(57)【要約】複合遺伝学的検査の結果を処理するためのシステム及び方法を開示する。本方法は、遺伝子解析装置から生データを受信する工程を含み、その解析装置は、プレート上の複数のウエルに入れられ、少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供する少なくとも一つのコントロールビーズを含有する複数の患者サンプルに対し遺伝学的検査を実施する。遺伝学的検査の結果は、生データに蛍光コントロール信号に関連する信号強度を適用して計算され、ユーザインタフェースが生成されて各々の患者サンプルに関連する検査結果が表示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
複合遺伝学的検査の結果を処理する方法であって、該方法は、
プレート上の複数のウエルに入れられた複数の患者サンプルに対し遺伝学的検査を実施するよう機能する遺伝子解析装置から生データを受信する工程であって、該患者サンプルは、少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するよう機能する少なくとも一つのコントロールビーズを含有する、工程と、
該蛍光コントロール信号に関連する信号強度を該生データに適用して、該遺伝学的検査の結果を計算する工程と、
該患者サンプルの各々と関連する該結果を表示するよう機能するユーザインタフェースを生成する工程とを
含む方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記ウエルの各々に関連する最小信号強度と、前記遺伝学的検査の品質管理指標と、及び前記患者サンプルに関連する品質管理指標との少なくとも一つを規定するよう機能する前記コントロールビーズをさらに含む方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、前記遺伝学的検査が首尾よく実施されたかどうかを示すよう機能する前記コントロールビーズをさらに含む方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、少なくとも２つのコントロールビーズを含有する前記患者サンプルをさらに含み、前記コントロールビーズの各々は固有の信号強度を提供するよう機能する、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、共有結合によってミクロスフィアに接合された捕捉プローブを備えた前記コントロールビーズをさらに含み、前記捕捉プローブは前記患者サンプルに含有されている外来性標的とハイブリダイズするよう機能する、方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、複数の遺伝子変異を検出するよう機能する前記遺伝学的検査をさらに含む方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記遺伝学的検査は嚢胞性繊維症アッセイを含む、方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が、特定の遺伝子変異を示す場合に、前記遺伝子解析装置からレフレックス生データを受信する工程であって、前記レフレックス検査は前記特定の遺伝子変異に関する重症度を判定するよう機能する、工程と、
前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を前記レフレックス生データに適用して前記レフレックス検査の結果を計算する工程と、
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる工程とを
さらに含む方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法であって、
前記遺伝学的検査の前記生データ及びレフレックス検査のレフレックス生データを、前記遺伝子解析装置から同時に受信する工程であって、前記レフレックス検査は特定の遺伝子変異に関する重症度を判定するよう機能する、工程と、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が、前記特定の遺伝子変異を示す場合に、前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を前記レフレックス生データに適用して前記レフレックス検査の結果を計算する工程と、
前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の、前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる工程とを
さらに含む方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、
前記遺伝学的検査の前記生データ、及び前記レフレックス検査の前記レフレックス生データ、及び前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を含む出力ファイルを受信する工程と、
前記出力ファイルを分類して、
前記遺伝学的検査の前記レフレックス生データ及び前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を含む変異ファイル、及び
前記レフレックス検査の前記レフレックス生データ及び前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を含むレフレックス・ファイル
を生成する工程とを
さらに含む方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、
前記コントロールビーズの妥当性を確認する工程と、
前記コントロールビーズの妥当性が確認されたならば、前記遺伝学的検査の前記結果を計算する工程とを
さらに含む方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記遺伝学的検査の前記結果を計算する工程は、前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を使って前記生データからバックグラウンド補正データを計算する工程を含む、方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、前記バックグラウンド補正データに基づいて生成されたバーチャル・ライン・ブロットを含む前記ユーザインタフェースをさらに含み、前記バーチャル・ライン・ブロットは、前記遺伝学的検査の前記結果を視覚的な表現で提示するよう機能する、方法。
【請求項１４】
請求項１２に記載の方法であって、前記バックグラウンド補正データに基づき、対立遺伝子率又は対立遺伝子型同定の少なくとも一つを計算する工程をさらに含む方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、
前記患者サンプルに関連する、前記遺伝学的検査の前記生データ、及び前記バックグラウンド補正データ、及び前記対立遺伝子率、及び前記対立遺伝子型同定の少なくとも一つを含む要約チャートと、
前記ウエルの各々に対応する、前記遺伝学的検査の前記結果のカラーコード表現を含むプレート・チャートとを
含む前記ユーザインタフェースをさらに含む方法。
【請求項１６】
請求項１４に記載の方法であって、前記患者サンプルの各々に関連する患者レポートを含む前記ユーザインタフェースをさらに含み、前記患者レポートの少なくとも一つは、前記対立遺伝子型同定に関連するコメントを随意的に包含し、前記コメントは、前もって定めたコメント又はカスタム・コメントを含む、方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、前記患者レポート中の前記コメントに対する少なくとも一つのアクセス・レベルを提供するよう機能するユーザパスワードをさらに含む方法。
【請求項１８】
請求項１４に記載の方法であって、
同類の対立遺伝子型同定を含む複数の前記患者サンプルと、
前記複数の患者サンプルに関連する複数の患者レポートとを
さらに含み、
前記複数の患者レポートのそれぞれは前記同類対立遺伝子型同定を記載したコメントを含む、
方法。
【請求項１９】
請求項１４に記載の方法であって、前記対立遺伝子型同定に基づいて前記患者サンプルの各々に対する前記遺伝学的検査の前記結果をフィルタにかける工程をさらに含む方法。
【請求項２０】
請求項１に記載の方法であって、
対立遺伝子型同定に関連する対立遺伝子率の範囲であって、少なくとも一つのカットオフ比率を含む、前記範囲と、
前記少なくとも一つのカットオフ比率の上下周辺の少なくとも一つの疑問区間であって、上側限界と下側限界とを含む前記少なくとも一つの疑問区間と、
バーチャル・ライン・ブロットの生成に使われるよう機能するスケーリング係数と、
前記コントロールビーズの妥当性確認に使われるよう機能する上部信号閾値と、
前記コントロールビーズの妥当性確認に使われるよう機能する下部信号閾値とを
さらに含む方法。
【請求項２１】
複合遺伝学的検査の結果を処理するためのシステムであって、該システムは、
少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するよう機能する少なくとも一つのコントロールビーズを含有し、プレート上の複数のウエルに入れられた複数の患者サンプルに遺伝学的検査を実施し、
該遺伝学的検査の生データを収集する
よう機能する遺伝子解析装置と、
プロセッサ、及び該プロセッサと動作可能に結合されたコンピュータ読み取り可能記憶装置、及び該コンピュータ読み取り可能記憶装置の中に符号化記憶された処理命令を含む、コンピュータシステムとを含み、該処理命令は、該プロセッサに作動されると
該蛍光コントロール信号に関連する信号強度を該生データに適用して、該遺伝学的検査の結果を計算する工程、及び
該患者サンプルの各々に関連する該結果を表示するよう機能するユーザインタフェースを生成する工程、
を含む作業を実行するよう機能する、システム。
【請求項２２】
請求項２１に記載のシステムであって、前記ウエルの各々に関連する最小信号強度と、前記遺伝学的検査に対する品質管理指標と、前記患者サンプルに関連する品質管理指標との少なくとも一つを規定するよう機能する前記コントロールビーズをさらに含むシステム。
【請求項２３】
請求項２１に記載のシステムであって、前記遺伝学的検査が首尾よく実施されたかどうかを示すよう機能する前記コントロールビーズをさらに含むシステム。
【請求項２４】
請求項２１に記載のシステムであって、少なくとも２つのコントロールビーズを含有する前記患者サンプルをさらに含み、前記コントロールビーズの各々が固有の信号強度を発するよう機能するシステム。
【請求項２５】
請求項２４に記載のシステムであって、ミクロスフィアに共有結合された捕捉プローブを含む前記コントロールビーズをさらに含み、前記捕捉プローブは前記患者サンプル中に含有される外来性標的とハイブリダイズするよう機能する、システム。
【請求項２６】
請求項２１に記載のシステムであって、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が特定の遺伝子変異を示している場合、レフレックス検査を実施してレフレックス生データを収集するよう機能する前記遺伝子解析装置であって、前記レフレックス検査は、前記特定の遺伝子変異に関する重症度を判断するよう機能する、装置と、
前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を前記レフレックス検査の前記レフレックス生データに適用して前記レフレックス検査の前記結果を計算する工程、及び
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる工程を
含む作業を実行するよう機能する前記処理命令とを
さらに含むシステム。
【請求項２７】
請求項２１に記載のシステムであって、
前記遺伝学的検査の生データの収集、及びレフレックス検査のレフレックス生データの収集を同時に実施するよう機能する前記遺伝子解析装置であって、前記レフレックス検査は特定の遺伝子変異に関する重症度を判断するよう機能する、装置と、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が前記特定の遺伝子変異を示している場合に、前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を前記レフレックス生データに適用して前記レフレックス検査の前記結果を計算する工程、及び
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる工程を
含む作業を実行するよう機能する前記処理命令とを
さらに含むシステム。
【請求項２８】
請求項２７に記載のシステムであって、
前記遺伝学的検査の前記生データ、及び前記レフレックス検査の前記レフレックス生データ、及び前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を含む出力ファイルを生成するよう機能する前記遺伝子解析装置と、
前記出力ファイルを分類し、
前記遺伝学的検査の前記生データと前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度とを含む変異ファイル、及び
前記レフレックス検査の前記レフレックス生データと前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度とを含むレフレックス・ファイルを
生成する工程を含む作業を実行するよう機能する前記処理命令とを
さらに含むシステム。
【請求項２９】
請求項２１の記載のシステムであって
前記信号強度を用いて前記患者サンプルに関連する品質の妥当性確認を行う工程と、
前記コントロールビーズの妥当性が確認されたならば、前記遺伝学的検査の前記結果を計算する工程とを
含む作業を実行するよう機能する前記処理命令を
さらに含むシステム。
【請求項３０】
請求項２１に記載のシステムであって、前記遺伝学的検査の前記結果を計算する工程は、前記蛍光コントロール信号に関連する前記信号強度を使って前記生データからバックグラウンド補正データを計算する工程を含む、システム。
【請求項３１】
請求項３０に記載のシステムであって、前記バックグラウンド補正データに基づいてバーチャル・ライン・ブロットを生成して前記ユーザインタフェースに表示する工程を含む作業を実行するよう機能する前記処理命令をさらに含み、前記バーチャル・ライン・ブロットは前記遺伝学的検査の前記結果の視覚的表現を提供するよう機能する、システム。
【請求項３２】
請求項３０に記載のシステムであって、前記バックグラウンド補正データに基づいて、対立遺伝子率又は対立遺伝子型同定の少なくとも一つを計算する工程を含む作業を実行するよう機能する前記処理命令をさらに含む、システム。
【請求項３３】
請求項３２に記載のシステムであって、
前記患者サンプルの各々に関連する、前記遺伝学的検査の前記生データ、前記バックグラウンド補正データ、前記対立遺伝子率、及び前記対立遺伝子型同定の少なくとも一つを含む、前記ユーザインタフェースに表示するための要約チャートを生成する工程と、
前記ウエルの各々に対応する前記遺伝学的検査の前記結果のカラーコード表現を含む、前記ユーザインタフェースに表示するためのプレート・チャートを生成する工程とを、
含む作業を実行するよう機能する前記処理命令をさらに含む、システム。
【請求項３４】
請求項３２に記載のシステムであって、前記患者サンプルの各々に関連する患者レポートを生成し、前記ユーザインタフェースに表示する工程を含む作業を実行するよう機能する前記処理命令をさらに含み、前記患者レポートの少なくとも一つは、前記対立遺伝子型同定に関連するコメントを随意的に含み、前記コメントは、前もって定めたコメント又はカスタム・コメントを含む、システム。
【請求項３５】
請求項３４に記載のシステムであって、前記コンピュータシステムと動作可能に結合されているデータベース中にあって前記コメントに関連するコメント履歴にアクセスする工程を含む作業を実行するよう機能する前記処理命令をさらに含むシステム。
【請求項３６】
請求項３２に記載のシステムであって、前記患者サンプルの各々に対する前記遺伝学的検査の前記結果を、前記対立遺伝子型同定に基づいてフィルタにかける工程を含む作業を実行するよう機能する前記処理命令をさらに含むシステム。
【請求項３７】
複合遺伝学的検査の結果を処理する方法であって、該方法は、
プレート上の複数のウエルに入れられた複数の患者サンプルに対し遺伝学的検査を実施するよう機能する遺伝子解析装置から生データを受信する工程と、
該生データに基づいて該遺伝学的検査の結果を計算する工程と、
該生データ及び該計算結果を含む要約チャート、及び
該患者サンプルの各々の該計算結果に関連する患者レポート
の少なくとも一つを表示するよう機能するユーザインタフェースを生成する工程とを
含む方法。
【請求項３８】
請求項３７の記載の方法あって、前記遺伝学的検査の前記結果を計算する工程は、前記生データからバックグラウンド補正データを計算する工程を含む、方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法であって、前記バックグラウンド補正データとスケーリング係数とに基づいて生成されたバーチャル・ライン・ブロットを表示するよう機能する前記ユーザインタフェースをさらに含み、前記バーチャル・ライン・ブロットは前記遺伝学的検査の前記結果の視覚的表現を提供するよう機能する、方法。
【請求項４０】
請求項３８に記載の方法であって、前記バックグラウンド補正データに基づいて、対立遺伝子率又は対立遺伝子型同定の少なくとも一つを計算する工程をさらに含む方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法であって、前記対立遺伝子型同定に基づいて前記患者サンプルの各々に対する前記遺伝学的検査の前記結果をフィルタにかける工程をさらに含む方法。
【請求項４２】
請求項４０に記載の方法であって、前記対立遺伝子型同定に関連するコメントを随意的に含む前記患者レポートの少なくとも一つをさらに含み、前記コメントは前もって定めたコメント又はカスタム・コメントを含む、方法。
【請求項４３】
請求項４２に記載の方法であって、前記患者レポート中の前記コメントに対する少なくとも一つのアクセス・レベルを提供するよう機能するユーザパスワードをさらに含む方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法であって、
同類の対立遺伝子型同定を含む複数の前記患者サンプルと、
前記複数の患者サンプルに関連する複数の患者レポートであって、前記複数の患者レポートの各々は前記同類の対立遺伝子型同定を記述するコメントを含む、患者レポートとを
さらに含む方法。
【請求項４５】
請求項３７に記載の方法であって、前記ウエルの各々に対応する前記遺伝学的検査の前記結果のカラーコード表現を含むプレート一覧を表示するよう機能する前記ユーザインタフェースをさらに含む方法。
【請求項４６】
請求項３７に記載の方法であって、
対立遺伝子型同定に関連する対立遺伝子率の範囲であって、前記範囲は少なくとも一つのカットオフ比率を含む、前記範囲と、
前記少なくとも一つのカットオフ比率の上下周辺の少なくとも一つの疑問区間であって、上側限界と下側限界とを含む、前記区間と、
バーチャル・ライン・ブロットの生成に使われるよう機能するスケーリング係数と、
前記コントロールビーズの妥当性確認に使われるよう機能する上部信号閾値と、
前記コントロールビーズの妥当性確認に使われるよう機能する下部信号閾値と
の少なくとも一つの設定を行う工程をさらに含む方法。
【請求項４７】
請求項３７に記載の方法であって、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が、特定の遺伝子変異を示す場合に、前記遺伝子解析装置からレフレックス検査のレフレックス生データを受信する工程であって、前記レフレックス検査は前記特定の遺伝子変異に関する重症度を判定するよう機能する、工程と、
前記レフレックス生データに基づいて前記レフレックス検査の結果を計算する工程と、
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる工程とを
さらに含む方法。
【請求項４８】
請求項３７に記載の方法であって、
前記遺伝子解析装置から、前記遺伝学的検査の前記生データとレフレックス検査のレフレックス生データとを同時に受信する工程であって、前記レフレックス検査は特定の遺伝子変異に関する重症度を判断するよう機能する、工程と、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が、特定の遺伝子変異を示す場合に、前記レフレックス生データに基づいて前記レフレックス検査の結果を計算する工程と、
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる工程とを
さらに含む方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法であって、
前記遺伝子解析装置が生成した出力ファイル中の遺伝学的検査の前記生データ及び前記レフレックス検査の前記レフレックス生データを受信する工程と、
前記出力ファイルを分類して、前記遺伝学的検査の前記生データを含む変異ファイル、及び前記レフレックス検査の前記レフレックス生データを含むレフレックス・ファイルを生成する工程とを
さらに含む方法。
【請求項５０】
請求項３７に記載の方法であって、
少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するよう機能する、少なくとも一つのコントロールビーズを含有する前記患者サンプルと、
前記蛍光コントロール信号に関連する信号強度を前記生データに適用して、前記遺伝学的検査の前記結果を計算する工程とを
さらに含む方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記ウエルの各々に関連する最小信号強度の少なくとも一つと、前記遺伝学的検査に対する品質管理指標と、前記患者サンプルに関連する品質管理指標との少なくとも一つを規定するよう機能する前記コントロールビーズをさらに含む方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の方法であって、バックグラウンド補正データを生成するための前記生データのバックグラウンド補正を容易に行えるよう機能する前記コントロールビーズをさらに含む方法。
【請求項５３】
複合遺伝学的検査の結果を表示装置に表示するためのグラフィカル・ユーザ、インターフェースであって、
遺伝学的検査を実施するよう機能する遺伝子解析装置により収集された複数の患者サンプルに関連する生データ、
前記患者サンプルの各々に対応する前記生データに基づいて計算されたバックグラウンド補正データ、
前記患者サンプルの各々に対応する前記バックグラウンド補正データに基づいて計算された対立遺伝子率、及び
前記患者サンプルの各々に対応する前記対立遺伝子率に基づいて計算された対立遺伝子型同定
の少なくとも一つを含む要約チャートと、
前記患者サンプルの各々に関連する患者レポートとを
含むインターフェース。
【請求項５４】
請求項５３に記載のインターフェースであって、前記バックグラウンド補正データとスケーリング係数とに基づいて生成されたバーチャル・ライン・ブロットをさらに含み、前記バーチャル・ライン・ブロットは前記遺伝学的検査の前記結果の視覚的表現を提供するよう機能する、インターフェース。
【請求項５５】
請求項５３に記載のインターフェースであって、前記患者サンプルの入った複数のウエルの各々に対応する、前記遺伝学的検査の前記結果のカラーコード表現を含むプレート一覧をさらに含むインターフェース。
【請求項５６】
請求項５３に記載のインターフェースであって、前記対立遺伝子型同定に基づいて、前記患者サンプルの各々に対する前記遺伝学的検査の前記結果をフィルタにかけるよう機能するバッチ選択をさらに含むインターフェース。
【請求項５７】
請求項５３に記載のインターフェースであって、前記対立遺伝子型同定に関連するコメントを随意的に含む前記患者レポートの少なくとも一つをさらに含み、前記コメントは前もって定めたコメント又はカスタム・コメントを含む、インターフェース。
【請求項５８】
請求項５７に記載のインターフェースであって、前記患者レポート中の前記コメントへのアクセス・レベルを提供するよう機能するユーザパスワードをさらに含み、前記アクセス・レベルには、前記コメントを閲覧すること、前記コメントに追記すること、及び前記コメントを変更することが含まれる、インターフェース。
【請求項５９】
請求項５３に記載のインターフェースであって、
少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するよう機能する少なくとも一つのコントロールビーズを含有する前記患者サンプルと、
前記バックグラウンド補正データを生成するための前記生データのバックグラウンド補正を容易に行えるよう機能する前記コントロールビーズとを
さらに含むインターフェース。
【請求項６０】
複合遺伝学的検査の結果を処理するためのソフトウエアであって、該ソフトウエアはコンピュータ可読の媒体中に具現され、作動されると、
プレート上の複数のウエルに入れられた複数の患者サンプルに対し遺伝学的検査を実施するよう機能する遺伝子解析装置からの生データを受信し、
該生データに基づいて該遺伝学的検査の結果を計算し、
該患者サンプルの各々に対する該生データと、該計算結果と、該該結果に関する患者レポートとを含む少なくとも一つの要約チャートを表示するよう機能するユーザインタフェースを生成する
よう機能するソフトウエア。
【請求項６１】
請求項６０に記載のソフトウエアであって、前記遺伝学的検査の前記結果は、前記生データから計算されたバックグラウンド補正データを含む、ソフトウエア。
【請求項６２】
請求項６１に記載のソフトウエアであって、前記バックグラウンド補正データとスケーリング係数とに基づいて生成されたバーチャル・ライン・ブロットを表示するよう機能する前記ユーザインタフェースをさらに含み、前記バーチャル・ライン・ブロットは前記遺伝学的検査の前記結果の視覚的表現を提供するよう機能する、方法。
【請求項６３】
請求項６１に記載のソフトウエアであって、前記バックグラウンド補正データに基づいて、対立遺伝子率又は対立遺伝子型同定の少なくとも一つを計算するようさらに機能するソフトウエア。
【請求項６４】
請求項６３に記載のソフトウエアであって、前記対立遺伝子型同定に基づいて前記患者サンプルの各々に対する前記遺伝学的検査の前記結果をフィルタにかけるようさらに機能するソフトウエア。
【請求項６５】
請求項６３に記載のソフトウエアであって、前記対立遺伝子型同定に関連するコメントを随意的に含む前記患者レポートを少なくとも一つさらに含み、前記コメントはユーザパスワードによってアクセスされるよう機能する、ソフトウエア。
【請求項６６】
請求項６５に記載のソフトウエアであって、データベース中の、前記コメントに関連するコメント履歴にアクセスするようさらに機能するソフトウエア。
【請求項６７】
請求項６０に記載のソフトウエアであって、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が、特定の遺伝子変異を示す場合に、前記遺伝子解析装置からレフレックス検査のレフレックス生データを受信し、前記レフレックス検査は前記特定の遺伝子変異に関する重症度を判定するよう機能し、
前記レフレックス生データに基づいて前記レフレックス検査の結果を計算し、
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる
ようさらに機能するソフトウエア。
【請求項６８】
請求項６０に記載のソフトウエアであって、
前記遺伝子解析装置から前記遺伝学的検査の前記生データとレフレックス検査のレフレックス生データを同時に受信し、前記レフレックス検査は特定の遺伝子変異に関する重症度を判定するよう機能し、
前記患者サンプルの少なくとも一つに対する前記遺伝学的検査の前記結果が、前記特定の遺伝子変異を示す場合に、前記レフレックス生データに基づいて前記レフレックス検査の結果を計算し、
前記患者サンプルの前記少なくとも一つに対し、前記レフレックス検査の前記結果を、前記ユーザインタフェース中の前記遺伝学的検査の前記結果に組み入れる
ようさらに機能するソフトウエア。
【請求項６９】
請求項６８に記載のソフトウエアであって、
前記遺伝子解析装置が生成した出力ファイル中の遺伝学的検査の前記生データ及び前記レフレックス検査の前記レフレックス生データを受信し、
前記出力ファイルを分類して、前記遺伝学的検査の前記生データを含む変異ファイル、及び前記レフレックス検査の前記レフレックス生データを含むレフレックス・ファイルを生成する
ようさらに機能するソフトウエア。
【請求項７０】
請求項６０に記載のソフトウエアであって、
前記患者サンプルは、少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するよう機能する少なくとも一つのコントロールビーズを含有し、
前記遺伝学的検査の前記結果は、前記蛍光コントロール信号に関連する信号強度を前記生データに適用して計算される、ソフトウエア。
【請求項７１】
請求項６９に記載のソフトウエアであって、バックグラウンド補正データを生成するために前記生データのバックグラウンド補正を容易に行えるよう機能する前記コントロールビーズをさらに含むソフトウエア。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の技術分野
本発明は、一般に遺伝学的検査に関し、さらに具体的には、複合遺伝学的検査（ｃｏｍｐｌｅｘ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｔｅｓｔ）の結果を処理するためのシステム及び方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
遺伝性単一遺伝子疾患に対する分子診断の範囲及び量の急速な伸びは、大きな反響と深い関心とを呼び起こしている。特に、常染色体劣性遺伝病に関して高リスクを持つエスニック・グループ中あるいはさらにその全人口中にいる膨大な数の健常者を含め、想定される検査対象が大きいために、強い経済的刺激によって、研究結果を臨床試験段階に迅速に移すことが促進されている。しかしながら、臨床試験における、臨床的有益性、試験の妥当性確認、及び質の保証の問題への十分な配慮が欠如していることから、遺伝子発見から診断薬への展開が速すぎることに懸念が増大している。
【０００３】
また、増大する遺伝学的検査の量に対し、収集された結果をいかに効果的に管理し適正に解釈するか、患者にいかに有意義な情報を提供するかについても関心が高まっている。現在数多く行われているのは、嚢胞性繊維症（ＣＦ）の兆候を示すＤＮＡ変異について検査することである。従来型のＣＦアッセイでは、ＣＦの原因として知られる複数の変異（例、一部の症例では、２５を超える変異）の有無について患者のサンプルを検査する。複数の患者のサンプルにおける複数の変異についての結果を管理することが、検査を実施する分析試験機関でたちまち問題になった。複合遺伝学的検査は医療の日常的業務になるにつれ、これらの検査結果を適切に採取し管理できないシステムは、遺伝学的検査分野の進歩を遅延させ得る不利益を被る可能性がある。
【０００４】
これら検査結果の質及び信頼性を改良するために数多くの向上策がとられてきたが、ＣＦアッセイのような複合遺伝学的検査の結果を、処理し管理するための従来技術には数多くの不利な点がある。例えば、スループットを増加させるために、従来のＣＦアッセイは、ＣＦの原因として知られる複数の変異についてＤＮＡサンプルの各々を検査するのに使用され得る。その検査結果は一括して蓄積されるので、ＣＦの原因となる特定の変異は識別できず、患者がＣＦのキャリヤであることだけしか指摘できない。
【０００５】
関心をもたれている別の分野に、一次変異及びレフレックス遺伝子多型の検査を組合せた単一検査がある。ＣＦアッセイでは、イントロン８における５／７／９Ｔのようなレフレックス遺伝子多型は、一次変異（例、Ｒ１１７Ｈ）が存在する場合にのみＣＦと関連する。一次変異がない場合の５Ｔ対立遺伝子検出は、別の遺伝病に関連する。関連するコア変異が存在しないのに重症度が検出されると、例えば、胎児がＣＦ変異体のキャリヤであったり、ＣＦに罹患して生まれたりするような可能性は一切無いのに、妊娠した女性に危険な診断検査を受けさせてしまうことがある。こういった例は、複合遺伝病検査が網羅する検査結果が広範囲になり、特定の変異の重症度が正確に分からない場合、よく起こるものとなり得る。臨床的に適切なデータを取得し、非疾病的な結果を把握する能力がなければ、この種の誤った検出が起こり続けることになる。
【０００６】
また、遺伝学的検査を行うための従来技術では、検査管理者は、対立遺伝子型同定（ａｌｌｅｌｅ  ｃａｌｌ）を行うために使われた検査の生データ又は処理パラメータにアクセスすることができない。この管理者は、処理された結果を見ることができるだけであり、生データがどのように取り扱われたのかを見ることも、対立遺伝子型同定をするのに使うパラメータを変更することもできない。生データ又は処理パラメータへのアクセスが十分できないことによって、結果のバラツキ、性能評価指数、データ解釈の質に影響が出る。さらに、検査が変わったり、変異を同定したりするために必要な基準が変わると、解析ソフトウエアは、データ及び処理パラメータの全ての面にアクセスして、検査結果の傾向を分析できるようにする必要がある。
【０００７】
ハイスループット遺伝学的検査の別の点は、実験室性能を追跡するため、そして、患者サンプルの検査結果を計算するための、コントロールサンプルの要件である。通常、コントロールサンプルは、患者サンプルのバッチと並置され、そのバッチにおいて反応ウエルの一角を占める。従来型の技術では、プレート上のウエルのうちの一つが基準ウエルとして使われ、遺伝子解析装置は、その基準ウエルから得た測定値に基づいて、その他残りのウエルに対する結果を計算し得る。従って、基準ウエルを使うことで、一度に検査できるサンプルの数が制限され、各ウエルにおける内部コントロールが欠如しているために、ウエルとウエルとの間の測定結果の一貫性の問題が生じることになる。
【０００８】
遺伝学的検査の結果を報告するための従来技術に関わるさらに不利な点は、検査管理者又は他の臨床医が、検査結果を定性的にまたは手仕事により解釈しなければならないことである。例えば、臨床医が手仕事により紙データを検討して、定性的に対立遺伝子を同定しなければならないようなやり方で検査結果が提示されることになる。しかしながら、手仕事により結果を検討することによってサンプルのバッチにおける差異を経時的に傾向分析することは、非常に困難である。結果が電子フォーマットで提示されるケースでは、データは生のシグナル強度で利用できるだけであり、対立遺伝子型同定のためのパラメータを計算するための追加の解析レベルが必要となる。最後に、従来型の検査システムでは、データ追跡及び患者サンプル解析へのネットワーク・アクセスができない。
【０００９】
さらに、複合遺伝学的検査では、遺伝学的検査の数、それら検査における変異の数、及び報告作成ガイドラインにおける推奨基準に適合する能力が必要である。通常、従来型の技術では、めまぐるしく変わる推奨基準の変更に合わせて、処理技術又はソフトウエアにかなりの変更が必要となる。遺伝学的検査は、薬理ゲノム学分野、さらに慣用的なＤＮＡ解析にまで展開されてきており、容易に適合できる能力を持つ検査システムが不可欠になっている。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明の要約
本発明の教示によって、複合遺伝学的検査における結果の処理に関連する、不都合な点及び問題は大幅に改善されまた解消された。特定の実施形態において、各患者サンプル中の、少なくとも一つの蛍光コントロール信号に関連した信号強度が、遺伝学的検査のため収集された生データに適用され、遺伝学的検査の結果が計算される。
【００１１】
本発明の一つの実施形態によれば、複合遺伝学的検査の結果を処理する方法には、少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するための少なくとも一つのコントロールビーズを含有し、プレート上の複数のウエルに入れられた複数の患者サンプルに対して遺伝学的検査を実施する遺伝子解析装置から、生データを受信する工程が含まれる。生データへの蛍光コントロール信号に関連した信号強度を適用して遺伝学的検査の結果が計算され、ユーザインタフェースが生成されて患者サンプルの各々に関する検査結果が表示される。
【００１２】
本発明の別の実施形態によれば、複合遺伝学的検査結果を処理するためのシステムは、遺伝子解析装置及びコンピュータシステムを含む。この遺伝子解析装置は、プレート上の複数のウエルに入られた、少なくとも一つの蛍光コントロール信号を提供するための少なくとも一つのコントロールビーズを含有する複数の患者サンプルに関する遺伝学的検査を実施し、その遺伝学的検査についての生データを収集する。このコンピュータシステムは、プロセッサ、プロセッサと動作可能に結合されたコンピュータ読み取り可能記憶装置、及びコンピュータ読み取り可能記憶装置に符号化された処理命令を含む。この処理命令は、プロセッサにより実行されると、蛍光コントロール信号に関連する信号強度を生データに適用して、遺伝学的検査の結果を計算し、ユーザインタフェースを生成して患者サンプルの各々に関する検査結果を表示する。
【００１３】
本発明のさらなる実施形態によれば、複合遺伝学的検査の結果を処理する方法は、複数のウエルに入れられた複数の患者サンプルの遺伝学的検査を実施する遺伝子解析装置からの生データを受信する工程と、上述の生データに基づいて遺伝学的検査の結果を計算する工程とを含む。ユーザインタフェースが生成され、生データ及び計算結果と、患者サンプルの各々の計算結果に関連する患者レポートとを含む少なくとも一つの要約チャートが表示される。
【００１４】
本発明のさらなる実施形態によれば、表示装置に複合遺伝学的検査の結果を表示するグラフィカル・ユーザインタフェースは、要約チャート、及び複数の患者サンプルの各々に関連する患者レポートを含む。この要約チャートは、遺伝学的検査を行う遺伝子解析装置が収集した複数の患者サンプルに関連する生データのうちの少なくとも一つと、その患者サンプルの各々と対応する生データに基づいて計算されたバックグラウンド補正データと、その患者サンプルの各々に対応するバックグラウンド補正データに基づいて計算した対立遺伝子率（ａｌｌｅｌｅ  ｒａｔｉｏ）と、その患者サンプルの各々に対応する対立遺伝子率に基づいて算定した対立遺伝子型同定を含む。
【００１５】
本発明の特定の実施形態の重要な技術上の利点としては、検査対象の患者サンプルの各々に内部コントロール信号を提供する遺伝学的検査技術が挙げられる。一部のＣＦアッセイにおいて、ビーズとも称するカラーコードされたミクロスフィアを使って、特定の対立遺伝子の変異を検出することができる。コントロールビーズと呼ばれる別のビーズは、ヒト、マウス及びラットのいずれとも相同性がないオリゴを含有し、これを使ってマイクロタイター・プレート上の各ウエルにおける基準信号強度を提供することができる。これらの基準信号強度を使って、ＣＦアッセイ及びレフレックス検査の結果の妥当性を確認し、遺伝子解析装置が収集した生データからバックグラウンド補正した値を計算し、検査を行った検査装置及び／又は試験装置に問題がなかったかどうかを診断することができる。
【００１６】
本発明の特定の実施形態における別の重要な技術上の利点としては、遺伝学的検査の結果と対応するレフレックス検査の結果とを電子的にリンクする処理モジュールが挙げられる。遺伝学的検査とレフレックス検査とが同時に実施された場合、対応するレフレックス対立遺伝子に変異が存在しないのに、レフレックス検査の結果で変異の重症度が識別されてしまうことがある。対応するレフレックス対立遺伝子に変異があるかどうかを判定せずに、レフレックス検査結果を解析すると、偽陽性の結果が報告されることがある。遺伝学的検査でレフレックス対立遺伝子に変異が検出された場合だけ、別途レフレックス検査を行うか、あるいは、遺伝学的検査でレフレックス対立遺伝子に変異が同定されるまではレフレックス検査の結果を無視することによって、偽陽性の結果を排除することができる。
【００１７】
本発明の特定の実施形態のさらなる重要な技術上の利点としては、グラフィカル・ユーザインタフェース（ＧＵＩ）を生成し、遺伝子解析装置が収集した生データ及び遺伝学的検査の計算結果を表示する報告モジュールが挙げられる。遺伝子解析装置に、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の生データを、デジタル出力ファイルに編成させることができる。その遺伝子解析装置にインターフェースで接続されたコンピュータは、上述のファイルを受信し、その遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を計算させることができる。生データをＧＵＩで提供することによって、ユーザは生データを解析し、遺伝子解析装置が正しく検査を実施したか、及び／又は遺伝子解析装置の操作担当者が操作を正しく行ったかを判断することができる。
【００１８】
本発明の特定の実施形態の別の重要な技術上の利点としては、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果に対しカラーコードされたプレート一覧を生成する報告モジュールが挙げられる。プレート一覧は、マイクロタイター・プレート中の各ウエルのグラフィカル表現を含む。そのグラフィカル表現は、実施された検査結果が、正常であったか、遺伝子変異が検出されたか、結果が不確定であるか、及び／又は検査が失敗であったかどうかを表示し、ユーザは、検査された全ての患者サンプルの検査結果を、ウエルごとに素早く点検することができる。
【００１９】
本発明の特定の実施形態のさらなる重要な技術上の利点としては、ユーザが遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を視覚的に解釈できるようなパターン認識特徴を提示する報告モジュールが挙げられる。その報告モジュールは、バックグラウンド補正データにスケーリング係数を適用し、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を表現するバーチャル・ライン・ブロットを生成する。結果のグラフィカル表現を提示することによって、報告モジュールは、大量データの管理を容易にし、ユーザが効率的に検査結果を解釈できるようにすることができる。
【００２０】
本発明の特定の実施形態の別の重要な技術上の利点としては、遺伝学的検査の結果をフィルタにかける機能を備えた報告モジュールが挙げられる。検査済みの各患者サンプルの結果を、コンピュータシステムが生成したＧＵＩ上に表示することができる。コンピュータシステムのユーザは、患者サンプルの検査結果を選定し、例えば、フィルタ・ツールを使って対立遺伝子型同定に関連する結果だけを選択して、患者レポート又はバーチャル・ライン・ブロット中に表示させることができる。ユーザは、対立遺伝子型同定に基づいて検査結果を選り分け、選択した対立遺伝子型同定を持つ各患者サンプルについて、その患者レポート中に標準コメントを記入できる。
【００２１】
本発明の様々な実施形態には、これらの技術的利点の全て又は一部が含まれ、あるいは全く含まれないものがある。以下に記載の図、説明及び特許請求内容から、当業者は他の技術的利点についても容易に理解できよう。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２２】
本発明の詳細な説明
図１から７までを参照することによって、本発明の好適な実施形態及びそれらの利点を最もよく理解できる。図中では同じ番号を使って、同じ部分又は相当する部分を示す。
【００２３】
図１は、複合遺伝学的検査を実施し、その結果を処理するシステム１０を示す。図示した実施形態において、このシステム１０は、ネットワーク１８により相互に接続された、遺伝子解析装置１２、コンピュータシステム１４、及びサーバ１６を含む。一つの実施形態において、遺伝子解析装置１２はマイクロタイター・プレート（図示せず）上の複数のウエルに入れられたＤＮＡサンプルの遺伝学的検査を実施し、各々のサンプルの生データを収集してデジタル出力ファイルに記憶する。コンピュータシステム１４は、遺伝子解析装置１２から出力ファイルを受信し、各々のサンプルの中にある少なくとも一つのコントロールビーズから提供された蛍光信号に関連する信号強度を適用して、各サンプルに対する検査結果を計算する。次いでコンピュータシステム１４は、生データ及び計算結果を含むグラフィカル・ユーザインタフェース（ＧＵＩ）を生成し、検査管理者、医療管理者又は他の医師が検査結果に基づいて診断を行い、検査されたサンプルの各々に対する患者レポートを作成できるようにすることができる。
【００２４】
図１には特定の通信ネットワークが描かれているが、「ネットワーク」という用語を、電気通信信号、データ、及び／又はメッセージを送信することのできる任意のネットワークとして総称的に解釈するものとする。ネットワーク１８は、信号、パケット、セル、又は他の情報部分（以下、信号と総称する）の伝送及び配信を支える、通信装置の任意の適切な集合及び配置を表す。例えば、ネットワーク１８を、公衆交換電話ネットワーク（ＰＳＴＮ）、ローカルエリア・ネットワーク（ＬＡＮ）、広域ネットワーク（ＷＡＮ）、インターネットなどの世界的コンピュータ・ネットワーク、又は、無線及び／又は有線通信を提供するのに適した他の任意の通信装置に関連する、構成要素の一つ又は集合とすることができる。ネットワーク１８は、その機能として、物理的に異なる通信路に沿った通信セッションによる情報を含めて、多様な信号を送信する。
【００２５】
システム１０は、様々な患者からの複数のＤＮＡサンプル（これは患者サンプルとも称する）の遺伝学的検査を実施する遺伝子解析装置１２を含む。通常、遺伝子解析装置１２は、患者から採取した血液の少量のサンプルを使って、マイクロタイター・プレート上の単一のウエルの中の複数の検体を同時にアッセイすることができる。このアッセイとしては、核酸アッセイ、レセプターリガンドアッセイ、免疫学的アッセイ、及び酵素学的アッセイが挙げられるが、これに限定されない。一つの実施形態において、遺伝子解析装置１２を、Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎが製造販売しているＬＵＭＩＮＥＸ（登録商標）システムとすることができる。
【００２６】
コンピュータシステム１４については、事業、科学、管理、又は他の目的のための任意の形式の情報、調査、又はデータを、計算、分類、処理、送信、受信、検索、作成、切り替え、記憶、表示、明示、検出、記録、再生、取り扱い、又は利用するよう動作可能な任意の手段又は手段の集合体とすることができる。コンピュータシステム１４については、パソコン、携帯型コンピュータ、ワークステーション、サーバ又は他の任意の適切な装置とすることができ、いろいろなサイズ、形状、性能、機能性、及び価格のものを使うことができる。コンピュータシステム１４には、ランダムアクセス・メモリ（ＲＡＭ）、中央演算装置（ＣＰＵ）もしくはソフトウエア又はハードウエア制御ロジックのような一つ以上の処理手段、読取り専用記憶装置（ＲＯＭ）、及び／又は他の種の非揮発性メモリを含めることができる。コンピュータシステム１４のさらなる構成要素として、キーボード、マウス及び映像ディスプレイのような各種の入出力（Ｉ／Ｏ）デバイスをはじめ、一つ以上のディスクドライブ、外部の装置と交信するための一つ以上のネットワーク・ポートが含まれよう。
【００２７】
図示された実施形態において、コンピュータシステム１４は、遺伝子解析装置１２に直接接続されている。その直接接続を、コンピュータシステム１４と遺伝子解析装置１２との間でデータを交信させるための任意のケーブルとすることができる。別の実施形態では、ネットワーク１８を介してコンピュータシステム１４を遺伝子解析装置１２と接続することができる。
【００２８】
サーバ１６はネットワーク１８に接続される。図示した実施形態において、サーバ１６は、サーバ１６と別にすることも本体に内蔵することも可能なデータベース１７を備える。データベース１７は、ネットワーク１８に接続された一つ以上の装置が生成した情報を記憶し整理するための任意の種類のデータベースとすることができる。一つの実施形態において、遺伝子解析装置１２が実施した遺伝学的検査の処理結果をデータベース１７に記憶することができる。記憶されれば、コンピュータシステム１４、又はネットワーク１８に連結された他の任意の装置及び／又はシステム（図示せず）で上述の結果を閲覧することができる。
【００２９】
一つの実施形態において、遺伝子解析装置１２は、嚢胞性繊維症（ＣＦ）アッセイのような遺伝学的検査を実施することができる。ＣＦアッセイでは、表１に示すような、米国産婦人科学会（ＡＣＯＧ）及び米国臨床遺伝学会（ＡＣＭＧ）が定めたパン・エスニック・パネル（Ｐａｎ−Ｅｔｈｎｉｃ  ｐａｎｅｌ）中の２５のコア変異について検査することができる。
【００３０】
（表１）
【００３１】
【表１】
2008505320.tif 000002
【００３２】
以下に特定のＣＦアッセイを詳細に説明するが、他のＣＦアッセイ及び他の遺伝学的検査についても、同様な技術を用い、遺伝子解析装置１２を使って実施し、コンピュータシステム１４によって処理することができる。
【００３３】
このＣＦアッセイを実施するために、全血又は口内細胞を精製して、２５のコア変異を網羅するプライマーとともにマルチプレックスＰＣＲ反応するようにしてやる。各々の患者サンプルについてのマルチプレックス・ビオチン修飾ＰＣＲ反応物の一定分量を、マイクロタイター・プレート上にあるウエルの一つに移せばよい。
【００３４】
ウエルに入れられたＤＮＡサンプルの各々には、オリゴヌクレオチド又はオリゴとしても知られるＤＮＡの特定のストランドを付着させた、ビーズとも称するカラーコードされたミクロスフィアを加えることができる。一つの実施形態において、約５２の異なるビーズを使って、プライマリーＡＣＯＧパネル（一次ＡＣＯＧパネル）の２５のコア変異を検出することができる。４８のビーズを、検査対象対立遺伝子に関連する正常体ビーズ又は変異体ビーズのいずれかとすることができる。残り４つのビーズをコントロールビーズとし、各患者サンプルにおける基準信号強度を発生させ、その信号を使って実施した検査の結果を計算することができる。他の実施形態において、ある遺伝学的検査に使用されるビーズの数は、アッセイビーズもコントロールビーズも実施する検査によって決めることができる。
【００３５】
変異を検出するために使われるビーズと違って、コントロールビーズ上のオリゴ配列は、マウス、ラット及びヒトのどのＤＮＡとも相同性がない。一つの実施形態において、コントロールビーズには、ミクロスフィアに結合させた捕捉プローブを含み得る。例えば、捕捉プローブを、ミクロスフィアに共有結合させたレベルの異なるビオチンとすることができる。４つのコントロールビーズは、ｋ１、ｋ２、ｋ３、及びｋ４として識別され得る。このｋ１ビーズは、そのミクロスフィアに結合したビオチンを有さず、ｋ２ビーズはｘ量のビオチンを有し、ｋ３ビオチンはｙ量のビオチンを有し、ｋ４はｚ量のビオチンを有し得る。ここで、ｘ＜ｙ＜ｚである。他の実施形態において、蛍光体をビーズに直接事前結合することによってコントロールビーズを形成し、各ビーズに、このビーズに結合された蛍光体に応じて異なる蛍光信号を発生させることができる。他の実施形態において、異なる蛍光信号を有するビーズを作製する任意の種類の結合反応化学物質を用いることができる。
【００３６】
検査において、コントロールビーズを用い、４つのコントロールビーズの相対強度から算定した蛍光信号閾値を使って検査結果を計算することができる。４つのコントロールビーズの各々は、装置（例えば、遺伝子解析装置１２）及びＣＦアッセイに対する品質管理試験を行うために使える蛍光コントロール信号を提供することができ、アッセイのための最小信号強度を提供して、バックグラウンド信号強度を差し引いたバックグラウンド補正信号強度を提供することができる。蛍光信号については、ミクロスフィアに共有結合されたビオチンを含む４つのコントロールビーズが提供すると説明したが、ビーズの間で信号強度を変えることのできる結合反応化学物質を使って作製された任意の数のコントロールビーズを用いることができる。
【００３７】
遺伝子解析装置１２は、検査対象対立遺伝子に関連するビーズ、及びコントロールビーズを識別し、識別したビーズに関連する信号強度を測定してＣＦアッセイを行うことができる。ほとんどの遺伝子変異に対し、２種類のビーズ、すなわち、正常体ビーズと変異体ビーズとを用いて、検査対象対立遺伝子の正常体ＤＮＡ及び変異体ＤＮＡをそれぞれ検出することができる。正常体ビーズには、正常体ＤＮＡを探索するオリゴを含め、変異体ビーズには変異体ＤＮＡを探索するオリゴを含めることができる。
【００３８】
一つの実施形態において、遺伝子解析装置１２には、正常体ビーズ、変異体ビーズ、及びコントロールビーズを検出するための２つの異なるレーザ光を含めることができる。第一レーザは、ビーズが第一レーザを通過する際に発する蛍光に基づいて、ビーズの識別情報、例えばビーズが、正常体ビーズか、変異体ビーズか、又はコントロールビーズかを判断することができる。第二レーザは、識別されたビーズに関連するハイブリダイゼーション事象（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｅｖｅｎｔ）を検出する。第二レーザが識別されたビーズの蛍光信号を検出すると、ハイブリダイゼーション事象が起きているとすることができ、患者のＤＮＡストランドに関連した、一般には外来性標的とも言われる、ストレプトアビジンが、識別されたビーズ上のオリゴに付着したことを示す。レーザが正常体ビーズからの信号を検出した場合、遺伝子解析装置１２は、付着したＤＮＡを正常体として類別し、上述の信号強度を特定の対立遺伝子の正常ＤＮＡに関連付ける。レーザが変異体ビーズからの信号を検出した場合、遺伝子解析装置１２は、付着したＤＮＡを変異体として類別し、上述の信号強度を特定の対立遺伝子の変異ＤＮＡに関連付ける。レーザがコントロールビーズからの信号を検出した場合、遺伝子解析装置１２は、上述のビーズをコントロールビーズとして類別し、識別されたコントロールビーズの信号強度として記録する。
【００３９】
検査実施において、遺伝子解析装置１２は、生データ（例、正常体及び変異体ビーズの各々に関連する信号強度）を収集し、プライマリー・パネル中の変異の各々に対するビーズを類別する。遺伝子解析装置１２は、コントロールビーズの信号強度をさらに測定し、生データ及び測定したコントロールビーズの信号強度を測定結果ファイルに編成する。一つの実施形態では、上述の結果ファイルをフラットなＣＳＶファイルとすることができる。他の実施形態では、この結果ファイルを、コンピュータシステム１４が読み取り操作できる適切な任意のデジタルファイルにすることができる。
【００４０】
測定結果ファイルに記憶される生データには、マイクロタイター・プレートのウエルの中の患者サンプルの各々に関連した対立遺伝子率を計算するためのデータを含めることができる。対立遺伝子率を、特定の対立遺伝子に関連する合計ＤＮＡ数に対する変異体ＤＮＡの数の比率と定義することができる。対立遺伝子率については、次の式で計算することができる。
【００４１】
対立遺伝子率＝ｘ／（ｘ＋ｙ）
ｘは、特定の対立遺伝子上の遺伝子変異に関連するバックグラウンド補正信号強度を表し、ｙは、特定の対立遺伝子上の正常ＤＮＡに関連するバックグラウンド補正信号強度を表す。対立遺伝子率を使って、検査した対立遺伝子の各々に対する対立遺伝子型同定を判定することができる。
【００４２】
例えば、対立遺伝子型同定については、正常体（「野生型」とも言う）、又は異型接合変異体、又は同系接合変異体と判定することができる。一つの実施形態において、対立遺伝子率の範囲を、正常体対立遺伝子型同定及び異型接合又は同型接合変異体対立遺伝子型同定に関連付けることができる。例えば、一つ以上の対立遺伝子の変異についてのＣＦアッセイ試験において、検査された一つ以上の対立遺伝子に対し、対立遺伝子率が約０から約０．３までの間を正常体対立遺伝子型同定として示すことができる。対立遺伝子率が約０．３から約０．７までの間を異型接合対立遺伝子型同定として示し、対立遺伝子率が約０．７から約１までの間を同型接合対立遺伝子型同定として示すことができる。他の対立遺伝子上の変異に対して、各対立遺伝子型同定に対する対立遺伝子率の範囲を変えることができる。一つの実施形態において、システム１０のユーザは、各対立遺伝子型同定に対する対立遺伝子率の範囲を設定することができ、ユーザは検査を開始する前に適切な範囲を割り当てることができる。
【００４３】
コンピュータシステム１４は、遺伝子解析装置１２から測定結果ファイルを受信し、この結果ファイルに含まれる生データを処理することができる。例えば、コンピュータシステム１４は、各々のウエルの中のコントロールビーズに関連する最小信号強度を算定することができる。この最小信号強度を使って、コントロールビーズの妥当性を確認することができる。最小信号強度が閾値信号強度より低い場合、コンピュータシステム１４は、遺伝学的検査の実施中にエラー（例、患者サンプルにコントロールビーズが加えられていない、又は遺伝子解析装置１２の故障）が発生したと判定し、被検査対立遺伝子を検査失敗と標識することができる。最小信号強度が閾値信号強度より高い場合、コンピュータシステム１４は、しかるべきウエルから収集された生データに、対応するコントロール信号を適用して、各々の患者サンプルに対するＣＦアッセイの結果を計算することができる。一つの実施形態において、コンピュータシステム１４は、検査された各患者サンプルの生データ及び計算されたＣＦアッセイの結果をデータベース１７に送信することができる。次にコンピュータシステム１４は、グラフィカル・ユーザインタフェース（ＧＵＩ）の中に計算結果及び生データを表示することができる。
【００４４】
図５〜７を参照して以下にさらなる詳細を説明するように、ＧＵＩには、複数のフォーマットによる計算結果及び生データの表現を含めることができる。例えば検査結果ファイルからの情報を、検査された各患者サンプルの計算結果及び生データを含む要約レポートとして表示することができる。また、ＧＵＩには、プレート上の各ウエルに対する計算結果のカラーコード表現を含むプレート一覧を含めることができる。ＧＵＩには、患者サンプルの各々に関連する患者レポートをさらに含めることができる。一つの実施形態において、患者レポートには、検査の結果を説明するコメントを含めることができる。例えば、ＣＦ変異が検出されなかった場合、コメントに、患者はどのようなＣＦコア変異のキャリヤでもないと記述することができる。コア変異の一つが識別された場合、コメントには、この変異の説明、ならびに今後の検査及び／又は遺伝子カウンセリングに関し、患者に対する何らかの勧告を含めることができる。
【００４５】
一つの実施形態において、ＧＵＩには、計算結果を表示するためのバーチャルなライン・ブロットをさらに含めることができる。バーチャル・ライン・ブロットは、計算結果の視覚的表現を提示してコンピュータシステム１４のユーザが遺伝学的検査の結果を素早く解析できるようにすることができる。例えば、バーチャル・ライン・ブロットには、検査された各対立遺伝子に対するパターン認識特徴を含めることができ、ユーザは、対応するパターン認識特徴を見て、患者サンプルが正常か又は変異を含むのかを判断することができる。
【００４６】
遺伝子解析装置１２を使ってさらにレフレックス検査を行うことができる。レフレックス検査では、一般に、レフレックス対立遺伝子上に検出された変異（例、Ｆ５０８対立遺伝子上のｄｅｌｔａＦ５０８変異、及びＲ１１７対立遺伝子上のＲ１１７Ｈ変異）の重症度が示される。遺伝子解析装置１２は、ＣＦアッセイの実行に関連して前述した技術と同様な技術を使って、レフレックス検査を行うことができる。この検査でも同様に、レフレックス・ビーズに関連する信号強度と、コントロールビーズに対し測定された信号強度とを含む生データを出力ファイルに記憶し、このファイルをコンピュータシステム１４に送信することができる。コンピュータシステム１４は、ＣＦアッセイの生データの処理に関連して前述した技術と同様な技術を使って、レフレックス検査の結果を計算することができる。特定の患者に対する計算結果をＣＦアッセイの結果に組み入れてＧＵＩに表示することができる。
【００４７】
一つの実施形態において、レフレックス対立遺伝子の一つに変異が検出された場合に限って、遺伝学的検査と別にレフレックス検査を実施するようにすることができる。特定のＣＦ変異を持つとして識別された患者サンプルの各々の中に、コントロールビーズと、特定のＣＦ変異の重症度レベルに関連するレフレックス・ビーズとを加えることによってレフレックス検査を実施することができる。例えば、Ｒ１１７Ｈ変異の存在下でのポリＴ（ｐｏｌｙ−Ｔ）（例、５Ｔ、７Ｔ及び９Ｔ）の存在の検査については、合計７個のビーズを患者サンプルに加えることによって実施することができ、４個はＣＦアッセイで使われたコントロールビーズで、３個は、５Ｔ、７Ｔ及び９Ｔの存在を検査するため使われるレフレックス・ビーズである。
【００４８】
レフレックス検査の結果については、前述のようにして計算することができ、コンピュータシステム１４は、この結果を編成してデータベース１７に送信することができる。このレフレックスの結果は、データベース１７に存在する、その対応する患者サンプルにおいて実施されたＣＦアッセイに関する結果に関連する。コンピュータシステム１４は、さらに、レフレックス結果をＣＦアッセイ結果に組み入れて、これらデータを同時にＧＵＩに表示することができる。特定の対立遺伝子上に変異が検出された場合にだけレフレックス検査を行うことによって、対応するＣＦ変異が存在しないのに、重症な変異の存在を示すという誤った陽性結果を未然に防止することができる。
【００４９】
別の実施形態では、レフレックス検査を、ＣＦアッセイと同時に行うことができる。ＣＦビーズ及びコントロールビーズにレフレックス・ビーズを含めて、患者サンプルに加えることができる。遺伝子解析装置１２は、前述のようにして、ＣＦアッセイとレフレックス検査とを実施する。ＣＦアッセイとレフレックス検査との生データ（例、正常体及び変異体ビーズに対して検出された信号強度、及びレフレックス・ビーズに対して検出された信号強度）及びコントロールビーズに対して測定された信号強度を一つの出力ファイルに編成し、コンピュータシステム１４に送信することができる。
【００５０】
一つの実施形態において、遺伝子解析装置１２は、遺伝学的検査結果とレフレックス検査結果とを別のファイルに分類することができる。別の実施形態では、コンピュータシステム１４は、出力ファイルを複数のファイルに分類することができる。第一ファイルには、ＣＦアッセイの生データ及び測定されたコントロール信号強度を含め、第二ファイルには、レフレックス検査の生データ及び測定されたコントロール信号強度を含めることができる。遺伝子解析装置１２から受信した出力ファイルを別々のファイルに分割することによって、レフレックス検査の結果を電子的にマスクすることができる。例えば、レフレックス対立遺伝子にＣＦ変異が検出されない場合、レフレックスの結果を無視して、誤った陽性結果を回避することができる。患者サンプルの一つに対しレフレックス対立遺伝子上に変異が検出された場合には、コンピュータシステム１４は、識別された患者サンプルに対するレフレックス検査の結果を計算し、レフレックス結果を、この識別された患者サンプルに対するＣＦ結果に組み入れることができる。この組み合わされた検査結果をＧＵＩに表示することができる
図２は、遺伝子解析装置１２から受信したデータを処理し表示するため使われるコンピュータシステム１４のブロック図を示す。図示された実施形態において、コンピュータシステム１４には、プロセッサ２０、記憶装置２２及びハードディスク・ドライブ（ＨＤＤ）２４などの個別のソフトウエア構成要素及びハードウエア構成要素を含めることができ、これら構成要素は、バス３４を介して協働して必要な機能を提供する。これら多様なハードウエア及びソフトウエア構成要素は、情報処理資源と言われることもある。ＨＤＤ２４のような記憶装置には、データ処理サービス（ＤＰＳ）モジュール２６、報告作成ユーティリティ（ＲＧＵ）モジュール２８、データ・ブラウザ（ＤＢ）モジュール３０、及び管理ユーティリティ（ＡＵ）モジュール３２が記憶されており、バス３４を介して、プロセッサ２０によってこれらを実行することができる。
【００５１】
プロセッサ２０を、マイクロプロセッサ、マイクロコントローラ、デジタル信号プロセッサ（ＤＳＰ）、又は、ＨＤＤ２４中に記憶された処理命令を実行するように構成された、他の任意のデジタルあるいはアナログ回路とすることができる。記憶装置２２を、ランダムアクセス・メモリ（ＲＡＭ）、電気的消去書き込み可能読み出し専用メモリ（ＥＥＰＲＯＭ）、ＰＣＭＣＩＡカード、フラッシュメモリ、もしくは、任意に選定した適切な揮発性又は非揮発性メモリ及び／又はそのアレイのいずれとすることもできる。
【００５２】
コンピュータシステム１４には、ＧＵＩを提示するためのディスプレイ３６、及びマウス及びキーボードのような入力デバイス（図示せず）をさらに含めることができる。ディスプレイ３６は、ＧＵＩ（図５〜７に関連してさらに詳しく説明する）を提示し、ユーザが、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の計算結果及び生データを見られるようにすることができる。表示装置３６を、液晶デバイス、ブラウン管、又は、ユーザが認識できるグラフィック・イメージ及び英数字を生成するための適切な他のデバイスのいずれとすることもできる。
【００５３】
作動中、処理命令は記憶装置２２に置かれている。これらの処理命令をＨＤＤ２４に記憶しておき、バス３４を介して記憶装置２２にロードすることができる。プロセッサ２０は、記憶装置２２にアクセスして、処理命令を読み出し、処理命令中に含まれているさまざまな機能を実施する。一つの実施形態において、処理命令の中には、ＤＰＳモジュール２６、ＲＧＵモジュール２８、ＤＢモジュール３０、及びＡＵモジュール３２を含めることができる。ＤＰＳモジュール２６は、遺伝子解析装置１２から受信した生データを処理し、実施された遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を計算する機能を提供することができる。ＲＧＵモジュール２８は、以下に限らないが、プレート一覧、要約レポート、患者レポート、バッチ・レポート及びバーチャル・ライン・ブロットを含むフォーマットを使って生データ及び計算結果についての主要ユーザインタフェースを提示することができる。ＤＢモジュール３０は、データベース１７に記憶された任意の結果にアクセスするためのドラッグ・アンド・ドロップ・インターフェースを提供することができる。ＡＵモジュール３２は、コンピュータシステム１４のユーザが、ＤＰＳモジュール２６が使う情報を構成できるようにすることができる。
【００５４】
検査の過程で、遺伝子解析装置１２は、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の生データと、プレート上の各々のウエルの中の各患者サンプルに関連したコントロール信号の測定強度とを含む出力ファイルを生成することができる。一つの実施形態において、遺伝学的検査とレフレックス検査とを同時に実施し、各々の検査に関連する生データを出力ファイルに含めることができる。この出力ファイルを処理のためコンピュータシステム１４に送信し、このシステムにおいて、出力ファイルを、遺伝学的検査の結果、及びレフレックス検査の結果を含む個別のファイルに分類することができる。別の実施形態では、遺伝子解析装置１２が、出力ファイルを遺伝子ファイルとレフレックス・ファイルとに分類してコンピュータシステム１４に送信することができる。他の実施形態においては、遺伝学的検査とレフレックス検査とを別々に実施し、各検査の結果を異なる出力ファイルに記憶して、それぞれの出力ファイル中の各々の検査の結果を、検査の完了後にコンピュータシステム１４に送信することができる。これら出力ファイルについては、記憶装置２２及びＨＤＤ２４のいずれか又は双方に記憶することができる。
【００５５】
出力ファイルを受信すると、プロセッサ２０は、ＤＰＳモジュール２６を実行して、生データの処理を開始し、複数の異なる患者サンプルに対する遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を計算することができる。組み合わされた単一のビーズ・アレイを使って、遺伝学的検査及びレフレックス検査の双方を実施する場合、出力ファイルを分類して、ソフトウエアが指定する構成条件に合わせることができる。遺伝学的検査及びレフレックス検査の双方が同時に実施され、受信した出力ファイルが双方の検査に関連する生データを包含している場合、ＤＰＳモジュール２６又は遺伝子解析装置１２は、出力ファイルを別々のファイルに分類し、一つのファイルには遺伝学的検査の生データを記憶し、一つのファイルにはレフレックス検査の生データを記憶することができる。遺伝学的検査とレフレックス検査とが別に実施された場合、ＤＰＳモジュール２６は、遺伝子解析装置１２から、各々の検査に対応する関連出力ファイルを受信した時点で、受信したファイルを処理する。
【００５６】
ＤＰＳモジュール２６は、コントロールビーズの相対強度に基づき信号対ノイズ比を計算することによって、コントロールビーズ信号の妥当性を確認することができる。計算された信号対ノイズ比が閾値より大きい場合には、ＤＰＳモジュール２６はコントロールビーズが妥当であることを確認し、コントロールビーズに関連する対応信号強度を、各患者サンプルに対して収集された生データに適用して、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を計算することができる。一つの実施形態において、ＤＰＳモジュール２６は、以下に限らないが、対立遺伝子ごとに約５０〜約１００個のビーズに基づき計算可能な、各対立遺伝子に対するバックグラウンド補正メディアン蛍光強度（ＭＦＩ）値と、各対立遺伝子ごとの対立遺伝子率と、この対立遺伝子率に基づく対立遺伝子型同定とを含む遺伝学的検査の結果を計算することができる。
【００５７】
ＤＰＳ２６は、さらに、ネットワーク１８を介して計算結果をデータベース１７に送信して保存させることができる。一つの実施形態において、遺伝学的検査とレフレックス検査が同時に行われた場合、計算結果に両方の結果を含めることができる。別の実施形態において、検査が別々に実施された場合、ＤＳＰ２６は、遺伝学的検査及びレフレックス検査に対し別個に結果を生成することができる。結果をデータベース１７に保存しておくことによって、遺伝学的検査の実施状況に関連するさまざまなパラメータを追跡することができる。
【００５８】
ＤＰＳモジュール２６は遺伝学的検査結果及びレフレックス検査結果を計算できるが、ＤＰＳモジュール２６は、異なるロジックを使ってレフレックス検査の結果を計算することができる。例えば、パン・エスニック・パネル中のほとんどの変異について、一つのビーズを使って正常体ＤＮＡを検出し、別のビーズを使って変異体ＤＮＡを検出することができる。レフレックス検査については（例、Ｒ１１７Ｈ変異体に関連するレフレックス検査）、対立遺伝子上の重症因子の存在と不存在とを検出するため２つのレフレックス・ビーズを使うのでなく、単一のレフレックス・ビーズを使って関連対立遺伝子上の重症因子の存在の検出を行うことができる。３つのレフレックス・ビーズのいずれかに対する信号強度が検出された場合、ＤＰＳモジュール２８は重症因子の少なくとも一つが存在すると判断する。遺伝学的検査結果の計算と、レフレックス検査結果の計算とに使われたロジックが違っていたとしても、各検査の結果を計算できるように、ＤＰＳモジュール２６を設定することができる。さらに、他の種類の遺伝学的検査の結果を計算するように、ＤＰＳモジュール２６を設定することができる。
【００５９】
一つの実施形態において、患者サンプルに対する遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査を複数回実施することができる。コンピュータシステム１４のユーザは、異なる作動回の間で、検査に関連する一つ以上のユーザ定義のパラメータを再設定することができる。例えば、患者サンプルの検査の第一作動回については、ユーザ定義のパラメータの一つのセットを使って実施し、同じ患者サンプルの検査の第二作動回では、ユーザ定義のパラメータの別のセットを使って検査を実施することができる。一つの実施形態において、作動回の間にユーザ定義のパラメータが変更されたため、これら２つの検査の結果が異なることがある。ＤＰＳモジュール２６は、双方の検査結果をデータベース１７に保存し、同じ検査が患者サンプルに複数回実施されたとしても、第一回検査に関連するデータが第二回検査に関連するデータによって上書きされないようにする。これにより、ＤＰＳモジュール２６は、患者サンプルに関連する検査履歴の追跡を可能にすることができる、というのは、この患者サンプルに対し実施された一切の検査結果がデータベース１７中に維持されているからである。
【００６０】
ＤＰＳモジュール２６による処理の後、ＲＧＵモジュール２８を実行して計算結果及び生データをＧＵＩに含めることができる。ＧＵＩは、以下に限らないが、ヘッダ概要、カラーコード・プレート一覧、要約レポート、バッチ・レポート、患者レポート、及び／又はバーチャル・ライン・ブロットを含むフォーマットで、計算結果及び生データに関連する情報を表示することができる。ＲＧＵモジュール２８は、登録番号（例、患者番号）、バッチ名、及び／又は検査が行われた日付によるデータへのアクセスを可能にすることができる。さらに、ＲＧＵモジュール２８は、選別及び印刷機能を提供し、表示されたデータを編成して、さまざまな様式で印刷できるようにする。例えば、ＲＧＵモジュール２８は、ユーザが対立遺伝子型同定に基づいて遺伝学的検査の結果を選り分け、選定された対立遺伝子型同定を含む患者レポートの閲覧ができるようにすることができる。加えて、フィルタを使って、選り分けられた結果だけを含むバーチャル・ライン・ブロットを生成することができる。結果をフィルタにかけることによって、ＲＧＵモジュール２８は、選択された対立遺伝子型同定を有する患者サンプルの結果だけを提示し、ユーザが、ＧＵＩに表示された患者レポート及びバーチャル・ライン・ブロットを閲覧できるようにすることができる。一方、異なる対立遺伝子型同定を有する結果に関連する情報については、例えば、ヘッダ概要、カラーコード・プレート一覧、及び要約レポートに提示してユーザが閲覧できるようにすることができる。
【００６１】
レフレックス検査が行われた場合、ＲＧＵモジュール２８は、結果ファイルを読み取って、このレフレックス検査に関連するデータを取得することができる。ＲＧＵモジュール２８は、レフレックス検査の結果を、例えば、遺伝学的検査及びレフレックス検査に関連する登録番号を使うなどして、ＧＵＩの適切なセクションに組み入れることができる。
【００６２】
一つの実施形態において、特定の登録番号に関連する患者サンプルの遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査は複数回実施される。ＲＧＵモジュール２８は、双方の検査が行われる毎に、ユーザにその結果へのアクセスを提供する。ユーザが、２回目に行われた遺伝学的検査に関連する遺伝学的検査結果の閲覧を選択した場合、ＲＧＵモジュール２８は、この遺伝学的検査結果を、最後に行われたレフレックス検査の結果に自動的にリンクする。例えば、レフレックス検査が３回行われた場合、ＲＧＵモジュール２８は、この遺伝学的検査結果を３回目に行われたレフレックス検査に関連するレフレックス検査の結果にリンクする。さらに、ユーザが、特定の患者サンプルに対して複数回行われたレフレックス検査の結果の一つの閲覧を選択した場合、ＲＧＵモジュール２８は、このレフレックス検査結果を、最後に行われた遺伝学的検査の結果に自動的にリンクする。
【００６３】
プロセッサ２０により作動されると、ＤＢモジュール３０は、ＤＰＳモジュール２６が作成した検査結果を記憶しているデータベース１７にアクセスするためのドラッグ・アンド・ドロップ・インターフェースを提供することができ、検査の管理者又は監督者は、ＤＢモジュール３０が提供するネットワーク１８を介したデータベース１７へのアクセスを使って、検査の実施状況、技能者の実施状況、ユーザの実施状況、シフトの実施状況、特定の時間範囲内に検出された変異の数及び種類、及び／又は特定の対立遺伝子中の信号強度の傾向を追跡することができる。
【００６４】
ＤＰＳモジュール１６作動の前に、ＡＵモジュール３２を立上げ検査を起動して、以下に限らないが、変異率カットオフ比率、疑問区間、対立遺伝子名、対立遺伝子率の範囲、スケーリング係数、上部信号閾値、及び下部信号閾値を含め、検査中に使用する値を設定することができる。例えば、ＡＵモジュール３２は、コンピュータシステム１４のユーザが、米国臨床検査改善修正案（ＣＬＩＡ）番号、試験所ロゴ、ＣＰＴコード、及び免責条項といった試験所固有の情報を設定できるようにし、ユーザが、ＲＧＵモジュール２８が生成した患者レポートに書き加えるための定型コメントを作成できるようにし、コンピュータシステム１４のユーザに対するユーザアクセス及びパスワードを設定し、ユーザ入力のパラメータ基づいて変異率カットオフ比率及び疑問区間を定義することができる。一つの実施形態において、ユーザパスワードを、患者レポートに含まれる何らかのコメントに対してユーザが持つアクセス・レベルと関連付けることができる。例えば、このアクセス・レベルには、閲覧すること、追加すること、変更すること、及び／又はコメントを無効にすることを含めることができる。他の実施形態では、任意の数のパスワード・レベルを設け、患者レポートに記載されたコメントに対する任意の適切なユーザ制御のアクセスを提供することができる。
【００６５】
一部の実施形態において、ＤＰＳモジュール２６、ＲＧＵモジュール２８、ＤＢモジュール３０及びＡＵモジュール３２についての処理命令を、コンピュータが使用可能な媒体に符号化記憶することができる。このようなコンピュータ使用可能媒体には、以下に限らないが、フロッピー(登録商標)ディスク、ハードディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、読み出し専用メモリ、ランダムアクセス・メモリといった記憶媒体、ならびに、電線、光ファイバ、マイクロ波、無線波、及び他の電磁又は光搬送波などの通信媒体を含めることができる。
【００６６】
図３は、遺伝学的検査の結果を処理する方法のフローチャートを示す。通常、ＣＦアッセイのような遺伝学的検査は、遺伝子解析装置１２を使って、マイクロタイター・プレートのウエルに入れられた複数の患者サンプルに対して行われる。遺伝子解析装置１２によって収集された生データを、出力ファイルに記憶してコンピュータシステム１４に送信することができる。コンピュータシステム１４は、蛍光コントロール信号から算定した信号強度比を、プレートの各ウエルに関連する生データに適用して、各患者サンプルに対する遺伝学的検査結果を計算することができる。コンピュータシステム１４は、次いで、グラフィカル・ユーザインタフェースの中の各種のフォーマットを使ってこの結果を表示することができる。
【００６７】
ステップ４０において、遺伝子解析装置１２を使って遺伝学的検査を実施することができる。一つの実施形態において、遺伝学的検査を、ＡＣＯＧ及びＡＣＭＧが定めたパン・エスニック・パネル中の２５のコア変異に対するＣＦアッセイとすることができる。他の実施形態では、遺伝学的検査を、単一のウエルで多重解析を使う任意の検査とすることができる。マイクロタイター・プレート上に設けられたウエル群の中に、複数の患者のＤＮＡサンプルを入れてＣＦアッセイを実施することができる。図１に関連して前に説明したように、ＣＦアッセイを行うことができる。
【００６８】
ステップ４２において、遺伝子解析装置１２は、実施したＣＦアッセイに関連する生データを記憶した出力ファイルを生成することができる。一つの実施形態において、この出力ファイルを、生データの解析を電子的に実施できるデジタルファイルとすることができる。生データには、正常体及び変異体ＤＮＡを検出するＣＦビーズに関連する信号強度と、コントロールビーズに関連する信号強度とを含めることができる。出力ファイルをコンピュータシステム１４に送信し、ステップ４３においてＤＰＳモジュール２６に上述のファイルを処理させることができる。
【００６９】
コンピュータシステム１４中のＤＰＳモジュール２６は、コントロールビーズの信号強度がステップ４４における妥当性確認試験に合格したかどうかを判定してから生データの処理を開始することができる。コントロールビーズに対する妥当性確認試験の実施形態の一例を、図４に関連させて以下に詳しく説明する。コントロールビーズが妥当性確認試験に合格しなかった場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ４６において、検査結果の全てに失敗と標識する。
【００７０】
コントロールビーズが妥当性確認試験に合格した場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ４８において、ウエルの各々に対するバックグラウンド強度に基づいて生データを調整し、バックグラウンド補正信号を生成する。各ウエルの中のバックグラウンド強度が、遺伝子解析装置１２が測定する相対信号強度に影響することがある。正しい結果を得るために、遺伝子解析装置１２が収集した生データを使った一切の計算結果から、バックグラウンド強度を除去することができる。一つの実施形態において、検査された対立遺伝子に関連する各正常体ビーズ及び変異体ビーズに対して検出された強度の全体から、ｋ２コントロールビーズに対して測定された強度を差し引くことによって、バックグラウンド強度を除去することができる。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、正常体ビーズ及び変異体ビーズの各々に対するバックグラウンド補正強度を使って、ＣＦアッセイの結果を計算することができる。
【００７１】
ステップ５０において、ＤＰＳモジュール２６は、全ての対立遺伝子を処理したかどうかを判断する。ＤＰＳモジュール２６が全ての検査済み対立遺伝子の処理を完了している場合は、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５２において対立遺伝子の一つに関連する正常体ビーズ及び変異体ビーズに対するＭＦＩ値の和が最小信号閾値より高いかどうかを判定する。選択された対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和については、正常体ビーズ及び変異体ビーズに対し検出された信号強度を加算することによって計算することができる。各ウエルにコントロールビーズが入っているので、このコントロールビーズがウエル毎に特定な補正値を提供することができる。複数のウエルからのコントロールビーズの信号間の標準偏差から、システム中の最低ノイズ閾値を得ることができる。一つの実施形態において、特定の対立遺伝子のｋ３コントロールビーズに対し測定された信号強度から、ｋ２コントロールビーズに対して測定された信号強度を差し引いて、その特定の対立遺伝子に対する最低閾値を計算することができる。
【００７２】
選択された対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が最小信号閾値より低い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５４において、上述の対立遺伝子を検査失敗として標識する。選択された対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が最小信号閾値より高い場合に、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５５において、選択された対立遺伝子に対する対立遺伝子率を計算する。
【００７３】
ステップ５６において、ＤＰＳモジュール２６は、計算した対立遺伝子率を、システム１０のユーザが定義した第一疑問区間の下側区間限界と比較する。一つの実施形態において、疑問区間は、検査された対立遺伝子のＣＦアッセイに対する不確定結果を示す対立遺伝子率の範囲を定義する。各種対立遺伝子型同定に対してあらかじめ定めたレベルのカットオフ比率以内にある対立遺伝子率を不確定結果として表すことができる。疑問区間及び疑問区間に含まれる対立遺伝子率の幅については、システム１０のユーザが、各々の被検査対立遺伝子に対して設定することができる。
【００７４】
第一疑問区間を、正常比率範囲のカットオフ比率の上下周辺域として定義することができる。例えば、ある特定の対立遺伝子に対するカットオフ比率を約０．３とすることができる。第一疑問区間を、正常比率範囲のカットオフ比率からほぼ等距離の下側区間限界と上側区間限界とによって定義することができる。計算された対立遺伝子率が第一疑問区間の下側区間限界より低い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５８において、選択された対立遺伝子に対し正常検査結果を標識する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５０において、処理対象の対立遺伝子がまだ残っていないかどうかを判断する。
【００７５】
計算された対立遺伝子率が第一疑問区間の下側区間限界より高い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ６０において、対立遺伝子率が第一疑問区間内にあるかどうかを判断する。対立遺伝子率が第一疑問区間の上側区間限界より低い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ６２において、選択された対立遺伝子を不確定として標識し、選択された対立遺伝子に対する不確定結果を検査結果ファイルに記録する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５０において、処理対象の対立遺伝子がまだ残っていないかどうかを判断する。
【００７６】
計算された対立遺伝子率が第一疑問区間の上側区間限界より高い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ６４において、計算された対立遺伝子率が第二疑問区間の下側区間限界より低いかどうかを判断する。一つの実施形態において、第二疑問区間については、異型接合比率範囲のカットオフ比率の上下周辺域として定義することができる。例えば、ある異型接合比率範囲のカットオフ比率を約０．７とすることができる。第二疑問区間を、異型接合比率範囲のカットオフ比率からほぼ等距離の上側区間限界と下側区間限界によって定義することができる。計算された対立遺伝子率が第二疑問区間の下側区間限界より低い場合は、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ６６において、選択された対立遺伝子を異型接合として標識し、検査結果ファイルの中に、選択された対立遺伝子に対する異型接合結果を記録する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５０において、処理対象の対立遺伝子がまだ残っていないかどうかを判断する。
【００７７】
計算された対立遺伝子率が第二疑問区間の下側区間限界より高い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ６８において、対立遺伝子率が第二疑問区間内にあるかどうかを判断する。対立遺伝子率が第二疑問区間の上側区間限界より低い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ７０において、対立遺伝子を不確定として標識し、選定された対立遺伝子に対する不確定結果を検査結果ファイルに記録する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５０において、処理対象の対立遺伝子がまだ残っていないかどうかを判断する。計算された対立遺伝子率が第二疑問区間の上側区間限界より高い場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ７２において、異型接合変異体に対するＭＵＴとして標識し、検査結果ファイルの中に、選択された対立遺伝子に対する結果を記録する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ５０において、処理対象の対立遺伝子がまだ残っていないかどうかを判断する。
【００７８】
ＤＰＳモジュール２６は、ＣＦアッセイにおいて、検査される各対立遺伝子に対し前記のステップ５０〜７２を繰り返し実施することができる。ＤＰＳモジュール２６が、全ての検査対象対立遺伝子の処理を完了するか、又は、コントロールビーズが妥当性確認に合格せず、全ての結果を検査失敗として標識したときには、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ７４において、遺伝子解析装置１２が実施した検査についての計算結果及び生データを、ネットワーク１８を介してデータベース１７に送信する。ＲＧＵモジュール２８は、ステップ７６において、ＤＰＳモジュール２６が作成したデータベースをクエリーし、検査結果を表示するためのＧＵＩを生成する。以下に図５〜図７を参照して説明するように、ＣＦアッセイの結果を、一つのＧＵＩ内の複数のフォーマットで、及び／又は複数のＧＵＩによる複数のフォーマットで表示することができる。
【００７９】
図３に関連して詳しくは説明していないが、別個のレフレックス・ビーズを使って、ステップ４０〜７６に記載したＣＦアッセイと同様に、レフレックス検査を実施することができる。一つの実施形態において、レフレックス検査を、ＣＦアッセイとは別に実施することができる。遺伝子解析装置１２は、レフレックス検査に対する生データ及びコントロールビーズに対し測定された信号強度を記憶する別の出力ファイルを生成することができる。上述の出力ファイルをＤＰＳモジュール２６によって処理することができ、レフレックス・ビーズの信号強度に関連する比率を算定して、レフレックス検査の結果を計算することができる。
【００８０】
別の実施形態において、レフレックス検査をＣＦアッセイと同時に実施することができる。遺伝子解析装置１２は、ＣＦアッセイとレフレックス検査とに対し別々の出力ファイルを作成し、それら出力ファイルをコンピュータシステム１４に送信することができる。それぞれの出力ファイルには、それぞれの検査の生データ及びコントロールビーズに対して測定された信号強度を記憶することができる。さらなる実施形態において、遺伝子解析装置１２が生成したファイルには、ＣＦアッセイの生データ、レフレックス検査の生データ、及びコントロールビーズに対して測定された信号強度を含めることができる。ＤＰＳモジュール２６は、出力ファイルを受信しこのファイルをもっと小さなファイルに分類することができる。例えば、ＤＰＳモジュール２６は、ＣＦアッセイの生データを含むＣＦファイルと、レフレックス検査の生データとを含むレフレックス・ファイルとを生成し、コントロールビーズに対して測定された信号強度については、上述のＣＦ及びレフレックス・ファイルの双方にコピーを挿入することができる。各ファイルを、ステップ４４〜７２に記載したように適切に処理することができる。
【００８１】
図４は、ＣＦアッセイで検査される各々の患者サンプルに含有されたコントロールビーズに対する、妥当性確認試験の実施形態の一例のフローチャートを示す。通常、遺伝子解析装置１２は、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査において各コントロールビーズの信号強度を測定する。測定された強度は、コンピュータシステム１４中のＤＰＳモジュール２６に送信される。ＤＰＳモジュール２６は、コントロール信号の測定強度を、相互に比較及び／又は各種の所定閾値と比較して、遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査が首尾よく実施されたのかどうかを判定する。コントロールビーズが妥当性確認試験に合格すれば、ＤＰＳモジュール２６は、各検査に関連する生データに基づいて遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査の結果を計算する。図４には比較作業の具体的回数は示していないが、任意の比較作業又は比較作業の組合せを使って、コントロールビーズの妥当性を確認することができる。
【００８２】
ステップ８０において、ｋ１及びｋ２コントロールビーズに対し測定された信号強度は、上部信号閾値（例、ｋ４ｍａｘ）と比較される。コンピュータシステム１４のユーザは上部信号閾値を設定することができ、約４００から約８００の範囲とすることができる。ｋ１及びｋ２コントロールビーズに対して測定された信号強度が上部信号閾値より大きい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８２において妥当性確認不合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４６において、全ての対立遺伝子に対する結果を検査失敗と標識する。ｋ１及びｋ２コントロールビーズの測定信号強度が上部信号閾値より小さいか、ほぼ等しい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８４において、ｋ４コントロールビーズの測定強度がｋ３コントロールビーズの測定強度より大きいかどうかを判断する。
【００８３】
ｋ３コントロールビーズの測定信号強度が、ｋ４コントロールビーズの測定信号強度より大きいか又は等しい場合、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８２において妥当性確認不合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４６において、全ての対立遺伝子に対する結果を検査失敗と標識する。ｋ３コントロールビーズの測定信号強度が、ｋ４コントロールビーズの測定信号強度より小さい場合、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８６において、遺伝子解析装置１２がＡＣＯＧ及びＡＣＭＧが定めた２５の変異のような、変異プライマリー・パネルを使ってＣＦアッセイを実施したかどうかを判断する。
【００８４】
遺伝子解析装置１２がＣＦアッセイを行ったならば、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８８において、ｋ３コントロールビーズに対して測定された信号強度と、ｋ２コントロールビーズに対して測定された信号強度との間の差が、下部信号閾値（例、ｋ４ｍｉｎ）より小さいかどうかを判断する。下部信号閾値については、コンピュータシステム１４のユーザが設定することができ、約５０から約２００の範囲とすることができる。ｋ３及びｋ２コントロールビーズ間の測定信号強度の差が下部信号閾値よりも大きい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ９０において、検査された全ての対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が、ｋ３及びｋ２コントロールビーズ間の測定信号強度の差と検査された対立遺伝子の群の数とを乗じた値以上であるどうかを判断する。一つの実施形態において、ｋ３及びｋ２コントロールビーズの測定信号強度の間の差によって、遺伝子解析装置１２によって行われた検査に関連する、下部信号閾値とも称する信号対ノイズ比を表すことができる。
【００８５】
検査された全ての対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が、信号対ノイズ比に検査された対立遺伝子の群の数を乗じた値よりも小さな場合、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８２において妥当性確認不合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４６において、全ての対立遺伝子に対する結果を検査失敗と標識する。検査された全ての対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が、信号対ノイズ比に検査された対立遺伝子の群の数を乗じた値よりも大きな場合、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ９４において妥当性確認合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４８においてバックグラウンド補正データを計算する。
【００８６】
ｋ３及びｋ２コントロールビーズ間の測定信号強度の差が下部信号閾値よりも小さい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ９２において、検査された全ての対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が、ｋ３コントロールビーズの測定信号強度に検査された対立遺伝子の群の数を乗じた値以上であるかどうかを判断する。検査された全ての対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が、ｋ３コントロールビーズの測定信号強度に検査された対立遺伝子の群の数を乗じた値より小さい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８２において妥当性確認不合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４６において、全ての対立遺伝子に対する結果を検査失敗と標識する。検査された全ての対立遺伝子に対するＭＦＩ値の和が、ｋ３コントロールビーズの測定信号強度に検査された対立遺伝子の群の数を乗じた値より大きい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ９４において妥当性確認合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４８においてバックグラウンド補正データを計算する。
【００８７】
ＤＰＳモジュール２６が、遺伝子解析装置１２から受信した出力ファイルは、レフレックス検査の生データを含むと判断した場合、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ９６において、ｋ３及びｋ２コントロールビーズ間の測定信号強度の差が上部信号閾値以下かどうかを判断する。差が上部信号閾値より大きい場合、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ８２において妥当性確認不合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４６において、全ての対立遺伝子に対する結果を検査失敗と標識する。差が上部信号閾値より小さいか又はこれと等しい場合には、ＤＰＳモジュール２６は、ステップ９４において妥当性確認合格と判定する。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、図３に示すように、ステップ４８においてバックグラウンド補正データを計算する。
【００８８】
図５は、ＣＦアッセイの結果を表示するグラフィカル・ユーザインタフェース（ＧＵＩ）の実施形態の例を示す。遺伝子解析装置１２から受信した出力ファイル中の生データを処理した後、プロセッサ２０は、ＲＧＵモジュール２８を実行してＧＵＩ１００を生成することができる。ＣＵＩ１００中に表示する情報を、ＤＰＳモジュール２６が作成した結果ファイルの中に追加して記憶することができる。図示した実施形態において、ＧＵＩ１００は、ヘッダ概要１０２、プレート一覧１０４、要約レポート１０６、バッチ選択１０８、患者レポート１１０、及びコメント選択１１２を含む。他の実施形態において、ＧＵＩ１００を使って、ＤＰＳモジュール２６の生成したデータ及び結果の任意の組合せを表示することができる。また。ＧＵＩ１００は、ＣＦアッセイの結果が特定のＣＦ変異の存在を示している場合、実施されたレフレックス検査の結果を表示することができる。
【００８９】
ヘッダ概要１０２には、ＣＦアッセイの実施状況に関連する識別情報を含めることができる。例えば、ヘッダ概要１０２には、以下に限らないが、実施した特定の検査の名称、検査担当者が検査を開始した日付及び時間、検査担当者の識別、及び特定の検査単位に割り当てられた識別番号を含めることができる。これらの情報によって、ＧＵＩ１００を閲覧するユーザは、検査についての各種の基本的情報を容易に識別することができる。
【００９０】
プレート一覧１０４を、プレート上の各々のウエルに対するカラーコード表現を含むチャートとすることができる。プレート一覧１０４は、ウエルの各々に入った患者サンプルのＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査の結果を素早く概観する方法を提供できる。一つの実施形態において、プレートには、各々が異なる患者の血液サンプルを包含した、９６の異なるウエルを含めることができる。上述のプレートに、ＡからＨまでに標識された８つの行と、１から１２までの番号を付された１２の列を設けることができる。他の実施形態では、プレートに任意の数のウエルを含めることができ、所望の数のウエルを備えた任意の数の行と列とを持つようにプレートを構成することができる。プレート一覧１０４に複数のプレートを含め、同時に、又は別々にＧＵＩ１００に表示することができる。一つの実施形態において、Ａ１ウエル中にセットされた患者サンプルから、計算結果を検知して行くことによって、複数のプレートを識別することができる。
【００９１】
図示した実施形態において、プレート一覧１０４は、各々のウエルに対するＣＦアッセイの結果を含む。例えば、プレート一覧１０４は、ＣＦアッセイの結果が、正常であったのか、遺伝子変異が見つかったのか、結果が不確定であったのか、及び／又は検査が失敗したのかを表示する。正常な結果は陰のない円で示される。例えば、ウエルＡ１中の患者サンプルに実施されたＣＦアッセイの結果は正常であった。一つの実施形態において、ディスプレイ３６で見る際に正常結果を緑色で表示することができる。
【００９２】
患者が異型接合もしくは同型接合と識別された場合の変異体結果、及び不確定結果については、陰付き円で示す。例えば、ウエルＤ１の患者サンプルに行われたＣＦアッセイでは、検査された対立遺伝子の一つに変異体ＤＮＡが検出された。他の実施形態において、陰付き円によって不確定結果を表すことができ、これは計算された対立遺伝子率が、正常結果又は異型接合結果のいずれかに対する対立遺伝子率のカットオフ比率（例、ある結果判定範囲の対立遺伝子率上限）に近いことを示す。一つの実施形態において、ディスプレイ３６で見る際に変異体又は不確定結果を黄色で表示することができる。
【００９３】
遺伝学的検査が適切に行われなかったことを示す、検査失敗については、円の上のＸ印で示す。例えば、ウエルＢ７中の患者サンプルに実施されたＣＦアッセイは失敗し、データは生成されなかった。失敗表示には、以下に限らないが、患者サンプルのウエルへのセットミス、患者サンプルにパネル・ビーズ及び／又はコントロールビーズを加えなかったミス、遺伝子解析装置１２の故障、及び／又はコントロールビーズの妥当性確認不合格を含め、任意の数の問題を表示することができよう。一つの実施形態において、ディスプレイ３６で見る際に検査失敗を赤色で表示することができ、Ｘ印によって、色盲のユーザが、正常結果の患者サンプルを含むウエルと、検査失敗サンプルを含むウエルとを区別する手段を提供することができる。
【００９４】
要約レポート１０６には、ＤＰＳモジュール２６によって処理されたＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査の結果を示す一つ以上のチャートを含めることができる。これらチャートには、以下に限らないが、プレート番号、患者サンプルに対応するウエル番号、ウエルの中の個別の患者サンプルに関連する、患者番号とも称する登録識別番号、全体的検査結果のまとめ、及び、検査された各々の遺伝子変異及び／又はレフレックス重症度の結果の要約といった情報を含めることができる。
【００９５】
タブ１０６ａには、ＤＰＳモジュール２６によって計算された対立遺伝子同定に関する情報を含めることができる。対立遺伝子同定によって、検査された患者が、特定の対立遺伝子上のＣＦ変異について陽性かどうかを示すことができる。正常結果を「ＮＯＲ」として表示でき、患者がＣＦを持つことが発見された場合の変異体結果を「ＭＵＴ」で表示でき、患者がＣＦのキャリヤであることが発見された場合の（例、患者が、少なくとも一つの対立遺伝子に関連する変異体ＤＮＡ及び正常体ＤＮＡを有する）変異体結果を「ＨＥＴ」として表示でき、不確定結果を「ＩＮＤ」で表示でき、検査失敗を「ＦＡＩＬ」として表示することができる。一つの実施形態において、タブ１０６ａには、プレート一覧１０４で用いた色に基づくカラーコードをさらに含めることができる。例えば、ウエルＤ１において異型接合結果を検出することができる。プレート一覧１０４で用いたのと同じ色（例、黄色）を使って、対立遺伝子要約欄の中のテキスト、及びｄｅｌｔａＦ５０８欄を際立たせて、ＣＦ変異のキャリヤ又はＣＦを保有可能性患者の容易な識別を可能にすることができる。
【００９６】
タブ１０６ｂには、ＤＰＳモジュール２６が計算した対立遺伝子率身関連する情報を含めることができる。前に図１に関連して説明したように、対立遺伝子率については、特定の対立遺伝子に関連する変異体ＤＮＡの全体ＤＮＡに対する比率として定義することができる。対立遺伝子率を使って、検査された対立遺伝子の各々に対する対立遺伝子同定を生成することができる。
【００９７】
一つの実施形態において、対立遺伝子率の範囲を、正常結果、異型接合結果、及び同型接合結果に関連付けることができる。例えば、Ｗ１２８２Ｘ対立遺伝子上の変異に対する嚢胞性繊維症アッセイ試験において、正常比率範囲を約０から約０．３の間とし、０．３を正常比率範囲に対する対立遺伝子率のカットオフ値とすることができ、異型接合比率範囲を約０．３から約０．７の間とし、０．７を異型接合比率範囲に対する対立遺伝子率のカットオフ値とすることができ、同型接合比率範囲を約０．７から約１の間とすることができる。他の対立遺伝子の常の変異については、各対立遺伝子型同定に対する対立遺伝子率の範囲は違ったものとなろう。一つの実施形態において、各対立遺伝子型同定に対する対立遺伝子率の範囲については、システム１０のユーザが設定可能で、ユーザは、検査を開始する前に適切な範囲を割り当てることができる。多くの対立遺伝子に対し、約０．５の比率は、披検患者の異型接合変異を示すものとなるが、この値については、ユーザが割り当てる範囲によってもっと高くすることも低くすることもできる。
【００９８】
また、対立遺伝子率を使って、結果が不確定かどうかを判断することができる。例えば、計算された対立遺伝子率が各種の範囲に対するカットオフ比率に近すぎる場合にはアッセイの結果を不確定とすることができる。例としてＷ１２８２Ｘ対立遺伝子を用いれば、ＤＰＳモジュール２６が計算した対立遺伝子率が０．３である場合、この比率は正常範囲と異型接合範囲との境界線に位置しているので、結果を不確定とすることができる。さらに、ＣＦアッセイの結果が不確定でとなるかどうかはユーザが定義する疑問区間により決まる。一つの実施形態において、ユーザは、検査する各対立遺伝子毎及び／又は実施する遺伝学的検査毎に、疑問区間に含める幅及び／又は対立遺伝子率を設定することができる。プロセッサ２０がＡＵモジュール３２を実行するときに、これらの区間を設定することができる。疑問区間を、異なった範囲の限界の上下周辺域とすることができ、ある比率がその領域にあれば、その結果を不確定とすることができる。再度、Ｗ１２８２Ｘ対立遺伝子を用いれば、疑問区間を、約０．２５から約０．３５までの間と定義することができる。ＤＰＳモジュール２６が計算した対立遺伝子率がこの２つの値の間に入った場合は、ＣＦアッセイの結果を不確定にすることができる。
【００９９】
タブ１０６ｃには、正規化結果とも称するバックグラウンド補正ＭＦＩ値に関連する情報を含めることができる。前に図１に関連して説明したように、各々の患者サンプルには、ミクロスフィアに共有結合された異なった量のビオチンを有する一つ以上のコントロールビーズを含有させることができる。各ウエルの中のバックグラウンド強度が、遺伝子解析装置１２により測定される相対信号強度に影響することがある。正しい対立遺伝子率を得るために、バックグラウンド強度を計算から除外することができる。一つの実施形態において、披検査対立遺伝子各々に関連する正常体及び変異体ビーズの検出強度から、ｋ２コントロールビーズに関連する強度を差し引くことによって、バックグラウンド強度を除去することができる。次いで、ＤＰＳモジュール２６は、バックグラウンド補正チャートに含まれた、対立遺伝子各々のバックグラウンド補正信号強度を使って、各種の変異に対する対立遺伝子率及び対立遺伝子型同定を計算し、バーチャル・ライン・ブロットを生成する。
【０１００】
タブ１０６ｄには、遺伝子解析装置１２が収集した生データを含めることができる。生データには、検査された対立遺伝子各々に関連する変異体ビーズ、正常体ビーズ、及び／又はレフレックス・ビーズの対し測定された信号強度を含めることができる。ＣＦアッセイの結果を計算するため直接生データを使うことはできないが、前に説明したように、生データを正規化し、この正規化したデータを使ってＧＵＩ１００の他の部分に表示する結果を計算することができる。
【０１０１】
バッチ選択１０８は、ユーザが、ＧＵＩ１００で閲覧する検査結果を選り分けられるようにする。図示した実施形態において、ヘッダ概要１０２中に示された特定のプレート及び／又はプレート群に対して行われたＣＦアッセイに関連する全ての結果を、ＧＵＩ１００に表示することができる。別の実施形態では、ユーザは、特定の対立遺伝子型同定に関連する患者レポートの閲覧を選択して、いろいろな患者サンプルに行われた遺伝学的検査の結果をフィルタにかけることができる。例えば、ＤＰＳモジュール２６が計算する対立遺伝子型同定の型には、正常、異型接合、同型接合、不確定、又は検査失敗を含めることができる。ユーザは、バッチ選択１０８を使って、ＧＵＩ中の、検査結果が正常であった患者サンプルに関連する患者レポートの閲覧を選択することができる。バッチ選択は１０８は、選り分けた検査結果の患者レポートに関連する登録番号をさらに表示することができる。ＧＵＩ１００中に表示された検査結果と同様に、バッチ選択１０８は、ユーザが、特定の対立遺伝子型同定を持つ患者レポートを印刷出力、及び／又は特定の対立遺伝子型同定を持つ患者サンプルのバーチャル・ライン・ブロットを、生成できるようにすることができる。
【０１０２】
また、ＧＵＩ１００には、検査された各々のサンプルに関連する患者レポート１００を含めることができる。患者レポート１００には、以下に限らないが、患者識別番号（例、登録番号）、遺伝子解析装置１２で検査を実施した担当者についての情報、特定の患者サンプルのＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査の結果を診断した人員についての情報、遺伝子解析装置１２が行ったＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査、ＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査を行った試験所に関連するＣＬＩＡ番号、及び検査した変異種の各々のＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査の結果などを含む情報を含めることができる。検査実施者情報及び診断者情報については、イニシャル、姓、電子メール（ｅメール）のユーザ名、あるいは、遺伝子解析装置１２を使って検査を実施した担当者及び実施された検査結果を診断した人員を識別できる適切な他の任意の情報とすることができる。
【０１０３】
ユーザがＧＵＩ１００で見ることのできる患者レポートは、バッチ選択１０８で選定した検査結果による。図示された実施形態において、検査された患者サンプルに関連する患者レポートは全てユーザが閲覧を選択したものである。別の実施形態では、特定の対立遺伝子型同定（例、正常、異型接合、同型接合、不確定、及び検査失敗）だけに関連する患者レポート閲覧を選択することができる。バッチ選択１０８で患者レポートに関連する登録番号を選択して、ＧＵＩ１００で特定の患者レポートを見ることができる。
【０１０４】
患者レポート１１０には、タブ１１０ａ及び１１０ｂをさらに含めることができる。タブ１１０ａには、バッチ選択１０８で選定した患者サンプルに対する識別情報、及びＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査の結果を含めることができ、タブ１１０ｂには、選定した患者サンプルのＣＦアッセイの結果に関連する任意のコメントを含めることができる。コメント選択１１２を使って適切なコメントを選択して、コメントを患者レポート１１０に加えることができる。図６に関連してさらに詳しく説明するように、コメント選択１１２は、ユーザが、特定の検査結果に対し、あらかじめ定められたコメントを加えるか、又はカスタムのコメントを生成することができるようにする。図示された実施形態において、登録番号２００５６９３３で識別された患者レポート１１０は、対応患者サンプルに対するＣＦアッセイの結果を示しており、その結果には、患者がｄｅｌｔａＦ５０８対立遺伝子上のＣＦ変異のキャリヤであることが示されている。ユーザはｄｅｌｔａＦ５０８変異に対する所定のコメント記入を選択するか、あるいは、識別された変異に対してカスタムなコメントを記入することを選択することができる。
【０１０５】
ｄｅｌｔａＦ５０８変異及びＲ１１７Ｈ変異を含め、一部の遺伝子変異に対して、レフレックス検査を実施し変異の重症度を判断することができる。前述したように、レフレックス検査の結果については、ＤＰＳモジュール２６が計算し、ＲＧＵモジュール２８がＧＵＩ１００に組み入れることができる。例えば、ＲＧＵモジュール２８は、患者サンプルに関連する登録番号を使って、レフレックス検査の結果をＣＦアッセイの結果と組み合わせることができる。レフレックス検査結果を、一つ以上のプレート一覧１０４、要約レポート１０６及び患者レポート１１０に表示することができる。さらに、バッチ選択１０８を使って、実施されたレフレックス検査の結果を選択することができる。
【０１０６】
図６は、患者レポート１１０のタブ１１０ｂに含まれるコメントを表示しているＧＵＩ１００を示す。前述したように、コメント選択１１２を使って患者レポート１１０にコメントを記入することができる。図示された実施形態において、コメントには、ＣＦアッセイの結果（例、患者はＣＦを発症するとして知られる遺伝子のキャリヤである）、今後取るべき処置についての推奨基準、及びこのコメントが何時患者レポート１１０に記入されたかを示す情報が含まれている。他の実施形態において、コメントには、対応する患者サンプルに対し行われた遺伝学的検査及び／又はレフレックス検査に関連する任意の情報を含めることができる。コメントについては、以下に限らないが、検査管理者及び医療管理者を含め任意の有資格者が記入することができる。
【０１０７】
前述したように、レフレックス検査を実施して、例えば、ｄｅｌｔａＦ５０８の変異の重症度を判断することができる。レフレックス検査の結果がＧＵＩ１００に組み入れられた後、患者レポート１１０に関連するコメントを変更してレフレックス検査の結果に関する情報を含めることができる。例えば、その情報には、以下に限らないが、変異の重症度、レフレックス検査が行われた日付及び時間、及びレフレックス検査の結果に基づく任意の勧告を含めることができる。あらかじめ定めたコメント又はカスタム・コメントを使って追加情報を記入することができる。
【０１０８】
一部の実施形態において、ＧＵＩ１００の各ユーザにパスワードを割り当てることができる。パスワードは、ユーザに対し、コメントに包含される情報に、異なったレベルのアクセスができるようにする。一つの実施形態において、パスワードを３つのレベルにすることができる。第一レベル・パスワードは、ユーザが患者レポート１１０に関連するコメントを閲覧できるようにする。第二レベル・パスワードは、ユーザがコメントを閲覧し、さらにコメントを記入できるようにする。例えば、ユーザは、ＣＦアッセイの結果に基づき、患者レポートに所定のコメント及び／又はカスタムのコメントを追記することができる。
【０１０９】
第三レベル・パスワードは、ユーザがコメントを閲覧し、追記し、変更し、無効にできるようにする。例えば、コメントによって、患者サンプルに関連する検査が失敗であったこと及び／又は検査が不確定であったこと、ならびに、サンプルを再試験する必要があることを示すことができる。患者サンプルが再度検査され、検査が首尾よく実施されれば、元のコメントを無効にし、検査結果に基づいて患者レポート１１０に新しいコメントを記入することができる。患者レポート１１０の中で元のコメントの閲覧はできないが、その特定の患者サンプルに関連するコメント履歴に無効となったコメントを含めることができる。一つの実施形態において、コメント履歴をデータベース１７に記憶し、データベース内の対応登録番号に関連付けることができる。コメント履歴には、コメントが記入された、又は変更された、又は無効にされた日付及び時間、コメントの変更を行った人員の身元、及びどのようにコメントが変更されたのかを含めることができる。コメントの変更又は無効化については、ＧＵＩ１００における変更された又は無効にされたボタンをクリックすることによって、プルダウンメニューからオプションを選択することによって、及び／又は、コンピュータシステム１４に接続された入力デバイスに命令を入力することによって行うことができる。
【０１１０】
図７Ａ及び７Ｂは、ＣＦアッセイの結果を含むバーチャル・ライン・ブロットとして表示された、パターン認識ツールを含むグラフィカル・ユーザインタフェースを示す。図示された実施形態において、ＧＵＩ１１３には、バーチャル・ライン・ブロット１１４を含めることができる。ＧＵＩ１１３を、図５及び６に記載したようなＧＵＩ１００と別に、又は同時に表示することができる。バーチャル・ライン・ブロット１１４は、ＣＦアッセイ及び／又はレフレックス検査の結果のグラフィカルな表現を提示して、ユーザが、大量のデータを迅速に見ることができるようにする。図示するように、検査された対立遺伝子は、バーチャル・ライン・ブロット１１４に沿ってリストされている。２色のカラーバンドを使って、各対立遺伝子に関連する正常体ＤＮＡと変異体ＤＮＡとを表すことができる。カラーバンドに基づくパターンを生成することができ、そのパターンによって、各患者サンプルのＣＦアッセイ結果を表現するパターン認識特徴を提供することができる。
【０１１１】
図示された実施形態において、ＣＦ結果１１５は、いろいろな患者サンプルのＣＦアッセイ結果を表す。これらの結果を、図５及び６に中のプレート一覧１０４に示された結果と対応させることができる。ＣＦパターン１１６は、特定の対立遺伝子上に変異が検出されると形成されるパターンを表現する。例えば、Ｆ５０８対立遺伝子に異型接合変異が検出された場合に、ＣＦパターンが、正常対立遺伝子を表すカラーバンドと変異対立遺伝子を表すカラーバンドとを含むようにすることができる。また、対照尺度として、ｋ４コントロールビーズに対するカラーバンドを含めることもできる。
【０１１２】
一つの実施形態において、ＲＧＵモジュール２８は、ＣＦアッセイの計算結果をバーチャル・ライン・ブロット１１４に変換することができる。バーチャル・ライン・ブロット１１４を生成するため、ＡＵモジュール３２は、各対立遺伝子にＭＦＩスケーリング係数を割り当てることができる。スケーリング係数によって、対立遺伝子に対する最大ＭＦＩ値を表すことができ、システム１０のユーザはその係数を設定することができる。スケーリング係数を、正常体ＤＮＡだけを含む患者サンプルを表すバックグラウンド補正信号に、最初に割り当てることができる。その信号を、ライン・ブロット１１４上に、ほぼ１００パーセント強度を持つ正常体対立遺伝子上のカラーバンドとして表すことができる。正常体ビーズの信号強度が減少すれば、変異体ビーズの信号強度が増大するので、正常体及び変異体ビーズに対する色の強さを調整し、特定の対立遺伝子に対するスケーリング係数に基づいた対数尺度を使って、計算された対立遺伝子率をグラフィカル表現することができる。
【０１１３】
例えば、特定の対立遺伝子に対し個別のカラーバンドを描く場合、ＲＧＵモジュール２８は、患者サンプルに対し測定されたバックグラウンド補正された対立遺伝子ＭＦＩ値を、その対立遺伝子に対するスケーリング係数で除算し、彩度比率を生成することができる。彩度比率が約１以上であれば、カラーバンドは、可能な最も濃い色で描かれる。最も濃い色によって、測定されたビーズ（例、正常体、変異体、又はコントロールビーズ）に関連する信号が、ほぼ１００パーセント強度であることを表すことができる。彩度比率がゼロ（０）に近い場合は、その対立遺伝子に対するカラーバンドは見えず、これにより、測定されたビーズに関連する信号が、ほぼゼロ（０）パーセント強度であることを表すことができる。その比率がゼロ（０）から１に進むにつれ、カラーバンドは対数尺度で濃くなって行く。従って、特定の対立遺伝子に対するカラーバンドを濃くする必要がある場合、対立遺伝子に関連するスケーリング係数を低減することによって、その対立遺伝子に対し表示する色の強さを増大することができる。逆に、特定の対立遺伝子に対するカラーバンドを淡くする必要がある場合、対立遺伝子に関連するスケーリング係数を増大することによって、その対立遺伝子に対し表示する色の強さを低減することができる。
【０１１４】
図示された実施形態において、患者サンプル１１７は、図５のプレート一覧１０４に示されたウエルＤ１に対応する。患者サンプル１１７のＣＦアッセイ結果は、ｄｅｌｔａＦ５０８の変異の存在を示している。患者レポート１１０に示されるように、対立遺伝子率は、約０．５１と計算されている。一つの実施形態において、約１０００のＭＦＩスケーリング係数を、デフォルト値として、又はユーザ設定値として、Ｆ５０８対立遺伝子に割り当てることができる。０．５１の対立遺伝子率に対しては、正常体ＤＮＡ用のカラーバンドに約５０パーセントの色強度を持たせ、変異体ＤＮＡ用のカラーバンドに約５０パーセントの色強度を持たせることができる。患者サンプル１１７に示されるように、正常体及び変異体ＤＮＡに対するカラーバンドは、各々の正常体及び変異体対立遺伝子に対する適正な強度を表すように調整されている。ＲＧＵモジュール２８は、バーチャル・ライン・ブロット１１４上の、正常カラーバンドと変異カラーバンドとの間にある正常対ビーズ及び変異体ビーズに関連する彩度比率を、対数尺度で調整することによってカラーバンドを計算する。ＲＧＵモジュール２８は、ＤＰＳモジュール２６が計算した結果を使って、ＧＵＩ１１３にライン・ブロット１１４を表示する。
【０１１５】
ＣＦアッセイに対するバーチャル・ライン・ブロットに関して説明したのと同じ方式をレフレックス検査の結果にも適用することができる。例えば、Ｒ１１７Ｈの変異が検出された場合、ポリＴ域における重症度を測定するためのレフレックス検査を実施することができる。前述したように、レフレックス検査を、ＣＦアッセイとは別に、あるいは同時に行うことができる。ＤＰＳモジュール２６によって５Ｔ、７Ｔ、及び９Ｔ測定結果の対立遺伝子率を計算することができる。ＣＦアッセイで検査された対立遺伝子群に対して割り当てられたスケーリング係数に関連して前に説明したように、ＡＵモジュール３２は、各々のポリＴ域に対するＭＦＩスケーリング係数を、追加して割り当てることができる。各種のポリＴ変異を識別するためのレフレックス・ビーズの各々に関連する彩度比率を計算し、その比率に対数尺度の倍率操作を加えることによって、レフレックス１１８中に図示したのと同様なカラーバンドを算定することができる。次いで、ＲＧＵモジュール２８は、レフレックス・パターン１１８をバーチャル・ライン・ブロット１１４に組み入れることができる。
【０１１６】
特定の好適な実施形態に関連させて本発明を説明してきたが、当業者に対してはさまざまな変更及び変形案を提案することができ、本発明は、こういった変更及び変形案を添付の特許請求内容に網羅するようを意図されている。
【図面の簡単な説明】
【０１１７】
以下の説明を添付の図面と関連させて参照することによって、本発明及びその利点のさらに完全で詳細な理解を得ることができる。図の中の同じ参照番号は、同じ機能を示す。
【図１】図１は、本発明の教示による、複合遺伝学的検査の結果を処理するためのシステムのブロック図を示す。
【図２】図２は、本発明の教示による、複合遺伝学的検査の結果を処理するためのコンピュータシステムのブロック図を示す。
【図３】図３は、本発明の教示による、複合遺伝学的検査の結果を処理する方法のフローチャートを示す。
【図４】図４は、本発明の教示による、複合遺伝学的検査で使用するコントロールビーズの妥当性確認方法のフローチャートを示す。
【図５】図５は、本発明の教示による、複合遺伝学的検査の結果を表示するグラフィカル・ユーザインタフェース（ＧＵＩ）の実施形態の一例を示す。
【図６】図６は、本発明の教示による、患者レポートに関連するコメント欄を表示しているＧＵＩの実施形態の別の例を示す。
【図７】図７Ａ及び７Ｂは、本発明の教示による、複合遺伝学的検査の結果の視覚的表現を提供するバーチャル・ライン・ブロットを表示しているＧＵＩの実施形態のさらなる例を示す。
【図１】
2008505320.tif 000003
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
2008505320.tif 000009
【図７Ｂ】
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【国際調査報告】
2008505320.tif 000011
2008505320.tif 000012