(57)【要約】本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型にまたがる改変体ＬｃｒＥ配列および／または改変体Ｌｃｒ配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型にまたがるＬｃｒＥ遺伝子型におけるこのような変化は、ＬｃｒＥ表現型における変化、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換を包含するかまたはアミノ酸置換に関連するペプチド、詳細には、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な細胞媒介性免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高い、高頻度に変異したアミノ酸位置または超可変領域を包含するかそれに関連するペプチドを提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号４６のアミノ酸配列からなるタンパク質であって、ただし該アミノ酸配列が１つ以上の変異を含むことは除外し、該１つ以上の変異が、６４、１２６、１５７、１６２、１７９、２０７、２１７、２２０、２７５および４２０からなる群より選択されるアミノ酸残基を含む、タンパク質。
【請求項２】
前記変異が独立した置換、挿入または欠失であって、好ましくは、表７に列挙される１つ以上の変異を含む、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項３】
前記１つ以上の変異が、タンパク質の免疫原性を変更する、請求項１または２に記載のタンパク質。
【請求項４】
前記タンパク質が、配列番号１、４、６、８、１１、１２、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２３および／または２７からなる配列の群より選択される１つ以上の変異された配列を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載のタンパク質。
【請求項５】
配列番号１１、４または６を含む、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項６】
配列番号１３または８を含む、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項７】
配列番号１２または１を含む、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項８】
アミノ酸残基６４および／または１６２で変異を含む、請求項２に記載のタンパク質。
【請求項９】
配列番号１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２７を含む、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項１０】
請求項１〜９のいずれか１項に記載のタンパク質のアミノ酸配列を含むタンパク質、または請求項１〜９のいずれか１項に記載のタンパク質の少なくとも７連続するアミノ酸の１つ以上のフラグメント。
【請求項１１】
前記１つ以上のフラグメントが、６４、１２６、１５７、１６２、１７９、２０７、２１７、２２０、２７５および／または４２０からなる群より選択されるアミノ酸残基を包含する１つ以上の変異体を含む、請求項１０に記載のタンパク質。
【請求項１２】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質に結合する抗体。
【請求項１３】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質をコードする核酸。
【請求項１４】
請求項１３に記載の核酸を含むベクター。
【請求項１５】
請求項１４に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項１６】
医薬としての使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸。
【請求項１７】
免疫原としての使用のための請求項１６に記載のタンパク質または核酸。
【請求項１８】
診断試薬としての使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸。
【請求項１９】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染を予防または処置するための医薬の製造における、請求項１〜１１のいずれか１項に規定されるようなタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸の、使用。
【請求項２０】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの存在またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して惹起された抗体の存在を検出するための診断試薬の製造における、請求項１〜１１のいずれか１項に規定されるようなタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸の、使用。
【請求項２１】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する抗体を惹起し得る試薬の製造における、請求項１〜１１のいずれか１項に規定されるようなタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸の、使用。
【請求項２２】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸の治療上有効な量を被験体に投与する工程を包含する、被験体を処置するための方法。
【請求項２３】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸を生成するためのプロセスであって、タンパク質発現を誘導する条件下で請求項１５に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、プロセス。
【請求項２４】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の核酸を生成するためのプロセスであって、該タンパク質または核酸が、化学的な方法を用いて部分的にまたは全体的に合成される、プロセス。
【請求項２５】
請求項１３に記載の核酸を検出するためのプロセスであって、（ａ）核酸プローブと生物学的なサンプルとをハイブリダイズ条件下で接触させて二重鎖を形成する工程と、（ｂ）該二重鎖を検出する工程とを包含する、プロセス。
【請求項２６】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載するタンパク質を検出するためのプロセスであって、（ａ）請求項１２に記載の抗体と生物学的なサンプルとを抗体−抗原複合体の形成に適した条件下で接触させる工程と、（ｂ）該複合体を検出する工程とを包含する、プロセス。
【請求項２７】
請求項１２に記載の抗体を検出するためのプロセスであって、以下の工程：請求項１〜１１のいずれか１項に記載されるタンパク質と生物学的なサンプルとを、抗体−抗原複合体の形成に適した条件下で接触させる工程と、（ｂ）該複合体を検出する工程とを包含する、プロセス。
【請求項２８】
請求項２５〜２８のいずれか１項に記載されるプロセスにおける使用に適した試薬を含むキット。
【請求項２９】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質、実施例１２に記載の抗体、または実施例１３に記載の核酸、および免疫学的に受容可能な賦形剤を含む免疫原性組成物。
【請求項３０】
１つ以上の抗原をさらに含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
１つ以上のアジュバントをさらに含む、請求項２９または請求項３０に記載の組成物。
【請求項３２】
医薬としての使用のための請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３３】
細菌感染を予防または処置または診断するための医薬の製造における請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の組成物の使用。
【請求項３４】
前記細菌感染がＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染である、請求項３３に記載の使用。
【請求項３５】
配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４および４５、４９〜９８、９９〜１８０、１８１、１８２、１８３、および／または１８４からなる配列の群より選択される、少なくとも２つのタンパク質を含む、免疫原性組成物。
【請求項３６】
前記組成物が配列番号１および配列番号１２を含む、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
前記組成物が配列番号１３および配列番号４６を含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３８】
請求項３５〜３７のいずれか１項に記載の組成物であって、（ａ）１つ以上のさらなる抗原、および／または（ｄ）１つ以上のさらなるアジュバントを含む、組成物。
【請求項３９】
医薬としての使用のための、請求項３５〜３８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項４０】
細菌感染を予防または処置または診断するための医薬の製造における請求項３５〜３８のいずれか１項に記載の組成物の使用。
【請求項４１】
前記細菌感染がＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染である、実施例４０に記載の使用。
【請求項４２】
請求項２９〜３１または３５〜３８のいずれか１項に記載の組成物を被験体に投与する工程を包含する、被験体において免疫応答を惹起する方法。
【請求項４３】
配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４および４５、４７〜９８、９９〜１８０、５５、６６、１０９、１１０、１１１、１８１、１８２、１８３および／または１８４からなる群より選択される少なくとも７連続するアミノ酸、好ましくは少なくとも９連続するアミノ酸の１つ以上のフラグメントと含む、ポリペプチド。
【請求項４４】
配列番号１、１２、１３、４５および７を含むタンパク質を有する請求項３５に記載の組成物。
【請求項４６】
配列番号５４、６６、１０９、１１０、１１１、１８１、１８２、１８３および１８４からなる群より選択される１つ以上のペプチドを含む免疫原性組成物。
【請求項４７】
配列番号１８１、１８２、１８３および／または１８４からなる群より選択される１つ以上のペプチドを含む免疫原性組成物。
【請求項４８】
免疫原としての使用のための請求項４３に記載のポリペプチドもしくは請求項４６または４７に記載の組成物。
【請求項４９】
前記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａによって生じる疾患および／または感染を防御または処置するために十分である体液性および／または細胞傷害性のＴ細胞リンパ球応答を惹起させるための免疫原としてである、請求項４８に記載のポリペプチド。
【請求項５０】
哺乳動物における免疫応答を惹起させる方法であって、前記哺乳動物に対して請求項４３に記載のポリペプチド、または請求項４６もしくは４７に記載の免疫原性組成物を投与する工程を包含する、方法。
【請求項５１】
前記免疫応答が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａによって生じる疾患および／または感染を防御または処置する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
診断剤としての使用のための、請求項４３に記載のポリペプチド、または請求項４６もしくは４７に記載の組成物。
【請求項５３】
患者におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を診断する方法であって、患者由来のＴ細胞を請求項４３または４６または４７に規定されるようなポリペプチドとともにインキュベートする工程と、Ｔ細胞増殖のその後の有無を検出する工程とを包含する、方法。
【請求項５４】
細菌感染、好ましくはＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の予防もしくは処置における使用のための医薬の調製における、請求項４３に記載のポリペプチド、もしくは請求項４６または４７に記載の組成物の使用。
【請求項５５】
配列番号１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６および２７を含むタンパク質または免疫原性組成物。
【請求項５６】
配列番号１８５を含むタンパク質または免疫原性組成物であって、Ｘ１の位置のアミノ酸残基が、グリシン（Ｇ）またはグルタミン酸（Ｅ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ２でアスパラギン酸（Ｄ）またはグルタミン酸（Ｅ）またはアスパラギン（Ｎ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ３でグリシン（Ｇ）またはアルギニン（Ｒ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ４でトレオニン（Ｔ）またはアラニン（Ａ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ５で、バリン（Ｖ）またはイソロイシン（Ｉ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ６でフェニルアラニン（Ｆ）またはロイシン（Ｌ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ７でアラニン（Ａ）またはアスパラギン酸（Ｄ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ８でヒスチジン（Ｈ）またはアルギニン（Ｒ）からなる群より選択され；アミノ酸がＸ９残基でアスパラギン（Ｎ）またはアスパラギン酸（Ｄ）からなる群より選択され、そしてアミノ酸残基がＸ１０の位置でセリン（Ｓ）またはプロリン（Ｐ）からなる群より選択され、該タンパク質は配列番号４６ではない、タンパク質または免疫原性組成物。
【請求項５７】
請求項１６〜２７のいずれか１項に記載の使用のための請求項５６に記載のタンパク質または免疫原性組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２００５年５月１２日に出願された米国仮特許出願第６０／６８０，７２５号の利益を主張し、その全体が本明細書中に援用される。
【０００２】
本出願は、２つの複製ＣＤ−ＲＯＭの各々の内容を参照として援用する。各ＣＤ−ＲＯＭは「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｌｉｓｔｉｎｇ  ｆｏｒ  ２４４１＿１９９．ｔｘｔ」とラベルされた同一の９５ｋＢファイルを含み、本出願についての配列表を含む。このＣＤ−ＲＯＭは、２００６年５月３日に作成された。
【０００３】
本明細書中に引用されるすべての文書は、その全体が参照として援用される。
【０００４】
（技術分野）
本発明は、免疫原性およびワクチン学の分野にある。詳細には、これは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来の抗原および免疫におけるそれらの使用に関する。
【背景技術】
【０００５】
（背景技術）
Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅは、真核生物細胞の偏性の細胞内寄生生物であって、風土病的な性感染症および種々の他の疾患症候群を担う。それらは、排他的な真正細菌の生理学的な分科であって、いかなる他の公知の生物体に対しても密接な関係を有さない分科を占める。Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅの特定の特徴は、それらの固有のライフサイクルであって、ここでは細菌が以下の２つの形態学的に別個の形態の間で交代する：細胞外感染型（基本小体、ＥＢ）および細胞内非感染型（網状体、ＲＢ）。ライフサイクルは、ＲＢのＥＢへの再組織化で完了し、さらなる細胞に感染する準備ができている破壊された宿主細胞を放出する。
【０００６】
歴史的に、Ｃｌａｍｙｄｉａｅは、単一の科（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｃｅａｅ）から構成され、次に単一の属を含む（ＣｈｌａｍｙｄｉａはＣｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａとも呼ばれる）、それ自体の目（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌｅｓ）に分類されている。さらに最近では、この目は、少なくとも４つの科に分割されており、これは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓｃｅａｅ，ＰａｒａＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓｃｅａｅ、ＷａｄｄｉａｃｅａｅおよびＳｉｍｋａｎｉａｃｅａｅを含む。さらに最近の分類では、このＣｈｌａｍｙｄｉａｃｅａｅの科は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属内の種である、ＣｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの属、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを含む。引用文献１（非特許文献１）を参照のこと。
【０００７】
少なくとも５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓまたはｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ種のゲノム配列が現在公知である−Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃ．ｍｕｒｉｄａｒｕｍ、Ｃ．ｐｅｃｏｒｕｍおよびＣ．ｐｓｉｔｔａｃｉ（引用文献２、８を参考のこと）。現在少なくとも１８の血液型亜型が存在する、種々のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ株が、ポリクローナル抗血清またはモノクローナル抗血清との血清学的反応性（すなわち、「血液型亜型（ｓｅｒｏｖａｒｓ）」に従って分類され得る。これらの血液学的な相違は代表的には、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＭＯＭＰ（Ｍａｊｏｒ  Ｏｕｔｅｒ  Ｍｅｍｂｒａｎｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ）における相違に起因して検出される。
【０００８】
Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのヒト血液型亜型（「ｓｅｒｏｖａｒｓ」）は、２つのバイオバリアント（ｂｉｏｖａｒｉａｎｔｓ）（「ｂｉｏｖａｒｓ」）に分割される。血液亜型Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、性感染性の全身感染である浸潤性リンパ肉芽腫（ＬＧＶ）の因子である。ＬＧＶは、先進工業国では一般的ではないが、アフリカ、アジア、オーストラリアおよび南アメリカでは高頻度である。これは、リンパ組織に優先的に影響するが、また明白なリンパ節転移も感染部位での組織反応もない急性の症候性感染症としても生じ得る。急性のＬＧＶは、女性よりも男性においてより高頻度で５回を超えて報告される。Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの他の生物型（バイオタイプ）としては、トラコーマ、眼の感染条件に関連する血液型亜型Ａ、Ｂ、ＢａおよびＣが挙げられる。
【０００９】
血液型亜型Ａ〜Ｋ（Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、ＪおよびＫ）は代表的には、生殖器官の疾患に関連している。詳細には、血液型亜型Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＨおよびＫは、生殖器官感染の８５％近くを占める（例えば、ＷＯ０２／０６５１２９を参照のこと）。血液型亜型Ａ−Ｋは、主に眼の組織（Ａ〜Ｃ）または泌尿器官（Ｄ〜Ｋ）において上皮性感染を誘発する。現在までの研究ではまた、米国および欧州における性感染性の感染または疾患（ＳＴＩまたはＳＴＤ）を担う４つの血液型亜型（または血清型）は、Ｄ〜Ｋ、好ましくはＤ、Ｅ、ＦおよびＩであることが示されている。
【００１０】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａの性感染性の感染の４百万を超える新規な症例が、米国のみで毎年診断されており（８）、そしてそれらの処置の費用は、毎年四十億ドルと評価されており、８０％が女性の感染および疾患に起因している（９）。
【００１１】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染自体が疾患を生じるが、ある患者での症状の重篤度は、事実上、異常な、または変更された宿主免疫応答に起因していることが考えられ、この免疫応答は、（ｉ）血液型亜型の間で変化し得るＣｈｌａｍｙｄｉａ生物体に侵入するという性質、または（ｉｉ）侵入された被験体の性質（例えば、患者プロフィールの性質）のいずれかに起因し得る。感染を消去することができなければ、永続的な免疫刺激が生じ、宿主を助けるのではなく、これは、生殖不能および失明を含む重篤な結果を伴う慢性感染をまねく。例えば、引用文献９を参照のこと。さらに、自然のＣｈｌａｍｙｄｉａｌ感染によって付与される防御は一般には、不完全、一過性、かつ株特異的である。
【００１２】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染は、いくつかの抗生物質で処置され得るが、雌性感染のほとんどが無症候性であって、抗菌療法は、特に衛生学的な条件が劣る国では、長期の続発症を予防するには遅いかまたは不十分であるかもしれない。Ｃｈｌａｍｙｄｉａの多剤抗生物質耐性株も報告されている（Ｓｏｍａｎｉ，ら、２０００）。さらに、抗生物質の処置は、後に再活性化され得る、異常または変更された型のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの形成をもたらし得ることが示唆されている（非特許文献３）。
【００１３】
不幸にも、Ｃｈｌａｍｙｄｉａの病因の主な決定因子は、この病原体とともに作用する内因性の困難性、およびその遺伝子操作のための十分な方法がないことにほとんど起因して、複雑であって、現在ではまだ明らかでない。詳細には、病原と宿主の相互作用における本質的な区画であり、そして防御的な免疫応答を惹起し得る抗原を担持する可能性が高い、基本小体表面の抗原性組成物についてはほとんど知られていない。
【００１４】
疾患の重篤な性質に起因して、適切な免疫原性組成物、例えば、浸潤性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ株および／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ浸潤性株の異常もしくは変更型における対立遺伝子のバリエーションから生じ得る、異常なまたは変更された宿主細胞免疫応答に対処するワクチンなどを提供することが所望される。これらの免疫原性組成物は、（ａ）Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌの感染に対する、もしくはＣｈｌａｍｙｄｉａ誘発性疾患に対する免疫（予防的なワクチン接種）のため、または（ｂ）樹立された慢性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の根絶（治療的なワクチン接種）のために有用であり得る。しかし、細胞内寄生生物である細菌は一般には、抗体媒介性免疫応答を回避し得る。
【００１５】
種々の抗原性タンパク質が、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓについて記載されており、そして細胞表面が詳細には、詳細な研究の標的であった。例えば、引用文献１０を参照のこと。これらとしては、例えば、Ｐｇｐ３（引用文献１１、１２および１３）（非特許文献５、特許文献１、２）、ＭＯＭＰ（引用文献１４）（非特許文献６）、Ｈｓｐ６０（ＧｒｏＥＬ）（引用文献１５）（非特許文献７）およびＨｓｐ７０（ＤａｎＫ様）（引用文献１６）（非特許文献８）が挙げられる。これらの全てが有効なワクチンであると証明されているわけではないが、さらなる候補物が特定されている。引用文献１７（特許文献３）を参照のこと。
【００１６】
Ｂ型肝炎ウイルス、ジフテリアおよび破傷風のような病原体に対するワクチンは代表的には、単一のタンパク質抗原（例えば、ＨＢＶ表面抗原、または破傷風トキソイド）を含む。対照的に、無細胞百日咳ワクチンは代表的には、少なくとも３つのＢ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓタンパク質を有し、そしてＰｒｅｖｎａｒＴＭ肺炎球菌ワクチンは、重篤な別の結合体化糖類抗原を含む。他のワクチン、例えば、細胞性百日咳ワクチン、はしかワクチン、不活化ポリオワクチン（ＩＰＶ）および髄膜炎菌ＯＭＶワクチンは、多数の抗原の極めて自然な複雑な混合による。タンパク質が単独の抗原によって、少数の規定の抗原によって、または未規定の抗原の複雑な混合物によって惹起され得るかは、従って、該当の病原体に依存する。
【特許文献１】欧州特許第０４９９６８１号明細書
【特許文献２】国際公開第９５／２８４８７号パンフレット
【特許文献３】国際公開第０３／０４９７６２号パンフレット
【非特許文献１】Ｂｕｓｈ，Ｒ．Ｍ．およびＥｖｅｒｅｔｔ，Ｋ．Ｄ．Ｅ．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓｃｅａｅ．  Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｅｖｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ２００１年、５１、２０３〜２２０
【非特許文献２】Ｗａｒｄ  Ａｐｍｉｓ．１９９５年、１０３、７６９〜７９６
【非特許文献３】Ｈａｍｍｅｒｓｃｈｌａｇ  Ｍ．Ｒ．  Ｔｈｅ  ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  ｌｉｆｅ  ｏｆ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  Ｓｅｍｉｎ．Ｐｅｄｉａｔｒ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．２００２年、１３、２３９〜２４８
【非特許文献４】Ｍｏｕｌｄｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ  １９９１年、５５（１）、１４３〜１９０
【非特許文献５】Ｃｏｍａｎｄｕｃｃｉら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  １９９４年、６２（１２）、５４９１〜５４９７
【非特許文献６】Ｍｕｒｄｉｎら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  １９９３年、６１、４４０６〜４４１４
【非特許文献７】Ｃｅｒｒｏｎｅら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  １９９１年、５９（１）、７９〜９０
【非特許文献８】Ｒａｕｌｓｔｏｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．１９９３年、２６８、２３１３９〜２３１４７
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１７】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ疾患および／または感染に対する免疫を得るために、さらなるおよび改善された免疫原性組成物を提供することが本発明の目的である。詳細には、本発明の目的は、異常な、または変更されたＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型株（例えば、対立遺伝子改変体株のような株）に対する免疫を提供するための改善された免疫原性組成物を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１８】
本発明の免疫原性組成物は、１つ以上（例えば、２つ以上）のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原の組み合わせに基づく。免疫原性組成物は、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型由来の１つ以上の同じＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原、および／または異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型由来の１つ以上の同じかもしくは異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原を含んでもよい。
【００１９】
（本発明の要旨）
引用文献５のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓゲノムについて記載された約９００のタンパク質のなかで、本出願人らは、Ｌｏｗ  Ｃａｌｃｉｕｍ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｌｅｍｅｎｔ（ＬｃｒＥ）タンパク質が存在し、そして感染性ＥＢ型の表面上で抗体にアクセス可能であり、従ってこのタンパク質が可能性のあるワクチン候補物として記されるということを初めて示した。本出願人らは、この時点で、Ｔｙｐｅ  Ｔｈｒｅｅ  ＳｅｃｔｉｏｎまたはＴＴＳオルガネラ（ＬｃｒＥが一部である）の効率的なブロックが、ＬｃｒＥ陰性の調節因子を「凍結させること（ｆｒｅｅｚｉｎｇ）」によって感染プロセスを次に阻害し得るということを仮説した（Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０（１）；３６８〜３７９）。出願人らは、ＬｃｒＥタンパク質が実際、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染のハムスターモデルにおいて有意に防御的な免疫応答を誘発し得ることを引き続いて実証している（Ｓａｍｂｒｉら（２００４）２２（９〜１０）１１３１〜７を参照のこと）。ＬｃｒＥのこれらの免疫防御的な結果はまた、他にでも確認されており（例えば、ＷＯ０３／４１５６０における実施例９を参照のこと）そして、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染の予防および／または処置および／または診断のための良好な候補物としてＬｃｒＥの価値を示す。
【００２０】
８つの異なるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型の代表である１４のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの臨床的単離体におけるＬｃｒＥ遺伝子についての対立遺伝子改変体を評価する過程では、本出願人らは、（ｉ）血液型亜型（Ｓｅｒｏｖａｒ）Ｄ由来の参照Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ配列、および（ｉｉ）他の免疫原性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原について見出されるＬｃｒＥ配列に対して、Ｃ．ｔｒａｓｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型にまたがる単一のアミノ酸置換のより多くの予想数が、ＬｃｒＥ抗原について観察されたということを確認した。
【００２１】
この極めて予測されておらず、かつ驚くべき知見によって、以下のことが示唆される：
（ｉ）ＬｃｒＥタンパク質は、他の免疫原性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原よりも大きい免疫学的圧力に曝され得る；そして
（ｉｉ）アミノ酸置換を含むペプチドはエピトープ領域（抗体−抗原（Ａｂ−Ａｇ）相互作用に関与するＢ細胞エピトープ、および／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的な細胞媒介性応答を惹起し得るＴ細胞エピトープ）である可能性が高い。
【００２２】
出願人の知見は、全てさらに驚くべきである。なぜなら、これらの遺伝子型決定研究のために用いられるＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体は、２つの異なる大陸（北アメリカおよび欧州）から、そして異なる時点にまたがって（最低３０年前対５〜８年前）単離された、２つの極めて相違する免疫学的供給源に由来したからである。
【００２３】
それほど最近単離されたのではないＡＴＣＣ血液型亜型Ｅ由来のＬｃｒＥ配列は、最近単離されたイタリアの血液型亜型Ｅ由来のＬｃｒＥ配列と同じ数の変異体を有し得るということは驚くべき事であると考えれば、８つの変異体の性質は、両方の配列由来の両方のＬｃｒＥ配列において同じであることさえ、極めて驚くべきであってかつ予想されないことである。両方のＬｃｒＥの血液型亜型Ｅ変異体配列が同じであるという事実は、これらの８つの変異が本当であって、かつランダムまたは任意の変異と反対の真の変異であるという知見を指している。これらの変異は、特定の標的群に対するＬｃｒＥ免疫原性組成物を仕立てるために用いられ得る。
【００２４】
出願人らはまた、２つの高頻度の変異ポイントまたは超可変領域を、血液型亜型にまたがるＬｃｒＥ配列におけるアミノ酸残基６４および１６２で同定した。アミノ酸残基６４では、１４の異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体にまたがって、グリシン（Ｇ）からグルタミン酸（Ｅ）の７つの変異が存在するが、１６２位置では、また１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体にまたがってトレオニン（Ｔ）からアラニン（Ａ）の７つの変異も存在する。２つの高頻度の変異ポイントまたは超可変領域の存在（例えば、ＬｃｒＥ配列の残基６４および１６２で）は、驚くべきでかつ予想されず、そして被験体において免疫原性応答を惹起し得るＴ細胞および／またはＢ細胞のエピトープ領域の存在と関連している可能性が高い。これらの高頻度変異は、特異的な標的群に対するＬｃｒＥ免疫原性組成物を仕立てるために用いられ得る。
【００２５】
出願人はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる他の改変体Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原配列および／または改変体Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原配列の組み合わせを同定した。これらのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原としては、限定はしないが、ＯｐｍＨ様（ＣＴ２４２）、ＡｒｔＪ（ＣＴ３８１）、ＤｎａＫ（ＣＴ３９６）、Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ（仮説）（ＣＴ３９８）およびＰａｐＡ（ＣＴ０４５）抗原が挙げられる。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがるこれらのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原の遺伝子型において観察されたアミノ酸変化は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原表現型における変化と、詳細には、免疫原性の変化と一致する可能性が高い。アミノ酸置換を含むかまたはそれに関連するペプチド、詳細には、高頻度に変異されたアミノ酸位置または超可変領域を含むかまたはそれに関連するペプチドは、抗体−抗原（Ａｂ−Ａｇ）相互作用に関与するＢ細胞エピトープ、および／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫原性応答、詳細には細胞媒介性免疫応答を惹起し得るＴ細胞エピトープのいずれかであるエピトープ性の領域である可能性が高い。
【００２６】
（配列の簡単な説明）
以下の表によって、１３の単離されたＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがって見出されたＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ配列（配列番号１〜１３）の簡単な説明が得られる。これらの血液型亜型のうち、７つの血液型亜型がＡＴＣＣから得られ、そして６つの血液型亜型は、イタリア（Ｃｅｖｅｎｉｎｉ）コレクションから得た。ＬｃｒＥ配列（配列番号１４〜配列番号２７）の１４×３０マーのコンセンサス配列がまた提供される。配列番号２８は、ＬｃｒＥ配列に相当し、ここでは１０の全ての変異ポイント（６４、１２６、１５７、１６２、１７９、２０７、２１７、２２０、２７５および４２０）がＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ血液型亜型にまたがって見出された。配列番号２９〜４５は、変異体配列の周囲で見出された同定されたエピトープ領域に相当する。配列番号４６は、血液型亜型Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ由来の参照ＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ配列であって、それに対して、他の配列との比較を行った。配列番号１８１、１８２、１８３および１８４は、残基６４および１６２で高頻度変異ポイントと関連するエピトープ領域と対応する。
【００２７】
【化１】
2008544745.tif 000002
（本発明の局面の要約）
本発明はＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがって見出されるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ配列における改変に関する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ配列における改変は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ配列（配列番号４６）に対して測定する。以下の段落（単数または複数）を提示しており、これが本発明の種々の局面を説明する。さらなる詳細が、付随する開示に提供される：
本発明においては、以下が提供される：
１．配列番号４６のアミノ酸配列からなるタンパク質であって、ただしこのアミノ酸配列が１つ以上の変異を含むことは除外し、この１つ以上の変異（単数または複数）が、６４、１２６、１５７、１６２、１７９、２０７、２１７、２２０、２７５および／または４２０からなる群より選択されるアミノ酸残基（単数または複数）を含む、タンパク質。
【００２８】
２．上記変異が独立して置換、挿入または欠失であって、好ましくは、表７に列挙される１つ以上の変異を含む、段落１に記載のタンパク質。
【００２９】
３．上記１つ以上の変異体（単数または複数）が、タンパク質の免疫原性を変更する、段落１または段落２に記載のタンパク質。
【００３０】
４．上記タンパク質が、配列番号１、４、６、８、１１、１２、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２３および／または２７からなる配列の群より選択される１つ以上の変異された配列を含む、段落１〜３のいずれか１段落に記載のタンパク質。
【００３１】
５．配列番号１１、４または６を含む、段落４に記載のタンパク質。
【００３２】
６．配列番号１３または８を含む、段落４に記載のタンパク質。
【００３３】
７．配列番号１２または１を含む、段落４に記載のタンパク質。
【００３４】
８．アミノ酸残基６４および／または１６２で変異を含む、段落２に記載のタンパク質。
【００３５】
９．配列番号１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２７を含む段落４に記載のタンパク質。
【００３６】
１０．段落１〜９のいずれか１段落に記載のタンパク質のアミノ酸配列を含むタンパク質、または段落１〜９のいずれか１段落に記載のタンパク質の少なくとも７連続するアミノ酸の１つ以上のフラグメント（単数または複数）。
【００３７】
１１．上記１つ以上のフラグメント（単数または複数）が、６４、１２６、１５７、１６２、１７９、２０７、２１７、２２０、２７５および／または４２０からなる群より選択されるアミノ酸残基（単数または複数）を包含する１つ以上の変異を含む、段落１０に記載のタンパク質。
【００３８】
１２．段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質に結合する抗体。
【００３９】
１３．段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質をコードする核酸。
【００４０】
１４．段落１３に記載の核酸を含むベクター。
【００４１】
１５．段落１４に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【００４２】
１６．医薬としての使用のための、段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸。
【００４３】
１７．免疫原としての使用のための段落１６に記載のタンパク質または核酸。
【００４４】
１８．診断試薬としての使用のための、段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸。
【００４５】
１９．Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染を予防または処置するための医薬の製造における、段落１〜１１のいずれか１項に規定されるようなタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸の、使用。
【００４６】
２０．Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの存在またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して惹起された抗体の存在を検出するための診断試薬の製造における、段落１〜１１のいずれか１項に規定されるようなタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸の、使用。
【００４７】
２１．Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する抗体を惹起し得る試薬の製造における、段落１〜１１のいずれか１項に規定されるようなタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸の、使用。
【００４８】
２２．段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸の治療上有効な量を被験体に投与する工程を包含する、被験体を処置するための方法。
【００４９】
２３．段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸を生成するためのプロセスであって、タンパク質発現を誘発する条件下で段落１５に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、プロセス。
【００５０】
２４．段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質、段落１２に記載の抗体、または段落１３に記載の核酸を生成するためのプロセスであって、このタンパク質または核酸が、化学的な方法を用いて部分的にまたは全体的に合成される、プロセス。
【００５１】
２５．段落１３に記載の核酸を検出するためのプロセスであって、（ａ）核酸プローブと生物学的なサンプルとをハイブリダイズ条件下で接触させて二重鎖を形成する工程と、（ｂ）この二重鎖を検出する工程とを包含する、プロセス。
【００５２】
２６．段落１〜１１のいずれか１段落に記載するタンパク質を検出するためのプロセスであって、（ａ）段落１２に記載の抗体と生物学的なサンプルとを抗体−抗原複合体の形成に適した条件下で接触させる工程と、（ｂ）この複合体を検出する工程とを包含する、プロセス。
【００５３】
２７．段落１２に記載する抗体を検出するためのプロセスであって、以下の工程：段落１〜１１のいずれか１段落に記載されるタンパク質と生物学的なサンプルとを、抗体−抗原複合体の形成に適した条件下で接触させる工程と、（ｂ）この複合体を検出する工程とを包含する、プロセス。
【００５４】
２８．段落２５〜２８のいずれか１段落に記載されるプロセスにおける使用に適した試薬を含むキット。
【００５５】
２９．段落１〜１１のいずれか１段落に記載のタンパク質、実施例１２に記載の抗体、または実施例１３に記載の核酸、および免疫学的に受容可能な賦形剤を含む免疫原性組成物。
【００５６】
３０．１つ以上の抗原（単数または複数）をさらに含む、段落２９に記載の組成物。
【００５７】
３１．１つ以上のアジュバント（単数または複数）をさらに含む、段落２９または段落３０に記載の組成物。
【００５８】
３２．医薬としての使用のための段落２９〜３１のいずれか１段落に記載の組成物。
【００５９】
３３．細菌感染を予防または処置または診断するための医薬の製造における段落２９〜３１のいずれか１段落に記載の組成物の使用。
【００６０】
３４．上記細菌感染がＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染である、段落３３に記載の使用。
【００６１】
３５．配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４および４５、４９〜９８、９９〜１８０、１８１、１８２、１８３、および／または１８４からなる配列の群より選択される、少なくとも２つのタンパク質を含む、免疫原性組成物。
【００６２】
３６．上記組成物が配列番号１および配列番号１２を含む、段落３５に記載の組成物。
【００６３】
３７．上記組成物が配列番号１３および配列番号４６を含む、段落３６に記載の組成物。
【００６４】
３８．段落３５〜３７のいずれか１段落に記載の組成物であって、（ａ）１つ以上のさらなる抗原（単数または複数）、および／または（ｄ）１つ以上のさらなるアジュバント（単数または複数）を含む、組成物。
【００６５】
３９．医薬としての使用のための、段落３５〜３８のいずれか１段落に記載の組成物。
【００６６】
４０．細菌感染を予防または処置または診断するための医薬の製造における段落３５〜３８のいずれか１段落に記載の組成物の使用。
【００６７】
４１．上記細菌感染がＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染である、実施例４０に記載の使用。
【００６８】
４２．段落２９〜３１または３５〜３８のいずれか１段落に記載の組成物を被験体に投与する工程を包含する、被験体において免疫応答を誘発する方法。
【００６９】
４３．配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４および４５、４７〜９８、９９〜１８０、５５、６６、１０９、１１０、１１１、１８１、１８２、１８３および／または１８４からなる群より選択される少なくとも７連続するアミノ酸、好ましくは少なくとも９連続するアミノ酸の１つ以上のフラグメント（単数または複数）とを含む、ポリペプチド。
【００７０】
４４．配列番号１、１２、１３、４５および７を含むタンパク質を有する段落３５に記載の組成物。
【００７１】
４６．配列番号５４、６６、１０９、１１０、１１１、１８１、１８２、１８３および１８４からなる群より選択される１つ以上のペプチドを含む免疫原性組成物。
【００７２】
４７．配列番号１８１、１８２、１８３および／または１８４からなる群より選択される１つ以上のペプチドを含む免疫原性組成物。
【００７３】
４８．免疫原としての使用のための段落４３に記載のポリペプチドもしくは段落４６または４７に記載の組成物。
【００７４】
４９．上記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａによって生じる疾患および／または感染を防御または処置するために十分である体液性および／または細胞傷害性のＴ細胞リンパ球応答を惹起させるための免疫原としてである、段落４８に記載のポリペプチド。
【００７５】
５０．哺乳動物における免疫応答を惹起させる方法であって、上記哺乳動物に対して段落４３に記載のポリペプチド、または段落４６もしくは４７に記載の免疫原性組成物を投与する工程を包含する、方法。
【００７６】
５１．上記免疫応答が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａによって生じる疾患および／または感染を防御または処置する、段落５０に記載の方法。
【００７７】
５２．診断剤としての使用のための、段落４３に記載のポリペプチド、または段落４６もしくは４７に記載の組成物。
【００７８】
５３．患者におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を診断する方法であって、患者由来のＴ細胞を段落４３または４６または４７に規定されるようなポリペプチドとともにインキュベートする工程と、Ｔ細胞増殖のその後の有無を検出する工程とを包含する、方法。
【００７９】
５４．細菌感染、好ましくはＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の予防もしくは処置における使用のための医薬の調製における、段落４３に記載のポリペプチド、もしくは段落４６または４７に記載の組成物の使用。
【００８０】
５５．配列番号１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６および２７を含むタンパク質または免疫原性組成物。
【００８１】
５６．配列番号１８５を含むタンパク質または免疫原性組成物であって、Ｘ１の位置のアミノ酸残基が、グリシン（Ｇ）またはグルタミン酸（Ｅ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ２でアスパラギン酸（Ｄ）またはグルタミン酸（Ｅ）またはアスパラギン（Ｎ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ３でグリシン（Ｇ）またはアルギニン（Ｒ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ４でトレオニン（Ｔ）またはアラニン（Ａ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ５で、バリン（Ｖ）またはイソロイシン（Ｉ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ６でフェニルアラニン（Ｆ）またはロイシン（Ｌ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ７でアラニン（Ａ）またはアスパラギン酸（Ｄ）からなる群より選択され；アミノ酸が残基Ｘ８でヒスチジン（Ｈ）またはアルギニン（Ｒ）からなる群より選択され；アミノ酸がＸ９残基でアスパラギン（Ｎ）またはアスパラギン酸（Ｄ）からなる群より選択され、そしてアミノ酸残基がＸ１０の位置でセリン（Ｓ）またはプロリン（Ｐ）からなる群より選択され、このタンパク質は配列番号４６ではない、タンパク質または免疫原性組成物。
【００８２】
５７．段落１６〜２７のいずれか１段落に記載の使用のための段落５６に記載のタンパク質または免疫原性組成物。
【００８３】
ＬｃｒＥ配列改変体の詳細な説明
配列番号１〜１４６の各々は、下にさらに詳細に記載される。
【００８４】
配列番号４６＝血液型亜型Ｄ（Ｄ−ＵＷ−３／ＣＸ）由来のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのトラコーマ症ＬｃｒＥ（ＣＴ０８９）参照配列
非変異ＬｃｒＥタンパク質は、引用文献１７において配列番号６１＆６２として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＡＡＣ６７６８０、ＧＩ３３２８４８５；「ＣＴ０８９」；配列番号４６下記｝。
【００８５】
配列番号４６
【００８６】
【化２】
2008544745.tif 000003
（配列番号１）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｅ（８変異：対立遺伝子−５）
ゲノムＡＴＣＣ−Ｅ（血液型亜型Ｅ）ＬｃｒＥ配列（配列番号１）は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して８つの変異を有する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｅは、血液型亜型Ｅと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｅの配列は、配列番号１として開示される（下を参照のこと）。
【００８７】
配列番号１：
【００８８】
【化３】
2008544745.tif 000004
ゲノムＡＴＣＣ−ＥとＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである：
【００８９】
【化４】
2008544745.tif 000005
（２）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｆ（変異なし：対立遺伝子−１）
ゲノムＡＴＣＣ−Ｆ（血液型亜型Ｆ）のＬｃｒＥ配列（配列番号２）は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異を有さない。ゲノムＡＴＣＣ−Ｆは、血液型亜型Ｆと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｆの配列は、配列番号２として開示される（下を参照のこと）。
【００９０】
配列番号２：
【００９１】
【化５】
2008544745.tif 000006
（３）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｇ（変異なし：対立遺伝子−１）
ゲノムＡＴＣＣ−Ｇ（血液型亜型Ｇ）ＬｃｒＥは、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異を有さない。ゲノムＡＴＣＣ−Ｇは、血液型亜型Ｇと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｇの配列は、配列番号３として開示される（下を参照のこと）。
【００９２】
配列番号３：
【００９３】
【化６】
2008544745.tif 000007
（４）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｈ（３変異：対立遺伝子−４）
ゲノムＡＴＣＣ−ＨのＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して３つの変異を有する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｈは、血液型亜型Ｈと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｈの配列は、配列番号４として開示される（下を参照のこと）。
【００９４】
配列番号４：
【００９５】
【化７】
2008544745.tif 000008
ゲノムＡＴＣＣ−ＨとＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである：
【００９６】
【化８】
2008544745.tif 000009
（５）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｉ（変異なし：対立遺伝子−１）
ゲノムＡＴＣＣ−ＩのＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異を有さない。ゲノムＡＴＣＣ−Ｉは、血液型亜型Ｆと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｉの配列は、配列番号５として開示される（下を参照のこと）。
【００９７】
配列番号５：
【００９８】
【化９】
2008544745.tif 000010
（６）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｊ（３つの変異：対立遺伝子−４、Ｃｅｖ−５として）
ゲノムＡＴＣＣ−ＪのＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して３つの変異を有する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｊは、血液型亜型Ｊと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｊの配列は、配列番号６として開示される（下を参照のこと）。
【００９９】
配列番号６：
【０１００】
【化１０】
2008544745.tif 000011
ゲノムＡＴＣＣ−ＪとＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである：
【０１０１】
【化１１】
2008544745.tif 000012
（７）ゲノム：ＡＴＣＣ−Ｋ（変異なし：対立遺伝子−１）
ゲノムＡＴＣＣ−ＩのＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異を有さない。ゲノムＡＴＣＣ−Ｉは、血液型亜型Ｉと関連する。ゲノムＡＴＣＣ−Ｉの配列は、配列番号７として開示される（下を参照のこと）。
【０１０２】
配列番号７：
【０１０３】
【化１２】
2008544745.tif 000013
（８）ゲノム：Ｃｅｖ−１、ｓｅｒＪ（４つの変異：対立遺伝子−３）
ゲノムＣｅｖ−１（血液型亜型Ｊ）配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して４つの変異を有する。ゲノムＣｅｖ−１は、血液型亜型Ｊと関連する。ゲノムＣｅｖ−１の配列は、配列番号８として開示される（下を参照のこと）。
【０１０４】
配列番号８：
【０１０５】
【化１３】
2008544745.tif 000014
ゲノムＣｅｖ−１とＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである：
【０１０６】
【化１４】
2008544745.tif 000015
（９）ゲノム：Ｃｅｖ−２、ｓｅｒＧ（変異なし：対立遺伝子−１）
ゲノムＣｅｖ−２（血液型亜型Ｇ）配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異を有さない。ゲノムＣｅｖ−２は、血液型亜型Ｇと関連する。ゲノムＣｅｖ−２の配列は、配列番号９として開示される（下を参照のこと）。
【０１０７】
配列番号９：
【０１０８】
【化１５】
2008544745.tif 000016
（１０）ゲノム：Ｃｅｖ−４、ｓｅｒＨ（変異なし：対立遺伝子−１）
ゲノムＣｅｖ−４のＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異を有さない。ゲノムＣｅｖ−４は、血液型亜型Ｈと関連する。ゲノムＣｅｖ−４の配列は、配列番号１０として開示される（下を参照のこと）。
【０１０９】
配列番号１０：
【０１１０】
【化１６】
2008544745.tif 000017
（１１）ゲノム：Ｃｅｖ−５、ｓｅｒＪ（３変異：対立遺伝子−４）
ゲノムＣｅｖ−５の配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して３つの変異を有する。ゲノムＣｅｖ−５は、血液型亜型Ｊと関連する。ゲノムＣｅｖ−５の配列は、配列番号１１として開示される（下を参照のこと）。
【０１１１】
配列番号１１：
【０１１２】
【化１７】
2008544745.tif 000018
ゲノムＣｅｖ−５とＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである：
【０１１３】
【化１８】
2008544745.tif 000019
（１２）ゲノム：Ｃｅｖ−８、ｓｅｒＦ（８つの変異：対立遺伝子−５）
ゲノムＣｅｖ−８のＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して８つの変異を有する。ゲノムＣｅｖ−８は、血液型亜型Ｆと関連する。ゲノムＣｅｖ−８の配列は、配列番号１２として開示される（下を参照のこと）。
【０１１４】
配列番号１２：
【０１１５】
【化１９】
2008544745.tif 000020
ゲノムＣｅｖ−８とＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである：
【０１１６】
【化２０】
2008544745.tif 000021
（１３）ゲノムＧＯ／８６  ｓｅｒＤ（４変異：対立遺伝子−２）
ゲノムＧＯ−８６のＬｃｒＥ配列は、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して４変異を有する（６４、１２６、１６２および４２０位置で）。ゲノムＧＯ／８６は、血液型亜型Ｄと関連する。ゲノムＧＯ／８６の配列は、配列番号１３として開示される（下を参照のこと）。
【０１１７】
配列番号１３：
【０１１８】
【化２１】
2008544745.tif 000022
ゲノムＧＯ／８６とＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原とのアラインメントは以下のとおりである。
【０１１９】
ゲノム：ＧＯ／８６  ｓｅｒＤ（４変異：対立遺伝子−２）
【０１２０】
【化２２】
2008544745.tif 000023
コンセンサス配列（配列番号１４〜２７）
ＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原の主要配列またはコンセンサス配列は３０マーのペプチドセグメントで決定した。
【０１２１】
コンセンサス配列の最初のセグメントの３０アミノ酸残基（残基１〜３０）は、以下のように配列番号１４として開示される。
【０１２２】
配列番号１４
【０１２３】
【化２３】
2008544745.tif 000024
コンセンサス配列の第二のセグメントの３０アミノ酸残基（残基３１〜６０）は、以下のように配列番号１５として開示され。
【０１２４】
配列番号１５
【０１２５】
【化２４】
2008544745.tif 000025
血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して、配列番号１４でも配列番号１５でもいずれでも変異は同定されなかった。
【０１２６】
コンセンサス配列の三番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基６１〜９０）は、以下のように配列番号１６として開示される。
【０１２７】
配列番号１６
【０１２８】
【化２５】
2008544745.tif 000026
配列番号１６の４位置でのアミノ酸残基は、観察された単離体の半分ではグルタミン酸（Ｅ）であって、観察された単離体のもう半分ではグリシン（Ｇ）である。従って、ＬｃｒＥ抗原のコンセンサス配列の６１〜９０残基のセグメントの４位置のアミノ酸残基（すなわち、コンセンサス配列全体の６４残基＝高頻度の変異ポイント）は、ここではＸと記す。
【０１２９】
コンセンサス配列の四番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基９１〜１２０）は、以下のように配列番号１７として開示される。
【０１３０】
配列番号１７
【０１３１】
【化２６】
2008544745.tif 000027
血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して、残基９１〜１２０の配列の一部ではＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のセグメントで単離物中において変異は観察されなかった。
【０１３２】
コンセンサス配列の五番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基１２１〜１５０）は、以下のように配列番号１８として開示される。
【０１３３】
配列番号１８
【０１３４】
【化２７】
2008544745.tif 000028
残基１２１〜１５０由来のコンセンサス配列セグメントの６位置のアミノ酸残基（全体的な残基＝１２６）は、単離物１３のうち１０ではアスパラギン酸であって、単離物１３のうち２ではグルタミン酸であって、単離物１３のうち１ではアスパラギンであった。
コンセンサス配列の６番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基１５１〜１８０）は、以下のように配列番号１９として開示される。
【０１３５】
配列番号１９
【０１３６】
【化２８】
2008544745.tif 000029
配列番号１９の１２位置でのアミノ酸残基（全体的残基＝１６２＝高頻度変異ポイント）は、観察された単離体の半分ではアラニン（Ａ）であって、観察された単離体のもう半分ではトレオニン（Ｔ）である。従って、ＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のコンセンサス配列の１５１〜１８０残基のセグメントの１２位置のアミノ酸残基（すなわち、コンセンサス配列全体の１６２残基）は、ここではＸと記す。
【０１３７】
コンセンサス配列の７番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基１８１〜２１０）は、以下のように配列番号２０として開示される。
【０１３８】
配列番号２０
【０１３９】
【化２９】
2008544745.tif 000030
残基１８１〜２１０由来のコンセンサス配列セグメントの２７位置のアミノ酸残基（全体的な残基＝２０７）は、単離物１４のうち１２ではフェニルアラニン（Ｆ）であって、単離物１４のうち２ではロイシン（Ｌ）であった。
【０１４０】
コンセンサス配列の８番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基２１１〜２４０）は、以下のように配列番号２１として開示される。
【０１４１】
配列番号２１
【０１４２】
【化３０】
2008544745.tif 000031
残基２１１〜２４０由来のコンセンサスセグメント（配列番号２１）において、全体的なコンセンサス配列の２１７および２２０位置で、２つの変異が観察された。
【０１４３】
コンセンサス配列の９番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基２４１〜２７０）は、以下のように配列番号２２として開示される：
配列番号２２
【０１４４】
【化３１】
2008544745.tif 000032
血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して、配列番号２２では変異は同定されなかった。
【０１４５】
コンセンサス配列の第１０番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基２７１〜３００）は、以下のように配列番号２３として開示される。
【０１４６】
配列番号２３
【０１４７】
【化３２】
2008544745.tif 000033
残基２７１〜３００由来のコンセンサス配列セグメントの５位置のアミノ酸残基（全体的な残基＝２７５）は、１４の単離物のうち１２ではアスパラギン（Ｎ）であって、１４の単離物のうち２ではアスパラギン酸（Ｄ）であった。
【０１４８】
コンセンサス配列の１１番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基３０１〜３３０）は、以下のように配列番号２４として開示される。
【０１４９】
配列番号２４
【０１５０】
【化３３】
2008544745.tif 000034
コンセンサス配列の１２番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基３３１〜３６０）は、以下のように配列番号２５として開示される。
【０１５１】
配列番号２５
【０１５２】
【化３４】
2008544745.tif 000035
コンセンサス配列の１３番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基３６１〜３９０）は、以下のように配列番号２６として開示される。
【０１５３】
配列番号２６
【０１５４】
【化３５】
2008544745.tif 000036
配列番号２４、２５または２６のいずれでも、血液型亜型ＤのＬｃｒＥ参照配列（配列番号４６）に対して変異は同定されなかった。
【０１５５】
コンセンサス配列の１４番目のセグメントの３０アミノ酸残基（残基３９１〜４２０）は、以下のように配列番号２７として開示される。
【０１５６】
配列番号２７
【０１５７】
【化３６】
2008544745.tif 000037
残基３９１〜４２０由来のコンセンサス配列セグメントの３０位置のアミノ酸残基（すなわち、全体的なコンセンサス配列の４２０位置）は、１４の単離物のうち９ではセリン（Ｓ）であって、１４の単離物のうち５ではプロリン（Ｐ）であった。
【０１５８】
観察された全ての単離物では、アミノ酸残基は４２１位置ではプロリンであった。
【０１５９】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ株Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ由来のＬｃｒＥ参照配列は、配列番号２８（下）として提供し、これはまた、種々のＣｈｌｅｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型単離物において検出された対立遺伝子変異ポイントの全てのまとめを示す：ポイントミューテーションを囲む配列番号２８における下線の領域は、Ｂ細胞および／またはＴ細胞のエピトープのペプチド領域のいずれかに対応する可能性が高い。
【０１６０】
配列番号２８
【０１６１】
【化３７】
2008544745.tif 000038
配列番号１８５
【０１６２】
【化３８】
2008544745.tif 000039
表２は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのトラコーマ症ＬｃｒＥタンパク質の１７個の抗原決定基（または配列番号２９〜４５として示されるエピトープ性のペプチド）を示す。
【０１６３】
【化３９】
2008544745.tif 000040
【発明を実施するための最良の形態】
【０１６４】
（発明の詳細な説明）
本発明を詳細に記載する前に、本発明は、特に例示された分子またはプロセスパラメーターに限定されず、従って当然ながら変化してもよいことが理解されるべきである。本明細書において用いられる専門用語は、本発明の特定の実施形態を記載する目的でしかなく、限定を意図はしないということも理解されるべきである。さらに、本発明の実施は、他に示さない限り、その全てが当業者の技術の範囲内であるウイルス学、微生物学、分子生物学、組み換えＤＮＡ技術および免疫学の従来の方法を使用する。このような技術は、文献に詳細に例示される。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版、１９８９）；ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，第Ｉ＆ＩＩ巻（Ｄ．Ｇｌｏｖｅｒ編）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｎ．Ｇａｉｔ編，１９８４）；Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ（１９８４）；ならびにＦｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，第２版、第Ｉ＆ＩＩ巻（Ｂ．Ｎ．ＦｉｅｌｄｓおよびＤ．Ｍ．Ｋｎｉｐｅ編）を参照のこと。
【０１６５】
上記であろうと下記であろうと、本明細書に引用される全ての刊行物、特許および特許出願は、その全体が参照によって本明細書に援用される。本明細書においておよび添付の特許請求の範囲において用いられる場合、単数形「１つの（ａ）、（ａｎ）」および「この、その（ｔｈｅ）」は、その内容が明確に他を示すのでない限り、複数の言及を包含するということが注意されるべきである。本出願に用いられる全ての科学用語および技術用語は、他に特定しない限り当該分野で通常用いられる意味を有する。本出願に用いられる場合、以下の単語および句は特定された意味を有する。
【０１６６】
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「包含すること（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「からなる、から構成される（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を意味し、例えば、Ｘを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」組成物は、排他的にＸから構成されてもよく、または何かをさらに含んでもよい、例えば、Ｘ＋Ｙ。
【０１６７】
「約、およそ、ほぼ（ａｂｏｕｔ）」という用語は、数値ｘに関して、例えばｘ±１０％を意味する。
【０１６８】
２つのアミノ酸配列の間の配列同一性パーセンテージという言及は、整列された場合、アミノ酸が、その２つの配列を比較して同じであるパーセンテージを意味する。このアラインメントおよび相同性パーセントまたは配列同一性は、当該分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７）Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ３０のセクション７．７．１８に記載されるプログラムを用いて決定されてもよい。好ましいアラインメントは、１２というギャップオープンペナルティーおよび２というギャップ伸長ペナルティー、６２というＢＬＯＳＵＭマトリックスを用いるアフィン・ギャップ・サーチを用いて、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎの相同性検索アルゴリズムは、Ｓｍｉｔｈ  ＆  Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９８１）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２〜４８９に開示される。
【０１６９】
ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨される１文字アミノ酸記号を、参照の目的でも提供する３文字コードと一緒に下に示す。
Ａ  Ａｌａ  アラニン
Ｃ  Ｃｙｓ  システイン
Ｄ  Ａｓｐ  アスパラギン酸
Ｅ  Ｇｌｕ  グルタミン酸
Ｆ  Ｐｈｅ  フェニルアラニン
Ｇ  Ｇｌｙ  グリシン
Ｈ  Ｈｉｓ  ヒスチジン
Ｉ  Ｉｌｅ  イソロイシン
Ｋ  Ｌｙｓ  リジン
Ｌ  Ｌｅｕ  ロイシン
Ｍ  Ｍｅｔ  メチオニン
Ｎ  Ａｓｎ  アスパラギン
Ｐ  Ｐｒｏ  プロリン
Ｑ  Ｇｌｎ  グルタミン
Ｒ  Ａｒｇ  アルギニン
Ｓ  Ｓｅｒ  セリン
Ｔ  Ｔｈｒ  トレオニン
Ｖ  Ｖａｌ  バリン
Ｗ  Ｔｒｐ  トリプトファン
Ｙ  Ｔｙｒ  チロシン
他に言及しない限り、本明細書に用いられる用語法は、当業者によって理解されるその正常な意味を与えられるべきである。本発明の理解を促進するために、本明細書において多数の規定の用語を用いて、本発明の特定の要素を命名する。そのように用いられる場合、以下の意味が意図される：
これも上で注記されるとおり、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型を代表する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ臨床単離体におけるＬｃｒＥ遺伝子の対立遺伝子改変体を評価する過程で、本出願人らは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる単一アミノ酸置換の予想数よりも多くが、（ｉ）血液型亜型Ｄの参照Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ配列、および（ｉｉ）他の免疫原性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原について見出される配列に対して、ＬｃｒＥ抗原について観察されたということを確認した。
この極めて予想されず、かつ驚くべき知見によって、以下が示唆される：
（ｉ）ＬｃｒＥタンパク質は、他の免疫原性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原よりも大きい免疫学的圧力に供され得る；そして
（ｉｉ）アミノ酸置換を囲むペプチドは、エピトープ領域（抗体−抗原（Ａｂ−Ａｇ）相互作用に関与するＢ細胞エピトープ、および／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的細胞媒介性応答を惹起し得るＴ細胞エピトープのいずれか）である可能性が高い。
出願人の知見は、全てがさらに驚くべきである。なぜなら、これらの遺伝子型決定研究のために用いられるＣｈｌａｍｙｄｉａ単離物は、２つの異なる大陸（北アメリカおよび欧州）から単離され、かつ異なる時点にまたがる（最小３０年前対５〜８年前）、２つの極めて多様な免疫学的供給源に由来するからである。
【０１７０】
（対立遺伝子改変体）
本明細書において用いる場合、「対立遺伝子改変体（ａｌｌｅｌｉｃ  ｖａｒｉａｎｔ）」という用語は、染色体上の同じ位置（遺伝子座）を占める一連の２つ以上の異なる遺伝子のうちのいずれか１つを指す。例えば、本明細書において核酸配列が提供される核酸分子または領域の「対立遺伝子改変体」とは、別のまたは第二の単離物のゲノム中の同じ遺伝子座で本質的に生じる核酸分子または領域であって、例えば、変異または組み換えによって生じる天然の改変体に起因して、類似であるが同一ではない核酸配列を有するものである。コード領域対立遺伝子改変体は、比較されている遺伝子によってコードされるタンパク質の免疫学的活性に対して同じ免疫学的活性を有する必要はないが類似の生物学的活性を有するタンパク質をコードし得る。下に考察されるとおり、遺伝子型における変異または変化の性質は、生物学的な表現型および／または免疫学的な表現型において得られた機能的な影響または変化に影響し得る。対立遺伝子改変体はまた、調節性制御領域においてのように、遺伝子の５’または３’非翻訳領域における変化を含んでもよい（例えば、米国特許第５，７５３，２３５号を参照のこと）。
【０１７１】
（変異体）
本明細書において用いる場合、「変異体（ｍｕｔａｎｔ）」という用語は、１つ以上の相違（変異）を有することによって参照配列とは異なる配列をいう。これは、置換であっても、欠失であっても、または挿入であってもよい。変異体は、機能的な効果を有しても有さなくてもよい。例えば、本発明の対立遺伝子改変体または変異体における、参照の配列番号４６と比較した、１つ以上の相違が、保存的なアミノ酸置換、例えば、１アミノ酸の関連の側鎖を有する別のアミノ酸での置換を包含するならば、この変異された配列は、この参照配列に対して機能的な生物学的影響を示し得ない。これに関して、遺伝子コードされたアミノ酸は一般に４つのファミリーに分けられる：（１）酸性、すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわち、リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性、すなわち、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；そして（４）非荷電の極性、すなわち、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシンは、時に、芳香族アミノ酸としてまとめて分類される。一般には、これらのファミリー内の単一のアミノ酸の置換は、生物学的な活性にも免疫学的な活性にも大きな影響を有さない。
【０１７２】
他方では、本発明の対立遺伝子改変体または変異体における、参照の配列番号４６と比較した１つ以上の相違が非保存的なアミノ酸置換を含むならば、この置換は、例えば、抗原配列、例えばＬｃｒＥの免疫原性の変更のような、表現型の変化を生じる機能的な影響を有し得る。例えば、タンパク質に対する実験的に決定された抗原部位からのデータの分析によって、疎水性の残基Ｃｙｓ、ＬｅｕおよびＶａｌが、もしタンパク質の表面上に存在すれば、抗原性部位の一部である可能性がより高いということが示唆される（ＫｏｌａｓｋａｒおよびＴｏｎｇａｏｎｋａｒ（１９９０）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ２７６（１−２）１７２〜４）。本発明の配列番号２８および配列番号１８５に強調される１０の変異に関して、４つの変異は、「保存的（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）」とみられ、そして６つの変異は、「非保存的（ｎｏｎ−ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）」とみられた（例えば、実施例４の表４を参照のこと）。保存的なまたは非保存的な変異体の性質の対立する見解（例えば、種々の進化基準に対する、アミノ酸側鎖の性質と比較した物理的または化学的な特徴の相違）があることを考えれば、出願人らは、被験体における免疫原性応答、例えば、体液性および／または細胞媒介性の免疫応答を惹起し得るＴ細胞および／またはＢ細胞のエピトープ領域の存在に関連する可能性が高い配列内の超可変領域の有用なマーカーの１例として高頻度変異の存在を用いた（例えば、ＬｃｒＥ配列の６４位置および１６２位置で）。
【０１７３】
さらなる説明のために、出願人は、ＬｃｒＥの血液型亜型配列においてアミノ酸残基６４および１６２で２つの高頻度変異ポイントまたは超可変領域を同定した。アミノ酸残基６４では、１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離物にまたがってグリシン（Ｇ）からグルタミン酸（Ｅ）への７つの変異があるが、１６２位置では、１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離物にまたがってトレオニン（Ｔ）からアラニン（Ａ）への７つの変異がある。２つの高頻度変異ポイントまたは超可変領域の存在（例えば、参照配列の残基６４および１６２における）は、極めて驚くべきであって、かつ予想されない知見であり、そして被験体において免疫原性応答の変化を惹起し得るエピトープ領域の存在に関連している可能性が高い。
【０１７４】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのトラコーマ症株Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ由来のＬｃｒＥ参照配列は、配列番号４６および配列番号２８および配列番号１８５として提供される。後者の配列によってまた、種々のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型単離体で検出された全ての対立遺伝子変異ポイントまたは対立遺伝子改変ポイントのまとめが得られる：ポイントミューテーションを囲む配列番号２８および配列番号１８５の下線の領域は、Ｂ細胞および／またはＴ細胞のエピトープペプチド領域に相当する可能性が高い。
【０１７５】
（エピトープ）
本明細書において用いる場合、「エピトープ（ｅｐｉｔｏｐｅ）」という用語は一般に、Ｔ細胞レセプターおよび／または抗体によって認識される抗原上の部位をいう。好ましくは、これは、タンパク質抗原由来の短いペプチドまたはタンパク質抗原の一部である。しかし、この用語はまた、グリコペプチドおよび炭水化物エピトープを有するペプチドを含むものとする。いくつかの異なるエピトープが、単一の抗原性分子によって担持されてもよい。「エピトープ」という用語はまた、生物体全体を認識する応答を刺激するアミノ酸または炭水化物の改変された配列を含む。この選択されるエピトープは、感染性疾患を生じるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ細菌のような、感染性因子のエピトープであることが有利である。
【０１７６】
このエピトープは、ペプチドまたはポリペプチドのアミノ酸および対応するＤＮＡの配列の知識から、ならびに特定のアミノ酸の性質（例えば、サイズ、電荷など）およびコドン・ディクショナリー（ｃｏｄｏｎ  ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ）から、過度の実験なしに得ることができる。例えば、Ｉｖａｎ  Ｒｏｉｔｔ，Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９８８；Ｋｅｎｄｒｅｗ、前出；Ｊａｎｉｓ  Ｋｕｂｙ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９９２、例えば、ｐｐ７９〜８１を参照のこと。あるタンパク質が応答を刺激するか否かを決定するいくつかのガイドラインとしては、以下が挙げられる：ペプチド長さ−好ましくは、このペプチドはＭＨＣクラスＩ複合体に適合するため約８または９アミノ酸長、そしてクラスＩＩのＭＨＣ複合体に適合するため約１３〜２５アミノ酸長である。この長さは、ＭＨＣ複合体に結合するペプチドについて最小である。これらの長さよりも長いことがペプチドには好ましい。なぜなら細胞がペプチドを切断し得るからである。このペプチドは、免疫応答を生じるために十分高い特異性を有する種々のクラスＩまたはクラスＩＩの分子に結合し得る、適切なアンカーモチーフを含んでもよい（Ｂｏｃｃｈｉａ、Ｍ．ら、Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  ｏｆ  Ｌｅｕｋｅｍｉａ  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  Ｆｕｓｉｏｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｔｏ  ＨＬＡ  Ｃｌａｓｓ  Ｉ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，Ｂｌｏｏｄ  ８５：２６８０〜２６８４；Ｅｎｇｌｅｈａｒｄ，ＶＨ，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｎｄ  ｃｌａｓｓ  ＩＩ  ＭＨＣ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２：１８１（１９９４）を参照のこと）。これは、目的のタンパク質の配列を、ＭＨＣ分子に関連したペプチドの公表された構造と比較することによって、過度の実験なしに行なわれ得る。従って、当業者は、タンパク質配列と、タンパク質データベースに列挙される配列とを比較することによって、目的のエピトープを確認し得る。
【０１７７】
（Ｔ細胞エピトープ）
好ましくは、本発明の抗原、詳細には、本発明のＬｃｒＥ抗原（単数または複数）は、１つ以上のＴ細胞エピトープを含む。
【０１７８】
本明細書において用いる場合、「Ｔ細胞エピトープ（Ｔ  ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅ）」という用語は一般に、Ｔ細胞応答を誘導し得る、ペプチド構造の特徴を指す。これに関して、Ｔ細胞エピトープが、ＭＨＣ分子のペプチド結合間隙内で伸展した高次構造を想定する直線的なペプチド決定基を含むということが当該分野で認められている（Ｕｎａｎｕｅら（１９８７（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３６：５５１〜５５７）。
【０１７９】
本明細書において用いる場合、Ｔ細胞エピトープとは一般に、少なくとも約３〜５アミノ酸残基、好ましくは少なくとも５〜１０またはより多く連続したアミノ酸残基、好ましくは少なくとも８〜１０のアミノ酸の連続したアミノ酸残基、好ましくは少なくとも１０〜１４連続したアミノ酸残基、より好ましくは少なくとも９連続したアミノ酸残基を有するペプチドである。
【０１８０】
しかし、本明細書において用いる場合、「Ｔ細胞エピトープ（Ｔ  ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅ）」という用語は、任意のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ制限ペプチドを包含する。特定のＴ細胞エピトープがＣＭＩ応答を刺激／増強もしくは変更する能力は、多数の周知のアッセイによって、例えば、リンパ増殖（リンパ球活性化）アッセイ、ＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞傷害性細胞アッセイによって、または感作された被験体におけるエピトープに特異的なＴリンパ球をアッセイすることによって決定され得る。例えば、Ｅｒｉｃｋｓｏｎら、（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：４１８９〜４１９９；ならびにＤｏｅら（１９９４）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２３６９〜２３７６またはＣＤ８＋Ｔ−ｃｅｌｌ  ＥＬＩＳＰＯＴ  ａｓｓａｙｓ  ｆｏｒ  ｍｅａｓｕｒｉｎｇ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ｇａｍｍａ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ（Ｍｉｙａｈａｒａら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）（１９９８）９５：３９５４〜３９５９）を参照のこと。
【０１８１】
（ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ）
好ましくは、本発明の抗原、詳細には本発明のＬｃｒＥ抗原（単数または複数）は、１つ以上のＣＤ８＋Ｔ細胞誘導エピトープを含む。ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導エピトープとは、宿主被験体への投与後、特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の形成を刺激するか、その活性を増大するか、またはその活性を変更し得るエピトープである。
【０１８２】
本明細書において用いる場合、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは一般には、少なくとも約３〜５アミノ酸残基、好ましくは少なくとも５〜１０またはより多く連続したアミノ酸残基、好ましくは少なくとも８〜１０の連続したアミノ酸残基、好ましくは少なくとも１０〜１４連続したアミノ酸残基、より好ましくは少なくとも８または少なくとも９連続したアミノ酸残基を有するペプチドである。
【０１８３】
ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは、種々の異なる形態、例えば、１つまたは２つ以上のエピトープの組み換えストリング（ｓｔｒｉｎｇ）で提供されてもよい。ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは、同定されており、そして多くの異なる疾患について、文献において見出され得る。このようなＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含む任意の選択された抗原に対するＣＤ８＋Ｔ細胞応答を生じるためのエピトープストリングを設計することが可能である。有利には、ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性エピトープは、不必要な核酸物質を回避するように、介入する配列なしに一緒に結合される複数のエピトープのストリングで提供されてもよい。
【０１８４】
（Ｔヘルパーエピトープ）
好ましくは、本発明のＬｃｒＥ抗原（単数または複数）は、１つ以上のヘルパーＴリンパ球エピトープを含む。本明細書に従う使用のために適切なＴヘルパー細胞エピトープを特定するには種々の方法が利用可能である。例えば、ペプチド配列の両親媒性は、それがヘルパーＴ細胞誘導因子として機能する能力に影響することが公知である。ヘルパーＴ細胞誘導性エピトープの詳細な考察は、参照によって本明細書に援用される米国特許第５，１２８，３１９号、そして下のさらなる考察に示される。
【０１８５】
本明細書において用いる場合、ヘルパー（またはＣＤ４＋）Ｔ細胞エピトープは一般に、少なくとも約３〜５アミノ酸残基、好ましくは少なくとも５〜１０またはより多く連続したアミノ酸残基、好ましくは少なくとも８〜１０のアミノ酸残基、好ましくは少なくとも９連続したアミノ酸残基を有するペプチドである。より好ましくは、少なくとも１０〜１４連続したアミノ酸残基。
【０１８６】
（エピトープの組み合わせ）
好ましくは、本発明の抗原、詳細には、本発明のＬｃｒＥ抗原（単数または複数）は、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープの混合物を含む。本明細書において用いる場合、「Ｂ細胞エピトープ（Ｂ  ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅ）」という用語は一般に、特定の抗体分子が結合する抗原上の部位を指す。
【０１８７】
本明細書において用いる場合、Ｂ細胞エピトープは一般に、少なくとも約３〜５連続のアミノ酸残基、好ましくは少なくとも５〜１０またはより多く連続したアミノ酸残基、好ましくは少なくとも８〜１０連続のアミノ酸残基、好ましくは少なくとも１０〜１４連続のアミノ酸残基、より好ましくは少なくとも８または少なくとも９連続のアミノ酸残基を有するペプチドである。
【０１８８】
抗体応答を惹起し得るエピトープの同定は、当該分野で周知の技術を用いて容易に達成される。例えば、Ｇｅｙｓｅｎら（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：３９９８〜４００２（所定の抗原の免疫原性エピトープの位置を決定するためにペプチドを迅速に合成する一般的な方法）；米国特許第４，７０８，８７１号（抗原のエピトープを同定および化学的に合成するための手順）；およびＧｅｙｓｅｎら（１９８６）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ２３：７０９〜７１５（所定の抗体に高い親和性を有するペプチドを同定するための技術）を参照のこと。
【０１８９】
本発明の好ましい実施形態では、本発明の抗原、詳細には、本発明のＬｃｒＥ抗原またはＬｃｒＥ抗原の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性エピトープおよびヘルパーＴ細胞誘導性エピトープの混合物を含む。当該分野で周知のとおり、Ｔ細胞およびＢ細胞誘導性のエピトープは高頻度にお互いに別個であり、そして異なるペプチド配列を含み得る。従って、タンパク質のペプチド鎖の特定の領域は、Ｔ細胞またはＢ細胞エピトープのいずれかを保有し得る。従って、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープに加えて、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープによって生成される免疫応答を増強するためには、ヘルパーＴ細胞によって認識される１つ以上のエピトープを含むことが好ましいかもしれない。
【０１９０】
（免疫優勢（イムノドミナント）エピトープ）
個体が、抗原もしくは抗原の組み合わせ、または標的抗原の複数のエピトープをコードするヌクレオチド配列もしくはヌクレオチド配列の組み合わせで免疫される場合、多くの場合に、ほとんどの応答性のＴリンパ球が、その標的抗原由来の１つ以上の直鎖状のエピトープに特異的であり、そして／またはほとんどの応答性のＢリンパ球が、抗原または抗原の組み合わせについての１つ以上の直鎖状のまたは立体配置的なエピトープに特異的である。本発明の目的については、次いで、このようなエピトープが、「免疫優勢エピトープ」と呼ばれる。いくつかの免疫優勢エピトープを有する抗原では、単一のエピトープが、命令性の特異的なＴ細胞および／またはＢ細胞の応答の観点から最も優勢であり得る。
【０１９１】
（本発明のＴ細胞および／またはＢ細胞のエピトープを含むペプチド）
本発明は、配列番号１〜１８４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【０１９２】
このポリペプチドは好ましくは、８０アミノ酸長未満（例えば、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０など）である。
【０１９３】
本発明のいくつかの細胞エピトープ（例えば、配列番号１８１、１８２、１８３および１８４）は、９マーとして同定されているが、それより短いペプチドがＨＬＡ分子と高い親和性で相互作用し得ることが周知であり、そのため本発明はまた、配列番号１〜１８４からなる群より選択されるアミノ酸配列の７または８のアミノ酸フラグメントを含むポリペプチドを提供する。このポリペプチドは好ましくは、８０アミノ酸長未満（例えば、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１など）である。例えば、少なくとも２つの７マーのフラグメントおよび少なくとも１つの８マーのフラグメントを表２に示す。
【０１９４】
必要に応じて、これらの７マーおよび８マーの配列は本発明に従って用いられ得る。
【０１９５】
同様に、少なくとも３つの１０マーのフラグメントが表２に示される。必要に応じて、１０マーのフラグメントが、本発明に従って用いられ得る。
【０１９６】
好ましくは、本発明は、配列番号２９〜４５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【０１９７】
好ましくは、本発明は、配列番号４７〜９８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【０１９８】
好ましくは、本発明は、配列番号９９〜１８４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【０１９９】
さらに好ましくは、本発明は、配列番号５４、１０９、１１０および１１１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【０２００】
それよりさらに好ましくは、このポリペプチドは、配列ＩＫＫＫＧＥＫＦＥ（配列番号１８１）またはＩＫＫＫＥＥＫＦＥ（配列番号１８２）を含む。
【０２０１】
これらの９マーおよび１５マーのポリペプチドは、特に有利である。なぜなら、それらは、図２の血液型亜型配列アラインメントにみられるように、血液型亜型Ｄ（配列番号５４）由来の、そして血液型亜型Ｅ（配列番号１０９、１１０および１１１）由来のＬｃｒＥ配列の残基６４、および他の血液型亜型単離体における等価な領域で、第一の高頻度変異ポイントまたは超可変領域を囲むかまたはそれに関係するＮ末端セグメントを含むからである。
【０２０２】
さらに好ましくは、本発明は、配列番号６６、１２９および１３０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【０２０３】
それよりさらに好ましくは、このポリペプチドは、配列ＫＬＫＳＴＬＩＱＡ（配列番号１８３）またはＫＬＫＳＡＬＩＱＡ（配列番号１８４）を含む。
【０２０４】
これらの９マーまたは１５マーのポリペプチドが特に有利である。なぜなら、それらは、図２の血液型亜型配列アラインメントにみられるように、血液型亜型Ｄ（配列番号６６）由来の、そして血液型亜型Ｅ（配列番号１２９および１３０）由来のＬｃｒＥ配列の残基１６２、および他の血液型亜型単離体における等価な領域で、超可変領域を含むからである。
【０２０５】
（Ｔｈ１Ｔｈ２免疫応答）
上記のとおり、本発明の抗原配列、例えば、ＬｃｒＥ配列におけるアミノ酸置換を囲むペプチドは、エピトープ領域（Ａｂ−Ａｇ相互作用に関与するＢ細胞エピトープおよび／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な細胞媒介性免疫応答、例えば、Ｔｈ１またはＴｈ２細胞免疫応答を惹起し得るＴ細胞エピトープのいずれか）である可能性が高い。好ましくは、これらの領域に関連するＢ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープは、単独で、または他の抗原および／もしくは免疫調節性因子と組み合わせてのいずれかで、増強された免疫応答を誘発する。
【０２０６】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染は、細胞内感染であるので、現在受け入れられるパラダイムの１つは、有効な抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ免疫が、適切なＴ細胞応答および高い血清レベルの中和抗体の両方に必要であるということ、そして「理想的なワクチンは、持続性（中和）抗体およびＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する曝露の際に急速に応答し得る細胞媒介性免疫を誘導するはずである」ということである。時に、いくつかの相反する研究によって、ＣＤ４＋ＴおよびＣＤ８陽性Ｔ細胞の両方とも、Ｃｈｌａｍｙｄｉａのクリアランスにおいてある役割を果たすということが示されている（ＬｏｏｍｉｓおよびＳｔａｒｎｂａｃｋ（２００２）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ５：８７〜９１）。実際今や、特異的なＣＤ４＋細胞およびＢ細胞が、細胞内のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの完全なクリアランスに、そしてＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染に対する想起的な免疫を媒介するために重要であるという有力なコンセンサスとなると考えられる（Ｉｇｉｅｔｓｅｍｅ，ＢｌａｃｋおよびＣａｌｄｗｅｌｌ（２００２）Ｂｉｏｄｒｕｇｓ  １６：１９〜３５およびＩｇｉｅｔｓｅｍｅら（１９９９）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ９８：５１０〜５１９）。しかし、さらに最近では、例えば、１つ以上のＴ細胞エピトープを含む免疫原性組成物のような、Ｔ細胞ワクチンも、実現可能であるという証拠が提出されている（例えば、Ｗｅｂｓｔｅｒら（２００５）ＰＮＡＳ  １０２（１３）４８６３〜４８４１を参照のこと）。
【０２０７】
（Ｔ細胞）
本発明は、本発明のＴ細胞エピトープに結合し得るＴ細胞を提供する。本明細書において用いる場合、「Ｔ細胞（Ｔ−ｃｅｌｌ）」という用語は、胸腺において成熟し、そしてＣＤ３およびＴ細胞レセプターを発現するリンパ球細胞をいう。これは、ナイーブな細胞、記憶細胞およびエフェクター細胞を包含する。本発明のエピトープに特異的に結合し、そしてこの相互作用によって活性化されるＴ細胞から生成された細胞の集団は、２つのタイプである：エフェクター細胞および記憶細胞。エフェクター細胞は、本発明のエピトープによって活性化されて、サイトカインを産生し、そして感染した細胞を殺傷する。エフェクター細胞のある割合は、記憶細胞として生存し得る。記憶細胞は、より長期にわたって生存し、そして、このエピトープが、本発明のエピトープの再投与、またはＣｈｌａｍｙｄｉａによる感染のいずれかによって再遭遇されるとき、新規なエフェクター細胞集団を生成するように誘導され得る。本発明のエピトープに特異的な記憶およびエフェクターＴ細胞集団の生成には、その増殖およぶ分化に必要な因子（例えば、インターロイキン−２のようなサイトカイン）を提供するヘルパーＴ細胞の関与を必要とし得る。ヘルパーＴ細胞の活性化は、多数の標準的なアプローチを通じて達成され得る。例えば、本発明のエピトープは、１つ以上のヘルパーＴ細胞エピトープに結合し得、またはヘルパーＴ細胞エピトープは、同時送達され得る（例えば、核酸ベクターによる）。
【０２０８】
２つのタイプのＴ細胞、ヘルパーＴ細胞（またはＣＤ４＋細胞）および細胞傷害性（またはＣＤ８＋細胞）が、一般には、細胞媒介性免疫および体液性免疫を開始し、および／または増強するために必要であると考えられる。細胞傷害性Ｔ細胞は、ＣＤ８同時レセプターを発現し、そして一般に細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）またはＣＤ８＋細胞と呼ばれる。細胞傷害性Ｔ細胞は、クラスＩのＭＨＣタンパク質の状況において標的細胞によって提示される場合Ｔ細胞エピトープを認識するＴ細胞レセプターを有しており、これによって、クラスＩのＭＨＣ分子内の本発明のＴ細胞エピトープを提示する標的細胞の溶解を生じる。細胞傷害性Ｔ細胞は、インビトロに位置されても、またはインビボに位置されてもよい。宿主へのこのようなＴ細胞の移入は、免疫を移入するために用いられ得る（「養子免疫療法（ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ）」。種々の方法が、本発明のＴ細胞を獲得および／または検出するために用いられ得る。
【０２０９】
ＣＤ４Ｔ細胞は、ＣＤ４共レセプター（ｃｏ−ｒｅｃｅｐｔｏｒ）を発現し得、そして一般にヘルパーＴ細胞と呼ばれる。ＣＤ４Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する抗原性ペプチドを認識し得る。ＭＨＣクラスＩＩ分子との相互作用の際、ＣＤ４細胞は、サイトカインのような因子を分泌し得る。これらの分泌されたサイトカインは、Ｂ細胞、サイトカインＴ細胞、マクロファージ、および免疫応答に関与する他の細胞を活性化し得る。ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞は、２つの機能的に別個のサブセットにさらに分割され得る：サイトカインおよびエフェクターの機能が異なる、ＴＨ１表現型およびＴＨ２表現型。
【０２１０】
活性化されたＴＨ１細胞は、細胞免疫を増強し（抗原特異的なＣＴＬ産生の増大を含む）、従って、細胞内感染に対する応答において特に有用な細胞である。活性化されたＴＨ１細胞は、１つ以上のＩＬ−２、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−βを分泌し得る。ＴＨ１免疫応答は、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞およびＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を活性化することによって局所免疫反応を生じ得る。ＴＨ１免疫応答はまた、ＩＬ−１２を用いてＢ細胞およびＴ細胞の増殖を刺激することによって免疫応答を拡大するように機能し得る。ＴＨ１刺激性Ｂ細胞はＩｇＧ２ａを分泌し得る。
【０２１１】
活性化されたＴＨ２細胞は、抗体産生を増強し、従って、細胞外感染に対する応答において有用なものである。活性化されたＴＨ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０の１つ以上を分泌し得る。ＴＨ２免疫応答は、将来の防御のためにＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよび記憶Ｂ細胞の産生を生じ得る。
【０２１２】
免疫応答は、１つ以上のＴＨ１免疫応答およびＴＨ２免疫応答を包含し得る。
【０２１３】
ＴＨ１免疫応答は、ＣＴＬの増大、ＴＨ１免疫応答に関連するサイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−β）の１つ以上における増大、活性化マクロファージにおける増大、ＮＫ活性における増大、またはＩｇＧ２ａの産生における増大のうちの１つ以上を包含し得る。好ましくは、増強されたＴＨ１免疫応答は、ＩｇＧ２ａ産生の増大を包含する。
【０２１４】
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２免疫応答に関連するサイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０）のうちの１つ以上の増大、またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよび記憶Ｂ細胞の産生における増大のうちの１つ以上を包含し得る。好ましくは、増強されたＴＨ２免疫応答は、ＩｇＧ１産生の増大を包含する。
【０２１５】
Ｔヘルパー細胞誘導性因子によってインビボのＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性の応答を誘発する機構は、完全には明らかでない。しかし、理論によって拘束されないが、免疫活性化因子は、それがヘルパーＴ細胞を誘発する能力のおかげで、特定のＣＤ８＋Ｔ細胞のクローン増殖および播種を補助するのに必要なサイトカインのレベルの増大を生じる可能性が高い。背景にある機構にかかわらず、ヘルパーＴ細胞の混合物および本発明のＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性抗原の組み合わせの使用は、ＣＭＩ応答を誘発するのを補助するということが想定される。特に適切なヘルパーＴ細胞エピトープは、異なるＨＬＡタイプの個体において活性であるエピトープ、例えば、破傷風由来のＴヘルパーエピトープ（それに対してほとんどの個体が既にプライムされている）である。これはまた、Ｂ細胞応答および抗体産生を刺激するためのＢ細胞エピトープを包含するのに有用であり得る。合成ヌクレオチド配列はまた、以下の２つのタイプの免疫応答を生成するために構築され得る：Ｔ細胞のみ、およびＢ細胞応答と組み合わされたＴ細胞。
【０２１６】
本発明の免疫原性組成物、詳細には、本発明の１つ以上のＬｃｒＥ抗原（単数または複数）を含む免疫原性組成物は、単独で用いられてもよいし、または他のＬｃｒＥ抗原（単数または複数）および／または他のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原もしくは性的感染症（ＳＴＤ）に関連する他の抗原と、随意的にＴｈ１および／またはＴｈ２応答を惹起し得る免疫調節性因子と組み合わされてもよい。
【０２１７】
本発明はまた、免疫原性組成物を含み、これは１つ以上の免疫調節性因子、例えば、鉱塩、例えば、アルミニウム塩およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドを含む。最も好ましくは、免疫原性組成物は、アルミニウム塩およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドの両方を含む。あるいは、免疫原性組成物は、ＡＤＰリボシル化毒素、例えば、解毒化ＡＤＰリボシル化毒素およびＣｐＧモチーフ含有オリゴヌクレオチドを含む。好ましくは、１つ以上の免疫調節性因子は、アジュバントを含む。アジュバントは、下にさらに考察される、ＴＨ１アジュバントおよびＴＨ２アジュバントからなる群のうちの１つ以上のから選択され得る。アジュバントは、以下からなる群より選択され得る
本発明の組成物は好ましくは、細胞媒介性免疫応答、および体液性免疫応答の両方を誘発して、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ細胞内感染に効率的に取り組む。この免疫応答は好ましくは、持続性（例えば、中和）抗体、およびＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する曝露の際に迅速に応答し得る細胞媒介性免疫を誘導する。
【０２１８】
実施例においてさらに考察されるとおり、鉱塩、例えば、アルミニウム塩およびＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチドの組み合わせの使用によって、免疫応答の増強を得ることができる。免疫調節性因子のこのような組み合わせを用いる改善された免疫応答の達成は、全く予想されないものであって、いずれかの因子単独の使用からは予想できなかった。従って、本発明は、ＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチド、アルミニウム塩のような鉱塩、および性的感染症（ＳＴＤ）に関連する抗原、例えば、ＬｃｒＥ抗原のような、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの抗原を包含する。限定はしないがＣＴ２４２、ＣＴ３８１、ＣＴ３９６、ＣＴ３９８および／もしくはＣＴ０４５のようなＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原、ならびに／または性的感染症（ＳＴＤ）に関連する抗原のさらなる例は、さらに下にそして実施例に考察される。
【０２１９】
本発明はまた、医薬としての使用のための本発明の組成物を提供する。この医薬は好ましくは、哺乳動物において免疫応答を惹起し得（すなわち、これは免疫原性組成物である）、そしてさらに好ましくはワクチンである。本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における本発明の組成物の使用を提供する。この医薬は好ましくはワクチンである。
【０２２０】
免疫応答は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２免疫応答のうちの一方であっても、または両方であってもよい。好ましくは、免疫応答は、増強されたＴＨ１応答および増強されたＴＨ２応答のうちの一方または両方を提供する。
【０２２１】
免疫応答は、改善された、または増強された、または変更された免疫応答であってもよい。
【０２２２】
免疫応答は、全身および粘膜の免疫応答のうちの１方であっても、または両方であってもよい。好ましくは、免疫応答は、増強または変更された全身性の免疫応答、および増強または変更された粘膜の免疫応答のうちの一方または両方を提供する。好ましくは、この粘膜の免疫応答は、ＴＨ２免疫応答である。好ましくはこの粘膜の免疫応答は、ＩｇＡの産生の増大を含む。
【０２２３】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原、詳細にはＬｃｒＥ抗原の組み合わせを含む第一の成分を含むキットを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原の組み合わせは、本発明の免疫原性組成物のうちの１つ以上であってもよい。このキットはさらに、以下のうちの１つ以上を含む第二の構成要素を含んでもよい：説明書、シリンジまたは他の送達デバイス、アジュバントまたは薬学的に受容可能な処方溶液。
【０２２４】
本発明はまた、本発明の免疫原性組成物で予め充填された送達デバイスを提供する。
【０２２５】
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための方法を提供し、この方法は、本発明の組成物の有効量を投与する工程を包含する。免疫応答は好ましくは、防御的であって、好ましくは、抗体および／または細胞媒介性免疫に関与する。好ましくは、免疫応答は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２免疫応答のうちの１方または両方を包含する。この方法は、ブースター応答を惹起し得る。
【０２２６】
哺乳動物は好ましくはヒトである。ワクチンが予防的な用途の場合、ヒトは好ましくは、小児（例えば、幼児または乳児）または十代である；ワクチンは治療用途のためであり、ヒトは好ましくは十代または成人である。小児を意図するワクチンはまた、成人に、例えば、安全性、投薬量、免疫原性などを評価するために投与されてもよい。好ましくは、ヒトは十代である。より好ましくは、ヒトは青年期前の十代である。それよりさらに好ましくは、ヒトは青年期前の女性または男性である。好ましくは、この青年期前の男性または女性はほぼ９〜１２歳齢である。好ましくは、青年期の男性または女性はほぼ１５〜１９歳齢である。好ましくはこの男性または女性はほぼ２０〜４９歳である。好ましくはこの男性または女性は４９歳を上回る。好ましくはこの標的患者のプロフィールは、同性愛者および性風俗従業員（例えば、売春婦）からなる群より選択される。
【０２２７】
（免疫応答の有効性を決定するための試験）
本発明の免疫原性組成物の成分のタンパク質の免疫原性を評価する１方法は、タンパク質を組み換え的に発現すること、およびイムノブロットによって患者の血清または粘膜分泌をスクリーニングすることである。タンパク質と患者血清との間の陽性の反応によって、患者は、該当のタンパク質に対する免疫応答を以前にもよおしたこと、すなわち、このタンパク質が免疫原であることが示される。本発明はまた、免疫優勢な（イムノドミナント）タンパク質および／またはエピトープを特定するために用いられ得る。
【０２２８】
治療的な処置の有効性をチエックする別の方法は、本発明の組成物の投与後のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染をモニタリングする工程を包含する。予防的な処置の有効性をチエックする１方法は、この組成物の投与後に本発明の組成物中のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原に対する免疫応答を全身的に（例えば、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａ産生のレベルをモニタリングすること）、および粘膜的に（例えば、ＩｇＡ産生のレベルをモニタリングすること）の両方でモニタリングする工程を包含する。代表的には、血清Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な抗体応答を、免疫後だがチャレンジの前に決定し、一方で、粘膜Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な抗体応答は、免疫後でかつチャレンジ後に決定する。
【０２２９】
これらの用途および方法は好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓによって生じる疾患（例えば、トラコーマ、骨盤内感染症、精巣上体炎、乳児肺炎など）の予防および／または処置のためである。この組成物はまた、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対して有効であり得る。
【０２３０】
本発明のワクチン組成物は、宿主、例えば、ヒト投与の前にインビトロおよびインビボの動物モデルで評価され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｏｎら（１９８８）によるインビトロの中和は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対するワクチン組成物を試験するために適切である。
【０２３１】
このようなインビトロ試験の１例は、以下に記載されるとおりである。過免疫抗血清を補体供給源として、５％モルモット血清含有ＰＢＳ中で希釈する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（１０４ＩＦＵ；封入体形成単位）を抗血清希釈液に添加する。この抗原−抗体混合物を３７℃で４５分間インキュベートして、接種前にＰＢＳで２回洗浄しているガラスバイアル（例えば、１５×４５ｍｍ）に含まれる、二重のコンフルエントなＨｅｐ−２またはＨｅＬａ細胞単層中に接種する。この単層細胞を、１０００×ｇで１時間の遠心分離、その後の３７℃で１時間の静置インキュベーションによって感染させる。感染した単層を４８または７２時間インキュベートして、固定し、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的抗体、例えば、抗ＭＯＭＰで染色する。封入体保有細胞を、２００×の倍率で１０の視野でカウントする。中和力価とは、コントロールの単層／ＩＦＵに比較した場合５０％阻害を与える希釈とする。
【０２３２】
本発明の免疫原性組成物の有効性はまた、免疫原性組成物を用いて、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染の動物モデル、例えばモルモットまたはマウスをインビボでチャレンジすることによって決定され得る。この免疫原性組成物は、チャレンジ血液亜型と同じ血液亜型に由来してもよいし、それに由来しなくてもよい。好ましくは免疫原性組成物は、チャレンジ血液型亜型と同じ血液型亜型から誘導可能である。さらに好ましくは、この免疫原性組成物および／またはチャレンジ血液型亜型は、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、ＩおよびＫ、ならびに／またはそれらの組み合わせからなる生殖器官血液型亜型の群から誘導され得る。それよりさらに好ましくは、この免疫原性組成物および／またはチャレンジ血液型亜型は、Ｄ、Ｅ、ＦおよびＩからなる生殖器官の血液型の群から導くことができる。それよりさらに好ましくは、この免疫原性組成物および／またはチャレンジ血液型亜型は、Ｄ、ＥおよびＦからなる生殖器官の血液型亜型の群から導くことができる。女性では、この血清型ＤおよびＦは、無症候性の感染に関連しているが、血清型Ｅは、症候性および無症候性の感染の両方に関連している。他の男性の感染に一般に関連する可能性のある血液型亜型としてはＬＧＶ血液型亜型が挙げられる。本発明の血液型亜型は、臨床的な単離物から、または培養収集物、例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から入手可能である。
【０２３３】
インビボの有効性モデルとしては、限定はしないが以下が挙げられる：（ｉ）ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型、例えば、血清型Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、ＩおよびＫを用いるマウス感染モデル；（ｉｉ）マウス適合性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ株、例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｍｕｒｉｄａｒｕｍとしても公知のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓマウス肺炎（ＭｏＰｎ）株を用いるマウスモデルである、マウス疾患モデル；ならびにヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ単離物を用いる霊長類モデル。ＭｏＰｎ株は、マウスの病原体であるが、ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型、例えば、血清型Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、ＩおよびＫは、ヒト病原体である（例えば、Ｂｒｕｎｈａｍら（２０００）Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  １８１（補遺３）Ｓ５３８〜Ｓ５４３；Ｍｕｒｄｉｎら（２０００）Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  １８１（補遺３）Ｓ５４４〜Ｓ５５１およびＲｅａｄら（２０００）ＮＡＲ  ２８（６）；１３９７〜１４０６を参照のこと）。この実施例が実証するとおり、ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型、例えば、血液型亜型Ｄは、マウスモデルで用いられ得るが、それらは通常は、プロゲステロンの高接種または事前処置を必要とする。プロゲステロンが一般に用いられる。なぜなら、それらは、クラミジアの感染に対して生殖器の上皮をより感受性にさせると考えられるからである（Ｐａｌら、２００３  Ｖａｃｃｉｎｅ  ２１：１４５５〜１４６５を参照のこと）。他方では、マウス組織からもともと単離されたＭｏＰｎは、天然のマウス病原体であると考えられ、従って、宿主−病原体の相互作用の分析のために進化的に適応した病原体を提供する。ＭｏＰｎ血液型亜型は、ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａの血液型亜型に対して高い程度のＤＮＡ相同性を有すると考えられるが、これはまた、いくつかの固有の特性を有し得る（例えば、Ｐａｌら（２００２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０（９）；４８１２〜４８１７を参照のこと）。
【０２３４】
例えば、インビボのワクチン組成物チャレンジ研究は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのマウスモデルで行われ得る（Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、１９９５）。このタイプのアプローチの１例の説明は以下のとおりである。７〜１２週齢の雌性マウスに、膣感染の１０日前および３日前に、２．５ｍｇのデポプロベラ（ｄｅｐｏｐｒｏｖｅｒａ）を皮下に与える。ワクチン接種後、マウスを、１，５００封入体形成単位のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを含む５ｍＬのスクロース−リン酸塩−グルタミン酸塩緩衝液、ｐＨ７．４を用いて生殖器官に感染させる。感染の経過を、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な抗血清での間接的な免疫蛍光によって、または感染したマウスの生殖器官から剥離するギムザ染色したスメアによって、封入体保有細胞の割合を決定することによってモニターする。マウスの血清における抗体力価の存在を、酵素結合イムノソルベントアッセイによって決定する。本発明の免疫原性組成物は、限定はしないが、筋肉内（ｉ．ｍ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）、鼻腔内（ｉ．ｎ．）、皮下（ｓ．ｃ．）または経皮（ｔ．ｃ．）経路のような多数の異なる免疫経路を用いて投与され得る。一般には、所望の免疫応答が必要な粘膜表面（単数または複数）で達成される条件であれば、任意の投与経路が用いられてもよい。同様に、チャレンジ血液型亜型は、多数の異なる経路によって投与され得る。代表的には、このチャレンジ血液型亜型は、限定はしないが、生殖器のチャレンジまたは鼻腔内（ｉ．ｎ．）チャレンジのように粘膜に投与される。
【０２３５】
別のインビボの有効性モデルとしては、モルモットのモデルが挙げられる。例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染のモルモットモデルにおいてインビボのワクチン組成物チャレンジ研究を行なってもよい。このタイプのアプローチの１例の説明は以下である。４５０〜５００ｇと秤量される雌性モルモットを、環境管理した部屋において１２時間の明−暗サイクルで飼育して、種々の免疫経路を介してワクチン組成物で免疫する。ワクチン接種後、モルモットに、モルモット封入体結膜炎（ｇｕｉｎｅａ  ｐｉｇ  ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ  ｃｏｎｊｕｎｃｔｉｖｉｔｉｓ）（ＧＰＩＣ）の因子を生殖器官に感染させ、これをＨｅＬａまたはＭｃＣｏｙ細胞で増殖させた（Ｒａｎｋら（１９８８））。各々の動物に、０．０５ｍｌのスクロース−リン酸塩−グルタミン酸塩緩衝液、ｐＨ７．４に含まれる約１．４×１０７封入体形成単位（ＩＦＵ）を投与する（Ｓｃｈａｃｔｅｒ，１９８０）。感染の経過を、ＧＰＩＣ特異的な抗血清での間接的な免疫蛍光法によって、または生殖器官から剥離するギムザ染色したスメアによって、封入体保有細胞の割合を決定することによって、モニターする（Ｒａｎｋら、１９８８）。血清中の抗体力価は、酵素結合免疫吸着アッセイによって決定する。
【０２３６】
あるいは、インビボのワクチン組成物チャレンジ研究は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのマウスモデルで行ってもよい（Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、１９９５）。このタイプのアプローチの１例の説明は以下である。７〜１２週齢の雌性マウスに、膣感染の１０日前および３日前に２．５ｍｇのデポプロベラを皮下に与える。ワクチン接種後、マウスを、５ｍｌのスクロース−リン酸塩−グルタミン酸塩緩衝液、ｐＨ７．４に含まれる約１，５００封入体形成単位（ＩＦＵ）のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを生殖器官に感染させる。感染の経過は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な抗血清での間接的な免疫蛍光法によって、または感染したマウスの生殖器官から剥離するギムザ染色したスメアによって、封入体保有細胞の割合を決定することによって、モニターする。マウスの血清における抗体力価の存在は、酵素結合免疫吸着アッセイによって決定する。
【０２３７】
（エピトープマッピング）
限定はしないが、ＬｃｒＥ血液型亜型改変体のような血液型亜型改変体のエピトープマッピングは以下のとおり行なう：ＷＯ０５／００２６１９に記載されるような生殖器官感染のマウスモデルを用いる。全ての血液型亜型改変体、例えば、ＬｃｒＥ改変体は、組み換えタンパク質として発現され、この方法論についてもＷＯ０５／００２６１９に記載される。マウスを組み換えＬｃｒＥ改変体で免疫する（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓチャレンジの有無）。次いで、免疫されたマウス由来の脾臓（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓチャレンジの有無）を、単離して、ＣＴ  ＬｃｒＥ特異的なペプチド（実施例２の配列番号２９〜４５、実施例３の配列番号４７〜９８、および実施例４の配列番号９９〜１８０、１８１、１８２、１８３および／または１８４に示されるとおり）でパルスする。次いで、このＣＴ  ＬｃｒＥ特異的なペプチドの各々に対する脾臓細胞応答を、脾臓細胞増殖の有無、メディエーターの応答に関して、例えば、Ｔｈ１またはＴｈ２細胞の応答などについて、上記の種々の試験によって決定されるように評価する。
【０２３８】
本発明の組成物は一般に、患者に直接投与される。直接送達は、非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、または組織の間質腔へ）によって、または粘膜的に、例えば、直腸、経口（例えば、錠剤、スプレー）、膣、局所、経皮（例えば、ＷＯ９９／２７９６１を参照のこと）または経皮（例えば、ＷＯ０２／０７４２４４およびＷＯ０２／０６４１６２を参照のこと）、鼻腔内（例えば、ＷＯ０３／０２８７６０を参照のこと）、眼、耳、肺または他の粘膜投与によって、達成され得る。
【０２３９】
本発明は、全身および／または粘膜の免疫を誘発するため、好ましくは増強された全身性および／または粘膜の免疫を誘発するために用いられ得る。
【０２４０】
好ましくは、この増強された全身性および／または粘膜の免疫は、増強されたＴＨ１および／またはＴＨ２の免疫応答に反映される。好ましくは、この増強された免疫応答は、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの産生の増大を含む。
【０２４１】
用量処置は、単回投与スケジュールであっても、または複数回投与スケジュールであってもよい。複数用量は、一次免疫スケジュールで、および／またはブースター免疫スケジュールで用いられ得る。複数用量のスケジュールでは、種々の用量を、同じまたは異なる経路によって、例えば、非経口プライムおよび粘膜ブースト、粘膜プライムおよび非経口ブーストなどによって、与えてもよい。
【０２４２】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染は、身体の種々の領域に影響し、そのため本発明の組成物は、種々の形態で調製され得る。例えば、この組成物は、注射可能として、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製され得る。注射前の液体ビヒクルでの溶液のために、または懸濁液のために適切な固体型も調製され得る（例えば、凍結乾燥組成物、または噴霧凍結乾燥された組成物）。この組成物は、局所投与のために、例えば、軟膏、クリームまたは粉末として調製され得る。この組成物は、経口投与のために、例えば、錠剤またはカプセルとして、スプレーとして、またはシロップとして調製され得る（必要に応じて香味付けされる）。この組成物は、肺投与のために、例えば、吸入器として、微細な粉末またはスプレーを用いて調製されてもよい。この組成物は、坐剤または膣坐薬として調製されてもよい。この組成物は、鼻腔、耳、または眼の投与のために、例えば、液滴（ドロップ）（ｄｒｏｐｓ）として調製されてもよい。この組成物は、併用組成物が患者への投与の直前に再構成されるように設計されたキット型であってもよい。このようなキットは、１つ以上の抗原を液体型で、そして１つ以上の凍結乾燥型抗原を含んでもよい。
【０２４３】
ワクチンとして用いられる免疫原性組成物は、免疫学的に有効な量の抗原（単数または複数）、ならびに任意の他の成分を必要に応じて含む。「免疫学的に有効な量（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ  ａｍｏｕｎｔ）」とは、その量のある個体への、単回用量でのまたは一連の一部としての投与が、処置または予防に有効であるということを意味する。この量は、処置される個体の健康および肉体的な状態、年齢、処置される個体の分類群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、この個体の免疫系が抗体を合成する能力、所望される防御の程度、ワクチンの処方、医学的状態の処置医による評価、および他の関連の要因に依存して変化する。この量は、慣用的なトライアルを通じて決定され得る比較的広範な範囲におさまると予想される。
【０２４４】
（この組成物のさらなる成分）
本発明の組成物は代表的には、上述の成分に加えて、１つ以上の「薬学的に受容可能なキャリア（ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｌｙ  ａｃｃｅｐｔａｂｌｅ  ｃａｒｒｉｅｒｓ）を含み、これは、それ自体が、その組成物を投与される個体に対して有害な抗体の産生を誘導しない任意のキャリアを包含する。適切なキャリアとは代表的には、大きく、緩徐に代謝される高分子、例えば、タンパク質、ポリサッカライド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合体のアミノ酸、アミノ酸コポリマー、および液体凝集物（例えば、油滴またはリポソーム）である。このようなキャリアは当業者に周知である。このワクチンはまた、希釈剤、例えば、水、生理食塩水、グリセロールなどを含んでもよい。さらに、補助物質、例えば、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質などが存在してもよい。薬学的に受容可能な賦形剤の全体的な考察は引用文献１８にみることができる。
【０２４５】
（免疫調節性因子）
本発明のワクチンは、他の免疫調節性因子と組み合わせて投与され得る。詳細には、組成物は通常アジュバントを含む、本発明での使用のためのアジュバントとしては、限定はしないが、下に示される１つ以上が挙げられる：
（Ａ．鉱物含有組成物）
本発明におけるアジュバントとしての使用に適切な鉱物含有組成物としては、鉱塩、例えば、アルミニウム塩およびカルシウム塩が挙げられる。本発明は、鉱塩、例えば、水酸化物（例えば、オキシ水酸化物）、リン酸塩（例えば、ヒドロキシリン酸塩、正リン酸塩、硫酸塩など（例えば、Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ．．．（１９９５）編Ｐｏｗｅｌｌ  ＆Ｎｅｗｍａｎ．ＩＳＢＮ：０３０６４４８６７Ｘ．Ｐｌｅｎｕｍ．の第８および９章を参照のこと）、または異なる鉱物化合物の混合物（例えば、リン酸塩および水酸化物アジュバントの混合物、必要に応じて過剰のリン酸塩と）を包含し、そしてこの化合物は、任意の適切な形態（例えば、ゲル、結晶、非結晶など）をとること、そしてこの塩への吸着が好ましい。この鉱物含有組成物はまた、鉱塩の粒子として処方されてもよい（ＷＯ００／２３１０５）。
アルミニウム塩は、Ａｌ３＋の用量が１用量あたり０．２〜１．０ｍｇであるように本発明のワクチンに含まれ得る。
【０２４６】
好ましくは、このアジュバントはミョウバン、好ましくはＡｌＯＨである。
【０２４７】
（Ｂ．オイル−エマルジョン）
本発明のアジュバントとしての使用のために適切なオイル−エマルジョン組成物としては、スクアレン−水エマルジョン、例えば、ＭＦ５９（マイクロフルイダイザー（ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｚｅｒ）を用いてμｍ未満の粒子に処方される、５％のスクアレン、０．５％のＴｗｅｅｎ８０、および０．５％のＳｐａｎ８５）が挙げられる。ＷＯ９０／１４８３７を参照のこと。また、Ｆｒｅｙら、「Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓａｆｅｔｙ，  ｔｏｌｅｒａｂｉｌｉｔｙ，  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ＭＦ５９−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｎｄ  ａ  ｎｏｎ−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｉｎ  ｎｏｎ−ｅｌｄｅｒｌｙ  ａｄｕｌｔｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）２１：４２３４〜４２３７も参照のこと。ＭＦ５９は、ＦＬＵＡＤＴＭインフルエンザウイルス三価サブユニットワクチンにおいてアジュバントとして用いられる。
【０２４８】
組成物における使用のために特に好ましいアジュバントは、μｍ未満の水中油型エマルジョンである。本明細書における使用のための好ましいμｍ未満の水中油型エマルジョンは、必要に応じて種々の量のＭＴＰ−ＰＥを含有するスクアレン／水エマルジョン、例えば、４〜５（ｗ／ｖ）％のスクアレン、０．２５〜１．０（ｗ／ｖ）％のＴｗｅｅｎ８０ＴＭ（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）、および／または０．２５〜１％のＳｐａｎ８５ＴＭ（ソルビタン  トリオレアート）、および必要に応じてＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）を含有するμｍ未満の水中油型エマルジョン、例えば、「ＭＦ５９」としても公知のμｍ未満の水中油型エマルジョンである（国際公開番号ＷＯ９０／１４８３７；その全体が参照によって本明細書に援用される、米国特許第６，２９９，８８４号および同第６，４５１，３２５号；およびＯｔｔら、「ＭＦ５９−Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓａｆｅ  ａｎｄ  Ｐｏｔｅｎｔ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ」Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ：Ｔｈｅ  Ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐｏｗｅｌｌ，Ｍ．Ｆ．およびＮｅｗｍａｎ，Ｍ．Ｊ．編）Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９５，ｐｐ．２７７〜２９６）。ＭＦ５９は、４〜５％（ｗ／ｖ）のスクアレン（例えば、４．３％）、０．２５〜０．５％（ｗ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ８０ＴＭ、および０．５％（ｗ／ｖ）のＳｐａｎ８５ＴＭを含み、そして必要に応じて、Ｍｏｄｅｌ  １１０Ｙマイクロフルイダイザー（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ，Ｎｅｗｔｏｎ，ＭＡ）のようなマイクロフルイダイザーを用いてサブミクロン粒子に処方される、種々の量のＭＴＰ−ＰＥを含む。例えば、ＭＴＰ−ＰＥは、約０〜５００μｇ／用量、より好ましくは０〜２５０μｇ／用量、そして最も好ましくは、０〜１００μｇ／用量の量で存在し得る。本明細書において用いる場合、「ＭＦ５９−０」という用語は、ＭＴＰ−ＰＥを欠く、μｍを超える水中油型エマルジョンを指すが、ＭＦ５９−ＭＴＰという用語は、ＭＴＰ−ＰＥを含む処方物を示す。例えば、「ＭＦ５９−１００」は、１用量あたり１００μｇのＭＴＰ−ＰＥを含むなど。本明細書における使用のための別のμｍ未満の水中油型エマルジョンＭＦ６９は、４．３％（ｗ／ｖ）のスクアレン、０．２５％（ｗ／ｖ）のＴｗｅｅｎ８０ＴＭ、および０．７５％（ｗ／ｖ）のＳｐａｎ８５ＴＭおよび必要に応じてＭＴＰ−ＰＥを含む。さらに別のμｍ未満の水中油型エマルジョンは、ＳＡＦとしても公知のＭＦ７５であり、これは１０％のスクアレン、０．４％のＴｗｅｅｎ８０ＴＭ、５％のプルロニック・ブロック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ−ｂｌｏｃｋｅｄ）ポリマーＬ１２１およびｔｈｒ−ＭＤＰを含み、またμｍ未満のエマルジョンにマイクロフルイダイズされる。ＭＦ７５−ＭＴＰは、１用量あたり１００〜４００μｇのＭＴＰ−ＰＥのような、ＭＴＰを含むＭＦ７５処方物、を示す。
【０２４９】
μｍ未満の水中油型エマルジョン、これおよび免疫刺激因子、例えばムラミルペプチドを、組成物中における使用のために、作製する方法は、その全体が参照によって本明細書に援用される、国際公開番号ＷＯ９０／１４８３７および米国特許第６，２９９，８８４号および同第６，４５１，３２５号に詳細に記載される。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）も、本発明におけるアジュバントとして用いられ得る。
【０２５０】
（Ｃ．サポニン処方物）
サポニン処方物はまた、本発明におけるアジュバントとして用いられ得る。サポニンは、広範な植物種の樹皮、葉、茎、根および花でさえ見出されるステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異種の群である。Ｑｕｉｌｌａｉａ  ｓａｐｏｎａｒｉａ  Ｍｏｌｉｎａの木の樹皮由来のサポニンは、アジュバントとして広範に研究されている。サポニンはまた、Ｓｍｉｌａｘ  ｏｒｎａｔａ（ｓａｒｓａｐｒｉｌｌａ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ  ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ｂｒｉｄｅｓ  ｖｅｉｌ）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（サボンソウ根、ソープ・ルーツ（ｓｏａｐ  ｒｏｏｔ））から商業的に入手可能である。サポニンアジュバント処方物としては、精製された処方物、例えば、ＱＳ２１、ならびに液体処方物、例えばＩＳＣＯＭが挙げられる。
【０２５１】
サポニン組成物は、高性能薄層クロマトグラフィー（Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  Ｔｈｉｎ  Ｌａｙｅｒ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ（ＨＰ−ＬＣ）および逆相高性能液体クロマトグラフィー（Ｒｅｖｅｒｓｅｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  Ｌｉｑｕｉｄ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）を用いて精製した。これらの技術を用いる特異的な精製画分が同定されており、これには、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−ＢおよびＱＨ−Ｃが挙げられる。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の産生の方法は、米国特許第５，０５７，５４０号に開示される。サポニン処方物はまた、ステロール、例えば、コレステロールを含み得る（ＷＯ９６／３３７３９を参照のこと）。
【０２５２】
サポニンおよびコレステロールの組み合わせは、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる固有の粒子を形成するために用いられ得る。ＩＳＣＯＭは代表的にはまた、リン脂質、例えば、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンを包含する。任意の公知のサポニンが、ＩＳＣＯＭで用いられ得る。好ましくはＩＳＣＯＭとしては１つ以上のＱｕｉｌ  Ａ、ＱＨＡおよびＱＨＣが挙げられる。ＩＳＣＯＭはさらに、欧州特許０１０９９４２、ＷＯ９６／１１７１１、およびＷＯ９６／３３７３９に記載される。必要に応じて、ＩＳＣＯＭは、さらなる界面活性剤を欠いてもよい。ＷＯ００／０７６２１を参照のこと。
【０２５３】
サポニンをベースとするアジュバントの開発の概説は、Ｂａｒｒら、「ＩＳＣＯＭｓ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｓａｐｏｎｉｎ  ｂａｓｅｄ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ」、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９８）３２：２４７〜２７１に見出され得る。Ｓｊｏｌａｎｄｅｒら、「Ｕｐｔａｋｅ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｏｒａｌｌｙ  ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ  ｓａｐｏｎｉｎ  ａｎｄ  ＩＳＣＯＭ  ｖａｃｃｉｎｅｓ」、Ａｄｖｅｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９８）３２：３２１〜３３８を参照のこと。
【０２５４】
（Ｄ．ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰｓ））
ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰｓ）も、本発明におけるアジュバントとして用いられ得る。これらの構造は一般的には、リン脂質と必要に応じて組み合わされるか、またはリン脂質を用いて処方されるウイルス由来の１つ以上のタンパク質を含む。それらは一般に、非病原性、非複製であって、一般には、任意の天然のウイルスゲノムを含まない。このウイルスタンパク質は、丸ごとのウイルスから組み換え生成されても、または丸ごとのウイルスから単離されてもよい。ビロソームまたはＶＬＰにおける使用に適切なこれらのウイルスタンパク質としては、インフルエンザウイルス由来のタンパク質（例えば、ＨＡまたはＮＡ）、Ｂ型肝炎ウイルス（例えば、コアまたはカプシドタンパク質）、Ｅ型肝炎ウイルス、はしかウイルス、シンドビスウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、ロタウイルス、ノーウォークウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡ−ファージ、Ｑβ−ファージ（例えば、コートタンパク質）、ＧＡ−ファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、およびＴｙ（例えば、レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１）が挙げられる。ＶＬＰは、さらにＷＯ０３／０２４４８０、ＷＯ０３／０２４４８１およびＮｉｉｋｕｒａら、「Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｅ  Ｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｕｌｅｓ  ａｓ  ａｎ  Ｏｒａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｖｅｈｉｃｌｅ  Ｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ  Ｆｏｒｅｉｇｎ  Ｅｐｉｔｏｐｅｓ」、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００２）２９３：２７３〜２８０；Ｌｅｎｚら、「ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ  Ｉｎｄｕｃｅ  Ａｃｕｔｅ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  Ｃｅｌｌｓ」、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００１）５２４６〜５３５５；Ｐｉｎｔｏら、「Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ（ＨＰＶ）−１６  Ｌ１  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｖｏｌｕｎｔｅｅｒｓ  Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＨＰＶ−１６  Ｌ１  Ｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ」、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ（２００３）１８８：３２７〜３３８；ならびにＧｅｒｂｅｒら「Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  Ｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ  Ａｒｅ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｏｒａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｓ  ｗｈｅｎ  Ｃｏａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｅｎｔｅｒｔｏｘｉｎ  Ｍｕｔａｎｔ  Ｒ１９２ＧまたはＣｐｇ」、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００１）７５（１０）４７５２〜５７６０に考察される。ビロソームは、さらに、例えば、Ｇｌｕｃｋら「Ｎｅｗ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｐｌａｔｆｏｒｍｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｆｕｔｕｒｅ」Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）２０：Ｂ１０〜Ｂ１６にさらに考察される。免疫増強性再構成インフルエンザビロソーム（ｉｍｍｕｎｏｐｏｔｅｎｔｉａｔｉｎｇ  ｒｅｃｏｍｓｔｉｔｕｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖｉｒｏｓｏｍｅｓ）（ＩＲＩＶ）は、サブユニット抗原送達系として、鼻腔内三価ＩＮＦＬＥＸＡＬＴＭ製品｛ＭｉｓｃｈｌｅｒおよびＭｅｔｃａｌｆｅ（２００２）Ｖａｃｃｉｎｅ  ２０  補遺５：Ｂ１７〜２３｝およびＩＮＦＬＵＶＡＣ  ＰＬＵＳＴＭ製品において用いられる。
【０２５５】
（Ｅ．細菌または微生物の誘導体）
本発明における使用に適切なアジュバントとしては、以下のような細菌または微生物の誘導体が挙げられる：
（１）腸内細菌のリポ多糖の非毒性の誘導体（ＬＰＳ）
このような誘導体としては、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アセチル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が挙げられる。３ｄＭＰＬは、３−Ｄｅ−Ｏ−アセチル化モノホスホリル脂質Ａと４，５または６アセチル化鎖との混合物である。３Ｄｅ−Ｏ−アセチル化モノホスホリル脂質Ａの好ましい「小粒子（ｓｍａｌｌ  ｐａｒｔｉｃｌｅ）」形態は、欧州特許０６８９４５４に開示される。３ｄＭＰＬのこのような「小粒子」は、０．２２ミクロンの膜を通して滅菌濾過されるのに十分小さい（欧州特許０６８９４５４を参照のこと）。他の非毒性のＬＰＳ誘導体としては、モノホスホリル脂質Ａ模倣物、例えば、アミノアルキル・グルコサミニド・リン酸塩誘導体、例えば、ＲＣ−５２９が挙げられる。Ｊｏｈｎｓｏｎら（１９９９）Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ  ９：２２７３〜２２７８を参照のこと。
【０２５６】
（２）脂質Ａ誘導体
脂質Ａ誘導体としては、ＯＭ−１７４のようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ由来の脂質Ａの誘導体が挙げられる。ＯＭ−１７４は、例えば、Ｍｅｒａｌｄｉら「ＯＭ−１７４，ａ  Ｎｅｗ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ｗｉｔｈ  ａ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｕｓｅ，Ｉｎｄｕｃｅｓ  ａ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｗｉｔｈ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｃ−Ｔｅｒｍｉｎａｌ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  ２４２〜３１０  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  ｃｉｒｃｕｍｓｐｏｒｏｚｏｉｔｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｏｆ  Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｂｅｒｇｈｅｉ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）２１：２４８５〜２４９１；ならびにＰａｊａｋら、「Ｔｈｅ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ＯＭ−１７４  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｂｏｔｈ  ｔｈｅ  ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｕｒｉｎｅ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｖｉｖｏ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）２１：８３６〜８４２に記載される。
【０２５７】
（３）免疫刺激性オリゴヌクレオチド
本発明におけるアジュバントとしての使用のために適切な免疫刺激性オリゴヌクレオチドとしては、ＣｐＧモチーフを含むヌクレオチド配列（非メチル化シトシン、続いてグアノシンを含み、リン酸結合によって結合される配列）が挙げられる。パリンドロームまたはポリ（ｄＧ）配列を含む細菌の二重鎖ＲＮＡまたはオリゴヌクレオチドも、免疫刺激性であることが示されている。
【０２５８】
ＣｐＧは、ホスホロチオエート修飾のようなヌクレオチド修飾／アナログを含んでもよく、そして二本鎖であっても一本鎖であってもよい。必要に応じて、グアノシンは、２’−デオキシ−７−デアザグアノシンのようなアナログで置換され得る。Ｋａｎｄｉｍａｌｌａら、「Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｍｏｔｉｆ  ｒｅｃｏｎｇｎｉｔｏｎ  ｐａｔｔｅｒｎ：ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ｐｏｔｅｎｔ  ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒｙ  ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ａｇｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ」、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２００３）３１（９）：２３９３〜２４００；可能性のあるアナログ置換の例については、ＷＯ０２／２６７５７およびＷＯ９９／６２９２３を参照のこと。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果はさらに、Ｋｒｉｅｇ、「Ｃｐｇ  ｍｏｔｉｆ：ｔｈｅ  ａｃｔｉｖｅ  ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ  ｉｎ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｅｘｔｒａｃｔｓ？」，Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２００３）９（７）：８３１〜８３５；ＭｃＣｌｕｓｋｉｅ，  ｅｔ  ａｌ，「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  ａｎｄ  ｍｕｃｏｓａｌ  ｐｒｉｍｅ−ｂｏｏｓｔ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｉｎ  ｍｉｃｅ  ｗｉｔｈ  ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ＣｐＧ  ＤＮＡ」，ＦＥＭＳ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（２００２）３２：１７９〜１８５；ＷＯ９８／４０１００；米国特許第６，２０７，６４６号；米国特許第６，２３９，１１６号および米国特許第６，４２９，１９９号にさらに考察される。
【０２５９】
ＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９、例えば、モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴに関し得る。Ｋａｎｄｉｍａｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，「Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ９：ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｂｙ  ｎｏｖｅｌ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ＣｐＧ  ＤＮＡｓ」，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ（２００３）３１（パート３）：６５４〜６５８を参照のこと。ＣｐＧ配列は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮのようなＴｈ１免疫応答を誘導するために特異的であり得、またはこれは、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮのようなＢ細胞応答を誘導するためにさらに特異的であり得る。ＣｐＧ−ＡおよびＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌら、「「ＣｐＧ−Ａ−Ｉｎｄｕｃｅｄ  Ｍｏｎｏｃｙｔｅ  ＩＦＮ−ｇａｍｍａ−Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ−１０  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｉｓ  Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｂｙ  Ｐｌａｓｍａｃｙｔｏｉｄ  Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  Ｃｅｌｌ  Ｄｅｒｉｖｅｄ  ＩＦＮ−ａｌｐｈａ」，Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２００３）１７０（８）：４０６１〜４０６８；Ｋｒｉｅｇ，「Ｆｒｏｍ  Ａ  ｔｏ  Ｚ  ｏｎ  ＣｐＧ」，ＴＲＥＮＤＳ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００２）２３（２）：６４〜６５、およびＷＯ０１／９５９３５に考察される。好ましくは、ＣｐＧはＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮである。
【０２６０】
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端がレセプター認識のためにアクセス可能であるように構築される。必要に応じて、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列は、それらの３’末端で「イムノマー（ｉｍｍｕｎｏｍｅｒｓ）」を形成するように結合され得る。例えば、Ｋａｎｄｉｍａｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，「Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｉｎ  ＣｐＧ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｆｆｅｃｔ  ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ａｃｔｉｖｉｔｙ」，ＢＢＲＣ（２００３）３０６：９４８−９５３；Ｋａｎｄｉｍａｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，「Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ９：ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｂｙ  ｎｏｖｅｌ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ＧｐＧ  ＤＮＡｓ」，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ（２００３）３１（パート３）：６６４〜６５８；Ｂｈａｇａｔ  ｅｔ  ａｌ，「ＣｐＧ  ｐｅｎｔａ−ａｎｄ  ｈｅｘａｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｓ  ｐｏｔｅｎｔ  ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒｙ  ａｇｅｎｔｓ」ＢＢＲＣ（２００３）３００：８５３〜８６１およびＷＯ０３／０３５８３６を参照のこと。
【０２６１】
好ましくはこのアジュバントはＣｐＧである。それよりさらに好ましくは、このアジュバントは、ＡｌｕｍおよびＣｐＧまたはＡｌＯＨおよびＣｐＧである。
【０２６２】
（４）ＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒された誘導体
細菌のＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体は、本発明におけるアジュバントとして用いられ得る。好ましくは、このタンパク質はＥ．ｃｏｌｉ由来である（すなわち、Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または破傷風（「ＰＴ」）。粘膜アジュバントとしての解毒されたＡＤＰリボシル化毒素の使用は、ＷＯ９５／１７２１１に、そして非経口アジュバントとしての使用はＷＯ９８／４２３７５に記載される。好ましくは、このアジュバントは、解毒されたＬＴ変異体、例えば、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２およびＬＴＲ１９２Ｇである。このＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒された誘導体、特にＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２のアジュバントとしての使用は各々がその全体が本明細書において参照として特に援用される、以下の引用文献に見出され得る：Ｂｅｉｇｎｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，「Ｔｈｅ  ＬＴＲ７２  Ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｅｎａｈｎｃｅｓ  ｔｈｅ  Ａｂｉｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｔｏ  Ｅｌｉｃｉｔ  ＣＤ４＋  Ｔ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｓｅｃｒｅｔｅ  Ｇａｍｍａ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ａｆｔｅｒ  Ｃｏａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｎｔｏ  Ｂａｒｅ  Ｓｋｉｎ」，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０（６）：３０１２〜３０１９；Ｐｉｚｚａ，ｅｔ  ａｌ．，「Ｍｕｃｏｓａｌ  ｖａｃｃｉｎｅｓ：ｎｏｎ  ｔｏｘｉｃ  ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ  ｏｆ  ＬＴ  ａｎｄ  ＣＴ  ａｓ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ」，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００１）１９：２５３４〜２５４１；Ｐｉｚｚａ，ｅｔ  ａｌ，「ＬＴＫ６３  ａｎｄ  ＬＴＲ７２，ｔｗｏ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｒｅａｄｙ  ｆｏｒ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌｓ」Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２０００）２９０（４〜５）：４５５〜４６１；Ｓｃｈａｒｔｏｎ−Ｋｅｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ  Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ＡＤＰ−Ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｎｇ  Ｅｘｏｔｏｘｉｎｓ，Ｓｕｂｕｎｉｔｓ  ａｎｄ  Ｕｎｒｅｌａｔｅｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ」，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２０００）６８（９）：５３０６−５３１３；Ｒｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｔｏｘｉｎ  Ａｃｔ  ａｓ  Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ  Ｍｕｃｏｓａｌ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｎａｓａｌ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ａｎ  Ａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ  Ｖａｃｃｉｎｅ：Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｏｎｔｏｘｉｃ  ＡＢ  Ｃｏｍｐｌｅｘ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｎ  ＴｈＩ  ａｎｄ  Ｔｈ２  Ｃｅｌｌｓ」Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９９）６７（１２）：６２７０〜６２８０；Ｐａｒｔｉｄｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｓｉｔｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｍｕｔａｎｔ  ＬＴＫ６３  ｅｎｈａｎｃｅ  ｔｈｅ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  ｉｎｔｒａｎａｓａｌｌｙ  ｃｏ−ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ」，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｌｅｔｔ．（１９９９）６７（３）：２０９〜２１６；Ｐｅｐｐｏｌｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ａｓ  ｓａｆｅ  ａｎｄ  ｓｔｒｏｎｇ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｆｏｒ  ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｖａｃｃｉｎｅｓ」，Ｖａｃｃｉｎｅｓ（２００３）２（２）：２８５〜２９３；ならびにＰｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，（２００２）「Ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｎｄ  ａ  ｄｅｔｏｘｉｆｉｅｄ  ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  ｈｅａｔ  ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｆｒｏｍ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（ＬＴＫ６３）」Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅｌｅａｓｅ（２００２）８５（１−３）：２６３−２７０。アミノ酸置換の数的な参照は好ましくは、その全体が参照によって詳細に本明細書に援用される、Ｄｏｍｅｎｉｇｈｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（１９９５）１５（６）：１１６５〜１１６７に示されるＡＤＰリボシル化毒素のＡサブユニットおよびＢサブユニットのアラインメントに基づく。
【０２６３】
好ましくは、このアジュバントは、ＬＴＫ６３である。好ましくはこのアジュバントは、ＬＴＫ７２である。
【０２６４】
（Ｆ．生体接着および粘膜接着性物質）
生体接着物質および粘膜接着性物質も、本発明におけるアジュバントとして用いられ得る。適切な生体接着性物質としては、エステル化されたヒアルロン酸マイクロスフェア（Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ（２００１）Ｊ．Ｃｏｎｔ．Ｒｅｌｅ．７０：２６７−２７６）または粘膜接着性物質、例えば、ポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリサッカライドおよびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体が挙げられる。キトサンおよびその誘導体もまた、本発明におけるアジュバントとして用いられ得る。例えば、ＷＯ９９／２７９６０。
【０２６５】
（Ｇ．微小粒子）
微小粒子もまた、本発明におけるアジュバントとして用いられてもよい。生分解性でかつ非毒性である物質（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）と、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）から形成される微小粒子（すなわち、約１００ｎｍ〜約１５０μＭの直径、より好ましくは約２００ｎｍ〜約３０μｍの直径、そして最も好ましくは、約５００ｎｍ〜１０μｍの直径の粒子）が好ましく、必要に応じて、負に荷電された表面（例えば、ＳＤＳで）または正に荷電された表面（例えば、陽イオン性界面活性剤、例えば、ＣＴＡＢで）を有するように処理される。
【０２６６】
（Ｈ．リポソーム）
アジュバントとしての使用のために適切なリポソーム処方物の齢は、米国特許第６，０９０，４０６号、米国特許第５，９１６，５８８号および欧州特許０６２６１６９号に記載される。
【０２６７】
（Ｌ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステル処方物）
本発明における使用に適切なアジュバントとしては、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルが挙げられる。ＷＯ９９／５２５４９。このような処方物はさらに、ポリオキシエチレンソルビタンエステルサーファクタントを、オクトキシノール（ＷＯ０１／２１２０７）と組み合わせて、そしてポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステルサーファクタントを、少なくとも１つのさらなる非イオン性サーファクタント、例えば、オクトキシノール（ＷＯ０１／２１１５２）と組み合わせて含む。
【０２６８】
好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス（ｌａｕｒｅｔｈ）９）、ポリオキシエチレン−９−ステロイルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテルおよびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
【０２６９】
（Ｊ．ポリホスファゼン（ＰＣＰＰ））
ＰＣＰＰ処方物は、例えば、Ａｎｄｒｉａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ，「Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｙｄｒｏｇｅｌ  ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ  ｂｙ  ｃｏａｃｅｒｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｑｕｅｏｕｓ  ｐｏｌｙｐｈｏｐｈａｚｅｎｅ  ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ」，Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ（１９９８）１９（１〜３）：１０９〜１１５、およびＰａｙｎｅ  ｅｔ  ａｌ，「Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ｆｒｏｍ  Ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｚｅｎｅ  Ｍａｔｒｉｃｅｓ」，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗ（１９９８）３ｊ，（３）：１８５〜１９６に記載される。
【０２７０】
（Ｋ．ムラミルペプチド）
本発明におけるアジュバントとしての使用に適切なムラミルペプチドの例としては、Ｎ−アセチル−Ｌ−トレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−１−アラニル−ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−１−アラニル−ｄ−イソグルタミニル−１−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミンＭＴＰ−ＰＥ）が挙げられる。
【０２７１】
（Ｌ．イミダゾキノロン化合物）
本発明におけるアジュバントとしての使用に適切なイミダゾキノロン化合物の例としては、Ｓｔａｎｌｅｙ，「Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｉｍｉｄａｚｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅｓ：ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ａｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ」Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ（２００２）２７（７）：５７１〜５７７およびＪｏｎｅｓ，「Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ  ３Ｍ」，Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ（２００３）４（２）：２１４〜２１８にさらに記載される、Ｉｍｉｑｕａｍｏｄおよびその相同体が挙げられる。
【０２７２】
本発明はまた、上記で規定される１つ以上のアジュバントの局面の組み合わせを含んでもよい。例えば、以下のアジュバント組成物が、本発明において用いられ得る：
（１）サポニンおよび水中油型エマルジョン（ＷＯ９９／１１２４１）；
（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性のＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）（ＷＯ９４／００１５３を参照のこと）；
（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性のＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；
（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（必要に応じて＋ステロール）（ＷＯ９８／５７６５９）；
（５）３ｄＭＰＬと、例えば、ＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンとの組み合わせ（欧州特許出願０８３５３１８，０７３５８９８および０７６１２３１を参照のこと）；
（６）ＳＡＦ、１０％スクアラン、０．４％のＴｗｅｅｎ８０、５％のプルロニック−ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有するＳＡＦ、μｍ未満のエマルジョンにマイクロフルイダイズされるか、またはより大きい粒子ザイズのエマルジョンを生成するようにボルテックスされる。
（７）ＲｉｂｉＴＭアジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）であって、２％のスクアレン（Ｓｑｕａｌｅｎｅ）、０．２％のＴｗｅｅｎ８０、および１つ以上の細菌細胞壁成分を、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、トレハロース・ジミコレート（ＴＤＭ）および細胞壁骨格（ＣＷＳ）、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳ（ＤｅｔｏｘＴＭ）からなる群より含むアジュバント系；ならびに
（８）１つ以上の鉱塩（例えば、アルミニウム塩）＋ＬＰＳの非毒性の誘導体（例えば、３ｄＰＭＬ）。
アルミニウム塩およびＭＦ５９は好ましくは、注射可能なインフルエンザワクチンとの使用のためのアジュバントである。細菌毒素および生体接着物質は粘膜送達ワクチン、例えば、経鼻ワクチンとしての使用のための好ましいアジュバントである。
【０２７３】
（Ｍ．ヒト免疫調節因子）
本発明におけるアジュバントとしての使用に適切なヒト免疫調節因子としては、サイトカイン、例えば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−Ｉ、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、など）、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子が挙げられる。
【０２７４】
（融合タンパク質）
本発明において用いられるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原は、個々の別のポリペプチドとして組成物に存在してもよい。一般には、本発明の組み換え融合タンパク質は、ＧＳＴ−融合タンパク質および／またはＨｉｓ−タグ化融合タンパク質として調製される。
【０２７５】
しかし、好ましくは、この抗原のうちの少なくとも２つ（すなわち、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０）が、単独のポリペプチド鎖として発現される（「ハイブリッド（ｈｙｂｒｉｄ）」ポリペプチド）。ハイブリッドポリペプチドは、２つの主な利点をもたらす：第一にそれ自体不安定であるかまたは発現が劣り得るポリペプチドは、この問題を克服する適切なハイブリッドパートナーを加えることによって補助され得る；第二に、市販の製品は、唯一の発現として簡易化されており、両方とも抗原的に有用である２つのポリペプチドを生成するためには、精製を行わなければならない。
【０２７６】
以下の考察に照らして、引用文献によって、血液型亜型Ｅは第一の血液型亜型群とされ、血液型亜型Ｄが第二の血液型亜型群とされ、血液型亜型Ｋが第三の血液型亜型群とされ、血液型亜型Ｆが第四の血液型亜型群とされ、血液型亜型Ｇは第五の血液型亜型群とされ、血液型亜型Ｈが第六の血液型亜型群とされ、血液型亜型Ｉが第七の血液型亜型群とされ、そして血液型亜型Ｊが第八の血液型亜型群とされる。
【０２７７】
このハイブリッドポリペプチドは、第一の血液型亜型群由来の２つ以上のポリペプチド配列を含んでもよい。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列を含む組成物を包含し、この第一および第二のアミノ酸配列は、第一の血液型亜型群の、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはそのフラグメント、例えばＬｃｒＥ抗原から選択される。好ましくは、このハイブリッドポリペプチドにおける第一および第二のアミノ酸配列は異なるエピトープを含む。
【０２７８】
このハイブリッドポリペプチドは、第二の血液型亜型群から２つ以上のポリペプチド配列を含んでもよい。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列を含む組成物を包含し、この第一および第二のアミノ酸配列は、第二の血液型亜型群の、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはそのフラグメント、例えばＬｃｒＥ抗原から選択される。好ましくは、このハイブリッドポリペプチドにおける第一および第二のアミノ酸配列は異なるエピトープを含む。
【０２７９】
このハイブリッドポリペプチドは、第一の血液型亜型群由来の１つ以上のポリペプチド配列、および第二の血液型亜型群由来の１つ以上のポリペプチド配列を含んでもよい。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列を含む組成物を包含し、この第一のアミノ酸配列は、第一の血液型亜型群由来の、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはそのフラグメント、例えばＬｃｒＥ抗原から選択され、そしてこの第二のアミノ酸配列は、第二の血液型亜型群由来の、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはそのフラグメント、例えばＬｃｒＥ抗原から選択される。好ましくは、このハイブリッドポリペプチドにおける第一および第二のアミノ酸配列は異なるエピトープを含む。
【０２８０】
このハイブリッドポリペプチドは、本発明の１つ以上の抗原、例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型にまたがるＬｃｒＥポリペプチド配列（単数または複数）を含んでもよい。従って、本発明は、第一のＬｃｒＥアミノ酸配列および第二のＬｃｒＥアミノ酸配列を含む組成物を包含し、この第一のアミノ酸配列はＬｃｒＥＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型Ｅ由来のそのフラグメントから選択され、そしてこの第二のアミノ酸配列はＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型Ｄ由来のそのフラグメントから選択される。好ましくはこのハイブリッドポリペプチドにおける第一および第二のアミノ酸配列は異なるエピトープを含む。
【０２８１】
２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つまたは１０のＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原に由来するアミノ酸配列からなるハイブリッドが好ましい。詳細には、２つ、３つ、４つ、または５つのＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原由来のアミノ酸配列からなるハイブリッドが好ましい。
【０２８２】
異なるハイブリッドポリペプチドは、単一の処方物中にまとめて混合され得る。このような組み合わせのうち、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原は、２以上のハイブリッドポリペプチドで、および／または非ハイブリッドポリペプチドとして存在し得る。しかし、抗原はハイブリッドとして、または非ハイブリッドとして存在するが、両方で存在するのではないことが好ましい。
【０２８３】
ハイブリッドポリペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって提示され得、ここでＸは、第五の血液型亜型群、第二の血液型亜型群または第三の血液型亜型群由来のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原またはそのフラグメントのアミノ酸配列であり；Ｌは任意のリンカーアミノ酸配列であり；Ａは、任意のＮ末端アミノ酸配列であり；Ｂは、任意のＣ末端アミノ酸配列であり；そしてｎは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５である。
【０２８４】
−Ｘ−部分が、その野性型でリーダーペプチド配列を有する場合、これは、ハイブリッドタンパク質に含まれてもよいし、または省略されてもよい。ある実施形態では、このリーダーペプチドは欠失されるが、ただしこれは、ハイブリッドタンパク質のＮ末端に位置するＸ部分のリーダーペプチド、すなわちＸ１のリーダーペプチドが保持されるが、Ｘ２．．．Ｘｎのリーダーペプチドが省略されないことを除いてである。これは、全てのリーダーペプチドを欠失すること、およびＸ１のリーダーペプチドを−Ａ−部分として用いることと等しい。
【０２８５】
｛−Ｘ−Ｌ−｝の各々のｎの場合、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、存在してもしなくてもよい。例えば、ｎ＝２である場合、ハイブリッドは、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであってもよい。リンカーアミノ酸配列（単数または複数）−Ｌ−は代表的には短い（例えば、２０以下のアミノ酸、すなわち、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。例としては、クローニングを容易にする短いペプチド配列、ポリ−グリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎを含み、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上）、およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎであって、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０以上）を含む。他の適切なリンカーアミノ酸配列は、当業者に明白である。有用なリンカーは、ＧＳＧＧＧＧ（配列番号１）であって、このＧｌｙ−Ｓｅｒジペプチドは、ＢａｍＨＩ制限部位から形成され、従って、クローニングおよび操作を補助し、そして（Ｇｌｙ）４テトラペプチドは、代表的なポリ−グリシンリンカーである。
【０２８６】
−Ａ−は、任意のＮ末端アミノ酸配列である。これは代表的には、短く（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）である。例としては、タンパク質輸送を指向するリーダー配列、またはクローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列が挙げられる（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、Ｈｉｓｎであって、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０以上）。他の適切なＮ末端アミノ酸配列は当業者に明白である。Ｘ１がそれ自体のＮ末端メチオニンを欠く場合、−Ａ−は好ましくはオリゴペプチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７または８アミノ酸を有する）であり、これはＮ末端メチオニンを提供する。
【０２８７】
−Ｂ−は、任意のＣ−末端アミノ酸配列である。これは代表的には、短い（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。例としては、タンパク質輸送を指示する配列、クローニングまたは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ、すなわちＨｉｓｎを含み、ここでｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上）、またはタンパク質の安定性を増強する配列が挙げられる。他の適切なＣ末端アミノ酸配列が、当業者に明らかである。最も好ましくはｎは２または３である。
【０２８８】
本発明はまた、本発明のハイブリッドポリペプチドをコードする核酸を提供する。さらに、本発明は、好ましくは、「高ストリンジェンシー（ｈｉｇｈ  ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）」条件下（例えば、６５℃で０．１×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ溶液中で）で、この核酸にハイブリダイズし得る核酸を提供する。
【０２８９】
本発明のポリペプチドは、種々の方法（例えば、組み換え発現、細胞培養物からの精製、化学的合成など）によって、そして種々の形態（例えば、天然で、融合物、非グリコシル化、脂質化された、など）で、調製されてもよい。それらは好ましくは、実質的に純粋な形態で（すなわち、他のＣｈｌａｍｙｄｉａｌまたは宿主細胞のタンパク質を実質的に含まず）調製される。
【０２９０】
本発明に従う核酸は、多くの方法（例えば、化学的合成によって、ゲノムまたはｃＤＮＡのライブラリーから、生物体自体からなど）によって、そして種々の形態（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プローブなど）で、調製されてもよい。それらは好ましくは、実質的に純粋な形態で（すなわち、他のＣｈｌａｍｙｄｉａｌまたは宿主細胞の核酸を実質的に含まず）調製される。
【０２９１】
「核酸（ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ）」という用語は、ＤＮＡおよびＲＮＡを、そしてまたそれらのアナログ、例えば、修飾された骨格を含むもの（例えば、ホスホロチオエートなど）、およびまたペプチド核酸（ＰＮＡ）なども包含する。本発明は、上記の核酸に相補的な配列（例えば、アンチセンスまたはプローブの目的のため）を含む核酸を包含する。
【０２９２】
（本発明の生成物を作成するためのプロセス）
本発明はまた、本発明のポリペプチドを産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、ポリペプチド発現を誘導する条件下において、本発明の核酸で形質転換された宿主細胞を培養する工程を包含する。
【０２９３】
本発明は、本発明のポリペプチドを産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、化学的な手段によってこのポリペプチドの少なくとも一部を合成する工程を包含する。
【０２９４】
本発明は、本発明の核酸を産生するためのプロセスを提供し、この核酸は、化学的な合成によって（少なくとも一部は）調製される。
【０２９５】
本発明は、本発明の核酸を賛成するためのプロセスを提供し、このプロセスは、プライマーに基づく増幅方法（例えば、ＰＣＲ）を用いて核酸を増幅する工程を包含する。
【０２９６】
本発明は、本発明のタンパク質複合体を産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、クラスＩＭＨＣタンパク質と本発明のポリペプチドまたはそのフラグメントとを接触させる工程を包含する。
【０２９７】
本発明は、本発明のタンパク質複合体を産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、本発明のポリペプチド、またはそのフラグメントをある被験体に投与する工程を包含する。このプロセスは、被験体から複合体を精製するさらなる工程を包含してもよい。
【０２９８】
本発明は、本発明のポリペプチドおよび／または核酸と、薬学的に受容可能なキャリアまたは希釈剤とを混合する工程を包含する、組成物を生成するためのプロセスを提供する。
【０２９９】
（本発明のポリペプチドの一般的な特徴）
本発明のポリペプチドは、種々の形態（例えば、天然、融合物、グリコシル化、非グリコシル化など）で調製され得る。
【０３００】
本発明のペプチドは、固体支持体に結合されてもよい。
【０３０１】
本発明のペプチドは、検出可能な標識を含んでもよい（例えば、放射性または蛍光の標識、またはビオチン標識）。
【０３０２】
本発明のポリペプチドは、Ｔ細胞エピトープに加えてＢ細胞エピトープを含んでもよい。
【０３０３】
（株）
本発明の好ましいポリペプチドは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｅにおいて、または１つ以上の疫学的に蔓延している血液型亜型見出されるＬｃｒＥアミノ酸配列を含む。
【０３０４】
本発明の好ましいポリペプチドは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｄにおいて、または１つ以上の疫学的に蔓延している血液型亜型見出されるＬｃｒＥアミノ酸配列を含む。
【０３０５】
本発明の好ましいポリペプチドは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｋにおいて、または１つ以上の疫学的に蔓延している血液型亜型見出されるＬｃｒＥアミノ酸配列を含む。
【０３０６】
ハイブリッドポリペプチドが用いられる場合、ハイブリッド内の個々の抗原（すなわち、個々の−Ｘ−部分）は、１つ以上の株由来であってもよい。ｎ＝２である場合、例えば、Ｘ２はＸ１と同じ株由来であっても、または異なる株由来であってもよい。ｎ＝３である場合、この株は、（ｉ）Ｘ１＝Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｉ）Ｘ１＝Ｘ２≠Ｘ３、（ｉｉｉ）Ｘ１≠Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｖ）Ｘ１≠Ｘ２≠Ｘ３、または（ｖ）Ｘ１＝Ｘ３≠Ｘ２、などであり得る。
【０３０７】
（異種宿主）
本発明のポリペプチドの発現は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓにおいて行われ得るが、本発明は好ましくは、異種宿主を利用する。この異種宿主は、原核生物（例えば、細菌）であっても、または真核生物であってもよい。これは好ましくはＥ．ｃｏｌｉであるが、他の適切な宿主としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などが挙げられる。
【０３０８】
（免疫原性組成物および医薬）
本発明の組成物は好ましくは免疫原性組成物であり、そしてより好ましくは、ワクチン組成物である。この組成物のｐＨは好ましくは６〜８。好ましくは約７である。このｐＨは、緩衝液の使用によって維持され得る。その組成物は、無菌および／または発熱物質なしであり得る。この組成物は、ヒトに対して等張性であり得る。
【０３０９】
本発明によるワクチンは、予防的（すなわち、感染を予防するため）、または治療的（すなわち、感染を処置するため）のいずれであってもよいが、代表的には、予防的である。従って、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａの感染に感受性の動物においてＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染の治療的または予防的な処置のための方法を包含し、この方法は、本発明の免疫原性組成物の治療的または予防的な量をこの動物に投与する工程を包含する。好ましくは、この免疫原性組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの改変体変異の組み合わせを含み、この組み合わせは、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがって見出される２、３、４、５、６、７または８つ全てのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ抗原変異からなる群より選択される。それよりさらに好ましくは、この組み合わせは、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがって見出される、８つ全てのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥ抗原改変体または変異体からなる。
【０３１０】
例えば、本発明の組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの抗原の組み合わせを含んでもよく、この組み合わせは、以下からなる群より選択される少なくとも１つのＬｃｒＥ抗原を含む：（１）ゲノムＧＯ／８６；（２）ゲノムＧｅｖ−１；（３）ゲノムＣｅｖ２；（４）ゲノムＣｅｖ４；（５）ゲノムＣｅｖ５；（５）ゲノムＣｅｖ８；（６）ゲノムＡＴＣＣ−Ｅ；（７）ゲノムＡＴＴＣ−Ｆ；（８）ゲノムＡＴＴＣ−Ｇ；（９）ゲノムＡＴＴＣ−Ｈ；（１０）ゲノムＡＴＴＣ−Ｉ，（１１）ゲノムＡＴＴＣ−Ｊおよび（１２）ゲノムＡＴＴＣ−Ｋ。この組み合わせはさらに、免疫調節性因子（単数または複数）、例えば、ＡｌｕｍおよびＣｐＧまたはＡｌＯＨおよびＣｐＧと組み合わされ得る。本発明の組成物はさらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに加えて１つ以上の性感染症に由来する抗原を含んでもよい。好ましくは、この抗原は、以下の性的感染症のうちの１つ以上に由来する、例えば、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、ヒトパピローマウイルス、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、単純疱疹ウイルス（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）、ＨＩＶ（ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２）、またはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ。
【０３１１】
１つの好ましい実施形態では、本発明は、特定の変異体の免疫原性組成物を仕立てるのではなく、血液型亜型にまたがるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥのような、抗原の変異の範囲にまたがり得る免疫原性組成物を提供する。例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのＬｃｒＥの血液型亜型Ｅの免疫原性組成物は、血液型亜型Ｅの５つ全ての対立遺伝子にまたがる８つ全ての変異を含むＬｃｒＥ配列を含んでもよい。あるいは、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型対立遺伝子にまたがる変異体の混合物は、血液型亜型Ｅおよび血液型亜型Ｅ以外の血液型亜型における変異にまたがり得、従って血液型亜型に交差する防御を付与し得る。１例として、８アミノ酸置換基は、Ｊ血液型亜型にみられる４アミノ酸置換を含んでもよい。
【０３１２】
１つの特に好ましい実施形態では、この免疫原性組成物は、中和抗体応答を誘発する１つ以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原（単数または複数）、および細胞媒介性免疫応答を誘発する１つ以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原（単数または複数）を含む。この方法では、この中和抗体応答は、最初のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染を予防または阻害するが、細胞媒介性免疫応答は、増強されたＴｈ１細胞応答を誘発し得、これが感染を大きくすることおよび／または伝播させることを予防する。好ましくはこの免疫原性組成物は、１つ以上の表面抗原および１つ以上の細胞質抗原を含む。好ましくはこの免疫原性組成物は、１つ以上のＬｃｒＥ抗原など、およびＴｈ１細胞応答を誘発し得る、細胞質抗原、例えばｐｇｐ３などのような１つ以上の他の抗原を含む。
【０３１３】
（さらなる抗原）
本発明の組成物はさらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに加えて１つ以上の性的感染症に由来する抗原を含み得る。好ましくは、この抗原は、以下の性的感染症のうちの１つ以上に由来する：Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ｛例えば、１９、２０、２１、２２｝；ヒトパピローマウイルス；Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ；単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）；ＨＩＶ（ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２）；ならびにＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ。封入のためのさらなる抗原は、例えば、以下であってもよい：
−Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの血清型Ａ、Ｃ、Ｗ１３５および／またはＹ由来の糖類抗原、例えば、引用文献２３血清型Ｃ｛引用文献２４も参照のこと｝に開示されるオリゴ糖または引用文献２５のオリゴ糖。
−Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ由来の抗原、例えばＣａｇＡ｛２６〜２９｝、ＶａｃＡ｛３０、３１｝、ＮＡＰ｛３２、３３、３４｝、ＨｏｐＸ｛例えば、３５｝、ＨｏｐＹ｛例えば、３５｝および／またはウレアーゼ。
−Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の糖類抗原｛例えば、３６、３７、３８｝。
−Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のタンパク質抗原｛例えば、３９｝。
−Ａ型肝炎ウイルス、例えば、不活性化ウイルス由来の抗原｛例えば、４０、４１｝。
−Ｂ型肝炎ウイルス、例えば、表面および／またはコア抗原由来の抗原｛例えば、４１、４２｝。
−Ｃ型肝炎ウイルス由来の抗原｛例えば、４３｝。
−ジフテリア抗原、例えば、ジフテリアトキソイド｛例えば、引用文献４４の第３章｝、例えば、ＣＲＭ１９７変異体｛例えば、４５｝。
−破傷風抗原、例えば、破傷風トキソイド｛例えば、引用文献４４の第４章｝。
−Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ由来の抗原、例えば、百日咳ホロ毒素（ＰＴ）およびＢ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ由来の線維状赤血球凝集素（ＦＨＡ）、必要に応じて、またパータクチン（ｐｅｒｔａｃｔｉｎ）および／または凝集原２および３｛例えば、引用文献４６および４７｝と組み合わせて；全細胞百日咳抗原も用いられ得る。
−Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  Ｂ由来の糖類抗原｛例えば、２４｝。
−ポリオ抗原（単数または複数）｛例えば、４８、４９｝例えば、ＯＰＶまたは好ましくはＩＰＶ。
−Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の抗原｛例えば、５０、５１、５２、５３｝（例えば、Ｎｇ１３、Ｎｇ５７６（ＰＰＩａｓｅまたはＭｉｐ）またはＮｇｐＩＩＩＩ）
−（例えば、ＷＯ９９／５７２８０、ＷＯ００／６６７９１、ＷＯ０２／７９２４３、およびＷＯ０４／１１２８３２を参照のこと）
−Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ血清型Ｂ由来のタンパク質抗原｛例えば、引用文献５４〜６５｝
−Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ血清型Ｂ由来の外膜小胞（ＯＭＶ）調製物、例えば、引用文献６６、６７、６８、６９などに開示される調製物。
−Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓまたはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の抗原｛例えば、引用文献７０〜７６｝
−（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａのＬｃｒＥ等価物であるＣｐｎ０３２４）
−Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ由来の抗原｛例えば、７７｝。
−Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ由来の抗原。
−狂犬病抗原（単数または複数）｛例えば、７８｝例えば、凍結乾燥された不活化ウイルス｛例えば、７９、ＲａｂＡｖｅｒｔＴＭ｝。
−麻疹、おたふく風邪および／または風疹の抗原｛例えば、引用文献４４の第９、１０および１１章｝。
−インフルエンザ抗原（単数または複数）｛例えば、引用文献４４の第１９章｝、例えば、赤血球凝集素および／またはノイラミニダーゼ表面タンパク質。
−パラミクソウイルス、例えば、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ｛８０、８１｝）および／またはパラインフルエンザウイルス由来の抗原（単数または複数）（ＰＩＶ３｛８２｝）。
−Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ由来の抗原｛例えば、８３｝。
−Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（Ａ群連鎖球菌）由来の抗原｛例えば、８４、８５、８６｝。
−Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（Ｂ群連鎖球菌）由来の抗原｛例えば、８７｝。
−Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ由来の抗原｛例えば、８８｝。
−Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ由来の抗原｛例えば、８９、９０、９１｝．
−例えば、任意のＨＰＶ型由来のパピローマウイルス抗原。
−例えば、ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２由来の単純ヘルペスウイルス抗原。
−フラビウイルス科（フラビウイルス属）のウイルス由来の抗原、例えば、黄熱病ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルスの４つの血清型、ダニ媒介脳炎ウイルス、西ナイル熱ウイルス由来の抗原。
−ＨＩＶ由来の抗原、例えば、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２。
−ロタウイルス由来の抗原。
−ペスチウイルス抗原、例えば、豚コレラウイルス、牛ウイルス性下痢症ウイルスおよび／またはボーダー病ウイルス由来。
−例えば、パルボウイルスＢ１９由来のパルボウイルス抗原。
−例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス由来のコロナウイルス抗原。
−ガン抗原、例えば、引用文献９２の表１に、または引用文献９３の表３および４に列挙される抗原。
【０３１４】
この組成物は、１つ以上のこれらのさらなる抗原を含んでもよい。この組成物は、少なくとも１つのさらなる細菌抗原および／または少なくとも１つのさらなるウイルス抗原を含んでもよい。抗原の組み合わせは好ましくは、共有される特徴、例えば、呼吸器疾患に関連する抗原、腸疾患に関連する抗原、性的感染症に関連する抗原などに基づくべきである。
【０３１５】
好ましい組成物は以下を含む：（１）第一の血液型亜型群または第二の血液型亜型群のいずれかに由来する少なくともｔ個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原であって、ｔが２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２または１３であり、好ましくはｔが５である、抗原；（２）別の性感染症由来の１つ以上の抗原。好ましくは、この性感染症は、単純ヘルペスウイルス、好ましくはＨＳＶ−１および／またはＨＳＶ−２；ヒトパピローマウイルス；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ；Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ；およびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉからなる群より選択される。従って、これらの組成物は、以下の性的感染症に対する防御を提供し得る：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、陰部ヘルペス、陰部疣贅、淋病、梅毒および軟性下疳（引用文献９４を参照のこと）。
【０３１６】
糖類または炭水化物抗原を用いる場合、免疫原性を増強するためにキャリアタンパク質に結合体化することが好ましい｛例えば、引用文献９５〜１０４｝。好ましいキャリアタンパク質は、細菌毒素またはトキソイド、例えば、ジフテリアまたは破傷風トキソイドである。ＣＲＭ１９７ジフテリアトキソイドが特に好ましい｛１０５｝。他のキャリアポリペプチドとしては、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜タンパク質｛１０６｝、合成ペプチド｛１０７、１０８｝、熱ショックタンパク質｛１０９−、１１０｝、百日咳タンパク質｛１１１、１１２｝、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のタンパク質Ｄ｛１１３｝、サイトカイン｛１１４｝、リンホカイン、ホルモン、増殖因子、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ由来の毒素ＡまたはＢ｛１１５｝、鉄取り込みタンパク質｛１１６｝などが挙げられる。ある混合物が、血清型群ＡおよびＣの両方由来の莢膜糖類を含む場合、ＭｅｎＡ糖類：ＭｅｎＣ糖類の比（ｗ／ｗ）が１より大きい（例えば、２：１、３：１、４：１、５：１、１０：１またはそれ以上）であることが好ましいかもしれない。異なる糖類は、同じタイプのキャリアタンパク質に結合体化されても、または異なるタイプのキャリアタンパク質に結合体化されてもよい。必要に応じて、任意の適切なリンカーとの任意の適切な結合反応が用いられ得る。
【０３１７】
毒素タンパク質抗原は、例えば、百日咳毒素の解毒を必要とする場合、化学的および／または遺伝的な方法によって解毒されてもよい。
【０３１８】
ジフテリア抗原が組成物に含まれる場合、破傷風抗原および百日咳抗原を含むことも好ましい。同様に、破傷風抗原が含まれる場合、ジフテリアおよび百日咳抗原を含むことも好ましい。同様に、百日咳抗原が含まれる場合、ジフテリアおよび破傷風抗原を含むことも好ましい。
【０３１９】
この組成物における抗原は代表的には、少なくとも各々１μｇ／ｍｌの濃度で存在する。一般には、任意の所定の抗原の濃度が、その抗原に対する免疫応答を誘発するのに十分である。
【０３２０】
本発明の組成物においてタンパク質抗原を用いる代わりに、この抗原をコードする核酸を用いてもよい｛例えば、引用文献１１７〜１２５｝。従って、本発明の組成物のタンパク質成分は、タンパク質をコードする核酸（好ましくは、ＤＮＡ，例えば、プラスミドの形態で）によって置換されてもよい。
【０３２１】
（併用療法）
本発明の免疫原性組成物は、抗生物質処置レジメンと組み合わせて投与され得る。１実施形態では、この抗生物質は、本発明の抗原、または本発明の抗原を含む組成物、例えば、ＬｃｒＥ免疫原性組成物の投与の前に投与される。別の実施形態では、この抗生物質は、本発明の抗原、または本発明の抗原を含む組成物、例えば、ＬｃｒＥ免疫原性組成物の投与に引き続いて投与される。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの処置における使用のために適切な抗生物質の例としては限定はしないが、ＷＯ９８／１７２８０に記載されるアジトロマイシンもしくはその誘導体、またはＷＯ０４／０４７７５９に示されるようなサイクロスポリンが挙げられる。
【０３２２】
好ましくは、免疫原性組成物は、１つ以上の改変体Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  Ｔｙｐｅ  Ｔｈｒｅｅ  Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＴＴＳＳ）タンパク質（単数または複数）を含む。
【０３２３】
好ましくは、免疫原性組成物は、１つ以上の改変体Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  Ｔｙｐｅ  Ｔｈｒｅｅ  Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＴＴＳＳ）タンパク質（単数または複数）と、配列番号２９〜４５または配列番号１〜１３または配列番号１７〜４５または配列番号４７〜１８０または配列番号５４、１０９、１１０または１１１または配列番号６６、１２９もしくは１３０あるいは配列番号１８１、１８２、１８３および／もしくは１８４からなる群より選択されるアミノ酸配列とを含む。
【０３２４】
背景情報の目的で、ＴＴＳＳは、複雑なタンパク質分泌および送達の機械または装置であり、基本小体（ＥＢ）上に位置し得、そして生物体、例えば、例えば、細菌のエフェクタータンパク質（抗宿主病原性決定基として作用し得る）のようなタンパク質を、真核生物細胞の細胞質内に注射することによって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａを、その細胞内ニッチに維持して細菌感染を確立して、宿主細胞機能を調節することを可能にする。これらの注射されたタンパク質（ＴＴＳＳエフェクタータンパク質）は、宿主細胞に対して種々の影響を有し得、この影響としては、限定はしないが、アクチンおよび他の構造的なタンパク質の操作ならびに宿主細胞シグナル伝達系の改変が挙げられる。この注入された（または転位した）タンパク質またはＴＴＴＳ系の基質はまた、ＭＨＣ−クラスＩ分子によって処理されて提示され得る。
【０３２５】
全てではないがＩＩＩ型の分泌系によって分泌されるタンパク質は、宿主細胞に送達されるかまたはエフェクター機能を有する。例えば、いくつかのＩＩＩ型タンパク質は、分泌プロセス自体、その調節、または宿主細胞膜を通るエフェクタータンパク質の転位に関与する。例えば、ＣＴ０８９はまた、Ｌｏｗ  Ｃａｌｃｉｕｍ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｌｅｍｅｎｔ（ＬｃｒＥ）またはＣｏＰｎ（これはＣｈｌａｍｙｄｉａのＹｏｐＮの外部タンパク質ホモログ（ｏｕｔｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ）である）としても公知であり−宿主細胞由来の適切なシグナルの非存在下で分泌（可能性のある事前に合成されたタンパク質の）を予防する末梢性に関連する調節因子として作用すると考えられる。事実上、これは、誘導的なシグナルが受容されるまで分泌系の末端を「栓をする、プラグをする（ｐｌｕｇｓ）」。基本小体（ＥＢ）は、「代謝的に不活性である（ｍｅｔａｂｏｌｉｃａｌｌｙ  ｉｎｅｒｔ）」とみなされるが、（ＥＢ）に位置されるＣｈｌａｍｙｄｉａｌのＴＴＳ系は、膜接触によって誘発され、そして予め形成された「ペイロード（ｐａｙｌｏａｄ）」タンパク質を遊離し得ると想定されている。ＩＩＩ型分泌系（Ｔｙｐｅ  Ｔｈｒｅｅ  Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ）（ＴＴＳＳ）が、宿主細胞の細胞質へのタンパク質の分泌のため、および封入膜へのクラミジアタンパク質（Ｉｎｃセット様）の挿入のために、クラミジアの複製サイクルの細胞内相の間に活性になり、宿主細胞の細胞質から成長しているクラミジアのマイクロコロニーを分泌するというのが現在の仮説である（Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０（１）；３８６〜３７９を参照のこと）。
【０３２６】
例えば、ＬｃｒＥ（ＣＴ０８９）タンパク質は、細菌および真核生物細胞膜を直接横切って標的細胞の細胞質へエフェクタータンパク質を注入するある種の「分子シリンジ（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｙｒｉｎｇｅ）」として働くと考えられる。空胞に結合した膜に残留するＣｈｌａｍｙｄｉａ細菌は、封入体と呼ばれ、これによってまた、ＣｈｌａｍｙｄｉａのＴＴＳＳがおそらく液胞膜（すなわち、封入体膜）および原形質膜（例えば、Ｓｔｅｐｈｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ  １９９８  Ｓｃｉｅｎｃｅ（２８２）；７５４〜７５９を参照のこと）へ、またはそれを横切って、またはそれを通じてタンパク質を転位するということが想定されている。イムノブロット分析によって、ＣｏｐＮ（ＣＴ０８９）およびＳｃｃ１（ＣＴ０８８）の両方とも、感染２０時間後にクラミジアの発達型および全培養物溶解液の両方で存在することが示される。間接的な免疫蛍光による、感染された単層の分析によって、ＣｏｐＮは、細菌および封入体膜の両方に位置するが、Ｓｃｃ１は、クラミジアでのみ検出されたということが明らかになる。これらの観察に基づいて、ＣｏＰｎは直接クラミジア感染症と関連するが、これはまた、分泌され得、そして封入体膜と会合し得ると思われる（ＦｉｅｌｄｓおよびＨａｃｋｓｔａｄｔ（２０００）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ３８（５）；１０４８〜１０６０を参照のこと）。
【実施例】
【０３２７】
本発明は、単なる例として規定される。本発明は、単なる例として記載されてきたが、本発明の範囲および趣旨内にあるままで改変がなされ得るということが理解される。
【０３２８】
（実施例１）
（実施例１の目的：）
（ｉ）８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１３のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの臨床単離物における可能性のあるＣｈｌａｍｙｄｉａのワクチン候補物の対立遺伝子改変体の程度を評価すること；および
（ｉｉ）今まで主要な外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）改変体にのみ基づいて分類されている、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ単離物における抗原性改変の程度を評価すること
（試験した単離物）
８つの単離物は、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）から入手した。ＡＴＣＣのカタログに従って、これらの株は米国で１９５９〜１９７４年にまたがって患者の生殖器または眼のスワブから単離した。
【０３２９】
５つの異なる優勢なＣｈｌａｍｙｄｉａの血液型亜型に属する６つのイタリアの単離物も試験した。これらのＣｈｌａｍｙｄｉａｌの株は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染にともなう炎症症状を有する患者であって、ほぼ１９９８〜２００１年の時点でイタリアのボローニャのＰｏｌｉｃｌｉｎｉｃｏ  Ｓｔ．Ｏｒｓｏｌａで試験されている患者から単離した。
【０３３０】
これらの単離物は、タンパク質ＭＯＭＰ（主要な外膜タンパク質（ｍａｊｏｒ  ｏｕｔｅｒ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ））をコードする遺伝子ｏｍｐ１内の配列改変を評価する、記載されるＲＦＬＰ（制限フラグメント長多形性（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｆｒａｇｍｅｎｔ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ））法によって血清型分類される。
【０３３１】
以前に言及したように、ＭＯＭＰは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（ＣＴ）感染における主な免疫原であって、ＣＴ株の血清型または血液型亜型の分類の基礎を提供する。
【０３３２】
（方法論）  
ゲノムＤＮＡをＥＢまたはＣＴ感染した細胞から抽出し、そして研究される遺伝子を含むと予想されるＤＮＡセグメントをＰＣＲによって増幅した。この増幅したセグメントを精製して、正常なＤＮＡ配列決定手順に従って自動ＤＮＡシーケンサーにおいて配列決定した。ＧＣＧパッケージを含む、ある範囲の専門的なソフトウェアを用いた。  
【０３３３】
そのようにして得た配列によってコードされたタンパク質配列を、公的なデータベースにおいて利用可能な唯一の完全に配列決定された、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの血液型亜型Ｄのゲノム（Ｄ−ＵＷ−３／ＣＸ）から報告されたタンパク質配列と比較した。
【０３３４】
各々の遺伝子によってコードされるタンパク質でのアミノ酸置換を、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの唯一の完全に配列決定されたゲノムにおける、すなわち、血清型Ｄ株ＵＷ−３Ｃｘ由来の参照ゲノムにおける対応する対立遺伝子に対してスコア付けした。
【０３３５】
（血清型割り当て）
ＲＦＬＰ技術の使用とは別に、血清型割り当てはほとんど、モノクローナル抗体分類によって行った。上記の言及したとおり、モノクローナル抗体分類（すなわち、標準的な血清型特異的なモノクローナル分類）は、ＰＣＲ技術が利用可能になる前に用いられた主な血清型分類手順であった。
【０３３６】
（結果）
表３は、血液型亜型にまたがる異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原について見出され得る対立遺伝子改変体を図示する。例えば、表３は、８つの異なる血液型亜型を含む１４の異なるＣＴ臨床的単離体における６つの遺伝子の対立遺伝子改変体の評価を図示している。表３に示すとおり、ほとんどの対立遺伝子改変体は、Ｅ血液型亜型におけるＬｃｒＥ（ＣＴ０８９）について見出され、ここで最大８つのアミノ酸置換ポイントを有する５つの対立遺伝子が４２１アミノ酸配列にまたがって見出されたということがわかった。８アミノ酸置換を有する対立遺伝子５は、２つの単離物（Ｃｅｖ８血液型亜型ＥおよびＡＴＣＣのＥ）において同一であることが見出され、これは、これらの２つのＥ血液型亜型（ヨーロッパおよびアメリカ）が多くの多様な起源を有することを考えれば、極めて驚くべきであってかつ予想されなかった。
【０３３７】
少なくとも対立遺伝子改変体は、ＯｍｐＨ−様（ＣＴ２４２）、ＡｒｔＪ（ＣＴ３８１）、ＤｎａＫ（ＣＴ３９６）および仮説（Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ）（ＣＴ３９８）の抗原で見いだされ、ここでは最大１〜２のアミノ酸置換ポイントを有する２つの対立遺伝子改変体のみが見出された。中間体の対立遺伝子改変体は、ＰｅｐＡ（ＣＴ０４５）に見出され、ここでは４９９アミノ酸配列にまたがって最大４アミノ酸置換ポイントを有する３対立遺伝子が見出された。
【０３３８】
（結果の要旨）
異なるコレクションであるＡＴＣＣコレクションおよびイタリア（Ｃｅｖｅｎｉｎｉ）のコレクション由来の血液型亜型から遺伝子型決定を行った。ＡＴＣＣおよびＣｅｖｅｎｉｎｉのコレクションは、供給源も時間も無関係であった（ＡＴＣＣコレクションは約３０〜４０歳齢だが、Ｃｅｖｅｎｉｎｉのコレクションは約５歳齢である）。２つのコレクションの間のこれらの地理的および時間的な相違を考慮すれば、ＡＴＣＣ血液型亜型Ｅ（配列番号１）由来のＬｃｒＥのアミノ酸配列がＬｃｒＥのイタリア（Ｃｅｖｅｎｉｎｉ）血液型亜型Ｅ（ｃｅｖ−８）（配列番号１２）由来のアミノ酸配列においてみられるアミノ酸配列と同じ８つの変異を有することは驚くべきでかつ予想されないことであった。
【０３３９】
異なる供給源由来および異なる時点由来であって、異なる免疫学的圧力に曝されているアミノ酸配列が、ＬｃｒＥ血液型亜型Ｅの配列において８つの変異のうち同じセットを生じることは全く予想されなかった。ＡＴＣＣ血液型亜型Ｊ由来のＬｃｒＥ（配列番号６）が、ＬｃｒＥイタリア（Ｃｅｖｅｎｉｎｉ）血液型亜型Ｊ（ｃｅｖ−５）（配列番号１１）においてみられるのと同じ３つの変異を有することも発見された。同様に、ＡＴＣＣ血液型亜型Ｈ由来のＬｃｒＥ（配列番号４）は、ＡＴＣＣ血液型亜型Ｊ（配列番号６および配列番号１１）と同じ３つの変異を有することが発見された。これらの配列はまた、異なる供給源、異なる時点、および異なる免疫学的圧力に由来するが、この変異は、各々の対合で同じである。同一の変異の無い配列でさえやはり、同様であった。例えば、ＧＯ８６血液型亜型Ｄおよびイタリア（Ｃｅｖｅｎｉｎｉ）血液型亜型Ｊ（ｃｅｖ−１）由来のＬｃｒＥは、予想外にも４つの変異のうち３つで適合した。
【０３４０】
ＡＴＣＣ血液型亜型Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｃｅｖ−２（血液型亜型Ｇ）Ｃｅｖ−４（血液型亜型Ｈ）、またはコンセンサス配列１４、１５、１７、２２、２４、２５、および２６由来のＬｃｒＥにおいて変異は見出されなかった。これも、異なる配列がまた、異なる時点にまたがる異なる地理的な位置において、異なる免疫学的圧力に曝されたという事実に照らせば、予想外の知見であった。
【０３４１】
（全体的な結果の要旨）
全体として、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に相当する１３の単離物にまたがる６つのＣｈｌａｍｉｄｙａ抗原の遺伝子型決定の結果によって、限られた量の固有の単一アミノ酸置換に起因する対立遺伝子改変体で、特に同じ血液型亜型内で、高い程度のアミノ酸配列保存が示される。
【０３４２】
しかし、ＬｃｒＥ（ＣＴ０８９）の場合、期待される数の単一のアミノ酸置換よりも多い数が観察され、このことは、ＬｃｒＥタンパク質が、評価された他のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原（これらはＣＴ２４２、ＣＴ３８１、ＣＴ３９６、ＣＴ３９８およびＣＴ０４５である）よりも免疫学的に高い圧力に供される可能性、およびこれらのアミノ酸置換を囲むペプチドがエピトープ領域（Ａｂ−Ａｇ相互作用に関与するＢ細胞エピトープ、および／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な細胞媒介性免疫応答を誘発し得るＴ細胞エピトープのいずれか）である可能性が高いということを示す。詳細には、ＬｃｒＥ配列の残基６４および１６２における２つの高頻度の変異ポイントの存在は、驚くべきであってかつ予想されず、そして被験体の免疫原性応答を誘発し得るエピトープ領域の存在に関連する可能性が高い。
【０３４３】
免疫原性の血液型亜型特異的な変更は、異なる患者プロフィール（例えば、限定はしないが、思春期の少女、性風俗従事者（例えば、売春婦）、同性愛者などを含む）について特定の診断または治療的な（例えば、免疫学的な）処置を仕立てるために利用され得る。
【０３４４】
（実施例２：ＬｃｒＥエピトープマッピング）
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの株Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ由来のＬｃｒＥ参照配列は、配列番号２８（下）として示され、これはまた、種々のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型単離体において検出された対立遺伝子変異ポイントの全てのまとめを示している：このポイントミューテーションを囲む配列番号２８の下線の領域は、Ｂおよび／またはＴ細胞エピトープペプチド領域のいずれかに相当する。残基６４の最初の変異ポイント（以下のエピトープ領域ＫＫＫＧＥＫで下線を付した）は、高頻度の変異ポイントまたは超可変領域に相当し、そしてまたＴおよび／またはＢ細胞のエピトープ領域に関連する可能性が高い。
【０３４５】
配列番号２８
【０３４６】
【化４０】
2008544745.tif 000041
従って、この単離物で検出された変異ポイントは、位置６４、１２６、１５７、１６２、１７９、２０７、２１７、２２０、２７５および４２０（表７を参照のこと）であった。この単離物で観察される変異に基づいて、抗原性ペプチドは、その全体が本明細書において援用される、ＫｏｌａｓｋａｒおよびＴｏｎｇａｏｎｋａｒの方法（Ｋｏｌａｓｋａｒ  ｅｔ  ａｌ，「Ａ  ｓｅｍｉ−ｅｍｐｉｒｉｃａｌ  ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎｉｃ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｏｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｔｉｇｅｎｓ」，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．１９９０  Ｄｅｃ  １０；２７６（１−２）：１７２〜４）を用いて決定した。要するに、予想は、実験的に公知のセグメント的なエピトープにおけるアミノ酸残基の出現を反映する表に基づく。セグメントは、それらが８残基という最小サイズを有する場合にのみ報告される。この方法の報告された正確性は約７５％である。この方法を用いて、ＬｃｒＥ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原の配列における１７の抗原性決定基を、上記の表２に従ってまとめるとおりに決定した。
【０３４７】
【化４１】
2008544745.tif 000042
（実施例３：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原（例えばＬｃｒＥ）についてのエピトープマッピング）
全てのＬｃｒＥ血液型亜型改変体のエピトープマッピングは以下のように行う：上記でそしてＷＯ０５／００２６１９に記載されるような生殖器官感染のマウスモデルを用いる。全てのＬｃｒＥ改変体が組み換えタンパク質として発現され、その方法論もＷＯ０５／００２６１９に記載される。マウスを組み換えＬｃｒＥ改変体で免疫する（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのチャレンジは有無）。次いで、免疫したマウス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのチャレンジは有無）由来の脾臓細胞を単離して、下の配列番号４７〜９８に示されるＬｃｒＥ特異的なペプチドでパルスする。次いで、各々のＬｃｒＥ特異的なペプチドに応答するこの脾臓細胞を、脾臓細胞増殖の有無、上記される種々の試験によって決定されるようなメディエーター応答、例えば、Ｔｈ１またはＴｈ２細胞応答に関して評価する。被験体において、脾臓細胞をパルスするため、そして体液性および細胞性の免疫応答を評価するための特に好ましいペプチドは、下の配列番号５４に示す。この１５マーのペプチドは、１３のＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型にまたがって評価した場合、ＬｃｒＥアミノ酸配列における残基６４で同定した第一の高頻度（７／１４）変異ポイントまたは超可変領域を囲むＮ末端セグメントに対応する領域を含む。脾臓細胞をパルスするため、そして被験体における体液性および細胞免疫応答を評価するための第二の特に好ましいペプチドは、下の配列番号６６に示す。この１５マーのペプチドは、１３のＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型単離体にまたがって評価した場合、ＬｃｒＥアミノ酸配列における残基６２で同定した第二の高頻度（７／１４）変異ポイントまたは超可変領域を囲むセグメントに対応する領域を含む。他の特に好ましいペプチドとしては、配列番号２９〜４５（表２を参照のこと）および配列番号１８１、１８２、１８３および／または１８４に示されるエピトープを含むペプチドが挙げられる。
【０３４８】
これらのペプチド、詳細には、配列番号５４および／または配列番号６６ならびに／あるいは配列番号１８１、１８２、１８３および／または１８４は、実施例５に記載される免疫スケジュールにおいて、それらの予防的および治療的な有効性を評価するために、そして当然ながら、診断目的のために用いられ得る。同様の方法論を、限定はしないが、ＣＴ２４２、ＣＴ３８１、ＣＴ３９６、ＣＴ３９８およびＣＴ０４５のような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原のエピトープをマッピングするためにあてはめてもよい。
【０３４９】
エピトープマッピングのためのＬｃｒＥペプチド
血液型亜型Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ由来のＬｃｒＥ血清型Ｄ参照株（対立遺伝子１）
【０３５０】
【化４２】
2008544745.tif 000043
エピトープマッピングのためにＬｃｒＥ配列をペプチドに分割することは、個々のペプチドの長さを変えること、および重複の程度を変化させることによっていくつかの方法で行われ得る。ＣＴ  ＬｃｒＥの公開された参照配列に基づく１例、および８つのアミノ酸残基ずつ漸次シフトされる重複する１５ｎマーを用いるための選択は以下のように示される。
【０３５１】
８残基ずつシフトされる、５１個の重複する１５ｎマー、プラス１最後−１４ｎマーのスプリット
【０３５２】
【化４３】
2008544745.tif 000044
（実施例４：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原（例えば、ＬｃｒＥ）についてのエピトープマッピング）
全てのＬｃｒＥ血液型亜型改変体のエピトープマッピングを以下のように行う：上記の、そしてＷＯ０５／００２６１９に記載されるような生殖器官感染のマウスモデルを用いる。全てのＬｃｒＥ改変体は、組み換えタンパク質として発現され、その方法論もＷＯ０５／００２６１９に記載される。マウスを組み換えＬｃｒＥ改変体で免疫する（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのチャレンジは有無）。次いで、免疫したマウス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのチャレンジは有無）由来の脾臓細胞を単離して、下の配列番号９９〜１８０に示されるＬｃｒＲ特異的なペプチドでパルスする。次いで、各々のＬｃｒＥ特異的なペプチドに応答するこの脾臓細胞を、脾臓細胞増殖の有無、上記される種々の試験によって決定されるような、メディエーター応答、例えば、Ｔｈ１またはＴｈ２細胞応答に関して評価する。被験体において、脾臓細胞をパルスするため、そして体液性および細胞性の免疫応答を評価するための３つの特に好ましいペプチドは、下の配列番号１０９、１１０および１１１に示される。これらの１５マーのペプチドは、１３のＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型にまたがって評価した場合、ＬｃｒＥアミノ酸配列における残基６４で同定した第一の高頻度（７／１４）変異ポイントまたは超可変領域を囲むＮ末端セグメントに対応する領域を含む。脾臓細胞をパルスするため、そして被験体における体液性および細胞免疫応答を評価するための他の特に好ましいペプチドは、下の配列番号１２９および１３０に示す。これらの１５マーのペプチドは、１３のＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型単離体にまたがって評価した場合、ＬｃｒＥアミノ酸配列における残基１６２で同定した第二の高頻度（７／１４）変異ポイントまたは超可変領域を囲むセグメントに対応する領域を含む。他の特に好ましいペプチドとしては、配列番号２９〜４５（表２を参照のこと）および配列番号１８１、１８２、１８３および／または１８４に示されるエピトープを含むペプチドが挙げられる。
【０３５３】
これらのペプチド、詳細には、配列番号１０９、１１０および１１１および／または配列番号１２９、１３０ならびに／あるいは配列番号１８１、１８２、１８３および／または１８４は、実施例５に記載される免疫スケジュールにおいて、それらの予防的および治療的な有効性を評価するために、そして当然ながら、診断目的のために用いられ得る。同様の方法論を、限定はしないが、ＣＴ２４２、ＣＴ３８１、ＣＴ３９６、ＣＴ３９８およびＣＴ０４５のような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原のエピトープをマッピングするためにあてはめてもよい。
【０３５４】
（ｓｅｒＥマッピングのためのＬｃｒＥペプチド）
血清型Ｅ株で見出されたＬｃｒＥ（ＬｃｒＥ対立遺伝子５）。
【０３５５】
対立遺伝子５は、血液型亜型Ｄの配列決定されたゲノムの公開されたＬｃｒＥに比較して８つのアミノ酸変化を有する。また、これらの変化のうち２つが、「保存的（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）」とみなされるが、この変化のうち６つが「非保存的（ｎｏｎ−ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）」とみなされる（下の表４を参照のこと）。
【０３５６】
血清型Ｅ株において見出されるＬｃｒＥ（ＬｃｒＥ対立遺伝子５）
【０３５７】
【化４４】
2008544745.tif 000045
以下の実施例は、５アミノ酸残基ずつ漸次シフトされる重複する１５ｎマーを用いることを選択することによるエピトープマッピングのための血液型亜型Ｅ  ＬｃｒＥ配列のペプチドへの分割を示す。
【０３５８】
５残基ずつシフトされる、８１個の重複する１５ｎマー、プラス１最後−１６ｎマーのスプリット
【０３５９】
【化４５】
2008544745.tif 000046
【０３６０】
【化４６】
2008544745.tif 000047
【０３６１】
【化４７】
2008544745.tif 000048
（実施例５：ＬｃｒＥ抗原またはその組み合わせでの免疫）
ＬｃｒＥ単独、および種々のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型由来のＬｃｒＥとの組み合わせ、そして／あるいは他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質および／または１つ以上の他のＳＴＤ抗原（単数または複数）と組み合わせて、単独で、免疫調節性因子の有無のいずれかでの免疫。以下の実施例は、マウスモデルにおけるＣＴ  ＬｃｒＥ抗原の種々の組み合わせでの免疫を図示する。組み換えＣＴ  ＬｃｒＥ抗原は、例えば、ＷＯ０５／００２６１９およびＦｉｎｃｏ  ｅｔ  ａｌ（２００５）Ｖａｃｃｉｎｅ  ２３；１１７８〜１１８８およびＳａｍｂｒｉ  ｅｔ  ａｌ（２００４）Ｖａｃｃｉｎｅ  ２２（９〜１０）；１１３１〜７）に記載される手順を用いて調製および特徴付けされる。
【０３６２】
この実施例では、上記のように調製された種々のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型由来の１または２または３または４または５のＬｃｒＥ抗原の組み合わせでの免疫が示される。この抗原が発現され、そして精製される。次いで、１組成物あたり１または２または３または４または５のＬｃｒＥ抗原を含む（そして１組成物あたり各々の抗原の１５μｇを含む）、抗原組み合わせの組成物を調製する。
【０３６３】
ＣＤ１マウスを７つの群に分け（１群〜６群について１群あたり５〜６匹のマウス；５、６、７、８および９群について３〜４匹のマウス）、そして以下のとおり免疫する。
【０３６４】
【化４８】
2008544745.tif 000049
マウスを２週間隔で免疫する。最後の免疫の２週後、全てのマウスを、適切なＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型、例えば、限定はしないが、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｄでの膣内感染によってチャレンジする。粘膜免疫（例えば、鼻腔内（ｉｎｔｒａ−ｎａｓａｌ）（ｉｎ））を用いる場合、動物モデルをまた粘膜チャレンジして、粘膜免疫の防御効果を試験する。
【０３６５】
（実施例６：ＬｃｒＥ抗原またはその組み合わせでの免疫）
以下の実施例は、ＬｃｒＥ単独で、または異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型由来のＬｃｒＥとの組み合わせ、および／または他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質と組み合わせて、単独で、免疫調節性因子の有無のいずれかでの免疫を示す。
【０３６６】
詳細には、この実施例では、上記のように調製された、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型由来の１または２または３または４または５のＬｃｒＥ抗原の組み合わせでの免疫が示される。この抗原が発現され、そして精製される。次いで、１組成物あたり１または２または３または４または５の抗原を含む（そして１組成物あたり各々の抗原の１５μｇを含む）、抗原組み合わせの組成物を調製する。
【０３６７】
【化４９】
2008544745.tif 000050
ＣＴ防御抗原のインビボスクリーニングのためのマウスモデル：ＣＴ抗原のインビボ防御効果を決定するためのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの生殖器感染のマウスモデル（初回Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染の解決）を用いた。用いたモデルは、以下のように記載される：Ｂａｌｂ／ｃ雌性マウス４〜６週齢を用いた。このマウスを、１または２または３または４または５の組み換えＣＴ抗原、例えば、限定はしないが、上記の表５または６に記載されるような、ＬｃｒＥの混合物を用いて腹腔内（ｉ．ｐ．）免疫した。これらのＣＴ抗原は、ＦＡＣＳ陽性および／または中和性であることが確認された。３用量の１または２または３または４または５つのＬｃｒＥ抗原混合物を、１用量あたり１５μｇの濃度で与えた。マウスには、２．５ｍｇのＤｅｐｏＰｒｏｖｅｒａ（酢酸メドロキシプロゲステロン）のチャレンジの５日前にホルモン療法を与えた。
【０３６８】
試験チャレンジ：マウスには、最後の免疫投与の２週後、１０５ＩＦＵの精製ＥＢ（血液型亜型Ｄ）を膣内にチャレンジした。チャレンジ後、７日毎に２８日目まで膣のサンプルを綿球採取する。以下のアッセイもチャレンジ前の血清に対して行った：血清学的分析：ＦＡＣＳ、ＷＢ、中和アッセイおよびＥＬＩＳＡ。ＥＬＩＳＡは、各々の組み換え抗原でプレートをコーティングすること、および１または２または３または４または５のＣＴＬｃｒＥ抗原の組み合わせで免疫した単独のマウス由来のチャレンジ前の免疫血清の反応を試験することによって行った。このデータは、平均ＥＬＩＳＡ単位として表される各々の群について計算した平均値として表す。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な抗体のタイプ（ＩｇＧ、ＩｇＡなど）およびアイソタイプを、免疫後だが、チャレンジ前の血清でチエックした。血清研究の目的は、ＣＴＬｃｒＥ抗原の組み合わせでの免疫に対してマウスがどのように応答したかを決定することであった。膣洗浄の目的は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ細菌チャレンジに対してマウスがどのように応答したかを決定することであった。抗体のタイプ（ＩｇＧおよびＩｇＡ）および抗体のサブタイプに関するＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的な抗体分析も、膣洗浄液で行った。ネガティブコントロール：用いたネガティブコントロールは、免疫調節性因子単独（例えば、ＣＦＡまたはＡｌＯＨおよび／またはＣｐＧ）であった。
【０３６９】
陽性の「生きた（ｌｉｖｅ）」ＥＢコントロール：用いたポジティブコントロールは、生きたＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ基本小体（Ｅｌｅｍｅｎｔａｒｙ  Ｂｏｄｉｅｓ）（ＥＢ）から抽出した。ここでマウスを、試験ＣＴ組み合わせ抗原が投与されるのと同じ時点で生きたＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ＥＢで感染させた。この「生きた」ＥＢポジティブコントロール動物は、約１．５ヶ月間（すなわち６週）感染させた（なぜなら、３用量のＣＴ抗原の組み合わせを２週ごとに（すなわち、全部で６週にわたって）投与したからである）。「生きた」ＥＢで感染させた動物（マウス）は、自然免疫を生じ、そして感染を解消させた（なぜならマウスでのＣｈｌａｍｙｄｉａ感染は一過性感染であるからである）。マウスに、ＣＴ抗原の組み合わせをワクチン接種し、次いで「生きた」ＥＢでチャレンジしたとき、ポジティブコントロールの「生きた」ＥＢマウスにまた、再チャレンジもした（すなわち、それらには、「生きた」ＥＢの第二の投与を与えた）。「生きた」ＥＢポジティブコントロール群は自然免疫を生じたので、それらは、第二の再チャレンジを迅速に除去した。
【０３７０】
感染コントロール：この群では、マウスは「陽性の生きたＥＢコントロールを再チャレンジし、そして試験ＣＴ群をチャレンジしたのと同じ時点で「生きた」ＥＢのみをチャレンジした。このコントロール群の目的は、ネガティブコントロール群（すなわち、免疫調節性因子単独で免疫した群）由来の潜在的な防御効果をチエックすることであった。
【０３７１】
（実施例７：ＣＤ４  Ｔｈ１応答を誘導する抗原の分泌のためのインビトロモデル）
Ｔｈ１型サイトカイン、例えば、ＩＬ−１２およびＩＦＮ−γは、クラミジアの感染の解決のために重要であることが提唱されている。実際、ＩＦＮ−γを欠くマウスは、生殖器官でのクラミジアの感染を全身へのＣｈｌａｍｙｄｉａ伝播として制御できない［１２６．１２７］。
【０３７２】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的なＩＦＮ−γ産生ＣＤ４＋Ｔ細胞を誘導し得るＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原を特定する２つの免疫学的スクリーニングアプローチが考案されている：１）Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓでの実験的なマウス感染後、および２）Ｃｈｌａｍｙｄｉａ組み換えタンパク質でのマウス免疫後。これらの抗原は、ＣＤ４＋媒介性防御を付与する最も見込みのある候補である。
【０３７３】
第一のアプローチでは：ＥＢ（基本小体）感染の際のＣＤ４  Ｔｈ１刺激）：ＬＰＳのない精製組み換え表面抗原を、それらが、マウスからＴリンパ球を産生するＣＤ４＋／ＩＦＮ−γを刺激して、最初のＣｔ感染を解決し、それによってさらなる感染に対して防御する能力についてスクリーニングする。このアプローチによって、自然な感染の間にＣＤ４  Ｔｈ１応答を誘導する抗原の同定が可能になる。
【０３７４】
第二のアプローチでは：ＣＴ組み換え抗原：精製組み換え抗原での免疫の際のＣＤ４  Ｔｈ１誘導を用いて、マウスを免疫し、そして抗原特異的なＣＤ４Ｔ細胞応答を、ＣｔＥＢ、およびＬＰＳなしの抗原で脾臓細胞を刺激することによってエキソビボで分析する。このアプローチによって、ＥＢの認識に潜在的に関与し得るインビボの抗原特異的なＣＤ４−Ｔｈ１細胞のプライミングが可能になる。
【０３７５】
第一のアプローチでは、６〜７週齢の雌性ＢＡＬＢ／ｃマウスを５日目に、２．５ｍｇの酢酸メドロキシ−プロゲステロン（Ｄｅｐｏ−Ｐｒｏｖｅｒａ）で前処置し、次いで、１０６ＩＦＵのＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｄを含有する１５ｍｌのＳＰＧ（２５０ｍＭのスクロース、１０ｍＭのリン酸ナトリウム、５ｍＭのＬ−グルタミン酸）を与えることによって０日目に膣内で感染させた。感染後７日間、感染の経過を、膣の円蓋をスワブすること、および間接的な免疫蛍光を用いてＬＬ−ＣＭＫ２細胞単層上で回収されたＩＦＵの数を測定することによって、モニターした。
【０３７６】
脾臓細胞は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを感染させたマウス（感染１０日後）および非感染コントロールの脾臓から調製した。各々群のマウスの脾臓をプールして、手技的に分散させた。脾細胞は、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ緩衝液、１００ＵＩ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン、５０μＭの２−メルカプトエタノール、０．１５ｍＭのＬ−グルタミン、ピルビン酸ナトリウム、ビタミン、非必須アミノ酸のカクテルおよび２．５％の熱不活化ウシ胎仔血清を補充したＲＰＭＩ  １６４０培地中で培養した。
【０３７７】
感染マウスおよび非感染コントロールから新鮮に調製した脾細胞を、１μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８の存在下で２０μｇ／ｍｌの種々のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ組み換え抗原を用いて丸底９６ウェルプレート中で４時間刺激した。刺激のポジティブコントロールとして、１μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３および１０μｇ／ｍｌの熱不活化した丸ごとのＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ基本小体を用いた。抗原誘導性細胞内サイトカイン発現の分析のために、２．５μｇ／ｍｌのＢｒｅｆｅｌｄｉｎ−Ａ（Ｓｉｇｍａ）を一晩添加した。刺激期間の終わりに、細胞を２％のパラホルムアルデヒドで固定し、引き続きＰＢＳ−１％ＢＳＡ−０．５％サポニンで透過化処理した。固定された細胞を、以下の抗体を用いて室温で３０分間染色した：抗ＣＤ４−ＦＩＴＣ、抗ＣＤ８−ＰｅｒＣｐ、抗ＩＦＮｇ−ＡＰＣおよび抗ＩＬ５−ＰＥ（全てがＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）。
【０３７８】
染色した細胞をＤＩＶＡソフトウェアを用いてＬＳＲＩＩサイトメーターでサイトカイン産生について分析した。
【０３７９】
第二のアプローチでは、マウスは、適切なアジュバントを用いて組み換えクラミジアタンパク質のパネルで１日、１４日および２８日に筋肉内免疫した。最後の免疫の１週後、ＰＢＭＣを単離して、同系の放射線照射ＡＰＣの存在下で、上記のように脾臓回収によって評価した。エキソビボの刺激は、丸ごとのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ＥＢおよびＬＰＳ−なしの抗原を用いて２４時間行った。刺激後、細胞を、上記のように、サイトカイン産生（ＩＦＮ−γおよびＩＬ−５）について分析した。
【０３８０】
第二のアプローチについて、脾細胞を組み換え抗原（３用量の２０μｇ、ＡｌＯＨ＋ＣｐＧを含む）で免疫したマウスおよびアジュバントで免疫したマクスの脾臓から調製した。各々の群のマウスの脾臓をプールして、手技的に分散させた。脾細胞は、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ緩衝液、１００ＵＩ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン、５０μＭの２−メルカプトエタノール、０．１５ｍＭのＬ−グルタミン、ピルビン酸ナトリウム、ビタミン、非必須アミノ酸のカクテルおよび２．５％の熱不活化ウシ胎仔血清を補充したＲＰＭＩ  １６４０培地中で培養した。
【０３８１】
第二のアプローチに関する抗原誘導性サイトカイン発現のフローサイトメトリー分析を、この場合、特異的なＣＤ４Ｔ細胞応答を、ＣｔＥＢおよびＬＰＳなしの抗原で脾臓細胞を刺激することによってエキソビボで分析した以外は、第一のアプローチと同じ方法で行った。
【０３８２】
両方のスクリーニングとも、マルチ−パラメトリックなＦＡＣＳ分析を用いて行って、抗原特異的なＴｈ１細胞のサイトカイン発現プロフィールを評価する。  
【０３８３】
第一のアプローチからの結果によって、試験した７０の抗原のうち１３が、ＣＤ４−Ｔｈ１誘導因子（ＣＴ６８１、ＣＴ８２３、ＣＴ０４３、ＣＴ５８７、ＣＴ１５３、ＣＴ４８０、ＣＴ０１６、ＣＴ３４１、ＣＴ３７２、ＣＴ３９６、ＣＴ６００、ＣＴ６０１、ＣＴ７１１）であることが見出されたことが示された。これらのＣＴ４−Ｔｈ１誘導性因子のなかでも注目すべきはＣＴ３９６である。
【０３８４】
第二のアプローチの結果によって、ＣＴ３９６およびＣＴ３８１は、強力な抗原特異的応答およびＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的応答を誘導し得ることが示された。
【０３８５】
第一および第二のアプローチの結果は、ＥＢまたは抗原自体のいずれかによる刺激の際、抗原（アジュバントとしてＬＴＫ６３＋ＣｐＧとともに処方された）で免疫されたマウスの脾細胞に由来する１００００個のＣＤ４＋細胞におけるＥＢ特異的および抗原特異的なＣＤ４−ＩＦＮγ＋リンパ球の頻度に関して、アジュバントで免疫したマウスから得られたリンパ球の頻度と比較して表す。
【０３８６】
ＣＴ３８１については、ＥＢ特異的なおよびＣＴ３８１特異的なＣＤ４−ＩＦＮγ＋Ｔリンパ球の頻度は、それぞれ４５０（アジュバント免疫したマウスの１３１に対して）そして１０９（アジュバントで免疫したマウスの１７に対して）である。
【０３８７】
ＣＴ３９６については、ＥＢ特異的なおよびＣＴ３９６特異的なＣＤ４−ＩＦＮγ＋Ｔリンパ球の頻度は、それぞれ６１２（アジュバント免疫したマウスの３０９に対して）そして４８８（アジュバントで免疫したマウスの１７に対して）である。
【０３８８】
これらの結果によって、ＡｒｔＪ（ＣＴ３８１）およびＤｎａＫ（ＣＴ３９６）の両方とも、ＩＦＮ−γを産生し得る細胞の高頻度の産生を可能にするＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原の例であることが示される。
【０３８９】
（全体的なまとめ）
本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変ＬｃｒＥ配列および／または改変ＬｃｒＥ配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがるＬｃｒＥ遺伝子型におけるこのような変化は、ＬｃｒＥ表現型における変化、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換基を囲むかそれに会合するペプチド、詳細には、高頻度変異アミノ酸位置または超可変領域を囲むかまたはそれに会合するペプチドであって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な細胞媒介性免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高いペプチドを提供する。改変ＬｃｒＥ配列および／または改変ＬｃｒＥ配列の組み合わせおよび／または改変ＬｃｒＥ配列に関連するエピトープ領域は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を予防するか、および／または処置するか、および／または診断するための免疫原として、および／または免疫原性組成物の調製において有用である。
【０３９０】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変Ｏｍｐ−Ｈ様配列および／または改変Ｏｍｐ−Ｈ様配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変Ｏｍｐ−Ｈ様遺伝子型決定におけるこのような変化は、Ｏｍｐ−Ｈ様表現型における変化と、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換基を囲むかそれに会合するペプチド、詳細には、高頻度変異アミノ酸位置または超可変領域を囲むかまたはそれに会合するペプチドであって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高いペプチドを提供する。改変Ｏｍｐ−Ｈ様配列および／または改変ＬｃｒＥ配列の組み合わせおよび／または改変Ｏｍｐ−Ｈ様配列に関連するエピトープ領域は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を予防するか、および／または処置するか、および／または診断するための免疫原として、および／または免疫原性組成物の調製において有用である。
【０３９１】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変ＰｅｐＡ配列および／または改変ＰｅｐＡ配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがるＰｅｐＡ遺伝子型決定におけるこのような変化は、ＰｅｐＡ表現型における変化と、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換基を囲むかそれに会合するペプチド、詳細には、高頻度変異アミノ酸位置または超可変領域を囲むかまたはそれに会合するペプチドであって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高いペプチドを提供する。改変ＰｅｐＡ配列および／または改変ＰｅｐＡ配列の組み合わせおよび／または改変ＰｅｐＡ配列に関連するエピトープ領域は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を予防するか、および／または処置するか、および／または診断するための免疫原として、および／または免疫原性組成物の調製において有用である。
【０３９２】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変ＡｒｔＪ配列および／または改変ＡｒｔＪ配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがるＡｒｔＪ遺伝子型決定におけるこのような変化は、ＡｒｔＪ表現型における変化と、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換基を囲むかそれに会合するペプチド、詳細には、高頻度変異アミノ酸位置または超可変領域を囲むかまたはそれに会合するペプチドであって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高いペプチドを提供する。改変ＡｒｔＪ配列および／または改変ＡｒｔＪ配列の組み合わせおよび／または改変ＡｒｔＪ配列に関連するエピトープ領域は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を予防するか、および／または処置するか、および／または診断するための免疫原として、および／または免疫原性組成物の調製において有用である。
【０３９３】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変ＤｎａＫ配列および／または改変ＤｎａＫ配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがるＤｎａＫ遺伝子型決定におけるこのような変化は、ＤｎａＫ表現型における変化と、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換基を囲むかそれに会合するペプチド、詳細には、高頻度変異アミノ酸位置または超可変領域を囲むかまたはそれに会合するペプチドであって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高いペプチドを提供する。改変ＤｎａＫ配列および／または改変ＤｎａＫ配列の組み合わせおよび／または改変ＤｎａＫ配列に関連するエピトープ領域は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を予防するか、および／または処置するか、および／または診断するための免疫原として、および／または免疫原性組成物の調製において有用である。
【０３９４】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる改変仮説（Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ）（ＣＴ３９８）配列および／またはＤｎａＫ配列の組み合わせを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型にまたがる仮説（ＣＴ３９８）遺伝子型におけるこのような変化は、仮説（ＣＴ３９８）表現型における変化と、詳細には免疫原性における変化と対応する可能性が高い。本発明はまた、アミノ酸置換基を囲むかそれに会合するペプチド、詳細には、高頻度変異アミノ酸位置または超可変領域を囲むかまたはそれに会合するペプチドであって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を誘発し得るＢ細胞および／またはＴ細胞のエピトープ領域である可能性が高いペプチドを提供する。改変配列および／または改変仮説（ＣＴ３９８）配列の組み合わせおよび／または改変仮説（ＣＴ３９８）配列に関連するエピトープ領域は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を予防するか、および／または処置するか、および／または診断するための免疫原として、および／または免疫原性組成物の調製において有用である。
【０３９５】
上述の本明細書に言及された全ての刊行物は、本明細書において参照によって援用される。本発明の記載された方法およびシステムの種々の改変およびバリエーションは、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく当業者に明白である。本発明は、特定の好ましい実施形態を参酌して記載されているが、特許請求される本発明は、このような特定の実施形態に不当に限定されるべきではないことが理解されるべきである。実際、本発明を行うための記載された様式の種々の改変であって、分子生物学または関連の分野において当業者に明白である改変は、本発明によって包含されることが意図される。
【０３９６】
【化５０】
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【０３９７】
【化５１】
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【０３９８】
【化５２】
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【０３９９】
【化５３】
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【０４００】
【化５４】
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【０４０１】
【化５５】
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【図面の簡単な説明】
【０４０２】
以下の本発明は、単なる例としてここでさらに記載されており、ここでは以下の図面が参照される。以下の例は、単に本発明を例示するために、そして当業者が本発明を行うことおよび用いることを補助するために示している。この実施例は、本発明の範囲を決して限定するものではない。用いる数（例えば、量、温度、など）に関しては正確性を保障する労力が払われているが、ある程度の実験的な誤差および逸脱が当然ながら認められる。
【図１−１】図１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの異なる臨床単離物において見出されたＬｃｒＥの対立遺伝子のアミノ酸配列を示す。配列を血液型亜型Ｄ株ＵＷ−３／Ｃｘの完全に配列決定されたゲノムにおいて報告される参照配列と比較する。従って、アミノ酸変化は、対立遺伝子１として恣意的に同定された、参照の血液型亜型Ｄ配列と比較して解釈される。
【図１−２】図１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの異なる臨床単離物において見出されたＬｃｒＥの対立遺伝子のアミノ酸配列を示す。
【図１−３】図１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの異なる臨床単離物において見出されたＬｃｒＥの対立遺伝子のアミノ酸配列を示す。
【図１−４】図１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの異なる臨床単離物において見出されたＬｃｒＥの対立遺伝子のアミノ酸配列を示す。
【図２−１】図２は、参照のＣｈｌａｍｉｄｉａのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ（Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ）血液型亜型に対する、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体由来のＬｃｒＥ配列のアラインメントを示す。各々の３０マーのアラインメントの上の「主要（Ｍａｊｏｒｉｔｙ）」配列は、「コンセンサス（ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ）」配列に相当する。その事象では、超可変領域は等しい数の置換を有し（例えば、アミノ酸残基６４および１６２で７／１４の置換）、次いで、この高頻度変異ポイントは、「いずれか一方、二者択一（ｅｉｔｈｅｒ  ｏｒ）」置換ではなく「アスタリスク（ａｓｔｅｒｉｓｋ）＝＊」と示される。
【図２−２】図２は、参照のＣｈｌａｍｉｄｉａのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ（Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ）血液型亜型に対する、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体由来のＬｃｒＥ配列のアラインメントを示す。
【図２−３】図２は、参照のＣｈｌａｍｉｄｉａのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ（Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ）血液型亜型に対する、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体由来のＬｃｒＥ配列のアラインメントを示す。
【図２−４】図２は、参照のＣｈｌａｍｉｄｉａのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ（Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ）血液型亜型に対する、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体由来のＬｃｒＥ配列のアラインメントを示す。
【図２−５】図２は、参照のＣｈｌａｍｉｄｉａのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ（Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ）血液型亜型に対する、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体由来のＬｃｒＥ配列のアラインメントを示す。
【図２−６】図２は、参照のＣｈｌａｍｉｄｉａのＬｃｒＥ血液型亜型Ｄ（Ｄ／ＵＷ−３／ＣＸ）血液型亜型に対する、８つの異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型に対応する１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ単離体由来のＬｃｒＥ配列のアラインメントを示す。
【図３】図３は、８つの異なる血液型亜型を含む１４のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの臨床単離物における６つの遺伝子の対立遺伝子改変体を示す。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図１−３】
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【図１−４】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図２−４】
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【図２−５】
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【図２−６】
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【図３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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