(57)【要約】  本発明は、疾患マーカーの存在のための被験者の血液サンプルを分析する方法であり、前記方法は次のステップ、（ａ）無核血液細胞、好ましくは、血小板細胞から核酸を抽出し、前記血液サンプル中の、無核血液細胞抽出核酸各分を提供するステップ、及び（ｂ）前記無核血液細胞抽出核酸画分を疾患マーカーの存在のために分析するステップを含み、前記疾患マーカーが、前記被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的変異であるか、前記疾患マーカーが、前記被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的発現プロフィルである。【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾患マーカーの存在のための被験者の血液サンプルを分析する方法であり、前記方法は次のステップ、
（ａ）無核血液細胞、好ましくは、血小板細胞から核酸を抽出し、前記血液サンプル中の、無核血液細胞抽出核酸各分を提供するステップ、及び
（ｂ）前記無核血液細胞抽出核酸画分を疾患マーカーの存在のために分析するステップを含み、
前記疾患マーカーが、前記被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的変異であるか、
前記疾患マーカーが、前記被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的発現プロフィルである、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であり、前記無核血液細胞が血小板細胞又は血小板であり、特に血小板細胞である、方法。
【請求項３】
請求項１又は２のいずれか一項に記載の方法であり、前記疾患が、癌、自己免疫疾患、皮膚疾患、眼疾患、内分泌疾患、神経疾患及び心血管疾患からなる群から選択される、方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であり、前記疾患が癌であり、好ましくは前記癌が、結腸、膵臓、脳、膀胱癌、乳癌、前立腺癌、肺癌、乳癌、卵巣、子宮、肝臓、腎臓、脾臓、胸腺、甲状腺、神経組織、上皮組織、リンパ節、骨、筋肉及び皮膚から選択される固形腫瘍癌である、方法。
【請求項５】
請求項１乃至４のいずれか一項に記載の方法であり、前記疾患特異的変異が染色体遺伝子であるか、前記疾患特異的発現プロフィルが染色体遺伝子のものである、方法。
【請求項６】
請求項１乃至５のいずれか一項に記載の方法であり、前記核酸が、リボ核酸（ＲＮＡ）、好ましくはｍＲＮＡである、方法。
【請求項７】
請求項１乃至６のいずれか一項に記載の方法であり、前記疾患マーカーの存在のための前記無核血液細胞抽出核酸画分の分析ステップ（ｂ）は次の選択的増幅：
（ｉ）少なくとも１つの核酸変異特異的増幅プライマー又はプローブを用いる逆転写ポリメラーゼ連鎖反応による前記変異の増幅、又は
（ｉｉ）前記ｍＲＮＡをコード化する染色体遺伝子の発現レベルを決定し、それにより前記遺伝子の発現プロフィルを提供し、かつ前記発現プロフィルを参照プロフィルと比較するために、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応による複数のｍＲＮＡの増幅、を含む。
【請求項８】
請求項１乃至７のいずれか一項に記載の方法であり、前記方法が、被験者の前記疾患の診断方法の一部であり、かつ前記無核血液細胞抽出核酸画分内の前記疾患マーカーの存在が、前記疾患を患う前記被験者を指示する、方法。
【請求項９】
被験者の疾患治療の有効性を決定する方法であり、前記方法は：
−最初の時点で請求項１乃至８のいずれか一項に記載の血液サンプル分析方法を用いて疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルを分析し、それにより前記被験者の前記疾患マーカーのレベルの第１の値を与え；
−前記最初の時点よりも前後、好ましくは後の第２の時点で、請求項１乃至８のいずれか一項に記載の血液サンプル分析方法を用いて疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルを分析し、それにより前記被験者の前記疾患マーカーのレベルの第２の値を与え、前記被験者が前記第１及び第２の時点の間に疾患治療の対象とされており、及び
−前記第１の値と第２の値を比較することで、前記被験者への前記治療の有効性を決定する、ことを含む方法。
【請求項１０】
被験者の疾患の段階を決定する方法であり、前記方法は、
−請求項１乃至８のいずれか一項に記載の方法を用いて疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルにつき分析し、それにより前記被験者の疾患マーカーのレベルとして一つの試験値を提供し、
−疾患の特定の段階に関連付けされる前記疾患マーカーのレベルのための参照値を提供し、及び
−前記試験値及び参照値を比較して前記被験者の疾患の段階を決定する、ことを含む方法。
【請求項１１】
請求項１乃至１０のいずれか一項に記載の方法を実施するために適合される部品のキットであり、前記キットは、少なくとも：
−血液サンプルから分離された無核血液細胞、好ましくは血小板を保持する容器；
−前記無核血液細胞から核酸を抽出する試薬；
−前記無核血液細胞から抽出された前記核酸から、前記疾患特異的マーカー、例えば被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的変異を、逆転酵素ポリメラーゼ連鎖反応増幅により、選択的に増幅するための試薬、及び
−請求項１乃至１０のいずれか一項に記載の方法を実施するための印刷又は電子的指示書を含む包装物を含み、
前記キットがさらに：
−前記疾患の参照値を含み、前記参照値は、前記無核血液細胞抽出核酸画分内の疾患マーカーの存在の指標である、キット。
【請求項１２】
請求項１１に記載のキットであり、前記参照値は、健康なコントロール被験者、又は疾患を患うコントロール被験者の血小板細胞中の前記疾患特異的変異を含む核酸のレベルについての参照値であり、又は前記参照値は、健康なコントロール被験者の又は疾患を患うコントロール被験者からの無核血液細胞中の複数のｍＲＮＡの参照発現プロフィルである、キット。
【請求項１３】
請求項１１又は１２のいずれか一項に記載のキットであり、前記試薬が粒子又は蛍光マーカーラベル化抗無核血液細胞抗体であり、又は前記指示書が、ビーズ系無核血液細胞分離の指示書、無核血液細胞のＦＡＣＳ選別の指示書、遠心分離により回収され又は非無核血液細胞成分の負選別により回収された無核血液細胞のための指示書から選択される、キット。
【請求項１４】
疾患診断のための装置であり、前記装置は、
支持体及び前記被験者の無核血液細胞サンプル内の少なくとも１つの核酸変異のレベル及び／又は活性を特異的に決定するための少なくとも１つの試薬を含み、前記試薬は前記支持体に結合され、及び請求項１乃至１０のいずれか一項に記載の方法を実施するためのコンピュータ実行可能命令を持つコンピュータ読取可能な媒体を含む、装置。
【請求項１５】
請求項１４に記載の装置であり、少なくとも１つの試薬が、オリゴヌクレオチドプローブ又は配列分析プライマーである、装置。
【請求項１６】
請求項１４又は１５のいずれか一項に記載の装置であり、前記装置は、次の核酸ハイブリダイゼーション反応を実施するための、側方流動装置、ディップスティック又はカートリッジを含み：
−無核血液細胞抽出核酸と少なくとも１つの核酸変異特異的増幅プライマー又はオリゴヌクレオチドプローブとの間のハイブリダイゼーションである、ここで前記核酸変異特異的増幅プライマー又はオリゴヌクレオチドプローブが疾患特異的変異に特異的であり、又は
−無核血液細胞抽出核酸と、疾患特異的遺伝子発現プロフィルを与えるための複数の遺伝子特異的増幅プライマー又はオリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションである、装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の分野は、医学診断分野、特に疾患診断及びモニターの分野である。
本発明は、疾患検出のためのマーカー、疾患検出方法、及び疾患治療の有効性を決定するための方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
実際の臨床において、疾患を初期段階で検出し、進行を予期し、かつ患者に合わせた治療を実施することができる強い要求がある。特に新生物疾患（癌）の初期段階での検出は、前記疾患の好ましい治療を保証する上で非常に重要である。医学研究の多くの進展にも拘わらず、癌は未だに世界規模で主な死因となっている。患者が治療を求める場合、一般的には、遠隔転移の症状が現れており、このことはあまりにもしばしば、前記癌の検出が手遅れであることを意味する。
【０００３】
肺癌、前立腺癌、乳癌及び大腸癌は、最も多い腫瘍であり、外科摘出、放射線治療、化学的治療又はその他の知られる治療方法を施すために、癌の初期段階で診断するための迅速でかつ簡単な方法の必要性が存在する。癌の良い診断方法の利用可能性は、また治療に対する患者の反応を評価し、元の位置で又は転移で再生長による再発を評価するために重要である。
【０００４】
いくつかのタイプの癌マーカー、例えば癌遺伝子産物、増殖因子や成長因子受容体、血管新生因子、プロテアーゼ、接着因子及び腫瘍抑制因子などの癌マーカーが現在知られているが、初期段階診断に重要であると考えられているだけでなく、悪性と良性異常を区別するためなどの不確実な臨床異常をもつ患者の識別診断のため；確立された悪性腫瘍を持つ特定の患者での治療の選択された治療方法に対する応答の可能性を予想するため；及びヒト又は動物被験者の悪性腫瘍のリスク、存在、状態又は将来の挙動に関する情報を提供するためにも重要であると考えられている。現在、腫瘍又は癌マーカーの検出のよる癌検出及び診断の可能性は、広く興味の対象となっており、その結果、患者試料内の新規な及びより有用な癌マーカーを同定する再現性のある信頼性の高い方法を求める要求が存在する。
【０００５】
膠芽腫は、最も共通のかつ最も進行性のヒト原発性脳腫瘍である。前記疾患は、診断することが難しく、治療することがなお難しいものであり、この理由のひとつは、血液脳関門のために、治療薬の輸送を阻害し、かつ潜在的に重要な診断ヨウマーカーの検出を阻害するからである。膠芽腫の診断マーカーは利用可能ではあるが、前記腫瘍組織自体に特異的であり、腫瘍サンプルを必要とするものである。
【０００６】
改良されたスクリーニング及び検出方法は、癌を初期段階で検出し、前記疾患の進行を追跡するために必要とされる。癌の場合には、我々は、前記腫瘍を検出する必要がないが、治療が症状を緩和するのではなく完治できるノーリターンポイントに到達する前に検出する必要がある。リスクのある人だけでなく再発癌患者は、広範囲にモニターされるべきである。さらに、腫瘍が異なる治療により異なって応答するものであるから、患者の層分けは重要となる。
【０００７】
腫瘍生検を用いた遺伝子解析は、多くの変異を同定することを可能にし、癌の診断のためだけでなく新たな患者の層分け戦略のためにも有用である。しかし、現在の腫瘍の遺伝子解析の欠点は、しばしば患者から切開することが不可能な腫瘍生検が必要であるということである。さらに、生検の使用は、静的であり、腫瘍進展又は時間経過に伴う再発を遺伝子モニターすることができない、ということである。さらに、多くの腫瘍は、不均一である、かかる腫瘍の生検について潜在的な偽陽性又は偽陰性遺伝子特徴付けがなされる結果となる。
【０００８】
最近、腫瘍進展又は再発の診断及びモニターのための循環腫瘍細胞の使用は、血液を腫瘍誘導物質源、特に細胞の形状の組織断片としての使用を示した。しかし、循環細胞の使用はほとんどの癌には不十分である。
【０００９】
一般には、疾患マーカーは、疾患患者からの生理的液体中で、通常の健康な被験者と比較して、その濃度が変化し、好ましくは上昇する化合物として定義され、かつ従って疾患を示すマーカー化合物として使用され得る化合物として定義される。なお、癌などの疾患のマーカーとしての特定の化合物、例えばタンパク質の識別は、従って適切な技術の欠如により邪魔されてきた。
【００１０】
癌以外の疾患の場合もまた、検出が難しいマーカーは利用可能である。これは疾患の初期段階での診断を邪魔するものである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
本発明の課題は、必ずしも全ての疾患組織又は疾患タイプ（例えば腫瘍）が循環疾患細胞（例えば循環腫瘍細胞）ではないこれらの従来技術の問題を克服することである。本発明はまた、癌などの疾患を検出するためのタンパク質マーカーを検出することが難しいという問題を解決することを課題とする。さらには、本発明は、生検の必要がなく、患者のモニターの広く使用できる方法を提供することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
本発明の第１の側面は、疾患マーカーの存在を、被験者の血液サンプルで分析する方法を提供するものであり、前記方法は次のステップ、
（ａ）無核血液細胞画分を準備するための前記血液サンプル中の、無核血液細胞、好ましくは血小板から核酸を抽出するステップ、及び
（ｂ）疾患マーカーの存在のために前記無核血液細胞抽出核酸を分析するステップを含み、前記疾患マーカーが、前記被験者の有核細胞の遺伝子に疾患に特有の変異であるか、又は前記疾患マーカーが、前記被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的発現プロフィルである。
【００１３】
ここで用語「無核血液細胞」とは核を欠失した細胞を意味する。前記用語は、赤血球及び血小板の両方を意味する。本発明のこの側面において無核血液細胞の好ましい実施態様は、血小板である。用語「無核血液細胞」は好ましくは、細胞分裂の失敗の結果として核を欠失した細胞は含まないことを意味する。
【００１４】
ここで用語「有核細胞」とは、核を持つ細胞を意味する。前記用語は、体細胞、生殖細胞や幹細胞、結腸、膵臓、脳、膀胱癌、乳癌、前立腺癌、肺癌、乳癌、卵巣、子宮、肝臓、腎臓、脾臓、胸腺、甲状腺、神経組織、結合組織、血液、上皮組織、リンパ節、骨、筋肉や皮膚組織を参照することを含む。前記有核細胞は好ましくは疾患組織からの細胞である。
【００１５】
従って、本発明は、一般には、核酸の分析を目的とするものであり、前記核酸は核を持つ細胞から核を持たない細胞へ転移された核酸であり、前記核を持たない細胞が血流から容易に分離され、かつ前記有核細胞からの核酸を含む。
【００１６】
用語「核」とは、染色体の形で構成される細胞の遺伝子物質として最も多く含まれる真核生物中で見られる、膜で囲まれた細胞小器官を意味する。この染色体遺伝子は、細胞の核遺伝子である。前記核の内部は、ＲＮＡ含有核を含む多くの核内小体を含み、ＲＮＡ含有核は主にＲＮＡ含有リボソーム構造体に含まれる。前記核内で産生された後、リボソームは細胞質へ運び出され、そこでｍＲＮＡを翻訳する。
【００１７】
無核血液細胞抽出核酸画分は、好ましくは、染色体ＤＮＡ、リボソームＲＮＡ、核ＲＮＡ、及び／又はメッセンジャーＲＮＡを含む画分を意味する。
【００１８】
ここで用語「遺伝子」、及び特に句「有核細胞の遺伝子の変異」とは、有核（体細胞）細胞の染色体及び染色体外の両方の全ての核酸配列を意味し、好ましくは膜の核酸配列を意味し、転写配列及び非転写配列でもよく、同様にリボソームＲＮＡ配列でもよく、最も好ましくはＲＮＡへ転写された染色体配列である。
【００１９】
本発明の方法に好ましい実施態様では、疾患特異的変異は染色体遺伝子におけるものである。
【００２０】
他の好ましい実施態様では、前記遺伝子は無核血液細胞からの遺伝子ではない。
【００２１】
本発明の方法の好ましい実施態様では、疾患特異的発現プロフィルは、染色体遺伝子の発現プロフィルである。特に有核細胞からの染色体遺伝子であって、血小板に存在するｍＲＮＡである。
【００２２】
本発明の方法のさらに好ましい実施態様では、前記核酸はリボ核酸（ＲＮＡ）、より好ましくは、メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）である。
【００２３】
本発明の方法の好ましい実施態様では、前記核酸はｍｔＤＮＡではない。従って、ミロコンドリア核酸は好ましくは発明の側面ではない。
【００２４】
本発明による血液サンプルの分析方法の好ましい実施態様では、疾患マーカーの存在のための前記無核血液細胞抽出核酸画分の分析ステップ（ｂ）は次の選択的増幅を含み：
（ｉ）少なくとも１つの核酸変異特異的増幅プライマー又はプローブを用いる逆転写ポリメラーゼ連鎖反応による前記変異の増幅、又は
（ｉｉ）前記ｍＲＮＡをコード化する染色体遺伝子の発現レベルを決定し、それにより前記遺伝子の発現プロフィルを提供し、かつ前記発現プロフィルを参照プロフィルと比較するために、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応による複数のｍＲＮＡの増幅、である。
【００２５】
前記血液サンプルは好ましくは体外由来である。
【００２６】
本発明の方法の好ましい実施態様では、前記疾患は、癌、自己免疫疾患、皮膚疾患、眼疾患、内分泌疾患、神経疾患、心血管疾患から選択される。
【００２７】
本発明の方法の好ましい実施態様では、前記疾患は、自己免疫疾患、皮膚疾患、眼疾患、内分泌疾患、神経疾患、心血管疾患から選択される。
【００２８】
本発明の方法の他の好ましい実施態様では、前記疾患は癌である。
【００２９】
本発明の方法の他の好ましい実施態様では、前記癌は、好ましくは、結腸、膵臓、脳、膀胱癌、乳癌、前立腺癌、肺癌、乳癌、卵巣、子宮、肝臓、腎臓、脾臓、胸腺、甲状腺、神経組織、上皮組織、リンパ節、骨、筋肉及び皮膚から選択される固形腫瘍癌である。
【００３０】
本発明の好ましい実施態様では、自己免疫疾患は、無酸性自己免疫活動性慢性肝炎；急性散在性脳脊髄炎；急性出血性白質脳炎；アジソン病；無ガンマグロブリン血症；円形脱毛症；筋萎縮性側索硬化症；強直性脊椎炎；抗−ＧＢＭ／ＴＢＭ腎炎；抗リン脂質抗体症候群；抗シンセターゼ症候群；多関節リウマチ；アトピー性アレルギー；アトピー性皮膚炎；自己免疫性再生不良性貧血；自己免疫性心筋症；自己免疫性腸疾患；自己免疫性溶血性貧血；自己免疫性肝炎；自己免疫性内耳疾患；自己免疫性リンパ増殖症候群；自己免疫性末梢神経障害；自己免疫性膵炎；自己免疫多内分泌性症候群；自己免疫性プロゲステロン皮膚炎；自己免疫性血小板減少性紫斑病；自己免疫性ブドウ膜炎；バロ病／バロ同心円硬化症；ベーチェット症候群；バーガー病；ビッカースタフ脳炎；ブラウ症候群；水疱性類天疱瘡；キャッスルマン病；セリアック病；シャーガス病；免疫不全症候群慢性疲労；慢性炎症性脱髄性多発神経障害；慢性再発性多発性骨髄炎；慢性ライム病；慢性閉塞性肺疾患；チャーグ・ストラウス症候群；瘢痕性類天疱瘡；セリアック病；コーガン症候群；寒冷凝集素症；補完コンポーネント２欠損症；頭蓋動脈炎；ＣＲＥＳＴ症候群；クローン病；クッシング症候群；皮膚白血球破砕性血管炎；デゴ病；有痛脂肪症；疱疹状皮膚炎；皮膚筋炎；糖尿病タイプ１；拡散性皮膚全身性硬化症；ドレスラー症候群；円板状エリテマトーデス；湿疹；子宮内膜症；  腱付着部炎関連関節炎；好酸球性筋膜炎；好酸球性胃腸炎；後天性表皮水疱症；結節性紅斑；本態性混合型クリオグロブリン血症；エヴァン症候群；進行性骨化性線維形成異常症；線維筋痛症／線維筋炎；線維化肺胞炎；胃炎；胃腸類天疱瘡；巨細胞性動脈炎；糸球体腎炎；グッドパスチャー症候群；バセドウ病；ギラン・バレー症候群；橋本脳炎；橋本甲状腺炎；溶血性貧血；ヘノッホ・シェーンライン紫斑病；妊娠性疱疹；汗腺膿瘍；ヒューズ症候群；低ガンマグロブリン血症；特発性炎症性脱髄性疾患；特発性肺線維症；特発性血小板減少性紫斑病；ＩｇＡ腎症；封入体筋炎；炎症性脱髄性多発症；間質性膀胱炎；過敏性腸症候群（ＩＢＳ）；若年性特発性関節炎；若年性関節リウマチ；カワサキ病；ランバート−イートン筋無力症候群；白血球破砕性血管炎；扁平苔癬；萎縮性苔癬；リニアＩｇＡ疾患；ルー・ゲーリック病；ルポイド肝炎；エリテマトーデス；マジード症候群；メニエール病；顕微鏡的多発；ミラーフィッシャー症候群；混合性結合組織病；強皮症；ミュシャ−ハーバーマン病；マックル・ウェルズ症候群；多発性骨髄腫；多発性硬化症；重症筋無力症；筋炎；ナルコレプシー；視神経脊髄炎；過敏神経脊髄炎；眼球瘢痕性類天疱瘡；オプソクローヌスミオクローヌス症候群；オルド甲状腺炎；回帰性リウマチ；ＰＡＮＤＡＳ；傍腫瘍性小脳変性症；発作性夜間血色素尿症；パリーロンベルグ症候群；パルソナジターナー症候群；扁平部炎；天疱瘡；尋常性天疱瘡；悪性貧血；静脈周囲脳脊髄炎；ＰＯＥＭＳ症候群；結節性多発動脈炎；リウマチ性多発筋痛；多発性筋炎；原発性胆汁性肝硬変；原発性硬化性胆管炎；進行性炎症性神経障害；乾癬；乾癬性関節炎；壊疽性膿皮症；赤芽球癆；ラスムッセン脳炎；レイノー現象；再発性多発性軟���炎；ライター症候群；むずむず脚症候群；後腹膜線維症；関節リウマチ；リウマチ熱；サルコイドーシス；統合失調症；シュミット症候群；シュニッツラー症候群；強膜炎；強皮症；シェーグレン症候群；脊椎関節症；スティッキー血症候群；スチル症候群；スティッフ人症候群；亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）；スザク症候群；スウィート症候群；シデナム舞踏病；交感性眼炎；高安動脈炎；側頭動脈炎；トロサハント症候群；横断性脊髄炎；潰瘍性大腸炎；未分化結合組織病；未分化脊椎関節症；血管炎；白斑；ウェゲナー肉芽腫症；ウィルソン症候群及びウィスコット・アルドリッチ症候群からなる群から選択される。
【００３１】
本発明の好ましい実施態様では、前記皮膚疾患は、瘡様発疹；自己炎症症候群；慢性水疱；粘膜条件；皮膚付属器条件；先天異常；、皮下脂肪条件；結合組織疾患（例えば、真皮線維と弾性組織の異常など）；皮膚および皮下増殖；皮膚炎（アトピー性皮膚炎、接触性皮膚炎、湿疹、膿疱性皮膚炎、脂漏性皮膚炎を含む）；色素沈着の乱れ；薬疹；内分泌関連皮膚疾患；好酸球；表皮母斑；腫瘍；嚢胞；紅斑；遺伝性皮膚症；感染症関連皮膚病；苔癬様発疹、リンパ関連皮膚病；色素細胞性母斑および腫瘍（悪性黒色腫を含む）：単球とマクロファージ関連皮膚疾患；  ムチン沈着症；神経皮膚；非感染性免疫不全関連皮膚病；栄養関連皮膚疾患；丘疹鱗屑性角質増殖（掌魚鱗癬）；妊娠関連皮膚疾患；掻痒；乾癬；好反応；反抗的掌蹠発疹；代謝異常起因蕁麻疹や血管性浮腫；物理的要因（電離放射線誘発を含む）に起因する血管関連皮膚疾患からなる群から選択される。
【００３２】
本発明の他の好ましい実施態様では、内分泌疾患は、副腎疾患；グルコース恒常性障害；甲状腺疾患；カルシウム恒常性障害および代謝性骨疾患；垂体疾患；及び性ホルモン障害からなる群から選択される。
【００３３】
本発明の他の好ましい実施態様では、前記眼疾患は、眼瞼、涙器系と軌道のＨ００−Ｈ０６障害；結膜のＨ１０−Ｈ１３障害；強膜、角膜、虹彩、毛様体のＨ１５−Ｈ２２障害；レンズのＨ２５−Ｈ２８障害；脈絡膜と網膜のＨ３０−Ｈ３６障害（Ｈ３０網脈絡膜炎、脈絡膜のＨ３１その他の障害、他に分類される疾患における脈絡膜疾患Ｈ３２、Ｈ３３網膜剥離や休憩、Ｈ３４網膜血管閉塞、Ｈ３５その他の網膜疾患、および他のグループに分類疾患におけるＨ３６網膜疾患を含む）；Ｈ４０−Ｈ４２緑内障；硝子体と地球のＨ４３−Ｈ４５障害；視神経や視覚経路のＨ４６−Ｈ４８障害；眼筋、両眼運動、宿泊施設や屈折のＨ４９−Ｈ５２障害；Ｈ５３−Ｈ５４．９視覚障害や失明、そして目や付属器のＨ５５−Ｈ５９その他の疾患からなる群から選択される。
【００３４】
本発明の好ましい実施態様では、前記神経疾患は、圧覚喪失；後天的てんかん失語症；急性散在性脳脊髄炎；副腎白質ジストロフィー；脳梁欠損症；失認；アイカルディ症候群；アレキサンダー病；エイリアンハンド症候群；感覚体側逆転；アルパーズ病；片麻痺を交互；アルツハイマー病；筋萎縮性側索硬化症（運動ニューロン疾患を参照のこと）；無脳症；アンジェルマン症候群；血管腫症；無酸素症；失語症；失行；クモ膜嚢胞；くも膜炎；アーノルド・キアリ奇形；動静脈奇形；毛細血管拡張性運動失調症；注意欠陥多動性障害；聴覚処理障害；自律神経障害；背中の痛み；バッテン病；ベーチェット病；ベル麻痺；良性特発性眼瞼けいれん；良性頭蓋内圧亢進症；両側前頭多小脳回；ビンスワンガー病；眼瞼痙攣；ブロッホサルズバーガー症候群；腕神経叢損傷；脳膿瘍；脳損傷；脳損傷；脳腫瘍；ブラウンセカール症候群；カナバン病；手根管症候群；カウザルギー；中枢性疼痛症候群；橋中心髄鞘崩壊；中心核ミオパシー；頭部の障害；脳動脈瘤；脳動脈硬化症；脳萎縮；脳性巨人症；脳性麻痺；脳血管炎；頚椎脊柱管狭窄症；シャルコー・マリー・トゥース病；キアリ奇形；舞踏病；慢性疲労症候群；慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー（ＣＩＤＰ）；慢性疼痛；コフィンローリー症候群；昏睡；複合性局所疼痛症候群；圧迫性神経障害；先天性の顔面麻痺；大脳皮質基底核変性症；頭蓋動脈炎；頭蓋骨癒合症；クロイツフェルト・ヤコブ病；蓄積外傷疾患；クッシング症候群；巨細封入体病（ＣＩＢＤ）；サイトメガロウイルス感染症；ダンディ−ウォーカー症候群；ドーソン病；デモルシャ症候群；デジェリン−クルンプケ麻痺；デジェリン・ソッタス病；遅延睡眠相症候群；認知症；皮膚筋炎；発達統合運動障害；糖尿病性神経障害；びまん性硬化症；ドラベ症候群；自律神経障害；計算力障害；書字障害；ディスレクシア；ジストニア；エンプティセラ症候群；脳炎；脳ヘルニア；脳三叉神経領域血管腫症；遺糞；癲癇；エルブ麻痺；紅；本態性振戦；ファブリー病；ファール症候群；失神；家族性痙性麻痺；熱性けいれん；フィッシャー症候群；フリードライヒ失調症；線維筋痛；ゴーシェ病；ゲルストマン症候群；巨細胞性動脈炎；巨細胞性封入体病；球様細胞白質萎縮症；異所性灰白質；ギラン・バレー症候群；ＨＴＬＶ−１関連脊髄症；ハレルフォルデン・スパッツ病；頭部外傷；頭痛；片側顔面けいれん；遺伝性痙性対麻痺；遺伝性多発神経炎性失調；耳帯状疱疹；帯状疱疹；平山症候群；全前脳症；ハンチントン病；水無脳症；水頭症；副腎皮質機能亢進症；低酸素症；免疫介在性脳脊髄炎；封入体筋炎；色素失調症；乳児フィタン酸蓄積症；乳児レフサム病；乳児痙攣；炎症性筋疾患；頭蓋内嚢胞；頭蓋内圧亢進；ジュベール症候群；カラク症候群；カーンズ・セイヤー症候群；ケネディ病；キンスブルーン症候群；クリッペルフェイル症候群；クラッベ病；クーゲルバーグ・ウェランダー病；クールー；ラフォラ病；ランベルト−イートン筋無力症候群；ランダウクレフナ症候群；横延髄（ウォレンバーグ）症候群；学習障害；リー病；レノックス・ガストー症候群；レッシュ・ナイハン症候群；染性白質ジストロフィー；レビー小体型認知症；滑脳症；ロックイン症候群；ルー・ゲーリック病（運動ニューロン疾患を参照）；腰椎椎間板疾患；腰部脊柱管狭窄症；ライム病−神経学的後遺症；マシャド・ジョセフ病（脊髄小脳失調症３型）；大脳症；巨視；巨大脳髄症；メルカーソン−ローゼンタール症候群；メニエール病；髄膜炎；メンケス病；異染性白質ジストロフィー；小頭症；小視症；片頭痛；フィッシャー症候群；ミニ脳卒中（一過性脳虚血発作）；ミトコンドリアミオパチー；メビウス症候群；単肢の筋萎縮症；運動ニューロン疾患；運動技能障害；もやもや病；ムコ多糖；多発梗塞性認知症；多巣性運動ニューロパチー；多発性硬化症；多系統萎縮症；筋ジストロフィー；筋痛性脳脊髄炎；重症筋無力症；ミエリン砕屑性びまん性硬化症；乳児のミオクロニー脳症；ミオクローヌス；ミオパシー；筋細管性ミオパチー；先天性筋強直症；ナルコレプシー；神経線維腫症；悪性症候群；エイズの神経症状；ループスの神経学的後遺症；神経性筋緊張病；神経セロイドリポフスチン症；神経移動障害；ニーマンピック病；非２４時間睡眠・覚醒症候群；非言語的学習障害；オサリバン・マクラウド症候群；後頭神経痛；オカルト脊髄癒合不全配列；大田原症候群；オリーブ橋小脳萎縮症；オプソクローヌスミオクローヌス症候群；視神経炎；起立性低血圧；使い過ぎ症候群；反復視；感覚異常；パーキンソン病；先天性パラミオトニア；腫瘍随伴性疾患；発作性の攻撃；パリー・ロンベルグ症候群；ペリツェウス・メルツバッヒャー病；定期的なＰａｒａｌｙｓｅｓ；末梢神経障害；遷延性植物状態；広汎性発達障害；光くしゃみ反射；フィタン酸蓄積症；ピック病；はさまれた神経；下垂体腫瘍；ＰＭＧ；ポリオ；多小脳回；多発性筋炎；孔脳症；ポストポリオ症候群；帯状疱疹後神経痛（ＰＨＮ）；感染後脳脊髄炎；起立性低血圧；プラダー・ウィリー症候群；原発性側索硬化症；プリオン病；プログレッシブ片側顔面萎縮症；進行性多巣性白質脳症；進行性核上性麻痺；偽脳腫瘍；狂犬病；ラムゼイ・ハント症候群（タイプＩ、タイプＩＩ）；ラスムッセン脳炎；反射神経血管ジストロフィー；レフサム病；反復運動障害；反復性のストレス障害；むずむず脚症候群；レトロウイルス関連脊髄症；レット症候群；ライ症候群；リズミカルな運動障害；ロンベルグ症候群；舞踏病；サンドホフ病；統合失調症；シルダー病；裂脳症；感覚統合機能不全；セプト光学異形成；揺さぶられっ子症候群；帯状疱疹；シャイ・ドレーガー症候群；シェーグレン症候群；睡眠時無呼吸；睡眠病；スナチテーション；ソトス症候群；痙性；二分脊椎；脊髄損傷；脊髄腫瘍；脊髄性筋萎縮症；脊髄小脳失調症；スティール・リチャードソン・オルシェフスキー症候群；スティッフパーソン症候群；ストローク；スタージ・ウェーバー症候群；亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症；表面的な鉄沈着症；シデナム舞踏病；失神；共感覚；脊髄空洞症；足根管症候群；遅発性ジスキネジア；タルロフ嚢胞；テイ−サックス病；側頭動脈炎；破傷風；係留脊髄症候群；トムセン病；胸郭出口症候群；疼痛性チック；トッド麻痺；トゥレット症候群；中毒性脳症；一過性脳虚血発作；伝達性海綿状脳症；横断性脊髄炎；外傷性脳損傷；振戦；三叉神経痛；熱帯性痙性対麻痺；トリパノソーマ症；結節性硬化症；フォン・ヒッペル・リンドウ病；ビリウスキ脳脊髄炎；バレンベリー症候群；ウェルドニッヒ・ホフマン病；ウェスト症候群；むち打ち症；ウィリアムズ症候群；ウィルソン病及びゼルウィガー症候群からなる群から選択される。
【００３５】
本発明の側面の他の好ましい実施態様では、前記心血管疾患は、動脈瘤；心症；脈硬化；卒中（脳卒中）；血管疾患；うっ血性心不全；冠動脈疾患；心筋梗塞（心臓発作）；及び末梢血管疾患からなる群から選択される。
【００３６】
他の側面では、本発明は、本発明による血液サンプルを分析する方法を用いて被験者の疾患を診断する方法を提供する。従って、本発明の方法の好ましい実施態様では、本発明により血液サンプルの分析方法は被験者の疾患診断の方法の一部であり、かつ前記無核血液細胞抽出核酸画分内の疾患マーカーの存在が前記疾患を患う前記被験者の指標となる。
【００３７】
他の側面では、本発明は、被験者の疾患治療の有効性を決定する方法を提供するものであり、前記方法は：
−最初の時点で本発明の血液サンプル分析方法を用いて疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルを分析し、それにより前記被験者の前記疾患マーカーのレベルの第１の値を与え；
−前記最初の時点よりも前後、好ましくは後の第２の時点で、本発明の血液サンプル分析方法を用いて疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルを分析し、それにより前記被験者の前記疾患マーカーのレベルの第２の値を与え、前記被験者が前記第１及び第２の時点の間に疾患治療の対象とされており、及び
−前記第１の値と第２の値を比較することで、前記被験者への前記治療の有効性を決定する、ことを含む。
【００３８】
当業者は、前記第１の時点に先立つ治療及び続く第２の後の時点前記時点間に疾患治療が全く行われなかったことは、疾患治療の有効性を決定するための本発明の側面に含まれる、ということを理解するであろう。
【００３９】
他の側面では、本発明は疾患段階を決定する方法を提供する。
疾患の段階を決定するために、本発明の方法で決定された疾患マーカー値を疾患段階と関連付けることは有用である。疾患マーカーの単一測定は、それにより１以上の参照値と比較され、疾患の段階の指標を得ることができる。
【００４０】
他の側面では、本発明は、被験者の疾患の段階を決定する方法を提供し、前記方法は次のステップ：
−本発明による疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルを分析する方法を用いて疾患マーカーの存在を被験者の血液サンプルにつき分析し、それにより前記被験者の疾患マーカーのレベルとして一つの試験値を提供し、
−疾患の特定の段階に関連付けされる前記疾患マーカーのレベルのための参照値を提供し、及び
−前記試験値及び参照値を比較して前記被験者の疾患の段階を決定する、ことを含む。
【００４１】
他の側面では、本発明は前記記載の本発明の方法を実施するように適合される部品のキットを提供し、前記キットは少なくとも次の：
−血液サンプルから分離された無核血液細胞、好ましくは血小板を保持する容器；
−前記無核血液細胞から核酸を抽出する試薬；
−前記無核血液細胞から抽出された前記核酸から、前記疾患特異的マーカー、例えば被験者の有核細胞の遺伝子の疾患特異的変異又は前記被験者の有核細胞からの疾患特異的発現プロフィルを、例えば逆転酵素ポリメラーゼ連鎖反応増幅により、選択的に増幅するための試薬、及び
−前記記載の本発明の方法を実施するための印刷又は電子的指示書を含む包装物を含み、
前記キットがさらに：
−前記疾患の参照値を含み、前記参照値は、前記無核血液細胞抽出核酸画分内の疾患マーカーの存在の指標である。
【００４２】
本発明のキットの好ましい実施態様では、前記参照値は、健康なコントロール被験者、又は疾患を患うコントロール被験者の無核血液細胞中の前記疾患特異的変異を含む核酸のレベルについての参照値であり、又は前記参照値は、例えば健康なコントロール被験者の又は疾患を患うコントロール被験者からの無核血液細胞中の複数のｍＲＮＡの参照発現プロフィルである。
【００４３】
本発明のキットの他の好ましい実施態様では、前記試薬又は指示書は、粒子又は蛍光マーカーラベル化抗無核血液細胞抗体（好ましくは、蛍光マーカーラベル化抗血小板抗体）、ビーズ系無核血液細胞分離（好ましくは血小板）の指示書、無核血液細胞（好ましくは血小板）のＦＡＣＳ選別の指示書、遠心分離、又は非無核血液細胞成分（好ましくは非血小板成分）の負選別により回収された無核血液細胞（好ましくは血小板）のための指示書から選択される。
【００４４】
なお他の側面で、本発明は、疾患治療の装置を提供し、前記装置は、支持体及び前記被験者の無核血液細胞サンプル内の少なくとも１つの核酸変異のレベル及び／又は活性を特異的に決定するための少なくとも１つの試薬を含み、前記試薬は前記支持体に結合され、及び前記本発明の方法を実施するためのコンピュータ実行可能命令を持つコンピュータ読取可能な媒体を含む。
【００４５】
本発明による装置の好ましい実施態様では、前記少なくとも１つの試薬がオリゴヌクレオチドプローブ又は配列分析プライマーである。
【００４６】
本発明による装置の好ましい実施態様では、前記装置は、無核血液細胞抽出核酸と少なくとも１つの核酸変異特異的増幅プライマー又はオリゴマープローブとの核酸ハイブリダイゼーション反応又は、疾患特異的遺伝子発現プロフィルを提供するため、無核血液細胞抽出核酸と複数の遺伝子特異的増幅プライマー又はオリゴマープローブとの核酸ハイブリダイゼーション反応を実施するための、側方流動装置、ディップスティック又はカートリッジを含む。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１】図１は、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ  Ｐｉｃｏｃｈｉｐ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．）を用いて行った分析されたＲＮＡプロフィルを表し、Ｘ軸はＲＮＡ長さ（ヌクレオチド数）、Ｙ軸はＲＮＡ量（蛍光単位）を表す。ここで、血液血清画分内のミクロベシクルから得られるＲＮＡ（Ａ）、血液血漿画分内のミクロベシクルから得られるＲＮＡ（Ｂ）又は血小板から得られるＲＮＡ（Ｃ）である。ここから、（１）ＲＮＡが、血清、血漿及び血小板中のミクロベシクル中に存在すること、（２）血漿サンプルから分離されたミクロベシクルよりも血清から分離されたミクロベシクルの方が少ないこと、（３）血漿サンプルから分離された血小板が種々のサイズのＲＮＡがを含み、比較的長いＲＮＡ鎖（２００ヌクレオチド（ｎｔ）を超え、及びさらに１０００ヌクレオチドを超える）の重要な画分を含むこと、が分かる。
【図２】図２は、脳腫瘍を持つ患者からの血小板中で見出された腫瘍由来遺伝子物質の発見を表す。患者（Ｐ１−Ｐ４）からの血液サンプル（全血液チューブ（血清（Ｓ））及び抗凝固剤ＥＤＴＡ血液（血漿（Ｐ））が採取された。血漿チューブから、血小板（Ｔ）が遠心分離手順で回収された。コントロールとして、血小板が健康者（Ｃ１−６）から採取された。ある患者は血清サンプルがなく、図２ではＸで示されており、かつある患者は保存血清及び血漿でありこれらは図２でＳＰで示されている。ＲＮＡ検出のためにネステッドＰＣＲを用いて、前記変異ＥＧＦＲｖＩＩＩ（Ｖ３）が、１５人の内４人（２７％）（Ｐ４、Ｐ５、Ｐ９、Ｐ１０）の膠芽細胞腫の患者の血小板中に検出できた。この結果は、変異ＥＧＦＲｖＩＩＩは高悪性度神経膠腫の２０％で見出されたという刊行文献値と一致する（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．２００５）。これらの実験は、血小板は、腫瘍由来の核酸の識別により癌の診断のためのバイオマーカー源として使用できることを証明する。
【図３Ａ】図３Ａは、Ｕ８７神経膠腫由来のミクロベシクルが、ＰＫＨ６７緑色蛍光色素でラベル化され、分離された血小板とインキュベートされた結果を示す。ミクロベシクルの存在及び不存在下で１５分及び６０分インキュベートした後、血小板を洗浄し、ＰＫＨ６７蛍光のＦＡＣＳ分析を行った。加えて、前記血小板を染色して、共焦点顕微鏡で分析してミクロベシクル取り込みを決定した。異なる条件下でミクロベシクルとインキュベート後、ＲＮアーゼ処理血小板からＲＮＡを単離した。ＲＴ−ＰＣＲを実施して、ＥＧＦＲｖＩＩＩＲＮＡを検出した。ＭＶ／ＭＶＥＧＦＲｖＩＩＩ：Ｕ８７／Ｕ８７−ＥＧＦＲｖＩＩＩ細胞から単離されたミクロベシクル。
【図３Ｂ】図３Ｂは、ＲＮＡを健康被験者又は神経膠腫患者から血小板を単離し、ＲＴ−ＰＣＲ分析した結果を示す。対応する神経膠腫組織生検がコントロールとされた。ＰＣ＝Ｕ８７−ＥＧＦＲｖＩＩＩＲＮＡ；ＮＣ＝Ｈ２０；ｎｄ＝検出されず；「＊」はポジティブシグナルを示す。
【図３Ｃ】図３Ｃは、図３ＢでのＲＮＡを遺伝子発現アレイ分析した結果を示す。上部３０の神経膠腫バイオマーカーのヒートマップが左に示される。上部１０のＲＮＡについての個別の発現レベルが右に示される。
【図４】図４は、健康被験者（ｎ＝８）及び前立腺癌患者（ｎ＝１２）からの血小板から単離されたＲＮＡの、ＰＣＡ３、ＰＳＡ及びＧＡＰＤＨ−ＰＣＲ分析を行った結果を示す。
【図５】図５は、図３Ｃで表された遺伝子の検出のために使用されたプローブ配列を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
ここで使用される用語「癌」は、発癌形質転換細胞の増殖による疾患又は障害を意味する。「癌」は、広い範囲の悪性または良性腫瘍の全てを含み、例えばリンパ系や血液流を介して人又は動物の体又はその一部へ侵襲的成長し転移し得るものである。ここで使用される用語「腫瘍」は、悪性かつ良性の腫瘍又は固体成長物を含むが、本発明は特に悪性腫瘍及び固体成長物の診断又は検出に向けられる。癌はさらに、限定されるものではないが、例えば卵巣癌、大腸癌、乳癌、膵臓癌、肺癌、前立腺癌、尿路癌、子宮癌、肺の急性リンパ性白血病、ホジキン病、小細胞癌、悪性黒色腫、神経芽細胞腫、神経膠腫（例えば神経膠芽腫）などの、癌腫、リンパ腫又は肉腫、及び軟部組織肉腫、リンパ腫、黒色腫、肉腫及び腺癌が含まれる。本発明の側面の好ましい実施態様では、血小板癌が除かれている。
【００４９】
ここで使用される用語「癌由来」とは、癌又はがん細胞から由来することを意味する。
【００５０】
用語「癌由来核酸」とは、被験者の癌を指示する全ての核酸を意味し、特に最も好ましい実施態様では、被験者の癌細胞に発現されるか存在する変異遺伝子の癌が存在することを示す、健康な被験者の正常遺伝子に対して核酸配列が変異している変異ＤＮＡやＲＮＡを意味する。用語「癌由来核酸」はまた、（ｉ）癌細胞で産生されるか、発現されるか又は存在するが、正常な健康（非癌性）細胞ではそうではない核酸、又はその産生又は発現が、正常細胞に比較して癌細胞により又は癌細胞中で変更（増加又は現象）されている核酸；又は（ｉｉ）正常細胞で産生され、発現され存在するが、癌細胞ではそうではない核酸を含むものである。従って、前記核酸は、変異配列を持つ変異核酸である必要はないが、野生型（非癌）配列を持つ正常な核酸であるが、その発現プロフィル又はレベルが、正常細胞に比較して癌細胞で変更されている核酸でもよい。好ましい実施態様では、前記癌由来核酸は、癌に特異的な変異核酸（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ又はＲＮＡ）であり、好ましくはＲＮＡ転写物である。他の非常に好ましい実施態様では、前記癌由来核酸は、癌由来又は癌特異的であることを示す核酸発現プロフィルであり、ここで詳細に説明される。
【００５１】
ここで使用される用語「癌マーカー」とは、特に癌マーカー遺伝子又は癌マーカー遺伝子発現プロフィルを意味する。ここで使用される用語「癌マーカー遺伝子」とは、その配列又は発現レベルが、それ自体又は他の遺伝子と組み合わせて、癌又は癌の予後に関連する遺伝子を意味する。前記関連は、前記血小板から得られ得る核酸画分の前記遺伝子の発現産物の発現の増加又は減少に影響される遺伝子の増加又は減少発現のいずれかに関連し得る。例えば、前記遺伝子発現は、癌の指標となり得るし、又は遺伝子の発現の欠如は癌患者の望ましくない予後と関連し得る。前立腺癌の場合には、ＡＭＡＣＲ、ＰＡＣ３及びＰＳＡが適切な癌マーカーである。大腸癌の場合は、ＫＲＡＳ変異が適切な癌マーカーである。肺癌の場合には、ＥＧＦＲ変異が適切な癌マーカーである。黒色腫の場合には、ＢＲＡＦ変異が適切な癌マーカーである。神経膠腫の場合には、ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異が適切な癌マーカーである。他の適切な癌マーカーは、表１及び表２から得られ、以下実施例又は図に与えられる。当業者は、多くの他の癌マーカーが本発明の側面及び実施例において適用され得ることを理解する。
【００５２】
ここで使用される「癌の段階」とは、癌の進展のレベルを定性的又は定量的に評価することを意味する。癌の段階を決定するために使用される基準は、限定されるものではないが、腫瘍のサイズ、体の他の部分に広がっているかどうか、及び癌が拡がる位置（例えば、体の同じ器官内か、他の器官か）を含む。
【００５３】
用語「癌由来」、「癌マーカー」、「癌マーカー遺伝子」及び／又は「癌の段階」で使用される「癌」は、癌の定義が一般的にここで示す全ての疾患に適用され得るとして、用語「疾患」として一般化され得る。
【００５４】
ここで使用される用語「疾患由来」とは、疾患又は疾患細胞から由来することを意味する。
【００５５】
用語「疾患由来核酸」とは、被験者の疾患を示す全ての核酸を意味し、特にかつ最も好ましい実施態様では、被験者の疾患細胞で発現又は存在する変異遺伝子の疾患の存在を示す変異ＤＮＡ又はＲＮＡであり、その変異遺伝子の核酸配列が健康コントロール被験者の正常遺伝子に対して変異している。用語「疾患由来核酸」はまた、（ｉ）疾患細胞で産生されるか、発現されるか又は存在するが、正常な健康（非疾患性）細胞ではそうではない核酸、又はその産生又は発現が、正常細胞に比較して疾患細胞により又は疾患細胞中で変更（増加又は現象）されている核酸；又は（ｉｉ）正常細胞で産生され、発現され存在するが、疾患細胞ではそうではない核酸を含むものである。従って、前記核酸は、変異配列を持つ変異核酸である必要はないが、野生型（非癌）配列を持つ正常な核酸であるが、その発現プロフィル又はレベルが、正常細胞に比較して疾患細胞で変更されている核酸でもよい。好ましい実施態様では、前記疾患由来核酸は、疾患に特異的な変異核酸（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ又はＲＮＡ）であり、好ましくはＲＮＡ転写物である。他の非常に好ましい実施態様では、前記疾患由来核酸は、疾患由来又は疾患特異的であることを示す核酸発現プロフィルであり、ここで詳細に説明される。
【００５６】
ここで使用される用語「疾患マーカー」とは、特に疾患マーカー遺伝子又は疾患マーカー遺伝子発現プロフィルを意味する。ここで使用される用語「疾患マーカー遺伝子」とは、その配列又は発現レベルが、それ自体又は他の遺伝子と組み合わせて、疾患又は疾患の予後に関連する遺伝子を意味する。前記関連は、前記血小板から得られ得る核酸画分の前記遺伝子の発現産物の発現の増加又は減少に影響される遺伝子の増加又は減少発現のいずれかに関連し得る。例えば、前記遺伝子発現は、疾患の指標となり得るし、又は遺伝子の発現の欠如は患者の望ましくない予後と関連し得る。
【００５７】
ここで使用される「疾患の段階」とは、疾患の進展のレベルを定性的又は定量的に評価することを意味する。疾患の段階を決定するために使用される基準は、限定されるものではないが、体の他の部分に広がっているかどうか、及び疾患が拡がる位置（例えば、体の同じ器官内か、他の器官か）を含む。
【００５８】
ここで使用される用語疾患は、癌、自己免疫疾患、皮膚疾患、眼疾患、内分泌疾患、神経疾患、及び心血管疾患を含む。
【００５９】
従って、癌に加えて、本発明の手段及び方法を用いて疾患、例えば以下の自己免疫疾患が検出され得る：無酸性自己免疫活動性慢性肝炎；急性散在性脳脊髄炎；急性出血性白質脳炎；アジソン病；無ガンマグロブリン血症；円形脱毛症；筋萎縮性側索硬化症；強直性脊椎炎；抗−ＧＢＭ／ＴＢＭ腎炎；抗リン脂質抗体症候群；抗シンセターゼ症候群；多関節リウマチ；アトピー性アレルギー；アトピー性皮膚炎；自己免疫性再生不良性貧血；自己免疫性心筋症；自己免疫性腸疾患；自己免疫性溶血性貧血；自己免疫性肝炎；自己免疫性内耳疾患；自己免疫性リンパ増殖症候群；自己免疫性末梢神経障害；自己免疫性膵炎；自己免疫多内分泌性症候群；自己免疫性プロゲステロン皮膚炎；自己免疫性血小板減少性紫斑病；自己免疫性ブドウ膜炎；バロ病／バロ同心円硬化症；ベーチェット症候群；バーガー病；ビッカースタフ脳炎；ブラウ症候群；水疱性類天疱瘡；キャッスルマン病；セリアック病；シャーガス病；免疫不全症候群慢性疲労；慢性炎症性脱髄性多発神経障害；慢性再発性多発性骨髄炎；慢性ライム病；慢性閉塞性肺疾患；チャーグ・ストラウス症候群；瘢痕性類天疱瘡；セリアック病；コーガン症候群；寒冷凝集素症；補完コンポーネント２欠損症；頭蓋動脈炎；ＣＲＥＳＴ症候群；クローン病；クッシング症候群；皮膚白血球破砕性血管炎；デゴ病；有痛脂肪症；疱疹状皮膚炎；皮膚筋炎；糖尿病タイプ１；拡散性皮膚全身性硬化症；ドレスラー症候群；円板状エリテマトーデス；湿疹；子宮内膜症；腱付着部炎関連関節炎；好酸球性筋膜炎；好酸球性胃腸炎；後天性表皮水疱症；結節性紅斑；本態性混合型クリオグロブリン血症；エヴァン症候群；進行性骨化性線維形成異常症；線維筋痛症／線維筋炎；線維化肺胞炎；胃炎；胃腸類天疱瘡；巨細胞性動脈炎；糸球体腎炎；グッドパスチャー症候群；バセドウ病；ギラン・バレー症候群；橋本脳炎；橋本甲状腺炎；溶血性貧血；ヘノッホ・シェーンライン紫斑病；妊娠性疱疹；汗腺膿瘍；ヒューズ症候群；低ガンマグロブリン血症；特発性炎症性脱髄性疾患；特発性肺線維症；特発性血小板減少性紫斑病；ＩｇＡ腎症；封入体筋炎；炎症性脱髄性多発症；間質性膀胱炎；過敏性腸症候群（ＩＢＳ）；若年性特発性関節炎；若年性関節リウマチ；カワサキ病；ランバート−イートン筋無力症候群；白血球破砕性血管炎；扁平苔癬；萎縮性苔癬；リニアＩｇＡ疾患；ルー・ゲーリック病；ルポイド肝炎；エリテマトーデス；マジード症候群；メニエール病；顕微鏡的多発；ミラーフィッシャー症候群；混合性結合組織病；強皮症；ミュシャ−ハーバーマン病；マックル・ウェルズ症候群；多発性骨髄腫；多発性硬化症；重症筋無力症；筋炎；ナルコレプシー；視神経脊髄炎；過敏神経脊髄炎；眼球瘢痕性類天疱瘡；オプソクローヌスミオクローヌス症候群；オルド甲状腺炎；回帰性リウマチ；ＰＡＮＤＡＳ；傍腫瘍性小脳変性症；発作性夜間血色素尿症；パリーロンベルグ症候群；パルソナジターナー症候群；扁平部炎；天疱瘡；尋常性天疱瘡；悪性貧血；静脈周囲脳脊髄炎；ＰＯＥＭＳ症候群；結節性多発動脈炎；リウマチ性多発筋痛；多発性筋炎；原発性胆汁性肝硬変；原発性硬化性胆管炎；進行性炎症性神経障害；乾癬；乾癬性関節炎；壊疽性膿皮症；赤芽球癆；ラスムッセン脳炎；レイノー現象；再発性多発性軟骨炎；ライター症候群；むずむず脚症候群；後腹膜線維症；関節リウマチ；リウマチ熱；サルコイドーシス；統合失調症；シュミット症候群；シュニッツラー症候群；強膜炎；強皮症；シェーグレン症候群；脊椎関節症；スティッキー血症候群；スチル症候群；スティッフ人症候群；亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）；スザク症候群；スウィート症候群；シデナム舞踏病；交感性眼炎；高安動脈炎；側頭動脈炎；トロサハント症候群；横断性脊髄炎；潰瘍性大腸炎；未分化結合組織病；未分化脊椎関節症；血管炎；白斑；ウェゲナー肉芽腫症；ウィルソン症候群及びウィスコット・アルドリッチ症候群が含まれる。
【００６０】
前記疾患とは別に本発明の側面はまた、以下の皮膚疾患の予後及び診断に適用され得る：即ち、瘡様発疹；自己炎症症候群；慢性水疱；粘膜条件；皮膚付属器条件；先天異常；、皮下脂肪条件；結合組織疾患（例えば、真皮線維と弾性組織の異常など）；皮膚および皮下増殖；皮膚炎（アトピー性皮膚炎、接触性皮膚炎、湿疹、膿疱性皮膚炎、脂漏性皮膚炎を含む）；色素沈着の乱れ；薬疹；内分泌関連皮膚疾患；好酸球；表皮母斑；腫瘍；嚢胞；紅斑；遺伝性皮膚症；感染症関連皮膚病；苔癬様発疹、リンパ関連皮膚病；色素細胞性母斑および腫瘍（悪性黒色腫を含む）：単球とマクロファージ関連皮膚疾患；ムチン沈着症；神経皮膚；非感染性免疫不全関連皮膚病；栄養関連皮膚疾患；丘疹鱗屑性角質増殖（掌魚鱗癬）；妊娠関連皮膚疾患；掻痒；乾癬；好反応；反抗的掌蹠発疹；代謝異常起因蕁麻疹や血管性浮腫；物理的要因（電離放射線誘発を含む）に起因する血管関連皮膚疾患である。
【００６１】
前記疾患とは別に、本発明の側面はまた、次の内分泌疾患の予後及び診断へ適用され得る：即ち、副腎疾患；グルコース恒常性障害；甲状腺疾患；カルシウム恒常性障害および代謝性骨疾患；垂体疾患；及び性ホルモン障害である。
【００６２】
前記疾患とは別に、本発明の側面はまた、次の眼疾患の予後及び診断に適用される：即ち眼瞼、涙器系と軌道のＨ００−Ｈ０６障害；結膜のＨ１０−Ｈ１３障害；強膜、角膜、虹彩、毛様体のＨ１５−Ｈ２２障害；レンズのＨ２５−Ｈ２８障害；脈絡膜と網膜のＨ３０−Ｈ３６障害（Ｈ３０網脈絡膜炎、脈絡膜のＨ３１その他の障害、他に分類される疾患における脈絡膜疾患Ｈ３２、Ｈ３３網膜剥離や休憩、Ｈ３４網膜血管閉塞、Ｈ３５その他の網膜疾患、および他のグループに分類疾患におけるＨ３６網膜疾患を含む）；Ｈ４０−Ｈ４２緑内障；硝子体と地球のＨ４３−Ｈ４５障害；視神経や視覚経路のＨ４６−Ｈ４８障害；眼筋、両眼運動、宿泊施設や屈折のＨ４９−Ｈ５２障害；Ｈ５３−Ｈ５４．９視覚障害や失明、そして目や付属器のＨ５５−Ｈ５９その他の疾患である。
【００６３】
前記疾患とは別に、本発明の側面はまた、次の神経疾患の予後及び診断に適用される：即ち、圧覚喪失；後天的てんかん失語症；急性散在性脳脊髄炎；副腎白質ジストロフィー；脳梁欠損症；失認；アイカルディ症候群；アレキサンダー病；エイリアンハンド症候群；感覚体側逆転；アルパーズ病；片麻痺を交互；アルツハイマー病；筋萎縮性側索硬化症（運動ニューロン疾患を参照のこと）；無脳症；アンジェルマン症候群；血管腫症；無酸素症；失語症；失行；クモ膜嚢胞；くも膜炎；アーノルド・キアリ奇形；動静脈奇形；毛細血管拡張性運動失調症；注意欠陥多動性障害；聴覚処理障害；自律神経障害；背中の痛み；バッテン病；ベーチェット病；ベル麻痺；良性特発性眼瞼けいれん；良性頭蓋内圧亢進症；両側前頭多小脳回；ビンスワンガー病；眼瞼痙攣；ブロッホサルズバーガー症候群；腕神経叢損傷；脳膿瘍；脳損傷；脳損傷；脳腫瘍；ブラウンセカール症候群；カナバン病；手根管症候群；カウザルギー；中枢性疼痛症候群；橋中心髄鞘崩壊；中心核ミオパシー；頭部の障害；脳動脈瘤；脳動脈硬化症；脳萎縮；脳性巨人症；脳性麻痺；脳血管炎；頚椎脊柱管狭窄症；シャルコー・マリー・トゥース病；キアリ奇形；舞踏病；慢性疲労症候群；慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー（ＣＩＤＰ）；慢性疼痛；コフィンローリー症候群；昏睡；複合性局所疼痛症候群；圧迫性神経障害；先天性の顔面麻痺；大脳皮質基底核変性症；頭蓋動脈炎；頭蓋骨癒合症；クロイツフェルト・ヤコブ病；蓄積外傷疾患；クッシング症候群；巨細封入体病（ＣＩＢＤ）；サイトメガロウイルス感染症；ダンディ−ウォーカー症候群；ドーソン病；デモルシャ症候群；デジェリン−クルンプケ麻痺；デジェリン・ソッタス病；遅延睡眠相症候群；認知症；皮膚筋炎；発達統合運動障害；糖尿病性神経障害；びまん性硬化症；ドラベ症候群；自律神経障害；計算力障害；書字障害；ディスレクシア；ジストニア；エンプティセラ症候群；脳炎；脳ヘルニア；脳三叉神経領域血管腫症；遺糞；癲癇；エルブ麻痺；紅；本態性振戦；ファブリー病；ファール症候群；失神；家族性痙性麻痺；熱性けいれん；フィッシャー症候群；フリードライヒ失調症；線維筋痛；ゴーシェ病；ゲルストマン症候群；巨細胞性動脈炎；巨細胞性封入体病；球様細胞白質萎縮症；異所性灰白質；ギラン・バレー症候群；ＨＴＬＶ−１関連脊髄症；ハレルフォルデン・スパッツ病；頭部外傷；頭痛；片側顔面けいれん；遺伝性痙性対麻痺；遺伝性多発神経炎性失調；耳帯状疱疹；帯状疱疹；平山症候群；全前脳症；ハンチントン病；水無脳症；水頭症；副腎皮質機能亢進症；低酸素症；免疫介在性脳脊髄炎；封入体筋炎；色素失調症；乳児フィタン酸蓄積症；乳児レフサム病；乳児痙攣；炎症性筋疾患；頭蓋内嚢胞；頭蓋内圧亢進；ジュベール症候群；カラク症候群；カーンズ・セイヤー症候群；ケネディ病；キンスブルーン症候群；クリッペルフェイル症候群；クラッベ病；クーゲルバーグ・ウェランダー病；クールー；ラフォラ病；ランベルト−イートン筋無力症候群；ランダウクレフナ症候群；横延髄（ウォレンバーグ）症候群；学習障害；リー病；レノックス・ガストー症候群；レッシュ・ナイハン症候群；染性白質ジストロフィー；レビー小体型認知症；滑脳症；ロックイン症候群；ルー・ゲーリック病（運動ニューロン疾患を参照）；腰椎椎間板疾患；腰部脊柱管狭窄症；ライム病−神経学的後遺症；マシャド・ジョセフ病（脊髄小脳失調症３型）；大脳症；巨視；巨大脳髄症；メルカーソン−ローゼンタール症候群；メニエール病；髄膜炎；メンケス病；異染性白質ジストロフィー；小頭症；小視症；片頭痛；フィッシャー症候群；ミニ脳卒中（一過性脳虚血発作）；ミトコンドリアミオパチー；メビウス症候群；単肢の筋萎縮症；運動ニューロン疾患；運動技能障害；もやもや病；ムコ多糖；多発梗塞性認知症；多巣性運動ニューロパチー；多発性硬化症；多系統萎縮症；筋ジストロフィー；筋痛性脳脊髄炎；重症筋無力症；ミエリン砕屑性びまん性硬化症；乳児のミオクロニー脳症；ミオクローヌス；ミオパシー；筋細管性ミオパチー；先天性筋強直症；ナルコレプシー；神経線維腫症；悪性症候群；エイズの神経症状；ループスの神経学的後遺症；神経性筋緊張病；神経セロイドリポフスチン症；神経移動障害；ニーマンピック病；非２４時間睡眠・覚醒症候群；非言語的学習障害；オサリバン・マクラウド症候群；後頭神経痛；オカルト脊髄癒合不全配列；大田原症候群；オリーブ橋小脳萎縮症；オプソクローヌスミオクローヌス症候群；視神経炎；起立性低血圧；使い過ぎ症候群；反復視；感覚異常；パーキンソン病；先天性パラミオトニア；腫瘍随伴性疾患；発作性の攻撃；パリー・ロンベルグ症候群；ペリツェウス・メルツバッヒャー病；定期的なＰａｒａｌｙｓｅｓ；末梢神経障害；遷延性植物状態；広汎性発達障害；光くしゃみ反射；フィタン酸蓄積症；ピック病；はさまれた神経；下垂体腫瘍；ＰＭＧ；ポリオ；多小脳回；多発性筋炎；孔脳症；ポストポリオ症候群；帯状疱疹後神経痛（ＰＨＮ）；感染後脳脊髄炎；起立性低血圧；プラダー・ウィリー症候群；原発性側索硬化症；プリオン病；プログレッシブ片側顔面萎縮症；進行性多巣性白質脳症；進行性核上性麻痺；偽脳腫瘍；狂犬病；ラムゼイ・ハント症候群（タイプＩ、タイプＩＩ）；ラスムッセン脳炎；反射神経血管ジストロフィー；レフサム病；反復運動障害；  反復性のストレス障害；むずむず脚症候群；レトロウイルス関連脊髄症；レット症候群；ライ症候群；リズミカルな運動障害；ロンベルグ症候群；舞踏病；サンドホフ病；統合失調症；シルダー病；裂脳症；感覚統合機能不全；セプト光学異形成；揺さぶられっ子症候群；帯状疱疹；シャイ・ドレーガー症候群；シェーグレン症候群；睡眠時無呼吸；睡眠病；スナチテーション；ソトス症候群；痙性；二分脊椎；脊髄損傷；脊髄腫瘍；脊髄性筋萎縮症；脊髄小脳失調症；スティール・リチャードソン・オルシェフスキー症候群；スティッフパーソン症候群；ストローク；スタージ・ウェーバー症候群；亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症；表面的な鉄沈着症；シデナム舞踏病；失神；共感覚；脊髄空洞症；足根管症候群；遅発性ジスキネジア；タルロフ嚢胞；テイ−サックス病；側頭動脈炎；破傷風；係留脊髄症候群；トムセン病；胸郭出口症候群；疼痛性チック；トッド麻痺；トゥレット症候群；中毒性脳症；一過性脳虚血発作；伝達性海綿状脳症；横断性脊髄炎；外傷性脳損傷；振戦；三叉神経痛；熱帯性痙性対麻痺；ト���パノソーマ症；結節性硬化症；フォン・ヒッペル・リンドウ病；ビリウスキ脳脊髄炎；バレンベリー症候群；ウェルドニッヒ・ホフマン病；ウェスト症候群；むち打ち症；ウィリアムズ症候群；ウィルソン病及びゼルウィガー症候群である。
【００６４】
前記疾患とは別に、本発明の側面はまた、次の心血管疾患の予後及び診断に適用される：即ち、動脈瘤；心症；脈硬化；卒中（脳卒中）；血管疾患；うっ血性心不全；冠動脈疾患；心筋梗塞（心臓発作）；及び末梢血管疾患である。
【００６５】
ここで使用される「核酸」は、一本鎖又は二本鎖形状のいずれかのデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドポリマーを意味し、特に記載されない限り、天然ヌクレオチドと類似の方法で一本鎖核酸とハイブリダイズする天然ヌクレオチドの本質的性質を持つ知られた類似体（例えばタンパク質核酸）を含む。
【００６６】
用語「ＲＮＡ」は、リボ核酸を意味し、ＲＮＡ分子はタンパク質生成物をコード化するか、タンパク質生成物をコードしない（例えばｍｉＲＮＡであるが、その他のノンコードＲＮＡ」を除外しない。ＲＮＡはＤＮＡテンプレートから転写される。
【００６７】
ここで使用される「変異」とは、天然の野生型コード配列の変異の結果得られる核酸化合物、タンパク質、分子、ベクター又は細胞又はそのサブツニットである。
【００６８】
ここで使用される用語「変異」とは、天然のコーディング配列を、置換、付加、ケッチス、挿入、クロスリンク又はその他の天然コーディング配列の１以上のヌクレオチドを破壊又は置換して変更させる全ての変化を意味し、天然に起こるスプライス変異体を含む。特に、前記変異は、前記細胞が癌細胞にする遺伝子を与える。かかる変異は、腫瘍抑制遺伝子及び／又は癌遺伝子の継承されたか獲得された変異を含む。
【００６９】
「増幅」とは、テンプレートとして少なくとも１つの核酸配列を用いて核酸配列に相補的な複数の核酸開裂又はコピーを構成することを意味する。
増幅システムには、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）システム、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）システム、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ、Ｃａｎｇｅｎｅ、Ｍｉｓｓｉｓｓａｕｇａ、Ｏｎｔａｒｉｏ）、Ｑベータレプリカーゼシステム、転写に基づく増幅システム（ＴＡＳ）及び鎖置換増幅システムが含まれる。例えば、「診断分子微生物  原理及び応用、  Ｄ．  Ｈ．  Ｐｅｒｓｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．、Ｅｄ．、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、Ｄ．Ｃ．（１９９３）」を参照すること。増幅産物はアンプリコンとされる。
【００７０】
用語「ハイブリッド」は、相補的核酸間で水素結合で形成された二本鎖核酸分子、又はデュプレックスを意味する。用語「ハイブリダイズ」又は「アニール」は、一本鎖核酸配列が、相補的核酸との間で水素結合により二本鎖螺旋部分を形成することを意味する。
【００７１】
用語「オリゴヌクレオチド」とは、リン酸結合（例えばリン酸ジエステル、アルキル及びアリールリン酸エステル、チオリン酸エステル）したヌクレオチドの短い配列（通常は６から１００ヌクレオチド）又は非リン酸結合（例えばペプチド、スルファミン酸塩など）を意味する。オリゴヌクレオチドは、変性塩基（例えば５−メチルシトシン）、及び変性糖基（例えば、２’−Ｏ−メチルリボシル、２’−Ｏ−メトキシメチルリノシル、２’−フルオロリボシル、２’−アミノリボシルなど）を含み得る。オリゴヌクレオチドは、天然由来又は合成分子であってよく、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ及び二本鎖−及び一本鎖−ＲＮＡであってよく、さらに環状、分岐又は直鎖状の、及び場合により安定な二次構造を形成するドメイン（例えば、ステム−ループ及びループ−ステム−ループ構造）を含んでいてよい。
【００７２】
ここで使用される用語「プライマー」とは、オリゴヌクレオチドを意味し、これは核酸鎖に相補的なプライマー伸長反応生成物が誘導される条件、即ち、ヌクレオチドとＤＮＡ、ポリメラーゼなどのポリメラーゼ反応の試薬の存在及び適切な温度とｐＨの下で増幅ターゲットとアニーリングでき、ＤＮＡポリメラーゼがそれにより結合されてＤＮＡ合成に開始点として作用する。前記（増幅）プライマーは、好ましくは、増幅の最大効率のための好ましい単一鎖である。好ましくは、前記プライナーは、オリゴデオキシリボヌクレオチドである。前記プライマーは、ポリメラーゼ反応のための試薬の存在下で伸長生成物の合成を起こす十分な長さであるべきである。前記プライマーの正確な長さは、多くの因子に依存し、例えば温度やプライマー源である。ここで使用される用語「１対の二方向プライマー」とは、ＰＣＲ増幅などのＤＮＡ、増幅の技術分野で共通に使用されている前方及び後方プライマーを意味する。
【００７３】
前記用語「プローブ」は、ターゲット核酸配列分析物又はそのｃＤＮＡ誘導体の相補的配列を認識し水素結合を形成し得る一本鎖オリゴヌクレオチド配列を意味する。
【００７４】
用語「ストリンジェント」又は「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、ハイブリッドの安定性に影響を与えるハイブリダイゼーション条件を意味し、例えば温度、塩濃度、ｐＨ、ホルムアミド濃度などである。これらの条件は、ターゲット核酸とプライマー又はプローブとの特異的結合を最大化し、非特異的結合を最小化するように経験的に最適化される。前記使用される用語は、プローブ又はプライマーが他の配列よりもより検出可能な程度にそのターゲット核酸とハイブリダイズする条件をも意味する。ストリンジェント条件は、配列に依存し、状況により異なる。より長い配列ほどより高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェント条件は、既定のイオン強度及びｐＨで前記特定の配列の熱融解温度（Ｔｍ）よりも５℃低く選択される。前記Ｔｍは、５０％の相補的ターゲット配列が完全にマッチしたプローブ又はプライマーとハイブリダイズする温度（所定にイオン強度及びｐＨで）である。通常は、ストリンジェント条件は、前記塩濃度は約１．０ＭのＮａ＋イオン未満、通常は約０．０１から１．０ＭのＮａ＋イオン濃度（又は他の塩）、ｐＨが７．０から８．３、温度が少なくとも１つの短いプローブ又はプライマー（例えば１０から５０ヌクレオチド）については３０℃、長いプローブ又はプライマー（例えば５０以上のヌクレオチド）については６０℃である。ストリンジェント条件はまた、ホルムアミドなどの脱安定化剤の添加により達成され得る。例示的な弱ストリンジェント条件、又は「低減ストリンジェント条件」は、３７℃で、３０％ホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％のＳＤＳ中でのハイブリダイゼーション及び４０℃で２ｘＳＳＣ洗浄を含む。例示的高ストリンジェント条件は、３７℃で５０％のホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳ中でハイブリダイゼーション、及び６０℃で０．１ｘＳＳＣ洗浄を含む。ハイブリダイゼーション手順は、当該技術でよく知られており、例えばＡｕｓｕｂｅｌらの「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．、１９９４」に記載されている。
【００７５】
ここで使用される「被験者」とは、限定されるものではないが、例えば人を含む哺乳類、非人霊長類、マウス、豚、ウシ、ヤギ、ネコ、ウサギ、ラット、モルモット、ハムスター、デグー、ウマ、サル、ヒツジ又はその他の非人哺乳類；及び、例えばトリ（例えばニワトリ、アヒルなど）、魚及び無脊椎動物などの非哺乳無脊椎動物を含む非哺乳動物を含む。前記被験者は、定期的に十分検査を受けている健康な動物や人被験者であり得る。又は、前記被験者は、疾患を持つ危険があり得る（例えば遺伝的素因を有する被験者、癌の医学的及び／又は家族履歴を持つ被験者、発癌物質、職業的危険性、環境的危険性に暴露されたことのある被験者）、及び／又は疾患が疑われる臨床的兆候を表す被験者（例えば、排便での出血や血便、原因不明の痛み、発汗、原因不明の発熱、拒食症までの原因不明の体重損失、排便習慣の変化（便秘及び／又は下痢）、しぶり（具体的には直腸癌の不完全な排便感）、貧血及び／又は一般的衰弱）であり得る。他の実施態様によると、前記被験者は、疾患が診断され、治療の間に的的検診を実施する患者であり得る。
【００７６】
ここで使用される用語「血小板」は、血液血小板を意味し、即ち、小さな、不規則形状細胞断片はＤＮＡを含む核を持たず、哺乳類の血液中を循環する。血小板は、直径が２−３μｍであり、巨核球前駆体の断片から誘導される。血小板の平均寿命は５から９日であり、血栓の形成につながる止血において重要な役割を果たしている。
【００７７】
ここで使用される用語「血液」は、全血液（血清及び血漿を含む）を含み、及び動脈、毛細血管及び静脈血を含む。ここで使用される用語「有核細胞」とは好ましくは、バルトリン腺細胞；唾液腺粘液細胞；唾液腺漿液細胞；・フォンエブナー腺細胞；乳腺細胞；涙腺細胞；セルミノウス腺細胞；エクリン汗腺細胞；アポクリン汗腺細胞；モル腺細胞；皮脂腺細胞；ボウマン腺細胞；ブルンナー腺細胞；精嚢細胞；前立腺細胞；尿道球腺細胞；リトレ腺細胞；子宮内膜細胞；孤立杯細胞；胃の粘膜粘液細胞；胃腺酵素原細胞；胃腺酸分泌細胞；膵臓腺房細胞；パネート細胞；ＩＩ型肺細胞；クララ細胞；下垂体前葉細胞；中間下垂体細胞；大細胞神経分泌細胞；甲状腺細胞；副甲状腺細胞；副腎細胞；ライディッヒ細胞；内莢膜細胞；黄体細胞；傍糸球体細胞；緻密斑細胞；極周囲の細胞；メサンギウム細胞；血管とリンパ管の有窓血管内皮細胞；血管やリンパ管、血管内皮細胞の連続；血管とリンパ管血管内皮脾細胞；漿膜細胞；扁平上皮癌；円柱細胞；ダーク細胞；前庭膜細胞；血管条基底細胞；血管条辺縁細胞；クラウディウス細胞；ベッチャー細胞；脈絡叢細胞；ピアアラカノイド膜扁平上皮；着色毛様体上皮細胞；無色素毛様体上皮細胞；角膜内皮細胞；ペグ細胞；気道繊毛細胞；繊毛細胞を卵管；子宮内膜繊毛細胞；網は繊毛細胞を精巣；小管は繊毛細胞；上衣細胞繊毛；表皮角化細胞；表皮基底細胞；ケラチノサイト；髄質毛幹細胞；床基底細胞ネイル；皮質の毛幹細胞；クチクラ毛幹細胞；クチクラ毛根鞘細胞；外部毛根鞘細胞；毛母細胞；表面上皮細胞、基底細胞；尿上皮細胞；聴覚内有毛細胞；聴覚外有毛細胞；一次感覚ニューロン；メルケル細胞；嗅覚受容ニューロン；視細胞；頸動脈小体細胞（血液のｐＨセンサー）；有毛細胞；味蕾細胞；コリン作動性神経細胞；アドレナリン作動性神経細胞；ペプチド性神経細胞；内柱細胞；外柱細胞；内側支持細胞；外側支持細胞；ボーダー細胞；ヘンゼン細胞；前庭器支持細胞；味蕾支持細胞；嗅上皮支持細胞；シュワン細胞；衛星細胞；腸溶性グリア細胞；星状膠細胞；ニューロン細胞；オリゴデンドロサイト；スピンドルニューロン；前部水晶体上皮細胞；クリスタリン含有水晶体線維細胞；肝細胞；脂肪細胞；肝脂肪細胞；腎臓糸球体の壁細胞；腎臓糸球体足細胞；腎臓近位尿細管刷子縁細胞；ヘンレ薄セグメントループ細胞；腎臓遠位尿細管細胞；腎集合管細胞；肺細胞；膵管細胞；無筋ダクト細胞；ダクト細胞；腸刷子縁細胞；外分泌腺線条導管細胞；胆嚢上皮細胞；精巣輸出非線毛性細胞；精巣上体主細胞；精巣上体の基底細胞；エナメル芽細胞；上皮細胞；半月面上皮細胞；コルティ歯間上皮細胞の器官；疎性結合組織の線維芽細胞；角膜線維芽細胞；腱線維芽細胞；骨髄細網組織の線維芽細胞；その他の非上皮性線維芽細胞；周皮細胞；髄核細胞；セメント芽細胞／セメント芽細胞；象牙芽細胞／象牙細胞；軟骨硝子軟骨；軟骨細胞線維軟骨；弾性軟骨軟骨細胞；骨芽細胞／骨細胞；骨前駆細胞；硝子体細胞；星細胞；肝星細胞；膵臓ステラ細胞；骨格筋細胞；衛星細胞；心筋細胞；平滑筋細胞；筋上皮細胞；巨核球；単球；結合組織マクロファージ；表皮ランゲルハンス細胞；破骨細胞；樹状細胞；ミクログリア細胞；好中球顆粒球；好酸球顆粒球；好塩基性顆粒球；マスト細胞；ヘルパーＴ細胞；サプレッサーＴ細胞；細胞傷害性Ｔ細胞；ナチュラルキラーＴ細胞；Ｂ細胞；ナチュラルキラー細胞；網状赤血球；メラニン細胞；網膜色素上皮細胞；卵原細胞／卵母細胞；精子細胞；精母細胞；精原細胞；精子；卵胞細胞；セルトリ細胞；胸腺上皮細胞及び間質性腎細胞を含む。
【００７８】
目的とされる治療及び個別薬物は、疾患プロフィル及びそれに伴う診断に大きく依存する。疾患由来核酸の変異は目標とされる治療に応じて高い予兆となり得る。しかし、高品質の核酸への容易なアクセスを得ることは、重要な開発へのハードルとなっている。血液は一般的には、１５００００から３５００００個／マイクロリットルの血小板細胞（血小板）を持ち、研究及び臨床での使用に高い利用可能性を提供する。さらに、血小板分離は比較的単純であり、血液バンク／血液学実験室での標準手順である。血小板は核を含まないので、そのＲＮＡ転写物−機能維持のために必要−が、血小板産生の際に骨髄巨核球から誘導される。血小板は、種々の転写機構を介して循環する際にＲＮＡ転写物を取り込み得ることが見出されている。腫瘍細胞は、遺伝子物質の豊富な収集物を放出し、これらは変異ＲＮＡ転写物の形でマイクロベシクルにより分泌される。血液流の循環の際に、血小板は癌細胞及びその他の疾患細胞により分泌される物質を吸収することから、前記個別化医療の点から、癌及び他の疾患の比較診断のための興味惹かれる土台を提供するものである。
【００７９】
以下の例では、健康なヒトのコントロール被験者から分離された血小板が、ヒト脳腫瘍細胞（神経膠腫）から誘導されるＲＮＡ−含有ミクロベシクルから、さらに、それは腫瘍に関連するＲＮＡであって例えば神経膠腫では変異ＥＤＦＲｖＩＩＩｍＲＮＡを含むミクロベシクルからＲＮＡを取り込むことができる、ということを示している。従って、神経膠腫から分離される循環血小板がＲＮＡバイオマーカーを含むことが決定された。ＲＴ−ＰＣＲを用いて、血小板に見出された変異ＥＤＦＲｖＩＩＩｍＲＮＡが神経膠腫組織の存在を反映することが確立された。
【００８０】
腫瘍マーカーメッセージの存在は、神経膠腫患者からの血小板に特有ではなく、より広い範囲のここで同定された疾患に適用可能である。前立腺癌マーカーのＰＣＡ３及びＰＳＡをコードするメッセンジャーＲＮＡは、前立腺癌患者からの血小板に示され得る一方で、これらは健康なコントロール被験者からの血小板には存在しない。
【００８１】
癌及びその他の疾患に伴う遺伝子変異の検出とは別に、本発明者はまた、遺伝子発現アレイが、特定のタイプ（固体腫瘍）の癌又は他の疾患を患う被験者のものとして、血小板核酸を分類するために使用し得ることを見出した。健康なコントロール被験者から分離された血小板から抽出された核酸、又は神経膠腫患者から分離された血小板から抽出された核酸から得られるｍＲＮＡ発現プロフィルは個別に異なる、ということが確立された。識別されたｍＲＮＡ発現プロフィルが得られ、最小の神経膠腫バイオマーカー特徴が検出され、これは図３Ｃでトップ−３０として示されている。図３示されるように識別されるプロフィルは、次の遺伝子発現の有意な増加を含むみ：それらは、ＷＦＤＣ１、Ｋｒｅｍｅｎ１、ＤＥＦ４Ａ、ＡＲＧ１、ＦＫＢＰ５、ＡＣＲＣ、ＥＮＳＴ０３２８０４３、Ａ＿３２＿Ｐ１６７１１１、ＭＡＰ２、ＥＣＴＬ８、ＵＮＣ１３Ｂ、ＴＰ５３Ｉ３、ＦＤＸＲ、ＢＸ１１９７１８、ＳＯＲＴ１、ＰＦＮ４、Ｃ１ＱＴＮＦ５、Ａ＿２４＿Ｐ２３７８９６、ＰＧＬＹＲＰ１、ＳＥＣ１４Ｌ２、ＢＣ０１８６２６、ＭＡＯＢ、ＴＣＮ１、ＡＭＯＴＬ１、ＴＳＰ５０、ＣＤ１０９、Ａ＿２４＿Ｐ９２７０１５、ＴＨＣ２３２５９８７、Ｃ１８ｏｒｆ１、及びＬＩＮ２８（これらの遺伝子名のいくつかは、マイクロアレイアクセッション番号、例えばＡｇｉｌｅｎｔ  Ｃｈｉｐのオリゴヌクレオチドプローブの番号を意味する）である。理解されるべきことは、このプロフィルは本発明を限定するものではないということであり、なぜならば当業者は、他の癌及び他の疾患一般について本発明の方法を用いることで他の適切な遺伝子発現プロフィルを得る方法を知るであろうからである。
【００８２】
本発明者は、血液血小板は癌マーカー及び疾患マーカーを、腫瘍由来又は腫瘍関連又は疾患関連核酸又は核酸発現プロフィルを含むこと、及びこれらの血小板は、ここで同定した癌及び他の疾患の分子プロフィルのための診断土台として作用し得る、ということを見出した。これは個別医療の点で非常に有用である。
【００８３】
本発明は、新規で容易に使用できる、循環性疾患由来物質（例えばここで使用される疾患マーカー）を分離する方法を提供する。本発明者は、循環血小板から腫瘍由来ＲＮＡを分離し、純粋なＲＮＡを得、それにより少量の血液から高品質のＲＮＡを抽出する容易な方法を提供する。血小板核酸（ＮＡ）分離及び続く分析により、血液中の循環ＮＡの診断精度の顕著な増加が示される。
【００８４】
本発明者は、疾患患者には、循環血小板は有意の量の疾患由来ＲＮＡを含むことを見出した。この疾患由来ＲＮＡをは疾患についての特異的な遺伝子情報を示し、疾患タイプ、疾患の程度及び多分前記疾患の治療処置に対する感受性をも決定するために使用され得る。血小板ＲＮＡは、ここでは神経膠腫から由来するＥＧＦＲｖＩＩＩ変異ＲＮＡについて説明される特異的な疾患由来ＲＮＡの存在について分析され得る。
【００８５】
本発明は、血液から抽出された血小板などの無核細胞内にある、疾患由来の有核細胞由来の特異的転写物を見出す方法を記載する。この方法は堅牢かつ容易である。この方法は、抽出ＮＡにつき、迅速かつ直接的な手順及び品質に寄与する。臨床的設定内で、血小板抽出（血液サンプルから）は、すでに一般的生物サンプル収集物で実施されており、従って、これを臨床で実施することは容易であることは予想できる。
【００８６】
本発明      は疾患由来核酸の存在につき被験者の血液を分析する方法、及び前記方法を用いる、被験者の疾患を診断する方法を提供する。本発明の方法についてここで説明される際には、これらの両方の実施態様が説明されるものとする。
【００８７】
本発明の方法は、例えば血液を含む組織などの無核血液細胞を含む全ての体サンプルで実施され得るが、好ましくは前記サンプルは全血液である。
【００８８】
被験者の血液サンプルは、全ての標準方法、例えば静脈抽出で得られる。
【００８９】
必要な血液量は特に制限はない。使用する方法により、当業者は、本発明の種々のステップを実施し、遺伝子分析のための十分なＮＡを得るために必要なサンプル量を確立することができる。一般に、かかる量は、０．０１μｌから１００ｍｌの範囲の量を含む。
【００９０】
体サンプルは前記サンプル収集に続きすぐに分析され得る。又は、本発明による方法による分析は、保存無核血液細胞、好ましくは血小板の保存画分で実施され得る。試験のための体サンプル、又はその無核血液細胞の画分は、従来技術で知られる方法を用いて保存され得る。収集された無核血液細胞画分で、血小板は好ましくは不活性状態（即ち、非活性状態）で維持される。この方法で、細胞の完全性と疾患由来核酸が最良に保存される。
【００９１】
前記無核血液細胞の画分が血小板の場合、血小板分離画分は好ましくは、貧血小板血漿又は多血小板血漿（ＰＲＰ）を含まない。さらに血小板の分離は最適解像度である。
【００９２】
体サンプルは、適切に処理されてもよく、例えば精製、消化又は特定の化合物を抽出するなどである。戦記サンプル中の無核血液細胞内に存在するＮＡを特徴付ける方法、この方法は好ましくはＲＴ−ＰＣＲを含む方法に依存して、無核血液細胞は当業者に知られる方法で前記サンプルから抽出され、そこから前記分析方法で必要とされるＮＡを抽出する適切な媒体へ移される。レシピエント被験者の体サンプルは、過剰核酸と分解酵素（ＲＮアーゼ、ＤＮアーゼなど）は前記核酸の分解を防止するために除去され得る。
【００９３】
被験者の体サンプルからの血小板抽出は全ての可能な方法を含む。輸血医学では、血小板はしばしば血漿交換により収集され、この医学技術ではドナー又は患者の血液が、特定の成分を分離し残りを循環系に戻す装置を通過させるという技術である。個々の血液成分の分離は、特別製遠心分離装置で実施される。血小板交換（血小板細胞交換とも呼ばれる）は血小板を収集するための交換手順である。現代的自動血小板交換では、血液ドナーはその血小板細胞の一部分を与える一方で、その赤血球細胞と少なくとも血液血清の部分を保持することができる。ここで交換により含まれる血漿細胞を含む体サンプルの提供は可能であるが、全血液を収集し、遠心分離によりそれから血小板画分を分離することがしばしばより容易である。一般に、そのような手順では、前記血小板細胞はまず、他の血液成分から、約１２０ｘｇで約２０分間、室温で遠心分離されて、多血小板血漿（ＰＲＰ）画分が得られる。血小板細胞はその後洗浄（例えばＰＢＳ−ＥＤＴＡで）され血漿タンパク質を除去し血小板を濃縮する。洗浄ステップは一般に、８５０−１０００ｘｇで約１０分間室温で行う。さらなる濃縮が実施されてより純粋な血小板画分を得る。
【００９４】
血小板分離は通常は、抗凝固剤クエン酸デキストロース（例えば３６ｍｌクエン酸、５ｍｍｏｌ／ｌのＫＣｌ、９０ｍｍｏｌ／ｌのＮａＣｌ、５ｍｍｏｌ／ｌのグルコース、１０ｍｍｏｌ／ｌのＥＤＴＡ、ｐＨ６．８）を含むバキュテナーチューブ内の血液サンプル収集を含む。
【００９５】
血小板収集の適切な手順は、Ｆｅｒｒｅｔｔｉらの「Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ２００２；８７：２１８０−２１８４」に記載されている。この方法は、多血小板血漿（ＰＲＰ）を得るための予備的遠心分離ステップ（１３００ｒｐｍ、１０分間）を含む。その後血小板を３回、抗凝固緩衝液（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１０ｍｍｏｌ／ｌ；ＮａＣｌ１５０ｍｍｏｌ／ｌ；ＥＤＴＡ１ｍｍｏｌ／ｌ；グルコース５ｍｍｏｌ／ｌ；ｐＨ７．４）で洗浄し、前記条件で遠心して、血漿タンパク質汚染を防止し、全ての残留血液細胞を除去する。最終的遠心は４０００ｒｐｍで２０分間行い、血小板分離を実施する。血小板ペレットは洗浄されてよい（例えば、リン酸緩衝生理的食塩水）。疾患マーカーレベルの定量的決定のために、血小板膜のタンパク質濃度が内部標準として使用され得る。かかるタンパク質濃度は、標準として血清アルブミンを用いるＢｒａｄｆｏｒｄの方法による（Ａｎａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９７６；７２：２４８−２５４）。
【００９６】
前記被験者の体サンプルの提供、及びそれから前記無核血液細胞の抽出に続いて、被験者の無核血液細胞が疾患特異的核酸の存在をスクリーニングされる。疾患特異的核酸が前記無核血液細胞で見つかった場合、又は疾患特異的核酸が、前記無核血液細胞内で、コントロール被験者の影響を受けていない血液サンプルの無核欠系細胞で見出されるよりも高いレベルで見つかった場合、疾患特的核酸が前記被験者の疾患細胞又は組織によるものであり、前記被験者はここで定義される疾患と診断される。
【００９７】
疾患特的核酸（ＲＮＡ及び／又はＤＮＡ疾患マーカー）は、疾患細胞から由来すると定められ、この細胞は、前記疾患に伴う又は特異的な核酸配列の変異を含むか含まず、及びまた、健康なドナーからの無核血液細胞の核酸と比較してアップレギュレーション又はダウンレギュレーションされる疾患誘導無核血液細胞核酸を含む。ここで、用語「疾患特異的核酸」及び「疾患誘導核酸」は交換可能に使用される。理解されるべきことは、非変異遺伝子が同定され疾患診断に使用され得る、ということである。ある遺伝子はある疾患で過剰発現される場合、この核酸は無核血液細胞に転移され得る。しかし、これらの核酸はすでに健康な被験者の無核血液細胞に存在する場合には、かかる疾患の無核血液細胞中の核酸の複製の数の増加が予期できる。従って、無核血液細胞中のある遺伝子の複製の数の定量化（定量化ＰＣＲ又はミクロアレイなどによる）は、かかる遺伝子の過剰発現する疾患の存在を検出するための本方法の側面の実施態様において有利である。
【００９８】
本方法のさらなるステップは、無核血液細胞抽出核酸画分の提供である。かかる核酸画分は、続いてその中の疾患マーカーの検出のために使用される。無核血液細胞抽出核酸画分は、全ての利用可能なＮＡの抽出方法により得られる。通常はＲＮＡ抽出は、カオトロピック試薬を用いて実施される。細胞又は組織から全ＲＮＡを分離する第１ステップは、前記細胞を変性条件で破壊することである。１９７９年にＣｈｉｒｇｗｉｎらは、０．１Ｍの２−メルカプトエタノールを含む強力なタンパク質変性グアニジウムチオシアネートの４Ｍ溶液を用いてホモジナイズすることでタンパク質のジスルフィド結合を分解し、全ＲＮＡを効率的に分離する方法を見出した（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１８［２４］：５２９４−９、１９７９）。ＲＮＡはその後エタノールで抽出されるか、塩化セシウム超遠心分離により分離された。１９８７年にＣｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ及びＳａｃｃｈｉは、この方法を修正し、グアニジンチオイソシアネート及フェノール−クロロホルムの混合物を用いて迅速な単一ステップ抽出手順を考案し、その方法は特に、多数のサンプルを処理するため、又は少量の細胞や組織からＲＮＡをを分離するために有用である（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１６２［１］：１５６−９、１９８７）。全ての市販されているキットもまたＲＮＡ抽出に使用でき、例えば制限されるものではないが、Ａｍｂｉｏｎ社のＲＮＡｑｕｅｏｕｓＴＭ  ｓｙｓｔｅｍ、Ｂｉｏ１０１社のＲＮａｉｄ  Ｐｌｕｓ  ｋｉｔ、Ｂｉｏｌｉｎｅ  Ｌｔｄ．社のＲＮＡｃｅ  ｋｉｔｓ、ＣＬＯＮＴＥＣＨ社のＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ（Ｒ）ＲＮＡ  ＩＩ及びＮｕｃｌｅｏＴｒａｐ  ｍＲＮＡ  ｋｉｔｓ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．社のＳ．Ｎ．Ａ．Ｐ．Ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ及びＱＩＡＧＥＮ社のＲＮｅａｓｙ  ｋｉｔｓが挙げられる。
【００９９】
抽出核酸サンプルの疾患誘導核酸の検出は、前記疾患について核酸配列変異又は核酸の発現プロフィルを検出するために適切な全ての遺伝子分析技術が利用可能である。通常は、かかる配列変異は、選択的核酸ハイブリダイゼーションで容易に検出され、これはお互いに一本鎖核酸配列との選択的ハイブリダイゼーションによる二本鎖核酸の形成を含む。選択的ハイブリダイゼーションとは、ストリンジェントな条件で、特定の核酸標的配列に対しての核酸配列のハイブリダイゼーションを意味し、非標的核酸配列とのハイブリダイゼーションよりも検出可能なより大きい程度又は非標的核酸を実質的に排除する程度のハイブリダイゼーションを意味する。選択的ハイブリダイゼーションは通常は、お互いに少なくとも８０％配列同一、好ましくは９０％配列同一、より好ましくは９０％配列同一及び最も好ましくは１００％配列同一（即ち相補的）を持つ。
【０１００】
又は、疾患誘導核酸の検出は、ＤＮＡ及びＲＮＡ配列決定の配列決定技術を通じて実施され得る。
【０１０１】
ＲＮＡの配列変異検出又はＲＮＡの発現プロフィルの検出の場合、ＲＮＡ内の配列変異又は発現量を検出する前に前記ＲＮＡをｃＤＮＡに転写することが好ましい。
【０１０２】
ＲＮＡは、ＲＮＡ依存性ＤＮＡ及びポリメラーゼ、例えばウイルス、レトロトランスポゾン、細菌などからの逆写酵素を用いてｃＤＮＡに逆転写され得る。これらは、ＲＮアーゼＨ活性を持ち得るか、又は逆転写酵素のＲＮアーゼＨ活性が制限されるか又は存在しないように変異された逆転写酵素（例えばＭＭＬＶ−ＲＴＲＮアーゼＨ−）が使用され得る。ＲＮＡ依存性ＤＮＡ及び合成（逆転写）はまた、変異や変性反応条件により変更された核酸依存性を示すしそれによりＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ機能を獲得した酵素により実施され得る。市販キットが、ＲＮＡからｃＤＮＡへの逆転写に利用可能である。ＲＮＡからｃＤＮＡへ逆転写されると、前記ＤＮＡ配列が分析されて癌特異的変異又は発現プロフィルンの存在が、例えば前記の選択的核酸ハイブリダイゼーションにより検出され得る。かかる技術はこの技術分野でよく知られており、検出されるべき変異体に特異的な増幅プライマーを用いて選択的に増幅するか、ｍＲＮＡ特異的プローブを用いて核酸アレイに選択的にハイブリダイゼーションすることを含む。又は、一般的プライマーが、問題の変異を含むＤＮＡを増幅するために使用され、前記変異はその後前記変異に特異的なプローブを用いて選択的核酸ハイブリダイゼーションによる増幅物中で検出され得る。発現プロフィルは一般には、この技術分野で知られる定量的ハイブリダイゼーション方法を用いて得られ、以下の実施例で図で説明される。
【０１０３】
本発明の方法は、全ての核酸増幅方法で実施され得るが、かかる方法には例えば、
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ；Ｍｕｌｌｉｓ  １９８７、米国特許第４、６８３、１９５、４６８３２０２、及び８００１５９号）又は増幅反応例えばリガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ；Ｂａｒａｎｙ  １９９１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８８：１８９−１９３；欧州特許出願第３２０３０８号）、自己保持配列増幅（３ＳＲ；Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、鎖転位増幅（ＳＤＡ；米国特許第５２７０１８４及び５４５５６６号）、転写増幅システム（ＴＡＳ；Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−ベータレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、回転サークル増幅（ＲＣＡ；米国特許第５８７１９２１ｇ号）、核酸配列系増幅（ＮＡＳＢＡ）、開裂断片長多形（米国特許第５７１９０２８号）、等温及びキメラプライマー開始核酸増幅（ＩＣＡＮ）、分岐−延長増幅方法（ＲＡＭ；米国特許第５７１９０２８及び９４２３９１）又はＤＮＡ増幅のための適切な方法、が含まれる。
【０１０４】
１以上の増幅プライマーへの少数のミスマッチを持ちＤＮＡ増幅のために、増幅反応は、より緩いストリンジェント条件（例えば、３８℃のアニーリングを用いるＰＣＲ増幅か、３．５ＭのＭｇＣｌ２の存在下）で実施される。当業者は、適切なストリンジェント条件を選択することができる。
【０１０５】
ここでプライマーは、増幅されるそれぞれの特異的な配列の異なる鎖上のその標的領域に対して「実質的に」相補的（即ち、６５％、より好ましくは少なくとも８０％の相補性）であるように選択される。
例えばイノシトール残基又は不明瞭な塩基などを含むプライマー配列又は前記標的配列に比較して１以上のミスマッチを含むプライマー配列の使用も可能である。一般に、少なくとも６５％、より好ましくは少なくとも８０％の標的ＤＮＡオリゴヌクレオチド配列との同一性を示す配列が、本発明の方法での使用に適すると考えられる。配列ミスマッチはまた、低ストリンジェントハイブリダイゼーション条件を用いる場合には重要ではない。
【０１０６】
増幅産物の検出は原理的には、この技術分野で知られる全ての適切な方法であり得る。断片の検出は、直接染色する、又は放射性ラベル、抗体、発光色素、蛍光色素又は酵素試薬でラベル化され得る。直接ＤＮＡオリゴヌクレオチド染色は、例えば、アクリジンオレンジ、エチジウムビロミド、エチジウムモノアジド又はヘキスト色素などのインターカレーション色素を含む。
【０１０７】
又は、ＤＮＡ断片は、ラベル化ｄＮＴＰ塩基を合成ＤＮＡ断片に導入することで検出され得る。ヌクレオチド塩基に伴う検出ラベルは、例えばフルオレセイン、シアニン色素又はＢｒｄＵｒｄであり得る。
【０１０８】
プローブにより検出システムを用いる場合、本発明で使用するための適切な検出手順は、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）手順である（Ｊａｃｏｂｓら、１９９７、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３５、７９１７９５）。ＥＩＡ手順の方法で検出を実施するためには、増幅反応で使用する前方又は後方プライマーはキャプチャ基、例えばビオチン基を含む必要があり、これは続く標的ＤＮＡＰＣＲ増幅産物のＥＩＡ検出のために、標的ＤＮＡＰＣＲ増幅産物を例えばストレプトアビジンコーティングミクロタイタープレート壁に固定する基を含み得る。当業者は、ＥＩＡする手順で、標的ＤＮＡＰＣＲ増幅産物を固定化するための他の基が使用され得ることを理解するであろう。
【０１０９】
ここで開示された標的ＤＮＡの検出のために有用なプローブは、好ましくは、前記ＤＮＡ増幅手順で増幅されるＤＮＡ配列領域の少なくとも一部へ結合する。当業者が、ここで設定されるように過度な実験を行うことなく標的ＤＮＡのヌクレオチド配列に基づき検出するための適切なプローブを調製し得る。また、前記標的ＤＮＡの相補配列は、この相補配列鎖が適用される増幅反応で増幅される場合には、本発明の方法で検出プローブとして適切に使用され得る。
【０１１０】
ここで使用される適切な検出手順は、前記増幅産物及の固定化及び例えばサザンブロットによるそのＤＮＡの配列をプローブ化を含む。他の手順は、前記のＥＩＡする手順を含み得る。結合の検出を容易にするために、前記プローブの増幅反応産生物との結合をモニターすることを容易にするために、特異的増幅産物検出プローブは、発光、着色、酵素又は放射性ラベルなどのラベル部分を有する。かかるラベルはこの技術分野の当業者にはよく知られており、例えば、フルオレセインイソチアシアネート（ＦＩＴＣ）、β−ガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ストレプトアビジン、ビオチン、ジゴキシゲニン、３５Ｓ又は１２５Ｉが含まれる。他の例は、この技術分野の当業者にはよく知られている。
【０１１１】
検出はまた、所謂リバースラインブロット（ＲＬＢ）アッセイにより実施され得る（Ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｒｕｌｅら、（２００２、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４０、７７９７８７）。この目的のために、ＲＬＢプローブは好ましくは、続いて例えばカルボキシルコーティングナイロン膜に固定するために５’アミノ基を持つように合成される。ＲＬＢプローブ手順の利点は、そのシステムが簡単なこととその速度であり、従ってハイスループットサンプル処理を可能にする。ＤＮＡ断片の検出のための核酸プローブの使用は、この技術分野で知られている。ほとんどのこれらの手順は、標的ＤＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションさらにその後の洗浄を含む。特異性は通常、ハイブリダイゼーション後の洗浄の機能であり、重要な因子は最終洗浄でのイオン強度と温度である。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドでは、Ｔｍ（熱融点、即ち、所定のイオン強度及び温度およびｐＨの下で、５０％の相補的標的配列が完全にマッチするプローブにハイブリダイズする温度）は、Ｍｅｉｎｋｏｔｈ及びＷａｈｌ（Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１３８：２６７−２８４（１９８４））による次の式から近似され得る：
Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇＭ）＋０．４１（％Ｃ）−０．６（％ホルム）−５００／Ｌ；
ここでＭは一価のカチオンのモル濃度、％ＧＣはＤＮＡの中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドのパーセント、％ホルムはハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドのパーセント及びＬは塩数でのハイブリッドの長さを示す。Ｔｍは約１℃低くなる毎に、それぞれ１％のミスマッチとなり；従ってハイブリダイゼーション及び／又は洗浄条件は、望ましい同一性配列にハイブリダイズさせるように調節され得る。例えば、９０％超える同一性配列を探す場合には、Ｔｍは１０℃低減させることができる。一般的に、ストリンジェント条件は、所定のイオン強度及びｐＨで、特定の配列及びその相補鎖について、Ｔｍよりも約５℃低く選択される。しかし、より厳しいストリンジェント条件では、ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄をＴｍよりも１、２、３又は４℃低い温度で実施することができ；中程度のストリンジェント条件では、ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄をＴｍよりも６、７、８、９又は１０℃低い温度で実施することができ；弱いストリンジェント条件では、ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄をＴｍよりも１１、１２、１３、１４、１５又は２０℃低い温度で実施することができる。前記式、ハイブリダイゼーション及び洗浄組成物、及び望ましいＴｍを用いることで、当業者は、前記ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄の種々のストリンジェント性が説明されていることを理解するであろう。望ましい程度のミスマッチが、４５℃（水溶液）又は３２℃（ホルムアミド溶液）未満のＴｍとなる場合には、ＳＳＣ濃度を上げてより高い温度が使用できるようにすることが好ましい。核酸のハイブリダイゼーションの広範なガイドは、「Ｔｉｊｓｓｅｎ、Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｐａｒｔ  Ｉ、Ｃｈａｐｔｅｒ２”Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ｐｒｏｂｅ  ａｓｓａｙｓ”、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９３）；及びＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｃｈａｐｔｅｒ２、Ａｕｓｕｂｅｌ、ｅｔ  ａｌ．、Ｅｄｓ．、Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９５）」である。
【０１１２】
検出プローブは好ましくは、本発明の方法で増幅反応により産生される二本鎖ＤＮＡ増幅産物の一本鎖に「実質的に」相互的となるように選択される。好ましくは、前記プローブは、標的ＤＮＡから生成される増幅産物の固定化可能（例えばビオチンラベル化）なアンチセンス鎖に実質的に相補的である。
【０１１３】
これは検出プローブが標的配列と１以上のミスマッチを含むことを可能にする。一般に、少なくとも６５％、より好ましくは少なくとも８９％の標的イリごヌクレオチド配列との相同性を示す配列は、本発明の方法で使用するために適切であると考えられる。
【０１１４】
疾患マーカーの存在のための無核血液細胞抽出核酸画分を分析するステップは、従って標準の核酸分析技術で実施され得る。前記核酸画分中の前記核酸マーカーのレベルの、影響を受けない血液サンプルに対しての変化があるかどうかの決定は、前記無核血液細胞中の疾患マーカーの量の定量的測定を含み得る。無核血液細胞から分離された核酸中の疾患特異的マーカーの検出のためのずっと好ましい手順は、従って定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である（Ｆｒｅｅｍａｎら、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２６：１１２−１２５（１９９９））。
【０１１５】
前記「影響を受けない血液サンプル」とは、健康なコントロール被験者又は疾患になる前の同じ被験者からの無核血液細胞中の疾患マーカーのレベルを意味する。無核血液細胞特徴及び無核血液細胞成分の量は、とりわけ、種および年齢に依存することから、非疾患コントロール無核血液細胞は同じ種、年齢の被験者及び同じサブ集団（例えば喫煙者／非喫煙者）からのものが好ましい。又は、コントロールデータは、データベース及び文献値から採用され得る。理解されるべきことは、コントロールサンプルとしてはまた、特定の時点での疾患被験者からも、疾患の進展を分析するために取得される、ということである。
【０１１６】
疾患マーカーは、癌／特定変異及び癌特異的変異を含み、癌に伴う知られる広い範囲の変異を含む。種々の癌の変異の例の非限定的例示は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ。ｕｋ／ＣＧＰ／Ｃｅｎｓｕｓ／及びこの表中に挙げられる。
【０１１７】
本発明はさらに、被験者の疾患を診断するためのキットを提供し、前記キットは、前記被験者の無核血液細胞中の少なくとも１つの核酸変異及び／又は核酸プロフィルを特異的に決定するための少なくとも１つの試薬を含む物資の包装物を含む。ここで使用される「診断」とは、疾患の存在、疾患の分類、疾患の程度の決定（程度又はステージ）、疾患の進展のモニター、疾患の結果及び／又は回復予想を意味する。
【０１１８】
理解されるべきことは、疾患誘導核酸を検出するために必要な機器がキットとして提供され得ることであり、例えばＦＤＡ承認済みキットであって、本発明の方法による無核血液細胞中の疾患誘導核酸の検出のための活性成分を含む１以上の投与単位形を含み得る。
【０１１９】
又は前記キットは、別々に包装された、サンプルを収集する手段および特異的増幅及び／又は検出プライマーを含み得る。
【０１２０】
前記キットは、本発明の方法を実施するための指示書を含む。
【０１２１】
例えば、前記キットは、ディップスティック又はカートリッジ（場合により筐体に含まれる）などの装置を含み、これに血液サンプル又は分離され及び／又は増幅された無核血液細胞核酸サンプルを提供することができ、前記サンプル中の疾患誘導又は疾患特異的核酸又は核酸プロフィルを検出することができるものである。前記装置は、疾患誘導核酸を特異的に検出可能な全ての試薬を含み得る。例えば、前記装置は、疾患誘導核酸に結合する１以上の固定化変異特異的ハイブリダイゼーションプローブ及び、結合を検出するインジケータを含み得る。本発明の実施態様では、支持体が前記装置に提供され、これにハイブリダイゼーションプローブが可動に又は固定的に結合される。
【０１２２】
実施態様によれば、前記装置は側流装置を含み、これは血液サンプル又は分離及び／又は増幅された無核血液細胞核酸サンプルを、前記疾患誘導核酸を検出することができる試薬と接触させるように流すための流入手段を含む。前期試験装置はまた、前記試験が正しく操作されることを保証するための流体制御手段を含み得る。かかる流体制御手段は、コントロール核酸を含み、これは支持体に結合されており、前記試験装置を通じるサンプル流体の適切な流れを確実にする手段としてサンプルに添加される検出プローブをキャプチャする。又は、流体制御手段は、前記制御領域にキャプチャプローブを含み、前記サンプル中に天然に存在するか又はコントロールとして添加された核酸をキャプチャし、これにより前記適切な流れが装置内で生じていることを示す。
【０１２３】
他の側面で、本発明は、本発明の装置を、前記説明した方法の一つを用いて被験者の疾患を診断するための使用を提供する。ここで説明した方法の一つを用いて被験者の疾患を診断する使用のための非常に適切な装置は、血小板ＲＮＡチップであり、例えば「Ｎａｇａｌｌａ  ＆  Ｂｒａｙ（２０１０）Ｂｌｏｏｄ  １１５（１）：２−３  及びＧｎａｔｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ  １１５（１）：７−１４」に記載されたものである。
【０１２４】
本発明は、以下に非限定的例により例示される。
【実施例】
【０１２５】
実施例１
血小板細胞は、膠芽細胞腫患者４人、および健康なドナーから遠心分離ステップにより分離された。血小板細胞はその後Ｔｒｉｚｏｌ  ＲＮＡ分離を用いてＲＮＡ抽出の対象とされた。精製血小板細胞ＲＮＡ抽出サンプルはｃＤＮＡへ変換され、標準のミクロアレイ手順に従いＡｇｉｌｅｎｔ  ４ｘ４４Ｋ発現ミクロアレイにより分析した。これにより異なる血小板調製物のｍＲＮＡのプロフィルが可能となった。
【０１２６】
約８５００ＲＮＡ転写物が、健康被験者からの血小板の発現ミクロアレイでは検出されなかった。これらの転写物は、健康被験者からの血小板中でＡｇｉｌｅｎｔ  ４ｘ４４Ｋチップの検出限界以下のレベルであった。従って、かかるＲＮＡ抽出は全て癌診断のための可能なバイオマーカーであり得る。健康被験者からの血小板細胞で発現ミクロアレイにより検出されなかったＲＮＡのうち、相当な組みのＲＮＡが膠芽細胞腫患者からの血小板細胞で検出された。表１は、発現ミクロアレイにより膠芽細胞腫患者から検出されたが、健康被験者からは検出されなかった特異的血小板性ＲＮＡ転写物をまとめた。４／４患者サンプル（表１Ａ）又は３／４患者サンプル（表１Ｂ）で検出され、４人のコントロールサンプルのいずれにも検出されないた特異的ＲＮＡ転写転写物が表１にまとめられている。
【０１２７】
表１：膠芽細胞腫患者からの血小板細胞で検出されたが、健康ドナーからは検出されない特異的血小板性ＲＮＡ転写物
１Ａ：４人の患者のうち４人で検出され、コントロールサンプルからの血小板細胞からは検出されない血小板細胞の転写物
【０１２８】
【表１Ａ】
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１Ｂ：４人の患者のうち４人で検出され、コントロールサンプルからの血小板細胞からは検出されない血小板細胞の転写物
【０１２９】
【表１Ｂ】
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表２：種々の癌について癌特定機変異
【０１３０】
【表２−１】
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【０１３１】
【表２−２】
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【０１３２】
【表２−３】
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【０１３３】
【表２−４】
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【０１３４】
【表２−５】
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【０１３５】
【表２−６】
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【０１３６】
【表２−７】
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【０１３７】
【表２−８】
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【０１３８】
【表２−９】
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【０１３９】
【表２−１０】
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【０１４０】
【表２−１１】
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【０１４１】
【表２−１２】
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【０１４２】
【表２−１３】
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【０１４３】
【表２−１４】
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【０１４４】
【表２−１５】
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【０１４５】
【表２−１６】
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【０１４６】
【表２−１７】
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【０１４７】
【表２−１８】
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【０１４８】
【表２−１９】
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【０１４９】
【表２−２０】
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実施例２
イントロダクション
診断、モニター及び患者の層別化のために非常に予想可能な診断用プラットフォームが、個別医療の発展にとってキーとなる装置である。この例では、腫瘍細胞がインビトロで血液血小板へ（変異）ＲＮＡを転移すること、及び膠芽細胞腫及び前立性癌患者から分離した血液血小板が、癌関連ＲＮＡバイオマーカーＥＧＦＲｖＩＩＩ及びＰＣＡ３及びＰＳＡををそれぞれ含むことを示す。さらに、遺伝子発現アレイは、膠芽細胞腫患者からの血小板中のｍＲＮＡが、正常コントロール被験者と比較して区別できる特徴を明らかにした。血小板は容易に入手でき、分離できることから、これらは癌の比較診断のための有力なプラットフォームを形成し得る。
【０１５０】
方法
血小板分離及び組織切除
血小板は、ＥＤＴＡ抗凝固剤を含む紫色キャップのＢＤバキュテナー内に標準の遠心分離で収集し、純度と品質（活性及び凝固性）が顕微鏡で検査され、０．１％未満の赤血球又は白血球の混在が示された。次に、分離された血小板ペレットをさらに使用するために瞬間凍結させた。ＶＵ大学医学センター及びＵｍｅａ大学で、文献（Ｊ．Ｓｋｏｇ  ｅｔ  ａｌ．、Ｎａｔ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１０（１２）、１４７０−６（２００８））に記載の方法で、膠芽細胞腫と前立腺癌患者から膠芽細胞腫組織切除及び全血液を採取した。
【０１５１】
ミクロベシクル分離、ラベル化及び転移
ミクロベシクルは、Ｕ８７−ＥＧＦＲｖＩＩＩ膠芽細胞腫細胞から分離し、既に記載された方法でラベル化した（Ｊ．Ｓｋｏｇら、Ｎａｔ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１０（１２）、１４７０−６（２００８））。Ｕ８７−ｄＥＧＦＲミクロベシクルインキュベーションの後、血小板を洗浄し、ＲＮアーゼ酵素で処理して、ＥＧＦＲｖＩＩＩ  ＲＮＡが前記血小板へ転移され、それによりＲＮアーゼ媒介分解から保護されていることを保証した。共焦点顕微鏡分析のために、血小板構造を示すために前記血小板がテキサスレッド共役ジャームアグルチニンで染色され、緑色ＰＫＨ６７の存在によりミクロベシクル取り込みを分析した。
【０１５２】
ＲＮＡ精製
ＲＮＡは、ｍｉＲｖａｎａ（Ａｍｂｉｏｎ）又はｍｉＲＮｅａｓｙ（ＡＱｕｉａｇｅｎ）を用いて製造者指示書に従って分離した。ＲＮＡ濃度及び品質は、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ  ２１００により、全ＲＮＡ  Ｐｉｃｏ  ｃｈｉｐ  （Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて決定した。
【０１５３】
ＲＴーＰＣＲ
ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＰＣＡ３、ＰＳＡ及びＧＡＰＤＨのＲＴ−ＰＣＲは、文献（Ｊ．Ｓｋｏｇら、Ｎａｔ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１０（１２）、１４７０−６（２００８））記載の方法で次のプライマーセットを用いて行った。
ＧＡＰＤＨプライマー：
前方  ５´−ＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＧＡＧＴＣ−３´
後方  ５´−ＴＣＡＧＡＡＧＡＴＧＧＴＧＡＴＧＧＧＡＴＴＴＣ−３´
ＰＳＡプライマー：
前方  ５’−ＡＴＧＴＧＧＧＴＣＣＣＧＧＴＴＧＴＣＴＴ−３’
後方  ５’−ＴＣＣＣＡＣＡＡＴＣＣＧＡＧＡＣＡＧＧＡ−３’
ネストＰＣＡ３プライマー：
ＰＣＲ１：
前方  ５’−ＡＧＴＣＣＧＣＴＧＴＧＡＧＴＣＴ−３’
後方  ５’−ＣＣＡＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＴＧＴＧＧ−３’
ＰＣＲ２：
前方  ５’−ＡＴＣＧＡＣＧＧＣＡＣＴＴＴＣＴＧＡＧＴ−３’
後方  ５’−ＴＧＴＧＴＧＧＣＣＴＣＡＧＡＴＧＧＴＡＡ−３’
ネストＥＧＦＲｖＩＩＩプライマー：  
ＰＣＲ１：
前方  ５’−ＣＣＡＧＴＡＴＴＧＡＴＣＧＧＧＡＧＡＧＣ−３’
後方  ５’−ＴＧＴＧＧＡＴＣＣＡＧＡＧＧＡＧＧＡＧＴ−３’
ＰＣＲ２：
前方  ５’−ＧＡＧＣＴＣＴＴＣＧＧＧＧＡＧＣＡＧ−３’
後方  ５’−ＧＣＣＣＴＴＣＧＣＡＣＴＴＣＴＴＡＣＡＣ−３’
【０１５４】
遺伝子発現アレイ
ｍＲＮＡ発現アレイは、ＶＵ大学医学センターミクロアレイコア施設で、Ａｇｉｌｅｎｔ  ４ｘ４４Ｋ  遺伝子発現アレイを用いて行った。血小板ＲＮＡの完全性はＡｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ  （Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．）を用いて行った。ＲＮＡサンプルは、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｌｏｗ  ＲＮＡ  Ｉｎｐｕｔ  Ｌｉｎｅａｒ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  Ｐｌｕｓ（５１８８−５３４０）を用いて製造者の指示書に従い行った。
【０１５５】
まとめると、２５ｎｇの全ＲＮＡを増幅し、ｃＤＮＡへＴ７−ポリメラーゼを用いて転写し、Ｃｙｓ３又はＣｙｓ５でラベル化した。色素導入は、Ｎａｎｏｄｒｏｐ  ＮＤ−１０００分光装置を用いて測定した。続いて、ｃＲＮＡをＡｇｉｌｅｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（５１８８−５２４２）を用いて製造者の指示書に従いハイブリダイゼーションした。即ち、８２５ｎｇのＣｙ３ラベル化ｃＲＮＡを８２５ｎｇのＣｙ５ラベル化ｃＲＮＡと３０分間６０℃で暗室内で断片化し、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｃｈａｍｂｅｒ  Ｇａｓｋｅｔ  Ｓｌｉｄｅ（Ｇ２５３４−６００１１）上で、６５℃の回転恒温槽内で１７時間ハイブリダイゼーションさせた。スライドはＡｇｉｌｅｎｔ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｓｃａｎｎｅｒ（Ｇ２５６５ＢＡ）を用いてスキャンした。画像分析及びアレイ正規化は、構造抽出ソフトウェアバージョン９．５（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．）を用いて実施した。Ａｇｉｌｅｎｔ  ＧＥ２−ｖ５＿９５手順をデフォルト設定を用いて適用した。
【０１５６】
統計分析
遺伝子発現データのヒートマップをエクセル（（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｏｆｆｉｃｅ  ２００７）で、Ｓ．Ａ．Ｍ．分析プラグインを用いて、偽発見率＜０．５％で、中間値中心アレイを用いて精製した。トップ３０の有意に異なる発現遺伝子は、ヒートマップビルダｖ１．１ソフトウェア（Ｋｉｎｇら、「Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．Ｓｅｐ  ２１  ２００５；２３（１）：１０３−１１８」）を用いて図示した。
【０１５７】
結果
この例では、健康なコントロール被験者から分離された血小板は、ヒト脳腫瘍細胞（膠芽細胞腫）から誘導されたＲＮＡを含有ミクロベシクルを取り込み、変異ＥＧＦＲｖＩＩＩを含む腫瘍関連ＲＮＡを含むことが示された。ＰＫＨ６７ラベル化膠芽腫細胞誘導ミクロベシクルが、血液血小板でＦＡＣＳ分析及び共焦点顕微鏡で示される。加えて、健康なコントロール被験者から血小板への変異ＥＧＦＲｖＩＩＩＲＮＡの血小板へのミクロベシクル介在転移が生じることがＲＴ−ＰＣＲにより示される。さらに、膠芽腫患者から分離された循環血小板がＲＮＡバイオマーカーを含むことが決定された（図３Ｂ）。ＲＴ−ＰＣＲは、変異ＥＧＦＲｖＩＩＩｍＲＮＡが、切開された高度膠芽腫組織で見出され（ｎ＝１８）るかどうかを決定するために使用され、その結果は、同じ患者からの血小板、及び健康なコントロール被験者からの血小板（Ｎ＝３０）と比較された。前記サンプルは、コード化され、ＲＴ−ＰＣＲはブラインド検定で実施された。１８の膠芽腫サンプルのうち４（２２．８％）は、以前の観察と同様にＥＧＦＲｖＩＩＩ転写物を含んでいた。特に、ＥＧＦＲｖＩＩＩは、これらの４人のＥＧＦＲｖＩＩＩ陽性患者のうちの３人の血小板から増幅されたが、健康なドナーの血小板のいずれからも増幅されなかったが一方、ＧＡＰＤＨｍＲＮＡは全ての血小板サンプルで検出された。可能な偽陰性シグナルは一人の患者からのみ検出され、これは血液サンプルに処理が不適切であったことによる。逆に、一人のＥＧＦＲｖＩＩＩ陰性組織サンプルの患者は、血小板サンプルでＥＧＦＲｖＩＩＩ陽性であり、これは高度の膠芽腫でのＥＧＦＲｖＩＩＩ陽性の病巣が不均一であることによるものであろう。
【０１５８】
腫瘍関連メッセージの存在は、膠芽腫患者からの血小板に特有ではなく、前立腺癌患者（ｎ＝１２）からの血小板中には前立腺癌マーカーＰＣＡ３及びＰＳＡをコードするｍＲＮＡ存在し、さらに健康なコントロール被験者（ｎ＝１９）からの血小板には存在しないことを報告する（図４参照）。最後に遺伝子発現アレイを用いて、健康なコントロール被験者（ｎ＝１２）及び膠芽腫患者（ｎ＝８）から分離された血小板のｍＲＮＡ発現プロフィルが決定された。区別されたｍＲＮＡ発現プロフィルが得られ、最小の膠芽腫バイオマーカー特徴が検出された（図１Ｃ、左側）。興味あることに、いくつかの可能なバイオマーカーは、コントロールサンプルではほとんど検出されず、膠芽腫サンプルではこれらは非常に強く発現されていた（図１Ｃ、右側）。
【０１５９】
結論として、本発明者の発見は、欠形血小板は、腫瘍由来又は腫瘍関連ＲＮＡを形で癌マーカーを含み、それにより、個別化医療の点で、癌の分子プロフィルのための診断プラットフォームとして利用することができる、ということを示す。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５】
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【国際調査報告】
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2013534429.tif 000032
2013534429.tif 000033