(57)【要約】      （修正有）【課題】個人のゲノムプロフィールに基づいた個人の行動計画の方法及びシステムを提供する。【解決手段】個人の遺伝子型と少なくとも１つの疾病又は病状との間の関係を評価する。そして個人の行動計画における種々の推薦についての評点をが、ゲノムプロフィール、遺伝的複合指数（ＧＣＩ）、ＧＣＩ  Ｐｌｕｓ評点に基づいて決定し、人々の健康及びウェルビーイングの改善について人々を動機づけ、そして勇気づけるための誘因とする。推薦は、医学的推薦や、運動レジメ、運動活性、食事計画、栄養物などの非医学的推薦を含む。【選択図】図４Ａ
2015064884.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個人化された行動計画における種々の推薦のための評価システムであって、
前記推薦の個々は、評点を与えられ、
前記評点の個々は、個人に与えられる評点に対応し、
前記個人に与えられる前記評点が、前記個人のゲノムプロフィールに基づいてコンピューターにより決定される、評価システム。
【請求項２】
個人化された行動計画における種々の推薦のための評価システムであって、
前記推薦の個々は、評点を与えられ、
前記評点の個々は、個人に与えられる評点に対応し、
前記個人に与えられる前記評点が、前記個人の遺伝的複合指数（GCI）又はGCI Plus評点に基づいてコンピューターにより決定される、評価システム。
【請求項３】
前記評点が、数、色、文字、又はその組合せである、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項４】
推薦が、医薬的推薦を包含する、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項５】
前記非医薬的推薦が、運動レジメである、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項６】
前記非医薬的推薦が、運動活性である、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項７】
前記非医薬的推薦が、食事計画である、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項８】
前記非医薬的推薦が、栄養物である、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項９】
前記評価システムが、二元システムにより提供される、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項１０】
前記ゲノムプロフィールが、高密度DNAマイクロアレイ又はPCRに基づく方法を用いて得られる、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項１１】
前記ゲノムプロフィールが、前記個人からの遺伝子サンプルを増幅することにより得られる、請求項１又は２記載の評価システム。
【請求項１２】
個人化された行動計画における推薦のための評点を個人に供給するための方法であって、
（ａ）前記個人のゲノムプロフィールを入手し；
（ｂ）前記個人についての少なくとも１つの評点を決定し、ここで前記評点が前記ゲノムプロフィールに基づいてコンピューターにより決定され；そして
（ｃ）前記コンピューターから出力された前記評点を、前記個人又は前記個人の健康管理マネージャーに報告することを含んで成る方法。
【請求項１３】
個人化された行動計画における推薦のための評点を個人に供給するための方法であって、
（ａ）コンピューターを用いて、前記個人についてのGCI又はGCI Plus評点を生成し；
（ｂ）前記個人についての少なくとも１つの評点を決定し、ここで前記評点が前記GCI又はGCI Plus評点に基づいて前記コンピューターにより決定され；そして
（ｃ）前記コンピューターから出力された前記評点を、前記個人又は前記個人の健康管理マネージャーに報告することを含んで成る方法。
【請求項１４】
前記評点が、色、文字又は数により提供される、請求項12又は13記載の方法。
【請求項１５】
前記評点が、個人化された行動計画に基づく推薦に対応する、請求項12又は13記載の方法。
【請求項１６】
推薦が、医薬的推薦を包含する、請求項12又は13記載の方法。
【請求項１７】
前記非医薬的推薦が、運動活性である、請求項12又は13記載の方法。
【請求項１８】
前記非医薬的推薦が、食事計画である、請求項12又は13記載の方法。
【請求項１９】
前記非医薬的推薦が、栄養物である、請求項12又は13記載の方法。
【請求項２０】
前記評価システムが、二元システムにより提供される、請求項12又は13記載の方法。
【請求項２１】
前記ゲノムプロフィールが、高密度DNAマイクロアレイ又はPCRに基づく方法を用いて得られる、請求項12記載の方法。
【請求項２２】
前記ゲノムプロフィールが、前記個人からの遺伝子サンプルを増幅することにより得られる、請求項12記載の方法。
【請求項２３】
個人の健康を改善するためにその個人を動機づけるための方法であって、
（ａ）前記個人のゲノムプロフィールを入手し；
（ｂ）コンピューターを用いて前記個人についての個人化された行動計画を生成し；
（ｃ）段階（ｂ）においてコンピューターから生成された前記個人化された行動の計画に基づく推薦の達成と、前記個人についての少なくとも１つの誘因とを関連づけ；そして
（ｄ）前記達成が遂行される場合、前記個人に前記誘因を与えることを含んで成る方法。
【請求項２４】
個人の健康を改善するためにその個人を動機づけるための方法であって、
（ａ）前記個人のゲノムプロフィールを入手し；
（ｂ）前記コンピューターを用いて前記個人についての少なくとも１つのGCI又はGCI Plus評点を生成し；
（ｃ）段階（ｂ）において前記コンピューターから生成される少なくとも１つのGCI又はGCI Plus評点の改善性と、前記個人についての少なくとも１つの誘因とを関連づけ、そして
（ｄ）前記改善が達成される場合、前記個人に前記誘因を与えることを含んで成る方法。
【請求項２５】
前記誘因が使用者、友達又は家族メンバーにより提供される、請求項23又は24記載の方法。
【請求項２６】
前記個人が社員である、請求項23又は24記載の方法。
【請求項２７】
前記誘因が、健康貯金口座、特別な休暇日、又は前記個々の医学的計画のための高められた使用者補助金への前記個人の使用者による寄与である、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記誘因が現金である、請求項23又は24記載の方法。
【請求項２９】
前記誘因が、医薬製品、健康製品、健康クラブメンバーシップ、医学的補足、医学的装置、更新されたGCI又はGCI Plus評点、更新された個人化された行動計画又はオンラインコミュニティーへのメンバーシップである、請求項23又は24記載の方法。
【請求項３０】
前記誘因が、医薬製品、健康製品、健康クラブメンバーシップ、医学的補足、医学的装置、更新されたGCI又はGCI Plus評点、更新された個人化された行動計画又はオンラインコミュニティーへのメンバーシップについての割引、補助金又は還付である、請求項23又は24記載の方法。
【請求項３１】
前記誘因が、オンラインコミュニティーを通しての支援である、請求項23又は24記載の方法。
【請求項３２】
前記ゲノムプロフィールが、高密度DNAマイクロアレイ又はPCRに基づく方法を用いて得られる、請求項23又は24記載の方法。
【請求項３３】
前記ゲノムプロフィールが、前記個人からの遺伝子サンプルを増幅することにより得られる、請求項23又は24記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、個人化された行動計画についての方法及びシステムに関する。
【背景技術】
【０００２】
ゲノムにおける遺伝子変動、例えは一つのヌクレオチド多形現象（SNP）、突然変異、欠失、挿入、反復、マイクロサテライト及び他のものは、種々の表現型、例えば疾病又は病状に関連する。個々の遺伝子変動は、個人化された表現型プロフィールを創造する、異なった表現型への個人の素質を決定するために同定され、そして関連づけられ得る。
個人の表現型プロフィールは、一定の表現型を有することの個人の危険性又は傾向の個人化された評価を提供し、そして個人は、特定条件についての危険性を低めるか又は高めるために、医学的及びライフスタイル選択に興味がある。個人は、非遺伝子的因子、例えば過去及び現在の環境及びライフスタイル因子をまた、さらに包含することができる、個人のゲノムプロフィールを統合する個人化された行動計画から有益であり得る。
【０００３】
従って、個人化された行動計画は、彼らの健康及び精神衛生において情報化され、そして適切な選択を行うために、個人、又は彼らの健康管理マネージャーのためのカスタマナイズされたアプローチを提供する。従って、容易に追従できる行動計画中に適切な医学及びライフスタイルの選択を行うための個人のゲノムプロフィールを統合し、そして任意には、それらの個人化された行動計画に追従するよう個人を動機づけるための誘因を有することができるシステムを、個人及び彼らの健康ケアー管理人に提供する必要性が存在する。ここに開示される態様は、それらの必要性を満たし、そして関連する利点も提供する。
【発明の概要】
【０００４】
本発明は、個人のゲノムプロフィールに基づいて個人化された行動計画を生成するための方法及びシステムを提供する。より健康なライフスタイルを導くよう個人を動機づけるための方法及びシステム、例えば個人の行動計画の追及を促進する方法もまた提供される。
【０００５】
推薦の個々が評価を与えられている、個人化された行動計画における種々の推薦についての評価システムが本明細書に記載されている。前記評価はコンピューターにより生成されるか又は決定され得る。個々の評価は個人に与えられる評価に対応し、ここで個人に与えられる評価は個人のゲノムプロフィールに基づかれる。個人に与えられる評価は、遺伝的複合指数（GCI）又はGCI Plus評点に基づかれる。いくつかの態様においては、評価は、コンピューターにより決定され得るGCI又はGCI Plus評点にもとづいて、コンピューターにより生成される。次に、コンピューターが、個人又は個人の健康ケアー管理人にその評価を与える。ゲノムプロフィールは、高密度DNAマイクロアレイ、PCRに基づく方法、例えば即時PCR、又はそれらの組合せを用いて、個人からの遺伝子サンプルを増幅することにより得られる。
【０００６】
評価は、数、色、文字、又はそれらの組合せであり得、そして評価は種々の推薦、例えば１又は複数の非医薬的推薦のためであり得るが、但しそれらだけには限定されない。非医薬的推薦は、運動レジメ、運動活性、食事計画又はそれらの組合せであり得る。非医薬的推薦はまた、栄養物、例えば食品、ビタミン及び同様のもののタイプでもあり得る。さらに、評価は、二元システムにより提供される評価システムの一部であり得、例えば評価は２種の表示の１つであり得る。
【０００７】
個人のゲノムプロフィールを入手し、そしてそのゲノムプロフィールに基づかれる、個人のための少なくとも１つの評価を決定することを含んで成る、個人に個人化された行動計画における推薦のための評価を提供するための方法がまた、本発明書に、開示される。いくつかの態様においては、個人化された行動計画における推薦のための評価を個人に提供するための方法は、個人のためのGCI又はGCI Plus評点を生成し、そしてGCI又はGCI Plus評点に基づかれる、個人のための少なくとも１つの評価を決定することを含んで成る。
【０００８】
個人の健康を改善するために個人を動機づけするための方法がまた本明細書において提供され、ここで前記方法は、前記個人のゲノムプロフィールを入手し、前記個人についての個人化された行動計画を生成し、前記個人化された行動の計画に基づく推薦の達成と、前記個人についての少なくとも１つの誘因とを関連づけ、そして前記達成が遂行される場合、前記個人に前記誘因を与えることを含んで成る。いくつかの態様においては、個人の健康を改善するために個人を動機づけるための方法は、前記個人のゲノムプロフィールを入手し、前記個人についての少なくとも１つのGCI又はGCI Plus評点を生成し、少なくとも１つのGCI又はGCI Plus評点の改善性と、前記個人についての少なくとも１つの誘因とを関連づけ、そして前記改善が達成される場合、前記個人に前記誘因を与えることを含んで成る。
【０００９】
いくつかの態様においては、個人化された行動計画は、コンピューターにより生成されるか、又は決定される。例えば、コンピューターは、個人についてのGCI又はGCI Plus評点を生成することができ、そして次に、個人化された行動計画を生成するためにGCI又はGCI Plus評点を使用する。次に、個人化された行動計画は、個人、又は個人の健康ケアー管理人に、コンピューターにより提供され得る。
【００１０】
いくつかの態様においては、誘因は使用者、友達又は家族メンバーにより提供される。従って、いくつかの態様においては、個人が社員であり、そして誘因は、健康貯金口座、特別な休暇日、又は前記個々の医学的計画のための高められた使用者補助金への前記個人の使用者による寄与である。
【００１１】
誘因はまた、現金、医薬製品、健康製品、健康クラブメンバーシップ、医学的補足、医学的装置、更新されたGCI又はGCI Plus評点、更新された個人化された行動計画又はオンラインコミュニティーへのメンバーシップでもあり得る。いくつかの態様においては、前記誘因は、医薬製品、健康製品、健康クラブメンバーシップ、医学的補足、医学的装置、更新されたGCI又はGCI Plus評点、更新された個人化された行動計画又はオンラインコミュニティーへのメンバーシップについての割引、補助金又は還付である。さらに他の態様においては、誘因は、オンラインコミュニティーを通して得られた支援である。
【００１２】
引用による組み込み：
本明細書に言及されるすべての出版物、特許及び特許出現は、それぞれの個々の出版物、特許又は特許出願が引例により組み込まれることを特別に及び個々に示されているかのように、同じ程度に引例により、本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
ここに開示される態様の新規特徴が、特許請求の範囲に特別に示されている。本発明の特徴及び利点の良好な理解が、本発明の原理が使用される、例示態様を示す次の詳細な記載により得られ、そして付随する図面は次の通りである。
【図１】図１は、クローン病についての受容体作動特徴（ROC）曲線のグラフである。底の線はランダム予測に対応し、そして上部の線は、遺伝子変数が知られている場合、理論的予測に対応する。最初の中間線はGCIに対応し、そして第２の中間線はロジスティック回帰により得られる曲線に対応する。
【００１４】
【図２】図２は、タイプ２糖尿病についてのROC曲線のグラフである。底の線はランダム予測に対応し、そして上部の線は、遺伝子変数が知られている場合、理論的予測に対応する。最初の中間線はGCIに対応し、そして第２の中間線はロジスティック回帰により得られる曲線に対応する。
【図３】図３は、リウマチ様関節炎についてのROC曲線のグラフである。底の線はランダム予測に対応し、そして上部の線は、遺伝子変数が知られている場合、理論的予測に対応する。最初の中間線はGCIに対応し、そして第２の中間線はロジスティック回帰により得られる曲線に対応する。
【００１５】
【図４Ａ】図4Aは、個人のゲノムプロフィールに基づいての個人についての評価システムを表し、直腸癌及び糖尿病に傾いた個人についての個人化された行動計画における食物評価を表す。
【図４Ｂ】図4Bは、個人のゲノムプロフィールに基づいての個人についての評価システムを表し、この評価システムを用いての丸パンのないプレーンバーガーを表す。
【図４Ｃ】図4Cは、個人のゲノムプロフィールに基づいての個人についての評価システムを表し、この評価システムを用いてのブロッコリーを表す。
【図４Ｄ】図4Dは、個人のゲノムプロフィールに基づいての個人についての評価システムを表し、この評価システムを用いてのリンゴを表す。
【図５】図５は、ネットワーク上でのゲノム及び表現型プロフィール、及び個人化された行動計画の分析及び伝達についてのシステムの図解を表す。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
特定の記載：
個人のゲノムプロフィールに基づいて個人化された行動計画を生成するための方法及びシステムが本明細書に開示される。より健康なライフスタイルを導くよう個人を動機づけるための方法及びシステム、例えば個人の行動計画の追及を促進する方法もまた提供される。
【００１７】
ゲノムプロフィール：
個人のゲノムプロフィールは、遺伝子変動又はマーカーに基づいて個人の遺伝子についての情報を含む。遺伝子変動は、ゲノムプロフィールを作り上げる遺伝子型を形成することができる。そのような遺伝子変動又はマーカーは次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない：単一ヌクレオチド多形現象（SNP）、単一及び/又は多重ヌクレオチド反復体、単一及び/又は多重ヌクレオチド欠失、マイクロサテライト反復体（典型的名５−1,000反復体単位を有する少数のヌクレオチド反復体）、二ヌクレオチド反復体、三ヌクレオチド反復体、配列転位（トランスロケーション及び重複を包含する）、コピー数変動（特定の遺伝子座での損失及び獲得の両者）、及び同様のもの。他の遺伝子変動は、染色体重複及びトランスロケーション、及びセントロメア及びテロメア反復体を包含する。
【００１８】
遺伝子型はまた、ハプロタイプ及び二倍体も包含することができる。いくつかの態様においては、ゲノムプロフィールは、少なくとも100, 000、300,000、500,000又は1,000,000の遺伝子型を有する。いくつかの態様においては、ゲノムプロフィールは、実質的に、個人の完全なゲノム配列であり得る。他の態様においては、ゲノムプロフィールは、個人の完全なゲノム配列の少なくとも60％、80％又は95％である。ゲノムプロフィールは、個人の完全なゲノム配列の約100％であり得る。標的物を含む遺伝子サンプルは、増幅されていないゲノムDNA又はRNAサンプル又は増殖されたDAN（又はcDNA）を包含するが、但しそれらだけには限定されない。標的物は、特に興味の対象である遺伝子マーカーを含む、ゲノムDNAの特定領域であり得る。
【００１９】
ゲノムプロフィールを得るために、個人の遺伝子サンプルが、個人の生物学的サンプルから単離され得る。生物学的サンプルは、遺伝子材料、例えばRNA及び/又はDNAが単離され得るサンプルを包含する。そのような生物学的サンプルは、血液、髪、皮膚、唾液、精液、尿、糞便、汗、頬及び種々の体組織を包含するが、但しそれらだけには限定されない。組織サンプルは個人から直接的に集められ得、例えば頬サンプルは、個人の頬内から綿棒を用いて取ることにより得られる。他のサンプル、例えば唾液、精液、尿、糞便又は汗はまた、個人自体により供給され得る。他の生物学的サンプルは、健康管理専門家、例えば瀉血専門医、看護婦又は医師により採取され得る。例えば、血液サンプルは、看護婦により個人から採血され得る。組織バイオプシーは、健康管理専門家により実施され、そして市販のキットはまた、サンプルを効果的に得るために健康管理専門家に容易に利用できる。小さな円柱状の皮膚が除かれ得るか、又は針を用いて、組織又は液体の小サンプルが除かれ得る。
【００２０】
サンプル採取キットがまた、個人に提供され得る。キットは、個人の生物学的サンプルのためのサンプル採取容器を含むことができる。キットはまた、個人自身のサンプルを直接採取するための個人のための説明書、例えば髪、尿、汗又は唾液をどれぐらい供給するのか説明書を提供する。キットはまた、健康ケアー専門家により取られる組織サンプルを要求する個人のための説明書も含むことができる。キットは、サンプルが第三者により取られる位置を包含し、例えば、キットは、個人からサンプルを採取する健康ケアー施設に供給され得る。キットはまた、遺伝子材料が生物学的サンプルから単離されるサンプル加工施設に送られるべきサンプルについてのリターン包装も提供することができる。
【００２１】
DNA又はRNAの遺伝子サンプルは、いくつかの良く知れている生化学及び分子生物学的方法のいずれかに従って生物学的サンプルから単離され得る。例えば、Sambrook, et al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (1989)を参照のこと。生物学的サンプルからDNA又はRNAを単離するためのいくつかのキット及び試薬、例えばDNA Genotek、Gentra Systems、Qiagen、Ambion、及び他の供給からのそれら（但し、それらだけには限定されない）が存在する。頬用サンプルキットは、例えばEpicentre BiotechnologiesからのMasterAmpTM Buccal Swab DNA抽出キットが容易に入手でき、そして血液サンプルからのDNA抽出のためのキットは、Sigma AldrichからのExtract−N−AmpTMである。他の組織からのDNAは、プロテアーゼ及び熱により組織を消化し、サンプルを遠心分離し、そして所望しない材料を抽出し、水性相にDNAを残すためにフェノール−クロロホルムを使用することにより得られる。DNAはさらに、エタノール沈殿により単離され得る。
【００２２】
例えば、ゲノムDNAは、DNA GenotekからのDNA自己採取キットを用いて、唾液から単離され得る。個人は前記キットを用いて臨床学的加工のための唾液の検体を集め、そしてサンプルは便利には、貯蔵され、そして室温で送られる。加工のために適切な実験室へのサンプルの供給の後、DNAは典型的には、採取キット供給者により供給される試薬を用いて、サンプルを、50℃で少なくとも１時間、熱変性し、そしてプロテアーゼ消化することにより単離される。サンプルは次に、遠心分離され、そして上清液がエタノール沈殿される。DNAペレットが、続く分析のために適切な緩衝液に懸濁される。
【００２３】
RNAは、遺伝子サンプルとして使用され得、例えば発現される遺伝子変動はmRNAから同定され得る。mRNAは、プレ−mRNA転写体、転写体プロセッシング中間体、翻訳の準備が生きている成熟mRNA、及び遺伝子又は複数の遺伝子、又はmRNA転写体由来の核酸の転写体を包含するが、但しそれらだけには限定されない。転写体プロセッシングは、スプライシング、修正及び変性を包含する。本明細書において使用される場合、mRNA転写体由来の核酸は、mRNA転写体又はその副配列が究極的には、鋳型として作動される。それらの合成のための核酸を言及する。従って、mRNAから逆転写されたcDNA、cDNAから増幅されたDNA、増幅されたDNAから転写されたRNA、等はすべて、mRNA転写体に由来する。RNAは、当業界において知られている方法、例えばPreAnalytiXから入手できるPAXgeneTM Blood RNA Systeを用いて、分別されていない完全な血液からのRNAの単離を用いて、いくつかの体組織のいずれかから単離され得る。典型的には、mRNAは、cDNAを逆転写するために使用され、これは次に、遺伝子変動分析のために使用されるか、又は増幅される。
【００２４】
ゲノムプロフィール分析の前、遺伝子サンプルは、RNAから逆転写されたDNA又はcDNAから増幅され得る。DNAは、PCRを用いる多くの方法により増幅され得る。例えば、PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification (Ed. H. A. Erlich, Freeman Press, NY, N. Y, 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Eds. Innis, et al, Academic Press, San Diego, Calif., 1990); Mattila et al, Nucleic Acids Res. 19, 4967 (1991); Eckert et al., PCR Methods and Applications 1, 17 (1991); PCR (Eds. McPherson et al., IRL Press, Oxford); 及びアメリカ特許第4,683,202号、 第4,683,195号、第4,800,159号、第4,965,188号、及び 第5,333,675号（それらは、引用により本明細書に組込まれる）を参照のこと。
【００２５】
他の適切な増幅方法は、リガーゼ鎖反応（LCR）（例えば、Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988) and Barringer et al. Gene 89: 117 (1990)）、転写増幅（Kwoh et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177 (1989) 及びWO88/10315号）、自立性配列複製（Guatelli et al, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87:1874-1878 (1990) and WO90/06995）、標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅（アメリカ特許第6,410,276号）、コンセンサス配列プライムされたポリメラーゼ鎖反応（CP-PCR）（アメリカ特許第4,437,975号）、任意にプライムされたポリメラーゼ鎖反応（AP-PCR）（アメリカ特許第5,413,909号、及び第5,861,245号）、核酸配列に基づく増幅（NASBA）、ローリングサークル型増幅（RCA）、多置換増幅（MDA）（アメリカ特許第6,124,120号及び第6,323,009号）及びサークル−to−サークル増幅（CZCA）（DaM et al Proc. Natl. Acad. Sci 101:4548- 4553 (2004)）を包含する。（引用により本明細書に組込まれるアメリカ特許第5,409,818号、第5,554,517号及び第6,063,603号を参照のこと）。使用され得る他の増幅方法は、アメリカ特許第5,242,794号、第5,494,810号、第5,409,818号、第4,988,617号、第 6,063,603号及び第5,554,517号及びアメリカ出願番号09/354,317号（それらの個々は、引用により本明細書に組込まれる）に記載される。
【００２６】
ゲノムプロフィールの生成は、いくつかの方法のいずれかを用いて実施され得る。遺伝子変動を同定するためのいくつかの方法は、当業界において知られており、そして次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない：いくつかの方法のいずれかによるDNA配列決定、PCRに基づく方法、フラグメント長多形現象アッセイ（制限フラグメント長多形現象（RFLP）、切断フラグメント長多形現象（CFL8））、鋳型として対立遺伝子−特異的オリゴヌクレオチドを用いてのハイブリダイゼーション方法（例えば、さらに本明細書に記載されるTaqManアッセイ及びマイクロアレイ）、プライマー延長反応を用いる方法、質量分光法（例えば、MALDI−TOF/MS方法）、及び同様の方法、例えばKwok, Pharmocogenomics 1:95-100 (2000)に記載される方法。他の方法は、インベーダー方法、例えばモノプレックス及びバイプレックスインベーダーアッセイ（例えば、hird Wave Technologies, Madison, WIから入手でき、そしてOlivier et al, Nucl Acids Res. 30:e53 (2002)に記載される）。
【００２７】
例えば、高密度DNAは、ゲノムプロフィールを生成するために使用され得る。そのようなアレイはAffymetrix 及び Illuminaから市販されている（Affymetrix GeneChip（商標） 500K Assay Manual, Affymetrix, Santa Clara, CA (引例により組込まれる); Sentrix（商標） humanHap650Y genotyping beadchip, Illumina, San Diego, CAを参照のこと）。高密度アレイは、SNPである遺伝子変動を含んで成るゲノムプロフィールを生成するために使用され得る。例えば、SNPプロフィールは、Affymetrix Genome Wide Human SNP Array 6.0を用いて、900,000以上のSNPを遺伝子型決定することにより生成され得る。
【００２８】
他方では、全ゲノムサンプリング分析を通して500,000以上のSNPが、Affymetrix GeneChip Human Mapping 500K Array Setを用いることにより決定され得る。それらのアッセイにおいては、ヒトゲノムのサブセットが、制限酵素消化されたアダプター連結されたヒトゲノムDNAを用いて単一プライマー増幅反応を通して増幅される。典型的には次に、増幅されたDNAがフラグメント化され、そしてサンプルの品質が、被覆されたガラス表面上の特定の位置でDNAプローブを有するマイクロアレイへのハイブリダイゼーションのためにサンプルを変性し、そしてラベリングする前、決定される。増幅されたDNA配列の関数としての個々のプローブにハイブリダイズするラベルの量がモニターされ、それにより、配列情報及び得られるSNP遺伝子型が得られる。
【００２９】
抗密度アレイの使用は当業界において良く知られており、そして市販されている場合、その製造業者の説明書に従って実施される。例えば、Affymetrix GeneChipの使用は、NspI又はStyI制限エンドヌクレアーゼによる単離されたゲノムDNAの消化を包含する。次に、消化されたDNAは、それぞれ、NspI又はStyI制限されたDNAにアニーリングする、NspI又はStyIアダプターオリゴヌクレオチドにより連結される。次に、連結に続いて、アダプター含有DNAは、PCRにより増幅され、ゲル電気泳動により確かめられる場合、200〜1100の塩基対の増幅されたDNAフラグメントが生成される。増幅標準と適合するPCR生成物が精製され、そしてフラグメント化のために定量化される。PCR生成物は、最適なDNAチップハイブリダイゼーションのためにDNアーゼIによりフラグメント化される。
【００３０】
フラグメント化に続いて、DNAフラグメントは、ゲル電気泳動により確かめられる場合、250以下の塩基対、及び平均して、約180の塩基対である。フラグメント化標準と適合するサンプルは次に、末端デオキシヌクレオチドトランスフェラーゼを用いて、ビオチン化合物によりラベルされる。ラベルされたフラグメントは次に変性され、そして次に、GeneChip 250kアレイにハイブリダイズされる。ハイブリダイゼーションに続いて、アレイは、染色され、続いてストレプタビジンフィコエリチン（SA PE）染色、続いて、ビオチニル化された抗−ストレプタビジン抗体（ヤギ）による抗体増幅段階、及びストレプタビジンフィコエリチン（SAPE）による最終染色から成る３段階工程においてスキャンされる。ラベリングの後、アレイはアレイ保持緩衝液により被覆され、そして次に、例えばスキャナー、例えばAffymetrix GeneChip Scanner 3000により走査される。
【００３１】
高密度アレイの走査に続くデータの分析は、製造業者のガイドラインに従って実施され得る。例えばAffymetrix GeneChipに関しては、生データの獲得は、GeneChip Operating Software (GCOS)の使用によるか、又はAffymetrix GeneChip Command Console（商標）を用いることによる。次に、生データの獲得に続いて、GeneChip Genotyping Analysis Software (GTYPE)による分析が伴う。一定％以下のGTYPEコール率を有するサンプルは排除され得る。例えば、約70, 75, 80, 85, 90又は95％以下のコール率は排除され得る。次に、サンプルは、BRLMM及び/又はSNiPerアルゴリズム分析により試験される。最終的に、関連分析が行われ、そして0.45以下のSNiPer品質指数及び0.00001以下のHardy-Weinberg p−値を有するサンプルが排除される。
【００３２】
DNAマイクロアレイ分析に代わるものとして、又はその分析の他に、遺伝子変動、例えばSNP及び突然変異が、他のハイブリダイゼーションに基づく方法、例えばTaqMan方法及びその変動の使用により検出され得る。TaqMan PCR、反復TaqMan、及び即時PCR（RT-PCR）のほかの変動、例えばLivak et al, Nature Genet, 9, 341-32 (1995)及びRanade et al. Genome Res., 11, 1262-1268 (2001)に記載されるそれらが、本明細書に開示される方法に使用され得る。いくつかの態様においては、特定の遺伝子変動、例えばSNPのためのプローブは、TaqManプローブを形成するためにラベルされる。そのプローブは典型的には、少なくとも12、15、18又は20の長さの塩基対である。
【００３３】
それらは約10〜70、15〜60、20〜60又は18〜22の長さの塩基対であり得る。プローブは、5’末端でレポーターラベル、例えば蛍光団により、及び3’末端でラベルの消光剤によりラベルされる。レポーターラベルは、消光剤に非常に接近して、例えばプローブの長さほどに接近して存在する場合、阻害されるか又は消光されるその蛍光を有するいずれかの蛍光分子であり得る。例えば、レポーターラベルは、蛍光団、例えば６−カルボキシフルオレセイン（FAM）、テトラクロロフルオレセイン（TET）又はそれらの誘導体、及び消光剤テトラメチルローダミン（TAMRA）、ジヒドロシクロピロロインドールトリペプチド（MGB）、又はそれらの誘導体であり得る。
【００３４】
レポーター蛍光団及び消化剤はプローブの長さ分かれて存在する場合蛍光は消光される。プローブが標的配列、例えばサンプルにおけるSNPを含む配列にアニーリングする場合、5’〜3’エキソヌクレアーゼ活性を有するDNAポリメラーゼ、例えばTaqポリメラーゼは、プライマーを拡張し、そしてエキソヌクレアーゼ活性はプローブを分解し、消光剤からレポーターを分離し、そして従って、レポーターは蛍光できる。前記工程は、例えばRT-PCRにおいて反復され得る。TaqManプローブは典型的には、配列を増幅するよう企画される２種のプライマー間に位置する標的配列に対して相補的である。従って、PCR生成物の蓄積は、個々のプローブは新しく生成されたPCR生成物にハイブリダイズすることができるので、開放された蛍光団の蓄積に相互関係する。開放される蛍光団は、測定され得、そして存在する標的配列の量が決定され得る。高い処理能力の遺伝子型決定のためのRT-PCR方法。
【００３５】
遺伝子変動はまた、DNA配列決定により同定され得る。DNA配列決定は、個人のゲノム配列の実質的な部分、又は全体を配列決定するために使用され得る。従来、通常のDNA配列決定は、鎖−末端化されたフラグメントの集団を決定するためにポリアクリルアミドゲル分別に基づかれて来た（Sanger et ah, Proc. Natl. Acad. ScL USA 74:5463-5467 (1977)）。他の方法が、DNA配列決定の速度及び容易性を高めるために開発されており、そして開発され続けている。例えば、高い処理能力及び単一分子配列決定プラットホームは市販されているか、又は454 Life Sciences (Branford, CT) (Margulies et al, Nature 437:376-380 (2005)); Solexa (Hayward, CA); Helicos BioSciences Corporation (Cambridge, MA) (2005年、６月23日に出願されたアメリカ特許出願番号第11/167046号), 及びLi-Cor Biosciences (Lincoln, NE) (2005年、４月29日に出願されたアメリカ特許出願番号第11/118031号)からの開発下にある。
【００３６】
個人のゲノムプロフィールが生成された後、そのプロフィールはデジタル的に貯蔵される。プロフィールは、完全な態様でデジタル的に貯蔵され得る。ゲノムプロフィールは、コンピューター読み取り可能フォーマット、例えばデータセットの部分として貯蔵されるコンピューター読み取り可能媒体にコードされ、そしてデータベースとして貯蔵され得、ここでゲノムプロフィールが“保持され”、そして後で再びアクセスされ得る。データセットは、多くのデータ点を含んで成り、ここで個々のデータ点は、個人に関連する。個々のデータ点は多くのデータ要素を有することができる。１つのデータ要素は、個々のゲノムプロフィールを同定するために使用されるユニーク識別子である。
【００３７】
そのユニーク識別子はバーコードであり得る。もう１つのデータ要素は遺伝子型情報、例えば個人のゲノムのSNP又はヌクレオチド配列である。遺伝子型情報に対応するデータ要素はまた、データ点に含まれ得る。例えば、遺伝子型情報がマイクロアレイ分析により同定されるSNPを含む場合、他のデータ要素はマイクロアレイSNP同定番号を含むことができる。他方では、遺伝子型情報が他の手段、例えばRT−PCR方法（例えば、TaqManアッセイ）により同定される場合、データ要素は、蛍光レベル、プライマー情報及びプローブ配列を含むことができる。他のデータ要素は、SNP rs番号、多形現象ヌクレオチド、遺伝子型情報の染色体位置、データの品質メトリクス、生データファイル、データのイメージ、及び抽出された集約スコアを包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【００３８】
個々の特定因子、例えば物理的データ、医薬的データ、民族性、祖先、地理学、性別、年齢、家族歴史、知られている表現型、人口統計データ、露光データ、ライフスタイルデータ、行動データ、及び他の既知表現型がまた、データ要素として組込まれ得る。例えば因子は、個人の出生地、親及び/又は祖父母、類縁の祖先、常駐域の位置、祖先の常駐域の位置、環境条件、既知の健康状態、既知の薬物相互作用、家族の健康状態、ライフスタイル条件、食事、運動習慣、結婚暦、及び身体系測、例えば体重、身長、コレステロールレベル、心拍数、血圧、グルコースレベル、及び当業界において知られている他の測定を包含するが、但しそれらだけには限定されない。個人の類縁又は祖先、例えば親及び祖父母について上記因子はまた、個人の要素として組込まれ、そして表現型又は状態についての個人の危険性を決定するために使用され得る。
【００３９】
特定の因子が、アンケートから、又は個人の健康ケアー管理人から得られる。次に、“保存された”プロリールからの情報は、所望により、アクセスされ、そして利用され得る。例えば、個人の遺伝子型相互関係の初期評価においては、個人の完全な情報（典型的には、SNP又は完全なゲノムを通しての、又はそのゲノムから取られる他のゲノム配列）が、遺伝子型相互関係のために分析されるであろう。副配列分析においては、貯蔵された、又は保存されたゲノムプロフィールからの完全な情報又はその一部が、所望によりアクセスされ得る。
【００４０】
相互関係及び表現型プロフィール：
ゲノムプロフィールは、表現型プロフィールを生成するために使用される。ゲノムプロフィールは典型的には、デジタル保存され、そして表現型プロフィールを生成するためにいずれかの時点で容易にアクセスされる。表現型プロフィールは、遺伝子型と表現型とを相互関係するか又は関連づける規則を適用することにより生成される。規則は、遺伝子型と表現型との間の相互関係を示す科学調査に基づいて作られ得る。相互関係は１又は複数の専門家の委員会により、個人の遺伝子型と表現型との間の関係が決定され得る。個人のための表現型プロフィールがこの決定を有するであろう。決定は、個人の遺伝子型と所定の表現型との間で陽性関係であり、その結果、個人は前記所定の表現型を有するか、又は表現型を進行せしめるであろう。他方では、個人は所定の表現型を有さないか、又は進行せしめないであろうことが決定され得る。他の態様においては、その決定は、危険因子、推定、又は個人が表現型を有するか、又は進行せしめるであろう確率であり得る。
【００４１】
決定は、多くの規則に基づかれて行われ、例えば多くの規則は個人の遺伝子型と特定の表現型との関係を決定するためにゲノムプロフィールに適用され得る。決定はまた、個人に対して特異的である因子、例えば民族性、性別、ライフスタイル（例えば、食事及び運動習慣）、年齢、環境（例えば、常駐域の位置）、家族の病歴、個人の病歴及び他の既知表現型を組込むことができる。特定因子の組み込みは、それらの因子を包含するよう存在する規則を変更することによることができる。他方では、別の規則が、それらの因子により生成され、そして存在する規則が適用された後、個人のための表現型決定に適用され得る。
【００４２】
表現型は、いずれかの測定できる形質又は特徴、例えば一定の疾病に対する感受性又は薬物処理に対する応答を包含することができる。包含され得る他の表現型は、物理的及び精神的形質、例えば身長、体重、髪の色、日焼け敏感性、サイズ、記憶、知性、楽天主義のレベル及び一般的性質である。表現型はまた、他の個人又は生物に対する遺伝的比較も包含することができる。例えば、個人は、彼らのゲノムプロフィールとセレブリティーのプロフィールとの間の類似性に興味を有する。彼らはまた、他の生物、例えば細菌、植物又は他の動物に比較して、彼らのゲノムプロフィールも有することができる。一緒にすると、個人について決定された関連する表現型の収集は、個人についての表現型プロフィールを含んで成る。
【００４３】
遺伝子変動と表現型との間の相互関係は、科学文献から入手され得る。遺伝子変動についての相互関係は、興味ある１又は複数の表現型形質及びそれらの遺伝子型プロフィールの存在又は不在について試験されている個人集団の分析から決定される。プロフィールにおける個々の遺伝子変動又は多形現象の対立遺伝子が、特定の対立遺伝子の存在又は不在が興味ある形質に関連しているかどうかを決定するために再考される。相互関係は、標準の統計学的方法により実施され、そして遺伝子変動と表現型特徴との間の統計学的に有意な相互関係が示される。
【００４４】
例えば、多形現象Aでの対立遺伝子A１の存在は、心疾患と相互関係する。さらなる例として、多形現象Aでの対立遺伝子A1及び多形現象Bでの対立遺伝子B1の組合された存在が癌の高められた危険性と相互関係することが見出され得る。分析の結果は、再考された同族文献に公開され、他の研究グループにより有効であることが証明され、そして/又はエキスパート、例えば遺伝学者、統計学者、疫学者及び医師の委員会により分析され得る。例えば、アメリカ公開番号20080131887号及びPCT公開番号WO/2008/067551に開示される相互関係が、本明細書に記載される態様に使用され得る。
【００４５】
他方では、相互関係は、保存されたゲノムプロフィールから生成され得る。例えば、保存されたゲノムプロフィールを有する個人はまた、同様に保存された既知表現型情報も有することができる。保存されたゲノムプロフィール及び既知表現型の分布は、遺伝子型相互関係を生成することができる。例として、ゲノムプロフィールを有する250人の個人はまた、彼らが糖尿病を有するものとして前もって診断されている情報も有する。彼らのゲノムプロフィールの分析が行われ、そして糖尿病を有さない個人の対照グループに比較される。次に、糖尿病を有するものとして前もって診断された個人は、対照グループに比較して、特定の遺伝子変異体を有する高い割合を有し、そして遺伝子型相互関係が特定の遺伝子変異体と糖尿病との間に存在し得ることが決定される。
【００４６】
規則が特定の表現型に対する遺伝子変異体の確認された相互関係に基づいて作成される。規則は、アメリカ公開番号20080131887号及びPC7公開番号WO/2008/067551号に開示されるように相互関係する遺伝子型及び表現型に基づいて生成され、そしていくつかの規則が効果的評価を生成するために他の因子、例えば性別又は民族性を組込むことができる。規則に起因する他の手段は、推定される相対的危険性の上昇であり得る。効果の推定及び推定される相対的危険性の上昇は、公開された文献からであるか、又は公開された文献から計算され得る。他方では、規則は、保護されたゲノムプロフィール及びこれまで知られている表現型から生成される相互関係に基づかれ得る。
【００４７】
遺伝子変異体はSNPを包含する。SNPは単一部位で生じるが、１つの部位で特定のSNP対立遺伝子を担持する個人はたぶん、他の部位で特定のSNP対立遺伝子を担持する。疾病又は病状に個人を傾ける対立遺伝子及びSNPの相互関係は、連鎖不均衡を通して生じ、ここで複数遺伝子座での対立遺伝子の非ランダム関連性が、組換えを通してのランダム形成から予測されるよりも多かれ少なかれ頻繁に生じる。
【００４８】
他の遺伝子マーカー又は変異体、例えばヌクレオチド反復体又は挿入体はまた、特定の表現型に関連されることが示されている遺伝子マーカーと連鎖不均衡下で存在することができる。例えば、ヌクレオチド挿入体は表現型と相互関係し、そしてSNPはヌクレオチド挿入体と連鎖不均衡下で存在する。規則はSNPと表現型との間の相互関係に基づいて作られる。ヌクレオチド挿入とその表現型との間の相互関係に基づかれる規則もまた作製され得る。規則又は両規則のいずれかが、１つのSNPの存在が一定の危険因子を与え、他がもう１つの危険因子を与えるので、ゲノムプロフィールに適用され得、そして組み合わされる場合、その危険性を高めることができる。
【００４９】
連鎖不均衡を通して、疾病傾向の対立遺伝子は、SNPの特定の対立遺伝子、又はSNPの特定対立遺伝子の組み合わせと同時分離する。染色体に沿ってのSNP対立遺伝子の特定の組合せはハプロタイプと呼ばれ、そしてそれらが組合して存在するDNA領域はハプロタイプブロックとして言及され得る。ハプロタイプブロックは１つのSNPから成るが、典型的にはハプロタイプブロックは、個人を通して低ハプロタイプ多様性を示し、そして一般的に低組合せ頻度を有する複数のSNPの連続シリーズを表す。ハプロタイプの同定は、ハプロタイプブロックに存在する１又は複数のSNPの同定により行われ得る。従って、SNPプロフィールは典型的には、所定のハプロタイプブロックにおけるすべてのSNPの同定を必ずしも必要としないで、ハプロタイプブロックを同定するために使用され得る。
【００５０】
SNPハロタイプパターンと疾病、病状又は物理的状態との間の遺伝子型の相互関係は、ますます知られるようになっている。所定の疾病に関しては、その疾病を有することが知られている人々のグループのハプロタイプパターンが、疾病を有さない人々のグループに比較される。多くの個人を分析することにより、集団における多形現象の頻度が決定され得、そしてそれらの頻度又は遺伝子型が特定の表現型、例えば疾病又は病状と関連され得る。既知SNP−疾病相互関係の例は、年齢−関連の網膜黄斑部変性における補体因子Hにおける多形現象（Klein et al, Science: 308:385-389, (2005)）及び肥満に関連するINS（登録商標）IG2遺伝子近くの変異体（Herbert et al, Science: 312:279-283 (2006)）を包含する。他の既知SNP相互関係は、CDKN2A及びB、例えば心筋梗塞に相互関係されるrsl0757274、 rs2383206、rsl3333040、rs2383207及びrslOl16277を含む9p21領域における多形現象を包含する（Helgadottir et al, Science 316:1491-1493 (2007); McPherson et al, Science 316:1488-1491 (2007)）。
【００５１】
SNPは機能的であっても又は非機能的であっても良い。例えば、機能的SNPは細胞機能に対する効果を有し、それにより表現型をもたらし、ところが非機能的SNPは機能的にサイレントであるが、しかし機能的SNPと連鎖不均衡下で存在することができる。SNPはまた、同義的であっても又は非同義的であっても良い。同義的であるSNPは、その異なった形が同じペプチド配列を導くSNPであり、そして非機能的SNPである。SNPが異なったペプチドを導く場合、SNPは非同義的であり、そして機能的であっても又はなくても良い。複数のハプロタイプである二倍体におけるハプロタイプを同定するために使用される、SNP又は他の遺伝子マーカーはまた、二倍体と関連するハプロタイプを相互関係するためにも使用され得る。個人のハプロタイプ、二倍体及びSNPプロフィールについての情報は、個人のゲノムプロフィールに存在する。
【００５２】
典型的には、表現型と相互関係されるもう１つの遺伝子マーカーと連鎖不均衡下での遺伝子マーカーに基づいて生成される規則に関しては、遺伝子マーカーは、r2, 又は0.5以上のD評点（連鎖不均衡を決定するために当業界において通常使用される評点）を有する。前記評点は、約0.5, 0.6, 0.7, 0,8, 0.90, 0.95又は0.99以上であり得る。結果として、個人のゲノムプロフィールに表現型を相互関係するために使用される遺伝子マーカーは、表現型と相互関係される機能的又は公開されたSNPと同じであっても又は異なっても良い。
【００５３】
いくつかの態様においては、試験SNPはまだ同定され得ないが、しかし公開されたSNP情報を用いて、対立遺伝子差異又はSNPは、もう１つのアッセイ、例えばTaqManに基づいて同定され得る。例えば、公開されたSNPはrs1061170であるが、しかし試験SNPは同定されていない。試験SNPは、公開されたSNPによるLD分析により同定され得る。他方では、試験SNPは使用され得ず、そして代わりに、TaqMan又は他の相当のアッセイが試験SNPを有する個人のゲノムを評価するために使用されるであろう。
【００５４】
試験SNPは、“直接的”又は“標識”SNPであり得る。直接的SNPは、公開されているか又は機能的なSNPと同じである試験SNPである。例えば、直接的SNPは、マイナーな対立遺伝子がAであり、そして他の対立遺伝子がGである、ヨーロッパ人及びアジア人におけるSNP rs1073640を用いて、乳癌とのFGFR2相互関係のために使用され得る（Eastern et al, Nature 447:1087-1093 (2007)）。乳癌に対するFGFR2相互関係のために直接的SNPであり得るもう１つの公開されているか又は機能的なSNPは、またヨーロッパ人及びアジア人におけるrs1219648である（Hunter et al, Nat. Genet. 39:870-874 (2007)）。試験SNPが機能的又は公開されたSNPとは異なる場合、標識SNPが存在する。標識SNPはまた、他の遺伝子変異体、例えばCAMTAl (rs4908449)、 9p21 (rsl0757274、 rs2383206、 rsl3333040、 rs2383207、 rslO116277)、 COLlAl (rsl800012)、 FVL (rs6025)、 HLA-DQAl (rs4988889、 rs2588331)、eNOS (rsl799983)、MTHFR (rsl801133)及びAPC (rs28933380)についてのSNPのために使用され得る。
【００５５】
SNPのデータベースは、例えばthe International HapMap Project (www.hapmap.org, The International HapMap Consortium, Nature 426:789-796 (2003)及びThe International HapMap Consortium, Nature 437:1299-1320 (2005) を参照のこと)、the Human Gene Mutation Database (HGMD) 公的データベース(www.hgmd.orgを参照のこと)、及びthe Single Nucleotide Polymorphism database (dbSNP) (www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/を参照のこと)から公的に入手できる。それらのデータベースは、SNPハプロタイプを提供するか、又はSNPハプロタイプパターンの決定を可能にする。従って、それらのSNPデータベースは、広範囲の疾病及び病状、例えば癌、炎症性疾患、心血管病、神経変性疾患及び感染性疾病下にある遺伝子危険因子の試験を可能にする。前記疾病又は病状は治療可能であり、ここで処理法及び療法は現在、存在する。処理は、予防処理、及び症状及び状態、例えばライフスタイル変化を改善する処理を包含することができる。
【００５６】
多くの他の表現型、例えば物理的特徴、生理学的特徴、精神的特徴、感情的特徴、民族性、祖先及び年齢がまた試験され得る。物理的特徴は、身長、髪の色、眼の色、身体又は特徴、例えばスタミナ、耐久性及び機敏性を包含する。精神的特徴は、知性、記憶能力又は学習能力を包含する。民族性及び祖先は、祖先又は民族の同定、又は個人の起源の祖先を包含することができる。年齢は、個人の実際の年齢、又は個人の遺伝学が一般集団に関連して彼らを配置する年齢の決定であり得る。例えば、個人の実際の年齢は38歳であるが、しかしながら彼らの遺伝学は彼らの記憶能力を決定することができ、又は物理的ウェルネスは平均28歳のものであり得る。もう１つの年齢特徴は、個人についての映し出された寿命であり得る。
【００５７】
他の表現型はまた、非医学的状態、例えば“興味ある（fun）”表現型を包含することができる。それらの表現型は、良く知られている個人、例えば外国人高官、政治家、有名人、発明者、スポーツマン、ミュージシャン、アーチスト、実業家、及び悪名高い個人、例えば囚人との比較を包含することができる。他の“興味ある”表現型は、他の生物、例えば細菌、植物、又は非ヒト動物への比較を包含することができる。例えば、個人は、彼らのゲノムプロフィールが彼らのペットの犬のゲノムプロフィール、又は元社長といかにして比較するかを見出すことに興味がある。
【００５８】
規則が、表現型プロフィールを生成するために保存されたゲノムプロフィールに適用される。例えば、公開された源、又は保存されたゲノムプロフィールからの相互関係データが、個人のゲノムプロフィールに適用するために、規則又は試験の基礎を形成することができる。規則は、試験SNP及び対立遺伝子に基づく情報、及びその効果の評価、例えばOR、又は確率比（95％の信頼区間）、又は平均を包含する。効果の評価は、遺伝子型危険性、例えばホモ接合体（homoz又はRR）についての危険性、ヘテロ接合体（heteroz又はRN）についての危険性、及び非危険性ホモ接合体（homoz又はNN）であり得る。効果の評価はまた、RR又はRN対NNであるキャリヤー危険性でもあり得る。効果の評価は、対立遺伝子、例えば対立遺伝子危険性に基づかれ、例としては、R対Nである。２，３，４又はそれ以上の遺伝子座遺伝子型効果の評価（例えば、２つの遺伝子座の効果の評価について９つの可能な遺伝子型組合せについてRRRR、RRNN、等）であり得る。
【００５９】
病状についての評価される危険性は、アメリカ公開番号20080131887号及びPCT公開番号WO/2008/067551号に列挙されるようにSNPに基づかれ得る。いくつかの態様においては、病状についての危険性は、少なくとも１つのSNPに基づかれ得る。例えば、アルツハイマー病（AD）、直腸癌（CRC）、変形性関節炎（OA）又は表皮剥離縁内障（XFG）についての個人の危険性の評価は、１つのSNPに基づかれ得る（例えば、ADについてはrs4420638、 CRC についてはrs6983267、OAについてはrs4911178及びXFGについてはrs2165241）。他の病状、例えば肥満（BMIOB）、グレーブス病（GD）、又は血色素沈着症（HEM）に関しては、個人の評価される危険性は、少なくとも１又は２つのSNPに基づかれ得る（例えば、BMIOB についてはrs9939609及び/又はrs9291171; GDについてはDRBl*0301 DQAl*0501及び/又は rs3087243; HEM についてはrsl800562及び/又は rsl29128）。
【００６０】
心筋梗塞（MI）、多発性硬化症（MS）又は乾癬（PS）のような病状に関しては、１，２又は３個のSNPが、そのような病状についての個人の危険性を評価するために使用され得る（例えば、MIについてはrsl866389、rsl333049、 及び/又は rs6922269; MSについてはrs6897932、rsl2722489及び/又は DRB1*15O1; PSについてはrs6859018、rsll209026及び/又はHLAC*0602）。不穏下肢症候群（RlS）又は小児脂肪便症（CelD）の個人の危険性を評価に関しては、１，２，３又は４個のSNPが使用され得る（例えば、RLS についてはrs6904723、rs2300478、rslO26732及び/又は rs9296249; CeID についてはrs6840978、rsl 1571315、rs2187668及び/又は DQA 1*0301 DQBl*0302）。
【００６１】
前立腺癌（PC）又は狼瘡（SLE）に関しては、１，２，３，４又は５個のSNPが、PC又はSLEについての個人の危険性を評価するために使用され得る（例えば、PCについてはrs4242384、 rs6983267、rsl6901979、rsl7765344及び/又はrs4430796; SLE についてはrsl2531711、 rslO954213、 rs2004640、 DRBl*0301及び/又はDRB1*15O1）。網膜黄斑部変性（AMD）又はリュウマチ様関節炎（RA）の個人のライフタイム危険性の評価に関しては、１，２，３，４，５又は６個のSNPが使用され得る（例えば、AMDについてはrsl0737680、 rsl0490924、rs541862、 rs2230199、 rsl061170及び/又はrs9332739; RAについてはrs6679677、rsl1203367、rs6457617、DRB*0101、DRBl*0401及び/又は DRBl*0404）。
【００６２】
乳癌（BC）の個人のライフタイム危険性の評価に関しては、１，２，３，４，５，６又は７個のSNPが使用され得る（例えば、rs3803662、rs2981582、 rs4700485、 rs3817198、 rsl7468277、 rs6721996及び/又はrs3803662）。クローン病（CD）又はタイプ２糖尿病（T2D）の個人のライフタイム危険性の評価に関しては、1，２，３，４，５，６，７，８，９，10又は11個のSNPが使用され得る（例えば、CDについてはrs2066845、rs5743293、rsl0883365、rsl7234657、rsl0210302、rs9858542、rsl1805303、rslOOOl13、rsl7221417、rs2542151及び/又はrslO761659; T2D についてはrsl3266634、rs4506565、rsl0012946、rs7756992、rslO811661、 rsl2288738、rs8050136、rsl111875、rs4402960、rs5215及び/又はrsl801282）。
【００６３】
いくつかの態様においては、危険性を決定するための基礎として使用されるSNPは、上記に言及されるように、SNPと、又は例えば、アメリカ公開番号20080131887号及びPCT公開番号WO/2008/067551号におけるように、他のSNPと、連鎖不均衡下で存在することができる。
【００６４】
個人の表現型プロフィールは、多くの表現型を含んで成る。特に、疾病又は他の病状、例えばたぶん、薬物応答、例えば代謝の患者の危険性、効能及び/又は安全性の本明細書に開示される方法による評価は、徴候的、前徴候又は無徴候的個人、例えば１又は複数の疾病/病状傾向の対立遺伝子のキャリヤーにおいては、多数の無関係な疾病及び病状に対する感染性の予後徴候又は診断分析を可能にする。従って、それらの方法は、特定の疾病又は病状についての試験のいずれの先入観もなしに、疾病又は病状に対する個人の感受性の一般的評価を提供する。例えば、本明細書に開示される方法は、個人のゲノムプロフィールに基づいて、アメリカ公開番号20080131887号及びPCT公開番号WO/2008/067551号に列挙されるいくつかの病状のいずれかに対する個人の感受性の評価を可能にする。さらに、前記方法は、１又は複数の表現型又は病状についての個人の評価されたライフタイム危険性又は相対的危険性の評価を可能にする。
【００６５】
評価はまた、複数のそれらの病状についての情報を提供し、そして少なくとも3, 4, 5, 10, 15, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100、又はそれ以上のそれらの病状を包含することができる。表現型についての単一の規則は、一遺伝子性表現型に対して適用され得る。１つ以上の規則がまた、単一表現型、例えば多遺伝子性表現型又は一遺伝子性表現型に対して適用され得、ここで単一遺伝子内の多遺伝子性変異体が表現型を有することの確率に影響を及ぼす。
【００６６】
個々の患者のゲノムプロフィールの初期スクリーニングの後、個人の遺伝子型相互関係のアップデートは、そのような追加の遺伝子変異体が知られるようになる場合、追加の遺伝子変異体、例えばSNPへの比較を通して作られ得る（又は利用できる）。例えば、アップデートは、定期的に、例えば毎日、毎週又は毎月、新規遺伝子型相互関係の科学文献を走査する遺伝子の分野における当業者により実施され得る。次に、新規遺伝子型相互関係は、さらに、１又は複数の専門家の委員会によりさらに確認され得る。
【００６７】
新規規則は、存在する規則を伴わないで、遺伝子型又は表現型を包含することができる。例えば、いずれの表現型とも相互関係されない遺伝子型が、新規又は存在する表現型と相互関係することが発見される。新規規則はまた、遺伝子型が前もって相互関係されていない表現型間での相互関係についであり得る。新規規則はまた、存在する規則を有する、遺伝子型及び表現型についても決定され得る。例えば、遺伝子型Aと表現型Aとの間の相互関係に基づかれる規則が存在する。新規研究は、遺伝子型Bが表現型Aと相互関係し、そしてこの相互関係に基づかれる新規規則が作られ得ることを示す。
【００６８】
規則はまた、既知であるが、しかし最初に公開された科学文献において同定されていない相互関係に基づく発見に基づいて作られ得る。例えば、遺伝子型Cは表現型Cと相互関係することが報告されている。もう１つの出版物は、遺伝子型Dが表現型Dと相互関係することを報告する。表現型C及びDは関連される徴候であり、例えば表現型Cは息切れであり、そして表現型Dは小さな肺気量である。遺伝子型Cと表現型Dとの間、又は遺伝子型Dと表現型Cとの間の相互関係が発現され、そして遺伝子型C及びD及び表現型C及びDを有する個人の存在する保存されるゲノムプロフィールによる統計学的手段を通して、又は追加の研究により確認される。次に、新規規則が、新たに発見され、そして確認された相互関係に基づいて生成され得る。もう１つの態様においては、特定の又は関係する表現型を有する多くの個人の保存されたゲノムプロフィールが、個人に共通する遺伝子型を決定するために研究され得、そして相互関係が決定され得る。新規規則が、この相互関係に基づいて生成され得る。
【００６９】
規則がまた、存在する規則を変性するために作られ得る。例えば、遺伝子型と表現型との間の相互関係は、既知個人の特徴、例えば民族性、祖先、地理学、性別、年齢、家族歴又は個人のいずれか他の既知表現型により一部決定され得る。それらの既知個人の特徴に基づかれる規則が作られ、そして存在する規則中に組込まれ、変性された規則が提供される。適用されるべき変性された規則の選択は、個人の特定の個々の因子に依存するであろう。例えば、規則は、個人が遺伝子型Eを有する場合、表現型Eを有する個人が35％である確率に基づかれる。
【００７０】
しかしながら、個人が特定の民族の個人である場合、その確率は５％である。新規規則が、この結果に基づいて生成され得、そして特定の民族性を有する個人に適用される。他方では、35％の測定値を有する規則が適用され、そして次に、もう１つの規則は、表現型が適用される民族性に基づかれる。既知個人の特徴に基づかれる規則は、科学文献から決定され、又は保存されたゲノムプロフィールの研究に基づいて決定され得る。新規規則が追加され、そして新規規則が開発されるにつれて、ゲノムプロフィールに適用され、又はそれらは定期的に、例えば年、少なくとも１度、適用され得る。
【００７１】
疾病の個人の危険性の情報がまた、技術的進行がSNPゲノムプロフィールのより素晴らしい解決を可能にするので、拡張され得る。上記に示されるように、初期SNPゲノムプロフィールは、500,000のSNPの走査のためのマイクロアレイ技法を用いて、容易に生成され得る。ハプロタイプブロックの性質が与えられると、この数は、個人のゲノムにおけるすべてのSNPの代表的プロフィールブを可能にする。
【００７２】
それにもかかわらず、ヒトゲノムに通常存在することが推定される約1000万のSNPが存在する（the International HapMap Project; www.hapmap.org）。技術的進行は、より詳細なレベル、例えば1,000,000、 1,500,000、2,000,000、3,000,000又はそれ以上のSNPのマイクロアレイでSNPの実際的な費用効率の解決、又は完全なゲノム配列決定を可能にするので、より詳細なSNPゲノムプロフィールが生成され得る。同様に、よりすばらしいSNPゲノムプロフィール及びSNP−疾病相互関係のマスターデーターベースの費用効果的分析がコンピューター分析方法の前進により可能にされるであろう。
【００７３】
いくつかの態様においては、“フィールド−配置される”機構が、個人から集められ、そして個人のための表現型プロフィール中に組込まれ得る。例えば、個人は、遺伝子情報に基づいて生成される初期表現プロフィールを有することができる。生成される初期表現型プロフィールは、異なった表現型についての危険因子、及び個人の行動計画に報告される、提案される処理又は予防策を包含する。このプロフィールは、一定の病状のための利用できる薬物治療に基づく情報、及び/又は食事変化又は運動レジメに基づく提案を包含することができる。
【００７４】
個人は、ウェブサイト又は電話を通して、見るか又は医者又は遺伝カウンセラーと接触し、彼らの表現型プロフィールを話し合うことができる。個人は一定の行動を取り、例えば特定の薬物治療を取り、彼らの食事を変え、そして個人の行動計画に基づいて提案される他の可能性ある行動を取ることを決定することができる。次に、個人は、彼らの物理的状態の変化、及び危険因子の可能な変化を評価するために生物学的サンプルを提供することができる。
【００７５】
個人は、ゲノムプロフィール及び表現型プロフィールを生成する施設（又は、関連する施設、例えば遺伝子プロフィール及び表現型プロフィールを生成する実在物により契約される施設）に、生物学サンプルを直接提出することにより決定される変化を有することができる。他方では、個人は“フィールド−配置される”機構を使用することができ、ここで個人は彼らの唾液、血液又は他の生物学的サンプルを彼らのホームで検出装置に提出し、第三者により分析され、そしてそのデータはもう１つの表現型プロフィール中に組込まれるよう送られる。例えば、個人は、心筋梗塞（MI）の高められたライフタイム危険性を有する個人を報告する彼らの遺伝子データに基づかれる初期表現型報告を受けていることができる。
【００７６】
その報告はまた、MIの危険性を低めるための予防策に基づく提案、例えばコレステロールを下げる薬物及び食事の変化を有することもできる。個人は、その報告及び予防策を話し合うために遺伝学カウンセラー又は医者と接触し、そして彼らの食事を変える決定することができる。新しい食事に基づいての一定期間の後、個人は、彼らのコレステロールレベルを測定するために彼らのかかりつけの医者と合うことができる。新規情報（コレステロールレベル）は、ゲノム情報を有する実在物に送られ（例えば、インターネットを通して）、そして新規情報は、心筋梗塞及び/又は他の病状についての新規危険因子を伴って、個人のための新規表現型プロフィールを生成するために使用される。
【００７７】
個人はまた、特定の医薬治療への彼らの個人の応答を決定するために、“フィールド−配置された”機構又は直接的な機構を使用することもできる。例えば、個人は薬物への彼らの応答を測定し、そしてその情報は、より効果的な処理を決めるために使用され得る。測定できる情報は、代謝レベル、グルコースレベル、イオンレベル（例えば、カルシウム、ナトリウム、カリウム、鉄）、ビタミン、血液細胞計数、肥満指数（BMI）、タンパク質レベル、転写体レベル、心拍数、等を包含するが、但しそれらだけには限定されず、容易に入手できる方法により決定され得、そして変性された全体的な危険性推定評点を決定するために初期ゲノムプロフィールと組合すためにアルゴリズムを因子として考慮することができる。その危険推定評点は、GCI評点であり得る。
【００７８】
遺伝子複合指数（GCI）：
いくつかの態様におては、１又は複数の疾病又は病状との複数遺伝子マーカー又は変異体の関連性についての情報が組み合わされ、そして分析され、遺伝子複合指数（GCI）評点が生成される。この評点は、既知危険因子、及び他の情報及び仮定、例えば対立遺伝子頻度及び疾病の普及度を組込む。GCIは、１組の遺伝子マーカーの組合された効果と、疾病又は病状との関係を定性的に評価するために使用され得る。GCI評点は、疾病の個人の危険性が現在の科学的研究に基づいて適切な集団に比較される、信頼でき（すなわち、確実な）、理解でき、そして/又は直感的なセンスを、遺伝学的に訓練されていない人々に提供するために使用され得る。
【００７９】
GCI評点は、GCI Plus評点を生成するために使用され得る。本明細書に開示される方法は、GCI評点の使用を包含し、そして当業者は、本明細書に記載されるようなGCI評点の変わりに、GCI Plus評点又はその変動の使用を容易に理解するであろう。GCI Plus評点は、すべてのGCI仮定、例えば病状の危険性（例えば、ライフタイム危険性）、年齢−定義された普及、及び/又は年齢−定義された発生率を含むことができる。次に個人のライフタイム危険性が、平均GCI評点により割算された、個人のGCI評点に比例するGCI Plus評点として計算され得る。平均GCI評点は、類似する祖先バックグラウンドの個人のグループ、例えば白人、アジア人、西インド人、又は共通する祖先バックグラウンドを有する他のグループから決定され得る。
【００８０】
グループは少なくとも5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55又は60人の個人を含んで成る。いくつかの態様においては、平均少なくとも75, 80, 95又は100人の個人から決定され得る。GCI Plus評点は、個人についてのGCI評点を決定し、そのGCI評点を平均の相対的危険性により割算し、そして病状又は表現型についてのライフタイム危険性により掛け算することにより決定され得る。例えば、アメリカ公開番号20080131887号及びPCT公開番号WO/2008/067551号からのデータを用いて、個人についてのGCI又はGCI Plus評点が決定され得る。
【００８１】
評点は、個人の表現型プロフィールにおける１又は複数の病状に関しての遺伝的危険性、例えば推定されるライフタイム危険性に基づく情報を生成するために使用され得る。前記方法は、１又は複数の表現型又は病状についての推定されるライフタイム危険性又は相対的危険性の計算を可能にする。単一の病状についての危険性は、１又は複数のSNPに基づかれ得る。例えば、表現型又は病状についての推定される危険性は、少なくとも２，３，４，５，６，７，８，９，10, 11又は12のSNPに基づかれ、ところが危険性を推定するためのSNPは、公開されたSNP、又は両者であり得る。
【００８２】
GCI評点は、興味ある個人の疾病又は病状のために生成され得る。それらのGCI評点は、個人のための危険性プロフィールを形成するために収集され得る。GCI評点はデジタル保存され、その結果、それらは危険性プロフィールを生成するためにいずれの時点でも容易にアクセスできる。危険性プロフィールは、広い疾病種類、例えば癌、心臓疾患、代謝障害、精神障害、骨疾患又は年齢開始傷害により分類され得る。広い疾病種類はさらに、サブカテゴリーに分類され得る。例えば、広い種類、例えば癌に関しては、癌のサブカテゴリーは、例えばタイプ（肉腫、癌又は白血病、等）により、又は組織特異性（神経、乳房、卵巣、精巣、前立腺、骨、リンパ節、膵臓、食道、胃、肝臓、脳、肺、腎臓、等）により列挙され得る。さらに、危険性プロフィールは、GCI評点が、個人の年齢又は種々の危険因子が調節される場合、いかに変化することが予測される情報を示すことができる。例えば、特定の疾病についてのGCI評点は、取られる食事又は予防策（喫煙中止、薬物摂取、ニ重定型的乳房切断、子宮切除、及び同様の方法）の変化の効果を考慮することができる。
【００８３】
GCI評点は、個人のために生成され得、この評点は、少なくとも１つの疾病又は病状を取得するか又はそれに対する感受性の個人の危険性についての容易に理解される情報をそれらの個人に提供する。１又は複数のGCI評点が、１つの疾病又は病状、又は多くの疾病又は病状のために生成され得る。その１又は複数のGCI評点は、オンラインポータルによりアクセスできる。他方では、その１又は複数のGCI評点は、用紙で、及びその用紙に提供されるアップデートと共に提供され得る。その用紙は、個人又は彼らの健康管理マネージャーに郵送されるか、又は自分で供給され得る。
【００８４】
異なった遺伝子座の組合された効果についての粗GCI評点を生成するための方法は、研究される個々の遺伝子座についての報告される個人の危険性に基づかれ得る。例えば、興味ある疾病又は病状が同定され、そして次に、情報源、例えばデータベース、特許公開及び科学文献が、１又は複数の遺伝子座と疾病又は病状との関連性に対する情報のために質問される。それらの情報源は、品質基準を用いて、治療され、そして評価される。いくつかの態様においては、評価工程は複数段階を包含する。他の態様においては、情報源は多重品質基準について評価される。情報源に由来する情報は、興味ある個々の疾病又は病状のための１又は複数の遺伝子座についての可能性比又は相対的危険性を同定するために使用される。
【００８５】
他の態様においては、少なくとも１つの遺伝子座についての可能性比（OR）又は相対的危険性（RR）は、入手できず、又は情報源からのアクセスできない。次に、RRは、（１）同じ遺伝子座の多重対立遺伝子の報告されるOR、（２）データ組、例えばHapMapデータ組からの対立遺伝子頻度、及び/又は（３）興味あるすべての対立遺伝子のRRを誘導するために利用できる源（例えば、CDC、National Center for Health Statistics, 等）からの疾病/病状普及度を用いて計算される。１つの態様においては、同じ遺伝子座の多重対立遺伝子のORは、別々に又は独立して評価される。好ましい態様においては、同じ遺伝子座の多重対立遺伝子ORは、異なった対立遺伝子間の存在性を説明するために組合される。いくつかの態様においては、確立された疾病モデル（例えば、乗法的、加法的、Harvard−変性された、優勢効果、但しそれらだけには限定されない）が、選択されるモデルに従って個人の危険性を表す中間評点を生成するために使用される。
【００８６】
使用され得る方法は、興味ある疾病又は病状について多重モデルを分析し、そしてそれらの異なったモデルから得られる結果を相互関連づけ；これは、特定の疾病モデルの選択により導入され得る可能性ある誤差を最少にする。この方法は、相対的危険性の計算に基づく情報源から得られる、普及、対立遺伝子頻度及びORの評価における妥当な誤差の影響を最少にする。理論により制限されるものではないが、RRに基づく普及評価の効果の“線形性”又は単調性質ために、最終ランクの評点に基づく普及を伴って推定することの効果がほとんど存在しないか又はまったく存在せず；但し、同じモデルが、報告が生成されるすべての個人に一貫して適用される。
【００８７】
本明細書に記載される方法はまた、追加の“遺伝子座”として環境/行動/人口統計学データを考慮することもできる。関連する方法においては、そのようなデータは、情報源、例えば医学的又は科学的文献又はデータベース（例えば、喫煙/肺癌の関連性、又は保険業界保険リスク評価からの）から得られる。１又は複数の複合病について生成されるGCI評点がまた、本明細書に開示される。複合病は、複数遺伝子、環境因子、及びそれらの相互作用により影響され得る。
【００８８】
多数の可能性ある相互作用が、複合病を研究する場合、分析される必要がある。複数の比較について補正するために使用される方法、例えばBonferroni補正法が、GCI評点を生成するために使用され得る。他方では、サイムズ試験が、その試験が独立しているか、又は特定型の依存性を示す場合、全体的な有意性レベル（また、“ファミリー様式誤差率としても知られている）を調節するために使用され得る（Sarkar S., Ann Stat 26:494-504 (1998)）。サイムズ試験は、すべてのK試験−特異的なヌル仮説が、p(k)≦dk/k(1, ……, Kにおけるいずれかのkにおいて)である場合、真実であるグローバルなヌル仮説を拒絶する（Simes, R. J., Biometrika 73:751-754 (1986)）。
【００８９】
複数−遺伝子及び複数−環境因子分析に使用され得る他の態様は、誤った発見率、すなわち誤って拒絶される、拒絶されたヌル仮説の予測される割合を調節する。このアプローチは、マイクロアレイ研究におけるように、ヌル仮説の一部が誤って仮定され得る場合、特に有用である。Devlin et al. (Genet. Epidemiol. 25:36-47 (2003))は、多遺伝子座関連研において多数の可能性ある遺伝子×遺伝子相互作用を試験する場合、誤った発見率を調節するBenjamini 及び Hochberg （J. R. Stat. Soc. Ser. B 57:289-300 (1995))セットアップ方法の変法を提案した。Benjamini及びHochberg方法は、サイムズ試験に関連される；p(k)≦αk/Kがp(1), ……, p(k)に対応するすべてのk*ヌル仮説を拒絶するようk*=maxkの設定。実際、Benjamini及びHochberg方法は、すべてのヌル仮説が真実である場合、サイムズ試験に縮小する（Benjamini and Yekutieli, Ann. Stat. 29:1165-1188 (2001)）。
【００９０】
個人が、集団におけるランク、例えば99th％、又は99th、98th、 97th、 96th、 95th、 94th、 93rd、 92nd、 91st、 90th、 89th、 88th、 87th、 86th、 85th、 84th、 83rd、 82nd、 81st、 80th、 79th、 78th、 77th、 76th、 75th、 74th、 73rd、 72nd、 71st、 70th、 69th、 65th、 60th、 55th、 50th、 45th、 40th、 40th、 35th、 30th、 25th、 20th、 15th、 10th、 5th、又は 0th％として表され得る、最終ランク評点を生成するために中間評点に基づかれる個人集団に比較して分類される、個人のランキングが本明細書にまた提供される。そのランクの評点は、一定の範囲、例えば100th〜95th％, 95th〜85th％, 85th〜60th％, 又は100th〜0th％のいずれかのサブレンジとして示され得る。個人はまた、四分値、例えば75番目の最高四分値、又は25番目の最低四分値で分類され得る。個人はまた、集団の平均又はメジアン評点に比較して分類され得る。
【００９１】
１つの態様においては、個人が比較される集団は、種々の地理学的及び民族的バックグラウンドからの多数の人々、例えば世界人口を包含する。他方では、個人が比較される集団は、特定の地理学、祖先、民族性、性別、年齢（例えば、胎児、新生児、子供、若者、ティーンエージャー、成人、老人）、又は疾病状態（例えば、微候性、非微候性、キャリヤー、初期開始、後期開始）に制限される。いくつかの態様においては、個人が比較される集団は、公的及び/又は個人的情報源に報告される情報に由来する。
【００９２】
GCI評点は、多段階工程を用いて生成され得る。例えば、最初に、研究されるべき個々の病状に関しては、遺伝子マーカーの個人についての可能性比からの相対的危険性が計算される。あらゆる普及値p=0.01, 0.02,……, 0.5に関しては、HapMap CEU集団のGCI評点は、普及及びHapMap対立遺伝子頻度に基づいて計算される。GCI評点が種々の普及下で不変である場合、考慮される唯一の仮定は、複合モデルが存在することである。他方では、前記モデルは普及に対して敏感であることが決定される。ノーコール値のいずれかの組合せについてのHapMap集団における評点の相対的危険性及び分布が得られる。
【００９３】
個々の新規個人に関しては、個人の評点がHapMap分布に比較され、そして得られる評点がこの集団における個人のランクである。報告される評点の解決は、前記工程の間に作られる仮定のために低い。集団は変異点に分けられ（36の区分）、そして報告される区分は、個人のランクが陥る区分である。区分の数は、考慮、例えば個々の疾病についての評点の解決に基づいて異なった疾病について異なる。異なったHapMap個人の評点間の結合点の場合、平均ランクが使用されるであろう。
【００９４】
より高いGCI評点は、病状又は疾病を獲得するか又は診断されるための高められた危険性の標示として解釈され得る。数学的モデルが典型的には、GCI評点を誘導するために使用される。GCI評点は、集団及び/又は疾病又は病状についての基本的情報の不完全な性質を説明する数学的モデルに基づかれ得る。数学的モデルは、GCI評点を計算するための基礎の一部として少なくとも１つの仮定を包含することができ、ここで前記仮定は次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない：可能性率値が与えられる仮定；病状の普及が知られている仮定；集団における遺伝子型頻度が知られている仮定；及び/又はカスタマーが、研究のために使用される集団及びHapMapと同じ祖先バックグラウンドからである仮定；合同化された危険性が個人の遺伝子マーカーの異なった危険因子の生成物である仮定。GCIはまた、遺伝子型の多−遺伝子型頻度がSNP又は個人の遺伝子マーカーの個々の対立遺伝子の頻度の生成物である（例えば、異なったSNP又は遺伝子マーカーは集団を通して独立している）仮定を包含する。
【００９５】
乗法型モデル：
GCI評点は、遺伝子マーカー組に寄与される危険性が個人の遺伝子マーカーに寄与される危険性の生成物である仮定下で計算され得る。従って、異なった遺伝子マーカーは、他の遺伝子マーカーに関係なく、疾病の危険性に寄与する。正式には、危険対立遺伝子r1, …, rk及び非危険性対立遺伝子n1, …, nkを有するk遺伝子マーカーが存在する。SNPiにおては、３種の可能性ある遺伝子型値が、(ri ri,ni ri , 及び nini.)として示される。個人の遺伝子型情報は、ベクター（g1, …, gk）により記載され得、ここでgiは、位置における危険性対立遺伝子の数に従って、０，１又は２であり得る。同じ位置でのホモ接合非危険性対立遺伝子に比較して、位置iにおけるヘテロ接合遺伝子型の相対的危険性がλ1iにより示される。換言すれば、下記式である：
【００９６】
【数１】
2015064884.tif 000003
【００９７】
同様に、riri遺伝子型の相対的危険性は、下記式：
【数２】
2015064884.tif 000004
【００９８】
として示される。乗法型モデル下で、遺伝子型（g1, …, gk）を有する個人の危険性が、下記式：
【００９９】
【数３】
2015064884.tif 000005
である仮定が存在する。
【０１００】
相対的危険性の評価：
もう１つの態様においては、異なった遺伝子マーカーについての相対的危険性は知られており、そして乗法型モデルが危険性評価のために使用され得る。しかしながら、関連研究を包含するいくつかの態様においては、研究企画は、相対的危険性の報告を妨げる。いくつかの症例対照研究においては、相対的危険性は、さらなる仮定なしでは、データから直接、計算され得ない。相対的危険性の報告の代わりに、危険性遺伝子型を与える疾病の担持の確立（riri又はniriのいずれか）−対−危険性遺伝子型を与えられる疾病を担持しない確立である、遺伝子型の可能性比（OR）を報告することが通例である。形式的には、下記式である：
【０１０１】
【数４】
2015064884.tif 000006
可能性比からの相対的危険性の発見は、追加の仮定、例えば全集団
【０１０２】
【数５】
2015064884.tif 000007
【０１０３】
における対立遺伝子頻度が知られているか又は評価されている（それらは、現在のデータベース、例えば120の染色体を含むHapMapデータ組から推定され得る）、及び/又は疾病の普及p=p(D)が知られている仮定を必要とする。下記の３種の等式が誘導され得る：
【０１０４】
【数６】
2015064884.tif 000008
【０１０５】
相対的危険性の定義により、項pP(D|nini)により割り算した後、最初の等式は、下記のように書き直され：
【０１０６】
【数７】
2015064884.tif 000009
【０１０７】
そして従って、最後の２種の等式は下記のように書き直される：
【数８】
2015064884.tif 000010
【０１０８】
a=1（非危険性対立遺伝子頻度が１である）である場合、等式システム１は、引用により本明細書に組込まれるZhang 及び Yu (JAMA, 280:1690-1691 (1998)におけるZhang及びYu式と同等である。Zhang及びYu式に比較して、いくつかの態様は、相対的危険性に影響を及ぼす、集団における対立遺伝子頻度を考慮する。さらに、いくつかの態様は、相対的危険性の個々の独立しての計算に対立するものとして、相対的危険性の相互依存性を説明する。
【０１０９】
等式システム１は、多くとも４種の可能性ある解法を伴って、下記２種の二次方程式として書き直され得る。傾き降下法がそれらの等式を解くために使用され得、ここで出発点は、可能性比、例えばλ1i=OR1i及びλ2i=OR2iであることが設定される。
例えば、上記二次方程式は次の式である：
【０１１０】
【数９】
2015064884.tif 000011
【０１１１】
それらの等式の解決策の発見は、下記関数の最小値の発見に等しい：
【数１０】
2015064884.tif 000012
【０１１２】
従って、下記の式の通りである：
【数１１】
2015064884.tif 000013
【０１１３】
この例においては、x0=OR1, y0=OR2を設定することにより、アルゴリズムを通して耐性定数である値をε=10-10を設定する。反復iにおいては、下記式を定義し：
【０１１４】
【数１２】
2015064884.tif 000014
【０１１５】
、次に下記式を設定する：
【数１３】
2015064884.tif 000015
【０１１６】
前記反復は、g(xi, yi)＜耐性まで反復され、ここで耐性は供給されるコードにおいて10-7に設定される。
この例においては、それらの等式は、a, b, c, p, OR1及びOR2の異なった値についての正しい解決策を与える。
【０１１７】
相対的危険性評価の強靭性：
いくつかの態様においては、相対的危険性の評価に対する異なったパラメーター（普及、対立遺伝子頻度、及び可能性比の誤差）の効果が測定される。相対的危険性値に対する対立遺伝子頻度及び普及価値の効果を測定するために、異なった可能性比及び異なった対立遺伝子頻度の１組の値からの相対的危険性が計算され（HWE下で）、そしてそれらの計算の結果が、０〜１の範囲の普及値についてプロットされる。
【０１１８】
さらに、普及の固定値に関して、得られる相対的危険性が、危険性−対立遺伝子頻度の関数としてプロットされ得る。p=0である場合、λ1=OR1及びλ2=OR2であり、そしてp=1である場合、λ1=λ2=0である。これは、前記等式から直接、計算され得る。さらに、いくつかの態様においては、危険性対立遺伝子頻度が高い場合、λ1は一次関数に近くなり、そしてλ2は、有界の二次導関数を伴って凹関数に接近する。限界において、c=1である場合、λ2=OR2+p（1−OR2）及び下記式：
【０１１９】
【数１４】
2015064884.tif 000016
【０１２０】
である。OR1≒OR2である場合、後者は同様に一次関数に接近する。危険性−対立遺伝子頻度が低い場合、λ1及びλ2は関数1/pの挙動性に接近する。限界において、c=0である場合、下記式である：
【０１２１】
【数１５】
2015064884.tif 000017
【０１２２】
これは、高い危険性−対立遺伝子頻度に関しては、普及の不正確な評価が得られる相対的危険性に有意に影響を及ぼさないであろうことを示す。さらに、低い危険性−対立遺伝子頻度に関しては、p’=αpの普及値が正しい普及pにより置換される場合、得られる相対的危険性は、多くとも1/α倍、低下するであろう。
【０１２３】
GCI評価の計算：
１つの態様においては、GCIは、適切な集団を表す対照組を用いることにより計算される。この対照組は、HapMap又はもう１つの遺伝子型データ組の１つであり得る。
この態様においては、GCIは次の通りに計算される：k危険性遺伝子座の個々に関しては、相対的危険性が等式システム１を用いて、可能性比から計算される。次に、対照組における個々の個人についての乗法型評点が計算される。ｓの乗法型評点を有する個人のGCIは、s’≦sの評点を有する対照データ組におけるすべての個人の部分である。例えば、対照組における個人の50％がｓよりも小さな乗法型評点を有する場合、個人の最終GCI評点は0.5である。GCIは、可能性比又は相対的危険性が、異なった遺伝子型又はハプロタイプ組み合わせについて知られている場合（それらは、いくつかの場合、文献に見出され得る）、SNP-SNP相互作用を説明するために一般化され得る。
【０１２４】
本明細書に記載されるように、乗法型モデルがGCI評点に使用され得るが、しかしながら他のモデルもGCI評点の決定のために使用され得る。他の適切なモデルは次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない：
加法モデル：
加法モデル下で、遺伝子型（g1, …, gk）を有する個人の危険性は、下記式：
【０１２５】
【数１６】
2015064884.tif 000018
【０１２６】
であることが推定される。
一般化された加法型モデル：一般化された加法モデル下で、遺伝子型（g1, …, gk）を有する個人の危険性が下記式：
【０１２７】
【数１７】
2015064884.tif 000019
【０１２８】
であるよう関数〔インテグラル〕が存在することが推定される。
ハーバード変性評点（Het）：この評点は、引用により本明細書に組込まれるColditz et al. (Cancer Causes and Controls, 11:477-488 (2000)に由来した。Het評点は、関数〔インテグラル〕は、相対的危険性の代わりに可能性比値に基づいて作動するが、実質的に、一般化された加法型評点である。これは、相対的危険性が評価するのに困難である場合、有用である。関数〔インテグラル〕を定義するために、中間関数gは、下記式：
【０１２９】
【数１８】
2015064884.tif 000020
【０１３０】
として定義される。
【０１３１】
次に、下記式：
【数１９】
2015064884.tif 000021
【０１３２】
で表される量が計算され、ここでpihetは、対照集団を通してのSNPiにおけるヘテロ接合性個人の頻度である。次に、関数〔インテグラル〕は
【０１３３】
【数２０】
2015064884.tif 000022
【０１３４】
として定義され、そしてハーバード変性評点（Het）は、下記式：
【数２１】
2015064884.tif 000023
【０１３５】
として単純に定義される。
ハーバード変性評点（Hom）：この評点は、Het評点に類似するが、但し前記値hetが、下記式：
【０１３６】
【数２２】
2015064884.tif 000024
【０１３７】
で表される値により置換され、ここでpihomは、ホモ接合危険性−対立遺伝子を有する個人の頻度である。
【０１３８】
最大−可能性比：このモデルにおいては、遺伝子マーカーの１つ（最大可能性比を有するもの）が、全パネルの組合された危険性に対して下限を与えることが推定される。形式的には、遺伝子型（g1, ..., gk）を有する個人の評点は、下記式：
【０１３９】
【数２３】
2015064884.tif 000025
である。
【０１４０】
評点の間の比較が例１に記載されており、そしてGCI評点評価が例２に記載されている。
【０１４１】
任意数の変異体へのモデルの拡張：
モデルは、任意数の可能性ある変異体が存在する状況に拡張され得る。これまでの考えは、３種の可能な変異体（nn, nr, rr）が存在する情況に対処する。一般的に、多−SNP関連が知られている場合、任意数の変異体は集団において見出され得る。例えば、２種の遺伝子マーカー間の相互作用が病状に関連される場合、９種の可能性ある変異体が存在する。これは８種の異なった可能性比値をもたらす。
【０１４２】
初期式を一般化するために、頻度
【数２４】
2015064884.tif 000026
【０１４３】
1, OR1, …, ORkの測定される可能性比、及び未知の相対的危険性値1, λ1, …, λkを伴って、k＋１個の可能性ある変異体a0, …, akが存在することが推定され得る。さらに、相対的危険性及び可能性比がaoに関して測定され、そして従って、下記式：
【０１４４】
【数２５】
2015064884.tif 000027
であることが推定される。この式は、下記式に基づかれる：
【０１４５】
【数２６】
2015064884.tif 000028
【０１４６】
下記式：
【数２７】
2015064884.tif 000029
【０１４７】
であることが決定される。
さらに、下記式：
【０１４８】
【数２８】
2015064884.tif 000030
が設定される場合、これは、下記等式：
【０１４９】
【数２９】
2015064884.tif 000031
【０１５０】
及び従って、下記式：
【数３０】
2015064884.tif 000032
をもたらす。
【０１５１】
後者は、１つの変動（C）を有する等式である。この等式は、多くの異なった解法（実質的に、k+1までの異なった解法）を生成することができる。標準の最適化手段、例えば勾配降下が、下記式：
【０１５２】
【数３１】
2015064884.tif 000033
への最も近い解法を見出すために使用され得る。
【０１５３】
危険因子の定量化のためのロバスト評点骨格はまた、本明細書に提供される。異なった遺伝子モデルが異なった評点をもたらすが、その結果は通常、相互関係される。従って、危険因子の定量化は一般的に、使用されるモデルに依存しない。
【０１５４】
症例対照試験による相対的危険性の評価：
症例対照試験における複数対立遺伝子の可能性比から相対的危険性を評価する方法がまた本明細書に開示される。これまでのアプローチに比較して、前記方法は、対立遺伝子頻度、疾病の普及、及び異なった対立遺伝子の相対的危険性間の依存性を考慮する。シュミレートされた症例対照研究に基づくアプローチの性能が測定され、そして非常に正確であることが見出された。
【０１５５】
方法：
特定SNPが疾病との関連性について試験される場合、D, R及びNがこの特定のSNPの危険性及び非危険性対立遺伝子を示す。P(RR|D)、P(RN|D)及びP(NN|D)は、個人がそれぞれ、危険性対立遺伝子に対してホモ接合性、ヘテロ接合性、又は非危険性対立遺伝子に対してホモ接合性であることを与えられた疾病により影響される入手確立を示す。fRR, fRN及びfNNが集団における３種の遺伝子型の頻度を示すために使用される。それらの定義の使用により、相対的危険性は次の式として定義される：
【０１５６】
【数３２】
2015064884.tif 000034
【０１５７】
症例対照研究においては、値P(RR|D)、 P(RR|〜D)が評価され、すなわち症例及び対照間のRRの頻度、並びにP(RN|D)、 P(RN|〜D)、 P(NN|D)及び P(NN|〜D)、すなわち症例及び対照間のRN及びNNの頻度が評価される。相対的危険性を評価するために、ベイズ法が下記式を得るために使用され得る：
【０１５８】
【数３３】
2015064884.tif 000035
【０１５９】
従って、遺伝子型の頻度が知られている場合、相対的危険性を計算するためにそれらを使用することができる。集団における遺伝子型の頻度は、それらが集団における疾病の普及に依存するので、症例対照研究自体から計算され得ない。特に、疾病の普及がp(D)である場合、次に下記の通りである：
【０１６０】
【数３４】
2015064884.tif 000036
【０１６１】
p(D)が十分に小さい場合、遺伝子型の頻度は対照集団における遺伝子型の頻度により近づけられ得るが、しかしこれは、その普及が高い場合、正確な評価ではない。しかしながら、参照データセットが与えられる場合（例えば、HapMap［cit］）、その参照データセットに基づいて、遺伝子型頻度を評価できる。
ほとんどの現在の研究は、相対的危険性を評価するために参照データセットを使用せず、そして可能性のみが報告されている。その可能性比は、次のように書かれ得る：
【０１６２】
【数３５】
2015064884.tif 000037
【０１６３】
可能性比は典型的には、好都合である。なぜならば集団における対立遺伝子頻度を通常評価する必要はないからであり；典型的には、可能性比を計算するためには、必要とされるものは、症例及び対照における遺伝子型頻度である。
【０１６４】
いくつかの情況においては、遺伝子型データ自体は利用できないが、しかし要約データ、例えば可能性比は利用できる。これは、メタ−分析がこれまでの症例−対照研究からの結果に基づいて実施される場合である。この場合、可能性比から相対的危険性をいかにして見出すかが示される。次の等式が保持する事実の使用：
【０１６５】
【数３６】
2015064884.tif 000038
【０１６６】
この等式がP（D|NN）により割算される場合、我々は下記式を得る：
【数３７】
2015064884.tif 000039
【０１６７】
これは、次の手段で書かれる可能性比を可能する：
【数３８】
2015064884.tif 000040
【０１６８】
類似する計算により、次の等式システムがもたらされる：
【数３９】
2015064884.tif 000041
【０１６９】
等式１：
可能性比、集団における遺伝子型の頻度及び疾病の普及が知られている場合、相対的危険性は、この組の等式を解決することにより見出され得る。
【０１７０】
それらが二次方程式であり、そして従って、それらが４種の解決法の最大を有することを注目すること。しかしながら、下記に示されるように、典型的には、この等式に対しては１つの可能性ある解決法が存在する。
【０１７１】
fNNが１である場合、等式システム１はZhang及びYu式に等しく；しかしながら、ここにおいては、集団における対立遺伝子頻度が考慮されることを注目すること。さらに、我々の方法は、２種の相対的危険性がお互い依存する事実を考慮するが、ところがこれまでの方法は、相対的危険性の個々を独立して計算することを示唆している。
多−対立遺伝子座についての相対的危険性：多−マーカー又は他の多−対立遺伝子変異体が考慮される場合、計算はわずかに複雑化される。a0, a1, …, akは可能性あるk＋1の対立遺伝子により示され、ここでa0は非危険性対立遺伝子である。k＋1の可能性ある対立遺伝子についての集団における対立遺伝子頻度f0, f1, f2, ..., fkが仮定される。対立遺伝子iに関しては、相対的危険性及び可能性比は、次の通りに定義される：
【０１７２】
【数４０】
2015064884.tif 000042
【０１７３】
次の等式が、疾病の普及に当てはまる：
【数４１】
2015064884.tif 000043
【０１７４】
従って、p（D|a0）により前記等式の両側を割算することにより、我々は下記式を得る：
【０１７５】
【数４２】
2015064884.tif 000044
下記式をもたらす：
【０１７６】
【数４３】
2015064884.tif 000045
下記式：
【０１７７】
【数４４】
2015064884.tif 000046
を設定することにより、結果は、下記式である：
【０１７８】
【数４５】
2015064884.tif 000047
【０１７９】
従って、Cの定義によりこれは、
【数４６】
2015064884.tif 000048
である。
【０１８０】
これは、１つの変数Cを有する多項式である。Cが決定されると、相対的危険性が決定される。多項式はk＋1程度であり、そして従って、我々は、多くともk＋1の解決法を有することを予測する。しかしながら、等式の右側は、Cの関数として著しく低下するので、この等式に関して、典型的には１つの解決法のみが存在できる。次に、解決法が二元調査を用いて見出され、なぜならば、その解決法は、C=1と下記式：
【０１８１】
【数４７】
2015064884.tif 000049
との間で結合されるからである。
【０１８２】
相対的危険性評価の強さ：相対的危険性の評価に対する異なったパラメーター（普及、対立遺伝子頻度、及び可能性比誤差）の個々の効果が測定された。相対的危険性値に対する対立遺伝子頻度及び普及評価の効果を測定するために、相対的危険性が異なった可能性比の１組の値、異なった対立遺伝子頻度（HWE下で）から計算され、そして０〜１の範囲の普及値についてのそれらの計算の結果がプロットされた。
【０１８３】
さらに、普及の固定された値に関しては、危険性−対立遺伝子頻度の関数としての得られる相対的危険性がプロットされた。明らかに、すべての場合、p(D)=0である場合、λRR=ORRR及びλRN=ORRNであり、そしてp(D)=1である場合、λRR=λRN=0である。これは、等式１から直接的に計算され得る。さらに、危険性対立遺伝子頻度が高い場合、λRRは線状挙動性に近づき、そしてλRNは結合される第２誘導体と共に凹関数に近づく。危険性−対立遺伝子頻度が低い場合、λRR及びλRNは関数1/p(D)の挙動性に近づく。これは、高い危険性−対立遺伝子頻度に関して、普及の間違った評価が典型的には、得られる相対的危険性にそれほど影響を与えないであろうことを意味する。
【０１８４】
可能性比−対−相対的危険性：流行病学文献においては、相対的危険性がしばしば、危険性の直感的及び有益な測定として見なされる。しかしながら、相対的危険性は、一般的に症例−対照研究、及び完全ゲノム関連性研究において直接的に計算され得ない。相対的危険性は通常、予期的研究を通して評価され得、ここで１組の健康な個人が長期間にわたって研究される。対照的に、可能性比は通常、症例−対照研究において報告される。可能性比は、症例対対照における危険性対立遺伝子を担持する可能性間の比である。まれな疾病に関しては、可能性比は、相対的危険性の良好な近似であり；しかしながら、通常の疾病に関しては、その可能性比は危険性の紛らわしい評価をもたらし、ここで可能性比は、危険性の上昇がマイナーである場合でさえ、かなり高い。
【０１８５】
相対的ライフタイム危険性−対−相対的危険性：相対的危険性は、対照が現在、疾病を有さないことを絶対的に仮定する。これは、疾病を有することの確率が評価される場合、適切である。しかしながら、興味がライフタイムの期間を通しての危険性評価、又は病状を進行する個人のライフタイム危険性にある場合、対照のいくつかは最終的に、疾病を進行するであろう事実が考慮される。相対的ライフタイム危険性は、危険性対立遺伝しｒを担持する個人の生涯を通して病状を進行せしめることの危険性との間の比として定義される。これは、普及情報に基づかれる、病例−対照研究における相対的危険性の標準使用とは異なる。
【０１８６】
可能なk＋1の可能な対立遺伝子はa0,a1,…,akにより示され、ここでa0は非危険性対立遺伝子である。k＋1の可能な対立遺伝子に関しての集団における遺伝子頻度f0, f1, f2, ・・・, fkが仮定される。研究される個人は、３種のグループ、すなわちCA、Y及びZに分けられることがさらに仮定される。CAは症例を示し、そしてY及びZは対照である。Zからの個人とは対照的に、Yからの個人は結果的に、病状を進行することが仮定される。Y及びZの合同がCOによりまた示され、そしてY及びCAの合同がDにより示される。|Y|=α|CO|=α(|Y|＋|Z|)が仮定され、ここでαは個人のライフタイム内で病状を進行するのであろう対照の割合である。αは、平均のライフタイム危険性による上限であることを注目すること。たぶん、αは、疾病の開始の年齢、及び対照の年齢に依存して、平均ライフタイムよりも小さい。
【０１８７】
相対的危険性及び可能性比は現在、下記式のように表され得る：
【数４８】
2015064884.tif 000050
【０１８８】
可能性比は、下記式のように書かれ得る：
【数４９】
2015064884.tif 000051
【０１８９】
第１線から第２線への誘導はべジズ法に基づかれ、そして第３線は、CA及びYが実質的に同じ集団であり、そして従ってP(CA|ai)=P(Y|ai)である事実に基づかれる。現在、P(Z|ai)=1-P(CA|ai)である事実を用いて、下記式をもたらす：
【０１９０】
【数５０】
2015064884.tif 000052
【０１９１】
前述のように、下記式：
【数５１】
2015064884.tif 000053
【０１９２】
であり、ここでp(D)は平均ライフタイム危険性である。従って、下記等式：
【数５２】
2015064884.tif 000054
【０１９３】
を用いて、可能性比は、次の式のように書き直され得る：
【数５３】
2015064884.tif 000055
【０１９４】
従って、Cが与えられる場合、相対的ライフタイム危険性は、下記式を割り当てることにより見出され得る：
【０１９５】
【数５４】
2015064884.tif 000056
【０１９６】
Cは、下記等式を解くことにより見出され得る：
【数５５】
2015064884.tif 000057
【０１９７】
Cの定義、及び可能性比C＞(2α−１)p(D)(ORi-１)により確かめることができる。従って、右側は、Cの低下する関数であり、そしてそれは、二次調査を適用することにより見出され得る。
【０１９８】
GCIに基づくライフタイム危険性評価：GCIは、すべての関連するSNPを用いて非危険性対立遺伝子を有する個人に比較して、個人の相対的危険性を実質的に提供する。個人のライフタイム危険性を計算するために、平均的ライフタイム危険性を有する個人のライフタイム危険性の生成物が取られ、そしてこの生成物を、集団を通して平均的ライフタイム危険性により割算される。この計算は、平均ライフタイム危険性及び相対的危険性の定義と矛盾しない。平均的ライフタイム危険性を計算するために、すべての可能性ある遺伝子型が列挙され、そして単一SNPの個々におけるそれらの変異体の相対的危険性の生成物が計算されるそれらの相対的危険性が要約される。
【０１９９】
個人化された行動計画：
本明細書に開示される個人化された行動計画は、個人のゲノムプロフィールに基づかれる個人の健康又はウェルネスを改善するために重要で、行動的な情報を提供する。その行動計画は、特定の遺伝子型相互関係の観点から個人に有益である行動方針を提供し、そして個人化された行動計画に個人のゲノムプロフィールに基づいて個人化され得る、治療処理の管理、処理の実質的な必要性又は処理の効果のモニターリング、又は食事、運動及び他の個人的習慣/活動におけるライフスタイル変更の実施を包含する。
【０２００】
他方では、個人は、彼らのゲノムプロフィールに基づかれる特定の評価を与えられ、そしてさらに、任意には、他の情報、例えば家族歴、既存のライフスタイル習慣及び地理学、例えば労働条件、労働環境、個人的関係、住居環境及び他のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない。組込まれ得る他の因子は、民族性、性別及び年齢を包含する。種々の食事及び運動予防策の可能性比及び疾病又は病状の危険性を低めることのそれらの関連性がまた、評価システムに組込まれ得る。
【０２０１】
さらに、個人化された行動計画は、個人のために改善されるか又はアップデートされ得る。改善された又はアップデートされた個人化された行動計画は、例えば個人又は彼らの健康ケアー管理人が最初に、購読などの自動アップデートを要求する場合、個人又は彼らの健康ケアー管理人に自動的に送付され得る。他方では、アップデートされた、個人化された行動計画は、個人又は彼らの健康ケアー管理人により要求される場合、単に送付され得る。個人化された行動計画は、多くの因子に基づいて、改善されるか又はアップデートされ得る。
【０２０２】
例えば、個人は、より遺伝子の相互関係を分析させ、そしてその結果は、既存の推薦を改善し、追加の推薦を付加し、又は初期の個人化された行動計画に基づいて推薦を除くために使用される。いくつかの態様においては、個人は一定のライフスタイル習慣/環境を変え、又は家族歴、既存のライフスタイル習慣及び地理学、例えば作業条件、作業環境、個人的な関係、住居環境及び他のものに関するより一層の情報を有するか、又はそれらの変化を組込む個人化された行動計画を得るためにそれらのアップデートされた年齢の包含を所望する。例えば、個人は、初期の個人化された行動計画、例えば彼らの食事又は医薬処理におけるコレステロールの低減に従えられ、そして従って、彼らの個人化された行動計画推薦が改善され、又は心臓疾患への彼らの危険性又は傾向が低められる。
【０２０３】
個人化された行動計画はまた、個人化された行動計画又は個人が作るか又は有することができる他の変化に基づく推薦に続いて、個人に基づかれる予測される未来の推薦を生ぜしめることができる。例えば、個人における年齢の増加は、オステオポロシスについての危険性の増大を導くが、しかしカルシウムの量又は他のライフスタイル習慣、例えば個人化された行動における習慣に依存して、危険性は低められ得る。
【０２０４】
個人化された行動計画は、個人の表現プロフィール及び/又はゲノムプロフィールを従って単一のレポートで、個人又は彼らの健康ケアー管理人に報告され得る。他方では、個人化された行動計画が別々に報告され得る。次に、個人は、彼らの個人化された行動計画に基づいて推薦される行動を追及することができる。個人は、彼らの計画に対するいずれかの行動を追求する前、彼らの健康ケアー管理人と相談することを選択できる。
【０２０５】
提供される、個人化された行動計画はまた、統合された組の行動段階に多くの病状特異的情報を統合することができる。個人化された行動計画は、因子、例えば個人の病状の普及、個人の病状に関連する痛みの相対的量、及び個々の病状に対する処理のタイプ（但し、それらだけには限定されない）を統合することができる。例えば、個人が心筋梗塞の高められた危険性（例えば、高いGCI又はGCI Plus評点として表される）を有する場合、個人は、果物、野菜及び穀物の高められた消費を包含する個人化された行動計画を有することができる。しかしながら、個人はまた、小児脂肪便症の素因を有し、従って小麦グルテンアレルギー症を有する。結果として、小麦の高められた消費が禁忌的であり、そして個人化された行動計画に示される。
【０２０６】
個人化された行動計画は、医薬的（定義処方薬剤、栄養補給食品及び同様のものを包含する）推薦、非医薬的推薦、又は両者を提供することができる。例えば、個人化された行動計画は、予防薬としての提供される医薬、例えば心筋梗塞の傾向の個人のためのコレステロールを下げる薬物、及び医薬との相談を包含することができる。個人化された行動計画はまた、非医薬的推薦、例えば個人のゲノムプロフィールに基づく運動レジメ及び食事計画を包含する、個人化されたライフスタイル計画を提供することができる。
【０２０７】
個人化された行動計画推薦は、特定の評価、ラベリング又は分類システムのものであり得る。個々の推薦は、数、色及び/又は文字スキーム又は値により評価されるか又は分類され得る。推薦は分類され得、そしてさらに評価され得る。数の変動、例えば異なった評価スキーム（文字、数又は色の使用；文字、数及び/又は色の組み合わせ；１又は複数の評価スキームへの異なったタイプの推薦）が使用され得る。
【０２０８】
例えば、個人のゲノムプロフィールが彼らのゲノムプロフィールに基づいて決定され、個人化された行動計画からの個人のための推薦が３種のグループに分類される：有益でないか又は負の効果を表す“A”；中性又は有意でない効果を表す“N”；及び有益な又は正の効果を表す“B”。例としてこのシステムを用いて、個人についてAとして分類された治療薬は、個人が有益でない反応を有する薬物を包含し、Nとして分類されたそれらは個人においていずれの有意な陽性又は陰性の効果も有さず、そしてBとして分類されたそれらは個々の健康に対して有益である。同じ分類システムを用いて、食事計画はまた、A, B, Nに分類され得る。例えば、個人がアレルギーであるか、又は特に避けるべきである食物（例えば、個人は糖尿病又はキャビティの素因を有するので、糖）が、Aとして分類される。
【０２０９】
個人の健康に対して有意な効果を有さない食物は、Nとして分類され得る。個人に対して特に有益である食物はBとして分類され、例えば個人が高コレステロールを有する場合、低コレステロールを有する食物はBとして分類される。個人の運動レジメはまた、同じシステムに基づかれ得る。個人は心臓問題の素因を有し、そして激しいトレーニングを回避すべきであり、そして従って、ランニングはA活性であるが、ところが一定のペースでのウォーキング又はジョギングはBとして分類され得る。一定期間のスタンディングは１人の個人についてNであり、しかし静脈瘤の素因を有するもう１人の個人はAである。
【０２１０】
さらに、A, N又はBの個々のカテゴリー内で、さらなる分類レベル、例えば最低〜最高の衝撃（１〜５）が存在する。例えば、治療剤は、わずかな負の効果、例えば少々の嘔気を示すA1として分類され得、ところがA2は、治療剤が嘔吐を引起すことを示し、そしてA5治療剤は重度の有益でない反応、例えばアナフィラキーショックを引起す。逆に、B1は個人に対してわずかな陽性効果を有し、ところがB5は個人に対して有意な陽性衝撃を有する。例えば、個人が肺癌の素因を有するか、又は副流煙に暴露される場合、喫煙をしない個人はB5であり、ところが肺癌の素因を有さない個人はB4としてこの因子を有することができる。
【０２１１】
異なったカテゴリーがまた、異なった色により表され得、例えばAは赤色であり得、そして個人の健康に対して高い〜低い効果を表すためには、その色合いは淡〜暗赤色の範囲であり、淡赤色は個人の健康に対して低い負の効果を表し、暗赤色は重度の悪影響を表す。このシステムはまた、色、数又は文字の連続スペクトルでもあり得る。例えば、A, N及びB, 及び/又はそれらの中のサブカテゴリーを有するよりもむしろ、分類はA〜Gであり、ここでAは食物、治療薬、ライフスタイル習慣、環境、及び個人の健康を重度に負の衝撃を与える他の要因を表し、ところがDは陽性又は陰性の最少効果を有する因子を表し、そしてGは個人の健康に対して非常に有益であることを表す。他方では、A〜Gを有するよりもむしろ、数又は色はまた、食物治療薬、ライフスタイル習慣、環境及び個人の健康に衝撃を与える他の因子の連続スペクトルを表すことができる。
【０２１２】
いくつかの態様においては、個人化された行動計画における、特に治療剤、医薬又は他のライフスタイル要素が、分類され、ラベルされるか、又は評価され得る。例えば、個人は、運動レジメ及び食事計画を含む個人化された行動計画を有することができる。運動レジメは、１又は複数の評価又は分類を包含することができる。例えば、運動レジメについての評価は、表１におけるように、A〜Eの範囲であり、ここで個々の文学は１又は複数のタイプの運動、例えば活性のタイプに関する情報、時間の長さ、個人のレベル下にある所定の時間枠における回数、及び従って、個人のための推薦される運動レジメに対応する。
【０２１３】
【表１】
2015064884.tif 000058
【０２１４】
１つの態様においては、個人のゲノムプロフィールン基づいて、個人化された行動計画は個人についてA評価を有し、そして従って個人の推薦される運動レジメは、彼らの心臓血管トレーニングについての表１におけるA列を選択することである。同様に、ウェイトトレーニングについての類似するシステムは、個人の運動レジメの一部であり得、そしてA評価についてのウェイトトレーニングオプションがその個人のために推薦される。いくつかの態様においては、因子、例えば個人の既存の食事、運動及び他の個人の習慣/活動、任意には、他の情報、例えば家族歴、既存のライフスタイル習慣及び地理、例えば労働条件、動労環境、個人の関係、住居環境、民族性、性別、年齢及び他の因子が、個人の運動レジメ評価を決定するために、個人のゲノムプロフィールと共に組込まれ得る。
【０２１５】
さらに、個人のライフスタイル習慣が変化し、又はより多くの因子が知られるようになり、そして組込まれるにつれて、個人の評価は変化することができ、例えば個人が、A評価で出発して、個人化された行動計画に基づいて推薦される活動に従う場合、個人は、B評価である個人を評価し、そして決定するアップデートされた、個人化される行動計画を必要とする。他方では、個人の個人化された行動計画は、個人が彼らの健康を最大にするために、A評価からB評価への移動を考慮すべきである場合のためのスケジュールを提供することができる。
【０２１６】
個人化された行動計画は、食事計画についての評価システムも有することができる。例えば、食事計画についての評価は１〜５の範囲のシステムであり、ここで個々の数は、脂肪、繊維、タンパク質、糖、及び/又は個人が彼らの食事において有することを提案される他の栄養物、特定の目安量、カロリー数の特定のグループ、及び/又は個人が彼らの食事として有すべきである他の食物によるグループに対応する。個人のゲノムプロフィールに基づいて、個人化された行動計画は個人について２の評価を与えることができ、従って個人の推薦される食事計画は２の評価下での食事を選択するであろう。
【０２１７】
もう１つの態様においては、個人の食物は分類され得る。例えば、２の評価を与えられる個人は、また２として分類される特定の食物を選択すべきである。例えば、特定の野菜、食肉、果物、予定表及び他のものが２として分類され得るが、ところが他のものはそうではない。例えば、アスパラガスは２である野菜であるが、ところがビートは３であり、そして従って、個人は彼らの食事において、ビートよりもむしろアスパラガスを含むべきである。
【０２１８】
もう１つの態様においては、個人は、彼らのゲノムプロフィールに基づいて、個人が彼らの食事に有すべき食物のタイプ中の栄養物のタイプの分解であることをそのタイプの食事が従うかについての提案された評価を与えられる。その評価は、形状、色、数、及び/又は文字を包含する可視化表現の形で存在することができる。例えば、個人は、直腸癌及び糖尿病の素因を有することが見出され、そして図4Aに示されるように（また、例３も参照のこと）、個人が彼らの食事に有すべきである推薦されるタイプの食物における異なった栄養物の割合を表す記号を与えられる。異なったタイプの食物、例えば特定の果物、野菜、炭水化物、食肉、予定表の製品、及び同様のもの（但し、それらだけには限定されない）は、同じスキームにより表され、例えば図4B-4Dに示される。図4Aに示されるように、個人に与えられる、最も親密に類似する記号により評価される食物が、個人のための食物である。
【０２１９】
いくつかの態様においては、因子、例えば個人の既存の食事、運動及び他の個人の習慣/活動、任意には、他の情報、例えば家族歴、既存のライフスタイル習慣及び地理、例えば労働条件、動労環境、個人の関係、住居環境、民族性、性別、年齢及び他の因子が、個人の行動計画を創造し、そして従って、個人の食事計画のために与えられる評価に影響を与えるために、個人のゲノムプロフィールと共に組込まれ得る。さらに、個人のライフスタイル習慣が変化し、又は複数の因子が知られるようになり、そして組込まれる場合、個人の評価は変化することができる。
【０２２０】
例えば、個人が個人化された行動計画に基づく推薦される活動に従う場合、非常に低コレステロール食事である、食事計画について１の評価から出発して、個人はライフスタイル習慣の変化を組込むアップデートされた、個人化された行動計画を必要とし、個人は、彼らが改善されたコレステロールレベルを有するようにされ、アップデートされた個人化された行動計画は、個人が評価２下での食事計画に現在従うために良好に適合されるか、又は評価１及び２下での個人化された行動計画は、個人が１評価から２評価への移動を考慮するか、又は彼らの食事計画を、スケジュールに基づいて、彼らの健康を最大にするために、異なった評価下での異なった食事計画間で変えない場合、スケジュールを提供することができる。
【０２２１】
個人化された行動計画下での評価は、異なった評価システムの組み合わせのためにあり得る。例えばA〜Eを有する運動レジメシステム及び評価１〜５を有する食事計画システムは、彼らの個人化された行動計画においてA1評価を個人に与えるために使用され得る。従って、個人は、A評価の運動レジメ及び１評価の食事計画に従うことが推薦される。他方では、単一の評価システムが、運動及び食事レジメのために使用され得る。例えば、個人は、個人のための推薦される運動及び食事レジメがC分類下で両者ともあるよう、個人化された行動計画において特定の評価、例えばC評価を与えられ得る。
【０２２２】
他の態様においては、他のタイプの推薦、例えば他のライフスタイル活動及び習慣がまた包含される。例えば、運動及び食事レジメ以外のもの、他の推薦、例えば治療薬、作業環境のタイプ、社会活動のタイプがまた、単一の評価システム下に包含され得る。他方では、異なった評価システムが他の推薦のために使用され得る。例えば、文字は、推薦される運動レジメのために使用され、数が食事レジメのために使用され、そして色が医薬的推薦のために使用される。
【０２２３】
いくつかの態様においては、二元評価システムが使用され、その結果、推薦のタイプが対にグループ分けされる。このシステムは、マイアーズブリッグスタイプ指示計（MBTI）システムに類似する。MBTIシステムにおいては、４対の参照又は二面体が存在し、そして個人は１つの個々の対中に置かれる。個人の参照は、１）外向性又は内向性、２）感学的又は直感的、３）考え又は感じ、及び４）判断又は感覚である。システムにおける変動は、個人の健康、及び個人のゲノムプロフィールに基づかれるウェルネスを改善するために個人についての推薦の決定に使用され得る。
【０２２４】
例えば、個人は食事に関して、A又はBのいずれかであり得、ここでAは栄養物の一定タイプの混合物を表し、そしてBは異なった混合物である。他方では、特定タイプの食物がA又はBにグループ分けられ得る。個々は、運動レジメのためのもう１つの二元分類、例えばH又はLを有することができ、ここでHは個人が高衝撃性運動に参加することを表し、そしてLは低衝撃性活動を表す。個人はAHとして分類され得る。もう１つの二元分類は社会接触のためであり得る。例えば、個人は遺伝学的に、社会的（S）又は非社会的（U）である傾向があり、そして例えば、推薦は、活動タイプ、又は個人がストレスを低め、そして彼らの健康及びウェルネスを高めるために、回避するか又は追及すべきである人々のグループを包含する。
【０２２５】
個人化された行動計画はまた、彼らが知るようになるような情報、例えば科学情報、又は個人からの情報に基づかれる因子を包含するようアップデートされ、例えば“フィールド配置された”又は直接的機構、例えば代謝レベル、グルコースレベル、イオンレベル（例えば、カルシウム、ナトリウム、カリウム、鉄）、ビタミン、血液細胞計数、肥満指数（BMI）、タンパク質レベル、転写体レベル、心拍数、等が、容易に入手できる方法により決定され得、そして例えば、同時モニターリングにより、それらが知られるようになるにつれて、それらが知られている場合、個人化された行動計画中に因子として考慮され得る。個人化された行動計画は、例えば個人が１又は複数の病状のために有する素質に影響を及ぼすことができる計画に従って個人に基づいて変性され得る。例えば、個人のGCI評点はアップデートされ得る。
【０２２６】
集団及び動機：
本発明の開示は、個人のゲノムプロフィールに基づかれる、表現型プロフィール及び個人化された行動計画を提供し、その結果、個人は、彼らの健康及びウェルビーイングについての情報を十分に与えられ、そしてカスタマイズされた個人は、彼らの健康を改善すべきである。集団、例えば彼らの個人化された行動計画を追及するために個人のための支援及び動機を提供できるオンライン集団が本明細書において選択される。例えば個人化された行動計画に従うことにより、彼らの健康を改善するための個人の動機はまた、経済的誘因で包含する。
【０２２７】
個人は、集団、例えばオンライン集団に参加することができ、ここで個人又は彼らの健康ケアー管理人は、個人のゲノムプロフィール、表現型プロフィールが/又は個人化された行動計画にアクセスする。個人は、個人のオンライン部分を通して見るために、集団のサブセットを利用できるか、又は集団のいずれも利用できない、ゲノムプロフィール、表現プロフィール及び/又は個人化された行動計画を有するよう選択することができる。例えば、オンライン集団、例えばhttps://changefire.comは、彼らの目的を達成するために個人を動機づけることが、当業界において知られている。本発明の開示においては、個人は、彼らの表現型プロフィール、例えばGCI評点を基線として使用し、又は彼らの個人化された行動計画に基づいて目的を達成することにより、彼らの健康及びウェルビーイングを改善するために個人を支援し、そして動機づけるオンライン集団のメンバーに参加するか又はそのメンバーである。
【０２２８】
オンライン集団は、個人の友達、家族、又は仕事仲間、又はそれらの組合せに制限され得る。個人はまた、彼らがこれまで知っていないオンライン集団の他のメンバーも包含することができる。オンライン集団はまた、使用人が支援した集団でもあり得る。個人は、類似する表現型プロフィール、行動計画を伴って他の集団のグループを形成し、そして彼らの目的を達成するためにお互い動機づけることができる。個人は、彼らのGCI評点を改善し、そして/又は彼らの個人化された行動計画に基づいて目的を達成するために、オンライン集団において他人との競争を設定することができる。
【０２２９】
例えば、個人の報告、例えば彼らのGCI評点及び個人化された行動計画は、オンライン集団において個人の家族及び友達により見ることができる。個人は、彼らの報告を見ることが出来、そして/又はアクセスできる人を選択するか又は選択肢を有することができる。オンラインバージョンは、個人化された行動計画に基づいてテェックリスト又は重大事件測定値含有品目を含んで成り、ここで個人は、彼らの個人化された行動計画のための達成又は進行を区別することができる。GCI評点は、遺伝子情報変化についてアップデートされ得、そしてオンライン報告を映し出すことができる。
【０２３０】
個人はまた、変化した因子、例えばライフタイム変化、運動レジメ変化、食事変化、医薬処理、及び個人のための報告を変更できる他のものを入力することができる。家族及び友達は、個人の進行、及び個人のライフの変化、それらが個人の危険性又は素因をいかにして映し出すか又は変更するかの進行を見ることができる。オンライン部分は、初期及び続く報告の個人の見解を可能にする。個人はまた、彼らの友達及び家族からのフィードバック及びコメントを受けることができる。家族及び友達は論評を支援し、そして動機づけて、去ることができる。
【０２３１】
オンライン集団はまた、彼らの個人化された行動計画を進行せしめ、そして/又は疾病への彼らの危険性又は素因を低めることにより、彼らの健康を改善するために誘発することができる。誘発また、オンライン集団においてではない個人にも提供され得る。例えば、使用人が支援するオンライン集団は、個人が、例えば彼らの個人化された行動計画を通して進行し、それにより、疾病の彼らの危険性及び/又は疾病への素因を低めることにより一定の目的を達成する場合、使用人が個人を助成する健康を提供し、特別な休暇日を提供するか、又は個人の健康貯金口座に寄与することができる。他方では、その集団は、オンラインであるべきではなく、そして個人は、彼らの個人化された行動計画及び/又は疾病についての低められた素因を通して、使用人のための健康計画をプロセッシングする指名された人に、それらの進行に関する現像を提出する。
【０２３２】
他の誘因はまた、疾病への個人の素因を低め、そして/又は彼らの個人化された行動計画に従うことにより、彼らの健康を改善するために個人を動機づけするためにも使用され得る。個人は、彼らが一定の目的、例えば一定の割合又は数値、疾病についての彼らの危険性を低めることに、１つのカテゴリーからもう１つのカテゴリーに移動し（すなわち高い危険性から低い危険性に）、又は個人化された行動計画において一定の目的を達成することにより達成する場合、無診料で救済を受けることができる。例えば、個人は、一定の時間枠内で疾病に対する危険性の最大の低下を達成するために、個人化された行動計画に基づいて目的を達成するために、又は個人化された行動計画に基づいてほとんどの目的達成するために、一定の数値の危険性低下を達成することができる。
【０２３３】
友達、家族及び/又は使用人は、たぶんそれらを購入し、そして疾病の個人の危険性又は素因を低め、そして/又は彼らの個人化された行動計画に基づいて目的を達成する個人に診査料としてそれらを提供することにより、ポイント及び/又は診査料を提供することができる。個人はまた、もう１つの個人、例えばもう１つの仕事仲間、又は友達グループ、家族、又は同じ目的を有するオンライン集団のメンバーの前、目的を達成するためにポイント/診査料を受けることができる。
【０２３４】
例えば、最初は、一定の数値の危険性低下を達成し、一定の時間枠内での疾病への危険性の最大の低下を達成し、個人化された行動計画に基づいて目的を達成し、又は個人化された行動計画に基づいてほとんどの目的を達成することである。個人は、診査料として、現金、又は現金のための救済ポイントを受けることができる。他の診査料は、医薬製品、健康製品、健康倶楽部メンバーシップ、スパ処置、医学的方法、健康をモニターするための装置、遺伝子試験、旅行及び他のもの、例えば本明細書に記載されるサービスへの購読、又は前述の品目のための割引、補助金又は還付金を包含する。
【０２３５】
誘因は、友達、家族及び使用人により保証され得る。医薬会社、健康倶楽部、医学装置会社、スパ、及び他のものがまた、誘因を保証することができる。スポンサーシップは、広告又は募集と引き換えに存在し、例えば医薬会社はデータ、又は臨床試験のために個人のゲノムプロフィールを入手することに興味がある。さらに、誘因は、彼らの健康を改善するために個人を動機づける集団、例えば本明細書に記載されるオンライン集団への個人の参加を奨励するために使用され得る。
【０２３６】
アクセスプロフィール及び個人化された行動計画：
ゲノムプロフィール、表現型プロフィール及び前記表現型及びゲノムプロフィールに関連する他の情報、例えば個人化された行動計画を含む報告が個人に提供され得る。健康ケアー管理人及びプロダイバー、例えば介護人、医者、及び遺伝子カウンセラーはまた、その報告にアクセスできる。報告はプリントされ、コンピューターに保存され、又はオンラインで見られる。他方では、プロフィール及び行動計画は、ペーパー型で提供され得る。それらは、ペーパー又はコンピューター読み取り可能フォーマット、例えば一定の時間、オンラインで存在し、そして続くアップデートがペーパー、コンピューター読み取り可能フォーマット、又はオンラインにより提供される。プロフィール及び行動計画は、コンピューター読み取り可能媒体上にコードされ得る。
【０２３７】
ゲノムプロフィール、表現型プロフィール及び個人化された行動計画は、オンラインポータルによりアクセスでき、その情報源は、コンピューター及びインターネットウェブサイト、電話、又は情報への類似するアクセスを可能にする他の手段の使用を通して個人により容易にアクセスされ得る。オンラインポーターは任意には、確かなオンラインポータル又はウェブサイトであり得る。他の安全な及び安全でないウェブサイトへのリンク、例えば個人の表現型プロフィールとの完全なウェブサイトのリンク、又は特定の表現型を共有する個人のための非安全性ウェブサイト、例えばメッセージボードを提供できる。
【０２３８】
報告は、個人のGCI評点又はGCI Plus評点のものであり得る（本明細書に記載されるように、GCI評点を報告することはまた、GCI Plus評点又は両者を報告する方法を包含するであろう）。例えば、１又は複数の病状についての評点は、ディスプレイを用いて、可視化され得る。スクリーン(例えば、コンピューターモニター又はTVスクリーン)は、ディスプレイ、例えば適切な情報を有するパーソナルポータルを可視化するために使用され得る。もう１つの態様においては、ディスプレーは、静的ディスプレー、例えばプリントされたページである。
【０２３９】
ディスプレーは、１又は複数の次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない：区分けたな（1-5, 6-10, 11-15, 16-20, 21-25, 26-30, 31-35, 36-40, 41-45, 46-50, 51-55, 56-60, 61-65, 66- 70, 71-75, 76-80, 81-85, 86-90, 91-95, 96-100）、着色又はグレースケール傾斜、温度計、ゲージ、円グラフ、柱状グラフ又は棒グラフ。もう１つの態様においては、温度計が、GCI評点及び疾病/病状普及を示すために使用される。温度計は、報告されるGCI評点の変化するレベルを示し、例えば温度計は、GCI評点の上昇につれての比色変化を示すことができる（例えば、低いGCI評点についての青色からの高いGCI評点についての累進的青色への変化）。関連する態様においては、温度計は、報告されるGCI評点を伴って変化するレベル、及び危険性ランクが上昇するにつれての比色変化の両方を示す。
【０２４０】
個人のGCI評点はまた、聴覚フィールドバックを用いることにより、個々に供給され得る。例えば、聴覚フィードバックは、危険性ランクが高いか又は低い、口答される指示であり得る。聴覚フィードバックはまた、特定のGCI評点、例えば数、％、範囲、四分値、又は集団についての平均又はメジアンGCI評点との比較の暗唱であり得る。１つの態様においては、活発なヒトは、個人において、又はテレコミュニケーション装置、例えば電話（地上ケーブル、携帯電話又は衛生電話）又はパーソナルポータルを通して聴覚フィードバックを供給する。聴覚フィードバックはまた、自動化されたシステム、例えばコンピューターにより供給される。
【０２４１】
聴覚フィードバックは、通常の電話を用いて声及びタッチトーンのコンピューターによる検出を可能にする技法である対話型音声応答（IVR）システムの一部として供給され得る。個人は、IVRシステムを通して、中央サーバーと相互作用することができる。IVRシステムは、個人と相互作用する、予備記録された又は力学的に生成される音声と応答し、そしてそれらの危険性ランクの聴覚フィードバックを彼らに提供することができる。個人は、IVRシステムにより答えられる番号を呼び出すことができる。任意には、識別コード、セキュリティーコードを入力するか、又は音声認識プロトコールを受けた後、IVRシステムは、メニュー、例えばタッチトーン又は音声メニューから選択肢を個人に要求することができる。それらの選択肢の１つが、彼又は彼女の危険性を個人に提供することができる。
【０２４２】
個人のGCI評点は、ディスプレーを用いて可視化され、そして聴覚フィードバック、例えばパーソナルポータル上で供給され得る。この組合せは、個人の全体的な健康性及び可能な予防処理、例えばそれらの個人化された行動計画とGCI評点との関連性を議論する、GCI評点及び聴覚フィードバックの視覚ディスプレイを包含することができる。
【０２４３】
異なった報告選択肢は、個人にアクセスできる。例えば、オンラインアクセス点、例えばオンラインポータルは、彼らのゲノムプロフィールに基づいて、単一の表現型又は１つよりも多くの表現型の個人による表示を可能にする。定期購読者はまた、異なった視聴選択肢、例えば“Quick View”選択肢を有することができ、単一の又は多数の病状の簡単な概要を得ることができる。”包括的視点“選択肢がまた選択され得、ここで個々のカテゴリーについてのより詳細が提供される。
【０２４４】
例えば、表現型を進行する個人の傾向についてのより詳細な統計学、典型的な徴候又は表現型、例えば医学的条件についてのサンプル徴候についての一層の情報、又は物理的な非医学的条件、例えば身長の範囲、又は世界、又は異なった国々、又は異なった年齢範囲又は性別における遺伝子及び遺伝子変異体、例えば人口発生率についての一層の情報が存在する。例えば、多くの病状についての推定されるライフタイム危険性の要約が、”Quick View“選択肢に存在し、そして特定の病状、例えば前立腺癌又はクローン病についての一層の情報が他の視聴選択肢であり得る。異なった組み合わせ及び変動が異なった視聴選択肢のために存在することができる。
【０２４５】
個人により選択される表現型は、医学的条件下であり得、そして報告における異なった処理及び徴候は処理についての追加の情報を含む他のウェブページにリンクすることができる。例えば、薬物上をクリックすることにより、それは投与量、費用、副作用及び有効性についての情報を含むウェブサイトを導くであろう。それはまた、他の処理に対する薬物を比較することができる。ウェブサイトはまた、薬物製造業者のウェブサイトに導くリンクを含むことができる。もう１つのリンクは、情報、例えば彼らのゲノムプロフィールに基づいて薬物へのそれらのありそうな応答を包含する。生成される薬理学ゲノムプロフィールを有する、加入者のための選択肢を提供することができる。薬物への代替手段としてのリンクがまた提供され得、例えば予防処置、例えばフィットネス及び体重減少、及びダイエットサプリメント、ダイエット計画及び近くのヘルスクラブ、健康クリニック、健康及びウェルネスプロバイダー、スパ及び同様のものがまた提供され得る。教育及び情報ビデオ、利用できる処理の要約、可能性ある医薬品、及び一般的推薦がまた提供され得る。
【０２４６】
オンライン報告はまた、自分で医師又は遺伝子カウンセラーアポイントメントをスケジュールするか、又はオンライン遺伝子カウンセラー又は医師とアクセスするためのリンクを提供し、彼らの表現型プロフィールに関する一層の情報の加入者による要求の機会を提供する。オンライン遺伝子カウンセラー及び医師の問題へのリンクがまた、オンライン報告上に供給され得る。
【０２４７】
もう１つの態様においては、報告は、“興味ある”表現型、例えば有名な個人、例えばアインシュタインのゲノムプロフィールへの個人のゲノムプロフィールの類似性のものであり得る。報告は、アインシュタインのゲノムプロフィールへの個人のゲノムプロフィールとの間の％類似性を表すことができ、そしてさらに、アインシュタインの予測されるIQ及び個人の予測されるIQを表示することができる。さらなる情報は、一般人口のゲノムプロフィール及びそれらのIQが個人及びアインシュタインのゲノムプロフィールに、いかにして比較するかを包含する。
【０２４８】
もう１つの態様においては、報告は、個人のゲノムプロフィールに相互関係されたすべての表現型を表示することができる。他の態様においては、報告は、個人のゲノムプロフィールと陽性的に相互関係される表現型のみを表示することができる。他のフォーマットにおいては、個人は、表現型の一定のサブグループ、例えば医学的表現型のみ、又は行動的医学的表現型のみの表示を選択できる。例えば、行動的表現型及びそれらの相互関係される遺伝子型は、クローン病 (IL23R 及び CARD 15と相互関係する)、 タイプ１糖尿病 (HLA-DR/DQと相互関係する)、狼蒼(cHLA-DRBlと相互関係する)、乾癬(HLA-C)、 多発性硬化症(HLA-DQAl)、グレーブス病(HLA-DRBl)、 リュウマチ様関節炎(HLA-DRBl)、 タイプ２糖尿病(TCF7L2)、 乳癌(BRCA2)、直腸癌(APC)、エピソード記憶(KIBRA)、及び骨粗鬆症(COLlAl)を包含することができる。
【０２４９】
個人はまた、彼らの報告において表現型のサブカテゴリー、例えば医学的病状に関する炎症性疾患のみ、又は非医学的病状についての物理的特徴のみを示すよう選択できる。いくつかの態様においては、個人は、すべての病状を示すよう選択することができ、ここで推定される危険性が、それらの病状を強調表示し、高められた危険性を有する病状のみ、又は低められた危険性を有する病状のみを強調表示することにより個人について計算された。
【０２５０】
個人により提供され、そして伝達される情報は安全且つ秘密であり、そしてそのような情報へのアクセスは、個人により調整され得る。複雑なゲノムプロフィールに由来する情報は、規制局により許可された、理解できる、医学的に適切な及び/又は高い衝撃性のデータとして個人に供給され得る。情報はまた、一般的興味のものであり、そして医学的に適切ではない。情報はいくつかの手段、例えばポータルインターフェース及び/又は郵送により個人に確実に送付され得る。
【０２５１】
より好ましくは、情報は、個人が確かで且つ信用できるアクセスを有する、ポータルインターフェースにより個人に確実に（個人により選択される場合）供給される。そのようなインターフェースは好ましくは、オンライン、インターネットウェブサイトアクセス、又は他においては、電話、又は個々の、安全で、且つ容易に利用できるアクセスを可能にする他の手段により供給される。ゲノムプロフィール、表現型プロフィール及び報告は、ネットワークを通してのデータの伝達により、個人又は彼らの健康ケアー管理人に供給される。
【０２５２】
従って、これを通して報告が生成され得る代表的な理論装置は、図５（500）に示されるようにコンピューターシステム（又はデジタル装置）を含んで成る。コンピューターシステムは、ゲノムプロフィールを受け、そして保存し、遺伝子型相互関係を分析し、遺伝子型相互関係の分析に基づいて規則を作り、ゲノムプロフィールにその規則を適用し、そして表現型プロフィール、個人化された行動計画及び報告を生成することができる。例えば、個人化された行動計画が得られ、そしてコンピューターシステムからプリントアウトにされる。コンピューターシステム500は、固定された媒体512を有するサーバー509に任意にはコネクトされ得る、媒体511及びネットワークポート505からの指図を読取ることができる理論的装置として理解され得る。図５に示されるようなシステムは、CPU501、ディスクドライブ503、任意の入力装置、例えばキーボード515及び/又はマウス516及び任意のモニター507を含む。データ通信は、局所又は遠隔位置でサーバーに、示される通信媒体を通して達成され得る。
【０２５３】
例えば、通信媒体は、ネットワークコネクション、ワイヤーレスコネクション又はインターネットコネクションであり得る。そのようなコネクションは、ワールドワイドウェブ上で通信を提供することができる。本発明の開示に関するデータは、パーティー522による受容及び/又は再考のためにそのようなネットワーク又はコネクション上で伝達され得ることが思い描かれる。受容パーティー522は、個人、健康ケアープロバイダー又は健康ケアー管理人であり得るが、但しそれらだけには限定されない。１つの態様においては、コンピューター読み取り可能媒体は、生物学的サンプル又は遺伝子型相互関係の分析の結果の伝達のために適切な媒体を含む。媒体は、個人の表現型プロフィール及び/又は個人のための行動計画に関する結果を包含することができ、ここでそのような結果は、本明細書に記載される方法を用いて誘導される。
【０２５４】
パーソナルポーターは、ゲノムデータを受け、そして評価するために個人との一次インターフェースとして作用することができる。ポータルは、試験及び結果を通しての収集からのそれらのサンプルの進行を個人による追跡を可能にする。ポータルアクセスを通して、個人は、彼らのゲノムプロフィールに基づいて共通する遺伝子障害についての相対的危険性を紹介される。個人は、ポータルを通して彼らのゲノムプロフィールへの適用のための規則を選択することができる。
【０２５５】
１つの態様においては、１又は複数のウェブページは、表現型の列挙及び、個々の表現型に続いて、加入者が彼らの表現プロフィールを包含するよう選択することができるボックスを有するであろう。表現型は、彼らの表現型プロフィールに包含される、彼らが所望する表現型についての加入者による、通知された選択を助けるために、表現型についての情報にリンクされ得る。ウェブページはまた、疾病グループにより、例えば活動的疾患又は非活動疾患として、組織化される表現型を有することができる。例えば、個人は、活動的表現型のみ、例えばHLA-DQA1及び小児性脂肪便症を選択することができる。加入者はまた、表現型についての前又は後−徴候性処理の表示を選択することができる。
【０２５６】
例えば、個人は、前‐徴候性処理（高められたスクリーニングの外部）、小児性脂肪便症については、グルテンを有さない食事の前−徴候性処理による活性的表現型を選択することができる。もう１つの例は、アルツハイマー病、スタチンの前−徴候性処理、運動、ビタミン及び精神活動に関することができる。血栓症は、経口避妊薬の回避及び長期間の在席の回避の前−徴候性処理によるもう１つの例である。許可された後−徴候性処理による表現型の例は、CFHと相互関係する湿潤性AMDであり、ここで個人は、それらの病理についてレーザー処理を得ることができる。
【０２５７】
表現型はまた、疾病又は病状のタイプ又は種類、例えば神経学的、心血管性、内分泌性、免疫学的、等により組織され得る。表現型はまた、医学的及び非医学的表現型としてグループ分けされ得る。ウェブページ上の表現型の他のグループは、物理的特徴、生理学的特徴、精神特徴又感情的特徴により分類され得る。ウェブページはさらに、表現型のグループが１つのボックスの選択により選ばれるセクションを提供することができる。例えば、すべての表現型、医学的に適切な表現型のみ、非医学的に適切な表現型のみ、活動的表現型のみ、非活動的表現型のみ、異なった疾病グループ、又は“興味ある”表現型についての選択が存在する。“興味ある”表現型は、有名人又は他の有名な個人、又は他の動物又はさらに他の生物への比較を包含する。比較のために入手できるゲノムプロフィールの列挙がまた、個人のゲノムプロフィールと比較するために、個人による選択のためにウェブページ上に提供され得る。
【０２５８】
オンラインポータルはまた、ポータルの個人による操縦を助け、特定の表現型について調査し、又は彼らの表現プロフィール又は報告により示される特定の用語又は情報について調査するために調査エンジンを供給することができる。パートナーサービス及び製品提供にアクセスするためのリンクがまた、ポータルにより提供され得る。共通する又は類似する表現型を有する個人についてのグループ、メッセージボード及びチャット室を指示するための追加のリンクがまた提供され得る。オンラインポータルはまた、個人の表現のプロフィールにおける表現型についての一層の情報を有する他のサイトへのリンクを提供することができる。オンラインポータルはまた、個人の表現型プロフィール及び報告と友達、家族、仕事仲間、又は健康ケアー管理人との個人による共有を可能にするためのサービスも提供し、そして彼らの友達、家族、仕事仲間、又は健康ケアー管理人とを共有される、彼らが所望する表現型プロフィールに示すための表現型を選択することができる。
【０２５９】
表現型プロフィール及び報告は、個人に個人化された遺伝子型相互関係を提供する。遺伝子型相互関係は、彼らの個人の健康ケアー及びライフスタイル選択を決定するための高められた知識及び機会を有する個人を提供する個人化された行動計画を生成するために使用される。強い相互関係が遺伝子変異体と、その処理が利用できる疾病との間に見出される場合、遺伝子変異体の検出は、疾病の処理を開始することを決定し、そして/又は個人のモニターリングすることを助けることができる。統計学的に有意な相互関係が存在するが、しかし強い相互作用として見なされない場合、個人は、個人の医師による情報を再考し、そして適切で有益な行動を決定することができる。
【０２６０】
特定の遺伝子型相互関係の観点から、個人に有益である実質的な行動は、治療処置の管理、処理の実質的な必要性又は処理の効果についてのモニターリング、又は個人化された行動計画中への個人のゲノムプロフィールに基づいて個人化され得る、食事、運動、及び他の個人的な習慣/活動におけるライフスタイルの変更を包含する。他の個人的な情報、例えば既存の習慣及び活動はまた、個人化された行動計画中に組込まれ得る。活動的表現型、例えば小児性脂肪便症は、グルテンを有さない食事の前−徴候性処理を有し、そして個人化された行動計画に提供され得る。同様に、遺伝子型相互関係情報は、その応答を予測するために薬理学遺伝子学を通して適用され、個人は特定の薬物又は薬物のレジメ、例えば特定薬物処理の効能又は安全生を伴って処理すべきである。
【０２６１】
遺伝子型相互関係情報はまた、生殖を考えているカップルを助言するために遺伝子カウンセリングと協力しても使用され得、そして実質的な遺伝子学は、母、父及び/又は子供に関係する。遺伝子カウンセラーは、情報を提供し、そして特定の病状又は疾病についての高められた危険性を示す表現型プロフィールを有する個人を支援することができる。彼らは、その障害についての情報を解釈し、遺伝子パターン及び再発の危険性を分析し、そして加入者による入手できる選択肢を再考することができる。遺伝子カウンセラーはまた、加入者を集団に差し向け、又はサポートサービスを言及する支持カウンセリングを提供する。遺伝子カウンセリングは、特定の購読プランにより包含され得る。遺伝子カウンセリング選択肢はまた、24時間以内の要求、及び従来の時間以外、例えば夜間、土曜日、日曜日及び/又は休日に利用できるようスケジュールされるそれらの選択肢を包含することもできる。
【０２６２】
個人のポータルはまた、初期スクリーニング以上に追加の情報の供給を促進することができる。個人は、彼らの個人的遺伝子プロフィールに関連する新規の科学的発見、例えば彼らの現在の又は実質的な病状についての新規処理又は予防策についての情報について知られ得る。この新規発見はまた、彼らの健康ケアー管理人に供給され得る。この新規発見は、アップデートされているか又は改正されている個人の行動企画中に組込まれ得る。個人又は彼らの健康ケアー管理人は、新規遺伝子型相互関係、及びｅ−メールによる個人の表現型プロフィールにおける表現型についての新規調査について知らされ得る。例えば、“興味ある”表現型のｅ−メールが個人に送付され、例えばｅ−メールは、彼らのゲノムプロフィールがアブラハム・リンカーンのゲノムプロフィールに対して77％同一であり、そしてさらなる情報がオンラインポータルを通して入手できることを彼らに知らせることができる。
【０２６３】
例えば、新規予防及びウェルネス情報、開発における新規治療剤についての情報、又は入手できる新規処理を有する、新規の又は修正された相互関係、新規の又は修正された規則、及び新規の又は修正された報告を可能者に通知するためのコンピューターコードが本明細書に提供される。新規規則を作り、規則を改良し、規則を組合し、新規規則により設定される規則を定期的にアップデートし、ゲノムプロフィールのデータベースを確実に維持し、新規規則をゲノムプロフィールに適用し、表現型プロフィールを決定し、個人化された行動計画及び報告を生成するためのコンピューターコードシステムがまた、本発明の開示、例えば異なった購読を有する個人のための異なったアクセスレベル及び選択肢を許可するためのコンピューターコードにより提供される。
【０２６４】
購読：
ゲノムプロフィール、表現型プロフィール及び報告、例えば個人化された行動計画が、例えばヒト又は非ヒトである個人のコンピューターにより生成され得る。例えば、個人は、他の哺乳類、例えばウシ、ブタ、羊、イヌ又はネコを包含することができる。個人は個人のペットであり得、そしてそのペットの所有者は、彼らのペットの健康及び耐用年数を高めるための個人用行動計画を所望する。個人、又は彼らの健康ケアー管理人は、加入者であり得る。
【０２６５】
本明細書に記載されるように、加入者は、１又は複数のサービスのために購入又は支払いによりサービスに加入するヒト個人である。サービスは１又は複数の次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない：彼らの又は他の個人の、例えば加入者の子供又はペットを有すること、決定されるゲノムプロフィールを得ること、表現型プロフィールを得ること、アップデートされる表現型プロフィールを有すること、及び個人化された行動計画を包含する、彼らのゲノム及び表現型プロフィールに基づいての報告を得ること。
【０２６６】
加入者は、ゲノム及び表現型プロフィール、又は報告を、彼らの健康ケアー管理人、例えば医師又は遺伝子カウンセラーに提供することを選択できる。ゲノム及び表現型プロフィールは、健康ケアー管理人により、健康ケアー管理人に与えるコピーをプリントする加入者により、直接的にアクセスされ得、又はオンラインポータルを通して、例えばオンライン報告へのリンクを通して健康ケアー管理人に直接送付され得る。
【０２６７】
ゲノムプロフィールは、加入者及び非加入者のために生成され、そしてコンピューター読み取り可能媒体上にデジタル保存されるが、しかし表現型プロフィール、及び例えばコンピューターを通してプリントされる報告へのアクセスは、加入者に限定され得る。例えば、コンピューターにより生成され、そしてプリントされる少なくとも１つのGCI評点へのアクセスは、加入者に提供されるが、非加入者には提供されない。もう１つの変法においては、加入者及び非加入者の両者は、コンピューターと彼らの遺伝子型及び表現型プロフィールとをアクセスすることができるが、しかしアクセスは制限されるか、又は非加入者のためには制限された報告が生成され、ところが加入者は十分なアクセスを有し、そして十分な報告が生成された。
【０２６８】
もう１つの態様においては、加入者及び非加入者の両者は、最初、十分なアクセス又は十分な初期報告を有するが、しかし加入者のみは、彼らの保存されたゲノムプロフィールに基づいて、アップデートされた報告をアクセスできる。例えば、アクセスは非加入者に提供され、ここで彼らは彼らのGCI評点の少なくとも１つに対しての制限されたアクセスを有し、又は彼らは生成される彼らのGCI評点の少なくとも１つに対する初期報告を有するが、しかしアップデートされた報告は、購読の購入によってのみ生成される。健康ケアー管理人及びプロバイダー、例えば介護人、医師、及び遺伝子カウンセラーはまた、個人のGCI評点の少なくとも１つにアクセスできる。
【０２６９】
他の購読モデルは、表現型プロフィールを供給するモデルを包含し、ここで加入者は、すべての既存規則を彼らのゲノムプロフィールに、又はサブセットの既存規則を彼らのゲノムプロフィールに適用することを選択できる。例えば、彼ら活動的である疾病表現型についての規則のみの適用を選択できる。その購読は１つの種類のものであり得、その結果、単一の購読種類内に異なったレベルが存在する。例えば、異なったレベルは、彼らのゲノムプロフィールに相互関係する、加入者が所望する表現型の数、又は彼らの表現型プロフィールにアクセスできる人々の数に依存することができる。
【０２７０】
もう１つのレベルの購読は、個人に対して特異的な因子、例えばすでに知られている表現型、例えば年齢、性別、又は病歴を、彼らの表現型プロフィール中に組込むことができる。さらにもう１つのレベルの基本的購読は、疾病又は病状についての少なくとも１つのGCI評点の個人による生成を可能にすることができる。このレベルの変動は、少なくとも１つのGCI評点を生成するために使用される分析における変化のために、少なくとも１つのGCI評点におけるいずれかの変化が存在する場合、生成されるべき疾病又は病状についての少なくとも１つのGCI評点の自動アップデートについての個人による規定を可能にする。いくつかの態様においては、個人は、ｅ−メール、音声メッセージ、テキストメッセージ、郵便配達、又はフィックスによる自動アップデートを通知され得る。
【０２７１】
加入者は、彼らの表現型プロフィール、及びその表現型についての情報、例えば表現型についての遺伝子及び医学情報を有する報告も生成することができる。個人がアクセスできる、異なった量の情報は、彼らが有する購読のレベルに依存する。例えば、個人の異なった視聴選択肢は、彼らの購読レベル、例えば非加入者のためのクイックビュー又はより基本的購読に依存するが、しかし包括的観点は、十分な購読を有するそれらへのアクセスである。
【０２７２】
例えば、異なったレベルの購読は、情報への接近性の異なった変動又は組合わせを有し、例えば集団における表現型の普及、相互関係のために使用された遺伝子変異体、表現型を引起す分子機構、表現型についての治療薬、表現型についての処理選択肢、及び予防処置が、報告に包含され得る。他の態様においては、報告はまた、情報、例えば個人の遺伝子型と他の個人、例えば有名人又は他の有名な人々の遺伝子型との間の類似性を包含することができる。類似性についての情報は、％相同性、同一の変異体の数及び類似する表現型であるが、但しそれらだけには限定されない。それらの報告はさらに、少なくとも１つのGCI評点を含むことができる。
【０２７３】
購読レベルに基づく他の選択肢は、表現型についてのさらなる情報を有する他のサイトへのリンク、同じ表現型又は１又は複数の類似する表現型を有する人々のオンライン支持グループ及びメッセージボードへのリンク、オンライン遺伝子カウンセラー又は医師へのリンク、又は報告がオンラインアクセスできる場合、遺伝子カウンセラー又は医師への電話又は自分でのアポイントメントを予定することへのリンクを包含することができる。報告がペーパー形である場合、情報は、前述のリンクのウェブサイト位置、又は遺伝子カウンセラー又は医師の電話番号及び住所であり得る。加入者はまた、彼らの表現型プロフィールに包含される表現型、及び彼らの報告に含まれる情報を選択することができる。表現型プロフィール及び報告はまた、個人の健康ケアー管理人又はプロバイダー、例えば介護人、医師、精神医療、心理学者、セラピスト又は遺伝子カウンセラーによりアクセスできる。加入者は、表現型プロフィール及び報告、又はそれらの一部がそのような個人の健康ケアー管理人又はプロバイダーによりアクセスできるかどうか選択することができる。
【０２７４】
もう１つのレベルの購読は、初期表現型プロフィール及び報告の生成の後、個人のゲノムプロフィールをデジタル的に維持することであり、そして最新の研究からのアップデートされた相互関係を有する表現型プロフィール及び報告を生成する機械を加入者に提供する。加入者は、最新の研究からのアップデートされた相互関係を有する危険性プロフィール及び報告を生成する機械を有することができる。研究は遺伝子型と表現型疾病又は病状、との間に新規相互関係を示すので、新規規則が、それらの相互関係に基づいて開発され、そしてすでに保存され、そして維持されているゲノムプロフィールに適用され得る。新規規則は、いずれかの表現型とこれまで相互関係されない遺伝子型を相互関係にし、新規表現型と遺伝子型とを相互関係せしめ、存在する相互関係を改善し、又は遺伝子型と疾病又は病状との間の新しく発現された関係に基づくGCI評点の調整のための基礎を提供することができる。
【０２７５】
加入者は、ｅ−メール又は他の電子手段を通して新規相互関係を知らされ、そして表現型が興味の対象である場合、彼らは、新規相互関係を伴って彼らの表現型プロフィールのアップデートを選択することができる。加入者は、彼らが企画された期間（例えば、３ヶ月、６ヶ月又は１年）、多くのアップデート又は無制限な数のアップデートについての個々のアップデートのために支払う購読を選択することができる。もう１つの購読レベルは、加入者が、新規規則が新規相互関係に基づいて生成される場合いつでも彼らの表現型プロフィール又は危険性プロフィールをアップデートする場合、個人が選択する代わりに、自動的にアップデートされた彼らの表現型又は危険性プロフィールを有する場合であり得る。
【０２７６】
加入者はまた、表現型と遺伝子型との間の相互関係に基づいて規則を生成し、個人のゲノムプロフィールを決定し、ゲノムプロフィールに前記規則を適用し、そして個人の表現型プロフィールを生成するサービスに非加入者を差し向けることができる。加入者による紹介は、サービスに対する購読に対する低められた価格を加入者に与えられるか、又は彼らの既存の購読にアップグレードする。参照される個人は、限定された時間、フリーアクセスを有し、又は割り引きされた購読価格を有する。
次の例は、本明細書に記載される態様を例示し、そして説明する。開示の範囲はそれらの例により制限されない。
【実施例】
【０２７７】
例１：GCI評点間の比較：
GCI評点を、T2Dと関連される10のSNPに関しては、HapMap CEU集団を通しての多重モデルに基づいて計算する。適切なSNPは、rs7754840、rs4506565、rs7756992、rslO811661、rsl2804210、rs8050136、rsl111875、rs4402960、rs5215、rsl801282である。それらのSNPの個々に関しては、３種の可能性ある遺伝子型についての可能性比が文献に報告されている。CEU集団は、30の父母小児トリオースから成る。この集団からの60人の親を、依存関係を回避するために使用する。10のSNPの１つにノーコールを有した個人の一人を排除し、59組の個人をもたらした。次に個人の個々についてのGCIランクを、いくつかの異なったモデルを用いて計算する。
【０２７８】
異なったモデルは、このデータセットについての高く相互関係する結果を生成する。スピアマン相互関係を、個々のモデル対間で計算し（表２）、これは、加法又は乗法型モデルが0.97の相互関係係数を有し、そして従ってGCI評点が加法又は乗法型モデルのいずれかを用いて強力であることを示す。同様に、ハーバード変性評点と乗法型モデルとの間の相互関係係数は0.83であり、そしてバーバード評点と加法モデルとの間の相互関係係数は0.7である。しかしながら、遺伝子評点としての最大可能性比の使用は、１つのSNPにより定義される二分評点を生成する。全体的なそれらの結果は、評点ランキングがモデル依存性を最小化したロバスト骨格を提供することを示す。
【０２７９】
【表２】
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【０２８０】
得られる分布に対するT2Dの普及における変動の効果を測定した。0.001〜0.512に普及値は変化した。T2Dの場合、異なった普及値が同じ程度の個人をもたらし（スペアマン相互関係＞0.99）、従って、0.01の普及の人口的に同定された値が仮定されることが観察された。
【０２８１】
例２：GCIの評価：
WTCCCデータ（Wellcome Trust Case Control Consortium, Nature. 447:661-678 (2007)）を用いて、GCI骨格を試験する。このデータセットは、８集団に分割される、約14,000人の個人の遺伝子型を含む。８の集団は、７種の異なった疾病を担持する患者の７つの集団、及び１つの対照集団から成る。すべての個人は、Affymetrix 500k GeneChipを用いて遺伝子型に分けられる。７種の異なった疾病中の３種、すなわちタイプ２糖尿病、クローン病及びリウマチ様関節炎に関して、治療標準組を通過するSNPを、オリジナルの公開されたSNPに対してr2=1を有するSNPについてのAffymetrix 500k GeneChip上で調査する。タイプ２糖尿病について８のSNP、クローン病について９のSNP、及びリウマチ様関節炎について５のSNPが見出される。
【０２８２】
受容体操作曲線（ROC）（The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction, MS Pepe. Oxford Statistical Science Series, Oxford University Press (2003)）を用いて、病状について分類装置試験として作動するGCIの能力を評価する。好ましくは、閾値ｔが存在し、その結果、個人のGCI評点がｔを越える場合、個人は必ず症例であり、そして個人のGCI評点がｔよりも低い場合、個人は必ず対照である。あらゆる個人についてのGCI評点を、上記のようにして３種の症例−対照組において計算する。次に、GCI評点閾値により定義される二元試験に基づいて誤った陽性比の関数としての真の陽性比をプロットする。最終的に、得られるグラフの曲線下の面積（AUC）を計算する。ランダム診断試験に関して、AUCは0.5であり、そして完全な試験に関しては、AUCは１である。
【０２８３】
比較のための基線を有するためには、データを当てはめるためにSNP間の相互作用にレバレッジを導入する最良モデルを計算のための論理的回帰に使用する。SNPがs1, s2, …, snである場合、そのモデルは、ロジットがX=a1s1＋a2s2＋..., ＋ansn＋a12S12＋…＋an-1, nsn-1,n,（ここでsijはsiとsjの間の相互作用である）であることを仮定する。適合した確率が、危険性についての評価として使用され、そしてそれらの危険性評価についてのROC曲線を生成する。このモデルは、SNP間の対様相互作用を考慮し、そして従って、GCI評点と少なくとも同じほど正確であることを注意すること。
【０２８４】
GCI及びロジスティック回帰についてのAUCは、すべての３種の疾病についてまったく類似し（表２）、SNP−SNP相互作用が危険性評価について実質的な情報を付加せず、それらの疾病及びそれらのSNPについては少なくともそうではない結論を導く。従って、SNP-SNP相互作用が、これまでの研究からのそのような相互作用について何の証拠も存在しない限り、無視され得る仮定が正当化され得る。
【０２８５】
GCI ROC曲線を、理論的疾病モデルに比較する。この疾病モデルは、その疾病が環境及び遺伝子因子の両者により影響され、そして２種の因子が無関係であることを仮定する。P=G+E（式中、Gは遺伝子危険性であり、そしてEは環境危険性である）。最初のモデルは、G〜N（0, δG）及びE〜N(0, δE)であり、そして個人は、固定されたαについてP＞αである場合、彼の生涯において病状を進行するであろうことを仮定する。δG, δE及びαは、遺伝率がδG/（δG+δE）であり、そして平均寿命危険性がPr（P＞α）である規制を用いて固定される。遺伝率及び平均寿命危険性は、試験される病状の個々について知られているので、疾病によるモデルのパラメーターを設定することができる。100000のランダムサンプルを、このモデルに基づいて、分布Pから生成した。次に、Gはそれぞれの個人については知られており（しかし、Eは知られておらず、そして従って、疾病状態は未知である）、そしてGに基づいてのROC曲線が生成されることが仮定される。これは、最適なシナリオを表し、ここで遺伝子危険性は完全に理解されており、そしてあらゆる個人について測定され得る。
【０２８６】
G=λX+Y(ここで、Y〜N（0、δY）及びX〜B（2, p）であるこのモデルの変異体をまた生成する。この場合、Xは、大きな効果を伴って、１つのSNPに対応し、そしてYは、多くの他の低い遺伝子効果に対応する。パラメーターλ、δY及びpを適切に設定することにより、大きな効果のSNPの相対的危険性が調節され得る。それらの相対的危険性は、危険性−危険性遺伝子型について４であり、そしてヘテロ接合性についての２が設定された。
【０２８７】
表３及び図１〜３に見られるように、ロジスティック回帰のAUC及びGCIは非常に接近し、そしてそれらは両者ともランダム試験から離れて接している。しかしながら、理論的に最適なシナリオが我々の現在の評価よりも、より有益であることが明白である。それらのグラフに基づいて、現在の科学的知識は、有益な手段で疾病についての個人の危険性の評価を可能にし；証拠として、GCIについてのAUCは、情報を用いないランダム試験よりも20〜40％高い。
【０２８８】
【表３】
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【０２８９】
例３：個人化された行動計画：
ゲノムプロフィールを、唾液サンプルから入手し、そしてGCI評点と共に表現型プロフィールを生成する。その報告はまた、表４に示されるように、推薦と共に個人化された行動計画を含む。
【０２９０】
【表４】
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【０２９１】
本発明の開示の好ましい態様が本明細書に示され、そして記載されて来たが、そのような態様は単に例により提供されることは当業者に明白であろう。多くの変動、変更及び置換は、本発明の範囲内で、当業者に明らかであろう。本明細書に記載される開示の態様の種々の変法が、その態様の実施に使用され得ることは理解されるべきである。次のクレームは、本発明の開示の範囲を定義し、そしてそれらの態様及びそれらの同等物の範囲内の方法及び構造体が保護されることが意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図５】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【外国語明細書】
2015064884000001.pdf