(57)【要約】【課題】細胞接着を予防するペプチド及び組成物、並びにこれを使用する方法を提供する。【解決手段】水生生物及びコケ等の生物から抽出された、例えば任意でＹＤＹＮＷＹ、ＹＤＹＮＬＹ、ＦＤＹＮＦＹ、ＦＤＹＮＬＹ、ＦＤＹＮＷＹ、ＹＤＷＮＬＹ、ＹＤＷＨＬＹ及びＷＤＹＮＬＹからなる群から選択される配列又は本明細書に記載の任意の他の配列を含み得る単離ペプチドを含む組成物、並びに例えば微生物バイオフィルムの形成及び表面への細胞の接着に対する処理又はその予防にこの組成物を使用する方法。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
布、繊維、発泡体、フィルム、コンクリート、レンガ、ガラス、金属及びプラスチックからなる群から選択される表面に単細胞生物が接着するのを予防する方法であって、該方法は該単細胞生物を細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ、ＹＤＷＮＬＹ、及びＹＤＷＨＬＹからなる群から選択される配列を含む単離されたか又は合成されたペプチドを含む組成物に接触させることを含み、該組成物が前記表面への前記単細胞生物の接着を予防又は低減するとともに、前記ペプチドは５０以下のアミノ酸を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）が配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）が配列ＭＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＶ（配列番号５８）又は配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号５７）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号１１）又は配列ＬＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号５９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）がＬＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１８）、ＬＦＳＩＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号６０）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１２）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＴＮＷＷ(配列番号１３)、ＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１４）及びＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＫＮＷＬ（配列番号１６）からなる群から選択される配列のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）が配列ＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦ（配列番号１５）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号５４）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＱＳＷＡ（配列番号１９）又は配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＳＡＷＡ（配列番号２０）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法において、前記配列ＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＨＬＹＮＡＷＡ（配列番号２１）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法において、前記ペプチドを水生生物から単離することを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法において、前記水生生物が魚類及び固着生物からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法において、前記固着生物がアイプタシア・プルチェラ及びアネモニア・ビリダンスからなる群から選択されるイソギンチャクであることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法において、前記ペプチドをコケから単離することを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法において、前記コケがフィスコミトレラ・パテンス、ヒョウタンゴケ（真核生物界；緑色植物亜界；ストレプト植物門；有胚植物類；コケ植物類；コケ上綱Ｖ；蘚類綱；ヒョウタンゴケ亜綱；ヒョウタンゴケ目；ヒョウタンゴケ科；及びニセツリガネゴケ属）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１に記載の方法において、前記組成物が凍結乾燥に耐性があることを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１に記載の方法において、前記組成物が細胞の凝集を阻害することを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法において、前記単細胞生物がバイオフィルム中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１に記載の方法において、前記単細胞生物が細菌、真菌、原生動物及び古細菌からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法において、前記真菌が酵母を含むことを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１に記載の方法において、前記組成物が霧状、ゲル及び塗料からなる群から選択される形態にあることを特徴とする方法。
【請求項２１】
細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）、ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）、及びＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）からなる群から選択される配列を含む単離ペプチド又は合成ペプチドを含む組成物を含む医療装置であって、該組成物が該装置の表面上にコーティングされているか、又は該医療装置のポリマーマトリクスに組み込まれており、該医療装置が体内型装置又は体外型装置であり、且つ前記ペプチドが５０以下のアミノ酸を含むことを特徴とする医療装置。
【請求項２２】
請求項２１に記載の医療装置において、前記装置が埋め込み型医療装置又は医療機器であることを特徴とする医療装置。
【請求項２３】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）が配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項２４】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）が配列ＭＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＶ（配列番号５８）又は配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号５７）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項２５】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号１１）又は配列ＬＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号５９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項２６】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）がＬＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１８）、ＬＦＳＩＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号６０）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１２）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＴＮＷＷ（配列番号１３）、ＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１４）及びＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＫＮＷＬ（配列番号１６）からなる群から選択される配列のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項２７】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）が配列ＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦ（配列番号１５）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項２８】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号５４）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項２９】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＹＤＷＮＬＹ(配列番号６)が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＱＳＷＡ（配列番号１９）又は配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＳＡＷＡ（配列番号２０）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項３０】
請求項２１に記載の医療装置において、前記配列ＹＤＷＨＬＹ（配列番号7）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＨＬＹＮＡＷＡ（配列番号２１）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする医療装置。
【請求項３１】
請求項２１に記載の医療装置において、前記ペプチドを水生生物から単離することを特徴とする医療装置。
【請求項３２】
請求項３１に記載の医療装置において、前記水生生物が魚類及び固着生物からなる群から選択されることを特徴とする医療装置。
【請求項３３】
請求項３２に記載の医療装置において、前記固着生物がアイプタシア・プルチェラ及びアネモニア・ビリダンスからなる群から選択されるイソギンチャクであることを特徴とする医療装置。
【請求項３４】
請求項２１に記載の医療装置において、前記ペプチドをコケから単離することを特徴とする医療装置。
【請求項３５】
請求項３４に記載の医療装置において、前記コケがフィスコミトレラ・パテンス、ヒョウタンゴケ（真核生物界；緑色植物亜界；ストレプト植物門；有胚植物類；コケ植物類；コケ上綱Ｖ；蘚類綱；ヒョウタンゴケ亜綱；ヒョウタンゴケ目；ヒョウタンゴケ科；及びニセツリガネゴケ属）からなる群から選択されることを特徴とする医療装置。
【請求項３６】
請求項２１に記載の医療装置において、前記組成物が凍結乾燥に耐性があることを特徴とする医療装置。
【請求項３７】
請求項２１に記載の医療装置において、前記組成物が細胞の凝集を阻害することを特徴とする医療装置。
【請求項３８】
水を処理して、バイオフィルムの形成又はフィルターの汚損を予防又は低減する方法であって、細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）、及びＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）からなる群から選択される配列を含む単離ペプチド又は合成ペプチドを含む組成物で前記水を処理することを含み、前記ペプチドは５０以下のアミノ酸を有することを特徴とする方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）が配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４０】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）が配列ＭＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＶ（配列番号５８）又は配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号５７）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４１】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号１１）又は配列ＬＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号５９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４２】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）がＬＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１８）、ＬＦＳＩＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号６０）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１２）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＴＮＷＷ（配列番号１３）、ＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１４）及びＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＫＮＷＬ（配列番号１６）からなる群から選択される配列のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４３】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）が配列ＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦ（配列番号１５）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４４】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号５４）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４５】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＱＳＷＡ（配列番号１９）又は配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＳＡＷＡ（配列番号２０）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４６】
請求項３８に記載の方法において、前記配列ＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＨＬＹＮＡＷＡ（配列番号２１）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項４７】
請求項３８に記載の方法において、前記ペプチドを水生生物から単離することを特徴とする方法。
【請求項４８】
請求項４７に記載の方法において、前記水生生物が魚類及び固着生物からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法において、前記固着生物がアイプタシア・プルチェラ及びアネモニア・ビリダンスからなる群から選択されるイソギンチャクであることを特徴とする方法。
【請求項５０】
前記ペプチドをコケから単離する、請求項３８に記載の方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法において、前記コケがフィスコミトレラ・パテンス、ヒョウタンゴケ（真核生物界；緑色植物亜界；ストレプト植物門；有胚植物類；コケ植物類；コケ上綱Ｖ；蘚類綱；ヒョウタンゴケ亜綱；ヒョウタンゴケ目；ヒョウタンゴケ科；及びニセツリガネゴケ属）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項５２】
請求項３８に記載の方法において、前記組成物が凍結乾燥に耐性があることを特徴とする方法。
【請求項５３】
請求項３８に記載の方法において、前記組成物が細胞の凝集を阻害することを特徴とする方法。
【請求項５４】
請求項３８に記載の方法において、処理した前記水を逆浸透フィルターにかけることを特徴とする方法。
【請求項５５】
請求項３８に記載の方法において、前記バイオフィルムが細菌、真菌、原生動物及び古細菌からなる群から選択される単細胞生物により形成されることを特徴とする方法。
【請求項５６】
請求項５５に記載の方法において、前記真菌が酵母を含むことを特徴とする方法。
【請求項５７】
動物の身体を由来としない流体中でのバイオフィルムの形成を予防又は低減する方法であって、細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）、ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）、及びＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）からなる群から選択される配列を含む単離ペプチド又は合成ペプチドを含む組成物で前記流体を処理することを含み、前記ペプチドは５０以下のアミノ酸を含むことを特徴とする方法。
【請求項５８】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）が配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項５９】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）が配列ＭＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＶ（配列番号５８）又は配列ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号５７）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６０】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号１１）又は配列ＬＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ（配列番号５９）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６１】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）がＬＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１８）、ＬＦＳＩＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号６０）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１２）、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＴＮＷＷ（配列番号１３）、ＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ（配列番号１４）及びＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＫＮＷＬ（配列番号１６）からなる群から選択される配列のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６２】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＷＤＹＮＬＹ(配列番号８)が配列ＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦ（配列番号１５）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６３】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）が配列ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷ（配列番号５４）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６４】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＱＳＷＡ（配列番号１９）又は配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＳＡＷＡ（配列番号２０）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６５】
請求項５７に記載の方法において、前記配列ＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）が配列ＭＡＳＩＰＹＤＷＨＬＹＮＡＷＡ（配列番号２１）のタンパク質の中に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６６】
請求項５７に記載の方法において、前記ペプチドを水生生物から単離することを特徴とする方法。
【請求項６７】
請求項６６に記載の方法において、前記水生生物が魚類及び固着生物からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項６８】
請求項６７に記載の方法において、前記固着生物がアイプタシア・プルチェラ及びアネモニア・ビリダンスからなる群から選択されるイソギンチャクであることを特徴とする方法。
【請求項６９】
請求項５７に記載の方法において、前記ペプチドをコケから単離することを特徴とする方法。
【請求項７０】
請求項６９に記載の方法において、前記コケがフィスコミトレラ・パテンス、ヒョウタンゴケ（真核生物界；緑色植物亜界；ストレプト植物門；有胚植物類；コケ植物類；コケ上綱Ｖ；蘚類綱；ヒョウタンゴケ亜綱；ヒョウタンゴケ目；ヒョウタンゴケ科；及びニセツリガネゴケ属）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項７１】
請求項５７に記載の方法において、前記組成物が凍結乾燥に耐性があることを特徴とする方法。
【請求項７２】
請求項５７に記載の方法において、前記組成物が細胞の凝集を阻害することを特徴とする方法。
【請求項７３】
請求項５７に記載の方法において、前記流体を逆浸透フィルターにかけることを特徴とする方法。
【請求項７４】
請求項５７に記載の方法において、前記バイオフィルムが細菌、真菌、原生動物及び古細菌からなる群から選択される単細胞生物により形成されることを特徴とする方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法において、前記真菌が酵母を含むことを特徴とする方法。
【請求項７６】
請求項１に記載の方法において、前記ペプチドは合成ペプチドであることを特徴とする方法。
【請求項７７】
請求項１に記載の方法において、前記表面は、バイオフィルム形成を受けやすい装置内に設けられ、前記装置は、船体、自動車表面、飛行機の表面、メンブレン、フィルター、及び工業装置のいずれかであることを特徴とする方法。
【請求項７８】
請求項７６に記載の方法において、前記フィルターは逆浸透フィルターであることを特徴とする方法。
【請求項７９】
請求項２１に記載の医療装置において、前記ペプチドは合成ペプチドであることを特徴とする医療装置。
【請求項８０】
請求項３８に記載の方法において、前記ペプチドは合成ペプチドであることを特徴とする方法。
【請求項８１】
請求項３８に記載の方法において、前記表面は、バイオフィルム形成を受けやすい装置内に設けられ、前記装置は、船体、自動車表面、飛行機の表面、メンブレン、フィルター、及び工業装置のいずれかであることを特徴とする方法。
【請求項８２】
請求項８１に記載の方法において、前記フィルターは逆浸透フィルターであることを特徴とする方法。
【請求項８３】
請求項５７に記載の方法において、前記ペプチドは合成ペプチドであることを特徴とする方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は細胞接着の予防における単離天然ペプチド及びその使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
微生物は、（プランクトンとして）環境中で自由に泳動する個々の細胞として生存及び増殖することができるか、又は表面及び界面に密接に結び付いて、自己産生ポリマーマトリクス中に包含された、高度に組織化された多細胞コミュニティとして成長することができる。後者の微生物ライフスタイルはバイオフィルム（biofilm；もしくは菌膜）と呼ばれる。バイオフィルム形成は、厳しい環境で微生物を生存させ、また微生物が分散し、かつ新たなニッチにコロニーを形成するのを可能にする、古くからの（ancient）保護された成長状態を示す［非特許文献１］。
【０００３】
バイオフィルムの組成は複雑であり、異なる微生物種間で、及びさらには同じ微生物種であっても異なる環境条件下で変化する。それにもかかわらず、バイオフィルム形成は、環境中での微生物の正常なライフスタイルを示し、また全ての微生物がバイオフィルムを作製する可能性がある。これまでの研究により、細菌性のバイオフィルム形成が、タンパク質プロファイルが異なる複数の発生段階で進行することが明らかになり［非特許文献２］、これは表面への付着から始まり、その後の移動（immigration）及び分裂により微小コロニーを形成し、最終的にはマトリクスポリマーの発現を伴う成熟へと続く。各バイオフィルム段階での細菌は、浮遊状態で（planktonically）成長する同じ群のものとは顕著に異なる表現型を提示し、また顕著に異なる性質を有している［非特許文献３］。
【０００４】
バイオフィルムは、ヒトにおける全身感染（例えば院内感染）の主な原因である。体内で、バイオフィルムは組織（例えば内耳、歯、歯茎、肺、心臓弁及び尿生殖路）と結び付く可能性がある。実際、ヒトにおける細菌感染のおよそ６５％はバイオフィルムによるものである。さらに、バイオフィルムが形成された後、微生物は、時に劇的にその特性を変える傾向があり、このため、生物が付着しているか又は集塊状のバイオフィルム形態である場合、通常懸濁培養液中の生物を死滅させる抗生物質の用量では同じ微生物に対してほとんど効果がない（特許文献１）。
【０００５】
身体に導入される製品（例えばコンタクトレンズ、中心静脈カテーテル、機械心臓弁及びペースメーカー）、又は身体に経路を与える製品に関する主な懸念事項の１つは、微生物感染及び不可避なバイオフィルムの形成である。これらの感染は抗生物質による治療が困難であるので、度々装置の取り外しを余儀なくされ、このことが患者への外傷となり、医療費が増大する。したがって、当該技術分野において、かかる医療機器に関して、これらの医療機器及び装置を抗菌性にする手段及び方法が念願となっている。
【０００６】
特許文献２は既に存在しているバイオフィルムの形成を阻害するため又は既に存在しているバイオフィルムを分解するための抗アミロイド剤、例えば芳香族化合物の使用を開示している。この出願はアルツハイマー病におけるアミロイド線維形成を予防する化合物がバイオフィルム中の線維形成に対して作用することができることを開示しており、芳香族アーム（aromatic arm）を有するアミノ酸がバイオフィルムに効果的であると結論付けている。しかしながらこの分析は全長配列に限定されていた。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】米国特許第７１８９３５１号
【特許文献２】ＰＣＴ出願国際公開第０６／００６１７２号
【特許文献３】ＰＣＴ出願国際公開第２００７／１４７０９８号
【特許文献４】米国特許第４，６７８，５１２号明細書
【特許文献５】米国特許第４，２８６，９８８号明細書
【特許文献６】米国特許第４，６７５，０５１号明細書
【特許文献７】米国特許第４，８６５，９０９号明細書
【特許文献８】米国特許第５，１４３，５４５号明細書
【特許文献９】米国特許第４，６６６，８２８号明細書
【特許文献１０】米国特許第４，６８３，２０２号明細書
【特許文献１１】米国特許第４，８０１，５３１号号明細書
【特許文献１２】米国特許第５，１９２，６５９号明細書
【特許文献１３】米国特許第５，２７２，０５７号明細書
【特許文献１４】米国特許第３，７９１，９３２号明細書
【特許文献１５】米国特許第３，８３９，１５３号明細書
【特許文献１６】米国特許第３，８５０，７５２号明細書
【特許文献１７】米国特許第３，８５０，５７８号明細書
【特許文献１８】米国特許第３，８５３，９８７号明細書
【特許文献１９】米国特許第３，８６７，５１７号明細書
【特許文献２０】米国特許第３，８７９，２６２号明細書
【特許文献２１】米国特許第３，９０１，６５４号明細書
【特許文献２２】米国特許第３，９３５，０７４号明細書
【特許文献２３】米国特許第３，９８４，５３３号明細書
【特許文献２４】米国特許第３，９９６，３４５号明細書
【特許文献２５】米国特許第４，０３４，０７４号明細書
【特許文献２６】米国特許第４，０９８，８７６号明細書
【特許文献２７】米国特許第４，８７９，２１９号明細書
【特許文献２８】米国特許第５，０１１，７７１号明細書
【特許文献２９】米国特許第５，２８１，５２１号明細書
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Hall-Stoodley et al., Nat Rev Microbiol. （2004） 2（2）:95-108
【非特許文献２】Sauer et al., J Bacteriol. （2002） 184（4）:1140-54
【非特許文献３】Sauer et al., J Bacteriol. （2004） 186（21）:7312-26
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【発明の概要】
【０００９】
本発明は広範な微生物において初期段階でバイオフィルム形成を妨げる広範囲にわたる天然因子を提供する。これらの天然因子から、高度保存配列を有するペプチドが単離され、その合成立体配座（synthetic conformation）で微生物の接着の予防において高い活性を示した。保存配列が様々な既知の種のイソギンチャク、幾つかの魚類（ダニオ・レリオ（Danio rerio）、すなわちゼブラフィッシュを含む）を含む幾つかの海洋生物、及びヒメツリガネゴケ（Physcomitrella patens subsp. Patens.）で見られている。
【００１０】
上述の因子は全て細菌の基体（substrate）接着及びそれに派生したバイオフィルム形成の予防にのみ関する活性を示す。上述の因子は抗生ペプチド及び二次代謝産物により明らかになる、一般的に観察される致死的な殺菌活性を欠いており、このことにより強力な微生物「繁殖能（biotic potential）」による迅速な自然選択に関する強い選択圧がもたらされる。一方で、細菌定着の広範な阻害が細菌生存の基本的機構を損なわせる。したがってその生存率からかかる機構の適応変更の見込みは低い。
【００１１】
非特許文献４は、バイオインフォマティクスアプローチを用いて、そのアロモン系（allomonal system）の構成要素となり得るヒドラにより発現された推定の生物学的に活性があるタンパク質及びポリペプチドを同定した。ヒドラはアクチノポリンファミリーに属する刺胞動物ホスホリパーゼＡ２毒素及び細胞溶解素のオーソログを発現し、かつコブラ科動物様ホスホリパーゼ、高システイン分泌タンパク質（ＣＲＩＳＰ）、プロキネチシン（prokineticin）様ポリペプチド及び毒性デオキシリボヌクレアーゼに類似したタンパク質を発現することが示されてきた。
【００１２】
天然源から単離されたペプチドにおける細胞毒性の活性に関与する特定の配列はこれまでに同定されていない。
本発明の一つの態様によれば、布、繊維、発泡体、フィルム、コンクリート、レンガ、ガラス、金属及びプラスチックからなる群から選択される表面に単細胞生物が接着するのを予防する方法であって、該方法は該単細胞生物を細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ、ＹＤＷＮＬＹ、及びＹＤＷＨＬＹからなる群から選択される配列を含む単離されたか又は合成されたペプチドを含む組成物に接触させることを含み、該組成物が前記表面への前記単細胞生物の接着を予防又は低減するとともに、前記ペプチドは５０以下のアミノ酸を含むことを特徴とする方法が得られる。
本発明のもう一つの態様によれば、細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）、ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）、及びＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）からなる群から選択される配列を含む単離ペプチド又は合成ペプチドを含む組成物を含む医療装置であって、該組成物が該装置の表面上にコーティングされているか、又は該医療装置のポリマーマトリクスに組み込まれており、該医療装置が体内型装置又は体外型装置であり、且つ前記ペプチドが５０以下のアミノ酸を含むことを特徴とする医療装置が得られる。
本発明のさらにもう一つの態様によれば、水を処理して、バイオフィルムの形成又はフィルターの汚損を予防又は低減する方法であって、細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）、及びＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）からなる群から選択される配列を含む単離ペプチド又は合成ペプチドを含む組成物で前記水を処理することを含み、前記ペプチドは５０以下のアミノ酸を有することを特徴とする方法が得られる。
本発明の他の一つの態様によれば、動物の身体を由来としない流体中でのバイオフィルムの形成を予防又は低減する方法であって、細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠き、かつＹＤＹＮＷＹ（配列番号１）、ＹＤＹＮＬＹ（配列番号２）、ＦＤＹＮＦＹ（配列番号３）、ＦＤＹＮＬＹ（配列番号４）、ＷＤＹＮＬＹ（配列番号８）、ＦＤＹＮＷＹ（配列番号５）、ＹＤＷＮＬＹ（配列番号６）、及びＹＤＷＨＬＹ（配列番号７）からなる群から選択される配列を含む単離ペプチド又は合成ペプチドを含む組成物で前記流体を処理することを含み、前記ペプチドは５０以下のアミノ酸を含むことを特徴とする方法が得られる。
【００１３】
他に規定のない限り、本明細書中で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の通常の技術を有する者（当業者）により一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で記載のものと同様又は同等の方法及び材料を本発明の実施又は試験に使用することができるが、好適な方法及び材料を以下で説明する。抵触の場合には、定義を含む本特許明細書により抵触の調整が行われる。さらに、材料、方法及び実施例は例示的なものにすぎず、限定を意図しない。
【００１４】
本明細書中で使用される、「含む（"comprising" and "including"）」という用語又はその文法的変化形は、決まった特徴、整数値、工程又は構成要素を明記するものとされるが、１つ又は複数のさらなる特徴、整数値、工程、構成要素又はそれらの群の付加を排除するものではない。この用語は、「からなる（consisting of）」及び「から本質的になる」という用語を包含する。
【００１５】
本明細書中で使用される場合、「から本質的になる」という語句又はその文法的変化形は、決まった特徴、整数値、工程又は構成要素を明記するものとされるが、１つ又は複数のさらなる特徴、整数値、工程、構成要素又はそれらの群が、特許請求される組成物、装置又は方法の基礎となる新規の特性を大きく変えない場合に限れば、このさらなる特徴、整数値、工程、構成要素又はそれらの群の付加を排除するものではない。
【００１６】
「方法」という用語は、与えられた仕事を達成するための様式、手段、技法及び手法を表し、化学的、生物学的及び生物物理的分野の実践者にとって既知の、又は化学的、生物学的及び生物物理的分野の実践者によって知られる様式、手段、技法及び手法から容易に開発される様式、手段、技法及び手法を含むが、これらに限定されない。
【００１７】
本明細書中で使用される「約」という用語は±１０％を表す。
【００１８】
本発明の他の特徴及び利点は以下の詳細な説明及び特許請求の範囲から明らかであろう。
【００１９】
本発明は、添付の図面を参照して、ほんの一例として本明細書中で説明される。これより、特に図面を詳細に参照するが、示される詳細は、一例であり、本発明の好ましい実施形態の例示的な考察を目的とするものにすぎず、本発明の原理及び概念的側面の最も有用でかつ容易に理解される説明であると考えられるものを提供するために提示されることを強調する。このため、本発明の根本的理解に必要とされる以上に詳細には示していないが、本発明の構造細部、すなわち図面に伴う記述により本発明の幾つかの形態を実際に具現することができる方法が当業者に明らかになる。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】水溶性状態の孔形成細胞溶解素スチコリシン（sticholysin）Ｉｉの１ＧＷＹのＡ鎖の結晶構造を示す図である。活性領域を黄色で示す。
【図２】水溶性状態の孔形成細胞溶解素スチコリシンＩｉの１ＧＷＹのＢ鎖の結晶構造を示す図である。活性領域を黄色で示す。
【図３】真核性の孔形成細胞溶解素イクイナトキシン（equinatoxin）Ｉｉの１ＫＤ６のＡ鎖の構造を示す図である。活性領域を黄色で示す。
【図４】イクイナトキシン突然変異体の三次元構築物を示す図である。活性領域を黄色で示す。
【図５】２４時間にわたる緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）ＡＴＣＣ２７８５３の成長に対する様々な濃度の合成タンパク質の効果を示す棒グラフである。殺菌効果又は静菌効果はない。
【図６】２４時間にわたる緑膿菌ＡＴＣＣ２７８５３によるバイオフィルム形成に対する様々な濃度の合成タンパク質の効果を示す棒グラフである。
【図７】２４時間にわたるアシネトバクター・バウマンニ（Acinetobacter Baumannii）の臨床分離株の成長に対する様々な濃度の合成タンパク質の効果を示す棒グラフである。殺菌効果又は静菌効果はない。
【図８】２４時間にわたるアシネトバクター・バウマンニの臨床分離株によるバイオフィルム形成に対する様々な濃度の合成タンパク質の効果を示す棒グラフである。
【図９】アシネトバクター・バウマンニによるバイオフィルム形成に対するウメボシイソギンチャク（Actinia equina）由来の選択された触手画分の効果を示す棒グラフである。陽性対照としてＰＢＳを用いる。
【図１０】様々なグラム陽性細菌及びグラム陰性細菌によるバイオフィルム形成に対する画分１３の効果を示す棒グラフである。
【図１１】５０μｇ／ｍｌのタンパク質濃度で緑膿菌に対するアネモニア（Anemonia）、アイプタシア（Aiptasia）及びフィスコミトレラ（Physcomitrella）（コケ）由来の粗抽出物の効果を示す棒グラフである。
【図１２】５つの合成ペプチドと、フィスコミトレラ・パテンス（Physcomitrella patens）のコケ由来の粗物質との効果を示す棒グラフである。
【図１３】Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−１０カラム上でのアイプタシア・プルチェラ（Aiptasia pulchella）の粗抽出物の分離により得られた画分を示す図である。
【図１４】図１３の高分子量画分の再クロマトグラフィで得られたピークを示す図である。
【図１５】図１４の低分子量画分のｃ−１８カラムによる逆相高速液体クロマトグラフィ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）分離で得られた画分を示す図である。
【図１６Ａ】本発明の原理に従ってペプチドの乳化アーム（emulsifier arm）を有する環状リード（lead）の一般構造を示す図である。
【図１６Ｂ】本発明の原理に従ってペプチドの乳化アームを有する環状リードの一般構造を示す図である。
【図１７】乳化アーム（emulsifying arm）を有する環状ペプチドリードの展開を示すフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
本発明は細菌の基体接着及びそれに派生したバイオフィルム形成の予防、及びまた任意で細胞間接着の予防に関連する効果を１つ又は複数有する単離ペプチドを含む組成物に関する。任意で、付加的に又は代替的に他の効果がもたらされてもよい。非限定的な例として、ペプチドは任意で好ましくは、水生生物及びコケ等の生物から抽出された、ＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ(配列番号２)、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ(配列番号４)、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ(配列番号６)、ＹＤＷＨＬＹ(配列番号７)、及びＷＤＹＮＬＹ(配列番号８)からなる群から選択される配列、並びにこのペプチドを使用する方法を含み得る。他の配列を以下に記載する。
【００２２】
医学における主な懸念事項の１つが微生物バイオフィルムの形成である。ヒトにおいて、バイオフィルムは全身感染（例えば院内感染）の原因であり、製品（例えばコンタクトレンズ、中心静脈カテーテル、機械心臓弁及びペースメーカー）を身体に導入する際の主な懸念事項である。
【００２３】
またバイオフィルムは、食品産業、医薬産業、塗装産業、水道産業、海運業及びエンジニアリング産業を含む多くの産業において、広範な負の効果の中でも、産業システムにおける腐食の促進、油の酸性化（souring）及び生物汚損（biofouling）を引き起こすという問題がある。例えば、廃水システム及び脱塩システムで用いられるような、冷却設備又は脱塩設備、洗浄及び電源ステーション、並びにメンブレンにおける冷却塔、水管及びフィルターを含む海水環境又は淡水環境での生物の任意の表面への接着により、生物汚損が引き起こされる可能性がある。養魚場における養殖システム中でも生物汚損が生じる。
【００２４】
さらに世界の商船群は１年におよそ３億トンの燃料を消費する。汚損防止手段なしでは、この燃料消費は１年で４０％も増大し、これはさらなる１億２０００万トンの燃料に相当する。この経済コストは２０００年には約７５億ドルと推定されたが、より最近の推定では３００億ドルである。
【００２５】
バイオフィルムは、その中で成長する微生物が高度に組織化され、高温及び抗菌剤（例えば抗生物質）等の厳しい環境に耐えることができるので、取り除くことが非常に困難である。
【００２６】
軟体の水生（water）無脊椎動物、魚類及びコケを含む海水及び淡水の植物及び生物は広範囲にわたる種の微生物に囲まれている。かかる植物及び生物は特定の免疫を欠いているので、身体表面上での微生物定着を予防することができる幾つかの因子を産生する。
【００２７】
最も「感受性の高い」生物はイソギンチャク、サンゴ、クラゲ、ヒドロ虫、メズサ及びウミウチワ（sea fans）を含む刺胞動物門（phylum cnidaria）に属する無脊椎動物である。鱗又は貝等の物理的保護を欠くかかる軟体生物は、それらを取り巻く微生物環境から軟体生物自体を保護するためにタンパク質及び二次代謝産物を使用する。
【００２８】
海洋生物（例えば海綿動物）が抗菌及び抗真菌の活性を示す二次代謝産物を産生することがこれまでに報告されている［Amade et al.、同上］。さらに、イソギンチャク（例えばウメボシイソギンチャク）は、他の抗菌小ペプチドと同様に、真核細胞を溶解及び死滅させる毒性のある孔形成ペプチド（すなわちイクイナトキシン）を産生することが分かっている［Anderluh et al.、同上］。
【００２９】
様々なタンパク質の全長配列が細胞溶解機能に関連していることが当該技術分野において知られているが、細胞溶解効果に関与する特定のペプチドはこれまでに同定されていない。
【００３０】
本発明者らは液体クロマトグラフィ分離を用いてイソギンチャクから得られた幾つかの活性画分が微生物の非生物表面への接着の高レベルの防止を示すことを明らかにしている。イソギンチャクは世界中の水源で見ることのできる４６ファミリーを含む。ほとんどのイソギンチャクは固着性であり、軟質の基体に固定するか、又は岩礁及びサンゴに自身を接着させるのに用いられる特殊な足を有する。様々な属に属する数種のイソギンチャク：ウメボシイソギンチャク（Actina equine）、アイプタシア及びアネモニアを用いて接着防止活性を明らかにした。イソギンチャク（anemone）細胞毒素のＮ末端領域が細胞毒性効果に関わっていることが分かっている［非特許文献５の「真核性の孔形成毒素であるイクイナトキシンによる孔形成にはフレキシブルなＮ末端領域と安定したβサンドイッチが必要である」を参照されたい］。イソギンチャク細胞毒素のＣ末端領域（この領域は細胞毒性に関わっていない）と幾らかの類似性を有するタンパク質は本発明者らにより魚類でも同定されている。このタンパク質は高Ｔｒｐドメインでもある機能が未知の高度に保存された領域を有し、タンパク質の脂質膜への結合に重要であり得る。また本発明者らはコケ、フィスコミトレラ・パテンスでこの領域を発見している。
【００３１】
したがって本発明者らは、この領域が細胞毒性の活性を欠きながらもバイオフィルム形成の予防に非常に効果的なペプチドを提供すると仮定している。本発明者らは、非常に効果的なバイオフィルム形成防止特性を有する、ＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ(配列番号２)、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ(配列番号４)、ＷＤＹＮＬＹ(配列番号８)、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ(配列番号６)、及びＹＤＷＨＬＹ(配列番号７)からなる群から選択される配列を含む天然ペプチドを特徴付けて、単離している。
【００３２】
幾つかの実施形態によれば、ペプチドは最大約３０個、最大約４０個、又は最大約５０個のアミノ酸を含む配列部分を含む。
【００３３】
幾つかの実施形態によれば、ペプチドはＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ(配列番号９)、ＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号１０)、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ(配列番号１１)、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号１２)、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＴＮＷＷ(配列番号１３)、ＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号１４)、ＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦ(配列番号１５)、ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＫＮＷＬ(配列番号１６)、ＭＦＳＶＰＦＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷ(配列番号１７)、ＬＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号１８)、ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ(配列番号９)、ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＱＳＷＡ(配列番号１９)、ＭＡＳＩＰＹＤＷＮＬＹＳＡＷＡ(配列番号２０)及びＭＡＳＩＰＹＤＷＨＬＹＮＡＷＡ(配列番号２１)からなる群から選択される。本明細書中の以下で及び続く実施例の項に示されるように、本発明者らはタンデム質量スペクトル（ＭＳ／ＭＳ）分析を用いて、アイプタシア・プルチェラ、イソギンチャクから抽出した活性画分を同定している。
【００３４】
本発明者らは、幾つかのイソギンチャク細胞毒素タンパク質の生物学的に重要な複数の配列アラインメントを同定し、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）で使用するイソギンチャク細胞毒素ユニバーサルプライマーを同定するのにｃｌｕｓｔａＬＷプログラムを使用した。２種の異なるイソギンチャク、アイプタシア及びアネモニア・ビリダンスから細胞毒素タンパク質の２５０ｂｐ領域、それぞれ配列Ｅｑｔ−Ｆ：ＧＴＲ  ＴＣＧ  ＡＣＡ  ＡＣＧ  ＡＧＴ  ＣＲＧ  Ｇ（配列番号２２）及びＥｑｔ−Ｒ２５２：ＴＧＡ  ＣＡＴ  ＹＣＣ  ＡＣＣ  ＡＧＴ  ＴＧＣ  ＴＧ（配列番号２３）の増幅を達成した。これらの領域のペプチドへの翻訳及びｇｅｎｅｂａｎｋとのＢｌａｓｔＸ比較により、これらの領域がイソギンチャク細胞毒素の保存ドメインの部分であることが示された。以下の実施例の項により詳細に述べられ、図５〜図８に示されるように、本発明者らは、イソギンチャク及びコケ由来の多くの合成ペプチドの活性を比較し、これらのペプチドがバイオフィルムの形成を予防するが［図６及び図８〜図１２］、細菌を死滅させない、又は細菌の成長を阻害しないことを見出した［図５及び図７］。
【００３５】
接着防止効果が幾つかの細菌種で明らかになり（図１０）、このことにより本発明者らは活性物質が種特異的ではなく、広範な微生物種に対して活性であると結論付けた。
【００３６】
保存ペプチド領域を例えば以下の天然タンパク質で同定している：
ＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷ(配列番号２４)  ＥｑＴ−ＩＶ
ＦＳＶＰＹＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号２５)  アクチノポリン  Ｏｒ−Ａ
ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＦＹＳＮＷＷ(配列番号２６)  センジュイソギンチャク（Heteractis magnifica）由来のＨＭｇ  ＩＩＩ
ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号２７)  Ａｖｔ−Ｉ  ＲＴＸ−Ａ
ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＴＮＷＷ(配列番号２８)  Ｐｓｔｘ２０
ＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ(配列番号２９)  フィスコミトレラ・パテンス
ＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦ(配列番号３０)  ダニオ・レリオ
ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＫＮＷＬ(配列番号３１)  ミドリフグ（Tetraodon nigroviridis）
【００３７】
任意で好ましくは、本発明のペプチドは配列ＣＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷＣを含む。任意で好ましくは、本発明のペプチドは約１００個〜約３００個のアミノ酸を有するタンパク質の中に含まれる。
【００３８】
単一の仮説に限定されることを望まないが、図１〜図４に示されるように２つのイソギンチャク細胞毒素（イクイナトキシン及びスチコリシン）の三次元構造に基づくと、活性領域は外に向いている。
【００３９】
図１及び図２はそれぞれ、細胞溶解素スチコリシンＩｉの１ＧＷＹのＡ鎖及びＢ鎖の結晶構造を示す。図３は真核性の孔形成細胞溶解素イクイナトキシンＩｉの１ＫＤ６のＡ鎖の構造を示す。
【００４０】
図４は３つのシステインが８位、１８位及び６９位に導入されたイクイナトキシン突然変異体の三次元構築物（１ＴＺＱのＡ鎖）を示す。この突然変異体はこれまでに溶血活性がないことが示されている（非特許文献５には、イクイナトキシンに関し、真核性の孔形成毒素による孔形成にはフレキシブルなＮ末端領域と安定したβサンドイッチが必要であることが示されている。このためタンパク質はその細胞毒性を喪失しているが、細菌接着に対しては活性のままであった。
【００４１】
本発明の原理及び操作は図面及びそれに付随する説明を参照してより良好に理解することができる。
【００４２】
より詳細に本発明の少なくとも１つの実施形態を説明する前に、本発明がその適用において、以下の記載で説明された又は実施例で例示された詳細に限定されないことを理解されたい。本発明は他の実施形態であってもよく、又は様々な方法で実践若しくは実施することができる。また、本明細書で用いられる語句（phraseology）及び用語（terminology）は説明目的のものであり、限定するものとはみなされないことを理解されたい。
【００４３】
本発明の一態様によれば、単離された天然ペプチドを含む組成物であって、該ペプチドがＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ(配列番号２)、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ(配列番号４)、ＷＤＹＮＬＹ(配列番号８)、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ(配列番号６)、及びＹＤＷＨＬＹ(配列番号７)からなる群から選択される配列を含む、組成物が提供される。
【００４４】
本発明のさらなる態様によれば、単細胞生物の表面への接着を予防する方法であって、ＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ(配列番号２)、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ(配列番号４)、ＷＤＹＮＬＹ(配列番号８)、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ(配列番号６)、及びＹＤＷＨＬＹ(配列番号７)からなる群から選択される配列を含む単離された天然ペプチドを含む組成物に細胞を接触させることを含み、それにより表面への細胞の接着を予防する、方法が提供される。
【００４５】
本発明の幾つかの実施形態によれば、上記ペプチドを少なくとも１つ含み、表面への細胞の接着に対して効果的なドメインが提供されるのが好ましい。より好ましくは、該ドメインはタンパク質の部分として含まれる。任意で最も好ましくは、該ドメインは例えばバイオフィルムの形成の予防及び／又はバイオフィルムの処理に関して接着防止挙動を示すが、細胞毒性挙動は示さない。
【００４６】
例示的なドメインの非限定的な選択を以下の表で与える。
【００４７】
【表１】
2015037545.tif 000003
【００４８】
以下の配列に関するようなさらなる例示的な配列を本明細書に記載する：
ＭＳＲＬＩＩＶＦＩＶＶＴＭＩＣＳＡＴＡＬＰＳＫＫＩＩＤＥＤＥＥＤＥＫＲＳＡＤＶＡＧＡＶＩＤＧＡＳＬＳＦＤＩＬＫＴＶＬＥＡＬＧＮＶＫＲＫＩＡＶＧＶＤＮＥＳＧＫＴＷＴＡＬＮＴＹＦＲＳＧＴＳＤＩＶＬＰＨＫＶＰＨＧＫＡＬＬＹＮＧＱＫＤＲＧＰＶＡＴＧＡＶＧＶＬＡＹＬＭＳＤＧＮＴＬＡＶＬＦＳＶＰＹＤＹＮＷＹＳＮＷＷＮＶＲＩＹＫＧＫＲＲＡＤＱＲＭＹＥＥＬＹＹＮＬＳＰＦＲＧＤＮＧＷＨＴＲＮＬＧＹＧＬＫＳＲＧＦＭＮＳＳＧＨＡＩＬＥＩＨＶＳＫＡ(配列番号３３)
【００４９】
この配列はＧｅｎＢａｎｋアクセッション識別子：
＞ｇｉ｜４８４２８８９５｜ｓｐ｜Ｐ６１９１４．１｜ＡＣＴＰ２＿ＡＣＴＥＱ  イクイナトキシン−２前駆体（イクイナトキシンＩＩ）（ＥｑＴ  ＩＩ）（ＥｑＴＩＩ）ウメボシイソギンチャクを有し、２１４アミノ酸長である。この配列は任意で、本発明による例示的な配列でもある。この配列の３８位〜２１３位は注釈ドメインｐｆａｍ０６３６９、Ａｎｅｍｏｎｅ＿ｃｙｔｏｔｏｘ、イソギンチャク細胞毒性タンパク質をヒットし、そのため上記配列のこの部分は任意で本発明による例示的な配列でもある。
【００５０】
幾つかの実施形態において、本発明は上記のその配列に対する任意の関連配列も含む。かかる関連配列は任意の種類の配列比較ソフトウェア（ＢＬＡＳＴＰを含むがこれに限定されない）を実行することにより任意に見出すことができる。以下に、選択された分類群で代表的なヒット及びＥｑｔＩＩ（上記配列）に対するそれらのアラインメントを与える。
【００５１】
１．イソギンチャク
１ａ．カリブイソギンチャク（Stichodactyla helianthus）
＞ｇｉ｜２８１５４９６｜ｓｐ｜Ｐ０７８４５．２｜ＡＣＴＰ２＿ＳＴＯＨＥ  スチコリシン−２（スチコリシンＩＩ）（ＳｔｎＩＩ）（細胞溶解素ＳｔＩＩ）（細胞溶解素ＩＩＩ）（細胞毒素）
ＡＬＡＧＴＩＩＡＧＡＳＬＴＦＱＶＬＤＫＶＬＥＥＬＧＫＶＳＲＫＩＡＶＧＩＤＮＥＳＧＧＴＷＴＡＬＮＡＹＦＲＳＧＴＴＤＶＩＬＰＥＦＶＰＮＴＫＡＬＬＹＳＧＲＫＤＴＧＰＶＡＴＧＡＶＡＡＦＡＹＹＭＳＳＧＮＴＬＧＶＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷＤＶＫＩＹＳＧＫＲＲＡＤＱＧＭＹＥＤＬＹＹＧＮＰＹ
ＲＧＤＮＧＷＨＥＫＮＬＧＹＧＬＲＭＫＧＩＭＴＳＡＧＥＡＫＭＱＩＫＩＳＲ(配列番号３４)
アラインメント：
＞ｓｐ｜Ｐ０７８４５．２｜ＡＣＴＰ２＿ＳＴＯＨＥ  スチコリシン−２（スチコリシンＩＩ）（ＳｔｎＩＩ）（細胞溶解素ＳｔＩＩ）（細胞溶解素ＩＩＩ）（細胞毒素）
長さ＝１７５
スコア＝２５３ビット（６４６）、期待値＝８ｅ−６６、方法：組成物ベースの統計。
同一性＝１１８／１７６（６７％）、陽性＝１４４／１７６（８１％）、ギャップ＝１／１７６（０％）
【００５２】
【表２】
2015037545.tif 000004
【００５３】
２．硬骨魚
２ａ．ダニオ・レリオ
＞ｇｉ｜１２５８２１２１２｜ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１３４２６５０．１｜予測：仮想タンパク質［ダニオ・レリオ］
ＭＴＥＳＡＥＡＶＡＡＮＶＳＳＲＲＨＡＴＶＥＩＴＮＬＴＮＮＹＣＦＬＮＰＫＶＹＬＥＮＧＥＴＳＮＰＰＱＰＴＶＲＰＬＫＴＥＶＣＴＦＳＫＳＡＡＨＡＴＧＳＶＧＶＬＴＹＤＬＦＥＲＲＲＮＤＹＴＥＴＬＡＩＭＦＳＶＰＷＤＹＮＬＹＫＮＷＦＡＶＧＩＹＰＫＧＫＥＣＤＱＡＬＹＫＥＭＹＹＱＫＮＱＨＧＦＶＲＥＥＡＮＧＳＧＩＮＦＥＧＫＮＬＤＩＲＡＴＭＣＰＭＧＲＡＩＶＫＶＥＶＷＤＫＬＬＳＰＭＡＱＭＤＣ(配列番号３６)
アラインメント：
＞ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１３４２６５０．１｜ＵｎｉＧｅｎｅ  ｉｎｆｏＧｅｎｅ  ｉｎｆｏ  予測：仮想タンパク質［ダニオ・レリオ］
長さ＝１８４
遺伝子番号：１００００２９９２ａｐｎｌ｜アクチノポリン様タンパク質［ダニオ・レリオ］
スコア＝１９９ビット（５０５）、期待値＝１ｅ−４９、方法：組成物ベースの統計。
同一性＝４９／１６７（２９％）、陽性＝７３／１６７（４３％）、ギャップ＝１２／１６７（７％）
【００５４】
【表３】
2015037545.tif 000005
【００５５】
２ｂ．ミドリフグ
＞ｇｉ｜４７２１８８２２｜ｅｍｂ｜ＣＡＧ０２８０７．１｜無名タンパク質産物［ミドリフグ］
ＭＥＳＡＥＡＶＡＡＤＶＳＲＳＲＳＶＴＩＥＩＳＮＬＴＫＮＹＣＬＩＮＰＲＶＹＬＥＳＧＥＴＹＮＰＰＱＰＴＶＲＰＬＭＴＥＶＣＴＦＳＫＳＳＧＩＰＴＧＳＶＧＶＬＴＹＥＬＬＥＲＲＳＴＭＬＰＥＴＬＡＩＭＦＳＶＰＹＤＹＳＦＹＮＮＷＦＡＶＧＩＹＥＴＧＴＫＣＮＥＧＬＹＫＱＭＹＮＥＫＫＱＡＥＨＧＦＶＲＥＫＡＮＧＳＧＩＮＹＶＧＧＮＬＤＩＲＡＴＭＮＰＬＧＫＡＩＭＫＶＥＶＷＤＡＦＦＰＦＳＥ(配列番号３９)
アラインメント：
＞ｅｍｂ｜ＣＡＧ０２８０７．１｜無名タンパク質産物［ミドリフグ］
長さ＝１８１
スコア＝１９２ビット（４８９）、期待値＝１ｅ−４７、方法：組成物ベースの統計。
同一性＝４６／１７０（２７％）、陽性＝７６／１７０（４４％）、ギャップ＝１４／１７０（８％）
【００５６】
【表４】
2015037545.tif 000006
【００５７】
３．コケ
３ａ．フィスコミトレラ・パテンス
＞ｇｉ｜１６８０６０２３７｜ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１７８２１０４．１｜予測タンパク質［ヒメツリガネゴケ］
ＭＶＶＨＬＩＡＭＧＬＲＹＳＥＴＩＭＫＴＡＲＭＡＥＡＩＩＰＡＡＥＬＳＩＫＴＬＱＮＩＶＥＧＩＴＧＶＤＲＫＩＡＩＧＦＫＮＬＴＤＹＴＬＥＮＬＧＶＹＦＮＳＧＳＳＤＲＳＩＡＹＫＩＮＡＱＥＡＬＬＦＳＡＲＫＳＤＨＴＡＲＧＴＶＧＴＦＳＹＹＩＱＤＥＤＫＴＶＨＶＭＷＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷＮＩＡＶＶＤＧＲＱＰＰＤＳＮＶＨＤＮＬＹＮＧＳＧＧＭＰＹＰＮＫＰＤＱＹＩＮＮＥＱＫＧＦＨＬＦＧＳＭＴＮＮＧＱＡＴＩＥＶＥＬＫＫＡ(配列番号４２)
＞ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１７８２１０４．１｜Ｇｅｎｅ  ｉｎｆｏ  予測タンパク質［ヒメツリガネゴケ］
ｇｂ｜ＥＤＱ５３０９８．１｜Ｇｅｎｅ  ｉｎｆｏ  予測タンパク質［ヒメツリガネゴケ］
長さ＝１９９
遺伝子番号：５９４５２９２  ＰＨＹＰＡＤＲＡＦＴ＿６１０９４｜仮想タンパク質［ヒメツリガネゴケ］
スコア＝２３０ビット（５８６）、期待値＝７ｅ−５９、方法：組成物ベースの統計。
同一性＝６３／１８３（３４％）、陽性＝１０１／１８３（５５％）、ギャップ＝４／１８３（２％）
【００５８】
【表５】
2015037545.tif 000007
【００５９】
４．鳥類
４ａ．ニワトリ（Gallus gallus）
＞ｇｉ｜１１８１２９７２６｜ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１２３１８３９．１｜予測：仮想タンパク質アイソフォーム１［ニワトリ］
ＭＰＰＫＥＫＫＥＮＤＫＰＣＮＤＮＣＱＰＫＰＱＧＫＧＶＥＳＬＭＫＮＩＤＶＣＲＳＶＧＬＥＩＩＮＲＴＲＴＶＴＬＴＤＦＲＳＹＣＦＳＧＫＩＶＴＴＬＰＦＥＩＧＰＤＳＫＧＩＣＩＦＡＫＴＰＹＳＬＲＧＳＶＧＴＶＶＣＫＡＤＴＦＦＬＡＩＴＦＳＮＰＹＤＹＩＬＹＫＩＥＦＡＬＥＩＦＴＥＰＮＨＬＧＮＬＧＤＶＦＳＫＭＭＫＳＫＰＹＣＧＳＳＬＦＱＲＡＶＬＥＳＥＨＥＴＬＥＶＳＫＧＳＩＲＶＱＡＫＭＳＮＮＲＫＡＩＬＫＶＱＶＥＤＭＤＰＰＰＹＳＫＧＭ(配列番号４５)
＞ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１２３１８３９．１｜ＵｎｉＧｅｎｅ  ｉｎｆｏＧｅｎｅ  ｉｎｆｏ  予測：仮想タンパク質アイソフォーム１［ニワトリ］
長さ＝２０４
遺伝子番号：７６９７２９  ＬＯＣ７６９７２９｜仮想タンパク質ＬＯＣ７６９７２９［ニワトリ］
スコア＝１５０ビット（３７８）、期待値＝９ｅ−３５、方法：組成物ベースの統計。
同一性＝３３／１７２（１９％）、陽性＝６３／１７２（３６％）、ギャップ＝２２／１７２（１２％）
【００６０】
【表６】
2015037545.tif 000008
【００６１】
５．プラティパス（Platypus）
５ａ．カモノハシ（Ornithorhynchus anatinus）
＞ｇｉ｜１４９４９１２４１｜ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１５１６９０６．１｜予測：仮想タンパク質［カモノハシ］
ＭＡＱＴＩＥＨＬＶＨＥＶＥＡＧＲＣＶＧＩＥＩＴＮＴＴＮＭＴＦＲＳＰＲＴＦＣＦＳＧＨＴＬＴＰＰＴＰＩＩＨＰＮＮＡＧＦＣＩＦＶＫＲＫＦＳＬＲＧＳＶＧＬＬＶＹＥＩＥＤＱＴＬＡＩＭＦＳＮＰＦＤＹＮＦＦＫＶＥＦＡＶＡＬＳＧＹＫＥＥＴＱＤＬＫＡＦＦＥＬＬＹＨＥＫＱＫＧＷＬＫＭＡＫＥＫＬＣＥＣＱＣＰＶＳＬＥＮＮＧＩＲＶＴＡＴＭＳＮＮＡＫＡＩＩＫＬＳＳＰＤＡＫＰＰＥＧＤＶＡＤＶＱＰＴＴＶＲＲＰＮＰＰＰＦＰＳＰＲＰＲＩＧＳＤＬＴＧＤＱＬＡＴＬＤＦＥＳＧＫ(配列番号４７)
＞ｒｅｆ｜ＸＰ＿００１５１６９０６．１｜Ｇｅｎｅ  ｉｎｆｏ  予測：仮想タンパク質［カモノハシ］
長さ＝２２０
遺伝子番号：１０００８６８４８  ＬＯＣ１０００８６８４８｜仮想タンパク質ＬＯＣ  １０００８６８４８［カモノハシ］
スコア＝１６８ビット（４２６）、期待値＝２ｅ−４０、方法：組成物ベースの統計。
同一性＝３６／１６７（２１％）、陽性＝６９／１６７（４１％）、ギャップ＝１２／１６７（７％）
【００６２】
【表７】
2015037545.tif 000009
【００６３】
本明細書中で使用される「単離（isolated）」組成物という用語はそのｉｎ  ｖｉｖｏ位置（例えば水生生物又はコケ）から取り出された組成物を表す。好ましくは、本発明の単離組成物はそのｉｎ  ｖｉｖｏ位置に存在する他の物質（例えば接着防止効果を有しない他のタンパク質）をほとんど含まない（すなわち精製又は準精製されている）。
【００６４】
本明細書中で使用される「水生生物」という語句は例えば魚類又は固着水生生物のような水環境（海水又は淡水）に生息する生物を表す。
【００６５】
本明細書中で使用される「固着水生生物」という語句はその生活環の少なくとも或る部分で自由に移動することのない水生生物を表す。水生固着生物は通常、基体との物理的固定、又は任意の他の理由（例えばオニダルマオコゼ（stone fish））により、或る種の固体基体、例えば岩礁又は船体に恒久的に付着している。
【００６６】
例示的な固着生物としては、サンゴ、イソギンチャク（例えばウメボシイソギンチャク及びアイプタシア・プルチェラ）、ウミエラ（sea pens）、水生固着幼生（例えばクラゲ幼生）、ハナギンチャク（tube dwelling anemones）及びヒドロ虫（例えばクロロヒドラ・ビリジッシマ（Chlorohydra viridissima）及びヒドラ・ブルガリス（Hydra vulgaris））のような固着刺胞動物が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６７】
本発明の実施形態に従って使用することのできる例示的な魚類は浅水域に住むもの又は海の底層、場合によっては穴若しくは洞窟に潜むものが好ましい。かかる魚類にはウナギ及びナマズが含まれる。
【００６８】
本明細書中で使用される「コケ」という語句はタタキポシダ（takakiposida）、スフィアゴノプシダ（sphyagnopsida）、アンドレアエオプシダ（andreaeopsida）、アンデラエオブリョプシダ（anderaeobryopsida）、ポリチルコプシダ（polytirchopsida）又はブリョプシサ（bryopsisa）の綱のいずれかを含むコケ植物門の非維管束植物を表す。
【００６９】
コケは例えばフィスコミトレラ・パテンス、ヒョウタンゴケ（真核生物界；緑色植物亜界；ストレプト植物門；有胚植物類；コケ植物類；コケ上綱（Moss Superclass）Ｖ；蘚類綱；ヒョウタンゴケ亜綱；ヒョウタンゴケ目；ヒョウタンゴケ科；又はニセツリガネゴケ属）を含み得る。
【００７０】
本発明の組成物を遺伝子組換え技法を用いて（例えばトランスジェニック水生固着生物を用いて）ｉｎ  ｖｉｖｏで発現してもよい。
【００７１】
本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明の組成物は細胞毒性又は細胞増殖抑制性の活性を欠いている。例えば本発明の組成物は殺菌性又は静菌性ではない。
【００７２】
本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明の組成物は凍結乾燥に耐性がある。すなわち例えば本発明の組成物の活性は凍結乾燥後でも保存される。
【００７３】
本明細書中で使用される「単細胞生物」という語句は、微生物（microorganism or a microbe）とも呼ばれる単細胞の生物を表す。本発明の単細胞生物は、真核性の単細胞生物（例えば原生動物又は真菌、例えば酵母）又は原核性の単細胞生物（例えば細菌又は古細菌）であり得る。本発明の単細胞生物は、単離細胞又は細胞懸濁液として、例えばバイオフィルム内のような任意の細胞環境にあり得る。
【００７４】
本明細書中で使用される「バイオフィルム」という用語は、その中で微生物が分散し、及び／又はコロニーを形成する細胞外マトリクスを表す。バイオフィルムは典型的には、多糖及び他の巨大分子で構成されている。
【００７５】
接着が本発明の方法に従って予防され得る細菌細胞の例としては、グラム陽性細菌及びグラム陰性細菌が挙げられる。
【００７６】
本明細書中で使用される「グラム陽性細菌」という用語は、それらの細胞壁構造の部分としてペプチドグリカンと、多糖及び／又はテイコ酸とを有することを特徴とし、かつグラム染色法におけるそれらの青紫色の反応物を特徴とする細菌を表す。代表的なグラム陽性細菌としては、アクチノミセス属、バシラス・アントラシス（Bacillus anthracis：炭疽菌）、ビフィドバクテリウム属、クロストリジウム・ボツリナム（Clostridium botulinum：ボツリヌス菌）、クロストリジウム・ペルフリンゲンス（Clostridium perfringens：ウェルシュ菌）、クロストリジウム属、クロストリジウム・テタニ（Clostridium tetani：破傷風菌）、コリネバクテリウム・ジフテリアエ（Corynebacterium diphtheriae：ジフテリア菌）、コリネバクテリウム・ジャイカム（Corynebacterium jeikeium）、エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis：大便連鎖球菌）、エンテロコッカス・フェシウム（Enterococcus faecium）、エリシペロトリックス・ルシオパチエ（Erysipelothrix rhusiopathiae：ブタ丹毒菌）、ユーバクテリウム属、ガードネレラ・バギナリス（Gardnerella vaginalis：ガードネレラ菌）、ゲメラ・モルビロルム（Gemella morbillorum）、ロイコノストック属、マイコバクテリウム・アブセサス（Mycobacterium abscessus）、複合マイコバクテリウム・アビウム（Mycobacterium avium）、マイコバクテリウム・ケロネー（Mycobacterium chelonae）、マイコバクテリウム・フォーチュイタム（Mycobacterium fortuitum）、マイコバクテリウム・ヘモフィルム（Mycobacterium haemophilum）、マイコバクテリウム・カンサシイ（Mycobacterium kansasii）、マイコバクテリウム・レプレ（Mycobacterium leprae：らい菌）、マイコバクテリウム・マリナム（Mycobacterium marinum）、マイコバクテリウム・スクロフラセウム（Mycobacterium scrofulaceum）、マイコバクテリウム・スメグマチス（Mycobacterium smegmatis：スメグマ菌）、マイコバクテリウム・テラエ（Mycobacterium terrae）、マイコバクテリウム・ツベルクロシス（Mycobacterium tuberculosis：結核菌）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Mycobacterium ulcerans）、ノカルディア属、ペプトコッカス・ニガー（Peptococcus niger）、ペプトストレプトコッカス属、プロプリオニバクテリウム属、サルシナ・ルテア（Sarcina lutea）、黄色ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラリス（Staphylococcus auricularis）、スタフィロコッカス・キャピティス（Staphylococcus capitis）、スタフィロコッカス・コーニイ（Staphylococcus cohnii）、スタフィロコッカス・エピデルミヂス（Staphylococcus epidermidis：表皮ブドウ球菌）、スタフィロコッカス・ヘモリチカス（Staphylococcus haemolyticus）、スタフィロコッカス・ホミニス（Staphylococcus hominis）、スタフィロコッカス・ルグダネンシス（Staphylococcus lugdanensis）、スタフィロコッカス・サッカロリチクス（Staphylococcus saccharolyticus）、スタフィロコッカス・サプロフィチクス（Staphylococcus saprophyticus）、スタフィロコッカス・シュライフェリ（Staphylococcus schleiferi）、スタフィロコッカス・シミランス（Staphylococcus similans）、スタフィロコッカス・ワルネリ（Staphylococcus warneri）、スタフィロコッカス・キシロサス（Staphylococcus xylosus）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Streptococcus agalactiae）（Ｂ群連鎖球菌）、ストレプトコッカス・アンギノサス（Streptococcus anginosus）、ストレプトコッカス・ボビス（Streptococcus bovis：ウシ連鎖球菌）、ストレプトコッカス・カニス（Streptococcus canis）、ストレプトコッカス・エクイ（Streptococcus equi：腺疫菌）、ストレプトコッカス・ミレリ（Streptococcus milleri）、ストレプトコッカス・ミチオール（Streptococcus mitior）、ストレプトコッカス・ミュータンス（Streptococcus mutans：ミュータンス菌）、ストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae：肺炎連鎖球菌）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Streptococcus pyogenes：化膿レンサ球菌）（Ａ群連鎖球菌）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Streptococcus salivarius）、ストレプトコッカス・サンギス（Streptococcus sanguis：サンギス菌）が挙げられる。
【００７７】
本明細書中で使用される「グラム陰性細菌」という用語は、それぞれの細菌細胞を囲む二重膜の存在を特徴とする細菌を表す。代表的なグラム陰性細菌としては、アシネトバクター・カルコアセティカス（Acinetobacter calcoaceticus）、アシネトバクター・バウマンニ、アクチノバチルス・アクチノミセタムコミタンス（Actinobacillus actinomycetemcomitans）、エロモナス・ヒドロフィラ（Aeromonas hydrophila）、アルカリジェネス・キシロソキシダンス（Alcaligenes xylosoxidans）、バクテロイデス属、バクテロイデス・フラギリス（Bacteroides fragilis）、バルトネラ・バシリホルミス（Bartonella bacilliformis）、ボルデテラ属、ボレリア・ブルグドルフェリ（Borrelia burgdorferi）、ブランハメラ・カタラリス（Branhamella catarrhalis：カタル球菌）、ブルセラ属、カンピロバクター属、カルミヂア・ニューモニエ（Chalmydia pneumoniae）、クラミジア・シッタシ（Chlamydia psittaci）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、クロモバクテリウム・ビオラセウム（Chromobacterium violaceum）、シトロバクター属、エイケネラ・コローデンス（Eikenella corrodens）、エンテロバクター・エロゲネス（Enterobacter aerogenes）、大腸菌、フラボバクテリウム・メニンゴセプチカム（Flavobacterium meningosepticum）、フソバクテリウム属、ヘモフィルス・インフルエンゼ（Haemophilus influenzae）、ヘモフィリス属、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori：ピロリ菌）、クレブシエラ・ニューモニエ（Klebsiella pneumoniae：肺炎桿菌）、クレブシエラ属、レジオネラ属、レプトスピラ属、モラクセラ・カタラーリス（Moraxella catarrhalis：カタル球菌）、モルガネラ・モルガニイ（Morganella morganii）、マイコプラズマ・ニューモニエ（Mycoplasma pneumoniae）、ナイセリア・ゴノレエ（Neisseria gonorrhoeae）、ナイセリア・メニンギティディス（Neisseria meningitidis：髄膜炎菌）、パスツレラ・マルトシダ（Pasteurella multocida）、プレシオモナス・シゲロイデス（Plesiomonas shigelloides）、プレボテラ属、プロテウス属、プロビデンシア・レットゲリ（Providencia rettgeri）、緑膿菌、シュードモナス属、リケッチア・プロワゼキイ（Rickettsia prowazekii）、リケッチア・リケッチイ（Rickettsia rickettsii）、ロシャメリア属、サルモネラ属、サルモネラ・チフィ（Salmonella typhi：チフス菌）、セラチア・マルセセンス（Serratia marcescens）、シゲラ属、シゲラ・ソネイ（Shigella sonnei：ソンネ菌）、トレポネーマ・カラテウム（Treponema carateum）、トレポネーマ・パリダム（Treponema pallidum）、トレポネーマ・パリダム亜種エンデミカム（Treponema pallidum endemicum）、トレポネーマ・ペルテヌエ（Treponema pertenue）、ベイヨネラ属、ビブリオ・コレレ（Vibrio cholerae：コレラ菌）、ビブリオ・バルニフィカス（Vibrio vulnificus）、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、エルシニア・ペスチス（Yersinia pestis：ペスト菌）が挙げられる。
【００７８】
本明細書中で使用される「真菌」という用語は、キチン質細胞壁の存在と、大部分の種における多細胞菌糸としての糸状成長とを特徴とする従属栄養生物を表す。接着が本発明の方法に従って予防され得る代表的な真菌としては、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）、カンジダ・グラブラタ（Candida glabrata）、カンジダ・パラプローシス（Candida parapsilosis）及びカンジダ・ドゥブリニエンシス（Candida dubliniensis）が挙げられる。
【００７９】
本明細書中で使用される「接着の予防」という語句は、（例えば表面上での成長速度を低減することによる）表面との細胞付着の低減又は排除を表す。好ましくは、本発明の組成物は、細胞接着アッセイによって測定される場合、細胞接着を１０％、より好ましくは２０％、より好ましくは３０％、より好ましくは４０％、より好ましくは５０％、より好ましくは６０％、より好ましくは７０％、より好ましくは８０％、より好ましくは９０％及び最も好ましくは１００％予防する。細胞接着アッセイの例が本明細書中の以下に、及び続く実施例の項に記載されている。本発明の組成物は、細胞凝集を予防することもできる（すなわち表面に細胞凝集しない）と理解される。
【００８０】
本発明は、布、繊維、発泡体、フィルム、コンクリート、レンガ、ガラス、金属、プラスチック、ポリマー等を含む、多種多様の表面との細胞接着の予防を意図する。
【００８１】
一実施形態によれば、表面は、バイオフィルム形成しやすい装置に含まれる。その表面が本発明で意図されている装置の例としては、船体、自動車表面、飛行機表面、膜、フィルター及び工業設備が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８２】
また表面は、医療装置、医療機器及びインプラントに含まれ得る。かかる医療装置、医療機器及びインプラントの例としては、ヒト等の哺乳生物に一時的に又は永久的に埋め込むことができる任意の物体が挙げられる。本発明に従って使用され得る、代表的な医療装置、医療機器及びインプラントとしては例えば、中心静脈カテーテル、導尿カテーテル、気管内チューブ、機械心臓弁、ペースメーカー、血管グラフト、ステント及び人工関節が挙げられる。医療装置との細胞付着を予防する方法及びそれらのさらなる例は本明細書中の以下に記載されている。
【００８３】
別の実施形態によれば、表面は例えば哺乳動物組織、例えば皮膚等の生物組織に含まれる。
【００８４】
言及されるように、本発明の方法は、細胞と表面との接着を予防することができる生物由来の組成物に細胞を接触させることによって達成される。
【００８５】
本明細書中で使用される「接触」という用語は、本発明の組成物の中に含まれる活性因子が細胞と表面との接着を予防することができるような方法で、本発明の組成物を接着細胞と直接又は間接的に接触させるように配置させることを表す。したがって本発明は、本発明の組成物を所望の表面に適用すること及び／又は接着細胞に直接適用することの両方を意図する。
【００８６】
接触は、ｉｎ  ｖｉｖｏ（すなわち哺乳動物身体内）、ｅｘ  ｖｉｖｏ（すなわち身体から取り出された細胞内）及び／又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ（すなわち哺乳動物身体外）で達成され得る。
【００８７】
組成物の表面への接触は、噴霧、散布、湿潤（wetting）、浸潤、浸漬（dipping）、塗工、超音波溶接、溶接、接合（bonding）又は接着（adhering）を含む、当該技術分野で既知の方法のいずれかを使用して達成することができる。本発明の組成物を単層又は多層で付着させてもよい。
【００８８】
一実施形態によれば、本発明の組成物は、生きている水生生物全体に含まれ得る。例えば本発明は、生きている水生生物が、表面（例えば水中パイプ、船体）及び／又は表面に接着する細胞と接触することができるように、生きている水生生物を水中環境に加えることを意図し、これにより表面への微生物接着を予防する。活性因子は水生生物から分泌され得ると理解される。この場合、水生生物を表面又は微生物細胞と直接接触させる必要はないが、活性因子がその作用部位に広がることができるように十分接近している必要がある。このため、本発明の組成物を水中に分散させてもよく（secreted）、また例えば海水又は汽水の脱塩等の水精製処理に使用してもよい。
【００８９】
本発明のさらなる態様によれば、薬学的に許容可能な担体又は希釈剤と、活性成分として単離された天然ペプチドから単離したペプチドとを含む医薬組成物であって、該ペプチドがＹＤＹＮＷＹ(配列番号１)、ＹＤＹＮＬＹ(配列番号２)、ＦＤＹＮＦＹ(配列番号３)、ＦＤＹＮＬＹ(配列番号４)、ＷＤＹＮＬＹ(配列番号８)、ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)、ＹＤＷＮＬＹ(配列番号６)、及びＹＤＷＨＬＹ(配列番号７)からなる群から選択される配列、又は本明細書に記載の任意の他の配列を含む、医薬組成物が提供される。
【００９０】
本発明の他の実施形態によれば、任意で非ペプチド類似体を形成するように上記ペプチドを変更してもよく、これには１つ又は複数の結合をより不安定さが低い結合に置き換えること、環化（以下でより詳細に説明する）等が含まれるが、これらに限定されない。付加的に又は代替的に、任意でペプチドを例えばＰＣＴ出願国際公開第２００７／１４７０９８号（本明細書中で完全に説明されるかのように参照により本明細書中に援用される）に記載のように、コンピュータモデリングにより小分子に変換してもよい。
【００９１】
任意で保存的置換として及び非保存的置換として本発明によるペプチドにおいてアミノ酸残基を「ペプチド模倣物の有機部分」に置換することができる。これらの部分は「非天然アミノ酸」とも称され、任意でアミノ酸残基、アミノ酸を置き換えるか、又は欠失アミノ酸の代わりにペプチド内でスペーサ基として働くことができる。ペプチド模倣物の有機部分は任意で好ましくは、置き換えられたアミノ酸と同様の立体的特性、電気的特性又は立体配置特性を有し、かかるペプチド模倣物は必須位置でアミノ酸を置き換えるのに使用され、保存的な置換であると考えられる。しかしながら、かかる類似性は必ずしも必要という訳ではない。ペプチド模倣物の使用に関する制限は組成物が少なくとも本発明による天然ペプチドと比較してその生理活性を保持していることだけである。
【００９２】
ペプチド模倣物は任意で酵素プロセス又は他の分解プロセスによるペプチドの分解を阻害するのに使用してもよい。任意で好ましくはペプチド模倣物を有機合成技法により産生することができる。好適なペプチド模倣物の非限定的な例としては、対応するＬアミノ酸のＤアミノ酸、テトラゾール（非特許文献６）、アミド結合の等量式（非特許文献７）、ＬＬ−３−アミノ−２−プロペニドン−６−カルボン酸（ＬＬ  Ａｃｐ）（非特許文献８）が挙げられる。同様の類似体が非特許文献９、並びに非特許文献１０、非特許文献１１及び非特許文献１２に示されている。他の好適であるが例示的なペプチド模倣物が非特許文献１３、非特許文献１４、非特許文献１５、非特許文献１６、及び非特許文献１７に示されている。さらなる好適である例示的なペプチド模倣物には、ヒドロキシ−１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボキシレート（非特許文献１８）、１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−カルボキシレート（非特許文献１９）、ヒスチジンイソキノロンカルボン酸（ＨＩＣ）（非特許文献２０）、（２Ｓ，３Ｓ）−メチルフェニルアラニン、（２Ｓ，３Ｒ）−メチルフェニルアラニン、（２Ｒ，３Ｓ）−メチルフェニルアラニン及び（２Ｒ，３Ｒ）−メチルフェニルアラニン（非特許文献２１）が含まれる。
【００９３】
例えば例示的であるが、非限定的な非天然アミノ酸には、β−アミノ酸（β３及びβ２）、ホモ−アミノ酸、環状アミノ酸、芳香族アミノ酸、Ｐｒｏ及びＰｙｒ誘導体、３−置換アラニン誘導体、グリシン誘導体、環置換Ｐｈｅ及びＴｙｒ誘導体、直鎖状コアアミノ酸又はジアミノ酸が含まれる。それらは例えば、Sigma-Aldrich（USA）等の様々な供給業者から利用可能である。
【００９４】
本発明では、任意でペプチドの任意の部分を化学修飾してもよい、すなわち官能基の付加により変化させてもよい。化学合成プロセスの後に、例えば化学修飾されたアミノ酸を付加する場合、任意で分子の合成中に修飾を行うことができる。しかしながら、アミノ酸が分子に既に存在する場合のアミノ酸の化学修飾（「ｉｎ  ｓｉｔｕ」修飾）も可能である。
【００９５】
任意で以下の例示的な種類の修飾のうちのいずれか１つに従って、（概念的に「化学修飾された」とみなされたペプチドにおいて）分子の配列領域のうちのいずれかのアミノ酸を修飾することができる。非限定的で例示的な種類の修飾には、カルボキシメチル化、アシル化、リン酸化、グリコシル化又は脂肪酸アシル化が含まれる。任意でセリン又はスレオニンのヒドロキシル基と糖のヒドロキシル基とを連結させるのにエーテル結合を使用することができる。任意でグルタミン酸塩又はアスパラギン酸塩のカルボキシル基と糖のアミノ基とを連結させるのにアミド結合を使用することができる（非特許文献２２、非特許文献２３）。任意でアセタール結合及びケタール結合をアミノ酸と炭水化物との間に形成することもできる。任意で例えば遊離アミノ基のアシル化により（例えばリシン）、脂肪酸アシル誘導体を生成することができる（非特許文献２４）。
【００９６】
本明細書中で使用される、本発明によるペプチドに言及する際の「化学修飾」という用語は、プロセシング若しくは他の翻訳後修飾等の自然プロセスにより、又は他の翻訳後修飾により、又は当該技術分野で既知の化学修飾技法によりそのアミノ酸残基のうちの少なくとも１つが修飾されたペプチドを表す。多くの既知の修飾の例としては典型的にアセチル化、アシル化、アミド化、ＡＤＰ−リボシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、脂質若しくは脂質誘導体の共有結合、メチル化、ミリスチル化、ペグ化、プレニル化、リン酸化、ユビキチン化又は任意の同様のプロセスが挙げられるが、これらに限定されない。
【００９７】
本発明のこの態様の幾つかの実施形態によれば、それを必要とする被験体において病原体感染を予防又は治療する方法であって、該被験体に治療的に効果的な量の医薬組成物を投与することを含み、それにより該病原体感染を治療又は予防する、方法が提供される。
【００９８】
本発明のこの態様の代替的な実施形態によれば、外因性細菌の胃腸管への付着を予防する方法が提供される。
【００９９】
哺乳動物の胃腸管は、腸内病原体による定着に対する耐性をもたらす多種多様の固有微生物叢を含有している。病原体に対する高まった防御を宿主にもたらす代わりとして、固有微生物叢は栄養素が豊富な安定した環境に近づき、それにより宿主の腸管と共生関係になる。
【０１００】
共生細菌は親和性の高い受容体媒介性の付着によりヒトの胃腸管上皮に付着する。これに対して、外因性細菌は親和性の低い機構により上皮に付着する。単一の仮説に限定されることを望まないが、本発明の組成物はこの親和性の低い付着を選択的に予防するか又は低減し、それによりバイオフィルム形成の初期段階を阻止することが期待される。
【０１０１】
したがって本発明の組成物は、例えばクローン病又は例えばコラーゲン蓄積大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置性大腸炎（diversion colitis）、感染性大腸炎及びベーチェット症候群を含む潰瘍性大腸炎のような胃腸管の疾患の治療又は予防に有用である。
【０１０２】
本明細書中で使用される「医薬組成物」という用語は、本明細書中に記載される活性成分のうちの１つ又は複数と、生理学的に好適な担体及び賦形剤等の他の化学的構成要素との調製物を表す。医薬組成物の目的は、生物への化合物の投与を容易にすることである。
【０１０３】
本明細書中で使用される「活性成分」という用語は、意図された生物学的効果に関与する生物組成物（及びそれから精製される作用因子）を表す。
【０１０４】
以下、交換して使用することができる「生理学的に許容可能な担体」及び「薬学的に許容可能な担体」という語句は、生物に対する有意な刺激を引き起こさず、また投与化合物の生物学的活性及び性質を失わせない担体又は希釈剤を表す。アジュバントはこれらの語句に含まれる。
【０１０５】
本明細書中で、「賦形剤」という用語は、活性成分の投与をさらに容易にするために医薬組成物に添加される不活性物質を表す。賦形剤の例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、様々な糖及び様々な種類のデンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、植物油及びポリエチレングリコールが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０６】
薬剤を配合及び投与する技法は、非特許文献２５（参照により本明細書中に完全に援用される）の最新版に見ることができ、本明細書中の以下でさらに記載される。
【０１０７】
言及されるように、本発明の医薬組成物は、病原体感染を予防又は治療するために、それを必要とする被験体に投与することができる。
【０１０８】
本明細書中で使用される「それを必要とする被験体」という用語は、哺乳動物、好ましくはヒト被験体を表す。
【０１０９】
本明細書中で使用される「治療」という用語は、病原体感染の有害効果の治癒、反転、軽減、緩和、最小化、抑制又は停止を表す。
【０１１０】
本明細書中で使用される「病原体感染」という語句は、病原生物によって引き起こされる任意の医学的状態を表す。病原体感染の例としては、慢性感染性疾患、亜急性感染性疾患、急性感染性疾患、ウイルス疾患、細菌疾患、原生動物疾患、寄生性疾患、真菌疾患、マイコプラズマ疾患、古細菌疾患及びプリオン病が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１１１】
一実施形態によれば、病原体感染はバイオフィルム内で又はバイオフィルム上で成長することができる生物によって引き起こされる。
【０１１２】
微生物バイオフィルムによって引き起こされる病原体感染の例としては、自然弁心内膜炎（ＮＶＥ）、中耳炎（ＯＭ）、慢性細菌性前立腺炎、嚢胞性線維症（ＣＦ）及び歯周炎が挙げられる。バイオフィルムに特異的に起因しないさらなる病原体感染としては、尿路感染、女性生殖管感染及び肺炎が挙げられるが、これらに限定されない。医療装置の埋め込みによる感染としては、血管カテーテル感染、人工動脈感染、人工心臓弁の感染、人工関節感染、中枢神経系シャントの感染、整形外科的インプラント感染、ペースメーカー及び除細動器感染、血液透析及び腹膜透析感染、眼感染、尿路感染、女性生殖管の感染、気管内挿管及び気管切開に関連する感染、並びに歯感染が挙げられる。
【０１１３】
本明細書中で使用される「病原生物」という語句は、疾患を引き起こす可能性がある任意の単細胞生物、特に細菌又は真菌等の生きている微生物を表す。好ましくは、病原生物はバイオフィルム内で又はバイオフィルム上で成長することができる。多くの一般的な病原生物がバイオフィルムとして哺乳動物（例えばヒト）に存在し、疾患を引き起こす。これらとしては、マンヘミア・ヘモリチカ（Mannheimia haemolytica：ヘモリチカ菌）及びパスツレラ・マルトシダ（Pasteurella multocida）（肺炎の原因となる）、フソバクテリウム・ネクロフォールム（Fusobacterium necrophorum）（肝膿瘍の原因となる）、黄色ブドウ球菌及び緑膿菌（創傷感染の原因となる）、大腸菌及びサルモネラ属（腸炎の原因となる）、黄色ブドウ球菌及びスタフィロコッカス・エピデルミヂス（ＯＭの原因となる）、並びにストレプトコッカス属、スタフィロコッカス属、カンジダ属及びアスペルギルス属（ＮＶＥの原因となる）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１１４】
本発明による感染性疾患の治療を当該技術分野で既知の他の治療法と組み合わせてもよいこと（すなわち併用療法）が理解される。これらとしては、ペニシリン、セファロスポリン、カルバペネム、アミノグリコシド、マクロリド、リンコマイシン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール及びグリセオフルビン等の抗菌剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１１５】
好適な投与経路には例えば、経口、直腸、経粘膜、特に経鼻、腸、又は非経口送達（筋肉内、皮下及び髄内注射、並びに髄腔内、直接脳腔内、静脈内、腹腔内（intraperitoneal）、鼻内又は眼内注射を含む）が含まれ得る。
【０１１６】
代替的に、例えば患者の組織域への医薬組成物の直接注射によって全身ではなく局所的に医薬組成物を投与してもよい。
【０１１７】
本発明の医薬組成物は、当該技術分野で既知のプロセス、例えば従来の混合、溶解、粒状化、糖衣錠作製、粉末化、乳化、カプセル封入、封入又は凍結乾燥プロセスによって製造され得る。
【０１１８】
このため、本発明に従って使用される医薬組成物を、賦形剤及び助剤を含む、１つ又は複数の生理学的に許容可能な担体を使用して従来通り配合してもよく、これにより活性成分を薬学的に使用することができる製剤に加工するのが容易になる。適切な剤形は、選択される投与経路によって変わる。
【０１１９】
注射のために、医薬組成物の活性成分を、水溶液、好ましくはハンクス液、リンガー液又は生理食塩緩衝液等の生理学的に相溶性の緩衝液中で配合してもよい。経粘膜投与のために、浸透しようとする障壁に適した浸透剤を製剤に使用する。かかる浸透剤は当該技術分野で一般的に知られている。
【０１２０】
局所投与のために、本発明の組成物を、ゲル、クリーム、洗浄液、リンス又は噴霧剤として配合してもよい。
【０１２１】
経口投与のために、活性化合物を当該技術分野で既知の薬学的に許容可能な担体と組み合わせることによって、医薬組成物を容易に配合することができる。かかる担体は、患者による経口摂取のために、医薬組成物を、錠剤、ピル、糖衣錠、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液等として配合することを可能にする。固形賦形剤を使用して、任意で得られる混合物を粉砕し、所望に応じて好適な助剤を添加した後、顆粒混合物を処理して、錠剤又は糖衣錠コアを得ることで、経口使用のための医薬製剤を作製することができる。好適な賦形剤は、特にラクトース、スクロース、マンニトール又はソルビトールを含む糖等の充填剤；例えばトウモロコシデンプン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチル−セルロース及びカルボメチルセルロースナトリウム等のセルロース製剤；及び／又はポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）等の生理学的に許容可能なポリマーである。所望に応じて、崩壊剤、例えば架橋ポリビニルピロリドン、寒天、又はアルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウム等のアルギン酸塩を添加してもよい。
【０１２２】
糖衣錠コアに好適なコーティングを与える。この目的のために、任意でアラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコール、二酸化チタン、ラッカー溶液及び好適な有機溶媒、又は溶媒混合物を含有し得る濃縮糖溶液を使用してもよい。染料又は顔料を、識別するため又は異なる組合せの活性のある化合物の用量を特徴付けるために、錠剤又は糖衣錠コーティングに添加してもよい。
【０１２３】
経口で使用することができる医薬組成物としては、ゼラチンでできている押し込み型カプセル、並びにゼラチン及び可塑剤、例えばグリセロール又はソルビトールでできている軟封入カプセルが挙げられる。押し込み型カプセルは、ラクトース等の充填剤、デンプン等の結合剤、タルク又はステアリン酸マグネシウム等の滑剤、及び任意で安定剤と混合して、活性成分を含有し得る。軟カプセルでは、活性成分が好適な液体、例えば脂肪油、液体パラフィン又は液体ポリエチレングリコール中に溶解又は懸濁し得る。さらに、安定剤を添加してもよい。経口投与のための剤形は全て、選択された投与経路に適した投与量である必要がある。
【０１２４】
口腔投与のため、組成物は、従来通り配合された錠剤又はロゼンジの形態をとってもよい。
【０１２５】
鼻吸入による投与のため、本発明による使用のための活性成分は、好適な推進剤、例えばジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン又は二酸化炭素の使用によって加圧パック又はネブライザからエアロゾル噴霧放出（presentation）形態で従来通り送達される。加圧エアロゾルの場合、一定量を送達するために弁を提供することによって投与量を決定し得る。例えばディスペンサにおける使用のためのゼラチンのカプセル及びカートリッジは、化合物の混合粉末及び好適な粉末基剤、例えばラクトース又はデンプンを含有して配合し得る。
【０１２６】
本明細書中に記載の医薬組成物は、例えばボーラス注射又は持続注入による非経口投与のために配合してもよい。注射のための剤形は、単位投与形態、例えば任意で保存料を添加したアンプル又は複用量の容器内に与えられ得る。組成物は、油性ビヒクル又は水性ビヒクル中の懸濁液、溶液又はエマルションであってもよく、懸濁剤、安定剤及び／又は分散剤等の処方剤（formulatory agents）を含有してもよい。
【０１２７】
非経口投与のための医薬組成物は、水溶性形態での活性製剤の水溶液を含む。さらに、活性成分の懸濁液は、適切な油性又は水性の注射懸濁液として調製され得る。好適な脂溶性溶媒又はビヒクルとしては、ゴマ油等の脂肪油、又はオレイン酸エチル、トリグリセリド若しくはリポソーム等の合成脂肪酸エステルが挙げられる。水性注射懸濁液は、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール又はデキストラン等の懸濁液の粘度を増大させる物質を含有し得る。また任意で、懸濁液は、高濃度溶液の調製を可能にするために、好適な安定剤又は活性成分の可溶性を増大させる作用因子を含有し得る。
【０１２８】
代替的に、活性成分は、使用前に好適なビヒクル、例えば滅菌性の発熱物質無含有の水溶液との構成のために粉末形態であり得る。
【０１２９】
また本発明の医薬組成物は、例えばココアバター又は他のグリセリド等の従来の坐剤基剤を使用して、坐剤又は停留浣腸剤等の直腸組成物に配合され得る。
【０１３０】
本発明に関連して使用するのに適した医薬組成物としては、活性成分を本来の目的を達成するのに効果的な量含有している組成物が挙げられる。より具体的には、「治療的に効果的な量」は病原体感染の症状（例えば発熱）を予防、軽減又は改善するのに、又は治療する被験体の生存期間を延長するのに効果的な活性成分（例えば水生生物組成物又はコケ組成物）の量を意味する。
【０１３１】
特に本明細書中に与えられる詳細な開示を考慮すると、治療的に効果的な量の決定は、十分に当業者の能力内である。
【０１３２】
本発明の方法に使用される任意の製剤のために、初めに投与量又は治療的に効果的な量をｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ及び細胞培養アッセイから推定することができる。例えば、所望の濃度又は力価を達成するために、用量を動物モデルで配合することができる。かかる情報をヒトに有用な用量をより正確に決定するのに使用することができる。
【０１３３】
本明細書中に記載の活性成分の毒性及び治療的有効性を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで標準的な薬学的処置により、細胞培養液又は実験動物で決定することができる。これらのｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ及び細胞培養液アッセイ、並びに動物試験から得られたデータを、ヒトで使用するために様々な投与量を配合する際に使用することができる。投与量は、用いられる投薬形態及び用いられる投与経路に応じて変わり得る。正確な剤形、投与経路及び投与量を、患者の状態を鑑みて医師個人が選択することができる（例えば、非特許文献２６を参照されたい）。 
【０１３４】
生物学的効果を誘導又は抑制するのに十分な血漿又は脳レベルの活性成分（すなわち最小有効濃度、ＭＥＣ）が提供されるように、投与量及び投与間隔を個々で調整してもよい。ＭＥＣは各製剤で変わるが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏデータから推測することができる。ＭＥＣを達成するのに必要な投与量は個々の特性及び投与経路に応じて変わる。検出アッセイを、血漿濃度を求めるのに使用することができる。
【０１３５】
治療される状態の重症度及び反応性に応じて、投薬は単回又は複数回の投与で行い、治療過程は、数日から数週間、すなわち治癒が達成されるまで、又は疾患状態が縮小されるまで継続する。
【０１３６】
当然のことながら、組成物の投与量は治療される被験体、病気の重症度、投与様式、処方医師の判断等によって変わる。
【０１３７】
所望であれば、本発明の組成物は、活性成分を含有する、１つ又は複数の単位投薬形態を含有し得るパック又はディスペンサ装置、例えばＦＤＡ認可キット内で与えられてもよい。パックは例えば、金属又はプラスチックホイル、例えばブリスターパックを含み得る。パック又はディスペンサ装置は投与のための指示書を伴い得る。またパック又はディスペンサ装置は、調合薬の製造、使用又は販売を規制する行政機関によって規定された形での表示（notice）を伴う場合があり、この表示は、ヒト又は動物投与のための組成物形態の機関による認可を反映する。かかる表示には例えば、処方薬に関して米国食品医薬品局で認可された、又は認可された商品の説明（insert）のラベルが含まれ得る。また薬学的に許容可能な担体中で配合される本発明の製剤を含む組成物を調製し、適切な容器に入れ、さらに上記で詳述されたように、指定の状態の治療のためにラベルを付ける場合がある。
【０１３８】
言及されるように、医療装置及びインプラントは一般的に、埋め込み装置の取り外しが必要になる場合もある、日和見感染細菌及び他の感染性微生物（例えば真菌）に感染する。かかる感染が、病気、長い入院生活又はさらには致死をもたらす可能性もある。それゆえに、バイオフィルム形成、及び医療装置の感染の予防が強く望まれている。 
【０１３９】
このため本発明は、上記の組成物を付着させた医療装置も意図する。
【０１４０】
本明細書中で使用される「医療装置」という用語は、任意のインプラント、機器、器具、道具、機械、装置、又は任意の他の類似若しくは関連の物体（任意の構成要素又はアクセサリを含む）を表し、これは疾患又は他の状態の診断、治療、治癒又は予防における使用を目的とする。かかる医療装置は、ヒト又は他の動物での使用を目的とし、身体の構造又は任意の機能に影響を与えることが期待される。かかる医療装置は、化学的作用を通じては、その主となる本来の目的を達成せず、またその主となる本来の目的の達成のために代謝が必要という訳ではない（dependent upon）。
【０１４１】
本明細書中に使用される「インプラント」という用語は、生きている組織ではない、ヒトの身体での配置を目的とする任意の物体を表す。インプラントは一時的又は永久的なものであり得る。インプラントは、人工構成要素を含む物品、例えばカテーテル又はペースメーカーであり得る。インプラントは、それらの生きている組織が失活されるように処理されている天然由来の物体も含み得る。例えば、生きている細胞を取り除く（脱細胞化する（acellularized））が、宿主由来の骨の内部成長のために鋳型として役立つようにそれらの形状を保持するように処理されている骨移植片が挙げられる。別の例としては、天然のサンゴを処理して、或る特定の整形外科療法及び歯科療法のために身体に適用することができるヒドロキシアパタイト製剤を得ることができる。
【０１４２】
したがって本発明は、移植の後に起こることが知られる、起こり得る任意の細胞凝集及びバイオフィルム形成を低減／排除するように、医療装置との細胞接着を予防するために、医療装置を本発明の組成物でコーティングすることを想定している。装置関連の感染は通常、装置の挿入若しくは埋め込み処置の間の微生物、主に細菌の導入、又は血液伝播性の生物と新たに挿入される装置との付着、及びその後の表面上での生物の増殖により起こる。それにより本発明の組成物による医療装置のコーティングが、１つ又は複数の微生物種のバイオフィルム形成を阻害し、医療装置関連の感染を予防し、結果として抗生物質による治療又は被験体から医療装置を取り外す必要性が減る。
【０１４３】
本発明の教示に従ってコーティングされ得る医療装置としては、人工血管、カテーテル及び流体の除去又は患者への流体の送達のための他の装置、人工心臓、人工腎臓、整形外科用のピン、人工関節、プレート及びインプラント；カテーテル及び他のチューブ（泌尿器チューブ及び胆管チューブ、気管内チューブ、末梢部に（peripherably）挿入可能な中枢神経カテーテル、透析カテーテル、長期間トンネル型（tunneled）中枢神経カテーテル、末梢静脈内カテーテル、短期間中心静脈カテーテル、動脈カテーテル、肺動脈カテーテル、スワン−ガンツカテーテル、導尿カテーテル、腹膜カテーテルを含む）、尿道装置（長期間尿道装置、組織結合尿道装置、人工尿道括約筋、尿道拡張器を含む）、シャント（心室シャント又は動静脈シャントを含む）；プロテーゼ（胸部インプラント、陰茎プロテーゼ、血管移植プロテーゼ、動脈瘤修復装置、機械心臓弁、人工関節、人工喉頭、耳鼻科インプラントを含む）、吻合装置、血管カテーテルポート、血管ステント、クランプ、塞栓装置、創傷ドレインチューブ、接眼レンズ、歯科インプラント、水頭症シャント、ペースメーカー及び埋め込み型除細動器、無針コネクタ、声帯（voice）プロテーゼ等が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１４４】
本発明の組成物の別の可能性のある用途は、医学的及び歯科的環境で見られる表面のコーティングである。かかる表面には、使い捨てか、又は反復使用目的であるかにかかわらず、様々な機器及び装置の内面及び外面が含まれる。かかる表面は、医学的使用に適合した物品の全範囲を含み、この物品としては外科用メス、針、ハサミ、及び侵襲性の外科的、治療的又は診断的処置に使用される他の装置；血液フィルタが挙げられるが、これらに限定されない。他の例がこれらの技術分野における実践者には容易に明らかである。
【０１４５】
医学的環境に見られる表面には、医療の場で職員が着用する又は職員によって運ばれる医療ギアである医療設備の部品の内面及び外面も含まれる。かかる表面には、医療の場において感染性生物に対する生物学的障壁として意図される表面、例えばグローブ、エプロン及びマスクが含まれ得る。生物学的障壁に一般的に使用される材料は、ポリエチレン、ダクロン、ナイロン、ポリエステル、ポリテトラフルオロエチレン、ポリウレタン、ラテックス、シリコーン及びビニル等の熱可塑性材料又は高分子材料である。他の表面には、医療的処置、又は呼吸器治療（酸素、ネブライザにおける可溶化薬剤及び麻酔薬の投与を含む）に使用される医療機器、医療チューブ及び医療キャニスタを準備するのに使用される領域におけるカウンタトップ及び固定具が含まれ得る。他のかかる表面には、無菌であることを意図しない医療設備又は歯科用設備用のハンドル及びケーブルが含まれ得る。さらにかかる表面には、血液若しくは体液又は他の有害な生体材料が共通して接する（encountered）領域で見出されるチューブ及び他の機器の非無菌の外面が含まれ得る。
【０１４６】
本発明の組成物は、微生物コロニー形成に対する長期間保護を与えるのに、及び装置関連の感染の発生率を低減するのに、これらの医療装置の表面上又はこれらの医療装置内で使用することができる。これらの組成物を、抗菌剤（例えば抗生物質剤）と組合せて医療装置のためのコーティングに組み込むこともできる。かかる組合せは、この物質が装置−微生物界面に阻止濃度で与えられていれば、初期のコロニー形成細菌を死滅又は阻害させ、かつ装置関連の感染を予防するのに十分である。
【０１４７】
本発明の組成物を、ポリマー合成段階又は装置製造段階で、医療装置のポリマーマトリクスに直接組み込むことができる。組成物を医療装置ポリマーに共有結合させることもできる。医療装置をコーティングするこれらの及び多くの他の方法は当業者には明らかである。
【０１４８】
本発明の教示に従って処理することができるさらなる表面には、水精製、水貯蔵及び水送達に関与する物品、並びに食品加工に関与する物品の内面及び外面が含まれる。このため本発明は、その内容物の保存期間を延長するために、食品容器又は飲料容器の固体表面をコーティングすることを想定している。
【０１４９】
また健康に関連する表面には、栄養摂取、公衆衛生又は疾患予防の提供に関与する家庭用品の内面及び外面が含まれ得る。このため、本発明の組成物は、外面からの疾患を引き起こす微生物の除去に使用することができる。これらとして例えば、家庭用食品加工設備、育児用材料、タンポン、石鹸、洗剤、健康製品及びスキンケア製品、家庭用クリーナー並びに便器が挙げられる。
【０１５０】
表面は、研究用品であってもよく、顕微鏡スライドガラス、培養フード、ペトリ皿、又は当該技術分野で既知の任意の他の好適な種類の組織培養器又は容器が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５１】
本願の発明者らは、防汚剤としての本発明の組成物の使用も想定している。
【０１５２】
本明細書中で使用される「防汚剤」という用語は、単細胞生物の付着から水中の表面を保護するのに使用される化合物を表す。これらの単細胞生物としては、細菌及び真菌等の微生物が挙げられる。
【０１５３】
これらの水中の表面は任意の浸水表面を含み、これには船／ボートの船体（すなわち船又はボートのボディ又はフレーム）、潜水艇、航行援助施設（navigational aids）、スクリーン、網、構造物（constructions）、浮遊する又は据え付けられた海上プラットフォーム（例えばドック）、ブイ、信号設備、及び海水又は塩水に接する物品が含まれる。他の水中の表面は海水に曝された構造体（structures）を含み、これには杭、海洋マーカー、ケーブル及びパイプのような海中伝導装置（conveyances）、漁網、バルクヘッド、冷却塔並びに水中で動作する任意の装置又は構造体が含まれる。
【０１５４】
本発明の組成物を、不要な海洋汚損を制限するのに海洋コーティングに組み込むことができる。このため、本発明の防汚剤を、毒性材料（例えば重金属）を含有せず、かつそれらの有効性を保持するように配合することができる。本発明の防汚塗布剤はさらに、結合剤（複数可）、顔料（複数可）、溶媒（複数可）及び添加剤（複数可）を含有していてもよい。
【０１５５】
使用され得る溶媒の例としては、キシレン及びトルエン等の芳香族炭化水素；ヘキサン及びヘプタン等の脂肪族炭化水素、酢酸エチル及び酢酸ブチル等のエステル；Ｎ−メチルピロリドン及びＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド等のアミド；イソプロピルアルコール及びブチルアルコール等のアルコール；ジオキサン、ＴＨＦ及びジエチルエーテル等のエーテル；並びにメチルエチルケトン、メチルイソブチルケトン及びメチルイソアミルケトン等のケトンが挙げられる。溶媒を単独又はそれらを組み合わせて使用してもよい。
【０１５６】
使用され得る結合剤の例としては、アルキド樹脂、アクリル又はビニルエマルション、ポリウレタン樹脂、エポキシ樹脂、シリコーン系樹脂、アクリル樹脂、無機ケイ酸系樹脂、ビニル樹脂、特に塩化ビニル／酢酸ビニルコポリマー及びロジンが挙げられる。
【０１５７】
使用され得る顔料の例としては、二酸化チタン、酸化第一銅、酸化鉄、タルク、アルミニウムフレーク、マイカフレーク、酸化第二鉄、チオシアン酸第一銅、酸化亜鉛、酢酸メタヒ酸第二銅、クロム酸亜鉛、ジメチルジチオカルバミン酸亜鉛、エチレンビス（ジチオカルバミン酸）亜鉛及びジエチルジチオカルバミン酸亜鉛が挙げられる。
【０１５８】
コーティング組成物に組み込まれ得る添加剤の例としては、除湿剤、湿潤／分散剤、沈降防止剤、皮張り防止剤、乾燥／硬化剤、損傷防止剤（anti-marring agents）、並びに安定剤及び消泡剤としてコーティング組成物に通常用いられる添加剤が挙げられる。さらに、海水に比較的不溶性である任意の抗生物質を防汚海洋塗布剤と共に使用することができる。
【０１５９】
海洋防汚塗布剤を調製する方法は、特許文献４、特許文献５、特許文献６、特許文献７、及び特許文献８で詳細に説明される。
【０１６０】
本発明の組成物は、化粧品に抗菌特性を与え、製品を傷めるのを予防するのに使用することもできる。
【０１６１】
組成物はさらに、例えば歯磨き粉、口内洗浄液又はチューイングガムに組み込むことにより抗菌効果を口、歯及び歯肉に与えるのに使用することができる。まとめると、本発明の教示は、水生生物及びコケ等の生物から単離した広範な新規の接着防止剤を示している。微生物バイオフィルム形成の初期の弱い段階をもたらす能力と共に、これらの作用因子の広範囲にわたる接着防止（例えばグラム陽性細菌及びグラム陰性細菌の接着を阻害する）効果により、これらの作用因子がバイオフィルム形成防止剤の有力候補となる。さらに、本明細書に記載の接着防止剤はクローン可能であり（clonable）、変更及び大量生産することができる。さらにその安定性（すなわち環境条件に対する耐性）により、これらの作用因子が幅広い用途に好適となる。
【０１６２】
本発明のさらなる目的、利点及び新規の特徴は、限定を意図しない以下の実施例を検討することで当業者に明らかになる。さらに、上記に詳述され、かつ特許請求の範囲の項で特許請求される本発明の様々な実施形態及び態様のそれぞれは、以下の実施例における実験的裏づけを見出している。
【０１６３】
一般的に、本明細書中で使用される命名法及び本発明で用いられる検査法としては、分子学的技法、生化学的技法、微生物学的技法及び組み換えＤＮＡ技法が挙げられる。かかる技法は文献で完全に説明される。例えば、非特許文献２７、非特許文献２８、非特許文献２９、非特許文献３０、非特許文献３１、非特許文献３２、特許文献９、特許文献１０、特許文献１１、特許文献１２、及び特許文献１３に記載される方法、非特許文献３３、非特許文献３４、非特許文献３５、非特許文献３６を参照されたい。利用可能なイムノアッセイが特許文献及び科学文献で広範に記載されており、例えば特許文献１４、特許文献１５、特許文献１６、特許文献１７、特許文献１８、特許文献１９、特許文献２０、特許文献２１、特許文献２２、特許文献２３、特許文献２４、特許文献２５、特許文献２６、特許文献２７、特許文献２８、及び特許文献２９、非特許文献３７、非特許文献３８、非特許文献３９、非特許文献４０、非特許文献４１、非特許文献４２及び非特許文献４３、非特許文献４４（それらは全て、本明細書中で完全に説明されるかのように参照により援用される）を参照されたい。他の一般的な参考文献が本明細書を通して与えられる。それらの文献中の処置は、当該技術分野で既知であると考えられ、読者の便宜のために与えられる。それらの文献に含まれる全ての情報は参照により本明細書中に援用される。
【実施例】
【０１６４】
これより、以下の実施例を参照して、上述の記載と共に、非限定的に本発明を説明する。
【０１６５】
実施例１：アイプタシア・アネモネから抽出した活性画分のＭＳ／ＭＳ分析
アイプタシア・プルチェラの粗抽出物（全生物）をＳｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−１０カラムで分離し、接着防止／バイオフィルム形成防止活性を共に示す２画分が得られた（図１３）。
【０１６６】
Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−１０で得られた高分子画分のＳｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−７５による再クロマトグラフィにより、高分子画分及び低分子画分を表す２つのメインピークが得られた（図１４）。
【０１６７】
２ｍｌ／分の流速での０．１％  ＴＦＡ中のアセトニトリルの直線勾配における（５分〜７５分で３％〜８０％）Ｇ−７５カラムで得られた低分子画分のｃ−１８カラムによる逆相高速液体クロマトグラフィ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）分離により、緑膿菌ＡＴＣＣ２７８５３に対する接着防止化合物として幾つかの活性画分が得られた。画分を２分毎に回収した（図１５）。
【０１６８】
活性画分を全てトリプシンにより消化し、Ｑｔｏｆ  Ｐｒｅｍｉｅｒ（Waters）及びＬＴＱ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ（Thermo）でのＬＣ−ＭＳ／ＭＳにより分析し、ｎｒデータベースの真核生物部分に対してＰｅｐ−Ｍｉｎｅｒ及びＳｅｑｕｅｓｔソフトウェアにより同定した。７２．３％アセトニトリルで溶出した活性画分（赤色の矢印で示された）がウメボシイソギンチャク由来のイクイナトキシン５に類似していることが分かった。
【０１６９】
実施例２：イソギンチャク細胞毒素の保存領域の同定
動物組織由来のゲノムＤＮＡの単離に関する製造業者のプロトコルに従ってウィザードゲノムＤＮＡ精製キット（Promega、ＵＳＤＡ）を使用して、２５ｍｇのアイプタシア・プルチェラ及びアネモニア・ビリダンス（Anemonia viridans）から精製鋳型ＤＮＡを調製した。Ｒｅｄｄｙ  Ｍｉｘ  ＰＣＲマスターミックス（ABgene, UK）を使用して以下のプロトコルによってアイプタシア・プルチェラ及びアネモニア・ビリダンス由来の５００ｎｇの精製鋳型ＤＮＡでＰＣＲを行った：９５℃−５分（９５℃  ３０秒、５２℃  ３０秒及び７２℃  １分）×３５、７２℃  １０分。
【０１７０】
プライマーＥｑｔ−Ｆ（ＧＴＲ  ＴＣＧ  ＡＣＡ  ＡＣＧ  ＡＧＴ  ＣＲＧ  Ｇ(配列番号２２)）及びＥｑｔ−Ｒ２５２（ＴＧＡ  ＣＡＴ  ＹＣＣ  ＡＣＣ  ＡＧＴ  ＴＧＣ  ＴＧ(配列番号２３)）をそれぞれ最終濃度が０．５μＭになるまで反応混合物に添加した。
【０１７１】
約２５０ｂｐサイズのＤＮＡ単位複製配列がもたらされた陽性ＰＣＲ反応のものをＤＮＡシークエンシングにかけた。
【０１７２】
アイプタシア・プルチェラ由来のＰＣＲ単位複製配列が以下の２６５ｂｐ配列を与えた：ＧＴＧＴＣＧＣＣＡＡＣＧＡＧＴＣＧＧＧＡＴＧＣＡＣＴＴＧＧＧＡＡＡＡＧＣＣＡＡＡＴＡＣＡＴＡＣＴＴＣＴＴＣＴＣＴＧＧＴＡＣＴＧＡＧＧＴＡＴＡＡＡＧＴＧＣＣＴＣＣＣＴＣＴＡＡＡＧＣＴＴＧＡＧＡＡＴＡＡＡＡＡＡＧＣＡＣＴＴＴＴＧＴＡＣＧＧＣＣＣＡＣＧＴＡＡＧＡＣＡＡＣＡＧＧＧＣＣＴＧＴＴＧＣＣＡＣＧＧＧＡＧＣＴＧＴＴＧＧＡＧＴＧＣＴＣＡＣＴＴＡＣＡＡＡＡＴＧＴＴＧＴＧＣＡＣＣＡＡＴＧＡＧＡＣＧＡＡＣＡＣＴＣＴＧＧＣＴＧＴＴＣＴＴＴＴＣＡＧＴＧＴＡＣＣＣＴＴＣＧＡＣＴＡＣＡＡＣＴＴＧＴＡＣＡＧＣＡＡＣＴＧＧＴＧＧＡＡＡＴＧＴＣＡＡ(配列番号５０)
【０１７３】
上記のポリヌクレオチド配列によりコードされる予測アミノ酸配列とＧｅｎｅＢａｎｋにおける既知のタンパク質配列とのＢＬＡＳＴｘ比較が以下の結果を与えた：溶血性毒素［フサウンバチイソギンチャク（Actineria villosa）］、ＰｓＴＸ−２０Ａ［ウンバチイソギンチャク（Phyllodiscus semoni）］、細胞溶解素Ｉ前駆体［サガルティア・ロゼア（Sagartia rosea）］及びイクイナトキシンＩＶ受容体［ウメボシイソギンチャク］（アクセッション番号：ＢＡＤ７４０１９．１、ＢＡＣ４５００７．１、ＡＡＰ０４３４７．１及びＡＦ０５７０２８＿１）等の他のイソギンチャク細胞毒素に対する同一性＝５４／８８（６１％）、陽性＝６２／８８（７０％）。
【０１７４】
関連のペプチド配列［ＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷ］(配列番号５１)がアイプタシア配列に現れる。
【０１７５】
アネモニア・ビリダンス由来のＰＣＲ単位複製配列が以下の２５４ｂｐ配列を与えた：ＴＧＴＧＴＣＧＡＣＡＡＣＧＡＧＴＣｇＧＧＣａａｇａｃｇｔＧｇａＣＣＧＣＡｎｔｇａａＣＡＣＡＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧｃＡＣＣＴＣＴＧＡＴｎＴＣｒＴＣＣＴＴＣＣＣＣＡＴＡＣＡＧＴＴＣＣＡＣＡＴＧＧＴＡＡＧＧＣＡＣＴＧＣＴＣＴＡＣＡＡＣＧＧＴＣＡＧＡＡＡＧＡＴＣＧＴＧＧＴＣＣＡＧＴＴＧＣＧＡＣＴＧＧＣＧｔｇＧＴＴＧＧＡＧＴＡＣＴＴＧＣＴＴＡＴＧｃＣＡＴＧＡＧＣｇＡＴＧＧＡＡＡＣＡＣＣＣｔＧＧＣＣＧＴＴＴＴｇＴＴＣＡＧＣｒＴＴＣＣＣＴａＴＧＡＣＴＡＴＡＡＣＣｔＧＴＡＣＡＧＣＡＡＣＴＧＧＴＧＧＡＡＴＧＴＣＡＡ(配列番号５２)
【０１７６】
ＧｅｎｅＢａｎｋにおける既知のヌクレオチド配列とのＢＬＡＳＴｎ比較により、対応においてイクイナトキシン５［アクセッション番号：ＡＥＵ５１９００］に対して９７％、イクイナトキシン４［アクセッション番号：ＡＦ０５７０２８］に対して９６％及びイクイナトキシン２［アクセッション番号：ＡＥＵ４１６６１］に対して９５％の類似性がもたらされた。
【０１７７】
第２の陽性ＯＲＦの翻訳に基づく予測アミノ酸配列が以下のアミノ酸配列を与えた：
ＣＲＱＲＶＧＭＨＬＧＫＡＫＹＩＬＬＬＷＹ＊ＧＩＫＣＬＰＬＫＬＥＮＫＫＡＬＬＹＧＰＲＫＴＴＧＰＶＡＴＧＡＶＧＶＬＴＹＫＭＬＣＴＮＥＴＮＴＬＡＶＬＦＳＶＰＦＤＹＮＬＹＳＮＷＷＫＣＱ(配列番号５３及び６２)
【０１７８】
実施例３：合成ペプチドの活性比較
固相方法を用いて以下で挙げられたペプチドを合成し、Peptron Inc.（Taejeon, Korea）により９０％尺度まで精製を行った。
【０１７９】
２０μｌのジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を用いてペプチドを溶解し、再蒸留水で５ｍｇ／ｍｌ濃度まで希釈した。さらなる希釈をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で行った。
【０１８０】
５００μｇ／ｍｌ〜０．５μｇ／ｍｌの範囲のペプチド濃度でアシネトバクター・バウマンニ及び緑膿菌ＡＴＣＣ２７８５３の臨床分離株において以下の合成ペプチドの活性を研究した。適切な濃度まで希釈したペプチドを細菌と共に２４時間〜４８時間インキュベートした。
【０１８１】
細菌接着バイオアッセイにおいて、バイオフィルムを９６ウェルの丸底ポリスチレンプレートで成長させた。要するに、１８０μｌの一晩培養物をＰＢＳで希釈した適切なペプチドが２０μｌ入っているウェルに加えた。３７℃で２４時間のインキュベーションの後、それぞれのウェルを水で洗浄し、２５０μｌのクリスタルバイオレット溶液を用いて染色した。それから水で徹底的に洗い流すことにより染料を取り除いた。付着細胞の定量化のために、クリスタルバイオレットを２５０μｌの１％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）中で可溶化し、吸光度を５９５ｎｍで測定した。
ＣＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷＣ(配列番号３２)      ＡｂａｃＺ−１７Ｃ
Ａｃ−ＭＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷ−ＮＨ２(配列番号５４)  ＡｂａｃＺ−１５
ＣＦＳＶＰＦＤＹＮＷＹＳＮＷＷＣ(配列番号５５)        ＡｂａｃＺ−１６Ｃ
ＦＤＹＮＷＹ(配列番号５)                              ＡｂａｃＺ−６
ＣＦＤＹＮＷＹＣ(配列番号５６)                        ＡｂａｃＺ−８Ｃ
【０１８２】
結果を図１〜図１２に示す。図１、図３、図５及び図７から分かるように、上記ペプチドは細菌を死滅させなかった、又は細菌の成長を阻害しなかった。図２、図４、図６、図８及び図１０〜図１２は該ペプチドがバイオフィルムの形成を防いだことを実証している。
【０１８３】
実施例４：好ましいペプチドの同定
本発明による最も活性のある環状ペプチドを同定するために、ペプチド精製器を備えた手動のＰａｒａｌｌｅｌ  Ｐｅｐｔｉｄｅ合成装置を用いて、互いに長さ及び環化戦略が異なるペプチドを生成する。マイクロプレート及びフローセルアッセイにおいて接着防止活性に関してそれぞれのペプチドをスクリーニングし、高活性ペプチドの選択を行う。幾つかのバージョンのペプチドのコンピュータモデリングを用いて、活性化合物の選択を最適化する。
【０１８４】
より感度のよいスクリーニングのために、Promega（USA）のＢａｃＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ微生物細胞生存アッセイを用いてバイオアッセイをスケールアップする。この方法は発光をベースにより感度のよい分光技法を利用する。
【０１８５】
様々な環化戦略を用いて、生体活性が満足のいくものである直鎖類似体由来の最適化環状ペプチドを得る。図１６Ａは乳化アームを有する環状リードの一般化構造を示している。直鎖類似体はファーマコフォアと規定される疎水性コア（６アミノ酸）を有する１４ｍｅｒペプチドである。環状リードを調製し、このファーマコフォアを保存して、それからポリエチレン、ポリプロピレン、テフロン（登録商標）等の乳化アーム（疎水性部分）を加えることにより、疎水性ポリマー表面への吸収能がもたらされる（図１６Ｂ）。
【０１８６】
エピトープマッピング、ｅｓｃａｎｎｉｎｇ及びＣｙｃｌｏｓｃａｎ法を、所望の生体活性を保有するより短く、よりコスト効率がよいペプチドを明らかにするのに用いる。
【０１８７】
９Ｈ−フルオレン−９−イルメトキシカルボニル固相ペプチド合成（Ｆｍｏｃ  ＳＰＰＳ）を用いて環状リードを調製する。
【０１８８】
図１７で示されるような代表的な手法に従って、ジクロロメタン（ＤＣＭ）中のＮ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＤＩＥＡ）を用いたクロロトリチル（chlorotrityl）（Ｃｌ−Ｔｒｔ）樹脂で、又はカップリング試薬としてＯ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−ウロニウム−ヘキサフルオロ−ホスフェート（ＨＢＴＵ）を用いたＲｉｎｋ  Ａｍｉｄｅで第１の保護アミノ酸を縮合する。
【０１８９】
Ｎ−メチル−２−ピロリジノン（ＮＭＰ）中の２−（１Ｈ−７−アザベンゾトリアゾール−１−イル）−１，１，３，３−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェートメタンアミニウム（ＨＡＴＵ）又はベンゾトリアゾール−１−イル−オキシトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢｏＰ）又はＤＩＥＡによる標準的なＦｍｏｃプロトコルを用いて、次のカップリングを行う。酢酸／Ｎ−メチルマレイミド／塩化ジエテン（diethene chloride）（ＡｃＯＨ／ＮＭＭ／ＤＣＥ）カクテルを用いたＰｄ−トリフェニルホスフィン（テトラキス）によりアリルオキシカルボニル（ａｌｌｏｃ）基を脱保護する。
【０１９０】
標準的なカップリング反応として（アミド結合が形成される場合）又は酸素で泡立たせることにより（ジスルフィド架橋が形成される場合）環化工程を行う。当該技術分野で既知の他の種類の環化を行ってもよい。
【０１９１】
Ｃｌ−Ｔｒｔ樹脂の場合、３０分間１，２−エタンジチオールの存在下で、並びにＲｉｎｋ  Ａｍｉｄｅの場合、９５％ＴＦＡ、ＴＩＳ及びＨ２Ｏの存在下で１：９８：１のトリフルオロ酢酸：ジクロロメタン：トリ−イソ−プロピルシラン（ＴＦＡ：ＤＣＭ：ＴＩＳ）による処理によって樹脂からペプチドを切り出す。
【０１９２】
粗生成物溶液（ＡｃＯＨ／Ｈ２Ｏ  １：１）を分取ＨＰＬＣ又はＭＰＬＣにより精製し純粋な環状ペプチドを得る。純度を分析ＨＰＬＣにより決定する。構造をＬＣ−ＭＳ及びアミノ酸分析により確認する。
【０１９３】
次の段階は吸収特性を環状ペプチドリードに導入するための疎水性アームの連結を伴う。標準的なＳＰＰＳプロトコルを用いてこのアームを連結する。
【０１９４】
図１７は乳化アームを有する環状ペプチドリードの展開プロセスを概説するフローチャートを示している。
【０１９５】
実施例４：水又は液体培地の処理
任意で好ましくは、水及び／又は液体培地、又はこれらを含有する、例えば逆浸透フィルター及び／又は濾過装置若しくは濾過システムが挙げられるがこれらに限定されないシステム若しくは装置を処理するのに上記のペプチド及び／又は組成物及び／又は生物を使用してもよい。
【０１９６】
濾過することなくフローセルでポリアミドクーポンを使用するバイオフィルム形成に対するイソギンチャク目抽出物の効果を以下の通りに試験する。ＲＯ（逆浸透）活性層と同様のポリアミド表面上で共焦点顕微鏡用の（dedicated for）フローセルでバイオフィルム成長の効果を分析する。モデル株と逆浸透（ＲＯ）膜クーポンから採取した様々な濃度（ナノグラム／ｍｌ〜マイクログラム／ｍｌ）の抽出物を添加した、地中海の選択場所に位置した実際の微生物接種材料との両方を用いて、二チャンネルフローセル（ＦＣ２７０、Biosurface Technologies, Montana, USA）を操作する。フローセルにおけるフローレジームは層状であり、典型的なＲＯ操作フロー条件に類似している。モデル株では、海水合成培地を決定し（非特許文献４５「最先端の逆浸透脱塩」及び非特許文献４６「ＩＤＥレポート」を参照されたい）、細胞付着バイオフィルム成長実験に使用する。Palmachimにおいて脱塩植物から単離された微生物共同体では、実際の海水を微生物付着実験及びバイオフィルム成長実験の培地として用いる。用いられるモデル株はビブリオ・フィッシェリ（Vibrio fischeri）及びカウロバクター・クレセンタスである。二チャンネルフローセルでは、１つのチャンネルは抽出物が添加されており、もう１つは（例えば抽出物がエタノール中に溶解する場合）溶媒のみが培地に添加された対照としての役割を果たす。
【０１９７】
生細胞、死細胞及び細胞外ポリマー物質（ＥＰＳ）を蛍光プローブで染色し（ＥＰＳにおいて様々な多糖成分（polysaccharide constitutents）をプロービングするのに様々な蛍光標識レクチンを使用する）、レーザスキャニング共焦点顕微鏡（ＬＳＣＭ）で可視化することで、様々な時点（実験の最大１４日目）でフローセルバイオフィルムを顕微鏡分析する。Ｉｍａｒｉｓ  ｂｉｔｐｌａｎｅ及びＣＯＭＳＴＡＴ（非特許文献４７「緑膿菌のバイオフィルム展開の統計分析：収縮運動、細胞間シグナル伝達及び静止期σ因子発現に関与する遺伝子の突然変異の影響」、非特許文献４８等の画像処理分析ソフトウェアを用いて、顕微鏡分析を行う。
【０１９８】
バイオフィルムの接着性及び稠密度に対して大きな効果があるカルシウムもモニタリングし、Ｆｕｒａ−２等のカルシウム特異的な蛍光色素を用いてＬＳＣＭで可視化する（非特許文献４９「蛍光性が大きく改善した新世代のＣａ２＋インディケータ」及び非特許文献５０「バイオフィルムの二光子レーザスキャニング顕微鏡検査に関する蛍光色素の評価」参照）。
【０１９９】
異なるペプチドに共有結合したＱＣＭ−Ｄ表面修飾結晶を用いて様々な種類のＥＰＣ／細菌の接着を分析することにより防汚特性も調べる。
【０２００】
ＱＣＭ−Ｄは、明確な配置及び流体力学的特徴でフローセルの中に収納された超感度質量センサ（シリカコーティングした水晶振動子（silica-coated quartz crystal））、標識を必要としない質量吸着のリアルタイムモニタリングを可能にする設計を利用している。水晶振動子に取り付けられた電極に電圧を印加し、圧電型水晶振動子を１ｎｍ〜２ｎｍの振幅で横方向に振動させる。沈着（吸着）が結晶表面で起こると、結晶の振動周波数が変動する。吸着された質量を決定するために周波数変動をモニタリングすることに加えて、吸着層の厚さ及び構造（structural conformation）を、１回の振幅サイクル当たりのシステム内での総エネルギー損失の合計である散逸エネルギーを同時にモニタリングすることにより抽出できる。興味深いことに、様々な環境条件（すなわち二価カチオン濃度の変化）下で様々な種類のＥＰＳの吸着及び接着（すなわち多糖／タンパク質含有量の変化）を測定することに加えて、ＱＣＭ−Ｄは沈降ナノ層の粘弾特性、構造変化及び厚さを明らかにすることもできる。
【０２０１】
実施例５：脱塩条件下での逆浸透生物汚損に対する活性ペプチドの効果
脱塩条件下での逆浸透生物汚損に対するイソギンチャク目抽出物の効果を決定する。
【０２０２】
２つのＲＯ（逆浸透）ベンチスケールユニットを海水の脱塩のために操作し、候補モデル株及びＧＥＳ脱塩植物（上述のような）から単離した微生物共同体の両方を用いた生物汚損実験を合成海水培地及び実際の海水の両方で行う。Dow-Filmtecの市販のフラットシート膜ＳＷ−３０をこれらの生物汚損実験に使用する。プロセス条件の特定の評価基準を得る：透過流束、全有機炭素（ＴＯＣ）、浸透溶液及びブライン溶液中の酸素濃度、酸素取り込み速度、並びに膜による様々なイオン及びカチオンの排除。様々なバイオフィルム成分を分析する。生物汚損層の化学分析にはタンパク質、炭水化物、脂質及びＤＮＡの特徴付けが含まれる。顕微鏡観察及び分析を上述のように行う。
【０２０３】
本発明は限られた数の実施形態に関して説明しているが、本発明の多くの変更、修正及び他の適用を為すことができることを理解されたい。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１７】
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【配列表】
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