(57)【要約】本発明は、ＤＮＡタンパク質キナーゼ（ＤＮＡ−ＰＫｃｓ）の触媒サブユニットの阻害が、放射線治療または化学療法などのＤＮＡ損傷療法に対する、ＡＴＭ欠損表現型を示す癌細胞の感受性を高めるという知見に関するものである。ＡＴＭ欠損表現型を示す癌の治療方法およびそのような方法に対する患者の感受性を測定する方法が提供される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体での癌の治療で、ＤＮＡ損傷癌療法と組み合わせて使用される医薬の製造におけるＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬の使用であって、前記癌がＡＴＭ欠損表現型を有する前記使用。
【請求項２】
前記ＤＮＡ損傷癌療法が細胞ＤＮＡにおけるＤＮＡ二本鎖切断を誘発する請求項１に記載の使用。
【請求項３】
前記ＤＮＡ損傷癌療法が１以上のＤＮＡ損傷化学療法剤である請求項２に記載の使用。
【請求項４】
前記ＤＮＡ損傷化学療法剤が、ブレオマイシン、ドキソルビシン、エトポシド、イリノテカン、トポテカン、ルビテカン、ゲムシタビン、テモゾロマイド、ＤＴＩＣ（ダカルバジン）、シスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチンおよびヨンデリスからなる群から選択される請求項３に記載の使用。
【請求項５】
前記ＤＮＡ損傷化学療法が、表８に示したＤＮＡ損傷化学療法剤の組み合わせである請求項３に記載の使用。
【請求項６】
前記ＤＮＡ損傷癌療法が放射線治療である請求項１または請求項２に記載の使用。
【請求項７】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、アリール−モルホリノ化合物、ベンゾクロメノン化合物、モルホリノ−サリチルアルデヒド化合物およびモルホリノ−ベンゾフェノン化合物のうちのいずれかである請求項１〜６のいずれか１項に記載の使用。
【請求項８】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、１−（２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−フェニル）エタノン、２−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−９−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミド、９−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−４−オン、２−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−１，４−ジヒドロ−キノリン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミド、８−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−１Ｈ−キノリン−４−オン、３−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−９−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−プロピオンアミド、３−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−１，４−ジヒドロ−キノリン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−プロピオンアミド、２−（モルホリン−４−イル）−ベンゾ［ｈ］クロメン−４−オン、８−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−クロメン−４−オン、２−アミノ−クロメン−４−オン、２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−ベンズアルデヒドおよび１−（２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−フェニル）−フェニル−メタノンからなる群から選択される請求項７に記載の使用。
【請求項９】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が下記式（Ｉ）を有する請求項１〜６のいずれか１項に記載の使用。
【化１】
2008542253.tif 000030
［式中、
Ｒ１およびＲ２は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基であるか、またはそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
ＸおよびＹは、ＣＲ４とＯ、ＯとＣＲ'４およびＮＲ”４とＮから選択され；不飽和は環の適切な場所にあり、Ｒ３およびＲ４またはＲ'４のうちの一つが置換されていてもよいＣ３−２０ヘテロアリールまたはＣ５−２０アリール基であり、Ｒ３およびＲ４またはＲ'４のうちの他方がＨであり、あるいはＲ３およびＲ４またはＲ”４が一体となって、全体として縮合した置換されていてもよい芳香族環を表す−Ａ−Ｂ−であり；
ただし、ＸおよびＹがＣＲ４とＯであり、Ｒ３およびＲ４が一体となって縮合ベンゼン環を形成しており、Ｒ１およびＲ２がそれらが結合しているＮとともにモルホリノ基を形成している場合は、その縮合ベンゼンは８位で単一の置換基としてフェニル置換基をもたない］
【請求項１０】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が下記式（ＩＩ）を有する請求項９に記載の使用。
【化２】
2008542253.tif 000031
［式中、
Ｒ１およびＲ２は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基から選択されるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑは−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−または−Ｏ−であり；
Ｙは、置換されていてもよいＣ１−５アルキレン基であり；
Ｘは、ＳＲ３またはＮＲ４Ｒ５から選択され、
Ｒ３またはＲ４およびＲ５は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲ４およびＲ５がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−Ｏ−である場合には、Ｘはさらに、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ６Ｒ７から選択され、Ｒ６およびＲ７は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲ６およびＲ７がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−である場合、−Ｙ−ＸはさらにＣ１−７アルキルから選択されてもよい］
【請求項１１】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１−ベンゾピラン−４−オンおよび２−（４−エチル−ピペラジン−１−イル）−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−１−ベンゾピラン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミドからなる群から選択される請求項１０に記載の使用。
【請求項１２】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が下記式（ＩＩＩ）を有する請求項９に記載の使用。
【化３】
2008542253.tif 000032
［式中、
Ａ、ＢおよびＤはそれぞれ、
（ｉ）ＣＨ、ＮＨ、Ｃ；
（ｉｉ）ＣＨ、Ｎ、Ｎ；および
（ｉｉｉ）ＣＨ、Ｏ、Ｃ
からなる群から選択され；
点線は、適切な位置での２個の二重結合を表し；
ＲＮ１およびＲＮ２は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基から選択されるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５およびＺ６はそれらが結合している炭素原子と一体となって、芳香族環を形成しており；
Ｚ２は、ＣＲ２、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群から選択され；Ｚ３はＣＲ３であり；Ｚ４はＣＲ４、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群から選択され；Ｚ５は直接結合であるかまたはＯ、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＣＨからなる群から選択され；Ｚ６はＯ、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＣＨからなる群から選択され；
Ｒ２はＨであり；
Ｒ３は、ハロまたは置換されていてもよいＣ５−２０アリールから選択され；
Ｒ４は、Ｈ、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２およびＱ−Ｙ−Ｘからなる群から選択され、
Ｑは、−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−または−Ｏ−であり；
Ｙは、置換されていてもよいＣ１−５アルキレン基であり；
Ｘは、ＳＲＳ１またはＮＲＮ３ＲＮ４から選択され、
ＲＳ１またはＲＮ３およびＲＮ４は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、またはＲＮ３およびＲＮ４はそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−Ｏ−である場合、Ｘはさらに、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲＮ５ＲＮ６から選択されてもよく、ＲＮ５およびＲＮ６は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲＮ５およびＲＮ６はそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−である場合、−Ｙ−ＸはさらにＣ１−７アルキルから選択されてもよい］
【請求項１３】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１Ｈ−キノリン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−９Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−キノリジン−４−オンおよび５−アリール−３−モルホリン−４−イル−２−ベンゾピラン−１−オンからなる群から選択される請求項１２に記載の使用。
【請求項１４】
個体での癌の治療方法であって、前記個体に対してＤＮＡ損傷癌療法を施し、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬を投与するステップを含み、前記癌がＡＴＭ欠損表現型を有する、前記方法。
【請求項１５】
癌療法に対する個体での癌状態の感受性を測定する方法であって、前記個体から得られた癌細胞をＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認するステップを含み、前記癌療法がＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬およびＤＮＡ損傷癌療法の組み合わせを含み；前記個体から得られた癌細胞をＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認することが、その癌が前記癌療法に対して感受性であることを示すものである、前記方法。
【請求項１６】
前記ＤＮＡ損傷癌療法が細胞ＤＮＡにおけるＤＮＡ二本鎖切断を誘発する請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡ損傷癌療法が放射線療法である請求項１４〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＤＮＡ損傷癌療法が１以上のＤＮＡ損傷化学療法剤である請求項１４〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記１以上のＤＮＡ損傷化学療法剤が、ブレオマイシン、ドキソルビシン、エトポシド、イリノテカン、トポテカン、ルビテカン、ゲムシタビン、テモゾロマイド、ＤＴＩＣ（ダカルバジン）、シスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチンおよびヨンデリスからなる群から選択される請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＤＮＡ損傷化学療法が、表８に示したＤＮＡ損傷化学療法剤の組み合わせである請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、アリール−モルホリノ化合物、ベンゾクロメノン化合物、モルホリノ−サリチルアルデヒド化合物またはモルホリノ−ベンゾフェノン化合物である請求項１４〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、１−（２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−フェニル）エタノン、２−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−９−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミド、９−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−４−オン、２−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−１，４−ジヒドロ−キノリン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミド、８−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−１Ｈ−キノリン−４−オン、３−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−９−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−プロピオンアミド、３−アミノ−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−１，４−ジヒドロ−キノリン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−プロピオンアミド、２−（モルホリン−４−イル）−ベンゾ［ｈ］クロメン−４−オン、８−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−クロメン−４−オン、２−アミノ−クロメン−４−オン、２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−ベンズアルデヒドおよび１−（２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−フェニル）−フェニル−メタノンからなる群から選択される請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が下記式（Ｉ）を有する請求項１４〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【化４】
2008542253.tif 000033
［式中、
Ｒ１およびＲ２は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基であるか、またはそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
ＸおよびＹは、ＣＲ４とＯ、ＯとＣＲ'４およびＮＲ”４とＮから選択され；不飽和は環の適切な場所にあり、Ｒ３およびＲ４またはＲ'４のうちの一つが置換されていてもよいＣ３−２０ヘテロアリールまたはＣ５−２０アリール基であり、Ｒ３およびＲ４またはＲ'４のうちの他方がＨであり、あるいはＲ３およびＲ４またはＲ”４が一体となって、全体として縮合した置換されていてもよい芳香族環を表す−Ａ−Ｂ−であり；
ただし、ＸおよびＹがＣＲ４とＯであり、Ｒ３およびＲ４が一体となって縮合ベンゼン環を形成しており、Ｒ１およびＲ２がそれらが結合しているＮとともにモルホリノ基を形成している場合は、その縮合ベンゼンは８位で単一の置換基としてフェニル置換基をもたない］
【請求項２４】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が下記式（ＩＩ）を有する請求項２３に記載の方法。
【化５】
2008542253.tif 000034
［式中、
Ｒ１およびＲ２は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基から選択されるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑは−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−または−Ｏ−であり；
Ｙは、置換されていてもよいＣ１−５アルキレン基であり；
Ｘは、ＳＲ３またはＮＲ４Ｒ５から選択され、
Ｒ３またはＲ４およびＲ５は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲ４およびＲ５がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−Ｏ−である場合には、Ｘはさらに、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ６Ｒ７から選択され、Ｒ６およびＲ７は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲ６およびＲ７がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−である場合、−Ｙ−ＸはさらにＣ１−７アルキルから選択されてもよい］
【請求項２５】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１−ベンゾピラン−４−オンおよび２−（４−エチル−ピペラジン−１−イル）−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−１−ベンゾピラン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミドからなる群から選択される請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が下記式（ＩＩＩ）を有する請求項２３に記載の方法。
【化６】
2008542253.tif 000035
［式中、
Ａ、ＢおよびＤはそれぞれ、
（ｉ）ＣＨ、ＮＨ、Ｃ；
（ｉｉ）ＣＨ、Ｎ、Ｎ；および
（ｉｉｉ）ＣＨ、Ｏ、Ｃ
からなる群から選択され；
点線は、適切な位置での２個の二重結合を表し；
ＲＮ１およびＲＮ２は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基から選択されるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５およびＺ６はそれらが結合している炭素原子と一体となって、芳香族環を形成しており；
Ｚ２は、ＣＲ２、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群から選択され；Ｚ３はＣＲ３であり；Ｚ４はＣＲ４、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群から選択され；Ｚ５は直接結合であるかまたはＯ、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＣＨからなる群から選択され；Ｚ６はＯ、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＣＨからなる群から選択され；
Ｒ２はＨであり；
Ｒ３は、ハロまたは置換されていてもよいＣ５−２０アリールから選択され；
Ｒ４は、Ｈ、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２およびＱ−Ｙ−Ｘからなる群から選択され、
Ｑは、−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−または−Ｏ−であり；
Ｙは、置換されていてもよいＣ１−５アルキレン基であり；
Ｘは、ＳＲＳ１またはＮＲＮ３ＲＮ４から選択され、
ＲＳ１またはＲＮ３およびＲＮ４は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、またはＲＮ３およびＲＮ４がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−Ｏ−である場合、Ｘはさらに、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲＮ５ＲＮ６から選択されてもよく、ＲＮ５およびＲＮ６は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲＮ５およびＲＮ６がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−である場合、−Ｙ−ＸはさらにＣ１−７アルキルから選択されてもよい］
【請求項２７】
前記ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬が、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１Ｈ−キノリン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−９Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−キノリジン−４−オンおよび５−アリール−３−モルホリン−４−イル−２−ベンゾピラン−１−オンからなる群から選択される請求項２６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、癌状態、特にＡＴＭ欠損表現型を示す癌状態の治療に関する。
【背景技術】
【０００２】
ヒトＤＮＡは常に、主として酸化的代謝の副産物からの活性酸素中間体による攻撃に曝されている。活性酸素種はＤＮＡ一本鎖切断を生じさせることができ、そのようなもの２つが非常に近接して生じた場合は、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）が生じる。さらに、ＤＮＡ複製フォークが損傷を受けた鋳型と遭遇すると一本鎖および二本鎖切断が誘発され、それらの切断は電離放射線（ＩＲ）およびある種の抗癌剤（例えば、ブレオマイシン、エトポシド、ドキソルビシンまたはイリノテカン）などの外因性作用物によって生じる。ＤＳＢはまた、部位特異的Ｖ（Ｄ）Ｊ組換え、これは機能を有する脊椎動物の免疫系の生成にきわめて重要なプロセスであるが、この組換えの中間体としても生ずる。ＤＮＡ  ＤＳＢが修復されないままとなった場合、または不正確に修復された場合には、突然変異および／または染色体の異常が誘発され、それが今度は細胞死をもたらしうる。ＤＮＡ  ＤＢＳによってもたらされる深刻な脅威に打ち勝つために、真核細胞はそれらの修復に介在するいくつかの機構を発達させている。ＤＮＡ修復のプロセスにきわめて重要なのは、その細胞に損傷を修復するための時間を与えるために、細胞の増殖を遅らせることである。ＤＮＡ  ＤＳＢの検出、およびこの情報の細胞周期機構へのシグナル伝達において重要なタンパク質は、キナーゼＡＴＭ（毛細血管拡張性運動失調症の突然変異）である（Durocher and Jackson (2001) Curr Opin Cell Biol. 13: 225-31, Abraham (2001) Genes Dev. 15; 2177-96）。
【０００３】
ＡＴＭタンパク質は、そのカルボキシル末端領域中にキナーゼドメインと推定されるものがあるのでホスファチジルイノシトール（ＰＩ）３−キナーゼファミリーのタンパク質の一員とされている３５０ｋＤａのポリペプチドである（Savitsky et al (1995) Science, 268: 1749-53）。ＰＩ−３キナーゼそれ自身などの古典的なＰＩ３−キナーゼはシグナル伝達と細胞内のセカンドメッセンジャーとして働くイノシトール脂質のリン酸化に関与している（Toker and Cantley (1997), Nature, 387: 673-6に総覧がある）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
しかし、ＡＴＭは、タンパク質をリン酸化し、ＡＴＭと同様に、細胞周期制御および／またはＤＮＡ損傷の検出およびシグナル伝達に関与しているＰＩ３−キナーゼファミリーのサブセットと大部分の配列が類似している。このキナーゼのサブセットは、ホスファチジルイノシトール−３キナーゼ関連キナーゼ類（ＰＩＫＫ）と称される（Keith and Schreiber (1995), Science, 270; 50-1, Zakian (1995) Cell, 82; 685-7）。特に、現在までのところ、ＰＩＫＫファミリーの構成員が脂質をリン酸化できるとの証拠はない。しかし、ＰＩＫＫファミリーの構成員は全てセリン／トレオニンキナーゼ活性を有することが示されている。ＡＴＭは、ＤＮＡ  ＤＢＳ生成に応じて開始される種々の細胞周期チェックポイントシグナル伝達系路に関与する重要なタンパク質をリン酸化する。
【０００５】
ＡＴＭは、毛細血管拡張性運動失調症（Ａ−Ｔ）では突然変異している遺伝子の産物である（Savitsky et al (1995)）。Ａ−Ｔは人口１０万人あたり約１例発生するヒト常染色体劣性疾患である。Ａ−Ｔは、進行性小脳変性症、眼皮膚毛細血管拡張症、成長の遅延、免疫不全、癌の素因、および早発老化のいくつかの特徴を含む多数の衰弱症状を特徴とする（Lavin and Shiloh (1997), Annu. Rev. Immunol., 15: 177-202; Shiloh (2001), Curr. Opin. Genet. Dev. 11: 71-7）。細胞レベルでは、Ａ−Ｔは染色体の不安定性が高度であり、放射線に抵抗性のＤＮＡ合成が起こり、電離放射線（ＩＲ）および放射線類似作用薬剤に高感受性であることが特徴である。さらに、Ａ−Ｔ細胞は、ＤＮＡ損傷に対してそのゲノムをＤＮＡ複製または有糸分裂の前に修復できるようにするためにそのＤＮＡ損傷に応答してその細胞周期を一旦止めると考えられている、放射線で誘発されるＧ１−Ｓ、Ｓ、およびＧ２−Ｍ細胞周期チェックポイントに異常がある（Lavin and Shiloh, 1997）。このことはおそらく部分的には、Ａ−Ｔ細胞がＩＲに応答するｐ５３の誘発を行わないかまたは非常に遅らせるという事実を反映したものであろう。事実、ｐ５３が媒介するその後の現象も、ＩＲ暴露後のＡ−Ｔ細胞中では不完全なものとなる。従って、ＡＴＭは、ＩＲで誘発されるＤＮＡ損傷シグナル伝達系路中ではｐ５３の上流で作用する。
【０００６】
また、Ａ−Ｔ細胞では、電離放射線の照射を受けた後にＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）が蓄積することが示されており、これはＤＳＢ修復が不完全であることを示唆している。電離放射線誘発ＤＮＡ損傷に応答するＡＴＭの機能は組織特異的であることが示されている。例えば、ＡＴＭヌルマウス由来の線維芽細胞は放射線に感受性だが、ＡＴＭヌルニューロンはＩＲ誘発アポトーシスがないので放射線に抵抗性である（Herzog et al. (1998) Science, 280: 1089-91）。
【０００７】
本発明者らは、ＤＮＡタンパク質キナーゼ（ＤＮＡ−ＰＫ）、特にはその触媒サブユニット（ＤＮＡ−ＰＫｃｓ）の阻害によって、ある種のＤＮＡ損傷抗癌療法の効果に対するＡＴＭ欠損表現型を示す癌細胞の感受性を高めることができることを見出した。これは、癌状態の治療における重要な示唆を有するものである。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明の１態様は、個体での癌の治療で使用される医薬の製造におけるＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬およびＤＮＡ損傷癌療法の組み合わせの使用であって、前記癌がＡＴＭ欠損表現型を有する、前記使用を提供する。
【０００９】
本発明の別の態様は、個体での癌の治療方法であって、前記個体に対してＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬およびＤＮＡ損傷癌療法の組み合わせを投与するステップを含み、前記癌がＡＴＭ欠損表現型を有する、前記方法を提供する。
【００１０】
本発明の別の態様は、ＤＮＡ損傷癌療法に対する個体での癌細胞の感受性を高めるのに使用される医薬の製造におけるＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬の使用であって、前記癌細胞がＡＴＭ欠損表現型を有する、前記使用を提供する。
【００１１】
本発明の別の態様は、ＤＮＡ損傷癌療法に対する個体における癌細胞の感受性を高める方法であって、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬を前記個体に投与するステップを含み、前記癌細胞がＡＴＭ欠損表現型を有する、前記方法を提供する。
【００１２】
本発明の別の態様は、癌療法に対する個体での癌状態の感受性を測定する方法であって、前記個体から得られた癌細胞をＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認するステップを含み、前記癌療法がＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬およびＤＮＡ損傷癌療法の組み合わせを含み；その際、前記個体から得られた癌細胞をＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認することが、その癌が前記癌療法に対して感受性であることを示すものである、前記方法を提供する。
【００１３】
ＤＮＡ損傷癌療法は、ＤＮＡ−ＰＫ  ＤＮＡ修復経路（非相同末端接合経路またはＮＨＥＪとも称される：Smith GC and Jackson SP (1999) Genes Dev 13, 916-934）による修復を必要とするＤＮＡ二本鎖切断を直接または間接的に引き起こす放射線療法または１以上のＤＮＡ損傷化学療法剤であることができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１４】
ＤＮＡ−ＰＫは、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ（Ｐ７８５２７ＧＩ：３８２５８９２９）およびＫｕｐ７０／ｐ８６ダイマー（Ｇ２２Ｐ１／Ｇ２２Ｐ２；ＣＡＧ３０３７８．１、ＧＩ：４７６７８５１５、Ｐ１３０１０）のヘテロトリマーであるＳｅｒ／Ｔｈｒキナーゼである。ＤＮＡ−ＰＫは、ＤＮＡ非相同末端接合（ＮＨＥＪ）経路の主要な成分であり、二本鎖切断修復およびＶ（Ｄ）Ｊ組換えに必要である。
【００１５】
本発明は、各種態様において、ＤＮＡ二本鎖切断を直接または間接的に引き起こす放射線療法または化学療法などのＤＮＡ損傷抗癌療法の効果に対する、ＡＴＭ欠損表現型を示す癌細胞の感受性を上昇するためのＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬の使用に関するものである。
【００１６】
化学療法剤に対する癌細胞の感受性上昇（「感作」または「過感作」とも称される）は、癌細胞に対する化学療法剤の治療指数上昇と定義される。
【００１７】
本発明は、個体での癌の治療におけるＤＮＡ損傷化学療法剤と組み合わせて使用するための本明細書に記載のＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬であって、前記癌がＡＴＭ欠損表現型を有するものを包含する。本発明はさらに、個体での癌の治療におけるＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬と組み合わせて使用するための本明細書に記載のＤＮＡ損傷化学療法剤であって、前記癌がＡＴＭ欠損表現型を有するものを包含する。
【００１８】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、例えばアロステリック的に、またはより好ましくはＡＴＰ競争的にＤＮＡ−ＰＫ（ＤＮＡ−ＰＫｃｓ）の触媒サブユニットと特異的に相互作用し、そのキナーゼ活性を低下または消失させることで、ＤＮＡ−ＰＫのＤＮＡ修復機能を阻害する生体物質または好ましくは化学物質である。
【００１９】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓと特異的に相互作用するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は好ましくは、ＰＩＫＫファミリーのタンパク質キナーゼに対する結合を全く示さないか、実質的に結合を示さない。好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、ＰＩＫＫファミリーのキナーゼと比べてＤＮＡ−ＰＫｃｓに対して少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍または１００００倍の結合を示すことができる。例えば、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、ＤＮＡ−ＰＫｃｓについて５０ｎＭ未満のＩＣ５０およびＰＩＫＫファミリーの構成員について５μＭ以上のＩＣ５０を示すことができる。
【００２０】
一部の実施形態において、特異的ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、ＰＩ３キナーゼといくらか交差反応する場合がある（すなわち、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、ＰＩ３キナーゼならびにＤＮＡ−ＰＫｃｓに結合することができる）。
【００２１】
本発明の方法に従って使用するのに好ましいＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、ＤＮＡ−ＰＫｃｓと可逆的に相互作用して、共有結合を形成しない。可逆的ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は当業界では公知であり、それについて下記でより詳細に説明する。
【００２２】
ＡＴＭ欠損表現型を有する癌には、ＡＴＭタンパク質の欠如（ＡＴＭ−ヌル）、量的低下または機能不全によって、非腫瘍組織と比較して、一部または全ての癌細胞のＡＴＭ介在相同性修復活性が低下または消失している癌などがある。
【００２３】
本明細書に記載の治療に好適な個体には、真核生物、動物、脊椎動物、哺乳動物、齧歯類（例：モルモット、ハムスター、ラット、マウス）、ネズミ科（例：マウス）、イヌ科（例：イヌ）、ネコ科（例：ネコ）、ウマ科（例：ウマ）、シミアン（例：サルまたは類人猿）、サル類（例：マーモセット、ヒヒ）、類人猿（例：ゴリラ、チンパンジー、オランウータン、テナガザル）またはヒトなどの霊長類などがあり得る。
【００２４】
癌細胞は概して、正常細胞と比較して異常な増殖を特徴とし、代表的には癌状態を有する個体においてクラスターまたは腫瘍を形成する。ＡＴＭ欠損表現型を有する癌には、正常細胞と比較してＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路によるＤＮＡ  ＤＳＢを修復する能力が低下または消失している１以上の癌細胞を含む癌が含まれる。すなわち１以上の癌細胞でＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路の活性が低下または消失している。一部の好ましい実施形態では、ＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路の活性は、正常細胞と比較して、ＡＴＭ欠損表現型を有する細胞において、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上低下している。
【００２５】
ＡＴＭ欠損表現型を有する癌には、ＡＴＭヌル表現型を有する癌が含まれる。ＡＴＭヌル表現型を有する癌は、ＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路によってＤＮＡ  ＤＳＢを修復することができない１以上の癌細胞を含む。すなわちＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路の活性が１以上の癌細胞で消失している。
【００２６】
好ましい実施形態では、ＡＴＭ欠損表現型は、個体からの癌細胞の特徴であり、その個体からの非癌細胞はＡＴＭ欠損表現型をもたない。すなわち個体からの健常細胞は、ＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路によってＤＮＡ  ＤＳＢを修復する正常な能力を有し、ＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント経路の活性は低下も障害もされない。例えば、一部の実施形態において、癌状態を有する個体は、毛細血管拡張性運動失調症（Ａ−Ｔ）、またはナイメーヘン染色体不安定症候群（Weemaes CM et al. (1981) Acta Paediatr. Scand. 70, 557-564）などの相同修復経路における総合的な機能障害によって生じる他の状態を患う個体ではない。
【００２７】
ＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路は、カーナらの報告（Khanna and Jackson (2001) Nat. Genet. 27, 247-254）およびロブリッチ（Lobrich M and Jeggo PA (2005) Radiother. Oncol. 76, 112-118）により詳細に記載されている。
【００２８】
ＡＴＭの核酸およびタンパク質配列は、ヒトＡＴＭ（核酸コード配列（ＣＤＳ）：Ｕ８２８２８．１ＧＩ：２３０４９７０、タンパク質配列：ＡＡＢ６５８２７．１ＧＩ：２３０４９７１という受託番号で、ＧｅｎＢａｎｋデータベースから入手可能である。
【００２９】
ＡＴＭ欠損表現型を有する癌は、ＡＴＭ自体が欠乏している癌、すなわち例えばコード核酸における突然変異、多型または過剰メチル化によって、または調節領域もしくは調節因子をコードする遺伝子における突然変異、多型もしくは過剰メチル化によってＡＴＭタンパク質の発現および／または活性が低下または消失している癌を含む。
【００３０】
ＡＴＭ欠損は、全長活性タンパク質の翻訳を防止するＡＴＭ遺伝子のコード領域における突然変異、すなわち末端切断型変異、全長であるが不活性もしくは機能障害タンパク質の翻訳を可能とするＡＴＭ遺伝子のコード領域における突然変異、すなわちミスセンス突然変異、転写を防止するＡＴＭ遺伝子の調節要素における突然変異もしくは転写を防止する後成的変化、例えばＡＴＭ遺伝子の調節要素におけるメチル化によるものである可能性がある。ＡＴＭ欠損を生じることが知られているＡＴＭ遺伝子における突然変異の例を表９に示してある。ＡＴＭ遺伝子における他の公知の突然変異は、オンラインの毛細血管拡張性運動失調突然変異データベース（Concannon P., Benaroya Research Institute, Seattle, Washington 98101）にある。
【００３１】
一部の実施形態において、ＡＴＭ欠損癌細胞は、活性ＡＴＭタンパク質の正常群レベルの５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満または１０％未満を有する細胞である（Thompson et al (2005) J. Natl. Cancer Inst., 97. 813-822）。ＡＴＭヌル癌細胞は、活性ＡＴＭタンパク質を全く含まないか、活性ＡＴＭタンパク質を実質的に含まない細胞である。
【００３２】
一部の実施形態において、ＡＴＭ欠損表現型を有する癌は、低いＡＴＭ発現または活性を有する細胞系由来の癌を含む。例えば、ＡＴＭ遺伝子の失活を稀にしか示さないほとんどの濾胞中心細胞リンパ腫（ＦＣＣＬ）およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）は、ＡＴＭタンパク質に関して陰性であるか、弱く染色する。これらの腫瘍は、正常細胞分化中はＡＴＭ発現が検出できないレベルまたは非常に低いレベルまで下方制御されて、発達的にプログラムされたＤＮＡ二本鎖切断に順応する細胞由来のものである。すなわち、Ｂ細胞腫瘍内で認められるＡＴＭ発現のパターンは、腫瘍が由来するＢ細胞分化の個々の段階を反映するものである（Starczynski J., Simmons W., et al (2003) Am J Pathol 163, 423-32）。
【００３３】
ＡＴＭ欠損の細胞には、ＡＴＭ遺伝子またはその調節要素をコードする核酸における突然変異または多型を低減する発現もしくは活性に関してヘテロ接合またはホモ接合である細胞が含まれる。
【００３４】
ＡＴＭ欠損表現型は、例えば、肉腫、皮膚癌、膀胱癌、乳癌、子宮癌、卵巣癌、前立腺癌、肺癌、結腸直腸癌、子宮頸癌、肝臓癌、頭部癌および頸部癌、食道癌、膵臓癌、腎臓癌、胃癌および大脳癌などのあらゆる種類の固形癌によって示され得る。ＡＴＭ欠損表現型は、白血病もしくはリンパ腫などのリンパ癌、特に濾胞中心細胞リンパ腫（ＦＣＣＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）において特に共通している。
【００３５】
本明細書に記載の方法において、個体における癌状態は、ＡＴＭ欠損表現型を有する癌であると以前に確認されたものであってもよいし、あるいは個体における癌状態がＡＴＭ欠損表現型を有するものであることを確認するステップを含んでもよい。ＡＴＭ欠損表現型を有すると確認される癌状態は、本明細書に記載の治療に好適なものである。癌は、当業界で公知の一連のアプローチによってＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認することができる。
【００３６】
一部の実施形態において、癌は、個体からの癌細胞で、ＡＴＭなどのＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の成分であるポリペプチドをコードする核酸における１以上の変異、例えば、多型、突然変異または過剰メチル化の領域の存在を確認することで、ＡＴＭ欠損表現型を有すると確認され得る。例えば、表９に示したＡＴＭ遺伝子突然変異の存在を確認することができる。
【００３７】
突然変異および多型などの配列変異として、野生型ヌクレオチド配列と比較した１以上のヌクレオチドの欠失、挿入または置換などを挙げることができる。一部の実施形態において、変異は遺伝子増幅またはメチル化における増加もしくは低減であることができる。その１以上の変異は、核酸配列のコード領域または非コード領域でのものであることができ、ポリペプチドの発現または活性を低下または消失させ得る。すなわち、変異核酸は、活性が低下もしくは消失した変異ポリペプチドをコードすることができ、あるいは例えば調節要素の活性変化によって細胞内でほとんど発現しない野生型ポリペプチドをコードすることができる。変異核酸は、野生型配列と比較して１、２、３、４以上の突然変異または多型を有することができる。
【００３８】
ＡＴＭなどのＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の成分をコードする核酸における１以上の変異の存在は、被験サンプルの１以上の細胞において、変異核酸配列の存在を検出することで、または核酸配列によってコードされる変異ポリペプチドの存在を検出することで確認することができる。
【００３９】
癌は、個体からの癌細胞において、ＡＴＭなどのＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の成分であるポリペプチドをコードするｍＲＮＡなどの核酸のレベルを測定することによって、ＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認することもできる。対照と比較した核酸のレベル低下または不在は、ＡＴＭ欠損表現型を示し得るものである。
【００４０】
個体から得られた細胞のサンプルにおいて、例えばＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路成分をコードする核酸、または突然変異または多型（例えば一本鎖構造多型（ＳＳＣＰ））を有するその変異型などの特定の核酸配列の有無またはレベルを測定するには、各種方法が利用可能である（Castellvi-Bel et al Human Mutation 14, 2, 156-162）。多くの他の好適な方法が当業界では公知であり、例えばサムブルックらの著作（Molecular Cloning: a Laboratory Manual: 3rd edition, Sambrook & Russell (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press NY）およびアウスベルらの著作（ Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al. eds. John Wiley & Sons (1992)）に記載されている。
【００４１】
核酸またはその増幅領域を配列決定して、その中の多型または突然変異の存在を確認または決定することができる。多型または突然変異は、例えば配列データベースに示されている成分の公知の配列と得られた配列とを比較することで確認することができる。特に、ポリペプチド成分の機能、従って全体としてのＡＴＭ依存性ＤＮＡ  ＤＳＢ修復経路の抑止または喪失を生じさせる１以上の多型または突然変異の存在を確認することができる。配列決定は、一連の標準的な技術のいずれかを用いて行うことができる。増幅産物の配列決定では、例えばイソプロパノールによる沈澱、再懸濁およびＴａｑＦＳ＋Ｄｙｅターミネーター配列決定キットを用いる配列決定を行うことができる。伸長産物は、ＡＢＩ３７７ＤＮＡシーケンサーで電気泳動させ、データをシーケンス・ナビゲータ（Sequence Navigator）ソフトウェアを用いて解析することができる。
【００４２】
個体またはサンプルの核酸を配列決定したら、配列情報を保持し、次に由来の核酸自体によらずに検索することができる。そこで例えば、配列解析ソフトウェアを用いる配列情報のデータベース走査によって、配列の変化または突然変異を確認することができる。
【００４３】
より好ましくは、癌は、個体からの腫瘍細胞におけるＡＴＭなどのＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の成分であるポリペプチドの存在および好ましくは量を測定することで、タンパク質レベルでＡＴＭ欠損表現型を有すると確認することができる。対照と比較してポリペプチドのレベルが低かったり、存在しないと、それはＡＴＭ欠損表現型を示している可能性がある。例えばウエスタンブロット分析、免疫組織化学試験（Angele S et al (2000) Clin. Cancer Res. 6, 3536-3544）またはイムノアッセイ（Butch AW et al (2004) Clinical Chemistry 50, 2303-2308）などの多くの好適な方法を用いることができる。
【００４４】
癌は、個体からの癌細胞におけるＡＴＭなどのＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の成分であるポリペプチドの存在および／または量を測定することで、タンパク質レベルでＡＴＭ欠損表現型を有すると確認することもできる。例えばウエスタンブロッティングおよび免疫組織試験などの多くの好適な方法を用いることができる。ポリペプチドが存在しないか、例えば５０％未満のように対照と比較して量が少ないと、それはＡＴＭ欠損表現型を示し得るものである。
【００４５】
癌に関連する突然変異および多型も、変異ポリペプチド（すなわち、活性が低下した変異体または対立遺伝子変異体）の存在を検出することで検出可能である。
【００４６】
個体からのサンプル中の癌細胞をＡＴＭ欠損と確認する方法は、ＡＴＭを標的とする例えば抗体のような特異的結合性構成員とサンプルを接触させるステップ、および特異的結合性構成員のサンプルへの結合を測定するステップを服務ことができる。特異的結合性構成員のサンプルへの結合は、サンプル内の細胞でのＡＴＭの存在を示し得るものである。特異的結合性構成員のサンプルへの結合の量は、サンプル内の細胞におけるＡＴＭのレベルまたは量を示し得るものである。
【００４７】
正常サンプルおよび試験サンプルに対する抗体などの結合性構成員の反応性は、いずれか適切な手段によって求めることができる。結合の測定方式は本発明の特徴ではなく、当業者が、優先度および一般的知識に従って好適な方式を選択することができる。
【００４８】
一部の実施形態において、癌は、個体から得られるサンプルからの１以上の癌細胞でＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の活性を求めることによって、ＡＴＭ欠損表現型を有すると確認することができる。活性は、好ましくは同じ組織からの正常（すなわち、非癌）細胞と比較して求めることができる。正常（すなわち非癌）細胞（すなわち、全長活性ＡＴＭについてホモ接合性）でのその経路の活性と比較して５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満または１０％未満という１以上の癌細胞の活性低下は、その癌がＡＴＭ欠損表現型を有することを示すものである。正常（すなわち、非癌）細胞でのその経路の活性と比較した１以上の癌細胞でのゼロ活性は、その癌がＡＴＭヌル表現型を有することを示している。
【００４９】
ＡＴＭ依存性ＤＮＡ損傷チェックポイント応答経路の活性は、ＤＮＡ損傷剤に対する応答において核でのＲａｄ５１を含むフォーカスの形成を測定することで確認することができる。ＡＴＭ依存性ＤＮＡ  ＤＳＢ修復経路に欠損のある細胞は、そのようなフォーカスを形成する能力をもたない。Ｒａｄ５１フォーカスの存在は、標準的な免疫蛍光法を用いて確認することができる。ＡＴＭ欠損表現型の存在を確認する他の方法には、ＩＲ、鎖間架橋試薬などの化学療法薬、ＤＳＢ誘発剤（トポイソメラーゼＩおよびＩＩ阻害薬）に対する感受性ならびにウェスタンブロット分析、免疫組織学的検査、染色体異常、酵素もしくはＤＮＡ結合アッセイおよびプラスミドに基づくアッセイの使用などがあり得る。
【００５０】
個体から得られる好適なサンプルには、１以上の細胞を含む組織サンプル、例えば上記の癌組織もしくは例えば対照として使用するための非癌組織からの生検試料などがある。
【００５１】
本発明の方法での使用に好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、細胞においてＤＮＡ−ＰＫｃｓ欠損表現型を誘発する小有機分子、ペプチドまたは核酸などの化合物または物質などがあり、すなわちそれはＤＮＡ−ＰＫｃｓの活性を阻害、低下または消失させるものである。ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、例えば本明細書に記載の免疫化学的方法を用いて、基質のＤＮＡ−ＰＫｃｓ介在リン酸化を測定することによって、標準的な方法を用いて確認することができる。好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、ＡＴＰ競合的にＤＮＡ−ＰＫｃｓを阻害する小分子ＡＴＰ競合性キナーゼ阻害薬がある。
【００５２】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬についてはすでに報告がある。これら化合物の中には、例えばＤＮＡ−ＰＫｃｓ分子と共有結合を形成することで、ＤＮＡ−ＰＫｃｓを不可逆的に阻害するものがある。ワートマニンは、ホスホイノシトール−３−キナーゼファミリーの構成員を不可逆的に失活させることが知られており（Arcaro and Wymann (1993) Biochem J 296, 297-301）およびそのＤＮＡ−ＰＫｃｓとの相互作用が、放射線増強剤（radiopotentiator）としてのその活性の基礎となっていると考えられている（Hashimoto et al (2003) J. Radiat. Res. 44, 151-159）。バニリンおよび４，５−ジメトキシ−２−ニトロベンズアルデヒド（ＤＭＮＢ：Calbiochem）などの構造的に関連があるベンズアルデヒド誘導体も、ＤＮＡ−ＰＫｃｓを不可逆的に阻害し、ワートマニンと類似した作用機序を有するものと考えられている（Durant and Karran (2003) Nucleic Acids Research 31, 5501-5512）。
【００５３】
好ましいＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬は、ＤＮＡ−ＰＫｃｓを可逆的に阻害する。本明細書に記載するように使用するのに好適な可逆的ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、アリールモルホリン２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−ベンズアルデヒド（ＩＣ６０２１１：Calbiochem）ならびに誘導体１−（２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−フェニル）エタノン（ＩＣ８６６２１：Calbiochem）および１−（２−ヒドロキシ−４−モルホリン−４−イル−フェニル）−フェニル−メタノン（ＡＭＡ３７：Calbiochem； Kashishian et al (2003) Molecular Cancer Therapeutics 2, 1257-1264）などがある。
【００５４】
他の好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、８−ジベンゾチオフェン−４−イル−２−モルホリン−４−イル−クロメン−４−オン（ＮＵ７４４１）（Leahy et al (2004) Bioorg, Med. Chem. Lett., 14, 6083-6087）およびベンゾクロメノン２−（モルホリン−４−イル）−ベンゾ［ｈ］クロメン−４−オン（ＮＵ７０２６：Calbiochem）（Willmore et al (2004) Blood 103, 4659-4665）のようなクロメノン類などがある。
【００５５】
他の好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、下記式（Ｉ）を有する化合物など、あるいはその異性体、塩、溶媒和物、化学保護体およびプロドラッグがある。
【化１】
2008542253.tif 000002
【００５６】
（式中、
Ｒ１およびＲ２は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基であるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
ＸおよびＹは、ＣＲ４とＯ、ＯとＣＲ’４およびＮＲ”４とＮから選択され；不飽和は環の適切な場所にあり、Ｒ３およびＲ４またはＲ’４のうちの一つが置換されていてもよいＣ３−２０ヘテロアリールまたはＣ５−２０アリール基であり、Ｒ３およびＲ４またはＲ’４のうちの他方がＨであり、あるいはＲ３およびＲ４またはＲ”４が一体となって、全体として縮合した置換されていてもよい芳香族環を表す−Ａ−Ｂ−であり；
ただし、ＸおよびＹがＣＲ４とＯであり、Ｒ３およびＲ４が一体となって縮合ベンゼン環を形成しており、Ｒ１およびＲ２がそれらが結合しているＮとともにモルホリノ基を形成している場合は、その縮合ベンゼンは８位で単一の置換基としてフェニル置換基をもたない）
そこで、ＸおよびＹについての３つの異なる可能性によって、下記式Ｉａ、ＩｂおよびＩｃの化合物が生じる。
【化２】
2008542253.tif 000003
【００５７】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、Ｒ３およびＲ４（またはＲ’４）のうちの一つがＣ３−２０ヘテロアリールまたはＣ５−２０アリール基であり、Ｒ３およびＲ４（またはＲ’４）のうちの他方がＨである式ＩａまたはＩｂの化合物が含まれる。
【００５８】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、Ｒ３およびＲ４またはＲ”４が一体となって、全体として縮合した置換されていてもよい芳香族環を表す−Ａ−Ｂ−である（ただし上記の条件がある）式ＩａおよびＩｃの化合物が含まれる。
【００５９】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、下記式（ＩＩ）の化合物などがある。
【化３】
2008542253.tif 000004
【００６０】
（式中、
Ｒ１およびＲ２は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基から選択されるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑは−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−または−Ｏ−であり；
Ｙは、置換されていてもよいＣ１−５アルキレン基であり；
Ｘは、ＳＲ３またはＮＲ４Ｒ５から選択され、
Ｒ３またはＲ４およびＲ５は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲ４およびＲ５がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−Ｏ−である場合には、Ｘはさらに、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ６Ｒ７から選択され、Ｒ６およびＲ７は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲ６およびＲ７がそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−である場合、−Ｙ−ＸはさらにＣ１−７アルキルから選択されてもよい）
式（ＩＩ）の好ましいＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１−ベンゾピラン−４−オンおよび２−（４−エチル−ピペラジン−１−イル）−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−１−ベンゾピラン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミド（ＫＵ−００６０６４８）などがある。
【００６１】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、下記式（ＩＩＩ）の化合物などがある。
【化４】
2008542253.tif 000005
【００６２】
（式中、
Ａ、ＢおよびＤはそれぞれ、
（ｉ）ＣＨ、ＮＨ、Ｃ；
（ｉｉ）ＣＨ、Ｎ、Ｎ；および
（ｉｉｉ）ＣＨ、Ｏ、Ｃ
からなる群から選択され；
点線は、適切な位置での２個の二重結合を表し；
ＲＮ１およびＲＮ２は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基から選択されるか、あるいはそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５およびＺ６はそれらが結合している炭素原子と一体となって、芳香族環を形成しており；
Ｚ２は、ＣＲ２、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群から選択され；Ｚ３はＣＲ３であり；Ｚ４はＣＲ４、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群から選択され；Ｚ５は直接結合であるかまたはＯ、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＣＨからなる群から選択され；Ｚ６はＯ、Ｎ、ＮＨ、ＳおよびＣＨからなる群から選択され；
Ｒ２はＨであり；
Ｒ３は、ハロまたは置換されていてもよいＣ５−２０アリールから選択され；
Ｒ４は、Ｈ、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２およびＱ−Ｙ−Ｘからなる群から選択され、
Ｑは、−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−または−Ｏ−であり；
Ｙは、置換されていてもよいＣ１−５アルキレン基であり；
Ｘは、ＳＲＳ１またはＮＲＮ３ＲＮ４から選択され、
ＲＳ１またはＲＮ３およびＲＮ４は独立に、水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、またはＲＮ３およびＲＮ４はそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−Ｏ−である場合、Ｘはさらに、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲＮ５ＲＮ６から選択されてもよく、ＲＮ５およびＲＮ６は独立に水素、置換されていてもよいＣ１−７アルキル、Ｃ５−２０アリールまたはＣ３−２０複素環基から選択されるか、あるいはＲＮ５およびＲＮ６はそれらが結合している窒素原子と一体となって、４〜８個の環原子を有する置換されていてもよい複素環を形成していてもよく；
Ｑが−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−である場合、−Ｙ−ＸはさらにＣ１−７アルキルから選択されてもよい）
Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５およびＺ６は、Ｚ２およびＺ６が結合している炭素原子を含んでそれらが形成している基が芳香族であるように選択される。
【００６３】
式ＩＩＩのＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、Ｚ２がＣＲ２であり、Ｚ３がＣＲ３であり、Ｚ４がＣＲ４であり、Ｚ５およびＺ６がいずれもＣＨである下記式ＩＶまたは詳細には下記式ＩＶａの化合物などがある。
【化５】
2008542253.tif 000006
【００６４】
（式中、Ａ、Ｂ、Ｄ、ＲＮ１、ＲＮ２、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４は上記で記載の通りである。これらの特定の実施形態において、Ｒ３が未置換フェニルであり、ＲＮ１およびＲＮ２がモルホリノ基を形成している場合には、Ｒ４はＨではない。
【００６５】
Ａ、ＢおよびＤに関する選択肢によって、下記の式の化合物が生じ、式中においてＡｒはＺ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５およびＺ６によって形成される芳香族環を表す。
【表１】
2008542253.tif 000007
【００６６】
式（ＩＩＩ）の好ましいＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１Ｈ−キノリン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−９Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−キノリジン−４−オンおよび５−アリール−３−モルホリン−４−イル−２−ベンゾピラン−１−オンなどがある。
【００６７】
式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）および（ＩＶａ）を有するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬およびそれらの合成については、ＷＯ２００６／０３２８６９、ＷＯ０３／０２４９４９、ＷＯ０３／０１５７９０、ＷＯ２００６／００１３７９およびＷＯ２００６／００１３６９により詳細に記載されている。
【００６８】
「芳香族環」という用語は本明細書において、従来の意味で、環状芳香族環、すなわち非局在π電子軌道を有する環に５〜７個の原子を有する環状構造を指すのに用いられる。好ましくは、芳香族環は、ヒュッケルの４ｎ＋２則を満足するものであり、すなわちπ電子数が４ｎ＋２であり、ｎは環原子数を表す。その芳香族環が６個の原子を有することが好ましい。そのような場合、芳香族環を構成する核部分に加わる４個の原子はいずれも炭素であることで、下記の一般構造の化合物を与えることがさらに好ましい。
【化６】
2008542253.tif 000008
【００６９】
（式中、
Ｘ’およびＹ’は、それぞれＣとＯであるか、ＮとＮであり；
Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７およびＲ８は好ましくは独立に、水素、Ｃ１−７アルキル、Ｃ３−２０複素環、Ｃ５−２０アリール、ヒドロキシ、Ｃ１−７アルコキシ（Ｃ１−７アルキル−Ｃ１−７アルコキシおよびＣ３−２０アリール−Ｃ１−７アルコキシなど）およびアシルオキシから選択されるか、あるいは隣接する置換基対（すなわち、Ｒ５およびＲ６、Ｒ６およびＲ７、Ｒ７およびＲ８）が、それらが結合している原子と一体となって置換されていてもよい芳香族または炭素環を形成している）
−Ａ−Ｂ−によって表される縮合芳香族環は、Ｃ１−７アルキル、Ｃ３−２０複素環、Ｃ５−２０アリール、ヒドロキシ、Ｃ１−７アルコキシ（Ｃ１−７アルキル−Ｃ１−７アルコキシおよびＣ３−２０アリール−Ｃ１−７アルコキシなど）およびアシルオキシの基のうちの１以上によって置換されていてもよく、隣接する置換基対が、それらが結合している原子と一体となって、置換されていてもよい芳香族または炭素環を形成していてもよい。
【００７０】
炭素環という用語は、５〜７個の共有結合的に連結された炭素原子から形成された環を指す。その環は、１以上の炭素−炭素二重結合を含むことができる。炭素環の例には、シクロペンタン、シクロヘキサン、シクロヘプタン、シクロペンテン、シクロヘキセンおよびシクロヘプテンなどがある。
【００７１】
Ｃ１−７アルキル：本明細書で使用される「Ｃ１−７アルキル」という用語は、１〜７個の炭素原子を有するＣ１−７炭化水素化合物から水素原子を脱離させることで得られる１価の部分であって、脂肪族もしくは脂環式またはそれらの組み合わせであることができ、飽和、部分不飽和もしくは完全不飽和であることができるものに関するものである。
【００７２】
飽和直鎖Ｃ１−７アルキル基の例には、メチル、エチル、ｎ−プロピル、ｎ−ブチルおよびｎ−ペンチル（アミル）などがあるが、これらに限定されるものではない。
【００７３】
飽和分岐Ｃ１−７アルキル基の例には、イソ−プロピル、イソ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチルおよびネオペンチルなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００７４】
飽和脂環式Ｃ１−７アルキル基（「Ｃ３−７シクロアルキル」基とも称される）の例には、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチルおよびシクロヘキシルなどの基、ならびにメチルシクロプロピル、ジメチルシクロプロピル、メチルシクロブチル、ジメチルシクロブチル、メチルシクロペンチル、ジメチルシクロペンチル、メチルシクロヘキシル、ジメチルシクロヘキシル、シクロプロピルメチルおよびシクロヘキシルメチルなどの置換された基（例えば、そのような基を含む基）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【００７５】
１以上の炭素−炭素二重結合を有する不飽和Ｃ１−７アルキル基（「Ｃ２−７アルケニル」基とも称される）の例には、エテニル（ビニル、−ＣＨ＝ＣＨ２）、２−プロペニル（アリル、−ＣＨ−ＣＨ＝ＣＨ２）、イソプロペニル（−Ｃ（ＣＨ３）＝ＣＨ２）、ブテニル、ペンテニルおよびヘキセニルなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００７６】
１以上の炭素−炭素三重結合を有する不飽和Ｃ１−７アルキル基（「Ｃ２−７アルキニル」基とも称される）の例には、エチニル（ethynyl）（エチニル(ethinyl)）および２−プロピニル（プロパルギル）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【００７７】
１以上の炭素−炭素二重結合を有する不飽和脂環式（炭素環）Ｃ１−７アルキル基（「Ｃ３−７シクロアルケニル」基とも称される）の例には、シクロプロペニル、シクロブテニル、シクロペンテニルおよびシクロヘキセニルなどの未置換の基、ならびにシクロプロペニルメチルおよびシクロヘキセニルメチルなどの置換された基（例えば、そのような基を含む基）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【００７８】
Ｃ３−２０複素環：本明細書で使用される「Ｃ３−２０複素環」という用語は、Ｃ３−２０複素環化合物の環原子から水素原子を脱離させることで得られる１価の部分に関するものであり、前記化合物は１個の環または２個以上の環（例：スピロ、縮合、架橋）を有し、３〜２０個の環原子（そのうちの１〜１０個が環ヘテロ原子である）を有しており、前記環のうちの少なくとも一つが複素環である。好ましくは、各環は３〜７個の環原子を有し、そのうちの１〜４個が環ヘテロ原子である。「Ｃ３−２０」は、炭素原子であるかヘテロ原子であるかを問わず環原子を示す。
【００７９】
１個の窒素環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、アジリジン、アゼチジン、ピロリジン類（テトラヒドロピロール）、ピロリン（例：３−ピロリン、２，５−ジヒドロピロール）、２Ｈ−ピロールまたは３Ｈ−ピロール（イソピロール、イソアゾール）、ピペリジン、ジヒドロピリジン、テトラヒドロピリジンおよびアゼピンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８０】
１個の酸素環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、オキシラン、オキセタン、オキソラン（テトラヒドロフラン）、オキソール（ジヒドロフラン）、オキサン（テトラヒドロピラン）、ジヒドロピラン、ピラン（Ｃ６）およびオキセピンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。置換Ｃ３−２０複素環基の例には、例えばリボース、リキソース、キシロース、ガラクトース、ショ糖、果糖およびアラビノースなどの例えばフラノース類およびピラノース類のような環形状の糖類などがある。
【００８１】
１個の硫黄環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、チイラン、チエタン、チオラン（テトラヒドロチオフェン）、チアン（テトラヒドロチオピラン）およびチエパンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８２】
２個の酸素環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、ジオキソラン、ジオキサンおよびジオキセパンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８３】
２個の窒素環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、イミダゾリジン、ピラゾリジン（ジアゾリジン）、イミダゾリン、ピラゾリン（ジヒドロピラゾール）およびピペラジンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８４】
１個の窒素環原子および１個の酸素環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、テトラヒドロオキサゾール、ジヒドロオキサゾール、テトラヒドロイソオキサゾール、ジヒドロイソオキサゾール、モルホリン、テトラヒドロオキサジン、ジヒドロオキサジンおよびオキサジンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８５】
１個の酸素環原子および１個の硫黄環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、オキサチオランおよびオキサチアン（チオキサン）から誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８６】
１個の窒素環原子および１個の硫黄環原子を有するＣ３−２０複素環基の例には、チアゾリン、チアゾリジンおよびチオモルホリンから誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８７】
Ｃ３−２０複素環基の他の例には、オキサジアジンおよびオキサチアジンなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８８】
さらに１以上のオキソ（＝Ｏ）基を有する複素環基の例には、
フラノン、ピロン、ピロリドン（ピロリジノン）、ピラゾロン（ピラゾリノン）、イミダゾリドン、チアゾロンおよびイソチアゾロンなどのＣ５複素環；
ピペリジノン（ピペリドン）、ピペリジンジオン、ピペラジノン、ピペラジンジオン、ピリダジノンおよびピリミジノン（例：シトシン、チミン、ウラシル）およびバルビツール酸などのＣ６複素環；
オキシインドール、プリノン（例：グアニン）、ベンゾオキサゾリノン、ベンゾピロン（例：クマリン）などの縮合複素環；
無水マレイン酸、無水コハク酸および無水グルタル酸など（これらに限定されるものではない）の環状無水物類（環中の−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−）；
エチレンカーボネートおよび１，２−プロピレンカーボネートなどの環状カーボネート類（環中の−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−）；
スクシンイミド、マレイミド、フタルイミドおよびグルタルイミドなど（これらに限定されるものではない）のイミド類（環中の−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ−Ｃ（＝Ｏ）−）；
β−プロピオラクトン、γ−ブチロラクトン、δ−バレロラクトン（２−ピペリドン）およびε−カプロラクトンなど（これらに限定されるものではない）のラクトン類（環中の環状エステル−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−）；
β−プロピオラクタム、γ−ブチロラクタム（２−ピロリドン）、δ−バレロラクタムおよびε−カプロラクタムなど（これらに限定されるものではない）のラクタム類（環中の環状アミド−ＮＲ−Ｃ（＝Ｏ）−）；
２−オキサゾリドンなどの環状カーバメート類（環中の−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ−）；
２−イミダゾリドンおよびピリミジン−２，４−ジオン（例：チミン、ウラシル）などの環状尿素類（環中の−ＮＲ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ−）；
から誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００８９】
Ｃ５−２０アリール：本明細書で使用される「Ｃ５−２０アリール」という用語は、Ｃ５−２０芳香族化合物の芳香族環原子から水素原子を脱離させることで得られる１価の部分に関するものであり、前記化合物は１個の環または２個以上の環（例：縮合）を有し、５〜２０個の環原子を有しており、前記環のうちの少なくとも１個が芳香族環である。好ましくは、各環は５〜７個の環原子を有する。
【００９０】
環原子は、「カルボアリール基」での場合のように全て炭素原子であることができ、その場合にその基は簡便に「Ｃ５−２０カルボアリール」基と称することができる。
【００９１】
環ヘテロ原子をもたないＣ５−２０アリール基（すなわち、Ｃ５−２０カルボアリール基）の例には、ベンゼン（すなわちフェニル）（Ｃ６）、ナフタレン（Ｃ１０）、アントラセン（Ｃ１４）、フェナントレン（Ｃ１４）、ナフタセン（Ｃ１８）およびピレン（Ｃ１６）から誘導されるものなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【００９２】
縮合環を有し、そのうちの一つが芳香族環ではないアリール基の例には、インデンおよびフルオレンから誘導される基などがあるが、それらに限定されるものではない。
【００９３】
あるいは、環原子は、「ヘテロアリール基」での場合のように、酸素、窒素および硫黄など（それらに限定されるものではない）の１以上のヘテロ原子を含むことができる。この場合、その基は簡便に「Ｃ５−２０ヘテロアリール」基と称することができ、「Ｃ５−２０」は炭素原子であるかヘテロ原子であるかを問わず環原子である。好ましくは、各環は、５〜７個の環原子を有するものであり、そのうちの０〜４個が環ヘテロ原子である。
【００９４】
Ｃ５−２０ヘテロアリール基の例には、フラン（オキソール）、チオフェン（チオール）、ピロール（アゾール）、イミダゾール（１，３−ジアゾール）、ピラゾール（１，２−ジアゾール）、トリアゾール、オキサゾール、イソオキサゾール、チアゾール、イソチアゾール、オキサジアゾールおよびオキサトリアゾールから誘導されるＣ５ヘテロアリール基；およびイソオキサジン、ピリジン（アジン）、ピリダジン（１，２−ジアジン）、ピリミジン（１，３−ジアジン；例：シトシン、チミン、ウラシル）、ピラジン（１，４−ジアジン）、トリアジン、テトラゾールおよびオキサジアゾール（フラザン）から誘導されるＣ６ヘテロアリール基などがあるが、それらに限定されるものではない。
【００９５】
縮合環を含むＣ５−２０複素環基（一部はＣ５−２０ヘテロアリール基である）の例には、ベンゾフラン、イソベンゾフラン、インドール、イソインドール、プリン（例：アデニン、グアニン）、ベンゾチオフェン、ベンズイミダゾールから誘導されるＣ９複素環基；キノリン、イソキノリン、ベンゾジアジン、ピリドピリジン、キノキサリンから誘導されるＣ１０複素環基；カルバゾール、ジベンゾチオフェン、ジベンゾフランから誘導されるＣ１３複素環基；アクリジン、キサンテン、フェノキサチイン、フェナジン、フェノキサジン、フェノチアジンから誘導されるＣ１４複素環基などがあるが、それらに限定されるものではない。
【００９６】
上記のＣ１−７アルキル、Ｃ３−２０複素環およびＣ５−２０アリール基は、単独であるか別の置換基の一部であるかを問わず、それ自体および下記に挙げた別の置換基から選択される１以上の基で置換されていてもよい。
【００９７】
ハロ：−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒおよび−Ｉ。
【００９８】
ヒドロキシ：−ＯＨ。
【００９９】
エーテル：−ＯＲ［Ｒは、エーテル置換基、例えばＣ１−７アルキル基（下記の記載のＣ１−７アルコキシ基とも称される）、Ｃ３−２０複素環基（Ｃ３−２０複素環オキシ基とも称される）またはＣ５−２０アリール基（Ｃ５−２０アリールオキシ基とも称される）、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。
【０１００】
Ｃ１−７アルコキシ：−ＯＲ［Ｒは、Ｃ１−７アルキル基である］。Ｃ１−７アルコキシ基の例には、−ＯＣＨ３（メトキシ）、−ＯＣＨ２ＣＨ３（エトキシ）および−ＯＣ（ＣＨ３）３（ｔｅｒｔ−ブトキシ）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１０１】
オキソ（ケト、−オン）：＝Ｏ。置換基としてオキソ基（＝Ｏ）を有する環状化合物および／または基の例には、シクロペンタノンおよびシクロヘキサノンなどの炭素環；ピロン、ピロリドン、ピラゾロン、ピラゾリノン、ピペリドン、ピペリジンジオン、ピペラジンジオンおよびイミダゾリドンなどの複素環；無水マレイン酸および無水コハク酸など（それらに限定されるものではない）の環状無水物；プロピレンカーボネートなどの環状カーボネート；スクシンイミドおよびマレイミドなど（それらに限定されるものではない）のイミド類；β−プロピオラクトン、γ−ブチロラクトン、δ−バレロラクトンおよびε−カプロラクトンなど（それらに限定されるものではない）のラクトン類（環状エステル、環中の−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−）：およびβ−プロピオラクタム、γ−ブチロラクタム（２−ピロリドン）、δ−バレロラクタムおよびε−カプロラクタムなど（それらに限定されるものではない）のラクタム類（環状アミド、環中の−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）−）があるが、それらに限定されるものではない。
【０１０２】
イミノ（イミン）：＝ＮＲ［Ｒはイミノ置換基、例えば、水素、Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくは水素またはＣ１−７アルキル基である］。エステル基の例には、＝ＮＨ、＝ＮＭｅ、＝ＮＥｔおよび＝ＮＰｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１０３】
ホルミル（カルボアルデヒド、カルボキシアルデヒド）：−Ｃ（＝Ｏ）Ｈ。
【０１０４】
アシル（ケト）：−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ［Ｒはアシル置換基、例えばＣ１−７アルキル基（Ｃ１−７アルキルアシルまたはＣ１−７アルカノイルとも称される）、Ｃ３−２０複素環基（Ｃ３−２０複素環アシルとも称される）またはＣ５−２０アリール基（Ｃ５−２０アリールアシルとも称される）、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。アシル基の例には、−Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３（アセチル）、−Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ３（プロピオニル）、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（ＣＨ３）３（ブチリル）および−Ｃ（＝Ｏ）Ｐｈ（ベンゾイル、フェノン）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１０５】
カルボキシ（カルボン酸）：−ＣＯＯＨ。
【０１０６】
エステル（カルボキシレート、カルボン酸エステル、オキシカルボニル）：−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ［Ｒは、エステル置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。エステル基の例には−Ｃ（＝Ｏ）ＯＣＨ３、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＣＨ２ＣＨ３、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＣ（ＣＨ３）３および−Ｃ（＝Ｏ）ＯＰｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１０７】
アシルオキシ（逆エステル）：−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ［Ｒは、アシルオキシ置換基、例えば、Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。アシルオキシ基の例には、−ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ３（アセトキシ）、−ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ３、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｃ（ＣＨ３）３、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｐｈおよび−ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｐｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１０８】
アミド（カルバモイル、カルバミル、アミノカルボニル、カルボキサミド）：−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１Ｒ２［Ｒ１およびＲ２は独立に、アミノ基に関して定義のアミノ置換基である］。アミド基の例には、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨＣＨ３、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（ＣＨ３）２、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨＣＨ２ＣＨ３および−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（ＣＨ２ＣＨ３）２、ならびにＲ１およびＲ２がそれらが結合している窒素原子と一体となって、例えばピペリジノカルボニル、モルホリノカルボニル、チオモルホリノカルボニルおよびピペラジノカルボニルのように複素環構造を形成しているアミド基などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１０９】
アシルアミド（アシルアミノ）：−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ２［Ｒ１はアミド置換基、例えば、水素、Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくは水素またはＣ１−７アルキル基であり、Ｒ２はアシル置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくは水素またはＣ１−７アルキル基である］。アシルアミド基の例には、−ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３、−ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ３および−ＮＨＣ（＝Ｏ）Ｐｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。Ｒ１およびＲ２が一体となって、例えばスクシンイミジル、マレイミジルおよびフタルイミジルのように環状構造を形成していても良い。
【化７】
2008542253.tif 000009
【０１１０】
アシルウレイド：−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）ＮＲ２Ｃ（Ｏ）Ｒ３［Ｒ１およびＲ２は独立に、ウレイド置換基、例えば、水素、Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくは水素またはＣ１−７アルキル基である。Ｒ３はアシル基について定義されるアシル基である］。アシルウレイド基の例には、−ＮＨＣＯＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣＯＮＭｅＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣＯＮＥｔＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣＯＮＭｅＣ（Ｏ）Ｍｅ、−ＮＨＣＯＮＥｔＣ（Ｏ）Ｅｔ、−ＮＭｅＣＯＮＨＣ（Ｏ）Ｅｔ、−ＮＭｅＣＯＮＨＣ（Ｏ）Ｍｅ、−ＮＭｅＣＯＮＨＣ（Ｏ）Ｅｔ、−ＮＭｅＣＯＮＭｅＣ（Ｏ）Ｍｅ、−ＮＭｅＣＯＮＥｔＣ（Ｏ）Ｅｔおよび−ＮＭｅＣＯＮＨＣ（Ｏ）Ｐｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１１１】
カーバメート：−ＮＲ１−Ｃ（Ｏ）−ＯＲ２［Ｒ１は、アミノ基について定義のアミノ置換基であり、Ｒ２はエステル基について定義のエステル基である］。カーバメート基の例には、−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−Ｍｅ、−ＮＭｅ−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−Ｍｅ、−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−Ｅｔ、−ＮＭｅ−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−ｔ−ブチルおよび−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−Ｐｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１１２】
チオアミド（チオカルバミル）：−Ｃ（＝Ｓ）ＮＲ１Ｒ２［Ｒ１およびＲ２は独立に、アミノ基について定義のアミノ置換基である］。アミド基の例には、−Ｃ（＝Ｓ）ＮＨ２、−Ｃ（＝Ｓ）ＮＨＣＨ３、−Ｃ（＝Ｓ）Ｎ（ＣＨ３）２および−Ｃ（＝Ｓ）ＮＨＣＨ２ＣＨ３などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１１３】
テトラゾリル：４個の窒素原子および１個の炭素原子を有する５員芳香族環
【化８】
2008542253.tif 000010
【０１１４】
アミノ：−ＮＲ１Ｒ２［Ｒ１およびＲ２は独立に、アミノ置換基、例えば水素、Ｃ１−７アルキル基（Ｃ１−７アルキルアミノまたはジ−Ｃ１−７アルキルアミノとも称される）、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＨまたはＣ１−７アルキル基であるか、または「環状」アミノ基の場合、Ｒ１およびＲ２がそれらが結合している窒素原子と一体となって４〜８個の環原子を有する複素環を形成している］。アミノ基の例には、−ＮＨ２、−ＮＨＣＨ３、−ＮＨＣ（ＣＨ３）２、−Ｎ（ＣＨ３）２、−Ｎ（ＣＨ２ＣＨ３）２および−ＮＨＰｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。環状アミノ基の例には、アジリジノ、アゼチジノ、ピロリジノ、ピペリジノ、ピペラジノ、モルホリノおよびチオモルホリノなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１１５】
イミノ：＝ＮＲ［Ｒはイミノ置換基、例えば、水素、Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＨまたはＣ１−７アルキル基である］。
【０１１６】
アミジン：−Ｃ（＝ＮＲ）ＮＲ２［各Ｒはアミジン置換基、例えば水素、Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＨまたはＣ１−７アルキル基である］。アミジン基の例には、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２がある。
【０１１７】
カルバゾイル（ヒドラジノカルボニル）：−Ｃ（Ｏ）−ＮＮ−Ｒ１［Ｒ１はアミノ基について定義のアミノ置換基である。アジノ基の例には、−Ｃ（Ｏ）−ＮＮ−Ｈ、−Ｃ（Ｏ）−ＮＮ−Ｍｅ、−Ｃ（Ｏ）−ＮＮ−Ｅｔ、−Ｃ（Ｏ）−ＮＮ−Ｐｈおよび−Ｃ（Ｏ）−ＮＮ−ＣＨ２−Ｐｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１１８】
ニトロ：−ＮＯ２。
【０１１９】
ニトロソ：−ＮＯ。
【０１２０】
アジド：−Ｎ３。
【０１２１】
シアノ（ニトリル、カルボニトリル）：−ＣＮ。
【０１２２】
イソシアノ：−ＮＣ。
【０１２３】
シアナト：−ＯＣＮ。
【０１２４】
イソシアナト：−ＮＣＯ。
【０１２５】
チオシアノ（チオシアナト）：−ＳＣＮ。
【０１２６】
イソチオシアノ（イソチオシアナト）：−ＮＣＳ。
【０１２７】
スルフヒドリル（チオール、メルカプト）：−ＳＨ。
【０１２８】
チオエーテル（スルフィド）：−ＳＲ［Ｒはチオエーテル置換基、例えば、Ｃ１−７アルキル基（Ｃ１−７アルキルチオ基とも称される）、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。Ｃ１−７アルキルチオ基の例には、−ＳＣＨ３および−ＳＣＨ２ＣＨ３などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１２９】
ジスルフィド：−ＳＳ−Ｒ［Ｒは、ジスルフィド置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基（本明細書においてＣ１−７アルキルジスルフィドとも称される）である］。Ｃ１−７アルキルジスルフィド基の例には、−ＳＳＣＨ３および−ＳＳＣＨ２ＣＨ３などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３０】
スルホン（スルホニル）：−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ［Ｒはスルホン置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルホン基の例には、−Ｓ（＝Ｏ）２ＣＨ３（メタンスルホニル、メシル）、−Ｓ（＝Ｏ）２ＣＦ３（トリフリル）、−Ｓ（＝Ｏ）２ＣＨ２ＣＨ３、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｃ４Ｆ９（ノナフリル）、−Ｓ（＝Ｏ）２ＣＨ２ＣＦ３（トレシル）、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｐｈ（フェニルスルホニル）、４−メチルフェニルスルホニル（トシル）、４−ブロモフェニルスルホニル（ブロシル）および４−ニトロフェニル（ノシル）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３１】
スルフィン（スルフィニル、スルホキシド）：−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ［Ｒはスルフィン置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルフィン基の例には、−Ｓ（＝Ｏ）ＣＨ３および−Ｓ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ３などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３２】
スルホニルオキシ：−ＯＳ（＝Ｏ）２Ｒ［Ｒはスルホニルオキシ置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルホニルオキシ基の例には、−ＯＳ（＝Ｏ）２ＣＨ３および−ＯＳ（＝Ｏ）２ＣＨ２ＣＨ３などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３３】
スルフィニルオキシ：−ＯＳ（＝Ｏ）Ｒ［Ｒはスルフィニルオキシ置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルフィニルオキシ基の例には、−ＯＳ（＝Ｏ）ＣＨ３および−ＯＳ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ３などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３４】
スルファミノ：−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２ＯＨ［Ｒ１はアミノ基について定義のアミノ置換基である］。スルファミノ基の例には、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２ＯＨおよび−Ｎ（ＣＨ３）Ｓ（＝Ｏ）２ＯＨなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３５】
スルホンアミノ：−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ［Ｒ１は、アミノ基について定義のアミノ置換基であり、Ｒはスルホンアミノ置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルホンアミノ基の例には、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２ＣＨ３および−Ｎ（ＣＨ３）Ｓ（＝Ｏ）２Ｃ６Ｈ５などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３６】
スルフィンアミノ：−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）Ｒ［Ｒ１はアミノ基について定義のアミノ置換基であり、Ｒはスルフィンアミノ置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルフィンアミノ基の例には、−ＮＨＳ（＝Ｏ）ＣＨ３および−Ｎ（ＣＨ３）Ｓ（＝Ｏ）Ｃ６Ｈ５などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３７】
スルファミル：−Ｓ（＝Ｏ）ＮＲ１Ｒ２［Ｒ１およびＲ２は独立に、アミノ基について定義のアミノ置換基である］。スルファミル基の例には、−Ｓ（＝Ｏ）ＮＨ２、−Ｓ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ３）、−Ｓ（＝Ｏ）Ｎ（ＣＨ３）２、−Ｓ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２ＣＨ３）、−Ｓ（＝Ｏ）Ｎ（ＣＨ２ＣＨ３）２および−Ｓ（＝Ｏ）ＮＨＰｈなどがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１３８】
スルホンアミノ：−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ［Ｒ１は、アミノ基について定義のアミノ置換基であり、Ｒはスルホンアミノ置換基、例えばＣ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくはＣ１−７アルキル基である］。スルホンアミノ基の例には、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２ＣＨ３および−Ｎ（ＣＨ３）Ｓ（＝Ｏ）２Ｃ６Ｈ５などがあるが、それらに限定されるものではない。特殊な種類のスルホンアミノ基は、スルタム類から誘導されるものであり、それらの基において、Ｒ１およびＲのうちの一方がＣ５−２０アリール基、好ましくはフェニルであり、Ｒ１およびＲのうちの他方がＣ１−７アルキル基から誘導される二座基などのＣ５−２０アリール基に連結している二座基である。そのような基の例には、下記のものなどがあるが、それらに限定されるものではない：
【化９】
2008542253.tif 000011
【化１０】
2008542253.tif 000012
【化１１】
2008542253.tif 000013
【０１３９】
ホスホルアミダイト：−ＯＰ（ＯＲ１）−ＮＲ２２［Ｒ１およびＲ２はホスホルアミダイト置換基、例えば、−Ｈ、（置換されていてもよい）Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくは−Ｈ、Ｃ１−７アルキル基またはＣ５−２０アリール基である］。ホスホルアミダイト基の例には、−ＯＰ（ＯＣＨ２ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＯＰ（ＯＣＨ２ＣＨ３）−Ｎ（ｉ−Ｐｒ）２および−ＯＰ（ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＮ）−Ｎ（ｉ−Ｐｒ）２などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１４０】
ホスホルアミデート：−ＯＰ（＝Ｏ）（ＯＲ１）−ＮＲ２２［Ｒ１およびＲ２はホスホルアミデート置換基、例えば、−Ｈ、（置換されていてもよい）Ｃ１−７アルキル基、Ｃ３−２０複素環基またはＣ５−２０アリール基、好ましくは−Ｈ、Ｃ１−７アルキル基またはＣ５−２０アリール基である］。ホスホルアミデート基の例には、−ＯＰ（＝Ｏ）（ＯＣＨ２ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＯＰ（＝Ｏ）（ＯＣＨ２ＣＨ３）−Ｎ（ｉ−Ｐｒ）２および−ＯＰ（＝Ｏ）（ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＮ）−Ｎ（ｉ−Ｐｒ）２などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１４１】
Ｃ１−５アルキレン：本明細書で使用される「Ｃ１−５アルキレン」という用語は、飽和、部分不飽和または完全不飽和であることができる、１〜５個の炭素原子を有する（別段の断りがない限り）脂肪族直鎖炭化水素化合物の２個の水素原子を、同一炭素原子から２つ、または２つの異なる炭素原子のそれぞれから脱離させることで得られる二座部分に関するものである。そこで、「アルキレン」という用語は、下位分類である下記で記載のアルケニレン、アルキニレンなどを含むものである。
【０１４２】
飽和Ｃ１−５アルキレン基の例には、−（ＣＨ２）ｎ−（ｎは１〜５の整数である）、例えば−ＣＨ２−（メチレン）、−ＣＨ２ＣＨ２−（エチレン）、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−（プロピレン）および−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−（ブチレン）などがあるが、それらに限定されるものではない。
【０１４３】
部分不飽和Ｃ１−５アルキレン基の例には、−ＣＨ＝ＣＨ−（ビニレン）、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−、−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ＝ＣＨ−および−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−などがあるが、これらに限定されるものではない。
【０１４４】
上記で挙げた置換基は、アルキレン基上の置換基であることができる。
【０１４５】
多くの場合で、置換基自体が置換されていてもよい。例えばＣ１−７アルコキシ基は、例えばＣ１−７アルキル（Ｃ１−７アルキル−Ｃ１−７アルコキシ基とも称される）、例えばシクロヘキシルメトキシ、Ｃ３−２０複素環基（Ｃ５−２０アリール−Ｃ１−７アルコキシ基とも称される）、例えばフタルイミドエトキシまたはＣ５−２０アリール基（Ｃ５−２０アリール−Ｃ１−７アルコキシ基とも称される）、例えばベンジルオキシで置換されていてもよい。
【０１４６】
これら置換基の周知のイオン形態、塩、溶媒和物および保護形態が上記に含まれる。例えば、カルボン酸（−ＣＯＯＨ）に言及する場合は、そのアニオン（カルボン酸イオン）型（−ＣＯＯ−）、塩または溶媒和物、ならびに従来の保護形態も含むものである。同様に、アミノ基に言及する場合、そのアミノ基のプロトン化形態（−Ｎ＋ＨＲ１Ｒ２）、塩または溶媒和物、例えば塩酸塩、ならびにアミノ基の従来の保護形態を含むものである。同様に、水酸基に言及する場合、そのアニオン型（−Ｏ−）、塩または溶媒和物、ならびに水酸基の従来の保護形態も含むものである。
【０１４７】
ある種の化合物は、１種以上の特定の幾何異性体、光学異性体、鏡像異性体、ジアステレオ異性体、エピマー、立体異性体、互変異性体、配座異性体、およびアノマーの形態で存在することができ、そのようなものとしては、限定はされないが、シス−およびトランス−形；Ｅ−およびＺ−形；ｃ−、ｔ−、およびｒ−形；エンドおよびエキソ形；Ｒ−、Ｓ−、およびメソ−形；Ｄ−およびＬ−形；ｄ−およびｌ−形；（＋）および（−）形；ケト−、エノール−、およびエノラート−形；シン−およびアンチ−形；シンクリナル−およびアンチクリナル−形；α−およびβ−形；アキシャルおよびエカトリアル形；舟形、いす形、ねじれ形、封筒形、半いす形；ならびにこれらの組み合わせが含まれ、以後これらを総称して「異性体」（または「異性体形態」）と呼ぶ。
【０１４８】
留意すべき点として、互変異性体について下記で述べることを除いて、本明細書で用いている「異性体」という用語からは構造的（または構成的）異性体（すなわち、原子の空間的位置のみが異なっているのではなく、原子間の結合状態が異なっている異性体）は特に除外される。例えば、メトキシ基−ＯＣＨ３について述べる場合、その構造異性体であるヒドロキシメチル基−ＣＨ２ＯＨはその意味の中に含まれない。同様に、オルトクロロフェニルについて述べる場合にはその構造異性体であるメタクロロフェニルはその意味の中に含まれない。しかしある種類の構造について述べる場合、その種類に分類される構造異性体を含めることはできる（例えば、Ｃ１−７アルキルにはｎ−プロピルおよびイソプロピルが含まれ；ブチルにはｎ−、イソ−、ｓｅｃ−、およびｔｅｒｔ−ブチルが含まれ；メトキシフェニルにはオルト−、メタ−、およびパラ−メトキシフェニルが含まれる）。
【０１４９】
上記の除外には、例えば、下記の互変異性体のペア：ケト／エノール（下記に図示している）、イミン／エナミン、アミド／イミノアルコール、アミジン／アミジン、ニトロソ／オキシム、チオケトン／エネチオール、Ｎ−ニトロソ／ヒドロキシアゾ、およびニトロ／アシ−ニトロなどにおけるような、例えば、ケト形、エノール形、およびエノラート形などの互変異体は関係しない。
【化１２】
2008542253.tif 000014
【０１５０】
留意すべき点として、「異性体」という用語には１個以上の同位体置換を含んでいる化合物が特に含まれている。例えば、Ｈはどのような同位体の形態でもよく、そのようなものとしては１Ｈ、 ２Ｈ（Ｄ）および ３Ｈ（Ｔ）が含まれ；Ｃはどのような同位体の形態でもよく、そのようなものとしては１２Ｃ、１３Ｃおよび１４Ｃが含まれ；Ｏはどのような同位体の形態でもよく、そのようなものとしては１６Ｏおよび１８Ｏが含まれ；ならびにその他類似のものが含まれる。
【０１５１】
別段の断りがない限り、特定の化合物に関して述べたことはそのような異性体の全てを含んだ言及であり、そのような異性体としてはラセミ体およびその他のそれらの混合物を（全体として、または部分として）含んでいる。そのような異性体形態の製造（例えば、不斉合成）および分離（例えば、分別結晶およびクロマトグラフィー手段）の方法は当業界で既知であるか、または本明細書に記載のもしくは既知の方法を既知の様式で適用することによって容易に得ることができる。
【０１５２】
別段の断りがない限り、ある特定の化合物についての言及は、例えば下記のような、その化合物のイオン、塩、溶媒和物、および保護された形態のものを含んだ言及である。
【０１５３】
活性化合物の対応する塩、たとえば製薬上許容される塩を調製、精製および／または取り扱うことが好都合または望ましい場合がある。製薬上許容される塩の例については、バージらの著作（Berge et al., 1977, 「Pharmaceutically Acceptable Salts」, J. Pharm. Sci., Vol. 66, pp. 1-19）に述べられている。
【０１５４】
例えば、その化合物が陰イオン性である場合、または陰イオン性となりうる官能基（例えば、−ＣＯＯＨは−ＣＯＯ−となり得る）を有している場合、適切な陽イオンと塩を形成することができる。適切な無機陽イオンの例としては、Ｎａ＋およびＫ＋などのアルカリ金属イオン、Ｃａ２＋およびＭｇ２＋などのアルカリ土類の陽イオン、ならびにＡｌ３＋などのその他の陽イオンが挙げられるが、これらに限定されるものではない。適切な有機陽イオンの例としては、アンモニウムイオン（すなわち、ＮＨ４＋）および置換されたアンモニウムイオン（例えば、ＮＨ３Ｒ＋、ＮＨ２Ｒ２＋、ＮＨＲ３＋、ＮＲ４＋）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの適切な置換されたアンモニウムイオンの例としては次のものに由来するものが挙げられる：エチルアミン、ジエチルアミン、ジシクロヘキシルアミン、トリエチルアミン、ブチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジン、ベンジルアミン、フェニルベンジルアミン、コリン、メグルミン、およびトロメタミン、ならびに、リシンやアルギニンなどのアミノ酸。一般的な４級アンモニウムイオンの例はＮ（ＣＨ３）４＋である。
【０１５５】
化合物が陽イオン性、または陽イオンとなりうる官能基（例えば、−ＮＨ２は−ＮＨ３＋となり得る）を有している場合には、適切な陰イオンと塩を形成させることができる。適切な無機陰イオンとしては、塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硫酸、亜硫酸、硝酸、亜硝酸、リン酸、およびホスホン酸などの無機酸由来のものが挙げられるが、これらに限定されるものではない。適切な有機陰イオンとしては、酢酸、プロピオン酸、コハク酸、グリコール酸、ステアリン酸、パルミチン酸、乳酸、リンゴ酸、パモ酸、酒石酸、クエン酸、グルコン酸、アスコルビン酸、マレイン酸、ヒドロキシマレイン酸、フェニル酢酸、グルタミン酸、アスパラギン酸、安息香酸、ケイ皮酸、ピルビン酸、サリチル酸、スルファニル酸、２−アセトキシ安息香酸、フマル酸、フェニルスルホン酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、エタンジスルホン酸、シュウ酸、パントテン酸、イセチオン酸、吉草酸、ラクトビオン酸およびグルコン酸などの有機酸由来のものが挙げられるが、これらに限定されるものではない。適切なポリマー性陰イオンとしては、タンニン酸、カルボキシメチルセルロースのようなポリマー性の酸由来のものが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０１５６】
活性化合物の対応する溶媒和物を製造し、精製し、および／または取り扱うことが好都合または望ましいことがある。本明細書では「溶媒和物」という用語は、従来通り、溶質（例えば、活性化合物、活性化合物の塩）と溶媒との複合体を意味するために用いられる。溶媒が水である場合は、溶質は、水和物、例えば、一水和物、二水和物、三水和物、などの水和物を意味するものであることが好都合であり得る。
【０１５７】
活性化合物の化学的に保護された形態のものを製造し、精製し、および／または取り扱うことが好都合または望ましいことがある。本明細書で用いている「化学的に保護された形態」という用語は、１以上の反応性官能基が望ましくない化学反応から保護されている化合物、すなわち、保護された形態または保護基を有する形態の化合物を意味する（マスクされた、もしくはマスク基を有する形態、または、ブロックされた、もしくはブロック基を有する形態とも称される）。反応性の官能基を保護することによって他の保護されていない反応性官能基の関与する反応を保護基に影響を与えることなく行うことができる：その保護基は、通常はその後のステップで、その分子の残りの部分に実質的な影響を与えることなく脱離される。例えばグリーンらの著作（Protective Groups in Organic Synthesis (T. Green and P. Wuts, Wiley, 1999)）を参照する。
【０１５８】
例えば、ヒドロキシル基はエーテル（−ＯＲ）またはエステル（−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ）で保護することができ、例えば：ｔ−ブチルエーテル；ベンジル、ベンズヒドリル（ジフェニルメチル）、もしくはトリチル（トリフェニルメチル）エーテル；トリメチルシリルもしくはｔ−ブチルジメチルシリルエーテル；またはアセチルエステル（−ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ３、−ＯＡｃ）などのように保護することができる。
【０１５９】
例えば、アルデヒド基またはケトン基はそれぞれアセタールまたはケタールとして保護することができ、その際、カルボニル基（＞Ｃ＝Ｏ）は、例えば１級アルコールと反応させることによってジエーテル（＞Ｃ（ＯＲ）２）に変換されている。このようなアルデヒド基またはケトン基は酸の存在下で大過剰の水を用いて加水分解させることによって容易に再生される。
【０１６０】
例えば、アミン基は、例えば、アミドまたはウレタンとして保護することができ、例えば：メチルアミド（−ＮＨＣＯ−ＣＨ３）；ベンジルオキシアミド（−ＮＨＣＯ−ＯＣＨ２Ｃ６Ｈ５、−ＮＨ−Ｃｂｚ）；ｔ−ブトキシアミド（−ＮＨＣＯ−ＯＣ（ＣＨ３）３、−ＮＨ−Ｂｏｃ）；２−ビフェニル−２−プロポキシアミド（−ＮＨＣＯ−ＯＣ（ＣＨ３）２Ｃ６Ｈ４Ｃ６Ｈ５、−ＮＨ−Ｂｐｏｃ）；９−フルオレニルメトキシアミド（−ＮＨ−Ｆｍｏｃ）；６−ニトロベラトリルオキシアミド（−ＮＨ−Ｎｖｏｃ）；２−トリメチルシリルエチルオキシアミド（−ＮＨ−Ｔｅｏｃ）；２，２，２−トリクロロエチルオキシアミド（−ＮＨ−Ｔｒｏｃ）；アリルオキシアミド（−ＮＨ−Ａｌｌｏｃ）；２（−フェニルスルホニル）エチルオキシアミド（−ＮＨ−Ｐｓｅｃ）；または、適切である場合には、Ｎ−オキシド（＞ＮＯ＄）などのように保護することができる。
【０１６１】
例えば、カルボン酸基はエステルとして保護することができ、例えば：Ｃ１−７アルキルエステル（例えば、メチルエステル；ｔ−ブチルエステル）；Ｃ１−７ハロアルキルエステル（例えば、Ｃ１−７トリハロアルキルエステル）；トリＣ１−７アルキルシリル−Ｃ１−７アルキルエステル；またはＣ５−２０アリール−Ｃ１−７アルキルエステル（例えば、ベンジルエステル；ニトロベンジルエステル）；またはアミド、例えばメチルアミドなどのように保護することができる。
【０１６２】
例えば、チオール基はチオエーテル（−ＳＲ）として保護することができ、例えば：ベンジルチオエーテル；アセタミドメチルエーテル（−Ｓ−ＣＨ２ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３）などのように保護することができる。
【０１６３】
活性化合物のプロドラッグの形態のものを製造し、精製し、および／または取り扱うことが好都合または望ましいことがある。本明細書で用いている「プロドラッグ」という用語は、代謝されたときに（例えば、イン・ビボで）所望の活性化合物をもたらす化合物を意味する。代表的には、そのプロドラッグは不活性、または活性化合物よりも活性が低いが、取り扱い、投与、または代謝における性質の点で有利なものでありうる。
【０１６４】
例えば、プロドラッグのいくつかのものは活性化合物のエステル（例えば、生理的に許容される代謝系で不安定なエステル）である。代謝の際にそのエステル基（−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ）は切断されて活性な薬物を与える。そのようなエステルは、例えば、親化合物中のカルボン酸基（−Ｃ（＝Ｏ）ＯＨ）のいずれかを、適切である場合には、親化合物中に存在する他の反応性基を全て保護した後にエステル化し、続いて必要に応じて脱保護することにより作ることができる。そのような代謝系で不安定なエステルの例としては、ＲがＣ１−７アルキル（例えば、−Ｍｅ、−Ｅｔ）；Ｃ１−７アミノアルキル（例えば、アミノエチル；２−（Ｎ，Ｎ−ジエチルアミノ）エチル；２−（４−モルホリノ）エチル）；およびアシルオキシ−Ｃ１−７アルキル（例えば、アシルオキシメチル；アシルオキシエチル；例えば、ピバロイルオキシメチル；アセトキシメチル；１−アセトキシエチル；１−（１−メトキシ−１−メチル）エチル−カルボニルオキシエチル；１−（ベンゾイルオキシ）エチル；イソプロポキシ−カルボニルオキシメチル；１−イソプロポキシ−カルボニルオキシエチル；シクロヘキシル−カルボニルオキシメチル；１−シクロヘキシル−カルボニルオキシエチル；シクロヘキシルオキシ−カルボニルオキシメチル；１−シクロヘキシルオキシ−カルボニルオキシエチル；（４−テトラヒドロピラニルオキシ）カルボニルオキシメチル；１−（４−テトラヒドロピラニルオキシ）カルボニルオキシエチル；（４−テトラヒドロピラニル）カルボニルオキシメチル；および１−（４−テトラヒドロピラニル）カルボニルオキシエチル）が挙げられる。
【０１６５】
また、プロドラッグのいくつかは酵素によって活性化されて、活性化合物または、さらに化学反応を経ることによって活性化合物を与える化合物が得られる。例えば、そのようなプロドラッグは糖誘導体もしくはその他のグリコシド複合体とすることができるか、またはアミノ酸エステル誘導体とすることができる。
【０１６６】
好ましいＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬には、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１−ベンゾピラン−４−オン（ＷＯ２００６／０３２８６９）、８−アリール−２−モルホリン−４−イル−１Ｈ−キノリン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−９Ｈ−ピリド［１，２−ａ］ピリミジン−４−オン、９−アリール−２−モルホリン−４−イル−キノリジン−４−オンまたは５−アリール−３−モルホリン−４−イル−２−ベンゾピラン−１−オン（いずれもＵＳ６０／６７１８３０、ＷＯ２００６／００１３７９およびＷＯ２００６／００１３６９）などがあり、そのアリール基は、実際にはジベンゾチオフェニル、ジベンゾフラノイルと記載されている。
【０１６７】
一部の好ましい実施形態では、２−（４−エチル−ピペラジン−１−イル）−Ｎ−［４−（２−モルホリン−４−イル−４−オキソ−４Ｈ−１−ベンゾピラン−８−イル）−ジベンゾチオフェン−１−イル］−アセトアミド（ＫＵ−００６０６４８：ＷＯ２００６／０３２８６９：式Ｖ）がＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬として用いられる。
【化１３】
2008542253.tif 000015
【０１６８】
好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬の別の種類としては、ＤＮＡ−ＰＫｃｓのペプチド断片が挙げられる。ペプチド断片は、上記成分の公開されている配列を用いて、化学合成によりその全体をまたは一部を生成することができる。ペプチド断片は、その方法の概要が広く入手可能である（例えば、J.M. Stewart and J.D. Young, Solid Phase Peptide Synthesis, 2nd edition, Pierce Chemical Company, Rockford, Illinois (1984)；M. Bodanzsky and A. Bodanzsky, The Practice of Peptide Synthesis, Springer Verlag, New York (1984)；およびApplied Biosystems 430A Users Manual, ABI Inc., Foster City, California参照）十分に確立されている標準的な液体ペプチド合成法（または好ましくは固相ペプチド合成法）に従って容易に製造することができ、あるいは溶液中で、液相法により、または固相、液相および液体化学の任意の組み合わせにより、例えば最初に別々のペプチド部分を合成し、続いて所望または適当であれば、存在する保護基を脱離させ、個々の炭酸もしくはスルホン酸またはそのそれぞれの誘導体の反応によって残基Ｘを導入することによって、製造することも可能である。
【０１６９】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓを阻害するための他の化合物は、ＤＮＡ−ＰＫｃｓの３次元構造のモデル化に基づいて、合理的薬物設計法を用いることによって、特定の分子形状、サイズおよび電荷特性を有する候補化合物が得られる。候補阻害剤は、例えば、上記成分を阻害するペプチド断片または他の化合物の「機能的類縁体」でありうる。機能的類縁体は、対象のペプチドまたは他の化合物と同じ機能的活性を有する、すなわち、ＤＮＡ修復経路成分の相互作用または活性を妨害可能なものである。そのような類縁体の例としては、上記成分の別の成分との接触領域（特に重要と考えられるアミノ酸残基の配置）の３次元構造と類似するようにモデル化された化合物が挙げられる。
【０１７０】
好適なＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害剤の別の種類としては、ＤＮＡ−ＰＫｃｓのアミノ酸配列の一部もしくは全体をコードする核酸、または活性ＤＮＡ−ＰＫｃｓポリペプチドの産生を下方制御することにより活性または機能を阻害するその補足配列が挙げられる。例えば、ＤＮＡ−ＰＫｃｓの発現は、アンチセンス技術またはＲＮＡｉ技術を用いて阻害することができる。現在では、遺伝子発現を下方制御するためのこれらの手法の使用は当該分野で十分に確立されている。
【０１７１】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、核酸、プレ−ｍＲＮＡまたは成熟ｍＲＮＡの相補配列にハイブリダイズして塩基除去修復経路成分の産生を妨害して、その発現が低減するかまたは完全にもしくは実質的に完全に抑止されるように設計される。コード配列の標的化に加えて、アンチセンス技術は、例えば５'フランキング配列内の、遺伝子の制御配列を標的化するために用いてもよく、それによりアンチセンスオリゴヌクレオチドは発現制御配列を妨害しうる。アンチセンス配列の構築とそれらの使用は、例えばペイマンらの報告（Peyman and Ulman, Chemical Reviews, 90:543-584, (1990)）およびクルックの報告（Crooke, Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 32:329-376, (1992)）に記載されている。
【０１７２】
オリゴヌクレオチドは、投与のためにイン・ビトロで生成してもよいしまたはエクス・ビボで生成してもよく、あるいはアンチセンスＲＮＡの下方制御が望まれる細胞内でイン・ビボで生成させてもよい。従って、二本鎖ＤＮＡは、ＤＮＡのアンチセンス鎖の転写によって、標的遺伝子のセンス鎖から転写される正常ｍＲＮＡに対して相補的なＲＮＡが生じるように、プロモーターの制御下に「逆配向」で配置することができる。
【０１７３】
逆配向のコード配列に対応する完全な配列を用いる必要はない。例えば、十分な長さの断片を用いることができる。当業者には、アンチセンス阻害のレベルを最適化するように、種々のサイズの断片を遺伝子のコード配列またはフランキング配列の種々の部分からスクリーニングすることが慣用的である。開始メチオニンコドンＡＴＧと、おそらくは開始コドン上流の１以上のヌクレオチドとを含有させることが有利な場合がある。好適な断片は、約１４〜２３ヌクレオチド、例えば約１５、１６または１７ヌクレオチドを有しうる。
【０１７４】
アンチセンス法の代替法として、センス（すなわち標的遺伝子と同じ）配向に挿入された標的遺伝子の全体または一部のコピーを用いて、共抑制により標的遺伝子の発現を低減させることができる（Angell & Baulcombe (1997) The EMBO Journal 16,12:3675-3684; およびVoinnet & Baulcombe (1997) Nature 389: p 553）。二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）は、センスまたはアンチセンス鎖単独のいずれよりも遺伝子サイレンシングにおいてさらに有効であることが見出されている（Fire A. et al Nature 391, (1998)）。ｄｓＲＮＡにより媒介されるサイレンシングは、遺伝子特異的であり、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）と呼ばれることが多い。ＲＮＡ干渉は、２段階のプロセスである。第１に、ｄｓＲＮＡが細胞内で切断されて、５’末端リン酸と３’の短い突出部（約２塩基）とを有する約２１〜２３塩基長の短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）が生じる。そのｓｉＲＮＡは、特異的に破壊するための対応のｍＲＮＡ配列を標的とする（Zamore P.D. Nature Structural Biology, 8, 9, 746-750, (2001)）。ＲＮＡｉはまた、３’突出末端を有する同じ構造の化学合成されたｓｉＲＮＡ二本鎖を用いることによって効率的に誘導されうる（Zamore PD et al Cell, 101, 25-33, (2000)）。合成ｓｉＲＮＡ二本鎖は、広範な哺乳動物細胞系における内因性および異種遺伝子の発現を特異的に抑制することが示されている（Elbashir SM. et al. Nature, 411, 494-498, (2001)）。
【０１７５】
別の可能性として、転写時に、核酸を特異的部位で切断し、それゆえ遺伝子発現に影響を及ぼすのにも有効なリボザイムを生成する核酸を用いることがある。リボザイムの技術背景の参考文献がある（Kashani-Sabet and Scanlon, 1995, Cancer Gene Therapy, 2(3): 213-223、およびMercola and Cohen, 1995, Cancer Gene Therapy, 2(1), 47-59）。
【０１７６】
ＤＮＡ損傷化学療法剤は好ましくは、細胞ＤＮＡにおいてＤＮＡ  ＤＳＢを誘発する化合物である。癌の治療における使用に好適な多くの化合物が、当業界において知られており、それには例えば、ブレオマイシンおよびのトポイソメラーゼＩおよびＩＩ活性の阻害薬、例えばドキソルビシン、エトポシドおよびテカン（tecan）類の構成員、例えばイリノテカン、トポテカン、ルビテカンなどがある。例えばゲムシタビンのようなＤＮＡ合成の障害によって、例えばテモゾロマイドおよびＤＴＩＣ（ダカルバジン）のようなＤＮＡのアルキル化によって、または例えばシスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチンのような白金剤などの嵩高い付加物の導入によって、ＤＮＳを間接的に誘発する化合物も用いることができる。他の好適な化学療法剤には、ヨンデリスなどがある。これら化合物の誘導体もしくは塩または組み合わせも用いることができる。
【０１７７】
本発明に従ってＤＮＡ損傷化学療法剤として用いることができる化合物の好適な組み合わせを、表８に示してある。
【０１７８】
一部の好ましい実施形態では、エトポシドまたはドキソルビシンを用いることができる。
【０１７９】
好ましくは、ＤＮＡ損傷化学療法剤は、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬の非存在下で、正常細胞に対して致死的でない用量および製剤で用いる。ＤＮＡ損傷化学療法剤に好適な用量および投与法は、医師には周知である。
【０１８０】
癌細胞においてＤＮＡ損傷を誘発する上での放射線の使用は当業界で周知であり、いずれか好適な技術を用いて、本明細書に記載のＡＴＭ欠損表現型を有する癌細胞に照射することができる。
【０１８１】
放射線治療には、Ｘ線、γ線および電子などの外照射療法などがある。好適な投与法には、適宜に加速分割および超分割を含む分割緩和法および分割治療法ならびに全ての幾何形態、従来の、３Ｄ、３Ｄ共形、ＩＭＲＴ（強度変調放射線療法）、４Ｄおよび適応放射線療法などがある（Bucci MK et al [2005] CA Cancer J Clin 55; 117-134, Haustermans et al (2004) Rays 29(3):231-6）。
【０１８２】
放射線療法には、近接照射療法の一部として外科的に移植された放射性シードもしくはワイヤーなどの局所／標的化療法（Dale at al [1998] B J Radiol 71; 465-483）；イブリツモマブ（ゼバリン）のような、モノクローナル抗体などの免疫分子に放射能放出剤が連結されている放射免疫療法（Blum KA, Bartlett NL [2004] Expert Opin Biol Ther. 4(8):1323-31；および例えばＳＩＲ−スフィアーズ（SIR-Spheres；登録商標）など、注射によって送達される放射性ミクロスフィアなどの非免疫学的ターゲティング（Ho S et al (2001) Journal of Nuclear Medicine 42(10):1587-1589）などがある。非免疫学的ターゲティングは、標的ペプチド受容体療法で行うこともできる。例えば、放射性標識ソマトスタチン類似体（１１１Ｉｎ−オクトレオチド、９０Ｙ−オクトレオテル（OctreoTher；商標名）、１７７Ｌｕ−オクトレオテート）またはボンベシンおよびＮＰＹ（ｙ１）類似体などの他のペプチドリガンド（Krenning et al [2004] Ann NY Acad Sci. 1014(2): 234-245）。
【０１８３】
本発明の方法は、個体にＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬を投与するステップを含むことができる。投与は、ＤＮＡ損傷化学療法剤の投与または放射線療法と同時または順次に行うことができる。一部の実施形態において、これは個体がＡＴＭ欠損表現型を有する癌状態を有するものと確認されてから行う。
【０１８４】
イン・ビボ投与は１回の投与で、持続的投与で、または治療経過を通じて間欠的に（例えば、適切な間隔をおいて分割した投与量で）行うことができる。最も効果的な投与方法と用量を決定する方法は当業者には周知であり、治療に用いる製剤、治療の目的、治療しようとする標的の細胞、および治療しようとする被験者によって変わるものである。単回または複数回の投与は治療担当医師によって選択された用量および投与パターンで行うことができる。
【０１８５】
通常は、活性化合物の適切な用量は、被験者の体重１ｋｇたり１日に約１００μｇ〜約２５０ｍｇの範囲である。活性化合物が塩、エステル、プロドラッグなどである場合には、用量は親化合物の量に基づいて計算され、用いられる実際の重量はそれに応じて増加する。
【０１８６】
活性化合物を単独で投与することは可能ではあるが、その化合物を、少なくとも１種の、上記で定義の活性化合物の少なくとも１種を、１種以上の製薬上許容される担体、アジュバント、賦形剤、希釈剤、充填剤、緩衝剤、安定化剤、保存剤、滑沢剤その他の当業者に周知の材料、および適宜に他の治療用または予防用薬剤とともに含んでなる医薬組成物（例えば、製剤）として提供することが好ましい。
【０１８７】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬、例えば本明細書に記載の１種以上の製薬上許容される担体、賦形剤、緩衝剤、アジュバント、安定化剤その他の材料と混合した阻害薬を含む医薬組成物を、本明細書に記載に方法で用いることができる。
【０１８８】
本明細書で用いられる「製薬上許容される」という用語は、化合物、材料、組成物および／または剤形であって、妥当な医学的判断で認めうる範囲内にあり、過度の毒性、刺激、アレルギー反応その他の問題もしくは合併症をもたらさずに被験者（例えばヒト）の組織と接触させて使用することに適しており、妥当な利益／危険性比を示すものであることを意味する。担体、賦形剤などの各々はまた、製剤中の他の成分と適合し得るという意味でも「許容される」ものでなければならない。
【０１８９】
適切な担体、賦形剤などについては、標準的な製薬の教科書、例えば、レミングトンの著作（Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th edition, Mack Publishing Company, Easton, Pa., 1990）中に記載されている。
【０１９０】
前記製剤は単位剤形で簡便に提供することができ、製薬業界で周知のいずれかの方法によって製造することができる。そのような方法は、活性化合物を１種以上の補助成分からなる担体と組み合わせるステップを含む。一般的には、その製剤は、活性化合物を液状担体もしくは微粉砕固体担体、またはその両方と均一に十分に混和させ、次いで必要に応じて取得物を成形することによって製造される。
【０１９１】
製剤は、液体、溶液、懸濁液、乳剤、エリキシル、シロップ、錠剤、ロゼンジ、粒剤、粉剤、カプセル、カシェ剤、丸剤、アンプル剤、坐剤、ペッサリー、軟膏、ゲル、ペースト、クリーム、噴霧剤、ミスト、泡剤、ローション、オイル、ボーラス剤、舐剤またはエアロゾルの形態とすることができる。
【０１９２】
阻害薬またはその阻害薬を含む医薬組成物は、経口（例えば、摂取によって）；局所（例えば、経皮、経鼻、眼球、口腔および舌下など）；肺（例えば、エアロゾルなどを用いたり、口や鼻からの、吸引または吸入療法によって）；直腸；膣；非経口、例えば注射（皮下、皮内、筋肉、静脈、動脈、心臓内、くも膜下、髄腔内、嚢内、被膜下、眼窩内、腹腔内、気管内、表皮下、関節内、くも膜下および胸骨内など）、デポーの移植（例えば、皮下または筋肉）によって（これらに限定されるものではない）、全身投与であるか末梢投与であるかを問わずいずれか簡便な投与経路によって、または所望の作用部位で、被験者に投与することができる。
【０１９３】
経口投与（例えば摂取によって）に適した製剤は、個別の単位として提供することができ、それは例えば、カプセル、カシェ剤もしくは錠剤で、各々があらかじめ定められた量の活性化合物を含有しているもの；粉剤または粒剤；水系もしくは非水系液体中の溶液もしくは懸濁液；または水中油型乳濁剤もしくは油中水型乳濁剤；ボーラス剤；舐剤；またはペーストなどである。
【０１９４】
錠剤は、例えば圧縮または成形などの従来法で適宜に１種以上の補助成分と共に製造することができる。圧縮錠剤は、適切な機械中で、粉末や顆粒などの易流動形態の活性化合物を、適宜に１種以上の結合剤（例えば、ポビドン、ゼラチン、アラビアゴム、ソルビトール、トラガカント、ヒドロキシプロピルメチルセルロース）；充填剤もしくは希釈剤（例えば、乳糖、微結晶性セルロース、リン酸水素カルシウム）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、シリカ）；崩壊剤（例えば、グリコール酸ナトリウムデンプン、架橋ポビドン、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム）；界面活性剤または分散剤または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）；および保存剤（例えば、ｐ−ヒドロキシ安息香酸メチル、ｐ−ヒドロキシ安息香酸プロピル、ソルビン酸）と混合して圧縮することによって製造することができる。成形錠剤は、不活性の液状希釈剤で濡らした粉末化合物の混合物を適切な機械中で成形することによって製造することができる。錠剤は適宜にコーティングまたは切れ目を入れることができ、また、錠剤に含まれる活性化合物の遅延性もしくは徐放性放出が行われるように、例えば、所望の放出プロファイルを得るためにヒドロキシプロピルメチルセルロースを様々な割合で用いることによって製剤化することができる。錠剤は適宜に腸溶性コーティングを施したものとすることができ、胃ではなく腸の一部で放出するようにすることができる。
【０１９５】
非経口投与（例えば、皮膚、皮下、筋肉、静脈および皮内などの注射）に適した製剤としては、酸化防止剤、緩衝剤、保存剤、安定剤、静菌剤および製剤を、対象の被投与者の血液と等張とする溶質などを含んでもよい水系または非水系で等張の発熱物質を含まない無菌注射液；ならびに懸濁剤および増粘剤を含んでいてもよい水系および非水系無菌懸濁液；ならびに前記化合物が血液成分もしくは１つ以上の臓器を標的とするよう設計されたリポソームその他の微粒子系が挙げられる。このような製剤に用いられる適切な等張の媒体の例としては、塩化ナトリウム注射液、リンゲル液または乳酸加リンゲル注射液が挙げられる。代表的に、その液体中の活性化合物の濃度は、約１ｎｇ／ｍＬ〜約１０μｇ／ｍＬ、例えば約１０ｎｇ／ｍＬ〜約１μｇ／ｍＬである。製剤は単位用量または多回用量の密封容器、例えばアンプルおよびバイアルに入れた形で提供することができ、無菌の液状担体、例えば注射用水を使用直前に添加することのみを必要とする凍結乾燥された条件で保存することができる。即時使用注射用液および懸濁液を、無菌の粉末、顆粒および錠剤から調製することができる。製剤はリポソームまたはその他の微粒子系の形態とすることができ、それらは活性化合物が血液成分もしくは１つ以上の器官を標的とするよう設計されている。
【０１９６】
活性化合物および活性化合物を含んでいる組成物の適切な用量は、患者ごとに異なったものとなり得る。最適な用量の決定は、通常は治療上の有益性のレベルと、治療のあらゆるリスク又は有害な副作用とのバランスを取ることを必要とする。選択された用量のレベルは、特定の化合物の活性、投与経路、投与時間、化合物の排泄速度、治療期間、併用される他の薬剤、化合物および／または物質、ならびに患者の年齢、性別、体重、状態、全身の健康状態および病歴など（これらに限定されるものではない）の各種要素によって決まる。一般的には用量は作用部位で所望の効果をかなり有害な副作用を起こすことなく達成できるような局所濃度を得るようなものであるが、化合物の量と投与経路は最終的には医師の裁量で決定される。
【０１９７】
本明細書に記載の方法は、癌療法に対する癌状態の感受性を求める上でも有用である。例えば、個体から得られた癌細胞がＡＴＭ欠損表現型を有するものと確認されたら、それは、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬およびＤＮＡ損傷化学療法剤または放射線の組み合わせでの治療に対して感受性である癌状態をその個体が有することを示し得るものである。癌細胞がＡＴＭ欠損表現型を有するか否かを決定する技術については、上記で詳細に説明している。
【０１９８】
個体から得られる癌細胞は、その個体からすでに単離また除去された生検試料または検体内に含まれている可能性がある。
【０１９９】
本発明の各種のさらなる態様および実施形態は、本明細書の開示を見れば、当業者には明らかであろう。本明細書で言及されている文書はいずれも、参照によってその全体が本明細書に組み込まれるものとする。
【０２００】
本発明は、上記の特徴のそれぞれおよび全ての組み合わせおよび一部の組み合わせを包含する。
【実施例】
【０２０１】
本発明のある種の態様および実施形態について、上記の図面および下記の表を参照しながら、実施例によって説明する。
【０２０２】
表１は、化学的増強を示すのに用いられるエトポシドおよびドキソルビシンの用量を示す。
【０２０３】
表２は、ｐＥＢＳ７（ＡＴＭ−ヌル）細胞に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と併用したエトポシドの効果を示す。
【０２０４】
表３は、ｐＥＢＳ７−ＹＺ（ＡＴＭ＋／＋細胞）に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と併用したエトポシドの効果を示す。
【０２０５】
表４は、ｐＥＢＳ７（ＡＴＭ−ヌル細胞）に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と併用したドキソルビシンの効果を示す。
【０２０６】
表５は、ｐＥＢＳ７−ＹＺ（ＡＴＭ＋／＋細胞）に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と併用したドキソルビシンの効果を示す。
【０２０７】
表６は、ＡＴＭ−ヌル（ｐＥＢＳ７）およびＡＴＭ＋／＋（ｐＥＢＳ７−ＹＺ）細胞の生存％に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と併用した電離放射線の効果を示す。
【０２０８】
表７は、ＡＴＭ−ヌル（ｐＥＢＳ７）およびＡＴＭ＋／＋（ｐＥＢＳ７−ＹＺ）細胞に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と併用した化学療法および電離放射線の増強を示す。
【０２０９】
表８は、療法で使用可能な１以上のＤＮＡ損傷化学療法剤の組み合わせを示す。
【０２１０】
表９は、血管拡張性失調症がない癌患者において知られているＡＴＭ機能に対して有害なＡＴＭ配列での変異（２００４年５月２７日改訂の血管拡張性失調症突然変異データベースから）を示す。
【０２１１】
材料および方法
細胞系
Ａ−Ｔ線維芽細胞ＡＴ２２１ＪＥ−Ｔ細胞（ｐＥＢＳ７、本明細書においてはＡＴＭ−ヌル細胞と称する）およびトランス補完ＡＴＭ＋／＋（ｐＥＢＳ７−ＹＺ５、本明細書においてＡＴＭ補完細胞と称する）をＤＭＥＭ＋２０％ＦＢＳ  ＰＳＧおよび１００μｇ／ｍＬハイグロマイシン中で増殖させた。これらの細胞は、全長ＡＴＭおよびハイグロマイシン抵抗性マーカーをコードするｐＥＢＳ７−ＹＺ５ベクターまたはハイグロマイシン抵抗性マーカーのみをコードするｐＥＢＳ７ベクターでトランスフェクションしたＡ−Ｔ患者からの不死化線維芽細胞である（Ziv Y et al (1997) Oncogene 15, 159-67）。
【０２１２】
化学的増強を示すため、９６ウェルアッセイプレートで、容量９０μＬで細胞２×１０４個／ｍＬの密度にて細胞を平板培養した。４時間インキュベートして細胞を付着させた後、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８（最終濃度０．５μＭ）５μＬまたはＤＭＳＯ／ＰＢＳの同等物を加えた。さらに１時間インキュベーションした後、ウェル当たり化学療法薬５μＬを加えた（表１参照）。１６時間後に薬剤を除去し、ウェル当たり１５０μＬの新鮮な培地を加えた。２４時間後、各細胞系について１プレートを固定および染色して、細胞系間のバックグラウンドの差を確認した。接種から５日後、培地を残りのアッセイプレートのウェルから吸引によって取り、氷冷１０％ＴＣＡ１００μＬを加えて４℃で３０分間経過させた。次いでウェルを水道水で４回洗浄し、ウェル当たり０．４％スルホローダミンＢの１％酢酸溶液５０μＬを加えた。室温で１５分間インキュベートした後、過剰の染色液を１％酢酸でウェルから洗い落とした。ウェル当たり１０ｍＭＴｒｉｓ（ｐＨ６．８）１００μＬを加え、プレートを振盪して染色液を懸濁させ、５６４ｎｍでの吸光度を測定した。
【０２１３】
放射能増強を示すため、ウェル当たり細胞２×１０５個を、６ウェルクラスタープレートに接種した。各放射線量について１枚のプレートを用いた。細胞を４時間付着させた後、細胞に、最終濃度０．５μＭのＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８または同等のＤＭＳＯ／ＰＢＳ対照を与えた。さらに１時間インキュベートした後、細胞に０、０．５、１、２および４グレイの放射線照射を行った。１６時間のインキュベーション後、細胞をＰＢＳ  １ｍＬで洗浄し、トリプシンＥＤＴＡ５００μＬを加えて３７℃で５分間経過させた。次いで新鮮な培地１．５ｍＬを加え、未処理（０グレイ）ウェルでの細胞密度を測定した。接種密度に関するその後の計算はいずれも、この細胞カウントに従って行った。次に、適切な細胞密度で６ウェルクラスタープレートにて２ｍＬずつの新鮮な培地中で、細胞を再度平板培養した。６日間のインキュベーション後、培地を吸引によって除去し、細胞コロニーを２０分間にわたって、ウェル当たり４００μＬのギムザ染色液を用いて染色した。過剰の染色液を水道水でプレートから洗い落とし、プレートを風乾させた。ウェル当たりのコロニー数を、Colcountソフトウェアを用いてカウントした。
【０２１４】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓアッセイ
前臨床試験または臨床試験で回収した腫瘍サンプルで、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ活性を測定した。腫瘍サンプルを、３倍容量（重量／体積）の抽出緩衝液（４５０ｍＭ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）、５０ｍＭ  ＮａＦ、１ｍＭ  ＮａＶＯ４、２５％（体積比）グリセリン、２００μＭ  ＥＤＴＡ、５００μＭ  ＤＴＴ＋プロテアーゼ阻害薬［Roche］）中にて、氷上で１分間にわたりホモジナイザー装置を用いて均質化した。次に、そのサンプルについて３回の冷凍−解凍サイクルを行い、細胞残屑を４℃にて３０分間にわたり１３０００ｒｐｍで遠心することで除去した。次いでタンパク質抽出物５０μｇを用いて、セリン−１５リン酸化部位を含むｐ５３融合タンパク質基質（Veuger et al (2003) Cancer Research 63, 6008-6015）に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ活性を求めた。すなわち、アッセイ反応液は、腫瘍抽出物５０μｇ、ＤＮＡ  １ｎｇ、５０μＭ  ＡＴＰおよびｐ５３基質１μｇを含んでいた。陰性対照はＤＮＡを含まなかった。６Ｍグアニジンを加えることで反応停止し、基質のセリン１５部位でのリン酸化の量を、ホスホ−セリン１５ｐ５３特異的抗体（Cell signalling technology）を用いるＥＬＩＳＡおよび発光読み取り値によって求めた。
【０２１５】
結果
ＤＮＡ−ＰＫｃｓの阻害ならびにＤＳＢ誘発化学療法薬であるドキソルビシンおよびエトポシドの治療的増強を、ＡＴＭ−ヌルｐＥＢＳ７およびＡＴＭ−コンピテントｐＥＢＳ７−ＹＺ５細胞で調べた。腫瘍由来ではないが、ＡＴＭ−ヌルｐＥＢＳ７細胞は、ＡＴＭ機能障害腫瘍細胞を代表するものである。
【０２１６】
ＡＴＭ−コンピテントおよびＡＴＭ−ヌル細胞に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と組み合わせたエトポシドの効果を評価した。データは、表２、表３および図１で表形式およびグラフ形式で示してある。
【０２１７】
エトポシドは、ＡＴＭ−ヌルにおいてＫＵ−００６０６４８によって有意に増強されるが、ＡＴＭ−コンピテント細胞では増強されないことが認められた。
【０２１８】
ＡＴＭ−コンピテントおよびＡＴＭ−ヌル細胞に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と組み合わせたドキソルビシンの効果を評価した。データは、表４、表５および図２で表形式およびグラフ形式で示してある。
【０２１９】
ＫＵ−００６０６４８は、ＡＴＭ−ヌル細胞でのドキソルビシンの効果を有意に増強するが、ＡＴＭ−コンピテント細胞では増強しないことが認められた。
【０２２０】
ＡＴＭ−コンピテントおよびＡＴＭ−ヌル細胞に対するＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８と組み合わせた電離放射線の効果を評価した。データは、表６および図３で表形式およびグラフ形式で示してある。
【０２２１】
ＫＵ−００６０６４８は、ＡＴＭ−ヌル細胞での放射線の効果を有意に増強するが、ＡＴＭ−コンピテント細胞では増強しないことが認められた。
【０２２２】
ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害ＡＴＭ−ヌル（ｐＥＢＳ７）細胞では、エトポシド、ドキソルビシンおよび電離放射線の増強が認められた。しかしながら、条件を合わせたＡＴＭ−コンピテント細胞系（ｐＥＢＳ７−ＹＺ）では増強は認められなかった（表７）。
【０２２３】
表７において、ＰＦ５０は５０％細胞死での増強係数である。これは、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬非存在下で５０％細胞死を与える化学療法薬濃度を、ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬存在下で５０％細胞死を与える化学療法薬濃度で割った値から誘導したものである。用量変化比（ＤＭＲ）は、単回の２グレイ処置を生き残る細胞数と、所定濃度のＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬と組み合わせた単回の２グレイ処置を生き残る細胞数との比である。
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【表９】
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【表１０】
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【０２２４】
参考文献
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【図面の簡単な説明】
【０２２５】
【図１】図１は、特異的ＡＴＰ競合性ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８によるＡＴＭ−ヌル細胞のエトポシド（半合成ポドフィロトキシン誘導体ＤＮＡトポイソメラーゼＩＩ阻害薬）の効果に対する感作上昇をグラフで示す図である。
【図２】図２は、特異的ＡＴＰ競合性ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８で処理したＡＴＭ−ヌル細胞のドキソルビシン（アントラサイクリン系抗生物質ＤＮＡトポイソメラーゼＩＩ阻害薬）の効果に対する感受性上昇をグラフで示す図である。
【図３】図３は、特異的ＡＴＰ競合性ＤＮＡ−ＰＫｃｓ阻害薬ＫＵ−００６０６４８で処理したＡＴＭ−ヌル細胞の電離放射線の効果に対する感受性上昇をグラフで示す図である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際調査報告】
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