(57)【要約】  本発明は、インターフェロン不使用治療を受けたＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）患者の多様な集団において、第１９番染色体上のＩＬ２８Ｂ遺伝子近傍の一塩基多型（ＳＮＰ）とウイルス学的転帰との間に存在する関連の発見に基づく。【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の早期ウイルス負荷減少を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在していない被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療による早期ウイルス負荷減少の可能性がより高いことを示す、方法。
【請求項２】
前記直接作用性抗ウイルス剤が、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤またはＨＣＶポリメラーゼ阻害剤より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤が、ダノプレビル、ボセプレビル、テラプレビル、バニプレビル、およびナルラプレビルからなる群より選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が、ＲＧ７１２８、ＡＮＡ−５９８、ＡＢＴ−３３３、ＶＸ−２２２、ＢＩ−２０７１２７、およびフィリブビルからなる群より選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記被験体が遺伝子型１のＨＣＶに感染している、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の早期ウイルス負荷減少を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＴアレルまたは１つのＴアレルおよび１つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣＣアレルが存在している被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療による早期ウイルス負荷減少の可能性がより低いことを示す、方法。
【請求項７】
前記直接作用性抗ウイルス剤が、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤またはＨＣＶポリメラーゼ阻害剤より選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤が、ダノプレビル、ボセプレビル、テラプレビル、バニプレビル、およびナルラプレビルからなる群より選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が、ＲＧ７１２８、ＡＮＡ−５９８、ＡＢＴ−３３３、ＶＸ−２２２、ＢＩ−２０７１２７、およびフィリブビルからなる群より選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記被験体が遺伝子型１のＨＣＶに感染している、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
ＨＣＶに感染したヒト被験体において持続的ウイルス陰性化を達成するための、少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療の期間を選択する方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在していない被験体に比較して、持続的ウイルス陰性化を達成するための前記インターフェロン不使用治療の期間がより短いことを示す、方法。
【請求項１２】
前記直接作用性抗ウイルス剤が、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤またはＨＣＶポリメラーゼ阻害剤より選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤が、ダノプレビル、ボセプレビル、テラプレビル、バニプレビル、およびナルラプレビルからなる群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が、ＲＧ７１２８、ＡＮＡ−５９８、ＡＢＴ−３３３、ＶＸ−２２２、ＢＩ−２０７１２７、およびフィリブビルからなる群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記被験体が遺伝子型１のＨＣＶに感染している、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の応答を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在していない被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療に対して、前記被験体によって早期ウイルス陰性化または持続的ウイルス陰性化が達成される可能性がより高いことを示す、方法。
【請求項１７】
前記直接作用性抗ウイルス剤が、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤またはＨＣＶポリメラーゼ阻害剤より選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤が、ダノプレビル、ボセプレビル、テラプレビル、バニプレビル、およびナルラプレビルからなる群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が、ＲＧ７１２８、ＡＮＡ−５９８、ＡＢＴ−３３３、ＶＸ−２２２、ＢＩ−２０７１２７、およびフィリブビルからなる群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記被験体が遺伝子型１のＨＣＶに感染している、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の応答を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＴアレルまたは１つのＴアレルおよび１つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在している被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療に対して、前記被験体によって早期ウイルス陰性化または持続的ウイルス陰性化が達成されない可能性がより高いことを示す、方法。
【請求項２２】
前記直接作用性抗ウイルス剤が、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤またはＨＣＶポリメラーゼ阻害剤より選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤が、ダノプレビル、ボセプレビル、テラプレビル、バニプレビル、およびナルラプレビルからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が、ＲＧ７１２８、ＡＮＡ−５９８、ＡＢＴ−３３３、ＶＸ−２２２、ＢＩ−２０７１２７、およびフィリブビルからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記被験体が遺伝子型１のＨＣＶに感染している、請求項２１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、薬理学的治療に対するＣ型肝炎（ＨＣＶ）感染患者の応答を予測するのに有用な方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
慢性Ｃ型肝炎のための標準治療は、ペグインターフェロンに加えてリバビリンの組み合わせである１。標準治療での治療後、全持続的ウイルス陰性化（ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ）（ＳＶＲ）率は、およそ５０％である２−４が、個々の患者がＳＶＲを達成するかどうかを予測することは困難である。
【０００３】
ＳＶＲを達成する可能性は、患者およびウイルス要因の群により変動する。例えば、より若い患者、白人およびアジア人患者、ならびに進行した肝線維症を伴わない個体は、治療後にＨＣＶ感染を一掃する可能性がより高い５−８。同様に、遺伝子型１ではなく、ＨＣＶ遺伝子型２または３に感染している患者、ならびに血清中に低いベースラインＨＣＶ  ＲＮＡレベルを有する患者は、治癒する可能性が最も高い２−４、６、８。
【０００４】
ＳＶＲのより正確な予測は、現在、治療開始後にのみ可能である。ＨＣＶ遺伝子型にかかわらず、治療４または１２週後にＨＣＶ  ＲＮＡを一掃する個体は、持続性ウイルス血症を有するものよりも、ＳＶＲを達成する可能性がはるかに高い９。迅速なウイルス陰性化（ＲＶＲ、第４週でＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能）は、ＳＶＲの強い予測因子である；逆に、早期ウイルス陰性化（ＥＶＲ、第１２週でＨＣＶ  ＲＮＡの２対数より大きい減少）を達成するのに失敗することは、前治療特性とは独立に、非応答の強い予測因子である１０。
【０００５】
標準治療に対する潜在的な応答者と非応答者との間をプロスペクティブに区別することが可能であれば、慢性Ｃ型肝炎患者の治療に大きな影響を与えうる。治療決定は、患者が標準治療に応答する可能性に基づいて個別化されうる。例えば、現在の標準治療でＳＶＲを達成する可能性が最低である患者は、直接作用性抗ウイルス剤が利用可能になるまで治療を延期するかもしれない。逆に、ＳＶＲを達成する可能性が高い患者は、既知の実体である治療措置を用いて、直ちに療法を開始することを好むかもしれない。
【０００６】
宿主およびウイルス要因に加えて、宿主遺伝的多様性もまた、標準治療での治療に対する応答に影響を及ぼす１１。ゲノム全体の関連研究からの最近の証拠によって、ＩＬ−２８ｂ遺伝子のプロモーター領域における一塩基多型（ＳＮＰ）は、ペグインターフェロンに加えてリバビリンで治療された患者におけるＳＶＲの可能性に強い影響を発揮することが示唆されている１２−１４。しかし、インターフェロン不使用措置に対する宿主ＩＬ−２８ｂ遺伝子型の影響は知られていない。
【発明の概要】
【０００７】
本発明は、ｒｓ１２９７９８６０の位置でのＳＮＰ遺伝子型とインターフェロン不使用措置で治療された患者におけるウイルス動態との間の関連の発見に基づく。１つの態様において、本発明は、少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の早期ウイルス負荷減少を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在していない被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療による早期ウイルス負荷減少の可能性がより高いことを示す、方法を提供する。
【０００８】
別の態様において、本発明は、少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の早期ウイルス負荷減少を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＴアレルまたは１つのＴアレルおよび１つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣＣアレルが存在している被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療による早期ウイルス負荷減少の可能性がより低いことを示す、方法を提供する。
【０００９】
別の態様において、本発明は、ＨＣＶに感染したヒト被験体において持続的ウイルス陰性化を達成するための、少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療の期間を選択する方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在していない被験体に比較して、持続的ウイルス陰性化を達成するための前記インターフェロン不使用治療の期間がより短いことを示す、方法を提供する。
【００１０】
さらなる態様において、本発明は、少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の応答を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在していない被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療に対して、前記被験体によって早期ウイルス陰性化または持続的ウイルス陰性化が達成される可能性がより高いことを示す、方法を提供する。
【００１１】
なおさらなる態様において、本発明は、少なくとも１つの直接作用性抗ウイルス剤を含むインターフェロン不使用治療に対する、ＨＣＶに感染したヒト被験体の応答を予測するための方法であって、前記ヒト被験体由来の試料を提供すること、および一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定することを含み、ここで、前記被験体において、ｒｓ１２９７９８６０における２つのＴアレルまたは１つのＴアレルおよび１つのＣアレルの存在が、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレルが存在している被験体に比較して、前記インターフェロン不使用治療に対して、前記被験体によって早期ウイルス陰性化または持続的ウイルス陰性化が達成されない可能性がより高いことを示す、方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】遺伝子型（ＣＣ対非ＣＣ）によるウイルス負荷（ＩＵ／ｍｌ）減少の分布、コホートＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、１４日目。囲みは分布の２５〜７５パーセンタイル範囲を示し、そして中央の線は中央値を示す。囲みの上部および下部の点線は、それぞれ、分布の７５〜１００パーセンタイルおよび０〜２５パーセンタイル範囲を示す。青い点は、分布平均を示す。
【図２】遺伝子型によるウイルス負荷（ＩＵ／ｍｌ）減少、コホートＦおよびＧ。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本発明の理解を容易にするため、いくつかの用語を以下で定義する。本明細書で定義する用語は、本発明に関連する分野の当業者によって、一般的に理解される意味を有する。「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」のような用語は、単数の実体のみを指すとは意図されず、例示のためにその具体例が使用されうる一般的な種類を含む。本明細書の用語法は、本発明の特定の態様を記載するために用いられるが、その用法は、特許請求の範囲に概略されるものを除いて、本発明の限界を定めない。
【００１４】
治療に対する用語「応答」は、薬剤の投与に対する望ましい応答である。「インターフェロン不使用治療」は、外因性インターフェロンまたは以下に定義するようなペグ化インターフェロンの使用を伴わない、患者の治療を指す。ウイルス学的終点には、ベースラインから１２週までの血清ＨＣＶ  ＲＮＡ（「ウイルス負荷」）の≧２対数の低下として定義される「早期ウイルス陰性化」（ＥＶＲ）（Ｃｏｂａｓ  Ａｍｐｌｉｃｏｒ  ＨＣＶ  Ｍｏｎｉｔｏｒ  Ｔｅｓｔ，ｖ２．０による、定量化限界６００ＩＵ／ｍｌ）、血清中のＨＣＶ  ＲＮＡ検出不能として定義される完全ＥＶＲ（ｃＥＶＲ）（Ｃｏｂａｓ  Ａｍｐｌｉｃｏｒ  ＨＣＶ  Ｔｅｓｔ  ｖ２．０による、検出限界５０ＩＵ／ｍｌ）、またはおよび２４週の無治療追跡期間終了時のＨＣＶ  ＲＮＡ検出不能（＜５０ＩＵ／ｍｌ）として定義される「持続的ウイルス陰性化」（ＳＶＲ）が含まれた。
【００１５】
用語「試料」または「生物学的試料」は、個体から単離される組織または体液の試料を指し、例えば、組織生検、血漿、血清、全血、脊髄液、リンパ液、皮膚、呼吸器、腸管および尿生殖器管の外切片（ｅｘｔｅｒｎａｌ  ｓｅｃｔｉｏｎ）、涙、唾液、ミルク、血球、腫瘍、臓器が挙げられるが、これらに限定されない。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞培養物構成要素（培地中の細胞の増殖から生じる馴化培地、推定上のウイルス感染細胞、組換え細胞、および細胞構成要素が挙げられるが、これらに限定されない）の試料も含まれる。
【００１６】
用語「インターフェロン」および「インターフェロン−アルファ」は、本明細書において交換可能に用いられ、ウイルス複製および細胞増殖を阻害し、そして免疫反応を調節する、相同性の高い種特異的タンパク質ファミリーを指す。典型的で適切なインターフェロンとしては、インターフェロンアルファ−２、例えばＳｃｈｅｒｉｎｇ社、ニュージャージー州ケニルワースより入手可能なＩｎｔｒｏｎ（登録商標）Ａインターフェロン、組換えインターフェロン・アルファ−２ａ、例えばＨｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ、ニュージャージー州ナットレーより入手可能なＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａインターフェロン、組換えインターフェロンアルファ−２Ｃ、例えばＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，  Ｉｎｃ．、コネチカット州リッジフィールドより入手可能なＢｅｒｏｆｏｒ（登録商標）アルファ２インターフェロン、インターフェロンアルファ−ｎ１、天然アルファインターフェロンの精製ブレンド、例えば住友、日本より入手可能なＳｕｍｉｆｅｒｏｎ（登録商標）、またはＧｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．、英国ロンドンより入手可能なＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロンアルファ−ｎ１（ＩＮＳ）、あるいはコンセンサスアルファインターフェロン、例えば米国特許第４，８９７，４７１号および第４，６９５，６２３号（特に、その実施例７、８または９）に記載されるもの、ならびにＡｍｇｅｎ，  Ｉｎｃ．、カリフォルニア州ニューベリーパークより入手可能な特定の製品、あるいはインターフェロンアルファ−ｎ３、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓよって製造され、そしてＰｕｒｄｕｅ  Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃｏ．、コネチカット州ノーウォークよりＡｌｆｅｒｏｎ登録商標の下に入手可能な天然アルファインターフェロンの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。インターフェロンアルファ−２ａまたはアルファ−２ｂの使用が好ましい。インターフェロンは、以下に定義するようなペグ化インターフェロンも含みうる。
【００１７】
用語「ペグ化インターフェロン」、「ペグ化インターフェロンアルファ」および「ペグインターフェロン」は、本明細書において交換可能に用いられ、インターフェロンアルファ、好ましくは、インターフェロンアルファ−２ａおよびアルファ−２ｂのポリエチレングリコール修飾コンジュゲートを意味する。典型的で適切なペグ化インターフェロンアルファとしては、Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）およびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００１８】
用語「リバビリン」は、合成非インターフェロン誘導性広域抗ウイルスヌクレオシド類似体であり、名称Ｖｉｒａｚｏｌｅ（登録商標）およびＣｏｐｅｇｕｓ（登録商標）の下に入手可能である、化合物、１−（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）−３，４−ジヒドロキシ−５−ヒドロキシメチル−テトラヒドロ−フラン−２−イル）−１Ｈ−［１，２，４］トリアゾール−３−カルボン酸アミドを指す。
【００１９】
「直接作用性抗ウイルス剤」は、免疫機能とは独立に特異的抗ウイルス効果を発揮する。ＨＣＶに関する直接作用性抗ウイルス剤の例としては、プロテアーゼ阻害剤、ポリメラーゼ阻害剤、ＮＳ５Ａ阻害剤、ＩＲＥＳ阻害剤およびヘリカーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【００２０】
用語「ＲＧ７１２８」および「ＲＯ５０２４０４８」は交換可能に用いられ、そしてＨＣＶ  ＮＳ５Ｂ  ＲＮＡポリメラーゼの阻害剤である、シトシンヌクレオシド類似体ｂ−Ｄ−２｀−デオキシ−２｀−フルオロ−２｀−Ｃ−メチシチジン（ｍｅｔｈｙｃｙｔｉｄｉｎｅ）のジイソブチルエステルプロドラッグを指す。他のＨＣＶ  ＮＳ５Ｂポリメラーゼ阻害剤としては、Ａｎａｄｙｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓの「ＡＮＡ−５９８」、Ａｂｂｏｔｔの「ＡＢＴ−３３３」、Ｖｅｒｔｅｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓの「ＶＸ−２２２」、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍの「ＢＩ−２０７１２７」、およびＰｆｉｚｅｒの「フィリブビル」が挙げられる。
【００２１】
用語「ダノプレビル」、「ＲＧ７２２７」、「ＲＯ５１９０５９１」および「ＩＴＭＮ−１９１」は交換可能に用いられ、そしてＨＣＶ  ＮＳ３／４Ａプロテアーゼの大環状ペプチド擬似体阻害剤、４−フルオロ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−カルボン酸（Ｚ）−（１Ｓ，４Ｒ，６Ｓ，１４Ｓ，１８Ｒ）−１４−ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニルアミノ−４−シクロプロパンスルホニルアミノカルボニル−２，１５−ジオキソ−３，１６−ジアザ−トリシクロ［１４．３．０．０＊４，６＊］ナノデク−７−エン−１８−イルエステルを指す。他のＨＣＶ  ＮＳ３およびＮＳ３／４Ａプロテアーゼ阻害剤としては、「ボセプレビル」または「ＳＣＨ−５０３０３４」：  （１Ｒ，５Ｓ）−Ｎ−［３−アミノ−１（シクロブチルメチル）−２，３−ジオキソプロピル］−３−［２（Ｓ）−［［［（１，１−ジメチルエチル）アミノ］カルボニル］アミノ］−３，３−ジメチル−１−オキソブチル］−６，６−ジメチル−３−アザビシクロ［３．１．０］ヘキサン−（Ｓ）−カルボキサミド；および「テラプレビル」または「ＶＸ−９５０」：  （１Ｓ，３ａＲ，６ａＳ）−２−［（２Ｓ）−２−［［（２Ｓ）−シクロヘキシル［（ピラジニルカルボニル）アミノ］アセチル］アミノ］−３，３−ジメチルブタノイル］−Ｎ−［（１Ｓ）−１−［（シクロプロピルアミノ）オキソアセチル］ブチル］オクタヒドロシクロペンタ［ｃ］ピロール−１−カルボキサミド；「バニプレビル」または「ＭＫ−７００９」：（１Ｒ，２１Ｓ，２４Ｓ）−２１−ｔｅｒｔ−ブチル−Ｎ−（（１Ｒ，２Ｒ）−１−｛［（シクロプロピルスルホニル）アミノ］カルボニル｝−２−エチルシクロプロピル）−１６，１６−ジメチル−３，１９，２２−トリオキソ−２，１８−ジオキサ−４，２０，２３−トリアザテトラシクロ［２１．２．１．１．０］ヘプタコサ−６，８，１０−トリエン−２４−カルボキサミド；および「ナルラプレビル」または「ＳＣＨ−９００５１８」：  （１Ｒ，２Ｓ，５Ｓ）−３−（（Ｓ）−２−（３−（１−（ｔｅｒｔ−ブチルスルホニルメチル）シクロヘキシル）ウレイド）−３，３−ジメチルブタノイル）−Ｎ−（（Ｓ）−１−（シクロプロピルアミノ）−１，２−ジオキソヘプタン−３−イル）−６，６−ジメチル−３−アザビシクロ［３．１．０］ヘキサン−２−カルボキサミドが挙げられる。
【００２２】
慢性Ｃ型肝炎（ＣＨＣ）患者に関して、標準治療またはＳＯＣと称される、現在推奨される第一選択治療は、遺伝子型１または４のウイルスを保有する患者においては４８週間、そして遺伝子型２または３のウイルスを保有する患者においては２４週間の、リバビリンと組み合わせたペグ化インターフェロンアルファである。リバビリンとの併用治療は、１回またはそれより多いインターフェロンアルファ療法コースの後に再発した患者において、ならびに以前未治療である患者において、インターフェロンアルファ単独療法よりもより有効であることが見出された。しかし、リバビリンは、催奇性および発癌性を含む重大な副作用を示す。さらに、リバビリンは、患者のおよそ１０〜２０％において、用量減少またはリバビリン療法の中断を要する、溶血性貧血を引き起こすが、これは赤血球におけるリバビリン三リン酸の集積に関連する可能性がある。したがって、治療費および副作用の発生を減少させるため、有効性を損なうことなく、治療をより短い期間にすることが望ましい。リバビリンとペグ化インターフェロンアルファでの遺伝子型１の患者のための短縮「治療期間」は、例えば２４週間であろう。直接作用性抗ウイルス剤での遺伝子型１の患者のための短縮治療期間は、８週間、１２週間、または１６週間と同程度に短いことも可能である。
【００２３】
本明細書において使用される場合、用語「アレル」および「アレル変異体」は、イントロン、エクソン、イントロン／エクソン結合部、ならびに遺伝子またはその一部と関連する３’および／または５’非翻訳領域を含む、遺伝子の代替型を指す。一般的に、アレルは相同染色体上で、同じ遺伝子座または位置を占める。被験体がある遺伝子の２つの同一アレルを有する場合、被験体は、その遺伝子またはアレルに関してホモ接合性であるという。被験体がある遺伝子の２つの異なるアレルを有する場合、被験体は、その遺伝子に関してヘテロ接合性であるという。特定の遺伝子のアレルは、単一ヌクレオチドで、または数ヌクレオチドで互いに異なっていてもよく、ヌクレオチドの置換、欠失、および挿入を含んでもよい。
【００２４】
本明細書において使用される場合、用語「多型」は、エクソンおよびイントロン、またはその一部（例えばアレル変異体）を含む、核酸の１より多い型の共存を指す。少なくとも２つの異なる型、すなわち２つの異なるヌクレオチド配列がある遺伝子部分を、遺伝子の多型領域と称する。多型領域は、単一ヌクレオチド、すなわち「一塩基多型」または「ＳＮＰ」であってもよく、その同一性は異なるアレルで異なる。多型領域はまた、長さ数ヌクレオチドであってもよい。
【００２５】
多型を検出するための多くの方法が知られており、本発明と組み合わせて使用されうる。一般的には、これらは、直接（例えばｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）または間接的に（二次分子、例えばタンパク質配列またはタンパク質結合に対する変化を同定する）、根底にある核酸配列における１以上の突然変異を同定することを含む。
【００２６】
多型を検出するための１つのよく知られた方法は、突然変異または多型部位と重複し、そして突然変異または多型領域周囲で、約５、１０、２０、２５、または３０ヌクレオチドを有するプローブを使用するアレル特異的ハイブリダイゼーションである。キットでの使用のために、例えば、アレル変異体、例えば一塩基多型に特異的にハイブリダイズ可能ないくつかのプローブが使用者に提供されるか、あるいはそれらをさらに固相支持体、例えばビーズまたはチップに付着させる。
【００２７】
一塩基多型「ｒｓ２８４１６８１３」、「ｒｓ１２９７９８６０」、および「ｒｓ８１０３１４」は、ＳＮＰデータベース（ｄｂＳＮＰ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／）中のアクセッション番号によって同定されるＳＮＰを指し、ヒト第１９番染色体上のＩＬ２８ｂ遺伝子およびそのプロモーター領域内に位置する。
【００２８】
インターフェロン応答性に関するベースライン遺伝的予測因子の利用は、直接作用性抗ウイルス療法、ならびにインターフェロンを用いた標準治療を調整することを可能にする。インターフェロン応答性が劣っていると定義される患者、すなわちｒｓ１２９７９８６０における２つのＴアレル（あるいはｒｓ８１０３１４２の２つのＣアレルまたはｒｓ２８４１６８３の２つのＧアレル）は、内因性または外因性インターフェロン仲介経路の相加的または相乗的効果に依存する小分子療法剤に関しては劣った候補者である可能性があり、これらがＳＯＣに加えて単一の剤として提供される場合は特にそうである。これらの患者は、有効な単一療法の結果、薬剤耐性突然変異を発展させるリスクが高いことが懸念されるであろう。
【００２９】
逆に、インターフェロン応答性表現型を有する患者、すなわちｒｓ１２９７９８６０における２つのＣアレル（あるいはｒｓ８１０３１４２の２つのＴアレルまたはｒｓ２８４１６８３の２つのＣアレル）は、ＳＯＣ単独の、または小分子と組み合わせた、より短いコースの療法の上位の候補となるであろう。インターフェロン応答性に対する遺伝的素因が可能にするさらなる考察は、直接作用性抗ウイルス剤の組み合わせの「調整」である。許容されうる内因性インターフェロン応答性を有すると予測される患者は、ウイルス機能をターゲットとする薬剤、例えば内因性インターフェロン応答に対しても阻害的役割を有するプロテアーゼ阻害剤、の優れた候補である可能性があり、そしてウイルス性ＰＡＭＰ（病原体関連分子パターン、例えばポリメラーゼ阻害剤）の量を減少させる薬剤のより劣った候補である可能性があり、これは、これらが患者の内因性インターフェロン応答性を介して患者自身の治癒を促進する患者の能力を損なうように働く可能性があるためである。同様に、インターフェロン応答性が劣っていると予測される患者は、直接作用性抗ウイルス剤単独、または三重療法（ＳＯＣと１つのＤＡＡ）と比較して、第一選択療法としての「四重」療法（２つの直接作用性抗ウイルス剤がリバビリンを伴うペグインターフェロンに追加される）の候補である可能性がある。
【００３０】
ＩＮＦＯＲＭ−１試験の分析結果（実施例セクションに記載される）は、インターフェロン応答性の表現型および劣ったインターフェロン応答性の表現型が、ＳＯＣの非存在下で、ＣＨＣ治療のための２つ組み合わせた直接作用性抗ウイルス剤に対して、早期の相違を示すことを示唆する。早期応答は、ＳＯＣで治療したＣＨＣ患者に関して、持続的ウイルス陰性化と相関することが知られているため、インターフェロン応答性のマーカーは、潜在的に、インターフェロン不使用治療のガイダンスのために使用可能である。例えば、インターフェロン応答性表現型の指標であるｒｓ１２９７９８６０に２つのＣアレル（あるいはｒｓ８１０３１４２の２つのＴアレルまたはｒｓ２８４１６８３の２つのＣアレル）を持つ患者集団は、劣ったインターフェロン応答性表現型の指標であるｒｓ１２９７９８６０中の２つのＴアレル（あるいはｒｓ８１０３１４２の２つのＣアレルまたはｒｓ２８４１６８３の２つのＧアレル）を持つ患者集団に比較して、より短い期間または減少させた投薬量の、ＳＯＣを伴わない２つ以上組み合わせた直接作用性抗ウイルス剤で、ＳＶＲを達成する可能性がある。また、臨床および他の実験室パラメータと組み合わせてＩＬ２８Ｂ遺伝子型を用いて、インターフェロン含有およびインターフェロン不使用治療の中から、個々の患者に最適な治療措置を選択することが可能である。可能な場合、ＳＶＲを達成するのに必要な治療の予期される期間および強度を最小限にすることによって、副作用率の観点から薬剤安全性を、そして治療コンプライアンス率の観点から有効性を改善することが可能である。
【実施例】
【００３１】
１．方法
１．１  研究設計およびＤＮＡ試料収集
ＩＮＦＯＲＭ−１試験に登録された慢性Ｃ型肝炎（ＣＨＣ）患者に対して、ＩＬ２８Ｂ多型に関する遺伝子型分析を行った。ＩＮＦＯＲＭ−１試験の目的は、ＣＨＣの現在の標準治療（ＳＯＣ）であるペグ化されたインターフェロンまたはリバビリンを伴わない、２つの実験的直接作用性抗ウイルス剤（ＤＡＡ）の組み合わせが、安全に投与可能であり、そして耐性の発生なしに有意な抗ウイルス活性を提供可能であることを立証することであった。研究薬剤は、ＨＣＶ  ＮＳ５Ｂ  ＲＮＡポリメラーゼの阻害剤であるシトシンヌクレオシド類似体β−Ｄ−２’−デオキシ−２’−フルオロ−２’−Ｃ−メチルシチジンのジイソブチルエステルプロドラッグ、ＲＧ７１２８（ＲＯ５０２４０４８としてもまた知られる）、およびＨＣＶ  ＮＳ３／４Ａプロテアーゼの大環状ペプチド擬似体阻害剤であるダノプレビル（ＲＧ７２２７、ＲＯ５１９０５９１およびＩＴＭＮ−１９１としてもまた知られる）からなった。どちらもＨＣＶに対して、強力なｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏ活性を有し、そして本研究時、どちらの化合物も第Ｉ相開発中であった。
【００３２】
ＩＮＦＯＲＭ−１は、第１ｂ期の無作為化二重盲検プラセボ対照用量増大試験であった。適格な患者は、慢性的な遺伝子型１のＨＣＶ感染を伴い、肝硬変を伴わず、かつ１０５ＩＵ／ｍＬの最小ベースラインＨＣＶ  ＲＮＡ（Ｒｏｃｈｅ  Ｔａｑｍａｎアッセイ）を伴う、子どもを設ける可能性がない（ｎｏｎ−ｃｈｉｌｄ−ｂｅａｒｉｎｇ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ）１８〜６５歳の間の男性および女性であった。研究には、ＳＯＣ治療未経験、治療失敗（ＴＦ）、およびヌル応答者の患者が含まれた。治療未経験は、ＣＨＣに関して、インターフェロンに基づく治療措置を受けたことがない、と定義した；治療失敗（非ヌル）は、再発患者（ＳＯＣを受けている間、ＨＣＶ  ＲＮＡが検出限界未満であったが、療法中断後に再発した患者）または部分的応答者（以前のＳＯＣに際して、治療１２週後、少なくとも２  ｌｏｇ１０単位のＨＣＶ  ＲＮＡ減少を示したが、ＨＣＶ  ＲＮＡが常に血中で検出可能なままであった患者）のいずれか、と定義した。ヌル応答者は、１ヶ月でＨＣＶ  ＲＮＡの１  ｌｏｇ１０単位未満の減少および／または先のＳＯＣ療法の１２週後に２ｌｏｇ１０未満の減少を示した。登録された患者を、表１にしたがって研究治療またはプラセボのいずれかに無作為化した。コホートＢ〜Ｇは、１３日間の実験的療法を受けた。すべてのコホートが有意なウイルス負荷減少を示したが、コホートＣ、Ｄ、Ｆ、およびＧは、研究薬剤の最高の用量を投与され、そして同等の曝露を受けた。これらのコホートはまた、ウイルス負荷の同様の減少も示した。
【００３３】
【表１】
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【００３４】
研究治療完了に際して、患者は治療中の医師の裁量で、ＳＯＣ治療の開始を許された。
【００３５】
ＣＯＢＡＳ  ＴａｑＭａｎ  ＨＣＶアッセイ、バージョン２（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、定量下限４３ＩＵ／ｍＬおよび検出下限１５ＩＵ／ｍＬで、血漿ＨＣＶ  ＲＮＡレベルを測定した。スクリーニング時、ベースライン時、および治療時に研究薬剤投与終了まで複数回、ならびに追跡調査９０日間に渡って、ＨＣＶ  ＲＮＡレベルを測定した。
【００３６】
研究設計のさらなる詳細、包含および排除基準、ならびにこれらの試験の一次結果は、別の場所で公表する。
【００３７】
遺伝的分析に参加することに同意した患者から遺伝的分析のための血液試料を収集し、Ｒｏｃｈｅ試料リポジトリに保存した。Ｒｏｃｈｅ試料リポジトリでＤＮＡを抽出し、そして５０ｎｇ／μＬに規準化した。
【００３８】
１．２  データ分析
１４日間、異なる用量の併用療法を受けた５３人の患者（３７人の治療未経験者、８人のＳＯＣに対する部分的応答者／再発者である以前の治療失敗患者、および８人のＳＯＣに対するヌル応答者）を研究した。未経験患者を、治療薬の投薬量およびスケジューリングが異なる４つの治療コホートに無作為化した。ＩＬ２８Ｂ遺伝子および上流領域の部分を直接配列決定することによって、ｒｓ２８４１６８１３、ｒｓ１２９７９８６０、およびｒｓ８１０３１４２遺伝子座の遺伝子型を決定した。インターフェロン不使用療法の１３日間、ならびに続くＳＯＣの４週および１２週後のウイルス動態プロファイルを、遺伝子型によって比較した。分析目的のため、最低投薬量コホート（Ｂ）は考慮しなかった。
【００３９】
２．結果
５３人のＩＮＦＯＲＭ  １患者すべてに関して、ｒｓ１２９７９８６０遺伝子型の全頻度は、ＣＣ−２８．３％、ＣＴ−５８．５％、およびＴＴ−１３．２％であった。ＣＣ遺伝子型頻度は、高用量コホートの間で同様であった（ｎ＝４５）（表２）。ｒｓ２８４１６８１３およびｒｓ８１０３１４２に関する遺伝子型結果は、ｒｓ１２９７９８６０に関するものと本質的に同一であった。
【００４０】
【表２】
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【００４１】
ウイルス動態における相違（研究した患者の数が少数であったため、統計的に有意ではない）を、患者をｒｓ１２９７９８６０遺伝子型によって層別化した際、ＩＦＮ不使用治療１３日間に渡って観察した。
【００４２】
同等の用量の研究薬剤を投与された患者に関して（図１、表３）、ｒｓ１２９７９８６０のＣＣ遺伝子型を保有する患者は、療法１４日後、他の遺伝子型よりも、およそ０．５  ｌｏｇ１０単位の平均ウイルス負荷減少を示し、そして応答分布は、非ＣＣ遺伝子型患者に比較して、シフトする。
【００４３】
【表３】
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【００４４】
遺伝子型によるウイルス動態の相違は、研究薬剤の最高用量を投与された患者において、最も容易に観察された（図２）。
【００４５】
これらのデータは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、Ｃ型肝炎のためのインターフェロン不使用治療を受けている患者において、早期ウイルス動態に影響を及ぼす可能性があるが、インターフェロン含有治療に関するよりも低い度合いであるようであることを示唆する。この観察は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型情報が、内因性インターフェロン応答性を反映するという仮説と一致する。ＩＬ２８Ｂ遺伝子型情報は、インターフェロン不使用およびインターフェロン含有措置の両方に関して、薬剤、投薬量、または期間に関して、ＣＨＣ治療の選択を通知しうる。
【００４６】
本明細書に開示し、特許請求の範囲に記載した組成物および／または方法はすべて、本開示を踏まえると、過度の実験を伴わずに、作製および実行可能である。好ましい態様に関して本発明の組成物および方法を記載してきたが、当業者には、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書記載の組成物および／または方法に対して、そして方法の工程において、または工程の順序において、変動を適用してもよいことが明らかであろう。当業者には明らかな、すべてのそのような類似の置換および改変は、添付の特許請求の範囲によって定義される、本発明の精神、範囲および概念内にあると見なされる。
【００４７】
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【図１】
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【図２】
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【国際調査報告】
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