌ以上のＰＳＡレベルは前立腺癌の存在を示す（当該技術分野で公知であるように及び本明細書に記載したように、本試験は非常に特異的でも高感度でもないが）。
【００９０】
一つの態様において、本発明の方法はＰＳＡアッセイと併用して（先だって、同時に又は後で）実施される。特定の態様において、対象が４ｎｇ／ｍｌより高いレベルを有していることと組み合わされた、マーカー又はハプロタイプの存在は、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す。本明細書に記載したごとく、特定のマーカー及びハプロタイプは高いグリーソン（即ち、より進行性）前立腺癌と関連している。別の態様において、正常ＰＳＡレベル（例えば、４ｎｇ／ｍｌ未満）を有する患者におけるマーカー又はハプロタイプの存在は、高いグリーソン（即ち、より進行性）前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す。「より悪い予後」又は「悪い予後」は、癌が前立腺の境界を超えて増殖し、転移し、療法を逃れ及び／又は宿主を殺すことが起こりそうな時に生じる。
【００９１】
一つの態様において、マーカー又はハプロタイプの存在は、腫瘍又はその前駆体中のＣｈｒ８ｑ２４．２１の体細胞再構成（例えば、一つまたはそれより多くの増幅、転座、挿入及び／又は欠失）の素因を示す。体細胞再構成それ自身、続いて前立腺癌のより進行性形態（例えば、より高いグリーソンスコア又はより高い診断段階を反映したより高い組織学的グレード）、前立腺癌の増加した進行（例えば、より高い段階へ）、より悪い結果（例えば、罹患率、合併症又は死に関して）を導くことができる。当該技術分野で公知であるように、グリーソングレードは、正常腺構築物（サイズ、形状及び腺の分化）の損失の程度について前立腺癌を分類するために広く使用されている方法である。１〜５のグレードが、試験された組織サンプル中に存在する二つの最も主な組織パターンの各々に連続的に帰属され、一緒に足し合わされて合計又は合併グリーソングレード（スケール２〜１０）を生じる。高い数字は弱い分化を示し、それ故より進行性の癌を示す。
【００９２】
進行性前立腺癌は、前立腺を超えて増殖し、転移し、そして最終的には患者を殺す癌である。本明細書に記載したごとく、攻撃性の一つの代用尺度は高い合併グリーソングレードである。２〜１０のスケール上のグレードが高いほど、患者は進行性疾患を有しているであろう。
【００９３】
本明細書に記載したごとく、及び別に注意しない限り、用語「段階（ｓｔａｇｅ）」は癌（例えば、前立腺癌）のサイズ及び物理的範囲を定義するために使用される。多様な癌を段階分けする一つの方法は、ＴＮＭ法であり、ＴＮＭ頭字語において、Ｔは腫瘍サイズ及び侵襲度（例えば、前立腺中の原発性腫瘍）を表し；Ｎは節関与（例えば、リンパ節に広がった前立腺癌）に関係し；及びＭは転移（遠い部位への伝搬）の存在又は不存在を示す。
【００９４】
本発明の方法
癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断する方法が本明細書に記載されており、本発明に包含される。癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を検出するため、対象からのサンプルをアッセイするためのキットも本発明に包含される。他の態様において、本発明は対象中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌（例えば、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１前立腺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマ）を診断するための方法である。
【００９５】
本発明の診断及びスクリーニングアッセイ
特定の態様において、本発明は、癌対象又は癌に感受性である対象により頻繁に出現する特定の遺伝子マーカーを検出することにより、癌又は癌への感受性を診断する、又は診断を助ける方法に関する。特定の態様において、本発明は、一つまたはそれより多くの特定の遺伝子マーカー（例えば、本明細書に記載したマーカー又はハプロタイプ）を検出することによる、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌及び／又はメラノーマへの感受性を診断する方法である。本発明は、特定のマーカー又はハプロタイプの検出が癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を示す方法を記載する。こうした予後又は予測的 アッセイは、こうした癌に関連する徴候の発病に先立って、対象の予防的治療を決定するために使用し得る。
【００９６】
加えて、特定の他の態様において、本発明は、癌においてより低い頻度で出現する特定の遺伝子マーカー又はハプロタイプを検出することによる、癌への減少した感受性を診断する、又は診断を助ける方法に関する。特定の態様において、本発明は、一つまたはそれより多くの特定の遺伝子マーカー（例えば、本明細書に記載したマーカー又はハプロタイプ）を検出することにより、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌及び／又はメラノーマへの感受性を診断する方法である。本発明は、特定のマーカー又はハプロタイプの検出が減少した癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性、又は癌に対する保護的マーカー又はハプロタイプを示す方法を記載する。
【００９７】
本明細書に記載した及び例示したごとく、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連する特定のマーカー又はハプロタイプ（例えば、ハプロタイプ）は癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）と関係がある。一つの態様において、該マーカー又はハプロタイプは前立腺癌、乳癌、肺癌及び／又はメラノーマへの感受性の有意なリスクを与えるものである。別の態様において、本発明は、健常対象（対照）における存在と比較して、癌を有している又は癌が疑われる対象（患者）におけるその存在がより頻繁である、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプについてスクリーニングすることによる、対象における癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断する方法に関する。特定の態様において、該マーカー又はハプロタイプは、Ｐ値＜０．０５を有する。
【００９８】
これらの態様において、該マーカー又はハプロタイプの存在は、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を示す。これらの診断法は、ＬＤブロックＡ及び／又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプの存在又は不存在を検出することを含む。本明細書に記載したハプロタイプは、多様な遺伝子マーカー（例えば、ＳＮＰｓ、マイクロサテライト）の組み合わせを含む。特定のハプロタイプを作り上げる特定の遺伝子マーカーの検出は、本明細書に記載した及び／又は当該技術分野で既知の多様な方法により実行し得る。例えば、遺伝子マーカーは、核酸レベルで（例えば、直接ヌクレオチド配列決定により）又は、もし遺伝子マーカーがＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸によりコードされたタンパク質のコード配列に影響するならばアミノ酸レベルで（例えば、タンパク質配列決定により、又はこうしたタンパク質を認識する抗体を使用するイムノアッセイにより）検出し得る。本明細書で使用される「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸」とは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１のゲノムＤＮＡ配列の断片である、又は対応する、核酸を指す。「ＬＤブロックＡ関連核酸」とは、ＬＤブロックＡのゲノムＤＮＡ配列の断片である、又は対応する、核酸を指す。
【００９９】
一つの態様において、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性の診断は、サザン分析、ノーザン分析及び／又はインサイツハイブリダイゼーションのようなハイブリダイゼーション法(Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, F. et al, eds., John Wiley & Sons 、すべての補足を含んで、を参照されたい）を使用して達成し得る。ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡの試験対象又は個体からの生物学的サンプル（「試験サンプル」）は癌を有すると疑われた、かかりやすい、又は素因がある対象（「試験対象」）から得られた。対象は成人、小児又は胎児であり得る。該試験サンプルは、血液サンプル、羊水のサンプル、脳脊髄液のサンプル、又は皮膚、筋肉、頬側又は結膜粘膜、胎盤、胃腸管又は他の器官からの組織サンプルのような、ゲノムＤＮＡを含有するいずれかの起源からであり得る。胎児細胞又は組織からのＤＮＡの試験サンプルは、羊水穿刺又は絨毛膜絨毛サンプリングによるような適切な方法により得ることが可能である。次にＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡサンプルを試験する。ハプロタイプのアレルの存在は、特定のアレルに特異的な核酸プローブの配列特異的ハイブリダイゼーションにより示し得る。配列特異的プローブは、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡへハイブリダイズするように方向付け得る。本明細書で使用される「核酸プローブ」は、相補的配列にハイブリダイズするＤＮＡプローブ又はＲＮＡプローブであり得る。当業者は、特定のアレルが試験サンプルからのゲノムＤＮＡ中に存在する場合にのみ配列特異的ハイブリダイゼーションが起こるように、こうしたプローブをどのように設計するのかを承知しているであろう。
【０１００】
癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断するため、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸を含有する試験サンプルと少なくとも一つの核酸プローブを接触させることによりハイブリダイゼーションサンプルを形成する。ｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを検出するためのプローブの非制限例は、本明細書に記載したｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡ配列にハイブリダイズすることができる標識核酸プローブである。該核酸プローブは完全長核酸分子、又は例えば、ストリンジェント条件下で適切なｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分である、少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０又は５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドのようなそれらの一部であり得る。例えば、該核酸プローブは配列番号：１のすべて又は一部であることが可能であり、ハプロタイプ中に含まれる少なくとも一つのアレルを含んでいてもよく、又は該プローブはこうした配列の相補配列であることが可能である。特定の態様において、該核酸プローブは配列番号：１の一部であり、ハプロタイプ中に含まれる少なくとも一つのアレルを含んでいてもよく、又は該プローブはこうした配列の相補配列であり得る。本発明の診断アッセイに使用するための他の適したプローブは本明細書に記載されている。
【０１０１】
ハイブリダイゼーションサンプルは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸への該核酸プローブの特異的ハイブリダイゼーションを可能にするのに十分である条件下で維持する。本明細書で使用される「特異的ハイブリダイゼーション」とは、正確なハイブリダイゼーション（即ち、不適正塩基対のない）を示す。特異的ハイブリダイゼーションは、本明細書に記載した高ストリンジェンシー条件又は中ストリンジェンシー条件下で実行し得る。一つの態様において、特異的ハイブリダイゼーションのためのハイブリダイゼーション条件は高ストリンジェンシー（例えば、本明細書に記載したごとく）である。
【０１０２】
特異的ハイブリダイゼーションは、もし存在するならば、次に標準法を使用して検出する。もし特異的ハイブリダイゼーションが、該核酸プローブと試験サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸との間で起こったら、サンプルは、該核酸プローブ中に存在するヌクレオチドに相補的であるアレルを含む。該プロセスは、ハプロタイプを作り上げる他のマーカーについて繰り返し得、又は同時に一つより多くのマーカーを検出するために複数のプローブを同時に使用し得る。特定のハプロタイプの一つより多くのマーカーを含有する単一プローブ（例えば、特定のハプロタイプを作り上げる２、３、４、５又はすべてのマーカーに相補的なアレルを含有するプローブ）を設計し得る。該サンプル中のハプロタイプ特定のマーカーの検出は、サンプルの起源が特定のハプロタイプ（例えば、一つのハプロタイプ）を有し、それ故、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）へ感受性であることを示す。
【０１０３】
別のハイブリダイゼーション法において、ノーザン分析 (Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel、F. et al., eds., John Wiley & Sons 、上記文献、を参照されたい) を、癌に関連する多型の存在又は癌への感受性（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）を同定するために使用する。ノーザン分析のためには、適切な手段により対象からＲＮＡの試験サンプルを得る。本明細書に記載したごとく、対象からのＲＮＡへの核酸プローブの特異的ハイブリダイゼーションは、プローブに相補的な特定のアレルを示す。核酸プローブの使用の代表的な例は、例えば、米国特許番号５,２８８,６１１及び４,８５１,３３０を参照されたい。
【０１０４】
さらに、又はもしくは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）プローブを、本明細書に記載したハイブリダイゼーション法の核酸プローブに加えて、又は代わりに使用し得る。ＰＮＡは、Ｎ−（２−アミノエチル）グリシンユニットのような、ペプチド様無機主鎖を有し、メチレンカルボニルリンカーを介して該グリシン窒素に有機塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ又はＵ）が結合されているＤＮＡ模倣物である(例えば、Nielsen, P., et al, Bioconjug. Chem. 5:3-7(1994) を参照されたい) 。ＰＮＡプローブは、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）に関連するハプロタイプの一つまたはそれより多くの遺伝子マーカーを含有すると疑われるサンプル中の分子に特異的にハイブリダイズするように設計し得る。ＰＮＡプローブのハイブリダイゼーションは、癌又は癌への感受性を診断するものである。
【０１０５】
本発明の一つの態様において、癌又は癌への感受性（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）の診断は、対象からの核酸の酵素的増幅を介して達成される。例えば、ゲノムＤＮＡを含有する試験サンプルは対象から得ることが可能であり、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を、試験サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸を増幅するために使用し得る。本明細書に記載したごとく、増幅されたＣｈｒ８ｑ２４．２１領域及び／又はＬＤブロックＡ領域に関連する特定のマーカー又はハプロタイプ（例えば、一つのハプロタイプ）の同定は、種々の方法（例えば、配列解析、制限消化による分析、特異的ハイブリダイゼーション、一本鎖コンホメーション多型アッセイ（ＳＳＣＰ）、電気泳動分析など）により達成し得る。別の態様において、診断は定量的ＰＣＲ（動力学的熱サイクリング）を使用する発現解析により達成される。この技術は、例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）(Applied Biosystems、 Foster City、 CA) のような商業的に利用可能な技術を利用することができ、多型及びハプロタイプ（例えば、複数のハプロタイプ）の同定を可能にする。該技術は、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡによりコードされているポリペプチドの発現又は組成又はスプライシング変異体（単数又は複数）の変化の存在を評価し得る。さらに、変異体（単数又は複数）の発現を物理的に又は機能的に異なったものとして定量し得る。
【０１０６】
本発明の別の方法において、もしアレルが基準配列と比べて制限部位の創造又は除去を生じていたら、制限消化による分析を、特定のアレルを検出するために使用し得る。ゲノムＤＮＡを含有する試験サンプルは対象から得ることが可能である。試験対象からの試験サンプル中の、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡの特定の領域を増幅するためにＰＣＲを使用し得る。例えば、Current Protocols in Molecular Biology、上記文献、に記載されている、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析を実行し得る。関連ＤＮＡ断片の消化パターンは、サンプル中の特定のアレルの存在又は不存在を示す。
【０１０７】
配列解析も使用し得、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する多型部位での特異的アレルを検出する。それ故、一つの態様において、特定のマーカー又はハプロタイプ（例えば、一つのハプロタイプ）の存在又は不存在の決定は配列解析を含んでなる。例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡの試験サンプルは対象から得ることが可能である。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡの一部を増幅するためにＰＣＲ又は他の適切な方法を使用し得、特異的アレルの存在を、サンプル中のゲノムＤＮＡの多型部位の配列決定により直接的に検出し得る。
【０１０８】
アレル特異的オリゴヌクレオチドも、増幅されたオリゴヌクレオチドとアレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブのドット−ブロットハイブリダイゼーションの使用を介して、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する多型部位での特定のアレルの存在を検出するために使用し得る(例えば、Saiki、 R. et al、 Nature、 324:163-166 (1986)を参照されたい) 。「アレル特異的オリゴヌクレオチド」（「アレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ」とも称される）は、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡの領域に特異的にハイブリダイズし、多型部位（例えば、本明細書に記載した多型）の特異的アレルを含む、およそ１０〜５０塩基対又はおよそ１５〜３０塩基対のオリゴヌクレオチドである。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する一つまたはそれより多くの特定の多型に特異的であるアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブは、標準法を使用して製造し得る(例えば、Current Protocols in Molecular Biology、 上記文献、を参照されたい) 。ＰＣＲを、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡの所望の領域を増幅するために使用し得る。増幅されたＣｈｒ８ｑ２４．２１領域及び／又はＬＤブロックＡ領域を含有するＤＮＡは、標準法を使用してドット−ブロットし得(例えば、Current Protocols in Molecular Biology、 上記文献、を参照されたい) 、該ブロットを該オリゴヌクレオチドと接触さし得る。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１領域及び／又はＬＤブロックＡ領域へのプローブの特異的ハイブリダイゼーションの存在を検出し得る。対象からのＤＮＡへのアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブの特異的ハイブリダイゼーションは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する多型での特異的アレルを示す（例えば、Gibbs, R. et al., Nucleic Acids Res., 17:2437-2448 (1989)及びWO93/22456 を参照されたい）。
【０１０９】
ロックト核酸（ＬＮＡ）のような類似体の添加により、プライマー及びプローブのサイズをわずか８塩基に減少させ得る。ＬＮＡは二環式ＤＮＡ類似体の新規クラスであり、フラノース環の２’及び４’位がＯ−メチレン（オキシＬＮＡ）、Ｓ−メチレンチオＬＮＡ）又はアミノメチレン（アミノＬＮＡ）部分により結合されている。これらＬＮＡ変異体のすべてに共通していることは、相補的核酸に対する親和性であり、ＤＮＡ類似体について報告されている中で飛び抜けて高いことである。例えば、特定のすべてのオキシＬＮＡ九量体は、対応するＤＮＡ九量体についてＤＮＡ及びＲＮＡの両方が２８℃であるのに対し、相補的ＤＮＡ又はＲＮＡと複合体形成した場合、それぞれ６４℃及び７４℃の融解温度（Ｔｍ）を有することが示されている。Ｔｍの実質的な増加は、ＬＮＡの単量体が標準ＤＮＡ又はＲＮＡ単量体と組み合わせて使用された場合にも得られる。プライマー及びプローブについては、どこにＬＮＡ単量体が含まれているかに依存して（例えば、３’末端、５’末端又は中央）、Ｔｍをかなり上昇させることができた。
【０１１０】
別の態様において、対象からの標的核酸配列セグメントに相補的であるオリゴヌクレオチドプローブのアレイを、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸中の多型を同定するために使用し得る。例えば、オリゴヌクレオチドアレイを使用し得る。オリゴヌクレオチドアレイは典型的には、異なった既知の位置で基質の表面に結合する複数の異なったオリゴヌクレオチドプローブを含んでなる。「Ｇｅｎｅｃｈｉｐｓ（商標）」とも記述されているこれらのオリゴヌクレオチドアレイは、当該技術分野で一般的に記載されている（例えば、米国特許番号5,143,854、ＰＣＴ特許出願番号WO90/15070及び92/10092を参照されたい）。これらのアレイは一般的には、機械的合成法又は光リソグラフ法及び固相オリゴヌクレオチド合成を取り込んだ光指向（ｌｉｇｈｔ  ｄｉｒｅｃｔｅｄ）合成法を使用して製造される（Fodor,S. et al., Science、 251:767-773 (1991)；Pirrung et al., 米国特許番号5,143,854（公開ＰＣＴ出願番号WO90/15070も参照されたい);及びFodor. S. et al., 公開ＰＣＴ出願番号WO92/10092 及び米国特許番号5,424,186 、これらの各々の全教示が本明細書において援用される) 。機械的合成法を使用したこれらのアレイの合成のための技術については、例えば、米国特許番号5,384,261 （その全教示が本明細書において援用される）に記載されている。別の例においては、リニアアレイを利用し得る。
【０１１１】
オリゴヌクレオチドアレイが製造されたら、目的の核酸を該アレイとハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーションの検出は、目的の核酸中の、特定のアレルの検出である。ハイブリダイゼーション及びスキャニングは一般に本明細書に記載した、及び、例えば、公開ＰＣＴ出願番号WO92/10092及びWO95/11995及び米国特許番号5,424,186 （各々の全教示は本明細書において援用される）にも記載されている方法により実施する。簡単には、一つ又はそれより多くの以前に同定された多型マーカーを含む標的核酸配列を公知の増幅技術（例えば、ＰＣＲ）により増幅する。典型的には、このことは、多型部位からの標的配列の二つの鎖（上流及び下流の両方）に相補的であるプライマー配列の使用を含む。非対称ＰＣＲ技術も使用し得る。一般に標識を取り込んでいる増幅された標的を次に、配列特異的ハイブリダイゼーションを可能にする適切な条件下、アレイとハイブリダイズさせる。アレイのハイブリダイゼーション及び洗浄が完了したら、アレイをスキャンし、標的配列がハイブリダイズしたアレイ上の位置を決定する。該スキャンから得られたハイブリダイゼーションデータは、典型的にはアレイ上の位置の関数としての蛍光強度の形態である。
【０１１２】
最初に、例えば、単一多型部位の検出のための単一検出ブロックに関して記載したけれども、アレイは多重検出ブロックを含むことが可能であり、そしてそれ故、多重特異的多型（例えば、特定のハプロタイプの多くの多型（例えば、一つのハプロタイプ））を解析し得る。別の配置において、アレイへの標的のハイブリダイゼーション間に使用することが可能な最適条件を変動できるように、検出ブロックを単一アレイ又は多重分離アレイにグループ化し得る。例えば、Ａ−Ｔ富化セグメントに含まれるものから切り離されたゲノム配列のＧ−Ｃ富化ストレッチに含まれる多型の検出を提供することがしばしば望まれるであろう。このことは、各状況についての別々のハイブリダイゼーション条件の最適化を可能にする。
【０１１３】
多型の検出のためのオリゴヌクレオチドアレイの使用の追加の記述は、例えば、米国特許番号5,858,659 及び5,837,832 （両方の全教示が本明細書において援用される）に見ることができる。
【０１１４】
核酸分析の他の方法がＣｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する多型での特定のアレルを検出するために使用し得る。代表的な方法には、例えば、直接マニュアルシークエンシング(Church and Gilbert, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 1991-1995 (1988);Sanger, F.,et al., Proc.Natl.Acad.Sci.USA,74:5463-5467(1977)；  Beavis、 et al.,米国特許番号5,288,6449) ；自動化蛍光シークエンシング；一本鎖コンホメーション多型アッセイ（ＳＳＣＰ）；クランプト変性ゲル電気泳動（ＣＤＧＥ）；変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）(Sheffield, V., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:232-236 (1989))、移動度シフト分析 (Orita, M., et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA, 86:2766- 2770 (1989))、制限酵素分析 (Flavell, R., et al, Cell, 15:25-41 (1978); Geever, R., et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78:5081-5085 (1981))；化学ミスマッチ切断（ＣＭＣ） (Cotton, R., et al, Proc. Natl Acad. Sci USA, 85:4397-4401 (1985))；ＲＮａｓｅ保護アッセイ(Myers, R., et al, Science, 230:1242-1246 (1985)) ；大腸菌ｍｕｔＳタンパク質のようなヌクレオチドミスマッチを認識するポリペプチドの使用；及びアレル特異的ＰＣＲが含まれる。
【０１１５】
本発明の別の態様において、癌又は癌への感受性（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）の診断は、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現及び／又は組成を試験することによって行い得、これらの例において、本明細書に記載したごとく、遺伝子マーカー（単数又は複数）又はハプロタイプはポリペプチドの組成又は発現に変化を生じる。本明細書に記載したごとく、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１に位置付けられた特定の遺伝子及び予測される遺伝子には、例えば、ＰＯＵ５ＦＬＣ２０（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＡＦ２６８６１８；既知遺伝子）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＢＥ６７６８５４（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＡＬ７０９３７８（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＢＸ１０８２２３（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＡＡ３７５３３６（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＣＢ１０４８２６（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＢＧ２０３６３５（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＡＷ１８３８８３（ＥＳＴ）、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＢＭ８０４６１１（ＥＳＴ）、Ｃ−ＭＹＣ（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＮＭ＿００２４６７；既知遺伝子）及びＰＶＴ１（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＸＭ＿３７２０５８；既知遺伝子）が含まれる。それ故、癌への感受性（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）の診断は、これらのポリペプチドの一つ、又はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされた別のポリペプチドの発現及び／又は組成を試験することにより行い得、これらの例において、本明細書に記載した遺伝子マーカー又はハプロタイプはポリペプチドの組成又は発現に変化を生じている。癌への関連を示す本明細書に記載したハプロタイプ又はマーカーは、これらの近隣の遺伝子の一つまたはそれより多くに、それらの効果を介して関与することができる。これらの遺伝子に影響することの可能な機構には、例えば、転写への影響、ＲＮＡスプライシングへの影響、ｍＲＮＡの別のスプライス形の相対量の変化、ＲＮＡ安定性への影響、核から細胞質への輸送に対する影響、及び翻訳の効率及び正確さに対する影響が含まれる。
【０１１６】
Ｃｈｒ８ｑ２４．２１上のｃ−ｍｙｃ遺伝子は、トリ骨髄球腫症レトロウイルスのウイルス癌遺伝子ｖ−ｍｙｃの細胞性対応物として２０年以上前に同定されたｃ−ＭＹＣタンパク質をコードする(Vennstrom et al., J. Virology 42:113-19 (1982)) 。ｃ−ＭＹＣタンパク質は、分裂促進刺激による細胞の処置で迅速に誘導される転写因子である。ｃ−ＭＹＣはＭＡＸと称されるタンパク質とのヘテロ二量体複合体中のＥボックス（ＣＡＣＧＴＧ）と結合することにより多くの遺伝子の発現を調節する。ｃ−ＭＹＣにより調節されている多くの遺伝子は細胞周期制御に関与している。ｃ−ＭＹＣは細胞周期進行を促進し、細胞分化を抑制し及びアポトーシスを誘導する。ｃ−ＭＹＣは二本鎖ＤＮＡ修復に対して負の効果も有している（Karlsson, A, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100(17): 9974-79 (2003)) 。ｃ−ＭＹＣは血管新生も促進する（Ngo, C.V., et al, Cell Growth Differ. 11(4):2O1-10(2000); Baudino T.A., et al, Genes Dev. 16(19):2530-43 (2002)) 。
【０１１７】
ｃ−ｍｙｃ遺伝子はインビトロ及びインビボで高度に腫瘍発生的である。ｃ−ＭＹＣはＢＣＬ、ＢＣＬ−ＸＬのようなアポトーシスを抑制するタンパク質と、又はトランスジェニックマウスのリンパ腫発生におけるｐ５３又はＡＲＦの喪失に協力する(Strasser et al, Nature 348:331-333 (1990); Blyth, K., et al., Oncogene 10:1717-23 (1990); Elson、 A., et al., Oncogene 11:181-90 (1995); Eischen, CM., et al、 Genes Dev. 13:2658-69 (1999)) 。
【０１１８】
ｃ−ｍｙｃ遺伝子の増幅及び過剰発現は前立腺癌で観察され、及び進行性腫瘍、ホルモン非依存性及び予後不良としばしば関連している(Jenkins, R.B., et al, Cancer Res. 57（3):524-3l (1997); El Gedaily, A., et al, Prostate 46(3):l84-90 (2001); Saramaki, O., et al, Am. J. Pathol. 159(6):2089-94 (2001); Bubendorf、 L., et al.,Cancer Res. 59(4):803-06 (1999)) 。ｃ−ｍｙｃ及びＣｈｒ８ｑ２４．２１領域は前立腺、乳腺及び及び肺癌及びメラノーマにおいてさらに増している(Blancato J., et al., Br. J. Cancer 90(8): 1612-9 (2004); Kubokura, H., et al., Ann. Thorac. Cardiovasc. Surg. ７(4）:197-203 (2001); Treszl, A., et al, Cytometry 60B(l):37-46 (2004); Kraehn, G.M., et al, Br. J. Cancer 84(1):72-79 (2001)) 。加えて、多くの他の腫瘍タイプはこの領域の獲得を示しており、結腸、肝臓、卵巣、胃、腸管及び膀胱癌が含まれる。すべての腫瘍タイプをまとめると、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１は最も頻繁に獲得される染色体領域であり、すべての腫瘍タイプのおよそ１７％で獲得されている（www.progenetix.com) 。
【０１１９】
ｃ−ｍｙｃを免疫グロブリンエンハンサーに並置し、それにより該遺伝子の発現を活性化する転座の結果として、癌遺伝子がバーキットリンパ腫に関与する。(Dalla-Favera, R., et al, Proc. Natl. Acad. Sci USA 79(24:7824-27（1982); Taub, R., et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79(24):7837-41 (1982)）。それは、該遺伝子の近くへのヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）組込みによる子宮頚部癌にも関与する。ほとんどのケースにおいて、ＨＰＶ組込みは、ｃ−ｍｙｃ遺伝子の５００ｋｂ動原体及び２００ｋｂテロメアにまたがる領域で生じる(Ferber, J.M.,et al., Cancer Genetics CytoGenetics 154:1-9 (2004); Ferber, M.J., et al., Oncogene 22:7233-7242 (2003)) 。
【０１２０】
二つの脆弱な部位ＦＲＡ８Ｃ及びＦＲＡ８Ｄが、それぞれＣｈｒ８ｑ２４．２１のｃ−ｍｙｃの動原体及びテロメアにある。脆弱な部位は、ＤＮＡ合成を停止させる剤の存在下で破損しがちである。脆弱な部位の複製は、Ｓ期の後期及び誘導事象後に起こると考えられている。染色体増幅、転座及び／又はウイルス挿入における脆弱な部位の関与は、これらの部位の遅い複製及び破壊が複製フォークの停止で又は近接して開始されることに関係してもよい (Hellman, A., et al,Cancer Cell 1 : 89-97（2002)) 。
【０１２１】
ＬＤブロックＡ又はＬＤブロックＡと強いＬＤ（０．２を超えるにｒ２より測定される）内の本明細書に記載したマーカー又はハプロタイプはｃ−ｍｙｃ遺伝子及び他の近傍の遺伝子の遺伝子増幅を導く領域の安定性に影響することができることも可能である。即ち、人はＬＤブロックＡ又はＬＤブロックＡと強いＬＤの領域（０．２を超えるにｒ２より測定される）を一人又は両方の親から受け継ぐことができ、及びそれにより一つまたはそれより多くの細胞において体細胞突然変異事象を後で有する可能性が高くなり、より攻撃的形態への癌の進行を導いている。それ故、一つの態様において、本発明のマーカー又はハプロタイプ（例えば、ＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプ）の同定は、より攻撃的形態への癌の進行を導くことが可能な体細胞突然変異事象への感受性を診断するために使用することができる。
【０１２２】
一つの態様において、該マーカー又はハプロタイプは、ｃ−ｍｙｃ読み取り枠（即ち、ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ  ３４中のｃｈｒ８：１２８，７０５，０９２〜１２８，７１０，２６０ｂｐ）内に位置しているマーカーを含んでいない。別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは、ｃ−ｍｙｃプロモーター又は読み取り枠内に位置しているマーカーを含んでいない。さらに別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは、ｃ−ｍｙｃプロモーター、エンハンサー又は読み取り枠内に位置しているマーカーを含んでいない。さらに別の態様において、該マーカー又はハプロタイプは、ｃ−ｍｙｃ読み取り枠の１ｋｂ、２ｋｂ、５ｋｂ、１０ｋｂ、１５ｋｂ、２０ｋｂ又は２５ｋｂ以内に位置しているマーカーを含んでいない。
【０１２３】
酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降及び免疫蛍光を含む多様な方法をこうした検出を行うために使用し得る。対象からの試験サンプルは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現の変化及び／又は組成の変化の存在について評価される。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現の変化は、例えば、定量的ポリペプチド発現（即ち、産生されたポリペプチドの量）であり得る。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの組成の変化は、定性的ポリペプチド発現（例えば、変異ポリペプチド又は異なったスプライシング変異体の発現）である。一つの態様において、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性の診断は、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされた特定のスプライシング変異体、又はスプライシング変異体の特定のパターンを検出することにより行われる。
【０１２４】
両方のこうした変化（定量的及び定性的）も存在し得る。本明細書で使用されるポリペプチド発現又は組成における「変化」は、対照サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現又は組成と比較した、試験サンプル中の発現又は組成の変化を指す。対照サンプルは試験サンプル（例えば、同一タイプの細胞から）に対応し、癌に冒されていない及び／又は癌への感受性を有していない（例えば、本明細書に記載したマーカー又はハプロタイプを所有していない対象）対象からのサンプルである。同様に、対照サンプルと比較して、試験サンプル中の一つまたはそれより多くの異なったスプライシング変異体の存在、又は試験サンプル中の異なったスプライシング変異体の有意に異なった量の存在は、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を示し得る。対照サンプルと比較して、試験サンプル中のポリペプチドの発現又は組成における変化は、アレルが対照サンプル中の基準と比べてスプライス部位を変化させる例における特異的アレルを示す。分光法、比色分析、電気泳動、等電点電気泳動及びイムノブロッティングのようなイムノアッセイ(例えば、David et al., 米国特許番号4,376,110)を含む、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現又は組成を試験する多様な手段を使用し得る(例えば、Current Protocols in Molecular Biology 、特に第１０章、上記文献、を参照されたい)。
【０１２５】
例えば、一つの態様において、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドに結合することが可能である抗体（例えば、検出可能な標識を有する抗体）を使用し得る。抗体はポリクローナルでもモノクローナルでもよい。無傷の抗体、又はそれらの断片（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’,Ｆ（ａｂ’）２）を使用し得る。プローブ又は抗体に関する用語「標識された」とは、プローブ又は抗体へ検出可能物質をカップリング（即ち、物理的連結）させることによるプローブ又は抗体の直接標識化、ならびに直接的に標識された別の試薬との反応性によるプローブ又は抗体の間接標識を包含することが意図される。間接標識の例には、標識二次抗体（例えば、蛍光標識二次抗体)を使用する一次抗体の検出、及び蛍光性標識ストレプトアビジンで検出できるような、ビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識が含まれる。
【０１２６】
この方法の一つの態様において、試験サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドのレベル又は量が、対照サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドのレベル又は量と比較される。対照サンプル中のポリペプチドのレベル又は量よりも高い又は低い試験サンプル中のポリペプチドのレベル又は量は（相違が統計的に有意であるような）、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現における変化を示し、発現に相違を起こすことの原因となる特定のアレルについての診断である。もしくは、試験サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの組成が対照サンプル中のＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸によりコードされたポリペプチドの組成と比較される。別の態様において、該ポリペプチドのレベル及び量の両方を試験サンプル中及び対照サンプル中で評価し得る。
【０１２７】
本明細書で記載及び例示したように、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する特定のマーカー（例えば、ハプロタイプ１、ハプロタイプＩａ、下記の表に掲げた二つ又はそれより多くのマーカーを含有するハプロタイプ）は癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）と関係がある。一つの態様において、本発明は、対象における癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断する方法に関し、健康な対象（対照）におけるその存在の頻度と比較して、癌を有する又は感受性である対照（患者）においてより頻繁に存在する、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸に関連するマーカー又はハプロタイプをスクリーニングすることを含んでなる。この態様において、該マーカー又はハプロタイプの存在は、癌への感受性を示す。蛍光に基づいた技術（Chen, X., et al, Genome Res., 9:492-498 (1999))、ＰＣＲ、ＬＣＲ、ネステッドＰＣＲ及び核酸増幅についての他の技術のような、癌に関連するＳＮＰｓ及び／又はマイクロサテライトマーカーの存在を遺伝子型分けするための標準技術を使用し得る。一つの態様において、本方法はＣｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連し、及び癌及び／又は癌への感受性に関係がある一つ又はそれより多くの特異的ＳＮＰアレル及び／又はマイクロサテライトアレルの存在又は頻度を対象において評価することを含んでなる。この態様において、健常対照対象と比較して、アレル（単数又は複数）の過剰又はより高い頻度は、対象が癌に感受性であることを示す。
【０１２８】
別の態様において、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性の診断は、追加のタンパク質に基づいた、ＲＮＡに基づいた、又はＤＮＡに基づいたアッセイと組み合わされた、少なくとも一つのＣｈｒ８ｑ２４．２１関連アレル及び／又はＬＤブロックＡ関連アレルを検出することにより行われる（例えば、他の癌診断アッセイには、限定されるわけではないが、ＰＳＡ アッセイ、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）アッセイ、ＢＲＣＡ１アッセイ及びＢＲＣＡ２アッセイが含まれる）。こうしたガン診断アッセイは当該技術分野では公知である。本発明の方法は、対象の家族履歴及びリスク因子（例えば、環境リスク因子、生活習慣リスク因子）の解析と組み合わせて使用し得る。
【０１２９】
当該技術分野で公知のように、及び本明細書に記載されているように、ＰＳＡ試験が前立腺癌の早期診断を助けてきたが、それは高感度でもそして特異的でもない(Punglia et al., N. Engl. J. Med. 349(4):335-42 (2003)) 。従って、ＰＳＡ試験単独では、多くの癌の見逃し及び癌のない対象の不必要な続いてのバイオプシーの両方を生じる、高いパーセンテージの偽陰性及び偽陽性診断を導く。一つの態様において、前立腺癌又は前立腺癌への感受性の診断は、ＰＳＡアッセイと組み合わせて、少なくとも一つのＣｈｒ８ｑ２４．２１関連アレル及び／又はＬＤブロックＡ関連アレルを検出することにより行われる。
【０１３０】
キット
診断の方法に有用なキットは、例えば、ハイブリダイゼーションプローブ、制限酵素（例えば、ＲＰＬＰ分析）、アレル特異的オリゴヌクレオチド、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１核酸及び／又はＬＤブロックＡ−関連核酸によりコードされた変化したポリペプチド（例えば、本明細書に記載したハプロタイプ中に含まれる少なくとも一つの遺伝子マーカーを含んでなるポリペプチドへ結合する抗体）又はＣｈｒ８ｑ２４．２１核酸及び／又はＬＤブロックＡ−関連核酸によりコードされた無変化（天然）ポリペプチドに結合する抗体、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１核酸及び／又はＬＤブロックＡ−関連核酸の増幅のための手段、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１核酸及び／又はＬＤブロックＡ−関連核酸の核酸配列を解析するための手段、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１核酸及び／又はＬＤブロックＡ−関連核酸によりコードされたポリペプチドのアミノ酸配列を解析するための手段なども含む、本明細書に記載したいずれかの方法に有用な構成要素を含んでなる。加えて、キットは、本発明の方法と組み合わせて使用されるべきアッセイのための試薬、例えば、他の癌診断アッセイで使用するための試薬（例えば、ＰＳＡ、ＣＥＡ、ＢＲＣＡｌ、ＢＲＣＡ２などを検出するための試薬）を提供し得る。
【０１３１】
一つの態様において、本発明は、対象における癌又は癌への感受性（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）を検出するために対象からのサンプルをアッセイするためのキットであって、該キットはＣｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連するマーカー又はハプロタイプを検出するための一つ又はそれより多くの試薬を含んでなる。特定の態様において、該キットは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する少なくとも一つのマーカーを含んでなる領域と完全に相補的である、少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる。別の態様において、該キットは、一つ又はそれより多くの特異的マーカー又はハプロタイプを検出し得る、一つ又はそれより多くの核酸を含んでなる。さらに別の態様において、該キットは、表１又は表１３、又は下記の別の表からの少なくとも一つのマーカーを含んでなる領域（例えば、表１又は表１３からの少なくとも一つのマーカーを含有する配列番号：１の領域）と完全に相補的である少なくとも一つの連続したヌクレオチド配列を含んでなる、一つ又はそれより多くの試薬を含んでなる。こうした連続的ヌクレオチド配列又は核酸（例えば、オリゴヌクレオチドプライマー）は、癌又は癌への感受性を示す、ＳＮＰｓ又はマイクロサテライトに隣接した核酸の一部を使用して設計し得る。こうした核酸（例えば、オリゴヌクレオチドプライマー）は、癌についてのマーカー又はハプロタイプに関連するＣｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡの領域を増幅するために設計される。別の態様において、該キットは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１及び／又はＬＤブロックＡに関連する一つ又はそれより多くの特異的マーカー又はハプロタイプを検出することが可能な一つ又はそれより多くの標識核酸及び標識の検出のための試薬を含んでなる。適した標識には、例えば、放射性同位元素、蛍光標識、酵素標識、酵素補因子標識、磁気標識、スピン標識、エピトープ標識が含まれる。
【０１３２】
特定の態様において、該キットの試薬により検出されるべき該マーカー又はハプロタイプは、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカー、二つ又はそれより多くのマーカー、三つ又はそれより多くのマーカー、四つ又はそれより多くのマーカー又は五つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。別の態様において、検出されるべき該マーカー又はハプロタイプは、ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル及び／又はＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを含んでなる。こうした態様において、該マーカー又はハプロタイプの存在は、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を示す。
【０１３３】
Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌の診断
診断の方法は一般に癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性に関連して記載されてきたが、本方法はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌（例えば、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマ）を診断するためにも使用し得る。例えば、癌を有している個体を、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸及び／又はＬＤブロックＡ関連核酸中の多型が個体に存在するかどうかを評価し得、及び／又は固体中のハプロタイプの存在は、個体の癌への寄与因子であることができる。本明細書で使用した用語「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌」「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌」「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌」「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌」及び「Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマ」とは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸配列中の多型又はＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するハプロタイプを有する対象における癌の出現又は癌の特定の形態を指す。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌（例えば、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマ）の同定は、適切なＣｈｒ８ｑ２４．２１関連遺伝子又はタンパク質を標的とするように設計する及び治療剤を選択し得るので、治療計画作成を容易にする。
【０１３４】
本発明の一つの態様において、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌（例えば、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマ）の診断は、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸中の多型を検出することにより（例えば、本明細書に記載した方法及び／又は当該技術分野で知られている他の方法を使用して）行う。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸配列中の特定の多型は本明細書に記載されている（例えば、表１及び表１３を参照されたい）。ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡの試験サンプルを対象から得、癌がＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するかどうかを決定する。ＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡサンプルを試験し、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸配列中に多型が存在するかどうかを決定する。もしＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸配列が多型を有していたら、多型の存在はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を示す。
【０１３５】
例えば、一つの態様において、サザン分析、ノーザン分析又はインサイツハイブリダイゼーションのようなハイブリダイゼーション法を、多型を検出するために使用し得る。他の態様において、アレル特異的オリゴヌクレオチド又は定量的ＰＣＲ（動力学的熱サイクリング）ができるように、制限消化又は配列分析による変異分析を使用し得る。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌の診断は、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降及び免疫蛍光法を含む多様な方法を使用して、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現及び／又は組成を試験することによっても行い得る。対象からの試験サンプルを、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸によりコードされているポリペプチドの発現における変化及び／又は組成における変化の存在について、又はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸によりコードされている特定の変異体の存在について評価する。Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸によりコードされたポリペプチドの発現における変化は、例えば、定量的ポリペプチド発現（即ち、産生されたポリペプチドの量）における変化であり得る；Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連核酸によりコードされたポリペプチドの組成の変化は、定性的ポリペプチド発現（例えば、変化したＣｈｒ８ｑ２４．２１関連ポリペプチド又は異なったスプライシング変異体の発現）である。
【０１３６】
他の態様において、本発明は、本明細書に詳述したＣｈｒ８ｑ２４．２１に関連するマーカー又はハプロタイプの存在を同定することによる、対象におけるＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌（例えば、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連前立腺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連乳癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連肺癌、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連メラノーマ）の診断及び同定に関する。例えば、表１、２、４、５及び１３において本明細書に記述した該マーカー及び／又はハプロタイプは、癌に冒されていない対象におけるよりも、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）を有する対象においてより頻繁に観察される。それ故、これらのマーカー及び／又はハプロタイプは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を検出するための予測的意義を有する。一つの態様において、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を検出するための予測的意義を有する該マーカー又はハプロタイプは、表１３のマーカーから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。別の態様において、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を検出するための予測的意義を有する該マーカー又はハプロタイプは、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル及びｒｓｌ４４７２９５  Ａアレルから成る群より選択される一つ又はそれより多くのマーカーを含んでなる。さらに他の態様において、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を検出するための予測的意義を有する該ハプロタイプは、ハプロタイプ１又はハプロタイプ１ａを含んでなる。本明細書に記載した方法は、マーカー又はハプロタイプの存在又は不存在について、対象からのサンプルを評価するために使用し得る；マーカー又はハプロタイプの存在はＣｈｒ８ｑ２４．２１関連癌を示す。
【０１３７】
当該技術分野で既知のように、個体は特定の療法に（例えば、療法剤）対して異なった応答を有し得る。異なった応答の基礎は、一部遺伝的に決定することができる。従って、一つの態様において、マーカー又はハプロタイプの存在は、特定の治療様式に対する異なった応答率を示す。このことは、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１上にマーカー又はハプロタイプを運んでいる癌患者は、癌を治療するために使用される特定の療法、抗ホルモン剤及び／又は放射線療法により良好に、又はより悪く応答するであろうことを意味している。それ故、該マーカー又はハプロタイプの存在又は不存在は、どの治療を患者に使用すべきであるかを決定することを助けることができる。例えば、新規に診断された前立腺癌患者について、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１上のマーカー又はハプロタイプを評価することができる（例えば、本明細書に記載したごとく、血液試料に由来するＤＮＡを試験することを介して）。もし該患者がＣｈｒ８ｑ２４．２１でのマーカー又はハプロタイプについて陽性であれば（即ち、該マーカー又はハプロタイプは存在する）、臨床医は一つの特定の療法を推奨し、一方、もしマーカー又はハプロタイプについて陰性であれば、異なったコースの療法を推奨することができる（それは前立腺癌の進行についての一連のモニタリング以外、即時型療法を実施しないことを推奨することを含んでもよい）。それ故、患者のキャリア状態を使用して、どの特定の治療様式（例えば、化学療法剤、抗ホルモン剤、放射線治療）を行うかを決定することを助けることができる。
【０１３８】
本発明の核酸及びポリペプチド
本明細書に記載した核酸及びポリペプチドは、癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）への感受性を診断する方法、ならびにこうした診断に有用なキットに使用し得る。
【０１３９】
本明細書で使用される「単離された」核酸分子とは、通常は遺伝子又はヌクレオチド配列が隣接する核酸（ゲノム配列のように）から分離された及び／又は他の転写された配列から完全に又は部分的に精製された（例えば、ＲＮＡライブラリー中のように）ものである。例えば、本発明の単離された核酸は、それが自然に生じる複雑な細胞環境、又は組換え技術により産生された場合の培養培地、又は化学的に合成された場合の化学前駆体又は他の化学薬品に関して実質的に単離し得る。いくつかの例において、単離された物質は組成物（例えば、他の物質を含む粗抽出物）、緩衝液系又は試薬混合物の一部を形成するであろう。他の状況下では、該物質は、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）又はカラムクロマトグラフィー（例えば、ＨＰＬＣ）により決定されるように、本質的に均一にまで精製し得る。本発明の単離された核酸分子は、存在するすべての巨大分子の少なくとも約５０％、少なくとも約８０％又は少なくとも約９０％（モルに基づいて）含まれている。ゲノムＤＮＡに関しては、用語「単離された」は、ゲノムＤＮＡが天然に付随していた染色体から分離された核酸分子を指す。例えば、単離された核酸分子は、該核酸分子が由来した細胞のゲノムＤＮＡ中の該核酸分子に隣接する、約２５０ｋｂ、２００ｋｂ、１５０ｋｂ、１００ｋｂ、７５ｋｂ、５０ｋｂ、２５ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ又は０．１ｋｂ未満のヌクレオチドを含み得る。
【０１４０】
該核酸分子は、他のコード又は調節配列と融合することが可能であり、それでも単離されたと考えられる。それ故、ベクター中に含まれている組換えＤＮＡは、本明細書で使用した「単離された」の定義に含まれる。また、単離された核酸分子には、異種宿主細胞又は異種生物体中の組換えＤＮＡ分子、ならびに溶液中の部分的に又は実質的に精製されたＤＮＡ分子も含まれる。「単離された」核酸分子は本発明のＤＮＡ分子のインビボ又はインビトロＲＮＡ転写体も包含する。単離された核酸分子又はヌクレオチド配列は、化学的に合成された又は組換え手段による核酸分子又はヌクレオチド配列を含み得る。こうした単離されたヌクレオチド配列は、例えば、コードされたポリペプチドの製造における、相同的配列（例えば、他の哺乳類種からの）を単離するためのプローブとして、遺伝子地図作製のために（例えば、染色体とのインサイツハイブリダイゼーションによる）、又はノーザンブロット分析又は他のハイブリダイゼーション技術によるような組織中の（例えば、ヒト組織）遺伝子発現を検出するために有用である。
【０１４１】
本発明は、本明細書に記載したヌクレオチド配列に、選択的ハイブリダイゼーションのためのような高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする核酸分子にも関する（例えば、本明細書に記載したハプロタイプに関連する多型を含有するヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズする核酸分子）。一つの態様において、本発明は、高ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下（例えば、選択的ハイブリダイゼーションについて）、配列番号：１又はそれらの断片（又は配列番号：１又はそれらの断片の相補体を含んでなるヌクレオチド配列）にハイブリダイズする変異体を含み、該ヌクレオチド配列は本明細書に記載したハプロタイプ（例えば、複数のハプロタイプ）中に含有された少なくとも一つの多型アレルを含んでなる。
【０１４２】
こうした核酸分子はアレル又は配列特異的ハイブリダイゼーションにより検出及び／又は単離し得る（例えば、高ストリンジェンシー条件下）。核酸ハイブリダイゼーションのためのストリンジェンシー条件及び方法は、それらの全教示が本明細書において援用される、Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, F. et al, 「Current Protocols in Molecular Biology」 , John Wiley & Sons, (1998)) のページ2.10.1-2.10.16 及びページ6.3.1-6.3.6 及びRraus, M. and Aaronson, S., Methods Enzymol, 200:546-556 (1991) 、に説明されている。
【０１４３】
二つのヌクレオチド又はアミノ酸配列のパーセント同一性は、最適比較目的のために配列をアラインすることにより決定し得る（例えば、ギャップを第一の配列中に導入し得る）。対応する位置でのヌクレオチド又はアミノ酸を次に比較し、二つの配列間のパーセント同一性は、配列により共有されている同一位置の数の関数である（即ち、％同一性＝同一位置の数／位置の総数ｘ１００）。特定の態様において、比較目的のためにアラインされた配列の長さは、基準配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％である。二つの配列の正確な比較は、例えば、数学的アルゴリズムを使用する公知の方法により達成し得る。こうした数学的アルゴリズムの非制限例は、Karlin, S. and Altschul, S., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:5873-5877 (1993) に記載されている。Altschul, S. et al, Nucleic Acids Res., 25:3389-3402 (1997) に記載されているように、こうしたアルゴリズムはＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターを使用し得る。ncbi.nlm.nih.gov. のワ−ルドワイドウェブ上のウェブサイトを参照されたい。一つの態様において、配列比較のためのパラメーターは、ｓｃｏｒｅ＝１００、ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ＝１２にセットし得るが、あるいは変化させることも可能である（例えば、Ｗ＝５又はＷ＝２０）。
【０１４４】
配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの別の非制限例は、Myers及び Miller のＣＡＢＩＯＳアルゴリズム（１９８９）である。こうしたアルゴリズムは、ＧＣＧ配列アラインメントソフトウェアーパッケージの一部である、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている。アミノ酸配列を比較するためにＡＬＩＧＮプログラムを利用する場合、ＰＡＭ１２０  ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ、１２のｇａｐ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｅｎａｌｔｙ及び４のｇａｐ  ｐｅｎａｌｔｙを使用し得る。配列解析のためのさらなるアルゴリズムが当該技術分野で知られており、Torellis, A. and Robotti, C, Comput. Appl. Biosci. 10:3-5 (1994)に記載されているＡＤＶＡＮＣＥ及びＡＤＡＭ; 及びPearson, W. and Lipman, D., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 55:2444-48 (1988) に記載されているＦＡＳＴＡが含まれる。
【０１４５】
別の態様において、二つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、Ｂｌｏｓｓｏｍ  ６３  ｍａｔｒｉｘか又はＰＡＭ２５０  ｍａｔｒｉｘ、及び１２、１０、８、６又は４のｇａｐ  ｗｅｉｇｈｔ及び２、３又は４のｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔを使用する、ＧＣＧソフトウェアーパッケージ中のＧＡＰプログラム(Accelrys、 Cambridge、 UK) を使用して達成し得る。さらに別の態様において、二つの核酸配列間のパーセント同一性は、５０のｇａｐ  ｗｅｉｇｈｔ及び３のｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔを使用するＧＣＧソフトウェアーパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して達成し得る。
【０１４６】
本発明は、高ストリンジェント条件下で配列番号：１又はそれらの断片を含んでなる又はから成る核酸（配列番号：１又はそれらの断片の相補体を含んでなる又はから成るヌクレオチド配列）にハイブリダイズする断片又は部分を含有する単離された核酸分子も提供し、該ヌクレオチド配列は、本明細書に記載されたハプロタイプ（例えば、複数のハプロタイプ）中に含有される少なくとも一つの多型アレルを含んでなる。本発明の核酸断片は、少なくとも約１５、少なくとも約１８、２０、２３又は２５ヌクレオチドであり、３０、４０、５０、１００、２００、５００、１０００、１０,０００又はそれ以上のヌクレオチド長であり得る。
【０１４７】
本発明の核酸断片は、本明細書に記載したアッセイにおいてプローブ又はプライマーとして使用される。「プローブ」又は「プライマー」は、核酸分子の相補鎖に塩基特異的様式でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである。ＤＮＡ及びＲＮＡに加え、こうしたプローブ及びプライマーには、Nielsen, P. et al, Science 254:1497-1500(1991) に記載されているポリペプチド核酸（ＰＮＡ）が含まれる。
【０１４８】
プローブ又はプライマーは、配列番号：１からの連続したヌクレオチド配列を含んでなる、及び本明細書に記載した一つ又はそれより多くのハプロタイプに含有されている少なくとも一つのアレルを含んでなる核酸及びそれらの相補体の少なくとも約１５、典型的には約２０〜２５、及び特定の態様において約４０、５０又は７５の連続したヌクレオチドにハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含んでなる。特定の態様において、プローブ又はプライマーは、１００又はより少ない；例えば、特定の態様において６〜５０ヌクレオチド、又は、例えば、１２〜３０ヌクレオチドを含み得る。他の態様において、該プローブ又はプライマーは、該連続したヌクレオチド配列と、又は該連続したヌクレオチド配列の相補体と少なくとも７０％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一又は少なくとも９５％同一である。別の態様において、該プローブ又はプライマーは、該連続したヌクレオチド配列に、又は該連続したヌクレオチド配列の相補体に選択的にハイブリダイズすることが可能である。しばしば、該プローブ又はプライマーはさらに、標識、例えば、ラジオアイソトープ、蛍光標識、酵素標識、酵素補因子標識、磁気標識、スピン標識、エピトープ標識を含んでなる。
【０１４９】
上記の本発明の核酸分子は、標準分子生物学技術及び配列番号：１に提供された配列情報を使用して同定する及び単離することができる。一般的には、PCR Technology:Principles and Applications for DNA Amplification (ed. H. A. Erlich, Freeman Press, NY, NY, 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Eds. Innis, et al, Academic Press, San Diego, CA, 1990); Mattila、 P. et al、 Nucleic Acids Res., 19:4967-4973 (1991); Eckert, K. and Kunkel, T., PCR Methods and Applications,1:17-24 (1991); PCR (eds. McPherson et al, IRL Press, Oxford); 及び米国特許番号４,６８３,２０２ 、を参照されたい、これら各々の全教示は、本明細書において援用される。他の適した増幅法には、リガーゼ連鎖反応(LCR;Wu, D. and Wallace, R., Genomics, 4:560-469 (1989); Landegren, U. et al, Science, 241:1077-1080 (1988))、転写増幅 (Kwoh, D. et al, Proc. Natl. Acad. Sci USA, 86:1173-1177（1989))、自己持続配列複製(Guatelli, J. et al, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87: 1874-1878 (1990))及び核酸に基づいた配列増幅（ＮＡＳＢＡ）を参照されたい。後者二つの増幅法には、増幅生成物として一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）及び二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）の両方をそれぞれ約３０及び１００〜１の比で生成する、等温転写に基づいた等温反応が含まれる。
【０１５０】
増幅されたＤＮＡは標識することができ（例えば、放射性標識）、及びヒト細胞から誘導されるｃＤＮＡをスクリーニングするためのプローブとして使用する。ｃＤＮＡはｍＲＮＡから誘導することができ、及びｚａｐ  ｅｘｐｒｅｓｓ (Stratagene, La Jolla, CA)、ＺＩＰＬＯＸ (Gibco BRL, Gaithesburg, MD) 又は他の適したベクターに含ませることができる。対応するクローンを単離することが可能であり、ＤＮＡはインビボ切り出しに続いて得ることが可能であり、そしてクローン化した挿入物は当該技術分野で認識されている方法で片方又は両方の向きで配列決定できて、適切な分子量のポリペプチドをコードする正しい読み取り枠を同定する。例えば、本発明の核酸分子のヌクレオチド配列の直接分析は、商業的に入手可能である公知の方法を使用して達成し得る。例えば、Sambrook et al,Molecular Cloning、 A Laboratory Manual (2nd Ed., CSHP, New York 1989); Zyskind et al, Recombinant DNA Laboratory Manual, (Acad. Press, 1988)) を参照されたい。加えて、蛍光法も核酸(Chen, X. et al, Genome Res., 9:492- 498 (1999)) 及びポリペプチドを分析するために利用可能である。これら又は類似の方法を使用し、ポリペプチド及びポリペプチドをコードするＤＮＡを単離する、配列決定する及びさらに特徴付ける得る。
【０１５１】
一般に、本発明の単離された核酸配列は、サザンゲルでの分子量マーカーとして、及び遺伝子位置に関連する地図を標識する染色体マーカーとして使用し得る。該核酸配列は癌又は癌への感受性（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）を同定するため、患者の内在性ＤＮＡ配列と比較するため、及び関連ＤＮＡ配列をハイブリダイズする及び発見するための、又はサンプルから既知の配列を差し引くための（例えば、サブトラクティブハイブリダイゼーション）プローブとしても使用し得る。該核酸配列はさらに、遺伝子フィンガープリンティングのためのプライマーを誘導するため、免疫化技術を使用する抗ポリペプチド抗体を上昇させるため、及び／又は抗ＤＮＡ抗体を上昇させる又は免疫応答を惹起するために使用し得る。
【０１５２】
本明細書で使用されるように、二つのポリペプチド（又はポリペプチドの領域）は、アミノ酸配列が少なくとも約４５〜５５％相同的又は同一である場合、実質的に相同的又は同一である。他の態様において二つのポリペプチド（又はポリペプチドの領域）は、それらが少なくとも約７０〜７５％、少なくとも約８０〜８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％相同的又は同一である又は場合、実質的に相同的又は同一であり、又は同一である。本発明に従った実質的に相同的なアミノ酸配列は、配列番号：１又はそれらの一部を含んでなる、及び表１に示した少なくとも一つの多型を含んでなる核酸分子によりコードされ、コード核酸は、本明細書により特定的に記述されているストリンジェント条件下、配列番号：１にハイブリダイズするであろう。
【０１５３】
本発明はここで以下の実施例により例示され、それはいかようにも制限されることは意図されていない。本明細書で引用し、前に参照文献として援用されていないすべての出版物の関連する教示は、その全体が本明細書において援用される。
【実施例】
【０１５４】
実施例１  癌に関連する領域の同定
研究
特定の癌（例えば、前立腺癌）に対して増加したリスクを与える、染色体８ｑ２４．２１上の領域を同定した。この領域は乳癌ケースと近い血縁がある前立腺癌患者を有する前立腺癌（ＰｒＣａ）家族で最初に検出された。
【０１５５】
遺伝学研究に含まれる患者
１９５５年以来前立腺癌と診断された患者の集団には３１２３人の患者が含まれ、その約３分の１が研究時点でまだ生存していた。乳癌と診断された患者の集団には４０４５人の患者が含まれた。約９５０人の前立腺癌患者が研究時点で動員された。我々は最初、前立腺癌及び乳癌の両方に寄与する遺伝子を発見することに興味を抱いた。それ故、家系データベースに対して動員した患者のリストに目を通し、アイスランドすべてをカバーした。６減数分裂（６減数分裂はまたいとこまで離れる）までに少なくとも２人の前立腺癌患者を有し、及び前立腺癌患者と血縁である（３減数分裂まで）少なくとも１人の乳癌患者（乳癌患者のためにはＤＮＡ又は遺伝子型を使用しなかった−我々は、親族における乳癌の状況により我々の前立腺癌コホートを分別することを考えたのみである）も含むファミリーのみを取り上げた。これらの基準は７５の大きなファミリーを生じ、１６７人の前立腺癌患者が含まれていた。２人の前立腺癌患者間の最大距離は６減数分裂であったが、平均は３．５減数分裂であった。
【０１５６】
全ゲノムスキャン
家系データベースを、２人又はそれより多くの前立腺癌患者、及び両方の前立腺癌患者と３減数分裂事象（世代）以内の血縁がある１人の乳癌患者を含むファミリーを作成するために使用した。７５拡大ファミリー中の１６７人の前立腺癌患者について全ゲノムスキャンを実施した。手順はGretarsdottir, et al., Am J Hum Genet., 70(3):593-603 (2002) 、に記載されているものと同じであった。手短に言えば、ＤＮＡを、３ｃＭの平均分解能を有する１２００マイクロサテライトマーカーのフレームワークマーカーセットで遺伝子型を同定した。研究の対象から、アイスランドのＤａｔａ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  Ａｕｔｈｏｒｉｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅにより承認されたインフォームドコンセント記入用紙にサインした後、４５ｍＬの血液を採取した。ＤＮＡは、高スループットに調節されたＱｉａｇｅｎ抽出法を使用して全血から単離した。マイクロサテライトスクリーニングセットは蛍光標識プライマーを使用し、すべてのマーカーはマルチプレックス（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ）ＰＣＲ反応について広範囲に試験し、収率を最適化した。このフレームワークマーカーセットについて２回遺伝子型同定された５，０００を超える個体の遺伝子型の比較に基づくと、遺伝子型同定エラー率は０．２％未満であった。ＰＣＲ増幅は、２０ｎｇのゲノムＤＮＡを含有する５μｌの反応容量を使用するＣｙｂｅｒｌａｂロボットを用いて、準備され及びプールされた。アレルはＤＡＣプログラムにより自動的に又は手動により名付けられ、及びプログラムｄｅＣＯＤＥ−ＧＴを質に従って分画するため、及び名付けられた遺伝子型を編集するために使用した(Palsson、 B., et al、 Genome Res., 9(10):1002-1012 (1999)) 。マーカーについての集団アレル頻度を、deCODE genetics の多様な疾患プロジェクトの全ゲノム研究に関与した３０,０００人以上のアイスランド人のコホートから構築した。
【０１５７】
座位内で遺伝子型同定されたマイクロサテライトマーカーは、公的に入手可能であるか、又はdeCODE genetics で設計された：これらのマーカーはＤＧ称号で示されている。ＤＮＡ配列内のリピートが同定され、座位にわたって均等なスペースで並んでいるプライマーを選択又は設計することを可能にしている。リピート及び他のマーカーに関した位置の同定は、deCODE genetics の物理的マッピングチームの仕事に基づいた。
【０１５８】
全ゲノムスキャンで使用されたマーカーについて、遺伝子位置は、deCODE genetics で構築された、最近公表された高分解能遺伝子地図（ＨＲＧＭ）から取られた(Kong A., et al., Nat Genet, 31: 241-24７（2002)) 。追加のマーカーの遺伝子位置はＨＲＧＭ（利用可能な場合）から、又はこの特定の連鎖研究のために遺伝子型同定されたファミリー材料のＨＲＧＭ地図の構築に使用されたものと同一の遺伝子マッピングを応用することにより取られる。
【０１５９】
連鎖解析のための統計的方法
連鎖解析は、ノンパラメトリック罹患オンリーアレル共有法（ｎｏｎ−ｐａｒａｍｅｔｒｉｃ  ａｆｆｅｃｔｅｄ−ｏｎｌｙ  ａｌｌｅｌｅ−ｓｈａｒｉｎｇ）法により血縁患者間の過剰な共有の統計的有意性を決定するソフトウェアーＡｌｌｅｇｒｏ (Gudbjartsson et al.,Nat. Genet. 25:12-3, (2000))を使用して行った（いずれの特定の疾患遺伝モデルも特定されていることなく）。deCODE genetics で開発された連鎖プログラム、Ａｌｌｅｇｒｏは、多点計算に基づいてＬＯＤスコアを計算する。我々のベースライン連鎖解析は、Ｓｐａｉｒｓスコアリング関数(Whittemore, A.S. and Halpern, J., Biometrics 50:118-27（1994); Eruglyak L, et al., Am J Hum Genet 58:1347-63, (1996))、指数アレル共有モデル(Kong, A. and Cox, NJ., Am. J. Hum. Genet, 61:1179 (1997)) 及び各罹患対を等しく重み付けすることと各家族を等しく重み付けすること間の対数目盛での中間である家族重み付けスキームを使用した。本解析において、罹患していないすべての遺伝型同定された固体は「未知（ｕｎｋｎｏｗｎ）」として処理された。小さなサンプルの挙動に対する懸念のため、比較のための二つの異なった方法で対応するＰ値を計算した。第一のＰ値は、多量サンプル理論に基づいて計算し；Ｚｉｒ＝√（２ｌｏｇｅ（１０）ＬＯＤ）、及び連鎖なしの帰無仮説下、標準正規分布として近似的に分布させた。第二のＰ値は、帰無仮説下、観察されたＬＯＤスコアとその完全データサンプリング分布を比較することにより計算した。データセットが一握りを超えた家族から成る場合、これら二つのＰ値は非常に類似する傾向がある。
【０１６０】
２を超えたＬＯＤスコアを有するしべての示唆的な遺伝子座は、家族内での共有についての情報を増加させるため、及びＬＯＤスコアが偽陽性連鎖を示す機会を減らすため、いくつかの追加のマーカーで追跡した。使用された情報尺度はNicolae (D. L. Nicolae, Thesis, University of Chicago (1999)) により定義されたものであり、Ａｌｌｅｇｒｏプログラム出力の一部である。この尺度はDempster et. al. (Dempster, A.P., et al, J. R. Stat. Soc. B, 39:l-38 (1977)) により以前に記述されている情報の古典的尺度に密接に関連している；もしマーカー遺伝子型が完全に情報を与えなければ情報はゼロに等しく、及びもし遺伝子型が罹患親族間の家系による正確な量のアレル共有を決定すれば１に等しい。４ｃＭの平均マーカースペースを有するフレームワークマーカーセットを使用すると、典型的には、我々の連鎖解析で使用した家族において約０．７の情報量を生じる。センチモルガン毎に一つのマーカーまでマーカー密度を増加させると、通常、情報量約０．８５に増加する。
【０１６１】
関連及びハプロタイプ解析のための統計的方法
疾患への単一マーカー関連については、各個々のアレルについての両側Ｐ値を計算するためにフィッシャー直接検定を使用した。結果を示す場合、マイクロサテライト、ＳＮＰｓ及びハプロタイプについてはキャリア頻度よりもむしろアレル頻度を使用した。ハプロタイプ解析は、ＮＥＭＯ（ネステッドモデル）と呼ぶdeCODE で開発されたコンピュタープログラムを使用して実行した(Gretarsdottir, et al., Nat Genet. 2003 Oct;35(2):131-8) 。ＮＥＭＯは、マーカー−マーカー関連を研究するため及びマーカー間の連鎖不平衡（ＬＤ）を計算するための両方に、及びケースコントロールハプロタイプ解析のために使用した。ＮＥＭＯでは、ハプロタイプ頻度は、患者及び対照間の最大尤度及び相違により見積もられ、及び一般化尤度比試験を使用して試験される。最大尤度見積値、尤度比及びＰ値は、直接的に観察されたデータについて、ＥＭアルゴリズムの助けにより計算され、及びそれ故、フェースの不確かさによる情報の損失及び失われた遺伝子型は自動的に尤度比により捕捉され、及びほとんどの状況下で大サンプル理論を、統計的有意さを確実に決定するために使用し得る。アレル又はハプロタイプの相対リスク（ＲＲ）、即ち、同一のマーカーのすべての他のアレルと比較したアレルのリスク、は集団寄与リスク（ＰＡＲ）と一緒に乗法モデル(Terwilliger, J.D. & Ott, J. A haplotype -based’Haplotype relative risk’Approach  to detecting allelic associations. Hum. Hered. 42, 337-46 (1992) and FaIk, CT. & Rubinstein, P .Haplotype relative risks: an easy reliable way to construct a proper control sample for risk calculations. Ann. Hum. Genet. 51 ( Pt 3), 227-33 (1987))を仮定することにより計算される。
【０１６２】
ハプロタイプ解析においては、ハプロタイプを一緒にグループ化し、そしてグループを全体として疾患について試験するのが有用であろう。このことはＮＥＭＯで行うことが可能である。モデルはすべての可能なハプロタイプの組の分配により定義され、ここで同一グループ中のハプロタイプは同一のリスクを与えることが仮定され、一方、異なったグループ中のハプロタイプは異なったリスクを与え得る。帰無仮説及び代替仮説は、後者が前者よりも細かい分配に対応している場合、入れ子状態である（ネステッド）と称される。ＮＥＭＯはハプロタイプスペースの分配において完全な融通性を提供する。このようにして、関連について多ハプロタイプを連帯して試験すること及び異なったハプロタイプが異なったリスクを与えるかどうか試験することが可能である。ＬＤの一つの尺度として、ＬＤの量についての相補的情報を与える、ＬＤの二つの標準定義、Ｄ’及びＲ２(Lewontin, R., Genetics, 49:49-67(1964) and Hill, W.G. and A. Robertson、 Theor. Appl. Genet、 22:226-231 (1968)) を使用した。Ｄ’及びＲ２を見積もる目的のため、最大尤度法を使用してすべての２−マーカーアレル組み合わせの頻度を見積り、尤度比試験を使用して連鎖不平衡空の逸脱を評価した。辺縁のアレル確率により重み付けされた二つのマーカーのすべての可能な組み合わせについての値を平均することにより、Ｄ’及びＲ２の標準定義をマイクロサテライトが含まれるように拡大した。１−ＬＯＤ−ドロップ中で遺伝子型同定されたマーカーの密な組の外側で構築しうる可能なハプロタイプの数は非常に多く、患者及び対照コホート中に実際に観察されるハプロタイプの数はよりかなり小さいにしても、疾患との関連についてすべてのこれらのハプロタイプを試験することは大変な仕事である。いくつかのマーカーは非常に変異可能であることができ、及び取り巻いているマーカーの外側で構築された、さもなければ非常に保存されたハプロタイプを分割するかもしれないので、我々の解析を連続したマーカーの組から構築されたハプロタイプに制限するものではないことに気づくべきである。
【０１６３】
この研究においては、３００ｋｂ未満にしかまたがらないハプロタイプのみを考慮した。
結果
本明細書に記載したように、特定の癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）に増加したリスクを与える染色体８ｑ２４．２１上の領域が同定された。癌の増加したリスクに関連する特定のハプロタイプ及びマーカーが表１に示されている。表１に示したように、該ハプロタイプには以下のマーカー（例えば、ＳＮＰ、マイクロサテライト）及びアレルが含まれる：ＳＧ０８Ｓ６８６  ３アレル、ＳＧ０８Ｓ７１０  ２アレル、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル、ＳＧ０８Ｓ６８７  ４アレル、ＳＧ０８Ｓ７１７  １アレル、ＳＧ０８Ｓ６６４  ２アレル、ＳＧ０８Ｓ７２２  ２アレル、ＳＧ０８Ｓ６８９  ２アレル、ＳＧ０８Ｓ６９０  ４アレル、ＳＧ０８Ｓ７２０  ４アレル、ＤＧ８Ｓ１７６９  １アレル、ＳＧ０８Ｓ６９１  ２アレル及びＤＧ８Ｓ１４０７  −１アレル。ハプロタイプは我々がＬＤブロックＡと呼ぶ１２８,４１７,４６７及び１２８,５１１,８５４ｂｐ（ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４）間に位置しており、及び個々のマーカーの位置は表１に示されている。
【０１６４】
【表１】
2008539782.tif 000002
【０１６５】
この癌関連ハプロタイプを発見するため、全ゲノム連鎖スキャンを、前立腺及び乳癌の両方が遺伝的に分離した家族を使用して実行した。これらの基準を使用し、総計で１６７の前立腺癌患者を７５家族と結びつけた。図１は、連鎖スキャンの結果を示しており、Ｃｈｒ８ｑ２４に見られるピークを詳述している。具体的には、本連鎖スキャンは、Ｃｈｒ８ｑ２４で４．０の全ゲノム有意ＬＯＤスコアを示している。
【０１６６】
Ｃｈｒ８上のピークマーカーはＤ８Ｓ１７９３であり、領域をマーカーＤＧ８Ｓ５０７からマーカーＤ８Ｓ１７４６に拡大すると、又は１２５,５９４,７９４−１３５,１９９,１８２ｂｐ（ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４）では１ユニット低下する。該領域は、２２．８ｋｂ毎に一つのマーカーの平均密度で３５２のマイクロサテライトマーカー及び７３のＳＮＰマーカーを有すると遺伝子型同定された。前立腺癌症例及び対照の両方から生じる遺伝子型での相関分析により、有意に前立腺癌に関連するマーカー及びハプロタイプを得た（図２、表２〜５）。前立腺癌、乳癌、肺癌、メラノーマ及び良性前立腺肥大についての結果は、表２から５に詳記されている。
【０１６７】
前立腺癌と関連するハプロタイプの領域におけるＬＤ構造は、図３Ａ及び３Ｂに示されている。該構造は、ＨＡＰＭＡＰデータリリース１４から誘導された。特に、ハプロタイプ１を包含するＬＤブロックが、図３Ａの左部分に水平矢印により示されている。このＬＤブロック（ＬＤブロックＡ）は、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１のマーカーｒｓ７８４１２２８（１２８,４１７,４６７ｂｐに位置する）及びｒｓ７８４５４０３（１２８,５１１,８５４ｂｐに位置する）間に存在し、ほとんど９５ｋｂの長さである。ＬＤブロックＡは現在、Ｃｈｒ８ｑ２４．２１の１２８,４１４,０００ｂｐ及び１２８,５１６,０００ｂｐ間に位置すべきであると緻密化されている。図中で赤及び青色により示されている、マーカー間で高いｒ２及び｜Ｄ’｜を有するＤＮＡのブロックとしてＬＤ構造が観察された。マーカーは図３Ａにおいてはいずれかの二つのマーカー間を同一距離で、しかし図３ＢにおいてはＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４座標で（マーカー間の実際の距離）で表されている。図４は前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマと関連するハプロタイプ領域中の、アイスランド人前立腺癌患者及び対照コホートにおけるＬＤブロックを示している。マーカーの対の大多数について高い｜Ｄ’｜を有し（｜Ｄ’｜＞０．８）、及びこのブロック構造の内側のマーカーの対について、ｒ２は１まで上昇している。この領域は図３で最もよく見てとれるチェス盤パターンによりそれら自信を明らかにする組換え事象を含んでいる。このブロック構造中のマーカーは、２００ｋｂほども離れたより遠位のマーカー（１２８５１５０００ｂｐ（ｒｓ７８４５４０３、ｒｓ６４７０５３１及びｒｓ７８２９２４３）及びＰＶＴｌ遺伝子の領域中の１２８７２００００ｂｐ付近（ｒｓ１０９５６３８３及びｒｓ６４７０５７２）のマーカー）とも中程度の相関（ｒ２  ０．２以下）にあった。
【０１６８】
本明細書に記載したように、ヒトゲノムの染色体８ｑ２４．２１に位置付けられる遺伝子及び予測遺伝子には、既知遺伝子ＰＯＵ５ＦＬＣ２０（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＡＦ２６８６１８）、Ｃ−ＭＹＣ（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号ＮＭ＿００２４６７）及びＰＶＴ１（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号．ＸＭ＿３７２０５８）、ならびに予測遺伝子、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号、ＢＥ６７６８５４、ＡＬ７０９３７８、ＢＸ１０８２２３、ＡＡ３７５３３６、ＣＢ１０４８２６、ＢＧ２０３６３５、ＡＷｌ８３８８３及びＢＭ８０４６１１が含まれる。図５に示したように、本発明のマーカー及びハプロタイプは二つの既知遺伝子、即ちＰＯＵ５ＦＬＣ２０／ＡＦ２８６１８及びＣ−ＭＹＣ(www.genome.ucsc.edu のUSCS Genome プラウザBuild 34から)間に位置している。この領域と癌を関連づけるマーカー又はハプロタイプ中に内在する変異が、ＰＯＵ５ＦＬＣ２０、ｃ−ＭＹＣ、ＰＶＴ１のような近隣遺伝子、及び／又は該領域中の他の既知の、未知の又は予測される遺伝子の発現に影響することができる。さらに、こうした変異は、ＲＮＡ又はタンパク質安定性に影響することができ、又は該領域がハプロタイプキャリアー中で体細胞再構成をより起こしやすいように、構造的意義を有することができる。このことは、限定されるわけではないが、前立腺癌、乳癌、肺癌及びメラノーマを含む癌の大きなパーセンテージでＣｈｒ８ｑ２４．２１が増幅されていることと一致する(www.progenetix.com) 。実際、Ｃｈｒ８ｑ２１−２４は、合わせたすべての癌（約１７％）及び前立腺癌（約２０％）において、最も頻繁に得られる染色体領域である(www.progenetix.com) 。それ故、内在する変異は、本明細書に記載したハプロタイプに直接連結された未特性付け遺伝子に影響を与えることができ、又は本明細書に記載したハプロタイプには直接的には連結されていない近隣遺伝子に影響することができる。表２は、一つのハプロタイプ、ハプロタイプ１（ＳＧ０８Ｓ６８６  ３アレル、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル、ＳＧ０８Ｓ６８７  ４アレル、ＳＧ０８Ｓ７１７  １アレル、ＳＧ０８Ｓ６６４  ２アレル、ＤＧ８Ｓ１７６１  ０アレル、ＳＧ０８Ｓ７２２  ２アレル、ＳＧ０８Ｓ６８９  ２アレル、ＳＧ０８Ｓ６９０  ４アレル、ＳＧ０８Ｓ７２０  ４アレル、ＤＧ８Ｓ１７６９  １アレル、ＳＧ０８Ｓ６９１  ２アレル、ＤＧ８Ｓ１４０７  −１アレル）を記載しており、このハプロタイプは前立腺癌へのリスク、進行性前立腺癌（７（４＋３のみ）〜１０の合計グリーソンスコアにより定義される）に対するより大きなリスクを示した。このハプロタイプはアイスランド人前立腺癌症例の第二の組及び対照の新規の組で複製されていた。表２に示したように、ハプロタイプ１は前立腺癌患者の２１．４％及び対照の１１．８％で運ばれている。ハプロタイプ１のキャリアーについて、前立腺癌を有する相対リスクは１．９２（Ｐ値＝１．７１ｘ１０−８）である。アレル頻度がすべての表に示されており、それはキャリアー頻度のおおよそ半分であることに注目すべきである。
【０１６９】
グリーソンスコアは前立腺癌の最も頻繁に使用される類別システムである（DeMarzo, A.M. et al., Lancet 361:955-64 (2003)) 。該システムは、前立腺癌の予後が癌の最も優勢なパターン及び第二に優勢なパターン間の中間であるという発見に基づいている。上記文献。これらの優勢な及び第二に最も優勢なパターンは前立腺腫瘍からの組織学的サンプル中で同定され、各々が１（最も分化された）から５（より少なく分化された）に類別され、そして二つのスコアが加えられる。合計されたグリーソングレード（グリーソン合計又はスコアとしても知られている）はそれ故、２（パターン１の均一な腫瘍に対して）から１０（未分化腫瘍に対して）の範囲である。多様なパターンのほとんどの場合、特に針バイオプシーにおいて、１パターンを超えて異なっていない。
【０１７０】
グリーソンスコアは予後指標であり、主たる予後的シフトは６及び７の間であり、グリーソンスコア７腫瘍は、５又は６にスコア付けされた腫瘍よりもより悪く振る舞い、より多い罹患率及びより高い死亡率を導く。スコア７腫瘍は、さらに３＋４又は４＋３に副分類され（最初の数字はバイオプシーされたサンプル中の優性組織学的サブタイプであり、及び第二の数字は次に優勢な組織学的サブタイプである）、４＋３スコアはより悪い予後に関連している。患者のグリーソンスコアは治療見解にも影響しうる。例えば、針バイオプシーでグリーソンスコア５〜６及び低ＰＳＡ濃度の限られた量のより若い男性は、単にモニターすることができるが、７又はより高いグリーソンスコアの男性は通常積極的な管理を受ける。表２において、ハプロタイプの頻度及び進行性前立腺癌（即ち、７（４＋３のみ）〜１０の合計グリーソンスコアにより示される）及びより遅い進行性前立腺癌（即ち、２〜７（３＋４のみ）の合計グリーソンスコアにより示される）の相関リスクが示されている。しかしながら、低グリーソンスコアの腫瘍を有する患者は、それでもより進行性の前立腺癌（局所的に前立腺を超えて又は遠位転移を介して広がっている腫瘍）を有していてもよい。
【０１７１】
【表２】
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【０１７２】
ハプロタイプ１の個々のマーカー（表２のヘッダーに掲げられている）のいくつかに関するリスク及び有意性は、ハプロタイプのものに接近している。表３は、これらのマーカー及びそれらに関するリスクを掲げている。
【０１７３】
【表３】
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【０１７４】
より少ないマイクロサテライトマーカーを使用して検出された、ハプロタイプに高度に相関するハプロタイプは、他の形態の癌（例えば、乳癌、肺癌、メラノーマ）の増加したリスクに関連している。表４は、このハプロタイプ（ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル、ＤＧ８Ｓ１７６９  １アレル及びＤＧ８Ｓ１４０７  −１アレルを含有するハプロタイプ１ａ）は前立腺癌、高グリーソン（進行性）前立腺癌、乳癌、肺癌、メラノーマ及び悪性皮膚メラノーマを有することの有意に（片側Ｐ値＜０．０５）増加したリスクと関連しているが、上皮内メラノーマを有することのリスクは増加させないことを示している。ハプロタイプ１ａは、前立腺、乳、肺癌及びメラノーマ患者の、それぞれ２２．２％、１６．０％、１５．４％及び１８．０％により運ばれている。再び、アレル頻度がすべての表に示されており、それはキャリア頻度のおおよそ半分であることに注目すべきである。
【０１７５】
【表４】
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【０１７６】
表５に示されているように、さらなる研究は、ハプロタイプ１ａは前立腺癌とは考えられていない良性前立腺肥大（ＢＰＨ）を有することの患者のリスクを増加させなかった。表５に示されているように、ハプロタイプ１ａは対照の１１．４％と比較して、ＢＰＨ患者の１３．８％で運ばれており、１．２２の有意でない相対リスクを有している。
【０１７７】
【表５】
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【０１７８】
表６はマイクロサテライトマーカーを検出するため、配列を増幅するために使用されたアンプリマーを示している。表７は、ＳＮＰマーカーを検出するため、配列を増幅するために使用されたアンプリマーを示している。
【０１７９】
【表６】
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【０１８０】
【表７】
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【０１８１】
【表８】
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【０１８２】
【表９】
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【０１８３】
【表１０】
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【０１８４】
【表１１】
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【０１８５】
【表１２】
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【０１８６】
【表１３】
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【０１８７】
【表１４】
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【０１８８】
議論
本明細書に記載したように、染色体８ｑ２４．２１上の座位が癌（例えば、前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌、メラノーマ）において役割を果たすことが実証された。特定のマーカー及びハプロタイプ（例えば、ハプロタイプ１、ハプロタイプ１ａ、表１に示した一つ又はそれより多くのマーカーを含有するハプロタイプ）は、癌を有する対象中で予想された頻度よりも高く存在する。特定の形態の癌についての性向に関連している、本明細書に記載したハプロタイプに基づくと、遺伝子感受性アッセイ（例えば、診断的スクリーニング試験）を癌の危険性がある個体を同定するために使用し得る。
【０１８９】
本明細書に記載した該マーカー及びハプロタイプは良性前立腺疾患には関連しておらず、
低グリーソン前立腺癌患者と比較して高グリーソン前立腺癌患者においてより高い相対リスクをまさに有しており（表２）、それにより進行性で速く増殖する前立腺癌についての増加したリスクを示している。前立腺癌の有意なパーセンテージが前立腺を超えて広がらないであろう非進行形形態であり、及び罹患率又は死亡率を引き起こし、及び前立腺切除術、放射線及び化学療法を含む前立腺癌の治療はすべて副作用を有し及び著しい費用かかることから、より進行性ではない形態と比較して進行性前立腺癌についてより大きなリスクを示す、本明細書に記載したもののような診断マーカーを有することは価値がある。
【０１９０】
本明細書に記載したマーカー及びハプロタイプを有する個体における、乳癌、肺癌及び悪性メラノーマの有意に増加した相対リスクは、癌のこれらの形態の増加したリスクを同定するためのそれらの使用をさらに支持している。該ハプロタイプは前立腺癌（例えば、進行性前立腺癌）、乳癌、肺癌及び悪性メラノーマの増加したリスクを生じることから、これらのマーカー及びハプロタイプが他の形態の癌の増加したリスクと関連していることも可能である。
【０１９１】
実施例２：いくつかのコホートにおける前立腺癌との関係の検証
追加の解析は、染色体８ｑ２４上の前立腺癌と関連した変異体の存在をさらに支持した。マイクロサテライトＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８は、アイスランド、スウェーデン及び米国からの三つのヨーロッパ人先祖のコホートにおいて前立腺癌と関連していた。該アレルの見積もられた相対リスクは１．６２（Ｐ＝２．７ｘ１０−１１）である。患者の約１９％及び一般集団の１３％が少なくとも一つのコピーを運んでいる（ＰＡＲ＝７．４％）。該関連はアフリカ系アメリカ人コホートにおいても同様の相対リスクで再現された。アレルのより高い頻度（患者の４１％及び集団の３０％がキャリアである）はより大きなＰＡＲ（１６．８％）を導き、及び多分アフリカ系アメリカ人におけるより高い前立腺癌の発生に寄与している。該アレルは前立腺癌の進行性形態により関係する。
【０１９２】
材料及び方法
アイスランド人研究集団。  このコホートは、１９５５年１月１日から２００４年１２月３１日の期間に診断された３８１５人のアイスランド人前立腺癌患者（Inter national Classification of Disease Revision 10 code (ICDlO)C61）すべてを含むIceland Cancer Registry(ICR) からの全国的リストに基づいており、その１２９１人が本研究に同意した。加えて、平均で３人の第一度近親者及び配偶者も関与した（患者及び親族について８８％の関与率）。ＩＣＲからの患者に対する臨床情報には、診断時年齢、ＳＮＯＭＥＤ形態学コード及びステージが含まれた。バイオプシーグリーソンスコアは医療記録から得られ、病理学者ＫＲＢ及びＢＡＡにより総括された。遺伝子型同定した患者の平均年齢は７１歳であり、ＩＣＲのすべての前立腺癌患者の平均年齢は７３歳であった。
【０１９３】
ＢＰＨ集団は、アイスランドで診断され、１９８２から２０００年の間に組織病理学的にＢＰＨの診断が確認され、前立腺癌とは診断されなかった、５１０人の個体を含んでなる。
【０１９４】
９９７人の個体の対照群は、一般集団から動員された。この群は、３減数分裂での非親族であり、１の性比、及び２５〜８５歳の年齢範囲（５０歳の平均年齢）を有する。対象個体において、ＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８及びｒｓｌ４４７２９５のアレルＡについて性差は観察されなかった。
【０１９５】
研究はData Protection Commission of Iceland 及びNational Bioethics Committee of Icelandにより承認された。書類によるインフォームドコンセントはすべての患者、親族及び対照から得られた。医学情報及び血液サンプルに関連する個人情報は、前に記載したように(Gulcher, J.R. et al., Eur. J. Hum. Genet. 8:739-42 (2000)) 、サードパーティー暗号化システムにより暗号化された。
【０１９６】
スウェーデン人及び米国研究集団
ＣＡＰＳ１（Cancer Prostate in Sweden1）は、ケースコントロールに基づいた集団であり、前立腺癌患者（ＩＣＤ１０  Ｃ６１）は２００１年１月１日又は７月１日から２００２年９月まで、スウェーデンにおける６つ地域癌登録の内の４つから動員された。研究集団は１４３５の症例及び年齢、性別及び居住場所を一致させた７７９の対照から成っていた。ステージ及びグリーソンスコア（〜８０％はバイオプシーにより、及び〜２０％は手術により）を含む臨床情報は、癌登録又はNational Prostate Registry から得られた。診断時での平均年齢は患者について６６．６歳、及び対照の包含時での平均年齢は６７．９歳であった。本研究は、Ethics Committees at the Karolinska Institute 及びUmea University により承認された。インフォームドコンセントはすべての対象から得られた(Zheng、 SX. et al、 Cancer Res. 64:2918-22 (2004); Lindmark、 F. et al., J. Natl. Cancer Inst. 96: 1248-54 (2004)) 。
【０１９７】
白色人種米国研究集団は、Urology Department of Northwestern Memorial Hospital 、シカゴ、で手術を受けた４５８人の前立腺癌患者（ＩＣＤ１０  Ｃ６１）、及びDepartment of Human Genetics, University of Chicago で登録された２６０人の集団に基づいた対照から成っている。ステージ及びバイオプシーグリーソンスコアを含む臨床情報を取り出すために医学記録を検査した。診断時での平均年齢は患者について５９歳であった。患者及び対照は自己申告ヨーロッパ系アメリカ人民族性であった。このことは、ゲノムを通してランダムに分布した３０のマイクロサテライトマーカーを使用する、遺伝子先祖の判断により確認した（以下参照）。このコホート中のヨーロッパ系先祖の平均及び中央値は両方とも０．９９より大きかった（詳細に以下に記載した方法を参照されたい）。研究プロトコールはInstitutional Review Boards of Northwestern University 及びUniversity of Chicago により承認された。すべての対象からインフォームドコンセント書類を得た。
【０１９８】
アフリカ系アメリカ人研究集団は、Flint Men’s Health Study 及びProatate Cancer Genetics Project を通して動員された２４６人の前立腺癌患者（ＩＣＤ１０  Ｃ６１）及び３５２人の対象から成っている。Flint Men’s Health Study (FMHS) は、１９９６から２００２年の間にミシガンのGenesee County で実施された、アフリカ系アメリカ人男性における前立腺癌の地域社会に基づいたケースコントロール研究 (Cooney, K.A. et al, Urology 57:91-6 (2001); Beebe-Dimmer,J.L. et al., Prostatic Dis. 9, 50-5 (2006)) であり、その研究から１１３の症例及び３５２の対照を解析した。University of Michigan で実施されたProatate Cancer Genetics Project(PCGP) は、２人又はそれより多くの生きている前立腺癌の家族メンバー又は文書化された疾患の家族歴はないが５６歳以前に前立腺癌と診断された男性を含んだ登録での大きな家族に基づいた研究である(Douglas, J.A. et al., Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 14:2035-9 (2005)) 。そのコホートから１０９家族からの１５３人の患者を分析し、その７８人の患者は無関係であり、及び７５人は３１家族にクラスター形成された（大部分第一度近親者）。１５人の前立腺癌患者はＦＭＨＳ及びＰＣＧＰの両方のコホートに属していた。ステージ及びバイオプシーグリーソンスコアを含む前立腺癌診断に関係した情報を抽出するために医学記録を総括した。患者及び対照は自己申告アフリカ系アメリカ人民族性であった。このコホートにおけるアフリカ系及びヨーロッパ系先祖の比率を、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅソフトウェアー(Pritchard, J.K. et al., Am. J. Hum. Genet 67: 170-81 (Epub ２０００年５月２６日))を使用して評価し、ゲノムを通してランダムに分布した３０のマイクロサテライトマーカーから遺伝子型を解析した(Helgadottir, A. et al., Am. J. Hum. Genet. 76:505-9 (Epub ２００５年１月７日))。これらのマイクロサテライトの各々は、ＨａｐＭａｐプロジェクトで使用された集団サンプル（即ち、ＣＥＵ、ＹＲＩ又は東アジア人 ）の対間で頻度に大きな相違（＞０．４）を示すアレルを有する。ミシガンコホートからの遺伝子型を、ＹＲＩ（アフリカ人基準サンプルとして）、ＣＥＵ  ＨａｐＭａｐサンプル及び９６のアイスランド人サンプル（複合ヨーロッパ人基準サンプルとして）からの遺伝子型とＳｔｒｕｃｔｕｒｅで走らせた。ＳｔｒｕｃｔｕｒｅのＵＳＥＰＯＰＩＮＦＯオプションを、既知の先祖（アフリカ人及びヨーロッパ人基準サンプル）を有する個体についての情報を未知の先祖を有する個体の先祖を決定することを助けるために使用できるように、Ｋ＝３で使用した。得られたミシガンコホートにおけるヨーロッパ人先祖の平均比率は患者において０．２２４（中央値＝０．２１）及び対照において０．２１５（中央値＝０．２０７）と推定された。平均における相違は１０,０００の相互作用で実施するランダム化試験に従うと、統計的に有意ではなかった（Ｐ＝０．１１）。ミシガンコホートについての関連計算は、先祖のこれらの遺伝的推定について調整した（詳細については以下を参照されたい）。インフォームドコンセントはすべての研究参加者から得られ、及びプロトコールはUniversity of Michigan Medical School のInstitutional  Review Board により承認された。
【０１９９】
統計解析
全ゲノムスキャンは、以前に記載したような、１０６８のマイクロサテライトのフレームワークスキャンで実施した(Gretarsdottir, S. et al., Am. J. Hum. Genet. 70:593-603 (2002); Styrkarsdottir,U. et al., PLoS boil. 1:E69 (2003)) 。前立腺癌と診断された総計で８７１人のアイスランド人患者、及び平均で３人の第一度近親者の遺伝子型を解析した。系統は我々のアイスランド人の系統学データベースを使用して同定した(Gulcher, J. and Stefansson, K., Clin. Chem. Lab Med. 36:523-７（1998); Gulcher, J. et al, Cancer J. 7:61-8 (2001); Gulcher, J. et al, Eur. J. Hum. Genet. 8:739-42 (2000)) 。連鎖解析は、前立腺癌患者を罹患（ａｆｆｅｃｔｅｄ）及び他のすべてを未知として定義することにより実行した。多点連鎖解析については、プログラムＡｌｌｅｇｒｏ (Gudbjartsson, D.F. et al, Nat. Genet. 25:12-3 (2000)) で及びｄｅＣＯＤＥ遺伝子地図(Kong, A. et al, Nat. Genet. 31:241-７（2002)) で実行されている、罹患オンリー（ａｆｆｅｃｔｅｄ−ｏｎｌｙ）アレル−共有法 (Kong, A. and Cox、 NJ., Am. J. Hum. Genet. 61:1179-88 (1997)) を使用した（以下参照）。示唆的連鎖の領域で追加の２５マーカーを型分けし、情報内容を増加させた。
【０２００】
前立腺癌への単一マーカー相関のためには、尤度比試験を使用して、各アレルについての両側ｐ値を計算した。コホートＩ及びＩＩを合併することにより形成された全アイスランド人コホート（１２９１症例及び９９７対照）について、前立腺癌を有する個体の何人かはお互いに親戚であった。このことを考慮するため、アイスランド人家系を通した遺伝子型をシミュレートすることにより試験統計のヌル分布を得た（以下参照）。同様の手順をミシガンアフリカ系アメリカ人コホート中の前立腺癌の何人かの個体の同系性について調整するために使用した。マーカーについて、キャリア頻度よりむしろアレル頻度が示されている。アレル特異的ＲＲは乗法モデルを仮定することにより計算した(FaIk, CT. and Rubinstein、 P., Ann. Hum. Genet. 51 (Pt 3):227-33 (1987)) 。異なったハプロタイプ群のリスクを比較する場合、尤度法を用いるプログラムＮＥＭＯを使用した(Gretarsdottir, S. et al., Nat. Genet. 35:131-8 (2003)) 。多数のコホートからの結果は、コホートはアレル又は遺伝子型について異なった集団頻度を有することを可能にするが、共通の相対リスクを有すると仮定される、Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌモデルを使用して結合した(Mantel, N. and Haenszel、 W., J. Natl Cancer Inst. 22:719-48 (1959)) 。
【０２０１】
連鎖解析
Ｓｐａｉｒｓスコアリング関数(Whittemore, A.S., Halpern、 J. Biometrics 50:118-27（1994); Kruglyak L. et al., Am. J. Hum. Genet. 55:1347-63 (1996)) 及び指数アレル共有モデル(Kong, A. and Cox, N. J., Am. J. Hum. Genet. 61:1179-88 (1997)) を使用して、関連１ｄｆ（自由度の程度）統計学を生み出した。全スコアを得るために家族スコアを結合させる場合、家族を均等に重み付けする、又は罹患対を均等に重み付けする代わりに、ログスケールで二つの間の中間である加重スキームを使用した；家族加重は二つのスキームの加重の幾何平均である。
【０２０２】
同系性についての相関。  前立腺癌へのアレルの相関は、患者及び対照中のアレル数に適用される標準尤度比統計の符号付けした（＋患者での過剰に対して、−不足に対して）平方根を使用して試験し、もし対象が非相関であれば、漸近的に帰無仮説下での標準正規分布を有するであろう。何人かのアイスランド人患者は親戚であり、それらの遺伝子型は独立していなかったので、記述した統計は１を超える標準偏差を有し、抗保守的であるＰ値に導かれないように無視した。調整は以前に記載した方法を使用して実行した(Grant, S. F. et al., Nat. Genet. 38:320-3 (Epub ２００６年１月１５日); Stefansson、 H. et al., Nat. Genet. 37:129-37（Epub ２００５年１月１８日)) 。７０８、６８３のアイスランド人の系図学を通して、１０、０００組の遺伝子型をマーカーＤＧ８Ｓ７３７についてシミュレートした。各シミュレートした組について、本研究における患者及び対照の本当の遺伝子型としてシミュレートした遺伝子型を取り扱いことにより、統計を再計算した。このシミュレーションから、帰無仮説下、統計の真の標準偏差はアレル−８について１．０１８であり、この値を、１２９１人の前立腺癌患者及び９９７人の対照のアイスランド人総コホートについてＰ値を計算するために使用した。同様のシミュレーションに基づいて、ｒｓ１４４７２９５のアレルＡについての調整因子が幾分より低かったことが見出された（アレル−８と比較してより高いアレルＡの頻度のため予測されたように）。簡単にするため、１．０１８のより高い調整因子を通して使用することが決定された。従ってアレルＡについての結果はわずかに保守的である。患者の何人かが所与の関係を有するミシガンアフリカ系アメリカ人コホートに同一の方法を応用し、調整因子が１．０３２であることが見出された。
【０２０３】
遺伝子先祖の評価。  プログラムＳｔｒｕｃｔｕｒｅ(Pritchard, J.K. et al., Genetics 115:945-59 (2000)) を、個体の遺伝子先祖を推定するために使用した。Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅは、個体の組及びＫの使用者特定値からの多座位遺伝子型に基づいてＫ先祖集団のアレル頻度を与え、及び与えられたＫ集団の各々からの先祖の集団を各個体に帰属させる。データセットの解析は、各個体のアフリカ人及びヨーロッパ人先祖の比率を同定することを目的として、Ｋ＝３で行った。アフリカ系アメリカ人患者及び対照間の平均ヨーロッパ人先祖における相違の統計的有意性は、１００００ランダム化データセットから誘導されるヌル分布を基準にして評価した。
【０２０４】
米国からの研究集団の遺伝的に推定される先祖を評価するため、以前に記載した(Pritchard, J.K. et al, Genetics 115:945-59(2000)) ３５ヨーロッパ系アメリカ人、８８アフリカ系アメリカ人、３４中国人、及び２９メキシコ系アメリカ人の多民族コホートで遺伝子型同定した約２０００のマイクロサテライトから３０の非連鎖マイクロサテライトマーカーを選択した。２０００のマイクロサテライトの内の選択された組は、ヨーロッパ人系アメリカ人、アフリカ系アメリカ人及びアジア人間で最も有意な相違を示し、良好な質及び収率も有していた：Ｄ１Ｓ２６３０、Ｄ１Ｓ２８４７、Ｄ１Ｓ４６６、Ｄ１Ｓ４９３、Ｄ２Ｓ１６６、Ｄ３Ｓ１５８３、Ｄ３Ｓ４０１１、Ｄ３Ｓ４５５９、Ｄ４Ｓ２４６０、Ｄ４Ｓ３０１４、Ｄ５Ｓ１９６７、ＤＧ５Ｓ８０２、Ｄ６Ｓ１０３７、Ｄ８Ｓ１７１９、Ｄ８Ｓ１７４６、Ｄ９Ｓ１７７７、Ｄ９Ｓ１８３９、Ｄ９Ｓ２１６８、Ｄ１０Ｓ１６９８、Ｄ１１Ｓ１３２１、Ｄ１１Ｓ４２０６、Ｄ１２Ｓ１７２３、Ｄ１３Ｓ１５２、Ｄ１４Ｓ５８８、Ｄ１７Ｓ１７９９、Ｄ１７Ｓ７４５、Ｄ１８Ｓ４６４、Ｄ１９Ｓ１１３、Ｄ２０Ｓ８７８及びＤ２２Ｓ１１７２。以下のプライマー対をＤＧ５Ｓ８０２に対して使用した：ＤＧ５Ｓ８０２−Ｆ：ＣＡＡＧＴＴＴＡＧＣＴＧＴＧＡＴＧＴＡＣＡＧＧＴＴＴ（配列番号：２３）及びＤＧ５Ｓ８０２−Ｒ：ＴＴＣＣＡＧＡＡＣＣＡＡＡＧＣＣＡＡＡＴ（配列番号：２４）。
【０２０５】
ｃＤＮＡライブラリーのＰＣＲスクリーニング。商業的に入手可能なｃＤＮＡライブラリーをＡＷ転写体についてスクリーニングした。スクリーニングしたライブラリーはProstate Marathon-Ready cDNA ライブラリー(Clontech カタログ 7418-1)、Testis Marathon-Ready cDNA ライブラリー(Clontech カタログ7414-1 )、Bone marrow-Ready cDNA ライブラリー(Clontech カタログ7431-1) であった。加えて、ｃＤＮＡライブラリーを全血及びＥＢＶ形質転換ヒトリンパ芽球様細胞について構築した。全ＲＮＡをヒトリンパ芽球様細胞株及び全血から、それぞれQiagen からの、RNeasy RNA 単離キット（カタログ75144 ）及び全血からのRNeasy RNA 単離キット（カタログ52304 ）を使用して単離した。ＲＮＡは続いてAgilent 2001 Bioanalyser を使用して分析し及び定量した。
【０２０６】
ｃＤＮＡライブラリーはRevertAid(商標) H Minus First Strand cDNA Synthesis Kit (Fermentas カタログK1631）からのランダムヘキサマープロトコールを使用して調製した。ＰＣＲ反応は、３．５μＭのフォワード及びリバースプライマー、２ｍＭ  ｄＮＴＰ、１ｘＡｄｖａｎｔａｇｅ２  ＰＣＲ緩衝液及び０．５μｌのｃＤＮＡライブラリーの最終濃度で、１０μｌの容量中で行った。ＰＣＲスクリーニングは、製造元の使用説明書に従ってAdvantage(登録商標) 2PCR Enzyme RT _PCR System (Clontech) を使用して実施した。使用されたプライマー対は表８に示されている。
【０２０７】
【表１５】
2008539782.tif 000016
【０２０８】
ＲＡＣＥ。  ＡＷ転写体の５’−及び３’−ＲＡＣＥは、Marathon-Ready cDNA  ライブラリー(Clontech) を使用し、製造元の使用説明書に従って実施した。表９に示されたプライマー(Operon Biotechnologies) を使用した。
【０２０９】
【表１６】
2008539782.tif 000017
【０２１０】
ＲＡＣＥを介して同定されたＡＷ転写体の新規スプライス変異体を、対応するｃＤＮＡライブラリー上、ＲＴ−ＰＣＲを使用して検証した。ＰＣＲ産物をすべてクローン化し及び配列を検証して元々のＲＡＣＥ結果を確認した。
【０２１１】
細胞株。  以下の前立腺癌細胞株をＡＴＣＣから得た。ＤＵ  １４５、脳転移から発生した前立腺癌細胞株；ＬＮＣａＰ、リンパ節転移から発生した前立腺癌細胞株；ＣＡ−ＨＰＶ−１０、ＨＰＶ１８トランスフェクション後の腺癌から発生した前立腺癌細胞株；ＰＺ−ＨＰＶ−７及びＲＷＰＥ−１、両方ともＨＰＶ１８トランスフェクション後の正常前立腺から発生した。加えて、リンパ芽球様細胞株を、特定のアイスランド人前立腺癌患者の末梢血からＥＢＶトランスフェクションにより発生させた。これらの細胞株はサザンブロット分析に使用された。
【０２１２】
ノーザンブロット分析。  市販の多組織ノーザンブロットをClontech から得た（ヒトMTN(登録商標) Blot II カタログ 7759-1) 。加えて、ブロットを上記の前立腺癌細胞株から作製した。簡単には、製造元の使用説明書に従って、Trizol (GIBCO BRL カタログ番号15596-018)及びRNAeasy (Qiagen カタログ番号74106)を組み合わせた精製プロトコールを使用し、細胞株から全ＲＮＡを単離した。Ambion (カタログ 1922) からのPoly(A)Purist  (商標) MAG Kit を使用してポリ（Ａ）ＲＮＡをさらに精製し、１．５μｇのポリ（Ａ）ＲＮＡをアガロース−ホルムアミドゲルで電気泳動し、Hybond Nナイロン膜(Amersham) にブロットし、ＵＶ架橋を使用して固定した。
【０２１３】
使用されたプローブには：ｉ）RZPD Deutsches Ressourcenzentrum fur Genomforschung GmbH、 Germany (http://www.rzpd.de/products/genomecube.shtml) から得られたＡＷ１８３８８３３  ｃＤＮＡクローン（ＩＭＡＧｐ９９８Ｍ２１６６５０Ｑ）；及びｉｉ）ＲＴ−ＰＣＲ実験から得られたＡＷ転写体のエキソン６〜８に対応するｃＤＮＡクローン；が含まれる。該クローンは以下のように検証された配列であった：
ＴＴＧＣＴＣＣＴＣＡＧＧＡＡＣＣＣＴＡＴＴＴＴＧＧＡＣＴＧＡＣＧＴＴＴＡＡＴＡＣＡＡＣＡＴＧＧＡＡＧＣＣＡＣＣＡＡＧＧＣＴＴＡＣＡＧＡＡＴＧＴＧＣＴＴＴＣＣＡＧＡＧＣＴＧＴＧＡＣＣＴＧＡＡＣＴＧＴＡＣＣＴＧＧＧＧＣＣＴＴＴＴＧＡＧＴＧＡＧＧＣＴＧＧＡＡＣＴＧＧＡＧＴＧＧＣＣＴＧＧＡＴＧＣＡＧＡＧＡＧＣＡＧＴＧＴＣＣＴＡＡＧＧＣＴＧＴＧＣＡＧＧＴＴＧＣＡＡＧＡＡＡＧＣＴＣＡＡＧＴＡＧＣＣＴＡＴＧＧＡＧＡＧＧＡＴＧＣＡＡＧＧＣＴＴＣＣＡＧＣＴＧＡＴＧＣＣＣＴＣＡＧＣＣＡＧＧＣＴＣＡＧＴＡＧＣＡＧＣＣＡＧＡＡＣＴＡＧＣＣＴＡＣＣＡＡＣＧＡＡＣＣＴＧＣＴＧＡＴＣＡＴＧＴＧＣＡＴＡＡＧＣＣＡＣＣＴＴＧＡＡＣＧＴＣＧＡＴＣＣＴＣＣＴＧＣＣＴＧＧＴＧＧＡＧＣＣＡＴＣＣＣＡＧＣＴＧＡＴＧＣＣＡＣＡＴＧＡＡＧＣＡＧＡＣＡＣＡＡＧＣＴＧＴＣＣＣＴＡＣＴＡＡＧＣＴＣＴＧＣＴＣＡＡＧＴＴＧＧＡＴＡＴＴＣＡＴＧＡＧＴＧＡＡＡＴＡＡＡＴＧＡＣＴＧＴＴＡＣＴＡＡＧＴＡＡＴＴＡＡＴＴＴＴＴＧＧＧＴＧＧＣＴＧＴＴＡＴＧＴＡＧＣＡＧＴＡＧＡＴＡＡＴＴＧＧＡＡＣＡＡＡＧＣＴＴＡＴＴＧＡＣＡＴＡＡＴＡＣＡＴＣＴＡＴＡＴＣＭＣＡＴＣＣＴＣＣＡＡＴＣＣＡＴＴＴＴＴＴＴＡＡＧＴＡＡＴＡＡＡＧＴＴＧＡＴＧＴＴＴＧＴＴＴＴＧＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＧＡＣＣＴＧＣＣＣＧＧＧＣＧＧＣＣＧＣＴＣＧＡＧＣＣＣＴＡＴＡＧＴＧＡＧＴＡＡＧＧＧＣＧＡＡＴＣＣＡＧＣＡＣＡＣＴＧＧＣＧＣＣＧＴＡＣＴＡＧＴＧＡＴＣＣＧＡＧＣＴＣＧＴＡＧＣＡ（配列番号：７７）。
【０２１４】
ｃＤＮＡ断片は、Megaprime 標識キット(Amersham カタログ RPN 1607) を使用して［α−３２Ｐ］ｄＣＴＰ（比活性６０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ）で放射標識し、取り込まれなかったヌクレオチドは、ProbeQuant G-50 マイクロカラム(Amersham カタログ 27-5335-01)を使用して反応液から除去した。メンブランはRapid-hyb 緩衝液(Amersham カタログRPN 1635)中で前もって少なくとも３０分ハイブリダイズし、続いて１００〜３００ｎｇの標識ｃＤＮＡプローブとハイブリダイズした。ハイブリダイゼーションは、Rapid-hyb 緩衝液中、６８℃で一夜、及びｃＤＮＡプローブを使用する場合は０．１〜０．１５μｇ／ｍｌの剪断された変性サケ精子ＤＮＡと行われた。標識したプローブを９５℃で５分加熱した後に、プレハイブリダイゼーション溶液中のフィルターに加えた。ハイブリダイゼーション後、２ｘＳＳＣ、０．０５％ＳＤＳ、室温で３０〜４０分の低ストリンジェンシーで洗浄し、続いて０．１ｘＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、５０℃で４０分の２回の高ストリンジェンシー洗浄を行った。ブロットをすぐに封じ、Kodak BioMax MR Ｘ線フィルム(カタログ 8715187)に暴露した。
【０２１５】
パルスフィールドサザンブロット分析。  アガロースブロック中の高分子量ＤＮＡは、前立腺癌患者の末梢血から発生させたリンパ芽球様細胞株を、Biorad 10 plug pleximould  (Biorad カタログ番号 170-3591)で、低融点アガロース(Incert、 FMC bioproducts) 内に包埋することにより調製した。アガロース内の最終細胞密度はｍｌ当たり２ｘ１０７細胞にいつも調整した。ＤＮＡは新鮮凍結正常及び悪性前立腺組織からも単離した。各患者について、MasterPure(商標) ＤＮＡ精製キット(Epicentre Inc. カタログ MC85200) を使用し、ＯＣＴ包埋新鮮凍結組織試料（＞７０％腫瘍パーセンテージ）の４〜５の２０ミクロンスライスからも単離した。ＤＮＡは続いて、製造元のプロトコールに従い、GenomiPhi ＤＮＡ増幅キット(GE Healthcare、 カタログ 25-6600-02)を使用して増幅し、そして等量のＴＥ緩衝液で希釈した。アガロースブロック及び１０μｇのＤＮＡに対応するＷＧＡ前立腺組織ＤＮＡサンプルを、標準プロトコールに従ってＨｉｎｄＩＩＩ制限エンドヌクレアーゼで消化した(New England Biolabs) 。消化後、アガロースブロック及びＷＧＡ  ＤＮＡサンプルを０．８％アガロースゲルにのせた。電気泳動後、ゲルを０．２５Ｍ  ＨＣｌで３０分脱プリンし、そして０．５Ｍ  ＮａＯＨ、１．５Ｍ  ＮａＣｌで変性させ、次にＤＮＡをナイロンフィルター(Hybond N+) に移した。メンブランを次にノーザンブロッティングについて上で記載した標準プロトコールに従って、放射標識精製BAC insert RPl1 367L7(Amersham megaprime) で探索した。メンブランを洗浄後、−８０℃で１〜４日、フィルム(Kodak MR) に暴露した。
【０２１６】
アイスランド人コホートにおける確認
前立腺癌リスクに内在する遺伝子変異体を同定する試みにおいて、３２３の拡大家族にグループ分けされた８７１人のアイスランド人前立腺癌患者のコホートで型分けされた１０６８のマイクロサテライトマーカーを使用して全ゲノム連鎖スキャンを実施した。このスキャンは、染色体８ｑ２４上の示唆的連鎖シグナルを生み出し、それはマーカーを追加した後に情報含量を増加させ、２．１１（Ｄ８Ｓ５２９、１４８．２５ｃＭ）及び３．１５（Ｄ８Ｓ５５７、１４５．６５ｃＭ）の最大ｌｏｄスコアを与えた（図７Ａ）。該連鎖シグナルの起源を正確にするため、３５８マイクロサテライト及び１２５−１３５Ｍｂ（ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４）の８６９の８番染色体上の１０Ｍｂ（１８．６ｃＭ）にまたがるｉｎｄｅｌマーカーを非相関前立腺癌患者及び５９６の集団対照（コホートＩ）で遺伝子型同定した（図７Ａ及び７Ｂ）。前立腺癌への単一マーカー相関は、リスクの乗法モデルに基づいて計算した(FaIk, CT. and Rubinstein, P., Ann. Hum. Genet. 51(pt 3),227-33 (1987)) 。運ばれているコピー当たり１．７９の推定相対リスク（ＲＲ）（Ｐ＝３．０ｘ１０−６）で、強い相関がマイクロサテライトＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８で観察された（図７Ｂ及び表１０）。この相関は、４２２人の前立腺癌患者及び４０１人の集団に基づいた対照（コホートＩＩ）の第二のアイスランド人コホートで再現され、アレル−８は１．７２の推定ＲＲ（Ｐ＝０．００１８、再現研究から得られたものを含み、すべてのＰ値は両側である）を運んでいた。１２９１人の前立腺癌患者及び９９７人の対照（コホートＩ及びＩＩを合併して）の全アイスランド人コホートにおいて、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルは、患者において１３．１％、及び対照において７．８％の頻度を有していた。このことは、コホートＩ及びＩＩからの患者間の同系性について調整した後、１．７７の推定ＲＲ（Ｐ＝２．３ｘ１０−８）及び１１％の集団寄与リスク（ＰＡＲ）を生じた（表１０）。ＤＧ８Ｓ７３７マーカー（１２８．４３３０９６Ｍｂ）は、ＨａｐＭａｐ  ＣＥＵサンプルにおいて、染色体８ｑ２４．２１（ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４の１２８．４１４から１２８．５０６Ｍｂ）上の９４ｋｂにまたがる連鎖不平衡（ＬＤ）ブロック内に位置している。該ＬＤブロックは本明細書においてＬＤブロックＡと称される。
【０２１７】
【表１７】
2008539782.tif 000018
【０２１８】
相関シグナルの程度を調べるため、ＤＧ８Ｓ７３７を取り囲む６００ｋｂ領域中の、１２の追加のマイクロサテライト及び６３のＳＮＰｓを遺伝子型同定した（図１Ｃ、表１１及び１２）。ＤＧ８Ｓ７３７を取り囲む６００ｋｂ領域中の、追加のマイクロサテライト及びＳＮＰｓマーカーを型同定した後、ＳＮＰ  ＳＧ０８Ｓ７１７（ｒｓｌ４４７２９５）のアレルＡが最も強い相関を示した（図７Ｃ）。ＤＧ８Ｓ７３７と同一ＬＤブロックに位置した他のアレル／マーカー及びＳＧ０８Ｓ７１７（ｒｓｌ４４７２９５）は、表１３に示されているように前立腺癌と有意に相関し、及び前立腺癌に関連するリスク変異体を検出するために使用し得る。これらのマーカー及びアレルはそれ故、表１３に掲げた少なくとも二つのマーカーを含んでなる多くの可能なハプロタイプがそうであるように、−８  ＤＧ８Ｓ７３７及びＡ  ＳＧ０８Ｓ７１７（ｒｓｌ４４７２９５）アレルのための代用アレルである。
【０２１９】
【表１８】
2008539782.tif 000019
【０２２０】
【表１９】
2008539782.tif 000020
【０２２１】
【表２０】
2008539782.tif 000021
【０２２２】
【表２１】
2008539782.tif 000022
【０２２３】
【表２２】
2008539782.tif 000023
【０２２４】
【表２３】
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【０２２５】
【表２４】
2008539782.tif 000025
【０２２６】
全体で、ＤＧ８Ｓ７３７も含有する、ＬＤブロックからの５３ＳＮＰｓ及び６マイクロサテライトが遺伝子型同定された。これらの座位は、ユタＣＥＰＨ（ＣＥＵ）ＨａｐＭａｐデータ（フェーズＩＩ、リリース１９）に従ったＬＤブロック中のハプロタイプ多様性のほとんどを捕捉する。総計で５３ＳＮＰｓの内の３５が前立腺癌と有意に相関しており（Ｐ＜０．００１）、ＳＮＰ  ｒｓｌ４４７２９５のアレルＡは最も強い相関を示している（ＲＲ＝１．７２、Ｐ＝１．７ｘ１０−９）（表１０）。ＳＮＰｓの１６はＣＥＵ  ＨａｐＭａｐサンプル中のｒｓ１４４７２９５と同一均等クラス（ｒ２＝１）に属しており、それ故、匹敵する相関結果を示した。
【０２２７】
アイスランド人サンプルにおいて、ＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８及びｒｓｌ４４７２９５のアレルＡは実質的に相関していた（ｒ２〜０．５）。ＣＥＵ  ＨａｐＭａｐサンプル中のＤＧ８Ｓ７３７マーカーを型分けした後、そこでは相関はより低かったが（ｒ２〜０．３）、ＨａｐＭａｐ（フェーズＩＩ）中の他のＳＮＰでより高い相関を有しているものはないことが観察された（表１３）。別の言葉では、ＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８に最も関連したＳＮＰｓは、前立腺癌に最も関連したものでもある。
【０２２８】
ヨーロッパ人先祖の二つのコホートにおける再現
マーカーＤＧ８Ｓ７３７及びｒｓｌ４４７２９５を使用するこの関連の再現を１４３５人の非血縁前立腺癌患者及び７７９人の集団に基づいた対照のスウェーデン人コホート及びシカゴからの４５８人のヨーロッパ系アメリカ人患者及び２４７人の対照のコホートで実施した。両方のコホートにおいて、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルの頻度は、対照よりも患者において有意に高く、スウェーデン人及びヨーロッパ系アメリカ人コホートについて、それぞれ１．３２（Ｐ＝０．０１３）及び２．１０（Ｐ＝０．００２９）のＲＲを有していた。同様の結果がｒｓ１４４７２９５  Ａアレルについても得られ（表１４）、アイスランド人コホートで最初に同定された変異体が、ヨーロッパ人先祖のほとんどの集団において前立腺癌の増加したリスクに関連しているようであることを示唆している。
【０２２９】
ＤＧ８Ｓ７３７  −８及びｒｓｌ４４７２９５  Ａのリスクを一緒に調べるため(Gretarsdottir, S. et al., Nat. Genet. 35:131-8 (2003))、染色体を３群に分配する：ｉ）ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルもｒｓｌ４４７２９５アレル（非常に大多数がＡアレルを運んでいる）も運んでいる染色体（−８＆Ａ／Ｇ）；ｉｉ）ｒｓｌ４４７２９５  Ａアレル及び−８以外（Ｘと称される）のＤＧ８Ｓ７３７のいずれかのアレルを有する染色体（Ｘ＆Ａ）；及びｉｉｉ）−８アレルもＡアレルも運んでいない染色体（Ｘ＆Ｇ）。Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌモデル (Mantel, N. and Haenszel, W., J. Natl. Cancer Inst. 22: 719-48 (1959)) を使用してこれら三つのこほーとからのデータを組み合わせると、（Ｘ＆Ｇ）と比較した（−８＆Ａ／Ｇ）のリスクは１．６１であると見積もられた（Ｐ＝５．９ｘ１０−１１）。（Ｘ＆Ｇ）と比較した（Ｘ＆Ａ）の見積もられたリスクは１．２７で実質的により低かったが、有意であった（Ｐ＝０．００８８）。ＤＧ８Ｓ７３７  −８又はｒｓｌ４４７２９５  Ａアレルもそれら自身ではリスクプロファイルを完全には説明できないが、該領域中に多機能性変異体がある可能性があり、又はこれらのアレルは両方強力ではあるが不完全なＬＤである。
【０２３０】
アフリカ系アメリカ人コホートにおけるアットリスク変異体の再現及びより大きな集団寄与リスク
２４６人の前立腺癌患者及び３５２人の対照のアフリカ系アメリカ人コホートにおいて、第三の再現実験を行って、上で同定された変異体が、該疾患の高い発生率を有する群においても前立腺癌と関連しているかどうかを決定した。さらに、もしそうであれば、アフリカ人先祖の大きな比率から生じるアフリカ系アメリカ人におけるより大きな遺伝子多様性は、未知のリスク変異体の位置を正確に示すよりよい分解能を提供するであろうことが説明される。この仮定は、ナイジェリアヨルバ族（ＹＲＩ）ＨａｐＭａｐサンプル中の９２ｋｂＬＤブロックにまたがる領域の解析により支持され、より大きな遺伝子多様性、及びヨーロッパ人先祖の集団で高度に相関していたＳＮＰｓ間のこの群内でのより弱いＬＤの両方を明らかにした。具体的には、ｒｓｌ４４７２９５を含む１９ＳＮＰｓはＣＥＵ  ＨａｐＭａｐデータ（フェーズＩＩ）においては同一の同等性クラス（ｒ２＝１）であったが、ＨａｐＭａｐ  ＹＲＩサンプルにおいてはこれらのＳＮＰｓは１３の異なった同等性クラスに属している（表１４）。結果として、ＤＧ８Ｓ７３７に加え、アフリカ系アメリカ人コホートは１９の同等なＳＮＰｓの内の１７に遺伝子型同定された（ｒｓ１４４７２９５を含んで）。二つの脱落の内、一つは遺伝子型同定された二つの他のＳＮＰｓと完全に相関しており、及び他方はＹＲＩサンプルでは非多型であった。ＹＲＩ  ＨａｐＭａｐサンプル及びヨーロッパ人先祖コホートからの対照間のアレル頻度の相違は、偽陽性又は陰性相関結果が、アフリカ系アメリカ人患者及び対照間のヨーロッパ人先祖の分布の相違により起こされることの可能性を上昇させた。それ故、先祖について調節するため、ゲノム中にランダムに分布去れ、及びアフリカ人及びヨーロッパ人先祖間を区別するための情報を与える３０のマイクロサテライトのセットについて遺伝子型同定を実施した。Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ(Pritchard, J.K. et al., Am. J. Hum. Genet. (57:170-81 (Epub 2000 May 26)) によるこれらのデータの分析は、患者及び対照間のヨーロッパ人先祖において有意な相違がないことを明らかにした。さらに、先祖について調整して、又はせずに実施された相関分析は、実際的に同一の結果を与えた(Helgadottir、 A. et al, Am. J. Hum. Genet. 76:505-9 (Epub 2005 Jan 7); Pritchard, J.K. et al, Am. J. Hum. Genet. 57:170-81 (Epub 2000 May 26)) 。
【０２３１】
アフリカ系アメリカ人前立腺癌患者におけるＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８の頻度は２３．４％であり、対照においては１６．１％であり、ＲＲ＝１．６０であった（Ｐ＝０．００２２、幾人かの患者間の同系性について調整して）。最も低いＰ値を与えたのはｒｓ１４４７２９５であり、Ａアレルの頻度は患者において３４．４％であり、及び対照において３１．３％であったが（ＲＲ＝Ｉ．１５）、関連性は有意ではなかった（Ｐ＝０．２９）。これらの結果は、ＤＧ８Ｓ７３７  −８は、ヨーロッパ人及びアフリカ人先祖の集団の両方において、それ自身が機能性変異体であるか、又は現在のところ未知のリスク変異体と非常に密接に関連していることを示している。対照的に、ｒｓ１４４７２９５又は他の１６ＳＮＰｓのいずれの一つもアフリカ系アメリカ人コホートにおいて前立腺癌には有意に関連していない（表１４）。ＨａｐＭａｐ  ＹＲＩデータ（フェーズＩＩ）をチェックすると、ＤＧ８Ｓ７３７の−８アレルと最も強い相関を有する３つのＳＮＰｓ（ｒ２＝０．３２〜０．３４）がアフリカ系アメリカ人サンプルで遺伝子型同定された１７のＳＮＰｓ中に含まれていたことに気付いた（表１４）。ＲＲはアフリカ人及びヨーロッパ人先祖の集団で類似しているけれども、前者の群におけるＤＧ８Ｓ７３７  −８のより高い頻度のため、アフリカ系アメリカ人におけるＰＡＲはかなり大きい（１６．８％ｖｓ５．８〜１１％）。このより高い頻度はアフリカ人集団におけるこのアレルの頻度により説明しうる、例えば、ＹＲＩ  ＨａｐＭａｐサンプルにおいて該頻度は２２．５％である。このことがＤＧ８Ｓ７３７  −８のＰＡＲがアフリカ人集団でさらにより大きくてもよいことの可能性を上昇させている。
【０２３２】
ＤＧ８Ｓ７３７マーカーは、ジヌクレオチドＡＣリピートであり、及び−８アレルは、マイクロサテライト遺伝子型のための基準として使用されるＣＥＰＨサンプル１３４７−０２の最も小さなアレルよりも、このアレルが８ｂｐ小さいという事実に由来する。ＤＧ８Ｓ７３７はかなりの範囲のアレルサイズを示し、系統発生解析は、それが中程度の変異率を有すること、及びリピートサイズがＨａｐＭａｐサンプル中のＳＮＰバックグラウンドと強く相関することを示した（図８）。中央値連結ネットワーク（Bandelt,H.J., Forster、 P. & Rohl, Mol Biol Evol 16,37-48 (1999)) は、ＨａｐＭａｐプロジェクト(Nature 437, 1299-320 (2005))データベース（リリース１９）及び一つのマイクロサテライト、ＤＧ８Ｓ７３７から得られた４６ＳＮＰｓの遺伝子型から推測された１３６の異なったハプロタイプ間の系統学的関係を記述している。すべてのこれらの座位は８番染色体上の〜３０ｋｂ領域（１２８,４２６,３１０〜１２８,４５６,０２７、ＮＣＢＩ  ｂｕｉｌｄ３４）内に含まれていた。ＨａｐＭａｐプロジェクトで使用された、北部及び西部ヨーロッパ人先祖を有する６０人のユタＣＥＰＨ（ＣＥＵ）親、ナイジェリアからの６０人のヨルバ族親（ＹＲＩ）、北京からの４５人の中国人個体及び東京からの４４人の日本人個体（ＨＣＢ＆ＪＰＴ）からのハプロタイプが示されている。フェーズを合わせたハプロタイプは、ユタ及びヨルバについての家族トリオ情報と組み合わせた（集団サンプルの各々における３０人の子供からの遺伝子型を、ハプロタイプのアレルフェーズを推測するのを助けるために使用した）、ＥＭアルゴリズムを使用して発生させた。各々の変異的に独特のハプロタイプは黒丸で表されており、その領域は４つの集団群で観察されたコピーの組み合わされた数を反映する。ハプロタイプが一つ以上の集団で存在すると推測された場合、パイスライスは各集団からのハプロタイプコピーの数を示している。サークル間の線はハプロタイプのアレル状態間の相違を示しており、長さは相違の数に比例し、アレルが異なっている座位はラベルにより示されている。線は、中央値連結アルゴリズムの基礎となる発生的最節約原理に従ったハプロタイプ間の最もありそうな変異経路を表している。ハプロタイプ間の変異的相違はハプロタイプを連結している進化経路を横切る短い垂直線として示されている。この場合、変異事象は個々のＳＮＰｓでの点突然変異、ＤＧ８Ｓ７３７マイクロサテライトの段階的突然変異、及び国合わせ事象であると考えられる。ネットワーク中の平行四辺形は、二つ又はそれより多くの突然変異事象の一時的命令が解決されない場合に示されている。
【０２３３】
マイクロサテライトの進化的安定性（変異率）は、リピートサイズがＳＮＰハプロタイプと相関する程度を反映する。それ故、比較的安定なマイクロサテライトは、同一の又は密接に関連したＳＮＰハプロタイプの背景においては類似のアレルサイズを示すことが期待され、より遠く離れた関連ＳＮＰハプロタイプ間ではより大きな相違を示すであろう。対照的に、こうした相関は急速に変異しているマイクロサテライトでは期待されないであろうし、リピートサイズにおけるかなりの相違を密接に関連したＳＮＰハプロタイプで観察することができ、及び同一のリピートサイズを、マイクロサテライトでの再発突然変異事象により、遠い関係のＳＮＰハプロタイプで見ることができる。図８は、密接に関連したＳＮＰハプロタイプはＤＧ８Ｓ７３７マイクロサテライトについて類似のリピートサイズを有する傾向であり、及び距離的に離れたＳＮＰハプロタイプはより多様なリピートサイズを有する傾向があることを示している。相関は、ハプロタイプのすべての対で異なるＳＮＰアレルの数及びハプロタイプのすべての対で異なるＤＧ８Ｓ７３７リピートの数間で見積もられた。経験的ｐ値＜０．００００１を有する、スピアマンのノンパラメトリック相関係数ρ＝０．３３４は、１０,０００データセットにおける相関の評価に基づいており、ここでマイクロサテライトアレルはランダムにＳＮＰハプロタイプに帰属された。このことは、ＤＧ８Ｓ７３７マイクロサテライトについての中程度の変異速度を示しており、多数の異なったアレルサイズを発生するには十分であるが、リピートサイズとＳＮＰハプロタイプバックグラウンドとの相関を破壊するには不十分である。
【０２３４】
【表２５】
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【０２３５】
複数コホートの解析
表１５は、ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル及び、ＨａｐＭａｐ  ＣＥＵ、アイスランド、ＨａｐＭａｐヨルバン（ＹＲＩ）及びUniversity of MichiganでのＦＭＨＳ及びＰＣＧＰ研究からのアフリカ系アメリカ人におけるＳＧ０８Ｓ７１７／ｒｓ１４４７２９５と、同一同等性クラスに属する１９の他のＳＮＰｓのＬＤ特性を示している。このブロック構造中のマーカーも２００ｋｂまで離れたより遠くのマーカー（１２８５１５０００ｂｐでのマーカー（ｒｓ７８４５４０３、ｒｓ６４７０５３１及びｒｓ７８２９２４３）、及びＰＶＴｌ遺伝子領域中の１２８７２００００ｂｐ付近のマーカー（ｒｓｌ０９５６３８３及びＲｓ６４７０５７２）を含んで）と中程度の相関（ｒ２は０．２以下）にある。
【０２３６】
【表２６】
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【０２３７】
【表２７】
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【０２３８】
試験に使用した乗法リスクモデルがヨーロッパ人及びアフリカ人先祖の両方の集団についてデータを適切に適合させることを見出した。それ故、アイスランド人前立腺癌患者及び対照で見られた関係を、ＤＧ８Ｓ７３７及びＳＧ０８Ｓ７１７（ｒｓ１４４７２９５）を使用して、スウェーデン人ケースコントロールサンプル及び米国シカゴからの４５８ヨーロッパ系アメリカ人患者及び２４７の対照を含むケースコントロールサンプルで再現した。ＤＧ８Ｓ７３７  −８アレル又はｒｓ１４４７２９５  Ａアレルのホモ接合性キャリアである個体は、表１６に示したように、研究した４つすべての集団について、ヘテロ接合性キャリアよりもさらに高いＲＲを有している（ＸＸ遺伝子型）。それ故、二つのアットリスクアレルを運んでいる個体は、一つのアットリスクアレルを運んでいる個体よりも前立腺癌を発症するさらにより大きな危険性にある。
【０２３９】
【表２８】
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【０２４０】
アットリスク変異体は進行性前立腺癌とより強く関連する
次に、アットリスク変異体が、高グリーソンスコアにより反映される前立腺癌の進行性形態とより強く関連しているかどうかを決定した。４つすべての患者−対照コホートにおいて、ＤＧ８Ｓ７３７  −８の頻度は、対照よりも７〜１０の合計グリーソンスコアを有する前立腺癌患者において有意に高かった（表１７）。同じことが対照と比較して２〜６のグリーソンの前立腺癌患者でいえたが、ＲＲはグリーソン２〜６群と比較してグリーソン７〜１０群でより高かった。さらに、アレル−８の頻度は、４つすべてのケースコントロール群を合わせた（ＲＲ＝１．２１、Ｐ＝０．０２）及び３つのヨーロッパ人先祖ケースコントロール群を合わせた（ＲＲ＝１．１８、Ｐ＝０．０７）群において、低（２〜６）グリーソンスコアと比較して高（７〜１０）グリーソンスコアの患者で高かった。
【０２４１】
【表２９】
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【０２４２】
さらに、アレル−８の頻度は、４つすべてのコホート（合併、オッズ比＝１．２２、Ｐ＝０．０２０）において低グリーソン患者（２〜６）よりも高グリーソン患者（７〜１０）でより高かった。良性前立腺肥大（ＢＰＨ）と診断された（前立腺癌ではない）５１０のアイスランド人男性の解析は、ＤＧ８Ｓ７３７のアレル−８及びｒｓｌ４４７２９５のアレルＡのどちらにも有意な過剰は示されず（表１８）、これらの変異体が悪性前立腺腫瘍、特定的にはより進行性の形態のリスクのみを増加させることを示している。
【０２４３】
【表３０】
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【０２４４】
アットリスク変異体を含むＬＤブロックの機能的特徴
マイクロサテライトアレルのみがアフリカ系アメリカ人コホートにおける有意な関連を示し、及びこの座位を含有するＬＤブロックはアフリカ系アメリカ人において、より小さい及びより小さなユニットに破壊されているので（図９Ａ−９Ｃ）、機能性変異体を最も含有するらしい領域を１２８．４１４−１２８．４７４Ｍｂ（ＮＣＢＩ  ｂｕｉｌｄ３４）まで狭くすることが可能である。この領域は、一つのスプライスされたＥＳＴ（ＡＷ１８３８８３）及び３つの単一エキソンＥＳＴ（ＢＥ１４４２９７、ＣＶ３６４５９０及びＡＦｌ１９３１０）を、少数の予測された、しかし既知ではない遺伝子に加えて含んでいる(Kent, WJ. et al., Genome Res. 72:996-1006 (2002)) 。マイクロＲＮＡはブロック内に検出されない(Griffiths- Jones, S., Nucleic Acids Res. 32:D109-11 (2004)) 。
【０２４５】
多様なｃＤＮＡライブラリーにおける発現解析は、ＡＷｌ８３８８３ＥＳＴの発現を確認したが、他のＥＳＴはどれも確認されていない（上記材料及び方法参照）。ＡＷｌ８３８８３ＥＳＴから、ｃＤＮＡ末端の５’及び３’急速増幅（ＲＡＣＥ）により４つの異なったスプライス変異体が同定され、ＲＴ−ＰＣＲ及びノーザンブロット分析により確認された（図１０）。これらの転写体の二つ（１、５ｋｂ）（両方ともＡＷ１８３８８３ＥＳＴを係留する）は精巣で発現されるが、脾臓、胸腺、前立腺、卵巣、小腸、結腸、末梢血白血球又は前立腺細胞株では発現されない（データは示されていない）。対照的に、二つの他の転写体は（エキソン６−８を係留）、正常（０．６ｋｂ転写体）及び悪性前立腺細胞株（０．６及び０．９ｋｂ転写体）でのみ検出された（データは示されていない）。これらの転写体の予想ＯＲＦは既知のタンパク質と有意な相同性を示さない。マイクロサテライトＤＧ８Ｓ７３７及びＳＮＰ  ｒｓ１４４７２９５は精巣転写体においてエキソン４及び５（又は６）の間のイントロンに、前立腺特異的転写体では５’に位置している（図１０）。これらのマーカー又はこれらのマーカーを有するＬＤ中の他のマーカーは、この領域の一つ又はそれより多くの転写体のスプライシングパターンに影響することは想像できる。８ｑ２４は前立腺腫瘍において最も頻繁に得られる染色体領域であることが注目される(Baudis, M. and Cleary, MX., Bioinformatics 17:1228-9 (2001)) 。この領域の獲得は進行性腫瘍、ホルモン非依存及び予後不良に関連していた(El Gedaily, A. et al., Prostate 4６:184-90 (2001)) 。染色体がＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルを運んでいることが増加したゲノム不安定性に関連するかどうかを評価するため、サザンブロット分析を実施し、−８アレルのキャリア及び非キャリアーである生殖系列及び前立腺癌患者からのＤＮＡを使用して、９２ｋｂ  ＬＤ領域を変換した。１４の内ただ一つの腫瘍サンプル（非キャリア）が、多型限定パターンを示したが、キャリア又は非キャリアからの生殖系列ＤＮＡでは観察されなかった（データは示されていない）。それ故、ＤＧ８Ｓ７３７  −８生殖系列変異体はＬＤブロックＡ領域の再編成に関しているようである。
【０２４６】
また興味を持たれるのは、〜２７０ｋｂ（テロメア）のみの距離での、よく知られている癌遺伝子ｃ−ＭＹＣへのＤＧ８Ｓ７３７の近接性である。しかしながら、ｃ−ＭＹＣ遺伝子に位置しているＳＮＰｓ及びこの研究で同定された前立腺癌リスク又はリスク変異体間で有意な相関が観察されていない（データは示されていない）。にもかかわらず、リスク変異体が、ゲノム不安定性を生じやすくすることにより、又は発現の長距離調節を改変することによりｃ−ＭＹＣ調節を修飾するように働くことは可能である。
【０２４７】
議論
手短に言えば、前立腺癌リスクとＤＧ８Ｓ７３７  −８及びｒｓ１４４７２９５  Ａアレルの有意な関連が、ヨーロッパ人先祖の３つのコホートにおいて実証された（１４４７２９５アレルは少なくとも１８の他の近接したＳＮＰｓのアレル形と完全に相関した）。これらのコホートからの結果を合わせると、ＤＧ８Ｓ７３７  −８について１．５０の推定相対リスク（Ｐ＝１．４０ｘ１０−１０）及びｒｓ１４４７２９５アレルＡについて１．５０の推定相対リスク（Ｐ＝１．６２ｘ１０−１１）を与えた。集団頻度を６．６％及び１０．７％（３つのコホートからの平均）と仮定すると、これらの二つのマーカーについて、それぞれ対応するＰＡＲは７．４％及び９．９％である。関連は、ほとんど同一の相対リスクで、アフリカ系アメリカ人コホートにおける前立腺癌と−８アレル間で再現された（ＲＲ＝１．６０、Ｐ＝０．００２２）。この時、アフリカ系アメリカ人において、この領域中のいずれかのＨａｐＭａｐ  ＳＮＰｓとの関連は実証されなかった。
【０２４８】
本明細書に記載した変異体は、連鎖から出発する、ポジショナルクローニングアプローチを介して同定された。全ゲノム関連も、共通ＳＮＰｓを使用し、ｒｓ１４４７２９５又はそのＬＤ同等物の一つを介して使用することができる。結果は、例え数百数千の共通ＳＮＰｓの試験のために調整する必要があっても高度に有意であろう。対照的に、ＨａｐＭａｐプロジェクトのリリース１９に含有されているＳＮＰｓのみに基づくと、分析はアフリカ系アメリカ人における又はアフリカ人コホートにおいては、全ゲノム関連研究がこの関連シグナルを捕捉しないであろうことを示唆している。このことは、ＨａｐＭａｐ  ＳＮＰｓに存在しているいずれも、アフリカ人先祖の集団においてはＤＧ８Ｓ７３７  −８アレルと十分に相関していないためである。結果として、−８アレルそれ自身がリスクを与えるか、又はいくつかの変異体が現在のＨａｐＭａｐ  ＳＮＰｓのいずれよりも−８アレルとより密接に相関していることが仮定される。もし後者の仮説が真実であれば、アフリカ系アメリカ人において減少したＬＤは、未知の変異体がＤＧ８Ｓ７３７を含有する６０ｋｂ領域内に位置していることを示す。等しく重要であるのは、１６．８％の推定ＰＡＲを与えるアフリカ系アメリカ人における−８アレルの比較的高い集団頻度である。それ故、−８アレル単独の頻度は、ヨーロッパ系アメリカ人よりもアフリカ系アメリカ人において、１４％多い前立腺癌の発生を生み出すことができ、及びそれによりアフリカ系アメリカ人における異常に高い前立腺癌の発生率を部分的に説明している。
【０２４９】
前立腺癌に関連して記載されてきたこれらのアットリスク変異体は、癌の他の形態（例えば、乳癌、肺癌、メラノーマ）においてもより高い頻度で観察される。表１９は、ＤＧ８Ｓ７３７の−８アレル及びＳＧ０８Ｓ７１７のアレルＡ（ｒｓｌ４４７２９５）は侵略性乳癌、肺癌及び悪性皮膚メラノーマのリスクを増加させることを示している。再び、アレル頻度がすべての表に示されており、それはキャリア頻度のおおよそ半分であることに注目すべきである。
【０２５０】
【表３１】
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【０２５１】
表２０は、ＬＤブロック間隔（１２８．４１４−１２８．５０６）中の、ＮＣＢＩデータベース（ｄｂ  ＳＮＰ１２５）に従った、すべての既知の及び記載されたＳＮＰマーカーを含んでいる。
【０２５２】
【表３２】
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【０２５３】
【表３３】
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【０２５４】
【表３４】
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【０２５５】
【表３５】
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【０２５６】
【表３６】
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【０２５７】
【表３７】
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【０２５８】
【表３８】
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【０２５９】
【表３９】
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【０２６０】
【表４０】
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【０２６１】
本明細書に引用したすべての関連出版物の教示は、その全体が本明細書において援用される。この発明はそれらの好ましい態様を参照して特定的に示され及び記述されてきたが、当業者は、付随する特許請求の範囲により包含される本発明の範囲から離れることなく形態及び詳細に多様な変更を行うことができることを理解されたい。
【図面の簡単な説明】
【０２６２】
【図１】図１は、染色体８ｐ２４で４．０の全ゲノム有意ＬＯＤスコアを描いている染色体８の連鎖スキャンである。
【図２】図２は３５２マイクロサテライトマーカーを使用した前立腺癌へのＣｈｒ８ｑ２４．２１上のハプロタイプの相関解析を描いている。
【図３Ａ】図３Ａ及び３Ｂは、前立腺癌に関連したハプロタイプの領域中のＬＤ構造（ＨＡＰＭＡＰ）を描いている。等間隔は、各マーカーが、二つの連続したマーカー間を等しい距離として逐次順に示されていることを意味している（図３Ａ）。
【図３Ｂ】図３Ａ及び３Ｂは、前立腺癌に関連したハプロタイプの領域中のＬＤ構造（ＨＡＰＭＡＰ）を描いている。実際の位置は、いずれか二つのマーカー間の正しい間隔（ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４）で図に示されていることを意味している（図３Ｂ）。
【図４】図４はアイスランド人ＬＤ構造を描いている。等間隔は、二つの連続したマーカー間が等しい距離で逐次順に示されていることを意味している。
【図５】図５は、既知の遺伝子を模式的に同定している染色体Ｃｈｒ８ｑ２４．２１へのマッピングを描いている。
【図６】図６Ａ１−図６Ａ３１は、ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４の１２８．４１４−１２８．５０６のゲノムＤＮＡ配列を描いている（配列番号：１；Ｂｕｉｌｄ３４、ｈｇ１６＿ｃｈｒ８：１２８４１４０００７−１２８５０６０００。フォワード（＋）鎖）。図６の番号付け、ならびに本明細書に含まれる表中に示されたｂｐは、ＮＣＢＩ  Ｂｕｉｌｄ３４の染色体８内の位置を指している。
【図７】図７Ａ−７Ｄは、前立腺癌への染色体Ｃｈｒ８ｑ２４．２１上の領域の、連鎖の模式的図及び相関結果、マーカー密度、及びＬＤ構造を描いている。図７Ａは、３２３の拡張家族の８７１のアイスランド人前立腺癌患者で実施された染色体８ｑについての連鎖スキャン結果を示している。図７Ｂは、１０Ｍｂ領域を超えて分布された、３５８マイクロサテライト及びｉｎｄｅｌ（青いダイヤモンド形）を使用した、非相関前立腺癌症例（ケースコントロールグループ１、ｎ＝８６９）についての単一マーカー相関結果を描いている。図７Ｃは、すべての前立腺癌症例（ｎ＝１２９１）についての単一マーカー相関結果を描いており、赤四角はこの領域に加えられた６３のＳＮＰｓ及び１２のマイクロサテライトについてのＰ値を示しており、青いダイヤモンド形は７Ｂからのこの領域ですでに型分けされた他のマーカーについての値を示している。図７Ｄは、図７Ｃからの６００ｋｂ領域について、ＣＥＵ  ＨａｐＭａｐ集団（フェーズＩＩ）からの対ＬＤを描いており、下部の灰色の三角形はｃ−ＭＹＣ遺伝子及び本文で議論したＡＷ１８３８８３ＥＳＴの位置を示している。ｒ２のための目盛りは右側に提供されている。黒の水平線はマイクロサテライト（図７Ｂ）及び相関解析に使用されたマイクロサテライト及びＳＮＰｓ（図７Ｃ）の密度を表している。
【図８】図８は、ＨａｐＭａｐサンプルのための４６のＳＮＰｓ及びＤＧ８Ｓ７３７マイクロサテライトの系統発生学的ネットワークを描いている。
【図９】図９Ａ−９ＣはＣＥＵ及びアフリカ系アメリカ人集団において型分けされたＤＧ８Ｓ７３７の１７ＳＮＰｓ及び−８アレル間の連鎖不平衡を描いている。ＤＧ８Ｓ７３７の１７ＳＮＰｓ及び−８アレル間の連鎖不平衡は、ＣＥＵについては図９Ａ及びアフリカ系アメリカ人ミシガンコホートは９Ｂに示されている。ここに示されているのはアレルの対間でのＤ’（上部右手）及びｒ２（下部右手）である。マーカーはそれらの間に等しい距離でプロットされており、物理的位置は図９Ｃに与えられている。マーカーの名前は縦軸に、塩基対位置は横軸に示されている。
【図１０】図１０は、同定されたＡＷスプライス変異体の模式的表現である。エクソンは箱として及びイントロンは線で示されている。転写体はＣｈｒ８ｑ２４．２１上の１２８，２５８−１２８，４５１Ｍｂに広がっている。エクソンの長さは以下のようである：エクソン１：５０３ｂｐ’ｓ；エクソン２：３４３ｂｐ’ｓ：エクソン４：８８ｂｐ’ｓ；エクソン５：３７１ｂｐ’ｓ；エクソン６：１３５ｂｐ’ｓ；エクソン６ロング：５４６ｂｐ’ｓ；エクソン７：１４０ｂｐ’ｓ；及びエクソン８：２４６ｂｐ’ｓ。図は縮尺どおりに描かれてはいないことに注意されたい。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【図６Ａ１】
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【図６Ａ２】
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【図６Ａ３】
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【図６Ａ４】
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【図６Ａ５】
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【図６Ａ６】
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【図６Ａ７】
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【図６Ａ８】
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【図６Ａ９】
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【図６Ａ１０】
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【図６Ａ１１】
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【図６Ａ１２】
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【図６Ａ１３】
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【図６Ａ１４】
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【図６Ａ１５】
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【図６Ａ１６】
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【図６Ａ１７】
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【図６Ａ１８】
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【図６Ａ１９】
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【図６Ａ２０】
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【図６Ａ２１】
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【図６Ａ２２】
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【図６Ａ２３】
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【図６Ａ２４】
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【図６Ａ２５】
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【図６Ａ２６】
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【図６Ａ２７】
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【図６Ａ２８】
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【図６Ａ２９】
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【図６Ａ３０】
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【図６Ａ３１】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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