(57)【要約】【課題】【解決手段】  本出願は、一般的に、検出及び／又は処置に関連するシステム及び／又は方法に関する。【選択図】図５
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫応答を増強する方法であって：
因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップと；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップと；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップと；
を具えることを特徴とする免疫応答増強方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップが：
免疫応答又は免疫応答の進行の少なくとも１つの少なくとも一部分を誘導することに関連した前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が：
アミノ酸残基、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク質、脂質、カプシドタンパク質、多糖、リポ多糖、糖脂質、又は糖タンパク質の少なくとも１つの少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が：
実質的に線形であること；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が；
実質的に非線形であること；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
入力に応答して、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
ユーザ入力に応答して、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
ロボット入力に応答して、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
宿主の免疫反応の少なくとも一部の進行の予測パターンと、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を関連づけるステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の１つ又はそれ以上のパターン変化を予測するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の１つ又はそれ以上のパターン変化を予測するステップが：
誘導された免疫応答の１つ又はそれ以上の進行に対して、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の前記１つ又はそれ以上のパターン変化を関連付けるステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、最大約８０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、最大約７０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、最大約６０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、０％乃至約８０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、実体と、類似の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、０％乃至１００％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、少なくとも８８％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項１９】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、少なくとも７５％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、実質的に類似した機能的配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実体と、実質的に類似した構造的配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、前記免疫応答に対して実質的に類似の効果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、実質的に類似の機能的効果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、アッセイで実質的に類似の結果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２５】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも１つの実質的に抗原性の決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２６】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも１つの免疫学的に有効な決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２７】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、前記因子によって提示された少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項２８】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも２つのコピー数を有し、前記因子によって示される少なくとも１つの決定基を表す；
ことを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも２つのコピー数を有し、認識される決定基を含む；
ことを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するステップを更に具え、前記セット又はサブセットが、前記因子によって結合された少なくとも１つの決定基を表す；
ことを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３２】
請求項３１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むことが：
植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むこと；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項３１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むことが：
ヒト・データベースに由来するデータを含むこと；
を更に具える方法。
【請求項３４】
請求項３１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むことが：
病原体データベースに由来するデータを含むこと：
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示することが：
制限断片長多型、マイクロサテライト・マーカー、短タンデムリピート配列、ランダム増幅多型ＤＮＡ、増幅断片長多型、又は配列反復に関連した情報を有する１つ又はそれ以上のデータベースに由来する情報を含むことによって、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の前記提示に影響を与えること；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３６】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むことで、少なくとも１つの前記免疫応答成分の選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３７】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
ヒト・データベースに由来するデータを含むステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
病原体データベースに由来するデータを含むステップ；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項３９】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記少なくとも１つの決定基に関連した少なくとも１つの前記免疫応答成分の選択を指定するステップ；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項４０】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ８リンパ球、細胞膜抗原（ＣＤ）分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４１】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
少なくとも１つのＢリンパ球の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４２】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記免疫応答成分が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４３】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ８リンパ球、細胞膜抗原（ＣＤ）分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４４】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体、単一特異的抗体、二重特異性抗体、多特異的抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、又は抗体フラグメント；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４５】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体、単一特異的抗体、二重特異性抗体、多特異的抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、又は抗体フラグメントの１つ又はそれ以上の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４６】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
合成抗体又は合成抗体の修飾因子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４７】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のヒト又はヒト化抗体の形成を誘導することによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４８】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のキメラ抗体の形成を誘導することによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４９】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上の組換え抗体の形成を誘導することによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５０】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の同定に影響を与えるためのデータベースに由来するデータを含むことによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５１】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
前記因子の少なくとも１つの決定基の同定に影響を与えるための遺伝学的データベース、免疫学的データベース、生物学的データベース、又はＳＮＰデータベースに由来するデータを含むことによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５２】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
病原体データベースに由来するデータを含むことによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５３】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
ヒト・データベースに由来するデータを含むことによって、前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５４】
請求項１に記載の方法において、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップが：
プランを提供することで、前記少なくとも１つの免疫応答成分の選択を補助するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法において、前記プランを提供することで、前記少なくとも１つの免疫応答成分の選択を補助することが：
前記免役応答の少なくとも一部分を管理するためのプランを提供すること；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５６】
請求項５４に記載の方法において、前記プランが：
投薬量、投薬パターン、有効経路、又は投薬期間の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５７】
請求項５６に記載の方法において、前記有効経路が：
皮下経路、鼻経路、鼻腔内経路、筋肉内経路、静脈経路、動脈内経路、髄空内経路、嚢内経路、眼窩内経路、心臓内経路、経皮経路、皮内経路、腹膜内経路、経気管経路、表皮下経路、関節内経路、被膜下経路、くも膜下経路、脊椎内経路、硬膜外経路、胸骨経路、輸液経路、局所経路、舌下経路、又は腸経路の少なくとも１つ；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項５８】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップが：
応答に関連した１つ又はそれ以上の決定基を提示することを更に含み、前記応答が管理を必要とするステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５９】
請求項１に記載の方法において、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップが：
ウイルス、細菌、イースト、糸状菌、真菌、マイコプラズマ、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチア、ナノ細菌、プリオン、ＴＳＥに関与する因子、多細胞寄生虫、タンパク質、感染症タンパク質、核酸、代謝副産物、細胞副産物、又は毒素の少なくとも１つの少なくとも一部分を提示するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項６０】
請求項１に記載の方法において、前記因子が：
生きている因子の少なくとも一部分；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６１】
請求項１に記載の方法において、前記因子が：
生きていない因子の少なくとも一部分；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６２】
システムであって：
１つ又はそれ以上の因子の決定基を提示するための回路と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項６３】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
免疫応答又は免疫応答の進行の少なくとも１つの少なくとも一部分を誘導することに関連した前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６４】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が：
アミノ酸残基、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク質、脂質、カプシドタンパク質、多糖、リポ多糖、糖脂質、又は糖タンパク質の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６５】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が：
実質的に線形であること；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６６】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が：
実質的に非線形であること；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６７】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
入力に応答して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６８】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
ユーザ入力に応答して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６９】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
ロボット入力に応答して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７０】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を宿主での免疫応答の少なくとも一部分の進行の予測パターンに関連づける回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７１】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基での１つ又はそれ以上のパターン変化を予測する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７２】
請求項７１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基での１つ又はそれ以上のパターン変化を予測する回路が：
誘導された免疫応答の１つ又はそれ以上の進行に対して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の前記１つ又はそれ以上のパターン変化を相関させる回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７３】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、最大約８０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項７４】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、最大約７０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項７５】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、最大で約６０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項７６】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、０％乃至約８０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項７７】
請求項７６に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実体と類似の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項７８】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、０乃至１００％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項７９】
請求項７８に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、少なくとも８８％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８０】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、少なくとも７５％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８１】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実体と実質的に類似した機能的配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８２】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実体と実質的に類似した構造的一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８３】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが前記免疫応答に対して実質的に類似の効果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８４】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実質的に類似の機能的効果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８５】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットがアッセイで実質的に類似の結果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８６】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実質的に抗原性の少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８７】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが免疫学的に有効な少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８８】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが前記因子によって提示された少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項８９】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも２つのコピー数を有し、前記因子によって提示された少なくとも１つの決定基を示す；
ことを特徴とするシステム。
【請求項９０】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも２つのコピー数を有し、認識される少なくとも１つの決定基を示す；
ことを特徴とするシステム。
【請求項９１】
請求項９０に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが前記因子によって結合された少なくとも１つの決定基を示す；
ことを特徴とするシステム。
【請求項９２】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９３】
請求項９２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路が：
植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９４】
請求項９２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路が：
ヒト・データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９５】
請求項９２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路が：
病原体データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９６】
請求項９５に記載のシステムにおいて前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
制限断片長多型、マイクロサテライト・マーカー、短タンデムリピート配列、ランダム増幅多型ＤＮＡ、増幅断片長多型、又は配列反復に関連した情報を有する１つ又はそれ以上のデータベースに由来する情報を含むことによって前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の前記提示に影響を与えるための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９７】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むことによって少なくとも１つの前記免疫応答成分の選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９８】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
ヒト・データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９９】
請求項９８に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
病原体データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１００】
請求項９８に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記少なくとも１つの決定基に関連した少なくとも１つの前記免疫応答成分の選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０１】
請求項９８に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ８リンパ球、細胞膜抗原（ＣＤ）分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０２】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
Ｂリンパ球の少なくとも１つの少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０３】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記免疫応答成分が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部分の修飾因子の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０４】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ８リンパ球、細胞膜抗原（ＣＤ）分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０５】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体，単一特異的抗体、二重特異性抗体、多特異的抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体，モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、又は抗体フラグメントの１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０６】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体，単一特異的抗体、二重特異性抗体、多特異的抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体，モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、又は抗体フラグメントの１つ又はそれ以上の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０７】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
合成抗体又は合成抗体の修飾因子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０８】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のヒト又はヒト化抗体の形成を誘導することによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０９】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のキメラ抗体の形成を誘導することによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１０】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上の組換え抗体の形成を誘導することで前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１１】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の同定に影響を与えるためのデータベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１２】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記因子の少なくとも１つの決定基の同定に影響を与えるための遺伝学的データベース、免疫学的データベース、生物学的データベース、又はＳＮＰデータベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１３】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
病原体データベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１４】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
ヒト・データベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１５】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
プランを提供することで前記少なくとも１つの免疫応答成分の選択を補助するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１６】
請求項１１５に記載のシステムにおいて、前記プランを提供することで前記少なくとも１つの免疫応答成分の選択を補助するための回路が：
前記免役応答の少なくとも一部分を管理するためのプランを提供するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１７】
請求項１１５に記載のシステムにおいて、前記プランが：
投薬量、投薬パターン、有効経路、又は投薬期間の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１８】
請求項１１７に記載のシステムにおいて、前記有効経路が：
皮下経路、鼻経路、鼻腔内経路、筋肉内経路，静脈経路、動脈内経路、髄空内経路，嚢内経路、眼窩内経路、心臓内経路、経皮経路，皮内経路、腹膜内経路、経気管経路、表皮下経路、関節内経路、被膜下経路、くも膜下経路、脊椎内経路、硬膜外経路、胸骨経路、輸液経路、局所経路、舌下経路、又は腸経路の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１１９】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
応答に関連した１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路を更に具え、前記応答が管理を必要とする；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１２０】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
ウイルス、細菌、イースト、糸状菌、真菌、マイコプラズマ、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチア、ナノ細菌、プリオン、ＴＳＥに関与する因子、多細胞寄生虫、タンパク質、感染症タンパク質、核酸、代謝副産物、細胞副産物、又は毒素の少なくとも１つの少なくとも一部分を提示するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１２１】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子が：
生きている因子の少なくとも一部分；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項１２２】
請求項６２に記載のシステムにおいて、前記因子が：
生きていない因子の少なくとも一部分；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項１２３】
システムであって、限定されるないが、コンピュータシステムとともに使用するためのコンピュータ・プログラムを含むコンピュータ読み取り可能な媒体を具え、前記コンピュータ・プラグラムが：
因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための１つ又はそれ以上の命令と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための１つ又はそれ以上の命令と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための１つ又はそれ以上の命令と；
を含む複数の命令を含むことを特徴とするシステム。
【請求項１２４】
プログラム・プロダクトであって、
因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための手段と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための手段と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための手段と；
を有する少なくとも１つのシグナル保持媒体を具えることを特徴とするプログラム・プロダクト。
【請求項１２５】
請求項１２４に記載のシステムにおいて、前記少なくとも１つのシグナル保持体が：
記録可能媒体又は伝送媒体の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１２６】
免役応答に関連した方法であって：
因子と特定するステップと；
前記特定された因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップと；
を具えることを特徴とする免役応答に関連した方法。
【請求項１２７】
免役応答に関連したシステムであって：
因子を特定するための回路と；
前記特定された因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路と；
を具えることを特徴とする免役応答に関連したシステム。
【請求項１２８】
免疫応答に関連した方法であって：
因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップと；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップと；
を具えることを特徴とする免疫応答に関連した方法。
【請求項１２９】
免疫応答に関連したシステムであって：
因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路と；
を具えることを特徴とする免疫応答に関連したシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願との相互参照
本発明は、最先の有効出願日を主張（例えば、暫定特許出願以外の最先の有効出願日を主張、すなわち暫定特許出願に対する米国特許法第１１９条（ｅ）のもとでの利益を主張）するもので、以下に挙げる出願のいずれかの、及び全ての原特許、更にその原特許、その他の出願の全ての対象をその全体として参照により本明細書中に援用する：
１．発明者としてＭｕｒｉｅｌ  Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ、Ｅｄｗａｒｄ  Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ、Ｎａｔｈａｎ  Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ、Ｒｉｃｈａ  Ｗｉｌｓｏｎ、及びＬｏｗｅｌｌ  Ｌ．Ｗｏｏｄ  Ｊｒ．が命名し、本出願と同時に出願された“Ａ  ＳＹＳＴＥＭ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤ  ＲＥＬＡＴＥＤ  ＴＯ  ＩＭＰＲＯＶＩＮＧ  ＡＮ  ＩＭＭＵＮＥ  ＳＹＳＴＥＭ”と題された米国特許出願。
２．発明者としてＭｕｒｉｅｌ  Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ、Ｅｄｗａｒｄ  Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ、Ｎａｔｈａｎ  Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ、Ｒｉｃｈａ  Ｗｉｌｓｏｎ、及びＬｏｗｅｌｌ  Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ．が命名し、本出願と同時に出願された“Ａ  ＳＹＳＴＥＭ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤ  ＲＥＬＡＴＥＤ  ＴＯ  ＡＵＧＭＥＮＴＩＮＧ  ＡＮ  ＩＭＭＵＮＥ  ＳＹＳＴＥＭ”と題された米国特許出願。
【０００２】
本出願は、一般的に、検出及び／又は処置に関連する。
【発明の開示】
【０００３】
発明の要約
一態様では、方法は、限定されるものではないが、因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示すること、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供すること、及び前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定することを含む。前述のことに加えて、他の方法の態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【０００４】
一態様では、システムは、限定されるものではないが：コンピュータシステムとともに使用するためのコンピュータ・プログラムを含み、このコンピュータシステムとともに使用するためのコンピュータ・プログラムは、限定されるものではないが、少なくとも１つの因子の少なくとも１つ又はそれ以上のエピトープを指定するための第１の命令群と；少なくとも１つの因子の少なくとも１つ又はそれ以上のエピトープ内の変化を予測するための第２の命令群と；少なくとも１つの因子の少なくとも１つ又はそれ以上のエピトープに関連する１つ又はそれ以上の免疫応答成分の同定を助ける第３の命令群と；を含む複数の命令を有する。前述のことに加えて、他のシステムの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【０００５】
別の態様では、方法は、限定されるものではないが：１つ又はそれ以上の因子の少なくとも一部分を免疫応答の少なくとも一部に関連づけることと；１つ又はそれ以上の因子の少なくとも一部分に関連する変化のパターンを提示することと；１つ又はそれ以上の免疫応答成分を選択することと；を含む複数の命令を有する。前述のことに加えて、他の方法の態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【０００６】
別の態様では、方法は、限定されるものではないが：宿主内で免疫応答の少なくとも一部分に関連した１つ又はそれ以上の因子の１つ又はそれ以上の抗原性（ａｎｔｉｇｅｎｉｃ  ａｔｔｒｉｂｕｔｅ）を提供することと；宿主内で免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な１つ又はそれ以上の抗原性（ａｎｔｉｇｅｎｉｃ  ａｔｔｒｉｂｕｔｅ）からなる一群を形成することと；を含む。前述のことに加えて、他の方法の態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【０００７】
別の態様では、方法は、限定されるものではないが：宿主に対して処置を送達することを含み、該処置は１つ又はそれ以上の抗原決定基の進行の予測パターンを調節することに関連している。前述のことに加えて、他の方法の態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【０００８】
別の態様では、システムは、限定されるものではないが：コンピュータ読み取り可能な媒体を有し、このコンピュータ読み取り可能な媒体は、限定されるものではないが、コンピュータシステムとともに使用するためのコンピュータ・プログラムを含み、このコンピュータ・プログラムは、１つ又はそれ以上の決定基を選択するための１つ又はそれ以上の命令と；１つ又はそれ以上の決定基での少なくとも１つのパターン変化を予測するための１つ又はそれ以上の命令と；１つ又はそれ以上の決定基での少なくとも１つのパターン変化を少なくとも１つ又はそれ以上の結果に関連させるための１つ又はそれ以上の命令と；少なくとも１つ又はそれ以上の決定基での少なくとも１つのパターン変化に関連した一連の動作を指定するための１つ又はそれ以上の命令と；を含む複数の命令を含む。前述のことに加えて、他のシステムの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【０００９】
別の態様では、システムは、限定されるものではないが：因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路と；因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路と；因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路と；を含む。前述のことに加えて、他のシステムの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１０】
別の態様では、システムは、限定されるものではないが：コンピュータ読み取り可能な媒体を有し、このコンピュータ読み取り可能な媒体は、限定されるものではないが、コンピュータシステムとともに使用するためのコンピュータ・プログラムを含み、このコンピュータ・プログラムは、因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための１つ又はそれ以上の命令と、因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための１つ又はそれ以上の命令と、因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための１つ又はそれ以上の命令とを含む複数の命令を含む。前述のことに加えて、他のシステムの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１１】
一態様では、プログラム・プロダクトは、限定されるものではないが、少なくとも１つのシグナル保持媒体を有し、このシグナル保持媒体は：（ａ）因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための手段と；（ｂ）該因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための手段と；（ｃ）該因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための手段と；を含む。前述のことに加えて、他のプログラム・プロダクトの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１２】
一態様では、免疫応答に関連した方法は、限定されるものでないが：因子を特定することと；この特定された因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示することと；を含む。前述のことに加えて、他の方法の態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１３】
一態様では、免疫応答に関連したシステムは、限定されるものではないが：因子を特定するための回路と；この特定された因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路と；を含む。前述のことに加えて、他のシステムの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１４】
一態様では、免疫応答に関連した方法は、限定されるものではないが：因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供することと；この因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定することと；を含む。前述のことに加えて、他の方法の態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１５】
一態様では、免疫応答に関連したシステムは、限定されるものではないが：因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路と；この因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路と；を含む。前述のことに加えて、他のシステムの態様は、本出願の一部をなす特許請求の範囲、図面、及び文章に記載される。
【００１６】
１つ又はそれ以上の種々の態様では、関連したシステムが、限定されるものでないが、本明細書中で参照された方法の態様を達成するための回路及び／又はプログラミングを含み、この回路及び／又はプログラムは、実質的に、システム設計者の設計選択に依存して本明細書中に参照された方法を達成するように構成されたハードウェア、ソフトウェア、及び／又はファームウェアの任意の組み合わせである。
【００１７】
前述のことに加えて、種々の他の方法及び／又はシステムの態様は、本出願の文章（例えば、特許請求の範囲及び／又は詳細な説明）、及び／又は図面に説明及び記述される。
【００１８】
前述したものは、要約であり、したがって、必要に応じて；単純化、一般化、及び詳細の省略を含む；このことから、当業者は上記要約が例示のみであり、いかなる形であれ限定することを意図したものではないことを、容易に理解することだろう。特許請求の範囲によってのみ定義されるように、本明細書中に記載した他の態様、発明の特徴、及びシステム及び／又はプロセスの利点は、本明細書中に記述されている非限定的な詳細な説明で明らかになろう。
【００１９】
異なる図での同一符号の使用は、一般に類似又は同一の構成要素を示す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２０】
発明の詳細な説明
本出願は、提示を明確にするために、形式的な概要見出しを用いる。しかし、概要見出しは、提示のみを目的としているものであることを理解すべきであり、異なる形の対象を本出願全体と通して議論することが可能である（例えば、デバイス／構造は、プロセス／作用の見出しのもとで議論可能であり、及び／又はプロセス／作用は、構造／プロセスの見出しのもとで議論可能である）。したがって、形式的な概要見出しは、いかなる形であれ限定することを意図したものではない。
【００２１】
ここで図１を参照する。図１は、免疫応答成分の典型的な相互作用（例えば、因子によって提示されたエピトープと相互作用する抗体）の一態様の概略図である。したがって、本出願は最初に、図１の一定の具体的且つ典型的な方法を説明し、その後に、本出願は一定の具体的且つ典型的な構造を例証する。当業者は、本明細書に記載される具体的構造及びプロセスがそれらのより一般的な同等物を単なる例証であることを意味していることを、容易に理解する。当業者はまた、抗原と抗体との相互作用が免疫応答成分と抗原との相互作用の典型的な相互作用であることを容易に理解する。したがって、相互作用の正確な性質が本明細書に記載されたように全容を変える可能性があるとはいえ、他の関連した用途では、抗原と相互作用する免疫応答成分の相互作用に関連している。
【００２２】
Ａ．構造及びシステム
図面を参照すると、まず図１は免疫応答成分（例えば因子１００によって提示されたエピトープ１０２と相互作用する抗体１０４）の典型的な相互作用の一態様の概略図である。
【００２３】
用語「因子（ａｇｅｎｔ）」１００として、限定されるものではないが、例えば生物、ウイルス、細菌、イースト、糸状菌、真菌、マイコプラズマ、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチア、ナノ細菌、プリオン、感染性海綿状脳症（ＴＳＥ）に関与する因子、多細胞寄生虫、タンパク質、伝染性タンパク質、核酸、代謝副産物、細胞副産物、及び／又は毒素が挙げられる。用語「因子」１００として、限定されるものではないが、疾患又は障害の病原因子、治療対象、中和対象等とみなされる細胞、及び／又は除去されることが宿主にとって有益である細胞も挙げられる。用語「因子」（１００）として、限定されるものではないが、中和及び／又は除去されることが宿主にとって有益である細胞の副産物が挙げられる。更に、用語「因子」１００として、限定されるものではないが、同族又は同群に属する因子、又は共通及び／又は生物学的な機能を発現する因子も挙げられる。
【００２４】
本明細書で使用される用語「抗体」１０４は、可能性のある最も広義的な意味で使用され、限定されるものではないが、抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、及び／又は抗体フラグメントが挙げられる。用語「抗体」として、限定されるものではないが、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及び／又はＩｇＭ等の抗体のタイプ、及び／又はサブタイプＩｇＧ１、ＩｇＧ２，ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及び／又はＩｇＡ２も挙げられる。用語「抗体」として、限定されるものではないが、正常抗体１０４の少なくとも一部分（例えば、抗原結合可変領域）等、抗体フラグメントも挙げられる。抗体フラグメントの例として、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）、Ｆ（ａｂ’）．Ｓｕｂ．２、Ｆｖフラグメント、ダイアボディ、線形抗体単鎖抗体分子、多重特異性抗体、又は抗体の他の抗原結合配列が挙げられる。更なる情報は、米国特許第５，６４１，８７０号、米国特許第４，８１６，５６７号、ＷＯ９３／１１１６１、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉａｂｏｄｉｅｓ：Ｓｍａｌｌ  Ｂｉｖａｌｅｎｔ  Ａｎｄ  Ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ，ＰＮＡＳ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、９０：６４４４‐６４４８（１９９３）、Ｚａｐａｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｌｉｎｅａｒ  Ｆ（Ａｂ’）２  Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ  Ｆｏｒ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｉｎ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｃｏｌｉ  Ａｎｄ  Ｅｎｈａｎｃｅｄ  Ａｎｔｉｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．８（１０）：１０５７‐１０６２（１９９５）に見出すことが可能であり、これらの文献を参照により本明細書中に援用する。治療を目的とした抗体の生産を、種々の公知の技術（例えばファージ・ディスプレイ法）及び／又はトランスジェニック動物によって、行うことが可能である。
【００２５】
用語「異種抗体」として、本明細書中で使用されるように、限定されるものではないが、２種類以上の抗体、抗体フラグメント、抗体誘導体、及び／又は互いに特異的に結合した少なくとも１つを有する抗体が挙げられる。更なる情報は、米国特許第６，０７１，５１７号に見出される。なお、この文献を参照により本明細書中に援用する。
【００２６】
用語「キメラ抗体」として、本明細書中で使用されるように、限定されるものではないが、ヒト定常領域に結合したマウス可変領域を有する抗体が挙げられる。一態様では、「キメラ抗体」として、マウス及び／又はラットから得られる相補性決定領域（ＣＤＲ）に結合したヒト・フレームワーク領域を有する抗体が挙げられる。当業者は、ＣＤＲが他の供給源から得ることが可能であることを容易に理解する。更なる情報は、欧州特許公報第０２３９４００号に見出すことが可能であり、この文献を参照により本明細書中に援用する。前述したものが複数形の用語「キメラ抗体（ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）」として言及されているが、当業者は単数形の用語「キメラ抗体（ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）」が、限定されるものではないが、文脈（例えば、出願された請求の範囲を参照）での必要性に応じて、複数形の用語に与えられる実施例の単数の例を包含することが可能であることを、当業者は容易に理解する。同じことは、本明細書で用いられるように、実質的に任意の複数形及び／又は単数形の用語の使用にとって、一般に真実である；すなわち、当業者は複数形から単数形に、及び／又は単数形から複数形に、文脈又は用途での必要性に応じて、言い換えることができることから、明確にするために種々の単数形／複数形の置換を本明細書で明示するようなことはしない。
【００２７】
用語「ヒト化抗体」は、本明細書で用いられるように、限定されるものではないが、１つ又はそれ以上のヒト領域を有する抗体、１つ又はそれ以上のヒト領域を有するキメラ抗体が挙げられ、ドナー・マウス及び／又はラット免疫グロブリンに由来するＣＤＲと結合したレシピエント抗体も考えられる。一態様では、ヒト化抗体は、ドナー又はレシピエント配列のいずれにも見出されない残基を含むものであってもよい。ヒト化抗体は、単一及び／又は複数の特異性を有するものであってもよい。更なる情報は、米国特許第５，５３０，１０１号及び米国特許第４，８１６，５６７号に見出され、これらを参照により本明細書中に援用する。情報はまた、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｐｌａｃｉｎｇ  Ｔｈｅ  Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ‐Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ  Ｒｅｇｉｏｎｓ  Ｉｎ  Ａ  Ｈｕｍａｎ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｗｉｔｈ  Ｔｈｏｓｅ  Ｆｒｏｍ  Ａ  Ｍｏｕｓｅ，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２‐５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ  Ｈｕｍａｎ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３‐３２７（１９８８）；及びＶｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ  Ｈｕｍａｎ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｇｒａｆｔｉｎｇ  Ａｎ  Ａｎｔｉｌｙｓｏｚｙｍｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４（１９８８）にも見出すことが可能であり、これらの文献を参照により本明細書中に援用する。
【００２８】
用語「ヒト抗体」として、本明細書中で使用されるように、限定されるものではないが、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変及び定常領域を有する抗体が挙げられる。用語「ヒト抗体」として、限定されるものではないが、部位特異的突然変異、ランダム突然変異、及び／又は挿入等、非ヒト生殖系列によってコードされる非ヒト由来のアミノ酸残基が挙げられる。ヒト抗体を生産するための方法は公知であり、参照により本明細書中に援用される。更なる情報は、米国特許第４，６３４，６６６号に見出すことが可能であり、参照により本明細書中に援用される。
【００２９】
用語「組換え抗体」として、本明細書中で使用されるように、組換え技術によって形成及び／又は創り出された抗体が挙げられ、限定されるものではないが、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、異種抗体等が含まれる。
【００３０】
用語「免疫応答成分」として、本明細書中で使用されるように、限定されるものではないが、マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ１分子、Ｂリンパ球、抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗体フラグメント、及び／又は合成抗体の少なくとも一部分が挙げられる。
【００３１】
続けて図１を参照すると、エピトープ１０２又はその一部を、因子１００によって提示することが可能であり、また因子１００の表面から延び、因子１００の表面で提示することが可能であり、及び／又は免疫応答成分によって部分的にのみ接近可能である。用語「エピトープ」１０２は、本明細書で使用されるように、限定されるものではないが、少なくとも３つのアミノ酸からなる配列、少なくとも９つのヌクレオチドからなる配列、アミノ酸残基、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク質、脂質、カプシドタンパク質、多糖、リポ多糖、糖脂質、糖タンパク質、及び／又は細胞の少なくとも一部分が挙げられる。本明細書中で使用されるように、用語「エピトープ」１０２を、抗原、パラトープ結合部位、抗原決定基、及び／又は決定基と同義的に用いることが可能である。本明細書中で使用されるように、用語「決定基」として、文脈で示されないかぎり、影響因子又は決定因子が挙げられる。一態様では、用語「エピトープ」１０２として、限定されるものではないが、ペプチド結合部位が挙げられる。本明細書で用いられる用に、用語「エピトープ」１０２として、因子１００に見出される構造的及び／又は機能的に類似した配列が挙げられる。用語「エピトープ」１０２として、限定されるものではないが、因子１００の相同分子種、パラロガス、同族体、同機能同族体、異質機能同族体、異種特異的同族体、及び／又は偽遺伝子で観察される類似の配列が挙げられる。
【００３２】
一態様では、エピトープ１０２が線形決定基である場合もある。例えば、配列を互いに隣接させることが可能である。別の態様では、エピトープ１０２は非線形決定基であり、例えば並置された群を含み、該群は隣接していないが、タンパク質が折り畳まれることで、互いに隣接し始める。更に、非線形決定基の配列を、プロテアソーム・プロセシング及び／又は他のメカニズムによって引き出すことが可能であり、また免疫応答成分に対する提示のために合成された配列であってもよい。
【００３３】
続けて図１を参照すると、一態様では、免疫系は、抗体を産生する体液性応答を開始する。この抗体は、エピトープ１０２の認識及び／又は結合が可能であり、その後、因子１００の溶解が続いて起こる。抗原１０２が免疫応答を引き出す機序は公知であり、そのような機序を参照により本明細中に援用する。一態様では、抗原−抗体複合体１０５を形成するエピトープ１０２に対する抗体１０４の結合は、鍵と鍵穴との嵌合として特徴づけられる。
【００３４】
エピトープ１０２は、因子の任意の部分を含むものであってもよい。一実施形態では、エピトープ１０２は遺伝子の少なくとも一部分を含むものであってもよい。別の態様では、エピトープは非コード領域の少なくとも一部分を含むものであってもよい。
【００３５】
一実施形態では、エピトープ１０２は、免疫応答を引き起こすことが可能である。免疫応答の強度及び／又は型は変化し得るものであり、例えばエピトープ１０２は、免疫応答の強度によって測定されるように、弱い応答及び／又は中程度の応答を引き起こすものであってもよい。一態様では、標的化のために選択されたエピトープ１０２は、宿主での弱い応答を引き起こすものであってもよいが、因子１００に対して選択的であると考えられる。別の例では、選択されたエピトープ１０２は、宿主で弱い応答を引き起こすものであってもよいが、標的と思われる因子に対して共通することから、標的化のために選択されるものであってもよい。本明細書に記載した実行は、単に例示したものであり、本明細書に教示を考慮して当業者の範囲内で、類似及び／又はより一般的な実行の実例となることを考えなければならない。
【００３６】
図面を参照すると、まず図２は免疫系を増強させる方法の一態様の概略を示す図である。一態様では、疾患及び／又は障害に対する有効な処置治療は、１つ又はそれ以上の因子に共通する１つ又はそれ以上の抗原を認識するように設計された１つ又はそれ以上の免疫応答成分を利用することが可能である。そのような共通の抗原は、抗原の有効な標的群を示すものであってもよい。共通の抗原の追求及び中和を行うように設計された免疫応答成分が、１つ又はそれ以上の因子に対して効果を示すことが可能である。
【００３７】
ここで図１及び２を参照すると、一態様では、共有エピトープ２００は、３つの因子２０６、２１０、及び２２０に共通するものとして表されている。別の態様では、第２の共有エピトープ２１２が２つの因子２０６及び２１０に共通している。更に別の態様では、第３の共有エピトープ２１８が２つの因子２１０及び２２０に共通である。１つ又はそれ以上の因子の中で共有される共通のエピトープの一つのサブセットを見出すことは、統計学的分析、例えばメタプロファイリングによって、行うことが可能である。この態様の１つのバリエーションは、１種類以上の因子によって共有される少なくとも１つの共通のエピトープもまた、抗原プロフィール、及び／又は抗原性署名のことに言及するものである。付加的な情報は、Ｒｈｏｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌａｒｇｅ  Ｓｃａｌｅ  Ｍｅｔａ‐Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｍｉｃｏｒａｒｒａｙ  Ｄａｔａ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  Ｃｏｍｍｏｎ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｆｉｌｅｓ  Ｏｆ  Ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ，ＰＮＡＳ  Ｊｕｎｅ  ２２，２００４，１０１：（２５）９３０９‐９３１４による刊行物に見出すことが可能である。
【００３８】
続けて図１及び図２について言及すると、一態様では、図示した１つ又はそれ以上の因子２０６、２１０、及び２２０が共通エピトープの１つのサブセットを共有することが可能である。エピトープの選択は、多くの基準によって決まると考えられる。例えば、最初の選択は、限定されるものではないが、１つ又はそれ以上の因子によってエピトープ１０２の生ずるインスタンスの数、因子１００によってエピトープ１０２が生ずるインスタンスの数、エピトープ１０２の性質、エピトープ１０２の大きさ、宿主配列に対するエピトープ１０２の配列同一性及び／又は相同性、エピトープ１０２の組成、及び／又はエピトープ１０２の配列での推定される既知又は予測される変化にもとづくと思われる。エピトープの選択はまた、例えば、疾患、障害、及び／又は症状を処置するのに所望される免疫応答成分の種類にも依存する。
【００３９】
一実施形態では、選択されたエピトープ１０２は、実体との見込み配列一致を有する。用語「実体」として、本明細書中で使用されるように、文脈に依存した因子１００及び／又は宿主が挙げられる。例えば、用語「実体」は、因子１００、宿主、又は両方を含むかどうかに関係なく、しばしば、例えば上記した相互作用の性質に依存する。用語「宿主」として、本明細書中で使用されるように、限定されるものではないが、個人、人、患者、及び／又は、疾患、障害、及び／又は症状の管理を必要とする者ならば実質的に誰でも挙げられる。例えば、選択されたエピトープ１０２は、実体、例えば宿主とアミノ酸レベルで０〜７０％配列一致、又は実体、例えば宿主もしくは因子１００と０〜１００％配列一致を有するものであってもよい。用語「実体」に関するその文脈の一部が、一般に要求されていることが因子（例えば、ＨＩＶ）に対して実用上近い配列一致であることを、当業者は容易に認識することから、宿主上で使用中の免疫成分による任意の攻撃を減少又は攻撃性を減少させるために、使用中の１つ又はそれ以上の免疫成分がそれと宿主（例えば患者）に対して実用上遠い配列一致とに対して攻撃し得る。しかし、いくつかの文脈で、因子は実際に、根絶される宿主の一部が「因子」とみなされる場合及び比較的そのままのままにされる宿主の一部が「宿主」とみなされる場合のいずれにおいて、宿主の一部分を構成するとも理解される（例えば、根絶される因子が、実は自己免疫疾患等の宿主の機能不全部分である場合）。別の態様では、選択されたエピトープ１０２は、実体との配列一致、例えば、高い配列一致、宿主に比べて他の因子と相対的に高い配列一致、又は因子１００との０〜１００％配列一致を有する。用語「配列一致（ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｍａｔｃｈ）」として、本明細書中で使用されるように、核酸レベルでの配列一致及び／又はタンパク質レベルでの配列一致の両方が挙げられる。一実施形態では、選択されたエピトープ１０２は、宿主との配列一致の見込みが低い。また別の実施形態では、選択されたエピトープ１０２は他の因子との配列一致が高い。
【００４０】
別の態様では、選択されたエピトープ１０２は、他のエピトープとの有望な配列一致及び／又は見込まれる配列一致を有するもので、例えば、限定されるものではないが、構造的配列一致、機能的配列一致、類似の機能効果、アッセイでの類似の結果、及び／又は組み合わせを有するエピトープ１０２が挙げられる。構造的な比較アルゴリズム及び／又は３次元タンパク質構造データを用いて、２つのタンパク質が構造的配列一致を有するかどうかを判断することが可能である。別の例では、エピトープ１０２は、機能的一致を有し、及び／又は目的とするエピトープと類似の機能効果を共有するものであってもよい。この例では、エピトープ１０２は、より低い見込みの配列一致を有するが、同一の機能効果を発揮し続けるものであってもよい。別の実施例では、目的とするエピトープ１０２及び／又は別のエピトープは、より低い見込みの配列一致を有するが、アッセイを用いて測定される類似の活性、例えばアッセイを酵素活性及び／又は受容体結合活性を有するものであってもよい。
【００４１】
別の態様では、選択されたエピトープ１０２は、免疫学的に有効な決定基であってもよく、例えばエピトープ１０２は抗原性が低いものであっても、例えばそれが引き起こす免疫応答の性質及び／又は種類に関連している有効な免疫応答を引き起こすものであってよい。別の態様では、エピトープ１０２は免疫応答に対して類似の効果を発揮することが可能である。例えば、選択されたエピトープ１０２は、問題となっている疾患又は障害に関係していない因子の抗原構造の一部分であっても、それは免疫応答の種類、性質、又は期間によって測定されるような免疫系に対する実質的に類似の効果を発揮することが可能である。
【００４２】
別の態様では、実体との配列一致は、例えば、エピトープ間及び／又はエピトープ１００と宿主との間の同一率及び／又は類似率を計算することによって、判断することが可能である。一態様では、２つの配列間での同一率の計算を、配列を配向させてギャップを導入した後に得られた実質的に類似の位置の数を測定することで行うことが可能である。例えば、ある実行では、２つの配列間の同一率が、（実質的に類似の位置／位置の全数）×１００に等しい（＝）ものとして処理される。この例では、配列の最適な配向を得るために導入されたギャップの数及び長さを検討する。別の態様では、核酸レベルでの２つの配列間の同一率は、公的に入手可能なソフトウェア・ツール、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ‐２、ＡＬＩＧＮ及び／又はＤＮＡＳＴＡＲソフトウェアを用いて、測定することが可能である。同様に、アミノ酸レベルでの２つの配列間の同一率を、公的に入手可能なソフトウェア・ツール、例えばＰｅｐｔｉｄｅｃｕｔｔｅｒ、ＡＡＣｏｍｐＳｉｍ、Ｆｉｎｄ  Ｍｏｄ、ＧｌｙｃｏＭｏｄ、ＩｎｔｅｒＰｒｏｔＳｃａｎ、ＤＡＬＩ、及び／又はＥｘＰａｓｙ（Ｅｘｐｅｒｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍ）Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  Ｓｅｒｖｅｒ  ａｔ  ｈｔｔｐ．//ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／に列挙されたツールを用いることによって、計算してもよい。一実施形態では、核酸レベル及びアミノ酸レベルでの同一率が測定される。
【００４３】
当業者は、選択されたエピトープ１０２が因子１００によって表示された一致配列に限定される必要がないことを容易に理解する。一態様では、メタ署名及び／又はコンセンサス配列は、任意の数の基準にもとづいて誘導される。一実施形態では、メタ署名は、供給源由来のデータ、例えば抗原性進化、遺伝的進化、抗原性シフト、抗原性ドリフト、結晶構造のデータ、宿主との予測される一致、他の株との予測される一致、及び／又は所望の免疫応答の強度の分析によって、導かれる。メタ署名は、新規の配列を含むものであってもよく、及び／又はいくつかの配列を排除するものであってもよい。例えば、それは、サイレント変異、ミスマッチ、ホットスポット又は強い突然変異誘発部位、配列内での予測された変化を含む場合があり、及び／又は複数の因子に由来するエピトープを含むことで複数の因子からの保護を得るものであってもよい。別の例として、メタ署名は配列、例えば、限定されるものではないが、突然変異配列及び／又は宿主との一致を呈する配列を含む配列を除外するものであってもよい。
【００４４】
一態様では、エピトープ１０２での予測された変化を、因子１００（例えば、図１）で観察及び／又は予測された過去の変化の分析よって測定することが可能である。コンピュータ分析を用いて、配列変化及び／又はホットスポットを示す領域を決めることができる。一態様では、コンピュータで高速連続継代をおこなって、因子１００の新たな株の生産によって自然に生ずる連続継代を模倣することが可能である。当業者は、エピトープ１０２を調べることによって及び／又は因子１００に関してエピトープ１０２を調べることでホットスポットを同定する必要がないことを、容易に理解する。ホットスポットに関連する情報もまた、他の因子の配列分析及び／又は他の因子のドメイン分析を実行することによって、推定することもできる。例えば、１つの実行では、エピトープ１０２は、目的とするエピトープ１０２を欠くと思われる複数の因子のあいだで共有されるドメインの一部分であってもよい。他の因子のドメインで同定されるホットスポットに関連する情報は、メタ署名を決定する際に実用可能である。
【００４５】
一態様では、エピトープの１つ又はそれ以上のセット及び／又はサブセットが形成される。これらのセット及び／又はサブセットを形成するために使用される基準の性質及び種類は、例えば、因子１００の性質及び種類、所望の免疫応答の持続時間（例えば、短期免疫力）、所望の免疫応答の性質（例えば、弱、中、又は強）、及び集団が求める保護（例えば、先行暴露の存在）に依存する。そのように形成されたセット及びサブセットは、自動的又はユーザ（例えば、免疫応答成分の製造元、ウェットラボ、又は医療関係者）による入力を受けいれることができる。
【００４６】
エピトープ１０２で予測されるパターン変化を、例えば、他の方法論、統計学的分析、背景データ、及び当業者によって利用された形式の他の外挿法によって、補完することが可能である。これらの予測パターン変化の知識は、免疫応答成分の設計及び／又は選択におけるアーセナルを表す。予測パターン変化を用いて、そのような変化を管理するのに必要な免疫応答成分での変化の進行を決定することが可能である。エピトープ１０２のパターン変化を推論すること、及び進行している反応を調整するために情報を使用することは、より効果的に反応の管理を助けることが可能である。例えば、パターン変化は、いつ治療を変えることができるか、どの治療がその変化を構成するか、又は変化の期間のスケジュールを提供することが可能である。より具体的な例として、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）がその宿主を首尾良く殺す１つの理由は、ウイルスの変異が該変異を追跡して応答し得る免疫系よりも早く変異するからである。本明細書に記載した対象の特定の実行では、ある時点で患者からＨＩＶの試料を採取し、コンピュータ生物学的技術を用いて将来の時間でのウイルスに起こりうる変異を推定する。次に、クローニング技術を利用して、次世代ＨＩＶ株の免疫系活性化態様を合成した後、それに続くクローニング技術は、患者のＨＩＶが今後生ずる可能性のある世代に合わせられる１つ又はそれ以上の免疫系成分（例えば、抗体）のおびただしい量を生成するために利用される。ひとたびクローニングすると、次に免疫系成分を再び患者に取り込ませることでＨＩＶが存在して、ＨＩＶが変異した場合にＨＩＶを待ち続ける。もしＨＩＶが予想通りに変異する場合、事前に取り込ませた免疫応答成分が変異したＨＩＶを攻撃し、それによってＨＩＶの存在をおそらく大幅に減少させる。別の実行では、ＨＩＶの実際の突然変異が手動で追跡され、ひとたび実際の変異が測定されると、更に多くのクローニング技術を用いて、変異ウイルスに適した更に多くの免疫系成分を産生する。
【００４７】
一態様では、免疫応答成分を設計するために選択されたエピトープ１０２を合成及び／又は因子１００から誘導することが可能である。一実施形態では、選択されたエピトープ１０２は、処置を必要としている個人及び／又は因子１００に対して耐性があることがわかっている個人から抽出された因子１００に由来する。一態様では、免疫応答成分を設計するために選択されたエピトープ１０２は、まったく同一のエピトープの複数のコピー及び／又は異なるエピトープの複数のコピーを含むものであってもよい。
【００４８】
一態様では、メタ署名は、配列一致隣接及び／又は連続配列を含む。別の態様では、メタ署名は、隣接していない配列を含む。例えば、自然に生ずるエピトープ１０２のペプチド・スプライシング及び／又はプロテオソーム・プロセシングは新たなエピトープ（例えば、非線形エピトープ）の形成をもたらす。この例では、プロテオソーム・プロセシングによって、非隣接配列を移行させる配列の切り出しが生じて非線形エピトープの形成をもたらす可能性がある。更なる情報は、Ｈａｎａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｅ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ａ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ａｎｔｉｇｅｎ  Ｔｈｒｏｕｇｈ  Ｐｏｓｔ‐Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｐｌｉｃｉｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ  ４２７：２５２（２００４）及びＶｉｇｎｅｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎ  Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｄｕｃｅｄ  Ｂｙ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｐｌｉｃｉｎｇ  Ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｒｏｔｅｏｓｏｍｅ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０４：５８７（２００４）に見出され、それらの文献を全体として参照により本明細書中に援用される。
【００４９】
更に、当業者は、メタ署名が因子１００の２つの異なる部分に提示された配列を含むものであってもよいことを容易に理解する。例えば、非隣接配列は、タンパク質が折りたたまれた際に、互いに隣接して現れると思われる。この態様では、メタ署名は該メタ署名を同定するための非隣接配列を含むものであってもよい。更に、メタ署名は、タンパク質の特定の立体状態に対応する非隣接配列を含むものであってもよい。そのような配列に結合するように設計された免疫応答成分は、タンパク質の立体状態に対して特異的であってもよい。３−Ｄ及び／又は結晶構造情報もまた、メタ署名を設計するために使用することができる。
【００５０】
一態様では、メタ署名は、予測パターン変化及び／又は観察されたパターン変化を標的しているエピトープからなる複数のセットを含むものであってもよい。例えば、エピトープからなる複数のセットを、ワクチン接種を目的として、及び／又は免疫応答成分の生産を目的として、設計することが可能である。
【００５１】
エピトープ・マッピングの技術は公知であり、該技術を参照により本明細書中に援用する。例えば、ＦＡＣＳ分析及びＥＬＩＳＡを用いて、エピトープの少なくとも一部分を含む合成ペプチドに対する抗体の結合を調べてもよい。エピトープ・マッピング分析技術、スカッチャード（Ｓｃａｔｃｈａｒｅｄ）分析等を用いて、因子１００上に提示されたエピトープ１０２に対する抗体１０４の結合能を予測すること、エピトープ１０２に対する抗体１０４の結合親和性を測定すること、及び／又は抗体１０４に関する所望の構成を識別することが可能である。
【００５２】
続けて図２に参照すると、一態様では、例えば、選択されたエピトープ２００、２１２、及び２１８の配列を用いて、それぞれ１つ又はそれ以上の相補的抗体２２４、２２２、及び２２６を設計することが可能である。抗体を作る技術は公知であり、該技術を参照により本明細書中に援用する。次に、精製された相補的抗体２３０、２２８、又は２３２を治療及び／又は予防の処置を目的として提供することが可能である。
【００５３】
用語「有効な処置治療」として、本明細書中で使用されるように、限定されるものではないが、他の抗体、抗体フラグメントと組み合わせた免疫応答成分の使用、及び／又は薬物、ビタミン類、ホルモン類、薬剤、医薬組成物等、他の処置と組み合わせた免疫応答成分の使用、及び／又は他の治療用及び／又は予防用の組み合わせが挙げられる。別の態様では、免疫応答成分を、例えば免疫応答の修飾因子及び／又は抗体の修飾因子と組み合わせて使用することが可能である。一態様では、免疫応答成分のカクテルを、例えば、皮下、経鼻、鼻腔内、筋内、静脈、動脈内、髄腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、経皮、皮内、腹腔内、経気管、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外、胸骨内、輸液、局所、舌下、及び／又は腸経由による注射によって、投与してもよい。
【００５４】
免疫応答成分の治療効果を、１つ又はそれ以上の作用形態によって生じさせることが可能である。例えば、一態様では、免疫応答成分は、特定の細胞を標的にしてそれを中和することで、治療効果を生じ、及び／又は症状を和らげることが可能である。別の態様では、免疫応答成分は、因子１００上に存在する受容体に結合及び／又は阻害し、及び／又は直接及び／又は間接的に、因子１００に対する分子（例えば、サイトカイン、及び／又は成長因子）の結合を阻害することが可能である。別の態様では、免疫応答成分の治療効果は、シグナル分子として機能させることによって生じる。この例では、免疫応答成分は、プログラム細胞死をその後に誘導を伴う受容体の架橋結合を誘発する可能性がある。
【００５５】
免疫応答成分を加工して、例えば一種又はそれ以上のエフェクター分子（例えば、薬物、低分子、酵素、毒素、放射性核種、サイトカイン、及び／又はＤＮＡ分子）を含むようにすることが可能である。この例では、免疫応答成分は、因子１００を標的にして結合するためのビヒクルとして、及び／又は一種又はそれ以上のエフェクター分子を送達するためのビヒクルとして、機能することが可能である。一態様では、免疫応答成分を加工して、免疫応答成分の生得的エフェクター機能を伴うことなく一種又はそれ以上のエフェクター分子を含むことが可能である。
【００５６】
別の態様では、一種又はそれ以上の免疫応答成分を、不要な細胞を除去するために免疫系細胞を促進させるための分子と結合させてもよい。この技術は、抗体を用いて、腫瘍、ウィルス感染細胞、菌類、及び細菌を処置するために、記載されている。更なる情報は、Ｓｅｇａｌの米国特許第４，６７６，９８０号に見出され、これを参照により本明細書中に援用する。
【００５７】
一種又はそれ以上の免疫応答成分を選択するための基準は、変わることがある。例えば、１つの基準として、抗原１０２に対する免疫応答成分の相互作用又は結合親和性の強化が挙げられる。数多くの技術が、抗原１０２に対する抗体の結合親和性を高めるために存在する。一態様では、抗原１０２に対する抗体の結合親和性は、偶然又は免疫付与により抗原１０２によって免疫された個人からファージ提示ライブラリーを構築することによって増強することが可能である。より親和性の高い抗体の生成及び選択もまた、例えば、体細胞超変異、相補性決定領域（ＣＤＲ）ウオーキング突然変異（ｗａｌｋｉｎｇ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）、抗体鎖シャフリング、及び／又はゼノマックス（Ｘｅｎｏｍａｘ）技術（Ａｂｇｅｎｉｘ，Ｉｎｃ．（現在、本社はＦｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  ９４５５５に所在）から入手可能）等の技術を模倣することで、改善可能である。一例では、導入された変異を有する抗体を線状バクテリオファージの表面に提示することが可能である。次に、一次免疫応答及び／又は二次免疫応答を模倣するプロセスを用いて、及び／又は解離速度を求めることによって、所望の抗体、例えば抗原に対するより高い結合親和性を提示する抗体を選択することが可能である。更なる情報は、Ｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｉｍｉｃｋｉｎｇ  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｈｙｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ：Ａｆｆｉｎｉｔｙ  Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｄｉｓｐｌａｙｅｄ  Ｏｎ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  Ｕｓｉｎｇ  Ａ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｍｕｔａｔｏｒ  Ｓｔｒａｉｎ，Ｊ．ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ．２６０：３５９‐３６８（１９９６）及びＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｐｈａｇｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｂｙ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ａｆｆｉｎｉｔｙ．Ｍｉｍｉｃｋｉｎｇ  Ａｆｆｉｎｉｔｙ  Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ，Ｊ．ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９‐８９６（１９９２）を参照。なお、これらの文献を参照により本明細書中に援用する。
【００５８】
別の例では、より親和性の高い抗体の生成及び／又は選択を、三次免疫選択プロセスを模倣するＣＤＲウオーキング突然変異（ＣＤＲ  Ｗａｌｋｉｎｇ  Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって達成することが可能である。例えば、抗体１０４のＣＤＲの飽和突然変異誘発を用いて、線状バクテリオファージの表面上に提示される抗体フラグメントの１つ又はそれ以上のライブラリーを生成した後、それに続く固定化抗原を用いた関連抗体の選択を行うことが可能である。次に、順次及び平行しておこなわれる最適化の戦略を用いて、高親和性抗体を選択してもよい。更なる情報については、Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ＣＤＲ  Ｗａｌｋｉｎｇ  Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ  Ｆｏｒ  Ｔｈｅ  Ａｆｆｉｎｉｔｙ  Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ａ  Ｐｏｔｅｎｔ  Ｈｕｍａｎ  Ａｎｔｉ‐ＨＩＶ‐１  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｉｎｔｏ  Ｔｈｅ  Ｐｉｃｏｍｏｌａｒ  Ｒａｎｇｅ，Ｊ．ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ  ２５４（３）：３９２‐４０３（１９９５）を参照。なお、この文献を全体として参照により本明細書中に援用する。
【００５９】
更に別の例では、部位特異的突然変異誘発を用いて、高親和性抗体の生成及び選択を、例えば最節約的突然変異誘発によって行うことが可能である。この例では、コンピュータ・ベースの方法が、抗原−抗体結合に関係する抗体１０４の可変領域の一つ又はそれ以上のＣＤＲのものに含まれるアミノ酸を同定及びスクリーニングするのに用いられる。更に、いくつかの実行では、導入されるコドンの数は縮重位置のコドンの約５０％が野生型となるような数である。別の例では、抗体鎖シャフリングを用いて、より高い親和性の抗体を生成及び選択することが可能である。これらの技術は公知であり、参照により本明細書中に援用する。
【００６０】
免疫応答成分の用量を変えることが可能であり、一態様では、例えば処置の継続期間、体重、疾患の重症度、及び／又は年齢に依存することが可能である。免疫応答成分を含む組成物を、予防的処置及び／又は治療的処置のために、個人に送達させることが可能である。一態様では、疾患及び／又は症状を有する個人に対して、症状を緩和及び／又は少なくとも部分的に治癒するための処置用量が投与される。この例では、治療有効量を患者に投与する。
【００６１】
別の態様では、予防的に計られた用量を投与することで、個人の耐性を高めることが可能である。例えば、限定されるものではないが、個人が疾患及び／又は状態に遺伝的にかかりやすい場合があること、因子１００が流行している場所を個人が訪ねる場合があること、又は疾患及び／又は症状に関連した因子及び／又は関連因子に個人がさらされることを恐れる場合があることが挙げられる。
【００６２】
免疫応答成分の物理化学的特性の最適化を、例えば、コンピュータ・ベースの方法によって改善することが可能である。抗体療法に影響を及ぼす特性、例えば安定性、抗原結合親和性、及び／又は溶解性を改善することが可能である。更なる情報は、Ｌａｎｚａｒの米国特許出願第２００４０１１０２２６号に見出すことが可能であり、これを参照により本明細書中に援用する。
【００６３】
図面を参照すると、ここでは図１、図２、及び図３が、選択されたエピトープ２００の突然変異的な変化及び相補的抗体２２４での対応の変化が生じていることを示している抗原−抗体相互作用１０５の一態様を示している。そのようなエピトープ２００での突然変異変化は、例えば、自然界では些細な、又は重要な場合がある。これらの小さな抗原性変異及び／又は大きな抗原性変異は、既存の処置の効果を抑えている可能性がある。したがって、疾患又は障害に対する有効な処置治療として、一種又はそれ以上の因子１００又は一種又はそれ以上の関連因子に共通の一種又はそれ以上の抗原性変異を予想するように設計された一種又はそれ以上の抗体によって疾患又は障害を処置することが挙げられる。更に因子１００及び／又は関連した因子の小さな抗原性変異及び／又は大きな抗原性変異の経過を予測することもまた、一種又はそれ以上の抗体を設計及び選択する上で有益であると思われる。更に、いくつかの実行では、ＳＮＰからの情報を取り込むことが選択エピトープ２００を結合するための抗体の設計に有用である。
【００６４】
新たなサブタイプの形成に常に到るとは限らないエピトープ１０２での小さな変化は、例えば、選択エピトープ２００での点突然変異によって、引き起こされる場合がある。一態様では、点突然変異の発生を局在化、例えば選択エピトープ２００のホットスポットに局在化することが可能である。そのようなホットスポットの頻度及び／又は発生は、コンピュータ・ベースの方法によって提供可能である。更に、この方法は、例えば以前の風土病及び流行病からの、例えば、因子１００及び／又は選択エピトープ２００の抗原性変異の履歴リストを含むデータベースへのアクセスを提供する。そのような情報は、免疫応答の進行を立案するためのエピトープ・プロフィールの一部であってもよい。例えば、限定されるものではないが、インフルエンザウィルスのＮＳ１タンパク質の９２位にあるグルタミン酸での点突然変異は、サイトカインの活性を急激に下流制御することが示されている。そのような情報は、メタ署名の設計に有用であると思われる。
【００６５】
続けて図１、図２、及び３を参照すると、選択エピトープ２００内の変異３１０によって変異エピトープ３０２が生じすることが図示されている。本明細書中で一般的に使用される用語「選択エピトープ２００」は、文脈で他のことを示さない限り、多くの場合、提示されたエピトープのより一般的な用語の一種を構成する。変異エピトープ３０２の生成によって、免疫応答成分、例えば抗体２２４の結合が低減することもある。一実施形態では、有効な結合を、変異エピトープ３０２に対応する新規の抗体３２４を生成することによって、強化することが可能である。小さな抗原性変異の頻度は、既知又は／予測されるホットスポットを調べることによって予測可能である。例えば、更なる変異３１１及び／又は３１４を、コンピュータ・ベースの方法によって予測することが可能であり、対応する抗体３２８及び／又は３２６のそれぞれに、変異エピトープ３０６及び／又は３０４での抗原性変異に符号が示されている。一態様では、有効な治療処置は、この知識を因子１００に対する液性応答の提供に組み入れることが可能である。例えば、免疫応答成分のカクテルに、選択エピトープ２００及び／又はその予測変異型に結合させるための抗体２２４、３２４、３２６、３２８を含むものであってもよい。一態様では、一種又はそれ以上の抗体からなるカクテルに、化学物質、成長因子、薬物、又は成長因子を追加して加えることが可能である。別の態様では、有効な治療処置として、例えば、３２４、３２８、及び／又は２２４に対して実質的に３２６の量を多くするというように、免疫応答成分の用量を変えることも可能である。
【００６６】
ここで図４を参照すると、１つ又はそれ以上の新規のエピトープ４０２、４０４、４０６、及び／又は４０８が因子１００の表面に現れることが可能である。一態様では、大きな変化が、因子１００の表面に存在する抗原性変異体に生ずることで、新たなサブタイプが形成される。例えば、観察された新たなエピトープの出現は、セグメントの抗原性シフト、再集合、再シャッフリング、及び再配置、及び／又はセグメントのスワッピングとして生ずる場合があり、一般に因子１００の新規毒性株の出現をマスキングする。一例では、新規エピトープの予測は、新規の株、新規のサブタイプ、及び／又は古い株の再出現をマスキングする。この例では、個人での天然及び／又は人工的な液性保護は、適当な保護を与えるものではない。
【００６７】
一般に、大きな変化が生ずると、集団での大きな選択が流行病をもたらす感染に屈する。例えば、新規のエピトープの出現、及び／又は既存のエピトープの消失の結果として、新規の株、及び／又はサブタイプの出現を予測することで、部分的に問題が軽減される可能性がある。一態様では、例えば、限定されるものではないが、新規エピトープの予測が、遺伝子のサブセット、例えば因子１００の病原性及び／又は複製に重要なものに対して特異的であることもある。例えば、インフルエンザウィルスＡ型の新規サブタイプの出現を調べることで、抗原性変異が、ノイラミニダーゼ及び／又はヘマグルチニン遺伝子の大部分で生ずることが明らかである。
【００６８】
別の態様では、選択エピトープ２００は高可変領域を避ける可能性があり、その代わりに突然変異の確率がより低い領域に集中する可能性がある。したがって、選択されたエピトープは、抗原性変異のホットスポットを回避し、因子１００の他の特定領域（例えば因子１００の表面上の受容体結合部位）を標的にすることが可能である。したがって、別の例では、選択エピトープ２００は免疫応答成分に、容易にアクセス可能である必要はなく、例えば、受容体結合部位はポケットで深く埋められている場合もあり、抗原性変異を高レベルに発現している容易にアクセス可能な配列によって囲まれていると思われる。この例では、１つの可能性として、因子１００が標的に結合することを妨げている受容体結合部位を通過する小さな抗体フラグメントを提供することが挙げられる。別の例では、薬物及び／又は化学部物質を用いて、受容体結合部位のアクセスしやすさを悪化させることが可能である。更に別の例では、タグを付けた化学物質を用いて残基に結合させることが可能であり、このタグを免疫応答成分の結合に用いることが可能である。
【００６９】
別の態様では、免疫応答成分をエピトープ１０２内の形状変化を回避させ、エピトープ１０２に対して最小限有効な結合を提供するように設計することが可能である。この例で設計される抗体は、エピトープ１０２でホットスポット及び／又は突然変異的な変化の予測によって、その設計への順応を有するものであってもよい。
【００７０】
一態様では、免疫応答成分の大きさを操作することが可能である。例えば、免疫応答成分（例えば抗体１０４）は、エピトープ１０２の結合が求められる、実用上最小の結合部位を含むように設計される。別の例では、免疫応答成分を最小有効決定基に設計することが可能である。
【００７１】
一態様では、疾患及び／又は障害の方の有効な処置治療は、抗原ドリフト及び／又は複数の因子について予測される抗原シフトを、予測及び／又は処置するように設計された一種又はそれ以上の免疫応答成分を含むものであってもよい。因子同士は、互いに関連がある必要はなく、例えば、多発性疾患を患っている個人に対して治療を設計することも考えられる。
【００７２】
プロセスを実行する実施形態を示す一連のフローチャートを以下に示す。理解を容易にするために、フローチャートを以下のように整理した。すなわち、最初のフローチャートは、包括的な「全体像」の観点を介した実行を示し、その後、以下のフローチャートは、１つ又はそれ以上の既に示したフローチャートに構築されたサブステップ又は追加のステップとして、「全体像」フローチャートの別の実行及び／又は拡張を示す。当業者は、本明細書で利用するプレゼンテーションのスタイル（例えば、全体像を提示することから始まり、その後にそれに続くフローチャートで追加を加えること、及び／又は更に詳しく説明することを行う）が一般に、種々の具体的環境を迅速且つ容易に理解可能にさせることを、容易に理解する。
【００７３】
ここで図１４を参照する。この図は、対象技術の実施形態及び／又は対象技術のための実施形態となり得るシステムの部分図を示している。一態様では、示されている環境は、コンピュータ・プログラム１４０２を有するコンピュータシステム１４００を含む。コンピュータ・プログラム１４０２は、命令群１４０３、１４０４、及び／又は１４０５を含むものとして示されている。このコンピュータ・プログラム１４０２は、少なくとも１つの因子の少なくとも１つ又はそれ以上のエピトープを指定するための第１の命令群１４０３を含むものであってもよい。このコンピュータ・プログラム１４０２は、少なくとも１つの因子の少なくとも１つ又はそれ以上のエピトープ内の変化を予測するための第２の命令群１４０３を含むものであってもよい。このコンピュータ・プログラム１４０２は、少なくとも１つの因子の少なくとも１つ又はそれ以上のエピトープに関連する１つ又はそれ以上の免疫応答成分の同定を助ける第３の命令群１４０４を含むものであってもよい。このシステムの典型的な１つの実行では、システムを用いるユーザ１４１０（例えば、医療専門家、研究者、科学者、患者、技術者、製造業者、又は製薬業者）が示されている。このシステムの典型的な別の実行では、コンピュータ・プログラム１４０２がデータベース１４０６にアクセスしている。典型的な１つの実行では、フィードバックループがコンピュータ・プログラムとデータベース１４０６との間に設定されている。出力１４０７をコンピュータ・プログラム１４０２にフィードバックし、及び／又はそれをコンピュータシステム１４００上に表示してもよい。このシステムは、研究手段、処置等を促進するための手段等として使用することも可能である。
【００７４】
ここで図１５を参照する。この図は、対象技術の実施形態及び／又は対象技術のための実施形態となり得るシステムの部分図である。ユーザ１４１０はデータ１５００を入力して、例えば出力１４０７に影響を及ぼすことが可能である。データの自動入力、又はユーザ入力もまた、医療システム１５０４、製造システム１５０５、又はウェットラボシステム１５０６を介しておこない、出力１４０７をコンピュータ・プログラム１４０２にフィードバックし、更に／又はそれをコンピュータシステム１４００上に表示することも可能である。
【００７５】
Ｂ．操作及び／又はプロセス
以下は、プロセスの実行を示す一連のフローチャートである。理解を容易にするために、フローチャートを以下のように整理した。最初のフローチャートは、包括的な「全体像」の観点を介した実行を示し、その後、以下のフローチャートは、１つ又はそれ以上の既に示したフローチャートに構築されたサブステップ、又は追加のステップとして、「全体像」フローチャートの別の実行及び／又は拡張を示す。当業者は、本明細書で利用するプレゼンテーションのスタイル（例えば、全体像を提示することから始まり、その後にそれに続くフローチャートで追加を加えること、及び／又は更に詳しく説明することを行う）が、一般に種々の具体的環境を迅速且つ容易に理解可能にさせることを容易に理解する。
【００７６】
別のプロセス実行のいくつかが、本明細書中の文脈のなかで述べられている。例えば、図５に関連して本明細書中に述べられているように、方法ステップ５０４として記載されているものは、因子の典型的な能力のリストとして説明されている。当業者は、方法ステップ５０４として記載されているものが、方法ステップ５０３及び方法ステップ５０２として記載されているものの文脈の中で読み取られる場合に、文脈の中で因子の典型的な能力のリストが実際に、ウイルス、細菌、イースト、糸状菌、真菌、マイコプラズマ，ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチア、ナノ細菌、プリオン，ＴＳＥに関与する因子、多細胞寄生虫、タンパク質、感染症タンパク質、核酸、代謝副産物、細胞副産物、又は毒素の少なくとも１つの少なくとも一部分を提示する方法ステップ５０２の別の実行を説明することが明らかであることを、容易に理解する。同様に、方法ステップ５０５として記載されていることが、方法ステップ５０３及び方法ステップ５０２として記載されていることの文脈の中で読み取られる場合、文脈の中で、方法ステップ５０５が、生きている因子の少なくとも一部分を示す方法ステップ５０２の別の実行を説明するものであることは明らかである。また同様に、方法ステップ５０５として記載されていることが、方法ステップ５０３及び方法ステップ５０２として記載されていることの文脈の中で読み取られる場合、文脈の中で、方法ステップ５０５が、生きていない因子の少なくとも一部分を示す方法ステップ５０２の別の実行を説明するものであることは明らかである。方法ステップ５０４、５０５、及び５０６に関してまさに述べられているもののような前後関係の表示は、本明細書における教示を考慮して当業者の範囲の中であることから、明瞭にするために本明細書中の他の箇所で一語一語説明されることはない。
【００７７】
ここで図５を参照する。この図は、種々の代替プロセス実行の高レベル論理フローチャートを示す。方法ステップ５００は、プロセスの開始を示す。方法ステップ５０２は、１つ又はそれ以上の決定基の提示を示す。種々の代替実行で、方法ステップ５０２がステップ５０３及び／又は５１０を含むことが示されている。種々の代替実行で例証されていることは、方法ステップ５０３がサブセット５０４、５０５、及び／又は５０６を有することである。方法ステップ５０３は、因子のいくつかの典型的な能力を示す。示された方法ステップ５０４は、ウイルス、細菌、イースト、糸状菌、真菌、マイコプラズマ，ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチア、ナノ細菌、プリオン，ＴＳＥに関与する因子、多細胞寄生虫、タンパク質、感染症タンパク質、核酸、代謝副産物、細胞副産物、及び／又は毒素の少なくとも１つの少なくとも一部分を含むものであってもよい。因子は、生きている因子の方法ステップ５０４及び／又は因子の生きていない因子５０６を含むものであってもよい。方法ステップ５１０は、１つ又はそれ以上の決定基を示し、追加のステップ５１１、５１２、及び／又は５１３を含む。方法ステップ５１１は、１つ又はそれ以上の決定基を含むことを示しており、ここでは１つ又はそれ以上の決定基が、アミノ酸残基、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク質、脂質、カプシドタンパク質、多糖、リポ多糖、糖脂質、又は糖タンパク質の少なくとも一部分を含む。方法ステップ５１２では、１つ又はそれ以上の決定基が実質的に線形決定基を含むことが示されている。方法ステップ５１３では、１つ又はそれ以上の決定基が非線形決定基を含むものであってもよいことが示されている。当業者が容易に理解することは、方法ステップ５００が、入力を受けることを含むということであり、該入力は、例えば、因子、１つ又はそれ以上の決定基、及び／又は他の関連した基準、例えば決定基の大きさ、決定基の種類、管理を必要とする疾患、障害及び／又は障害の性質、及び／又は管理を必要とするグループの感度が挙げられる。方法ステップ５３０は、因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行に対して予測パターンを提供することを示している。例えば、既知及び／又は予測された以前のパターン変化を用いて、因子の１つ又はそれ以上の決定基で観察されるパターン変化のこれからの進行を推定することが可能である。方法ステップ５６０は、因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定することを示す。そのように設計された免疫応答成分は、例えば、疾患又は症状を管理するためのもの、又は応答を管理するためのものであってもよい。方法ステップ５９０は、プロセスの終了を示す。
【００７８】
図６を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。方法ステップ５６０が方法ステップ６０３、６０４、６０５、及び／又は６０６を含むことが示されている。方法ステップ６０３は、例えば、限定されるものではないが、マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ−８リンパ球、又はＣＤ３及び／もしくはＣＤ１分子等の細胞膜抗原分子の少なくとも１つの少なくとも一部分を含む少なくとも１つの免疫応答成分を設計すること示している。方法ステップ６０４は、少なくとも１つの免疫応答成分を設計することを示しており、該免疫応答成分として、例えば、限定されるものではないが、マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ−８リンパ球、細胞膜抗原分子、ＣＤ３分子、及び／又はＣＤ１分子の少なくとも１つの少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子が挙げられる。方法ステップ６０５は、少なくとも１つの免疫応答成分を設計することを示しており、該免疫応答成分として、例えば、Ｂリンパ球の少なくとも１つの少なくとも一部分が挙げられる。方法ステップ６０６は、少なくとも１つの免疫応答成分、例えばＢリンパ球の少なくとも一部分の修飾因子の少なくとも１つを設計することを示している。
【００７９】
図７を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。種々の代替実行の中で、方法ステップ５６０が方法ステップ７０３、７０４、及び／又は７０５を含むことが示されている。方法ステップ７０３は、少なくとも１つの免疫応答成分を設計することを示しており、該免疫応答成分は、例えば、抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、及び／又は抗体フラグメントの少なくとも１つの少なくとも一部分である。方法ステップ７０４は、少なくとも１つの免疫応答成分を設計することを示しており、該免疫応答成分は、例えば、抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、及び／又は抗体フラグメントの少なくとも１つの少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子である。方法ステップ７０５は、免疫応答成分、例えば合成抗体又は合成抗体の修飾因子の少なくとも１つの少なくとも一部分を設計することを示している。
【００８０】
ここで図８を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。１つの代替実行の中で、図８に示すように、方法ステップ５０２は方法ステップ８００、８１０、８１１、及び／又は８１２を含む。方法ステップ８００は、因子の１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むことを示している。方法ステップ８００はまた、追加のステップ８０３、８０４、及び／又は８０５を含む。方法ステップ８０３は、植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つを含むことを示している。方法ステップ８０４及び８０５は、１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるために、ヒト・データベース又は病原体を含むことをそれぞれ示している。
【００８１】
続けて図８を参照すると、方法ステップ８１０は、制限断片長多型、マイクロサテライト・マーカー、短タンデムリピート配列、ランダム増幅多型ＤＮＡ、増幅断片長多型、又は配列反復に関連した情報を有する１つ又はそれ以上のデータベースに由来する情報を含むことによって、因子の１つ又はそれ以上の決定基の提示に影響を与えることを示している。方法ステップ８１１は、応答に関連している因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示することを示しており、該応答は管理を必要とする（例えば、生物学的応答）。方法ステップ８１１は、免疫応答又は免疫応答の進行の少なくとも１つの少なくとも一部分を引き出すことに関連する因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示すること示している。
【００８２】
ここで図９を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。１つの代替実行の中で、図９に示すように、方法ステップ５３０は、方法ステップ９００を含む。方法ステップ９００は、セット又はサブセットを形成することを示している（例えば、１つ又はそれ以上の決定基からなる１つの群）。このセット又はサブセットを、入力方法ステップ９０２（例えば、生物学的基準、地理的基準、又は他の実体的基準）に応答して、ロボット入力方法ステップ９０３に応答して、及び／又はユーザ入力方法ステップ９０４に応答して、形成することが可能である。
【００８３】
ここで図１０を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。１つの代替実行が示されており、方法ステップ５３０は、方法ステップ１０００〜１０１８を含む。セット又はサブセットを形成するために使われる基準として、実体方法ステップ１００１との最大で約８０％のアミノ酸配列一致を有する前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基を挙げることができる。方法ステップ１００２は、実体との最大で６０％アミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことによって、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００３は、実体との少なくとも８８％配列一致及び／又は実体と少なくとも７５％配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことによって、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００４は、実体と類似の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００５は、実体と最大で約７０％アミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００６は、実体と最大で０〜８０％アミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００７は、少なくとも１つの決定基が実体と０乃至１００％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００８は、セット又はサブセットが実質的に類似した機能的配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１００１９は、少なくとも２つのコピー数を有し、しかも認識される少なくとも１つの決定基を含むことによって、セット又はサブセットを形成することを示す（例えば、１つ又はそれ以上の決定基に特異的な免疫応答の発生による）。
【００８４】
図１０を続けて参照すると、方法ステップ１０１０は、実質的に類似の機能的効果を有する少なくとも１つの決定基を含むことによって、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１１は、少なくとも１つの実質的に抗原決定基を含むことでセット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１２は、因子（例えば、該因子上の表面上）によって提示される少なくとも１つの決定基を含むことでセット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１３は、実質的に類似した機能的配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１４は、免疫応答に対して実質的に類似の効果を有する少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１５は、アッセイで実質的に類似の結果が得られる少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１６は、免疫学的に有効な少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。ステップ１０１７は、少なくとも２つのコピー数を有し、且つ因子によって提示される少なくとも１つの決定基を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。方法ステップ１０１８は、因子に結合した少なくとも１つの決定基（例えば、共同因子、又は因子の一部もしくは因子の一部ではない異所決定基）を含むことで、セット又はサブセットを形成することを示している。
【００８５】
ここで図１１を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。方法ステップ５３０が方法ステップ１１０２及び／又は１１０３を含むことが示されている。方法ステップ１１０２は、因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を宿主での免疫応答の少なくとも一部分の進行の予測パターンに関連づけることを示している。方法ステップ１１０３は、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基での１つ又はそれ以上のパターン変化を予測することを示している。方法ステップ１１０３は、誘導された免疫応答の１つ又はそれ以上の進行に対して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の前記１つ又はそれ以上のパターン変化を相関させること示す方法ステップ１１０４を含む。
【００８６】
ここで図１２を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。方法ステップ５６０が方法ステップ１２０２〜１２１０を含むことが示されている。方法ステップ１２０２は、植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むことが示されている。方法ステップ１２０３は、因子の１つ又はそれ以上の決定基に影響を与えるためのデータベースに由来するデータを含むことを示している。方法ステップ１２０４は、ヒト・データベースに由来するデータを含むことを示している。方法ステップ１２０５は、病原体データベースに由来するデータを含むことを示している。方法ステップ１２０６は、前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記少なくとも１つの決定基に関連した前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定することを含むことを示している。方法ステップ１２０７は、免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のヒト又はヒト化抗体の機能を誘導することを含むことを示している。方法ステップ１２０８は、前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のキメラ抗体の形成を誘導することを含むことを示している。方法ステップ１２０９は、前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上の組換え抗体の形成を誘導することを含むことを示している。方法１２１０は、前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上の組換え抗体の形成を誘導することを含むことを示している。
【００８７】
ここで図１３を参照する。この図は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示している。方法ステップ５６０が方法ステップ１３０２を含むことが示されている。方法ステップ１３０２は、プラン（例えば、スキーム、操作リスト、又は一連の動作）を提供することによって、少なくとも１つの免疫応答成分の選択を助けることを含む。示されていることは、方法ステップ１３０２は、追加の方法ステップ１３０３及び／又は１３０４を含む。方法のステップ１３０３は、前記免役応答の少なくとも一部分を管理するためのプランを提供することを含む。方法ステップ１３０４では、上記のプランが、例えば投薬量、投薬パターン、有効経路、又は投薬期間の少なくとも１つである。方法ステップ１３０４は、追加のステップ１３０５を含み、上記有効経路は、例えば皮下経路、鼻経路、鼻腔内経路、筋肉内経路、静脈経路、動脈内経路、髄空内経路、嚢内経路、眼窩内経路、心臓内経路、経皮経路、皮内経路、腹膜内経路、経気管経路、表皮下経路、関節内経路、被膜下経路、髄膜経路、脊椎内経路、硬膜外経路、胸骨経路、輸液経路、局所経路、舌下経路、又は腸経路の少なくとも１つを含む。
【００８８】
Ｃ．変化及び／又は実行
当業者は、本出願がデバイス、構造、及び／又はプロセスを本明細書内の教示の精神内の修飾を教示していることを理解する。例えば、一態様では、免疫応答成分を、大部分の親水性化合物を排除することが知られている脳血管関門を通過するように処方することが可能である。例えば、抗体フラグメントを脂質ビヒクル内に入れることが可能である。別の例では、抗体又は該抗体の一部を担体タンパク質又は分子上にタグとしてつけることも可能である。別の実施例では、抗体を１つ又はそれ以上の相補的フラグメントに分割し、各々のフラグメントを脂質ビヒクルに入れ、また各々のフラグメントをその相補的フラグメントに結合した場合にだけ機能的になるようにしてもよい。ひとたび脳血管関門を通過すると、脂質ビヒクルが溶解して抗体フラグメントを放出することが可能であり、該抗体フラグメントはその相補的な相手方と再結合し、完全に機能的な抗体を形成する。本明細書中の対象の他の修飾は、本明細書中の教示に照らして当業者に容易に理解される。
【００８９】
当業者は、本出願がデバイス、構造、及び／又はプロセスを本明細書内の教示の精神内の修飾を教示していることを理解する。例えば、一態様では、免疫応答成分を大きなフォーマットで作ることが可能である。この方法は、それ小さなフォーマット又は個人化した治療用アプリケーションと大規模なアプリケーションとの両方に役立つ。本明細書中の対象の他の修飾は、本明細書中の教示を考慮することで、当業者に容易に理解される。
【００９０】
当業者は、本出願がデバイス、構造、及び／又はプロセスを本明細書内の教示の精神内の修飾を教示していることを理解する。例えば、一態様では、この方法を、任意の疾患又は障害に対して免疫応答成分を設計する際に用いることが可能である。この方法の用途は、抗原性シフト又はドリフトが免疫系を推測状態にしてその応答を遅らせる。インフルエンザ又はエイズが有望な候補ではあるが、他の疾患、障害、及び／又は症状はこの方法論から利益が見込まれる。本明細書中の対象の他の修飾は、本明細書中の教示を考慮して当業者に容易に理解される。
【００９１】
当業者は、本出願がデバイス、構造、及び／又はプロセスを本明細書内の教示の精神内の修飾を教示していることを理解する。例えば、一態様では、局所的に存在する株の環境をサンプリングする携帯型ＰＣＲ装置を含むことで、抗原性変化をリアルタイム評価することが可能である。情報を別の場所又は人によって利用される携帯型ドリップ・パッチに遠隔的に送ることが可能であり、それによって必要な免疫成分の活性化をもたらし、十分な防御が得られる。評価が変化することから、携帯型ドリップ・パッチを始動して、送達された免疫応答成分の用量又は種類を変えることが可能である。携帯型ＰＣＲ装置と作用自在に連結したそのような携帯型ドリップ・パッチは、多種多様な用途、例えば病気が蔓延している地域を医療関係者が訪問する場合や軍人が適地に赴く場合が挙げられる。本明細書中の対象の他の修飾は、本明細書中の教示を考慮して当業者に容易に理解される。
【００９２】
当業者は、本出願がデバイス、構造、及び／又はプロセスを本明細書内の教示の精神内の修飾を教示していることを理解する。例えば、一態様では、個人は免疫応答成分が注入され、ユーザが一定期間にわたって必要な防御を得られるようにプログラムされ、因子１００のエピトープのパターン変化を予想するドリップ・パッチを使用することが可能である。  本明細書中の対象の他の修飾は、本明細書中の教示を考慮して当業者に容易に理解される。
【００９３】
当業者は、本出願がデバイス、構造、及び／又はプロセスを本明細書内の教示の精神内の修飾を教示していることを理解する。例えば、一態様では、ＲＮＡブロッカー又は単鎖ＲＮＡＩ技術を用いて、上記方法と併用して免疫系の遺伝子又は成分を下流制御することが可能である。本明細書中の対象の他の修飾は、本明細書中の教示を考慮して当業者に容易に理解される。
【００９４】
当業者は、前述の特定の典型的なプロセス及び／又はデバイス及び／又は技術が、本明細書中の他の箇所（例えば本明細書とともに出願された特許請求の範囲）及び／又は本出願の他の箇所で教示されるより一般のプロセス及び／又はデバイス及び／又は技術を代表することを、容易に理解する。
【００９５】
当業者は、システムの態様のハードウェア実行とソフトウェア実行とのあいだにほとんど差異がないところまで到達水準が達したことを容易に理解する。ハードウェア及びソフトウェアの使用は、一般的に（常にではなく、特定の文脈で、ハードウェアとソフトウェアとのあいだの選択が有意になる点で）費用効果を現す設計選択である。当業者は、本明細書に記載したプロセス及び／又はシステム及び／又は他の技術が影響を受ける種々のビヒクル（例えば、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又はファームウェア）が存在し、プロセス及び／又はシステム及び／又は他の技術が配備される文脈によって好ましいビヒクルが変わることを、容易に理解する。例えば、速度及び精度が最高であると実行者が判断した場合、実行者は主にハードウェア及び／又はファームウェア／ビヒクルを選ぶことが可能であり、又は柔軟性が最高である場合、実行社は主にソフトウェア実行を選ぶことが可能であり、又は別の選択枝として、実行者はハードウェア、ソフトウェア、及び／又はファームウェアの何らかの組み合わせを選択することが可能である。それ故、いくつかの可能なビヒクルがあり、それによって、本明細書中に記載されているプロセス及び／又はデバイス及び／又は他の技術が影響を受けることが可能であり、利用される任意のビヒクルが、ビヒクルが配備去され文脈とそのうちのどれも変化し得る実行者の特定の関心事（例えば、速度、柔軟性、又は予測性）とに依存する選択であるという点で、そのうちのどれも本質的に他のものよりも優れているわけではない。
【００９６】
前述の詳細な説明では、ブロック図、フローチャート、及び／又は実施例を用いることで、デバイス及び／又はプロセスのさまざまな実施形態を述べた。そのようなブロック図、フローチャート及び／又は実施例が一つ又はそれ以上の機能及び／又は操作を含む限り、そのようなブロック図、フローチャート又は例の中の各機能及び／又は操作が、個々に及び／又は集合的に、広範囲にわたるハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又は実質的にそれらの任意の組合せによって実行可能であることは、当業者によってよく理解される。一実施形態では、本明細書中に記載した対象のいくつかの部分が、特定用途向け集積回路（Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ｃｉｒｃｕｉｔｓ）（ＡＳＩＣ）、フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ（Ｆｉｅｌｄ  Ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ  Ｇａｔｅ  Ａｒｒａｙｓ）（ＦＰＧＡ）、デジタル信号処理システム（ｄｉｇｉｔａｌ  ｓｉｇｎａｌ  ｐｒｏｃｅｓｓｏｒｓ）（ＤＳＰｓ）、又は他の集積回路フォーマットで実行可能である。しかし、当業者が認識することは、本明細書中に開示された実施形態のいくつかの態様が、全体として、又は部分的に、１台以上のコンピュータで実行される１つ又はそれ以上のコンピュータ・プログラムとして（例えば、１台以上のコンピュータシステム上で動く１つ又はそれ以上のプログラムとして）、１つ又はそれ以上のプロセッサで動く１つ又はそれ以上のプログラムとして（１つ又はそれ以上のマイクロプロセッサ上で動く１つ又はそれ以上のプログラム）として、ファームウェアとして、又は実質的にそれらの任意の組み合わせとして、標準の集積回路で等価に実行し得ることであることから、回路を設計すること、及び／又はソフトウェアもしくはファームウェアのコードを書くことが、この開示を考慮することで十分に当業者の技術範囲内にあるだろう。更に当業者は、本明細書中に記載される対象の機序を、様々な形のプログラム・プロダクトとして配布することができることから、本明細書中に記載される対象の具体的な実施形態は、分配を実際に実行するのに使用されるシグナル保持媒体の特定の種類にかかわらず、等しく適用されるということを理解する。シグナル保持媒体の例として、限定されるものではないが、以下のものが挙げられる。すなわち、フロッピーディスク、ハードディスクシステム、ＣＤ−ＲＯＭ、デジタルテープ、及びコンピュータ・メモリ等の記録可能型媒体と、ＴＤＭ又はＩＰベースの通信リンク（例えば、パケット／リンク）を用いたデジタル及びアナログ通信等の伝送型媒体が挙げられる。
【００９７】
一般的な意味では、当業者は、広範囲にわたるハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又はそれらの任意の組み合わせによって、個々に、及び／又は集合的に実行され得る本明細書中に記載した種々の態様が、種々のタイプの「電気回路」として見ることができるということを、認識する。したがって、本明細書中で使用されるように「電気回路」は、少なくとも１つの個別電気回路を有する電気回路、少なくとも１つの集積回路を有する電気回路、少なくとも１つの特定用途向け集積回路を有する電気回路、コンピュータ・プログラム（例えば、少なくとも部分的にプロセスを実行する本明細書中に記載のコンピュータ・プログラム及び／又はデバイスで構成された汎用型コンピュータ、又は本明細書中に記載の少なくとも部分的にプロセスを実行するコンピュータ・プログラム及び／又はデバイスで構成したマイクロプロセッサ）によって構成される多目的コンピュータを形成している電気回路、メモリデバイス（例えば、ランダム・アクセス・メモリの形態）を形成している電気回路、及び／又は通信システム（例えばモデム、通信スイッチ又は光学電気システム）を形成している電気回路を含むが、これに限定されるものではない。
【００９８】
当業者は、本明細書中に述べられる様式でデバイス及び／又はプロセスを述べた後に、そのような述べられたデバイス及び／又はプロセスをデータ処理システムに組み込むために標準的なエンジニアリング方式を使用することは、当該技術分野では一般的であることを認識する。すなわち、本明細書に記載されるデバイス及び／又はプロセスの少なくとも一部分を、相当な量の実験を経て、データ処理システムに組み込むことができる。当業者は、典型的データ処理システムが、一般に、システムユニットハウジング、ビデオ表示デバイス、メモリ（例えば、揮発性及び不揮発性メモリ）、プロセッサ（例えば、マイクロプロセッサ及びデジタル信号処理システム）、コンピュータ・エンティティ（例えば、オペレーティングシステム、ドライバ、グラフィカル・ユーザ・インタフェース、及びアプリケーション・プログラム）、一つ又はそれ以上の相互作用システム（例えばタッチパッド又はスクリーン）、及び／又はフィードバックループ及び制御モータを含む制御系（例えば位置及び／又は速度を感知するためのフィードバック）、構成要素及び／又は量を移動及び／又は調整するための制御モータを含むことを、認識する。典型的なデータ処理システムを、任意の適当な市販の構成要素（例えば、データ・コンピューティング／通信及び／又はネットワーク・コンピューティング／通信システムで典型的に見出されるもの）を用いることで実装することができる。
【００９９】
この明細書で言及及び／又は任意の出願データ／シートに列挙された参照米国特許、米国特許出願公報、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、及び／又は非特許刊行物の全てを、全体として参照により本明細書中に援用する。
【０１００】
本明細書中に記載された態様は、異なる別の構成要素の中に含まれる、又は関係する異なる構成要素を表す。そのような表現されたアーキテクチャは単に典型的なものにすぎず、実際に、同一機能性を達成する多くの他のアーキテクチャを実行することができる。概念上の感覚において、所望の機能性が達成されるように、同じ機能性を達成する構成要素の任意の配置が効果的に「関連する」。それ故、特定の機能性を達成するために本明細書中で組み合わせられた任意の２つの構成要素が、所望の機能性を達成するようにして、アーキテクチャ又は中間（ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｌ）構成要素にかかわりなく、互いに「関連している」ように見ることができる。同様に、非常に関連する任意の２つの構成要素もまた、所望の機能性を達成するために互いに「操作可能に結合」又は「操作可能に連結」されているように見ることができ、また非常に関連することができる任意の２つの構成要素もまた、所望の機能性を達成するために互いに、操作可能に連結」されているように見ることができる。操作可能に連結可能な具体例として、限定されるものではないが、物理的に対形成可能及び／又は物理的に相互作用する構成要素及び／又はワイヤレスで相互作用可能及び／又はワイヤレスで相互作用する構成要素が挙げられる。
【０１０１】
本明細書中に記載した本対象の特定の態様を示して説明する一方で、本明細書内での教示に基づいて、変更及び修飾を、本明細書に記載したこの対象及びそのより広い態様から逸脱することなく、行うことが可能である。したがって、添付の特許請求の範囲は、本明細書中に記載されたこの対象の真の精神及び範囲内にあることから、そのような変更及び修飾を該特許請求の範囲の範囲内で包含することである。更にまた、本発明が唯一添付の特許請求の範囲によってのみに定義されることを理解すべきである。当業者は、一般に、本明細書中で使用される用語、及び特に添付された特許請求の範囲（例えば、添付された特許請求の範囲の主部）が概ね「オープン」ターム（例えば、用語「含んでいる」は「限定されるものではないが、含んでいる」として解釈されるべきであり、用語「有している」は「少なくとも有している」と解釈されるべきであり、用語「含む」は「限定されるものではないが、含む」と解釈されるべきである）であることを意図していることを理解する。当業者によって更に理解されることは、特定の数の導入請求項の列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）が意図される場合、そのような意図は特許請求の範囲で明確に詳述され、そのような列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）がない場合はそのような意図は存在しないということである。例えば、理解を助けるために、以下の添付された特許請求の範囲がクレームの列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）を導入するために導入句「少なくとも１つ」及び「１つ又はそれ以上」の使用を含んでもよい。しかし、そのような句の使用は、不定詞「ａ」又は「ａｎ」による請求項の列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）の導入が、たった１つのそのような列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）を含む発明に対して、そのような導入請求項の列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）を含む任意の特定のクレームを限定することを意味するものと解釈すべきではない。例え、同一請求項が導入句「１つ又はそれ以上」又は「少なくとも１つ」及び不定冠詞、例えば「ａ」又は「ａｎ」（例えば、「ａ」及び／又は「ａｎ」が一般に「少なくとも１つ」又は「１つ又はそれ以上」と解釈すべき）を含む場合でも、同じことは、請求項の列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）に使用される定冠詞の用法についても有効である。また、特定数の導入請求項の列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）が明確に列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）されていても、当業者は、そのような列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）が一般に、少なくとも列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）された数を意味するものと解釈すべきである（例えば、例えば、他の修飾語なしで「２つの列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）」のむき出しの列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）は、一般に少なくとも２つの列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）、又は２つ以上の列挙（ｒｅｃｉｔａｔｉｏｎ）を意味する）。更に、これらの例で、「Ａ、Ｂ、及びＣ、その他の少なくとも１つ」に類似した慣例が使用される場合、一般にそのような構成は、当業者が理解する慣習を意味することを意図している（例えば、「Ａ、Ｂ、及びＣの少なくとも１つを有するシステム」は、限定されるものではないが、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、Ａ及びＢを一緒に、Ａ及びＣを一緒に、Ｂ及びＣを一緒に、及び／又はＡ、Ｂ、及びＣを一緒に、その他を含む）。これらの例で、「Ａ、Ｂ、及びＣ、その他の少なくとも１つ」に類似した慣例が使用される場合、一般にそのような構成は、当業者が理解する慣習を意味することを意図している（例えば、「Ａ、Ｂ、及びＣの少なくとも１つを有するシステム」は、限定されるものではないが、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、Ａ及びＢを一緒に、Ａ及びＣを一緒に、Ｂ及びＣを一緒に、及び／又はＡ、Ｂ、及びＣを一緒に、その他を含む）。
【図面の簡単な説明】
【０１０２】
【図１】図１は、免疫成分の典型的な相互作用（例えば因子によって提示されたエピトープと相互作用する抗体）の一態様の概略図である。
【図２】図２は、免疫系を増強させる方法の一態様の概略図である。
【図３】図３は、選択されたエピトープでの突然変異的な変化と相補的抗体でのそれに対応した変化とが生ずることを示す抗原と抗体との相互作用の一態様を示す図である。
【図４】図４は、因子によって提示されたエピトープでの突然変異的な変化と免疫応答成分（例えば抗体）でのそれに対応する変化との一態様を示す図である。
【図５】図５は、プロセスの高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図６】図６は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図７】図７は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図８】図８は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図９】図９は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図１０Ａ】図１０Ａは、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図１０Ｂ】図１０Ｂは、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図１１】図１１は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図１２】図１２は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図１３】図１３は、図５の高レベル論理フローチャートの代替実行を示す高レベル論理フローチャートを示す図である。
【図１４】図１４は、対象技術の実施形態及び／又は対象技術のための実施形態となり得るシステムの部分図を示す。
【図１５】図１５は、対象技術の実施形態及び／又は対象技術のための実施形態となり得るシステムの部分図を示す。
【図１】
2008511079.tif 000003
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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