(57)【要約】【課題】本発明は、様々なイネの品種を正確、簡便且つ迅速に行うことができる遺伝子マーカーおよび品種識別方法を提供することを目的とする。【解決手段】本発明は、イネのゲノムにおけるｍＰｉｎｇの有無であるイネの品種特異的マーカー、前記マーカーにおけるｍＰｉｎｇの有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットまたはプローブセットおよびそれらを含むキット、ならびにこれらを用いてイネの品種を特定する方法を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
イネのゲノムにおける以下の多型（１）〜（４８）からなる群より選ばれる１種以上である、イネの品種特異的マーカー。
多型（１）：配列番号６１の塩基配列の７０１番目のヌクレオチド残基と７０２番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２）：配列番号６２の塩基配列の６７３番目のヌクレオチド残基と６７４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３）：配列番号６３の塩基配列の６３９番目のヌクレオチド残基と６４０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４）：配列番号６４の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（５）：配列番号６５の塩基配列の６９２番目のヌクレオチド残基と６９３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（６）：配列番号６６の塩基配列の７３６番目のヌクレオチド残基と７３７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（７）：配列番号６７の塩基配列の７１２番目のヌクレオチド残基と７１３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（８）：配列番号６８の塩基配列の６８５番目のヌクレオチド残基と６８６番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（９）：配列番号６９の塩基配列の７３８番目のヌクレオチド残基と７３９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１０）：配列番号７０の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１１）：配列番号７１の塩基配列の７１３番目のヌクレオチド残基と７１４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１２）：配列番号７２の塩基配列の７６８番目のヌクレオチド残基と７６９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１３）：配列番号７３の塩基配列の７３２番目のヌクレオチド残基と７３３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１４）：配列番号７４の塩基配列の５３１番目のヌクレオチド残基と５３２番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１５）：配列番号７５の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１６）：配列番号７６の塩基配列の７５３番目のヌクレオチド残基と７５４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１７）：配列番号７７の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１８）：配列番号７８の塩基配列の７１６番目のヌクレオチド残基と７１７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１９）：配列番号７９の塩基配列の６３２番目のヌクレオチド残基と６３３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２０）：配列番号８０の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２１）：配列番号８１の塩基配列の６８６番目のヌクレオチド残基と６８７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２２）：配列番号８２の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２３）：配列番号８３の塩基配列の８０３番目のヌクレオチド残基と８０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２４）：配列番号８４の塩基配列の６９４番目のヌクレオチド残基と６９５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２５）：配列番号８５の塩基配列の７２８番目のヌクレオチド残基と７２９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２６）：配列番号８６の塩基配列の６５６番目のヌクレオチド残基と６５７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２７）：配列番号８７の塩基配列の７０３番目のヌクレオチド残基と７０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２８）：配列番号８８の塩基配列の７０４番目のヌクレオチド残基と７０５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２９）：配列番号８９の塩基配列の６９６番目のヌクレオチド残基と６９７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３０）：配列番号９０の塩基配列の８００番目のヌクレオチド残基と８０１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３１）：配列番号９１の塩基配列の７４７番目のヌクレオチド残基と７４８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３２）：配列番号９２の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３３）：配列番号９３の塩基配列の６５０番目のヌクレオチド残基と６５１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３４）：配列番号９４の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３５）：配列番号９５の塩基配列の５７８番目のヌクレオチド残基と５７９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３６）：配列番号９６の塩基配列の８７９番目のヌクレオチド残基と８８０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３７）：配列番号９７の塩基配列の７１８番目のヌクレオチド残基と７１９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３８）：配列番号９８の塩基配列の７５６番目のヌクレオチド残基と７５７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３９）：配列番号９９の塩基配列の６８９番目のヌクレオチド残基と６９１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４０）：配列番号１００の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４１）：配列番号１０１の塩基配列の７２９番目のヌクレオチド残基と７３０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４２）：配列番号１０２の塩基配列の７０５番目のヌクレオチド残基と７０６番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４３）：配列番号１０３の塩基配列の６０３番目のヌクレオチド残基と６０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４４）：配列番号１０４の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４５）：配列番号１０５の塩基配列の７３４番目のヌクレオチド残基と７３５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４６）：配列番号１０６の塩基配列の６５３番目のヌクレオチド残基と６５４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４７）：配列番号１０７の塩基配列の７２６番目のヌクレオチド残基と７２７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４８）：配列番号１０８の塩基配列の６２６番目のヌクレオチド残基と６２７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
【請求項２】
多型（１）〜（４８）のいずれかが、以下のそれぞれである、請求項１に記載のイネの品種特異的マーカー。
多型（１）：配列番号１の塩基配列の７０２〜１１３１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２）：配列番号２の塩基配列の６７４〜１１０３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入の有無
多型（３）：配列番号３の塩基配列の６４０〜１０６９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４）：配列番号４の塩基配列の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（５）：配列番号５の塩基配列の６９３〜１１２２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（６）：配列番号６の塩基配列の７３７〜１１６６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（７）：配列番号７の塩基配列の７１３〜１１４２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（８）：配列番号８の塩基配列の６８６〜１１１５番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（９）：配列番号９の塩基配列の７３９〜１１６８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（１０）：配列番号１０の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１１）：配列番号１１の塩基配列の７１４〜１１４３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（１２）：配列番号１２の塩基配列の７６９〜１１９８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１３）：配列番号１３の塩基配列の７３３〜１１６２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１４）：配列番号１４の塩基配列の５３２〜９６１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの挿入部位有無
多型（１５）：配列番号１５の塩基配列の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１６）：配列番号１６の塩基配列の７５４〜１１８３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１７）：配列番号１７の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（１８）：配列番号１８の塩基配列の７１７〜１１４６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１９）：配列番号１９の塩基配列の６３３〜１０６２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２０）：配列番号２０の塩基配列の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２１）：配列番号２１の塩基配列の６８７〜１１１６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２２）：配列番号２２の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２３）：配列番号２３の塩基配列の８０４〜１２３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２４）：配列番号２４の塩基配列の６９５〜１１２４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２５）：配列番号２５の塩基配列の７２９〜１１５８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２６）：配列番号２６の塩基配列の６５７〜１０８６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２７）：配列番号２７の塩基配列の７０４〜１１３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２８）：配列番号２８の塩基配列の７０５〜１１３４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２９）：配列番号２９の塩基配列の６９７〜１１２６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３０）：配列番号３０の塩基配列の８０１〜１２３０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３１）：配列番号３１の塩基配列の７４８〜１１７７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３２）：配列番号３２の塩基配列の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３３）：配列番号３３の塩基配列の６５１〜１０８０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３４）：配列番号３４の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３５）：配列番号３５の塩基配列の５７９〜１００８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３６）：配列番号３６の塩基配列の８８０〜１３０９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３７）：配列番号３７の塩基配列の７３２〜１１６１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３８）：配列番号３８の塩基配列の７５７〜１１８６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３９）：配列番号３９の塩基配列の６９０〜１１１９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４０）：配列番号４０の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４１）：配列番号４１の塩基配列の７３０〜１１５９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４２）：配列番号４２の塩基配列の７０６〜１１３５番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４３）：配列番号４３の塩基配列の６０４〜１０３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４４）：配列番号４４の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４５）：配列番号４５の塩基配列の７３５〜１１６４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４６）：配列番号４６の塩基配列の６５４〜１０８３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４７）：配列番号４７の塩基配列の７２７〜１１５６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４８）：配列番号４８の塩基配列の６２７〜１０５６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
【請求項３】
請求項１または２に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【請求項４】
プライマーセットが、ＰＣＲ用プライマーセットまたはＬＡＭＰ用プライマーセットである、請求項３に記載のプライマーセット。
【請求項５】
プライマーセットが、配列番号５９の塩基配列からなるプライマーおよび配列番号６０の塩基配列からなるプライマーである請求項３または４に記載のプライマーセット。
【請求項６】
プライマーセットが、配列番号５１の塩基配列からなるプライマー、配列番号５２の塩基配列からなるプライマー、配列番号５３の塩基配列からなるプライマー、配列番号５４の塩基配列からなるプライマー、配列番号５５の塩基配列からなるプライマー、および配列番号５６の塩基配列からなるプライマーから構成されるプライマーセット、および／または、配列番号５１の塩基配列からなるプライマー、配列番号５７の塩基配列からなるプライマー、配列番号５３の塩基配列からなるプライマー、配列番号５８の塩基配列からなるプライマー、配列番号５９の塩基配列からなるプライマー、および配列番号６０の塩基配列からなるプライマーから構成される請求項３または４に記載のプライマーセット。
【請求項７】
請求項１または２に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出可能なプローブを１種以上含む、イネの品種識別用プローブセット。
【請求項８】
請求項３〜６のいずれか一項に記載のプライマーセットまたは請求項６に記載のプローブを含む、請求項１に記載のマーカーを検出するための検出キット。
【請求項９】
サンプルに含まれるイネゲノムについて、請求項１または２に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を確認することを含む、イネ科植物の品種識別方法。
【請求項１０】
以下のいずれかの工程を行う、請求項９に記載の方法。
工程〔１〕：多型（１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はひとめぼれまたはてんたかくであると判定すること
工程〔２〕：多型（２）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（６）と、（１２）と、（２５）または（３１）と、（３６）または（３７）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はあきたこまちであると判定すること
工程〔３〕：多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（６）、（１０）または（１１）と、（１５）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はヒノヒカリまたは森のくまさんであると判定すること
工程〔４〕：多型（４）または（５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はななつぼしであると判定すること
工程〔５〕：多型（２）および（６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象ははえぬきであると判定すること
工程〔６〕：多型（７）および（８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきらら３９７であると判定すること
工程〔７〕：多型（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はまっしぐらであると判定する工程
工程〔８〕：多型（１０）または（１１）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はこしいぶきであると判定すること
工程〔９〕：多型（２）および（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はつがるロマンであると判定すること
工程〔１０〕：多型（１３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はキヌヒカリであると判定すること
工程〔１１〕：多型（１４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はあさひの夢であると判定すること
工程〔１２〕：多型（８）および（１５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆめぴりかであると判定すること
工程〔１３〕：多型（１６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はふさこがねであると判定すること
工程〔１４〕：多型（１７）または（１８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はつや姫であると判定すること
工程〔１５〕：多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はハナエチゼンであると判定すること
工程〔１６〕：多型（２０）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象は夢つくしであると判定すること
工程〔１７〕：多型（２１）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はふさおとめまたはハツシモであると判定すること
工程〔１８〕：多型（２２）または（２３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はふっくりんこであると判定すること
工程〔１９〕：多型（７）または（１５）と、（２４）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はほしのゆめであると判定すること
工程〔２０〕：多型（２５）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（２）および（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はめんこいなであると判定すること
工程〔２１〕：多型（２６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきぬむすめであると判定すること
工程〔２２〕：多型（２７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はあいちのかおりであると判定すること
工程〔２３〕：多型（２８）または（２９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はおぼろづきであると判定すること
工程〔２４〕：多型（３０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆめみずほであると判定すること
工程〔２５〕：多型（３１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はササニシキであると判定すること
工程〔２６〕：多型（３２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はミルキークイーンであると判定すること
工程〔２７〕：多型（３３）または（３４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はヒヨクモチであると判定すること
工程〔２８〕：多型（３５）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１２）または（３８）と（３９）または（４０）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はヒメノモチ、まなむすめまたはチヨニシキであると判定すること
工程〔２９〕：多型（３６）または（３７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はこがねもちであると判定すること
工程〔３０〕；多型（３）または（１５）と、（３８）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は風の子もちであると判定すること
工程〔３１〕：多型（３９）または（４０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はわたぼうしであると判定すること
工程〔３２〕：多型（４１）または（４２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象ははくちょうもちであると判定すること
工程〔３３〕：多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はたつこもちであると判定すること
工程〔３４〕：多型（４４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきたゆきもちであると判定すること
工程〔３５〕：多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきぬのはだであると判定すること
工程〔３６〕：多型（４６）または（４７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は山田錦であると判定すること
工程〔３７〕：多型（４８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は五百万石であると判定すること
工程〔３８〕：多型（３５）および（３８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はにこまるであると判定すること
工程〔３９〕：多型（３）と、（６）、（１０）または（１１）とにｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆきん子舞であると判定すること
工程〔４０〕：多型（１２）および（２０）にｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はなすひかりであると判定すること
工程〔４１〕：多型（１２）にｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（２）と、（１３）と、（２０）と、（２６）と、（３５）または（３８）とにｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はあきさかりであると判定すること
工程〔４２〕：多型（１）〜（４８）のいずれにもｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はこしひかり、アケボノ、ゆめおばこ、日本晴、彩のかがやき、夢しずく、さがびより、秋の詩、元気づくしまたは朝日と判定すること。
【請求項１１】
請求項３〜６のいずれか一項に記載のプライマーセット、請求項７に記載のプローブまたは請求項８に記載のキットを利用して、請求項１または２に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を確認することを含む、請求項９または１０に記載の品種識別法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、イネの品種特異的ＤＮＡマーカーおよびそれを用いる品種識別法に関する。
【背景技術】
【０００２】
イネの生産から加工・流通の各段階において、その品種を科学的に検証するためのＤＮＡマーカーを用いた品種識別法が不可欠である。
【０００３】
これまでに開発されたイネの品種識別法としては、用いる分析技術の名称ごとに、ＲＡＰＤ−ＳＴＳ法（特許文献１および２）、ＳＮＰ法（特許文献３および４）、ＳＳＲ法（特許文献５〜８）などが挙げられる。非特許文献１には、コシヒカリの品種特異的なＤＮＡマーカーが記載されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特開２００１−０９５５８９号公報
【特許文献２】特開２００５−０７３６５５号公報
【特許文献３】特開２００４−２４８６３５号公報
【特許文献４】特開２００９−２１９４９８号公報
【特許文献５】特開平１０−０５７０７３号公報
【特許文献６】特開２００４−０６５２５１号公報
【特許文献７】特開２００７−０３７４６８号公報
【特許文献８】特開２０１２−０５５２５３号公報
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】岸根・奥西、日本食品科学工学会誌、５８：５９１−５９６（２０１１）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
従来の品種識別法はいずれも、数個から数十のＤＮＡマーカーを用いて試料を解析し、得られた個々のＤＮＡ型を予め取得しておいた基準品種のＤＮＡ型に照合することで品種の特定を行っている。そのため、（１）分析試料ごとに数個から数十のＤＮＡマーカー解析を行う必要があり、多大な時間・労力を要すること、（２）試料に複数品種が混在した場合、得られたＤＮＡ型がいずれの基準品種とも一致せず照合不能となること、などの課題がある。また、非特許文献１はコシヒカリの品種特異的マーカーを開示するに過ぎず、他のイネ品種に特異的なマーカーは知られていなかった。日本のイネ品種はいずれも非常に近縁な関係に有り、各品種特異的マーカーを見出すのは困難とされてきた。したがって、イネの品種を簡便かつ特異的に識別できる方法の開発が求められている。
【０００７】
本発明は、様々なイネの品種を正確、簡便且つ迅速に行うことができる遺伝子マーカーおよび品種識別方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、以下の発明を提供する。
〔１〕イネのゲノムにおける以下の多型（１）〜（４８）からなる群より選ばれる１種以上である、イネの品種特異的マーカー。
多型（１）：配列番号６１の塩基配列の７０１番目のヌクレオチド残基と７０２番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２）：配列番号６２の塩基配列の６７３番目のヌクレオチド残基と６７４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３）：配列番号６３の塩基配列の６３９番目のヌクレオチド残基と６４０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４）：配列番号６４の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（５）：配列番号６５の塩基配列の６９２番目のヌクレオチド残基と６９３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（６）：配列番号６６の塩基配列の７３６番目のヌクレオチド残基と７３７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（７）：配列番号６７の塩基配列の７１２番目のヌクレオチド残基と７１３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（８）：配列番号６８の塩基配列の６８５番目のヌクレオチド残基と６８６番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（９）：配列番号６９の塩基配列の７３８番目のヌクレオチド残基と７３９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１０）：配列番号７０の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１１）：配列番号７１の塩基配列の７１３番目のヌクレオチド残基と７１４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１２）：配列番号７２の塩基配列の７６８番目のヌクレオチド残基と７６９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１３）：配列番号７３の塩基配列の７３２番目のヌクレオチド残基と７３３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１４）：配列番号７４の塩基配列の５３１番目のヌクレオチド残基と５３２番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１５）：配列番号７５の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１６）：配列番号７６の塩基配列の７５３番目のヌクレオチド残基と７５４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１７）：配列番号７７の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１８）：配列番号７８の塩基配列の７１６番目のヌクレオチド残基と７１７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（１９）：配列番号７９の塩基配列の６３２番目のヌクレオチド残基と６３３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２０）：配列番号８０の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２１）：配列番号８１の塩基配列の６８６番目のヌクレオチド残基と６８７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２２）：配列番号８２の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２３）：配列番号８３の塩基配列の８０３番目のヌクレオチド残基と８０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２４）：配列番号８４の塩基配列の６９４番目のヌクレオチド残基と６９５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２５）：配列番号８５の塩基配列の７２８番目のヌクレオチド残基と７２９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２６）：配列番号８６の塩基配列の６５６番目のヌクレオチド残基と６５７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２７）：配列番号８７の塩基配列の７０３番目のヌクレオチド残基と７０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２８）：配列番号８８の塩基配列の７０４番目のヌクレオチド残基と７０５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（２９）：配列番号８９の塩基配列の６９６番目のヌクレオチド残基と６９７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３０）：配列番号９０の塩基配列の８００番目のヌクレオチド残基と８０１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３１）：配列番号９１の塩基配列の７４７番目のヌクレオチド残基と７４８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３２）：配列番号９２の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３３）：配列番号９３の塩基配列の６５０番目のヌクレオチド残基と６５１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３４）：配列番号９４の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３５）：配列番号９５の塩基配列の５７８番目のヌクレオチド残基と５７９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３６）：配列番号９６の塩基配列の８７９番目のヌクレオチド残基と８８０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３７）：配列番号９７の塩基配列の７１８番目のヌクレオチド残基と７１９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３８）：配列番号９８の塩基配列の７５６番目のヌクレオチド残基と７５７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（３９）：配列番号９９の塩基配列の６８９番目のヌクレオチド残基と６９１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４０）：配列番号１００の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４１）：配列番号１０１の塩基配列の７２９番目のヌクレオチド残基と７３０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４２）：配列番号１０２の塩基配列の７０５番目のヌクレオチド残基と７０６番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４３）：配列番号１０３の塩基配列の６０３番目のヌクレオチド残基と６０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４４）：配列番号１０４の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４５）：配列番号１０５の塩基配列の７３４番目のヌクレオチド残基と７３５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４６）：配列番号１０６の塩基配列の６５３番目のヌクレオチド残基と６５４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４７）：配列番号１０７の塩基配列の７２６番目のヌクレオチド残基と７２７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
多型（４８）：配列番号１０８の塩基配列の６２６番目のヌクレオチド残基と６２７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無
〔２〕多型（１）〜（４８）のいずれかが、以下のそれぞれである、上記〔１〕に記載のイネの品種特異的マーカー。
多型（１）：配列番号１の塩基配列の７０２〜１１３１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２）：配列番号２の塩基配列の６７４位〜１０３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入の有無
多型（３）：配列番号３の塩基配列の６４０〜１０６９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４）：配列番号４の塩基配列の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（５）：配列番号５の塩基配列の６９３〜１１２２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（６）：配列番号６の塩基配列の７３７〜１１６６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（７）：配列番号７の塩基配列の７１３〜１１４２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（８）：配列番号８の塩基配列の６８６〜１１１５番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（９）：配列番号９の塩基配列の７３９〜１１６８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（１０）：配列番号１０の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１１）：配列番号１１の塩基配列の７１４〜１１４３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（１２）：配列番号１２の塩基配列の７６９〜１１９８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１３）：配列番号１３の塩基配列の７３３〜１１６２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１４）：配列番号１４の塩基配列の５３２〜９６１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの挿入部位有無
多型（１５）：配列番号１５の塩基配列の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１６）：配列番号１６の塩基配列の７５４〜１１８３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１７）：配列番号１７の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇ挿入部位の有無
多型（１８）：配列番号１８の塩基配列の７１７〜１１４６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（１９）：配列番号１９の塩基配列の６３３〜１０６２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２０）：配列番号２０の塩基配列の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２１）：配列番号２１の塩基配列の６８７〜１１１６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２２）：配列番号２２の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２３）：配列番号２３の塩基配列の８０４〜１２３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２４）：配列番号２４の塩基配列の６９５〜１１２４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２５）：配列番号２５の塩基配列の７２９〜１１５８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２６）：配列番号２６の塩基配列の６５７〜１０８６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２７）：配列番号２７の塩基配列の７０４〜１１３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２８）：配列番号２８の塩基配列の７０５〜１１３４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（２９）：配列番号２９の塩基配列の６９７〜１１２６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３０）：配列番号３０の塩基配列の８０１〜１２３０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３１）：配列番号３１の塩基配列の７４８〜１１７７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３２）：配列番号３２の塩基配列の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３３）：配列番号３３の塩基配列の６５１〜１０８０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３４）：配列番号３４の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３５）：配列番号３５の塩基配列の５７９〜１００８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３６）：配列番号３６の塩基配列の８８０〜１３０９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３７）：配列番号３７の塩基配列の７３２〜１１６１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３８）：配列番号３８の塩基配列の７５７〜１１８６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（３９）：配列番号３９の塩基配列の６９０〜１１１９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４０）：配列番号４０の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４１）：配列番号４１の塩基配列の７３０〜１１５９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４２）：配列番号４２の塩基配列の７０６〜１１３５番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４３）：配列番号４３の塩基配列の６０４〜１０３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４４）：配列番号４４の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４５）：配列番号４５の塩基配列の７３５〜１１６４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４６）：配列番号４６の塩基配列の６５４〜１０８３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４７）：配列番号４７の塩基配列の７２７〜１１５６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４８）：配列番号４８の塩基配列の６２７〜１０５６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
〔３〕上記〔１〕または〔２〕に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
〔４〕プライマーセットが、ＰＣＲ用プライマーセットまたはＬＡＭＰ用プライマーセットである、上記〔３〕に記載のプライマーセット。
〔５〕プライマーセットが、配列番号５９の塩基配列からなるプライマーおよび配列番号６０の塩基配列からなるプライマーである上記〔３〕または〔４〕に記載のプライマーセット。
〔６〕プライマーセットが、配列番号５１の塩基配列からなるプライマー、配列番号５２の塩基配列からなるプライマー、配列番号５３の塩基配列からなるプライマー、配列番号５４の塩基配列からなるプライマー、配列番号５５の塩基配列からなるプライマー、および配列番号５６の塩基配列からなるプライマーから構成されるプライマーセット、および／または、配列番号５１の塩基配列からなるプライマー、配列番号５７の塩基配列からなるプライマー、配列番号５３の塩基配列からなるプライマー、配列番号５８の塩基配列からなるプライマー、配列番号５９の塩基配列からなるプライマー、および配列番号６０の塩基配列からなるプライマーから構成される、上記〔３〕または〔４〕に記載のプライマーセット。
〔７〕上記〔１〕または〔２〕に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出可能なプローブを１種以上含む、イネの品種識別用プローブセット。
〔８〕上記〔３〕〜〔６〕のいずれか一項に記載のプライマーセットまたは上記〔６〕に記載のプローブを含む、上記〔１〕に記載のマーカーを検出するための検出キット。
〔９〕サンプルに含まれるイネゲノムについて、上記〔１〕または〔２〕に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を確認することを含む、イネ科植物の品種識別方法。
〔１０〕以下のいずれかの工程を行う、上記〔９〕に記載の方法。
工程〔１〕：多型（１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はひとめぼれまたはてんたかくであると判定すること
工程〔２〕：多型（２）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（６）と、（１２）と、（２５）または（３１）と、（３６）または（３７）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はあきたこまちであると判定すること
工程〔３〕：多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（６）、（１０）または（１１）と、（１５）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はヒノヒカリまたは森のくまさんであると判定すること
工程〔４〕：多型（４）または（５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はななつぼしであると判定すること
工程〔５〕：多型（２）および（６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象ははえぬきであると判定すること
工程〔６〕：多型（７）および（８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきらら３９７であると判定すること
工程〔７〕：多型（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はまっしぐらであると判定する工程
工程〔８〕：多型（１０）または（１１）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はこしいぶきであると判定すること
工程〔９〕：多型（２）および（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はつがるロマンであると判定すること
工程〔１０〕：多型（１３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はキヌヒカリであると判定すること
工程〔１１〕：多型（１４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はあさひの夢であると判定すること
工程〔１２〕：多型（８）および（１５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆめぴりかであると判定すること
工程〔１３〕：多型（１６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はふさこがねであると判定すること
工程〔１４〕：多型（１７）または（１８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はつや姫であると判定すること
工程〔１５〕：多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はハナエチゼンであると判定すること
工程〔１６〕：多型（２０）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象は夢つくしであると判定すること
工程〔１７〕：多型（２１）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はふさおとめまたはハツシモであると判定すること
工程〔１８〕：多型（２２）または（２３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はふっくりんこであると判定すること
工程〔１９〕：多型（７）または（１５）と、（２４）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はほしのゆめであると判定すること
工程〔２０〕：多型（２５）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（２）および（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はめんこいなであると判定すること
工程〔２１〕：多型（２６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきぬむすめであると判定すること
工程〔２２〕：多型（２７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はあいちのかおりであると判定すること
工程〔２３〕：多型（２８）または（２９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はおぼろづきであると判定すること
工程〔２４〕：多型（３０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆめみずほであると判定すること
工程〔２５〕：多型（３１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はササニシキであると判定すること
工程〔２６〕：多型（３２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はミルキークイーンであると判定すること
工程〔２７〕：多型（３３）または（３４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はヒヨクモチであると判定すること
工程〔２８〕：多型（３５）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１２）または（３８）と（３９）または（４０）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はヒメノモチ、まなむすめまたはチヨニシキであると判定すること
工程〔２９〕：多型（３６）または（３７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はこがねもちであると判定すること
工程〔３０〕；多型（３）または（１５）と、（３８）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は風の子もちであると判定すること
工程〔３１〕：多型（３９）または（４０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はわたぼうしであると判定すること
工程〔３２〕：多型（４１）または（４２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象ははくちょうもちであると判定すること
工程〔３３〕：多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はたつこもちであると判定すること
工程〔３４〕：多型（４４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきたゆきもちであると判定すること
工程〔３５〕：多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきぬのはだであると判定すること
工程〔３６〕：多型（４６）または（４７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は山田錦であると判定すること
工程〔３７〕：多型（４８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は五百万石であると判定すること
工程〔３８〕：多型（３５）および（３８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はにこまるであると判定すること
工程〔３９〕：多型（３）と、（６）、（１０）または（１１）とにｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆきん子舞であると判定すること
工程〔４０〕：多型（１２）および（２０）にｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はなすひかりであると判定すること
工程〔４１〕：多型（１２）にｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（２）と、（１３）と、（２０）と、（２６）と、（３５）または（３８）とにｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はあきさかりであると判定すること
工程〔４２〕：多型（１）〜（４８）のいずれにもｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はこしひかり、アケボノ、ゆめおばこ、日本晴、彩のかがやき、夢しずく、さがびより、秋の詩、元気づくしまたは朝日と判定すること。
〔１１〕上記〔３〕〜〔６〕のいずれか一項に記載のプライマーセット、上記〔７〕に記載のプローブまたは上記〔８〕に記載のキットを利用して、上記〔１〕または〔２〕に記載のマーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を確認することを含む、上記〔９〕または〔１０〕に記載の品種識別法。
【発明の効果】
【０００９】
本発明のイネ品種特異的マーカーおよび品種識別方法によれば、イネの品種識別を正確、簡便且つ迅速に行うことができる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、多型（１）においてｍＰｉｎｇが挿入されているひとめぼれにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１）を示す図である。図１中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図２】図２は、多型（２）においてｍＰｉｎｇが挿入されているあきたこまちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２）を示す図である。図２中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３】図３は、多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されているヒノヒカリにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３）を示す図である。図３中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図４】図４は、多型（４）においてｍＰｉｎｇが挿入されているななつぼしにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４）を示す図である。図４中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図５】図５は、多型（５）においてｍＰｉｎｇが挿入されているななつぼしにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号５）を示す図である。図５中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図６】図６は、多型（６）においてｍＰｉｎｇが挿入されているはえぬきにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６）を示す図である。図６中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図７】図７は、多型（７）においてｍＰｉｎｇが挿入されているきらら３９７における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７）を示す図である。図７中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図８】図８は、多型（８）においてｍＰｉｎｇが挿入されているきらら３９７における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８）を示す図である。図８中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図９】図９は、多型（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されているまっしぐらにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９）を示す図である。図９中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１０】図１０は、多型（１０）においてｍＰｉｎｇが挿入されているこしいぶきにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０）を示す図である。図１０中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１１】図１１は、多型（１１）においてｍＰｉｎｇが挿入されているこしいぶきにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１１）を示す図である。図１１中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１２】図１２は、多型（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されているつがるロマンにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１２）を示す図である。図１２中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１３】図１３は、多型（１３）においてｍＰｉｎｇが挿入されているキヌヒカリにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１３）を示す図である。図１３中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図１４】図１４は、多型（１４）においてｍＰｉｎｇが挿入されているあさひの夢における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１４）を示す図である。図１４中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図１５】図１５は、多型（１５）においてｍＰｉｎｇが挿入されているゆめぴりかにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１５）を示す図である。図１５中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図１６】図１６は、多型（１６）においてｍＰｉｎｇが挿入されているふさこがねにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１６）を示す図である。図１６中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１７】図１７は、多型（１７）においてｍＰｉｎｇが挿入されているつや姫における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１７）を示す図である。図１７中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１８】図１８は、多型（１８）においてｍＰｉｎｇが挿入されているつや姫における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１８）を示す図である。図１８中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図１９】図１９は、多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されているハナエチゼンにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１９）を示す図である。図１９中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図２０】図２０は、多型（２０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている夢つくしにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２０）を示す図である。図２０中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２１】図２１は、多型（２１）においてｍＰｉｎｇが挿入されているふさおとめにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２１）を示す図である。図２１中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図２２】図２２は、多型（２２）においてｍＰｉｎｇが挿入されているふっくりんこにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２２）を示す図である。図２２中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２３】図２３は、多型（２３）においてｍＰｉｎｇが挿入されているふっくりんこにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２３）を示す図である。図２３中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２４】図２４は、多型（２４）においてｍＰｉｎｇが挿入されているほしのゆめにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２４）を示す図である。図２４中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２５】図２５は、多型（２５）においてｍＰｉｎｇが挿入されているめんこいなにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２５）を示す図である。図２５中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２６】図２６は、多型（２６）においてｍＰｉｎｇが挿入されているきぬむすめにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２６）を示す図である。図２６中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２７】図２７は、多型（２７）においてｍＰｉｎｇが挿入されているあいちのかおりにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２７）を示す図である。図２７中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２８】図２８は、多型（２８）においてｍＰｉｎｇが挿入されているおぼろづきにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２８）を示す図である。図２８中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図２９】図２９は、多型（２９）においてｍＰｉｎｇが挿入されているおぼろづきにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号２９）を示す図である。図２９中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図３０】図３０は、多型（３０）においてｍＰｉｎｇが挿入されているゆめみづほにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３０）を示す図である。図３０中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３１】図３１は、多型（３１）においてｍＰｉｎｇが挿入されているササニシキにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３１）を示す図である。図３１中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３２】図３２は、多型（３２）においてｍＰｉｎｇが挿入されているミルキークイーンにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３２）を示す図である。図３２中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３３】図３３は、多型（３３）においてｍＰｉｎｇが挿入されているヒヨクモチにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３３）を示す図である。図３３中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３４】図３４は、多型（３４）においてｍＰｉｎｇが挿入されているヒヨクモチにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３４）を示す図である。図３４中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３５】図３５は、多型（３５）においてｍＰｉｎｇが挿入されているヒメノモチにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３５）を示す図である。図３５中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図３６】図３６は、多型（３６）においてｍＰｉｎｇが挿入されているこがねもちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３６）を示す図である。図３６中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３７】図３７は、多型（３７）においてｍＰｉｎｇが挿入されているこがねもちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３７）を示す図である。図３７中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図３８】図３８は、多型（３８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている風の子もちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３８）を示す図である。図３８中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図３９】図３９は、多型（３９）においてｍＰｉｎｇが挿入されているわたぼうしにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号３９）を示す図である。図３９中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図４０】図４０は、多型（４０）においてｍＰｉｎｇが挿入されているわたぼうしにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４０）を示す図である。図４０中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図４１】図４１は、多型（４１）においてｍＰｉｎｇが挿入されているはくちょうもちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４１）を示す図である。図４１中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図４２】図４２は、多型（４２）においてｍＰｉｎｇが挿入されているはくちょうもちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４２）を示す図である。図４２中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図４３】図４３は、多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されているたつこもちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４３）を示す図である。図４３中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図４４】図４４は、多型（４４）においてｍＰｉｎｇが挿入されているきたゆきもちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４４）を示す図である。図４４中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図４５】図４５は、多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されているきぬのはだにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４５）を示す図である。図４５中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示す。
【図４６】図４６は、多型（４６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている山田錦における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４６）を示す図である。図４６中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図４７】図４７は、多型（４７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている山田錦における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４７）を示す図である。図４７中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図４８】図４８は、多型（４８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている五百万石における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号４８）を示す図である。図４８中、下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示し、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入時に複製される反復配列を示し、囲み線はｍＰｉｎｇの共通塩基配列または日本晴における相同領域の塩基配列と相違する塩基を示す。
【図４９】図４９は、ＬＡＭＰ用プライマーセットの設計に必要な各種領域の概要を示す図である。
【図５０】図５０は、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーの概要を示す図である。
【図５１】図５１は、ＰＣＲ反応による増幅塩基長の相違を利用した判定例を示す図である。
【図５２】図５２は、ＬＡＭＰ反応液の蛍光発色を利用した判定例を示す図である。
【図５３】図５３は、多型（１）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６１）を示す図である。図５３中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図５４】図５４は、多型（２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６２）を示す図である。図５４中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図５５】図５５は、多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６３）を示す図である。図５５中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図５６】図５６は、多型（４）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６４）を示す図である。図５６中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図５７】図５７は、多型（５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６５）を示す図である。図５７中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図５８】図５８は、多型（６）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６６）を示す図である。図５８中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図５９】図５９は、多型（７）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６７）を示す図である。図５９中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６０】図６０は、多型（８）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６８）を示す図である。図６０中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６１】図６１は、多型（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号６９）を示す図である。図６１中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６２】図６２は、多型（１０）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７０）を示す図である。図６２中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６３】図６３は、多型（１１）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７１）を示す図である。図６３中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６４】図６４は、多型（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７２）を示す図である。図６４中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６５】図６５は、多型（１３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７３）を示す図である。図６５中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６６】図６６は、多型（１４）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７４）を示す図である。図６６中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６７】図６７は、多型（１５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７５）を示す図である。図６７中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６８】図６８は、多型（１６）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７６）を示す図である。図６８中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図６９】図６９は、多型（１７）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７７）を示す図である。図６９中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７０】図７０は、多型（１８）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７８）を示す図である。図７０中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７１】図７１は、多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されているハナエチゼンにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号７９）を示す図である。図７１中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７２】図７２は、多型（２０）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８０）を示す図である。図７２中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７３】図７３は、多型（２１）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８１）を示す図である。図７３中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７４】図７４は、多型（２２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８２）を示す図である。図７４中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７５】図７５は、多型（２３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８３）を示す図である。図７５中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７６】図７６は、多型（２４）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８４）を示す図である。図７６中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７７】図７７は、多型（２５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８５）を示す図である。図７７中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７８】図７８は、多型（２６）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８６）を示す図である。図７８中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図７９】図７９は、多型（２７）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８７）を示す図である。図７９中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８０】図８０は、多型（２８）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８８）を示す図である。図８０中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８１】図８１は、多型（２９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号８９）を示す図である。図８１中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８２】図８２は、多型（３０）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９０）を示す図である。図８２中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８３】図８３は、多型（３１）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９１）を示す図である。図８３中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８４】図８４は、多型（３２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９２）を示す図である。図８４中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８５】図８５は、多型（３３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９３）を示す図である。図８５中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８６】図８６は、多型（３４）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９４）を示す図である。図８６中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８７】図８７は、多型（３５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９５）を示す図である。図８７中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８８】図８８は、多型（３６）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９６）を示す図である。図８８中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図８９】図８９は、多型（３７）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９７）を示す図である。図８９中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９０】図９０は、多型（３８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている風の子もちにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９８）を示す図である。図９０中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９１】図９１は、多型（３９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号９９）を示す図である。図９１中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９２】図９２は、多型（４０）においてｍＰｉｎｇが挿入されているわたぼうしにおける対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１００）を示す図である。図９２中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９３】図９３は、多型（４１）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０１）を示す図である。図９３中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９４】図９４は、多型（４２）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０２）を示す図である。図９４中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９５】図９５は、多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０３）を示す図である。図９５中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９６】図９６は、多型（４４）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０４）を示す図である。図９６中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９７】図９７は、多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０５）を示す図である。図９７中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９８】図９８は、多型（４６）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０６）を示す図である。図９８中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図９９】図９９は、多型（４７）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０７）を示す図である。図９９中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【図１００】図１００は、多型（４８）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない日本晴における対応部位とその周辺の塩基配列（配列番号１０８）を示す図である。図１００中、二重下線部はｍＰｉｎｇ挿入部位を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
本発明は、イネの品種特異的マーカーおよびそれを用いたイネ品種の識別法を提供する。
【００１２】
本発明の品種特異的マーカーは、イネの品種である日本晴のゲノム配列と他の品種のゲノム配列とを比較した際に見出されるｍＰｉｎｇの挿入の有無に基づくマーカーであって、イネの品種識別に利用できるマーカーである。ｍＰｉｎｇは、トランスポゾンの一種である。ｍＰｉｎｇは、４３０ｂｐのポリヌクレオチドである。ゲノム中にｍＰｉｎｇが挿入される際、挿入部位のＴＡＡ若しくはＴＴＡを複製して、その挿入部位の両端に持つ。そのため、挿入がある場合には（４３０ｂｐ＋３）ｂｐ長くなる（例えば、以下を参照）。
【００１３】
【化１】
2015139425.tif 000002
【００１４】
挿入されるｍＰｉｎｇは、ｍＰｉｎｇの均等配列であってもよい。ｍＰｉｎｇの均等配列とは、その一部の塩基（例えば、８０個以内、７０個以内、６０個以内、５０個以内、４０個以内、３０個以内、２０個以内、１０個以内であり、好ましくは５個以内であり、より好ましくは４個以内であり、更に好ましくは３個以内であり、更により好ましくは２個以内であり、とりわけ好ましくは１個）に変異（例えば、欠失、置換、付加、逆位、挿入）を含む塩基配列である（例えば、図１、５、１３、１４、１９、２１、２９、３５、３９、４１、４３、４４、４６および４８の下線部参照）。これらの図に示す多型に限らず、多型（１）〜（４８）の全てにおいて、ｍＰｉｎｇの均等配列が挿入されていてもよい。
【００１５】
本発明の品種特異的マーカーは、イネゲノムにおける以下の多型（１）〜（４８）から選ばれる１種以上である。
【００１６】
多型（１）：配列番号６１の塩基配列の７０１番目のヌクレオチド残基と７０２番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１の塩基配列の７０２〜１１３１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６１の塩基配列は日本晴の第３染色体の２７７７４３２２番目から２７７７５７７８番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１は同じ部分に相当するひとめぼれの配列である。多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６１の７０１番目と７０２番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１の７０２〜１１３１番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１の下線部）。多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６１の塩基配列の７０１番目のヌクレオチド残基と７０２番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第２７，７７５，０２２番目のヌクレオチド残基と第２７，７７５，０２３番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ひとめぼれにおいては、多型（１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１、図１）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６１、図５３）。多型（１）においては、てんたかくでも、ひとめぼれと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００１７】
日本晴は日本米の基準品種であり、その全ゲノム配列が解読され公開済である。日本晴の全ゲノム配列は、Ｏｓ−Ｎｉｐｐｏｎｂａｒｅ−Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ−ＩＲＧＳＰ−１．０（ＩＲＧＳＰ−１．０）から入手でき（ｈｔｔｐ：／／ｒａｐｄｂ．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ）、本明細書における日本晴のゲノムの配列情報は、ＩＲＧＳＰ−１．０における情報に基づいている。日本晴の対応部位の塩基配列と日本晴以外の品種の対応部位の塩基配列とは必ずしも一致しておらず、変異が含まれていることがある。
【００１８】
多型（２）：配列番号６２の塩基配列の６７３番目のヌクレオチド残基と６７４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２の塩基配列の６７４〜１１０３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６２の塩基配列は日本晴の第３染色体の７９６６６６０番目から７９６８１４４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２は同じ部分に相当するあきたこまちの配列である。多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６２の６７３番目と６７４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２の６７４〜１１０３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２の下線部）。多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６２の塩基配列の６７３番目のヌクレオチド残基と６７４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第７，９６７，３３２番目のヌクレオチド残基と第７，９６７，３３３番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。あきたこまちにおいては、多型（２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２、図２）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６２、図５４）。多型（２）においては、はえぬき、つがるロマン、ササニシキおよびこがねもちでも、あきたこまちと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００１９】
多型（３）：配列番号６３の塩基配列の６３９番目のヌクレオチド残基と６４０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３の塩基配列の６４０〜１０６９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６３の塩基配列は日本晴の第３染色体の１２，５２３，３５４番目から１２，５２４，６７５番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３は同じ部分に相当するひのひかりの配列である。多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６３の６３９番目と６４０番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３の６４０〜１０６９番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３の下線部）。多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６３の塩基配列の６３９番目のヌクレオチド残基と６４０番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第１２，５２３，９９２番目のヌクレオチド残基と第１２，５２３，９９３番目のヌクレオチド残基に対応する（表１）。ヒノヒカリにおいては、多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３、図３）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６３、図５５）。多型（３）においては、ゆきん子舞、森のくまさん、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもちでも、ヒノヒカリと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２０】
多型（４）：配列番号６４の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４の塩基配列の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６４の７３０番目と７３１番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４の下線部）。多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６４の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第６染色体の第１６，９３７，０７１番目のヌクレオチド残基と第１６，９３７，０７２番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ななつぼしにおいては、多型（４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４、図４）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６４、図５６）。配列番号６４の塩基配列は日本晴の第６染色体の１６，９３６，３４２番目から１６，９３７，７１８番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４は同じ部分に相当するななつぼしの配列である。
【００２１】
多型（５）：配列番号６５の塩基配列の６９２番目のヌクレオチド残基と６９３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号５の塩基配列の６９３〜１１２２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６５の塩基配列は日本晴の第１０染色体の１９，７９０，０５２番目から１９，７９１，４３５番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号５は同じ部分に相当するななつぼしの配列である。多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６５の６９２番目と６９３番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号５の６９３〜１１２２番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図５の下線部）。多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６５の塩基配列の６９２番目のヌクレオチド残基と６９３番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１０染色体の第１９，７９０，７４３番目のヌクレオチド残基と第１９，７９０，７４４番目のヌクレオチド残基に対応する（表１）。ななつぼしにおいては、多型（５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号５、図５）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６５、図５７）。
【００２２】
多型（６）：配列番号６６の塩基配列の７３６番目のヌクレオチド残基と７３７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号６の塩基配列の７３７〜１１６６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６１の塩基配列は日本晴の第４染色体の１３，７９９，５２８番目から１４，８００，９２３番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号６は同じ部分に相当するはえぬきの配列である。多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６６の７３６番目と７３７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、、配列番号６の７３７〜１１６６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図６の下線部）。多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６６の塩基配列の７３６番目のヌクレオチド残基と７３７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第４染色体の第１３，８００，２６３番目のヌクレオチド残基と第１３，８００，２６４番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。はえぬきにおいては、多型（６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号６、図６）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６６、図５８）。多型（６）においては、こしいぶきおよびゆきん子舞でも、はえぬきと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２３】
多型（７）：配列番号６７の塩基配列の７１２番目のヌクレオチド残基と７１３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号７の塩基配列の７１３〜１１４２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６７の塩基配列は日本晴の第１染色体の２８，３９３，７２８番目から２８，３９５，１９０番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号７は同じ部分に相当するきらら３９７の配列である。多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６７の７１２番目のヌクレオチド残基と７１３番目のヌクレオチド残基の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号７の７１３〜１１４２番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図７の下線部）。多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６７の塩基配列の７１２番目のヌクレオチド残基と７１３番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１染色体の第２８，３９４，４３９番目のヌクレオチド残基と第２８，３９４，４４０番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。きらら３９７においては、多型（７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号７、図７）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６７、図５９）。多型（７）においては、ふっくりんこおよびほしのゆめでも、きらら３９７と同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２４】
多型（８）：配列番号６８の塩基配列の６８５番目のヌクレオチド残基と６８６番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号８の塩基配列の６８６〜１１１５番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６８の塩基配列は日本晴の第５染色体の６，１４６，９３７番目から６，１４８，４３１番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号８は同じ部分に相当するきらら３９７の配列である。多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６８の６８５番目と６８６番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号８の６８６〜１１１５番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図８の下線部）。多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６８の塩基配列の６８５番目のヌクレオチド残基と６８６番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第５染色体の第６，１４７，６２１番目のヌクレオチド残基と第６，１４７，６２２番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。きらら３９７においては、多型（８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号８、図８）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６８、図６０）。多型（８）においては、ゆめぴりかおよびおぼろづきでも、きらら３９７と同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２５】
多型（９）：配列番号６９の塩基配列の７３８番目のヌクレオチド残基と７３９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号９の塩基配列の７３９〜１１６８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号６９の塩基配列は日本晴の第１１染色体の２０，１１５，２９８番目から２０，１１６，７５０番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号９は同じ部分に相当するまっしぐらの配列である。多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号６９の７３８番目と７３９番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号９の７３９〜１１６８番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図９の下線部）。多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号６９の塩基配列の７３８番目のヌクレオチド残基と７３９番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１１染色体の第２０，１１６，０３５番目のヌクレオチド残基と第２０，１１６，０３６番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。まっしぐらにおいては、多型（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号９、図９）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号６９、図６１）。多型（９）においては、たつこもちおよびきぬのはだでも、まっしぐらと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２６】
多型（１０）：配列番号７０の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１０の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７０の塩基配列は日本晴の第１染色体の４２，６４１，６３２番目から４２，６４２，９３９番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１０は同じ部分に相当するこしいぶきの配列である。多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７０の７３３番目と７３４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１０の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１０の下線部）。多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７０の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１染色体の第４２，６４２，３６４番目のヌクレオチド残基と第４２，６４２，３６５番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。こしいぶきにおいては、多型（１０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１０、図１０）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７０、図６２）。多型（１０）においては、ゆきん子舞でも、こしいぶきと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２７】
多型（１１）：配列番号７１の塩基配列の７１３番目のヌクレオチド残基と７１４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１１の塩基配列の７１４〜１１４３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７１の塩基配列は日本晴の第１染色体の４３，０６２，２１２番目から４３，０６３，６９９番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１１は同じ部分に相当するこしいぶきの配列である。多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７１の７１３番目と７１４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１１の７１４〜１１４３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１１の下線部）。多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７１の塩基配列の７１３番目のヌクレオチド残基と７１４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１染色体の第４３，０６２，９２４番目のヌクレオチド残基と第４３，０６２，９２５番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。こしいぶきにおいては、多型（１１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１１、図１１）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７１、図６３）。多型（１１）においては、ゆきん子舞でも、こしいぶきと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２８】
多型（１２）：配列番号７２の塩基配列の７６８番目のヌクレオチド残基と７６９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１２の塩基配列の７６９〜１１９８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７２の塩基配列は日本晴の第２染色体の１６３３６６２３番目から１６３３８２４２番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１２は同じ部分に相当するつがるロマンの配列である。多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７２の７６８番目と７６９番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１２の７６９〜１１９８番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１２の下線部）。多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７２の塩基配列の７６８番目のヌクレオチド残基と７６９番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第２染色体の第１６，３３７，３９０番目のヌクレオチド残基と第１６，３３７，３９１番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。つがるロマンにおいては、多型（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１２、図１２）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７２、図６４）。多型（１２）においては、キヌヒカリ、きぬむすめ、にこまる、なすひかりおよびあきさかりでも、つがるロマンと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００２９】
多型（１３）：配列番号７３の塩基配列の７３２番目のヌクレオチド残基と７３３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１３の塩基配列の７３３〜１１６２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７３の塩基配列は日本晴の第３染色体の２３８８４８２３番目から２３８８６１９６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１３は同じ部分に相当するキヌヒカリの配列である。多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７３の７３２番目と７３３番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１３の７３３〜１１６２番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１３の下線部）。多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７３の塩基配列の７３２番目のヌクレオチド残基と７３３番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第２３，８８５，５５４番目のヌクレオチド残基と第２３，８８５，５５５番目のヌクレオチド残基に対応する（表１）。キヌヒカリにおいては、多型（１３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１３、図１３）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７３、図６５）。
【００３０】
多型（１４）：配列番号７４の塩基配列の５３１番目のヌクレオチド残基と５３２番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１４の塩基配列の５３２〜９６１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７４の塩基配列は日本晴の第３染色体の３２８５７２９２番目から３２８５８５７４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１４は同じ部分に相当するあさひの夢の配列である。多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７４の５３１番目と５３２番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１４の５３２〜９６１番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１４の下線部）。多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７４の塩基配列の５３１番目のヌクレオチド残基と５３２番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第３２，８５７，８２２番目のヌクレオチド残基と第３２，８５７，８２３番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。あさひの夢においては、多型（１４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１４、図１４）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７４、図６６）。
【００３１】
多型（１５）：配列番号７５の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１５の塩基配列の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７５の塩基配列は日本晴の第７染色体の２２，６６３，９４４番目から２２，６６５，３６４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１５は同じ部分に相当するゆめぴりかの配列である。多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７５の７２２番目と７２３番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１５の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１５の下線部）。多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７５の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第７染色体の第２２，６６４，６６５番目のヌクレオチド残基と第２２，６６４，６６６番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ゆめぴりかにおいては、多型（１５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１５、図１５）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７５、図６７）。多型（１５）においては、ふっくりんこ、ほしのゆめ、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもちでも、ゆめぴりかと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００３２】
多型（１６）：配列番号７６の塩基配列の７５３番目のヌクレオチド残基と７５４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１６の塩基配列の７５４〜１１８３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７６の塩基配列は日本晴の第９染色体の１５，４４０，８３７番目から１５，４４２，３３５番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１６は同じ部分に相当するふさこがねの配列である。多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７６の７５３番目と７５４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１６の７５４〜１１８３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１６の下線部）。多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７６の塩基配列の７５３番目のヌクレオチド残基と７５４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第９染色体の第１５，４４１，５８９番目のヌクレオチド残基と第１５，４４１，５９０番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ふさこがねにおいては、多型（１６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１６、図１６）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７６、図６８）。
【００３３】
多型（１７）：配列番号７７の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１７の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７７の塩基配列は日本晴の第３染色体の７，６９０，５７２番目から７，６９１，９５１番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１７は同じ部分に相当するつや姫の配列である。多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７７の７２７番目と７２８番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１７の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１７の下線部）。多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７７の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第７，６９１，２９８番目のヌクレオチド残基と第７，６９１，２９９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。つや姫においては、多型（１７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１７、図１７）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７７、図６９）。
【００３４】
多型（１８）：配列番号７８の塩基配列の７１６番目のヌクレオチド残基と７１７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１８の塩基配列の７１７〜１１４６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７８の塩基配列は日本晴の第２染色体の３１，１６５，０９７番目から３１，１６６，５２２番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１８は同じ部分に相当するつや姫の配列である。多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７８の７１６番目と７１７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１８の７１７〜１１４６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１８の下線部）。多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７８の塩基配列の７１６番目のヌクレオチド残基と７１７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第２染色体の第３１，１６５，８１２番目のヌクレオチド残基と第３１，１６５，８１３番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。つや姫においては、多型（１８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１８、図１８）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７８、図７０）。
【００３５】
多型（１９）：配列番号７９の塩基配列の６３２番目のヌクレオチド残基と６３３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号１９の塩基配列の６３３〜１０６２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号７９の塩基配列は日本晴の第３染色体の１５，６０２，８４７番目から１５，６０４，２８９番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号１９は同じ部分に相当するハナエチゼンの配列である。多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号７９の６３２番目と６３３番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号１９の６３３〜１０６２番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図１９の下線部）。多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号７９の塩基配列の６３２番目のヌクレオチド残基と６３３番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第１５，６０３，４７８番目のヌクレオチド残基と第１５，６０３，４７９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ハナエチゼンにおいては、多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１９、図１９）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号７９、図７１）。
【００３６】
多型（２０）：配列番号８０の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２０の塩基配列の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８０の塩基配列は日本晴の第３染色体の４，４９１，４１３番目から４，４９２，８５０番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２０は同じ部分に相当する夢つくしの配列である。多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８０の７３０番目と７３１番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２０の７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２０の下線部）。多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８０の塩基配列の７３０番目のヌクレオチド残基と７３１番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第４，４９２，１４２番目のヌクレオチド残基と第４，４９２，１４３番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。夢つくしにおいては、多型（２０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２０、図２０）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８０、図７２）。多型（２０）においては、キヌヒカリおよびなすひかりでも、夢つくしと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００３７】
多型（２１）：配列番号８１の塩基配列の６８６番目のヌクレオチド残基と６８７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２１の塩基配列の６８７〜１１１６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８１の塩基配列は日本晴の第６染色体の２，３５２，９３５番目から２，３５４，４２９番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２１は同じ部分に相当するふさおとめの配列である。多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８１の６８６番目と６８７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２１の６８７〜１１１６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２１の下線部）。多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８１の塩基配列の６８６番目のヌクレオチド残基と６８７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第６染色体の第２，３５３，６２０番目のヌクレオチド残基と第２，３５３，６２１番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ふさおとめにおいては、多型（２１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２１、図２１）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８１、図７３）。多型（２１）においては、ハナエチゼンおよびハツシモでも、ふさおとめと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００３８】
多型（２２）：配列番号８２の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２２の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８２の塩基配列は日本晴の第１染色体の３８，５７１，４５９番目から３８，５７２，９４２番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２２は同じ部分に相当するふっくりんこの配列である。多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８２の７２７番目と７２８番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２２の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２２の下線部）。多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８２の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１染色体の第３８，５７２，１８５番目のヌクレオチド残基と第３８，５７２，１８６番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ふっくりんこにおいては、多型（２２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２２、図２２）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８２、図７４）。
【００３９】
多型（２３）：配列番号８３の塩基配列の８０３番目のヌクレオチド残基と８０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２３の塩基配列の８０４〜１２３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８３の塩基配列は日本晴の第９染色体の３，２１１，６８６番目から３，２１３，１９２番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２３は同じ部分に相当するふっくりんこの配列である。多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８３の８０３番目と８０４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２３の８０４〜１２３３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２３の下線部）。多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８３の塩基配列の８０３番目のヌクレオチド残基と８０４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第９染色体の第３，２１２，４８８番目のヌクレオチド残基と第３，２１２，４８９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ふっくりんこにおいては、多型（２３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２３、図２３）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８３、図７５）。
【００４０】
多型（２４）：配列番号８４の塩基配列の６９４番目のヌクレオチド残基と６９５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２４の塩基配列の６９５〜１１２４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８４の塩基配列は日本晴の第４染色体の２２２６４８９番目から２２２７８５６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２４は同じ部分に相当するほしのゆめの配列である。多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８４の６９４番目と６９５番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２４の６９５〜１１２４番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２４の下線部）。多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８４の塩基配列の６９４番目のヌクレオチド残基と６９５番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第４染色体の第２，２２７，１８２番目のヌクレオチド残基と第２，２２７，１８３番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ほしのゆめにおいては、多型（２４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２４、図２４）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８４、図７６）。多型（２４）においては、ななつぼし、きらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづきでも、ほしのゆめと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００４１】
多型（２５）：配列番号８５の塩基配列の７２８番目のヌクレオチド残基と７２９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２５の塩基配列の７２９〜１１５８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８５の塩基配列は日本晴の第５染色体の１７０５２８番目から１７２０６７番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２５は同じ部分に相当するめんこいなの配列である。多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８５の７２８番目と７２９番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２５の７２９〜１１５８番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２５の下線部）。多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８５の塩基配列の７２８番目のヌクレオチド残基と７２９番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第５染色体の第１７１，２５５番目のヌクレオチド残基と第１７１，２５６番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。めんこいなにおいては、多型（２５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２５、図２５）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８５、図７７）。多型（２５）においては、まっしぐら、ササニシキ、たつこもちおよびきぬのはだでも、めんこいなと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００４２】
多型（２６）：配列番号８６の塩基配列の６５６番目のヌクレオチド残基と６５７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２６の塩基配列の６５７〜１０８６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８６の塩基配列は日本晴の第１２染色体の１９，３７６，７８６番目から１９，３７８，１１４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２６は同じ部分に相当するきぬむすめの配列である。多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８６の６５６番目と６５７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２６の６５７〜１０８６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２６の下線部）。多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８６の塩基配列の６５６番目のヌクレオチド残基と６５７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１２染色体の第１９，３７７，４４１番目のヌクレオチド残基と１９，３７７，４４２番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。きぬむすめにおいては、多型（２６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２６、図１６）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８６、図７８）。
【００４３】
多型（２７）：配列番号８７の塩基配列の７０３番目のヌクレオチド残基と７０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２７の塩基配列の７０４〜１１３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８７の塩基配列は日本晴の第９染色体の１７，０９０，７７７番目から１７，０９２，２３１番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２７は同じ部分に相当するあいちのかおりの配列である。多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８７の７０３番目と７０４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２７の７０４〜１１３３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２７の下線部）。多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８７の塩基配列の７０３番目のヌクレオチド残基と７０４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第９染色体の第１７，０９１，４７９番目のヌクレオチド残基と第１７，０９１，４８０番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。あいちのかおりにおいては、多型（２７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２７、図２７）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８７、図７９）。
【００４４】
多型（２８）：配列番号８８の塩基配列の７０４番目のヌクレオチド残基と７０５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２８の塩基配列の７０５〜１１３４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８８の塩基配列は日本晴の第２染色体の２５，４４６，９４５番目から２５，４４８，３５１番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２８は同じ部分に相当するおぼろづきの配列である。多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８８の７０４番目と７０５番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２８の７０５〜１１３４番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２８の下線部）。多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８８の塩基配列の７０４番目のヌクレオチド残基と７０５番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第２染色体の第２５，４４７，６４８番目のヌクレオチド残基と第２５，４４７，６４９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。おぼろづきにおいては、多型（２８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２８、図２８）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８８、図８０）。
【００４５】
多型（２９）：配列番号８９の塩基配列の６９６番目のヌクレオチド残基と６９７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号２９の塩基配列の６９７〜１１２６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号８９の塩基配列は日本晴の第８染色体の１，１３６，７７３番目から１，１３８，１０６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号２９は同じ部分に相当するおぼろづきの配列である。多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号８９の６９６番目と６９７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号２９の６９７〜１１２６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図２９の下線部）。多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号８９の塩基配列の６９６番目のヌクレオチド残基と６９７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第８染色体の第１，１３７，４６８番目のヌクレオチド残基と１，１３７，４６９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。おぼろづきにおいては、多型（２９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号２９、図２９）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号８９、図８１）。
【００４６】
多型（３０）：配列番号９０の塩基配列の８００番目のヌクレオチド残基と８０１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３０の塩基配列の８０１〜１２３０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９０の塩基配列は日本晴の第５染色体の８４７９４８番目から８４９４２６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３０は同じ部分に相当するゆめみづほの配列である。多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９０の８００番目と８０１番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３０の８０１〜１２３０番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３０の下線部）。多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９０の塩基配列の８００番目のヌクレオチド残基と８０１番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第５染色体の第８４８，７４７番目のヌクレオチド残基と第８４８，７４８番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ゆめみづほにおいては、多型（３０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３０、図３０）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９０、図８２）。
【００４７】
多型（３１）：配列番号９１の塩基配列の７４７番目のヌクレオチド残基と７４８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３１の塩基配列の７４８〜１１７７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９１の塩基配列は日本晴の第１１染色体の１８，７７９，６２１番目から１８，７８０，９４３番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３１は同じ部分に相当するササニシキの配列である。多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９１の７４７番目と７４８番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３１の７４８〜１１７７番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３１の下線部）。多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９１の塩基配列の７４７番目のヌクレオチド残基と７４８番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１１染色体の第１８，７８０，３６７番目のヌクレオチド残基と第１８，７８０，３６８番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ササニシキにおいては、多型（３１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３１、図３１）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９１、図８３）。
【００４８】
多型（３２）：配列番号９２の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３２の塩基配列の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９２の塩基配列は日本晴の第８染色体の２７６，２３８番目から２７７，６７６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３２は同じ部分に相当するミルキークイーンの配列である。多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９２の７２２番目と７２３番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３２の７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３２の下線部）。多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９２の塩基配列の７２２番目のヌクレオチド残基と７２３番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第８染色体の第２７６，９５９番目のヌクレオチド残基と第２７６，９６０番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ミルキークイーンにおいては、多型（３２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３２、図３２）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９２、図８４）。
【００４９】
多型（３３）：配列番号９３の塩基配列の６５０番目のヌクレオチド残基と６５１番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３３の塩基配列の６５１〜１０８０番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９３の塩基配列は日本晴の第３染色体の３０，１２３，７８７番目から３０，１２５，１０１番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３３は同じ部分に相当するヒヨクモチの配列である。多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９３の６５０番目と６５１番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３３の６５１〜１０８０番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３３の下線部）。多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９３の塩基配列の６５０番目のヌクレオチド残基と６５１番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第３０，１２４，４３６番目のヌクレオチド残基と第３０，１２４，４３７番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ヒヨクモチにおいては、多型（３３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３３、図３３）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９３、図８５）。
【００５０】
多型（３４）：配列番号９４の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３４の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９４の塩基配列は日本晴の第２染色体の３０，５７２，３５５番目から３０，５７３，８００番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３４は同じ部分に相当するヒヨクモチの配列である。多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９４の７３３番目と７３４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３４の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３４の下線部）。多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９４の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第２染色体の第３０，５７３，０８７番目のヌクレオチド残基と第３０，５７３，０８８番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。ヒヨクモチにおいては、多型（３４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３４、図３４）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９４、図８６）。
【００５１】
多型（３５）：配列番号９５の塩基配列の５７８番目のヌクレオチド残基と５７９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３５の塩基配列の５７９〜１００８番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９５の塩基配列は日本晴の第８染色体の２７，４５９，７７９番目から２７，４６１，０３２番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３５は同じ部分に相当するヒメノモチの配列である。多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９５の５７８番目と５７９番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３５の５７９〜１００８番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３５の下線部）。多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９５の塩基配列の５７８番目のヌクレオチド残基と５７９番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第８染色体の第２７，４６０，３５６番目のヌクレオチド残基と第２７，４６０，３５７番目のヌクレオチド残基の間に対応する（図３５、表１）。ヒメノモチにおいては、多型（３５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３５、図３５）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９５、図８７）。多型（３５）においては、にこまる、まなむすめ、チヨニシキおよびわたぼうしでも、ヒメノモチと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００５２】
多型（３６）：配列番号９６の塩基配列の８７９番目のヌクレオチド残基と８８０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３６の塩基配列の８８０〜１３０９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９６の塩基配列は日本晴の第６染色体の２０，７０８，３０１番目から２０，７０９，７９２番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３６は同じ部分に相当するこがねもちの配列である。多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９６の８７９番目と８８０番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３６の８８０〜１３０９番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３６の下線部）。多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９６の塩基配列の８７９番目のヌクレオチド残基と８８０番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第６染色体の第２０，７０９，１７９番目のヌクレオチド残基と第２０，７０９，１８０番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。こがねもちにおいては、多型（３６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３６、図３６）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９６、図８８）。
【００５３】
多型（３７）：配列番号９７の塩基配列の７１８番目のヌクレオチド残基と７１９番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３７の塩基配列の７３２〜１１６１番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９７の塩基配列は日本晴の第８染色体の３，５４３，０６３番目から３，５４４，４３９番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３７は同じ部分に相当するこがねもちの配列である。多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９７の７１８番目と７１９番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３７の７３２〜１１６１番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３７の下線部）。多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９７の塩基配列の７１８番目のヌクレオチド残基と７１９番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第８染色体の第３，５４３，７８０番目のヌクレオチド残基と第３，５４３，７８１番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。こがねもちにおいては、多型（３７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３７、図３７）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９７、図８９）。
【００５４】
多型（３８）：配列番号９８の塩基配列の７５６番目のヌクレオチド残基と７５７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３８の塩基配列の７５７〜１１８６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９８の塩基配列は日本晴の第３染色体の３１，５８０，６５５番目から３１，５８１，９９４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３８は同じ部分に相当する風の子もちの配列である。多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９８の７５６番目と７５７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３８の７５７〜１１８６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図３８の下線部）。多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９８の塩基配列の７５６番目のヌクレオチド残基と７５７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第３１，５８１，４１０番目のヌクレオチド残基と第３１，５８１，４１１番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。風の子もちにおいては、多型（３８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３８、図３８）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９８、図９０）。多型（３８）においては、きぬむすめおよびにこまるでも、風の子もちと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている。
【００５５】
多型（３９）：配列番号９９の塩基配列の６８９番目のヌクレオチド残基と６９０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号３９の塩基配列の６９０〜１１１９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号９９の塩基配列は日本晴の第６染色体の２４，９０６，２６９番目から２４，９０７，６４４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号３９は同じ部分に相当するわたぼうしの配列である。多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号９９の６８９番目と６９０番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号３９の６９０〜１１１９番目のヌクレオチド残基の部分である（図３９の下線部）。多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号９９の塩基配列の６８９番目のヌクレオチド残基と６９０番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第６染色体の第２４，９０６，９５７番目のヌクレオチド残基と２４，９０６，９５８番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。わたぼうしにおいては、多型（３９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号３９、図３９）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号９９、図９１）。
【００５６】
多型（４０）：配列番号１００の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４０の塩基配列の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１００の塩基配列は日本晴の第１１染色体の４，５２６，７５６番目から４，５２８，２９４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４０は同じ部分に相当するわたぼうしの配列である。多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１００の７３３番目と７３４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４０の７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４０の下線部）。多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１００の塩基配列の７３３番目のヌクレオチド残基と７３４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１１染色体の第４，５２７，４８８番目のヌクレオチド残基と第４，５２７，４８９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（図４０、表１）。わたぼうしにおいては、多型（４０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４０、図４０）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１００、図９２）。
【００５７】
多型（４１）：配列番号１０１の塩基配列の７２９番目のヌクレオチド残基と７３０番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４１の塩基配列の７３０〜１１５９番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０１の塩基配列は日本晴の第２染色体の１５，３９４，５０２番目から１５，３９５，９２１番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４１は同じ部分に相当するはくちょうもちの配列である。多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０１の７２９番目と７３０番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４１の７３０〜１１５９番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４１の下線部）。多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０１の塩基配列の７２９番目のヌクレオチド残基と７３０番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第２染色体の第１５，３９５，２３０番目のヌクレオチド残基と第１５，３９５，２３１番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。はくちょうもちにおいては、多型（４１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４１、図４１）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０１、図９３）。
【００５８】
多型（４２）：配列番号１０２の塩基配列の７０５番目のヌクレオチド残基と７０６番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４２の塩基配列の７０６〜１１３５番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０２の塩基配列は日本晴の第３染色体の２８，３９６，５５６番目から２８，３９７，９９６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４２は同じ部分に相当するはくちょうもちの配列である。多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０２の７０５番目と７０６番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４２の７０６〜１１３５番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４２の下線部）。多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０２の塩基配列の７０５番目のヌクレオチド残基と７０６番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第２８，３９７，２６０番目のヌクレオチド残基と第２８，３９７，２６１番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。はくちょうもちにおいては、多型（４２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４２、図４２）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０２、図９４）。
【００５９】
多型（４３）：配列番号１０３の塩基配列の６０３番目のヌクレオチド残基と６０４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４３の塩基配列の６０４〜１０３３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０３の塩基配列は日本晴の第５染色体の５，５９４，１３６番目から５，５９５，４８６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４３は同じ部分に相当するたつこもちの配列である。多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０３の６０３番目と６０４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４３の６０４〜１０３３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４３の下線部）。多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０３の塩基配列の６０３番目のヌクレオチド残基と６０４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第５染色体の第５，５９４，７３８番目のヌクレオチド残基と第５，５９４，７３９番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。たつこもちにおいては、多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４３、図４３）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない。多型（４３）においては、きぬのはだでも、たつこもちと同様の部位にｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号１０３、図９５）。
【００６０】
多型（４４）：配列番号１０４の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４４の塩基配列の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０４の塩基配列は日本晴の第１０染色体の１７，０３４，５６７番目から１７，０３６，１０９番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４４は同じ部分に相当するきたゆきもちの配列である。多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０４の７２７番目と７２８番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４４の７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４４の下線部）。多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０４の塩基配列の７２７番目のヌクレオチド残基と７２８番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第１０染色体の第１７，０３５，２９３番目のヌクレオチド残基と第１７，０３５，２９４番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。きたゆきもちにおいては、多型（４４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４４、図４４）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０４、図９６）。
【００６１】
多型（４５）：配列番号１０５の塩基配列の７３４番目のヌクレオチド残基と７３５番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４５の塩基配列の７３５〜１１６４番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０５の塩基配列は日本晴の第５染色体の２６，３６８，４６３番目から２６，３６９，９１６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４５は同じ部分に相当するきぬのはだの配列である。多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０５の７３４番目と７３５番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４５の７３５〜１１６４番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４５の下線部）。多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０５の塩基配列の７３４番目のヌクレオチド残基と７３５番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第５染色体の第２６，３６９，１９６番目のヌクレオチド残基と第２６，３６９，１９７番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。きぬのはだにおいては、多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４５、図４５）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０５、図９７）。
【００６２】
多型（４６）：配列番号１０６の塩基配列の６５３番目のヌクレオチド残基と６５４番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４６の塩基配列の６５４〜１０８３番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０６の塩基配列は日本晴の第４染色体の１９，８１７，４９９番目から１９，８１８，８１４番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４６は同じ部分に相当する山田錦の配列である。多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０６の６５３番目と６５４番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４６の６５４〜１０８３番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４６の下線部）。多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０６の塩基配列の６５３番目のヌクレオチド残基と６５４番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第４染色体の第１９，８１８，１５１番目のヌクレオチド残基と第１９，８１８，１５２番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。山田錦においては、多型（４６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４６、図４６）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０６、図９８）。
【００６３】
多型（４７）：配列番号１０７の塩基配列の７２６番目のヌクレオチド残基と７２７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４７の塩基配列の７２７〜１１５６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０７の塩基配列は日本晴の第８染色体の１５，１７７，１００番目から１５，１７８，５３６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４７は同じ部分に相当する山田錦の配列である。多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０７の７２６番目と７２７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４７の７２７〜１１５６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４７の下線部）。多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０７の塩基配列の７２６番目のヌクレオチド残基と７２７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第８染色体の第１５，１７７，８２５番目のヌクレオチド残基と第１５，１７７，８２６番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。山田錦においては、多型（４７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４７、図４７）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０７、図９９）。
【００６４】
多型（４８）：配列番号１０８の塩基配列の６２６番目のヌクレオチド残基と６２７番目のヌクレオチド残基の間におけるｍＰｉｎｇの有無、すなわち、配列番号４８の塩基配列の６２７〜１０５６番目のヌクレオチド残基であるｍＰｉｎｇの有無
配列番号１０８の塩基配列は日本晴の第３染色体の１，２４５，５６６番目から１，２４６，８２６番目のヌクレオチド残基の塩基配列であり、配列番号４８は同じ部分に相当する五百万石の配列である。多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位は、配列番号１０８の６２６番目と６２７番目の間であり、ｍＰｉｎｇが挿入されている場合、配列番号４８の６２７〜１０５６番目のヌクレオチド残基の部分がｍＰｉｎｇ挿入部位に相当する（図４８の下線部）。多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入部位（配列番号１０８の塩基配列の６２６番目のヌクレオチド残基と６２７番目のヌクレオチド残基の間）は、日本晴における第３染色体の第１，２４６，１９１番目のヌクレオチド残基と第１，２４６，１９２番目のヌクレオチド残基の間に対応する（表１）。五百万石においては、多型（４８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている（配列番号４８、図４８）のに対し、日本晴ではｍＰｉｎｇが挿入されていない（配列番号１０８、図１００）。
【００６５】
多型（１）〜（４８）におけるｍＰｉｎｇ挿入部位の、日本晴ゲノム（（ＩＲＧＳＰ−１．０）から入手）上の挿入位置は、以下の表１のとおりである。
【００６６】
【表１】
2015139425.tif 000003
【００６７】
なお、表１における「挿入位置」は、ＴＡＡ又はＴＴＡの最後の「Ｔ」と、その１つ後ろの塩基との間である。
【００６８】
配列番号１〜４８の各塩基配列のイネゲノムにおける対応位置を確認する方法としては、公開されているゲノムデータベース等と照会する方法、各多型の塩基配列を基にゲノム配列と相同検索を行う方法等が例示される。配列番号１〜４８の各塩基配列は、イネの品種間に特有なバリエーションを含む場合がある。例えば、日本晴との間におけるバリエーションは、図１〜４８のうちの一部の図に網掛けで示したとおりである。これらの図に示す多型に限らず、多型（１）〜（４８）の全てで起こりうる。これらの塩基配列は、数個（例えば、５０個以内、４０個以内、３０個以内、２０個以内、１０個以内であり、好ましくは５個以内であり、より好ましくは４個以内であり、更に好ましくは３個以内であり、更により好ましくは２個以内であり、とりわけ好ましくは１個）の塩基の修飾（例、置換、欠失、挿入、付加）を含む塩基配列であり得る。このような均等な塩基配列は、イネの品種の遺伝子情報を登録しているデータベースを参照することにより、あるいはイネの品種における上記標的ｍＰｉｎｇの挿入領域周辺の塩基配列を解読することにより、決定できる。
【００６９】
本発明のイネの品種特異的マーカーは、イネの品種の識別に利用することができる。品種の識別の例を挙げると、以下のとおりである；サンプルに含まれるイネの品種を特定すること；サンプルに含まれていないイネの品種を特定すること；サンプルに含まれている品種が１種か、あるいは２種以上であるかを確認すること；サンプルに含まれるイネの品種が、特定の品種群のうちのいずれかであるか否かを確認すること；特定の品種が含まれるとされるサンプルにおいて、実際にその品種が含まれているか否か（例えば商品表示の真贋）を確認すること；特定の品種が含まれるとされるサンプルにおいて、他の品種が含まれているか否かを確認すること。
本発明において、イネの品種特異的マーカーは、多型（１）〜（４８）からなる群より選ばれる１種以上を用いればよく、目的に応じて１つ以上を選択して利用すればよい。１種を利用するだけでは単一の品種を特定できない場合もあるが、サンプルに含まれる品種をある程度予測できる場合には、その多型のみを利用すればよい。
【００７０】
本発明において識別が可能なイネ品種の例は、以下のとおりである：コシヒカリ、ひとめぼれ、あきたこまち、ヒノヒカリ、ななつぼし、はえぬき、きらら３９７、まっしぐら、こしいぶき、つがるロマン、キヌヒカリ、あさひの夢、ゆめぴりか、ふさこがね、つや姫、ハナエチゼン、夢つくし、ふさおとめ、ふっくりんこ、ほしのゆめ、めんこいな、きぬむすめ、あいちのかおり、おぼろづき、ゆめみづほ、ササニシキ、アケボノ、ミルキークイーン、ゆめおばこ、ハツシモ、てんたかく、日本晴、彩のかがやき、にこまる、夢しずく、ゆきん子舞、さがびより、なすひかり、まなむすめ、秋の詩、元気つくし、森のくまさん、チヨニシキ、あきさかり、朝日、ヒヨクモチ、ヒメノモチ、こがねもち、風の子もち、わたぼうし、はくちょうもち、たつこもち、きたゆきもち、きぬのはだ、山田錦、五百万石。上記のイネ品種のほかにも、これらのいずれかと親子等近縁関係にある品種など、その品種と同様の多型を示す品種があれば、その品種も本発明において識別が可能である。
【００７１】
上記のイネ品種における本発明のイネの品種特異的マーカーにおける多型を、表２〜５に示す。
【００７２】
【表２】
2015139425.tif 000004
【００７３】
【表３】
2015139425.tif 000005
【００７４】
【表４】
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【００７５】
【表５】
2015139425.tif 000007
【００７６】
本発明においては、被検イネのゲノムにおける上記マーカーにおける挿入部位を確認することにより、表２〜５に示される各イネ品種における多型のデータに基づいてイネ品種を識別することができる。本発明においては、上記多型（１）〜（４８）の全てについて挿入部位を確認する必要はない。例えば、多型（４）のｍＰｉｎｇの挿入部位にｍＰｉｎｇが挿入されている場合には、ななつぼしであると判定される。
【００７７】
本発明においては、イネの品種特異的マーカーにおけるｍＰｉｎｇの挿入を必ずしも決定する必要はなく、被検イネのゲノムにおける多型（１）〜（４８）の塩基配列が、日本晴における対応部位の塩基配列と同一であるか否かを調べることにより、イネ品種の識別を行うことができる。
【００７８】
イネの上述した各品種を識別可能な品種特異的マーカーの組み合わせの一例を、以下の表６および７に示す。必ずしも表６および７に挙げたマーカーの組み合わせに限定されず、各品種のイネゲノムの多型（１）〜（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無の情報から、品種識別に用い得るマーカーの組み合わせを適宜選択することが可能である。
【００７９】
【表６】
2015139425.tif 000008
【００８０】
【表７】
2015139425.tif 000009
【００８１】
本発明において、品種識別用マーカーを利用してイネの品種を識別する際には、サンプルに含まれるイネのゲノムにおける、多型（１）〜（４８）のいずれかにおけるｍＰｉｎｇの有無を決定すればよい。また、明確にｍＰｉｎｇの有無を決定せずとも、試料中に含まれるイネのゲノムと日本晴のゲノムの各対応領域とを比較して、両者が同様であればｍＰｉｎｇが挿入されていないと判定でき、また、両者が異なれば挿入されていると判定してもよい。
【００８２】
本発明においては、例えば、本発明の品種識別用マーカー、すなわち、多型（１）〜（４８）におけるｍＰｉｎｇの有無を検出し得るプローブをハイブリダイズさせる方法、または２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応を利用することができ、このうち後者が好ましい。
【００８３】
プローブは、多型（１）〜（４８）のいずれかのｍＰｉｎｇ挿入部位の近傍の塩基配列と相補的なオリゴヌクレオチドであり、必要に応じて蛍光物質等で修飾されていてもよい。
【００８４】
増幅反応としては、２以上のプライマーを用いたＤＮＡの増幅による検査が可能である限り特に限定されないが、例えば、等温条件下での増幅反応、非等温条件下での増幅反応が挙げられる。等温条件下での増幅反応としては、例えば、ＬＡＭＰ（Ｌｏｏｐ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ａｎｄ  Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  Ｐｒｉｍｅｒ−ｉｎｉｔｉａｔｅｄ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ）法、ＨＤＡ（Ｈｅｌｉｃａｓｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＲＰＡ（Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法が挙げられる。非等温条件下での増幅反応としては、例えば、ＰＣＲ法が挙げられる。本発明では、増幅反応としては、ＬＡＭＰ法およびＰＣＲ法が好ましい。
【００８５】
本発明の方法では、増幅反応に供されるサンプルは、イネ（Ｏｒｙｚａ  Ｓａｔｉｖａ）由来のゲノムＤＮＡを含む、または含む可能性があるサンプルである。イネは、植物体、その一部またはそれらの加工品であればよい。植物体の一部としては、コメ（種子）、葉、茎、花、根などが例示され、これらのうちコメが好ましい。コメは、玄米または精米のいずれであってもよい。コメはまた、ジャポニカ米、ジャバニカ米およびインディカ米のいずれであってもよく、粳米、もち米または酒米のいずれであってもよい。コメの加工品としては、例えば、炊飯米、加工米飯、みそ、米菓、米穀粉、米酢、もち、ビーフン、玄米茶、米粉パン、米粉麺、日本酒、ビールが挙げられる。
【００８６】
本発明の方法で用いられるプライマーセットとしては、上記したイネの品種識別マーカー、すなわち、多型（１）〜（４８）からなる群より選ばれる多型におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを挙げることができる。
【００８７】
各プライマーセットに含まれるプライマーの個数は、採用される増幅反応により変動するが、例えば、２〜６個である。
【００８８】
プライマーを構成するヌクレオチド残基（標的部位にアニーリングする相補部分のヌクレオチド残基）の数は、プライマーが標的部位にアニーリングして、目的産物を特異的に増幅できる限り特に限定されず、例えば、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、または２０個以上であってもよい。また、プライマーを構成するヌクレオチド残基の数は、例えば、５０個以下、４０個以下、または３０個以下であってもよい。
【００８９】
プライマーは、増幅産物の検出を容易に行うため、蛍光物質等の物質で標識されていてもよい。このような蛍光物質としては、例えば、６−ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＮＥＤ、ＰＥＴが挙げられる。勿論、プライマーは、必ずしもこのような物質で標識される必要はない。例えば、ゲル電気泳動で増幅産物のサイズの差異を確認してもよい。また、ＬＡＭＰ法による検出では、増幅反応の副産物であるピロリン酸マグネシウムの白濁を目視で確認することにより、増幅の有無を確認できる。このような場合、蛍光物質等の物質によるプライマーの標識は不要である。
【００９０】
ＬＡＭＰ法により検出する場合、ＬＡＭＰ用プライマーセットを用いればよい。ＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下ｉ）〜ｉｖ）から構成される（図４９参照）。
ｉ）ＦＩＰ（Ｆｏｒｗａｒｄ  Ｉｎｎｅｒ  Ｐｒｉｍｅｒ）：標的ＤＮＡのＦ２ｃ領域と相補的なＦ２領域を３’末端側に持ち、５’末端側に標的ＤＮＡのＦ１ｃ領域と同じ配列を持つように設計される；
ｉｉ）Ｆ３プライマー：標的ＤＮＡのＦ３ｃ領域と相補的なＦ３領域を持つように設計される；
ｉｉｉ）ＢＩＰ（Ｂａｃｋｗａｒｄ  Ｉｎｎｅｒ  Ｐｒｉｍｅｒ）：標的ＤＮＡのＢ２ｃ領域と相補的なＢ２領域を３’末端側に持ち、５’末端側に標的ＤＮＡのＢ１ｃ領域と同じ配列を持つように設計される；
ｉｖ）Ｂ３プライマー：標的ＤＮＡのＢ３ｃ領域と相補的なＢ３領域を持つように設計される。
【００９１】
好ましくは、ＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下のループプライマーをさらに含んでいてもよい（図４９参照）。
ｖ）ＬＦ（Ｌｏｏｐ  Ｐｒｉｍｅｒ  Ｆ）：Ｆ１領域とＦ２領域との間の部分に相補的な配列を持つように設計される；
ｖｉ）ＬＢ（Ｌｏｏｐ  Ｐｒｉｍｅｒ  Ｂ）：Ｂ１領域とＢ２領域との間の部分に相補的な配列を持つように設計される；
ができる。
【００９２】
以下、本発明の方法で好適に用いられる特定のプライマーセットについて詳述する。
【００９３】
＜１＞多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
【００９４】
配列番号１の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７０２〜１１３１番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１）。したがって、多型（１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【００９５】
多型（１）の第１標的ｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマーセット）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１ａ＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１ｂ＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１ｃ＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１ｄ＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１ｅ＞配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１ｆ＞配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【００９６】
多型（１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１ａ’＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１ｂ’＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１ｃ’＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１ｄ’＞配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１ｅ’＞配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１ｆ’＞配列番号１の塩基配列における７０２〜１１３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【００９７】
＜１ａ＞〜＜１ｆ＞および＜１ａ’＞〜＜１ｆ’＞において、「配列番号１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列」は「配列番号６１の塩基配列における１〜７０１番目の塩基配列」に、「配列番号１の塩基配列における１１３２〜１８９０番目の塩基配列」は「配列番号６１の塩基配列における７０２〜１４５７番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【００９８】
なお、上記＜１ａ’＞〜＜１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【００９９】
上記＜１ａ’＞〜＜１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１ａ’＞〜＜１ｂ’＞のいずれかと、＜１ｃ’＞〜＜１ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１００】
多型（１）におけるｍＰｉｎｇを検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットの第１の好ましい例は、配列番号５１の塩基配列からなるプライマー、配列番号５２の塩基配列からなるプライマー、配列番号５３の塩基配列からなるプライマー、および配列番号５４の塩基配列からなるプライマーを含む。
【０１０１】
第１の好ましい例においては、第１標的ｍＰｉｎｇに対するＬＡＭＰ用プライマーセットはさらに、ループプライマーに対応する、配列番号５５の塩基配列からなるプライマー、および配列番号５６の塩基配列を更に含むことがより好ましい。したがって、本発明では、実施例に記載した３５Ｐプライマーセットが好適に用いられる。
【０１０２】
多型（１）におけるｍＰｉｎｇを検出するＬＡＭＰ用プライマーセットの第２の好ましい例は、配列番号５１の塩基配列からなるプライマー、配列番号５７の塩基配列からなるプライマー、配列番号５３の塩基配列からなるプライマー、および配列番号５８の塩基配列からなるプライマーを含む。
【０１０３】
第１の好ましい例においては、第１標的ｍＰｉｎｇに対するＬＡＭＰ用プライマーセットはさらに、ループプライマーに対応する、配列番号５９の塩基配列からなるプライマー、および配列番号６０の塩基配列を更に含むことがより好ましい。したがって、本発明では、実施例に記載した３５Ｎプライマーセットも好適に用いられる。
【０１０４】
＜２＞多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号２の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６７４〜１１０３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２）。したがって、多型（２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１０５】
多型（２）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２ａ＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２ｂ＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２ｃ＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２ｄ＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２ｅ＞配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２ｆ＞配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１０６】
多型（２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２ａ’＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２ｂ’＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２ｃ’＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２ｄ’＞配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２ｅ’＞配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２ｆ’＞配列番号２の塩基配列における６７４〜１１０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１０７】
＜２ａ＞〜＜２ｆ＞および＜２ａ’＞〜＜２ｆ’＞において、「配列番号２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列」は「配列番号６２の塩基配列における１〜６７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列」に、「配列番号２の塩基配列における１１０４〜１９１８番目の塩基配列」は「配列番号６２の塩基配列における６７４〜１４８５番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１０８】
なお、上記＜２ａ’＞〜＜２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１０９】
上記＜２ａ’＞〜＜２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２ａ’＞〜＜２ｂ’＞のいずれかと、＜２ｃ’＞〜＜２ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１１０】
＜３＞多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号３の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６４０〜１０６９番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３）。したがって、多型（３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１１１】
多型（３）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３ａ＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３ｂ＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３ｃ＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３ｄ＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３ｅ＞配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３ｆ＞配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１１２】
多型（３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３ａ’＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３ｂ’＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３ｃ’＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３ｄ’＞配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３ｅ’＞配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３ｆ’＞配列番号３の塩基配列における６４０〜１０６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１１３】
＜３ａ＞〜＜３ｆ＞および＜３ａ’＞〜＜３ｆ’＞において、「配列番号３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列」は「配列番号６３の塩基配列における１〜６３９番目の塩基配列」に、「配列番号３の塩基配列における１０７０〜１７５５番目の塩基配列」は「配列番号６３の塩基配列における６４０〜１３２２番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１１４】
なお、上記＜３ａ’＞〜＜３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１１５】
上記＜３ａ’＞〜＜３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３ａ’＞〜＜３ｂ’＞のいずれかと、＜３ｃ’＞〜＜３ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１１６】
＜４＞多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号４の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４）。したがって、多型（４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１１７】
多型（４）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４ａ＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４ｂ＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４ｃ＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４ｄ＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４ｅ＞配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４ｆ＞配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１１８】
多型（４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４ａ’＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４ｂ’＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４ｃ’＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４ｄ’＞配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４ｅ’＞配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４ｆ’＞配列番号４の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１１９】
＜４ａ＞〜＜４ｆ＞および＜４ａ’＞〜＜４ｆ’＞において、「配列番号４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列」は「配列番号６４の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列」に、「配列番号４の塩基配列における１１６１〜１８１０番目の塩基配列」は「配列番号６４の塩基配列における７３１〜１３７７番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１２０】
なお、上記＜４ａ’＞〜＜４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１２１】
上記＜４ａ’＞〜＜４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４ａ’＞〜＜４ｂ’＞のいずれかと、＜４ｃ’＞〜＜４ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１２２】
＜５＞多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号５の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６９３〜１１２２番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図５）。したがって、多型（５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１２３】
多型（５）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜５ａ＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜５ｂ＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜５ｃ＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜５ｄ＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜５ｅ＞配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜５ｆ＞配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１２４】
多型（５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜５ａ’＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜５ｂ’＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜５ｃ’＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜５ｄ’＞配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜５ｅ’＞配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜５ｆ’＞配列番号５の塩基配列における６９３〜１１２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１２５】
＜５ａ＞〜＜５ｆ＞および＜５ａ’＞〜＜５ｆ’＞において、「配列番号５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列」は「配列番号６５の塩基配列における１〜６９２番目の塩基配列」に、「配列番号５の塩基配列における１１２３〜１８１７番目の塩基配列」は「配列番号６５の塩基配列における６９３〜１３８４番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１２６】
なお、上記＜５ａ’＞〜＜５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１２７】
上記＜５ａ’＞〜＜５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜５ａ’＞〜＜５ｂ’＞のいずれかと、＜５ｃ’＞〜＜５ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１２８】
＜６＞多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号６の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３７〜１１６６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図６）。したがって、多型（６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１２９】
多型（６）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜６ａ＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜６ｂ＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜６ｃ＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜６ｄ＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜６ｅ＞配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜６ｆ＞配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１３０】
多型（６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜６ａ’＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜６ｂ’＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜６ｃ’＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜６ｄ’＞配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜６ｅ’＞配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜６ｆ’＞配列番号６の塩基配列における７３７〜１１６６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１３１】
＜６ａ＞〜＜６ｆ＞および＜６ａ’＞〜＜６ｆ’＞において、「配列番号６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列」は「配列番号６６の塩基配列における１〜７３６番目の塩基配列」に、「配列番号６の塩基配列における１１６７〜１８２９番目の塩基配列」は「配列番号６６の塩基配列における７３７〜１３９６番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１３２】
なお、上記＜６ａ’＞〜＜６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１３３】
上記＜６ａ’＞〜＜６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜６ａ’＞〜＜６ｂ’＞のいずれかと、＜６ｃ’＞〜＜６ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１３４】
＜７＞多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号７の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７１３〜１１４２番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図７）。したがって、多型（７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１３５】
多型（７）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜７ａ＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜７ｂ＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜７ｃ＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜７ｄ＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜７ｅ＞配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜７ｆ＞配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１３６】
多型（７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜７ａ’＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜７ｂ’＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜７ｃ’＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜７ｄ’＞配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜７ｅ’＞配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜７ｆ’＞配列番号７の塩基配列における７１３〜１１４２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１３７】
＜７ａ＞〜＜７ｆ＞および＜７ａ’＞〜＜７ｆ’＞において、「配列番号７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列」は「配列番号６７の塩基配列における１〜７１２番目の塩基配列」に、「配列番号７の塩基配列における１１４３〜１８９６番目の塩基配列」は「配列番号６７の塩基配列における７１３〜１４６３番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１３８】
なお、上記＜７ａ’＞〜＜７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１３９】
上記＜７ａ’＞〜＜７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜７ａ’＞〜＜７ｂ’＞のいずれかと、＜７ｃ’＞〜＜７ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１４０】
＜８＞多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号８の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６８６〜１１１５番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図８）。したがって、多型（８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１４１】
多型（８）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜８ａ＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜８ｂ＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜８ｃ＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜８ｄ＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜８ｅ＞配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜８ｆ＞配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１４２】
多型（８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜８ａ’＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜８ｂ’＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜８ｃ’＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜８ｄ’＞配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜８ｅ’＞配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜８ｆ’＞配列番号８の塩基配列における６８６〜１１１５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１４３】
＜８ａ＞〜＜８ｆ＞および＜８ａ’＞〜＜８ｆ’＞において、「配列番号８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列」は「配列番号６８の塩基配列における１〜６８５番目の塩基配列」に、「配列番号８の塩基配列における１１１６〜１９２８番目の塩基配列」は「配列番号６８の塩基配列における６８６〜１４９５番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１４４】
なお、上記＜８ａ’＞〜＜８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１４５】
上記＜８ａ’＞〜＜８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜８ａ’＞〜＜８ｂ’＞のいずれかと、＜８ｃ’＞〜＜８ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１４６】
＜９＞多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号９の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３９〜１１６８番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図９）。したがって、多型（９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１４７】
多型（９）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜９ａ＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜９ｂ＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜９ｃ＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜９ｄ＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜９ｅ＞配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜９ｆ＞配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１４８】
多型（９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜９ａ’＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜９ｂ’＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜９ｃ’＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜９ｄ’＞配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜９ｅ’＞配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜９ｆ’＞配列番号９の塩基配列における７３９〜１１６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１４９】
＜９ａ＞〜＜９ｆ＞および＜９ａ’＞〜＜９ｆ’＞において、「配列番号９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列」は「配列番号６９の塩基配列における１〜７３８番目の塩基配列」に、「配列番号９の塩基配列における１１６９〜１８８６番目の塩基配列」は「配列番号６９の塩基配列における７３９〜１４５３番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１５０】
なお、上記＜９ａ’＞〜＜９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１５１】
上記＜９ａ’＞〜＜９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜９ａ’＞〜＜９ｂ’＞のいずれかと、＜９ｃ’＞〜＜９ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１５２】
＜１０＞多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号１０の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１０）。したがって、多型（１０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１５３】
多型（１０）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１０ａ＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１０ｂ＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１０ｃ＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１０ｄ＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１０ｅ＞配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１０ｆ＞配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１５４】
多型（１０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１０ａ’＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１０ｂ’＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１０ｃ’＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１０ｄ’＞配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１０ｅ’＞配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１０ｆ’＞配列番号１０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１５５】
＜１０ａ＞〜＜１０ｆ＞および＜１０ａ’＞〜＜１０ｆ’＞において、「配列番号１０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列」は「配列番号７０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列」に、「配列番号１０の塩基配列における１１６４〜１７４１番目の塩基配列」は「配列番号７０の塩基配列における７３４〜１３０８番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１５６】
なお、上記＜１０ａ’＞〜＜１０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１５７】
上記＜１０ａ’＞〜＜１０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１０ａ’＞〜＜１０ｂ’＞のいずれかと、＜１０ｃ’＞〜＜１０ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１５８】
＜１１＞多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号１１の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７１４〜１１４３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１１）。したがって、多型（１１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１５９】
多型（１１）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１１ａ＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１１ｂ＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１１ｃ＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１１ｄ＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１１ｅ＞配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１１ｆ＞配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１６０】
多型（１１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１１ａ’＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１１ｂ’＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１１ｃ’＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１１ｄ’＞配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１１ｅ’＞配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１１ｆ’＞配列番号１１の塩基配列における７１４〜１１４３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１６１】
＜１１ａ＞〜＜１１ｆ＞および＜１１ａ’＞〜＜１１ｆ’＞において、「配列番号１１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列」は「配列番号７１の塩基配列における１〜７１３番目の塩基配列」に、「配列番号１１の塩基配列における１１４４〜１９２１番目の塩基配列」は「配列番号７１の塩基配列における７１４〜１４８８番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１６２】
なお、上記＜１１ａ’＞〜＜１１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１６３】
上記＜１１ａ’＞〜＜１１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１１ａ’＞〜＜１１ｂ’＞のいずれかと、＜１１ｃ’＞〜＜１１ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１６４】
＜１２＞多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号１２の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７６９〜１１９８番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１２）。したがって、多型（１２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１６５】
多型（１２）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１２ａ＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１２ｂ＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１２ｃ＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１２ｄ＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１２ｅ＞配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１２ｆ＞配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１６６】
多型（１２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１２ａ’＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１２ｂ’＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１２ｃ’＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１２ｄ’＞配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１２ｅ’＞配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１２ｆ’＞配列番号１２の塩基配列における７６９〜１１９８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１６７】
＜１２ａ＞〜＜１２ｆ＞および＜１２ａ’＞〜＜１２ｆ’＞において、「配列番号１２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列」は「配列番号７２の塩基配列における１〜７６８番目の塩基配列」に、「配列番号１２の塩基配列における１１９９〜２０５３番目の塩基配列」は「配列番号７２の塩基配列における７６９〜１６２０番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１６８】
なお、上記＜１２ａ’＞〜＜１２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１６９】
上記＜１２ａ’＞〜＜１２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１２ａ’＞〜＜１２ｂ’＞のいずれかと、＜１２ｃ’＞〜＜１２ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１７０】
＜１３＞多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号１３の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３３〜１１６２番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１３）。したがって、多型（１３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１７１】
多型（１３）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１３ａ＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１３ｂ＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１３ｃ＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１３ｄ＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１３ｅ＞配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１３ｆ＞配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１７２】
多型（１３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１３ａ’＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１３ｂ’＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１３ｃ’＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１３ｄ’＞配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１３ｅ’＞配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１３ｆ’＞配列番号１３の塩基配列における７３３〜１１６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１７３】
＜１３ａ＞〜＜１３ｆ＞および＜１３ａ’＞〜＜１３ｆ’＞において、「配列番号１３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列」は「配列番号７３の塩基配列における１〜７３２番目の塩基配列」に、「配列番号１３の塩基配列における１１６３〜１８０７番目の塩基配列」は「配列番号７３の塩基配列における７３３〜１３７４番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１７４】
なお、上記＜１３ａ’＞〜＜１３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１７５】
上記＜１３ａ’＞〜＜１３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１３ａ’＞〜＜１３ｂ’＞のいずれかと、＜１３ｃ’＞〜＜１３ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１７６】
＜１４＞多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号１４の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、５３２〜９６１番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１４）。したがって、多型（１４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１７７】
多型（１４）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１４ａ＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１４ｂ＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１４ｃ＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１４ｄ＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１４ｅ＞配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１４ｆ＞配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１７８】
多型（１４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１４ａ’＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１４ｂ’＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１４ｃ’＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１４ｄ’＞配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１４ｅ’＞配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１４ｆ’＞配列番号１４の塩基配列における５３２〜９６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１７９】
＜１４ａ＞〜＜１４ｆ＞および＜１４ａ’＞〜＜１４ｆ’＞において、「配列番号１４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列」は「配列番号７４の塩基配列における１〜５３１番目の塩基配列」に、「配列番号１４の塩基配列における９６２〜１７１６番目の塩基配列」は「配列番号７４の塩基配列における５３２〜１２８３番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１８０】
なお、上記＜１４ａ’＞〜＜１４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１８１】
上記＜１４ａ’＞〜＜１４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１４ａ’＞〜＜１４ｂ’＞のいずれかと、＜１４ｃ’＞〜＜１４ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１８２】
＜１５＞多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号１５の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１５）。したがって、多型（１５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１８３】
多型（１５）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１５ａ＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１５ｂ＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１５ｃ＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１５ｄ＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１５ｅ＞配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１５ｆ＞配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１８４】
多型（１５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１５ａ’＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１５ｂ’＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１５ｃ’＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１５ｄ’＞配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１５ｅ’＞配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１５ｆ’＞配列番号１５の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１８５】
＜１５ａ＞〜＜１５ｆ＞および＜１５ａ’＞〜＜１５ｆ’＞において、「配列番号１５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列」は「配列番号７５の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列」に、「配列番号１５の塩基配列における１１５３〜１８５４番目の塩基配列」は「配列番号７５の塩基配列における７２３〜１４２１番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１８６】
なお、上記＜１５ａ’＞〜＜１５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１８７】
上記＜１５ａ’＞〜＜１５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１５ａ’＞〜＜１５ｂ’＞のいずれかと、＜１５ｃ’＞〜＜１５ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１８８】
＜１６＞多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号１６の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７５４〜１１８３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１６）。したがって、多型（１６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１８９】
多型（１６）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１６ａ＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１６ｂ＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１６ｃ＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１６ｄ＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１６ｅ＞配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１６ｆ＞配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１９０】
多型（１６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１６ａ’＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１６ｂ’＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１６ｃ’＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１６ｄ’＞配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１６ｅ’＞配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１６ｆ’＞配列番号１６の塩基配列における７５４〜１１８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１９１】
＜１６ａ＞〜＜１６ｆ＞および＜１６ａ’＞〜＜１６ｆ’＞において、「配列番号１６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列」は「配列番号７６の塩基配列における１〜７５３番目の塩基配列」に、「配列番号１６の塩基配列における１１８４〜１９３２番目の塩基配列」は「配列番号７６の塩基配列における７５４〜１４９９番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１９２】
なお、上記＜１６ａ’＞〜＜１６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１９３】
上記＜１６ａ’＞〜＜１６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１６ａ’＞〜＜１６ｂ’＞のいずれかと、＜１６ｃ’＞〜＜１６ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０１９４】
＜１７＞多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号１７の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１７）。したがって、多型（１７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０１９５】
多型（１７）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１７ａ＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１７ｂ＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１７ｃ＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１７ｄ＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１７ｅ＞配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１７ｆ＞配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０１９６】
多型（１７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１７ａ’＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１７ｂ’＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１７ｃ’＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１７ｄ’＞配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１７ｅ’＞配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１７ｆ’＞配列番号１７の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０１９７】
＜１７ａ＞〜＜１７ｆ＞および＜１７ａ’＞〜＜１７ｆ’＞において、「配列番号１７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列」は「配列番号７７の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列」に、「配列番号１７の塩基配列における１１５８〜１８１３番目の塩基配列」は「配列番号７７の塩基配列における７２８〜１３８０番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０１９８】
なお、上記＜１７ａ’＞〜＜１７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０１９９】
上記＜１７ａ’＞〜＜１７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１７ａ’＞〜＜１７ｂ’＞のいずれかと、＜１７ｃ’＞〜＜１７ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２００】
＜１８＞多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号１８の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７１７〜１１４６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１８）。したがって、多型（１８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２０１】
多型（１８）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１８ａ＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１８ｂ＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１８ｃ＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１８ｄ＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１８ｅ＞配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１８ｆ＞配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２０２】
多型（１８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１８ａ’＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１８ｂ’＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１８ｃ’＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１８ｄ’＞配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１８ｅ’＞配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１８ｆ’＞配列番号１８の塩基配列における７１７〜１１４６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２０３】
＜１８ａ＞〜＜１８ｆ＞および＜１８ａ’＞〜＜１８ｆ’＞において、「配列番号１８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列」は「配列番号７８の塩基配列における１〜７１６番目の塩基配列」に、「配列番号１８の塩基配列における１１４７〜１８５９番目の塩基配列」は「配列番号７８の塩基配列における７１７〜１４２６番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２０４】
なお、上記＜１８ａ’＞〜＜１８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２０５】
上記＜１８ａ’＞〜＜１８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１８ａ’＞〜＜１８ｂ’＞のいずれかと、＜１８ｃ’＞〜＜１８ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２０６】
＜１９＞多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号１９の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６３３〜１０６２番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図１９）。したがって、多型（１９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２０７】
多型（１９）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜１９ａ＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１９ｂ＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１９ｃ＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１９ｄ＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１９ｅ＞配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜１９ｆ＞配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２０８】
多型（１９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜１９ａ’＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１９ｂ’＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１９ｃ’＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１９ｄ’＞配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１９ｅ’＞配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜１９ｆ’＞配列番号１９の塩基配列における６３３〜１０６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２０９】
＜１９ａ＞〜＜１９ｆ＞および＜１９ａ’＞〜＜１９ｆ’＞において、「配列番号１９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列」は「配列番号７９の塩基配列における１〜６３２番目の塩基配列」に、「配列番号１９の塩基配列における１０６３〜１８７６番目の塩基配列」は「配列番号７９の塩基配列における６３３〜１４４３番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２１０】
なお、上記＜１９ａ’＞〜＜１９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２１１】
上記＜１９ａ’＞〜＜１９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜１９ａ’＞〜＜１９ｂ’＞のいずれかと、＜１９ｃ’＞〜＜１９ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２１２】
＜２０＞多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号２０の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３１〜１１６０番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２０）。したがって、多型（２０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２１３】
多型（２０）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２０ａ＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２０ｂ＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２０ｃ＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２０ｄ＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２０ｅ＞配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２０ｆ＞配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２１４】
多型（２０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２０ａ’＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２０ｂ’＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２０ｃ’＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２０ｄ’＞配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２０ｅ’＞配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２０ｆ’＞配列番号２０の塩基配列における７３１〜１１６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２１５】
＜２０ａ＞〜＜２０ｆ＞および＜２０ａ’＞〜＜２０ｆ’＞において、「配列番号２０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列」は「配列番号８０の塩基配列における１〜７３０番目の塩基配列」に、「配列番号２０の塩基配列における１１６１〜１８７１番目の塩基配列」は「配列番号８０の塩基配列における７３１〜１４３８番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２１６】
なお、上記＜２０ａ’＞〜＜２０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２１７】
上記＜２０ａ’＞〜＜２０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２０ａ’＞〜＜２０ｂ’＞のいずれかと、＜２０ｃ’＞〜＜２０ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２１８】
＜２１＞多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号２１の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６８７〜１１１６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２１）。したがって、多型（２１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２１９】
多型（２１）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２１ａ＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２１ｂ＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２１ｃ＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２１ｄ＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２１ｅ＞配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２１ｆ＞配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２２０】
多型（２１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２１ａ’＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２１ｂ’＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２１ｃ’＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２１ｄ’＞配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２１ｅ’＞配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２１ｆ’＞配列番号２１の塩基配列における６８７〜１１１６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２２１】
＜２１ａ＞〜＜２１ｆ＞および＜２１ａ’＞〜＜２１ｆ’＞において、「配列番号２１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列」は「配列番号８１の塩基配列における１〜６８６番目の塩基配列」に、「配列番号２１の塩基配列における１１１７〜１９２８番目の塩基配列」は「配列番号８１の塩基配列における６８７〜１４９５番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２２２】
なお、上記＜２１ａ’＞〜＜２１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２２３】
上記＜２１ａ’＞〜＜２１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２１ａ’＞〜＜２１ｂ’＞のいずれかと、＜２１ｃ’＞〜＜２１ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２２４】
＜２２＞多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号２２の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２２）。したがって、多型（２２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２２５】
多型（２２）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２２ａ＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２２ｂ＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２２ｃ＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２２ｄ＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２２ｅ＞配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２２ｆ＞配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２２６】
多型（２２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２２ａ’＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２２ｂ’＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２２ｃ’＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２２ｄ’＞配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２２ｅ’＞配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２２ｆ’＞配列番号２２の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２２７】
＜２２ａ＞〜＜２２ｆ＞および＜２２ａ’＞〜＜２２ｆ’＞において、「配列番号２２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列」は「配列番号８２の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列」に、「配列番号２２の塩基配列における１１５８〜１９１７番目の塩基配列」は「配列番号８２の塩基配列における７２８〜１４８４番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２２８】
なお、上記＜２２ａ’＞〜＜２２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２２９】
上記＜２２ａ’＞〜＜２２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２２ａ’＞〜＜２２ｂ’＞のいずれかと、＜２２ｃ’＞〜＜２２ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２３０】
＜２３＞多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号２３の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、８０４〜１２３３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２３）。したがって、多型（２３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２３１】
多型（２３）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２３ａ＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２３ｂ＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２３ｃ＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２３ｄ＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２３ｅ＞配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２３ｆ＞配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２３２】
多型（２３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２３ａ’＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２３ｂ’＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２３ｃ’＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２３ｄ’＞配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２３ｅ’＞配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２３ｆ’＞配列番号２３の塩基配列における８０４〜１２３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２３３】
＜２３ａ＞〜＜２３ｆ＞および＜２３ａ’＞〜＜２３ｆ’＞において、「配列番号２３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列」は「配列番号８３の塩基配列における１〜８０３番目の塩基配列」に、「配列番号２３の塩基配列における１２３４〜１９４０番目の塩基配列」は「配列番号８３の塩基配列における８０４〜１５０７番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２３４】
なお、上記＜２３ａ’＞〜＜２３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２３５】
上記＜２３ａ’＞〜＜２３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２３ａ’＞〜＜２３ｂ’＞のいずれかと、＜２３ｃ’＞〜＜２３ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２３６】
＜２４＞多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号２４の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６９５〜１１２４番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２４）。したがって、多型（２４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２３７】
多型（２４）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２４ａ＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２４ｂ＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２４ｃ＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２４ｄ＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２４ｅ＞配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２４ｆ＞配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２３８】
多型（２４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２４ａ’＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２４ｂ’＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２４ｃ’＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２４ｄ’＞配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２４ｅ’＞配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２４ｆ’＞配列番号２４の塩基配列における６９５〜１１２４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２３９】
＜２４ａ＞〜＜２４ｆ＞および＜２４ａ’＞〜＜２４ｆ’＞において、「配列番号２４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列」は「配列番号８４の塩基配列における１〜６９４番目の塩基配列」に、「配列番号２４の塩基配列における１１２５〜１８０１番目の塩基配列」は「配列番号８４の塩基配列における６９５〜１３６８番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２４０】
なお、上記＜２４ａ’＞〜＜２４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２４１】
上記＜２４ａ’＞〜＜２４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２４ａ’＞〜＜２４ｂ’＞のいずれかと、＜２４ｃ’＞〜＜２４ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２４２】
＜２５＞多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号２５の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２９〜１１５８番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２５）。したがって、多型（２５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２４３】
多型（２５）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２５ａ＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２５ｂ＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２５ｃ＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２５ｄ＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２５ｅ＞配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２５ｆ＞配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２４４】
多型（２５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２５ａ’＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２５ｂ’＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２５ｃ’＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２５ｄ’＞配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２５ｅ’＞配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２５ｆ’＞配列番号２５の塩基配列における７２９〜１１５８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２４５】
＜２５ａ＞〜＜２５ｆ＞および＜２５ａ’＞〜＜２５ｆ’＞において、「配列番号２５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列」は「配列番号８５の塩基配列における１〜７２８番目の塩基配列」に、「配列番号２５の塩基配列における１１５９〜１９７３番目の塩基配列」は「配列番号８５の塩基配列における７２９〜１５４０番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２４６】
なお、上記＜２５ａ’＞〜＜２５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２４７】
上記＜２５ａ’＞〜＜２５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２５ａ’＞〜＜２５ｂ’＞のいずれかと、＜２５ｃ’＞〜＜２５ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２４８】
＜２６＞多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号２６の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６５７〜１０８６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２６）。したがって、多型（２６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２４９】
多型（２６）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２６ａ＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２６ｂ＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２６ｃ＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２６ｄ＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２６ｅ＞配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２６ｆ＞配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２５０】
多型（２６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２６ａ’＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２６ｂ’＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２６ｃ’＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２６ｄ’＞配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２６ｅ’＞配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２６ｆ’＞配列番号２６の塩基配列における６５７〜１０８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２５１】
＜２６ａ＞〜＜２６ｆ＞および＜２６ａ’＞〜＜２６ｆ’＞において、「配列番号２６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列」は「配列番号８６の塩基配列における１〜６５６番目の塩基配列」に、「配列番号２６の塩基配列における１０８７〜１７６２番目の塩基配列」は「配列番号８６の塩基配列における６５７〜１３２９番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２５２】
なお、上記＜２６ａ’＞〜＜２６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２５３】
上記＜２６ａ’＞〜＜２６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２６ａ’＞〜＜２６ｂ’＞のいずれかと、＜２６ｃ’＞〜＜２６ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２５４】
＜２７＞多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号２７の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７０４〜１１３３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２７）。したがって、多型（２７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２５５】
多型（２７）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２７ａ＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２７ｂ＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２７ｃ＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２７ｄ＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２７ｅ＞配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２７ｆ＞配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２５６】
多型（２７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２７ａ’＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２７ｂ’＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２７ｃ’＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２７ｄ’＞配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２７ｅ’＞配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２７ｆ’＞配列番号２７の塩基配列における７０４〜１１３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２５７】
＜２７ａ＞〜＜２７ｆ＞および＜２７ａ’＞〜＜２７ｆ’＞において、「配列番号２７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列」は「配列番号８７の塩基配列における１〜７０３番目の塩基配列」に、「配列番号２７の塩基配列における１１３４〜１８８８番目の塩基配列」は「配列番号８７の塩基配列における７０４〜１４５５番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２５８】
なお、上記＜２７ａ’＞〜＜２７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２５９】
上記＜２７ａ’＞〜＜２７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２７ａ’＞〜＜２７ｂ’＞のいずれかと、＜２７ｃ’＞〜＜２７ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２６０】
＜２８＞多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号２８の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７０５〜１１３４番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２８）。したがって、多型（２８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２６１】
多型（２８）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２８ａ＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２８ｂ＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２８ｃ＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２８ｄ＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２８ｅ＞配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２８ｆ＞配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２６２】
多型（２８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２８ａ’＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２８ｂ’＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２８ｃ’＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２８ｄ’＞配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２８ｅ’＞配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２８ｆ’＞配列番号２８の塩基配列における７０５〜１１３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２６３】
＜２８ａ＞〜＜２８ｆ＞および＜２８ａ’＞〜＜２８ｆ’＞において、「配列番号２８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列」は「配列番号８８の塩基配列における１〜７０４番目の塩基配列」に、「配列番号２８の塩基配列における１１３５〜１８４０番目の塩基配列」は「配列番号８８の塩基配列における７０５〜１４０７番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２６４】
なお、上記＜２８ａ’＞〜＜２８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２６５】
上記＜２８ａ’＞〜＜２８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２８ａ’＞〜＜２８ｂ’＞のいずれかと、＜２８ｃ’＞〜＜２８ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２６６】
＜２９＞多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号２９の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６９７〜１１２６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図２９）。したがって、多型（２９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２６７】
多型（２９）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜２９ａ＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２９ｂ＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２９ｃ＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２９ｄ＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２９ｅ＞配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜２９ｆ＞配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２６８】
多型（２９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜２９ａ’＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２９ｂ’＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２９ｃ’＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２９ｄ’＞配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２９ｅ’＞配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜２９ｆ’＞配列番号２９の塩基配列における６９７〜１１２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２６９】
＜２９ａ＞〜＜２９ｆ＞および＜２９ａ’＞〜＜２９ｆ’＞において、「配列番号２９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列」は「配列番号８９の塩基配列における１〜６９６番目の塩基配列」に、「配列番号２９の塩基配列における１１２７〜１７６７番目の塩基配列」は「配列番号８９の塩基配列における６９７〜１３３４番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２７０】
なお、上記＜２９ａ’＞〜＜２９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２７１】
上記＜２９ａ’＞〜＜２９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜２９ａ’＞〜＜２９ｂ’＞のいずれかと、＜２９ｃ’＞〜＜２９ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２７２】
＜３０＞多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号３０の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、８０１〜１２３０番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３０）。したがって、多型（３０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２７３】
多型（３０）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３０ａ＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３０ｂ＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３０ｃ＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３０ｄ＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３０ｅ＞配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３０ｆ＞配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２７４】
多型（３０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３０ａ’＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３０ｂ’＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３０ｃ’＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３０ｄ’＞配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３０ｅ’＞配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３０ｆ’＞配列番号３０の塩基配列における８０１〜１２３０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２７５】
＜３０ａ＞〜＜３０ｆ＞および＜３０ａ’＞〜＜３０ｆ’＞において、「配列番号３０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列」は「配列番号９０の塩基配列における１〜８００番目の塩基配列」に、「配列番号３０の塩基配列における１２３１〜１９１２番目の塩基配列」は「配列番号９０の塩基配列における８０１〜１４７９番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２７６】
なお、上記＜３０ａ’＞〜＜３０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２７７】
上記＜３０ａ’＞〜＜３０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３０ａ’＞〜＜３０ｂ’＞のいずれかと、＜３０ｃ’＞〜＜３０ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２７８】
＜３１＞多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号３１の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７４８〜１１７７番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３１）。したがって、多型（３１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２７９】
多型（３１）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３１ａ＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３１ｂ＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３１ｃ＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３１ｄ＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３１ｅ＞配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３１ｆ＞配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２８０】
多型（３１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３１ａ’＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３１ｂ’＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３１ｃ’＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３１ｄ’＞配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３１ｅ’＞配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３１ｆ’＞配列番号３１の塩基配列における７４８〜１１７７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２８１】
＜３１ａ＞〜＜３１ｆ＞および＜３１ａ’＞〜＜３１ｆ’＞において、「配列番号３１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列」は「配列番号９１の塩基配列における１〜７４７番目の塩基配列」に、「配列番号３１の塩基配列における１１７８〜１７５６番目の塩基配列」は「配列番号９１の塩基配列における７４８〜１３２３番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２８２】
なお、上記＜３１ａ’＞〜＜３１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２８３】
上記＜３１ａ’＞〜＜３１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３１ａ’＞〜＜３１ｂ’＞のいずれかと、＜３１ｃ’＞〜＜３１ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２８４】
＜３２＞多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号３２の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２３〜１１５２番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３２）。したがって、多型（３２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２８５】
多型（３２）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３２ａ＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３２ｂ＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３２ｃ＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３２ｄ＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３２ｅ＞配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３２ｆ＞配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２８６】
多型（３２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３２ａ’＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３２ｂ’＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３２ｃ’＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３２ｄ’＞配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３２ｅ’＞配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３２ｆ’＞配列番号３２の塩基配列における７２３〜１１５２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２８７】
＜３２ａ＞〜＜３２ｆ＞および＜３２ａ’＞〜＜３２ｆ’＞において、「配列番号３２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列」は「配列番号９２の塩基配列における１〜７２２番目の塩基配列」に、「配列番号３２の塩基配列における１１５３〜１８７２番目の塩基配列」は「配列番号９２の塩基配列における７２３〜１４３９番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２８８】
なお、上記＜３２ａ’＞〜＜３２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２８９】
上記＜３２ａ’＞〜＜３２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３２ａ’＞〜＜３２ｂ’＞のいずれかと、＜３２ｃ’＞〜＜３２ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２９０】
＜３３＞多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号３３の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６５１〜１０８０番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３３）。したがって、多型（３３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２９１】
多型（３３）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３３ａ＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３３ｂ＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３３ｃ＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３３ｄ＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３３ｅ＞配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３３ｆ＞配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２９２】
多型（３３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３３ａ’＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３３ｂ’＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３３ｃ’＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３３ｄ’＞配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３３ｅ’＞配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３３ｆ’＞配列番号３３の塩基配列における６５１〜１０８０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２９３】
＜３３ａ＞〜＜３３ｆ＞および＜３３ａ’＞〜＜３３ｆ’＞において、「配列番号３３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列」は「配列番号９３の塩基配列における１〜６５０番目の塩基配列」に、「配列番号３３の塩基配列における１０８１〜１７４８番目の塩基配列」は「配列番号９３の塩基配列における６５１〜１３１５番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０２９４】
なお、上記＜３３ａ’＞〜＜３３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０２９５】
上記＜３３ａ’＞〜＜３３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３３ａ’＞〜＜３３ｂ’＞のいずれかと、＜３３ｃ’＞〜＜３３ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０２９６】
＜３４＞多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号３４の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３４）。したがって、多型（３４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０２９７】
多型（３４）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３４ａ＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３４ｂ＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３４ｃ＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３４ｄ＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３４ｅ＞配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３４ｆ＞配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０２９８】
多型（３４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３４ａ’＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３４ｂ’＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３４ｃ’＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３４ｄ’＞配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３４ｅ’＞配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３４ｆ’＞配列番号３４の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０２９９】
＜３４ａ＞〜＜３４ｆ＞および＜３４ａ’＞〜＜３４ｆ’＞において、「配列番号３４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列」は「配列番号９４の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列」に、「配列番号３４の塩基配列における１１６４〜１８７９番目の塩基配列」は「配列番号９４の塩基配列における７３４〜１４４６番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３００】
なお、上記＜３４ａ’＞〜＜３４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３０１】
上記＜３４ａ’＞〜＜３４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３４ａ’＞〜＜３４ｂ’＞のいずれかと、＜３４ｃ’＞〜＜３４ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３０２】
＜３５＞多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号３５の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、５７９〜１００８番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３５）。したがって、多型（３５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３０３】
多型（３５）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３５ａ＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３５ｂ＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３５ｃ＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３５ｄ＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３５ｅ＞配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３５ｆ＞配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３０４】
多型（３５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３５ａ’＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３５ｂ’＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３５ｃ’＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３５ｄ’＞配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３５ｅ’＞配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３５ｆ’＞配列番号３５の塩基配列における５７９〜１００８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３０５】
＜３５ａ＞〜＜３５ｆ＞および＜３５ａ’＞〜＜３５ｆ’＞において、「配列番号３５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列」は「配列番号９５の塩基配列における１〜５７８番目の塩基配列」に、「配列番号３５の塩基配列における１００９〜１６８７番目の塩基配列」は「配列番号９５の塩基配列における５７９〜１２５４番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３０６】
なお、上記＜３５ａ’＞〜＜３５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３０７】
上記＜３５ａ’＞〜＜３５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３５ａ’＞〜＜３５ｂ’＞のいずれかと、＜３５ｃ’＞〜＜３５ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３０８】
＜３６＞多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号３６の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、８８０〜１３０９番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３６）。したがって、多型（３６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３０９】
多型（３６）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３６ａ＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３６ｂ＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３６ｃ＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３６ｄ＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３６ｅ＞配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３６ｆ＞配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３１０】
多型（３６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３６ａ’＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３６ｂ’＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３６ｃ’＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３６ｄ’＞配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３６ｅ’＞配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３６ｆ’＞配列番号３６の塩基配列における８８０〜１３０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３１１】
＜３６ａ＞〜＜３６ｆ＞および＜３６ａ’＞〜＜３６ｆ’＞において、「配列番号３６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列」は「配列番号９６の塩基配列における１〜８７９番目の塩基配列」に、「配列番号３６の塩基配列における１３０７〜１９２５番目の塩基配列」は「配列番号９６の塩基配列における８８０〜１４９２番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３１２】
なお、上記＜３６ａ’＞〜＜３６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３１３】
上記＜３６ａ’＞〜＜３６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３６ａ’＞〜＜３６ｂ’＞のいずれかと、＜３６ｃ’＞〜＜３６ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３１４】
＜３７＞多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号３７の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３２〜１１６１番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３７）。したがって、多型（３７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３１５】
多型（３７）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３７ａ＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３７ｂ＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３７ｃ＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３７ｄ＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３７ｅ＞配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３７ｆ＞配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３１６】
多型（３７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３７ａ’＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３７ｂ’＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３７ｃ’＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３７ｄ’＞配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３７ｅ’＞配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３７ｆ’＞配列番号３７の塩基配列における７３２〜１１６１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３１７】
＜３７ａ＞〜＜３７ｆ＞および＜３７ａ’＞〜＜３７ｆ’＞において、「配列番号３７の塩基配列における１〜７３１番目の塩基配列」は「配列番号９７の塩基配列における１〜７１８番目の塩基配列」に、「配列番号３７の塩基配列における１１６２〜１８６７番目の塩基配列」は「配列番号９７の塩基配列における７１９〜１３７７番目」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３１８】
なお、上記＜３７ａ’＞〜＜３７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３１９】
上記＜３７ａ’＞〜＜３７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３７ａ’＞〜＜３７ｂ’＞のいずれかと、＜３７ｃ’＞〜＜３７ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３２０】
＜３８＞多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号３８の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７５７〜１１８６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３８）。したがって、多型（３８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３２１】
多型（３８）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３８ａ＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３８ｂ＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３８ｃ＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３８ｄ＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３８ｅ＞配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３８ｆ＞配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３２２】
多型（３８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３８ａ’＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３８ｂ’＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３８ｃ’＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３８ｄ’＞配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３８ｅ’＞配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３８ｆ’＞配列番号３８の塩基配列における７５７〜１１８６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３２３】
＜３８ａ＞〜＜３８ｆ＞および＜３８ａ’＞〜＜３８ｆ’＞において、「配列番号３８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列」は「配列番号９８の塩基配列における１〜７５６番目の塩基配列」に、「配列番号３８の塩基配列における１１８７〜１７７３番目の塩基配列」は「配列番号９８の塩基配列における７５７〜１３４０番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３２４】
なお、上記＜３８ａ’＞〜＜３８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３２５】
上記＜３８ａ’＞〜＜３８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３８ａ’＞〜＜３８ｂ’＞のいずれかと、＜３８ｃ’＞〜＜３８ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３２６】
＜３９＞多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号３９の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６９０〜１１１９番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図３９）。したがって、多型（３９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３２７】
多型（３９）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜３９ａ＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３９ｂ＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３９ｃ＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３９ｄ＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３９ｅ＞配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３９ｆ＞配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３２８】
多型（３９）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜３９ａ’＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３９ｂ’＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３９ｃ’＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３９ｄ’＞配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３９ｅ’＞配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜３９ｆ’＞配列番号３９の塩基配列における６９０〜１１１９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３２９】
＜３９ａ＞〜＜３９ｆ＞および＜３９ａ’＞〜＜３９ｆ’＞において、「配列番号３９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列」は「配列番号９９の塩基配列における１〜６８９番目の塩基配列」に、「配列番号３９の塩基配列における１１２０〜１８０９番目の塩基配列」は「配列番号９９の塩基配列における６９０〜１３７６番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３３０】
なお、上記＜３９ａ’＞〜＜３９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３３１】
上記＜３９ａ’＞〜＜３９ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜３９ａ’＞〜＜３９ｂ’＞のいずれかと、＜３９ｃ’＞〜＜３９ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３３２】
＜４０＞多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号４０の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３４〜１１６３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４０）。したがって、多型（４０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３３３】
多型（４０）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４０ａ＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４０ｂ＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４０ｃ＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４０ｄ＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４０ｅ＞配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４０ｆ＞配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３３４】
多型（４０）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４０ａ’＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４０ｂ’＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４０ｃ’＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４０ｄ’＞配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４０ｅ’＞配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４０ｆ’＞配列番号４０の塩基配列における７３４〜１１６３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３３５】
＜４０ａ＞〜＜４０ｆ＞および＜４０ａ’＞〜＜４０ｆ’＞において、「配列番号４０の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列」は「配列番号１００の塩基配列における１〜７３３番目の塩基配列」に、「配列番号４０の塩基配列における１１６４〜１９７２番目の塩基配列」は「配列番号１００の塩基配列における７３４〜１５３９番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３３６】
なお、上記＜４０ａ’＞〜＜４０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３３７】
上記＜４０ａ’＞〜＜４０ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４０ａ’＞〜＜４０ｂ’＞のいずれかと、＜４０ｃ’＞〜＜４０ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３３８】
＜４１＞多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号４１の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３０〜１１５９番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４１）。したがって、多型（４１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３３９】
多型（４１）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４１ａ＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４１ｂ＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４１ｃ＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４１ｄ＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４１ｅ＞配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４１ｆ＞配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３４０】
多型（４１）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４１ａ’＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４１ｂ’＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４１ｃ’＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４１ｄ’＞配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４１ｅ’＞配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４１ｆ’＞配列番号４１の塩基配列における７３０〜１１５９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３４１】
＜４１ａ＞〜＜４１ｆ＞および＜４１ａ’＞〜＜４１ｆ’＞において、「配列番号４１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列」は「配列番号１０１の塩基配列における１〜７２９番目の塩基配列」に、「配列番号４１の塩基配列における１１６０〜１８５３番目の塩基配列」は「配列番号１０１の塩基配列における７３０〜１４２０番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３４２】
なお、上記＜４１ａ’＞〜＜４１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３４３】
上記＜４１ａ’＞〜＜４１ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４１ａ’＞〜＜４１ｂ’＞のいずれかと、＜４１ｃ’＞〜＜４１ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３４４】
＜４２＞多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号４２の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７０６〜１１３５番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４２）。したがって、多型（４２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３４５】
多型（４２）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４２ａ＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４２ｂ＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４２ｃ＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４２ｄ＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４２ｅ＞配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４２ｆ＞配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３４６】
多型（４２）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４２ａ’＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４２ｂ’＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４２ｃ’＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４２ｄ’＞配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４２ｅ’＞配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４２ｆ’＞配列番号４２の塩基配列における７０６〜１１３５番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３４７】
＜４２ａ＞〜＜４２ｆ＞および＜４２ａ’＞〜＜４２ｆ’＞において、「配列番号４２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列」は「配列番号１０２の塩基配列における１〜７０５番目の塩基配列」に、「配列番号４２の塩基配列における１１３６〜１８７４番目の塩基配列」は「配列番号１０２の塩基配列における７０６〜１４４１番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３４８】
なお、上記＜４２ａ’＞〜＜４２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３４９】
上記＜４２ａ’＞〜＜４２ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４２ａ’＞〜＜４２ｂ’＞のいずれかと、＜４２ｃ’＞〜＜４２ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３５０】
＜４３＞多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号４３の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６０４〜１０３３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４３）。したがって、多型（４３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３５１】
多型（４３）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４３ａ＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４３ｂ＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４３ｃ＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４３ｄ＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４３ｅ＞配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４３ｆ＞配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３５２】
多型（４３）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４３ａ’＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４３ｂ’＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４３ｃ’＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４３ｄ’＞配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４３ｅ’＞配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４３ｆ’＞配列番号４３の塩基配列における６０４〜１０３３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３５３】
＜４３ａ＞〜＜４３ｆ＞および＜４３ａ’＞〜＜４３ｆ’＞において、「配列番号４３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列」は「配列番号１０３の塩基配列における１〜６０３番目の塩基配列」に、「配列番号４３の塩基配列における１０３４〜１７８４番目の塩基配列」は「配列番号１０３の塩基配列における６０４〜１３５１番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３５４】
なお、上記＜４３ａ’＞〜＜４３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３５５】
上記＜４３ａ’＞〜＜４３ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４３ａ’＞〜＜４３ｂ’＞のいずれかと、＜４３ｃ’＞〜＜４３ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３５６】
＜４４＞多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号４４の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２８〜１１５７番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４４）。したがって、多型（４４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３５７】
多型（４４）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４４ａ＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４４ｂ＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４４ｃ＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４４ｄ＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４４ｅ＞配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４４ｆ＞配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３５８】
多型（４４）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４４ａ’＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４４ｂ’＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４４ｃ’＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４４ｄ’＞配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４４ｅ’＞配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４４ｆ’＞配列番号４４の塩基配列における７２８〜１１５７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３５９】
＜４４ａ＞〜＜４４ｆ＞および＜４４ａ’＞〜＜４４ｆ’＞において、「配列番号４４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列」は「配列番号１０４の塩基配列における１〜７２７番目の塩基配列」に、「配列番号４４の塩基配列における１１５８〜１９７６番目の塩基配列」は「配列番号１０４の塩基配列における７２８〜１５４３番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３６０】
なお、上記＜４４ａ’＞〜＜４４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３６１】
上記＜４４ａ’＞〜＜４４ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４４ａ’＞〜＜４４ｂ’＞のいずれかと、＜４４ｃ’＞〜＜４４ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３６２】
＜４５＞多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号４５の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７３５〜１１６４番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４５）。したがって、多型（４５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３６３】
多型（４５）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４５ａ＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４５ｂ＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４５ｃ＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４５ｄ＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４５ｅ＞配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４５ｆ＞配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３６４】
多型（４５）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４５ａ’＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４５ｂ’＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４５ｃ’＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４５ｄ’＞配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４５ｅ’＞配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４５ｆ’＞配列番号４５の塩基配列における７３５〜１１６４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３６５】
＜４５ａ＞〜＜４５ｆ＞および＜４５ａ’＞〜＜４５ｆ’＞において、「配列番号４５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列」は「配列番号１０５の塩基配列における１〜７３４番目の塩基配列」に、「配列番号４５の塩基配列における１１６５〜１８８７番目の塩基配列」は「配列番号１０５の塩基配列における７３５〜１４５４番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３６６】
なお、上記＜４５ａ’＞〜＜４５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３６７】
上記＜４５ａ’＞〜＜４５ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４５ａ’＞〜＜４５ｂ’＞のいずれかと、＜４５ｃ’＞〜＜４５ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３６８】
＜４６＞多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号４６の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６５４〜１０８３番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４６）。したがって、多型（４６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３６９】
多型（４６）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４６ａ＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４６ｂ＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜３６ｃ＞配列番号３６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４６ｄ＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４６ｅ＞配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４６ｆ＞配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３７０】
多型（４６）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４６ａ’＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４６ｂ’＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４６ｃ’＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４６ｄ’＞配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号３６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４６ｅ’＞配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４６ｆ’＞配列番号４６の塩基配列における６５４〜１０８３番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３７１】
＜４６ａ＞〜＜４６ｆ＞および＜４６ａ’＞〜＜４６ｆ’＞において、「配列番号４６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列」は「配列番号１０６の塩基配列における１〜６５３番目の塩基配列」に、「配列番号４６の塩基配列における１０８４〜１６７２番目の塩基配列」は「配列番号１０６の塩基配列における６５４〜１３１６番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３７２】
なお、上記＜４６ａ’＞〜＜４６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３７３】
上記＜４６ａ’＞〜＜４６ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４６ａ’＞〜＜４６ｂ’＞のいずれかと、＜４６ｃ’＞〜＜４６ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３７４】
＜４７＞多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット
配列番号４７の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、７２７〜１１５６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４７）。したがって、多型（４７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３７５】
多型（４７）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４７ａ＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４７ｂ＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４７ｃ＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４７ｄ＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４７ｅ＞配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４７ｆ＞配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３７６】
多型（４７）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４７ａ’＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４７ｂ’＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４７ｃ’＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４７ｄ’＞配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４７ｅ’＞配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４７ｆ’＞配列番号４７の塩基配列における７２７〜１１５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３７７】
＜４７ａ＞〜＜４７ｆ＞および＜４７ａ’＞〜＜４７ｆ’＞において、「配列番号４７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列」は「配列番号１０７の塩基配列における１〜７２６番目の塩基配列」に、「配列番号４７の塩基配列における１１５６〜１８６９番目の塩基配列」は「配列番号１０７の塩基配列における７２７〜１４３７番目の塩基配列」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３７８】
なお、上記＜４７ａ’＞〜＜４７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３７９】
上記＜４７ａ’＞〜＜４７ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４７ａ’＞〜＜４７ｂ’＞のいずれかと、＜４７ｃ’＞〜＜４７ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３８０】
＜４８＞多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
配列番号４８の塩基配列において、ｍＰｉｎｇの挿入領域は、６２７〜１０５６番目のヌクレオチド残基からなる領域である（図４８）。したがって、多型（４８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出するための２以上のプライマーとして、本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（ｍＰｉｎｇの挿入の有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、ｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）、ならびに本領域の上流部位（センス鎖またはアンチセンス鎖）、または本領域の下流部位（アンチセンス鎖またはセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第１のプライマー、および本領域（センス鎖またはアンチセンス鎖）に対応する塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ（増幅の有無によりｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプライマーの組合せ）を用いることができる（図５０参照）。
【０３８１】
多型（４８）のｍＰｉｎｇに対するプライマーセットとしては、以下のプライマー対から構成されるプライマーの組合せ（例、ＰＣＲ用プライマー）、およびそのようなプライマーの組合せを含む３以上のプライマーセット（例、少なくとも４つのプライマーを利用するＬＡＭＰ用プライマーセット）が挙げられ、ＰＣＲ用プライマーセットおよびＬＡＭＰ用プライマーセットが好ましい：
＜４８ａ＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４８ｂ＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４８ｃ＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４８ｄ＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４８ｅ＞配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
＜４８ｆ＞配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【０３８２】
多型（４８）のｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るＬＡＭＰ用プライマーセットは、以下の２つのプライマーを少なくとも含む、４つのプライマーの組合せ（ＦＩＰ、Ｆ３、ＢＩＰ、Ｂ３）から構成される：
＜４８ａ’＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４８ｂ’＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４８ｃ’＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４８ｄ’＞配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４８ｅ’＞配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ；
＜４８ｆ’＞配列番号４８の塩基配列における６２７〜１０５６番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を、ＦＩＰ中のＦ１ｃ領域もしくはＦ２領域として、またはＦ３領域として（好ましくは、ＦＩＰ中のＦ２領域として）有する第１のプライマー、および配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を、ＢＩＰ中のＢ１ｃ領域もしくはＢ２領域として、またはＢ３領域として（好ましくは、ＢＩＰ中のＢ２領域として）有する第２のプライマーを含む、４つのプライマーの組合せ。
【０３８３】
＜４８ａ＞〜＜４８ｆ＞および＜４８ａ’＞〜＜４８ｆ’＞において、「配列番号４８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列」は「配列番号１０８の塩基配列における１〜６２６番目の塩基配列」に、「配列番号４８の塩基配列における１０５７〜１６９４番目の塩基配列」は「配列番号１０８の塩基配列における６２７〜１２６１番目の塩基配」に、それぞれ置き換えてもよい。
【０３８４】
なお、上記＜４８ａ’＞〜＜４８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せに加えて、２つのループプライマー（ＬＦおよびＬＢ）がさらに併用されてもよい。
【０３８５】
上記＜４８ａ’＞〜＜４８ｆ’＞の４つのプライマーの組合せは、それぞれを単独で用いてもよいし、２つ以上を組み合わせてもよい。２つ以上を組み合わせることが好ましく、＜４８ａ’＞〜＜４８ｂ’＞のいずれかと、＜４８ｃ’＞〜＜４８ｆ’＞のうちのいずれかを組み合わせることがより好ましい。
【０３８６】
上述したプライマーセットを構成する各種プライマーにおける用語「均等な塩基配列」とは、イネの品種間、特に、日本晴以外の品種と日本晴とにおける塩基配列のバリエーションに対応する塩基配列であることを意味する。したがって、所定の塩基配列（例、配列番号Ｘの塩基配列においてＹ〜Ｚ番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列）に均等な塩基配列は、当該所定の塩基配列において数個（例えば１〜８０個、１〜７０個、１〜６０個、１〜５０個、１〜４０個、１〜３０個、１〜２０個、１〜１０個、好ましくは１〜５個、より好ましくは１、２または３個）の塩基の修飾（例、置換、欠失、挿入、付加）を含む塩基配列であり得る。このような均等な塩基配列は、当該技術分野における当業者にとって明らかであり、イネの品種の遺伝子情報を登録しているデータベースを参照することにより、あるいはイネの品種における上記標的ｍＰｉｎｇの挿入領域周辺の塩基配列を解読することにより、決定できる。
【０３８７】
多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがひとめぼれおよび／またはてんたかくである可能性が高い、もしくは、ひとめぼれおよび／またはてんたかくを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがひとめぼれおよびてんたかく以外の品種である可能性が高い、もしくは、ひとめぼれおよびてんたかく以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３８８】
多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがあきたこまち、はえぬき、つがるロマン、ササニシキおよびこがねもちからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがあきたこまち、はえぬき、つがるロマン、ササニシキおよびこがねもちからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがあきたこまち、はえぬき、つがるロマン、ササニシキおよびこがねもち以外の品種である可能性が高い、もしくは、あきたこまち、はえぬき、つがるロマン、ササニシキおよびこがねもち以外の品種を含むと判定できる。
【０３８９】
多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがヒノヒカリ、ゆきん子舞、森のくまさん、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもちから選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、ヒノヒカリ、ゆきん子舞、森のくまさん、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもちから選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがヒノヒカリ、ゆきん子舞、森のくまさん、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもち以外の品種である可能性が高い、もしくは、ヒノヒカリ、ゆきん子舞、森のくまさん、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９０】
多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがななつぼしである可能性が高い、またはサンプルがななつぼしを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがななつぼし以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがななつぼし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９１】
多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（５）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがななつぼしである可能性が高い、またはサンプルがななつぼしを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（５）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがななつぼし以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがななつぼし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９２】
多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（６）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがはえぬき、こしいぶきおよびゆきん子舞からなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがはえぬき、こしいぶきおよびゆきん子舞からなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（６）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがはえぬき、こしいぶきおよびゆきん子舞以外の品種である可能性が高い、もしくは、はえぬき、こしいぶきおよびゆきん子舞以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９３】
多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（７）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがきらら３９７、ふっくりんこおよびほしのゆめからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、きらら３９７、ふっくりんこおよびほしのゆめからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（７）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがきらら３９７、ふっくりんこおよびほしのゆめ以外の品種である可能性が高い、もしくは、きらら３９７、ふっくりんこおよびほしのゆめ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９４】
多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（８）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがきらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづきからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがきらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづきからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（８）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがきらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづき以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがきらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９５】
多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（９）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがまっしぐら、たつこもちおよびきぬのはだからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、まっしぐら、たつこもちおよびきぬのはだからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（９）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがまっしぐら、たつこもちおよびきぬのはだ以外の品種である可能性が高い、もしくは、まっしぐら、たつこもちおよびきぬのはだ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９６】
多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１０）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがこしいぶきおよび／またはゆきん子舞である可能性が高い、もしくは、サンプルがこしいぶきおよび／またはゆきん子舞を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１０）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがこしいぶきおよびゆきん子舞以外の品種である可能性が高い、もしくは、こしいぶきおよびゆきん子舞以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９７】
多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１１）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがこしいぶきおよび／またはゆきん子舞である可能性が高い、もしくは、サンプルがこしいぶきおよび／またはゆきん子舞を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１１）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがこしいぶきおよび／またはゆきん子舞以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがこしいぶきおよび／またはゆきん子舞以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９８】
多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１２）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがつがるロマン、キヌヒカリ、きぬむすめ、にこまる、なすひかりおよびあきさかりからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがつがるロマン、キヌヒカリ、きぬむすめ、にこまる、なすひかりおよびあきさかりからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１２）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがつがるロマン、キヌヒカリ、きぬむすめ、にこまる、なすひかりおよびあきさかり以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがつがるロマン、キヌヒカリ、きぬむすめ、にこまる、なすひかりおよびあきさかり以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０３９９】
多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１３）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがキヌヒカリである可能性が高い、またはキヌヒカリを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１３）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがキヌヒカリ以外の品種である可能性が高い、またはキヌヒカリ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４００】
多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１４）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがあさひの夢である可能性が高い、またはサンプルがあさひの夢を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１４）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがあさひの夢以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがあさひの夢以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０１】
多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１５）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがゆめぴりか、ふっくりんこ、ほしのゆめ、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもちからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがゆめぴりか、ふっくりんこ、ほしのゆめ、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもちからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１５）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがゆめぴりか、ふっくりんこ、ほしのゆめ、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもち以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがゆめぴりか、ふっくりんこ、ほしのゆめ、風の子もち、はくちょうもちおよびきたゆきもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０２】
多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１６）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがふさこがねである可能性が高い、またはサンプルがふさこがねを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１６）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがふさこがね以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがふさこがね以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０３】
多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１７）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがつや姫である可能性が高い、またはサンプルがつや姫を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１７）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがつや姫以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがつや姫以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０４】
多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１８）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがつや姫である可能性が高い、またはサンプルがつや姫を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１８）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがつや姫以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがつや姫以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０５】
多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（１９）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがハナエチゼンである可能性が高い、またはサンプルがハナエチゼンを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（１９）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがハナエチゼン以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがハナエチゼン以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０６】
多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２０）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルが夢つくし、キヌヒカリおよびなすひかりからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルが夢つくし、キヌヒカリおよびなすひかりからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２０）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルが夢つくし、キヌヒカリおよびなすひかり以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルが夢つくし、キヌヒカリおよびなすひかり以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０７】
多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２１）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがふさおとめ、ハナエチゼンおよびハツシモからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがふさおとめ、ハナエチゼンおよびハツシモからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２１）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがふさおとめ、ハナエチゼンおよびハツシモ以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがふさおとめ、ハナエチゼンおよびハツシモ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０８】
多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２２）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがふっくりんこである可能性が高い、またはサンプルがふっくりんこを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２２）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがふっくりんこ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがふっくりんこ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４０９】
多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２３）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがふっくりんこである可能性が高い、またはサンプルがふっくりんこを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２３）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがふっくりんこ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがふっくりんこ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１０】
多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２４）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがほしのゆめ、ななつぼし、きらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづきからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがほしのゆめ、ななつぼし、きらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづきからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２４）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがほしのゆめ、ななつぼし、きらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづき以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがほしのゆめ、ななつぼし、きらら３９７、ゆめぴりかおよびおぼろづき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１１】
多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２５）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがめんこいな、まっしぐら、ササニシキ、たつこもちおよびきぬのはだからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがめんこいな、まっしぐら、ササニシキ、たつこもちおよびきぬのはだからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２５）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがめんこいな、まっしぐら、ササニシキ、たつこもちおよびきぬのはだ以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがめんこいな、まっしぐら、ササニシキ、たつこもちおよびきぬのはだ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１２】
多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２６）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがきぬむすめである可能性が高い、またはサンプルがきぬむすめを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２６）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがきぬむすめ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきぬむすめ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１３】
多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２７）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがあいちのかおりである可能性が高い、またはサンプルがあいちのかおりを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２７）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがあいちのかおり以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがあいちのかおり以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１４】
多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２８）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがおぼろづきである可能性が高い、またはサンプルがおぼろづきを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２８）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがおぼろづき以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがおぼろづき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１５】
多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（２９）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがおぼろづきである可能性が高い、またはサンプルがおぼろづきを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２９）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがおぼろづき以外の品種である可能性が高い、またはおぼろづき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１６】
多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３０）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがゆめみずほである可能性が高い、またはサンプルがゆめみずほを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（２０）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがゆめみずほ以外の品種である可能性が高い、またはゆめみずほ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１７】
多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３１）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがササニシキである可能性が高い、またはサンプルがササニシキを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３１）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがササニシキ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがササニシキ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１８】
多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３２）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがミルキークイーンである可能性が高い、またはサンプルがミルキークイーンを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３２）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがミルキークイーン以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがミルキークイーン以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４１９】
多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３３）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがヒヨクモチである可能性が高い、またはサンプルがヒヨクモチを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３３）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがヒヨクモチ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがヒヨクモチ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２０】
多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３４）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがヒヨクモチである可能性が高い、またはサンプルがヒヨクモチを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３４）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがヒヨクモチ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがヒヨクモチ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２１】
多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３５）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがヒメノモチ、にこまる、まなむすめ、チヨニシキおよびわたぼうしからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、もしくは、サンプルがヒメノモチ、にこまる、まなむすめ、チヨニシキおよびわたぼうしからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３５）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがヒメノモチ、にこまる、まなむすめ、チヨニシキおよびわたぼうし以外の品種である可能性が高い、もしくは、サンプルがヒメノモチ、にこまる、まなむすめ、チヨニシキおよびわたぼうし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２２】
多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３６）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがこがねもちである可能性が高い、またはサンプルがこがねもちを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３６）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがこがねもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがこがねもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２３】
多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３７）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがこがねもちである可能性が高い、またはサンプルがこがねもちを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３７）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがこがねもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがこがねもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２４】
多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３８）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルが風の子もち、きぬむすめおよびにこまるからなる群より選ばれる１種以上である可能性が高い、またはサンプルが風の子もち、きぬむすめおよびにこまるからなる群より選ばれる１種以上を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３８）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルが風の子もち、きぬむすめおよびにこまる以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが風の子もち、きぬむすめおよびにこまる以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２５】
多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（３９）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがわたぼうしである可能性が高い、またはサンプルがわたぼうしを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（３９）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがわたぼうし以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがわたぼうし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２６】
多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４０）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがわたぼうしである可能性が高い、またはサンプルがわたぼうしを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４０）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがわたぼうし以外の品種である可能性が高い、またはわたぼうし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２７】
多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４１）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがはくちょうもちである可能性が高い、またははくちょうもちを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４１）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがはくちょうもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがはくちょうもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２８】
多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４２）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがはくちょうもちである可能性が高い、またはサンプルがはくちょうもちを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４２）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがはくちょうもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがはくちょうもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４２９】
多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４３）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがたつこもちおよび／またはきぬのはだである可能性が高い、またはサンプルがたつこもちおよび／またはきぬのはだを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４３）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがたつこもちおよびきぬのはだ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがたつこもちおよびきぬのはだ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３０】
多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４４）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがきたゆきもちである可能性が高い、またはサンプルがきたゆきもちを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４４）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがきたゆきもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきたゆきもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３１】
多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４５）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルがきぬのはだである可能性が高い、またはサンプルがきぬのはだを含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４５）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルがきぬのはだ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきぬのはだ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３２】
多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４６）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルが山田錦である可能性が高い、またはサンプルが山田錦を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４６）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルが山田錦以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが山田錦以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３３】
多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４７）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルが山田錦である可能性が高い、またはサンプルが山田錦を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４７）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルが山田錦以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが山田錦以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３４】
多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを少なくとも用いる増幅反応により、多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無が確認され、これによりコメの品種を識別できる。例えば、多型（４８）のｍＰｉｎｇが挿入されていることが確認された場合には、サンプルが五百万石である可能性が高い、またはサンプルが五百万石を含む可能性が高いと判定できる。一方、多型（４８）のｍＰｉｎｇが挿入されていないことが確認された場合には、サンプルが五百万石以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが五百万石以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３５】
品種識別の際には、以下の工程〔１〕〜〔４２〕のいずれかの工程を行うことが好ましい。工程〔１〕〜〔４２〕は、いずれか１つの工程を行えばよく、目的に応じて２以上の工程を組み合わせて行ってもよい。なお、工程〔１〕〜〔４２〕は一例に過ぎず、上記の表２〜５に基づき、これらの工程に示した多型の組み合わせ以外の組み合わせでもイネの品種の識別が可能である。
工程〔１〕：多型（１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はひとめぼれまたはてんたかくであると判定すること
工程〔１〕の際には、多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがひとめぼれまたはてんたかくである可能性が高い、またはサンプルがひとめぼれまたはてんたかくを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがひとめぼれおよびてんたかく以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがひとめぼれおよびてんたかく以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３６】
工程〔２〕：多型（２）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（６）と、（１２）と、（２５）または（３１）と、（３６）または（３７）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はあきたこまちであると判定すること
工程〔２〕の際には、以下を用いて行えばよい。
多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、
多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および／もしくは、多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および
多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および／もしくは、多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４３７】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（６）と、（１２）と、（２５）または（３１）と、（３６）または（３７）とにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがあきたこまちである可能性が高い、またはサンプルがあきたこまちを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（６）と、（１２）と、（２５）または（３１）と、（３６）または（３７）とのいずれかにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがあきたこまち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがあきたこまち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４３８】
工程〔３〕：多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（６）、（１０）または（１１）と、（１５）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はヒノヒカリまたは森のくまさんであると判定すること
工程〔３〕の際には、以下を用いて行えばよい：
多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットから選ばれるいずれか１種以上；および
多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４３９】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、多型（６）、（１０）または（１１）と、（１５）とにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがヒノヒカリまたは森のくまさんである可能性が高い、またはサンプルがヒノヒカリまたは森のくまさんを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（６）、（１０）または（１１）と、（１５）とのいずれかにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがヒノヒカリおよび森のくまさん以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがヒノヒカリおよび森のくまさん以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４０】
工程〔４〕：多型（４）または（５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はななつぼしであると判定すること
工程〔４〕の際には、多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４）または（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがななつぼしである可能性が高い、またはサンプルがななつぼしを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４）および（５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがななつぼし以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがななつぼし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４１】
工程〔５〕：多型（２）および（６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象ははえぬきであると判定すること
工程〔５〕の際には、多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２）および（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがはえぬきである可能性が高い、またはサンプルがはえぬきを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２）または（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがはえぬき以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがはえぬき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４２】
工程〔６〕：多型（７）および（８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきらら３９７であると判定すること
工程〔６〕の際には、多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（７）および（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがきらら３９７である可能性が高い、またはサンプルがきらら３９７を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（７）または（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがきらら３９７以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきらら３９７以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４３】
工程〔７〕：多型（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はまっしぐらであると判定する工程
工程〔７〕の際には、多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがまっしぐらである可能性が高い、またはサンプルがまっしぐらを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（４３）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがまっしぐら以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがまっしぐら以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４４】
工程〔８〕：多型（１０）または（１１）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（３）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はこしいぶきであると判定すること
工程〔８〕の際には、以下を用いて行えばよい。
多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および、
多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４４５】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１０）または（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（３）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがこしいぶきである可能性が高い、またはサンプルがこしいぶきを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１０）および（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（３）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがこしいぶき以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがこしいぶき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４６】
工程〔９〕：多型（２）および（１２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はつがるロマンであると判定すること
工程〔９〕の際には、多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２）および（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがつがるロマンである可能性が高い、またはサンプルがつがるロマンを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２）または（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがつがるロマン以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがつがるロマン以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４７】
工程〔１０〕：多型（１３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はキヌヒカリであると判定すること
工程〔１０〕の際には、多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがキヌヒカリである可能性が高い、またはサンプルがキヌヒカリを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがキヌヒカリ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがキヌヒカリ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４８】
工程〔１１〕：多型（１４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はあさひの夢であると判定すること
工程〔１１〕の際には、多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがあさひの夢である可能性が高い、またはサンプルがあさひの夢を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１４）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがあさひの夢以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがあさひの夢以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４４９】
工程〔１２〕：多型（８）および（１５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆめぴりかであると判定すること
工程〔１２〕の際には、多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（８）および（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがゆめぴりかである可能性が高い、またはサンプルがゆめぴりかを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（８）または（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがゆめぴりか以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがゆめぴりか以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５０】
工程〔１３〕：多型（１６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はふさこがねであると判定すること
工程〔１３〕の際には、多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがふさこがねである可能性が高い、またはサンプルがふさこがねを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１６）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがふさこがね以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがふさこがね以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５１】
工程〔１４〕：多型（１７）または（１８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はつや姫であると判定すること
工程〔１４〕の際には、多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１７）または（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがつや姫である可能性が高い、またはサンプルがつや姫を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１７）および（１８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがつや姫以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがつや姫以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５２】
工程〔１５〕：多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はハナエチゼンであると判定すること
工程〔１５〕の際には、多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがハナエチゼンである可能性が高い、またはサンプルがハナエチゼンを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがハナエチゼン以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがハナエチゼン以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５３】
工程〔１６〕：多型（２０）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１２）おいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象は夢つくしであると判定すること
工程〔１６〕の際には、多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルが夢つくしである可能性が高い、またはサンプルが夢つくしを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（１２）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルが夢つくし以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが夢つくし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５４】
工程〔１７〕：多型（２１）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はふさおとめまたはハツシモであると判定すること
工程〔１７〕の際には、多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（１９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがふさおとめまたはハツシモである可能性が高い、またはサンプルがふさおとめまたはハツシモを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（１９）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがふさおとめおよびハツシモ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがふさおとめおよびハツシモ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５５】
工程〔１８〕：多型（２２）または（２３）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はふっくりんこであると判定すること
工程〔１８〕の際には、多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２２）または（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがふっくりんこである可能性が高い、またはサンプルがふっくりんこを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２２）および（２３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがふっくりんこ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがふっくりんこ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５６】
工程〔１９〕：多型（７）または（１５）と、（２４）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はほしのゆめであると判定すること
工程〔１９〕の際には、以下を用いて行えばよい：
多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および、
多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４５７】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（７）または（１５）と（２４）とにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがほしのゆめである可能性が高い、またはサンプルがほしのゆめを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（７）および（１５）と、（２４）とのいずれかにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがほしのゆめ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがほしのゆめ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４５８】
工程〔２０〕：多型（２５）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（２）および（９）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はめんこいなであると判定すること
工程〔２０〕の際には、以下を用いて行えばよい：
多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および
多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４５９】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、多型（２）および（９）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがめんこいなである可能性が高い、またはサンプルがめんこいなを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（２）または（９）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがめんこいな以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがめんこいな以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６０】
工程〔２１〕：多型（２６）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきぬむすめであると判定すること
工程〔２１〕の際には、多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがきぬむすめである可能性が高い、またはサンプルがきぬむすめを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがきぬむすめ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきぬむすめ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６１】
工程〔２２〕：多型（２７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はあいちのかおりであると判定すること
工程〔２２〕の際には、多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがあいちのかおりである可能性が高い、またはサンプルがあいちのかおりを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２７）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがあいちのかおり以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがあいちのかおり以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６２】
工程〔２３〕：多型（２８）または（２９）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はおぼろづきであると判定すること
工程〔２３〕の際には、多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２８）または（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがおぼろづきである可能性が高い、またはサンプルがおぼろづきを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（２８）および（２９）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがおぼろづき以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがおぼろづき以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６３】
工程〔２４〕：多型（３０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆめみずほであると判定すること
工程〔２４〕の際には、多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがゆめみずほである可能性が高い、またはサンプルがゆめみずほを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがゆめみずほ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがゆめみずほ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６４】
工程〔２５〕：多型（３１）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はササニシキであると判定すること
工程〔２５〕の際には、多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがササニシキである可能性が高い、またはサンプルがササニシキを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３１）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがササニシキ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがササニシキ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６５】
工程〔２６〕：多型（３２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はミルキークイーンであると判定すること
工程〔２６〕の際には、多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがミルキークイーンである可能性が高い、またはサンプルがミルキークイーンを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがミルキークイーン以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがミルキークイーン以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６６】
工程〔２７〕：多型（３３）または（３４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はヒヨクモチであると判定すること
工程〔２７〕の際には、多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３３）または（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがヒヨクモチである可能性が高い、またはサンプルがヒヨクモチを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３３）および（３４）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがヒヨクモチ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがヒヨクモチ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６７】
工程〔２８〕：多型（３５）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（１２）または（３８）と（３９）または（４０）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はヒメノモチ、まなむすめまたはチヨニシキであると判定すること
工程〔２８〕の際には、以下を用いて行えばよい。
多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および／もしくは、多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および
多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および／もしくは、多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４６８】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（１２）または（３８）と（３９）または（４０）とにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがヒメノモチ、まなむすめまたはチヨニシキである可能性が高い、またはサンプルがヒメノモチ、まなむすめまたはチヨニシキを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（１２）または（３８）と（３９）または（４０）とのいずれかにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがヒメノモチ、まなむすめおよびチヨニシキ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがヒメノモチ、まなむすめおよびチヨニシキ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４６９】
工程〔２９〕：多型（３６）または（３７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はこがねもちであると判定すること
工程〔２９〕の際には、多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３６）または（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがこがねもちである可能性が高い、またはサンプルがこがねもちを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３６）および（３７）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがこがねもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがこがねもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７０】
工程〔３０〕；多型（３）または（１５）と、（３８）とにおいてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は風の子もちであると判定すること
工程〔３０〕の際には、以下を用いて行えばよい：
多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および、
多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４７１】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３）または（１５）と（３８）とにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルが風の子もちである可能性が高い、またはサンプルが風の子もちを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３）および（１５）と、（３８）とのいずれかにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルが風の子もち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが風の子もち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７２】
工程〔３１〕：多型（３９）または（４０）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はわたぼうしであると判定すること
工程〔３１〕の際には、多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３９）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３９）または（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがわたぼうしである可能性が高い、またはサンプルがわたぼうしを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３９）および（４０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがわたぼうし以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがわたぼうし以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７３】
工程〔３２〕：多型（４１）または（４２）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象ははくちょうもちであると判定すること
工程〔３２〕の際には、多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４１）または（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがはくちょうもちである可能性が高い、またはサンプルがはくちょうもちを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４１）および（４２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがはくちょうもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがはくちょうもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７４】
工程〔３３〕：多型（４３）においてｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はたつこもちであると判定すること
工程〔３３〕の際には、多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、それぞれのプライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがたつこもちである可能性が高い、またはサンプルがたつこもちを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４３）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（４５）においてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがたつこもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがたつこもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７５】
工程〔３４〕：多型（４４）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきたゆきもちであると判定すること
工程〔３４〕の際には、多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがきたゆきもちである可能性が高い、またはサンプルがきたゆきもちを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４４）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがきたゆきもち以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきたゆきもち以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７６】
工程〔３５〕：多型（４５）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はきぬのはだであると判定すること
工程〔３５〕の際には、多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがきぬのはだである可能性が高い、またはサンプルがきぬのはだを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４５）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがきぬのはだ以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがきぬのはだ以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７７】
工程〔３６〕：多型（４６）または（４７）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は山田錦であると判定すること
工程〔３６〕の際には、多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、もしくは、多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４６）または（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルが山田錦である可能性が高い、またはサンプルが山田錦を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４６）および（４７）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルが山田錦以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが山田錦以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７８】
工程〔３７〕：多型（４８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象は五百万石であると判定すること
工程〔３７〕の際には、多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルが五百万石である可能性が高い、またはサンプルが五百万石を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルが五百万石以外の品種である可能性が高い、またはサンプルが五百万石以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４７９】
工程〔３８〕：多型（３５）および（３８）においてｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はにこまるであると判定すること
工程〔３８〕の際には、多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３５）および（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがにこまるである可能性が高い、またはサンプルがにこまるを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３５）または（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがにこまる以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがにこまる以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４８０】
工程〔３９〕：多型（３）と、（６）、（１０）または（１１）とにｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はゆきん子舞であると判定すること
工程〔３９〕の際には、以下を用いて行えばよい：
多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および、
多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１１）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットからなる群より選ばれる１種以上。
【０４８１】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３）と、（６）、（１０）または（１１）とにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがゆきん子舞である可能性が高い、またはサンプルがゆきん子舞を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（３）と、（６）、（１０）または（１１）とのいずれかにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがゆきん子舞以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがゆきん子舞以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４８２】
工程〔４０〕：多型（１２）および（２０）にｍＰｉｎｇが挿入されている場合に、被検対象はなすひかりであると判定すること
工程〔４０〕の際には、多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および、多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブまたは多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセットを用いることが好ましく、各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１２）および（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがなすひかりである可能性が高い、またはサンプルがなすひかりを含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１２）または（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがなすひかり以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがなすひかり以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４８３】
工程〔４１〕：多型（１２）にｍＰｉｎｇが挿入されており、多型（２）と、（１３）と、（２０）と、（２６）と、（３５）または（３８）とにｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はあきさかりであると判定すること
工程〔４１〕の際には、以下を用いて行えばよい。
多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、
多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（１３）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２０）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；
多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（２６）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット；および
多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３５）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット、および／もしくは、多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るプローブ、または多型（３８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるプライマーセット。
【０４８４】
これらのうち、各プライマーセットを用いたＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認され、かつ、多型（２）と、（１３）と、（２０）と、（２６）と、（３５）または（３８）とにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがあきさかりである可能性が高い、またはサンプルがあきさかりを含む可能性が高いと判定できる。各プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１２）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されないか、もしくは多型（２）と、（１３）と、（２０）と、（２６）と、（３５）または（３８）とのいずれかにおいてｍＰｉｎｇの挿入が確認された場合には、サンプルがあきさかり以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがあきさかり以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４８５】
工程〔４２〕：多型（１）〜（４８）のいずれにもｍＰｉｎｇが挿入されていない場合に、被検対象はこしひかり、アケボノ、ゆめおばこ、日本晴、彩のかがやき、夢しずく、さがびより、秋の詩、元気づくしまたは朝日と判定すること。
工程〔４２〕の際には、多型（１）〜（４８）のそれぞれにおけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得るすべてのプローブまたは多型（１）〜（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入の有無を検出し得る２以上のプライマーから構成されるすべてのプライマーセットを用いることが好ましく、該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅による検査を行うことが好ましい。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１）〜（４８）におけるｍＰｉｎｇの挿入が確認されない場合には、サンプルがこしひかり、アケボノ、ゆめおばこ、日本晴、彩のかがやき、夢しずく、さがびより、秋の詩、元気づくしまたは朝日である可能性が高い、またはサンプルがこれらの品種を含む可能性が高いと判定できる。該プライマーセットを用いるＤＮＡの増幅反応により多型（１）〜（４８）のいずれかにおけるｍＰｉｎｇの挿入が確認される場合には、サンプルがこしひかり、アケボノ、ゆめおばこ、日本晴、彩のかがやき、夢しずく、さがびより、秋の詩、元気づくしおよび朝日以外の品種である可能性が高い、またはサンプルがこしひかり、アケボノ、ゆめおばこ、日本晴、彩のかがやき、夢しずく、さがびより、秋の詩、元気づくしおよび朝日以外の品種を含む可能性が高いと判定できる。
【０４８６】
本発明はまた、本発明で用いられる上述した各種プライマーセット、およびこのような各種プライマーセットを含むキットに関する。
【０４８７】
本発明のキットは、増幅反応で用いられるタンパク質をさらに含んでいてもよい。このようなタンパク質としては、例えば、ＤＮＡポリメラーゼ（例、ＬＡＭＰでは、鎖置換型ＤＮＡポリメラーゼ）、制限酵素、リボヌクレアーゼＨ、ライゲース、ヘリカーゼおよびリコンビナーゼが挙げられる。本発明のキットはまた、蛍光試薬、ｄＮＴＰｓ等の基質、ＡＴＰ等の補酵素を含んでいてもよい。本発明のキットはさらに、コントロールとして用いることができるハウスキーピング遺伝子（例、ＧＡＰＤＨ、β−アクチン、β２−マイクログロブリン、ＨＰＲＴ１）をコードするコントロールＤＮＡ、およびこのようなコントロールＤＮＡに対する２以上のプライマーを含んでいてもよい。本発明のキットはまた、ポジティブコントロールおよび／またはネガティブコントロールを含んでいてもよい。本発明のキットは、個々の容器（例、チューブ）に隔離された形態で各成分を含んでいてもよいが、２種以上の成分が同一容器中で予め混合されていてもよい。
【０４８８】
以下、本発明を実施例により詳細に説明するが、本発明は、これらの実施例に限定されるものではない。
【実施例】
【０４８９】
実施例１：ＰＣＲ法によるひとめぼれの品種識別
うるち米の流通上位７品種であるコシヒカリ、ひとめぼれ、あきたこまち、ヒノヒカリ、ななつぼし、はえぬき、きらら３９７の玄米をフードミルで粉砕し、粉砕試料のうち０．５ｇからＧＭ  Ｑｕｉｃｋｅｒ  ２抽出キットを用いてＤＮＡを抽出した。
【０４９０】
ひとめぼれの抽出ＤＮＡにコシヒカリの抽出ＤＮＡを等量混合し、ひとめぼれへの擬似的な混入試料を作製した。
【０４９１】
品種識別は、ＰＣＲ法を用いて行った。用いたプライマーは表８の通りであった。
【０４９２】
【表８】
2015139425.tif 000010
【０４９３】
ＰＣＲ反応は、１ｘＧｏｔａｑ  Ｇｒｅｅｎ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）、０．２５μＭのＰＣＲ−ＦおよびＰＣＲ−Ｒプライマー、５ｎｇの抽出ＤＮＡを混合した１０μＬとし、９５℃２分、３０サイクルの９５℃３０秒；５５℃３０秒；７２℃３０秒、７２℃５分の温度条件で行った。終了後の反応液は、２％アガロースゲルで電気泳動し、増幅産物を確認した。
【０４９４】
ＰＣＲ法の結果を図５１に示した。図５１から明らかなとおり、ひとめぼれ以外の品種では挿入がないことを示す２４４ｂｐの断片が得られるが、ひとめぼれではトランスポゾンの配列長（４３３ｂｐ）だけ長い６７７ｂｐの増幅断片が得られるため、ひとめぼれだけを容易に識別可能であった。また、ひとめぼれとコシヒカリの混合試料では両者の増幅断片が得られるため、ひとめぼれに他品種の混入があることが容易に判定できた。
【０４９５】
実施例２：ＬＡＭＰ法によるひとめぼれの品種識別
ＤＮＡ抽出および擬似的な混入試料の調製を実施例１と同様に行った後、以下の操作を行った。
【０４９６】
品種識別は、ＬＡＭＰ法を用いて行った。用いたプライマーは表９の通りであった。
【０４９７】
【表９】
2015139425.tif 000011
【０４９８】
ＬＡＭＰ反応は、多型（１）におけるトランスポゾンｍＰｉｎｇの挿入有りを検出するＰプライマーセット（３５Ｐ−Ｆ３、３５Ｐ−Ｂ３、３５Ｐ−ＦＩＰ、３５Ｐ−ＢＩＰ、３５Ｐ−ＬＦおよび３５Ｐ−ＬＢ）と挿入なしを検出するＮプライマーセット（３５Ｎ−Ｆ３、３５Ｎ−Ｂ３、３５Ｎ−ＦＩＰ、３５Ｎ−ＢＩＰ、３５Ｎ−ＬＦおよび３５Ｎ−ＬＢ）の２組を利用し、それぞれ２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．８）、１０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＳＯ4、０．１％  Ｔｗｅｅｎ２０、０．８Ｍ  Ｂｅｔａｉｎ、１．４ｍＭ  ｄＮＴＰｓ、０．２μＭのＦ３およびＢ３プライマー、１．６μＭのＦＩＰおよびＢＩＰプライマー、０．８μＭのＬＦおよびＬＢプライマー、８ｕｎｉｔのＢｓｔ  ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ)、１μＬのＬｏｏｐａｍｐ蛍光・目視検出試薬（栄研化学）、および１０ｎｇの抽出ＤＮＡを含む全量２５μＬとした。
ＬＡＭＰ増幅は、６３℃で３０分間反応させた後、８０℃で２分間加熱し反応停止した。反応液に３６５ｎｍの紫外線を照射し、蛍光を発色するものを増幅有、発色しないものは増幅無として判定を行った。
【０４９９】
ＬＡＭＰ法の結果を図５２に示した。図５２から明らかなとおり、Ｐプライマーセットはひとめぼれだけを、Ｎプライマーセットはそれ以外の品種で増幅が確認できるため、ＰＣＲ法同様ひとめぼれを容易に識別できた。また、混入試料についても実施例１と同様の結果が得られた。
【産業上の利用可能性】
【０５００】
本発明によれば、イネの品種識別を行うことにより、サンプルに含まれる品種の特定、サンプル中への他品種の混入の有無の検出、商品として表示された品種の真偽の判定等に利用できる。
【配列表フリーテキスト】
【０５０１】
配列番号１：多型（１）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３５）
配列番号２：多型（２）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３９）
配列番号３：多型（３）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２６）
配列番号４：多型（４）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー５２）
配列番号５：多型（５）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー１８６）
配列番号６：多型（６）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２３３）
配列番号７：多型（７）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４）
配列番号８：多型（８）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー１８９）
配列番号９：多型（９）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２３９）
配列番号１０：多型（１０）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２４０）
配列番号１１：多型（１１）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２４１）
配列番号１２：多型（１２）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー６８）
配列番号１３：多型（１３）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２４５）
配列番号１４：多型（１４）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２５３）
配列番号１５：多型（１５）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー１９１）
配列番号１６：多型（１６）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２６１）
配列番号１７：多型（１７）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー７７）
配列番号１８：多型（１８）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２６５）
配列番号１９：多型（１９）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー８３）
配列番号２０：多型（２０）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２４４）
配列番号２１：多型（２１）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４２）
配列番号２２：多型（２２）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２７）
配列番号２３：多型（２３）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー１９９）
配列番号２４：多型（２４）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー５７）
配列番号２５：多型（２５）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２３４）
配列番号２６：多型（２６）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２９９）
配列番号２７：多型（２７）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３０４）
配列番号２８：多型（２８）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３１）
配列番号２９：多型（２９）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２０３）
配列番号３０：多型（３０）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３０９）
配列番号３１：多型（３１）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３１７）
配列番号３２：多型（３２）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３２４）
配列番号３３：多型（３３）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー１０２）
配列番号３４：多型（３４）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３７１）
配列番号３５：多型（３５）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３４８）
配列番号３６：多型（３６）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３９２）
配列番号３７：多型（３７）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー３９４）
配列番号３８：多型（３８）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４８）
配列番号３９：多型（３９）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４１１）
配列番号４０：多型（４０）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４１３）
配列番号４１：多型（４１）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２０８）
配列番号４２：多型（４２）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２１７）
配列番号４３：多型（４３）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４１７）
配列番号４４：多型（４４）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー２２４）
配列番号４５：多型（４５）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４２０）
配列番号４６：多型（４６）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４２６）
配列番号４７：多型（４７）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４２９）
配列番号４８：多型（４８）のｍＰｉｎｇが挿入された塩基配列（マーカー４３６）
配列番号４９：プライマー  ３５ＰＣＲ−Ｆの塩基配列
配列番号５０：プライマー  ３５ＰＣＲ−Ｒの塩基配列
配列番号５１：プライマー  ３５Ｐ−Ｆ３および３５Ｎ−Ｆ３の塩基配列
配列番号５２：プライマー  ３５Ｐ−Ｂ３の塩基配列
配列番号５３：プライマー  ３５Ｐ−ＦＩＰおよび３５Ｎ−ＦＩＰの塩基配列
配列番号５４：プライマー  ３５Ｐ−ＢＩＰの塩基配列
配列番号５５：プライマー  ３５Ｐ−ＬＦの塩基配列
配列番号５６：プライマー  ３５Ｐ−ＬＢの塩基配列
配列番号５７：プライマー  ３５Ｎ−Ｂ３の塩基配列
配列番号５８：プライマー  ３５Ｎ−ＢＩＰの塩基配列
配列番号５９：プライマー  ３５Ｎ−ＬＦの塩基配列
配列番号６０：プライマー  ３５Ｎ−ＬＢの塩基配列
配列番号６１：多型（１）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３５）
配列番号６２：多型（２）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３９）
配列番号６３：多型（３）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２６）
配列番号６４：多型（４）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー５２）
配列番号６５：多型（５）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー１８６）
配列番号６６：多型（６）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２３３）
配列番号６７：多型（７）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４）
配列番号６８：多型（８）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー１８９）
配列番号６９：多型（９）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２３９）
配列番号７０：多型（１０）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２４０）
配列番号７１：多型（１１）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２４１）
配列番号７２：多型（１２）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー６８）
配列番号７３：多型（１３）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２４５）
配列番号７４：多型（１４）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２５３）
配列番号７５：多型（１５）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー１９１）
配列番号７６：多型（１６）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２６１）
配列番号７７：多型（１７）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー７７）
配列番号７８：多型（１８）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２６５）
配列番号７９：多型（１９）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー８３）
配列番号８０：多型（２０）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２４４）
配列番号８１：多型（２１）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４２）
配列番号８２：多型（２２）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２７）
配列番号８３：多型（２３）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー１９９）
配列番号８４：多型（２４）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー５７）
配列番号８５：多型（２５）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２３４）
配列番号８６：多型（２６）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２９９）
配列番号８７：多型（２７）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３０４）
配列番号８８：多型（２８）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３１）
配列番号８９：多型（２９）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２０３）
配列番号９０：多型（３０）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３０９）
配列番号９１：多型（３１）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３１７）
配列番号９２：多型（３２）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３２４）
配列番号９３：多型（３３）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー１０２）
配列番号９４：多型（３４）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３７１）
配列番号９５：多型（３５）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３４８）
配列番号９６：多型（３６）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３９２）
配列番号９７：多型（３７）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー３９４）
配列番号９８：多型（３８）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４８）
配列番号９９：多型（３９）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４０１か４０１）
配列番号１００：多型（４０）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４１３）
配列番号１０１：多型（４１）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２０８）
配列番号１０２：多型（４２）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２１７）
配列番号１０３：多型（４３）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４１７）
配列番号１０４：多型（４４）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー２２４）
配列番号１０５：多型（４５）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４２０）
配列番号１０６：多型（４６）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４２６）
配列番号１０７：多型（４７）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４２９）
配列番号１０８：多型（４８）のｍＰｉｎｇが挿入されていない塩基配列（マーカー４３６）
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０】
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【図５３】
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【図５４】
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【図５５】
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【図５６】
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【図５７】
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【図５８】
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【図５９】
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【図６０】
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【図６１】
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【図６２】
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【図６３】
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【図６４】
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【図６５】
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【図６６】
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【図６７】
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【図６８】
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【図６９】
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【図７０】
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【図７１】
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【図７２】
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【図７３】
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【図７４】
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【図７５】
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【図７６】
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【図７７】
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【図７８】
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【図７９】
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【図８０】
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【図８１】
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【図８２】
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【図８３】
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【図８４】
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【図８５】
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【図８６】
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【図８７】
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【図８８】
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【図８９】
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【図９０】
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【図９１】
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【図９２】
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【図９３】
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【図９４】
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【図９５】
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【図９６】
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【図９７】
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【図９８】
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【図９９】
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【図１００】
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【図５１】
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【図５２】
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【配列表】
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