(57)【要約】Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおける既知の表面アドヘシン（ＮａｄＡ）は、ウイルスのエンベロープタンパク質において見出される、ＨＲ１リピートおよびＨＲ２リピートの融合ペプチドに対応する配列を含む。したがって、融合インヒビターは、髄膜炎菌性感染を阻害するために使用され得、そして、本発明は、ヘプタッドリピートの配列である、髄膜炎菌の表面上に存在するＮａｄＡアドヘシンのＨＲ１および／またはＨＲ２に結合し得、それによって、宿主生物に感染するかまたは既存の感染を拡大する髄膜炎菌の能力を阻害する。
2008505881.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
髄膜炎菌の表面上のＮａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート配列ＨＲ１および／またはＨＲ２に結合して、それによって、髄膜炎菌が宿主生物に感染するかまたは既存の感染を拡大するいずれかの能力を阻害し得る、化合物。
【請求項２】
請求項１に記載の化合物であって、配列番号１の番号付けを参照するときに、ＨＲ１配列は、残基１１７〜１５２であり、ＨＲ２配列は、残基２６１〜２９９である、化合物。
【請求項３】
ヘモフィルス属細菌の表面上のＨａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート配列ＨＲ１および／またはＨＲ２に結合して、それによって、ヘモフィルス属細菌が宿主生物に感染するかまたは既存の感染を拡大するいずれかの能力を阻害し得る、化合物。
【請求項４】
請求項３に記載の化合物であって、配列番号３５の番号付けを参照したときに、前記ＨＲ１配列が７１〜９１であり、かつ、ＨＲ２配列が、残基１２０〜１８３である、化合物。
【請求項５】
オリゴペプチドである、請求項１〜４に記載の化合物。
【請求項６】
５０以下のアミノ酸からなる、請求項５に記載のオリゴペプチド。
【請求項７】
請求項５または６に記載のオリゴペプチドであって、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に由来する５以上の連続したアミノ酸のフラグメントを含む、オリゴペプチド。
【請求項８】
請求項７に記載のオリゴペプチドであって、前記フラグメントが、前記配列番号のものと比較したときに、ｍ個のアミノ酸の置換を含み、ｍが１以上である、オリゴペプチド。
【請求項９】
請求項４〜６のいずれか１項に記載のオリゴペプチドであって、アミノ酸である、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３７および配列番号３８のうちの１つ以上を含む、オリゴペプチド。
【請求項１０】
式  ＮＨ２−Ａ−（Ｂ−Ｃ）ｎ−Ｄ−ＣＯＯＨのポリペプチドであって、ここで、
ｎが、１と５との間の整数であり；−Ａ−が、１以上のアミノ酸からなる必要に応じたＮ末端配列であり；各々の−Ｂ−が、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６および／または配列番号１７に由来する５以上の連続したアミノ酸のフラグメントを含み；各々の−Ｃ−が、１以上のアミノ酸からなる必要に応じたリンカー配列であり；そして、−Ｄ−が、１以上のアミノ酸からなる必要に応じたＣ末端配列である、ポリペプチド。
【請求項１１】
抗髄膜炎菌活性および／または抗ヘモフィルス属菌活性を有する、請求項３〜９のうちのいずれか１項に記載のオリゴペプチドのペプチド模倣化合物。
【請求項１２】
（ａ）１〜１１のいずれか１項に記載の化合物および（ｂ）薬学的キャリアを含む、薬学的組成物。
【請求項１３】
髄膜炎菌感染および／またはヘモフィルス属菌感染に罹患する患者を治療する方法であって、請求項１２に記載の薬学的組成物を該患者に投与する工程を包含する、方法。
【請求項１４】
医薬品としての使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１５】
患者を処置するための医薬品の製造における、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物の使用。
【請求項１６】
ＨＲ１配列、ＨＲ２配列または融合配列のうちの１つ以上を欠く、変異ＮａｄＡタンパク質。
【請求項１７】
請求項１６に記載の変異ＮａｄＡタンパク質であって、
該タンパク質が、以下の（ｉ）〜（ｉｖ）：（ｉ）配列番号３に対して少なくとも５０％同一性を有する配列；（ｉｉ）配列番号５に対して少なくとも５０％同一性を有する配列；（ｉｉｉ）配列番号７に対して少なくとも５０％の同一性を有する配列；（ｉｖ）配列番号１０に対して少なくとも５０％の同一性を有する配列
を含まない、変異ＮａｄＡタンパク質。
【請求項１８】
アミノ酸配列（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）が、各々、少なくとも１０のアミノ酸長である、請求項１７に記載の変異体。
【請求項１９】
請求項１６に記載のＮａｄＡタンパク質であって、アミノ酸配列−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆ−Ｇ−Ｈ−Ｉ−を含み、ここで、−Ａ−は、配列番号１のアミノ酸２６〜１１６に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｂ−は、配列番号１のアミノ酸１１７〜１５２に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｃ−は、配列番号１のアミノ酸１５３〜１８０に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｄ−は、配列番号１のアミノ酸１８１〜１９９に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｅ−は、配列番号１のアミノ酸２００〜２６０に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｆ−は、配列番号１のアミノ酸２６１〜２７５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｇ−は、配列番号１のアミノ酸２７６〜２７７に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｈ−は、配列番号１のアミノ酸２７８〜２９９に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；Ｉは、配列番号１のアミノ酸３００〜３６４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；但し、−Ｂ−、−Ｄ−、−Ｆ−または−Ｈ−のうちの少なくとも１つは、該タンパク質において存在していない、ＮａｄＡタンパク質。
【請求項２０】
ＨＲ１配列、ＨＲ２配列、または融合配列のうち１つ以上を欠く、変異ＨａｄＡタンパク質。
【請求項２１】
請求項１６または２０のいずれか１項に記載の変異タンパク質をコードする核酸。
【請求項２２】
請求項２１に記載の核酸を発現する、細菌。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本明細書中で引用されるすべての文献は、その全体が参考として援用される。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、抗菌剤、特に、髄膜炎菌性感染を防ぐための抗菌剤の分野である。
【背景技術】
【０００３】
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、ヒトの集団の約１０％の上気道でコロニー形成するグラム陰性被包性細菌である。コロニーが形成されているヒトの１０，０００名のうちおよそ１名（すなわち、１００，０００の集団に１名）において、その細菌が、血流に入り込み、そこで増殖して敗血症を引き起こしている。その血流により、その細菌が、血液脳関門を通過して、髄膜炎を引き起こす。その疾患の両方は、甚大な被害をもたらすものであり、有効な抗生剤が利用可能であるのにもかかわらず、数時間にうちに感染した子供および若年層の成人の５〜１５％を死に至らしめる。生存したものうち２５％は、永続的な後遺症が残ってしまう。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
髄膜炎菌性感染を防ぐためのワクチンの製造に関する広範な研究が存在するが｛１｝、非免疫学的基礎による感染のインヒビターを提供することに関する研究はほとんどない。本発明の目的は、髄膜炎菌性感染に対するこのような非免疫的基礎によるインヒビターを提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
標的宿主細胞（ホスト細胞）にエンベロープを有するウイルスが侵入するためには、その脂質二重膜が融合することを必要とする。ＨＩＶ侵入の機構は、詳細に説明されてきており、すなわち、ヒトの標的細胞上のＣＤ４＋レセプターにＨＩＶエンベロープ糖タンパク質ｇｐ１２０が結合することで、コンフォメーション変化が誘導され、それにより、ｇｐ１２０がその宿主細胞上のケモカインレセプターと相互作用することが可能となり；ｇｐ１２０がそのコレセプター（ｃｏｒｅｃｅｐｔｏｒ）に結合することにより、ウイルス性膜貫通糖タンパク質ｇｐ４１においてコンフォメーションを変化させ、ｇｐ４１の「融合ペプチド」を露出させて、その細胞膜内に挿入する；ついで、ＨＲ１と呼ばれるヘリックス領域が、ｇｐ４１上で、似たようなヘリックス領域であるＨＲ２と相互作用して、その結果、その２つのヘリックスが一緒になって「締め上げ（ｚｉｐｐｉｎｇ）」、細胞膜とウイルス性膜との融合を媒介する。
【０００６】
エンフュヴァタイド（Ｅｎｆｕｖｉｒｔｉｄｅ）（これはまた、「Ｔ−２０」または「ＦｕｚｅｏｎＴＭ」｛２｝として知られている）は、原始的な「融合インヒビター」性抗ＨＩＶ剤である。これは、線状の３６アミノ酸の合成ペプチドであって、これにより、ｇｐ４１におけるＨＲ１ヘプタッドリピート領域に結合して、細胞融合に必要とされるコンフォメーション変化を妨げることによってＨＩＶ／Ｔ細胞相互作用を阻害する。エンフュヴァタイドは、ＨＲ２の配列に基づくものであり、天然のＨＲ１／ＨＲ２相互作用の競合的インヒビターとして作用すると考えられている。
【０００７】
この膜融合機構は、ウイルスに典型的なものであるが、本願の発明者らは、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ菌｛３｝における既知の表面アドヘシン（ＮａｄＡ）がその融合ペプチド、すなわち、ＨＲ１リピートおよびＨＲ２リピートに対応する配列を含むことを発見した（図１参照）。ＮａｄＡにおける配列は、そのウイルス配列に対して有意な配列類似性を有していないが、それもよることなく、ＳＡＲＳコロナウイルススパイクタンパク質に対する構造類似性に基づくことにより同定された。この驚くべき発見によって、融合インヒビターが髄膜炎菌性感染を阻害するために使用され得ることが示唆される。
【０００８】
（ＮａｄＡ  ＨＲ１およびＨＲ２のバインダー）
したがって、本発明は、髄膜炎菌の表面上のＮａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート（ｈｅｐｔａｄ  ｒｅｐｅａｔ）配列であるＨＲ１および／またはＨＲ２に結合し得、それによって、髄膜炎菌が宿主生物に感染する能力または既存の感染を拡大する能力を阻害し得る化合物を提供する。
【０００９】
ＮａｄＡ内のＨＲ１領域は、基準としてＭＣ５８株配列（配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：）１）を使用した場合、残基１１７〜１５２の間に位置づけられる。このＨＲ２領域は、ここでもＭＣ５８株を基準とすると、残基２６１〜２９９の間に位置づけられる。他の株における対応する位置（ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ）は、上述のＭＣ５８配列と単純にアライメントをすることによって同定され得る。
【００１０】
したがって、本発明は、髄膜炎菌の表面に存在するＮａｄＡアドヘシンのＨＲ１領域および／またはＨＲ２領域に結合し得る化合物も提供する。ここで、このＨＲ１配列は、ＭＣ５８株のＮａｄＡ配列に従って番号付けされた場合に、残基１１７〜１５２の間に位置づけられ、また、このＨＲ２配列は、ＭＣ５８株のＮａｄＡ配列に従って番号付けされた場合に、残基２６１〜２９９の間に位置づけられる。ＭＣ５８株は、その血清群（血清型）Ｂゲノム｛４｝の配列決定のために使用された株であり、このＭＣ５８株は、広く利用可能である（例えば、ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−３３５）。
【００１１】
（ヘモフィルス  インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）生物型（ｂｉｏｇｒｏｕｐ）アエジプチウス（ａｅｇｙｐｔｉｕｓ））
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓに由来するＮａｄＡアドヘシンにおけるＨＲ１配列およびＨＲ２配列を同定するのと同様に、発明者らは、ブラジル紫斑熱（ＢＰＦ）の発生因子である、ヘモフィルス  インフルエンザ菌  生物型アエジプチウスに由来する、ＨａｄＡアドヘシン｛｛５｝；本願明細書における、配列番号３５｝におけるＨＲ１配列およびＨＲ２配列を見出した。ＨａｄＡの配列は、上述のウイルス性配列に対する有意な配列類似性をなんら有さなかったものの、ＮａｄＡに対する構造類似性に基づいて同定した。このウイルス性ＨＲ配列に対する驚くべき類似性によって、融合インヒビターがＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅによる感染を阻害するのに使用され得ることを示唆する。
【００１２】
したがって、本発明は、ヘモフィルス属細菌（特にＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、およびより具体的には、生物型アエジプチウス）の表面に存在するＨａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート配列ＨＲ１および／またはＨＲ２に結合して、それによって上述のヘモフィルス属菌が宿主生物体に感染するかまたは既存の感染を拡大する能力のいずれかを阻害し得る化合物を提供する。
【００１３】
ＨａｄＡにおけるＨＲ１領域は、Ｆ３０３１株配列（配列番号３５）を基準として使用した場合、残基７１〜９１の間に位置づけられる。そのＨＲ２領域は、ここでもＦ３０３１株のものを基準として使用した場合、残基１２０〜１８３の間に位置づけられる。他の株における対応する位置（ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ）は、単純に上述のＦ３０３１配列とアライメントをすることによって同定され得る。
【００１４】
したがって、本発明はまた、ヘモフィルス属菌の表面上に存在するＨａｄＡアドヘシンのＨＲ１および／またはＨＲ２の領域に結合し得る化合物も提供し、このＨＲ１配列は、Ｆ３０３１株におけるＨａｄＡに従って番号付けされた場合、残基７１〜９１の間に位置づけられ、かつ、上述のＨＲ２配列が、Ｆ３０３１株におけるＨａｄＡに従って番号付けされた場合、残基１２０〜１８３の間に位置づけられる。Ｆ３０３１株は、ＢＰＦクローン｛６｝であり、これは、広範に利用可能である（例えば、ＡＴＣＣ  ４９２５２）。
【００１５】
（オリゴペプチド）
本発明の化合物は、代表的に、オリゴペプチドであり、例えば、「ｚ」個のアミノ酸以下からなるペプチドであって、このｚは、５０以下である（例えば、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６など）である。
【００１６】
本発明は、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列のフラグメントを含むオリゴペプチドを提供し、ここで、上述のフラングメントは、上述の配列番号から選択された、「ｎ」個の連続したアミノ酸からなり、このｎは、５以上である（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５など）。
【００１７】
本発明は、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列のフラグメントを含むオリゴペプチドを提供し、ここで、上述のフラングメントは、上述の配列番号から選択された、「ｎ」個の連続したアミノ酸からなり、このｎは、５以上である（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５など）であるが、但し、このフラグメントは、上述の配列番号のものと比較して、「ｍ」個のアミノ酸置換を含み、このｍは、１とｎ／４との間の整数である。
【００１８】
ｍという値は、好ましくは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。このｍ個のアミノ酸は、代表的には、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹにより置換される。このｍ個の置換の各々は、他のものと同じであっても異なっていてもよい。この置換は、好ましくは、Ｇによるものであり、また、より好ましくは、Ａによるものである。この置換アミノ酸は、Ｌ−アミノ酸でもよく、Ｄ−アミノ酸でもよいが、この他の「ｎ−ｍ」個のアミノ酸の全てが、１通りの立体配置をとっている（すなわち、全てがＤ体であるか、全てがＬ体である）場合、好ましくは、その置換アミノ酸もまた、その立体配置をとる（当然、Ｇについては、立体異性体は存在しない）。
【００１９】
ｎアミノ酸のフラグメントがＣを含む場合、そのｍの値は、好ましくは、そのＣが別のアミノ酸（例えばＳ）のかわりに置換されるように、少なくとも１である。この方法でＣを取り除くことで、酸化に対する耐性を改善し得る。
【００２０】
配列番号１２の好ましいフラグメントはまた、配列番号５のフラグメントである。配列番号１３の好ましいフラグメントはまた、配列番号６のフラグメントである。配列番号１４の好ましいフラグメントはまた、配列番号７のフラグメントである。配列番号１５の好ましいフラグメントはまた、配列番号８のフラグメントである。配列番号１６の好ましいフラグメントはまた、配列番号１０のフラグメントである。配列番号１７の好ましいフラグメントはまた、配列番号１１のフラグメントである。配列番号３９の好ましいフラグメントはまた、配列番号３７のフラグメントである。配列番号４０の好ましいフラグメントはまた、配列番号３８のフラグメントである。
【００２１】
特に好ましいオリゴペプチドは、以下のアミノ酸配列のうちの１つからなる：配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３７および配列番号３８。
【００２２】
（ポリペプチド）
本発明の化合物は、ポリペプチドであり得、例えば、これは、２と１０００との間のアミノ酸からなる。このポリペプチドは、好ましくは、２５０以下（例えば、２２５以下、２００以下、１９０以下、１８０以下、１７０以下、１６０以下、１５０以下、１４０以下、１３０以下、１２０以下、１１０以下、１００以下、９５以下、９０以下、８０以下、７０以下、６０以下、あるいは５０以下）のアミノ酸からなる。
【００２３】
このポリペプチドは、以下の式、すなわち、ＮＨ２−Ａ−（Ｂ−Ｃ）ｎ−Ｄ−ＣＯＯＨを有しており、ここで、ｎは、１と５との間の整数であり、Ａは、必要に応じたアミノ酸のＮ末端配列であり；（各々の）Ｂは、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および／または配列番号４０に由来する、「ｂ」個の連続したアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸であり；（各々の）Ｃは、「ｃ」個のアミノ酸からなる必要に応じたリンカー配列であり；そして、Ｄは、「ｄ」個のアミノ酸からなる必要に応じたアミノ酸配列である。上述の値ｂは、５以上である（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５など）。好ましいフラグメントは、上述のように規定される（すなわち、配列番号４〜１１および２９〜３１である）。
【００２４】
いくつかのポリペプチドにおいて、Ｂ部分（−Ｂ−）のアミノ酸配列（または、１以上のＢ部分の各々のアミノ酸配列）は、ｍ個のアミノ酸置換含んでもよく、ｍは、これまで定義したように、１とｎ／４との間の整数である。
【００２５】
Ｂ部分のｎの例の各々は、別のＢと同じものであっても異なるものであってもよい。
【００２６】
ａの値は、一般に少なくとも１（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）であるが、このａの値は、ゼロ（０）（すなわち、−Ａ−が存在しない）であってもよい。代表的なＡ部分（−Ａ−）としては、タンパク質輸送を方向付けるリーダー配列、またはクローニングまたは精製を容易にするための短いペプチド配列（例えば、ヒシチジンタグであり、すなわち、Ｈｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上である）である）が挙げられる。他の適切なＮ末端アミノ酸は、当業者によって明らかである。
【００２７】
ｄとの値は、一般的に、少なくとも１（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）であるが、ゼロ（すなわち、−Ｄ−が存在しない）であってもよい。代表的なＤ部分（−Ｄ−）としては、タンパク質輸送を方向付けるリーダー配列、またはクローニングまたは精製を容易にするための短いペプチド配列（例えば、ヒシチジンタグであり、すなわち、Ｈｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上である）である）、あるいはタンパク質の溶解度を上げる為の配列が挙げられる。他の適切なＣ末端アミノ酸は、当業者によって明らかである。
【００２８】
「ａ＋ｄ」の値は、０以上であり得る（例えば、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）。この値ａ＋ｄは、最大で１０００であることが好ましい（例えば、最大で９００、最大で８００、最大で７００、最大で６００、最大で５００、最大で４５０、最大で４００、最大で３５０、最大で３００、最大で２５０、最大で２００、最大で１９０、最大で１８０、最大で１７０、最大で１６０、最大で１５０、最大で１４０、最大で１３０、最大で１２０、最大で１１０、最大で１００、最大で９０、最大で８０、最大で７０、最大で６０、最大で５０、最大で４０、最大で３０、最大で２５、最大で２０、最大で１９、最大で１８、最大で１７、最大で１６、最大で１５、最大で１４、最大で１３、最大で１２、最大で１１、最大で１０、最大で９、最大で８、最大で７、最大で６、最大で５、最大で４、最大で３、最大で２）。
【００２９】
−Ａ−のアミノ酸配列は、代表的には、ＮａｄＡ配列（または、利用可能である場合は、ＨａｄＡ）（例えば、配列番号１または配列番号２または配列番号３５）における配列−Ｂ−のＮ末端であるａアミノ酸に対してｘ％未満の配列同一性を有しており、−Ｄ−のアミノ酸配列は、代表的には、ＮａｄＡ配列（または、ＨａｄＡ）における配列−Ｂ−のＣ末端であるｄアミノ酸に対してｙ％未満の配列同一性を有している。一般的に、このｘおよびｙの値は、両方とも、６０以下である（例えば、５０、４０、３０、２０、１０またはそれ以下である）。このｘおよびｙの値は、互いに同じであってもよく、または異なっていてもよい。
【００３０】
ｃの各々の値は、一般的に、少なくとも１（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）であってもよいが、ゼロ（０）（すなわち、Ｃが存在しない）であってもよい。ｃにおけるｎの例の各々の値は、互いに同じであっても異なっていてもよい。
【００３１】
Ｃにおけるｎの例の各々は、別のＣの場合と同じあってもよく、また、異なっていてもよい。
【００３２】
−Ｃｎ−（すなわち、Ｃ部分の「ｎ」番目の例）のアミノ酸は、代表的には、ＮａｄＡ配列（またはＨａｄＡ配列）（例えば、配列番号１または配列番号２または配列番号３５）における−Ｂｎ−配列のＣ末端であるｃアミノ酸に対してｚ％未満の同一性を有している。一般的に、値ｚは、６０未満である（例えば、５０、４０、３０、２０、１０またはそれ未満）である。ｎ＞１である場合、ｚの各々の値は、互いに同じであっても異なっていてもよい。
【００３３】
ｎは、好ましくは、１であり、その結果、そのペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−ＣＯＯＨを有する。
【００３４】
（本発明のペプチド）
本発明のポリペプチド（オリゴペプチドを含むのであり、集合的に「ペプチド」である）は、直鎖状であっても、分岐していても、または環状であってもよいが、本発明のポリペプチドは、好ましくは、アミノ酸の直鎖である。システイン残基が存在する場合、本発明のペプチドは、ジスルフィド架橋を介して他のペプチドと結合してもよい。本発明のペプチドは、Ｌ−アミノ酸および／またはＤ−アミノ酸を含み得る。Ｄ−アミノ酸を含むことは、哺乳動物性プロテアーゼに対する耐性を与える目的において好ましいものであり得る。
【００３５】
本発明のペプチドのＮ末端残基は、共有結合的に改変されていてもよい。適切な共有結合としては、アセチル（ＦｕｚｅｏｎＴＭにおけるようなもの）；疎水性基；カルボベンゾキシル；ダンシル；Ｔ−ブチルオキシカルボニル；アミド；９−フルオレニルメトキシ−カルボニル（ＦＭＯＣ）；脂質；脂肪酸；ポリエチレン；炭水化物などが挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００３６】
同様に、ペプチドのＣ末端残基も、共有結合的に改変されてもよい（例えば、ＦｕｚｅｏｎＴＭにおけるようにカルボキサミドなど）。適切な共有結合基としては、アセチル（ＦｕｚｅｏｎＴＭにおけるようなもの）；疎水性基；アミド；カルボベンゾキシル；ダンシル；Ｔ−ブチルオキシカルボニル；９−フルオレニルメトキシ−カルボニル（ＦＭＯＣ）；脂質；脂肪酸；ポリエチレン；炭水化物などが挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００３７】
本発明のペプチドは、種々の方法で作製され得る。
【００３８】
生産するための好ましい方法としては、インビトロ化学合成法｛７，８｝が挙げられる。固相ペプチド合成法は、特に好ましく、例えば、ｔ−Ｂｏｃ化学法またはＦｍｏｃ化学法｛９｝に基づく方法である。酵素的合成法｛１０｝もまた、部分的にまたは全体に亘って使用され得る。
【００３９】
化学合成の代替的なものとして、生合成が使用されてもよい。例えば、本発明のペプチドは、翻訳によっても産生され得る。これは、インビボまたはインビトロで実施され得る。生物学的方法は、一般に、Ｌ−アミノ酸に基づいたペプチド合成法に制限されるが、翻訳の機構（例えば、アミノアシルｔＲＮＡ分子に係わる機構）を操作することが、Ｄ−アミノ酸（または、他の天然に存在しないアミノ酸（例えば、ヨードチロシン、メチルフェニルアラニン、アジドホモアラニンなど））の導入を可能にするために使用され得る｛１１｝。しかし、Ｄアミノ酸が本発明のペプチドに含まれる場合、化学合成を使用することが好ましい。
【００４０】
生物学的手段によりペプチドを産生することにより、Ｎ末端にメチオニン残基が伴ったペプチドが得られる。本発明のペプチドのＮ末端がメチオニンでない場合、この残基（および他の外因性残基）は、例えば、タンパク質分解によって取り除かれなければならない。
【００４１】
ペプチドの生物学的合成を促進するために、本発明は、本発明のペプチドをコードする核酸を提供する。この核酸は、ＤＮＡであってもＲＮＡであっても（あるいはこれらのハイブリッドであっても）よく、あるいはこれらのアナログ（改変骨格（例えば、ホスホルチオエート）またはペプチド核酸（ＰＮＡ））であってもよい。これは、一本鎖（例えば、ｍＲＮＡ）であっても二本鎖であってもよく、本発明は、（例えば、アンチセンス、プライミング、またはプローブの目的のために）二本鎖核酸の個々の鎖の両方を包含する。これは、直鎖であっても環状であってもよい。これは、標識され得る。これはまた、固体支持体に結合されてもよい。
【００４２】
本発明の核酸は、当然のことであるが、多くの方法（例えば、化学合成法（例えば、その全体または部分に関する、ＤＮＡのホルホルアミダイト合成法、より長い分子のヌクレアーゼ消化法、短い分子の連結、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーによるもの、ポリメラーゼの使用など）により、調製され得る。
【００４３】
本発明は、本発明の核酸を含むベクター（例えば、プラスミド）を提供し（例えば、発現ベクターおよびクローニングベクター）、そして、このようなベクターにより形質転換された（原核生物または真核生物の）宿主細胞を提供する。
【００４４】
（薬物設計およびペプチド模倣物）
本発明のペプチドは、それ自体で有用な抗菌剤である。しかし、これらは、抗菌活性を改善するかまたは薬理学的に重要な特徴（例えば、バイオアベイラビリティ、毒性、代謝、薬物動態など）を改善するために精製されてもよい。従って、このペプチドは、さらなる研究及び精製のためのリード化合物として使用されてもよい。
【００４５】
本発明のペプチドは、抗髄膜炎菌活性または抗ヘモフィルス属活性を有するペプチド模倣物（例えば、参考文献の｛１２｝〜｛１８｝）を設計するために使用され得る。代表的には、これらは、本発明のペプチドに関して等配電子（ｉｓｏｓｔｅｒｉｃ）であるが、そのペプチド結合のうちの１つ以上を欠いている。例えば、このペプチド骨格は、１つの非ペプチド骨格により置換されつつも、他方で、重要なアミノ酸鎖を保持している。
【００４６】
このペプチド模倣物分子は、糖アミノ酸を含んでもよい｛１９｝。ペプトイドが使用されてもよい。
【００４７】
ペプチド模倣物分子の設計を補助するために、ファルマコフォア（ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ；すなわち、活性を担う特定の特徴を示す、化学的特徴および三次元（３Ｄ）拘束の集合）が、このＫＭペプチドのために規定され得る。このファルマコフォアは、好ましくは、表面接触特徴を含み、より好ましくは、水素結合におけるドナーおよびアクセプター、荷電基／イオン化可能基、および／または疎水性パッチ（ｐａｔｃｈｅ）を含む。これらは、活性を与えることにおいてその相対的な重要性に依存して重み付けされてもよい｛２０｝。
【００４８】
ファルマコフォアは、ＣＡＴＡＬＹＳＴ（ＨｙｐｏＧｅｎまたはＨｉｐＨｏｐを備える）｛２１｝、ＣＥＲＩＵＳ２のようなプログラムを使用して決定され得るか、または本発明のポリペプチドのコンフォメーションで分かっているものから手動により拘束をかけてもよい。このファルマコフォアは、ＣＡＴＡＬＹＳＴのようなプログラムを使用して構造ライブラリーをスクリーニングするのに使用してもよい。ＣＬＩＸプログラム｛２２｝もまた使用され得る。このＣＬＩＸプログラムは、構造データベースにある候補分子の配向を検索して、そのレセプターと相互作用する化学基との空間的な一致を最大にする。
【００４９】
結合表面およびファルマコフォアは、官能基（例えば、プロトン、水酸基、アミン基、疎水性基）または低分子フラグメントについて好ましい相互作用する位置をマップするのに使用され得る。ついで、関連性のある基が、本発明のポリペプチドと実質的に同じ空間的な関係で位置づけられるような化合物が、デノボ設計される。
【００５０】
官能基が、正確なサイズおよび形状を有するブリッジフラグメント（ｂｒｉｄｇｉｎｇ  ｆｒａｇｍｅｎｔｓ）または好ましい配向で官能基を支持し得るフレームワークを使用して、単一の化合物内で連結され得、それによって、本発明に従ったペプチド化合物を提供する。このように官能基を連結することは手動により行われ得るが、ＱＵＡＮＴＡまたはＳＹＢＹＬのようなソフトウェアの支援により、自動化デノボ設計法または半自動化デノボ設計法もまた、利用可能であり、例として以下のようなものがある：
・ＭＣＳＳ／ＨＯＯＫ（｛２３｝、｛２４｝、｛２１｝）。これは、データベースから取得した分子テンプレートを使用して複数の官能基を連結する。
・ＬＵＤＩ（｛２５｝、｛２１｝）。これは、リガンドによって理想的に充填される相互作用点を計算して、フラグメントを、そのレセプターと相互作用する能力に基づいて結合部位に置き、次いで、これらを結合することでリガンドを作り出す。
・ＭＣＤＬＮＧ｛２６｝。これは、レセプター結合部位を最充填アレイのジェネリック原子で充填して、モンテカルロ手順を利用して、原子型、位置、結合配置および他の特性をランダムに変更する。
・ＧＲＯＷ｛２７｝。これは、（手動または自動的に配置された）初期「シード」フラグメントから開始して、リガンドを外側に向かって伸長させる。
・ＳＰＲＯＵＴ｛２８｝。これは、以下のようなジュールを含むスィートである：好ましい水素結合および疎水性領域を結合ポケット中で同定するモジュール（ＨＩＰＰＯモジュール）；官能基を選択して、これらの官能基を標的部位に位置づけて構造生成のための開始フラグメントを形成するモジュール（ＥｌｅＦＡｎＴ）；スペーサーフラグメントを開始フラグメント上へ伸ばすことによって結合ポケットの立体的な拘束を満たす骨格を生成して、その得られた部分骨格を結合するモジュール（ＳＰＩＤｅＲ）；置換することでヘテロ原子をこの骨格内に導入してそのレセプター部位の特性に補完的な静電的な特性を有する分子を生成するモジュール（ＭＡＲＡＢＯＵ）。ＡＬＬｉｇａＴＯＲモジュールを使用することで、溶液がクラスタリングされ、スコア付けされる。
・ＣＡＶＥＡＴ｛２９｝。これは、非環状分子に拘束をかける連結ユニットを設計する。
・ＬＥＡＰＦＲＯＧ｛３０｝。これは、微小段階的により構造的変化をおこし、その新規の化合物の結合エネルギーを迅速に評価することによってリガンドを評価する。変化させた結合エネルギーに基づいて、変化が維持されまた棄却され、そして、その構造が、レセプターとの相互作用エネルギーを増すように変化する。
・ＧＲＯＵＰＢＵＩＬＤ｛３１｝。これは、一般的な有機物テンプレートのライブラリーならびにリガンドとレセプターとの非結合性相互作用についての完全に経験的な力場による記載を使用して、化学的に合理的な構造を有しかつレセプターの結合部位に対して補完的である、立体的および静電的な特性を有するリガンドを構築する。
・ＲＡＳＳＥ｛３２｝。
【００５１】
これらの方法は、抗菌性化合物を同定する。これらの化合物は、デノボ設計されてもよく、既知の化合物であってもよく、または既知の化合物に基づいたものであってもよい。この化合物は、それ自体で有用な抗菌剤であってもよく、または、この化合物が、結合親和性または薬理学的に重要な特徴（例えば、バイオアベイラビリティ、毒性、代謝、薬物動態など）を改善する目的でさらに薬学的に精製されるために使用される原型（例えば、リード化合物）であってもよい。
【００５２】
したがって、本発明は以下の（ｉ）〜（ｉｖ）を提供する：（ｉ）これらの薬物設計法を使用して同定される化合物；（ｉｉ）調合剤として使用されるために、これらの薬物設計法を使用して同定される化合物；（ｉｉｉ）例えば、髄膜炎菌感染またはヘモフィルス属菌感染を予防するための、抗菌剤を製造する際に、これらの薬物設計法を使用して同定される化合物の使用；（ｉｖ）患者を治療するための方法であって、これらの薬物設計法を使用して同定された有効量の化合物を投与する工程を包含する方法。
【００５３】
それぞれが有用な化合物であるのと同様に、構造に基づいた設計技術を使用してインシリコで同定されたリガンドもまた、「従来型」のインビトロまたはインビボでのスクリーニング法のための化合物ライブラリーを示唆するのに使用され得る。そのリガンドにおける重要な薬学的モチーフは、殺菌因子および／または抗ウイルス活性についてスクリーニングするために化合物ライブラリー（例えば、コンビナトリアルライブラリー）において同定および模倣され得る。
【００５４】
（弱毒化髄膜炎菌）
ＮａｄＡアドヘシンは、髄膜炎菌上に表面に露出したオリゴマーを形成し、上皮細胞｛４１｝に対する接着に関与する。接着は、髄膜炎菌における病原性周期の一部分であり、その阻害により、この細菌は弱毒化され、その結果、その細菌の全体としての免疫原性の喪失はしていないものの、この細菌は細胞に侵入できず、そして疾患を引き起こすことができなくなる。本発明にしたがって、接着を阻害するひとつの方法は、ＨＲ１配列、ＨＲ２配列、または融合ペプチド配列のうちの１つ以上をＮａｄＡから除去することである。
【００５５】
したがって、本発明は、変異ＮａｄＡタンパク質を提供し、ここで、この変異体は、ＨＲ１配列、ＨＲ２、または融合配列を欠く。
【００５６】
本発明はまた、変異ＮａｄＡタンパク質を提供し、ここで、この変異体は、以下のアミノ酸配列のうち１以上を含まない：（ｉ）配列番号３に対して少なくともｐ％同一性を有する配列；（ｉｉ）配列番号５に対して少なくともｑ％同一性を有する配列；（ｉｉｉ）配列番号７に対して少なくともｒ％の同一性を有する配列；（ｉｖ）配列番号１０に対して少なくともｓ％の同一性を有する配列。
【００５７】
ｐは、５０以上である。ｑは、５０以上である。ｒは、５０以上である。ｓは、５０以上である。ｐ、ｑ、ｒおよびｓの値は、互いに独立であり、代表的な値は、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００である。
【００５８】
このアミノ酸配列（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は、少なくとも１０アミノ酸長であり、より好ましくは、少なくとも１５アミノ酸長である。
【００５９】
本発明はまた、変異ＮａｄＡ  タンパク質を提供し、このタンパク質は、アミノ酸配列−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆ−Ｇ−Ｈ−Ｉ−を含み、ここで、−Ａ−は、配列番号１のアミノ酸２６〜１１６に対して少なくともａ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｂ−は、配列番号１のアミノ酸１１７〜１５２に対して少なくともｂ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｃ−は、配列番号１のアミノ酸１５３〜１８０に対して少なくともｃ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｄ−は、配列番号１のアミノ酸１８１〜１９９に対して少なくともｄ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｅ−は、配列番号１のアミノ酸２００〜２６０に対して少なくともｅ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｆ−は、配列番号１のアミノ酸２６１〜２７５に対して少なくともｆ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｇ−は、配列番号１のアミノ酸２７６〜２７７に対して少なくともｇ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｈ−は、配列番号１のアミノ酸２７８〜２９９に対して少なくともｈ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｉ−は、配列番号１のアミノ酸３００〜３６４に対して少なくともｉ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；但し、−Ｂ−、−Ｄ−、−Ｆ−または−Ｈ−のうちの少なくとも１つは、そのタンパク質において存在していない。
【００６０】
ａの値は、５０以上である。ｂの値は、５０以上である。ｃの値は、５０以上である。ｄの値は、５０以上である。ｅの値は、５０以上である。ｆの値は、５０以上である。ｇの値は、５０以上である。ｈの値は、５０以上である。ｉの値は、５０以上である。ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、ｆ、ｇ、ｈおよびｉの値は、互いに独立であり、代表的には、すべての値が、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００である。
【００６１】
本願発明また、これらの変異ＮａｄＡタンパク質をコードする核酸を提供する。本発明はまた、この核酸を発現する髄膜炎菌を提供し、この髄膜炎菌は、その表面上に上述の変異ＮａｄＡタンパク質を提示し、かつ、ヒト上皮細胞に接着および／または侵入することができない。
【００６２】
変異が、相同組換えにより（例えば、同系除去技術（ｉｓｏｇｅｎｉｃ  ｄｅｌｅｔｉｏｎ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）を使用することで）標的髄膜菌に導入され得、ネイティブＮａｄＡ配列が除去され得る。
【００６３】
（弱毒化ヘモフィルス属菌（ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ））
本発明にしたがう、ヘモフィルス属菌の接着を阻害する１つの方法は、ＨａｄからＨＲ１配列、ＨＲ２配列または融合ペプチド配列のうちの１つ以上のものを取り除くことである。したがって、本発明は、変異ＨａｄＡタンパク質を提供して、この変異タンパク質は、ＨＲ１配列、ＨＲ２配列または融合配列を欠いている。
【００６４】
本発明はまた、変異ＨａｄＡタンパク質を提供し、ここで、この変異体は、配列番号３５に対して少なくともｐ％の同一性を有するアミノ酸を含まない。ここで、ｐの値は、５０以上（例えば、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００）である。このアミノ酸配列は、好ましくは、少なくとも１０アミノ酸長であり、より好ましくは、少なくとも１５アミノ酸長である。
【００６５】
本発明はまた、変異ＨａｄＡタンパク質を提供し、このタンパク質は、アミノ酸配列−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆ−Ｇ−を含み、ここで、−Ａ−は、配列番号３５のアミノ酸２７〜５０に対して少なくともａ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｂ−は、配列番号３５のアミノ酸５１〜６７に対して少なくともｂ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｃ−は、配列番号３５のアミノ酸６８〜７０に対して少なくともｃ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｄ−は、配列番号３５のアミノ酸７１〜９１に対して少なくともｄ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｅ−は、配列番号３５のアミノ酸９２〜１１９に対して少なくともｅ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｆ−は、配列番号３５のアミノ酸１２０〜１８３に対して少なくともｆ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｇ−は、配列番号３５のアミノ酸１８４〜２５６に対して少なくともｇ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；但し、Ｂ、ＤまたはＦのうちの少なくとも１つは、そのタンパク質において存在していない。
【００６６】
ａの値は、５０以上である。ｂの値は、５０以上である。ｃの値は、５０以上である。ｄの値は、５０以上である。ｅの値は、５０以上である。ｆの値は、５０以上である。ｇの値は、５０以上である。ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、ｆおよびｇの値は、互いに独立であり、代表的には、すべての値が、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００である。
【００６７】
本願発明また、これらの変異ＨａｄＡタンパク質をコードする核酸を提供する。本発明はまた、この核酸を発現するヘモフィルス属菌を提供し、このヘモフィルス属菌は、その表面上に上述の変異ＨａｄＡタンパク質を提示し、かつ、ヒト上皮細胞に接着および／または侵入することができない。
【００６８】
変異が、相同組換えにより（例えば、同系除去技術（ｉｓｏｇｅｎｉｃ  ｄｅｌｅｔｉｏｎ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）を使用することで）標的ヘモフィルス属に導入され得、ネイティブｈａｄＡ配列が除去され得る。
【００６９】
（薬学的組成物）
本発明は、（ａ）本発明のペプチドおよび（ｂ）薬学的キャリアを含む薬学的組成物を提供する。
【００７０】
成分（ａ）は、組成物の活性成分であり、これは、治療有効量（例えば、髄膜炎菌感染またはヘモフィルス属菌感染を阻害するのに十分な量）で存在する。所定の患者に対する正確な有効量は、患者のサイズおよび健康状態、感染の性質および程度、および投与のために選択した組成物または組成物の組み合わせに依存するものである。上述の有効量は、慣用的な実験により決定され得、そして、臨床医療従事者の判断の範疇である。本発明の目的のために、有効量は、一般的には、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇまたは約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇである。ペプチドに基づく薬学的組成物は、当該分野で周知である（例えば、ＦＵＺＥＯＮＴＭ）。ペプチドは、塩および／またはエステルの形態で組成物中に含まれていてもよい。
【００７１】
キャリア（ｂ）は、それ自体で、上述の化合物を受けた患者に対して有害な抗体の産生を誘導せず、過度な毒性を伴わずに投与され得る任意の物質であり得る。適切なキャリアは、大きく、ゆっくりと代謝される高分子（例えば、タンパク質、ポリサッカリド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、アミノ酸ポリマー、アミノ酸コポリマー、および不活性化ウイルス粒子）であり得る。このようなキャリアは、当業者にとって周知のものである。薬学的に許容可能なキャリアとしては、水、生理食塩水、グリセロールおよびエタノールのような液体が挙げられる。補助的な物質（例えば、湿潤剤、乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）もまた、このようビヒクルの中に存在し得る。リポソームは、適切なキャリアである。薬学的なキャリアの詳細な議論については、参考文献｛３３｝が利用可能である。
【００７２】
髄膜炎菌感染およびヘモフィルス属菌感染は、身体における種々の領域を襲う。そのため、本発明の組成物は、種々の形態で調製され得る。例えば、この組成物は、液状である溶液または懸濁液のいずれかで注射可能であるように調製され得る。注射前に液体ビヒクル中で、溶液または懸濁液に適切な固体もまた、調製され得る。上述の組成物は、例えば、軟膏、クリームまたはパウダーのような局所投与のために使用され得る。上述の組成物は、例えば、錠剤またはカプセルあるいはシロップ（これらは、必要に応じて矯味矯臭される）として経口投与用に調製され得る。上述の組成物は、微粉または噴霧剤を使用する場合おける吸入剤として、肺投与のために調製される。上述の組成物は、坐剤またはペッサリーとして調製され得る。上述の組成物は、ドロップ、噴霧剤、または粉剤（例えば、｛３４｝）として経鼻投与、経耳投与、または経眼投与のために調製され得る。上述の組成物は、含そう薬に含めてもよい。上述の組成物は、凍結乾燥してもよい。
【００７３】
薬学的組成物は、好ましくは滅菌されている。薬学的組成物は、好ましくは、発熱因子を含まない。好ましくは、薬学的組成物は、例えば、ｐＨ６とｐＨ８との間で、一般的には、約ｐＨ７で緩衝化されている。
【００７４】
本発明はまた、本発明の薬学的組成物を含む送達デバイスを提供する。このデバイスは、例えば、注射器であっても、また、吸入器であってもよい。
【００７５】
本発明のペプチドは、１以上の抗生物質、好ましくは、髄膜炎菌および／またはヘモフィルス属に対して活性である抗生物質と共投与されてもよい。従って、本発明の組成物は、１以上の抗生物質を含み得る。
【００７６】
（医療処置および医療における使用）
本発明は、医薬品としての使用するために本発明の化合物を提供する。本発明はまた、髄膜炎菌感染および／またはヘモフィルス属菌感染により苦しむ患者を治療するための方法を提供し、この方法は、本発明の薬学的組成物をその患者に対して投与する工程を包含する。本発明はまた、患者を治療するための医薬品を製造する際に本発明の化合物を使用することを提供する。
上述した患者は、好ましくは人間（ヒト）である。このヒトは、成人であってもよく、子供であってもよく、好ましくは、子供である。子供用の組成物はまた、例えば、安全性、投与量、免疫原性などの評価のために、成人に対して投与され得る。
【００７７】
本発明の組成物は、一般に、患者に対して直接的に投与され得る。直接的な送達は、非経口的投与（例えば、皮下、腹腔内、経静脈、筋内、または組織の間隙）、または経直腸的投与、経口的投与（例えば、錠剤、噴霧剤）、経膣的投与、局所的投与、経皮的（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）投与（例えば、参考文献｛３５｝）、または経皮的（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）投与（例えば、参考文献｛３６｝および｛３７｝）、経鼻的投与（例えば、参考文献｛３８｝）、経眼的投与、経耳的投与、経肺的投与、または他の経粘膜的投与により達成され得る。
【００７８】
投薬処置は、単位投与量スケジュールであっても、また、複数投与量スケジュールでもよい。
【００７９】
本発明の使用および方法は、治療的（例えば、既存の細菌性髄膜炎および髄膜炎菌性髄膜炎、またはＢＰＦを処置するために）あるいは予防的（例えば、細菌との接触が期待されるような場合、感染が確立するような場合に予防されるために）使用され得る。治療的使用は好ましく、治療の効力は、本発明の組成物を投与した後に、細菌力価をモニターすることによって、または、症状をモニターすることによって試験され得る。
【００８０】
（プロセス）
本発明はまた、本発明のペプチドを産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、本発明のペプチドの発現を誘導するような条件下で、本発明の核酸で形質転換した宿主細胞を培養する工程を包含する。
【００８１】
本発明は、本発明のペプチドを産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、化学的手段でこのペプチドを合成する工程を包含する。このペプチドは、このような化学的手段によりその全体または一部分について合成され得る。
【００８２】
（一般事項）
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（または「包含する」）は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、ならびに「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」を包含するものである。例えば、Ｘを含む（「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」）組成物は、排他的にＸからなるか、または追加的ななにものかを含み得る（例えば、Ｘ＋Ｙ）。
【００８３】
数値ｘに関連して用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【００８４】
用語「実質的に」とは、「完全」であることを排除しない。例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくともよい。必要である場合、この用語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてもよい。
【００８５】
２つのアミノ酸の間の配列同一性パーセント（％）を参照することは、アライメントされたときに、アミノ酸のパーセンテージが、その２つの配列を比較において同じであることを意味する。このアライメントおよび相同性パーセントまたは配列同一性パーセントは、既知のプログラム、例えば、参考文献｛３９｝の７．７．１８節において記載されているようなプログラムを使用して決定され得る。好ましいアライメントは、オープンギャップペナルティとして１２、およびギャップエクステンションペナルティーとして２、ＢＬＯＳＵＭマトリクス６２としてアフィンギャップサーチを使用するスミス−ウォーターマン（Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ）相同性サーチアルゴリズムによって決定される。このスミス−ウォーターマン相同性検索アルゴリズムは、参考文献｛４０｝に開示されている。
【００８６】
ペプチド配列中で、「ＮＨ２」および「ＣＯＯＨ」が使用されると、Ｎ末端からＣ末端へのペプチドの方向のみを示し、Ｎ末端残基が遊離したＮＨ２基であることを示すのではなく、またはそのＣ末端が遊離したＣＯＯＨ基であることを示すものでもない（ただし、このような状況を排除するものでもない）
。逆に、このＮ末端およびＣ末端は、共有結合的に改変されていてもよい。
【００８７】
本発明の化合物は、好ましくは、（ａ）ＮａｄＡ  ＨＲ２とのＮａｄＡ  ＨＲ１の相互作用または（ｂ）ＨａｄＡ  ＨＲ２とのＨａｄＡ  ＨＲ１の相互作用のいずれかを阻害し得る。
【００８８】
本発明の化合物とＮａｄＡ／ＨａｄＡとの間の結合相互作用は特異的である。この状況における特異性とは、この化合物がＮａｄＡ／ＨａｄＡ以外のなにものにたいしても結合しないという意味ではなく（例えば、それが、他のアドヘシンまたは表面タンパク質に結合してもよい）、その化合物が、バックグラウンドレベル（すなわち、非特異的レベル）よりもＮａｄＡ／ＨａｄＡに結合することを意味する。例えば、この化合物は、アルブミン、グロブリンなどのようなタンパク質に結合するよりも、ＮａｄＡ／ＨａｄＡに対してより緊密に結合する。
【００８９】
（配列表の簡単な説明）
【００９０】
【表１】
2008505881.tif 000003
【発明を実施するための最良の形態】
【００９１】
（髄膜炎菌性ＮａｄＡ）
参考文献３は、ナイセリアアドヘシンＡ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌ  Ａｄｈｅｓｉｎ  Ａ）、つまり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来の表面タンパク質についての詳細を開示する。ＮａｄＡ配列を、血清群Ａ、血清群Ｂおよび血清群Ｃに由来する株を含むような２６種の異なる髄膜炎菌株から取得する。これらの配列を、３つの異なる対立遺伝子に分類した。
【００９２】
ＮａｄＡは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの超毒性株（ｈｙｐｅｒｖｉｒｕｌｅｎｔ  ｌｉｎｅａｇｅ）ＩＩＩ、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｎ．ｌａｃｔａｍｉｃａまたはＮ．ｃｉｎｅｒｅａにおいて見出されてなかった。ＮａｄＡはまた、血清群Ａの髄膜炎菌Ｚ２４９１株について公開されている配列においても存在していない。様々な配列が、ＧｅｎＢａｎｋに寄託されており、参考文献｛４２｝の配列番号１〜１４においても見出され得る。
【００９３】
この公開された配列および特徴に基づくと、当業者は、所定の髄膜炎菌のいずれにおいてもそのＮａｄＡ配列（またはそれが存在しないこと）を同定することができる。
【００９４】
本明細書に記載の配列番号１は、ＭＣ５８株に由来するＮａｄＡ配列であり、対立遺伝子（ＡＬＬＥＬＥ）「１」（ＡＬＬＥＬＥ−１）を有している。配列番号２は、２９９６株に由来するＮａｄＡ配列であり、対立遺伝子（ＡＬＬＥＬＥ）「３」（ＡＬＬＥＬＥ−３）を有している。これらの２配列のアライメントを以下に示す：
【００９５】
【化１−１】
2008505881.tif 000004
【００９６】
【化１−２】
2008505881.tif 000005
【００９７】
参考文献３は、ＮａｄＡが膜アンカー（ｍｅｍｂｒａｎｅ  ａｎｃｈｏｒ）を有していることを示しており、そして、このタンパク質が髄膜炎菌膜において集合してオリゴマーを形成し、これはコイルドコイルドメインを解して集合することを示している。
【００９８】
（ＳＡＲＳコロナウイルススパイクタンパク質（ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ  ｓｐｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ））
ＳＡＲＳコロナウイルスのＥ２スパイクタンパク質が、これまでに報告されている。このタンパク質のアミノ酸配列は、本明細書において示されており、それは配列番号１８である。配列番号１と１８と（すなわち、ＮａｄＡとＥ２との）ＣＬＵＳＴＡＬＷによるアライメントによって、その同一性が６％未満であることを明らかである。
【００９９】
【化２−１】
2008505881.tif 000006
【０１００】
【化２−２】
2008505881.tif 000007
【０１０１】
したがって、進化的な関係を判定することにおける一般的基準である一次配列にのみ基づいた場合、この１２５５マーのウイルス性ＳＡＲＳタンパク質とこの３６４マーの細菌性ＮａｄＡタンパク質は、無関係であるように見える。
【０１０２】
Ｅ２タンパク質の２次構造予測は、以下にように与えられ、ここで、Ｃは、コイルを表し、Ｈは、へリックスを表し、そして、Ｅは、伸長配列を表す：
【０１０３】
【化３】
2008505881.tif 000008
【０１０４】
ＳＡＲＳ２タンパク質について（実際のところ、多くの他の被包性ウイルスの融合タンパク質について）明らかになったこの２次構造は、ＮａｄＡに示されたものと類似している。
【０１０５】
【化４−１】
2008505881.tif 000009
【０１０６】
【化４−２】
2008505881.tif 000010
【０１０７】
この二次構造レベルでの類似性は、本発明者にとって次のような示唆を与えるものであった。つまり、ＮａｄＡは、ウイルススパイクタンパク質とその機能的特徴を共有するものである。具体的には、ＨＲ２配列は、ＨＩＶにおけるＦＵＺＥＯＮＴＭにおいて見出されているように、コロナウイルスにおけるウイルス侵入および膜融合を阻害するということが最近示されており｛４２｝、そして、本発明者らは、ＮａｄＡが、起こり得る融合に関する位置を示すものであると考え、それが、ＨＲ１配列およびＨＲ２配列であると考えた。
【０１０８】
（ＮａｄＡ融合およびヘプタッドリピート配列）
様々なウイルススパイク（Ｓｐｉｋｅ）タンパク質の関する上述の融合ペプチドを、以下に示し、その下にコンセンサス配列（Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ）を示した：
【０１０９】
【化５】
2008505881.tif 000011
【０１１０】
このコンセンサス配列を使用して、ＮａｄＡにおける融合性配列を同定した（配列番号１および配列番号２）：
【０１１１】
【化６】
2008505881.tif 000012
【０１１２】
このＳＡＲＳ融合性配列に対する類似性およびペプチド配列のへリックス配列におけるアンフィパティシティー（ａｍｐｈｉｐａｔｉｃｉｔｙ）を考慮すると、配列番号２８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２８）および配列番号３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３）の配列は、融合性配列として同定され得る。併せて、これらの２配列に、配列番号３３が与えられる。
【０１１３】
Ｅ２（残基９０３〜９２１）およびＮａｄＡ（残基１８１〜１９９）のヘリクッスホイール投影図（ｈｅｌｉｃａｌ  ｗｈｅｅｌ  ｐｒｏｊｅｃｔｉｏｎ）を、図２に示す。疎水性面が、明確に示されている（枠で囲った残基）。ヘプタッドリピート配列を、図１に示したように、ＮａｄＡ  （配列番号１）において同定した。このＨＲ１配列を、配列番号１における残基１１７〜１５２にマッピングしており、規則的な「ａｂｃｄｅｆｇ」というヘプタッドリピートが示されており、適切な残基は、ａ位とｄ位に存在する。配列番号２におけるＨＲ１配列は、Ａｌａ／Ｇｌｕ置換を有している点で、幾分違っている。（配列番号５および６を比較のこと；配列番号４）。
【０１１４】
２つの可能なＨＲ２配列が見出されており、その第一のもの（ＨＲ２ａ）は、その第二のもの（ＨＲ２ｂ）よりも短い。このＨＲ２ａ配列は、配列番号１の残基２６１〜２７５にマッピングされ、ＨＲ２ｂは、残基２７８〜２９９にマッピングされる。このＨＲ２ａ配列は、ＮａｄＡの対立遺伝子１（ａｌｌｅｌｅｓ  １）と対立遺伝子３（ａｌｌｅｌｅｓ  ３）のアライメントがはっきりとしたギャップを示している領域に存在しており、これは、ＨＲ２ａ配列のＣ末端で影響を受けている（配列番号７と配列番号８を比較のこと）。ＨＲ２ｂ配列は、その挿入の下流にあり、より関連性があるものである（配列番号１０と１１を比較のこと；  配列番号９）。
【０１１５】
（ＮａｄＡのＨＲ１ペプチドおよびＨＲ２ペプチド）
髄膜炎菌性ＮａｄＡとＳＡＲＳコロナウイルススパイクタンパク質との間のこの驚くべき関係（上記参照）、ＨＲ２ペプチドがコロナウイルス侵入を妨げる効力があるとの最近の同定結果｛４２｝、既知であるようにＨＲ２ペプチドがＨＩＶ活性を妨げる効力があること（すなわち、ＦＵＺＥＯＮＴＭ）に基づき、ＮａｄＡのＨＲ１配列およびＨＲ２配列を、髄膜炎菌を試験するためにオリゴヌクレオチドとして化学合成した。
【０１１６】
配列を、ＮａｄＡ対立遺伝子「３」（ａｌｌｅｌｅ  “３”）から得た。そのＨＲ１オリゴペプチドは、配列番号２９である。そのＨＲ２ａオリゴペプチドは、配列番号３０である。そのＨＲ２ｂオリゴペプチドは、配列番号３１である。これらのペプチドの各々は、その「コア」配列（配列番号６、配列番号８および配列番号１１）をＮ末端方向およびＣ末端方向に３アミノ酸ずつ伸長したもの基づいている。
【０１１７】
この融合性ペプチドに基づいたオリゴペプチドもまた、調製した（配列番号３２）。
【０１１８】
（ＨａｄＡのＨＲ１ペプチドおよびＨＲ２ペプチド）
ＢＰＦクローンＦ３０３１に由来する全長ＨａｄＡ配列を、配列番号３５として与えた。この配列を分析すると、リーダー配列（アミノ酸１〜２６）、可能な融合性配列（５１〜６７；配列番号３６）、ＨＲ１配列（７１〜２１；配列番号３７）、ＨＲ２配列（１２０〜１８３；配列番号３８）ならびに膜アンカー（１８６〜２５６）が明らかである。これらの特徴を以下に示す。ここで、下線部は、（ｉ）融合性配列の疎水性残基または（ｉｉ）ＨＲ１およびＨＲ２におけるヘプタッドリピート残基を示す：
【０１１９】
【化７】
2008505881.tif 000013
【０１２０】
インフルエンザウイルスヘマグリチニン（ｈａｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ）のｐＨ依存性コンフォメーション変化に関するモデルを、図３Ａに示し、そして、図３Ｂは、ＨａｄＡにおける同等のコンフォメーション変化が、（ＮａｄＡについてのアナロジーにより）アドヘシンといかに関係があるかを示すモデルを示す。
【０１２１】
合成配列である配列番号３９および配列番号４０を、融合研究のために調製した。
【０１２２】
ここで本発明をその一例により示したが、その改変が、本発明の範囲および精神を逸脱しない限りにおいて可能であることは理解されるべきである。
【０１２３】
参考文献（その内容は、本願明細書において参考として援用される）
【０１２４】
【数１】
2008505881.tif 000014
【図面の簡単な説明】
【０１２５】
【図１】図１は、ＭＣ５８株からとったＮａｄＡを示しており、目的の領域は強調している。
【図２】図２は、ＳＡＲＳ  Ｅ２（図２Ａ）およびＮａｄＡ（図２Ｂ）のへリックスホイールの分析結果を示す。
【図３】図３は、インフルエンザＨＡ（３Ａ）およびインフルエンザＨａｄＡ（３Ｂ）におけるコンフォメーション変化のモデルを示す。
【図１】
2008505881.tif 000015
【図２】
2008505881.tif 000016
【図３】
2008505881.tif 000017
【配列表】
2008505881000001.xml
【誤訳訂正書】
【提出日】平成19年7月20日(2007.7.20)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
髄膜炎菌の表面上のＮａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート配列ＨＲ１および／またはＨＲ２に結合して、それによって、髄膜炎菌が宿主生物に感染するかまたは既存の感染を拡大するいずれかの能力を阻害し得る、化合物。
【請求項２】
請求項１に記載の化合物であって、配列番号１の番号付けを参照するときに、ＨＲ１配列は、残基１１７〜１５２であり、ＨＲ２配列は、残基２６１〜２９９である、化合物。
【請求項３】
ヘモフィルス属細菌の表面上のＨａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート配列ＨＲ１および／またはＨＲ２に結合して、それによって、ヘモフィルス属細菌が宿主生物に感染するかまたは既存の感染を拡大するいずれかの能力を阻害し得る、化合物。
【請求項４】
請求項３に記載の化合物であって、配列番号３５の番号付けを参照したときに、前記ＨＲ１配列が７１〜９１であり、かつ、ＨＲ２配列が、残基１２０〜１８３である、化合物。
【請求項５】
オリゴペプチドである、請求項１〜４に記載の化合物。
【請求項６】
５０以下のアミノ酸からなる、請求項５に記載の化合物。
【請求項７】
請求項５または６に記載の化合物であって、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に由来する５以上の連続したアミノ酸のフラグメントを含む、化合物。
【請求項８】
請求項７に記載の化合物であって、前記フラグメントが、前記配列番号のものと比較したときに、ｍ個のアミノ酸の置換を含み、ｍが１以上である、化合物。
【請求項９】
請求項４〜６のいずれか１項に記載の化合物であって、アミノ酸である、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３７および配列番号３８のうちの１つ以上を含む、化合物。
【請求項１０】
式  ＮＨ２−Ａ−（Ｂ−Ｃ）ｎ−Ｄ−ＣＯＯＨの化合物であって、ここで、
ｎが、１と５との間の整数であり；−Ａ−が、１以上のアミノ酸からなる必要に応じたＮ末端配列であり；各々の−Ｂ−が、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６および／または配列番号１７に由来する５以上の連続したアミノ酸のフラグメントを含み；各々の−Ｃ−が、１以上のアミノ酸からなる必要に応じたリンカー配列であり；そして、−Ｄ−が、１以上のアミノ酸からなる必要に応じたＣ末端配列である、化合物。
【請求項１１】
抗髄膜炎菌活性および／または抗ヘモフィルス属菌活性を有する、請求項３〜９のうちのいずれか１項に記載の化合物のペプチド模倣化合物。
【請求項１２】
（ａ）１〜１１のいずれか１項に記載の化合物および（ｂ）薬学的キャリアを含む、薬学的組成物。
【請求項１３】
髄膜炎菌感染および／またはヘモフィルス属菌感染に罹患する患者を治療するための請求項１２に記載の薬学的組成物。
【請求項１４】
医薬品としての使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１５】
患者を処置するための医薬品の製造における、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物の使用。
【請求項１６】
ＨＲ１配列、ＨＲ２配列または融合配列のうちの１つ以上を欠く、変異ＮａｄＡタンパク質。
【請求項１７】
請求項１６に記載の変異ＮａｄＡタンパク質であって、
該タンパク質が、以下の（ｉ）〜（ｉｖ）：（ｉ）配列番号３に対して少なくとも５０％同一性を有する配列；（ｉｉ）配列番号５に対して少なくとも５０％同一性を有する配列；（ｉｉｉ）配列番号７に対して少なくとも５０％の同一性を有する配列；（ｉｖ）配列番号１０に対して少なくとも５０％の同一性を有する配列
を含まない、変異ＮａｄＡタンパク質。
【請求項１８】
アミノ酸配列（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）が、各々、少なくとも１０のアミノ酸長である、請求項１７に記載の変異ＮａｄＡタンパク質。
【請求項１９】
請求項１６に記載のＮａｄＡタンパク質であって、アミノ酸配列−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆ−Ｇ−Ｈ−Ｉ−を含み、ここで、−Ａ−は、配列番号１のアミノ酸２６〜１１６に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｂ−は、配列番号１のアミノ酸１１７〜１５２に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｃ−は、配列番号１のアミノ酸１５３〜１８０に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｄ−は、配列番号１のアミノ酸１８１〜１９９に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｅ−は、配列番号１のアミノ酸２００〜２６０に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｆ−は、配列番号１のアミノ酸２６１〜２７５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｇ−は、配列番号１のアミノ酸２７６〜２７７に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｈ−は、配列番号１のアミノ酸２７８〜２９９に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；Ｉは、配列番号１のアミノ酸３００〜３６４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；但し、−Ｂ−、−Ｄ−、−Ｆ−または−Ｈ−のうちの少なくとも１つは、該タンパク質において存在していない、ＮａｄＡタンパク質。
【請求項２０】
ＨＲ１配列、ＨＲ２配列、または融合配列のうち１つ以上を欠く、変異ＨａｄＡタンパク質。
【請求項２１】
請求項１６〜１９のいずれか１項に記載の変異タンパク質または請求項２０に記載の変異Ｈａｄタンパク質をコードする核酸。
【請求項２２】
請求項２１に記載の核酸を発現する、細菌。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本明細書中で引用されるすべての文献は、その全体が参考として援用される。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、抗菌剤、特に、髄膜炎菌性感染を防ぐための抗菌剤の分野である。
【背景技術】
【０００３】
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、ヒトの集団の約１０％における上気道でコロニー形成するグラム陰性被包性細菌である。コロニーが形成されているヒトの１０，０００名のうちおよそ１名（すなわち、１００，０００の集団に１名）において、その細菌が、血流に入り込み、そこで増殖して敗血症を引き起こしている。その血流により、その細菌が、血液脳関門を通過して、髄膜炎を引き起こす。その疾患の両方は、甚大な被害をもたらすものであり、有効な抗生剤が利用可能であるのにもかかわらず、数時間にうちに感染した子供および若年層の成人の５〜１５％を死に至らしめる。生存したものうち２５％は、永続的な後遺症が残ってしまう。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
髄膜炎菌性感染を防ぐためのワクチンの製造に関する広範な研究が存在するが｛１｝、非免疫学的基礎による感染のインヒビターを提供することに関する研究はほとんどない。本発明の目的は、髄膜炎菌性感染に対するこのような非免疫的基礎によるインヒビターを提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
（本発明の開示）
標的宿主細胞（ホスト細胞）にエンベロープを有するウイルス（エンベロープウイルス）が侵入するためには、その脂質二重膜が融合することを必要とする。ＨＩＶ侵入の機構は、詳細に説明されてきており、すなわち、ヒトの標的細胞上のＣＤ４＋レセプターにＨＩＶエンベロープ糖タンパク質ｇｐ１２０が結合することで、コンフォメーション変化が誘導され、それにより、ｇｐ１２０がその宿主細胞上のケモカインレセプターと相互作用することが可能となり；ｇｐ１２０がそのコレセプター（ｃｏｒｅｃｅｐｔｏｒ）に結合することにより、ウイルス性膜貫通糖タンパク質ｇｐ４１においてコンフォメーションを変化させ、ｇｐ４１の「融合ペプチド」を露出させて、その細胞膜内に挿入する；ついで、ＨＲ１と呼ばれるｇｐ４１のヘリックス領域が、ｇｐ４１上で、似たようなヘリックス領域であるＨＲ２と相互作用して、その結果、その２つのヘリックスが一緒になって「締め上げ（ｚｉｐｐｉｎｇ）」、細胞膜とウイルス性膜との融合を媒介する。
【０００６】
エンフュヴァタイド（Ｅｎｆｕｖｉｒｔｉｄｅ）（これはまた、「Ｔ−２０」または「ＦｕｚｅｏｎＴＭ」｛２｝として知られている）は、原始的な「融合インヒビター」型抗ＨＩＶ剤である。これは、直鎖状の３６アミノ酸の合成ペプチドであって、これにより、ｇｐ４１におけるＨＲ１ヘプタッドリピート領域に結合して、細胞融合に必要とされるコンフォメーション変化を妨げることによってＨＩＶ／Ｔ細胞相互作用を阻害する。エンフュヴァタイドは、ＨＲ２の配列に基づくものであり、天然のＨＲ１／ＨＲ２相互作用の競合的インヒビターとして作用すると考えられている。
【０００７】
この膜融合機構は、ウイルスに典型的なものであるが、本願の発明者らは、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ菌｛３｝における既知の表面アドヘシン（ＮａｄＡ）がその融合ペプチド、すなわち、ＨＲ１リピートおよびＨＲ２リピートに対応する配列を含むことを発見した（図１参照）。ＮａｄＡにおける配列は、そのウイルス配列に対して有意な配列類似性を有していないが、それもよることなく、ＳＡＲＳコロナウイルススパイクタンパク質に対するＮａｄＡの構造類似性に基づくことにより同定された。この驚くべき発見によって、融合インヒビターが髄膜炎菌性感染を阻害するために使用され得ることが示唆される。
【０００８】
（ＮａｄＡ  ＨＲ１およびＨＲ２のバインダー）
したがって、本発明は、髄膜炎菌の表面上のＮａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート（ｈｅｐｔａｄ  ｒｅｐｅａｔ）配列であるＨＲ１および／またはＨＲ２に結合し得、それによって、髄膜炎菌が宿主生物に感染する能力または既存の感染を拡大する能力を阻害し得る化合物を提供する。
【０００９】
ＮａｄＡ内のＨＲ１領域は、基準としてＭＣ５８株配列（配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：）１）を使用した場合、残基１１７〜１５２の間に位置づけられる。このＨＲ２領域は、ここでもＭＣ５８株を基準とすると、残基２６１〜２９９の間に位置づけられる。他の株における対応する位置（ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ）は、上述のＭＣ５８配列と単純にアライメントをすることによって同定され得る。
【００１０】
したがって、本発明は、髄膜炎菌の表面に存在するＮａｄＡアドヘシンのＨＲ１領域および／またはＨＲ２領域に結合し得る化合物も提供する。ここで、このＨＲ１配列は、ＭＣ５８株のＮａｄＡ配列に従って番号付けされた場合に、残基１１７〜１５２の間に位置づけられ、また、このＨＲ２配列は、ＭＣ５８株のＮａｄＡ配列に従って番号付けされた場合に、残基２６１〜２９９の間に位置づけられる。ＭＣ５８株は、その血清群（血清型）Ｂゲノム｛４｝の配列決定のために使用された株であり、このＭＣ５８株は、広く利用可能である（例えば、ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−３３５）。
【００１１】
（ヘモフィルス  インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）生物型（ｂｉｏｇｒｏｕｐ）アエジプチウス（ａｅｇｙｐｔｉｕｓ））
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓに由来するＮａｄＡアドヘシンにおけるＨＲ１配列およびＨＲ２配列を同定するのと同様に、発明者らは、ブラジル紫斑熱（ＢＰＦ）の発生因子である、ヘモフィルス  インフルエンザ菌  生物型アエジプチウスに由来する、ＨａｄＡアドヘシン｛｛５｝；本願明細書における、配列番号３５｝におけるＨＲ１配列およびＨＲ２配列を見出した。ＨａｄＡの配列は、上述のウイルス性配列に対する有意な配列類似性をなんら有さなかったものの、ＮａｄＡに対する構造類似性に基づいて同定した。このウイルス性ＨＲ配列に対する驚くべき類似性によって、融合インヒビターがＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅによる感染を阻害するのに使用され得ることを示唆する。
【００１２】
したがって、本発明は、ヘモフィルス属細菌（特にＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、およびより具体的には、生物型アエジプチウス）の表面に存在するＨａｄＡアドヘシンのヘプタッドリピート配列ＨＲ１および／またはＨＲ２に結合して、それによって上述のヘモフィルス属菌が宿主生物体に感染するかまたは既存の感染を拡大する能力のいずれかを阻害し得る化合物を提供する。
【００１３】
ＨａｄＡにおけるＨＲ１領域は、Ｆ３０３１株配列（配列番号３５）を基準として使用した場合、残基７１〜９１の間に位置づけられる。そのＨＲ２領域は、ここでもＦ３０３１株のものを基準として使用した場合、残基１２０〜１８３の間に位置づけられる。他の株における対応する位置（ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ）は、単純に上述のＦ３０３１配列とアライメントをすることによって同定され得る。
【００１４】
したがって、本発明はまた、ヘモフィルス属菌の表面上に存在するＨａｄＡアドヘシンのＨＲ１および／またはＨＲ２の領域に結合し得る化合物も提供し、このＨＲ１配列は、Ｆ３０３１株におけるＨａｄＡに従って番号付けされた場合、残基７１〜９１の間に位置づけられ、かつ、上述のＨＲ２配列が、Ｆ３０３１株におけるＨａｄＡに従って番号付けされた場合、残基１２０〜１８３の間に位置づけられる。Ｆ３０３１株は、ＢＰＦクローン｛６｝であり、これは、広範に利用可能である（例えば、ＡＴＣＣ  ４９２５２）。
【００１５】
（オリゴペプチド）
本発明の化合物は、代表的に、オリゴペプチドであり、例えば、「ｚ」個のアミノ酸以下からなるペプチドであって、このｚは、５０以下である（例えば、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６など）である。
【００１６】
本発明は、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列のフラグメントを含むオリゴペプチドを提供し、ここで、上述のフラングメントは、上述の配列番号から選択された、「ｎ」個の連続したアミノ酸からなり、このｎは、５以上である（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５など）。
【００１７】
本発明は、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列のフラグメントを含むオリゴペプチドを提供し、ここで、上述のフラングメントは、上述の配列番号から選択された、「ｎ」個の連続したアミノ酸からなり、このｎは、５以上である（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５など）であるが、但し、このフラグメントは、上述の配列番号のものと比較して、「ｍ」個のアミノ酸置換を含み、このｍは、１とｎ／４との間の整数である。
【００１８】
ｍという値は、好ましくは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。このｍ個のアミノ酸は、代表的には、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹにより置換される。このｍ個の置換の各々は、他のものと同じであっても異なっていてもよい。この置換は、好ましくは、Ｇによるものであり、また、より好ましくは、Ａによるものである。この置換アミノ酸は、Ｌ−アミノ酸でもよく、Ｄ−アミノ酸でもよいが、この他の「ｎ−ｍ」個のアミノ酸の全てが、１通りの立体配置をとっている（すなわち、全てがＤ体であるか、全てがＬ体である）場合、好ましくは、その置換アミノ酸もまた、その立体配置をとる（当然、Ｇについては、立体異性体は存在しない）。
【００１９】
ｎアミノ酸のフラグメントがＣを含む場合、そのｍの値は、好ましくは、そのＣが別のアミノ酸（例えばＳ）のかわりに置換されるように、少なくとも１である。この方法でＣを取り除くことで、酸化に対する耐性を改善し得る。
【００２０】
配列番号１２の好ましいフラグメントはまた、配列番号５のフラグメントである。配列番号１３の好ましいフラグメントはまた、配列番号６のフラグメントである。配列番号１４の好ましいフラグメントはまた、配列番号７のフラグメントである。配列番号１５の好ましいフラグメントはまた、配列番号８のフラグメントである。配列番号１６の好ましいフラグメントはまた、配列番号１０のフラグメントである。配列番号１７の好ましいフラグメントはまた、配列番号１１のフラグメントである。配列番号３９の好ましいフラグメントはまた、配列番号３７のフラグメントである。配列番号４０の好ましいフラグメントはまた、配列番号３８のフラグメントである。
【００２１】
特に好ましいオリゴペプチドは、以下のアミノ酸配列のうちの１つからなる：配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３７および配列番号３８。
【００２２】
（ポリペプチド）
本発明の化合物は、ポリペプチドであり得、例えば、これは、２と１０００との間のアミノ酸からなる。このポリペプチドは、好ましくは、２５０以下（例えば、２２５以下、２００以下、１９０以下、１８０以下、１７０以下、１６０以下、１５０以下、１４０以下、１３０以下、１２０以下、１１０以下、１００以下、９５以下、９０以下、８０以下、７０以下、６０以下、あるいは５０以下）のアミノ酸からなる。
【００２３】
このポリペプチドは、以下の式、すなわち、ＮＨ２−Ａ−（Ｂ−Ｃ）ｎ−Ｄ−ＣＯＯＨを有しており、ここで、ｎは、１と５との間の整数であり、Ａは、必要に応じた「ａ」個のアミノ酸からなるＮ末端配列であり；（各々の）Ｂは、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号３９および／または配列番号４０に由来する、「ｂ」個の連続したアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸であり；（各々の）Ｃは、「ｃ」個のアミノ酸からなる必要に応じたリンカー配列であり；そして、Ｄは、「ｄ」個のアミノ酸からなる必要に応じたＣ末端配列である。上述の値ｂは、５以上である（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５など）。好ましいフラグメントは、上述のように規定される（すなわち、配列番号４〜１１および２９〜３１である）。
【００２４】
いくつかのポリペプチドにおいて、Ｂ部分（−Ｂ−）のアミノ酸配列（または、１以上のＢ部分の各々のアミノ酸配列）は、ｍ個のアミノ酸置換含んでもよく、ｍは、これまで定義したように、１とｎ／４との間の整数である。
【００２５】
Ｂ部分のｎの例の各々は、別のＢと同じものであっても異なるものであってもよい。
【００２６】
ａの値は、一般に少なくとも１（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）であるが、このａの値は、ゼロ（０）（すなわち、−Ａ−が存在しない）であってもよい。代表的なＡ部分（−Ａ−）としては、タンパク質輸送を方向付けるリーダー配列、またはクローニングまたは精製を容易にするための短いペプチド配列（例えば、ヒシチジンタグであり、すなわち、Ｈｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上である）である）が挙げられる。他の適切なＮ末端アミノ酸は、当業者によって明らかである。
【００２７】
ｄとの値は、一般的に、少なくとも１（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）であるが、ゼロ（すなわち、−Ｄ−が存在しない）であってもよい。代表的なＤ部分（−Ｄ−）としては、タンパク質輸送を方向付けるリーダー配列、またはクローニングまたは精製を容易にするための短いペプチド配列（例えば、ヒシチジンタグであり、すなわち、Ｈｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上である）である）、あるいはタンパク質の溶解度を上げる為の配列が挙げられる。他の適切なＣ末端アミノ酸は、当業者によって明らかである。
【００２８】
「ａ＋ｄ」の値は、０以上であり得る（例えば、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）。この値ａ＋ｄは、最大で１０００であることが好ましい（例えば、最大で９００、最大で８００、最大で７００、最大で６００、最大で５００、最大で４５０、最大で４００、最大で３５０、最大で３００、最大で２５０、最大で２００、最大で１９０、最大で１８０、最大で１７０、最大で１６０、最大で１５０、最大で１４０、最大で１３０、最大で１２０、最大で１１０、最大で１００、最大で９０、最大で８０、最大で７０、最大で６０、最大で５０、最大で４０、最大で３０、最大で２５、最大で２０、最大で１９、最大で１８、最大で１７、最大で１６、最大で１５、最大で１４、最大で１３、最大で１２、最大で１１、最大で１０、最大で９、最大で８、最大で７、最大で６、最大で５、最大で４、最大で３、最大で２）。
【００２９】
−Ａ−のアミノ酸配列は、代表的には、ＮａｄＡ配列（または、利用可能である場合は、ＨａｄＡ）（例えば、配列番号１または配列番号２または配列番号３５）における配列−Ｂ−のＮ末端であるａアミノ酸に対してｘ％未満の配列同一性を有しており、−Ｄ−のアミノ酸配列は、代表的には、ＮａｄＡ配列（または、ＨａｄＡ配列）（例えば、配列番号１、配列番号２または配列番号３５）における配列−Ｂ−のＣ末端である「ｄ」個のアミノ酸に対してｙ％未満の配列同一性を有している。一般的に、このｘおよびｙの値は、両方とも、６０以下である（例えば、５０、４０、３０、２０、１０またはそれ以下である）。このｘおよびｙの値は、互いに同じであってもよく、または異なっていてもよい。
【００３０】
ｃの各々の値は、一般的に、少なくとも１（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、少なくとも５００など）であってもよいが、ゼロ（０）（すなわち、Ｃが存在しない）であってもよい。ｃにおけるｎの例の各々の値は、互いに同じであっても異なっていてもよい。
【００３１】
Ｃにおけるｎの例の各々は、別のＣの場合と同じあってもよく、また、異なっていてもよい。
【００３２】
−Ｃｎ−（すなわち、Ｃ部分の「ｎ」番目の例）のアミノ酸は、代表的には、ＮａｄＡ配列（またはＨａｄＡ配列）（例えば、配列番号１または配列番号２または配列番号３５）における−Ｂｎ−配列のＣ末端であるｃアミノ酸に対してｚ％未満の同一性を有している。一般的に、値ｚは、６０未満である（例えば、５０、４０、３０、２０、１０またはそれ未満）である。ｎ＞１である場合、ｚの各々の値は、互いに同じであっても異なっていてもよい。
【００３３】
ｎは、好ましくは、１であり、その結果、そのペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−ＣＯＯＨを有する。
【００３４】
（本発明のペプチド）
本発明のポリペプチド（オリゴペプチドを含むのであり、集合的に「ペプチド」である）は、直鎖状であっても、分岐していても、または環状であってもよいが、本発明のポリペプチドは、好ましくは、アミノ酸の直鎖である。システイン残基が存在する場合、本発明のペプチドは、ジスルフィド架橋を介して他のペプチドと結合してもよい。本発明のペプチドは、Ｌ−アミノ酸および／またはＤ−アミノ酸を含み得る。Ｄ−アミノ酸を含むことは、哺乳動物性プロテアーゼに対する耐性を与える目的において好ましいものであり得る。
【００３５】
本発明のペプチドのＮ末端残基は、共有結合的に改変されていてもよい。適切な共有結合としては、アセチル（ＦｕｚｅｏｎＴＭにおけるようなもの）；疎水性基；カルボベンゾキシル；ダンシル；Ｔ−ブチルオキシカルボニル；アミド；９−フルオレニルメトキシ−カルボニル（ＦＭＯＣ）；脂質；脂肪酸；ポリエチレン；炭水化物などが挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００３６】
同様に、ペプチドのＣ末端残基も、共有結合的に改変されてもよい（例えば、ＦｕｚｅｏｎＴＭにおけるようにカルボキサミドなど）。適切な共有結合基としては、アセチル（ＦｕｚｅｏｎＴＭにおけるようなもの）；疎水性基；アミド；カルボベンゾキシル；ダンシル；Ｔ−ブチルオキシカルボニル；９−フルオレニルメトキシ−カルボニル（ＦＭＯＣ）；脂質；脂肪酸；ポリエチレン；炭水化物などが挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００３７】
本発明のペプチドは、種々の方法で作製され得る。
【００３８】
生産するための好ましい方法としては、インビトロ化学合成法｛７，８｝が挙げられる。固相ペプチド合成法は、特に好ましく、例えば、ｔ−Ｂｏｃ化学法またはＦｍｏｃ化学法｛９｝に基づく方法である。酵素的合成法｛１０｝もまた、部分的にまたは全体に亘って使用され得る。
【００３９】
化学合成の代替的なものとして、生合成が使用されてもよい。例えば、本発明のペプチドは、翻訳によっても産生され得る。これは、インビボまたはインビトロで実施され得る。生物学的方法は、一般に、Ｌ−アミノ酸に基づいたペプチド合成法に制限されるが、翻訳の機構（例えば、アミノアシルｔＲＮＡ分子に係わる機構）を操作することが、Ｄ−アミノ酸（または、他の天然に存在しないアミノ酸（例えば、ヨードチロシン、メチルフェニルアラニン、アジドホモアラニンなど））の導入を可能にするために使用され得る｛１１｝。しかし、Ｄアミノ酸が本発明のペプチドに含まれる場合、化学合成を使用することが好ましい。
【００４０】
生物学的手段によりペプチドを産生することにより、Ｎ末端にメチオニン残基が伴ったペプチドが得られる。本発明のペプチドのＮ末端がメチオニンでない場合、この残基（および他の外因性残基）は、例えば、タンパク質分解によって取り除かれなければならない。
【００４１】
ペプチドの生物学的合成を促進するために、本発明は、本発明のペプチドをコードする核酸を提供する。この核酸は、ＤＮＡであってもＲＮＡであっても（あるいはこれらのハイブリッドであっても）よく、あるいはこれらのアナログ（改変骨格（例えば、ホスホルチオエート）またはペプチド核酸（ＰＮＡ））であってもよい。これは、一本鎖（例えば、ｍＲＮＡ）であっても二本鎖であってもよく、本発明は、（例えば、アンチセンス、プライミング、またはプローブの目的のために）二本鎖核酸の個々の鎖の両方を包含する。これは、直鎖であっても環状であってもよい。これは、標識され得る。これはまた、固体支持体に結合されてもよい。
【００４２】
本発明の核酸は、当然のことであるが、多くの方法（例えば、化学合成法（例えば、その全体または部分に関する、ＤＮＡのホルホルアミダイト合成法、より長い分子のヌクレアーゼ消化法、短い分子の連結、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーによるもの、ポリメラーゼの使用など）により、調製され得る。
【００４３】
本発明は、本発明の核酸を含むベクター（例えば、プラスミド）を提供し（例えば、発現ベクターおよびクローニングベクター）、そして、このようなベクターにより形質転換された（原核生物または真核生物の）宿主細胞を提供する。
【００４４】
（薬物設計およびペプチド模倣物）
本発明のペプチドは、それ自体で有用な抗菌剤である。しかし、これらは、抗菌活性を改善するかまたは薬理学的に重要な特徴（例えば、バイオアベイラビリティ、毒性、代謝、薬物動態など）を改善するために精製されてもよい。従って、このペプチドは、さらなる研究及び精製のためのリード化合物として使用されてもよい。
【００４５】
本発明のペプチドは、抗髄膜炎菌活性または抗ヘモフィルス属活性を有するペプチド模倣物（例えば、参考文献の｛１２｝〜｛１８｝）を設計するために使用され得る。代表的には、これらは、本発明のペプチドに関して等配電子（ｉｓｏｓｔｅｒｉｃ）であるが、そのペプチド結合のうちの１つ以上を欠いている。例えば、このペプチド骨格は、１つの非ペプチド骨格により置換されつつも、他方で、重要なアミノ酸鎖を保持している。
【００４６】
このペプチド模倣物分子は、糖アミノ酸を含んでもよい｛１９｝。ペプトイドが使用されてもよい。
【００４７】
ペプチド模倣物分子の設計を補助するために、ファルマコフォア（ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ；すなわち、活性を担う特定の特徴を示す、化学的特徴および三次元（３Ｄ）拘束の集合）が、このＫＭペプチドのために規定され得る。このファルマコフォアは、好ましくは、表面接触特徴を含み、より好ましくは、水素結合におけるドナーおよびアクセプター、荷電基／イオン化可能基、および／または疎水性パッチ（ｐａｔｃｈｅ）を含む。これらは、活性を与えることにおいてその相対的な重要性に依存して重み付けされてもよい｛２０｝。
【００４８】
ファルマコフォアは、ＣＡＴＡＬＹＳＴ（ＨｙｐｏＧｅｎまたはＨｉｐＨｏｐを備える）｛２１｝、ＣＥＲＩＵＳ２のようなプログラムを使用して決定され得るか、または本発明のポリペプチドのコンフォメーションで分かっているものから手動により拘束をかけてもよい。このファルマコフォアは、ＣＡＴＡＬＹＳＴのようなプログラムを使用して構造ライブラリーをスクリーニングするのに使用してもよい。ＣＬＩＸプログラム｛２２｝もまた使用され得る。このＣＬＩＸプログラムは、構造データベースにある候補分子の配向を検索して、そのレセプターと相互作用する化学基との空間的な一致を最大にする。
【００４９】
結合表面およびファルマコフォアは、官能基（例えば、プロトン、水酸基、アミン基、疎水性基）または低分子フラグメントについて好ましい相互作用する位置をマップするのに使用され得る。ついで、関連性のある基が、本発明のポリペプチドと実質的に同じ空間的な関係で位置づけられるような化合物が、デノボ設計される。
【００５０】
官能基が、正確なサイズおよび形状を有するブリッジフラグメント（ｂｒｉｄｇｉｎｇ  ｆｒａｇｍｅｎｔｓ）または好ましい配向で官能基を支持し得るフレームワークを使用して、単一の化合物内で連結され得、それによって、本発明に従ったペプチド化合物を提供する。このように官能基を連結することは手動により行われ得るが、ＱＵＡＮＴＡまたはＳＹＢＹＬのようなソフトウェアの支援により、自動化デノボ設計法または半自動化デノボ設計法もまた、利用可能であり、例として以下のようなものがある：
・ＭＣＳＳ／ＨＯＯＫ（｛２３｝、｛２４｝、｛２１｝）。これは、データベースから取得した分子テンプレートを使用して複数の官能基を連結する。
・ＬＵＤＩ（｛２５｝、｛２１｝）。これは、リガンドによって理想的に充填される相互作用点を計算して、フラグメントを、そのレセプターと相互作用する能力に基づいて結合部位に置き、次いで、これらを結合することでリガンドを作り出す。
・ＭＣＤＬＮＧ｛２６｝。これは、レセプター結合部位を最充填アレイのジェネリック原子で充填して、モンテカルロ手順を利用して、原子型、位置、結合配置および他の特性をランダムに変更する。
・ＧＲＯＷ｛２７｝。これは、（手動または自動的に配置された）初期「シード」フラグメントから開始して、リガンドを外側に向かって伸長させる。
・ＳＰＲＯＵＴ｛２８｝。これは、以下のようなジュールを含むスィートである：好ましい水素結合および疎水性領域を結合ポケット中で同定するモジュール（ＨＩＰＰＯモジュール）；官能基を選択して、これらの官能基を標的部位に位置づけて構造生成のための開始フラグメントを形成するモジュール（ＥｌｅＦＡｎＴ）；スペーサーフラグメントを開始フラグメント上へ伸ばすことによって結合ポケットの立体的な拘束を満たす骨格を生成して、その得られた部分骨格を結合するモジュール（ＳＰＩＤｅＲ）；置換することでヘテロ原子をこの骨格内に導入してそのレセプター部位の特性に補完的な静電的な特性を有する分子を生成するモジュール（ＭＡＲＡＢＯＵ）。ＡＬＬｉｇａＴＯＲモジュールを使用することで、溶液がクラスタリングされ、スコア付けされる。
・ＣＡＶＥＡＴ｛２９｝。これは、非環状分子に拘束をかける連結ユニットを設計する。
・ＬＥＡＰＦＲＯＧ｛３０｝。これは、微小段階的により構造的変化をおこし、その新規の化合物の結合エネルギーを迅速に評価することによってリガンドを評価する。変化させた結合エネルギーに基づいて、変化が維持されまた棄却され、そして、その構造が、レセプターとの相互作用エネルギーを増すように変化する。
・ＧＲＯＵＰＢＵＩＬＤ｛３１｝。これは、一般的な有機物テンプレートのライブラリーならびにリガンドとレセプターとの非結合性相互作用についての完全に経験的な力場による記載を使用して、化学的に合理的な構造を有しかつレセプターの結合部位に対して補完的である、立体的および静電的な特性を有するリガンドを構築する。
・ＲＡＳＳＥ｛３２｝。
【００５１】
これらの方法は、抗菌性化合物を同定する。これらの化合物は、デノボ設計されてもよく、既知の化合物であってもよく、または既知の化合物に基づいたものであってもよい。この化合物は、それ自体で有用な抗菌剤であってもよく、または、この化合物が、結合親和性または薬理学的に重要な特徴（例えば、バイオアベイラビリティ、毒性、代謝、薬物動態など）を改善する目的でさらに薬学的に精製されるために使用される原型（例えば、リード化合物）であってもよい。
【００５２】
したがって、本発明は以下の（ｉ）〜（ｉｖ）を提供する：（ｉ）これらの薬物設計法を使用して同定される化合物；（ｉｉ）調合剤として使用されるために、これらの薬物設計法を使用して同定される化合物；（ｉｉｉ）例えば、髄膜炎菌感染またはヘモフィルス属菌感染を予防するための、抗菌剤を製造する際に、これらの薬物設計法を使用して同定される化合物の使用；（ｉｖ）患者を治療するための方法であって、これらの薬物設計法を使用して同定された有効量の化合物を投与する工程を包含する方法。
【００５３】
それぞれが有用な化合物であるのと同様に、構造に基づいた設計技術を使用してインシリコで同定されたリガンドもまた、「従来型」のインビトロまたはインビボでのスクリーニング法のための化合物ライブラリーを示唆するのに使用され得る。そのリガンドにおける重要な薬学的モチーフは、殺菌因子および／または抗ウイルス活性についてスクリーニングするために化合物ライブラリー（例えば、コンビナトリアルライブラリー）において同定および模倣され得る。
【００５４】
（弱毒化髄膜炎菌）
ＮａｄＡアドヘシンは、髄膜炎菌上に表面に露出したオリゴマーを形成し、上皮細胞｛４１｝に対する接着に関与する。接着は、髄膜炎菌における病原性周期の一部分であり、その阻害により、この細菌は弱毒化され、その結果、その細菌の全体としての免疫原性の喪失はしていないものの、この細菌は細胞に侵入できず、そして疾患を引き起こすことができなくなる。本発明にしたがって、接着を阻害するひとつの方法は、ＨＲ１配列、ＨＲ２配列、または融合ペプチド配列のうちの１つ以上をＮａｄＡから除去することである。
【００５５】
したがって、本発明は、変異ＮａｄＡタンパク質を提供し、ここで、この変異体は、ＨＲ１配列、ＨＲ２、または融合配列を欠く。
【００５６】
本発明はまた、変異ＮａｄＡタンパク質を提供し、ここで、この変異体は、以下のアミノ酸配列のうち１以上を含まない：（ｉ）配列番号３に対して少なくともｐ％同一性を有する配列；（ｉｉ）配列番号５に対して少なくともｑ％同一性を有する配列；（ｉｉｉ）配列番号７に対して少なくともｒ％の同一性を有する配列；（ｉｖ）配列番号１０に対して少なくともｓ％の同一性を有する配列。
【００５７】
ｐは、５０以上である。ｑは、５０以上である。ｒは、５０以上である。ｓは、５０以上である。ｐ、ｑ、ｒおよびｓの値は、互いに独立であり、代表的な値は、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００である。
【００５８】
このアミノ酸配列（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は、少なくとも１０アミノ酸長であり、より好ましくは、少なくとも１５アミノ酸長である。
【００５９】
本発明はまた、変異ＮａｄＡ  タンパク質を提供し、このタンパク質は、アミノ酸配列−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆ−Ｇ−Ｈ−Ｉ−を含み、ここで、−Ａ−は、配列番号１のアミノ酸２６〜１１６に対して少なくともａ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｂ−は、配列番号１のアミノ酸１１７〜１５２に対して少なくともｂ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｃ−は、配列番号１のアミノ酸１５３〜１８０に対して少なくともｃ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｄ−は、配列番号１のアミノ酸１８１〜１９９に対して少なくともｄ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｅ−は、配列番号１のアミノ酸２００〜２６０に対して少なくともｅ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｆ−は、配列番号１のアミノ酸２６１〜２７５に対して少なくともｆ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｇ−は、配列番号１のアミノ酸２７６〜２７７に対して少なくともｇ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｈ−は、配列番号１のアミノ酸２７８〜２９９に対して少なくともｈ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｉ−は、配列番号１のアミノ酸３００〜３６４に対して少なくともｉ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；但し、−Ｂ−、−Ｄ−、−Ｆ−または−Ｈ−のうちの少なくとも１つは、そのタンパク質において存在していない。
【００６０】
ａの値は、５０以上である。ｂの値は、５０以上である。ｃの値は、５０以上である。ｄの値は、５０以上である。ｅの値は、５０以上である。ｆの値は、５０以上である。ｇの値は、５０以上である。ｈの値は、５０以上である。ｉの値は、５０以上である。ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、ｆ、ｇ、ｈおよびｉの値は、互いに独立であり、代表的には、すべての値が、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００である。
【００６１】
本願発明また、これらの変異ＮａｄＡタンパク質をコードする核酸を提供する。本発明はまた、この核酸（ａ）を発現する髄膜炎菌を提供し、この髄膜炎菌は、その表面上に上述の変異ＮａｄＡタンパク質を提示し、かつ、ヒト上皮細胞に接着および／または侵入することができない。
【００６２】
変異が、相同組換えにより（例えば、同系除去技術（ｉｓｏｇｅｎｉｃ  ｄｅｌｅｔｉｏｎ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）を使用することで）標的髄膜菌に導入され得、ネイティブｎａｄＡ配列が除去され得る。
【００６３】
（弱毒化ヘモフィルス属菌（ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ））
本発明にしたがう、ヘモフィルス属菌の接着を阻害する１つの方法は、ＨａＡからＨＲ１配列、ＨＲ２配列または融合ペプチド配列のうちの１つ以上のものを取り除くことである。したがって、本発明は、変異ＨａｄＡタンパク質を提供して、この変異タンパク質は、ＨＲ１配列、ＨＲ２配列または融合配列を欠いている。
【００６４】
本発明はまた、変異ＨａｄＡタンパク質を提供し、ここで、この変異体は、配列番号３５に対して少なくともｐ％の同一性を有するアミノ酸を含まない。ここで、ｐの値は、５０以上（例えば、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００）である。このアミノ酸配列は、好ましくは、少なくとも１０アミノ酸長であり、より好ましくは、少なくとも１５アミノ酸長である。
【００６５】
本発明はまた、変異ＨａｄＡタンパク質を提供し、このタンパク質は、アミノ酸配列−Ａ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆ−Ｇ−を含み、ここで、−Ａ−は、配列番号３５のアミノ酸２７〜５０に対して少なくともａ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｂ−は、配列番号３５のアミノ酸５１〜６７に対して少なくともｂ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｃ−は、配列番号３５のアミノ酸６８〜７０に対して少なくともｃ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｄ−は、配列番号３５のアミノ酸７１〜９１に対して少なくともｄ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｅ−は、配列番号３５のアミノ酸９２〜１１９に対して少なくともｅ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｆ−は、配列番号３５のアミノ酸１２０〜１８３に対して少なくともｆ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；−Ｇ−は、配列番号３５のアミノ酸１８４〜２５６に対して少なくともｇ％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり；但し、Ｂ、ＤまたはＦのうちの少なくとも１つは、そのタンパク質において存在していない。
【００６６】
ａの値は、５０以上である。ｂの値は、５０以上である。ｃの値は、５０以上である。ｄの値は、５０以上である。ｅの値は、５０以上である。ｆの値は、５０以上である。ｇの値は、５０以上である。ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、ｆおよびｇの値は、互いに独立であり、代表的には、すべての値が、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００である。
【００６７】
本願発明また、これらの変異ＨａｄＡタンパク質をコードする核酸を提供する。本発明はまた、この核酸（ａ）を発現するヘモフィルス属菌を提供し、このヘモフィルス属菌は、その表面上に上述の変異ＨａｄＡタンパク質を提示し、かつ、ヒト上皮細胞に接着および／または侵入することができない。
【００６８】
変異が、相同組換えにより（例えば、同系除去技術（ｉｓｏｇｅｎｉｃ  ｄｅｌｅｔｉｏｎ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）を使用することで）標的ヘモフィルス属に導入され得、ネイティブｈａｄＡ配列が除去され得る。
【００６９】
（薬学的組成物）
本発明は、（ａ）本発明のペプチドおよび（ｂ）薬学的キャリアを含む薬学的組成物を提供する。
【００７０】
成分（ａ）は、組成物の活性成分であり、これは、治療有効量（例えば、髄膜炎菌感染またはヘモフィルス属菌感染を阻害するのに十分な量）で存在する。所定の患者に対する正確な有効量は、患者のサイズおよび健康状態、感染の性質および程度、および投与のために選択した組成物または組成物の組み合わせに依存するものである。上述の有効量は、慣用的な実験により決定され得、そして、臨床医療従事者の判断の範疇である。本発明の目的のために、有効量は、一般的には、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇまたは約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇである。ペプチドに基づく薬学的組成物は、当該分野で周知である（例えば、ＦＵＺＥＯＮＴＭ）。ペプチドは、塩および／またはエステルの形態で組成物中に含まれていてもよい。
【００７１】
キャリア（ｂ）は、それ自体で、上述の化合物を受けた患者に対して有害な抗体の産生を誘導せず、過度な毒性を伴わずに投与され得る任意の物質であり得る。適切なキャリアは、大きく、ゆっくりと代謝される高分子（例えば、タンパク質、ポリサッカリド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、アミノ酸ポリマー、アミノ酸コポリマー、および不活性化ウイルス粒子）であり得る。このようなキャリアは、当業者にとって周知のものである。薬学的に許容可能なキャリアとしては、水、生理食塩水、グリセロールおよびエタノールのような液体が挙げられる。補助的な物質（例えば、湿潤剤、乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）もまた、このようビヒクルの中に存在し得る。リポソームは、適切なキャリアである。薬学的なキャリアの詳細な議論については、参考文献｛３３｝が利用可能である。
【００７２】
髄膜炎菌感染およびヘモフィルス属菌感染は、身体における種々の領域を襲う。そのため、本発明の組成物は、種々の形態で調製され得る。例えば、この組成物は、液状である溶液または懸濁液のいずれかで注射可能であるように調製され得る。注射前に液体ビヒクル中で、溶液または懸濁液に適切な固体もまた、調製され得る。上述の組成物は、例えば、軟膏、クリームまたはパウダーのような局所投与のために使用され得る。上述の組成物は、例えば、錠剤またはカプセルあるいはシロップ（これらは、必要に応じて矯味矯臭される）として経口投与用に調製され得る。上述の組成物は、微粉または噴霧剤を使用する場合おける吸入剤として、肺投与のために調製される。上述の組成物は、坐剤またはペッサリーとして調製され得る。上述の組成物は、ドロップ、噴霧剤、または粉剤（例えば、｛３４｝）として経鼻投与、経耳投与、または経眼投与のために調製され得る。上述の組成物は、含そう薬に含めてもよい。上述の組成物は、凍結乾燥してもよい。
【００７３】
薬学的組成物は、好ましくは滅菌されている。薬学的組成物は、好ましくは、発熱因子を含まない。好ましくは、薬学的組成物は、例えば、ｐＨ６とｐＨ８との間で、一般的には、約ｐＨ７で緩衝化されている。
【００７４】
本発明はまた、本発明の薬学的組成物を含む送達デバイスを提供する。このデバイスは、例えば、注射器であっても、また、吸入器であってもよい。
【００７５】
本発明のペプチドは、１以上の抗生物質、好ましくは、髄膜炎菌および／またはヘモフィルス属に対して活性である抗生物質と共投与されてもよい。従って、本発明の組成物は、１以上の抗生物質を含み得る。
【００７６】
（医療処置および医療における使用）
本発明は、医薬品としての使用するために本発明の化合物を提供する。本発明はまた、髄膜炎菌感染および／またはヘモフィルス属菌感染により苦しむ患者を治療するための方法を提供し、この方法は、本発明の薬学的組成物をその患者に対して投与する工程を包含する。本発明はまた、患者を治療するための医薬品を製造する際に本発明の化合物を使用することを提供する。
上述した患者は、好ましくは人間（ヒト）である。このヒトは、成人であってもよく、子供であってもよく、好ましくは、子供である。子供用の組成物はまた、例えば、安全性、投与量、免疫原性などの評価のために、成人に対して投与され得る。
【００７７】
本発明の組成物は、一般に、患者に対して直接的に投与され得る。直接的な送達は、非経口的投与（例えば、皮下、腹腔内、経静脈、筋内、または組織の間隙）、または経直腸的投与、経口的投与（例えば、錠剤、噴霧剤）、経膣的投与、局所的投与、経皮的（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）投与（例えば、参考文献｛３５｝）、または経皮的（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）投与（例えば、参考文献｛３６｝および｛３７｝）、経鼻的投与（例えば、参考文献｛３８｝）、経眼的投与、経耳的投与、経肺的投与、または他の経粘膜的投与により達成され得る。
【００７８】
投薬処置は、単位投与量スケジュールであっても、また、複数投与量スケジュールでもよい。
【００７９】
本発明の使用および方法は、治療的（例えば、既存の細菌性髄膜炎および髄膜炎菌性髄膜炎、またはＢＰＦを処置するために）あるいは予防的（例えば、細菌との接触が期待されるような場合、感染が確立するような場合に予防されるために）使用され得る。治療的使用は好ましく、治療の効力は、本発明の組成物を投与した後に、細菌力価をモニターすることによって、または、症状をモニターすることによって試験され得る。
【００８０】
（プロセス）
本発明はまた、本発明のペプチドを産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、本発明のペプチドの発現を誘導するような条件下で、本発明の核酸で形質転換した宿主細胞を培養する工程を包含する。
【００８１】
本発明は、本発明のペプチドを産生するためのプロセスを提供し、このプロセスは、化学的手段でこのペプチドを合成する工程を包含する。このペプチドは、このような化学的手段によりその全体または一部分について合成され得る。
【００８２】
（一般事項）
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（または「包含する」）は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、ならびに「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」を包含するものである。例えば、Ｘを含む（「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」）組成物は、排他的にＸからなるか、または追加的ななにものかを含み得る（例えば、Ｘ＋Ｙ）。
【００８３】
数値ｘに関連して用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【００８４】
用語「実質的に」とは、「完全」であることを排除しない。例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくともよい。必要である場合、この用語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてもよい。
【００８５】
２つのアミノ酸の間の配列同一性パーセント（％）を参照することは、アライメントされたときに、アミノ酸のパーセンテージが、その２つの配列を比較において同じであることを意味する。このアライメントおよび相同性パーセントまたは配列同一性パーセントは、既知のプログラム、例えば、参考文献｛３９｝の７．７．１８節において記載されているようなプログラムを使用して決定され得る。好ましいアライメントは、オープンギャップペナルティとして１２、およびギャップエクステンションペナルティーとして２、ＢＬＯＳＵＭマトリクス６２としてアフィンギャップサーチを使用するスミス−ウォーターマン（Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ）相同性サーチアルゴリズムによって決定される。このスミス−ウォーターマン相同性検索アルゴリズムは、参考文献｛４０｝に開示されている。
【００８６】
ペプチド配列中で、「ＮＨ２」および「ＣＯＯＨ」が使用されると、Ｎ末端からＣ末端へのペプチドの方向のみを示し、Ｎ末端残基が遊離したＮＨ２基であることを示すのではなく、またはそのＣ末端が遊離したＣＯＯＨ基であることを示すものでもない（ただし、このような状況を排除するものでもない）
。逆に、このＮ末端およびＣ末端は、共有結合的に改変されていてもよい。
【００８７】
本発明の化合物は、好ましくは、（ａ）ＮａｄＡ  ＨＲ２とのＮａｄＡ  ＨＲ１の相互作用または（ｂ）ＨａｄＡ  ＨＲ２とのＨａｄＡ  ＨＲ１の相互作用のいずれかを阻害し得る。
【００８８】
本発明の化合物とＮａｄＡ／ＨａｄＡとの間の結合相互作用は特異的である。この状況における特異性とは、この化合物がＮａｄＡ／ＨａｄＡ以外のなにものにたいしても結合しないという意味ではなく（例えば、それが、他のアドヘシンまたは表面タンパク質に結合してもよい）、その化合物が、バックグラウンドレベル（すなわち、非特異的レベル）よりもＮａｄＡ／ＨａｄＡに結合することを意味する。例えば、この化合物は、アルブミン、グロブリンなどのようなタンパク質に結合するよりも、ＮａｄＡ／ＨａｄＡに対してより緊密に結合する。
【００８９】
（配列表の簡単な説明）
【００９０】
【表１】
2008505881.tif 000031
【発明を実施するための最良の形態】
【００９１】
（髄膜炎菌性ＮａｄＡ）
参考文献３は、ナイセリアアドヘシンＡ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌ  Ａｄｈｅｓｉｎ  Ａ）、つまり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来の表面タンパク質についての詳細を開示する。ＮａｄＡ配列を、血清群Ａ、血清群Ｂおよび血清群Ｃに由来する株を含むような２６種の異なる髄膜炎菌株から取得する。これらの配列を、３つの異なる対立遺伝子に分類した。
【００９２】
ＮａｄＡは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの超毒性株（ｈｙｐｅｒｖｉｒｕｌｅｎｔ  ｌｉｎｅａｇｅ）ＩＩＩ、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｎ．ｌａｃｔａｍｉｃａまたはＮ．ｃｉｎｅｒｅａにおいて見出されてなかった。ＮａｄＡはまた、血清群Ａの髄膜炎菌Ｚ２４９１株について公開されている配列においても存在していない。様々な配列が、ＧｅｎＢａｎｋに寄託されており、参考文献｛４１｝の配列番号１〜１４においても見出され得る。
【００９３】
この公開された配列および特徴に基づくと、当業者は、所定の髄膜炎菌のいずれにおいてもそのＮａｄＡ配列（またはそれが存在しないこと）を同定することができる。
【００９４】
本明細書に記載の配列番号１は、ＭＣ５８株に由来するＮａｄＡ配列であり、対立遺伝子（ＡＬＬＥＬＥ）「１」（ＡＬＬＥＬＥ−１）を有している。配列番号２は、２９９６株に由来するＮａｄＡ配列であり、対立遺伝子（ＡＬＬＥＬＥ）「３」（ＡＬＬＥＬＥ−３）を有している。これらの２配列のアライメントを以下に示す：
【００９５】
【化１−１】
2008505881.tif 000032
【００９６】
【化１−２】
2008505881.tif 000033
【００９７】
参考文献３は、ＮａｄＡが膜アンカー（ｍｅｍｂｒａｎｅ  ａｎｃｈｏｒ）を有していることを示しており、そして、このタンパク質が髄膜炎菌膜において集合してオリゴマーを形成し、これはコイルドコイルドメインを解して集合することを示している。
【００９８】
（ＳＡＲＳコロナウイルススパイクタンパク質（ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ  ｓｐｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ））
ＳＡＲＳコロナウイルスのＥ２スパイクタンパク質が、これまでに報告されている。このタンパク質のアミノ酸配列は、本明細書において示されており、それは配列番号１８である。配列番号１と１８と（すなわち、ＮａｄＡとＥ２との）ＣＬＵＳＴＡＬＷによるアライメントによって、その同一性が６％未満であることを明らかである。
【００９９】
【化２−１】
2008505881.tif 000034
【０１００】
【化２−２】
2008505881.tif 000035
【０１０１】
したがって、進化的な関係を判定することにおける一般的基準である一次配列にのみ基づいた場合、この１２５５マーのウイルス性ＳＡＲＳタンパク質とこの３６４マーの細菌性ＮａｄＡタンパク質は、無関係であるように見える。
【０１０２】
ＳＡＲＳ  Ｅ２タンパク質の２次構造予測は、以下にように与えられ、ここで、Ｃは、コイルを表し、Ｈは、へリックスを表し、そして、Ｅは、伸長配列を表す：
【０１０３】
【化３】
2008505881.tif 000036
【０１０４】
ＳＡＲＳ  Ｅ２タンパク質について（実際のところ、多くの他の被包性ウイルスの融合タンパク質について）明らかになったこの２次構造は、ＮａｄＡに示されたものと類似している。
【０１０５】
【化４−１】
2008505881.tif 000037
【０１０６】
【化４−２】
2008505881.tif 000038
【０１０７】
この二次構造レベルでの類似性は、本発明者にとって次のような示唆を与えるものであった。つまり、ＮａｄＡは、ウイルススパイクタンパク質とその機能的特徴を共有するものである。具体的には、ＨＲ２配列は、ＨＩＶにおけるＦＵＺＥＯＮＴＭにおいて見出されているように、コロナウイルスにおけるウイルス侵入および膜融合を阻害するということが最近示されており｛４２｝、そして、本発明者らは、ＮａｄＡが、起こり得る融合に関する位置を示すものであると考え、それが、ＨＲ１配列およびＨＲ２配列であると考えた。
【０１０８】
（ＮａｄＡ融合およびヘプタッドリピート配列）
様々なウイルススパイク（ｓｐｉｋｅ）タンパク質の関する上述の融合ペプチドを、以下に示し、その下にコンセンサス配列（ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ）を示した：
【０１０９】
【化５】
2008505881.tif 000039
【０１１０】
このコンセンサス配列を使用して、ＮａｄＡにおける融合性配列を同定した（配列番号１および配列番号２）：
【０１１１】
【化６】
2008505881.tif 000040
【０１１２】
このＳＡＲＳ融合性配列に対する類似性およびペプチド配列のへリックス配列におけるアンフィパティシティー（ａｍｐｈｉｐａｔｉｃｉｔｙ）を考慮すると、配列番号２８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２８）および配列番号３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３）の配列は、融合性配列として同定され得る。併せて、これらの２配列に、配列番号３３が与えられる。
【０１１３】
Ｅ２（残基９０３〜９２１）およびＮａｄＡ（残基１８１〜１９９）のヘリクッスホイール投影図（ｈｅｌｉｃａｌ  ｗｈｅｅｌ  ｐｒｏｊｅｃｔｉｏｎ）を、図２に示す。疎水性面が、明確に示されている（枠で囲った残基）。ヘプタッドリピート配列を、図１に示したように、ＮａｄＡ（配列番号１）において同定した。
このＨＲ１配列を、配列番号１における残基１１７〜１５２にマッピングしており、規則的な「ａｂｃｄｅｆｇ」というヘプタッドリピートが示されており、適切な残基は、ａ位とｄ位に存在する。配列番号２におけるＨＲ１配列は、Ａｌａ／Ｇｌｕ置換を有している点で、幾分違っている。（配列番号５および６を比較のこと；配列番号４）。
【０１１４】
２つの可能なＨＲ２配列が見出されており、その第一のもの（ＨＲ２ａ）は、その第二のもの（ＨＲ２ｂ）よりも短い。このＨＲ２ａ配列は、配列番号１の残基２６１〜２７５にマッピングされ、ＨＲ２ｂは、残基２７８〜２９９にマッピングされる。このＨＲ２ａ配列は、ＮａｄＡの対立遺伝子１（ａｌｌｅｌｅｓ  １）と対立遺伝子３（ａｌｌｅｌｅｓ  ３）のアライメントがはっきりとしたギャップを示している領域に存在しており、これは、ＨＲ２ａ配列のＣ末端で影響を受けている（配列番号７と配列番号８を比較のこと）。ＨＲ２ｂ配列は、その挿入の下流にあり、より関連性があるものである（配列番号１０と１１を比較のこと；  配列番号９）。
【０１１５】
（ＮａｄＡのＨＲ１ペプチドおよびＨＲ２ペプチド）
髄膜炎菌性ＮａｄＡとＳＡＲＳコロナウイルススパイクタンパク質との間のこの驚くべき関係（上記参照）、ＨＲ２ペプチドがコロナウイルス侵入を妨げる効力があるとの最近の同定結果｛４２｝、既知であるようにＨＲ２ペプチドがＨＩＶ活性を妨げる効力があること（すなわち、ＦＵＺＥＯＮＴＭ）に基づき、ＮａｄＡのＨＲ１配列およびＨＲ２配列を、髄膜炎菌を試験するためにオリゴヌクレオチドとして化学合成した。
【０１１６】
配列を、ＮａｄＡ対立遺伝子「３」（ａｌｌｅｌｅ  “３”）から得た（配列番号２による）。そのＨＲ１オリゴペプチドは、配列番号２９である。そのＨＲ２ａオリゴペプチドは、配列番号３０である。そのＨＲ２ｂオリゴペプチドは、配列番号３１である。これらのペプチドの各々は、その「コア」配列（配列番号６、配列番号８および配列番号１１）をＮ末端方向およびＣ末端方向に３アミノ酸ずつ伸長したもの基づいている。
【０１１７】
この融合性ペプチドに基づいたオリゴペプチドもまた、調製した（配列番号３２）。
【０１１８】
（ＨａｄＡのＨＲ１ペプチドおよびＨＲ２ペプチド）
ＢＰＦクローンＦ３０３１に由来する全長ＨａｄＡ配列を、配列番号３５として与えた。この配列を分析すると、リーダー配列（アミノ酸１〜２６）、可能な融合性配列（５１〜６７；配列番号３６）、ＨＲ１配列（７１〜２１；配列番号３７）、ＨＲ２配列（１２０〜１８３；配列番号３８）ならびに膜アンカー（１８６〜２５６）が明らかである。これらの特徴を以下に示す。ここで、下線部は、（ｉ）融合性配列の疎水性残基または（ｉｉ）ＨＲ１およびＨＲ２におけるヘプタッドリピート残基を示す：
【０１１９】
【化７】
2008505881.tif 000041
【０１２０】
インフルエンザウイルスヘマグリチニン（ｈａｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ）のｐＨ依存性コンフォメーション変化に関するモデルを、図３Ａに示し、そして、図３Ｂは、ＨａｄＡにおける同等のコンフォメーション変化が、（ＮａｄＡについてのアナロジーにより）アドヘシンといかに関係があるかを示すモデルを示す。
【０１２１】
合成配列である配列番号３９および配列番号４０を、融合研究のために調製した。
【０１２２】
ここで本発明をその一例により示したが、その改変が、本発明の範囲および精神を逸脱しない限りにおいて可能であることは理解されるべきである。
【０１２３】
参考文献（その内容は、本願明細書において参考として援用される）
【０１２４】
【数１】
2008505881.tif 000042
【図面の簡単な説明】
【０１２５】
【図１】図１は、ＭＣ５８株からとったＮａｄＡを示しており、目的の領域は強調している。
【図２】図２は、ＳＡＲＳ  Ｅ２（図２Ａ）およびＮａｄＡ（図２Ｂ）のへリックスホイールの分析結果を示す。
【図３】図３は、インフルエンザＨＡ（３Ａ）およびインフルエンザＨａｄＡ（３Ｂ）におけるコンフォメーション変化のモデルを示す。
【手続補正書】
【提出日】平成19年5月28日(2007.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2008505881000001.app
【国際調査報告】
2008505881.tif 000043
2008505881.tif 000044
2008505881.tif 000045
2008505881.tif 000046
2008505881.tif 000047