(57)【要約】本発明は、アセチル化された、部分的にアセチル化されたおよび／または完全に脱アセチル化された形態で、ポリ−Ｎ−アセチルグコサミン（ＰＮＡＧ）、例えば、ブドウ球菌ＰＮＡＧなどと、特異的に結合するペプチド、特にヒトモノクローナル抗体に関する。本発明はさらに、ＰＮＡＧを発現する細菌（例えば限定されないが、ブドウ球菌およびＥ．Ｃｏｌｉ）による感染の診断、予防、および治療において、これらのペプチドを使用するための方法を提供する。本発明のいくつかの抗体は、オプソニン食作用傷害作用、およびインビボにおける、ＰＮＡＧを発現する細菌（例えば限定されないが、ブドウ球菌およびＥ．Ｃｏｌｉ）に対する保護を向上させる。また、薬学的組成物を含め、これらのペプチドの組成物もまた、このようなペプチドの機能的に等価な改変体として提供される。
2008501317.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物であって、
ブドウ球菌ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ）と選択的に結合し、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲのアミノ酸配列を含む単離ペプチド、または機能的に等価なその改変体を含む、組成物。
【請求項２】
請求項１に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲが、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３である、組成物。
【請求項３】
請求項２に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、配列番号９、配列番号１５、および配列番号２１からなる群から選択されるＨ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項４】
請求項２に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項５】
請求項２に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、配列番号１２、配列番号１８、および配列番号２４からなる群から選択されるＬ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項６】
請求項２に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項７】
請求項１に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲが、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２である、組成物。
【請求項８】
請求項７に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２が、配列番号８、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０、および配列番号２３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、組成物。
【請求項９】
請求項７に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＣＤＲ２のアミノ酸配列番号を含む、組成物。
【請求項１０】
請求項１に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲが、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１である、組成物。
【請求項１１】
請求項１０に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１が、配列番号７、配列番号１０、配列番号１３、配列番号１６、配列番号１９、および配列番号２２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、組成物。
【請求項１２】
請求項１０に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＣＤＲ１のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項１３】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、配列番号１、配列番号３、および配列番号５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項１４】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項１５】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、配列番号２、配列番号４、および配列番号６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項１６】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列含む、組成物。
【請求項１７】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、単離抗体または抗体フラグメントである、組成物。
【請求項１８】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来する、組成物。
【請求項１９】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、インタクトな可溶性モノクローナル抗体である、組成物。
【請求項２０】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される単離抗体フラグメントである、組成物。
【請求項２１】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、ＰＮＡＧ発現細菌株のオプソニン食菌作用を向上させる、組成物。
【請求項２２】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌のオプソニン食菌作用を向上させる、組成物。
【請求項２３】
請求項２２に記載の組成物であって、前記ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、組成物。
【請求項２４】
請求項２１に記載の組成物であって、前記ＰＮＡＧ発現細菌株が、ＰＮＡＧ発現Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、またはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａである、組成物。
【請求項２５】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、
Ｈ鎖ＣＤＲを含み、配列番号１、配列番号３、および配列番号５からなる群から選択されるアミノ酸配列、ならびに
Ｌ鎖ＣＤＲを含み、配列番号２、配列番号４、および配列番号６からなる群から選択されるアミノ酸配列
を含む、組成物。
【請求項２６】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体および抗体フラグメントが、
受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域を含むアミノ酸配列、ならびに
受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を含むアミノ酸配列
を含む、組成物。
【請求項２７】
請求項２５に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、配列番号１のアミノ酸配列、および配列番号２のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項２８】
請求項２５に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、配列番号３のアミノ酸配列、および配列番号４のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項２９】
請求項２５に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、配列番号５のアミノ酸配列、および配列番号６のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項３０】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項３１】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項３２】
請求項１７に記載の組成物であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む、組成物。
【請求項３３】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、検出可能な標識と結合体化している、組成物。
【請求項３４】
請求項３１に記載の組成物であって、前記検出可能な標識が、インビボで検出可能な標識である、組成物。
【請求項３５】
請求項１に記載の組成物であって、さらに薬学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項３６】
請求項３５に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、ＰＮＡＧ発現細菌株によって感染を阻害するための有効量で存在する、組成物。
【請求項３７】
請求項３６に記載の組成物であって、前記ＰＮＡＧ発現細菌株が、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａからなる群から選択される、組成物。
【請求項３８】
請求項３５に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、ブドウ球菌感染を阻害するための有効量で存在する、組成物。
【請求項３９】
請求項３５に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、被験体中のサンプル中、または被験体からのサンプル中のＰＮＡＧ発現細菌株を検出するための有効量で存在する、組成物。
【請求項４０】
請求項３９に記載の組成物であって、前記ＰＮＡＧ発現細菌株が、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａからなる群から選択される、組成物。
【請求項４１】
請求項３５に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、被験体中のサンプル中、または被験体からのサンプル中のブドウ球菌を検出するための有効量で存在する、組成物。
【請求項４２】
請求項４１に記載の組成物であって、前記ブドウ球菌が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、組成物。
【請求項４３】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、ブドウ球菌ＰＮＡＧと選択的に結合する、組成物。
【請求項４４】
請求項１に記載の組成物であって、前記単離ペプチドが、ブドウ球菌ｄＰＮＡＧと選択的に結合する、組成物。
【請求項４５】
被験体におけるＰＮＡＧ発現細菌株を検出するための方法であって、
単離ペプチドまたは機能的に等価なその改変体の、被験体中のサンプルまたは被験体からのサンプルへの結合の試験レベルを決定する工程、ならびに
該結合の試験レベルを対照と比較する工程であって、
該単離ペプチドまたは機能的に等価なその改変体が、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと選択的に結合し、かつブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含み、そして
該対照よりも大きな結合の試験レベルが、サンプル中のＰＮＡＧ発現細菌株の存在を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４６】
請求項４５に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ発現細菌株が、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａからなる群から選択される、方法。
【請求項４７】
請求項４６に記載の方法であって、前記方法が被験体におけるブドウ球菌を検出するための方法であり、
単離ペプチドまたは機能的に等価なその改変体の、被験体中のサンプル、または被験体からのサンプルへの結合の試験レベルを決定する工程、ならびに
該結合の試験レベルを対照と比較する工程であって、
該単離ペプチドまたは機能的に等価なその改変体が、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと選択的に結合し、かつブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含み、そして
該対照よりも大きな結合の試験レベルが、サンプル中のブドウ球菌の存在を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４８】
請求項４７に記載の方法であって、前記ブドウ球菌が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、方法。
【請求項４９】
請求項４６または請求項４７に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、検出可能な標識と結合体化している、方法。
【請求項５０】
請求項４９に記載の方法であって、前記検出可能な標識が、インビボで検出可能な標識である、方法。
【請求項５１】
請求項４６または請求項４７に記載の方法であって、前記結合の試験レベルが、インビトロで測定される、方法。
【請求項５２】
ＰＮＡＧ発現細菌株に感染しているか、またはＰＮＡＧ発現細菌株による感染を顕出する危険性のある被験体を処置する方法であって、
該処置を必要としている被験体に、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと選択的に結合し、かつブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含む単離ペプチドまたは機能的に等価なその改変体を、該感染を阻害するための有効量で投与する工程
を包含する、方法。
【請求項５３】
請求項５２に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ発現細菌株が、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａからなる群から選択される、方法。
【請求項５４】
請求項５２に記載の方法であって、前記方法が、ブドウ球菌に感染しているか、またはブドウ球菌感染を顕出する危険性のある被験体を処置するための方法であり、
該処置を必要としている被験体に、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと選択的に結合し、かつブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含む単離ペプチドまたは機能的に等価なその改変体を、ブドウ球菌感染を阻害するための有効量で投与する工程
を包含する、方法。
【請求項５５】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲが、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３である、方法。
【請求項５６】
請求項５５に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、配列番号９、配列番号１５、および配列番号２１からなる群から選択されるＨ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項５７】
請求項５５に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、配列番号１２、配列番号１８、および配列番号２４からなる群から選択されるＬ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項５８】
請求項５５に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項５９】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲが、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２である、方法。
【請求項６０】
請求項５９に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２が、配列番号８、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０、および配列番号２３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、方法。
【請求項６１】
請求項５９に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６２】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲが、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１である、方法。
【請求項６３】
請求項６２に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１が、配列番号７、配列番号１０、配列番号１３、配列番号１６、配列番号１９、および配列番号２２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、方法。
【請求項６４】
請求項６２に記載の方法であって、前記ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６５】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、配列番号１、配列番号３、および配列番号５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６６】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６７】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、配列番号２、配列番号４、および配列番号６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６８】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６９】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、単離抗体または抗体フラグメントである、方法。
【請求項７０】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマから産生される、方法。
【請求項７１】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、インタクトな可溶性モノクローナル抗体である、方法。
【請求項７２】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される単離抗体フラグメントである、方法。
【請求項７３】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、
Ｈ鎖ＣＤＲを含み、かつ配列番号１、配列番号３、および配列番号５からなる群から選択されるアミノ酸配列、ならびに
Ｌ鎖ＣＤＲを含み、かつ配列番号２、配列番号４、および配列番号６からなる群から選択されるアミノ酸配列
を含む、方法。
【請求項７４】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、
受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域を含むアミノ酸配列、および
受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を含むアミノ酸配列
を含む、方法。
【請求項７５】
請求項７３に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、配列番号１のアミノ酸配列、および配列番号２のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７６】
請求項７３に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、配列番号３のアミノ酸配列、および配列番号４のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７７】
請求項７３に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、配列番号５のアミノ酸配列、および配列番号６のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７８】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を含むアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７９】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を含むアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項８０】
請求項６９に記載の方法であって、前記単離抗体または抗体フラグメントが、受託番号ＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を含むアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項８１】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記被験体が、ブドウ球菌感染を顕出する危険性のある、方法。
【請求項８２】
請求項８１に記載の方法であって、前記ブドウ球菌感染が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染またはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ感染である、方法。
【請求項８３】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記被験体が、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）感染、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ感染、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）感染、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）感染、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）感染、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）感染、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ感染、またはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ感染を顕出する危険性のある、方法。
【請求項８４】
請求項５２または請求項５４に記載の方法であって、前記単離ペプチドが、細胞毒性因子と結合体化している、方法。
【請求項８５】
ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲをコードしているヌクレオチド配列を含む、単離核酸分子。
【請求項８６】
請求項８５に記載の単離核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、および配列番号２４からなる群から選択される、単離核酸分子。
【請求項８７】
請求項８５に記載の単離核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、および配列番号６からなる群から選択される、単離核酸分子。
【請求項８８】
請求項８５に記載の単離核酸分子であって、前記核酸が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域の核酸分子である、単離核酸分子。
【請求項８９】
請求項８５に記載の単離核酸分子であって、前記核酸が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域の核酸分子である、単離核酸分子。
【請求項９０】
請求項８５に記載の単離核酸分子であって、前記核酸が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲの核酸分子である、単離核酸分子。
【請求項９１】
請求項８５に記載の単離核酸分子であって、前記核酸が、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＬ鎖ＣＤＲの核酸分子である、単離核酸分子。
【請求項９２】
請求項８５〜９０または９１に記載される単離核酸分子を含み、プロモーターと作動可能に結合している、発現ベクター。
【請求項９３】
請求項９２に記載の発現ベクターで形質転換または形質導入される、宿主細胞。
【請求項９４】
抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体を産生し、かつＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有する、単離細胞。
【請求項９５】
抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体を産生し、かつＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有する、単離細胞。
【請求項９６】
抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体を産生し、かつＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有する、単離細胞。
【請求項９７】
請求項９４に記載の細胞によって産生される、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項９８】
請求項９５に記載の細胞によって産生される、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項９９】
請求項９６に記載の細胞によって産生される、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項１００】
請求項９７、９８または９９に記載の単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体、またはそのフラグメントであって、該フラグメントが、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項１０１】
請求項９７、９８または９９に記載の単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体、またはそのフラグメントであって、該フラグメントが、ＰＮＡＧ発現細菌株のオプソニン食菌作用を向上させる、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項１０２】
請求項９７、９８または９９に記載の単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメントであって、該フラグメントが、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌のオプソニン食菌作用を向上させる、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項１０３】
請求項１０２に記載の単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメントであって、前記ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項１０４】
請求項１０１に記載の単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメントであって、前記ＰＮＡＧ発現細菌が、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、またはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａである、単離抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体またはそのフラグメント。
【請求項１０５】
ＰＮＡＧを発現する細菌株の感染を処置するための方法であって、
ＰＮＡＧを発現する細菌への曝露から少なくとも４時間以内に被験体における細菌負荷を少なくとも５０％減少させるＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドを、該感染を処置するための有効量で治療を必要とする被験体に投与する工程
を含む、方法。
【請求項１０６】
請求項１０５に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧを発現する細菌株が、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、またはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａである、方法。
【請求項１０７】
請求項１０５に記載の方法であって、前記方法がブドウ球菌感染を処置するための方法であり、
ブドウ球菌細菌に曝露してから少なくとも４時間以内に、被験体における細菌負荷を少なくとも５０％減少させるＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドを、該感染を治療するための有効量でブドウ球菌感染の処置を必要とする被験体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項１０８】
請求項１０７に記載の方法であって、前記ブドウ球菌感染がＳ．ａｕｒｅｕｓ感染である、方法。
【請求項１０９】
請求項１０５または請求項１０７に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが前記細菌への曝露前に投与される、方法。
【請求項１１０】
請求項１０９に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが前記細菌への曝露の少なくとも４時間前に投与される、方法。
【請求項１１１】
請求項１０９に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが前記細菌への曝露の少なくとも２４時間前に投与される、方法。
【請求項１１２】
請求項１０５または請求項１０７に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが前記細菌への曝露の少なくとも４時間以内に、被験体の細菌負荷を少なくとも６０％減少させる、方法。
【請求項１１３】
請求項１０５または請求項１０７に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが前記細菌への曝露後２時間以内に、被験体の細菌負荷を少なくとも５０％減少させる、方法。
【請求項１１４】
請求項１０５または請求項１０７に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが前記細菌への曝露後２時間以内に、被験体の細菌負荷を少なくとも６０％減少させる、方法。
【請求項１１５】
請求項１０５または請求項１０７に記載の方法であって、前記ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドが単離抗体または抗体フラグメントである、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（政府支援）
本研究は、一部の資金を、国立衛生研究所からの助成金番号ＡＩ４６７０６により提供された。したがって、米国政府は、この発明に対する一定の権利を有し得る。
【０００２】
（関連出願）
本出願は、２００４年４月２１日出願の米国仮出願番号第６０／５６４，１０５号に対する優先権を主張し、この仮特許出願の全内容は、本明細書において参考として援用される。
【０００３】
（発明の分野）
本発明は、概して、ブドウ球菌などの細菌のポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ）および脱アセチル化されたＰＮＡＧ（ｄＰＮＡＧ）と結合するペプチド、ならびにブドウ球菌感染および他のＰＮＡＧ発現性細菌への感染の診断および処置におけるそれらペプチドの使用に関する。
【背景技術】
【０００４】
ブドウ球菌は、ヒトの皮膚および粘膜に常在してコロニーを作るグラム陽性細菌である。この皮膚または粘膜が、外科的処置または他の外傷により損傷を受けると、このブドウ球菌が、内部組織へのアクセスを得て感染を顕出させ得る。ブドウ球菌が局所的に繁殖するか、またはリンパ系もしくは血液系に入ると、ブドウ球菌菌血症に関連する合併症など深刻な感染合併症を引き起こし得る。ブドウ球菌菌血症に関連する合併症としては、敗血症性ショック、心内膜炎、関節炎、骨髄炎、肺炎、および種々の臓器における膿瘍が挙げられる。
【０００５】
ブドウ球菌には、遊離コアグラーゼを産生するコアグラーゼ陽性生物、およびこの遊離コアグラーゼを産生しないコアグラーゼ陰性生物の両方が含まれる。Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓは、ブドウ球菌の最も一般的なコアグラーゼ陽性形態である。Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、通常、血管外または血管内の局所部位における感染を引き起こし、最終的に、菌血症を引き起こし得る。Ｓ．ａｕｒｅｕｓはまた、急性骨髄炎の主要原因でもあり、ブドウ球菌性肺炎感染の原因となる。加えて、Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、細菌性髄膜炎の症例のうち約１〜９％、および脳膿瘍の症例のうち約１０〜１５％の原因である。
【０００６】
少なくとも２１種のコアグラーゼ陰性ブドウ球菌が知られており、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓ．ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓ．ｗａｒｎｅｒｉ、Ｓ．ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓ．ｓａｐｒｏｐｈｉｔｉｃｕｓ、Ｓ．ｃｏｈｎｉｉ、Ｓ．ｘｙｌｏｓｕｓ、Ｓ．ｓｉｍｕｌａｎｓ、およびＳ．ｃａｐｉｔｉｓが挙げられる。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、静脈内アクセスデバイスに関連する最も感染原因となる頻度の高い因子であり、主要な病院内の菌血症において最も頻度の高い分離株でもある。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓはまた、人工弁心内膜炎に関連する。
【０００７】
ブドウ球菌はまた、動物の共通細菌感染源でもある。例えば、ブドウ球菌性乳腺炎は、ウシ、ヒツジ、およびヤギを含む反芻動物に共通する問題である。この疾患は、一般に、抗生物質で処置して感染を減少させているが、この処置は費用がかかる方法である上、乳汁産生に損失をもたらす。現在までに同定された家畜に対して最も有効なワクチンは、皮下に投与されるＳ．ａｕｒｅｕｓのインタクトな生ワクチンである。しかしながら、生ワクチンの投与には、感染のリスクおよび中毒性反応を伴う。このため、多くの研究者らが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの不活化ワクチンの産生、および／またはＳ．ａｕｒｅｕｓに対する免疫を誘発する莢膜多糖類もしくは細胞壁成分の分離を試みてきた。しかしながら、これらの試みは、いずれも成功していない。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
（発明の要旨）
本発明は、概して、ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ）（例えば、ブドウ球菌ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ））、および不完全にアセチル化されたＰＮＡＧまたは脱アセチル化されたＰＮＡＧ（本明細書において、この２つをまとめてｄＰＮＡＧと呼ぶ）と結合するペプチドの同定および使用に関する。これらのペプチドを、本明細書においてはＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドと呼ぶ。このようなペプチドの例としては、本明細書において記載される抗体、または受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）、ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）およびＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）として、２００４年４月２１日にＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマから産生された抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）または可変領域に由来するアミノ酸配列を有するペプチドが挙げられる。これらのペプチドとしては、ポリペプチド、モノクローナル抗体（例えば、ヒトモノクローナル抗体）および抗体フラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において開示されるペプチドの共通する特徴は、特異的にブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧを認識し、これらと結合するするそれらの能力である。他の細菌株により発現されるＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧもまた、本発明のペプチドによって認識され、これらと結合し得る。本発明により提供される抗体および抗体フラグメントのうちのいくつかが有する重要な特性は、ＰＮＡＧを発現する細菌株（例えば、ブドウ球菌種）のオプソニン作用および食菌作用（すなわち、オプソニン食菌作用）を向上させるそれらの能力である。
【０００９】
したがって、本発明の一局面において、選択的にブドウ球菌ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ）と結合し、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲのアミノ酸配列を含む単離ペプチド、または機能的に等価なそれらの改変体を含有する組成物を提供する。
【００１０】
種々の実施形態が、本発明のこの局面および他の局面との間で共有されている。これらの実施形態は、１度説明するが、これらが本発明のすべての局面に等しく適用されるということが理解されるべきである。
【００１１】
一実施形態において、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲは、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３である。このブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３は、配列番号９、配列番号１５、および配列番号２１からなる群から選択されるＨ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含み得る。ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３は、配列番号１２、配列番号１８、および配列番号２４からなる群から選択されるＬ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列を含み得る。
【００１２】
別の実施形態において、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲは、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２である。このブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２は、配列番号８、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０、および配列番号２３からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＣＤＲ２のアミノ酸配列を含み得る。
【００１３】
別の実施形態において、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲは、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１である。このブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１は、配列番号７、配列番号１０、配列番号１３、配列番号１６、配列番号１９、および配列番号２２からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＣＤＲ１のアミノ酸配列を含み得る。
【００１４】
一実施形態において、単離ペプチドは、配列番号１、配列番号３、および配列番号５からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む。
【００１５】
別の実施形態において、単離ペプチドは、配列番号２、配列番号４、および配列番号６からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む。
【００１６】
一実施形態において、単離ペプチドは、単離抗体または単離抗体フラグメント、例えば、インタクトな、好ましくは可溶性の単離モノクローナル抗体（ただし、これに限定されない）、または単離モノクローナル抗体フラグメント、例えば、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、およびＦａｂフラグメント（ただし、これらに限定されない）である。この単離抗体は、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマから産生される抗体、またはその抗体フラグメントであり得る。
【００１７】
一実施形態において、単離抗体または単離抗体フラグメントは、ＰＮＡＧを発現する細菌株（例えば限定されないが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓなどのブドウ球菌）のオプソニン食菌作用を向上させる。
【００１８】
一実施形態において、単離抗体または単離抗体フラグメントは、Ｈ鎖可変領域を含み、かつ配列番号１、配列番号３、および配列番号５からなる群から選択されるアミノ酸配列、ならびにＬ鎖可変領域を含み、かつ配列番号２、配列番号４、および配列番号６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態において、単離抗体または単離抗体フラグメントは、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域を含むアミノ酸配列、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を含むアミノ酸配列を含む。
【００１９】
単離抗体または単離抗体フラグメントは、配列番号１のアミノ酸配列および配列番号２のアミノ酸配列、または配列番号３のアミノ酸配列および配列番号４のアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列および配列番号６のアミノ酸配列を含み得る。
【００２０】
単離抗体または単離抗体フラグメントは、受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３１（Ｆ５９８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を有するアミノ酸配列、または受託番号ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３２（Ｆ６２８）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を有するアミノ酸配列、または受託番号ＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列、および受託番号ＰＴＡ−５９３３（Ｆ６３０）を有する寄託されたハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域を有するアミノ酸配列を含み得る。
【００２１】
一実施形態において、単離ペプチドに、検出可能な標識に結合体化される。この検出可能な標識は、インビボまたはインビトロにおいて検出可能な標識であり得る。
【００２２】
一実施形態において、組成物はさらに、薬学的に受容可能なキャリアを含有する。他の実施形態において、単離抗体または単離抗体フラグメントなどの単離ペプチドは、ＰＮＡＧを発現している細菌株による感染（例えば、ブドウ球菌感染）を阻害するための有効量、またはＰＮＡＧを発現している細菌株（例えば、ブドウ球菌）を検出するための有効量で被験体中のサンプルもしくは被験体からのサンプル中に存在する。
【００２３】
一実施形態において、単離ペプチドは、選択的にブドウ球菌ＰＮＡＧと結合する。別の実施形態において、この単離ペプチドは、選択的にブドウ球菌ｄＰＮＡＧと結合する。
【００２４】
さらに別の実施形態において、本発明は、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲをコードしているヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を提供する。
【００２５】
一実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、および配列番号２４からなる群から選択される。別の実施形態において、このヌクレオチド配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、および配列番号６からなる群から選択される。
【００２６】
一実施形態において、核酸は、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＨ鎖可変領域核酸分子である。別の実施形態において、この核酸は、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、またはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＬ鎖可変領域核酸分子である。さらに別の実施形態において、この核酸は、受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、もしくはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＨ鎖ＣＤＲ核酸分子であるか、または受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、もしくはＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマに由来するＬ鎖ＣＤＲ核酸分子である。
【００２７】
本発明はさらに、他の局面において、プロモーターに作動可能に連結された前記単離核酸分子を含有する発現ベクター、およびこの発現ベクターを用いて形質転換または遺伝子導入を施した細胞を提供する。
【００２８】
他の局面において、本発明は、抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体（Ｆ５９８）を産生し、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有する単離細胞、抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体（Ｆ６２８）を産生し、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有する単離細胞、および抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体（Ｆ６３０）を産生し、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３有する単離細胞を提供する。本発明はさらに、さらなる局面において、前記寄託された単離細胞により産生された単離モノクローナル抗体、またはその抗体フラグメントを提供する。この抗体フラグメントは、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、またはＦａｂフラグメントであり得るが、これらに限定されない。関連する実施形態において、このフラグメントは、ＰＮＡＧを発現している細菌株（例えば限定されないが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓなどのブドウ球菌）のオプソニン食菌作用を向上させる。
【００２９】
別の局面において、本発明は、被験体中または被験体からのサンプル中でＰＮＡＧを発現している細菌株（例えば、ブドウ球菌）を検出するための方法を提供する。この方法は、単離ペプチドまたは機能的に等価なそれらの改変体と、被験体中または被験体からのサンプルとの結合の検査レベルを判定する工程、およびこの結合検査レベルを対照と比較する工程を包含し、ここで、単離ペプチドまたは機能的に等価なそれらの改変体は、選択的にブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合し、かつブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含有する。またここで、対照よりも結合検査レベルが大きければ、サンプル中に細菌株（例えば、ブドウ球菌）が存在することを示している。検出される細菌は、ブドウ球菌、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、またはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａであり得る。本発明はまた、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）などＰＮＡＧを発現する細菌による植物感染を検出するための方法、および処置するための方法を提供する。
【００３０】
一実施形態において、試験結合レベルは、インビボにおいて測定される。
【００３１】
別の局面において、本発明は、ＰＮＡＧを発現している細菌株に感染している被験体（例えば、ブドウ球菌感染）、または感染を顕出させる危険性のある被験体を処置するための方法を提供する。この方法は、そのような処置が必要な被験体に、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと選択的に結合し、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含有する単離ペプチドまたは機能的に等価なそれらの改変体を、感染を阻害するための有効量で投与する工程を包含する。別の実施形態において、単離ペプチドは、細胞毒性の因子に結合体化している。
【００３２】
一実施形態において、被験体はブドウ球菌感染（例えば限定されないが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染、またはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ感染）に罹っているか、またはこれらを顕出する危険性がある。別の実施形態において、被験体は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）感染、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ感染、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）感染、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）感染、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）感染、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）感染、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ感染、もしくはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ感染に罹っているか、またはこれらを顕出する危険性がある。
【００３３】
上述の細菌感染は、胃腸炎、尿路感染症、ペスト、百日咳（ｗｈｏｐｐｉｎｇ  ｃｏｕｇｈ）、血流感染症、および歯性感染症（歯周炎）などの状態の根底にある。本発明は、根底にある細菌感染を処置することにより、これら後者の状態を処置することを意図する。本明細書において提供される検出方法および処置方法は、これらの感染に罹っているか、またはこれらを顕出する危険性のあるヒトおよび非ヒトの被験体に適している。非ヒトの被験体としては、ウシおよびブタなどの畜産動物が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３４】
Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）は、ＰＮＡＧを発現している別の細菌であるが、動物に対する病原体というよりも、むしろ植物に対する病原体と考えられている。本発明は、本明細書において提供される結合ペプチド、好ましくは、検出可能な標識または細胞毒性の標識（方法により選択）と結合体化しているペプチドを使用した、これに感染している植物種の検出および処置を企図する。
【００３５】
さらに別の局面において、本発明は、ＰＮＡＧを発現する細菌株による感染（例えば、ブドウ球菌感染）を処置するための方法を提供する。この方法は、ＰＮＡＧを発現する細菌への曝露後少なくとも４時以内に、被験体中の細菌負荷を少なくとも５０％減少させるＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドを、処置を必要としている被験体に対し、感染処置有効量を投与する工程を包含する。
【００３６】
一実施形態において、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドは、単離抗体または単離抗体フラグメントである。一実施形態において、感染は、ブドウ球菌感染である。一実施形態において、ブドウ球菌感染は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染、またはＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ感染である。別の実施形態において、感染は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）感染、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ感染、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）感染、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ），Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ），Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）感染、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ感染、またはＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ感染である。Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）感染は、動物というよりもむしろ植物に影響を及ぼすのであるが、この感染についても本発明は考慮している。別の実施形態において、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドは、細菌への曝露前、例えばこれに限定されないが、細菌への曝露の少なくとも２４時間前に投与される。
【００３７】
一実施形態において、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドは、細菌への曝露から少なくとも４時間以内に、被験体中の細菌負荷を少なくとも６０％減少させる。別の実施形態において、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドは、細菌への曝露から少なくとも２時間以内に、被験体中の細菌負荷を少なくとも５０％減少させる。さらに別の実施形態において、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドは、細菌への曝露から２時間以内に、被験体中の細菌負荷を少なくとも６０％減少させる。ＰＮＡＧを発現する細菌には、これらに限定されないが、動物に影響を及ぼすブドウ球菌、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ、ならびに植物に影響を及ぼすＲａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）が挙げられる。
【００３８】
本発明のこれらおよび他の実施形態が、本明細書においてさらに詳細に記載される。
【００３９】
（配列表の簡単な説明）
配列番号１は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００４０】
配列番号２は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００４１】
配列番号３は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００４２】
配列番号４は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００４３】
配列番号５は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００４４】
配列番号６は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００４５】
配列番号７は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列である。
【００４６】
配列番号８は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列である。
【００４７】
配列番号９は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列である。
【００４８】
配列番号１０は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列である。
【００４９】
配列番号１１は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列である。
【００５０】
配列番号１２は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列である。
【００５１】
配列番号１３は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列である。
【００５２】
配列番号１４は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列である。
【００５３】
配列番号１５は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列である。
【００５４】
配列番号１６は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列である。
【００５５】
配列番号１７は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列である。
【００５６】
配列番号１８は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列である。
【００５７】
配列番号１９は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列である。
【００５８】
配列番号２０は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列である。
【００５９】
配列番号２１は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列である。
【００６０】
配列番号２２は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖ＣＤＲ１のアミノ酸配列である。
【００６１】
配列番号２３は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖ＣＤＲ２のアミノ酸配列である。
【００６２】
配列番号２４は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖ＣＤＲ３のアミノ酸配列である。
【００６３】
配列番号２５は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００６４】
配列番号２６は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００６５】
配列番号２７は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００６６】
配列番号２８は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００６７】
配列番号２９は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００６８】
配列番号３０は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００６９】
配列番号３１は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖ＣＤＲ１のヌクレオチド配列である。
【００７０】
配列番号３２は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖ＣＤＲ２のヌクレオチド配列である。
【００７１】
配列番号３３は、抗体Ｆ５９８Ｈ鎖ＣＤＲ３のヌクレオチド配列である。
【００７２】
配列番号３４は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖ＣＤＲ１のヌクレオチド配列である。
【００７３】
配列番号３５は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖ＣＤＲ２のヌクレオチド配列である。
【００７４】
配列番号３６は、抗体Ｆ５９８Ｌ鎖ＣＤＲ３のヌクレオチド配列である。
【００７５】
配列番号３７は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖ＣＤＲ１のヌクレオチド配列である。
【００７６】
配列番号３８は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖ＣＤＲ２のヌクレオチド配列である。
【００７７】
配列番号３９は、抗体Ｆ６２８Ｈ鎖ＣＤＲ３のヌクレオチド配列である。
【００７８】
配列番号４０は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖ＣＤＲ１のヌクレオチド配列である。
【００７９】
配列番号４１は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖ＣＤＲ２のヌクレオチド配列である。
【００８０】
配列番号４２は、抗体Ｆ６２８Ｌ鎖ＣＤＲ３のヌクレオチド配列である。
【００８１】
配列番号４３は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖ＣＤＲ１のヌクレオチド配列である。
【００８２】
配列番号４４は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖ＣＤＲ２のヌクレオチド配列である。
【００８３】
配列番号４５は、抗体Ｆ６３０Ｈ鎖ＣＤＲ３のヌクレオチド配列である。
【００８４】
配列番号４６は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖ＣＤＲ１のヌクレオチド配列である。
【００８５】
配列番号４７は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖ＣＤＲ２のヌクレオチド配列である。
【００８６】
配列番号４８は、抗体Ｆ６３０Ｌ鎖ＣＤＲ３のヌクレオチド配列である。
【００８７】
配列番号４９は、プライマーλ定常のヌクレオチド配列である。
【００８８】
配列番号５０は、プライマーＨｕλｓｉｇ５のヌクレオチド配列である。
【００８９】
配列番号５１は、プライマーＨ鎖定常のヌクレオチド配列である。
【００９０】
配列番号５２は、プライマーＶＨ７ＬＤＲＨＵのヌクレオチド配列である。
【００９１】
配列番号５３は、プライマーＨｕλｓｉｇ１のヌクレオチド配列である。
【００９２】
配列番号５４は、プライマーＶＨ１ＬＤＲＨＵのヌクレオチド配列である。
【００９３】
配列番号５５は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ５９８Ｈ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００９４】
配列番号５６は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ５９８Ｈ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００９５】
配列番号５７は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ５９８Ｌ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００９６】
配列番号５８は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ６２８Ｈ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００９７】
配列番号５９は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ６２８Ｈ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【００９８】
配列番号６０は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ６３０Ｌ鎖可変領域のアミノ酸配列である。
【００９９】
配列番号６１は、いくつかの定常領域配列を含む、Ｆ６３０Ｌ鎖可変領域のヌクレオチド配列である。
【発明を実施するための最良の形態】
【０１００】
（発明の詳細な説明）
本発明は、ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ）を発現する細菌株による感染に対して、特にヒトおよび動物の免疫化、ならびにそのような病原体の検出にとって有用な組成物および方法を提供する。このような細菌株としては、限定されないが、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌およびコアグラーゼ陽性ブドウ球菌（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓおよびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ）が挙げられる。本発明はさらに、いくつかの細菌株により発現される種々の形態のＰＮＡＧと結合するペプチドを提供する。
【０１０１】
本発明は、一部、様々な形態のＰＮＡＧ（下記のような、高度にアセチル化された形態、不十分にアセチル化された形態、および脱アセチル化された形態を含む）と結合する多数のヒトモノクローナル抗体の発見、単離および特徴付けに基づいている。これらの抗体は、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として、２００４年４月２１日に、ブダペスト特許条約に従ってＡＴＣＣに委託したハイブリドーマによって産生される。これらのハイブリドーマ、およびこれらが産生する抗体は、Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０と指定されている。これらのハイブリドーマは、本明細書において繰り返し言及される。ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマ（またはハイブリドーマにより産生された抗体）に対する言及は、前記のハイブリドーマを意味することが理解されるべきである。この寄託されたハイブリドーマは、ブドウ球菌感染から回復したヒト被験体から採取したＢ細胞から産生された。このＢ細胞は、エプスタイン−バーウィルスで形質転換され、次いでヒトマウス骨髄腫細胞株ＨＭＭＡ２．５と融合され、寄託されたハイブリドーマを産生した。
【０１０２】
ＰＮＡＧは様々な形態で天然に存在し、その形態は、アセテートの置換の程度によりことなる。アセテートの置換は、０〜１００％の範囲に及び得る。本明細書中で使用される場合、ＰＮＡＧは、天然に存在する前記の範囲でアセテートに置換されたＰＮＡＧの混合物に対応する「天然ＰＮＡＧ」のことをいう。不十分にアセチル化されたＰＮＡＧは、ＰＮＡＧ多糖類の亜種であり、グルコサミンの５０％未満のアミノ基がアセテートで置換されている。本明細書中で使用される場合、用語ｄＰＮＡＧは、不完全にアセチル化されたＰＮＡＧおよび完全に脱アセチル化されたＰＮＡＧの両方を包含する（すなわち、ｄＰＮＡＧは、０〜５０％未満のアセテート置換基を含むＰＮＡＧ多糖類のサブセットのことをいう）。
【０１０３】
ＰＮＡＧは、以下の構造を有し：
【０１０４】
【化１】
2008501317.tif 000003
ここで、ｎは２〜３００以上の範囲の整数であり、Ｒは−ＮＨ−ＣＯ−ＣＨ３および−ＮＨ２からなる群から選択される。ＰＮＡＧは、ベータ（β）１−６結合（すなわちＰＮＡＧは、ベータ（β）１−６結合により互いに結合しているグルコサミンモノマー単位からなる）。
【０１０５】
ＰＮＡＧは、ホモポリマーであり得る。ホモポリマーは、グルコサミン残基のＲ基が同一であるホモポリマーである。このホモポリマーは、単独の非置換Ｒ基（すなわち、Ｒ＝ＮＨ２）を含み得る。ＰＮＡＧはまた、Ｒの位置において−ＮＨ２基と−ＮＨ−ＣＯ−ＣＨ３基との混合物を有するヘテロポリマーであり得る。ｄＰＮＡＧは、５０％未満のＲ基が−ＮＨ−ＣＯ−ＣＨ３であることを除き、ＰＮＡＧと同一の構造を有する。
【０１０６】
ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧは、天然に存在し得るし、また、この遺伝子座によってコードされた生合成酵素を産生して、ＰＮＡＧまたはｄＰＮＡＧを合成するためにこれらの酵素を使用し、ｉｃａ遺伝子座（またはｐｇａ遺伝子座などの相同遺伝子座）を有する任意の細菌株からも調製され得る。ＰＮＡＧを発現する細菌としては、ブドウ球菌（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓおよびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、Ｅ．ｃｏｌｉ（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｏ１５７株：Ｈ７株およびＣＦＴ０７３株）、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（これらは全て、完全なｐｇａＡＢＣＤ遺伝子座を有する配列が決定された種である）、ならびにＡｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（ＡＡ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（Ａｐ）、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（例えば、メガプラスミド型）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ（これらは全て、ｐｇａＡＢＣ遺伝子を含有するが、明らかにｐｇａＤホモログは持っていない）が挙げられる。ｐｇａＡＢＣがコードするＡＡおよびＡｐ（前述）などの種がＰＮＡＧを作るので、ｐｇａＤは、ＰＮＡＧの発現に必要ではないようだ。
【０１０７】
ＰＮＡＧを発現する細菌は、ｉｃａ遺伝子座または相同遺伝子座（例えば、ｐｇａ遺伝子座）を有する細菌である。例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌は、ｉｃａ遺伝子座を有するブドウ球菌である。ＰＮＡＧ発現性細菌株には、ｄＰＮＡＧ発現性細菌株が含まれる。例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌には、ｄＰＮＡＧ発現ブドウ球菌が含まれる。これらの菌株としては、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓおよびＳ．ａｕｒｅｕｓ、さらにｉｃａ遺伝子座または相同遺伝子座（例えば、ｐｇａ遺伝子座）において遺伝子により形質転換される他の菌株（例えば、Ｓ．ｃａｒｎｏｓｕｓ）が挙げられるが、これらに限定されない。特に、ＰＮＡＧは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ  ＲＰ６２Ａ（ＡＴＣＣ番号３５９８４）、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ  ＲＰ１２（ＡＴＣＣ番号３５９８３）、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ  Ｍ１８７、Ｓ．ｃａｒｎｏｓｕｓ  ＴＭ３００（ｐＣＮ２７）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ＲＮ４２２０（ｐＣＮ２７）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ＭＮ８ムコイド、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｏ１５７、およびＥ．ｃｏｌｉ  ＣＦＴ０７３を含む特定の菌株から調製され得る。ｄＰＮＡＧはまた、新たに合成され得るし、天然ＰＮＡＧを改変することによっても合成され得る。ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧは、Ｍａｉｒａ−Ｌｉｔｒａｎら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．（２００２年８月）；７０（８）：４４３３、および２００３年１１月１２日出願の米国特許出願公開第１０／７１３，７９０号に記載されている方法に従って調製され得る。
【０１０８】
ＰＮＡＧはまた、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）、Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ（Ｘ．ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（Ｒ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａを含む他の細菌によっても発現されるが、これらに限定されない。実施例に記載されるとおり、１８の尿路感染症Ｅ．ｃｏｌｉ分離株のうち、１７の分離株がｐｇａ遺伝子座を有した。これらのうち、約３分の１が相対的に高レベルのＰＮＡＧを発現し、約３分の１が相対的に中間レベルのＰＮＡＧを発現し、そして、残りの３分の１が相対的に低レベルのＰＮＡＧを発現した。上記分析は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ＰＮＡＧに対して作られた抗血清を使用して免疫ブロットにより実施された。これは、１種からのＰＮＡＧが、ＰＮＡＧを発現する他種に対する抗体（および、それに応じて結合するペプチド）を生じさせるために使用され得る証拠である。
【０１０９】
したがって、一局面において、本発明は、結合ペプチドおよび抗体を提供する。本発明の抗体は、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合し、ＰＮＡＧを合成する種のオプソニン食菌作用を向上させる（すなわち、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対して特異的なオプソニン食菌作用性ヒトモノクローナル抗体）。この抗体は、本明細書において、抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体についていう。しかしながら、これらの抗体は、供給源に関係なくＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合することができるということが理解されるべきである。したがって、例えばブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合し、例えばブドウ球菌種のオプソニン食菌作用を検出および／または向上し得ると定義される本発明の抗体はまた、ＰＮＡＧを発現するブドウ球菌以外の細菌のオプソニン食菌作用も検出および／または向上し得る。
【０１１０】
抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体は、ａ）ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧの両方と結合する抗体、ｂ）ＰＮＡＧとは結合するがｄＰＮＡＧとは結合しない抗体、またはｃ）ｄＰＮＡＧとは結合するがＰＮＡＧとは結合しない抗体である。好ましい抗体は、ｄＰＮＡＧと結合する抗体である。
【０１１１】
抗体Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０はすべて、天然ＰＮＡＧと結合し得、中にはｄＰＮＡＧと結合し得るものもある。任意のメカニズムまたは理論によって縛られることは意図しないが、ｄＰＮＡＧを認識する抗体は、アセテート置換などの置換基を含んでいる分子の一部に結合するよりも、むしろアセテート基を含まないＰＮＡＧ分子の一部に特異的に結合する可能性が高いと考えられている。例えば、ｄＰＮＡＧと結合する抗体は、アセテート置換基よりも、むしろＰＮＡＧのバックボーンを認識し、それに結合し得る。これらの抗体は、感染したヒト被験体からのＰＮＡＧ発現性細菌（例えば限定されないが、ブドウ球菌分離株またはＥ．ｃｏｌｉ分離株）のオプソニン食菌作用傷害（ｏｐｓｏｎｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ  ｋｉｌｌｉｎｇ）を媒介し得る。ブドウ球菌感染のネズミモデルにおいてインビボで使用される場合、抗体は、ブドウ球菌抗原投与に対する保護を提供する。各モノクローナル抗体が保護を提供する条件は変化し得る。これらおよび他の知見が、実施例においてより詳細に記載される。
【０１１２】
いかなる特定の理論にも拘束されることは意図しないが、ＰＮＡＧ発現性細菌による感染（例えば、ブドウ球菌感染）の進行は、病原体を排除する適切な免疫応答を生成できないためであると考えられている。具体的にいうと、欠点のうちの１つは、ＰＮＡＧ（例えば、ブドウ球菌により産生されるＰＮＡＧ）に対して特異的なオプソニン食菌作用性抗体を産生できないことである。
【０１１３】
オプソニン食菌作用性抗体は、補体系の成分のさらなる沈着物を補充する能力の有無にかかわらず、抗原または細菌に沈着し、食菌作用性細胞（例えば、マクロファージおよび樹状細胞など、抗原提示細胞）、または多形核の好中球による抗原もしくは細菌の食菌作用を促進する抗体である。食菌作用は、抗原または細菌に結合する抗体のみを必要とするＦｃの媒介様式で進行し得る。食菌作用はまた、食細胞に補体レセプターを結合させて、抗体を沈着させた細菌表面上のオプソニンを補完することによっても進行し得る。食細胞はまた、これら２つのメカニズムの組み合わせによっても進行し得る。感染部位にオプソニン食菌作用性抗体を提供する能力は、したがって、これまで可能であったよりもさらに効果的に感染の撲滅に寄与するはずである。
【０１１４】
ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧは共に、インビボにおいて高い免疫原性を示し、オプソニン傷害作用および感染からの保護を媒介する抗体を顕在化させ得、ｄＰＮＡＧは、優先的に、オプソニン傷害作用および感染からの保護を媒介する抗体を顕在化させると仮定される。ｄＰＮＡＧ多糖類は、したがって、特に、ＰＮＡＧ発現性細菌株（例えば限定されないが、ブドウ球菌）に対する免疫応答（抗体依存性免疫応答を含む）の誘発に有用である。ｄＰＮＡＧの投与後に顕在化させられた抗体はｄＰＮＡＧを認識し、重要な実施形態においては、高度にアセチル化された形態のＰＮＡＧも認識する。
【０１１５】
したがって、本発明は、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するペプチドの同定および使用に関する。ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するペプチドは、本明細書においてＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドとして言及される。また、このような結合ペプチドは、供給源に関わらず、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合し得ることが理解されるべきである。ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドとしては、ａ）ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧの両方と結合するペプチド、ｂ）ＰＮＡＧとは結合するがｄＰＮＡＧとは結合しないペプチド（本明細書において、ＰＮＡＧ結合ペプチドと呼ぶ）、ならびにｃ）ｄＰＮＡＧとは結合するがＰＮＡＧとは結合しないペプチド（本明細書において、ｄＰＮＡＧ結合ペプチドと呼ぶ）が挙げられる。好ましい実施形態において、これらのペプチドは、少なくともｄＰＮＡＧと結合する（これにより、前述の区分（ａ）および（ｃ）を包含する）。
【０１１６】
本発明のペプチドは、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合する領域（すなわち、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合領域）を最小限度に包含する。本明細書中で使用される場合、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合領域は、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧの供給源に関わらず、ａ）ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧの両方と結合する領域、ｂ）ＰＮＡＧとは結合するがｄＰＮＡＧとは結合しない領域（本明細書において、ＰＮＡＧ結合領域と呼ぶ）、またはｃ）ｄＰＮＡＧとは結合するがＰＮＡＧとは結合しない領域（本明細書において、ｄＰＮＡＧ結合領域と呼ぶ）である。好ましくは、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧが結合する領域は、少なくともｄＰＮＡＧと結合する領域である（したがって、区分（ａ）および（ｂ）を包含する）。ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合領域は、本発明の抗体のＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合領域に由来するか、あるいは、機能的に等価なこれら領域の改変体である。
【０１１７】
したがって、２つの特に重要なクラスの抗体に由来するＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合領域は、本明細書において記載される抗体またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として、２００４年４月２１日にＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマにより産生される抗体の、可変領域およびＣＤＲである。ＣＤＲおよび可変領域の核酸は、抗体を産生する細胞（例えば、実施例に記載されるように寄託した細胞）からクローン化され得る。
【０１１８】
当該技術分野において周知の抗体は、ジスルフィド架橋により結合されるポリペプチド鎖の集合である。２つの成分アミノ酸鎖は、Ｌ鎖およびＨ鎖と呼ばれ、抗体のすべての主要な構造アイソタイプを構成する。Ｈ鎖およびＬ鎖の両鎖は、可変領域および定常領域と呼ばれる亜領域へとさらに分割される。ときに、ペプチドは、前記抗体の、抗体Ｈ鎖およびＬ鎖の可変領域を包含する。Ｈ鎖可変領域は、一般に、１００〜１５０アミノ酸長の範囲に及ぶペプチドである。Ｌ鎖可変領域は、一般に、８０〜１３０アミノ酸長の範囲に及ぶペプチドである。
【０１１９】
さらに当該技術分野において周知であるように、抗体のＣＤＲは、所与の抗原または抗原エピトープに対する抗体の結合特異性に大きく関与する抗体可変領域の一部である。これらのＣＤＲは、抗原のエピトープと直接的に相互作用する（全般的に、Ｃｌａｒｋ、１９８６年；Ｒｏｉｔｔ、１９９１年を参照）。ＩｇＧ免疫グロブリンのＨ鎖およびＬ鎖の両鎖の可変領域には、４つのフレームワーク領域（ＦＲ１〜ＦＲ４）があり、それぞれ３つの相補性決定領域（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３）により区分されている。このフレームワーク領域（ＦＲ）は、抗原または抗原エピトープとの相互作用に関与する抗体の部分であるパラトープの三次構造を維持する。ＣＤＲ、特にＣＤＲ３、さらに具体的にはＨ鎖のＣＤＲ３が、抗体特異性に実質的に寄与する。ＣＤＲは、特にＣＤＲ３は、大部分の抗原特異性を抗体に与えるので、これらの領域は、他の抗体またはペプチドに組み込まれ、同一の抗原特異性をその抗体またはペプチドに与え得る。
【０１２０】
好ましくは、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドは、本明細書において記載されるＣＤＲ、または寄託されたハイブリドーマに由来し得るＣＤＲ（すなわち、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ）から、最小限度に、少なくとも１つのＣＤＲを包含する。本明細書中で使用される場合、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲは、本明細書において記載されるＣＤＲであるか、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマに由来するＣＤＲである。ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲとしては、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧの供給源に関係なく、ａ）ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧの両方と結合するＣＤＲ、ｂ）ＰＮＡＧとは結合するがｄＰＮＡＧとは結合しないＣＤＲ（本明細書において、ＰＮＡＧ結合ＣＤＲと呼ぶ）、およびｃ）ｄＰＮＡＧとは結合するがＰＮＡＧとは結合しないＣＤＲ（本明細書において、ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲと呼ぶ）が挙げられる。これらのペプチドは、好ましくは、少なくとも１つのブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲを含む。
【０１２１】
このブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合領域は、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２、またはブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３であり得、これらはすべて、本明細書において開示される抗体および抗体の変異鎖に由来する。
【０１２２】
本明細書中で使用される場合、「ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ１」は、好ましくは特異的に、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合するＣＤＲ１であり、本明細書において記載される抗体、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマによって産生される抗体のＨ鎖もしくはＬ鎖の各々の可変領域に由来する。ＣＤＲ１は、配列番号７、配列番号１０、配列番号１３、配列番号１６、配列番号１９、および配列番号２２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有し得る。それぞれ同様の定義が、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２およびＣＤＲ３に適用される。
【０１２３】
「ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ２」は、好ましくは、特異的にブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合するＣＤＲ２であり、本明細書において記載される抗体、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマによって産生される抗体のＨ鎖もしくはＬ鎖の各々の可変領域に由来する。ＣＤＲ２は、配列番号８、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０、および配列番号２３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有し得る。
【０１２４】
「ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３」は、好ましくは、特異的にブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合するＣＤＲ３であり、本明細書において記載される抗体、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマによって産生される抗体のＨ鎖もしくはＬ鎖の各々の可変領域に由来する。ＣＤＲ３は、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、および配列番号２４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有し得る。
【０１２５】
上記配列に加えて、本発明は、下記により詳細に記載するとおり、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列のいずれかにおける保存的置換改変体を含むこれらの配列の機能的に等価な改変体を包含することを意図する。
【０１２６】
本明細書において検討されるオプソニン食菌性抗体（ただし、これに限定されない）を含む本発明のペプチドは、とりわけ、被験体中のサンプルまたは被験体からのサンプル中の、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗原またはＰＮＡＧ発現細菌（例えば限定されないが、ＰＮＡＧを発現するブドウ球菌細菌）を検出することを目的とした診断方法において有用である。最低限、これらの方法において有用なペプチドに必要とされるのは、これらペプチドがまた、オプソニン作用および食菌作用を向上させるかどうかに関わらず、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ（例えば、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ）を認識し、それらと結合することである。重要な実施形態において、抗体およびそれらのフラグメントは、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと選択的に結合する。したがって、抗体およびそれらのフラグメントは、本明細書において記載される抗体クローンに由来するＣＤＲ、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２およびＰＴＡ−５９３３として寄託されるハイブリドーマによって産生されるＣＤＲを１つ以上所有することのみを必要とする。好ましい実施形態において、ペプチドは、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３を含み、より好ましくは、ペプチドは、Ｈ鎖ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３を含む。必ずしも全てのＣＤＲが、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対する結合をもたらすために必要とされるわけではないことが、理解されるべきである。しかしながら、いくつかの実施形態において、ペプチドは、本明細書において開示される所与の抗体クローンまたはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマによって産生される所与の抗体クローンの全てのＣＤＲを含む。
【０１２７】
加えて、本発明はまた、本明細書において提供される可変領域間におけるＣＤＲの交換を包含することが理解されるべきである。好ましくは、Ｈ鎖ＣＤＲは、別のＨ鎖可変領域ＣＤＲと交換され、同様に、Ｌ鎖ＣＤＲは、別のＬ鎖可変領域ＣＤＲと交換される。
【０１２８】
本発明において開示される可変鎖のＣＤＲのアミノ酸配列は、以下のとおりである。
【０１２９】
【数１】
2008501317.tif 000004
本発明において開示される可変鎖のＣＤＲのヌクレオチド配列は、以下のとおりである。
【０１３０】
【数２】
2008501317.tif 000005
これらのペプチドはまた、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合可変領域を含み得る。ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合可変領域は、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧの供給源に関わらず、ａ）ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧの両方と結合する可変領域、ｂ）ＰＮＡＧとは結合するがｄＰＮＡＧとは結合しない可変領域（本明細書においてＰＮＡＧ結合可変領域と呼ぶ）、またはｃ）ｄＰＮＡＧとは結合するがＰＮＡＧとは結合しない可変領域（本明細書においてｄＰＮＡＧ結合可変領域と呼ぶ）であり、好ましくは、本明細書において記載されるような抗体可変領域またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマに由来するような抗体可変領域である。
【０１３１】
本発明は、少なくとも６つの異なる可変領域を提供するが、そのうち少なくとも３つがＨ鎖可変領域であり、少なくとも３つがＬ鎖可変領域である。配列番号１および配列番号２５は、抗体クローンＦ５９８に由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列に対応する。配列番号２および配列番号２６は、抗体クローンＦ５９８に由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列に対応する。配列番号３および配列番号２７は、抗体クローンＦ６２８に由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列に対応する。配列番号４および配列番号２８は、抗体クローンＦ６２８に由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列に対応する。配列番号５および配列番号２９は、抗体クローンＦ６３０に由来するＨ鎖可変領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列に対応する。配列番号６および配列番号３０は、抗体クローンＦ６３０に由来するＬ鎖可変領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列に対応する。
【０１３２】
本発明の核酸またはペプチドは、本明細書において提供される配列または寄託されたハイブリドーマに由来し得るということが、理解されるべきである。これらの配列は、全長の可変領域または全長の可変領域のフラグメントに対応するペプチド、および可変領域を含む抗体を産生するために（例えば、ＰＣＲによって）クローンされ、ベクターおよび／または細胞に挿入され得る。したがって、Ｌ鎖可変領域およびＨ鎖可変領域の組み合わせを含む抗体またはそれらのフラグメントを、生じさせることが可能である。例えば、本発明の抗体は、ＭＡｂ  Ｆ５９８からの（または寄託されたＦ５９８ハイブリドーマによって産生された抗体からの）Ｈ鎖可変領域、およびＦ６３０の（または寄託されたＦ６３０ハイブリドーマによって産生された抗体からの）Ｌ鎖可変領域を含み得る。Ｈ鎖およびＬ鎖の（本明細書において開示されるような、またはＡＴＣＣ当力番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されるハイブリドーマによって産生される抗体に含まれるような）可変領域の組み合せはいずれも、本発明による抗体または抗体フラグメントの合成に使用され得る。
【０１３３】
したがって、本発明は、以下の可変領域の組み合わせからなる抗体または抗体フラグメントを包含する：配列番号１および配列番号２；配列番号１および配列番号４；配列番号１および配列番号６；配列番号３および配列番号２；配列番号３および配列番号４；配列番号３および配列番号６；配列番号５および配列番号２；配列番号５および配列番号４；ならびに配列番号５および配列番号６。
【０１３４】
同様に、本発明は、以下の可変領域の組合せからなる抗体または抗体フラグメントを包含する：
１．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有するハイブリドーマＦ５９８からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有するハイブリドーマＦ５９８からのＬ鎖可変領域；
２．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有するハイブリドーマＦ５９８からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有するハイブリドーマＦ６２８からのＬ鎖可変領域；
３．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有するハイブリドーマＦ５９８からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマＦ６３０からのＬ鎖可変領域；
４．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有するハイブリドーマＦ６２８からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有するハイブリドーマＦ５９８からのＬ鎖可変領域；
５．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有するハイブリドーマＦ６２８からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有するハイブリドーマＦ６２８からのＬ鎖可変領域；
６．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有するハイブリドーマＦ６２８からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマＦ６３０からのＬ鎖可変領域；
７．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマＦ６３０からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１を有するハイブリドーマＦ５９８からのＬ鎖可変領域；
８．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマＦ６３０からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３２を有するハイブリドーマＦ６２８からのＬ鎖可変領域；ならびに
９．ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマＦ６３０からのＨ鎖可変領域、およびＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３３を有するハイブリドーマＦ６３０からのＬ鎖可変領域。
【０１３５】
本発明は、種々のアイソタイプの抗体および抗体フラグメントを捕捉することを意図する。寄託されたハイブリドーマは、ＩｇＧ２アイソタイプ抗体を産生する。しかしながら、組み換えられた免疫グロブリン（Ｉｇ）遺伝子、特に可変領域遺伝子は、実施例において記載されるように寄託されたハイブリドーマから単離され、Ｈ鎖およびＬ鎖の両方のヒトＩｇ定常領域遺伝子をコードするＩｇ組み換えベクターにクローンされ得る。この技術を使用して、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合し、それによりＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ブドウ球菌）のオプソニン食菌作用を向上させるＩｇＧ１アイソタイプ抗体が同定され、合成され、そして単離された。
【０１３６】
この抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプ、ＩｇＧ２アイソタイプ、ＩｇＧ３アイソタイプ、ＩｇＧ４アイソタイプ、ＩｇＤアイソタイプ、ＩｇＥアイソタイプ、ＩｇＭアイソタイプ、ＩｇＡ１アイソタイプ、ＩｇＡ２アイソタイプ、またはｓＩｇＡアイソタイプであり得る。本発明はまた、非ヒトの種、例えば限定されないが、鳥類およびサメ類のＩｇＹにおいて見出されるアイソタイプを捕捉することを意図する。種々のアイソタイプの定常領域をコードするベクターは公知であり、以前に記載されている（例えば、Ｐｒｅｓｔｏｎら、Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｓｅｔ  ｏｆ  ｍｏｕｓｅ−ｈｕｍａｎ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  Ｇ（ＩｇＧ）ｓｕｂｃｌａｓｓ  ａｎｄ  ＩｇＡ  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｗｉｔｈ  ｉｄｅｎｔｉｃａｌ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｒｅｇｉｏｎｓ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｏｒ  Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ｓｅｒｏｇｒｏｕｐ  Ｏ６  ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ．Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９８年９月；６６（９）：４１３７−４２；Ｃｏｌｏｍａら、Ｎｏｖｅｌ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｕｓｉｎｇ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｒｅｇｉｏｎｓ  ｇｅｎｅｒａｔｅｄ  ｂｙ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．１９９２年７月、３１；１５２（１）：８９−１０４；Ｇｕｔｔｉｅｒｉら、Ｃａｓｓｅｔｔｅ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｆａｂ  ｆｒａｇｍｅｎｔｓ  ｉｎｔｏ  ｆｕｌｌ−ｌｅｎｇｔｈ  ｈｕｍａｎ  ＩｇＧ１  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｂｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｓｔａｂｌｙ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍｅｄ  ｉｎｓｅｃｔ  ｃｅｌｌｓ．Ｈｙｂｒｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍｉｃｓ．２００３年６月；２２（３）：１３５−４５；ＭｃＬｅａｎら、Ｈｕｍａｎ  ａｎｄ  ｍｕｒｉｎｅ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｖｅｃｔｏｒ  ｃａｓｓｅｔｔｅｓ．Ｍｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０００年１０月；３７（１４）：８３７−４５；Ｗａｌｌｓら、Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ＰＣＲ−ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｄｏｍａｉｎｓ  ｗｉｔｈ  ｈｕｍａｎ  ｃｏｎｓｔａｎｔ  ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９９３年６月２５日；２１（１２）：２９２１−９；Ｎｏｒｄｅｒｈａｕｇら、Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  ｔｒａｎｓｉｅｎｔ  ａｎｄ  ｓｔａｂｌｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｉｎ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ｃｅｌｌｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．１９９７年５月１２日；２０４（１）：７７−８７．を参照）。
【０１３７】
本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド」は、モノクローナル抗体、機能的に活性かつ／または機能的に等価な抗体フラグメント、および機能的に活性かつ／または機能的に等価なペプチドおよびポリペプチドを含む。
【０１３８】
本発明のペプチドは、単離ペプチドである。本明細書中で使用される場合、用語「単離ペプチド」は、そのペプチドが実質的に純粋であり、それらのペプチドと共に天然または意図される使用に実用的かつ適切な程度にインビボ系において見受けられ得る他の物質を、本質的に含んでいないことを意味する。具体的にはこのペプチドは、例えば、薬学的調整物の製造または配列決定に有用であるために十分な程度純粋であり、それらの宿主細胞の他の生物学的成分を含んでいない。本発明の単離ペプチドは、薬剤調製段階で薬学的に受容可能なキャリアと混合され得るため、このペプチドは、その調整物のわずかな重量パーセントのみを構成し得る。それでもなお、生物系において結合し得る物質から実質的に分離されたという点で、このペプチドは実質的に純粋である。
【０１３９】
本発明のペプチドは、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと、好ましくは選択的な様式で結合する。本明細書中で使用される場合、用語「選択的な結合」および「特異的な結合」は、相互交換可能に使用され、ＰＮＡＧ以外に由来する化合物と結合するより大きな親和力でＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するペプチドおよびそのフラグメントの能力のことをいう。つまり、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと選択的に結合するペプチドおよびそれらのフラグメントは、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するときと同程度にかつ同じ親和力で、ＰＮＡＧ以外に由来する化合物と結合しない。ただし、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧの模倣物となるために作製された交差反応性抗原もしくは分子（例えば、炭水化物のペプチドの模倣物）、またはＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと同じ様式でＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドと結合する抗イディオタイプ抗体の可変領域は例外である。選択的にＰＮＡＧと結合する抗体は、ｄＰＮＡＧと結合するより大きな親和力でＰＮＡＧと結合する。ｄＰＮＡＧと結合する抗体もまた、ＰＮＡＧと結合するより小さなもしくは大きな親和力で、またはそれと同等の親和力でｄＰＮＡＧと結合し得る。好ましい実施形態において、本発明のペプチドおよびそのフラグメントは、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと単独で結合するが、少なくともｄＰＮＡＧと結合することがより好ましい。本明細書中で使用される場合、選択的にまたは特異的にブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合する結合ペプチドはまた、他の供給源からのＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧとも結合し得、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ以外に由来する化合物と（あったとしても）より小さな親和力で結合する。より小さな親和力は、少なくとも１０％小さい、２０％小さい、３０％小さい、４０％小さい、５０％小さい、６０％小さい、７０％小さい、８０％小さい、９０％小さい、または９５％小さい親和力を含み得る。したがって、この意味において「選択的な」は、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧのブドウ球菌由来の形態と結合するというよりもむしろＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合することをいう。
【０１４０】
既に述べたように、本発明は、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するペプチド（例えば、抗体または抗体フラグメント）を提供する。そのような抗体は、好ましくは、ＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌）のオプソニン作用および食菌作用（すなわち、オプソニン食菌作用）を向上させ、結果として、被験体におけるいくつかの形態の細菌感染の予防および治療に有用である。オプソニン作用とは、食菌作用がオプソニン（例えば、抗体および／あるいはＣ４ｂもしくはＣ３ｂなどのオプソニン補体因子またはオプソニン食菌作用を促進し得る任意の他の因子）が抗原に沈着することよって促進されるプロセスのことをいう。食菌作用およびオプソニン食菌作用とは、食菌細胞（例えば、マクロファージ、樹状細胞、および多形核球（ＰＭＮＬ））が物質を摂取して、細胞質における液胞（例えば、食胞）内にそれを閉じ込めるプロセスのことをいう。したがって、細菌をオプソニン化して食菌作用を向上させる抗体または抗体フラグメントは、抗原を認識してその抗原に沈着し、そうすることで食菌細胞による抗原（および抗原を含んだ物質、例えばブドウ球菌細菌）の摂取および包含を促進する抗体または抗体フラグメントである。一般に、食菌作用およびオプソニン作用を向上させるために、抗体はＦｃドメインまたは領域を含む。このＦｃドメインは、Ｆｃレセプターを含んだ細胞（例えば、マクロファージなどといった抗原提示細胞、またはＰＭＮＬ）によって認識される。本明細書中で使用される場合、「オプソニン食菌作用を向上させること」は、抗体沈着により、抗原または抗原を含んだ基質が、食菌細胞によって認識されて包含される可能性が高まることを意味する。この向上は、インビボにおける細菌負荷の低減、または下記のインビトロの方法を使用するインビトロにおける細菌細胞傷害によって測定され得る。
【０１４１】
オプソニン作用アッセイは、当該技術分野において広く知られている。一般に、このアッセイは、抗体、（標的細菌細胞で発現される）抗原、補体および食菌細胞の存在下における細菌傷害の量を測定する。動物またはヒトのいずれかの血清は、補体の供給源として一般に使用され、動物またはヒトの多形核細胞は、食菌細胞の供給源として一般に使用される。オプソニン食菌作用傷害の標的細胞は、どの細胞種が抗原を発現するかによって、（本発明と同様に）原核生物か、または真核生物のものであり得る。細胞傷害は、反応成分のインキュベーション前後の生存細胞数によって測定され得る。あるいは、細胞傷害は、反応混合物の上清中の細胞含量（例えば、放射性クロムの放出または乳酸デヒドロゲナーゼなどの細胞内酵素の放出）を測定することによって定量化され得る。ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合する抗体または抗体フラグメントが、さらにオプソニン作用および食菌作用を刺激するかどうかを決定するのに有用である他のアッセイが、本明細書を読まれた当業者には明らかである。
【０１４２】
本発明は、とりわけ、ＰＮＡＧ発現細菌（例えば限定されないが、ブドウ球菌）のオプソニン傷害作用を向上させる、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ特異的ヒトモノクローナル抗体を提供する。これらの抗体は、Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０と呼ばれる。ヒトにおいてインビボで使用されるとき、ヒトモノクローナル抗体が免疫原性である可能性は（別の種からの抗体と比較して）非常に小さい。結果としてこれらの抗体は、ワクチンおよびＰＮＡＧを発現する細菌株（例えば限定されないが、ブドウ球菌）を標的とする受動免疫療法の設計において有用な新規の因子に相当する。
【０１４３】
これらのモノクローナル抗体の合成は、実施例において記載されている。簡潔に述べると、これらの抗体は次のとおり誘導された：Ｂ細胞を、ブドウ球菌感染から回復した個体から採取した。採取されたＢ細胞を、エプスタイン・バーウィルスを使用して形質転換させ、増殖期およびＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対する抗体分泌についてのスクリーニング期間後、ＨＭＭＡ２．５と呼ばれる不死化ヒト−マウス骨髄腫細胞株パートナーと融合させた。融合細胞の最初の増殖期後、クローンを産生する単一抗体が単離して育て、そして結合アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を使用して個別に分析した。３つのハイブリドーマを、それらが分泌した抗体の、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合する能力に基づいて選択した。３つの抗体は全て、ＩｇＧ２アイソタイプの抗体であり、ＩｇＧ２アイソタイプの抗体の供給源として使用した。可変領域は，上記のとおりＰＣＲによってハイブリドーマからクローンした。
【０１４４】
抗体のＨ鎖およびＬ鎖に対する可変領域の核酸は、Ｈ鎖についてはＩｇＧ１（γ１）定常領域コード配列、およびＬ鎖についてはλ定常領域を含んでいるヒトＩｇ発現ベクター（すなわち、ＴＣＡＥ６）にクローンされた（例えば、Ｐｒｅｓｔｏｎら、Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｓｅｔ  ｏｆ  ｍｏｕｓｅ−ｈｕｍａｎ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  Ｇ（ＩｇＧ）  ｓｕｂｃｌａｓｓ  ａｎｄ  ＩｇＡ  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｗｉｔｈ  ｉｄｅｎｔｉｃａｌ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｒｅｇｉｏｎｓ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｏｒ  Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ｓｅｒｏｇｒｏｕｐ  Ｏ６  ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ．Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９８年９月；６６（９）：４１３７−４２を参照）。可変領域は、定常領域コード配列をコードするいずれのベクターにおいても置かれ得る。例えば、ヒトＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、およびＩｇＡのＨ鎖定常領域の遺伝子のゲノムクローンを含有し、可変領域遺伝子を欠くヒトＩｇＨ鎖定常領域の発現ベクターが、Ｃｏｌｏｍａら、１９９２年、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ、１５２：８９−１０４に記載されている。
【０１４５】
次いで、これらの発現ベクターを細胞（例えば、ＣＨＯ  ＤＧ４４細胞）に形質導入し、この細胞をインビトロにおいて育て、続いて上清からＩｇＧ１を採取した。結果として生じる抗体は、ヒト可変領域、ヒトＩｇＧ１定常領域、およびλ定常領域を有した。これらの抗体の、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合し、ＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ブドウ球菌）のオプソニン作用および食菌作用を向上させる能力は、本明細書において記載される、結合アッセイおよびオプソニン食菌傷害アッセイを使用して評価された。
【０１４６】
本明細書において使用される「単離抗体」は、実質的に他の細胞物質から、または本発明の診断方法もしくは治療方法におけるそれらの使用を妨げる他の物質から物理的に分離される（例えば、抗体を産生する細胞から分離される）抗体のことをいう。好ましくは、この単離抗体は、抗体の同質の集団（例えば、モノクローナル抗体の集団）中に存在する。しかしながら、単離抗体の組成物は、他の成分（例えば限定されないが、薬学的に受容可能なキャリア、アジュバントなど）と合わせられ得る。
【０１４７】
単離ハイブリドーマおよび単離組み換え細胞（例えば、本明細書において記載される単離ハイブリドーマおよび単離組み換え細胞）を含む「単離抗体産生細胞」は、本明細書中で使用される場合、実質的に他の細胞、他の身体物質（例えば、腹水組織および腹水）、および例えば単離されていて好ましくは同質の抗体集団の産生におけるそれらの使用を妨げる他の物質から、物理的に分離されている抗体産生細胞のことをいう。ブダペスト条約の下でＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２およびＰＴＡ−５９３３として、２００４年４月２１日にＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマが、単離抗体産生細胞およびより特異的に単離されるハイブリドーマの例であると考えられる。
【０１４８】
したがって、一実施形態において本発明のペプチドは、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧに対して特異的な、単離されたインタクトな可溶性モノクローナル抗体である。本明細書中で使用される場合、用語「モノクローナル抗体」は、同一のエピトープ（すなわち、抗原決定基）と特異的に結合する免疫グロブリンの同質の集団のことをいう。一実施形態において本発明のペプチドは、例えば配列番号１、配列番号３、または配列番号５のアミノ酸配列を有するＨ鎖可変領域を有するモノクローナル抗体である。モノクローナル抗体は、配列番号２、配列番号４、または配列番号６のアミノ酸配列を有するＬ鎖可変領域を有し得る。Ｌ鎖可変領域およびＨ鎖可変領域の任意の組み合わせを有するモノクローナル抗体が、本発明によって包含される。
【０１４９】
本発明は、本明細書において記載されるモノクローナル抗体の結合特性を有するという条件で、例えばクローンＦ５９８、Ｆ６２８およびＦ６３０以外の抗体を包含することを意図する。必要に応じ、これらのさらなる抗体もまた、ＰＮＡＧ発現細菌株（例えば限定されないが、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌）のオプソニン食菌作用を向上させる。当業者は、本明細書において詳細に記載されるスクリーニングおよび結合アッセイを使用して、これらのモノクローナル抗体の機能的特性（例えば、結合特性、オプソニン作用特性、および食菌作用特性）を有する抗体を容易に同定し得る。
【０１５０】
他の実施形態において、ペプチドは、抗体フラグメントである。当該分野において周知のとおり、抗体分子の僅かな部分でしかないパラトープは、その抗体分子のエピトープと抗体との結合に関与する（全般的に、Ｃｌａｒｋ，Ｗ．Ｒ．（１９８６）Ｔｈｅ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｍｏｄｅｒｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｒｏｉｔｔ，Ｉ．（１９９１）Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第７版，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｏｘｆｏｒｄ；およびＰｉｅｒ  ＧＢ，Ｌｙｃｚａｋ  ＪＢ，Ｗｅｔｚｌｅｒ  ＬＭ（編）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）第１版，Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．を参照）。例えば、抗体のｐＦｃ’領域およびＦｃ領域は、補体カスケードのエフェクターであり、食菌細胞上のＦｃレセプターとの結合を媒介し得るが、抗原の結合には関与しない。ｐＦｃ’領域を酵素により切断した、またはｐＦｃ’領域を有さないように産生された抗体は、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントと呼ばれ、インタクトな抗体の両抗原結合部位を保持する。単離されたＦ（ａｂ’）２フラグメントは、２つの抗原結合部位を有することから二価モノクローナルフラグメントと呼ばれる。同様に、Ｆｃ領域を酵素により切断した、またはＦｃ領域を有さないように産生された抗体は、Ｆａｂフラグメントと呼ばれ、インタクトな抗体分子の抗原結合部位のうちの１つを保持する。さらには、共有結合している抗体のＬ鎖、および抗体のＨ鎖の一部からなるＦａｂフラグメントは、Ｆｄ（Ｈ鎖可変領域）と示される。このＦｄフラグメントは、抗体特異性の主要な決定基であり（単一のＦｄフラグメントは抗体特異性を変更せずに１０本までの異なるＬ鎖と会合し得る）、Ｆｄフラグメントは単独でエピトープ結合能力を保持する。
【０１５１】
用語Ｆａｂ、Ｆｃ、ｐＦｃ’、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖは、それぞれ標準的な免疫学的意味で使用される［Ｋｌｅｉｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９８２）；Ｃｌａｒｋ，Ｗ．Ｒ．（１９８６）Ｔｈｅ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｍｏｄｅｒｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）；Ｒｏｉｔｔ，Ｉ．（１９９１）Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第７版（Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｏｘｆｏｒｄ）；およびＰｉｅｒ  ＧＢ，Ｌｙｃｚａｋ  ＪＢ，Ｗｅｔｚｌｅｒ  ＬＭ（編）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）第１版、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．］。
【０１５２】
他の実施形態において、本発明の抗体のＦｃ部分は、本明細書において記載されるモノクローナル抗体のＣＤＲ、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２およびＰＴＡ−５９３３として寄託されるハイブリドーマによって産生されるモノクローナル抗体のＣＤＲの一部または全てを含んだヒトＩｇＧ抗体およびＩｇＭを産生するために置換され得る。特に重要なのは、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３領域、そしてそれほどまでに重要ではないにせよ、本明細書に記載されるモノクローナル抗体の他のＣＤＲおよびフレームワーク領域の一部、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３として寄託されたハイブリドーマによって産生されるモノクローナル抗体の他のＣＤＲおよびフレームワーク領域の一部とを含むことである。そのようなヒトの抗体は、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧを認識し、それ（ら）と好ましく選択的に結合するが、ヒトにおいて抗体自体に対する免疫応答を引き起こさないという点で、特有の臨床的有用性を有する。
【０１５３】
本発明はまた、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチドの機能的に等価な改変体を含むことを意図する。「機能的に等価な改変体」は、本発明のペプチドと同じ機能（すなわち、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合する能力、ならびにいくつかの実施形態においては、ＰＮＡＧ発現細菌株のオプソニン作用を促進する能力）を有する化合物である。機能的に等価な改変体は、天然に存在するペプチドであり得るが、これに限定されない。例えば、機能的に等価な改変体は、炭水化物、ペプチド模倣物などであり得る。重要な実施形態において、機能的に等価な改変体は、保存的置換を有する可変領域またはＣＤＲのアミノ酸配列を有するペプチドであり、このペプチドは依然としてブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合し得る。クローンＦ５９８（すなわち、配列番号１）のＨ鎖可変領域からのブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３の機能的に等価な改変体の例には、配列番号１において保存的置換を有するペプチドであり、このペプチドは、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと好ましくは特異的に結合し、必要に応じてＰＮＡＧ発現細菌株（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌）のオプソニン作用を向上させる。本明細書中で使用される場合、「保存的置換」は、アミノ酸配列が起こるペプチドの相対的な電荷または大きさの特性を変更しないアミノ酸置換のことである。アミノ酸の保存的置換には、次の群を有するアミノ酸間でなされる置換が含まれる：（１）Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｖ；（２）Ｆ、Ｙ、Ｗ；（３）Ｋ、Ｒ、Ｈ；（４）Ａ、Ｇ；（５）Ｓ、Ｔ；（６）Ｑ、Ｎ；および（７）Ｅ、Ｄ。
【０１５４】
機能的に等価な改変体は、本明細書において明確に記載されるペプチドとの同一性を有し得る。つまり、そのような改変体は、本明細書において提供されるアミノ酸配列との少なくとも９９％の同一性、少なくとも９８％の同一性、少なくとも９７％の同一性、少なくとも９６％の同一性、少なくとも９５％の同一性、少なくとも９４％の同一性、少なくとも９３％の同一性、少なくとも９２％の同一性、少なくとも９１％の同一性、少なくとも９０％の同一性、少なくとも８５％の同一性、少なくとも８０％の同一性、少なくとも７５％の同一性、少なくとも７０％の同一性、少なくとも６５％の同一性、少なくとも６０％の同一性、少なくとも５５％の同一性、少なくとも５０％の同一性、少なくとも４５％の同一性、少なくとも４０％の同一性、少なくとも３５％の同一性、少なくとも３０％の同一性、少なくとも２５％の同一性、少なくとも２０％の同一性、少なくとも１０％の同一性、または少なくとも５％の同一性を有し得る。
【０１５５】
機能的等価性は、等価な活性（例えば、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／もしくはｄＰＮＡＧと結合すること、またはＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌）のオプソニン食菌作用を向上させること）についていうが、そういった活性のレベルのばらつきも包含する。例えば、機能的等価物は、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと、本明細書において記載されるモノクローナル抗体クローンより小さなもしくは大きな親和力、またはそれと等しい親和力で結合する改変体である。ただし、その改変体が、本発明において依然として有用である（すなわち、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合し、必要に応じてＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌）のオプソニン食菌作用を向上させる）ことが条件である。
【０１５６】
こういった置換は、当業者に公知の種々の方法によってなされ得る。例えば、アミノ酸置換は、Ｋｕｎｋｅｌの方法（Ｋｕｎｋｅｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８２：４８８−４９２，１９８５）に従う特定部位の突然変異誘発法であるＰＣＲ特異的突然変異によって、または特定のＣＤＲをコードする遺伝子もしくは本明細書において記載されるＣＤＲアミノ酸配列を含むペプチドの化学合成によってなされ得る。ＣＤＲ含有ペプチドを改変するためのこれらの方法および他の方法は、当業者に公知であり、上記したような方法を編集する参考文献（例えば、ＳａｍｂｒｏｏｋまたはＡｕｓｕｂｅｌ）において見出され得る。しかしながら、いくつかの実施形態においては、ＣＤＲの大きさのため、ペプチド合成機（例えば、市販のペプチド合成機）を使用して種々の改変体ペプチドを合成すると、より簡便であり得る。ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲの機能的に等価な改変体の活性は、下記により詳細に検討される結合アッセイ、また場合によっては生物活性アッセイにより試験され得る。本明細書中で使用される場合、用語「機能的改変体」、「機能的に等価な改変体」および「機能的に活性な改変体」は、相互交換可能に使用される。
【０１５７】
本明細書中で使用される場合、用語「機能的に活性な抗体フラグメント」は、ブドウ球菌ＰＮＡＧ結合領域またはブドウ球菌ｄＰＮＡＧ結合領域を含む本発明の抗体分子フラグメントであって、好ましくは特異的な様式で、それぞれブドウ球菌ＰＮＡＧまたはｄＰＮＡＧと結合する能力を保持するものを意味する。そのようなフラグメントは、インビトロおよびインビボの両方において使用され得る。特に、周知の機能的に活性な抗体フラグメントとしては、これらに限定されないが、抗体のＦ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆａｂフラグメント、ＦｖフラグメントおよびＦｄフラグメントが挙げられる。インタクトな抗体のＦｃフラグメントを欠くこれらのフラグメントは、インタクトな抗体よりも素早く循環系から除去され、それよりも小さな非特異的組織結合性を有する（Ｗａｈｌら、Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．２４：３１６−３２５（１９８３））。別の例として、単鎖抗体は、Ｌａｄｎｅｒらによる米国特許第４，９４６，７７８号に記載される方法に従って構成され得る。そのような単鎖抗体は、可撓性のリンカー部分によって連結されるＬ鎖およびＨ鎖の可変領域を含む。単離された可変Ｈ鎖シングルドメインを含むシングルドメイン抗体（「Ｆｄ」）を入手するための方法もまた、報告されている（例えば、Ｗａｒｄら、Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：６４４−６４６（１９８９）を参照。標的エピトープが単離形態で結合するのに十分な親和力を有する抗体Ｈ鎖可変領域（ＶＨシングルドメイン抗体）を同定するスクリーニング法を開示している）。公知の抗体Ｈ鎖およびＬ鎖可変領域配列に基づく組み換えＦｖフラグメントを作製するための方法は、当該技術分野において公知であり、例えば、Ｍｏｏｒｅらによる米国特許第４，４６２，３３４号に記載されている。抗体フラグメントの使用および生成について記載している他の参考文献としては、例えば、Ｆａｂフラグメント（Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ａｎｄ  Ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，１９８５年））、Ｆｖフラグメント（Ｈｏｃｈｍａｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １２：１１３０（１９７３）；Ｓｈａｒｏｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １５：１５９１（１９７６）；Ｅｈｒｌｉｃｈら、米国特許第４，３５５，０２３号）、および抗体分子の一部（Ａｕｄｉｌｏｒｅ−Ｈａｒｇｒｅａｖｅｓ、米国特許第４，４７０，９２５号）が挙げられる。したがって、当業者はブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧに対する抗体の特異性を破壊することなく、インタクトな抗体の様々な部分から抗体フラグメントを構成し得る。
【０１５８】
本発明の重要な局面において、機能的に活性な抗体フラグメントはまた、ＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌）をオプソニン化および食菌する能力を保持する。この後者の局面の場合、抗体フラグメントは、Ｆｃ領域およびエピトープを結合するドメイン含む。このＦｃ領域により、抗体フラグメントがＦｃレセプター陽性細胞と結合し、続いて抗体のＦａｂ領域が結合したエピトープを食菌することを可能とする。
【０１５９】
加えて、ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ＣＤＲ３領域を包含するペプチドを含む小ペプチドは、本発明のペプチドを産生するための組み換え方法によって容易に合成または産生され得る。そのような方法は、当業者に周知である。ペプチドは、例えば市販の自動ペプチド合成機を使用して合成され得る。これらのペプチドは、組み換え技術により、このペプチドを発現するＤＮＡを発現ベクターに組み込み、発現ベクターで細胞をペプチドに形質転換し、ペプチドを賛成させることによって産生され得る。
【０１６０】
ペプチド（抗体を含む）は、当該技術分野において公知の標準的な結合アッセイを使用して、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するそれらの能力について試験され得る。適切なアッセイの例としては、ＰＮＡＧおよび／ｄＰＮＡＧ（例えば、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧ）を（例えば、マルチウェルプレートのウェル中の）表面に固定し、次いで、標識ペプチドと接触させ得る。次いで、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合する（それにより、表面上に固定される）ペプチドの量は、特定のペプチドがＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合するかどうかを決定するために定量され得る。あるいは、表面に結合しないペプチドの量もまた測定され得る。このアッセイを変形して、ペプチドは、インビトロにおいて成長したＰＮＡＧ発現コロニーと直接的に結合する能力について試験され得る。
【０１６１】
ペプチド結合はまた、競合アッセイを使用して試験され得る。試験されるペプチド（抗体を含む）が、モノクローナル抗体またはフラグメントの結合性の減少によって示されるように、本明細書において記載されるモノクローナル抗体または抗体フラグメントと競合するのであれば、このペプチドおよびモノクローナル抗体は、同じかまたは少なくとも一部重複するエピトープと結合する可能性がある。このアッセイシステムにおいて、抗体または抗体フラグメントは標識が付けられ、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧは、固体表面に固定される。これらのアッセイおよび他のアッセイは、本明細書においてより詳細に記載される。このようにして、競合抗体を含む競合ペプチドが同定され得る。本発明は、ペプチド、および特にＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧとの結合について抗体Ｆ５９８、抗体Ｆ６２８または抗体Ｆ６３０と競合する抗体（すなわち、Ｆ５９８、Ｆ６２８またはＦ６３０と同じエピトープを認識してそれらと結合する抗体）（ならびにそれらのフラグメント）を含む。
【０１６２】
標準的結合アッセイは、当該技術分野において周知であり、多数の標準的結合アッセイ（ＥＬＩＳＡ、競合結合アッセイ（上記）、サンドイッチアッセイ、放射性標識ペプチドまたは放射性同位元素標識抗体を使用した放射性受容体アッセイ、免疫アッセイなどを含む）が、本発明に適している。アッセイの性質は、そのアッセイが少数のペプチドの結合を検出するのに十分敏感であるということを本質的に提供しない。
【０１６３】
種々の他の試薬もまた、結合混合物中に含まれ得る。これらの試薬には、塩類、緩衝剤、中和タンパク質（例えば、アルブミン）、洗浄剤などといった試薬が含まれ、最適な結合を促進するために使用され得る。そのような試薬はまた、反応成分の非特異的相互作用すなわちバックグラウンド相互作用を低減し得る。アッセイの効率を改善する他の試薬もまた、使用され得る。前述したアッセイ物質の混合物は、モノクローナル抗体が通常特異的にＰＮＡＧおよび／ｄＰＮＡＧ（例えば、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧ）と結合する条件下でインキュベントされる。そのような条件は、好ましくは、生理的条件を模倣する。成分の添加順序、インキュベーション温度、インキュベーション時間、およびアッセイの他のパラメータは、容易に決定され得る。そのような実験は、アッセイの基本的な構成の最適化ではなく、単にアッセイのパラメータの最適化を必要とする。インキュベーション温度は、代表的には４℃と４０℃との間である。インキュベーション時間は、好ましくは迅速な高スループットのスクリーニングを促進するために最短化され、代表的には０．１時間と１０時間との間である。インキュベーション後、ペプチドとＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧとの間の特異的結合の有無が、使用者が使用可能な簡便な任意の方法によって検出される。
【０１６４】
代表的に、複数のアッセイ混合物を、異なるペプチドまたは異なるペプチド濃度で同時に実行し、様々な濃度に対する異なる応答を得る。これらの濃度の１つを、負の対照（すなわち、ＰＮＡＧおよび／もしくはｄＰＮＡＧのゼロ濃度において、またはアッセイ検出限界未満のＰＮＡＧおよび／もしくはｄＰＮＡＧ濃度において）に供する。
【０１６５】
分離工程は、しばしば結合していないペプチドまたは抗体から、結合しているペプチドまたは抗体を分離するために使用される。この分離工程は、種々の方法で成し遂げられ得る。好都合には、成分の少なくとも１つ（例えば、ペプチドまたは抗体）が、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧとの結合によって固体基質に固定される。結合していない成分は、結合分画から容易に分離され得る。この固体基質は、多種多様な物質から作製され得、そして多種多様な形状であり得る（例えば、ポリアクリルアミド、アガロースまたはセファローズのカラムまたはゲル、マイクロタイタープレート、マイクロビーズ、樹脂粒子など）。この分離工程は、好ましくは複数回のリンスまたは洗浄を包含する。例えば、固形基質がマイクロタイタープレートである場合、ウェルは洗浄溶液で数回洗浄され得、この洗浄溶液は、代表的に特異的結合に関与しないインキュベーション混合物の成分（例えば、塩、緩衝剤、洗剤、非特異的タンパク質など）を含む。固形基質が磁気ビーズである場合は、これらのビーズは洗浄溶液で１回以上洗浄され、マグネットを使用して単離され得る。
【０１６６】
本明細書においてより詳細に記載されるように、ペプチドはそれだけで使用されるか、または他の分子（例えば、本発明の検出方法および処置方法における検出因子または細胞毒性因子）と結合した状態で使用され得る。
【０１６７】
代表的に、成分の１つは、通常、検出可能な標識を含むか、または検出可能な標識と結合もしくは結合体化している。検出可能な標識は、その存在が直接的または間接的に確認され得る部分である。一般的に、標識の検出は、標識によるエネルギーの放出を必要とする。この標識は、光量子または特定の波長の他の原子の粒子を放出かつ／または吸収するその標識の能力（例えば、放射能、ルミネセンス、光学濃度、または電子密度など）によって直接的に検出され得る。標識は、別の部分（例えば、ＦＬＡＧエピトープなどのエピトープタグ、ホースラディシュペルオキシダーゼなどの酵素タグなど）と結合し、それを補充し、ときに切断する能力によって間接的に検出され得、この別の部分自体が、特定の波長の光を放出または吸収し得る。間接的な検出の例には、基質を切断して可視生成物にする第一酵素標識の使用がある。この標識は、化学的、ペプチド的、または核酸分子的性質であり得るが、これらに限定されない。他の検出可能な標識としては、放射性アイソトープ（例えば、Ｐ３２またはＨ３）、発光マーカー（例えば、蛍光色素、光学濃度マーカー、もしくは電子密度マーカーなど）、またはエピトープタグ（例えば、ＦＬＡＧエピトープまたはＨＡエピトープ）、ビオチン、アビジン、および酵素タグ（例えば、ホースラディシュペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼなど）が挙げられる。この標識は、ペプチドの合成中または合成後にペプチドと結合され得る。当業者に公知の多数の異なる標識、および標識化方法がある。本発明において使用し得る標識の種類の例としては、酵素、放射性アイソトープ、蛍光化合物、コロイド金属、化学発光化合物、および生物発光化合物が挙げられる。当業者は、本明細書に記載されるペプチドに適した他の標識について既知であるか、または慣例的な実験法を使用してそのことを確認し得る。さらに、本発明のペプチドとこれらの標識とのカップリングまたは結合体化は、当業者には一般的である標準的な技術を使用して実施され得る。
【０１６８】
より高い感度をもたらし得る別の標識化技術は、ペプチドを低分子量のハプテンにカップリングさせることからなる。次いで、これらのハプテンは、第二反応によって特異的に改変し得る。例えば、ハプテン（例えば、アビジンと反応するビオチン、または特定の抗ハプテン抗体と反応し得るジニトロフェノール、ピリドキサルもしくはフルオレセイン）を使用することが一般的である。
【０１６９】
抗体またはそれらのフラグメントを含むペプチドと検出可能な標識との結合体化は、とりわけ、診断アッセイにおけるそういった因子の使用を容易する。検出可能な標識の別の区分としては、診断用標識および画像化用標識（これらは一般的に、インビボで検出可能な標識と呼ばれる）、例えば、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）：Ｇｄ（ＤＯＴＡ）；核医学用：２０１Ｔｌ、γ放出放射性核種９９ｍＴｃ；陽子射出断層撮影法（ＰＥＴ）用：陽子射出アイソトープ、（１８）Ｆ−フッ化デオキシグルコース（（１８）ＦＤＧ）、（１８）Ｆ−フッ化物、銅−６４、ガドジアミド、およびＰｂ（ＩＩ）の放射性同位体（例えば、２０３Ｐｂ）；１１１Ｉｎが挙げられる。
【０１７０】
本明細書において記載される結合体化または改変は、慣用的な化学作用を使用し、この化学作用は本発明の一部をなさず、化学分野の当業者に周知である。保護基および公知のリンカー（例えば、モノニ官能性リンカーおよびヘテロニ官能性リンカー）の使用が、文献において詳しく示されており、ここでは繰り返さない。
【０１７１】
本明細書中で使用される場合、「結合体化された」は、任意の生理化学的方法により、互いが安定的に結合している２つの実体を意味する。この結合の性質が、それぞれの実体の効果を実質的に損なわないようなものであるということが重要である。これらのパラメータを留意すると、当業者に公知の任意の共有結合または非共有結合の結合が使用され得る。いくつかの実施形態において、共有結合による結合が好ましい。非共有結合による結合体化としては、疎水性相互作用、イオン性相互作用、高親和性相互作用（例えば、ビオチン−アビジン、およびビオチン−ストレプトアビジン錯化）、ならびに他の親和性相互作用が挙げられる。結合のそのような手段および方法は、当業者に周知である。
【０１７２】
標識を検出するために、その標識および他のアッセイ成分の性質によって、種々の方法が使用され得る。例えばこの標識は、固体基質に結合している間、または個体基質からの分離後に検出され得る。標識は、光学濃度、電子密度、放射線放射、非放射性エネルギー輸送などを通して直接的に、または抗体結合体化、ストレプトアビジン−ビオチン結合体化などを用いて間接的に検出され得る。標識を検出するための方法は、当技術分野において周知である。
【０１７３】
本明細書において記載されるモノクローナル抗体はまた、本発明のモノクローナル抗体と同じ結合特異性を有する他の抗体を、スクリーニングして同定するために使用し得る抗イディオタイプ抗体を産生するために使用され得る。抗イディオタイプ抗体は、本発明のモノクローナル抗体に存在する特有の決定基を認識する抗体である。これらの決定基は、抗体の超可変領域にある。所与のエピトープと結合して、それにより抗体の特異性に関与するのはこの領域である。そのような抗イディオタイプ抗体は、周知のハイブリドーマ技術（Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５，１９７５年）を使用して産生され得る。一例として、抗イディオタイプ抗体は、被験体にモノクローナル抗体を用いて免疫性を与えることにより調製され得る。免疫性を与えられた被験体は、その免疫性を与えているモノクローナル抗体のイディオタイプ決定基を認識してこれらに応答し、これらのイディオタイプ決定基に対する抗体を産生する。本発明のモノクローナル抗体に対して特異的である、免疫性が与えられた動物の抗イディオタイプ抗体を使用することによって、免疫化に使用されたモノクローナル抗体と同じイディオタイプを有する他のクローンを同定することが可能である。２つの細胞株のモノクローナル抗体間におけるイディオタイプの同一性は、２つのモノクローナル抗体が、同じエピトープ決定基の認識に関して同じであるということを示している。したがって、抗イディオタイプ抗体を使用することにより、同じエピトープ特異性を有するモノクローナル抗体を発現している他のハイブリドーマを同定することが可能である。本発明は、前記の抗体種のすべてを包含することを意図する。
【０１７４】
抗イディオタイプ抗体はまた、エピトープを模倣するモノクローナル抗体を産生する抗イディオタイプ技術を使用することが可能であるので、能動免疫法に使用され得る（Ｈｅｒｌｙｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３２：１００，１９８６年）。例えば、第一のモノクローナル抗体に対して作製された抗イディオタイプモノクローナル抗体は、その第一のモノクローナル抗体と結合したエピトープのイメージである超可変領域における結合ドメインを有する。したがって、抗イディオタイプモノクローナル抗体が結合しているドメインが抗原として効果的に作用するので、抗イディオタイプモノクローナル抗体は免疫化のために使用され得る。
【０１７５】
本発明はさらに、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対して特異的な第一の抗原結合ドメイン、および別の部分に対して特異的な第二の抗原結合ドメインを含んでいる二重特異性抗体を企図する。ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対して特異的なこの第一の抗原結合ドメインは、任意のＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ結合ペプチド（本明細書において記載される、またはＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２、およびＰＴＡ−５９３３を有する寄託されたハイブリドーマから産生されるもしくはこれらに由来するＣＤＲ、可変領域、Ｆａｂフラグメントを含む）をも含み得る。第二の抗原結合ドメインは、細菌細胞または宿主細胞といった細胞上の部分に対して特異的であり得る。宿主細胞は、免疫系細胞、または感染した組織からの細胞であり得る。免疫系細胞によって発現される細胞表面分子、または種々の宿主組織細胞からの細胞表面分子に対する抗体は、ＳｉｇｍａまたはＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎといった供給源により一般に市販されている。当業者は、本明細書における教示および当技術分野における知識に基づいて、このような二重特異性抗体を生成し得る。同様に、本発明はまた、三重特異性抗体を企図する（例えば、二重特異性抗体の生成および三重特異性抗体の生成について、米国特許第５，９４５，３１１号、および米国特許第６，５５１，５９２号を参照）。
【０１７６】
本発明のモノクローナル抗体の、特異性に関与する配列が決定された。したがって、本発明に記載のペプチドは、組み換えＤＮＡ技術を使用して調整され得る。米国には、この職務を商業的に実施する存在、例えばＴｈｏｍａｓ  Ｊｅｆｆｅｒｓｏｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、およびｔｈｅ  Ｓｃｒｉｐｐｓ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｃｏｒｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）がある。例えば、可変領域ｃＤＮＡは、寄託されたハイブリドーマＲＮＡから、（アミノ酸配列に由来する）縮重プライマーまたは非縮重プライマーを使用して、ポリメラーゼ連鎖反応により調製され得る。このｃＤＮＡは、サブクローンされ、従来の配列決定反応または装置によって配列決定するのに十分な量の二本鎖ＤＮＡを産生し得る。
【０１７７】
抗ブドウ球菌ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧモノクローナル抗体のＨ鎖およびＬ鎖可変ドメインの核酸配列の知識を用いて、当業者は、この抗体をコードするか、または上記の種々の抗体フラグメント、ヒト化抗体、もしくはポリペプチドをコードする核酸を産生し得る。このような核酸は、本発明のペプチドのクローン化または発現のために組み換えベクターを形成している他の核酸と作動可能なように結合されることが企図される。本発明は、原核生物であろうと真核生物であろうと、その形質転換、形質導入、遺伝子治療についてのコード配列またはコード配列の一部を含んでいる任意の組み換えベクターも含む。そのようなベクターは、当業者に公知である通常の分子生物学的技術を使用して調製され得、ＣＤＲ領域（および好ましくはＣＤＲ３領域）についての配列、および抗体またはその一部の特異性に寄与しているさらなる可変配列、さらに他の非特異的ペプチド配列についてのＤＮＡコード配列、ならびに搬出または分泌についてのシグナル配列を有する適切なプロモーター（Ｗｈｉｔｔｌｅら、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．１：４９９、１９８７年、およびＢｕｒｔｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６６：１０２４−１０２７、１９９４年）、または搬出もしくは分泌についてのシグナル配列を有さない適切なプロモーター（Ｍａｒａｓｃｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９０：７８８９、１９９３年、およびＤｕａｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ（ＵＳＡ）９１：５０７５−５０７９、１９９４年）を含む。そのようなベクターは、当業者に公知の従来技術によって、原核細胞（Ｈｕｓｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５、１９８９年、Ｗａｒｄら、Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：６４４−６４６、１９８９年；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１、１９９１年、およびＢａｒｂａｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８８：７９７８、１９９１年）もしくは真核細胞（Ｗｈｉｔｔｌｅら、１９８７年、およびＢｕｒｔｏｎら、１９９４年）中に形質転換もしくは形質導入されるか、または遺伝子治療（Ｍａｒａｓｃｏら、１９９３年、およびＤｕａｎら、１９９４年）のために使用され得る。
【０１７８】
本明細書中で使用される場合「ベクター」は、異なる遺伝環境間の輸送または宿主細胞における発現に対する拘束およびライゲーションによって、所望の配列が挿入され得る多数の核酸のうちのいずれかであり得る。ベクターは、代表的にＤＮＡからなるが、ＲＮＡベクターもまた利用可能である。ベクターとしては、これらに限定されないが、プラスミドおよびファージミドを含む。クローニングベクターは、宿主細胞において複製し得、１つ以上のエンドヌクレアーゼ制限部位によってさらに特徴づけられるベクターである。このベクターは、このエンドヌクレアーゼ制限部位において制御可能に切断され得、新たな組み換えベクターが宿主細胞中で複製する能力を保持するように、所望のＤＮＡ配列がこのエンドヌクレアーゼ制限部位にライゲーションされ得る。プラスミドの場合、所望の配列の複製は、プラスミドが宿主細菌内においてコピー数を増加させる場合は何度も起こり得、あるいは、宿主が有糸分裂によって繁殖する前に１つの宿主につき一度だけ起こり得る。ファージの場合、複製は、溶菌化段階においては活発に起こるか、または溶原化段階において非活発に起こり得る。発現ベクターは、所望のＤＮＡ配列が、調節塩基配列と作動可能に結合されるように拘束およびライゲーションによって挿入され、ＲＮＡ転写物として発現され得るベクターである。ベクターはさらに、そのベクターで形質変換もしくは形質導入された細胞か、または形質変換もしくは形質導入されていない細胞の同定における使用に適切なマーカー配列を１つ以上含み得る。マーカーとしては、例えば、抗生物質または他の化合物に対する耐性または感受性を増加または減少させるタンパク質をコードしている遺伝子、当該技術分野において公知の標準的なアッセイよってその活性が検出可能な酵素（例えば、β−ガラクトシダーゼまたはアルカリホスファターゼ）をコードする遺伝子、および形質転換または形質導入された細胞、宿主、コロニーまたはプラークの表現型に明らかに影響する遺伝子が挙げられる。好ましいベクターは自律複製し得、かつベクターが作動可能に結合するＤＮＡセグメントに存在する構造遺伝子産物を発現し得るベクターである。
【０１７９】
本発明の発現ベクターは、本発明のペプチドのうちの１つをコードするヌクレオチド配列と作動可能に結合した調節塩基性配列を含む。本明細書中で使用される場合、用語「調節塩基性配列」は、所望のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の転写に必要もしくは有益であり、かつ結果として生じる所望のポリペプチドへの転写物の翻訳に必要もしくは有益であるヌクレオチド配列、またはそのどちらかに必要もしくは有益なヌクレオチド配列を意味する。調節塩基性配列としては、これらに限定されないが、５’配列（例えば、オペレーター、プロモーター、およびリボソーム結合配列）、および３’配列（例えば、ポリアデニル化シグナル）が挙げられる。本発明のベクターは、必要に応じて、５’リーダー配列またはシグナル配列、タンパク質精製を助ける融合生成物をコードする５’配列または３’配列、および形質転換体の同定または選択を助ける種々のマーカーを含み得る。適切なベクターの選択および設計は、当業者の能力および裁量の範囲内である。続くペプチドの精製は、当該技術分野において公知である種々の標準的な方法のうちのいずれかによって達成され得る。
【０１８０】
ペプチドのスクリーニングに好ましいベクターは、必ずしも本発明のペプチドの量産に好ましいわけではないが、ヌクレオチド配列を含んでいる組み換えＤＮＡ分子であり、このヌクレオチド配列は、融合ポリペプチドをコードし、融合ポリペプチドを発現し得、アミノ末端からカルボキシ末端の方向に、（１）原核生物の分泌シグナルドメイン、（２）本発明のポリペプチド、および必要に応じて（３）融合タンパク質ドメインを含む。このベクターは、融合ポリペプチドを発現するためのＤＮＡ調節塩基性配列、好ましくは原核生物の調節塩基性配列を含む。そのようなベクターは、当業者によって構築され得、Ｓｍｉｔｈら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２８：１３１５−１３１７、１９８５年）、Ｃｌａｃｋｓｏｎら（Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８、１９９１年）；Ｋａｎｇら（「Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ａ  Ｃｏｍｐａｎｉｏｎ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：第２巻」Ｒ．Ａ．Ｌｅｒｎｅｒ、およびＤ．Ｒ．Ｂｕｒｔｏｎ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ、ｐｐ１１１−１１８、１９９１年）；Ｂａｒｂａｓら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８８：７９７８−７９８２、１９９１年）、Ｒｏｂｅｒｔｓら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８９：２４２９−２４３３、１９９２年）によって記載されている。
【０１８１】
融合ポリペプチドは、本発明のペプチドの精製に有用であり得る。例えば、融合ドメインは、市販のベクターであるｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  ＢｉｏＬａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）のＮｉ＋カラムまたはマルトース結合タンパク質を利用した精製を可能にするポリ−Ｈｉｓテールを含む。決して必須ではないが、現在のところ好ましい融合ドメインは繊維状ファージ膜アンカーである。このドメインは、特にモノクローナル抗体のファージ提示ライブラリーのスクリーニングに有用であるが、抗体の量産に対しては有用性がそれより小さいこともあり得る。この繊維状ファージ膜アンカーは、好ましくは、繊維状ファージ粒子のマトリックスと会合し、それによって融合ポリペプチドをこのファージの表面に組み込んで、固相が特定の抗原またはエピトープと結合することを可能とし、それにより、ファージミドベクターによってコードされた特定の抗体またはフラグメントの濃縮および選定を可能とし得るｃｐＩＩＩまたはｃｐＶＩＩＩコートタンパク質のドメインである。
【０１８２】
分泌シグナルは、宿主細胞のタンパク質膜（例えば、グラム陰性細菌のペリプラズム膜）を標的とするタンパク質のリーダーペプチドドメインである。Ｅ．ｃｏｌｉに対する好ましい分泌シグナルは、ｐｅｌＢ分泌シグナルである。ｐｅｌＢ遺伝子が産生するＥｒｗｉｎｉａ  ｃａｒｏｔｏｖａからの２つの改変体に由来する分泌シグナルドメインの予測されるアミノ酸残基配列は、Ｌｅｉらによる文献（Ｎａｔｕｒｅ  ３８１：５４３−５４６、１９８８年）に記載されている。ｐｅｌＢタンパク質のリーダー配列は、以前は融合タンパク質に対する分泌シグナルとして使用されていた（Ｂｅｔｔｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−１０４３、１９８８年；Ｓａｓｔｒｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ（ＵＳＡ）８６：５７２８−５７３２、１９８９年；およびＭｕｌｌｉｎａｘら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８７：８０９５−８０９９、１９９０年）。本発明において有用なＥ．ｃｏｌｉに由来する他の分泌シグナルポリペプチドドメインについてのアミノ酸残基配列は、Ｏｌｉｖｅｒによる文献（Ｎｅｉｄｈａｒｄ，Ｆ．Ｃ．（編）Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ，Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，１：５６−６９，（１９８７））に見出され得る。
【０１８３】
Ｅ．ｃｏｌｉにおいて高レベルな遺伝子発現を達成するためには、大量のｍＲＮＡを生じさせるための強力なプロモーターだけでなく、確実にｍＲＮＡが効率良く翻訳されるためのリボソーム結合部位も使用する必要がある。Ｅ．ｃｏｌｉにおいて、リボソーム結合部位は、開始コドン（ＡＵＧ）および開始コドンから３〜１１ヌクレオチド上流側に位置する３〜９ヌクレオチドの長さの配列を含む（Ｓｈｉｎｅら、Ｎａｔｕｒｅ  ２５４：３４、１９７５年）。配列ＡＧＧＡＧＧＵはＳｈｉｎｅ−Ｄａｌｇａｒｎｏ（ＳＤ）配列と呼ばれ、Ｅ．ｃｏｌｉ  １６Ｓ  ｒＲＮＡの３’末端を補完する。リボソームのｍＲＮＡおよびｍＲＮＡの３’末端における配列への結合は、いくつかの要因によって影響され得る：（ｉ）ＳＤ配列と１６Ｓ  ｒＲＮＡの３’末端との間の補完性の程度；（ｉｉ）ＳＤ配列とＡＵＧとの間にあるスペーシングおよび場合によりＤＮＡ配列（Ｒｏｂｅｒｔｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）７６：７６０．、１９７９ａ年：Ｒｏｂｅｒｔｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）７６：５５９６、１９７９ｂ年；Ｇｕａｒｅｎｔｅら、Ｓｉｅｎｃｅ  ２０９：１４２８、１９８０年；およびＧｕａｒｅｎｔｅら、Ｃｅｌｌ  ２０：５４３、１９８０年）。最適化は、このスペーシングが体系的に改変されるプラスミド中の遺伝子の発現レベルを測定することによって達成される。異なるｍＲＮＡの比較は、位置−２０から＋１３（ここで、ＡＵＧのＡは位置０である）に統計的に好ましい配列があることが示している（Ｇｏｌｄら、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３５：３６５、１９８１年）。リーダー配列は、目覚しく翻訳に影響を及ぼすことが示されている（Ｒｏｂｅｒｔｓら、１９７９ａ年および１９７９ｂ年（前出））；ならびに（ｉｉｉ）ＡＵＧに続き、リボソーム結合に影響するヌクレオチド配列（Ｔａｎｉｇｕｃｈｉら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、１１８：５３３、１９７８年）。
【０１８４】
３’調節塩基性配列は、異種の融合ポリペプチドに作動可能に連結され、フレームにおいて少なくとも１つの終止（停止）コドンを規定する。
【０１８５】
原核生物の発現宿主を用いた好ましい実施形態は、使用されるベクターが、原核生物の複製起点またはレプリコン、すなわち、組み換えＤＮＡ分子で形質転換された原核生物宿主細胞（例えば、細菌宿主細胞）において、その組み換えＤＮＡ分子の自律複製および維持を染色体外に指示する能力を有するＤＮＡ配列を含む。そのような複製起点は、当該技術分野において周知である。好ましい複製起点は、宿主生物において有効な複製起点である。好ましい宿主細胞はＥ．ｃｏｌｉである。Ｅ．ｃｏｌｉにおけるベクターの使用にとって、好ましい複製起点は、ｐＢＲ３２２および種々の他の一般的なプラスミドにおいて見受けられるＣｏｌＥ１である。また、ｐＡＣＹＣおよびその誘導体で見出されるｐ１５Ａ複製起点が好ましい。ＣｏｌＥ１およびｐ１５Ａレプリコンは、分子生物学において広範に使用されており、種々のプラスミドにおいて利用可能であり、Ｓａｍｂｒｏｏｋらによる文献（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、１９８９年）に記載されている。
【０１８６】
加えて、原核生物レプリコンを含むような実施形態は、好ましくは、その発現が選択的有利性（例えば、薬剤耐性）をそれで形質転換された細菌宿主に与える遺伝子も含む。典型的な細菌性薬物耐性遺伝子は、アンピシリン、テトラサイクリン、ネオマイシン／カナマイシン、またはクロラムフェニコールに対する耐性を与える遺伝子である。ベクターはまた、代表的に翻訳可能なＤＮＡ配列の挿入に好都合な制限部位を含んでいる。例示的なベクターは、プラスミドｐＵＣ１８およびｐＵＣ１９、ならびに誘導ベクター（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）から入手可能なｐｃＤＮＡＩＩ）である。
【０１８７】
本発明のペプチドがＨ鎖およびＬ鎖の両配列を含んでいる抗体である場合、これらの配列は、別個のベクターでコードされるか、またはより好都合には、単一のベクターによって発現され得る。Ｈ鎖およびＬ鎖は、翻訳後または分泌後に、天然の抗体分子のヘテロダイマー構造を形成し得る。このようなヘテロダイマー抗体は、Ｈ鎖とＬ鎖との間のジスルフィド結合によって安定化され得るかまたはされ得ない。
【０１８８】
ヘテロダイマー抗体の発現についてのベクター（例えば、本発明のインタクトな抗体、または本発明のＦ（ａｂ’）２、ＦａｂもしくはＦｖフラグメント抗体）は、翻訳可能な第一および第二のＤＮＡ配列の受け取りおよび発現に適合している組み換えＤＮＡ分子である。つまり、ヘテロダイマー抗体を発現するためのＤＮＡ発現ベクターは、２つの翻訳可能ＤＮＡ配列を、ベクターに存在する２つの別個のカセットへ独立的にクローンニング（挿入）するためのシステムを提供し、ヘテロダイマー抗体の第一および第二のポリペプチドを発現するための２つの別個のシストロンを形成する。２つのシストロンを発現するためのＤＮＡ発現ベクターは、ジシストロン（ｄｉｃｉｓｔｒｏｎｉｃ）発現ベクターと呼ばれる。
【０１８９】
好ましくは、このベクターは、上流および下流ＤＮＡ調節塩基性配列を含む第一のカセットを含み、指向性ライゲーションに適合するヌクレオチド配列を通じて挿入ＤＮＡと作動可動に連結される。この上流翻訳可能配列は、好ましくは、上記のように分泌シグナルをコードする。このカセットは、第一の抗体ポリペプチドを発現するためのＤＮＡ調節塩基性配列を含み、この第一の抗体ポリペプチドは、挿入翻訳可能ＤＮＡ配列（挿入ＤＮＡ）が、指向性ライゲージョンに適合するヌクレオチド配列により、カセットに指向性をもって挿入される場合に産生される。
【０１９０】
ジシストロン発現ベクターはまた、第二の抗体ポリペプチドを発現するための第二のカセットを含む。第二のカセットは、好ましくは上記のように分泌シグナルをコードする第二の翻訳可能ＤＮＡ配列を含み、その３’末端において、指向性ライゲーションに適合するヌクレオチド配列を通し、カセットのリーディングフレーム中の少なくとも１つの終止コドンを代表的に規定するベクターの下流ＤＮＡ配列と作動可能に連結している。第二の翻訳可能ＤＮＡ配列は、その５’末端において、ＤＮＡ調節塩基性配列と作動可能に連結し、５’エレメントを形成している。第二のカセットは、翻訳可能ＤＮＡ配列（挿入ＤＮＡ）の挿入の際に、ポリペプチドが挿入ＤＮＡによってコードされる、分泌シグナルを含む第二の融合ポリペプチドを発現し得る。
【０１９１】
本発明のペプチドはまた、真核生物細胞（例えば、ＣＨＯ細胞、ヒトハイブリドーマ、不死化Ｂ−リンパ芽球様細胞など）によって産生され得る。この場合、真核生物の調節塩基性配列が、ペプチドをコードしているヌクレオチド配列と作動可能に連結しているベクターが構築される。適切な真核生物のベクターの設計および選択は、当業者の能力および裁量の範囲内である。続くペプチドの精製は、当該技術分野において公知である種々の標準的な方法のうちのいずれかによって達成され得る。
【０１９２】
別の実施形態において、本発明は、本発明のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた、したがってそのベクターを含む原核生物および真核生物の両方の宿主細胞を提供する。
【０１９３】
核酸に関して本発明で使用されるとき、用語「単離された」は（ｉ）インビトロにおいて、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅されたこと；（ｉｉ）クローニングによる組み換え的に産生されること；（ｉｉｉ）（例えば）切断およびゲル分離により精製されること；または（ｉｖ）例えば、化学合成によって合成されることを意味する。単離核酸は、当該技術分野において周知の組み換えＤＮＡ技術により容易に操作可能な核酸である。したがって、その中の５’および３’制限部位が知られているか、またはそれについてのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列が開示されているベクターに含まれているヌクレオチド配列は、単離していると考えられるが、天然の宿主において天然のままで存在する核酸配列は単離しているとは考えられない。単離核酸は、実質的に純粋である得るが、純粋である必要はない。例えば、クローニングベクターまたは発現ベクター内で単離されている核酸は、その核酸が存在する細胞内の物質の僅かな部分のみを含み得るという点で純粋ではない。しかしながら、核酸は当業者に公知の標準的な技術によって容易に操作可能であるため、単離核酸という用語が本明細書中で使用される場合、その核酸は単離されている。
【０１９４】
本明細書中で使用される場合、コード配列と調節塩基性配列とが「作動可能に連結された」は、調節塩基性配列の影響および制御のもと、コード配列の発現または転写をもたらすためにそれらが共有結合している場合に言われる。コード配列が機能タンパク質へと翻訳されることが望まれる場合、２つのＤＮＡ配列は作動可能に連結されていると言うが、ただしそれは、それらの５’調節塩基性配列中のプロモーターの導入がコード配列の転写を引き起こし、２つのＤＮＡ配列間における結合の性質が、（１）フレームシフト突然変異の導入を引き起こさない、（２）コード配列の転写を命令するプロモーター領域の能力を妨げない、または（３）対応するＲＮＡ転写物の能力を妨げずにタンパク質へと翻訳する場合である。したがって、結果として生じる転写物が所望のタンパク質またはポリペプチドへと翻訳され得るように、プロモーター領域がそのＤＮＡ配列の転写を実施し得る場合、プロモーター領域は作動可能にコード配列と連結されている。
【０１９５】
遺伝子発現に必要とされる調節塩基性配列の正確な特徴は、種間または細胞型間で異なり得るが、一般には、それぞれ転写および翻訳の開始に関連する５’非転写配列および５’非翻訳配列（例えば、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列など）を必要に応じて必ず含む。特に、そういった５’非転写調節塩基性配列は、作動可能に連結した遺伝子の転写制御についてのプロモーター配列を含むプロモーター領域を含む。調節塩基性配列はまた、所望のとおり、エンハンサー配列または上流活性化配列を含み得る。
【０１９６】
本発明はまた、本明細書において記載されるペプチドの、インビボおよびインビトロ方法での使用を包含することを意図する。本発明の方法は、ＰＮＡＧ発現細菌による感染（例えば、ブドウ球菌感染）の診断および処置に有用である。「ブドウ球菌」は、本明細書中で使用される場合、ＰＮＡＧ抗原を発現する全てのブドウ球菌細菌種について言及する。ブドウ球菌として分類される細菌は、当該技術分野において周知であり、微生物学文献に記載されている。ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌としては、これらに限定されないが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（ＲＰ６２Ａ（ＡＴＣＣ番号３５９８４）、ＲＰ１２（ＡＴＣＣ番号３５９８３）およびＭ１８７を含む）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＲＮ４２２０（ｐＣＮ２７）およびＭＮ８ムコイドを含む）、およびｉｃａ遺伝子座の遺伝子で形質転換されたＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｒｎｏｓｕｓなどの菌株（ＴＭ３００（ｐＣＮ２７）を含む）が挙げられる。ＰＮＡＧを発現する他の細菌株は生来、ｐｇａ遺伝子座を有するか、またはｐｇａ遺伝子座で形質転換される。例としては、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ），Ｙ．ｅｎｔｅｒｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ａｘｏｎｏｐｏｄｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（これらはすべて、完全なｐｇａＡＢＣＤ遺伝子座を有する配列決定された種である）、ならびにＡｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ（例えば、メガプラスミド型）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、およびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａが挙げられる。ＰＮＡＧを発現する他の細菌株は、当業者によって容易に同定され得る。例えば、ｉｃａまたはｐｇａ遺伝子座を有する細菌は、ＰＮＡＧを産生し得る。ｉｃａおよびｐｇａ遺伝子座の核酸配列は公知であるので、当業者はｉｃａまたはｐｇａ遺伝子座に関連するｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を容易にスクリーニングし得る（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓについてはＨｅｉｌｍａｎｎ，Ｃ．，Ｏ．Ｓｃｈｗｅｉｔｚｅｒ，Ｃ．Ｇｅｒｋｅ，Ｎ．Ｖａｎｉｔｔａｎａｋｏｍ，Ｄ．ＭａｃｋおよびＦ．Ｇｏｔｚ（１９９６）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂａｓｉｓ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｄｈｅｓｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｂｉｏｆｉｌｍ−ｆｏｒｍｉｎｇ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ．Ｍｏｌｅｃ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０：１０８３、およびＳ．ａｕｒｅｕｓについてはＣｒａｍｔｏｎ  ＳＥ，Ｇｅｒｋｅ  Ｃ，Ｓｃｈｎｅｌｌ  ＮＦ，Ｎｉｃｈｏｌｓ  ＷＷ，Ｇｏｔｚ  Ｆ．、Ｔｈｅ  ｉｎｔｅｒｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｄｈｅｓｉｏｎ（ｉｃａ）ｌｏｃｕｓ  ｉｓ  ｐｒｅｓｅｎｔ  ｉｎ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ａｎｄ  ｉｓ  ｒｅｑｕｉｒｅｄ  ｆｏｒ  ｂｉｏｆｉｌｍ  ｆｏｒｍａｔｉｏｎ．Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９９年１０月；６７（１���）：５４２７−３３；Ｂｌａｔｔｎｅｒ，Ｆ．Ｒ．，Ｇ．Ｐｌｕｎｋｅｔｔ  ＩＩＩ，Ｃ．Ａ．Ｂｌｏｃｈ，Ｎ．Ｔ．Ｐｅｒｎａ，Ｖ．Ｂｕｒｌａｎｄ，Ｍ．Ｒｉｌｅｙ，Ｊ．Ｃｏｌｌａｄｏ−Ｖｉｄｅｓ，Ｊ．Ｄ．Ｇｌａｓｎｅｒ，Ｃ．Ｋ．Ｒｏｄｅ，Ｇ．Ｆ．Ｍａｙｈｅｗ，Ｊ．Ｇｒｅｇｏｒ，Ｎ．Ｗ．Ｄａｖｉｓ，Ｈ．Ａ．Ｋｉｒｋｐａｔｒｉｃｋ，Ｍ．Ａ．Ｇｏｅｄｅｎ，Ｄ．Ｊ．Ｒｏｓｅ，Ｂ．ＭａｕおよびＹ．Ｓｈａｏ．１９９７年．Ｔｈｅ  ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｇｅｎｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｋ−１２．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７７：１４５３−１４７４に記載されており、Ｂｌａｔｔｎｅｒらに報告される遺伝子はｙｃｄＳＲＱＰと呼ばれ、Ｗａｎｇら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、２００４年５月、ｐ．２７２４−２７３４、第１８６巻、第９号においてｐｇａＡＢＣＤと改名されている）。加えて、細菌株の莢膜は単離され、液体クロマトグラフィおよび質量分析を用いて分析され得る。
【０１９７】
本発明によって提供される検出または診断方法は、概して、本発明の１つ以上のペプチドを被験体中のサンプルまたは被験体からのサンプルと接触させる工程を含む。インビボ検出方法もまた構想されるが、第一にこのサンプルが被験体から採取されることが好ましい。このサンプルは、細菌のすみかとなっている可能性のあるどのような生体組織または体液も含み得る。例えば、ブドウ球菌感染は、本質的に人体のすべての組織、臓器および流体において起こり得るが、皮膚、骨、間接、肺、および血液に感染しているブドウ球菌感染が、最も一般的に見受けられる。Ｅ．ｃｏｌｉ感染は、例えば、尿生殖器道ならびに他の組織および位置において起こり得る。Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染は、皮膚における腺ペストおよび肺における肺ペストの原因となる。Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ感染は、気道において百日咳（ｗｈｏｐｐｉｎｇ  ｃｏｕｇｈ）の原因となる。本質的に体液、組織、または臓器（例えば、皮膚、骨、間接、肺、粘膜（例えば、痰）および血液）を、細菌の存在について試験され得る。
【０１９８】
本明細書中で使用される場合、用語「処置」は、医学的に望ましい利益を達成する目的でなされる被験体に対するペプチドの投与について言及する。したがって、「処置」には、「予防的」処置方法および「治療的」処置方法の両方を包含されることを意図する。予防的処置方法は、感染（例えば、ブドウ球菌感染）の診断に先立ち、被験体に投与される処置について言及する。つまり、この被験体は感染の恐れはあり得るが、感染（例えば、ブドウ球菌感染）の症状を呈していない。治療的処置方法は、感染（例えば、ブドウ球菌感染）の診断後に被験体に投与される処置について言及する。つまり、この被験体は、（例えば、ブドウ球菌に）感染していると診断されたか、あるいは、そのような感染に関連する症状を示し得る。
【０１９９】
本発明の抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体は、感染因子に対する曝露の危険性がある被験体において受動免疫を誘発し、全身性の感染および疾患の顕出を予防または制限するのに有用である。ＰＮＡＧ発現細菌（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓといったブドウ球菌）による感染に対する受動免疫性を誘導するための方法は、被験体に有効量の抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓといったブドウ球菌のオプソニン作用を引き起こす抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体）を投与することによって実施される。「受動免疫性」は、本明細書中で使用される場合、被験体に対する抗体の投与を含み、これらの抗体が細菌の表面に付着し、細菌が食菌される原因となるように、（同じ種および異なる種の被験体を含む）異なる被験体において抗体が産生される。
【０２００】
抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体は、ＰＮＡＧを発現する細菌による感染（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌感染）を顕出する危険性のある任意の被験体に投与されて受動免疫性を誘導し得、いくつかの実施形態において、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧに対する能動免疫を誘導し得ない被験体に特に適し得る。免疫応答を誘導し得ない被験体は、免疫無防備状態の被験体（例えば、化学療法を受けている患者、ＡＩＤＳ患者など）、または免疫系がまだ発達していない被験体（例えば、早産新生児）である。
【０２０１】
「被験体」は、本明細書中で使用される場合、温血哺乳動物であり、これらに限定されないが、ヒト、霊長類、畜産動物（例えば、ウマ、ウシ、ブタ、ヤギ、ヒツジおよびニワトリ）、およびペット（例えば、イヌおよびネコ）を含む。いくつかの実施形態において、この被験体は非齧歯類の被験体である。非齧歯類の被験体は、上記に定義される任意の被験体であるが、特にマウス、ラット、およびウサギといった齧歯類を除外する。いくつかの実施形態において、好ましい被験体はヒトである。ときに、この被験体は、股関節置換または膝置換といった人工器官を有するか、またはそういった人工器官を受ける予定である人となる。なぜなら、そのようなデバイスは、特に細菌による転移増殖の傾向があるためである。本明細書において記されるように、本発明のいくつかの局面は、植物における感染の検出および処置も提供する。
【０２０２】
本発明の抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体は、ＰＮＡＧ発現細菌（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓなどのブドウ球菌）に対する免疫を誘導するための有効量で被験体に投与される。「ＰＮＡＧ発現細菌に対する免疫を誘導するための有効量」は、（ｉ）そういった細菌による感染がその細菌に曝露される被験体において起こることを妨げる；（ｉｉ）感染の顕出を阻害する（すなわち、感染の顕出を阻止するかまたは遅らせる）；および／または（ｉｉｉ）感染の影響を軽減する（すなわち、感染した被験体において、細菌負荷を軽減するかまたは細菌を完全に根絶する）のに十分な抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体の量である。例として、「ブドウ球菌に対する免疫性を誘導するための有効量」は、本明細書中で使用される場合、（ｉ）ブドウ球菌による感染がブドウ球菌に曝露される被験体において起こることを妨げる；（ｉｉ）感染の顕出を阻害する（すなわち、感染の顕出を阻止するかまたは遅らせる）；および／または（ｉｉｉ）感染の影響を軽減する（すなわち、感染した被験体において、細菌負荷を軽減するかまたは細菌を完全に根絶する）のに十分な抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体の量である。
【０２０３】
当業者に公知の慣例的な方法を使用して、抗体のオプソニン作用の程度を予測するインビトロオプソニン作用アッセイにより、抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体の量が、「感染に対する免疫性を誘発するための有効量」であるかどうかを決定し得る。ＰＮＡＧ発現細菌（例えば、ＰＮＡＧ発現ブドウ球菌細菌）をオプソニン化する抗体は、そのような細菌の試料に加えられたときに細菌の食菌作用を引き起こす抗体である。オプソニン作用アッセイは、比色定量アッセイ、化学発光アッセイ、蛍光または放射標識取り込みアッセイ、細胞媒介殺菌アッセイ、または物質のオプソニンポテンシャルを測定する他のアッセイであり得る。
【０２０４】
投与の形態により、１ｎｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇの範囲におよぶ抗体用量が効果的である。好ましい範囲は、５００ｎｇと５００μｇ／ｋｇとの間であり、最も好ましくは、１〜１００μｇ／ｋｇの間であると考えられる。絶対量は、その投与が細菌にまだ感染していないが感染の危険性が高い被験体に対して実施されるのか、それとも既に感染している被験体に対して実施されるのかということ、並行処置、用量数、および患者それぞれのパラメータ（年齢、身体的状態、背格好、体重を含む）を含む種々の要因に依存する。これらは、当業者に周知の要因であり、慣例的な実験法でも取り組まれ得る。一般的には、最大用量、つまり健全な医学的判断に従う最大安全用量を使用することが好ましい。
【０２０５】
本発明の抗体の複数用量もまた企図される。一般的に免疫化スキームは、高用量の抗体投与後数週間の待機期間に続く低用量の抗体投与を必要とする。さらなる用量の投与もあり得る。受動免疫化のための投与スケジュールは、より頻繁な投与を必要とし得る。特定のＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体の複数用量の供給に望ましい時間間隔は、当業者により慣例的な実験法を使用すれば決定され得る。
【０２０６】
種々の投与経路が実施可能である。選択される特定の形態は、当然ながら、選択される特定の抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体、処置される特定の状態、および治療効力に必要とされる投与量に依存する。本発明の方法は、一般的に言うと、医学的に受容可能な投与形態、つまり、臨床的に受容不可能な副作用の原因とならない効果的なレベルの保護を生じる形態を使用して実施され得る。好ましい投与形態は、非経口経路である。用語「非経口の」は、皮下注射または注入技術、静脈内注射または注入技術、筋肉内注射または注入技術、腹腔内注射または注入技術、および胸骨内注射または注入技術を含む。他の経路としては、これらに限定されないが、口、鼻、皮膚、舌下、および局所が挙げられる。
【０２０７】
本発明の抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体は、他の抗細菌薬物（例えば、抗生物質）または他の抗細菌抗体と結合体化して与えられ得る。細菌感染の処置における抗体の使用は慣例的である。一般的な投与ビヒクル（例えば、錠剤、インプラント、注射可能溶液など）は、本発明の抗体ならびに抗細菌薬および／または抗体の両方を含み得る。あるいは、抗細菌薬物および／または抗体は、別個に投薬され得る。抗細菌薬物または抗体はまた、抗ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗体と結合体化され得る。
【０２０８】
抗細菌薬は周知であり、ペニシリンＧ、ペニシリンＶ、アンピシリン、アモキシリン、バカンピシリン、シクラシリン（ｃｙｃｌａｃｉｌｌｉｎ）、エピシリン、ヘタシリン、ピバンピシリン（ｐｉｖａｍｐｉｃｉｌｌｉｎ）、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、カルベニシリン、チカルシリン、アブロシリン（ａｖｌｏｃｉｌｌｉｎ）、メズロシリン、ピペラシリン、アムジノシリン（ａｍｄｉｎｏｃｉｌｌｉｎ）、セファレキシン、セフラジン、セファドロキシル（ｃｅｆａｄｏｘｉ）、セファクロール、セファゾリン、セフロキシムアキセチル（ｃｅｆｕｒｏｘｉｍｅ  ａｘｅｔｉｌ）、セファマンドール、セフォニシド、セフォキシチン、セフォタキシム、セフチゾキシム、セフメノキシン、セフトリアキソン、モキサラクタム、セフォテタン、セフォペラゾン、セフタジジム（ｃｅｆｔａｚｉｄｍｅ）、イミペネム、クラブラナート（ｃｌａｖｕｌａｎａｔｅ）、チメンチン（ｔｉｍｅｎｔｉｎ）、スルバクタム、ネオマイシン、エリスロマイシン、メトロニダゾール、クロラムフェニコール、クリンダマイシン、リンコマイシン、バンコマイシン、トリメトプリム−スルファメトキサゾール、アミノグリコシド、キノロン、テトラサイクリンおよびリファンピン（ＧｏｏｄｍａｎおよびＧｉｌｍａｎによるＰｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｃｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、第８版、１９９３年、ＭｃＧｒａｗ  Ｈｉｌｌ  Ｉｎｃ．を参照）。
【０２０９】
本発明の方法によると、ペプチドは、薬学的組成物として投与され得る。一般に、薬学的組成物は、本発明のペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む。ペプチド、モノクローナル抗体、および抗体フラグメントに対する薬学的に受容可能なキャリアが当業者に周知である。本明細書中で使用される場合、薬学的に受容可能なキャリアは、活性成分の生物活性効果（例えば、ブドウ球菌ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧと結合し、必要に応じてオプソニン作用および食菌作用を向上させるペプチドの能力）を妨げない非毒性物質を意味する。
【０２１０】
薬学的に受容可能なキャリアとしては、希釈剤、充填剤、塩類、緩衝剤、安定剤、可溶化剤、および当該技術分野において周知の他の物質が挙げられる。ペプチドに対する例示的な薬学的に受容可能なキャリアは、特に米国特許番号５，２１１，６５７号に記載される。そのような調製物は慣例的に、塩類、緩衝因子、保存剤、適合性キャリア、および必要に応じて他の治療因子を含み得る。医薬中に使用される場合、塩類は薬学的に受容可能であるべきだが、薬学的に受容不可能な塩類は、それらの薬学的に受容可能な塩類を調製するために好都合に使用され得、本発明の範囲から除外されない。そのような薬理学的かつ薬学的に受容可能な塩類としては、これらに限定されないが、次の酸から調製された塩類を含む：塩化水素酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、マレイン酸、酢酸、サリチル酸、クエン酸、ギ酸、マロン酸、コハク酸など。また、薬学的に受容可能な塩類は、アルカリ金属塩またはアルカリ土類塩（例えば、ナトリウム塩、カリウム塩、またはカルシウム塩）として調製され得る。
【０２１１】
本発明のペプチドは、固形、半固形、液状、ガス状の形態（例えば、錠剤、カプセル剤、散剤、顆粒剤、軟膏剤、液剤、デポジット（ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｉｅｓ）、吸入剤および注射剤）および経口投与、非経口投与または外科的投与についての通常の方法での調製物へ処方され得る。本発明はまた、（例えば、インプラントによって）局所的投与のために処方される薬学的組成物を包含する。
【０２１２】
経口投与に適した組成物は、個別の単位、例えば、カプセル剤、錠剤、トローチ剤として与えられ得、所定量の活性因子をそれぞれ含んでいる。他の組成物としては、水性液体または非水性液体中の懸濁剤、例えば、シロップ剤、エリキシル剤、または乳剤が挙げられる。
【０２１３】
本明細書において記載される化合物（ペプチド改変体および非ペプチド改変体を含む）が治療に使用されるとき、特定の実施形態において、投与の望ましい経路は、肺用エアロゾルによってであり得る。化合物を含むエアロゾル送達システムを調製するための技術は、当業者に周知である。一般的に、そのようなシステムには、ペプチドの生物学的特性を著しく損なわない化合物を使用すべきである（例えば、ＳｃｉａｒｒａおよびＣｕｔｉｅ  「Ａｅｒｏｓｏｌｓ」Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、第１８版、１９９０年、ｐｐ．１６９４−１７１２を参照；参考として援用される）。当業者は、過度な実験に頼ることなく、エアロゾルを産生するための種々のパラメータおよび条件を容易に決定し得る。
【０２１４】
本発明の方法はまた、潜在する細菌感染を処置するための従来治療と連結して本発明のペプチドを投与する工程を包含する。例えば本発明の方法は、従来処置（例えば、抗生物質治療）と同時に実施され得る。いくつかの実施形態において、このペプチドは、従来治療と実質的に同時に投与され得る。実質的に同時にとは、本発明のペプチドが、従来処置（例えば、抗生物質）の投与とほぼ同時期に被験体に投与され、それにより、２つの化合物が相加効果または相乗効果を発揮し得ることを意味する。ときに、ペプチドと従来処置の因子とは、互いに結合体化されている。そうでない場合、これらの化合物は、物理的に独立している。
【０２１５】
本発明のペプチドは、組織に直接的に投与され得る。好ましくは、この組織は細菌感染が存在する組織である。あるいは、この組織は感染が起こる可能性のある組織である。直接的な組織投与は、直接注射によって達成され得る。このペプチドは、１度投与されるか、あるいは複数回の投与で投与され得る。複数回で投与される場合、このペプチドは、異なる経路を通って投与され得る。例えば、最初の（または最初の数回の）投与は冒されている組織へ直接的になされ得、その後の投与は全身的であり得る。
【０２１６】
非経口投与の調製物は、滅菌水性または滅菌非水性の溶液、懸濁液、および乳濁液を含む。非水性溶媒の例には、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油（例えば、オリーブ油）、および注射可能な有機エステル（例えば、オレイン酸エチル）がある。水性キャリアとしては、水、アルコール／水溶液、乳濁液または懸濁液（生食水および緩衝媒質を含む）が挙げられる。非経口ビヒクルとしては、塩化ナトリウム溶液、リンガーデキストロース、塩化デキストロース、塩化ナトリウム、乳酸加リンガー油、または不揮発性油が挙げられる。静脈内ビヒクルとしては、流体および栄養補充液、電解質補充液（例えば、リンガーデキストロースに基づく補充液）などが挙げられる。保存薬および他の添加物（例えば、抗菌物質、抗酸化剤、キレート剤、および不活性ガスなど）も存在し得る。他形態の投与（例えば、静脈内投与）では、用量はそれより少ない。最初に与えられた用量で被験体における応答が不十分である場合には、より高用量（または異なるより局所化された送達経路により、効果的により高用量）が、患者の耐性が許す程度まで使用され得る。一日に複数の用量が、適切な全身レベルの化合物を達成するために企図されている。
【０２１７】
さらに他の実施形態において、好ましいビヒクルは、生物適合性微粒子または哺乳類のレシピエントへの移植に適したインプラントである。この方法に従って有用な例示的な生体内分解性インプラントが、ＰＣＴ国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ／０３３０７号（公開番号ＷＯ９５／２４９２９号：発明の名称「Ｐｏｌｙｍｅｒｉｃ  Ｇｅｎｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍ」、１９９４年３月１５日出願の米国特許出願番号２１３，６６８号に対する優先権を主張している）に記載されている。ＰＣＴ／ＵＳ／０３３０７は、生物高分子を含むための生物適合性であって、好ましくは生分解性であるポリマーマトリクスについて記載している。ポリマーマトリクスは、被験体における薬剤の徐放を達成するために使用され得る。本発明の一局面に従い、本明細書において記載される因子は、ＰＣＴ／ＵＳ／０３３０７において開示される生物適合性であって、好ましくは生分解性であるポリマーマトリクス内に被包されるかまたは分散され得る。このポリマーマトリクスは、好ましくはミクロスフェア（ここで因子が固形ポリマーマトリクス中に分散される）、またはミクロカプセル（ここで因子がポリマーシェルのコアに蓄えられる）といった微粒子の形態である。この因子を含むための他形態のポリマーマトリックスとしては、フィルム、コーティング、ゲル、インプラント、およびステントが挙げられる。ポリマーマトリックスデバイスの大きさおよび組成は、マトリックスデバイスが移植される組織中で好ましい放出速度になるように選択される。ポリマーマトリックスデバイスの大きさはさらに、使用される送達方法に従って選択され、代表的な送達方法は、組織内への注射、または鼻腔領域および／もしくは肺動脈弁区へのエアロゾルによる懸濁液の投与である。ポリマーマトリックスの組成は、好ましい分解速度を有し、かつ生体接着性の物質から形成され、デバイスが血管表面、肺表面または他の表面に投与される場合、移転の効力がさらに増すように選択され得る。マトリックスの組成はまた、分解するように選択されるのではなく、むしろ長時間にわたる拡散により放出するように選択され得る。
【０２１８】
非生分解性ポリマーマトリックスおよび生分解性ポリマーマトリックスの両方を、本発明の因子を被験体に送達するために使用され得る。生分解性マトリックスが好ましい。そのようなポリマーは、天然ポリマーかまたは合成ポリマーであり得る。合成ポリマーが好ましい。このポリマーは、放出が望まれる期間に基づき選択され、この期間は、一般的に約２、３時間から１年以上である。代表的に、２、３時間〜１２ヶ月の範囲に及ぶ期間にわたる放出が最も望ましい。このポリマーは、必要に応じ、それ自体の重量の約９０％まで水を吸収し得るヒドロゲルの形態であり、そしてさらに、必要に応じ、多価イオンまたは他のポリマーと架橋されている。
【０２１９】
一般に、本発明の因子は、生体内分解性のインプラントを使用して、分散によるかまたはより好ましくは、ポリマーマトリックスの分解により送達され得る。生分解性送達システムの形成に使用され得る例示的な合成ポリマーとしては；ポリアミド、ポリカーボネート、ポリアルキレン、ポリアルキレングリコール、ポリアルキレンオキシド、ポリアルキレンテレフタレート（ｐｏｌｙａｌｋｙｌｅｎｅ  ｔｅｒｅｐｔｈａｌａｔｅ）、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、ポリビニルエステル、ポリ−ビニルハライド、ポリビニルピロリドン、ポリグリコリド、ポリシロキサン、ポリウレタンおよびそのコポリマー、アルキルセルロース、ヒドロキシアルキルセルロース、セルロースエーテル、セルロースエステル、ニトロセルロース、アクリルエステルポリマー、メタクリルエステルポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシ−プロピルメチルセルロース、ヒドロキシブチルメチルセルロース、酢酸セルロース、プロピオン酸セルロース、酢酸酪酸セルロース、酢酸フタル酸セルロース、カルボキシルエチルセルロース、三酢酸セルロース、セルロース硫酸ナトリウム塩、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリ（メタクリル酸エチル）、ポリ（ブチルメタクリレート）、ポリ（メタクリル酸イソブチル）、ポリ（ヘキシルメタクリレート）、ポリ（メタクリル酸イソデシル）、ポリ（メタクリル酸ラウリル）、ポリ（メタクリル酸フェニル）、ポリ（アクリル酸メチル）、ポリ（アクリル酸イソプロピル）、ポリ（アクリル酸イソブチル）、ポリ（アクリル酸オクタデシル）、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリ（エチレングリコール）、ポリ（エチレンオキシド）、ポリ（テレフタル酸エチレン）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ酢酸ビニル、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ならびにポリビニルピロリドンが挙げられる。
【０２２０】
非生分解性ポリマーの例としては、エチレン酢酸ビニル、ポリ（メタ）アクリル酸、ポリアミド、ならびにそれらのコポリマーおよび混合物が挙げられる。
【０２２１】
生分解性ポリマーの例としては、合成ポリマー（例えば、乳酸およびグリコール酸のポリマー、ポリ無水物、ポリ（オルト）エステル、ポリウレタン、ポリ（酪酸）（ｂｕｔｉｃ  ａｃｉｄ）、ポリ（吉草酸）、およびポリ（ラクチド−コカプロラクトン））、そして天然ポリマー（例えば、アルギナート、ならびにデキストランおよびセルロースを含む他のポリサッカライド、コラーゲン、それらの化学的誘導体（置換、化学基（例えば、アルキル、アルキレン）の付加、ヒドロキシル化、酸化、および当業者によって慣例的になされる他の修飾）、アルブミンおよび他の親水性タンパク質、ゼインおよび他のプロラミンおよび他の疎水性タンパク質）、ならびにそれらのコポリマーおよび混合物が挙げられる。一般に、これらの物質は、酵素加水分解またはインビボにおける水への曝露によって、表面侵食またはバルク侵食により分解する。
【０２２２】
特に興味深い生体接着性ポリマーは、Ｈ．Ｓ．Ｓａｗｈｎｅｙ，Ｃ．Ｐ．ＰａｔｈａｋおよびＪ．Ａ．Ｈｕｂｅｌｌによる文献（Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，１９９３年、２６、５８１−５８７）に記載されている生体内分解性ヒドロゲル（ポリヒアルロン酸、カゼイン、ゼラチン、グルチン、ポリ無水物、ポリアクリル酸、アルギナート、キトサン、ポリ(メタクリル酸メチル)、ポリ(メタクリル酸エチル）、ポリ(ブチルメタクリルレート）、ポリ(メタクリル酸イソブチル）、ポリ(ヘキシルメタクリレート)、ポリ(メタクリル酸イソデシル）、ポリ（メタクリル酸ラウリル）、ポリ(メタクリル酸フェニル）、ポリ(アクリル酸メチル）、ポリ(アクリル酸イソプロピル）、ポリ(アクリル酸イソブチル）、およびポリ(アクリル酸オクタデシル)）を含み、この文献による教示は本明細書において援用される。
【０２２３】
他の送達システムは、徐放性放出送達システム、緩効性放出送達システム、または持続性放出送達システムを含み得る。そのようなシステムは、ペプチドの反復投与を避け得、被験体および医師にとっての好都合さを増す。多種類の放出送達システムが利用可能であり、当業者に公知である。それらには、例えば、ポリ（ラクチド−グリコリド）、コポリオキサレート、ポリカプロラクトン、ポリエステルアミド、ポリオルトエステル、ポリヒドロキシ酪酸、およびポリ無水物といったポリマーベースのシステムが挙げられる。薬物を含んでいる前記ポリマーのマイクロカプセルは、例えば、米国特許第５，０７５，１０９号において記載されている。送達システムとして、ステロール（例えば、コレステロール、コレステロールエステル、および脂肪酸）、または中性脂肪（例えば、モノ−グリセリド、ジ−グリセリド、およびトリ−グリセリド）を含む脂質；ヒドロゲル放出システム；シラスティックシステム；ペプチドベースのシステム；ワックスコーティング；従来の結合剤および賦形剤を使用した圧縮錠剤；部分的に融合したインプラント；などである非ポリマーシステムもまた挙げられる。特異的な例としては、これらに限定されないが：（ａ）血小板を減少させる因子がマトリックス内にある形態で含まれている侵食システムであって、例えば、米国特許第４，４５２，７７５号、第４，６７５，１８９号、および第５，７３６，１５２号に記載されている侵食システム、ならびに（ｂ）ポリマーから活性成分が制御された速度で透過する拡散システムであって、例えば、米国特許第３，８５４，４８０号、第５，１３３，９７４号、および第５，４０７，６８６号に記載される拡散システムが挙げられる。加えて、ポンプベースのハードウェア送達システムも使用され得、そのなかには移植に適合するものもある。
【０２２４】
長期徐放インプラントの使用は、感染（例えば、ブドウ球菌感染）を顕出する危険性のある被験体の予防的処置に特に適し得る。長期放出は、本明細書中で使用される場合、治療レベルの有効成分を少なくとも３０日間、好ましくは６０日間送達するように、インプラントを構築し、調整することを意味する。長期徐放インプラントは、当業者に周知であり、上記の放出システムのうちのいくつかを含む。
【０２２５】
次の実施例は、本発明の実施の特異的な例を例示するために提供されるのであり、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。当業者には明らかなように、本発明は種々の組成物および方法における適用を見出す。
【実施例】
【０２２６】
Ｓ．ａｕｒｅｕｓおよびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、病院および地域社会で捕捉される広範な感染症と結び付けて考えられる。抗生物質耐性の上昇が、これらの感染症の処置および予防するための新療法の開発を促す。宿主組織または移植された補綴デバイスへの細菌の付着力が、ブドウ球菌感染の成立に対してしばしば重要となる。インビボにおいてブドウ球菌表面に発現され、防御抗体の標的であることがわかった接着分子の１つが、ポリ−Ｎアセチル−グルコサミン（ＰＮＡＧ）である。この接着分子は、これに限定されないが、Ｅ．ｃｏｌｉなどの他の細菌によって発現され、使用される。
【０２２７】
（実験手順）
ハイブリドーマ：
Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症の発症後の患者から血液を回収し、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をフィコールハイパーク沈殿法を使用して、その血液サンプルから単離した。Ｐｏｓｎｅｒらによって記載されるＢ９５．８細胞株から産生されたエプスタイン−バーウィルス（ＥＢＶ）（Ｐｏｓｎｅｒら、Ｅｐｓｔｅｉｎ  Ｂａｒｒ  ｖｉｒｕｓ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  Ｂ  ｃｅｌｌｓ  ｓｅｃｒｅｔｉｎｇ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｒｅａｃｔｉｖｅ  ｗｉｔｈ  ｃｅｌｌ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ．１９９０年；８（２）：１４９−５８）に一晩曝露することによって、Ｂ細胞を刺激した。２４時間後、これらの細胞を洗浄し、１０％リンパ球調整培地（ＬｙＣＭ：４８時間フィトヘマグルチニンで刺激したヒトＰＢＭＣから調製した）を含む増殖培地（２０％ＦＢＳを補充したＲＰＭＩ１６４０）１００μｌ中１×１０６ＰＢＭＣ／ウェルの濃度で９６ウェルプレート中に分散させた。５日後、１０％ＬＹＣＭを補充したさらなる増殖培地１００μｌを加えた。次いで、週に１度、１００μｌの使用済み培地を除去し、１０％ＬｙＣＭを補充した１００μｌの増殖培地を添加することによって、ＥＢＶに刺激された細胞を培養した。
【０２２８】
ウェルは高い密度で播種され（ウェル表面の底の８０％を超える増殖、および細胞増殖を意味する培地のｐＨ変化が生じることよって証拠付けられるように）、ＥＬＩＳＡによるＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対する特異的抗体の産生について、それらの培養物をスクリーニングした。次いで、抗体に対する陽性反応を与える単一の個々のウェルからの細胞を、組織培養プレートの４８ウェルに分散し、増殖の７日後、ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧ抗原との反応性についてその上清を試験した。
【０２２９】
次いで、ＥＬＩＳＡにより陽性試験を続けた培養物を、ヒト−マウス骨髄腫細胞株ＨＭＭＡ２．５と融合させ、以前に記載されているようなハイブリドーマ（Ｐｏｓｎｅｒら、Ｔｈｅ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｕｓｅ  ｏｆ  ａ  ｈｕｍａｎ−ｍｏｕｓｅ  ｍｙｅｌｏｍａ  ａｎａｌｏｇｕｅ  ｓｕｉｔａｂｌｅ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｒｏｕｔｉｎｅ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ｓｅｃｒｅｔｉｎｇ  ｈｕｍａｎ  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ．１９８７年１２月；６（６）：６１１−２５）を生じさせた。融合後、融合した細胞を選定するために、増殖培地（２０％ＦＢＳおよびヒポキサンチン−アミノプテリン−チミジン（ＨＡＴ）およびオーバイン（ｏｕｂａｉｎ）を補充したＲＰＭＩ  １６４０）を有するマイクロウェルプレート中で、細胞を培養した。これらの培養物は週に１度の間隔で養分を補給し、ＥＬＩＳＡにより抗体産生についてスクリーニングした。
【０２３０】
ハイブリドーマを１細胞／ウェルの密度でクローニングし、正の成長を有するウェルをＥＬＩＳＡにより特異的抗体についてスクリーニングし、陽性の抗体産生しているハイブリドーマを入れるウェルは、より大きな容積の組織培養プレート中のウェルに、次いでより大きな容積のフラスコへと拡大され、クローニングされた細胞株を得た。ＰＮＡＧ、ｄＰＮＡＧのいずれかまたはそれら両方に結合するヒトＩｇＧ２抗体を産生する３つのハイブリドーマ（Ｆ５９８、ＤＦ６２８、およびＦ６３０と呼ばれる）を回収した。
【０２３１】
ＰＮＡＧの化学修飾：
Ｎ−置換基およびＯ置換基の大半を除去するために、精製されたＰＮＡＧを最終的濃度が０．５ｍｇ／ｍｌになるまで５Ｍ  ＮａＯＨに溶解させ、攪拌しながら３７℃で１８時間インキュベートした。次いで、強塩基性溶液を、最終ｐＨが６と８との間になるように５Ｎ  ＨＣｌで中和し、２４時間ｄＨ２Ｏと接して透析した。最終生成物を、試料を凍結乾燥させることによって得た。
【０２３２】
ＥＬＩＳＡ：
Ｉｍｍｕｌｏｎ  ４  マイクロタイタープレートを、感作緩衝液（０．２Ｍ  ＮａＨ２ＰＯ４、０．２Ｍ  Ｎａ２ＨＰＯ４、０．０２％  アジド）中の最適結合濃度の各抗原１００μｌ（天然ＰＮＡＧに対しては０．６μｌ／ｍｌ、そしてｄＰＮＡＧに対しては３μｇ／ｍｌ）でコーティングし、４℃で一晩インキュベートした。プレートをＰＢＳ／０．０５％  ｔｗｅｅｎで３度洗浄し、ＰＢＳ中の５％スキムミルク２００μｌでブロックし、次いで４℃で一晩インキュベートした。このプレートを洗浄し、精製したＭＡｂを種々の濃度で加え、ＰＢＳ中の５％スキムミルク／０．０５％  ｔｗｅｅｎ（希釈緩衝液）で希釈した。次いで、このプレートを３７℃で１時間インキュベートして洗浄した。１００μｌの二次抗体（抗ヒトＩｇＧ全分子−アルカリホスファターゼ（ＡＰ）と結合体化しており、ＩＣＮから得られる）を、希釈緩衝剤中に加えて１：１０００の希釈溶液を作製した。このプレートを３７℃で１時間インキュベートして洗浄した。１ｍｇ／ｍｌの濃度の基質緩衝液（８００ｍｇ  ＮａＨＣＯ３、１．４６ｇ  Ｎａ２ＣＯ３、１０ｍｇ  ＭｇＣｌ、５００ｍｌ  Ｈ２Ｏ中の２０ｍｇ  Ｎａ３Ｎ）中リン酸ｐ−ニトロフェニル１００μｌを加え、このプレートを室温で３０分間インキュベートした。このプレートを４０５ｎｍで読取った。Ｓｉｇｍａ製の精製ヒトＩｇＧを標準として使用して、抗ヒトＩｇＧで感作されたプレート上のＭＡｂを定量化した。
【０２３３】
補体沈積アッセイ：
マイクロタイタープレートを、ＥＬＩＳＡアッセイのために調製した。ＭＡｂとのインキュベーションおよび洗浄後、３つの異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ菌株を吸収させた正常なヒト血清を、希釈緩衝溶液中１：５０となるように希釈し、これを補体の供給源として使用した。このプレートを３７℃で１５分間インキュイベートした。このプレートを洗浄後、ヤギ抗ヒトＣ３抗体を、１：２０００の濃度で加え、３７℃で１時間培養した。抗ヤギＩｇＧ−ＡＰ結合体を、１：２０００で加え、３７℃で１時間培養した。このプレートを、１５分間の持続期間のみを除き、本質的にＥＬＩＳＡアッセイについて発現させた。
【０２３４】
オプソニン食菌作用アッセイ：
オプソニン食菌傷害アッセイは、以前に記載されている（Ａｍｅｓら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ４９：２８１−２８５、１９８５年、およびＭａｉｒａ−Ｌｉｔｒａｎら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．７０（８）：４４３３−４４４０、２００２年を参照）。使用される標的菌株はＭｎ８（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）である。標的菌株は、６５０ｎｍの波長での光学密度（ＯＤ６５０）で０．４にまで育て、アッセイ用に１：１００に希釈した。補体（Ａｃｃｕｒａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ａｎｄ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｃｏｒｐ．Ｗｅｓｔｂｕｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １１５９０などの商業的供給源を通じて幼ウサギから得られ、１：１５の希釈で使用される）を、１時間、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのＭｎ８ｍ株に吸収させた（１．０のＯＤ６５０まで再懸濁した）。多形核白血球（ＰＭＮ）を、ヘパリン／デキストラン（混合比１：１）を使用して、新たに採ったヒト血液から単離した。ＰＭＮを、５×１０６細胞／ｍｌの濃度で使用した。種々の濃度でモノクローナル抗体を有する溶液を、抗体供給源として使用した。各成分（モノクローナル抗体溶液、ＰＭＮ、補体、標的細菌）を、１００μｌずつ一緒に加え、次いで回転させながら３７℃で１．５時間インキュベートした。上清を採り、希釈溶液を作製し、ついで、一般的に１：１００および１：１０００の上清希釈溶液を使用して、アリコートをトライピックダイズ寒天培地（ＴＳＡ）に平板培養した。３７℃で一晩のインキュベーション後、細菌コロニーを計数し、傷害レベルを算定した。
【０２３５】
抗体可変領域のクローニング：
各ハイブリドーマからのＲＮＡ抽出を、Ｑｉａｇｅｎ製ＲＮＡｅａｓｙ  ｋｉｔを使用して、約６×１０６個の細胞について実施した。総ＲＮＡ１μｇを、Ｑｉａｇｅｎ製Ｏｍｎｉｓｃｒｉｐｔ  ｋｉｔを使用して、ｃＤＮＡに逆転写した。１μｇのｃＤＮＡ産物を、ＰＣＲ反応についてのテンプレートとして使用した。各反応は、５０μｌのＩｎｖｉｔｏｒｏｇｅｎ製  Ｈｉ  ｆｉ  ｍｉｘ、１００ｐモルの各ヌクレオチドプライマー、および１μｌのｃＤＮＡテンプレートからなる。約３０ＰＣＲサイクルを次のプロトコルで実施した：９４℃で３０秒間のサイクル：９４℃で３０秒間、６５℃で３０秒間、７２℃で１分間、最終伸長７２℃で５分間。ＮＣＢＩデータベース上で利用可能な公知の生殖細胞系との比較で、ＩｇＢＬＡＳＴプログラムを使用してＰＣＲ産物を配列決定し、調査した。
【０２３６】
２００４年４月２１日に受託番号ＰＴＡ−５９３１、ＰＴＡ−５９３２およびＰＴＡ−５９３３としてＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマ細胞株からの抗体可変領域をクローンするために使用されるプライマーは、以下のとおりである：（制限部位には下線を引き、開始ＡＴＧを太字で示した５’−３’）：
【０２３７】
【数３】
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インビボ細菌チャレンジアッセイ：
マウスに、ＰＮＡＧとｄＰＮＡＧとの両方、または対照として受動免疫を誘発するためにＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａアルギナートもしくはＭＥＰ（ＭＡｂ  Ｆ４２９と呼ばれる）をヒトＩｇＧ１  ＭＡｂと結合している非ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧと結合するＭＡｂ  Ｆ５９８を静脈（ＩＶ）投与した。２４時間後、ＭＡｂと同じ投与経路によりＳ．ａｕｒｅｕｓ（５×１０７ＣＦＵ／マウス）を用いてマウスのチャレンジを実施した。
【０２３８】
感染から２時間後の血液中のＣＦＵレベルを、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに対する受動免疫を誘導するために投与されたＭＡｂの効力測定基準として使用した。
【０２３９】
（結果）
ＭＡｂ配列：
ＭａｂＦ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の可変領域およびＣＤＲについてのアミノ酸配列およびヌクレオチド配列を以下に示す。ＣＤＲ領域に下線を引き、定常領域は強調した。
【０２４０】
【数４】
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【０２４１】
【数５】
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【０２４２】
【数６】
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【０２４３】
【数７】
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【０２４４】
【数８】
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【０２４５】
【数９】
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【０２４６】
【数１０】
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【０２４７】
【数１１】
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【０２４８】
【数１２】
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【０２４９】
【数１３】
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ＩｇＧ２  ＭＡｂの特徴付け：
ハイブリドーマは、対応する融合番号から：Ｆ５９８、Ｆ６２８およびＦ６３０と命名された。これらのハイブリドーマから産生された抗体は、すべてＩｇＧ２型でかつλ型であった。タンパク質Ｇカラムを使用した抗体の精製後、ＥＬＩＳＡを使用してＭＡｂのエピトープ特異性の違いを評価した。天然ＰＮＡＧの化学修飾を、特定の置換基を除去するために実施した。強塩基処理（５Ｍ  ＮａＯＨ）により、Ｎ−アセチル基の多くが除去される。図１に見られるように、異なる結合曲線を有するが、ＭＡｂはすべて天然形態のＰＮＡＧとよく結合する。ＰＮＡＧが５Ｍ  ＮａＯＨで処理されてｄＰＮＡＧを産生する場合、Ｆ５９８  ＭＡｂは最大活性で結合する（図２）。この結果により、Ｆ５９８はＰＮＡＧのバックボーンエピトープに対する特異性を有し、ＰＮＡＧポリマーと結合するためにＮ−アセチル化基およびＯ−アセチル化基を必要としないということが示唆される。ＭＡｂ  Ｆ６３０およびＭＡｂ  Ｆ６２８はｄＰＮＡＧとうまく結合しないことから、これらＭＡｂの特異性には、天然形態のＰＮＡＧに見出されるアセテートが必要であることが示唆される。
【０２５０】
競合ＥＬＩＳＡを、ＭＡｂの相対結合活性を評価するために使用した。図３は、ＭＡｂの相対結合活性が：Ｆ５９８＞Ｆ６２８＞Ｆ６３０であることを示している。
【０２５１】
ＩｇＧ１に転換されるＭＡｂの生成および特徴付け：
ヒトＩｇＧ１アイソタイプ抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプよりもうまく補体を抗原表面に固定し得る。したがって、ＭＡｂ可変領域のクローニング、およびＩｇＧ１アイソタイプの産生が実施された。ＩｇＧ２定常領域に対するプライマー、およびオリジナルのハイブリドーマ中で同定された可変領域の５’末端に対して特異的なプライマー（本明細書における「抗体可変領域のクローニング」に提示したプラーマーの一覧を参照）を、オリジナルのＩｇＧ２ハイブリドーマ細胞株から単離したｍＲＮＡから作製されたｃＤＮＡ調製物からＰＣＲ産物を入手するために使用された。ＰＣＲ産物を配列決定して分析し、各抗体を生じる可能性が非常に高い生殖細胞系遺伝子を決定した。表１に示すように、ハイブリドーマがＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧを指向する抗体の作製に使用する、一般的な生殖細胞系遺伝子がある。示すように、ＭＡｂ  Ｆ５９８、ＭＡｂ  Ｆ６２８、およびＭＡｂ  Ｆ６３０は、同じＬ鎖生殖細胞系遺伝子およびＨ鎖Ｄ領域を使用する。違いは、ＭＡｂ  Ｆ６３０のＨ鎖を産生するために使用されるＶ遺伝子、およびＭＡｂ  Ｆ６２８のＨ鎖を産生するために使用されるＪ遺伝子のみある；ＭＡｂのための残りの生殖細胞系遺伝子は同一である。
【０２５２】
【表１】
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各ＭＡｂ（Ｆ５９８、Ｆ６２８およびＦ６３０）のＨ鎖についてのＶ、ＪおよびＤセグメント、ならびにＬ鎖についてのＶおよびＪセグメントを包含する全可変領域をコードするＤＮＡを、κＬ鎖およびＩｇＧ１Ｈ鎖ヒト定常領域を含むＴＣＡＥ６ベクターにクローンした。この最初の構築物は、オリジナルのハイブリドーマから得られたＨ鎖およびＬ鎖遺伝子のオリジナルのペアリングを維持した。そのそれぞれの構築物を含んでいるプラスミドＤＮＡを、ＣＨＯ細胞にトランスフェクトし、その結果として生じるＩｇＧ１  ＭＡｂを精製し、特徴付けた。図４および図５に見られるように、すべてのＩｇＧ１  ＭＡｂは、オリジナルのＩｇＧ２  ＭＡｂと比較した場合、ＰＮＡＧと同一の結合曲線を有するが、ＭＡｂ  Ｆ６２８およびＭＡｂ  Ｆ６３０のＩｇＧ１構築物は、ｄＰＮＡＧと結合する能力の一部を失った（例えば、図１および図２と比較されたい）。
【０２５３】
ＩｇＧ１  ＭＡｂが、ＩｇＧ２の親ＭＡｂよりも多くの活性を活性化している機能的補体を有するかどうかを試験するために、補体沈積アッセイを実施した。この補体沈積アッセイは本質的に、ヒト血清が反応混合物に加えられる場合の補体タンパク質Ｃ３の沈積を測定するＥＬＩＳＡアッセイである。図６に示すとおり、すべてのＩｇＧ１  ＭＡｂは、親ＩｇＧ２  ＭＡｂよりも、活性を固定しているより良い補体を有する。補体の固定が増す程度は、ＭＡｂに依存する。ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧに対する最高の結合活性を有するＭＡｂ  Ｆ５９８に関しては、ＩｇＧ２アイソタイプに対するＩｇＧ１の活性の増加はほんの僅かであった。ＭＡｂ  Ｆ６２８およびＦ６３０に関しては、ＩｇＧ１  ＭＡｂは、親ＩｇＧ２  ＭＡｂの、少なくとも倍の補体沈積活性を有する。
【０２５４】
オプソニン食菌活性：
ＩｇＧ１形およびＩｇＧ２形態の両方におけるモノクローナル抗体Ｆ５９８、Ｆ６２８およびＦ６３０（６μｇのＭＡｂ）のオプソニン食菌活性を、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ菌株Ｍｎ８に対して試験した。ＩｇＧ１形態を使用した場合、モノクローナル抗体Ｆ５９８は、ＣＦＵにおいて最高レベルの減少（すなわち、傷害）を示した（図７）。
【０２５５】
感染に対する受動的保護：
ＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧの両方と結合するＭＡｂ  Ｆ５９８のマウスへ投与してから２４時間後、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ菌株Ｍｎ８でチャレンジし、無関係な抗原であるＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａアルギナートに対するＭＡｂ（有意確率Ｐ＝０．００２）を受容するマウスと比較すると、血液１ｍｌ中におけるＣＦＵの数を感染後２時間で６８％減少した（図８Ａ）。図８Ｂは，対照ＭＡｂまたはＭＡｂ  Ｆ５９８ｇ１を与える各個体動物について血液１ｍｌ当たりのＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵを示す。ＦＶＢマウス１匹当たり８００μｇのＭＡｂ  Ｆ５９８の投与から４時間後に５×１０８ＣＦＵのＳ．ａｕｒｅｕｓ（Ｍｎ８株）を用いた腹腔内（ＩＰ）チャレンジを実施した結果、対照ＭＡｂ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して特異的なＦ４２９）を投与されたマウスと比較して生残が増加した。図８Ｃは、これらの実験の結果を示している。細菌チャレンジから５日後、Ｆ５９８を受けた全てのマウス、および対照ＭＡｂを受けたマウスのうちの約２０％のみが生きていた（１グループ当たり８匹のマウス）。
【０２５６】
Ｅ．ｃｏｌｉ尿路感染症分離株：
１８個のＥ．ｃｏｌｉ臨床尿路感染症（ＵＴＩ）分離株を単離し、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ＰＮＡＧに対して生じた抗血清を使用した免疫ブロット法により、ＰＣＲおよびＰＮＡＧ発現によるｐｇａ遺伝子座の存在について試験した。臨床分離株を培養中で成長させ、一旦細胞が静止期に入ると、ＤＮＡをＰＣＲにおける使用のための標準的な技術によって抽出するか、または細胞を（５分間沸騰させて）ＥＤＴＡ抽出にかけた。１８個の分離株のうちの１７個がｐｇａ遺伝子を有することが、ＰＣＲによって決定された。免疫ブロット法の結果に基づき、これら１７個のうち、約３分の１が相対的に高レベルのＰＮＡＧを発現していると特徴づけられ、約３分の１が相対的に中間（または並）レベルのＰＮＡＧを発現していると特徴づけられ、そして残りの３分の１が相対的に低レベルのＰＮＡＧを発現していると特徴づけられた。加えて、ｐｇａ遺伝子座の過剰発現は、ＰＮＡＧの産生の増大をもたらした。図９は、この免疫ブロット法の結果を示している。菌株「Ｈ」は、検出不可能なレベルのＰＮＡＧを発現し、ｐｇａ遺伝子座を有しない。右上角にあるスロットは、ｐｇａを過剰発現しているＥ．ｃｏｌｉの菌株を示している。
【０２５７】
図１０は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ｄＰＮＡＧに対して生じたポリクローン性抗血清を使用した、前述のＥ．ｃｏｌｉ臨床ＵＴＩ分離株のオプソニン傷害レベルを示している。ＢＷは野生型のＥ．ｃｏｌｉ菌株を示し、ｐｇａ−はｐｇａ遺伝子座が削除されたＥ．ｃｏｌｉ菌株を示し、そしてｐｇａ＋＋はｐｇａを過剰発現しているＥ．ｃｏｌｉの菌株を示している。この傷害レベルは、おおよそであるが、Ｅ．ｃｏｌｉ分離株によるＰＮＡＧの発現レベルとの相互関係を示している。
【０２５８】
図１１Ａおよび図１１Ｂは、高ＰＮＡＧ発現Ｅ．ｃｏｌｉ菌株（菌株Ｕ）および中間ＰＮＡＧ発現Ｅ．ｃｏｌｉ菌株（菌株Ｐ）のオプソニン傷害レベルを、ｄＰＮＡＧおよびＰＮＡＧに対して生じたポリクローナル抗血清によって示している。試験された全ての抗血清希釈溶液において、抗ｄＰＮＡＧは、抗ＰＮＡＧ抗血清よりも効果的に両菌株を傷害した。
【０２５９】
図１２は、種々のブドウ球菌菌株およびＥ．ｃｏｌｉ菌株に対するＭＡｂ  Ｆ５９８のオプソニン食菌活性を、ＭＡｂ  Ｆ５９８、ＭＡｂ  Ｆ６２８、およびＭＡｂ  Ｆ６３０（各アッセイにつき６μｇ／ｍｌのＭＡｂ）によって示している。
【０２６０】
ｉｃａ遺伝子座変異：
図１３および図１４は、変異ｉｃａ遺伝子座を有するＳ，ａｕｒｅｕｓ菌株のＭＡｂ  Ｆ５９８およびＭＡｂ  Ｆ６２８による傷害の結果を示している。図１３で示されるように、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ菌株１０８３３は、ｉｃａ遺伝子座（１０８３３Δｉｃａ）について削除し、次いでＳ．ａｕｒｅｕｓ  Ｍｎ８ｍ（ｐＭｕｃ、ＰＮＡＧ過剰生産体）から単離された野生型ｉｃａ、またはｉｃａＢ遺伝子が削除されたｐＭｕｃ（ｐＭｕｃΔｉｃａＢ）を有するプラスミドを用いて形質転換した。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ菌株１０８３３
（野生型）および１０８３３（ｐｉｃａＢ）が図１４に示されている。菌株１０８３３（ｐｉｃａＢ）は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  Ｍｎ８ｍ（ＰＮＡＧ過剰生産体）のｉｃａ遺伝子座からの構成的プロモーターを使用して、プラスミドからｉｃａＢ遺伝子を過剰発現する。このｉｃａＢ遺伝子は、ＰＮＡＧの脱アセチル化に関与すると考えられている酵素である。ｉｃａＢ遺伝子の削除は、ＭＡｂ  Ｆ５９８による傷害に影響するが、ＭＡｂ  Ｆ６２８による傷害には影響しない。ｉｃａＢ遺伝子が存在しない状況で、ＭＡｂ  Ｆ５９８による傷害は減少する（図１３）。ｉｃａＢ遺伝子の過剰発現は、ＭＡｂ  ６２８の傷害にほとんどまたは全く影響を及ぼさないＭＡｂ  Ｆ５９８による傷害の増大をもたらす。
【０２６１】
（結論）
化学修飾したＰＮＡＧを使用したＥＬＩＳＡは、天然形態のＰＮＡＧを指向する３つの完全なヒトＭＡｂの特異性における違いを強調した。ＭＡｂ  Ｆ５９８はＰＮＡＧおよびｄＰＮＡＧを認識することが見出されたことから、分子のバックボーンに対して特異的である。ＭＡｂ  Ｆ６２８およびＭＡｂ  Ｆ６３０は、明らかにアセテート特異的エピトープを認識する。競合ＥＬＩＳＡによるＭＡｂの相対結合活性の評価は、Ｆ５９８が最大の結合活性を有し、次いでＦ６２８、Ｆ６３０が続くことを示す。可変領域のクローニングは、ＰＮＡＧおよび／またはｄＰＮＡＧに対する抗体を産生するための遺伝子限定用法があることを示す。ＭＡｂの定常領域をγ２からγ１に変更すると、ＰＮＡＧと同一の結合となるが、ｄＰＮＡＧと結合した３つのＭＡｂのうちの２つの能力を低下させた。最後に、定常領域をγ１に変換すると、ＭＡｂの能力を向上させて補体を固定させたが、この向上はＭＡｂ  Ｆ６２８およびＦ６３０について最も劇的であり、これらはより低い結合活性を有した。ＭＡｂ  Ｆ５９８ｇ１の保護的効力の評価により、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ生菌株Ｍｎ８を用いたＩＶチャレンジの２４時間前になされたマウスへのこの生成物の投与が、感染から２時間後の血液中のブドウ球菌レベルが６８％減少したことが示された。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ生菌株Ｍ８を用いたＩＰチャレンジの４時間前になされたマウスへのＭＡｂＦ５９８の投与が、ＭＡｂで処置した対照マウスよりも大きな生残りの増加をもたらした。
【０２６２】
(等価物）
前記した明細書は、当業者が本発明を実施するのに十分であると考えられる。本明細書において開示された具体的な抗体およびペプチドは、本明細書において本発明の具体的な実施形態を単に実施可能に例示することを意図するのであって、本発明を限定するものとして解釈すべきではない。したがって、本明細書において記載されたペプチド、抗体、および抗体フラグメントと機能的に等価ないずれのペプチド、抗体、および抗体フラグメントも、別添の特許請求の範囲の精神および範囲内のものである。確かに、本明細書において示され、記載された改変に加えて本発明の種々の改変が、前記から当業者には明らかであり、それらは別添の特許請求の範囲の範囲内にある。
【０２６３】
本出願において記載される全ての文献、特許および特許刊行物は、本明細書においてその全体が参考として援用される。
【０２６４】
以下の図面は、本発明を実施可能にするためには必要とされないということが、理解されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【０２６５】
【図１】図１は、天然ＰＮＡＧに対するモノクローナル抗体（ＭＡｂ）（ＩｇＧ２形態の）Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の結合親和性を示すグラフである。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ＭＥＰに対するＭＡｂを、負の対照として使用する。
【図２】図２は、ｄＰＮＡＧに対するＭＡｂ（ＩｇＧ２形態の）Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の結合親和性を示すグラフである。
【図３】図３は、ＰＮＡＧならびにＭＡｂ（ＩｇＧ２形態の）Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０を使用した競合ＥＬＩＳＡの結果を示すグラフである。
【図４】図４は、天然ＰＮＡＧに対するＭＡｂ（ＩｇＧ１形態の）Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の結合親和性を示すグラフである。
【図５】図５は、ｄＰＮＡＧに対するＭＡｂ（ＩｇＧ１形態の）Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の結合親和性を示すグラフである。
【図６】図６は、ＰＮＡＧに対するＩｇＧ１およびＩｇＧ２の両形態におけるＭＡｂ  Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の補体固定活性を示すグラフである。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ＭＥＰに対するＭＡｂを、負の対照として使用する。
【図７】図７は、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２の形態におけるＭＡｂ  Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０の、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ菌株Ｍｎ８に対するオプソニン食菌作用活性を示すグラフである。
【図８Ａ】図８Ａは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａアルギナートに対する対照のヒトＩｇＧ１  ＭＡｂか、または（ＩｇＧ１形態）ＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対して特異的なＭＡｂＦ５９８が与えられた、マウス（１群あたり８匹）血液中のブドウ球菌レベルを比較した平均結果を示す棒グラフであり、ＭＡｂ  Ｆ５９８が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのチャレンジに対して受動的保護を提供し得ることを示している。
【図８Ｂ】図８Ｂは、個々のマウスにおけるＳ．ａｕｒｅｕｓのチャレンジに対する保護の結果を示すグラフであり、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａアルギナートに対する対照ヒトＩｇＧ１  ＭＡｂ、およびＰＮＡＧ／ｄＰＮＡＧに対して特有の（ＩｇＧ１形態の）ＭＡｂ  Ｆ５９８を投与後の、血液１ｍｌ当たりのＣＦＵを報告している。
【図８Ｃ】図８Ｃは、ＭＡｂ  Ｆ５９８およびＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ＭＥＰに対する対照ＭＡｂを使用した個々のＦＶＢマウスにおける、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのチャレンジに対する保護の結果を示すグラフである。
【図９】図９は、Ｄ〜Ｕの標識を有するＥ．ｃｏｌｉ  ＵＴＩ菌株によるＰＮＡＧ発現を示す免疫ブロット図であり、Ｅ．ｃｏｌｉ  ｐｇａを過剰に発現している分離株を含む(右上角）。
【図１０】図１０は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ｄＰＮＡＧに対して生じたポリクローナル抗血清を使用したＥ．ｃｏｌｉ分離株の、傷害レベルを示す棒グラフである。
【図１１】図１１Ａおよび図１１Ｂはそれぞれ、ｄＰＮＡＧおよびＰＮＡＧに対して生じたポリクローナル抗血清を使用した、相対的に高レベルのＰＮＡＧを発現するＥ．ｃｏｌｉ分離株（Ｕ菌株）、および中間レベルのＰＮＡＧを発現するＥ．ｃｏｌｉ分離株（Ｐ菌株）の、傷害レベルを示すグラフである。
【図１２】図１２は、Ｆ５９８、Ｆ６２８、およびＦ６３０を使用した異なるＰＮＡＧ発現性細菌株からのＣＦＵの減少を示す棒グラフである。
【図１３】ｉｃａＢ遺伝子が存在するために生じる作用、またはｉｃａＢ遺伝子が不在のために生じる作用として、Ｆ５９８およびＦ６２８によって傷害されたＳ．ａｕｒｅｕｓ細菌の割合を示すグラフである。
【図１４】図１４は、ｉｃａＢ遺伝子の過剰発現の作用として、Ｆ５９８およびＦ６２８によって傷害されたＳ．ａｕｒｅｕｓ細菌の割合を示すグラフである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成18年12月22日(2006.12.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
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