(57)【要約】  感染に対する免疫抵抗性に関与している遺伝子およびその使用を記載する。特に、感染した個体においてＨＩＶ感染に対する抵抗性および疾患の進行の遅滞に関与している遺伝子を記載する。
2008526184.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト２２番染色体の遺伝子座Ｄ２２Ｓ２７７とＤ２２Ｓ４２３の間の領域内に位置する遺伝子をコードする単離された核酸配列またはその機能性断片。
【請求項２】
マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ６８とＤ１５Ｍｉｔ１０７の間の領域にシンテニーであるヒト２２番染色体の領域内に位置する遺伝子をコードする単離された核酸配列またはその機能性断片。
【請求項３】
Ｑ８ＣＣＡ５  （ＡＰＯＬ３）、２６０００１３Ｇ０９Ｒｉｋ  （ＲＡＢＬ４）、Ｒａｃ２、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０Ｒｉｋ  （ＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ）、ＰＳＣＤ４、ＣＤＣ４２ＥＰ１、Ｑ９Ｄ６Ｄ６  （Ｔｏｂ２）、２６１００１９Ｉ０３Ｒｉｋ  （Ｃ２２ｏｒｆ１８）およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃ（Ｂａｆｆｒ）からなる群より選択されるマウス遺伝子に相同遺伝子またはオルソログ遺伝子である遺伝子をコードする単離された核酸。
【請求項４】
Ａｐｏｌ３、ＭＹＨ９、ＩＬ２ＲＢ、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＲＡＣ２、ＣＤＣ４２ＥＰ１、ＬＧＡＬＳ２、ＰＯＬＲ２Ｆ、ＭＡＦＦ、ＧＴＰＢＰ１、ＲＰＬ３、ＧＲＡＰ２、Ｑ９ＵＰ９Ｑ、ＲＡＢＬ４、ＫＡ９３＿ＨＵＭＡＮ  Ｃ２２ｏｒｆ１８ヒトＢａｆｆｒ、ＢＡＦＦ−Ｒ、Ｃ２２ｏｒｆ１８、ＣＳＮＫ１Ｅ、ＣＤＣ４２ＥＰ１、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ、ＥＡ５７＿ＨＵＭＡＮ、ＣＡＲＤ１０、ＰＳＣＤ４、ＮＭ＿１５２６６９、ＮＭ＿０２４８２１（ＦＬＪ２２３４９）、ＮＭ＿１７０６９８（Ｄｊ２２２ｅ１３．２）、Ｎｏｖｅｌ  ９、ＮＯＶＥＬ  １０（ＬＯＣ６３９２９）、ＴＯＢ２、ＴＣＦ２０、Ａ４ＧＡＬＴおよびＲＢＸ１からなる群より選択される遺伝子をコードする単離された核酸配列またはその機能性断片。
【請求項５】
Ｒａｃ２−ＰＳＣＤ４−Ｃａｒｄ１０−ＣＤＣ４２ＥＰ１領域から選択される遺伝子をコードする単離された核酸配列またはその機能性断片。
【請求項６】
遺伝子Ｒａｃ２およびＰＳＣＤ４いずれかをコードする単離された核酸配列またはその機能性断片。
【請求項７】
配列番号：１による核酸配列またはその機能性断片。
【請求項８】
配列番号：２による核酸配列またはその機能性断片。
【請求項９】
請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸および薬学的に許容され得る担体またはビヒクルを含む医薬調製物。
【請求項１０】
薬剤における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項１１】
ワクチンにおける請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項１２】
感染の治療または予防のための薬剤の調製における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項１３】
ウイルス感染の治療または予防のための医薬の調製における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項１４】
ウイルスがレトロウイルスである、請求項１１に記載の使用。
【請求項１５】
ウイルスがＨＩＶである、請求項１２または１３に記載の使用。
【請求項１６】
請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸にコードされる１つ以上の遺伝子の発現の増強または阻害を含む、感染の治療または予防方法。
【請求項１７】
遺伝子療法における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項１８】
遺伝子療法における使用のための薬剤の調製における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項１９】
感染に対する傾向または抵抗性を決定する方法における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項２０】
化合物を、前記核酸の発現に対して効果を有する化合物についてインビトロにおいてスクリーニングする方法における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸の使用。
【請求項２１】
請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の核酸にコードされるポリペプチドまたはその機能性断片、相同体または第三次製品。
【請求項２２】
配列番号：１または配列番号：２にコードされるポリペプチド。
【請求項２３】
ポリペプチドが合成により作製されたものである、請求項２１または２２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
薬剤における請求項２１または２２に記載の１つ以上のポリペプチドの使用。
【請求項２５】
感染の治療または予防のための薬剤の製造における請求項２１または２２に記載の１つ以上のポリペプチドの使用。
【請求項２６】
感染がウイルス感染である、請求項２１および２２に記載の使用。
【請求項２７】
ウイルスがレトロウイルスである、請求項２４および２５に記載の使用。
【請求項２８】
ウイルスがＨＩＶである、請求項２４、２５および２６に記載の使用。
【請求項２９】
請求項２１乃至２３のうちいずれか１項に記載の１つ以上のポリペプチドおよび薬学的に許容され得る担体またはビヒクルを含む医薬組成物。
【請求項３０】
ワクチンである、請求項２９に記載の医薬組成物。
【請求項３１】
請求項２１または２２に記載の１つ以上のポリペプチドの薬学的に有効な量を、かかる治療が必要な個体に投与することを含む、感染の治療または予防方法。
【請求項３２】
感染の治療または予防方法であって、かかる治療が必要な個体において、請求項２１または２２に記載のポリペプチドをコードする１つ以上の遺伝子の発現を増強または阻害することを含む、感染の治療または予防方法。
【請求項３３】
化合物を、前記ポリペプチドの機能性相同体についてスクリーニングする方法における請求項２１または２２に記載のポリペプチドの使用。
【請求項３４】
感染に対する感受性を試験するための方法における請求項２１または２２に記載のポリペプチドの使用。
【請求項３５】
請求項２１乃至２３のうちいずれか１項に記載のポリペプチドに対する抗体。
【請求項３６】
前記ポリペプチドの機能性相同体について、化合物をスクリーニングする方法における、請求項３５に記載の抗体の使用。
【請求項３７】
図１４に示す単離された核酸プローブ。
【請求項３８】
感染に対する抵抗性を決定するためのアッセイにおける、請求項３４に記載のプローブのいずれかの使用。
【請求項３９】
請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の遺伝子の発現を修飾する化合物を決定することにおける、請求項３４に記載のプローブのいずれかの使用。
【請求項４０】
請求項２１または２２に記載のポリペプチドの発現を修飾する化合物を決定することにおける、請求項３７に記載のプローブのいずれかの使用。
【請求項４１】
感染の治療または予防方法における、請求項３７に記載のプローブのいずれかの使用。
【請求項４２】
ウイルス感染の治療または予防のための薬剤の調製における請求項３７に記載のプローブのいずれかの使用。
【請求項４３】
ウイルス感染がＨＩＶ感染である、請求項４２に記載の使用。
【請求項４４】
ＡＩＤＳの治療または予防における請求項４２に記載のプローブのいずれかの使用。
【請求項４５】
感染の治療または予防のための、サイトカインをコードする１つ以上の遺伝子の発現の増強。
【請求項４６】
感染がＨＩＶ感染である、請求項４５に記載の使用。
【請求項４７】
感染した患者において疾患の進行を決定する方法における、請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の単離された核酸配列の使用。
【請求項４８】
感染した患者におけるウイルス感染の修飾または阻害における請求項１乃至８のうちいずれか１項に記載の単離された核酸配列の使用。
【請求項４９】
感染した患者におけるウイルス感染および臨床的疾患の修飾または阻害における、請求項２１または２２に記載のポリペプチドまたはその断片の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、耐性遺伝子およびその使用に関する。より詳しくは、本発明は、感染に対する免疫抵抗性に関与する遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００２】
当該技術分野では、マーカー遺伝子の使用により、特定の疾患の性質を診断することが可能なことが知られている。例えば、癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子は、特に、変異型癌遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の欠失と特定の癌との間の関連性において、特定の癌に対する感受性を示すことが、広く認められている。また、ＢＲＣＡ遺伝子などの、癌（例えば、乳癌など）に罹るリスクがより大きいことが予測される遺伝子が同定されている。また、個体によっては、感染（特にウイルス感染）に対して高い感受性または抵抗性を示すことが知られている。疾患の感受性の予測は、既知の病因因子、化学薬品またはウイルスとの不必要な接触を回避するため、ならびに既知および開発中の予防的手段を採用するために、素因遺伝子を有する人々にとって有益である。また、ウイルス性疾患に対するワクチンの設計において、または遺伝子療法のためにも有用である。さらに、疾患の進行速度の予測により、個別の、より効率的な治療管理の機会を提供し得る。
【０００３】
さらに、主なウイルス性疾患、例えば、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染に対する有効なワクチンの開発は、世界的な社会経済的問題からも急務である。ＨＩＶは、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）の病原因子である。かかるワクチンの開発の鍵の１つは、ＨＩＶ感染に対する生来の抵抗性の機構を理解することにある。これに関連して、このウイルス対する多数回および反復的曝露にもかかわらず、見かけ上抵抗性である一部の群の人々において、一部のＨＩＶ−１感染個体において臨床的進行のないことおよび検出可能なＨＩＶ−１ゲノムの欠如が、ＨＩＶ感染に対する予防的および治療的手段の開発を考慮する上で注目に値する２つの現象である。いくつかの宿主遺伝子は、ＨＩＶ感染に対する抵抗性の可能性およびＨＩＶセロコンバージョン後のＡＩＤＳの進行の遅延または加速と関連付けられてきた［１に概説］。このような宿主遺伝子としては、ケモカインレセプターおよびサイトカイン、ナチュラルキラー細胞レセプターとしての機能を果たすキラー免疫グロブリン様レセプター（ＫＩＲ）、ならびに主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）に含まれるものをコードする遺伝子が挙げられる［１〜１１］。
【０００４】
生来抵抗性を有する一部の個体は、ＣＣＲ５Δ３２として知られる変異型ＨＩＶコレセプター遺伝子を有する［１〜５］。しかしながら、この変異は劣性であり、細胞内へのＨＩＶ侵入に対する抵抗性を付与するホモ接合性は稀にしか見られない。したがって、上記の変異は、大部分の個体がＨＩＶ感染に対する自然抵抗性を示す説明にはなり得ない。ＨＩＶ感染に対する生来の抵抗性を示す既存のヒト集団には、ＨＩＶ曝露セロネガティブ（ＥＳＮ）として知られる特異な群、すなわちＨＩＶに対する多数回および反復的曝露の証拠を有するにもかかわらず、ＨＩＶ反応性の血清ＩｇＧ抗体をまったく有さない、ＨＩＶ−１に曝露未感染個体（ＥＵＩ）群がある［１２、１３］。ＥＵＩは、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）由来の検出可能な血漿ＨＩＶ−１  ＲＮＡおよびＨＩＶ−１  ｃＤＮＡが存在しないにもかかわらず、強いＨＩＶ−１抗原特異的Ｔリンパ球応答およびＨＩＶ−１反応性粘膜ＩｇＡ産生を示す［１４〜１６］。このようなＥＳＮ／ＥＵＩの尿道または膣分泌物中のＨＩＶ抗原特異的Ｔリンパ球応答の検出およびＨＩＶ反応性ＩｇＡ抗体の検出は、これらの個体がＨＩＶに曝露されたが、その曝露によって感染はもたらされていないことを示す［１２〜１７］。ＥＳＮ／ＥＵＩ状態を既に報告されている遺伝的多型と関連付ける試みは、これまでのところ成功していない［１０、１４］。ＥＵＩから単離された粘膜ＩｇＡによってもたらされるＨＩＶ−１中和活性の証明［１７〜１９］により、ＨＩＶ−１中和抗体の速やかな産生およびクラススイッチがＨＩＶ感染に対する推定され得る免疫抵抗性に寄与し得ることが、示唆されている。また、ＨＩＶ−１関連サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）またはＨＩＶ−１とＳＩＶの病原性キメラに対する中和抗体の保護的役割も、非ヒト霊長類における受動輸送およびワクチン誘導性能動免疫治療実験によって示されている［２０−２３］。しかしながら、ヒトにおいて種々のＨＩＶ特異的免疫応答の発生によってもたらされる保護の程度は確立されておらず、現在、ＨＩＶ感染に対する推定され得る保護の免疫学的相関性も遺伝的相関性もわかっていない。
【０００５】
最近、アポリポ蛋白質Ｂ  ｍＲＮＡ編集酵素触媒性ポリペプチド様（ＡＰＯＢＥＣ）ファミリーシチジンデアミナーゼに属する細胞内酵素であるＡＰＯＢＥＣ３Ｇは、広い抗レトロウイルス活性を有することが示された［２４〜２７］。したがって、標的細胞内へのＨＩＶの侵入およびＤＮＡ内へのウイルスのゲノムＲＮＡの逆転写の開始後、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇは、マイナス鎖ｃＤＮＡにおいてシトシンからウラシルへの変換を誘導し、逆転写酵素の機能不全および組み込まれたプロウイルスゲノムにおける非常に多くのＧからＡへの変異をもたらし、これは、ウイルスの適合性を大きく低下させる［２４、２５、２８］。ＨＩＶ  Ｖｉｆタンパク質は、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇの活性を、細胞質内でその複合体を形成すること、およびビリオン内へのそのパッケージングを妨げることにより相殺し、それにより、新たに生成したウイルス粒子が標的細胞内へ侵入する際、変異編集を妨害する［２９、３０］。Ｖｉｆとの相互作用により、ユビキチン−プロテアソーム経路［３０〜３３］によるＡＰＯＢＥＣ３Ｇ分解が刺激され、ウイルスの複製が増大する。これにより、ＨＩＶ複製を促進し、子孫ビリオンの感染性を１０倍〜１００倍増強するＶｉｆの生物学的特性が説明される。ＨＩＶ感染力の測定におけるＶｉｆ−ＡＰＯＢＥＣ相互作用の重要性は、ｖｉｆ欠失ＨＩＶの複製に対して許容性である細胞株がＡＰＯＢＥＣ３Ｇを発現しない［２９、３４］という観察結果によってさらに強化される。
【０００６】
さらにごく最近、第２のＤＮＡ編集酵素であるＡＰＯＢＥＣ３Ｆが、ＨＩＶ感染に対するヒト細胞の抵抗性に関与していることがわかった［３５〜３７］。ＡＰＯＢＥＣ３Ｆもまた、ＨＩＶビリオン内にパッケージングされ、Ｖｉｆタンパク質への特異的結合によってその感染性を阻害する。ＡＰＯＢＥＣ３ＧおよびＡＰＯＢＥＣ３Ｆは非許容性ヒト細胞内で共発現し、ヘテロ二量体を形成する［３７］。重要なことには、ＡＰＯＢＥＣ３Ｆの抗ウイルス活性がＶｉｆに対して部分抵抗性であり、より顕著な５‘ＧＡから５’ＡＡへの偏向をもたらし、したがってより強力なＨＩＶ複製障害をもたらす［３８］。しかしながら、免疫細胞に対するＡＰＯＢＥＣ３ＧおよびＡＰＯＢＥＣ３Ｆの直接的な効果は知られておらず、これらのＤＮＡ変異誘発因子タンパク質の発現において生じ得る差は、ＨＩＶに曝露されると、より強くおよび／またはより早期の免疫応答が上記のＥＳＮ／ＥＵＩにおいて観察されることと関連付けられていない。
【０００７】
マウスモデルにおいて、フレンドマウス白血病ウイルス（ＦＶ）に対する抵抗性は、多くの遺伝因子によって制御され、複雑な免疫応答（例えば、Ｂ、ＴおよびＮＫ細胞の応答）が効率的な保護および動物の生存に必要とされる。以下の表１を参照のこと。
【０００８】
【表１】
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【０００９】
マウスのＲｆｖ３座およびインフォームドコンセントを得たＥＵＩ個体由来のＤＮＡ試料の研究により、本発明者らは、ＥＵＩが、マウス１５番染色体のレトロウイルス抵抗性遺伝子Ｒｆｖ３を含有する領域にシンテニーなヒト２２番染色体領域内のマイクロサテライト遺伝子座に、明らかに稀な対立遺伝子を有することを見出した。国際特許出願番号ＷＯ  ２００４／０３５８２５において、本発明者らは、欧州人種個体（イタリア）のＥＳＮ／ＥＵＩにおけるＨＩＶ感染に対する抵抗性と関連のある特定の遺伝子型または多型を記載した。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
本発明者らは、ここに、ＥＳＮまたはＥＵＩ状態として知られるＨＩＶ感染の確立に対する自然獲得免疫抵抗性に関与している遺伝子およびその調節エレメントを同定した。本明細書に記載する結果は、本発明者らによってここに同定された遺伝子およびその調節エレメントが、一部の人々がＨＩＶに曝露されると抗ＨＩＶ免疫応答を発現（ｍｏｕｎｔ）するのを可能にする遺伝因子（１つ以上）を表すことを示す。おそらく、一部のこれらの因子の組合せは、一部の個体が、大多数とは反対に、ＡＩＤＳに進展するのより長期間かかるという事実と関連している。
【００１１】
したがって、本発明者らは、感染、特にウイルス感染、より特別にはＨＩＶ感染に対する免疫抵抗性に関与しているいくつかの遺伝子およびその調節エレメントを同定した。
【００１２】
感染に対する免疫抵抗性に関与しているこれらの遺伝子およびその調節エレメントの同定により、一連の新規な治療様式ならびにワクチンストラテジーおよび診断様式が可能になる。
【００１３】
本発明者らにより、既に、マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ６８とＤ１５Ｍｉｔ１０７の間の領域にシンテニーであるヒト２２番染色体の領域内に位置する１つ以上の遺伝子およびその遺伝子産物（かかる遺伝子にコードされるポリペプチドまたはこのポリペプチドの断片）が、感染の治療または予防に使用可能であることが決定された。
【００１４】
これに関連して、この遺伝子は、表２に列挙したマウス遺伝子の１つの相同遺伝子またはオルソログ遺伝子であり、これは、感染後１４日までにＦＶ中和抗体を産生する（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスと比べ、ＦＶ感染に対して速やかな抗体応答を発現しなかったＡ／ＷｙＳｎ系統マウスにおいて有意に異なる発現レベルを示すことが示された。本発明者らによって、ここに、このヒト遺伝子は、表２の一覧、包括的であり限定されないが、例えば、Ｑ８ＣＣＡ５（ＡＰＯＬ３）、２６０００１３Ｇ０９Ｒｉｋ  （ＲＡＢＬ４）、Ｒａｃ２、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０Ｒｉｋ  （ＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ）、Ｑ９Ｄ６Ｄ６（Ｔｏｂ２）、２６１００１９Ｉ０３Ｒｉｋ  （Ｃ２２ｏｒｆ１８）およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃ（Ｂａｆｆｒ）から選択されるマウス遺伝子の相同遺伝子またはオルソログ遺伝子であるであることが決定された。
【００１５】
相同的またはオルソログ遺伝子は、異なる種に由来し、類似したヌクレオチド配列を有する遺伝子である。配列類似性は、当該技術分野で知られたコンピュータプログラム（例えば、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｐａｃｋａｇｅ（登録商標）（Ａｃｃｅｌｒｙｓ  Ｉｎｃ．，  ＣＡ，  ＵＳＡ）のものなど）を用いて容易に決定され得る。観察された配列類似性が、この遺伝子が共通の進化上の起源を共有するためであると仮定した場合、この遺伝子は「相同的」であると称されるが、この用語はまた、多くの場合、単に遺伝子配列が非常に類似していることを示すために曖昧に用いられる。また、用語「オルソログな」は、共通の祖先から進化したと仮定される異なる種に由来する遺伝子に適用される。
【００１６】
したがって、第１の態様において、本発明は、特に、限定されないがＱ８ＣＣＡ５（ＡＰＯＬ３）、２６０００１３Ｇ０９Ｒｉｋ（ＲＡＢＬ４）、Ｒａｃ２、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０Ｒｉｋ（ＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ）、Ｑ９Ｄ６Ｄ６（Ｔｏｂ２）、２６１００１９Ｉ０３Ｒｉｋ（Ｃ２２ｏｒｆ１８）およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃ（Ｂａｆｆｒ）を含む表２の一覧からから選択されるマウス遺伝子の相同遺伝子またはオルソログ遺伝子である遺伝子をコードする単離された核酸を提供する。
【００１７】
また、この遺伝子は、好ましくは、ＨＩＶ−１抗原によりそのＰＢＭＣがインビトロ刺激されると、ＥＳＮ／ＥＵＩとＨＩＶ−１感染個体との間で有意に異なる発現レベルを示すか、またはその遺伝子座において、ＥＳＮ個体とＨＩＶ−１感染個体との間で群として有意な遺伝子の差異が示される以下のヒト遺伝子、例えば、遺伝子Ｒａｃ２、ＰＳＣＤ４、Ｃａｒｄ１０、およびＧｒａｐ２などのうちの１つである。これらの遺伝子のうち最も好ましいのはＲａｃ２またはＰＳＣＤ４である。
【００１８】
上記の遺伝子（Ｑ８ＣＣＡ５またはＡＰＯＬ３、２６０００１３Ｇ０９ＲｉｋまたはＲＡＢＬ４、Ｒａｃ２、ＰＳＣＤ４、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０ＲｉｋまたはＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ、Ｇｒａｐ２、Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２、２６１００１９Ｉ０３ＲｉｋまたはＣ２２ｏｒｆ１８、およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃまたはＢａｆｆｒ）はすべて、タンパク質またはポリペプチドをコードする。遺伝子の１つ以上およびこれらの遺伝子にコードされるタンパク質またはポリペプチド（およびその２次もしくは３次誘導体）は、感染に対する観察された免疫抵抗性に関与しているはずである。
【００１９】
したがって、本発明はまた、感染、特にウイルス感染の治療または予防法における、これらの遺伝子の１つ以上にコードされるタンパク質またはポリペプチドの使用を提供し、感染していると診断された人または感染の素質を有すると特定された人におけるその使用は、それぞれ、感染の治療または予防において有益であり得る。好ましくは、感染はウイルス感染であり、最も好ましくは、レトロウイルス感染、特にＨＩＶ感染である。
【００２０】
好都合には、本発明によるポリペプチドの混合物、すなわち、マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ６８とＤ１５Ｍｉｔ１０７の間の領域にシンテニーであるヒト２２番染色体の領域内に位置する異なる遺伝子にコードされるポリペプチドまたはその断片が、感染の治療または予防において使用され得る。かかる混合物は、感染の治療または予防において、１つのポリペプチド単独よりも有効であることが予想される。
【００２１】
また、この遺伝子の核酸配列から誘導され得るグリコシル化、スルホン化、リン酸化、アセチル化または他の付加もしくは置換産物、相同体、スプライス変異、転写変異もしくは転写産物も、この目的に使用され得、したがって、本発明の一部を構成するとみなされる。
【００２２】
本発明によるポリペプチドは、ＨＩＶ感染の確立に対して生来的に生じる免疫抵抗性と関連している遺伝子にコードされたものである。したがって、本発明によるポリペプチドの作用を模倣または助長する分子はいずれも、ワクチン投与計画を充実させるため、または既に感染した人々において抗体産生を刺激するための薬物として使用され得る。したがって、かかる分子は、本発明の一部である。
【００２３】
例えば、Ｒａｃ２はＴ細胞活性化に関与していることが知られているため、Ｔ細胞内でこの遺伝子の発現産物の作用を模倣もしくは助長する薬物を作製すること、または下流シグナルを標的化してＴ細胞を活性化させることが可能である。遺伝子Ｃａｒｄ１０およびその発現産物が同様に使用され得る。
【００２４】
さらにまた、本発明によるポリペプチド、およびその作用を模倣もしくは助長する薬物は、被験体においてより強力な免疫グロブリン（Ｉｇ）応答を誘導または促進するため、およびワクチン投与計画と組合せて使用することによりクラススイッチを誘導もしくは促進するために使用され得る。
【００２５】
本発明者らにより、既に、マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ６８とＤ１５Ｍｉｔ１０７の間の領域にシンテニーであるヒト２２番染色体の領域内に位置する１つ以上の遺伝子、またはそのコードポリペプチド産物もしくはこのポリペプチドの断片が、感染の治療または予防のための薬剤の製造において使用され得ることを解明した。
【００２６】
ここに、遺伝子を、包括的であり限定されないが、以下の群：Ｑ８ＣＣＡ５またはＡＰＯＬ３、２６０００１３Ｇ０９ＲｉｋまたはＲＡＢＬ４、Ｒａｃ２、ＰＳＣＤ４、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０ＲｉｋまたはＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ、Ｇｒａｐ２、Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２、２６１００１９Ｉ０３ＲｉｋまたはＣ２２ｏｒｆ１８、およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃまたはＢａｆｆｒから選択した場合、ならびに前記遺伝子から誘導されるそのポリペプチドを用いた場合、驚くべき有益な効果が見られることがわかった。
【００２７】
好ましくは、上記の遺伝子由来の遺伝子産物の１つ以上を含む薬剤は、ウイルス感染、例えば、レトロウイルス、例えば、オンコウイルス、レンチウイルス、またはスプマウイルスによって引き起こされる感染などの治療または予防に使用される。ＨＴＬＶおよびＢＬＶ  （ウシ白血病ウイルス）は、白血病を引き起こすオンコウイルスの例である。ＨＩＶおよびＳＩＶは、炎症性および消耗性疾患を引き起こすレンチウイルスの例である。ヒトスプマウイルスは、スプマウイルスの一例である。最も好ましくは、薬剤は、ＨＩＶ感染の治療または予防のためのものである。
【００２８】
薬剤が感染予防のためのものである場合、この薬剤は好適にはワクチンである。
【００２９】
第３の態様において、本発明はまた、この遺伝子にコードされる１つ以上のポリペプチドまたは、特に、限定されないが、以下の群：Ｑ８ＣＣＡ５またはＡＰＯＬ３、２６０００１３Ｇ０９ＲｉｋまたはＲＡＢＬ４、Ｒａｃ２、ＰＳＣＤ４、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０ＲｉｋまたはＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ、Ｇｒａｐ２、Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２、２６１００１９Ｉ０３ＲｉｋまたはＣ２２ｏｒｆ１８、およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃまたはＢａｆｆｒから選択される１つ以上の単離された核酸、ならびに薬学的に許容され得る担体を含むワクチンを提供する。好適な薬学的に許容され得る担体は、当該技術分野でよく知られたものである。
【００３０】
第４の態様において、本発明は、特に、限定されないが、以下の群：Ｑ８ＣＣＡ５またはＡＰＯＬ３、２６０００１３Ｇ０９ＲｉｋまたはＲＡＢＬ４、Ｒａｃ２、ＰＳＣＤ４、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０ＲｉｋまたはＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ、Ｇｒａｐ２、Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２、２６１００１９Ｉ０３ＲｉｋまたはＣ２２ｏｒｆ１８、およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃまたはＢａｆｆｒから選択される遺伝子にコードされる１つ以上のポリペプチドまたはこのポリペプチドの断片の薬学的に有効な量を投与することを含む、感染の治療または予防方法を提供する。
【００３１】
導入部に記載のように、本発明者らは、以前に、ＥＳＮの群においてＨＩＶ感染に対する免疫抵抗性と関連していると思われるマイクロサテライトマーカーについて記載し、これらを、マウス１５番染色体の領域にシンテニーである、レトロウイルス抵抗性遺伝子Ｒｆｖ３（分子の同一性は未知）を含有する第２２染色体領域にマッピングした。ここに、本発明者らは、この同じ領域内における、ＦＶ感染時にウイルス中和抗体を産生することができる、またはできないマウスにおいて異なって発現される遺伝子を同定し、これにより、ウイルス感染に対する早期免疫抵抗性を担う分子の正体を初めて示す。
【００３２】
さらに、本発明者らは、ここに、ヒト２２番染色体のシンテニー領域内の一部の遺伝子が、ＨＩＶ−１抗原で刺激されると、ＥＳＮ個体のＰＢＭＣにおいてＨＩＶ−１感染個体のＰＢＭＣにおけるよりも高度に発現されることを示した。さらにまた、このような差は、その調節エレメントの核酸配列内の塩基の変化と関連している。これらの所見により、感染を予防または治療するため、およびこの目的に使用され得る産物の決定のために、免疫抵抗性の機構を操作することが可能になる。これは、上記に概説したように遺伝子産物レベルで行なわれ得、以下に例示するように、遺伝子療法によって、遺伝子の発現調節レベルで、または遺伝子自体のレベルで行なわれ得る。
【００３３】
したがって、第５の態様において、本発明は、マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ６８とＤ１５Ｍｉｔ１０７の間の領域にシンテニーであるヒト２２番染色体領域内に位置する１つ以上の遺伝子の発現を増強または阻害することを含む、感染の治療または予防方法を提供する。
【００３４】
好ましい遺伝子は、包括的であり限定されないが、以下の：Ｑ８ＣＣＡ５またはＡＰＯＬ３、２６０００１３Ｇ０９ＲｉｋまたはＲＡＢＬ４、Ｒａｃ２、ＰＳＣＤ４、Ｃａｒｄ１０、Ｄ２３００１９Ｋ２０ＲｉｋまたはＫＡ９３＿Ｈｕｍａｎ、Ｇｒａｐ２、Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２、２６１００１９Ｉ０３ＲｉｋまたはＣ２２ｏｒｆ１８、およびＴｎｆｒｓｆ１３ｃまたはＢａｆｆｒから成る列挙から選択される。
【００３５】
本明細書に記載する遺伝子が、例えば、Ａ／ＷｙＳｎマウスにおける発現と比べて（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳＮ）Ｆ１マウスにおいて高度な発現を示す場合、またはヒトにおいて、遺伝子が、ＨＩＶ−１感染個体と比べてＥＳＮ／ＥＵＩで高度な発現を示す場合、これは、抵抗性と関連する遺伝子すなわち「抵抗性遺伝子」とみなされ得る。逆に、本明細書に記載する遺伝子が、（Ｂ１０．Ａ×Ａ  ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスにおける発現と比べてＡ／ＷｙＳｎマウスにおいて高度な発現を示す場合、または遺伝子が、ＥＳＮ／ＥＵＩと比べてＨＩＶ−１感染個体高度な発現を示す場合、これは、感受性と関連する遺伝子すなわち「感受性遺伝子」とみなされ得る。ウイルス感染を予防または治療するための直接的な遺伝子療法または遺伝子発現の調節に基づく治療法では、抵抗性遺伝子の発現を回復または増強させるが、感受性遺伝子の発現は阻害または防止することが望ましい。かかる治療法のための標的遺伝子が同定されたこと、およびこれらの標的のために遺伝子療法製品が設計され得ることは、本発明の特徴である。
【００３６】
ウイルスの侵入および複製に影響を及ぼす宿主の遺伝因子ならびにレトロウイルス感染に対する免疫応答は、マウスモデルを用いることにより広範に研究されている［３８〜４１］。フレンドマウス白血病ウイルス複合体  （ＦＶ）は、複製能を有するフレンドマウス白血病ヘルパーウイルス（Ｆ−ＭｕＬＶ）および欠損型脾臓フォーカス形成ウイルスから構成されたものである。ＦＶは、感受性系統の免疫応答性成体マウス内に接種されると、感染した赤血球前駆細胞の急速な増殖を誘導する。重篤な免疫抑制と関連するＦＶの持続的感染は、細胞内転写因子の挿入的活性化または腫瘍抑制遺伝子の破壊により、最終的には、白血病細胞の単一クローン性またはオリゴクローン性の拡張の出現をもたらす。標的細胞内でウイルスの侵入および複製を直接的に制御する宿主遺伝子座Ｆｖ１、Ｆｖ２およびＦｖ４が同定された［４２〜４５］。しかしながら、宿主動物が同じ感受性遺伝子型を上記の遺伝子座に共有する場合であっても、疾患の進展および進行の速度は、依然として、ＦＶ抗原に対する免疫応答に影響を及ぼす数個の遺伝子座における宿主遺伝子型に応じて劇的に変化する［４０］。２つの主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ遺伝子座は、ウイルスエンベロープ抗原のＴヘルパー細胞認識を直接的に拘束し［４６、４７］、一方、クラスＩ遺伝子座は、ウイルス抗原特異的Ｔ細胞からのサイトカインの産生に影響を及ぼす［４８］。ＭＨＣクラスＩｂ領域内にマッピングされた別の遺伝子座は、ナチュラルキラー細胞の機能に影響を与え得る［４９、５０］。第１５染色体にマッピングされ、したがってＭＨＣとは関連のないまた別の宿主遺伝子座は、ＦＶ感染後のウイルス血症の持続に強い影響を及ぼす［４０、５１〜５３］。同じ非ＭＨＣ遺伝子座における遺伝子型もまた、感染した細胞表面上のウイルス抗原の発現をモジュレートする細胞傷害性抗体の産生に影響を及ぼす［５４］。しかしながら、ウイルス血症の持続とウイルス中和抗体の産生との考え得る関係は、直接的に調べられていない。本発明者らは、ＦＶに対する種々の系統のマウスの抵抗性を担い得る免疫活性化と関連していること、およびウイルス中和抗体によるＦＶ感染への応答能力と関連していることが仮定されるマウス遺伝子座に関して連鎖分析を行なった。このマウスの研究を、ＥＳＮ／ＥＵＩのヒトのシンテニー領域に拡張することにより、予想外に、国際特許公開公報ＷＯ  ２００４／０３５８２５号に記載された通り、ＨＩＶ非感染個体においてＨＩＶ−１に対する強い免疫応答と関連しているヒト染色体マーカーが示された。
【００３７】
遺伝子Ｒｆｖ３は、当初、フレンド白血病レトロウイルスに感染したマウスが感染後３０〜６０日までにウイルス血症から回復するか否かを決定する単一の常染色体遺伝子と規定されていた［４０、５１］。この遺伝子はマウス１５番染色体にマッピングされた［５２、５３］が、その分子の同一性は依然として未知である。フレンドレトロウイルス感染に対する免疫抵抗性はまた、マウス主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）の遺伝子Ｈ２によって影響されるが、これは、ウイルスエンベロープおよびｇａｇ抗原に対するＴリンパ球応答を制御する［４０、４６、４９および５５］。類似遺伝子系統で試験した場合、ウイルス中和抗体の早期産生が、Ｒｆｖ３座に抵抗性対立遺伝子（Ｒｆｖ３ｒ）またはマウスＭＨＣに応答因子ハプロタイプ（Ｈ２ｂ）のいずれかを有するマウスで観察され、これは、Ｒｆｖ３およびＨ２が、共通の経路により免疫系を達成するすることを示す。さらに、Ｒｆｖ３ｒ対立遺伝子とＨ２ｂハプロタイプの両方を保有するマウスは、Ｒｆｖ３ｒが欠失したＨ２ａ／ｂマウスとの比較において、さらに高レベルのウイルス中和抗体およびさらに高頻度のＩｇＭからＩｇＧへのクラススイッチを示し、これは、Ｒｆｖ３がＨ２と協同してＴ−ヘルパー細胞機能を調節し得ることをさらに示す。これは、特に、ＨＩＶ−１抗原特異的Ｔヘルパー細胞の応答性およびＴ細胞からのサイトカイン産生のパターンがＥＳＮ個体とＨＩＶ感染個体との間で異なることがあり得るために［１４、１６、１９］、明らかにＩｇＧが存在しない状況でなぜＨＩＶ特異的ＩｇＡ産生がＥＳＮにおいて検出され得るか、という理由と関連している可能性があった。
【００３８】
Ｒｆｖ３座は、マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ１とＤ１５Ｍｉｔ１１８の間にマッピングされていた（図１）。本発明者らは、Ｅｎｓｅｍｂｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／）に蓄積されたゲノムデータベース情報に基づき、各遺伝子およびＯＲＦのアクセス番号に加えて、遺伝子座Ｍｂ（ミオグロビン）とＤ１５Ｍｉｔ１０７との間の上記領域の周囲の領域内に位置する遺伝子およびオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の包括的一覧表を整理した（表２）。上記の遺伝子およびＯＲＦ各々のために、２種類のオリゴデオキシヌクレオチドプローブを、ソフトウェアＴａｒｇｅｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｅｒ（ＣｏｍｂｉＭａｔｒｉｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍｕｋｉｌｔｅｏ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いて設計し、マイクロアレイチップ上に合成した。
【００３９】
マイクロアレイチップを用い、実施例に記載のように、フレンドウイルス複合体を接種後、Ｒｆｖ３ｓ／ｓマウス（１５脾臓フォーカス形成単位のフレンドウイルスによる感染後４０日間の中央値生存時間を有し、また、接種後経過日数（ＰＩＤ）が１４日および２０日でＦ−ＭｕＬＶ中和抗体の産生を欠くもの）およびＲｆｖ３ｒ／ｓ  マウス（１５脾臓フォーカス形成単位のフレンドウイルスによる感染後７０日間の中央値生存時間を有し、ＰＩＤ  ２０日でＦ−ＭｕＬＶ中和抗体を産生するもの）の第１５染色体の上記領域内に位置する遺伝子の発現レベルを解析した。
【００４０】
上記の第１５染色体の領域内に位置する遺伝子の全体的な発現レベルおよびＲｆｖ３ｓ／ｓ  Ａ／ＷｙＳｎマウスとＲｆｖ３ｒ／ｓ  （Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウス間でのその差は、ＰＩＤ  ９日で最大であった。得られたマイクロアレイ像の一例を図２に示す。このような特定のアレイにおいて、ＰＩＤ  ９日のＡ／ＷｙＳｎおよび（Ｂ１０．ＡおよびＡ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスの脾臓から調製した蛍光標識ｃＲＮＡ試料のハイブリダイゼーションを比較した。各発現遺伝子の蛍光強度を、この２つの系統間で比較した。各遺伝子について２つのマイクロアレイスポットが存在し、実験は、１系統あたり２匹のマウスで行なった。各遺伝子につき２つのマイクロアレイスポットの平均値を得、マウスの系統間での発現における差は、２つの別のケースで発現の比が２．９〜３倍（もしくはそれ以上）高いか低く、発現レベルが、少なくとも１つのケースで少なくとも蛍光強度１５，０００である場合、有意とみなした。１５，０００のレベルでの遺伝子の発現は、チップ上のすべての遺伝子の平均発現レベルに対して有意に高いとみなし、ＦＶ抵抗性系統Ｒｆｖ３ｒ／ｓ  （Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆｉでは８，９９２および５，４９５であり、ＦＶ感受性系統Ｒｆｖ３ｓ／ｓ  Ａ／ＷｙＳｎでは６，１２６および３，８６８であった（４種類すべてのマウスの平均は６、１２０）。アレイに含まれる遺伝子のほとんどが、この２つの系統間で同様の発現レベルを示した。ＰＩＤ  ９日における各遺伝子の相対発現レベルを表２にまとめる。しかしながら、興味深いことに、いくつかの遺伝子については、ＰＩＤ  ９日におけるＲｆｖ３ｓ／ｓ  Ａ／ＷｙＳｎマウスとＲｆｖ３ｒ／ｓ  （Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウス間での発現レベルが著しく異なっていた。
【００４１】
したがって、本発明の研究によって明らかになった目的の遺伝子としては、包括的であり限定されないが、表２に列挙したすべての遺伝子が挙げられ、これらは、上記の基準を満たす。
【００４２】
【表２−１】
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【表２−２】
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【表２−３】
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【表２−４】
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【表２−５】
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【表２−６】
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【表２−７】
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【表２−８】
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【表２−９】
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【表２−１０】
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【表２−１１】
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【表２−１２】
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【表２−１３】
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【表２−１４】
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【表２−１５】
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【表２−１６】
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【表２−１７】
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【表２−１８】
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【表２−１９】
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【表２−２０】
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【表２−２１】
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【表２−２２】
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【表２−２３】
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【表２−２４】
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【表２−２５】
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【００４３】
選択した遺伝子で、特に重要なものとしては、
・  Ｑ８ＣＣＡ５：血管内皮細胞内のＴＮＦ−αによって誘導され得るアポリポ蛋白質Ｌ３をコードするヒトＡｐｏｌ３のマウス相同体（インビトロで腫瘍壊死因子−αに対して応答性である血管内皮遺伝子は、アテローム性動脈硬化病変内で発現され、アポトーシスタンパク質−１のインヒビター、スタンニン、および２つの新規な遺伝子が挙げられる［５６］）、
・  ２６０００１３Ｇ０９Ｒｉｋ：ヒトＲＡＢＬ４遺伝子のマウスオルソログ遺伝子、
・  Ｒａｃ２（骨髄からの造血細胞出現および好中球化学走性に関与している［５７］）、
・  Ｃａｒｄ１０（ＴおよびＢ細胞内でのＮＦ−κＢ活性化に関与しているカスパーゼリクルートメントドメインタンパク質をコードする［５８］。Ｃａｒｄ１０は、新規なカスパーゼリクルートメントドメイン／膜結合グアニル酸キナーゼファミリーの構成員であり、ＢＣＬ１０と相互作用し、ＮＦ−κＢを活性化させる）、
・  Ｄ２３００１９Ｋ２０Ｒｉｋ（そのヒト相同体はＫＡ９３＿ＨＵＭＡＮであり、本発明者らがＥＳＮ／ＥＵＩ群とＨＩＶ−１感染個体群との間での遺伝子の差異を示したＤ２２Ｓ４２３マーカーに直に隣接して位置する）、
・  Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２（抗増殖性タンパク質［５９］Ｔｏｂ２は、新規な抗増殖性Ｔｏｂ／ＢＴＧ１ファミリー構成員であり、サイクリン依存性キナーゼに対する結合能を有するＣＣＲ４転写調節複合体の成分と会合し、感受性Ａ／ＷｙＳｎマウスでは高度に発現されるが、抗体産生（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスではそうでない）、ならびに
・  ２６１００１９Ｉ０３Ｒｉｋ：ヒトＣ２２ｏｒｆ１８のオルソログ遺伝子（これは、マウスおよびヒトの両方においてＢＡＦＦレセプターをコードするＴｎｆｒｓｆ１３ｃ  （Ｂａｆｆｒ）遺伝子に隣接しており、Ｔｎｆｒｓｎ１３Ｃ遺伝子と同様の発現パターンを示す（［６０］。Ｔｎｆｒｓｆ１３ｃ（Ｂａｆｆｒ）は、Ｌｖｉｓ２２にマウス白血病ウイルス挿入物を有する腫瘍内で誤発現される。Ｒｆｖ３遺伝子がマッピングされたマウス１５番染色体にシンテニーであるヒト２２番染色体の領域内に位置するＨＩＶ−１への反復曝露に対する早期免疫抵抗性と関連している遺伝マーカーの以前の同定に基づき（国際特許公開公報ＷＯ  ２００４／０３５８２５号；図１）、おそらく、上記の「候補遺伝子」の１つ以上のヒトオルソログ遺伝子は、ヒトのＨＩＶ−１感染に対する早期免疫抵抗性に関与している）
が挙げられる。
【００４４】
記載のように、本発明者らは、以前に、ＨＩＶに曝露されたが未感染の状態と関連している遺伝子を、ヒト２２番染色体のマイクロサテライトマーカーＤ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２７２およびＤ２２Ｓ４２３と連鎖しているセグメントにマッピングした（国際特許公開公報ＷＯ  ２００４／０３５８２５号）［６１］。さらに、上記の３つの遺伝子座に対してテロメアであるＤ２２Ｓ２７６座での第２２染色体の遺伝子座における連鎖不平衡の破壊が、ＨＩＶに曝露されたが未感染の個体群のみで観察され、ＨＩＶ感染群または健常対照個体群では観察されず、起こり得る染色体の組換えおよび／または変異は、ＥＳＮ／ＥＵＩ個体の祖先のこの遺伝子座周囲の領域でのみ起こった可能性を示す。Ｄ２２Ｓ２７６座における連鎖不平衡の破壊に関する上記の結果は、ＨＩＶ感染の確立に対して免疫抵抗性を付与する推定遺伝子が、ヒト２２番染色体のＤ２２Ｓ２７６座に対して動原体である領域内に存在し得ることを示す。
【００４５】
現在のデータ作成のために用いられる現在の患者集団が、［６１］で用いられた集団と同じであることを確実にするため、本発明者らは、遺伝子型分類を行ない、Ｄ２２Ｓ４２３座の対立遺伝子２２９で同様の解析を行なうことによりプロフィールを比較した。Ｄ２２Ｓ４２３座に対立遺伝子２２９を保有する登録者の数は、ＨＩＶ感染個体中よりもＥＳＮ中で有意に高かった（試験したＥＳＮで２８／６８がＤ２２Ｓ４２３において２２９の遺伝子型であったのに対し、ＨＩＶ＋群では１１／７０にすぎなかった）；Ｐ＝  ０．００１２（Ｆｉｓｈｅｒによる）。
【００４６】
推定免疫抵抗性遺伝子が位置する染色体領域をさらに絞り込むため、本発明者らは、同じ地理的地域出身の登録された７４例のＨＩＶに曝露されたが未感染の個体および７７例のＨＩＶ感染個体について、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の遺伝子座を遺伝子型分類した。ＳＮＰ遺伝子座は、その第２２染色体上の上記の候補領域を含む遺伝子座ＡＰＯＬ３とＡ４ＧＡＬＴの間の位置に基づいて選択した。ＡＰＯＬ３とＡ４ＧＡＬＴ間のセグメントは、マウス１５番染色体の宿主抵抗性遺伝子Ｒｆｖ３［５８］を保有するセグメントにシンテニーである領域を含む。また、遺伝子型分類するＳＮＰ遺伝子座の選択のための他の２つの基準は、１／白色人種間で異なる対立遺伝子の報告された頻度（ＳＮＰ  Ｂｒｏｗｓｅｒ  ｖｅｒ．３．０，  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，  ＣＡ）（各低頻度対立遺伝子は、試験した個体の約２０〜４０％で見られることが期待される）、および２／上記の染色体セグメント内のＳＮＰ遺伝子座の非傾斜分布とした。
【００４７】
表３および図１０は、本発明者らによって遺伝子型分類されたＳＮＰ遺伝子座の一覧を示す。
【００４８】
【表３】
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【００４９】
これらの遺伝子座の位置を図３に示す。図中、関連するマイクロサテライトマーカーの地図中の物理的位置を青色で示し、試験したＳＮＰ遺伝子座の物理的位置を茶色で示す（Ｃａｒｄ１０座と連鎖している２つのＳＮＰ遺伝子座は、図示した他の２つの遺伝子座に近接しているため、この図では省略している）。また、既知のオープンリーディングフレームもこの図に含まれている。蛍光標識された適切なプライマーとプローブの組を、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから購入し、Ｔａｑｍａｎ  アッセイをＰｒｉｓｍ  ７７００リアルタイムＰＣＲシステムとともにメーカーの使用説明書に従って用いることにより、遺伝子型分類を行なった。
【００５０】
表示した対立遺伝子１を保有する個体の数は、遺伝子座Ｃａｒｄ１０、ＣＤＣ４２ＥＰ１およびＧＲＡＰ２における優性遺伝子仮説の下、ＥＳＮ個体間で有意に高く、ＥＳＮ個体とＨＩＶ感染個体間での最も大きな有意差は、ＣＤＣ４２ＥＰ１座で観察され（Ｐ  ＝  ０．００４３）、これは、以下の実施例３に記載している。
【００５１】
上記のＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型分類に加え、上記の候補領域内に位置するすべての遺伝子の発現レベルを、ＨＩＶに曝露されたが未感染の個体とＨＩＶ感染個体との間で比較した。ＨＩＶ抵抗性以外の宿主の要素および環境要因によって偏向することなく、ＨＩＶ感染に対する観察された免疫抵抗性と関連している宿主遺伝子の発現において起こり得る変化を検出するため、本発明者らは、検査した各個体から調製した末梢血単核細胞を、混交ＨＩＶ−１抗原の混合物で刺激した。抗原刺激の前および後で全ＲＮＡを調製した。次いで、遺伝子発現における変化を、抗原刺激の前と刺激の１時間後および６時間後に、各個人の末梢血単核細胞間で比較した。試験した遺伝子の発現は、刺激前の細胞と刺激の１時間後のものとでは有意に異ならなかったため、抗原刺激に応答した発現の比較はすべて、刺激の１時間後と６時間後で行なった。調べた遺伝子のうち、２つの遺伝子ＲＡＣ２およびＱ９Ｈ７Ｑ０（ＰＳＣＤ４）が、刺激の６時間後にＥＳＮにおいて発現レベルの増加を示したが、ＨＩＶ＋集団では示さなかった。試験した他の遺伝子はいずれも、有意な増加を示さなかった。観測された増加レベルは約２０％であり、図７に図示するとおり一貫している。各色は、蛍光レベルを表している：藍色＜１００、青色：１００〜２００、水色：２００〜２５０、薄ピンク色：２５０〜５００、ピンク色：５００〜１０００、赤色：１０００〜２５００、深紅：＞２５００。
【００５２】
マイクロアレイ解析は、マウス遺伝子の発現について上で記載されたとおりに行なった。
【００５３】
抗原刺激のための培養のすぐ後、ＰＢＭＣをＲＮＡｌａｔｅｒ  （Ａｍｂｉｏｎ，  Ｉｎｃ．）で処理した。全ＲＮＡをＰＢＭＣから、ＴＲＩｚｏｌ試薬  （Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｃａｒｌｓｂａｄ，  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）をメーカーの使用説明書に従って使用することにより抽出した。相補ＤＮＡ  （ｃＤＮＡ）は、全ＲＮＡから、ＲＮアーゼインヒビター（Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）の存在下で、Ｔ７−オリゴ（ｄＴ）  ２４プライマー（５‘−ＧＣＣＣＡＧＴＧＡＡＴＴＧＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＧＧＣＧＧＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴ−３’、ＰＲＯＬＩＧＯ  Ｊａｐａｎ，  Ｋｙｏｔｏ，  Ｊａｐａｎ）およびＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素  （Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をメーカーの使用説明書に従って使用することにより作製した。得られたｃＤＮＡを、ＰＣＲ精製キット（ＱＩＡＧＥＮ，  Ｋ．  Ｋ．，  Ｔｏｋｙｏ，  Ｊａｐａｎ）を用いて精製した。ビオチン化ｃＲＮＡを、Ｂｉｏ−１６−ＵＴＰ  （Ｅｎｚｏ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）およびＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔ転写キット（Ａｍｂｉｏｎ，  Ｉｎｃ．，  Ａｕｓｔｉｎ，  Ｔｅｘａｓ）を使用することにより調製し、得られたｃＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙキット（ＱＩＡＧＥＮ，  Ｋ．  Ｋ．）を使用することにより精製した。
【００５４】
したがって、さらなる態様において、本発明は、２つの遺伝子ＲＡＣ２およびＰＳＣＤ４  （Ｑ９Ｈ７Ｑ０＿ｈｕｍａｎ  としても知られ、図３に列挙する）の同定を提供する。本発明者らは、以前の解析において、他の遺伝子の発現において明らかな増加を観察したが、ＲＡＣ２およびＰＳＣＤ４の２つだけは、すべての実験で、ＧＡＰＤＨの発現レベルの標準化後も有意なままであった（図５参照）。これらの２つの遺伝子ＲＡＣ２およびＰＳＣＤ４は、ＥＳＮ個体由来の末梢血単核細胞の抗原刺激後、常により高度に発現されたが、ＨＩＶ感染個体から調製した細胞でのこれらの遺伝子の発現は変化しなかった。これらの遺伝子の発現およびその発現産物の研究は、ＨＩＶ感染の病理をさらに解明するのに有用であり得、さらに、抗ＨＩＶ治療法およびワクチンの設計に有用であり得る。これに関連して、本発明はまた、前述のポリペプチドを提供し、ここで、このポリペプチドは、例えば、クローンを用いたり、インビトロ合成法またはタンパク質合成装置を使用するなどして、合成的手段によって生成される。
【００５５】
本発明はまた、薬における使用のためのＲＡＣ２およびＰＳＣＤ４をコードする単離された核酸を提供する。このような核酸はまた、感染、例えばウイルス感染、特にＨＩＶ感染の予防法のためのワクチンの調製において使用可能である。
【００５６】
本発明はまた、図１３の配列番号１または配列番号２にコードされるオリゴ−またはポリヌクレオチド、その断片、または塩基置換を有する修飾オリゴ−またはポリヌクレオチドを提供する。これらの配列は、Ｒａｃ２およびＰＳＣＤ４遺伝子の発現の調節に関与しており、ＥＳＮ個体とＨＩＶ−１感染個体とで異なる塩基置換または多型を含む。記載の配列は「エンハンサー」であり、これは、多くの遺伝子の発現を調節する。エンハンサーを用いることにより、遺伝子療法によって目的の遺伝子を直接送達するのではなく、内在遺伝子の発現を誘導することが可能である。エンハンサーに関する情報を用いて、標的配列に結合し、それにより標的遺伝子の発現を修飾する低分子量薬物を設計することができる。したがって、本発明はまた、薬におけるこれらのエンハンサーの使用を提供する。
【００５７】
したがって、本発明はまた、１つ以上の化合物、ｓｉＲＮＡなどの合成オリゴヌクレオチド、または前述の核酸もしくはこの遺伝子の前記調節エレメントの機能性断片に結合するポリペプチドの薬学的に有効な量を、かかる治療が必要な個体に投与することを含む、感染の治療または予防方法を提供する。
【００５８】
本発明はまた、かかる治療が必要な個体において、前述のポリペプチドをコードする１つ以上の遺伝子の発現を増強または阻害することを含む、感染の治療または予防方法を含む。
【００５９】
さらなる態様において、本発明はまた、化合物を前記ポリペプチドの機能性相同体についてスクリーニングする方法における、前述のポリペプチドまたはこれに対して生成させた抗体の使用を提供する。
【００６０】
本発明はまた、ウイルス感染およびその抵抗性の機構および経路が特定できることにより、疾患の進行を調べる方法を提供する。したがって、本発明はまた、疾患の進行を修飾するため、ならびに個体において適切な治療過程を決定するために使用され得る方法および化合物を提供する。
【００６１】
次に、本発明の実施形態を、添付の図面によって示される以下の実施例に関して例示のためだけに記載する。
【実施例１】
【００６２】
方法
接種後日数（ＰＩＤ）１４日および２０日のＦ−ＭｕＬＶ中和抗体の産生を欠くＲｆｖ３ｓ／ｓ  Ａ／ＷｙＳｎマウス、およびＰＩＤ  １４日までにＦ−ＭｕＬＶ中和抗体を産生するＲｆｖ３ｒ／ｓ  （Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスに、１５０脾臓フォーカス形成単位  （ＳＦＦＵ）のフレンドウイルス複合体（ＦＶ）を接種し、感染したマウスをＰＩＤ  ５、９および１３日に致死させた。対照マウスにはＦＶを接種しなかった。マウスを致死させた直後、脾臓を各マウスから取り出し、２つのドライアイス塊の間で押圧することにより凍結させた。全ＲＮＡを、ＴＲＩｚｏｌ試薬  （Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｃａｒｌｓｂａｄ，  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）をメーカーの使用説明書に従って使用することにより抽出した。相補ＤＮＡ  （ｃＤＮＡ）を全ＲＮＡから、ＲＮアーゼインヒビター（Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）の存在下で、Ｔ７−オリゴ（ｄＴ）  ２４プライマー（５‘−ＧＣＣＣＡＧＴＧＡＡＴＴＧＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＧＧＣＧＧＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴ−３’、ＰＲＯＬＩＧＯ  Ｊａｐａｎ，  Ｋｙｏｔｏ，  Ｊａｐａｎ）およびＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をメーカーの使用説明書に従って使用することにより生成した。得られたｃＤＮＡを、ＰＣＲ精製キット（ＱＩＡＧＥＮ，  Ｋ．  Ｋ．，  Ｔｏｋｙｏ，  Ｊａｐａｎ）を用いて精製した。ビオチン化ｃＲＮＡを、Ｂｉｏ−１６−ＵＴＰ  （Ｅｎｚｏ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）およびＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔ転写キット（Ａｍｂｉｏｎ，  Ｉｎｃ．，  Ａｕｓｔｉｎ，  Ｔｅｘａｓ）を使用することにより調製し、得られたｃＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙキット（ＱＩＡＧＥＮ，  Ｋ．  Ｋ．）を使用することにより精製した。
【００６３】
Ｒｆｖ３座は、マウス１５番染色体の遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ６８とＤ１５Ｍｉｔ１０７の間にマッピングされていた  （図１）。Ｅｎｓｅｍｂｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／）に蓄積されたゲノムデータベース情報とともに各遺伝子およびＯＲＦのアクセス番号（表２）に基づき、遺伝子座Ｍｂ（ミオグロビン）とＤ１５Ｍｉｔ１０７との間の上記領域の周囲の領域内に位置する遺伝子およびオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の包括的一覧表を作成した。２種類のオリゴデオキシヌクレオチドプローブを上記の遺伝子およびＯＲＦの各々のために、Ｔａｒｇｅｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｅｒソフトウェア（ＣｏｍｂｉＭａｔｒｉｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍｕｋｉｌｔｅｏ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いることにより設計し、マイクロアレイチップ上に合成した。プローブの合成および脱保護後、マイクロアレイチップを１０  ｎｇ／μｌのポリ−ｄＡおよび１００  ｎｇ／μｌのサケ精子ＤＮＡとともに予備ハイブリダイズし、９５℃で２０分間酢酸塩バッファー中で処理した後、ビオチン結合ｃＲＮＡ試料を４５℃で一晩ハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーション後、マイクロアレイチップを洗浄し、１％ウシ血清アルブミンおよび０．１％  Ｔｗｅｅｎ−２０でブロックし、次いで、Ｃｙ３結合ストレプトアビジン（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐ．，  Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，  Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ）とともにインキュベートした。強く洗浄した後、各マイクロアレイの蛍光画像をＧｅｎｅＰｉｘスキャナー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｕｎｉｏｎ  Ｃｉｔｙ，  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）によってスキャンし、Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｉｍａｇｅｒソフトウェア（ＣｏｍｂｉＭａｔｒｉｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を使用することにより解析した。すべてのプローブを２連で単一の各チップ上に配置し、ＧＡＰＤＨ遺伝子の塩基８〜４６  （ａｇｇｔｃｔｇｔｇｔｇａｔｃａｔｃｔｔｔｇａｃｃａｔａｔａｇａｔｔｇｃｃｔｃｔ）および２４４〜２８０  （ｇａａｃｃｃａｃｔａａｇａｔｃａａａｔａｇｇｇｔｇａｔｇｃｔｇｇｔｔｃｔｇ）を、代表的なハウスキーピング遺伝子の対照プローブとして含めた。
【００６４】
結果
上記の第１５染色体の領域内に位置する遺伝子の全体的な発現レベルおよびＡ／ＷｙＳｎマウスと（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウス間でのその差は、ＰＩＤ  ９日で最大であった。得られたマイクロアレイ像の一例を図２に示す。このような特定のアレイにおいて、ＰＩＤ  ９日のＡ／ＷｙＳｎおよび（Ｂ１０．ＡおよびＡ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスの脾臓から調製した蛍光標識ｃＲＮＡ試料のハイブリダイゼーションを比較した。各発現遺伝子の蛍光強度を、この２つの系統間で比較すると、アレイに含まれる遺伝子のほとんどが、この２つの系統間で同様の発現レベルを示した。ＰＩＤ  ９日における各遺伝子の相対発現レベルを表２にまとめる。しかしながら、興味深いことに、ＰＩＤ  ９日におけるＲｆｖ３ｓ／ｓ  Ａ／ＷｙＳｎマウスとＲｆｖ３ｒ／ｓ  （Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウス間での発現レベルが著しく異なっていた遺伝子が数個存在する。これらとしては、
・  Ｑ８ＣＣＡ５（血管内皮細胞内のＴＮＦ−αによって誘導され得るアポリポ蛋白質Ｌ３をコードするヒトＡｐｏｌ３のマウス相同体）、
・  ２６０００１３Ｇ０９Ｒｉｋ（ヒトＲＡＢＬ４遺伝子のマウスオルソログ遺伝子）、
・  Ｒａｃ２（これは、骨髄からの造血細胞出現および好中球化学走性に関与している［５６］）  Ｃａｒｄ１０（これは、ＴおよびＢ細胞内でのＮＦ−κＢ活性化に関与しているカスパーゼリクルートメントドメインタンパク質をコードする）、
・  Ｄ２３００１９Ｋ２０Ｒｉｋ（そのヒト相同体はＫＡ９３＿ＨＵＭＡＮであり、本発明者らが、ＨＩＶ−１に曝露されたが未感染の個体群とＨＩＶ−１感染個体群との間での遺伝子の差異を示したＤ２２Ｓ４２３マーカーに直に隣接して位置する）
・  Ｑ９Ｄ６Ｄ６またはＴｏｂ２（感受性Ａ／ＷｙＳｎマウスでは高度に発現されるが、抗体産生（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスではそうでない抗増殖性タンパク質）、ならびに
・  ２６１００１９Ｉ０３Ｒｉｋ（ヒトＣ２２ｏｒｆ１８のオルソログ遺伝子：これは、マウスおよびヒトの両方においてＢＡＦＦレセプターをコードするＴｎｆｒｓｆ１３ｃ  （Ｂａｆｆｒ）遺伝子に隣接しており、Ｔｎｆｒｓｎ１３Ｃ遺伝子と同様の発現パターンを示す［５７］）
が挙げられる。
【００６５】
結論
Ｒｆｖ３遺伝子がマッピングされたマウス１５番染色体にシンテニーであるヒト２２番染色体の領域内に位置するＨＩＶ−１への反復曝露に対する早期免疫抵抗性と関連している遺伝マーカーの以前の同定に基づき（国際特許公開公報ＷＯ  ２００４／０３５８２５号；図１）、おそらく、上記の「候補遺伝子」の１つ以上のヒトオルソログ遺伝子は、ヒトのＨＩＶ−１感染に対する早期免疫抵抗性に関与している。
【実施例２】
【００６６】
ＦＶに感染した抵抗性動物および感受性動物におけるマウス遺伝子の発現に関する上記の解析に加え、本発明者らはまた、ＨＵＭＡＮマイクロアレイデータを作成した。
【００６７】
方法
上記の候補領域内に位置するすべての遺伝子の発現レベルを、ＨＩＶに曝露されたが未感染の個体とＨＩＶ感染個体間で比較した。本発明者らの以前の解析では、ＨＩＶに曝露されたが未感染の個体から調製した末梢血単核細胞は、ＨＩＶ−１  ＥｎｖとＧａｇ抗原の混合物で刺激すると、ＨＩＶに曝露された個体のものより有意に多量のＩＦＮ−γを産生することが示された［１４、１６、５７、５８、６１］。個体間の遺伝子発現のパターンは、その年齢、性別、試料採取の時点（１年、または１日であっても）、ならびに環境要因、例えば、感染性因子、アレルゲンおよび食物に基づいて変化し得る。上記の宿主の要素および環境要因によって偏向されることなく、ＨＩＶ感染に対する観察された免疫抵抗性と関連している宿主遺伝子の発現において起こり得る変化を検出するため、本発明者らは、検査した各個体から調製した末梢血単核細胞を、混交ＨＩＶ−１抗原の混合物（終濃度２．５μＭのＨＩＶ−１のｇａｇ由来の６種類の合成ペプチドプール  ＋  終濃度２．５μＭのＨＩＶ−１のｇｐ１６０エンベロープ由来の５種類の合成ペプチドプール）で既報のようにして［１４，６１］刺激し、実施例１に記載のようにして抗原刺激の前および後で全ＲＮＡを調製した。次いで、遺伝子発現における変化を、抗原刺激の前後の各個人の末梢血単核細胞間で比較した。マイクロアレイ解析は、実施例１でマウス遺伝子の発現について記載したように、ＣｏｓｔｏｍＡｒｒａｙ  １２Ｋ  （ＣｏｍｂｉＭａｔｒｉｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍｕｋｉｌｔｅｏ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いて行なった。図３に示した遺伝子の各々に対して２〜１０種の特異的プローブを設計し、各プローブを、各マイクロアレイ内の少なくとも６つの異なる領域に配置した。得られたデータを、２つのハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＨＤおよびβ−アクチンの発現レベルに基づき、以下に記載のようにして、Ｌｏｅｓｓの式  （ＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒのＡｆｆｙ  Ｐａｃｋａｇｅ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ．ｏｒｇ／に記載）を用いて、個体間および抗原刺激後の異なる時点間で標準化した。ヒトＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、ＴＧＦ−β１、ＴＮＦ−α、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＣＤ６９、ＣＤ２５  （ＩＬ−２Ｒα）、ＣＣＲ７、ＣＣＲ５、ＣＣＲ４、ＣＣＲ８、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＲ２、ＳＤＦ１、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＣＣＬ３Ｌ１、ＩＲＦ−９、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、Ｊａｋ１、Ｔｙｋ２、ＩＦＮ−αＲ１、ＩＦＮ−αＲ２に対するプローブもまた、各マイクロアレイ内に陽性対照として含めた。サイトカインデータの一部を図６に示す。
【００６８】
結果
図４に示すデータは、ハウスキーピング遺伝子であるβ−アクチンおよびＧＡＰＤＨの発現レベルの例である。試料は、４例のＥＳＮ  （ＥＳＮ７、ＥＳＮ１７、Ｍ３およびＥＧ６）ならびに４例のＨＩＶ感染個体（ＨＩＶ８、ＨＩＶ１８、ＥＧ１０およびＥＧ１１）から、抗原刺激の１時間（１ｈ）後および６時間（６ｈ）後に採取した。マイクロアレイ上の個々のスポットの異なるプローブ（アクチン＿β１、アクチン＿β８、ＧＡＰＤＨ２００２およびＧＡＰＤＨ２００３）に対する蛍光標識されたｃＲＮＡの結合を、アレイデータスキャナー（ＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂ，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を用いて測定し、適切なソフトウェア（Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｉｍａｇｅｒ，  ＣｏｍｂｉＭａｔｒｉｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍｕｋｉｌｔｅｏ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いて定量した。次いで、得られたデータをＬｏｅｓｓの式を用いて標準化した。これを図５に示す。図５において、左パネル（図５ａ）は、抗原刺激の１時間後と６時間後でのＥＳＮ７由来末梢血単核細胞間で異なるプローブとの、検出されたＧＡＰＤＨ発現レベルの非線形相関性を示す。右パネル（図５ｂ）は、標準化後の線形相関性を示す。
【００６９】
試験した遺伝子の発現は、抗原刺激前の細胞と刺激の１時間後のものとでは有意に異らなかった。しかしながら、一部の遺伝子の発現において劇的な変化が、刺激の６時間後に観察された。したがって、以下の解析においては、遺伝子発現のパターンを、抗原刺激の１時間後と６時間後の細胞間で比較した。重要なことに、そして予期したとおり、抗原刺激されると、多くのサイトカイン遺伝子（例えば、ＩＬ−６およびＴＮＦ−α）の誘導が、ＨＩＶ−１感染個体から調製した末梢血単核細胞を用いた場合であっても観察され、このような変化は、ＥＳＮに特有なものでなく、ＥＳＮ個体およびＨＩＶ＋  個体のいずれにおいても抗原刺激により誘導された。これらのサイトカインの発現レベルは、多くの場合、抗原刺激の６時間後でＥＳＮ個体よりもＨＩＶ感染個体において高く、これは、観察された遺伝子発現レベルの差が、単に、Ｔ細胞のＨＩＶ誘導枯渇またはＴ細胞サブセット組成の変化によるものでなかったことを示す。図６を参照のこと。
【００７０】
図６および７において、プローブ名は、その配列を示す。例えば、ＩＬ＿６＿９５３＿９９０は、このプローブが、ヒトＩＬ−６の塩基番号９５３〜９９０の核酸配列を含むことを意味する。
【００７１】
その発現について試験したすべての遺伝子の中で、２つの遺伝子Ｒａｃ２およびＰＳＣＤ４（また、Ｑ９Ｈ７Ｑ０＿Ｈｕｍａｎとしても知られ、図３に示す）は、ＥＳＮ個体由来の末梢血単核細胞の抗原刺激後、常により高度に発現されたが、ＨＩＶ感染個体から調製した細胞でのこれらの遺伝子の発現は変化せず、抗原刺激の６時間ではむしろ低下した。図７ａおよび７ｂ参照のこと。図７に示す変化を、４例の別個のＥＳＮ個体および４例のＨＩＶ感染個体においてマイクロアレイアッセイを用いて確認した。
【００７２】
抗原刺激の１時間後と６時間後の発現レベルの比を、１ｈの発現レベルが＞２５０であったプローブについて計算した。発現レベル＜２５０は、使用したプローブの反応が不充分であったことを示す。ＥＳＮ個体における１ｈ／６ｈ比の平均は、図７ｃに見られるように、一貫してＨＩＶ＋個体よりも高かった。
【００７３】
遺伝子ＳＮＰ解析に加え、リアルタイムＰＣＲを用いて、ＨＩＶ特異的抗原刺激に応答したＲａｃ２およびＰＳＣＤ４における発現の増加を確認した。
【００７４】
結論
本発明者らは、ＨＩＶ−１抗原刺激されると、Ｒａｃ２およびＣＳＣＤ４がＥＳＮ個体のＰＢＭＣにおいてのみ誘導され、ＨＩＶ−１感染個体では誘導されないことを示した。Ｒａｃ２は、小ＧＴＰ結合タンパク質のＲＡＳスーパーファミリーの構成員であり、マウスの１型ヘルパーＴ  リンパ球（Ｔｈ１）において選択的に発現される。Ｒａｃ２は、ＮＦ−κＢとｐ３８  ＭＡＰキナーゼ経路との協同的相互作用によりＩＦＮ−γプロモーターを誘導する。本発明者らは、ＨＩＶ−１抗原の刺激により、ＥＳＮ個体由来のＴ細胞は、ＨＩＶ感染個体または健常対照個体よりも高レベルのＩＦＮ−γを産生することを示したため（上記）、ＨＩＶ抗原刺激時に観察されたＲａｃ２の高度な発現は、おそらく、ＥＳＮ個体におけるより高レベルのＩＦＮ−γ産生を説明している。また、ＰＳＣＤ４は、ＥＳＮ個体の免疫抵抗性に直接関与し得るが、それは、この遺伝子が、ナチュラルキラー細胞およびＴリンパ球において高度に発現されることが知られているＰＳＣＤ１と６９％同一であることによる［５９］。
【実施例３】
【００７５】
ＳＮＰ遺伝子型分類解析により、Ｒａｃ２およびＰＳＣＤ４付近に位置する遺伝子が、ＥＳＮ個体の免疫抵抗性表現型に関与していることも示された。表４に示すように、表示した対立遺伝子１を保有する個体数は、遺伝子座Ｃａｒｄ１０、ＣＤＣ４２ＥＰ１およびＧＲＡＰ２における優性遺伝子仮説の下でＥＳＮ個体間で有意に高く、ＥＳＮ個体とＨＩＶ感染個体間での最も大きな有意差は、ＣＤＣ４２ＥＰ１座で観察された（Ｐ  ＝  ０．００４３）。表４において、対立遺伝子１を保有する個体および保有しない個体の数をＥＳＮ群とＨＩＶ感染群間で、Ｆｉｓｈｅｒの直接確率法によって比較した。ここで  １  ＝  対立遺伝子１についてのホモ接合性、１／２  ＝  ヘテロ接合性、および、２  ＝  対立遺伝子２についてホモ接合性を示す（表３に示す対立遺伝子）。
【００７６】
【表４−１】
2008526184.tif 000030
【表４−２】
2008526184.tif 000031
【表４−３】
2008526184.tif 000032
【表４−４】
2008526184.tif 000033
【００７７】
２００１  ［５８］において、第２２染色体のＡＰＯＬ３とＡ４ＧＡＬＴの間の領域におけるＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型が、ＥＳＮ個体では高度に連鎖しているが、ＨＩＶ感染個体ではしていないことが示された。図８および９を参照のこと。連鎖不平衡のパターンは、特にＥＳＮ個体とＨＩＶ感染個体間で、この領域の動原体の半分において異なっている。ＥＳＮ群のＴｏｂ２およびＭＮ＿０２４８２１と連鎖したＳＮＰ遺伝子座間の連鎖不平衡において明らかな破壊が存在することは注目に値する（図８）。これは、ＥＳＮのＤ２２Ｓ２７６座におけるマイクロサテライトマーカー間の連鎖不平衡において以前に観察された破壊と一致するが、その理由は、Ｄ２２Ｓ２７６が上記２つの遺伝子間に位置するためである（図３参照）。
【００７８】
結論
表示した対立遺伝子１を保有する個体の数がＥＳＮ群とＨＩＶ感染群間で有意に異なるＳＮＰ遺伝子座が、２つの遺伝子Ｒａｃ２およびＰＳＣＤ４（ＨＩＶ抗原刺激後のその発現レベルはＥＳＮ個体においてより高い（図１０参照：図中、Ｃａｒｄ１０およびＣＤＣ４２ＥＰ１遺伝子座と連鎖しているＳＮＰ遺伝子座を大きな茶色の矢印で示す））に物理的に近接しており、強い連鎖不平衡が、ＣＤＣ４２ＥＰ１と連鎖しているＳＮＰ遺伝子座と、Ｒａｃ２およびＣａｒｄ１０を含むＭＹＨ９およびＣ１ＱＴＮＦ６と連鎖している動原体遺伝子座との間でＥＳＮ個体間のみで観察されたことから、おそらく、Ｃａｒｄ１０およびＣＤＣ４２ＥＰ１遺伝子型と密接に連鎖している遺伝的多型（１つまたは複数）は、Ｒａｃ２およびＰＳＣＤ４遺伝子の高度な発現が観察されたことに
関連している。
【実施例４】
【００７９】
遺伝子の発現は、プロモーターおよびエンハンサー配列によって制御され、これらの制御エレメントは染色体の非機能性部分とは異なり、この配列において異種間で比較的保存されている。本発明者らの解析の場合、第２２染色体上で互いに隣り合っているが翻訳方向が逆である（図１１に示すとおり）  Ｒａｃ２およびＣＳＣＤ４はいずれも、ＨＩＶ抗原刺激により誘導される。したがって、本発明者らは、共通のエンハンサー配列（１つまたは複数）が、これらの遺伝子の誘導に関与し得ると仮定した。かくして、パブリックゲノムデータベースに蓄積されたこれらの２つの遺伝子を含む染色体領域のゲノム配列をマウスとヒトとの間で、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｖｉｓｔａ  （ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｌｂｌ．ｇｏｖ／ｖｉｓｔａ／ｉｎｄｅｘ．ｓｈｔｍｌ）を用いて比較した。
【００８０】
図１１に示すように、Ｒａｃ２とＰＳＣＤ４の間に、ヒトとマウスのゲノム間で＞５０％の高い配列相同性が観察された［６４］領域が存在する。このうち、ＰＳＣＤ４遺伝子により近い領域（上記の図において赤矢印で表示）は、Ｅｔｓ−１、ＩＲＦ−１、ＮＦＡＴおよびＡＰ−１結合様モチーフを含み、これは、この領域がエンハンサーである可能性を示す（図１２）。
【００８１】
したがって、これらの２つの領域のゲノム配列を、図１３に示すＰＣＲプライマーを用いて決定した。下線を付した配列はＰＣＲプライマーであり、赤で示したオリゴヌクレオチドを配列決定に用いた。黄色の部分は、ヒトとマウスとの間で１００を超える塩基対において７０％より大きい配列同一性を示す領域である。本発明者らは、図１３に青色で表示するように、２つのＳＮＰ（領域１に１つ、および領域２に１つ）を見出した。
【００８２】
各対立遺伝子を保有する個体の頻度を、ＥＳＮ群とＨＩＶ感染群間で比較した。領域２では、２２例のＥＳＮ個体のうち１０例が上記のＴからＧへのＳＮＰを保有していたが、試験した１５例のＨＩＶ感染個体では、２例だけが同遺伝子座にＧ対立遺伝子を保有しており（Ｘ２  ＝  ４．２、Ｐ  ＝  ０．０４）、これは、これらのＳＮＰが、おそらく、ＥＳＮにおいて観察されたＲａｃ２およびＰＳＣＤ４のより高度な発現と関連していることを示す。
【００８３】
結論
ここに示すすべての結果は、１）  ヒト２２番染色体のＲａｃ２−ＰＳＣＤ４−Ｃａｒｄ１０−ＣＤＣ４２ＥＰ１領域における遺伝的多型が、ＨＩＶに曝露されたが未感染の状態と関連していること、２）  Ｔ細胞活性化と機能的に関連しているＲａｃ２およびＰＳＣＤ４（少なくとも前者は、Ｔヘルパー細胞からのＩＦＮ−γ産生と関連している）は、ＨＩＶ−１抗原による末梢血単核細胞の刺激後、ＨＩＶ感染個体よりもＥＳＮ個体において高度に発現されること、および３）  Ｒａｃ２とＰＳＣＤ４遺伝子間の推定エンハンサー領域内におけるＴからＧへの多型は、ＥＳＮ個体において明らかに高度に蓄積されていることを示す。
【００８４】
参考文献
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７．Ｗｉｎｋｌｅｒ，  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ＡＩＤＳ  ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｂｙ  ａｎ  ＳＤＦ−１  ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ  ｇｅｎｅ  ｖａｒｉａｎｔ．    Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７９，  ３８９−３９３  （１９９８）．
８．Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．    ＨＬＡ  ａｎｄ  ＨＩＶ：  Ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｔｅ  ａｄｖａｎｔａｇｅ  ａｎｄ  Ｂ＊３５−Ｃｗ＊０４  ｄｉｓａｄｖａｎｔａｇｅ．    Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８３，  １７４８−１７５２  （１９９９）．
９．Ｓｈｉｎ，  Ｈ．  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ＨＩＶ−１  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ＡＩＤＳ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ  ａｌｌｅｌｅｓ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  １０．    Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．  ９７，１４４６７−１４４７２  （２０００）．
１０．Ｂｅｙｒｅｒ，  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃ  ａｎｄ  ｂｉｏｌｏｇｉｃ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｃｏｈｏｒｔ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １  ｈｉｇｈｌｙ  ｅｘｐｏｓｅｄ，  ｐｅｒｓｉｓｔｅｎｔｌｙ  ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅ  ｆｅｍａｌｅ  ｓｅｘ  ｗｏｒｋｅｒｓ  ｉｎ  ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｔｈａｉｌａｎｄ．    Ｊ．  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ７９，  ５９−６８  （１９９９）．
１１．Ｍａｒｔｉｎ，  Ｍ．  Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｅｐｉｓｔａｔｉｃ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ＫＩＲ３ＤＳ１  ａｎｄ  ＨＬＡ−Ｂ  ｄｅｌａｙｓ  ｔｈｅ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｔｏ  ＡＩＤＳ．    Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．  ３１，  ４２９−４３４  （２００２）．
１２．Ｒｏｗｌａｎｄ−Ｊｏｎｅｓ，  Ｓ．  Ｌ．  ＆  ＭｃＭｉｃｈａｅｌ，  Ａ．    Ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｉｎ  ＨＩＶ−ｅｘｐｏｓｅｄ  ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅｓ：  Ｈａｖｅ  ｔｈｅｙ  ｒｅｐｅｌｌｅｄ  ｔｈｅ  ｖｉｒｕｓ？    Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ７，  ４４８−４５５  （１９９５）．
１３．Ｓｈｅａｒｅｒ，  Ｇ．  Ｍ．  ＆  Ｃｌｅｒｉｃｉ，  Ｍ．    Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ａｇａｉｎｓｔ  ＨＩＶ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ：  Ｈａｓ  ｎａｔｕｒｅ  ｄｏｎｅ  ｔｈｅ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ  ｆｏｒ  ｕｓ？    Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｔｏｄａｙ  １７，  ２１−２４  （１９９６）．
１４．Ｍａｚｚｏｌｉ，  Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．    ＨＩＶ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｎｄ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｉｎ  ＨＩＶ−ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅ  ｐａｒｔｎｅｒｓ  ｏｆ  ＨＩＶ−ｓｅｒｏｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ．    Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄ．  ３，  １２５０−１２５７，  １９９７．
１５．Ｋａｕｌ，  Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．    ＨＩＶ−１  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｍｕｃｏｓａｌ  ＩｇＡ  ｉｎ  ａ  ｃｏｈｏｒｔ  ｏｆ  ＨＩＶ−１−ｒｅｓｉｓｔｅｎｔ  Ｋｅｎｙａｎ  ｓｅｘ  ｗｏｒｋｅｒｓ．    ＡＩＤＳ  １３，  ２３−２９  （１９９９）．
１６．Ｂｉａｓｉｎ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｍｕｃｏｓａｌ  ａｎｄ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｉｍｍｕｎｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｉｓ  ｐｒｅｓｅｎｔ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ−ｅｘｐｏｓｅｄ  ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅ  ｗｏｍｅｎ．    Ｊ．  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  １８２，  １３６５−１３７４  （２０００）．
１７．Ｂｅｌｅｃ，  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  Ｃｅｒｖｉｃｏｖａｇｉｎａｌ  ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｔｏ  ＨＩＶ  ｔｙｐｅ  １  ｔｈａｔ  ｂｌｏｃｋ  ｖｉｒａｌ  ｔｒａｎｓｃｙｔｏｓｉｓ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｂａｒｒｉｅｒｓ  ｉｎ  ｈｉｇｈｌｙ  ｅｘｐｏｓｅｄ  ＨＩＶ−１−ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅ  Ａｆｒｉｃａｎ  ｗｏｍｅｎ．    Ｊ．  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  １８４，  １４１２−１４２２  （２００１）．
１８．Ｍａｚｚｏｌｉ，  Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ  （ＨＩＶ）−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＩｇＡ  ａｎｄ  ＨＩＶ  ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｓｅｒｕｍ  ｏｆ  ｅｘｐｏｓｅｄ  ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅ  ｐａｒｔｎｅｒｓ  ｏｆ  ＨＩＶ−ｓｅｒｏｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｐｅｒｓｏｎｓ．    Ｊ．  Ｉｎｆｅｃ．  Ｄｉｓ．  １８０，  ８７１−８７５  （１９９９）．
１９．Ｌｏｃａｐｕｔｏ，  Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｍｕｃｏｓａｌ  ａｎｄ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ＨＩＶ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｉｎ  ＨＩＶ−ｅｘｐｏｓｅｄ  ｂｕｔ  ｕｎｉｎｆｅｃｔｅｄ  ｈｅｔｅｒｏｓｅｘｕａｌ  ｍａｌｅｓ．    ＡＩＤＳ    １７，  ５３１−５３８  （２００２）．
２０．Ｌｅｔｖｉｎ，  Ｎ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｐｏｔｅｎｔ，  ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ａｎｔｉ−ＨＩＶ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｇｅｎｅｒａｔｅｄ  ｂｙ  ｂｉｍｏｄａｌ  ＨＩＶ  ｅｎｖｅｌｏｐｅ  ＤＮＡ  ｐｌｕｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ．    Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ    ９４，  ９３７８−９３８３  （１９９７）．
２１．Ｍａｓｃｏｌａ，  Ｊ．Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｃａｑｕｅｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  ｓｉｍｉａｎ／ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ  ８９．６ＰＤ  ｂｙ  ｐａｓｓｉｖｅ  ｔｒａｎｓｆｅｒ  ｏｆ  ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．    ７３，  ４００９−４０１８  （１９９８）．
２２．Ｍａｓｃｏｌａ，  Ｊ．Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｃａｑｕｅｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｖａｇｉｎａｌ  ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  ＨＩＶ−１／ＳＩＶ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｖｉｒｕｓ  ｂｙ  ｐａｓｓｉｖｅ  ｉｎｆｕｓｉｏｎ  ｏｆ  ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．    Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．  ６，  ２０７−２１０  （２０００）．
２３．Ｅａｒｌ，  Ｐ．Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ｅｆｆｉｃａｃｙ  ｏｆ  ｏｌｉｇｏｍｅｒｉｃ  ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １  ｇｐ１４０．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７５，  ６４５−６５３  （２００１）．
２４．Ｈａｒｒｉｓ，  Ｒ．Ｓ．，  Ｂｉｓｈｏｐ，  Ｋ．Ｎ．，  Ｓｈｅｅｈｙ，  Ａ．Ｍ．，  Ｃｒａｉｇ，  Ｈ．Ｍ．，  Ｐｅｔｅｒｓｏｎ−Ｍａｈｒｔ，  Ｓ．Ｋ．，  Ｗａｔｔ，  Ｉ．Ｎ．，  Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，  Ｍ．Ｓ．  Ｍａｌｉｍ，  Ｍ．Ｈ．  ＤＮＡ  ｄｅａｍｉｎａｔｉｏｎ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｉｎｎａｔｅ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｔｏ  ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．  Ｃｅｌｌ  １１３，  ８０３−８０９  （２００３）．
２５．Ｚｈａｎｇ，  Ｈ．，  Ｙａｎｇ，  Ｂ．，  Ｐｏｍｅｒａｎｔｚ，  Ｒ．Ｊ．，  Ｚｈａｎｇ，  Ｃ．，  Ａｒｕｎａｃｈａｌａｍ，  Ｓ．Ｃ．，  Ｇａｏ，  Ｌ．  Ｔｈｅ  ｃｙｔｉｄｉｎｅ  ｄｅａｍｉｎａｓｅ  ＣＥＭ１５  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｈｙｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｎｅｗｌｙ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ  ＨＩＶ−１  ＤＮＡ．  Ｎａｔｕｒｅ  ４２４，  ９４−９８  （２００３）．
２６．Ｈａｒｒｉｓ，  Ｒ．  Ｓ．，  Ｓｈｅｅｈｙ，  Ａ．  Ｍ．，  Ｃｒａｉｇ，  Ｈ．  Ｍ．，  Ｍａｌｉｍ，  Ｍ．  Ｈ．，  ＆  Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，  Ｍ．  Ｓ．    ＤＮＡ  ｒｅａｍｉｎａｔｉｏｎ：  ｎｏｔ  ｊｕｓｔ  ａ  ｔｒｉｇｇｅｒ  ｆｏｒ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｂｕｔ  ａｌｓｏ  ａ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｆｏｒ  ｄｅｆｅｎｓｅ  ａｇａｉｎｓｔ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ．  Ｎａｔ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ４，  ６４１−６４３  （２００３）
２７．Ｂｉｓｈｏｐ，  Ｋ．Ｎ．，  Ｈｏｌｍｅｓ，  Ｒ．Ｋ．，  Ｓｈｅｅｈｙ，  Ａ．Ｍ．，  Ｄａｖｉｄｓｏｎ，  Ｎ．Ｏ．，  Ｃｈｏ，  Ｓ．Ｊ．，  Ｍａｌｉｍ，  Ｍ．Ｈ．  Ｃｙｔｉｄｉｎｅ  ｄｅａｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ＤＮＡ  ｂｙ  ｄｉｖｅｒｓｅ  ＡＰＯＢＥＣ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ．  Ｃｕｒｒ．  Ｂｉｏｌ．  １４，  １３９２−１３９６  （２００４）
２８．Ｍａｎｇｅａｔ，  Ｂ．，  Ｔｕｒｅｌｌｉ，  Ｐ．，  Ｃａｒｏｎ，  Ｇ．，  Ｆｒｉｅｄｌｉ，  Ｍ．，  Ｐｅｒｒｉｎ，  Ｌ．，  Ｔｒｏｎｏ，  Ｄ．  Ｂｒｏａｄ  ａｎｔｉｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ｄｅｆｅｎｃｅ  ｂｙ  ｈｕｍａｎ  ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ｌｅｔｈａｌ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｏｆ  ｎａｓｃｅｎｔ  ｒｅｖｅｒｓｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ．  Ｎａｔｕｒｅ  ４２４，  ９９−１０３  （２００３）
２９．Ｓｈｅｅｈｙ，  Ａ．Ｍ．，  Ｇａｄｄｉｓ，  Ｎ．Ｃ．，  Ｃｈｏｉ，  Ｊ．Ｄ．，  Ｍａｌｉｍ，  Ｍ．Ｈ．  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｅ  ｔｈａｔ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＨＩＶ−１  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｓ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｄ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｖｉｒａｌ  Ｖｉｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ．  Ｎａｔｕｒｅ  ４１８，  ６４６−６５０  （２００２）．
３０．Ｍａｒｉｎ，  Ｍ．，  Ｒｏｓｅ，  Ｋ．Ｍ．，  Ｋｏｚａｋ，  Ｓ．Ｌ．，  Ｋａｂａｔ，  Ｄ．  ＨＩＶ−１  Ｖｉｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｂｉｎｄｓ  ｔｈｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｅｎｚｙｍｅ  ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ  ａｎｄ  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｉｔｓ  ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ．  Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．  ９，  １３９８−１４０３  （２００３）
３１．Ｙｕ，  Ｘ．，  Ｙｕ，  Ｙ．，  Ｌｉｕ，  Ｂ．，  Ｌｕｏ，  Ｋ．，  Ｋｏｎｇ，  Ｗ．，  Ｍａｏ，  Ｐ．，  Ｙｕ，  Ｘ．Ｆ．  Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ  ｕｂｉｑｕｉｔｉｎａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ  ｂｙ  ａｎ  ＨＩＶ−１  Ｖｉｆ−Ｃｕｌ−ＳＣＦ  ｃｏｍｐｌｅｘ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０２，  １０５６−１０６０  （２００３）．
３２．Ｃｏｎｔｉｃｅｌｌｏ，  Ｓ．Ｇ．，  Ｈａｒｒｉｓ，  Ｒ．Ｓ．，  Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，  Ｍ．Ｓ．  Ｔｈｅ  Ｖｉｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｏｆ  ＨＩＶ  ｔｒｉｇｇｅｒｓ  ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ａｎｔｉｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ＤＮＡ  ｄｅａｍｉｎａｓｅ  ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ．  Ｃｕｒｒ．  Ｂｉｏｌ．  １３，  １００９−２０１３  （２００３）．
３３．Ｓｔｏｐａｋ，  Ｋ．，  ｄｅ  Ｎｏｒｏｎｈａ，  Ｃ．，  Ｙｏｎｅｍｏｔｏ，Ｗ．，  Ｇｒｅｅｎｅ，  Ｗ．Ｃ．，  ＨＩＶ−１  Ｖｉｆ  ｂｌｏｃｋｓ  ｔｈｅ  ａｎｔｉｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ  ｂｙ  ｉｍｐａｉｒｉｎｇ  ｂｏｔｈ  ｉｔｓ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  ｓｔａｂｉｌｉｔｙ．  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ  １２，  ５９１−６０１  （２００３）
３４．Ｇａｂｚｄａ，  Ｄ．  Ｈ．，  Ｌａｗｅｗｎｃｗ，  Ｋ．，  Ｌａｎｇｈｏｆｆ，  Ｅ．，  Ｔｅｒｗｉｌｌｉｎｇｅｒ，  Ｅ．，  Ｄｏｒｆｍａｎ，  Ｔ．，  Ｈａｓｅｌｔｉｎｅ，  Ｗ．  Ａ．，  ＆  Ｓｏｄｒｏｓｋｉ，  Ｊ．    Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｖｉｆ  ｉｎ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １  ｉｎ  ＣＤ４＋  Ｔ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ６６，  ６４８９−６４９５  （１９９２）
３５．Ｚｈｅｎｇ，  Ｙ．Ｈ．，  Ｉｒｗｉｎ，  Ｄ．，  Ｋｕｒｏｏｓｕ，  Ｔ．，  Ｔｏｋｕｎａｇａ，  Ｋ．，  Ｓａｔａ，  Ｔ．，  Ｐｅｔｅｒｌｉｎ，  Ｂ．Ｍ．  Ｈｕｍａｎ  ＡＰＯＢＥＣ３Ｆ  ｉｓ  ａｎｏｔｈｅｒ  ｈｏｓｔ  ｆａｃｔｏｒ  ｔｈａｔ  ｂｌｏｃｋｓ  ｈｕｍａｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ．  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７８，  ６０７３−６０７６  （２００４）．
３６．Ｌｉｄｄａｍｅｎｔ，  Ｍ．Ｔ．，  Ｂｒｏｗｎ，  Ｗ．Ｌ．，  Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，  Ａ．Ｊ．，  Ｈａｒｒｉｓ，  Ｒ．Ｓ．  ＡＰＯＢＥＣ３Ｆ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｈｙｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ  ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ  ｉｎｄｉｃａｔｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｇａｉｎｓｔ  ＨＩＶ−１  ｉｎ  ｖｉｖｏ．  Ｃｕｒｒ  Ｂｉｏｌ．  １４，  １３８５−１３９１  （２００４）
３７．Ｗｉｅｇａｎｄ，  Ｈ．Ｌ．，  Ｄｏｅｈｌｅ，  Ｂ．Ｐ．，  Ｂｏｇｅｒｄ，  Ｈ．Ｐ．，  Ｃｕｌｌｅｎ，  Ｂ．Ｒ．  Ａ  ｓｅｃｏｎｄ  ｈｕｍａｎ  ａｎｔｉｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ｆａｃｔｏｒ，  ＡＰＯＢＥＣ３Ｆ，  ｉｓ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｄ  ｂｙ  ｔｈｅ  ＨＩＶ−１  ａｎｄ  ＨＩＶ−２  Ｖｉｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ．  ＥＭＢＯ  ２３，  ２４５１−２４５８  （２００４）
３８．Ｔｅｉｃｈ，  Ｎ．，  Ｗｙｋｅ，  Ｊ．，  Ｍａｋ，  Ｔ．，  Ｂｅｒｎｓｔｅｉｎ，  Ａ．  ＆  Ｈａｒｄｙ，  Ｗ．      Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｏｆ  ｒｅｔｒｏｃｉｒｕｓ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｄｉｓｅａｓｅ．    ＲＮＡ  Ｔｕｍｏｒ  Ｖｉｒｕｓｅｓ，  ２ｎｄ  ｅｄ．  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  （１９８７２），  ｐｐ７８５−９９８．
３９．Ｋａｂａｔ，  Ｄ．    Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｖｉｒａｌ  ｅｒｙｔｈｒｏｌｅｕｋｅｍｉａ．    Ｃｕｒｒ．  Ｔｏｐ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４８，  １−４２  （１９８９）．
４０．Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．，  Ｍｉｙａｚａｗａ，  Ｍ．  ＆  Ｂｒｉｔｔ，  Ｗ．Ｊ．    Ｈｏｓｔ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  ｓｐｏｎｔａｎｅｏｕｓ  ａｎｄ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｔｏ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｍｕｒｉｎｅ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．    Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．    ８，  ４７７−４９９  （１９９０）．
４１．Ｈｏａｔｌｉｎ，  Ｍ．Ｅ．  ＆  Ｋａｂａｔ，  Ｄ．    Ｈｏｓｔ−ｒａｎｇｅ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  ａ  ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ｄｉｓｅａｓｅ：    Ｆｒｉｅｎｄ  ｅｒｙｔｈｒｏｌｅｕｋｅｍｉａ．    Ｔｒｅｎｄｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ３，  ５１−５７  （１９９５）．
４２．Ｂｅｓｔ，  Ｓ．，  Ｌｅ  Ｔｉｓｓｉｅｒ，  Ｐ．    Ｔｏｗｅｒｓ，  Ｇ．  ＆  Ｓｔｏｙｅ，  Ｊ．Ｐ．    Ｐｏｓｉｔｉｏｎａｌ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｍｏｕｓｅ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｇｅｎｅ  Ｆｖ１．    Ｎａｔｕｒｅ    ３８２，  ８２６−８２９  （１９９６）．
４３．Ｐｅｒｓｏｎｓ，  Ｄ．Ａ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｆｖ２  ｅｎｃｏｄｅｓ  ａ  ｔｒｕｎｃａｔｅｄ  ｆｏｒｍ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓｔｋ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｔｙｒｏｓｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅ．    Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２３，  １５９−１６５  （１９９９）．
４４．Ｉｋｅｄａ，  Ｈ．，  Ｌａｉｇｒｅｔ，  Ｆ．，  Ｍａｒｔｉｎ，  Ｍ．Ａ．  ＆  Ｒｅｐａｓｋｅ，  Ｒ．    Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｙ  ｃｌｏｎｅｄ  ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｆｖ−４  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ５５，  ７６８−７７７  （１９８５）．
４５．Ｉｋｅｄａ，  Ｈ．  ＆  Ｓｕｇｉｍｕｒａ，  Ｈ．    Ｆｖ−４  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅ：    ａ  ｔｒｕｎｃａｔｅｄ  ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ｍｕｒｉｎｅ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ  ｖｉｒｕｓ  ｗｉｔｈ  ｅｃｏｔｒｏｐｉｃ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ６３，  ５４０５−５４１２  （１９８９）．
４６．Ｍｉｙａｚａｗａ，  Ｍ．，  Ｎｉｓｈｉｏ，  Ｊ．  ＆  Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．  Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｍｕｒｉｎｅ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ  ｖｉｒｕｓ  ｅｎｖｅｌｏｐｅ  ａｎｔｉｇｅｎ．    Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｌａｓｓ  ＩＩ  ｌｏｃｉ  ｏｆ  Ｈ−２  ａｓ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｇｅｎｅｓ．    Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．  １６８，  １５８７−１６０５  （１９８８）．
４７．Ｉｗａｓｈｉｒｏ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｍｕｌｔｉｐｌｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ｖｉｒｕｓ−ｅｎｃｏｄｅｄ  ｈｅｌｐｅｒ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅｓ  ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｏｎ  ＦＢＬ−３  ｔｕｍｏｒ  ｃｅｌｌｓ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．    ６７，  ４５３３−４５４２  （１９９３）．
４８．Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，  Ｋ．Ｅ．，  Ｉｗａｓｈｉｒｏ，  Ｍ．，  Ｈａｓｅｎｋｒｕｇ，  Ｋ．Ｊ．  ＆  Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．    Ｍａｊｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｇｅｎｅ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇａｍｍａ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  ＣＤ４＋  ａｎｄ  ＣＤ８＋  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｉｍｐｏｒｔａｎｔ  ｆｏｒ  ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｆｒｏｍ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７４，  ５３６３−５３６７  （２０００）．
４９．Ｍｉｙａｚａｗａ，  Ｍ．，  Ｎｉｓｈｉｏ，  Ｊ．，  Ｗｅｈｒｌｙ，  Ｋ．，  Ｄａｖｉｄ，  Ｃ．Ｓ．  ＆  Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．    Ｓｐｏｎｔａｎｅｏｕｓ  ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｆｒｏｍ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ．    Ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｆｖ−２  ｇｅｎｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｑ／ＴＬ  ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  ｍｏｕｓｅ  ＭＨＣ．    Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏ．  １４８，  １９６４−１９７６  （１９９２）．
５０．Ｉｗａｎａｍｉｌ，  Ｎ．，  Ｎｉｗａ，  Ａ．，  Ｙａｓｕｔｏｍｉ，  Ｙ．，  Ｔａｂａｔａ，  Ｎ．  ＆  Ｍｉｙａｚａｗａ，  Ｍ．    Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｎａｔｕａｌ  ｋｉｌｌｅｒ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．  ７５，  ３１５２−３１６３  （２００１）．
５１．Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．  ＆  Ｗｅｈｒｌｙ，  Ｋ．    Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｏｓｔ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｉｎ  ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｆｒｏｍ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｖｉｒｕｓ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ．    Ｉ．  Ａｎｔｉｖｉｒａｌ  ａｎｄ  ａｎｔｉｌｅｕｋｅｍｉａ  ｃｅｌｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．    Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．  １４３，  ７３−８４  （１９７６）．
５２．Ｈａｓｅｎｋｒｕｇ，  Ｋ．Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｆ  Ｒｆｖ３，  ａ  ｈｏｓｔ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅ  ｔｏ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｍｕｒｉｎｅ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．    ６９，  ２６１７−２６２０  （１９９５）．
５３．Ｓｕｐｅｒ，  Ｈ．Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．    Ｆｉｎｅ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅ，  Ｒｆｖ３，  ｏｎ  ｍｏｕｓｅ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １５．    Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．    ７３，  ７８４８−７８５２  （１９９９）．
５４．Ｄｏｉｇ，  Ｄ．  ＆  Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．    Ａｎｔｉ−Ｆｒｉｅｎｄ  ｖｉｒｕｓ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｆｒｏｍ  ｖｉｒｅｍｉａ  ａｎｄ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｖｉｒａｌ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ  ｃｅｌｌ−ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｉｎ  ｌｅｕｋｅｍｉｃ  ｍｉｃｅ．    Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｒｆｖ−３  ａｓ  ａ  ｇｅｎｅ  ｌｏｃｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｃｉｎｇ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ．    Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．  １５０，  １０−１９  （１９７９）．
５５．Ｍｉｙａｚａｗａ，  Ｍ．，  Ｎｉｓｈｉｏ，  Ｊ．，  Ｗｅｈｒｌｙ，  Ｋ．  ＆  Ｃｈｅｓｅｂｒｏ，  Ｂ．    Ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ＭＨＣ  ｇｅｎｅｓ  ｏｎ  ｓｐｏｎｔａｎｅｏｕｓ  ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｆｒｏｍ  Ｆｒｉｅｎｄ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｌｅｕｋａｅｍｉａ．    Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４８，  ６４４−６４６  （１９９２）．
５６．（Ｈｏｒｒｅｖｏｅｔｓ，  Ａ．  Ｊ．，  ｅｔ  ａｌ．    Ｖａｓｃｕｌａｒ  ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｇｅｎｅｓ  ｔｈａｔ  ａｒｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ  ｔｏ  ｔｕｍｏｒ  ｎｅｃｒｏｓｉｓ  ｆａｃｔｏｒ−ａｌｐｈａ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ａｒｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｉｎ  ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｔｉｃ  ｌｅｓｉｏｎｓ，  ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ−１，  ｓｔａｎｎｉｎ，  ａｎｄ  ｔｗｏ  ｎｏｖｅｌ  ｇｅｎｅｓ．    Ｂｌｏｏｄ  １９９９，  ９３：３４１８−３１．）
５７．（Ｇｕ，  Ｙ．，  ｅｔ  ａｌ．    Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｂｙ  Ｒａｃ１  ａｎｄ  Ｒａｃ２  ｇｕａｎｏｓｉｎｅ  ｔｒｉｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅｓ．    Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２００３  ３０２：４４５−９．），
５８．（Ｗａｎｇ，  Ｌ．，  ｅｔ  ａｌ．    Ｃａｒｄ１０  ｉｓ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｃａｓｐａｓｅ  ｒｅｃｒｕｉｔｍｅｎｔ  ｄｏｍａｉｎ／ｍｅｍｂｒａｎｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｇｕａｎｙｌａｔｅ  ｋｉｎａｓｅ  ｆａｍｉｌｙ  ｍｅｍｂｅｒ  ｔｈａｔ  ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＣＬ１０  ａｎｄ  ａｃｔｉｖａｔｅｓ  ＮＦ−ｋａｐｐａ  Ｂ．    Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２００１，  ２７６：２１４０５−９．）
５９．（Ｉｋｅｍａｔｓｕ，  Ｎ．，  ｅｔ  ａｌ．    Ｔｏｂ２，  ａ  ｎｏｖｅｌ  ａｎｔｉ−ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  Ｔｏｂ／ＢＴＧ１  ｆａｍｉｌｙ  ｍｅｍｂｅｒ，  ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  ａ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＣＣＲ４  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｃａｐａｂｌｅ  ｏｆ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｃｙｃｌｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｋｉｎａｓｅｓ．    Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １９９９，  １８：７４３２−４１）
６０．（Ｈｅｎｔｇｅｓ，  Ｋ．  Ｅ，  ｅｔ  ａｌ．    Ｔｎｆｒｓｆ１３ｃ  （Ｂａｆｆｒ）  ｉｓ  ｍｉｓ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｉｎ  ｔｕｍｏｒｓ  ｗｉｔｈ  ｍｕｒｉｎｅ  ｌｅｕｋｅｍｉａ  ｖｉｒｕｓ  ｉｎｓｅｒｔｉｏｎｓ  ａｔ  Ｌｖｉｓ２２．    Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２００２，  ８０：２０４−２１２．）．
６１．ＹａｓｕｙｏｓｈｉＫａｎａｒｉ，  ＭａｒｉｏＣｌｅｒｉｃｉ，  ＨｉｒｏｙｕｋｉＡｂｅ，ＨｉｒｏｙｕｋｉＫａｗａｂａｔａ，ＤａｒｉａＴｒａｂａｔｔｏｎｉ，ＳｅｒｇｉｏＬｏＣａｐｕｔｏ，ＦｒａｎｃｅｓｃｏＭａｚｚｏｔｔａ，ＨｉｒｏｎｏｒｉＦｕｊｉｓａｗａ，ＡｔｓｕｋｏＮｉｗａ，ＣｈｉａｋｉＩｓｈｉｈａｒａ，ＹｕｍｉｋｏＡ．Ｔａｋｅｉａｎｄ  Ｍａｓａａｋｉ  Ｍｉｙａｚａｗａ  Ｇｅｎｏｔｙｐｅｓ  ａｔ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ２２ｑ１２−１３  ａｒｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈＨＩＶ−１ｅｘｐｏｓｅｄ  ｂｕｔ  ｕｎｉｎｆｅｃｔｅｄ  ｓｔａｔｕｓ  ｉｎ  Ｉｔａｌｉａｎｓ    ＡＩＤＳ  ２００５，  １９：  １０１５−１０２４
６２．（Ｌｉ，  Ｂ．，  Ｙｕ，  Ｈ．，  Ｚｈｅｎｇ，  Ｗ．，  Ｖｏｌｌ，  Ｒ．，  Ｎａ，  Ｓ．，  Ｒｏｂｅｒｔｓ，  Ａ．  Ｗ．，  Ｗｉｌｌｉａｍｓ，  Ｄ．  Ａ．，  Ｄａｖｉｓ，  Ｒ．  Ｊ．，  Ｇｈｏｓｈ，  Ｓ．，  ａｎｄ  Ｆｌａｖｅｌｌ，  Ｒ．  Ａ．    Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｇｕａｎｏｓｉｎｅ  ｔｒｉｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  Ｒａｃ２  ｉｎ  Ｔ  ｈｅｌｐｅｒ  １  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８８：  ２２１９−２２２２，  ２０００）．
６３．（Ｄｉｘｏｎ，  Ｂ．，  Ｍａｎｓｏｕｒ，  Ｍ．，  Ｐｏｈａｊｄａｋ，  Ｂ．    Ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  Ｂ２−１  ｇｅｎｅ  （Ｄ１７Ｓ８１１Ｅ）  ｔｏ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １７ｑｔｅｒ  ｂｙ  ＰＣＲ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｈｙｂｒｉｄｓ  ａｎｄ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ．  Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．  Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．  ６３：  ４２−４４，  １９９３）．
６４．（Ｈａｒｄｉｓｏｎ，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．  １６：  ３６９，  ２０００），  ６５  （Ｌｏｏｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８８：  １３６，  ２０００）］．
６５．（Ｇｕ，  Ｙ．，  ｅｔ  ａｌ．    Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｂｙ  Ｒａｃ１  ａｎｄ  Ｒａｃ２  ｇｕａｎｏｓｉｎｅ  ｔｒｉｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅｓ．    Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２００３  ３０２：４４５−９．），
６６．  （Ｈｅｎｔｇｅｓ，  Ｋ．  Ｅ，  ｅｔ  ａｌ．    Ｔｎｆｒｓｆ１３ｃ  （Ｂａｆｆｒ）  ｉｓ  ｍｉｓ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｉｎ  ｔｕｍｏｒｓ  ｗｉｔｈ  ｍｕｒｉｎｅ  ｌｅｕｋｅｍｉａ  ｖｉｒｕｓ  ｉｎｓｅｒｔｉｏｎｓ  ａｔ  Ｌｖｉｓ２２．    Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２００２，  ８０：２０４−２１２．）．
６７．ＹａｓｕｙｏｓｈｉＫａｎａｒｉ，ＭａｒｉｏＣｌｅｒｉｃｉ，ＨｉｒｏｙｕｋｉＡｂｅ，ＨｉｒｏｙｕｋｉＫａｗａｂａｔａ，ＤａｒｉａＴｒａｂａｔｔｏｎｉ，ＳｅｒｇｉｏＬｏＣａｐｕｔｏ，ＦｒａｎｃｅｓｃｏＭａｚｚｏｔｔａ，ＨｉｒｏｎｏｒｉＦｕｊｉｓａｗａ，ＡｔｓｕｋｏＮｉｗａ，ＣｈｉａｋｉＩｓｈｉｈａｒａ，ＹｕｍｉｋｏＡ．Ｔａｋｅｉａｎｄ  Ｍａｓａａｋｉ  Ｍｉｙａｚａｗａ  Ｇｅｎｏｔｙｐｅｓ  ａｔ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ２２ｑ１２−１３  ａｒｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈＨＩＶ−１ｅｘｐｏｓｅｄ  ｂｕｔ  ｕｎｉｎｆｅｃｔｅｄ  ｓｔａｔｕｓ  ｉｎ  Ｉｔａｌｉａｎｓ    ＡＩＤＳ  ２００５，  １９：  １０１５−１０２４
６８．（Ｄｉｘｏｎ，  Ｂ．，  Ｍａｎｓｏｕｒ，  Ｍ．，  Ｐｏｈａｊｄａｋ，  Ｂ．    Ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  Ｂ２−１  ｇｅｎｅ  （Ｄ１７Ｓ８１１Ｅ）  ｔｏ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １７ｑｔｅｒ  ｂｙ  ＰＣＲ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｈｙｂｒｉｄｓ  ａｎｄ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ．  Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．  Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．  ６３：  ４２−４４，  １９９３）．
６９．（Ｈａｒｄｉｓｏｎ，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．  １６：  ３６９，  ２０００），  ６５  （Ｌｏｏｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８８：  １３６，  ２０００）］．
【００８５】
【表５−１】
2008526184.tif 000034
【表５−２】
2008526184.tif 000035
【図面の簡単な説明】
【００８６】
【図１】図１は、マウス１５番染色体およびヒト２２番染色体のシンテニーである領域内に位置するＳＳＬＰまたはマイクロサテライトマーカーおよび相同遺伝子の順序およびそれらの間隔の図式である。
【図２】図２は、ＰＩＤ  ９日のＡ／ＷｙＳｎおよび（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウスの脾臓から調製して蛍光標識したｃＲＮＡ試料のハイブリダイゼーション後のマイクロアレイ像の比較である。
【図３】図３は、関連するマイクロサテライトマーカー（青色）、調べた単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子座（茶色）、および既知の遺伝子およびオープンリーディングフレーム  （四角）の地図上の物理的位置を示す図式である。
【図４】図４は、ヒトＰＢＭＣにおけるハウスキーピング遺伝子β−アクチンおよびＧＡＰＤＨの発現を示す表である。
【図５】図５は、標準化の前および後で検出されたＧＡＰＤＨの発現レベル相関性を示す１対のグラフである。
【図６】図６は、ＥＳＮ個体およびＨＩＶ感染個体におけるＨＩＶ抗原刺激の１時間後または６時間後の代表的なサイトカイン遺伝子の発現を示す表である。
【図７】図７は、ＥＳＮ個体およびＨＩＶ感染個体におけるＨＩＶ抗原刺激の１時間後または６時間後のＲａｃ２およびＰＳＣＤ４遺伝子発現を示す表である。
【図８】図８は、ＥＳＮ個体における連鎖不平衡の分布を示す。□：０．０１≦Ｐ＜０．０５；□：０．００１≦Ｐ＜０．０１；■：０．０００１≦Ｐ＜０．００１；■：０．００００１≦Ｐ＜０．０００１；■：Ｐ＜０．００００１。
【図９】図９は、ＨＩＶ感染個体における連鎖不平衡の分布を示す。□：０．０１≦Ｐ＜０．０５；□：０．００１≦Ｐ＜０．０１；■：０．０００１≦Ｐ  ０．００１；■：０．００００１≦Ｐ＜０．０００１；■：Ｐ＜０．００００１。
【図１０】図１０は、ＥＳＮ個体と感染した個体とで遺伝子頻度が異なるＳＮＰ、つまりＨＩＶ抗原刺激後においてＥＳＮ個体とＨＩＶ−１感染個体とで発現レベルが異なる遺伝子と、これらの調節エレメントにおける新たなＳＮＰの位置との関係を示す遺伝子地図である。
【図１１】図１１は、Ｒａｃ２−ＰＳＣＤ４領域におけるヒトとマウス間の配列相同性領域を示すプリントアウトである。
【図１２】図１２は、ＰＳＣＤ４遺伝子付近の領域２におけるヒトとマウス間の配列相同性を示す。
【図１３】図１３は、領域１および２のゲノム配列の核酸配列および観察されたＳＮＰを、適切なプライマーとともに示す。
【図１４】図１４は、ＲＡＣ  ２およびＱ９Ｈ７Ｑ０  （ＰＳＣＤ４）遺伝子のプローブ配列一覧を示す。
【図１】
2008526184.tif 000036
【図２】
2008526184.tif 000037
【図３】
2008526184.tif 000038
【図４】
2008526184.tif 000039
【図５ａ】
2008526184.tif 000040
【図５ｂ】
2008526184.tif 000041
【図６】
2008526184.tif 000042
【図７ａ】
2008526184.tif 000043
【図７ｂ】
2008526184.tif 000044
【図７】
2008526184.tif 000045
【図８】
2008526184.tif 000046
【図８】
2008526184.tif 000047
【図１０】
2008526184.tif 000048
【図１１】
2008526184.tif 000049
【図１２】
2008526184.tif 000050
【図１３】
2008526184.tif 000051
【図１４】
2008526184.tif 000052
【手続補正書】
【提出日】平成20年6月3日(2008.6.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2008526184000001.app
【国際調査報告】
2008526184.tif 000053
2008526184.tif 000054
2008526184.tif 000055
2008526184.tif 000056
2008526184.tif 000057
2008526184.tif 000058
2008526184.tif 000059
2008526184.tif 000060
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