(57)【要約】リポタンパク質のメンバーが含まれている、ｂ型インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）に由来する様々なアミノ酸配列が含まれているポリペプチドが提供される。これらは、細菌性髄膜炎を予防および／または処置するためのワクチンの開発に使用することができる。これらはまた、診断目的のために、そして抗生物質の標的としても有用であり得る。コード核酸のような、ポリペプチドに対する抗体もまた開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号：
【化１】
2008538183.tif 000657
【化２】
2008538183.tif 000658
【化３】
2008538183.tif 000659
のうちの１つ以上に対して少なくとも７５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項２】
配列番号：
【化４】
2008538183.tif 000660
【化５】
2008538183.tif 000661
【化６】
2008538183.tif 000662
のアミノ酸配列のうちの１つ以上を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
配列番号：
【化７】
2008538183.tif 000663
【化８】
2008538183.tif 000664
【化９】
2008538183.tif 000665
【化１０】
2008538183.tif 000666
のうちの１つ以上に由来する少なくとも７個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、ポリペプチド。
【請求項４】
前記フラグメントが前記配列番号のアミノ酸配列由来のＴ細胞またはＢ細胞エピトープを含む、請求項３に記載のポリペプチド。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する、抗体。
【請求項６】
モノクローナル抗体である、請求項５に記載の抗体。
【請求項７】
配列番号：
【化１１】
2008538183.tif 000667
【化１２】
2008538183.tif 000668
【化１３】
2008538183.tif 000669
のうちの１つ以上に対して少なくとも７５％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、核酸。
【請求項８】
配列番号：
【化１４】
2008538183.tif 000670
【化１５】
2008538183.tif 000671
【化１６】
2008538183.tif 000672
から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７に記載の核酸。
【請求項９】
高いストリンジェンシーの条件下で、請求項８に記載の核酸にハイブリダイズし得る、核酸。
【請求項１０】
配列番号：
【化１７】
2008538183.tif 000673
【化１８】
2008538183.tif 000674
【化１９】
2008538183.tif 000675
【化２０】
2008538183.tif 000676
のうちの１つ以上に由来する、１０個またはそれより多い連続するヌクレオチドのフラグメントを含む、核酸。
【請求項１１】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする、核酸。
【請求項１２】
（ａ）請求項１〜１１のいずれか１項に記載のポリペプチド、抗体および／または核酸と、
（ｂ）薬学的に受容可能なキャリアと
を含む、組成物。
【請求項１３】
ワクチンアジュバントをさらに含む、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
医薬としての使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の核酸、ポリペプチド、または抗体。
【請求項１５】
患者を処置する方法であって、該患者に治療有効量の請求項１２に記載の組成物を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１６】
インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）によって引き起こされる疾患および／または感染を処置または予防するための医薬の製造における、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の核酸、ポリペプチド、または抗体の使用。
【請求項１７】
細菌性髄膜炎を予防するための、請求項１５に記載の方法、または請求項１６に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本明細書中で引用される全ての刊行物は、それらの全体が引用により本明細書中に組み入れられる。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）の免疫学およびワクチン学（ｖａｃｃｉｎｏｌｏｇｙ）の分野にある。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
インフルエンザ菌は、小さい非運動性のグラム陰性球桿菌である。これは呼吸器病原体であり、広範囲のヒトでの感染を引き起こす。これには以下が含まれる：上部呼吸管（すなわち、キャリッジ（ｃａｒｒｉａｇｅ））の無症候性のコロニー形成；中耳炎（中耳の炎症）、気管支炎、結膜炎、静脈洞炎、尿管感染、および肺炎を引き起こすコロニー形成した粘膜表面から拡がる感染：ならびに、侵襲性の感染（例えば、菌血症、敗血症性関節炎、喉頭蓋炎、肺炎、蓄膿症、心膜炎、蜂巣炎、骨髄炎、および髄膜炎）。インフルエンザ菌は、その完全なゲノム配列が公開された最初の細菌である（非特許文献１）。
【０００４】
インフルエンザ菌株は、莢膜を持つ（分類できる）か、または莢膜を持たない（分類できない）かのいずれかであり、莢膜を持つ株については６つの主要な血清学的タイプ（ａからｆ）が存在している。インフルエンザ菌によって引き起こされる侵襲性の疾患の９５％は、ｂ型インフルエンザ菌（「Ｈｉｂ」）株によって引き起こされる。Ｈｉｂ疾患の最も重篤な兆候は髄膜炎であるが、１９８０年代に結合型Ｈｉｂ莢膜糖をベースとするワクチンが導入されたことにより、この疾患の発生率は大幅に低くなった。結合型ワクチンの製造には糖および担体の別々の調製、その後に、結合が含まれ、単純なタンパク質抗原はその製造に関してより便利である。
【０００５】
血清型ｄ株ＫＷ２０のゲノム配列（非特許文献１、ＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＣ＿０００９０７）は、基本的なインフルエンザ菌の生物学を理解することについて有用であるが、通常は病原体ではないので、病原性のインフルエンザ菌株に対応させるにはそれほど有用ではない。
【非特許文献１】Ｆｌｅｉｓｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６９：４９６−５１２
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の目的は、インフルエンザ菌株によって引き起こされる感染の予防および／または処置のためのワクチンの開発に使用されるポリペプチドを提供することである。具体的には、Ｈｉｂによって引き起こされる細菌性髄膜炎を予防および／または処置するための改良されたワクチンにおいて使用されるポリペプチドを提供することが目的である。ポリペプチドはまた、診断目的に、そして、抗生物質の標的としても有用であり得る。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の開示）
ポリペプチド
本発明は、実施例において開示されるインフルエンザ菌のアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。これらのアミノ酸配列は、２〜３７０６の間の偶数の配列番号である。したがって、１８５３個のアミノ酸の配列が存在しており、これらは、ＨＩＢｎｎｎｎと呼ばれる。ここで、ｎｎｎｎは０００１〜１８５３の間の数である。
【０００８】
本発明は、また、実施例において開示されるインフルエンザ菌のアミノ酸配列と同一である配列を有しているアミノ酸配列を含むポリペプチドも提供する。具体的な配列に応じて、配列同一性の程度は、好ましくは、５０％より大きい（例えば、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）。これらのポリペプチドには、ホモログ、オルトログ、対立遺伝子変異体、および機能性変異体が含まれる。典型的には、２つのポリペプチド配列の間での５０％以上の同一性は、機能的等価物の指標であると考えられる。ポリペプチド間の同一性は、ギャップ開放ペナルティー（ｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）＝１２およびギャップ伸張ペナルティー（ｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）＝１のパラメーターを用いたアフィンギャップ検索を使用する、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行されるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定されることが好ましい。
【０００９】
これらのポリペプチドは、実施例のＨｉｂ配列と比較すると、１つ以上（すなわち、１、２、３、４、５，６、７、８、９、１０個など）の保存的アミノ酸置換（すなわち、関連する側鎖を有している別のアミノ酸による１つのアミノ酸の置換）を含み得る。遺伝子によってコードされるアミノ酸は、一般に、４つのファミリーに分類される：（１）酸性、すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわち、リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性、すなわち、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；および（４）電荷を有していない極性、すなわち、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、芳香族アミノ酸として一緒に分類される場合もある。一般的には、これらのファミリー内での１つのアミノ酸の置換は、生物学的活性に対して主な効果はない。ポリペプチドは、実施例のＨｉｂ配列と比較して１つ以上の１アミノ酸欠失（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個など）を有し得る。ポリペプチドはまた、実施例のＨｉｂ配列と比較して、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個など）の挿入断片（例えば、それぞれ、１、２、３、４、または５個のアミノ酸）を含むこともできる。
【００１０】
本発明の好ましいポリペプチドを以下に列挙する。これらは、外膜中に存在する、内膜中に存在する、またはペリプラズム中に存在する、脂質化された（ｌｉｐｉｄａｔｅｄ）ポリペプチドを含む。特に好ましいポリペプチドは、これらのカテゴリーの１つ以上に入るものであり、例えば、外膜中に存在する脂質化させたポリペプチド（例えば、ＨＩＢ０３７４、ＨＩＢ０３８２、ＨＩＢ０４２６、ＨＩＢ０７３３、ＨＩＢ０７３４、ＨＩＢ１５６４、およびＨＩＢ１６５４）である。２つの好ましいリポタンパク質は、ＨＩＢ１０２７およびＨＩＢ１２５５である。リポタンパク質はＮ末端システインを有しており、これに対して脂質が共有結合されて、その後、シグナルペプチドの翻訳後プロセシングが行われる。
【００１１】
本発明はさらに、実施例において開示されるインフルエンザ菌のアミノ酸配列の断片を含むポリペプチドを提供する。断片は、複数の配列に由来する少なくともｎ個の保存的アミノ酸を含むはずであり、具体的な配列に応じて、ｎは７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８，２０、２２、２４、２６、２８、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、またはそれ以上）である。
【００１２】
断片は、配列の少なくとも１つのＴ細胞エピトープ（または、好ましくは、Ｂ細胞エピトープ）を含み得る。Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、実験的に特定することができる（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ［３、４］または同様の方法を使用して）か、あるいは、（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原性指数［５］、マトリックスをベースとするアプローチ［６］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ［７］、神経回路網（ｎｅｕｒａｌ  ｎｅｔｗｏｒｋ）［８］、ＯｐｔｉＭｅｒ  ＆  ＥｐｉＭｅｒ［９、１０］、ＡＤＥＰＴ［１１］、Ｔｓｉｔｅｓ［１２］、親油性［１３］、抗原性指数［１４］、または参考文献１５に開示されている方法などを使用して）推定することができる。他の好ましい断片は、（ａ）本発明のＨｉｂポリペプチドのＮ末端シグナルペプチド、（ｂ）Ｈｉｂポリペプチド（しかし、それらのＮ末端シグナルペプチドは有していない）、（ｃ）Ｈｉｂポリペプチド（しかし、それらのＮ末端アミノ酸残基は有していない）である。
【００１３】
本発明のポリペプチドは、多くの方法において、例えば、（その全体またはその一部が）化学合成によって、プロテアーゼを使用するより長いポリペプチドの消化によって、ＲＮＡからの翻訳によって、細胞培養物からの精製によって（例えば、組み換え発現による）、生物体自体から（例えば、細菌培養後、または患者から直接）などで調製することができる。４０アミノ酸未満の長さのペプチドの生産のための好ましい方法は、インビトロでの化学合成を包含する［１６、１７］。固相ペプチド合成（例えば、ｔＢｏｃまたはＦｍｏｃ［１８］化学反応をベースとする方法）が特に好ましい。酵素による合成［１９］はまた、部分的に使用することも、全体に使用することもできる。化学合成の代わりとして、生物学的合成を使用することもでき、例えば、複数のポリペプチドを翻訳によって生産することができる。これは、インビトロ、または、インビボで行うことができる。生物学的方法は、一般的には、Ｌ−アミノ酸をベースとするポリペプチドの生産に限定されるが、（例えば、アミノアシルｔＲＮＡ分子の）翻訳機構の操作を使用して、Ｄ−アミノ酸（または、他の自然界には存在しないアミノ酸（例えば、ヨードチロシンまたはメチルフェニルアラニン、アジドホモアラニンなど））を導入することができる［２０］。しかし、Ｄ−アミノ酸が含まれる場合には、化学合成を使用することが好ましい。本発明のポリペプチドは、Ｃ末端および／またはＮ末端に共有結合による修飾を有し得る。
【００１４】
本発明のポリペプチドは、様々な形態をとることができる（例えば、自然界に存在している形態、融合体、グリコシル化形態、非グリコシル化形態、脂質化形態、非脂質化形態、リン酸化形態、非リン酸化形態、ミリストイル化形態、非ミリストイル化形態、単量体形態、多量体形態、粒子形態、変性された形態など）。
【００１５】
本発明のポリペプチドは、好ましくは、精製された形態または実質的に精製された形態で提供され、すなわち、これには、他のポリペプチド（具体的には、他のインフルエンザ菌または他の宿主細胞のポリペプチドに由来するもの）は実質的には含まれない（例えば、自然界に存在しているポリペプチドを含まない）。これは、一般的は、少なくとも約５０％（重量）の純度、通常は、少なくとも約９０％の純度であり、すなわち、組成物の約５０％未満、より好ましくは約１０％未満（例えば、５％）を他の発現したポリペプチドが占める。本発明のポリペプチドは、好ましくは、インフルエンザ菌ポリペプチドである、本発明のポリペプチドには、好ましくは、関連する配列についての表Ｉに示される機能を有する。
【００１６】
本発明のポリペプチドは、固体支持体に結合させれ得る。本発明のポリペプチドは、検出可能な標識（例えば、放射性標識もしくは蛍光標識、またはビオチン標識）を含み得る。
【００１７】
用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸のポリマーをいう。ポリマーは直鎖状、または分岐状であってよい。これは、修飾されたアミノ酸が含み得、そして、非アミノ酸によって分断されていてよい。この用語はまた、自然に修飾された、または介入（例えば、ジスルフィド結合の形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作もしくは修飾（例えば、標識成分との結合）によって修飾されたアミノ酸のポリマーも含む。この定義には、例えば、１つ以上のアミノ酸のアナログ（例えば、自然界には存在しないアミノ酸などを包含する）、さらには、当該分野で公知の他の修飾を含むポリペプチドも含まれる。ポリペプチドは、単鎖、または、会合した鎖として存在し得る。本発明のポリペプチドは、自然にグリコシル化され得、また、自然な方法以外でグリコシル化され得る（すなわち、ポリペプチドは、対応する自然界に存在しているポリペプチドにおいて見られるグリコシル化パターンとは異なるグリコシル化パターンを有する）。
【００１８】
本発明は、配列−Ｘ−Ｙ−または−Ｙ−Ｘ−を含むポリペプチドを提供する。式中、−Ｘ−は、上記で定義されるアミノ酸配列であり、そして−Ｙ−は上記で定義される配列ではない。すなわち、本発明は融合タンパク質を提供する。ポリペプチドをコードする配列のＮ末端コドンがＡＴＧではない場合、コドンは、そのコドンが開始コドンとして翻訳されると生じる、Ｍｅｔではないコドンについての標準的なアミノ酸として翻訳されるであろう。
【００１９】
本発明は、本発明のポリペプチドを生産するためのプロセスを提供する。該プロセスは、ポリペプチドの発現を誘導する条件下で本発明の宿主細胞を培養する工程を含む。
【００２０】
本発明は、本発明のポリペプチドを生産するためのプロセスを提供する。この場合、ポリペプチドを、その一部または全体において、化学的手段を使用して合成する。
【００２１】
本発明は、本発明のポリペプチドを２つ以上含む組成物を提供する。
【００２２】
本発明はまた、式ＮＨ２−Ａ−［−Ｘ−Ｌ−］ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって表されるハイブリッドポリペプチドも提供する。式中、Ｘは、上記で定義された本発明のポリペプチドであり、Ｌは随意のリンカーアミノ酸配列であり、Ａは、随意のＮ末端アミノ酸配列であり、Ｂは、随意のＣ末端アミノ酸であり、そしてｎは１より大きい整数である。ｎの値は２〜ｘの間であり、ｘの値は、典型的には、３、４、５、６、７、８、９、または１０である。好ましくは、ｎは２、３、または４であり；より好ましくは、２または３であり；最も好ましくは、ｎ＝２である。個々のｎについては、例えば、−Ｘ−は同じ、または、異なっていてよい。個々の［−Ｘ−Ｌ−］のｎについて、例えば、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は存在してよく、または、存在しなくてよい。例えば、ｎ＝２である場合には、ハイブリッドは、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列（単数または複数）である−Ｌ−は、典型的には短いであろう（例えば、２０個またはそれより少ないアミノ酸、すなわち、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個）。例として、クローニングを容易にする短いペプチド、ポリ−グリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎ、式中、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ、式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）が挙げられる。他の適切なリンカーアミノ酸配列は、当業者には明らかであろう。−Ａ−および−Ｂ−は、随意の配列であり、これは、典型的には短いであろう（例えば、４０個またはそれより少ないアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個）。例として、ポリペプチドの輸送を指向するリーダー配列、またはクローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、Ｈｉｓｎ、式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）が挙げられる。他の適切なＮ末端アミノ酸配列およびＣ末端アミノ酸配列は、当業者には明らかであろう。
【００２３】
様々な試験を、本発明のポリペプチドのインビボでの免疫原性を評価するために使用することができる。例えば、ポリペプチドは組み換えによって発現させることができ、そして、免疫ブロットにより患者の血清をスクリーニングするために使用することができる。ポリペプチドと患者の血清との間でのポジティブな反応は、患者が、目的のタンパク質に対する免疫応答を以前に高めたこと、すなわち、タンパク質が免疫原であることを示す。この方法はまた、免疫優勢タンパク質を特定するために使用することもできる。
【００２４】
抗体
本発明は、本発明のポリペプチドに結合する抗体を提供する。抗体はポリクローナル、または、モノクローナルであってよく、任意の適切な手段（例えば、組み換え発現）によって生産することができる。ヒトの免疫システムとの適合性を高めるためには、抗体はキメラ抗体もしくはヒト化抗体であり得るか［例えば、参考文献２１および２２］、または完全なヒト抗体を使用することができる。抗体には、検出可能な標識（例えば、診断アッセイのためのもの）が含まれ得る。本発明の抗体は、固体支持体に結合させることができる。本発明の抗体は、好ましくは、中和抗体である。
【００２５】
モノクローナル抗体は、抗体が指向される個々のポリペプチドの同定および精製に特に有用である。本発明のモノクローナル抗体はまた、免疫アッセイ、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、または酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などにおいて試薬として使用することもできる。これらの用途においては、抗体は分析によって検出できる試薬（例えば、放射性同位体、蛍光分子、または酵素）で標識することができる。上記の方法によって生産されたモノクローナル抗体はまた、分子の同定および本発明のポリペプチドの特性決定（エピトープマッピング）に使用することもできる。
【００２６】
本発明の抗体は、インフルエンザ菌に特異的であることが好ましい。すなわち、これらは、インフルエンザ菌ではない細菌と比較してインフルエンザ菌の細菌に対して優先的に結合する。より好ましくは、抗体はＨｉｂに特異的である。すなわち、これらは、ｂ型ではないインフルエンザ菌株と比較して、Ｈｉｂ細菌に対して優先的に結合する。
【００２７】
本発明の抗体は、好ましくは、精製された形態または実質的に精製された形態で提供される。典型的には、抗体は組成物中に存在するであろう。組成物には他のポリペプチドは実質的には含まれない。例えば、組成物の９０％（重量）未満、通常は、６０％未満、より通常は、５０％未満を他のポリペプチドが占める。
【００２８】
本発明の抗体は任意のイソ型（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、すなわち、α、γ、またはμ重鎖）であり得るが、通常は、ＩｇＧであろう。ＩｇＧイソ型の中では、抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４サブクラスであり得る。本発明の抗体は、κまたはλ軽鎖を有し得る。
【００２９】
本発明の抗体は様々な形態をとることができ、これには、完全な抗体、抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）断片、Ｆｖ断片（非共有結合によるヘテロ二量体）、単鎖抗体（例えば、単鎖Ｆｖ分子（ＳｃＦｖ）、ミニボディー、オリゴボディーなど）が含まれる。用語「抗体」は、任意の特定の起源のものを意味するものではないが、これには、ファージディスプレイなどの従来のものではないプロセスによって得られる抗体を含む。
【００３０】
本発明は、本発明のポリペプチドを検出するためのプロセスを提供する。該プロセスは：（ａ）本発明の抗体を、抗体−抗原複合体の形成に適している条件下で生物学的試料と接触させる工程；および（ｂ）該複合体を検出する工程を含む。
【００３１】
本発明は、本発明の抗体を検出するためのプロセスを提供する。該プロセスは：（ａ）本発明のポリペプチドを、抗体−抗原複合体の形成に適している条件下で生物学的試料（例えば、血液または血清試料）と接触させる工程；および（ｂ）該複合体を検出する工程を含む。
【００３２】
核酸
本発明は、実施例において開示されるインフルエンザ菌のヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。これらの核酸配列は、１〜３７０６の間の奇数の配列番号のものである。
【００３３】
本発明はまた、実施例に開示されているインフルエンザ菌のヌクレオチド配列に対して配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含む核酸も提供する。配列間の同一性は、上記のようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎの相同性検索アルゴリズムによって決定されることが好ましい。
【００３４】
本発明はまた、実施例において開示されるインフルエンザ菌の核酸にハイブリダイズすることができる核酸も提供する。ハイブリダイゼーション反応は、様々な「ストリンジェンシー」の条件下で行うことができる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーを高める条件は広く知られており、当該分野で公開されている［例えば、参考文献２３のページ７．５２を参照のこと］。（ストリンジェンシーを高めるための）関連する条件の例としては以下が挙げられる：２５℃、３７℃、５０℃、５５℃、および６８℃のインキュベーション温度；１０×ＳＳＣ、６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣの緩衝液濃度（この場合、ＳＳＣは、０．１５ＭのＮａＣｌおよび１５ｍＭのクエン酸緩衝液である）および他の緩衝液システムを使用するそれらの同等の条件；０％、２５％、５０％、および７５％のホルムアミド濃度；５分〜２４時間までのインキュベーション時間；１回、２回またはそれ以上の洗浄工程；１、２、または１５分の洗浄のためのインキュベーション時間；ならびに、６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣの洗浄溶液、または脱イオン水。ハイブリダイゼーション技術とそれらの最適化は当該分野で周知である［例えば、参考文献２３〜２６などを参照のこと］。
【００３５】
いくつかの実施形態においては、本発明の核酸は、低いストリンジェンシーの条件下で本発明の標的にハイブリダイズする；他の実施形態においては、本発明の核酸は、中程度のストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする；好ましい実施形態においては、本発明の核酸は、高いストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする。低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の一例は、５０℃および１０×ＳＳＣである。中程度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の一例は、５５℃および１×ＳＳＣである。高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の一例は、６８℃および０．１×ＳＳＣである。
【００３６】
これらの配列の断片を含む核酸もまた提供される。これらには、インフルエンザ菌の配列に由来する少なくともｎ個の連続しているヌクレオチドが含まれていなければならず、具体的な配列に応じて、ｎは１０以上（例えば、１２、１４、１５、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、またはそれ以上）である。
【００３７】
本発明は、式５’−Ｘ−Ｙ−Ｚ−３’の核酸を提供する。式中、−Ｘ−は、ｘ個のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり；−Ｚ−は、ｚ個のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり；−Ｙ−は、（ａ）１〜５０７９までの奇数の配列番号の１つの断片、または（ｂ）（ａ）の相補鎖のいずれかからなるヌクレオチド配列であり；そして上記核酸５’−Ｘ−Ｙ−Ｚ−３’は、（ｉ）１〜３７０５までの奇数の配列番号の１つの断片でも、また、（ｉｉ）（ｉ）の相補鎖でもない。−Ｘ−および／または−Ｚ−成分は、プロモーター配列（またはその相補鎖）を含み得る。
【００３８】
本発明はまた、本発明のポリペプチドおよびポリペプチド断片をコードする核酸も提供する。
【００３９】
本発明は、配列表に開示されている配列に対して相補的である配列を含む核酸（例えば、アンチセンスまたはプローブのためのもの、あるいはプライマーとして使用されるもの）、ならびに、実際に示される方向の配列を包含する。
【００４０】
本発明の核酸は、ハイブリダイゼーション反応（例えば、ノーザンブロットもしくはサザンブロット、または核酸マイクロアレイもしくは「遺伝子チップ」において）、および増幅反応（例えば、ＰＣＲ、ＳＤＡ、ＳＳＳＲ、ＬＣＲ、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなど）、ならびに他の核酸技術において使用することができる。
【００４１】
本発明の核酸は、様々な形態（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プライマー、プローブ、標識された形態など）をとることができる。本発明の核酸は環状、または、分岐状であってよいが、一般に、直鎖状であるであろう。他の場所に記載されるか、または他の方法で必要とされない限りは、核酸を利用する本発明の任意の実施形態は、二本鎖の形態、および二本鎖を形成する２つの相補的な一本鎖の形態のそれぞれの両方を利用し得る。プライマーおよびプローブは、一般に、一本鎖である。なぜなら、これらはアンチセンス核酸であるからである。
【００４２】
本発明の核酸は、好ましくは、他の核酸（具体的には、他のインフルエンザ菌または他の宿主細胞の核酸に由来するもの）を実質的に含まない（例えば、自然界に存在している核酸を含まない）、精製された形態または実質的に精製された形態で提供され、これは、一般的は、組成物の少なくとも約５０％（重量）の純度、通常は、少なくとも約９０％の純度である。本発明の核酸は、好ましくは、インフルエンザ菌の核酸である。
【００４３】
本発明の核酸は、多くの方法で、例えば、その全体または一部が化学合成によって（例えば、ＤＮＡのホスホルアミダイト合成）によって、ヌクレアーゼ（例えば、制限酵素）を使用するより長い核酸の消化によって、より短い核酸またはヌクレオチドの（例えば、リガーゼまたはポリメラーゼを使用する）連結によって、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーからなどで調製することができる。
【００４４】
本発明の核酸は、固体支持体（例えば、ビーズ、プレート、フィルター、フィルム、スライド、マイクロアレイ支持体、樹脂など）に結合させることができる。本発明の核酸は、例えば、放射標識もしくは蛍光標識、またはビオチン標識で）標識することができる。これは、核酸が検出技術において使用される場合（例えば、核酸がプライマーまたはプローブとして使用される場合）に特に有用である。
【００４５】
用語「核酸」は、一般的には、任意の長さのヌクレオチドの重合形態を意味する。これは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、および／またはそれらのアナログを含む。これは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含む。これはまた、ＤＮＡアナログまたはＲＮＡアナログも含み、例えば、修飾された骨格（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）もしくはホスホロチオエート）または修飾された塩基を含むアナログを含む。したがって、本発明は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、リボザイム、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、組み換え核酸、分岐した核酸、プラスミド、ベクター、プローブ、プライマーなどを含む。本発明の核酸がＲＮＡの形態をとる場合には、これは、５’キャップを有してよく、また有していなくてよい。
【００４６】
本発明の核酸はＨｉｂ配列を含むが、これらはＨｉｂではない配列も含み得る（例えば、上記で定義されたような、式５’−Ｘ−Ｙ−Ｚ−３’の核酸において）。これは、特に、プライマーに有用であり、したがってこれは、Ｈｉｂ核酸標的に相補的な第１の配列と、その核酸標的に非相補的な第２の配列とを含み得る。プライマー中の任意のそのような非相補的配列は、好ましくは、相補配列に対して５’に存在する。典型的な非相補的配列は、制限酵素部位またはプロモーター配列を含む。
【００４７】
本発明の核酸は、多くの方法で、例えば、（少なくともその一部が）化学合成によって、ヌクレアーゼ（例えば、制限酵素）を使用するより長い核酸の消化によって、より短い核酸またはヌクレオチドの（例えば、リガーゼまたはポリメラーゼを使用する）連結によって、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーからなどで調製することができる。
【００４８】
本発明の核酸は、ベクターの一部、すなわち、１つ以上の細胞のタイプの形質導入／トランスフェクションのために設計された核酸構築物の一部であり得る。ベクターは、例えば、挿入されたヌクレオチドの単離、増幅、および複製のために設計された「クローニングベクター」、宿主細胞でのヌクレオチド配列の発現のために設計された「発現ベクター」、組み換えウイルスまたはウイルス様粒子の生産を生じるように設計された「ウイルスベクター」、あるいは、１つ以上のタイプのベクターの性質を含む「シャトルベクター」であり得る。好ましいベクターはプラスミドである。「宿主細胞」は、個々の細胞または細胞培養物を含む。これは、外因性の核酸のレシピエントであることができるか、または、外因性の核酸のレシピエントとなっている。宿主細胞は、１つの宿主細胞の子孫を含み、これらの子孫は、自然な、偶発的な、もしくは誘導された突然変異および／または変化の理由から、もともとの親細胞と必ずしも完全に同一（形態に関して、または全てのＤＮＡ成分に関して）ではなくてよい。宿主細胞は、インビボまたはインビトロで、本発明の核酸でトランスフェクトされた、または感染された細胞を含む。
【００４９】
核酸がＤＮＡである場合には、ＲＮＡ配列中の「Ｕ」はＤＮＡにおいては「Ｔ」に置き換わるであろうことが理解されるであろう。同様に、核酸がＲＮＡである場合は、ＤＮＡ配列中の「Ｔ」がＲＮＡにおいては「Ｕ」に置き換わるであろうことが理解されるであろう。
【００５０】
用語「相補性」または「相補的」は、核酸に関して使用される場合は、ワトソン・クリック（Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ）塩基対合を意味する。したがって、Ｃの相補物はＧであり、Ｇの相補物はＣであり、Ａの相補物はＴ（またはＵ）であり、そしてＴ（またはＵ）の相補物はＡである。（例えば、相補的なピリミジン（ＣまたはＴ）に対して）Ｉ（プリンイノシン）などの塩基を使用することもまた可能である。この用語はまた方向も暗に意味しており、５’−ＡＣＡＧＴ−３’の相補鎖は、５’−ＴＧＴＣＡ−３’ではなく５’−ＡＣＴＧＴ−３’である。
【００５１】
本発明の核酸は、例えば、以下のために使用することができる：ポリペプチドを生産するため；生物学的試料中の核酸の検出のためのハイブリダイゼーションプローブとして；核酸のさらなるコピーを産生するため；リボザイムまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドを産生するため；一本鎖のＤＮＡプライマーまたはプローブとして；あるいは、三本鎖を形成するオリゴヌクレオチドとして。
【００５２】
本発明は、本発明の核酸を生産するためのプロセスを提供する。この場合、核酸を、その一部または全体において、化学的手段を使用して合成する。
【００５３】
本発明は、本発明のヌクレオチド配列を含むベクター（例えば、クローニングベクターまたは発現ベクター）、およびそのようなベクターで形質転換された宿主細胞を提供する。
【００５４】
本発明はまた、インフルエンザ菌（例えば、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）の核酸配列中に含まれている鋳型配列を増幅するためのプライマー（例えば、ＰＣＲプライマー）を含むキットを提供する。該キットは、第１のプライマーおよび第２のプライマーを含む。この場合、第１のプライマーは、上記の鋳型配列に実質的に相補的であり、そして第２のプライマーは、上記の鋳型配列の相補鎖に実質的に相補的であり、実質的な相補性を有している上記のプライマーの一部によって、増幅される鋳型配列の末端が定義される。第１のプライマーおよび／または第２のプライマーは、検出可能な標識（例えば、蛍光標識）を包含し得る。
【００５５】
本発明はまた、一本鎖または二本鎖の核酸（またはそれらの混合物）中に含まれるインフルエンザ菌の鋳型核酸の増幅を可能にする、第１および第２の一本鎖のオリゴヌクレオチドを含むキットも提供する。この場合：（ａ）第１のオリゴヌクレオチドは、上記鋳型核酸配列と実質的に相補的であるプライマー配列を含み；（ｂ）第２のオリゴヌクレオチドは、上記の鋳型核酸配列の相補鎖に対して実質的に相補的であるプライマー配列を含み；（ｃ）第１のオリゴヌクレオチドおよび／または第２のオリゴヌクレオチドは、上記の鋳型核酸に非相補的である配列を含み；そして（ｄ）上記のプライマー配列は、増幅される鋳型配列の末端を定義する。特徴（ｃ）の非相補的である配列は、好ましくは、プライマー配列の上流（すなわち、プライマー配列に対して５’）に存在している。これらの（ｃ）配列の一方または両方は、制限酵素部位［例えば、参考文献２７］またはプロモーター配列［例えば、参考文献２８］を含み得る。第１のオリゴヌクレオチドおよび／または第２のオリゴヌクレオチドは、検出可能な標識（例えば、蛍光標識）を包含し得る。
【００５６】
鋳型配列は、（例えば、配列番号３７０７の）ゲノム配列の任意の部分であり得る。
【００５７】
本発明は、本発明の核酸を検出するためのプロセスを提供する。該プロセスは：（ａ）本発明の核酸プローブを、二本鎖を形成させるためのハイブリダイゼーション条件下で生物学的試料と接触させる工程；および（ｂ）上記二本鎖を検出する工程を含む。
【００５８】
本発明は、生物学的試料（例えば、血液）中のインフルエンザ菌を検出するためのプロセスを提供する。これは本発明の核酸を、ハイブリダイゼーション条件下で生物学的試料と接触させる工程を含む。該プロセスは、核酸の増幅（例えば、ＰＣＲ、ＳＤＡ、ＳＳＳＲ、ＬＣＲ、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなど）、またはハイブリダイゼーション（例えば、マイクロアレイ、ブロット、溶液中でのプローブとのハイブリダイゼーションなど）を含み得る。臨床的な試料中のインフルエンザ菌のＰＣＲによる検出が報告されている［例えば、参考文献２９および３０を参照のこと］。核酸に基づく臨床的アッセイは、参考文献３１に一般的に記載されている。
【００５９】
本発明は、標的配列の断片を調製するためのプロセスを提供する。この場合、断片は、核酸プライマーの伸張によって調製される。標的配列および／またはプライマーは本発明の核酸である。プライマー伸張反応は、核酸の増幅（例えば、ＰＣＲ、ＳＤＡ、ＳＳＳＲ、ＬＣＲ、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなど）を挙げることができる。
【００６０】
本発明の核酸の増幅は、定量的であってよく、そして／またはリアルタイムであってよい。
【００６１】
本発明の特定の実施形態について、核酸は好ましくは、少なくとも７ヌクレオチドの長さである（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２５、２５０、２７５、３００ヌクレオチド、またはそれより長い）。
【００６２】
本発明の特定の実施形態について、核酸は、好ましくは、多くても５００ヌクレオチドの長さである（例えば、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１４０、１３０、１２０、１１０、１００、９０、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５ヌクレオチドまたはそれより短い）。
【００６３】
本発明のプライマーおよびプローブ、ならびに、ハイブリダイゼーションに使用される他の核酸は、好ましくは、１０〜３０ヌクレオチドの間の長さである。（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオチド）。
【００６４】
薬学的組成物
本発明は、（ａ）本発明のポリペプチド、抗体、および／または核酸；ならびに（ｂ）薬学的に許容される担体を含む組成物を提供する。これらの組成物は、例えば、免疫学的組成物として、または診断薬として、またはワクチンとして適切であり得る。本発明のワクチンは、予防的（すなわち、感染を防ぐために）または治療的（すなわち、感染を処置するために）のいずれかであり得るが、典型的には、予防的であろう。
【００６５】
「薬学的に許容される担体」には、組成物が投与される個体にとっては有害な抗体の生産をそれ自体が誘導することはない、任意の担体が含まれる。適切な担体は、典型的には、大きく、ゆっくりと代謝されるマクロ分子であり、例えば、タンパク質、多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、多価アミノ酸、アミノ酸コポリマー、スクロース、トレハロース、ラクトース、および脂質凝集物（例えば、油滴またはリポソーム）である。このような担体は当業者には周知である。ワクチンはまた、希釈剤（例えば、水、生理食塩水、グリセロールなど）を含み得る。加えて、補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤）、ｐＨ緩衝物質なども存在し得る。滅菌の発熱物質を含まないリン酸緩衝化生理食塩水は、典型的な担体である。薬学的に許容される賦形剤の徹底的な議論は、参考文献１４２で得ることができる。
【００６６】
本発明の組成物は、具体的には、多用量形式でパッケージされる場合には、抗菌剤を含み得る。
【００６７】
本発明の組成物は、界面活性剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ（ポリソルベート）（例えば、Ｔｗｅｅｎ８０））を含み得る。界面活性剤は、通常、低濃度（例えば、＜０．０１％）で存在する。
【００６８】
本発明の組成物は、等張性を得るためにナトリウム塩（例えば、塩化ナトリウム）を含み得る。１０±２ｍｇ／ｍｌのＮａＣｌの濃度が典型的である。
【００６９】
本発明の組成物は、通常、緩衝液を含む。リン酸緩衝液が典型的である。
【００７０】
本発明の組成物は、具体的には、それらが凍結乾燥される場合、またはそれらに、凍結乾燥された物質から再構成された材料が含まれる場合には、糖アルコール（例えば、マンニトール）または二糖（例えば、スクロースまたはトレハロース）、が、例えば、およそ１５〜３０ｍｇ／ｍｌ（例えば、２５ｍｇ／ｍｌ）で含み得る。凍結乾燥のための組成物のｐＨは、凍結乾燥の前におよそ６．１に調整され得る。
【００７１】
本発明のポリペプチドは、他の免疫調節物質と組み合わせて投与することができる。具体的には、組成物は通常、ワクチンアジュバントを含むであろう。本発明の組成物の中で使用することができるアジュバントとしては、以下が挙げられるが、これらに限定はされない：
Ａ．無機化合物を含む組成物
本発明においてアジュバントとしての使用に適している、無機化合物を含む組成物としては、無機塩（例えば、アルミニウム塩およびカルシウム塩）が挙げられる。本発明は、水酸化物（オキシ水酸化物）、リン酸塩（例えば、ヒドロキシリン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩など［例えば、参考文献３２の第８章および第９章を参照のこと］、あるいは、様々な無機化合物の混合物が、任意の適切な形態（例えば、ゲル、結晶、不定形など）をとる化合物とともに（そして吸着させられていることが好ましい）を含む。無機化合物を含む組成物はまた、金属塩の粒子として処方される場合もある［３３］。
【００７２】
リン酸アルミニウムが、具体的には、インフルエンザ菌の糖抗原を含む組成物において、特に好ましく、そして典型的なアジュバントは、０．６ｍｇのＡｌ３＋／ｍｌが含まれている、０．８４〜０．９２の間のＰＯ４／Ａｌモル比を有している不定形のヒドロキシリン酸アルミニウムである。低用量のリン酸アルミニウムでの吸着物を使用することができ、例えば、１用量あたりの１つの結合体あたり、５０〜１００μｇの間のＡｌ３＋である。組成物中に１つ以上の結合体が存在する場合には、必ずしも全ての結合体が吸着させられている必要はない。
【００７３】
Ｂ．油乳剤
本発明のアジュバントとしての使用に適している油乳剤組成物としては、スクワレン−水エマルジョン（例えば、ＭＦ５９［参考文献３２の第１０章；参考文献３４もまた参照のこと）（マイクロフルイダイザーを使用してサブミクロン粒子になるように処方された、５％のスクワレン、０．５％のＴｗｅｅｎ８０、および０．５％のＳｐａｎ８５）が挙げられる。完全なフロイトのアジュバント（ＣＦＡ）および不完全なフロイトのアジュバント（ＩＦＡ）を使用することもできる。
【００７４】
Ｃ．サポニン処方物［参考文献３２の第２２章］
サポニン処方物もまた、本発明のアジュバントとして使用することができる。サポニンは、ステロールグリコシドとトリペノイドグリコシドとの非相同グループであり、これらは、多種多様な植物種の樹皮、葉、茎、根、さらには花において見られる。キラヤ・サポニン（Ｑｕｉｌｌａｉａ  ｓａｐｏｎａｒｉａ）Ｍｏｌｉｎａ  ｔｒｅｅの樹皮に由来するサポニンは、アジュバントとして広く研究されている。サポニンは、スミラックス・オルナタ（Ｓｍｉｌａｘ  ｏｒｎａｔａ）（サルサパリラ）、シュッコンカスミソウ（Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌａ  ｐａｎｉｃｕｌａｔａ）（ブライダルベール）、およびシャボンソウ（Ｓａｐｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）（サボンソウ根（ｓｏａｐ  ｒｏｏｔ））からも商業的に得ることができる。サポニンアジュバント処方物には、精製された処方物（例えば、ＱＳ２１）、さらには、脂質処方物（例えば、ＩＳＣＯＭ）が含まれる。ＱＳ２１は、Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）として市販されている。
【００７５】
サポニン組成物は、ＨＰＬＣとＲＰ−ＨＰＬＣとを使用して精製されている。これらの技術を使用した特定の精製された画分が同定されており、これには、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−Ｂ、およびＱＨ−Ｃが含まれる。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の生産方法は、参考文献３５に開示されている。サポニン処方物はまた、ステロール（例えば、コレステロール）を含むこともできる［３６］。
【００７６】
サポニンとコレステロールとの組み合わせを使用して、免疫刺激複合体（ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ  ｃｏｍｐｌｅｘ）（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる特有の粒子を形成させることができる（参考文献３２の第２３章）。ＩＳＣＯＭは、典型的には、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンなどのようなリン脂質も含む。任意の公知のサポニンは、ＩＳＣＯＭにおいて使用することができる。好ましくは、ＩＳＣＯＭには、ＱｕｉＡ、ＱＨＡ、およびＱＨＣの１つ以上が含まれる。ＩＳＣＯＭはさらに、参考文献３６〜３８に記載されている。随意に、ＩＳＣＯＭは、さらなる界面活性剤を含まなくてよい［３９］。
【００７７】
サポニンをベースとするアジュバントの開発についての概要は、参考文献４０および４１に見ることができる。
【００７８】
Ｄ．ヴィロソームおよびウイルス様粒子
ヴィロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）もまた、本発明のアジュバントとして使用することができる。これらの構造は、通常、随意にリン脂質と混合させられたかまたはリン脂質とともに処方された、ウイルスに由来する１つ以上のタンパク質を含む。これらは、一般的には、病原性ではなく、複製性ではなく、そして一般的には、自然界に存在しているウイルスのゲノムは全く含まれない。ウイルスタンパク質は組み換えによって生産させることができ、また、完全なウイルスから単離することもできる。ヴィロソームまたはＶＬＰでの使用に適しているこれらのウイルスタンパク質としては、インフルエンザウイルス（例えば、ＨＡまたはＮＡ）、Ｂ型肝炎ウイルス（例えば、コアまたはキャプシドタンパク質）、Ｅ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、シンドビスウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、レトロウイルス、ノーウォークウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡ−ファージ、Ｑβ−ファージ（例えば、外殻タンパク質）、ＧＡ−ファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、およびＴｙ（例えば、レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１）に由来するタンパク質が挙げられる。ＶＬＰは、参考文献４２〜４７においてさらに議論されている。ヴィロソームは、例えば、参考文献４８においてさらに議論されている。
【００７９】
Ｅ．細菌誘導体または微生物誘導体
本発明での使用に適しているアジュバントとしては、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、リピッドＡ（Ｌｉｐｉｄ  Ａ）誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチド、およびＡＤＰ−リボシル化毒素およびそれらの解毒された誘導体などの、細菌誘導体または微生物誘導体が挙げられる。
【００８０】
ＬＰＳの非毒性誘導体としては、モノホスホリルリピッドＡ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が挙げられる。３ｄＭＰＬは、３脱−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピッドＡの、４、５、または６アシル化された鎖との混合物である。３脱−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピッドＡの好ましい「小さい粒子」の形態は、参考文献４９に開示されている。このような３ｄＭＰＬの「小さい粒子」は、０．２２μｍの膜を通過させて濾過滅菌するには十分に小さい［４９］。他の非毒性のＬＰＳ誘導体としては、モノホスホリルリピッドＡ模倣物（例えば、アミノアルキルグリコサミニドホスフェート誘導体（例えば、ＲＣ−５２９））が挙げられる［５０、５１］。
【００８１】
リピッドＡ誘導体には、大腸菌に由来するリピッドＡの誘導体（例えば、ＯＭ−１７４）が挙げられる。ＯＭ−１７４は、例えば、参考文献５２および５３に記載されている。
【００８２】
本発明においてアジュバントとしての使用に適している免疫刺激オリゴヌクレオチドとしては、ＣｐＧモチーフを含むヌクレオチド配列（グアノシンに対してリン酸結合によって連結させられた非メチル化シトシンを含むジヌクレオチド配列）が挙げられる。パリンドロームまたはポリ（ｄＧ）配列を含む二本鎖のＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドもまた、免疫刺激性であることが示されている。
【００８３】
ＣｐＧは、ホスホロチオエート修飾などのヌクレオチドの修飾／アナログを含み得、そして、二本鎖、または、一本鎖であり得る。参考文献５４、５５、および５６には、可能なアナログでの置換（例えば、グアノシンの２’−デオキシ−７−デアザグアノシンでの置換）が開示されている。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果はさらに、参考文献５７〜６２において議論されている。
【００８４】
ＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９に対して、例えば、モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴに指向され得る［６３］。ＣｐＧ配列は、Ｔｈ１免疫反応を誘導することについて特異的であり得（例えば、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ）、または、Ｂ細胞応答を誘導することについてより特異的であり得る（例えば、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ）。ＣｐＧ−ＡおよびＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、参考文献６４〜６６において議論されている。好ましくは、ＣｐＧは、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮである。
【００８５】
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端が受容体の認識のために近づけるように構築されている。随意に、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列をそれらの３’末端に結合させて、「イムノマー（ｉｍｍｕｎｏｍｅｒ）」を形成させることができる。たとえば、参考文献６３および６７〜６９を参照のこと。
【００８６】
細菌のＡＤＰ−リボシル化毒素と、解毒されたその誘導体とが、本発明においてアジュバントとして使用され得る。好ましくは、タンパク質は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（大腸菌の熱不安定性腸毒素「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または破傷風（「ＰＴ」）に由来する。粘膜のアジュバントとしての解毒されたＡＤＰリボシル化毒素の使用は、参考文献７０に、そして、参考文献７１には非経口アジュバントとして記載されている。毒素またはトキソイドが、ＡサブユニットとＢサブユニットとの両方を含むホロトキシンの形態において好ましい。好ましくは、Ａサブユニットは解毒変異体を含み；好ましくは、Ｂサブユニットは変異していない。好ましくは、アジュバントは解毒されたＬＴ変異体であり、例えば、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴ−Ｇ１９２である。アジュバントとしてのＡＤＰリボシル化毒素および解毒されたその誘導体（具体的には、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２）の使用は、参考文献７２〜７９において見ることができる。アミノ酸の置換についての多数の参考文献は、好ましくは、参考文献８０（その全体が引用により具体的に本明細書中に組み入れられる）に示されているＡＤＰ−リボシル化毒素のＡサブユニットとＢサブユニットとのアラインメントに基づく。
【００８７】
Ｆ．ヒト免疫賦活剤
本発明においてアジュバントとしての使用に適しているヒト免疫賦活剤としては、サイトカイン（例えば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［８１］など）［８２］）、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子が挙げられる。
【００８８】
Ｇ．生体接着因子（ｂｉｏａｄｈｅｓｉｖｅｓ）および粘膜接着因子（ｍｕｃｏａｄｈｅｓｉｖｅｓ）
生体接着因子および粘膜接着因子を、本発明においてアジュバントとして使用することもできる。適切な生体接着因子としては、エステル化されたヒアルロン酸マイクロスフェア［８３］、または粘膜接着因子（例えば、ポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖類、およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体）が挙げられる。キトサンおよびその誘導体を、本発明のアジュバントとして使用することもできる［８４］。
【００８９】
Ｈ．マイクロ粒子
マイクロ粒子を、本発明においてアジュバントとして使用することもできる。生体分解性であり非毒性である材料（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなどから、ポリ（ラクチド−コ−グリコリドとともに形成されたマイクロ粒子（すなわち、約１００ｎｍ〜約１５０μｍの直径、好ましくは、約２００ｎｍ〜約３０μｍの直径、そして最も好ましくは、約５００ｎｍ〜約１０μｍの直径）が好ましい。これらは、随意に、負電荷を有している表面を有するように（例えば、ＳＤＳで）、または正電荷を有している表面を有するように（例えば、陽イオン性界面活性剤（例えば、ＣＴＡＢ））処理される。
【００９０】
Ｉ．リポソーム（参考文献３２の第１３章および第１４章）
アジュバントとしての使用に適しているリポソーム処方物の例は、参考文献８５〜８７に記載されている。
【００９１】
Ｊ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリエチレンエステル処方物
本発明での使用に適しているアジュバントとしては、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルが挙げられる［８８］。このような処方物にはさらに、オクトキシノールと組み合わせられたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤［８９］、ならびに、少なくとも１つのさらに別の非イオン性界面活性剤（例えば、オクトキシノール）と組み合わせられたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤［９０］が挙げられる。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下のグループから選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）、ポリオキシエチレン−９−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
【００９２】
Ｋ．ポリホスファゼン（ＰＣＰＰ）
ＰＣＰＰ処方物は、例えば、参考文献９１および９２に記載されている。
【００９３】
Ｌ．ムラミルペプチド
本発明においてアジュバントとしての使用に適しているムラミルペプチドの例としては、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ノル−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミンＭＴＰ−ＰＥが挙げられる。
【００９４】
Ｍ．イミダゾキノロン化合物
本発明においてアジュバントとしての使用に適しているイミダゾキノロン化合物の例としては、参考文献９３および９４にさらに記載されている、Ｉｍｉｑｕａｍｏｄおよびそのホモログ（例えば、「Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ  ３Ｍ」）が挙げられる。
【００９５】
本発明はまた、上記に記載されているアジュバントの１つ以上の態様の組み合わせを含むこともできる。例えば、以下のアジュバント組成物が本発明において使用される場合がある：（１）サポニンおよび油中水エマルジョン［９５］；（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性のＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）［９６］；（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（状況によっては、＋ステロール）［９７］；（５）３ｄＭＰＬと、例えば、ＱＳ２１および／または油中水エマルジョンとの組み合わせ［９８］；（６）１０％のスクワレン、０．４％のＴｗｅｅｎ８０（商標）、５％のプルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含むＳＡＦ（サブミクロンエマルジョンになるようにマイクロフルイダイズされたか、またはより大きな粒子サイズのエマルジョンを生じるようにボルテックスされたかのいずれか）；（７）２％のスクワレン、０．２％のＴｗｅｅｎ８０、ならびに、モノホスホリピッドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群より選択される１つ以上の細菌細胞壁成分（好ましくは、ＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ（商標））を含む、Ｒｉｂｉ（商標）アジュバントシステム（ＲＡＳ）（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；ならびに、（８）１つ以上の無機塩（例えば、アルミニウム塩）＋ＬＰＳの非毒性誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）。
【００９６】
免疫刺激物質として作用する他の物質は、参考文献３２の第７章に開示されている。
【００９７】
水酸化アルミニウムまたはリン酸アルミニウムアジュバントの使用が特に好ましく、そして、抗原は、一般的には、これらの塩に吸着させられる。リン酸カルシウムは、別の好ましいアジュバントである。
【００９８】
本発明の組成物のｐＨは、好ましくは、６〜８の間であり、好ましくは、約７である。安定なｐＨは緩衝液の使用によって維持することができる。組成物が水酸化アルミニウム塩を含む場合には、ヒスチジン緩衝液を使用することが好ましい［９９］。組成物は、滅菌であってよく、そして／または発熱物質が含まれなくてよい。本発明の組成物は、ヒトに関しては等張性であり得る。
【００９９】
組成物はバイアル中に提示され得、また、これらは、すでに充填された（ｒｅａｄｙ−ｆｉｌｌｅｄ）注射器中に提示され得る。注射器は、針と共に供給され得、または、針を伴わずに供給され得る。注射器は、単回用量の組成物を含むであろう。一方、バイアルは、単回用量を含み得、または、多用量を含み得る。注射可能な組成物は、通常、液体溶液または懸濁液であろう。あるいは、これらは、注射前に液体媒体中の溶液または懸濁液とするための固体形態（例えば、凍結乾燥された形態）で提示され得る。
【０１００】
本発明の組成物は、単位投与量形態でパッケージされ得、または、複数回の投与量形態でパッケージされ得る。複数回の投与量形態について、バイアルは、予め充填された注射器であることが好ましい。有効な投与容量は、日常的に行われているように確立することができるが、注射用組成物についての典型的なヒトへの用量は、０．５ｍｌの容量である。
【０１０１】
本発明の組成物が使用の直前に調製される場合（例えば、組成物が凍結乾燥された形態で提示される場合）、および本発明の組成物がキットとして提示される場合には、キットは、２つのバイアルを含み得るか、またはキットは１つの予め充填された注射器と１つのバイアルを含み得る。注射器の内容物は、注射前にバイアルの内容物を再度活性化させるために使用される。
【０１０２】
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の抗原（単数または複数）、ならびに、必要に応じた任意の成分を含む。「免疫学的有効量」によって、個体へのその量の投与（単回用量で、または連続する用量の一部としてのいずれか）が、処置または予防に有効であることが意味される。この量は、処置される個体の健康状態および生理的状態、年齢、処置される個体の分類群（例えば、ヒト以外の霊長類、霊長類など）、抗体を合成する個々の免疫系の能力、所望される防御の程度、ワクチンの処方、処置を行う医師の医学的状況の評価、ならびに他の関連する要因に応じて様々である。量は、日常的に行われる試みを通じて決定することができる比較的広い範囲にあると予想され、そして１用量あたりの個々の髄膜炎菌の糖抗原の典型的な量は、抗原あたり１μｇ〜１０ｍｇの間である。
【０１０３】
薬学的使用
本発明はまた、患者を処置する方法も提供される。該方法は、患者に、治療有効量の本発明の組成物を投与する工程を含む。患者は、それ自体が疾患のリスクがあり得るか、または妊娠している女性（「母体免疫」）であり得るかのいずれかである。
【０１０４】
本発明は、医薬品として（例えば、免疫原性組成物として、もしくはワクチンとして）、または診断薬として使用する本発明の核酸、ポリペプチド、または抗体を提供する。以下の製造における本発明の核酸、ポリペプチド、または抗体の使用も提供する：（ｉ）インフルエンザ菌によって引き起こされる疾患および／もしくは感染を処置または予防するための医薬品；（ｉｉ）インフルエンザ菌の存在を検出するための診断薬、または、インフルエンザ菌に対して惹起させられた抗体；ならびに／あるいは（ｉｉｉ）インフルエンザ菌に対する抗体を惹起させることができる試薬。上記のインフルエンザ菌血清型または株が存在しているが、ｂ型インフルエンザ菌が好ましい。上記の疾患は、例えば、中耳炎、気管支炎、結膜炎、静脈洞炎、尿管感染、肺炎、菌血症、敗血症性関節炎、喉頭蓋炎、肺炎、蓄膿症、心膜炎、蜂巣炎、骨髄炎、または髄膜炎であり得る。本発明は、Ｈｉｂによって引き起こされる細菌性髄膜炎を予防することについて特に有用である。
【０１０５】
患者は、好ましくは、ヒトである。ワクチンが予防的な使用のためのものである場合は、ヒトは、好ましくは、子供（例えば、幼児または乳児）である；ワクチンが治療的な使用のためのものである場合は、ヒトは、好ましくは、成人である。子供について意図されるワクチンは、例えば、安全性、投与量、免疫原性などを評価するために、成人に投与することもできる。
【０１０６】
治療的処置の効力をチェックする１つの方法は、本発明の組成物の投与後のＨｉｂ感染をモニターすることを含む。予防的処置の効力をチェックする１つの方法は、投与後に、投与されたポリペプチドに対する免疫応答をモニターすることを含む。本発明の組成物の免疫原性は、試験被験体（例えば、１２〜１６ヶ月齢の子供、または動物モデル（例えば、チンチラ（ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａ）モデル）にそれらを投与し、その後、ＩｇＧのＥＬＩＳＡ力価を含む標準的なパラメーター（ＧＭＴ）を決定することによって決定することができる。これらの免疫応答は、一般的には、組成物の投与後およそ４週間で決定され、そして、組成物の投与前に決定された値と比較されるであろう。１用量以上の組成物が投与される場合には、１回以上の投与後の決定を行うこともできる。
【０１０７】
ポリペプチド抗原の投与は、免疫性を誘導するための処置の好ましい方法である。本発明の抗体の投与は、別の好ましい処置方法である。この受動免疫の方法は、新生児または妊娠している女性に特に有用である。この方法は、典型的には、モノクローナル抗体が使用され、これは、ヒト化されているか、または完全なヒト抗体である。
【０１０８】
本発明の組成物は、一般的には、患者に直接投与される。直接の送達は、非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、または組織の間質空間への）によって、あるいは、直腸、経口、膣、局所、経皮、鼻腔内、舌下、眼、耳、肺、または他の粘膜への投与によって行うことができる。大腿部または上腕への筋肉内投与が好ましい。注射は、針（たとえば、皮下注射針）によって行うことができるが、あるいは、無針注射もまた使用することができる。典型的な筋肉内用量は、０．５ｍｌである。
【０１０９】
本発明は、全身性免疫および／または粘膜免疫を誘発させるために使用することができる。
【０１１０】
投与処置は、単回投与スケジュールであり得、または、複数回の投与スケジュールであり得る。複数回の投与は、一次免疫スケジュールにおいて、および／または追加免疫スケジュールにおいて使用することができる。一次免疫投与スケジュールは、追加免疫投与スケジュールが続く場合がある。感作用量の間（例えば、４〜１６週間）、および一時免疫と追加免疫との間の適切な時間は、日常的に行われているように決定することができる。
【０１１１】
細菌感染は体の様々な領域に影響を与え、そして、そのような組成物は、様々な形態で調製することができる。例えば、組成物は、注射できるように、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製することができる。注射前に液体媒体中の溶液または懸濁液とするために適している固体形態を、調製することもできる（例えば、凍結乾燥された組成物）。組成物は、局所投与用に、例えば、軟膏、クリーム剤、または散剤として調製することもできる。組成物は、経口投与用に、例えば、錠剤またはカプセル剤、あるいはシロップ剤（随意に、香味付けされている）として調製される。組成物は、肺投与（例えば、微粉末またはスプレーを使用する吸入）のために調製することもできる。組成物は、坐剤またはペッサリーとして調製することもできる。組成物は、鼻腔、耳、または眼への投与のために、例えば、スプレー、点滴剤、ゲル剤、または散剤として調製することもできる［例えば、参考文献１００および１０１］。
【０１１２】
本発明の組成物のさらなる抗原性成分
本発明はまた、本発明のポリペプチドと、以下のさらなる抗原の１つ以上とを含む組成物も提供する：
−髄膜炎菌（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）血清学的グループＡ、Ｃ、Ｗ１３５、および／またはＹ（好ましくは、４種類全て）に由来する糖抗原、例えば、血清学的グループＣに由来する参考文献１０２に開示されているオリゴ糖［参考文献１０３もまた参照のこと］または参考文献１０４のオリゴ糖。
−肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に由来する糖抗原［例えば、１０５、１０６、１０７］。
−Ａ型肝炎ウイルスに由来する抗原、例えば、不活性化ウイルス［例えば、１０８、１０９］。
−Ｂ型肝炎ウイルスに由来する抗原、例えば、表面抗原および／またはコア抗原［例えば、１０９、１１０］。
−ジフテリア抗原、例えば、ジフテリアトキソイド［例えば、参考文献１１１の第３章］、例えば、ＣＲＭ１９７変異体［例えば、１１２］。
−破傷風抗原、例えば、破傷風トキソイド［例えば、参考文献１１１の第４章］。
−百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）に由来する抗原、例えば、百日咳菌（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）に由来する百日咳ハロトキシン（ＰＴ）および繊維状ヘマグルチニン（ＦＨＡ）（随意に、パータクチン（Ｐｅｒｔａｃｔｉｎ）および／またはアグルチノゲン（ａｇｇｌｕｔｉｎｏｇｅｎ）２および３と組み合わせられている場合もある）［例えば、参考文献１１３および１１４］。
−Ｂ型インフルエンザ菌に由来する糖抗原［例えば、１０３］。
−ポリオ抗原（単数または複数）［例えば、１１５、１１６］、例えば、ＩＰＶ。
−麻疹、おたふく風邪、および／または風疹抗原［例えば、参考文献１１１の第９章、第１０章、および第１１章］。
−インフルエンザ抗原（単数または複数）［例えば、参考文献１１１の第１９章］、例えば、ヘマグルチニンおよび／またはノイラミニダーゼ表面タンパク質。
−カタラリス菌（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）に由来する抗原［例えば、１１７］。
−Ｂ群溶血性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）（Ｂ群連鎖球菌）に由来するタンパク質抗原［例えば、１１８、１１９］。
−Ｂ群溶血性連鎖球菌（Ｂ群連鎖球菌）に由来する糖抗原。
−化膿連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅ）（Ａ群連鎖球菌）に由来する抗原［例えば、１１９、１２０、１２１］。
−黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）に由来する抗原［例えば、１２２］。
【０１１３】
組成物は、これらのさらなる抗原を１つ以上含み得る。
【０１１４】
毒性タンパク質抗原は、必要であれば解毒することができる（例えば、化学的および／または遺伝的手段による百日咳毒素の解毒［１１４］）。
【０１１５】
ジフテリア抗原が組成物に含まれる場合には、これには、破傷風抗原および百日咳抗原も含まれることが好ましい。同様に、破傷風抗原が含まれる場合には、これには、ジフテリア抗原および百日咳抗原も含まれることが好ましい。同様に、百日咳抗原が含まれる場合には、これには、ジフテリア抗原および破傷風抗原も含まれることが好ましい。したがって、ＤＴＰの混合物が好ましい。
【０１１６】
糖抗原は、好ましくは、結合体の形態である。結合体についての担体タンパク質としては、以下が挙げられる：細菌毒素（例えば、ジフテリアトキソイドまたは破傷風トキソイド）、髄膜炎菌外膜タンパク質［１２３］、合成ペプチド［１２４、１２５］、熱ショックタンパク質［１２６、１２７］、百日咳タンパク質［１２８、１２９］、インフルエンザ菌に由来するタンパク質Ｄ［１３０、１３１］、サイトカイン［１３２］、リンホカイン［１３２］、インフルエンザ菌タンパク質、ホルモン［１３２］、増殖因子［１３２］、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）由来のトキシンＡまたはＢ［１３３］、鉄取り込みタンパク質［１３４］、様々な病原体由来の抗原に由来する複数のヒトＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープが含まれている人工タンパク質［１３５］（例えば、Ｎ１９タンパク質［１３６］）、肺炎球菌表面タンパク質ＰｓｐＡ［１３７］、プノイモリジン（Ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｉｎ）［１３８］など。好ましい担体タンパク質は、ＣＲＭ１９７タンパク質である［１３９］。
【０１１７】
組成物中の抗原は、典型的には、それぞれ少なくとも１μｇ／ｍｌの濃度で存在するであろう。一般的には、任意の所定の抗原の濃度は、その抗原に対する免疫応答を誘発するために十分であろう。
【０１１８】
本発明の免疫原性組成物中のタンパク質抗原を使用する代わりとして、抗原をコードする核酸（好ましくは、例えば、プラスミドの形態のＤＮＡ）を使用することができる。
【０１１９】
抗原は、好ましくは、アルミニウム塩に吸着される。
【０１２０】
スクリーニング方法
本発明は、試験化合物が本発明のポリペプチドに結合するかどうかを決定するためのプロセスを提供する。試験化合物が本発明のポリペプチドに結合し、この結合によってインフルエンザ菌の細菌の生活環が阻害された場合には、試験化合物は、抗生物質として、または抗生物質の設計のための先導化合物として使用することができる。このプロセスは、典型的には、試験化合物を本発明のポリペプチドと接触させる工程、および試験化合物が上記ポリペプチドに結合するかどうかを決定する工程を含むであろう。これらのプロセスにおいて使用される本発明の好ましいポリペプチドは、酵素（例えば、ｔＲＮＡ合成酵素）、膜トランスポーター、およびリボソーマルポリペプチドである。適切な試験化合物としては、ポリペプチド、ポリペプチド、炭水化物、脂質、核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその修飾された形態）、ならびに、小さい有機化合物（例えば、２００〜２０００Ｄａの間のＭＷ）が挙げられる。試験化合物は個別に提供することができるが、典型的には、ライブラリー（例えば、組み合わせライブラリー）の一部であろう。結合相互作用を検出するための方法としては、ＮＭＲ、膜結合アッセイ、ゲルリターデーションアッセイ、置換アッセイ、表面プラズモン共鳴、逆ツーハイブリッドなどが挙げられる。本発明のポリペプチドに結合する化合物は、化合物をＨｉｂ細菌と接触させ、その後、増殖の阻害をモニターすることによって抗生物質活性について試験することができる。本発明はまた、これらの方法を使用して同定された化合物も提供する。
【０１２１】
好ましくは、プロセスは以下の工程を含む：（ａ）本発明のポリペプチドを１つ以上の候補の化合物と接触させて、混合物を得る工程；（ｂ）混合物をインキュベートして、ポリペプチドと候補化合物（単数または複数）とを相互作用させる工程；および（ｃ）候補化合物がポリペプチドに結合するかどうか、またはその活性を調節するかどうかを評価する工程。
【０１２２】
一旦、候補化合物が、本発明のポリペプチドに結合する化合物としてインビトロで同定されると、これは、細菌の増殖および／または生存を阻害することにおける化合物のインビボでの機能を確認するためのさらなる実験を行うことが所望される場合がある。したがって、この方法は、化合物をＨｉｂ細菌と接触させる工程と、その効果を評価する工程とをさらに含む。
【０１２３】
スクリーニングプロセスにおいて使用されるポリペプチドは、溶液中には含まれなくてよく、固体支持体に固定されていてよく、細胞表面上に存在していてよく、また、細胞内に存在していてよい。好ましくは、ポリペプチドに対する候補化合物の結合は、候補化合物と直接または間接的に結合した標識によって検出される。標識は、蛍光団、放射性同位体、または他の検出可能な標識であり得る。
【０１２４】
一般論
本発明は、配列表において１つ以上の配列を含む、コンピューターで読み取ることができる媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤなど）、および／またはコンピューターメモリ、および／またはコンピューターデータベースが提供する。
【０１２５】
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「包含する（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」ならびに「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」が含まれる。例えば、Ｘを「含む」組成物は、Ｘだけからなってよく、または、別のもの（例えば、Ｘ＋Ｙ）を包含していてよい。
【０１２６】
数値ｘに関する用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【０１２７】
用語「実質的に」は、「完全に」を排除するものではない。例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてよい。必要に応じて、用語「実質的に」は、本発明の定義から「実質的に」除外されてよい。
【０１２８】
配列表中のアミノ酸配列のＮ末端残基は、対応するヌクレオチド配列中の最初のコドンによってコードされるアミノ酸として提供される。最初のコドンがＡＴＧではない場合には、そのコドンが開始コドンである場合にはメチオニンとして翻訳されるが、配列が融合パートナーのＣ末端に存在している場合には、示されるＭｅｔではないアミノ酸として翻訳されることが理解されるであろう。本発明は、任意の示されたＭｅｔではない残基の代わりにＮ末端メチオニン残基（例えば、ホルミル−メチオニン残基）を有している配列表のアミノ酸配列のそれぞれを具体的に開示し、また、含む。
【０１２９】
上記で示されたように、本発明の核酸およびポリペプチドは、以下の配列を含み得る：
（ａ）配列表に開示される配列と同一である（すなわち、１００％同一である）配列；
（ｂ）配列表に開示される配列と配列同一性を共有している配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の１ヌクレオチドまたは１アミノ酸の変化（欠失、挿入、置換）（これらは、離れた位置にあってよく、または連続していてよい）を有している配列；ならびに、
（ｄ）対アラインメントアルゴリズム（ｐａｉｒｗｕｓｅ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、開始部位（Ｎ末端または５’）から終結部位（Ｃ末端または３’）まで動くｘ個の単量体（アミノ酸またはヌクレオチド）の移動ウィンドウ（したがって、ｐ個の単量体（式中、ｐ＞ｘ）までに伸びる配列についてのアラインメントは、ｐ−ｘ＋１のそのようなウィンドウとなる）を使用して配列表に由来する特定の配列と共にアラインメントされた場合に、それぞれのウィンドウが少なくともｘ・ｙの同一のアラインメントされた単量体を有しており、式中、ｘは２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され；ｙは０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４，０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され；そしてｘ・ｙが整数ではない場合には、最も近い整数に切り上げられる（ｒｏｕｎｄｅｄ  ｕｐ）。好ましい対アラインメントアルゴリズムは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈグローバルアラインメントアルゴリズム［１４０］であり、ここでは、デフォルトパラメーター（例えば、Ｇａｐ開放ペナルティー＝１０．０と、Ｇａｐ伸張ペナルティー＝０．５とを使用し、ＥＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを使用する）を使用する。このアルゴリズムは、ＥＭＢＯＳＳパッケージ中のｎｅｅｄｌｅツールにおいて便利に行うことができる［１４１］。
【０１３０】
本発明の核酸およびポリペプチドは、さらに、これらの配列（ａ）から（ｄ）のＮ末端／５’および／またはＣ末端／３’に対してさらなる配列を有し得る。
【０１３１】
本発明の実施には、他の場所で明記されていない限りは、当業者の能力の範囲内である、化学、生化学、分子生物学、免疫学、および薬理学の常套の方法が使用されるであろう。このような技術は、文献において十分に説明されている。例えば、参考文献１４２〜１４９などを参照のこと。
【０１３２】
（図面の簡単な説明）
図面はない。
【発明を実施するための最良の形態】
【０１３３】
（発明を実施するための形態）
ゲノムの配列決定は、Ｈｉｂ単離物（ＨＫ７０７株）について行われた。ゲノム配列は、配列番号３７０７として提供される。１８５３個のコード配列がすべて、このゲノムの中で同定され、そしてこれらは、それらの予想される翻訳産物とともに配列表に提供される。これらのポリペプチド配列の注釈は、表Ｉに提供される。配列決定された物質から、特定の目的のポリペプチドをコードする配列が、さらなる実験、具体的には、ワクチンの開発のための免疫原性タンパク質に注目した実験のために選択された。
【０１３４】
リポタンパク質
１８５３個のコードされる配列のうち、以下の３２個がリポタンパク質として同定された：
【０１３５】
【化２１−１】
2008538183.tif 000002
リポタンパク質は表面に露出しており、その結果、これらは、接近することができる免疫学的標的（例えば、診断目的のため、および免疫化の目的のため）を提示する。さらに、ＯｓｐＡタンパク質は脂質化された形態では免疫原性であるが、脂質化されていない形態では非免疫原性であることが、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）において明らかにされており［１５０］、著者らは、翻訳後の脂質の結合がＯｓｐＡの免疫原性の重要な決定要因であると結論付けている。
【０１３６】
ＨＩＢ１０２７およびＨＩＢ１２５５は、髄膜炎菌に由来するタンパク質「２８７」および「７４１」（これらはいずれも、ワクチンに使用される候補タンパク質である）に対して類似性を示す。ＨＩＢ１０２７およびＨＩＢ１２５５は以下のように整列する（Ｔ−ＣＯＦＦＥＥバージョン２．０８）：
【０１３７】
【化２１−２】
2008538183.tif 000003
リポタンパク質は、一般的にはＮ末端システイン残基を有しており、これに脂質が共有結合される。細菌での発現によってリポタンパク質を調製するためには、通常、ジアシルグリセリルトランスフェラーゼによる脂質化、その後のリポタンパク質特異的（ＩＩ型）ＳＰａｓｅによる切断を指向する、適切なＮ末端シグナルペプチドが必要である。したがって、本発明のリポタンパク質は、典型的には、Ｎ末端システインを有しているが、通常のＮ末端メチオニンを有している新生タンパク質の翻訳後修飾の産物であろう。このようなリポタンパク質は、脂質二重層と会合していてよく、また、界面活性剤で可溶化されていてよい。
【０１３８】
ＨＩＢ１０２７配列の処理および脂質化によっては、以下の成熟配列（配列番号３７０８）が生じるであろう：
【０１３９】
【化２２】
2008538183.tif 000004
ＨＩＢ１２５５配列の処理および脂質化によっては、以下の成熟配列（配列番号３７０９）が生じるであろう：
【０１４０】
【化２３】
2008538183.tif 000005
インフルエンザ菌Ｒｄのゲノムと、分類できないインフルエンザ菌とのゲノムを比較すると、ＨＩＢ１２５５は、相同配列ｈｉ１１９２とｈｉ１１９３との間にある挿入断片の一部である。この２．３ｋｂの挿入断片は、３つのコード配列を含み、ＧＣ含有量は３２．４％である。
【０１４１】
髄膜炎菌ワクチン抗原に対するそれらの類似性、および非病原性株にはそれが存在していないことは、ＨＩＢ１０２７およびＨＩＢ１２５５が有用なＨｉｂ免疫原であることを示唆している。
【０１４２】
内膜および外膜
インフルエンザ菌はグラム陰性細菌であるので、その細胞壁は外膜を含む。１８５３個のコード配列のうち、以下の１７個を、この外膜の中に存在するとして同定した：
【０１４３】
【化２４】
2008538183.tif 000006
外膜タンパク質（ＯＭＰ）は表面に露出しており、その結果、これらは、接近することができる免疫学的標的（例えば、診断目的のため、および免疫化の目的のため）を提示する。ＯＭＰは、多くの場合は侵襲性因子（ｉｎｖａｓｉｏｎｓ）、接着因子などである。これは、ブロックされると、細菌感染を予防する手段を付与する。
【０１４４】
インフルエンザ菌がグラム陰性細菌であるので、これはまた、内膜も有している。１８５３個のコード配列のうち、以下の対が、内膜に存在しているとして同定された：ＨＩＢ１０５５；ＨＩＢ１０８６。内膜タンパク質は、有用な免疫学的標的（例えば、診断目的のため、および免疫化の目的のため）を提示する。
【０１４５】
ペリプラズム
インフルエンザ菌はグラム陰性細菌であるので、これは、その細胞質膜とその外膜との間にペリプラズムを有している。１８５３個のコード配列のうち、以下の１６個が、ペリプラズムに存在しているものとして同定された：ＨＩＢ００８９；ＨＩＢ０２８８；ＨＩＢ０３３８；ＨＩＢ０３４１；ＨＩＢ０５２５；ＨＩＢ０９９９；ＨＩＢ１０８８；ＨＩＢ１１４１；ＨＩＢ１１７２；ＨＩＢ１１８５；ＨＩＢ１２３８；ＨＩＢ１３３４；ＨＩＢ１５７６；ＨＩＢ１５８３；ＨＩＢ１７０９；およびＨＩＢ１７６１。ペリプラズムタンパク質は、有用な免疫学的標的（例えば、診断目的のため、および免疫化の目的のため）を提示する。
【０１４６】
本発明は、例示だけの目的のために記載されているが、本発明の範囲および精神にとどまりつつも、複数の修飾を行うことができることが理解されるであろう。
【０１４７】
（表Ｉ−注釈）
【０１４８】
【表１】
2008538183.tif 000007
【０１４９】
【表２】
2008538183.tif 000008
【０１５０】
【表３】
2008538183.tif 000009
【０１５１】
【表４】
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【０１５２】
【表５】
2008538183.tif 000011
【０１５３】
【表６】
2008538183.tif 000012
【０１５４】
【表７】
2008538183.tif 000013
【０１５５】
【表８】
2008538183.tif 000014
【０１５６】
【表９】
2008538183.tif 000015
【０１５７】
【表１０】
2008538183.tif 000016
【０１５８】
【表１１】
2008538183.tif 000017
【０１５９】
【表１２】
2008538183.tif 000018
【０１６０】
【表１３】
2008538183.tif 000019
【０１６１】
【表１４】
2008538183.tif 000020
【０１６２】
【表１５】
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【０１６３】
【表１６】
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【０１６４】
【表１７】
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【０１６５】
【表１８】
2008538183.tif 000024
【０１６６】
【表１９】
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【０１６７】
【表２０】
2008538183.tif 000026
【０１６８】
【表２１】
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【０１６９】
【表２２】
2008538183.tif 000028
【０１７０】
【表２３】
2008538183.tif 000029
【０１７１】
【表２４】
2008538183.tif 000030
【０１７２】
【表２５】
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【０１７３】
【表２６】
2008538183.tif 000032
【０１７４】
【表２７】
2008538183.tif 000033
【０１７５】
【表２８】
2008538183.tif 000034
【０１７６】
【表２９】
2008538183.tif 000035
【０１７７】
【表３０】
2008538183.tif 000036
【０１７８】
【表３１】
2008538183.tif 000037
【０１７９】
【表３２】
2008538183.tif 000038
【０１８０】
【表３３】
2008538183.tif 000039
参考文献（その内容は、本明細書中に参考として援用される）
【０１８１】
【化２５】
2008538183.tif 000040
【０１８２】
【化２６】
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【０１８３】
【化２７】
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【０１８４】
【化２８】
2008538183.tif 000043
【数１】
2008538183.tif 000044
【０１８５】
【数２】
2008538183.tif 000045
【０１８６】
【数３】
2008538183.tif 000046
【０１８７】
【数４】
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【０１８８】
【数５】
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【０１８９】
【数６】
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【０１９０】
【数７】
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【０１９１】
【数８】
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【０１９２】
【数９】
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【０１９３】
【数１０】
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【０１９４】
【数１１】
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【０１９５】
【数１２】
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【０１９６】
【数１３】
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【０１９７】
【数１４】
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【数１５】
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【０１９９】
【数１６】
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【０２００】
【数１７】
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【０２０１】
【数１８】
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【数１９】
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【数２０】
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【０２０４】
【数２１】
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【数２２】
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【数２３】
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【０２０７】
【数２４】
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【０２０８】
【数２５】
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【０２０９】
【数２６】
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【０２１０】
【数２７】
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【０２１１】
【数２８】
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【０２１２】
【数２９】
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【０２１３】
【数３０】
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【０２１４】
【数３１】
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【０２１５】
【数３２】
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【０２１６】
【数３３】
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【０２１７】
【数３４】
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【０２１８】
【数３５】
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【０２１９】
【数３６】
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【０２２０】
【数３７】
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【０２２１】
【数３８】
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【０２２２】
【数３９】
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【０２２３】
【数４０】
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【０２２４】
【数４１】
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【０２２５】
【数４２】
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【数４３】
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【数４４】
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【０２２８】
【数４５】
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【０２２９】
【数４６】
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【０２３０】
【数４７】
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【０２３１】
【数４８】
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【０２３２】
【数４９】
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【０２３３】
【数５０】
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【０２３４】
【数５１】
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【０２３５】
【数５２】
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【０２３６】
【数５３】
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【０２３７】
【数５４】
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【０２３８】
【数５５】
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【０２３９】
【数５６】
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【０２４０】
【数５７】
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【数５８】
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【数５９】
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【数６０】
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【０２４４】
【数６１】
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【０２４５】
【数６２】
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【０２４６】
【数６３】
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【０２４７】
【数６４】
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【０２４８】
【数６５】
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【０２４９】
【数６６】
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【０２５０】
【数６７】
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【０２５１】
【数６８】
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【０２５２】
【数６９】
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【０２５３】
【数７０】
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【０２５４】
【数７１】
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【０２５５】
【数７２】
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【０２５６】
【数７３】
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【０２５７】
【数７４】
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【０２５８】
【数７５】
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【０２５９】
【数７６】
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【０２６０】
【数７７】
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【０２６１】
【数７８】
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【０２６２】
【数７９】
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【０２６３】
【数８０】
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【０２６４】
【数８１】
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【０２６５】
【数８２】
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【０２６６】
【数８３】
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【０２６７】
【数８４】
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【０２６８】
【数８５】
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【０２６９】
【数８６】
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【０２７０】
【数８７】
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【０２７１】
【数８８】
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【０２７２】
【数８９】
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【０２７３】
【数９０】
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【０２７４】
【数９１】
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【０２７５】
【数９２】
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【０２７６】
【数９３】
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【０２７７】
【数９４】
2008538183.tif 000137
【０２７８】
【数９５】
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【０２７９】
【数９６】
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【０２８０】
【数９７】
2008538183.tif 000140
【０２８１】
【数９８】
2008538183.tif 000141
【０２８２】
【数９９】
2008538183.tif 000142
【０２８３】
【数１００】
2008538183.tif 000143
【０２８４】
【数１０１】
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【０２８５】
【数１０２】
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【０２８６】
【数１０３】
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【０２８７】
【数１０４】
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【０２８８】
【数１０５】
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【０２８９】
【数１０６】
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【０２９０】
【数１０７】
2008538183.tif 000150
【０２９１】
【数１０８】
2008538183.tif 000151
【０２９２】
【数１０９】
2008538183.tif 000152
【０２９３】
【数１１０】
2008538183.tif 000153
【０２９４】
【数１１１】
2008538183.tif 000154
【０２９５】
【数１１２】
2008538183.tif 000155
【０２９６】
【数１１３】
2008538183.tif 000156
【０２９７】
【数１１４】
2008538183.tif 000157
【０２９８】
【数１１５】
2008538183.tif 000158
【０２９９】
【数１１６】
2008538183.tif 000159
【０３００】
【数１１７】
2008538183.tif 000160
【０３０１】
【数１１８】
2008538183.tif 000161
【０３０２】
【数１１９】
2008538183.tif 000162
【０３０３】
【数１２０】
2008538183.tif 000163
【０３０４】
【数１２１】
2008538183.tif 000164
【０３０５】
【数１２２】
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【０３０６】
【数１２３】
2008538183.tif 000166
【０３０７】
【数１２４】
2008538183.tif 000167
【０３０８】
【数１２５】
2008538183.tif 000168
【０３０９】
【数１２６】
2008538183.tif 000169
【０３１０】
【数１２７】
2008538183.tif 000170
【０３１１】
【数１２８】
2008538183.tif 000171
【０３１２】
【数１２９】
2008538183.tif 000172
【０３１３】
【数１３０】
2008538183.tif 000173
【０３１４】
【数１３１】
2008538183.tif 000174
【０３１５】
【数１３２】
2008538183.tif 000175
【０３１６】
【数１３３】
2008538183.tif 000176
【０３１７】
【数１３４】
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【０３１８】
【数１３５】
2008538183.tif 000178
【０３１９】
【数１３６】
2008538183.tif 000179
【０３２０】
【数１３７】
2008538183.tif 000180
【０３２１】
【数１３８】
2008538183.tif 000181
【０３２２】
【数１３９】
2008538183.tif 000182
【０３２３】
【数１４０】
2008538183.tif 000183
【０３２４】
【数１４１】
2008538183.tif 000184
【０３２５】
【数１４２】
2008538183.tif 000185
【０３２６】
【数１４３】
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【０３２７】
【数１４４】
2008538183.tif 000187
【０３２８】
【数１４５】
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【０３２９】
【数１４６】
2008538183.tif 000189
【０３３０】
【数１４７】
2008538183.tif 000190
【０３３１】
【数１４８】
2008538183.tif 000191
【０３３２】
【数１４９】
2008538183.tif 000192
【０３３３】
【数１５０】
2008538183.tif 000193
【０３３４】
【数１５１】
2008538183.tif 000194
【０３３５】
【数１５２】
2008538183.tif 000195
【０３３６】
【数１５３】
2008538183.tif 000196
【０３３７】
【数１５４】
2008538183.tif 000197
【０３３８】
【数１５５】
2008538183.tif 000198
【０３３９】
【数１５６】
2008538183.tif 000199
【０３４０】
【数１５７】
2008538183.tif 000200
【０３４１】
【数１５８】
2008538183.tif 000201
【０３４２】
【数１５９】
2008538183.tif 000202
【０３４３】
【数１６０】
2008538183.tif 000203
【０３４４】
【数１６１】
2008538183.tif 000204
【０３４５】
【数１６２】
2008538183.tif 000205
【０３４６】
【数１６３】
2008538183.tif 000206
【０３４７】
【数１６４】
2008538183.tif 000207
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【数６１１】
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【数６１２】
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【０７９６】
【数６１３】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成20年6月30日(2008.6.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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