(57)【要約】  生体分子と疾患又は他の臨床条件との間の関係に関する証拠を収集するシステム及び方法が示される。疾患又は条件に関連付けられる生体分子が識別され、生体分子、疾患又は条件、及びそれらの間の述語関係に関するオントロジが、生成される（又は処理システムに入力される）。例えば生体分子／関係／疾患のような主語／述語／目的語の三つ組みが、オントロジを処理することによって構成される。三つ組みは、三つ組みに基づいて関連するデータの集まりから適切なデータを抽出するために、関連する証拠の集まりをサーチするために使用される。本発明のシステム及び方法は、分子診断の分野の調査者に、統計的な予測に対する生物学的証拠を提供するために使用される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
利用可能な証拠の集まりから、目的語と主語との間の可能性のある関係の調査及び確認を支援するための適切な証拠を収集する方法であって、
目的語との疑わしいかかわりを含む少なくとも１の主語を選択するステップと、
前記少なくとも１の主語のさまざまな異なる表現又は特徴を捕らえる主語要素の階層構造を生成するステップと、
目的語のさまざまな異なる表現又は特徴を捕らえる目的語要素の階層構造を生成するステップと、
目的語／主語／述語の三つ組みの組を構成するために、述語階層を利用して各々の前記目的語要素についての述語関係を生成するように前記主語要素を処理するステップと、
前記三つ組みの組を使用して、前記適切な証拠を抽出するために前記証拠の集まりをサーチするステップと、
前記適切な証拠を出力するステップと、
を含む方法。
【請求項２】
前記出力するステップが、ユーザが見るために前記適切な証拠を表示することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記出力するステップが、構造化されたデータフォーマットで前記適切な証拠を記憶することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１の主語を選択する前記ステップが、統計的な方法の使用を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記統計的な方法が、大量の分光写真解析を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記利用可能な証拠の集まりを規定するために、対象文献の集まりを識別するステップを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記目的語要素の前記階層構造を生成する前記ステップが、前記目的語要素の前記階層構造の適応的な改善を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記適応的な改善が、前記目的語要素の前記階層構造を手作業で改善することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記主語要素の前記階層構造を生成する前記ステップが、前記主語要素の前記階層構造の適応的な改善を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記適応的な改善が、前記主語要素の前記階層構造を手作業で改善することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記処理するステップが、前記述語階層を生成することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記目的語が、調査されている疾患、障害、症候群又は異常である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
各階層構造は、記述子の少なくとも１の組、記述子の同義のものの組及び記述子の派生したもの組を含み、組み合わせられる前記組は、主語、目的語又は述語表現のオントロジカルな表現を規定する、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記目的語要素の前記階層構造を生成する前記ステップが、統一医学言語システムの階層を問い合わせることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記処理するステップが、前記主語要素の前記階層構造の組み合わせを生成するステップを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも１の主語が生体分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記主語要素の前記階層構造が、主語発現のネットワークを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記主語発現は、ＲＮＡレベルにおける発現、タンパク質翻訳に続く発現、突然変異、ＤＮＡ欠失、ＤＮＡ増幅、ＤＮＡの後成的変化、及び翻訳後修飾のうちの少なくとも１つである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記証拠の集まりをサーチする前記ステップが、公に及び／又は私的に利用可能な情報のプールを問い合わせることを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記主語要素の前記階層構造を生成する前記ステップが、遺伝子オントロジ及び／又は構造プロテオミクスの組をサーチすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記三つ組みが、資源記述フレームワークを使用して構成される、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記適切な証拠の内容は、分野及び専門性のうちの１に従って構築される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記適切な証拠が、文書クラスタリングツールに従って構築される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記選択するステップは、ニューラルネットワーク、又は遺伝的アルゴリズムの学習識別器システム（例えばニューラルネットワーク、単純なベイズ識別器、ｋ最近傍識別器、自己編成のマップ、支持ベクトルマシン等）との組み合わせ、を利用することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記三つ組みが、ＲＤＦ注釈を使用して構成される、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記サーチするステップが、利用可能な生物医学的文献のプールをサーチするために、前記三つ組みを利用して自然言語解析方法を実現する、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記適応的な改善が、
前記抽出された適切な証拠を選択的にグループ化するステップと、
ユーザがアクセスし、読み取り、及び／又は研究することができるように、前記選択的なグループ化の結果を提示するステップであって、識別子が生成され、前記識別子が、アクセス、読み取り又は研究のために前記ユーザによって特定のグループが選択される場合に前記特定のグループに帰せられる、ステップと、
１又は複数の前記識別子に基づいて、前記三つ組みを調整するステップと、
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項２８】
前記調整するステップは、前記調整された三つ組みを利用して前記証拠の集まりを更にサーチすることを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記適切な証拠を出力する前記ステップが、適切な証拠を見つけない場合、更なる解析が、前記三つ組みに関する適切な証拠が欠乏しているかどうか又は前記三つ組みが意図された収集のために的確でなかったこと、を導き出すために実現される、請求項２に記載の方法。
【請求項３０】
請求項１に記載の方法を実行するために汎用コンピュータにおいて実現されうる命令の組を含むコンピュータ読み取り可能な媒体。
【請求項３１】
証拠のプールから適切な証拠を収集するシステムであって、前記証拠は、主語及び目的語をリンクする述語関係に従って適切な証拠とみなされる、システムであって、
前記システムに少なくとも１の主語定義を伝える選択器と、
前記少なくとも１の主語の変化する派生的な特性を表す主語要素を有する主語階層を有する主語データベースと、
前記目的語の変化する、派生的な及び／又は同義の表現を表す目的語要素を有する目的語階層を有する目的語データベースと、
前記主語要素と前記目的語要素との間の任意の数の因果関係又はリンク関係を検出し、前記検出に基づいて複数の主語／述語／目的語の三つ組みを符号化するための実施可能性を含む関係データベースと、
前記適切な証拠を抽出するために、前記三つ組みを利用して前記証拠のプールにおいて自然言語解析方法を実現するプロセッサと、
を有するシステム。
【請求項３２】
前記少なくとも１の主語は、生体分子であり、前記目的語は、疾患、障害、症候群又は異常である、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３３】
前記主語データベース、前記目的語データベース及び前記関係データベースは、主語オントロジ、目的語オントロジ及び関係オントロジを含む、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３４】
前記選択器、前記主語データベース、前記目的語データベース、前記関係データベース及び前記プロセッサは、分散ネットワークを有する、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３５】
前記選択器は、統計的なプロセスを利用して前記少なくとも１の主語を識別する、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３６】
前記プロセッサは、生体分子／関係／疾患／参考文献フォーマットとして、関連するデータの各部分を提示する能力を有する、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３７】
文書クラスタリングツールを更に有し、前記利用可能な証拠のプールは文書であり、前記クラスタリングツールは、分野、専門性、刊行物の種類、証拠の強さ、及び同様のグループ化条件のうち少なくとも１つに従って適切な文書をグループ化する、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３８】
前記プロセッサは、アクセスされる文書に対する属性を識別し、割り当て、改善された三つ組みを生成するために前記属性に従って前記関係データベースによって実施される符号化を改善し、前記改善された三つ組みを使用して前記証拠を解析しなおすようにする、請求項３１に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般に、バイオインフォマティクスの分野に関し、より具体的には、生体分子と疾患又は他の臨床条件との間の関係に関する証拠を収集するシステム及び方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ヒト腫瘍の分子変化のプロファイルの展開は、生物医学的なリサーチコミュニティに対して大きな挑戦を提示する。これらの「分子署名」は、形態論に基づく分類スキームから分子に基づく分類スキームに移って腫瘍分類を定義し直すことが意図される。その結果、調査者は、生体分子及びそれらの疾患に対する関係についての大量の情報で生物医学的文献の価値を高めてきた。生体分子は、生体に本来存在する分子である。
【０００３】
或る疾患にリンクされうる生体分子の潜在的な組を識別するために統計的な方法（例えばニューラルネットワーク）を使用することが知られている。統計的なパターン発見経験の結果を確認する（又は合理性を確かめる）ために、文献サーチが、一般に、他の調査者が生体分子と特定の疾患との間の潜在的な関係について何を知っているかを決定するために実施される。
【０００４】
国際公開第０２／０９９７２５号パンフレットは、生物学的データベース及び／又は化学的データベースを処理するためのシステム、方法及びコンピュータプログラムを開示している。この刊行物によれば、生物学的／化学的データベースは、生物学的／化学的データベースの各々についてエンティティ関係モデルを得ることによって統合され、生物学的／化学的データベースのうち少なくとも２つのエンティティ関係モデル内の関連するエンティティが識別される。識別される関連するエンティティのうち少なくとも２つが、複数の生物学的データベースを統合するエンティティ関係モデルを生成するためにリンクされる。生物学的／化学的データベースを統合するエンティティ関係モデルは、独立した生物学的／化学的データベースによって表される種々のオントロジを統合するオントロジネットワークを提供する。問い合わせに応じてエンティティ関係モデルをナビゲートすることによって、生体分子と疾患又は他の臨床条件との間の関係が得られることができる。
【０００５】
オントロジは、主語エリア内の用語を参照するための語彙（又は名前）と、用語が何であるか、それらが互いにどのように関連するか、及びそれらが互いにどのように関連しうるか又は関連し得ないか、を記述する論理ステートメントと、を含む形式的及び叙述的な表現である。オントロジは、ある主語の知識を表わし伝えるための語彙と、例えば階層、ネットワーク又は何らかの他の関係のような語彙の中の用語間に成り立つ関係の組と、を提供する。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
国際公開第０２／０９９７２５号パンフレットに開示されるサーチを実施することに関連付けられる１つの問題は、サーチが、得られるエンティティ関連モデルを有するデータベースに限定されることである。サーチの別の欠点は、「発見空間」に新しいデータベースを追加するには、新旧のデータベースを統合するためのアルゴリズムの適用を必要とすることである。その結果、専門家は、データベースを統合するためのアルゴリズムを実現することを要求される。
【０００７】
例えば医学文献のデータベースのようなデータベースの手作業のサーチは、時間がかかり、長たらしい。手による文献サーチを実施する退屈さの１つの解決策は、サーチを実施するためにインフォボットを使用することである。インフォボットは、インターネットリレーチャット（ＩＲＣ）サーバに接続しており、潜在的にいくつかのチャネルを接続するとともに、擬似事実、すなわち雑誌若しくは新聞紙に現れる前の実在しない事実又は真実であるが多くの場合価値がなく若しくは取るに足らない小さい情報、を蓄積する。インターネット上で、インフォボットは、サーチのために使用されるプログラム（すなわちスパイダ又はクローラ）である。インフォボットは、ウェブサイトにアクセスし、文書を取り出し、文書内のすべてのハイパーリンクを追跡し、サーチエンジンによってアクセスされる目録を生成する。サーチを実施することに関して、インフォボットによって使用されるサーチ／問い合わせ基準は、明確に規定されなければならない。さもなければ、インフォボットは、多くの関連する参考文献を無視ししながら、多数の無関係な参考文献を取り出すであろう。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、生体分子と疾患又は他の臨床条件との間の関係に関する証拠を収集するシステム及び方法である。生体分子の存在は、特定の疾患に対する人間の疾病素質を示す。解析は、患者が特定の疾患を有するかどうか決定するために使用される生体分子の特定の組を識別するために実施される。
【０００９】
公に利用可能なオントロジのデータベースが、主語についての個別のオントロジを生成するためにアクセスされる。公に利用可能なオントロジが、生体分子発現のネットワークを含む生体分子オントロジを生成するために問い合わせられる。オントロジは、主語エリア内の用語を参照するための語彙（又は名前）と、用語が何であるか、それらが互いにどのように関連するか、及びそれらが互いにどのように関連しうるか又は関連し得ないか、を記述する論理ステートメントと、を含む形式的及び叙述的な表現である。オントロジは、ある主語に関する知識を表わし伝えるための語彙、及び階層、ネットワーク又は何らかの他の関係のような語彙の中の用語間に成り立つ関係の組を提供する。
【００１０】
疾患、障害、症候群、異常又は他の医学的問題のオントロジは、公に利用可能なオントロジを問い合わせることによって生成される。疾患のオントロジは、徴候の階層及びこれらの徴候の同義語を含むことができる。
【００１１】
生体分子と疾患との間の述語（すなわち関係）についてのオントロジが生成される。述語についてのオントロジは、「目的語」と「目的語」のコミュニティとの間に存在しうる概念及び関係の記述を提供する。この場合、「目的語」とは、研究されている特定の疾患である。述語は、証拠を収集する理由、すなわち疾患に関連付けられる生体分子、を述べる。述語は、因果関係を符号化することができ、又は生体分子と特定の疾患との間のかかわりを詳細に記録するリンク関係を符号化することができる。符号化された関係は、因果関係が主張されている証拠を収集するために有利に役立ち、符号化されたリンク関係は、関係が完全に理解されない場合に有利に役立つ。
【００１２】
３つのオントロジ（すなわち三つ組み（トリプレット、triplet））を展開する際、三つ組みは、考慮中の主語、すなわち生体分子−疾患関係、に関連する記事を特定するために、医学文献データベースにおいて自然言語解析を実施するために使用される。関連する医学的記事が、特定され集められると、結果は、調査者に提供され、調査者は、生成された結果の解釈を助けるために既知のグラフィカルユーザインタフェース（ＧＵＩ）を利用する。
【００１３】
本発明は、特定の疾患に対する医学的記事の生物学的関連性を手作業で決定する必要を取り除く。その結果、調査者は、特定の疾患と生体分子との間の新しい関係を発見することに一層多くの時間を充てることができる。更に、調査者は、決定的でない結果を与える手がかりを追求することから守られる。その結果、全体の効率が高められる。
【００１４】
本発明の他の目的及び特徴は、添付の図面とともに考慮される以下の発明の詳細な説明から明らかになる。しかしながら、図面は、単に説明の目的で設計されているにすぎず、添付の特許請求の範囲が参照されるべきである本発明の範囲を規定するものとして設計されていないことを理解すべきである。更に、図面は一定の縮尺で必ずしも描かれておらず、それらは、特記しない限り、単に本願明細書に記述される構造及びプロシージャを概念的に説明することを意図したものであることも理解されるべきである。
【００１５】
本発明の前述の及び他の利点及び特徴は、添付の図面を参照して以下に与えられる本発明の好ましい実施例の詳細な説明からより明らかになるであろう。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１６】
本発明は、生体分子と疾患又は他の臨床条件との間の関係に関する証拠を収集するシステム及び方法である。本発明によれば、疾患に関連付けられる生体分子は、例えば米国特許第６，６０１，０５３号明細書に記述されるニューラルネットワークのような統計的解析を使用して識別される。前記米国特許明細書は、参照により本願明細書に盛り込まれるものとする。分子診断の分野の調査者及び医療関係者は、例えばパターン認識機能のような統計的予測を確認するために生物学的証拠を与えられる。統計的な方法が、生体分子の特定の組の出現が特定の疾患を示すかどうか予測するために使用される。この予測を使用して、生体分子と疾患との間の関係が、導き出されるとともに、特定の生体分子−疾患関係に関連する記事を特定するためにデータベースサーチを実施するために使用される。
【００１７】
図１は、本発明により導き出される生体分子と癌疾患との間の関係の例示の図である。生体分子ＢＲＣＡ１が示されている。この生体分子は、癌を発病する人間の疾病素質を示しており、ここで、卵嚢癌が、生体分子Ｂ１に関連付けられている。ＣＡ１２５は、卵嚢癌に関する特定のバイオマーカである。患者が特定の疾患を有するかどうか識別するために使用される生体分子の特定の組が、識別される。
【００１８】
図２は、本発明による生体分子と疾患との間の関係に関する証拠を収集するシステム２００を示す概略ブロック図である。公に利用可能なオントロジ２１０又は２２０のデータベースが、主語についての個別のオントロジ、すなわち生体分子オントロジ２３０を生成するためにアクセスされる。オントロジは、主語エリア内の用語を参照するための語彙（又は名前）、及び用語が何であるか、それらがどのように関連するか、及びそれらがどのように関連しうるか又は関連しえないか、を記述する論理ステートメント、を含む形式的及び叙述的な表現である。オントロジは、ある主語についての知識を表わし伝える語彙、及び階層、ネットワーク又は他の何らかの関係のような語彙の中の用語間に成り立つ関係の組を提供する。
【００１９】
生体分子オントロジ２３０は、例えばＲＮＡレベルでの発現、タンパク質翻訳に続く発現、突然変異、ＤＮＡ欠失、ＤＮＡ増幅、ＤＮＡの後成的変化及び／又は翻訳後修飾のような、生体分子発現のネットワークを含む。公に利用可能なオントロジは、生体分子オントロジ２３０を生成するために問い合わせられる。公に利用可能なオントロジは、遺伝子オントロジ（ＧＯ）、又はBertone P.他の「SPINE: An Integrated Tracking Database and Data Mining Approach for Identifying Feasible Targets in High-Throughput Structural Proteomics.」（Nucleic Acids Res.2001, 29: 2884-2898）に示されている構造プロテオミクスである。他のオントロジが、生体分子についてのオントロジを得るために問い合わせられてもよい。
【００２０】
疾患、障害、症候群又は異常２４０のオントロジは、例えば統一医学用語システム（ＵＭＬＳ）において見つけられるようなオントロジ２５０を問い合わせることによって生成される。疾患のオントロジは、問題の徴候の階層及び疾患、障害、症候群又は異常の徴候の同義語を含む。
【００２１】
生体分子と疾患との間の述語２７０（すなわち関係）についてのオントロジが、生成される。述語２７０のオントロジは、「目的語」と「目的語」のコミュニティとの間に存在しうる概念及び関係の記述を提供する。この場合、目的語は、識別される特定の疾患である。述語２７０は、証拠を収集するための動機付け、すなわち疾患に関連付けられる生体分子、を述べる。述語は、因果関係を符号化することができ、又は生体分子と特定の疾患との間の関係を詳細に記録するリンク関係を符号化する。符号化された関係は、因果関係が主張されている証拠を収集するのに有利に役立ち、符号化されたリンク関係は、関係が完全に理解されない場合に有利に役立つ。
【００２２】
３つのオントロジ（すなわち、主語、述語及び目的語からなる三つ組み）を展開する際、三つ組みは、考慮中の主語、すなわち生体分子、に関連する記事を特定するために、医学文献データベース２６０上で自然言語分解を実施するために使用される。一旦関連する医学的な記事が特定され集められると、結果は調査者に提供され、調査者は、生成された結果の解釈を助けるために知られている可視化ツールを利用する。このようなビジュアルツールは、コンピュータ上で走るグラフィカルユーザインタフェースを含む。
【００２３】
図３は、本発明による、生体分子（少なくとも１の主語）と疾患（目的語）との間の関係に関する証拠を収集する方法のステップを示すフローチャートである。まず、ステップ３１０に示されるように、疾患に関連付けられる生体分子が、識別され、選択され、又は処理のために利用可能にされ、例えば統計的な方法によって識別される。
【００２４】
次に、ステップ３２０に示されるように、生体分子と疾患との間の述語（すなわち関係）のオントロジが生成される。述語のオントロジは、「目的語」と「目的語」のコミュニティとの間に存在しうる概念及び関係の記述を提供する。この場合、目的語は、調査されている特定の疾患である。述語は、証拠を収集するための動機付け、すなわち疾患に関連付けられる生体分子、を述べる。述語は、因果関係を符号化することができ、又は生体分子と特定の疾患との間の関係を詳細に記録するリンク関係を符号化することができる。符号化された関係は、因果関係が主張されている証拠を収集するのに有利に役立ち、符号化されたリンク関係は、関係が完全に理解されない場合に有利に役立つ。
【００２５】
次に、ステップ３２０に示されるように、各々の生体分子についてのオントロジが生成される。生体分子の組み合わせのオントロジが生成されることも好ましい。生体分子のオントロジは、例えばＲＮＡレベルでの発現、タンパク質翻訳に続く発現、突然変異、ＤＮＡ欠失、ＤＮＡ増幅、ＤＮＡの後成的変化、又は翻訳後修飾のような、生体分子発現のネットワークを含む。ここで、公に利用可能なオントロジが、主語である生体分子のオントロジを生成するために問い合わせられる。公に利用可能なオントロジは、遺伝子オントロジ（ＧＯ）、又はBertone P.他の「SPINE: An Integrated Tracking Database and Data Mining Approach for Identifying Feasible Targets in High-Throughput Structural Proteomics.」（Nucleic Acids Res.2001, 29: 2884-2898)に示されている構造プロテオミクスである。他のオントロジが、生体分子のオントロジを得るために問い合わせられてもよい。
【００２６】
必要ではないが、ステップ３３０に示されるように、ときどき生体分子のオントロジを改善することが好ましい。このステップは、調査者が、生成されたオントロジを観察し、生体分子についてのサーチ範囲を改善することを可能にする。可視化ツール又はユーザインタフェースが、知られている態様で改善を実施することを助けるために使用される。
【００２７】
次に、ステップ３４０に示されるように、目的語のオントロジが生成される。目的語は、疾患、障害、症候群、異常又は他の医学的問題である。目的語のオントロジは、問題の徴候の階層及び目的語のこれらの徴候の同義語を含む。オントロジは、好適には、統一医学用語システム（ＵＭＬＳ）に見られるようなオントロジにおいて問い合わせを実施することによって構成される。
【００２８】
必要ではないが、ステップ３５０に示されるように、ときどき目的語のオントロジを手作業で改善することが好ましい。手作業で目的語のオントロジを改善することは、調査者が、生成されたオントロジを観察し、目的語についてのサーチ範囲を改善することを可能にする。知られている可視化ツール又は知られているユーザインタフェースが、目的語の改善を助けるために使用されることが好ましい。
【００２９】
処理ステップ３７０に示されるように、各々の生体分子（又は主語オントロジ要素）について三つ組みが構成される。好適な実施例によれば、三つ組みは、主語、述語及び目的語を含む。まず、目的語（疾患）と主語（生体分子又は派生物）との間の述語又は関係のオントロジが、目的語オントロジ及び主語オントロジと共に使用するために利用可能にされなければならず、例えばインポートされ、生成され又は導き出されなければならない。この利用可能性は、ステップ３６０によって示されている。
【００３０】
図４は、本発明により形成されることができる３つの異なる三つ組みの図である。資源記述フレームワーク（ＲＤＦ）ビューが、三つ組み４００ａを形成するために使用される。この三つ組みは、主語４１０ａ、述語及び目的語４２０ａからなり、医学データベース４００ａ内の参考文献４３０ａにリンクされる。三つ組みが、概要ビューに生成されるとき、三つ組み４００は、生体分子４１０ｂ、関係及び疾患４２０ｂからなり、Ｍｅｄｌｉｎｅ参考文献４３０ｂにリンクされる。三つ組み４００が、実際のビューに生成されるとき、三つ組み４００は、ＲＣＡ２  ４１０ｃ、関係及び乳癌４２０ｃからなり、特定のＵＲＬ  ４３０ｃにリンクされる。３つの三つ組みである主語／生体分子／ＢＲＣＡ２（４００ａ）、述語／関係／原因（４００ｂ）及び目的語／疾患／乳癌（４００ｃ）は、同じ三つ組み概念の等価な表現である。好適な実施例において、資源記述フレームワーク（ＲＤＦ）が、三つ組みを形成するために使用される。
【００３１】
次に、三つ組みは、考慮中の主語に関連する記事のような三つ組みに適切なデータを抽出するために、自然言語分解（例えば関連する医学文献のような関連するデータの利用可能なプールのサーチ）を実施するために使用される。「関連する」という語は、三つ組みの組に規定されるように、主語と目的語との間のサーチに基づく関係下で（複数の）データベースから解析される任意のデータ及びその任意のバリエーションをも意味することが理解されるべきである。例えば、ステップ３８０に示されるように、任意の記事が、生体分子（及び派生物）と疾患との間の関係に関連しうる。
【００３２】
例えば医学文献のような利用可能な証拠のプールは、生体分子の三つ組みを解析する前に識別されることに留意すべきである。個々の生体分子又は派生物（すなわち生成された主語オントロジを含む要素の各々）が、述語及び目的語オントロジの要素と共に三つ組みとして処理されるまで、ステップ３９０は、繰り返される。一旦各々の生体分子が処理されると、処理の結果はステップ３６０に示されるように、調査者に提供される。図１に示されるように、結果は、生体分子−関係−疾患−参考文献として生成される。この時点で、調査者は、生成された結果の解釈を助けるために、例えばコンピュータによって走るソフトウェアプログラムのような知られているグラフィックユーザインタフェースのような可視化ツールを使用することができる。
【００３３】
図５は、図３の方法によって得られる結果を改善する例示の方法のステップを示すフローチャートである。結果の向上は、ステップ５１０に示されるように、以前に生成されたサーチ結果を得ることによって達成される。次に、ステップ５２０に示されるように、サーチ結果を含む参考文献が、グループ化される。ここで、参考文献は、分野（domain）、専門性、刊行物の種類、証拠の強さ等によってグループ化される。本発明の一実施例において、文書クラスタリングツールが、参考文献をグループ化するために使用される。
【００３４】
ステップ５３０に示されるように、サーチの結果は、調査者に提示され、調査者によってアクセスされ／読まれ／研究される特定の参考文献が、注釈付けされる。
【００３５】
ステップ３７０において生成される三つ組みは、ステップ５４０に示されるように、調整され、記憶される。その結果、調査者によって実施される以降のサーチは、改善によって影響される。代替の実施例において、三つ組みは、オントロジ内のそれぞれ異なる要素に「重み」を加えるために使用される。
【００３６】
付加の実施例において、学習機能が、表現ステップ５３０において実現され、調整ステップ５４０が、更にサーチ結果を改善する。例えば、大量の対象文献が解析されるとき、調査者は、より関心のあるエリアを明示的に示すことが可能にされ、そうでなければ、調査者が考える主語エリアが、サーチ中に逃されてしまう可能性がある。この明示は、文書をブラウズし又は編集することに関連付けられる態様で、関連する主語エリアに注釈をつけ又は強調する（例えば、ダブルクリックする）ことによって達成される。
【００３７】
多くの複数のやり方で向上された問い合わせを使用することが可能である。好適な実施例において、向上された問い合わせは、少なくとも２つのやり方で使用される。例えば、調査者が、元の問い合わせが重要な現存する文献を逃した可能性がある（すなわち問い合わせが広げられた）と疑う場合、向上された問い合わせが、直ちにリラン（再実行）されることができる。他方、サーチのカバレージは十分であるが、改善がサーチを一層正確にする（すなわち、問い合わせが狭められる）場合、調査者は、最も関連する文献を既に所有しているので、直ちにサーチをリランする価値は少ししかない。しかしながら、サーチの結果が、期待していたよりも少なく、リサーチの分野が、非常にアクティブであり、新しい情報が、近い将来発行され又は利用可能になることを示唆する場合、向上されたサーチが、将来の利用のために「インフォボット」に提供されることができる。その結果、より新しく、おそらく一層関連のある医学的な記事が、それらが発行されるときに発見される。
【００３８】
本発明は、汎用デジタルコンピュータ又は適当にプログラムされたマイクロプロセッサを使用して実現されることができる。本発明は、本発明を実施するようにコンピュータをプログラムするために使用されることができる命令を含む記憶媒体であるコンピュータプログラム製品を含む。記憶媒体は、これに限定されないが、フロッピーディスク、光ディスク、ＣＤ−ＲＯＭ及び光磁気ディスクを含む任意のタイプのディスク、ＤＶＤ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、磁気又は光学カード、又は電子的な命令を記憶するのに適したハードディスクを含む任意のタイプの媒体を含むことができる。
【００３９】
図６は、本発明を実現するための汎用コンピュータ６００の概略ブロック図である。コンピュータ６００は、タッチスクリーンインタフェースを有するタッチスクリーンモニタのような表示装置６０２、キーボード６０４、ポインティングデバイス６０６、マウスパッド又はデジタル化パッド６０８、ハードディスク６１０、又は例えばＳＣＳＩバス、拡張ＩＤＥバス、ＰＣＩバス等の適当な装置バスを使用して接続される他の固定の高密度媒体ドライブ、フロッピードライブ６１２、テープ若しくはＣＤ媒体３１６を有するテープ若しくはＣＤ−ＲＯＭドライブ６１４又は光磁気媒体等の他の取り外し可能な媒体装置、及びマザーボード６１８を有する。マザーボード６１８は、例えばプロセッサ６２０、ＲＡＭ６２２、ＲＯＭ６２４、画像取得装置（図示せず）に結合されるように使用されるＩ／Ｏポート６２６、例えば音処理、画像処理、信号処理、ニューラルネットワーク処理等の特化したハードウェア／ソフトウェア機能を実施するための任意の専用ハードウェア６２８、マイクロフォン６３０、及び１又は複数のスピーカ６４０を有する。
【００４０】
上述の記憶媒体（コンピュータ読み取り可能な媒体）の任意のものに、コンピュータ６００のハードウェアを制御すること及びコンピュータ６００が人間ユーザと対話することを可能にすることの両方を行うための適当なプログラミングが記憶される。このようなプログラムは、これに限定されないが、デバイスドライバを実現するためのソフトウェア、オペレーションシステム、及びユーザアプリケーションを含む。このようなコンピュータ読み取り可能な媒体は、本発明により、汎用コンピュータ６００にタスクを実施するように指示するためのプログラミング又はソフトウェア命令を更に含む。
【００４１】
こうして、本発明の好適な実施例に適用される本発明の基本の新しい特徴が示され、記述され、指摘されたが、説明される装置の形態及び詳細並びにそれらの動作のさまざまな省略、置き換え及び変更が、本発明の精神から逸脱することなく当業者によって行われることができることを理解されたい。例えば、同じ結果を達成するために実質的に同じやり方で実質的に同じ機能を実施する構成要素及び／又は方法ステップのすべての組み合わせが、本発明の範囲内であることが明白に意図される。更に、本発明の任意の開示される形態又は実施例と関連して示され及び／又は記述される構造及び／又は構成要素及び／又は方法ステップは、一般的な設計選択事項として任意の開示され、記述され又は提案される形態に取り入れられることができる。従って、本願明細書に添付される特許請求の範囲によってのみ制限されることが意図される。
【図面の簡単な説明】
【００４２】
【図１】本発明の方法により導かれる生体分子と疾患との間の関係を示す例示的な図。
【図２】本発明による生体分子と疾患との間の関係に関する証拠を収集するシステムを示す概略ブロック図。
【図３】本発明による、結果として得られるサーチのそれぞれ異なるビューを示す概略ブロック図。
【図４】本発明の方法による三つ組みを示す図。
【図５】図４の方法によって得られる結果を改善するためのステップを示すフローチャート。
【図６】本発明の方法を実現するための汎用コンピュータの概略ブロック図。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【国際調査報告】
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