(57)【要約】【課題】どの患者がＧＳＩおよび他のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示すかを判定するため、およびそのような判定を、単独または他の治療薬との組合せのいずれにせよそうした薬剤を使用する有効な治療レジメンに組み込むための有効な手段を特定すること。【解決手段】本発明は、γ−セクレターゼ阻害薬のＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩などのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療が有益である、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ２、またはＮｏｔｃｈ３のＰＥＳＴドメインにおける活性化型変化を有するがん患者を特定し、治療する方法を提供する。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するための、がんに罹患している患者を選択する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップとを含む方法。
【請求項２】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対するがん患者の感受性を予測する方法であって、（ａ）患者から得た生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化についてアッセイするステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を、非がん性または正常対照サンプルと比較するステップとを含み、生体サンプル中のＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の存在によって、患者がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に感受性であることが示される、方法。
【請求項３】
がんを治療する方法であって、（ａ）そのような治療を必要とする患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップと、（ｃ）患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップとを含む方法。
【請求項４】
患者におけるがんを治療する方法であって、患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップを含み、患者が、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有することが確認されている、方法。
【請求項５】
がんが乳がんである、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
がんがトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬がγ−セクレターゼ阻害薬（ＧＳＩ）である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ＧＳＩが、Ｎ−２−［（２Ｓ）−６，８−ジフルオロ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ナフタレン−２−イル］−Ｎ−（１−｛２−［（２，２−ジメチルプロピル）アミノ］−１，１−ジメチルエチル｝−１Ｈ−イミダゾール−４−イル）−Ｌ−ノルバリンアミド（ＰＦ−０３０８４０１４）または薬学的に許容できるその塩である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が、Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン、Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン、またはＮｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメインの点突然変異、転座、部分的重複、挿入、欠失、またはトランケーションを含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ある量の少なくとも１種の追加の治療薬を患者に投与するステップをさらに含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効である、請求項３から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられるがんを治療する方法における、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の使用。
【請求項１２】
がんが乳がんである、請求項１１に記載の使用。
【請求項１３】
がんがトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、請求項１１に記載の使用。
【請求項１４】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬がＧＳＩである、請求項１１、１２、または１３に記載の使用。
【請求項１５】
ＧＳＩが、Ｎ−２−［（２Ｓ）−６，８−ジフルオロ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ナフタレン−２−イル］−Ｎ−（１−｛２−［（２，２−ジメチルプロピル）アミノ］−１，１−ジメチルエチル｝−１Ｈ−イミダゾール−４−イル）−Ｌ−ノルバリンアミド（ＰＦ−０３０８４０１４）または薬学的に許容できるその塩である、請求項１４に記載の使用。
【請求項１６】
Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が、Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン、Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン、またはＮｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメインの点突然変異、転座、部分的重複、挿入、欠失、またはトランケーションを含む、請求項１１から１５のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１７】
Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられるがんを治療する方法において使用するための、Ｎ−２−［（２Ｓ）−６，８−ジフルオロ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ナフタレン−２−イル］−Ｎ−（１−｛２−［（２，２−ジメチルプロピル）アミノ］−１，１−ジメチルエチル｝−１Ｈ−イミダゾール−４−イル）−Ｌ−ノルバリンアミド（ＰＦ−０３０８４０１４）である化合物または薬学的に許容できるその塩。
【請求項１８】
がんが乳がんである、請求項１７に記載の化合物または薬学的に許容できるその塩。
【請求項１９】
がんがトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、請求項１７に記載の化合物または薬学的に許容できるその塩。
【請求項２０】
Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が、Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン、Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン、またはＮｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメインの点突然変異、転座、部分的重複、挿入、欠失、またはトランケーションを含む、請求項１７、１８、もしくは１９に記載の化合物または薬学的に許容できるその塩。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬、詳細にはγ−セクレターゼ阻害薬（ＧＳＩ）による治療が有益である、活性化型Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有する患者を特定し、治療する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路は、様々な細胞運命決定を担っている、高度に保存された発生経路である。Ａｎｄｅｒｓｓｏｎら、Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２０１１）、１３８（１７）：３５９３〜３６１２。Ｎｏｔｃｈは、その細胞外ドメイン（ＥＣＤ）内のＳ１部位で切断されて、ヘテロ二量体化（ＨＤ）ドメイン内で非共有結合性の相互作用によって結び付けられた、２部に分かれた受容体を形成する。Ｎｏｔｃｈシグナル伝達は、リガンドがＥＣＤに結合した後、負の調節領域（ＮＲＲ）の立体構造が変化し、これによりＡＤＡＭ／腫瘍壊死因子α変換酵素（ＴＡＣＥ）メタロプロテアーゼによるＳ２部位での切断が可能になることで活性化される。次いで、γ−セクレターゼ複合体が、膜貫通ドメイン内のＳ３切断を仲介し、Ｎｏｔｃｈ細胞内ドメイン（ＮＩＣＤ）を解放し、Ｎｏｔｃｈ細胞内ドメインは、核に位置を変え、Ｎｏｔｃｈ標的遺伝子の転写を調節する。ＮＩＣＤ調節の重要な機序が、タンパク質代謝回転である。ＮＩＣＤは、即座に、そのＣ末端に位置するＰＥＳＴ［プロリン（Ｐ）、グルタミン酸（Ｅ）、セリン（Ｓ）、およびトレオニン（Ｔ）に富む］ドメインによる分解の標的となる。
【０００３】
４種の哺乳動物Ｎｏｔｃｈ受容体Ｎｏｔｃｈ１〜４が存在し、５種の膜結合型Ｎｏｔｃｈ経路リガンド：３種のデルタ様リガンド（ＤＬＬ１、ＤＬＬ３、ＤＬＬ４）および２種のＳｅｒｒａｔｅ／Ｊａｇｇｅｄファミリーリガンド（Ｊａｇｇｅｄ−１、Ｊａｇｇｅｄ−２）に結合する。Ｎｏｔｃｈ活性化は、腫瘍形成において役割を果たすことが示唆されている。
【０００４】
ヒト乳がんでは、異常なＮｏｔｃｈシグナル伝達が、疾患の進行を促進すると報告されており、全生存期間が短いことと関連付けられる。Ｄｉｃｋｓｏｎら、Ｍｏｄ  Ｐａｔｈｏｌ（２００７）、２０（６）：６８５〜９３；Ｒｅｅｄｉｊｋら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００５）、６５（１８）：８５３０〜８５３７。Ｎｏｔｃｈ経路の過剰活性化は、トリプルネガティブ（すなわち、ＥＲ−、ＰＲ−、ＨＥＲ２−）乳がん（ＴＮＢＣ）または基底様乳がんサブタイプならびに他の乳がんサブタイプにおいて報告されている。Ｇｕｏら、Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ（２０１１）１８１５（２）：１９７〜２１３；Ｘｕら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ（２０１２）２１（５）：６２６〜６４１；Ｉｚｒａｉｌｉｔら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（２０１３）、１１０（５）：１７１４−９；Ｍａｚｚｏｎｅら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（２０１０）１０７（１１）：５０１２〜５０１７；Ｙａｍａｇｕｃｈｉら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００８）、６８（６）：１８８１〜８；Ｃｏｈｅｎら、Ｂｒｅｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｔｒｅａｔ（２０１０）１２３（１）：１１３〜１２４；Ｑｉｕら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ（２０１３）３２８（２）：２６１〜２７０；Ｔｕｒｎｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２０１０）２９（１４）：２０１３〜２０２３；Ｋｏｎｄｒａｔｙｅｖ  Ｍら（２０１２）；Ｈａｏ  Ｌら（２０１０）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２９（２）：２０１〜２１３；Ｍａｇｎａｎｉ  Ｌら（２０１３）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １１０（１６）：Ｅ１４９０〜１４９９；Ｏｓｉｐｏ  Ｃら（２００８）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２７（３７）：５０１９〜５０３２。ＧＳＩの前臨床研究および臨床研究が、乳がんにおいて報告されている。Ｚｈａｎｇら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２０１２）１８（１８）：５００８〜５０１９；ＩｚｒａｉｌｉｔおよびＲｅｅｄｉｊｋ、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ（２０１２）、３１７（２）：１１５〜１２６；Ｋｏｎｄｒａｔｙｅｖら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２０１２）３１（１）：９３〜１０３；Ｓｃｈｏｔｔら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２０１３）１９（６）：１５１２〜１５２４；Ｚｈａｎｇら、Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｍｅｄ（２０１３）２（３）：２３３〜２４２。
【０００５】
がんにおいてＮｏｔｃｈが活性化される機序は、突然変異および複合的な遺伝子再配列を含めて、掲載が増えつつある。Ｔ細胞急性リンパ球性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）では、ＥＣＤの大部分が削除される転座、ならびにＮｏｔｃｈ１が関与するＨＤドメイン突然変異によって、ＥＣＤ／ＮＲＲの正常な機能が混乱し、リガンド非依存的なＮｏｔｃｈ活性化が有効に導かれると報告されている。Ｅｌｌｉｓｅｎら、Ｃｅｌｌ（１９９１）６６（４）：６４９〜６６１；Ｗｅｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００４）３０６（５６９４）：２６９〜２７１。Ｎｏｔｃｈ１におけるＰＥＳＴドメイン突然変異を不活化することは、Ｔ−ＡＬＬ、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、脾臓周辺帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、およびマントル細胞リンパ腫において報告されている。Ｗｅｎｇら（２００４）；Ｋｒｉｄｅｌら、Ｂｌｏｏｄ  （２０１２）１１９（９）：１９６３〜１９７１；Ｐｕｅｎｔｅら、Ｎａｔｕｒｅ（２０１１）４７５（７３５４）：１０１〜１０５；Ｒｏｓｓｉら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  （２０１２）２０９（９）：１５３７〜１５５１。Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン突然変異は、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ＳＭＺＬ、およびＨａｊｄｕ−Ｃｈｅｎｅｙ症候群において報告されている。Ｌｅｅら、Ｃａｎｃｅｒ  ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）１００（５）：９２０〜９２６；Ｌｏｈｒら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（２０１２）１０９（１０）：３８７９〜３８８４；Ｒｏｓｓｉら（２０１２）；Ｋｉｅｌら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ（２０１２）２０９（９）：１５５３〜１５６５；Ｉｓｉｄｏｒら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ（２０１１）４３（４）：３０６〜３０８；Ｓｉｍｐｓｏｎら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ（２０１１）４３（４）：３０３〜３０５。
【０００６】
Ｎｏｔｃｈ１のＰＥＳＴドメインにおける突然変異は、非小細胞肺癌においても報告されている。Ｗｅｓｔｈｏｆｆら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２００９）１０６、２２２９３〜２２２９８。一乳がんサンプルにおけるＰＥＳＴドメイン突然変異は報告されているが特徴付けられておらず、この突然変異の機能との関連性は不明である。Ｊｉａｏら（２０１２）Ｇｅｎｅｓ，ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ＆ｃａｎｃｅｒ  ５１（５）：４８０〜４８９。
【０００７】
より最近では、Ｎｏｔｃｈ１およびＮｏｔｃｈ２融合タンパク質が関与する染色体再編が乳がんにおいて確認され、ＴＮＢＣサブタイプにおいて高度に富化されていた。Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、Ｎａｔ  Ｍｅｄ（２０１１）１７（１２）：１６４６〜１６５１；Ｓｔｏｅｃｋら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（２０１４）４（１０）：１１５４〜６７。こうした再編のほとんどが、Ｎｏｔｃｈ受容体遺伝子活性を増大させており、こうした融合を有する細胞系は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏ両方で、既知のＧＳＩであるＮ−［Ｎ−（３，５−ジフルオロフェナセチル）−Ｌ−アラニル］−Ｓ−フェニルグリシンｔ−ブチルエステル（ＤＡＰＴ）による治療に感受性があった。こうしたＮｏｔｃｈ活性化ゲノム再編に共通する特色は、Ｔ−ＡＬＬにおける転座およびＨＤドメイン突然変異を暗示する、リガンド非依存的な活性化を導く、ＥＣＤの大部分の削除であった。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００８】
【特許文献１】米国特許第７，３４２，１１８号
【特許文献２】米国特許第７，７９５，４４７号
【特許文献３】米国特許第７，９５１，９５８号
【特許文献４】米国特許第６，１０６，８６４号
【特許文献５】ＷＯ００／３５２９８
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ａｎｄｅｒｓｓｏｎら、Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２０１１）、１３８（１７）：３５９３〜３６１２
【非特許文献２】Ｄｉｃｋｓｏｎら、Ｍｏｄ  Ｐａｔｈｏｌ（２００７）、２０（６）：６８５〜９３
【非特許文献３】Ｒｅｅｄｉｊｋら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００５）、６５（１８）：８５３０〜８５３７
【非特許文献４】Ｇｕｏら、Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ（２０１１）１８１５（２）：１９７〜２１３
【非特許文献５】Ｘｕら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ（２０１２）２１（５）：６２６〜６４１
【非特許文献６】Ｉｚｒａｉｌｉｔら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（２０１３）、１１０（５）：１７１４−９
【非特許文献７】Ｍａｚｚｏｎｅら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（２０１０）１０７（１１）：５０１２〜５０１７
【非特許文献８】Ｙａｍａｇｕｃｈｉら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００８）、６８（６）：１８８１〜８
【非特許文献９】Ｃｏｈｅｎら、Ｂｒｅｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｔｒｅａｔ（２０１０）１２３（１）：１１３〜１２４
【非特許文献１０】Ｑｉｕら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ（２０１３）３２８（２）：２６１〜２７０
【非特許文献１１】Ｔｕｒｎｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２０１０）２９（１４）：２０１３〜２０２３
【非特許文献１２】Ｋｏｎｄｒａｔｙｅｖら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２０１２）３１（１）：９３〜１０３
【非特許文献１３】Ｈａｏ  Ｌら（２０１０）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２９（２）：２０１〜２１３
【非特許文献１４】Ｍａｇｎａｎｉ  Ｌら（２０１３）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １１０（１６）：Ｅ１４９０〜１４９９
【非特許文献１５】Ｏｓｉｐｏ  Ｃら（２００８）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２７（３７）：５０１９〜５０３２
【非特許文献１６】Ｚｈａｎｇら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２０１２）１８（１８）：５００８〜５０１９
【非特許文献１７】ＩｚｒａｉｌｉｔおよびＲｅｅｄｉｊｋ、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ（２０１２）、３１７（２）：１１５〜１２６
【非特許文献１８】Ｓｃｈｏｔｔら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２０１３）１９（６）：１５１２〜１５２４
【非特許文献１９】Ｚｈａｎｇら、Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｍｅｄ（２０１３）２（３）：２３３〜２４２
【非特許文献２０】Ｅｌｌｉｓｅｎら、Ｃｅｌｌ（１９９１）６６（４）：６４９〜６６１
【非特許文献２１】Ｗｅｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００４）３０６（５６９４）：２６９〜２７１
【非特許文献２２】Ｋｒｉｄｅｌら、Ｂｌｏｏｄ  （２０１２）１１９（９）：１９６３〜１９７１
【非特許文献２３】Ｐｕｅｎｔｅら、Ｎａｔｕｒｅ（２０１１）４７５（７３５４）：１０１〜１０５
【非特許文献２４】Ｒｏｓｓｉら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  （２０１２）２０９（９）：１５３７〜１５５１
【非特許文献２５】Ｌｅｅら、Ｃａｎｃｅｒ  ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）１００（５）：９２０〜９２６
【非特許文献２６】Ｌｏｈｒら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（２０１２）１０９（１０）：３８７９〜３８８４
【非特許文献２７】Ｋｉｅｌら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ（２０１２）２０９（９）：１５５３〜１５６５
【非特許文献２８】Ｉｓｉｄｏｒら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ（２０１１）４３（４）：３０６〜３０８
【非特許文献２９】Ｓｉｍｐｓｏｎら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ（２０１１）４３（４）：３０３〜３０５
【非特許文献３０】Ｗｅｓｔｈｏｆｆら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２００９）１０６、２２２９３〜２２２９８
【非特許文献３１】Ｊｉａｏら（２０１２）Ｇｅｎｅｓ，ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ＆ｃａｎｃｅｒ  ５１（５）：４８０〜４８９
【非特許文献３２】Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、Ｎａｔ  Ｍｅｄ（２０１１）１７（１２）：１６４６〜１６５１
【非特許文献３３】Ｓｔｏｅｃｋら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（２０１４）４（１０）：１１５４〜６７
【非特許文献３４】Ｗａｔｔｅｒｓら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００９）６９（２３）：８９４９〜８９５７
【非特許文献３５】Ｄｅ  ＫｌｏｅおよびＤｅ  Ｓｔｒｏｏｐｅｒ（２０１４）、Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  Ｔｈａｔ  Ｉｎｈｉｂｉｔ  Ｎｏｔｃｈ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、出典：ＢｅｌｌｅｎおよびＹａｍａｍｏｔｏ（共編）、Ｎｏｔｃｈ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、第１１８７巻（３１１〜３２２頁）、ニューヨーク州ニューヨーク：Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ  Ｍｅｄｉａ
【非特許文献３６】ＨｏｌｌｉｎｇｅｒおよびＨｕｄｓｏｎ、２００５、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２３（９）：１１２６〜１１３６「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」、第１９版（Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ、１９９５）
【非特許文献３７】ＬｉａｎｇおよびＣｈｅｎ（２００１）によるＥｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｐａｔｅｎｔｓ、１１（６）、９８１〜９８６
【非特許文献３８】Ｈ．ＬｉｅｂｅｒｍａｎおよびＬ．Ｌａｃｈｍａｎによる「Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ、第１巻」、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ、ニューヨーク州ニューヨーク、１９８０（ＩＳＢＮ  ０−８２４７−６９１８−Ｘ）
【非特許文献３９】Ｖｅｒｍａら、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｏｎ−ｌｉｎｅ、２５（２）、１〜１４（２００１）
【非特許文献４０】ＦｉｎｎｉｎおよびＭｏｒｇａｎによるＪ  Ｐｈａｒｍ  Ｓｃｉ、８８（１０）、９５５〜９５８（１９９９年１０月）
【非特許文献４１】Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎ．、Ｎａｔｕｒｅ（２０１２）４９０（７４１８）：６１〜７０
【非特許文献４２】Ｍａｌｅｃｋｉ  ＭＪら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．（２００６）２６（１２）４６４２：５１
【非特許文献４３】Ｗｅｎｇ  ＡＰら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００４）３０６（５６９４）：２６９〜７１
【非特許文献４４】Ａｒｎｏｌｄ  Ａら、Ｊ  ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ（２００５）２３（１８）：４２１５〜２４
【非特許文献４５】Ｅｆｓｔｒａｔｉａｄｉｓ  Ａら、Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ（２００７）６（４）：４１８〜２９
【非特許文献４６】Ｏ’Ｎｅｉｌ  Ｊら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ（２００７）２０４（８）：１８１３〜２４
【非特許文献４７】Ｐａｌｏｍｅｒｏ  Ｔら、Ｎａｔ  Ｍｅｄ（２００７）１３（１０）：１２０３〜１０
【非特許文献４８】Ｚｈａｎｇ  ＣＣら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  （２０１２）１８（１８）：５００８〜１９
【非特許文献４９】Ｚｈａｎｇ  ＣＣら、Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｍｅｄ（２０１３）２（３）
【非特許文献５０】Ａ．Ｆ．Ａ．Ｓｍｉｔ、Ｒ．Ｈｕｂｌｅｙ、およびＰ．Ｇｒｅｅｎ  ＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒ
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
乳がんにおいてＮｏｔｃｈ経路が活性化される証拠は相当にあるが、Ｎｏｔｃｈ調節解除の機序をより深く理解することは、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に反応を示す可能性が最も高い患者を特定する助けとなり、また、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏで報告されている、ＧＳＩに対する不均一な反応を理解することとなりうる。Ｗａｔｔｅｒｓら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００９）６９（２３）：８９４９〜８９５７。どの患者がＧＳＩおよび他のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示すかを判定するため、およびそのような判定を、単独または他の治療薬との組合せのいずれにせよそうした薬剤を使用する有効な治療レジメンに組み込むための有効な手段を特定することが、依然として求められている。
【００１１】
本発明は、一部において、Ｎｏｔｃｈ受容体切断を阻害する薬剤、たとえばＧＳＩ、およびＮｏｔｃｈリガンド−受容体相互作用を妨げる薬剤、たとえば、抗Ｎｏｔｃｈモノクローナル抗体（ｍＡｂ）またはその抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を含めた、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療が有益である患者を特定し、治療する方法を提供する。頻出する実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、本明細書でさらに述べるとおりの低分子ＧＳＩである。
【００１２】
治療に反応性であると予想される患者は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路の活性化をもたらすＮｏｔｃｈのＰＥＳＴドメインの活性化型変化（まとめて、「Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化」）の存在を特徴とし、これを根拠に特定される。本明細書で提供する方法は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示す可能性が高い、ＴＮＢＣを含めた乳がんの患者を特定し、治療する際に特に有用である。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
一態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療する患者を選択する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップとを含む方法を提供する。
【００１４】
別の態様において、本発明は、患者がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示す可能性が高いかどうかを判定する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者を陽性反応者群に割り振るステップとを含む方法を提供する。
【００１５】
これらの態様の一部の実施形態では、方法は、治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を患者に投与するステップをさらに含む。
【００１６】
これらの態様の他の実施形態では、方法は、ある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を患者に投与するステップと、ある量の少なくとも１種の追加の治療薬を患者に投与するステップとをさらに含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効である。
【００１７】
別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する、患者における腫瘍の感度を判定する方法であって、患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップを含み、ＰＥＳＴドメイン変化の存在が、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する腫瘍の感度と関連付けられる、方法を提供する。
【００１８】
この態様の一実施形態では、患者の生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、方法は、患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップをさらに含む。
【００１９】
この態様の別の実施形態では、患者のサンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、方法は、患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとをさらに含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体として、患者の腫瘍を治療するために有効である。
【００２０】
一態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療する患者を選択する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップと、（ｃ）患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップとを含む方法を提供する。
【００２１】
別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療する患者を選択する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップと、（ｃ）患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、（ｄ）患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効である、方法を提供する。
【００２２】
別の態様において、本発明は、患者がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示す可能性が高いかどうかを判定する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者を陽性反応者群に割り振るステップと、（ｃ）患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップとを含む方法を提供する。
【００２３】
別の態様において、本発明は、患者がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示す可能性が高いかどうかを判定する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者を陽性反応者群に割り振るステップと、（ｃ）患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、（ｄ）患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効である、方法を提供する。
【００２４】
さらに別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する、患者における腫瘍の感度を判定する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を患者に投与するステップとを含み、ＰＥＳＴドメイン変化の存在が、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する腫瘍の感度と関連付けられる、方法を提供する。
【００２５】
さらなる態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する、患者における腫瘍の感度を判定する方法であって、（ａ）患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）ある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を患者に投与するステップと、（ｃ）ある量の少なくとも１種の追加の治療薬を患者に投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬が全体として、患者の腫瘍を治療するために有効であり、ＰＥＳＴドメイン変化の存在が、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する腫瘍の感度と関連付けられる、方法を提供する。
【００２６】
前述の態様それぞれの一部の実施形態では、その生体サンプル中にＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると判定された患者を、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に適する患者として特定する。他の実施形態では、その生体サンプル中にＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると判定された患者を、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示す可能性が高い患者として特定し、したがって、陽性反応者群に割り振る。他の実施形態では、その生体サンプル中にＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると判定された患者を、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対してその腫瘍が感受性である患者として特定する。
【００２７】
前述の態様それぞれの頻出する実施形態では、患者は、がん、特に乳がんに罹患している。一部の実施形態では、患者は、ＴＮＢＣまたは基底様乳がんに罹患している。一部のそうした実施形態では、患者は、ＴＮＢＣに罹患している。
【００２８】
別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対するがん患者の感受性を予測する方法であって、（ａ）患者から得た生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化についてアッセイするステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を、非がん性または正常対照サンプルと比較するステップとを含み、生体サンプル中のＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の存在によって、患者がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に感受性であることが示される、方法を提供する。
【００２９】
別の態様において、本発明は、がんを治療する方法であって、（ａ）そのような治療を必要とする患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップと、（ｃ）患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップとを含む方法を提供する。
【００３０】
別の態様において、本発明は、がんを治療する方法であって、（ａ）そのような治療を必要とする患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップと、（ｃ）患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、（ｄ）患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効である、方法を提供する。
【００３１】
さらなる態様において、本発明は、乳がんを治療する方法であって、（ａ）そのような治療を必要とする患者からの生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化が検出された場合、患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するように選択するステップと、（ｃ）患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、（ｄ）患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体として乳がんを治療するために有効である、方法を提供する。
【００３２】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者に治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップを含み、患者が、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有することが確認されている、方法を提供する。
【００３３】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者に、治療有効量のＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩を投与するステップを含み、がんは、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられている、方法を提供する。
【００３４】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効であり、患者が、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有することが確認されている、方法を提供する。
【００３５】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者にある量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップと、患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効であり、がんが、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられている、方法を提供する。
【００３６】
別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられるがんを治療する方法において使用するための、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を提供する。この態様の一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、少なくとも１種の追加の治療薬との投与に適合している。
【００３７】
別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられるがんを治療する方法におけるＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の使用を提供する。この態様の一部の実施形態では、使用は、少なくとも１種の追加の治療薬と組み合わせての使用をさらに含む。
【００３８】
さらなる態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられているがんを治療する医薬を製造するための、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の使用を提供する。この態様の一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、少なくとも１種の追加の治療薬との投与に適合している。
【００３９】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者に、治療有効量のＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩を投与するステップを含み、患者が、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有することが確認されている、方法を提供する。
【００４０】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者に、治療有効量のＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩を投与するステップを含み、がんが、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられている、方法を提供する。
【００４１】
別の態様において、本発明は、患者においてがんを治療し、回復させ、その進行を阻止し、またはその侵襲性を抑制する方法であって、患者に、ある量のＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩を投与するステップと、患者にある量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与するステップとを含み、前記Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬および前記少なくとも１種の追加の治療薬の量が全体としてがんを治療するために有効であり、患者が、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有することが確認されている、方法を提供する。
【００４２】
別の態様では、本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられるがんを治療する方法において使用するための、ＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩を提供する。この態様の一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、少なくとも１種の追加の治療薬との投与に適合している。
【００４３】
別の態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられるがんを治療する方法における、ＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩の使用を提供する。この態様の一部の実施形態では、使用は、少なくとも１種の追加の治療薬と組み合わせての使用をさらに含む。
【００４４】
さらなる態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有すると特徴付けられているがんを治療する医薬を製造するための、ＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩の使用を提供する。この態様の一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、少なくとも１種の追加の治療薬との投与に適合している。
【００４５】
前述の態様それぞれの頻出する実施形態では、がんは、乳がんである。一部の実施形態では、がんは、ＴＮＢＣまたは基底様乳がんである。一部のそうした実施形態では、がんは、ＴＮＢＣである。
【００４６】
前述の態様それぞれの一部の実施形態では、患者は、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療するために評価または選択される患者の集団の中にいる。他のそうした実施形態では、患者は、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に対する反応性について評価または試験される患者の集団の中にいる。
【００４７】
さらなる態様において、本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に対するがん細胞の感受性を判定する方法であって、（ａ）がん細胞におけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化についてアッセイするステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を、非がん性または正常対照細胞と比較するステップとを含み、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の存在によって、がん細胞が、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に対して感受性であることが示される、方法を提供する。
【００４８】
別の態様において、本発明は、がん患者をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬で治療する方法であって、（ａ）患者から得たがん細胞におけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化についてアッセイするステップと、（ｂ）Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を、非がん性または正常対照細胞と比較するステップであり、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の存在によって、がん細胞がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に対して感受性であることが示される、ステップと、（ｃ）治療有効量のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を投与するステップとを含む方法を提供する。
【００４９】
本明細書に記載の態様それぞれの詳細な実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、ＧＳＩである。好ましい実施形態では、ＧＳＩは、構造：
【００５０】
【化１】
2015120689.tif 000003
を有する、ＰＦ−０３０８４０１４と呼ぶ化合物、Ｎ−２−［（２Ｓ）−６，８−ジフルオロ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ナフタレン−２−イル］−Ｎ−（１−｛２−［（２，２−ジメチルプロピル）アミノ］−１，１−ジメチルエチル｝−１Ｈ−イミダゾール−４−イル）−Ｌ−ノルバリンアミドまたは薬学的に許容できるその塩である。
【００５１】
化合物ＰＦ−０３０８４０１４は、その内容が全体として参照により本明細書に援用される、米国特許第７，３４２，１１８号、第７，７９５，４４７号、および第７，９５１，９５８号で開示されている。ＰＦ−０３０８４０１４は、時に、Ｎ−２−［（２Ｓ）−（６，８−ジフルオロ−１，２，３，４−テトラ−ヒドロナフタレン−２−イルアミノ）−ペンタン酸｛１−［２−（２，２−ジメチル−プロピルアミノ）−１，１−ジメチル−エチル］−１Ｈ−イミダゾール−４−イル｝−アミドまたは（Ｓ）−２−（（（Ｓ）−６，８−ジフルオロ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ナフタレン−２−イル）アミノ）−Ｎ−（１−（２−メチル−１−（ネオペンチルアミノ）プロパン−２−イル）−１Ｈ−イミダゾール−４−イル）ペンタンアミドと呼ぶ場合もある。
【００５２】
他の実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、抗Ｎｏｔｃｈモノクローナル抗体（ｍＡｂ）、その抗原結合性フラグメント、またはその抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。詳細な実施形態では、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、抗Ｎｏｔｃｈ１  ｍＡｂ、抗Ｎｏｔｃｈ２  ｍＡｂ、および抗Ｎｏｔｃｈ３  ｍＡｂ、その抗原結合性断片、またはそのＡＤＣからなる群から選択される。
【００５３】
本明細書で提供する方法では、生体サンプルにおけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の検出によって、患者が、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対して反応を示す可能性が高いことが示される。一部の実施形態では、生体サンプルにおいてＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を検出するステップは、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬のいずれの投与よりも前に行う。
【００５４】
前述のそれぞれの一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメインの点突然変異、転座、部分的重複、挿入、欠失（部分的または完全）、またはトランケーションを含む。一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化は、Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン変化、Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン変化、およびＮｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメイン変化からなる群から選択される。一部のそうした実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化は、Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン変化である。他の実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化は、Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン変化である。他の実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化は、Ｎｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメイン変化である。
【００５５】
本明細書で提供する方法の詳細な実施形態では、生体サンプルにおけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の存在は、限定はせず、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、ディープシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、全エクソームシークエンシング、ＲＮＡ−ｓｅｑ、またはＳａｎｇｅｒシークエンシングを始めとする、シークエンシング主体の方法によって検出する。好ましい実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化は、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、ディープシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、全エクソームシークエンシング、またはＲＮＡ−ｓｅｑによって検出する。
【００５６】
これらおよび他の実施形態については、本明細書で提供する詳細な説明によってさらに説明する。
【図面の簡単な説明】
【００５７】
【図１】経路活性化を示し、トリプルネガティブサブタイプにおいて富化されている、ＨＤもしくはＰＥＳＴドメイン中またはその付近に密集する、ＴＣＧＡ侵襲性乳がんデータセットにおけるＮｏｔｃｈ受容体突然変異および限局的増幅を示す図である。（ａ）ＮＯＴＣＨ１における単純突然変異および複合変化を示すロリポップグラフ、（ｂ）ＮＯＴＣＨ２における単純突然変異および複合変化を示すロリポップグラフ、（ｃ）ＮＯＴＣＨ３における単純突然変異および複合変化を示すロリポップグラフ。
【図２】変化のない５０種のＴＮ腫瘍と比較した、Ｎｏｔｃｈ変化のある２１種のＴＮ腫瘍におけるＮｏｔｃｈ経路遺伝子の発現ヒートマップを示す図である。
【図３】Ｎｏｔｃｈ変化のある腫瘍がＴＮＢＣに集中しており、Ｎｏｔｃｈ変化のあるＴＮＢＣ腫瘍が、他の乳がんよりＮｏｔｃｈ経路活性の増大を示す可能性が高いことを示すグラフである。
【図４】ＴＣＧＡ乳がんサンプル（ａ）ＴＣＧＡ−Ａ２−Ａ０Ｔ０、（ｂ）ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０８Ｘ、および（ｃ）ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０Ｊ６におけるＰＥＳＴドメイン変化について、ＲＮＡ−ｓｅｑリードの野生型配列または変異体配列に対するリアライメントを示すグラフである。
【図５】腫瘍サンプル（上部パネル）および対応正常サンプル（下部パネル）からの全エクソームシークエンシング（ＷＸＳ）データを、各患者（ａ）ＴＣＧＡ−Ａ２−Ａ０Ｔ０、（ｂ）ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０８Ｘ、および（ｃ）ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０Ｊ６について示すグラフである。
【図６】ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、またはＮＯＴＣＨ３変化のある腫瘍におけるホットスポット突然変異／変化が、多くの場合、ＨＥＳ４および／またはＨＥＹ２発現の増大を示すことを示す図であり、各ドットは、ＴＣＧＡデータセットの乳房腫瘍を表し、灰色の点線は、各遺伝子の発現レベル中央値の２倍を示す。
【図７】前臨床ＧＳＩ感受性モデルにおけるＮＯＴＣＨ２異常の特定を示す図である。（ａ）再配列したＮＯＴＣＨ２遺伝子構造のゲノム概略図（ＮＯＴＣＨ２のエクソン３４内の区切り点を矢印で示す）、（ｂ）ｃＤＮＡを鋳型として使用した接合部ＰＣＲ産物のＳａｎｇｅｒシークエンシングトレース像。
【図８】ＡＡ１０７７乳がんＰＤＸモデルにおけるＮＯＴＣＨ１遺伝子異常の特定を示す図である。（ａ）再配列したＮＯＴＣＨ１遺伝子構造のゲノム概略図（点線の囲みは、イントロン３０からエクソン３４の中央にまたがる縦列重複領域を示す）、（ｂ）ｃＤＮＡを鋳型として使用した接合部ＰＣＲ産物のＳａｎｇｅｒシークエンシングトレース像。
【図９】ＨＢＣｘ−１４乳がんＰＤＸモデルにおけるＮＯＴＣＨ１遺伝子異常の特定を示す図である。（ａ）イントロン１からエクソン２７の冒頭部分にまたがる欠失、エクソン３４における１０ｂｐの欠失（青色の実線）、およびエクソン３４における染色体間転座を示す、再配列したＮＯＴＣＨ１遺伝子構造のゲノム概略図（区切り点は、１０ｂｐ欠失の下流にあり、染色体４上の何らかの遺伝子間配列に連結していた）、（ｂ）ＥＣＤ欠失をまたぐゲノムＤＮＡ  ＰＣＲ産物のＳａｎｇｅｒシークエンシングトレース（イントロン１またはエクソン２７に位置していない４つのヌクレオチド（ＡＧＡＴ）が、接合部に挿入されていた（橙色））、（ｃ）エクソン３４における１０ｂｐの欠失をまたぐゲノムＤＮＡを鋳型として使用した、およそ２００ｂｐのＰＣＲ産物のＳａｎｇｅｒシークエンシングトレース。
【図１０】ＰＦ−０３０８４０１４に対して感受性がある乳がん患者由来の異種移植片（ＰＤＸ）モデルおよびＨＣＣ１５９９細胞系モデルにおけるＮｏｔｃｈ受容体の野生型およびゲノム変化を示す図である。（ａ）Ｎｏｔｃｈ２野生型、（ｂ）ＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメインを崩壊させる融合（ｆｓ）（Ｇ２３２０ｆｓのロリポップ印）ならびに座位の増幅を有するＭＡＸＦ１１６２モデル、（ｃ）Ｎｏｔｃｈ１野生型、（ｄ）ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴドメインを崩壊させるＮＯＴＣＨ１の部分的縦列重複を有するＡＡ１０７７モデル、（ｅ）ＮＯＴＣＨ１におけるＥＣＤ欠失およびＰＥＳＴドメインフレームシフト欠失を有するＨＢＣｘ−１４モデル、（ｆ）ＮＯＴＣＨ１におけるＥＣＤ欠失を有するＨＣＣ１５９９細胞系。
【図１１】ＰＦ−０３０８４０１４に対して感受性のあるＮｏｔｃｈ変化モデルにおける平均腫瘍体積（＋ＳＥＭ）を示すグラフである。（ａ）ＭＡＸＦ１１６２モデルは、６５％の腫瘍退縮を示し、（ｂ）ＡＡ１０７７モデルは、８８％の腫瘍成長抑制を示し、（ｃ）ＨＢＣｘ−１４モデルは、６０％の腫瘍成長抑制を示し、（ｄ）ＨＣＣ１５９９モデルは、５０％の腫瘍退縮を示した。
【図１２】ＮＯＴＣＨ１突然変異によって、全長およびＮＩＣＤ１タンパク質ならびにＮＩＣＤ１半減期が変化することを示す図である。（ａ）ＰＦ−０３０８４０１４を用いまたは用いずに処理したＮｏｔｃｈ変化モデルにおけるＮＩＣＤ１ウエスタンブロット（「＊」は、野生型ＮＩＣＤ１より低分子量のＮＩＣＤ１種を示す）、（ｂ）ＴＮＢＣ  ＰＤＸモデルの可溶化液のパネルと並べた、ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴ切断型ＨＢＣｘ−１４モデル（レーン６）でのＮＩＣＤ１ウエスタンブロット、（ｃ）ＮＯＴＣＨ１膜貫通種および全長種を認識する抗体を使用してのＮＯＴＣＨ１ウエスタンブロット（下方のパネルは、より軽い露出でのものある）。
【図１３】１４０ｍｇ／ｋｇ  ＢＩＤのＰＦ−０３０８４０１４で２日間および１２日間処置した後、ＰＥＳＴ突然変異ＮＩＣＤ１の減衰が、野生型バンドと比べて少なかったことを示す図である。（ｂ）１２日間媒体を基準とした平均バンド強度（＋／−ＳＥＭ）として示し、ＧＡＰＤＨに対して正規化したデータ。
【図１４】Ｎｏｔｃｈ突然変異体乳がんモデルが、多くの場合Ｎｏｔｃｈ経路発現の増大を示すことを示す図である。（ａ）内部ｉｎ  ｖｉｖｏパネル、および（ｂ）外部ＰＤＸパネル全域にわたり、ＨＥＳ４、ＨＥＹ２の２種の遺伝子サインスコアを使用して、左から右へ順に並べたモデル。
【図１５】高度に発現されたＮｏｔｃｈ標的遺伝子ＨＥＳ４、ＨＥＹ１、ＨＥＹ２、およびＨＥＹＬが、ＰＦ−０３０８４０１４で２日間（ＨＣＣ１５９９、ＭＡＸＦ１１６２、およびＡＡ１０７７）または１２日間（ＨＢＣｘ−１４）処置したＮｏｔｃｈ突然変異体モデルにおいて下方調節されたことを示すグラフである。（ａ）ＨＣＣ１５９９モデルについてのＮａｎｏｓｔｒｉｎｇデータ、（ｂ）ＭＡＸＦ１１６２モデルについてのＮａｎｏｓｔｒｉｎｇデータ、（ｃ）ＡＡ１０７７モデルについてのＮａｎｏｓｔｒｉｎｇデータ、（ｄ）ＨＢＣｘ−１４モデルについてはｑＲＴ−ＰＣＲデータを使用した。＊により、両側スチューデントｔ検定によるｐ値＜０．０５を示した。
【発明を実施するための形態】
【００５８】
本発明は、本発明の好ましい実施形態についての以下の詳細な説明および本明細書に含まれる実施例を参照することで、よりたやすく理解することができる。本明細書で使用する術語は、詳細な実施形態について記載する目的のものに過ぎず、限定することを意図しないと理解されたい。さらに、本明細書で詳細に定義しない限り、本明細書で使用する術語には、関連分野で公知のとおりのその伝統的な意味が与えられることを理解されたい。
【００５９】
本明細書で使用するとき、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、別段指摘しない限り、複数の言及を包含する。たとえば、「１つの（ａ）」置換基は、１つまたは複数の置換基を包含する。
【００６０】
本発明は、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療が有益である、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有する患者を特定し、治療する方法を提供する。
【００６１】
本発明は、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有する、ある特定の乳がん細胞系および細胞モデル、詳細にはＴＮＢＣ細胞系および細胞モデルが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏで、ＧＳＩであるＰＦ−０３０８４０１４による治療に対して、増大された感受性を示したという発見に基づく。理論に縛られることを望まないが、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化によって、ＮＩＣＤ代謝回転の調節が混乱するために、ＮＩＣＤタンパク質の半減期が延長され、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達が長引くと考えられている。
【００６２】
本明細書で提供する方法は、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応を示す可能性が高い、乳がん、詳細にはＴＮＢＣに罹患している患者を特定し、治療する際に有用である。
【００６３】
用語「Ｎｏｔｃｈ」または「Ｎｏｔｃｈ受容体」とは、４種の哺乳動物Ｎｏｔｃｈ受容体であるＮｏｔｃｈ１〜４のうちの１つ、特に、ヒトＮｏｔｃｈ１〜３受容体のうちの１つを指す。ヒトＮｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ２、およびＮｏｔｃｈ３のドメイン構造は、それぞれ、図１（ａ）〜（ｃ）に示され、上皮成長因子様領域（ＥＧＦ）、Ｌｉｎ  Ｎｏｔｃｈ反復（ＬＮＲ）、ヘテロ二量体化ドメイン（ＨＤ）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）、アンキリンドメイン（ＡＮＫ）、およびＰＥＳＴドメインを示す。
【００６４】
用語「Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン」とは、ＮｏｔｃｈのＣ末端ＰＥＳＴ［プロリン（Ｐ）、グルタミン酸（Ｅ）、セリン（Ｓ）、およびトレオニン（Ｔ）に富む］分解ドメインを指す。
【００６５】
本明細書で使用するとき、「Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化」とは、Ｎｏｔｃｈ１〜４のいずれかを含めたＮｏｔｃｈのＰＥＳＴドメインの点突然変異、転座、部分的重複、挿入、欠失（部分的もしくは完全）、またはトランケーションを指す。たとえば、Ｎｏｔｃｈ１のＰＥＳＴドメインの変化は、「Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン変化」などとなる。こうした変化の結果、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路が活性化される。
【００６６】
以下のＮｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメイン変化が、ＮＯＴＣＨシグナル伝達機能獲得をもたらすと予想される。
ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ９：１３９，３９０，６１３〜１３９，３９１，４２５（アミノ酸ｐ．Ａ２２５６〜ｐ．Ｈ２５２６）の間に位置する、いずれかのフレームシフトインデルまたはナンセンス突然変異、
ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴドメイン：一方の再配列位置がｃｈｒ９：１３９，３９０，６１３〜１３９，３９１，４２５（アミノ酸ｐ．Ａ２２５６〜ｐ．Ｈ２５２６）の間に位置し、他方の再配列位置が、ＮＯＴＣＨ１遺伝子の外側に位置する（ｃｈｒ９：１３９，３８８，８９６〜１３９，４４０，２３８内に位置しない）、いずれかのＮＯＴＣＨ１−Ｘ再配列、
ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ９：１３９，３９０，６１３〜１３９，３９０，６７２（アミノ酸ｐ．Ｈ２５０７〜ｐ．Ｈ２５２６）の間のいずれかのインフレーム挿入、および
ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ９：１３９，３９０，６１３〜９：１３９，３９０，６７２（アミノ酸ｐ．Ｈ２５０７〜ｐ．Ｈ２５２６）の間のヌクレオチドが削除される、いずれかのインフレーム欠失。
【００６７】
以下のＮｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメイン変化が、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達機能獲得をもたらすと予想される。
ＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ１：１２０，４５８，０５２〜１２０，４５９，０４１（アミノ酸ｐ．Ｋ２１０２〜ｐ．Ｈ２４３１）の間のいずれかのフレームシフトインデルまたはナンセンス突然変異、
ＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメイン：一方の再配列がｃｈｒ１：１２０，４５８，０５２〜１２０，４５９，０４１（アミノ酸ｐ．Ｋ２１０２〜ｐ．Ｈ２４３１）の間に位置し、他方の再配列位置が、ＮＯＴＣＨ２遺伝子の外側にある（ｃｈｒ１：１２０，４５４，１７６〜１２０，６１２，３１７内に位置しない）、いずれかのＮＯＴＣＨ２−Ｘ再配列、
ＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ１：１２０，４５８，０５２〜１２０，４５８，１１１（アミノ酸ｐ．Ｈ２４１２〜ｐ．Ｈ２４３１）の間のいずれかのインフレーム挿入、および
ＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ１：１２０，４５８，０５２〜１２０，４５８，１１１の間のヌクレオチド（ｐ．Ｈ２４１２〜ｐ．Ｈ２４３１の間のアミノ酸）が削除される、いずれかのインフレーム欠失。
【００６８】
以下のＮｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメイン変化が、ＮＯＴＣＨシグナル伝達機能獲得をもたらすと予想される。
ＮＯＴＣＨ３  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ１９：１５，２７１，４９１〜１５，２７２，３６３（アミノ酸ｐ．Ｑ２０２６〜ｐ．Ｋ２３１６）の間のいずれかのフレームシフトインデルまたはナンセンス突然変異、
ＮＯＴＣＨ３  ＰＥＳＴドメイン：一方の再配列がｃｈｒ１９：１５，２７１，４９１〜１５，２７２，３６３（アミノ酸ｐ．Ｑ２０２６〜ｐ．Ｋ２３１６）の間に位置し、他方の再配列位置がＮＯＴＣＨ３遺伝子の外側にある（ｃｈｒ１９：１５，２７０，４４４〜１５，３１１，７９２の間に位置しない）、いずれかのＮＯＴＣＨ３−Ｘ再配列、
ＮＯＴＣＨ３  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ１９：１５，２７１，４９１〜１５，２７１，７１５（アミノ酸ｐ．Ｈ２２４２〜ｐ．Ｋ２３１６）の間のいずれかのインフレーム挿入、および
ＮＯＴＣＨ３  ＰＥＳＴドメイン：ｃｈｒ１９：１５，２７１，４９１〜１５，２７１，７１５の間のヌクレオチド（ｐ．Ｈ２２４２〜ｐ．Ｋ２３１６の間のアミノ酸）が削除される、いずれかのインフレーム欠失。
【００６９】
本明細書で使用する「Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬」とは、これが結合する分子の生物活性を阻害または低減する化合物または薬剤を指す。Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬としては、たとえば、ＧＳＩ、Ｎｏｔｃｈ調節因子ペプチドおよびタンパク質、ならびに、場合に応じて別の分子と複合化して、抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を形成してもよい、Ｎｏｔｃｈ１〜４に結合する抗Ｎｏｔｃｈ抗体またはその断片が挙げられる。このようなＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、本明細書では、区別なく、化合物または薬剤と呼ぶ場合もある。
【００７０】
用語「γ−セクレターゼ阻害薬」、「ガンマセクレターゼ阻害薬」、および「ＧＳＩ」は、本明細書では、γ−セクレターゼの生物活性を阻害または低減する化合物（薬学的に許容できるその塩、溶媒和物、およびプロドラッグを含める）または他の薬剤を指すのに区別なく使用される。例となる低分子ＧＳＩには、たとえば、ジペプチドクラスのＧＳＩ、スルホンアミドクラスのＧＳＩ、遷移状態模倣物クラスのＧＳＩ、ベンゾカプロラクタムクラスのＧＳＩ、および当技術分野で公知の他のＧＳＩが含まれる。
【００７１】
たとえば、ＧＳＩは、ＰＦ−０３０８４０１４、ＭＫ−０７５２（Ｍｅｒｃｋ）、ＭＲＫ−００３（Ｍｅｒｃｋ）、ＲＯ４９２９０９７（Ｒｏｃｈｅ）、ＬＹ４５０１３９（セマガセスタット、Ｅｌｉ  Ｌｉｌｌｙ）、ＢＭＳ−９０６０２４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、およびＤＡＰＴ、またはこれらの薬学的に許容できる塩からなる群から選択されるものでよい。ＧＳＩの追加の例として、１−（Ｓ）−ｅｎｄｏ−Ｎ−（１，３，３）−トリメチルビシクロ［２．２．１］ヘプタ−２−イル）−４−フルオロフェニルスルホンアミド、ＷＰＥ−ＩＩＩ−３１Ｃ、（Ｓ）−３−［Ｎ’−（３，５−ジフルオロフェニル−α−ヒドロキシアセチル）−Ｌ−アラニニル］アミノ−２，３−ジヒドロ−１−メチル−５−フェニル−１Ｈ−１，４−ベンゾジアゼピン−２−オン、および（Ｎ）−［（Ｓ）−２−ヒドロキシ−３−メチル−ブチリル］−１−（Ｌ−アラニニル）−（Ｓ）−１−アミノ−３−メチル−４，５，６，７−テトラヒドロ−２Ｈ−３−ベンゾアゼピン−２−オンが挙げられる。Ｄｅ  ＫｌｏｅおよびＤｅ  Ｓｔｒｏｏｐｅｒ（２０１４）、Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  Ｔｈａｔ  Ｉｎｈｉｂｉｔ  Ｎｏｔｃｈ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、出典：ＢｅｌｌｅｎおよびＹａｍａｍｏｔｏ（共編）、Ｎｏｔｃｈ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、第１１８７巻（３１１〜３２２頁）、ニューヨーク州ニューヨーク：Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ  Ｍｅｄｉａを参照されたい。好ましい実施形態では、ＧＳＩは、ＰＦ−０３０８４０１４または薬学的に許容できるその塩である。
【００７２】
「抗Ｎｏｔｃｈ抗体」は、Ｎｏｔｃｈ１〜４受容体の１種または複数に結合し、それによってＮｏｔｃｈの活性を阻害する、抗体およびその抗原結合性断片の両方を包含する。このような抗Ｎｏｔｃｈ抗体は、場合に応じて別の分子と複合化して、抗Ｎｏｔｃｈ抗体−薬物コンジュゲート（抗Ｎｏｔｃｈ−ＡＤＣ）を形成してもよい。
【００７３】
「抗体」または「Ａｂ」は、免疫グロブリン分子の可変領域に位置する少なくとも１つの抗原認識部位を介して炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に特異的に結合することのできる免疫グロブリン分子である。本明細書で使用するとき、用語「抗体」は、無傷のポリクローナルまたはモノクローナル抗体（ｍＡｂ）だけでなく、所与の抗原（たとえば、Ｎｏｔｃｈ１〜４）に特異的に結合する能力を保持する無傷の抗体のそのいずれかの抗原結合性部分（たとえば、「抗原結合性断片」）またはその単鎖、抗体を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含む他のいずれかの改変立体配置の免疫グロブリン分子、たとえば、限定はせず、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、単ドメイン抗体（ｄＡｂ）断片、単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、単鎖（ｓｃＦｖ）および単ドメイン抗体（たとえば、サメおよびラクダ科動物抗体）、マキシボディ、ミニボディ、細胞内抗体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、ｖ−ＮＡＲ、およびビス−ｓｃＦｖを包含する（たとえば、ＨｏｌｌｉｎｇｅｒおよびＨｕｄｓｏｎ、２００５、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２３（９）：１１２６〜１１３６を参照されたい）。抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、またはＩｇＭなどのいずれのクラス（またはそのサブクラス）の抗体も包含し、抗体は、特定のいずれかのクラスのものである必要はない。
【００７４】
抗体の生理活性に関して本明細書で使用する用語「阻害（抑制）する（ｉｎｈｉｂｉｔ）」または「中和する」とは、限定はしないが生物活性を始めとする、阻害（抑制）しようとする事物の、たとえば進行または重症度について、実質的に拮抗、防止、阻止、抑止、緩慢化、中断、解消、停止、軽減、または逆転をなす、抗体の能力を意味する。
【００７５】
「抗体−薬物コンジュゲート」または「ＡＤＣ」とは、がん細胞または活性化した免疫細胞に対して、化学療法、細胞傷害、細胞増殖抑制、および／または免疫調節の効果を発揮する治療薬と複合化した、抗体またはその抗原結合性抗体断片を指す。適切な治療薬の例としては、限定はせず、化学療法薬、細胞傷害性薬物、細胞増殖抑制薬、および免疫調節性薬物が挙げられる。「抗Ｎｏｔｃｈ抗体薬物コンジュゲート」または「抗Ｎｏｔｃｈ  ＡＤＣ」とは、そのような治療薬と複合化された、抗Ｎｏｔｃｈ抗体またはその抗原結合性断片、たとえば、抗Ｎｏｔｃｈ１または抗Ｎｏｔｃｈ３抗体または断片を指す。
【００７６】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の追加のクラスとして、たとえば、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達を阻害するＮｏｔｃｈ調節因子ペプチドおよびタンパク質が挙げられる。拮抗薬や作動薬などのＮｏｔｃｈ調節因子は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達活性を直接または間接的に変化させるものでよい。Ｎｏｔｃｈシグナル伝達の間接的な変調は、核酸のレベル、転写のレベル、翻訳のレベル、タンパク質フォールディングのレベル、または酵素による切断のレベルを含めて、ＮＩＣＤ切断および解放過程のどのステップで行うこともできる。適切なＮｏｔｃｈシグナル伝達拮抗薬は通常、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達を阻止または軽減することができ、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達作動薬は通常、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達活性を誘発し、または増大させる。
【００７７】
本明細書で使用するとき、用語「患者」または「対象」は、本明細書において区別なく使用する場合があり、哺乳動物対象、好ましくはヒトを指す。頻出する実施形態では、患者は、がん、特に、ＴＮＢＣまたは基底様乳がんを含めた乳がんに罹患している。対象は、臨床調査試験、疫学研究に参加した個体、または対照として使用される対象を包含する。対象は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療を以前に受けたことがあってもよく、またはそうした治療を受けていなくてもよい。対象は、ベースライン（すなわち、本明細書の方法においてＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の初回用量を投与する前の時期における設定点、たとえば、治療を開始する前に対象をスクリーニングにかける日）において、１種または複数の追加の治療薬による治療を以前に受けたことがあってもよく、またはそうした治療を受けていなくてもよい。
【００７８】
本明細書で使用する用語「治療する（ｔｒｅａｔまたはｔｒｅａｔｉｎｇ）」とは、別段指摘しない限り、このような用語が適用される障害もしくは状態、またはそのような障害もしくは状態の１つまたは複数の症状を逆転させ、緩和し、その進行を抑制し、または予防することを意味する。本明細書で使用する用語「治療」とは、別段指摘しない限り、直前に定義したとおりの治療するという行為を指す。用語「治療する」は、対象のアジュバントおよびネオアジュバント治療も包含する。
【００７９】
「障害」または「疾患」は、本発明の物質／分子または方法による治療が有益である任意の状態である。この用語は、対象を問題の障害に罹りやすくする病的状態を含めて、慢性および急性の障害または疾患を包含する。本明細書で治療しようとする障害の非限定的な例として、悪性および良性腫瘍、非白血病性およびリンパ性の悪性病変、神経細胞、膠細胞、星状膠細胞、視床下部および他の腺、マクロファージ、上皮、間質、および胞胚腔の障害、ならびに炎症性、免疫性、および他の血管形成障害が挙げられる。
【００８０】
用語「細胞増殖性障害」および「増殖性障害」とは、異常な細胞増殖とある程度関連付けられる障害を指す。一実施形態では、細胞増殖性障害は、がんである。別の実施形態では、細胞増殖性障害は、血管形成である。
【００８１】
本明細書で使用する「腫瘍」とは、悪性であろうと良性であろうと、すべての腫瘍性細胞成長および増殖、ならびにすべての前がん性およびがん性細胞および組織を指す。
【００８２】
用語「がん」および「がん性」とは、任意の悪性および／もしくは侵襲性成長、または異常な細胞成長によって引き起こされる腫瘍を指す。本明細書で使用するとき、「がん」は、それを形成する細胞のタイプについて名付けられた固形腫瘍、血液、骨髄、またはリンパ系のがんを包含する。用語「がん」は、限定はしないが、身体における特定の部位で発生する原発がん、それが生じた場所から他の身体部分へと広がった転移がん、もとの原発がんからの寛解後の再発、および新たなものとは異なるタイプの先行するがんの既往歴を有する患者における新たな原発がんである二次発がんを包含する。
【００８３】
用語「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、および「腫瘍」は、本明細書で言及するとき、相互排他的でない。
【００８４】
がんの例としては、限定はしないが、癌腫、肉腫、芽細胞腫、白血病、リンパ腫、および骨髄腫が挙げられる。一部の実施形態では、がんは、基底細胞がん、髄芽細胞腫がん、肝臓がん、横紋筋肉腫、肺がん、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頸部がん、皮膚もしくは眼内の黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門部のがん、胃がん、結腸がん、乳がん、子宮がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、食道がん、小腸がん、内分泌系のがん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、軟部組織肉腫、尿道がん、陰茎がん、前立腺がん、慢性もしくは急性白血病、リンパ球性リンパ腫、膀胱がん、腎臓もしくは尿管のがん、腎細胞癌、腎盂癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、脊髄軸椎腫瘍（ｓｐｉｎａｌ  ａｘｉｓ  ｔｕｍｏｒ）、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、または前述のがんの１種または複数の組合せからなる群から選択される。
【００８５】
詳細な実施形態では、本明細書に記載の方法は、乳がん、前立腺がん、膵臓がん、卵巣がん、結腸がん、結腸直腸がん、および脳腫瘍からなる群から選択されるがんに罹患している患者の特定および／または治療に使用することができる。
【００８６】
他の実施形態では、本明細書に記載の方法は、乳がん、前立腺がん、膵臓がん、結腸がん、卵巣がん、結腸直腸がん、肺がん、および脳腫瘍からなる群から選択されるがんに罹患している患者の特定および／または治療に使用することができる。
【００８７】
一実施形態では、患者は、乳がん、特にＴＮＢＣに罹患している。
【００８８】
別の実施形態では、患者は、膵臓がんに罹患している。
【００８９】
別の実施形態では、患者は、結腸がんまたは結腸直腸がんに罹患している。
【００９０】
さらなる実施形態では、患者は、脳腫瘍、特に、神経膠腫、髄芽細胞腫、または上衣腫に罹患している。
【００９１】
別の実施形態では、患者は、リンパ腫または白血病に罹患している。
【００９２】
さらに別の実施形態では、患者は、肺がん、特に非小細胞肺がんに罹患している。
【００９３】
用語「治療有効量」または「有効量」は、本明細書では、治療しようとする障害の症状の１つまたは複数をある程度除去する、投与する化合物の量を指すのに区別なく使用する。２種以上の薬剤を組み合わせて投与する場合では、各薬剤の投与量は、２種以上の薬剤の量が、全体として、治療効果をもたらすのに十分となるように調整することができる。
【００９４】
がん治療に関して、有効量とは、（１）腫瘍の大きさを縮小する、（２）腫瘍転移を抑制する（すなわち、ある程度緩慢化させる、好ましくは停止させる）、（３）腫瘍成長または腫瘍侵襲性をある程度抑制する（すなわち、ある程度緩慢化させる、好ましくは停止させる）、（４）がんと関連する１つまたは複数の徴候または症状をある程度除去する（回復させる、または好ましくは解消する）、（５）がん細胞のアポトーシスを誘発する、および／または（６）血管形成を阻害する効果を有する、薬剤（または複数の薬剤）の量を指す。
【００９５】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する患者の「反応」もしくは「反応性」、またはＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対する患者の腫瘍の「感度」とは、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療により、またはその結果として患者に付与される、臨床上または治療上の利益を指し、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、単独で、または別の薬剤と組み合わせて投与される場合がある。そのような利益としては、本明細書に記載のＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬での治療による、またはその結果としての、患者の細胞反応もしくは生物学的反応、完全な反応、部分的な反応、（進行もしくは再発のない）安定した疾患、またはより遅い再発を伴う反応が挙げられる。患者からの生体サンプルにおけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の検出によって、患者がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に反応性であると予想されること、または患者の腫瘍がＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に対して感受性であると予想されることが示される。
【００９６】
用語「サンプル」および「生体サンプル」は、体組織、細胞、体液、または他の供給源からのものを含めて、個々の対象または患者から得た任意の生体サンプルを区別なく指すことがある。体組織の例としては、限定はしないが、（たとえば、腫瘍生検からの）腫瘍組織、乳房組織、腎臓組織、結腸組織、脳組織、筋肉組織、滑膜組織、皮膚、骨髄、または毛包が挙げられる。細胞としては、限定はしないが、（たとえば、腫瘍生検からの）腫瘍細胞サンプルもしくは他の組織細胞サンプルまたはそれから培養された細胞、または体液から単離された細胞が挙げられる。体液の例としては、限定はしないが、血液（たとえば、新鮮全血、末梢血単核細胞、凍結全血）、血清、血漿（新鮮もしくは凍結を含める）、リンパ液、腹水（ａｓｃｉｔｉｃ  ｆｌｕｉｄ）、嚢胞液、羊水、胸水、腹水（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ  ｆｌｕｉｄ）、心膜液（ｐｅｒｉｃａｒｄｉａｌ  ｆｌｕｉｄ）、尿、唾液、喀痰、汗、涙液、大便、鼻汁、気管支吸引液、精液、膣分泌物、母乳、滑液、および髄液が挙げられる。組織生検材料、細胞、および体液を得る方法は、当技術分野で周知である。一部の実施形態では、生体サンプルは、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、循環核酸（ＣＮＡ）、またはがん幹細胞を含む場合もある。
【００９７】
細胞またはタンパク質もしくは核酸を含有するものなどの患者サンプルは、がんなどの増殖性障害を有する疑いがある、もしくは有すると診断され、したがって、治療を必要とする可能性が高い患者から採取する場合もあり、またはいずれの障害を有する疑いもない正常な個体から採取する場合もある。
【００９８】
詳細な実施形態では、生体サンプルは、腫瘍組織サンプルなどの組織サンプルであることが好ましい。一部のそうした実施形態では、生体サンプルは、腫瘍細胞サンプルまたはそれから培養された細胞を含む。頻出する実施形態では、生体サンプルは、たとえば生検によって、固形腫瘍から切除された細胞を含む。別の実施形態では、生体サンプルは、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、循環核酸（ＣＮＡ）、またはがん幹細胞を含む。
【００９９】
Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメインの変化によって、Ｎｏｔｃｈが活性化される場合がある。一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈの活性化は、Ｎｏｔｃｈによって発現が調節される少なくとも１種の遺伝子の発現レベルを測定することにより判定する。
【０１００】
一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈの活性化は、ＮＩＣＤタンパク質のレベルの増大によって判定する。他の実施形態では、Ｎｏｔｃｈの活性化は、ＮＩＣＤタンパク質の半減期の延長によって判定する。さらに他の実施形態では、Ｎｏｔｃｈの活性化は、受容体、リガンド、およびＮＵＭＢなどの調節因子を含めた下流Ｎｏｔｃｈ経路標的遺伝子、ＨｅｓおよびＨｅｙ遺伝子ファミリーなどの正規標的遺伝子、ならびに、たとえばＭＹＣ、ＣＣＮＤ１、ＢＩＲＣ５、ＣＤＫＮ１Ａ、ＰＴＥＮ、およびＮＯＸＡ１を始めとする、細胞周期およびアポトーシスに影響を及ぼす下流遺伝子の発現の増加または減少によって判定するが、これら遺伝子は、Ｎｏｔｃｈ活性化状態を示し、バイオマーカーとして役立てることができる。
【０１０１】
用語「発現のレベル」または「発現レベル」は、生体サンプル中のポリヌクレオチドまたはアミノ酸産物またはタンパク質の量を指すのに、区別なく広く使用される。「発現」とは、一般に、遺伝子がコードする情報が、細胞中に存在し、細胞で機能する構造に変換される過程を指す。したがって、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、またはタンパク質の翻訳後修飾さえも指す場合がある。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、または翻訳後修飾されたタンパク質の断片もまた、代替スプライシングにより生成した転写物または分解された転写物が起源であろうと、たとえばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングから生じたものであろうと、発現されたとみなされる。「発現遺伝子」は、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、次いでタンパク質に翻訳されるもの、またＲＮＡに転写されるが、タンパク質には翻訳されないもの（たとえば、転移ＲＮＡおよびリボソームＲＮＡ）を包含する。
【０１０２】
特定の実施形態では、Ｎｏｔｃｈの活性化は、以下の１つまたは複数によって判定する。（１）ＮＩＣＤタンパク質のレベルの増大、（２）ＮＩＣＤタンパク質の半減期の増大、および／または（３）１種または複数の下流Ｎｏｔｃｈ経路標的遺伝子の発現の増加または減少（たとえば、ＨｅｓまたはＨｅｙ遺伝子ファミリーの発現の増加）。各場合において、増減（ｉｎｃｒｅａｓｅ（ｏｒ  ｄｅｃｒｅａｓｅ））は、特定の指標に相応しい参考レベルまたは参考値を基準として判定する。
【０１０３】
そのような参考レベルまたは参考値としては、たとえば、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に対する反応性について査定される患者の群または集団からのサンプルにおける、ＮＩＣＤタンパク質の中央レベル、ＮＩＣＤタンパク質半減期中央値、または１種または複数のＮｏｔｃｈ経路バイオマーカーの中央発現レベル；前の時期（たとえば、治療前または治療後）に患者から予め取得したサンプルにおけるレベル；正常（冒されていない）細胞、好ましくは、（たとえば、治療前または治療後の）患者から取得した生体試験サンプルと同じ組織またはタイプの細胞のサンプルにおけるレベル、または原発腫瘍の設定において、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による事前の治療を受けており、現時点で再発または転移を経験していてもよい患者からのサンプルにおけるレベルが挙げられる。
【０１０４】
一部の実施形態では、本明細書に記載の態様はそれぞれ、がん細胞または患者サンプルにおけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の、非がん性または正常対照サンプルとの比較を含む場合がある。頻出する実施形態では、がん細胞または患者生体サンプルにおけるＮｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化の存在によって、がん細胞または患者が、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬による治療に感受性であることが示される。
【０１０５】
参考または対照サンプルは、正常（冒されていない）細胞、好ましくは、患者から取得した生体試験サンプルと同じ組織またはタイプの細胞のサンプル；がん、好ましくは、患者にあるもの、または患者にある疑いのあるものと同じタイプのがんに冒されている細胞のサンプルでよい。一般に、対照サンプルは、がんの有無と関連する組織タイプの細胞、および／または予後が良好もしくは不良である腫瘍の細胞のサンプルでよい。
【０１０６】
参考または対照サンプルは、患者から、別の対象から、または対象の集団から取得する場合がある。対象の集団を使用する場合では、前記集団の細胞のサンプルにおける平均（たとえば、平均値または中央値）と比較を行うことができる。同じ患者からの正常組織の対照を使用することの１つの利点は、それによって個体差（ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ）が生じなくなることである。対照が別の患者由来（正常組織または患部組織いずれか）である場合では、患者の集団に基づく参考値を使用することが、個体差を縮めるのに好ましいことがある。
【０１０７】
一部の実施形態では、Ｎｏｔｃｈ  ＰＥＳＴドメイン変化を有することが確認される患者は、たとえば、上記の指標の１つ（たとえば、ＮＩＣＤタンパク質、経路遺伝子の半減期または発現）のレベルにおける、参考レベルを上回るまたは下回る変化によって、Ｎｏｔｃｈ活性化を示すとも判定される。一部のそうした実施形態では、１つまたは複数の指標のレベルの変化は、上記の中央レベルなどの参考レベルを基準として５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％である（すなわち、参考レベルよりそれだけ高いまたは低い）。
【０１０８】
一部の実施形態では、履歴の記録が得られるように、より早期の時点で患者から対照サンプルを取得することが好ましい場合もある。一部のそうした実施形態では、これにより、状態の進行を経時的に査定または監視することが可能になる。患者の状態の重症度を２つの時点で比較することにより、特定の治療レジメンが有利な効果を有するか否かを判定することが可能になり、特定の治療の有効性が査定できるようになる。任意の一レジメンの有効性は、患者間で、または疾患の経過の中で異なる場合もある。
【０１０９】
遺伝子発現産物は、タンパク質または転写物（すなわち、遺伝子によって発現されたＲＮＡ分子）である場合がある。タンパク質、遺伝子、または転写物のレベルの決定は、当技術分野で公知の方法のいずれかによって行うことができる。
【０１１０】
たとえば、タンパク質レベルの査定に適する方法としては、免疫組織化学（たとえば、免疫蛍光法）、ウエスタンブロット法、およびＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）などの固相法が挙げられる。タンパク質レベルの査定は、免疫組織化学技術を使用して、標識化（たとえば、染色または蛍光）を示す細胞の集団を決定することにより、行うことができる。
【０１１１】
転写物レベルは、たとえば、ハイブリッド形成を示す細胞の集団の査定を伴ったｉｎ  ｓｉｔｕハイブリッド形成法によって決定することができる。別法として、または加えて、たとえば、当技術分野で広く使用されているＡＢＩ  ＴａｑＭａｎ（商標）技術に基づき、定量的ＰＣＲ法を使用してもよい。ＰＣＲ法には、標的遺伝子の向かい合わせの鎖を適切な間隔（通常は５０〜３００塩基）で標的化するプライマー対が必要である。プライマーに適する標的化配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ配列との照合によって決定することができる。
【０１１２】
異なる多くの遺伝子転写物を調べる場合において、好都合な方法は、定量的ＰＣＲ法に基づき、サンプルを（直接またはｃＤＮＡもしくはｃＲＮＡ生成後に）遺伝子チップアレイおよび／またはマイクロ流体カード（低密度アレイ）とハイブリッド形成させることによるものである。遺伝子チップ技術を使用する場合において、遺伝子は、市販品として入手可能なＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのチップの中に存在することもあり、それを製造者のプロトコールに従って使用することができる。マイクロ流体カード技術を使用する場合では、遺伝子は、Ｌｏｗ  Ｄｅｎｓｉｔｙ  Ａｒｒａｙｓとしても公知の、市販品として入手可能なＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍのマイクロ流体カードの中に存在することもある。こうしたカードは、製造者のプロトコールに従って使用することができる。
【０１１３】
遺伝子コピー数は、たとえば蛍光標識で標識（ＦＩＳＨ）される場合もある核酸プローブとのｉｎ  ｓｉｔｕハイブリッド形成法（ＩＳＨ）、またはゲノムＤＮＡのＰＣＲを始めとして、当技術分野で公知の技術を使用して求めることができる。
【０１１４】
剤形および投薬レジメン
治療薬および化合物は、作用部位へのその送達を可能にするいずれかの方法によって投与することができる。こうした方法には、経口経路、十二指腸内経路、非経口注射（静脈内、皮下、筋肉内、血管内、または注入を含める）、局所、および直腸投与が含まれる。
【０１１５】
投薬レジメンは、所望の最適な反応が得られるように調整することができる。たとえば、単一の巨丸剤を投与してもよいし、いくつかの分割された用量を、時間をかけて投与してもよいし、または治療状況の緊急性による必要に応じて、用量を増減してもよい。投与を容易にし、投薬量を均一にするために、非経口組成物を投薬単位形態に製剤することは、特に有利である。本明細書で使用する投薬単位形態とは、治療を受ける哺乳動物対象の単位投薬量として適した物理的に別個の単位を指し、各単位は、必要な医薬担体と共同して所望の治療効果を生じるように計算された所定の量の活性化合物を含有する。本発明における使用に適する投薬単位形態の仕様は、（ａ）化学療法薬に特有の特性および実現しようとする特定の治療または予防効果、および（ｂ）このような薬剤を調合する技術に固有の制約によって必然的に決まり、これらに直接左右される。
【０１１６】
したがって、本明細書で提供する開示に基づき、用量および投薬レジメンが当治療分野で周知の方法に従って調整されることは、当業者に理解されるところとなる。すなわち、最大耐用量は、容易に確立することができ、患者に検出可能な治療利益を提供する有効量を求めることもでき、各薬剤を投与して患者に検出可能な治療利益を提供するための時間的要件を求めることもできる。したがって、本明細書ではある特定の用量および投与レジメンを例示するが、そうした例によって、本発明を実施する際に患者に提供することのできる用量および投与レジメンは一切限定されない。
【０１１７】
投薬量の値は、緩和すべき状態のタイプおよび重症度によって様々となる場合があり、単回または複数回の用量を含む場合があることに留意されたい。任意の特定の対象について、詳細な投薬レジメンは、個々の必要および組成物の投与を管理監督する者の専門的な判断に応じて時間と共に調整すべきであること、ならびに本明細書で示す投薬量範囲は、例示的なものにすぎず、請求項に記載の組成物の範囲または実用を限定することを意図するものでないことも、さらに理解されたい。たとえば、用量は、薬動学的または薬力学的パラメータに基づき調整することができ、パラメータには、毒作用および／または臨床検査値などの臨床効果を含めることができる。したがって、本発明は、当業者によって決定される、患者内での用量の漸増を包含する。化学療法薬を投与するための適切な投薬量およびレジメンの決定は、関連技術分野で周知であり、本明細書で開示する教示が提供されれば、当業者によって実現されると理解されることになる。
【０１１８】
ＧＳＩなどの低分子Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬に関して、投与される１種または複数の薬剤の適切な投薬量は、投与する特定の薬剤、治療を受ける対象、障害または状態の重症度、治療する症状のタイプおよび重症度、患者の臨床歴および薬剤に対する反応、投与の速度および方式、投与された薬剤についての患者のクリアランス速度、ならびに主治医の裁量に応じて決まる。
【０１１９】
典型的な低分子Ｎｏｔｃｈ経路阻害薬について、有効投薬量は、単一または分割用量において、体重１ｋｇあたり１日約０．００１〜約１００ｍｇ、好ましくは約０．０１〜約３５ｍｇ／ｋｇ／日の範囲にある。７０ｋｇのヒトでは、これが、約０．０５〜約７ｇ／日、好ましくは約０．１〜約２．５ｇ／日になることになる。一部の例では、前述の範囲の下限を下回る投薬量レベルで十分過ぎることもあり、他の場合では、日中を通して投与される数回分の少ない用量に最初に分けるという前提で、いかなる有害な副作用も引き起こすことなく、さらに多い用量が用いられる場合もある。
【０１２０】
抗Ｎｏｔｃｈ抗体またはＡＤＣに関して、適切な投薬量は、用いる抗Ｎｏｔｃｈ抗体またはＡＤＣ、障害または状態の重症度、治療する症状のタイプおよび重症度、薬剤を治療目的で投与するのかどうか、以前の治療、患者の臨床歴および薬剤に対する反応、投与の速度および方式、投与した薬剤についての患者のクリアランス速度、ならびに主治医の裁量に応じて決まる。
【０１２１】
臨床家は、抗Ｎｏｔｃｈ抗体または抗Ｎｏｔｃｈ抗体−薬物コンジュゲートを、所望の結果を実現する投薬量に達するまで、またそれ以降も、投与することができる。用量および／または頻度は、治療の過程で変化してもよいが、なお一定にすることもできる。半減期などの経験的な検討事項は、一般に、投薬量を決定する一助となる。たとえば、ヒト化抗体や完全ヒト抗体などのヒト免疫系と適合した抗体を使用すると、抗体の半減期を延長し、抗体がホストの免疫系に攻撃されるのを防ぐことができる。投与の頻度は、治療の過程で決定および調整することができ、必ずしもではないが一般に、症状の治療および／または抑制および／または回復および／または遅延、たとえば、腫瘍成長の抑制または遅延などに基づく。別法として、抗Ｎｏｔｃｈ抗体または抗Ｎｏｔｃｈ抗体−薬物コンジュゲートの持続継続放出製剤が適切である場合もある。持続放出を実現するための種々の製剤およびデバイスが当技術分野で公知である。
【０１２２】
一般に、抗Ｎｏｔｃｈ抗体および／または抗Ｎｏｔｃｈ抗体−薬物コンジュゲートについて、初回候補投薬量は、約２ｍｇ／ｋｇでよい。本発明の目的では、典型的な１日投薬量は、上で言及した要素に応じて、約３μｇ／ｋｇ〜３０μｇ／ｋｇ〜３００μｇ／ｋｇ〜３ｍｇ／ｋｇのいずれかから、３０ｍｇ／ｋｇまで、１００ｍｇ／ｋｇまたはそれ以上までの範囲となる可能性がある。たとえば、約１ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ、および約２５ｍｇ／ｋｇの投薬量を使用する場合がある。数日間またはより長期にわたる繰り返しの投与については、状態に応じて、症状の所望の抑制が起こるまで、または、たとえば腫瘍成長／がん細胞の進行もしくは転移を抑制し、もしくは遅延させるのに十分な治療レベルに到達するまで、治療を継続する。典型的な投薬レジメンは、約２ｍｇ／ｋｇの初回量に続いて、毎週の約１ｍｇ／ｋｇの維持量の抗Ｎｏｔｃｈ抗体または抗Ｎｏｔｃｈ抗体−薬物コンジュゲート、または隔週の約１ｍｇ／ｋｇの維持量を投与することを含む。他の典型的な投薬レジメンは、漸増用量の投与を含む（たとえば、１ｍｇ／ｋｇの初回量、毎週またはより長期間毎に１回または複数のより多い用量への漸増）。他の投薬レジメンも、従業者が実現を望む薬動学的減衰のパターン次第で、有用となる場合がある。たとえば、一部の実施形態では、週１回〜４回の投薬を企図する。他の実施形態では、毎週、隔週、および３週毎に加えて、月１回または隔月または３か月毎に投薬することを企図する。この療法の進捗は、従来の技術およびアッセイによってモニターすることができる。投薬レジメン（使用する抗Ｎｏｔｃｈ抗体または抗Ｎｏｔｃｈ抗体−薬物コンジュゲートを含める）は、時間と共に変化してよい。
【０１２３】
医薬組成物、製剤、および投与経路
本明細書で提供する方法において、ＧＳＩ、または抗Ｎｏｔｃｈ抗体、その断片もしくはＡＤＣなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、単独で、または別の治療薬と組み合わせて、医薬組成物の形で好都合に投与することができる。
【０１２４】
「医薬組成物」とは、活性成分としての１種または複数の治療薬と、少なくとも１種の薬学的に許容できる担体または添加剤の混合物を指し、２種以上の薬学的に許容できる担体または添加剤を含む場合もある。医薬組成物の目的は、薬剤の対象への投与を容易にすることである。医薬組成物は、少なくとも１種の追加の抗がん治療薬または対症的薬剤をさらに含んでもよい。
【０１２５】
本明細書で使用するとき、「薬学的に許容できる担体」とは、生物にそれほど刺激を与えず、投与された化合物の生物活性および特性を損なわない担体または賦形剤を指す。医薬組成物は、がんなどの増殖性障害を治療する一般に意図される目的を実現する、当技術分野で公知のどんな手段によって投与してもよい。
【０１２６】
薬学的に許容される担体は、緩衝剤、界面活性剤、保存剤、可溶化剤、等張化剤、安定剤、担体などの、従来のどんな医薬担体、賦形剤、または添加剤を含んでもよい。担体および／または添加剤の選択は、特定の投与方式、添加剤が溶解性および安定性に与える効果、剤形の性質などの要素によるところが大きい。
【０１２７】
適切な医薬担体としては、不活性賦形剤または充填剤、水および種々の有機溶媒（水和物や溶媒和物など）が挙げられる。添加剤は、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤；アスコルビン酸およびメチオニンを含めた酸化防止剤；保存剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール；メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３−ペンタノールおよびｍ−クレゾールなど）；低分子量（残基がより少ない）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリシンなどのアミノ酸；単糖、二糖、およびグルコース、マンノース、またはデキストリンを含めた他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの、塩を形成する対イオン；金属錯体（たとえば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；および／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤をさらに包含する場合もある。医薬組成物は、所望であれば、着香剤、結合剤、添加剤などの追加成分を含有してもよい。
【０１２８】
したがって、経口投与については、クエン酸などの種々の添加剤を含有する錠剤を、デンプン、アルギン酸、ある特定の複合シリケートなどの種々の崩壊剤、およびスクロース、ゼラチンおよびアカシアなどの結合剤と一緒に用いてもよい。添加剤の、限定しない例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、種々の糖および種々のタイプのデンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、植物油、およびポリエチレングリコールが挙げられる。加えて、ステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、タルクなどの滑沢剤も、打錠する目的で、多くの場合有用である。同様のタイプの固体組成物を、軟および硬充填ゼラチンカプセル中に用いることもできる。したがって、材料の非限定的な例には、ラクトースまたは乳糖、および高分子量ポリエチレングリコールが含まれる。水性懸濁液またはエリキシルが経口投与に所望されるとき、その中の活性化合物は、種々の甘味剤または着香剤、着色物質または色素、および所望であれば、乳化剤または懸濁化剤、ならびに水、エタノール、プロピレングリコール、グリセリン、またはこれらの組合せなどの賦形剤と組み合わされていてもよい。
【０１２９】
医薬組成物は、たとえば、錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、持続放出製剤、液剤、懸濁剤として経口投与に、滅菌液剤、懸濁剤、もしくは乳剤として非経口注射に、軟膏剤もしくはクリーム剤として局所投与に、または坐剤として直腸投与に適する形態にすることができる。
【０１３０】
典型的な非経口投与形態としては、活性化合物が、滅菌水性溶液、たとえば、プロピレングリコールまたはデキストロース水性溶液中の溶液または懸濁液が挙げられる。このような剤形は、所望であれば、適切に緩衝されていてもよい。
【０１３１】
医薬組成物は、正確な投薬量の単回投与に適する単位剤形にしてもよい。
【０１３２】
本明細書における化合物および薬剤の送達に適する医薬組成物、ならびにその調製方法は、当業者に直ちに明白となろう。そのような組成物およびその調製方法は、たとえば、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」、第１９版（Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ、１９９５）において見ることができ、その開示を全体として参照により本明細書に援用する。
【０１３３】
化合物は、経口投与することができる。経口投与は、化合物が消化管に入るように嚥下するものでもよいし、または化合物が直接口から血流に入る頬側もしくは舌下投与を用いてもよい。
【０１３４】
経口投与に適する製剤としては、固体製剤、たとえば、錠剤；微粒子、液体、もしくは粉末を含有するカプセル剤、口中錠（液体充填型を含める）、咀嚼剤、多重粒子およびナノ粒子、ゲル、固溶体、リポソーム、フィルム（粘膜付着剤を含める）、腔坐剤（ｏｖｕｌｅ）、スプレー、および液体製剤が挙げられる。
【０１３５】
液体製剤には、懸濁剤、液剤、シロップ剤、およびエリキシル剤が含まれる。このような製剤は、軟または硬カプセル中に充填剤として使用することもでき、通常は、担体、たとえば、水、エタノール、ポリエチレングリコール、プロピレングリコール、メチルセルロース、または適切な油と、１種または複数の乳化剤および／または懸濁化剤を含む。液体製剤は、たとえばサシェ剤から、固体を復元して調製することもできる。
【０１３６】
化合物は、その開示が全体として参照により本明細書に援用される、ＬｉａｎｇおよびＣｈｅｎ（２００１）によるＥｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｐａｔｅｎｔｓ、１１（６）、９８１〜９８６に記載のものなどの、急速溶解急速崩壊剤形において使用することもできる。
【０１３７】
錠剤剤形については、薬物は、用量に応じて、剤形の１ｗｔ％〜８０ｗｔ％、より一般的には剤形の５ｗｔ％〜６０ｗｔ％を占めてよい。薬物に加えて、錠剤は一般に、崩壊剤を含有する。崩壊剤の例としては、デンプングリコール酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、カルボキシメチルセルロースカルシウム、クロスカルメロースナトリウム、クロスポビドン、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、微結晶性セルロース、低級アルキル置換されたヒドロキシプロピルセルロース、デンプン、α化デンプン、およびアルギン酸ナトリウムが挙げられる。一般に、崩壊剤は、剤形の１ｗｔ％〜２５ｗｔ％、好ましくは５ｗｔ％〜２０ｗｔ％を占める。
【０１３８】
結合剤は一般に、錠剤製剤に粘着性の性質を付与するのに使用される。適切な結合剤としては、微結晶性セルロース、ゼラチン、糖、ポリエチレングリコール、天然および合成のガム質、ポリビニルピロリドン、α化デンプン、ヒドロキシプロピルセルロース、およびヒドロキシプロピルメチルセルロースが挙げられる。錠剤は、ラクトース（一水和物、噴霧乾燥一水和物、無水物など）、マンニトール、キシリトール、デキストロース、スクロース、ソルビトール、微結晶性セルロース、デンプンおよびリン酸水素カルシウム二水和物などの賦形剤も含有してよい。
【０１３９】
錠剤は、ラウリル硫酸ナトリウムやポリソルベート８０などの界面活性剤、および二酸化ケイ素やタルクなどの流動促進剤も場合に応じて含んでよい。存在するとき、界面活性剤は、通常は錠剤の０．２ｗｔ％〜５ｗｔ％の量になり、流動促進剤は、通常は錠剤の０．２ｗｔ％〜１ｗｔ％の量になる。
【０１４０】
錠剤は一般に、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、フマル酸ステアリルナトリウムおよびステアリン酸マグネシウムとラウリル硫酸ナトリウムの混合物などの滑沢剤も含有する。滑沢剤は一般に、錠剤の０．２５ｗｔ％〜１０ｗｔ％、好ましくは０．５ｗｔ％〜３ｗｔ％の量で存在する。
【０１４１】
他の従来の成分として、酸化防止剤、着色剤、着香剤、保存剤、および矯味剤が挙げられる。
【０１４２】
典型的な錠剤は、約８０ｗｔ％までの薬物、約１０ｗｔ％〜約９０ｗｔ％の結合剤、約０ｗｔ％〜約８５ｗｔ％の賦形剤、約２ｗｔ％〜約１０ｗｔ％の崩壊剤、および約０．２５ｗｔ％〜約１０ｗｔ％の滑沢剤を含有する。
【０１４３】
錠剤ブレンドを直接またはローラーによって圧縮して、錠剤を生成することができる。別法として、錠剤ブレンドまたはブレンドの一部を、打錠前に、湿式、乾式、もしくは溶融造粒、溶融凝結、または押出処理にかけてもよい。最終製剤は、１つまたは複数の層を含んでもよく、コーティングされていてもされていなくてもよく、またはカプセル化されていてもよい。
【０１４４】
錠剤の製剤については、Ｈ．ＬｉｅｂｅｒｍａｎおよびＬ．Ｌａｃｈｍａｎによる「Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ、第１巻」、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ、ニューヨーク州ニューヨーク、１９８０（ＩＳＢＮ  ０−８２４７−６９１８−Ｘ）において詳細に論述されており、この開示を全体として参照により本明細書に援用する。
【０１４５】
経口投与用の固体製剤は、即時および／または変更型放出がなされるように製剤することができる。変更型放出製剤には、遅延、持続、パルス、制御、標的化、およびプログラム放出が含まれる。
【０１４６】
適切な変更型放出製剤は、米国特許第６，１０６，８６４号に記載されている。高エネルギー分散液、浸透圧粒子、およびコーティング粒子などの他の適切な放出技術の詳細は、Ｖｅｒｍａら、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｏｎ−ｌｉｎｅ、２５（２）、１〜１４（２００１）において見ることができる。制御放出を実現するためのチューイングガムの使用は、ＷＯ００／３５２９８に記載されている。これら参考文献の開示を全体として参照により本明細書に援用する。
【０１４７】
化合物は、血流中、筋肉、または内臓に直接投与することもできる。非経口投与に適する手段には、静脈内、動脈内、腹腔内、くも膜下腔内、脳室内、尿道内、胸骨内、頭蓋内、筋肉内、および皮下が含まれる。非経口投与に適するデバイスには、針（微細針を含める）注射器、無針注射器、および注入技術が含まれる。
【０１４８】
非経口製剤は通常、塩、炭水化物、および（好ましくは３〜９のｐＨにする）緩衝剤などの添加剤を含有する場合もある水溶液であるが、一部の適用例では、非水性滅菌溶液として、または発熱性物質を含まない滅菌水などの適切な媒体と共に使用するための乾燥形態として、より適切に製剤することもできる。
【０１４９】
たとえば凍結乾燥による、滅菌条件下での非経口製剤の調製は、当業者に周知の標準製薬技術を使用して容易に実現することができる。
【０１５０】
非経口溶液の調製において使用する化合物の溶解性は、溶解性改善剤を混和するなどの適切な製剤技術の使用によって増大させることができる。
【０１５１】
非経口投与用の製剤は、即時および／または変更型放出がなされるように製剤することができる。変更型放出製剤には、遅延、持続、パルス、制御、標的化、およびプログラム放出が含まれる。したがって、化合物は、活性化合物の変更型放出をもたらす植込デポー剤として投与するための、固体、半固体、または揺変性液体として製剤することもできる。そのような製剤の例として、薬物コーティングされたステントおよびＰＧＬＡマイクロスフェアが挙げられる。
【０１５２】
化合物は、皮膚または粘膜に局所的に、すなわち、皮膚上に（ｄｅｒｍａｌｌｙ）または経皮的に投与することもできる。この目的のための典型的な製剤には、ゲル、ヒドロゲル、ローション、液剤、クリーム、軟膏、散粉剤、包帯剤、フォーム、フィルム、皮膚パッチ、ウェーハ、植込錠、スポンジ、繊維、絆創膏、およびマイクロエマルションが含まれる。リポソームを使用することもできる。典型的な担体としては、アルコール、水、鉱油、流動パラフィン、白色ワセリン、グリセリン、ポリエチレングリコール、およびプロピレングリコールが挙げられる。混和することのできる浸透性改善剤については、たとえば、ＦｉｎｎｉｎおよびＭｏｒｇａｎによるＪ  Ｐｈａｒｍ  Ｓｃｉ、８８（１０）、９５５〜９５８（１９９９年１０月）を参照されたい。他の局所投与手段としては、電気穿孔法、イオン導入法、音波泳動法、超音波導入法、および微細針または無針（たとえば、Ｐｏｗｄｅｒｊｅｃｔ（商標）、Ｂｉｏｊｅｃｔ（商標）など）注射による送達が挙げられる。これら参考文献の開示を全体として参照により本明細書に援用する。
【０１５３】
局所投与用の製剤は、即時および／または変更型放出がなされるように製剤することができる。変更型放出製剤には、遅延、持続、パルス、制御、標的化、およびプログラム放出が含まれる。
【０１５４】
化合物は、通常は、（単独、たとえばラクトースとの乾燥ブレンドにした混合物、またはたとえばホスファチジルコリンなどのリン脂質と混合された混合型成分粒子としての）乾燥粉末の形で乾燥粉末吸入器から、または、１，１，１，２−テトラフルオロエタンや１，１，１，２，３，３，３−ヘプタフルオロプロパンなどの適切な噴射剤を使用し、もしくは使用せずに、加圧容器、ポンプ、スプレー、アトマイザー（好ましくは、電気水力学を使用して微細な霧を生成するアトマイザー）、もしくはネブライザーからエアロゾルスプレーとして、鼻腔内に、または吸入によって投与することもできる。鼻腔内の使用では、散剤は、生体接着剤、たとえば、キトサンまたはシクロデキストリンを含んでもよい。
【０１５５】
加圧用器、ポンプ、スプレー、アトマイザー、またはネブライザーは、たとえば、エタノール、エタノール水溶液、または活性剤を分散させ、可溶化し、もしくはその放出を延長するのに適する別の薬剤と、溶媒としての噴射剤と、トリオレイン酸ソルビタン、オレイン酸、またはオリゴ乳酸などの取捨選択可の界面活性剤とを含む、化合物の溶液または懸濁液を含有する。
【０１５６】
乾燥粉末または懸濁液製剤中に使用する前に、薬物製品は、吸入による送達に適する大きさ（通常は５ミクロン未満）に超微粉砕される。これは、スパイラルジェット粉砕、流動床ジェット粉砕、ナノ粒子を生成するための超臨界流体処理、高圧均質化または噴霧乾燥などの、適切などんな微粉砕法によって実現してもよい。
【０１５７】
吸入器または注入器において使用するためのカプセル（たとえば、ゼラチンまたはＨＰＭＣ製のもの）、ブリスター、およびカートリッジは、化合物または薬剤、ラクトースやデンプンなどの適切な粉末基剤、およびｌ−ロイシン、マンニトールもしくはステアリン酸マグネシウムなどの性能改良剤（ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  ｍｏｄｉｆｉｅｒ）からなる粉末ミックスを含有するように製剤することができる。ラクトースは、無水でも、または一水和物の形でもよく、後者が好ましい。他の適切な添加剤として、デキストラン、グルコース、マルトース、ソルビトール、キシリトール、フルクトース、スクロース、およびトレハロースが挙げられる。
【０１５８】
電気水力学を使用して微細な霧を生成するアトマイザーにおいて使用するのに適する溶液製剤は、１作動あたり１μｇ〜２０ｍｇの化合物を含有してよく、作動体積は、１μＬ〜１００μＬと様々でよい。典型的な製剤は、化合物または薬剤、プロピレングリコール、滅菌水、エタノール、および塩化ナトリウムを含む。プロピレングリコールの代わりに使用することのできる代替溶媒としては、グリセロールおよびポリエチレングリコールが挙げられる。
【０１５９】
メントールやレボメントールなどの適切な着香剤、またはサッカリンあるいはサッカリンナトリウムなどの甘味剤を、吸入／鼻腔内投与を意図した製剤に加えてもよい。
【０１６０】
吸入／鼻腔内投与用の製剤は、たとえば、ＤＬ−乳酸−グリコール酸共重合体（ＰＧＬＡ）を使用して、即時および／または変更型放出がなされるように製剤することができる。変更型放出製剤には、遅延、持続、パルス、制御、標的化、およびプログラム放出が含まれる。
【０１６１】
乾燥粉末吸入器およびエアロゾルの場合では、投薬量単位は、計測された量を送達する弁によって決定される。本発明による単位は通常、所望の量の化合物または薬剤を含有する計測された用量または「ひと吹き」が投与されるように準備される。全体としての日用量は、単一用量で、またはより普通には、日中を通して分割用量として投与することができる。
【０１６２】
化合物は、たとえば、坐剤、膣坐剤、または浣腸剤の形で、直腸投与または膣内投与することができる。カカオ脂が伝統的な坐剤基剤であるが、種々の代替品を適宜使用してよい。直腸／膣内投与用の製剤は、即時および／または変更型放出がなされるように製剤することができる。変更型放出製剤には、遅延、持続、パルス、制御、標的化、およびプログラム放出が含まれる。
【０１６３】
化合物は、通常はｐＨ調整された等張性滅菌食塩水中の微粒子化懸濁液または溶液の滴剤の形で、眼または耳に直接投与することもできる。眼および耳への投与に適する他の製剤としては、軟膏、生分解性（たとえば、被吸収性ゲルスポンジ、コラーゲン）および非生分解性（たとえば、シリコーン）植込錠、ウェーハ、レンズ、およびニオソームやリポソームなどの微粒子系または小胞系が挙げられる。架橋ポリアクリル酸、ポリビニルアルコール、ヒアルロン酸、セルロース系ポリマー、たとえば、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、メチルセルロース、またはヘテロ多糖ポリマー、たとえばゲランガムなどの、ポリマーを、塩化ベンザルコニウムなどの保存剤と一緒に混和してもよい。このような製剤は、イオン導入法によって送達することもできる。眼／耳への投与用の製剤は、即時および／または変更型放出がなされるように製剤することができる。変更型放出製剤には、遅延、持続、パルス、制御、標的化、またはプログラム放出が含まれる。
【０１６４】
化合物は、前述の投与方式のいずれかにおいて使用するために、その溶解性、分解速度、矯味性、生物学的利用能、および／または安定性を向上させるべく、シクロデキストリンおよびその適切な誘導体あるいはポリエチレングリコール含有ポリマーなどの可溶性高分子実在物とさらに組み合わせてもよい。
【０１６５】
たとえば、薬物−シクロデキストリン錯体は、ほとんどの剤形および投与経路に一般に有用であることがわかっている。包接および非包接どちらの錯体を使用してもよい。薬物との直接の錯体化に代わるものとして、シクロデキストリンを、補助添加剤、すなわち、担体、賦形剤、または可溶化剤として使用してもよい。こうした目的で最もよく使用されるのは、α−、β−、およびγ−シクロデキストリンであり、当技術分野で周知である。
【０１６６】
キットオブパーツ（Ｋｉｔ  ｏｆ  Ｐａｒｔｓ）
たとえば、特定の疾患または状態を治療する目的で、活性化合物の組合せを投与することが望ましい場合もあるので、その少なくとも１つが、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を含有する２種以上の医薬組成物を、組成物の共投与に適するキットの形で好都合に組み合わせてもよいことは、本発明の範囲内である。したがって、キットは、その少なくとも１つがＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬（たとえば、ＰＦ−０３０８４０１４などのＧＳＩ）または薬学的に許容できるその塩を含有する２種以上の別個の医薬組成物と、前記組成物を別々に保持する、容器、分割型ボトル、またはホイル分包などの手段とを含むことがある。このようなキットの一例は、錠剤、カプセル剤などの包装に使用される、よく知られているブリスターパックである。
【０１６７】
本発明のキットは、たとえば経口と非経口の異なる剤形を投与する、別個の組成物を異なる投与間隔で投与する、または別個の組成物を互いに対して漸増するのに特に適する。服薬遵守を支援するために、キットは、通常は投与についての説明書を含み、メモリーエイドを添えて提供する場合もある。
【０１６８】
キットは、記載する細胞傷害性コンジュゲートと、特定の細胞型を死滅させるために細胞傷害性コンジュゲートを使用することについての説明書を含む場合もある。説明書は、細胞傷害性コンジュゲートをｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏで使用することについての指示を含む場合がある。通常、キットは、細胞傷害性コンジュゲートを収容する区画を有する。細胞傷害性コンジュゲートは、凍結乾燥形態、液体形態、またはキットに含められるように修正可能な他の形態にすることができる。キットは、凍結乾燥粉末を復元するための滅菌溶液、患者に投与する前に細胞傷害性コンジュゲートと組み合わせるための追加薬剤、コンジュゲートを患者に投与する助けとなる道具などの、キットの説明書に記載の方法を実施するのに必要な追加要素を収容してもよい。
【０１６９】
併用療法
本明細書で使用するとき、用語「併用療法」とは、ＧＳＩまたは抗Ｎｏｔｃｈ  ｍＡｂ、その断片もしくはＡＤＣなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の、少なくとも１種の追加の治療薬（たとえば抗がん薬）と合わせた投与を指す。
【０１７０】
ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を少なくとも１種の追加の治療薬と組み合わせた投与を含む実施形態では、薬剤は、別々に、順次、同時に、並行して、または時間的に間隔を置いて、投与することができる。組合せ型投与には、（たとえば、組合せ型単位剤形、別個の単位剤形、キットオブパーツ、または混加物としての）別個の製剤または単一医薬製剤を使用する共投与、ならびに、両方（またはすべての）活性薬がその生物活性を同時に発揮する期間が存在することが好ましい、いずれかの順序での連続投与が含まれる。一実施形態では、追加の治療薬は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の投与より前に哺乳動物（たとえばヒト）に投与する。別の実施形態では、追加薬は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の投与後に哺乳動物に投与する。別の実施形態では、追加薬は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬の投与と同時に哺乳動物（たとえばヒト）に投与する。
【０１７１】
このような実施形態について、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬と追加の治療薬の量が全体として考えて、治療効果を生じるのに十分である。上記共投与薬のいずれかに適する投薬量は、現在使用されている投薬量であり、新たに特定された薬剤と他の化学療法薬または治療の組合せ作用（相乗作用）により少なくなることもある。
【０１７２】
一部の実施形態では、組合せの使用によって、付加的、付加的以上、または相乗的な抗がん効果が得られる。「相乗作用」および「相乗的」とは、２種以上の薬剤を一緒に使用したときに得られる効果が、化合物を別々に使用して生じる効果の合計より大きいことを意味する。相乗効果は、活性成分が、（１）組合せ型単位投薬量製剤として同時配合および投与され、または同時に送達されるとき、（２）別個の製剤として交互にまたは並行して送達されるとき、または（３）他のいくつかのレジメンによって、実現することができる。交代療法において送達する場合、相乗効果は、化合物を、たとえば別個の注射器での異なる注射によって順次投与または送達するとき、実現することができる。一般に、交代療法の際、各活性成分の有効投薬量は、順次、すなわち続けて投与されるのに対し、併用療法では、２種以上の活性成分の有効投薬量が一緒に投与される。
【０１７３】
一部の実施形態では、他の治療薬は、治療する特定の疾患の標準治療である、または治療する特定の疾患のサルベージレジメンの一端である薬剤となる。一部の実施形態では、少なくとも１種の追加の治療薬は、抗悪性腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害性薬物、細胞傷害性薬物、放射線療法で使用される薬剤、抗腫瘍薬、抗血管形成薬、抗アポトーシス薬、抗チューブリン薬、シグナル伝達阻害薬、および増殖抑制薬、またはこれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、少なくとも１種の追加の治療薬は、抗悪性腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害性薬物、細胞傷害性薬物、抗腫瘍薬、抗血管形成薬、シグナル伝達阻害薬、および増殖抑制薬、またはこれらの組合せからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、追加の治療薬は、タキサン、ヌクレオシド類似体、またはプラチンを含む。乳がん治療にとって特に重要である一部の実施形態では、ＧＳＩなどのＮｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬は、ドセタキセル、パクリタキセル、アブラキサン（ａｂｒａｘａｎｅ）、ゲムシタビン、カペシタビン、シスプラチン、カルボプラチン、トラスツズマブ、タモキシフェン、ビノレルビン、エキセメスタン、レトロゾール、アナストロゾール、およびパルボシクリブ（ｐａｌｂｏｃｉｃｌｉｂ）からなる群から選択される１種または複数の抗がん薬と組み合わせて投与する。
【０１７４】
抗がん薬および化学療法レジメンとしては、たとえば、たとえば抗ＣＤ５２抗体（たとえばアレムツズマブ）、抗ＨＥＲ−２抗体、抗ＣＤ２０抗体（たとえばリツキシマブ）、および抗ＣＤ４０抗体（たとえばＳＧＮ４０）を始めとする抗がん抗体；たとえば、ＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾン）、ＣＶＰ（シクロホスファミド、ビンクリスチン、およびプレドニゾン）、ＲＣＶＰ（リツキシマブ＋ＣＶＰ）、ＲＣＨＯＰ（リツキシマブ＋ＣＨＯＰ）、ＲＩＣＥ（リツキシマブ＋イホサミド（ｉｆｏｓａｍｉｄｅ）、カルボプラチン、エトポシド）、ＲＤＨＡＰ（リツキシマブ＋デキサメタゾン、シタラビン、シスプラチン）、ＲＥＳＨＡＰ（リツキシマブ＋エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン、シスプラチン）；ゲムシタビン；アスパラギナーゼを用いるまたは用いない、ビンクリスチン、プレドニゾン、およびアントラサイクリンでの併用治療；ダウノルビシン、ビンクリスチン、プレドニゾン、およびアスパラギナーゼでの併用治療；テニポシドとＡｒａ−Ｃ（シタラビン）での併用治療；メトトレキセートとロイコボリンでの併用治療；ブレオマイシン、ドキソルビシン、エトポシド、メクロレタミン、プレドニゾン、ビンブラスチン、およびビンクリスチンでの併用治療；低分子阻害薬；ならびに、たとえばボルテゾミブを始めとするプロテオソーム阻害薬を含めた、化学療法レジメンが挙げられる。
【０１７５】
本発明の一実施形態では、Ｎｏｔｃｈ経路阻害薬および本明細書に記載の医薬組成物と併せて使用される追加の治療薬は、抗血管形成薬（たとえば、腫瘍による新たな血管の展開を停止させる薬剤）である。抗血管形成薬の例としては、たとえば、ＶＥＧＦ阻害薬、ＶＥＧＦＲ阻害薬、ＴＩＥ−２阻害薬、ＰＤＧＦＲ阻害薬、アンギオポエチン阻害薬、ＰＫＣβ阻害薬、ＣＯＸ−２（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害薬、インテグリン（α−ｖ／β−３）、ＭＭＰ−２（マトリックスメタロプロテイナーゼ２）阻害薬、およびＭＭＰ−９（マトリックスメタロプロテイナーゼ９）阻害薬が挙げられる。好ましい抗血管形成薬としては、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（商標））、アキシチニブ（ＡＧ１３７３６）、ＳＵ１４８１３（Ｐｆｉｚｅｒ）、およびＡＧ１３９５８（Ｐｆｉｚｅｒ）が挙げられる。
【０１７６】
追加の抗血管形成薬としては、バタラニブ（ＣＧＰ７９７８７）、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（商標））、ペガプタニブオクタナトリウム（Ｍａｃｕｇｅｎ（商標））、バンデタニブ（Ｚａｃｔｉｍａ（商標））、ＰＦ−０３３７２１０（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＳＵ１４８４３（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＺＤ２１７１（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ラニビズマブ（Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（商標））、Ｎｅｏｖａｓｔａｔ（商標）（ＡＥ９４１）、テトラチオモリブデータ（ｔｅｔｒａｔｈｉｏｍｏｌｙｂｄａｔａ）（Ｃｏｐｒｅｘａ（商標））、ＡＭＧ７０６（Ａｍｇｅｎ）、ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ（ＡＶＥ０００５）、ＣＥＰ７０５５（Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ）、ＸＬ８８０（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）、テラチニブ（ｔｅｌａｔｉｎｉｂ）（ＢＡＹ５７−９３５２）、およびＣＰ−８６８，５９６（Ｐｆｉｚｅｒ）が挙げられる。
【０１７７】
他の抗血管形成薬として、エンザスタウリン（ＬＹ３１７６１５）、ミドスタウリン（ＣＧＰ４１２５１）、ペリホシン（ＫＲＸ０４０１）、テプレノン（Ｓｅｌｂｅｘ（商標））、およびＵＣＮ０１（協和発酵）が挙げられる。
【０１７８】
本発明の化合物および本明細書に記載の医薬組成物と併せて使用することのできる抗血管形成薬の他の例としては、セレコキシブ（Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（商標））、パレコキシブ（Ｄｙｎａｓｔａｔ（商標））、デラコキシブ（ＳＣ５９０４６）、ルミラコキシブ（Ｐｒｅｉｇｅ（商標））、バルデコキシブ（Ｂｅｘｔｒａ（商標））、ロフェコキシブ（Ｖｉｏｘｘ（商標））、イグラチモド（Ｃａｒｅｒａｍ（商標））、ＩＰ７５１（Ｉｎｖｅｄｕｓ）、ＳＣ−５８１２５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、およびエトリコキシブ（Ａｒｃｏｘｉａ（商標））が挙げられる。
【０１７９】
他の抗血管形成薬として、エキシスリンド（Ａｐｔｏｓｙｎ（商標））、サルサラート（Ａｍｉｇｅｓｉｃ（商標））、ジフルニサル（Ｄｏｌｏｂｉｄ（商標））、イブプロフェン（Ｍｏｔｒｉｎ（商標））、ケトプロフェン（Ｏｒｕｄｉｓ（商標））、ナブメトン（Ｒｅｌａｆｅｎ（商標））、ピロキシカム（Ｆｅｌｄｅｎｅ（商標））、ナプロキセン（Ａｌｅｖｅ（商標）、Ｎａｐｒｏｓｙｎ（商標））、ジクロフェナク（Ｖｏｌｔａｒｅｎ（商標））、インドメタシン（Ｉｎｄｏｃｉｎ（商標））、スリンダク（Ｃｌｉｎｏｒｉｌ（商標））、トルメチン（Ｔｏｌｅｃｔｉｎ（商標））、エトドラク（Ｌｏｄｉｎｅ（商標））、ケトロラク（Ｔｏｒａｄｏｌ（商標））、およびオキサプロジン（Ｄａｙｐｒｏ（商標））が挙げられる。
【０１８０】
他の抗血管形成薬として、ＡＢＴ５１０（Ａｂｂｏｔｔ）、アプラタスタット（ａｐｒａｔａｓｔａｔ）（ＴＭＩ００５）、ＡＺＤ８９５５（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、インサイクリニド（ｉｎｃｙｃｌｉｎｉｄｅ）（Ｍｅｔａｓｔａｔ（商標））、およびＰＣＫ３１４５（Ｐｒｏｃｙｏｎ）が挙げられる。
【０１８１】
他の抗血管形成薬として、アシトレチン（Ｎｅｏｔｉｇａｓｏｎ（商標））、プリチデプシン（ｐｌｉｔｉｄｅｐｓｉｎ）（ａｐｌｉｄｉｎｅ（商標））、シレングチド（ｃｉｌｅｎｇｔｉｄｅ）（ＥＭＤ１２１９７４）、コンブレタスタチンＡ４（ＣＡ４Ｐ）、フェンレチニド（４ＨＰＲ）、ハロフジノン（Ｔｅｍｐｏｓｔａｔｉｎ（商標））、Ｐａｎｚｅｍ（商標）（２−メトキシエストラジオール）、ＰＦ−０３４４６９６２（Ｐｆｉｚｅｒ）、レビマスタット（ｒｅｂｉｍａｓｔａｔ）（ＢＭＳ２７５２９１）、カツマキソマブ（Ｒｅｍｏｖａｂ（商標））、レナリドミド（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（商標））、スクアラミン（ＥＶＩＺＯＮ（商標））、サリドマイド（Ｔｈａｌｏｍｉｄ（商標））、ウクライン（商標）（ＮＳＣ６３１５７０）、Ｖｉｔａｘｉｎ（商標）（ＭＥＤＩ５２２）、およびゾレドロン酸（Ｚｏｍｅｔａ（商標））が挙げられる。
【０１８２】
別の実施形態では、抗がん薬は、（たとえば、細胞成長、分化、および生存という基本プロセスを統治する調節性分子が細胞内でコミュニケーションする手段を阻害する）いわゆるシグナル伝達阻害薬である。シグナル伝達阻害薬には、低分子、抗体、およびアンチセンス分子が挙げられる。シグナル伝達阻害薬には、たとえば、キナーゼ阻害薬（たとえば、チロシンキナーゼ阻害薬またはセリン／トレオニンキナーゼ阻害薬）および細胞周期阻害薬が含まれる。より詳細には、シグナル伝達阻害薬として、たとえば、ファルネシルタンパク質転移酵素阻害薬、ＥＧＦ阻害薬、ＥｒｂＢ−１（ＥＧＦＲ）、ＥｒｂＢ−２、ｐａｎ  ｅｒｂ、ＩＧＦ１Ｒ阻害薬、ＭＥＫ、ｃ−Ｋｉｔ阻害薬、ＦＬＴ−３阻害薬、Ｋ−Ｒａｓ阻害薬、ＰＩ３キナーゼ阻害薬、ＪＡＫ阻害薬、ＳＴＡＴ阻害薬、Ｒａｆキナーゼ阻害薬、Ａｋｔ阻害薬、ｍＴＯＲ阻害薬、ＣＤＫ阻害薬、Ｐ７０Ｓ６キナーゼ阻害薬、ＷＮＴ経路の阻害薬、およびいわゆる多標的キナーゼ阻害薬が挙げられる。
【０１８３】
好ましいシグナル伝達阻害薬としては、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（商標））、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（商標））、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、およびＰＤ３２５９０１（Ｐｆｉｚｅｒ）が挙げられる。
【０１８４】
本発明の化合物および本明細書に記載の医薬組成物と併せて使用することのできるシグナル伝達阻害薬の追加の例としては、ＢＭＳ２１４６６２（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ロナファーニブ（Ｓａｒａｓａｒ（商標））、ペリトレキソール（ｐｅｌｉｔｒｅｘｏｌ）（ＡＧ２０３７）、マツズマブ（ＥＭＤ７２００）、ニモツズマブ（ＴｈｅｒａＣＩＭ  ｈ−Ｒ３（商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（商標））、バンデタニブ（Ｚａｃｔｉｍａ（商標））、パゾパニブ（ＳＢ７８６０３４）、ＡＬＴ１１０（Ａｌｔｅｒｉｓ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＩＢＷ２９９２（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、およびＣｅｒｖｅｎｅ（商標）（ＴＰ３８）が挙げられる。
【０１８５】
シグナル伝達阻害薬の他の例としては、ＰＦ−２３４１０６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＦ−２９９８０４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＤ−０３３２９９１（Ｐｆｉｚｅｒ）、カネルチニブ（ＣＩ１０３３）、ペルツズマブ（Ｏｍｎｉｔａｒｇ（商標））、ラパチニブ（Ｔｙｃｅｒｂ（商標））、ペリチニブ（ＥＫＢ５６９）、ミルテホシン（Ｍｉｌｔｅｆｏｓｉｎ（商標））、ＢＭＳ５９９６２６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、Ｌａｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ（Ｎｅｕｖｅｎｇｅ（商標））、ＮｅｕＶａｘ（商標）（Ｅ７５がんワクチン）、Ｏｓｉｄｅｍ（商標）（ＩＤＭ１）、ムブリチニブ（ｍｕｂｒｉｔｉｎｉｂ）（ＴＡＫ−１６５）、ＣＰ−７２４，７１４（Ｐｆｉｚｅｒ）、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（商標））、ラパチニブ（Ｔｙｃｅｒｂ（商標））、ＰＦ−２９９８０４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ペリチニブ（ＥＫＢ５６９）、およびペルツズマブ（Ｏｍｎｉｔａｒｇ（商標））が挙げられる。シグナル伝達阻害薬の他の例として、ＡＲＲＹ１４２８８６（Ａｒｒａｙ  Ｂｉｏｐｈａｒｍ）、エベロリムス（Ｃｅｒｔｉｃａｎ（商標））、ゾタロリムス（Ｅｎｄｅａｖｏｒ（商標））、テムシロリムス（Ｔｏｒｉｓｅｌ（商標））、ＡＰ２３５７３（ＡＲＩＡＤ）、およびＶＸ６８０（Ｖｅｒｔｅｘ）が挙げられる。
【０１８６】
加えて、他のシグナル伝達阻害薬として、ＸＬ６４７（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（商標））、ＬＥ−ＡＯＮ（ジョージタウン大学）、およびＧＩ−４０００（Ｇｌｏｂｅｌｍｍｕｎｅ）が挙げられる。
【０１８７】
他のシグナル伝達阻害薬として、ＡＢＴ７５１（Ａｂｂｏｔｔ）、アルボシジブ（ａｌｖｏｃｉｄｉｂ）（フラボピリドール）、ＢＭＳ３８７０３２（Ｂｒｉｓｔｏｌ  Ｍｙｅｒｓ）、ＥＭ１４２１（Ｅｒｉｍｏｓ）、インジスラム（Ｅ７０７０）、セリシクリブ（ＣＹＣ２００）、ＢＩＯ１１２（Ｏｎｃ  Ｂｉｏ）、ＢＭＳ３８７０３２（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＰＤ０３３２９９１（Ｐｆｉｚｅｒ）、およびＡＧ０２４３２２（Ｐｆｉｚｅｒ）が挙げられる。
【０１８８】
本発明は、本発明の化合物を古典的抗悪性腫瘍薬と併せた使用を企図する。古典的抗悪性腫瘍薬としては、限定はしないが、ホルモン薬（ｈｏｒｍｏｎａｌ）、抗ホルモン薬、アンドロゲン作動薬、アンドロゲン拮抗薬、および抗エストロゲン治療薬などのホルモン調節薬、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）阻害薬、遺伝子サイレンシング薬または遺伝子活性化薬、リボヌクレアーゼ、プロテオソーム薬（ｐｒｏｔｅｏｓｏｍｉｃ）、トポイソメラーゼＩ阻害薬、カンプトテシン誘導体、トポイソメラーゼＩＩ阻害薬、アルキル化薬、代謝拮抗薬、ポリ（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ１（ＰＡＲＰ−１）阻害薬、ミクロチューブリン阻害薬、抗生物質、植物由来の紡錘体阻害薬、白金配位化合物、遺伝子治療薬、アンチセンスオリゴヌクレオチド、血管標的化薬（ＶＴＡ）、およびスタチンが挙げられる。
【０１８９】
本発明の化合物、場合に応じて１種または複数の他の薬剤との併用療法において使用される古典的抗悪性腫瘍薬の例としては、限定はしないが、デキサメタゾン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、ヒドロコルチゾンなどの糖質コルチコイド、およびメドロキシプロゲステロンなどのプロゲスチン、酢酸メゲストロール（Ｍｅｇａｃｅ）、ミフェプリストン（ＲＵ−４８６）、選択的エストロゲン受容体調節薬（ＳＥＲＭ；タモキシフェン、ラロキシフェン、ラソフォキシフェン、アフィモキシフェン（ａｆｉｍｏｘｉｆｅｎｅ）、アルゾキシフェン、バゼドキシフェン、フィスペミフェン（ｆｉｓｐｅｍｉｆｅｎｅ）、オルメロキシフェン（ｏｒｍｅｌｏｘｉｆｅｎｅ）、オスペミフェン、テスミリフェン（ｔｅｓｍｉｌｉｆｅｎｅ）、トレミフェン、トリロスタン、およびＣＨＦ４２２７（Ｃｈｅｉｓｉ）など）、選択的エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＳＥＲＤ、フルベストラントなど）、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ）、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ）、アタメスタン、ファドロゾール、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ）、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ；一般に黄体形成ホルモン放出ホルモン［ＬＨＲＨ］とも呼ばれる）作動薬、たとえば、ブセレリン（Ｓｕｐｒｅｆａｃｔ）、ゴセレリン（Ｚｏｌａｄｅｘ）、リュープロレリン（Ｌｕｐｒｏｎ）、およびトリプトレリン（Ｔｒｅｌｓｔａｒ）、アバレリックス（Ｐｌｅｎａｘｉｓ）、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ）、シプロテロン、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ）、メゲストロール、ニルタミド（Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ）、およびオサテロン、デュタステリド、エプリステリド、フィナステリド、ノコギリヤシ、ＰＨＬ００８０１、アバレリックス、ゴセレリン、リュープロレリン、トリプトレリン、ビカルタミド、タモキシフェン、エキセメスタン、アナストロゾール、ファドロゾール、ホルメスタン、レトロゾール、ならびにこれらの組合せが挙げられる。
【０１９０】
本発明の化合物と組み合わせて使用される古典的抗悪性腫瘍薬の他の例として、限定はしないが、スベロールアニリド（ｓｕｂｅｒｏｌａｎｉｌｉｄｅ）ヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ、Ｍｅｒｃｋ  Ｉｎｃ．／Ａｔｏｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、デプシペプチド（ＦＲ９０１２２８またはＦＫ２２８）、Ｇ２Ｍ−７７７、ＭＳ−２７５、酪酸ピバロイルオキシメチル、およびＰＸＤ−１０１；Ｏｎｃｏｎａｓｅ（ランピルナーゼ）、ＰＳ−３４１（ＭＬＮ−３４１）、Ｖｅｌｃａｄｅ（ボルテゾミブ）、９−アミノカンプトテシン、ベロテカン（ｂｅｌｏｔｅｃａｎ）、ＢＮ−８０９１５（Ｒｏｃｈｅ）、カンプトテシン、ジフロモテカン（ｄｉｆｌｏｍｏｔｅｃａｎ）、エドテカリン、エキサテカン（Ｄａｉｉｃｈｉ）、ギマテカン、１０−ヒドロキシカンプトテシン、イリノテカンＨＣｌ（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ）、ルルトテカン（ｌｕｒｔｏｔｅｃａｎ）、Ｏｒａｔｈｅｃｉｎ（ルビテカン、Ｓｕｐｅｒｇｅｎ）、ＳＮ−３８、トポテカン、カンプトテシン、１０−ヒドロキシカンプトテシン、９−アミノカンプトテシン、イリノテカン、ＳＮ−３８、エドテカリン、トポテカン、アクラルビシン、アドリアマイシン、アモナフィド（ａｍｏｎａｆｉｄｅ）、アムルビシン、アンナマイシン（ａｎｎａｍｙｃｉｎ）、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エルサミトルシン（ｅｌｓａｍｉｔｒｕｃｉｎ）、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、ガラルビシン（ｇａｌａｒｕｂｉｃｉｎ）、ヒドロキシカルバミド、ネモルビシン（ｎｅｍｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ノバントロン（ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ）（ミトキサントロン）、ピラルビシン、ピクサントロン、プロカルバジン、レベッカマイシン、ソブゾキサン、タフルポシド（ｔａｆｌｕｐｏｓｉｄｅ）、バルルビシン、Ｚｉｎｅｃａｒｄ（デクスラゾキサン）、ナイトロジェンマスタードＮ−オキシド、シクロホスファミド、ＡＭＤ−４７３、アルトレタミン、ＡＰ−５２８０、アパジコン、ブロスタリシン（ｂｒｏｓｔａｌｌｉｃｉｎ）、ベンダムスチン、ブスルファン、カルボコン、カルムスチン、クロラムブシル、ダカルバジン、エストラムスチン、ホテムスチン、グルホスフアミド（ｇｌｕｆｏｓｆａｍｉｄｅ）、イホスファミド、ＫＷ−２１７０、ロムスチン、マホスファミド、メクロレタミン、メルファラン、ミトブロニトール、ミトラクトール、マイトマイシンＣ、ミトキサトロン（ｍｉｔｏｘａｔｒｏｎｅ）、ニムスチン、ラニムスチン、テモゾロミド、チオテパ、および白金配位アルキル化化合物、たとえば、シスプラチン、Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（カルボプラチン）、エプタプラチン（ｅｐｔａｐｌａｔｉｎ）、ロバプラチン、ネダプラチン、Ｅｌｏｘａｔｉｎ（オキサリプラチン、Ｓａｎｏｆｉ）、ストレプトゾシン、サトルプラチン（ｓａｔｒｐｌａｔｉｎ）、ならびにこれらの組合せが挙げられる。
【０１９１】
本発明は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路阻害薬を、ジヒドロ葉酸還元酵素阻害薬（メトトレキセートやＮｅｕＴｒｅｘｉｎ（グルクロン酸トリメトレセート（ｔｒｉｍｅｔｒｅｓａｔｅ  ｇｌｕｃｕｒｏｎａｔｅ））など）、プリン拮抗薬（６−メルカプトプリンリボシド、メルカプトプリン、６−チオグアニン、クラドリビン、クロファラビン（Ｃｌｏｌａｒ）、フルダラビン、ネララビン、およびラルチトレキセド）、ピリミジン拮抗薬（５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、Ａｌｉｍｔａ（プレメトレキセド二ナトリウム、ＬＹ２３１５１４、ＭＴＡ）、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（商標））、シトシンアラビノシド、Ｇｅｍｚａｒ（商標）（ゲムシタビン、Ｅｌｉ  Ｌｉｌｌｙ）、テガフール（ＵＦＴ  ＯｒｚｅｌまたはＵｆｏｒａｌ、テガフール、ギメスタット（ｇｉｍｅｓｔａｔ）、およびオトスタット（ｏｔｏｓｔａｔ）からなるＴＳ−１合剤を含める）、ドキシフルリジン、カルモフール、シタラビン（オクホスフ酸（ｏｃｆｏｓｆａｔｅ）、リン酸ステアリン酸、持続放出、およびリポソーム形態を含める）、エノシタビン、５−アザシチジン（Ｖｉｄａｚａ）、デシタビン、およびエチニルシチジンなど）、および他の代謝拮抗薬、たとえば、エフロルニチン、ヒドロキシ尿素、ロイコボリン、ノラトレキセド（ｎｏｌａｔｒｅｘｅｄ）（Ｔｈｙｍｉｔａｑ）、トリアピン（ｔｒｉａｐｉｎｅ）、トリメトレキセート、Ｎ−（５−［Ｎ−（３，４−ジヒドロ−２−メチル−４−オキソキナゾリン−６−イルメチル）−Ｎ−メチルアミノ］−２−テノイル）−Ｌ−グルタミン酸、ＡＧ−０１４６９９（Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）、ＡＢＴ−４７２（Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ＩＮＯ−１００１（Ｉｎｏｔｅｋ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＫＵ−０６８７（ＫｕＤＯＳ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＧＰＩ１８１８０（Ｇｕｉｌｆｏｒｄ  Ｐｈａｒｍ  Ｉｎｃ）、ならびにこれらの組合せと組み合わせた使用も企図する。
【０１９２】
併用療法において使用する古典的抗悪性腫瘍性細胞傷害性薬物の他の例として、限定はしないが、Ａｂｒａｘａｎｅ（Ａｂｒａｘｉｓ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ，Ｉｎｃ．）、Ｂａｔａｂｕｌｉｎ（Ａｍｇｅｎ）、ＥＰＯ９０６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ビンフルニン（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｃｏｍｐａｎｙ）、アクチノマイシンＤ、ブレオマイシン、マイトマイシンＣ、ネオカルチノスタチン（ジノスタチン）、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ）、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ）、Ｏｒｔａｔａｘｅｌ、パクリタキセル（ＤＨＡ／パクリタキセルコンジュゲートであるＴａｘｏｐｒｅｘｉｎを含める）、シスプラチン、カルボプラチン、ネダプラチン、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ）、サトラプラチン、Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ）、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ）、Ｔａｘｏｔｅｒｅ  アリトレチノイン、カンホスファミド（Ｃａｎｆｏｓｆａｍｉｄｅ）（Ｔｅｌｃｙｔａ（商標））、ＤＭＸＡＡ（Ａｎｔｉｓｏｍａ）、イバンドロン酸、Ｌ−アスパラギナーゼ、ペグアスパラガーゼ（Ｏｎｃａｓｐａｒ（商標））、エファプロキシラル（Ｅｆａｐｒｏｘｙｎ（商標）−放射線療法））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（商標））、テスミリフェン（Ｔｅｓｍｉｌｉｆｅｎｅ）（ＤＰＰＥ−細胞傷害性薬物の効果を増強する））、Ｔｈｅｒａｔｏｐｅ（商標）（Ｂｉｏｍｉｒａ）、トレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（商標））、チラパザミン（Ｔｒｉｚａｏｎｅ（商標））、モテクサフィンガドリニウム（Ｘｃｙｔｒｉｎ（商標））  Ｃｏｔａｒａ（商標）（ｍＡｂ）、およびＮＢＩ−３００１（Ｐｒｏｔｏｘ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ポリグルタメート−パクリタキセル（Ｘｙｏｔａｘ（商標））、ならびにこれらの組合せが挙げられる。
【０１９３】
併用療法において使用する古典的抗悪性腫瘍薬のさらなる例として、限定はしないが、Ａｄｖｅｘｉｎ（ＩＮＧ２０１）、ＴＮＦｅｒａｄｅ（ＧｅｎｅＶｅｃ、放射線療法に反応してＴＮＦαを発現させる化合物）、ＲＢ９４（ベイラー医科大学）、Ｇｅｎａｓｅｎｓｅ（オブリメルセン、Ｇｅｎｔａ）、コンブレタスタチンＡ４Ｐ（ＣＡ４Ｐ）、Ｏｘｉ−４５０３、ＡＶＥ−８０６２、ＺＤ−６１２６、ＴＺＴ−１０２７、アトルバスタチン（Ｌｉｐｉｔｏｒ、Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）、プロバスタチン（Ｐｒｏｖａｓｔａｔｉｎ）（Ｐｒａｖａｃｈｏｌ、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ロバスタチン（Ｍｅｖａｃｏｒ、Ｍｅｒｃｋ  Ｉｎｃ．）、シンバスタチン（Ｚｏｃｏｒ、Ｍｅｒｃｋ  Ｉｎｃ．）、フルバスタチン（Ｌｅｓｃｏｌ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、セリバスタチン（Ｂａｙｃｏｌ、Ｂａｙｅｒ）、ロスバスタチン（Ｃｒｅｓｔｏｒ、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ロボスタチン（Ｌｏｖｏｓｔａｔｉｎ）、ナイアシン（Ａｄｖｉｃｏｒ、Ｋｏｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、Ｃａｄｕｅｔ、Ｌｉｐｉｔｏｒ、トルセトラピブ、およびこれらの組合せが挙げられる。
【０１９４】
特定の抗がん薬の追加の例として、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）またはカペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ）、ロイコボリン、およびオキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ）の組合せであるＦＯＬＦＯＸなどの、アジュバント化学療法において通常使用される抗がん薬が挙げられる。特定の抗がん薬のさらなる例として、ＦＯＬＦＯＸまたはベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ）との組合せのＦＯＬＦＯＸ、ならびに５−ＦＵまたはカペシタビン、ロイコボリン、およびイリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ）の組合せであるＦＯＬＦＩＲＩなどの、転移性疾患の化学療法において通常使用される抗がん薬が挙げられる。さらなる例として、１７−ＤＭＡＧ、ＡＢＸ−ＥＦＲ、ＡＭＧ−７０６、ＡＭＴ−２００３、ＡＮＸ−５１０（ＣｏＦａｃｔｏｒ）、アプリジン（プリチデプシン（ｐｌｉｔｉｄｅｐｓｉｎ）、Ａｐｌｉｄｉｎ）、Ａｒｏｐｌａｔｉｎ、アキシチニブ（ＡＧ−１３７３６）、ＡＺＤ−０５３０、ＡＺＤ−２１７１、カルメット−ゲラン杆菌（ＢＣＧ）、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ）、ＢＩＯ−１１７、ＢＩＯ−１４５、ＢＭＳ−１８４４７６、ＢＭＳ−２７５１８３、ＢＭＳ−５２８６６４、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ）、Ｃ−１３１１（Ｓｙｍａｄｅｘ）、カンツズマブメルタンシン、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ）、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）、クロファラビン（Ｃｌｏｆａｒｅｘ）、ＣＭＤ−１９３、コンブレタスタチン、Ｃｏｔａｒａ、ＣＴ−２１０６、ＣＶ−２４７、デシタビン（Ｄａｃｏｇｅｎ）、Ｅ−７０７０、Ｅ−７８２０、エドテカリン、ＥＭＤ−２７３０６６、エンザスタウリン（ＬＹ−３１７６１５）  エポチロンＢ（ＥＰＯ−９０６）、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ）、フラボピリドール（ｆｌａｖｏｐｙｒｉｄｏｌ）、ＧＣＡＮ−１０１、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ）、ｈｕＡ３３、ｈｕＣ２４２−ＤＭ４、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ）、インジスラム、ＩＮＧ−１、イリノテカン（ＣＰＴ−１１、Ｃａｍｐｔｏｓａｒ）  ＩＳＩＳ２５０３、イクサベピロン、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）、マパツムマブ（ＨＧＳ−ＥＴＲ１）、ＭＢＴ−０２０６、ＭＥＤＩ−５２２（Ａｂｒｅｇｒｉｎ）、マイトマイシン、ＭＫ−０４５７（ＶＸ−６８０）、ＭＬＮ−８０５４、ＮＢ−１０１１、ＮＧＲ−ＴＮＦ、ＮＶ−１０２０、オブリメルセン（Ｇｅｎａｓｅｎｓｅ、Ｇ３１３９）、ＯｎｃｏＶｅｘ、ＯＮＹＸ０１５（ＣＩ−１０４２）、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ）、パニツムマブ（ＡＢＸ−ＥＧＦ、Ｖｅｃｔｉｂｉｘ）、ペリチニブ（ＥＫＢ−５６９）、ペメトレキセド（Ａｌｉｍｔａ）、ＰＤ−３２５９０１、ＰＦ−０３３７２１０、ＰＦ−２３４１０６６、ＲＡＤ−００１（エベロリムス）、ＲＡＶ−１２、リスベラトロール、Ｒｅｘｉｎ−Ｇ、Ｓ−１（ＴＳ−１）、セリシクリブ、ＳＮ−３８リポソーム、スチボグルコン酸ナトリウム（ＳＳＧ）、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ）、ＳＵ−１４８１３、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ）、テムシロリムス（ＣＣＩ７７９）、テトラチオモリブデート、タロミド（ｔｈａｌｏｍｉｄｅ）、ＴＬＫ−２８６（Ｔｅｌｃｙｔａ）、トポテカン（Ｈｙｃａｍｔｉｎ）、トラベクテジン（Ｙｏｎｄｅｌｉｓ）、バタラニブ��ＰＴＫ−７８７）、ボリノスタット（ＳＡＨＡ、Ｚｏｌｉｎｚａ）、ＷＸ−ＵＫ１、およびＺＹＣ３００が挙げられる。
【０１９５】
追加の抗がん薬として、アキシチニブ（ＡＧ１３７３６）、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ）、インターフェロンα、インターロイキン２、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ）、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ）、サリドマイド、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）、バタラニブ（ＰＴＫ−７８７）、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（商標））、ＡＧ−１３７３６、ＳＵ−１１２４８、Ｔａｒｃｅｖａ、Ｉｒｅｓｓａ、ラパチニブ、およびＧｌｅｅｖｅｃが挙げられ、活性薬の量は、組合せ抗がん薬の量と合わせて、腎細胞癌の治療において有効である。
【０１９６】
結果
潜在的な患者選別バイオマーカーを特定するために、Ｎｏｔｃｈ受容体が関与する突然変異および変化について、ＴＣＧＡ乳がんデータベースで情報収集した（Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎ．、Ｎａｔｕｒｅ（２０１２）４９０（７４１８）：６１〜７０を参照されたい）。いくつかの突然変異は、標準ＴＣＧＡ情報ルートによって報告され、または各受容体において内部で発見されている。完全遺伝子発現、コピー数、および突然変異データで分析した９５６の腫瘍サンプルのうち、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、またはＮＯＴＣＨ３における突然変異が４２例存在し、そのうち２５例は、ＨＤドメインに密集しており、またはＰＥＳＴドメインの崩壊につながる（表１〜３）。ＰＥＳＴドメイン突然変異の大半は、ナンセンス突然変異またはフレームシフトインデルであり、したがって、正常タンパク質配列がトランケートされることが予測された。他方、ＨＤ突然変異は、高度に保存されたアミノ酸残基で起こっていた（Ｍａｌｅｃｋｉ  ＭＪら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．（２００６）２６（１２）４６４２：５１を参照されたい）。同様の突然変異は、Ｔ−ＡＬＬにおけるＮＯＴＣＨ１に存在し、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達を活性化する（Ｗｅｎｇ  ＡＰら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００４）３０６（５６９４）：２６９〜７１を参照されたい）。このコホートにおける突然変異は繰り返されていなかったが、他のいくつかの突然変異は、確認されている、Ｎｏｔｃｈが動力となる他のがん、ならびに経路活性化型のＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメイン突然変異を特徴とする遺伝性障害であるＨａｄｊｕ−Ｃｈｅｎｅｙ症候群（ＨＣＳ）と同じアミノ酸位でタンパク質を崩壊させた。
【０１９７】
より複雑な構造変異体は、標準ＴＣＧＡ情報ルートによって提供されていない。したがって、予めアライメントされたＲＮＡ−ｓｅｑデータをＴＣＧＡ乳がん研究室から入手し、限局的な転写物新規構築手法に基づく、まとめてＴｏｐＮｏｔｃｈと呼ぶ、１セットの社内アルゴリズムを適用した。この分析によって、Ｎｏｔｃｈ経路を活性化することが予測された５種の腫瘍において６通りの追加の候補変化が特定された。４通りの変化が、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、またはＮＯＴＣＨ３におけるＰＥＳＴドメインを崩壊させた（表１〜３、図１）。
【０１９８】
表１〜３に、ＴＣＧＡ浸潤乳癌コホートにおいて特定された、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２およびＮＯＴＣＨ３体性突然変異ならびにＨＤおよびＰＥＳＴドメインにおける変化を示す。複合変化については、アミノ酸（ＡＡ）変化に続いて括弧内にゲノム変化を示す（詳細は、表４で見ることができる）。Ｈｅｓ４／Ｈｅｙ２上方調節は、どちらかの遺伝子が、コホートの発現中央値の２倍以上発現されるとき、「有り」と定める。Ｒｅｃ  ｅｘｐパーセント、受容体発現百分位数；ＢＣ、乳がん；Ｔ−ＡＬＬ、Ｔ細胞急性リンパ球性白血病；ＭＣＬ、マントル細胞リンパ腫；ＳＭＺＬ、脾臓周辺帯リンパ腫；ＤＬＢＣＬ、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫；ＨＣＳ、Ｈａｊｄｕ−Ｃｈｅｎｅｙ症候群；ｆｓ、フレームシフト；ＩＦ、インフレーム；ｂｐ  ｄｅｌ、塩基対欠失；ｂｐ  ｉｎｓ、塩基対挿入；ｃｈｒ、染色体。
【０１９９】
【表１】
2015120689.tif 000004
【０２００】
【表２】
2015120689.tif 000005
【０２０１】
【表３】
2015120689.tif 000006
【０２０２】
【表４】
2015120689.tif 000007
【０２０３】
表４におけるＴＣＧＡ−ＥＷ−Ａ１ＰＨについて、ＴＣＧＡから、２種の変異体体細胞：２４３８＿２４３９ｉｎｓＧのＩＦ挿入およびＡ２４４１ｆｓのＦＳ  ｉｎｓがこの領域に挙げられていた。この腫瘍について、全エクソームシークエンシングデータが入手可能でなかったため、ＴＣＧＡ細胞から、挿入された実際の配列を確認することは不可能であった。
【０２０４】
分子機序に関しては、３種の腫瘍が大きな欠失を内蔵し、１種の腫瘍が転座を内蔵していたが、これらはすべて、全ＰＥＳＴドメインを削除することが予測された。ある１種の腫瘍は、ＰＥＳＴドメインを崩壊させる大きな欠失と、（ＮＩＣＤ３をコードする）ＮＯＴＣＨ３のエクソン２６〜３３が、非カノニカルなＢＲＤ４転写物（アンサンブル転写物ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００３６００１６）のエクソン１の下流と融合した、ＢＲＤ４遺伝子との融合の両方を有していた。融合物は、全ＮＯＴＣＨ３  ＥＣＤを欠き、無傷のＧＳ部位を有するインフレームＮＩＣＤ３を生じることが予測された。さらに、ＮＲＲおよびＨＤドメインを削除する、ＮＯＴＣＨ１におけるエクソン２１〜２７の欠失を有する腫瘍が特定された。
【０２０５】
この分析から特定されたＰＥＳＴドメイン区切り点を、対応正常サンプルを含めて、同じ患者からの全エクソームシークエンシング（ＷＸＳ）データにおいてさらに検証して、その体性状態を確認した（図４および図５）。この分析によって、ＴＣＧＡ乳がんデータセット、すなわち、ＴＣＧＡ−Ａ２−Ａ０Ｔ０、ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０８Ｘ、およびＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０Ｊ６において特定された３通りのＰＥＳＴドメイン変化についての証拠が得られた。各場合において、ＲＮＡ−ｓｅｑリードのリアライメントを、予測ｃＤＮＡ区切り点に隣接する４５ｂｐの野生型配列または（ＲＮＡ−ｓｅｑデータから新規構築した）変異体配列のどちらかに対して実施した。区切り点は、すべてコード領域（すなわち、ＮＯＴＣＨ１またはＮＯＴＣＨ２のエクソン３４）内にあると予測されたので、各患者の腫瘍および対応正常サンプルからのＷＸＳデータも調べた。ＷＸＳリードを、予測区切り点に隣接する９５ｂｐの野生型配列または変異体配列どちらかに対してリアライメントした。結果は、腫瘍からのＲＮＡ−ｓｅｑとＷＸＳデータの両方において、すべての区切り点が十分に裏付けられたが、対応正常データには存在しなかったことを示した。ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０８ＸからのＷＸＳデータは、区切り点領域付近のカバー範囲が浅かった。こうした患者の対応正常サンプルからのＲＮＡ−ｓｅｑデータは、ＴＣＧＡから入手可能でなかった。ＲＮＡ−ｓｅｑデータのリード長さが５０ｂｐであり、ＷＸＳデータについては１００ｂｐであるために、４５ｂｐおよび９５ｂｐの隣接配列を、それぞれＲＮＡ−ｓｅｑデータおよびＷＸＳデータに使用した。
【０２０６】
ＴＣＧＡ乳がんデータセットからのＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、およびＮＯＴＣＨ３において、ＴｏｐＮｏｔｃｈによって複合変化を特定した。各ＴＣＧＡ腫瘍について、正規転写物ならびに変異体転写物の（参考ヒトゲノムに対する）アライメントを、転写物新規構築手法を使用して特定した。変異体転写物についての構造再配列事象としては、ＴＣＧＡ−ＢＨ−Ａ１ＦＣ（ＴＮＢＣ）におけるＮＯＴＣＨ１エクソン２１〜２７の欠失、ＴＣＧＡ−Ａ２−Ａ０Ｔ０（ＴＮＢＣ）のＮＯＴＣＨ１エクソン３４における１６８ｂｐの欠失、ＴＣＧＡ−Ａ８−Ａ０８Ｘ（ＥＲ−／ＨＥＲ２＋乳がん）におけるＮＯＴＣＨ１エクソン３４が関与する染色体間転座、ＴＣＧＡ−ＡＯ−Ａ０Ｊ６（ＴＮＢＣ）のＮＯＴＣＨ２エクソン３４における６２ｂｐの欠失、および最後に、ＢＲＤ４のエクソン１とＮＯＴＣＨ３のエクソン２６の融合に加えて、ＮＯＴＣＨ３エクソン３３における１３２６ｂｐの欠失を含む、ＴＣＧＡ−ＡＮ−Ａ０ＡＲ（ＴＮＢＣ）における２つの事象が挙げられる。
【０２０７】
ＴＣＧＡ−ＢＨ−Ａ１ＦＣにおけるＮＯＴＣＨ１内欠失の証拠は、ＥｘｏｎＦｕｓｉｏｎＦｉｎｄｅｒによって、ＲＮＡ−ｓｅｑデータ、および事象が体性であったことを確定する対応正常サンプルの該当するデータを使用して、腫瘍においてＮＯＴＣＨ１転写物におけるエクソン２０と２８の連結を突き止めることにより得られた。腫瘍サンプルからのＲＮＡ−ｓｅｑリードを、予測ｃＤＮＡ区切り点に隣接する４５ｂｐの野生型配列または（ＲＮＡ−ｓｅｑデータから新規構築した）変異体配列のどちらかとリアライメントした。結果は、野生型および変異体両方の転写物が、いずれかの方向で十分に裏付けられたことを示した。ＮＯＴＣＨ１についてのエクソン毎のコピー数比率は、この患者からの腫瘍および対応正常サンプル両方について入手可能な全エクソームシークエンシング（ＷＸＳ）データから導いた。ＷＸＳカバー範囲が非常に不均一であったため、データはノイズが多かったが、エクソン２１〜２７の周囲で１つのコピー喪失が生じていたようであり、転写物レベルでの選択的スプライシング事象ではなくゲノム欠失事象が立証された。正確なゲノム区切り点はイントロンにある可能性が高く、したがってＲＮＡ−ｓｅｑデータおよびＷＸＳデータから決定することはできない。得られるタンパク質は、Ｓ１およびＳ２切断部位を欠損しているがＳ３部位は無傷であることが予想されたため、ＧＳＩに対して感受性でありうる。
【０２０８】
ＴＣＧＡ−ＡＮ−Ａ０ＡＲにおけるＢＲＤ４−ＮＯＴＣＨ３融合およびＰＥＳＴドメイン欠失の証拠は、ＢＲＤ４とＮＯＴＣＨ３のエクソン間のエクソン融合マップによって得られた。正規のスプライシング事象は、近接したエクソンにまたがるＲＮＡ−ｓｅｑリードによって立証され、融合は、ＢＲＤ４転写物アイソフォームＥＮＳＴ０００００３６００１６のエクソン１とＮＯＴＣＨ３のエクソン２６にまたがるＲＮＡ−ｓｅｑリードによって実証された。ＮＯＴＣＨ３のエクソン３３において特定された新規の区切り点、または区切り点の位置にある野生型配列のどちらかを立証するＲＮＡ−ｓｅｑリードを、予測ｃＤＮＡ区切り点に隣接する４５ｂｐの野生型配列または（ＲＮＡ−ｓｅｑデータから新規構築した）変異体配列のどちらかとリアライメントすることによりカウントした。正確な融合区切り点は、イントロンにあると思われ、したがってＲＮＡ−ｓｅｑデータおよびＷＸＳデータから決定することはできない。５’融合は、Ｓ１およびＳ２切断部位の間にある、正規Ｎｏｔｃｈ３の残基Ｍ１５８３において翻訳開始コドンを利用して、Ｓ３  ＧＳ切断部位を無傷にしたままインフレームタンパク質を生成することが予想された。ＮＯＴＣＨ３エクソン３３における１３２６ｂｐの欠失は、ＰＥＳＴドメインを残基Ｐ２６０７でトランケートすることが予想される。
【０２０９】
Ｎｏｔｃｈ受容体の増幅についての体性コピー数変化（ＳＣＮＡ）データも分析し、ＮＯＴＣＨ２またはＮＯＴＣＨ３の限局的増幅を伴ういくつかの腫瘍が見出された。限局的増幅は、多くの場合、受容体の過剰発現につながっていた。特に、十分に確立されている他の発がんドライバーにおいて観察される突然変異パターンと同様に、３７％のＮｏｔｃｈ突然変異が、その座位における３を超えるコピー数増加と共に起こっていた（表１〜３）。さらに、コピー数増加と一致した突然変異の１つを除くすべてを含む、６７％の突然変異が、Ｎｏｔｃｈ受容体の非常に高い発現（第９３百分位数以上）を示した。この突然変異および発現パターンは、ＮＯＴＣＨ３で最も著しく、７種のうち４種の突然変異腫瘍サンプルがコピー数増加を示し、このうち２種は限局的であり、すべてが、第９７または第９９百分位数のＮＯＴＣＨ３発現を有する。ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、およびＮＯＴＣＨ３とは対照的に、ＮＯＴＣＨ４では、説得力のある突然変異または増幅は見出されなかった。要約すれば、ＴＣＧＡコホートにおいて、ＮＯＴＣＨ１〜３のホットスポットドメイン（ＥＣＤ／ＨＤまたはＰＥＳＴ）における体性突然変異、または受容体発現の増大を相伴うＮＯＴＣＨ２またはＮＯＴＣＨ３の限局的体性増幅を有する（まとめて以下では「Ｎｏｔｃｈ変化のある」と呼ぶ）４３種の乳がんが特定された。
【０２１０】
分析によって、Ｎｏｔｃｈ受容体における広域スペクトルの潜在的に活性化型の遺伝子変化が乳がんにおいて存在し、ほとんどの場合、ＰＥＳＴドメインが関与することが示された。こうした潜在的に活性化型のＮｏｔｃｈ変化が乳がんサブタイプと関連付けられるかどうかを判定するために、Ｎｏｔｃｈ、ＥＳＲ１、ＰＧＲ、およびＥＲＢＢ２状態についてＴＣＧＡデータを分析した。分析した９５６種の腫瘍サンプルのうち、１３０（または１３．６％）がＴＮＢＣであると判定された。著しいことに、Ｎｏｔｃｈ変化のある４３種のＢＣのうち２１種はＴＮＢＣである（３．６倍の集中度（ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）、Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によりｐ＝６．８９Ｅ−６、表１〜３および図３）。ＴＮＢＣにおけるこの激しい集中度と、まだ対処されていない高い医学的必要性から、本発明者らは、後続の分析をこのサブタイプに集中させることにした。
【０２１１】
Ｎｏｔｃｈ変化の結果としてＮｏｔｃｈ経路活性が増大するかどうかを判定するために、Ｎｏｔｃｈ変化のあるＴＮ腫瘍において、Ｎｏｔｃｈ経路遺伝子発現をＮｏｔｃｈ野生型ＴＮ腫瘍と比較した（図２）。図２に、変化のない種の５０種のＴＮ腫瘍と比較した、Ｎｏｔｃｈ変化のある２１種のＴＮ腫瘍におけるＮｏｔｃｈ経路遺伝子の発現ヒートマップを示す。スケール化していない（ｕｎ−ｓｃａｌｅｄ）発現をヒートマップの右側に示しており、円は、発現中央値を表し、線は、発現の範囲を表す。点線は、バックグラウンド発現レベルを表す。全体として、ＮＯＴＣＨ３、ＨＥＳ１、ＨＥＹ２、ＭＹＣ、ＣＣＮＤ１、ＨＥＳ４、ＮＲＡＲＰ、およびＮＯＴＣＨ１を含めたＮｏｔｃｈ経路および標的遺伝子のサブセットは、Ｎｏｔｃｈ変化のある腫瘍において有意な過剰発現を示し（誤発見率＜０．０５）、すべての遺伝子を照会したとき、Ｎｏｔｃｈ変化のあるＴＮＢＣ中で最も上方調節された上位４％の遺伝子の中にあった。Ｎｏｔｃｈ変化のある乳房腫瘍におけるＮｏｔｃｈ経路標的遺伝子ＭＹＣおよびＣＣＮＤ１の激しい上方調節から、Ｎｏｔｃｈ活性化が発がん性表現型をもたらしうる機序、ならびにこうした古典的な乳がん遺伝子がこの乳房腫瘍サブセットにおいてどのように上方調節されるのかの見通しを得ることができる（Ａｒｎｏｌｄ  Ａら、Ｊ  ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ（２００５）２３（１８）：４２１５〜２４；Ｅｆｓｔｒａｔｉａｄｉｓ  Ａら、Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ（２００７）６（４）：４１８〜２９を参照されたい）。加えて、ＮＯＴＣＨ１突然変異Ｔ−ＡＬＬにおいてＧＳＩに対する抵抗性を付与することが示されている（Ｏ’Ｎｅｉｌ  Ｊら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ（２００７）２０４（８）：１８１３〜２４；Ｐａｌｏｍｅｒｏ  Ｔら、Ｎａｔ  Ｍｅｄ（２００７）１３（１０）：１２０３〜１０を参照されたい）、ＰＴＥＮまたはＦＢＸＷ７の突然変異は、このデータセットでは、Ｎｏｔｃｈ変化と同時に起こらない。
【０２１２】
正規Ｎｏｔｃｈ標的遺伝子ＨＥＳ４およびＨＥＹ２は、Ｎｏｔｃｈ変化のあるＴＮ腫瘍と野生型ＴＮ腫瘍とで示差的に発現されたので、これら標的遺伝子の一方または両方の過剰発現をＮｏｔｃｈ経路活性化の指標として使用した（図６）。問題のＮｏｔｃｈ変化を有する２１種のＴＮＢＣのうち、１７種がＮｏｔｃｈ経路活性化の証拠を示した。しかし、ＴＮＢＣ以外では、Ｎｏｔｃｈ変化のある２２種の腫瘍のうち８種しか経路活性化の証拠を示さなかった（図３）。このことは、Ｎｏｔｃｈ変化が、ＴＮＢＣサブタイプにおいて関数の関係にある可能性がより高く、推定１３％のＴＮＢＣが、この新たに特定されたＮｏｔｃｈ変化のある発がん性ドライバークラスに含まれることを示唆している。
【０２１３】
Ｎｏｔｃｈ受容体ＰＥＳＴドメイン突然変異を有するｉｎ  ｖｉｖｏモデルがＧＳＩのＰＦ−０３０８４０１４に対して感受性であるかどうかを判定するために、ＲＮＡ−ｓｅｑおよび全ゲノムシークエンシングを使用して、患者由来の異種移植片（ＰＤＸ）モデルを配列決定した。ＮＯＴＣＨ１またはＮＯＴＣＨ２のＰＥＳＴドメインのトランケーションをもたらした別個のゲノム再配列をもった、３種のＰＤＸモデルが特定された（図７〜１０）。ＭＡＸＦ１１６２モデルは、ＮＯＴＣＨ２  ＰＥＳＴドメインをアミノ酸２３２０で崩壊させた、ＮＯＴＣＨ２の最後のエクソンがＮＢＰＦ８からのイントロン配列と融合した転座を内蔵していた。ＴＣＧＡデータにおけるいくつかのＮｏｔｃｈ受容体突然変異と同様に、このモデルも、ＮＯＴＣＨ２座位の限局的増幅を内蔵していた（図７）。ＡＡ１０７７モデルは、ＮＯＴＣＨ１の最後のエクソンの一部が、エクソン３０と３１の間でＮＯＴＣＨ１からのイントロン配列と融合した転写物を内蔵し、ＰＥＳＴドメインをアミノ酸２２４９で崩壊させた。このモデルのＷＧＳデータを使用して、本発明者らは、これが、ＮＯＴＣＨ１のイントロン３０とエクソン３４の間での縦列重複によるものであったことを確認した（図８）。最後に、ＨＢＣｘ−１４  ＰＤＸモデルは、（アミノ酸２４６２から始まるコード配列を崩壊させる）ＰＥＳＴドメインにおけるヘテロ接合性１０塩基対（フレームシフト）欠失、およびホモ接合性ＥＣＤ欠失を内蔵していた（図９）。ＥＣＤが欠失していたが、ＧＳ部位は、突然変異タンパク質中に依然として存在した。３種のモデルはすべて、ＧＳＩに感受性があることが以前から公知である（Ｚｈａｎｇ  ＣＣら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  （２０１２）１８（１８）：５００８〜１９；Ｚｈａｎｇ  ＣＣら、Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｍｅｄ（２０１３）２（３）を参照されたい）ＮＯＴＣＨ１  ＥＣＤ欠失ＨＣＣ１５９９細胞系異種移植片モデルと同様であったＭＡＸＦ１１６２モデルにおける５０％を上回る腫瘍退縮を始めとして、ＰＦ−０３０８４０１４に対して高度な感受性を有していた（図１１）。ＭＡＸＦ１１６２モデルは、ＨＥＲ２増幅モデルとして特徴付けられ、他のモデルはトリプルネガティブ（ＴＮ）であった。
【０２１４】
Ｎｏｔｃｈ突然変異モデルにおけるこうした反応をＮｏｔｃｈ野生型モデルと比較するために、ＰＦ−０３０８４０１４に対する感受性について以前に試験されている、１２種の異種移植片モデルのパネルを遡及的に分析した（Ｚｈａｎｇ  ＣＣら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２０１２）１８（１８）：５００８〜１９を参照されたい）。いくつもの乳がんサブタイプにかかる、５種のＰＤＸモデル（ＨＢＣｘ−９（ＴＮ）、ＨＢＣｘ−５（ＨＥＲ２＋）、ＨＢＣｘ−１７（ＴＮ）、ＨＢＣｘ−１２Ｂ（ＴＮ）、およびＡＡ０８６９（ＴＮ））ならびに７種の細胞系異種移植片モデル（ＨＣＣ１９３７（ＴＮ）、ＨＣＣ１８０６（ＴＮ）、ＳＫ−ＢＲ−３（ＥＲ消失）、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６（ＴＮ）、ＭＣＦ−７（ＥＲ＋）、ＢＴ−４７４（ＨＥＲ２＋）、およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＴＮ））からのＲＮＡ−ｓｅｑまたは全ゲノムシークエンシングデータを分析した。これらのモデルにおいて活性化型のＮｏｔｃｈホットスポットドメイン変化は見出されず、反応は、１２種のうち７種のモデルにおける５０％未満の腫瘍成長阻害から、ＡＡ０８６９モデルにおけるわずかな腫瘍退縮の範囲に及んだ。
【０２１５】
比較すると、Ｎｏｔｃｈ突然変異モデルはすべて、４種のうち２種のモデルにおける５０％の腫瘍退縮を含めて、６０％以上の腫瘍成長阻害を示した（図１１）。ＭＡＸＦ１１６２モデルは、６５％の腫瘍退縮を示し、ＡＡ１０７７モデルは、８８％の腫瘍成長阻害を示し、ＨＢＣｘ−１４モデルは、６０％の腫瘍成長阻害を示し、ＨＣＣ１５９９モデルは、５０％の腫瘍退縮を示した。すべてのモデルが、スチューデントｔ検定によって統計学的に有意であった（ｐ値＜０．０５）。
【０２１６】
まとめると、これらのデータは、ＰＦ−０３０８４０１４の活性は、Ｎｏｔｃｈ野生型ＢＣモデルでは不均質であるが、Ｎｏｔｃｈ突然変異は、ＧＳＩによる治療に反応を示す可能性が最も高い患者を集約する（ｅｎｒｉｃｈ）のに有用なバイオマーカーとして役立ちうることを実証している。要約すると、位置、予測される機能的結果、分子機序のスペクトル、および多数の事象の同時発生に関してＴＣＧＡ突然変異を代表する、ＰＤＸモデルにおける突然変異が特定された。したがって、これらのデータによって、ＴＣＧＡ分析からの所見が確認および拡大され、重要なことに、Ｎｏｔｃｈ変化を有する関連する前臨床モデルが、ＧＳＩのＰＦ−０３０８４０１４に対して感受性であることが実証される。
【０２１７】
次に、受容体の活性型であるＮＩＣＤ１に関するＮＯＴＣＨ１突然変異の機能的結果を調査した。ＥＣＤドメインが除去された突然変異によって、受容体がリガンド依存的に活性化されることが予想された。ＮＯＴＣＨ１突然変異は、全長およびＮＩＣＤ１タンパク質ならびにＮＩＣＤ１半減期を変化させることが示された。
【０２１８】
図１２は、ＮＯＴＣＨ１突然変異が、全長およびＮＩＣＤ１タンパク質ならびにＮＩＣＤ１半減期を変化させることを示している。図１２（ａ）には、ＰＦ−０３０８４０１４を用いまたは用いずに処理したＮｏｔｃｈ変化モデルにおけるＮＩＣＤ１ウエスタンブロットを示し、「＊」は、野生型ＮＩＣＤ１より低分子量のＮＩＣＤ１種を示す。ＨＰＢ−ＡＬＬは、ＰＥＳＴドメイン突然変異のためにより低分子量であるＮＩＣＤ１種を生じることが公知であるＴ−ＡＬＬモデルである。新たに発見されたＮｏｔｃｈ１突然変異体モデルにおける野生型および突然変異体ＮＩＣＤ１バンドをより良好に可視化するために、ＨＰＢ−ＡＬＬおよびＨＣＣ１５９９モデルについては１５ｕｇの可溶化液を装入し、ＡＡ１０７７モデルについては５０ｕｇを装入し、ＨＢＣｘ−１４モデルについては３０ｕｇを装入した。図１２（ｂ）には、ＮＯＴＣＨ１  ＰＥＳＴ切断型ＨＢＣｘ−１４モデル（レーン６）でのＮＩＣＤ１ウエスタンブロットを、同じコレクションからのＴＮＢＣ  ＰＤＸモデルの可溶化液のパネルと並べて示す。ＨＣＣ１５９９細胞系異種移植片モデル＋／−ＰＦ−０３０８４０１４  １００ｍｇ／ｋｇ  １日２回２日間を対照として含めた。ＨＣＣ１５９９可溶化液の２５ｕｇを除くすべての可溶化液について、５０ｕｇの可溶化液を装入した。矢印は、ＨＢＣｘ−１４モデルにおけるより低分子量のＮＩＣＤ１種を指し示す。図１２（ｃ）には、ＮＯＴＣＨ１膜貫通種および全長種を認識する抗体を使用してのＮＯＴＣＨ１ウエスタンブロットを示す。下方のパネルは、より軽い露出でのものである。矢印は、ＨＢＣｘ−１４モデルにおけるより低分子量の種、およびＨＢＣｘ−１４モデルまたはＨＣＣ１５９９モデルにおける検出可能な全長タンパク質の不在を示す。同じ日に、別のゲルにおいて図１２（ｂ）と同量の可溶化液を装入しており、したがって、このゲルについては追加の装入対照を含めなかった。
【０２１９】
他方、ＡＡ１０７７およびＨＢＣｘ−１４モデルにおけるＰＥＳＴドメインをトランケートする突然変異は、予想通り、より低分子量のＮＩＣＤ１種を生じた。対照的に、ＮＯＴＣＨ１野生型モデルは、ＮＩＣＤ１のより強い発現も示さなければ、より低分子量の種も存在しなかった。
【０２２０】
ＨＢＣｘ−１４  ＰＤＸモデルにおけるＰＥＳＴドメイン突然変異の結果をさらに調査した。このモデルでは、ＰＦ−０３０８４０１４での２日間の処置によって、野生型ＮＩＣＤ１バンドが劇的に減衰した。対照的に、突然変異ＮＩＣＤ１バンドは、わずかに減衰しただけのようであった。これは、ＰＥＳＴ突然変異体ＮＩＣＤ１がより長い半減期を有するという予測と一致する。この影響を定量化するために、１４０ｍｇ／ｋｇのＰＦ−０３０８４０１４で１日２回２日間または１２日間処置した３匹の動物からのＨＢＣｘ−１４モデルにおいて、野生型および突然変異ＮＩＣＤ１バンドの平均強度を測定した（図１３（ａ）〜（ｂ））。短期間の処置により、野生型バンドは未処置レベルの約５０％に減衰したが、突然変異バンドは有意に減衰しなかった。１２日間処置したマウスでは、野生型ＮＩＣＤ１が未処置野生型レベルの３％未満に減衰したのに対し、突然変異体ＮＩＣＤ１は未処置突然変異体レベルの約１５％で存在した。これらのデータは、乳がんモデルにおけるＰＥＳＴドメインをトランケートする突然変異によって、ＮＩＣＤ１のタンパク質半減期が延長しうることを実証している。
【０２２１】
Ｎｏｔｃｈ受容体における活性化型変化は、ＨｅｓおよびＨｅｙファミリー転写因子を始めとする、経路の直接の転写ターゲットを上方調節することが予想された。実際に、４種のうち３種のＮｏｔｃｈ突然変異体モデルにおいて、Ｎｏｔｃｈ変化なしの異種移植片モデルに比べて、ＨＥＳ４、ＨＥＹ２、ＨＥＹ１、および／またはＨＥＹＬの激しい過剰発現が認められた。ＭＡＸＦ１１６２およびＨＢＣｘ−１４モデルは、両方とも同じＮｏｔｃｈ受容体に多数の遺伝子事象を内蔵しており、両方の場合において、突然変異受容体それ自体が、スクリーニングした異種移植片のパネルの中で最高のｍＲＮＡ発現を示した（図１４）。モデルは、ｉｎ  ｖｉｖｏパネル（図１４（ａ））および外部ＰＤＸパネル（図１４（ｂ））の全体にわたり、ＨＥＳ４、ＨＥＹ２の２種の遺伝子サインスコアを使用して左から右へ順に並べている。ｉｎ  ｖｉｖｏモデルパネルにはＮａｎｏｓｔｒｉｎｇデジタル遺伝子発現データを使用し、ＰＤＸモデルパネルにはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ遺伝子発現データを使用した。
【０２２２】
ＰＦ−０３０８４０１４での処置によって、基線では激しい過剰発現を示したモデルにおいて、ほぼすべての標的遺伝子の発現が低減され、Ｎｏｔｃｈ変化が、これらのモデルにおいてＮｏｔｃｈ経路の動力となること、およびＰＦ−０３０８４０１４によって、この活性化過剰の転写プログラムを有効に抑制できることが実証された（図１５）。高度に発現されたＮｏｔｃｈ標的遺伝子は、Ｎｏｔｃｈ突然変異体モデルにおけるＰＦ−０３０８４０１４処置によって下方調節された。ほとんどすべての場合において、基線で異常値発現を示した遺伝子が、ＰＦ−０３０８４０１４処置によって下方調節された。相対発現量を、１に設定した媒体に対して正規化した。１群あたり２〜３種の腫瘍を分析しており、データを平均およびＳＥＭとして図１５（ａ）〜（ｄ）に示した。ＮＩＣＤ１タンパク質を十分に崩壊させるのに１２日間の処置が必要となったＨＢＣｘ−１４モデルを除き、すべてのモデルをＰＦ−０３０８４０１４で２日間処置した。ＨＣＣ１５９９、ＭＡＸＦ１１６２、およびＡＡ１０７７モデルについてはＮａｎｏｓｔｒｉｎｇデータを使用し、ＨＢＣｘ−１４モデルについてはｑＲＴ−ＰＣＲデータを使用した。＊により、両側スチューデントｔ検定によるｐ値＜０．０５を示した。総合して、前臨床ｉｎ  ｖｉｖｏモデルにおけるこれらの機能研究により、Ｎｏｔｃｈ受容体におけるＰＥＳＴドメイン突然変異が、Ｎｏｔｃｈ経路を活性化し、ＧＳＩであるＰＦ−０３０８４０１４に対する感受性を付与し、ＴＮＢＣにおけるＮｏｔｃｈ阻害薬の個別化医療戦略の強力な理論的根拠となることが実証される。
【実施例】
【０２２３】
方法
細胞系および抗体
細胞系は、アメリカ培養細胞系統保存機関（ヴァージニア州マナッサス）から入手した。ＨＣＣ１５９９およびＨＰＢ−ＡＬＬ細胞は、ＲＰＭＩ−１６４０培地で成長させ、１０％のＦＢＳ、５０ＩＵ／ｍｌのペニシリン／０．０５ｍｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充した。残りの細胞系は、供給業者が推奨する培地において、ＨＥＰＥＳ緩衝液、ピルビン酸ナトリウム、非必須アミノ酸、Ｐｅｎ−Ｓｔｒｅｐ、ＩＴＳ、およびグルタミンを含む補充を行って成長させた。
【０２２４】
使用した一次抗体には、抗ＮＩＣＤ１（ＣＳＴ＃４１４７）、抗Ｎｏｔｃｈ１（ＣＳＴ＃３６０８）、および抗ＧＡＰＤＨ（ＣＳＴ＃２１１８）抗体（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、マサチューセッツ州ダンヴァーズ）が含まれた。
【０２２５】
ｉｎ  ｖｉｖｏ研究
社内ｉｎ  ｖｉｖｏ研究はすべて、実験動物の世話と使用に関する指針（Ｇｕｉｄｅ  ｆｏｒ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ａｎｉｍａｌｓ）に従って行っており、Ｐｆｉｚｅｒ  Ｇｌｏｂａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ委員会によって承認されている。ＨＢＣｘ  ＰＤＸモデルについて、ＸｅｎＴｅｃｈ（フランス国エヴリー）のＣＥＲＦＥ設備で動物を使用する許可は、フランス国農林水産省Ｔｈｅ  Ｄｉｒｅｃｔｉｏｎ  ｄｅｓ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ  Ｖｅｔｅｒｉｎａｉｒｅｓ（協約番号Ｂ−９１−２２８−１０７）によって取得した。動物の世話および収容は、欧州条約ｎ°ＳＴＥ１２３に従った。実験はすべて、実験動物の保護に関するフランス国の法令、およびフランス国農林水産省によってＴｒｕｏｎｇ−Ａｎ  Ｔｒａｎ博士に発行された、脊椎動物での実験に関する現在有効な免許（２０１０年１２月２１日付け第Ａ９１−５４１号、効力：５年）に従って実施した。腫瘍を有する胸腺欠損ヌードマウスに、１２日間実施、４日間休止のスケジュールで２サイクルにわたって１４０ｍｇ／ｋｇで１日２回投薬した。ＭＡＸＦ１１６２モデルは、Ｏｎｃｏｔｅｓｔで進め、実験はすべて、地方自治体に承認され、該当するすべての国際、国家、および地方の法律および指針に従って行った。腫瘍を有するヌードマウスに、１０日間実施、４日間休止のスケジュールで３サイクルにわたって１４０ｍｇ／ｋｇで１日２回投薬した。ＡＡ１０７７患者由来およびＨＣＣ１５９９細胞系異種移植片モデルは、Ｐｆｉｚｅｒにて、ＳＣＩＤ−Ｂｇマウスにおいて進めた。マウスに、１１０ｍｇ／ｋｇで１日２回９日間（ＡＡ１０７７）、または１２０ｍｇ／ｋｇで１日２回１２日間（ＨＣＣ１５９９）投薬した。有効性を評価するために、腫瘍サイズが触知可能なマウスを異なる群に無作為に割り振り、腫瘍サイズの平均値を群間で調和させた。媒体群とＰＦ−０３０８４０１４処置群の差は、スチューデントｔ検定によって統計学的に有意であった。腫瘍退縮パーセントは、次の式１００＊（１−（処置最終体積／処置初回体積））を使用して算出し、腫瘍成長抑制パーセントは、次の式１００＊（１−（処置最終体積−処置初回体積）／（媒体最終体積−媒体初回体積））を使用して算出した。薬力学研究については、腫瘍を有するマウスに、１００〜１４０ｍｇ／ｋｇのＰＦ−０３０８４０１４を、終末の採取前に２日間１日２回与えた。一部の薬力学群には、２日目に１用量を与えた。最後の用量から４〜６時間後に腫瘍を回収し、瞬間冷凍し、分析前に、液体窒素で冷却したモーターで微粉砕した。
【０２２６】
ＤＮＡ／ＲＮＡ分析
ゲノムＤＮＡおよび全ＲＮＡは、細胞ペレットまたは凍結腫瘍組織から、Ｑｉａｇｅｎ  ＤＮｅａｓｙ  Ｂｌｏｏｄ  ａｎｄ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔ（カタログ番号６９５０４）およびＱｉａｇｅｎ  ＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（カタログ７４１０４）を用い、製造者のプロトコールに従って調製した。次いで、接合部ＰＣＲを行って、ゲノムＤＮＡの区切り点を検証した。特定の各サンプル用のプライマー配列は、補充材料にリストされている。全ＲＮＡを直接の定量的ＲＴ−ＰＣＲ（以下を参照されたい）にかけ、または仔ウシ腸ホスファターゼ（ＣＩＰ）およびタバコ酸性ピロホスファターゼ（ＴＡＰ）で処理し、次いで逆転写して、ＨＣＣ１５９９におけるＮＯＴＣＨ１の５’末端メッセンジャーＲＮＡ配列を増幅した。ＣＩＰおよびＴＡＰは、Ｌｉｆｅ  ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのＦｉｒｓｔＣｈｏｉｃｅ（登録商標）ＲＬＭ−ＲＡＣＥ  Ｋｉｔ（カタログ番号ＡＭ１７００）に含まれていた。
【０２２７】
ＰＤＸモデルのトランスクリプトームシークエンシング（ＲＮＡ−ｓｅｑ）
１００ｂｐの対応末端リードを用い、ＰＤＸモデルでＲＮＡ−ｓｅｑを実施した。生ＲＮＡ−ｓｅｑリードを、Ｘｅｎｏｍｅを使用してフィルターにかけて、夾雑のあるマウス細胞から潜在的なリードを取り出した。次いで、ＴｏｐＨａｔ２を使用して、非マウスリードをヒト参考ゲノムとアライメントした。ＨＢＣｘ１４、ＡＡ１０７７、およびＭＡＸＦ１１６２について、それぞれ２億２６２０万、２億５３９０万、および２億９８３０万のマッピングされたリードが生成された。
【０２２８】
ＴＣＧＡデータの取得
ＴＣＧＡ浸潤乳癌コホートからのＴｉｅｒ−２突然変異、体性コピー数、およびｍＲＮＡ発現データ（ＲＮＡ  Ｓｅｑ  Ｖ２  ＲＳＥＭ）は、ＴＣＧＡデータポータルおよびＭｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ−Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  ＣｅｎｔｅｒのｃＢｉｏポータル（３５）から入手した。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰ６．０アレイ生データも、ＴＣＧＡデータポータルからダウンロードした。予めアライメントされた（ＢＡＭフォーマットの）ＲＮＡ−ｓｅｑデータは、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｈｕｂ（３６）、ｄｂＧａＰ受入番号ＰＨＳ０００１７８、バージョンｐｈｓ０００１７８．ｖ８．ｐ７からダウンロードした。完全な突然変異、コピー数、および遺伝子発現データを有する、合計９５６の腫瘍を分析した。
【０２２９】
遺伝子発現分析
外部ＰＤＸパネルの遺伝子発現プロファイルは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ｐｌｕｓ２アレイを使用して生成した。ＣＥＬファイルは、供給業者（Ｘｅｎｔｅｃｈ）により提供された。生強度データは、ＧＣ  Ｒｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉ−ａｒｒａｙ  Ａｖｅｒａｇｅ（ＧＣＲＭＡ）バックグラウンド調整、分位正規化、および中央値分散分析要約（ｍｅｄｉａｎ−ｐｏｌｉｓｈ  ｓｕｍｍａｒｉｚａｔｉｏｎ）によって加工して、プローブレベルデータをＲで生成した。正規化したプローブレベルデータは、ＧＳＥＡ  ＣｏｌｌａｐｓｅＤａｔａｓｅｔ関数を使用して、遺伝子レベルにさらに要約した。
【０２３０】
ＴＣＧＡ乳がんコホートにおけるＮｏｔｃｈ経路遺伝子の示差的発現分析を、ＴＣＧＡ第３段データにおいて提供されているＲＳＥＭ結果から、ＲＮＡ−ｓｅｑに基づくＴｒａｎｓｃｒｉｐｔ  ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ測定規準で実施した。このコホートに含まれる１００種のＴＮＢＣ腫瘍のうち、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、またはＮＯＴＣＨ３のＨＤまたはＰＥＳＴドメインに単純突然変異または複合変化を有する患者、およびＮＯＴＣＨ２またはＮＯＴＣＨ３の限局的増幅（推測コピー数＞４）を有する患者を含む１２種を、Ｎｏｔｃｈ変化として選択した。Ｎｏｔｃｈ変化のない群には、すべてのＮｏｔｃｈ受容体に突然変異も変化も増幅もない（推測コピー数＜２．５）４１種のＴＮＢＣ腫瘍を含めた。非ホットスポット領域に突然変異または変化を有するＴＮＢＣ腫瘍、および緩やかまたは広範なコピー数増加を伴う腫瘍は、２つの群に差異を生じさせるシグナルを不鮮明にしかねない「グレーゾーン」となるため、本発明者らは、これらをこの分析に含めなかったことに留意されたい。示差的発現は、２サンプルｔ検定を使用して算出した。多重仮説検定は、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を使用するＦａｌｓｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｒａｔｅによって制御した。
【０２３１】
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ分析
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ技術を使用して、製造者が推奨するプロトコールに従ってｎＣｏｕｎｔｅｒアッセイを使用しながらＲＮＡ転写物レベルを測定した。簡潔に述べると、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓが転写物に特異的な捕捉および検出プローブを設計および製造し、１００ｎｇの全ＲＮＡをｎＣｏｕｎｔｅｒプローブセットと６５℃で１６時間ハイブリッド形成させた。サンプルは、自動化されたｎＣｏｕｎｔｅｒ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｓｔａｔｉｏｎ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．、ワシントン州シアトル）を使用して加工処理した。引き続いて、固定し、アライメントしたレポーター複合体を含有するカートリッジを、１１５５視野に設定したｎＣｏｕｎｔｅｒ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．）で画像処理し、カウントした。レポーターカウントを、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇのｎＳｏｌｖｅｒ解析ソフトウェアバージョン１を使用して、解析および正規化した。
【０２３２】
定量的ＲＴ−ＰＣＲ
ｍｉＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して全ＲＮＡを単離した。１反応あたり２ｕｇのＲＮＡを使用して、Ｈｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カリフォルニア州）を使用しながらｃＤＮＡを生成した。ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ＳｙｓｔｅｍをＴａｑｍａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カリフォルニア州）と共に使用することにより、Ｑ−ＰＣＲを３通りに実施した。Ｈｅｓ４、Ｈｅｙ１、Ｈｅｙ２、およびＨｅｙＬ用のプライマー／プローブは、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙから購入した。発現レベルは、ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシル転移酵素（ＨＰＲＴ）に対して正規化した。グリセルアルデヒド−３リン酸脱水素酵素（ＧＡＰＤＨ）およびペプチジルプロリル異性化酵素Ｅ（ＰＰＩＥ）を使用して正規化したデータから、同様の結果が得られた。
【０２３３】
全ゲノムシークエンシング
ＰＤＸモデルからｇＤＮＡを精製するために、腫瘍は、少量のＡｃｃｕｍａｘ（Ｉｎｎｏｖａｔｉｖｅ  Ｃｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＡＭ１０５）中で安全かみそりの刃を使用して、小片に切り刻んだ。次いで、２０倍の体積のＡｃｃｕｍａｘを加え、振盪させながら室温で３０分間インキュベートした。次いで、懸濁液を４０ミクロンの細胞ストレーナーに通し、ストレーナーを培養液で３回洗浄した。マウス細胞および壊死組織片を減少させるために、細胞をビオチン標識抗マウスＭＨＣクラスＩ抗体と共にインキュベートし、次いで抗ビオチンＭｉｃｒｏＢｅａｄｓ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ、１３０−０９０−４８５）と共にインキュベートした。次いで、再懸濁した細胞を磁気ビーズ分離にかけ、ＤＮｅａｓｙ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用してＤＮＡを精製した。１００ｂｐの対応末端リードを用い、ＡＡ１０７７  ＰＤＸモデルに対して全ゲノムシークエンシングを行った。純度フィルターにかけたリードを、Ｅｌａｎｄｖ２（ＣＡＳＡＶＡソフトウェアバンドル、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、カリフォルニア州）を使用してヒト参考ゲノム（ｈｇ１９）に対してマッピングした。ＰＣＲおよび光学重複を除去した後、１９億７千万のリード（８７．１９％）を一意的にアライメントした。
【０２３４】
乳がんサブタイプ分類
乳がん分子サブタイプは、ＴＣＧＡ  ｍｅｔａ−ｄａｔａにおいて示されているＩＨＣまたはインサイツハイブリッド形成法のどちらかによって、ＥＳＲ１、ＰＧＲ、およびＥＲＢＢ２受容体状態に基づいて定めた。１０８種の腫瘍が３種すべての受容体について明瞭な陰性状態を有し、したがってトリプルネガティブとして分類された。受容体状態が見えないとき、本発明者らは、遺伝子発現データを二峰性フィルタリング法（１）を使用しながら利用して、その状態を推測することを試みた。各受容体について、二成分ガウス混合モデルを、コホート全体にわたって、その発現値に当てはめた。受容体は、その腫瘍における発現レベルが、高い方の成分の平均値を上回る場合、陽性とみなし、発現レベルが、低い方の成分の平均値を下回る場合、陰性とみなした。この手順により、追加の２２種の腫瘍がトリプルネガティブとして分類された。本発明者らは、転写物発現レベルが、３種すべての受容体について、このＴＣＧＡコホートにおいてＲＰＰＡにより測定されたタンパク質発現レベルと強い相関関係にあることを確認した。乳がん固有のサブタイプ分類は、ＰＡＭ５０サインを使用して行った。
【０２３５】
増幅の限局性を決定するためのコピー数データの可視化
Ｒにおいてａｒｏｍａ．ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ｐａｃｋａｇｅを使用して、ＳＮＰ６．０アレイを加工した。腫瘍サンプルにおける正規化されたプローブ強度を、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｐｒｏｊｅｃｔからの１２８人の女性の平均の基線プロファイルを基準として計算した。次いで、ａｒｏｍａ  ｐａｃｋａｇｅからのＣｈｒｏｍｏｓｏｍｅＥｘｐｌｏｒｅｒ関数を使用して、すべてのＳＮＰ座位におけるｌｏｇ２コピー数比率を各染色体に沿ってプロットして、コピー数変化細胞の限局性を視覚によって検証した。
【０２３６】
複合ゲノム変化の検出
予めアライメントしたＲＮＡ−ｓｅｑデータから複合ゲノム変化を特定するために、本発明者らは、以下の３つの構成要素：ＥｘｏｎＦｕｓｉｏｎＦｉｎｄｅｒ、ＨｙｂｒｉｄＦｉｎｄｅｒ、およびＥｘｏｎＢｒｅａｋＦｉｎｄｅｒからなる、まとめてＴｏｐＮｏｔｃｈと呼ぶ、一連のアルゴリズムを開発した。
【０２３７】
ＥｘｏｎＦｕｓｉｏｎＦｉｎｄｅｒは、近接していない２つのエクソンを同じ遺伝子内または異なる遺伝子間で連結する融合または選択的スプライシング事象を検索するように設計されている。このアルゴリズムは、アライメントしたＲＮＡ−ｓｅｑリード（たとえば、ＢＡＭファイル）および問題のエクソンの座標を入力として取得し、考えられるあらゆるエクソン対について、両方のエクソンと少なくとも部分的に一致する断片を特定する。こうした断片は、各末端が異なるエクソンに対してアライメントされているリード対または２つのエクソンにわたってアラインする単一リードの２つの末端に由来する場合がある。野生型転写物については、隣り合うエクソン対（エクソンサイズ、ｃＤＮＡ断片長、およびリード長に応じて、２番目または３番目の隣までの場合がある）が、最も多くの裏付けを得る。遺伝子内欠失または選択的スプライシングの結果として生じうる、転写物中の非カノニカルなエクソン−エクソン接合部も、決定することができるはずである。このような非カノニカルなエクソン−エクソン連結事象を立証するために、本発明者らは、裏付けとなる少なくとも５つの断片が存在しなければならないこと、および連結した２つのエクソン間の距離が７５０ｂｐより長くなければならないことを求める。
【０２３８】
ＴｏｐＮｏｔｃｈセットの第二および第三の構成要素は、両方とも限局的な転写物新規構築に基づく。問題の各遺伝子（たとえば、この研究ではＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、またはＮＯＴＣＨ３）について、本発明者らはまず、少なくとも１つの相方対が、候補遺伝子の転写開始部位と転写物末端部位の間のゲノム領域に対して部分的にアライメントされている、すべてのＲＮＡ−ｓｅｑリードを抽出した。次いで、このようなリードを三つ組アルゴリズムに供給して、腫瘍サンプル中の候補新規転写物へと組み立てた。本発明者らはさらに、（三つ組パッケージに含まれる）ＲＳＥＭ法を使用して、各新規転写物の存在量を推定し、合計転写物発現の５％より少ない発現を占める転写物アイソフォームを除外した。
【０２３９】
ＴｏｐＮｏｔｃｈセットのＨｙｂｒｉｄＦｉｎｄｅｒモジュールは、（部分的な）候補遺伝子と候補遺伝子以外のゲノム中にある他の任意の領域の両方を包含するハイブリッド転写物を探すことを目指す。これは、参考ヒトゲノム中の各新規転写物を配列同一性が少なくとも９９％で少なくとも５０ｂｐの長さであるヒットについてＢＬＡＴ検索することにより行う。本発明者らは、少なくとも１つのヒットが、候補遺伝子それ自体の範囲内になければならないこと、および（参考ゲノム中の多くの不定または不規則なコンティグに対してアラインする偽性転写物を消去するために）適格であるすべてのヒットからの染色体の合計数が５未満でなければならないことをさらに要求する。これらの判断基準を満たす新規転写物について、本発明者らは、候補遺伝子それ自体またはそのファミリー構成員および近親相同体（この研究では、すべてのＮｏｔｃｈファミリー受容体およびＮＯＴＣＨ２ＮＬがこれらに含まれる）と一致するすべてのヒットを除外する。残りのヒットを有する任意の新規転写物（これらは、ゲノム中の他の領域に特異的にアラインするヒットとなる）を、新規構築の質、新規転写物の参考ゲノムに対するアライメント（実際の区切り点を決定するため）、および予測区切り点の裏付けとなるリードについて、野生型および突然変異体の両方の転写物において、もとのＲＮＡ−ｓｅｑリード（長さ５０ｂｐ）を予測区切り点に隣接する９０ｂｐの配列とリアライメントすることにより、さらに精査する。
【０２４０】
ＥｘｏｎＢｒｅａｋＦｉｎｄｅｒは、既知の「ホットスポット」に収まる新規構築された転写物中の任意の区切り点を検索するように専用に設計されている。この作業において、本発明者らは、ＮＩＣＤタンパク質分解を担う、各々のＮｏｔｃｈ受容体のＰＥＳＴドメインをコードする、ＮＯＴＣＨ１〜３の最後のエクソンに注目した。この目的のために、本発明者らは、調査中のＮｏｔｃｈ遺伝子の最後のエクソンの配列を、長さが少なくとも２０００ｂｐであるすべての新規転写物に対して、ＢＬＡＳＴを使用してアライメントした。Ｎｏｔｃｈ遺伝子は、逆ＤＮＡ鎖上に発現されるので、最後のＮｏｔｃｈエクソンの３’位をカバーするだけの任意のアライメントが、後続の分析の候補になった。次いで、本発明者らは、各候補転写物を、ＢＬＡＴを使用して参考ヒトゲノムに対してアライメントし、１）照会転写物（すなわち、新規Ｎｏｔｃｈ転写物）上の非一致区域との配列同一性が少なくとも９９％である別個のヒットを生じたもの、および２）最後のＮｏｔｃｈエクソン内の区切り点が新規転写物の末端でないものだけを確保した。両方の判断基準をクリアする候補新規転写物を、新規構築の質、新規転写物の参考ゲノムに対するアライメント（実際の区切り点を決定するため）、および予測区切り点の裏付けとなるリードについて、野生型および突然変異体両方の転写物において、もとのＲＮＡ−ｓｅｑリード（長さ５０ｂｐ）を、予測区切り点に隣接する９０ｂｐの配列とリアライメントすることにより、さらに精査した。
【０２４１】
全ゲノムシークエンシングデータでの構造変異体（ＳＶ）分析は、ＣＲＥＳＴをデフォルトパラメータで使用して実施した。ＣＲＥＳＴによる候補ＳＶ細胞は、次の判断基準のいずれかを満たす場合、排除した。１）区切り点のいずれかが、Ｄａｔａｂａｓｅ  ｏｆ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｖａｒｉａｎｔｓ（７）に記載のとおりの既知の生殖系列事象と同時に生じた場合、２）区切り点のいずれかが、参考ゲノム内の既知の集合ギャップ領域から１ｋｂ以内に位置していた場合、３）両方の区切り点が、ｒｅｐｅａｔ  ｍａｓｋｅｒ（Ａ．Ｆ．Ａ．Ｓｍｉｔ、Ｒ．Ｈｕｂｌｅｙ、およびＰ．Ｇｒｅｅｎ  ＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒ）（８）に記載のとおりの反復領域内に収まった場合、および４）単一事象の両方の区切り点を取り囲む配列が、５０ｂｐの最小長さおよび区切り点領域から３ｂｐ未満の距離で、８５％を超える配列相同性を示す場合。残りの組の候補変異体には、２０１１年１０月現在のＲｅｆＳｅｑ遺伝子データセットを使用して、遺伝子情報の注釈を付けた。
【０２４２】
ＴＣＧＡにおけるＮｏｔｃｈ突然変異および複合変化の検証
ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、およびＮＯＴＣＨ３のホットスポットドメイン（ＨＤまたはＰＥＳＴ）にある、ＴＣＧＡ  ｔｉｅｒ−３データからのすべての単純突然変異細胞（点突然変異およびインデル）について、リードアライメントを再検査することにより、基礎をなすデータが利用可能になっていたかどうか確認した。本発明者らは、ＴＣＧＡ研究からのもとの組織サンプルを入手することができないため、ＴｏｐＮｏｔｃｈによって検出された４種の複合変化を、次の３つの手段によって検証した。
【０２４３】
最初に、本発明者らは、Ｎｏｔｃｈ遺伝子座位と部分的に一致する任意の断片からのすべてのＲＮＡ−ｓｅｑリードを、予測区切り点を取り囲む野生型および突然変異体両方の配列（ＲＮＡ−ｓｅｑリード長が５０ｂｐであるので、区切り点の各側について４５ｂｐ）とリアライメントし、野生型または突然変異体どちらかの配列の裏付けとなるリードの数をカウントした。これにより、ＲＮＡ−ｓｅｑデータにおけるすべての区切り点の存在が確認され、突然変異体対立遺伝子優勢度も推定された。アライメントは、ＢＬＡＳＴを使用して行った。リード長に等しく、ミスマッチが２つ未満であったアライメントだけをカウントした。リードが野生型および突然変異体両方の配列とアライメントした場合では、より高いスコア（ＢＬＡＳＴ出力のビットスコア）を有するアライメントを採用した。
【０２４４】
次に、コード領域（すなわち、ＮＯＴＣＨ１またはＮＯＴＣＨ２のエクソン３４内に区切り点を有する３つのＰＥＳＴドメイン変異体）に位置する区切り点について、本発明者らは、予測区切り点の存在を裏付ける証拠があるか、全エクソームシークエンシング（ＷＸＳ）データを調べた。ＲＮＡ−ｓｅｑデータを使用する上記分析と同様に、本発明者らは、Ｎｏｔｃｈ遺伝子座位と部分的に一致する任意の断片からのすべてのＷＸＳリードを、予測区切り点を取り囲む野生型および突然変異体両方の配列とアライメントさせた。唯一のわずかな違いは、ＷＸＳリード長が１００ｂｐであるので、この場合では９５ｂｐの隣接する配列を使用したことであった。この分析により、独自の技術を使用して、すべての区切り点が確認された。
【０２４５】
最後に、ＴｏｐＮｏｔｃｈによって検出されたＮｏｔｃｈ変異体が真に体性であったことを確認するために、本発明者らは、対応正常患者サンプルからのＲＮＡ−ｓｅｑデータまたはＷＸＳデータも調べた。ゲノム区切り点がイントロンにあると思われる、ＴＣＧＡ−ＢＨ−Ａ１ＦＣにおけるエクソン２１〜２７欠失について、本発明者らは、その対応正常サンプルからのＲＮＡ−ｓｅｑデータにおいてもＴｏｐＮｏｔｃｈを運用し、正常サンプル中に野生型ＮＯＴＣＨ１転写物だけが存在したことを確認した。他の３種のＰＥＳＴドメイン変異体については、対応正常サンプルからのＲＮＡ−ｓｅｑデータが入手可能でなかった。しかし、こうした３つの場合における区切り点は、すべてコード領域にあるので、本発明者らは、区切り点の存在を裏付ける証拠があるか、上記と同じ方法を使用して、対応正常サンプルからのＷＸＳデータを調べた。３つすべての場合において、本発明者らは、対応正常データには、区切り点の裏付けとなるいかなるＷＸＳリードも見出さなかった。
【０２４６】
接合部ＰＣＲおよびｑＲＴ−ＰＣＲ
段階的な接合部ＰＣＲプロトコールは、以下のとおりである。
１．  ９４℃  ３分
２．  ９４℃  ３０秒
３．  ５８℃  ３０秒
４．  ７２℃  １分
５．  ステップ２〜４をさらに３４サイクル繰り返す
６．  ７２℃  ６分
【０２４７】
ｇＤＮＡおよびｃＤＮＡ用のＰＣＲプライマー
ＭＡＸＦ１１６２／ｇＤＮＡ／ｃＤＮＡ
５’ＴＧＴＴＴＧＧＴＡＴＧＧＴＣＣＴＧＧＣＴＣＣ  （配列番号１）
３’ＧＧＣＧＧＡＧＣＴＴＧＣＡＧＴＧＡＡＴＴＧ  （配列番号２）
ＨＢＣｘ１４／ｅｘ３４欠失／ｇＤＮＡ
５’ＴＴＣＣＴＧＡＧＴＧＧＡＧＡＧＣＣＧＡＧ  （配列番号３）
３’ＴＧＴＣＣＡＣＡＧＧＣＧＡＧＧＡＧＴＡＧ  （配列番号４）
ＨＢＣｘ１４／ＥＣＤ／ｇＤＮＡ
５’ＴＧＣＴＴＴＧＣＧＧＡＧＴＴＧＡＡＧＴＴＴＧＧ  （配列番号５）
３’ＡＣＴＴＴＣＣＣＧＴＧＧＣＴＧＧＡＣＴＣ  （配列番号６）
ＨＢＣｘ１４／ＥＣＤ／ｃＤＮＡ
５’ＣＴＧＣＴＣＴＧＣＣＴＧＧＣＧＣＴ  （配列番号７）
３’ＣＧＧＡＡＣＴＴＣＴＴＧＧＴＣＴＣＣＡＧＧＴＣ  （配列番号８）
ＨＢＣｘ１４／Ｅｘ３４融合／ｇＤＮＡ／ｃＤＮＡ
５’ＴＴＣＣＴＧＡＧＴＧＧＡＧＡＧＣＣＧＡＧ  （配列番号９）
３’ＡＣＡＴＧＧＣＣＣＡＣＴＴＴＧＡＧＡＡＴＣＡＣ  （配列番号１０）
３’ＧＣＡＧＴＡＴＣＣＴＴＣＴＡＣＡＡＧＴＧＧＣＴＣ  （配列番号１１）
ＨＣＣ  １５９９／ＲＡＣＥ  ＰＣＲ
３’ＣＧＧＡＡＣＴＴＣＴＴＧＧＴＣＴＣＣＡＧＧＴＣ  （配列番号１２）
ＡＡ１０７７／ｇＤＮＡ
５’ＣＣＧＡＡＣＣＡＡＴＡＣＡＡＣＣＣＴＣＴＧＣ  （配列番号１３）
３’ＧＡＧＴＡＡＴＴＴＡＣＡＧＧＧＡＣＡＧＡＧＴＧＧ  （配列番号１４）
【０２４８】
Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｔａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイのカタログ番号：
ＪＡＧ１／Ｈｓ０１０７００３２＿ｍ１、ＪＡＧ２／Ｈｓ００１７１４３２＿ｍ１、ＤＬＬ１／Ｈｓ００１９４５０９＿ｍ１、ＤＬＬ３／Ｈｓ０１０８５０９６＿ｍ１、ＤＬＬ４／Ｈｓ００１８４０９２＿ｍ１、ＮＯＴＣＨ１／Ｈｓ０１０６２０１４＿ｍ１、ＮＯＴＣＨ２／Ｈｓ０１０５０７０２＿ｍ１、ＮＯＴＣＨ３／Ｈｓ０１１２８５４１＿ｍ１、ＮＯＴＣＨ４／Ｈｓ００９６５８８９＿ｍ１、ＨＥＳ１／Ｈｓ００１７２８７８＿ｍ１、ＨＥＳ４／Ｈｓ００３６８３５３＿ｇ１、ＨＥＹ２／Ｈｓ００２３２６２２＿ｍ１、ＨＥＹＬ／Ｈｓ００２３２７１８＿ｍ１
【０２４９】
配列情報は、表５および添付の配列表において提供する。ヒトＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、およびＮＯＴＣＨ３配列は、２０１４年１１月１２日にＵＣＳＤゲノムブラウザ（２００６年３月（ＮＣＢＩ３６／ｈｇ１８）アセンブリ）から取得した。
【０２５０】
ＮＯＴＣＨ１のゲノム全体の座位は、ｃｈｒ９：１３８，５０８，７１７〜１３８，５６０，０５９に位置する。Ｎｏｔｃｈ１  ｃＤＮＡ（配列番号１５）は、ＮＣＢＩ参考配列：ＮＭ＿０１７６１７のＤＮＡ配列を含む。これは、開始コドンから終止コドンまでのエクソンだけを含むことに留意されたい。Ｎｏｔｃｈ１タンパク質配列（配列番号１６）は、ＮＣＢＩ参考配列：ＮＰ＿０６００８７．３を有する２５５５アミノ酸を含む。Ｎｏｔｃｈ１  ＰＥＳＴドメインは、表５において太字で表示する。
【０２５１】
ＮＯＴＣＨ２のゲノム座位は、ｃｈｒ１：１２０，２５５，６９９〜１２０，４１３，８４０に位置する。Ｎｏｔｃｈ２  ｃＤＮＡ（配列番号１７）は、ＮＣＢＩ参考配列：ＮＭ＿０２４４０８のＤＮＡ配列を含む。これは、開始コドンから終止コドンまでのエクソンだけを含むことに留意されたい。Ｎｏｔｃｈ２タンパク質配列（配列番号１８）は、ＮＣＢＩ参考配列：ＮＰ＿０７７７１９．２を有する２４７１アミノ酸を含む。Ｎｏｔｃｈ２  ＰＥＳＴドメインは、表５において太字で表示する。
【０２５２】
ＮＯＴＣＨ３のゲノム全体の座位は、ｃｈｒ１９：１５，１３１，４４４〜１５，１７２，７９２に位置する。Ｎｏｔｃｈ３  ｃＤＮＡ（配列番号１９）は、ＮＣＢＩ参考配列：ＮＭ＿０００４３５のＤＮＡ配列を含む。これは、開始コドンから終止コドンまでのエクソンだけを含むことに留意されたい。Ｎｏｔｃｈ３タンパク質配列（配列番号２０）は、ＮＣＢＩ参考配列：ＮＰ＿０００４２６．２を有する２３２１アミノ酸を含む。Ｎｏｔｃｈ３  ＰＥＳＴドメインは、表５において太字で表示する。
【０２５３】
【表５−１】
2015120689.tif 000008
【０２５４】
【表５−２】
2015120689.tif 000009
【０２５５】
【表５−３】
2015120689.tif 000010
【０２５６】
【表５−４】
2015120689.tif 000011
【０２５７】
【表５−５】
2015120689.tif 000012
【０２５８】
【表５−６】
2015120689.tif 000013
【０２５９】
【表５−７】
2015120689.tif 000014
【０２６０】
【表５−８】
2015120689.tif 000015
【０２６１】
【表５−９】
2015120689.tif 000016
【０２６２】
【表５−１０】
2015120689.tif 000017
【０２６３】
【表５−１１】
2015120689.tif 000018
【０２６４】
【表５−１２】
2015120689.tif 000019
【０２６５】
【表５−１３】
2015120689.tif 000020
【０２６６】
【表５−１４】
2015120689.tif 000021
【０２６７】
【表５−１５】
2015120689.tif 000022
【０２６８】
【表５−１６】
2015120689.tif 000023
【０２６９】
【表５−１７】
2015120689.tif 000024
【０２７０】
【表５−１８】
2015120689.tif 000025
【０２７１】
【表５−１９】
2015120689.tif 000026
【０２７２】
本明細書で引用したすべての刊行物および特許出願は、個々の各刊行物または特許出願が参照により援用されることを明確かつ個別に示したかのように、参照により本明細書に援用される。前述の発明について、実例および実施例を通してある程度詳細に述べてきたが、当業者には、本発明の教示に照らして、添付の請求項の真意または範囲から逸脱することなく、ある一定の変更および改変がこれに対してなされてもよいことが直ちに明白となろう。
【図１】
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【図４】
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【図５】
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【図２】
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【図３】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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