(57)【要約】アミノ官能基化またはチオール官能基化されたアミノ酸の合成のための、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックであって、一般的に以下の構造式ＸＩＩのものが提供される。このような構築ブロックは、標準的なカップリング条件下で、アミノ酸の５’末端位に導入され得る。このような構築ブロックは、インラインカップリング制御、「トリチル−オン」精製、および固体支持体の官能基化／誘導体化を許容する。このような構築ブロックは安定な、固体化合物であって、従って、簡単に扱うことができる。本発明の構築ブロックにより、標準的な脱トリチル化条件下で、脱保護が行われ得る。2008517950.tif 000046
2008517950.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックであって、以下：
ａ）リンカー鎖；
ｂ）ホスホルアミダイト部分；
ｃ）レポーター基；および
ｄ）保護基
を含む、構築ブロック。
【請求項２】
前記リンカー鎖はアルキル鎖である、請求項１に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項３】
前記ホスホルアミダイト部分は以下の構造：
【化１】
2008517950.tif 000014
を有しており、ここで、Ｒ１１およびＲ１２は、１個から４個のＣ原子を含む独立したアルキル基であり；
Ｒ１３はシアノエチル−またはメチル−基のうちの一つであり；そして
Ｒ１４は前記アルキルリンカー鎖である、請求項２に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項４】
前記保護基は、以下：
【化２】
2008517950.tif 000015
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；
【化３】
2008517950.tif 000016
ここで、Ｒ５は水素または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である；
【化４】
2008517950.tif 000017
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；並びに、
【化５】
2008517950.tif 000018
ここで、Ｒ１０は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である、
を包含する群から選択されるサブ構造を含む、請求項３に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項５】
前記リンカー鎖はオリゴエチレングリコール鎖である、請求項１に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項６】
前記ホスホルアミダイト部分は以下の構造：
【化６】
2008517950.tif 000019
を有しており、そして、ここで、Ｒ１１およびＲ１２は、１個から４個のＣ原子を含む、独立したアルキル基であり；
Ｒ１３はシアノエチル−またはメチル−基であり；並びに、
Ｒ１４は前記オリゴエチレングリコールリンカー鎖である、請求項５に記載のリンカーの構築ブロック。
【請求項７】
前記保護基は、以下：
【化７】
2008517950.tif 000020
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；
【化８】
2008517950.tif 000021
ここで、Ｒ５は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である；
【化９】
2008517950.tif 000022
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；並びに、
【化１０】
2008517950.tif 000023
ここで、Ｒ１０は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である、
を包含する群から選択されるサブ構造を含む、請求項６に記載のリンカーの構築ブロック。
【請求項８】
アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックであって、以下：
ａ）リンカー鎖；
ｂ）構造：
【化１１】
2008517950.tif 000024
を有するホスホルアミダイト部分であって、ここで、Ｒ１１およびＲ１２は１個から４個のＣ原子を含む、独立したアルキル基であり；
Ｒ１３はシアノエチル−またはメチル−基であり；
そして、Ｒ１４は該リンカー鎖である、ホスホルアミダイト部分；
ｃ）レポーター基；並びに、
ｄ）保護基
を包含する、構築ブロック。
【請求項９】
前記リンカー鎖（Ｒ１４）はアルキル鎖である、請求項８に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１０】
前記保護基は構造：
【化１２】
2008517950.tif 000025
を有しており、そして、ここで、ＸはＮＨまたはＳであり；並びに、
Ｒ１およびＲ２は独立して、ハロゲン、１個から４個のＣ原子を含む、アルキル基またはアルキルオキシ基である、請求項９に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１１】
Ｙは以下：
【化１３】
2008517950.tif 000026
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；
【化１４】
2008517950.tif 000027
ここで、Ｒ５は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である；
【化１５】
2008517950.tif 000028
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；並びに
【化１６】
2008517950.tif 000029
ここで、Ｒ１０は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である、
を包含する群から選択される、請求項１０に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１２】
前記リンカー鎖（Ｒ１４）はオリゴエチレングリコール鎖である、請求項８に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１３】
前記保護基は構造：
【化１７】
2008517950.tif 000030
を有しており、そして、ここで、ＸはＮＨまたはＳであり；並びに、
Ｒ１およびＲ２は独立して、ハロゲン、１個から４個のＣ原子を含む、アルキル基またはアルキルオキシ基である、請求項１２に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１４】
Ｙは以下：
【化１８】
2008517950.tif 000031
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；
【化１９】
2008517950.tif 000032
ここで、Ｒ５は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である；
【化２０】
2008517950.tif 000033
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；並びに、
【化２１】
2008517950.tif 000034
ここで、Ｒ１０は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である、を包含する群から選択される、請求項１３に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１５】
構造：
【化２２】
2008517950.tif 000035
を有する、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックであって、ここで、ＸはＮＨまたはＳであり；
ＬＣはリンカー鎖であり；そして
ＰＮはホスホルアミダイト部分であり；
ＲＥはレポーター基であり；そして
ここで、残りの構造は保護基であって、ここで、Ｒ１およびＲ２は独立して、ハロゲン、１個から４個のＣ原子を含むアルキル基またはアルキルオキシ基である、構築ブロック。
【請求項１６】
前記ホスホルアミダイト部分は以下の構造：
【化２３】
2008517950.tif 000036
を有しており、ここで、Ｒ１１およびＲ１２は、１個から４個のＣ原子を含む、独立したアルキル基であり；
Ｒ１３はシアノエチル−またはメチル−基であり；並びに、
Ｒ１４は前記リンカー鎖である、請求項１５に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１７】
前記リンカー鎖（Ｒ１４）はアルキル鎖である、請求項１６に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１８】
前記リンカー鎖（Ｒ１４）はオリゴエチレングリコール鎖である、請求項１６に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項１９】
Ｙは、以下：
【化２４】
2008517950.tif 000037
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；
【化２５】
2008517950.tif 000038
ここで、Ｒ５は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である；
【化２６】
2008517950.tif 000039
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；並びに、
【化２７】
2008517950.tif 000040
ここで、Ｒ１０は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である、を包含する群から選択される、請求項１７に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項２０】
Ｙは、以下：
【化２８】
2008517950.tif 000041
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；
【化２９】
2008517950.tif 000042
ここで、Ｒ５は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である；
【化３０】
2008517950.tif 000043
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である；並びに、
【化３１】
2008517950.tif 000044
ここで、Ｒ１０は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である、
を包含する群から選択される、請求項１８に記載のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック。
【請求項２１】
アミノ官能基化またはチオール官能基化されたアミノ酸の合成に適した、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックであって、一般構造：
【化３２】
2008517950.tif 000045
を有しており、ここで、ＸはＮＨまたはＳであり；
ＬＣはリンカー鎖であり；そして
ＰＮはホスホルアミダイト部分であり；
ＲＥはレポーター基であり；
ここで、残りの構造は保護基であって、ここで、Ｒ１およびＲ２は独立して、ハロゲン、１個から４個のＣ原子を含む、アルキル基またはアルキルオキシ基であり、そして、ここで、該リンカーの構築ブロックは、アミノ酸の５’末端位に結合される、構築ブロック。
【請求項２２】
アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを合成するための方法であって、以下の工程：
ａ）適切に置換されたα，β−ジカルボン酸の環状無水物を提供する工程；
ｂ）該無水物を還元して、環状エステルとする工程；
ｃ）該環状エステルを加水分解する工程；
ｄ）該該加水分解された環状エステルの水酸基をレポーター基で誘導体化して、レポーター基に対するエーテル結合を形成する工程；
ｅ）該加水分解された環状エステルのカルボキシ基を、リンカー単位水酸基を有するリンカー単位との反応により誘導体化してアミド基にする工程；
ｆ）該リンカー単位水酸基をホスフィチル化する工程
を包含する、方法。
【請求項２３】
前記リンカー単位は第一端および第二端を有するリンカー鎖を含み、ここで、該リンカー単位の該第一端にあるのはアミノ基またはチオール基であり、該第二端にあるのは該リンカー単位水酸基である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
工程（ｄ）での前記水酸基の誘導体化はさらに、塩化トリチルとの反応を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記リンカーの構築ブロックは、アミノ酸の５’末端位に結合される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを合成するための方法であって、以下の工程：
ａ）適切に置換されたα，β−ジカルボン酸の環状無水物を提供する工程；
ｂ）該無水物を還元して、環状エステルとする工程；
ｃ）該環状エステルを加水分解する工程；
ｄ）該加水分解された環状エステルの水酸基をレポーター基で誘導体化して該レポーター基に対するエーテル結合を形成させる工程；
ｅ）該加水分解された環状エステルのカルボキシ基を、リンカー単位水酸基を有するリンカー単位との反応により誘導体化してチオエステル基とする工程；および
ｆ）該リンカー単位水酸基をホスフィチル化する工程
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記リンカー単位は第一端および第二端を有するリンカー鎖を含み、ここで、該リンカー単位の該第一端にあるのはアミノ基またはチオール基であり、該第二端にあるのは該リンカー単位水酸基である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
工程（ｄ）での前記水酸基の誘導体化はさらに、塩化トリチルとの反応を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
請求項２６の方法であって、ここで、前記リンカーの構築ブロックは、アミノ酸の５’末端位に結合される、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は一般的に、核酸化学の分野に関する。本発明は、特に、アミノ官能基化またはチオール官能基化された核酸（リボ核酸またはデオキシリボ核酸およびそれらの誘導体）の合成に適用され得る、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックに関する。本発明は、さらに詳細には、アミノリンカーまたはチオールリンカーのホスホルアミダイト構築ブロックを生産するための方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
核酸の化学合成に共通の手順は、固相上における、適した、保護された構築ブロックの段階的な構築、その後、保護基の除去および固相からの分離を含む。リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドの組み込みに加えて、この手順は、ヌクレオチド類似体（修飾された糖部分および／または修飾された核酸塩基部分を含む）を含む、他の付加的な化合物、並びに、特異的検出および特徴づけを促進する他の分子（例えば、色素）または特異的結合を促進する他の分子（例えば、ビオチン）の導入を許容する。これらの化合物の核酸への導入には、構築に適合する、反応基および保護基、並びに、核酸の構築および脱保護において用いられる、脱保護のプロトコールの存在が必要である。理想的には、これらの付加的な化合物は、カップリング効率のインラインの監視を許容する、除去可能なレポーター／保護基を含む。
【０００３】
指定された修飾は、構築条件および脱保護条件下の両方において安定な場合にのみ、核酸に導入され得る。多様な、非常に有用な、慣用的に用いられる色素およびレポーター基は十分には安定でなく、従って、これらは、核酸の構築および脱保護の後にのみ、いわゆる結合体化反応によって導入される。選択的かつ効率的な結合体化のため、官能基化されていない、反応性の安定な官能基が構築の間に、核酸に導入される。反応性の官能基は通常、アミノ基またはチオール基である。対応する構築ブロック、通称「アミノリンカー」または「チオールリンカー」はそれぞれ、典型的に、核酸に結合するためのホスホルアミダイト部分、リンカー鎖（様々な長さのアルキル鎖またはオリゴエチレングリコール鎖）、およびそれぞれ適切に保護された反応性のアミノ基またはチオール基を含む。
【０００４】
現在公知のアミノリンカーの構築ブロックの、反応性のアミノ基は、Ｎ−トリフルオロアセチル基（式Ｉ）またはＮ−モノメトキシトリチル基（式ＩＩ）のいずれかにより保護されている。トリフルオロアセチル誘導体として保護される一級アミノ基を含む、アミノリンカーのホスホルアミダイト誘導体（式Ｉ）は、通常の手順において、核酸の５’末端に結合され得る；カップリング、キャッピングおよび酸化の後、依然として保護されているアミノリンカーが、リン酸トリエステル部分を介して核酸へと連結される。次いで、生成物をアンモニアおよびメチルアミンで処理すると、このトリフルオロアセトアミド保護基は、核酸塩基およびホスホジエステルの保護基と共に切断される。
【０００５】
【化３３】
2008517950.tif 000003
Ｎ−トリフルオロアセチル保護されたアミノリンカーは、一連の単純な反応により安価な化合物から調製され得る。そして、これらの脱保護は非常に簡単である。不幸にも、これらの保護基はカップリング効率の制御に用いることができない。また、「トリチル−オン」精製も固体支持体の官能基化／誘導体化反応も、不可能である。
【０００６】
モノメトキシトリチル基により保護された一級アミノ基を含む、アミノリンカーのホスホルアミダイト誘導体（化学式ＩＩ）も、通常の手順に従って核酸に結合され、そしてキャッピングおよび酸化の後、核酸配列はまだ固体支持体の上に結合されているままで、モノメトキシトリチル保護基は（酸性の）脱トリチル化条件下で切断される。式ＩＩに表示される、これらの式ＩＩのモノメトキシトリチル保護されたアミノリンカーは、「トリチル−オン」精製および固体支持体の官能基化／誘導体化を許容すると同時に、単純な調製という利点を提供する。このような式ＩＩのアミノリンカーは、しかしながら、カップリング効率の定性的制御のみを許容し、保存中および核酸へ組み込み中に完全には安定でない。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
従って、簡単に生産されて、安定であり、かつ、カップリング効率の制御、「トリチル−オン」精製および固体支持体の官能基化／誘導体化を許容する、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することが望ましい。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
（発明の要旨）
本発明は、アミノ官能基化またはチオール官能基化された核酸の合成に適用され得る、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックに関する、様々な、先行する制限および欠点などを認識して、取り組む。従って、本発明はアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロック、およびそれぞれを生産するための方法に関する。
【０００９】
従って、本発明の原理的な目的は、簡単に生産される、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することである。さらに詳細には、本発明の目的は、安定した、このようなアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することである。このような情況では、本発明のなお一層格別の目的は、カップリング効率の制御を許容する、このようなアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することである。
【００１０】
その上さらに、本発明の原理的な目的は、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することである。本発明のさらなる目的は、簡単に生産されて、安定であって、かつ、カップリング効率の制御を許容する、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することである。このような情況では、本発明の目的は、「トリチル−オン」精製および固体支持体の官能基化／誘導体化を許容する、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックを提供することである。
【００１１】
本発明のさらなる目的および利点は、以下の詳細な説明に示されているか、または以下の詳細な説明から当業者にとって明白であり得る。また、ここで具体的に例示され、そして議論された特徴および材料に対する改変およびバリエーションは、これらをここで参照することにより、本発明の精神およびこの範囲から逸脱することなく、本発明の多様な実施形態および用途において実施され得ることがさらに理解されるべきである。このようなバリエーションとしては、示され議論されている方法、特徴および材料を均等なもので置換すること、ならびに多様な部分、特徴、方法の工程などを機能的または位置的に反転させることが挙げられ得るがこれらに限定されない。
【００１２】
その上さらに、本発明の異なる実施形態、並びに現在好ましい異なる実施形態は、現在開示されている特徴、要素、方法の工程またはこれらの均等物（図面に明示的に示されておらず、詳細な説明に記載されてもいないその特徴または配置の組合せを含む）の多様な組合せまたは配置を含み得ることが理解されるべきである。
【００１３】
本発明についてのこれらおよび他の特徴、局面および利点は、以下の説明および添付の特許請求の範囲を参照すると、よりよく理解される。本明細書に組み込まれ、そして本明細書の一部を構成する、添付の図面は、本発明の実施形態を例示し、明細書と共に、本発明の原理を説明するのに役立つ。
【００１４】
一つの典型的な実施形態では、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックであって、以下の構造のものが、提供され得る：
【００１５】
【化３４】
2008517950.tif 000004
ここで、ＰＮは適切に保護されたホスホルアミダイト部分であり、ここでＬＣはリンカー鎖（例えば、アルキル鎖またはオリゴエチレングリコール鎖）であり、ここでＸはＮＨ（アミノリンカー）またはＳ（チオールリンカー）であり、そして、ここでＹは式ＩＶからＸまでのうちの一つによる構造を有する。さらに、ＲＥはレポーター基（例えば、モノメトキシトリチルまたはジメトキシトリチル）であり、ここで、Ｒ１およびＲ２は独立して、ハロゲン、または１個から４個のＣ原子を含む、アルキル基もしくはアルキルオキシ基である。
【００１６】
本発明による、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックのＹ基は、式ＩＶからＸまでのうちの一つによる構造を有する。
【００１７】
【化３５】
2008517950.tif 000005
ここで、Ｒ３およびＲ４は独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルコキシ基である。
【００１８】
【化３６】
2008517950.tif 000006
ここで、Ｒ５は水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である。
【００１９】
【化３７】
2008517950.tif 000007
ここで、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は、独立して、ハロゲン、水素、または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基、または１個から４個のＣ原子を含むアルキルオキシ基である。
【００２０】
【化３８】
2008517950.tif 000008
ここで、Ｒ１０は水素または１個から４個のＣ原子を含むアルキル基である。
【００２１】
【化３９】
2008517950.tif 000009
ホスホルアミダイト部分（式ＩＩＩのＰＮ）は以下の構造を有する：
【００２２】
【化４０】
2008517950.tif 000010
ここで、Ｒ１１およびＲ１２は独立して、１個から４個のＣ原子を含むアルキル基であり、Ｒ１３はシアノエチル−またはメチル−基であり、Ｒ１４は（式ＩＩＩに規定される通りの）リンカー鎖である。
【００２３】
本発明の構築ブロックでは、アミノ基またはチオール基がアミド結合またはチオエステル結合により保護されており、レポーター基はエーテル結合により保護基に結合されており、これらは全て、塩基性条件下では安定である。酸性条件（例えば、標準的な脱トリチル化条件）下にてレポーター基を脱保護する時には、初めにエーテル結合が、引き続いてアミド結合またはチオエステル結合が切断される。結果として、本発明による、アミノ基リンカーまたはチオール基リンカーの構築ブロックは、非常に安定な固体化合物であり、従って、簡単に扱うことができるが、レポーター基を除去する時に、アミド結合またはチオエステル結合が自然発生的に切断される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２４】
（発明の詳細な説明）
本発明の現在好ましい実施形態（その実施例は、添付の式に十分に表現されている）を参照することが現在、詳細になされる。このような実施例は、本発明の説明のために提供され、本発明を限定するために提供されるわけではない。実際、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、本発明において多様な改変およびバリエーションがなされ得ることは、当業者にとっては明白である。例えば、１つの実施形態の一部として例示または記載された特徴は、別の実施形態において使用されて、またさらなる実施形態を生み出すこともあり得る。その上さらに、化学物質または材料および／または特質のバリエーションおよび選択は、特に所望される使用者規準を満たすために実行され得る。従って、本発明は、本発明の特徴およびそれらの均等物の範囲内に入るような、改変およびバリエーションを保護することを意図している。
【００２５】
本発明による、アミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックの１つの典型的な実施形態は、式ＸＩＩによる化学構造を有する。
【００２６】
【化４１】
2008517950.tif 000011
式ＸＩＩによるアミノリンカー構築ブロックでは、アミノ基は、３，４，５，６−テトラクロロ−２−［（ジメトキシトリチル）オキシメチル］ベンゾイル基により保護されている。その結果、アミノ基は安定なアミド結合を介して、保護基と連結している。標準的な酸性条件下においてジメトキシトリチル基を除去する時、このアミド結合は遊離ＨＯ基により攻撃されて、その結果ラクトンを形成して、アミノ基を遊離させる。このような反応は、合成装置で、あるいは「トリチル−オン」精製の過程においてのいずれかで、実行され得る。
【００２７】
式ＸＩＩによる例示的なアミノリンカー構築ブロックの核酸へのカップリングおよびその脱保護は、以下の開示された方法論により実現される：
【００２８】
【化４２】
2008517950.tif 000012
ここで、工程Ａは核酸合成装置での標準的な条件（カップリング、キャッピング、酸化反応）下でのカップリング工程であり、工程Ｂは脱トリチル化条件（例えば、ジクロロエタン中における３％のジクロロ酢酸）下での脱保護工程である。
【００２９】
本発明による、本発明の例示的な実施形態のアミノリンカーまたはチオールリンカーの構築ブロックの合成は、還元されて環状エステルとなる、適切に置換されたベンゼン１，２−ジカルボン酸の環状無水物（例えば、置換された無水フタル酸）から始まり得る。エステルはその後、塩基性条件下で加水分解され得る。加水分解されたエステルの水酸基はレポーター基（例えば、塩化ジメトキシトリチル）と反応させられる。加水分解されたエステルのカルボキシ基は、次に、一方の末端にアミノ基またはチオール基、および他方の末端に水酸基を保有するリンカー鎖を含むリンカー単位との反応により、アミド基またはチオエステル基に変換される。リンカー鎖の水酸基は最終的に、ホスフィチル化される（ｐｈｏｓｐｈｉｔｙｌａｔｅｄ）。
【００３０】
下記の方法論は、式ＸＩＩに従い、かつ本発明に従う本発明の例示的な実施形態のアミノリンカー構築ブロックの合成を描写する。
【００３１】
【化４３】
2008517950.tif 000013
ここで、工程ＡはＴＨＦ中のＬｉＢＨ４による、環状無水物の還元であり、工程ＢはＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ中のＫＯＨによる、エステルの加水分解であり、工程ＣはＤＭＦ／ピリジン中の塩化ジメトキシトリチルおよびＥｔ３Ｎによるトリチル化工程であり、工程ＤはＣＨ２Ｃｌ２中のＨ２Ｎ−リンカー−ＯＨおよびＢＯＰによるアミド形成の工程であり、そして工程ＥはＣＨ２Ｃｌ２中でのホスフィチル化（ｐｈｏｓｐｈｉｔｙｌａｔｉｏｎ）である。
【００３２】
本発明の好ましい実施形態は、特定の用語および装置を用いて記載されてきたが、このような説明は、例示の目的のみのためである。用いられた言葉は、限定というよりむしろ説明のための言葉である。特許請求の範囲に示されている本発明の精神または範囲から逸脱することなく、当業者によって変更およびバリエーションがなされ得ることが理解されるべきである。これに加えて、様々な他の実施形態の局面が、全体または部分の両方において、相互交換され得ることが理解されるべきである。従って、添付の特許請求の範囲の精神および範囲は、ここに含まれる、好ましいバージョンの説明に限定されるべきではない。
【国際調査報告】
2008517950.tif 000047
2008517950.tif 000048