(57)【要約】  本発明は、遺伝的多型の分析を用いて喫煙者及び非喫煙者において肺癌を発達させるリスクを評価する方法を提供する。本発明は、肺癌を発達させる対象のリスクを評価する際に遺伝的多型を使用することにも関する。その様な評価に適しているヌクレオチドプローブ及びプライマー、キット、及びマイクロアレイも提供される。
2008545390.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌を発達させる対象のリスクを測定する方法であって、以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
一酸化窒素合成酵素３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
又はこれら多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について当該対象由来のサンプルを分析することを含み、ここで１以上の当該多型の有無は、肺癌を発達させる対象のリスクを指し示す、前記方法。
【請求項２】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；又は
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；又は
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記方法が、以下の：
チャイニーズハムスターにおけるＸ線修復補体欠損１(ＸＲＣＣ１)遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
インターロイキン-８(ＩＬ-８)をコードする遺伝子における-２５１Ａ/Ｔ；
サイクリンＤ(ＣＣＮＤ１)をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
インターロイキン１Ｂ(ＩＬ-１Ｂ)をコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ；
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１/ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
色素性乾皮症相補群Ｄ(ＸＰＤ)遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
シトクロムＰ４５０ １Ａ１(ＣＹＰ１Ａ１)をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ＶａｌＡ/Ｇ；
８-オキソグアニンＤＮＡグリコラーゼ(ＯＧＧ１)をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６ＣｙｓＧ/Ｃ；
Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ/Ｇ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１(ＣＹＰ２Ｅ１)をコードする遺伝子における１０１９Ｇ/ＣＰｓｔＩ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
グルタチオンＳトランスフェラーゼＭ(ＧＳＴＭ)をコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１(ＭＭＰ１)をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ニブリン(ＮＢＳ１)をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；
アペックスヌクレア-ゼ(ＡＰＥ１)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８ＧｌｕＧ／Ｔ；又は
１以上のこれらの多型と連鎖不均衡にある、１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上のさらなる多型の有無について前記サンプルを分析することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１ＡＡ遺伝子型；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９ＧｌｎＡＡ遺伝子型；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ ＧＧ遺伝子型；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１ＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ ＧＧ遺伝子型；又は
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７Ｓｅｒ ＣＣ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１ＧＧ遺伝子型；
ＦＡＳをコードする遺伝子におけるＡ-６７０Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／ＣＰｓｔＩ ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ ＴＴ又はＴＣ遺伝子型；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル遺伝子型；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ ２Ｇ／２Ｇ遺伝子型；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ ＣＣ遺伝子型；又は
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ ＧＧ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項４又は請求項５に記載の方法。
【請求項７】
肺癌を発達させる対象のリスクを評価する方法であって、当該方法が以下のステップ：
(ｉ)  肺癌を発達させる低いリスクと関連した少なくとも１の保護的多型の有無を測定し；そして
(ｉｉ)少なくとも１の保護的多型の非存在下で、肺癌を発達させる高いリスクと関連する少なくとも１の罹患性多型の有無を測定する
を含み、ここで、１以上の当該保護的多型の存在が肺癌を発達させる低いリスクを指し示し、そして少なくとも１の罹患性多型の存在と組み合わせて少なくとも１の保護的多型が存在しないことが肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、前記方法。
【請求項８】
前記少なくとも１の保護的多型が以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１ＡＡ遺伝子型；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９ＧｌｎＡＡ遺伝子型；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ ＧＧ遺伝子型；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１ＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ ＧＧ遺伝子型；又は
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７Ｓｅｒ ＣＣ遺伝子型
からなる群から選ばれる、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１の罹患性多型が、以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１ＧＧ遺伝子型；
ＦＡＳをコードする遺伝子におけるＡ-６７０Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／ＣＰｓｔＩ ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ ＴＴ又はＴＣ遺伝子型；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル遺伝子型；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ ２Ｇ／２Ｇ遺伝子型；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ ＣＣ遺伝子型；又は
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ ＧＧ遺伝子型
からなる群から選ばれる遺伝子型である、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項１０】
１以上の罹患性多型の存在とは無関係に２以上の保護的多型の存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
保護的多型の非存在下で、１以上の罹患性多型の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
２以上の罹患性多型の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
肺癌を発達させる対象のリスクを測定する方法が、以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ
チャイニーズハムスターにおけるＸ線修復補体欠損１(ＸＲＣＣ１)遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
インターロイキン-８(ＩＬ-８)をコードする遺伝子における-２５１Ａ/Ｔ；
サイクリンＤ(ＣＣＮＤ１)をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
インターロイキン１Ｂ(ＩＬ-１Ｂ)をコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ；
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１/ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
色素性乾皮症相補群Ｄ (ＸＰＤ)遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
シトクロムＰ４５０ １Ａ１(ＣＹＰ１Ａ１)をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ＶａｌＡ/Ｇ；
８-オキソグアニンＤＮＡグリコラーゼ(ＯＧＧ１)をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６ＣｙｓＧ/Ｃ；
Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ/Ｇ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１(ＣＹＰ２Ｅ１)をコードする遺伝子における１０１９Ｇ/ＣＰｓｔＩ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
グルタチオンＳトランスフェラーゼＭ(ＧＳＴＭ)をコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１(ＭＭＰ１)をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ニブリン(ＮＢＳ１)をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；
アペックスヌクレア-ゼ(ＡＰＥ１)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８ＧｌｕＧ／Ｔ；
又はこれら多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる２以上の多型の存在について当該対象由来のサンプルを分析することを含む、前記方法。
【請求項１４】
前記方法が、１以上の疫学的リスク因子の分析を含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
肺癌を発達させる対象のリスクを測定する方法であって、当該方法が以下のステップ：
(ｉ)  上記対象由来のサンプルについての１以上の遺伝子試験の結果を取得し；そして
(ｉｉ)  以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
又はこれら多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について結果を分析する  
を含み、ここで１以上の当該多型の有無を指し示す結果が、肺癌を発達させる対象のリスクを指し示す、前記方法。
【請求項１６】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法において使用するための１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーであって、当該１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーが、分析される当該多型が存在する遺伝子の多型領域にかかっているか、又はかかるために使用できる、前記１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項１９】
配列番号１〜配列番号１４５のいずれかひとつの配列を含む、請求項１８に記載される１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項２０】
請求項１に定義される群から選ばれる多型のうちの１以上をコードする核酸配列又はそれらに相補的である配列にハイブリダイズできる核酸配列を提示する支持体を含む核酸マイクロアレイ。
【請求項２１】
肺癌を発達させる対象のリスクの評価における少なくとも１の多型の使用であって、当該少なくとも１の多型が以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；又は
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ
又は当該多型のいずれか１つと連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる、前記使用。
【請求項２２】
前記使用が、以下の：
チャイニーズハムスターにおけるＸ線修復補体欠損１(ＸＲＣＣ１)遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
インターロイキン-８(ＩＬ-８)をコードする遺伝子における-２５１Ａ/Ｔ；
サイクリンＤ(ＣＣＮＤ１)をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
インターロイキン１Ｂ(ＩＬ-１Ｂ)をコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ；
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１/ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
色素性乾皮症相補群Ｄ遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
シトクロムＰ４５０ １Ａ１(ＣＹＰ１Ａ１)をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ＶａｌＡ/Ｇ；
８-オキソグアニンＤＮＡグリコラーゼ(ＯＧＧ１)をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６ＣｙｓＧ/Ｃ；
Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ/Ｇ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１(ＣＹＰ２Ｅ１)をコードする遺伝子における１０１９Ｇ/ＣＰｓｔＩ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
グルタチオンＳトランスフェラーゼＭ(ＧＳＴＭ)をコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１(ＭＭＰ１)をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ニブリン(ＮＢＳ１)をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；又は
アペックスヌクレア-ゼ(ＡＰＥ１)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８ＧｌｕＧ／Ｔ；
又は当該多型のいずれか１つと連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる少なくとも１のさらなる多型の使用と組み合わされる、請求項２１に記載の使用。
【請求項２３】
肺癌を発達させる高いリスクを有する対象を治療する方法であって、請求項８に定義される群から選ばれる保護的多型の当該対象における存在及び／又は機能効果を遺伝子型又は表現形として複製するステップを含む、前記方法。
【請求項２４】
癌を発達させる高いリスクを有する対象であって、当該対象が請求項９に定義される群から選ばれる検出可能な罹患性多型を有し、当該多型が遺伝子発現を上方制御又は下方制御し、その結果発現された遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が当該対象の年齢及び性別について通常である範囲を外れている対象を治療する方法であって、当該方法が、当該遺伝子発現産物の生理学的に活性な濃度を、上記対象の年齢及び性別について通常である範囲内に回復させるステップを含む、前記方法。
【請求項２５】
肺癌を発達させる高いリスクを有する対象であって、インターロイキン１８をコードする遺伝子における１０５Ｃ／Ａ多型でＡＡ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該対象のインターロイキン１８活性を増強できる薬剤を当該対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項２６】
肺癌を発達させる高いリスクを有する対象であって、インターロイキン１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ／Ｃ多型でＣＣ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該対象のインターロイキン１８活性を増強できる薬剤を当該対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項２７】
肺癌を発達させる対象のリスクを測定する方法であって、以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１Ａ／Ｔ；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１／ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ Ｖａｌ Ａ／Ｇ；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ Ｇ／Ｃ；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ Ｇｌｎ Ａ／Ｇ；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／Ｃ ＰｓｔＩ；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５Ｃ/Ｇ；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ Ｃ／Ｇ；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５ Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ Ｇ／Ｔ；又は
これらの多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる２以上の多型を分析することを含む、前記方法。
【請求項２８】
請求項１〜１７、又は２７のいずれか一項に記載される方法において使用するための抗体マイクロアレイであって、当該マイクロアレイが、遺伝子発現産物に結合できる抗体を提示する支持体を含み、当該遺伝子発現が、請求項２又は３に定義される罹患性又は保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御される、前記マイクロアレイ。
【請求項２９】
請求項２又は請求項３に定義される群から選ばれる罹患性又は保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御される遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該方法が以下の：
遺伝子発現の上方制御又は下方制御と関連することが決定された罹患性又は保護的多型を含む細胞と候補化合物を接触させ；そして
当該候補化合物と接触させた後に当該遺伝子の発現を計測する
を含み、ここで、接触ステップの前に比べて、接触ステップの後に発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、前記方法。
【請求項３０】
前記細胞が、当該多型の存在を確認するために予めスクリーニングされたヒト肺細胞である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の上方制御と関連する罹患性多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項２９又は３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する罹患性多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項２９又は３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の上方制御と関連する保護的多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに上方制御する候補化合物に対してされる、請求項２９又は３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する保護的多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに下方制御する候補化合物に対してされる、請求項２９又は３０に記載の方法。
【請求項３５】
遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該遺伝子の発現が、請求項２又は請求項３に定義される群から選ばれる罹患性又は保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御され、当該方法が以下のステップ：
その発現が、罹患性又は保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御されるが、当該細胞においてその発現が上方制御も下方制御もされていないところの遺伝子を含む細胞と候補化合物を接触させ、そして
上記候補化合物と接触させた後に当該遺伝子の発現を計測する、
を含み、ここで上記接触ステップの前に比べて当該接触ステップの後の発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、
前記方法。
【請求項３６】
前記細胞が、前記遺伝子の存在及び発現のベースラインレベルを確認するために予めスクリーニングされたヒト肺細胞である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記遺伝子発現が罹患性多型と関連する場合に下方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項３５又は３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記遺伝子発現が罹患性多型と関連する場合に上方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項３５又は３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記遺伝子発現が保護的多型と関連する場合に上方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項３５又は３６に記載の方法。
【請求項４０】
前記遺伝子発現が保護的多型と接触される場合に下方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項３５又は３６に記載の方法。
【請求項４１】
肺癌と診断されるか又は肺癌にかかりやすい対象の予防又は治療処置への応答性を評価する方法であって、当該処置が遺伝子発現産物の生理学的に活性な濃度を当該対照の年齢及び性別について通常である範囲内に回復させることを含み、当該方法が、請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型の有無を当該対象において検出することを含み、当該多型は存在する場合当該遺伝子の発現を上方制御又は下方制御し、その結果当該発現された遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が当該通常範囲を外れ、ここで当該多型の有無の検出が当該処置に応答する対象を指し示す、前記方法。
【請求項４２】
肺癌を発達させる高いリスクを有する対象であって、ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターに存在する-７６５Ｃ／Ｇ多型でＧＧ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該方法が、当該対象においてＣＯＸ２活性を低減できる薬剤を当該対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項４３】
前記薬剤がＣＯＸ２インヒビター又は非ステロイド系抗炎症剤(ＮＳＡＩＤ)である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記ＣＯＸ２インヒビターがＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）(セレコキシブ)、Ｂｅｘｔｒａ（登録商標）(バルデコキシブ)、及びＶｉｏｘｘ(ロフェコキシブ)からなる群から選ばれる、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
肺癌を発達させる高いリスクを有する対象であって、ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇでの２Ｇ２Ｇ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該対象におけるＭＭＰ１活性を低減できる薬剤を当該対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項４６】
前記薬剤がＭＭＰインヒビターである、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＭＭＰインヒビターが、４,５-ジヒドロキシアントラキノン-２-カルボン酸(ＡＱＣＡ)、アントラキニル-メルカプトエチルアミン、アントラキニル-アラニンヒドロキサマート、及びそれらの誘導体を含む群から選ばれる、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記薬剤が、１以上のメタロプロテイナーゼの組織阻害剤（ＴＩＭＰ）の発現又は活性を増加できる薬剤である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
メタロプロテイナーゼの組織阻害剤が、１以上のＴＩＭＰ１、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、又はＴＩＭＰ４である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記薬剤が、１以上の膜結合ＭＭＰの発現又は活性を低減できる薬剤である、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】
肺癌から選ばれる１以上の閉塞性肺疾患を発達させる対象のリスクを評価するキットであって、当該キットが以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
又はこれらの多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について当該対象由来のサンプルを分析する手段を含む、前記キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、肺機能及び／又は障害の評価方法に関し、そして特に遺伝的多型及び遺伝子発現の変化の分析を用いて喫煙者及び非喫煙者における肺癌を発達させるリスクを評価する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
肺癌は、二番目に多い癌であり、そして肺癌の原因は主にタバコの喫煙にある。肺癌の発達に寄与する他の因子として、職業上の暴露、遺伝的要因、ラドン暴露、他の空気汚染物質への暴露、及び場合により食事要因が挙げられる(Alberg AJら、2003)。非喫煙者は、４００人に１人の肺癌のリスク(０.２５％)しか有さないと見積もられる。喫煙は当該リスクを約４０倍増加させ、その結果、喫煙者は１０人に１人の肺癌リスク(１０％)を有し、そして長期間の喫煙者では生存期間における肺癌リスクは１０〜１５％ほどの高さであると報告された(Schwartz AG、2004)。遺伝的要因は、(喫煙者のなかの)弱い家族性傾向、並びに喫煙者の少数しか肺癌にならないという事実により証拠付けられるように、ある程度の役割を果たすと考えられる。当該遺伝的傾向の大部分が、低浸透性の高い頻度で生じる多型(low penetrant high frequency polymorphisms)、つまり、一般集団においてよく見られる多型であって、慢性的に喫煙するという状況においてまとめて癌発達に寄与する多型、から生じる(Schwartz AG、2004、Wu Xら、2004)。幾つかの疫学的研究により、損なわれた肺機能(Anthonisen NR. 1989、Skillrud DM.1986、Tockman MSら、1987、Kuller LHら、1990、Nomura Aら、1991)、又は閉塞性肺疾患の兆候(Mayne STら、1999)は、肺癌の独立したリスク因子であり、そしておそらく喫煙暴露量よりも関連性がある。
【０００３】
気道疾患の治療の進歩にも関わらず、現在の治療は、呼吸不全及び死亡を引き起こす肺機能の進行性の低下及び転移を含みうる肺癌の自然経過を有意に変更することはない。禁煙は、肺機能の低下を緩和すると予想されているが、早い段階で達成されなければ、肺機能の喪失は無視できるものではなく、そして息切れの悪化の症状を避けることができないようである。血清コレステロールの発見とその冠動脈疾患への関連と同様に、肺癌に寄与する因子をより理解する必要性が存在し、危険性を有する対象を同定する試験が開発され、そして肺癌の有害な影響を低減するために新たな処置が発見された。肺癌又は肺癌を発達させる傾向を早期に診断することは、後期肺癌の処置において使用されるよりも広い範囲の予防又は治療処置を使用することを可能にする。このような予防又は初期治療処置は、成功しやすく、寛解を達成しやすく、クオリティーオブライフを改善しやすく、そして／又は生存期間を増加させやすい。
【０００４】
今日までに、様々な肺障害の発達に対する傾向を診断及び評価するのに有用な多くの生物マーカーが同定されきた。例えば、以下の：
ヒトマクロファージエラスターゼ(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子のプロモーターにおけるＡ-８２Ｇ；
形質転換成長因子β(ＴＧＦβ)をコードする遺伝子のコドン１０内のＴ→Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子のプロモーターのＣ＋７６０Ｇ；
メタロプロテイナーゼ３の組織インヒビター(ＴＩＭＰ３)をコードする遺伝子のプロモーター内のＴ-１２９６Ｃ；及び
ＰＣＴ国際出願PCT/NZ02/00106号(WO02/099134号として公開され、そしてその全てを本明細書に援用する)に開示される様に、これらの多型と連鎖不均衡にある多型
を含む１ヌクレオチド多型が挙げられる。
【０００５】
特に対象が喫煙者の場合、肺癌などの肺障害を発達させる対象のリスク、又は肺癌に関連する肺機能の喪失を発達させるリスクを評価するために使用できるさらなるバイオマーカーを有することは、望ましくかつ利点があるであろう。
【０００６】
本発明は主に、このようなバイオマーカー、並びにこのような障害を発達させるリスクを評価する方法における当該バイオマーカーの使用に関する。
【発明の開示】
【０００７】
特定の多型が、対照と比べて肺癌対象においてより頻繁に見られるという発見に本発明は主に基づく。これらの多型の分析は、多型と、肺癌を発達させる対象のリスクとの間の関係を明らかにする。
【０００８】
こうして、１の態様に従って、肺癌を発達させる対象のリスクを測定する方法であって、当該対象由来のサンプルを、以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について分析することを含む、前記方法が提供される。ここで当該多型の１以上の有無が、肺癌を発達させる対象のリスクを指し示す。
【０００９】
１以上の多型は、直接検出できるか、又は当該１以上の多型と連鎖不均衡にある１以上の多型を検出することにより検出できる。
【００１０】
連鎖不均衡(ＬＤ)は、２以上の突然変異又は多型が一緒に遺伝するほど遺伝的に近接している遺伝の現象である。これは、遺伝子型決定において、１の多型が存在すると検出することは、もう一方の多型の存在を暗示するということを意味する(Reich DEら；Linkage disequilibrium in the human genome, Nature 2001, 411:199-204)。
【００１１】
本方法は、上記対照由来のサンプルを、以下の：
チャイニーズハムスターにおけるＸ線修復補体欠損１(X-ray repair complementing defective in Chinese hamster 1)(ＸＲＣＣ１)遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
インターロイキン-８(ＩＬ-８)をコードする遺伝子における-２５１Ａ/Ｔ；
サイクリンＤ(ＣＣＮＤ１)をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
インターロイキン１Ｂ(ＩＬ-１Ｂ)をコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ；
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１/ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
色素性乾皮症相補群Ｄ(Xeroderma pigmentosum complementation group D)(ＸＰＤ)遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
シトクロムＰ４５０ １Ａ１(ＣＹＰ１Ａ１)をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ＶａｌＡ/Ｇ；
８-オキソグアニンＤＮＡグリコラーゼ(8-oxoguanine DNA glycolase)(ＯＧＧ１)をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６ＣｙｓＧ/Ｃ；
Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ/Ｇ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１(ＣＹＰ２Ｅ１)をコードする遺伝子における１０１９Ｇ/ＣＰｓｔＩ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
グルタチオンＳトランスフェラーゼＭ(ＧＳＴＭ)をコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１(ＭＭＰ１)をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ニブリン(ＮＢＳ１)をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；又は
アペックスヌクレア-ゼ(ＡＰＥ１)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８ＧｌｕＧ／Ｔ
からなる群から選ばれる１以上のさらなる多型の存在について分析することを含む。
【００１２】
さらに、当該１以上のさらなる多型の検出は、直接、又は１以上のさらなる多型と連鎖不均衡にある多型の検出により行われうる。
【００１３】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１ＡＡ遺伝子型；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９ＧｌｎＡＡ遺伝子型；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ ＧＧ遺伝子型；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１ＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ ＧＧ遺伝子型；又は
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７Ｓｅｒ ＣＣ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌の低いリスクを指し示しうる。
【００１４】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１ＧＧ遺伝子型；
ＦＡＳをコードする遺伝子におけるＡ-６７０Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／ＣＰｓｔＩ ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ ＴＴ又はＴＣ遺伝子型；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル遺伝子型；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ ２Ｇ／２Ｇ遺伝子型；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ ＣＣ遺伝子型；又は
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ ＧＧ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示しうる。
【００１５】
本発明の方法は、喫煙者(現在の又は過去の喫煙者の両方)に特に有用である。
【００１６】
本発明の方法が多型の２個のカテゴリー、つまり肺癌を発達するリスクの低い多型(当該多型は「保護的(protective)多型」と呼ぶことができる)及び肺癌を発達するリスクの高い多型(当該多型は「罹患性(susceptibiity)多型」と呼ぶことができる)、を同定することが認められよう。
【００１７】
その結果、本発明はさらに、肺癌を発達させる対象のリスクを評価する方法を提供し、ここで当該方法は以下の：
肺癌を発達させる低いリスクと関連する少なくとも１の保護的多型の有無を決定し；そして
少なくとも１の保護的多型の非存在下で、肺癌を発達させる高いリスクと関連する少なくとも１の罹患性多型の有無を決定する
を含む。ここで当該１以上の保護的多型が存在することが、肺癌を発達させる低いリスクを指し示し、そして少なくとも１の罹患性多型の存在と組合わせて少なくとも１の保護的多型が存在しないことが、肺癌を発達させるリスクの増加を指す。
【００１８】
好ましくは、当該少なくとも１の保護的多型は、以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１ＡＡ遺伝子型；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９ＧｌｎＡＡ遺伝子型；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ ＧＧ遺伝子型；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１ＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ ＧＧ遺伝子型；又は
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７Ｓｅｒ ＣＣ遺伝子型
からなる群から選ばれる。
【００１９】
少なくとも１の罹患性多型は、以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１ＧＧ遺伝子型；
ＦＡＳをコードする遺伝子におけるＡ-６７０Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７Ｇｌｎ ＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／Ｃ ＰｓｔＩ ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ ＴＴ又はＴＣ遺伝子型；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル遺伝子型；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ ２Ｇ／２Ｇ遺伝子型；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ ＣＣ遺伝子型；又は
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ ＧＧ遺伝子型
からなる群から選ばれうる。
【００２０】
本発明の好ましい形態では、２以上の保護的多型の存在は、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す。
【００２１】
本発明のさらに好ましい形態では、２以上の罹患性多型の存在は、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す。
【００２２】
本発明のさらに好ましい形態では、２以上の保護的多型は、１以上の罹患性多型の存在とは無関係に２以上の保護的多型の存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す。
【００２３】
別の態様では、本発明は肺癌を発達させる対照のリスクを決定する方法であって、当該方法が以下の：
当該対象由来のサンプルの１以上の遺伝子検査の結果を取得し；そして
以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；又は
これらの多型の１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について当該結果を分析することを含む、前記方法が提供される。
【００２４】
更なる態様では、肺癌を発達させる対象のリスクを決定する方法であって、以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１Ａ／Ｔ；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１／ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ Ｖａｌ Ａ／Ｇ；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ Ｇ／Ｃ；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ Ｇｌｎ Ａ／Ｇ；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／Ｃ ＰｓｔＩ；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５Ｃ/Ｇ；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ Ｃ／Ｇ；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５ Ｇｌｕ ＣＣ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ Ｇ／Ｔ；又は
これらの多型の１以上のいずれかと連鎖平衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる２以上の多型を分析することを含む、前記方法が提供される。
【００２５】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＮＯＳ３をコードする遺伝子のコドン２９８へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
当該位置でのグルタミン酸の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す。
当該位置でのアスパラギンの存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す。
【００２６】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＳＯＤ３をコードする遺伝子のコドン３１２へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００２７】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＡＣＴをコードする遺伝子のコドン１５へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００２８】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＭＭＰ１２をコードする遺伝子のコドン３５７へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００２９】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＸＲＣＣ１遺伝子のコドン３９９へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００３０】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子のコドン４６２へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００３１】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＯＧＧ１をコードする遺伝子のコドン３２６へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００３２】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＮＡＴ２をコードする遺伝子のコドン１９７へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
【００３３】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＮＢＳ１をコードする遺伝子のコドン１８５へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
当該位置でのグルタミン酸の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す。
【００３４】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＲＥＶ１をコードする遺伝子のコドン２５７へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
当該位置でのセリンの存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す。
【００３５】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子のコドン２５２へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
当該位置でのバリンの存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す。
【００３６】
様々な実施態様では、上記方法のいずれか１以上は、ＡＰＥ１をコードする遺伝子のコドン１４８へとマッピングする位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含む。
当該位置でのグルタミン酸の存在が肺癌を発達させる高いリスクを指し示す。
【００３７】
本発明の好ましい形態では、本明細書に記載される方法は、肺癌を発達させるリスクに関する１以上の疫学的リスク因子を含む１以上のリスク因子の分析と組合わせて行われる。このような疫学的リスク因子としては、非限定的に喫煙又はタバコの煙への暴露、年齢、性別、及び家族の肺癌の病歴が挙げられる。
【００３８】
更なる態様では、本発明は、肺癌を発達させる対象のリスクの評価において少なくとも１の多型を使用することを提供し、ここで当該少なくとも１の多型が以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；又は
当該多型のうちのいずれか一つと連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる。
【００３９】
場合により、前記使用は、以下の：
チャイニーズハムスターにおけるＸ線修復補体欠損１ (ＸＲＣＣ１)におけるＡｒｇ３９８Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
インターロイキン-８(ＩＬ-８)をコードする遺伝子における-２５１Ａ/Ｔ；
サイクリンＤ(ＣＣＮＤ１)をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
インターロイキン１Ｂ(ＩＬ-１Ｂ)をコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ；
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１/ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
色素性乾皮症相補群Ｄ(ＸＰＤ)遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
シトクロムＰ４５０ １Ａ１(ＣＹＰ１Ａ１)をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ＶａｌＡ/Ｇ；
８-オキソグアニンＤＮＡグリコラーゼ(ＯＧＧ１)をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６ＣｙｓＧ/Ｃ；
Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ/Ｇ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１(ＣＹＰ２Ｅ１)をコードする遺伝子における１０１９Ｇ/ＣＰｓｔＩ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
グルタチオンＳトランスフェラーゼＭ(ＧＳＴＭ)をコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１(ＭＭＰ１)をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ニブリン(ＮＢＳ１)をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；
アペックスヌクレア-ゼ(ＡＰＥ１)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８ＧｌｕＧ／Ｔ；又は
これらの１以上の任意の多型と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる少なくとも１の更なる多型の使用と組合わせられうる。
【００４０】
別の態様では、本発明は、本明細書に記載される好ましい方法において使用するためのヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーのセットを提供する。好ましくはヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーは、遺伝子の多型領域にまたがるか又はまたがる様に使用できるプローブ及び／又はプライマーである。本明細書に記載されるプローブ及び／又はプライマーのいずれか１の配列を含む１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーが提供され、配列番号１〜配列番号１４５のいずれか１の配列、より好ましくは配列番号３〜配列番号１４２のいずれか１の配列を含む任意のものを含む。
【００４１】
さらなる態様では、本発明は、本発明の方法において使用するための核酸マイクロアレイであって、本明細書に記載される罹患性又は保護的多型又はそれらに相補的である配列の１以上をコードする核酸配列にハイブリダイズできる核酸配列を提示する支持体を含む、核酸マイクロアレイを提供する。
【００４２】
別の態様では、本発明は、本発明の方法において使用するための抗体マイクロアレイであって、当該マイクロアレイは、本明細書に記載される罹患性又は保護的多型に関連する場合に上方制御又は下方制御される遺伝子発現産物に結合できる抗体を提示する支持体を含む、抗体マイクロアレイを提供する。
【００４３】
更なる態様では、本発明は、肺癌を発達させる高いリスクを有する対象を治療する方法であって、当該対象において保護的多型の存在及び／又は機能効果を遺伝子型として又は表現形として複製するステップを含む方法を提供する。
【００４４】
さらなる態様では、本発明は、肺癌を発達させる高いリスクを有する対象であって、遺伝子の発現を上方制御又は下方制御し、その結果発現された遺伝子産物の生理学的活性濃度が当該対象の年齢及び性別に対して通常である範囲を外れている検出可能な罹患性多型を有する前記対象を治療する方法であって、当該方法が、当該遺伝子発現産物の生理学的に活性な濃度を、当該対象の年齢及び性別に対して通常である範囲に回復させるステップを含む、前記方法を提供する。
【００４５】
さらなる態様では、本発明は、肺癌を発達させる高いリスクを有し、かつＩＬ-１８をコードする遺伝子の１０５Ｃ／Ａ多型でＡＡ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該対象においてＩＬ-１８活性を高めることができる薬剤を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
【００４６】
さらなる態様では、本発明は、肺癌を発達させる高いリスクを有し、かつＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ／Ｃ多型でＣＣ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該対象においてＩＬ-１８活性を高めることができる薬剤を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
【００４７】
さらなる態様では、本発明は、罹患性又は保護的多型と関連する場合にその発現が上方制御又は下方制御されるところの遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該方法が以下のステップ：
遺伝子発現の上方制御又は下方制御と関連すると決定された罹患性又は保護的多型を含む細胞と候補化合物を接触させ；そして
当該候補化合物との接触に続き当該遺伝子発現を計測する
を含み、ここで接触ステップ前に比べた接触ステップ後の発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、前記方法を提供する。
【００４８】
好ましくは、当該細胞は当該多型の存在を確認するために予め選択されたヒト肺細胞である。
【００４９】
好ましくは、当該細胞は、当該遺伝子の発現の上方制御と関連する罹患性多型を含み、そして当該スクリーニングが、当該遺伝子の発現を下方制御する候補化合物について行われる。
【００５０】
或いは、当該細胞は、当該遺伝子の発現の下方制御と関連する罹患性多型を含み、そして当該スクリーニングが、当該遺伝子の発現を上方制御する候補化合物について行われる。
【００５１】
別の実施態様では、当該細胞は、当該遺伝子の発現の上方制御と関連する保護的多型を含み、そして当該スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに上方制御する候補化合物について行われる。
【００５２】
或いは、当該細胞は、当該遺伝子の発現の下方制御と関連する保護的多型を含み、そして当該スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに下方制御する候補化合物について行われる。
【００５３】
別の態様では、本発明は、罹患性又は保護的多型と関連する場合にその発現が上方制御又は下方制御される遺伝子の発現及び／又は活性化を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、以下のステップ：
罹患性又は保護的多型と関連する場合その発現が上方制御又は下方制御するが、当該細胞内ではその発現が上方制御又は下方制御のいずれもされない遺伝子を含む細胞と候補化合物とを接触させ、そして
当該候補化合物との接触に続き当該遺伝子の発現を計測する
を含み、ここで、接触ステップ前に比べた接触ステップ後の発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性化を調節する化合物の能力を指し示す、前記方法を提供する。
【００５４】
好ましくは、当該遺伝子の発現は、罹患性多型と関連した場合に下方制御され、そして当該スクリーニングが、当該細胞において遺伝子の発現を上方制御する候補化合物について行われる。
【００５５】
好ましくは、当該細胞は、当該遺伝子の存在及び発現のベースラインレベルを確認するために予め選択されたヒト肺細胞である。
【００５６】
或いは、当該遺伝子の発現は、罹患性多型と関連する場合に上方制御され、そして当該スクリーニングが当該細胞において当該遺伝子の発現を下方制御する候補化合物について行われる。
【００５７】
別の実施態様では、当該遺伝子の発現は、保護的多型と関連する場合上方制御され、そして当該スクリーニングが当該細胞内において当該遺伝子の発現を上方制御する候補化合物について行われる。
【００５８】
或いは、当該遺伝子の発現は、保護的多型に関連する場合下方制御され、そして当該スクリーニングが当該細胞内において当該遺伝子の発現を下方制御する化合物について行われる。
【００５９】
さらなる態様では、本発明は、肺癌を発達させるリスクのあるか、又は肺癌を患っている対象の、遺伝子発現産物の生理学的に活性な濃度が当該対象の年齢及び性別について通常である範囲内に回復させることに関する予防又は治療処置への応答性を評価する方法であって、当該方法が、存在する場合に当該遺伝子の発現を上方制御又は下方制御し、その結果、発現遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が当該通常の範囲を外れるようにする罹患性多型の有無を当該対象において検出することを含み、ここで、当該多型の存在の検出が、当該処理に応答する傾向のある対象を指し示す、前記方法を提供する。
【００６０】
さらなる態様では、本発明は、肺癌を発達させる高いリスクを有し、かつＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターに存在する-７６５Ｃ／Ｇ多型においてＧＧ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該方法が、当該対象においてＣＯＸ２活性を低減できる薬剤を当該対象に投与することを含む、前記方法を提供する。
【００６１】
１の実施態様では、当該試薬は、ＣＯＸ２阻害剤又は非ステロイド系抗炎症薬(ＮＳＡＩＤ)であり、好ましくは当該ＣＯＸ２阻害剤が、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）(セレコキシブ)、Ｂｅｘｔｒａ（登録商標）(バルデコキシブ)、及びＶｉｏｘｘ(ロフェコキシブ)からなる群から選ばれる。
【００６２】
さらなる態様では、本発明は、癌を発達させる高いリスクを有し、かつＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ多型で２Ｇ２Ｇ遺伝子型の存在が決定された対象を治療する方法であって、当該方法が、当該対象においてＭＭＰ１活性を低減できる薬剤を当該対象に投与することを含む、前記方法を提供する。
【００６３】
１の実施態様では、当該薬剤は、１以上のメタロプロテイナーゼの組織阻害剤(ＴＩＭＰ)の発現又は活性、好ましくは１以上のＴＩＭＰ１、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、又はＴＩＭＰ４の内の１以上の発現又は活性、を増加できる薬剤である。さらなる実施態様では、当該薬剤は、１以上の膜結合ＭＭＰの活性の発現を低減できる薬剤である。更なる実施態様では、当該薬剤はＭＭＰ阻害剤であり、好ましくは当該ＭＭＰ阻害剤は、４,５-ジヒドロキシアントラキノン-２-カルボン酸(ＡＱＣＡ)、アントラキニル-メルカプトエチルアミン、アントラキニル-アラニンヒドロキサマート、及びそれらの誘導体を含む群から選ばれる。
【００６４】
さらなる態様では、本発明は、肺癌を発達させる対象のリスクを評価するためのキットであって、当該対象由来のサンプルを、本明細書に開示される１以上の多型の有無について分析する手段を含む、前記キットを提供する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００６５】
ケースコントロール研究を用いて、肺癌を発達させた喫煙者、及び血液ドナー対象における候補遺伝子のいくつかの遺伝的変異(多型)の頻度を比較した。これらの候補遺伝子の大半は、遺伝子発現又はタンパク質の機能についての機能効果を確認した(又はおそらく確認した)。特に、血液ドナー対照、抵抗性喫煙者、及び肺癌を患う喫煙者(初期の開始を患うと喫煙者と通常の開始を患う喫煙者にさらに分けられる)との間の多型の頻度が比較された。本発明により、被験患者の選択された候補遺伝子に存在する保護的及び罹患性多型の両方が存在することが示された。
【００６６】
本明細書に記載される１の実施態様では、１９個の罹患性遺伝的多型及び１７個の保護的遺伝的多型が同定された。これらは以下の通りである：
【表１】
2008545390.tif 000003
【００６７】
罹患性遺伝的多型は、存在する場合に肺癌を発達させる高いリスクを指し示す多型である。対照的に、保護的遺伝的多型は、存在する場合に肺癌を発達させる低いリスクを指し示す多型である。
【００６８】
本明細書に使用される場合、「肺癌を発達させるリスク」という語句は、当該リスクに当てはまる対象が肺癌を発達させる可能性を意味し、そして当該疾患の素因及び当該疾患の潜在的な開始を含む。従って、「肺癌を発達させる高いリスク」という語句は、その様な高いリスクを有する対象が、肺癌を発達させる遺伝的性向又は傾向を有するということを意味する。このことは、このようなヒトが実際どんな場合も肺癌を発達させるということを意味するものではなく、彼又は彼女が、高い肺癌リスクに関連する多型を有さないか又は低い肺癌リスクに関連する多型を有するヒトの一般的集合に比較して肺癌を発達させる可能性が高いということを単に意味する。肺癌を発達させる高いリスクを有する対象は、評価時の肺機能に関わらず、傾向又は性向などの肺癌への傾向を有する対象、例えば遺伝的に肺癌への傾向を有するが通常の肺機能を有する対象、潜在的なリスクをもつ対象、例えば喫煙を続けた場合に肺癌を患うことになる可能性のある少し低減された肺機能への傾向を有する対象、そして肺活量測定器などで肺機能の悪化への傾向を有する肺癌を潜在的に開始させた対象を含み、評価の際に肺癌と一致する。
【００６９】
同様に、「肺癌を発達させる低いリスク」という語句は、その様な低いリスクを有する対象が、肺癌を発達させる遺伝的傾向を有さないか又は低い傾向しか有さないということを意味する。このことは、このようなヒトが、どのような場合でも肺癌を発達させることはないということを意味しているわけでなく、単に、彼又は彼女が、高い肺癌リスクに関連する１以上の多型を有するか又は低い肺癌リスクに関連する多型を有さないヒトの一般的集合に比較して、肺癌を発達させる可能性が低いことを意味する。
【００７０】
本発明の文脈では、「多型」という用語は、ヌクレオチド配列の点で異なるか又は様々な数の繰り返しヌクレオチドユニットを有する染色体座の２以上の変異(例えばアレル又は遺伝マーカー)が、同じ位置で同時に、ランダム突然変異(通常１％超)が寄与するよりも高率で生じることを意味するということが理解されよう。例えば、www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/publicat/97pr/09gloss.html#pを参照のこと。従って、本明細書に使用される「多型」という語句は、１塩基置換、ヌクレオチドの挿入及び欠失、繰り返し配列(例えば、マイクロサテライト)、及び遺伝子の全て又は部分的な喪失(例えばヌル変異)を含む遺伝的変化を予定する。本明細書に使用される場合、「多型」という用語は、遺伝子型及びハプロタイプも含む。遺伝子型は、特定の遺伝子座又は遺伝子座のセットでの遺伝的構成物である。ハプロタイプは、１の染色体上に存在する密接に関連される遺伝マーカーのセットであって、組換えにより簡単に分離できず、一緒に遺伝する傾向を有し、そして連鎖不均衡で存在しうる遺伝マーカーのセットである。ハプロタイプは、ＳＮＰなどの多型のパターンにより同定できる。同様に、本発明の文脈における「１塩基多型」又は「ＳＮＰ」という用語は、１塩基ヌクレオチド置換及び短い欠失及び挿入多型を含む。
【００７１】
肺癌を発達させる対象の低い又は高いリスクは、以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；又は
上記群の任意の１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選択される多型の存在について当該対象からえたサンプルを分析することにより診断されよう。
【００７２】
これらの多型は、２以上の組合わせで分析できるか、又は上記残りの多型を含めた肺癌を発達させる患者のリスクを指し示す他の多型と組合わせて分析できる。
【００７３】
上記多型と、第ＷＯ０２／０９９１３４号として公開されたＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＮＺ０２／００１０６において記載される多型との組合わせは明示的に意図される。
【００７４】
多型の組合わせを含むアッセイ、例えばマイクロアレイを用いるアッセイなどのハイスループットにかけられるアッセイが好ましい。
【００７５】
特に、これらの多型の組み合わされた効果の統計分析は、本発明の遺伝的分析が、全ての喫煙者のリスク率を決定するために、そして特に肺癌を発達させる高いリスクの喫煙者を同定するために使用できるということが示される。このような組み合わされた分析は、罹患性多型のみの組合わせ、保護的多型のみ、又はその両方の組合わせからなってもよい。分析は、段階的であり、保護的多型の有無の分析を最初に行い、そして次に保護的多型が存在する場合にのみ罹患性多型の分析が行われる。
【００７６】
こうして、本明細書に記載される様に、喫煙者と非喫煙者のよく規定された群におけるこれらの多型の頻度の体系的分析を通して、肺癌の発達において特定のタンパク質が関係しているとみなすことができ、そして予測の目的でどの喫煙者が、肺癌に関連する肺機能悪化及び肺癌を発達する高いリスクにあるかを同定する能力を改善する。
【００７７】
本結果は、肺癌を発達させる少数の喫煙者が、１以上の罹患性多型を有し、そして本明細書に規定される保護的多型を全く持たないか少ししか持たないために肺癌を発達させることを最初に示した。１以上の罹患性多型の存在は、喫煙の悪い刺激及び酸化効果と組み合わされて、当該群の喫煙者を、肺癌を発達させる高い罹患性にすると考えられている。さらなるリスク因子、例えば、家族病歴、年齢、体重、パックイヤー(pack year)などは、対象のリスクプロファイルに影響を有し、そして本明細書に記載される遺伝的分析と組み合わせて評価できる。
【００７８】
１以上の多型は、直接検出されてもよいし、又は当該１以上の多型と連鎖不均衡にある１以上の多型を検出することにより検出されてもよい。上で記載される様に、連鎖不均衡は、２以上の変異又は多型がかなり遺伝的に近位に存在しており、それらが一緒に遺伝される遺伝学における現象である。これは、遺伝子型の決定の際に、存在する１の多型を検出することが、もう一方の存在を暗示することを意味する(Reich DEら；Linkage disequilibrium in the human genome, Nature 2001, 411:199-204)。
【００７９】
連鎖不均衡にあると報告された本明細書に記載された多型の例が本明細書に示され、そして、以下に示される様にインターロイキン-１８-１３３Ｃ／Ｇと１０５Ａ／Ｃ多型、並びにＣＹＰ２Ｅ１、１０１９Ｇ／Ｃ ＰｓｔＩ及びＣ／Ｔ ＲｓａＩ多型が挙げられる。
【００８０】
【表２】
2008545390.tif 000004
【００８１】
肺癌を発達させる高い又は低いリスクに関する１以上の他の多型と連鎖不均衡にある多型が、肺癌を発達させるリスクについて生体マーカーとしての有用性を提供する。本明細書に示されるデータは、連鎖不均衡にあるＳＮＰについての頻度がかなり似ているということを示す。従って、遺伝的に連鎖されたＳＮＰは、オリジナルのＳＮＰから計算されたリスクレベルに匹敵するリスクレベルをもたらすために混合多型分析において使用できる。
【００８２】
その結果、例えば公的なデータベースを用いて本明細書中に特定された多型と連鎖不均衡にある１以上の多型が同定できることが明らかであろう。本明細書に特定される多型と連鎖不均衡にあると報告されたこのような多型の例は、本明細書で表３６に示される。
【００８３】
様々な命名法が所定の多型について存在してもよいということが明らかであろう。例えば、本明細書に、ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎと呼ばれる多型が、Ａｒｇ２１３Ｇｌｙ、＋７６０Ｇ／Ｃ、及びＡｒｇ２３１Ｇｌｙ(ｒｓ１７９９８９５)と様々に呼ばれてきたことが信じられている。本明細書に記載されるように罹患性又は保護的多型のことを言う場合、このような代わりの命名法が本発明により意図されている。
【００８４】
本発明の方法は、肺癌と関連する上記多型の検出と同定に主に関し、これらは全て１塩基多型である。一般的に、１塩基多型(ＳＮＰ)は、個体間での遺伝的変化をもたらす１塩基変異又は点突然変異である。ＳＮＰはヒトゲノムにおいておよそ１００〜３００塩基毎に生じ、そしてコード又は非コード領域で生じうる。遺伝コードの縮重のため、コード領域におけるＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列を変化させることもあるし変化させないこともある。非コード領域におけるＳＮＰは、例えば、プロモーター、転写因子結合部位、プロセッシング部位、リボソーム結合部位などの調節領域を変更することにより遺伝子発現を変化させ、そして遺伝子転写、プロセッシング、及び翻訳に影響することができる。
【００８５】
ＳＮＰは、大規模の遺伝的関連研究を促進することができ、そして近年ＳＮＰの発見及び検出についてかなりの関心がある。ＳＮＰｓは、多くの(潜在的形質を含む)表現形形質、例えば、疾患傾向及び疾患重篤度、健康傾向、及び例えば薬の副作用への感受性を含む薬剤応答性、についてマーカーとしてかなりの裏付けを示す。個人が当該特定のＳＮＰを有するかについての知識と併せて、表現形形質と特定ＳＮＰとの関係についての知識は、診断、予防、及び治療適用を標的とすることを可能にして、より良い疾患管理を可能にし、疾患状態の理解の向上させ、そして最終的により効果的な治療、例えば個人にあった治療法の発見を促進する。
【００８６】
実際、既知のＳＮＰの多くのデータベースが構築され、そして幾つかのその様なＳＮＰについて、生物学的効果がＳＮＰと関連する。例えば、ＮＣＢＩ ＳＮＰデータベース”ｄｂＳＮＰ”は、ＮＣＢＩのＥｎｔｒｅｚシステムに包含されており、そしてＰｕｂＭｅｄ及びＧｅｎＢａｎｋなどのＥｎｔｒｅｚの他のデータベースと同じアプローチを用いて検索できる。当該データベースは、ヒトゲノム配列上にマッピングされた１５０万を超えるＳＮＰについての記録を有する。各ｄｂＳＮＰエントリーは、多型の配列関係(つまり、周囲配列)、(集合又は個人における)多型の発生頻度、及びバリエーションをアッセイするために使用される実験法、プロトコル、及び条件を含み、そして特定の表現型形質についてのＳＮＰに関する情報を含むことができる。
【００８７】
少なくとも部分的に健康についての潜在的な影響のため、ＳＮＰｓを信頼性高くかつ迅速に同定する方法を開発するかなりの努力がされてきており、そして継続してされている。これは、少なくとも部分的に、３×１０9塩基対からなるハプロイドゲノムを有するヒトゲノムＤＮＡの複雑さ、そして関連する感受性及び識別要求のため、簡単な仕事ではない。
【００８８】
当該技術分野において周知であるＳＮＰｓを検出するための遺伝子型決定アプローチとしては、ＤＮＡシーケンス、プライマー又はプローブのアレル特異的ハイブリダイゼーション、多型の近く又は多型に隣接して結合するプライマーへのヌクレオチドのアレル特異的取り込み(しばしば、「１塩基延長」又は「ミニシーケンス」とも呼ばれる)、オリゴヌクレオチドのアレル特異的ライゲーション(結合)(ライゲーション連鎖反応又はライゲーションパッドロックプローブ)、制限酵素又は化学試薬若しくは化学試薬によるオリゴヌクレオチド又はＰＣＲ産物のアレル特異的切断(制限断片長多型分析(ＲＦＬＰ)) を必要とする方法、又は電気泳動又はクロマトグラフィーによる移動におけるアレル依存性差異の解析、侵襲的構造特異的酵素を含む構造特異的酵素による方法を必要とする方法、又は質量分析法が挙げられる。アミノ酸バリエーションの分析は、ＳＮＰがコード領域に存在し、そしてアミノ酸変化をもたらす場合に可能である。
【００８９】
ＤＮＡシーケンスは、ＳＮＰｓの直接的な決定及び同定を可能にする。全ゲノムシーケンス又は標的サブゲノムシーケンスでさえ、その固有の難しさは、シーケンス目的では特異性及び正確性の利点を上回ってしまう。
【００９０】
ミニシーケンスは、検査される試験サンプルのＳＮＰ部位に隣接するＤＮＡ配列に、プライマーをハイブリダイズさせることに関する。プライマーは、４個の異なる標的蛍光ジデオキシヌクレオチド(ＡＣＧＴ)及びＤＮＡポリメラーゼを用いて１塩基だけ伸張される。４個のヌクレオチドのうちの１つのみ(ホモ接合の場合)又は４個のヌクレオチドのうちの２個(ヘテロ接合の場合)が取り込まれる。取り込まれる塩基は、ＳＮＰ位でのヌクレオチドに相補する。
【００９１】
ＳＮＰ検出に現在使用されている多くの方法は、部位特異的及び／又はアレル特異的ハイブリダイゼーションに関する。これらの方法は、オリゴヌクレオチドが目的のＳＮＰを含む標的配列を識別して結合することに主として依存する。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ(Santa Clara, Calif.)及びNanogen Inc.(Sandiego, Calif.)の技術は特に知られており、そして１塩基ミスマッチを含むＤＮＡ二本鎖は、完全に塩基対形成している二本鎖よりもずっと不安定であるという事実を利用する。対形成した二本鎖の存在は蛍光により検出される。
【００９２】
部位特異的ハイブリダイゼーションにより、ＳＮＰｓを検出又は同定するための大部分の方法は、ＰＣＲなどの方法により標的を増幅して、感度及び特異性を増幅することを必要とする(例えば、米国特許第5,679,524号、ＰＣＴ公開ＷＯ98／59066、ＰＣＴ公開ＷＯ95／12607を参照のこと)。米国出願第20050059030号(その全ては本明細書に援用される)は、選択的に標的配列を濃縮するために前もって増幅すること又は複雑性を低減することなく、そして任意の酵素反応の助けをかりずに、全ヒトＤＮＡにおいて1塩基多型を検出する方法を記載する。当該方法は、２個のハイブリダイゼーション事象：標的配列の第一部分を捕捉プローブへとハイブリダイゼーションすること、及び当該標的配列の第二部分を検出プローブへとハイブリダイゼーションすること、を含む一段階ハイブリダイゼーションを利用する。両方のハイブリダイゼーション事象は同じ反応において起こり、そしてハイブリダイゼーションが起こる順番は重要ではない。
【００９３】
米国出願第20050042608号(その全てを本明細書に援用される)は、Thorpら(米国特許第5,871,918号)の核酸ハイブリダイゼーションの電気化学的検出方法の変更を記載する。簡潔に記載すると、捕捉プローブは、その各々が異なるＳＮＰ塩基を有し、そしてプローブの配列がＳＮＰ塩基の各側に位置するように設計される。プローブ塩基は、ＳＮＰ部位に隣接する対応する標的配列に相補的である。各捕捉プローブは、支持体の導電性作用表面(conductive working surface)上に非伝導性外層を有する異なった電極上に固定される。各捕捉プローブと核酸標的との間のハイブリダイゼーションの程度は、遷移金属複合体を用いて各電極での酸化還元反応を検出することにより検出される。異なる電極での酸化率におけるこれらの差異は、選択された核酸標的が選択されたＳＮＰ部位で１のヌクレオチド多型を有するかを決定するために使用される。
【００９４】
ＭＥＧＡＴＹＰＥ（登録商標）を用いたＬｙｎｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ(Ｈａｙｗａｒｄ, Ｃａｌｉｆ)の技術は、少量又は大量のゲノム物質から同時に、かなり多くの数のＳＮＰを遺伝子型決定できる。当該技術は、従来のＳＮＰマッピング又は知識を必要とすることなく、蛍光標識されたプローブを用い、そして２個の集合の回収されたゲノムを比較して、２個の集合を区別するＳＮＰにまたがっているＤＮＡ断片の検出及び回収を可能とする。
【００９５】
ＳＮＰｓを検出しそして同定する多くの他の方法が存在する。これらは、例えば、ＳＮＰにハイブリダイズするプローブを計測するために、質量分析の使用を含む。当該技術は、質量コードタグを用いて、１日当たり少数のサンプルから１日あたり４００００ＳＮＰｓのハイスループットまで、どれだけ迅速に行われうるかの点で変化する。好ましい例は、本発明の多型を含む核酸配列、例えば、ＣＯＸ２遺伝子又は相補配列のプロモーターを含む本発明の多型を含む核酸配列の質量分光方法の使用である。このような質量分光方法は当業者に知られており、そして本発明の遺伝子型決定方法は、本発明の多型、例えば本発明のＣＯＸ２プロモーター多型の質量分光決定に適用される。
【００９６】
ＳＮＰは、ライゲーション-ビット分析により測定できる。当該分析は、プライマー間で１のヌクレオチドギャップを有する標的にハイブリダイズする２個のプライマーを必要とする。４個のヌクレオチドの各々が、ＤＮＰポリメラーゼ、ライゲース、標的ＤＮＡ、及びプライマーを含む別々の反応混合液に加えられる。ポリメラーゼは、ＳＮＰに相補的である第一プライマーの３'末端にヌクレオチドを加え、そして次にライゲースは２個の隣接するプライマーをライゲーションする。サンプルを加熱する際に、ライゲーションが生じた場合、大きいプライマーは、ハイブリダイズしたまま残り、そしてシグナル、例えば蛍光が検出できる。当該方法のさらなる記載は、米国特許第5,919,626号;第5,945,283号;第5,242,794号;及び第5,952,174号において見ることができる。
【００９７】
米国特許第6,821,733号(その全てを本明細書に援用される)は、以下の：
４方向複合体(four way complex)の形成と交差点移動(branch migration)を許容する条件下で２個の核酸を接触させ、
４方向複合体とトレーサー分子及び検出分子とを、検出分子がトレーサー分子又は４方向複合体に結合できる条件下で接触させ；そして
４方向複合体に晒される前又は後で、トレーサー分子の検出分子への結合を測定する
で表されるステップを含む２個の核酸分子の配列における差異を検出する方法を記載する。検出分子に結合することについての４方向複合体とトレーサー分子との競合は、２個の核酸の間の差異を示す。
【００９８】
タンパク質-及びプロテオミクスに基づくアプローチは、多型検出及び分析に適している。発現されたタンパク質のバリエーションをもたらすか又は当該バリエーションに関する多型は、当該タンパク質を分析することにより直接検出できる。これは典型的に、サンプル内の様々なタンパク質を、例えばゲル電気泳動又はＨＰＬＣにより分離することを必要とし、そして例えば、ＮＭＲ又はタンパク質シーケンス、例えば化学的シーケンス又はより一般的な質量分光法により、それらから派生されたタンパク質又はペプチドの同定することを必要とする。プロテオミック方法論は、当該技術分野に周知であり、そして自動化の高い可能性を有する。例えば、Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｓｙｓｔｅｍｓから販売されるＰｒｏｔｅｏｍＩＱ(商標)などの統合システムは、サンプル調整、タンパク質分離、画像取得及び分析、タンパク質プロセッシング、質量分析、及びバイオインフォマティクス技術を組み合わせたプロテオーム分析のハイスループットプラットフォームを提供する。
【００９９】
タンパク質同定のプロテオーム方法の大部分は、イオントラップ質量分析、液体クロマトグラフィー(ＬＣ)及びＬＣ／ＭＳｎ質量分析、ガスクロマトグラフィー(ＧＣ)質量分析、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析(ＦＴ-ＭＳ)、ＭＡＬＤＩ-ＴＯＦ質量分析、及びＥＳＩ質量分析、及びその派生法を含む質量分析を利用する。質量分析方法は、タンパク質の転写後改変、例えばリン酸化又はグリコシル化の決定において有用であり、そうしてタンパク質の転写後改変におけるバリエーションをもたらすか、又は当該バリエーションと関連する多型を決定するのに有用性を有する。
【０１００】
関連技術も周知であり、そして例えば、酵素又は化学物質を直接選択されたタンパク質スポットにジェット噴射することにより、２次元ＰＡＧＥから電気ブロットされたタンパク質サンプルの酵素又は化学物質によるin situ切断を可能にする圧電プリンティング技術を含む「化学物質インクジェットプリンター」などのタンパク質処理装置を含む。in situ切断及び当該タンパク質のインキュベートの後に、膜は、ペプチド分析のために質量分析器に直接配置されてもよい。
【０１０１】
核酸の構造的変動性に依存した多数の方法は、ＳＮＰを検出するために開発された。
【０１０２】
例えば、一本鎖高次構造多型(ＳＳＣＰ、Oritaら、PNAS 1989 86:1766-2770)は、特定の条件下で溶液中で二次構造を形成する一本鎖核酸の能力に依存した方法である。二次構造は、塩基組成に依存し、そして１塩基置換により改変することができて、未変性条件下における電気泳動の移動度の差異をもたらす。様々な多型は、一般的に、放射性標識された場合オートラジオグラフィーにより、バンドを銀染色することにより、検出可能なように標識されたプローブ断片とハイブリダイゼーションすることにより、又は例えば後に自動化ＤＮＡシーケンサーにより検出される蛍光ＰＣＲプライマーの使用により、検出される。
【０１０３】
ＳＳＣＰの改変は当該技術分野に周知であり、異なるゲル移動条件、例えば、異なる温度、又は添加物及び異なるゲルマトリクスの添加、を使用することを含む。ＳＳＣＰの他のバリエーションは、当該技術分野に周知であり、ＲＮＡ-ＳＳＣＰ、制限エンドヌクレアーゼフィンガープリントＳＳＣＰ、ジデオキシフィンガープリント(ジデオキシ配列とＳＳＣＰとの間のハイブリッド)、２方向性ジデオキシフィンガープリント(ジデオキシ末端反応が同時に、２個の反対のプライマーで行われる)、及び蛍光ＰＣＲ-ＳＳＣＰ(ここで、ＰＣＲ産物が複数の蛍光色素で内部標識され、制限酵素で切断され、続いてＳＳＣＰを行い、そして蛍光色素を検出できる自動化ＤＮＡシーケンサー上で分析される)を含む。
【０１０４】
異なる核酸構造の様々な移動度を利用する他の方法は、変性勾配ゲル電気泳動(ＤＧＧＥ)、温度勾配電気泳動(ＴＧＧＥ)、及びヘテロ二本鎖分析(ＨＥＴ)を含む。ここで、(例えば、塩基対ミスマッチのため生じる)二本鎖ＤＮＡの分離におけるバリエーションは、電気泳動の移動度の変化をもたらす。これらの移動度シフトは、ヌクレオチドの変異を検出するために使用される。
【０１０５】
変性高圧液体クロマトグラフィー(ＨＰＬＣ)は、例えば、異なる速度でＨＰＬＣカラムから溶出するホモ二本鎖とヘテロ二本鎖を検出し、それによりミスマッチヌクレオチドの検出、そうしてＳＮＰの検出を可能にするために当該技術分野に周知であるＨＰＬＣ方法を上で記載される分離方法の代替として使用して、ＳＮＰを検出するために使用される更なる方法である。
【０１０６】
ＳＮＰを検出するさらなる方法は、化学切断試薬及び核酸分解酵素を含む様々な試薬による切断に対する一本鎖及び二本鎖核酸の異なる感受性に依存する。例えば、ＲＮａｓｅＡによるＲＮＡ：ＤＮＡへテロ二本鎖でのミスマッチの切断、例えばバクテリオファージＴ４エンドヌクレアーゼＹＩＩ又はＴ７エンドヌクレアーゼＩによるヘテロ二本鎖の切断、切断酵素Ｉによる一本鎖ＤＮＡと二本鎖ＤＮＡとの間の結合部でのヘアピンループの５'末端の切断、及びＭａｘａｍ-Ｇｉｌｂｅｒｔシーケンス化学において一般的に使用される化学試薬によるヘテロ二本鎖内のミスペアのヌクレオチドの改変はすべて、当該技術分野に周知である。
【０１０７】
さらなる例として、変異により生成された停止コドンであって、翻訳の未完成終結をもたらし、そして小さいサイズのタンパク質産物をもたらす停止コドンを解明するために使用されたタンパク質翻訳試験(ＰＴＴ)が挙げられる。変異は、例えば、ＭｕｔＳタンパク質、つまり大腸菌ＤＮＡミスマッチリペアシステムの成分、又はヒトｈＭＳＨ２及びＧＴＢＰタンパク質を、ミスマッチ塩基を含む二本鎖ＤＮＡヘテロ二本鎖に結合することにより検出される。ＤＮＡ二本鎖は次に、ミスマッチ結合タンパク質とインキュベートされ、そしてバリエーションは、移動度シフトアッセイにより検出される。例えば、単純なアッセイは、ミスマッチ結合タンパク質をヘテロ二本鎖へと結合することが、エキソヌクレアーゼ変性から異種二本鎖を保護するという事実に基づく。
【０１０８】
特定のＳＮＰは、特に、プロモーターなどの遺伝子の調節領域において生じる場合、遺伝子発現の変化に関連しうることを当業者は知っている。遺伝子発現の変化は、ＳＮＰがタンパク質をコードする遺伝子のコード領域に位置する場合にも生じ、例えばここでＳＮＰは、様々な使用量のコドンと関連し、そうして異なる量のｔＲＮＡと関連する。このような変更された発現は、当該技術分野に周知の方法により決定でき、そしてそれによりその様なＳＮＰを検出するために使用できる。同様に、ＳＮＰが遺伝子のコード領域で生じ、そして非同義的アミノ酸置換をもたらす場合、このような置換は、遺伝子産物の機能の変化をもたらしうる。同様に、遺伝子産物がＲＮＡである場合、このようなＳＮＰは、ＲＮＡ遺伝子産物の機能の変化をもたらすことができる。機能におけるこのような変化のいずれかは、例えば、活性又は機能アッセイにおいて評価されるように、このようなＳＮＰを検出するために使用できる。
【０１０９】
ＳＮＰを検出及び同定する上記方法は、本発明の方法において使用されやすい。
【０１１０】
もちろん、本発明に従ってＳＮＰｓを検出及び同定するために、試験される物質を含むサンプルは対象から得られる。サンプルは、標的ＳＮＰｓ(又は標的ポリペプチド)を潜在的に含む任意のサンプルでありうるし、そして任意の体液(血液、尿、唾液など)の生検又は他の組織調製品から取得されうる。
【０１１１】
ＤＮＡ又はＲＮＡは、当該技術分野において周知の多くの方法のいずれかに従ってサンプルから単離できる。例えば、核酸精製方法は Tijssen; Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology; Hybridization with nucleic acid probes Part 1: Theory and Nucleic acid preparation, Elsevier, New York, N.Y. 1993  並びにManiatis, T., Fritsch, E. F. 及びSambrook, J., Molecular Cloning Manual 1989において記載される。
【０１１２】
多型／ＳＮＰｓの有無の検出を助けるために、核酸プローブ及び／又はプライマーが提供されうる。このようなプローブは、多型の有無を明らかにする染色体変化に特異的な核酸配列を有し、そして好ましくは標的多型と組み合わせた場合検出されるシグナルを放出する物質で標識される。
【０１１３】
核酸プローブは、ゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡ又はｍＲＮＡ、或いは任意のＲＮＡ様又はＤＮＡ様物質、例えばペプチド核酸、分岐ＤＮＡなどでありうる。プローブは、センス又はアンチセンスポリヌクレオチドプローブでありうる。ここで標的ポリヌクレオチドは二本鎖であり、プローブはセンス又はアンチセンス鎖であってもよい。標的ポリヌクレオチドが一本鎖である場合、プローブは相補的一本鎖である。
【０１１４】
プローブが、当該技術分野に周知である様々な合成又は酵素スキームにより調製されうる。プローブは、全部又は一部において、当該技術分野に周知である科学的方法を用いて合成されうる(Caruthersら、Nucleic Acids Res., Symp. Ser., 215-233(1980))。或いは、プローブは、酵素的に全部又は一部において作成できる。
【０１１５】
ヌクレオチドアナログは、当該技術分野に周知である方法によりプローブに取り込まれうる。取り込まれたヌクレオチドアナログが、標的ポリヌクレオチド配列と塩基対を形成するように機能しなければならないということが唯一の要件である。例えば、特定のグアニンヌクレオチドは、ヒポキサンチンで置換され、ヒポキサンチンはシトシン残基と塩基対形成する。しかしながら、これらの塩基対は、グアニンとシトシンとの間の塩基対よりも安定性が低い。或いは、アデニンヌクレオチドは、２,６-ジアミノプリンで置換されうる。２,６ジアミノプリンは、アデニンとチミジンとの間の塩基対よりも強い塩基対を形成できる。
【０１１６】
さらに、プローブは、化学的又は酵素的に誘導体化されたヌクレオチドを含むことができる。典型的な化学的改変は、アシル、アルキル、アリール、又はアミノ基での誘導体化を含む。
【０１１７】
プローブは、支持体上に固定できる。好ましい支持体は、膜、フィルター、チップ、スライド、ウエハー、ファイバー、磁性又は非磁性ビーズ、ゲル、チューブ、プレート、ポリマー、微粒子、及びキャピラリーを含むいずれかの適切な剛体又は半剛体の支持体である。支持体は、ポリヌクレオチドプローブが結合する様々な表面形態、例えばウェル、トレンチ、ピン、チャネル、及び孔を有することがでる。好ましくは、支持体は光学的に透明である。
【０１１８】
さらに、プローブは、表面に直接結合される必要はなく、むしろリンカー基を通して支持体に結合されうる。リンカー基は、一般的に約６〜５０原子長であり、取り付けられたプローブへの露出を提供する。好ましいリンカー基は、エチレングリコールオリゴマー、ジアミン、二酸などを含む。支持体表面上の反応基は、リンカーを支持体に結合するリンカーの末端位置のうちの一つと反応する。リンカーの他の末端部分は、次にプローブを結合するために官能基化される。
【０１１９】
プローブは、プローブを合成するために試薬を支持体表面に分注することにより、又は予め形成されたＤＮＡ断片又はクローンを支持体表面に分注することにより、支持体に取り付けることができる。一般的なディスペンサーは、支持体に対してマイクロピペットの位置を制御するためのロボットシステムを用いて、溶液を支持体にデリバリーするマイクロピペットを含む。試薬を同時に反応領域にデリバリーできるように複数のディスペンサーが存在しうる。
【０１２０】
核酸マイクロアレイが好ましい。このようなマイクロアレイ(核酸チップを含む)は当該技術分野に周知である(例えば、米国特許第5,578,832号；第5,861,242号;第6,183,698号;第6,287,850号;第6,291,183号;第6,297,018号;第6,306,643号;及び第6,308,170号を参照のこと、各々は援用される)。
【０１２１】
或いは、抗体マイクロアレイが製造できる。このようなマイクロアレイの製造は、実質的にSchweitzer & Kingsmore, "Measuring proteins on microarrays", Curr Opin Biotechnol 2002; 13(1): 14-9; Avseeknoら、"Immobilization of proteins in immunochemical microarrays fabricated by electrospray deposition", Anal Chem 2001 15; 73(24): 6047-52; Huang, "Detection of multiple proteins in an antibody- based protein microarray system, Immunol Methods 2001 1; 255 (1-2): 1-13.に記載される通りに行われる。
【０１２２】
本発明は、本発明に従って使用するためのキットの製造にも関する。適切なキットは、本発明に従って使用するための様々な試薬を、適切な容器及びパッケージング物質、例えばチューブ、バイアル、及び収縮包装されそして中空成形されたパッケージ中に含む。
【０１２３】
本発明に従った代表的キットに含めるために適した物質は、以下の：目的の遺伝的多型に隣接するＤＮＡ又はｃＤＮＡ配列ドメインにアニールする遺伝子特異的ＰＣＲプライマー対(オリゴヌクレオチド)、ＰＣＲを実行することを必要とせずにゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡのいずれかにおいて特異的配列ドメインを増幅できる試薬；ＰＣＲ又は非ＰＣＲ増幅により増幅された配列ドメインにおいて様々な潜在的アレルを識別するために必要とされる試薬(例えば、制限エンドヌクレアーゼ、多型の１のアレルに優先的にアニールするオリゴヌクレオチド、例えばオリゴヌクレオチドからシグナルを増幅し、そしてアレルの識別をより明らかにする酵素又は蛍光化学基を含むように改変されたオリゴヌクレオチド)、様々なアレルから得られた精製物を物理的に分離するために必要とされる試薬(例えば、アガロース又はポリアクリルアミド、及び電気穿孔において使用される緩衝液、ＨＰＬＣカラム、ＳＳＣＰゲル、ホルムアミドゲル又はＭＡＬＤＩ-ＴＯＦ用のマトリクスサポート)のうちの１以上を含む。
【０１２４】
本発明の方法が、肺癌と関連することが知られている他のリスク因子の分析と併せて行うことができるということが認められよう。このようなリスク因子は、肺癌を発達させる高いリスクと関連する疫学的リスク因子を含む。このようなリスク因子として、非限定的に、喫煙及び/又はタバコの煙への露出、年齢、性別、及び家族の病歴などが挙げられる。これらのリスク因子は、肺癌を発達させる対象のリスクを評価する場合、本明細書に記載される様に１以上の多型の分析を増強するために使用できる。
【０１２５】
本発明の予測方法により、多くの治療的介入及び/又は治療計画が適切性について評価され、そして所定の対象について実行されることが可能になる。これらの最も簡単なものは、対照にライフスタイルを変えるための動機付けを提供することであり、例えば対象が習慣的な喫煙者である場合、本発明の方法は、禁煙をするための動機を提供することができる。
【０１２６】
治療的介入又は処置の様式は、多型の性質及び当該多型の生物学的影響により予測されよう。例えば、罹患性多型が遺伝子発現の変化と関連する場合、介入又は処置は、当該遺伝子の発現を調節することができる薬剤を投与することにより、当該遺伝子の通常の発現を回復することに向けられる。多型が遺伝子発現低下に関連する場合、治療は当該遺伝子発現を増大できる薬剤の投与に関し、そして逆に多型が遺伝子発現の増加に関連する場合、治療は当該遺伝子発現を低下できる薬剤の投与に関しうる。遺伝子発現の調節に有用な方法は当該技術に良く知られている。例えば、多型が遺伝子発現の増加と関連する場合では、ＲＮＡｉ又はアンチセンス法を用いる治療がｍＲＮＡの量を低減するために行われ、そうして当該遺伝子の発現を低減することができる。或いは治療は、例えば当該遺伝子産物の活性を調節し、それにより当該遺伝子の異常発現を補償することに向けられた方法であってもよい。
【０１２７】
罹患性多型が遺伝子産物の機能低下又は遺伝子産物の発現レベルの低下と関連する場合、治療介入又は処置は、当該機能を増大し又は置換すること、又は例えば当該遺伝子産物又はその機能アナログの投与により対象内の遺伝子産物の量を補うことに関しうる。多型が酵素機能の低下と関連する場合、治療は活性酵素又は酵素アナログの対象への投与に関しうる。同様に、多型が遺伝子産物機能の増加と関連する場合、治療介入又は処置は、例えば当該遺伝子産物のインヒビター又は対象内で遺伝子産物のレベルを低減できる薬剤を投与することにより当該機能を低下させることに関しうる。例えば、ＳＮＰアレル又は遺伝子型が酵素機能の増加と関連する場合、治療は酵素インヒビターを対象に投与することに関しうる。
【０１２８】
同様に、保護的多型が特定の遺伝子又は酵素又は他のタンパク質の発現の上方制御と関連する場合、治療は、抵抗性遺伝子型を欠く個人においてその様な上方制御又は発現を真似ること、及び/又はその様な個人にその様な酵素又は他のタンパク質をデリバリーすることに向けられうる。さらに、保護的多型が特定遺伝子の下方制御と関連する場合、又は酵素又は他のタンパク質の低減又は除去された発現と関連する場合、望ましい治療は、保護的遺伝子型を欠く個人においてその様な条件を模倣することに向けられうる。
【０１２９】
上で同定された様々な多型と肺癌への対象の罹患性(又はその逆)との関係は、治療薬の候補の設計及び/又はスクリーニングにおいて適用を有する。これは、罹患性又は保護的多型との間の関係が、遺伝子発現の上方制御又は下方制御のいずれかにより示される場合である。このような場合では、その様な上方制御又は下方制御における候補治療薬の効果は容易に検出できる。
【０１３０】
例えば、１の実施態様では、現存のヒトの肺器官及び細胞培養物は、上で記載されるＳＮＰ遺伝子型についてスクリーニングされる(ヒト肺器官及び細胞培養物の情報については、例えば：Bohinskiら(1996) Molecular and Cellular Biology 14:5671-5681; Collettsolbergら、(1996) Pediatric Research 39:504; Hermannsら(2004) Laboratory Investigation 84:736-752; Humeら (1996) In Vitro Cellular & Developmental Biology-Animal 32:24-29; Leonardiら (1995) 38:352-355; Notingherら (2003) Biopolymers (Biospectroscopy) 72:230-240; Ohgaら(1996) Biochemical and Biophysical Research Communications 228:391-396を参照のこと。各文献はその全てを本明細書に援用する)。保護的多型が存在する場合上方制御されるか又は下方制御される遺伝子の発現の点でおそらく「通常」である培養物と一緒に、罹患性及び保護的遺伝子型群を示す培養物が選択される。
【０１３１】
このような培養物のサンプルが、治療候補化合物のライブラリーに晒され、そして以下の：
(ａ)罹患性多型において通常上方制御される罹患性遺伝子の下方制御；
(ｂ)罹患性多型において通常下方制御される罹患性遺伝子の上方制御；
(ｃ)保護的多型において通常下方制御されるか又は発現されない(又はヌル形態が発現される)保護的遺伝子の下方制御；及び
(ｄ)保護的多型において通常上方制御される保護的遺伝子の上方制御
のいずれか又は全てについてスクリーニングされる。化合物は、罹患性多型を有する培養物中の罹患性遺伝子及び/又は保護的遺伝子の調節及び/又は作用を変更する化合物の能力について選択される。
【０１３２】
同様に、存在する場合に発現された遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が(年齢及び性別について調節された)対象の通常範囲を外れる場合、発現された遺伝子産物のレベルを通常範囲内に回復する利用可能な予防又は治療アプローチが存在する場合、個々の対象は、回復アプローチからの利益の可能性を決定するためにスクリーニングされうる。このようなスクリーニングは、本明細書に記載される任意の方法により対象における多型の有無を検出することに関し、多型が存在するこれらの対象は、治療からの利益を受けやすい個体として同定される。
本発明は、非限定的な実施例を参照することでより詳細に記載されよう。
【実施例】
【０１３３】
実施例１
症例関連研究
導入
症例対照関連研究は、対照群を注意深く選別することを可能にする。対照群では、重要なリスク因子の適合が重大である。当該研究では、肺癌を患うと診断された喫煙者と、肺癌を患わず通常の肺機能を有する喫煙者とが比較される。この極めて稀な対照群は、かなり適切である。なぜなら肺癌のリスクを有さない喫煙者、つまり、喫煙者であるが肺癌を決して発達させない喫煙者、を予め選別することは不可能であるからである。多いパックイヤーヒストリー及び通常の肺機能を有する喫煙者が、喫煙者の「低リスク」群として使用された。なぜなら出願人は、現在の知識では喫煙者の低リスク群を同定することは不可能であると考えるからである。出願人は、いずれの理論に束縛されることを望まず、当該アプローチが、肺癌を発達させる高いリスクを与える低浸透性高頻度の多型のより厳密な比較を可能にするということを信じる。出願人はまた、いずれの理論に束縛されることを望むことなく、肺癌からのある程度の保護を与える多型が存在しうるということを信じる。ここで、当該多型の存在は、通常の肺機能を有する喫煙者コホートが比較群として使用される場合にのみ明らかである。こうして、肺癌を患う喫煙者は、通常の肺機能を有し、そして診断された肺癌を有さない喫煙者に比べて、低い頻度のこれらの多型を有することが予期されよう。
【０１３４】
方法
対象要件
最低１５パックイヤーを喫煙してきており、そして肺癌と診断された欧州出身の対象を実験に用いた。対照は、以下の基準：放射線学及び組織学的所見に基づき肺癌と診断され、小細胞肺癌、肺扁平上皮癌、肺の腺癌、非小細胞癌(組織学的マーカーが当該亜型を区別できない)、及び気管支肺胞癌の組織学的タイプを有する初期肺癌を含む。対象は、どの年齢であってもよく、そして診断が確認された後の治療のどの段階であってもよい。１０９人の対象が使用され、そのうちの５８％が弾性であり、平均ＦＥＶ１／ＦＶＣ(±９５％信頼限界)は５１％(４９〜５３)であり、予測の割合として平均ＦＥＶ１は４３(４１〜４５)であった。平均年齢、１日当たりのタバコ本数、及びパックイヤーヒストリーは、それぞれ６５歳(６４〜６６)、２４本／日(２２〜２５)、及び５０パックイヤー(４１〜５５)であった。最小で２０パックイヤーを喫煙し、そして息切れを患わず、そして過去において閉塞性肺疾患又は肺癌と診断されたことのない２１７人の欧州人対象について研究された。当該対照群は、老人クラブを通じて採用し、そして６３％の弾性からなり、平均ＦＥＶ１／ＦＶＣ(９５％ＣＩ)は８２％(８１〜８３)、予測値の割合としての平均ＦＥＶ１は９６(９５〜９７)であった。平均年齢、１日当たりのタバコの本数、及びパックイヤーヒストリーはそれぞれ５９歳(５７〜６１)、２４本／日(２２〜２６)及び４２パックイヤー(３９〜４５)であった。ＰＣＲに基づく方法(Sanfordら、1999)を用いて、全ての対照を、α１-アンチトリプシンと当然変異(Ｓ及びＺアレル)について遺伝子型を決定し、そしてＺＺアレルを有する対象を除いた。１９０人の欧州人血液ドナー(喫煙状態は不明)を、地方血液ドナーサービスを通じて引き続いて手に入れた。６３％が弾性であり、そして平均年齢は５０歳であった。回帰分析の際に、肺癌患者と抵抗性喫煙者との間でみられる年齢の差及びパックイヤーの差は、ＦＥＶ又は肺癌を決定することはないことが発見された。
【０１３５】
本研究により、抵抗性喫煙者に比較して肺癌患者において高い頻度で見られる多型は、肺癌の発達について高い罹患性を反映しているかもしれない。同様に、肺癌に比べた抵抗性喫煙者において多く見られる多型は、保護的役割を反映しているかもしれない。
【０１３６】
【表３】
2008545390.tif 000005
【０１３７】
グルタチオンＳ-トランスフェラーゼヌル多型の遺伝子型決定
ゲノムＤＮＡを標準フェノール及びクロロホルム方法を用いて抽出した。患者及び対照のコホートを、戦略的陰性対照を含む９６ウェルＰＣＲフォーマットに構成した。アッセイプライマー、ＰＣＲ条件及びＲＦＬＰアッセイの詳細は、以前に記載された[Cantlay AMら、1994]。遺伝子型決定は、発明者の研究室条件用に最適化された上記プロトコルを少し改変して行われた。ＰＣＲ反応は、ＭＪリサーチサーモサイクラーにおいて、２５μｌの全体体積で行い、そして８０ｎｇゲノムＤＮＡ、１００ｎｇフォワード及びリバースプライマー、２００ｍＭのｄＮＴＰｓ、２０ｍＭのＴｒｉｓ-ＨＣｌ(ｐＨ８.４)、５０ｍＭ ＫＣｌ、２.５ｍＭ・ＭｇＣｌ2、及び１ユニットのＴａｑポリメラーゼ(Ｑｉａｇｅｎ)を含んだ。フォワード、インターナル(ＧＳＴＭ４)及びリバースプライマーの配列は以下の：
５'-ＣＴＧＣＣＣＴＡＣＴＴＧＡＴＴＧＡＴＧＧ-３'［配列番号１４３］、
５'-ＡＴＣＴＴＣＴＣＣＴＣＴＴＣＴＧＴＣＴＣ-３'［配列番号１４４]及び
５'-ＴＴＣＴＧＧＡＴＴＧＴＡＧＣＡＧＡＴＣＡ-Ｓ'［配列番号１４５]
であった。サイクル条件は、９４℃６０秒、５９℃３０秒、７２℃３０秒を２５サイクルし、最後の伸張は３分からなる。切断産物を３％アガロースゲル上で分離した。産物を臭化エチジウム染色の後に紫外線照射により可視化し、そして移動度を１Ｋｂ＋ラダー標準(Invitrogen)に対して移動度を比較した。遺伝子型をデータスプレッドシートに記録し、そして統計分析を行った。
【０１３８】
シクロオキシゲナーゼ２多型の遺伝子型決定
ゲノムＤＮＡを全血サンプルから抽出した(Maniatis, T., Fritsch, E.F.及びSambrook, J., Molecular Cloning Manual. 1989)。シクロオキシゲナーゼ２-７６５多型を以前に公開された方法を少し改変することにより行った(Papafili Aら、2002、その全てを本明細書に援用される)。ＰＣＲ反応を沿う体積２５μｌで行い、そして２０ｎｇのゲノムＤＮＡ、５００ｐｍｏｌのフォワード及びリバースプライマー、０.２ｍＭ ｄＮＴＰ、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ(ｐＨ８.４)、１５０ｍＭ ＫＣｌ、１.０ｍＭ・ＭｇＣｌ2及び１ユニットのポリメラーゼ(Life Technologies)を含んだ。サイクル時間は、９５℃で３分間インキュベートし、続いて９４℃５０秒、６６℃６０秒、７２℃６０秒を３３サイクル行った。次に最後の伸張を７２℃で１０分行った。４μｌのＰＣＲ産物を、臭化エチジウムで染色された３％アガロースゲルを紫外線照射することにより可視化した。３μｌの量の増幅産物を４ユニットのＡｃｉＩ(Roche Diagnostics, New Zealnd)で３７℃で１時間切断した。切断産物をＴＢＥ緩衝液中の２.５％アガロースゲルで２.０時間、８０ｍＶで泳動して分離した。生成物を臭化エチジウム染色後に紫外線照射を用いて、１２３ｂｐラダーに対して可視化した。
【０１３９】
マトリクスメタロプロテイナーゼ１-１６０７ １Ｇ／２Ｇ多型の遺伝子型決定
ゲノムＤＮＡを標準的なフェノール及びクロロホルム法を用いて抽出した。患者及び対照のコホートを、戦略的陰性対照を含む９６ウェルＰＣＲフォーマットに構成した。アッセイプライマー、ＰＣＲ条件、及びＲＦＬＰアッセイの詳細は、以前に記載された[DunleaveyLら]。発明者の研究室条件について最適化された上記プロトコルを少し改変して用いて遺伝子型決定を行った。ＰＣＲ反応は、総体積２５μｌでＭＪ Ｒｅｓｅａｒｃｈサーモサイクラーで増幅し、そして８０ｎｇのゲノムＤＮＡ、１００ｎｇのフォワード及びリバースプライマー、２００ｍＭ ｄＮＴＰ、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ(ｐＨ８.４)、５０ｍＭ ＫＣｌ、１.５ｍＭ・ＭｇＣｌ2及び１.０ユニットのＴａｑポリメラーゼ(Ｑｉａｇｅｎ)を含んだ。フォワード及びリバースプライマーの配列は、以下の：
５'-ＴＣＧＴＧＡＧＡＡＴＧＴＣＴＴＣＣＣＡＴＴ-３'［配列番号１]及び
５'-ＴＣＴＴＧＧＡＴＴＧＡＴＴＴＧＡＧＡＴＡＡＧＴＧＡＡＡＴＣ-３'［配列番号２]
であった。サイクル条件は、９４℃６０秒、５５℃３０秒、７２℃３０秒を３５サイクル行い、最後の伸張を３分行うことからなる。増幅産物の一定量を６ユニットの制限酵素ＸｍｎＩ(Roche Diagnostics、New Zealand)を用いて切断温度条件において４時間切断した。切断産物を６％ポリアクリルアミドゲル上で分離した。産物を、エチジウム染色した後に紫外線照射により可視化し、そして移動度を１Ｋｂ＋ラダー標準(Invitrogen)に対して比較した。遺伝子型をデータスプレッドシートに記録し、そして統計分析を行った。
【０１４０】
Ｓｅｑｕｅｎｏｍ Ａｕｔｏｆｌｅｘ質量分析計を用いた多型の遺伝子型決定
ゲノムＤＮＡを全血サンプルから抽出した(Maniatis, T., Fritsch, E. F.及びSambrook,J.,  Molecular Cloning Manual.1989)。精製ゲノムＤＮＡの一定量を９６ウェルプレートにいれ(１０ｎｇ／μｌ濃度)、そして以下の配列、増幅条件、及び方法を用いて、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ（登録商標）システム(Ｓｅｑｕｅｎｏｍ（登録商標）Ａｕｔｏｆｌｅｘ質量分析計及びＳａｍｓｕｎｇ２４ピンナノディスペンサー)上で遺伝子型を決定した。
【０１４１】
以下の条件は、ＰＣＲ多重反応について使用された：
終濃度は１０×緩衝液について、１５ｍＭ・ＭｇＣｌ2、１.２５×緩衝液について、２５ｍＭ・ＭｇＣｌ2１.６２５ｍＭ、ｄＮＴＰミックス２５ｍＭ５００μＭ、プライマー４μＭ１００ｎＭ、Ｔａｑポリメラーゼ(Quiagenホットスタート)０.１５Ｕ／反応、ゲノムＤＮＡ１０ｎｇ／μｌであった。サイクル時間は９５℃で１５分、(５℃１５秒、５６℃３０秒、７２℃３０秒)を４５サイクル行い、３分の最終伸張であった。発明者は、エビアルカリホスファターゼ(ＳＡＰ)処理を用い、(ＰＣＲ反応液あたり２μ〜５μｌ)３５℃で３０分間インキュベートし、そして伸張反応(ＳＡＰ処理後２μｌ〜７μｌを加える)を行い、１反応あたりの体積は、水０.７６μｌ、ｈＭＥ１０×停止緩衝液０.２μｌ、ｈＭＥプライマー(１０μＭ)１μｌ、ＭａｓｓＥＸＴＥＮＤ酵素０.０４μｌであった。
【０１４２】
【表４】
2008545390.tif 000006
【０１４３】
【表５】
2008545390.tif 000007
【０１４４】
【表６】
2008545390.tif 000008
【０１４５】
【表７】
2008545390.tif 000009
【０１４６】
【表８】
2008545390.tif 000010
【０１４７】
【表９】
2008545390.tif 000011
【０１４８】
結果
【表１０】
2008545390.tif 000012
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＴＴ対ＴＧ／ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.８、９５％信頼限界＝０.８〜４.３、χ2(イェーツ未補正)＝２.１４、Ｐ＝０.１４
ＴＴ遺伝子型は、肺癌について保護的である。
２.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対対照についてのＴＴ対ＴＧ／ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝２.２、９５％信頼限界＝１.０〜４.６、χ2(イェーツ補正)＝４.２、ｐ＝０.０４
ＴＴ遺伝子型は、肺癌について保護的である。
【０１４９】
【表１１】
2008545390.tif 000013
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＴＴ対ＣＣ／ＣＴ、オッズ比(ＯＲ)＝１.４、９５％信頼限界＝０.８〜２.３、χ2(イェーツ未補正)＝１.４５、Ｐ＝０.２３
ＴＴ遺伝子型は、肺癌について罹患性である。
【０１５０】
【表１２】
2008545390.tif 000014
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者ついてのＣＧ／ＧＧ対ＣＣ、イェーツ未補正＝３.３８、Ｐ＝０.０７、及びフィッシャーの両側検定、Ｐ＝０.０３
ＣＧ／ＧＧは、肺癌ついて保護的である。
【０１５１】
【表１３】
2008545390.tif 000015
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＡＡ対ＡＧ／ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝２.６、９５％信頼限界＝０.８〜９.２、χ2(イェーツ未補正)＝２.８９、Ｐ＝０.０９
ＡＡ遺伝子型は、肺癌について保護的である。
【０１５２】
【表１４】
2008545390.tif 000016
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＡＡ対ＡＴ／ＴＴ、オッズ比(ＯＲ)＝４.１、９５％信頼限界＝１.６〜１１.２、χ2(イェーツ補正)＝９.８、Ｐ＝０.００２
ＡＡは肺癌について保護的である。
２.アレル.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＡ対Ｔ、オッズ比(ＯＲ)＝１.５、９５％信頼限界＝１.０〜２.２、χ2(イェーツ補正)＝５.０７、ｐ＝０.０２  
Ａは肺癌について保護的である。
【０１５３】
【表１５】
2008545390.tif 000017
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＡＡ／ＡＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.７、９５％信頼限界＝０.９〜２.９、χ2(イェーツ未補正)＝３.５１、Ｐ＝０.０６
ＧＧは肺癌について罹患性である。
２.アレル.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧ対Ａ、オッズ比(ＯＲ)＝１.３、９５％信頼限界＝０.９〜１.９、χ2(イェーツ未補正)＝２.７１、ｐ＝０.１０
Ｇは肺癌について罹患性である。
【０１５４】
【表１６】
2008545390.tif 000018
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＧＧ対ＡＧ／ＡＡ、オッズ比(ＯＲ)＝１.４、９５％信頼限界＝０.８〜２.６、χ2(イェーツ未補正)＝１.６、Ｐ＝０.２０
ＧＧは肺癌について保護的である。
２.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＡＧ／ＡＡ対ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.４、９５％信頼限界＝０.８〜２.６、χ2(イェーツ未補正)＝１.６、Ｐ＝０.２０
ＡＡは肺癌について罹患性である。
【０１５５】
【表１７】
2008545390.tif 000019
１.遺伝子型.  肺癌対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＡＡ／ＡＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.６、９５％信頼限界＝１〜２.７、χ2(イェーツ未補正)＝４.０７、Ｐ＝０.０４
ＧＧは肺癌について罹患性である。
【０１５６】
【表１８】
2008545390.tif 000020
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＡＡ対ＡＧ／ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.５、９５％信頼限界＝０.８〜２.６、χ2(イェーツ未補正)＝２.０３、Ｐ＝０.１５
ＡＡは肺癌について罹患性である。
２.アレル.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてＡ対Ｇ、オッズ比(ＯＲ)＝１.３、９５％信頼限界＝０.９〜１.８、χ2(イェーツ未補正)＝２.０４、ｐ＝０.１５
Ａは肺癌について罹患性である。
【０１５７】
【表１９】
2008545390.tif 000021
１.遺伝子型：  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＧＧ対ＴＧ／ＴＴ、オッズ比(ＯＲ)＝１.７、９５％信頼限界＝０.８〜３.７、χ2(イェーツ未補正)＝１.８１、ｐ＝０.１８
ＧＧは肺癌について保護的である。
【０１５８】
【表２０】
2008545390.tif 000022
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌についてのＡＧ／ＧＧ対ＡＡ、オッズ比(ＯＲ)＝２.２、９５％信頼限界＝０.７〜６.９、χ2(イェーツ未補正)＝２.４１、Ｐ＝０.１２
ＧＧ／ＡＧは肺癌について保護的である。
ＡＡは肺癌について罹患性である。
【０１５９】
【表２１】
2008545390.tif 000023
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＧＧ／ＡＧ対ＡＡ、オッズ比(ＯＲ)＝１.７、９５％信頼限界＝０.７〜４.６、χ2(イェーツ未補正)＝１.４５、Ｐ＝０.２３
ＧＧ／ＡＧは、肺癌について保護的である。
【０１６０】
【表２２】
2008545390.tif 000024
１.遺伝子型.  抵抗性喫煙者対肺癌患者についてのＧＧ対ＣＧ／ＣＣ、オッズ比(ＯＲ)＝４.０、９５％信頼限界＝０.９〜２６.３、χ2(イェーツ未補正)＝３.８７、Ｐ＝０.０５
ＧＧは肺癌について保護的である。
【０１６１】
【表２３】
2008545390.tif 000025
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＡＧ／ＡＡ、オッズ比(ＯＲ)＝１.５、９５％信頼限界＝０.９〜２.５、χ2(イェーツ未補正)＝３.０、Ｐ＝０.０８
ＧＧは肺癌について罹患性である。
【０１６２】
【表２４】
2008545390.tif 000026
１.遺伝子型.  肺癌対抵抗性喫煙者についてのＣＧ対ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.７、９５％信頼限界＝０.７〜４.５、χ2(イェーツ未補正)＝１.４２、ｐ＝０.２３
ＣＧは肺癌について罹患性である。
【０１６３】
【表２５】
2008545390.tif 000027
１.遺伝子型.  肺癌対抵抗性喫煙者についてのＴＣ対ＣＣ、オッズ比(ＯＲ)＝１.９、９５％信頼限界＝０.８〜５.０、χ2(イェーツ未補正)＝２.２４、Ｐ＝０.１３
ＴＣは肺癌について罹患性である。
【０１６４】
【表２６】
2008545390.tif 000028
１.遺伝子型.  肺癌患者と抵抗性喫煙者についてのＡＡ対ＡＣ／ＣＣ、オッズ比(ＯＲ)＝１.６、９５％信頼限界＝１.０〜２.６、χ2(イェーツ未補正)＝３.５１、Ｐ＝０.０６
ＡＡは肺癌について罹患性である。
ＡＣ／ＣＣは肺癌について保護的である。
【０１６５】
【表２７】
2008545390.tif 000029
１.遺伝子型.  肺癌患者と抵抗性喫煙者についてのＣＣ対ＣＧ／ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.５、９５％信頼限界＝０.９〜２.５、χ2(イェーツ未補正)＝２.９０、ｐ＝０.０９
ＣＣは肺癌について罹患性である。
ＣＧ／ＧＧは肺癌について保護的である。
【０１６６】
【表２８】
2008545390.tif 000030
１.遺伝子型.  肺癌患者と対照についてのヌル対野生型、オッズ比(ＯＲ)＝１.９２、９５％信頼限界＝１.２〜３.２、χ2(イェーツ補正)＝６.６４、Ｐ＝０.０１
ヌルは肺癌について罹患性である。
【０１６７】
【表２９】
2008545390.tif 000031
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＡＡ対ＡＴ／ＴＴ、オッズ比(ＯＲ)＝１.４、９５％信頼限界＝０.８〜２.４、χ2(イェーツ未補正)＝１.４８、Ｐ＝０.２２
ＡＡ遺伝子型は肺癌について罹患性である。
２.遺伝子型.  肺癌患者対対照についてのＡＡ対ＡＴ／ＴＴ、オッズ比(ＯＲ)＝１.９、９５％信頼限界＝１.１〜３.４、χ2(イェーツ補正)＝５.４５、Ｐ＝０.０２
ＡＡ遺伝子型は肺癌について罹患性である。
【０１６８】
【表３０】
2008545390.tif 000032
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＣＣ／ＣＧ対ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝０.５３、９５％信頼限界＝０.３〜０.９、χ2(イェーツ補正)＝４.９、Ｐ＝０.０３
ＣＣ／ＣＧは保護的である。
２.アレル.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＣ対Ｇ、オッズ比(ＯＲ)＝０.５９、９５％信頼限界＝０.４〜０.９、χ2(イェーツ補正)＝４.８、Ｐ＝０.０３
Ｃは保護的である。
３.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＣＧ／ＣＣ、オッズ比(ＯＲ)＝１.８８、９５％信頼限界＝１.１〜３.３、χ2(イェーツ補正)＝４.９、Ｐ＝０.０３
ＧＧは罹患性である。
４.アレル.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧ対Ｃ、オッズ比(ＯＲ)＝１.７、９５％信頼限界＝１.１〜２.７、χ2(イェーツ補正)＝４.８、Ｐ＝０.０３
Ｇは罹患性である。
【０１６９】
【表３１】
2008545390.tif 000033
１.遺伝子型.  肺癌患者対対照についての２Ｇ２Ｇ対１Ｇ１Ｇ／１Ｇ２Ｇ、オッズ比(ＯＲ)＝２.５８、９５％信頼限界＝１.３〜５.２、χ2(イェーツ未補正)＝７.５、Ｐ＝０.００６
２Ｇ２Ｇ遺伝子型は罹患性である。
２.アレル.  肺癌患者対対照についての２Ｇ対１Ｇ、オッズ比(ＯＲ)＝２.１、９５％信頼限界＝１.４〜３.２、χ2(イェーツ補正)＝１２.３、Ｐ＝０.０００４
２Ｇは罹患性である。
【０１７０】
【表３２】
2008545390.tif 000034
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＣ／ＣＣ対ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.６、９５％信頼限界＝０.８〜３.３、χ2(イェーツ未補正)＝１.７、Ｐ＝０.１９
ＧＣ／ＣＣ遺伝子型は罹患性(トレンド)である。
【０１７１】
【表３３】
2008545390.tif 000035
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＴＴ対ＣＣ／ＣＴ、オッズ比(ＯＲ)＝０.４７、９５％信頼限界＝０.２〜１.４、χ2(イェーツ未補正)＝２.１６、Ｐ＝０.１４
ＴＴ遺伝子型は保護的(トレンド)である。
【０１７２】
【表３４】
2008545390.tif 000036
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＡＧ／ＡＡ対ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.４、９５％信頼限界＝０.８〜２.４、χ2(イェーツ未補正)＝１.６７、Ｐ＝０.２０
ＡＧ／ＡＡ遺伝子型は罹患性(トレンド)である。
【０１７３】
【表３５】
2008545390.tif 000037
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＣＣ対ＣＧ／ＧＧ、オッズ比(ＯＲ)＝２.３、９５％信頼限界＝０.９〜５.８、χ2(イェーツ未補正)＝４.０１、Ｐ＝０.０５
ＣＣ遺伝子型は罹患性である。
【０１７４】
【表３６】
2008545390.tif 000038
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＴＴ対ＣＣ／ＣＴ、オッズ比(ＯＲ)＝０.４６、９５％信頼限界＝０.２〜０.９５、χ2(イェーツ未補正)＝５.１１、Ｐ＝０.０２
ＴＴ遺伝子型は保護的である。
２.アレル.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＴ対Ｃ、オッズ比(ＯＲ)＝０.６９、９５％信頼限界＝０.５〜１.０、χ2(イェーツ補正)＝３.９６、ｐ＝０.０５
Ｔアレルは保護的である。
【０１７５】
【表３７】
2008545390.tif 000039
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＣＣ対ＣＴ／ＴＴ、オッズ比(ＯＲ)＝０.７３、９５％信頼限界＝０.４〜１.２、χ2(イェーツ未補正)＝１.６、ｐ＝０.２０
ＣＣ遺伝子型は保護的(トレンド)である。
【０１７６】
【表３８】
2008545390.tif 000040
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＣＣ／ＣＧ、オッズ比(ＯＲ)＝０.３０、９５％信頼限界＝０.０１〜２.５、χ2(イェーツ未補正)＝１.４１、Ｐ＝０.２２(片側ｔ検定)
ＧＧ遺伝子型は保護的(トレンド)である。
【０１７７】
【表３９】
2008545390.tif 000041
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＴＴ／ＴＧ、オッズ比(ＯＲ)＝１.４、９５％信頼限界＝０.８〜２.７、χ2(イェーツ未補正)＝１.３、Ｐ＝０.２５
ＧＧ遺伝子型は罹患性である(トレンド)。
【０１７８】
【表４０】
2008545390.tif 000042
１.遺伝子型.  肺癌患者対抵抗性喫煙者についてのＧＧ対ＧＣ／ＣＣ、オッズ比(ＯＲ)＝０.６６、９５％信頼限界＝０.４〜１.２、χ2(イェーツ未補正)＝２.１２、Ｐ＝０.１５
ＧＧ遺伝子型は保護的(トレンド)である。
【０１７９】
【表４１】
2008545390.tif 000043
【０１８０】
【表４２】
2008545390.tif 000044
【０１８１】
【表４３】
2008545390.tif 000045
【０１８２】
【表４４】
2008545390.tif 000046
【０１８３】
【表４５】
2008545390.tif 000047
【０１８４】
【表４６】
2008545390.tif 000048
【０１８５】
【表４７】
2008545390.tif 000049
【０１８６】
議論
幾つかの多型が、肺癌を発達させる高い又は低いリスクのいずれかに関連するということが上記結果により示される。個々の多型の関連は、それ自身では識別力のある値ではあるが、許容できる疾患予測を提供しないようである。しかしながら、組み合わせることで多型は、抵抗性である対象と罹患性対照(例えば、肺癌を発達させる喫煙者と同等の喫煙暴露を受けてもほとんどリスクを有さない喫煙者)とを区別する。多型は、遺伝子発現を変化させそしてタンパク質合成を変化させると考えられるプロモーター多型と、肺リモデリング及び肺癌の根底にあると知られている過程に関与する多くの遺伝子においてアミノ酸配列(並びに発現及び／又は機能)を変更すると知られているエクソン多型の両方を表す。本明細書に同定された多型は、炎症、マトリックスリモデリング及び酸化ストレスを含む過程の中核をなすタンパク質をコードする遺伝子に見られる。
【０１８７】
肺癌を患う喫煙者と、ほぼ通常の肺機能を有する(喫煙をするにも関わらず肺癌リスクが最も低い)対応喫煙者の比較において、幾つかの多型は、比較群(血液ドナーコホートを含むことがある)において発見されるよりも有意に高い又は低い頻度で発見されると同定された。肺癌患者のコホートが少ないため、差異に対する傾向のみが存在する場合(Ｐ＝０.０６〜０.２５)多型を分析に含めたが、組合せ分析では最重要な有意差を有する多型のみを使用した。
【０１８８】
・一酸化窒素合成酵素３のＡｓｐ２９８Ｇｌｕ(Ｔ／Ｇ)多型の分析では、ＴＴ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて高いことが発見され (ＯＲ＝１.８、Ｐ＝０.１４)、保護的役割と一致する。血液ドナーコホートに比べて高い頻度は、ＴＴ遺伝子型が抵抗性群において多く存在するということを示唆する(表１ａを参照のこと)。
【０１８９】
・一酸化窒素合成酵素３の-７８６Ｔ／Ｃ多型の分析では、ＴＴ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.４、Ｐ＝０.２３)、保護的役割と一致する (表１ｂを参照のこと)。
【０１９０】
・スーパーオキシドジスムターゼ３のＡｒｔ３１２Ｇｌｎ多型の分析では、ＣＧ及びＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて有意に高いことが発見され(Ｐ＝０.０３)、各々が保護的役割を有するということに一致する (表２)。
【０１９１】
・ＸＲＣＣ１遺伝子のＡｒｇ３８８ＧｌｎＡ／Ｇ多型の分析では、ＡＡ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝２.６、Ｐ＝０.０９)、保護的役割と一致する (表３)。
【０１９２】
・インターロイキン-８の-２５１Ａ／Ｔ多型の分析では、ＡＡ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝４.１、Ｐ＝０.００２)、保護的役割と一致する (表４)。Ａアレルは肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて有意に高いということが発見され(ＯＲ＝１.５、Ｐ＝０.０２)、保護的役割と一致する(表４)。
【０１９３】
・アンチキモトリプシン遺伝子のＡｌａ１５Ｔｈｒ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.７、Ｐ＝０.０６)、罹患性役割と一致する (表５を参照のこと)。Ｇアレルは喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いということが発見され(ＯＲ＝１.３、Ｐ＝０.１)、罹患性役割と一致する(表５を参照のこと)。
【０１９４】
・サイクリンＤ１遺伝子のＡ８７０Ｇ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.４、Ｐ＝０.２０)、保護的役割と一致する (表６を参照のこと)。対照的に、ＡＡ遺伝子型は喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.４、Ｐ＝０.２０)、罹患性役割と一致する(表６を参照のこと)。
【０１９５】
・インターロイキン１Ｂ遺伝子の-５１１Ａ／Ｇ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝１.６、Ｐ＝０.０４)、利監視役割と一致する (表７を参照のこと)。
【０１９６】
・ＦＡＳ(Ａｐｏ-１／ＣＤ９５)遺伝子のＡ-６７０Ｇ多型の分析では、ＡＡ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.５、Ｐ＝０.１５)、罹患性役割と一致する (表８を参照のこと)。Ａアレルは喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.３、Ｐ＝０.１５)、罹患性役割と一致する(表８を参照のこと)。
【０１９７】
・ＸＰＤ遺伝子の７５１Ｔ／Ｇ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.７、Ｐ＝０.１８)、保護的役割と一致する (表９)。
【０１９８】
・ＣＹＰ４５０ １Ａ１遺伝子のＩｌｅ４６２Ｖａｌ Ｇ／Ａ多型の分析では、ＡＧ及びＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝２.２、Ｐ＝０.１２)、保護的役割と一致する (表１０を参照のこと)。対照的に、ＡＡ遺伝子型は罹患性役割と一致することが発見された(表１０を参照のこと)。
【０１９９】
・マトリクスメタロプロテイナーゼ１２遺伝子のＡｓｎ３５７Ｓｅｒ多型の分析では、ＧＧ及びＡＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.７、Ｐ＝０.２３)、保護的役割と一致する (表１１を参照のこと)。
【０２００】
・ＯＧＧ１遺伝子のＳｅｒ３２６Ｃｙｓ(Ｃ／Ｇ)多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて喫煙抵抗性コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝４.０、Ｐ＝０.０５)、保護的役割と一致する (表１２)。
【０２０１】
・Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２のＡｒｇ１９７ＧｌｎＧ／Ａ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.５、Ｐ＝０.０８)、罹患性役割と一致する (表１３を参照のこと)。
【０２０２】
・ＣＹＰ ２Ｅ１遺伝子の１０１９Ｇ／ＣＰｓｔ１多型の分析では、ＣＧ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.７、Ｐ＝０.２３)、罹患性役割と一致する (表１４ａを参照のこと)。
【０２０３】
・ＣＹＰ ２Ｅ１遺伝子のＣ／Ｔ Ｒｓａ１多型の分析では、ＴＣ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.９、Ｐ＝０.１３)、罹患性役割と一致する (表１４ｂを参照のこと)。
【０２０４】
・インターロイキン-１８遺伝子の１０５Ａ／Ｃ多型の分析では、ＡＡ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.６、Ｐ＝０.０６)、罹患性役割と一致する (表１５ａを参照のこと)。対照的に、ＡＣ及びＣＣ遺伝子型は、各々保護的役割と一致する(表１５を参照のこと)。
【０２０５】
・インターロイキン-１８の-１３３Ｃ／Ｇ多型の分析では、ＣＣ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.５、Ｐ＝０.０９)、罹患性役割と一致する (表１５ｂを参照のこと)。対照的に、ＣＧ及びＧＧ遺伝子型は、各々保護的役割と一致する(表１５ｂを参照のこと)。
【０２０６】
・グルタチオンＳトランスフェラーゼ遺伝子のヌル多型の分析では、ヌル遺伝子型は、血液ドナーコホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.９２、Ｐ＝０.０１)、罹患性役割と一致する (表１６を参照のこと)。
【０２０７】
・インターフェロンγの８７４Ａ／Ｔ多型の分析では、ＡＡ遺伝子型は、血液ドナーコホートに比べて肺癌コホートにおいて高いこと(ＯＲ＝１.９、Ｐ＝０.０２)、及び喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いこと(ＯＲ＝１.４、Ｐ＝０.２２)が発見され、罹患性役割と一致する (表１７を参照のこと)。
【０２０８】
・シクロオキシゲナーゼ２遺伝子の-７６５Ｃ／Ｇプロモーター多型の分析では、ｃアレル並びにＣＣ及びＣＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて有意に高いことが発見され(それぞれＯＲ＝０.５９、Ｐ＝０.０３及びＯＲ＝０.５３、Ｐ＝０.０３)、保護的役割と一致する。血液ドナーコホートに比べて高い頻度は、Ｃアレル(ＣＣ遺伝子型)が抵抗性群いおいて多く存在することが示唆される(表１８を参照のこと)。対照的に、Ｇアレル及びＧＧ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(それぞれＯＲ＝１.７、Ｐ＝０.０３及びＯＲ＝１.８８、Ｐ＝０.０３)、罹患性役割と一致する(表１８を参照のこと)。
【０２０９】
・マトリクスメタロプロテイナーゼ１遺伝子の-１６０７ １Ｇ／２Ｇ多型の分析では、２Ｇ２Ｇ遺伝子型は、血液ドナーコホートに比べて肺癌コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝２.５８、Ｐ＝０.００６)、罹患性役割と一致する (表１９を参照のこと)。２Ｇアレルは、血液ドナーコホートに比べて肺癌コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝２.１、Ｐ＝０.０００４)、罹患性役割と一致する(表１９を参照のこと)。
【０２１０】
・結合組織増殖因子遺伝子の-４４７Ｇ／Ｃ多型の分析では、ＣＣ及びＧＣ遺伝子型は、喫煙抵抗性コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.６、Ｐ＝０.１９)、罹患性役割と一致する (表２０を参照のこと)。
【０２１１】
・ムチン５ＡＣ遺伝子の-２１１Ｃ／Ｔ多型の分析では、ＴＴ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝０.４７、Ｐ＝０.１４)、保護的役割と一致する (表２１を参照のこと)。
【０２１２】
・マンノース結合レクチン(ＭＢＬ２)遺伝子の１６１Ｇ／Ａ多型の分析では、ＡＡ及びＡＧ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.４、Ｐ＝０.２０)、各々が罹患性役割を有することと一致する (表２２を参照のこと)。
【０２１３】
・ニブリン遺伝子のＧｌｎ１８５ＧｌｕＧ／Ｃ多型の分析では、ＣＣ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートに比べて肺癌コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝２.３、Ｐ＝０.０５)、罹患性役割と一致する (表２３を参照のこと)。
【０２１４】
・アルギナーゼ１遺伝子のイントロン１Ｃ／Ｔ多型の分析では、ＴＴ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝０.４６、Ｐ＝０.０２)、保護的役割と一致する (表２４を参照のこと)。Ｔアレルは、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて有意に高いことが発見され(ＯＲ＝０.６９、Ｐ＝０.０５)、保護的役割と一致する(表２４を参照のこと)。
【０２１５】
・ＲＥＶ１遺伝子のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ多型の分析では、ＣＣ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝０.７３、Ｐ＝０.２０)、保護的役割と一致する (表２５を参照のこと)。
【０２１６】
・インスリン様成長因子ＩＩ受容体遺伝子のＬｅｕ２５２Ｖａｌ Ｃ／Ｇ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝０.３０、Ｐ＝０.２２)、保護的役割と一致する (表２６を参照のこと)。
【０２１７】
・Ａｐｅｘヌクレアーゼ遺伝子のＡｓｐ１４８ＧｌｕＴ／Ｇ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートに比べて肺癌コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝１.４、Ｐ＝０.２５)、罹患性役割と一致する (表２７を参照のこと)。
【０２１８】
・インターロイキン１０遺伝子の-１０８ ２Ａ／Ｇ多型の分析では、ＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートに比べて抵抗性喫煙者コホートにおいて高いことが発見され(ＯＲ＝０.６６、Ｐ＝０.１５)、保護的役割と一致する (表２８を参照のこと)。
【０２１９】
肺癌への傾向は、個々の遺伝子構造と他の因子、例えばタバコの煙を含む様々な空気汚染物質への生涯にわたる暴露の組み合わせた影響の結果であると認められる。同様に、肺癌が幾つかの閉塞性肺疾患を包含し、そして呼気流量の喪失(例えばＦＥＶ１)により特徴付けられるということが認められる。本明細書のデータにより、幾つかの遺伝子が肺癌の発達に寄与し売るということが示唆される。肺の損傷を促進するか、又は防御するいずれかの組み合わせで機能する多くの遺伝的突然変異が、肺癌についての高い抵抗性又は罹患性に関与しうる。
【０２２０】
個々の多型の分析から１７の保護的遺伝子型を同定し、そして低リスクの喫煙者、つまり抵抗性喫煙者(ほぼ通常の肺機能を有する)、及び肺癌を患う喫煙者からなる喫煙者コホートにおいてその頻度を分析した。抵抗性喫煙者及び肺癌を患う喫煙者の頻度が、６個の保護的遺伝子型(ＣＹＰ１Ａ１ ＧＧ／ＡＧ、ＯＧＧ１ ＧＧ、ＣＣＮＤ１ ＧＧ、ＮＯＳ３ ２９８ ＴＴ、ＩＬ-８ ＡＡ、ＸＲＣＣ１ ＡＡ)のサブセットから選択される０、１、及び２以上(２＋)の保護的遺伝子型の存在に従って比較される場合、有意差が見られた(表３０を参照のこと)。２以上の保護的遺伝子型を有する喫煙者が抵抗性である４〜５倍以上の可能性を有し(ＯＲ＝４.６、Ｐ＝０.０００５)、一方保護的多型を１つも有さない喫煙者は、肺癌を有する可能性がほぼ３倍の可能性であった(ＯＲ＝２.８、Ｐ＜０.０００１)。別の方法で試験すると、肺癌を有する可能性は、０、１、又は２以上の保護的多型を有する喫煙者で、４８％、３０％、１４％へと減少した。保護的多型の大きな群を分析することは同様の発見をもたらした(表３２及び３４を参照のこと)。
【０２２１】
個々の多型の分析から、１９個の罹患性遺伝子型が同定され、そして抵抗性喫煙者及び肺癌を患う喫煙者からなる喫煙者コホートにおいてその頻度を分析した。抵抗性喫煙者と肺癌を患う喫煙者の頻度が、６個の罹患性遺伝子型(ＣＹＰ２Ｅ１ １０１９ ＣＣ／ＣＧ、ＦＡＳ ＡＡ、ＩＬ-１Ｂ ＧＧ、ＡＣＴ１５ＧＧ遺伝子型)のサブセットから選ばれた０、１、及び２以上(２＋)の罹患性遺伝子型の存在に従って比較された場合に、有意差が見られた(表３１を参照のこと)。２以上の罹患性遺伝子型を有する喫煙者は、肺癌を有するほぼ２倍以上の可能性を有し(ＯＲ＝１.８、Ｐ＝０.０４)、一方罹患性遺伝子型を有さない喫煙者は抵抗性である２倍の可能性であった(ＯＲ＝２.３、Ｐ＝０.００４)。別の方法で試験される場合、肺癌を有する可能性は、０、１、又は２以上の罹患性遺伝子型を有する喫煙者で、それぞれ２３％から、３８％、４５％に増加した。罹患性多型の大きな群の分析は同様の発見をもたらした(表３３及び３５を参照のこと)。
【０２２２】
これらの発見は、本発明の方法が、症状が現れる前に個人において肺癌をうまく予測することができるということを示唆する。
【０２２３】
それにより、これらの発見は、本明細書に議論される治療介入及び／又は治療計画の機会を提示する。簡潔に記載すると、このような治療介入又は計画は、対象にライフスタイルの改善させる動機を提供することを含むことができ、又は異常な遺伝子発現又は遺伝子産物の機能を通常にすることに向けられる。例えばＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５Ｇアレルは、Ｃアレルで観察される遺伝子発現に比べて遺伝子の発現増加と関連する。本明細書に示される様に、Ｃアレルは、肺癌を発達させるリスクに関して保護的であり、ここで-７６５Ｇアレルを有すると知られている対象における適切な治療は、ＣＯＸ２をコードする遺伝子の発現を低減できる薬剤の投与でありうる。代替となる適切な治療は、その様な対象にＣＯＸ２阻害剤の投与、及び／又はさらなる治療アプローチ、例えば遺伝子治療、ＲＮＡｉなどを投与することでありうる。別の例では、本明細書に示される様に、ＩＬ１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｃアレルは、肺癌の罹患性と関連する。ＩＬ１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇアレルは、ＩＬ１８の高いレベルと関連し、それにより-１３３Ｃアレルを有すると知られている対象における適切な治療は、ＩＬ１８をコードする遺伝子の発現を増加できる薬剤の投与でありうる。代替の治療は、ＩＬ-１８又はその機能アナログを対象に投与すること、又は対象においてＩＬ-１８レベルを増強することである。さらなる例では、本明細書に示される様にＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ ２Ｇ／２Ｇ遺伝子型が肺癌への罹患性と関連する。マトリクスメタロプロテイナーゼの多くの阻害剤が知られており、例えば米国特許第6,600,057号(その全てを本明細書に援用する)に記載されている阻害剤、例えば、ＭＭＰと不活性複合体を形成するメタロプロテイナーゼの組織阻害剤(ＴＩＭＰ)、例えばＴＩＭＰ１、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、及びＴＩＭＰ４、ＭＭＰ作用を妨げるより一般的なプロテイナーゼ調節剤、ＭＭＰ遺伝子発現の調節剤、例えばＭＭＰの分泌酵素前駆体を活性化する膜結合ＭＭＰ(ＭＴ-ＭＭＰ)、及び４,５-ジヒドロキシアントラキノン-２-カルボン酸(ＡＱＣＡ)などの化合物及びその誘導体が知られている。-１６０７ ２Ｇ／２Ｇを有すると知られている対象における適切な治療は、ＭＭＰ１をコードする遺伝子の発現を低減できる薬剤の投与又はＭＭＰ１の活性を低減できる薬剤の投与、例えば１以上のＴｉｍｐの活性又は発現を増大できる薬剤の投与、又は１以上の膜結合ＭＭＰ又は他のＭＭＰ１活性化因子の活性又は発現を低減できる薬剤の投与でありうる。例えば、適切な治療は、ＭＭＰ１阻害剤、例えば、４,５-ジヒドロキシアントラキノン-２-カルボン酸(ＡＱＣＡ)、アントラキニル-メルカプトエチアミン、アントラキニル-アラニンヒドロキサマート、又はそれらの誘導体を投与することでありうる。別の例では、所定の罹患性遺伝子型は、保護的遺伝子型とともに観察される遺伝子に対して遺伝子の高い発現と関連する。罹患性遺伝子型を所有すると知られている対象における適切な治療は、当該遺伝子の発現を低減できる薬剤の投与であり、例えばアンチセンス又はＲＮＡｉ法の使用であ���。代わりの適切な治療は、当該遺伝子産物の阻害剤をこのような対象に投与することでありうる。さらに別の例では、遺伝子のプロモーターに存在する罹患性遺伝子型が、当該リプレッサータンパク質の高い結合性及び当該遺伝子の低い転写と関連する。適切な治療は、リプレッサーのレベルを低減できるか及び／又はリプレッサーの結合を妨げることができ、それにより転写の下方制御効果を弱めることができる薬剤の投与である。代替の治療は、遺伝子治療、例えば、リプレッサーの結合について低い親和性しか有さない遺伝子の少なくとも１のコピーを導入することを含みうる(例えば、保護的遺伝子型を有する遺伝子コピー)。
【０２２４】
そのような治療において用いるための適切な方法及び薬剤は当該技術分野に周知であり、そして本明細書で議論される。
【０２２５】
本明細書に記載される罹患性及び保護的多型の同定は、予防及び／又は治療処置の方法におけるその効力を評価するために候補化合物をスクリーニングする機会を提供する。このようなスクリーニング方法は、どの範囲の候補化合物が罹患性多型の遺伝子型又は表現形効果を反転させるか又は対抗する能力、又は保護的多型の遺伝子型又は表現形効果を模倣するか又は複製する能力を有するかを同定することに関する。
【０２２６】
さらに、利用できる予防又は治療アプローチに対する対象の同様の応答性を評価する方法が提供される。このような方法は、利用できる治療アプローチが、過剰又は不足のいずれかの状態で発現された遺伝子産物の生理学的に活性な濃度を、対象の年齢及び性別について通常である範囲内に回復させることに関する特定の適用を有する。このような場合、当該方法は、存在する場合に当該遺伝子の発現を上方制御又は下方制御し、その結果このような過剰又は不足の状態をもたらす罹患性多型の有無を検出することを含み、ここで、多型を有する対象が、治療に応答性を有する者であるようだ。
【０２２７】
実施例２
以下の表３６は、本明細書に特定される多型と連鎖不均衡にある多型の代表的な例を示す。このような多型の例は、www.hapmap.orgで利用できるデータベースなどの公的なデータベースを用いて位置決定されうる。特定の多型は、括弧内に記される。提供されたｒｓ番号は、各多型について固有である識別番号である。
【０２２８】
【表４８】
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【０２２９】
【表４９】
2008545390.tif 000051
【０２３０】
【表５０】
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【０２３１】
【表５１】
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【０２３２】
【表５２】
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【０２３３】
【表５３】
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【０２３４】
【表５４】
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【０２３５】
【表５５】
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【０２３６】
【表５６】
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工業適用
本発明は、肺癌を発達させる対象のリスクを評価する方法に関する。 当該方法は、肺癌を発達させる高いリスク又は低いリスクと関連すると示される多型の分析、或いはこのような分析から得られた結果の分析を含む。対象のリスクの評価において、肺癌を発達させる高い又は低いリスクと関連すると本明細書に示された多型の使用が提供され、その様な評価に適したヌクレオチドプローブ、プライマー、キット、及びマイクロアレイが提供される。本明細書の多型を有する対象を治療する方法も提供される。本明細書に記載される多型と関連する遺伝子の発現を調節できる化合物をスクリーニングする方法も提供される。
【０２３７】
【表５７】
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【０２３８】
本明細書で言及され又は参照される全ての特許、刊行物、科学論文、及び他の文書及び資料は、本発明の属する技術分野の当業者の技術水準を示し、そしてこのように引用された文書及び資料各々、その全てを個別に援用され、又は本明細書にその全てを記載する場合と同程度に本明細書に援用される。出願人は、このような特許、刊行物、科学論文、ウェブサイト、電気的に利用できる情報、及び他の引用される資料又は文書から、任意及び全ての資料及び情報を本明細書に物理的に取り込む権利を留保する。
【０２３９】
本明細書に記載される特定の方法及び組成物は、様々な実施態様の又は好ましい実施態様の代表であり、そして例示のみであり、そして本発明の範囲を制限するものとして意図されない。他の対象、態様、実施例、及び実施態様は、本明細書を考慮すれば当業者に生じ、そして特許請求の範囲により定義される本発明の範囲内に包含される。様々な置換及び変更が、本発明の範囲及び本質から逸脱することなく本明細書に開示される発明になされうるということは当業者に容易に明らかであろう。本明細書に例示的に記載された発明は、本質として本明細書に具体的に開示されていない構成要素(単数又は複数)又は制限(単数又は複数)のいずれかのの非存在下で適切に行われうる。こうして、例えば、本明細書の各場合において、本発明の実施態様又は実施例において、「含む」、「実質的に〜なる」、及び「からなる」という用語のいずれも、本明細書における他の二つの用語のいずれかと置き換えることができ、そうして、本発明の様々な代わりの実施態様の異なる範囲を有する更なる例を指す。また、「含む(comprising)」、「含む(including)」、「含む(containing)：などは拡張的に、かつ非制限的に読むべきである。本明細書に代表的に記載される方法及び過程は、工程の順番を違えて適切に行われても良く、そしてそれらは必ずしも本明細書又は特許請求の範囲に記載された工程の順番に限らなければならないわけではない。本明細書及び添付の特許請求の範囲に使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないと記載しない限り複数形を含む。こうして、例えば、「宿主細胞」という参照は、このような宿主細胞の複数形(例えば、培養物又は集団)を含む。本特許は、本明細書に具体的に開示された特定の実施例又は実施態様又は方法に制限されると解釈される場合はない。このような主張が具体的にされ、そして制限又は留保無しに出願人による書面において明らかに適用された場合を除き、本特許は、審査官又は特許及び商標庁の他の関係者又は職員によって制限されて解釈される場合はない。
【０２４０】
使用された用語及び表現は、説明の観点で使用され、そして制限するものではなく、そして示されそして記載された特徴の任意の同等物を除外することを、このような用語及び表現を使用する際に意図しないが、様々な改変が特許請求される発明の範囲内で可能であるということが認められる。こうして、本発明が具体的に好ましい実施態様及び選択的な特徴により具体的に開示されているが、本明細書に開示される概念の変更及びバリエーションは、添付の特許請求の範囲により定義される本発明の範囲内であると解釈される。
【図面の簡単な説明】
【０２４１】
【図１】図１は、保護的多型の数に対してプロットされた肺癌を患うヒトの割合を示すグラフを記載する。
【図２】図２は、罹患性多型の数に対してプロットされた肺癌を患うヒトの割合を示すグラフを記載する。
【図３】図３は、肺癌を患う喫煙者と抵抗性の喫煙者における保護的多型の頻度を示すグラフを記載する。
【図４】図４は、肺癌を患う喫煙者と抵抗性の喫煙者における罹患性多型の頻度を示すグラフを記載する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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