(57)【要約】      （修正有）【課題】細菌感染を治療及び制御するためのファージ療法の提供。【解決手段】新規なバクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、及びＦ９１ａ／０６、その単離されたポリペプチド、前記新規なバクテリオファージ及び／若しくは単離されたポリペプチドの１又は２以上を含む組成物、並びに、単独の、又は他の抗菌療法、例えば抗生物質若しくは他のファージ療法と組み合わされた、細菌感染を治療及び予防するための方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有する、単離されたバクテリオファージ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
１．関連出願
この国際出願は、「Antibacterial Phage and Uses Thereof」という名称の、２００９年２月６日に出願された米国仮特許出願第６１／１５０，５８５号、及び「Antibacterial Phage, Phage Peptides and Methods of Use Thereof」という名称の、２００９年６月１８日に出願された米国仮特許出願第６１／２１８，３４５号に対する優先権を主張するものである。可能な場合、配列表を含む、これらの仮特許出願の対象及び内容は、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
２．発明の分野
本発明は、細菌感染を治療及び制御するためのファージ療法の分野に関する。特に、本発明は、新規なバクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、及びＦ９１ａ／０６、その単離されたポリペプチド、新規なバクテリオファージの１又は２以上及び／又は単離されたポリペプチドを含む組成物、並びに、単独の、又は他の抗菌療法、例えば抗生物質若しくは他のファージ療法と組み合わされた、アシネトバクター・バウマニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、及び／又は黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）が引き起こす細菌感染を治療及び予防するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
３．背景
バクテリオファージ（ファージ）は、細菌に特異的に感染し、それを溶解するウイルスである。ファージ療法は、細菌感染性疾患を治療するための、ファージウイルス全体を使用する方法であり、１９２０年代にFelix d'Herelleによって導入された。当初は、ファージ療法は積極的に調べられ、ヒト及び動物における細菌感染の治療のためのファージ療法の可能性を判定するために、多くの研究が行われた。初期の成功によって、複数の市販ファージ調製物の開発が促された。例えば、１９４０年に、Eli Lilly Company社はヒト用の７つのファージ産物を産生し、それには、ブドウ球菌属菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、及び他の病原性細菌により生じる様々な疾病を治療するためのファージ調製物が含まれる。これらの調製物は、膿瘍、傷の化膿、膣炎、急性・慢性上気道感染症、及び乳様突起感染の原因となる感染の治療に使用された。
【０００４】
しかし、１９４０年代に抗生物質が開発されると、西欧諸国では、ファージに基づいた治療法への関心は減少した。この減少の原因となる最も重要な要因の１つは、標準化された試験プロトコル及び産生方法が欠如していることであった。ファージ治療法を試験するための業界全体での標準を開発できなかったことにより、研究結果のドキュメンテーションが妨げられ、その結果、効力が十分でないとの認識、及びファージ療法の価値に関する信用問題が生じた。さらに、ファージ試料／標本の産生に関する問題が、当初の研究及び調査を困難にした。ファージ治療法の寿命を増大させるために、当初は、様々な安定剤及び防腐剤が使用された。しかし、ファージと様々な安定剤との生物学があまり理解されていなかったため、ファージ調製物の寿命を伸ばすために添加される材料の多くは、ヒトに対して毒性であるか、又は長期の保存に対して悪影響を与えることが証明された。ファージの産生に関する別の問題は、これらのウイルスの市販調製物の純度レベルであった。当時、ファージ療法調製物は、一般的に、所望のファージで処理されている宿主細菌の生溶解物からなるものであった。したがって、多くの調製物は、現在では望ましくない細菌成分であると認識されているもの、例えばエンドトキシンを含有していた。したがって、この調製物は、特にこの調製物を静脈内に投与される患者において、有害事象を伴うことが多かった。それにもかかわらず、抗生物質の利用が制限されていた東ヨーロッパ及びかつてのソビエト連邦において、ファージ療法の開発及び使用は、抗生物質と組み合わせて、又は抗生物質に代わって続けられた。
【０００５】
しかし、抗生物質耐性の細菌株が増えると、西欧諸国において、ファージに基づいた治療法への関心は回復した。新規なクラスの抗生物質が開発可能であっても、最終的には細菌が新規な薬剤に対する耐性を発現するであろうと見込まれるため、細菌感染を制御、予防、及び治療するための非化学療法的手段に対する探求が強まった。臨床環境においてファージ療法を使用するための、ファージに基づいた３つの主な戦略が存在し、それは、１）ビルレントファージの投与、２）バクテリオファージによってコードされるエンドリシン（lysin）又は精製リシンの使用、３）細菌性ペプチドグリカンの合成のための、鍵酵素の代謝阻害剤としての、同定されたファージの構造タンパク質の使用である。
【０００６】
したがって、病原性細菌を除去するためにインビボで使用するための、有力な治療用及び防止用作用物質としての、新規なバクテリオファージ及びファージ産物の開発が望まれている。特に、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌を含む院内感染細菌を溶解し得るバクテリオファージが望まれている。これまでに研究されたほとんどのファージ及びファージペプチドが示す活性は、それが単離される細菌の、関連種又は亜種に制限されることが多く、ファージに基づいた新規な療法は、通常の環境細菌叢に影響することなく院内感染病原菌を選択的に標的化する、病院内での特定の使用を見出し得る。
【発明の概要】
【０００７】
４．発明の概要
本発明は、グラム陽性細菌又はグラム陰性細菌による感染に関連する状態を治療、予防、又は管理するための、単離されたバクテリオファージ、及びバクテリオファージ由来の単離された抗菌性ポリペプチドに関する。特に、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、院内感染病原体、例えば、これらに限定されないが、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅ．ｈｉｒａｅ）、エンテロコッカス・アビウム（Ｅ．ａｖｉｕｍ）、黄色ブドウ球菌、表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・アウリクラーリス（Ｓ．ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ）、スタフィロコッカス・カピティス（Ｓ．ｃａｐｉｔｉｓ）、スタフィロコッカス・ヘモリチカス（Ｓ．ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）、腐性ブドウ球菌（Ｓ．ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・シムランス（Ｓ．ｓｉｍｕｌａｎｓ）、及びスタフィロコッカス・キシローサス（Ｓ．ｘｙｌｏｓｉｓ）を含むグラム陽性細菌、並びに／又はこれらに限定されないが、アシネトバクター・バウマニ及び緑膿菌を含むグラム陰性細菌による感染を治療、防止、又は管理するための医薬組成物において使用することができる。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、抗生物質耐性の細菌株、例えば黄色ブドウ球菌のメチシリン耐性株（ＭＲＳＡ、methicillin resistant strains of Staphylococcus aureus）による感染に関連する状態の治療に有用である。特定の実施形態において、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、それを必要とする対象における院内感染病原体による感染の局所的治療に使用される。他の実施形態において、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、患者に由来する試料（例えば、組織、血液、尿、唾液の試料）における感染性作用物質の診断に使用される。他の実施形態において、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、皮膚又は他の表皮表面を含む固体表面の準備のための防止用殺菌剤又は抗感染薬として使用される。
【０００８】
ある実施形態において、本発明は、それぞれ配列番号１又は配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、エンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ１６８／０８又はＦ１７０／０８を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むゲノムを有し、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ７７０／０５を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、それぞれ配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、又はＦ９１ａ／０６を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有し、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ１２４５／０５を提供する。
【０００９】
本発明はまた、１又は２以上の本発明のバクテリオファージに感染した、単離された細菌も包含する。特定の実施形態において、本発明は、配列番号１及び／又は配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたエンテロコッカス・フェカリスを提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号１及び／又は配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたエンテロコッカス・フェシウムを提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された緑膿菌を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号４、配列番号５、配列番号６、及び／又は配列番号７の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有する１又は２以上のバクテリオファージに感染した、単離された黄色ブドウ球菌を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたアシネトバクター・バウマニを提供する。
【００１０】
本発明は、バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、及び／又はＦ９１ａ／０６から単離されたポリペプチドを包含し、このポリペプチドは、グラム陽性細菌又はグラム陰性細菌、例えばアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。特定の実施形態において、Ｆ１６８／０８若しくはＦ／１７０／０８から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくともエンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を示し、Ｆ７７０／０５から単離されたか又はこれに由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ１２４５／０５から単離されたか又はこれに由来する本発明のポリペプチドは、少なくともアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。
【００１１】
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、細菌、例えば、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌などのグラム陽性細菌及び／又はグラム陰性細菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、単離されたエンドリシン又はその断片（例えば、ＣＨＡＰドメイン）を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離されたリシンタンパク質、例えば、エンドリシン又は尾部リシンである。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７６１〜配列番号８１６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるポリペプチドを提供する。
【００１２】
他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を有する。この実施形態に従った特定の例において、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、及び／又は配列番号２０３のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、エンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。この実施形態に従った他の例において、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、及び／又は配列番号７１２のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。
【００１３】
特定の実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、配列番号６８、配列番号４４６、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。ある実施形態において、単離されたポリペプチドは、例えばそれぞれ配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を有する、配列番号６８、配列番号４４６、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の少なくとも１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を有する。さらに他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号７６１〜配列番号８１６の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、アシネトバクター・バウマニの少なくとも１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を有する。
【００１４】
他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、それが由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を有する、単離された尾部長巻尺タンパク質若しくは尾部タンパク質（例えば、尾部成分、尾部繊維タンパク質、吸着に関連する尾部タンパク質）又はその断片を含むか又はそれからなり、前記機能は、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニの少なくとも１又は２以上の種又は株に対するものである。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４又は配列番号７９５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離された尾部長巻尺タンパク質又は尾部タンパク質である。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４又は配列番号７９５の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示し、前記機能は、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対するものである。
【００１５】
ある実施形態において、本発明は、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号６１又は配列番号６３のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、エンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対するものである。他の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号２０４又は配列番号２１４のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、エンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対するものである。
【００１６】
ある実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号４３５又は配列番号４３８のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、緑膿菌の１又は２以上の株に対するものである。
【００１７】
ある実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８又は配列番号５３９のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。他の実施形態において、本発明は、配列番号５の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号５６７又は配列番号５６８のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号６の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号６３２又は配列番号６３３のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、又は配列番号７０４のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。
【００１８】
ある実施形態において、本発明は、配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対するものである。
【００１９】
ある実施形態において、本発明は、細菌の１又は２以上の株（例えば、グラム陽性細菌（例えば、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、アシネトバクター・バウマニ、緑膿菌）、又はグラム陽性細菌にもグラム陰性細菌にも分類されない細菌）に対する抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、単離されたポリペプチドを提供し、前記単離されたポリペプチドは、同一の長さの（すなわち、同数の残基からなる）第２のアミノ酸配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記第２のアミノ酸配列は、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７６１〜８１６、及び／又はその断片である。
【００２０】
本発明はさらに、配列番号８〜１３０、配列番号１３１〜３４３、配列番号３４４〜４３８、配列番号４３９〜５５３、配列番号５５４〜６１６、配列番号６１７〜６８１、配列番号６８２〜７５９、及び配列番号７６１〜８１６のいずれかのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離されたポリペプチドを提供する。他の実施形態において、治療用作用物質（例えば、異種ポリペプチド又は小分子）に組換えによって融合しているか又は化学的に結合している（例えば、共有結合又は非共有結合）、本発明の単離されたポリペプチドが提供される。
【００２１】
本発明はまた、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを包含する。特定の実施形態において、本発明は、配列番号８〜１３０、配列番号１３１〜３４３、配列番号３４４〜４３８、配列番号４３９〜５５３、配列番号５５４〜６１６、配列番号６１７〜６８１、配列番号６８２〜７５９、及び配列番号７６１〜８１６のいずれかのポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７６１〜８１６のいずれかのポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体をコードする核酸配列を含む、単離された核酸を提供し、前記ポリペプチド、又は活性断片、バリアント、若しくは誘導体は、それが単離される及び／又は由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。本発明はまた、前記核酸を含むベクターにも関するものである。特定の一実施形態において、前記ベクターは、発現ベクターである。本発明はさらに、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを含有する宿主細胞を提供する。
【００２２】
本発明は、特に、医薬組成物、すなわち抗微生物組成物において使用するための、本発明のポリペプチド又はその活性断片を産生するための方法を包含する。例えば、本発明のポリペプチドは、バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、又はＦ９１ａ／０６に感染した細胞培養物（例えば、細菌細胞培養物）から直接単離することができる。或いは、本発明のポリペプチドは、本発明のポリペプチド、例えば、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７６１〜８１６、又はその活性断片、誘導体、若しくはバリアントをコードする核酸配列を含む発現ベクターを使用して、組換え手段によって得ることができる。本発明のポリペプチド又はその断片は、当技術分野において知られている、ポリペプチドを産生するためのいかなる方法によっても、特に、化学合成によって、又は組換え発現技術によって産生することができる。特定の実施形態において、本発明は、ファージタンパク質、例えば、リシンタンパク質、尾部タンパク質、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体を組換えによって産生するための方法であって、（ｉ）培地内で前記タンパク質を発現させるために適した条件下で、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列又はその断片をコードする核酸配列を含むベクターを含有する宿主細胞を培養すること、及び（ii）前記培地から前記タンパク質を回収することを含む方法に関する。ある実施形態において、本発明のポ���ペプチドをコードする核酸配列は、異種プロモーターに作動可能に連結している。
【００２３】
本発明はまた、細菌感染の臨床所見において原因物質を診断するための方法も包含する。本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドに対する試料内の細菌の感受性を明らかにすることによる、患者の試料における細菌種の決定に役立たせるために使用することができる。このような方法はさらに、本発明の単離されたバクテリオファージ及び／又はポリペプチドの抗菌活性の評価方法を包含する。本発明のバクテリオファージ若しくはポリペプチドの抗菌活性、又はこのような活性に対する未知の試料の感受性を、当技術分野において知られており、及び／又は本明細書に記載するいかなる方法によっても判定することができる。ある実施形態において、抗菌活性及び／又は感受性は、既知の細菌及び／又は患者の組織、血液、体液、若しくはスワブの試料を標準的な技術（例えば、液体培養における、又は寒天プレート上での）に従って培養し、培養物を本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドと接触させ、前記接触の後の細胞の増殖をモニタリングすることによって判定される。例えば、液体培養において、細菌（例えば、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌）は、培養物の指数関数的な増殖の中間点の典型である光学密度（「ＯＤ、optical density」）まで増殖し得、培養物は、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドの１又は２以上の濃度に曝され、ＯＤが対照培養物と比較してモニタリングされる。バクテリオファージ及び／又はポリペプチドが、培養物内の試験試料又は細菌の種及び／若しくは株に対して抗菌活性を示す（例えば、溶解死滅活性を示す）と、典型的に、対照培養物と比較してＯＤが減少する。同様に、細菌コロニーが寒天プレート上で形成され得、プレートは、本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドに曝され、その後のコロニーの増殖が対照プレートと比較して評価される。コロニーのサイズの減少、又はコロニーの総数の減少は、バクテリオファージ及び／又はポリペプチドが試験試料及び／又は培養された種若しくは株に対して抗菌活性を有することを示す。
【００２４】
本発明はまた、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを含むか又はそれからなる医薬組成物に関する。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージと、１又は２以上の他のバクテリオファージとを含む。１又は２以上の他のバクテリオファージは、本発明の１若しくは２以上のバクテリオファージ（例えば、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するもの）、その１若しくは２以上の株であり得るか、又は当技術分野において知られている１若しくは２以上のバクテリオファージであり得る。さらに、本発明の医薬組成物における１又は２以上のバクテリオファージは、同一の又は異なる細菌種又は細菌株を標的化し得る。ある実施形態において、本発明の１又は２以上のバクテリオファージを含む医薬組成物はさらに、本発明の１若しくは２以上のポリペプチド及び／又は本明細書において記載されるか若しくは当技術分野において知られているような他のファージ産物を含む。
【００２５】
ある実施形態において、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び／又は配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージから単離されたポリペプチド又はその活性断片、特に抗微生物活性及び／又は抗菌活性を有するポリペプチド又はその活性断片を含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明の医薬組成物は、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９又は配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列を有する１又は２以上のポリペプチドを含む。他の実施形態において、本発明の医薬組成物は、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、又は配列番号７６１〜８１６のバリアント、誘導体、又は断片であるポリペプチドを含み、前記バリアント、誘導体、又は断片は、それが由来するポリペプチドの生物学的機能、例えば、好ましくはアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を保持するものである。
【００２６】
本発明の医薬組成物は、薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定剤をさらに含み得る。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、それを必要とする対象において細菌による感染に関連する疾患又は障害の症状を治療、予防、及び／又は改善するための、抗生物質組成物（それらが抗菌活性を示すという点で）又は治療用組成物である。特定の実施形態において、本発明の医薬組成物は、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌による感染に関連する疾患又は障害の症状を治療、予防、及び／又は改善するための、抗菌組成物又は治療用組成物である。ある実施形態において、本発明の医薬組成物を投与される対象は、哺乳動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、霊長類（例えば、ヒト）、齧歯動物、ウサギ、又はトリ（例えば、ニワトリ、アヒル、ガチョウ））である。
【００２７】
本発明は、細菌感染を治療又は予防するための方法であって、それを必要とする対象に、１又は２以上のバクテリオファージ又はファージ産物（例えば、単離されたバクテリオファージポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体）を含む医薬組成物を、場合によって、本明細書に記載の１又は２以上の他のバクテリオファージ又は他のファージ産物に加えて投与することを含む方法を提供する。本発明との関連で、「治療」は、治療的処置及び防止的又は予防的手段を指し、その目的は、病的状態又は障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、その進行を遅らせ、又はそれを遅延若しくは予防することである。本発明の医薬組成物は、これらに限定されないが、アシネトバクター・バウマニ、黄色ブドウ球菌、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス、スタフィロコッカス・ホミニス、腐性ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シムランス、スタフィロコッカス・キシローサス、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍ．ｌｕｔｅｕｓ）、枯草菌（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・アビウム、緑膿菌、及びその組合せを含むあらゆる細菌感染に関連する感染の治療又は管理に使用することができる。ある実施形態において、医薬組成物は、これらに限定されないが、術後眼内炎、心内膜炎、中枢神経系の感染、肺炎、骨髄炎、創傷感染（例えば、糖尿病性の足潰瘍）、乳腺炎、敗血症、食中毒、及び髄膜炎、並びに／又は院内感染細菌の感染に関連する他の状態を含む、細菌感染に関連する状態又は障害の治療に使用することができる。
【００２８】
ある実施形態において、本発明は、単剤療法としてのバクテリオファージ又は単離されたファージ産物（例えば、単離されたファージポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体）の使用を提供する。他の実施形態において、本発明は、細菌感染の標準的な又は実験的な治療と組み合わせた、バクテリオファージ又はファージ産物（例えば、単離されたファージポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体）の使用を提供する。このような組合せ療法は、標準的な又は実験的な治療の有効性を増強し得る。本発明のポリペプチドとの組合せにおいて特に有用な治療用作用物質の例は、抗炎症剤、標準的な化学療法抗生物質剤（例えば、ペニシリン、合成ペニシリン、バシトラシン、メチシリン、セファロスポリン、ポリミキシン、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドールナファート、セファゾリン、セフィキシム、セフメタゾール、セフォニオイド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタム、セフォタキシム、セフォテタン、セフォキシチン、セフポドキシムプロキセチル、セフタジジム、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフリアキソンモキサラクタム、セフロキシム、セファレキシン、セファロスポリンＣ、セファロスポリンＣナトリウム塩、セファロチン、セファロチンナトリウム塩、セファピリン、セフラジン、セフロキシムアキセチル、セファロチン二水和物、モキサラクタム、ロラカルベフマファート、及びキレート剤）、局所麻酔剤、及び／又はコルチコステロイドである。さらに別の実施形態において、本発明の組成物は、当技術分野において知られている１又は２以上のバクテリオファージ又はファージ産物と組み合わせることができる。本発明に包含される組合せ療法は、単一の医薬組成物に製剤され得るか、又は別の組成物で、しかし治療レジメン全体の一部として、投与され得る。
【００２９】
本発明の医薬組成物は、抗菌化合物の投与（例えば、経口又は非経口（例えば、吸入、筋肉内、静脈内、又は表皮）の送達）に適した、当技術分野において知られているいかなる方法によっても投与することができる。好ましい実施形態において、本発明の医薬組成物は、局所的に、例えば、局所製剤で投与される。本発明の組成物は、外科切開部位での感染又はカテーテル若しくはドレーンに関連する感染などの一般的な院内感染を治療及び／又は予防するために局所的に使用することができる。他の実施形態において、本発明の組成物は、皮膚又は真皮上層の細菌感染（例えば、糖尿病性の足潰瘍の感染）を治療するために使用される。
【００３０】
本発明の医薬組成物はまた、化粧品における、又は細菌のコロニー形成を予防するために固体表面に使用するための（すなわち、殺菌剤として）スプレー若しくは溶液における抗菌剤などの、従来非治療的である使用に用いることができる。
【００３１】
本発明はまた、抗菌活性についてペプチドをスクリーニングするための方法も対象とする。一実施形態において、本方法は、抗菌活性について配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列のオープンリーディングフレームによってコードされる、少なくとも６、１０、１５、２０、又は２５残基の長さの連続するアミノ酸配列をスクリーニングすることを含み、前記抗菌活性は、寒天又は液体培養における細菌の増殖を阻害するペプチドの能力によって測定される。
【００３２】
４．１ 定義
本明細書において使用される場合、「断片」という用語は、タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも４０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも５０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも６０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも７０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも連続する８０個のアミノ酸残基、少なくとも連続する９０個のアミノ酸残基、少なくとも連続する１００個のアミノ酸残基、少なくとも連続する１２５個のアミノ酸残基、少なくとも１５０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも連続する１７５個のアミノ酸残基、少なくとも連続する２００個のアミノ酸残基、又は少なくとも連続する２５０個のアミノ酸残基からなるアミノ酸配列を含むペプチド又はポリペプチドを指す。特定の実施形態において、断片は、それが単離されるタンパク質の少なくとも１つの機能（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解による細胞の死滅））を保持しているという点で、機能的な断片である。
【００３３】
本明細書において使用される場合、「活性なバクテリオファージ産物」及び「バクテリオファージ産物」という用語は、本発明のバクテリオファージから単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を指し、前記ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、それが単離されたか又は由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能又は活性（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解による細胞の死滅））を示す。
【００３４】
本明細書において使用される場合、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質との関連における「単離された」という用語は、それが由来する細胞源若しくは組織源の細胞物質若しくは汚染タンパク質をほとんど有さないか、又は、化学合成された場合には化学的前駆体若しくは他の化学物質をほとんど有さない、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質を指す。「細胞物質をほとんど有さない」という表現には、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質が、それが単離されるか又は組換えによって産生される細胞の細胞成分から分離されている、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質の調製物が含まれる。したがって、細胞物質をほとんど有さないペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質には、約３０％、２０％、１０％、又は５％（乾燥重量）未満の異種タンパク質（本明細書においては「汚染タンパク質」とも呼ばれる）を有するペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質の調製物が含まれる。ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質が組換えによって産生される場合には、これはまた、好ましくは、培養培地をほとんど有さず、すなわち、培養培地は、タンパク質調製物の容積の約２０％、１０％、又は５％未満に相当する。ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質が化学合成によって産生される場合には、これは、好ましくは、化学的前駆体又は他の化学物質をほとんど有さず、すなわち、これは、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質の合成に関与する化学的前駆体又は他の化学物質から分離されている。したがって、ペプチド、ポリペプチド、融合タンパク質、又は抗体のこのような調製物は、約３０％、２０％、１０％、５％（乾燥重量）未満の、所望のペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質以外の化学的前駆体又は化合物を有する。
【００３５】
本明細書において使用される場合、核酸分子との関連における「単離された」という用語は、自らの天然源に存在する他の核酸分子から分離されている核酸分子を指す。さらに、ｃＤＮＡ分子などの「単離された」核酸分子は、他の細胞物質を、若しくは組換え技術によって産生された場合には培養培地をほとんど有さないか、又は、化学合成された場合には化学的前駆体若しくは他の化学物質をほとんど有さず、かつ、ｃＤＮＡ又は他のゲノムＤＮＡ分子を有さない可能性があり、例えば、核酸ライブラリーにおける他のクローンから単離されている。
【００３６】
「精製された」という用語は、ペプチド、ポリペプチド、融合タンパク質、又は核酸分子の濃度が、これらに限定されないが、カラムクロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、沈降、電気泳動などを含む、ペプチド、ポリペプチド、融合タンパク質、又は核酸分子の調製に関与する前駆体又は他の化学物質などの不純物を部分的に、実質的に、又は完全に取り除くためのあらゆる精製プロセスによって、ある程度増大していることを意味する。当業者には、所定の使用に必要な精製の量が理解されよう。例えば、ヒトへの投与を目的とした治療用組成物において使用するための単離されたタンパク質は、通常、規制基準及び適正製造基準に従った高い純度でなくてはならない。
【００３７】
本明細書において使用される場合、ポリペプチドとの関連における「誘導体」という用語は、アミノ酸残基の置換、欠失、又は付加の導入によって改変されているアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。本明細書において使用される「誘導体」という用語はまた、修飾されているポリペプチド、すなわち、ポリペプチドへのあらゆるタイプの分子の共有結合による付着によって修飾されているポリペプチドを指す。例えば、これらに限定されないが、ポリペプチドは、例えば、既知の保護基／ブロック基、タンパク質分解による切断、細胞リガンド又は他のタンパク質への連結などによる、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、誘導体化により修飾することができる。誘導ポリペプチドは、これらに限定されないが、特異的化学的切断、アセチル化、ホルミル化、ツニカマイシンの代謝合成などを含む、当業者に知られている技術を使用した化学的修飾によって産生することができる。さらに、誘導ポリペプチドは、１又は２以上の従来にないアミノ酸を含有し得る。ポリペプチド誘導体は、それが由来するポリペプチドと類似又は同一の機能を有する。生物に「由来する」ポリペプチドに関連して使用される「由来する」という用語はまた、前記生物（例えば、細菌細胞又はファージ）からの直接的なポリペプチドの単離を指し得る。
【００３８】
本明細書において使用される場合、「宿主細胞」という用語は、核酸分子でトランスフェクトされた特定の対象細胞、及び、前記核酸分子又はその染色体に組み込まれた形態を含有する、このような細胞の子孫又は潜在的な子孫を指す。このような細胞の子孫は、引き続き起こる核酸分子の生成又は宿主細胞のゲノム内への核酸分子の組込みにおいて生じ得る、突然変異又は環境の影響のため、核酸分子でトランスフェクトされた親細胞とは同一ではない可能性がある。バクテリオファージのタンパク質及びポリペプチドが発現するためには、宿主細胞は好ましくは、バクテリオファージが単離又は培養された種又は株と同一の種又は株のものではない。
【００３９】
本明細書において使用される場合、「組み合わせて」という用語は、２以上の防止用及び／又は治療用作用物質の使用を指す。「組み合わせて」という用語の使用は、防止用及び／又は治療用作用物質を疾患又は障害を有する対象に投与する順序を制限するものではない。第１の防止用又は治療用作用物質は、第２の防止用又は治療用作用物質（第１の防止用又は治療用作用物質とは異なる）の投与の前に（例えば、５分前、１５分前、３０分前、４５分前、１時間前、２時間前、４時間前、６時間前、１２時間前、２４時間前、４８時間前、７２時間前、９６時間前、１週間前、２週間前、３週間前、４週間前、５週間前、６週間前、８週間前、又は１２週間前）、前記投与と同時に、又は前記投与の後に（例えば、５分後、１５分後、３０分後、４５分後、１時間後、２時間後、４時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、４８時間後、７２時間後、９６時間後、１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、５週間後、６週間後、８週間後、又は１２週間後）、疾患又は障害を有する対象に投与することができる。
【００４０】
本明細書において使用される場合、「核酸」及び「ヌクレオチド配列」という用語には、一本鎖及び二本鎖のＤＮＡ分子及び／若しくはＲＮＡ分子、又はその組合せが含まれる。本明細書において使用される場合、「核酸によってコードされる」という用語は、当技術分野において周知の標準的な遺伝暗号（すなわち、標準的なコドントリプレット）を使用する参照核酸配列のフォワード配列、リバース配列、相補的配列、又は逆相補的配列の翻訳の結果生じるアミノ酸配列を指す。
【００４１】
本明細書において使用される場合、「防止用作用物質（単数）」及び「防止用作用物質（複数）」という用語は、細菌による感染に関連する１又は２以上の症状の予防、治療、管理、又は改善において使用することができる、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを指す。
【００４２】
本明細書において使用される場合、「治療用作用物質（単数）」及び「治療用作用物質（複数）」という用語は、疾患又は障害の、特に細菌感染に関連する疾患又は障害の１又は２以上の症状の予防、治療、管理、又は改善において使用することができる、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを指す。
【００４３】
本明細書において使用される場合、「治療有効量」という用語は、疾患又は障害の、特に細菌感染に関連する疾患又は障害の１又は２以上の症状を改善させるために十分な治療用作用物質の量を指す。
【００４４】
本明細書において使用される場合、「治療する（treat）」、「治療（treatment）」、及び「治療すること（treating）」という用語は、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドの投与の結果生じる、細菌感染に関連する１又は２以上の症状の改善を指す。上記で述べたように、「治療」及び関連する用語は、治療的処置及び防止的又は予防的手段を指し、その目的は、病的状態又は障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、その進行を遅らせ、又はそれを遅延若しくは予防することである。
【００４５】
本明細書において使用される場合、バクテリオファージ、単離されたバクテリオファージタンパク質（又は、そのバリアント、誘導体、若しくは断片）、又はバクテリオファージ産物に関連する「抗菌活性」及び「抗微生物活性」という用語は、ほぼ同じ意味で使用され、微生物の、特にバクテリオファージが感染する種又は株の細菌を死滅させる能力及び／又は微生物の増殖若しくは繁殖を阻害する能力を指す。ある実施形態において、抗菌活性又は抗微生物活性は、標準的な技術（例えば、液体培養における、又は寒天プレート上での）に従って、細菌（例えば、グラム陽性細菌（例えば、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、アシネトバクター・バウマニ、緑膿菌）、又はグラム陽性細菌にもグラム陰性細菌にも分類されない細菌）を培養し、培養物を本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドと接触させ、前記接触の後の細胞の増殖をモニタリングすることによって判定される。例えば、液体培養において、細菌は、培養物の指数関数的な増殖の中間点の典型である光学密度（「ＯＤ」）まで増殖し得、培養物は、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ又はポリペプチドの１又は２以上の濃度に曝され、ＯＤが対照培養物と比較してモニタリングされる。バクテリオファージ又はポリペプチドが抗菌活性を示す（例えば、溶解死滅活性を示す）と、典型的に、対照培養物と比較してＯＤが減少する。同様に、細菌コロニーが寒天プレート上で形成され得、プレートは、本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドに曝され、その後のコロニーの増殖が対照プレートと比較して評価される。コロニーのサイズの減少、又はコロニーの総数の減少は、バクテリオファージ又はポリペプチドが抗菌活性を有することを示す。
【００４６】
本明細書において使用される場合、「ＣＨＡＰドメイン」は、ファージにコードされるいくつかのペプチドグリカン加水分解酵素において見られる保存されたアミダーゼドメインを指し、「システイン・ヒスチジン依存性アミド加水分解酵素／ペプチダーゼ」の略である。例えば、Rigden D, et. al., Trends Biochem Sci. 2003 May 28(5): 230-4を参照されたい。これは、ＧＳＰアミダーゼ及びペプチドグリカン加水分解酵素を含む、アミダーゼのスーパーファミリーにおいて見られる。このファミリーには、少なくとも２つの異なるタイプのペプチドグリカン切断活性、すなわちＬ−ムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ活性及びＤ−アラニルグリシルエンドペプチダーゼ活性が含まれる。ＣＨＡＰドメインは通常、保存されたシステイン残基及びヒスチジン残基を含有し、γ−グルタミルを含有する基質を加水分解する。これらのシステイン残基は、これらのアミダーゼのうちいくつかの活性に必須であると考えられ、それらのチオール基は、このドメインを含有する全ての酵素の触媒メカニズムにおいて求核試薬として機能すると思われる。ＣＨＡＰドメインは、ペプチドグリカンを切断する他のドメインを伴って見られることが多く、例えば、特殊な基質を切断するために協働的に作用する。また、Bateman A, et al., Trends Biochem Sci. 2003 May 28(5): 234-7を参照されたい。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１】配列番号１の核酸配列を含む、Ｆ１６８／０８ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ、open reading frame」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図２の表形式にも含まれる。
【図２Ａ−Ｘ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１６８／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図２においてリストされているＯＲＦ１〜１１６はそれぞれ、配列番号８〜１３０のアミノ酸配列をコードする。
【図３Ａ−Ｂ】臨床試料から単離された１０５のエンテロコッカス・フェカリス（ＥＦＳ、Enterococcus faecalis）（３Ａ）株及び５６のエンテロコッカス・フェシウム（ＥＦＭ、Enterococcus faecium）（３Ｂ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ１６８／０８の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図４】配列番号２の核酸配列を含む、Ｆ１７０／０８ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図５の表形式にも含まれる。
【図５Ａ−ＡＲ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１７０／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図５においてリストされているＯＲＦ１〜２１３はそれぞれ、配列番号１３１〜３４３のアミノ酸配列をコードする。
【図６Ａ−Ｂ】臨床試料から単離された１０５のエンテロコッカス・フェカリス（ＥＦＳ）（６Ａ）株及び５６のエンテロコッカス・フェシウム（ＥＦＭ）（６Ｂ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ１７０／０８の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図７】配列番号３の核酸配列を含む、Ｆ７７０／０５ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図８の表形式にも含まれる。
【図８Ａ−ＡＣ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ７７０／０５ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図８においてリストされているＯＲＦ１〜９５はそれぞれ、配列番号３４４〜４３８のアミノ酸配列をコードする。
【図９】臨床試料から単離された１００の緑膿菌（ＰＳＡ、Pseudomonas aeruginosa）株におけるスポット試験によって決定されたＦ７７０／０５の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１０】配列番号４の核酸配列を含む、Ｆ１９７／０８ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１１の表形式にも含まれる。
【図１１Ａ−ＡＡ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１９７／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１１においてリストされているＯＲＦ１〜６６はそれぞれ、配列番号４３９〜５５３のアミノ酸配列をコードする。
【図１２】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ、Staphylococcus aureus）株におけるスポット試験によって決定されたＦ１９７／０８の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１３】配列番号５の核酸配列を含む、Ｆ８６／０６ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１４の表形式にも含まれる。
【図１４Ａ−Ｓ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ８６／０６ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１４においてリストされているＯＲＦ１〜６３はそれぞれ、配列番号５５４〜６１６のアミノ酸配列をコードする。
【図１５】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ８６／０６の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１６】配列番号６の核酸配列を含む、Ｆ８７ｓ／０６ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１７の表形式にも含まれる。
【図１７Ａ−Ｕ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ８７ｓ／０６ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１７においてリストされているＯＲＦ１〜６１はそれぞれ、配列番号６１７〜６８１のアミノ酸配列をコードする。
【図１８】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ８７ｓ／０６の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１９】配列番号７の核酸配列を含む、Ｆ９１ａ／０６ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図２０の表形式にも含まれる。
【図２０Ａ−Ｕ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ９１ａ／０６ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図２０においてリストされているＯＲＦ１〜６４はそれぞれ、配列番号６８２〜７５４のアミノ酸配列をコードする。
【図２１】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ９１ａ／０６の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図２２】配列番号７６０の核酸配列を含む、Ｆ１２４５／０５ゲノムの概略構成図である。４３ｋｂのゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。機能が割り当てられたＯＲＦでは、数字の代わりに予測される機能が示されている。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、斜線は、その相対的なゲノム位置と、コードされる産物における推定膜貫通ドメインの存在とに基づいて機能が割り当てられたＯＲＦであり、空白の矢印は、データベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。
【図２３Ａ−Ｉ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１２４５／０５ゲノムの特徴を示す図である。
【図２４Ａ−Ｅ】臨床試料から単離された１００のアシネトバクター・バウマニ株におけるスポット試験によって決定されたＦ１２４５／０５の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
６．詳細な説明
本発明は、院内感染病原体であるアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を有する、単離されたバクテリオファージ及びその単離されたポリペプチド産物に関するものである。一実施形態において、黄色ブドウ球菌のメチシリン耐性株（ＭＲＳＡ）に対する抗微生物活性及び／又は抗菌活性を示す単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドが提供される。さらに、本発明のバクテリオファージ及びポリペプチドは、これらに限定されないが、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス、スタフィロコッカス・ホミニス、腐性ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シムランス、スタフィロコッカス・キシローサス、ミクロコッカス・ルテウス、枯草菌、バチルス・プミルス、エンテロコッカス・ヒラエ、及びエンテロコッカス・アビウムを含む病原性細菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し得る。
【００４９】
一実施形態において、本発明は、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、エンテロコッカス・フェカリス及びエンテロコッカス・フェシウムの多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ１６８／０８である。Ｆ１６８／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図２に示されている（配列番号８〜１３０のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５０】
腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）は、群状又は鎖状でコロニーを形成する、グラム陽性の球菌である。それらは、ヒトを含む多くの哺乳動物において、消化管微生物叢の一部として見られる。腸球菌の感染は、全ての院内感染の１２％を占める。腸球菌の感染は、合併した腹腔内感染、皮膚及び皮膚構造の感染、尿路感染、並びに血流の感染を引き起こし得、これらは、特に関与する株がいくつかの抗生物質に対して耐性を発現している場合には、治療が困難であり得る。このような場合、感染は、特に患者が既に免疫不全である場合には、生命にかかわるものであり得る。
【００５１】
エンテロコッカス・フェカリスは、腸球菌感染の大部分を占め、ヒト及び他の哺乳動物の胃腸管に存在する、グラム陽性の片利共生細菌である。これは、非運動性であり、通性嫌気性である。エンテロコッカス・フェカリスは、特に院内の環境において、ヒトにおける生命にかかわる感染を含む、心内膜炎、並びに膀胱、前立腺、及び精巣上体の感染を引き起こし得る。エンテロコッカス・フェカリスは、多くの一般に使用される抗微生物製剤（例えば、アミノグリコシド、アズトレオナム、セファロスポリン、クリンダマイシン、半合成ペニシリンであるナフシリン及びオキサシリン、トリメトプリムスルファメトキサゾールなど）に対して耐性である。
【００５２】
エンテロコッカス・フェシウムは、キノロン及びアミノグリコシドを含むいくつかのタイプの抗生物質に対して耐性を有することが知られている。エンテロコッカス・フェシウムのバンコマイシン耐性株もまた知られている。いくつかの抗生物質に対する耐性及び悪条件に対する許容性によって、エンテロコッカス・フェシウムは、医学界にとっての主要な懸念となり、医学界では、この微生物は「スーパージャーム（ｓｕｐｅｒｇｅｒｍ）」と呼ばれている。別の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、エンテロコッカス・フェカリス及びエンテロコッカス・フェシウムの多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ１７０／０８である。Ｆ１７８／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図５に示されている（配列番号１３１〜３４３のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５３】
さらに別の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、緑膿菌の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ７７０／０５である。Ｆ７７０／０５ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図８に示されている（配列番号３４４〜４３８のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５４】
緑膿菌は、土壌、水、皮膚微生物叢、及びほとんどの人工環境において見られる、一般的な、グラム陰性のロッド形状の細菌である。これは、通常の大気だけではなく、通性嫌気性菌のように低酸素下でも増殖し、損傷した組織又は免疫障害を有する個体に感染し得る。このようなコロニー形成が、肺、尿路、及び腎臓などの重大な体内器官において生じると、致命的な結果となることがある。この細菌は表面で増殖するため、カテーテルを含む医療用設備上及び医療用設備内でも見られ、病院及び診療所における交差感染の原因となる。緑膿菌は、最も重要な、日和見性の院内感染病原体の１つであり、１０の院内感染のうち１回は、シュードモナス菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）によるものであると推定されている。緑膿菌はまた、火傷での感染の最も一般的な原因であり、カテーテルなどの医療機器に最も頻繁にコロニー形成するものである。
【００５５】
さらに別の実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、黄色ブドウ球菌の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ１９７／０８である。Ｆ１９７／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図１１に示されている（配列番号４３９〜５５３のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５６】
さらに別の実施形態において、本発明は、配列番号５の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、黄色ブドウ球菌の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ８６／０６である。Ｆ８６／０６ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図１４に示されている（配列番号５５４〜６１６のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５７】
さらに別の実施形態において、本発明は、配列番号６の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、黄色ブドウ球菌の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ８７ｓ／０６である。Ｆ８７ｓ／０６ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図１７に示されている（配列番号６１７〜６８１のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５８】
さらに別の実施形態において、本発明は、配列番号７の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、黄色ブドウ球菌の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ９１ａ／０６である。Ｆ９１ａ／０６ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図２０に示されている（配列番号６８２〜７５４のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００５９】
黄色ブドウ球菌は、球状の、通性嫌気性のグラム陽性細菌であり、鼻の中及び皮膚上で見られる皮膚微生物叢の一部であることが多い。黄色ブドウ球菌は、吹き出物などの軽度の皮膚感染から、胃腸炎や、肺炎、髄膜炎、骨髄炎、心内膜炎、毒素性ショック症候群（ＴＳＳ、toxic shock syndrome）、菌血症、及び敗血症などの生命にかかわる疾患まで、様々な病気の原因となり得る。これは、院内感染の５つの最も一般的な原因の１つであり、術後創傷感染の原因であることが多い。今日では、黄色ブドウ球菌は、多くの一般に使用される抗生物質に対して耐性となっており、全ての黄色ブドウ球菌単離体のわずか２％のみがペニシリンに感受性であると推定されている。メチシリン、オキサシリン、クロキサシリン、及びフルクロキサシリンなどの第二世代ペニシリンが、ペニシリン耐性の黄色ブドウ球菌感染を治療するために開発された。メチシリンは、このクラスで最初に使用された抗生物質であるが、わずか２年後に、メチシリン耐性の黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）の最初の事例が報告された。１９９０年代から、病院内でＭＲＳＡの流行が爆発し、現在、病院では、これは風土病であると考えられている。
【００６０】
さらに別の実施形態において、本発明は、配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、アシネトバクター・バウマニの多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ１２４５／０５である。Ｆ１２４５／０５ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、及びコードされるアミノ酸配列の推定機能（すなわち、コードされるタンパク質及び／又はポリペプチド）の割り当ては、図２３に示されている（配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列もまた提供されている）。
【００６１】
アシネトバクター・バウマニは、特に免疫系に障害を有する個体において多くの重篤な臨床感染を生じさせる細菌種である。アシネトバクター・バウマニは、院内環境及び入院患者から通常は単離される、多形性の、好気性のグラム陰性桿菌である。この細菌は、身体の開いた傷、カテーテル、又は呼吸管に侵入することが多い。アシネトバクター・バウマニは、通常、水域環境にコロニー形成し、入院患者の痰又は呼吸器分泌物、傷、及び尿から培養されることが多い。病院内では、アシネトバクター・バウマニは、一般に、かん流溶液及び静脈内注射用溶液にコロニー形成する。これはまた、複数の抗生物質に耐性であることが知られており、アシネトバクター・バウマニが引き起こす院内感染の数は近年増大している。
【００６２】
ある実施形態において、本発明のバクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有するゲノムを含むか又は前記ゲノムからなり、前記バクテリオファージは、バクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、Ｆ９１ａ／０６、及びＦ１２４５／０５の１又は２以上の、少なくとも１つの生物学的活性、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。或いは、又はさらに、本発明のバクテリオファージは、図２、５、８、１１、１４、１７、２０、及び２３において記載されるいずれかのオープンリーディングフレームの配列を含む、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列の機能的断片を含むゲノムを有し得る。
【００６３】
本発明はまた、本発明のバクテリオファージの１又は２以上に感染した、単離された細菌を提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号１及び／又は配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたエンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムを提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された緑膿菌を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号４、配列番号５、配列番号６、及び／又は配列番号７の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された黄色ブドウ球菌を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたアシネトバクター・バウマニを提供する。
【００６４】
本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び単離する方法を提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号１又は配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムの培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号１又は配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）緑膿菌の培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）黄色ブドウ球菌の培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）アシネトバクター・バウマニの培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。
【００６５】
バクテリオファージは、本明細書において記載されるか又は当技術分野において知られているいかなる方法を使用しても、細菌試料から単離することができる（例えば、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる、Carlson, "Working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches," In, Kutter and Sulakvelidze (Eds) Bacteriophages: Biology and Applications, 5thed. CRC Press (2005)を参照されたい）。
【００６６】
本発明はまた、本発明のバクテリオファージから単離されたポリペプチドを提供する。単離されたポリペプチドは、完全長のバクテリオファージタンパク質であり得るか、又は、バクテリオファージタンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体が、それが由来するバクテリオファージ若しくはポリペプチドに関連する少なくとも１つの生物学的活性を示す限りにおいて、前記断片、バリアント、若しくは誘導体であり得る。ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、バクテリオファージＦ１２４５／０５（これは、典型的には、アシネトバクター・バウマニに感染する）、Ｆ１６８／０８若しくはＦ１７０／０８（これは、典型的には、エンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムに感染する）、バクテリオファージＦ７７０／０５（これは、典型的には、緑膿菌に感染する）、又はバクテリオファージＦ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６（これは、典型的には、黄色ブドウ球菌に感染する）から単離される。
【００６７】
特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０（例えば、それぞれバクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、Ｆ９１ａ／０６、又はＦ１２４５／０５）を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンである。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号７９７、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２を含むか又はそれからなるアミノ酸配列を有するエンドリシン又はリシンである。他の実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、本発明のバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンの断片、バリアント、又は誘導体であり、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが単離されるか又は由来するエンドリシン、リシン、又はバクテリオファージの少なくとも１つの生物学的活性、好ましくは抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。したがって、ある実施形態において、本発明は、本発明のバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンの断片、バリアント、又は誘導体である、単離されたポリペプチドを提供し、前記断片、バリアント、又は誘導体は、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。他の実施形態において、単離されたポリペプチドは、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、又は黄色ブドウ球菌以外の細菌（例えば、緑膿菌）の１又は２以上の種に対する抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、本発明のバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンの断片、バリアント、又は誘導体である。ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、若しくは配列番号２０３のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、若しくは配列番号７１２のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。さらに他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号７９７のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、アシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。
【００６８】
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、バクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、又はＦ９１ａ／０６のエンドリシン又はリシンから単離されたＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。単離されたＣＨＡＰドメインは、それが由来するエンドリシン又はリシンの抗菌活性、例えば溶解死滅活性を保持していることが明らかにされており、ＣＨＡＰドメインは、当技術分野における通常の方法によって同定及び単離することができる（例えば、それぞれが、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる、Rigden et al., 2003, Trends Biochem. Sci. 28:230-234、Bateman et al., 2003, Trends Biochem. Sci. 28:234-237を参照されたい）。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のアミノ酸配列を有するポリペプチドから単離されたＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本発明は、配列番号６８、配列番号４４６、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のアミノ酸配列を有する第２のポリペプチドに由来するＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる、単離されたポリペプチドを提供し、前記ＣＨＡＰドメインは、それぞれ配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を有する。すなわち、配列番号７５５は、配列番号６８のアミノ酸配列を有するポリペプチドに由来するＣＨＡＰドメインに対応し、配列番号７５６は、配列番号４４６のアミノ酸配列を有するポリペプチドに由来するＣＨＡＰドメインに対応するなどである。他の実施形態において、本発明は、バクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、又はＦ９１ａ／０６のエンドリシン又はリシンから単離されたＣＨＡＰドメインの断片、バリアント、又は誘導体を提供し、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが由来するＣＨＡＰドメインの少なくとも１つの生物学的活性、例えば溶解による細胞の死滅を示し、前記ＣＨＡＰドメインは、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を有する。配列番号７５５〜配列番号７５９のアミノ酸配列は表１に示される。
【００６９】
【表１】
2015154771.tif 000002
【００７０】
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ（例えば、それぞれバクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、Ｆ９１ａ／０６、又はＦ１２４５／０５）から単離された、尾部長巻尺タンパク質若しくは尾部タンパク質（例えば、尾部成分、尾部繊維タンパク質、吸着に関連する尾部タンパク質）又はその断片を含むか又はそれからなり、前記尾部長巻尺タンパク質若しくは尾部タンパク質又はその断片は、それが由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を有する。特定の実施形態において、尾部長巻尺タンパク質又は尾部タンパク質の抗微生物活性又は抗菌活性は、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の少なくとも１又は２以上の種又は株に対するものである。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、又は配列番号７９５を含むか又はそれからなるアミノ酸配列を有する尾部巻尺タンパク質又は尾部タンパク質である。他の実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、又は配列番号７９５のアミノ酸配列の断片、バリアント、又は誘導体であり、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが単離されるか又は由来するバクテリオファージの少なくとも１つの生物学的活性又は機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。好ましい実施形態において、断片、バリアント、又は誘導体の少なくとも１つの生物学的活性又は機能は、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対するものである。
【００７１】
ある実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、バクテリオファージポリペプチドのバリアントであり、前記バリアントは、同一の長さの（すなわち、同数の残基からなる）第２のアミノ酸配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか又は前記アミノ酸配列からなり、前記第２のアミノ酸配列は、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号５７５、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６４１、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７１２、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７９５、又は配列番号７９７、及び／又はその断片であり、前記バリアントは、細菌（例えば、グラム陽性細菌（例えば、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、緑膿菌、アシネトバクター・バウマニ）、又はグラム陽性細菌ともグラム陰性細菌とも分類されない細菌）の１又は２以上の株に対して、それが由来するバクテリオファージの少なくとも１つの生物学的機能又は活性（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性））を示す。
【００７２】
ある実施形態において、本発明は、配列番号２〜１２４、配列番号１２６〜３３８、配列番号３４０〜４３４、配列番号４３６〜５５０、配列番号５５２〜６１４、配列番号６１６〜６８０、配列番号６８２〜７５９、配列番号７６１〜８１６のいずれかのアミノ酸配列を有する、単離されたポリペプチド、及びその活性な生物学的断片を提供する。好ましい実施形態において、本発明のバリアントポリペプチドは、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニの少なくとも１又は２以上の株に対して、それが単離されたか又は由来するポリペプチド又はバクテリオファージに関連する少なくとも１つの生物学的活性を示す。
【００７３】
他の実施形態において、本発明は、配列番号８〜１３０、配列番号１３１〜３４３、配列番号３４４〜４３８、配列番号４３９〜５５３、配列番号５５４〜６１６、配列番号６１７〜６８１、配列番号６８２〜７５９、配列番号７６１〜８１６のうちの１つのアミノ酸配列をコードする、単離された核酸配列、及びその活性断片を提供する。他の実施形態において、本発明は、図２、５、８、１１、１４、１７、２０、及び２３において同定されているいずれかのオープンリーディングフレームの核酸配列を提供する。
【００７４】
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、融合タンパク質又はキメラポリペプチドを生成するために、治療用作用物質、例えば、異種ポリペプチド又は小分子に組換えによって融合しているか又は化学的に結合している（共有結合と非共有結合とを含む）。融合は必ずしも直接的である必要はないが、リンカー配列を介して、又は化学結合を介して生じ得る。本発明のポリペプチドが結合し得る治療用作用物質の非限定的な例は、ペプチド性又は非ペプチド性の細胞毒素（抗微生物剤及び／又は抗生物質を含む）、トレーサー／マーカー分子（例えば、放射性核種及びフルオロフォア）、及び当技術分野において知られている他の抗生物質化合物又は抗菌化合物である。
【００７５】
６．１ 抗生物質組成物
本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、単独で投与することができるか、又は、細菌感染、例えば、これらに限定されないが、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌を含む細菌が引き起こす感染の治療若しくは防止において使用するための医薬組成物内に組み込むことができる。ポリペプチドは、薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定剤と組み合わせることができる。薬学的に許容される担体、賦形剤、及び安定剤の例には、これらに限定されないが、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸などの緩衝液、アスコルビン酸を含む酸化防止剤、低分子量ポリペプチド、血清アルブミン及びゼラチンなどのタンパク質、ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、若しくはリジンなどのアミノ酸、グルコース、マンノース、若しくはデキストリンを含む単糖、二糖、及び他の炭水化物、ＥＤＴＡなどのキレート剤、マンニトール若しくはソルビトールなどの糖アルコール、ナトリウムなどの塩形成対イオン、並びに／又はＴＷＥＥＮ（商標）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ、polyethylene glycol）、及びＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）などの非イオン性界面活性剤が含まれる。本発明の医薬組成物（例えば、抗菌組成物）にはまた、上記の材料に加え、潤滑剤、湿潤剤、甘味料、香料、乳化剤、懸濁剤、及び防腐剤も含まれ得る。
【００７６】
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、本明細書において記載される、及び／又は当技術分野において知られている、細菌感染の治療に有用な１又は２以上の治療用作用物質及び又は防止用作用物質（例えば、１又は２以上のリシン）と組み合わせることができる。したがって、本発明の医薬組成物は、本発明の２以上の単離されたバクテリオファージ（同一の又は異なる細菌種又は細菌株に対する抗菌活性を有する）、本発明のバクテリオファージとポリペプチドとの組合せ、又は、本発明のバクテリオファージ及び／若しくはポリペプチドと当技術分野において知られているバクテリオファージ及び／若しくは治療用ポリペプチドとの組合せを含み得る。特定の実施形態において、組合せの治療用成分は、２以上の細菌種若しくは細菌株を標的化するか、又は、異なる酵素活性を示す。例えば、リシンは、通常、アミダーゼ活性、エンドペプチダーゼ活性、ムラミダーゼ活性、又はグルコサミダーゼ活性の１つを示す。したがって、異なる活性を示すリシンの組合せによって、本発明の医薬組成物の治療的活性が相乗的に増強され得る。
【００７７】
本発明のポリペプチドと組み合わせて使用することができる他の治療用作用物質の例には、これらに限定されないが、標準的な抗生物質剤、抗炎症剤、抗ウイルス剤、局所麻酔剤、及びコルチコステロイドが含まれる。
【００７８】
本発明のポリペプチドを含む医薬組成物と共に使用することができる標準的な抗生物質には、所与の感染に対する本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドの治療効果を相加的に又は相乗的に増強するのに有効な量の、これらに限定されないが、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、リファマイシン、ナフトマイシン、ムピロシン、ゲルダナマイシン、アンサミトシン、カルバセフェム、イミペネム、メロペネム、エルタペネム、ファロペネム、ドリペネム、パニペネム／ベタミプロン、ビアペネム、ＰＺ−６０１、セファロスポリン、セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフルール、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム、セフメノキシム、セフテラム、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、アズトレオナム、ペニシリン及びペニシリン誘導体、アクチノマイシン、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンＢ、シノキサシン、フルメキン、ナリジクス酸、オキソリン酸、ピロミド酸、ピペミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、ガチフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、パズフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガレノキサシン、ゲミフロキサシン、スチフロキサシン、トロバルフロキサシン、プルリフロキサシン、アセタゾールアミド、ベンゾールアミド、ブメタニド、セレコキシブ、クロルタリドン、クロパミド、ジクロルフェンアミド、ドルゾラミド、エトキシゾラミド、フロセミド、ヒドロクロロチアジド、インダパミド、マフェンジド、メフルシド、メトラゾン、プロベネシド、スルファセタミド、スルファジメトキシン、スルファドキシン、スルファニルアミド、スルファメトキサゾール、スルファサラジン、スルチアム、スマトリプタン、キシパミド、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、並びにそのあらゆる組合せが含まれる。
【００７９】
本発明の医薬組成物において使用することができる局所麻酔には、テトラカイン、塩酸テトラカイン、リドカイン、塩酸リドカイン、塩酸ジメチソキン、ジブカイン、塩酸ジブカイン、ブタンベンピクレート、及び塩酸プラモキシンが含まれる。局所麻酔の例示的な濃度は、組成物全体の約０．０２５重量％〜約５重量％である。
【００８０】
本発明のポリペプチド、ファージ、及び／又は医薬組成物との組合せにおいて有用であり得るコルチコステロイドには、ベタメタゾン、ジプロピオネート、フルオシノロン、アクチニド、吉草酸ベタメタゾン、トリアムシノロンアクチニド、プロピオン酸クロベタゾール、デスオキシメタゾン、二酢酸ジフロラゾン、アムシノニド、フルランドレノリド、吉草酸ヒドロコルチゾン、酪酸ヒドロコルチゾン、及びデソニドが含まれる。コルチコステロイドの例示的な濃度は、組成物全体の約０．０１重量％〜約１重量％である。
【００８１】
ある実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを含む製剤はさらに、ＳＭ緩衝液（０．０５ＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４〜７．５）、０．１ＭのＮａＣｌ、１０ｍＭのＭｇＳＯ４）を含む。他の実施形態において、製剤はさらに、ＳＭ緩衝液及び１０ｍＭのＭｇＣｌ２を含む。さらに他の実施形態において、製剤はさらに、ＳＭ緩衝液及び約２０％又は約３０％のエタノールを含む。
【００８２】
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを含む医薬組成物は、単回用量製剤又は複数回用量製剤に製剤することができる。適切な製剤は、軟膏剤、液剤、懸濁剤若しくは乳剤、エキス剤、散剤、顆粒剤、スプレー剤、トローチ剤、錠剤、又はカプセル剤からなる群から選択され得、さらに分散剤又は安定剤を含む。
【００８３】
本発明の医薬組成物は、吸入によって、坐剤若しくはペッサリーの形態で、局所的に（例えば、ローション剤、液剤、クリーム剤、軟膏剤、又は散布剤の形態で）、表皮上に若しくは経皮的に（例えば、皮膚パッチを用いて）、経口的に（例えば、デンプン又は乳糖などの賦形剤を含有し得る錠剤として）、カプセル剤、卵形剤、エリキシル剤、液剤、若しくは懸濁剤として（それぞれ、香料、着色料、及び／又は賦形剤を含有していてもよい）投与することができるか、又は、それらは、非経口的に（例えば、静脈内、筋肉内、又は皮下）注射することができる。非経口投与では、組成物は、他の物質を含有し得る、例えば、溶液を血液と等張にするために十分な塩又は単糖を含有し得る、無菌水性溶液の形態で使用するのが最適であり得る。口腔投与又は舌下投与では、組成物は、従来の様式で製剤され得る錠剤又はトローチ剤の形態で投与することができる。好ましい実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、単一の作用物質として、又は本明細書において記載されるか若しくは当技術分野において知られている他の抗生物質治療と組み合わせて、局所的に投与される。
【００８４】
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、皮膚上に又は経皮的に投与することができる。皮膚への局所的投与では、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、１つの担体又は担体の組合せと組み合わせることができ、前記担体には、これらに限定されないが、水性液体、アルコールベースの液体、水溶性ゲル、ローション、軟膏、非水性液体基剤、鉱油基剤、鉱油とワセリンとの混和物、ラノリン、リポソーム、血清アルブミン又はゼラチンなどのタンパク質担体、粉末セルロースカーメル、及びその組合せが含まれる。送達の局所的様式には、塗抹剤、スプレー、徐放性パッチ、液体を吸収させた拭き取り繊維、及びその組合せが含まれ得る。本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、直接的に、又は担体の１つ内で、パッチ又は包帯に塗布することができる。パッチは、湿っていても乾燥していてもよく、ファージ及び／又はポリペプチド（例えば、リシン）は、凍結乾燥された形態でパッチ上に存在する。局所的組成物の担体は、ポリマー濃縮剤、水、防腐剤、界面活性剤、又は、乳化剤、酸化防止剤、日焼け止め、及び溶媒系若しくは混合溶媒系を含む、半固体の及びゲル様の媒体を含み得る。米国特許第５，８６３，５６０号明細書は、医薬品への皮膚の曝露に役立ち得る、担体の多くの異なる組合せを開示しており、その内容は、本明細書に組み込まれる。
【００８５】
鼻腔内投与又は吸入による投与では、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、乾燥粉末吸入剤の形態で、又は適切な推進剤を使用する加圧容器、ポンプ、スプレー、若しくは噴霧器から出るエアロゾルスプレーの形態で都合良く送達され、前記推進剤は、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、１，１，１，２−テトラフルオロエタン（ＨＦＡ １３４Ａ．ＴＭ．）若しくは１，１，１，２，３，３，３−ヘプタフルオロプロパン（ＨＦＡ ２２７ＥＡ．ＴＭ．）などのヒドロフルオロアルカン、二酸化炭素、又は他の適切なガスである。加圧エアロゾルのケースでは、投薬単位は、一定量を送達するためのバルブを提供することにより決定することができる。加圧容器、ポンプ、スプレー、又は噴霧器は、例えば、溶媒としてエタノールと推進剤との混合物を使用する、活性化合物の溶液又は懸濁液を含有し得、前記溶媒はさらに、潤滑剤、例えばソルビタントリオレエートを含有し得る。吸入剤又は吹送剤において使用するためのカプセル及びカートリッジ（例えばゼラチンで作製される）は、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドと、乳糖又はデンプンなどの適切な粉末基剤との粉末混合物を含有するように製剤することができる。
【００８６】
坐剤又はペッサリーの形態での投与では、治療用組成物は、ゲル、ヒドロゲル、ローション、溶液、クリーム、軟膏、又は散布剤の形態で、局所的に塗布することができる。本発明の組成物はまた、眼内経路で投与することができる。眼科的使用では、本発明の組成物は、等張の、ｐＨ調整された、無菌の生理食塩水内の、微粉化された懸濁液として、又は、好ましくは、等張の、ｐＨ調整された、無菌の生理食塩水内の、溶液として、製剤することができ、これは、塩化ベンジルアルコニウムなどの防腐剤と組み合わされてもよい。或いは、それらは、ワセリンなどの軟膏内に製剤することができる。
【００８７】
本発明の医薬組成物の投薬量及び所望の薬剤濃度は、特定の使用に応じて変化し得る。投与の適切な投薬量又は経路の決定は、当業者の技術の範囲内である。動物実験によって、ヒトの治療における有効な用量を決定するための信頼性のあるガイダンスを得ることができる。有効な用量の種間スケーリングは、Mordenti, J. and Chappell, W. "The use of interspecies scaling in toxicokinetics" in Toxicokinetics and New Drug Development, Yacobi et al., Eds., Pergamon Press, New York 1989, pp42-96によって記載されている原理に従って、当業者が行うことができる。
【００８８】
６．２ 治療的使用
本発明のバクテリオファージ及びポリペプチドは、図３Ａ〜Ｂ、６Ａ〜Ｂ、９、１２、１５、１８、２１、及び２３において記載されているように、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニの複数の株に対して活性を有する。したがって、本発明の組成物は、ヒトと動物とにおいて、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニに関連する感染を予防及び治療する方法において使用することができる。他の実施形態において、本発明の組成物は、これらに限定されないが、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス、スタフィロコッカス・ホミニス、腐性ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シムランス、スタフィロコッカス・キシローサス、ミクロコッカス・ルテウス、枯草菌、バチルス・プミルス、エンテロコッカス・ヒラエ、及び／又はアシネトバクター・バウマニの１若しくは２以上の株、例えば、図２４において記載される株の１若しくは２以上を含むこれらの細菌の関連種又は関連株に関連する感染を治療するために使用することができる。
【００８９】
特定の実施形態において、本発明の医薬組成物を投与される対象は、哺乳動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、霊長類（例えば、ヒト）、齧歯動物、ウサギ、又はトリ（例えば、ニワトリ、アヒル、ガチョウ））である。本発明との関連で、「治療」は、治療的処置を指し、その目的は、病的状態又は障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、それを改善し、その進行を遅らせ、又はそれを予防することである。「治療」は、治療的処置と防止的又は予防的手段を指し、その目的は、病的状態若しくは障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、その進行を遅らせ、又はそれを遅延若しくは予防することである。本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドが防止的又は予防的手段として作用し、１又は２以上の細菌が引き起こす感染の発病を予防することも企図される。
【００９０】
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌は、特に、免疫系の障害を有する個体において、多くの重篤な日和見感染の原因である。本発明の医薬組成物は、これらに限定されないが、皮膚の感染（これらに限定されないが、皮膚潰瘍、床ずれ、及び糖尿病性の足潰瘍を含む）、創傷内及び創傷周辺の感染、術後感染、カテーテル及び外科用ドレーンに関連する感染、並びに血液の感染を含む、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、若しくは黄色ブドウ球菌に関連する、又は他の細菌種若しくは細菌株に関連する、いかなる感染も治療することが企図される。
【００９１】
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌はまた、流体含有量の高い器官系への感染にも関連し、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、これらの感染の予防及び治療における治療的使用を有することが企図される。例えば、本発明の医薬組成物は、気道、脳脊髄液、腹水、及び尿路の感染の予防又は治療に使用することができる。本発明の組成物はまた、院内肺炎、持続的携帯型腹膜透析（ＣＡＰＤ、continuous ambulatory peritoneal dialysis）、カテーテルに関連する細菌尿、及び院内髄膜炎の予防及び／又は治療に使用することができる。
【００９２】
好ましい実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、特に、創傷、潰瘍、並びにカテーテル挿入及びあらゆる他の医療処置又は医療機器による皮膚開口部に関連する感染を予防するために、病院内で防止的に使用される。
【００９３】
ある実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、又は他の細菌種に関連する感染を治療又は予防するための単剤として使用される。本発明の他の実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、他のバクテリオファージ（例えば、異なる細菌種又は細菌株を標的化するもの）を含む他の作用物質と、又はあらゆるグラム陽性細菌、あらゆるグラム陰性細菌、及びグラム陽性細菌ともグラム陰性細菌とも分類されないあらゆる他の細菌群から選択される細菌を含む同一の又は異なる種類の細菌を標的化する抗生物質と組み合わせて使用される。本発明の組成物はまた、当業者に知られている細菌感染を治療するためのいかなる他の手段とも組み合わせて使用することができる。
【００９４】
また、本発明によって、これらに限定されないが、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニを含む細菌が引き起こす感染を予防する方法及び治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、配列番号７１２、及び／若しくは配列番号７９７のアミノ酸配列、を含むか又はそれからなるリシン又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物を投与することを含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、親バクテリオファージが単離された細菌種に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す方法も企図される。この実施形態に従った特定の例において、本発明は、これらに限定されないが、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニを含む細菌が引き起こす感染を予防する方法又は治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、リシンの単離されたＣＨＡＰドメイン、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物を投与することを含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが単離されたＣＨＡＰドメインの少なくとも１つの生物学的活性（例えば、溶解による細胞の死滅）を示す方法を提供する。ある実施形態において、単離されたＣＨＡＰドメインは、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。他の実施形態において、本発明は、これらに限定されないが、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニを含む細菌が引き起こす感染を予防する方法及び治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、及び／若しくは配列番号７９５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる尾部巻尺タンパク質又は尾部タンパク質、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物を投与することを含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、親バクテリオファージに関連する生物学的活性を示す方法を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、これらに限定されないが、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、及び／又はアシネトバクター・バウマニを含む細菌が引き起こす感染を予防する方法及び治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び／又は配列番号７６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを含む組成物を投与することを含む方法を提供する。本発明の１若しくは２以上のバクテリオファージ又は抗生物質などの他の治療薬を場合によって有する、リシン（又は、上記のその断片、バリアント、若しくは誘導体）と、尾部巻尺タンパク質又は尾部タンパク質（又は上記に記載のその断片、バリアント、若しくは誘導体）の組合せ、並びに本明細書に記載の組合せの１又は２以上を使用した細菌感染の治療方法及び予防方法も企図される。
【００９５】
本明細書において使用される場合、「組み合わせて」という用語は、２以上の防止用及び／又は治療用作用物質の使用を指す。「組み合わせて」という用語の使用は、防止用及び／又は治療用作用物質を疾患又は障害を有する対象に投与する順序を制限するものではない。第１の防止用又は治療用作用物質は、第２の防止用又は治療用作用物質（第１の防止用又は治療用作用物質とは異なる）の投与の前に（例えば、５分前、１５分前、３０分前、４５分前、１時間前、２時間前、４時間前、６時間前、１２時間前、２４時間前、４８時間前、７２時間前、９６時間前、１週間前、２週間前、３週間前、４週間前、５週間前、６週間前、８週間前、又は１２週間前）、前記投与と同時に、又は前記投与の後に（例えば、５分後、１５分後、３０分後、４５分後、１時間後、２時間後、４時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、４８時間後、７２時間後、９６時間後、１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、５週間後、６週間後、８週間後、又は１２週間後）、疾患又は障害を有する対象に投与することができる。
【００９６】
６．３ 殺菌剤及び抗感染的使用
細菌性病原体は、粘膜部位（例えば、上気道及び下気道粘膜、腸粘膜、泌尿生殖器粘膜、及び眼の粘膜）で最も多く感染する。粘膜それ自体は、環境において見られる多くの病原性細菌（例えば、肺炎球菌、ブドウ球菌、及び連鎖球菌）の保有宿主であることが多く、保有宿主であるだけのことが時々ある。保菌者の病原性細菌の状態を制御するために設計された抗感染薬は非常にわずかしか存在していない。しかし、研究によって、病院及び養護施設などの環境におけるこの保有宿主を低減させるか又はなくすことによってこれらの細菌による感染の発生が顕著に低減することが示されている。
【００９７】
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、重篤な感染の発生を予防するか又は低減させるために、細菌（例えば、グラム陽性細菌（例えば、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、緑膿菌、アシネトバクター・バウマニ）、又はグラム陽性細菌ともグラム陰性細菌とも分類されない細菌）の増殖を制御するための抗感染組成物において使用することができる。粘膜に塗布するための組成物における使用に加え、本組込みのバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、体表（例えば、皮膚及び粘膜）（例えば、手術領域、又は医療従事者及び／若しくは患者の手及び皮膚露出部の滅菌のため）及び他の固体表面（例えば、器具、カウンター、及び特に病院の設備）での細菌のコロニー形成を制御又は予防するための、ゲル剤、クリーム剤、軟膏剤、又はスプレー剤などの製剤内に組み込むことができる。
【００９８】
６．４ 診断方法
本発明はまた、細菌感染における原因物質を決定するための診断方法も包含すする。ある実施形態において、細菌感染の所見における原因物質の診断は、（ｉ）患者の組織、血液、又は体液の試料を標準的な技術に従って培養すること、（ii）培養物を本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドと接触させること、並びに（iii）前記接触の後の細胞の増殖及び溶解の形跡をモニタリングすることによって行われる。バクテリオファージ及び／又はその単離された産物（例えば、ポリペプチド、又はその生物学的に活性な断片、バリアント、若しくは誘導体）の活性は、種又は株に特異的である傾向があるため、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドに対する感受性又は感受性の欠如は、感染性細菌の種又は株の存在を示し得る。例えば、配列番号１若しくは配列番号２の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその単離されたポリペプチド産物に接触させた後に、試験培養物の増殖が減少することは、試験試料がエンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムを含むことの指標であり得る。同様に、配列番号３の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその単離されたポリペプチド産物は、緑膿菌による感染を同定するために使用することができ、配列番号７６０の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその単離されたポリペプチド産物は、アシネトバクター・バウマニによる感染を同定するために使用することができ、一方、配列番号４、配列番号５、配列番号６、若しくは配列番号７の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその単離されたポリペプチド産物は、黄色ブドウ球菌による感染を同定するために使用することができる。
【００９９】
６．５ アミノ酸のバリアント
本発明のポリペプチドのアミノ酸配列のバリアントは、それらが置換バリアント、挿入バリアント、又は欠失バリアントとなるように生成し得る。欠失バリアントは、機能（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性）に必須ではない、天然タンパク質の１又は２以上の残基を欠く。挿入突然変異体は、典型的には、ポリペプチド内の末端以外の点に材料が付加されている。置換バリアントは、典型的には、タンパク質内の１又は２以上の部位での、１つのアミノ酸の別のアミノ酸への交換を含有し、他の機能又は特性を喪失することなく、タンパク質溶解による切断に対する安定性などの、ポリペプチドの１又は２以上の特性を変化させるように設計され得る。この種類の置換は、好ましくは保存的なものであり、すなわち、１つのアミノ酸が、類似の形状及び電荷を有する１つのアミノ酸で置き換えられる。保存的置換は、当技術分野において周知であり、例えば、アラニンからセリンへの変化、アルギニンからリジンへの変化、アスパラギンからグルタミン又はヒスチジンへの変化、アスパラギン酸からグルタミン酸への変化、システインからセリンへの変化、グルタミンからアスパラギンへの変化、グルタミン酸からアスパラギン酸への変化、グリシンからプロリンへの変化、ヒスチジンからアスパラギン又はグルタミンへの変化、イソロイシンからロイシン又はバリンへの変化、ロイシンからバリン又はイソロイシンへの変化、リジンからアルギニンへの変化、メチオニンからロイシン又はイソロイシンへの変化、フェニルアラニンからチロシン、ロイシン、又はメチオニンへの変化、セリンからスレオニンへの変化、スレオニンからセリンへの変化、トリプトファンからチロシンへの変化、チロシンからトリプトファン又はフェニルアラニンへの変化、及びバリンからイソロイシン又はロイシンへの変化が含まれる。
【０１００】
遺伝子の全体的な領域が、本明細書において記載される特定のリシンタンパク質をコードすると同定されると、点突然変異を採用して、どのアミノ酸残基が抗菌活性において重要であるかを詳細に同定することができる。したがって、当業者であれば、ＤＮＡ鎖において単一の塩基の変化を生じさせて、改変したコドン及びミスセンス突然変異を得ることができよう。
【０１０１】
好ましくは、タンパク質のアミノ酸の突然変異によって、同等の、又はそれどころか改良された、第２世代の分子が生じる。例えば、あるアミノ酸は、機能（例えば、抗菌活性又は抗微生物活性）の検出可能な喪失を伴うことなく、タンパク質構造において、他のアミノ酸に置換され得る。このような変化を生じさせるために、アミノ酸のハイドロパシー指標が考慮され得る。タンパク質に対する相互作用的な生物学的機能の付与におけるハイドロパシーアミノ酸指標の重要性は、当技術分野において一般に理解されている。アミノ酸の相対的なハイドロパシー特徴が、得られるタンパク質の二次構造に影響することが認められており、前記二次構造は、タンパク質と他の分子との相互作用、例えばグラム陽性細菌の外層内のペプチドグリカンとの相互作用を規定する。各アミノ酸は、それらの疎水性及び電荷特徴に基づいてハイドロパシー指標を割り当てられており、例えば、イソロイシン（＋４．５）、バリン（＋４．２）、ロイシン（＋３．８）、フェニルアラニン（＋２．８）、システイン／シスチン（＋２．５）、メチオニン（＋１．９）、アラニン（＋１．８）、グリシン（−０．４）、スレオニン（−０．７）、セリン（−０．８）、トリプトファン０．９）、チロシン（−１．３）、プロリン（−１．６）、ヒスチジン（−３．２）、グルタミン酸（−３．５）、グルタミン（−３．５）、アスパラギン酸（−３．５）、アスパラギン（−３．５）、リジン（−３．９）、及びアルギニン（−４．５）である。
【０１０２】
当技術分野において、類似のアミノ酸の置換が親水性に基づいて効果的に生じ得ることも理解されている。疎水性と同様に、親水性の値は各アミノ酸に割り当てられており、アルギニン（＋３．０）、リジン（＋３．０）、アスパラギン酸（＋３．０±１）、グルタミン酸（＋３．０±１）、セリン（＋０．３）、アスパラギン（＋０．２）、グルタミン（＋０．２）、グリシン（０）、スレオニン（−０．４）、プロリン（−０．５±１）、アラニン（−０．５）、ヒスチジン（−０．５）、システイン（−１．０）、メチオニン（−１．３）、バリン（−１．５）、ロイシン（−１．８）、イソロイシン（−１．８）、チロシン（−２．３）、フェニルアラニン（−２．５）、及びトリプトファン（−３．４）である。同等の分子は、１つのアミノ酸を別のアミノ酸に置換することによって得ることができ、それらの親水性指標は、互いの±２以内、好ましくは±１以内、又は最も好ましくは±５以内である。ある実施形態において、本発明は、本明細書において開示されるアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０、又はそれ以上のアミノ酸修飾（例えば挿入、置換、欠失など）を含む、単離されたペプチドを包含する。好ましい実施形態において、特定のポリペプチドの生物学的活性が保持されるように、１又は２以上の突然変異が生じる。例えば、本発明は、本明細書においてリストされるアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０、又はそれ以上のアミノ酸修飾を含むように突然変異されており、かつ、例えばアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌などのグラム陽性細菌又はグラム陰性細菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、及び／又はＦ９１ａ／０６から単離されたポリペプチドを包含する。特定の実施形態において、Ｆ１６８／０８又はＦ／１７０／０８に由来する本発明のポリペプチドは、少なくともエンテロコッカス・フェカリス及び／又はエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば、溶解死滅活性を示し、Ｆ７７０／０５に由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、又はＦ９１ａ／０６に由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ１２４５／０５に由来する本発明のポリペプチドは、少なくともアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。
【０１０３】
６．６ 本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
本発明は、本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを提供する。本発明はまた、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド並びに抗生物質活性及び／又は他の生物学的活性を有する修飾ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに、例えば上記に定義したような、高度のストリンジェンシー、中程度又は低度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドも包含する。
【０１０４】
当技術分野において知られているいかなる方法によっても、ポリヌクレオチドを得ることができ、このポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定することができる。例えば、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、適切な源（例えば、バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、又はＦ９１ａ／０６）の核酸から生成することができる。ヌクレオチド配列は、当技術分野において知られている通常の方法によってファージゲノムから単離することができる（例えば、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる、Carlson, "Working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches," In, Kutter and Sulakvelidze (Eds) Bacteriophages: Biology and Applications, 5thed. CRC Press (2005)を参照されたい）。特定のポリペプチドをコードする核酸を含有する源が入手不可能であるが、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列が知られている場合、ポリペプチドをコードする核酸を化学的に合成し、当技術分野において周知のあらゆる方法を使用して、複製可能なクローニングベクター内にクローニングすることができる。
【０１０５】
本発明のポリペプチドのヌクレオチド配列が決定されると、ポリペプチドのヌクレオチド配列は、ヌクレオチド配列を操作するための、当技術分野において周知の方法、例えば、組換えＤＮＡ技術、部位特異的突然変異生成、ＰＣＲなど（例えば、双方とも、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる、Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY、及びAusubel et al., eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NYにおいて記載されている技術を参照されたい）を使用して操作し、異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを生成して、例えばアミノ酸の置換、欠失、及び／又は挿入を生じさせることができる。
【０１０６】
本発明のさらに別の実施形態において、配列番号７６０のヌクレオチド１〜ヌクレオチド８５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド８７〜ヌクレオチド５８４のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド５９４〜ヌクレオチド７６７のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド７２４〜ヌクレオチド１０３５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１００５〜ヌクレオチド１８２３のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１８１６〜ヌクレオチド２１３０のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２１３２〜ヌクレオチド２３８３のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２３８３〜ヌクレオチド３６９０のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３６８７〜４４６９のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４４６６〜ヌクレオチド５４５８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド５６３２〜ヌクレオチド７９５６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド８０１０〜ヌクレオチド８９１２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド８９１５〜ヌクレオチド９２６２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド９２５２〜ヌクレオチド１０２２３のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１０２１３〜ヌクレオチド１０７８２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１０７６９〜ヌクレオチド１１２１８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１１２０２〜ヌクレオチド１１４２０のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１１４１３〜ヌクレオチド１２３４２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１２３３９〜ヌクレオチド１２５１５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１２５１２〜ヌクレオチド１３１６５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１３１７０〜ヌクレオチド１５５９９のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１５６０９〜ヌクレオチド１５８７２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１５９７９〜ヌクレオチド１６１７３のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１６１７５〜ヌクレオチド１６４８２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１６４９４〜ヌクレオチド１８０５９のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１８０７２〜ヌクレオチド１８８１５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１８８５７〜ヌクレオチド１９８７９のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド１９９３０〜ヌクレオチド２０１７８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２０１８０〜ヌクレオチド２０５４５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２０６４６〜ヌクレオチド２１２０３のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２１２１２〜ヌクレオチド２３５０６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２３５０６〜ヌクレオチド２４１８６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２４２０１〜ヌクレオチド２７０６８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド２７０８４〜ヌクレオチド３０２１２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３０２１４〜ヌクレオチド３２５０５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３２５１５〜ヌクレオチド３２８８０のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３２８７３〜ヌクレオチド３３４６０のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３３４６０〜ヌクレオチド３３８１６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３３８２５〜ヌクレオチド３５７７７のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３５７７４〜ヌクレオチド３５８７２のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３５８６９〜ヌクレオチド３６０２７のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３６０３８〜ヌクレオチド３６１９３のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３６９１６〜ヌクレオチド３６７８８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３７２０９〜ヌクレオチド３７４２７のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３７８６８〜ヌクレオチド３８３８６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３８３８３〜ヌクレオチド３８５８６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３８９１２〜ヌクレオチド３９４０６のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３９４０６〜ヌクレオチド３９９１５のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド３９９１７〜ヌクレオチド４００２１のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４００１８〜ヌクレオチド４０１０１のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４０１０１〜ヌクレオチド４０６７０のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４０７２０〜ヌクレオチド４１８３８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４１８２２〜ヌクレオチド４２１２７のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４２１０５〜ヌクレオチド４２３０８のヌクレオチド配列、配列番号７６０のヌクレオチド４２３８２〜ヌクレオチド４２９１２のヌクレオチド配列、及び配列番号７６０のヌクレオチド４２８９６〜ヌクレオチド４３０１５のヌクレオチド配列が提供される。
【０１０７】
６．７ 本発明の分子の組換え発現
本発明の分子（例えば、ポリペプチド）をコードする核酸配列が得られると、分子を産生するためのベクターを、当技術分野において周知の技術を使用して、組換えＤＮＡ技術によって産生することができる。当業者に周知の方法を使用して、本発明の分子のコード配列並びに適切な転写及び翻訳制御シグナルを含有する発現ベクターを構築することができる。これらの方法には、例えば、インビトロでの組換えＤＮＡ技術、合成技術、及びインビボでの遺伝子組換えが含まれる。（例えば、Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY、及びAusubel et al. eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NYにおいて記載されている技術を参照されたい）。
【０１０８】
本発明は、本発明のポリペプチドをコードする発現ベクターを提供する。本発明の方法によって同定された分子のヌクレオチド配列を含む発現ベクターは、従来の技術（例えば、エレクトロポレーション、リポソームトランスフェクション、及びリン酸カルシウム沈殿）によって宿主細胞に移すことができ、その後、トランスフェクトされた細胞を従来の技術によって培養して、本発明の分子を産生する。好ましい実施形態において、宿主細胞は、配列を含むバクテリオファージが由来する親細菌種以外のものである。特定の実施形態において、本発明の分子の発現は、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、又は組織特異的プロモーターによって制御される。特定の実施形態において、発現ベクターは、ｐＱＥ−３０（Qiagen社製）又はｐＥＴ−２９（ａ）（Novagen社製）である。
【０１０９】
本発明の方法によって同定される分子を発現させるために使用される宿主細胞は、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）などのいずれかの細菌細胞（本発明のバクテリオファージタンパク質又はその断片に感受性ではない）であり得る。様々な宿主発現ベクター系を、本発明の方法によって同定される分子を発現させるために利用することができる。このような宿主発現系は、本発明の分子のコード配列を産生し、その後精製し得る媒体に相当するが、適切なヌクレオチドコード配列で形質転換又はトランスフェクトされた場合に本発明の分子をｉｎ ｓｉｔｕで発現し得る細胞にも相当する。これらの宿主発現系には、これらに限定されないが、本発明の方法によって同定される分子についてのコード配列を含有する組換えバクテリオファージＤＮＡ発現ベクター、プラスミドＤＮＡ発現ベクター、若しくはコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換された、本発明のバクテリオファージタンパク質若しくはその断片に感受性ではない細菌（例えば、大腸菌及び枯草菌）などの微生物、本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有する組換え酵母発現ベクターで形質転換された酵母（例えば、サッカロミセス、ピチア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ Ｐｉｃｈｉａ））、本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）に感染した昆虫細胞系、組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフワラーモザイクウイルス（ＣａＭＶ、cauliflower mosaic virus）及びタバコモザイクウイルス（ＴＭＶ、tobacco mosaic virus）に感染しているか若しくは本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有する組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）で形質転換された植物細胞系、又は、哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモーター（例えば、メタロチオネインプロモーター）若しくは哺乳動物ウイルスに由来するプロモーター（例えば、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター）を含有する組換え発現構築物を有する、哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ細胞、ＣＨＯ細胞、ＢＨＫ細胞、２９３細胞、２９３Ｔ細胞、３Ｔ３細胞、リンパ球（米国特許第５，８０７，７１５号明細書を参照されたい）、Ｐｅｒ Ｃ．６細胞（Crucell社によって開発されたヒト網膜細胞）が含まれる。
【０１１０】
本発明のバクテリオファージタンパク質又は断片に感受性ではない細菌系において、多くの発現ベクターが、発現させようとする分子のための使用に応じて、有利に選択され得る。例えば、大量のこのようなタンパク質が産生される場合、ポリペプチドの医薬組成物を生成するために、精製が容易な、高いレベルの融合タンパク質産物の発現を指示するベクターが望ましい場合がある。このようなベクターには、これらに限定されないが、大腸菌発現ベクターｐＵＲ２７８（Ruther et al., 1983, EMBO J. 2:1791）、ｐＩＮベクター（Inouye & Inouye, 1985, Nucleic Acids Res. 13:3101-3109、Van Heeke & Schuster, 1989, J. Biol. Chem. 24:5503-5509）などが含まれ、前者では、タンパク質配列は、ｌａｃＺコード領域と共にベクター内にインフレームで個別にライゲーションされ得、その結果、融合タンパク質が産生される。ｐＧＥＸベクターもまた、異種ポリペプチドをグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ、glutathione S-transferase）と共に融合タンパク質として発現させるために使用することができる。通常、このような融合タンパク質は可溶性であり、マトリックスグルタチオン−アガロースビーズに吸着及び結合させ、その後、遊離グルタチオンの存在下で溶出することによって、溶解細胞から容易に精製することができる。ｐＧＥＸベクターは、トロンビン切断部位又は因子Ｘａプロテアーゼ切断部位を含むように設計され、その結果、クローニングされた標的遺伝子産物がＧＳＴ部分から放出され得る。
【０１１１】
昆虫系において、オートグラファ・カリフォルニカ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ、Autographa californica nuclear polyhedrosis virus）が、外来遺伝子を発現するためのベクターとして使用される。このウイルスは、スポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）細胞内で増殖する。ポリペプチドをコードする配列を、ウイルスの必須でない領域（例えば、ポリヘドリン遺伝子）内に個別にクローニングし、ＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリヘドリンプロモーター）の制御下に置くことができる。
【０１１２】
本発明の分子（すなわち、ポリペプチド）が組換えによって発現されると、これは、ポリペプチドの精製のための、当技術分野において知られているいかなる方法によっても、例えば、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換アフィニティークロマトグラフィー、及びサイズ排除カラムクロマトグラフィー）、遠心分離、溶解度の差、又はポリペプチド若しくは抗体を精製するためのいかなる他の標準的な技術によっても精製することができる。
【０１１３】
上記の記載を読むことで、当業者は、ある修飾及び改良を行うことができよう。全てのこのような修飾及び改良は、簡潔性及び読み易さを目的として、本明細書においては取り除かれているが、以下の特許請求の範囲内に適正に含まれることを理解されたい。
［実施例］
【０１１４】
７． 実施例
本明細書において記載される以下の実施例及び実施形態が例示のみを目的としていることと、それに照らした様々な修飾又は変更が、当業者にとって示唆的であり、本願の趣旨及び範囲並びに添付の特許請求の範囲内に含まれるものであることとが理解される。本明細書において引用される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、全ての目的で、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１１５】
別段の指示がない限り、本発明のバクテリオファージは、以下の方法に従って、単離、処理、及び分析されたものである。
【０１１６】
７．１ 方法
７．１．１ ファージの精製
臨床試料から単離されたバクテリオファージのストック調製物を、Carlson, "Working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches," In, Kutter and Sulakvelidze (Eds) Bacteriophages: Biology and Applications, 5thed. CRC Press (2005)において記載されているプロトコルに従って調製した("Carlson," は、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる)。
【０１１７】
バクテリオファージのストック調製物を、Carlson and Yamamoto et al., 2004, PNAS 101:6415-6420において記載されているプロトコルに従って、ＰＥＧを用いた沈殿によって濃縮した。簡潔に述べると、ストック調製物を１ＭのＮａＣｌにおいて１時間にわたり４℃で撹拌しながらインキュベートした。次に、ＰＥＧ８０００（AppliChem社製、Ｃｈｅｓｈｉｒｅ、ＭＡ）を、１０％（ｗ／ｖ）の最終濃度まで徐々に添加した。次に、組成物を一晩４℃でインキュベートした。インキュベーション期間の後、組成物を１００００×ｇで３０分間にわたり４℃で遠心分離した。次に、沈殿物を、１％ｗ／ｖのゼラチンを有するＳＭ緩衝液（ｐＨ７．４の０．０５ＭのＴｒｉｓ−ＨＣＬ、０．１ＭのＮａＣｌ、１０ｍＭのＭｇＳＯ４）内に、再懸濁し、１０００ｒｐｍで、４℃で１０分間にわたり再び遠心分離した。懸濁したファージを含有する上清を、さらに精製するために保存した。Carlsonにおける方法に従って、ＣｓＣｌ勾配を用いて上清を精製した。
【０１１８】
ＣｓＣｌを、透析によって、精製及び濃縮したファージストックから取り除いた。透析膜Cellu.Sep H1 High Grade Regenerated Cellulose Tubular Membrane（Cellu.Sep社製、Ｒｉｖｅｒ Ｓｔｒｅｅｔ、ＵＳＡ）を、製造者の指示に従って調製した。透析は、４℃での、１００ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ及び３ＭのＮａＣｌ（ｐＨ７．４）における３０分間の第１のインキュベーションからなる。この後、４℃での、１００ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ及び０．３ＭのＮａＣｌ（ｐＨ７．４）における３０分間の第２のインキュベーションを行った。透析の後、懸濁したファージを透析容器の内部から取り除き、４℃で保管した。
【０１１９】
７．１．２ ファージＤＮＡの抽出
５ｍｌの精製及び濃縮したバクテリオファージ試料に、ｐＨ８．０の２０ｍＭのＥＤＴＡ、０．５％（ｐ／ｖ）のＳＤＳ、及び最終濃度４０μｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫを添加した。混合物を５６℃で１時間にわたりインキュベートした。水相と有機相との間の界面が明らかになるまで、比率が２５：２４：１のフェノール：クロロホルム：アルコールにおいて連続抽出を行った。次に、水相を等容積のクロロホルムで処理し、１３，００００×ｇで１０分間にわたり４℃で遠心分離した。水相をもう一度取り除き、２倍の容積の無水エタノールを添加し、３０分間にわたり２０℃でインキュベートすることによってＤＮＡを沈殿させた。次に、試料を１１，０００×ｇで３０分間にわたり４℃で遠心分離した。ペレットを、７０％エタノールを使用して室温で洗浄し、５０μｌの超純水（Gibco社製、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）内に再懸濁した。ＤＮＡ濃度を、ND-1000分光光度計で、２６０ｎｍでの吸光度を測定することによって決定した。単離されたファージＤＮＡの完全性を、１％アガロースゲル上で電気泳動することによって分析した。
【０１２０】
７．１．３ バクテリオファージゲノムの分析
バクテリオファージゲノムの配列決定によって、ゲノム内の潜在的なオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の同定が可能となった。バクテリオファージの推定ＯＲＦを用いて、ＢＬＡＳＴＮプログラムを用いて相同ＤＮＡ配列についてＮＣＢＩヌクレオチドコレクションデータベースをサーチした（例えば、Zhang et al., 2000, J. Comput. Biol. 7:203-214を参照されたい）。
【実施例１】
【０１２１】
７．２ 実施例１：バクテリオファージＦ１６８／０８
バクテリオファージＦ１６８／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムのわずかな部分のみ（≦１％）が既知の配列との相同性を示すことが明らかになった。Ｆ１６８／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図２に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図２において、小文字を付された同一の数字で示される。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ、transfer RNA）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964）を用いて行った。
【０１２２】
図３Ａ〜Ｂは、臨床試料から単離された１０５のエンテロコッカス・フェカリス（Ａ）株及び５６のエンテロコッカス・フェシウム（Ｂ）株に対するバクテリオファージＦ１６８／０８の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例２】
【０１２３】
７．３ 実施例２：バクテリオファージＦ１７０／０８
バクテリオファージＦ１７０／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、そのゲノムの約９４％がエンテロコッカスファージΦＥＦ２４Ｃのゲノムに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性が８０〜１００％であることが明らかになった。Ｆ１７０／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図５に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図５において、小文字を付された同一の数字で示される。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964）を用いて行った。
【０１２４】
図６Ａ〜Ｂは、臨床試料から単離された１０５のエンテロコッカス・フェカリス（Ａ）株及び５６のエンテロコッカス・フェシウム（Ｂ）株に対するバクテリオファージＦ１７０／０８の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例３】
【０１２５】
７．４ 実施例３：バクテリオファージＦ７７０／０５
バクテリオファージＦ７７０／０５ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムのわずかな部分のみ（≦１％）が既知の配列との相同性を示すことが明らかになった。Ｆ１７０／０５のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図８に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。
【０１２６】
図９は、臨床試料から単離された１００の緑膿菌株に対するバクテリオファージＦ１７０／０５の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例４】
【０１２７】
７．５ 実施例４：バクテリオファージＦ１９７／０８
バクテリオファージＦ１９７／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムが複数のブドウ球菌ファージゲノムと非常に相同であることが明らかになった。特に、約９０％のＦ１９７／０８ゲノムが、ブドウ球菌バクテリオファージｐｈｉＳａｕＳ−ＩＰＬＡ３５のゲノムに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性は８０〜９８％である。Ｆ１９７／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図１１に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図１１において、小文字を付された同一の数字で示される。
【０１２８】
図１２は、臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌株に対するバクテリオファージＦ１９７／０８の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例５】
【０１２９】
７．６ 実施例５：バクテリオファージＦ８６／０６
バクテリオファージＦ８６／０６ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムが複数のブドウ球菌ファージゲノムと非常に相同であることが明らかになった。特に、約８０％のＦ８６／０６ゲノムが、ブドウ球菌バクテリオファージｔｐ３１０−１のゲノムに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性は８５〜１００％である。Ｆ８６／０６のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図１４に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。
【０１３０】
図１５は、臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌株に対するバクテリオファージＦ８６／０６の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例６】
【０１３１】
７．７ 実施例６：バクテリオファージＦ８７ｓ／０６
バクテリオファージＦ８７ｓ／０６ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムが複数のブドウ球菌ファージゲノムと非常に相同であることが明らかになった。特に、約８２％のＦ８７ｓ／０６ゲノムが、ブドウ球菌バクテリオファージΦＮＭ３のゲノムに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性は９０〜１００％である。Ｆ８６／０６のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図１７に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図１７において、小文字を付された同一の数字で示される。
【０１３２】
図１８は、臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌株に対するバクテリオファージＦ８７ｓ／０６の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例７】
【０１３３】
７．８ 実施例７：バクテリオファージＦ９１ａ／０６
バクテリオファージＦ９１ａ／０６ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムが複数のブドウ球菌ファージゲノムと非常に相同であることが明らかになった。特に、約８２％のＦ９１ａ／０６ゲノムが、ブドウ球菌バクテリオファージΦＮＭ３のゲノムに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性は８６〜９９％である。Ｆ９１ａ／０６のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図２０に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図２０において、小文字を付された同一の数字で示される。
【０１３４】
図２１は、臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌株に対するバクテリオファージＦ９１ａ／０６の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【実施例８】
【０１３５】
７．９ 実施例８：バクテリオファージＦ１２４５／０５
Ｆ１２４５／０５のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図２３Ａ〜Ｉに示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。タンパク質の機能を、対応する遺伝子のゲノムの位置決定及びコードされる産物の推定膜貫通ドメインの存在に基づいて予測した（TMHMM server v. 2.0、Krogh, A. et al., 2001. J. Mol. Biol., 305: 567-580。
【０１３６】
図２４Ａ〜Ｅは、臨床試料から単離された１００のアシネトバクター・バウマニ株に対するバクテリオファージＦ１２４５／０５の活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液からなるものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１】
2015154771.tif 000003
【図２Ａ】
2015154771.tif 000004
【図２Ｂ】
2015154771.tif 000005
【図２Ｃ】
2015154771.tif 000006
【図２Ｄ】
2015154771.tif 000007
【図２Ｅ】
2015154771.tif 000008
【図２Ｆ】
2015154771.tif 000009
【図２Ｇ】
2015154771.tif 000010
【図２Ｈ】
2015154771.tif 000011
【図２Ｉ】
2015154771.tif 000012
【図２Ｊ】
2015154771.tif 000013
【図２Ｋ】
2015154771.tif 000014
【図２Ｌ】
2015154771.tif 000015
【図２Ｍ】
2015154771.tif 000016
【図２Ｎ】
2015154771.tif 000017
【図２Ｏ】
2015154771.tif 000018
【図２Ｐ】
2015154771.tif 000019
【図２Ｑ】
2015154771.tif 000020
【図２Ｒ】
2015154771.tif 000021
【図２Ｓ】
2015154771.tif 000022
【図２Ｔ】
2015154771.tif 000023
【図２Ｕ】
2015154771.tif 000024
【図２Ｖ】
2015154771.tif 000025
【図２Ｗ】
2015154771.tif 000026
【図２Ｘ】
2015154771.tif 000027
【図３Ａ】
2015154771.tif 000028
【図３Ｂ】
2015154771.tif 000029
【図４】
2015154771.tif 000030
【図５Ａ】
2015154771.tif 000031
【図５Ｂ】
2015154771.tif 000032
【図５Ｃ】
2015154771.tif 000033
【図５Ｄ】
2015154771.tif 000034
【図５Ｅ】
2015154771.tif 000035
【図５Ｆ】
2015154771.tif 000036
【図５Ｇ】
2015154771.tif 000037
【図５Ｈ】
2015154771.tif 000038
【図５Ｉ】
2015154771.tif 000039
【図５Ｊ】
2015154771.tif 000040
【図５Ｋ】
2015154771.tif 000041
【図５Ｌ】
2015154771.tif 000042
【図５Ｍ】
2015154771.tif 000043
【図５Ｎ】
2015154771.tif 000044
【図５Ｏ】
2015154771.tif 000045
【図５Ｐ】
2015154771.tif 000046
【図５Ｑ】
2015154771.tif 000047
【図５Ｒ】
2015154771.tif 000048
【図５Ｓ】
2015154771.tif 000049
【図５Ｔ】
2015154771.tif 000050
【図５Ｕ】
2015154771.tif 000051
【図５Ｖ】
2015154771.tif 000052
【図５Ｗ】
2015154771.tif 000053
【図５Ｘ】
2015154771.tif 000054
【図５Ｙ】
2015154771.tif 000055
【図５Ｚ】
2015154771.tif 000056
【図５ＡＡ】
2015154771.tif 000057
【図５ＡＢ】
2015154771.tif 000058
【図５ＡＣ】
2015154771.tif 000059
【図５ＡＤ】
2015154771.tif 000060
【図５ＡＥ】
2015154771.tif 000061
【図５ＡＦ】
2015154771.tif 000062
【図５ＡＧ】
2015154771.tif 000063
【図５ＡＨ】
2015154771.tif 000064
【図５ＡＩ】
2015154771.tif 000065
【図５ＡＪ】
2015154771.tif 000066
【図５ＡＫ】
2015154771.tif 000067
【図５ＡＬ】
2015154771.tif 000068
【図５ＡＭ】
2015154771.tif 000069
【図５ＡＮ】
2015154771.tif 000070
【図５ＡＯ】
2015154771.tif 000071
【図５ＡＰ】
2015154771.tif 000072
【図５ＡＱ】
2015154771.tif 000073
【図５ＡＲ】
2015154771.tif 000074
【図５ＡＳ】
2015154771.tif 000075
【図５ＡＴ】
2015154771.tif 000076
【図５ＡＵ】
2015154771.tif 000077
【図６Ａ】
2015154771.tif 000078
【図６Ｂ】
2015154771.tif 000079
【図７】
2015154771.tif 000080
【図８Ａ】
2015154771.tif 000081
【図８Ｂ】
2015154771.tif 000082
【図８Ｃ】
2015154771.tif 000083
【図８Ｄ】
2015154771.tif 000084
【図８Ｅ】
2015154771.tif 000085
【図８Ｆ】
2015154771.tif 000086
【図８Ｇ】
2015154771.tif 000087
【図８Ｈ】
2015154771.tif 000088
【図８Ｉ】
2015154771.tif 000089
【図８Ｊ】
2015154771.tif 000090
【図８Ｋ】
2015154771.tif 000091
【図８Ｌ】
2015154771.tif 000092
【図８Ｍ】
2015154771.tif 000093
【図８Ｎ】
2015154771.tif 000094
【図８Ｏ】
2015154771.tif 000095
【図８Ｐ】
2015154771.tif 000096
【図８Ｑ】
2015154771.tif 000097
【図８Ｒ】
2015154771.tif 000098
【図８Ｓ】
2015154771.tif 000099
【図８Ｔ】
2015154771.tif 000100
【図８Ｕ】
2015154771.tif 000101
【図８Ｖ】
2015154771.tif 000102
【図８Ｗ】
2015154771.tif 000103
【図８Ｘ】
2015154771.tif 000104
【図８Ｙ】
2015154771.tif 000105
【図８Ｚ】
2015154771.tif 000106
【図８ＡＡ】
2015154771.tif 000107
【図８ＡＢ】
2015154771.tif 000108
【図８ＡＣ】
2015154771.tif 000109
【図８ＡＤ】
2015154771.tif 000110
【図８ＡＥ】
2015154771.tif 000111
【図９】
2015154771.tif 000112
【図１０】
2015154771.tif 000113
【図１１Ａ】
2015154771.tif 000114
【図１１Ｂ】
2015154771.tif 000115
【図１１Ｃ】
2015154771.tif 000116
【図１１Ｄ】
2015154771.tif 000117
【図１１Ｅ】
2015154771.tif 000118
【図１１Ｆ】
2015154771.tif 000119
【図１１Ｇ】
2015154771.tif 000120
【図１１Ｈ】
2015154771.tif 000121
【図１１Ｉ】
2015154771.tif 000122
【図１１Ｊ】
2015154771.tif 000123
【図１１Ｋ】
2015154771.tif 000124
【図１１Ｌ】
2015154771.tif 000125
【図１１Ｍ】
2015154771.tif 000126
【図１１Ｎ】
2015154771.tif 000127
【図１１Ｏ】
2015154771.tif 000128
【図１１Ｐ】
2015154771.tif 000129
【図１１Ｑ】
2015154771.tif 000130
【図１１Ｒ】
2015154771.tif 000131
【図１１Ｓ】
2015154771.tif 000132
【図１１Ｔ】
2015154771.tif 000133
【図１１Ｕ】
2015154771.tif 000134
【図１１Ｖ】
2015154771.tif 000135
【図１１Ｗ】
2015154771.tif 000136
【図１１Ｘ】
2015154771.tif 000137
【図１１Ｙ】
2015154771.tif 000138
【図１１Ｚ】
2015154771.tif 000139
【図１１ＡＡ】
2015154771.tif 000140
【図１２】
2015154771.tif 000141
【図１３】
2015154771.tif 000142
【図１４Ａ】
2015154771.tif 000143
【図１４Ｂ】
2015154771.tif 000144
【図１４Ｃ】
2015154771.tif 000145
【図１４Ｄ】
2015154771.tif 000146
【図１４Ｅ】
2015154771.tif 000147
【図１４Ｆ】
2015154771.tif 000148
【図１４Ｇ】
2015154771.tif 000149
【図１４Ｈ】
2015154771.tif 000150
【図１４Ｉ】
2015154771.tif 000151
【図１４Ｊ】
2015154771.tif 000152
【図１４Ｋ】
2015154771.tif 000153
【図１４Ｌ】
2015154771.tif 000154
【図１４Ｍ】
2015154771.tif 000155
【図１４Ｎ】
2015154771.tif 000156
【図１４Ｏ】
2015154771.tif 000157
【図１４Ｐ】
2015154771.tif 000158
【図１４Ｑ】
2015154771.tif 000159
【図１４Ｒ】
2015154771.tif 000160
【図１４Ｓ】
2015154771.tif 000161
【図１４Ｔ】
2015154771.tif 000162
【図１４Ｕ】
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【図１５】
2015154771.tif 000164
【図１６】
2015154771.tif 000165
【図１７Ａ】
2015154771.tif 000166
【図１７Ｂ】
2015154771.tif 000167
【図１７Ｃ】
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【図１７Ｄ】
2015154771.tif 000169
【図１７Ｅ】
2015154771.tif 000170
【図１７Ｆ】
2015154771.tif 000171
【図１７Ｇ】
2015154771.tif 000172
【図１７Ｈ】
2015154771.tif 000173
【図１７Ｉ】
2015154771.tif 000174
【図１７Ｊ】
2015154771.tif 000175
【図１７Ｋ】
2015154771.tif 000176
【図１７Ｌ】
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【図１７Ｍ】
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【図１７Ｎ】
2015154771.tif 000179
【図１７Ｏ】
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【図１７Ｐ】
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【図１７Ｑ】
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【図１７Ｒ】
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【図１７Ｓ】
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【図１７Ｔ】
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【図１７Ｕ】
2015154771.tif 000186
【図１７Ｖ】
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【図１８】
2015154771.tif 000188
【図１９】
2015154771.tif 000189
【図２０Ａ】
2015154771.tif 000190
【図２０Ｂ】
2015154771.tif 000191
【図２０Ｃ】
2015154771.tif 000192
【図２０Ｄ】
2015154771.tif 000193
【図２０Ｅ】
2015154771.tif 000194
【図２０Ｆ】
2015154771.tif 000195
【図２０Ｇ】
2015154771.tif 000196
【図２０Ｈ】
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【図２０Ｉ】
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【図２０Ｊ】
2015154771.tif 000199
【図２０Ｋ】
2015154771.tif 000200
【図２０Ｌ】
2015154771.tif 000201
【図２０Ｍ】
2015154771.tif 000202
【図２０Ｎ】
2015154771.tif 000203
【図２０Ｏ】
2015154771.tif 000204
【図２０Ｐ】
2015154771.tif 000205
【図２０Ｑ】
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【図２０Ｒ】
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【図２０Ｓ】
2015154771.tif 000208
【図２０Ｔ】
2015154771.tif 000209
【図２０Ｕ】
2015154771.tif 000210
【図２１】
2015154771.tif 000211
【図２２】
2015154771.tif 000212
【図２３Ａ】
2015154771.tif 000213
【図２３Ｂ】
2015154771.tif 000214
【図２３Ｃ】
2015154771.tif 000215
【図２３Ｄ】
2015154771.tif 000216
【図２３Ｅ】
2015154771.tif 000217
【図２３Ｆ】
2015154771.tif 000218
【図２３Ｇ】
2015154771.tif 000219
【図２３Ｈ】
2015154771.tif 000220
【図２３Ｉ】
2015154771.tif 000221
【図２３Ｊ】
2015154771.tif 000222
【図２３Ｋ】
2015154771.tif 000223
【図２３Ｌ】
2015154771.tif 000224
【図２３Ｍ】
2015154771.tif 000225
【図２３Ｎ】
2015154771.tif 000226
【図２３Ｏ】
2015154771.tif 000227
【図２４Ａ】
2015154771.tif 000228
【図２４Ｂ】
2015154771.tif 000229
【図２４Ｃ】
2015154771.tif 000230
【図２４Ｄ】
2015154771.tif 000231
【図２４Ｅ】
2015154771.tif 000232
【配列表】
2015154771000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成27年3月19日(2015.3.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号７６０、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有する、単離されたバクテリオファージ。
【請求項２】
請求項１に記載のバクテリオファージと、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項３】
配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージを含む、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
アシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上の追加のバクテリオファージをさらに含み、且つ／或いはアシネトバクター・バウマニ以外の細菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上の追加のバクテリオファージをさらに含む、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
配列番号１又は配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージを含む、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項６】
エンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上の追加のバクテリオファージをさらに含み、且つ／或いはエンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウム以外の細菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上の追加のバクテリオファージをさらに含む、請求項５に記載の医薬組成物。
【請求項７】
配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージを含む、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項８】
黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上の追加のバクテリオファージをさらに含み、且つ／或いは黄色ブドウ球菌以外の細菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上の追加のバクテリオファージをさらに含む、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項９】
バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離されたリシンタンパク質、又は該リシンタンパク質の断片を含む、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性剤又は抗微生物活性剤であって、前記断片が、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有し、
前記バクテリオファージＦ１２４５／０５が、配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１６８／０８が、配列番号１の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１７０／０８が、配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１９７／０８が、配列番号４の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８６／０６が、配列番号５の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８７ｓ／０６が、配列番号６の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ９１ａ／０６が、配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有する、
前記抗菌活性剤又は抗微生物活性剤。
【請求項１０】
配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、配列番号７１２、又は配列番号７９７のアミノ酸配列を有するタンパク質；
前記アミノ酸配列のいずれかを有するタンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するタンパク質；或いは
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質のいずれかの断片、
を含む請求項９に記載の抗菌活性剤又は抗微生物活性剤。
【請求項１１】
配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のアミノ酸配列を有するポリペプチドから単離されたＣＨＡＰドメインである断片を含む、請求項１０に記載の抗菌活性剤又は抗微生物活性剤。
【請求項１２】
配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を有する断片を含む、請求項１１に記載の抗菌活性剤又は抗微生物活性剤。
【請求項１３】
バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離された尾部巻尺タンパク質又は尾部タンパク質、或いは前記尾部巻尺タンパク質又は前記尾部タンパク質の断片を含む、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性剤又は抗微生物活性剤であって、前記断片が、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有し、
前記バクテリオファージＦ１２４５／０５が、配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１６８／０８が、配列番号１の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１７０／０８が、配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１９７／０８が、配列番号４の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８６／０６が、配列番号５の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８７ｓ／０６が、配列番号６の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ９１ａ／０６が、配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有する、
前記抗菌活性剤又は抗微生物活性剤。
【請求項１４】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、又は配列番号７９５のアミノ酸配列を有するタンパク質；
前記アミノ酸配列のいずれかを有するタンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するタンパク質；或いは
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質のいずれか１つの断片、
を含む、請求項１３に記載の抗菌活性剤又は抗微生物活性剤。
【請求項１５】
請求項９〜１４のいずれかに記載の抗菌活性剤又は抗微生物活性剤と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項１６】
配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質；
配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列を有する前記タンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有するタンパク質；又は
アシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する、前記タンパク質のいずれか１つの断片
である製剤を含む、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
アシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有することが知られている１若しくは２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質をさらに含み、且つ／或いはアシネトバクター・バウマニ以外の細菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有することが知られている１若しくは２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質をさらに含む、請求項１６に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、若しくは配列番号２１４のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質；
配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、若しくは配列番号２１４のアミノ酸配列を有する前記タンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつエンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するタンパク質；或いは
エンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質のいずれか１つの断片、
である製剤を含む、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
エンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質をさらに含み、且つ／或いはエンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウム以外の細菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質をさらに含む、請求項１８に記載の医薬組成物。
【請求項２０】
配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、又は配列番号７０４のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質；
配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、又は配列番号７０４のアミノ酸配列を有するタンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するタンパク質；或いは
前記タンパク質のいずれか１つの断片であって、黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する断片、
である製剤を含む、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質をさらに含み、且つ／或いは黄色ブドウ球菌以外の細菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有することが知られている１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質をさらに含む、請求項２０に記載の医薬組成物。
【請求項２２】
バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離されたリシンタンパク質、又は
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記リシンタンパク質の断片
をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸であって、
前記バクテリオファージＦ１２４５／０５が、配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１６８／０８が、配列番号１の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１７０／０８が、配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１９７／０８が、配列番号４の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８６／０６が、配列番号５の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８７ｓ／０６が、配列番号６の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ９１ａ／０６が、配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有する、前記核酸。
【請求項２３】
配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、配列番号７１２、又は配列番号７９７のアミノ酸配列を有するタンパク質；
前記アミノ酸配列のいずれかを有するタンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するタンパク質；或いは
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質のいずれかの断片、
をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項２２に記載の核酸。
【請求項２４】
配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のアミノ酸配列を有するポリペプチドから単離されたＣＨＡＰドメインである断片をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項２３に記載の核酸。
【請求項２５】
配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を有する断片をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項２４に記載の核酸。
【請求項２６】
バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離された尾部巻尺タンパク質又は尾部タンパク質、或いは
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記尾部巻尺タンパク質又は前記尾部タンパク質の断片
をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸であって、
前記バクテリオファージＦ１２４５／０５が、配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１６８／０８が、配列番号１の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１７０／０８が、配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ１９７／０８が、配列番号４の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８６／０６が、配列番号５の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ８７ｓ／０６が、配列番号６の核酸配列を含むゲノムを有し、
前記バクテリオファージＦ９１ａ／０６が、配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有する、前記核酸。
【請求項２７】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、又は配列番号７９５のアミノ酸配列を有するタンパク質；
前記アミノ酸配列のいずれかを有するタンパク質に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するタンパク質；或いは
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質のいずれか１つの断片、
をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項２６に記載の核酸。
【請求項２８】
細菌感染の治療又は予防を必要とする対象に投与して前記対象の細菌感染を治療又は予防するための医薬品の製造における、治療有効量の請求項１５〜２１のいずれかに記載の医薬組成物の使用であって、
前記細菌感染が、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上による感染である、前記使用。
【請求項２９】
感染が院内感染である、請求項２８に記載の使用。
【請求項３０】
医薬組成物が局所的に投与される、請求項２８又は２９に記載の使用。
【請求項３１】
対象が哺乳動物である、請求項２８〜３０のいずれかに記載の使用。
【請求項３２】
哺乳動物がヒトである、請求項３１に記載の使用。
【請求項３３】
治療される感染が、皮膚の感染である、請求項２８〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３４】
皮膚の感染が、糖尿病性の足潰瘍に付随する感染である、請求項３３に記載の使用。
【請求項３５】
細菌感染の原因物質を診断するためのデータを収集する方法であって、
（ｉ）患者の組織試料を培養するステップ；
（ii）ステップ（ｉ）の培養物を請求項１に記載のバクテリオファージ、又は請求項２２〜２７のいずれかに記載の核酸によりコードされるタンパク質、若しくはアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質の断片、と接触させるステップ；及び
（iii）培養物の増殖又は溶解の形跡をモニタリングするステップ
を含み、
前記培養物の溶解の形跡が、ステップ（ii）において使用されるバクテリオファージ、タンパク質、又は断片に感受性であることが知られている細菌種又は細菌株を前記培養物が含むことを示し、
前記細菌種又は細菌株が、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌からなる群から選択される、前記方法。
【請求項３６】
組織試料が、患者から回収された血液、体液、組織の生検又はスワブである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
請求項１に記載のバクテリオファージ、
請求項２２〜２７のいずれかに記載の核酸によりコードされるタンパク質、又は
バクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質の断片
を含む、固体表面におけるアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上のコロニー形成又は増殖の低減剤又は阻害剤。
【請求項３８】
固体表面が、病院の装置又は病院設備の表面である、請求項３７に記載の低減剤又は阻害剤。
【請求項３９】
病院の装置又は病院設備が、手術用装置又は手術用設備である、請求項３８に記載の低減剤又は阻害剤。
【請求項４０】
それと接触した表面でのアシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上のコロニー形成を低減又は阻害するための医薬品の製造における、
請求項１に記載のバクテリオファージ、
請求項２２〜２７のいずれかに記載の核酸によりコードされるタンパク質、又は
アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、前記タンパク質の断片
の使用であって、前記表面が哺乳動物の皮膚又は粘膜である、前記使用。
【請求項４１】
哺乳動物がヒトである、請求項４０に記載の使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４７】
【図１】配列番号１の核酸配列を含む、Ｆ１６８／０８ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ、open reading frame」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図２の表形式にも含まれる。
【図２Ａ−Ｘ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１６８／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図２においてリストされているＯＲＦ１〜１１６はそれぞれ、配列番号８〜１３０のアミノ酸配列をコードする。
【図３Ａ−Ｂ】臨床試料から単離された１０５のエンテロコッカス・フェカリス（ＥＦＳ、Enterococcus faecalis）（３Ａ）株及び５６のエンテロコッカス・フェシウム（ＥＦＭ、Enterococcus faecium）（３Ｂ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ１６８／０８の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図４】配列番号２の核酸配列を含む、Ｆ１７０／０８ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図５の表形式にも含まれる。
【図５Ａ−ＡＵ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１７０／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図５においてリストされているＯＲＦ１〜２１３はそれぞれ、配列番号１３１〜３４３のアミノ酸配列をコードする。
【図６Ａ−Ｂ】臨床試料から単離された１０５のエンテロコッカス・フェカリス（ＥＦＳ）（６Ａ）株及び５６のエンテロコッカス・フェシウム（ＥＦＭ）（６Ｂ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ１７０／０８の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図７】配列番号３の核酸配列を含む、Ｆ７７０／０５ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図８の表形式にも含まれる。
【図８Ａ−ＡＥ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ７７０／０５ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図８においてリストされているＯＲＦ１〜９５はそれぞれ、配列番号３４４〜４３８のアミノ酸配列をコードする。
【図９】臨床試料から単離された１００の緑膿菌（ＰＳＡ、Pseudomonas aeruginosa）株におけるスポット試験によって決定されたＦ７７０／０５の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１０】配列番号４の核酸配列を含む、Ｆ１９７／０８ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１１の表形式にも含まれる。
【図１１Ａ−ＡＡ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１９７／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１１においてリストされているＯＲＦ１〜６６はそれぞれ、配列番号４３９〜５５３のアミノ酸配列をコードする。
【図１２】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ、Staphylococcus aureus）株におけるスポット試験によって決定されたＦ１９７／０８の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１３】配列番号５の核酸配列を含む、Ｆ８６／０６ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１４の表形式にも含まれる。
【図１４Ａ−Ｕ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ８６／０６ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１４においてリストされているＯＲＦ１〜６３はそれぞれ、配列番号５５４〜６１６のアミノ酸配列をコードする。
【図１５】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ８６／０６の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１６】配列番号６の核酸配列を含む、Ｆ８７ｓ／０６ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１７の表形式にも含まれる。
【図１７Ａ−Ｖ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ８７ｓ／０６ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１７においてリストされているＯＲＦ１〜６１はそれぞれ、配列番号６１７〜６８１のアミノ酸配列をコードする。
【図１８】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ８７ｓ／０６の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図１９】配列番号７の核酸配列を含む、Ｆ９１ａ／０６ゲノムの構成の概略図である。ゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり（同一の又は類似のタンパク質に対する相同性を示す産物をコードするＯＲＦは、同一の数字を用いて示され、小文字によって区別される）、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、白又は空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図２０の表形式にも含まれる。
【図２０Ａ−Ｕ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ９１ａ／０６ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図２０においてリストされているＯＲＦ１〜６４はそれぞれ、配列番号６８２〜７５４のアミノ酸配列をコードする。
【図２１】臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株におけるスポット試験によって決定されたＦ９１ａ／０６の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて評価した。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。
【図２２】配列番号７６０の核酸配列を含む、Ｆ１２４５／０５ゲノムの概略構成図である。４３ｋｂのゲノム内で予測されるＯＲＦは、矢印で表され、黒字の数字が付してある。機能が割り当てられたＯＲＦでは、数字の代わりに予測される機能が示されている。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、斜線は、その相対的なゲノム位置と、コードされる産物における推定膜貫通ドメインの存在とに基づいて機能が割り当てられたＯＲＦであり、空白の矢印は、データベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。
【図２３Ａ−Ｏ】遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１２４５／０５ゲノムの特徴を示す図である。
【図２４Ａ−Ｅ】臨床試料から単離された１００のアシネトバクター・バウマニ株におけるスポット試験によって決定されたＦ１２４５／０５の宿主範囲を示す図である。各スポットは、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液（ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された）を含有するものであった。ファージに対する感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までのスケールとして表す。ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。