(57)【要約】  本発明は、２種類以上の固有の化学種を含有するサンプルを、希望する任意の数のサブサンプルに分離することを、第１の分離プロトコールのために構成された同じ数の分離媒体にサンプルを通すことによって行うよう構成された種々の装置を考慮している。各サブサンプルは、追加の分離プロトコールによってさらに分離することができ、それによって複数のミニサンプルを得ることができ、そのそれぞれのさらなる分離および／または分析を行うことができる。本発明は、複数の分離媒体を通過する流体流路を形成するために導管を使用する簡単な方法を用いることも考慮しており、これらの媒体のそれぞれは、特定のサブサンプルを単離するよう構成されている。種々の分離媒体によって、サンプルの種々のサブサンプルを単離したあと、導管は取り外すことができ、それによって、単離されたサブサンプルのそれぞれを、他のあらゆるサブサンプルとは独立に、さらに分離および／または分析することができる。
2008542712.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
プレート内に配列された少なくとも３つのチャンバーを含む装置であって、
（ｉ）前記装置は、前記プレートの一方の側の上の第１の面と、前記プレートの反対側の第２の側の上の第２の面とを有し、
（ｉｉ）各チャンバーは、あらゆる他のチャンバーとは独立に、一方の面に入口開口部を有し、他方の面に出口開口部を有し、
（ｉｉｉ）複数の前記チャンバーは、取り外し可能な導管を介して連続的に直列に接続され、各導管は、１つのチャンバーの出口を別のチャンバーの入口に接続し；
（ｉｖ）前記チャンバーおよび導管の系列によって、第１のチャンバーの入口を、すべての中間チャンバーのそれぞれを介して、最終チャンバーの出口まで接続する流体経路が画定される、装置。
【請求項２】
少なくとも一部の前記導管が、前記プレートを貫通して、前記第２の面の出口開口部を前記第１の面の入口開口部に接続している、請求項１に記載の装置。
【請求項３】
前記導管のすべてが、前記第２の面の出口開口部を前記第１の面の入口開口部に接続している、請求項２に記載の装置。
【請求項４】
前記系列中の複数の前記チャンバーが、ライナー系列で配列しており、前記チャンバーのそれぞれが、両面で開放するチャネルに隣接しており、少なくとも１つの出口および入口の間の前記流体流路が前記チャネルを貫通している、請求項２に記載の装置。
【請求項５】
少なくとも一部の前記導管が、前記第１の面の出口開口部を前記第１の面の入口開口部に接続するか、または前記第２の面の出口開口部を前記第２の面の入口開口部に接続する、請求項１に記載の装置。
【請求項６】
少なくとも１つの前記導管が、前記第２の面の出口開口部を前記第２の面の入口開口部に接続し、少なくとも１つの前記導管が前記第１の面の出口開口部を前記第１の面の入口開口部に接続する、請求項４に記載の装置。
【請求項７】
前記導管が前記装置から取り外し可能である、請求項１に記載の装置。
【請求項８】
前記系列中の少なくとも１つチャンバーが分離媒体を含有する、請求項１に記載の装置。
【請求項９】
前記系列中の前記チャンバーのそれぞれが分離媒体を含有する、請求項８に記載の装置。
【請求項１０】
前記系列中の複数の前記チャンバーが異なる分離媒体を含有する、請求項８に記載の装置。
【請求項１１】
前記分離媒体の系列が、前記流体流路の方向に沿って：（ａ）高選択性媒体、中間の選択性の媒体、および低選択性媒体；あるいは（ｂ）低選択性媒体、中間の選択性の媒体、および高選択性媒体、を含む、請求項１０に記載の装置。
【請求項１２】
前記装置中の前記複数のチャンバーが８の倍数である、請求項１に記載の装置。
【請求項１３】
前記装置中の前記複数のチャンバーが１２の倍数である、請求項１に記載の装置。
【請求項１４】
前記チャンバーが少なくとも１つの直線系列で配列されている、請求項１に記載の装置。
【請求項１５】
前記チャンバーが複数の横列および縦列で配列されている、請求項１に記載の装置。
【請求項１６】
前記チャンバーが、８×１２の配列で配列されている、請求項１５に記載の装置。
【請求項１７】
流体流路を画定する複数の系列のチャンバーおよび導管を含む、請求項１に記載の装置。
【請求項１８】
前記装置の前記チャンバーに対応して、横列および縦列で配列された複数のウェルを含む収集プレートをさらに含み：
前記収集プレートの前記ウェルのそれぞれが入口を有し；
前記導管を外すと、前記収集プレートの前記ウェルの前記入口が、前記装置の前記チャンバーと位置合わせされるように構成される、請求項１に記載の装置。
【請求項１９】
前記流体流路に沿って流体サンプルを押圧する、または吸引するように構成されたポンプをさらに含む、請求項１に記載の装置。
【請求項２０】
前記チャンバーに対応したウェルを含むドリップスルー（ｄｒｉｐ−ｔｈｒｏｕｇｈ）マイクロタイタープレートをさらに含む、請求項１に記載の装置。
【請求項２１】
装置であって：
（ａ）チャンバーの少なくとも１つの横列を含むプレートであって、各チャンバーが、前記プレートの第１の面の上の入口と、前記プレートの反対側の第２の面の上の出口とを含むプレートと；
（ｂ）前記プレートの前記第１の面に密封係合する取り外し可能な第１の部材であって：
（Ｉ）１組の奇数番目のウェルの入口に位置合わせされた複数の開口部と、
（ＩＩ）１組の偶数番目のウェルに位置合わせされた複数の開放端導管とを含み、前記導管が、前記偶数番目のウェルの入口から出口までを通る、第１の部材と；
（ｃ）前記第１の部材に密封係合する取り外し可能な第２の部材であって：
（Ｉ）第１のチャンバーの前記入口に位置合わせされることによって、前記第１のチャンバーへの入口を形成する開口部と；
（ＩＩ）複数の導管と、を含み、前記導管のそれぞれが、前記第１の部材の開口部を前記第１の部材の導管に接続する、第２の部材と；
（ｄ）前記プレートの前記第２の面に密封係合する取り外し可能なガスケットであって、前記チャンバーの前記出口に位置合わせされた複数の開口部を含むガスケットと；
（ｅ）前記ガスケットに密封係合する取り外し可能な第３の部材であって、前記ガスケット内の前記開口部に位置合わせされた複数の溝を含み、これらを合わせたものが複数の導管を形成し、各導管が、奇数番目のウェルの前記出口を偶数番目のウェルの前記出口に接続する、第３の部材と、を含み、
前記チャンバーと導管との組み合わせによって、奇数番目のウェルを入口から出口まで貫通し、偶数番目のウェルを出口から入口まで貫通する流体流路が画定される、装置。
【請求項２２】
前記奇数番目のチャンバーのそれぞれが分離媒体を含有する、請求項２１に記載の装置。
【請求項２３】
装置であって：
（ａ）チャンバーの少なくとも１つの横列を含むプレートであって、各チャンバーが、前記プレートの第１の面の上の第１の開口部と、前記プレートの反対側の第２の面の上の第２の開口部とを含み、前記開口部が、前記チャンバーのそれぞれの入口および出口を画定する、プレートと；
（ｂ）前記プレートの前記第１の面に密封係合する取り外し可能な第１の部材であって：
（Ｉ）前記第１の開口部に位置合わせされ、前記横列中の第１の前記チャンバーの、入口として機能するように構成された入口ポートと、
（ＩＩ）前記横列中の他のチャンバーの前記第１の開口部の組を連続的に接続する複数の導管とを含む、第１の部材と；
（ｃ）前記プレートの前記第２の面に密封係合する取り外し可能なガスケットであって、前記チャンバーの前記第２の開口部に位置合わせされた複数の開口部を含むガスケットと；
（ｄ）前記ガスケットに密封係合する取り外し可能な第３の部材であって、前記横列中の他のチャンバーの前記第２の開口部の組を連続的に接続する複数の導管を含む、第３の部材と、を含み、
前記ウェルと導管との組み合わせによって、前記横列中の前記チャンバーの入口から前記最終チャンバーの前記出口まで通る流体流路が画定される、装置。
【請求項２４】
奇数番目のウェルのそれぞれが分離媒体を含有する、請求項２３に記載の装置。
【請求項２５】
装置であって：
（ａ）プレートであって、ウェルの第１および第２の横列の少なくとも１組を含み、各ウェルが、前記プレートの第１の面の上の入口と、前記プレートの反対側の第２の面の上の出口とを含む、プレートと；
（ｂ）前記プレートの前記第１の面に密封係合する取り外し可能な第１の部材であって：
（Ｉ）第１の横列中のウェルの前記入口に位置合わせされ、それによってチャンバーが画定される複数の開口部と、
（ＩＩ）第２の横列中のウェルに位置合わせされた複数の開放端チャネルであって、前記ウェルの前記入口から前記出口まで通る導管を画定する、複数の開放端チャネルと、を含む第１の部材と；
（ｃ）前記第１の部材に密封係合する取り外し可能な第２の部材であって：
（Ｉ）第１の横列中の第１のウェルの入口に位置合わせされた前記第１の部材中の開口部に位置合わせされ、それによって前記第１のチャンバーに前記入口を形成する開口部と；
（ＩＩ）前記第１の部材の前記開口部に位置合わせされた複数の溝であって、これらを合わせたものが複数の導管を形成し、各導管が、第１の横列中のウェルのｎ番目の入口を、第２の横列中のウェルのｎ番目の入口に接続する、複数の溝と、を含む第２の部材と；
（ｄ）前記プレートの前記第２の面に密封係合する取り外し可能なガスケットであって、前記ウェルの前記出口に位置合わせされた複数の開口部を含む、ガスケットと；
（ｅ）前記ガスケットに密封係合する取り外し可能な第３の部材であって：
（Ｉ）前記ガスケット内の前記開口部に位置合わせされた複数の溝であって、これらを合わせたものが複数の導管を形成し、各導管が、第１の横列中のウェルのｎ番目の出口を、第２の横列中のウェルのｎ＋１番目の出口に接続する、複数の溝と；
（ＩＩ）最終チャンバーの出口に位置合わせされた開口部と、を含む第３の部材と、を含み；
前記ウェルと導管との組み合わせによって、第１の横列中の前記ウェルの入口から出口まで通る流体流路が画定される、装置。
【請求項２６】
（ｉ）前記第２の取り外し可能な部材が、第１の副部品と第２の副部品とを含み：
（１）前記第１の副部品が、前記第１の部材中の前記開口部に位置合わせされた開口部を含み、
（２）前記第２の副部品が、前記第１の部材中の前記開口部に位置合わせされた開口部と、前記第１の副部品を前記第２の副部品に押し付けた場合に前記溝を形成する複数の開口部と、を含み；
（ｉｉ）前記第３の取り外し可能な部材が、第３の副部品と第４の副部品とを含み：
（１）前記第３の副部品が、前記最終チャンバーの前記出口に位置合わせされた開口部を含み、
（２）前記第４の副部品が、前記最終チャンバーの前記出口に位置合わせされた開口部と、前記第３の副部品を前記第４の副部品に押し付けた場合に前記溝を形成する複数の開口部とを含む、請求項２５に記載の装置。
【請求項２７】
奇数番目のウェルが分離媒体を含有する、請求項２５に記載の装置。
【請求項２８】
ａ）プレート内に配列された少なくとも３つのチャンバーを含む装置を提供するステップであって、
（ｉ）前記装置が、前記プレートの一方の側の上の第１の面と、前記プレートの反対側の第２の側の上の第２の面とを有し、
（ｉｉ）各チャンバーが、あらゆる他のチャンバーとは独立に、一方の面に入口開口部、および他方の面に出口開口部を有し；
（ｉｉｉ）複数の前記チャンバーが、取り外し可能な導管を介して連続的に直列に接続され、各導管が１つのチャンバーの出口を別のチャンバーの入口に接続し；
（ｉｖ）前記チャンバーおよび導管の系列によって、第１のチャンバーの入口を、すべての中間チャンバーのそれぞれを介して、最終チャンバーの出口まで接続する流体流路が画定され；
（ｖ）前記系列中の各チャンバーは異なる分離媒体を含有する、ステップと；
ｂ）複数の検体を含むサンプルを、前記流体流路に沿って、第１のチャンバーの前記入口から、前記最終チャンバーの前記出口に通すことによって、前記分離媒体が、前記媒体に対して親和性を有する検体を捕捉するステップと；
ｃ）出口と入口を接続する前記導管を前記装置から取り外すステップと；
ｄ）捕捉された検体を独立に前記チャンバーから溶出させるステップと；
ｅ）前記溶出した検体を収集するステップと、を含む方法。
【請求項２９】
少なくとも１つのチャンバーから溶出した検体を検出するステップをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記検体を検出するステップが質量分析またはゲル電気泳動によって実施される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記溶出ステップが、少なくとも１つのチャンバーから複数の分画を溶出させるステップを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記サンプルが、血液、尿、脳脊髄液、およびそれらの派生物からなる群より選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３３】
（ｂ）（１）前記分離媒体によって捕捉された少なくとも１つの前記検体を２つ以上のミニサンプルに分離するステップをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３４】
（ｂ）（１）前記分離媒体によって捕捉された少なくとも１つの前記検体を、質量分析、等電点電気泳動、疎水性、および／または親水性の１つ以上のプロトコールを使用して、２つ以上のミニサンプルに分離するステップをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３５】
キットであって：
プレート内に配列された少なくとも３つのチャンバーを含む装置であって、
（ｉ）前記装置が、前記プレートの一方の側の上の第１の面と、前記プレートの反対側の第２の側の上の第２の面とを有し、        
（ｉｉ）各チャンバーは、あらゆる他のチャンバーとは独立に、一方の面に入口開口部、および他方の面に出口開口部を有し；
（ｉｉｉ）複数の前記チャンバーが、取り外し可能な導管を介して連続的に直列に接続され、各導管が１つのチャンバーの出口を別のチャンバーの入口に接続し；
（ｉｖ）前記チャンバーおよび導管の系列によって、第１のチャンバーの入口を、すべての中間チャンバーのそれぞれを介して、最終チャンバーの出口まで接続する流体流路が画定される、装置と；
分離媒体を含有する少なくとも１つの容器と、を含むキット。
【請求項３６】
検体の多次元分離方法であって：
ａ．サンプル中の検体を複数の第１のアリコートに分離するステップであって：
ｉ．連続的に配列され最初から最終まで流体連通している異なる第１の収着剤の第１の系列を提供することと；
ｉｉ．前記サンプルを、前記第１の系列の最初から最終まで流すことによって、前記サンプルを前記異なる収着剤に連続的に接触させ、前記第１の収着剤が、第１の物理的化学的性質に基づいて検体を捕捉し、前記第１の収着剤の順序は、それによって前記収着剤が前記サンプル中の検体に結合する前記第１の物理的化学的性質に関する選択性が低下する順序で最初から最終まで配列され、それによってそれぞれの前記収着剤が、異なる組の検体を捕捉することと：
ｉｉｉ．検体を複数の前記収着剤から前記複数の第１のアリコートに溶出させることと、によるステップと；
ｂ．複数の前記第１のアリコートのそれぞれの中の検体を複数の第２のアリコートに分離するステップであって、独立に：
ｉ．連続的に配列され最初から最終まで流体連通している異なる第２の収着剤の第２の系列を提供することと；
ｉｉ．第１のアリコートを、前記第２の系列の最初から最終まで流すことによって、前記サンプルを前記異なる収着剤に連続的に接触させ、前記第２の収着剤は、第２の異なる物理的化学的性質に基づいて検体を捕捉し、前記第２の収着剤の順序は、それによって前記収着剤が前記サンプル中の検体に結合する前記第２の物理的化学的性質に関する選択性が低下する順序で最初から最終まで配列され、それによってそれぞれの前記収着剤が、異なる組の検体を捕捉することと；
ｉｉｉ．検体をそれぞれの前記収着剤から前記複数の第２のアリコートに溶出させることと、によるステップと；
ｃ．複数の第２のアリコート中の前記検体を質量分析によって分離するステップと、を含む方法。
【請求項３７】
収着剤の前記第１の系列が、等電点に基づいて検体に結合し、最高等電点から最低等電点まで、または最低等電点から最高等電点までの順序で検体を捕捉するように配列される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記第１の収着剤のそれぞれが、固体バッファーとイオン交換材料とを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
収着剤の前記第２の系列が、疎水性インデックスに基づいて検体に結合し、最高の疎水性から最低の疎水性までの順序で検体を捕捉するように配列される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記第２の収着剤のそれぞれが、炭化水素鎖およびアミンリガンドを含み、前記系列中の各収着剤の前記炭化水素鎖が、前の収着剤の炭化水素鎖よりも多くの炭素を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
収着剤の前記第１の系列が、疎水性インデックスに基づいて検体に結合し、最高の疎水性から最低の疎水性までの順序で検体を捕捉するように配列される、請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】
前記第１の収着剤のそれぞれが、炭化水素鎖およびアミンリガンドを含み、前記系列中の各収着剤の前記炭化水素鎖が、前の収着剤の炭化水素鎖よりも多くの炭素を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
収着剤の前記第２の系列が、等電点に基づいて検体に結合し、最高等電点から最低等電点まで、または最低等電点から最高等電点までの順序となる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記第２の収着剤のそれぞれが、固体バッファーとイオン交換材料とを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記質量分析がレーザー脱離／イオン化質量分析である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４６】
前記質量分析がエレクトロスプレー質量分析である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４７】
装置であって：
プレート内に配列された交差する複数の横列および縦列を含み、
前記横列のそれぞれが、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは前記横列中の他のチャンバーに流体接続されるように構成されており、
前記縦列のそれぞれが、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは前記横列内の他のチャンバーに流体接続されるように構成されており、
１つの前記横列中の少なくとも一部の前記チャンバーが、特定の範囲内のｐＩ値を有する分子を捕捉するように構成されたクロマトグラフィー分離媒体を含み、前記チャンバーの前記クロマトグラフィー分離媒体が、前記横列中の前記チャンバー内で、最低から最高または最高から最低となるよう連続して配列されており、
少なくとも１つの前記縦列中の少なくとも一部の前記チャンバーが、特定の範囲内の疎水性値を有する分子を捕捉するように構成された疎水性分離媒体を含み、前記チャンバーの前記疎水性分離媒体は、前記縦列中の前記チャンバー内で最低から最高または最高から最低となるように連続して配列されている、装置。
【請求項４８】
検体の多次元分離方法であって：
（ａ）プレート内に配列された交差する複数の横列および縦列を含む装置を提供するステップであって、前記横列のそれぞれが、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは前記横列中の他のチャンバーに流体接続されるように構成されており、前記縦列のそれぞれが、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは前記横列内の他のチャンバーに流体接続されるように構成されており、１つの前記横列中の少なくとも一部の前記チャンバーが、特定の範囲内のｐＩ値を有する分子を捕捉するように構成されたクロマトグラフィー分離媒体を含み、前記チャンバーの前記クロマトグラフィー分離媒体が、前記横列中のチャンバー内で、最低から最高または最高から最低となるよう連続して配列されており、少なくとも１つの前記縦列中の少なくとも一部の前記チャンバーが、特定の範囲内の疎水性値を有する分子を捕捉するように構成された疎水性分離媒体を含み、前記チャンバーの前記疎水性分離媒体は、前記縦列中の前記チャンバー内で最低から最高または最高から最低となるように連続して配列されているステップと；
（ｂ）前記クロマトグラフィー分離媒体を含有する前記チャンバーを含む前記横列中の第１のチャンバーにサンプルを供給するステップと；
（ｃ）前記横列中の前記クロマトグラフィー分離媒体の系列に前記サンプルを通過させることによって、前記サンプルを複数のサブサンプルに分離し、それぞれを前記横列の前記チャンバーのそれぞれに供給するステップと；
（ｄ）前記縦列中の前記疎水性分離媒体の系列に前記サンプルを通過させることによって、前記横列の少なくとも１つの前記チャンバー中の前記サブサンプルを複数のミニサンプルに分離し、それぞれを交差する前記縦列の前記チャンバーのそれぞれに供給するステップと、を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
背景
本出願は、２００５年５月２５日に出願された米国仮特許出願第６０／６８４，１７７号明細書（「流体工学装置」（Ｆｌｕｉｄｉｃｓ  Ｄｅｖｉｃｅ）、ボスケッティ（Ｂｏｓｃｈｅｔｔｉ）ら）および２００５年７月２８日に出願された米国仮特許出願第６０／７０２，９８９号明細書（「固相バッファーを使用した等電点に基づくタンパク質の分離」（Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  Ｂａｓｅｄ  Ｏｎ  Ｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃ  Ｐｏｉｎｔ  Ｕｓｉｎｇ  Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ  Ｂｕｆｆｅｒｓ）、ボスケッティ（Ｂｏｓｃｈｅｔｔｉ）ら）の優先日の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
特定の生物学的サンプル中の化学種を簡単に単離するための現在の材料および方法は、そのような混合物のすべての成分を確実に単離するためには不十分である。通常、主要な分子種は、主要な分子種の約千分の一未満の濃度で存在する分子種を隠してしまう。血液などの生物学的サンプルの場合、最も主要な２つの分子種がアルブミンおよび免疫グロブリンである。疾病マーカーと関連性を有する可能性や、創薬と関連性を有する可能性がある種々の酵素、抗体、タンパク質、または二次代謝物を同定しようとする試みは、アルブミンおよび免疫グロブリンが全体的に大量に存在するために複雑化される。その結果、２つの最も一般的に使用されている分析技術（すなわち、２次元電気泳動（２ＤＥ）および質量分析）の従来の分解能、感度、および処理能力は限定的である。たとえば、サンプル中にこのように大量のタンパク質が存在すると、他の化学種の信号の重なり（２ＤＥの場合）または信号の抑制（質量分析の場合）が起こるために大きな信号が発生し、このため、分析が複雑になり、サンプル中に存在する分子種の一覧に関する結論が不十分となる。
【０００３】
特定の分子を単離するために、さまざまな分離プロトコールが開発されている。たとえば、ゲル電気泳動においては、タンパク質が、負に帯電した洗浄剤（たとえばＳＤＳ）で均一にコーティングされ、互いに反対の電荷の電極の間の緩衝化したゲル（たとえば、ポリアクリルアミドゲル）の一端（始点）の中央に配置される。これらの電極が帯電すると、各タンパク質分子は、緩衝化されたポリアクリルアミドゲルのｐＨにおけるそれらの実効電荷により、反対側に帯電した電極である一方の電極に向かって移動する。ゲル中でタンパク質分子が電極に向かって移動する速度または移動度は、分子の大きさに大きく依存し、すなわち、分子が小さいほどゲルマトリックス中を速く移動する。移動度に差が生じる結果、複数の種類のタンパク質分子を分離し、それらの大きさに基づいて単離することができる。
【０００４】
ゲル電気泳動の変形の１つは等電点電気泳動であり、これはタンパク質の実効電荷が環境のｐＨに依存することを利用している。最も一般的には、酸性ｐＨにおいて、タンパク質は全体的に正に帯電し、一方アルカリ性ｐＨにおいては、これらは負に帯電する。タンパク質が実効電荷を有さなくなるｐＨをその等電点（「ｐＩ」）と呼ぶ。等電点電気泳動は、ある電界下でタンパク質があるｐＨ勾配中を移動する電気泳動技術の１つである。あらゆるタンパク質は、それらの等電点と同じｐＨに出会うまで、カソードまたはアノードに向かって移動する。この等電点において、タンパク質は電荷を失い、移動を停止する。
【０００５】
等電点が異なるタンパク質は、異なる位置で停止し、それによって分離され後に同定される。したがって、同様の速度で移動しうる同様の大きさの分子は、異なるｐＩ値を有するため、異なるｐＨ点で停止した後で分離することができる。さらに、非常に複雑な混合物からのタンパク質種の分離を向上させるために、特定の緩衝化されたゲル中の大きさによる移動と、等電点による移動とを交差させる場合があり、この場合に使用される技術は二次元電気泳動と呼ばれる。残念ながら、これらの技術による電気泳動ゲル網目構造内のタンパク質の移動は、非常に遅いプロセスであり、一般に分取目的では受け入れられていない。
【０００６】
それに応じて、分離速度を増加させながら、その実施による精度は維持されるように試みられた種々のさらなるプロトコールが開発されている。たとえばモノフィラメントスクリーン、膜、ゲル、フィルター、フリットディスクなどの隔壁（一括して「膜」）によって互いに分離された２つ以上の副区画を含む多くの種類の装置が存在する。一般に、これらの装置は、１つ以上の膜によって互いに分離された複数の実質的に平行なフレームまたはスペーサーから組み立てられる。
【０００７】
大体積および大量のタンパク質を均一に処理するために、等電膜を有する多区画エレクトロライザーセレクトロライザー（ｅｌｅｃｔｒｏｌｉｚｅｒｓｅｌｅｃｔｒｏｌｙｚｅｒ）が導入されている。たとえば、Ｐ．Ｇ．リゲッティ（Ｒｉｇｈｅｔｔｉ）ら、「イモビリン膜を有する多区画電解槽中のタンパク質分取精製」（Ｐｒｅｐａｒａｔｉｖｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｉｎ  ａ  Ｍｕｌｔｉ−  Ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔ  Ｅｌｅｃｔｒｏｌｙｓｅｒ  ｗｉｔｈ  Ｉｍｍｏｂｉｌｉｎｅ  Ｍｅｍｂｒａｎｅｓ），４７５  Ｊ．ＣＨＲＯＭＡＴＯＧＲＡＰＨＹ  ２９３−３０９頁（１９８９年）；Ｐ．Ｇ．リゲッティ（Ｒｉｇｈｅｔｔｉ）ら、「モビリン膜を有する多区画電解槽中のヒトモノクローナル抗体アイソフォームの分取精製」（Ｐｒｅｐａｒａｔｉｖｅ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｉｓｏｆｏｒｍｓ  ｉｎ  ａ  Ｍｕｌｔｉ−Ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔ  Ｅｌｅｃｔｒｏｌｙｓｅｒ  ｗｉｔｈ  Ｉｍｍｏｂｉｌｉｎｅ  Ｍｅｍｂｒａｎｅｓ），５００  Ｊ．ＣＨＲＯＭＡＴＯＧＲＡＰＨＹ  ６８１−６９６頁（１９９０年）；Ｐ．Ｇ．リゲッティ（Ｒｉｇｈｅｔｔｉ）ら、「固定ｐＨ勾配を有する場合および有さない場合の分取電気泳動」（Ｐｒｅｐａｒａｔｉｖｅ  Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ｗｉｔｈ  ａｎｄ  ｗｉｔｈｏｕｔ  Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  ｐＨ  Ｇｒａｄｉｅｎｔｓ），５  ＡＤＶＡＮＣＥＳ  ＩＮ  ＥＬＥＣＴＲＯＰＨＯＲＥＳＩＳ  １５９−２００（１９９２）を参照されたい。等電点電気泳動に基づくと、この精製の概念は再利用条件下で発展している。タンパク質マクロイオンは、槽の中に維持され、両性イオン膜が取り付けられた多区画電解槽にわたって電界が連続的に通される。
【０００８】
このシステムでは、タンパク質は、「チャネル」とも呼ばれる液脈内に常に維持される。したがって、クロマトグラフィー手順で通常発生するような表面上への吸着によって、タンパク質が失われることがない。むしろ、分離されるタンパク質のｐＩ値を含むｐＩ値を有する２つの膜によって画定されるチャンバー内に、タンパク質が閉じ込められる。したがって、連続滴定法によって、非等電性であるか、異なるｐＩ値を有するかのいずれかであるあらゆる他の不純物は、チャンバーから強制的に追い出される。結局、対象の等電性／等イオン性タンパク質が、チャンバー内の唯一の化学種として最終的には存在するようになる。しかし、タンパク質の等電点および等イオン点は、対イオンが存在するとある程度変化する場合があることを理解すべきである。
【０００９】
米国特許第４，９７１，６７０号明細書にはこの方法が記載されている。等電膜は、米国特許第４，２４３，５０７号明細書においても扱われている。米国特許第５，８３４，２７２号明細書には、溶液中、したがって均一触媒反応条件下に酵素を維持する酵素の固定化が記載されている。米国特許第４，３６２，６１２号明細書には、隣接する区画は、電気泳動的に異なるｐＨ値に調整されるように機能的に設計されており、それによって等電点により溶解したタンパク質が分離される。類似の複数の副区画の装置が、米国特許第４，９７１，６７０号明細書、第５，１７３，１６４号明細書、第４，９６３，２３６号明細書、および第５，０８７，３３８号明細書に記載されている。これらの特許のそれぞれには、膜によって互いに分離され、副区画の実質的に平行な配列を提供する一連の平行なスペーサーで構成される装置が開示されている。
【００１０】
同様に、アマシャム・ファルマシア（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ）は、直列に配列された複数のｐＩ選択性膜を使用したアイソプライム（ＩｓｏＰｒｉｍｅ）フィルターを販売している。この装置では、ｐＩ選択性が増加するまたは減少するように複数の膜が配列されている。溶液がこれらの膜を通過すると、２つの連続した膜の間のｐＩ値を有する分子が、これらの膜の間に捕捉される。しかし、この方法は、完了するまでに数時間程度を要する。インビトロジェン・インコーポレイテッド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．）は、アイソプライム（ＩｓｏＰｒｉｍｅ）装置に実質的に類似しているが、膜を個別に交換可能である装置のズームＩＥＦフラクショネーター（ＺＯＯＭ  ＩＥＦ  Ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｏｒ）を販売している。しかし、アイソプライム（ＩｓｏＰｒｉｍｅ）と同様に、このズームＩＥＦフラクショネーター（ＺＯＯＭ  ＩＥＦ  Ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｏｒ）も完了までに数時間程度を要する。
【００１１】
さまざまな別の分離プロトコールとしては：細胞下分画（ロペス（Ｌｏｐｅｚ），Ｍ．Ｆ．，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，２０００年，２１：１０８２−１０９３頁；ホーフシュトラッサー（Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ），Ｄ．Ｆ．ら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，２０００年，２１：１１０４−１１１５頁；ドレガー（Ｄｒｅｇｅｒ），Ｍ．，Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，２００３年，２２：２７−５６頁；パットン（Ｐａｔｔｏｎ），Ｗ．Ｆ．，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  Ｂ，１９９９年，７２２：２０３−２２３頁；マクドナルド（ＭｃＤｏｎａｌｄ）  Ｔ．Ｇ．ら，Ｂａｓｉｃ  Ｒｅｓ．Ｃａｒｄｉｏｌ，２００３年，９８：２１９−２２７頁；パットン（Ｐａｔｔｏｎ），Ｗ．Ｆ．ら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，２００１年，２２：９５０−９５９頁；ガーナー（Ｇｅｒｎｅｒ）  Ｃ．ら、Ｍｏｌ．ａｎｄ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，２００２年，７：５２８−５３７頁）、分子サイジング（イサク（Ｉｓｓａｑ），Ｊ．Ｈ．ら  ２００３年，ホーフシュトラッサー（Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ）ら  ２０００年）、イオン交換（ロペス（Ｌｏｐｅｚ），Ｍ．Ｆ．，２０００年，１７）、カルシウム結合タンパク質のための固定化金属相互作用クロマトグラフィー（「ＩＭＡＣ」）（ロペス（Ｌｏｐｅｚ），Ｍ．Ｆ．ら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，２０００年，２１：３４２７−３４４０頁）、あるいはリンタンパク質（ハント（Ｈｕｎｔ），Ｄ．Ｆ．ら，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００２年，２０：３０１−３０５頁）、疎水性（ロペス（Ｌｏｐｅｚ），２０００年）、ヘパリン（ホーフシュトラッサー（Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ）ら  ２０００年）、またはレクチン（ホーフシュトラッサー（Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ）ら  ２０００年、ロペス（Ｌｏｐｅｚ），２０００年；レニエ（Ｒｅｇｎｉｅｒ），Ｆ．ら，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  Ｂ，２００１年，７５２：２９３−３０６頁）のアフィニティークロマトグラフィー、ならびに液体クロマトグラフィー（イサク（Ｉｓｓａｑ），Ｊ．Ｈ．ら  ２００２年、ホーフシュトラッサー（Ｈｏｃｈｓｔｒａｓｓｅｒ）ら  ２０００年）が挙げられる。
【００１２】
無傷のタンパク質分画、またはそれらのトリプシン消化物のために使用される二次元液体クロマトグラフィーでは、一般に、第２の次元に逆相（「ＲＰ」）が使用され、第１のクロマトグラフィーステップとしての、イオン交換（イエーツ（Ｙａｔｅｓ），Ｊ．Ｒ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１９９９年、１７：６７６−６８２頁、アンガー（Ｕｎｇｅｒ），Ｋ．Ｋ．ら，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，２００２年，７４：８０９−８２０頁）、クロマトフォーカシング（ウォール（Ｗａｌｌ），Ｄ．ら，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，２０００年，７２：１０９９−１１１１頁）、サイズ排除（オピテック（Ｏｐｉｔｅｃｋ），Ｇ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９８年，２５８：３４９−３６１頁）、アフィニティー（レニエ（Ｒｅｇｎｉｅｒ）２００１年）、または別のＲＰ（チッチ（Ｃｈｉｃｚ）  Ｒ．ら、Ｒａｐｉｄ  Ｃｏｍｍｕｎ．ｉｎ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ，２００３年，１７：９０９−９１６頁）と併用される。
【００１３】
残念ながら、管理（ｐＨ調整、脱塩、第２の次元における再注入）および分析を行うべき分画が多数存在し、特に２ＤＥなどの時間のかかる分析メソッズメソッド（ｍｅｔｈｏｄｓｍｅｔｈｏｄ）の場合には、最終的なボトルネックとなるために、プロテオーム分画における多次元クロマトグラフィーは、一般に二次元を超えることがない。さらに、関連する従来技術の欠点の１つは、特定の分離プロトコールへの種々の装置の適合が相対的にできないことである。たとえば、技術者が１つのサンプル中の２０種類の異なるタンパク質を同定しようと望む場合、たとえば、８種類の分離媒体しか含まないシステムでは不十分な場合がある。言い換えると、０．１のｐＨ単位で徐々に増加するｐＩ値を有する２０種類の異なるタンパク質を１つのサンプルが勧誘する場合、８種類の分離媒体しか有さない装置では、タンパク質を十分に分離することができない。結果として、各分離媒体によって捕捉されたタンパク質（たとえばｐＩ値に基づく）は、同じ種類の分離（たとえばｐＩ値に基づく）を使用する第２の分離プロトコールによって分離する必要が生じうる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１４】
したがって、前述したような従来の実施において遭遇する少なくとも１つの不備に対処する装置および方法および装置が必要とされている。より詳細には、タンパク質などの分子を迅速かつ正確に分離する方法が必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【００１５】
概要
本発明の実施形態は、特に、プレート内に配列された少なくとも３つのチャンバーを含む装置を扱う。この装置は、プレートの一方の側の上の第１の面と、プレートの反対側の第２の側の上の第２の面とを有する。各チャンバーは、あらゆる他のチャンバーとは独立に、一方の面に入口開口部を有し、他方の面に出口開口部を有する。複数のチャンバーは、取り外し可能な導管を介して連続的に直列に接続され、各導管は、１つのチャンバーの出口を別のチャンバーの入口に接続している。これらのチャンバーおよび導管の系列によって、第１のチャンバーの入口を、すべての中間チャンバーのそれぞれを介して、最終チャンバーの出口まで接続する流体経路が画定される。
【００１６】
この装置のさらに別の一実施形態においては、少なくとも一部の導管は、プレートを貫通して、第２の面の出口開口部を第１の面の入口開口部に接続することができる。さらに、さらに別の一実施形態においては、すべての導管が、第２の面の出口開口部を第１の面の入口開口部に接続することができる。
【００１７】
この装置のさらに別の一実施形態においては、系列中の複数のチャンバーを、直線系列（たとえば、横列または縦列）で配列することができる。各チャンバーは、両面で開放するチャネルに隣接することができる。少なくとも１つの出口および入口の間の流体流路は、チャネルを通過することができる。
【００１８】
この装置のさらに別の一実施形態においては、少なくとも一部の導管は、第１の面の出口開口部を第１の面の入口開口部に接続することができるか、または第２の面の出口開口部を第２の面の入口開口部に接続することができる。さらに、さらに別の一実施形態においては、少なくとも１つの導管は、第２の面の出口開口部を第２の面の入口開口部に接続することができる。少なくとも１つの導管は、第１の面の出口開口部を第１の面の入口開口部に接続することができる。
【００１９】
この装置のさらに別の一実施形態においては、導管が装置から取り外し可能である。
【００２０】
この装置のさらに別の一実施形態においては、系列中の少なくとも１つのチャンバーは分離媒体を含有することができる。さらに、さらに別の一実施形態においては、系列中のすべてのチャンバーが分離媒体を含有することができる。さらに、系列中の複数のチャンバーが異なる分離媒体を含有することができる。
【００２１】
この装置のさらに別の一実施形態においては、分離媒体の系列は、流体流路の方向に沿って：（ａ）高選択性媒体、中間の選択性の媒体、および低選択性媒体；あるいは（ｂ）低選択性媒体、中間の選択性の媒体、および高選択性媒体、を含むことができる。
【００２２】
この装置のさらに別の一実施形態においては、装置中の複数のチャンバーは８の倍数であってよい。
【００２３】
この装置のさらに別の一実施形態においては、装置中の複数のチャンバーは１２の倍数であってよい。
【００２４】
この装置のさらに別の一実施形態においては、チャンバーを、少なくとも１つのライナー系列で配列することができる。
【００２５】
この装置のさらに別の一実施形態においては、チャンバーを、複数の横列および縦列で配列することができる。さらに、さらに別の一実施形態においては、これらのチャンバーを８×１２の配列で配列することができる。
【００２６】
この装置のさらに別の一実施形態においては、この装置は、流体流路を画定する複数の系列のチャンバーおよび導管をさらに含むことができる。
【００２７】
この装置のさらに別の一実施形態においては、この装置は、装置のチャンバーに対応して、横列および縦列で配列された複数のウェルを含む収集プレートをさらに含むことができる。収集プレートの各ウェルは入口を有する。導管を外すと、収集プレートのウェルの入口は、装置のチャンバーと位置合わせされるように構成することができる。
【００２８】
この装置のさらに別の一実施形態においては、この装置は、流体流路に沿って流体サンプルを押圧する、または吸引するように構成されたポンプを含むことができる。
【００２９】
この装置のさらに別の一実施形態においては、この装置は、チャンバーに対応したウェルを含むドリップスルー（ｄｒｉｐ−ｔｈｒｏｕｇｈ）マイクロタイタープレートをさらに含むことができる。
【００３０】
本発明の別の一実施形態は、装置であって、特に：（ａ）特に、チャンバーの少なくとも１つの横列を含むプレートであって、各チャンバーが、特に、プレートの第１の面の上の入口と、プレートの反対側の第２の面の上の出口とを含む、プレートと；（ｂ）プレートの第１の面に密封係合する取り外し可能な第１の部材であって：（Ｉ）１組の奇数番目のウェルの入口に位置合わせされた複数の開口部と、（ＩＩ）１組の偶数番目のウェルに位置合わせされた複数の開放端導管とを含み、これらの導管が、偶数番目のウェルの入口から出口までを通る、第１の部材と；（ｃ）第１の部材に密封係合する取り外し可能な第２の部材であって：（Ｉ）第１のチャンバーの入口に位置合わせされることによって、第１のチャンバーへの入口を形成する開口部と；（ＩＩ）複数の導管とを含み、各導管が、第１の部材の開口部を第１の部材の導管に接続する、第２の部材と；（ｄ）プレートの第２の面に密封係合する取り外し可能なガスケットであって、チャンバーの出口に位置合わせされた複数の開口部を含む、ガスケットと；（ｅ）ガスケットに密封係合する取り外し可能な第３の部材であって、ガスケット内の開口部に位置合わせされた複数の溝を含み、これらを合わせたものが複数の導管を形成し、各導管が、奇数番目のウェルの出口を偶数番目のウェルの出口に接続する、第３の部材とを含む、装置を扱う。チャンバーと導管との組み合わせによって、奇数番目のウェルを入口から出口まで貫通し、さらに偶数番目のウェルを出口から入口まで貫通する流体流路が画定される。
【００３１】
この装置のさらに別の一実施形態においては、奇数番目のチャンバーのそれぞれが分離媒体を含有することができる。
【００３２】
本発明の別の一実施形態は、装置であって、特に：（ａ）特に、チャンバーの少なくとも１つの横列を含むプレートであって、各チャンバーが、特に、プレートの第１の面の上の第１の開口部と、プレートの反対側の第２の面の上の第２の開口部とを含み、これらの開口部が、各チャンバーの入口および出口を画定する、プレートと；（ｂ）プレートの第１の面に密封係合する取り外し可能な第１の部材であって：（Ｉ）第１の開口部に位置合わせされ、横列中の第１のチャンバーの入口として機能するように構成された入口ポートと、（ＩＩ）横列中の他の複数のチャンバーの第１の開口部の組を連続的に接続する複数の導管とを含む、第１の部材と；（ｃ）プレートの第２の面に密封係合する取り外し可能なガスケットであって、チャンバーの第２の開口部に位置合わせされた複数の開口部を含むガスケットと；（ｄ）ガスケットに密封係合する取り外し可能な第３の部材であって、横列中の他の複数のチャンバーの第２の開口部の組を連続的に接続する複数の導管を含む、第３の部材とを含む、装置を扱う。ウェルと導管との組み合わせによって、チャンバーの入口から横列中の最終チャンバーの出口まで通る流体流路が画定される。
【００３３】
この装置のさらに別の一実施形態においては、奇数番目のウェルのそれぞれが分離媒体を含有することができる。
【００３４】
本発明の別の一実施形態は、装置であって、特に：（ａ）プレートであって、特に、ウェルの第１および第２の横列の少なくとも１組を含み、各ウェルが、特に、プレートの第１の面の上の入口と、プレートの反対側の第２の面の上の出口とを含む、プレートと；（ｂ）プレートの第１の面に密封係合する取り外し可能な第１の部材であって、特に：（Ｉ）第１の横列中のウェルの入口に位置合わせされ、それによってチャンバーが画定される複数の開口部と、（ＩＩ）第２の横列中のウェルに位置合わせされた複数の開放端チャネルであって、ウェルの入口から出口まで通る導管を画定する、複数の開放端チャネルとを含む、第１の部材と；（ｃ）第１の部材に密封係合する取り外し可能な第２の部材であって、特に：（Ｉ）第１の横列中の第１のウェルの入口に位置合わせされた第１の部材中の開口部に位置合わせされ、それによって第１のチャンバーに入口を形成する開口部と；（ＩＩ）第１の部材の開口部に位置合わせされた複数の溝であって、これらを合わせたものが複数の導管を形成し、各導管が、第１の横列中のウェルのｎ番目の入口を、第２の横列中のウェルのｎ番目の入口に接続する、複数の溝とを含む、第２の部材と；（ｄ）プレートの第２の面に密封係合する取り外し可能なガスケットであって、特に、ウェルの出口に位置合わせされた複数の開口部を含む、ガスケットと；（ｅ）ガスケットに密封係合する取り外し可能な第３の部材であって、特に：（Ｉ）ガスケット内の開口部に位置合わせされた複数の溝であって、これらを合わせたものが複数の導管を形成し、各導管が、第１の横列中のウェルのｎ番目の出口を、第２の横列中のウェルのｎ＋１番目の出口に接続する、複数の溝と；（ＩＩ）最終チャンバーの出口に位置合わせされた開口部とを含む、第３の部材とを含む、装置を扱う。ウェルと導管との組み合わせによって、第１の横列中のウェルの入口から出口まで通る流体流路が画定される。
【００３５】
この装置のさらに別の一実施形態においては、第２の取り外し可能な部材は、特に、第１の副部品と第２の副部品とを含むことができ：（１）第１の副部品は、特に、第１の部材中の開口部に位置合わせされた開口部を含み、（２）第２の副部品は、特に、第１の部材中の開口部に位置合わせされた開口部と、第１の副部品を第２の副部品に押し付けた場合に溝を形成する複数の開口部とを含む。さらに、第３の取り外し可能な部材は、特に、第３の副部品と第４の副部品とを含むことができ：（１）第３の副部品は、特に、最終チャンバーの出口に位置合わせされた開口部を含み、（２）第４の副部品は、特に、最終チャンバーの出口に位置合わせされた開口部と、第３の副部品を第４の副部品に押し付けた場合に溝を形成する複数の開口部とを含む。
【００３６】
この装置のさらに別の一実施形態においては、奇数番目のウェルは分離媒体を含有することができる。
【００３７】
本発明の別の一実施形態は、可能なステップの中でも特に：（ａ）特に、プレート内に配列された少なくとも３つのチャンバーを提供するステップであって、（ｉ）この装置は、プレートの一方の側の上の第１の面と、プレートの反対側の第２の側の上の第２の面とを有し、（ｉｉ）各チャンバーは、あらゆる他のチャンバーとは独立に、一方の面に入口開口部、および他方の面に出口開口部を有し；（ｉｉｉ）複数のチャンバーは、取り外し可能な導管を介して連続的に直列に接続され、各導管は１つのチャンバーの出口を別のチャンバーの入口に接続し；（ｉｖ）チャンバーおよび導管の系列によって、第１のチャンバーの入口から、すべての中間チャンバーのそれぞれを通って、最終チャンバーの出口までを接続する流体流路が画定され；（ｖ）系列中の各チャンバーは異なる分離媒体を含有する、ステップと；（ｂ）特に複数の検体を含むサンプルを、流体流路に沿って、第１のチャンバーの入口から、最終チャンバーの出口に通すことによって、分離媒体が、その媒体に対して親和性を有する検体を捕捉するステップと；（ｃ）出口と入口を接続する導管を装置から取り外すステップと；（ｄ）捕捉された検体を独立にチャンバーから溶出させるステップと；（ｅ）溶出した検体を収集するステップとを含む、方法を扱う。
【００３８】
この方法のさらに別の一実施形態においては、この方法は、少なくとも１つのチャンバーから溶出した検体を検出するステップをさらに含むことができる。さらに、この方法のさらに別の一実施形態においては、検体を検出するステップは、質量分析またはゲル電気泳動によって実施することができる。
【００３９】
この方法のさらに別の一実施形態においては、溶出ステップは、少なくとも１つのチャンバーから複数の分画を溶出させるステップを含むことができる。
【００４０】
この方法のさらに別の一実施形態においては、サンプルは、血液、尿、脳脊髄液、およびそれらの派生物からなる群より選択することができる。
【００４１】
この方法のさらに別の一実施形態においては、この方法は、（ｂ）（１）分離媒体によって捕捉された少なくとも１つの検体を２つ以上のミニサンプルに分離するステップをさらに含むことができる。
【００４２】
この方法のさらに別の一実施形態においては、この方法は、（ｂ）（１）質量分析、等電点電気泳動、疎水性、および／または親水性の１つ以上のプロトコールを使用することで、分離媒体によって捕捉された少なくとも１つの検体を、２つ以上のミニサンプルに分離するステップをさらに含むことができる。
【００４３】
本発明の別の一実施形態はキットを扱う。このキットは、特に：（ａ）特に、プレート内に配列された少なくとも３つのチャンバーを含む装置であって、（ｉ）この装置は、プレートの一方の側の上の第１の面と、プレートの反対側の第２の側の上の第２の面とを有し、（ｉｉ）各チャンバーは、あらゆる他のチャンバーとは独立に、一方の面に入口開口部、および他方の面に出口開口部を有し；（ｉｉｉ）複数のチャンバーは、取り外し可能な導管を介して連続的に直列に接続され、各導管は１つのチャンバーの出口を別のチャンバーの入口に接続し；（ｉｖ）チャンバーおよび導管の系列によって、第１のチャンバーの入口から、すべての中間チャンバーのそれぞれを通って、最終チャンバーの出口までを接続する流体流路が画定される、装置と；（ｂ）分離媒体を含有する少なくとも１つの容器とを含む。
【００４４】
本発明の別の一実施形態は、検体の多次元分離方法であって：（ａ）サンプル中の検体を複数の第１のアリコートに分離するステップであって：（ｉ）連続的に配列され最初から最終まで流体連通している複数の異なる第１の収着剤の第１の系列を提供することと；（ｉｉ）サンプルを、第１の系列の最初から最終まで流すことによって、サンプルを異なる収着剤に連続的に接触させ、第１の収着剤は、第１の物理的化学的性質に基づいて検体を捕捉し、第１の収着剤の順序は、第１の物理的化学的性質に関する選択性が低下する順序で最初から最終まで配列され、それによって収着剤がサンプル中の検体に結合し、それによってそれぞれの収着剤が、異なる組の検体を捕捉することと；（ｉｉｉ）検体を複数の収着剤から複数の第１のアリコートに溶出させることとによるステップと；（ｂ）複数の第１のアリコートのそれぞれの中の検体を複数の第２のアリコートに分離するステップであって、独立に：（ｉ）連続的に配列され最初から最終まで流体連通している複数の異なる第２の収着剤の第２の系列を提供することと；（ｉｉ）第１のアリコートを、第２の系列の最初から最終まで流すことによって、サンプルを異なる収着剤に連続的に接触させ、第２の収着剤は、第２の異なる物理的化学的性質に基づいて検体を捕捉し、第２の収着剤の順序は、第２の物理的化学的性質に関する選択性が低下する順序で最初から最終まで配列され、それによって収着剤がサンプル中の検体に結合し、それによってそれぞれの収着剤が、異なる組の検体を捕捉することと；（ｉｉｉ）検体をそれぞれの収着剤から複数の第２のアリコートに溶出させることとによるステップと；（ｃ）複数の第２のアリコート中の検体を質量分析によって分離するステップとを含む、方法を扱う。
【００４５】
この方法のさらに別の一実施形態においては、収着剤の第１の系列は、等電点に基づいて検体に結合することができ、最高等電点から最低等電点まで、または最低等電点から最高等電点までの順序で検体を捕捉することができる。
【００４６】
この方法のさらに別の一実施形態においては、第１の収着剤のそれぞれは、固体バッファーおよびイオン交換材料を含むことができる。さらに、収着剤の第２の系列は、疎水性インデックスに基づいて検体に結合することができ、最高の疎水性から最低の疎水性までの順序で検体を捕捉することができる。さらに、第２の収着剤のそれぞれは、炭化水素鎖およびアミンリガンドを含むことができる。さらに、この系列中の各収着剤の炭化水素鎖は、前の収着剤の炭化水素鎖よりも多くの炭素を含むことができる。
【００４７】
この方法のさらに別の一実施形態においては、収着剤の第１の系列は、疎水性インデックスに基づいて検体に結合することができ、最高の疎水性から最低の疎水性までの順序で検体を捕捉することができる。第１の収着剤のそれぞれは、炭化水素鎖およびアミンリガンドを含むことができる。この系列中の各収着剤の炭化水素鎖は、前の収着剤の炭化水素鎖よりも多くの炭素を含むことができる。収着剤の第２の系列は、等電点に基づいて検体に結合することができ、最高等電点から最低等電点まで、または最低等電点から最高等電点までの順序にすることができる。第２の収着剤のそれぞれは、固体バッファーおよびイオン交換材料を含むことができる。
【００４８】
この方法のさらに別の一実施形態においては、質量分析がレーザー脱離／イオン化質量分析であってよい。
【００４９】
この方法のさらに別の一実施形態においては、質量分析がエレクトロスプレー質量分析であってよい。
【００５０】
本発明の別の一実施形態は装置を扱う。この装置は、特に、プレート内に配列された交差する複数の横列および縦列を含む。各横列は、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは横列中の他のチャンバーに流体接続されるように構成されている。各縦列は、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは横列内の他のチャンバーに流体接続されるように構成されている。１つの横列中の少なくとも一部のチャンバーは、特定の範囲内のｐＩ値を有する分子を捕捉するように構成されたクロマトグラフィー分離媒体を含み、チャンバーのクロマトグラフィー分離媒体は、その横列のチャンバー内で、最低から最高または最高から最低となるよう連続して配列される。少なくとも１つの縦列中の少なくとも一部のチャンバーは、特定の範囲内の疎水性値を有する分子を捕捉するように構成された疎水性分離媒体を含み、チャンバーの疎水性分離媒体は、縦列中のチャンバー内で最低から最高または最高から最低となるように連続して配列される。
【００５１】
本発明の別の一実施形態は、検体の多次元分離方法を扱う。この方法は、可能なステップの中でも特に：（ａ）プレート内に配列された交差する複数の横列および縦列を含む装置を提供するステップであって、各横列が、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは横列中の他のチャンバーに流体接続されるように構成されており、各縦列が、複数のサンプルチャンバーを含み、それらは横列内の他のチャンバーに流体接続されるように構成されており、１つの横列中の少なくとも一部のチャンバーは、特定の範囲内のｐＩ値を有する分子を捕捉するように構成されたクロマトグラフィー分離媒体を含み、チャンバーのクロマトグラフィー分離媒体は、その横列のチャンバー内で、最低から最高または最高から最低となるよう連続して配列されており、少なくとも１つの縦列中の少なくとも一部のチャンバーは、特定の範囲内の疎水性値を有する分子を捕捉するように構成された疎水性分離媒体を含み、チャンバーの疎水性分離媒体は、縦列中のチャンバー内で最低から最高または最高から最低となるように連続して配列されているステップと；（ｂ）クロマトグラフィー分離媒体を含有するチャンバーを含む横列中の第１のチャンバーにサンプルを供給するステップと；（ｃ）横列中のクロマトグラフィー分離媒体の系列にサンプルを通過させることによって、サンプルを複数のサブサンプルに分離し、それぞれを横列の各チャンバーに供給するステップと；（ｄ）縦列中の疎水性分離媒体の系列にサンプルを通過させることによって、横列の少なくとも１つのチャンバー中のサブサンプルを複数のミニサンプルに分離し、それぞれ交差する縦列の各チャンバーに供給するステップとを含む。
【００５２】
本発明のこれらおよびその他の特徴、態様、および利点は、以下の説明、添付の特許請求の範囲、図面において示される付随する代表的な実施形態によってより明らかになるであろう。
【発明を実施するための最良の形態】
【００５３】
詳細な説明
本発明の現在好ましい実施形態を図面で説明する。複数の図面で同じ参照番号を使用して同じまたは類似の部分を示している。
【００５４】
本発明は、プレート内に配列されたチャンバーの系列を含み、取り外し可能な導管によって接続された入口および出口を有する流体工学装置を提供する。本発明のプレートは、好ましくは、ドリッププレートなどのマイクロタイタープレート、またはフィルタープレートである。しかし、別の実施形態においては、プレートは、孔などのチャネルを含む部品を含むことができ、この孔はこの部品のいずれかの側で開いており、導管が孔の開口部に取り付けられるとチャンバーを画定する。好ましくは、複数のチャンバーが実質的に１つの面内に配列される。
【００５５】
チャンバーと導管との組み合わせによって流体流路が画定され、これによってチャンバー間で流体を圧送することができる。好ましくは、系列中の各チャンバーは、複合サンプル中の異なるサブセットの検体を捕捉することができる異なる分散媒体を含む。この装置に独特の有用性は、導管が取り外し可能であるために、任意のチャンバー中の分離媒体によって捕捉された検体が、たとえば、チャンバーから検体を溶出させることによって単離できることにある。単離した後、利用可能なあらゆる方法によって検体の検出または分析を行うことができる。
【００５６】
本発明の現在好ましい実施形態を図面で説明する。複数の図面で同じまたは類似の参照番号を使用して同じまたは類似の部分を示している。
【００５７】
以下に詳細に説明する本発明の各実施形態は、たとえば、典型的な９６チャンバー（８つの横列×１２の縦列）フォーマットで配列された標準的なマイクロタイター濾過プレートを使用することができる。他のフォーマットを使用することもでき、たとえば、あらゆる８の倍数のチャンバー、あらゆる１２の倍数のチャンバー、あらゆる９６の倍数のチャンバーを有するプレート（たとえば、３８６チャンバープレート）などを使用することもできる。濾過プレートの各チャンバーは、特定の種類の分離媒体を含有することができ、たとえば、クロマトグラフィー樹脂（たとえば、充填床または流動床）を含有することができる。
【００５８】
第１の実施形態（図１〜４に関して以下に説明する）において、流体は強制的に、系列（たとえば、縦列または横列）内の１つのチャンバーを下向きに通され、系列の次のチャンバーを上向きに通され、系列の次のチャンバーを下向きに通され、系列の次のチャンバーを上向きに通される、などを交互に繰り返す。より具体的には、系列（たとえば、縦列または横列）内の第１のチャンバーの底部開口部は、その系列中の第２のチャンバーの底部開口部に接続することができる。この第２のチャンバーの上部開口部は、その横列（または縦列）中の第３のチャンバーの上部開口部に接続することができる。底部と底部および上部と上部の接続の連続によって、第１のチャンバーを上部から底部へと移動し、次に第２のチャンバーを底部から上部へと移動し、次に第３のチャンバーを上部から底部へと移動するなどの流路が形成される。
【００５９】
第２の実施形態（図５〜７に関して後に説明する）においては、流体は強制的に、各チャンバーを下向きに通される。より具体的には、縦列（または横列）中の第１のチャンバーの底部開口部は、その縦列（または横列）中の第２のチャンバーの上部開口部に接続することができる。その第２のチャンバーの底部開口部は、その横列（または縦列）中の第３のチャンバーの上部開口部に接続することができる。底部と上部の接続が連続することによって、第１のチャンバーを上部から底部へと移動し、第２のチャンバーを上部から底部へと移動し、第３のチャンバーを上部から底部へと移動するなどの流路が形成される。
【００６０】
別の実施形態においては、これらの配列を組み合わせることができ、たとえば、底部と底部／上部と上部の接続および底部と上部の接続の両方を含むことができる。
【００６１】
上記実施形態のいずれにおいても、一連の並行分離プロトコールは、縦列（または横列）のそれぞれに沿って同時に行うことができる。言い換えると、異なるサンプルを、特定の縦列（または横列）中の第１のチャンバーに供給することができる。次に各サンプルをそのそれぞれの横列中の各チャンバー（およびその中の種々の分離）に通すことができる。特定のサンプルが通過するそれぞれの分離媒体は、サンプルの一部を捕捉する役割を果たし、そのため、特定の横列中の最終チャンバーに到達したときには、サンプルが通過した各チャンバー中にサンプルのさまざまな部分が保持される。さらに、サンプルの分離が完了すると、サンプルの一部（または「サブサンプル」）のそれぞれを、収集プレートに移すことができ、希望するならさらなる分析（たとえば、質量分析、ゲル電気泳動など）または分離を行うことができる。
【００６２】
より具体的には、各サンプルは、特定の縦列（または横列）中の第１のチャンバーを介して装置に導入することができる。次に、サンプルは、たとえば、蠕動ポンプ（種々の好適な流速で）を介して装置中を通過するよう圧送することができ、その縦列（または横列）中の各チャンバー中のすべての分離媒体をサンプルが通過するまで圧送を続けることができる。サンプルがすべての分離媒体を通過した後、すべての接続チューブおよび／または導管を取り外すことができる。その結果、この装置は、バッチまたは連続流方式で操作される通常のサンプルが充填されたフィルタープレートとして機能させることができる。しかし、希望するなら、各分離媒体は、あらゆる他の分離媒体とは独立に処理することもできる。さらに、たとえば、真空または遠心分離によってマイクロタイタープレートの各チャンバーからサンプルを取り出すことができる。
【００６３】
これより第１の実施形態を図１〜４に関して説明する。図１に示されるように、マイクロタイタープレート１００は、横列および縦列のマトリックスで配列された複数のチャンバー１０２を含む。各チャンバー１０２は、マイクロタイタープレート１００の上面および下面１１０、１１２によって画定される面内に実質的に存在する。図示されているように、マイクロタイタープレート１００は、たとえば、８×１２マトリックス中に配列された９６のチャンバーを含むことができる。しかし、チャンバー１０２の数も横列／縦列の数も、本発明においては重要ではない。むしろ、あらゆる好適な数のチャンバー１０２を使用することができる。さらに技術者は、含まれるチャンバー数、および個別の分離プロトコールに必要な対応するチャンバー数に基づいてマイクロタイタープレートを選択することができる。
【００６４】
図２Ｂは、マイクロタイタープレート１００の断面を示している。図２Ｂに示されるように、マイクロタイタープレート１００の各チャンバー１０２は、２つの開口部１０４を有し、その一方は入口１０６として機能し、他方は出口１０８として機能する。しかし、特定のチャンバー１０２の開口部１０４が入口１０６または出口１０８のいずれとして機能するかは、後に詳細に説明するようにチャンバー１０２を通過する流れの方向に依存する。すなわち、チャンバー内の特定の開口部が入口または出口のいずれとなるかは、開口部が開いている面とは無関係である。
【００６５】
マイクロタイタープレート１００の上部および下部には、それぞれ第１および第２の導管プレート１２０、１４０が配置される。第１の導管プレート１２０（図２Ａに示される）は、入口ポート１２２および出口ポート１２６を含む。入口および出口ポート１２２、１２６の間には、導管１２４の系列が存在する。図示されているように、たとえば、第１のプレート１２０は、マイクロタイタープレート１００中のチャンバー１０２の特定の組（たとえば横列）に対応する３つの導管１２４Ａ、１２４Ｂ、１２４Ｃを有することができる。
【００６６】
第１のプレート１２０と同様に、第２のプレート１４０も複数の導管１４４を含む。図示されているように、第２のプレート１４０は、たとえば、マイクロタイタープレート１００中のチャンバー１０２の特定の組（たとえば横列）に対応する４つの導管１４４Ａ、１４４Ｂ、１４４Ｃ、１４４Ｄを含むことができる。さらに、図示される実施形態の第２のプレート１４０は入口および／または出口ポートを含まないが、本発明の別の実施形態（たとえば、分離が奇数のチャンバーを含む場合）は、第２のプレート１４０中に出口（または入口）を含むことができる。
【００６７】
この実施形態のある変形は、下部プレート１４０とマイクロタイタープレート１００との間に配置されるように構成されたガスケット１６０を含むこともできる。ガスケット１６０は、下部プレート１４０をマイクロタイタープレート１００に封止する機能を果たすことができる。
【００６８】
第１および第２のプレート１２０、１４０が、それぞれマイクロタイタープレート１００の上面および下面１１０、１１２に接続（そして場合によりガスケット１６０によって封止）されると、流体流路（図３中に矢印で示されている）が形成される。この流体流路は、たとえば、ある横列中の第１のチャンバー１０２Ａとその横列中の最終チャンバー１０２Ｈとの間に延在する。より具体的には、サンプルは、第１のプレート１２０中の入口ポート１２２を通過し、第１のチャンバー１０２Ａの入口１０６Ａを通過することができる。このサンプルのサブサンプルの１つは、たとえば、チャンバー内に提供された分離媒体（図示せず）によって、第１のチャンバー１０２Ａ内に保持することができる。サンプルの残りは、第１のチャンバー１０２Ａの出口１０８Ａを通過し、第２のプレート１４０中の第１の導管１４４Ａを通過し、第２のチャンバー１０２Ｂの入口１０６Ｂを通過する。続いて、別のサブサンプルを、第２のチャンバー１０２Ｂ内に供給された異なる分離媒体（図示せず）によって、第２のチャンバー１０２Ｂ内に保持することができる。同様に、元のサンプルの残り（第１および第２のチャンバー１０２Ａ、１０２Ｂ内の分散媒体を通過した後）は、第２のチャンバー１０２Ｂの出口１０８Ｂを通過し、第１のプレート１２０中の導管１２４Ａを通過し、第３のチャンバー１０２Ｃの入口１０６Ｃを通過し、そこで別のサブサンプルを保持することができる。
【００６９】
この反復するプロセスは、サンプルの残りが、最終チャンバー１０２Ｈ内の分離媒体（図示せず）を通過するまで続く。この時点で、実施形態に依存するが、第１のプレート１２０の出口ポート１２６によって、残ったサンプルを最終チャンバー１０２Ｈから取り出すことができる。しかし、別の実施形態においては：（ａ）最終チャンバー１０２Ｈの出口１０８Ｈを異なる横列（または縦列）中のチャンバー１０２の入口１０６に接続する、第１のプレート１２０中の別の導管１２４（図示せず）を提供すること；または（ｂ）第１のプレート１２０中の出口ポート１２６を異なる横列（または縦列）中のチャンバー１０２の入口１０６に接続することのいずれかによって、異なる横列（または縦列）中で分離を続けることができる。
【００７０】
サンプルが通過するチャンバー１０２の数とは無関係に、サンプルの移動を補助するための多数の手段が存在する。たとえば、ポンプ（たとえば蠕動ポンプ）を第１のプレート１２０の入口ポート１２２に接続することができ、このポンプがサンプルを押し出すことで、チャンバー１０２を通過させることができる。あるいは（またはこれに加えて）、ポンプ（たとえば蠕動ポンプ）を第１のプレート１２０の出口ポート１２６に接続することができ、このポンプがサンプルを吸引することで、チャンバー１０２を通過させることができる。
【００７１】
この実施形態の他の関連する装置は、複合（または「二次元」）分離プロトコールを考慮している。たとえば、１つのサンプルを特定の横列中で８つのサブサンプル（たとえば、チャンバー１０２Ａ〜１０２Ｈ）に分離するために、第１および第２のプレート１２０、１４０を使用する場合、これらのサブサンプルのそれぞれは、そのそれぞれの縦列に沿って複数（たとえば１２）のミニサンプルにさらに分離することができる。
【００７２】
このような一実施形態において、第１および第２のプレート１２０、１４０は、プレートの特定の縦列中のチャンバーを接続する導管を含む別のプレート（図示せず）と交換することができる。結果として、第１の分離プロトコール（第１および第２のプレート１２０、１４０を使用）が特定の横列に沿っており、第１の分離プロトコールに基づく場合、種々の縦列中の残りのチャンバーのそれぞれを使用して、第２の分離プロトコールに基づいたさらなる分離を行うことができる。言い換えると、各サブサンプルは、それらのそれぞれの縦列のチャンバー内の分離媒体を通過させることができる。その結果、たとえば、８×１２マトリックスのチャンバーを使用する場合、第１の分離プロトコール後に、８つのサブサンプルを得ることができる。そして、第２の分離プロトコール後には、９６の個別のミニサンプルを得ることができる。
【００７３】
以上の複合分離に加えて、たとえば、特定の縦列中のチャンバー内の各ミニサンプルは、別のマイクロタイタープレート（図示せず）の類似の大きさの縦列に移すことができ（後に詳述する手段によって）、そこで、それらの横列に沿って第３の分離プロトコールによってさらに分離することができる。あるいは、またはこれに加えて、個別のミニサンプルのそれぞれは、従来のあらゆる他の分析または分離のプロトコール（たとえば、クロマトグラフィー、等電点電気泳動、疎水性、親水性、サイズ排除、質量分析、ゲル電気泳動、イオン交換、種々の他の分離プロトコール（その一部は本発明の実施形態として後述する）など）を使用してさらなる分析および／または分離を行うことができ、それによって元のサンプルの分離にさらに別の次元を付け加えることができる。さらに、たとえば、追加のクロマトグラフィー分離プロトコールが使用される場合は、あらゆる従来のクロマトグラフィー技術（たとえば、イオン交換、疎水性固相、アフィニティー収着剤、金属キレート化樹脂、ゲル濾過材料、ハイドロキシアパタイト結晶など）を使用することができる。
【００７４】
たとえば、横列、縦列、またはマトリックスのミニサンプルのそれぞれを、より長期間用の保管装置に移動させるために、図４に示される種類の収集プレート２００を使用することができる。この実施形態において、第２のプレート１４０（ガスケット１６０を有する場合も有さない場合もある）は、マイクロタイタープレート１００から取り外すことができ、マイクロタイタープレート１００の下側にある開口部１０４を収集プレート２００中のウェル２０２の位置に合わせすることができる。サブサンプル（または複合分離後のミニサンプル）は、たとえば重力、真空などのあらゆる従来手段によって、収集プレート２００中のウェル２０２内に入れることができる。
【００７５】
同様に、関連する他の実施形態においては、上部１２０を取り外すことで、チャンバー上部開口部１０４を介して、チャンバー１０２内に収容されたサブサンプル／ミニサンプル（たとえば検体）に１種類以上の溶媒を加えることができる。さらに、溶媒を使用することで、チャンバー１０２チャンバーの下部開口部１０４を介したサブサンプル／ミニサンプルの排出を促進することができる（すなわち、サブサンプル／ミニサンプルをチャンバー１０２から、たとえば収集プレート２００内に滴下することができる）。
【００７６】
これより本発明の別の一実施形態を、図５〜７に関して論じる。この実施形態において、分離可能な導管５０２が、たとえば、標準的な８×１２マイクロタイタープレート５００中の種々のチャンバー５１０の出口と入口を接続している。図５に示されるように、この実施形態の利点の１つは、技術者が希望する数のチャンバー５１０に容易に接続できることである。より具体的には、図示されるように、技術者は、入口ポート５１２を第１のチャンバー５１０Ａの入口５０６に接続することができる。続いて、次に導管５０２を、たとえば、系列中の全部で１６のチャンバー５１０−Ａ〜５１０−Ｐに接続することができる。最後に、その系列中の最終チャンバー５１０−Ｐの出口５０８を、出口ポート５１４に接続することができる。分離が行われる直線系列中のチャンバー５１０−Ａ〜５１０−Ｐに隣接して、アクセスチャネル５２０−Ａ〜５２０−Ｐが設けられ、これらのアクセスチャネルは、ある実施形態においては、分離プロトコールの実施に使用されない別のチャンバーであってもよい。
【００７７】
図６に示されるように、アクセスチャネル５２０−Ａ〜５２０−Ｐによって、導管５０２がマイクロタイタープレート５００を貫通することができ、それによって、プレート５００の一方の側（下側）の上の第１のチャンバー（たとえば５１０Ａ）の出口５０８を、プレート５００の第２の側（上側）の上の第２のチャンバー（たとえば５１０Ｂ）の入口５０６に接続することができる。これは可撓性の構造であるため、技術者は希望する数のチャンバー５１０を容易に接続することができる。さらに、チャンバー５１０が接続されると、サンプルはほぼ矩形波型で上部から底部までチャンバーを通過することができる。
【００７８】
サンプルが通過するチャンバー５１０の数とは無関係に、サンプルの移動を補助するための多数の手段が存在する。たとえば、ポンプ（たとえば蠕動ポンプ）を第１のチャンバー５１０Ａの入口ポート５１２に接続することができ、このポンプがサンプルを押し出すことで、チャンバー５１０−Ａ〜５１０−Ｐを通過させることができる。あるいは（またはこれに加えて）、ポンプ（たとえば蠕動ポンプ）を最終チャンバー５１０−Ｐの出口ポート５１４に接続することができ、このポンプがサンプルを吸引することで、チャンバー５１０−Ａ〜５１０−Ｐを通過させることができる。
【００７９】
サブサンプル（または複合分離のミニサンプル）のそれぞれは、別のマイクロタイタープレート中のチャンバーに移すことができ、そこで、より長期間保管したり、さらなる分析（たとえば、質量分析、ゲル電気泳動などを使用して）を行ったり、および／または分離（たとえば疎水性を使用して）を行ったりすることができる。サブサンプル（またはミニサンプル）のそれぞれを、より長期間用の保管装置に移動させるために、図７に示される種類の収集プレート２００を使用することができる。この実施形態において、導管５０２を出口５０８から取り外すことができ、出口５０８を、収集プレート２００中のウェル２０２の位置に合わせることができる。たとえば重力、真空などのあらゆる従来手段によって、サブサンプル（または複合分離後のミニサンプル）を収集プレート２００のウェル２０２内に入れることができる。
【００８０】
同様に、関連する別の実施形態においては、導管５０２を取り外すことで、チャンバー入口５０６を介して、チャンバー５１０内に収容されたサブサンプル／ミニサンプル（たとえば検体）に１種類以上の溶媒を加えることができる。さらに、溶媒を使用することで、チャンバー出口５０８を介したサブサンプル／ミニサンプルの排出を促進することができる（すなわち、サブサンプル／ミニサンプルをチャンバー５１０から、たとえば収集プレート２００内に滴下することができる）。
【００８１】
図１〜４の前述の実施形態と同様に、技術者が、マイクロタイタープレート５００を使用して第１の分離プロトコールによって、サンプルを複数のサブサンプルに分離した後、技術者は第２の分離プロトコールを実施することができる。第２の分離プロトコールによって、１つ以上のサブサンプルを複数のミニサンプルにさらに分離することができる。
【００８２】
図８Ａは、別の実施形態断面図であり、この場合、図１〜４の実施形態の上部プレート１２０が２つの分離した部品１２０Ａ、１２０Ｂに分割され、それによって、図５〜７に示される実施形態と類似の上部から底部までの機能を有する装置が形成される。より具体的には、下部部品１２０Ｂの長いキャピラリー部分１２８は、チャンバー１０２全体を通過するように構成されており、すなわち、それぞれの長い部分１２８によって、サンプルが、長い部分１２８が提供されたチャンバー１０２を実質的に回避するようにすることができる。言い換えると、長いキャピラリー部分１２８によって、サンプルは、第１のチャンバーの出口１０８から、下部プレート１４０中の導管１４４を通過して、長い部分１２８が配置された第２のチャンバー１０２を直接通過することができる。結果として、サンプルは、（上部プレート１２０Ａ中の導管１２４を通って）第３のチャンバー１０２の入口１０６に直接移動することができる。したがって、この実施形態は、図５〜７に示されたものと類似の上部から底部型の装置である。
【００８３】
図８Ａに示される実施形態のさらなる変形においては、（図示しているように）１つ以上のガスケット１６０を提供することで、種々のプレート１２０Ａ、１２０Ｂ、１００、１４０の間の封止を向上させることができる。
【００８４】
図８Ｂは、別の一実施形態のプレート５００’を示している。図８Ａに示される実施形態と同様に、この実施形態において、図５〜７に示される実施形態の導管５０２が、一連のプレート５５０、５６０、５８０で置き換えられており、理解しやすいように分離した状態で示している。使用する場合、プレート５００、５５０、５６０、５８０を互いに挟むことで、図８Ａに示される実施形態と同様に、ほぼ矩形波の形状の上部から底部への流体流路が形成される。
【００８５】
この別の実施形態においては、上部プレート５５０は、入口ポート５５２、複数の導管５５４、および出口ポート５５６を有する。入口ポート５５２は、チャネルプレート５６０の入口チャネル５６６の入口５６２に位置合わせされ、さらに入口５６２は、第１のチャンバー５１０Ａの入口５０６Ａと位置合わせされて直線系列になるように構成されている。同様に、出口ポート５５６は、チャネルプレート５６０の出口チャネル５６４の出口５０８’に位置合わせされ、さらに出口５０８’は（後述の導管５８４Ｆを介して）最終チャンバー５１０Ｆの出口５０８Ｆと位置合わせされて直線系列となるように構成されている。上部プレート５５０中の導管５５４は、チャネルプレート５６０内の出口チャネル５６４の出口５０８’を、入口チャネル５６６の入口５０６’に接続するように構成されている。複数の導管５８４を有する下部プレート５８０は、マイクロタイタープレート５００’の他方の側の上に配置される。その結果、サンプルは：（ａ）たとえば第１のチャンバー５１０Ａの出口５０８Ａから、（ｂ）下部プレート５８０内の導管５８４Ａを通って、チャネルプレート５６０内の出口チャネル５６４Ａを通り、（ｃ）出口チャネル５６４Ａを通り、（ｄ）上部プレート５５０内の導管５５４Ａを通り、（ｅ）第２のチャンバー５１０Ｂの入口５０６Ｂに入ることができる。結果として、サンプルは、上部から底部への（ほぼ矩形波の形状）の経路で各チャンバー５１０を通過する。
【００８６】
図８Ａに示される実施形態の長いキャピラリー部分１２８とは対照的に、この実施形態において、チャネルプレート５６０のチャンバー部分５６８は、チャンバーを実質的にふさぐ大きさであり、マイクロタイタープレート５００’内のチャネルとして機能する。結果として、チャネルプレート５６０内の出口チャネル５６４のそれぞれは、図８Ａに示される実施形態の長いキャピラリー部分１２８の直径とは異なる直径を有することができる。さらに、チャンバー部分５６８によって、この系は全体的により良好な封止状態を実現することができる。
【００８７】
この実施形態のマイクロタイタープレート５００’もガスケット５７０（図示している）を使用できることが容易に理解できるであろう。さらに、上部プレートおよび底部プレート５５０、５８０は、内部の導管５５４、５８４の洗浄を容易にするために、複数の部品から形成することができる。
【００８８】
前述の実施形態と同様に、技術者が、図８Ａまたは８Ａに示される実施形態のマイクロタイタープレートを使用して第１の分離プロトコールによって、サンプルを複数のサブサンプルに分離した後、技術者は第２の分離プロトコールを実施することができる。第２の分離プロトコールによって、１つ以上のサブサンプルを複数のミニサンプルにさらに分離することができる。
【００８９】
図９Ａ〜９Ｉは本発明の別の一実施形態を示している。この実施形態において、複数のチャンバー１１０２を有するプレート１１００（図９Ｄ）を、上部カバープレート６１０（図９Ａ）、上部導管プレート６００（図９Ｂ）、下部導管プレート７００（図９Ｆ）、および下部カバープレート７１０（図９Ｇ）と組み合わせることによって、２つの隣接する横列中に配置された複数のチャンバー１１０２Ａ〜１１０２Ｉを通過する流路を形成することができる。さらに、チャネルプレート７３０（図９Ｃ）を、プレート１１００と上部導管プレート６００との間に設けることができる。同様に、ガスケット７４０（図９Ｅ）を、プレート１１００と下部導管プレート７００との間に設けることができる。
【００９０】
この実施形態において、上部カバープレート６１０内の入口ポート６１２は、上部導管プレート６００内の入口ポート６０２およびチャネルプレート７３０内の入口ポート７３２と位置合わせすることができる。入口ポート６０２、６１２、７３２を合わせたものは、第１の横列Ｒ１中の第１のチャンバー１１０２Ａの入口を形成することができる。（入口ポート６０２、６１２、７３２を介して）第１のチャンバー１１０２Ａに供給されたサンプルは、第１のチャンバー１１０２Ａを上部から底部へと通過して、下部導管プレート７００内の第１の斜め導管７０８Ａ内に到達することができる。第１の斜め導管７０８Ａから、サンプル（またはその一部）は、第１の横列Ｒ１の後方にある第２の横列Ｒ２中にある第２のチャンバー１１０２Ｂ（その中に分離媒体を有する場合も有さない場合もある）中のチャネル７３４Ａ内に流れることができる。第２のチャンバー１１０２Ｂ中のチャネル７３４Ａを底部から上部へと通過した後、サンプル（またはその一部）は、（上部導管プレート６００中の）第１の横導管６０６Ａを通って、第１のチャンバー１１０２Ａと同様に第１の横列Ｒ１中にある第３のチャンバー１１０２Ｃに流れることができる。次に、サンプルは、第３のチャンバー１１０２Ｃを上部から底部へと通過し、（図示されるように）第１の横列中に存在することができる最終チャンバー１１０２Ｉに到達するまで、この前方から後方／底部から上部、後方から前方／上部から底部への経路を続けることができる。次に、下部導管プレート７００および下部カバープレート７１０の中にそれぞれ形成された出口ポート７０２、７１２によって、サンプル（またはその一部）を最終チャンバー１１０２Ｉから取り出すことができる。出口ポート７０２、７１２を合わせたものが１つの出口として機能することができる。
【００９１】
ある実施形態においては、上部カバープレート６１０と上部導管プレート６００とを一体的に形成することができる。これに加えて、またこれとは別に、下部カバープレート７１０と下部導管プレート７００とを一体的に形成することもできる。
【００９２】
本発明の別の関連の実施形態を図１０に示す。この場合、プレート１２００内のチャンバーの第１の直線系列（たとえば、縦列または横列）中の各チャンバーは、分離媒体を含有し、その中をサンプルが同じ方向（たとえば、上部から底部）で流れ、隣接する直線系列中のチャンバーは、サンプルが反対方向（たとえば底部から上部）に流れるチャネルとして機能する。この実施形態において、たとえば、チューブなどの導管を、第１の直線系列中の第１のチャンバー１Ａの底部の出口に接続することができ、第２の直線系列中の第２のチャンバー２Ｂに上向きに通すことができ、そして第１の直線系列中の第３のチャンバー１Ｂの上部の入口に接続することができる。別の導管を、第３のチャンバー１Ｂの底部の出口に接続して、第２の直線系列中の第４のチャンバー２Ｃに上向きに通すことができ、さらに第１の直線系列中の第５のチャンバー１Ｃの上部の入口に接続することなどが可能である。希望するなら、プレートの上部に斜めに配列された導管を配置することができる（図９Ａ〜９Ｉに示される実施形態と同様）。
【００９３】
図１０は同じプレート１２００上の分離プロトコール１０Ａ〜１０Ｆを示しているが、この並行機能がこの実施形態に限定されるわけではない。むしろ、前述のあらゆる実施形態が、図１０に示される実施形態と同様に、１つのプレート上で並列した複数の分離プロトコールを含むことができる。
【００９４】
前述のいずれか実施形態の一部の別の実施形態においては、接続導管の構成に依存して、種々の分離媒体を通過する流動方向を、充填床方式、流動床方式、または充填床と流動床との組み合わせで操作することができる。
【００９５】
分離媒体は、何らかの特定の種類に限定されるものではないことは容易に理解できるであろう。むしろ、分離媒体は、限定するものではないが、ビーズ、不規則粒子、膜、モノリスなどの固体材料（多孔質および非多孔質の両方）を含めたあらゆる種類であってよい。
【００９６】
例として、複数の異なる生体分子成分を含む複合混合物を含有するサンプル溶液を、後述するように少なくとも部分的に分割するために、チャンバーの系列中の第１のチャンバー１０２／５１０に導入することができる。サンプルが通過する各チャンバー１０２／５１０は、たとえば、異なる収着材料を含むことができる。より具体的には、チャンバー１０２／５１０内の種々の収着剤によって、サンプルの実質的にすべての別個の生体分子成分が捕捉されるように、収着材料を選択することができる。複数の生体分子成分の種々のサブセットを捕捉した後、捕捉された生体分子成分を含む収着剤は、単離（すなわち、チャンバーから取り出す）したり、またはその他の方法で取り出したりして、前述のようにさらに処理することができる。
【００９７】
本明細書において使用される場合、「捕捉」は、チャンバー１０２／５１０を通過する間にサンプルから生体分子成分の特定のサブセットサンプルが実質的に除去されるように、サンプル溶液中の１種類以上の生体分子成分を引きつけて可逆的に保持する収着剤の能力を意味する。タンパク質精製などの生物起源の化学物質の混合物を分離する分野の当業者であれば、生体分子成分を保持する固有の収着剤の能力が、収着剤と溶液とが接触する周囲条件（たとえば、チャンバー１０２／５１０を通過する溶液の温度およびイオン強度またはｐＨ）下で収着剤と生体分子成分との間の相互作用によって決定される特定の生体分子成分に対する収着剤の特異性を含むことを理解しているであろう。この相互作用は、周知のあらゆる物理化学的相互作用であってよく、この相互作用が、収着剤による生体分子成分（または生体分子成分のサブセットサンプル）の収着を引き起こし、生体分子成分（またはサブセットサンプル）の溶液を実質的に完全に枯渇させるが、なお捕捉された生体分子成分を後に溶出させることが可能となるのに十分であると考えることができる。
【００９８】
典型的な収着剤−生体分子成分の相互作用としては：イオン交換（陽イオンまたは陰イオン）；疎水性相互作用；生物学的親和性（染料およびリガンドとタンパク質との間の相互作用、あるいはレクチンと複合糖質、グリカン、グリコペプチド、多糖、およびその他の細胞成分との間の相互作用など）；免疫親和性（すなわち、抗原−抗体相互作用またはそれらのフラグメント間の相互作用）；金属−キレートまたは金属−イオン相互作用、タンパク質とチオフィリック材料との間の相互作用、タンパク質とハイドロキシアパタイトとの間の相互作用、ならびにサイズ排除が挙げられるが、これらに限定されるものではない。このような材料の多くは、タンパク質または核酸の精製の当業者には周知である。これらの材料は、周知の技術および材料を使用して製造したり、商業的に購入したりすることができる。これらの材料およびそれらの製造方法の例に関する説明は、「タンパク質精製プロトコール」（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）第２版、カトラー（Ｃｕｔｌｅｒ）編著，ヒュマーナ・プレス（Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ）２００４年に記載されており、この記載内容全体があらゆる目的で本明細書に援用される。
【００９９】
イオン交換材料としては、強および弱の陽イオン交換樹脂および陰イオン交換樹脂が挙げられる。強の一部は後述の表４に記載している。強陽イオン交換リガンドの例としては、スルホプロピル（ＳＰ）およびスルホン酸メチル（Ｓ）が挙げられる。弱陽イオン交換リガンドの弱い例（ＷｅａｋＥｘａｍｐｌｅ）としては、カルボキシメチル（ＣＭ）が挙げられる。強陰イオン交換リガンドの強い例（ＳｔｒｏｎｇＥｘａｍｐｌｅ）としては、第４級アンモニウムおよび第４級アミノエチル（ＱＡＥ）が挙げられる。弱陰イオン交換リガンドの弱い例（ＷｅａｋＥｘａｍｐｌｅ）としては、ジエチルアミノエチル（ＤＥＡＥ）が挙げられる。好適なイオン交換材料の例としては、商品名：Ｑ−、Ｓ−、ＤＥＡＥ−およびＣＭ  セラミック・ハイパーＤ（ＣＥＲＡＭＩＣ  ＨＹＰＥＲＤ）（登録商標）；ＤＥＡＥ−、ＣＭ−、およびＳＰ  トリスアクリル（ＴＲＩＳＡＣＲＹＬ）（登録商標）；Ｍ−、ＬＳ−；ＤＥＡＥ−、およびＳＰ  スフェロデックス（ＳＰＨＥＲＯＤＥＸ）（登録商標）ＬＳ；ならびにＱＭＡ  スフェロジル（ＳＰＨＥＲＯＳＩＬ）（登録商標）ＬＳでポール・コーポレーション（Ｐａｌｌ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）（ニューヨーク州イーストヒルズ（Ｅａｓｔ  Ｈｉｌｌｓ，ＮＹ）（カリフォルニア州フリーモント（Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ））より販売される材料が挙げられるが、これらに限定されるものではない。別の好適なイオン交換材料が、商品名：ウノスフィア（ＵＮＯＳＰＨＥＲＥ）、マクロ−プレップ（ＭＡＣＲＯ−ＰＲＥＰ）（ハイＱ（ＨＩＧＨ  Ｑ）、ハイＳ（ＨＩＧＨ  Ｓ）、ＤＥＡＥ、およびＣＭなど）、およびＡＧ、ならびにバイオ−レックス（Ｂｉｏ−Ｒｅｘ）で、カリフォルニア州ハーキュリーズ（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）のバイオ−ラド・ラボラトリーズ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）より販売されている。さらにより好適な市販のイオン交換材料は、商品名：ＤＥＡＥ−トリスアクリル（ＤＥＡＥ−ＴＲＩＳＡＣＲＹＬ）（登録商標）、ＤＥＡＥセファロース（ＤＥＡＥ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ）（登録商標）、ＤＥＡＥ−セルロース、ジエチルアミノエチル・セファセル（ＤＩＥＴＨＹＬＡＭＩＮＯＥＴＨＹＬ  ＳＥＰＨＡＣＥＬ）（登録商標）、ＤＥＡＥセファデックス（ＤＥＡＥ  ＳＥＰＨＡＤＥＸ）（登録商標）、ＱＡＥセファデックス（ＱＡＥ  ＳＥＰＨＡＤＥＸ）（登録商標）、アンバージェット（ＡＭＢＥＲＪＥＴ）（登録商標）、アンバーライト（ＡＭＢＥＲＬＩＴＥ）（登録商標）、コレスチラミン樹脂、ＣＭセファロース（ＣＭ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ）（登録商標）、ＳＰセファロース（ＳＰ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ）（登録商標）、ＳＰ−トリスアクリル（ＳＰ−ＴＲＩＳＡＣＲＹＬ）（登録商標）、リン酸セルロース、ＣＭ−セルロース、ＣＭ  セファデックス（ＣＭ  ＳＥＰＨＡＤＥＸ）（登録商標）、ＳＰセファデックス（ＳＰ  ＳＥＰＨＡＤＥＸ）（登録商標）、およびアンバーライト（ＡＭＢＥＲＬＩＴＥ）（登録商標）が、シグマ−アルドリッチ・カンパニー（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃｏ．）（ミズーリ州セントルイス（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））より販売されている。イオン交換材料のその他の商業的供給元としては、アマ��ャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）（ｗｗｗ．ａｍｅｒｓｈａｍ．ｃｏｍ）が挙げられる。さらに別の材料はタンパク質精製の当業者には周知である。
【０１００】
疎水性相互作用の利用（疎水性相互作用クロマトグラフィー、「ＨＩＣ」）に好適な材料としては、商品名：フェニル・セファロース・６・ファースト・フロー（ＰＨＥＮＹＬ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ  ６  ＦＡＳＴ  ＦＬＯＷ）、ブチル・セファロース・４・ファースト・フロー（ＢＵＴＹＬ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ  ４  ＦＡＳＴ  ＦＬＯＷ）、オクチル・セファロース・４・ファースト・フロー（ＯＣＴＹＬ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ  ４  ＦＡＳＴ  ＦＬＯＷ）、フェニル・セファロース・ハイ・パフォーマンス（ＰＨＥＮＹＬ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ  ＨＩＧＨ  ＰＥＲＦＯＲＭＡＮＣＥ）、フェニル・セファロースＣＬ−４Ｂ（ＰＨＥＮＹＬＳＥＰＨＡＲＯＳＥ  ＣＬ−４Ｂ）、オクチル・セファロースＣＬ−４Ｂ（ＯＣＴＹＬ  ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ  ＣＬ−４Ｂ）、ソース（ＳＯＵＲＣＥ）（商標）１５ＥＴＨ、ソース１５ＩＳＯ（ＳＯＵＲＣＥ  １５ＩＳ０）、およびソースＰＨＥ（ＳＯＵＲＣＥＰＨＥ）で、ニュージャージー州ピスカタウェイ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）のアマシャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）より販売されているものが挙げられる。フラクトゲル（ＦＲＡＣＴＯＧＥＬ）（登録商標）ＥＭＤ・プロピル（ＰＲＯＰＹＬ）（Ｓ）およびフラクトゲル（ＦＲＡＣＴＯＧＥＬ）（登録商標）ＥＭＤ・フェニル（ＰＨＥＮＹＬ）Ｉ（Ｓ）としてＶＷＲインターナショナル（ＶＷＲ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）（ｗｗｗ．ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ．ｕｋ．ｃｏ）より販売される材料も入手可能である。さらに別の市販のＨＩＣ材料としては、商品名：トーヨーパール（ＴＯＹＯＰＥＡＲＬ）およびＴＳＫゲル（ＴＳＫＧＥＬ）で、ペンシルバニア州モンゴメリービル（Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙｖｉｌｌｅ，ＰＡ）のトーソー・バイオサイエンスＬＬＣ（Ｔｏｓｏｈ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＬＬＣ）より販売される材料が挙げられる。同等の材料は、商品名ＭＥＰハイパーセル（ＭＥＰ  ＨＹＰＥＲＣＥＬ）でポール・コーポレーション（Ｐａｌｌ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）（ニューヨーク州イーストヒルズ（Ｅａｓｔ  Ｈｉｌｌｓ，ＮＹ））より市販されている。さらに別の材料は、タンパク質精製の当業者には周知であろう。
【０１０１】
親和性材料としては、抗体−抗原、酵素−リガンド、核酸−結合タンパク質、ホルモン−受容体などの、生体分子成分とリガンドとの間の構造的相互作用に基づいて生体分子成分を引き寄せて収着するのに有効なあらゆる材料が挙げられる。これらの相互作用は、天然または合成のリガンドと生体分子成分との間に存在することができる。リガンドは、単一特異的（たとえば、ホルモンまたは基質）または群特異的（たとえば、酵素補助因子、植物レクチン、およびプロテインＡ）のいずれであってもよい。本発明に好適な一般的な群特異的リガンドの例を表１に示す。
【０１０２】
【表１】
2008542712.tif 000003
【０１０３】
したがって、親和性材料を使用することで、多種多様の生体分子材料を収着させることができる。市販の親和性材料としては、商品名：プロテインＡ・セラミック・ハイパーＤ（ＰＲＯＴＥＩＮ  Ａ  ＣＥＲＡＭＩＣ  ＨＹＰＥＲＤ）（登録商標）Ｆ、ブルー・トリスアクリル（ＢＬＵＥ  ＴＲＩＳＡＣＲＹＬ）（登録商標）Ｍ、ヘパリン・ハイパーＤ（ＨＥＰＡＲＩＮ  ＨＹＰＥＲＤ）（登録商標）Ｍ、およびリジン・ハイパーＤ（ＬＹＳＩＮＥ  ＨＹＰＥＲＤ）（登録商標）で、ポール・コーポレーション（Ｐａｌｌ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）（ニューヨーク州イーストヒルズ（Ｅａｓｔ  Ｈｉｌｌｓ，ＮＹ））より販売されるものが挙げられる。さらに別の市販の材料は、アマシャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）（ｗｗｗ．ａｍｅｒｓｈａｍｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｃｏｍ）およびシグマ−アルドリッチ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）（ｗｗｗ．ｓｉｇｍａａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）などの商業的供給元によって提供されている。さらに別の材料は、タンパク質精製の当業者には周知であろう。
【０１０４】
本発明のある実施形態においては、親和性材料は、反応性染料から誘導され、収着剤を形成するために使用される。染料−リガンド収着剤は、キナーゼおよびデヒドロゲナーゼなどの核酸補助因子を使用するタンパク質および酵素の結合に有用となることが多い。しかし、血清アルブミンなどの他のタンパク質も、同様にこれらの収着剤を使用して効率的に識別することができる。好適な市販の材料の例は、商品名リアクティブ・ブルー（ＲＥＡＣＴＩＶＥ  ＢＬＵＥ）、リアクティブ・レッド（ＲＥＡＣＴＩＶＥ  ＲＥＤ）、リアクティブ・イエロー（ＲＥＡＣＴＩＶＥ  ＹＥＬＬＯＷ）、リアクティブ・グリーン（ＲＥＡＣＴＩＶＥ  ＧＲＥＥＮ、およびリアクティブ・ブラウン（ＲＥＡＣＴＩＶＥ  ＢＲＯＷＮ）（シグマ−アルドリッチ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ））；ダイマトリックス・ゲル・ブルー（ＤＹＥＭＡＴＲＩＸ  ＧＥＬ  ＢＬＵＥ）、ダイマトリックス・ゲル・レッド（ＤＹＥＭＡＴＲＩＸ  ＧＥＬ  ＲＥＤ）、ダイマトリックス・ゲル・オレンジ（ＤＹＥＭＡＴＲＩＸ  ＧＥＬ  ＯＲＡＮＧＥ）、およびダイマトリックス・ゲル・グリーン（ＤＹＥＭＡＴＲＩＸ  ＧＥＬ  ＧＲＥＥＮ）（マサチューセッツ州ビルリカのミリポア（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ））；ならびにブルーＨ−Ｂ（Ｂｌｕｅ  Ｈ−Ｂ）（シバクロン・ブルー（Ｃｉｂａｃｒｏｎ  Ｂｌｕｅ））、ブルーＭＸ−Ｒ（Ｂｌｕｅ  ＭＸ−Ｒ）、レッドＨＥ−３Ｂ（Ｒｅｄ  ＨＥ−３Ｂ）、イエローＨ−Ａ（Ｙｅｌｌｏｗ  Ｈ−Ａ）、イエローＭＸ−３ｒ（Ｙｅｌｌｏｗ  ＭＸ−３ｒ）、グリーンＨ−４Ｇ（Ｇｒｅｅｎ  Ｈ−４Ｇ）、グリーンＨ−Ｅ４ＢＤ  （Ｇｒｅｅｎ  Ｈ−Ｅ４ＢＤ）、ブラウンＭＸ−５ＢＲ（Ｂｒｏｗｎ  ＭＸ−５ＢＲ）として知られるプロシオン（Ｐｒｏｃｉｏｎ）染料で販売されるものが挙げられる。さらに別のものは、タンパク質精製の当業者には周知であろう。
【０１０５】
有用な収着剤は、複合糖質、グリカン、グリコペプチド、多糖、可溶性細胞成分、および細胞の分離および単離を行うためにレクチンから構成することもできる。好適なレクチンとしては、表２に示されるものが挙げられる。
【０１０６】
【表２】
2008542712.tif 000004
【０１０７】
市販のレクチンとしては、商品名：ＡＦＦＩ  １０、ＡＦＦＩ  １５、ＡＦＦＩ  ＰＲＥＰ  １０、およびＡＦＦＩ  ＰＲＥＰ  １５（カリフォルニア州ハーキュリーズのバイオ−ラド（Ｂｉｏ−Ｒａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ））；ＣＮＢＲアルギノース（ＣＮＢＲ  ＡＲＧＩＮＯＳＥ）、エポキシ活性化アラグノース（ＥＰＯＸＹ−ＡＣＴＩＶＡＴＥＤ  ＡＲＡＧＲＯＳＥ）、ＣＤＩアガロース（ＣＤＩ  ＡＧＡＲＯＳＥ）、およびポリアクリルヒドラジドアガロース（ＰＯＬＹＡＣＲＹＬＨＹＤＲＡＺＩＤＥ  ＡＧＡＲＯＳＥ）（ミズーリ州セントルイスのシグマ−アルドリッチ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）；ならびにリアクティ６Ｘ（ＲＥＡＣＴＩ  ６Ｘ）（イリノイ州ロックフォードのピアス（Ｐｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ））で販売されるものが挙げられる。
【０１０８】
免疫親和性材料は、タンパク質精製の当業者には周知の標準的な方法および材料を使用して製造することができる（たとえば、「タンパク質精製プロトコール」（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）参照）。市販の免疫親和性材料としては、シグマ−アルドリッチ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）（ｗｗｗ．ｓｉｇｍａａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）およびアマシャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）（ｗｗｗ．ａｍｅｒｓｈａｍ．ｃｏｍ）より販売されるものが挙げられる。同様に、金属イオン親和性（ＩＭＡＣ）材料は、周知の材料および方法を使用して調製することができるし（たとえば、「タンパク質精製プロトコール」（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）参照）、または商業的に購入することもできる（たとえば、シグマ−アルドリッチ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）（ｗｗｗ．ｓｉｇｍａａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）またはアマシャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）（ｗｗｗ．ａｍｅｒｓｈａｍ．ｃｏｍ）より）。一般的な金属としては、Ｎｉ（ＩＩ）、Ｚｎ（ＩＩ）、およびＣｕ（ＩＩ）が挙げられる。これらの材料の一部の例を表３に示している。
【０１０９】
【表３】
2008542712.tif 000005
【０１１０】
ハイドロキシアパタイト（ＨＴ／ＨＴＰ）およびチオフィリック（ＴＡＣ）収着剤の合成も、タンパク質精製の当業者には周知である（たとえば、「タンパク質精製プロトコール」（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）参照）。商業的供給元としては、カリフォルニア州ハーキュリーズ（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）のバイオ−ラド（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）（商品名ＣＨＴ）、ポール・コーポレーション（Ｐａｌｌ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）（ニューヨーク州イーストヒルズ（Ｅａｓｔ  Ｈｉｌｌｓ，ＮＹ））（商品名ＨＡウルトロゲル（ＨＡ  ＵＬＴＲＯＧＥＬ）（登録商標））、およびカリフォルニア州サンリアンドロ（Ｓａｎ  Ｌｅａｎｄｒｏ，ＣＡ）のバークレー・アドバンスト・バイオマテリアルズ（Ｂｅｒｋｅｌｅｙ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ）（商品名ＨＡＰ）が挙げられる。チオフィリック収着剤も、当技術分野またはタンパク質精製において周知の方法および材料を使用して製造することができるし、あるいは、商品名：ＭＥＰ  ハイパーセル（ＭＥＰ  ＨＹＰＥＲＣＥＬ）（カリフォルニア州フリーモントのサイファージェン・バイオシステムズ（Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ））、チオフィリック・ユニフロー（ＴＨＩＯＰＨＩＬＩＣ  ＵＮＩＦＬＯＷ）およびチオフィリック・スーパーフロー（ＴＨＩＯＰＨＩＬＩＣ  ＳＵＰＥＲＦＬＯＷ）（カリフォルニア州パロアルトのクローンテック（Ｃｌｏｎｅｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ））、チオソルブ（ＴＨＩＯＳＯＲＢ）（マサチューセッツ州ビルリカのミリポア（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ））、Ｔ−ゲル（Ｔ−ＧＥＬ）（ベルギーのアンスリエージュのアフィランド（Ａｆｆｉｌａｎｄ，Ａｎｓ−Ｌｉｅｇｅ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）、ＡＦＦＩ−Ｔ（デンマークのコペンハーゲンのケン−エン−テック（Ｋｅｎ−ｅｎ−Ｔｅｃ，Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ，Ｄｅｎｍａｒｋ））、ＨＩ−ＴＲＡＰ（ニュージャージー州ピスカタウェイのアマシャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）、ならびにフラクトゲル（ＦＲＡＣＴＯＧＥＬ）（英国ドーセット州プールのメルクＫｇＡ（Ｍｅｒｃｋ  ＫｇＡ，Ｐｏｏｌｅ  Ｄｏｒｓｅｔ  ＵＫ））で商業的に購入することもできる。
【０１１１】
上述の収着材料は、異なる生体分子成分に対して異なる程度の特異性を有する。これに関して、用語「特異性」は、特定のサンプル中の、収着剤が結合することができる異なる生体分子種に関連している。一態様においては、収着剤は、特異性の相対程度によって分類することができ、たとえば、高特異性収着剤、中間の特異性の収着剤、および低特異性収着剤と分類することができる。
【０１１２】
高特異性材料としては、特定の生体分子または生体分子のサブセットの収着に対して強い選択性を一般に有する材料が挙げられる。多くの場合、このような材料は、抗体−エピトープ認識、受容体−リガンド、または酵素−受容体の相互作用などの高い生体特異的収着相互作用を有する。このような収着剤の例としては、プロテインＡ結合収着剤、プロテインＧ結合収着剤、抗体結合収着剤、受容体結合収着剤、およびアプタマー結合収着剤が挙げられる。中間の特異性の収着剤としては、ある程度の生体特異的相互作用を有するが高特異性収着剤よりもその程度が低い材料が挙げられ、そのようなものとしては：ＭＥＰ、ＭＢＩ、疎水性収着剤、ならびにヘパリン結合材料、染料結合材料、金属キレート化剤結合材料が挙げられる。多くの「混合モード」材料は中間の特異性を有する。これらの一部は、たとえば、疎水性相互作用およびイオン性相互作用によって分子に結合する。低特異性材料収着剤としては、全体的な分子特性（酸−塩基、双極子モーメント、分子の大きさ、または表面静電ポテンシャルなど）を使用して生体分子成分に執着する材料が挙げられ、そのようなものとしては：ジルコニア、シリカ、フェニルプロピルアミンセルロース、セラミックス、チタニア、アルミナ、およびイオン交換体（陽イオンまたは陰イオン）が挙げられる。
【０１１３】
本発明の一実施形態においては、生体分子成分溶液を、高特異性収着剤、中間の特異性の収着剤、および低特異性収着剤の中の少なくとも２種類の異なる収着剤に接触させることができる。ある実施形態においては、溶液を、同程度の特異性の１、２、３、またはそれを超える種類の材料（たとえば、中間の特異性の２種類の材料、または低特異性の３種類の材料）に接触させる。別の一実施形態においては、溶液を、高特異性から低特異性への推移を示す複数の収着剤に接触させることができる。別の一実施形態においては、溶液を、高特異性から低特異性への推移を示す複数の収着剤に接触させることができる。さらに別の一実施形態においては、収着材料は、特異性が実質的に直線状に推移するよう配列することができる。さらに別の一実施形態においては、収着材料は、実質的な連続体を形成することができる。さらに別の一実施形態においては、収着剤が互いに直交することができ、すなわち、各収着剤の能力が、固有の生体分子成分または生体分子成分のサブセットに対して実質的に選択的となることができる。別の一実施形態においては、少なくとも１種類の収着剤が高特異性収着剤となる、少なくとも１種類の別の収着剤が中間の特異性または低特異性のいずれかの収着剤となるように、収着剤を選択することができる。さらに別の一実施形態においては、少なくとも１種類の収着剤のそれぞれが高特異性収着剤、中間の特異性の収着剤、および低特異性収着剤となるように、収着剤を選択することができる。さらに別の一実施形態においては、少なくとも２種類の収着剤を、高特異性収着剤、中間の特異性の収着剤、および低特異性収着剤の２つの種類から選択することができる。別の一実施形態においては、少なくとも２種類の収着剤が高特異性収着剤であってよく、少なくとも１種類の収着剤が低特異性収着剤であってよい。
【０１１４】
高特異性から低特異性への推移は、特に有用な目的を果たす。特に、サンプル中のタンパク質を大きな排他的であるが複雑性が減少した群に分画することができる。したがって、種々の分画中のタンパク質をより容易に分割することができる。たとえば、低特異性または中間の特異性の樹脂は、非常に高濃度のものなどのサンプル中の多くの生体分子に対して親和性を有したり結合したりすることができる。しかし、中間の特異性の収着剤に曝露する前に、高濃度のタンパク質に対する高特異性収着剤にサンプルを曝露すると、高濃度のタンパク質の大部分またはすべてを除去することができる。このように、中間の特異性の収着剤によって捕捉される生体分子のセットは、この高濃度の生体分子をほとんどまたは全く含まない。この結果、中間の特異性の収着剤によって捕捉されるタンパク質のセットの複雑性が低下する。したがって、この計画は、分画プロセスの後の段階で収着剤によって捕捉される生体分子、たとえばタンパク質を早い段階に除去することであり、それによって、各チャンバー１０２／５１０において、次のチャンバー１０２／５１０に移動する生体分子の複雑性は低下する。
【０１１５】
一実施形態において、最高濃度の生体分子材料が最初に除去されるように、収着剤を選択することができる。たとえば、プロテインＡ収着剤およびシバクロン・ブルー（Ｃｉｂａｃｒｏｎ  Ｂｌｕｅ）収着剤が最初の２つの収着剤となるように収着剤を配列することによって、ヒト血清のダイナミックレンジを減少させることができる。ヒト血清のタンパク質組成の９０パーセントは：アルブミン、ＩｇＧ、トランスフェリン、α−１抗トリプシン、ＩｇＡ、ＩｇＭ、フィブリノゲン、α−２−マクログロブリン、および補体Ｃ３を含む。残りの１０％の内、約９９％は：アポリポタンパク質Ａ１およびＢ；リポタンパク質Ａ；Ｈ因子；セルロプラスム（ｃｅｒｕｌｏｐｌａｓｍ）；プレアルブミン；補体因子Ｂ；  補体因子Ｃ４、Ｃ８、Ｃ９、およびＣ１９；ならびにα−糖タンパク質を含む。多くの場合、サンプル中の残りのあらゆる生体分子成分を捕捉するために、最終チャンバー１０２／５１０中にフェニルプロピルアミンセルロースなどの収着剤を入れると有用である。一般に、最初の収着剤があまり汎用的すぎると（すなわち低特異性を有する）、非常に多くの材料が最初の２種類の収着剤で分離されることがあり、残りの収着剤の有用性が損なわれる。しかし、最初の収着剤の特異性が高すぎる場合（すなわち、高特異性を有する）は、サンプルのダイナミックレンジが大きいために、残りの収着材料の効率が低下しうる。一実施形態においては、第１の収着剤、あるいは第１および第２の収着剤との組み合わせによって、サンプルのダイナミックレンジが少なくとも１０分の１、特に少なくとも１００分の１、さらに特に少なくとも１，０００分の１に減少するように、収着剤が選択される。
【０１１６】
本発明の多重分離方法は、少なくとも１０００種類、少なくとも１００，０００種類、または少なくとも１０，０００，０００種類の異なる生体分子種（たとえば、タンパク質）を含むサンプルなどの複雑な混合物中の検体の分画に特に有用である。本発明の方法は、生物学的サンプルから生体分子を分離する場合に特に有用である。そのようなサンプルとしては、たとえば、羊水、血液、脳脊髄液、関節内液、眼液、リンパ液、乳汁、汗  血漿、唾液  精液、精漿、血清、痰、滑液、涙、臍帯液、尿、生検ホモジネート、細胞培養液、細胞抽出物、細胞ホモジネート、ならし培地、発酵ブロス、組織ホモジネート、およびこれらの派生物を挙げることができる。
【０１１７】
本発明の利点の１つは、本発明の装置が、希望するあらゆる数の分離のために使用することができ、そのような分離に使用され、そのような分離に容易に適応可能なことである。さらに、たとえば、蠕動ポンプおよび／または真空ステーションなどの一部の基本的な実験室用設備以外に、装置を追加する必要がない。
【０１１８】
別の一実施形態においては、本発明の装置は、サンプル中の検体混合物に対して二次元分離方法を行うために使用される。したがって、この方法は２つのステップを含む。第１のステップは、複数の第１の収着剤を使用して、第１の物理的化学的性質の程度に基づいて、検体を第１のアリコートのセットに分画することを含む。適切な収着剤を選択することによって、各分画またはアリコートが特定の範囲内にある検体を含有するように、検体を分配することができる。第２のステップは、複数の異なる第２の収着剤を使用して、異なる第２の物理的化学的性質の程度に基づいて、複数のアリコート（または少なくとも１つアリコート）を第２のアリコートのセットに分画することを含む。次に、第２のアリコートをさらに分析して、たとえば、質量分析などによって、さらなる第３の次元の分画を行うことができる。「物理的化学的性質」とは、測定可能であり、検体分離のための基礎となることができる検体の性質を意味する。好ましくは、この方法に使用される物理的化学的性質は、程度が変動する性質である。たとえば、タンパク質は、等電点によって特徴付けられ、これは物理的化学的性質の１つであり、低ｐＩ（たとえば、ｐＩ３）から高ｐＩ（たとえば、ｐＩ１０）までの尺度で測定される。当技術分野において周知であるように、タンパク質は、等電点電気泳動またはイオン交換クロマトグラフィーなどを使用して、等電点に基づいて分離することができる。疎水性インデックスは、検体（特にポリペプチド検体）を特徴付ける別の物理的化学的性質であり、低疎水性インデックスから高疎水性インデックスまでの尺度で測定することができる。これも当技術分野において周知であるように、タンパク質は、疎水性の（逆相）収着剤または順相収着剤を使用して、疎水性インデックスに基づいて分離することができる。タンパク質を分画するために使用できる別の物理的化学的性質は大きさであり、ゲル浸透クロマトグラフィー（サイズ排除クロマトグラフィー）がこの目的のために有用となる。タンパク質を分画するために使用できる別の物理的化学的性質は、金属結合能力である。この場合、異なる金属が充填された金属キレート収着剤の系列を使用することができる。質量は、ポリペプチド検体の別の物理的化学的性質であり、分離の基礎となることができる。しかし、この目的のためには、質量分析およびゲル電気泳動がクロマトグラフィーよりも好ましい。
【０１１９】
三次元分離方法は当技術分野において周知である。一例がＬＣ−ＬＣ−ＭＳである。しかし、この方法の欠点の１つは、通常、この方法は分離媒体からの検体の逐次溶出を伴い、これが時間がかかることである。これは、収着剤から検体を区別して溶出させるためにバッファー系の変更を伴う場合もある。この方法を多重化させようとする既存の試みは、複数のクロマトグラフィーカラムを並行して使用することを含み、これは非常に費用がかかる可能性がある。しかし、本発明の装置を、適合性の水性溶媒系を使用するクロマトグラフィー媒体と併用することによって、時間および費用の両方の障害を大きく改善することができる。
【０１２０】
本発明の好ましい一実施形態は、二次元としてｐＩおよび疎水性を使用することを含み、検体をクロマトグラフィーで分離した後、質量分析を使用して質量に基づいて分離する。好都合には、この方法は、ｐＩ分離用の固体バッファーと、疎水性インデックスによる分離のための疎水性収着剤とを使用する。固体バッファーは、２００５年７月２８日に出願された米国仮特許出願第６０／７０２，９８９号明細書（「固相バッファーを使用した等電点に基づくタンパク質の分離」（Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃ  ｐｏｉｎｔ  ｕｓｉｎｇ  ｓｏｌｉｄ−ｐｈａｓｅ  ｂｕｆｆｅｒｓ）ボスケッティ（Ｂｏｓｃｈｅｔｔｉ）ら）に記載されている。これらは、段階的なｐＩ分画を得るために、電気泳動分離や異なるバッファー系を使用せずにｐＩにより分離を行うため、本発明において特に有用である。あらゆる系列の逆相収着剤を使用することができる。これらの多くは市販されている。生理学的条件下での疎水性分離に有用な別の収着剤が、国際公開第２００５／０７３７１１号パンフレット（「生理学的イオン強度においてタンパク質を吸着させるためのクロマトグラフィー材料」（Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉｃ  ｍａｔｅｒｉａｌ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ａｄｓｏｒｐｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｔ  ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｉｏｎｉｃ  ｓｔｒｅｎｇｔｈ）、ボスケッティ（Ｂｏｓｃｈｅｔｔｉ）ら）に記載されている。検体の分離のための最低の疎水性から最高の疎水性までの系列での疎水性材料の配列は、２００４年７月２７日に出願された米国仮特許出願第６０／５９１，３１９号明細書（「マルチケミストリー分画法」（Ｍｕｌｔｉｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｉｏｎ）、ゲリエ（Ｇｕｅｒｒｉｅｒ））にも記載されている。これらすべての文献が本明細書に援用される。
【０１２１】
方法の１つは以下のように進められる。本発明の装置の１つの横列（または縦列）中の複数の区画に、等電点に基づいて検体に結合するクロマトグラフィー材料を充填する。たとえば、固相バッファーを使用することができる。流体の流れによって、高ｐＩから低ｐＩまで（または逆に低ｐＩから高ｐＩまで）、したがって、最高の特異性から最低の特異性までの検体が結合する収着剤の系列にサンプル混合物が通されるように、これらの材料が配列される。たとえば、系列中の第１の収着剤は、９を超えるｐＩを有するすべてのタンパク質を捕捉することができ、したがって除去することができる。第２の収着剤は、７を超えるｐＩを有するすべてのタンパク質を捕捉することができる。この収着剤は、７〜９の間のｐＩのタンパク質を分配する。系列中の後に続く区画中の収着剤は、５を超えるｐＩを有するタンパク質を捕捉することができ、したがって、５〜７の間のｐＩのタンパク質を分配する、などとなる。
【０１２２】
次のステップでは、装置の流体導管は、経路が切り替えられ、それによって、横列系列中の区画に接続される代わりに、これによって横列中の各区画が縦列中の区画に接続される（逆に、第１の分離が縦列中で行われる場合、導管は横列中に経路が切り替えられる）。各縦列中の区画の系列は、逆相収着剤の系列が充填され、その系列中の収着剤は、前の収着剤よりも疎水性が高い（したがって、特異性が低い）。バッファーが導管中に圧送されることで、各等電性収着剤上に捕捉され検体が疎水性収着剤の系列を順次通過する。たとえば、系列中の疎水性収着剤のバッファーは、Ｃ４鎖、Ｃ８鎖、Ｃ１２鎖、Ｃ１８鎖を含むことができる。この結果、それぞれが特定のｐＩ範囲内および疎水性インデックス範囲内にある複数のアリコートが得られる。
【０１２３】
この二次元分離方法は、すべてを本発明の装置上で行う必要はないし、本発明の装置を全く使用しなくてもよい。たとえば、本発明の装置を使用して第１の次元で検体を分離した後、異なる装置を使用して第２の次元の分離を行うことができる。このような一実施形態においては、第１の次元における検体の分配の後、液体導管を取り外すことができ、装置は、ドリッププレートのスタックまたは分離可能な縦列上に配置することができ、それによって、区画の出口をプレートのウェルまたは縦列に位置合わせする。装置の出口の下に位置合わせされたスタック中のプレートの各ウェルには、第２の分離次元に基づいて捕捉されるクロマトグラフィー材料の系列の１つを充填することができる。したがって、たとえば、本発明の装置は、８つの横列Ａ〜Ｈと１２の縦列１〜１２とを有する９６ウェルフォーマット中に配列された区画を有することができる。第１の分離において、カラム１の区画、たとえば区画１Ａ〜１Ｈを使用して第１の分離を行うことができる。次に、この装置を、同様に９６ウェルフォーマットである８つのフィルタープレートのスタック（プレート１〜８）のスタックの上に配置することができ、すべてのプレートの区画／ウェル１Ａを、下のプレートスタックの区画１Ａと位置合わせする。各プレート中のカラム１のウェルは、第２の分離次元用に同じクロマトグラフィー材料を含有し、通常これらは最上部で最も選択性が高く、最低部で最も選択制が低くなる順序で配列されている。次に溶出バッファーをスタック中に圧送して、すべてのウェル１Ａ、すべてのウェル１Ｂなどに同時に通す。これによって、プレートのウェル中に８×８の分離セットが得られる。次に、捕捉された検体をこれら６４のウェルのそれぞれから溶出させて、質量分析計上での質量による検体の分離などのさらなる分析を行うことができる。
【０１２４】
あるいは、すぐ上で述べた二次元分離は、クロマトグラフィー媒体が物理的に分離され、別々に検体を分離することができるあらゆる装置または複数の装置の組み合わせの上で行うことができる。たとえば、この方法は、９６ウェルフォーマットのドリッププレート上で全体的に実施することができる。このような一実施形態においては、クロマトグラフィー材料の第１の系列を、８つの異なるフィルタープレートのそれぞれのウェル１Ａ中に配置することができる。これらのプレートは、適切な順序で互いに積み重ねることができ、第１の分離次元用の特異性がより高いクロマトグラフィー材料（たとえば、陰イオン交換体をさらに含むｐＩ１０の固体バッファー）を含有するスタックの最上部の第１のウェル中にサンプルを入れることができる。次に、積み重ねた８つのプレートのウェル１Ａの縦列を通過するようにバッファーを圧送することができ、検体は、第１の物理的化学的特徴（この例ではｐＩ）により適切に分離される。溶出液は、底部プレートから収集することができる。ここで、これらのプレートのそれぞれは、フィルタープレートのスタックの上部に独立に積層することができ、フィルタープレートのウェル１Ａには、第２の物理的化学的性質により検体を分離するために配列されたクロマトグラフィー材料の系列が充填されている。再び、ウェル１Ａの縦列にバッファーを圧送して、第２の次元において検体を分画することができる。次に、すべてのウェル１Ａに含まれる検体を、溶出させ、たとえば質量によってさらに分画することができる。
【０１２５】
この方法のために使用することができる別の装置は、積み重ね可能で分離可能なカラムの組である。このようなカラムは、クロマトグラフィー媒体が分離される区画を有する。これらは、留め具またはねじり機構などによって別のカラムに積み重ねることができる。
【０１２６】
それぞれ固体バッファーとイオン交換樹脂とを含む、本発明のクロマトグラフィー材料の系列を使用して、ｐＩに基づいて混合物からタンパク質を分離することができる。各固体バッファーは、水溶液を所定のｐＨにする両性高分子を含む。したがって、各クロマトグラフィー材料によって特定のｐＨが得られる。クロマトグラフィー材料を通過し、そのクロマトグラフィー材料とは異なるｐＩを有するタンパク質は、そのｐＩがクロマトグラフィー材料のｐＨよりも低いか、高いか、または同じであるかに依存して、それぞれ実効正電荷または実効負電荷のいずれかを有するか、あるいは中性となる。その環境のｐＨにおいてイオン交換樹脂とは反対の電荷を有するタンパク質は、そのイオン交換体に結合し、一方、中性または同じ電荷のタンパク質は、結合しないままであり、そのクロマトグラフィー材料を通過する。すなわち、たとえば、固体バッファーのｐＨにおいて負に帯電しているタンパク質は、陰イオン交換樹脂に結合する。次に、捕捉されたタンパク質は、そのクロマトグラフィー材料から溶出させることができる。本発明の一実施形態においては、クロマトグラフィー材料（固体バッファーとイオン交換樹脂との混合物）の系列、異なるｐＨが得られる各固体バッファーは直列に配列される。異なるタンパク質は異なるｐＨで帯電するため、系列中の各クロマトグラフィー材料のイオン交換樹脂は、混合物中のタンパク質のあるサブセットを捕捉する。この方法では、血清、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、および可溶性組織抽出物などの生物学的流体からのタンパク質は、それらの等電点によって分離することができる。
【０１２７】
本発明のクロマトグラフィー材料は、イオン交換樹脂とともに固体バッファーを含む。好ましい実施形態においては、これらのそれぞれが固相に取り付けられる。特に、本発明は、イオン交換樹脂と混合された固体バッファーのビーズまたは粒子を含む組成物を考慮している。別の一実施形態においては、固体バッファーおよびイオン交換樹脂は、固相に取り付けられない。別の一実施形態においては、緩衝特性およびイオン交換特性が同じ粒子内で得られる。
【０１２８】
用語「固体バッファー」は、それぞれ異なるｐＫを有するイオン化可能なモノマーから得られる両性の架橋した不溶性高分子を意味する。固体バッファーは、希薄電解質水溶液を所定のｐＨを付与し、酸性またはアルカリ性の分子が加えられてもｐＨを維持する。これらの物理化学的性質に加えて、本明細書において有用な固体バッファーは、細孔を含み、それによってたとえば５０００Ｄａ未満の低い排除限界の材料となる。
【０１２９】
排除限界が低いと、架橋したモノマー内部への拡散が防止されながら、小さなイオンの十分な拡散は維持される。このような限定された拡散によって、固体バッファーへの非特異的結合の危険性が最小限になる。ある実施形態においては、固体バッファーは、５０００Ｄａ未満、４０００Ｄａ未満、または３０００Ｄａ未満の排除限界を有する。細孔を有する両性高分子は、比較的高濃度のモノマー溶液およびまたは架橋度の高いモノマーを使用することによって生成することができる。
【０１３０】
一態様においては、固体バッファーはポリマーであってよい。たとえば、固体バッファーは、ポリアクリルアミドまたはブロックコポリマーであってよい。別の例では、所定のｐＨ付近で緩衝力を得るために、異なるｐＫの複数のアクリルアミドモノマーを組み合わせることで、固体バッファーを製造することができる。
【０１３１】
固体バッファーは、ポリマー化学および生化学の技術分野で使用される日常的な化学物質および方法を使用して調製することができる。一般に、特定のｐＨのための固体バッファーを得るために、対応するｐＫを有するモノマーを選択し（数ｍＭから数百ｍＭまでの範囲をとりうる濃度で）、そのｐＫ付近のｐＨまで、相補的なモノマーを使用して滴定を行う。たとえば、選択されたモノマーのｐＫが８．０である場合には、ｐＫが４．５未満であるモノマーを使用してｐＨ８．０付近まで滴定を行う。所望のｐＫのモノマーが入手できない場合、複数のモノマー（所望のｐＫの上および下のｐＫ）の混合物を使用することができ、続いて２つのｐＫの間のｐＨまで滴定することができる。次に、ｐＨを調整したモノマー溶液に、適切な架橋試薬および重合触媒を、固体バッファーの粒子を製造するための重合を引き起こすのに十分な比率で加える。
【０１３２】
さまざまなモノマーが市販されている。代表的なモノマーとしては、Ｎ−アクリロイルグリシン、４−アクリルアミドブチル酸（４−ａｃｒｙｌａｍｉｄｏｂｕｔｙｒｒｉｃ  ａｃｉｄ）、２−モルホリノ−エチルアクリルアミド、３−モルホリノプロピルアクリルアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノエチルアクリルアミド、およびＮ，Ｎ−ジメチルアミノプロピルアクリルアミドが挙げられるが、これらに限定されるものではない。イモビリン（Ｉｍｍｏｂｉｌｉｎｅ）を使用して固体バッファーを製造することもできる。
【０１３３】
イモビリン（Ｉｍｍｏｂｉｌｉｎｅ）は一般式：
【化１】
2008542712.tif 000006
に従うアクリルアミド誘導体であり、上式中、Ｒは、特徴的なｐＩを提供する基を含む。たとえば、米国特許第４，９７１，６７０号明細書を参照されたい。原則的にこの特性決定は多くの分子を含んでいるが、アマシャム（Ａｍｅｒｓｈａｍ）は、商標イモビリン（ＩＭＭＯＢＩＬＩＮＥ）（登録商標）で販売され、等電性ゲルおよびポリマーの生成に特に適している分子を製造している。イモビリン（ＩＭＭＯＢＩＬＩＮＥ）（登録商標）コレクションの分子としては、括弧内に示されるｐＩを有する以下の分子が挙げられる：Ｎ−アクリロイルグリシン（ｐＫ３．６）；４−アクリルアミドブチル酸（４−ａｃｒｙｌａｍｉｄｏｂｕｔｙｒｒｉｃ  ａｃｉｄ）（ｐＫ４．６）；２−モルホリノエチル−アクリルアミド（ｐＫ６．２）；３−モルホリノプロピルアクリルアミド（ｐＫ７．０）；Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノ−エチルアクリルアミド（ｐＫ８．５）；およびＮ，Ｎ−ジメチルアミノプロピルアクリルアミド（ｐＫ９．３）（一括して「イモビリン」と呼ぶ）。いずれのイモビリンも、モノマーとして組み合わし、アクリルアミドおよびＮ，Ｎ’−メチレンビスアクリルアミドまたは別の好適な架橋剤と共重合させることで、所望のｐＩ特異性ポリマーを生成することができる。アクリルアミドは、Ｎ−イソプロピルアクリルアミド、メチルアクリルアミド、メチロールアクリルアミド  ジメチルアクリルアミド、ジエチルアクリルアミド、トリス（ヒドロキシメチル）メチルアクリルアミドなどの別の非イオン性アクリルアミド誘導体で置き換えることができる。
【０１３４】
特定のｐＨを有する固体バッファーを生成するために、モノマーの組み合わせおよび濃度の選択に役立てるために、さまざまな情報資源を利用できる。たとえば、モノマーの組み合わせの配合表は、ＪＯＵＲＮＡＬ  ＯＦ  ＣＨＲＯＭＡＴＯＧＲＡＰＨＩＣ  ＬＩＢＲＡＲＹ，ＶＯＬＵＭＥ  ６３  Ｃｈａｐｔｅｒ  １２（リゲッティ（Ｒｉｇｈｅｔｔｉ）、ストヤノフ（Ｓｔｏｙａｎｏｖ）、およびジューコフ（Ｚｈｕｋｏｖ）編，２００１年）に提供されている。アマシャム・バイオサイエンシズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）は、自社の「プロトコールガイド１：アイソプライム精製のためのタンパク質の等電膜の処方」（Ｐｒｏｔｏｃｏｌ  Ｇｕｉｄｅ  ＃  １：Ｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃ  Ｍｅｍｂｒａｎｅ  Ｆｏｒｍｕｌａｓ  ｆｏｒ  ＩｓｏＰｒｉｍｅ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ）の中で類似の配合表を提供している。ｗｗｗ４．ａｍｅｒｓｈａｍｂｉｏｓｃｉｅｃｅｓ．ｃｏｍ／ａｐｔｒｉｘ／ｕｐｐ００９１９．ｎｓｆ／（ＦｉｌｅＤｏｗｎｌｏａｄ）？ＯｐｅｎＡｇｅ  ｎｔ＆ｄｏｃｉｄ＝ＦＤ３３０２０８８ＢＤ３７ＢＣ６Ｃ１２５６ＥＢ４００４１７Ｅ５Ｃ＆ｆｉｌｅ＝８０６３５０１８．ｐｄｆを参照されたい。
【０１３５】
モノマーの濃度を選択するためのアルゴリズムの入手可能である。たとえば、ファフレダ（Ｇｉａｆｆｒｅｄａ）ら，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇ．，６３０：３１３−３２７頁（１９９３年）を参照されたい。さらに、ポリマーのｐＩを求めるための技術は当技術分野において周知である。そのような方法の例としては、リベイロ（Ｒｉｂｅｉｒｏ）ら，Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２０：２３５−４２頁（１９９０年）、リベイロ（Ｒｉｂｅｉｒｏ）ら，上記引用文献，２１：１３１−４１頁（１９９１年）、およびシレロ（Ｓｉｌｌｅｒｏ）ら，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １７９：３１９−２５頁（１９８９年）が挙げられる。
【０１３６】
一実施形態においては、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／００７７６２号明細書（この記載内容を本明細書に援用する）に記載される粒子を固体バッファーとして使用することができる。
【０１３７】
別の一実施形態においては、固体支持体の空隙内で固体バッファーの重合が行われる。別の実施形態においては、粒子内の空隙の内部細孔容積によって形成される内面および外面などの、固体支持体の内面および外面上に、固体バッファーが堆積される。この体積は、化学結合またはその他の手段によるものであってよい。
【０１３８】
アミノ酸およびペプチドは、それらが明確な等電点を有するときに、このような表面層を提供することができる。したがって、ある実施形態においては、固体バッファーは２種類以上のアミノ酸を含む。これらのアミノ酸は２０種類の天然アミノ酸のいずれかであってよいし、アミノ酸は合成アミノ酸であってもよい。有用なアミノ酸としては、２０種類の天然アミノ酸の中で、イオン化可能な側鎖を有するものが挙げられ、たとえば、リジン、アルギニン、グルタミン酸、アスパラギン酸、セリン、システイン、スレオニン、チロシン、アスパラギン、グルタミンが挙げられる。さらに、前述の粒子内面および外面に取り付けることができ明確なｐＩ値を有するその他の化合物も本発明に使用できることが、当業者には理解できるであろう。粒子表面上に取り付け部位を形成するためにリンカーを使用することができる。
【０１３９】
一般に、固体バッファーは、タンパク質自体を吸着可能となるべきではなく、イオン交換体と同じ密度を有するべきであり、所望のｐＨにおいて良好な緩衝能力を有するべきである。
【０１４０】
用語「固体支持体」は、低濃度でのポリマーの崩壊を防止するためにイオン交換ポリマーまたは固体バッファーを取り付けたり充填したりすることができる固体の多孔質の材料を意味する。
【０１４１】
クロマトグラフィー材料は、さまざまな固体支持体を利用することができる。この場合の固体支持体の例は、粒子、膜、およびモノリスである。「モノリス」は、クロマトグラフィーのリガンドを取り付けることができる一般に多孔質である一体構造の材料である。一般に、モノリスは、ビーズよりもはるかに大きな体積を有し、たとえばモノリス１ｃｍ３当たりで０．５ｍＬを超える。
【０１４２】
一実施形態において、固体支持体は、表面から内側に延在する複数の空隙を有する実質的に多孔質の粒子を含む。これらの粒子は、好ましくは、生物抽出物の分離に適合する大きさ、機械的強度、および浮力を有する。一実施形態において、これらの粒子は、シリカ、チタニア、ジルコニア、ハフニア、アルミナ、ガリア、スカンジア、イットリア、アクチニア、または希土類鉱物酸化物などの１種類以上の鉱物酸化物を含む。
【０１４３】
多孔質粒子が、固体バッファー固体支持体として使用される場合、比較的大きな粒子を使用することで、粒子体積に対する外部表面積を最小限にすることができ、それによって、タンパク質が非特異的に結合する危険性を軽減することができる。ある実施形態においては、これらの粒子は、約５０μｍを超える、または約１００μｍを超える、または約２００μｍを超える直径を有する。一例では、約１５０μｍの粒子が、固体バッファーの固体支持体として使用される。粒子の細孔容積は、全体の粒子体積の１０〜７０％の範囲とすることができる。
【０１４４】
あるいは、多孔質プラスチックビーズを固体支持体として機能させることができる。ポリスチレンは、クロマトグラフィー用に細孔を有するビーズに成形可能なよく知られたポリマーである。他の合成ポリマーを使用することもでき、たとえば、メチルメタクリレートなどのアクリル樹脂、ならびに多孔質ナイロン、多孔質ポリビニルプラスチック、およびポリカーボネートを主成分とするものを使用することができる。多孔質粒子体のさらなる例は、米国特許第６，６１３，２３４号明細書、第５，４７０，４６３号明細書、第５，３９３，４３０号明細書、および第５，４４５，７３２号明細書に記載されており、これらのそれぞれを本明細書に援用する。
【０１４５】
イオン交換クロマトグラフィーは、化合物をそれらの実効電荷に基づいて分離する。布または正に帯電した官能基は、固体支持体マトリックスと共有結合して、それぞれ陽イオン交換体または陰イオン交換体のいずれかが得られる。帯電した化合物を、反対の電荷の交換体に加えると、その化合物は吸着するが、中性または同じ電荷の化合物は、カラムの空の容積内に溶出される。帯電した化合物の結合は可逆的であり、吸着した化合物は、一般に塩またはｐＨグラジエントを使用して溶出させる。
【０１４６】
用語「イオン交換樹脂」は、正または負の符号の１種類の基であるイオン化可能な基を有する固体の多孔質網目構造（無機または有機または複合材料）を意味する。正に帯電したイオン性基（陰イオン交換体）は、たとえば、第４級、第３級、および第２級のアミンおよびピリジンの誘導体である。負に帯電したイオン性基（陽イオン交換体）は、たとえば、スルホネート、カルボキシレート、およびホスフェートである。
【０１４７】
イオン交換樹脂の選択は、分離される化合物の性質に依存する。両性化合物の場合、その化合物のｐＩおよび種々のｐＨ値におけるその安定性によって、分離計画が決定される。そのｐＩを超えるｐＨにおいて、対象となる化合物は負に帯電し、そのｐＩよりも小さいｐＨにおいては、その化合物は正に帯電する。したがって、その化合物がそのｐＩよりも大きいｐＨにおいて安定であれば、陰イオン交換樹脂が使用される。逆に，その化合物がそのｐＩよりも小さいｐＨで安定であれば、陽イオン交換樹脂が使用される。作業時のｐＨによっても、使用される交換体の種類が決まる。強イオン交換樹脂は広いｐＨ範囲で能力を維持するが、弱イオン交換樹脂は、ｐＨがその官能基のｐＫａに一致しなくなると能力が損なわれる。
【０１４８】
陰イオン交換体は、弱または強のいずれかに分類することができる。弱陰イオン交換体上の電荷基は弱塩基であり、脱プロトンするので、高いｐＨにおいてその電荷を失う。ＤＥＡＥ−セルロースは弱陰イオン交換体の一例であり、ｐＨ約９未満でそのアミノ基が正に帯電することができ、より高いｐＨ値では徐々にその電荷を失う。他方で、強陰イオン交換体は、第４級アミンなどの強塩基を含有し、これは、イオン交換クロマトグラフィーに通常使用されるｐＨ範囲（ｐＨ２〜１２）全体で正に帯電した状態を維持する。
【０１４９】
陽イオン交換体も、弱または強のいずれかに分類することができる。強陽イオン交換体は、ｐＨ１〜１４で帯電した状態を維持する強酸（スルホプロピル基など）を含有し、一方、弱陽イオン交換体は弱酸（カルボキシメチル基など）を含有し、これはｐＨが４または４．５未満に減少すると、その電荷を徐々に失う。
【０１５０】
本発明の一実施形態においては、第４級アミンまたはスルホン酸などの強イオン交換体が使用される。５〜８の間のｐＩを有するタンパク質を分離する場合などには、第３級アミンおよびカルボン酸などの弱イオン交換体を使用することもできる。
【０１５１】
表４は一般的なイオン交換体の一覧である。
【０１５２】
【表４】
2008542712.tif 000007
【０１５３】
イオン交換樹脂は当技術分野において周知である。本発明に有用な市販のイオン交換体としては、ＱハイパーＤ（Ｑ  ＨｙｐｅｒＤ）、ＳハイパーＤ（Ｓ  ＨｙｐｅｒＤ）、Ｑセファロース（Ｑ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ）、Ｓセファロース（Ｓ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ）、ＱハイパーＺ（Ｑ  ＨｙｐｅｒＺ）、およびＣＭハイパーＺ（ＣＭ  ＨｙｐｅｒＺ）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。これらの樹脂を固体バッファービーズなどと混合して、たとえば、本発明のクロマトグラフィー材料を製造することができる。
【０１５４】
クロマトグラフィー材料は、５％〜９５％の体積のイオン交換体を含むことができ、残部は固体バッファーである。
【０１５５】
タンパク質をそれらのｐＩに基づいて混合物から分離するために有用なクロマトグラフィー材料は、固体バッファーをイオン交換樹脂と混合することによって製造される。一実施形態において、それぞれ異なる固体支持体に取り付けた固体バッファーおよびイオン交換樹脂を組み合わせて混合物を形成する。さらに、この混合物を混合粒子の床とすることができる。
【０１５６】
別の一実施形態においては、クロマトグラフィー材料は、膜またはモノリスなどの１種類の固体支持体に取り付けられた固体バッファーおよびイオン交換樹脂を含む。別の例では、イオン交換樹脂が、１種類の粒子上の固体バッファーと混合される。この実施形態において、粒子に取り付けられた固体バッファーを最初に調製した後、イオン交換特性を有し大きな孔を有するポリマーを固体バッファーの上に形成する。
【０１５７】
本発明のクロマトグラフィー材料を通過するタンパク質は（たとえば、カラム、またはチャンバー１０２の系列を通過）は、固体バッファーによって生じるｐＨよりもそれぞれ下、上、または同じのいずれであるかに依存して、実効正電荷または実効負電荷のいずれかを有するか、あるいは中性となる。その環境のｐＨにおいてイオン交換樹脂とは反対の電荷を有するタンパク質は、そのイオン交換体に結合し、一方、中性または同じ電荷のタンパク質は、結合しないままであり、そのクロマトグラフィー材料を通過する。すなわち、たとえば、固体バッファーのｐＨにおいて負に帯電しているタンパク質は、イオン交換樹脂が陰イオン交換樹脂である場合には、そのイオン交換樹脂に結合する。次に、捕捉されたタンパク質は、そのクロマトグラフィー材料から溶出させることができる。したがって、本発明のクロマトグラフィー材料は、ｐＩに基づいたタンパク質の分離に有用である。
【０１５８】
別の一実施形態においては、タンパク質は、クロマトグラフィー材料の系列を使用して、それぞれのｐＩに基づいて混合物から分離される。異なるクロマトグラフィー材料で構成される多段階カラム（またはチャンバー１０２の系列）中で、ｐＨの不連続なグラジエントが発生する。このようなカラム（またはチャンバー１０２の系列）を通過する混合物中のタンパク質は、カラム（またはチャンバー１０２の系列）中での位置によって異なってイオン化され始める。あるタンパク質がイオン交換樹脂と反対側の電荷を有するようになると、そのタンパク質はイオン交換樹脂に結合する。したがって、カラム（またはチャンバー１０２の系列）を通過して移動する混合物は、カラム（またはチャンバー１０２の系列）の異なる区域を通過するときに、１つの分類のタンパク質が失われる。
【０１５９】
したがって、図１〜１０に示される分離装置の１つは、装置のチャンバー１０２内に連続的に配置されたクロマトグラフィー材料の系列を含むことができる。このクロマトグラフィー材料の系列は、それぞれｐＨ９、７、および５（上部から底部で）の陽イオン交換体および固体バッファーを含むことができる。生物抽出物のサンプルを、最初に、９の固体バッファーを保持する容器に適用する。ｐＨ９を超えるｐＩを有するタンパク質は、この環境で正に帯電し、したがって、最初のチャンバー１０２中のクロマトグラフィー材料のイオン交換体部分に結合し、大部分の生物抽出物の中では、これは少数のタンパク質種である。中性または負に帯電したタンパク質は結合せず、第１のチャンバー１０２／５１０から溶出する。次に、この溶出液を、ｐＨ７の固体バッファーを保持する第２のチャンバー１０２／５１０に装入する。このｐＨにおいて、７を超えるｐＩを有するタンパク質は正に帯電し、イオン交換体に結合する。中性および正に帯電したタンパク質は結合せず、そのクロマトグラフィー材料を保持する第２のチャンバー１０２／５１０から溶出する。したがって、この区分のクロマトグラフィー材料は、７〜９の間のｐＩを有するタンパク質を捕捉し、９を超えるｐＩを有するタンパク質は第１のチャンバー１０２／５１０中に既に捕捉されている。次に、この第２の溶出液を、ｐＨ５の固体バッファーを有するクロマトグラフィー材料を保持する第３のチャンバー１０２／５１０に装入する。上述の機構と類似の機構により、５〜７の間のｐＩのタンパク質が陽イオン交換体によって捕捉され、５以下のｐＩを有するタンパク質は捕捉されず、溶出液中に存在する。サブサンプルとなる結合したタンパク質は、種々のチャンバー１０２から従来手段によって後に溶出させることができる。したがって、タンパク質は、９を超えるｐＩを有するサブサンプル、７〜９の間のｐＩを有するサブサンプル、５〜７の間のｐＩを有するサブサンプル、および５未満のｐＩを有するサブサンプルに分画される。同様の方法で、次第に増加するｐＨの固体バッファーで構成されるクロマトグラフィー材料を使用して、陽イオン交換クロマトグラフィーによってタンパク質を分画することができる。
【０１６０】
一態様においては、系列は、２種類、３種類、４種類、５種類、６種類、７種類、８種類、９種類、１０種類、１１種類、または１２種類の異なるクロマトグラフィー材料を含むことができる。前述したように、陰イオン交換体または陽イオン交換体のいずれが使用されるかに依存して、それぞれ、ｐＨが増加する、または減少する順で、クロマトグラフィー材料が、カラムまたはチャンバー１０２内に配列される。
【０１６１】
クロマトグラフィー用アドーベント（ａｄｏｒｂｅｎｔ）上に装入するための溶液の調製において、たとえば、塩化ナトリウムまたは塩化カリウムなどの単塩などの電解質を使用することができる。しかし、生体分子が電解質として作用する場合は、何も含まない水を使用することができる。タンパク質の凝集を防止するために、混合物に改質剤を加えることもできる。このような改質剤の例としては、グリコール、ならびに尿素または非イオン性洗剤などの非イオン性カオトロピック剤が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０１６２】
結合したタンパク質は、イオン交換樹脂からタンパク質を溶出させることができるあらゆる化学成分を使用して脱着させることができる。最も一般的には、塩溶液を使用してタンパク質を脱着させるが、ｐＨの変化やディスプレーサーを利用することもできる。
【０１６３】
別の一実施形態においては、容器の系列を含む装置が提供され、系列中の第１の容器は、流体入口を含み、系列中の最終容器は流体出口を含み、系列中の各容器は、系列の次の容器と流体連通しており、系列中の各容器は、異なるクロマトグラフィー材料を含み、これらの容器は、クロマトグラフィー材料のｐＨが増加または減少する順序で配列される。
【０１６４】
このような一実施形態においては、クロマトグラフィー材料は、入口および出口を有するカートリッジまたは容器のセグメント内に収容される。これらのセグメントは、互いに積み重ね可能であり、互いに取り外し可能である。各セグメントは、異なるクロマトグラフィー材料を含有する。これらは、クロマトグラフィー材料を所定の位置に保持するためのフィルターまたは膜を有することができる。終端通しが取り付けられる場合、それらのセグメントは、溶液を注ぎ入れることができる１つのカラムを形成する。すべてのセグメントに流体を通した後、セグメントは互いに取り外すことができ、捕捉されたタンパク質は各セグメントから溶出させることができる。たとえば、国際公開第０３／０３６３０４号パンフレット（シュルツ（Ｓｃｈｕｌｔｚ）ら）を参照されたい。
【０１６５】
このような別の一実施形態においては、容器は、図１〜３に示されるもののようなマイクロタイタープレートのウェルであり、系列中の各容器は、取り外し可能な導管に接続されたチャンバー１０２／５１０によって画定される。前述したように、このプレートは、ドリッププレートまたはフィルタープレートであってよい。しかし、別の実施形態においては、プレートは、孔などのチャネルを含む部品を含むことができ、このチャネルは部品のいずれかの側で開いており、導管を孔の開口部に取り付けると、チャンバーが画定される。好ましくは、チャンバー１０２は、実質的に１つの面内に配列される。
【０１６６】
以下の実施例は単に説明を目的としており、それらを考慮した種々の修正または変更は、当業者によって提案され、それらが本出願の意図および範囲、ならびに添付の特許請求の範囲の中に含まれることを理解されたい。
【実施例】
【０１６７】
実施例２：ｐＨ８．５の固体バッファーの調製
ｐＨ８．５の固相バッファーの調製は、ｐＫ８．５を有するＮ，Ｎ−ジメチル−アミノプロピル−アクリルアミド１０ｍｍｏｌ（これは１４２０ｍｇの遊離塩基である）を５０ｍＬの水中に溶解させることによって行うことができる。この溶液を、ｐＫ３．１のモノマーのアクリルアミドグリコール酸（遊離酸）をゆっくり添加することによって、ｐＨ８．５まで滴定する。次に、３０ｇのアクリルアミドおよび２ｇのメチレン−ビス−アクリルアミドをこの溶液に加える。次に、この溶液の体積を１００ｍＬまで増加させる。この最終溶液に、過硫酸アンモニウムおよびＴＥＭＥＤなどの重合触媒を加える。次に、この溶液を、多孔質粒子の含浸などに使用する。ヒドロゲルが粒子の細孔内で重合してから、材料を洗浄して、副生成物および過剰の試薬を除去する。この固相バッファーは、２０％エタノールの存在下で保管することができる。
【０１６８】
実施例３：ｐＨ４．６の固体バッファーの調製
ｐＨ４．６の固相バッファーの調製は、１００ｍＭのＮ−アクリロイルグリシン（ｐＫ４．６）を１リットルの蒸留水中に溶解させることによって行うことができる。次にこの溶液を、Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリエチルアミノエチルアクリルアミドの濃厚溶液（水中５０％）を加えることによって、ｐＨ４．６まで滴定する。得られた溶液に、２００グラムのアクリルアミドおよび１０グラムのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドを加える。この混合物を完全に溶解するまで撹拌する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に溶液に加える。３８ｍＬの最終溶液を、約７５μＭ（１００グラムで細孔容積が３８ｍＬ）の多孔質ジルコニアビーズ１００ｍＬに加え、この無機ビーズの多孔質容積内に溶液が完全に吸収されるまで混合する。次に、含浸させたビーズを、交互に窒素を導入しながら真空下で３回脱気する。次に、この混合物を、モノマーが重合するまで窒素の存在下、室温で保管する。得られた固体バッファーは、水、同じｐＨのバッファー（たとえば、酢酸バッファーｐＨ４．６）、さらに再び水で十分に洗浄する。続いて、この固体バッファーは、イオン交換体の存在下ですぐに使用することができる。
【０１６９】
実施例４：ｐＨ９．３の固体バッファーの調製
ｐＨ９．３の固体バッファーの調製は、１００ｍＭのＮ，Ｎ−ジメチルアミノプロピルアクリルアミド（ｐＫ９．３）を１リットルの蒸留水中に溶解させることによって行うことができる。次にこの溶液を、アクリル酸の濃厚溶液（水中５０％）を加えることによって、ｐＨ９．３まで滴定する。得られた溶液に、２００グラムのジメチル−アクリルアミドおよび１０グラムのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドを加える。得られた混合物を、完全に溶解するまで撹拌する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に加える。３８ｍＬの最終溶液を、約７５μＭ（１００グラムで細孔容積が３８ｍＬ）の多孔質ジルコニアビーズ１００ｍＬに加え、このビーズの多孔質容積内に溶液が完全に吸収されるまで混合する。次に、含浸させたビーズを、交互に窒素を導入しながら真空下で３回脱気する。次に、この混合物を、モノマーが重合するまで窒素の存在下、室温で保管する。得られた材料は、水、同じｐＨのバッファー（たとえば、Ｔｒｉｓ−ＨＣｌバッファー、ｐＨ９．３）、さらに再び水で十分に洗浄する。続いて、この固体バッファーは、イオン交換体の存在下ですぐに使用することができる。
【０１７０】
実施例５：ｐＨ７．７の固体バッファーの調製
ｐＨ７．７の固体バッファーの調製は、５０ｍＭの３−モルホリノプロピルアクリルアミド（ｐＫ７．０）および５０ｍＭのＮ，Ｎ−ジメチルアミノエチルアクリルアミド（ｐＫ８．５）を１リットルの蒸留水中に溶解させることによって行うことができる。次にこの溶液を、２−アクリルアミド−２−メチルプロパンスルホン酸の濃厚溶液（水中５０％）を加えることによって、ｐＨ７．７まで滴定する。得られた溶液に、２００グラムのアクリルアミドおよび１０グラムのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドを加え、得られた混合物を、完全に溶解するまで撹拌する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に加える。３８ｍＬの最終溶液を、約７５μＭ（１００グラムで細孔容積が３８ｍＬ）の多孔質ジルコニアビーズ１００ｍＬに加え、このビーズの多孔質容積内に溶液が完全に吸収されるまで混合する。次に、含浸させたビーズを、交互に窒素を導入しながら真空下で３回脱気する。次に、この混合物を、モノマーが重合するまで窒素の存在下、室温で保管する。得られた材料は、水、同じｐＨのバッファー（たとえば、モルホリン−ＨＣｌバッファーｐＨ７．７）、さらに再び水で十分に洗浄する。続いて、この固体バッファーは、イオン交換体の存在下ですぐに使用することができる。
【０１７１】
実施例６：混合モードクロマトグラフィー材料（ｐＨ４．６の固体バッファーおよび陽イオン交換体）の調製
ｐＨ４．６の固体バッファーは、１５０ｍＭのＮ−アクリロイルグリシン（ｐＫ４．６）および１０ｍＭのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドを１リットルの蒸留水中に溶解させることによって行うことができる。次にこの溶液を、Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリエチルアミノエチルアクリルアミドの濃厚溶液（水中５０％）を加えることによって、ｐＨ４．６まで滴定する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に加える。
【０１７２】
別に、５％の２−アクリルアミド−２−メチルプロパンスルホン酸ナトリウム塩、５％のジメチルアクリルアミド、ならびに１％およびｍＭのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドで構成される第２の水溶液を調製する。次にこの溶液のｐＨを、塩基または酸を加えることによって４．６に調整する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に加える。
【０１７３】
約７５μＭ（１００グラムで細孔容積が４０ｍＬ）の多孔質ジルコニアビーズ１００ｍＬを、２０ｍＬの第１のモノマー溶液と混合し、前述の実施例の重合までのところに記載されるようにして処理する。この中間生成物を、水、同じｐＨのバッファー（たとえば、酢酸バッファーｐＨ４．６）、さらに再び水で十分に洗浄する。洗浄した生成物は、乾燥エタノールおよびアセトンで繰り返し洗浄することなどによって乾燥させる。
【０１７４】
次に、この乾燥した中間生成物を、２０ｍＬの第２のモノマー溶液と混合する（無機ビーズの全多孔質容積を満たすまで）。上述のように第２の重合プロセスを開始する。最終的なクロマトグラフィー材料を、酢酸バッファーｐＨ４．６、および蒸留水で十分に洗浄する。
【０１７５】
実施例７：ｐＨ６．５の固体バッファーの調製
ｐＨ６．５の固体バッファーの調製は、１５０ｍＭの３−モルホリノプロピルアクリルアミド（ｐＫ７．０）を１リットルの蒸留水中に溶解させることによって行うことができる。次にこの溶液を、Ｎ−アクリロイルグリシン（ｐＫ３．６）の濃厚溶液（水中５０％）を加えることによって、ｐＨ６．５まで滴定する。得られた溶液に、４００グラムのアクリルアミドおよび３０グラムのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドを加え、得られた混合物を、完全に溶解するまで撹拌する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’、Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に加える。１００ｍＬのこの溶液を、３％のアラセル（ａｒｌａｃｅｌ）Ｃ（油溶性乳化剤）を含有する５００ｍＬのパラフィン油中に分散させる。この懸濁液を６５℃で３時間撹拌し続けて、モノマーをともに共重合させる。重合中に形成されたヒドロゲルビーズを、濾過により回収し、非極性溶媒で十分に洗浄して、微量のパラフィン油を除去する。次に、このビーズを、水、同じｐＨのバッファー、さらに再び水で十分に洗浄する。続いて、この固体バッファーは、イオン交換体の存在下ですぐに使用することができる。
【０１７６】
実施例８：不規則な粒子を使用したｐＨ９．０の固体バッファーの調製  
ｐＨ６．５の固体バッファーの調製は、１５０ｍＭのＮ，Ｎ，Ｎ−トリエチル−アミノエチル−アクリルアミド（ｐＫ１２）を１リットルの蒸留水中に溶解させることによって行うことができる。次にこの溶液を、アクリルアミドグリコール酸（ｐＫ３．１）の濃厚溶液（水中５０％）を加えることによって、ｐＨ９．０まで滴定する。得られた溶液に、３００グラムのジメチル−アクリルアミドおよび２０グラムのＮ，Ｎ’−メチレン−ビス−アクリルアミドを加え、得られた混合物を、完全に溶解するまで撹拌する。Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムで構成される触媒系を使用直前に加える。次にこの溶液を、窒素下で６５℃の温浴に入れる。５時間後、充満したヒドロゲル下で重合が完了する。このヒドロゲルを小さな断片に切断し、粉砕して約１００μｍの粒子を得る。次に、粒子となった生成物を、水、次に同じｐＨのバッファー、さらに再び水で十分に洗浄する。続いて、この固体バッファーは、イオン交換体の存在下ですぐに使用することができる。
【０１７７】
実施例９：３種類の異なる固体バッファーと混合した陰イオン交換体を使用したｐＩに基づくタンパク質の分離
３種類のクロマトグラフィー材料の系列を、相互接続された部分カラムまたはチャンバー１０２／５１０（先行の出口が後続の入口と出会う）カラムまたはチャンバー１０２／５１０の系列として組み立てる。各クロマトグラフィー材料は、同じ陰イオン交換体（ＱハイパーＺ（Ｑ  ＨｙｐｅｒＺ）収着剤）を含むが、異なるｐＨ、特にそれぞれ５．４、７．７、および９．５の異なる固体バッファーを含む。クロマトグラフィー部分カラムまたはチャンバー１０２は、ｐＨが増加する順序で位置合わせされ、すなわち、第１の部分カラムまたはチャンバー１０２／５１０がｐＨ５．４を有し、最終の吸着剤がｐＨ９．５を有する。
【０１７８】
このＱ陰イオン収着剤は、固相バッファーによって誘導されるすべてのｐＨ範囲（５．４〜９．５）内で正に帯電する。
【０１７９】
５種類のタンパク質（リゾチーム（ｐＩが１１）、チトクロムｃ（ｐＩが９．０）、ミオグロビン（ｐＩが７．０）、ヒトアルブミン（ｐＩが６．０）、およびフェチュイン（ｐＩ＜５．０））を含有するサンプルを、１０ｍＭの塩化カリウム中で調製する。タンパク質間の相互作用を回避するため、２Ｍ尿素を加える。次にサンプルをカラム上または第１のチャンバー１０２／５１０中に装入する。
【０１８０】
第１のクロマトグラフィー材料においては、ｐＨ５．４において負に帯電する唯一のタンパク質であるため、フェチュインのみが吸着される。残りの４種類のタンパク質は、カラム中の第２のクロマトグラフィー材料または第２のチャンバー１０２／５１０中まで進む。
【０１８１】
第２のクロマトグラフィー材料においては、ｐＨ５．４でアルブミンおよびミオグロビンの両方が負に帯電する。したがってこれらはこのイオン交換体によって捕捉される。
【０１８２】
カラムまたは第３のチャンバー１０２／５１０中の第３のクロマトグラフィー材料においては、サンプル中に残留しｐＨ９．５において負に帯電する唯一のタンパク質であるため、チトクロムＣのみが吸着される。
【０１８３】
リゾチームは、ｐＨ９．５において実効正電荷を有する。したがって、これは、カラムまたは第３のチャンバー１０２／５１０を通り抜けて出てくる。
【０１８４】
吸着段階が終わってから、クロマトグラフィー材料を取り外し、タンパク質を脱着させるために別々に処理を行う。結合したタンパク質は１Ｍ塩化カリウムを使用することで脱着され、それによって複数のサブサンプルが得られる。
【０１８５】
実施例１０：３種類の異なる固体バッファーと混合した陽イオン交換体を使用したｐＩに基づくタンパク質の分離
３種類のクロマトグラフィー材料の系列を、相互接続された部分カラムまたはチャンバー１０２（先行の出口が後続の入口と出会う）カラムの系列として組み立てる。各クロマトグラフィー材料は、同じ陽イオン交換体を含むが、異なるｐＨ、特にそれぞれ５．４、７．７、および９．５の異なる固体バッファーを含む。クロマトグラフィー部分カラムまたはチャンバー１０２は、ｐＨが減少する順序で位置合わせされ、すなわち、第１の部分カラムまたはチャンバー１０２／５１０がｐＨ９．５を有し、最終の吸着剤がｐＨ５．４を有する。
【０１８６】
この陽イオン交換体は、固相バッファーによって誘導されるすべてのｐＨ範囲（５．４〜９．５）内で負に帯電する。
【０１８７】
５種類のタンパク質（リゾチーム（ｐＩが１１）、チトクロムｃ（ｐＩが９．０）、ミオグロビン（ｐＩが７．０）、ヒトアルブミン（ｐＩが６．０）、およびフェチュイン（ｐＩ＜５．０））を含有するサンプルを、１０ｍＭの塩化カリウム中で調製する。タンパク質間の相互作用を回避するため、２Ｍ尿素を加える。次にサンプルをカラム上または第１のチャンバー１０２／５１０中に装入する。
【０１８８】
第１のクロマトグラフィー材料においては、ｐＨ９．５において負に帯電する唯一のタンパク質であるため、リゾチームのみが吸着される。残りの４種類のタンパク質は、カラム中の第２のクロマトグラフィー材料または第２のチャンバー１０２／５１０まで進む。
【０１８９】
第２のクロマトグラフィー材料においては、サンプル中に残留しｐＨ７．７において負に帯電する唯一のタンパク質であるため、チトクロムＣのみが吸着される。残りのタンパク質は、カラム中の第３のクロマトグラフィー材料または第３のチャンバー１０２／５１０まで進む。
【０１９０】
第３のクロマトグラフィー材料においては、ｐＨ５．４でアルブミンおよびミオグロビンの両方が負に帯電する。したがってこれらのタンパク質はこの陰イオン交換体によって捕捉される。
【０１９１】
フェチュインは、ｐＨ５．４において実効正電荷を有する。したがって、フェチュインはカラムまたは第３のチャンバー１０２／５１０を通り抜けて出てくる。
【０１９２】
吸着段階が終わってから、クロマトグラフィー材料を取り外し、タンパク質を脱着させるために別々に処理を行う。結合したタンパク質は１Ｍ塩化カリウムを使用することで脱着され、それによって複数のサブサンプルが得られる。
【０１９３】
ＩＶ．疎水性インデックスに基づく分画
本明細書において本発明者らが説明する方法以外に疎水性インデックスによる他の分離方法が存在するのであれば、それらについて言及すべきである。
【０１９４】
本発明の別の一実施形態は、従来可能であったよりも高い感度および効率を実現しながら、生体分子成分の単離および検出を行うことによって、生体分子成分（すなわち、タンパク質、核酸、脂質、代謝物などの生体内作用によって生成される化学種）を含有する複合混合物の複雑性を軽減するための方法およびシステムを提供する。
【０１９５】
図１２は、１０００における本発明の一実施形態を説明している。後述のように少なくとも部分的に分割するために、複数の異なる生体分子成分１００１を含む複合混合物を含有するサンプル溶液を、サンプル分画用カラム１００２（またはチャンバー１０２／５１０の系列）に導入する。カラム１００２（またはチャンバー１０２／５１０の系列）は、連続して（たとえば、連続するチャンバー１０２／５１０中）配列された複数の収着材料１００４、１００６、１００８、および１０１０を含み、それらの中をサンプル溶液１００１が連続的に通過することによって、各収着材料の単離が行われ、残りすべての溶液は容器１０１２に溶出させることができる。
【０１９６】
本発明の一実施形態においては、収着剤１００４、１００６、１００８、１０１０によって実質的にすべての生体分子成分が捕捉されるように、収着剤量が選択される。本発明のより具体的な一実施形態においては、収着剤１００４、１００６、１００８、１０１０のそれぞれが、複数の生体分子成分の実質的に固有のサブセットを捕捉する。したがって、収着剤１００４はサブサンプル１０１４を捕捉するために有効であり、収着剤１００６はサブサンプル１０１６を捕捉するために有効であり、収着剤１００８はサブサンプル１０１８を捕捉するために有効であり、収着剤１０１０はサブサンプル１０２０を捕捉するために有効である。サンプル溶液１００１中の複数の生体分子成分の種々のサブサンプルが捕捉された後、捕捉された生体分子成分を含む収着剤は、より長時間単離することができる（すなわち、カラムまたはチャンバー１０２／５１０から取り出すことができる）。サブサンプルは、収着剤から溶離させたり、他の方法で取り出したりすることによって、より詳細に後述するように、多次元分離プロトコールによりさらに処理することができる。
【０１９７】
本発明の多重分離方法は、少なくとも１０００種類、少なくとも１００，０００種類、または少なくとも１０，０００，０００種類の異なる生体分子種（たとえば、タンパク質）を含むサンプルなどの複雑な混合物中の検体の分画に特に有用である。本発明の方法は、生物学的サンプルから生体分子を分離する場合に特に有用である。そのようなサンプルとしては、たとえば、羊水、血液、脳脊髄液、関節内液、眼液、リンパ液、乳汁、汗  血漿、唾液  精液、精漿、血清、痰、滑液、涙、臍帯液、尿、生検ホモジネート、細胞培養液、細胞抽出物、細胞ホモジネート、ならし培地、発酵ブロス、組織ホモジネート、およびこれらの派生物を挙げることができる。
【０１９８】
本発明の利点の１つは、本発明の装置が、希望するあらゆる数の分離のために使用することができ、そのような分離に容易に適応可能なことである。さらに、たとえば、蠕動ポンプおよび／または真空ステーションなどの一部の基本的な実験室用設備以外に、装置を追加する必要がない。
【０１９９】
別の一実施形態においては、本発明はキットを提供する。本発明のキットは、本発明の装置と、分離媒体を含む少なくとも１つの容器とを含む。このようなキットは、分離媒体を含むチャンバーの個別の配列、および分離媒体の個別の系列をどのようにするかを使用者が決定できるため有用となる。したがって、ある実施形態においては、本発明のキットは、複数の異なる分離媒体を含む。本発明のキットは、場合により、装置の使用中にあるチャンバーから別のチャンバーにサンプルを移動させるためのバッファーなどの流体を含む少なくとも１つの容器を含むことができる。
【０２００】
実施例：
前述の実施形態の１つを使用したヒト血清の分離プロトコールの１つを以下に説明する。
【０２０１】
ステップ１：図１０に示される種類の９６チャンバー（８×１２）マイクロタイターフィルタープレート（米国ニュージャージー州のプリンストン・セパレーションズ（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ  Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎｓ，ＮＪ，ＵＳＡ）、長いドリップノズル、２５μＭの膜孔径）の縦列内のチャンバーに、以下の機能の樹脂を１５０μｌ（全充填床体積）充填した：プロテインＡ、ブルー・トリスアクリル（ｂｌｕｅ  ｔｒｉｓａｃｒｙｌ）、ＭＥＰ、ヘパリン、緑色染料リガンド、およびフェニルプロピル。
【０２０２】
ステップ２：プラスチックチューブを使用して、（ａ）第１のチャンバーの出口の第２のチャンバーの入口への接続し、（ｂ）第２のチャンバーの出口の第３のチャンバーの入口への接続（など）を行った後、蠕動ポンプ（バイオ−ラド・モデルＥＰ−１エコノ・ポンプ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ  ｍｏｄｅｌ  ＥＰ−１  Ｅｃｏｎｏ  Ｐｕｍｐ））を第１のチャンバーの入口に接続した。次に、２０体積の結合バッファー（１×ＰＢＳｐＨ７［１６体積］、１ＭＴｒｉｓ−ＨＣｌバッファーｐＨ８［９体積］、および脱イオン水［７５体積］）を、チャンバー内（すなわち、樹脂の系列を通過させる）に０．２ｍｌ／分の流速で圧送した。
【０２０３】
ステップ３：結合バッファーを平衡化させた後、４０μｌの変性血清（米国ジョージア州ノークロスのインタージェン（Ｉｎｔｅｒｇｅｎ，Ｎｏｒｃｒｏｓｓ，ＧＡ，ＵＳＡ）のヒト血清、２ｍｌの血清に２．５ｍＬの９Ｍ尿素、２％のＣＨＡＰＳ（３−［（コラミドプロピル）ジメチルアミノ］−１−プロパンスルホネート）を加えて室温で１時間で変性させた）を結合バッファー中１：５で希釈した。希釈した血清を、次に、第１のチャンバーの入口に導入した。
【０２０４】
ステップ４：結合バッファーを使用して、チャンバーを通過する流れを０．０２ｍｌ／分の速度に再設定した。最初の６０分間は、最終チャンバーの出口からの溶出液は廃棄した。
【０２０５】
ステップ５：最初の６０分の後、次の６０分間で溶出液を収集した。
【０２０６】
ステップ６：合計１２０分後、流れを停止させ、すべてのプラスチックチューブをマイクロタイタープレートから取り外した。
【０２０７】
ステップ７：各ウェル内の過剰のバッファーは真空によって除去し、廃棄した。
【０２０８】
ステップ８：次に、各ウェルで捕捉されたタンパク質は、（ｉ）ＴＦＡ（０．８体積）−水（７９．２体積）−ＡＣＮ（６．６体積）−ＩＰＡ（１３．４体積）、または（ｉｉ）水酸化アンモニウム（８体積）−水（７２体積）−ＡＣＮ（６．６体積）−ＩＰＡ（１３．４体積）のいずれかを使用して、個別に溶出させた。特に、２０分間穏やかに混合しながら収着剤をインキューベートすることによって、タンパク質の溶出を行った。
【０２０９】
ステップ９：各収着剤からの上澄みは、真空濾過によって収集プレート中に回収し、凍結させ、凍結乾燥させた。凍結乾燥した残分を次に１００μＬの２５ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌバッファーｐＨ７．５または１５０μｌの５０ｍＭのヘペス（Ｈｅｐｅｓ）０．１％ＯＧＰバッファー中に再溶解させた。凍結乾燥した残分を再溶解させたもののアリコートを、次にＳＥＬＤＩ−質量分析（米国カリフォルニア州フリーモントのサイファージェン・バイオシステムズ・インコーポレイテッド（Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．，Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ，ＵＳＡ））によって分析した。この方法を使用して、流出分を含めて合計８つの分画が各サンプルから得られた。
【０２１０】
ステップ１０：Ｑ１０プロテインチップ・アレイ（Ｑ１０  ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ  ａｒｒａｙ）（サイファージェン・バイオシステムズ・インコーポレイテッド（Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．））の各スポットについて、製造元の取扱説明書に記載されている通り、記載のアレイ特異的結合バッファー１５０μＬを使用した５分間の平衡化を２回行った。次に、各スポット表面に、あらかじめアレイ結合バッファーで半分に希釈しておいたサンプル３０μＬ（１５０μＬの溶解バッファーには５０μＬ）を装入した。
【０２１１】
ステップ１１：激しい振盪下３０分のインキュベーション時間の後、各スポットについて、１５０μＬの結合バッファーを５分間使用した洗浄を２回行って、吸着していないタンパク質を除去した。続いて、各スポットを脱イオン水で迅速に洗浄した。
【０２１２】
ステップ１２：すべての表面を乾燥させ、ＡＣＮ（４９．５体積）−ＴＦＡ（０．５体積）−脱イオン水（５０体積）の混合物中のＳＰＡの飽和溶液０．５μＬを２回装入し、再び乾燥させた。
【０２１３】
ステップ１３：次に、質量分析計読取機を、正イオンモードにおいて、イオン加速電位２０ｋＶおよび検出器電圧２．８ｋＶで使用して、すべてのアレイを分析した。質量分析計によって調べた分子量範囲ｍ／ｚ０〜３００であった。焦点質量は、高質量範囲および低質量範囲でそれぞれ３０および７に設定した。スポット表面上のタンパク質の脱離／イオン化に関与するレーザー強度は、高質量範囲および低質量範囲でそれぞれ２００単位および１８０単位に設定し、検出器の感度は９単位に設定した。
【０２１４】
ステップ１４：質量分析の結果を図１１に示しており、これはヒト血清の分画のチャートである。
【０２１５】
以上に本発明の実施形態を説明してきたが、本発明がそのように限定されるものではない。本発明の範囲および意図から逸脱せずに、開示した本発明の実施形態に対する種々の修正および変形を行えることは、当業者には明らかであろう。
【０２１６】
たとえば、前述のチューブ／導管は、図１２Ａ〜１２Ｆに示されるような一連のバルブで置き換え、および／または強化が可能である。具体的には、図１２Ａに示されるように、標準的な９６ウェルプレート中の各チャンバーは、バルブが中に存在する導管によって、同じ横列および縦列でそのチャンバーに隣接する３つまたは４つのチャンバーのそれぞれに接続することができる。図１２Ｂに示される第１の分離プロトコール（たとえばｐＩ分離）中、特定の横列に沿った各チャンバーのそれぞれを接続するバルブを開放することができ、他のすべてのバルブは閉じられる。その結果、横列中のバルブが開放された導管を介して、第１の分離プロトコールを進行させることができる。続いて、図１２Ｃに示されるように、横列に沿った各バルブを閉じた後、この横列と交差する１つ以上の縦列中の各バルブを開くことができる。次に、図１２Ｄに示されるように、縦列中のバルブが開放された導管を介して、第２の分離プロトコール（たとえば疎水性分離）を進行させることができる。さらに、図１２Ｄ中の第２の分離プロトコールが１つの縦列のみを介して進行した場合は、図１２Ｅに示されるように、その縦列に沿った各バルブを閉じた後、その縦列と交差する１つ以上の他の横列中の各バルブを開放することができる。次に、図１２Ｆに示されるように、それらの横列中のバルブが開放された導管を介して、第３の分離プロトコール（たとえば質量分析）を進行させることができる。
【０２１７】
したがって、これらの別の流体工学装置および関連する分離方法は、完全に本発明の範囲内にある。したがって、本明細書に記載される流体装置および方法は、単なる説明であり、特許請求の範囲に示される本発明の範囲を限定するものではないことを理解すべきである。
【図面の簡単な説明】
【０２１８】
【図１】８×１２マトリックスで配列された９６のチャンバーを含み、本発明の第１の実施形態において使用されるマイクロタイタープレートの斜視図である。
【図２Ａ】本発明の第１の実施形態による上部導管プレートの断面図である。
【図２Ｂ】線ＩＩＢ−ＩＩＢに沿った図１のマイクロタイタープレートの断面図である。
【図２Ｃ】本発明の第１の実施形態による下部導管プレートの断面図である。
【図３】それぞれ図２Ａ〜２Ｃの上部プレート、マイクロタイタープレート、および下部プレートの組立断面図である。
【図４】収集プレートに位置合わせされた図１および３のマイクロタイタープレートの断面図である。
【図５】８×１２マトリックスで配列された９６のチャンバーを含み、本発明の第２の実施形態において使用されるマイクロタイタープレートの斜視図である。
【図６】図５のマイクロタイタープレートの断面図であり、あるチャンバーの出口から他のチャンバーの入口まで延在する複数の導管を示している。
【図７】収集プレートに位置合わせされた図６のマイクロタイタープレートの断面図であり、チャンバーの出口から導管が取り外された様子を示している。
【図８Ａ】第３の実施形態の断面図であり、図１〜４の実施形態の上部プレートが２つの別々の部品に分割され、それによってこの実施形態図５〜７に示される実施形態のように機能させることができる。
【図８Ｂ】図８Ａに示されるマイクロタイタープレートの別の実施形態である。
【図９Ａ】本発明の第４の実施形態による上部カバープレートの上面図である。
【図９Ｂ】本発明の第４の実施形態による上部導管プレートの上面図である。
【図９Ｃ】本発明の第４の実施形態による上部ガスケットプレートの上面図である。
【図９Ｄ】チャンバーの２つの横列を含み、本発明の第４の実施形態に使用可能なマイクロタイタープレートの上面図である。
【図９Ｅ】本発明の第４の実施形態による底部ガスケットプレートの上面図である。
【図９Ｆ】本発明の第４の実施形態による底部導管プレートの上面図である。
【図９Ｇ】本発明の第４の実施形態による底部カバープレートの上面図である。
【図９Ｈ】矢印９Ｈで示される線に沿った図９Ａ−９Ｇのプレートの側断面図である。
【図９Ｉ】矢印９Ｉで示される線に沿った図９Ａ−９Ｇのプレートの側断面図である。
【図１０】隣り合って配列された複数のサンプル経路の上面図である。
【図１１】クロマトグラフィー樹脂の一系列を介したヒト血清の分画のチャートである。
【図１２Ａ】バルブの系列で相互接続されたチャンバーのマトリックスで実施される別の実施形態の多次元分離プロトコールを示している。
【図１２Ｂ】バルブの系列で相互接続されたチャンバーのマトリックスで実施される別の実施形態の多次元分離プロトコールを示している。
【図１２Ｃ】バルブの系列で相互接続されたチャンバーのマトリックスで実施される別の実施形態の多次元分離プロトコールを示している。
【図１２Ｄ】バルブの系列で相互接続されたチャンバーのマトリックスで実施される別の実施形態の多次元分離プロトコールを示している。
【図１２Ｅ】バルブの系列で相互接続されたチャンバーのマトリックスで実施される別の実施形態の多次元分離プロトコールを示している。
【図１２Ｆ】バルブの系列で相互接続されたチャンバーのマトリックスで実施される別の実施形態の多次元分離プロトコールを示している。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図９Ｅ】
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【図９Ｆ】
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【図９Ｇ】
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【図９Ｈ】
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【図９Ｉ】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１２Ｃ】
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【図１２Ｄ】
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【図１２Ｅ】
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【図１２Ｆ】
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【国際調査報告】
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