(57)【要約】本発明は、癌関連遺伝子の分野におけるものである。詳細には、本発明は、特定の遺伝子の発現またはそれらの遺伝子によってコードされるタンパク質の存在の有無に基づいて癌または癌を発症する可能性を検出するための方法に関する。本発明は、これらの癌関連遺伝子を上方調節または下方調節させるための方法および分子も提供する。いくつかの実施形態において、この癌は、リンパ腫、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における癌を処置するための方法であって、該方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮFＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを調節する工程を含み、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項２】
前記方法が、前記遺伝子発現産物のレベルを調節する抗体、核酸またはポリペプチドを前記患者に投与する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記発現産物の発現レベルが、少なくとも２倍の変化だけ上方調節されるか、または下方調節される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記癌が、腫瘍成長の阻害または腫瘍体積の減少によって処置される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記癌が、癌細胞の侵襲性を低減することによって処置される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記発現産物が、タンパク質またはｍＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
第１の時点における前記発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較し、該第１の時点と比較して該第２の時点における発現産物のレベルの増加が、癌の進行を示す、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ヌクレオチドが、配列番号１〜１４４からなる群から選択される配列を有する、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記抗体が、中和抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体が、少なくとも１×１０８Ｋａのアフィニティーで前記遺伝子によってコードされるポリペプチドに結合するモノクローナル抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記抗体が、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体またはＦａｂフラグメントである、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
コントロールと比較して、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の過剰発現を特徴とする、患者における癌を処置する方法であって、該方法は、該患者における該遺伝子の発現を調節する工程を含む、方法。
【請求項１４】
前記方法が、遺伝子発現を阻害する抗体、核酸またはポリペプチドを前記患者に投与する工程を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の患者サンプルにおける差次的発現の証拠を検出する工程を含む、癌を診断するための方法であって、ここで、差次的発現の証拠は、癌の診断となり、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項１６】
差次的発現の証拠が、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを測定することによって検出される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記発現産物が、タンパク質またはｍＲＮＡである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記タンパク質の発現のレベルが、前記遺伝子によってコードされるポリペプチドに特異的に結合する抗体を使用して測定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗体が、画像化剤に連結されている、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者サンプルにおける前記遺伝子の発現産物のレベルが、コントロールと比較される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記コントロールが、前記患者サンプルにおけるものと同じ組織型の既知の正常組織である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２２】
前記サンプルにおける発現産物のレベルが、前記コントロールと比較して増加している、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物の証拠を検出する工程を含む、患者サンプルにおける癌性細胞を検出するための方法であって、該サンプルにおける該遺伝子の発現の証拠は、該サンプル中の細胞が、癌性であることを示す、方法。
【請求項２４】
前記細胞が、乳房細胞、結腸細胞、腎臓細胞、肝臓細胞、肺細胞、リンパ細胞、卵巣細胞、膵臓細胞、前立腺細胞、子宮細胞、頸部細胞、膀胱細胞、胃細胞または皮膚細胞である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記発現産物の証拠が、画像化剤に連結された抗体を使用して検出される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
患者における癌の進行を評価するための方法であって、第１の時点における生物学的サンプル中の、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較する工程を含み、ここで、該第１の時点と比較して、該第２の時点における該発現産物のレベルの変化は、該癌の進行を示唆し、そして、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項２７】
メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される癌を診断する方法であって、該方法は：
（ａ）第１の個体の第１の組織型を含む第１のサンプルにおける、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定する工程；および
（ｂ）（ａ）におけるｍＲＮＡレベルを：
（１）該第１の個体の正常組織型を含む第２のサンプルにおけるｍＲＮＡレベル、または
（２）罹患していない個体由来の正常組織型を含む第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベル
と比較する工程
を含み；ここで、（ａ）におけるｍＲＮＡレベルと該第２のサンプルまたは該第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベルとの間の少なくとも２倍の差は、該第１の個体が、癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す、方法。
【請求項２８】
前記（ａ）におけるｍＲＮＡのレベルと前記第２のサンプルまたは前記第３のサンプルにおけるｍＲＮＡのレベルとの間の少なくとも３倍の差が、前記第１の個体が癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は：
（ａ）ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子を発現する細胞を候補抗癌剤と接触させる工程；および
（ｂ）該候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差を検出する工程
を含み、ここで、
該候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差は、該候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示唆し、また、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項３０】
前記候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも３倍の差は、該候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示す、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記候補抗癌剤が、抗体、低分子量有機化合物、低分子量無機化合物またはポリヌクレオチドである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記ポリヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に結合する抗体での処置に感受性であると患者を同定するための方法であって、該方法は、該患者由来の生物学的サンプル中の該遺伝子の発現産物のレベルを測定する工程を含む、方法。
【請求項３４】
哺乳動物における癌の診断または検出のためのキットであって、該キットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の腫瘍細胞抗原と特異的に結合する前述の実施形態のいずれか１つに記載の抗体もしくはそのフラグメント、または免疫複合体もしくはそのフラグメント；該抗体と該腫瘍細胞抗原との結合反応を検出するための１以上の試薬；および必要に応じて、該キットを使用するための指示書を備え、ここで、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、キット。
【請求項３５】
癌を診断するためのキットであって、該キットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブ；該遺伝子を増幅するためのプライマー；および必要に応じて、該キットを使用するための指示書を備え、ここで、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、キット。
【請求項３６】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に特異的な１以上の抗体またはオリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項３７】
従来の、癌に対する薬物をさらに含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３８】
薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３９】
前記１以上のオリゴヌクレオチドが、配列番号１〜１４４からなる群から選択される、請求項３６に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願への相互参照）
本出願は、２００５年４月７日に出願された、米国連続番号60/669,861（この全体が、参考として本明細書に援用される）の優先権を主張する。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、癌関連遺伝子の分野におけるものである。詳細には、本発明は、特定の遺伝子の差次的発現またはそれらの遺伝子産物の存在に基づいて癌または癌を発症する可能性を検出するための方法に関する。本発明は、これらの癌関連遺伝子を調節することによって癌を検出し、診断し、そして処置するための方法および分子も提供する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
癌遺伝子は、癌を引き起こし得る遺伝子である。発癌は、癌遺伝子を含むウイルスによる細胞の感染、宿主ゲノム内の癌原遺伝子（癌遺伝子になる可能性を有する正常遺伝子）の活性化および癌原遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の変異を含む多岐にわたるメカニズムによって生じ得る。発癌は、基本的に体細胞進化（すなわち、増殖制御の進行性の喪失を伴う改変体の変異および自然淘汰）によって引き起こされる。これらの体細胞突然変異に対する標的として働く遺伝子は、突然変異の表現型が、優性または劣性であるかに応じて、それぞれ癌原遺伝子または腫瘍抑制遺伝子のいずれかとして分類される。
【０００４】
ヒトの癌ならびに動物の癌に関与することが知られている多くのウイルスが存在する。ここで、特に興味深いのは、癌遺伝子自体を含まないウイルスである；これらは、遅性トランスフォーミング（ｓｌｏｗ−ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ）レトロウイルスである。このようなウイルスは、宿主ゲノムへ組み込み、そして種々の方法で近隣の癌原遺伝子に影響を与えることにより、腫瘍を誘導する。プロウイルス挿入変異は、レトロウイルスの生活環の正常な結果である。感染細胞において、レトロウイルスゲノムのＤＮＡコピー（プロウイルスと呼ばれる）は、宿主ゲノムに組み込まれる。新たに組み込まれたプロウイルスは、２つのメカニズムのうちの一方によって、組み込み部位において、またはその付近にて同一分子上で（ｉｎ  ｃｉｓ）遺伝子発現に影響を及ぼし得る。Ｉ型挿入変異は、プロウイルスの末端反復配列（ＬＴＲ）内の調節配列（エンハンサーおよび／またはプロモーター）の結果として近位遺伝子の転写を上方調節する。遺伝子のイントロンまたはエキソン内に位置するＩＩ型挿入変異は、プロウイルスの末端反復配列（ＬＴＲ）内の調節配列（エンハンサーおよび／またはプロモーター）の結果として前記遺伝子の転写を上方調節し得る。さらに、オープンリーディングフレーム内に直接組み込まれることまたは両端がコード配列に隣接しているイントロン内に組み込まれることのいずれかに起因して、ＩＩ型挿入変異は、コード領域の短縮化を引き起こし得る。これにより、短縮化された転写物／タンパク質産物または不安定な転写物／タンパク質産物がもたらされ得る。挿入部位における配列またはその近隣の配列の解析により、多くの新たな癌原遺伝子が同定される。
【０００５】
リンパ腫および白血病に関して、ＡＫＶマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）またはＳＬ３−３ＭＬＶなどのレトロウイルスは、感染しやすい新生仔マウスに接種されるとき、または生殖細胞系列内に保有されるとき、腫瘍の強力な誘発因子である。挿入部位を解析することによって、多くの配列がリンパ腫および白血病の誘発に関連すると同定されている；非特許文献１；非特許文献２；非特許文献３；非特許文献４；非特許文献５；および非特許文献６を参照のこと；これらのすべてが本明細書中で参考として明白に援用される。癌、特に乳癌、前立腺癌および上皮起源の癌に関して、哺乳動物のレトロウイルスであるマウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）は、感染しやすい新生仔マウスに接種されるとき、または生殖細胞系列内に保有されるとき、腫瘍の強力な誘発因子である。非特許文献Ｍａｍｍａｒｙ  Ｔｕｍｏｕｒｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｍｏｕｓｅ，Ｊ．ＨｉｌｇｅｒｓおよびＭ．Ｓｌｕｙｓｅｒ編；Ｅｌｓｅｖｉｅｒ／Ｎｏｒｔｈ−Ｈｏｌｌａｎｄ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ；Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．。
【０００６】
特定の生細胞における遺伝子発現のパターンは、その現在の状態に特徴的である。細胞の状態またはタイプにおけるほぼすべての差異は、１以上の遺伝子のＲＮＡレベルにおける差異に反映される。特徴付けられていない遺伝子の発現パターンを比較することにより、それらの機能の手がかりが提供され得る。数百または数千の遺伝子の発現のハイスループット解析は、（ａ）複雑な遺伝的疾患の同定、（ｂ）組織と疾患状態との間の経時的な差次的遺伝子発現の解析、ならびに（ｃ）薬物発見および毒性学研究に役立ち得る。特定の遺伝子の発現レベルの増加または減少は、癌の生物学と相関する。例えば、癌遺伝子は、腫瘍形成の正の制御因子であり、一方、腫瘍抑制遺伝子は、腫瘍形成の負の制御因子である（Ｍａｒｓｈａｌｌ，Ｃｅｌｌ，６４：３１３−３２６（１９９１）；Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：１１３８−１１４６（１９９１））。
【０００７】
免疫療法または治療的な目的で抗体を使用することは、近年、癌を処置するために使用されてきている。受動免疫療法は、癌の処置におけるモノクローナル抗体の使用を含む。例えば、Ｃａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，６ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）Ｃｈａｐｔ．２０  ｐｐ．４９５−５０８を参照のこと。これらの抗体の固有の治療的な生物学的活性は、腫瘍細胞の成長または生存の直接阻害および身体の免疫系の天然の細胞殺傷活性を補充する能力を含む。これらの薬剤は、単独または放射線照射もしくは化学療法剤と組み合わせて投与される。それぞれ、リンパ腫および乳癌の処置について認可されているＲｉｔｕｘａｎ（登録商標）およびＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）は、このような治療剤の２つの例である。あるいは、抗体は、抗体結合体を作製するために使用され、ここで、その抗体は、毒性薬剤に連結されており、そして腫瘍に特異的に結合することによってその薬剤を腫瘍に向かわせる。Ｍｙｌｏｔａｒｇ（登録商標）は、白血病の処置のために使用される、認可された抗体結合体の例である。しかしながら、これらの抗体は、その原因ではなく腫瘍自体を標的化している。
【０００８】
抗癌治療のためのさらなるアプローチは、癌を引き起こし得る癌原遺伝子を標的化することである。癌を引き起こすと同定された遺伝子をモニターして、癌の発症を検出することができ、そしてその遺伝子を、癌を処置するために標的化することができる。
【非特許文献１】Ｓｏｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２０００）７４：２１６１
【非特許文献２】Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．（２０００）１０（２）：２３７−４３
【非特許文献３】Ｓｏｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（１９９６）７０：４０６３
【非特許文献４】Ｓｏｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（１９９３）６７：７１１８
【非特許文献５】Ｊｏｏｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２０００）２６８：３０８
【非特許文献６】Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２３：３４８（１９９９）
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
（発明の要旨）
いくつかの態様において、本発明は、患者において癌を処置するための方法を提供し、この方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子の発現産物のレベルを調節する工程を含む。いくつかの実施形態において、癌は、リンパ腫、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌である。
【００１０】
いくつかの態様において、本発明は、コントロールと比較したときの遺伝子の過剰発現によって特徴付けられる、患者における癌を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、患者における遺伝子発現を調節する工程を含む。
【００１１】
いくつかの態様において、本発明は、癌を診断するための方法を提供し、この方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子の患者サンプルにおける差次的発現の証拠を検出する工程を含む。いくつかの実施形態において、遺伝子の差次的発現の証拠は、癌の診断となる。
【００１２】
いくつかの態様において、本発明は、患者サンプルにおける癌性細胞を検出するための方法を提供し、この方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子の発現産物の証拠を検出する工程を含む。いくつかの実施形態において、サンプルにおける遺伝子の発現の証拠は、サンプル中の細胞が癌性であることを示す。
【００１３】
いくつかの態様において、本発明は、患者における癌の進行を評価するための方法を提供し、その方法は、第１の時点における生物学的サンプル中の、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子の発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較する工程を含む。いくつかの実施形態において、第１の時点と比較して第２の時点における発現産物のレベルの変化は、癌の進行を示す。
【００１４】
いくつかの態様において、本発明は、癌を診断する方法を提供し、この方法は：
（ａ）第１の個体の第１の組織型を含む第１のサンプル中の、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定する工程；ならびに
（ｂ）（ａ）におけるｍＲＮＡレベルを：
（１）前記第１の個体の正常組織型を含む第２のサンプル中のｍＲＮＡのレベル、または
（２）罹患していない個体由来の正常組織型を含む第３のサンプル中のｍＲＮＡのレベル
と比較する工程
を含む。いくつかの実施形態において、（ａ）におけるｍＲＮＡレベルと第２のサンプルまたは第３のサンプル中のｍＲＮＡレベルとの間の少なくとも２倍の差は、第１の個体が、癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す。
【００１５】
いくつかの態様において、本発明は、抗癌活性についてのスクリーニングを提供し、そのスクリーニングは：
（ａ）ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子を発現する細胞を候補抗癌剤と接触させる工程；ならびに
（ｂ）候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差を検出する工程
を含む。いくつかの実施形態において、候補抗癌剤の存在下と不在下の細胞の遺伝子の発現レベルの間の少なくとも２倍の差は、候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示す。
【００１６】
いくつかの態様において、本発明は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子の発現産物に結合する抗体での処置に感受性であると患者を同定するための方法を提供し、この方法は、その患者由来の生物学的サンプル中の遺伝子の発現産物のレベルを測定する工程を含む。
【００１７】
いくつかの態様において、本発明は、哺乳動物における癌の診断または検出のためのキットを提供する。いくつかの実施形態において、このキットは、前述の実施形態のいずれか１つに記載の抗体もしくはそのフラグメントまたは免疫複合体もしくはそのフラグメントを備える。いくつかの実施形態において、その抗体またはフラグメントは、癌関連腫瘍細胞抗原に特異的に結合する；前記抗体と前記腫瘍細胞抗原との間の結合反応を検出するための１以上の試薬。いくつかの実施形態において、このキットは、キットを使用するための指示書を備える。
【００１８】
いくつかの態様において、本発明は、癌を診断するためのキットを提供し、このキットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブならびにその遺伝子を増幅するためのプライマーを備える。いくつかの実施形態において、これらのキットは、キットを使用するための指示書を備える。
【００１９】
いくつかの態様において、本発明は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される癌関連遺伝子の発現産物に特異的な１以上の抗体またはオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００２０】
本発明のこれらの態様および他の態様は、以下の発明の詳細な説明で明らかにされるだろう。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
（詳細な説明）
癌原遺伝子は、「プロウイルスタギング」として知られるプロセスを使用してヒトにおいて同定されており、挿入変異メカニズムによって作用する遅性トランスフォーミングレトロウイルスが、マウスモデルを使用して癌原遺伝子を単離するために使用される。いくつかのモデルにおいて、非感染動物の癌比率が低く、感染動物の癌比率は高い。関連するレトロウイルスの多くが形質導入された宿主癌原遺伝子または病原性トランス作用性ウイルス遺伝子を保持しないため、癌発生率は、宿主癌原遺伝子へのプロウイルスの組込み効果の直接的な結果であるにちがいないことが公知である。プロウイルスの組込みはランダムであるため、極少数の組込み体しか、選択的増殖の利点を提供する宿主癌原遺伝子を「活性化」しない。これらの稀な事象によって、腫瘍におけるクローン化学量論にて新規プロウイルスが生じる。化学物質、放射線照射または自然発生的エラーによって引き起こされる変異とは対照的に、癌原遺伝子挿入変異は、既知配列（プロウイルス）の便利なサイズの遺伝マーカーが変異部位に存在するという理由から、その変異の位置を容易に決定することができる。クローン的に組み込まれたプロウイルスに隣接する宿主配列は、種々のストラテジを使用してクローニングされ得る。一旦、これらの配列が手に入ると、続いてタグ化癌原遺伝子を同定することができる。２以上の独立した腫瘍中の同じ遺伝子座にプロウイルスが存在するということは、癌原遺伝子がプロウイルスの組込み部位またはその付近に存在するという明白な証拠である（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２００３，７７：２０５６−２０６２；Ｍｉｋｋｅｒｓ，Ｈ  ａｎｄ  Ｂｅｒｎｓ，Ａ，Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，８８：５３−９９；Ｋｅｏｋｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００４，３２：Ｄ５２３−Ｄ５２７）。これは、ランダムな組込みに対してゲノムが大きすぎて、観察可能なクラスタリングを生じないからである。検出されるどのクラスタリングも生物学的選択（すなわち腫瘍表現型）についての明白な証拠である。さらに、プロウイルスの組込み体のパターン（配向性を含む）は、各クラスターにおいての標的遺伝子の位置決めを比較的簡単にする確固たる位置情報を提供する。挿入変異メカニズムによって癌を引き起こすと知られている３種類の哺乳動物のレトロウイルスは、ＦｅＬＶ（ネコにおける白血病／リンパ腫）、ＭＬＶ（マウスおよびラットにおける白血病／リンパ腫）およびＭＭＴＶ（マウスにおける乳癌）である。一旦、癌原遺伝子がマウスモデルにおいて同定されると、ヒトオルソログは、癌原遺伝子としてアノテートされ得、そしてさらなる研究が行われる。
【００２２】
従って、発癌性レトロウイルス（その配列が宿主生物体のゲノムに挿入して癌が生じる）を使用することにより、癌に関連する宿主遺伝子が同定できる。そしてこれらの配列は、多くの様々な方法において使用され得る。その方法としては、診断、予後判定、調節因子（ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）（アゴニストとアンタゴニストの両方を含む）のスクリーニング、抗体作製（免疫療法および画像化のため）などが挙げられる。しかしながら、当業者によって理解されるように、本発明において同定された癌遺伝子などのような１つの型の癌において同定される癌遺伝子は、同様に他の型の癌に関連する確率が高い。
【００２３】
従って、本発明は、生物学的サンプルにおける癌性細胞を検出するための方法を提供する。この方法は、１以上の（すなわち１、２、３、４、５またはそれ以上の）癌関連遺伝子の配列または発現レベルを決定する工程を含む。
【００２４】
本明細書中で使用されるとき、用語「癌関連遺伝子」とは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ３  ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡから選択される遺伝子のことをいう。
【００２５】
これらの遺伝子は、本明細書中に記載の方法を使用して癌原遺伝子として同定され、確証された。
【００２６】
いくつかの実施形態において、この方法は、癌関連遺伝子の１以上の（すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の）発現産物の発現のレベルを測定する工程を含み、ここで、コントロールレベルと異なる発現のレベルが疾患を示唆する。
【００２７】
いくつかの実施形態において、発現産物は、タンパク質であるが、代わりにｍＲＮＡ発現産物を検出してもよい。タンパク質を使用する場合、そのタンパク質は、好ましくはそのタンパク質に特異的に結合する抗体によって好ましくは検出される。用語「特異的に結合する」とは、抗体が、他の関連ポリペプチドに対してよりも、標的ポリペプチドに対してのほうが実質的に高いアフィニティーを有することを意味する。本明細書中で使用されるとき、用語「抗体」とは、インタクトな分子ならびにそのフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖ）のことをいい、それらは、対象とする抗原決定基に結合することができる。「実質的により高いアフィニティー」とは、他の関連ポリペプチドに対するアフィニティーと比較して、本発明の標的ポリペプチドに対するアフィニティーにおいてかなり大きい増加が存在することを意味する。いくつかの実施形態において、アフィニティーは、標的ポリペプチドに対して少なくとも１．５倍、２倍、５倍、１０倍、１００倍、１０３倍、１０４倍、１０５倍、１０６倍またはそれ以上である。
【００２８】
いくつかの実施形態において、抗体は、１０−４Ｍ以下、１０−７Ｍ以下、１０−９Ｍ以下の解離定数という高アフィニティー；またはｎＭ以下のアフィニティー（０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、０．１ｎＭまたはそれ以下）で結合する。
【００２９】
ｍＲＮＡ発現産物を使用する場合、いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡ発現産物は、ｍＲＮＡとプローブとがハイブリッド複合体を形成し得る条件下で組織サンプルとプローブとを接触させ；そして複合体の形成を検出することによって検出される。いくつかの実施形態において、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用する。
【００３０】
癌関連遺伝子をコードする核酸発現産物とプローブとがハイブリッド複合体を形成し得る条件下で生物学的サンプルとプローブとを接触させ；そしてプローブと生物学的サンプル由来の核酸との複合体の形成を検出することによって、癌関連遺伝子自体は検出され得る。いくつかの実施形態において、複合体が形成されないことは、癌関連遺伝子の配列における変異を示唆する。
【００３１】
方法は、形成される複合体と、コントロール組織を使用するときに形成される量とを比較する工程を含み、ここで、コントロールとサンプルとが形成する複合体の量の差は、癌の存在を示唆する。いくつかの実施形態において、正常組織と比較した、試験組織によって形成される複合体の量の差は、増加または減少である。いくつかの実施形態において、形成される複合体の量が２倍増加しているか、または２倍減少していることは、疾患を示唆する。いくつかの実施形態において、形成される複合体の量が３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍または１００倍も増加または減少することは、疾患を示唆する。
【００３２】
いくつかの実施形態において、本発明の方法において使用される生物学的サンプルは、組織サンプルである。どの組織サンプルを使用してもよい。しかしながら、いくつかの実施形態において、その組織は、乳房組織、結腸組織、腎臓組織、肝臓組織、肺組織、リンパ系組織、卵巣組織、膵臓組織、前立腺組織、子宮組織、頸部組織または皮膚組織から選択される。
【００３３】
本発明はまた、患者における癌の進行を評価するための方法を提供する。その方法は、第１の時点における生物学的サンプルにおける上記の癌関連遺伝子の１以上の（すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の）発現産物の発現を第２の時点における同じ発現産物の発現と比較する工程を含み、ここで、第１の時点に対して第２の時点における発現の増加もしくは減少または発現の増加もしくは減少の速度は、癌の進行を示す。
【００３４】
本発明はまた、癌を診断するために有用なキットを提供する。そのキットは、癌関連遺伝子のポリペプチド発現産物に結合する抗体；および前記抗体と前記ポリペプチドとの結合反応を検出するのに有用な試薬を備える。いくつかの実施形態において、その抗体は、癌関連遺伝子のポリペプチド産物に特異的に結合する。
【００３５】
さらに、本発明は、癌を診断するためのキットを提供する。そのキットは、ストリンジェントな条件下で癌関連遺伝子にハイブリダイズする核酸プローブ；癌関連遺伝子を増幅するために有用なプライマー；および必要に応じて、疾患の診断を容易にするためにプローブおよびプライマーを使用するための指示書を備える。
【００３６】
本発明は、癌を処置する際に使用するための上で列挙した癌関連遺伝子の１以上の（すなわち、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上）の発現産物の発現を調節する際の用途に適した抗体、核酸またはタンパク質をさらに提供する。
【００３７】
従って、本発明は、患者における癌を処置するための方法を提供する。その方法は、上で列挙した癌関連遺伝子のいずれか１つの１以上の（すなわち、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の）発現産物のレベルを調節する工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、前記発現産物のレベルを調節する、治療有効量の抗体、核酸またはポリペプチドを患者に投与する工程を含む。
【００３８】
従って、本発明はまた、癌の処置、検出または診断のための薬物を製造する際の、１以上の（すなわち、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の）癌関連遺伝子の発現産物のレベルを調節する抗体、核酸またはポリペプチドの使用を提供する。いくつかの実施形態において、発現のレベルは、遺伝子、ｍＲＮＡまたはコードされるタンパク質に対する作用によって調節される。いくつかの実施形態において、発現は、上方調節または下方調節される。例えば、調節の変化は、２倍、３倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍または１００倍以上でもあり得る。
【００３９】
癌関連タンパク質が癌性細胞上または癌性細胞内で発現されるとき、本発明に記載の用途に適した抗体は、癌関連タンパク質に特異的であり得る。例えば、癌性細胞上で発現されるような癌関連タンパク質におけるグリコシル化パターンは、これらの同じタンパク質が非癌性細胞上で発現されるとき、これらの同じタンパク質におけるグリコシル化パターンと異なり得る。いくつかの実施形態において、本発明に記載の抗体は、癌性細胞にのみ発現される癌関連タンパク質に特異的である。これは、治療的な抗体として特に価値がある。抗標的抗体はまた、標的のスプライスバリアント、欠失、付加および／または置換の変異体に結合し得る。
【００４０】
本発明に記載の治療的な使用に適した抗体は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を誘発する。ＡＤＣＣとは、Ｆｃレセプターを発現する非特異的な細胞傷害性細胞が、標的細胞において結合抗体を認識し、続いて、標的細胞を溶解させる細胞媒介性の反応のことをいう（Ｒａｇｈａｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｃｅｌｌ  Ｄｅｖ  Ｂｉｏｌ  １２：１８１−２２０；Ｇｈｅｔｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １８：７３９−７６６；Ｒａｖｅｔｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９：２７５−２９０）。本発明に記載の治療的な使用に適した抗体は、抗体依存性細胞媒介性食作用（ＡＤＣＰ）を誘発しうる。ＡＤＣＰは、Ｆｃレセプターを発現する非特異的な細胞傷害性細胞が標的細胞において結合抗体を認識し、続いて食作用を引き起こす細胞媒介性の反応である。これらのプロセスは、表面上にＩｇＧ抗体のＦｃ部分に対するレセプターを有するナチュラルキラー（ＮＫ）細胞によって媒介される。ＩｇＧが、癌細胞を含む「異質な」膜に結合した細胞上のエピトープに対して作製されるとき、抗体のＦａｂ部分は、癌性細胞と反応する。そしてＮＫ細胞は、抗体のＦｃ部分に結合する。
【００４１】
例えば、抗体の抗原依存性細胞媒介性細胞傷害性（ｃｙｏｔｏｘｉｃｉｔｙ）（ＡＤＣＣ）および／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）を増大させるようにエフェクター機能に関して本発明の抗体を改変することが望ましい実施形態において、１以上のアミノ酸置換が、抗体のＦｃ領域に導入され得る。あるいは、またはさらに、システイン残基をＦｃ領域に導入し得ることによって、この領域における鎖間ジスルフィド結合を形成することができる（概説として：Ｗｅｉｎｅｒ  ａｎｄ  Ｃａｒｔｅｒ（２００５）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２３（５）：５５６−５５７）。このようにして作製されるホモダイマーの抗体は、改善された内部移行能力ならびに／または高い補体媒介性細胞殺傷および抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ  Ｍｅｄ．１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ，Ｂ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。高い制癌性活性を有するホモダイマーの抗体はまた、Ｗｏｌｆｆ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載されているようなヘテロ二機能性のクロスリンカーを使用して調製され得る。あるいは、二重のＦｃ領域を有する抗体が、設計され得ることによって、高い補体溶解およびＡＤＣＣ能力を有し得る。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。抗体は、Ｆｃ領域内の改変グリコシル化を伴って作製され得る。例えば、糖鎖中のフコース含有量の低下によって、抗体の内因性のＡＤＣＣ活性が改善され得る（例えば、ＷＯ００６１７３９に記載されているＢｉｏＷａ’ｓ  ＰｏｔｉｌｌｅｇｅｎｔＴＭ  ＡＤＣＣ  Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙを参照のこと）。あるいは、抗体は、二分されたフコシル化されていないオリゴ糖鎖を加える細胞株において産生され得る（米国特許第６，６０２，６８４号を参照のこと）。これらの技術の両方により、高いＡＤＣＣ効率をもたらすエフェクター細胞上のＦｃガンマＩＩＩａレセプターに対するアフィニティーが高い抗体が作製される。Ｆｃ領域はまた、本発明の抗体の血清半減期を変化させるように操作され得る。Ａｂｄｅｇは、ＦｃＲｎサルベージレセプターに対して高いアフィニティーを有する操作されたＩｇＧであるため、従来のＩｇＧよりも短い半減期を有する（Ｖａｃｃａｒｏ  ｅｔ  ａｌ，（２００５）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２３（１０）：１２８３−１２８８を参照のこと）。血清半減期を延ばすために、ＦｃＲｎとのアフィニティーを減少させると考えられている特定の変異をＦｃ領域に導入することができる（Ｈｉｎｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ，（２００４）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２９７（８）：６２１３−６２１６を参照のこと）。本発明の抗体はまた、血清アルブミン結合ドメインを含む抗体（ｄＡｂ）（例えば、ＷＯ０５０３５５７２を参照のこと）などのように他のメカニズムを使用して、血清半減期を変更するように改変され得る。操作されたＦｃドメイン（例えば、ＸｍＡＢＴＭ、ＷＯ０５０７７９８１を参照の��と）はまた、本発明の抗体に組み込まれ得ることにより、ＡＤＣＣ活性の改善、血清半減期の変更または高い抗体タンパク質安定性がもたらされる。
【００４２】
いくつかの実施形態において、本発明に記載の治療的な用途のための抗体は、ＡＤＣＣを誘発するのに有効であり、標的に結合することおよびＡＤＣＣ活性を有することによって癌性細胞の生存を調節する。抗体は、ＡＤＣＣ活性を高めるように操作され得る（例えば、ＵＳ２００５００５４８３２Ａ１、Ｘｅｎｃｏｒ  Ｉｎｃ．および本明細書中で引用される文書を参照のこと）。
【００４３】
いくつかの実施形態において、このような方法において使用される核酸タイプは、アンチセンス構築物、リボザイム、または例えばｓｉＲＮＡを含むＲＮＡｉである。
【００４４】
癌は、腫瘍増殖の阻害または腫瘍容積の減少、あるいは癌細胞の侵襲性の低減によって処置され得る。いくつかの実施形態において、上記の処置方法は、手術、ホルモン除去療法、放射線治療または化学療法の１つ以上と併せて使用される。例えば、患者が、すでに化学療法を受けている場合、上で列挙したような発現産物のレベルを調節する本発明の化合物も、投与され得る。化学療法剤、ホルモン療法剤および／または放射線治療薬および本発明に記載の化合物は、同時か、別個か、または連続的に投与され得る。
【００４５】
いくつかの実施形態において、上記の方法の１つに従って検出または処置される癌は、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、リンパ系癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、頸部癌または皮膚癌から選択される。
【００４６】
本発明は、癌を診断するための方法を提供し、この方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の患者サンプルにおける差次的発現の証拠を検出する工程を含む。この遺伝子の差次的発現の証拠は、癌の診断となる。いくつかの実施形態において、癌は、リンパ腫、白血病、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌である。いくつかの実施形態において、遺伝子の差次的発現の証拠は、遺伝子の発現産物のレベルを測定することによって検出される。いくつかの実施形態において、発現産物は、タンパク質またはｍＲＮＡである。いくつかの実施形態において、タンパク質の発現レベルは、そのタンパク質に特異的に結合する抗体を使用して測定される。いくつかの実施形態において、抗体は、画像化剤に連結されている。いくつかの実施形態において、患者サンプルにおける遺伝子の発現産物のレベルは、コントロールと比較される。いくつかの実施形態において、コントロールは、患者サンプルと同じ組織型の既知の正常組織である。いくつかの実施形態において、サンプルにおける発現産物のレベルは、コントロールに対して高い。
【００４７】
本発明はまた、患者サンプルにおける癌性細胞を検出するための方法を提供し、この方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物の証拠を検出する工程を含む。サンプルにおける遺伝子の発現の証拠は、サンプル中の細胞が癌性であることを示す。いくつかの実施形態において、細胞は、乳房細胞、結腸細胞、腎臓細胞、肝臓細胞、肺細胞、リンパ細胞、卵巣細胞、膵臓細胞、前立腺細胞、子宮細胞、頸部細胞、膀胱細胞、胃細胞または皮膚細胞である。いくつかの実施形態において、発現産物の証拠は、画像化剤に連結された抗体を使用して検出される。
【００４８】
本発明は、患者における癌の進行を評価するための方法を提供し、この方法は、第１の時点における生物学的サンプル中のＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを、第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較する工程を含む。第１の時点に対する第２の時点における発現産物のレベルの変化は、癌の進行を示す。いくつかの実施形態において、癌は、リンパ腫、白血病、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌である。
【００４９】
本発明はまた、癌を診断する方法を提供し、この方法は、（ａ）第１の個体の第１の組織型を含む第１のサンプル中の、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定する工程；および（ｂ）（ａ）におけるｍＲＮＡレベルをコントロールと比較する工程を含む。（ａ）におけるｍＲＮＡレベルと第２のサンプルまたは第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベルとの間に少なくとも２倍の差が検出された場合、第１の個体が、癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す。いくつかの実施形態において、コントロールサンプルは、第１の個体の正常組織型を含む。いくつかの実施形態において、コントロールサンプルは、罹患していない個体由来の正常組織型を含む。いくつかの実施形態において、第１のサンプルにおけるｍＲＮＡレベルとコントロールとの間の少なくとも３倍の差は、第１の個体が癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す。
【００５０】
本発明は、抗癌活性についてスクリーニングする方法を提供し、この方法は、（ａ）ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子を発現する細胞を候補抗癌剤と接触させる工程；および（ｂ）候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差を検出する工程を含む。候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差は、候補抗癌剤が抗癌活性を有することを示す。いくつかの実施形態において、候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも３倍の差は、候補抗癌剤が抗癌活性を有することを示す。いくつかの実施形態において、候補抗癌剤は、抗体、低分子有機化合物、低分子無機化合物またはポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、候補抗癌剤は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、候補抗癌剤は、ヒト抗体またはヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号１〜１４４からなる群から選択される配列を有するオリゴヌクレオチドである。
【００５１】
本発明はまた、哺乳動物における癌の診断または検出のためのキットを提供する。いくつかの実施形態において、そのキットは、抗体もしくはそのフラグメントまたは免疫結合体またはそのフラグメントを備える。いくつかの実施形態において、抗体またはフラグメントは、腫瘍細胞抗原を特異的に結合することができ、ここで、前記腫瘍細胞抗原は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＴＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡの群から選択される。そのキットは、さらに、抗体と腫瘍細胞抗原との間の結合反応を検出するための１以上の試薬を備える。いくつかの実施形態において、そのキットは、キットを使用するための指示書を備える。
【００５２】
本発明はまた、癌を診断するためのキットを提供する。いくつかの実施形態において、そのキット（ｋｉｓ）は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブを備える。そのキットはまた、癌関連遺伝子を増幅するためのプライマーを備える。いくつかの実施形態において、そのキットは、キットを使用するための指示書を備える。
【００５３】
本発明は、患者における癌を処置するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを調節する工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、発現産物のレベルを調節する抗体、核酸またはポリペプチドを患者に投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、発現産物のレベルは、少なくとも２倍の変化だけ上方調節または下方調節される。いくつかの実施形態において、癌は、腫瘍増殖の阻害、腫瘍容積の減少によって処置される。いくつかの実施形態において、癌は、癌細胞の侵襲性を低減することによって処置される。いくつかの実施形態において、発現産物は、タンパク質またはｍＲＮＡである。いくつかの実施形態において、第１の時点における発現産物の発現レベルは、第２の時点における同じ発現産物の発現レベルと比較される。ここで、第１の時点に対しての第２の時点における発現の増加または減少は、癌の進行を示す。
【００５４】
本発明はまた、患者における癌を処置するための方法を提供し、この方法は、癌関連遺伝子活性を調節する工程を含む。いくつかの実施形態において、癌関連遺伝子活性は、細胞増殖、細胞成長、細胞運動性、転移、細胞遊走、細胞生存または腫瘍原性（ｔｕｍｏｒｉｇｎｅｉｃｉｔｙ）である。いくつかの実施形態において、その方法は、癌関連遺伝子活性を阻害する抗体、核酸またはポリペプチドを患者に投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、抗体は、中和抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、モノクローナル抗体は、癌関連ポリペプチドと少なくとも１×１０８Ｋａというアフィニティーで結合する。いくつかの実施形態において、モノクローナル抗体は、癌細胞成長、腫瘍形成、細胞生存および癌細胞増殖の１以上を阻害する。いくつかの実施形態において、抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体またはＦａｂフラグメントである。
【００５５】
本発明はまた、コントロールと比較して癌関連遺伝子の過剰発現によって特徴付けられる、患者における癌を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、患者における癌関連遺伝子活性を調節する工程を含む。いくつかの実施形態において、癌関連遺伝子活性は、細胞増殖、細胞成長、細胞運動性、転移、細胞遊走、細胞生存、遺伝子発現および腫瘍原性からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、癌は、子宮頸癌、腎臓癌、卵巣癌、膵癌、皮膚癌からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、その方法は、癌関連遺伝子活性を阻害する抗体、核酸またはポリペプチドを患者に投与する工程を含む。
【００５６】
本発明はまた、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に結合する抗体での処置に感受性であると患者を同定するための方法を提供し、この方法は、その患者由来の生物学的サンプル中のその遺伝子の発現産物のレベルを測定する工程を含む。
【００５７】
本発明はまた、癌を処置、診断または検出するための組成物を提供する。いくつかの実施形態において、その組成物は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１３  ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に特異的な抗体またはオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、その組成物は、さらに、従来の癌に対する薬物を含む。いくつかの実施形態において、その組成物は、薬学的組成物である。いくつかの実施形態において、その組成物は、滅菌注射剤である。
【００５８】
本発明はさらに、癌性細胞の成長を調節する候補薬剤を同定するためのアッセイを提供し、そのアッセイは、ａ）候補薬剤の存在下で、上記の本発明の実施形態のいずれかにおいて列挙した癌関連遺伝子の１以上の（すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の）発現産物の発現レベルを検出する工程；およびｂ）その発現レベルを候補薬剤の不在下での発現レベルと比較する工程を含み、ここで、発現の差は、候補薬剤が、癌関連遺伝子の発現産物の発現レベルを調節することを示す。
【００５９】
本発明はまた、癌関連遺伝子の発現レベルを改変する薬剤を同定するための方法を提供し、その方法は：ａ）上記の本発明の実施形態のいずれかにおいて列挙した癌関連遺伝子を発現する細胞を候補薬剤と接触させる工程、およびｂ）その細胞に対する候補薬剤の効果を測定する工程を含み、ここで、発現レベルの変化は、その候補薬剤が発現を調節することができることを示す。
【００６０】
いくつかの実施形態において、候補薬剤は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体または有機小分子である。
【００６１】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける乳癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、乳癌に関連する、ＰＲＬＲ、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＣＤ２８、ＣＤＨ２３、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＬＴＢＲ、ＩＴＧＡ９、ＴＳＰＡＮ−２、ＣＤ２、ＩＧＳＦ８、ＩＴＧＡ４、ＰＡＧ、ＴＨＹ１、ＦＢＮ２、ＬＴＢおよびＣＯＬ１９Ａ１の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６２】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける結腸癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、結腸癌に関連する、ＮＯＴＣＨ１、ＩＬ２ＲＡ、ＳＥＬＬ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＭＥＴ、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＬＴＢＲ、ＦＧＦＲ２、ＬＮＰＥＰ、ＦＧＦ８およびＴＨＹ１の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６３】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける腎臓癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、腎臓癌に関連する、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＣＤＨ２３、ＦＣＭＤ、ＵＴＳ２、ＸＹＬＴ１、ＳＬＣ９Ａ９およびＰＲＧ１の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６４】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける肝臓癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、肝臓癌に関連する、ＷＮＴ３Ａ、ＦＧＦＲ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＩＧＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０およびＴＮＦＲＳＦ８の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６５】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける肺癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、肺癌に関連する、ＰＲＬＲ、ＰＴＰＲＫ、ＰＬＡＵ、ＩＴＧＡ９、ＣＯＬ１５Ａ１、ＴＳＰＡＮ−２、ＬＮＰＥＰ、ＴＨＹ１、ＩＬ７Ｒ、ＳＬＣ１Ａ２およびＰＤＧＦＲＡの１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６６】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるリンパ系癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、リンパ系癌に関連する、ＷＮＴ３、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＴＰＣＮ１、ＩＬ４Ｒ、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＰＡＧ、ＦＧＦ８、ＸＹＬＴ１、ＬＴＢ、ＩＬ１２Ａ、ＴＮＦＲＳＦ８およびＣＤ３８の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６７】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける卵巣癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、卵巣癌に関連する、ＷＮＴ１、ＦＧＦＲ３、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＨＳＤ２、ＩＧＳＦ８、ＵＴＳ２、ＴＨＹ１、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡの１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６８】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける膵癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、膵癌に関連する、ＰＬＡＵ、ＦＣＭＤ、ＩＧＳＦ８、ＴＨＹ１、ＦＢＮ２、ＫＣＮＨ５、ＦＧＦ１０およびＳＬＣ１Ａ２の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００６９】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける前立腺癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、前立腺癌に関連する、ＷＮＴ３、ＷＮＴ１、ＩＬ２ＲＡ、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＳＥＬＬ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＣＤＨ２３、ＦＧＦＲ１、ＩＧＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＭＡＴＮ２およびＴＮＦＲＳＦ８の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００７０】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける子宮癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、子宮癌に関連する、ＮＯＴＣＨ１、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＣＤ２８、ＦＧＦＲ１、ＴＰＣＮ１、ＩＴＧＡ９、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＰＡＧ、ＴＧＦＢＲ３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ１２Ａ７、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１およびＳＬＣ２８Ａ２の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００７１】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける子宮頸癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、子宮頸癌に関連する、ＴＮＦＲＳＦ６、ＳＥＬＬ、ＣＤ２８、ＩＦＮＡＲ２、ＰＬＡＵ、ＦＣＭＤ、ＳＬＡＭＦ６、ＣＰＭ、ＳＬＣ１Ａ２、ＴＮＦＲＳＦ８およびＣＤ３８の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００７２】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける胃癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、胃癌に関連する、ＬＦＮＧ、ＦＧＦＲ２、ＳＬＡＭＦ６、ＰＡＧ、ＫＣＮＨ５およびＳＬＣ１Ａ２の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００７３】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける皮膚癌を検出するための方法を提供し、この方法は、本発明の他の遺伝子のうち、皮膚癌に関連する、ＩＬ２ＲＡ、ＰＲＬＲ、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＩＧＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１Ａ２およびＴＮＦＲＳＦ８の１以上の配列または発現レベルを測定する工程を含む。
【００７４】
（定義）
本発明は、癌に関連する遺伝子（例えば、「癌関連遺伝子」）を同定する。従って、これらの遺伝子にコードされるポリペプチドは、「癌関連ポリペプチド」または「癌関連タンパク質」とよばれる。これらの癌関連ポリペプチドをコードする核酸配列は、「癌関連ポリヌクレオチド」とよばれる。癌関連遺伝子をコードおよび／または発現する細胞は、「癌関連細胞」とよばれる。癌関連遺伝子をコードする細胞は、「癌関連遺伝子型」を有するといわれる。癌関連タンパク質を発現する細胞は、「癌関連表現型」を有するといわれる。「癌関連配列」とは、癌関連遺伝子から得られるポリペプチド配列とポリヌクレオチド配列の両方のことをいう。「癌関連核酸」は、癌関連遺伝子を含むＤＮＡならびにその遺伝子から得られるｍＲＮＡおよびｃＤＮＡを含む。
【００７５】
このような文脈において、「関連」とは、ヌクレオチド配列またはタンパク質配列が、正常組織と比較して癌において差次的に発現されるか、活性化されるか、不活性化されるか、または変化されることを意味する。下記で概要を述べるように、癌関連配列は、癌において上方調節（すなわち、より高いレベルで発現）されている配列ならびに下方調節（すなわち、より低いレベルで発現）されている配列を含む。癌関連配列はまた、変更された配列（すなわち、切断された配列または点変異を含む置換、欠失または挿入を伴う配列）を含み、同じ発現プロファイルまたは変更されたプロファイルのいずれかを示す。一般に、癌関連配列は、ヒト由来であるが；しかしながら、当業者が理解するように、他の生物体由来の癌関連配列も疾患および薬物進化の動物モデルにおいて有用であり得；従って、他の癌関連配列がげっ歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモットなど）、霊長類および家畜（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマなどを含む）を含む哺乳動物を含む脊椎動物から同定され得る。いくつかの場合において、原核生物の癌関連配列が、有用であり得る。他の生物体由来の癌関連配列を、以下に概要を述べる技術を使用して得てもよい。
【００７６】
癌関連配列は、組換え核酸を含む。本明細書中の用語「組換え核酸」は、一般に、ポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼによる核酸の操作によって天然で通常見いだされない形態で独創的にインビトロにおいて形成された核酸を意味する。従って、組換え核酸はまた、直線状の単離された核酸であるか、または通常結合していないＤＮＡ分子を連結することによってインビトロにおいて形成されたベクターにクローニングされる。この両方が、本発明の目的で組換えと考えられる。一旦、組換え核酸が作製され、宿主細胞または宿主生物に再導入されると、インビトロ操作ではなく宿主細胞のインビボの細胞機構を使用して複製されることになることが理解される；しかしながら、このような核酸は、一旦組換えで作製されると、その後インビボで複製されるが、なおも組換え体とみなされるか、または本発明の目的で単離される。本明細書中で使用されるとき、「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれかの任意の長さのヌクレオチドの多量体型である。この用語は、その分子の１次構造のことだけをいう。従って、この用語は、２本鎖および１本鎖のＤＮＡおよびＲＮＡを含む。この用語はまた、公知の型の改変、例えば、当該分野で公知の標識、メチル化、「キャップ」、１以上の天然に存在するヌクレオチドとアナログとの置換、ヌクレオチド間の改変、例えば、無電荷結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）を有する改変、付属部分（例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、トキシン、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リシンなどを含む））を有する改変、介入物（例えば、アクリジン、ソラレンなど）を有する改変、キレート剤（例えば、金属、放射性金属など）を有する改変、アルキル化剤を含む改変、改変結合を有する改変（例えば、アルファアノマー核酸など）ならびに非改変型のポリヌクレオチドを含む。
【００７７】
本明細書中で使用されるとき、指摘された配列「から得られた」ポリヌクレオチドとは、その指摘されたヌクレオチド配列の領域に対応する、少なくとも約６ヌクレオチド、少なくとも約８ヌクレオチド、少なくとも約１０〜１２ヌクレオチドおよび少なくとも約１５〜２０ヌクレオチド配列から構成されるポリヌクレオチド配列のことをいう。「対応する」とは、指摘された配列と相同または相補的であることを意味する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドが由来する領域の配列は、癌関連遺伝子に特有の配列と相同または相補的である。
【００７８】
「組換えタンパク質」は、組換え技術を使用して、すなわち、上で示したような組換え核酸の発現を介して作製されるタンパク質である。組換えタンパク質は、天然に存在するタンパク質と少なくとも１以上の特徴によって区別される。例えば、このタンパク質は、その野生型宿主に通常関連するタンパク質および化合物の一部または全部から単離または精製され得るため、実質的に純粋であり得る。例えば、単離タンパク質は、その天然の状態と通常関連する少なくとも一部の材料を伴わず、所与のサンプル中の総タンパク質の少なくとも約０．５重量％または少なくとも約重量５％を構成する。実質的に純粋なタンパク質は、総タンパク質の約５０〜７５重量％、少なくとも約重量８０％または少なくとも約９０重量％を含む。この定義は、異なる生物体のうちの１つの生物体または宿主細胞からの癌関連タンパク質の産生を含む。あるいは、このタンパク質を、高濃度レベルで作製するために、誘導性プロモーターまたは高発現プロモーターを使用することによって、このタンパク質は、通常見られる濃度よりも非常に高い濃度で作製され得る。あるいは、このタンパク質は、以下に記述するような、エピトープタグまたはアミノ酸置換、挿入および欠失を含む形態に加えて、通常天然では見られない形態であり得る。
【００７９】
本明細書中で使用されるとき、用語「タグ」、「配列タグ」または「プライマータグ配列」とは、特定の核酸配列を有するオリゴヌクレオチドのことをいい、その特定の核酸配列は、そのようなタグを有するポリヌクレオチドの一群を同定するために役立つ。同じ生物学的供給源由来のポリヌクレオチドを、特定の配列タグで共有結合的にタグ化すると、その後の解析において、そのポリヌクレオチドを、その供給源に従って同定することができる。その配列タグはまた、核酸増幅反応用のプライマーとしても役立つ。
【００８０】
「マイクロアレイ」は、固体支持体の表面上に形成された好ましくは別個の領域（各々は、規定面積を有する）の線状または２次元のアレイである。マイクロアレイ上の別個の領域の密度は、単一の固相支持体の表面上で検出される標的ポリヌクレオチドの総数によって決定され、好ましくは少なくとも約５０／ｃｍ２、より好ましくは少なくとも約１００／ｃｍ２、さらにより好ましくは少なくとも約５００／ｃｍ２およびなおもより好ましくは少なくとも約１，０００／ｃｍ２である。本明細書中で使用されるとき、ＤＮＡマイクロアレイは、標的ポリヌクレオチドを増幅またはクローニングするために使用されるチップまたは他の表面上に配置されるオリゴヌクレオチドプライマーのアレイである。アレイにおける特定の群のプライマーの各々の位置は、既知であるため、標的ポリヌクレオチドの同定は、マイクロアレイにおける特定の位置への結合に基づいて決定することができる。
【００８１】
「リンカー」は、制限酵素認識部位を含む合成オリゴデオキシリボヌクレオチドである。リンカーは、その後のベクター分子へのフラグメントのクローニングで使用することができる制限酵素認識部位を作製するためにＤＮＡフラグメントの末端に平滑末端で連結され得る。
【００８２】
用語「標識」とは、アッセイサンプル中に標的ポリヌクレオチドが存在することを示す検出可能なシグナルを生成することができる組成物のことをいう。適当な標識としては、放射性同位体、ヌクレオチド発色団、酵素、基質、蛍光分子、化学発光部分、磁性粒子、生物発光部分などが挙げられる。同様に、標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的、化学的な手段または他の任意の適切な手段によって検出可能な任意の組成物である。用語「標識」は、検出可能な物理的特性を有する任意の化学基もしくは化学部分または検出可能な生成物への基質の変換を触媒する酵素などの、検出可能な物理的特性を示す化学基もしくは化学部分を生じることができる任意の化合物のことをいうために使用される。用語「標識」はまた、特定の物理的特性の発現を阻害する化合物も包含する。この標識はまた、結合対のメンバー、検出可能な物理的特性を有する他のメンバーである、化合物であり得る。
【００８３】
用語「支持体」とは、従来の支持体（例えば、ビーズ、粒子、計深棒、繊維、フィルター、膜およびシランまたはケイ酸塩の支持体（ガラススライドなど））のことをいう。
【００８４】
用語「増幅する」は、例えば、付加的標的分子または標的様分子もしくは標的分子に相補的な分子を含み得る増幅産物を作ることを意味するために広い意味で使用され、その分子は、サンプル中に標的分子が存在するために作られる。標的が核酸である場合において、増幅産物は、ＤＮＡポリメラーゼもしくはＲＮＡポリメラーゼまたは逆転写酵素によって酵素的に作製することができる。
【００８５】
本明細書中で使用されるとき、「生物学的サンプル」とは、個体から単離される組織または体液のサンプルのことをいい、それらとしては、例えば、血液、血漿、血清、髄液、リンパ液、皮膚、気道、腸管および尿生殖器の管、涙、唾液、乳、細胞（血液細胞が挙げられるがこれらに限定されない）、腫瘍、器官およびインビトロにおける細胞培養成分のサンプルが挙げられるが、これらに限定されない。
【００８６】
用語「生物学的供給源」とは、本明細書中で使用されるとき、標的ポリヌクレオチドが由来する供給源のことをいう。この供給源は、上に記載したような任意の形態の「サンプル」であり得、例えば、細胞、組織または体液が挙げられるがこれらに限定されない。「様々な生物学的供給源」とは、同じ個体の様々な細胞／組織／器官または同じ種の様々な個体由来の細胞／組織／器官または異なる種由来の細胞／組織／器官のことをいうことができる。
【００８７】
（癌関連遺伝子）
「ＷＮＴ３」とは、受託番号ＮＭ＿０３０７５３と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿１１０３８０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ７４７３と呼ばれる遺伝子「ウイングレス型ＭＭＴＶ組込み部位ファミリー、メンバー３」のことを意味する。ＷＮＴ３は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、７２通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取されたリンパ性腫瘍の６０％および採取された前立腺腫瘍の３２％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、リンパ性癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００８８】
「ＮＯＴＣＨ１」とは、受託番号ＮＭ＿０１７６１７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０６００８７と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４８５１と呼ばれる遺伝子「Ｎｏｔｃｈホモログ１、転座関連」のことを意味する。ＮＯＴＣＨ１は、シグナル伝達レセプタータンパク質である。この遺伝子は、１３２通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された結腸腫瘍の６２％および採取された子宮腫瘍の３９％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００８９】
「ＷＮＴ１」とは、受託番号ＮＭ＿００５４３０と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００５４２１と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ７４７１と呼ばれる遺伝子「ウイングレス型ＭＭＴＶ組込み部位ファミリー、メンバー１」のことを意味する。ＷＮＴ１は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、３４６通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の５７％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９０】
「ＷＮＴ３Ａ」とは、受託番号ＮＭ＿０３３１３１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿１４９１２２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ８９７８０と呼ばれる遺伝子「ウイングレス型ＭＭＴＶ組込み部位ファミリー、メンバー３Ａ」のことを意味する。ＷＮＴ３Ａは、分泌タンパク質である。この遺伝子は、１０６通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された肝臓腫瘍の４７％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肝臓癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９１】
「ＩＬ２ＲＡ」とは、受託番号ＮＭ＿０００４１７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００４０８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３５５９と呼ばれる遺伝子「インターロイキン２レセプター、アルファ鎖前駆体」のことを意味する。ＩＬ２ＲＡは、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、１２通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された６つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された結腸腫瘍の３２％および採取されたリンパ性腫瘍の２８％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された腎臓腫瘍、前立腺腫瘍、皮膚腫瘍および子宮腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌、リンパ性癌、前立腺癌、皮膚癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９２】
「ＦＬＴ３」とは、受託番号ＮＭ＿００４１１９と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４１１０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２３２２と呼ばれる遺伝子「ｆｍｓ関連チロシンキナーゼ３」のことを意味する。ＦＬＴ３は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、１８通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された腎臓腫瘍の３６％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、腎臓癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９３】
「ＰＲＬＲ」とは、受託番号ＮＭ＿０００９４９と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００９４０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５６１８と呼ばれる遺伝子「プロラクチンレセプター」のことを意味する。ＰＲＬＲは、レセプタータンパク質である。この遺伝子は、１６通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された皮膚腫瘍の４５％、採取された肺腫瘍の３４％および採取された乳房腫瘍の４０％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、皮膚癌、肺癌、乳癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９４】
「ＴＮＦＲＳＦ６」とは、受託番号ＮＭ＿００００４３と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００００３４と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３５５と呼ばれる遺伝子「腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー６」（「ＦＡＳ」としても知られる）のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿１５２８７１、ＮＭ＿１５２８７２、ＮＭ＿１５２８７３、ＮＭ＿１５２８７４、ＮＭ＿１５２８７５、ＮＭ＿１５２８７６、ＮＭ＿１５２８７７およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿６９０６１０、ＮＰ＿６９０６１１、ＮＰ＿６９０６１２、ＮＰ＿６９０６１３、ＮＰ＿６９０６１４、ＮＰ＿６９０６１５、ＮＰ＿６９０６１６と呼ばれる。ＴＮＦＲＳＦ６は、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、７通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取されたリンパ性腫瘍の５０％、採取された子宮腫瘍の３２％および採取された前立腺腫瘍の２８％および採取された子宮頸部腫瘍の２７％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、リンパ性癌、子宮癌、前立腺癌および子宮頸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９５】
「ＰＴＰＲＫ」とは、受託番号ＮＭ＿００２８４４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２８３５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５７９６と呼ばれる遺伝子「タンパク質チロシンホスファターゼ、レセプター型、Ｋ」のことを意味する。ＰＴＰＲＫは、チロシンホスファターゼレセプターである。この遺伝子は、７通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、採取された肺腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９６】
「ＴＮＦＳＦ１１」とは、受託番号ＮＭ＿００３７０１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００３６９２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ８６００と呼ばれる遺伝子「腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー１１」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０３３０１２およびタンパク質受託番号ＮＰ＿１４３０２６と呼ばれる。ＴＮＦＳＦ１１は、サイトカインである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。従って、この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【００９７】
「ＦＧＦＲ３」とは、受託番号ＮＭ＿０００１４２と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００１３３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２６１と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子レセプター３」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０２２９６５およびタンパク質受託番号ＮＰ＿０７５２５４とよばれる。ＴＮＦＳＦ１１は、サイトカインである。この遺伝子は、軟骨形成不全および致死性小人症（ｔｈａｎａｔｏｐｈｏｒｉｃ  ｄｗａｒｆｉｓｍ）と関係する。ＦＧＦＲ３は、チロシンキナーゼレセプターである。この遺伝子は、９通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の８６％および採取された乳房腫瘍の４８％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌および乳癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９８】
「ＳＥＬＬ」とは、受託番号ＮＭ＿０００６５５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００６４６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ６４０２と呼ばれる遺伝子「セレクチンＬ（リンパ球接着分子１）」のことを意味する。ＳＥＬＬは、分泌タンパク質である。この遺伝子は、７通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の３８％および採取された子宮頸部腫瘍の２３％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された結腸腫瘍および前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌、子宮頸癌、結腸癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【００９９】
「ＤＰＴ」とは、受託番号ＮＭ＿００１９３７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１９２８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１８０５と呼ばれる遺伝子「デルマトポンチン（ｄｅｒｍａｔｏｐｏｎｔｉｎ）」のことを意味する。ＤＰＴは、細胞外マトリックスタンパク質である。この遺伝子は、３通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１００】
「ＣＤ２８」とは、受託番号ＮＭ＿００６１３９と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６１３０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９４０と呼ばれる遺伝子「ＣＤ２８抗原（Ｔｐ４４）」のことを意味する。ＣＤ２８は、Ｉｇタンパク質スーパーファミリーのメンバーである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された５つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された子宮腫瘍の３４％および採取された結腸腫瘍の３２％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された乳房腫瘍、子宮頸部腫瘍および前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌、子宮癌、乳癌、子宮頸癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０１】
「ＰＤＣＤ１ＬＧ２」とは、受託番号ＮＭ＿０２５２３９と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０７９５１５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ８０３８０と呼ばれる遺伝子「プログラムされた細胞死１リガンド２」のことを意味する。ＰＤＣＤ１ＬＧ２は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、７通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された腎臓腫瘍の３６％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された結腸腫瘍および前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、腎臓癌、結腸癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０２】
「ＬＦＮＧ」とは、受託番号ＮＭ＿００２３０４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２２９５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３９５５と呼ばれる遺伝子「ルナティックフリンジ（ｌｕｎａｔｉｃ  ｆｒｉｎｇｅ）ホモログ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＸＭ＿４９６８４５、ＸＭ＿４９９２５０およびそれぞれタンパク質受託番号ＸＰ＿４９６８４５、ＸＰ＿４９９２５０と呼ばれる。ＬＦＮＧは、分泌タンパク質である。この遺伝子は、３９通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された結腸腫瘍の４０％、採取された腎臓腫瘍の３２％、採取された胃腫瘍の３０％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌、腎臓癌および胃癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０３】
「ＡＮＸＡ２」とは、受託番号ＮＭ＿００１００２８５７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１００２８５７と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３０２と呼ばれる遺伝子「アネキシンＡ２」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿００１００２８５８、ＮＭ＿００４０３９およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿００１００２８５８、ＮＰ＿００４０３０とよばれる。ＡＮＸＡ２は、シグナル伝達タンパク質である。この遺伝子は、５通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１０４】
「ＣＤＨ２３」とは、受託番号ＮＭ＿０２２１２４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０７１４０７と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ６４０７２と呼ばれる遺伝子「カドヘリン様２３」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０５２８３６およびタンパク質受託番号ＮＰ＿４４３０６８とよばれる。ＣＤＨ２３は、カドヘリンタンパク質スーパーファミリーのメンバーである。この遺伝子は、５通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された５つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された腎臓腫瘍の７０％、採取された乳房腫瘍の３８％および採取された皮膚腫瘍の３６％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍および前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、腎臓癌、乳癌、皮膚癌、卵巣癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０５】
「ＩＦＮＡＲ２」とは、受託番号ＮＭ＿０００８７４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００８６５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３４５５と呼ばれる遺伝子「インターフェロン（アルファ、ベータおよびオメガ）レセプター２」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿２０７５８４、ＮＭ＿２０７５８５およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿９９７４６７、ＮＰ＿９９７４６８と呼ばれる。ＩＦＮＡＲ２は、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、３通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された皮膚腫瘍の５６％、採取された子宮頸部腫瘍の２７％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、皮膚癌、子宮頸癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０６】
「ＲＡＭＰｌ」とは、受託番号ＮＭ＿００５８５５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００５８４６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座１０２６７と呼ばれる遺伝子「レセプター（カルシトニン）活性改変タンパク質１」のことを意味する。ＲＡＭＰ１は、レセプタータンパク質である。この遺伝子は、１１通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１０７】
「ＭＥＴチロシンキナーゼレセプター」としても知られる「ＭＥＴ」とは、受託番号ＮＭ＿０００２４５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００２３６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座４２３３と呼ばれる遺伝子「ｍｅｔ原癌遺伝子（肝細胞成長因子レセプター）」のことを意味する。この遺伝子は、７通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、採取された結腸腫瘍の８６％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０８】
「ＦＧＦＲ１」とは、受託番号ＮＭ＿０００６０４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００５９５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２６０と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子レセプター１（ｆｍｓ関連チロシンキナーゼ２）」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０１５８５０、ＮＭ＿０２３１０５、ＮＭ＿０２３１０６、ＮＭ＿０２３１０７、ＮＭ＿０２３１０８、ＮＭ＿０２３１０９、ＮＭ＿０２３１１０、ＮＭ＿０２３１１１およびそれぞれタンパク質タンパク質受託番号ＮＰ＿０５６９３４、ＮＰ＿０７５５９３、ＮＰ＿０７５５９４、ＮＰ＿０７５５９５、ＮＰ＿０７５５９６、ＮＰ＿０７５５９７、ＮＰ＿０７５５９８、ＮＰ＿０７５５９９とよばれる。この遺伝子は、プファイファー症候群に関係する。ＦＧＦＲ１は、チロシンキナーゼレセプターである。この遺伝子は、９通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された子宮腫瘍の３７％、採取された乳房腫瘍の３０％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された肝臓腫瘍、前立腺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、子宮癌、乳癌、肝臓癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１０９】
「ＰＬＡＵ」とは、受託番号ＮＭ＿００２６５８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２６４９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５３２８と呼ばれる遺伝子「プラスミノゲンアクチベーター、ウロキナーゼ」のことを意味する。ＰＬＡＵは、レセプター結合プロテアーゼである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、採取された結腸腫瘍の９５％、採取された肺腫瘍の７９％、採取された膵臓腫瘍の６５％および採取された乳房腫瘍の５２％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された子宮頸部腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌、肺癌、膵癌、乳癌および子宮頸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１０】
「ＳＬＣ４Ａ８」とは、受託番号ＮＭ＿００４８５８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４８４９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９４９８と呼ばれる遺伝子「溶質キャリアファミリー４、炭酸水素ナトリウム共輸送体、メンバー」のことを意味する。ＳＬＣ４Ａ８は、キャリアタンパク質である。この遺伝子は、５通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された結腸腫瘍の５０％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１１】
「ＴＰＣＮ１」とは、受託番号ＮＭ＿０１７９０１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０６０３７１と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５３３７３と呼ばれる遺伝子「２ポア（ｔｗｏ  ｐｏｒｅ）セグメントチャネル１」のことを意味する。ＴＰＣＮ１は、イオンチャネルタンパク質である。この遺伝子は、３通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された子宮腫瘍の２９％、採取されたリンパ性腫瘍の２３％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、子宮癌、リンパ性癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１２】
「ＬＴＢＲ」とは、受託番号ＮＭ＿００２３４２と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２３３３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４０５５と呼ばれる遺伝子「リンフォトキシンβレセプター（ＴＮＦＲスーパーファミリー、メンバー３）」のことを意味する。ＬＴＢＲは、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、５通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の４０％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された結腸腫瘍および卵巣腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌、結腸癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１３】
「ＩＬ４Ｒ」とは、受託番号ＮＭ＿０００４１８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００４０９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３５６６と呼ばれる遺伝子「インターロイキン４レセプター」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿００１００８６９９およびタンパク質受託番号ＮＰ＿００１００８６９９とよばれる。ＩＬ４Ｒは、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、採取されたリンパ性腫瘍の２３％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、リンパ性癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１４】
「ＩＴＧＡ９」とは、受託番号ＮＭ＿００２２０７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２１９８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３６８０と呼ばれる遺伝子「インテグリン、アルファ９」のことを意味する。ＩＴＧＡ９は、インテグリンである。この遺伝子は、３通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された肺腫瘍の３８％、採取された乳房腫瘍の３０％および採取された子宮腫瘍の２６％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肺癌、乳癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１５】
「ＦＧＦＲ２」とは、受託番号ＮＭ＿０００１４１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００１３２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２６３と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子レセプター２（細菌発現キナーゼ、ケラチノサイト成長因子レセプター）」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０２２９６９、ＮＭ＿０２２９７０、ＮＭ＿０２２９７１、ＮＭ＿０２２９７２、ＮＭ＿０２２９７３、ＮＭ＿０２２９７４、ＮＭ＿０２２９７５、ＮＭ＿０２２９７６、ＮＭ＿０２３０２８、ＮＭ＿０２３０２９、ＮＭ＿０２３０３０、ＮＭ＿０２３０３１およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿０７５２５８、ＮＰ＿０７５２５９、ＮＰ＿０７５２６０、ＮＰ＿０７５２６１、ＮＰ＿０７５２６２、ＮＰ＿０７５２６３、ＮＰ＿０７５２６４、ＮＰ＿０７５２６５、ＮＰ＿０７５４１７、ＮＰ＿０７５４１８、ＮＰ＿０７５４１９、ＮＰ＿０７５４２０と呼ばれる。この遺伝子は、頭蓋顔面骨形成不全症１、クルゾン症候群、プファイファー症候群およびジャクソンワイス症候群に関係する。ＦＧＦＲ２は、チロシンキナーゼレセプターである。この遺伝子は、９４通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された胃腫瘍の４０％、採取された結腸腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌および胃癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１６】
「ＦＣＭＤ」とは、受託番号ＮＭ＿００６７３１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６７２２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２１８と呼ばれる遺伝子「フクヤマ型先天性筋ジストロフィ（ｆｕｋｕｔｉｎ）」のことを意味する。ＦＣＭＤは、細胞外マトリックスタンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された膵臓腫瘍の３３％、採取された子宮頸部腫瘍の３０％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された腎臓腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、膵癌、腎臓癌および子宮頸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１７】
「ＣＯＬ１５Ａ１」とは、受託番号ＮＭ＿００１８５５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１８４６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１３０６と呼ばれる遺伝子「コラーゲン、ＸＶ型、アルファ１」のことを意味する。ＣＯＬ１５Ａ１は、コラーゲン型タンパク質である。この遺伝子は、７通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された肝臓腫瘍の５０％、採取された肺腫瘍の３８％および採取された子宮腫瘍の２９％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肝臓癌、肺癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１８】
「ＳＬＡＭＦ６」とは、受託番号ＮＭ＿０５２９３１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿４４３１６３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１１４８３６と呼ばれる遺伝子「ＳＬＡＭファミリーメンバー６」のことを意味する。ＳＬＡＭＦ６は、Ｉｇタンパク質スーパーファミリーのメンバーである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の５０％、採取されたリンパ性腫瘍の４３％および採取された胃腫瘍の３０％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された子宮頸部腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌、リンパ性癌、胃癌および子宮頸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１１９】
「ＣＤ７４」とは、受託番号ＮＭ＿００４３５５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４３４６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９７２と呼ばれる遺伝子「ＣＤ７４抗原（主要組織適合遺伝子複合体の不変ポリペプチド、クラスＩＩ抗原関連）」のことを意味する。ＣＤ７４は、シャペロンタンパク質である。この遺伝子は、３６通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された子宮腫瘍の２６％および採取されたリンパ性腫瘍の２３％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、子宮癌、リンパ性癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２０】
「ＴＳＰＡＮ−２」とは、受託番号ＮＭ＿００５７２５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００５７１６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１０１００と呼ばれる遺伝子「テトラスパン２」のことを意味する。ＴＳＰＡＮ−２は、テトラスパニンタンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の４５％および採取された肺腫瘍の２６％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された子宮腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌、肺癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２１】
「ＲＳＰＯ３」としても知られる「ＴＨＳＤ２」とは、受託番号ＮＭ＿０３２７８４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿１１６１７３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ８４８７０と呼ばれる遺伝子「トロンボスポンジン、Ｉ型、ドメイン含有２」のことを意味する。ＴＨＳＤ２は、細胞外マトリックスタンパク質である。この遺伝子は、２０通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の４５％、採取された卵巣腫瘍の４３％および採取された子宮腫瘍の２６％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された膵臓腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌、卵巣癌、子宮癌および膵癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２２】
「ＣＤ２」とは、受託番号ＮＭ＿００１７６７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１７５８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９１４と呼ばれる遺伝子「ＣＤ２抗原（ｐ５０）、ヒツジ赤血球レセプター」のことを意味する。ＣＤ２は、Ｉｇタンパク質スーパーファミリーのメンバーである。この遺伝子は、５通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の２９％および採取されたリンパ性腫瘍の２４％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌およびリンパ性癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２３】
「ＬＮＰＥＰ」とは、受託番号ＮＭ＿００５５７５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００５５６６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４０１２と呼ばれる遺伝子「ロイシル／シスチニルアミノペプチダーゼ」のことを意味する。ＬＮＰＥＰは、アミノペプチダーゼである。この遺伝子は、５通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された結腸腫瘍の４４％、採取された肺腫瘍の４２％および採取されたリンパ性腫瘍の４０％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌、肺癌およびリンパ性癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２４】
「ＩＧＳＦ８」とは、受託番号ＮＭ＿０５２８６８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿４４３１００と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９３１８５と呼ばれる遺伝子「免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー８」のことを意味する。ＩＧＳＦ８は、Ｉｇタンパク質スーパーファミリーのメンバーである。この遺伝子は、３通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された６つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の６５％、採取された肝臓腫瘍の５５％、採取された乳房腫瘍の５２％、採取された前立腺腫瘍の４１％、採取された膵臓腫瘍の３０％および採取された皮膚腫瘍の３０％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌、肝臓癌、乳癌、前立腺癌、膵癌および皮膚癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２５】
「ＡＴＰ１Ａ２」とは、受託番号ＮＭ＿０００７０２と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００６９３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４７７と呼ばれる遺伝子「ＡＴＰアーゼ、Ｎａ＋／Ｋ＋輸送、アルファ２（＋）ポリペプチド」のことを意味する。ＡＴＰ１Ａ２は、陽イオントランスポーターＡＴＰアーゼである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。従って、この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１２６】
「ＩＴＧＡ４」とは、受託番号ＮＭ＿０００８８５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００８７６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３６７６と呼ばれる遺伝子「インテグリン、アルファ４（抗原ＣＤ４９Ｄ、ＶＬＡ−４レセプターのアルファ４サブユニット）」のことを意味する。ＩＴＧＡ４は、インテグリンである。この遺伝子は、６通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された乳房腫瘍の４０％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２７】
「Ｂ２Ｍ」とは、受託番号ＮＭ＿００４０４８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４０３９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５６７と呼ばれる遺伝子「ベータ−２−ミクログロブリン」のことを意味する。Ｂ２Ｍは、分泌タンパク質である。この遺伝子は、６通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１２８】
「ＰＡＧ１」としても知られる「ＰＡＧ」とは、受託番号ＮＭ＿０１８４４０と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０６０９１０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５５８２４と呼ばれる遺伝子「スフィンゴ糖脂質リッチミクロドメイン関連リンタンパク質」のことを意味する。ＰＡＧは、レセプタータンパク質である。この遺伝子は、６通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された胃腫瘍の４３％、採取された子宮腫瘍の４０％および採取されたリンパ性腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された乳房腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、胃癌、子宮癌、リンパ性癌および乳癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１２９】
「ＮＯＴＣＨ２」とは、受託番号ＮＭ＿０２４４０８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０７７７１９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４８５３と呼ばれる遺伝子「Ｎｏｔｃｈホモログ２」のことを意味する。ＮＯＴＣＨ２は、シグナル伝達レセプターである。この遺伝子は、４０通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１３０】
「ＵＴＳ２」とは、受託番号ＮＭ＿００６７８６と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６７７７と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１０９１１と呼ばれる遺伝子「ウロテンシン２」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０２１９９５およびタンパク質受託番号ＮＰ＿０６８８３５とよばれる。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の３７％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された腎臓腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌および腎臓癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１３１】
「ＴＮＦＲＳＦ１４」とは、受託番号ＮＭ＿００３８２０と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００３８１１と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ８７６４と呼ばれる遺伝子「腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー１４（ヘルペスウイルス侵入メディエーター）」のことを意味する。ＴＮＦＲＳＦ１４は、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された皮膚腫瘍の７５％、採取された肝臓腫瘍の４８％および採取された前立腺腫瘍の３６％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、皮膚癌、肝臓癌および前立腺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１３２】
「ＴＧＦＢＲ３」とは、受託番号ＮＭ＿００３２４３と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００３２３４と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ７０４９と呼ばれる遺伝子「トランスフォーミング成長因子、βレセプターＩＩＩ（ベータグリカン、３００ｋＤａ）」のことを意味する。ＴＧＦＢＲ３は、レセプターである。この遺伝子は、９通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された前立腺腫瘍の６７％および採取された子宮腫瘍の２７％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、前立腺癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１３３】
「ＦＧＦ８」とは、受託番号ＮＭ＿００６１１９と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６１１０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２５３と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子８（アンドロゲン誘導）」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０３３１６３、ＮＭ＿０３３１６４、ＮＭ＿０３３１６５およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿１４９３５３、ＮＰ＿１４９３５４、ＮＰ＿１４９３５５とよばれる。ＦＧＦ８は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、６２通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取されたリンパ性腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された結腸腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、リンパ性癌および結腸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１３４】
「ＦＧＦ３」とは、受託番号ＮＭ＿００５２４７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００５２３８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２４８と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子３（マウス乳腺腫瘍ウイルス組込み部位（ｖ−ｉｎｔ−２）癌遺伝子ホモログ）」のことを意味する。ＦＧＦ３は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、８２４通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１３５】
「ＸＹＬＴｌ」とは、受託番号ＮＭ＿０２２１６６と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０７１４４９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ６４１３１と呼ばれる遺伝子「キシロシルトランスフェラーゼＩ」のことを意味する。ＸＹＬＴ１は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、４通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取されたリンパ性腫瘍の４０％および採取された腎臓腫瘍の３１％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、リンパ性癌および腎臓癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１３６】
「ＦＧＦ４」とは、受託番号ＮＭ＿００２００７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１９９８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２４９と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子４（ヘパリン分泌性トランシフォーミングタンパク質１、カポジ肉腫癌遺伝子）」のことを意味する。ＦＧＦ４は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、４９通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１３７】
「ＬＯＣ３９０２４３」とは、受託番号ＸＭ＿３７２４２８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＸＰ＿３７２４２８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３９０２４３と呼ばれる遺伝子「ＬＯＣ３９０２４３、葉酸レセプター３類似」のことを意味する。ＬＯＣ３９０２４３は、レセプターである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１３８】
「ＴＨＹ１」とは、受託番号ＮＭ＿００６２８８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６２７９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ７０７０と呼ばれる遺伝子「Ｔｈｙ−１細胞表面抗原」のことを意味する。ＴＨＹ１は、Ｉｇタンパク質スーパーファミリーのメンバーである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された７つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された結腸腫瘍の５９％、採取された肝臓腫瘍の４５％、採取された乳房腫瘍の５０％、採取された肺腫瘍の３４％、採取された卵巣腫瘍の２６％および採取された子宮腫瘍の５４％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された膵臓腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、結腸癌、肝臓癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、子宮癌および膵癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１３９】
「ＳＬＣ９Ａ９」とは、受託番号ＮＭ＿１７３６５３と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿７７５９２４と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２８５１９５と呼ばれる遺伝子「溶質キャリアファミリー９（ナトリウム／水素交換体）、アイソフォーム９」のことを意味する。ＳＬＣ９Ａ９は、キャリアタンパク質である。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された腎臓腫瘍の３８％および採取された肝臓腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、腎臓癌および肝臓癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４０】
「ＰＲＧ１」とは、受託番号ＮＭ＿００２７２７と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２７１８と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５５５２と呼ばれる遺伝子「プロテオグリカン１、分泌性顆粒」のことを意味する。ＰＲＧ１は、プロテオグリカンである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子はまた、採取された肺腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肺癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４１】
「ＣＰＭ」とは、受託番号ＮＭ＿００１００５５０２と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１００５５０２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１３６８と呼ばれる遺伝子「カルボキシペプチダーゼＭ」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿００１８７４、ＮＭ＿１９８３２０およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿００１８６５、ＮＰ＿９３８０７９とよばれる。ＣＰＭは、カルボキシペプチダーゼである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶおよびＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された子宮頸部腫瘍において過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、子宮頸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４２】
「ＦＢＮ２」とは、受託番号ＮＭ＿００１９９９と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１９９０と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２０１と呼ばれる遺伝子「フィブリリン２」のことを意味する。この遺伝子は、先天性拘縮性クモ指症に関係する。ＦＢＮ２は、細胞外マトリックスタンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の４８％および採取された膵臓腫瘍の２９％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌および膵癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４３】
「ＬＴＢ」とは、受託番号ＮＭ＿００２３４１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２３３２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４０５０と呼ばれる遺伝子「リンフォトキシンベータ（ＴＮＦスーパーファミリー、メンバー３）」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿００９５８８およびタンパク質受託番号ＮＰ＿０３３６６６とよばれる。ＬＴＢは、サイトカインである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の５０％、採取された乳房腫瘍の２９％および採取されたリンパ性腫瘍の２７％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌、乳癌およびリンパ性癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４４】
「ＫＣＮＨ５」とは、受託番号ＮＭ＿１３９３１８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿６４７４７９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２７１３３と呼ばれる遺伝子「電位型カリウムチャネル、サブファミリーＨ（ｅａｇ関連）、メンバー５」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、ｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿１７２３７５、ＮＭ＿１７２３７６およびそれぞれタンパク質受託番号ＮＰ＿７５８９６３、ＮＰ＿７５８９６４とよばれる。ＫＣＮＨ５は、カリウムイオンチャネルタンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された４つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された膵臓腫瘍の６０％、採取された胃腫瘍の４６％、採取された卵巣腫瘍の４４％および採取された皮膚腫瘍の３６％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、膵癌、胃癌、卵巣癌および皮膚癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４５】
「ＳＬＣ１２Ａ７」とは、受託番号ＮＭ＿００６５９８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６５８９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１０７２３と呼ばれる遺伝子「溶質キャリアファミリー１２（カリウム／クロライドトランスポーター）、メンバー７」のことを意味する。ＳＬＣｌ１２Ａ７は、キャリアタンパク質である。この遺伝子は、４通りのＭＬＶおよびはＭＭＹＶプロウイルスのＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された子宮腫瘍の５０％および採取された肝臓腫瘍の４８％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、子宮癌、肝臓癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４６】
「ＦＧＦ１０」とは、受託番号ＮＭ＿００４４６５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４４５６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ２２５５と呼ばれる遺伝子「線維芽細胞成長因子１０」のことを意味する。ＦＧＦ１０は、分泌タンパク質である。この遺伝子は、４２通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された肝臓腫瘍の４７％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍および膵臓腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肝臓癌、卵巣癌および膵癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４７】
「ＩＬ７Ｒ」とは、受託番号ＮＭ＿００２１８５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２１７６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３５７５と呼ばれる遺伝子「インターロイキン７レセプター」のことを意味する。ＩＬ７Ｒは、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、７通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された肺腫瘍および採取された卵巣腫瘍において過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肺癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４８】
「ＭＡＴＮ２」とは、受託番号ＮＭ＿００２３８０と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００２３７１と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ４１４７と呼ばれる遺伝子「マトリリン（ｍａｔｒｉｌｉｎ）２」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿０３０５８３およびタンパク質受託番号ＮＰ＿０８５０７２とよばれる。ＭＡＴＮ２は、細胞外マトリックスタンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された前立腺腫瘍の３２％および採取された子宮腫瘍の２４％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、前立腺癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１４９】
「ＣＯＬ１９Ａ１」とは、受託番号ＮＭ＿００１８５８と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１８４９と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ１３１０と呼ばれる遺伝子「コラーゲン、ＸＩＸ型、アルファ１」のことを意味する。ＣＯＬ１９Ａ１は、細胞外マトリックスタンパク質である。この遺伝子は、３通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された乳房腫瘍の２７％および採取された子宮腫瘍の２４％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、乳癌および子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５０】
「ＳＬＣ１Ａ２」とは、受託番号ＮＭ＿００４１７１と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４１６２と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ６５０６と呼ばれる遺伝子「溶質キャリアファミリー１（グリア高アフィニティーグルタミン酸トランスポーター）、メンバー２」のことを意味する。ＳＬＣ１Ａ２は、カルシウムチャネルトランスポータータンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された９つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の６１％、採取された乳房腫瘍の６０％、採取された肺腫瘍の５３％、採取された皮膚腫瘍の４０％、採取されたリンパ性腫瘍の４０％、採取された前立腺腫瘍の３９％、採取された肝臓腫瘍の３３％および採取された子宮腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された膵臓腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌、乳癌、肺癌、皮膚癌、リンパ性癌、前立腺癌、肝臓癌、子宮癌および膵癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５１】
「ＳＬＣ２８Ａ２」とは、受託番号ＮＭ＿００４２１２と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００４２０３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９１５３と呼ばれる遺伝子「溶質キャリアファミリー２８（ナトリウム結合ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー２」のことを意味する。ＳＬＣ２８Ａ２は、キャリアタンパク質である。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、採取された子宮腫瘍の４５％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、子宮癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５２】
「ＳＬＰＩ」とは、受託番号ＮＭ＿００３０６４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００３０５５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ６５９０と呼ばれる遺伝子「分泌性白血球プロテアーゼインヒビター（抗ロイコプロテイナーゼ）」のことを意味する。ＳＬＰＩは、分泌タンパク質である。この遺伝子は、５通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された卵巣腫瘍の１００％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５３】
「ＩＬ１２Ａ」とは、受託番号ＮＭ＿０００８８２と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００８７３と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３５９２と呼ばれる遺伝子「インターロイキン１２Ａ（ナチュラルキラー細胞刺激因子１、細胞傷害性リンパ球成熟因子１、ｐ３５）」のことを意味する。ＩＬ１２Ａは、分泌タンパク質である。この遺伝子は、５通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取されたリンパ性腫瘍の４７％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、リンパ性癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５４】
「ＩＬ６Ｒ」とは、受託番号ＮＭ＿０００５６５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿０００５５６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ３５７０と呼ばれる遺伝子「インターロイキン６レセプター」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿１８１３５９およびタンパク質受託番号ＮＰ＿８５２００４とよばれる。ＩＬ６Ｒは、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、４通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、採取された卵巣腫瘍において過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５５】
「ＴＮＦＳＦ８」とは、受託番号ＮＭ＿００１２４４と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１２３５と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９４４と呼ばれる遺伝子「腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー８」のことを意味する。ＴＮＦＳＦ８は、サイトカインである。この遺伝子は、２通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、癌の診断および治療に有用である。
【０１５６】
「ＴＮＦＲＳＦ８」とは、受託番号ＮＭ＿００１２４３と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１２３４と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９４３と呼ばれる遺伝子「腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー８」のことを意味する。転写改変体は、当該分野で公知であり、それぞれｍＲＮＡ受託番号ＮＭ＿１５２９４２およびタンパク質受託番号ＮＰ＿６９４４２１とよばれる。ＴＮＦＲＳＦ８は、サイトカインレセプターである。この遺伝子は、５通りのＭＬＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された５つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された肝臓腫瘍の５６％、採取された子宮頸部腫瘍の４５％、採取された皮膚腫瘍の４４％、採取された前立腺腫瘍の３９％および採取されたリンパ性腫瘍の３３％において過剰発現していることが見出された。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肝臓癌、子宮頸癌、皮膚癌、前立腺癌およびリンパ性癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５７】
「ＣＤ３８」とは、受託番号ＮＭ＿００１７７５と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００１７６６と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ９５２と呼ばれる遺伝子「ＣＤ３８抗原（ｐ４５）」のことを意味する。ＣＤ３８は、レセプターである。この遺伝子は、３通りのＭＬＶまたはＭＭＴＶプロウイルスのいずれかのＩＩ型組込みを起こした。この遺伝子は、試験された３つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された卵巣腫瘍の３５％および採取されたリンパ性腫瘍の３０％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された子宮頸部腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、卵巣癌、リンパ性癌および子宮頸癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５８】
「ＰＤＧＦＲＡ」とは、受託番号ＮＭ＿００６２０６と呼ばれるｍＲＮＡおよび受託番号ＮＰ＿００６１９７と呼ばれるポリペプチドをコードするｍＲＮＡを有する、ＮＣＢＩ公的データベース内の遺伝子座ＩＤ５１５６と呼ばれる遺伝子「血小板由来成長因子レセプター、アルファポリペプチド」のことを意味する。ＰＤＧＦＲＡは、チロシンキナーゼレセプターである。この遺伝子は、１１通りのＭＭＴＶプロウイルスのＩ型およびＩＩ型の組込みを起こした。この遺伝子は、試験された２つの癌組織型において過剰発現していることが見出され、採取された肺腫瘍の２７％において過剰発現していることが見出された。この遺伝子はまた、採取された卵巣腫瘍においても過剰発現していることが見出された（ｔ検定）。このことは、この遺伝子が、他の癌のうち、肺癌および卵巣癌に関連しているため、これらの癌および他の癌の診断および治療の標的となることを意味する。
【０１５９】
従って、これらの遺伝子のうちの１つの発現の有無のみで、癌を引き起こすのに十分であり得る。あるいは、これらの遺伝子のうちの１つの発現の増加または減少（遺伝子の発現が癌において増加または減少するということは、いくつかの実施形態において遺伝子および癌のタイプに依存する）が、癌を引き起こすのに十分であり得る。さらに別の場合においては、これらの遺伝子の１以上の（すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の）発現が閾値レベルに達するかまたはそれを越えると、癌が誘導され得る。閾値レベルは、発現の「正常な」コントロールレベルと比較した場合の遺伝子の発現の増加率または減少率として表され得る。
【０１６０】
いくつかの実施形態において、本発明の遺伝子の差次的発現または増幅は、インビボ診断アッセイを使用して、例えば、検出されるべき分子に結合し、検出可能な標識（例えば、放射性同位体）でタグ化した分子（例えば、抗体）を投与すること、および標識の局在について患者を外部からスキャンすることによって評価され得る。
【０１６１】
いくつかの実施形態において、遺伝子または遺伝子発現産物は、隣接する健常組織または貯蔵されていた正常組織と比べてその遺伝子または遺伝子発現産物の発現レベルの比較によって標的化のために選択される。いくつかの実施形態において、正常組織および／またはコントロールと比較して少なくとも３倍（３００％）発現が増加する。いくつかの実施形態において、貯蔵された、市販の正常組織サンプルの大部分と比較して３倍の増加が見られる。スクリーニングはまた、レーザーキャプチャー顕微鏡を使用して正常な隣接組織から癌性組織を切り出し、その後、標準的なＡｆｆｉｍｅｔｒｉｘチップＵ１３３（ｃａｔ＃９００３７０）などの標準的な市販のチップを利用した発現マイクロアレイ解析することによって行うことができる（例えば、Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ，（２００５）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，１０−３１を参照のこと）。いくつかの実施形態において、癌のタイプによって分類された患者組織サンプルの貯蔵物由来の核酸サンプルを含むカスタムチップを作製し、発現プロファイルを解析するために探索することができる（例えば、Ｍａｋｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ，Ｄｉｓ  Ｅｓｏｐｈａｇｕｓ．２００５；１８（ｌ）：３７−４０を参照のこと）。
【０１６２】
本発明はまた、上記参照癌関連遺伝子のホモログ、フラグメントおよび機能等価物の使用を可能にする。相同性は、上で参照した完全な遺伝子配列に基づき得、一般に相同性プログラムまたはハイブリダイゼーション条件を使用して以下に概要を述べるように決定する。癌関連遺伝子のホモログは、好ましくは癌関連遺伝子に対して約７５％以上（すなわち、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９２、少なくとも９４、少なくとも９５、少なくとも９６、少なくとも９７、少なくとも９８、少なくとも９９％またはそれ以上）の相同性を有する。このようなホモログは、スプライスバリアント、欠失変異体、付加変異体および／または置換変異体を含み得、そして一般に機能的な類似性を有する。
【０１６３】
この文脈での相同性とは、配列類似性または配列同一性を意味する。相同性の目的での１つの比較は、配列決定エラーを含む配列と正しい配列とを比較することである。この相同性は、当該分野で公知の標準的な技術を使用して決定されることになる。それらの技術としては、Ｓｍｉｔｈ  ＆  Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ＆  Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ  ＆  Ｌｉｐｍａｎ，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ８５：２４４４（１９８８）の類似性についての検索方法、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＴＦＡＳＴＡ）、Ｄｅｖｅｒｅｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．１２：３８７−３９５（１９８４）に記載されている、いくつかの実施形態ではデフォルト設定を使用したベストフィット（Ｂｅｓｔ  Ｆｉｔ）配列プログラムまたは検定が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６４】
有用なアルゴリズムの１つの例は、ＰＩＬＥＵＰである。ＰＩＬＥＵＰは、プログレッシブペアワイズアラインメントを使用して関連配列の群から複数の配列アラインメントを生成する。ＰＩＬＥＵＰはまた、そのアラインメントを生成するために使用されるクラスタリングの関係性（ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ  ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）を示す木を表示することができる。ＰＩＬＥＵＰは、Ｆｅｎｇ  ＆  Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３５：３５１−３６０（１９８７）のプログレッシブアラインメント法の単純化を使用する；その方法は、Ｈｉｇｇｉｎｓ  ＆  Ｓｈａｒｐ  ＣＡＢＩＯＳ  ５：１５１−１５３（１９８９）に記載されている方法に類似している。有用なＰＩＬＥＵＰパラメータとしては、デフォルトのギャップ重みづけ（ｇａｐ  ｗｅｉｇｈｔ）３．００、デフォルトのギャップ長重み付け（ｇａｐ  ｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔ）０．１０および重み付けエンドギャップ（ｗｅｉｇｈｔｅｄ  ｅｎｄ  ｇａｐ）が挙げられる。
【０１６５】
有用なアルゴリズムの別の例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５，４０３−４１０，（１９９０）およびＫａｒｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ９０：５８７３−５７８７（１９９３）に記載されているＢＬＡＳＴ（Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ）アルゴリズムである。特に有用なＢＬＡＳＴプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）；ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／］から入手したＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２プログラムである。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２は、いくつかの検索パラメータを使用し、そのパラメータのほとんどは、デフォルトの値に設定されている。調節可能なパラメータは、以下の値で設定されている：オーバーラップスパン（ｏｖｅｒｌａｐ  ｓｐａｎ）＝１、オーバーラップフラクション（ｏｖｅｒｌａｐ  ｆｒａｃｔｉｏｎ）＝０．１２５、ワード閾値（ｗｏｒｄ  ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ）（Ｔ）＝１１。ＨＳＰ  ＳおよびＨＳＰ  Ｓ２パラメータは、動的な値であり、特定の配列の組成および目的の配列を検索する特定のデータベースの組成に依存するプログラム自体によって確立される；しかしながら、その値は、感度を高くするように調節され得る。アミノ酸配列同一性パーセント値は、マッチする同一残基の数を、アラインメントされる領域の「より長い」配列の残基の総数で割ることによって決定される。「より長い」配列は、アラインメントされる領域内で実際の残基を最も多く有する配列のことである（アラインメントスコアを最大にするためにＷＵ−Ｂｌａｓｔ−２によって導入されたギャップは無視する）。
【０１６６】
アラインメントは、アラインメントされるべき配列中にギャップを導入することを含み得る。さらに、癌関連遺伝子のヌクレオチドよりも多いかまたは少ないヌクレオチドを含む配列については、相同性のパーセンテージは、ヌクレオシドの総数に対する相同なヌクレオシドの数に基づいて決定されると理解される。従って、本明細書中で同定される配列よりも短い配列の相同性は、短いほうの配列におけるヌクレオシドの数を使用して決定されることになる。
【０１６７】
本発明のいくつかの実施形態において、本明細書中で提供されるポリヌクレオチド配列もしくはそのフラグメントまたはその相補的配列に中程度から高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができるポリヌクレオチド組成物が提供される。ハイブリダイゼーション技術は、分子生物学の当該分野で周知である。説明の目的で、他のポリヌクレオチドと本発明のポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを試験するための適当な中程度にストリンジェントな条件としては、５×ＳＳＣ（「クエン酸ナトリウム食塩水」；９ｍＭ  ＮａＣｌ，０．９ｍＭクエン酸ナトリウム）、０．５％ＳＤＳ、１．０ｍＭ  ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）溶液中で前洗浄し；５０〜６０℃で、５×ＳＳＣ中、一晩ハイブリダイズし；その後、６５℃にて、２×ＳＳＣ（０．１％ＳＤＳ含有）、０．５×ＳＳＣ（０．１％ＳＤＳ含有）および０．２×ＳＳＣ（０．１％ＳＤＳ含有）でそれぞれ２０分間の洗浄を２回行うことが挙げられる。ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、ハイブリダイゼーション溶液の塩含有量および／またはハイブリダイゼーションを行う温度を変更することなどによって容易に操作できることを当業者は理解するだろう。例えば、いくつかの実施形態において、適当な高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、ハイブリダイゼーションの温度を例えば、６０〜６５℃または６５〜７０℃に上げること以外は上記の条件が挙げられる。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドなどの不安定化剤を追加することによって達成され得る。
【０１６８】
従って、本出願および配列表を通じて同定される核酸またはその相補物に高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする核酸は、癌関連配列と考えられる。高ストリンジェンシー条件は、当該分野で公知である；例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９およびＳｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．を参照のこと。この両方は、本明細書によって参考として援用される。ストリンジェントな条件は、配列依存性であり、様々な状況において異なる。より長い配列は、より高い温度で特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションの詳細な指針は、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ−−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ，“Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ａｓｓａｙｓ”（１９９３）に見られる。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度ｐＨにおける特定の配列に対する熱融解点（Ｔｍ）より約５〜１０℃低く選択される。Ｔｍは、（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度において）標的に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度である（標的配列が過剰に存在するとき、Ｔｍにおいて、プローブの５０％が平衡状態を占める）。ストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０〜８．３において、約１．０Ｍナトリウムイオン未満、代表的には、約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン濃度（または他の塩）である条件である。温度は、短いプローブ（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）については少なくとも約３０℃およびより長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチド超）については少なくとも約６０℃である。別の実施形態において、より低いストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用する；例えば、当該分野で公知であるような中程度または低いストリンジェンシー条件を使用してもよい；ＭａｎｉａｔｉｓおよびＡｕｓｕｂｅｌ，前出およびＴｉｊｓｓｅｎ，前出を参照のこと。
【０１６９】
（癌関連遺伝子発現の検出）
癌関連遺伝子は、クローニングされ得、そして、必要であれば、その構成部分を、癌関連核酸全体を形成するように組換え得る。一旦、その天然供給源から単離されると、例えば、プラスミドもしくは他のベクター内に含まれるか、または直線状の核酸セグメントとしてそこから切り取られると、組換え癌関連核酸は、他の癌関連核酸、例えば、さらなるコード領域を同定および単離するプローブとしてさらに使用することができる。組換え癌関連核酸はまた、癌関連核酸および癌関連タンパク質の改変体または癌関連核酸および癌関連タンパク質のバリアントを作製する「前駆体」核酸として使用することもできる。癌関連遺伝子のヌクレオチド配列はまた、癌関連遺伝子に特異的なプローブを設計するために使用することもできる。
【０１７０】
癌関連核酸は、いくつかの方法で使用され得る。癌関連核酸にハイブリダイズ可能な核酸プローブを、作製することができ、そして、スクリーニングおよび診断法において、または遺伝子治療および／またはアンチセンス用途のために使用されるバイオチップに付着することができる。あるいは、癌関連タンパク質のコード領域を含む癌関連核酸を、スクリーニングの目的で、または患者に投与するためのいずれかのために癌関連タンパク質の発現用の発現ベクターに再度組み込むことができる。
【０１７１】
遺伝子発現を定量化するためのこのようなシステムの１つは、キネティックポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である。キネティックＰＣＲにより、特定の核酸配列の同時に増幅および定量が可能になる。特異性は、標的部位を囲う一本鎖核酸配列に優先的に付着するように設計された合成オリゴヌクレオチドプライマーから得られる。オリゴヌクレオチドプライマーのこの対は、標的配列の鎖のそれぞれにおいて特異的な非共有結合的に結合した複合体を形成する。これらの複合体は、逆向きの二本鎖ＤＮＡのインビトロ転写を促進する。反応混合物の温度サイクリングは、プライマー結合、転写および個々の鎖への核酸の再融解の連続したサイクルである。その結果、標的ｄｓＤＮＡ産物が指数関数的に増加する。この産物は、インターカレート色素または配列特異的プローブのいずれかの使用によってリアルタイムで定量することができる。ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎｅ  Ｉは、インターカレート色素の例であり、ｄｓＤＮＡに優先的に結合して、同時に蛍光シグナルが増加する。ＴａｑＭａｎ（登録商標）技術で使用されるような配列特異的プローブは、蛍光色素およびオリゴヌクレオチドの反対の端に共有結合しているクエンチング分子からなる。このプローブは、２つのプライマーの間の標的ＤＮＡ配列に選択的に結合するように設計されている。ＤＮＡ鎖が、ＰＣＲ反応の間に合成されると、蛍光色素は、ポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性によりプローブから切断され、シグナルの脱クエンチング（ｄｅｑｕｅｎｃｈｉｎｇ）が起きる。プローブシグナリング法は、インターカレート色素法よりも特異的であり得るが、各々の場合において、シグナル強度は、生成されるｄｓＤＮＡ産物に比例する。定量方法の各タイプは、多ウェルの液相アレイにおいて使用することができ、各ウェルが目的の核酸配列に特異的なプライマーおよび／またはプローブを示す。組織または細胞株のメッセンジャーＲＮＡ調製物とともに使用するとき、プローブ／プライマー反応物のアレイは、目的の複数の遺伝子産物の発現を同時に定量することができる。Ｇｅｒｍｅｒ，Ｓ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１０：２５８−２６６（２０００）；Ｈｅｉｄ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．６，９８６−９９４（１９９６）を参照のこと。
【０１７２】
ＤＮＡマイクロアレイ技術の近年の進歩により、単一の固相支持体上で複数の標的癌関連核酸分子の大規模アッセイを行うことが可能になった。米国特許第５，８３７，８３２号（Ｃｈｅｅ  ｅｔ  ａｌ．）および関連特許出願では、ハイブリダイゼーション用のオリゴヌクレオチドプローブのアレイの固定およびサンプル中の特定の核酸配列の検出について記載されている。目的の組織から単離された目的の標的ポリヌクレオチドは、ＤＮＡチップおよび標的ポリヌクレオチドの優先度および別個のプローブの位置でのハイブリダイゼーションの程度に基づいて検出される特異的配列にハイブリダイズする。アレイの重要な用途の１つは、様々な細胞（目的の細胞およびコントロール細胞であることが多い）における遺伝子の発現プロファイルを比較し、それぞれの細胞間の遺伝子発現の任意の差が同定される差次的遺伝子発現の解析における用途である。このような情報は、特定の細胞または組織の型において発現している遺伝子タイプの同定およびその発現プロファイルに基づいた癌の状態の診断に有用である。
【０１７３】
代表的には、目的のサンプル由来のＲＮＡを、逆転写に供して、標識ｃＤＮＡを得る。米国特許第６，４１０，２２９号（Ｌｏｃｋｈａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。次いで、そのｃＤＮＡを、チップまたは他の表面上に既知の順序で整列した既知配列のオリゴヌクレオチドまたはｃＤＮＡにハイブリダイズする。標識ｃＤＮＡがハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの位置は、ｃＤＮＡについての配列情報を提供し、標識され、ハイブリダイズされたＲＮＡまたはｃＤＮＡの量は、目的のＲＮＡまたはｃＤＮＡの相対的な表示の推定を提供する。Ｓｃｈｅｎａ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７０：４６７−４７０（１９９５）を参照のこと。例えば、ヒト癌において遺伝子発現パターンを解析するｃＤＮＡマイクロアレイの使用については、ＤｅＲｉｓｉ，ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １４：４５７−４６０（１９９６））に記載されている。
【０１７４】
癌関連核酸に対応する核酸プローブを作製してもよい。代表的には、これらのプローブは、開示された癌関連遺伝子に基づいて合成される。バイオチップに付着させた核酸プローブを、癌関連核酸、すなわち標的配列（例えば、サンドイッチアッセイにおけるサンプルの標的配列または他のプローブ配列のいずれか）に実質的に相補的であるように設計すると、標的配列と本発明のプローブとの特異的なハイブリダイゼーションが生じる。以下に概要を述べるように、標的配列と本発明の一本鎖核酸との間のハイブリダイゼーションを妨げるいくらかの数の塩基対ミスマッチが存在し得るため、この相補性は、必ずしも完璧である必要はない。ヌクレオチドレベルでの遺伝子の全体の相同性が、約４０％以上、約６０％以上、または約８０％以上であること；およびさらに約８〜１２ヌクレオチドまたはそれ以上長い、対応する近接配列が存在することが期待される。しかしながら、変異の数が多すぎるために、最低のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下であってもハイブリダイゼーションが起き得ない場合は、その配列は、標的配列と相補的でない。従って、本明細書における「実質的に相補的」とは、プローブが、標的配列に十分相補的で、本明細書中に概要を述べるような通常の反応条件、特に高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることを意味する。配列が本発明に記載の癌関連遺伝子に特有であるか否かということは、当業者に公知の技術によって決定することができる。例えば、その配列を、データバンク、例えばＧｅｎｅＢａｎｋ内の配列と比較することによって、非感染宿主または他の生物体において存在するか否かを判定することができる。その配列はまた、癌を誘導することが知られている配列を含む他のウイルス性物質の既知配列と比較することもできる。
【０１７５】
核酸プローブは、一般に一本鎖であるが、部分的に一本鎖および部分的に二本鎖であり得る。プローブの鎖の状態（ｓｔｒａｎｄｅｄｎｅｓｓ）は、標的配列の構造、組成物および特性によって支配される。一般に、オリゴヌクレオチドプローブは、約６、８、１０、１２、１５、２０、３０〜約１００塩基長、約１０〜約８０塩基または約３０〜約５０塩基の範囲である。いくつかの実施形態において、遺伝子全体をプローブとして使用する。いくつかの実施形態において、何百塩基までの一層長い核酸を使用することができる。プローブは、十分に特異的であるため、当業者に公知の条件下で相補的な鋳型配列にハイブリダイズする。プローブ配列とそれがハイブリダイゼーションの間にハイブリダイズするその相補的鋳型（標的）配列との間のミスマッチの数は、ＦＡＳＴＡ（デフォルトの設定）によって決定される場合、一般に１５％、１０％または５％を超えない。
【０１７６】
オリゴヌクレオチドプローブは、核酸（ウラシル、シトシン、チミン、アデニンおよびグアニン）に通常見られる天然に存在する複素環式の塩基ならびに改変塩基および塩基アナログを含み得る。標的配列に対するプローブのハイブリダイゼーションに適合している任意の改変塩基または塩基アナログは、本発明の実施に有用である。プローブの糖部分またはグリコシド部分は、デオキシリボース、リボースおよび／またはこれらの糖の改変型、例えば、２’−Ｏ−アルキルリボースを含み得る。いくつかの実施形態において、糖部分は、２’−デオキシリボースである；しかしながら、標的配列にハイブリダイズするプローブの能力に適合した任意の糖部分を使用することができる。
【０１７７】
プローブのヌクレオシド単位は、当該分野で周知であるように、ホスホジエステル骨格によって連結され得る。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間の結合は、プローブの特定のハイブリダイゼーションに適合した、当業者に公知の任意の結合を含み得る。その結合としては、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、スルファメート（例えば、米国特許第５，４７０，９６７号）およびポリアミド（すなわち、ペプチド核酸）が挙げられるがこれらに限定されない。ペプチド核酸は、Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５４：１４９７−１５００，米国特許第５，７１４，３３１号およびＮｉｅｌｓｅｎ（１９９９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１０：７１−７５に記載されている。
【０１７８】
プローブは、キメラ分子であり得る；すなわち、塩基または糖サブユニットの２つ以上の型を含み得、そして／またはその結合は、同じプライマー内の２つ以上の型であり得る。プローブは、当該分野で公知であるように、その標的配列へのハイブリダイゼーションを促進する部分、例えば、インターカレーターおよび／または副溝結合剤を含み得る。塩基、糖およびインターヌクレオシド骨格のバリエーションならびにプローブ上の任意の付属基の存在は、配列特異的な様式で、その標的配列と結合するプローブの能力に適合する。既知および開発された多数の構造的改変の両方が、これらの結合内で可能である。有利なことには、本発明に記載のプローブは、シグナル増幅を可能にするような構造的特徴を有し得、このような構造的特徴は、例えば、Ｕｒｄｅａ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｓｙｍｐ．Ｓｅｒ．，２４：１９７−２００（１９９１））または欧州特許第ＥＰ−０２２５，８０７号に記載されているような分枝ＤＮＡプローブである。さらに、プローブを形成する様々な複素環式の塩基、糖、ヌクレオシドおよびヌクレオチドならびに特定の所定の配列のオリゴヌクレオチド調製物を調製するための合成方法は、十分に開発されており、当該分野で公知である。オリゴヌクレオチド合成するための方法は、米国特許第５，４１９，９６６号の教示を援用する。
【０１７９】
複数のプローブを、特定の標的核酸について設計することにより、標的核酸の多型および／または二次構造、データの冗長性などについて説明し得る。いくつかの実施形態において、配列１つにつき２個以上のプローブが使用される場合、単一の標的癌関連遺伝子の様々な部分と重複するプローブまたはプローブのいずれかを使用する。すなわち、２個、３個、４個またはそれ以上のプローブ（好ましくは３個）を使用して、特定の標的に対する重複性を確立する。そのプローブは、重複し得る（すなわち、共通していくつかの配列を有する）か、または癌関連遺伝子の別個の配列に特異的であり得る。複数の標的ポリヌクレオチドが、本発明に従って検出されるとき、特定の標的ポリヌクレオチドに対応するプローブまたはプローブ群の各々が、マイクロアレイの別個の領域に位置している。
【０１８０】
プローブは、ウェル内またはマイクロアレイの表面上のように溶液中に存在し得るか、または固体支持体に付着され得る。使用できる固体支持体材料の例としては、プラスチック、セラミック、金属、樹脂、ゲルおよび膜が挙げられる。固体支持体の有用なタイプとしては、プレート、ビーズ、磁性材料、マイクロビーズ、ハイブリダイゼーションチップ、膜、結晶、セラミックスおよび自己集合性単層が挙げられる。いくつかの実施形態は、２次元マトリックスまたは３次元マトリックス（例えば、複数のプローブ結合部位を含むゲルまたはハイブリダイゼーションチップ）を含む（Ｐｅｖｚｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃ．＆  Ｄｙｎ．９：３９９−４１０，１９９１；Ｍａｓｋｏｓ  ａｎｄ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：１６７９−８４，１９９２）。ハイブリダイゼーションチップを使用して、標的核酸に続いてハイブリダイズする非常に大きなプローブアレイを構築することができる。チップのハイブリダイゼーションパターンの解析により、標的ヌクレオチド配列の同定が助けられる。パターンは、手動またはコンピュータにより解析され得るが、ハイブリダイゼーションによる位置配列決定が、コンピュータ解析および自動化につながることは明らかである。配列再構築のために開発されてきたアルゴリズムおよびソフトウェアは、本明細書中で記載されている方法に適用可能である（Ｒ．Ｄｒｍａｎａｃ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃ．＆  Ｄｙｎ．５：１０８５−１１０２，１９９１；Ｐ．Ａ．Ｐｅｖｚｎｅｒ，Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃ．＆  Ｄｙｎ．７：６３−７３，１９８９）。
【０１８１】
当業者によって理解されるように、核酸は、多岐にわたる方法で固体支持体に接着または固定することができる。本明細書中で「固定される」とは、核酸プローブと固体支持体との間の会合または結合が、以下で概要を述べるように、結合、洗浄、解析および除去の条件下で十分に安定であることを意味する。結合は、共有結合または非共有結合であり得る。本明細書中で「非共有結合」および文法上の同義語は、正電気的、親水性および疎水性の相互作用のいずれかの１以上を意味する。非共有結合に含まれるのは、ストレプトアビジンなどの分子の支持体への共有結合およびビオチン化プローブのストレプトアビジンへの非共有結合である。本明細書中で「共有結合」および文法上の同義語は、２つの部分、すなわち固体支持体およびプローブが、σ結合、π結合および配位結合を含む少なくとも１つの結合によって結合していることを意味する。共有結合は、プローブと固体支持体との間で直接形成され得るか、あるいはクロスリンカーまたは固体支持体もしくはプローブのいずれかまたは両方の分子上の特定の反応基を含むことにより形成され得る。固定化はまた、共有結合および非共有結合の相互作用を組み合わせたものにも関連し得る。
【０１８２】
核酸プローブは、カップリング剤を組み合わせることによる共有結合または共有結合もしくは非共有結合（例えば、静電気的相互作用、水素結合または抗体−抗原結合またはそれらの組み合わせ）によって固体支持体に接着され得る。代表的なカップリング剤としては、ビオチン／アビジン、ビオチン／ストレプトアビジン、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓプロテインＡ／ＩｇＧ抗体Ｆｃフラグメントおよびストレプトアビジン／プロテインＡキメラ（Ｔ．Ｓａｎｏ  ａｎｄ  Ｃ．Ｒ．Ｃａｎｔｏｒ，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７８−８１（１９９１））またはこれらの物質の誘導体もしくは組み合わせが挙げられる。核酸は、光切断可能な結合、静電結合、ジスルフィド結合、ペプチド結合、ジエステル結合またはこれらの種類の結合の組み合わせによって固体支持体に接着され得る。アレイはまた、４，４’−ジメトキシトリチルまたはその誘導体などの選択的に放出可能な結合によって固体支持体に接着され得る。有用であると見出されている誘導体としては、３または４［ビス−（４−メトキシフェニル）］−メチル−安息香酸、Ｎ−スクシンイミジル−３または４［ビス−（４−メトキシフェニル）］−メチル−安息香酸、Ｎ−スクシンイミジル−３または４［ビス−（４−メトキシフェニル）］−ヒドロキシメチル−安息香酸、Ｎ−スクシンイミジル−３または４［ビス−（４−メトキシフェニル）］−クロロメチル−安息香酸およびこれらの酸の塩が挙げられる。
【０１８３】
プローブは、当業者によって理解されるように、多岐にわたる方法において、バイオチップに接着され得る。本明細書中で記載するように、核酸を、最初に合成し、その後バイオチップに接着し得るか、またはバイオチップ上で直接合成し得る。
【０１８４】
バイオチップは、適当な固体基材を含む。本明細書中で「基材」または「固体支持体」または他の文法上の同義語は、改変されて、核酸プローブの接着または会合に適切な別個のそれぞれの部位を含み得、そして少なくとも１つの検出方法に適用可能な任意の材料を意味する。本発明の固相支持体は、ヌクレオチドハイブリダイゼーションおよび合成を支持するのに適した任意の固体材料および構造であり得る。好ましくは、固相支持体は、プライマーが固定でき、そして逆転写酵素反応を行うことができる少なくとも１つの実質的に強固な表面を備える。ポリヌクレオチドマイクロアレイエレメントが安定に会合する基材は、種々の材料から作製され得る。その材料としては、プラスチック、セラミックス、金属、アクリルアミド、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、ポリスチレン、ポリエチレンビニルアセテート、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキシド、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン（登録商標）、フルオロカーボン、ナイロン、ケイ素ゴム、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、フマル酸ポリプロピル、コラーゲン、グリコサミノグリカンおよびポリアミノ酸が挙げられる。基材は、２次元または３次元の形態（例えば、ゲル、膜、薄膜、ガラス、プレート、円柱、ビーズ、磁性ビーズ、光ファイバー、織物繊維など）であり得る。アレイの１つの形態は、３次元アレイである。３次元アレイの１つのタイプは、タグ化ビーズの集合である。タグ化ビーズの各々は、それに接着した様々なプライマーを有する。タグは、シグナル手段（例えば、呈色（Ｌｕｍｉｎｅｘ，Ｉｌｌｕｍｉｎａ）および電磁場（Ｐｈａｒｍａｓｅｑ））によって検出することができ、タグ化ビーズ上のシグナルは、（例えば、光ファイバーを使用して）遠隔的でさえも検出することができる。固体支持体の大きさは、ＤＮＡマイクロアレイ技術にとって有用な標準的なマイクロアレイの任意の大きさであり得、その大きさは、本発明の反応を実施するために使用される特定の機械に適合するように調整され得る。一般に、基材は、光学的な検出が可能であり、感知できる蛍光を発しない。
【０１８５】
バイオチップの表面およびプローブは、後でその２つが結合するために化学官能基で誘導体化され得る。従って、例えば、バイオチップは、化学官能基で誘導体化される。その化学官能基としては、アミノ基、カルボキシ基、オキソ基およびチオール基が挙げられるがこれらに限定されず、アミノ基が特に好ましい。これらの官能基を使用し、プローブを、プローブ上の官能基を使用して接着することができる。例えば、アミノ基を含む核酸は、例えば、当該分野で公知であるようなリンカー；例えば、周知であるようなホモ二官能性リンカーまたはヘテロ二官能性リンカー（１９９４  Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  ｃａｔａｌｏｇ，ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  ｓｅｃｔｉｏｎ  ｏｎ  ｃｒｏｓｓ−ｌｉｎｋｅｒｓの１５５−２００ページを参照のこと。これを本明細書中で参考として援用する）を使用してアミノ基を含む表面に接着することができる。さらに、いくつかの場合において、アルキル基などのさらなるリンカー（置換アルキル基およびヘテロアルキル基を含む）を使用してもよい。
【０１８６】
オリゴヌクレオチドは、当該分野で公知であるように合成され得、次いで、固体支持体の表面に接着され得る。当業者によって理解されるように、５’末端または３’末端のいずれかが、固体支持体に接着し得るか、または内部ヌクレオシドを介して接着し得る。さらなる実施形態において、固体支持体への固定は、非常に強固であり得るが、非共有結合であり得る。例えば、ビオチン化オリゴヌクレオチドを作製して、それをストレプトアビジンが共有結合的にコーティングされた表面に結合することにより、接着が行われる。
【０１８７】
アレイは、任意の便利な方法論（例えば、ポリヌクレオチドマイクロアレイエレメントを事前に形成し、次いで、それらを表面と安定的に会合すること）に従って作製され得る。あるいは、オリゴヌクレオチドは、当該分野で公知であるように表面上で合成され得る。多くの様々なアレイ配置およびそれらの作製方法は、当業者に公知であり、ＷＯ９５／２５１１６およびＷＯ９５／３５５０５（フォトリソグラフィック技術）、米国特許第５，４４５，９３４号（フォトリソグラフィによるインサイチュ合成）、同第５，３８４，２６１号（機械的に方向付けられた流路によるインサイチュ合成）；および同第５，７００，６３７号（スポッティング、プリンティングまたは結合による合成）に開示されている；これらの開示は、本明細書中でその全体が参考として援用される。ＤＮＡをビーズに結合するための別の方法は、ＤＮＡの端に結合している特定のリガンドを使用して、ビーズに結合したリガンド結合分子を連結する。リガンド結合パートナー対の候補としては、ビオチン−アビジン／ストレプトアビジンまたはジゴキシゲニン（ｄｉｇｏｘｙｇｅｎｉｎ）−抗ジゴキシゲニン抗体（Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ，“Ｄｉｒｅｃｔ  Ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｌａｓｔｉｃｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  ＤＮＡ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｂｙ  Ｕｓｉｎｇ  Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｂｅａｄｓ，”  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５８：１１２２−１１２６（１９９２））などの様々な抗体／抗原対が挙げられる。ＤＮＡと支持体との共有結合による化学結合は、ホスホアミデート結合を介してコーティングされたミクロスフェアとＤＮＡ上の５’−リン酸を連結する標準的なカップリング剤を使用することによって達成することができる。固体状態の基材へのオリゴヌクレオチドの固定化のための方法は、十分に確立されている。Ｐｅａｓｅ  ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１（ｌｌ）：５０２２−５０２６（１９９４）を参照のこと。固体状態の基材にオリゴヌクレオチドを接着する１つの方法は、Ｇｕｏ  ｅｔ  ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２２：５４５６−５４６５（１９９４）に記載されている。固定化は、インサイチュＤＮＡ合成（Ｍａｓｋｏｓ  ａｎｄ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０：１６７９−１６８４（１９９２）または化学的に合成されたオリゴヌクレオチドの共有結合（Ｇｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，前出）のいずれかによって、ロボットのアレイ技術と組み合わせて達成され得る。
【０１８８】
（発現産物）
用語「発現産物」とは、本明細書中で使用されるとき、例えば、ｍＲＮＡを含む核酸と、癌関連遺伝子の転写および／または翻訳によって生成されるポリペプチド産物との両方のことをいう。
【０１８９】
ポリペプチドは、成熟タンパク質の形態であり得るか、またはプレタンパク質、プロタンパク質またはプレプロタンパク質の切断によって活性化され、活性な成熟ポリペプチドを生成することができるプレタンパク質、プロタンパク質またはプレプロタンパク質であり得る。このようなポリペプチドにおいて、プレ配列、プロ配列またはプレプロ配列は、リーダー配列または分泌配列であり得るか、または成熟ポリペプチド配列の精製のために使用される配列であり得る。このようなポリペプチドは、「癌関連ポリペプチド」とよばれる。
【０１９０】
用語「癌関連ポリペプチド」はまた、フラグメント、ホモログ、融合物および変異体などの改変体を含む。ギャップオープンペナルティ（ｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）が１２およびギャップ伸長ペナルティ（ｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）が２、ＢＬＯＳＵＭ行列が６２というアフィンギャップ検索（ａｆｆｉｎｅ  ｇａｐ  ｓｅａｒｃｈ）を使用してＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定されるとき、相同なポリペプチドは、上記でいわれるような癌関連ポリペプチドと少なくとも８０％以上（すなわち、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）の配列同一性を有する。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．（１９８１）２：４８２−４８９において教示されている。改変体ポリペプチドは、天然にグリコシル化され得るか、または非天然にグリコシル化され得る。すなわち、そのポリペプチドは、対応する天然に存在するタンパク質に見られるグリコシル化パターンと異なるグリコシル化パターンを有する。
【０１９１】
変異体は、アミノ酸置換、付加または欠失を含み得る。アミノ酸置換は、保存的なアミノ酸置換、または非必須アミノ酸を排除する（グリコシル化部位、リン酸化部位またはアセチル化部位を変更するなどの）置換、または機能に必要でない１以上のシステイン残基の置換または欠失によってミスフォールドを最小にする置換であり得る。保存的アミノ酸置換は、通常の電荷、疎水性／親水性および／または置換されるアミノ酸の立体的なかさ高さを保存する置換である。これらの生成物の改変体は、タンパク質の特定の領域（例えば、機能ドメインおよび／または、ポリペプチドがタンパク質ファミリーのメンバーである場合コンセンサス配列に関連した領域）の高い生物学的活性を保持するか、またはそれを有するように設計することができる。次いで、このような改変体は、検出または処置の方法において使用され得る。改変体を生成するためのアミノ酸変更の選択は、アミノ酸の到達性（内部  対  外部）（例えば、Ｇｏ  ｅｔ  ａｌ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．（１９８０）１５：２１１を参照のこと）、改変体ポリペプチドの熱安定性（例えば、Ｑｕｅｒｏｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９：２６５を参照のこと）、所望のグリコシル化部位（例えば、Ｏｌｓｅｎ  ａｎｄ  Ｔｈｏｍｓｅｎ，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１３７：５７９を参照のこと）、所望のジスルフィド架橋（例えば、Ｃｌａｒｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３）３２：４３２２；およびＷａｋａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．（１９９４）７：１３７９を参照のこと）、所望の金属結合部位（例えば、Ｔｏｍａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：９７およびＨａｅｚｅｒｂｒｏｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．（１９９３）６：６４３を参照のこと）およびプロリンループ内の所望の置換（例えば、Ｍａｓｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｐｐｌ．Ｅｎｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９４）６０：３５７９を参照のこと）に基づき得る。システイン欠失ムテインは、米国特許第４，９５９，３１４号に開示されているように生成することができる。
【０１９２】
改変体としてはまた、本明細書中に開示されるポリペプチドのフラグメント、特に生物学的に活性なフラグメントおよび／または機能ドメインに対応するフラグメントが挙げられる。目的のフラグメントは、代表的には、少なくとも約８アミノ酸（ａａ）長、１０ａａ長、１５ａａ長、２０ａａ長、２５ａａ長、３０ａａ長、３５ａａ長、４０ａａ長から少なくとも約４５ａａ長であり、通常、少なくとも約５０ａａ長、少なくとも約７５ａａ長、少なくとも約１００ａａ長、少なくとも約１２５ａａ長、少なくとも約１５０ａａ長、少なくとも約２００ａａ長、少なくとも約３００ａａ長、少なくとも約４００ａａ長であり、５００ａａ長以上の長さであり得るが、フラグメントが、本明細書中で提供されるポリヌクレオチド配列またはそのホモログのいずれか１つの配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと同一である一続きのアミノ酸を有する場合、通常は、約１０００ａａ長を超えない。本明細書中で記載されるタンパク質改変体は、本発明の範囲内であるポリヌクレオチドによってコードされる。遺伝暗号を使用して、適切なコドンを選択することにより、対応する改変体を構築することができる。
【０１９３】
癌関連遺伝子によってコードされるポリペプチドの発現のレベルが変化することは、その遺伝子およびその産物が癌において役割を果たすことを示唆し得る。いくつかの実施形態において、形成される複合体の量の２倍の増加または減少は、疾患を示唆する。いくつかの実施形態において、形成される複合体の量の３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍または１００倍の増加または減少は、疾患を示唆する。
【０１９４】
癌関連ポリペプチドは、野生型アミノ酸配列よりも短いか、または長い場合があり、ｍＲＮＡをコードするその等価物は、野生型ｍＲＮＡと比較して、同様に改変され得る。従って、癌関連ポリペプチドの定義内に含まれるのは、本明細書中の野生型配列の部分またはフラグメントである。さらに、上で概要を述べたように、癌関連遺伝子を使用して、さらなるコード領域を得てもよく、当該分野で公知の技術を使用してさらなるタンパク質配列を得てもよい。
【０１９５】
いくつかの実施形態において、癌関連ポリペプチドは、野生型配列と比較した場合、誘導体または癌関連ポリペプチド改変体である。すなわち、下記で一層十分に概要を述べるように、癌関連ポリペプチド誘導体は、少なくとも１つのアミノ酸置換、欠失または挿入を含む。アミノ酸置換、挿入または欠失は、癌関連ポリペプチド内の任意の残基において生じ得る。
【０１９６】
癌関連ポリペプチドのアミノ酸配列改変体もまた含まれる。これらの改変体は、３つのクラス：置換改変体、挿入改変体または欠失改変体の１以上に分類される。これらの改変体は、改変体をコードするＤＮＡを生成するために、通常、カセット突然変異生成またはＰＣＲ突然変異生成または当該分野で周知の他の技術を使用した、癌関連タンパク質をコードするＤＮＡにおけるヌクレオチドの部位特異的突然変異生成によって調製され、その後、上で概要を述べたように組換え細胞培養においてそのＤＮＡを発現する。しかしながら、約１００から１５０残基までを有する癌関連ポリペプチドフラグメント改変体は、確立された技術を使用してインビトロ合成により調製され得る。アミノ酸配列改変体は、改変体の事前に決定された性質（癌関連ポリペプチドアミノ酸配列の天然に存在する対立遺伝子または種間バリエーションと改変体を区別する特徴）によって特徴付けられる。以下で一層十分に概要を述べるように、改変体は、代表的には、天然に存在するアナログと同じ定性的な生物学的活性を示すが、改変された特徴を有する改変体を選択することもできる。
【０１９７】
アミノ酸配列バリエーションを導入するための部位または領域が事前に決定していたとしても、変異自体も事前に決定している必要はない。例えば、所与の部位における変異の実施を最適化するために、ランダムな突然変異生成を標的コドンまたは標的領域において行うことがあり、発現した癌関連ポリペプチド改変体が、所望の活性の最適な組み合わせについてスクリーニングされ得る。既知配列を有するＤＮＡ内の所定の部位において置換変異を生成するための技術は、周知であり、例えば、Ｍ１３プライマー突然変異生成およびＬＡＲ突然変異生成である。変異体のスクリーニングは、癌関連タンパク質活性のアッセイを使用して行われる
アミノ酸置換は、代表的には単一残基であるが、当然のことながら、複数の残基であってもよい；挿入は、通常は約１〜２０アミノ酸の規模であり得るが、かなり大きい挿入も許容され得る。欠失は、約１〜約２０残基の範囲であるが、いくつかの場合においては、欠失は、もっと大きくてもよい。
【０１９８】
置換、欠失、挿入またはそれらの任意の組み合わせを使用して、最終的な誘導体に到達し得る。一般に、これらの変更は、分子の変化を最小にするために少数のアミノ酸においてのみ行われる。しかしながら、より大きな変化が特定の状況において許容され得る。癌関連ポリペプチドの特徴を少しだけ変化させたい場合、一般に、以下の表に従って置換が行われる。
【０１９９】
【表１】
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置換が、表１に示す置換よりも保存的でない場合、機能または免疫学的同一性の実質的な変化が生じる。例えば、以下：変更の領域内のポリペプチド骨格の構造（例えば、アルファヘリックス構造またはベータシート構造）；標的部位における分子の電荷または疎水性；および側鎖の容積、の１以上に一層著しく影響を及ぼすように全長に亘って置換がなされ得る。ポリペプチドの特性に最も大きな変化をもたらすと一般に考えられる置換は、（ａ）親水性残基、例えば、セリルまたはトレオニルが、疎水性残基、例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリルまたはアラニルと（またはこれれによって）置換される場合；（ｂ）システインまたはプロリンが、他の任意の残基と（またはこれれによって）置換される場合；（ｃ）電気陽性の側鎖を有する残基、例えば、リシル、アルギニルまたはヒスチジルが、電気陰性の残基、例えば、グルタミルまたはアスパルチルと（またはこれれによって）置換される場合；または（ｄ）かさ高い側鎖を有する残基、例えば、フェニルアラニンが、側鎖、例えば、グリシンを有する残基と（またはこれれによって）置換される場合である。
【０２００】
改変体は、代表的には、天然に存在するアナログと同じ定性の生物学的活性を示し、天然に存在するアナログと同じ免疫応答を誘発するが、改変体はまた、特徴も改変される。
【０２０１】
癌関連ポリペプチドは、検出および処置の方法において、それ自体が発現され得、そして使用され得る。癌関連ポリペプチドは、そのような方法における使用を援助するために、さらに改変され得る。
【０２０２】
癌関連ポリペプチドの共有結合性の改変を、例えば、スクリーニングにおいて利用してもよい。共有結合性の改変の１つのタイプは、癌関連ポリペプチドの標的化されたアミノ酸残基と、選択された側鎖または癌関連ポリペプチドのＮ末端残基もしくはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤とを反応させることが挙げられる。二官能性物質による誘導体化は、例えば、下記で一層十分に概要を述べるように、抗癌関連抗体を精製するための方法またはスクリーニングアッセイにおいて使用するための水不溶性支持体のマトリックスまたは表面に癌関連ポリペプチドを架橋するために有用である。通常使用される架橋剤としては、例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル類、例えば、４−アジドサリチル酸とのエステル類、ホモ二官能性イミドエステル類（３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオン酸エステル）などのジスクシンイミジルエステル類を含む）、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタンなどの二官能性マレイミド類およびメチル−３−［（ｐ−アジドフェニル）ジチオ］プロピオイミデートなどの薬剤が挙げられる。
【０２０３】
他の改変としては、グルタミニル残基およびアスパラギニル残基の、それぞれ対応するグルタミル残基およびアスパルチル残基へのアミド分解、プロリンおよびリシンのヒドロキシル化、セリル残基、トレオニル残基またはチロシル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖のａ−アミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ＆  Ｃｏ．，Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ｐｐ．７９−８６（１９８３））、Ｎ末端アミンのアセチル化および任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化が挙げられる。
【０２０４】
本発明の範囲内に含まれる癌関連ポリペプチドの共有結合性の改変の別のタイプは、ポリペプチドのネイティブのグリコシル化パターンを変更することを含む。「ネイティブのグリコシル化パターンを変更する」とは、本明細書中の目的のために、ネイティブの配列癌関連ポリペプチドに見られる１以上の炭水化物部分を欠失することおよび／またはネイティブの配列癌関連ポリペプチドに存在しない１以上のグリコシル化部位を付加することを意味すると解釈される。
【０２０５】
癌関連ポリペプチドへのグリコシル化部位の付加は、そのアミノ酸配列を変更することによって達成され得る。例えば、ネイティブの配列癌関連ポリペプチドへの（Ｏ−結合グリコシル化部位について）１以上のセリンまたはトレオニン残基の付加またはそれらによる置換によって、変更がなされ得る。癌関連アミノ酸配列は、必要に応じて、ＤＮＡレベルでの変化を通じて変更してもよく、特に、癌関連ポリペプチドをコードするＤＮＡを事前に選択された塩基において変異させることによって変更してもよい。その結果、所望のアミノ酸に翻訳するコドンが生成される。
【０２０６】
癌関連ポリペプチド上の炭水化物部分の数を増やす別の手段は、ポリペプチドへのグリコシドの化学結合または酵素的結合である。このような方法は、当該分野、例えば、１９８７年９月１１日に公開されたＷＯ８７／０５３３０およびＡｐｌｉｎ  ａｎｄ  Ｗｒｉｓｔｏｎ，ＬＡ  Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，ｐｐ．２５９−３０６（１９８１）に記載されている。
【０２０７】
癌関連ポリペプチド上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的もしくは酵素的に達成され得るか、またはグリコシル化の標的として働くアミノ酸残基をコードするコドンの変異による置換によって達成され得る。化学的な脱グリコシル化技術は、当該分野で公知であり、例えば、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．，２５９：５２（１９８７）およびＥｄｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１１８：１３１（１９８１）に記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Ｔｈｏｔａｋｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１３８：３５０（１９８７）に記載されているように、種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼを使用することによって達成され得る。
【０２０８】
癌関連の共有結合性の改変の別のタイプは、米国特許第４，６４０，８３５号；同第４，４９６，６８９号；同第４，３０１，１４４号；同第４，６７０，４１７号；同第４，７９１，１９２号または同第４，１７９，３３７号に説明されている様式で、種々の非タンパク質性ポリマーの１つ、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールまたはポリオキシアルキレンに癌関連ポリペプチドを連結することを含む。
【０２０９】
癌関連ポリペプチドはまた、別の異種性のポリペプチドまたはアミノ酸配列と融合した癌関連ポリペプチドを含むキメラ分子を形成する方法で改変され得る。いくつかの実施形態において、このようなキメラ分子は、癌関連ポリペプチドと、抗タグ抗体が選択的に結合するエピトープを提供するタグポリペプチドとの融合を含む。エピトープタグは、一般に、癌関連ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に位置するが、内部融合もまた、いくつかの場合において許容され得る。このようなエピトープタグ化型の癌関連ポリペプチドの存在は、そのタグポリペプチドに対する抗体を使用して検出することができる。また、エピトープタグの提供により、抗タグ抗体またはエピトープタグに結合する別のタイプのアフィニティーマトリックスを使用して癌関連ポリペプチドをアフィニティー精製によって容易に精製することが可能である。別の実施形態において、キメラ分子は、癌関連ポリペプチドと、免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合を含み得る。キメラ分子の２価の形態について、そのような融合は、ＩｇＧ分子のＦｃ領域に対してであり得る。
【０２１０】
様々なタグポリペプチドおよびそのそれぞれの抗体は、当該分野で周知である。例としては、ポリ−ヒスチジン（ポリ−ｈｉｓ）タグまたはポリ−ヒスチジン−グリシン（ポリ−ｈｉｓ−ｇｌｙ）タグ；ｆｌｕ  ＨＡタグポリペプチドおよびその抗体１２ＣＡ５（Ｆｉｅｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，８：２１５９−２１６５（１９８８））；ｃ−ｍｙｃタグおよびそれに対する８Ｆ９抗体、３Ｃ７抗体、６Ｅ１０抗体、Ｇ４抗体、Ｂ７抗体および９Ｅ１０抗体（Ｅｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，５：３６１０−３６１６（１９８５））；およびＨｅｒｐｅｓ  Ｓｉｍｐｌｅｘウイルス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグおよびその抗体（Ｐａｂｏｒｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，３（６）：５４７−５５３（１９９０））が挙げられる。他のタグポリペプチドとしては、Ｆｌａｇ−ペプチド（Ｈｏｐｐ  ｅｔ  ａｌ．，ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，６：１２０４−１２１０（１９８８））；ＫＴ３エピトープペプチド（Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５５：１９２−１９４（１９９２））；チューブリンエピトープペプチド（Ｓｋｉｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６６：１５１６３−１５１６６（１９９１））；およびＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ（Ｌｕｔｚ−Ｆｒｅｙｅｒｍｕｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６３９３−６３９７（１９９０））が挙げられる。
【０２１１】
あるいは、癌関連タンパク質ファミリーの他の癌関連タンパク質および他の生物体由来の癌関連タンパク質が、以下で概要を述べるように、クローニングおよび発現され得る。従って、プローブまたは変性ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列を使用して、ヒトまたは他の生物体由来の他の関係する癌関連タンパク質を見つけ得る。当業者に理解されるように、特に有用なプローブおよび／またはＰＣＲプライマー配列は、癌関連核酸配列の特有の領域を含む。一般に当該分野で公知であるように、ＰＣＲプライマーは、約１５〜約３５ヌクレオチド長または約２０〜約３０ヌクレオチド長であり得、必要であれば、イノシンを含み得る。ＰＣＲ反応の条件は、当該分野で周知である。
【０２１２】
さらに、本明細書中で概要を述べるように、例えば、追加配列の解明、エピトープまたは精製タグの付加、他の融合配列の付加などによって癌関連遺伝子によってコードされる癌関連タンパク質よりも長い癌関連タンパク質が、作製され得る。
【０２１３】
癌関連タンパク質はまた、癌関連核酸によってコードされるタンパク質と同定され得る。従って、癌関連タンパク質は、本明細書中で概要を述べるように、上で列挙した癌関連遺伝子またはそれらの相補体にハイブリダイズする核酸によってコードされる。
【０２１４】
（癌関連ポリペプチドの発現）
上で述べたように、癌関連タンパク質をコードする癌関連遺伝子由来の核酸を使用して、スクリーニングアッセイに使用され得る癌関連タンパク質を発現する種々の発現ベクターを作製することができる。発現ベクターは、自己複製の染色体外ベクターまたは宿主ゲノムに組み込まれるベクターのいずれかであり得る。一般に、これらの発現ベクターは、癌関連タンパク質をコードする核酸に作動可能に連結された転写性調節核酸および翻訳調節核酸を含む。用語「調節配列」とは、特定の宿主生物体において作動可能に連結されたコード配列の発現に必要なＤＮＡ配列のことをいう。原核生物に適した調節配列としては、例えば、プロモーター、必要に応じてオペレーター配列およびリボソーム結合部位が挙げられる。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナルおよびエンハンサーを利用することが知られている。
【０２１５】
核酸は、別の核酸配列と機能的な関係性の位置に置かれるとき、「作動可能に連結されている」。例えば、プレ配列または分泌リーダーのＤＮＡが、ポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現する場合、それらのＤＮＡは、ポリペプチドに対するＤＮＡに作動可能に連結されている；プロモーターまたはエンハンサーが、配列の転写に影響する場合、それらは、コード配列に作動可能に連結されている；またはリボソーム結合部位が、翻訳を容易にするように配置される場合、そのリボソーム結合部位は、コード配列に作動可能に連結されている。一般に、「作動可能に連結されている」とは、連結しているＤＮＡ配列が、隣接しており、また、分泌リーダーの場合は、隣接していて、かつ読み相（ｒｅａｄｉｎｇ  ｐｈａｓｅ）内に存在することを意味する。しかしながら、エンハンサーは、隣接していなくてもよい。連結は、便利な制限酵素認識部位においてライゲーションによって達成される。このような部位が存在しない場合は、合成オリゴヌクレオチドアダプターまたはリンカーを従来の実施に従って使用する。転写性調節核酸および翻訳調節核酸は、一般に癌関連タンパク質を発現させるために使用される宿主細胞に適している；例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ由来の転写性調節核酸配列および翻訳調節核酸配列は、好ましくは癌関連タンパク質をＢａｃｉｌｌｕｓにおいて発現させるために使用される。適切な発現ベクターおよび適当な調節配列の多くのタイプは、種々の宿主細胞について当該分野で公知である。
【０２１６】
一般に、転写調節配列および翻訳調節配列としては、プロモーター配列、リボソーム結合部位、転写開始配列および転写終結配列、翻訳開始配列および翻訳終結配列およびエンハンサー配列またはアクチベーター配列が挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、調節配列としては、プロモーターおよび転写開始配列および転写終結配列が挙げられる。
【０２１７】
プロモーター配列は、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターのいずれかをコードする。プロモーターは、天然に存在するプロモーターまたはハイブリッドプロモーターのいずれかであり得る。２個以上のプロモーターのエレメントを組み合わせたハイブリッドプロモーターはまた、当該分野で公知であり、本発明で有用である。
【０２１８】
さらに、発現ベクターは、追加のエレメントを含み得る。例えば、発現ベクターは、２つの複製システムを有し得るため、２種の生物体、例えば、発現のための哺乳動物細胞または昆虫細胞ならびにクローニングおよび増幅のための原核生物宿主において維持され得る。さらに、発現ベクターを組み込むために、発現ベクターは、宿主細胞ゲノムに相同な少なくとも１つの配列、好ましくは発現構築物に隣接する２つの相同配列を含む。組込みベクターは、ベクター内に含むのに適切な相同配列を選択することによって宿主細胞において特定の遺伝子座を対象とし得る。組込みベクター用の構築物は、当該分野で周知である。
【０２１９】
いくつかの実施形態において、発現ベクターは、選択可能なマーカー遺伝子を含むことによって、形質転換された宿主細胞の選択が可能になる。抗生物質耐性遺伝子を含む選択遺伝子は、当該分野で周知であり、使用する宿主細胞に応じて変化する。
【０２２０】
癌関連タンパク質は、癌関連タンパク質の発現を誘導するか、またはそれを引き起こすのに適切な条件下で、癌関連タンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターで形質転換された宿主細胞を培養することによって産生され得る。癌関連タンパク質の発現に適切な条件は、発現ベクターおよび宿主細胞の選択によって変化し、慣習的な実験を通じて当業者によって容易に確かめられる。例えば、発現ベクター内の構成的プロモーターの使用は、宿主細胞の成長および増殖の最適化を必要とする一方で、誘導性プロモーターの使用は、誘導のための適切な増殖条件を必要とする。さらに、いくつかの実施形態において、回収のタイミングが重要である。例えば、昆虫細胞発現において使用されるバキュロウイルス系は、溶解性ウイルスであるため、回収時期の選択は、生成物の収量にとって重大である。
【０２２１】
適切な宿主細胞としては、酵母、細菌、古細菌、菌類ならびに昆虫細胞、植物細胞および哺乳動物細胞を含む動物細胞が挙げられる。特に興味深いのは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ細胞、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅおよび他の酵母、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓｆ９細胞、Ｃ１２９細胞、２９３細胞、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、ＢＨＫ細胞、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ細胞、ＨｅＬａ細胞、ＴＨＰ１細胞株（マクロファージ細胞株）ならびにヒト細胞およびヒト細胞株である。
【０２２２】
いくつかの実施形態において癌関連タンパク質は、哺乳動物細胞において発現する。哺乳動物の発現系はまた、当該分野で公知であり、レトロウイルス系を含む。好ましい発現ベクター系は、ＷＯ９７／２７２１２（ＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０１９）およびＷＯ９７／２７２１３（ＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０４８）（この両方が本明細書によって参考として明示的に援用される）に一般に記載されているようなレトロウイルスベクター系である。ウイルス遺伝子は、高度に発現することが多く、広範な宿主を有するため、哺乳動物プロモーターとして特に使用されるのは、哺乳動物のウイルス遺伝子由来のプロモーターである。例としては、ＳＶ４０初期プロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルスＬＴＲプロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター、単純ヘルペスウイルスプロモーターおよびＣＭＶプロモーターが挙げられる。代表的には、哺乳動物細胞によって認識される転写終結配列およびポリアデニル化配列は、翻訳終止コドンの３’に位置する調節領域であり、そのため、プロモーターエレメントとともにコード配列に隣接する。転写ターミネーターおよびポリアデニル化シグナルの例としては、ＳＶ４０由来のものが挙げられる。
【０２２３】
外来性核酸を哺乳動物宿主ならびに他の宿主に導入する方法は、当該分野で周知であり、使用される宿主細胞によって変化する。技術としては、デキストラン媒介性トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介性トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、ウイルス感染、リポソーム内へのポリヌクレオチドの被包および核へのＤＮＡの直接的なマイクロインジェクションが挙げられる。
【０２２４】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、細菌系において発現される。細菌の発現系は、当該分野で周知である。バクテリオファージ由来のプロモーターを使用してもよく、また、そのプロモーターは、当該分野で公知である。さらに、合成プロモーターおよびハイブリッドプロモーターも有用である；例えば、ｔａｃプロモーターは、ｔｒｐプロモーター配列およびｌａｃプロモーター配列のハイブリッドである。さらに、細菌のプロモーターとしては、細菌のＲＮＡポリメラーゼと結合して転写を開始する能力を有する非細菌起源の天然に存在するプロモーターが挙げられ得る。機能性プロモーター配列に加えて、効率的なリボソーム結合部位が望ましい。発現ベクターはまた、細菌において癌関連タンパク質の分泌を提供するシグナルペプチド配列を含み得る。タンパク質は、増殖培地に分泌されるか（グラム陽性細菌）または細胞の内膜と外膜との間に位置する細胞周辺腔に分泌される（グラム陰性菌）。細菌発現ベクターはまた、選択可能なマーカー遺伝子を含んでもよく、それによって形質転換された細菌株の選択が可能になる。適当な選択遺伝子としては、薬物（例えば、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシン、ネオマイシンおよびテトラサイクリン）に耐性な細菌をもたらす遺伝子が挙げられる。選択可能なマーカーはまた、生合成遺伝子（例えば、ヒスチジン、トリプトファンおよびロイシンの生合成経路における遺伝子）を含む。これらの構成要素は、発現ベクターに構築される。細菌用の発現ベクターは、当該分野で周知であり、それらとしては、とりわけ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ用のベクターが挙げられる。細菌発現ベクターは、当該分野で周知の技術（例えば、塩化カルシウム処理、エレクトロポレーションおよび他の技術）を使用して細菌の宿主細胞に形質転換される。
【０２２５】
癌関連タンパク質は、昆虫細胞において生成され得る。昆虫細胞の形質転換用の発現ベクターおよび特にバキュロウイルスベースの発現ベクターは、当該分野で周知である。
【０２２６】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、酵母細胞において生成され得る。酵母発現系は、当該分野で周知であり、それらとしては、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＣ．ｍａｌｔｏｓａ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓおよびＫ．ｌａｃｔｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉおよびＰ．ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅおよびＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ用の発現ベクターが挙げられる。
【０２２７】
癌関連タンパク質はまた、当該分野で周知の技術を使用して、融合タンパク質として作製され得る。従って、例えば、モノクローナル抗体の作製について。所望のエピトープが小さい場合、癌関連タンパク質は、免疫原を形成するキャリアタンパク質に融合され得る。あるいは、癌関連タンパク質は、発現を増加させるためまたは他の理由で融合タンパク質として作製され得る。例えば、癌関連タンパク質が、癌関連ペプチドであるとき、そのペプチドをコードする核酸は、発現の目的で他の核酸に連結され得る。
【０２２８】
（癌）
いくつかの実施形態において、本発明の方法によって検出、診断または処置される癌は、リンパ腫、白血病、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌から選択される。
【０２２９】
（抗体）
いくつかの実施形態において、本発明は、癌関連遺伝子によって発現される癌関連ポリペプチドに特異的に結合する抗体を使用する。用語「特異的に結合する」とは、抗体が、他の関連ポリペプチドに対するアフィニティーよりも標的癌関連ポリペプチドに対するアフィニティーのほうが実質的に高いことを意味する。本明細書中で使用されるとき、用語「抗体」とは、対象の抗原決定基に結合することができるインタクトな分子ならびにそれらのフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖ）のことをいう。「実質的に高いアフィニティー」とは、本発明の標的癌関連ポリペプチドに対するアフィニティーが、他の関連ポリペプチドに対するアフィニティーと比較して、無視できないほど増加していることを意味する。いくつかの実施形態において、アフィニティーは、標的癌関連ポリペプチドに対して少なくとも１．５倍、２倍、５倍、１０倍、１００倍、１０３倍、１０４倍、１０５倍、１０６倍またはそれ以上である。
【０２３０】
いくつかの実施形態において、抗体は、１０−４Ｍ以下、１０−７Ｍ以下、１０−９Ｍ以下の解離定数という高アフィニティー；またはｎＭ以下のアフィニティー（０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、０．１ｎＭまたはそれ以下）で結合する。
【０２３１】
癌関連ポリペプチドを使用して、例えば、免疫療法用の抗体を作製するとき、いくつかの実施形態において、癌関連ポリペプチドは、全長タンパク質と少なくとも１つのエピトープまたは決定基を共有するはずである。本明細書中で「エピトープ」または「決定基」とは、ＭＨＣと関連して、抗体またはＴ細胞レセプターを作製し、そして／またはそれらに結合するタンパク質の部分を意味する。従って、いくつかの例において、小型の癌関連ポリペプチドに対して作製される抗体は、全長タンパク質に結合することができる。いくつかの実施形態において、エピトープは、固有のものである；すなわち、固有のエピトープに対して作製される抗体は、交差反応性をほとんどかまたは全く示さない。
【０２３２】
癌関連遺伝子によってコードされるポリペプチド配列は、ポリペプチドの特定の好ましい領域を決定するために解析され得る。抗原性の高い領域は、抗原認識が免疫応答開始のプロセスにおいて生じ得る環境において、ポリペプチドの表面に曝露される可能性のあるポリペプチドの領域を表す値を選択することによってＤＮＡＳＴＡＲ解析によるデータから決定される。例えば、癌関連遺伝子配列によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、ＤＮＡＳＴＡＲコンピュータアルゴリズム（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．；ｄｎａｓｔａｒ．ｃｏｍのワールドワイドウェブサイトを参照のこと）のデフォルトのパラメータを使用して解析され得る。
【０２３３】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、癌関連ポリペプチドのオルソログ、ホモログ、パラログもしくは改変体またはそれらの組み合わせおよびサブ組み合わせに結合する。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、癌関連ポリペプチドのオルソログに結合する。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、癌関連ポリペプチドのホモログに結合する。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、癌関連ポリペプチドのパラログに結合する。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、癌関連ポリペプチドの改変体に結合する。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、癌関連ポリペプチドのオルソログ、ホモログ、パラログもしくは改変体またはそれらの組み合わせおよびサブ組み合わせに結合しない。
【０２３４】
ＤＮＡＳＴＡＲコンピュータアルゴリズムを使用して慣習的に入手され得るポリペプチドの特徴としては、Ｇａｒｎｉｅｒ−Ｒｏｂｓｏｎアルファ領域、ベータ領域、ターン領域およびコイル領域（Ｇａｒｎｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１２０：９７（１９７８））；Ｃｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎアルファ領域、ベータ領域およびターン領域（Ａｄｖ．ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４７：４５−１４８（１９７８））；Ｋｙｔｅ−Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ親水性領域および疎水性領域（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１５７：１０５−１３２（１９８２））；Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇアルファ両親媒性領域およびベータ両親媒性領域；Ｋａｒｐｌｕｓ−Ｓｃｈｕｌｚ柔軟領域；Ｅｍｉｎｉ表面形成領域（Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，５５（３）：８３６−８３９（１９８５））；および高抗原性指標のＪａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ領域（ＣＡＢＩＯＳ，４（１）：１８１−１８６（１９８８））が挙げられるが、これらに限定されない。Ｋｙｔｅ−Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ親水性領域および疎水性領域、Ｅｍｉｎｉ表面形成領域および高抗原性指標のＪａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ領域（すなわち、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆプログラムのデフォルトのパラメータを使用して同定されるとき、１．５以上の抗原性指標を有する４個以上の連続アミノ酸を含む）を使用して、高い抗原性を示す可能性のあるポリペプチド領域を慣習的に決定することができる。タンパク質に対する抗体を調製するための１つのアプローチは、そのタンパク質の全部または一部のアミノ酸配列を選択および調製すること、その配列を化学的に合成することおよび適切な動物、代表的には、ウサギ、ハムスターまたはマウスに注入することである。オリゴペプチドは、成熟タンパク質において露出する可能性がある親水性領域に存在するオリゴペプチドに基づいて癌関連タンパク質に対する抗体の作製の候補として選択され得る。さらなるオリゴペプチドが、例えば、抗原性指標、Ｗｅｌｌｉｎｇ，Ｇ．Ｗ．ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．１８８：２１５−２１８（１９８５）（本明細書中で参考として援用する）を使用して決定され得る。
【０２３５】
用語「抗体」は、本明細書中で使用されるとき、当該分野で公知であるように、抗体全体の改変または組換えＤＮＡ技術を使用した新規合成のいずれかによって作製される、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、一本鎖抗体（例えば、Ｆｖ）、キメラ抗体などを含む抗体フラグメントを含む。
【０２３６】
本発明はまた、ＳＭＩＰまたは標的タンパク質に特異的な結合ドメイン免疫グロブリン融合タンパク質である抗体を提供する。これらの構築物は、抗体エフェクター機能を発揮するために必要な免疫グロブリンドメインに融合した抗原結合ドメインを含む一本鎖ポリペプチドである。例えば、ＷＯ０３／０４１６００、米国特許公開第２００３０１３３９３９号および米国特許公開第２００３０１１８５９２号を参照のこと。
【０２３７】
ポリクローナル抗体を調製する方法は、当業者に公知である。ポリクローナル抗体は、哺乳動物において、例えば、免疫剤および所望であればアジュバントの１回以上の注入によって惹起され得る。代表的には、免疫剤および／またはアジュバントは、哺乳動物の皮下または腹腔内に複数回注入される。免疫剤は、図面の核酸もしくはそれらのフラグメントまたはそれらの融合タンパク質によってコードされるタンパク質を含み得る。免疫される哺乳動物において免疫原性であることが知られているタンパク質に免疫剤を結合体化することが有用であり得る。このような免疫原性のタンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシチログロブリンおよびダイズトリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバントの例としては、フロイント完全アジュバントおよびＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリル脂質Ａ、合成トレハロースジコリノミコレート（ｄｉｃｏｒｙｎｏｍｙｃｏｌａｔｅ））が挙げられる。免疫プロトコールは、過度の実験をせずに当業者によって選択され得る。
【０２３８】
いくつかの実施形態において、抗体は、モノクローナル抗体である。モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に記載されている方法などのハイブリドーマ法を使用して調製され得る。ハイブリドーマ法において、マウス、ハムスターまたは他の適切な宿主動物は、代表的には、免疫剤に特異的に結合する抗体を産生するか、または抗体を産生することができるリンパ球を誘発する免疫剤で免疫される。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫され得る。免疫剤は、代表的には、癌関連ポリペプチドもしくはそのフラグメントまたはその融合タンパク質を含む。一般に、ヒト起源の細胞が所望である場合、末梢血リンパ球（「ＰＢＬ」）を使用するか、または非ヒト哺乳動物起源が所望である場合、脾臓細胞もしくはリンパ節細胞を使用するかのいずれかである。そして、リンパ球を、ポリエチレングリコールなどの適当な融合剤を使用して不死化細胞株と融合することにより、ハイブリドーマ細胞（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）ｐｐ．５９−１０３）を形成する。不死化細胞株は、通常、形質転換された哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシおよびヒト起源のミエローマ細胞である。通常、ラットまたはマウスのミエローマ細胞株を使用する。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、融合していない不死化細胞の増殖または生存を阻害する１以上の物質を含む適当な培養培地中で培養され得る。例えば、親細胞が、ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ酵素（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、ハイブリドーマ用の培養培地は、代表的には、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジン（「ＨＡＴ培地」）を含む（これらの物質は、ＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を妨げる）。
【０２３９】
モノクローナル抗体技術は、研究、診断および治療を実施する際に使用される。モノクローナル抗体は、インビトロにおける診断ならびにインビボにおけるヒト疾患の診断および免疫療法のための、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ法、免疫細胞病理学およびフローサイトメトリーに使用される。Ｗａｌｄｍａｎｎ，Ｔ．Ａ．（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５２：１６５７−１６６２。特に、正常組織を避けて悪性病変を標的化するのに望ましいモノクローナル抗体は、癌の診断および治療に広く適用されている。例えば、Ｆｒａｎｋｅｌ，ｅｔ  ａｌ．の米国特許第４，７５３，８９４号；Ｒｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．の同第４，９３８，９４８号；およびＢｊｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．の同第４，９５６，４５３号を参照のこと。
【０２４０】
これらの抗体は、二重特異性抗体であり得る。いくつかの実施形態において、結合特異性の一方は、癌関連ポリペプチドまたはそのフラグメントに対するものであり、他方は、他の任意の抗原、好ましくは、細胞表面タンパク質またはレセプターもしくはレセプターサブユニット（好ましくは腫瘍特異的なもの）に対するものである。
【０２４１】
いくつかの実施形態において、癌関連ポリペプチドに対する抗体は、下記に記載するように、癌関連ポリペプチドの生物学的機能を低減するか、または排除することができる。すなわち、抗癌関連ポリペプチド抗体（ポリクローナルまたは好ましくはモノクローナルのいずれか）を癌関連ポリペプチド（または癌関連ポリペプチドを含む細胞）に付加することは、癌関連ポリペプチド活性を低減しうるか、または排除し得る。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、少なくとも２５％、少なくとも約５０％または少なくとも約９５〜１００％の活性を減少させる。
【０２４２】
いくつかの実施形態において、癌関連ポリペプチドに対する抗体は、ヒト化抗体である。「ヒト化」抗体とは、非ヒト種由来の免疫グロブリンから実質的に得られる抗原結合部位ならびにヒト免疫グロブリンの構造および／または配列に基づいた分子の残りの部分の免疫グロブリン構造を有する分子のことをいう。抗原結合部位は、可変ドメインを定常ドメインに融合させた完全なものか、または相補性決定領域（ＣＤＲ）を可変ドメイン中の適切なフレームワーク領域に移植しただけのもののいずれかを含み得る。抗原結合部位は、野生型であり得るか、または１以上のアミノ酸置換によって、例えば、ヒト免疫グロブリンとより似ているように改変され得る。あるいは、ヒト化抗体は、親抗体、非ヒト抗体、ヒトに投与したときの親抗体と比較して低い免疫原性を示す抗体、の抗原結合特性を保持するか、または実質的に保持するキメラ抗体由来であり得る。句「キメラ抗体」とは、本明細書中で使用されるとき、代表的には異なる種を起源とする２つの異なる抗体由来の配列を含む抗体のことをいう（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照のこと）。代表的には、これらのキメラ抗体において、軽鎖および重鎖の両方の可変領域は、哺乳動物の一方の種に由来する抗体の可変領域を模倣する一方で、定常部分は、他方の種に由来する抗体における配列と相同である。最も代表的には、キメラ抗体は、ヒトとマウスの抗体フラグメント、一般にはヒト定常領域およびマウス可変領域を含む。ヒト化抗体は、ヒト抗体（アクセプター抗体）の相補性決定領域（ＣＤＲ）を、所望の特異性、アフィニティーおよび能力を有する非ヒト（例えば、マウス、ラットまたはウサギ）抗体（ドナー抗体）由来のＣＤＲと置換することによって作製する。いくつかの例において、ヒト「アクセプター」抗体のＦｖフレームワーク残基は、「ドナー」抗体由来の対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体または導入されるＣＤＲもしくはフレームワーク配列のいずれにも見られない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は、非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応するＣＤＲ領域の全部または実質的に全部およびフレームワーク残基（ＦＲ）領域の全部または実質的に全部が、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のそれである、少なくとも１個および代表的には２個の可変ドメインを実質的にすべて含む。ヒト化抗体はまた、必要に応じて、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、代表的にはヒト免疫グロブリンのＦｃを含む（Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２））。このようなキメラ型の１つの明白な利点は、例えば、ヒト細胞調製物由来の定常領域と組み合わせて、非ヒト宿主生物体由来の容易に利用可能なハイブリドーマまたはＢ細胞を使用して、現在公知である起源から可変領域を便利に得ることができることである。その可変領域は、調製が容易であるという利点を有し、また、その特異性は、その起源から影響を受けない一方���、ヒトの定常領域は、その抗体が注入されたとき、非ヒト起源由来の定常領域の場合よりもヒト被験体から免疫応答を誘発する可能性が低い。しかしながら、この定義は、この特定の例に限定されない。
【０２４３】
ヒト化抗体は、ヒトにおける免疫原性が親マウスモノクローナル抗体よりも極めて低いため、ヒト化抗体を、アナフィラキシーの危険性が極めて低いヒトの処置に使用することができる。従って、これらの抗体は、ヒトへのインビボ投与に関与する治療的な用途（例えば、腫瘍性疾患の処置のための放射線照射増感剤としての用途または例えば抗癌治療の副作用を低減する方法における用途）において、好ましい場合がある。非ヒト抗体をヒト化するための方法は、当該分野で周知である。一般に、ヒト化抗体は、非ヒトである起源から導入された１以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、代表的には移入（ｉｍｐｏｒｔ）可変ドメインから得られる移入残基と呼ばれることが多い。ヒト化は、本質的には、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者らの方法（Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６（１９８８））に従って（げっ歯類のＣＤＲまたはＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列と置換することによって）行われ得る。従って、このようなヒト化抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）である。ここで、実質的にインタクトでないヒト可変ドメインは、非ヒト種由来の対応する配列によって置換されている。実際のところ、ヒト化抗体は、代表的には、いくつかのＣＤＲ残基およびおそらくいくつかのＦＲ残基が、げっ歯類抗体における類似部位由来の残基によって置換されているヒト抗体である。
【０２４４】
非ヒト免疫グロブリン由来の抗原結合部位を含む多くの「ヒト化」抗体分子が報告されており、それらとしては、ヒト定常ドメインに融合したげっ歯類のＶ領域およびそれらの関連ＣＤＲを有するキメラ抗体（Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９；Ｌｏｂｕｇｌｉｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：４２２０−４２２４；Ｓｈａｗ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８：４５３４−４５３８；およびＢｒｏｗｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４７：３５７７−３５８３）、適切なヒト抗体定常ドメインとの融合の前にヒト支持（ｓｕｐｐｏｒｔｉｎｇ）ＦＲに移植されたげっ歯類ＣＤＲを有するキメラ抗体（Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６；およびＪｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５）および組換え的にベニア化された（ｖｅｎｅｅｒｅｄ）げっ歯類ＦＲによって支持されるげっ歯類ＣＤＲを有するキメラ抗体（欧州特許公開番号第５１９，５９６号、１９９２年１２月２３日公開）が挙げられる。
【０２４５】
ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリー［Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１）］を含む当該分野で公知の様々な技術を使用しても作製することができる。ＣｏｌｅらおよびＢｏｅｒｎｅｒらの技術もまた、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用可能である（Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）およびＢｏｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（１）：８６−９５（１９９１））。ヒト化抗体は、種々の方法、例えば：（１）ヒトフレームワークおよび定常領域に非ヒト相補性決定領域（ＣＤＲ）を移植すること（当該分野で「ヒト化」とよばれるプロセス）、または（２）非ヒト可変ドメイン全体を移植するが、表面残基を置換することによってヒト様表面で非ヒト可変ドメイン全体を「覆う（ｃｌｏａｋｉｎｇ）」こと（当該分野で「ベニアリング（ｖｅｎｅｅｒｉｎｇ）」と呼ばれるプロセス）によって達成され得る。本発明において、ヒト化抗体は、「ヒト化」抗体および「ベニア化」抗体の両方を含む。同様に、ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン遺伝子座をトランスジェニック動物、例えば、内在性免疫グロブリン遺伝子が部分的または完全に不活性化されているマウスに導入することによって作成することができる。チャレンジの際に、ヒト抗体産生が観察され、このヒト抗体産生は、遺伝子の再構成、集合および抗体レパートリーを含む、全ての点で、ヒトにおいて見出されるものとよく似ている。このアプローチは、例えば、米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６号ならびに以下の化学的出版物：Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０，７７９−７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８  ８５６−８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８，８１２−１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４，８４５−５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４，８２６（１９９６）；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３  ６５−９３（１９９５）；Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳ．Ａ．，８１：６８５１−６８５５（１９８４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ａｎｄ  Ｏｉ，Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，４４：６５−９２（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６（１９８８）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎ．２８：４８９−４９８（１９９１）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３１（３）：１６９−２１７（１９９４）；およびＫ���ｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈ，ＣＡ．ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．４（７）：７７３−８３（１９９１）（これらの各々は、本明細書中で参考として援用される）に記載されている。本発明の抗体はまた、米国特許第５，７６６，８８６号（本明細書中で参考として援用される）に記述されているようなヒト操作技術を使用して作製することもできる。
【０２４６】
成句「相補性決定領域」とは、ネイティブの免疫グロブリン結合部位の天然のＦｖ領域の結合アフィニティーおよび特異性をともに規定するアミノ酸配列のことをいう。例えば、Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７）；Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ  ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．９１−３２４２（１９９１）を参照のこと。成句「定常領域」とは、エフェクター機能をもたらす抗体分子の部分のことをいう。本発明において、マウス定常領域を、ヒト定常領域によって置換する。対象のヒト化抗体の定常領域は、ヒト免疫グロブリンに由来する。重鎖定常領域は、５つのアイソタイプ：アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマまたはミューのいずれかから選択され得る。抗体をヒト化する１つの方法は、非ヒト重鎖配列および非ヒト軽鎖配列をヒト重鎖配列およびヒト軽鎖配列とアラインメントする工程、非ヒトフレームワークを選択する工程、そしてそのようなアラインメントに基づいて非ヒトフレームワークをヒトフレームワークで置換する工程、分子モデリングによりヒト化配列の立体配座を予測する工程、そして親抗体の立体配座と比較する工程を含む。このプロセスは、ヒト化配列モデルの予測立体配座が、親非ヒト抗体の非ヒトＣＤＲの立体配座に近づくまで、ＣＤＲの構造を妨害するＣＤＲ領域中の残基の逆変異を繰り返すことを続ける。このようなヒト化抗体は、さらに、例えば、Ａｓｈｗｅｌｌレセプターを介した取り込みおよびクリアランスを容易にするように誘導体化され得る。例えば、米国特許第５，５３０，１０１号および同第５，５８５，０８９号（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと。
【０２４７】
癌関連ポリペプチドに対するヒト化抗体はまた、ヒト免疫グロブリン遺伝子座を含むように操作されたトランスジェニック動物を使用して作製することができる。例えば、ＷＯ９８／２４８９３は、ヒトＩｇ遺伝子座を有するトランスジェニック動物を開示している。ここで、この動物は、内在性の重鎖および軽鎖遺伝子座が不活性化されているため、機能的な内在性免疫グロブリンを生成しない。ＷＯ９１／１０７４１もまた、免疫原に対する免疫応答を高めることができるトランスジェニック非霊長類哺乳動物宿主を開示している。ここで、その抗体は、霊長類の定常領域および／または可変領域を有し、内在性免疫グロブリンをコードする遺伝子座は、置換されているか、または不活性化されている。ＷＯ９６／３０４９８は、哺乳動物における免疫グロブリン遺伝子座を改変する、例えば、定常領域または可変領域の全部または一部を置換して、改変抗体分子を形成するＣｒｅ／Ｌｏｘシステムの使用を開示している。ＷＯ９４／０２６０２は、不活性化された内在性Ｉｇ遺伝子座および機能性ヒトＩｇ遺伝子座を有する非ヒト哺乳動物宿主を開示している。米国特許第５，９３９，５９８号は、トランスジェニックマウスの作製方法を開示している。ここで、そのマウスは、内在性重鎖を欠き、１以上の異種の定常領域を含む外来性免疫グロブリン遺伝子座を発現する。
【０２４８】
上で記載したトランスジェニック動物を使用して、選択された抗原性分子に免疫応答を生じさせることができ、そして抗体産生細胞をその動物から取り出し、そしてそれを使用して、ヒトモノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマを作製することができる。免疫プロトコール、アジュバントなどは、当該分野で公知であり、例えば、ＷＯ９６／３３７３５に記載されているようなトランスジェニックマウスの免疫に使用される。モノクローナル抗体は、対応するタンパク質の生物学的活性または生理学的効果を阻害または中和する能力について検定され得る。
【０２４９】
いくつかの実施形態において、上で列挙したような癌関連ポリペプチドおよびそれらの改変体を使用して、上で記載したようなトランスジェニック動物を免疫してもよい。モノクローナル抗体は、当該分野で公知の方法を使用して作製され、抗体の特異性は、単離された癌関連ポリペプチドを使用して検定される。ヒトまたは霊長類の癌関連またはそのエピトープを調製するための方法としては、化学合成、組換えＤＮＡ技術または生物学的サンプルからの単離が挙げられるが、これらに限定されない。ペプチドの化学合成は、例えば、固相ペプチド合成の従来のＭｅｒｒｉｆｅｌｄ法（Ｍｅｒｒｉｆｅｌｄ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９，１９６３（参考として援用））またはＲａｐｉｄ  Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  ＳｙｎｔｈｅｓｉｓシステムにおけるＦＭＯＣストラテジ（Ｅ．Ｉ．ｄｕ  Ｐｏｎｔ  ｄｅ  Ｎｅｍｏｕｒｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＤＥ）（Ｃａｐｒｉｎｏ  ａｎｄ  Ｈａｎ，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．３７：３４０４，１９７２（参考として援用））によって行うことができる。
【０２５０】
ポリクローナル抗体は、抗原を注射し、その後、適切な間隔で追加免疫することによってウサギまたは他の動物を免疫することによって調製され得る。別の動物としては、マウス、ラット、ニワトリ、モルモット、ヒツジ、ウマ、サル、ラクダおよびサメが挙げられる。それらの動物から採血し、通常、ＥＬＩＳＡまたは癌関連タンパク質の作用を阻止する能力に基づくバイオアッセイによって、血清を精製癌関連タンパク質に対してアッセイする。鳥類の種、例えば、ニワトリ、シチメンチョウなどを使用するとき、抗体は、卵の卵黄から単離することができる。モノクローナル抗体は、ＭｉｌｓｔｅｉｎおよびＫｏｈｌｅｒの方法の後に、免疫されたマウス由来の脾細胞を、持続的に複製する腫瘍細胞（例えば、ミエローマまたはリンパ腫細胞）と融合することによって、調製することができる（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｋｏｈｌｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７，１９７５；Ｇｕｌｆｒｅ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ７３：１−４６，Ｌａｎｇｏｎｅ  ａｎｄ  Ｂａｎａｔｉｓ  ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９８１（参考として援用））。そのようにして形成されたハイブリドーマ細胞は、次いで、限界希釈法によってクローン化され、その上清を、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡまたはバイオアッセイによって抗体産生についてアッセイする。
【０２５１】
抗体が標的タンパク質を認識して特異的に結合する特有の能力は、タンパク質の過剰発現を処置するためのアプローチを提供する。従って、いくつかの実施形態において、本発明は、癌関連タンパク質に特異的な抗体で患者を処置することによって、癌関連ポリペプチドの過剰発現に関与する疾患を予防または処置するための方法を提供する。
【０２５２】
特定の抗体、癌関連タンパク質に対するポリクローナルまたはモノクローナルのいずれかの抗体は、上で記述したような当該分野で公知の任意の適当な方法によって作成することができる。例えば、マウスまたはヒトのモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術によって作製することができるか、あるいは、癌関連タンパク質もしくは免疫学的に活性なそれらのフラグメントまたは抗イディオタイプ抗体もしくはそれらのフラグメントを、動物に投与して、癌関連タンパク質を認識し、そしてそれに結合することができる抗体の産生を誘発することができる。このような抗体は、任意のクラスの抗体由来であり得、そして任意のサブクラスの抗体由来であり得る。そのクラスとしては、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＤおよびＩｇＥまたは鳥類の種の場合はＩｇＹが挙げられるがこれらに限定されない。
【０２５３】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、中和抗体である。いくつかの実施形態において、その抗体は、標的化抗体である。いくつかの実施形態において、その抗体は、標的に結合すると内部に取り入れられる。いくつかの実施形態において、その抗体は、標的に結合しても内部に取り入れられないが、その代わりに表面に留まる。
【０２５４】
本発明の抗体は、対象の腫瘍細胞抗原に結合すると急速に内部に取り入れられる能力または結合した後に細胞表面上に留まる能力についてスクリーニングされ得る。いくつかの実施形態において、例えば、免疫複合体のいくつかのタイプの構築において、内部への取り入れがトキシン部分を放出するために必要とされる場合、内部に取り入れられる抗体の能力が、望まれる場合がある。あるいは、抗体が、ＡＤＣＣまたはＣＤＣを促進するために使用されている場合、その抗体にとって、細胞表面上に留まることがより望ましい場合がある。スクリーニング方法は、これらのタイプの挙動を区別するために使用され得る。例えば、腫瘍細胞抗原を有する細胞は、その細胞をヒトＩｇＧ１（コントロール抗体）または本発明の抗体の１つと、氷上（内部への取り入れを阻止する０．１％アジ化ナトリウムを含む）または３７℃（アジ化ナトリウムなし）で３時間、約１μｇ／ｍＬの濃度でインキュベートする場合に使用され得る。次いで、その細胞を冷えた染色緩衝液（ＰＢＳ＋１％ＢＳＡ＋０．１％アジ化ナトリウム）で洗浄し、そして３０分間、氷上にてヤギ抗ヒトＩｇＧ−ＦＩＴＣで染色する。幾何的な平均蛍光強度（ＭＦＩ）をＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒによって記録する。アジ化ナトリウムの存在下、氷上で本発明の抗体とインキュベートした細胞とアジ化ナトリウムの不在下、３７℃で観察された細胞との間でＭＦＩに差が観察されない場合、その抗体は、内部に取り入れられたのではなく、細胞表面に結合したままであることが疑われる。しかしながら、細胞をアジ化ナトリウムの不在下、３７℃でインキュベートしたときに表面染色可能な抗体の減少が見られる場合、その抗体は、内部に取り入れられることができると疑われる。
【０２５５】
（抗体結合体）
いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、結合体化されている。いくつかの実施形態において、結合体化抗体は、癌治療、癌診断または癌性細胞の画像化に有用である。
【０２５６】
診断的適用のために、抗体は、代表的には検出可能な部分で標識される。一般に以下のカテゴリーに分類することができる多くの標識が利用可能である：
（ａ）下に記述されるような放射性核種。抗体は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  １  ａｎｄ  ２，Ｃｏｌｉｇｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｄ．Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，Ｐｕｂｓ．（１９９１）に記載されている技術を使用して、例えば放射性同位体で標識することができ、放射能を、シンチレーション測定法を使用して計測することができる。
（ｂ）蛍光標識、例えば、希土類キレート（ユウロピウムキレート）またはフルオレセインおよびその誘導体、ローダミンおよびその誘導体、ダンシル、Ｌｉｓｓａｍｉｎｅ、フィコエリトリンおよびＴｅｘａｓ  Ｒｅｄが利用可能である。これらの蛍光標識は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，前出に記載されている技術を使用して、抗体に結合体化することができ、蛍光を蛍光計を使用して定量することができる。
（ｃ）様々な酵素−基質標識が利用可能であり、米国特許第４，２７５，１４９号は、これらの一部の概説を提供する。上記酵素は、一般に、様々な技術を使用して測定することができる色素生産性基質の化学的変化を触媒する。例えば、上記酵素は、分光測定で計測することができる基質における色の変化を触媒し得る。あるいは、上記酵素は、基質の蛍光または化学発光を変化し得る。蛍光の変化を定量するための技術は、上に記載している。化学発光の基質は、電気工学的に化学反応によって励起され、次いで、計測することができる（例えば、ケミルミノメーターを使用して）光を放射し得るか、または蛍光性アクセプターにエネルギーを供与する。酵素標識の例としては、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４，７３７，４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）などのペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカライドオキシダーゼ（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼおよびグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環式オキシダーゼ（例えば、ウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、マイクロペルオキシダーゼなどが挙げられる。抗体に酵素を結合体化するための技術は、Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ−Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ｆｏｒ  ｕｓｅ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ，ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍ．（ｅｄ  Ｊ．Ｌａｎｇｏｎｅ  ＆  Ｈ．Ｖａｎ  Ｖｕｎａｋｉｓ），Ａｃａｄｅｍｉｃ  ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，７３：１４７−１６６（１９８１）に記載されている。
【０２５７】
抗体はまた、インビボ診断アッセイに使用され得る。いくつかの実施形態において、イミュノシンチオグラフィ（ｉｍｍｕｎｏｓｃｉｎｔｉｏｇｒａｐｈｙ）を使用して腫瘍を限局できるように、抗体を放射性核種で標識する。便宜上、本発明の抗体は、キット、すなわち、所定量の試薬の組み合わせをまとめ、診断アッセイを行うための指示書を備えて提供され得る。抗体を酵素で標識する場合、そのキットは、基質および酵素に必要な補因子（例えば、検出可能な発色団またはフルオロフォアを提供する基質前駆体）を備え得る。さらに、安定剤、緩衝液（例えば、ブロッキング緩衝液または溶解緩衝液）などの他の付加物を備え得る。様々な試薬の相対量は、アッセイの感度を実質的に最適化する試薬溶液の濃度を提供するために広く変化させてもよい。特に、試薬は、賦形剤を含む粉末、通常は凍結乾燥させた粉末として、提供され得、溶解時に適切な濃度を有する試薬溶液を提供する。
【０２５８】
いくつかの実施形態において、抗体は、１以上のメイタンシン分子（例えば、抗体１分子につき約１〜約１０のメイタンシン分子）に結合体化される。メイタンシンは、例えば、Ｍａｙ−ＳＨ３に還元され得るＭａｙ−ＳＳ−Ｍｅに変換され得て、そして改変抗体（Ｃｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５２：１２７−１３１（１９９２））と反応して、メイタンシノイド−抗体免疫結合体が生成され得る。いくつかの実施形態において、この結合体は、非常に強力なメイタンシン誘導体ＤＭ１（Ｎ２’−デアセチル−Ｎ２’−（３−メルカプト−１−オキソプロピル）−メイタンシン）（例えば、２００２年１２月１２日公開のＷＯ０２／０９８８８３を参照のこと）（このＩＣ５０は約１０〜１１Ｍである）（概説についてはＰａｙｎｅ（２００３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ３：２０７−２１２を参照のこと）またはＤＭ４（Ｎ２’−デアセチル−Ｎ２’（４−メチル−−４−メルカプト−１−オキソペンチル）−メイタンシン）（例えば、２００４年１２月２日公開のＷＯ２００４／１０３２７２を参照のこと）であり得る。
【０２５９】
いくつかの実施形態において、抗体結合体は、１以上のカリケアマイシン分子に結合体化された抗腫瘍細胞抗原抗体を含み得る。抗生物質のカリケアマイシンファミリーは、ピコモル以下の濃度で二本鎖ＤＮＡ切断を起こすことができる。使用され得るカリケアマイシンの構造上のアナログとしては、ガンマ１Ｉ、アルファ２Ｉ、アルファ３Ｉ、Ｎ−アセチル−ガンマ１Ｉ、ＰＳＡＧおよびシータＩ１（Ｈｉｎｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５３：３３３６−３３４２（１９９３）およびＬｏｄｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５８：２９２５−２９２８（１９９８））が挙げられるが、これらに限定されない。米国特許第５，７１４，５８６号；同第５，７１２，３７４号；同第５，２６４，５８６号；および同第５，７７３，００１号（これらの各々は、本明細書中で明白に援用される）も参照のこと。
【０２６０】
いくつかの実施形態において、抗体は、多くの癌で過剰に生成される酵素によって活性型で放出され得るプロドラッグに結合体化される。例えば、抗体結合体は、ドキソルビシンのプロドラッグ型で作製され得る。ここで、活性成分は、プラスミンによって結合体から放出される。プラスミンは、多くの癌性組織で過剰に生成されることが知られている（Ｄｅｃｙ  ｅｔ  ａｌ，（２００４）ＦＡＳＥＢ  Ｊｏｕｒｎａｌ  １８（３）：５６５−５６７を参照のこと）。
【０２６１】
いくつかの実施形態において、抗体は、酵素的に活性なトキシンおよびそのフラグメントに結合体化される。いくつかの実施形態において、トキシンとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリアトキシンの非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓエンドトキシン、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシンＡ鎖、アルファ−サルシン（ｓａｒｃｉｎ）、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンシン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ−Ｓ）、リボヌクレアーゼ（Ｒｎａｓｅ）、デオキシリボヌクレアーゼ（Ｄｎａｓｅ）、アメリカヤマゴボウ抗ウイルス性タンパク質、ニガウリ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａ）インヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、マイトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、ネオマイシンおよびトリコテシン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎｅ）が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、１９９３年１０月２８日公開のＷＯ９３／２１２３２を参照のこと。いくつかの実施形態において、トキシンは、内在性の低い免疫原性および癌性細胞がトキシン耐性になる機会を減少させる作用メカニズム（例えば、細胞傷害性メカニズム  対  細胞分裂抑制メカニズム）を有する。
【０２６２】
いくつかの実施形態において、結合体は、本発明の抗体と免疫調節因子との間で作製された。例えば、いくつかの実施形態において、免疫賦活性のオリゴヌクレオチドを使用することができる。これらの分子は、抗原特異的抗体反応を誘発することができる強力な免疫原である（Ｄａｔｔａ  ｅｔ  ａｌ，（２００３）Ａｎｎ  Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  １００２：１０５−１１１を参照のこと）。さらなる免疫調節性化合物としては、「Ｓ１因子」などの幹細胞成長因子、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）などのリンフォトキシン、造血因子（例えば、インターロイキン、コロニー刺激因子（ＣＳＦ）（例えば、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ））または顆粒球マクロファージ−刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ））、インターフェロン（ＩＦＮ）（例えば、インターフェロンα、βまたはγ）、エリトロポイエチンおよびトロンボポエチンが挙げられ得る。
【０２６３】
いくつかの実施形態において、放射性結合体化抗体が提供される。いくつかの実施形態において、このような抗体は、Ｐ−３２、Ｐ−３３、Ｓｃ−４７、Ｆｅ−５９、Ｃｕ−６４、Ｃｕ−６７、Ｓｅ−７５、Ａｓ−７７、Ｓｒ−８９、Ｙ−９０、Ｍｏ−９９、Ｒｈ−１０５、Ｐｄ−１０９、Ａｇ−１１１、Ｉ−１２５、Ｉ−１３１、Ｐｒ−１４２、Ｐｒ−１４３、Ｐｍ−１４９、Ｓｍ−１５３、Ｔｈ−１６１、Ｈｏ−１６６、Ｅｒ−１６９、Ｌｕ−１７７、Ｒｅ−１８６、Ｒｅ−１８８、Ｒｅ−１８９、Ｉｒ−１９４、Ａｕ−１９８、Ａｕ−１９９、Ｐｂ−２１１、Ｐｂ−２１２およびＢｉ−２１３、Ｃｏ−５８、Ｇａ−６７、Ｂｒ−８０ｍ、Ｔｃ−９９ｍ、Ｒｈ−１０３ｍ、Ｐｔ−１０９、Ｉｎ−ｉｌｌ、Ｓｂ−１１９、１−１２５、Ｈｏ−１６１、Ｏｓ−１８９ｍ、Ｉｒ−１９２、Ｄｙ−１５２、Ａｔ−２１１、Ｂｉ−２１２、Ｒａ−２２３、Ｒｎ−２１９、Ｐｏ−２１５、Ｂｉ−２１１、Ａｃ−２２５、Ｆｒ−２２１、Ａｔ−２１７、Ｂｉ−２１３、Ｆｍ−２５５ならびにこれらの組み合わせおよびサブ組み合わせを使用して作製することができる。いくつかの実施形態において、ホウ素原子、ガドリニウム原子またはウラン原子を抗体に結合体化する。いくつかの実施形態において、ホウ素原子は、Ｂ−１０であり、ガドリニウム原子は、Ｇｄ−１５７であり、ウラン原子は、Ｕ−２３５である。
【０２６４】
いくつかの実施形態において、放射性核種結合体は、２０〜１０，０００ｋｅＶのエネルギーを有する放射性核種を有する。放射性核種は、１０００ｋｅＶ未満のエネルギーを有するオージェ放射体、２０〜５０００ｋｅＶのエネルギーを有するＰ放射体または２０００〜１０，０００ｋｅＶのエネルギーを有するアルファ放射体もしくは「ａ」放射体であり得る。
【０２６５】
いくつかの実施形態において、ガンマ−ベータ線放出同位体または陽電子放出同位体である放射性核種を含む診断的放射性結合体が、提供される。いくつかの実施形態において、放射性核種は、２０〜１０，０００ｋｅＶのエネルギーを有する。いくつかの実施形態において、放射性核種は、１８Ｆ、５１Ｍｎ、５２ｍＭｎ、５２Ｆｅ、５５Ｃｏ、６２Ｃｕ、６４Ｃｕ、６８Ｇａ、７２Ａｓ、７５Ｂｒ、７６Ｂｒ、８２ｍＲｂ、８３Ｓｒ、８６ｙ、８９Ｚｒ、９４ｍＴｃ、５１Ｃｒ、５７Ｃｏ、５８Ｃｏ、５９Ｆｅ、６７ＣＵ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、９７Ｒｕ、９９ｍＴｃ、１１４ｍＩｎ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３Ｌｉおよび１９７Ｈｇの群から選択される。
【０２６６】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、光活性薬剤または造影剤である診断薬剤に結合体化される。光活性化合物は、色素原（ｃｈｒｏｍａｇｅｎ）または色素などの化合物を含み得る。造影剤は、例えば、常磁性イオンであり得る。ここで、そのイオンは、クロム（ＩＩＩ）、マンガン（ＩＩ）、鉄（ＩＩＩ）、鉄（ＩＩ）、コバルト（ＩＩ）、ニッケル（ＩＩ）、銅（ＩＩ）、ネオジム（ＩＩＩ）、サマリウム（ＩＩＩ）、イッテルビウム（ＩＩＩ）、ガドリニウム（ＩＩＩ）、バナジウム（ＩＩ）、テルビウム（ＩＩＩ）、ジスプロシウム（ＩＩＩ）、ホルミウム（ＩＩＩ）、エルビウム（ＩＩＩ）の群から選択される金属を含む。造影剤はまた、Ｘ線技術またはコンピュータ断層撮影において使用される放射線非透過化合物（例えば、ヨウ素化合物、イリジウム化合物、バリウム化合物、ガリウム化合物およびタリウム化合物）であり得る。放射線非透過化合物は、バリウム、ジアトリゾアート、エチオダイズオイル（ｅｔｈｉｏｄｉｚｅｄ  ｏｉｌ）、クエン酸ガリウム、イオカルム酸、イオセタム酸、ヨーダミド、ヨージパミド、ヨードキサム酸、イオグルアミド（ｉｏｇｕｌａｍｉｄｅ）、イオヘキソール、イオパミドール、イオパノ酸、イオプロセム酸、イオセファム酸、イオセル酸、イオスルアミドメグルミン（ｉｏｓｕｌａｍｉｄｅ  ｍｅｇｌｕｍｉｎｅ）、イオセメト酸（ｉｏｓｅｍｅｔｉｃ  ａｃｉｄ）、イオタズル（ｉｏｔａｓｕｌ）、イオテトル酸、イオタラム酸（ｉｏｔｈａｌａｍｉｃ  ａｃｉｄ）、イオトロクス酸、イオキサグル酸、イオキソトリゾ酸、イポダート、メグルミン、メトリザミド、メトリゾエート、プロピリオドンおよび塩化第一タリウムの群から選択され得る。いくつかの実施形態において、診断免疫複合体は、本発明の抗体に結合体化されているガス流入（ｇａｓ  ｒｉｌｌｅｄ）リポソームなどの超音波増幅剤（ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ−ｅｎｈａｎｃｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）を含み得る。診断免疫複合体は、種々の手順に使用され得る。それらの手順としては、腫瘍または癌の診断および検出の、手術中の方法、内視鏡的方法または血管内の方法が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２６７】
いくつかの実施形態において、抗体結合体は、種々の二機能タンパク質カップリング剤（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステル類の二官能性誘導体（例えば、アジピイミド酸ジメチルＨＣＬ）、活性エステル類（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド類（例えば、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔａｒｅｌｄｅｈｙｄｅ））、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアナート類（例えば、トリエン２，６−ジイソシアナート）、ビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３８：１０９８（１９８７）に記載されているように調製され得る。炭素−１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドの結合体化のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。リンカーは、細胞における細胞傷害性薬物の放出を促進する「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、ジメチルリンカーまたはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５２：１２７−１３１（１９９２））が使用され得る。薬剤は、炭水化物部分を介して本発明の抗体に付加的に連結され得る
いくつかの実施形態において、本発明の抗体および細胞傷害性薬剤を含む融合タンパク質は、例えば、組換え技術またはペプチド合成によって作製され得る。いくつかの実施形態において、細胞傷害性薬剤と結合体化された抗腫瘍抗原抗体を含むそのような免疫複合体が、患者に投与される。いくつかの実施形態において、上記免疫複合体および／またはそれが結合している腫瘍細胞抗原タンパク質は、細胞によって内部に取り込まれ、その結果、上記免疫複合体が結合する癌細胞を殺傷する際の免疫複合体の治療有効性が増加する。いくつかの実施形態において、細胞傷害性薬剤は、癌細胞内の核酸を標的化するか、またはその核酸を干渉する。そのような細胞傷害性剤の例としては、メイタンシノイド、カリケアマイシン、リボヌクレアーゼおよびＤＮＡエンドヌクレアーゼが挙げられる。
【０２６８】
いくつかの実施形態において、抗体は、腫瘍を事前に標的化する際に利用するための「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に結合体化される。ここで、抗体−レセプター結合体が、患者に投与され、その後、除去剤（ｃｌｅａｒｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）を使用して結合していない結合体を循環から除去し、次いで、細胞傷害性薬剤（例えば、放射性ヌクレオチド）に結合体化された「リガンド」（例えば、アビジン）を投与する。
【０２６９】
いくつかの実施形態において、抗体は、標的細胞リソソーム（ｌｙｓｏｚｏｍｅ）の内部に放出される細胞傷害性分子に結合体化される。例えば、薬物モノメチルオーリスタチンＥ（ｍｏｎｏｍｅｔｈｙｌ  ａｕｒｉｓｔａｔｉｎ  Ｅ；ＭＭＡＥ）を、タンパク質分解性リソソーム酵素カテプシンＢによって切断されるバリン−シトルリン結合を介して結合体化することができ、その後、抗体結合体が内部に取り込まれる（例えば、２００３年４月３日公開のＷＯ０３／０２６５７７を参照のこと）。いくつかの実施形態において、ＭＭＡＥは、切断可能部分としてのヒドラゾン官能性を含む酸不安定性リンカーを使用して抗体に結合され得る（例えば、２００２年１１月１１日公開のＷＯ０２／０８８１７２を参照のこと）。
【０２７０】
（抗体依存性酵素媒介性プロドラッグ治療（ＡＤＥＰＴ））
いくつかの実施形態において、本発明の抗体はまた、プロドラッグ（例えば、ペプチジル化学療法剤、ＷＯ８１／０１１４５を参照のこと）を活性な抗癌薬物に変換するプロドラッグ活性化酵素に抗体を結合体化することによってＡＤＥＰＴに使用され得る。例えば、ＷＯ８８／０７３７８および米国特許第４，９７５，２７８号を参照のこと。
【０２７１】
いくつかの実施形態において、ＡＤＥＰＴに有用な免疫複合体の酵素成分は、プロドラッグをより活性な細胞傷害性型に変換するために、そのような方法においてプロドラッグ上で作用することができる任意の酵素を含む。
【０２７２】
ＡＤＥＰＴにおいて有用な酵素としては、リン酸含有プロドラッグを遊離薬物に変換するために有用なアルカリホスファターゼ；硫酸含有プロドラッグを遊離薬物に変換するために有用なアリールスルファターゼ；非毒性５−フルオロシトシンを抗癌薬物５−フルオロウラシルに変換するために有用なシトシンデアミナーゼ；ペプチド含有プロドラッグを遊離薬物に変換するために有用なプロテアーゼ（例えば、セラチアプロテアーゼ、サーモリシン、スブチリシン、カルボキシペプチダーゼおよびカテプシン（例えば、カテプシンＢおよびＬ））；Ｄ−アミノ酸置換基を含むプロドラッグを変換するために有用なＤ−アラニルカルボキシペプチダーゼ；グリコシル化プロドラッグを遊離薬物に変換するために有用な炭水化物切断酵素（例えば、β−ガラクトシダーゼおよびノイラミニダーゼ）；β−ラクタムで誘導体化される薬物を遊離薬物に変換するために有用なβ−ラクタマーゼ；およびそれぞれフェノキシアセチルまたはフェニルアセチル基でアミン窒素において誘導体化される薬物を遊離薬物に変換するために有用なペニシリンアミダーゼ（例えば、ペニシリンＶアミダーゼまたはペニシリンＧアミダーゼ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、「アブザイム」として当該分野で公知の酵素活性を有する抗体を使用して、本発明のプロドラッグを遊離型の活性薬物に変換することができる（例えば、Ｍａｓｓｅｙ，Ｎａｔｕｒｅ  ３２８：４５７−４５８（１９８７）を参照のこと）。抗体−アブザイム結合体は、腫瘍細胞集団にアブザイムを送達するために、本明細書中で記載されているように調製され得る
いくつかの実施形態において、ＡＤＥＰＴ酵素を、上で記述したヘテロ二官能性架橋試薬を使用するなどの当該分野で周知の技術によって抗体に共有結合することができる。いくつかの実施形態において、本発明の酵素の少なくとも機能的に活性な部分に連結されている本発明の抗体の少なくとも抗原結合領域を含む融合タンパク質は、当該分野で周知の組換えＤＮＡ技術を使用して構築され得る（例えば、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３１２：６０４−６０８（１９８４）を参照のこと）。
【０２７３】
いくつかの実施形態において、細胞傷害性様式ではなく細胞分裂抑制様式で作用する抗体の同定は、処置される標的細胞培養物のバイアビリティを測定して無処置コントロール培養物と比較することによって達成され得る。バイアビリティは、当該分野で公知の方法（例えば、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｂｌｕｅ（登録商標）細胞バイアビリティアッセイまたはＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）発光細胞バイアビリティアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、それぞれカタログ番号Ｇ８０８０およびＧ５７５０））を使用して検出することができる。いくつかの実施形態において、上記の手段によって測定するとき、いかなる細胞死の証拠もないコントロール培養物と比較して、処置によって細胞数が減少する場合、抗体は、強力な細胞分裂抑制性であると考えられる。
【０２７４】
いくつかの実施形態において、インビトロスクリーニングアッセイは、当該分野で公知のアッセイを使用してＡＤＣＣを促進する抗体を同定するために行われ得る。１つの例示的なアッセイは、インビトロＡＤＣＣアッセイである。クロム５１標識標的細胞を調製するために、腫瘍細胞株を組織培養プレート中で生育し、滅菌１０ｍＭ  ＥＤＴＡのＰＢＳ溶液を使用して回収する。剥離細胞を細胞培養培地で２回洗浄する。細胞（５×１０６）を、２００μＣｉのクロム５１（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｎｕｃｌｅａｒ／ＤｕＰｏｎｔ）で１時間、３７℃にて時々混合させながら標識する。標識細胞を細胞培養培地で３回洗浄し、その後、１×１０５細胞／ｍＬの濃度に再懸濁する。細胞を、オプソニン化なしで使用するか、またはＰＢＭＣアッセイでは１００ｎｇ／ｍＬおよび１．２５ｎｇ／ｍＬの試験抗体、またはＮＫアッセイでは２０ｎｇ／ｍＬおよび１ｎｇ／ｍＬの試験抗体とともにインキュベートすることによって、アッセイの前にオプソニン化する。末梢血単核球を、正常な健常ドナーからヘパリンを用いて血液を回収することによって調製し、そして等量のリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で希釈する。次いで、その血液をＬＹＭＰＨＯＣＹＴＥ  ＳＥＰＡＲＡＴＩＯＮ  ＭＥＤＩＵＭ（登録商標）（ＬＳＭ：Ｏｒｇａｎｏｎ  Ｔｅｋｎｉｋａ）を用いて層状にし、そして製造者の指示書に従って遠心する。単核細胞をＬＳＭ−血漿界面から回収し、ＰＢＳで３回洗浄する。エフェクター細胞を細胞培養培地に最終濃度１×１０７細胞／ｍＬとなるよう懸濁する。ＬＳＭで精製した後、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を、製造者の指示書に従って、ＮＫ細胞単離キットおよび磁性カラム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用してネガティブセレクションによってＰＢＭＣから単離する。単離されたＮＫ細胞を回収し、洗浄し、そして細胞培養培地に２×１０６細胞／ｍＬの濃度に再懸濁する。ＮＫ細胞であることをフリーサイトメトリー解析によって確かめる。細胞培養培地が入ったマイクロタイタープレート（最終容量１００μＬ）の列に沿ってエフェクター（ＰＢＭＣまたはＮＫのいずれか）細胞を２倍ずつ連続的に希釈することによってエフェクターと標的の比を変更する。エフェクター細胞の濃度は、ＰＢＭＣについては１．０×１０７／ｍＬ〜２．０×１０４／ｍＬおよびＮＫについては２．０×１０６ｍＬ〜３．９×１０３／ｍＬの範囲である。エフェクター細胞の調整後、１×１０５細胞／ｍＬで１００μＬのクロム５１標識標的細胞（オプソニン化有りまたは無し）をプレートの各ウェルに加える。このことから、最初のエフェクター：標的比が、ＰＢＭＣについては１００：１およびＮＫ細胞については２０：１となる。すべてのアッセイを２つ組で行い、各プレートは、自発的な溶解（エフェクター細胞なし）と全溶解（１％ドデシル硫酸ナトリウム、１Ｎ水酸化ナトリウムを加えた標的細胞１００μＬ）の両方をコントロールとして含む。プレートを３７℃で１８時間インキュベートし、その後、細胞培養上清を上清回収システム（Ｓｋａｔｒｏｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ，Ｉｎｃ．）を使用して回収し、Ｍｉｎａｘｉ  ａｕｔｏ−ｇａｍｍａ５０００シリーズガンマカウンター（Ｐａｃｋａｒｄ）で１分���計測した。次いで、式：％細胞傷害性＝（サンプルｃｐｍ−自発的溶解）／（全溶解−自発的溶解）×１００を使用して、結果をパーセント細胞傷害性として表す。
【０２７５】
ＣＤＣを促進する抗体を同定するために、当業者は、当該分野で公知のアッセイを行ってもよい。１つの例示的アッセイは、インビトロＣＤＣアッセイである。インビトロにおいて、ＣＤＣ活性は、腫瘍細胞抗原を発現する細胞を、試験抗体の不在下または様々な濃度の試験抗体の存在下で、ヒト（または別の起源の）補体含有血清とインキュベートすることによって測定することができる。次いで、細胞傷害性を、生細胞をＡＬＡＭＡＲ  ＢＬＵＥ（登録商標）を使用して定量することによって測定する（Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０２  １６３−１７１（１９９７））。コントロールアッセイは、抗体無しおよび抗体有りで行うが、熱失活血清および／または対象の腫瘍細胞抗原を発現しない細胞を使用して行う。あるいは、赤血球を腫瘍抗原または腫瘍抗原から得られたペプチドで被覆することができ、その後、赤血球細胞溶解を観察することによってＣＤＣをアッセイしてもよい（例えば、Ｋａｒｊａｌａｉｎｅｎ  ａｎｄ  Ｍａｎｔｙｊａｒｖｉ，Ａｃｔａ  Ｐａｔｈｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｓｃａｎｄ  ［Ｃ］．１９８１  Ｏｃｔ；８９（５）：３１５−９を参照のこと）。
【０２７６】
細胞死を誘導する抗体を選択するために、例えば、ＰＩ、トリパンブルーまたは７ＡＡＤの取り込みで示されるような膜完全性の喪失をコントロールと比較してアッセイしてもよい。１つの例示的アッセイは、腫瘍抗原を発現する細胞を使用したＰＩ取り込みアッセイである。このアッセイによれば、腫瘍細胞抗原を発現する細胞を、１０％熱失活ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）および２ｍＭ  Ｌ−グルタミンが補充されたダルベッコ変法イーグル培地（Ｄ−ＭＥＭ）：Ｈａｍ’ｓ  Ｆ−１２（５０：５０）中で培養する（従って、アッセイは、補体および免疫エフェクター細胞の不在下で行われる）。腫瘍細胞を、１００×２０ｍｍディッシュに３×１０６／ディッシュの密度で播き、一晩接着させる。次いで、その培地を除去し、新鮮培地のみまたは１０μｇ／ｍＬの適切なモノクローナル抗体を含む培地に交換する。細胞を３日間インキュベートする。各処置の後、単層をＰＢＳで洗浄し、トリプシン処理によって剥離する。次いで、細胞を４℃１２００ｒｐｍで５分間遠心し、ペレットを３ｍＬの氷冷Ｃａ２＋結合緩衝液（１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ，ｐＨ７．４、１４０ｍＭ  ＮａＣｌ、２．５ｍＭ  ＣａＣｌ２）に再懸濁し、そして細胞凝集塊を除去するために３５ｍｍ濾過器キャップの（ｓｔｒａｉｎｅｒ−ｃａｐｐｅｄ）１２×７５チューブ（１ｍＬ／チューブ、１処置群につき３本のチューブ）に一定量を採る。そして、チューブにＰＩ（１０μｇ／ｍＬ）を加える。サンプルをＦＡＣＳＣＡＮＴＭフローサイトメーター、ＦＡＣＳＣＯＮＶＥＲＴＴＭ、ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して解析し得る。ＰＩ取り込みによって測定されるとき、実質的に有意水準の細胞死を誘導するそれらの抗体は、細胞死誘導抗体として選択され得る。
【０２７７】
抗体はまた、ＰＥＴ画像化剤として１８Ｆ−アネキシンを使用してアポトーシス活性についてインビボでスクリーニングされ得る。この手順において、アネキシンＶを、１８Ｆで放射性標識し、研究中の抗体を投薬した後の試験動物に投与する。ホスファチジルセリンが細胞膜の内側から外側細胞表面に外返しになるというアポトーシスのプロセスの最も初期の事象がおき、ホスファチジルセリンにアネキシンが到達できるようになる。次いで、その動物をＰＥＴ画像化に供する（Ｙａｇｌｅ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ  Ｎｕｃｌ  Ｍｅｄ．２００５  Ａｐｒ；４６（４）：６５８−６６を参照のこと）。また、その動物を屠殺して、個々の器官または腫瘍を取り出し、標準的なプロトコールに従ってアポトーシスマーカーで解析することができる。
【０２７８】
いくつかの実施形態において、癌は、遺伝子発現産物の過剰発現を特徴とし得るが、本出願は、さらに、腫瘍抗原を過剰発現する癌であると考えられていない癌を処置するための方法を提供する。癌において腫瘍抗原発現を測定するために、様々な診断／予後診断アッセイが利用可能である。いくつかの実施形態において、遺伝子発現産物の過剰発現をＩＨＣによって解析することができる。腫瘍バイオプシー由来のパラフィン包埋組織切片は、ＩＨＣアッセイに供され得、そして次のような腫瘍抗原タンパク質染色強度基準に一致させる：
スコア０：染色が観察されないか、または膜染色が１０％未満の腫瘍細胞において観察される。
スコア１＋：１０％超の腫瘍細胞において、かすかに／かろうじて知覚可能な膜染色が検出される。それらの細胞は、膜の部分だけが染色されている。
スコア２＋：弱〜中程度の完全な膜染色が、１０％超の腫瘍細胞において観察される。
スコア３＋：中〜強度の完全な膜染色が、１０％超の腫瘍細胞において観察される。
【０２７９】
腫瘍抗原過剰発現評価について０または１＋スコアを有する腫瘍は、腫瘍抗原を過剰発現していないと特徴付けられ得る一方で、２＋または３＋スコアを有する腫瘍は、腫瘍抗原を過剰発現すると特徴付けられる。
【０２８０】
あるいは、またはさらに、ＦＩＳＨアッセイ（ＩＮＦＯＲＭＴＭ（Ｖｅｎｔａｎａ，Ａｒｉｚ．から販売）またはＰＡＴＨＶＩＳＩＯＮＴＭ（Ｖｙｓｉｓ，Ｉｌｌ．））を、ホルマリン固定したパラフィン包埋腫瘍組織において行うことにより、腫瘍における腫瘍抗原の過剰発現の程度を（もしあれば）測定してもよい。
【０２８１】
さらに、例えば、循環半減期を長くするために、抗体をポリマーに共有結合の結合体化によって化学的に改変することができる。各抗体分子は、１以上の（すなわち、１、２、３、４、５またはそれ以上の）ポリマー分子に結合され得る。ポリマー分子は、好ましくはリンカー分子によって抗体に結合される。上記ポリマーは、一般に、合成ポリマーまたは天然に存在するポリマーであり得、例えば、必要に応じて置換されている直鎖または分枝鎖のポリアルケンポリマー、ポリアルケニレンポリマーまたはポリオキシアルキレンポリマーまたは分枝状または非分枝状の多糖、例えば、ホモ多糖またはヘテロ多糖であり得る。いくつかの実施形態において、上記ポリマーは、ポリオキシエチレンポリオールおよびポリエチレングリコール（ＰＥＧ）である。ＰＥＧは、室温で水溶性であり、一般式：Ｒ（Ｏ−ＣＨ２−−ＣＨ２）ｎＯ−−Ｒ（式中、Ｒは、水素または保護基（例えば、アルキル基またはアルカノール基）であり得る）を有する。いくつかの実施形態において、上記保護基は、１〜８個の炭素を有する。いくつかの実施形態において、上記保護基は、メチルである。記号ｎは、１〜１，０００または２〜５００の正の整数である。いくつかの実施形態において、上記ＰＥＧは、１０００〜４０，０００、２０００〜２０，０００または３，０００〜１２，０００の平均分子量を有する。いくつかの実施形態において、ＰＥＧは、少なくとも１つのヒドロキシ基を有する。いくつかの実施形態において、上記ヒドロキシは、末端ヒドロキシ基である。いくつかの実施形態において、上記末端ヒドロキシ基は、インヒビター上の遊離アミノ基と反応するために活性化されるヒドロキシ基である。しかしながら、反応基のタイプおよび量は、本発明の共有結合の結合体化ＰＥＧ／抗体を作製するために変更してもよいことが理解される。ポリマー、およびポリマーをペプチドに結合する方法は、米国特許第４，７６６，１０６号；同第４，１７９，３３７号；同第４，４９５，２８５号；および同第４，６０９，５４６号（各々は、その全体が本明細書によって参考として援用される）に示されている。
【０２８２】
（標識および検出）
いくつかの実施形態において、本発明の癌関連核酸、タンパク質および抗体は、標識される。上で記述した結合体の例の多くは、非抗体に関するものであることに注意されたい。このような例および関連の範囲内で、それらは本明細書中に組み込まれる。
【０２８３】
本明細書中で「標識する」とは、化合物が、その化合物を検出することができるように結合する少なくとも１つのエレメント、同位体または化合物を有することを意味する。一般に、標識は、３つのクラス：ａ）放射性同位体または重同位体であり得る、同位体標識；ｂ）抗体または抗原であり得る、免疫標識；およびｃ）色素または蛍光色素に分類される。上記標識は、癌関連核酸、タンパク質および抗体に任意の位置で組み込まれ得る。例えば、上記標識は、検出可能なシグナルを直接的または間接的に生成することができるはずである。上記検出可能な部分は、放射性同位体（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓまたは１２５Ｉ）、蛍光性化合物または化学発光化合物（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミンまたはルシフェリン）または酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼ）であり得る。上記標識に抗体を結合体化するための当該分野で公知の任意の方法を使用してもよい。その方法としては、Ｈｕｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１４４：９４５（１９６２）；Ｄａｖｉｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１３：１０１４（１９７４）；Ｐａｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．，４０：２１９（１９８１）；およびＮｙｇｒｅｎ，Ｊ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．ａｎｄ  Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．，３０：４０７（１９８２）に記載されている方法が挙げられる。
【０２８４】
目的の発現産物の検出は、当業者に公知の任意の検出方法を使用して達成することができる。「発現を検出する」または「〜のレベルを検出する」とは、生物学的サンプル中の生物学的マーカータンパク質または遺伝子の量または存在を測定することを意味すると解釈される。従って、「発現を検出する」は、生物学的マーカーが、発現していない場合、検出可能なレベルで発現していない場合、低レベルで発現している場合、正常レベルで発現している場合、または過剰発現している場合を包含する。いくつかの実施形態において、抗腫瘍細胞抗原治療薬の効果を測定するために、腫瘍細胞抗原を発現している腫瘍性細胞を含む試験生物学的サンプルを、十分な時間に亘って、抗腫瘍細胞抗原治療薬と接触させることにより、その治療薬が細胞応答を発揮することができ、そしてその試験生物学的サンプルにおける目的の１以上の生物学的マーカーの発現レベルを、抗腫瘍細胞抗原治療薬の不在下のコントロール生物学的サンプルにおける発現レベルと比較する。いくつかの実施形態において、腫瘍性細胞のコントロール生物学的サンプルを、中性の物質またはネガティブコントロールと接触させる。例えば、いくつかの実施形態において、腫瘍細胞抗原に結合しない非特異的な免疫グロブリン、例えばＩｇＧ１が、ネガティブコントロールとして働く。検出は、経時的な発現産物の変化をモニタリングすることができるように十分な時間をかけて行うことができる。検出を、様々な濃度の抗腫瘍細胞抗原治療薬に曝露して行うことにより、所与の任意の目的の生物学的マーカーについての「用量反応」曲線を作成することもできる。
【０２８５】
（癌表現型の検出）
一旦、発現し、必要であれば、精製したら、癌関連タンパク質および核酸は、多くの用途において有用となる。いくつかの実施形態において、遺伝子の発現レベルは、癌表現型における様々な細胞の状態について決定する；すなわち、正常組織および癌組織における遺伝子の発現レベル（およびいくつかの場合において、以下で概要を述べるように、予後予測に関するリンパ腫の重症度を変化させるための遺伝子の発現レベル）を評価することにより、発現プロファイルが提供される。特定の細胞状態または発生の時点の発現プロファイルは、本質的にその状態の「フィンガープリント」である；２つの状態が、同様に発現する任意の特定の遺伝子を有し得るが、多くの遺伝子を評価することにより、その細胞の状態に特有の遺伝子発現プロファイルを同時に生成することが可能である。様々な状態における細胞の発現プロファイルを比較することによって、どの遺伝子がこれらの状態の各々において重要であるか（遺伝子のアップレギュレーションとダウンレギュレーションの両方を含む）についての情報が手に入る。そして、診断が行われ得るか、または確かめられ得る：特定の患者由来の組織は、正常組織または癌組織の遺伝子発現プロファイルを有する。
【０２８６】
「差次的発現」または本明細書中で使用される同義語とは、細胞内および細胞間の遺伝子の一時的発現パターンおよび／または細胞性発現パターンにおける定性的差異ならびに定量的差異の両方のことをいう。従って、差次的に発現される遺伝子は、定性的に発現を変化させ得る。その変化としては、例えば、正常組織対癌組織における活性化または不活性化が挙げられる。すなわち、遺伝子は、別の状態と比べて特定の状態においてその遺伝子のスイッチがオンまたはオフになり得る。当業者に理解されるように、２以上の状態の任意の比較がなされ得る。このような定性的に制御された遺伝子は、標準的な技術によって１つのこのような状態または細胞型においては検出可能であるが、両方においては検出可能でない、１つの状態または細胞型における発現パターンを示す。あるいは、この決定は、発現が増加しているか、または減少しているかという点で定量的であり；すなわち、遺伝子の発現は、上方調節された結果、転写物の量が増加しているか、または下方調節された結果、転写物の量が減少している。発現が異なる程度は、以下で概要を述べるような標準的な特徴づけ技術、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）発現アレイ（Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１４：１６７５−１６８０（１９９６））（本明細書によって明白に参考として援用される）の使用などを介して定量するのに十分大きいことだけが必要である。他の技術としては、定量的逆転写酵素ＰＣＲ、ノーザン解析およびＲＮａｓｅ保護が挙げられるが、これらに限定されない。上で概要を述べたように、発現の変化（すなわちアップレギュレーションまたはダウンレギュレーション）は、少なくとも約２倍、３倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍または１００倍またはそれ以上である。
【０２８７】
当業者に理解されるように、これは、遺伝子転写物レベルまたはタンパク質レベルのいずれかで評価することによってなされ得る；すなわち、遺伝子発現の量を、遺伝子転写物のＤＮＡ等価物またはＲＮＡ等価物に対する核酸プローブを使用してモニターすることができ、また、遺伝子発現レベルの定量または最終的な遺伝子産物自体（タンパク質）を、例えば、癌関連タンパク質に対する抗体の使用、および標準的なイムノアッセイ（ＥＬＩＳＡなど）または、質量分析アッセイ、２Ｄゲル電気泳動アッセイなどを含む他の技術を通じてモニターすることができる。従って、癌関連遺伝子に対応するタンパク質、すなわち、特定の癌表現型、すなわち、リンパ腫において重要であると同定されるタンパク質を、その癌に特異的な診断的試験において評価することができる
いくつかの実施形態において、遺伝子発現のモニタリングが行われ、多くの遺伝子が同時にモニターされる。しかしながら、複数のタンパク質発現のモニターが、発現プロファイルを調製するために同様に行うことができる。あるいは、これらのアッセイは、個別に実施され得る。
【０２８８】
いくつかの実施形態において、癌関連核酸プローブは、特定の細胞における癌関連配列の検出および定量のために、本明細書中で概要を述べるようにバイオチップに接着され得る。アッセイは、当該分野で公知であるように行われる。当業者に理解されるように、任意の数の様々な癌関連配列がプローブとして使用され得、いくつかの場合においては単一配列アッセイが使用され、他の実施形態においては本明細書中で記載される複数の配列が使用される。なお、固相アッセイについて記載されるが、任意の数の溶液ベースのアッセイが同様に行われ得る。
【０２８９】
いくつかの実施形態において、固相ベースアッセイと溶液ベースアッセイの両方を使用して、正常組織と比較するとき、癌において上方調節されているか、または下方調節されている癌関連配列が検出され得る。癌関連配列は、変化しているが、同じ発現プロファイルまたは変化した発現プロファイルを示す場合、そのタンパク質は、本明細書中で概要を述べるように検出される。
【０２９０】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質をコードする核酸が検出される。癌関連タンパク質をコードするＤＮＡまたはＲＮＡが、検出され得るが、特に興味深いのは、癌関連タンパク質をコードするｍＲＮＡを検出する方法である。サンプル中のｍＲＮＡの存在は、その癌関連遺伝子が転写されて、ｍＲＮＡを形成していることを示唆し、そのタンパク質が発現していることを示す。そのｍＲＮＡを検出するプローブは、そのｍＲＮＡに相補的であり、そのｍＲＮＡとの塩基対である任意のヌクレオチド／デオキシヌクレオチドプローブであり得る。そのプローブとしては、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡまたはＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。プローブはまた、本明細書中で定義されるような検出可能な標識を含むべきである。１つの方法において、そのｍＲＮＡは、実験される核酸をナイロン膜などの固体支持体上に固定し、そしてプローブとサンプルとをハイブリダイズした後に検出される。非特異的に結合しているプローブを除去するために洗浄した後、標識を検出する。別の方法においては、ｍＲＮＡの検出をインサイチュで行う。この方法においては、透過処理された細胞または組織サンプルを、プローブと標的ｍＲＮＡとをハイブリダイズさせるのに十分な時間に亘って検出可能に標識された核酸プローブと接触させる。非特異的に結合しているプローブを除去するために洗浄した後、標識を検出する。例えば、癌関連タンパク質をコードするｍＲＮＡに相補的な、ジゴキシゲニン標識されたリボプローブ（ＲＮＡプローブ）は、そのジゴキシゲニンを抗ジゴキシゲニン二次抗体と結合することによって検出され、そしてニトロブルーテトラゾリウムおよび５−ブロモ−４−クロロ−３−インドイルホスフェートで発色される。
【０２９１】
本明細書中に記載されるようなタンパク質の３つのクラス（分泌タンパク質、膜貫通タンパク質または細胞内タンパク質）のいずれかが、診断アッセイに使用され得る。癌関連タンパク質、抗体、核酸、改変タンパク質および癌関連配列を含む細胞が、診断アッセイに使用される。これは、個別の遺伝子レベルまたは対応するポリペプチドレベルで行われ得るか、またはアッセイのセットとして行われ得る。
【０２９２】
本明細書中で記載および定義されるように、癌関連タンパク質は、癌のマーカーとしての用途がある。その癌としては、白血病、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、皮膚癌およびリンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられる。推定上の癌組織または癌患者におけるこれらのタンパク質の検出により、癌のタイプの判定または診断が可能になる。当業者に公知の多くの方法が、癌を検出する際に使用される。
【０２９３】
抗体を使用して、癌関連タンパク質を検出し得る。１つの方法は、ゲル（代表的には、変性タンパク質ゲルおよび還元タンパク質ゲルであるが、等電点電気泳動ゲルなどを含む他の任意のタイプのゲルでもよい）における電気泳動によってサンプルまたは患者からタンパク質を分離する。タンパク質を分離した後、癌関連タンパク質は、その癌関連タンパク質に対して産生された抗体を用いて免疫ブロッティングにより検出される。免疫ブロッティングの方法は、当業者に周知である。このような方法において使用される抗体は、上で記載したように標識され得る。
【０２９４】
いくつかの方法において、癌関連タンパク質に対する抗体は、インサイチュ画像化技術において使用される。この方法において、細胞を、癌関連タンパク質に対する１つの抗体から多くの抗体までと接触させる。非特異的に結合した抗体を除去するために洗浄した後、抗体の存在または抗体を検出する。いくつかの実施形態において、上記抗体は、検出可能な標識を含む２次抗体とインキュベートすることによって検出される。別の方法において、癌関連タンパク質に対する１次抗体が、検出可能な標識を含む。別の方法において、複数の１次抗体の１つずつが、異なる標識かつ検出可能な標識を含む。この方法は、複数の癌関連タンパク質について同時にスクリーニングする際に特に使用される。当業者によって理解されるように、多くの他の組織学的な画像化技術が、本発明において有用である。
【０２９５】
標識は、様々な波長の放射を検出および識別することができる蛍光計において検出され得る。さらに、蛍光励起細胞分取器（ＦＡＣＳ）をこの方法で使用することができる。
【０２９６】
抗体は、血液サンプルから癌を診断する際に使用され得る。前述したように、特定の癌関連タンパク質は、分泌される分子／循環分子である。従って、血液サンプルは、分泌型の癌関連タンパク質の存在について探索または試験されるサンプルとして有用である。抗体を使用して、当業者によって理解されるように、ＥＬＩＳＡ、免疫ブロット法（ウエスタンブロッティング）、免疫沈降、ＢＩＡＣＯＲＥ技術などを含む前述したイムノアッセイ技術のいずれかによって癌関連タンパク質を検出することができる。
【０２９７】
組織アレイに対する標識された癌関連核酸プローブのインサイチュハイブリダイゼーションを行ってもよい。例えば、癌関連組織および／または正常組織を含む組織サンプルのアレイを作製する。そして、当該分野で公知であるようなインサイチュハイブリダイゼーションを行うことができる。
【０２９８】
個体および基準との間の発現フィンガープリントを比較するとき、当業者は、診断ならびに予後診断を行うことができることが理解される。診断を示唆する遺伝子は、予後を示唆する遺伝子と異なってもよいことが、さらに理解される。
【０２９９】
上で述べたように、癌関連タンパク質、抗体、核酸、改変タンパク質および癌関連配列を含む細胞は、予後診断アッセイに使用され得る。上記のように、癌の重症度に相関する遺伝子発現プロファイルは、長期的な予後に関して生成され得る。また、これは、タンパク質レベルまたは遺伝子レベルのいずれかで行われ得る。上記のように、癌関連プローブは、組織または患者における癌関連配列の検出および定量のためにバイオチップに接着され得る。これらのアッセイは、診断について概要を述べるように進む。
【０３００】
（スクリーニングアッセイ）
本明細書中で記載するような癌関連遺伝子配列のいずれかは、薬物スクリーニングアッセイにおいて使用され得る。癌関連タンパク質、抗体、核酸、改変タンパク質および癌関連遺伝子配列を含む細胞は、薬物スクリーニングアッセイにおいて使用されるか、または「遺伝子発現プロファイル」またはポリペプチドの発現プロファイルについて薬物候補の効果を評価することによって使用される。１つの方法において、発現プロファイルは、好ましくは、候補薬剤の処置後の発現プロファイル遺伝子についてモニタリングすることができるハイスループットスクリーニング技術と組み合わせて使用される。Ｚｌｏｋａｒｎｉｋ，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７９，８４−８（１９９８），Ｈｅｉｄ，ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，６：９８６−９９４（１９９６）。
【０３０１】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質、抗体、核酸、改変タンパク質、およびネイティブまたは改変癌関連タンパク質を含む細胞は、スクリーニングアッセイに使用される。すなわち、本発明は、癌表現型を調節する組成物についてスクリーニングするための新規方法を提供する。上記のように、この方法は、遺伝子発現の調節因子またはタンパク質活性化の調節因子についてスクリーニングすることによって行われ得る。同様に、この方法は、個別の遺伝子レベルまたはタンパク質レベルについて行われ得るか、または「遺伝子発現プロファイル」について薬物候補の効果を評価することによって行われ得る。いくつかの実施形態において、発現プロファイルは、好ましくは、時折、候補薬剤での処置後の発現プロファイル遺伝子についてモニタリングすることができるハイスループットスクリーニング技術と組み合わせて使用される。Ｚｌｏｋａｒｎｉｋ，前出を参照のこと。
【０３０２】
遺伝子発現に対する薬剤の効果を評価する種々のアッセイが行われ得る。いくつかの実施形態において、アッセイは、個別の遺伝子レベルまたはタンパク質レベルについて行われ得る。すなわち、遺伝子の制御を調節する候補生物活性薬剤が、スクリーニングされ得る。従って、「調節」は、遺伝子発現または活性の増加と減少の両方を含む。調節の量は、正常組織対腫瘍組織における遺伝子発現の本来の変化に依存し、その変化は、少なくとも１０％、少なくとも５０％、少なくとも１００〜３００％および少なくとも３００〜１０００％またはそれ以上の変化を有する。従って、ある遺伝子が、正常組織と比較して腫瘍において４倍の増加を示す場合、約４倍の減少が所望され得る；正常組織と比較して腫瘍における１０倍の減少している場合は、候補薬剤の発現において１０倍増加することが所望される、など。あるいは、癌関連配列は変化されるが、同じ発現プロファイルまたは変化した発現プロファイルを示す場合、そのタンパク質は、本明細書中で概要を述べるように検出される。
【０３０３】
当業者によって理解されるように、これは、遺伝子レベルまたはタンパク質レベルのいずれかにおける評価によって行われ得る；すなわち、遺伝子発現量は、核酸プローブおよび遺伝子発現レベルの定量化を使用してモニターされ得るか、あるいは、例えば、癌関連タンパク質に対する抗体の使用および標準的なイムノアッセイを通じて、遺伝子産物自体のレベルをモニターすることができる。あるいは、上記タンパク質を用いた結合アッセイおよび生物活性アッセイは、以下で概要を述べるように、行われ得る。
【０３０４】
いくつかの実施形態において、複数のタンパク質発現モニタリングが同様に行われ得るが、多くの遺伝子が同時にモニターされ、すなわち、発現プロファイルが調製される。
【０３０５】
いくつかの実施形態において、癌関連核酸プローブは、特定の細胞における癌関連配列の検出および定量化のために、本明細書中で概要を述べるようにバイオチップに接着される。それらのアッセイは、以下でさらに説明される。
【０３０６】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補は、解析前に細胞に加えられる。さらに、特定のタイプの癌を調節するか、癌関連タンパク質を調節するか、癌関連タンパク質に結合するか、または癌関連タンパク質と抗体との結合を干渉する生物活性薬剤候補を同定するためにスクリーニングが提供される。
【０３０７】
用語「生物活性薬剤候補」または「薬物候補」または文法上の同義語は、本明細書中で使用されるとき、癌関連タンパク質に結合し、そして／もしくは癌関連タンパク質の生物活性を調節する癌表現型、または癌関連配列（核酸配列とタンパク質配列の両方を含む）の発現のいずれかを、直接的または間接的に変化させることができる生物活性薬剤について試験されるべき任意の分子、例えば、タンパク質、オリゴペプチド、低分子量有機分子または低分子量無機分子、多糖、ポリヌクレオチドなどのことを説明する。いくつかの実施形態において、候補薬剤は、癌関連表現型を、例えば、正常組織フィンガープリントまで抑制する。同様に、候補薬剤は、好ましくは、重篤な癌関連表現型を抑制する。一般に複数のアッセイ混合物を様々な薬剤濃度で並行して行うことにより、様々な濃度に対する差次的応答を得る。代表的には、これらの濃度の１つは、ネガティブコントロール（すなわち、ゼロ濃度または検出レベル未満で）としての役割を果たす。
【０３０８】
いくつかの実施形態において、候補薬剤は、癌関連タンパク質の作用を中和する。「中和する」とは、タンパク質の活性を、細胞に対して実質的に作用を有しないようにすることによって、癌の重症度を減じるか、または癌の発症を予防するために、阻害するか、または打ち消すことを意味する。
【０３０９】
候補薬剤は、多くの化学分類を包含するが、代表的には化学分類は、有機分子または無機分子であり、好ましくは１００ダルトン超かつ約２，５００ダルトン未満の分子量を有する有機低分子化合物である。いくつかの実施形態において、低分子は、２０００Ｄａ未満、１５００Ｄａ未満、１０００Ｄａ未満または５００Ｄａ未満である。候補薬剤は、タンパク質との、特に水素結合による構造的な相互作用に必要な官能基を含み、その官能基としては、代表的には、少なくともアミン基、カルボニル基、ヒドロキシル基またはカルボキシル基、好ましくは少なくとも２種の機能的化学基が挙げられる。候補薬剤は、上記官能基の１以上と置換されている、環式炭素または複素環式構造および／または芳香族もしくは多環芳香族の構造を含むことが多い。候補薬剤はまた、生体分子内で見出され、その生体分子としては、ペプチド、糖類、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造アナログまたはそれらの組み合わせが挙げられる。
【０３１０】
候補薬剤は、合成化合物または天然化合物のライブラリーを含む多岐にわたる起源から得られる。例えば、多くの手段が、多岐にわたる有機化合物および生体分子のランダムな合成および指向的な合成（ランダム化されたオリゴヌクレオチドの発現を含む）に利用可能である。いくつかの実施形態において、細菌、真菌、植物および動物の抽出物の形態の天然化合物のライブラリーが利用可能であるか、それらが容易に作製される。さらに、天然のライブラリーおよび化合物、または合成で作製されたライブラリーおよび化合物は、従来の化学的、物理的および生化学的な手段を介して容易に改変される。既知の薬理学的物質を、指向的な化学修飾またはランダムな化学修飾（例えば、アシル化、アルキル化、エステル化またはアミド化（ａｍｉｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ））に供することによって、構造アナログが生成され得る。
【０３１１】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補は、タンパク質である。本明細書中で、「タンパク質」は、少なくとも２つの共有結合したアミノ酸を意味し、「タンパク質」は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチドおよびペプチドを含む。上記タンパク質は、天然に存在するアミノ酸とペプチド結合とから構成され得るか、または合成ペプチド模倣物構造から構成され得る。従って、「アミノ酸」または「ペプチド残基」とは、本明細書中で使用されるとき、天然に存在するアミノ酸と合成アミノ酸の両方を意味する。例えば、ホモフェニルアラニン、シトルリンおよびノルロイシンは、本発明の目的でアミノ酸とみなされる。「アミノ酸」はまた、イミノ酸残基（例えば、プロリンおよびヒドロキシプロリン）も含む。側鎖は、（Ｒ）配置または（Ｓ）配置のいずれかであり得る。いくつかの実施形態において、アミノ酸は、（Ｓ）配置またはＬ−配置である。天然に存在しない側鎖が使用される場合、例えば、インビボ分解を防ぐかまたは遅延させるために非アミノ酸置換基を使用してもよい。
【０３１２】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補は、天然に存在するタンパク質または天然に存在するタンパク質のフラグメントである。従って、例えば、タンパク質を含む細胞抽出物またはタンパク質性の細胞抽出物のランダムな消化物もしくは指向的な消化物が使用され得る。このようにして、原核生物および真核生物のタンパク質のライブラリーが、本発明の方法においてスクリーニングするために作製され得る。いくつかの実施形態において、上記ライブラリーは、細菌、真菌、ウイルスおよび哺乳動物のタンパク質である。いくつかの実施形態において、上記ライブラリーは、ヒトタンパク質ライブラリーである。
【０３１３】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補は、約５〜約３０アミノ酸、約５〜約２０アミノ酸または約７〜約１５アミノ酸のペプチドである。上記ペプチドは、上で概要を述べたように、天然に存在するタンパク質の消化物、すなわち、ランダムなペプチドまたは「偏った」ランダムなペプチドであり得る。「ランダム化された」または本明細書中の文法上の同義語は、核酸およびペプチドの各々が、それぞれ本質的にランダムなヌクレオチドおよびアミノ酸からなることを意味する。一般にこれらのランダムなペプチド（または以下に記載される核酸）は、化学的に合成されるため、それらは、任意のヌクレオチドまたはアミノ酸を任意の位置に組み込み得る。合成プロセスは、ランダム化されたタンパク質または核酸を生成するように設計され、その配列の長さに亘って可能な組み合わせのすべてまたはそのほとんどを形成することができ、その結果、ランダム化された生物活性タンパク質性物質候補のライブラリーを形成することができる。
【０３１４】
いくつかの実施形態において、ライブラリーは、任意の位置において配列優先性または一定配列を有さずに完全にランダム化されている。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、偏っている。すなわち、配列内のいくつかの位置は、一定のまま保持されているか、または限られた数の可能性から選択される。例えば、いくつかの実施形態において、ヌクレオチドまたはアミノ酸残基は、規定された分類（例えば、疎水性アミノ酸、親水性残基、立体的に偏った（小さいか、または大きいかのいずれかの）残基、核酸結合ドメインの形成について、架橋のためのシステインの形成について、ＳＨ−３ドメインのためのプロリン、リン酸化部位のためのセリン、トレオニン、チロシンもしくはヒスチジンなどまたはプリンなど）内でランダム化される。
【０３１５】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補は、核酸である。タンパク質について一般に説明されるのと同様に、核酸生物活性薬剤候補は、天然に存在する核酸、ランダムな核酸または「偏った」ランダムな核酸であり得る。別の実施形態において、生物活性薬剤候補は、文献において利用可能な多岐にわたる有機化学部分である。
【０３１６】
１以上の癌関連遺伝子の発現プロファイルの変化を試験するためのアッセイにおいて、候補薬剤が加えられ、そしてその細胞がある期間にわたってインキュベートされた後、解析される標的配列を含む核酸サンプルが調製される。標的配列は、公知の技術（例えば、上で記載したようなＲＮＡから標識されたｃＤＮＡに変換する技術）を使用して調製され、適当なマイクロアレイに加えられる。例えば、ヌクレオシドに共有結合された標識とともにインビトロ逆転写が行われる。いくつかの実施形態において、核酸は、本明細書中に定義されるような標識（特に、ビオチン−ＦＩＴＣまたはＰＥ、Ｃｙ３およびＣｙ５）で標識される。
【０３１７】
当業者によって理解されるように、これらのアッセイは、直接的なハイブリダイゼーションアッセイであり得るか、または「サンドイッチアッセイ」を含み得る。
それらのアッセイは、複数のプローブの使用を含み、米国特許第５，６８１，７０２号、同第５，５９７，９０９号、同第５，５４５，７３０号、同第５，５９４，１１７号、同第５，５９１，５８４号、同第５，５７１，６７０号、同第５，５８０，７３１号、同第５，５７１，６７０号、同第５，５９１，５８４号、同第５，６２４，８０２、５，６３５，３５２号、同第５，５９４，１１８号、同第５，３５９，１００号、同第５，１２４，２４６号および同第５，６８１，６９７号（これらのすべてが本明細書によって参考として援用さえる）に概要が述べられている。いくつかの実施形態において、標的核酸は、上で概要を述べたように調製され、次いで、ハイブリダイゼーション複合体の形成が可能な条件下で、複数の核酸プローブを含むバイオチップに加えられる。
【０３１８】
上で概要を述べたように、高度、中程度および低度にストリンジェントな条件を含む種々のハイブリダイゼーション条件が、本発明において使用され得る。アッセイは、一般に、標的の存在下でのみ標識プローブハイブリダイゼーション複合体を形成することができるストリンジェンシー条件下で行われる。ストリンジェンシーは、熱力学的変数である工程パラメータ（温度、ホルムアミド濃度、塩濃度、カオトロピックな塩濃度、ｐＨ、有機溶媒濃度などが挙げられるがこれらに限定されない）を変化させることによって調節され得る。これらのパラメータを使用して、米国特許第５，６８１，６９７号において一般に概要が述べられているように、非特異的結合を調節し得る。従って、いくつかの実施形態において、ある一定の工程は、高いストリンジェンシー条件で行うことにより、非特異的結合を減少させる。
【０３１９】
当業者によって理解されるように、本明細書中で概要を述べた反応は、種々の方法において達成され得る。反応の成分は、同時に加えられ得るか、または任意の順序で連続的に加えられ得る。以下で概要が述べられる実施形態を示唆する。さらに、反応は、アッセイにおける種々の他の試薬を含み得る。これらとしては、塩、緩衝液、中性タンパク質（例えば、アルブミン）、界面活性剤などのような試薬が挙げられる。これらは、最適なハイブリダイゼーションおよび検出を容易にするためおよび／または非特異的な相互作用またはバックグラウンドの相互作用を減少させるために使用され得る。アッセイの効率を改善する別の試薬（例えば、プロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗菌剤など）が、サンプルの調製方法および標的の純度に応じて使用され得る。また、固相または溶液ベースの（すなわち、キネティックＰＣＲ）アッセイのいずれかが使用され得る。
【０３２０】
一旦、アッセイが行われると、そのデータは、個々の遺伝子の発現レベル、および個々の遺伝子の発現レベルの状態間の変化を決定するために解析され、遺伝子発現プロファイルが形成される。
【０３２１】
いくつかの実施形態において、診断用途および予後診断用途について、任意の１つの状態において重要な、差次的に発現された遺伝子または変異遺伝子を同定したとき、スクリーニングは、癌関連遺伝子の発現の変化について試験するために個々に行われ得る。すなわち、単一遺伝子の発現の制御の調節についてのスクリーニングがなされ得る。従って、例えば、標的遺伝子の存在の有無が２つの状態の間で特有である場合、標的遺伝子発現の調節因子についてスクリーニングがなされる。
【０３２２】
さらに、スクリーニングは、候補薬剤に応答して誘導される新規遺伝子について行われ得る。癌関連発現パターンを抑制して正常な発現パターンに導く能力、または正常組織由来の遺伝子の発現を模倣するように単一の癌関連遺伝子発現プロファイルを調節する能力に基づいて候補薬剤を同定した後、上で記載したようなスクリーニングを行って、その薬剤に応答して特異的に調節される遺伝子を同定することができる。正常組織と薬剤処置した癌関連組織との間の発現プロファイルを比較することにより、正常組織または癌関連組織において発現されていないが、薬剤処置した組織において発現している遺伝子が明らかになる。これらの薬剤特異的配列は、癌関連遺伝子またはタンパク質についての本明細書中で記載された方法のいずれかによって同定され得、そして使用され得る。いくつかの実施形態において、これらの配列およびそれらがコードするタンパク質は、薬剤処置細胞を標識するか、同定する際に使用される。さらに、抗体は、薬剤に誘導されるタンパク質に対して産生され得、そして新規治療薬を処置された癌関連組織サンプルに標的化するために使用され得る。
【０３２３】
従って、いくつかの実施形態において、候補薬剤は、関連する癌関連発現プロファイルを有する癌関連細胞の集団に投与される。本明細書中で「投与」または「接触させる」とは、候補薬剤を、取り込みおよび細胞内の作用によってか、または細胞表面での作用によって、その薬剤が細胞で作用するような様式で細胞に加えることである。いくつかの実施形態において、タンパク質性候補薬剤（すなわち、ペプチド）をコードする核酸は、レトロウイルス構築物などのウイルス構築物に組み込まれ、そしてペプチド薬剤の発現が達成されるように細胞に加えられ得る；ＰＣＴ  ＵＳ９７／０１０１９（本明細書によって参考として明白に援用される）を参照のこと。
【０３２４】
一旦、候補薬剤が細胞に投与されると、その細胞は、所望であれば洗浄してもよいし、いくらかの時間に亘って好ましくは生理学的条件下でインキュベートしてもよい。次いで、その細胞を回収し、本明細書中で概要を述べるように新しい遺伝子発現プロファイルが生成される。
【０３２５】
このようにして、例えば、癌関連組織は、癌関連表現型を低減させるか、または抑制する薬剤についてスクリーニングされ得る。発現プロファイルの少なくとも１つの遺伝子が変化していた場合、その薬剤が、癌関連活性に対して効果を有することが示唆される。癌関連表現型についてのサイン（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を定義することによって、その表現型を変化させる新規薬物についてのスクリーニングを工夫することができる。このアプローチにおいては、薬物標的は、既知である必要もないし、元の発現スクリーニングプラットフォームに示されている必要もないし、標的タンパク質についての転写物のレベルを変化させる必要もない。
【０３２６】
いくつかの実施形態において、上で概要を述べたように、スクリーニングは、個々の遺伝子および遺伝子産物（タンパク質）について行われ得る。つまり、差次的に発現される特定の遺伝子を特定の状態において重要であると同定していると、遺伝子の発現または遺伝子産物自体の調節因子のスクリーニングを行うことができる。癌関連タンパク質は、フラグメントでもよいし、あるいは上で列挙した癌関連遺伝子によってコードされるフラグメントに対する全長タンパク質でもよい。いくつかの実施形態において、それらの配列は、上でさらに記載したような配列改変体である。
【０３２７】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、約１４〜２４アミノ酸長のフラグメントである。いくつかの実施形態において、フラグメントは、可溶性フラグメントである。いくつかの実施形態において、フラグメントは、膜貫通領域でない領域を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、溶解性を高めるためにＮ末端のＣｙｓを有する。いくつかの実施形態において、フラグメントのＣ末端は、遊離酸として維持され、かつＮ末端は、例えば、システインへの結合を容易にするために遊離アミンである。
【０３２８】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、本明細書中で記述されるような免疫原性の薬剤に結合体化されている。いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、ＢＳＡに結合体化されている。
【０３２９】
いくつかの実施形態において、スクリーニングは、癌関連遺伝子の発現産物の生物学的機能を変化させるために行われる。また、特定の状態における遺伝子の重要性が同定されていると、その遺伝子産物と結合し、そして／またはその遺伝子産物の生物学的活性を調節する薬剤についてのスクリーニングは、下記で一層十分に概要を述べるように行われ得る。
【０３３０】
いくつかの実施形態において、スクリーニングは、まず、癌関連タンパク質に結合することができる候補薬剤を探索するように設計され、次いで、これらの薬剤を、アッセイにおいて使用することにより、癌関連タンパク質活性および癌表現型を調節する候補薬剤の能力を評価し得る。従って、当業者によって理解されるように、行われ得る様々なアッセイ；結合アッセイおよび活性アッセイが存在する。
【０３３１】
いくつかの実施形態において、結合アッセイが行われる。一般に、精製または単離された遺伝子産物を使用する；すなわち、１以上の癌関連核酸の遺伝子産物が調製される。一般に、その調製は、当該分野で公知であるように行われる。例えば、抗体をタンパク質遺伝子産物に対して作製し、標準的なイムノアッセイを行うことにより、タンパク質の存在量を測定する。いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質を含む細胞は、それらのアッセイにおいて使用され得る。
【０３３２】
従って、いくつかの実施形態において、それらの方法は、癌関連タンパク質と生物活性薬剤候補とを結合させる工程および癌関連タンパク質と候補薬剤との結合を測定する工程を含む。いくつかの実施形態では、ヒトまたはマウスの癌関連タンパク質を利用するが、他の哺乳動物のタンパク質も、例えばヒト疾患の動物モデルの開発のために使用してもよい。いくつかの実施形態において、本明細書中で概要を述べるように、改変体または誘導体の癌関連タンパク質が使用され得る。
【０３３３】
本明細書中の方法のいくつかの実施形態において、癌関連タンパク質または候補薬剤は、単離サンプル受け入れ領域を有する不溶性支持体（例えば、マイクロタイタープレート、アレイなど）に拡散できないように結合している。上記不溶性支持体は、任意の組成物から作製され得、この支持体は、その任意の組成物が結合でき、可溶性材料から容易に分離され、その他の点ではスクリーニングの方法全体に適合しているものである。このような支持体の表面は、固体であってもよいし、多孔性であってもよく、また、任意の便利な形状であってもよい。適当な不溶性支持体の例としては、マイクロタイタープレート、アレイ、膜およびビーズが挙げられる。これらは、代表的には、ガラス、プラスチック（例えば、ポリスチレン）、多糖類、ナイロンまたはニトロセルロース、テフロン（登録商標）などから作製される。マイクロタイタープレートおよびアレイは、多数のアッセイを、少量の試薬およびサンプルを使用して同時に行うことができるため、特に便利である。
【０３３４】
組成物が結合する特定の様式は、本発明の試薬および方法全体に適合していて、その組成物の活性が維持され、かつ拡散できないものである限り、決定的な問題ではない。結合のいくつかの方法としては、（タンパク質が支持体に結合するときに、リガンド結合部位または活性化配列のいずれかを立体的に妨害しない）抗体の使用、「粘着性」またはイオン性の支持体に直接結合すること、化学的架橋、表面上でのタンパク質または薬剤の合成などが挙げられる。タンパク質または薬剤を結合させた後、過剰な結合していない材料を洗浄することによって除去する。次いで、サンプル受け入れ領域を、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、カゼインまたは他の無害タンパク質または他の部分とともにインキュベートすることによってブロッキングし得る。
【０３３５】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質を支持体に結合し、そして生物活性薬剤候補をアッセイに加える。いくつかの実施形態において、候補薬剤を支持体に結合し、そして癌関連タンパク質を加える。新規の結合薬剤としては、特定の抗体、化学ライブラリーのスクリーニングにおいて同定される非天然結合薬剤、またはペプチドアナログが挙げられる。特に興味深いのは、ヒト細胞にとって低毒性である薬剤についてのスクリーニングアッセイである。多岐にわたるアッセイが、この目的で使用され得る。そのアッセイとしては、標識によるインビトロタンパク質−タンパク質結合アッセイ、電気泳動移動度シフトアッセイ、タンパク質結合についてのイムノアッセイ、機能的アッセイ（リン酸化アッセイなど）などが挙げられる。
【０３３６】
生物活性薬剤候補と癌関連タンパク質との結合の測定が、多くの方法において行われ得る。いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補を標識して、結合を直接測定する。例えば、これは、癌関連タンパク質の全部または一部を固体支持体に接着させ、標識された候補薬剤（例えば、蛍光標識）を加え、過剰量の試薬を洗浄し、そしてその標識が固体支持体上に存在するか否かを測定することによって行われ得る。当該分野で公知であるような様々なブロッキング工程および洗浄工程が利用され得る。
【０３３７】
いくつかの実施形態において、成分の１つだけが標識される。例えば、タンパク質（またはタンパク質性候補薬剤）を、１２５Ｉを使用してチロシンの位置で標識し得るか、またはフルオロフォアで標識し得る。あるいは、２つ以上の成分を異なる標識；例えば、タンパク質については１２５Ｉおよび候補薬剤についてはフルオロフォアを使用して標識してもよい。
【０３３８】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補の結合は、競合結合アッセイの使用を介して測定される。いくつかの実施形態において、競合相手は、標的分子（すなわち癌関連タンパク質）に結合することが公知である結合部分（例えば、抗体、ペプチド、結合パートナー、リガンドなど）である。ある一定の状況下では、生物活性薬剤と結合部分との間で競合的結合が起き得て、結合部分が、生物活性薬剤を置換する。
【０３３９】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補が標識される。生物活性薬剤候補もしくはその競合相手のいずれかまたはそれらの両方が存在する場合、まず、結合させるのに十分な時間に亘ってタンパク質に加えられる。インキュベーションは、最適な活性を高める任意の温度、代表的には４〜４０℃で行われ得る。インキュベーションの時間は、最適な活性について選択されるが、迅速なハイスループットスクリーニングを容易にするために最適化されてもよい。代表的には、０．１〜１時間で十分である。過剰の試薬は、一般に除去されるか、または洗浄される。次いで、第２の成分を加え、そして標識された成分の存在の有無を調べることにより、結合が示唆される。
【０３４０】
いくつかの実施形態において、競合相手が初めに加えられ、その後、生物活性薬剤候補が加えられる。競合相手の置換は、候補生物活性薬剤が、癌関連タンパク質に結合すること、その結果、癌関連タンパク質に結合することができること、および癌関連タンパク質の活性を調節できる可能性を示唆する。いくつかの実施形態において、いずれかの成分が標識され得る。従って、例えば、競合相手が標識される場合、洗浄溶液中の標識の存在は、その薬剤によって置換されていることを示す。いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補が標識される場合、支持体上の標識の存在は、置換を示唆する。
【０３４１】
いくつかの実施形態において、生物活性薬剤候補が初めに加えられて、インキュベーションおよび洗浄の後、競合相手が加えられる。競合相手による結合が存在しない場合、その生物活性薬剤が癌関連タンパク質と高いアフィニティーに結合していることが示唆される。従って、生物活性薬剤候補が標識される場合、競合相手の結合を欠いた支持体上の標識の存在は、候補薬剤が、癌関連タンパク質に結合することができることを示唆し得る。
【０３４２】
いくつかの実施形態において、それらの方法は、癌関連タンパク質の活性を調節することができる生物活性薬剤を同定するディファレンシャルスクリーニングを含む。この実施形態において、上記方法は、第１のサンプル中で癌関連タンパク質と競合相手とを結合させる工程を含む。第２のサンプルは、生物活性薬剤候補、癌関連タンパク質および競合相手を含む。競合相手の結合を、両方のサンプルについて測定し、２つのサンプル間の結合の変化または差異は、癌関連タンパク質に結合することができ、そしてその活性を調節する可能性を有する薬剤の存在を示唆する。つまり、競合相手の結合が第１のサンプルと比べて第２のサンプルにおいて異なっている場合、その薬剤は、癌関連タンパク質に結合することができる。
【０３４３】
いくつかの実施形態において、ネイティブの癌関連タンパク質に結合するが、改変癌関連タンパク質に結合できない薬物候補を同定するディファレンシャルスクリーニングが利用される。癌関連タンパク質の構造が、モデル化され得、そして、それを合理的な薬物設計に使用して、その部位と相互作用する薬剤を合成し得る。癌関連生物活性に影響を与える薬物候補はまた、タンパク質の活性を高めるか、または下げるかのいずれかの能力について薬物をスクリーニングすることによっても同定される。
【０３４４】
ポジティブコントロールおよびネガティブコントロールが、上記アッセイに使用され得る。いくつかの実施形態において、すべてのコントロールおよび試験サンプルは、統計的に有意な結果を得るために少なくとも３つ組で行われる。すべてのサンプルのインキュベーションは、薬剤とタンパク質との結合に十分な時間である。インキュベーション後、すべてのサンプルを非特異的に結合している材料を無くすように洗浄し、そして結合している、一般に標識された薬剤の量が測定される。例えば、放射性標識が使用されている場合、そのサンプルを、シンチレーションカウンターで計測することにより、結合している化合物の量が決定され得る。
【０３４５】
他の種々の試薬が、スクリーニングアッセイに含まれ得る。これらとしては、塩、中性タンパク質（例えば、アルブミン）、界面活性剤などのような試薬が挙げられ、これらは、最適なタンパク質−タンパク質結合を促進し、そして／または非特異的な相互作用もしくはバックグラウンド相互作用を減少させるために使用され得る。別の方法でアッセイの効率を改善する試薬（例えば、プロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗菌剤など）も使用してもよい。成分の混合物は、必要な結合を提供する任意の順序で加えられ得る。
【０３４６】
癌関連タンパク質の活性を調節する薬剤についてのスクリーニングもまた、行われ得る。いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質の活性を調節することができる生物活性薬剤についてのスクリーニングのための方法は、上記のように生物活性薬剤候補を癌関連タンパク質のサンプルに加える工程および癌関連タンパク質の生物学的活性の変化を測定する工程を含む。「癌関連タンパク質の活性を調節する」とは、活性の増大、活性の低下または存在する活性のタイプもしくは種類の変化を含む。従って、いくつかの実施形態において、候補薬剤は、癌関連タンパク質に結合するべきであり（このことは必ずしも必要ではないが）、かつ、本明細書中で定義するようなその生物学的または生化学的な活性を変化させるべきである。上記方法は、上でほぼ概要を述べたようなインビトロスクリーニング法と癌関連タンパク質の存在、分布、活性または量の変化についての細胞のインビボスクリーニングの両方を含む。
【０３４７】
従って、いくつかの実施形態において、上記方法は、癌関連サンプルと生物活性薬剤候補とを結合させる工程および癌関連活性に対する効果を評価する工程を含む。本明細書中で「癌関連活性」または文法上の同義語は、癌関連タンパク質の生物学的活性の１つを意味し、それらとしては、細胞分裂、細胞増殖、腫瘍成長、癌細胞生存および細胞の形質転換を含む腫瘍形成におけるそのタンパク質の役割が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、癌関連活性は、上で同定されたような癌関連遺伝子由来の核酸によってコードされるタンパク質の活性化またはそのタンパク質による活性化を含む。癌関連活性のインヒビターは、１以上の任意の癌関連活性のインヒビターである。
【０３４８】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質の活性が増大する；いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質の活性が減少する。従って、いくつかの実施形態において、生物活性薬剤は、アンタゴニストであり、いくつかの実施形態において、生物活性薬剤は、アゴニストである。
【０３４９】
いくつかの実施形態において、本発明は、癌関連タンパク質の活性を調節することができる生物活性薬剤についてスクリーニングするための方法を提供する。上記方法は、上で定義したように生物活性薬剤候補を、癌関連タンパク質を含む細胞に加える工程を含む。好ましい細胞タイプは、任意のほとんどの細胞を含む。それらの細胞は、癌関連タンパク質をコードする組換え核酸を含む。いくつかの実施形態において、候補薬剤ノライブラリーは、複数の細胞について試験される。
【０３５０】
いくつかの実施形態において、アッセイは、生理学的シグナル、例えば、ホルモン、抗体、ペプチド、抗原、サイトカイン、成長因子、活動電位、化学療法薬を含む薬理学的物質、放射線照射、発癌物質または他の細胞（すなわち細胞−細胞接触）の有無またはそれらの曝露の前後において評価される。いくつかの実施形態において、測定は、様々な段階の細胞周期プロセスにおいて測定される。
【０３５１】
このようにして、生物活性薬剤は同定される。薬理学的活性を有する化合物は、癌関連タンパク質の活性を高めることができるか、または干渉することができる。
【０３５２】
（癌の診断および処置）
癌の細胞分裂を阻害する方法が本発明によって提供される。いくつかの実施形態において、腫瘍成長を阻害する方法が提供される。いくつかの実施形態において、細胞または癌を有する個体を処置する方法が提供される。
【０３５３】
上記方法は、癌インヒビターの投与を含み得る。いくつかの実施形態において、上記癌インヒビターは、アンチセンス分子、薬学的組成物、治療薬もしくは小分子またはモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体またはヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、治療薬は、抗体と結合される。いくつかの実施形態において、治療薬は、モノクローナル抗体と結合される。
【０３５４】
個体における癌細胞の検出または診断のための方法も提供される。いくつかの実施形態において、診断薬剤／検出薬剤は、本発明に記載の癌関連タンパク質に優先的に結合する小分子である。いくつかの実施形態において、診断薬剤／検出薬剤は、抗体である。
【０３５５】
本発明のいくつかの実施形態において、動物モデルおよびトランスジェニック動物が提供され、それらは、癌、特に、リンパ腫、白血病、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌または皮膚癌の動物モデルを作製する際に使用される。
【０３５６】
（ａ）アンチセンス分子
使用される癌インヒビターは、アンチセンス分子であり得る。アンチセンス分子は、本明細書中で使用されるとき、癌分子に対する標的ｍＲＮＡ（センス）配列または標的ＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合することができる一本鎖核酸配列（ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれか）を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを含む。本発明によれば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドは、一般に約１４〜約３０ヌクレオチドのフラグメントを含む。所与のタンパク質をコードするｃＤＮＡ配列に基づいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを得る能力については、例えば、Ｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｃｏｈｅｎ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４８：２６５９，（１９８８）およびｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｒｏｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８，（１９８８）に記載されている。
【０３５７】
アンチセンス分子は、改変または未改変のＲＮＡ、ＤＮＡまたは混合ポリマーオリゴヌクレオチドであり得る。これらの分子は、マッチする配列に特異的に結合して機能し、立体的な阻害またはＲＮａｓｅ  Ｈ酵素の活性化のいずれかによってペプチド合成の阻害を生じる（Ｗｕ−Ｐｏｎｇ，Ｎｏｖ  １９９４，ＢｉｏＰｈａｒｍ，２０−３３）。アンチセンス分子はまた、ＲＮＡプロセシングまたは核から細胞質への輸送を干渉することによってタンパク質合成を変化することができる（Ｍｕｋｈｏｐａｄｈｙａｙ  ＆  Ｒｏｔｈ，１９９６，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．ｉｎ  Ｏｎｃｏｇｅｎｅｓｉｓ  ７，１５１−１９０）。さらに、一本鎖ＤＮＡとＲＮＡとの結合により、ヘテロ二重鎖のヌクレアーゼ媒介性分解が生じ得る（Ｗｕ−Ｐｏｎｇ，前出）。ＲＮａｓｅ  Ｈに対する基質として作用することが示されている骨格改変ＤＮＡ化学は、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート，ボロントリフルオリデートおよび２’−ａｒａｂｉｎｏおよび２’−フルオロａｒａｂｉｎｏ−含有オリゴヌクレオチドである。
【０３５８】
アンチセンス分子は、ＷＯ９１／０４７５３に記載されているように、リガンド結合分子と結合体を形成することによって、標的ヌクレオチド配列を含む細胞に導入され得る。適当なリガンド結合分子としては、細胞表面レセプター、成長因子、他のサイトカインまたは細胞表面レセプターに結合する他のリガンドが挙げられるが、これらに限定されない。好ましくは、リガンド結合分子の結合体化は、実質的に、リガンド結合分子がその対応する分子またはレセプターに結合する能力を干渉しないか、またはセンスオリゴヌクレオチドもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその結合体化バージョンが細胞に侵入することを阻害しない。いくつかの実施形態において、センスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＷＯ９０／１０４４８に記載されているように、オリゴヌクレオチド−脂質複合体が形成されることによって、標的核酸配列を含む細胞に導入され得る。アンチセンス分子またはノックアウトモデルおよびノックインモデルの使用もまた、処置の方法に加えて、上で記述したようにスクリーニングアッセイにおいて使用され得ることが理解される。
【０３５９】
（ｂ）ＲＮＡ干渉
ＲＮＡ干渉とは、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）によって媒介される動物における、配列特異的な転写後遺伝子サイレンシングのプロセスのことをいう（Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ，３９１，８０６（１９９８））。植物において対応するプロセスは、転写後遺伝子サイレンシングまたはＲＮＡサイレンシングと呼ばれ、また、真菌においてはクウェリング（ｑｕｅｌｌｉｎｇ）と呼ばれている。細胞中のｄｓＲＮＡの存在は、まだ完全に特徴付けられていないメカニズムを介してＲＮＡｉ応答を引き起こす。このメカニズムは、リボヌクレアーゼＬによるｍＲＮＡの非特異的切断を生じるタンパク質キナーゼＰＫＲおよび２’，５’−オリゴアデニレート合成酵素のｄｓＲＮＡ媒介性活性化に起因するインターフェロン応答とは異なるようである（Ｓｈａｒｐ，Ｐ．Ａ．，ＲＮＡ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ−２００１，Ｇｅｎｅｓ  ＆  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １５：４８５−４９０（２００１）に概説されている）。
【０３６０】
低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）として知られるプロセスを介して培養哺乳動物細胞において遺伝子の発現を抑制するように設計される強力な配列特異的試薬である。Ｅｌｂａｓｈｉｒ，Ｓ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ４１１：４９４−４９８（２００１）；Ｃａｐｌｅｎ，ＮＪ．ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：９７４２−９７４７（２００１）；Ｈａｒｂｏｒｔｈ，Ｊ．ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ．１１４：４５５７−４５６５（２００１）。用語「低分子干渉ＲＮＡ」または「ｓｉＲＮＡ」とは、ＲＮＡ干渉「ＲＮＡｉ」が可能な二本鎖核酸分子のことをいう（Ｋｒｅｕｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ００／４４８９５；Ｚｅｒｎｉｃｋａ−Ｇｏｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．ＷＯ０１／３６６４６；Ｆｉｒｅ，ＷＯ９９／３２６１９；Ｍｅｌｌｏ  ａｎｄ  Ｆｉｒｅ，ＷＯ０１／２９０５８を参照のこと）。本明細書中で使用されるとき、ｓｉＲＮＡ分子は、ＲＮＡ分子に限られるが、化学修飾されたヌクレオチドおよび非ヌクレオチドもさらに包含する。ｓｉＲＮＡ遺伝子標的化実験は、細胞への一過性のｓｉＲＮＡ導入によって行われる（リポソーム媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションなどの従来の方法によって達成される）。
【０３６１】
ｓｉＲＮＡの分子は、１５〜３０ヌクレオチドＲＮＡ、１８〜２５ヌクレオチドＲＮＡまたは２１〜２３ヌクレオチドＲＮＡであり、ＲＮＡｉを正常に開始する長鎖二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）のＲＮａｓｅＩＩＩ処理産物に類似の、特徴的な２〜３ヌクレオチドの３’−オーバーハング末端を有する。細胞に導入されると、ｓｉＲＮＡ分子は、エンドヌクレアーゼ複合体（ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体）のまた同定されていないタンパク質と会合して、次いで標的ｍＲＮＡ切断を導く。標的ｍＲＮＡの分解の結果として、対応するタンパク質産物の抑制を特徴とする特定の表現型を有する細胞が得られる。従来のアンチセンス分子と比較して小さいサイズのｓｉＲＮＡは、哺乳動物細胞に存在するｄｓＲＮＡ誘導性インターフェロン系の活性化を防ぐ。このことは、体細胞において３０塩基対より長いｄｓＲＮＡによって通常もたらされる非特異的表現型が回避される。
【０３６２】
小さなＲＮＡ分子の細胞内の転写は、ｓｉＲＮＡ鋳型をＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ（ＰｏｌＩＩＩ）転写単位にクローニングすることによって達成され、これは、通常、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）Ｕ６またはヒトＲＮａｓｅＰ  ＲＮＡ  Ｈ１をコードする。ｓｉＲＮＡを発現するための２つのアプローチが開発されている：第１に、ｓｉＲＮＡ二重鎖を構成するセンス鎖およびアンチセンス鎖が、個別のプロモーターによって転写されること（Ｌｅｅ，Ｎ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０，５００−５０５（２００２）；Ｍｉｙａｇｉｓｈｉ，Ｍ．＆  Ｔａｉｒａ，Ｋ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０，４９７−５００（２００２）．）；第２に、ｓｉＲＮＡが、細胞内プロセシング後にｓｉＲＮＡを生じるホールドバックステムループ構造として発現されること（Ｐａｕｌ，ＣＰ．ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：５０５−５０８（２００２））。導入されたＤＮＡ鋳型からのｓｉＲＮＡの内在性発現は、外来性ｓｉＲＮＡ送達のいくつかの限界、特に、表現型の一過性の喪失を克服すると考えられている。Ｕ６およびＨ１ＲＮＡプロモーターは、ＩＩＩ型クラスのＰｏｌＩＩＩプロモーターのメンバーである（Ｐａｕｌｅ，Ｍ．Ｒ．＆  Ｗｈｉｔｅ，ＲＪ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２８，１２８３−１２９８（２０００））。
【０３６３】
センスｓｉＲＮＡおよびアンチセンスｓｉＲＮＡの共発現は、標的遺伝子のサイレンシングを媒介する一方で、センスｓｉＲＮＡまたはアンチセンスｓｉＲＮＡ単独の発現は、標的遺伝子発現に大きな影響を与えない。ＲＮａｓｅ混入の危険性および化学合成ｓｉＲＮＡまたはｓｉＲＮＡ転写キットのコストを考慮すると、合成ｓｉＲＮＡではなく、プラスミドＤＮＡのトランスフェクションが、有利であるようである。ｓｉＲＮＡの安定な発現は、持続性のウイルス感染の処置などの新たな遺伝子治療用途を可能にする。ｓｉＲＮＡの特異性の高さを考慮すると、このアプローチはまた、残存する野生型対立遺伝子を変化させることなく、点変異を有する疾患由来の転写物（例えば、ＲＡＳまたはＴＰ５３癌遺伝子転写物）の標的化も可能にする。最後に、様々なゲノムのハイスループットな配列解析によって、ＤＮＡベースの方法はまた、特に、小型化されたアレイベースの表現型のスクリーニングと組み合わせるとき、自動化されたゲノム全体にわたる機能喪失表現型解析についての対費用効果の高い選択肢であり得る（Ｚｉａｕｄｄｉｎ，Ｊ．＆  Ｓａｂａｔｉｎｉ，Ｄ．Ｍ．Ｎａｔｕｒｅ  ４１１：１０７−１１０（２００１））。
【０３６４】
細胞中の長鎖ｄｓＲＮＡの存在は、ダイサーと呼ばれるリボヌクレアーゼＩＩＩ酵素の活性を刺激する。ダイサーは、ｄｓＲＮＡを低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）として知られるｄｓＲＮＡの短片にプロセシングする際に関与する（Ｂｅｒｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｎａｔｕｒｅ，４０９：３６３（２００１））。ダイサー活性由来の低分子干渉ＲＮＡは、代表的には、約２１〜２３ヌクレオチド長であり、約１９塩基対の二重鎖を含む。ダイサーはまた、翻訳制御に関係している保存された構造の前駆体ＲＮＡから２１および２２ヌクレオチドの一過性低分子ＲＮＡ（ｓｍａｌｌ  ｔｅｍｐｏｒａｌ  ＲＮＡ；ｓｔＲＮＡ）の切除に関係している（Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９３，８３４（２００１））。ＲＮＡｉ応答はまた、通常、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）と呼ばれる、ｓｉＲＮＡを含むエンドヌクレアーゼ複合体を特徴とする。ＲＩＳＣは、ｓｉＲＮＡに相同な配列を有する一本鎖ＲＮＡの切断を媒介する。標的ＲＮＡの切断は、ｓｉＲＮＡ二重鎖のガイド配列に相補的な領域の中央で起こる（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．，１５，１８８（２００１））。
【０３６５】
本発明は、癌関連配列に特異的にハイブリダイズすることができる配列を含む、単離された核酸分子を含む発現系を提供する。いくつかの実施形態において、上記核酸分子は、癌関連タンパク質の発現を阻害することができる。短いＲＮＡのベクター指向型発現による細胞内の癌関連遺伝子発現の発現を阻害する方法において、この短いＲＮＡは、それ自体で折り畳むことが可能であり、癌関連ｍＲＮＡ配列同一性を有する二本鎖ＲＮＡを生じ得、そして、細胞内の癌関連遺伝子の転写後遺伝子サイレンシングまたはＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を引き起こし得る。いくつかの実施形態において、癌関連ｍＲＮＡ配列同一性を有する短い二本鎖ＲＮＡを細胞内に送達することにより、癌関連遺伝子の転写後遺伝子サイレンシングまたはＲＮＡｉが引き起こされる。様々な実施形態において、核酸分子は、少なくとも７ｍｅｒ、少なくとも１０ｍｅｒまたは少なくとも２０ｍｅｒである。いくつかの実施形態において、配列は、特有のものである。
【０３６６】
いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４４からなる群から選択される配列を有する。
【０３６７】
（ｃ）薬学的組成物
本発明によって包含される薬学的組成物としては、活性薬剤として、本明細書中において開示される、治療有効量の本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは抗体が挙げられる。「有効量」とは、臨床結果を含む、有益な結果または所望の結果に影響を与えるのに十分な量のことである。有効量じゃ、１回以上の投与で投与され得る。本発明の目的で、アデノウイルスベクターの有効量は、疾患状態の進行を緩和するか、寛解するか、安定化するか、逆転するか、遅くするか、または遅延するのに十分な量のことである。
【０３６８】
上記組成物を使用して、癌ならびに原発性癌の転移を処置することができる。さらに、薬学的組成物は、例えば、放射線照射または従来の化学療法に対して腫瘍を感作させるために、癌の処置の従来の方法と組み合わせて使用され得る。用語「処置」、「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「処置する（ｔｒｅａｔ）」などは、一般に所望の薬理学的効果および／または生理学的効果を得ることをいうために、本明細書中で使用される。上記効果は、疾患もしくはそれらの症状を完全または部分的に予防することに関して予防的であり得、そして／あるいは、疾患および／またはその疾患に起因しうる有害作用についての、部分的な安定性もしくは治癒、または完全な安定性もしくは治癒に関して治療的であり得る。「処置」は、本明細書中で使用されるとき、哺乳動物、特に、ヒトにおける疾患の任意の処置を網羅し、その「処置」としては：（ａ）疾患または症状に罹患されやすくなっている可能性があるが、疾患または症状を有するとまだ診断されていない被験体においてその疾患または症状の発生を予防すること；（ｂ）疾患症状を阻害すること、すなわち、その発症を停止すること；または（ｃ）疾患症状を軽減すること、すなわち、疾患または症状の後退を引き起こすことが挙げられる。
【０３６９】
薬学的組成物が、差次的に発現されるポリヌクレオチドによってコードされる遺伝子産物に特異的に結合する抗体を含む場合、その抗体は、処置部位への送達用の薬物に結合され得るか、または前立腺癌細胞などの癌細胞を含む部位の画像化を容易にするために検出可能な標識に結合され得る。薬物および検出可能な標識に抗体を結合するための方法は、検出可能な標識を使用して画像化するための方法と同様に当該分野で周知である。
【０３７０】
いくつかの実施形態において、本発明に記載の抗体および薬学的に適当なキャリア、賦形剤または希釈剤を含む薬学的組成物が提供される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、さらに、第２の治療薬を含む。なおも別の実施形態において、上記第２の治療薬は、癌化学療法剤である。
【０３７１】
本発明の目的で、「患者」は、ヒトと他の動物（特に哺乳動物）の両方および生物体を含む。従って、方法は、ヒトの治療および獣医学的用途の両方に適用可能である。いくつかの実施形態において、患者は、哺乳動物であり、好ましくは、患者は、ヒトである。１つの標的患者集団は、癌、特に、本明細書中で述べられている特定の癌のタイプの処置を現在受けているすべての患者を含む。これらの患者集団のサブセットは、以前処置されたこのタイプの癌の再発を過去６ヶ月間に経験している患者および過去６ヶ月間に疾患が進行した患者を含む。
【０３７２】
用語「治療有効量」とは、本明細書中で使用されるとき、所望の疾患または状態を処置、寛解または予防するか、または検出可能な治療的または予防的効果を示す治療薬の量のことをいう。その効果は、例えば、化学的マーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療的効果はまた、身体的な症状の低減（体温の低下など）を含む。被験体にとっての正確な有効量は、被験体の大きさおよび健康状態、状態の性質および程度ならびに投与のために選択される治療薬または治療薬の組み合わせに依存する。所与の状況のための有効量は、日常的な実験によって決定され、臨床医の判断の範囲内である。本発明の目的で、有効用量は、一般に、投与される個体において、本発明の組成物の約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇまたは約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇである。
【０３７３】
薬学的組成物はまた、薬学的に許容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的に許容可能なキャリア」とは、治療薬（例えば、抗体またはポリペプチド、遺伝子および他の治療薬）の投与のためのキャリアのことをいう。この用語は、それ自体がその組成物を投与される個体によって有害である抗体の産生を誘導せず、過度の毒性を有さずに投与され得る任意の薬学的キャリアのことをいう。適当なキャリアは、大きく、ゆっくりと代謝される高分子（例えば、タンパク質、多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、アミノ酸重合体、アミノ酸共重合体および不活性なウイルス粒子）であり得る。そのようなキャリアは、当業者に周知である。治療組成物において薬学的に許容可能なキャリアとしては、液体（例えば、水、食塩水、グリセロールおよびエタノール）が挙げられ得る。補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）もまた、そのようなビヒクル中に存在し得る。いくつかの実施形態において、治療組成物は、液体溶液または懸濁液のいずれかとしての注射液として調製され；注射前に液体ビヒクル中の溶液または懸濁液に適した固形もまた、調製され得る。リポソームは、薬学的に許容可能なキャリアの定義内に含まれる。薬学的に許容可能な塩もまた、薬学的組成物中に存在し得る。その塩としては、例えば、鉱酸塩（例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩）など；および有機酸の塩（例えば、酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩）などが挙げられる。薬学的に許容可能な賦形剤の詳細な記述は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ（１９９５）Ａｌｆｏｎｓｏ  Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，＆  Ｗｉｌｋｉｎｓで入手可能である。
【０３７４】
薬学的組成物は、様々な形態（例えば、顆粒剤、錠剤、丸剤、坐剤、カプセル、懸濁液、軟膏、ローションなど）で調製され得る。経口使用および局所的使用に適した薬学的等級の有機キャリアもしくは無機キャリアおよび／または希釈剤を使用して、治療的に活性な化合物を含む組成物を作製することができる。当該分野で公知の希釈剤としては、水性媒体、植物油および動物油ならびに脂肪が挙げられる。安定化剤、湿潤剤および乳化剤、浸透圧を変化させるための塩または適切なｐＨ値に安定化するための緩衝液ならびに皮膚浸透増強剤は、補助剤として使用され得る。
【０３７５】
本発明の薬学的組成物は、患者への投与に適した形態で癌関連タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、酸付加塩と塩基付加塩の両方を含むと意味される、薬学的に許容可能な塩として存在するなどの水溶性の形態である。「薬学的に許容可能な酸付加塩」とは、遊離塩基の生物学的有効性を保持し、そして生物学的にか、または別で望ましくなくない塩のことをいい、それらは、無機酸（例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸など）および有機酸（例えば、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、桂皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸など）と形成されるものである。「薬学的に許容可能な塩基付加塩」としては、無機塩基から誘導される塩（例えば、ナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩、アンモニウム塩、カルシウム塩、マグネシウム塩、鉄塩、亜鉛塩、銅塩、マンガン塩、アルミニウム塩など）が挙げられる。特に好ましいのは、アンモニウム塩、カリウム塩、ナトリウム塩、カルシウム塩およびマグネシウム塩である。薬学的に許容可能な非毒性有機塩基から誘導される塩としては、第１級アミン、第２級アミンおよび第３級アミン、天然に存在する置換アミンを含む置換アミン、環状アミンおよび塩基性イオン交換樹脂（例えば、イソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミンおよびエタノールアミン）の塩が挙げられる。
【０３７６】
薬学的組成物はまた、以下：血清アルブミンなどのキャリアタンパク質；緩衝液；賦形剤（例えば、微結晶性セルロース、ラクトース、トウモロコシおよび他のデンプン；結合剤；甘味料および他の矯味矯臭剤；着色剤；ならびにポリエチレングリコール、の１以上を含み得る。添加物は、当該分野で周知であり、種々の処方物において使用される。
【０３７７】
所望の薬理学的活性を有する化合物は、上で記載したような生理的に許容可能なキャリアとともに宿主に投与され得る。薬学的組成物は、種々の経路で投与され得る。それらの経路としては、静脈内、筋肉内、動脈内、髄内、くも膜下腔内（ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ）、心室内（ｉｎｔｒａｖｅｎｔｒｉｃｕｌａｒ）、経皮的（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）または経皮的（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）な適用（例えば、ＷＯ９８／２０７３４を参照のこと）、皮下、腹腔内、鼻腔内、腸内、局所的、舌下、膣内または直腸手段が挙げられるがこれらに限定されない。導入の様式に応じて、化合物は、種々の方法において処方され得る。処方物中の治療的に活性な化合物の濃度は、約０．１〜１００重量％／容積の範囲で変動し得る。一旦、処方されると、本発明によって企図される組成物は、（１）被験体に直接投与され得る（例えば、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、小分子アゴニストまたは小分子アンタゴニストなどとして）；または（２）エキソビボで被験体由来の細胞に送達され得る（例えば、エキソビボ遺伝子治療として）。組成物の直接送達は、一般に、非経口注入（例えば、皮下、腹腔内、静脈内または筋肉内、腫瘍内または組織の間質腔への注入）によって達成される。投与の他の様式としては、経口投与および肺への投与、坐剤および経皮的適用、針および遺伝子ガン（ワールドワイドウェブサイトｐｏｗｄｅｒｊｅｃｔ．ｃｏｍを参照のこと）またはハイポスプレーが挙げられる。投薬処置は、単一用量スケジュールまたは反復投与スケジュールであり得る。
【０３７８】
エキソビボ送達および形質転換細胞の被験体への再移植についての方法は、当該分野で公知であり、例えば、ＷＯ９３／１４７７８に記載されている。エキソビボ適用に有用な細胞の例としては、例えば、幹細胞、特に、造血性（ｈｅｍａｔｏｐｏｅｔｉｃ）幹細胞、リンパ細胞、マクロファージ、樹状細胞または腫瘍細胞が挙げられる。一般に、エキソビボ適用とインビトロ適用の両方のための核酸の送達は、例えば、デキストラン媒介性トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介性トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、ポリヌクレオチドのリポソーム内への封入およびＤＮＡの核への直接マイクロインジェクションによって達成され得る。これらのすべてが当該分野で周知である。
【０３７９】
一旦、本明細書中に記載される癌関連ポリヌクレオチドに対応する遺伝子の差次的発現が増殖性障害（例えば、新形成、異形成および過形成）と相関することが見出されると、その障害は、提供されたポリヌクレオチド、対応するポリペプチドまたは他の対応する分子（例えば、アンチセンス、リボザイムなど）に基づいた治療薬の投与によって処置されやすくなり得る。他の実施形態において、障害は、例えば、正常細胞と比較して癌性細胞において発現が増加している遺伝子のコードされた遺伝子産物の機能のインヒビター（アンタゴニスト）または（例えば、腫瘍抑制因子として作用する遺伝子産物の活性を促進するために）癌性細胞において発現が減少している遺伝子産物についてのアゴニストとして働く小分子薬物の投与によって処置されやすくなり得る。
【０３８０】
本発明の薬学的組成物の用量および投与手段は、治療組成物の特定の性質、状態、患者の年齢および体重、疾患の進行ならびに他の関連因子に基づいて決定される。例えば、ポリヌクレオチド治療組成物薬剤の投与としては、局所投与または全身投与が挙げられ、それらとしては、注入、経口投与、パーティクルガンまたはカテーテル投与および局所投与が挙げられる。好ましくは、治療的ポリヌクレオチド組成物は、本明細書中に開示されるポリヌクレオチドの少なくとも１２個の連続するｎｔ、２２個の連続するｎｔ、２５個の連続するｎｔ、３０個の連続するｎｔまたは３５個の連続するｎｔのポリヌクレオチドに作動可能に連結されるプロモーターを含む発現構築物を含む。様々な方法を使用して、治療組成物を身体の特定部位に直接投与することができる。例えば、小さい転移性病変が見つかり、そして治療組成物が、腫瘍の塊の内部に数箇所の異なる部位に数回注入される。あるいは、腫瘍に供給している動脈を同定し、腫瘍に直接、治療組成物を送達するために、その組成物をその動脈に注入する。ネクローシスの中心を有する腫瘍が吸引され、今、空になった腫瘍の中心にその組成物を直接注入する。アンチセンス組成物は、例えば、その組成物の局所的適用によって腫瘍の表面に直接投与される。Ｘ線画像化は、上記の特定の送達方法を補助するために使用される。
【０３８１】
アンチセンスポリヌクレオチド、サブゲノムポリヌクレオチドまたは抗体を含む治療組成物の特定の組織への標的化送達もまた使用され得る。レセプター媒介性ＤＮＡ送達技術は、例えば、Ｆｉｎｄｅｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９３）１１：２０２；Ｃｈｉｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  Ｏｆ  Ｄｉｒｅｃｔ  Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌｆｆ，ｅｄ．）（１９９４）；Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）２６３：６２１；Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９：５４２；Ｚｅｎｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９９０）８７：３６５５；Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：３３８に記載されている。ポリヌクレオチドを含む治療組成物は、遺伝子治療プロトコールにおいて局所投与のために約１００ｎｇ〜約２００ｍｇの範囲のＤＮＡとして投与される。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇおよび約２０μｇ〜約１００μｇの濃度範囲のＤＮＡもまた、遺伝子治療プロトコールの間に使用され得る。作用の方法（例えば、コードされる遺伝子産物のレベルを増大するためまたは阻害するため）および形質転換および発現の有効性のような、アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドの最終的な有効性に必要な用量に影響を与える因子が、考慮される。より広い範囲の組織に亘って、より高い発現が所望される場合、より多い量のアンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドもしくは投与の連続的プロトコールにおける同量の再投与または例えば腫瘍部位の様々な隣接組織または近接組織への複数回投与が、正の治療的結果に影響を与えるために必要とされ得る。すべての場合において、臨床試験における日常的な実験によって、最適な治療的効果のための特定の範囲が決定される。
【０３８２】
本発明の治療的なポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、遺伝子送達ビヒクルを使用して送達され得る。その遺伝子送達ビヒクルは、ウイルス起源または非ウイルス起源であり得る（一般に、Ｊｏｌｌｙ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）１：５１；Ｋｉｍｕｒａ，Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）５：８４５；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ，Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９５）１：１８５；、Ｋａｐｌｉｔｔ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）６：１４８を参照のこと）。このようなコード配列の発現は、内在性哺乳動物プロモーターまたは異種プロモーターを使用して誘導され得る。コード配列の発現は、恒常的であり得るか、または制御され得る。
【０３８３】
所望のポリヌクレオチドの送達のためのウイルスベースのベクターおよび所望の細胞における発現は、当該分野で周知である。例示的なウイルスベースのビヒクルとしては、組換えレトロウイルス（例えば、ＷＯ９０／０７９３６；ＷＯ９４／０３６２２；ＷＯ９３／２５６９８；ＷＯ９３／２５２３４；米国特許５，２１９，７４０号；ＷＯ９３／１１２３０；ＷＯ９３／１０２１８；米国特許４，７７７，１２７号；英国特許第２，２００，６５１号；ＥＰ０３４５２４２；およびＷＯ９１／０２８０５を参照のこと）、アルファウイルスベースのベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルスウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４７）、ロス川ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４６）およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ  ＶＲ  １２４９；ＡＴＣＣ  ＶＲ−５３２））およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、ＷＯ９４／１２６４９，ＷＯ９３／０３７６９；ＷＯ９３／１９１９１；ＷＯ９４／２８９３８；ＷＯ９５／１１９８４およびＷＯ９５／００６５５を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。Ｃｕｒｉｅｌ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７に記載されているような殺傷アデノウイルスに連結されたＤＮＡの投与もまた使用され得る。
【０３８４】
非ウイルス性の送達ビヒクルおよび送達方法もまた使用され得る。それらとしては、殺傷アデノウイルス単独に連結されているかまたは連結されていないポリカチオン性濃縮ＤＮＡ（例えば、Ｃｕｒｉｅｌ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７を参照のこと）；リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８９）２６４：１６９８５を参照のこと）；真核細胞送達ビヒクル細胞（例えば、ＵＳ５，８１４，４８２；ＷＯ９５／０７９９４；ＷＯ９６／１７０７２；ＷＯ９５／３０７６３；およびＷＯ９７／４２３３８を参照のこと）および核電荷中和または細胞膜との融合が挙げられるがこれらに限定されない。裸のＤＮＡもまた使用され得る。例示的な裸のＤＮＡの導入方法は、ＷＯ９０／１１０９２およびＵＳ５，５８０，８５９に記載されている。遺伝子送達ビヒクルとして作用し得るリポソームは、ＵＳ５，４２２，１２０；ＷＯ９５／１３７９６；ＷＯ９４／２３６９７；ＷＯ９１／１４４４５；およびＥＰ０５２４９６８に記載されている。さらなるアプローチは、Ｐｈｉｌｉｐ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．（１９９４）１４：２４１１およびＷｏｆｆｅｎｄｉｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９４）９１：１５８１に記載されている。
【０３８５】
使用に適したさらなる非ウイルス性送達としては、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９４）９１（２４）：１１５８１に記載されているアプローチなどの力学的送達系が挙げられる。さらに、コード配列およびその発現産物は、光重合ヒドロゲル材料の沈着または電離放射線の使用を通して送達され得る（例えば、ＵＳ５，２０６，１５２、ＷＯ９２／１１０３３を参照のこと）。コード配列の送達のために使用され得る遺伝子送達のための他の従来の方法としては、例えば、ハンドヘルドの（ｈａｎｄ−ｈｅｌｄ）遺伝子導入パーティクルガン（例えば、ＵＳ５，１４９，６５５を参照のこと）の使用；導入された遺伝子を活性化するための電離放射線の使用（例えば、米国特許５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３を参照のこと）。
【０３８６】
いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質および調節因子は、治療薬として投与され、そして上で概要を述べたように処方され得る。同様に、癌関連遺伝子（癌関連コード領域の全長配列、部分配列または調節配列の両方を含む）は、当該分野で公知であるように遺伝子治療適用において投与され得る。これらの癌関連遺伝子は、当業者によって理解されるように、遺伝子治療（すなわちゲノムへの組込みのため）またはアンチセンス組成物のいずれかとしてアンチセンス適用を含み得る。
【０３８７】
従って、いくつかの実施形態において、細胞または生物体において癌関連遺伝子活性を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態において、その方法は、内在性癌関連タンパク質の生物学的活性を低減または排除する抗癌関連抗体を細胞に投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、癌関連タンパク質をコードする組換え核酸を細胞または生物体に投与する工程を含む。当業者によって理解されるように、このことは、多くの任意の方法において達成され得る。いくつかの実施形態において、例えば、癌関連配列が、癌において下方調節されるとき、癌関連発現産物の活性は、例えば、内在性癌関連遺伝子を過剰発現することまたは遺伝子治療技術を使用して癌関連配列をコードする遺伝子を投与することによって、細胞における癌関連発現の量を増加させることによって増大される。いくつかの実施形態において、遺伝子治療技術は、例えば、ＰＣＴ／ＵＳ９３／０３８６８（その全体が本明細書によって参考として援用される）に記載されているような増強された相同組換え（ＥＨＲ）を使用した外来性遺伝子の組込みを含む。いくつかの実施形態において、例えば、癌関連配列が、癌において上方調節されるとき、内在性癌関連遺伝子の活性は、例えば、癌関連アンチセンス核酸の投与によって減少する。
【０３８８】
（ｄ）ワクチン
いくつかの実施形態において、癌関連遺伝子は、ＤＮＡワクチン、単一遺伝子または癌関連遺伝子の組み合わせのいずれかとして投与される。裸のＤＮＡワクチンは、一般に当該分野で公知である。Ｂｒｏｗｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１６：１３０４−１３０５（１９９８）。
【０３８９】
いくつかの実施形態において、本発明の癌関連遺伝子は、ＤＮＡワクチンとして使用される。ＤＮＡワクチンとして遺伝子を使用するための方法は、当業者に周知であり、その方法は、癌関連遺伝子または癌関連遺伝子の一部を、癌を有する患者において発現させるためのプロモーターの制御下に配置する工程を含む。ＤＮＡワクチンのために使用される癌関連遺伝子は、全長癌関連タンパク質をコードし得るが、より好ましくは、癌関連タンパク質から得られるペプチドを含む癌関連タンパク質の一部をコードする。いくつかの実施形態において、患者は、癌関連遺伝子から得られる複数のヌクレオチド配列を含むＤＮＡワクチンで免疫される。同様に、複数の癌関連遺伝子またはそれらの一部で患者を免疫することが可能である。理論に束縛されずに、癌関連タンパク質を発現する細胞を認識し、そして破壊または排除する、ＤＮＡワクチンによってコードされるポリペプチドの発現、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞および抗体が誘導される。
【０３９０】
いくつかの実施形態において、ＤＮＡワクチンは、ＤＮＡワクチンと共にアジュバント分子をコードする遺伝子を含む。そのようなアジュバント分子は、ＤＮＡワクチンによってコードされる癌関連ポリペプチドに対する免疫原性応答を増大するサイトカインを含む。さらなるアジュバントまたは別のアジュバントは、当業者に公知であり、本発明における用途を見出す。
【０３９１】
（ｅ）抗体
上記の癌関連抗体は、多くの適用における用途を見出す。例えば、癌関連抗体は、標準的なアフィニティークロマトグラフィカラムに結合され得、そして癌関連タンパク質を精製するために使用され得る。それらの抗体はまた、癌関連タンパク質に特異的に結合するため、上で概要を述べたようにブロッキングポリペプチドとして、治療的に使用され得る。
【０３９２】
本発明は、さらに、コードされるポリペプチドに特異的な抗体を使用して、生物学的サンプル中のポリペプチドの存在を検出するための方法および／または生物学的サンプル中のポリペプチドのレベルを測定するための方法を提供する。ここで、癌関連ポリペプチドは、癌細胞において差次的に発現される癌関連ポリヌクレオチドによってコードされる。上記方法は、一般に：ａ）サンプルと、前立腺癌細胞において差次的に発現される癌関連ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに特異的な抗体とを接触させる工程；およびｂ）抗体とサンプルの分子との間の結合を検出する工程を含む。
【０３９３】
適当なコントロールと比較するとき、コードされる癌関連ポリペプチドに特異的な抗体の特異的結合の検出は、コードされるポリペプチドがサンプル中に存在することを示す。適当なコントロールとしては、コードされる癌関連ポリペプチドを含まないことが知られるサンプルまたは高レベルのポリペプチドを含真ないことが知られるサンプル（例えば、正常組織）、およびコードされるポリペプチドに特異的でない抗体（例えば、抗イディオタイプ抗体）と接触されるサンプルが挙げられる。特異的な抗体−抗原相互作用を検出する種々の方法は、当該分野で公知であり、標準的な免疫組織学的方法、免疫沈降、酵素免疫測定法およびラジオイムノアッセイが挙げられるがこれらに限定されない方法において使用され得る。一般に、特定の抗体は、直接的または間接的に検出可能に標識される。直接標識としては、放射性同位体；生成物が検出可能である酵素（例えば、ルシフェラーゼ、β−ガラクトシダーゼなど）；蛍光標識（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、フィコエリトリンなど）；ＥＤＴＡなどの金属キレート基を介して抗体に結合される蛍光放射金属（例えば、１５２Ｅｕまたは他のランタン系列）；化学発光化合物、例えば、ルミノール、イソルミノール、アクリジニウム塩など；生物発光化合物、例えば、ルシフェリン、エクオリン（緑色蛍光タンパク質）などが挙げられる。抗体は、不溶性支持体（例えば、ポリスチレンプレートまたはビーズ）に接着（結合）され得る。間接的標識としては、コードされるポリペプチドに特異的な抗体（「特異的１次抗体」）に特異的な２次抗体（ここで、２次抗体は、上記のように標識される）；および特異的結合対（例えば、ビオチン−アビジンなど）のメンバーが挙げられる。生物学的サンプルは、細胞、細胞粒子または可溶性タンパク質を固定化することができるニトロセルロースなどの固体支持体またはキャリアと接触され、そしてそれに固定化され得る。次いで、その支持体は、適当な緩衝液で洗浄され得、続いて、検出可能に標識された１次特異的抗体と接触され得る。検出方法は、当該分野で公知であり、検出可能な標識によって放出されるシグナルに適するように選択される。検出は、一般に、適当なコントロールおよび適切な標準と比較して達成される。
【０３９４】
いくつかの実施形態において、その方法は、例えば、癌細胞が存在する部位を見つけるか、または同定するために、インビボにおける使用に適合させる。これらの実施形態において、検出可能に標識された部分、例えば、癌関連ポリペプチドに特異的な抗体は、個体に（例えば、注入によって）投与され、標準的な画像化技術を使用して標識細胞を位置づける。その画像化技術としては、磁気共鳴画像、コンピュータ断層撮影スキャニングなどが挙げられるがこれらに限定されない。この様式において、癌細胞は、区別して標識される。
【０３９５】
（ｆ）癌の検出および診断のための他の方法
理論に束縛されずに、本明細書中に開示される様々な癌関連配列は、癌において重要であるようである。従って、癌関連遺伝子の変異体または改変体に基づいた障害が決定され得る。いくつかの実施形態において、本発明は、改変体癌関連遺伝子を含む細胞を同定するための方法を提供し、この方法は、細胞における少なくとも１つの内在性癌関連遺伝子の配列の全部または一部を決定する工程を含む。当業者によって理解されるように、これは、多くの任意の配列決定技術を使用して行われ得る。いくつかの実施形態において、本発明は、個体の癌関連遺伝子型を同定するための方法を提供し、この方法は、個体の少なくとも１つの癌関連遺伝子の配列の全部または一部を決定する工程を含む。これは、一般に、個体の少なくとも１つの組織において行われ、多くの組織または同じ組織の異なるサンプルの評価を含み得る。この方法は、配列決定された癌関連遺伝子の配列を公知の癌関連遺伝子、すなわち、野生型遺伝子と比較する工程を含み得る。当業者によって理解されるように、いくつかの癌関連遺伝子の配列における変化は、疾患の存在または疾患を発症する性質のいずれかの示唆または予後評価であり得る。
【０３９６】
そして、癌関連遺伝子の全部または一部の配列は、公知の癌関連遺伝子の配列と比較することにより、任意の差が存在するか否かを判定することができる。これは、多くの任意の公知の相同性プログラム（例えば、Ｂｅｓｔｆｉｔなど）を使用して行われ得る。いくつかの実施形態において、患者の癌関連遺伝子と公知の癌関連遺伝子との間の配列の差の存在は、本明細書中で概要を述べるように、疾患状態または疾患状態についての性質を示唆する。
【０３９７】
いくつかの実施形態において、癌関連遺伝子は、ゲノム中の癌関連遺伝子のコピー数を決定するプローブとして使用される。例えば、いくつかの癌は、染色体の欠失または挿入を示し、その結果、遺伝子のコピー数の変化が生じる。
【０３９８】
いくつかの実施形態において、癌関連遺伝子は、癌関連遺伝子の染色体位置を決定するためのプローブとして使用される。特に、転座などの染色体異常が癌関連遺伝子座において同定されるとき、染色体位置などの情報は、診断または予後診断を提供する際の用途を見出す。
【０３９９】
本発明は、癌細胞を検出し、被験体における癌および癌の重症度（例えば、腫瘍のグレード、腫瘍の負荷など）の診断を容易にし、被験体の予後の判定を容易にし、そして治療に対する被験体の反応性を評価する（例えば、例えば、化学療法レジメンの間またはその後の腫瘍の負荷の評価を介して治療的効果の測定を提供することによって）ために本明細書中に記載されるポリヌクレオチドを使用する方法を提供する。検出は、癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドの検出および／または癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの検出に基づき得る。本発明の検出方法は、単離細胞または組織全体または体液（例えば、血液、血漿、血清、尿など）においてインビトロまたはインビボにおいて行われ得る。
【０４００】
いくつかの実施形態において、癌細胞において差次的に発現される転写物の細胞内発現を検出することによって癌細胞を検出するための方法が、提供される。種々の公知の方法のいずれかが、検出に使用され得る。それらとしては、前立腺癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによる転写物の検出；特異的なオリゴヌクレオチドプライマーを使用したポリメラーゼ連鎖反応による転写物の検出；前立腺癌細胞において差次的に発現される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドをプローブとして使用する細胞のインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられるがこれらに限定されない。これらの方法を使用して、癌細胞において差次的に発現される遺伝子を検出することができ、そして／または癌細胞において差次的に発現される遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定することができる。いくつかの実施形態において、これらの方法は：ａ）サンプルを、ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で本明細書中に記載される差次的に発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドと接触させる工程；およびｂ）存在する場合、ハイブリダイゼーションを検出する工程を含む。
【０４０１】
適当なコントロールと比較するときのディファレンシャルハイブリダイゼーションの検出は、癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドのサンプル中の存在を示唆する。適切なコントロールとしては、例えば、癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドを含まないことが知られるサンプルおよび癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドと同じ「センス」の標識ポリヌクレオチドの使用が挙げられる。ハイブリダイゼーションが可能な条件は、当該分野で公知であり、上でより詳細に記載してきた。検出はまた、任意の公知の方法によっても達成され得る。それらとしては、インサイチュハイブリダイゼーション、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）、ＲＴ−ＰＣＲ（逆転写ＰＣＲ）、ＴＭＡ、ｂＤＮＡおよびＮａｓｂａｕおよび「ノーザン」ブロッティングもしくはＲＮＡブロッティングまたは適当に標識されたポリヌクレオチドを使用したこのような技術の組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。ポリヌクレオチドのための種々の標識および標識方法は、当該分野で公知であり、本発明のアッセイ方法において使用され得る。ハイブリダイゼーションの特異性は、適切なコントロールとの比較によって判定され得る。
【０４０２】
本明細書中で提供されるポリヌクレオチドの少なくとも１０ｎｔ、少なくとも１２ｎｔまたは少なくとも１５の近接するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドは、一般に、種々の目的、例えば、前立腺癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドの検出および／または前立腺癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドの転写レベルの測定ためのプローブとして使用される。当業者によって容易に理解されるように、そのプローブは、検出可能に標識され得、そして、例えば、試験サンプル（例えば、ｍＲＮＡ）から得られる固定化されたポリヌクレオチドを含むアレイと接触され得る。あるいは、そのプローブがアレイ上に固定化され得、そして試験サンプルが検出可能に標識され得る。本発明の方法のこれらの変法および他の変法は、十分に当該分野の技術の範囲内であり、本発明の範囲内である。
【０４０３】
ヌクレオチドプローブは、提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現を検出するために使用される。ノーザンブロットにおいて、ｍＲＮＡは、電気泳動的に分離され、そしてプローブと接触する。プローブは、特定のサイズのｍＲＮＡ種にハイブリダイズするとき検出される。ハイブリダイゼーションの量は、例えば、特定の条件下で発現の相対量を決定するために定量され得る。プローブは、発現を検出するために細胞とのインサイチュハイブリダイゼーションに使用される。プローブはまた、ハイブリダイズする配列の診断的検出にインビボで使用され得る。プローブは、代表的には、放射性同位体で標識される。他のタイプの検出可能な標識（例えば、発色団、フルオロフォアおよび酵素）が使用され得る。ヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイの他の例は、ＷＯ９２／０２５２６および米国特許５，１２４，２４６号に記載されている。
【０４０４】
ＰＣＲは、少量の標的核酸を検出するための別の手段である（例えば、Ｍｕｌｌｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９８７）１５５：３３５；米国特許４，６８３，１９５号；および米国特許４，６８３，２０２号を参照のこと）。標的核酸とハイブリダイズする２種類のプライマーオリゴヌクレオチドを使用して、反応をプライムする。それらのプライマーは、本明細書中に開示される癌関連ポリヌクレオチドの配列内または癌関連ポリヌクレオチドの３’および５’の配列から構成され得る。あるいは、プライマーがこれらのポリヌクレオチドに対して３’および５’である場合、それらは、それらまたは相補体にハイブリダイズする必要はない。熱安定性ポリメラーゼで標的を増幅した後、増幅された標的核酸は、当該分野で公知の方法、例えば、サザンブロットによって検出され得る。ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８９）に記載されている従来のブロッティング技術（例えば、サザンブロット、ノーザンブロットなど）（例えば、ＰＣＲ増幅なしで）によって検出され得る。一般に、ｍＲＮＡまたはポリメラーゼ酵素を使用してｍＲＮＡから生成されるｃＤＮＡは、精製され得、そしてゲル電気泳動を使用して分離され得、そしてニトロセルロースなどの固体支持体に転写され得る。その固体支持体を標識プローブに暴露し、任意のハイブリダイズしていないプローブを除去するために洗浄し、そして標識プローブを含む二重鎖を検出する。
【０４０５】
ＰＣＲ増幅を使用する方法は、単一細胞由来のＤＮＡを用いて行われ得るが、少なくとも約１０５細胞を使用するのが都合がよい。ポリメラーゼ連鎖反応の使用は、Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：４８７に記載されており、そして最新技術の概説は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨ  Ｐｒｅｓｓ  １９８９，ｐｐ．１４．２−１４．３３に見られる。検出可能な標識は、増幅反応に含まれ得る。適当な検出可能な標識としては、蛍光色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、フィコエリトリン、アロフィコシアニン、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、５−カルボキシフルオレセイン（５−ＦＡＭ）またはＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ））、放射性標識（例えば、３２Ｐ、３５Ｓ、３Ｈなど）などが挙げられる。標識は２段階の系であり得、ポリヌクレオチドが、高アフィニティー結合パートナー（例えば、アビジン、特異的抗体など）を有するビオチン、ハプテンなどと結合体化される。ここで、その結合パートナーが、検出可能な標識に結合体化されている。標識は、プライマーの一方または両方と結合体化され得る。あるいは、増幅産物に標識を取り込ませるために、増幅に使用されるヌクレオチドのプールが標識される。
【０４０６】
検出方法に使用される試薬は、キットの一部として提供され得る。従って、本発明は、さらに、癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドおよび／もしくは生物学的サンプルにおいてそれらによってコードされるポリペプチドの存在ならびに／またはレベルを検出する（例えば、差次的に発現される目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡの検出によって）ためのキットを提供する。これらのキットを使用する手順は、臨床検査室、実験室、開業医または各個人によって行われ得る。癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを検出するための本発明のキットは、ポリペプチドと特異的に結合する部分を備え得る。その部分は、ポリペプチドまたはそのフラグメントと結合する抗体であり得る。前立腺癌細胞において差次的に発現されるポリヌクレオチドを検出するために使用される本発明のキットは、このようなポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズする部分を備え得る。このキットは、必要に応じて、手順に有用なさらなる構成要素を提供され得る。それらとしては、緩衝液、現像試薬、標識、反応表面、検出手段、コントロールサンプル、標準物質および解釈用の情報が挙げられるがこれらに限定されない。
【０４０７】
本発明は、さらに、哺乳動物（例えば、ヒト）における新生物の状態または新生物発生前の状態を検出／診断する方法に関する。「診断」とは、本明細書中で使用されるとき、一般に、被験体の疾患または障害への感受性の判定、被験体が現在疾患または障害に罹患しているか否かの判定、疾患または障害に罹患している被験体の予後判定（例えば、転移前または転移性の癌の状態、癌の段階または治療に対する癌の反応性の同定）および治療測定（ｔｈｅｒａｍｅｔｒｉｃｓ）（例えば、治療の効果または有効性についての情報を提供するための被験体の状態のモニタリング）を含む。
【０４０８】
「有効量」は、臨床的な結果を含む、有益または所望の結果に影響を与えるのに十分な量である。有効量は、１回以上の投与で投与され得る。
【０４０９】
「細胞サンプル」は、個体由来の種々のサンプルタイプを包含し、診断アッセイまたはモニタリングアッセイにおいて使用され得る。この定義は、血液および生物学的起源の他の液体サンプル、固体組織サンプル（例えば、バイオプシー検体または組織培養物またはそれら由来の細胞およびそれらの子孫）を包含する。この定義はまた、獲得後に任意の方法において操作された（試薬による処置、可溶化または特定の成分（例えば、タンパク質またはポリヌクレオチド）の濃縮などによって）サンプルを含む。用語「細胞サンプル」は、臨床サンプルを包含し、また、培養細胞、細胞上清、細胞可溶化物、血清、血漿、生物学的液体および組織サンプルも含む。
【０４１０】
本明細書中で使用されるとき、用語「腫瘍性細胞」、「新形成」、「腫瘍」、「腫瘍細胞」、「癌」および「癌細胞」（これらは交換可能に使用される）とは、相対的に自律的な増殖を示し、細胞増殖制御の著しい喪失（すなわち、調節解除された細胞分裂）を特徴とする異常な成長表現型を示す細胞のことをいう。腫瘍性細胞は、悪性または良性であり得る。
【０４１１】
用語「個体」、「被験体」、「宿主」および「患者」は、本明細書中で交換可能に使用され、診断、処置または治療が所望される任意の哺乳動物の被験体、特にヒトのことをいう。他の被験体としては、ウシ、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマなどが挙げられ得る。これらの方法に従って検出／診断され得る状態の例としては、癌が挙げられる。適切な発現パターンを示す遺伝子に対応するポリヌクレオチドは、被験体において癌を検出するために使用され得る。癌のマーカーの概説については、例えば、Ｈａｎａｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌ  １００：５７−７０（２０００）を参照のこと。
【０４１２】
いくつかの実施形態において、検出方法／診断方法は：（ａ）哺乳動物（例えば、ヒト）から生物学的サンプルを得る工程、（ｂ）癌関連タンパク質がサンプル中に存在することを検出する工程および（ｃ）存在する生成物の量をコントロールサンプル中に量と比較する工程を含む。いくつかの実施形態において、高レベルの癌関連遺伝子産物がサンプル中に存在することは、その被験体が新生物を有することまたは新生物発生前の状態を有することを示す。
【０４１３】
この方法における用途に適した生物学的サンプルとしては、生物学的液体（例えば、血清、血漿、胸水、尿および脳脊髄液すなわちＣＳＦ）が挙げられ、バイオプシーから得られたサンプルを含む組織サンプル（例えば、乳腺腫瘍または前立腺組織切片）もまた、本発明の方法に使用され得る。例えば、組織バイオプシーから得られた細胞培養物または細胞抽出物もまた、使用され得る。
【０４１４】
いくつかの実施形態において、化合物は、結合タンパク質、例えば、抗体、ポリクローナル抗体もしくはモノクローナル抗体またはそれらの抗原結合フラグメントであり得、それらは、検出可能なマーカー（例えば、フルオロフォア、発色団または同位体など）で標識され得る。必要に応じて、その化合物は、固体支持体（例えば、ビーズ、プレート、フィルター、樹脂など）に接着され得る。複合体の形成の測定は、その複合体と、第１の化合物（または複合体）に特異的に結合するさらなる化合物（例えば、抗体）とを接触させることによって影響され得る。第１の化合物と同様に、さらなる化合物が、固体支持体に接着され得、そして／または検出可能なマーカーで標識され得る。
【０４１５】
本発明に従う高レベルの癌関連タンパク質の同定は、アジュバント治療から利益を享受する可能性のある被験体（患者）の同定を可能にする。例えば、第１次治療後の被験体（例えば、手術を受けた被験体）由来の生物学的サンプルは、循環癌関連タンパク質の存在についてスクリーニングされ得、正常な集団の研究によって判定された高レベルのタンパク質の存在は、残存する腫瘍組織を示唆する。同様に、手術で除去された腫瘍の切除部位由来の組織が検査され得（例えば、免疫蛍光法によって）、生成物の高レベルの存在（周辺組織と比較して）は、腫瘍の切除が不完全であることを示す。このような被験体を同定する能力は、特定の被験体の要求に合わせて治療を調整することができる。非外科的治療、例えば、化学療法または放射線照射治療を受けている被験体はまた、モニターされ得、この被験体由来のサンプルにおける高レベルの癌関連タンパク質の存在は、連続した処置が必要であることを示す。疾患の段階分け（ｓｔａｇｉｎｇ）（例えば、処置レジメンを最適化する目的で）もまた、例えば、バイオプシーによって、例えば、癌関連タンパク質に特異的な抗体を使用したバイオプシーによって行われ得る。
【０４１６】
（ｇ）動物モデルおよびトランスジェニック
癌関連遺伝子はまた、癌、特に、リンパ腫、白血病、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌または皮膚癌の動物モデルを作製する際の用途も見出される。当業者に理解されるように、同定されている癌関連遺伝子が、癌関連組織において抑制されるか、または減少されるとき、アンチセンスＲＮＡが癌関連遺伝子を対象としている遺伝子治療技術は、その遺伝子の発現を減少または抑制し得る。同様に作製される動物は、生物活性薬物候補をスクリーニングする際の用途として見出される癌関連動物モデルとして働く。同様に、例えば、適当な遺伝子ターゲティングベクターとの相同組換え結果としての遺伝子ノックアウト技術によって、癌関連タンパク質が存在しなくなる。所望であれば、癌関連タンパク質の組織特異的発現またはノックアウトが必要となる場合がある。
【０４１７】
癌関連タンパク質が癌において過剰発現することも可能である。同様に、癌関連タンパク質を過剰発現するトランスジェニック動物を、作成することができる。所望の発現レベルに応じて、種々の強度のプロモーターを使用することによって導入遺伝子を発現することができる。また、導入遺伝子の発現レベルを判定するために、組み込まれる導入遺伝子のコピー数を測定および比較することができる。このような方法によって作製される動物は、癌関連動物モデルとしての用途が見出され、さらに、癌を処置する生物活性分子についてのスクリーニングに有用である。
【０４１８】
（併用療法）
いくつかの実施形態において、本発明は、癌に対してさらに改善された有効性を提供する２以上の癌関連遺伝子抗体を含む組成物を提供する。２以上の癌関連遺伝子抗体を含む組成物は、癌に罹患している人もしくは哺乳動物または癌に罹患しやすい状態の人もしくは哺乳動物に投与され得る。１以上の癌関連遺伝子抗体はまた、細胞傷害性薬剤などの別の治療薬または癌の化学療法剤とともに投与され得る。２以上の治療薬の同時投与は、それらの薬剤が治療的効果を発揮する時間が重なっている限り、薬剤が同時または同経路で投与される必要はない。異なる日または週における投与のような同時投与または連続投与が企図される。
【０４１９】
本発明の方法のいくつかの実施形態において、様々な抗体の組み合わせの投与または「混合物」の投与が企図される。このような抗体混合物が、異なるエフェクターメカニズムを利用する抗体または細胞傷害性抗体と免疫エフェクター機能性に依存する抗体とを直接組み合わせる抗体を含む限り、抗体混合物は、一定の利点を有し得る。このような抗体の併用は、相乗的な治療的効果を示し得る。
【０４２０】
細胞傷害性薬剤とは、細胞の機能を阻害もしくは阻止する物質および／または細胞の破壊を引き起こす物質のことをいう。この用語は、放射性同位体（例えば、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０およびＲｅ１８６）、化学療法剤およびトキシン（例えば、細菌、菌類、植物または動物を起源とする酵素的に活性なトキシンまたは合成トキシン）またはそれらのフラグメントを含むと解釈される。無細胞傷害性薬剤とは、細胞の機能を阻害または阻止しない物質および／または細胞の破壊を引き起こさない物質のことをいう。無細胞傷害性薬剤は、細胞傷害性となるように活性化され得る薬剤を含み得る。無細胞傷害性薬剤としては、ビーズ、リポソーム、マトリックスまたは粒子が挙げられ得る（例えば、米国特許公開２００３／００２８０７１および２００３／００３２９９５を参照のこと。これらは本明細書中で参考として援用される）。このような薬剤は、本発明に記載の抗体と結合体化され得るか、結合され得るか、連結され得るか、または会合され得る。
【０４２１】
いくつかの実施形態において、従来の癌の薬物は、本発明の組成物とともに投与される。従来の癌の薬物としては：
ａ）癌の化学療法剤
ｂ）追加の薬剤
ｃ）プロドラッグ
が挙げられる。
【０４２２】
癌の化学療法剤としては、カルボプラチンおよびシスプラチンなどのアルキル化剤；ナイトロジェンマスタードアルキル化剤；カルムスチン（ＢＣＮＵ）などのニトロソ尿素アルキル化剤；メトトレキサートなどの代謝拮抗物質；フォリン酸；プリンアナログ代謝拮抗物質であるメルカプトプリン；フルオロウラシル（５−ＦＵ）およびゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））などのピリミジンアナログ代謝拮抗物質；ホルモン性抗腫瘍薬（例えば、ゴセレリン、ロイプロリドおよびタモキシフェン）；天然の抗腫瘍薬（例えば、アルデスロイキン、インターロイキン−２、ドセタキセル、エトポシド（ＶＰ−１６）、インターフェロンアルファ、パクリタキセル（タキソール（登録商標））およびトレチノイン（ＡＴＲＡ）；抗生物質の天然抗腫瘍薬（例えば、ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ダウノマイシンおよびマイトマイシンＣを含むマイトマイシン）；ならびにビンカアルカロイド天然抗腫瘍薬（例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン）；ヒドロキシ尿素；アセグラトン、アドリアマイシン、イホスファミド、エノシタビン、エピチオスタノール、アクラルビシン、アンシタビン、ニムスチン、塩酸プロカルバジン、カルボコン、カルボプラチン、カルモフール、クロモマイシンＡ３、制癌性多糖類、制癌性血小板因子、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘｉｎ（登録商標））、シゾフィラン、シタラビン（シトシンアラビノシド）、ダカルバジン、チオイノシン、チオテパ、テガフール、ドラスタチン、アウリスタチン（ａｕｒｉｓｔａｔｉｎ）などのドラスタチンアナログ、ＣＰＴ−１１（イリノテカン）、ミトキサントロン（ｍｉｔｏｚａｎｔｒｏｎｅ）、ビノレルビン、テニポシド、アミノプテリン、カルミノマイシン（ｃａｒｍｉｎｏｍｙｃｉｎ）、エスペラミシン（ｅｓｐｅｒａｍｉｃｉｎ）（例えば、米国特許第４，６７５，１８７号を参照のこと）、ネオカルチノスタチン、ＯＫ−４３２、ブレオマイシン、フルツロン、ブロクスウリジン、ブスルファン、ホンバン、ペプロマイシン、ベスタチン（Ｕｂｅｎｉｍｅｘ（登録商標））、インターフェロン−β、メピチオスタン、ミトブロニトール、メルファラン、ラミニンペプチド、レンチナン、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ抽出物、テガフール／ウラシル、エストラムスチン（エストロゲン／メクロレタミン）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０４２３】
癌患者のための治療薬として使用され得るさらなる薬剤としては、ＥＰＯ、Ｇ−ＣＳＦ、ガンシクロビル；抗生物質、ロイプロリド；メペリジン；ジドブジン（ＡＺＴ）；インターロイキン１〜１８（変異体およびアナログを含む）；インターフェロンまたはサイトカイン（例えば、インターフェロンα、βおよびγホルモン（例えば、黄体化ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）およびアナログならびに性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）））；成長因子（例えば、トランスフォーミング成長因子−β（ＴＧＦ−β）、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、神経成長因子（ＮＧＦ）、成長ホルモン放出因子（ＧＨＲＦ）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、線維芽細胞増殖因子相同因子（ＦＧＦＨＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）およびインスリン成長因子（ＩＧＦ））；腫瘍壊死因子−αおよび腫瘍壊死因子−β（ＴＮＦ−αおよびＴＮＦ−β）；浸潤阻害因子−２（ＩＩＦ−２）；骨形成タンパク質１〜７（ＢＭＰ１−７）；ソマトスタチン；サイモシン−α−１；γ−グロブリン；スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）；補体因子；抗血管新生因子；抗原性材料；ならびにプロドラッグが挙げられる。
【０４２４】
プロドラッグとは、親薬物と比較して、腫瘍細胞に対して細胞傷害性が低いか、または細胞傷害性がなく、そして酵素的に活性化可能であるか、または活性型もしくはより活性な親型に変換可能である、薬学的に活性な物質の前駆体または誘導体の形態のことをいう。例えば、Ｗｉｌｍａｎ，“Ｐｒｏｄｒｕｇｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ”Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ，１４，ｐｐ．３７５−３８２，６１５ｔｈ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  Ｂｅｌｆａｓｔ（１９８６）およびＳｔｅｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｒｏｄｒｕｇｓ：Ａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，”Ｄｉｒｅｃｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｂｏｒｃｈａｒｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄ．），ｐｐ．２４７−２６７，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ（１９８５）を参照のこと。プロドラッグとしては、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、サルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸改変プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、ｂ−ラクタム含有プロドラッグ、必要に応じて置換されているフェノキシアセトアミド含有プロドラッグまたは必要に応じて置換されているフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、５−フルオロシトシンおよびより活性な無細胞傷害性薬物に変換され得る他の５−フルオロウリジンプロドラッグが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書中における用途のためのプロドラッグ型に誘導体化され得る細胞傷害性薬物の例としては、上記の化学療法剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【０４２５】
（細胞傷害性薬剤または診断薬剤を細胞に送達するための方法）
本発明は、癌関連遺伝子を発現する１以上の細胞に細胞傷害性薬剤または診断薬剤を送達するための方法も提供する。いくつかの実施形態において、この方法は、細胞傷害性薬剤または診断薬剤に結合体化された本発明の抗体、ポリペプチドまたはヌクレオチドを細胞と接触させる工程を含む。このような結合体は、上で記述する。
【０４２６】
（アフィニティー精製）
いくつかの実施形態において、本発明は、アフィニティー精製のための方法および組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、当該分野で周知の方法を使用してＳｅｐｈａｄｅｘ樹脂または濾紙などの固相に固定される。固定された抗体を、精製されるべき腫瘍細胞抗原タンパク質（またはそのフラグメント）を含むサンプルと接触させ、その後、その支持体を、固定された抗体と結合した腫瘍細胞抗原タンパク質以外のサンプル中の実質的にすべての材料を除去する適当な溶媒で洗浄する。最終的に、支持体を、腫瘍細胞抗原タンパク質を抗体から遊離するグリシン緩衝液，ｐＨ５．０などの別の適当な溶媒で洗浄する。
【実施例】
【０４２７】
以下の実施例は、本発明の作製および使用の方法についての完全な開示および説明を当業者に提供するために記載されており、そして本発明者らの発明の関する範囲を限定することを意図せず、また、以下の実験が、実施した実験すべてであり、かつ実施した実験のみであることを表すことを意図していない。使用される数値（例えば、量、温度など）に関して正確性を確保する努力がなされたが、いくつかの実験誤差および偏差が考慮されるべきである。他で特に示されない限り、部は、重量部であり、分子量は、重量平均分子量であり、温度は、摂氏度であり、そして圧力は、大気圧またはその付近である。
【０４２８】
（実施例１：マウスにおける腫瘍誘導後の挿入部位の解析）
マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）またはマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）のいずれかを使用してマウスにおいて腫瘍を誘導した。ＭＭＴＶは、乳房腺癌を引き起こし、また、ＭＬＶは、種々の異なる造血器悪性腫瘍（主にＴ細胞リンパ腫またはＢ細胞リンパ腫）を引き起こす。
【０４２９】
３つの感染経路：（１）新生仔への精製ウイルス調製物の注射、（２）保育中の乳汁によるウイルスの感染、および（３）生殖細胞系列を介した病原性プロウイルス（Ａｋｖｒ１および／またはＭｔｖ２）の遺伝的感染を使用した。罹患マウスの各々に存在する悪性腫瘍のタイプを、ホルマリン固定し、パラフィンに包埋したバイオプシーサンプルのＨ＆Ｅ染色薄切片の組織学的解析によって判定した。各腫瘍においてクローン的に組み込まれたすべてのプロウイルスに隣接する宿主ＤＮＡ配列を、２つのウイルス特異的プライマーおよび制限酵素消化された腫瘍ＤＮＡに連結された４０ｂｐの二本鎖ＤＮＡアンカーに特異的な２つのプライマーを使用したネステッドアンカーＰＣＲによって回収した。宿主／ウイルス連結フラグメントを表す増幅されたバンドを、クローニングし、そして配列決定した。次いで、宿主配列（「タグ」とよばれる）を使用して、マウスゲノム配列をＢＬＡＳＴ解析した。
【０４３０】
次いで、抽出されたマウスゲノムタグ配列を、ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇからダウンロードしたドラフトマウスゲノムアセンブリ（ＮＣＢＩ  ｍ３３公開）にマッピングした。４５ｂｐ以上のタグ配列を、以下のパラメータ設定：−ｔ＝１０  −Ｘ＝１ｅ−１０  −ｖ＝２０  −ｂ＝２０−Ｒで、Ｔｉｍｅｌｏｇｉｃの促進ｂｌａｓｔアルゴリズムであるｔｅｒａｂｌａｓｔを使用してそのゲノムにマッピングした。短いタグ配列（＜４５ｂｐ）を、以下のパラメータ設定：−ｅ１０００  −ＦＦ−Ｗ９  −ｖ２０  −ｂ２０のＮＣＢＩ  ｂｌａｓｔａｌｌアルゴリズムによってそのゲノムにマッピングした。次いで、合わせたｂｌａｓｔ結果を、代表的には、タグ配列長の少なくとも３０％に亘って低くとも９５％同一性が求められる各タグ配列について、ベストマッチについて選別した。特有の染色体位置を有するタグを、ジーンコールプロセス（ｇｅｎｅ  ｃａｌｌ  ｐｒｏｃｅｓｓ）に進めた。
【０４３１】
個別のタグについて、３つのパラメータ：（１）マウス染色体配置、（２）組み込みが生じた塩基対座標、および（３）プロウイルス配向を記録した。この情報を使用して、解析されたすべての腫瘍由来の利用可能なタグのすべてをマウスゲノムにマッピングした。プロウイルス挿入変異の癌原遺伝子標的を同定するために、組み込み体の各クラスターにおけるプロウイルス組み込みパターンを、トランスクリプトーム中の既知のすべての遺伝子の位置と比較して解析した。２つ以上の独立した腫瘍において同じ遺伝子座にプロウイルスが存在することは、癌原遺伝子が、プロウイルスの組み込み部位またはそれに非常に近い位置に存在するという明白な証拠である。これは、ランダムな組み込みにはそのゲノムが大きすぎて、観察可能なクラスター形成が成されないからである。検出されたいずれのクラスター形成も、腫瘍形成の間の生物学的選択についての明確な証拠を提供する。プロウイルス挿入変異の癌原遺伝子標的のヒトオルソログを同定するために、マウスゲノムとヒトゲノムのシンテニー領域の比較解析を行った。
【０４３２】
Ｅｎｓｅｍｂｌマウス遺伝子モデルならびにＵＣＳＣ  ｒｅｆｓｅｑおよび既知遺伝子セットを使用して、マウストランスクリプトームを表した。上に記載したように、タグ染色体位置および隣接する遺伝子に対するプロウイルスの挿入配向性に基づいて、各タグを最も近い遺伝子に割り当てた。遺伝子に連結されたプロウイルスの挿入を、Ｉ型挿入またはＩＩ型挿入の２つのカテゴリーに分類した。その挿入が、遺伝子座（イントロンまたはエキソンのいずれか）内であった場合、その挿入は、ＩＩ型挿入と呼ばれた。そうでない場合、その挿入が、これらのさらなる基準：１）挿入が、遺伝子座の外側であるが、その遺伝子の開始点または終点から１００キロベース以内であった、２）上流の挿入について、プロウイルスの配向性がその遺伝子と反対であった、および３）下流の挿入について、プロウイルスの配向性が、その遺伝子と同じであった、を満たせば、その挿入は、Ｉ型挿入と呼ばれた。このプロセスにおいて発見された遺伝子または転写物に、ＮＣＢＩ  ＬｏｃＵＳＬｉｎｋアノテーションからの遺伝子座ＩＤを割り当てた。少なくとも２つのウイルス挿入断片を含む特有のマウス遺伝子座ＩＤが、現在のＯｎｃｏｇｅｎｏｍｅＴＭを構成している。
【０４３３】
ＯｎｃｏｇｅｎｏｍｅＴＭにおけるマウス遺伝子にヒトオルソログを割り当てるために、ＭＧＩのマウス対ヒトのオルソログアノテーションおよびＮＣＢＩのｈｏｍｏｌｏｇｅｎｅアノテーションを使用した。オルソログアノテーションに矛盾または欠如が存在するときは、ＵＣＳＣまたはＥｎｓｅｍｂｌゲノムブラウザを使用してマウスゲノムとヒトゲノムのシンテニー領域の比較解析を行った。オルソロガスなヒト遺伝子に、ＮＣＢＩ  ＬｏｃＵＳＬｉｎｋからのＬｏｃＵＳＩｄを割り当て、そしてこれらのヒト遺伝子を、本明細書中に記載するような癌治療薬に対する標的候補としてさらに評価した。
【０４３４】
（実施例２：定量的ＲＴ−ＰＣＲ解析：比較ＣＴ法
ＲＴ−ＰＣＲ解析を、４つの主な工程：１）主な正常組織および腫瘍組織からＲＮＡを精製する工程；２）精製した組織ＲＮＡからリアルタイム定量的ＰＣＲ用にファーストストランドｃＤＮＡを生成する工程；３）ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した遺伝子発現についてのＲＴ−ＰＣＲを３８４ウェル反応用に設定する工程；４）統計的な方法によってＲＴ−ＰＣＲデータを解析して、癌において差次的に発現（上方調節）された遺伝子を同定する工程に分けた。
【０４３５】
これらの工程を、以下でさらに詳細に説明する。
【０４３６】
Ａ）主な正常組織および腫瘍組織からのＲＮＡ精製
この工程は、Ｑｉａｇｅｎ  ＲＮｅａｓｙミニキットＣＡＴ＃７４１０６を使用して行った。１５０μＬの溶出緩衝液を使用した場合、組織チャック（ｃｈｕｃｋｓ）から代表的には最終濃度が約２００ｎｇ／μＬとなる約３０μｇのＲＮＡが得られた。
【０４３７】
Ｑｉａｇｅｎのプロトコールを使用してＲＮＡを抽出した後、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅ製のＲｉｂｏｇｒｅｅｎ定量化試薬を使用して、製造者のプロトコールに従って、ＲＮＡの収量および濃度を測定した。
【０４３８】
抽出したＲＮＡの完全性を、ＥｔＢｒ染色したアガロースゲル上で評価し、２８Ｓおよび１８Ｓバンドが等しい強度を有するか否かで判定した。さらに、サンプルバンドは、くっきりし、そして認識可能であるべきである。バンドが認識不可能であるか、またはゲル全体にスメアであった場合、サンプルを廃棄した。
【０４３９】
抽出したＲＮＡの完全性を、製造者のプロトコールに従って、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００を使用してさらに評価した。Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ／「Ｌａｂ−Ｏｎ−Ａ−Ｃｈｉｐ」は、ＲＮＡサンプルの電気泳動図を生成するマイクロフルイディクスシステムである。１８Ｓバンドと２８Ｓバンドとの比およびベースラインの滑らかさを観察することによって、ＲＮＡ分解のレベルを判定した。１未満の２８Ｓ：１８Ｓ比を有するサンプルは、廃棄した。
【０４４０】
ＲＮＡサンプルを、ＲＴ−ＰＣＲで調べて、抽出の間のゲノムＤＮＡ混入のレベルを判定した。一般に、逆転写酵素の存在下および不在下において目的の遺伝子の検証されたＴａｑｍａｎプライマーおよびプローブを使用してＲＮＡサンプルを直接調べた。３８４ウェル形式（１ウェルあたり５μＬの容量）において４つ組で１反応あたり１２．５ｎｇのＲＮＡを使用した（２μＬのＲＮＡ＋３μＬのＲＴ＋またはＲＴ−のマスターミックス）。以下の温度サイクルパラメータを使用した（２ステップＰＣＲ）：
【０４４１】
【表２】
2008535853.tif 000003
ＲＮＡサンプルには、ＱＣで合格であるとみなされるために以下の基準を求めた。
ａ）合格のためにはＣｔの差が７Ｃｔ以上でなければならない。少しでも低い場合は「不合格」であり、再精製しなければならない。
ｂ）合格するためには、平均サンプルＣｔが、平均（すべてのサンプル）から２ＳＴＤＥＶ（すべてのサンプル）以内でなければならない。
ｃ）サンプル群の域外値を見つけるための条件付のフォーマットを使用しなければならない。＊ＲＮＡパネル上の域外値を含んではならない。
ｄ）ＲＴ増幅または（Ｃｔ）は、３４サイクル超でなければならない。そうでない場合は、「不合格」である。
ｅ）ヒトゲノムＤＮＡは、２３〜２７．６Ｃｔでなければならない。
【０４４２】
サンプルがすべてのＱＣ工程（ゲル泳動、ＡｇｉｌｅｎｔおよびゲノムＤＮＡについてのＲＴ−ＰＣＲ）を合格した場合のみ、ＲＮＡでパネルを構築した。ｃＤＮＡ合成に向けてＲＮＡを整列させた。一般に、最低でも１０の正常型および２０の腫瘍が、各腫瘍型について必要とされた（すなわち、組織型が扁平上皮癌および腺癌を有し得る場合、各腫瘍型の２０のサンプルを使用しなければならない（同じ１０の正常型を各腫瘍型について使用する））。一般に、１パネルあたり１１μｇのＲＮＡが必要であった。少なくとも２μｇの誤差は許容されるべきである；すなわち、データベース中のサンプルは、１３μｇを有していなければならない。さもないと、ｃＤＮＡアレイの間に漏れ出てしまう。サンプル番号は、Ａ１ウェルから開始して、９６ウェル形式の縦列の下に向かって昇順で配置した。４つのコントロールサンプル：ｈＦＢ、ｈｒＲＮＡ、ｈｇＤＮＡおよび水（この順序で）を、パネルの最後に配置する。さらなるＮＴＣコントロール（水）を、Ａ２ウェルに配置した。コントロールのすべてのロット番号を記録した。ＲＮＡサンプルを、ヌクレアーゼを含まない水に１００ｎｇ／μＬに基準化した。１１μｇのＲＮＡを使用し、総容積は１１０μＬであった。注意：必要なＲＮＡの濃度は、使用した特定のｃＤＮＡ合成キットに応じて変化し得る。１００ｎｇ／μＬ未満のＲＮＡサンプルを純粋なままロードした。基準化が完了した後、ブロックを、ヒートシーラーを使用して、１７５℃で２秒間、容易に剥がれる箔で密封した。そのブロックを目で見て点検し、箔が完全に封着していることを確認した。次いで、手動のシーラーを箔の上に走らせた。ｃＤＮＡ合成のための準備が整った状態でブロックを−８０℃冷凍庫に保存した。
【０４４３】
Ｂ）リアルタイム定量的ＰＣＲにむけて、精製された組織ＲＮＡからのファーストストランドｃＤＮＡの生成：
以下の反応混合物を予め調製した：
【０４４４】
【表３】
2008535853.tif 000004
９６ウェルブロック中に整列されたＲＮＡ（１１μｇ）をＨｙｄｒａを使用して娘プレートに分配して、９６ウェルプレート１枚あたり１μｇのｃＤＮＡ合成を作製した。これらの娘プレートの各々を使用して、以下の温度サイクルパラメータでＲＴ反応を開始した：
【０４４５】
【表４】
2008535853.tif 000005
温度サイクルが完了した時点で、プレートをサイクラーから取り出し、Ｈｙｄｒａピペットを使用して、６０μＬの０．０１６Ｍ  ＥＤＴＡ溶液をプレートのｃＤＮＡの各ウェルに加えた。各ｃＤＮＡプレート（わずか１０プレート）を、貯蔵のために２ｍＬの９６ウェルブロックに蓄えた。ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した遺伝子発現のためのＲＴ−ＰＣＲを、３８４ウェル反応用に調整した：
（カクテルの作製）
カクテルを以下のとおり作製した：
１．このプロトコールは、１パネルにつき９６サンプル分の混合物を作製するために作られたものである；これは、パネル全体で４７０ｒｘｎである。
２．ＦＲＴ（順方向プライマーおよび逆方向プライマーならびに標的プローブ）ミックスを−２０℃から取り出し、４℃冷蔵庫において解凍した。
３．作製する最初の１０のＦＲＴを取り出し、冷えた金属ラックまたは氷上のラックに置いた。
４．新しい１．５ｍＬ混合物チューブのキャップに標的番号を標識し、合成の日付（ＦＲＴチューブ上、合成の日付がないものは本日の日付を標識する）および研究者のイニシャルを側面に標識し、各ＦＲＴについて１本のチューブを作製した。
ＲＴチューブおよびカクテルチューブを順番に、かつラックから取り出しやすいように配置した。
ピペッティング時には速度６でｐ２００を使用した。吸引は、液体の表面で行い、チューブの内側の上部に近いところで分配した。吸引／分配工程の各々の後にチップを交換した。
すべてのカクテルチューブを開け、９４μＬのＡｍｂｉｏｎ水（毎日新鮮なものが注がれている）を加え、そしてチューブを閉めた。
ＦＲＴを１５回パルスボルテックスして、そして１０秒間遠心した。１４１μＬのＦＲＴを１つずつ、対応する混合物チューブに加えた。
最初の１０個が完了したら、ＦＲＴを直ちに−２０℃に戻した（容量が１０μＬ未満の場合は廃棄した）。
実施の準備が整うまで、カクテルを４℃（１日以上待つ場合は−２０℃）で保存した。
カクテルを実施する準備が整ったとき、マスターミックスを混合物に加えた（工程２．７を参照のこと）。
７．すべてのカクテルが作製されるまで、工程１．３〜１．６．５を次の１０の混合物について繰り返した。
【０４４６】
【表５】
2008535853.tif 000006
整列させた９６ウェルプレートからの２μＬのｃＤＮＡを３μＬのＴａｑｍａｎマスターミックスに加えて、５μＬのＱＰＣＲ反応物を作製した。
【０４４７】
各遺伝子についてのＱＰＣＲで使用されるプライマーおよびプローブを表２に示した。
【０４４８】
（表２）
【０４４９】
【表６】
2008535853.tif 000007
【０４５０】
【表７】
2008535853.tif 000008
【０４５１】
【表８】
2008535853.tif 000009
【０４５２】
【表９】
2008535853.tif 000010
Ｄ）統計学的方法によってＲＴ−ＰＣＲデータを解析し、癌において差次的に発現（上方調節）された遺伝子の同定：
正常サンプルと腫瘍サンプルの両方における標的遺伝子の発現レベルを、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を使用して定量的ＲＴ−ＰＣＲにより測定した。この方法は、開始時の標的鋳型のコピー数を開始時の参照（基準化物）ハウスキーパー遺伝子のコピー数と比較した定量化に基づく（Ｐｒｅ−Ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ  ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ａｓｓａｙ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ，Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，２００１）。各ＰＣＲサイクルに伴うＤＮＡ産物の蓄積は、単位複製配列効率および開始時の鋳型濃度に関連する。従って、標的と基準化物の両方の増幅効率が類似したものでなければならない。開始時の鋳型コピー数およびＤＮＡ増幅効率に依存する閾値サイクル（ＣＴ）は、ＰＣＲ産物増殖が指数関数的であるＰＣＲサイクルのことである。各アッセイを４つ組で行った；従って、所与のサンプルにおける標的遺伝子について４つのＣＴ値が得られた。同時に、ハウスキーパー遺伝子の群の発現レベルも同じ様式で測定した。その４個の四つ組値内の域外値を検出し、元の４つの四つ組値の標準偏差と比較して、残りの３つの三つ組値の標準偏差が３０％以下である場合、その域外値を排除する。残りのＣＴ値（ＣｔまたはＣｎと命名される）の平均を計算し、以下の計算に使用した。
【０４５３】
（データ基準化）
基準化に向けて、解析に利用可能なハウスキーパーのセット（５〜８個の遺伝子）に基づいた「普遍的基準化物（ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ｎｏｒｍａｌｉｚｅｒ）」を開発した。簡潔には、ハウスキーパー遺伝子を、組織サンプルのパネル全体に亘って発現レベルのバリエーションに従って重み付けした。同じ組織型のｎ個のサンプルについて、ｋ番目のハウスキーパー遺伝子についての重み（ｗｅｉｇｈｔ；ｗ）を、以下の式を用いて計算した：
【０４５４】
【表１０】
2008535853.tif 000011
式中、Ｓｋは、パネルにおける同じ組織型のすべてのサンプルにおけるｋ番目のハウスキーパー遺伝子の標準偏差を表す。ｉ番目のサンプルにおけるすべてのハウスキーパー遺伝子の平均発現（Ｍｉ）を、重み付き最小二乗法を使用して推定し、そしてＭｉとすべてのＭｉの平均との差を、ｉ番目のサンプルについての基準化因子Ｎｉとして計算する（等式２）。次いで、ｉ番目のサンプルにおける標的遺伝子の平均Ｃｔ値を、基準化因子Ｎｉを引くことによって基準化した。上記の基準化方法の実施は、同じセットのサンプルから生成された、ＲＴ−ＰＣＲデータとマイクロアレイデータとの間の相関性を比較することによって確証された：上記の基準化方法を適用した後、ＲＴ−ＰＣＲデータとマイクロアレイデータとの間に高い相関性が観察された。
【０４５５】
【表１１】
2008535853.tif 000012
（有意に調節不全である遺伝子の同定）
ある遺伝子が、腫瘍サンプル対正常サンプルにおいて有意に上方調節されるか否かを判定するために、２つの統計値、ｔ（等式３）および受信者動作特性（ＲＯＣ；等式４）を計算した：
【０４５６】
【表１２】
2008535853.tif 000013
式中、
【０４５７】
【表１３】
2008535853.tif 000014
Ｓｔ、Ｓｎは、腫瘍群および正常コントロール群の標準偏差であり、そしてｎｔ、ｎｎは、解析に使用された腫瘍サンプルおよび正常サンプルの数である。ｔの自由度ｖ’は、以下のとおりに計算される：
【０４５８】
【表１４】
2008535853.tif 000015
ＲＯＣの等式において、ｔ０は、正常集団における許容される偽陽性率であり、本発明者らの研究において０．１と設定される。従って、Ｃｎ（ｔ０）は、正常サンプルにおけるＣｎの１０パーセンタイルであり、ＲＯＣ（０．１）は、正常サンプルの１０パーセンタイルより低いＣｔを有する腫瘍サンプルのパーセンテージである。ｔ統計値は、正常サンプルと比較して腫瘍サンプルにおいてより高い平均発現レベルを有する遺伝子を同定するが、ＲＯＣ統計値は、腫瘍のサブセットにおいて高い発現レベルのみを示す遺伝子を同定するためにより適している。ＲＯＣ統計値を使用する理論的解釈は、Ｐｅｐｅ，ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ  ５９，１３３−１４２に詳細に記述されている。
帰無仮説下のｔの分布は、正規分布仮定を回避する順列によって経験的に推定される。ここで、本発明者らは、正常または腫瘍の標識をサンプルにランダムに割り当て、そしてｔ統計値（ｔｐ）を２０００回、上記のように計算する。そして、ｐ値を、真のサンプルのｔより小さいｔｐの数値を２０００で割って計算した。ＲＯＣのばらつきにアクセスするために、サンプルを２０００回ブートストラップし、各回において、ブートストラップＲＯＣ（ＲＯＣｂ）を上記のように計算した。２０００個のＲＯＣｂの９７．５％が、正常集団について本発明者らが設定した許容できる偽陽性率である０．１より大きい場合、真のサンプルからのＲＯＣを、統計的に有意であるとみなした。有意性を判定するための閾値を、ＲＯＣについて＞２０％の発生割合に設定し、Ｔ検定のＰ値については＜０．０５に設定した。
【０４５９】
上記の方法論を適用することにより、正常セットとサンプルセットとの間の３つの仮説的な分布をモデル化することが可能になった（図２）。
【０４６０】
シナリオＩにおいては、２つのサンプル集団（コントロールおよび疾患）の間に本質的に完全な分離が存在した。ＲＯＣとｔ検定スコアの両方で、このシナリオは高い有意性を有する。シナリオＩＩにおいては、サンプルは、重複した分離を示し、疾患サンプルのサブセットだけがコントロール（正常）集団と異なる。ＲＯＣ法だけが、このシナリオを有意であるとスコアする。シナリオＩＩＩにおいては、疾患サンプル集団は、コントロール集団と全体的に重複する。シナリオＩおよびＩＩとは対照的に、ｔ検定法だけがこのシナリオを有意であるとスコアする。要するに、両方の統計学的方法を組み合わせることにより、サンプル集団内の標的遺伝子の発現パターンを正確に特徴付けることが可能になる。これらの試験結果を表３に表す。
【０４６１】
【表１５】
2008535853.tif 000016
【０４６２】
【表１６】
2008535853.tif 000017
【０４６３】
【表１７】
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【０４６４】
【表１８】
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【０４６５】
【表１９】
2008535853.tif 000020
（実施例３：ヒトの癌細胞および癌組織における癌関連配列の検出）
前立腺組織および乳癌組織ならびに他のヒト癌組織、ヒト結腸、非癌性の前立腺を含む正常ヒト組織からのＤＮＡならびに他のヒト細胞株からのＤＮＡを、Ｄｅｌｌｉ  Ｂｏｖｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９８６，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４６：６３３３−６３３８）の手順に従って抽出した。そのＤＮＡを、０．０５Ｍ  ＴｒｉｓＨＣｌ緩衝液，ｐＨ７．８および０．１ｍＭ  ＥＤＴＡを含む溶液に再懸濁し、回収されたＤＮＡの量を、Ｈｏｅｃｈｓｔ３３２５８色素を使用してマイクロフルオロメトリーによって測定した。Ｃｅｓａｒｏｎｅ，Ｃ．ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １００：１８８−１９７（１９７９）。
【０４６６】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を、緩衝液、Ｍｇ２＋およびヌクレオチドの濃度に関して、製造者（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  Ｃｅｔｕｓ）が推奨する条件に従ってＴａｑポリメラーゼを使用して行う。９４℃で３分間変性し、続いて、９４℃１．５分、５０℃２分および７２℃３分を３５または５０サイクルという温度サイクルをＤＮＡサイクラーにおいて行う。癌関連遺伝子の選択された領域を増幅するＰＣＲの能力を、ポジティブ鋳型としてクローニングされた癌関連ポリヌクレオチドを使用することによって検定した。最適なＭｇ２＋濃度、プライマー濃度および必要な様々なサイクル温度をこれらの鋳型を用いて決定する。製造者が推奨するマスターミックスを使用する。マスターミックス成分の汚染の可能性を検出するために、鋳型を含まない反応物を常に試験した。
【０４６７】
サザンブロッティングおよびハイブリダイゼーションを、ランダムプライマー手順（Ｆｅｉｎｂｅｒｇ，Ａ．Ｐ．，ｅｔ  ａｌ．，１９８３，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１３２：６−１３）によって標識されたクローニングされた配列を使用してＳｏｕｔｈｅｒｎ，Ｅ．Ｍ．，（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．９８：５０３−５１７，１９７５）に記載されているとおりに行う。プレハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーションを、６×ＳＳＰＥ、５％Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、１００μｇ／ｍＬ変性サケ精巣ＤＮＡを含む溶液中で行い、４２℃で１８時間インキュベーションし、続いて、室温および３７℃にて２×ＳＳＣおよび０．５％ＳＤＳで洗浄し、最後に、６８℃にて３０分、０．５％ＳＤＳを含む０．１×ＳＳＣで洗浄する（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂ．Ｐｒｅｓｓ）。パラフィン包埋組織切片については、２５０ｂｐ配列を検出するために設計されたプライマーを使用して、Ｗｒｉｇｈｔ  ａｎｄ  Ｍａｎｏｓ（１９９０，“ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ”，Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，ｐｐ．１５３−１５８）に記載されている条件に従う。
【０４６８】
（実施例４：宿主細胞におけるクローニングされたポリヌクレオチドの発現）
癌関連遺伝子のタンパク質産物を研究するために、癌関連ＤＮＡ由来の制限酵素フラグメントを発現ベクターｐＭＴ２にクローニングし（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ  ｐｐ  １６．１７−１６．２２（１９８９））、１０％ＦＣＳを補充したＤＭＥＭ中で生育されるＣＯＳ細胞にトランスフェクトする。リン酸カルシウム法（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ（１９８９）ｐｐ．１６．３２−１６．４０，前出）を使用してトランスフェクションを行い、トランスフェクションの４８時間後に、トランスフェクトされたＣＯＳ細胞とトランスフェクトしていないＣＯＳ細胞の両方から細胞可溶化物を調製する。細胞可溶化物を、抗ペプチド抗体を使用した免疫ブロット法によって解析する。
【０４６９】
免疫ブロット法実験において、細胞可溶化物の調製および電気泳動を、標準的な手順に従って行う。タンパク質濃度を、ＢｉｏＲａｄタンパク質アッセイ溶液を使用して測定する。ニトロセルロースへのセミドライの電気泳動的転写を行った後、その膜を５％粉乳を含む、５００ｍＭ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ，ｐＨ７．５、０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０（ＴＴＢＳ）でブロッキングする。ＴＴＢＳ中で洗浄し、２次抗体（Ａｍｅｒｓｈａｍ）と共にインキュベーションした後、製造者が記載するように高感度化学発光（ｅｎｈａｎｃｅｄ  ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｃｅ；ＥＣＬ）プロトコール（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を行うことにより、検出を促進する。
【０４７０】
（実施例５：ポリペプチドに対する抗体の作製）
癌関連遺伝子に特有のポリペプチドを合成するか、または細菌の発現系もしくは他の（例えば、酵母、バキュロウイルス）発現系から単離し、ｍ−マレイミド安息香酸Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＭＢＳ）（Ｐｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．）を有するウサギ血清アルブミン（ＲＳＡ）と結合体化する。これらのペプチドによる免疫プロトコールを標準的な方法に従って行う。始めに、免疫前にウサギの前飼育（ｐｒｅ−ｂｌｅｅｄ）を行う。最初の免疫は、フロイント完全アジュバントおよび５００μｇの結合体化ペプチドまたは１００μｇの精製ペプチドを含む。その後のすべての免疫は、その前の注射の４週間後に行い、同量のタンパク質とともにフロイント不完全アジュバントを含む。免疫後、７〜１０日間飼育（Ｂｌｅｅｄｓ）を続ける。
【０４７１】
抗体のアフィニティー精製のために、対応する癌関連ポリペプチドを、ＭＢＳを有するＲＳＡに結合体化し、そしてＣＮＢｒ活性化セファロース（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）に結合する。抗血清を１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，ｐＨ７．５中に１０倍希釈し、アフィニティーマトリックスと一晩インキュベートする。洗浄後、結合した抗体を１００ｍＭ  グリシン，ｐＨ２．５で樹脂から溶出する。
【０４７２】
（実施例６：癌関連ポリペプチドに対するモノクローナル抗体の作製）
非変性アジュバント（Ｒｉｂｉ，Ｒ７３０，Ｃｏｒｉｘａ，Ｈａｍｉｌｔｏｎ  ＭＴ）を４ｍＬのリン酸緩衝食塩水に再水和する。次いで、１００μＬのこの再水和アジュバントを４００μＬのハンクス平衡塩類溶液で希釈し、次に、これを免疫に使用する細胞ペレットと穏やかに混合する。約５００μｇの結合体化ペプチドまたは１００μｇの精製ペプチドおよびフロイント完全アジュバントを、１週間に１回、Ｂａｌｂ／ｃマウスに足蹠を介して注射した。毎週の注射の６週間後に、少量の血液を各免疫動物の尾から採取して、癌関連ポリペプチドに対する抗体の力価を、ＦＡＣＳ解析を使用して検査する。力価が、少なくとも１：２０００に達したとき、そのマウスをＣＯ２チャンバー内で屠殺し、続いて頸椎脱臼を行う。リンパ節をハイブリドーマ調製に向けて回収する。最も力価の高いマウス由来のリンパ球を、３５％ポリエチレングリコール４０００を使用してマウスミエローマ系統Ｘ６３−Ａｇ８．６５３と融合する。融合の１０日後に、ハイブリドーマ上清を、ＣＡＰ特異的モノクローナル抗体の存在について蛍光励起細胞分取（ＦＡＣＳ）によってスクリーニングする。各ハイブリドーマからの条件化培地を、ＰＣ３細胞、Ｃｏｌｏ−２０５細胞、ＬｎＣａｐ細胞またはＰａｎｃ−１細胞の合わせたアリコートと共に３０分間インキュベートする。インキュベーション後、細胞サンプルを洗浄し、０．１ｍＬの希釈剤に再懸濁し、そして１μｇ／ｍＬのＦＩＴＣ結合体化ヤギ抗マウスＩｇＧのＦ（ａｂ’）２フラグメントとともに４℃で３０分間インキュベートする。その細胞を洗浄し、０．５ｍＬのＦＡＣＳ希釈剤に再懸濁し、そしてＦＡＣＳｃａｎ細胞解析装置（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ；Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，ＣＡ）を使用して解析する。ＦＡＣＳによって評価されるように、癌関連ポリペプチドを発現する１以上の細胞株の表面への結合に基づいて、ハイブリドーマクローンをさらなる増殖、クローニングおよび特徴づけのために選別する。抗原と結合し、ｍＡｂ癌関連とよばれるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを、Ａｇ−ＣＡ．ｘと命名し、そしてＡｇ−ＣＡ．ｘ．１と命名される、その抗原におけるエピトープを選抜する。
【０４７３】
（実施例７：癌関連抗原関連抗原を検出するためのＥＬＩＳＡアッセイ）
組換えで作製された癌関連抗原に特異的に結合する抗体について、血液サンプルを試験するために、以下の手順を使用する。組換え癌関連タンパク質を精製した後、その組換えタンパク質を５μｇ／ｍＬ（５００ｎｇ／１００μＬ）の濃度にＰＢＳで希釈する。１００マイクロリットルの希釈抗原溶液を、９６ウェルＩｍｍｕｌｏｎ  １プレート（Ｄｙｎａｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｈａｎｔｉｌｌｙ，Ｖａ．）の各ウェルに加え、次いで、そのプレートを室温で１時間または４℃で一晩インキュベートし、そして０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０のＰＢＳ溶液で３回洗浄する。抗体の非特異的結合を低下させるためのブロッキングを、ＰＢＳ／Ｔｗｅｅｎ２０中の１％ウシ血清アルブミン溶液２００μＬを各ウェルに加えて行い、１時間インキュベートする。ブロッキング溶液を吸引した後、ブロッキング溶液中に１／１６〜１／２０４８の範囲で希釈した１次抗体溶液（抗凝固処理全血、血漿または血清）１００μＬを加え、そして室温で１時間または４℃で一晩インキュベートした。次いで、ウェルを３回洗浄し、西洋ワサビペルオキシダーゼ（Ｏｒｇａｎｏｎ  Ｔｅｋｎｉｋａ，Ｄｕｒｈａｍ，Ｎ．Ｃ．）と結合体化したヤギ抗ヒトＩｇＧ抗体（ＰＢＳ／Ｔｗｅｅｎ２０中に１／５００または１／１０００希釈）１００μＬ、ｏ−フェニレンジアミン二塩酸塩（ＯＰＤ，Ｓｉｇｍａ）溶液１００μＬを各ウェルに加え、そして５〜１５分間インキュベートする。このＯＰＤ溶液は、５ｍｇのＯＰＤ錠剤を５０ｍＬの１％メタノール水溶液に溶解し、使用の直前に５０μＬの３０％Ｈ２Ｏ２を加えて調製する。２５μＬの４Ｍ  Ｈ２ＳＯ４を加えることによって反応を停止する。４９０ｎｍの吸光度をマイクロプレートリーダー（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）で読む。
【０４７４】
（実施例８：癌細胞表面上の癌関連抗原の同定および特徴づけ）
癌細胞調製物の濃縮細胞容積が約２５μＬの細胞ペレットを、まず０．５ｍＬの水に細胞を希釈し、続いて凍結解凍を３回繰り返すことにより溶解する。その溶液を１４，０００ｒｐｍで遠心する。細胞膜フラグメントを含む得られたペレットを、５０μＬのＳＤＳサンプル緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中に再懸濁する。このサンプルを５分間８０℃で加熱し、次いで１４，０００ｒｐｍで２分間遠心することにより、いかなる不溶性材料も除去する。
【０４７５】
このサンプルを、製造者の指示に従って、Ｔｒｉｓ−グリシンＳＤＳ中の４〜２０％ポリアクリルアミド勾配ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；Ｃａｒｌｓｂａｄ  ＣＡ）を使用したウエスタンブロットによって解析する。１０マイクロリットルの膜サンプルをポリアクリルアミドゲルの１レーンにアプライする。別個の１０μＬのサンプルを、２μＬのジチオトレイトール（１００ｍＭ）を加えて、２分間８０℃で加熱して還元し、そして別のレーンにロードする。着色分子量マーカーＳｅｅＢｌｕｅ  Ｐｌｕｓ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、ゲル上の分子量を評価する。１４．４ｇ／１のグリシン、３ｇ／１のトリス塩基、１０％メタノールおよび０．０５％ＳＤＳの転写緩衝液を使用してゲルタンパク質をニトロセルロース膜に転写する。その膜をブロッキングし、ＣＡＰ特異的モノクローナル抗体（０．５μｇ／ｍＬの濃度）で探索し、そしてＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ＷｅｓｔｅｒｎＢｒｅｅｚｅ  Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ  Ｋｉｔ−ＡｎｔｉＭｏｕｓｅを使用し、製造者の指示に従って現像する。腫瘍細胞膜サンプルの還元サンプルにおいて、対応する癌関連タンパク質の予想した分子量の約１０％以内の分子量に移動する顕著なバンドが観察される。
【０４７６】
（実施例９：ワクチンの調製）
本発明は、悪性細胞によって産生されるか、または悪性細胞に関連する抗原として働く、本発明の癌関連ポリペプチドを使用して、患者において癌関連ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答を刺激する方法にも関する。本発明のこの態様は、ヒトにおける、癌細胞または癌関連ポリヌクレオチドおよび癌関連ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答を刺激する方法を提供する。この方法は、（ａ）ヒト（ｈｕｍａ）癌関連タンパク質のアミノ酸配列または（ｂ）ヒト内在性レトロウイルス癌関連タンパク質のアミノ酸配列を含むポリペプチドのムテインもしくは改変体を含む免疫原性量のポリペプチドをヒトに投与する工程を含む。
【０４７７】
（実施例１０：治療薬を試験するための手段としてポリペプチドを発現するトランスジェニック動物の作製）
癌関連核酸を使用して、前立腺腫瘍関連遺伝子の機能もしくは調節を研究するために、遺伝的に改変された非ヒト動物を作製するか、または細胞株におけるそれらの部位特異的遺伝子改変を行うか、あるいは前立腺癌を含む疾患の動物モデルを構築する。用語「トランスジェニック」とは、外来性癌関連遺伝子の配列が改変タンパク質を生成するように変更され得る場合に宿主細胞に安定的に導入されたその遺伝子を有する遺伝的に改変された動物、またはレポーター遺伝子に作動可能に連結された外来性癌関連ＬＴＲプロモーターを有する遺伝的に改変された動物を包含すると解釈される。トランスジェニック動物は、そのゲノムにランダムに組み込まれた核酸構築物を介して作製され得る。安定な組込みのためのベクターとしては、プラスミド、レトロウイルスおよび他の動物ウイルス、ＹＡＣなどが挙げられる。興味深いのは、トランスジェニック哺乳動物、例えば、ウシ、ブタ、ヤギ、ウマなどであり、特に、げっ歯類、例えば、ラット、マウスなどである。
【０４７８】
改変された細胞または動物は、癌関連遺伝子の機能、調節の研究に有用である。例えば、一連の小さい欠失および／または置換を、癌関連遺伝子内で作製することにより、腫瘍形成における様々な遺伝子の役割を決定し得る。特定の目的の構築物としては、癌関連遺伝子発現を阻止するアンチセンス構築物、ドミナントネガティブ癌関連遺伝子変異の発現および癌関連遺伝子の過剰発現が挙げられるが、これらに限定されない。細胞または組織における癌関連遺伝子またはそれらの改変体の発現が、正常に発現されないか、または発生の異常な回数で発現されるとき、それらの発現が提供される。さらに、癌関連タンパク質が他の方法で正常に生成されない細胞において、癌関連由来のタンパク質の発現を提供することにより、細胞の挙動の変化が誘導され得る。
【０４７９】
ランダムな組み込み用のＤＮＡ構築物は、組換えを媒介する相同領域を含む必要はない。簡便のため、ポジティブ選択およびネガティブ選択のためのマーカーを含む。哺乳動物細胞をトランスフェクトするための様々な技術については、Ｋｅｏｗｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５：５２７−５３７（１９９０）を参照のこと。
【０４８０】
胚性幹細胞（ＥＳ）細胞について、ＥＳ細胞株を使用するか、または胚性細胞を宿主、例えば、マウス、ラット、モルモットなどから新たに得る。このような細胞を、適切な線維芽細胞の支持細胞層上で生育するか、または白血病抑制因子（ＬＩＦ）などの適切な成長因子の存在下で生育する。ＥＳ細胞を形質転換すれば、それらを使用して、トランスジェニック動物を作製し得る。形質転換後、この細胞を適切な培地中の支持細胞層上にまく。構築物を含む細胞は、選択培地を使用することによって検出され得る。コロニーが生育するのに十分な時間が経過した後、コロニーを拾い、構築物の組み込みの発生について解析する。次いで、陽性のコロニーを胚操作および胚盤胞注入に使用し得る。胚盤胞は、４〜６週齢の過排卵した雌から得られる。ＥＳ細胞をトリプシン処理し、改変細胞を胚盤胞の胞胚腔に注入する。注入後、その胚盤胞を偽妊娠の雌の各子宮角に戻す。そして、雌を分娩日まで育て、得られたキメラ動物を、その構築物を有する細胞についてスクリーニングした。胚盤胞およびＥＳ細胞の異なる表現型が提供されることによって、キメラ子孫が容易に検出され得る。
【０４８１】
キメラ動物を改変遺伝子の存在についてスクリーニングし、改変を有する雄および雌を交配することにより、ホモ接合性の子孫を作製する。遺伝子変更により、発生のいくつかの時点で致死となる場合、組織または器官を、アロジェニックまたはコンジェニックなグラフトもしくは移植片またはインビトロ培養物として維持する。トランスジェニック動物は、実験動物、家畜動物などの任意の非ヒト哺乳動物であり得る。トランスジェニック動物は、例えば、前立腺癌に対する候補薬物の効果を測定するため、候補の治療薬または処置レジメンなどを検定するためなどの、機能的研究、薬物スクリーニングなどに使用される。
【０４８２】
（実施例１１：ＣＡ特異的抗体を使用した診断用画像化）
本発明は、最初の提示において癌患者の段階を正確に診断するためおよび癌の転移拡散を早期検出するために、癌関連ポリペプチドに対する抗体の使用を包含する。癌関連ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を使用した放射線免疫シンチグラフィは、さらなる癌特異的診断試験を提供することができる。本発明のモノクローナル抗体は、癌腫の病理組織学的な診断に使用される。
【０４８３】
ヌードマウスにおける癌細胞の皮下のヒト異種移植片を使用して、本発明のテクネチウム−９９ｍ（９９ｍＴｃ）標識モノクローナル抗体が、Ｍａｒｋｓ，ｅｔ  ａｌ，Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｕｒｏｌ．７５：２２５（１９９５）によってセミノーマ細胞について記載されているように外部ガンマシントグラフィーにより異種移植された癌をうまく画像化することができるか否かを試験する。癌関連ポリペプチドに特異的な各モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ腫瘍を有するＢＡＬＢ／ｃマウスの腹水から、プロテインＡ−セファロースによるアフィニティークロマトグラフィを使用して精製される。アビジン特異的モノクローナル抗体（Ｓｋｅａ，ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：３５５７（１９９３））などのコントロールモノクローナル抗体を含む精製された抗体は、Ｍａｔｈｅｒ，ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．３１：６９２（１９９０）およびＺｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．１９：６０７（１９９２）の方法を使用して、還元後に９９ｍＴｃで標識される。ヒト癌細胞を有するヌードマウスの腹腔内に、２００〜５００μＣｉの９９ｍＴｃ標識抗体を注射する。注射の２４時間後、動物から約８ｃｍにセットされた６ｍｍピンホールコリメーターを備えたＳｉｅｍｅｎｓＺＬＣ３７００ガンマカメラを使用して、マウスの像を得る。画像化後、モノクローナル抗体の体内分布を決定するために、正常な器官および腫瘍を取り出し、重量を計測し、そして組織および注入液のサンプルの放射能を測定する。さらに、抗腫瘍性化合物に結合体化された癌関連抗原特異的抗体を癌特異的化学療法に使用する。
【０４８４】
（実施例１２：免疫組織化学的方法）
癌患者由来の凍結組織サンプルを、最適な切断温度（ＯＣＴ）化合物中に包埋し、そしてドライアイスとともにイソペンタン中で急凍する。凍結切片をＬｅｉｃａ３０５０ＣＭミクロトーム（ｍｉｃｔｒｏｔｏｍｅ）で厚さ５μｍに切断し、ｖｅｃｔａｂｏｕｎｄでコーティングされたスライド上に融解しながらマウントする。切片を−２０℃のエタノールで固定し、室温で一晩風乾させる。固定された切片を使用するまで−８０℃に保存する。免疫組織化学のために、その組織切片を回収し、ブロッキング緩衝液（ＰＢＳ、５％正常ヤギ血清、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０）中、室温にて３０分間最初のインキュベーションを行い、次いで、ブロッキング緩衝液に希釈された癌関連タンパク質特異的モノクローナル抗体およびコントロールモノクローナル抗体（１μｇ／ｍＬ）と１２０分間インキュベートする。そして、その切片をブロッキング緩衝液で３回洗浄する。ヤギ抗マウスＩｇＧ＋ＩｇＭ（Ｈ＋Ｌ）Ｆ（ａｂ’）２−ペルオキシダーゼ結合体および０．１  Ｍ酢酸ナトリウム緩衝液ｐＨ５．０５および０．００３％過酸化水素（Ｓｉｇｍａ  ｃａｔ．Ｎｏ．Ｈ１００９）中のペルオキシダーゼ基質ジアミノベンジジン（１ｍｇ／ｍＬ，Ｓｉｇｍａ  Ｃａｔａｌｏｇ  Ｎｏ．Ｄ５６３７）を用いて、結合したモノクローナル抗体を検出する。染色されたスライドを、ヘマトキシリンで対比染色し、Ｎｉｋｏｎ顕微鏡下で調べる。
【０４８５】
癌関連タンパク質（抗原）に対するモノクローナル抗体を使用して、様々な型の組織由来の様々な細胞株との反応性を試験する。様々な樹立細胞株由来の細胞を、プロテアーゼを使用せずに増殖表面から取り除き、まとめ、そしてＯＣＴ化合物中に包埋する。細胞を凍結し、薄片に切り、そして標準的なＩＨＣプロトコールを使用して染色する。ＣｅｌｌＡｒｒａｙＴＭ技術は、ＷＯ０１／４３８６９に記載されている。外科的切除により得られた正常組織（ヒト）を凍結し、マウントする。凍結切片をＬｅｉｃａ３０５０ＣＭミクロトームで厚さ５μｍに切断し、ｖｅｃｔａｂｏｕｎｄをコーティングしたスライドに融解しながらマウントする。その切片を−２０℃のエタノールで固定し、室温で一晩風乾させる。ポリＭＩＣＡＴＭ検出キットを使用して、正常組織への癌関連抗原特異的モノクローナル抗体の結合を判定する。１次モノクローナル抗体は、最終濃度１μｇ／ｍＬで使用する。
【０４８６】
（実施例１３：発現データ）
表４〜５８は、一連の腫瘍組織におけるこの適用による多くの遺伝子の発現レベルを示す。発現アッセイの３つの形態の結果を表に示す。Ｕ１３３Ａ＆Ｂ（アレイタイプの欄を参照のこと）との表記における結果は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘオリゴヌクレオチドベースの発現アレイ（ワールドワイドウェブサイト：ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍ／ｓｕｐｐｏｒｔ／ｔｅｃｈｎｉｃａｌ／ｂｙｐｒｏｄｕｃｔ．ａｆｆｘ？ｐｒｏｄｕｃｔ＝ｈｇ−ｕ１３３−ｐｌｕｓ）を使用したことを示し、Ｃｈｉｒｏｎ  ｃＤＮＡアレイとの表記における結果は、Ｃｈｉｒｏｎ社内スポット型ｃＤＮＡアレイを使用してもたらされたことを示す。残りの結果は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３プラス２オリゴアレイ（ワールドワイドウェブサイト：ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍ／ｓｕｐｐｏｒｔ／ｔｅｃｈｎｉｃａｌ／ｂｙｐｒｏｄｕｃｔ．ａｆｆｘ？ｐｒｏｄｕｃｔ＝＝ｈｇ−ｕ１３３−ｐｌｕｓ）を使用してもたらされた。
【０４８７】
最初の２つのアレイフォーマットについて組織サンプルは、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＤ）（以下の定義を参照のこと）を使用して回収された。アレイの第３の形態（Ｕ１３３プラス２）についての組織サンプルは、標準的な手動の解剖手順を使用して回収した。
【０４８８】
差次的発現のレベルを各アレイタイプについて別個の方法によって評価した。Ｕ１３３Ａ＆ＢおよびＥＶＤアレイについての結果を、規定された閾値より高いか、または低い発現レベルを有したサンプルの数として表す。「２×一致」または「０．５×一致」との表記は、多くのサンプル（発現の差次的レベルを示す％サンプルの欄に示す）が、コントロール値よりも２×超の発現レベルまたはコントロール平均値の半分未満の発現レベルのいずれかを有したことを示す。従って、遺伝子の過剰発現または過小発現のいずれかを（「ｔ」の有意レベルが０．００１以下で）示す。
【０４８９】
Ｕ１３３＋２アレイについての発現レベルは、８０−５０または８０−８０パーセンタイル比（ｐｅｒｃｅｎｔｉｌｅ  ｒａｔｉｏ）として表される。示されるすべての結果は、０．００１％水準における有意性についてのｔ検定を合格した。８０−５０パーセンタイル比の結果において、コントロールサンプルの５０％と比較するとき、腫瘍サンプルの２０％が２倍以上のレベルの過剰発現を有する。８０−８０パーセンタイル比の結果において、腫瘍サンプルの２０％は、コントロールサンプルの８０％と比較して３倍以上の過剰発現レベルを有する。
【０４９０】
（標的化のための腫瘍関連抗原の選択）
（腫瘍性細胞および近隣の正常細胞のレーザーダイセクションならびに解剖された細胞由来のＲＮＡの生成）
レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）を使用して正常組織および癌性組織を患者から回収し、そしてＲＮＡを、当該分野で周知である技術（例えば、Ｏｈｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｂｉｏｔｅｃｈ’ｉｑｕｅｓ  ２９：５３０−６；Ｃｕｒｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．５３：６４−８；Ｓｕａｒｅｚ−Ｑｕｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈ’ｉｑｕｅｓ  ２６：３２８−３５；Ｓｉｍｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｒｚｅｔ  １４：２７２−６；Ｃｏｎｉａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｌａｂ．Ａｎａｌ．１１：２８−３８；Ｅｍｍｅｒｔ−Ｂｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７４：９９８−１００１を参照のこと）を使用してこれらの組織から調製した。実質的に同質の細胞サンプルを提供するように、ＬＣＭにより特定の細胞型の単離がもたらされるため、同様に純粋なＲＮＡサンプルが提供された。
【０４９１】
（マイクロアレイ解析）
ｃＤＮＡの作製：解剖された細胞から得られた全ＲＮＡを使用して、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ２サイクルｃＤＮＡ合成キット（ｃａｔ＃９００４３２）を使用してｃＤＮＡを作製した。８μＬの全ＲＮＡを、１１μＬ反応物中の１μＬのＴ７−（ｄＴ）２４プライマー（５０ｐｍｏｌ／μＬ）とともに使用し、その反応物を１２分間７０℃に加熱した。次いで、混合物を５分間室温に冷却した。９μＬのマスターミックス（４μＬの５×１ｓｔストランドｃＤＮＡ緩衝液、２μＬの０．１Ｍ  ＤＴＴ、１μＬの１０ｍＭ  ｄＮＴＰミックス、２μＬのＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ（６００Ｕ／μＬ））を加え、その混合物を４２℃で２．５時間インキュベートした（混合物の総容積は、２０μＬだった）。氷上で冷却した後、２ｎｄストランド合成を次のとおり完了した：２０μＬの上記の混合物を、１３０μＬのセカンドストランドマスターミックス（９１μＬの水、３０μＬの５×セカンドストランド反応緩衝液、３μＬの１０ｍＭ  ｄＮＴＰミックス、１μＬの１０Ｕ／μＬ  ｅ．ｃｏｌｉ  ＤＮＡリガーゼ、４μＬの１０Ｕ／μＬ  Ｅ．ｃｏｌｉ  ＤＮＡポリメラーゼＩ、１μＬの２Ｕ／μＬ  ｅ．ｃｏｌｉ  ＲｎａｓｅＨ）と混合し、２時間インキュベートし、１６℃で１０分間インキュベートした。氷上で冷却した後、ｄｓＤＮＡを反応混合物から精製した。簡潔には、ＱｉａＱｕｉｃｋ  ＰＣＴ精製キットを使用し（Ｑｉａｇｅｎ，ｃａｔ＃２８１０４）、５容積の緩衝液ＰＢを１容積のｃＤＮＡ混合物に加えた。次いで、製造者の指示に従ってｃＤＮＡをＱＩＡｑｕｉｃｋスピンカラムで精製することにより、最終容積６０μＬを得た。
【０４９２】
ビオチン標識されたｃＲＮＡの生成。次いで、上で作製され、精製されたｃＤＮＡを使用して、ビオチン標識ＲＮＡを次のとおり作製した：ＱＩＡＱｕｉｃｋカラムから回収された６０μＬのｃＤＮＡを、中速度加熱真空（ｍｅｄｉｕｍ  ｈｅａｔｅｄ  ｓｐｅｅｄ  ｖａｃｕｕｍ）下で、２２μＬの容積に減少させた。そして、これをＥＮＺＯ  ＢｉｏＡｒｒａｙ高収量ＲＮＡ転写キット（ｃａｔ＃４２６５５２０）とともに使用した。簡潔には、４μＬの１０×ＨＹ反応緩衝液、４μＬの１０×ビオチン標識リボヌクレオチド、４μＬのＤＴＴ、４μＬのＲＮａｓｅインヒビターミックスおよび２μＬのＴ７ＲＮＡポリメラーゼを含むマスターミックスを２２μＬの精製ｃＤＮＡに加え、３７℃で４〜６時間インキュベートした。そして反応物をＱｉａｇｅｎ  ＲＮｅａｓｙキット（ｃａｔ＃７４１０４）を使用し、製造者の指示に従って精製した。
【０４９３】
ｃＲＮＡの断片化。上の１５〜２０μｇのｃＲＮＡを、８μＬの５×断片化緩衝液（２００ｍＭ  Ｔｒｉｓ−酢酸，ｐＨ８．１、５００ｍＭ酢酸カリウム、１５０ｍＭ酢酸マグネシウム）および最終容積が４０μＬとなるまでの水と混合した。混合物を９４℃で３５分間インキュベートした。代表的には、この断片化プロトコールにより、３５〜２００塩基の範囲の大きさのＲＮＡフラグメントの分配が得られる。断片化を、ＴＡＥアガロース電気泳動を使用して確かめた。
【０４９４】
アレイハイブリダイゼーション。次に、上の断片化されたｃＲＮＡを使用して、ハイブリダイゼーションカクテルを作製した。簡潔には、上の４０μＬを１ｍｇ／ｍＬのヒトＣｏｔ  ＤＮＡおよび適当なコントロールオリゴヌクレオチドと混合した。さらに、３ｍｇのニシン精子ＤＮＡ（１０ｍｇ／ｍＬ）を１５０μＬの２×ハイブリダイゼーション緩衝液（１００ｍＭ  ＭＥＳ、１Ｍ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０１％Ｔｗｅｅｎ−２０）および最終容積が３００μＬとなる水とともに加えた。この溶液の２００μＬを、Ｕ１３３アレイ（Ａｆｆｙｒｎｅｔｒｉｘ  ｃａｔ＃９００３７０）にロードし、４５℃にて４５ｒｐｍの一定速度で一晩インキュベートした。次いで、ハイブリダイゼーション緩衝液を除去し、アレイを洗浄し、そして製造者のプロトコールに従ってＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｆｌｕｉｄｉｃｓ  Ｓｔａｔｉｏｎ  ４５０（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，ｃａｔ＃００−００７９）を使用して２００μＬのストリンジェントでない洗浄緩衝液（６×ＳＳＰＥ、０．０１％Ｔｗｅｅｎ−２０）で染色した。
【０４９５】
アレイのスキャン。次いで、上のアレイを、製造者のプロトコールに従ってＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｓｃａｎｎｅｒ３０００（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ｃａｔ＃００−０２１７）を使用してスキャンした。
【０４９６】
腫瘍細胞抗原標的候補の選択。腫瘍細胞（原発腫瘍または転移のいずれか）対  近隣の健常組織または貯蔵されていた正常組織における抗原の発現レベルを比較することによって、腫瘍抗原を標的化のために選択した。選択された腫瘍抗原は、周辺の正常組織に対して発現が少なくとも３倍（３００％）の増加を示した。ここで、この３倍増加は、大部分の貯蔵されていた市販の正常組織サンプル（各組織型について作製される貯蔵物である、対照基準ミックスすなわちＲＳＭ）と比較して見られるものである。下記の表は、各遺伝子についてアレイ解析からの倍増したデータを表し、この中で、数値は、正常組織と比較して２倍、３倍または５倍発現が増加したことを示した、解析された患者サンプルのパーセントを表している。
【０４９７】
【表２０】
2008535853.tif 000021
【０４９８】
【表２１】
2008535853.tif 000022
【０４９９】
【表２２】
2008535853.tif 000023
【０５００】
【表２３】
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【０５０１】
【表２４】
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【０５０２】
【表２５】
2008535853.tif 000026
【０５０３】
【表２６】
2008535853.tif 000027
【０５０４】
【表２７】
2008535853.tif 000028
【０５０５】
【表２８】
2008535853.tif 000029
【０５０６】
【表２９】
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【０５０７】
【表３０】
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【０５０８】
【表３１】
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【０５０９】
【表３２】
2008535853.tif 000033
【０５１０】
【表３３】
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【０５１１】
【表３４】
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【０５１２】
【表３５】
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【０５１３】
【表３６】
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【０５１４】
【表３７】
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【０５１５】
【表３８】
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【０５１６】
【表３９】
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【０５１７】
【表４０】
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【０５１８】
【表４１】
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【０５１９】
【表４２】
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【０５２０】
【表４３】
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【０５２１】
【表４４】
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【０５２２】
【表４５】
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【０５２３】
【表４６】
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【０５２４】
【表４７】
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【０５２５】
【表４８】
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【０５２６】
【表４９】
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【０５２７】
【表５０】
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【０５２８】
【表５１】
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【０５２９】
【表５２】
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【０５３０】
【表５３】
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【０５３１】
【表５４】
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【０５３２】
【表５５】
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【０５３３】
【表５６】
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【０５３４】
【表５７】
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【０５３５】
【表５８】
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【０５３６】
【表５９】
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【０５３７】
【表６０】
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【０５３８】
【表６１】
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【０５３９】
【表６２】
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【０５４０】
【表６３】
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【０５４１】
【表６４】
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【０５４２】
【表６５】
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【０５４３】
【表６６】
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【０５４４】
【表６７】
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（実施例１４：機能アッセイ）
列挙した遺伝子を標的化するＳｉＲＮＡを９６ウェルプレート上で製造した。様々な細胞株におけるリバーストランスフェクション後に、３つの異なる機能アッセイ、すなわち、増殖アッセイ、細胞傷害性アッセイおよび軟寒天増殖アッセイを行った。１細胞株あたりの１アッセイあたり１〜３回の反復を行った。アッセイに使用したプライマーおよびプローブを上記の表２に示した。
【０５４５】
（統計学的解析手順）
細胞傷害性作用：細胞傷害性作用の有意性を判定するために、増殖アッセイ結果（ｒｅａｄｏｕｔ）を各反復について昇順でランク付けした。軟寒天アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。細胞傷害性アッセイ結果を各反復について降順でランク付けした。同じ標的についての順位をすべてのアッセイのすべての反復間で合計した。標的の標識をランダムに１００，０００回順序を変え、各標的の順位の合計を記録した。実験上の順位の合計を、各標的のランダムに順番を変えた順位の合計の分布に対して比較することにより、「細胞傷害性」作用のｐ値を得た。
【０５４６】
細胞傷害性作用：細胞傷害性作用の有意性を判定するために、増殖アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。軟寒天アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。細胞傷害性アッセイ結果を各反復について降順でランク付けした。同じ標的についての順位をすべてのアッセイのすべての反復間で合計した。標的の標識をランダムに１００，０００回順序を変え、各標的の順位の合計を記録した。実験上の順位の合計を、各標的のランダムに順番を変えた順位の合計の分布に対して比較することにより、「細胞分裂抑制」作用のｐ値を得た。
【０５４７】
制御不能作用：制御不能作用の有意性を判定するために、増殖アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。軟寒天アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。細胞傷害性アッセイ結果を各反復について降順でランク付けした。同じ標的についての順位をすべてのアッセイのすべての反復間で合計した。標的の標識をランダムに１００，０００回順序を変え、各標的の順位の合計を記録した。実験上の順位の合計を、各標的のランダムに順番を変えた順位の合計の分布に対して比較することにより、「制御不能」作用のｐ値を得た。
【０５４８】
無効作用：細胞傷害性作用の有意性を判定するために、増殖アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。軟寒天アッセイ結果を各反復について昇順でランク付けした。細胞傷害性アッセイ結果を各反復について降順でランク付けした。同じ標的についての順位をすべてのアッセイのすべての反復間で合計した。標的の標識をランダムに１００，０００回順序を変え、各標的の順位の合計を記録した。実験上の順位の合計を、各標的のランダムに順番を変えた順位の合計の分布に対して比較することにより、「無効」作用のｐ値を得た。
【０５４９】
有意判定：各標的について、４つの作用のうち最小のｐ値を決定した。最小のｐ値が０．０５未満である場合、対応する有意な判定を割り当てた。最小のｐ値が０．０５以上である場合、有意でない判定を割り当てた。
【０５５０】
結果を下記の表５９に示す。
【０５５１】
（表５９）
【０５５２】
【表６８】
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説明文：
細胞傷害性：抗増殖性作用および細胞傷害性作用についてのＰ値は有意である
細胞分裂抑制：細胞分裂抑制についてのＰ値は有意であるが、細胞傷害性作用についてはそうではない
制御不能：細胞傷害性は有意であるが、抗増殖性作用が弱いか、またはない
有意でない（ｉｎｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ）：細胞分裂抑制作用または細胞傷害性作用についてのｐ値が有意でない
無効：抗増殖性または細胞傷害性作用がない。
【０５５３】
本明細書中で引用した出版物、特許および特許出願のすべては、個別の出版物または特許出願が参考として援用されると具体的かつ個々に示されるように、本明細書中で参考として援用される。
【０５５４】
本発明が、例としてのみ記載され、本発明の範囲および精神の範囲内に入っている限り、改変がなされ得ることが理解されるだろう。
【配列表】
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【国際調査報告】
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