(57)【要約】【課題】Ｋ‐ｒａｓ変異およびＢ‐ｒａｆ変異ならびに抗ＥＧＦｒ抗体療法の提供。【解決手段】本出願は、Ｋ−ｒａｓ変異、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、およびＫ−ｒａｓ変異を同定する方法に関する。本出願は、Ｂ‐ｒａｆ変異、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドを含むベクター、およびＢ‐ｒａｆ変異を同定する方法にも関連する。また本出願は、癌を診断する方法、ならびに腫瘍の治療における抗ＥＧＦｒ特異的結合剤の有用性を予測するための方法およびキットにも関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載された発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
分野
本出願は、２００７年３月１３日出願の米国仮出願番号第６０／９０６，９７６号の恩典を主張するものであり、参照することにより、該出願はいかなる目的のためにも本明細書に援用される。
【０００２】
本出願は、Ｋ‐ｒａｓ変異、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、およびＫ‐ｒａｓ変異を同定する方法に関する。本出願は、Ｂ‐ｒａｆ変異、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドを含むベクター、およびＢ‐ｒａｆ変異を同定する方法にも関連する。また本出願は、癌を診断する方法、ならびに腫瘍の治療における抗ＥＧＦｒ特異的結合剤の有用性を予測するための方法およびキットにも関連する。
【背景技術】
【０００３】
背景
癌治療におけるモノクローナル抗体の特定の応用は、癌組織に免疫増強アイソタイプ、毒素または薬物等の細胞傷害性エフェクター機能を特異的に送達する抗体の能力に依存する。代替アプローチは、細胞受容体を介して成長因子によって媒介されるシグナル等の重要な細胞外増殖シグナルを取り除くことにより、腫瘍細胞の生存に直接影響を与えるモノクローナル抗体を用いることである。このアプローチにおける魅力的な標的の１つは、ＥＧＦおよび形質転換成長因子α（ＴＧＦα）に結合する上皮成長因子受容体（ＥＧＦｒ）である（例えば、Ｕｌｌｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ６１：２０３‐２１２，
１９９０、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５、Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．  １０：  ６７‐７３，  １９９８を参照されたい）。ＥＧＦまたはＴＧＦαが１７０ｋＤａの膜貫通型細胞表面糖タンパク質であるＥＧＦｒに結合すると、ＥＧＦｒの自己リン酸化およびインターナリゼーションを含む細胞の生化学的事象のカスケードを誘発し、結果的に細胞が増殖する（例えば、Ｕｌｌｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ６１：２０３‐２１２，  １９９０を参照されたい）。
【０００４】
ＥＧＦｒがヒト固形腫瘍の発生および進行の支持に関係していると見なす観察もいくつかある。ＥＧＦｒは、多くの種類のヒト固形腫瘍に過剰発現されることが証明されている（例えば、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌｓ  ７：３５９  （１９８９），  Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １：３３９‐３４４  （１９９０），  Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６  （１９９４）を参照されたい）。例えば、ＥＧＦ‐ｒの過剰発現は、特定の肺癌、乳癌、大腸癌、胃癌、脳癌、膀胱癌、頭頚部癌、卵巣癌、および前立腺癌に観察されている（例えば、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６  （１９９４）を参照されたい）。受容体レベルの増加が、不良な臨床予後と関連していると報告されている（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６，  １９９４、Ｇｕｌｌｉｃｋ，  Ｂｒ．  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ，  ４７：８７‐９８，  １９９１、Ｓａｌｏｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  １９：  １８３‐２３２，  １９９５を参照されたい）。上皮成長因子（ＥＧＦ）および形質転換成長因子α（ＴＧＦ‐α）の両方が、ＥＧＦ‐ｒに結合して細胞増殖および腫瘍増殖をもたらすことが証明されている。多くの場合において、表面ＥＧＦｒの発現増加は腫瘍細胞によるＴＧＦαまたはＥＧＦの産生を伴っており、それらの腫瘍の増殖にオートクリン増殖調節が関与していることを示唆している（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ
ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６，
１９９４、Ｓａｌｏｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  １９：  １８３‐２３２，  １９９５を参照されたい）。
【０００５】
したがって、あるグループは、ＥＧＦ、ＴＧＦ‐α、およびＥＧＦ‐ｒに対する抗体が、ＥＧＦ‐ｒを発現または過剰発現する腫瘍の治療において有用である可能性を提案している（例えば、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌｓ  ７：３５９  （１９８９），  Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １：３３９‐３４４  （１９９０），  Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６  （１９９４），  Ｔｏｓｉ  ｅｔ  ａｌ．  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６２：６４３‐６５０  （１９９５）を参照されたい）。確かに、受容体に結合するＥＧＦおよびＴＧＦ‐αをブロックする抗ＥＧＦ‐ｒ抗体が、腫瘍細胞増殖を阻害するらしいことが実証されている。しかしながら、それと同時に、抗ＥＧＦ‐ｒ抗体は、ＥＧＦおよびＴＧＦ‐α単独の細胞増殖を阻害しないようであった（Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ａｎｄ  Ｄｅａｎ  Ｉｎｔ’ｌ  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６  （１９９４））。
【０００６】
腫瘍細胞に結合するＥＧＦおよびＴＧＦαを中和し、かつ生体外でのリガンド媒介性の細胞増殖を阻害する能力のあるヒトＥＧＦｒに特異的なモノクローナル抗体が、マウスおよびラットから作製されている（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５、Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．  １０：  ６７‐７３，  １９９８、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：  ２７７‐２９６，  １９９４を参照されたい）。マウス１０８、２２５（例えば、Ａｂｏｕｄ‐Ｐｉｒａｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ８０：  １６０５‐１６１１，  １９８８を参照されたい）および５２８（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５を参照されたい）、またはラットＩＣＲ１６、ＩＣＲ６２およびＩＣＲ６４（例えば、Ｍｏｄｊｔａｊｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：  ２７７‐２９６，  １９９４、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２４７‐２５３，  １９９３、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：  ２５４‐２６１，  １９９３を参照されたい）モノクローナル抗体等、これらの抗体のうちのいくつかは、異種移植マウスモデルにおける腫瘍増殖に影響を与える能力について大規模に評価された。ほとんどの抗ＥＧＦｒモノクローナル抗体は、ヒト腫瘍細胞とともに投与した場合、胸腺欠損マウスにおいて腫瘍形成の予防に有効であった（Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：  ２５４‐２６１，  １９９３）。確立したヒト腫瘍異種移植片を有するマウスにマウスモノクローナル抗体２２５および５２８を注射すると、部分的な腫瘍退縮を引き起こし、腫瘍の根絶のためにドキソルビシンまたはシスプラチン等の化学療法剤の併用投与を必要とした（Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５、Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ５３：  ４６３７‐４６４２，  １９９３、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ８５：  １３２７‐１３３３，  １９９３）。マウス抗体の可��領域をヒト定常領域に結合した２２５モノクローナル抗体のキメラ型（Ｃ２２５）は、高用量でのみ、生体内抗腫瘍活性の向上を示した（例えば、Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  １：  １３１１‐１３１８，  １９９５、Ｐｒｅｗｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  Ｅｍｐｈａｓｉｓ  Ｔｕｍｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １９：  ４１９‐４２７，  １９９６を参照されたい）。ラットのＩＣＲ１６、ＩＣＲ６２、およびＩＣＲ６４抗体は、確立した腫瘍の退縮を引き起こしたが、完全な根絶には至らなかった（Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ６７：  ２５４‐２６１，  １９９３）。これらの結果は、ＥＧＦｒを発現する固形腫瘍の抗体療法のための有望な標的としてＥＧＦｒを確立し、複数のヒト固形腫瘍におけるＣ２２５モノクローナル抗体を用いたヒト臨床試験へと導くことになった（例えば、Ｂａｓｅｌｇａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．  ６４：  １２７‐１５４，  １９９４、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｌｏｇｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  ｐｐ．  ６０７‐６２３，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ：  Ｊ．Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏ．，  １９９５、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｌ．  Ｊ．  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ４：２７７‐２９６，  １９９４を参照されたい）。
【０００７】
生物学的技術における特定の利点により、完全ヒト抗ＥＧＦｒ抗体を産生することが可能となった。ヒト免疫グロブリン遺伝子導入マウス（Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ（商標）  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  Ａｂｇｅｎｉｘ，  Ｉｎｃ．）を用いて、ヒトＥＧＦｒに特異的なヒト抗体が開発された（例えば、Ｍｅｎｄｅｚ，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，  １５：  １４６‐１５６，  １９９７、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ，  Ａｄｖ．  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．  Ｒｅｖ．，  ３１（１‐２）：  ３３‐４２，  １９９８、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ，  Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．  Ｄｒｕｇｓ，  ７（４）：  ６０７‐６１４，  １９９８、Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  ３８（１）：１７‐２３，  ２００１、国際公開第ＷＯ９８／２４８９３号、同第ＷＯ  ９８／５０４３３号を参照されたい）。そのような抗体の１つであるパニツムマブは、ヒトＥＧＦｒに対して５×１０−１１Ｍの親和性を有するヒトＩｇＧ２モノクローナル抗体であり、ＥＧＦのＥＧＦｒへの結合をブロックすること、受容体のシグナルをブロックすること、および生体外で腫瘍細胞の活性化および増殖を阻害することが判っている（例えば、国際公開第ＷＯ９８／５０４３３号、米国特許第６，２３５，８８３号を参照されたい）。胸腺欠損マウスにおける研究により、パニツムマブも生体内活性を有し、胸腺欠損マウスにおいてヒト類表皮癌Ａ４３１異種移植片の形成を防ぐだけでなく、既に確立された大きな腫瘍Ａ４３１異種移植片を根絶させることも実証している（例えば、Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｏｎｃｏｌ．  Ｈｅｍａｔｏｌ．  ３８（１）：１７‐２３，  ２００１、Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ５９（６）：１２３６‐４３，  １９９９を参照されたい）。パニツムマブは、他の癌の中でも、腎癌、結腸直腸腺癌、前立腺癌、および非小細胞性扁平上皮肺癌の治療のために検討されてきており（例えば、米国特許公開第２００４／００３３５４３号を参照されたい）、その抗体を用いた臨床試験が進行中である。パニツムマブは、転移性結腸直腸癌を有する患者を治療するために食品医薬品局（Ｆｏｏｄ  ＆  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）から認可されている。
【０００８】
ＥＧＦｒの活性化は、少なくとも２つのシグナル経路を誘発する。特定の細胞型において、ＥＧＦｒの活性化は、ホスファチジルイノシトール３キナーゼ（「ＰＩ３Ｋ」）を刺激してアポトーシスを防ぐ。ＰＩ３Ｋの活性化は、プログラム細胞死を制御する中枢経路の下方制御をもたらす分子カスケードを誘発する（Ｙａｏ，  Ｒ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６７：２００３‐２００６，  １９９５）。特定の細胞型において、ＥＧＦｒの活性化は、Ｒａｓ／Ｒａｆを介してＭＡＰＫカスケードを開始する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
概要
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、患者の腫瘍におけるＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含み、該Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にある。特定の実施形態では、Ｋ‐ｒａｓ変異が存在する場合は、患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される。
【００１０】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、上記腫瘍のサンプルにおけるＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含み、該Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にある。特定の実施形態では、Ｋ‐ｒａｓ変異の存在は、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であることを示唆する。
【００１１】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、患者の腫瘍におけるＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、該Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にある。特定の実施形態では、Ｂ‐ｒａｆ変異が存在する場合は、患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される。
【００１２】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、上記腫瘍のサンプルにおけるＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、該Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にある。特定の実施形態では、Ｂ‐ｒａｆ変異の存在が、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に該腫瘍が無反応であることを示唆する。
【００１３】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、患者の腫瘍におけるＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、該Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、患者の腫瘍におけるＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、該Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含む。特定の実施形態では、Ｋ‐ｒａｓ変異およびＢ‐ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つが存在する場合は、該患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される。
【００１４】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、上記腫瘍のサンプルにおけるＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、該Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、Ｂ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、該Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含む。特定の実施形態では、Ｋ‐ｒａｓ変異およびＢ‐ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つの存在が、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に該腫瘍が無反応であることを示唆する。
例えば、本願発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記患者の腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあり、かつＫ‐ｒａｓ変異が存在する場合は、前記患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される、方法。
（項目２）
腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ‐ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目１に
記載の方法。
（項目４）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目３に記載の方法。
（項目５）
腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記Ｋ‐ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される、項目１に記載の方法。
（項目７）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあり、かつ前記Ｋ‐ｒａｓ変異の存在は、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に前記腫瘍が無反応であることを示唆する、方法。
（項目８）
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ‐ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目７に
記載の方法。
（項目１０）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含む、項目７に記載の方法。
（項目１２）
前記Ｋ‐ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される、項目７に記載の方法。
（項目１３）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記患者の腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にあり、かつＢ‐ｒａｆ変異が存在する場合は、前記患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される、方法。
（項目１４）
腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ‐ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目１３
に記載の方法。
（項目１６）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１８）
前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目１３に記載の方法。
（項目１９）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にあり、かつ前記Ｂ‐ｒａｆ変異の存在が、前記腫瘍がＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤に無反応であることを示唆する、方法。
（項目２０）
前記腫瘍のサンプルにおいてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ‐ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目１９
に記載の方法。
（項目２２）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記腫瘍の前記サンプルにおいてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２４）
前記Ｂ‐ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目１９に記載の方法。
（項目２５）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記患者の腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、前記患者の腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含み、Ｋ‐ｒａｓ変異およびＢ‐ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つが存在する場合は、前記患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される、方法。
（項目２６）
腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ‐ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含み、かつ腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ‐ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目２５
に記載の方法。
（項目２８）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含み、かつ腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目２５に記載の方法。
（項目３０）
前記Ｋ‐ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択され、かつ前記Ｂ‐ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目
２５に記載の方法。
（項目３１）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｋ‐ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、Ｂ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｂ‐ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含み、かつ前記Ｋ−ｒａｓ変異および前記Ｂ‐ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つの存在が、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に前記腫瘍が無反応であることを示唆する、方法。
（項目３２）
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ‐ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含み、かつ前記腫瘍のサンプルにおいてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ‐ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目３１
に記載の方法。
（項目３４）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
腫瘍においてＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含み、かつ腫瘍においてＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
前記Ｋ‐ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択され、かつ前記Ｂ‐ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目
３１に記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】抗体パニツムマブを用いて治療された転移性結腸直腸癌（ｍＣＲＣ）を有する患者の反応を示す図である。「変異＋」は、患者がＫ‐ｒａｓまたはＢ‐ｒａｆ変異を有することを示す。「変異−」は、患者がＫ‐ｒａｓまたはＢ‐ｒａｆ変異を有さないことを示す。ＳＤは安定を表す。ＰＤは進行を表す。ＰＲは部分奏功を表す。
【図２Ａ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｂ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｃ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｄ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｅ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｆ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｇ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図２Ｈ】野生型Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１および２）、Ｇ１２Ｓ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号３および４）、Ｇ１２Ｖ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号５および６）、Ｇ１２Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号７および８）、Ｇ１２Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号９および１０）、Ｇ１２Ｃ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１１および１２）、Ｇ１３Ａ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１３および１４）、Ｇ１３Ｄ変異Ｋ‐ｒａｓ（配列番号１５および１６）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図３Ａ】野生型Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１７および１８）およびＶ６００Ｅ変異Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１９および２０）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図３Ｂ】野生型Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１７および１８）およびＶ６００Ｅ変異Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１９および２０）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図３Ｃ】野生型Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１７および１８）およびＶ６００Ｅ変異Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１９および２０）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【図３Ｄ】野生型Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１７および１８）およびＶ６００Ｅ変異Ｂ‐ｒａｆ（配列番号１９および２０）のｃＤＮＡおよびアミノ酸配列を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
特定の実施形態の詳細な説明
特許、特許出願、論文、教科書等を含む本明細書に列挙されるすべての参考文献、および本明細書に列挙される参考文献は、参照することにより、それらが既に実施されていない範囲でその全体が本明細書に組み込まれる。参照することにより組み込まれた１つもしくは複数の文書が、本出願における用語の定義と矛盾する用語を定義する場合には、本出願が優先される。本明細書で用いられる項目の見出しは、編成目的のためのみであって、記載される内容を限定すると解釈されるものではない。
【００１７】
定義
別途定義されない限り、本発明と関連して用いられる科学用語および技術用語は、当該技術分野における当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈によって別途必要とされないない限り、単数形の用語は複数を含み、複数形の用語は単数を含むものとする。
【００１８】
一般的に、本明細書に記載される細胞および組織培養、分子生物学、タンパク質およびオリゴまたはポリヌクレオチド化学、ならびにハイブリダイゼーションと関連して用いられる、またはその技術において用いられる命名法は、当該技術分野において周知であり常用されるものである。組み換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、ならびに組織培養および形質転換（例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション）には標準的な技術が用いられる。酵素反応および精製技術は、メーカーの仕様に従って、または当該技術分野において一般的に達成されるように、または本明細書に記載されるように実行される。前述の技術および手技は、通常、当該技術分野において周知である従来の方法に従って、また本明細書を通して引用かつ論じられる、様々な一般的な参考文献およびより具体的な参考文献に記載されるとおりに実行される。例えば、参照することにより本明細書に組み込まれるＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  （２ｄ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９））を参照されたい。本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに薬用および医薬化学に関連して用いられる、またそれらの検査手技および技術に関連して用いられる命名法は、当該技術分野において周知であり常用されるものである。化学合成、化学分析、医薬の調製、処方、および送達、ならびに患者の治療には、一般的な技術が用いられる。
【００１９】
本出願において、「または」の使用は、別途記載のない限り「および／または」を意味する。複数の従属請求項の文脈において、「または」の使用は、選択的にのみ、２項以上の前に記載される独立または従属請求項を指す。さらに、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含まれた（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」等の他の形態、および「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語の使用は限定的ではない。また、「要素」または「構成要素」等の用語は、特に別途記載のない限り、１つのユニットを含む要素および構成要素、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素および構成要素の両方を包含する。
【００２０】
本開示に従って用いられる場合、以下の用語は、別途指示のない限り、以下の意味を有すると理解されるものとする。
【００２１】
「単離されたポリヌクレオチド」および「単離された核酸」という用語は同じ意味で用いられ、本明細書において用いられる場合は、ゲノム、ｃＤＮＡ、もしくは合成起源のポリヌクレオチドまたはその組み合わせを意味するものとし、その起源に基づいて、（１）「単離されたポリヌクレオチド」が天然に見出されるポリヌクレオチドの全部または一部分と関連していない、（２）天然では結合していないポリヌクレオチドに作用可能に結合している、または（３）より大きな配列の一部分として天然において存在しない。
【００２２】
「単離されたタンパク質」および「単離されたポリペプチド」という用語は同じ意味で用いられ、本明細書において称される場合は、ｃＤＮＡ、組み換えＲＮＡ、もしくは合成起源のタンパク質、またはその組み合わせを意味するものとし、その起源または誘導源に基づいて、（１）天然に見出されるタンパク質と関連していない、（２）同じ源からの他のタンパク質を含まない（例えば、マウスタンパク質を含まない）、（３）異なる種に由来する細胞によって発現される、または（４）天然において存在しない。
【００２３】
「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は同じ意味で用いられ、本明細書においては、未変性タンパク質、断片、ペプチド、またはポリペプチド配列の類似体を指す一般名称として用いられる。よって、未変性タンパク質、断片、および類似体は、ポリペプチド属の種である。
【００２４】
ポリペプチド配列の変異についての文脈における「Ｘ＃Ｙ」という専門用語は当該技術分野で認識されており、「＃」はポリペプチドのアミノ酸数という観点から変異の場所を示し、「Ｘ」は野生型アミノ酸配列において該位置に見出されるアミノ酸を示し、「Ｙ」は該位置における変異アミノ酸を示す。例えば、Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに関連して「Ｇ１２Ｓ」という記号は、野生型Ｋ‐ｒａｓ配列のアミノ酸数１２にグリシンがあり、該グリシンは変異Ｋ‐ｒａｓ配列においてセリンによって置き換えられていることを示す。
【００２５】
「変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド」および「変異Ｋ‐ｒａｓタンパク質」という用語は同じ意味で用いられ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される少なくとも１つのＫ‐ｒａｓ変異を含むＫ‐ｒａｓポリペプチドを指す。特定の例示的な変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドには、対立遺伝子変異体、スプライス変異体、誘導体変異体、置換変異体、欠失変異体、および／または挿入変異体、融合ポリペプチド、オーソログ、および種間相同体を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドは、リーダー配列残基、標的残基、アミノ末端のメチオニン残基、リジン残基、タグの残基および／または融合タンパク質の残基等の追加の残基をＣ末端またはＮ末端で含むが、これらに限定されない。
【００２６】
「変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド」および「変異Ｂ‐ｒａｆタンパク質」という用語は同じ意味で用いられ、Ｖ６００Ｅ変異を含むＢ‐ｒａｆポリペプチドを指す。特定の例示的な変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドは、対立遺伝子変異体、スプライス変異体、誘導体変異体、置換変異体、欠失変異体、および／または挿入変異体、融合ポリペプチド、オーソログ、および種間相同体を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドは、リーダー配列残基、標的残基、アミノ末端のメチオニン残基、リジン残基、タグの残基および／または融合タンパク質の残基等の追加の残基をＣ末端またはＮ末端で含むが、これらに限定されない。
【００２７】
対象に適用して本明細書で用いられる「天然に存在する」という用語は、対象を天然に見出すことができるということを指す。例えば、天然源から単離することができ、かつ、人間によって実験室で意図的に変更されていないかまたは天然に存在する生命体（ウイルスを含む）中に存在する、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列である。
【００２８】
本明細書において用いられる「作用可能に結合された」という用語は、構成要素を対象とする様式において、それらが機能することができるようにする関係になるような、構成要素の位置を指す。コード配列に「作用可能に結合された」制御配列は、制御配列に適合する条件下においてコード配列の発現が達成されるように連結する。
【００２９】
本明細書において用いられる「制御配列」という用語は、それらが連結するコード配列の発現およびプロセシングをもたらすために必要なポリヌクレオチド配列を指す。かかる制御配列の性質は宿主生物によって異なり、原核生物では、かかる制御配列は一般的にプロモーター、リボソーム結合部位、および転写終結配列を含み、真核生物では、かかる制御配列は一般的にプロモーターおよび転写終結配列を含む。「制御配列」という用語は、最低でも、その存在が発現およびプロセシングのために必要不可欠であるすべての構成要素を含み、また、その存在が有利となる追加構成要素（例えば、リーダー配列および融合パートナー配列）をも含むことを意図する。
【００３０】
本明細書において用いられる「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチドまたはどちらかの種類のヌクレオチドの修飾された形態のいずれかである、少なくとも１０塩基の長さのヌクレオチドの重合体型を意味する。該用語は、１本鎖および２本鎖形態のＤＮＡを含む。
【００３１】
「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書において、天然に存在するおよび天然には存在しないオリゴヌクレオチドの結合によってともに結合された、天然に存在するおよび修飾されたヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、一般的に２００塩基以下の長さを有するポリヌクレオチドのサブセットである。好ましくは、オリゴヌクレオチドは１０〜６０塩基の長さであり、最も好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０〜４０塩基の長さである。オリゴヌクレオチドは、例えばプローブには、通常１本鎖であるが、例えば、遺伝子変異体の構築における使用には、オリゴヌクレオチドは２本鎖であり得る。本発明のオリゴヌクレオチドは、センスまたはアンチセンスのオリゴヌクレオチドのいずれかであり得る。
【００３２】
「変異Ｋ‐ｒａｓポリヌクレオチド」、「変異Ｋ‐ｒａｓオリゴヌクレオチド」、および「変異Ｋ‐ｒａｓ核酸」という用語は同じ意味で用いられ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される少なくとも１つのＫ‐ｒａｓ変異を含むＫ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを指す。
【００３３】
「変異Ｂ‐ｒａｆポリヌクレオチド」、「変異Ｂ‐ｒａｆオリゴヌクレオチド」および「変異Ｂ‐ｒａｆ核酸」という用語は同じ意味で用いられ、Ｖ６００Ｅ変異を含むＢ‐ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを指す。
【００３４】
「天然に存在するヌクレオチド」という用語は、本明細書において、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。「修飾されたヌクレオチド」という用語は、本明細書において、修飾または置換された糖類等を有するヌクレオチドを含む。「オリゴヌクレオチド結合」という用語は、本明細書において、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｓｅｌｅｎｏａｔｅ）、ホスホロジセレノエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｄｉｓｅｌｅｎｏａｔｅ）、ホスホロアニロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｎｉｌｏｔｈｉｏａｔｅ）、ホスホラニラデート（ｐｈｏｓｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホロアミデート等のオリゴヌクレオチド結合を含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １４：９０８１  （１９８６）、Ｓｔｅｃ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １０６：６０７７  （１９８４）、Ｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １６：３２０９  （１９８８）、Ｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ａｎｔｉ‐Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  ６：５３９  （１９９１）、Ｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｐｐ．  ８７‐１０８  （Ｆ．  Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，  Ｅｄ．，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｅｎｇｌａｎｄ  （１９９１））、Ｓｔｅｃ  ｅｔ  ａｌ．米国特許第５，１５１，５１０号、Ｕｈｌｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｐｅｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ９０：５４３  （１９９０）（参照することにより、その開示は本明細書に組み込まれる）を参照されたい。オリゴヌクレオチドは、必要に応じて、検出のための標識を含み得る。
【００３５】
「選択的にハイブリダイズする」という用語は、本明細書において、検出可能かつ特異的に結合することを意味する。ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、およびそれらの断片は、非特異的核酸への相当量の検出可能な結合を最小限に抑えるハイブリダイゼーションおよび洗浄条件下において、核酸鎖と選択的にハイブリダイズする。当該技術分野において既知であるように、また本明細書において論じられるように、選択的なハイブリダイゼーション条件を達成するために高ストリンジェンシー条件を用いることができる。一般的に、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、および断片と、対象となる核酸配列との間の核酸配列の相同性は少なくとも８０％であり、またより典型的には、少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、および１００％と増加する相同性が好ましい。２つのアミノ酸配列は、それらの配列の間に部分的または完全な同一性が存在する場合に相同である。例えば、８５％の相同性とは、２つの配列を最大の整合性となるよう整列させたときに、アミノ酸の８５％が同一であることを意味する。整合性の最大化においてギャップ（整合する２つの配列のうちのいずれかにある）があってもよく、ギャップの長さは５以下であることが好ましく、２以下であることがより好ましい。あるいは好ましくは、２つのタンパク質配列（または少なくとも３０アミノ酸長のタンパク質配列に由来するポリペプチド配列）は、変異データマトリクスおよび６以上のギャップペナルティーを用いるプログラムＡＬＩＧＮを使用して、これらが（標準偏差単位において）５を上回るアラインメントスコアを有する場合、本明細書においてこの用語が用いられるように、相同である。Ｄａｙｈｏｆｆ，  Ｍ．Ｏ．，  ｉｎ  Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，  ｐｐ．  １０１‐１１０  （Ｖｏｌｕｍｅ  ５，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ  （１９７２））およびＳｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ２  ｔｏ  ｔｈａｔ  ｖｏｌｕｍｅ，  ｐｐ．  １‐１０を参照されたい。２つの配列またはその一部分は、ＡＬＩＧＮプログラムを使用して最適に整列させたときに、それらのアミノ酸が５０％以上同一である場合に、相同性であることがより好ましい。「〜に対応する」という用語は、本明細書において、あるポリヌクレオチド配列が参照ポリヌクレオチド配列の全部もしくは一部分に相同である（すなわち、同一であり、厳密には進化論上は関連しない）こと、またはあるポリペプチド配列が参照ポリペプチド配列と同一であることを意味するために用いられる。反対に、用語「〜に相補的である」は、相補的配列が参照ポリヌクレオチド配列の全部または一部分に相同であることを意味するために用いられる。例示として、ヌクレオチド配列「ＴＡＴＡＣ」は参照配列「ＴＡＴＡＣ」に対応し、そして参照配列「ＧＴＡＴＡ」に相補的である。
【００３６】
以下の用語は、２つ以上のポリヌクレオチドまたはアミノ酸配列の間の配列関係を説明するために用いられる。「参照配列」、「比較ウィンドウ」、「配列同一性」、「配列同一性の割合」、および「実質的な同一性」。「参照配列」とは、配列比較の基礎として用いられる確定された配列である。参照配列は、例えば、配列表に示される全長ｃＤＮＡもしくは遺伝子配列のセグメントとしての長い配列のサブセットであっても、または完全なｃＤＮＡもしくは遺伝子配列を含んでもよい。一般的に、参照配列は少なくとも１８ヌクレオチドまたは６アミノ酸の長さであるか、または少なくとも２４ヌクレオチドまたは８アミノ酸の長さであるか、または少なくとも４８ヌクレオチドまたは１６アミノ酸の長さである。２個のポリヌクレオチドまたはアミノ酸はそれぞれ（１）２個の分子間で類似する配列（すなわち完全ポリヌクレオチドまたはアミノ酸配列の一部）を含み得るため、また（２）２個のポリヌクレオチドまたはアミノ酸配列の間で相違した配列をさらに含み得るため、２個（またはそれ以上）の分子間の配列比較は、配列類似性の局部的な領域を同定して比較するために、典型的には２個の分子の配列を「比較ウィンドウ」と比較することにより行われる。本明細書で用いられる場合、「比較ウィンドウ」とは、少なくとも１８個の連続するヌクレオチド位置または６アミノ酸の概念的なセグメントを指し、そこでは、ポリヌクレオチド配列またはアミノ酸配列は、少なくとも１８個の連続するヌクレオチドまたは６アミノ酸配列の参照配列と比較され得、また、比較ウィンドウ内のポリヌクレオチド配列の一部が、２個の配列の最適な整列のために、（付加、欠失を含まない）参照配列と比較して、２０％以下の付加、欠失、置換等（すなわちギャップ）を含み得る。比較ウィンドウを整列するための最適な配列の整列は、Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ  Ａｄｖ．  Ａｐｐｌ．  Ｍａｔｈ．  ２：４８２  （１９８１）の局所的相同性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ４８：４４３  （１９７０）の相同性整列アルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  （Ｕ．Ｓ．Ａ．）  ８５：２４４４  （１９８８）の類似性検索法、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ７．０のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，  ５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒ．，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  Ｗｉｓ．）、Ｇｅｎｅｗｏｒｋｓ、またはＭａｃＶｅｃｔｏｒソフトウェアパッケージ）、または検査によって行うことができ、様々な方法によって作り出される最良の整列（すなわち、比較ウィンドウにおいて最も高い相同性の割合となる）が選択される。
【００３７】
「配列同一性」という用語は、比較ウィンドウに対して２個のポリヌクレオチドまたはアミノ酸の配列が同一であること（すなわち、ヌクレオチドとヌクレオチドまたは残基と残基ごとに）を意味する。「配列同一性の割合」という用語は、比較ウィンドウに対して２個の最適に整列された配列を比較し、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、ＡまたはＴまたはＣまたはＧまたはＵまたはＩ）または残基が存在する位置の数を決定することにより一致する位置の数を得て、該一致する位置の数を比較ウィンドウ内の位置数（すなわちウィンドウの大きさ）の合計で除した結果に１００を乗じることにより、配列同一性の割合が算出される。本明細書において用いられる場合「実質的な同一性」という用語は、ポリヌクレオチドまたはアミノ酸の配列の特徴を示し、少なくとも１８ヌクレオチド（６アミノ酸）の位置にわたる比較ウィンドウで、しばしば少なくとも２４〜４８ヌクレオチド（８〜１６アミノ酸）の位置にわたる比較ウィンドウで参照配列と比較したときに、該ポリヌクレオチドまたはアミノ酸の配列が、少なくとも８５％の配列同一性、好ましくは少なくとも９０〜９５％の配列同一性、より一般的には少なくとも９６、９７、９８、または９９％の配列同一性を有する配列を含み、その配列同一性の割合は、参照配列と、比較ウィンドウに対して参照配列の合計２０％以下の欠失または付加を含む可能性がある配列とを比較することによって算出される。該参照配列は、より長い配列のサブセットであり得る。
【００３８】
本明細書で用いられるように、２０個の通常のアミノ酸とそれらの略号は通常の使用法に従う。参照することにより本明細書に組み込まれるＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  −  Ａ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  （２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｅ．Ｓ．  Ｇｏｌｕｂ  ａｎｄ  Ｄ．Ｒ．  Ｇｒｅｎ，  Ｅｄｓ．，  Ｓｉｎａｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，  Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，  Ｍａｓｓ．  （１９９１））を参照されたい。「アミノ酸」または「アミノ酸残基」という用語は、本明細書において用いられる場合は、天然に存在するＬ‐アミノ酸またはＤ‐アミノ酸を指す。常用されるアミノ酸の１文字および３文字の略号が本明細書において使用される（Ｂｒｕｃｅ  Ａｌｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｅｌｌ，  Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  （４ｔｈ  ｅｄ．  ２００２））。２０個の通常のアミノ酸の立体異性体（例えば、Ｄ‐アミノ酸）α‐、α‐二重置換アミノ酸等の非天然のアミノ酸、Ｎ‐アルキルアミノ酸、乳酸および他の非通常アミノ酸もまた本発明のポリペプチドに適した構成要素となり得る。非通常のアミノ酸の例には以下を含む：４‐ヒドロキシプロリン、γ‐カルボキシグルタミン酸、ε‐Ｎ，Ｎ，Ｎ‐トリメチルリシン、ε‐Ｎ‐アセチルリシン、Ｏ‐ホスホセリン、Ｎ‐アセチルセリン、Ｎ‐ホルミルメチオニン、３‐メチルヒスチジン、５‐ヒドロキシリシン、σ‐Ｎ‐メチルアルギニン、および他の類似するアミノ酸およびイミノ酸（例えば、４‐ヒドロキシプロリン）。本明細書において用いられるポリペプチドの表記においては、標準的な使用法および慣習に従い、左手方向はアミノ末端方向であり、右手方向はカルボキシ末端方向である。
【００３９】
同様に、別途指定のない限り、１本鎖ポリヌクレオチド配列の左手端は５’末端、２本鎖ポリヌクレオチド配列の左手方向は５’方向と称される。新生ＲＮＡ転写物の５’から３’方向への付加は、転写の方向と称される。ＲＮＡと同じ配列を有し、ＲＮＡ転写物の５’末端に対して５’側のＤＮＡ鎖上の配列領域は「上流配列」と称される。ＲＮＡと同じ配列を有し、ＲＮＡ転写物の３’末端に対して３’側のＤＮＡ鎖上の配列領域は、「下流配列」と称される。  
【００４０】
ポリペプチドに適用されたように、「実質的な同一性」という用語は、２個のペプチド配列が、デフォルトのギャップの重み付けを用いてＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラム等によって最適に整列されたときに、少なくとも８０％の配列同一性を共有すること、好ましくは少なくとも９０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも９５％または９６％または９７％または９８％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも９９％の配列同一性を共有することを意味する。好ましくは、同一ではない残基の位置は、保存的なアミノ酸置換によって異なる。本明細書において論じられるように、アミノ酸配列における変動が少なくとも７５％、より好ましくは少なくとも８０％、９０％、９５％、最も好ましくは９９％で維持していると仮定すると、抗体または免疫グロブリン分子のアミノ酸配列における小さな変動は本発明に包含されることが想定される。保存的なアミノ酸置換は、それらの側鎖と関連しているアミノ酸のファミリー内で生じるものである。遺伝的にコードされるアミノ酸は、一般的に以下のファミリーに分割される。（１）酸性＝アスパラギン酸、グルタミン酸、（２）塩基性＝リジン、アルギニン、ヒスチジン、（３）非極性＝アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、および（４）非電荷極性＝グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン。より好ましいファミリーは以下のとおりである。セリンおよびスレオニンは脂肪族−水酸化ファミリー、アスパラギンおよびグルタミンはアミド含有ファミリー、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシンは脂肪族ファミリー、フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは芳香族ファミリー、ならびに、硫黄含有側鎖ファミリーとしてシステインおよびメチオニン。例えば、ロイシンをイソロイシンまたはバリンで、アスパラギン酸塩をグルタミン酸で、スレオニンをセリンで単独に置き換えること、またはアミノ酸を構造的に関連するアミノ酸で同様に置き換えることは、特にその置き換えが骨格となる部位の中にアミノ酸を含まない場合、結果として得られた分子の結合または特性に大きな影響を与えないないと予期するのが妥当である。好ましい保存的なアミノ酸置換基は以下のとおりである:バリン‐ロイシン‐イソロイ
シン、フェニルアラニン‐チロシン、リジン‐アルギニン、アラニン‐バリン、グルタミン酸‐アスパラギン酸、システイン‐メチオニン、およびアスパラギン‐グルタミン。
【００４１】
好ましいアミノ酸置換は以下のとおりである。（１）タンパク分解に対する感受性を低下させる、（２）酸化に対する感受性を低下させる、（３）タンパク質複合体を形成するための結合親和性を変化させる、（４）結合親和性を変化させる、および（５）そのような類似体の他の物理化学的または機能的特性を与えるもしくは改変する。類似体は、天然に存在するペプチド配列以外の配列の様々な突然変異タンパク質を含み得る。例えば、単一または複数のアミノ酸置換（好ましくは保存的なアミノ酸置換）は、天然に存在する配列において（好ましくは、分子間接触を形成するドメインの外側のポリペプチドの部分において）、行われる可能性がある。保存的なアミノ酸置換は、親配列の構造的特性を実質的に変化させるべきではない（例えば、置換アミノ酸は、親配列に生じるへリックスを破壊しない、または親配列を特徴づける他の型の二次構造を乱さない傾向にあるべきである）。当技術分野において認識されるポリペプチドの二次および三次構造の例は、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  （Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，  Ｅｄ．，  Ｗ．  Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  （１９８４））、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  （Ｃ．  Ｂｒａｎｄｅｎ  ａｎｄ  Ｊ．  Ｔｏｏｚｅ，  ｅｄｓ．，  Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．  （１９９１））、およびＴｈｏｒｎｔｏｎ  ｅｔ  ａｔ．  Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：１０５  （１９９１）に記載されており、参照することによって、それぞれが本明細書に組み込まれる。
【００４２】
本明細書で用いられる「類似体」という用語は、天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列の一部に実質的な同一性を有する少なくとも２５アミノ酸のセグメントを含むポリペプチドであって、該天然に存在するポリペプチドの活性のうちの少なくとも１つを有するポリペプチドを指す。通常、ポリペプチド類似体は、天然に存在する配列に関して保存的なアミノ酸置換（または付加もしくは欠失）を含む。類似体は、典型的には、少なくとも２０アミノ酸長、好ましくは少なくとも５０アミノ酸長またはそれ以上であり、しばしば、天然に存在する完全長のポリペプチドと同じ長さであり得る。
【００４３】
ペプチド類似体は、医薬業界において、鋳型のペプチドと類似の特徴を有する非ペプチド薬として一般的に用いられる。これらの種類の非ペプチド化合物は「ペプチド模倣体（ｐｅｐｔｉｄｅ  ｍｉｍｅｔｉｃｓまたはｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃｓ）」と呼ばれる。参照することにより本明細書に組み込まれるＦａｕｃｈｅｒｅ，  Ｊ．  Ａｄｖ．  Ｄｒｕｇ  Ｒｅｓ．  １５：２９  （１９８６）、Ｖｅｂｅｒ  ａｎｄ  Ｆｒｅｉｄｉｎｇｅｒ  ＴＩＮＳ  ｐ．３９２  （１９８５）、およびＥｖａｎｓ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．
Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  ３０：１２２９  （１９８７）を参照されたい。このような化合物は、しばしばコンピュータ化された分子モデリングによって開発される。治療上有用なペプチドに構造的に類似するペプチド模倣体は、同等な治療効果または予防効果をもたらすために用いることができる。一般的に、ペプチド模倣体は構造的にヒト抗体等のパラダイムポリペプチド（すなわち、生化学的な特性または薬理学的な活性を有するポリペプチド）に類似しているが、当該技術分野において周知の方法により、‐‐ＣＨ２ＮＨ‐‐、‐‐ＣＨ２Ｓ‐‐、‐‐ＣＨ２‐ＣＨ２‐‐、‐‐ＣＨ＝ＣＨ‐‐（シスおよびトランス）、‐‐ＣＯＣＨ２‐‐、‐‐ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２‐‐、および‐ＣＨ２ＳＯ‐‐から構成される群から選択される結合によって任意選択的に置き換えられる１個もしくは複数のペプチド結合を有する。コンセンサス配列の１つもしくは複数のアミノ酸の、同じ型のＤ‐アミノ酸での系統的置換（例えば、Ｌ‐リジンの代わりにＤ‐リジン）は、より安定したペプチドを作製するために用いることができる。さらに、コンセンサス配列または実質的に同一であるコンセンサス配列変異を含む制限ペプチドは、当該技術分野において既知の方法により作製することができ（参照することにより本明細書に組み込まれるＲｉｚｏ  ａｎｄ  Ｇｉｅｒａｓｃｈ  Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  ６１：３８７
（１９９２））、例えば、ペプチドを環化する分子内ジスルフィド架橋を形成する能力を持つ内部システイン残基を付加することにより、作製され得る。
【００４４】
断片または類似体の好ましいアミノ末端およびカルボキシ末端は、機能性ドメインの境界近くに存在する。構造性および機能性ドメインは、ヌクレオチドおよび／またはアミノ酸配列のデータを、公共のまたは所有権を主張できる配列のデータベースと比較することにより同定され得る。好ましくは、コンピュータ化された比較方法が、既知の構造および／または機能の他のタンパク質に存在する配列モチーフまたは推定のタンパク質構造ドメインを同定するために用いられる。既知の三次元構造に折り畳むタンパク質配列を同定するための方法は既知である（Ｂｏｗｉｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５３：１６４  （１９９１）を参照されたい）。当業者は、本発明に従って、構造性および機能性ドメインを確定するために用いることができる配列モチーフおよび構造コンフォメーションを認識できる。
【００４５】
「特異的結合剤」という用語は、標的に特異的に結合する天然または非天然の分子を指す。特異的結合剤の例としては、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質、および低分子化合物が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、特異的結合剤は抗体である。特定の実施形態では、特異的結合剤は抗原結合領域である。
【００４６】
「ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤」という用語は、ＥＧＦｒポリペプチドの任意の部分に特異的に結合する特異的な結合剤を指す。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤はＥＧＦｒポリペプチドに対する抗体である。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は抗原結合領域である。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤はＥＧＦｒに対する抗体である。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤はパニツムマブである。
【００４７】
「変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド特異的結合剤」という用語は、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの任意の部分に特異的に結合する特異的な結合剤を指す。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド特異的結合剤は変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに対する抗体である。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチド特異的結合剤は抗原結合領域である。
【００４８】
「変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤」という用語は、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの任意の部分に特異的に結合する特異的な結合剤を指す。特定の実施形態では、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤は、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに対する抗体である。特定の実施形態では、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチド特異的結合剤は、抗原結合領域である。
【００４９】
「特異的に結合する」という用語は、非標的に結合するよりも高い親和性を持って標的と結合する、特異的な結合剤の能力を指す。特定の実施形態では、特異的結合は、非標的に対する親和性よりも少なくとも１０倍または５０倍または１００倍または２５０倍または５００倍または１０００倍高い親和性を持って標的と結合することを指す。特定の実施形態では、親和性は親和性ＥＬＩＳＡアッセイによって決定される。特定の実施形態では、親和性はＢＩＡｃｏｒｅアッセイによって決定される。特定の実施形態では、親和性は動力学的方法によって決定される。特定の実施形態では、親和性は平衡／溶液法によって決定される。特定の実施形態では、抗体とその認識された１つもしくは複数のエピトープとの間の解離定数が≦１μＭ、好ましくは≦１００ｎＭ、また最も好ましくは≦１０ｎＭである場合に、抗体は抗原に特異的に結合すると言われている。
【００５０】
特定の場合における「天然の抗体および免疫グロブリン」は、通常、２本の同一の軽（Ｌ）鎖および２本の同一の重（Ｈ）鎖からなる約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合されるが、ジスルフィド結合の数は免疫グロブリンの異なるアイソタイプの重鎖により変化する。各重鎖および軽鎖は、規則的に空間を隔てた鎖内のジスルフィド架橋も有する。各重鎖はその一端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、それに続いていくつかの定常ドメインを有する。各軽鎖は一方の端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、他方の端に定常ドメインを有する；軽鎖の定常ドメインは重鎖の第１の定常ドメインと整列し、軽鎖の可変ドメインは重鎖の可変ドメインと整列する。特別のアミノ酸残基が、軽鎖および重鎖の可変ドメインの間の界面を形成していると考えられる（Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １８６：６５１  （１９８５）、Ｎｏｖｏｔｎｙ  ａｎｄ  Ｈａｂｅｒ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８２：４５９２  （１９８５）、Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３４２：８７７‐８８３  （１９８９））。
【００５１】
「抗体」という用語は、インタクトな抗体および特異的結合においてインタクトな抗体と競合するその抗原結合断片の両方を指す。「その抗原結合断片」とは、インタクトな抗体分子の一部分または断片を指し、その断片は抗原結合機能を保持する。結合断片は、組み換えＤＮＡ技術によって、またはインタクトな抗体の酵素的もしくは化学的開裂（パパインを用いた開裂等）によって、生成される。結合断片はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、１本鎖抗体（「ｓｃＦｖ」）、Ｆｄ’およびＦｄ断片を含む。モノクローナル抗体から様々な断片を生成するための方法が、当業者に周知である（例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，  １９９２，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｒｅｖ．  １３０：１５１‐１８８を参照されたい）。「二重特異性」または「二機能性」抗体以外の抗体は、それぞれが同一の結合部位を有すると理解されている。抗体は、抗体の余剰により対抗受容体に結合した受容体の量が少なくとも約２０％または４０％または６０％または８０％、より一般的には約８５％または９０％または９５％または９６％または９７％または９８％または９９％を上回って減少した場合（生体外の競合結合アッセイ法により測定）に、実質的に受容体が対抗受容体に接着するのを阻害する。
【００５２】
「単離された」抗体は、その天然環境の構成要素から同定ならびに分離および／または回復された抗体である。天然の環境における汚染成分は、その抗体の診断的または治療的な使用を妨げる物質であり、それには酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性の溶質を含み得る。好ましい実施形態では、抗体は、（１）Ｌｏｗｒｙ法によって、およびスピニングカップシークエネーター（ｓｐｉｎｎｉｎｇ  ｃｕｐ  ｓｅｑｕｅｎａｔｏｒ）を用いた末端もしくは内部アミノ酸の配列決定によって決定される場合に、抗体の９５重量％を上回るまで、または（２）クーマシーブルー染色、または好ましくは、銀染色を用いた還元条件下もしくは非還元条件下でＳＤＳ‐ＰＡＧＥによる均質性を示すまで、精製される。抗体の天然の環境の少なくとも１つの構成要素が存在しないため、単離された抗体は組み替え細胞内の原位置で抗体を含む。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも１つの精製ステップによって調製される。
【００５３】
「可変」という用語は、可変ドメインの特定の部分が配列において抗体間で大幅に異なることを指し、特定の抗原に対するそれぞれの特定の抗体の結合および特異性において用いられる。しかしながら、可変性は抗体の可変ドメインに均一に分布しているのではない。それは、軽鎖および重鎖可変ドメインの両方にある「相補性決定領域」（ＣＤＲ）または「超可変領域」と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分はフレームワーク（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ４つのＦＲ領域を含み、これらは大抵βシート構成を採り、３つのＣＤＲによって連結されているが、それらは該βシート構造を連結するループを形成し、またある場合には該βシート構造の一部を形成している。各鎖のＣＤＲはＦＲ領域によって極めて近接して保持され、他の鎖のＣＤＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与している（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）を参照されたい）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与してはいないが、抗体の抗体依存性細胞障害性への参加等の様々なエフェクター機能を示す。
【００５４】
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識および抗原結合部位を含む最小の抗体断片である。２本鎖Ｆｖ種において、この領域は、密接に非共有結合した１つの重鎖可変ドメインおよび１つの軽鎖可変ドメインの二量体から構成されている。一本鎖のＦｖ種において、１つの重鎖可変ドメインおよび１つの軽鎖可変ドメインが可動性ペプチドリンカーによって共有結合されているため、軽鎖および重鎖は２本鎖のＦｖ種の構造と類似する「二量体」構造で会合することができる。各可変ドメインの３つのＣＤＲが相互作用してＶＨ‐ＶＬ二量体の表面上に抗原結合部位を確定するのはこの立体配置においてである。集合的に、６つのＣＤＲが該抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、たとえ単一の可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）であっても、完全な結合部位と比較すると低い親和性においてではあるが、抗原を認識および結合する能力を有する。
【００５５】
本明細書において用いられる場合「超可変領域」という用語は、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は一般的に「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」からのアミノ酸残基（例えば、軽鎖可変ドメイン内の残基２４‐３４（Ｌ１）、５０‐６２（Ｌ２）、および８９‐９７（Ｌ３）ならびに重鎖可変ドメイン内の３１‐５５（Ｈ１）、５０‐６５  （Ｈ２）および９５‐１０２  （Ｈ３）、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  ５ｔｈ  Ｅｄ．  Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，  Ｂｅｔｈｅｓｄａ，
ＭＤ．  （１９９１））および／または、「超可変ループ」からの残基（例えば、軽鎖可変ドメイン内の残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）および９１〜９６（Ｌ３）ならびに重鎖可変ドメイン内の２６〜３２（（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）および９６〜１０１（Ｈ３）、Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ  １９６：９０１‐９１７  （１９８７））を含む。「フレームワーク領域」または「ＦＲ」残基は、本明細書に定義される超可変領域以外のそれらの可変ドメイン残基である。
【００５６】
「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」という用語は、本明細書において用いられる場合、特定のリガンドと接触してその特異性を決定する免疫受容体の一部分を指す。免疫受容体のＣＤＲは、受容体タンパク質の最も可変性の部分であり、受容体に多様性を与え、受容体の可変ドメインの遠位端にある６つのループ上にあり、３つのループは受容体の２つの可変ドメインそれぞれに由来する。
【００５７】
「抗体依存性の細胞媒介性細胞傷害性」および「ＡＤＣＣ」は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲｓ）を発現する非特異的な細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、およびマクロファージ）が標的細胞上に結合した抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす、細胞によって媒介される反応を指す。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞であるＮＫ細胞がＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上におけるＦｃの発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ
ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９：４５７‐９２  （１９９１）の４６４ページの表３にまとめられている。対象となる分子のＡＤＣＣ活性を評価するには、例えば、米国特許第５，５００，３６２号または第５，８２１，３３７号に記載される生体外のＡＤＣＣアッセイを行ってもよい。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、抹消血単核細胞（ＰＢＭＣ）およびＮＫ細胞が含まれる。代替的または付加的に、対象となる分子のＡＤＣＣ活性は、生体内で、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．  １９９８，ＰＮＡＳ（ＵＳＡ），９５：６５２‐６５６（１９８８）に開示されるモデル等の動物モデルにおいて、評価することができる。
【００５８】
「エピトープ」という用語は、免疫グロブリンおよび／またはＴ細胞受容体への特異的結合をする能力を持つ任意のタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、通常はアミノ酸または糖側鎖等の分子の化学的に活性な表面群から構成され、また通常は特異的な三次元構造特性、および特異的な電荷特性を有する。
【００５９】
「剤」という用語は、化学化合物、化学化合物の混合物、生物学的高分子、または生物学的物質から作製された抽出物を表すために本明細書で用いられる。
【００６０】
本明細書で用いられる場合、「標識」または「標識された」という用語とは、例えば、放射標識されたアミノ酸の取り込み、または標識されたアビジン（例えば、光学的または比色定量的な方法によって検出され得る蛍光マーカーまたは酵素活性を含有するストレプトアビジン）によって検出され得るビオチニル部分のポリペプチドへの結合等の、検出可能なマーカーの取り込みを指す。特定の状況において、標識またはマーカーは治療用であり得る。ポリペプチドおよび糖タンパク質を標識する様々な方法が当該技術分野において既知であり、用いられる。ポリペプチドの標識の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない。放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニドリン光体）、酵素標識（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β‐ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光基、ビオチニル基、および二次レポーターによって認識される予め決められたポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）を含む。いくつかの実施形態では、潜在的な立体障害を低減させるために、様々な長さのスペーサーアームによって標識が結合される。
【００６１】
本明細書で用いられる「医薬剤または薬物」という用語は、患者に適切に投与された場合、所望の治療効果を誘導する能力を持つ化学化合物または組成物を指す。本明細書における他の化学用語は、参照することにより本明細書に組み込まれるＴｈｅ  ＭｃＧｒａｗ‐Ｈｉｌｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｒｍｓ  （Ｐａｒｋｅｒ，  Ｓ．，  Ｅｄ．，  ＭｃＧｒａｗ‐Ｈｉｌｌ，  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ  （１９８５））に例示されるように、当該技術分野における慣例的使用法に従って用いられる。
【００６２】
「抗悪性腫瘍剤」という用語は、ヒトにおいて腫瘍（具体的には細胞腫、肉腫、リンパ腫、の悪性（癌性）病変、または白血病等）の発生または進行を阻害する機能特性を有する剤を指して本明細書において用いられる。転移を阻害することは、しばしば抗悪性腫瘍剤の特性である。特定の実施形態では、抗悪性腫瘍剤はパニツムマブである。
【００６３】
本明細書で用いられる場合、「実質的に純粋」とは、目的の種が存在する優勢な種である（すなわち、モル基準で、それが組成物中の他の個々のいずれの種よりも豊富である）ことを意味し、好ましくは実質的に精製された画分が組成物であり、存在するすべての高分子種の少なくとも約５０パーセント（モル基準で）で、目的とする種が含まれる。一般的に、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在するすべての高分子種の約８０以上を構成し、より好ましくは８５％または９０％または９５％または９６％または９７％または９８％または９９％以上を構成する。最も好ましくは、目的の種が本質的に均質になるまで（従来の検出方法では汚染種が組成物中で検出できない）精製され、その組成物は本質的に単一の高分子種から構成される。
【００６４】
患者という用語は、ヒトおよび動物の対象を含む。 
【００６５】
治療の目的のための「哺乳動物」および「動物」という用語は、イヌ、ウマ、ネコ、ウシ等のヒト、家畜および農場の動物、ならびに動物園、競技、または愛玩動物を含む、哺乳動物に分類される任意の動物を指す。好ましくは、動物はヒトである。
【００６６】
「病態」という用語は、細胞もしくは身体の機能、システム、または器官の妨害、休止、または障害が発生した細胞または哺乳動物全体の生理的状態を指す。
【００６７】
「治療する」または「治療」という用語は、治療的処置および予防的または防止的処置の両方を指し、その目的は、癌の発症または転移等、望ましくない生理学的変化または障害を防止するかまたは抑制する（軽減する）ことである。本発明の目的のために、有益または所望の臨床成績としては、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、症状の軽減、疾病の程度の低減、安定した（すなわち悪化していない）病態、疾病進行の遅延または抑制、病態の改善または緩和、および寛解（部分的または全体的のいずれか）が挙げられるが、これらに限定されない。「治療」とは、治療を受けなかった場合に予測される生存期間と比較して生存期間を延長することも意味し得る。治療を必要とする者には、既にその状態または疾患を有する者およびその状態または疾患に罹患し易い者、またはその状態または疾患が防止されるべき者を含む。
【００６８】
本明細書で用いられる場合「反応する」という用語は、ＲＥＣＩＳＴ（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ、固形癌治療効果判定基準）によると、薬剤投与後に患者または腫瘍が完全奏功または部分奏功を示すことを意味する。本明細書で用いられる場合「無反応」という用語は、ＲＥＣＩＳＴによると、薬剤投与後に患者または腫瘍が安定または進行を示すことを意味する。ＲＥＣＩＳＴは、例えばＴｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２０００，
“Ｎｅｗ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  Ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ，”  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ９２（３）：  ２０５‐２１６に記載されており、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。例示的な薬剤としては、ＥＧＦｒに対する抗体を含む、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が挙げられるが、これに限定されない。
【００６９】
「疾患」とは、１つもしくは複数の治療が有益な任意の状態である。これには、哺乳動物を該当する疾患にかかりやすくする病理学的状態を含む、慢性および急性疾患または疾病が含まれる。本明細書において治療されるべき疾患の非制限例には、良性および悪性腫瘍、白血病、およびリンパ性悪性疾患、具体的には乳癌、直腸癌、卵巣癌、胃癌、子宮内膜癌、唾液腺癌、腎癌、大腸癌、甲状腺癌、膵癌、前立腺または膀胱癌を含む。本発明に従って治療されるべき好ましい疾患は、子宮頸癌および子宮頸部の扁平上皮内腫瘍および腺腫瘍、腎細胞癌（ＲＣＣ）、食道腫瘍、ならびに癌由来細胞株等の悪性腫瘍である。
【００７０】
「ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病または状態」は、以下のうちの１つもしくは複数を含む。ＥＧＦｒポリペプチドによって引き起こされる疾病または状態、ＥＧＦｒポリペプチドに起因する疾病または状態、およびＥＧＦｒポリペプチドの存在に関連する疾病または状態。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチドに関連する疾病または状態は癌である。例示的な癌としては、非小細胞肺癌、乳癌、大腸癌、胃癌、能癌、膀胱癌、頭頚部癌、卵巣癌、および前立腺癌が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７１】
「変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに関連する疾病または状態」は以下のうちの１つもしくは複数を含む：変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドによって引き起こされる疾病または状態、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに起因する疾病または状態、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドを引き起こす疾病または状態、および変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの存在に関連する疾病または状態。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに関連する疾病または状態が、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの不在下において存在し得る。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに関連する疾病または状態が、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの存在によって悪化し得る。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに関連する疾病または状態は、癌である。例示的な癌としては、非小細胞肺癌、乳癌、大腸癌、胃癌、能癌、膀胱癌、頭頚部癌、卵巣癌、および前立腺癌が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７２】
「変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに関連する疾病または状態」は、以下のうちの１つもしくは複数を含む。変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドによって引き起こされる疾病または状態、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに起因する疾病または状態、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドを生じさせる疾病または状態、および変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの存在に関連する疾病または状態。特定の実施形態では、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに関連する疾病または状態が、変異の不在下において存在し得る。特定の実施形態では、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに関連する疾病または状態が、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの存在によって悪化し得る。特定の実施形態では、変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに関連する疾病または状態は、癌である。例示的な癌としては、非小細胞肺癌、乳癌、大腸癌、胃癌、能癌、膀胱癌、頭頚部癌、卵巣癌、および前立腺癌を含むが、これらに限定されない。
【００７３】
「併用療法」において、患者は、化学療法剤ならびに抗悪性腫瘍剤および／または放射線療法と併用した、標的抗原に対する特異的結合剤を用いて治療される。特定の実施形態では、特異的結合剤はパニツムマブである。プロトコル設計は、腫瘍量の減少および標準的な化学療法の通常用量を減少させる能力によって評価される有効性を検討する。これらの用量の減少により、化学療法剤の用量関連毒性を減少させることによってさらなるおよび／または長期間の療法が可能となるであろう。
【００７４】
「単剤療法」とは、化学療法剤または抗悪性腫瘍剤を併用せずに、患者に免疫療法を施行することによって疾患を治療することを指す。特定の実施形態では、単剤療法は、化学療法剤ならびに抗悪性腫瘍剤および／または放射線療法の不在下において、パニツムマブを投与することを含む。
【００７５】
特定の実施形態 
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断する方法を提供する。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断する方法を提供する。
【００７６】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００７７】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、および配列番号１６から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、および配列番号１６から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００７８】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断する方法を提供する。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００７９】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて配列番号２０のアミノ酸配列を含むポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて配列番号２０のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００８０】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法を提供する。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｋ‐ｒａｓポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００８１】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、および配列番号１６から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、および配列番号１６から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００８２】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法を提供する。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの存在または発現の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて変異Ｂ‐ｒａｆポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００８３】
特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて、配列番号２０のアミノ酸配列を含むポリペプチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または発現の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、対象において１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断する方法は、（ａ）対象由来のサンプルにおいて、配列番号２０のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの存在または転写もしくは翻訳の量を決定するステップと、（ｂ）そのポリペプチドの存在または転写もしくは翻訳の量に基づいて、１つもしくは複数のＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態に対する感受性を診断するステップとを含む。特定の実施形態では、該疾病または状態は癌である。
【００８４】
特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの有無を決定する方法を提供する。特定の実施形態では、サンプル中において変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの有無を決定する方法は、（ａ）変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブにサンプルを曝露するステップであって、該領域はＧ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される少なくとも１つのＫ‐ｒａｓ変異を含むステップと、（ｂ）該サンプル中において変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの有無を決定するステップとを含む。特定の実施形態では、サンプル中において変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの有無を決定する方法は、（ａ）変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブにサンプルを曝露するステップであって、該領域はＧ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される少なくとも１つのＫ‐ｒａｓ変異を含むステップと、（ｂ）該サンプル中において変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの有無を決定するステップとを含む。
【００８５】
特定の実施形態では、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの有無を決定する方法を提供する。特定の実施形態では、サンプル中において変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの有無を決定する方法は、（ａ）変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブにサンプルを曝露するステップであって、該領域はＶ６００Ｅ変異を含むステップと、（ｂ）該サンプル中において変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの有無を決定するステップとを含む。特定の実施形態では、サンプル中において変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドの有無を決定する方法は、（ａ）変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブにサンプルを曝露するステップであって、該領域はＶ６００Ｅ変異を含むステップと、（ｂ）該サンプル中において変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドの有無を決定するステップとを含む。
【００８６】
特定の実施形態では、（ａ）ある集団における個体の遺伝子プロファイルにおいて、少なくとも１つのＫ‐ｒａｓ変異の存在を決定するステップと、（ｂ）変異Ｋ‐ｒａｓ遺伝子プロファイルとその個体との間の関係を確立するステップとを含む、個体の特異的な集団において変異Ｋ‐ｒａｓ集団のプロファイルを確立するための方法を提供する。そのような特定の実施形態では、個体の特異的な特徴はＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を発症する感受性を含む。そのような特定の実施形態では、個体の特異的な特徴はＫ‐ｒａｓ変異に関連する疾病または状態を呈することを含む。
【００８７】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１２Ｓの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００８８】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１２Ｖの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００８９】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１２Ｄの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９０】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１２Ａの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９１】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１２Ｃの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９２】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１３Ａの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９３】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓ変異Ｇ１３Ｄの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９４】
特定の実施形態では、対象においてＫ‐ｒａｓのアミノ酸１２および／またはＫ‐ｒａｓのアミノ酸１３でＫ‐ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９５】
特定の実施形態では、対象において変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを検出するためのキットを提供する。そのような特定の実施形態では、該キットは変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブを含み、該領域はＧ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される少なくとも１つのＫ‐ｒａｓ変異を含む。特定の実施形態では、該キットは２つ以上の増幅プライマーをさらに含む。特定の実施形態では、該キットは検出コンポーネントをさらに含む。特定の実施形態では、該キットは、核酸サンプリングコンポーネントをさらに含む。
【００９６】
特定の実施形態では、ある集団における個体の遺伝子プロファイルにおいて、少なくとも１つのＢ‐ｒａｆ変異の存在を決定するステップと、（ｂ）変異Ｂ‐ｒａｆ遺伝子プロファイルとその個体との間の関係を確立するステップとを含む、特異的な個体の集団において変異Ｂ‐ｒａｆ集団のプロファイルを確立するための方法を提供する。そのような特定の実施形態では、個体の特異的な特徴はＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を発症する感受性を含む。そのような特定の実施形態では、個体の特異的な特徴はＢ‐ｒａｆ変異に関連する疾病または状態を呈することを含む。
【００９７】
特定の実施形態では、対象においてＢ‐ｒａｆ変異Ｖ６００Ｅの有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を予測する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９８】
特定の実施形態では、対象においてＢ‐ｒａｆのアミノ酸６００でＢ‐ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含む、癌に罹患している対象においてＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性を決定する方法を提供する。特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤は、ＥＧＦｒに対する抗体である。そのような特定の実施形態では、該抗体はパニツムマブである。
【００９９】
特定の実施形態では、対象において変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを検出するためのキットを提供する。対象において変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを検出するためのキットを提供する。そのような特定の実施形態では、該キットは変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブを含み、該領域はＶ６００Ｅ変異を含む。特定の実施形態では、該キットは２つ以上の増幅プライマーをさらに含む。特定の実施形態では、該キットは検出コンポーネントをさらに含む。特定の実施形態では、該キットは核酸サンプリングコンポーネントをさらに含む。
【０１００】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に対する無反応性は、ＲＥＣＩＳＴ（固形癌治療効果判定基準）を用いて決定される。ＲＥＣＩＳＴによる完全奏功または部分奏功は、両方ともＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に反応すると見なされる。安定または進行の両方ともが、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であると見なされる。ＲＥＣＩＳＴは当該技術分野において既知であり、例えば、参照することによりいずれの目的のためにも本明細書に組み込まれるＴｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２０００，  “Ｎｅｗ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  Ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ，”  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ９２（３）：  ２０５‐２１６を参照されたい。
【０１０１】
特定の実施形態では、Ｋ‐ｒａｓ変異および／またはＢ‐ｒａｆ変異が検出される。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリヌクレオチドおよび／または変異Ｂ‐ｒａｆポリヌクレオチドを検出することにより、Ｋ‐ｒａｓ変異および／またはＢ‐ｒａｆ変異が検出される。特定の実施形態では、変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドおよび／または変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドを検出することにより、Ｋ‐ｒａｓ変異および／またはＢ‐ｒａｆ変異が検出される。
【０１０２】
ポリヌクレオチドにおける変異を検出する特定の方法は、当該技術分野において既知である。そのような方法の特定の例としては、配列決定法、プライマー伸長反応法、電気泳動法、ｐｉｃｏｇｒｅｅｎアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、ハイブリダイゼーションアッセイ、ＴａｑＭａｎアッセイ、ＳＮＰｌｅｘアッセイ、および、例えば、米国特許第５，４７０，７０５号、５，５１４，５４３号、５，５８０，７３２号、５，６２４，８００号、５，８０７，６８２号、６，７５９，２０２号、６，７５６，２０４号、６，７３４，２９６号、６，３９５，４８６号、および米国特許出願第ＵＳ
２００３‐０１９０６４６  Ａ１号に記載されるアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。 
【０１０３】
特定の実施形態では、ポリヌクレオチドにおいて変異を検出するステップは、最初に変異を含む可能性があるポリヌクレオチドを増幅するステップを含む。ポリヌクレオチドを増幅するための特定の方法は、当該技術分野において既知である。そのような増幅産物は、ポリヌクレオチドにおいて変異を検出するために、本明細書に記載される方法または当該技術分野において既知である方法のうちのいずれにおいても用いることができる。
【０１０４】
ポリペプチドにおいて変異を検出する特定の方法は、当該技術分野において既知である。そのような方法の特定の例には、変異ポリペプチドに特異的な特異的結合剤を用いる検出を含むが、これに限定されない。変異ポリペプチドを検出する他の方法は、電気泳動法およびペプチド配列決定法を含むが、これに限定されない。
【０１０５】
ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドにおいて変異を検出する特定の例示的方法は、例えば、Ｓｃｈｉｍａｎｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，  ５９：  ５１６９‐５１７５、Ｎａｇａｓａｋａ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．，  ２２：  ４５８４‐４５９６、ＰＣＴ公開第ＷＯ  ２００７／００１８６８  Ａ１号、米国特許公開第２００５／０２７２０８３  Ａ１号、およびＬｉｅｖｒｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ６６：  ３９９２‐３９９４に説明されている。
【０１０６】
特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドを含むマイクロアレイを提供する。特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドに相補的な１つもしくは複数のポリヌクレオチドを含むマイクロアレイを提供する。特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドを含むマイクロアレイを提供する。特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドをコードする１つもしくは複数のポリヌクレオチドに相補的な１つもしくは複数のポリヌクレオチドを含むマイクロアレイを提供する。
【０１０７】
特定の実施形態では、マイクロアレイ技術を用いて、２つ以上の細胞または組織サンプルにおける１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリヌクレオチドの有無が評価される。特定の実施形態では、マイクロアレイ技術を用いて、２つ以上の細胞または組織サンプルにおける１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリヌクレオチドの量が評価される。  
【０１０８】
特定の実施形態では、マイクロアレイ技術を用いて、２つ以上の細胞または組織サンプルにおける１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリヌクレオチドの有無が評価される。特定の実施形態では、マイクロアレイ技術を用いて、２つ以上の細胞または組織サンプルにおける１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリヌクレオチドの量が評価される。
【０１０９】
特定の実施形態では、マイクロアレイ技術を用いて、２つ以上の細胞または組織サンプルにおける１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの有無が、評価される。そのような特定の実施形態では、最初にｍＲＮＡが細胞または組織サンプルから抽出され、続いてｃＤＮＡに変換されて、マイクロアレイとハイブリダイズされる。そのような特定の実施形態では、マイクロアレイに特異的に結合するｃＤＮＡの有無が変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの有無を示す。そのような特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの発現レベルは、マイクロアレイに特異的に結合するｃＤＮＡの量を定量化することにより評価される。
【０１１０】
特定の実施形態では、マイクロアレイ技術を用いて、２つ以上の細胞または組織サンプルにおける１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの有無が評価される。そのような特定の実施形態では、最初にｍＲＮＡが細胞または組織サンプルから抽出され、続いてｃＤＮＡに変換されて、マイクロアレイとハイブリダイズされる。そのような特定の実施形態では、マイクロアレイに特異的に結合するｃＤＮＡの有無が変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの有無を示す。そのような特定の実施形態では、１つ以上の変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの発現レベルは、マイクロアレイに特異的に結合するｃＤＮＡの量を定量化することにより評価される。
【０１１１】
特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドに特異的な１つもしくは複数の結合剤を含むマイクロアレイを提供する。そのような特定の実施形態では、細胞または組織における１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの有無が評価される。そのような特定の実施形態では、細胞または組織における１つもしくは複数の変異Ｋ‐ｒａｓポリペプチドの量が評価される。
【０１１２】
特定の実施形態では、１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドに特異的な１つもしくは複数の結合剤を含むマイクロアレイを提供する。そのような特定の実施形態では、細胞または組織における１つもしくは複数の変異Ｂ‐ｒａｆポリペプチドの有無が評価される。そのような特定の実施形態では、細胞または組織における１つもしくは複数の変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドの量が評価される。
【０１１３】
実施された実験および達成された結果を含む以下の実施例は、例示目的のためのみに提供されるのであって、特許請求の範囲を限定すると解釈されるべきではない。
【実施例】
【０１１４】
実施例１
パニツムマブ治療に対する転移性結腸直腸腺癌の反応
転移性結腸直腸癌を有するする２５人の患者からの腫瘍を、パニツムマブ（Ａｍｇｅｎ，  Ｔｈｏｕｓａｎｄ  Ｏａｋｓ，  ＣＡ）の臨床試験に組み入れた。患者全員が、ＥＧＦｒを発現する転移性結腸直腸癌およびＤＡＫＯ  ＥＧＦＲＰｈａｒｍＤＸキット（ＤａｋｏＣｙｔｏｍａｔｉｏｎ，  Ｇｌｏｓｔｒｕｐ，  Ｄｅｎｍａｒｋ）を用いた免疫組織化学法により１％以上ＥＧＦｒ染色した悪性細胞を有した。
【０１１５】
オキサリプラチンおよびイリノテカン療法に耐性を示す患者の第三選択薬剤または第四選択薬剤として、進行が認められるまで２週間ごとに６ｍｇ／ｋｇのパニツムマブを患者に静脈内投与した。ＣＴまたはＭＲＩを用いて腫瘍反応を評価し、腫瘍の大きさに基づいて、完全奏功、部分奏功、安定、または進行を同定するためのガイドラインを提供するＲＥＣＩＳＴ（固形癌治療効果判定基準）を用いて統計学的に分析した（例えば、Ｔｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２０００，  “Ｎｅｗ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  Ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ，”  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．  ９２（３）：  ２０５‐２１６を参照されたい）。
【０１１６】
表１に示すように、２５人の患者のうち、４人が治療に対して部分奏功を示し、８人が安定を示し、１３人が進行を示した。
【０１１７】
（表１）パニツムマブを用いて治療した転移性結腸直腸癌を有する患者の臨床的特徴
2015119726.tif 000002
ＰＲ＝部分奏功、ＳＤ＝安定、ＰＤ＝進行
【０１１８】
実施例２
転移性結腸直腸癌を有する患者におけるＫ−ｒａｓ、Ｂ−ｒａｆ、およびＥＧＦｒの変異解析
Ｋ−ｒａｓ、Ｂ−ｒａｆ、および／またはＥＧＦｒ変異が、転移性結腸直腸癌のパニツムマブに対する反応と相関しているかどうかをを判定するために、各患者からのＫ−ｒａｓのエクソン２、Ｂ−ｒａｆのエクソン１５および２１、ならびにＥＧＦｒのエクソン９および２０を配列決定した。
【０１１９】
各患者ごとに、パラフィン包埋した１０ミクロンのサンプルを調製した。２ミクロンの切片を脱パラフィンし、ヘマトキシリン・エオシンで染色して詳細な形態について分析した。腫瘍組織を示す領域をマークして、Ｍｏｒｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．  Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ．  ６：  ２７９−２８６  （２００５）に記載されるように、組織からＤＮＡ抽出を行った。
【０１２０】
エクソン特異的プライマーおよび配列決定プライマーは、Ｐｒｉｍｅｒ３ソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｆｒｏｄｏ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｉｍｅｒ３／ｐｒｉｍｅｒ３＿ｗｗｗ．ｃｇｉ）を使用して設計され、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社によって合成された。Ｋ‐ｒａｓのエクソン２、Ｂ‐ｒａｆのエクソン１５および２１、ならびにＥＧＦｒのエクソン９および２０を、各エクソンに特異的なプライマーを用いてＰＣＲにより増幅した。当業者は、Ｋ‐ｒａｓおよびＢ‐ｒａｆの遺伝子配列決定を用いて、適切なプライマーを設計することができる。
【０１２１】
野生型Ｋ‐ｒａｓポリペプチド配列を図２Ａに示す（配列番号２、Ｇｅｎｂａｎｋ受入（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ）番号ＮＰ＿００４９７６）。野生型Ｋ‐ｒａｓ  ｃＤＮＡ配列もまた図２Ａに示す（配列番号１、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＮＭ＿００４９８５）。ゲノムの野生型Ｋ‐ｒａｓヌクレオチド配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＮＭ＿００４９８５に見られる。
【０１２２】
野生型Ｂ‐ｒａｆポリペプチド配列を図３Ｂに示す（配列番号１８、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＮＰ＿００４３２４）。野生型Ｂ‐ｒａｆ  ｃＤＮＡ配列を図３Ａに示す（配列番号１７、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＮＭ＿００４３３３）。ゲノムの野生型Ｂ−ｒａｆヌクレオチド配列は、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＮＴ＿００７９１４．１４に示される。
【０１２３】
野生型ＥＧＦｒポリペプチド配列は、例えば、図６ＣのＰＣＴ公開番号ＷＯ  ２００６／０９１８９９  Ａ１（Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＡＡＳ８３１０９）に示される。野生型ＥＧＦｒのｃＤＮＡ  配列は、例えば、図６Ａおよび６ＢのＰＣＴ公開番号ＷＯ  ２００６／０９１８９９  Ａ１（Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＡＣ００６９７７）に示される。ゲノムの野生型ＥＧＦｒのヌクレオチド配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＡＣ０７３３２４に見られる。
【０１２４】
以前に記載した腫瘍のゲノムＤＮＡからエクソン特異的領域を増幅するための条件下において、タッチダウンＰＣＲプログラムを用いて２０μｌの量でＰＣＲを行った。例えば、Ｂａｒｄｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３００：  ９４９  （２００３）を参照されたい。ＢｉｇＤｙｅ（登録商標）Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｖ３．１  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて精製したＰＣＲ産物を配列決定し、３７３０  ＡＢＩキャピラリー電気泳動システム上で分析した。患者１３からの腫瘍組織は量が限られており、すべてのエクソンについて変異解析を行うことは技術的に不可能であった。
【０１２５】
上記解析の結果を表２に示す。
【０１２６】
（表２）転移性結腸直腸癌のＫ−ｒａｓ、Ｂ−ｒａｆ、およびＥＧＦｒ変異解析
2015119726.tif 000003
【０１２７】
２５個の腫瘍のうち、１０個すなわち４０％にＫ‐ｒａｓ変異が検出された。それらの変異のうちの６個がコドン１２にあり、４個はコドン１３にあった。
【０１２８】
２５個の腫瘍のうち、６個すなわち２４％にＢ‐ｒａｆ変異が検出された。すべてのＢ‐ｒａｆ変異はコドン６００（以前に記載したＶ５９９Ｅ変異）にあった。テストした２５個の癌にＥＧＦｒ変異は認められなかった。
【０１２９】
総合すると、合計で６４％の腫瘍が、Ｋ‐ｒａｓまたはＢ‐ｒａｆのいずれかに変異を有していた（しかし、分析した腫瘍で、その両方に変異を有するものは存在しなかった）。Ｋ‐ｒａｓまたはＢ‐ｒａｆ変異のいずれかを伴う１６個の腫瘍のうち、パニツムマブ治療に対する反応を示したのはわずか１個すなわち６％であった。Ｋ‐ｒａｓまたはＢ‐ｒａｆ変異を伴う残り１５個すなわち９４％の腫瘍は、パニツムマブ治療後、進行または安定のいずれかを示した。反対に、Ｋ‐ｒａｓまたはＢ‐ｒａｆ変異の見られなかった９個の腫瘍のうち、３個すなわち３３％は、パニツムマブ治療に対する反応を示した。
【０１３０】
それらのデータを図１にまとめる。この分析において、Ｋ−ｒａｓコドン１２もしくは１３またはＢ‐ｒａｆコドン６００における変異は、パニツムマブ治療に対する無反応性と相関性があった。
【０１３１】
本明細書に開示される詳細および本発明の実践を考慮すると、当業者には他の実施形態が明白になる。本明細書および実施例は例示目的のみであると見なされることを意図する。
【図１】
2015119726.tif 000004
【図２Ａ】
2015119726.tif 000005
【図２Ｂ】
2015119726.tif 000006
【図２Ｃ】
2015119726.tif 000007
【図２Ｄ】
2015119726.tif 000008
【図２Ｅ】
2015119726.tif 000009
【図２Ｆ】
2015119726.tif 000010
【図２Ｇ】
2015119726.tif 000011
【図２Ｈ】
2015119726.tif 000012
【図３Ａ】
2015119726.tif 000013
【図３Ｂ】
2015119726.tif 000014
【図３Ｃ】
2015119726.tif 000015
【図３Ｄ】
2015119726.tif 000016
【配列表】
2015119726000001.app
【外国語明細書】
2015119726000001.pdf