(57)【要約】【課題】タンパク質の同定のためのＭＳ／ＭＳ測定において、測定回数を減らすことができる質量分析装置を提供する。【解決手段】質量分析装置１００は、タンパク質を消化酵素でペプチド断片に細分化した試料をイオン化するイオン化部１０と、第１質量分析部２０と、開裂部３０と、第２質量分析部４０と、第１質量分析部の検出結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを作成するプリカーサーイオンリスト作成部５２と、プリカーサーイオンリストからイオンを選択して、第１質量分析部２０で選択されるイオンを決定するプリカーサーイオン選択部５４と、第２質量分析部４０の検出結果に基づいて、タンパク質の同定を行う同定部５６と、同定部５６の同定結果に基づいて、プリカーサーイオンリストから所定のイオンの情報を削除して、プリカーサーイオンリストを更新するプリカーサーイオンリスト更新部５８と、を含む。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質を消化酵素でペプチド断片に細分化した試料をイオン化するイオン化部と、
前記イオン化部で生成されたイオンを質量分離して検出する第１質量分析部と、
前記第１質量分析部で選択されたプリカーサーイオンを開裂させてプロダクトイオンを生成する開裂部と、
前記開裂部で生成されたプロダクトイオンを質量分離して検出する第２質量分析部と、
前記第１質量分析部の検出結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを作成するプリカーサーイオンリスト作成部と、
前記プリカーサーイオンリストからイオンを選択して、前記第１質量分析部で選択されるイオンを決定するプリカーサーイオン選択部と、
前記第２質量分析部の検出結果に基づいて、タンパク質の同定を行う同定部と、
前記同定部の同定結果に基づいて、前記プリカーサーイオンリストから所定のイオンの情報を削除して、前記プリカーサーイオンリストを更新するプリカーサーイオンリスト更新部と、
を含む、質量分析装置。
【請求項２】
請求項１において、
前記プリカーサーイオンリスト更新部は、前記同定部で同定されたタンパク質の前記消化酵素での細分化によるペプチド断片の情報を取得し、取得した前記ペプチド断片の情報と前記プリカーサーイオンリストのイオンの情報とを照合して一致したイオンの情報を前記プリカーサーイオンリストから削除する、質量分析装置。
【請求項３】
請求項１または２において、
前記プリカーサーイオン選択部は、前記プリカーサーイオンリスト更新部によって前記プリカーサーイオンリストが更新された場合に、更新された前記プリカーサーイオンリストからイオンを選択する、質量分析装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、質量分析装置に関する。
【背景技術】
【０００２】
質量分析装置は、一般的に、イオン源で試料をイオン化し、質量分析部で質量電荷比（ｍ／ｚ値）ごとにイオンを分離し、分離したイオンを検出する（ＭＳ測定）。
【０００３】
これに対して、イオン源で生成されたイオンのなかから特定のイオンを初段の質量分析部で選択し（選択されたイオンはプリカーサーイオンと呼ばれる）、そのイオンを自発的または強制的に開裂させ、生成されたイオン（開裂して生成されたイオンはプロダクトイオンと呼ばれる）を後段の質量分析部で質量分析する（ＭＳ／ＭＳ測定）を行う質量分析装置、すなわち、タンデム型（ＭＳ／ＭＳ）質量分析装置が注目されている。
【０００４】
タンデム型質量分析装置は、例えば特許文献１に記載されているように、タンパク質の同定に有効である。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】特開２００８−２８１４１１号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
例えば、タンデム型質量分析装置でタンパク質を同定する際には、まず、所定の酵素でペプチド断片に細分化された試料についてＭＳ測定を行う。次に、このＭＳ測定で得られたマススペクトルから例えばピーク強度の大きい順にイオンを選択してＭＳ／ＭＳ測定を行う。このようにしてＭＳ／ＭＳ測定を繰り返し行った後に、この測定結果に基づいて、データベース検索を行いタンパク質の同定を行う。
【０００７】
しかしながら、このようなタンパク質の同定方法では、ＭＳ測定で得られたマススペクトルに現れるピークの数だけ、ＭＳ／ＭＳ測定を繰り返し行わなければならない。そのため、測定の長時間化、試料の消耗等が生じてしまう。例えば、試料が消耗してしまうと、質の高いマススペクトルが得られずにタンパク質同定のヒット率（データベース検索により同定される割合）が低下してしまう場合がある。
【０００８】
本発明のいくつかの態様に係る目的の１つは、タンパク質を同定するためのＭＳ／ＭＳ測定の回数を減らすことができる質量分析装置を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
（１）本発明に係る質量分析装置は、
タンパク質を消化酵素でペプチド断片に細分化した試料をイオン化するイオン化部と、
前記イオン化部で生成されたイオンを質量分離して検出する第１質量分析部と、
前記第１質量分析部で選択されたプリカーサーイオンを開裂させてプロダクトイオンを生成する開裂部と、
前記開裂部で生成されたプロダクトイオンを質量分離して検出する第２質量分析部と、
前記第１質量分析部の検出結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを作成するプリカーサーイオンリスト作成部と、
前記プリカーサーイオンリストからイオンを選択して、前記第１質量分析部で選択され
るイオンを決定するプリカーサーイオン選択部と、
前記第２質量分析部の検出結果に基づいて、タンパク質の同定を行う同定部と、
前記同定部の同定結果に基づいて、前記プリカーサーイオンリストから所定のイオンの情報を削除して、前記プリカーサーイオンリストを更新するプリカーサーイオンリスト更新部と、
を含む。
【００１０】
このような質量分析装置によれば、プリカーサーイオンリスト更新部が、同定部の同定結果に基づいてプリカーサーイオンリストから所定のイオンの情報を削除して、プリカーサーイオンリストを更新するため、同定されたタンパク質に由来するイオンについて、ＭＳ／ＭＳ測定が行われない。これにより、測定回数を減らすことができる。したがって、例えば測定が繰り返されることによる試料の消耗を軽減することができる。さらに、例えば測定時間の短縮を図ることができる。
【００１１】
（２）本発明に係る質量分析装置において、
前記プリカーサーイオンリスト更新部は、前記同定部で同定されたタンパク質の前記消化酵素での細分化によるペプチド断片の情報を取得し、取得した前記ペプチド断片の情報と前記プリカーサーイオンリストのイオンの情報とを照合して一致したイオンの情報を前記プリカーサーイオンリストから削除してもよい。
【００１２】
このような質量分析装置によれば、同定されたタンパク質に由来するイオンについて、ＭＳ／ＭＳ測定を行わないことができる。
【００１３】
（３）本発明に係る質量分析装置において、
前記プリカーサーイオン選択部は、前記プリカーサーイオンリスト更新部によって前記プリカーサーイオンリストが更新された場合に、更新された前記プリカーサーイオンリストからイオンを選択してもよい。
【００１４】
このような質量分析装置によれば、同定されたタンパク質に由来するイオンについて、ＭＳ／ＭＳ測定を行わないことができる。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】本実施形態に係る質量分析装置の構成を示す図。
【図２】本実施形態に係るタンパク質の同定方法の一例を示すフローチャート。
【図３】プリカーサーイオンリスト作成部が作成したプリカーサーイオンリストの一例を示す表。
【図４】プリカーサーイオンリストを更新する処理の一例を示すフローチャート。
【図５】プリカーサーイオンリスト更新部がプリカーサーイオンリストを更新した結果の一例を示す表。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
以下、本発明の好適な実施形態について図面を用いて詳細に説明する。なお、以下に説明する実施形態は、特許請求の範囲に記載された本発明の内容を不当に限定するものではない。また、以下で説明される構成の全てが本発明の必須構成要件であるとは限らない。
【００１７】
１．  質量分析装置
まず、本実施形態に係る質量分析装置の構成について、図面を参照しながら説明する。図１は、本実施形態に係る質量分析装置１００の構成を示す図である。
【００１８】
質量分析装置１００は、図１に示すように、イオン化部１０と、第１質量分析部２０と
、開裂部３０と、第２質量分析部４０と、処理部５０と、表示部６０と、操作部６２と、記憶部６４と、を含んで構成されている。
【００１９】
質量分析装置１００は、２つの質量分析部２０，４０の間に開裂部３０を設けたタンデム型（ＭＳ／ＭＳ）質量分析装置である。質量分析装置１００では、第１質量分析部２０で特定の質量数のイオン（プリカーサーイオン）を取り出して開裂部３０に導き、第１質量分析部２０で選択したプリカーサーイオンから生じた２次的なイオン（プロダクトイオン）を第２質量分析部４０で検出する。
【００２０】
質量分析装置１００の分析対象となる試料は、例えば、複数種のタンパク質を含む生体試料等の試料を、所定の消化酵素で消化して、ペプチド断片に細分化したもの、すなわちタンパク質酵素消化物である。
【００２１】
イオン化部１０は、分析対象となる試料をイオン化する。イオン化部１０は、タンパク質を消化酵素でペプチド断片に細分化した試料をイオン化する。イオン化部１０は、例えば、エレクトロスプレーイオン化法（Ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙ  Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ，ＥＳＩ）、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法（Ｍａｔｒｉｘ  Ａｓｓｉｓｔｅｄ  Ｌａｓｅｒ  Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ，ＭＡＬＤＩ）等により試料をイオン化する。なお、イオン化部１０で用いるイオン化法は、特に限定されない。
【００２２】
第１質量分析部２０は、イオン化部１０で生成されたイオンを質量分離して検出する。第１質量分析部２０は、検出結果の情報（マススペクトルデータ）を、処理部５０に出力する。
【００２３】
また、第１質量分析部２０は、特定のイオンを選択して、開裂部３０に送る。第１質量分析部２０で選択されるイオンは、処理部５０のプリカーサーイオン選択部５４で決定される。
【００２４】
第１質量分析部２０としては、例えば、四重極型（Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ，Ｑ）、飛行時間型（Ｔｉｍｅ−ｏｆ−Ｆｌｉｇｈｔ，ＴＯＦ）、イオントラップ型（Ｉｏｎ  Ｔｒａｐ，ＩＴ）、磁場偏向型（Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｓｅｃｔｏｒ）等の質量分析計を用いることができる。
【００２５】
開裂部３０は、第１質量分析部２０で選択されたプリカーサーイオンを開裂させる。これにより、プロダクトイオンが生成される。すなわち、プロダクトイオンは、プリカーサーイオンを開裂させて得られるイオンである。開裂部３０におけるプリカーサーイオンの開裂方法としては、例えば、ガスとの衝突による衝突誘起解離（ｃｏｌｌｉｓｉｏｎ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ，ＣＩＤ）法、プリカーサーイオンに光を照射して開裂させる光解離などの方法が挙げられる。なお、開裂部３０における開裂方法は特に限定されない。
【００２６】
第２質量分析部４０は、開裂部３０で開裂されたプロダクトイオンを質量分離して検出する。第２質量分析部４０は、検出結果の情報（マススペクトルデータ）を、処理部５０に出力する。
【００２７】
第２質量分析部４０としては、例えば、四重極型（Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ，Ｑ）、飛行時間型（Ｔｉｍｅ−ｏｆ−Ｆｌｉｇｈｔ，ＴＯＦ）、イオントラップ型（Ｉｏｎ  Ｔｒａｐ，ＩＴ）、磁場偏向型（Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｓｅｃｔｏｒ）等の質量分析計を用いることができる。なお、第２質量分析部４０では、第１質量分析部２０と同じ種類の質量分析計を用いてもよいし、第１質量分析部２０とは異なる種類の質量分析計を用いてもよい。
タンパク質を同定する際の第１質量分析部２０と第２質量分析部４０の組み合わせとしては、例えば、第１質量分析部２０が四重極型質量分析計、第２質量分析部４０が飛行時間型質量分析計である場合、第１質量分析部２０および第２質量分析部４０がともに飛行時間型質量分析計である場合などが好ましい。
【００２８】
表示部６０は、処理部５０から入力される表示信号に基づいて、処理部５０の処理結果等を文字やグラフその他の情報として表示するものである。表示部６０は、例えば、タンパク質の同定結果を表示する。表示部６０は、例えば、ＣＲＴ、ＬＣＤ、タッチパネル型ディスプレイなどである。
【００２９】
操作部６２は、ユーザーによる操作に応じた操作信号を取得し、処理部５０に送る処理を行う。操作部６２は、例えば、ボタン、キー、タッチパネル型ディスプレイ、マイクなどである。
【００３０】
記憶部６４は、処理部５０が各種の計算処理や制御処理を行うためのプログラムやデータ等を記憶している。また、記憶部６４は、処理部５０の作業領域として用いられ、操作部６２から入力された操作信号、処理部５０が各種プログラムに従って実行した算出結果等を一時的に記憶するためにも使用される。
【００３１】
記憶部６４には、ＭＳ／ＭＳ測定を行った結果からタンパク質を同定するためのタンパク質データベースが記憶されている。記憶部６４に記憶されているタンパク質データベースは、例えば、ゲノム情報から構築されたデータベースである。タンパク質データベースとしては、既知のタンパク質データベースを用いることができる。
【００３２】
処理部５０は、記憶部６４に記憶されているプログラムに従って、各種の計算処理を行う。処理部５０の機能は、各種プロセッサ（ＣＰＵ、ＤＳＰ等）等のハードウェアや、プログラムにより実現できる。
【００３３】
本実施形態では、処理部（ＣＰＵ）５０は、記憶部６４に記憶されているプログラムを実行することで、以下に説明する、プリカーサーイオンリスト作成部５２、プリカーサーイオン選択部５４、同定部５６、プリカーサーイオンリスト更新部５８、制御部５９として機能する。ただし、処理部５０の少なくとも一部をハードウェア（専用回路）で実現してもよい。
【００３４】
プリカーサーイオンリスト作成部５２は、第１質量分析部２０の検出結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを作成する。ここで、プリカーサーイオンリストとは、ＭＳ／ＭＳ測定を行う候補となるイオン、すなわち、第１質量分析部２０で選択されるイオンのリストである。
【００３５】
具体的には、プリカーサーイオンリスト作成部５２は、第１質量分析部２０におけるＭＳ測定の結果得られたＭＳスペクトルに現れるピークについてそのリスト（ｍ／ｚ値のリスト）をつくり、これをプリカーサーイオンリストとする（例えば図３参照）。ここで、ＭＳ測定とは、試料をイオン化部１０でイオン化して得られたイオンを第１質量分析部２０で測定することをいう。また、ＭＳスペクトルとは、ＭＳ測定により得られたマススペクトル（横軸にｍ／ｚ値、縦軸に検出強度を取ったスペクトル）をいう。
【００３６】
プリカーサーイオン選択部５４は、プリカーサーイオンリスト作成部５２が作成したプリカーサーイオンリストからイオンを選択して、第１質量分析部２０で選択されるイオンを決定する。すなわち、プリカーサーイオン選択部５４がプリカーサーイオンリストから選択したイオンが、第１質量分析部２０で選択されてプリカーサーイオンとなる。プリカ
ーサーイオン選択部５４は、例えば、プリカーサーイオンリストからピーク強度（検出強度）が大きい順にイオンを選択する。
【００３７】
また、プリカーサーイオン選択部５４は、後述するプリカーサーイオンリスト更新部５８によってプリカーサーイオンリストが更新された場合に、更新されたプリカーサーイオンリストからイオンを選択する。すなわち、プリカーサーイオンリスト更新部５８によってプリカーサーイオンリストからイオンの情報が削除された場合、この削除されたイオンはプリカーサーイオン選択部５４で選択されない。
【００３８】
プリカーサーイオン選択部５４がプリカーサーイオンリストからイオンを選択すると、制御部５９は、プリカーサーイオン選択部５４が選択したイオンについて、ＭＳ／ＭＳ測定が行われるように、質量分析装置１００の各部１０，２０，３０，４０を制御する。このとき、第１質量分析部２０では、プリカーサーイオン選択部５４で選択されたイオンが選択されて開裂部３０に導かれるように制御される。ここで、ＭＳ／ＭＳ測定とは、イオン化部１０で生成されたイオンのなかから特定のイオンを第１質量分析部２０で選択し、そのイオンを開裂部３０で自発的または強制的に開裂させて第２質量分析部４０で質量分析を行うことをいう。
【００３９】
同定部５６は、第２質量分析部４０の検出結果に基づいて、タンパク質の同定を行う。同定部５６は、第２質量分析部４０の検出結果、すなわち、ＭＳ／ＭＳ測定の結果に基づいて、データベース検索を行い、タンパク質の同定を行う。
【００４０】
同定部５６は、例えば、ＭＳ／ＭＳ測定により得られたマススペクトル（ＭＳ／ＭＳスペクトル）から得られるピークリスト（質量電荷比の一覧）と記憶部６４に記憶されているタンパク質データベース内の配列情報とを比較検索する。
【００４１】
同定部５６は、例えば、タンパク質データベース内のすべてのタンパク質情報から、タンパク質データベース内のすべてのタンパク質について所定の消化酵素（分析対象の試料をペプチド断片に細分化したときと同じ消化酵素）による切断箇所を予測し、どのような断片が発生するのか、またそれらの断片の質量を計算する。そして、ＭＳ／ＭＳ測定の結果（実測値）とタンパク質データベース上での推測（理論値）を照合して、統計的に最も有意なものを選び出す。これにより、タンパク質の同定を行う。なお、タンパク質の同定方法はこれに限定されない。同定部５６は、さらに、同定結果を表示部６０に表示させる処理を行ってもよい。
【００４２】
プリカーサーイオンリスト更新部５８は、同定部５６の同定結果に基づいて、プリカーサーイオンリストから所定のイオンの情報を削除して、プリカーサーイオンリストを更新する。
【００４３】
具体的には、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、同定部５６で同定されたタンパク質の所定の消化酵素（分析対象の試料をペプチド断片に細分化したときと同じ消化酵素）での細分化によるペプチド断片の情報を取得する。そして、取得した当該ペプチド断片の情報とプリカーサーイオンリストのイオンの情報とを照合して、一致したイオンの情報をプリカーサーイオンリストから削除する。以下に、プリカーサーイオンリスト更新部５８の処理の一例についてより詳細に説明する。
【００４４】
プリカーサーイオンリスト更新部５８は、記憶部６４に記憶されているタンパク質データベースから、同定されたタンパク質の前記所定の消化酵素での細分化によるペプチド断片の情報（ペプチド断片の質量の情報）を取得し、そのリスト（以下、「ペプチドリスト」ともいう）を作成する。ここで、このペプチド断片の情報は、例えば、タンパク質デー
タベースから、同定されたタンパク質を前記所定の消化酵素で細分化したときの切断箇所を予測し、どのような断片が発生するのか、またそれらの断片の質量を計算することにより得られる。すなわち、このペプチド断片の情報は、同定部５６で同定されたタンパク質から予測されるペプチド断片の情報ともいえる。
【００４５】
そして、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、ペプチドリストとプリカーサーイオンリストとを照合する。そして、ペプチドリストのペプチドとプリカーサーイオンリストのイオンとが一致した場合に、この一致したイオンの情報をプリカーサーイオンリストから削除する。
【００４６】
ここで、ペプチドリストのペプチド断片とプリカーサーイオンリストのイオンとが一致した場合とは、例えば、ペプチドリストのペプチド断片の質量とプリカーサーイオンリストのイオンの質量との差が、所与の範囲内にある場合をいう。すなわち、ペプチドリストのペプチド断片とプリカーサーイオンリストのイオンとが一致した場合とは、ペプチドリストのペプチド断片の質量とプリカーサーイオンリストのイオンの質量とが同じ場合と、これらの質量の差が所与の範囲内にある場合とを含む。この所与の範囲は、必要とされる同定精度等によって適宜設定される。このように、ペプチドリストのペプチド断片とプリカーサーイオンリストのイオンとが一致した場合には、プリカーサーイオンリストの一致したイオンは、同定されたタンパク質に由来するイオンであると推定される。
【００４７】
制御部５９は、イオン化部１０、第１質量分析部２０、開裂部３０、第２質量分析部４０を制御する。制御部５９が、これらの各部１０，２０，３０，４０を制御することにより、ＭＳ測定やＭＳ／ＭＳ測定等が行われる。
【００４８】
２．  タンパク質の同定方法
次に、本実施形態に係るタンパク質の同定方法について説明する。図２は、本実施形態に係るタンパク質の同定方法の一例を示すフローチャートである。ここでは、本実施形態に係るタンパク質の同定方法を質量分析装置１００を用いて行う例について説明する。
【００４９】
まず、制御部５９が質量分析装置１００の各部１０，２０，３０，４０を制御して、ＭＳ測定を行う（ステップＳ１０）。
【００５０】
具体的には、まず、イオン化部１０が、分析対象の試料（タンパク質を消化酵素でペプチド断片に細分化した試料）をイオン化する。次に、第１質量分析部２０が、イオン化部１０で生成されたイオンを質量分離して検出する。このようにして、ＭＳ測定が行われる。第１質量分析部２０は、検出結果の情報、すなわちＭＳ測定の結果の情報を、処理部５０に出力する。
【００５１】
次に、プリカーサーイオンリスト作成部５２は、ＭＳ測定の結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを作成する（ステップＳ１２）。
【００５２】
具体的には、プリカーサーイオンリスト作成部５２は、ＭＳ測定の結果からＭＳスペクトルの情報を取得する。そして、プリカーサーイオンリスト作成部５２は、ＭＳスペクトルに現れるピークを検出し、そのピークのｍ／ｚ値およびそのピーク強度のリストを作成する。これが、プリカーサーイオンリストとなる。
【００５３】
図３は、プリカーサーイオンリスト作成部５２が作成したプリカーサーイオンリストの一例を示す表である。なお、図３は、牛血清アルブミン（ＢＳＡ）をトリプシンで消化して細分化したもの（すなわちＢＳＡのトリプシン消化物）を含む試料をＭＳ測定して得られたプリカーサーイオンリストの一例である。
【００５４】
図３の例では、プリカーサーイオンリストには、各イオンに対して、ｍ／ｚ値（質量電荷比）、およびピーク強度（Ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ）の情報が登録されている。また、各イオンには、ピーク強度の大きい順にＮｏ．１〜Ｎｏ．１７の番号が付されている。
【００５５】
次に、プリカーサーイオン選択部５４は、プリカーサーイオンリストからイオンを選択する（ステップＳ１４）。
【００５６】
図３の例では、プリカーサーイオン選択部５４は、プリカーサーイオンリストから、ピーク強度の大きいイオンの順に選択する。すなわち、プリカーサーイオン選択部５４は、まず、図３に示すＮｏ．１のイオン（ｍ／ｚ９２７．４９５３４）を選択する。
【００５７】
次に、制御部５９が質量分析装置１００の各部１０，２０，３０，４０を制御して、ＭＳ／ＭＳ測定を行う（ステップＳ１６）。
【００５８】
具体的には、イオン化部１０で生成されたイオンのなかからＮｏ．１のイオン（ｍ／ｚ９２７．４９５３４）を第１質量分析部２０で選択し、選択されたＮｏ．１のイオンを開裂部３０で開裂させ、生成されたプロダクトイオンを第２質量分析部４０で質量分析する。このようにして、ＭＳ／ＭＳ測定が行われる。第２質量分析部４０は、検出結果の情報、すなわちＭＳ／ＭＳ測定の結果の情報を、処理部５０に出力する。
【００５９】
同定部５６は、ＭＳ／ＭＳ測定の結果に基づいて、タンパク質の同定を行う（ステップＳ１８）。
【００６０】
具体的には、同定部５６は、Ｎｏ．１のイオンについてのＭＳ／ＭＳ測定の結果（ＭＳ／ＭＳスペクトル）についてデータベース検索を行い、タンパク質の同定を行う。
【００６１】
同定部５６でタンパク質が同定されなかった場合（ステップＳ２０でＮＯの場合）、処理部５０は、プリカーサーイオンリストのすべてのイオンについてＭＳ／ＭＳ測定を行ったか否かを判定する（ステップＳ２２）。
【００６２】
プリカーサーイオンリストのすべてのイオンのＭＳ／ＭＳ測定を行っていないと判定された場合（ステップＳ２２でＮＯの場合）、プリカーサーイオン選択部５４は、プリカーサーイオンリストから次のイオン（Ｎｏ．２のイオン、ｍ／ｚ１２４９．６３３９５）を選択する（ステップＳ１４）。そして、Ｎｏ．２のイオンについてＭＳ／ＭＳ測定を行い（ステップＳ１６）、ＭＳ／ＭＳ測定の結果に基づいてタンパク質の同定を行う（ステップＳ１８）。
【００６３】
Ｎｏ．２のイオンについても同定されなかった場合（ステップＳ２０でＮＯの場合）、プリカーサーイオン選択部５４は、Ｎｏ．３のイオン（ｍ／ｚ１０４６．５４４）を選択し（ステップＳ１４）、ステップＳ１６〜Ｓ２２の処理を行う。このように、タンパク質が同定されるまで（ステップＳ２０でＹＥＳとなるまで）、または、プリカーサーイオンリストのすべてのイオンのＭＳ／ＭＳ測定が行われるまで（ステップＳ２２でＹＥＳとなるまで）、繰り返しステップＳ１４〜Ｓ２２の処理が行われる。
【００６４】
そして、同定部５６でタンパク質が同定された場合（ステップＳ２０でＹＥＳの場合）、すなわち、同定部５６でのデータベース検索によりタンパク質がヒットした場合、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、同定部５６の同定結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを更新する（ステップＳ２４）。
【００６５】
図４は、プリカーサーイオンリストを更新する処理の一例を示すフローチャートである。
【００６６】
プリカーサーイオンリスト更新部５８は、まず、同定部５６で同定されたタンパク質から予測されるペプチド断片の情報を取得する（ステップＳ２４２）。
【００６７】
例えば、図３に示すＮＯ．７のイオン（ｍ／ｚ１１６３．６２２８９）のＭＳ／ＭＳ測定の結果から同定部５６によってＢＳＡと同定された場合、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、例えば、記憶部６４に記憶されているタンパク質データベース内のＢＳＡの情報から、トリプシンによってＢＳＡを細分化したときの切断箇所を予測して、どのような断片が発生するのか、またそれらの断片の質量を計算してペプチド断片の情報を取得する。
【００６８】
プリカーサーイオンリスト更新部５８は、取得したペプチド断片の情報からペプチドリスト（ペプチド断片の質量のリスト）を作成する。
【００６９】
次に、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、取得したペプチド断片の情報とプリカーサーイオンリストのイオンの情報とを照合する（Ｓ２２４）。具体的には、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、ペプチドリストとプリカーサーイオンリストとを照合する。
【００７０】
図３の例では、計算によって得られたＢＳＡのトリプシンでの細分化によるペプチド断片の質量の情報と、図３に示すプリカーサーイオンリストのイオンの質量とを照合した結果、Ｎｏ．１、Ｎｏ．２、Ｎｏ．４、Ｎｏ．５、Ｎｏ．７、Ｎｏ．８〜１０、Ｎｏ．１２、Ｎｏ．１３、Ｎｏ．１５のイオンが一致していた。なお、ここでは、ペプチドリストのペプチド断片の質量に対するプリカーサーイオンリストのイオンの質量の誤差が２０ｐｐｍ以下のものを一致しているものとした。
【００７１】
次に、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、取得したペプチド断片の情報とプリカーサーイオンリストのイオンの情報とを照合した結果、一致したイオンの情報をプリカーサーイオンリストから削除する（Ｓ２４６）。
【００７２】
図５は、プリカーサーイオンリスト更新部５８が、図３に示すプリカーサーイオンリストを更新した結果の一例を示す表である。図５に示すプリカーサーイオンリストでは、図３に示すプリカーサーイオンリストから、ペプチドリストとの照合で一致したＮｏ．１、Ｎｏ．２、Ｎｏ．４、Ｎｏ．５、Ｎｏ．７、Ｎｏ．８〜１０、Ｎｏ．１２、Ｎｏ．１３、Ｎｏ．１５のイオンが削除されている。この結果、更新されたプリカーサーイオンリストには、６個のイオンが残り、これらのイオンには新たに、Ｎｏ．１〜Ｎｏ．６の番号が付されている。
【００７３】
このようにして、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、プリカーサーイオンリストを更新する。
【００７４】
プリカーサーイオンリスト更新部５８がプリカーサーイオンリストを更新すると、処理部５０は、プリカーサーイオンリストからイオンがなくなったか否かを判定する（ステップＳ２６）。
【００７５】
プリカーサーイオンリストからイオンがなくなっていないと判定された場合（ステップＳ２６でＮＯの場合）、プリカーサーイオン選択部５４は、更新されたプリカーサーイオンリストからイオンを選択する（ステップＳ１４）。
【００７６】
このとき、図５に示す更新後のプリカーサーイオンリストのＮＯ．１およびＮＯ．２のイオン（図３に示す更新前のプリカーサーイオンリストのＮＯ．３とＮＯ．６）は、測定済みであるため、プリカーサーイオン選択部５４は、図５に示す更新後のプリカーサーイオンリストのＮＯ．３のイオン（ｍ／ｚ１５３３．８５５４）を選択する。そして、ステップＳ１６〜Ｓ２６の処理が行われる。
【００７７】
このようにして、処理部５０では、ステップＳ１４〜Ｓ２６の処理が繰り返される。
【００７８】
そして、プリカーサーイオンリスト更新部５８がプリカーサーイオンリストを更新した結果、処理部５０がプリカーサーイオンリストからイオンがなくなったと判定した場合（Ｓ２６でＹＥＳの場合）、または、処理部５０がプリカーサーイオンリストのすべてのイオンについてＭＳ／ＭＳ測定を行ったと判定した場合（ステップＳ２２でＹＥＳの場合）に処理が終了する。
【００７９】
３．特徴
本実施形態に係る質量分析装置１００は、例えば、以下の特徴を有する。
【００８０】
質量分析装置１００では、第１質量分析部２０の検出結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを作成するプリカーサーイオンリスト作成部５２と、プリカーサーイオンリストからイオンを選択して、第１質量分析部２０で選択されるイオンを決定するプリカーサーイオン選択部５４と、第２質量分析部４０の検出結果に基づいて、タンパク質の同定を行う同定部５６と、同定部５６の同定結果に基づいて、プリカーサーイオンリストから所定のイオンの情報を削除して、プリカーサーイオンリストを更新するプリカーサーイオンリスト更新部５８と、を含む。このように、プリカーサーイオンリスト更新部５８が、同定部５６の同定結果に基づいて、プリカーサーイオンリストを更新するため、質量分析装置１００では、同定されたタンパク質に由来するイオンについてのＭＳ／ＭＳ測定が行われない。これにより、例えばプリカーサーイオンリストのすべてのイオンについてＭＳ／ＭＳ測定を行ってからタンパク質の同定を行う場合と比べて、測定回数を減らすことができる。したがって、測定が繰り返されることによる試料の消耗を軽減することができる。そのため、例えば、質の高いデータを得ることができ、タンパク質同定のヒット率を上げることができる。さらに、測定時間の短縮を図ることができる。
【００８１】
また、例えばプリカーサーイオンリストの更新が行われない場合、ピーク強度が小さいイオン、すなわち含有量の少ないタンパク質に由来するペプチド断片については、ピーク強度が大きい順に測定が行われると測定が行われるまでに試料が消耗してしまい質の高い測定データが得られない場合がある。そのため、含有量の少ないタンパク質の同定のヒット率が低下してしまうという問題がある。質量分析装置１００では、上述のように測定回数を減らすことができるため、含有量の少ないタンパク質であってもタンパク質同定のヒット率を高めることができる。
【００８２】
質量分析装置１００では、プリカーサーイオンリスト更新部５８は、同定部５６で同定されたタンパク質のペプチド断片の情報（試料を細分化したときと同じ消化酵素での細分化によるペプチド断片の情報）を取得し、取得した当該ペプチド断片の情報とプリカーサーイオンリストのイオンの情報とを照合して一致したイオンの情報をプリカーサーイオンリストから削除する。これにより、同定されたタンパク質に由来するイオンについて、ＭＳ／ＭＳ測定を行わないことができる。
【００８３】
質量分析装置１００では、プリカーサーイオン選択部５４は、プリカーサーイオンリスト更新部５８によってプリカーサーイオンリストが更新された場合に、更新されたプリカ
ーサーイオンリストからイオンを選択する。これにより、同定されたタンパク質に由来するイオンについて、ＭＳ／ＭＳ測定を行わないことができる。
【００８４】
本発明は、実施の形態で説明した構成と実質的に同一の構成（例えば、機能、方法および結果が同一の構成、あるいは目的及び効果が同一の構成）を含む。また、本発明は、実施の形態で説明した構成の本質的でない部分を置き換えた構成を含む。また、本発明は、実施の形態で説明した構成と同一の作用効果を奏する構成又は同一の目的を達成することができる構成を含む。また、本発明は、実施の形態で説明した構成に公知技術を付加した構成を含む。
【符号の説明】
【００８５】
１０…イオン化部、２０…第１質量分析部、３０…開裂部、４０…第２質量分析部、５０…処理部、５２…プリカーサーイオンリスト作成部、５４…プリカーサーイオン選択部、５６…同定部、５８…プリカーサーイオンリスト更新部、５９…制御部、６０…表示部、６２…操作部、６４…記憶部、１００…質量分析装置
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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