(57)【要約】  本発明は、SPARCカルボキシ血管新生領域の発見を有効活用する、組成物及び方法を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
SPARC依存的な疾患に罹患している動物を療法を用いて治療する方法であって、該方法は、
（a）前記動物の疾患部位における、SPARC血管新生領域ポリペプチド、及びSPARC血管新生領域を含む全長SPARCを定量すること、
（b）同様のSPARC依存的な疾患に罹患し且つ前記療法に反応することが既知である１以上のその他の動物の疾患部位における、SPARC血管新生領域ポリペプチド、及びSPARC血管新生領域を含む全長SPARCを定量すること、
（c）（b）で決定されたSPARC血管新生領域ポリペプチド、及びSPARC血管新生領域を含む全長SPARCの量の平均を計算すること、
（d）前記（a）で決定された量を前記(c)で決定された平均と比較すること、及び
（e）（a）で決定された量が(c)で決定された平均と同じ又はそれより大きい場合に前記療法を施すこと
を含む、前記方法。
【請求項２】
SPARC依存的な疾患に罹患している動物を療法を用いて治療する方法であって、該方法は、
（a）前記動物の疾患部位におけるSPARC血管新生領域ポリペプチドを定量すること、
（b）（a）の動物と同様のSPARC依存的な疾患に罹患し且つ前記療法に反応することが既知である１以上のその他の動物の疾患部位におけるSPARC血管新生領域ポリペプチドを定量すること、
（c）（b）で決定されたSPARC血管新生領域ポリペプチドの量の平均を計算すること、
（d）前記（a）で決定された量を前記(c)で決定されたSPARC血管新生領域ポリペプチドの平均の量と比較すること、及び
（e）（a）で決定された量が（b）で決定された量の平均と同じ又はそれより大きい場合に前記療法を施すこと
を含む、前記方法。
【請求項３】
SPARC依存的な疾患が、腫瘍、肥厚性瘢痕、ケロイド、又は子宮内膜症、又は糖尿病性網膜症である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記療法が、化学療法レジメン、放射線レジメン、又は生物学的レジメンのうちの一つ以上である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
SPARC血管新生領域を含むポリペプチドに結合し、且つ疾患部位に集中する、治療有効量のポリペプチドを動物へ投与することを含む、SPARC依存的な状態又は疾患を有する動物の治療方法。
【請求項６】
ポリペプチドが、化学療法剤、放射線剤又は生物学的薬剤と結合している、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ポリペプチドが抗体である、請求項５又は６に記載の方法。
【請求項８】
SPARC血管新生領域を含む免疫原の免疫学的有効量を動物に接種することを含む、SPARC依存的な状態又は疾患を有する動物の治療方法。
【請求項９】
動物がヒトである、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本特許出願は、2010年3月11日に出願された米国仮特許出願番号第61／313,050号及び同様に2010年3月11日に出願された同第61／313,047号の利益を主張し、参照することにより両出願を本明細書に全体として援用する。
【背景技術】
【０００２】
背景技術
酸性であり且つシステインに富んだ分泌タンパク質（Secreted Protein, Acidic, Rich in Cysteines；SPARC）（オステオネクチンとしても知られる）は、286個のアミノ酸からなる糖タンパク質である。SPARCは、陽イオン（例えば、Ca2+、Cu2+、Fe2+）、成長因子（例えば、血小板由来増殖因子（PDGF）、血管内皮増殖因子（VEGF））、細胞外マトリックス（ECM）タンパク質（例えば、コラーゲンI−V、コラーゲンIX、ビトロネクチン、トロンボスポンジン−1）、内皮細胞、血小板、アルブミン、ハイドロキシアパタイトを含む多種多様なリガンドへの親和性を有する。SPARCの発現は発生段階で制御を受け、主に、正常発生中の又は傷への反応における、再構築を行っている組織において発現している（例えば、Lane et al., FASEB J., 8, 167−173（1994）を参照されたい）。SPARCタンパク質は発生中の骨や歯において高発現している。
【０００３】
SPARCはいくつかの侵襲性の強い癌で上方制御されているが、大部分の正常組織では発現が見られない（Porter et al., J. Histochem. Cytochem., 43, 791（1995）及び下記参照）。SPARCの発現は様々な種類の腫瘍において誘導されている（例えば、膀胱、肝臓、卵巣、腎臓、腸、乳房）。例えば膀胱癌において、SPARCの発現は進行性の癌と関連付けられている。ステージT2かそれ以上に進行した浸潤性の膀胱癌では、ステージT1の膀胱癌（又はより早期の表在性腫瘍）よりもSPARCの高い発現が見られ、より不良な予後となる（例えば、Yamanaka et al., J. Urology, 166, 2495−2499（2001）を参照されたい）。髄膜種において、SPARCの発現は浸潤性腫瘍のみに関連付けられている（例えば、Rempel et al., Clinical Cancer Res., 5, 237−241（1999）を参照されたい）。SPARCの発現は、上皮内浸潤性乳癌種病変の74.5%（例えば、Bellahcene et al., Am. J. Pathol., 146, 95−100（1995）を参照されたい）、及び浸潤性の乳管癌の54.2%（例えば、Kim et al., J. Korean Med. Sci., 13, 652−657（1998）を参照されたい）でも検出される。また、SPARCの発現は乳癌における頻繁な微小石灰化とも関連付けられており（例えば、上掲のBellahcene et al.を参照されたい）、このことはSPARCの発現が、乳房転移の骨に対する親和性に関与し得ることを示唆している。SPARCはアルブミンと結合することも知られている（例えば、Schnitzer, J. Biol. Chem., 269, 6072（1994）を参照されたい）。
【発明の概要】
【０００４】
従って、例えばいくつかの癌におけるSPARCの役割といった、疾患におけるSPARCの役割を活用する組成物や方法が必要とされている。特に、SPARCカルボキシ血管新生領域等の、SPARCの領域特異的活性を活用する組成物や方法が必要とされている。
【０００５】
発明の概要
本発明は単離された「SPARC血管新生領域ポリペプチド」、前記ポリペプチドの使用、並びに前記ポリペプチドの検出及び定量の方法を提供する。更に本発明は、「SPARC血管新生領域」の使用、並びにこの領域を含むポリペプチドの検出法及び定量法を提供する。
【０００６】
本発明は、SPARC依存的な疾患に罹患している動物を療法を用いて治療する方法を提供する。該方法は、（a）前記動物の疾患部位における、SPARC血管新生領域ポリペプチド、及び任意で、SPARC血管新生領域を含む全長SPARCを定量すること、（b）同様のSPARC依存的な状態又は疾患に罹患し且つ前記療法に反応することが既知である１以上のその他の動物の疾患部位における、SPARC血管新生領域ポリペプチド、及び任意で、SPARC血管新生領域を含む全長SPARCを定量すること、（c）（b）で決定されたSPARC血管新生領域ポリペプチド、及び、包含される場合は、SPARC血管新生領域を含む全長SPARCの量の平均を計算すること、（d）前記（a）で決定された量を前記(c)で決定された平均と比較すること、及び（e）（a）で決定された量が(c)で決定された平均と同じ又はそれより大きい場合に前記療法を施すことを含む。
【０００７】
「SPARC依存的な疾患」は、疾患又は状態であって、それを維持するために、一定レベルのSPARCを必要とするものを意味する。「SPARC依存的な状態又は疾患に罹患し且つ前記療法に反応することが既知である１以上のその他の動物」は、少なくとも１個体の動物を意味するが、(a)における動物との統計的に有意な比較に繋がる任意の個体数も包含する。
【０００８】
疾患部位の生検材料中に存在するSPARC血管新生領域及びSPARC血管新生領域ポリペプチドは、当業者に公知の任意の適切な手段によって検出及び定量され得る。該手段としては、例えば、従来の免疫組織学的及び溶液ベースのアッセイ（例えばELISA）で用いられるSPARC血管新生領域に対する抗体、並びに質量分光法が挙げられる。「疾患部位」は、該疾患が活発である解剖学的な場所を意味する。
【０００９】
本発明は、配列番号１の連続したアミノ酸を欠く全長SPARCポリペプチドを含む単離されたポリペプチド、及び全長SPARCポリペプチドのカルボキシ末端が酵素切断された産物であって、血管新生活性のある配列番号１の5%より多くを維持しない、単離されたカルボキシ切断型SPARCポリペプチドを提供する。
【００１０】
本発明は、血管新生活性を欠く１以上の任意のSPARCポリペプチドの治療有効量を投与することを含む、動物の腫瘍を治療する方法を提供する。該ポリペプチドとしては、例えば、全長SPARCポリペプチドのカルボキシ末端が酵素切断された産物であって、本明細書に明示されている血管新生活性のある配列番号１の5%より多くを維持しない、単離されたカルボキシ末端切断型SPARCポリペプチド（特に配列番号２とされる）が挙げられる。
【００１１】
本発明は、SPARC依存的な疾患に罹患している動物の療法に対する陽性反応を予測する方法を提供する。該方法は、（a）疾患部位における、SPARC血管新生領域ポリペプチド、及びSPARC血管新生領域を含む全長SPARCポリペプチドを定量すること、（b）前記のSPARCの量を、SPARC依存的な疾患に罹患し且つ前記療法に反応することが既知である動物中に存在するSPARCの量と比較すること、及び（c）配列番号１を含むポリペプチドの量が閾値レベルを超えているもしくは下回っている場合に、前記治療に対する陽性反応を予測することを含む。
【００１２】
本発明は、SPARC依存的な状態又は疾患を有する動物を治療する方法であって、SPARC血管新生領域ポリペプチドを含む免疫原の免疫学的有効量（即ち、免疫反応を誘発する量）を該動物に接種することを含む方法を提供する。
【００１３】
本発明は、SPARC依存的な状態又は疾患を有する動物を治療する方法であって、SPARC血管新生領域に結合し、SPARC血管新生領域の活性を阻害し、且つ疾患部位に集中する、治療有効量のポリペプチドを該動物に投与することを含む方法を提供する。適切なSPARC血管新生領域結合ペプチドとしては、例えば、ポリペプチドが化学療法薬、放射性物質、又は生物学的作用物質に結合したものが挙げられる。適切なSPARC血管新生領域結合ポリペプチドとしては、抗体及び抗体断片が挙げられる。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】図１は、PC3モデルにおいて、外因性SPARCをアブラキサン及びスーテントと共に投与したときの効果を示すデータをグラフ表示したものを示す。
【図２】図２は、SPARCの血管新生活性の特性を明らかにするHUVEC 3-Dチューブ形成アッセイの結果を示す。
【図３】図３は、野生型SPARCをSPARC-d（２つのC末端切断型SPARCタンパク質の混合物）と共に泳動したSDS-PAGEアッセイの結果を示す。
【図４】図４は、野生型SPARC及びSPARC-dの特性を明らかにするHUVEC 3-Dチューブ形成アッセイから得られたデータのグラフ表示を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
発明の詳細な説明
ヒトSPARC遺伝子は、303アミノ酸からなるSPARCタンパク質をコードしている（配列番号１）。この一次翻訳産物は、アミノ末端シグナル配列の切断によるプロセシングを受けて、285アミノ酸からなる糖タンパク質である成熟型SPARC（総称して「全長型SPARC」形態）を生じる。アミノ末端のシグナル配列の切断後、32kDの分泌型の形態が生じる（グリコシル化のため、SDS-PAGEでは43kDに泳動する）。結晶学的データは、SPARCが３つのモジュール領域を有することを示している。N末端領域は酸性でカルシウムと結合する。中央の「フォリスタチン様領域」は、血管新生及び焦点接着斑形成の阻害に関与するアミノ酸、並びに(K)GHK血管新生ペプチドを含む。カルボキシ末端の「E-C領域」は、カルシウムとの高親和性結合、及び細胞の拡散阻害に関与するアミノ酸を含む（Yan & Sage, J. Histochem. Cytochem. 7：1495−1505, 1999）。
【００１６】
驚くべきことに、SPARCポリペプチドの血管新生促進活性は、成熟型SPARCポリペプチドの233〜286番目のアミノ酸（配列番号１）に局在していると決定された。以前は、この活性はSPARCのN末端領域にあると報告された（Sage H. Adv Dent Res. 1995 9（3 Suppl）：5）。SPARCのアポトーシス促進性領域はさらにアミノ末端側にあるので、この発見は、カルボキシ末端の血管新生領域を欠くSPARCポリペプチド（例えば配列番号２）は、SPARC依存的な疾患（例えば、腫瘍等）に対して、全長型成熟SPARCポリペプチドよりも高い活性を示す可能性を示唆している。更に、いかなる特定の理論に束縛されることも望まないが、血管新生は腫瘍の成長に必要なので、C末端の血管新生領域を欠いたSPARC（配列番号２）は、in vivoで全長野生型SPARCと競合し、その血管新生促進活性及び腫瘍促進活性を無効にする可能性がある。
【００１７】
本発明は、「SPARC血管新生領域」の使用法を提供する。本明細書中で使用される場合、この用語は、配列番号１および関連する配列（例えば、配列番号１が、５つまでの保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の少なくとも60%、好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも30%を保持している実施形態）を含む。
【００１８】
本明細書中で使用される場合、「SPARC血管新生領域」はまた、配列番号１において、５つまでの非保存的アミノ酸変化、好ましくは4つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは3つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの非保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の少なくとも60%、好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも30%を保持するものも含む。
【００１９】
本明細書中で使用される場合、「SPARC血管新生領域」はまた、配列番号１と少なくとも90%同一であり、好ましくは配列番号１と少なくとも85%同一であり、より好ましくは配列番号１と少なくとも80%同一であり、より好ましくは配列番号１と少なくとも75%同一であり、より好ましくは配列番号１と少なくとも70%同一であり、血管新生活性のある配列番号１の少なくとも60%、好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも30%を保持する配列も含む。パーセント同一性は、例えば、ClustalW、MAFFT又はmAlignを含む、当業者に公知である任意の適切なコンピュータープログラム、或いは後述の方法によるアライメントに基づいている。
【００２０】
本発明は、配列番号１（「SPARC血管新生領域ポリペプチド」）又は２のポリペプチドにおいて、15個までの更なるアミノ酸、好ましくは12個までの更なるアミノ酸、より好ましくは10個までの更なるアミノ酸、より好ましくは8個までの更なるアミノ酸、より好ましくは5個までの更なるアミノ酸、より好ましくは4個までの更なるアミノ酸、より好ましくは3個までの更なるアミノ酸、より好ましくは2個までの更なるアミノ酸、最も好ましくは１つの更なるアミノ酸がカルボキシ末端及び／又はアミノ末端に付加された、単離されたポリペプチドを提供する。従って、当該用語が本明細書で使用される場合、本発明は「SPARC血管新生領域ポリペプチド」のサイズを制限している。
【００２１】
本発明は、単離された「SPARC血管新生領域ポリペプチド」を提供し、該ポリペプチドとしては、例えば、配列番号１のポリペプチドにおいて、アミノ酸変化を有しない、又は５つまでの保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの保存的アミノ酸の変化、より好ましくは３つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の少なくとも60%、好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも30%を保持するポリペプチドが挙げられる。
【００２２】
本発明はまた、単離された単離「SPARC血管新生領域ポリペプチド」を提供し、該ポリペプチドとしては、例えば、配列番号１のポリペプチドにおいて、アミノ酸変化を有しない、又は５つまでの非保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの非保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の少なくとも60%、好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも30%を保持するポリペプチドが挙げられる。
【００２３】
本発明は、単離された単離SPARC血管新生領域ポリペプチドを提供し、該ポリペプチドとしては、例えば、配列番号１と少なくとも90%同一であり、好ましくは配列番号１と少なくとも85%同一であり、より好ましくは配列番号１と少なくとも80%同一であり、より好ましくは配列番号１と少なくとも75%同一であり、より好ましくは配列番号１と少なくとも70%同一であり、血管新生活性のある配列番号１の少なくとも60%、好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも30%を保持するポリペプチドが挙げられる。パーセント同一性は、例えば、ClustalW、MAFFT又はmAlignを含む、当業者に公知である任意の適切なコンピュータープログラム、或いは後述の方法によるアライメントに基づいている。
【００２４】
本発明は、本明細書に記載の発明のSPARCポリペプチド（配列番号１及び２並びに本明細書で明示されているそれらの変異体が挙げられる）のいずれか１つをコードする核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチド、そのような核酸配列を発現するための発現ベクター、及びそのようなポリヌクレオチドを含む形質転換細胞を含む、本発明の任意のSPARCポリペプチドをコードしている核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチドを包含する。
【００２５】
本発明は、血管新生を必要としている動物において血管新生を刺激する方法であって、治療有効量の単離された単離SPARC血管新生領域ポリペプチド（例えば、配列番号１の配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが挙げられる）を投与することを含む方法を提供する。本発明は、動物におけるSPARC依存的な疾患の治療及び予防の方法であって、配列番号２の配列を含むポリペプチドをコードする治療有効量の単離されたポリヌクレオチドを投与することを含む方法を提供する。
【００２６】
本発明は、血管新生を必要としている動物において血管新生を刺激する方法であって、治療有効量の精製された単離SPARC血管新生領域ポリペプチド（例えば、配列番号１の配列を含むポリペプチド、或いは本発明に従う及び／又は本明細書に記載のその変異体が挙げられる）を投与することを含む方法を提供する。従って、本発明は、再狭窄、アテローム性動脈硬化、辺縁系低灌流等の病理学的な低灌流の治療法を提供し、また、例えば心虚血及び脳卒中を含む虚血の治療法も提供する。
【００２７】
本発明は、血管新生領域を欠く単離された単離SPARCポリペプチドを提供し、該ポリペプチドとしては、例えば、配列番号２を含むSPARCポリペプチド（即ち、配列番号１内の連続したアミノ酸を欠く成熟型SPARCポリペプチド）が挙げられる。本発明は、単離されたSPARCポリペプチドを提供し、該ポリペプチドとしては、カルボキシ末端が切断されており（即ち、全長SPARCポリペプチドのカルボキシ末端の酵素切断による産物であるSPARCポリペプチド）、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持する、エピトープタグ付けされたポリペプチドが挙げられる。
【００２８】
カルボキシ末端の切断は、酵素切断及び化学的切断を含む任意の適切な方法により行うことが可能である。例えば当業者は、セリンカルボキシペプチダーゼ、リソソームPro-Xカルボキシペプチダーゼ、カルボキシペプチダーゼC、カルボキシペプチダーゼD、システイン型カルボキシペプチダーゼ、メタロエキソペプチダーゼ及びこの目的のための同様のものを通常適用できるであろう。Nakazawa T et al. Terminal proteomics： N- and C-terminal analyses for high-fidelity identification of proteins using MS., Proteomics. 2008 Feb；8（4）：673−85（参照することにより本明細書に組み込まれる）も参照されたい。本発明は、配列番号２のポリペプチドにおいて、５つまでの保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは2つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、単離されたポリペプチドを提供する。
【００２９】
本発明はまた、配列番号２のポリペプチドにおいて、５つまでの非保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの非保存的アミノ酸の変化、より好ましくは2つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの非保存的アミノ酸変化をもち、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、単離されたポリペプチドを提供する。
【００３０】
本発明は、配列番号２と少なくとも90%同一であり、好ましくは配列番号２と少なくとも85%同一であり、より好ましくは配列番号２と少なくとも80%同一であり、より好ましくは配列番号２と少なくとも75%同一であり、より好ましくは配列番号２と少なくとも70%同一であり、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、単離されたポリペプチドを提供する。パーセント同一性は、例えば、ClustalW、MAFFT又はmAlignを含む、当業者に公知である任意の適切なコンピュータープログラム、或いは後述の方法によるアライメントに基づいている。
【００３１】
本発明は、動物の腫瘍を治療する方法を提供し、該方法は、配列番号２のポリペプチドにおいて、５つまでの保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの保存されたアミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、一以上の任意の単離されたポリペプチドの治療有効量を投与することを含む。
【００３２】
本発明は、動物の腫瘍を治療する方法を提供し、該方法は、配列番号２のポリペプチドにおいて、５つまでの非保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの非保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、一以上の任意の単離されたポリペプチドの治療有効量を投与することを含む。
【００３３】
本発明は、動物の腫瘍を感作させる方法を提供し、該方法は、配列番号２のポリペプチドにおいて、５つまでの保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、一以上の任意の単離されたポリペプチドの治療有効量、並びに非SPARC療法を施すことを含む。
【００３４】
本発明は、動物の腫瘍を感作させる方法を提供し、該方法は、配列番号２のポリペプチドにおいて、５つまでの非保存的アミノ酸変化、好ましくは４つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは３つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは２つまでの非保存的アミノ酸変化、より好ましくは１つの非保存的アミノ酸変化を有し、血管新生活性のある配列番号１の5%以下、好ましくは血管新生活性のある配列番号１の3%以下、より好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下、最も好ましくは血管新生活性のある配列番号１の1%以下を保持している、一以上の任意の単離されたポリペプチドの治療有効量、並びに非SPARC療法を施すことを含む。
【００３５】
本明細書中で使用される場合、「SPARC依存的な疾患」とは、疾患または状態であって、例えば、発病過程を維持するために、適切な量の野生型SPARCを必要とする疾患をいう。本明細書中で使用される場合、「抗SPARC療法」とは、SPARCの活性を消失させる又は不活性化するためにSPARCを標的とする分子を含む療法をいう。例えば、抗SPARC療法は、腫瘍又はその他の疾患の部位に活性物質を送達するSPARC結合分子、及びSPARCに対する抗体であり得る。SPARC依存的な疾患や状態としては、例えば、腫瘍、関節症、糸球体腎炎、胆管炎、悪化した傷の治癒、再構築、又は血管新生が挙げられる。
【００３６】
本発明は、配列番号２の単離されたポリペプチドまたは本明細書中に記載されているその変異体の任意の一以上の治療有効量の使用による、腫瘍又は癌以外の増殖性疾患の治療又は感作化も提供する。治療に適した増殖性疾患としては、肥厚性瘢痕及びケロイド、増殖糖尿病網膜症、関節リウマチ、動静脈奇形、動脈硬化巣、創傷治癒遅延、血友病性関節、偽関節骨折、Osler-Weber症候群、乾癬、化膿性肉芽腫、強皮症、トラコーマ、月経過多、血管癒着、並びに再狭窄が挙げられる。
【００３７】
本発明は、動物の腫瘍を治療または感作させる方法を提供し、ここで該腫瘍は、口腔腫瘍、咽頭腫瘍、消化器系腫瘍、呼吸器系腫瘍、骨腫瘍、軟骨性腫瘍、骨転移、肉腫、皮膚腫瘍、黒色腫、乳房腫瘍、生殖器系腫瘍、泌尿器系腫瘍、眼窩腫瘍、脳及び中枢神経系腫瘍、神経膠腫、内分泌系腫瘍、甲状腺腫瘍、食道腫瘍、胃腫瘍、小腸腫瘍、大腸腫瘍、直腸腫瘍、肛門腫瘍、肝臓腫瘍、胆嚢腫瘍、膵腫瘍、喉頭腫瘍、肺の腫瘍、気管支腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸部腫瘍、子宮体部腫瘍、卵巣腫瘍、外陰部腫瘍、膣腫瘍、前立腺腫瘍、前立腺癌、精巣腫瘍、陰茎の腫瘍、膀胱腫瘍、腎臓の腫瘍、腎盂の腫瘍、尿管の腫瘍、頭部及び頸部の腫瘍、副甲状腺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病からなる群から選択されるものである。
【００３８】
本発明は、動物の腫瘍を感作させる方法を提供し、ここで非SPARK療法は、化学療法、放射線、又は生物学的レジメンの一以上であり、例えば、該非SPARK療法が、ドセタキセル、パクリタキセル、タキサン、白金化合物、葉酸代謝拮抗剤、代謝拮抗剤、有糸分裂阻害薬、DNA傷害剤、アポトーシス促進剤、分化誘導剤、血管新生抑制剤、抗生物質、ホルモン、ペプチド、抗体、及びこれらの組み合わせの一以上を含むものが挙げられる。
【００３９】
本発明は、血管新生阻害剤の同定方法を提供し、該方法は、（a）血管新生モデル系に対し、配列番号１又はその変異体のいずれか一つの組成物の有効量を投与すること、（b）該血管新生モデル系に対し、血管新生阻害剤候補、及び請求項１〜４のいずれか１項の組成物を、別々に同時に投与すること、（c）（a）及び（b）において生じた血管新生の定量をすること、および（d）血管新生が（a）と比較して（b）において減少している場合に、該血管新生阻害剤候補を実際の血管新生阻害剤として同定することを含む。例えばHUVEC管形成アッセイを含む、任意の適切な血管新生モデル系を本発明に従って使用することができる。
【００４０】
本明細書中で使用される場合、「薬物」とは、患者又は被験者へ投与され得る組成物であって、効果を生じさせることができるものをいう。上記効果は、化学的、生物学的、又は物理的なものであり得、患者又は被験者は、ヒト、又は齧歯動物若しくはトランスジェニックマウス等の非ヒト動物であり得る。上記組成物は、明確な分子的構成を有する有機若しくは無機の小分子であって、合成されたもの、天然に見出されるもの、又は部分合成起源のものを含み得る。このグループには、ヌクレオチド、核酸、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、ペプチド核酸、又はこれらの構成要素の少なくとも１つを含む複合体が含まれる。上記薬物は、効果を生じる組成物単独、又は医薬的に許容される賦形剤との組み合わせで構成され得る。
【００４１】
本明細書中で使用される場合、「医薬的に許容される賦形剤」は、任意及び全ての、生理学的に適合性の溶媒、分散媒、コーティング、抗菌、抗微生物又は抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤等を含む。上記賦形剤は、静脈内、腹腔内、筋肉内、髄腔内、又は口腔の投与に適したものであり得る。上記賦形剤は、無菌の注入可能な溶液又は分散液の即時調製のための、無菌の水性溶液又は分散液を含み得る。薬物の調製のためのそのような媒体の使用は当該技術分野で公知である。
【００４２】
本明細書中で使用される場合、薬物の「医薬有効量」又は「有効量」とは、薬が使われる期間に渡って治療レベルの薬の送達がもたらされるような濃度で薬物が存在する、薬物の使用量を言う。これは、送達方法、投与の周期、薬物を与える対象の年齢、体重、一般的な健康状態、性別、及び食事に依存し得る。「医薬有効量」の決定はルーチンの最適化を必要とし、これは当業者の能力の範囲内である。
【００４３】
本明細書中で使用される場合、「癌」又は「腫瘍」という用語は、正常な増殖制御に対する感受性を喪失した細胞の増殖によって引き起こされる、又は特徴付けられる、増殖性疾患のことを言う。本出願において使用される場合、「癌」という用語は、腫瘍及び任意のその他の増殖性疾患を含む。同一組織型の癌は通常、同一組織に由来し、生物学的な特徴に基づいて異なるサブタイプに分けることができる。癌の４つの一般的なカテゴリーは、カルシノーマ（上皮組織由来）、肉腫（結合組織又は中胚葉系由来）、白血病（造血組織由来）、及びリンパ腫（リンパ組織由来）である。200を超える異なるタイプの癌が知られており、体の全ての器官及び組織が罹患し得る。癌の定義を限定するものではないが、癌の具体例として、黒色腫、白血病、星状細胞腫、神経膠芽腫、網膜芽細胞腫、リンパ腫、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、及び慢性リンパ性白血病が挙げられる。様々な癌に罹患し得る器官及び組織の例として、膵臓、乳房、甲状腺、卵巣、子宮、精巣、前立腺、甲状腺、脳下垂体、副腎、腎臓、胃、食道、大腸又は直腸、頭頸部、骨、神経系、皮膚、血液、鼻咽頭組織、肺、泌尿器、子宮頸部、膣、外分泌腺、内分泌腺が挙げられる。あるいは、癌は多発癌又は原発不明癌（CUPS）であり得る。
【００４４】
本明細書中で使用される場合、「癌性細胞」とは、転換事象を起こした細胞であって、その増殖が前記の転換事象以前と同程度にはもはや制御されないものをいう。腫瘍とは、癌性細胞の集合体のことを言い、しばしば固形又は半固形の塊として患者又は被験者の組織中又は組織上に見られる。
【００４５】
病的な低灌流を伴う疾患又は状態は、本発明に従ってヒト等の動物に配列番号１を含む一以上のポリペプチドの有効量を投与することで治療されうる。本発明に従って好適に治療される低灌流性の疾患又は状態としては、心虚血、心筋梗塞、糖尿病、神経障害、ＡＬＳ、口腔潰瘍、胃潰瘍、再狭窄、脳卒中、ＴＩＡ、妊娠中毒症等が挙げられる（更なる適した疾患及び疾患については、参照することにより本明細書中に組み込まれるCarmeliet, Angiogenesis in health and disease, Nature Medicine 9, 653 - 660 （2003）も参照されたい）。
【００４６】
悪化した血管新生を伴う病気は（特にSPARC依存的である場合）、本発明に従って、例えばSPARC血管新生領域に対する一以上の抗体、又はその他の抗SPARC療法の有効量を、ヒト等の動物へ投与することで治療されうる。本発明に従って好適に治療される悪化した血管新生を伴う疾患としては、癌、腫瘍、血管腫、子宮内膜症、糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、乾癬、関節炎、化膿性肉芽腫、血管免疫芽球性リンパ節症、歯周病等が挙げられる（更なる適した疾患及び疾患については、参照することにより本明細書中に組み込まれるCarmeliet, Angiogenesis in health and disease, Nature Medicine 9, 653 - 660 （2003）も参照されたい）。
【００４７】
悪化した創傷治癒及び再構築を伴う疾患は（特にSPARC依存的である場合）、本発明に従って、SPARC血管新生領域に対する一以上の抗体、又はその他の抗SPARC療法の有効量を、ヒト等の動物へ投与することで治療されうる。本発明に従って好適に治療される悪化した創傷治癒及び再構築を伴う病気としては、ケロイド、肥厚性瘢痕、肺線維症等が挙げられる（更なる適した疾患及び疾患は、参照することにより本明細書中に組み込まれるCarmeliet, Angiogenesis in health and disease, Nature Medicine 9, 653 - 660 （2003）も参照されたい）。
【００４８】
癌又は癌性細胞は、所与の治療レジメンまたは化学療法剤が、癌細胞を殺す若しくは腫瘍の大きさを減少させる能力、癌の全体的な成長を減少させる能力（即ち、血管新生の減少を介して）、及び／又は転移を阻害する能力に基づいて、該レジメンに対して「感受性」又は「抵抗性」と記述され得る。治療レジメンに対して抵抗性の癌細胞は、該レジメンに応答せず増殖し続ける可能性がある。治療レジメンに対して感受性の癌細胞は、該レジメンに応答し、結果として細胞死、腫瘍サイズの減少、全体的な成長の減少（腫瘍量）、又は転移阻害を起こす可能性がある。例えば、これは、望ましくは、腫瘍サイズ、全体的な増殖／腫瘍量、又は転移発生における、約10%以上、例えば、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、又はそれより大きい減少、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約15倍、約20倍、又はそれより大きい減少として現れる。反応のモニタリングは、本明細書に記載されている及び当業者に公知である、多くの病理学的、臨床的、及び画像化の方法によって遂行されうる。
【００４９】
化学療法薬又は薬剤の組み合わせの共通の主題は、癌性細胞の死を誘導することである。例えば、ニトロソウレア、ブスルファン、チオテパ、クロラムブシル、シスプラチン、マイトマイシン、プロカルバジン、又はダカルバジン等のDNAの付加体は、細胞周期の分裂期に入る前に、複製中の細胞に損傷DNAの修復を強いることで、癌性細胞の増殖を遅延させるか、又は付加体それ自体で癌性細胞にアポトーシスを起こさせるのに十分な損傷を引き起こし得る。例えば、遺伝子発現又は転写、タンパク質翻訳、又は複製されたDNAのメチル化等のその他の事象も、臨床医にとって利用可能な多様な化学治療薬によって妨害されて、癌性細胞中でのアポトーシスのプロセスの誘引を助け得る。あるいは、化学療法薬は、例えば補体カスケード又はリンパ球による攻撃の、患者又は被験者の体液性又は後天性免疫系の態様によって癌性細胞を殺す可能性がある。
【００５０】
いかなる特定の理論に束縛されるのも望まないが、化学療法薬又は薬剤の組み合わせに対して抵抗性である癌性細胞は、例えば、ABCトランスポーターであるMDR1 p-glycoproteinの過剰発現（FORD et al 1993. Cytotechnol. 12：171−212）又は薬剤に対抗するような「抵抗性変異」の獲得によって、細胞から薬剤を活発に排出することで生存のために戦い得る。例えば、細胞のDNAに対する損傷を検知する能力に影響するDNA修復酵素の変異は、損傷を受けたDNAが複製されるのを可能にし、癌性細胞が複製し続けるのを許容することで腫瘍を増大させ得る。変異の蓄積に伴って、正常な細胞周期では働くであろうその他の制御ポイントが機能しなくなり、制御されない増殖周期のカスケードが続く。化学療法抵抗性のその他の態様は、腫瘍細胞がアポトーシスを回避することに関連する。宿主生命体の制御不全な細胞増殖に対する正常な応答反応は、アポトーシスを開始し、制御されない複製へのカスケードが始まる前に欠陥のある細胞を排除する。しかしながら、こういった応答反応は、例えば、癌性細胞におけるシグナル伝達事象の破綻、足場依存性若しくは接触阻害の喪失、又はp53、BRCA1、RB等のしばしば「腫瘍抑制因子」と考えられるアポトーシス促進因子の喪失によって破綻する可能性がある。これまでに薬剤のみで治癒した比較的少数の腫瘍の化学治療の選択性は、かなりの程度アポトーシスの起きやすさに依存しているという最近の証拠によって、癌の治療におけるこのアポトーシス感受性の重要性は支持される（Johnstone et al., 2002. Cell. 108(2):153−64）。
【００５１】
本明細書中で使用される場合、「治療レジメン」又は「治療」とは、癌性細胞に有害な少なくとも１つの薬剤の投与のことを言う。本発明に従って使用される適切な治療レジメンは、「化学療法レジメン」、「放射線治療レジメン」、「代替治療レジメン」、及びこれらの組み合わせを含むが、これらに限定されるものではない。
【００５２】
本明細書中で使用される場合、「化学療法レジメン」又は「化学療法」とは、癌性細胞を破壊する少なくとも１つの有害な化学療法薬の投与のことを言う。臨床医が使用可能なそのような化学療法薬は多種多様に存在する。化学療法薬は対象に対して単回ボーラス投与、又は時間をかけてより少量の投与で実施されうる。単一の化学療法薬（単一薬剤治療法）又は複数の薬剤の組み合わせ（併用療法）が使用されうる。化学療法はそれのみで、いくつかのタイプの癌の治療に用いることができる。また化学療法は、放射線治療又は本明細書に記載されている他の治療法（例えば免疫治療法）等の他の治療法との組み合わせで用いることができる。更に、化学物質増感剤が化学療法薬との併用療法として投与されてもよい。
【００５３】
本明細書中で使用される場合、「化学療法薬」とは、癌を治療するために使用される場合があり、一般的に、直接癌性細胞を殺す能力を有する薬物のことを言う。化学療法薬の例としては、アルキル化剤、代謝拮抗薬、天然物、ホルモン、及び拮抗薬、並びに種々の作用物質が挙げられる。別称の例は括弧内に示される。アルキル化剤の例は、メクロレタミン、シクロフォスファミド、イホスファミド、メルファラン（L−サルコリジン）、及びクロラムブシル等のナイトロジェンマスタード；ヘキサメチルメラミン及びチオテパ等のエチレンイミン及びメチルメラミン；ブスルファン等のアルキルスルホン酸；カルムスチン（BCNU）、セムスチン（メチル−CCNU）、ロムスチン（CCNU）、及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）等のニトロソウレア；リン酸エストラムスチン等のDNA合成拮抗剤；及びダカルバジン（DTIC、ジメチル−トリアゼノイミダゾールカルボキサミド）並びにテモゾロミド等のトリアジンを含む。代謝拮抗薬の例は、メトトレキサート（アメトプテリン）等の葉酸類似体；フルオロウラシン(fluorouracin)（5−フルオロウラシル、5−FU、5FU）、フロクスウリジン（フルオロデオキシウリジン、FUdR）、シタラビン（シトシンアラビノシド）、及びゲムシタビン等のピリミジン類似体；メルカプトプリン（6−メルカプトプリン、6−MP）、チオグアニン（6−チオグアニン、TG）及びペントスタチン（2'−デオキシコホルマイシン、デオキシコホルマイシン）、クラドリビン及びフルダラビン等のプリン類似体；並びにアムサクリン等のトポイソメラーゼ阻害剤を含む。天然物の例は、ビンブラスチン（VLB）及びビンクリスチン等のビンカアルカロイド；パクリタキセル及びドセタキセル（タキソテール）等のタキサン；エトポシド及びテニポシド等のエピポドフィロトキシン；トポテカン及びイリノテカン等のカンプトテシン；ダクチノマイシン（アクチノマイシンD）、ダウノルビシン（ダウノマイシン、ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、マイトマイシン（マイトマイシンC）、イダルビシン、エピルビシン等の抗生物質；L−アスパラギナーゼ等の酵素；並びにインターフェロンα及びインターロイキン2等の生物学的応答調節物質を含む。ホルモン及び拮抗薬の例は、ブセレリン等の黄体ホルモン放出ホルモン作用物質；プレドニゾン及び関連製剤等の副腎皮質ステロイド；カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール及び関連製剤等のエストロゲン；タモキシフェン及びアナストロゾール等のエストロゲン拮抗薬；プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン及び関連製剤等のアンドロゲン；フルタミド及びビカルタミド等のアンドロゲン拮抗薬；並びにリュープロリド等の性腺刺激ホルモン放出ホルモン類似体を含む。種々の作用物質の例は、サリドマイド；シスプラチン（cis-DDP）、オキサリプラチン及びカルボプラチン等の白金配位錯体；ミトキサントロン等のアントラセンジオン；ヒドロキシウレア等の置換尿素；プロカルバジン（N-メチルヒドラジン、 MIH）等のメチルヒドラジン誘導体；ミトタン（o,p'-DDD）及びアミノグルテチミド等の副腎皮質抑制剤；ベキサロテン等のRXR作用物質；並びにイマチニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤を含む。これらの物質及び化学療法薬の追加の例の別称及び商標名、並びに用量や投与計画を含むそれらの使用法は当該分野に精通した者に知られるであろうし、当業者に公知の任意の適切な参照中に見ることができる。特に、本発明に従って使用される適切な化学療法薬は、ナノ粒子アルブミン結合パクリタキセルを含むが、これに限定されるものではない。
【００５４】
本明細書中で使用される場合、「放射線治療レジメン」又は「放射線治療」という用語は、癌性細胞を殺す放射線の投与を指す。放射線は細胞内の様々な分子と相互作用するが、細胞死という結果を招く主要な標的はデオキシリボ核酸（DNA）である。しかしながら、放射線治療はしばしば細胞膜及び核膜並びに他の細胞小器官に対しても傷害を与える。DNA損傷は通常、糖−リン酸骨格における１本鎖及び２本鎖切断に関連する。更に、細胞機能を破壊し得る、DNAとタンパク質の架橋が生じる可能性がある。放射線のタイプによって、DNA損傷の機序は、相対的な生物学的有効性と共に、様々であり得る。例えば、重粒子（即ち陽子、中性子）はDNAを直接傷害し、より大きな相対的生物学的有効性を有する。電磁放射線は主に細胞内の水のイオン化によって生じる、寿命の短いヒドロキシル基のフリーラジカルを介して、間接的なイオン化という結果をもたらす。放射線の臨床応用は、外部からの放射線照射（外部の照射源から）及び密封小線源治療（移植された又は患者に埋め込まれた放射線源の使用）からなる。外部からの放射線照射は、X線及び／又はガンマ線からなり、一方、密封小線源治療は崩壊してアルファ粒子、又はガンマ線と共にベータ粒子を放射する放射性核を用いる。
【００５５】
放射線治療は更に、併用化学療法において、放射線増感剤として機能する化学療法薬と共に用いられ得る。個々の患者に適した特定の放射線治療法の選択は、当業者によって治療の時点で癌の組織やステージを考慮した上で決定されうる。
【００５６】
本明細書中で使用される場合、「代替治療レジメン」又は「代替治療」という用語は、例えば、生物学的応答修飾因子（ポリペプチド性、炭水化物性、及び脂質性の生物学的応答修飾因子を含む）、毒素、レクチン、血管新生抑制剤、受容体型チロシンキナーゼ阻害剤（例えばイレッサ（登録商標）（ゲフィチニブ）、タルセバ（登録商標）（エルロチニブ）、アービタックス（登録商標）（セツキシマブ）、イマチニブメシル酸塩（グリベック（登録商標））、プロテアソーム(proteosome)阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、ベルケイド）；PTK787（ZK222584）、オーロラキナーゼ阻害剤（例えばZM447439）等のVEGFR2阻害剤；哺乳類ラパマイシン標的タンパク質（mTOR）阻害剤、シクロオキシゲナーゼ−２（COX-2）阻害剤、ラパマイシン阻害剤（例えば、シロリムス、ラパミューンTM.）；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（例えば、ティピファニブ、ザーネストラ）；マトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤（例えば、BAY 12-9566、硫酸多糖テコガラン）；血管新生阻害剤（例えばアバスチンTM.（ベバシズマブ）；TNP-4等のフマギリン類似体；カルボキシアミノトリアゾール(carboxyaminotriazole)；BB-94及びBB-2516；サリドマイド；インターロイキン−１２；リノマイド；ペプチド断片；並びに血管成長因子及び血管成長因子受容体に対する抗体）；血小板由来成長因子受容体阻害剤、プロテインキナーゼC阻害剤、マイトジェン活性化キナーゼ阻害剤、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ阻害剤、ラウス肉腫形質転換癌遺伝子（SRC）阻害剤、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤、低酸素誘導因子阻害剤、ヘッジホッグ阻害剤、並びにTGF-betaシグナル阻害剤を含みうる。更に、免疫治療薬もまた代替治療レジメンとして考えられるであろう。例として、ケモカイン、ケモタキシン、サイトカイン、インターロイキン、又は組織因子が含まれる。適切な免疫治療薬には、前もって作られた抗体を含む血清又はガンマグロブリン；非特異的な免疫刺激アジュバンド；能動的で特異的な免疫療法；及び養子免疫療法も含まれる。更に、代替治療法は、ポリヌクレオチド（アンチセンス分子を含む）、ポリペプチド、抗体、遺伝子治療ベクター等のその他の生物を基盤とした化学物質を含みうる。そのような代替治療は、単独若しくは組み合わせで、又は本明細書に記載されている別の治療レジメンとの組み合わせで実施されてもよい。代替治療レジメンにおいて用いられるこれらの薬剤の別称及び商標名、及び代替治療レジメンで用いられている薬剤の追加の例、並びに用量や投与計画を含むそれらの使用方法は、当該分野に精通した臨床医に公知であろう。更に、用量及び投与計画を含めて、併用療法における代替治療レジメンに用いられる、化学療法薬及びその他の薬剤の使用方法もまた、当該技術分野の精通した者に公知であろう。
【００５７】
特に、適切な代替治療レジメンは、Her2（例えばトラスツズマブ）、EGF又はEGF受容体、VEGF（例えばベバシズマブ）又はVEGF受容体、CD20等に対する抗体等の、癌細胞表面上の分子に対する抗体を含むが、これに限定されるものではない。更に治療薬は、補体活性化、細胞を介した細胞毒、アポトーシス誘導、細胞死誘導、及びオプソニン化のうちの一以上を媒介する任意の抗体又は抗体断片を含み得る。例えば、そのような抗体断片は、完全な又は部分的なFc領域である場合がある。
【００５８】
「抗体」は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、ダイマー、マルチマー、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）を意味するが、これに限定されるものではない。抗体は、マウス由来、ヒト由来、ヒト化、キメラ型、又はその他の種由来のものである場合がある。抗体は特異的な抗原を認識し結合することのできる、免疫系によって産生されたタンパク質である。標的抗原は一般的に、複数の抗体のCDRによって認識される多くの結合部位（エピトープとも呼ばれる）を有する。異なるエピトープに特異的に結合するそれぞれの抗体は、異なる構造を有する。故に、抗原は一つより多くの対応する抗体を有する可能性がある。
【００５９】
抗体は、全長のイムノグロブリン分子又は全長のイムノグロブリン分子の免疫学的な活性部位（即ち、対象となる標的抗原又はその一部に、免疫特異的に結合するような抗原結合部位を含む分子）を含む。標的としては、癌細胞、又は自己免疫疾患に関連する自己免疫抗体を産生するその他の細胞が挙げられる。
【００６０】
本明細書で開示されているイムノグロブリンは、任意のクラス（例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、及びIgA）又はサブクラス（例えば、IgG1、 IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2）であるイムノグロブリン分子でありうる。上記イムノグロブリンは任意の動物由来のものでありうる。
【００６１】
「抗体断片」は、所望の生物学的活性を維持している全長抗体の一部を含む。「抗体断片」は一般的に、抗体の結合領域又は可変領域のことである。抗体断片の例は、Fab、Fab'、F(ab')2、及びFv断片；二重特異性抗体；直鎖状抗体；Fab発現ライブラリーにより産生された断片、抗イディオタイプ（anti-Id）抗体、CDR（相補性決定領域）、及び癌細胞抗原、ウイルス抗原又は微生物抗原に免疫特異的に結合する上記の任意のエピトープ結合断片、一本鎖抗体分子；並びに抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
【００６２】
本明細書で参照されているモノクローナル抗体は具体的に、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種由来又は特定のクラス若しくはサブクラスに属する抗体における対応配列と同一又は相同であり、一方で、鎖の残りの部分が、別の種由来又は別のクラス又はサブクラスに属する抗体における対応配列と同一又は相同である「キメラ」抗体を含み、また同様に、望ましい生物学的活性示す限りそのような抗体の断片も含む（U.S. Pat. No. 4,816,567）。ここで対象となるキメラ抗体は、非ヒト霊長類（例えば、旧世界ザル又は類人猿）由来の可変領域抗原結合配列及びヒト定常領域配列を含有する「霊長類化」抗体を含む。
【００６３】
「抗体依存的細胞媒介性細胞傷害」及び「ADCC」は、Fc受容体（FcR）を発現する非特異的細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（NK）細胞、好中球、及びマクロファージ）が、標的細胞上に結合している抗体を認識し、結果として標的細胞を溶解する、細胞を媒介した応答のことを言う。ADCCを媒介する主要な細胞（NK細胞）はFcガンマRIIIのみを発現するのに対し、単核球はFcガンマRI、FcガンマRII及びFcガンマRIIIを発現する。対象分子のADCC活性を評価するために、in vitro ADCC解析を行うことができる（U.S. Pat. No. 5,003,621; U.S. Pat. No. 5,821,337）。そのような解析に役立つエフェクター細胞としては、末梢血単核球（PBMC）及びナチュラルキラー（NK）細胞が挙げられる。代替的又は追加的に、対象分子のADCC活性は、例えばClynes et al、PNAS （USA）, 95：652−656 （1998）で明示されているような動物モデルにおいて、in vivoで評価することもできる。
【００６４】
「細胞死を誘導する」抗体は、生細胞を非生細胞にするものである。in vitroにおいて細胞死を補体の非存在下及び免疫エフェクター細胞の非存在下で測定することで、抗体依存的細胞媒介性細胞傷害（ADCC）によって誘導される細胞死と補体依存性細胞傷害（CDC）によって誘導される細胞死とを区別することができる。故に細胞死の解析は、熱失活した血清（即ち補体の非存在下）を使用して、及び免疫エフェクター細胞の非存在下で行われ得る。抗体が細胞死を誘導できるかを検定するために、ヨウ化プロピジウム（PI）、トリパンブルー又は7AADの取込みによって細胞膜の完全性の欠失を、未処理の細胞と比較することで評価することができる。細胞死誘導抗体は、BT474細胞においてPI取込み解析でPIの取込みを誘導する。
【００６５】
「アポトーシスを誘導する」抗体は、アネキシンVの結合、DNAの断片化、細胞縮小、小胞体の拡張、細胞の断片化、及び／又は膜小胞形成（アポトーシス小体）によって決定されるプログラム細胞死を誘導するものである。
【００６６】
本明細書中で使用される場合、「化学物質増感剤」又は「増感剤」は、化学療法薬、放射線療法又は代替治療レジメンの治療効果を促進し、それ故、そのような治療や薬剤の効果を向上させる可能性のある薬物である。治療に対する腫瘍又は癌性細胞の感受性又は抵抗性は、ヒト又は齧歯動物等の動物において、例えば腫瘍の大きさ、腫瘍の重量又は一定期間中における転移発生頻度を測定する等によっても評価される場合がある。例として、ヒトについては約２、約３、約４又は約６ヶ月、及びマウスについては約２〜４、約３〜５、又は約４〜６週が挙げられる。治療の組成物又は方法は、前記組成物又は方法を欠く状態での治療感受性又は抵抗性と比べ、治療感受性の増加又は抵抗性の減少が、約10%以上、例えば、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、若しくはそれより高い、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍若しくはそれより高い場合に、治療法に対する腫瘍又は癌性細胞の応答を感作する可能性がある。治療法に対する感受性又は抵抗性の決定は、当該技術分野で通常行われており、当該技術分野に精通した者の技術範疇にある。
【００６７】
「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は、互換的に用いられる場合があり、ペプチド結合又は修飾型ペプチド結合（例えば、半減期の増加等の付加的な望ましい性質をペプチドに提供する可能性のある、ペプチドアイソスター（修飾型ペプチド結合））によって共有結合的につながれた少なくとも２つのアミノ酸残基を含む化合物のことを言う。ペプチドは少なくとも２つのアミノ酸を含み得る。本明細書に記載のペプチド又はタンパク質を構成するアミノ酸は、翻訳後修飾等の自然過程又は当該技術分野で公知の化学修飾技術のいずれかによって修飾されていてもよい。修飾はペプチド骨格、アミノ酸側鎖及びアミノ又はカルボキシル末端を含む、ペプチド中のいかなる場所にも起こりうる。同様の修飾はあるペプチドにおけるいくつかの部位で同じ又は異なる度合いで存在する可能性があると理解されている。
【００６８】
ペプチドに対する修飾の例として、ペグ化、アセチル化、アシル化、ADPリボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部の共有結合、ヌクレオチド又はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質又は脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタミン酸の形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、糖鎖付加、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク分解加工、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化等のトランスファーRNAを介したアミノ酸のタンパク質への付加、及びユビキチン化が含まれる場合がある。例えば、Proteins-Structure and Molecular Properties, 2.sup.nd ed., T. E. Creighton, W H. Freeman and Company, New   York, 1993及びWold F, Posttranslational Protein Modifications：Perspectives and Prospects, pgs. 1-12 in Posttranslational Covalent Modification of Proteins, B. C. Johnson, ed., Academic Press, New York, 1983；Seifter et al., Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol. （1990）182：626-646及びRattan et al.（1992）, Protein Synthesis：Posttranslational Modifications and Aging", Ann NY Acad Sci 663：48-62を参照されたい。
【００６９】
実質的に類似した配列は、本明細書に記載されているような、１つ以上の保存的置換によってのみ、参照配列との違いが見られるアミノ酸配列である。そのような配列は、例えば、別の実質的に類似した配列に対し機能的に相同なものの場合がある。置換される場合のある本発明のペプチドにおける個々のアミノ酸の態様は、当業者により認識されている。
【００７０】
アミノ酸配列の類似性又は同一性は、BLAST（basic local alignment search tool）2.0アルゴリズムを用いるBLASTP及びTBLASTNプログラムの使用等によって算出される場合がある。アミノ酸配列の類似性又は同一性を算出するための技術は当業者に公知であり、BLASTアルゴリズムの使用に関しては、Altschul et al. 1990, J Mol. Biol. 215：403-410及びAltschul et al.（1997）, Nucleic Acids Res. 25：3389-3402に記載されている。
【００７１】
アライメントを行うための配列は、多数のデータベースから集められる場合がある。タンパク質データベースの例として、SWISS-PROT（タンパク質の機能、ドメイン構造、翻訳後修飾、バリアントに関する高レベルのアノテーションも提供する（Bairoch A. and Apweiler R.（2000）Nucleic Acids Res. 28（1）：45-48、Bairoch A. and Apweiler R.（1997）J. Mol. Med. 75（5）：312-316；Junker V. L. et al.（1999）Bioinformatics 15（12）：1066-1007））、TrEMBL（入力されたEMBLヌクレオチド配列の全ての翻訳を含む、SWISS-PROTのコンピューターでアノテーションされた補完データベース（Bairoch A. and Apweiler R.（2000）Nucleic Acids Res. 28（1）：45-48））、及びnrデータベース（全ての重複しないGenBank CDS翻訳配列の比較、例えばPDB、SwissProt、PIR及びPRF等の他のデータベースからのタンパク質配列の比較を行う）が含まれる。
【００７２】
タンパク質配列のアライメントは、既存のアルゴリズムを用いて、問合せ配列と類似な配列をデータベース上で検索することにより行うことができる。アライメントの方法の一つとして、Smith-Watermanアルゴリズム（問合せ配列とデータベースの配列間で、最適なアライメントがどのように産生されるかを決定するのに有用（Smith, T. F. and Waterman, M. S. 1981. Journal of Molecular Biology 147（1）：195-197））が挙げられる。そのようなアライメントは、データベースの配列とマッチするために問合せ配列が受ける必要のある転換が何であるかを決めることによって得られる。転換には１つの文字を別の文字に置換すること、及び一連の文字を挿入する又は削除することが含まれる。文字と文字の比較において、正確な適合及びいくつかの置換に対し陽性スコアが割り当てられ、他の置換及び挿入／欠失について陰性スコアが割り当てられる。スコアは統計的に導かれたスコアリングマトリックスから得られる。最も高いスコアを出す転換の組み合わせが、問合せ配列とデータベース配列間におけるアライメントを生み出すことに使用される。Needleman-Wunsch（Needleman, S. B. and Wunsch, C. D. 1970. Journal of Molecular Biology 48（3）：443-453）アルゴリズムは、Smith-Watermanアルゴリズムと類似しているが、配列比較は局所的ではなく全体的である。全体的な比較は、問合せ配列全体のデータベース配列全体に対するアライメントを強いる。局所的なアライメントが、常に適合に始まり適合に終わるのに対し、全体的なアライメントは挿入若しくは欠失（indel）で始まる、又は挿入若しくは欠失で終わる場合がある。ある問合せ配列及びデータベース配列について、全体的なスコアはindelによって、最終的に局所的なスコアと同一又は低くなるであろう。上記アルゴリズムの代わりとして、Hidden Markov Model（HMM）検索（Eddy, S. R. 1996. Current Opinion in Structural Biology 6（3）：361-365）がタンパク質配列アライメントを作り出すことに使用可能である。HMMスコアリングは適合が挿入／欠失の前にある又はその逆の可能性を重み付けする。更に、HMMsは検索が全体的に行われたか又は局所的に行われたかを制御するために、挿入から欠失への移行（及びその逆）、並びに開始と終了の状態をスコアリングすることを許可する。
【００７３】
一以上の上記アルゴリズムは、タンパク質配列のアライメントを作り出すためのアライメントプログラムにおいて使用される場合がある。当業者は、多種多様な異なるアルゴリズムを組み込んだ、多数の配列アライメントプログラムから選択することができる。アライメントプログラムの一例として、BLASTP（Altschul, S. F., et al.（1997）Nucleic Acids Res. 25（17）3389-3402）が挙げられる。その他のアライメントプログラムとして、CLUSTAL W及びPILEUPが挙げられる。BLASTPの実行からの標準的な出力は、以下に記されているように、さらなるindel解析を行う上での十分な情報を含む。
【００７４】
アミノ酸は例えば、極性のある、極性のない、酸性、塩基性、芳香族、又は中性の、というように表現される場合がある。極性のあるアミノ酸は、生物学的又は中性に近いpHの条件下で、水素結合によって水と相互作用する可能性のあるアミノ酸である。アミノ酸の極性は、生物学的又は中性に近いpHの条件下での水素結合の度合いの指標である。極性のあるアミノ酸の例は、セリン、プロリン、スレオニン、システイン、アスパラギン、グルタミン、リジン、ヒスチジン、アルギニン、アスパラギン酸、チロシン、及びグルタミン酸を含む。極性のないアミノ酸の例は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、及びトリプトファンを含む。酸性アミノ酸は中性pH条件下で正味の負電荷をもつ。酸性アミノ酸の例はアスパラギン酸及びグルタミン酸を含む。塩基性アミノ酸は、中性pH条件下で正味の正電荷をもつ。塩基性アミノ酸の例はアルギニン、リジン、ヒスチジンを含む。芳香族アミノ酸は一般的に極性をもたず、疎水性相互作用に関与する場合がある。芳香族アミノ酸の例はフェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンを含む。またチロシンは、芳香族側鎖のヒドロキシル基を介して水素結合に関与する場合もある。中性、脂肪族アミノ酸は一般的に極性をもたず疎水性である。中性アミノ酸の例は、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、及びメチオニンを含む。アミノ酸は一以上の記述的カテゴリーにより記述される場合がある。共通の記述的カテゴリーを共有するアミノ酸は、ペプチド中で相互置換可能な場合がある。
【００７５】
本発明におけるペプチド化合物を記述するのに使用される命名法は、それぞれのアミノ酸残基のアミノ基を左にカルボキシ基を右に位置した従来の慣例に従う。本発明の選択的、具体的な実施形態を示す配列において、具体的には示されていないが、別段指示の無い場合はアミノ及びカルボキシ末端グループは生理学的pH値でとるであろう形態にあると理解されるであろう。アミノ酸の構造式において、それぞれの残基は一般的に、アミノ酸の通常の名前と一致する１文字又は３文字称号で表記されることがある。
【００７６】
アミノ酸の疎水性親水性指標は、水性の環境（負の値）を求める又は疎水性の環境（正の値）を求めるアミノ酸の傾向を示す尺度である（Kyte & Doolittle 1982. J Mol Biol 157：105-132）。標準的なアミノ酸の疎水性親水性指標は、アラニン（1.8）、アルギニン（-4.5）、アスパラギン（-3.5）、アスパラギン酸（-3.5）、システイン（2.5）、グルタミン（-3.5）、グルタミン酸（-3.5）、グリシン（-0.4）、ヒスチジン（-3.2）、イソロイシン（4.5）、ロイシン（3.8）、リジン（-3.9）、メチオニン（1.9）、フェニルアラニン（2.8）、プロリン（-1.6）、セリン（-0.8）、スレオニン（-0.7）、トリプトファン（-0.9）、チロシン（-1.3）、及びバリン（4.2）を含む。類似の疎水性親水性指標を有するアミノ酸は、ペプチド中で相互置換可能な場合がある。
【００７７】
本明細書中に記載されているペプチドを構成するアミノ酸は、L-又はD-体であると理解されるであろう。本発明におけるペプチド及びペプチド模倣体では、D-アミノ酸はL-アミノ酸と置換可能な場合がある。
【００７８】
本発明のペプチドの、特にカルボキシ又はアミノ末端に含まれるアミノ酸は、メチル化、アミド化、アセチル化、又は生物学的活性に悪影響を与えることなく、ペプチドの半減期の循環を変える可能性のある、その他の化学基による置換によって修飾される場合がある。更に、本発明のペプチドにはジスルフィド結合が存在する又は存在しない場合がある。
【００７９】
非標準的なアミノ酸は自然に生じる場合があり、それは遺伝学的にコードされている場合又はコードされてない場合がある。遺伝学的にコードされた非標準的アミノ酸の例は、セレノシステイン（UGAコドン（通常は停止コドンであり得る）においてタンパク質に組み込まれることがある）、又はピロールリジン（UAGコドン（通常は停止コドンであり得る）においてタンパク質に組み込まれることがある）を含む。いくつかの遺伝学的にコードされていない非標準的アミノ酸は、例として、ペプチド中にすでに組み込まれた標準的アミノ酸の修飾の結果生じる場合、又は代謝中間体若しくは前駆体である場合がある。非標準アミノ酸の例は、４−ヒドロキシプロリン、５−ヒドロキシリジン、６−N−メチルリジン、ガンマ−カルボキシグルタミン酸、デスモシン、セレノシステイン、オミシン、シトルリン、ランチオニン、１−アミノシクロプロパン−１−カルボン酸、ガンマ−アミノ酪酸、カルニチン、サルコシン、又はN−ホルミルメチオニンを含む。標準的及び非標準的なアミノ酸の合成的な異型も知られており、化学的に誘導体化されたアミノ酸、同定若しくは追跡のために標識されたアミノ酸、又はアルファ炭素に種々の側鎖をもつアミノ酸を含む場合がある。そのような側鎖の例は当該分野において公知であり、脂肪族、単一芳香族、多環芳香族、複素環、異核、アミノ、アルキルアミノ、カルボキシル、カルボキサミド、カルボン酸エステル、グアニジン、アミジン、ヒドロキシル、アルコキシ、メルカプト、アルキルメルカプト、又は他のヘテロ原子を含む側鎖が挙げられる。その他の合成的アミノ酸は、アルファ−イミノ酸、ベータアミノ酸、デス−カルボキシ又はデス−アミノ酸等の、非アルファアミノ酸を含む場合がある。アミノ酸の合成的異型は、当該分野で知られている一般的な方法を用いて合成される場合、又は例えばRSP Amino Acids LLC（Shirley, Mass）等の営利業者から購入される場合がある。
【００８０】
保存的なアミノ酸の置換が何を意味するかをさらに例証するために、グループA−Fが以下に記載されている。以下のグループ内の１つの要素の、同一グループ内の他の要素との交換は、保存的な置換であると考えられる。
【００８１】
グループAは、ロイシン、イソロイシン、バリン、メチオニン、フェニルアラニン、セリン、システイン、スレオニン、及び次の側鎖を有する修飾されたアミノ酸：エチル、イソブチル、--CH2CH2OH、--CH2CH2CH2OH、--CH2CHOHCH3及びCH2SCH3、を含む。
【００８２】
グループBは、グリシン、アラニン、バリン、セリン、システイン、スレオニン、及びエチル側鎖を有する修飾されたアミノ酸を含む。
【００８３】
グループCは、フェニルアラニン、フェニルグリシン、チロシン、トリプトファン、シクロヘキシルメチル、及び置換型ベンジル又はフェニル側鎖を有する修飾されたアミノ残基を含む。
【００８４】
グループDは、グルタミン酸、アスパラギン酸、置換型又は非置換型脂肪族、グルタミン酸若しくはアスパラギン酸の芳香族又はベンジリックエステル（例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソ−プロピル、シクロヘキシル、ベンジル、又は置換型ベンジル）、グルタミン、アスパラギン、CO--NH-アルキル化グルタミン又はアスパラギン（例えば、メチル、エチル、n−プロピル、及びイソ−プロピル）、及び、側鎖--(CH2)3COOH、そのエステル（置換型又は非置換型脂肪族、芳香族、又はベンジルエステル）、そのアミド、及びその置換型又は非置換型N−アルキル化アミドを有する修飾されたアミノ酸を含む。
【００８５】
グループEは、ヒスチジン、リジン、アルギニン、N−ニトロアルギニン、p−シクロアルギニン、g−ヒドロキシアルギニン、N−アミジノシトルリン、2−アミノグアニジノブタン酸、リジンのホモログ、アルギニンのホモログ、及びオミチンを含む。
【００８６】
グループFは、セリン、スレオニン、システイン、及びC1-C5直鎖又は分岐アルキル側鎖が−OH又は−SHで置換された修飾型アミノ酸を含む。
【００８７】
グループA−Fは例となるものであり、本発明を制限することを意図しない。
【００８８】
ペプチド模倣体は、親ペプチドの生物学的作用を模倣する、非ペプチド構造要素を含む化合物である。ペプチド模倣体は酵素的に切断できるペプチド結合等の、標準的なペプチドの特徴をもたない場合がある。親ペプチドは、当初、対象のタンパク質の結合配列若しくはリン酸化部位として同定される、又は例えばペプチドホルモン等の自然に分泌されるペプチドである場合がある。ペプチド模倣体を同定する解析法は、ペプチド模倣体ライブラリー等のライブラリーをスクリーニングするときに、比較目的でポジティブコントロールとして親ペプチドを含む場合がある。ペプチド模倣ライブラリーは、親ペプチドと同様な生物学的活性有する可能性のある化合物のライブラリーである。
【００８９】
本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、RNA、cDNA、ゲノムDNA、合成型、及びセンス及びアンチセンス鎖の両方の混合ポリマーを含み、化学的若しくは生化学的に修飾されていてもよいし、当業者が容易に理解するであろう非天然型若しくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含んでもよい。そのような修飾には、例えば、標識、メチル化、１つ以上の自然発生的なヌクレオチドの類似体との置換、無荷電結合（例えば、メチルホスホン酸、ホスホトリエステル、ホスホアミド化、カルバミン酸等）等のヌクレオチド間修飾、荷電結合（例えば、ホスホロチオエート、ジチオリン酸等）、ペンダント(pendent)部分（例えばポリペプチド）、及び修飾型結合（例えば、アルファアノマーポリヌクレオチド等）が含まれる。また、特定の配列に対し、水素結合及びその他の化学相互作用を介して結合することのできる、ポリヌクレオチド様合成分子も含まれる。
【００９０】
本明細書中で使用される場合、「ペプチド核酸」（PNA）とは、核酸の糖リン酸骨格がN−（２−アミノエチル）−グリシン骨格に変換された、修飾型核酸のことを言う。DNA／RNAの糖リン酸骨格は中性条件下で負に荷電し、相補鎖間で静電気的に反発が起きるが、PNAの骨格構造は本質的に荷電しない。それ故、静電気的に反発は起きない。結果的にPNAは通常の核酸と比べ、より２本鎖を形成する高い性能、及び塩基配列を認識する高い性能を有する。更に、PNAは一般的に核酸と比べより強固である。PNAは、アレイ及びその他のハイブリダイゼーション、又は上記及びオリゴヌクレオチドについて本明細書に記載のその他の反応においても使用される場合がある。
【００９１】
本明細書中で使用される場合、「ベクター」という用語は、宿主細胞内に外来又は内在性ポリヌクレオチドを導入するために用いられる、ポリヌクレオチド化合物を言う。ベクターは、一以上のポリペプチド分子をコードすることのできるヌクレオチド配列を含む。自然状態の又は組換え操作を受けた、プラスミド、コスミド、ウイルス及びバクテリオファージは、少なくとも１つの望ましい単離されたポリヌクレオチド分子を含む組換えベクターを提供する一般的なベクターの例であるが、これに限定されるものではない。
【００９２】
本明細書中で使用される場合、「腫瘍抑制因子」は、無秩序な細胞の増殖を抑制する正常な生物学的役割をもつ遺伝子又は遺伝子産物である。腫瘍抑制因子の機能が失われると、制御されない細胞増殖が起きる。腫瘍抑制因子に機能的に対応するものは、癌遺伝子（正常な細胞増殖を促進する遺伝子は、「癌原遺伝子」として知られることがある）である。癌原遺伝子又はその遺伝子産物を活性化するような変異は、癌原遺伝子から癌遺伝子へのさらなる転換を促し、細胞増殖活性を無調節な方法で継続させる。腫瘍抑制遺伝子及びその遺伝子産物の例は、文献上よく知られており、PTC、BRCA1、BRCA2、p16、APC、RB、WT1、EXT1、p53、NF1、TSC2、NF2、VHL又はSPARCを含む場合がある。
【００９３】
本発明は更に、調節領域、及び本明細書に記載されているポリペプチド又はポリペプチドの発現のために調節領域（適切なプロモーター等）が動作可能なように接続された、本明細書に記載されている核酸分子を含む核酸コンストラクトを提供する。タンパク質発現はRNA転写のレベルに依存し、それはDNAの信号によって調節されている。同様に、mRNAの翻訳は最低限AUG開始コドンを必要とし、それは通常mRNAの5'末端の約10−100ヌクレオチド内に存在する。AUG開始コドンに隣接する配列は、最適な翻訳をもたらす完璧なコザックコンセンサス配列（Kozak, J. Molec. Biol. 196：947−950 （1987）等を参照されたい）に従う、真核生物のリボソームによる認識に対し影響することが示されている。また、細胞内での外来核酸の良好な発現は、結果物であるタンパク質の翻訳後修飾を必要とする場合がある。従って本発明は、pCDNA3.1又はその派生物等をベクターとする、ポリペプチドをコードしているプラスミドを提供する。
【００９４】
本明細書中の核酸分子は好ましくは、真核細胞において好ましくは機能的である適切なプロモーターに動作可能なように接続されたコード領域を含む。RSVプロモーター及びアデノウイルス主要後期プロモーター等のウイルスプロモーターは本発明で使用される可能性があるが、これに限定されるものではない。適切な非ウイルスプロモーターは、ホスホグリコキナーゼ（PGK）プロモーター及び伸長因子１αプロモーターを含むが、これに限定されるものではない。非ウイルスプロモーターは望ましくはヒトプロモーターである。当該分野においてその多くが公知である他の適切な遺伝学的要素も、付加的機能、発現レベル、又は発現パターンを提供するために、本発明の核酸及びコンストラクトへ連結、付加、又は挿入される可能性がある。SPARCファミリー遺伝子の発現に用いられる天然のプロモーターも使用され得るが、それを天然にコードしている染色体においては、その染色体を実質的に変化させる処理によって修飾されていない限り使用されないことが好ましい。そのような実質的な変化を受けた染色体としては、レトロウイルスベクター又は同様な過程によってトランスフェクション及び改変された染色体が挙げられる。或いは、そのような実質的な変化を受けた染色体は、HAC、YAC、又はBAC等の人工染色体を含む可能性がある。
【００９５】
更に、本明細書に記載されている核酸分子は、転写を促進するためにエンハンサーと動作可能なように接続されている場合がある。エンハンサーは近隣遺伝子の転写を刺激するシス作用性DNA因子である。多くの種由来の数々の異なる細胞型において、連結された遺伝子の高転写レベルを与えるエンハンサーの例は、SV40及びRSV-LTR由来エンハンサーを含むが、これに限定されるものではない。そのようなエンハンサーは、細胞型特異的な効果をもつ他のエンハンサーと組み合わせられる可能性があり、又はどのエンハンサーも単独で使用される場合もある。
【００９６】
ポリペプチド産生を最適化するために、本発明の核酸分子は更に、核酸分子のコード領域の後にポリアデニル化部位を含む可能性がある。また、好ましくは全ての適切な転写シグナル（及び必要に応じて翻訳シグナル）は、外来の核酸が導入された細胞において、外来核酸が適切に発現するように正確に配置される。望まれる場合は、外来核酸はインフレームの全長転写産物を維持しながら、mRNA産生を促進するためにスプライス部位（即ち、スプライスアクセプター部位及びスプライスドナー部位）も取り入れている可能性もある。更に、本発明の核酸分子は、プロセシング、分泌、細胞内局在等のための適切な配列を含む可能性がある。
【００９７】
核酸分子は任意の適切なベクターに対し挿入することができる。適切なベクターはウイルスベクターを含むが、これに限定されるものではない。適切なウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、アルファウイルス、ワクシニア、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、及び鶏痘ウイルスベクターを含むが、これに限定されるものではない。ベクターは好ましくは、CHO-K1細胞等の真核細胞を形質転換する能力を天然に又は改変により有している。更に、本発明の状況において有用なベクターは、プラスミド又はエピソーム等の「裸の」核酸ベクター（即ち、タンパク質、糖、及び／又は脂質をほとんど又は全く有していないベクター）である可能性があり、又はベクターは他の分子と複合体になっている可能性がある。本発明の核酸と複合体となるのに適した他の分子は、ウイルスコート、陽イオン性脂質、リポソーム、ポリアミン、金粒子、及び細胞の分子を標的とするリガンド、受容体、又は抗体等の標的部を含むが、これに限定されるものではない。
【００９８】
本発明に従うSPARCポリペプチドは、組換え宿主細胞から発現及び精製される可能性がある。組換え宿主細胞は、大腸菌等の細菌、酵母等の真菌細胞、ショウジョウバエ及びカイコ由来の細胞株（しかしこれに限るものではない）を含む昆虫細胞、哺乳動物細胞及びその細胞株を含む、原核生物又は真核生物である場合があるが、これに限定されるものではない。ヒト細胞等の細胞において本発明に従ってSPARCポリペプチドを、in vitro又はin vivoにおいて発現させるとき、Q3 SPARCをコードしているポリヌクレオチド等に対し選択されるコドンは、対象となる細胞型（即ち細胞種）に対し最適化される可能性がある。コドン最適化のための多くの技術は当該分野において公知である（Jayaraj et al, Nucleic Acids Res. 33（9）：3011−6 （2005）；Fuglsang et al., Protein Expr. Purif. 31（2）：247−9（2003）；Wu et al.、"The Synthetic Gene Designer: a Flexible Web Platform to Explore Sequence Space of Synthetic Genes for Heterologous Expression," csbw、2005 IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference-Workshops（CSBW'05）、pp. 258−259（2005）等を参照されたい）。
【００９９】
特定の実施形態において、SPARCポリペプチドを発現及び精製するときに、タンパク質の溶解性を改善する技術が封入体（不溶性画分）の形成を防ぐために使用され、そしてそれ故、多量のポリペプチドを得ることができる。封入体に蓄積したSPARCはしばしば、生理学的な活性を維持しない不活性化型SPARCである。
【０１００】
精製されたSPARCポリペプチドの溶解性は、当該分野において公知である方法によって改善される可能性がある。例えば溶解性は、全長ポリペプチドではなく、機能的な断片を発現させることによっても改善される場合がある。更に、発現したタンパク質の溶解性を上げるために（例えば大腸菌において）、Georgiou & Valax （Current Opinion Biotechnol. 7：190−197（1996））に記載されているような、増殖温度の低下、弱いプロモーターの使用、コピー数の少ないプラスミドの使用、誘導物質濃度の低減、増殖培地の変更によって、タンパク質合成の速度を減少させることが可能である。これはタンパク質合成の速度を減少させ、より多くの可溶性タンパク質が通常得られる。適切な折り畳み若しくはタンパク質の安定性に必須である補欠分子族又は補因子を加えてもよいし、増殖の間の培地のpH変動を制御するために緩衝剤を加えてもよいし、あるいは、ほとんどの富栄養培地（LBや2xYT等）に含まれているラクトースによるlacプロモーターの誘導を抑制するために1%グルコースを加えてもよい。ポリオール（例えばソルビトール）及びスクロースを培地に添加してもよい。それらの添加により惹起される浸透圧の上昇により、細胞内に浸透圧保護物質が蓄積され、それが天然のタンパク質構造を安定化するためである。エタノール、低分子量チオール及びジスルフィド、並びにNaClが添加されてもよい。更に、シャペロン及び／又はフォールダーゼを所望のポリペプチドと共発現させてもよい。分子シャペロンは折り畳み中間体と一時的に相互作用することによって、適切な異性化及び細胞内標的化を促進する。大腸菌のシャペロン系はGroES-GroEL、DnaK-DnaJ-GrpE、CIpBを含むが、これに限定されるものではない。
【０１０１】
フォールダーゼは折り畳み経路の律速段階を加速させる。３つのタイプのフォールダーゼが重要な働きをしている：ペプチジルプロリルシス／トランスイソメラーゼ（PPI's）、ジスルフィドオキシドレダクターゼ（DsbA）及びジスルフィドイソメラーゼ（DsbC）、プロテインジスルフィドイソメラーゼ（PDI）（これはタンパク質のシステイン酸化及びジスルフィド結合の異性化の両方を触媒する真核生物のタンパク質である）。標的タンパク質と共にこれらのタンパク質の１つ以上を共発現することで、より高レベルの可溶性標的タンパク質が得られる可能性がある。
【０１０２】
SPARCポリペプチドは、可溶性及び生産の改善を目的に、融合タンパク質として産生することができる。融合タンパク質はSPARCポリペプチド及びインフレームで融合された第２のポリペプチドを含む。第２のポリペプチドは、当該分野において公知である、融合したポリペプチドの可溶性を改善する融合パートナーの場合があり、その例としてNusA、バクテリオフェリチン（BFR）、GrpE、チオレドキシン（TRX）及びグルタチオン−S−トランスフェラーゼ（GST）が挙げられる。Novagen Inc.（Madison, Wis.）は、NusA−標的融合物を産生することが可能な、pET 43.1ベクターシリーズを提供する。DsbA及びDsbCも融合パートナーとして用いられたときに、発現レベルに好ましい効果を与えることが示されており、それ故、より高い可溶性を得るためにSPARCポリペプチドと融合して使用される可能性がある。
【０１０３】
ある実施形態においては、SPARCポリペプチドは、Q3 SPARC欠失変異ポリペプチド及び融合パートナーのチオレドキシンを含む融合ポリペプチドとして産生される（U.S. Pat. No. 6,387,664に記述される。この出願はその全体が参照により本明細書に組み入れられる）。上記チオレドキシン−SPARC融合体は、大腸菌において容易に組み立てられる可溶性タンパク質として、生理学的活性を失うことなく大量に産生させることが可能である。U.S. Pat. No. 6,387,664は、チオレドキシンのC末端にSPARCを融合した融合SPARCタンパク質を提供するが、本発明の目的のためには、感作機能が維持される限り、SPARCポリペプチドは第２のポリペプチドのN末端又はC末端のいずれかに対し融合される可能性があると理解される。
【０１０４】
本発明のポリペプチドは、TNT(登録商標) Quick Coupled Transcription/Translation Systems（Promega, Madison, WI）、ラビット網状赤血球ライセート、小麦胚芽抽出物等の、任意の適切なin vitro翻訳系を用いる等によって、in vitro合成される可能性もある。代替として、本発明に従ってつくられるポリペプチドは、リソグラフィー、Fmoc固相及びt-Boc固相ペプチド合成手法等を含む、任意の適切な固相又は液相の方法によって化学的に合成される場合がある。
【０１０５】
単離又は精製は、少なくとも75%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも99%のポリペプチド又はポリヌクレオチドが存在する構成からなることを意味する。本発明に従うポリヌクレオチドは、任意の適切な手段によって精製される場合がある。本発明のポリペプチドは、Sage：Purification of SPARC/osteonectin、Curr. Protocols Cell Biol. 2003 Feb；Chapter 10：Unit 10.11（この全体が参照により本明細書に組み入れられる）において議論されている方法等を含む、当業者に公知である任意の適切な方法によって精製されることが可能である。代替法として、任意の適切な抗体、myc、gfp、V5、FITC、HA、S-tag、T7等を含むエピトープタグを用いることによる、アフィニティクロマトグラフィー若しくは沈降、又はビオチン／アビジン、ポリヒスチジン／ニッケル、GST等を含むその他の適切なアフィニティ系が用いられる場合がある。
【０１０６】
上記核酸及びタンパク質に対する、本明細書中で使用される核酸、ペプチド又はタンパク質の「一致」の１つの評価は、配列間の相対的な「同一性」である。ペプチド若しくはタンパク質の場合、又はコードされるペプチド若しくはタンパク質によって定義される核酸の場合、一致は、特定のペプチド又はタンパク質に対し、ペプチドが少なくとも約50%の同一性、代替として少なくとも約70%の同一性、代替として少なくとも約90%の同一性、又はさらに約95%の同一性を有することを含み、また少なくとも約98〜99%の同一性であってもよい。核酸間における同一性の好ましい評価は、ペプチドについて上記に特定されたものと同様であり、少なくとも約90%又は少なくとも約98〜99%の同一性があることが最も好ましい。
【０１０７】
本明細書中で使用される場合、「同一性」という用語は、２つのペプチド間又は２つの核酸分子間の配列の同一性の評価のことを言う。同一性は、比較のために列になっている場合のあるそれぞれの配列において、位置を比較することによって決定される可能性がある。２つのアミノ酸又は核酸配列が、少なくとも約75%の配列同一性、好ましくは少なくとも約90%の配列同一性、及びより好ましくは少なくとも95%配列の同一性、及び最も好ましくは少なくとも約98〜99%同一性を有している場合、それらは実質的に同一であるとみなされる。
【０１０８】
配列同一性は、現在利用されているBLASTアルゴリズム（当初はAltschul et al.（1990）J. Mol. Biol. 215：403−410に記述された）によって決定することが可能である。上記BLASTアルゴリズムは、刊行された初期設定で使用される場合がある。比較された配列における位置が、同一の塩基又はアミノ酸によって占有されているとき、それらの分子はその位置において同一性を共有すると見なされる。配列間の同一性の度合いは、それらの配列が共有する、一致している位置の数の関数である。
【０１０９】
核酸配列の同一性の代替評価法は、２つの配列が低いストリンジェンシー、及び好ましくは高いストリンジェンシーのもとで、互いにハイブリダイズするかどうかを決定することである。高いストリンジェンシー条件でハイブリダイズする場合、そのような配列は実質的に同一である。低いストリンジェンシー条件下で、フィルターに結合した配列に対して行うハイブリダイゼーションは、例えば、0.5 M NaHPO4、7% ドデシル硫酸ナトリウム（SDS）、1 mM EDTA、65℃で、及び0.2倍SSC／0.1 SDS、42℃で洗浄の条件で行うことができる（Ausubel et al.（eds.）1989、Current Protocols in Molecular Biology、Vol. 1、Green Publishing Associates, Inc.、及びJohn Wiley & sons, Inc.、New York、p. 2.10.3を参照されたい）。代替法として、高いストリンジェンシー条件下で、フィルターに結合した配列に対して行うハイブリダイゼーションでは、例えば、0.5 M NaHPO4、7%（SDS）、1 mM EDTA、65℃で、及び0.2倍SSC／0.1% SDS、68℃での洗浄の条件下で行うことができる（上掲のAusubel et al.（eds.）1989を参照）。ハイブリダイゼーションの条件は、対象となる配列に応じて既知の方法に従って修飾される場合がある（Tijssen、1993、Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology−Hybridization with Nucleic Acid Probes、Part I、Chapter 2 "Overview of Principles in Hybridization and the Strategy of Nucleic Acid Probe Assays"、Elsevier、N.Y.を参照されたい）。一般的に、定義されたイオン強度及びpHにおいて特定の配列の熱融点より約5℃低い温度が、ストリンジェントな条件として選択される。
【０１１０】
配列内の変異の位置の数字表示は特定の配列に対して相対的なものであることが当業者に理解されるであろう。また、同一位置には、配列に番号を付ける方法及び選択された配列に依存して、異なる数字表示が割り当てられる場合がある。更に、挿入又は欠失等の配列のバリエーションが、相対的な位置を変え、その結果、変異部位及びその周辺の特定のヌクレオチドの数字表示を変える場合がある。
【０１１１】
遺伝子治療は、病気と闘うために生細胞の遺伝物質を修飾することに関連した、医学的介入である。遺伝子治療は、多くの異なるタイプの癌及びその他の病気の臨床試験（ヒトでの研究試験）において研究されている。従って、本発明はさらに、「遺伝子治療」での使用に適したSPARCポリペプチドをコードする、単離された核酸分子を提供する（Patil et al.、AAPS J. 7（1）：E61−77（2005）等を参照されたい）。
【０１１２】
一般的に、遺伝子は本明細書中に示されているような「ベクター」を用いて、細胞へ運ばれる。遺伝子治療で用いられる最も一般的なベクターはウイルスである。遺伝子治療でベクターとして用いられるウイルスは、遺伝的に不能であり、自らを複製することができない。ほとんどの遺伝子治療臨床試験は望みの遺伝子を運ぶのに、マウスのレトロウイルスを用いている。ベクターとして使用されるその他のウイルスは、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ポックスウイルス、及びヘルペスウイルスを含む。適切なウイルス遺伝子治療ベクター並びにin vivo及びex vivoでのそれらの投与法は、当該分野において公知である。
【０１１３】
遺伝子治療はex vivo及びin vivoの両方ともで行うことができる。一般的に、ex vivo遺伝子治療臨床試験においては、患者の血液又は骨髄から細胞が採取され研究室で生育される。その細胞は望みの遺伝子をもったウイルスに曝される。ウイルスは細胞内に入り、望みの遺伝子は細胞のDNAの一部になる。それらの細胞は研究室で生育され、その後血管内への注入によって患者に戻される。in vivo遺伝子治療においては、患者体内の細胞に望みの遺伝子を運ぶために、ウイルス又はリポソーム等のベクターが使用されることがある。
【０１１４】
当業者は、遺伝コードの普遍性により、対象となる任意のアミノ酸配列の知識が、そのアミノ酸配列のポリペプチドをコードできる限定された個数の特定のポリヌクレオチド配列を容易に予測することが可能であると認識している。更に、当業者は当該技術分野において周知である「コドン最適化」の過程を介して、任意の対象種において発現させるのに、前記アミノ酸のポリペプチドをコードする最適なポリヌクレオチド配列を容易に決定することができる（Villalobos et al.：Gene Designer：a synthetic biology tool for constructing artificial DNA segments. BMC Bioinformatics. 2006 Jun. 6；7：285等を参照されたい）。
【０１１５】
本明細書中で使用される場合、「担体」とは、作用する適切なin vitro又はin vivoにおける部位へ、医薬品有効成分（API）を運ぶための運搬体として適した任意の物質を指す。そのため、担体はAPIを含む治療上又は実験上の薬剤の処方のための賦形剤として作用する可能性がある。好ましい担体はT細胞と相互作用することのできる形態で、APIを維持することのできるものである。そのような担体の例は、水、リン酸緩衝食塩水、生理食塩水、リンゲル液、ブドウ糖溶液、含血清溶液、ハンクス液及びその他の水性で生理学的に均衡の取れた溶液、又は細胞培養用培地を含むが、これらに限定されるものではない。水性の担体は、例えば、化学的安定性及び等張性の促進等、受容物の生理学的条件に近接させるのに必要な、適切な補助物質も含む場合がある。適切な補助物質は、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリル酸ソルビタン、トリエタノールアミンオレイン酸、並びにリン酸緩衝液、トリス緩衝液、及び重炭酸塩緩衝液の作成に使用されるその他の物質等を含む。
【０１１６】
本明細書中で用いられる「抗癌ワクチン」は、免疫応答を開始させる可能性のある腫瘍関連抗原又はエピトープを含む組成物を意味する。
【０１１７】
その他の実施形態において、本発明は、配列番号１で示されるアミノ酸配列を有するペプチド抗原、又は配列番号１に示されるアミノ酸配列に関して、１つ若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、及び／又は付加を含むアミノ酸配列を有し、且つ免疫刺激活性も有するペプチド抗原を含む抗癌ワクチンを提供する。その他の態様において、本発明は、前記の配列番号１のペプチドの一部を含み、且つ免疫刺激活性を有するペプチド抗原を提供する。さらに別の態様において、本発明は、配列番号１のペプチド抗原の前記の部分に関して、１つ若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、及び／又は付加を含むアミノ酸配列を有し、且つ免疫刺激活性も有するペプチド抗原を提供する。前記ペプチド抗原は好ましくは、癌抗原タンパク質を認識する細胞傷害性Tリンパ球を活性化する可能性がある。
【０１１８】
その他の態様において、本発明は、前記のペプチド抗原又はその混合物を使用しin vitroでの刺激によって誘導された、ヘルパーT細胞、細胞傷害性Tリンパ球、又はこれらの細胞を含む免疫細胞集団を提供する。
【０１１９】
その他の態様において、本発明は、前記ペプチド抗原、又はその混合物、及び免疫活性化因子を使用しin vitroでの刺激によって誘導された、ヘルパーT細胞、細胞傷害性Tリンパ球、又はこれらの細胞を含む免疫細胞集団を提供する。免疫活性化因子は好ましくは、細胞成長因子又はサイトカインである。
【０１２０】
ワクチンは好ましくは、フロイント完全アジュバント、フロイント不完全アジュバント、ミョウバン、カルメット・ゲラン桿菌、接着分子の作用物質及び修飾因子、破傷風トキソイド、イミキモド、モンタナイド、MPL、及びQS21等のアジュバントを更に含む場合がある。
【０１２１】
その他の態様において、本発明は、上述のヘルパーT細胞、細胞傷害性Tリンパ球、又はこれらの細胞を含む免疫細胞集団を体内に導入することを含む腫瘍抑制方法を提供する。上述の方法は好ましくは癌を予防及び／又は治療することに使用される。
【０１２２】
その他の態様において、本発明は、前記のペプチド抗原又はその混合物を含み、本発明のヘルパーT細胞若しくは細胞傷害性Tリンパ球、又はこれらの細胞を含む免疫細胞集団を産生するために使用される細胞培養液を提供する。
【０１２３】
その他の態様において、本発明は、上述の細胞培養液及び細胞培養容器を含み、本発明のヘルパーT細胞若しくは細胞傷害性Tリンパ球、又はこれらの細胞を含む免疫細胞集団を産生するための細胞培養キットを提供する。
【０１２４】
その他の態様において、本発明は、前記のペプチド抗原をコードするDNAを提供する。さらに別の態様において、本発明は、本発明の前記DNA、又は上述のDNAを含む組換えウイルス若しくは組換え細菌を含む、癌ワクチンを提供する。上述の癌ワクチンは好ましくはアジュバントをさらに含む。
【０１２５】
上記ワクチンは、一つより多くのペプチドを含む場合があり、複数のペプチドは治療されるべき腫瘍に依存する場合がある。上記ワクチンは更に樹状細胞等の抗原提示細胞を含んでもよく、より詳細には、該ペプチドでパルス又はロードされ、該ペプチド（従って腫瘍）に対してT細胞免疫を刺激する細胞ワクチンとして用いられる樹状細胞を含んでもよい。
【０１２６】
本発明の医薬組成物の投与は、静脈内、皮下、筋肉内、腹腔内、腫瘍内、経口、直腸の、膣の、膀胱内の、及び吸入投与を含む、任意の適切な経路を介して果たされうるが、これに限定されるものではない。またこれらの内、静脈内及び腫瘍内投与が最も好ましいとされる。上記組成物は、特に、組成物の安定性を促進する及び／又はその最終使用のために、任意の他の適切な要素をさらに含む可能性がある。従って、本発明の組成物の適切な製剤は多種多様存在する。以下の製剤及び方法は単なる典型例であり、これに限定するものではない。
【０１２７】
望ましい場合には、上記医薬組成物は追加の治療上の又は生物学的に活性を有する薬剤も含む可能性がある。例えば、特定の適応症の治療において有用な治療的要素が存在する可能性がある。イブプロフェン又はステロイド等の炎症を制御する要素が、医薬組成物のin vivo投与及び生理学的な困難性と関連した腫れ及び炎症を軽減する組成物の一部である可能性がある。
【０１２８】
担体は典型的には液体であるが、固体、又は液体及び固体成分の組み合わせであってもよい。担体は生理学的に許容される（例えば、医薬的又は薬理学的に許容される）担体（例えば、賦形剤又は希釈液）であることが望ましい。生理学的に許容される担体は周知であり容易に入手できる。担体の選択は、少なくとも部分的には、標的組織及び／又は細胞の部位、並びに組成物を投与するのに使用される特定の方法によって決定されるであろう。
【０１２９】
一般的には、そのような組成物は液体溶液又は懸濁液のいずれかである注入物質として調製され得るが、注入前に液体を加えることで溶液又は懸濁液を調製するのに適した固形物として調製することもできるし、乳化された製剤であってもよい。注入使用に適した製剤処方は、無菌の水性溶液又は分散液；既知のタンパク質安定剤及びリオプロテクタントを含む製剤、ゴマ油、ピーナッツ油又は水性プロピレングリコールを含む製剤、及び無菌の注入可能な溶液又は分散液の即時調製のための無菌の粉末を含む。全ての場合において、製剤は無菌で容易に注入ができる程度に流動的でなければならない。それは製造及び保存の条件下で安定でなければならないし、細菌及び真菌等の微生物の混入汚染に対して保護されなければならない。遊離塩基又は薬理学的に許容される塩としての活性化合物の溶液は、水中、好適にはヒドロキシセルロース等の界面活性剤と適切に混合された水中で調製することができる。分散液は、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、及びそれらの混合物、並びに油の中でも調製することが可能である。保存及び使用の通常の条件下において、これらの製剤は微生物の増殖を防ぐために保存剤を含む。
【０１３０】
本発明におけるペプチドは、中性又は塩形態において組成物へ処方することができる。医薬的に許容される塩としては、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基と形成される）が挙げられ、それは例えば、塩酸若しくはリン酸等の無機酸、又は酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸等の有機酸とともに形成される。遊離型カルボキシル基と形成された塩もまた、例えば水酸化ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、又は第二鉄等の無機塩基、並びにイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカイン等の有機塩基に由来するものであってよい。
【０１３１】
非経口投与に適した製剤としては、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、及び製剤を対象となる者の血液と等張にする溶質を含んでもよい水性及び非水性の等張で無菌の注入溶液、並びに懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、及び保護剤を含んでもよい水性及び非水性の無菌の懸濁液が挙げられる。上記製剤はアンプル及びバイアル等の封をされた容器に単回用量又は複数回用量で提供されてもよく、また、注入使用直前に、水等の無菌で液体の賦形剤を添加することのみを必要とする、凍結乾燥状態で保存することもできる。即時調製用の注入溶液及び懸濁液は、上述した無菌粉末、顆粒、及びタブレット等から調製することが可能である。本発明の好ましい実施形態において、ペプチドリガンド領域を含む複合体が注入のために処方される（例えば非経口投与）。この関連で、製剤は腫瘍内投与に適したものが望ましいが、静脈内注入、腹腔内注入、皮下注入等のために製剤化してもよい。
【０１３２】
望ましい場合において、本発明は、本発明におけるペプチドがポリエチレングリコール（PEG）とさらに結合した実施形態も提供する。PEGとの結合でこれらのポリペプチドの半減期周期を増加し、ポリペプチドの免疫原性及び抗原性を減少し、並びにそれらの生物活性を改善することができる。もし使用される場合は、任意の適切なPEG結合法を使用することができる。PEG結合法の例として、メトキシ−PEGをペプチド内の利用可能なアミノ基、又はヒスチジン若しくはシステイン等のその他の反応部位と反応させる方法が挙げられるが、これに限定されるものではない。更に、組換えDNA法を使用して、PEG反応基をもつアミノ酸をペプチドリガンド領域を含む複合体へ付加することができる。更に、ペプチドリガンド領域含有結合分子における所定の部位に付加されたPEG分子がin vivoで解放される、ポリペプチドのPEG化等の解放可能及び複合型のPEG化戦略を本発明の態様に従って使用することができる。PEG結合法の例は当該分野において公知である。Greenwald et al.、Adv. Drug Delivery Rev. 55：217−250（2003）等を参照されたい。
【０１３３】
吸入による投与に適した製剤はエアロゾル製剤を含む。前記エアロゾル製剤は、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、窒素等の加圧許容性の噴霧剤中に入れることができる。それらはまた、噴霧器又は霧吹きから運搬するために、加圧されない製剤として処方されることも可能である。
【０１３４】
肛門投与に適した製剤は、活性成分を、乳化基剤又は水溶性基剤等の多様な基剤と混合することによって、坐薬として調製することが可能である。膣投与に適した製剤は、活性成分に加えて当該分野において適切であることが知られる担体を含有する、ペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、泡状、又はスプレー処方として調製することが可能である。
【０１３５】
更に、本発明の組成物は、追加の治療上又は生物学的に活性型の薬剤を含む可能性がある。例えば、特定の適応症の治療において有用である治療要素が存在しうる。イブプロフェン又はステロイド等の炎症制御因子は、医薬組成物のin vivo投与と関連する腫れ及び炎症、並びに生理学的困難性を減じるために組成物の一部である可能性がある。
【０１３６】
吸入治療の場合、本発明の医薬組成物はエアロゾル形態であることが望ましい。固形である場合は、薬剤投与のためのエアロゾル及びスプレー発生器が利用可能である。これらの発生器は呼吸用又は吸入用の粒子を提供し、ヒト投与に適した早さで既定の量の薬物を含む一定量のエアロゾルを産生する。そのようなエアロゾル及びスプレー発生器の例は、当該分野において公知である定量吸入器及び吸入器を含む。液状であった場合、本発明の医薬組成物を任意の適切な機器によってエアロゾル化することができる。
【０１３７】
静脈内、腹腔内又は腫瘍内投与に関連して使用されるとき、本発明の医薬組成物は、活性型化合物の無菌の水性及び非水性の注入溶液、懸濁液又は乳濁液を含む可能性があり、それらの調製液は対象者の血液と等張であることが好ましい。これらの調製液は、抗酸化剤、緩衝剤、界面活性剤、共溶媒、静菌剤、組成物を対象者の血液と等張にする溶質、及び当該技術分野において公知である他の処方成分のうちの一以上を含む可能性がある。水性及び非水性の無菌懸濁液は、懸濁化剤及び増粘剤を含む可能性がある。上記組成物は、単位用量又は複数回用量として、封をされたアンプル及びバイアル等の容器で用意することができる。
【０１３８】
本発明の方法は併用療法の一部になる可能性もある。「併用療法」という用語は、本発明に従った治療薬剤の投与と、別の治療組成物の投与を、逐次又は同時に行うことを言い、結果としてそのような併用の有益な効果が、治療を受けていうる哺乳動物において認められるものである。本発明の任意の組成物の最適な用量は、当業者により知られる通常の方法によって定めることが可能である。
【０１３９】
適切な診断薬、治療薬、化学療法薬、放射性核種、ポリペプチド等を、抗体又はその断片へ連結又は結合する方法は、当該技術分野において十分に記述されている。例えば、本発明は、SPARC−放射性核種、SPARC−薬剤、SPARC−免疫調節剤又はSPARC−毒素複合物等の、SPARC−結合ポリペプチド、SPARCポリペプチド又は抗SPARCポリペプチド抗体複合物を提供する。ポリペプチド複合物を形成するために、任意の適切な方法を本発明に従い使用することが可能である。例えば、リジンのイプシロン−アミノ基等の、SPARCタンパク質における遊離アミノ基は、カルボジイミド(carodiimides)又は異性生物活性をもつ薬剤等と結合させることが可能であるが、これに限定されるものではない。或いは、ポリペプチドスルフヒドリル(suflhydryl)基等が結合に使用可能である。更に、糖タンパク質に又は抗SPARCポリペプチド抗体等の抗SPARC抗体に結合した糖成分は、当該技術分野で既知の多くの連結法において有用なアルデヒド基を形成するために酸化される可能性がある。本発明に従って形成された複合物は、in vivoにおいて安定、又は酵素的に分解可能なテトラペプチド結合若しくは酸に不安定なシス−アコニチル若しくはヒドラゾン結合などのように不安定である可能性がある。更に、適切な融合タンパク質をコードしている核酸が、GFP又は毒素融合タンパク質等の、連結ポリペプチドを産生することに用いられることがある。
【実施例】
【０１４０】
実施例１
本実施例では、PC3モデルにおいて、SPARC及びアブラキサン（登録商標）と抗血管新生薬スーテント（登録商標）との相互作用を示している。腫瘍体積は、アブラキサンのみ（15 mg/kg、５日間、毎日投与）、アブラキサン及びスーテント（スーテントは30 mg/kgで８週間、毎日投与）、アブラキサン及び外来SPARC（SPARCは0.2 mg/msで週２回、８週間投与）、並びに最終的にアブラキサン、スーテント及びSPARCを共に用い、治療を受けたマウスにおいて測量された。
【０１４１】
図１はこれらの試験条件における、腫瘍体積（mm3）を時間（日）に対しプロットしたグラフを示す。グラフより明らかなように、アブラキサン（登録商標）の投与によって実験期間中対照と比べ、著しく腫瘍の体積が減少している。アブラキサンをSPARCと共に投与したとき腫瘍体積はわずかに高く、これは、本実験系では外来のSPARC投与はアブラキサン（登録商標）を脱感作することを示している（実施例１で示されたように）。抗血管新生薬スーテントがSPARC及びアブラキサン（登録商標）と共に投与されたとき、SPARC／アブラキサン併用の有効性は顕著に改善される。
【０１４２】
図１は、アブラキサン（登録商標）を抗血管新生薬スーテント（登録商標）と共に投与することによって、アブラキサン（登録商標）のみ投与と比べ腫瘍体積の大幅な減少が起きることも示している。驚いたことに、外来のSPARCをアブラキサン（登録商標）及びスーテント（登録商標）と共に投与した場合、アブラキサン（登録商標）及びスーテント（登録商標）の相乗的作用の効果を幾分弱める。このことは、SPARCがスーテント（登録商標）の抗血管新生活性に対し反作用していることを示唆している。
【０１４３】
これらのデータは、SPARCがこれら特定の抗腫瘍薬剤を脱感作する作用機序が、血管新生活性を介していることを示唆している。
【０１４４】
実施例２
本実施例ではSPARCの血管新生作用の特徴を示している。
【０１４５】
組換えヒトSPARC及び遺伝的に操作された変異体を、中空繊維生物反応槽内で維持されたHEK293細胞を用い発現し精製した。rhSPARC及びその変異体の血管新生活性を、HUVEC管形成解析及びHUVEC芽形成ビーズ解析を用いて評価した。
【０１４６】
上記HUVEC管形成解析において、rhSPARCは10 μg/mLで血管新生促進性であり、100 μg/mLで抗血管新生性であった。管形成解析の結果は図２で見ることができる。芽形成解析においてrhSPARCの添加は、ペリサイトによって支持されるより成熟した血管を産生し、このことはSPARCの役割が血管新生自体の初期の刺激を越えて作用していることを示唆している。これらの解析で試験した欠失及び単一／二重アミノ酸置換を有する、追加のrhSPARC変異体は以下のものを含む：Q3欠失（BIO2）、推定血管新生領域の逆位（BIO5）、提唱されている血管新生領域における二重のK>Qへの置換（BIO11）、推定カテプシンK認識部位の遺伝的切除（BIO8）、及びrhSPARCのタンパク質分解産物。末端アミノ酸解析は、血管新生活性が配列番号１内に存在することを示している。
【０１４７】
実施例３
本実施例はSPARCの血管新生領域の同定を示している。
【０１４８】
SPARCのタンパク質分解産物を調製し、SPARC-dと命名した。SPARC-dはSPARCのC末端が切断された２つの形態の混合物である。図３はSPARC-dが野生型SPARCと並んで泳動されたSDS-PAGE解析を示す。図３のゲルでBと標識されたSPARC-dの主要な形態は、アミノ酸233〜286からなるC末端配列の一部を失ったものである（配列番号２）。
【０１４９】
図４は、野生型SPARC及びSPARC-Dを用いて行ったHUVEC三次元管形成解析の結果を示す。野生型SPARCの血管新生作用（前述の実施例に示される）がグラフ内に見て取れる。血管新生作用は濃度が10 ug/mlに近づくに従って増加し、さらに100 ug/mlに近づくにつれて減少する。しかしながら、SPARC-dの結果は、SPARCのC末端の切断はSPARC血管新生活性を消失させることを示している。
【０１５０】
この解析の結果に基づいて、SPARCの血管新生領域が、C末端の54アミノ酸配列（配列番号１）内に位置することを同定するのを可能にしている。
【０１５１】
本発明を記述することに関して（特に以下の特許請求の範囲に関して）、「a」及び「an」及び「the」並びに同様の指示対象の使用は、本明細書中で指示がない又は明らかに文脈と矛盾する場合を除き、単数及び複数の両方を対象とすると解釈されるべきである。「含む（comprising）」、「有する（having）」、「含む（including）」及び「含む（containing）」という用語は、特に指示の無い場合は、制約のない用語として解釈されるべきである（即ち、「を含むが、これに限定されるものではない」ということを意味する）。本明細書中の値の範囲の列挙は、本明細書中に特記のない限り、この範囲内に入る各個別の値は、それが本明細書中に個々に列挙されたかのように、本明細書中に組み込まれる。本明細書中に記載される全ての方法は、本明細書中に特記のない限り、又はさもなくば文脈により明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で実施されうる。本明細書中に提供される任意の全ての例、又は例示的語句（例えば、「等（such as）」）の使用は、本発明をより明確に説明することを意図するにすぎず、別途特許請求されない限り、本発明の範囲を限定しない。本明細書中のいかなる語句も、特許請求されていない任意の要素を本発明の実施に必須なものとして示していると解釈されるべきではない。
【０１５２】
本発明を実施するための本発明者らが知る最良の形態を含む、本発明の好ましい実施形態が本明細書中に記載されている。これらの好ましい実施形態のバリエーションは、前述の記載を読めば、当業者に明らかになり得る。本発明者らは、当業者が必要に応じてこのようなバリエーションを使用することを予期し、また本発明者らは、本明細書中に具体的に記載されたもの以外の方法で、本発明が実施されることを意図する。従って、本発明は、適用法により許容されるように、本明細書に添付された特許請求の範囲に列挙された対象の全ての改変物及び均等物を含む。更に、上記要素の全ての可能なバリエーションでの上記要素の任意の組み合わせが、本明細書中に特記のない限り、又はさもなくば文脈により明らかに矛盾しない限り、本発明により包含される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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