(57)【要約】  本開示は、Ｉ型ＩＦＮおよびＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイル、上記ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを同定するためのキットおよび方法を包含する。Ｉ型ＩＦＮおよびＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、例えば、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性障害を有する患者の治療法、Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療を受けている患者の疾患進行のモニター法、ＩＦＮαと結合してその活性を中和する治療剤を投与される候補として患者を同定する方法、およびＩＦＮα誘導性障害を有する患者を診断または予後診断することにおいても使用し得る。【選択図】図１
2013503642.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することを含み、少なくとも約４倍のｍＲＮＡ増加が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
【請求項２】
前記ｍＲＮＡが、健常患者由来のプール試料におけるＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡに比べて増加している、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ｍＲＮＡの増加が、前記試料中に存在する１つ以上の対照遺伝子のｍＲＮＡと比較したものである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記１つ以上の対照遺伝子が、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨおよび１８Ｓ  ｒＲＮＡから選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの増加を検出する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が、
１）前記被検体から得た試料からＲＮＡを単離することと、
２）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成することと、
３）前記ｃＤＮＡを、配列番号２５〜３２の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
４）前記ｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１３〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、前記被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することを含み、前記ｍＲＮＡの増加が以下の演算法：
【数１】
2013503642.tif 000027
であり；
【数２】
2013503642.tif 000028
に従って算出され、かつ約７．６のΔＣｔＩＦＮが前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
【請求項１３】
前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が、
１）前記被検体から得た試料からＲＮＡを単離することと、
２）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成することと、
３）前記ｃＤＮＡを、配列番号２５〜３５の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
４）前記ｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療するための方法であって、
ａ）前記被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することにより、治療に適した被検体を同定し、少なくとも約４倍のｍＲＮＡの増加が治療に適した被検体を示すことと、
ｂ）前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
【請求項１９】
前記ｍＲＮＡの増加が、健常患者由来のプール試料におけるＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡと比較したものである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記ｍＲＮＡの増加が、前記試料中に存在する１つ以上の対照遺伝子のｍＲＮＡと比較したものである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記１つ以上の対照遺伝子が、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨおよび１８Ｓ  ｒＲＮＡから選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの増加を検出する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が、
１）前記被検体から得た試料からＲＮＡを単離することと、
２）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成することと、
３）前記ｃＤＮＡを、配列番号２５〜３２の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
４）前記ｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２７】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１３〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２８】
Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、
ａ）前記被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出し、前記ｍＲＮＡの増加が以下の演算法：
【数３】
2013503642.tif 000029
であり；
【数４】
2013503642.tif 000030
に従って算出され、かつ約７．６のΔＣｔＩＦＮが、ＩＦＮα活性を調節する薬剤による治療に適した被検体を示すことと、
ｂ）前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
【請求項２９】
前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が、
１）前記被検体から得た試料からＲＮＡを単離することと、
２）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成することと、
３）前記ｃＤＮＡを、配列番号２５〜３５の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
４）前記ｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３３】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項１６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、その内容全体が参照により組み込まれる、２００９年９月３日に出願された米国特許仮出願第６１／２３９，６３０号に対する優先権を主張する。
【０００２】
配列表
本願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出され、かつその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、配列表を含む。２０１０年９月１日に作成されたＡＳＣＩＩコピーはＭＥＤ２１７Ｔ４．ｔｘｔという名称で、２８，６６５バイトの大きさである。
【０００３】
本開示は、インターフェロン（ＩＦＮ）アルファのようなＩ型インターフェロンにより誘導可能な薬力学（ＰＤ）マーカー、ＰＤマーカーを検出するプローブおよびキット、ならびにその使用法に関する。さらに本開示は、自己免疫疾患により誘導されるＰＤマーカーに関する。さらに本開示は、その発現が自己免疫疾患、例えばＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃ、ＲＡ、シェーグレン症候群およびループス腎炎などに罹患している患者の診断法として使用し得る遺伝子に関する。さらに本開示は、その発現が、抗インターフェロンアルファ抗体のようなＩ型インターフェロン活性を調節する治療剤に応答する自己免疫疾患に罹患している患者を同定するために使用し得る遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００４】
本開示は、ＩＦＮαにより誘導されるＰＤマーカーを包含する。ＰＤマーカーは、治療剤、Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤、例えばＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤などにより患者を治療する方法、Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する方法、患者をＩ型インターフェロンまたはＩＦＮαレベルの増加と関連した障害を有すると診断する方法、Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤、例えばＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤などによる治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法、およびＩＦＮα仲介性障害の治療のための候補治療剤を同定する方法において使用し得る。また本開示は、他に自己免疫疾患、例えばＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃ、ＲＡ、シェーグレン症候群およびループス腎炎などに関与するＰＤマーカーも包含する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本開示の一実施形態は、Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤、例えばＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤およびＩ型インターフェロンまたＩＦＮαの受容体と結合する薬剤などのための候補として患者を同定する方法を包含する。ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの有無は、患者由来の試料中で検出する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【０００６】
本開示の別の実施形態は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性疾患または障害を有する患者の治療法を包含する。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、Ｉ型インターフェロンまたはＩＦＮαの受容体と結合する。薬剤は、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【０００７】
本開示のさらに別の実施形態は、中程度のまたは強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαＰＤマーカープロファイルを含む自己免疫疾患患者の治療法を包含する。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、Ｉ型インターフェロンまたはＩＦＮαの受容体と結合する。薬剤は、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【０００８】
本開示のさらなる実施形態は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの中和を、それを必要とする患者において行う方法を包含する。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、Ｉ型インターフェロンまたはＩＦＮαの受容体と結合する。薬剤は、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【０００９】
本開示の別の実施形態は、患者をＩＦＮαレベルの増加と関連した障害を有すると診断する方法を包含する。ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの有無を、患者由来の試料中で検出する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【００１０】
本開示のさらなる実施形態は、ＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤による治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法を包含する。第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを患者由来の第一の試料で得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、Ｉ型インターフェロンまたはＩＦＮαの受容体と結合する。第二のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを患者由来の第二の試料から得る。第一と第二のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを比較する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【００１１】
本開示のさらに別の実施形態は、ＩＦＮα仲介性障害を治療するための候補薬剤の同定法を包含する。ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させる。細胞のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出する。ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【００１２】
本開示のさらなる実施形態は、オリゴヌクレオチドのセットを包含する。オリゴヌクレオチドのセットは、遺伝子セットの発現を特異的に検出するオリゴヌクレオチドを含み得る。特定の実施形態では、遺伝子セットは：（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６であり得る。
【００１３】
本開示のさらなる実施形態は、１８Ｓ、ＡＣＴＢおよびＧＡＰＤＨを特異的に検出するオリゴヌクレオチドを包含する。
【００１４】
本開示の別の実施形態は、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つならびに１８Ｓ、ＡＣＴＢおよびＧＡＰＤＨを特異的に検出するためのオリゴヌクレオチドと、検出に適した試薬とを含むキットである。
【００１５】
本開示の別の実施形態は、試料中のＩＦＮ活性の検出法を包含する。ＩＦＮ刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含む細胞を、試料と共にインキュベートする。レポーター遺伝子の発現を検出する。
【００１６】
本開示のさらなる実施形態は、患者の自己免疫障害の進行または退行をモニターする方法を包含する。第一のＰＤマーカー発現プロファイルを患者の第一の試料から得る。第二のＰＤマーカー発現プロファイルを患者の第二の試料から得る。第一と第二のＰＤマーカー発現プロファイルを比較する。第一と第二のＰＤマーカー発現プロファイルの間の差異が疾患の進行または退行を示す。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
【図１】診断に使用した４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）サインに対する受診者動作特性（ＲＯＣ）曲線を示す図である。このプロットは、１８２日目および１９６日目における一次臨床エンドポイントを用いた、ＳＬＥ治療患者の感度（真陽性率）と１−特異度（偽陽性率）間のトレードオフを示している。
【図２Ａ】４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）サインに基づく試験を用いた、ＳＬＥにおける診断試験の陽性患者と陰性患者間の明確な境界を示す図である。（Ａ）試験陰性および試験陽性患者に対してＡｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのｑＲＴ−ＰＣＲ  ＴａｑＭａｎ低密度アレイ（ＴＬＤＡ）プラットフォームを用いた平均ｌｏｇ２変化倍数を示す。（Ｂ）薬物治療を行ったＳＬＥ患者に対する遺伝子サイン値の平均ｌｏｇ２変化倍数密度のプロットである。
【図２Ｂ】４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）サインに基づく試験を用いた、ＳＬＥにおける診断試験の陽性患者と陰性患者間の明確な境界を示す図である。（Ａ）試験陰性および試験陽性患者に対してＡｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのｑＲＴ−ＰＣＲ  ＴａｑＭａｎ低密度アレイ（ＴＬＤＡ）プラットフォームを用いた平均ｌｏｇ２変化倍数を示す。（Ｂ）薬物治療を行ったＳＬＥ患者に対する遺伝子サイン値の平均ｌｏｇ２変化倍数密度のプロットである。
【図３Ａ】プラセボまたは０．３／１／３／１０ｍｇ／ｋｇのＭＥＤＩ−５４５のコホートにおける４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）サイン（Ａ）陽性または（Ｂ）陰性ＳＬＥ患者の対時間曲線下面積マイナスベースラインＳＬＥＤＡＩスコアである。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図３Ｂ】プラセボまたは０．３／１／３／１０ｍｇ／ｋｇのＭＥＤＩ−５４５のコホートにおける４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）サイン（Ａ）陽性または（Ｂ）陰性ＳＬＥ患者の対時間曲線下面積マイナスベースラインＳＬＥＤＡＩスコアである。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図４Ａ】ＳＥＬＤＡＩ応答、４ポイント以上の減少（改善）。Ａ．診断陽性。Ｂ．診断陰性。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図４Ｂ】ＳＥＬＤＡＩ応答、４ポイント以上の減少（改善）。Ａ．診断陽性。Ｂ．診断陰性。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図５Ａ】ベースライン後のＤｘにおいて５０％超の減少および５０％未満の減少を有するＤｘ＋被検者におけるＥＬＤＡＩ応答、４ポイントを超える減少（改善）。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図５Ｂ】ベースライン後のＤｘにおいて５０％超の減少および５０％未満の減少を有するＤｘ＋被検者におけるＥＬＤＡＩ応答、４ポイントを超える減少（改善）。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図６Ａ】複合応答を示す図である。Ａ）４遺伝子サインに対して陽性の患者の複合応答。Ｂ）４遺伝子サインに対して陰性の患者の複合応答。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図６Ｂ】複合応答を示す図である。Ａ）４遺伝子サインに対して陽性の患者の複合応答。Ｂ）４遺伝子サインに対して陰性の患者の複合応答。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図７Ａ】ＳＬＥＤＡＩ曲線下面積マイナスベースラインを示す図である。Ａ）４遺伝子サインに対して陽性の患者。Ｂ）４遺伝子サインに対して陰性の患者。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図７Ｂ】ＳＬＥＤＡＩ曲線下面積マイナスベースラインを示す図である。Ａ）４遺伝子サインに対して陽性の患者。Ｂ）４遺伝子サインに対して陰性の患者。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図８Ａ】ベースラインからのＳＬＥＤＡＩの変化を示す図である。Ａ）４遺伝子サインに対して陽性の患者。Ｂ）４遺伝子サインに対して陰性の患者。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図８Ｂ】ベースラインからのＳＬＥＤＡＩの変化を示す図である。Ａ）４遺伝子サインに対して陽性の患者。Ｂ）４遺伝子サインに対して陰性の患者。すべてのデータは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究から得られたものである。すべてのＳＬＥ被検者は予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。
【図９Ａ】Ｉ型ＩＦＮサインの５０％超の抑制を有する被検者はより高いＳＬＥＤＡＩ応答（４ポイント超の減少）を有する。Ａ）１ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｂ）３ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｃ）１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ。
【図９Ｂ】Ｉ型ＩＦＮサインの５０％超の抑制を有する被検者はより高いＳＬＥＤＡＩ応答（４ポイント超の減少）を有する。Ａ）１ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｂ）３ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｃ）１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ。
【図９Ｃ】Ｉ型ＩＦＮサインの５０％超の抑制を有する被検者はより高いＳＬＥＤＡＩ応答（４ポイント超の減少）を有する。Ａ）１ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｂ）３ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｃ）１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ、ｑ２ｗｋｓ。
【図１０Ａ】Ｉ型ＩＦＮサインの５０％未満の抑制を有する被検者はより低いＳＬＥＤＡＩ応答（４ポイント超の減少）を有する。Ａ）１ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｂ）３ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｃ）１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ。
【図１０Ｂ】Ｉ型ＩＦＮサインの５０％未満の抑制を有する被検者はより低いＳＬＥＤＡＩ応答（４ポイント超の減少）を有する。Ａ）１ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｂ）３ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｃ）１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ。
【図１０Ｃ】Ｉ型ＩＦＮサインの５０％未満の抑制を有する被検者はより低いＳＬＥＤＡＩ応答（４ポイント超の減少）を有する。Ａ）１ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｂ）３ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ、Ｃ）１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ、ｑ２ｗｋｓ。
【図１１Ａ】様々な疾患における５遺伝子サインを示す図である。Ａ）正常、ＳＬＥ、ＳＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ由来の全血における遺伝子サイン。Ｂ）正常皮膚、ＳＬＥ皮膚、ＳＳｃ皮膚、正常筋肉、ＤＭ筋肉、ＰＭ筋肉、正常滑膜組織における遺伝子サイン。
【図１１Ｂ】様々な疾患における５遺伝子サインを示す図である。Ａ）正常、ＳＬＥ、ＳＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ由来の全血における遺伝子サイン。Ｂ）正常皮膚、ＳＬＥ皮膚、ＳＳｃ皮膚、正常筋肉、ＤＭ筋肉、ＰＭ筋肉、正常滑膜組織における遺伝子サイン。
【図１２Ａ】様々な疾患における４遺伝子サインを示す図である。Ａ）正常、ＳＬＥ、ＳＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ由来の全血における遺伝子サイン。Ｂ）正常皮膚、ＳＬＥ皮膚、ＳＳｃ皮膚、正常筋肉、ＤＭ筋肉、ＰＭ筋肉、正常滑膜組織における遺伝子サイン。
【図１２Ｂ】様々な疾患における４遺伝子サインを示す図である。Ａ）正常、ＳＬＥ、ＳＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ由来の全血における遺伝子サイン。Ｂ）正常皮膚、ＳＬＥ皮膚、ＳＳｃ皮膚、正常筋肉、ＤＭ筋肉、ＰＭ筋肉、正常滑膜組織における遺伝子サイン。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
本開示は、患者における疾患進行を同定、診断、治療およびモニターする方法を包含する。患者には、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性疾患、障害または状態を有する任意の動物が含まれる。患者には、自己免疫疾患または障害または状態を有する任意の動物が含まれる。自己免疫疾患／障害／状態としては、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎およびセリアック病を含む）、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、封入体筋炎（ＩＢＭ）、皮膚筋炎（ＤＭ）、多発性筋炎（ＰＭ）、サルコイドーシス、強皮症およびループス腎炎が挙げられる。患者は、実験的研究の結果として疾患、障害または状態を有し得る、すなわち、患者は疾患、障害または状態のために開発された実験モデルであり得る。あるいは、患者は、実験的操作なしで疾患、障害または状態を有し得る。患者としては、ヒト、マウス、ラット、ウマ、ブタ、ネコ、イヌおよび研究に使用される任意の動物が挙げられる。
【００１９】
患者は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを有し得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、強いプロファイル、中程度のプロファイルまたは弱いプロファイルであり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、対照試料（１つまたは複数）または対照患者（単数または複数）に対する患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの制御不全倍数（例えば、患者における上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーの発現の増加倍数）を決定し、その患者の制御不全倍数をＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを有する他の患者のものと比較することにより、強い、中程度または弱いと命名することができる。制御不全倍数は、比較と同様に当該技術分野で公知の方法により算出することができる。例えば、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４７号の実施例８を参照されたい。一実施形態では、制御不全倍数は、ｍＲＮＡ発現レベルの変化倍数として算出する。強い、中程度のまたは弱いプロファイルは、特にＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ではない遺伝子に関して同様に作製し得る。
【００２０】
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子グループの上方または下方制御は、当該技術分野で公知の方法により算出することができる。一実施形態では、上方または下方制御を、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２から選択される少なくとも４つの遺伝子のグループのｍＲＮＡ発現レベルにおける平均変化倍数として算出する。別の実施形態では、上方または下方制御を、少なくとも４つの標的遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２）の平均Ｃｔ（サイクル閾値）と３つの対照遺伝子の平均Ｃｔとの間の差として算出する。
【００２１】
Ｉ．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイル
Ａ．診断遺伝子
患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６である。
【００２２】
特定の実施形態では、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２を含む。別の特定の実施形態では、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２からなる。さらなる特定の実施形態では、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２を含む。別の特定の実施形態では、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２からなる。
【００２３】
発現プロファイルにおけるＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーは、（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６を含み得る。
【００２４】
発現プロファイルにおけるＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーは、（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６からなり得る。
【００２５】
Ｂ．血清タンパク質
発現プロファイルにおけるＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーは、アディポネクチン、アルファ−フェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ−２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ  ＲＩＩ、ＴＮＦ−アルファ、ＶＣＡＭ−１、ｖＷＦ、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳまたはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのいずれか１つ以上における変化を含み得る。
【００２６】
発現プロファイルにおけるＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーは、アディポネクチン、アルファ−フェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ−２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ  ＲＩＩ、ＴＮＦ−アルファ、ＶＣＡＭ−１またはｖＷＦの血清タンパク質レベルのいずれか１つ以上における変化を含み得る。
【００２７】
発現プロファイルにおけるＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーは、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳまたはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのいずれか１つ以上における変化を含み得る。
【００２８】
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、ベースラインに比べて上昇したＩＦＮαレベルに曝露された細胞における遺伝子の上方制御された発現または活性を含み得る。遺伝子の上方制御された発現または活性としては、遺伝子からのｍＲＮＡの発現増加、遺伝子によりコードされるタンパク質の発現増加または遺伝子によりコードされるタンパク質の活性増加が挙げられる。遺伝子の発現または活性は、ＩＦＮαに対する直接的または間接的応答として上方制御され得る。
【００２９】
Ｃ．インターフェロンサブタイプ
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含む患者は、任意の数のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプの発現の上方制御をさらに含み得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプは、任意の２個以上、２個超、３個超、４個超、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超または１０個超のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβまたはＩＦＮωを含み得る。患者は、ＩＦＮサブタイプＦＮα１、ＦＮα２、ＩＦＮα８およびＩＦＮα１４の発現の上方制御を含み得る。
【００３０】
あるいは、本開示に包含される方法で治療する患者は、単に任意の数のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプの発現の上方制御を有する遺伝子発現プロファイル含むと同定される患者であり得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプは、任意の２個以上、２個超、３個超、４個超、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超または１０個超のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβまたはＩＦＮωを含み得る。これらのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８およびＩＦＮα１４を含み得る。
【００３１】
Ｄ．ＩＦＮ−α受容体
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含む患者は、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれかまたはその両方のＩＦＮα受容体、またはＴＮＦαまたはＩＦＮγまたはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２、またはＩＦＮＧＲ１とＩＦＮＧＲ２の両方）の発現の上方制御をさらに含み得る。患者は、単にＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれかまたはその両方のＩＦＮα受容体、またはＴＮＦαまたはＩＦＮγまたはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２、またはＩＦＮＧＲ１とＩＦＮＧＲ２の両方）の発現の上方制御を含む患者として同定され得る。
【００３２】
ＩＩ．上方制御
患者の発現プロファイルにおけるＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーの上方制御または下方制御は、対照由来の試料（患者の疾患組織でない試料（例えば、乾癬患者の非病変皮膚）由来または疾患もしくは障害に罹患していない健常者由来であり得る）のものに比べて任意の程度であり得るか、またはその発現が疾患により変化しない患者由来遺伝子（いわゆる「ハウスキーピング」遺伝子）のものと比べたものであり得る。
【００３３】
上方制御または下方制御の程度は、対照または対照試料の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％以上であり得る。
【００３４】
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、ＰＤマーカーに含まれる遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出し得る。またＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、４つの標的遺伝子の平均Ｃｔ（サイクル閾値）と３つの対照遺伝子の平均Ｃｔとの間の差としても算出し得る。
【００３５】
遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数は、少なくとも約２と少なくとも約１５の間、少なくとも約２と少なくとも約１０の間、または少なくとも約２と少なくとも約５の間であり得る。遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数は、少なくとも約２、少なくとも約２．５、少なくとも約３、少なくとも約３．５、少なくとも約４、少なくとも約４．５、少なくとも約５、少なくとも約５．５、少なくとも約６、少なくとも約６．５、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９または少なくとも約１０であり得る。
【００３６】
発現増加の程度により、自己免疫疾患に罹患しているサイン陽性およびサイン陰性患者を同定するための変化倍数カットオフの同定が可能となる。一実施形態では、カットオフは少なくとも約２である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約２．５である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約３である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約３．５である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約４である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約４．５である。別の実施形態では、カットオフは、少なくとも３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４．０、４．１、４．２、４．３、４．４および４．５から選択される。別の実施形態では、カットオフは約２と約８の間である。一実施形態では、カットオフは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つの発現レベル増加の平均である。別の実施形態では、カットオフは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つの発現レベル増加の中央値である。
【００３７】
また発現増加の程度により、自己免疫疾患に罹患しているサイン陽性およびサイン陰性患者を同定するためのデルタＣｔカットオフの同定も可能となる。一実施形態では、カットオフは少なくとも約７．６である。別の実施形態では、カットオフは７．５６である。変化倍数カットオフを用いて適当なデルタＣｔカットオフを決定し得る（例えば、１＜変化倍数のｌｏｇ２＜３は、８．６５〜６．５６のデルタＣｔ範囲に対応する）。したがって、別の実施形態では、デルタＣｔカットオフは約６．５６〜約８．５６の間である。
【００３８】
さらに、患者はＩ型ＩＦＮサブタイプを、対照のＩ型ＩＦＮサブタイプの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または５００％過剰発現するか、または過剰発現する組織を有し得る。Ｉ型ＩＦＮサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβまたはＩＦＮωのいずれか１つであり得る。Ｉ型ＩＦＮサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８およびＩＦＮα１４をすべて含み得る。
【００３９】
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける、プローブまたはキット中のプローブにより試料中で検出される任意の遺伝子の発現または活性の上方制御は、対照細胞、例えば、健常志願者の細胞、または対照動物の細胞、または培養中でＩＦＮαに曝露されていない細胞のベースラインレベルに比べて、少なくとも１．２倍、少なくとも１．２５倍、少なくとも１．３倍、少なくとも１．４倍、少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．２５倍、少なくとも２．５倍、少なくとも２．７５倍、少なくとも３．０倍、少なくとも３．５倍、少なくとも４．０倍、少なくとも４．５倍、少なくとも５．０倍、少なくとも６．０倍、少なくとも７．０倍、少なくとも８．０倍、少なくとも９．０倍、少なくとも１０．０倍、少なくとも１５．０倍、少なくとも２０．０倍、少なくとも２５．０倍または少なくとも５０．０倍であり得る。ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイル中のすべての遺伝子は、同じ増加倍数の上方制御された発現または活性を有し得る。あるいは、ＰＤマーカー発現プロファイル中の遺伝子は、異なるレベルの上方制御された発現または活性を有し得る。
【００４０】
Ａ．上方制御の測定
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、当該技術分野で公知の任意の手段により決定し得る。例えば、遺伝子発現の上方または下方制御は、ｍＲＮＡレベルを決定することにより検出し得る。ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロット法、スロットブロット法、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または遺伝子チップハイブリダイゼーション技術により決定し得る。例えば、遺伝子チップハイブリダイゼーション技術のための核酸アレイ作製の例として、米国特許第５，７４４，３０５号および同第５，１４３，８５４号を参照されたい。遺伝子発現測定のためのＴＡＱＭＡＮ（登録商標）法の使用法の例として、Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎ  ＨＥＫ−２９３  ｃｅｌｌ  ｌｉｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  ａｕｔｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌｙ  ｔａｇｇｅｄ  β−ａｃｔｉｎ（ｐＥＹＦＰ−ＡＣＴＩＮ）ａｎｄ  ｔｈｅ  ｎｅｕｒｏｋｉｎｉｎ  ｔｙｐｅ  １  ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＮＫ１−Ｒ）Ｈｒｏｖａｔ，Ａ；Ｚａｖｅｃ，ＡＢ；Ｐｏｇａｃｎｉｋ，Ａ；Ｆｒａｎｇｅｚ，Ｒ；Ｖｒｅｃｌ，Ｍ  ２０１０  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ＆  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  １，５５−６９，Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｏｆ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ａｎｄ  ａｎｔｉａｐｏｐｔｏｔｉｃ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｓｐｏｒａｄｉｃ  ａｎｄ  ｃｏｌｉｔｉｓ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｍｏｕｓｅ  ｃｏｌｏｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｍｏｄｅｌｓ  Ｓｖｅｃ，Ｊ；Ｅｒｇａｎｇ，Ｐ；Ｍａｎｄｙｓ，Ｖ；Ｋｍｅｎｔ，Ｍ；Ｐａｃｈａ，Ｊ  ２０１０  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  １，４４−５３、およびＰｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｅｍｏｄｉｎ  ａｎｄ  ｄｉｃｈｌｏｒｏ−ｒｉｂｏｆｕｒａｎｏｓｙｌｂｅｎｚｉｍｉｄａｚｏｌｅ  ｍｏｄｕｌａｔｅ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ｃｉｓｐｌａｔｉｎ  ｉｎ  ａ  ｓｃｈｅｄｕｌｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｍａｎｎｅｒ  Ｋｕｒｏｋａｗａ，Ｔ；Ｈｅ，ＧＡ；Ｓｉｄｄｉｋ，ＺＨ  ２０１０  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  ａｎｄ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ３，４２７−４３６を参照されたい。
【００４１】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）において標的と選択的に結合するプライマーは、ＰＣＲ反応においてハイブリダイズし、かつバックグラウンド上に標的を検出する十分なシグナルを生じるプライマーを実験的に決定することに基づいて選択し得るか、またはＭａｎｉａｔｉｓら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，第２版，第１１．４６節，１９８９に記載されているように、プライマー：標的二重鎖の融解温度を用いて予測し得る。同様に、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）または関連する方法においてＰＣＲ産物を検出するためのプローブを、実験的に選択または予測し得る。このようなプライマーおよびプローブ（まとめて「オリゴヌクレオチド」）は、長さが１０〜３０ヌクレオチドの間であるか、またはそれを超え得る。
【００４２】
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、タンパク質レベルを検出することにより決定し得る。タンパク質発現レベルを検出するための方法としては、酵素結合免疫吸着測定法のような免疫ベースのアッセイ、ウエスタンブロット法、タンパク質アレイおよび銀染色が挙げられる。
【００４３】
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、タンパク質活性のプロファイルを含み得る。ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、検出可能なリン酸化活性、脱リン酸化活性または切断活性を含むがこれらに限定されないタンパク質活性を検出することにより決定し得る。さらに、ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、これらの遺伝子発現レベルまたは活性の任意の組合せを検出することにより決定し得る。
【００４４】
ＩＩＩ．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性疾患、障害または状態
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性疾患、障害または状態は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαのＰＤマーカー発現プロファイルまたは遺伝子サインを示す任意のものである。ＰＤマーカー発現プロファイルおよび遺伝子サインは同等のものであることが理解されるであろう。上記疾患、障害または状態としては、自己免疫的要素を有するもの、例えば全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎およびセリアック病を含む）、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、封入体筋炎（ＩＢＭ）、皮膚筋炎、多発性筋炎、ループス腎炎およびサルコイドーシスなどが挙げられる。その他の疾患、障害または状態としては、移植片対宿主病および移植拒絶反応が挙げられる。
【００４５】
Ａ．患者の症状
患者は、例えば国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４１号で論じられている数多くの症状のうちの任意のものも示し得るか、または同明細書で論じられている臨床的ＳＬＥＤＡＩスコアまたはＢＩＬＡＧスコアを有し得る。これらの症状は、疲労、器官損傷、頬部紅斑および脱毛症を含み得る。患者は、既知の臨床スコアリングシステム、例えば、過去１０日以内に測定および評価される、ＳＬＥ疾患活動性の指標であるＳＬＥＤＡＩ（Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒ  Ｃ，Ｇｌａｄｍａｎ  Ｄ  Ｄ，Ｕｒｏｗｉｔｚ  Ｍ  Ｂ，Ｃａｒｏｎ  Ｄ，Ｃｈａｎｇ  Ｃ  Ｈおよびｔｈｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｉｎ  ＳＬＥ：Ｄｅｒｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＳＬＥＤＡＩ  ｆｏｒ  Ｌｕｐｕｓ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ３５：６３０−６４０，１９９２）を用いてスコア化し得る。ＳＬＥＤＡＩスコアリングシステムでの疾患活動性は０〜１０５の範囲であり得る。以下のＳＬＥＤＡＩ活動性のカテゴリーが定められている：無活動性（ＳＬＥＤＡＩ＝０）；軽度の活動性（ＳＬＥＤＡＩ＝１〜５）；中等度の活動性（ＳＬＥＤＡＩ＝６〜１０）；高度の活動性（ＳＬＥＤＡＩ＝１１〜１９）；非常に高度の活性（ＳＬＥＤＡＩ＝２０以上）（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら，Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｌｕｐｕｓ  Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  Ｌｕｐｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｉｎｄｉｃｅｓ）。もう１つの疾患スコアリング指標は、８種類の器官系：全身、粘膜皮膚系、神経系、筋骨格系、心血管系、呼吸器系、腎臓系および血液系の結果における特定の臨床症状に基づくＳＬＥの活動性指標であるＢＩＬＡＧ指標である。スコアリングは文字形式に基づくが、各文字に加重した数値スコアを割り当てることも可能であり、これにより０〜７２の範囲でＢＩＬＡＧスコアを算出することが可能となる（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら，Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｌｕｐｕｓ  Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  Ｌｕｐｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｉｎｄｉｃｅｓ）。その他のスコアリング指標としては、ＰＧＡスコア、複合応答指標（ＣＲＩ）およびＡＮＡＭ４（商標）試験が挙げられる。本明細書に記載されている、例えば自己免疫障害治療の方法は、当該技術分野で公知の任意の分類法により測定される疾患活動性の任意の活動性レベル、例えば、軽度、中等度、高度または非常に高度の活動性レベルを有すると同定される任意の被検体に対して使用し得る。本明細書に記載されている、例えば自己免疫障害治療の方法は、患者の症状の減少をもたらし得るか、または患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性疾患、障害または状態に対する疾患スコアの改善をもたらし得る。
【００４６】
ＩＶ．治療剤
治療剤を患者に投与し得るか、または患者を薬剤もしくは治療剤投与のための候補として同定し得る。治療剤はＩ型インターフェロンまたはＩＦＮα活性を調節し得る。適切な治療剤は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する分子を含む。適切な治療剤は、Ｉ型インターフェロンまたはＩＦＮαの受容体と結合してその活性を調節する分子を含む。治療剤は低分子または生物学的薬剤であり得る。治療剤が低分子である場合、それを合成するか、または天然源から同定および単離し得る。
【００４７】
治療剤が生物学的薬剤である場合、それはＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαの任意のサブタイプ（単数または複数）に対して特異的な抗体であり得る。例えば、抗体は、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβまたはＩＦＮωに対して特異的であり得る。あるいは、抗体は、任意の２個、任意の３個、任意の４個、任意の５個、任意の６個、任意の７個、任意の８個、任意の９個、任意の１０個、任意の１１個、任意の１２個のＩＦＮαサブタイプのＩ型ＩＦＮに対して特異的であり得る。抗体が２個以上のＩ型ＩＦＮサブタイプに対して特異的である場合、その抗体はＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０およびＩＦＮα２１に対して特異的であり得る；またはそれはＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８およびＩＦＮα１０に対して特異的であり得る；またはそれはＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８およびＩＦＮα２１に対して特異的であり得る；またはそれはＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα１０およびＩＦＮα２１に対して特異的であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに対して特異的な抗体としては、ＭＥＤＩ−５４５、ＭＥＤＩ−５４５以外の任意の生物学的薬剤または抗体、２００４年１０月１０日に出願された米国特許出願第１１／００９，４１０号および２００５年６月２０日に出願された同第１１／１５７，４９４号に記載の抗体、ならびに米国特許第７，０８７，７２６号に記載の９Ｆ３およびその他の抗体（実施例１および実施例２、表３および表４に開示されているもの、および／または５６段２５〜５４行目の「Ｄｅｐｏｓｉｔ  ｏｆ  Ｍａｔｅｒｉａｌ」と題される表に開示されているもの）、ＮＫ−２およびＹＯＫ５／１９（国際公開第８４／０３１０５号）、ＬＯ−２２（米国特許第４，９０２，６１８号）、１４４ＢＳ（米国特許第４，８８５，１６６号）、ならびにＥＢＩ−１、ＥＢＩ−２およびＥＢＩ−３（欧州特許第１１９４７６号）が挙げられる。ＩＦＮα活性を調節する治療剤は、ＩＦＮα活性を中和し得る。当業者は、上記生物学的薬剤の調製および製剤化、ならびにその投与法を十分に理解している。
【００４８】
ＭＥＤＩ−５４５は、大部分のインターフェロン‐アルファ（ＩＦＮ−α）サブタイプと結合する、完全ヒト、１４７，０００ダルトンのＩｇＧ１ｋモノクローナル抗体（Ｍａｂ）である。ＭＥＤＩ−５４５は１００％ヒトタンパク質配列から作製されることにより、完全ヒトモノクローナル抗体となる。完全ヒトモノクローナル抗体は、より好ましい安全性プロファイルを有し得、かつヒト体内から遅い速度で排除されることにより投与の頻度をおそらく減らし得るということから、キメラおよびヒト化抗体のような他の形態のモノクローナル抗体よりも優れた利点を有し得る。ＭＥＤＩ−５４５は１ＩｇＧ４κ抗体である１３Ｈ５から誘導されたものであり、１３Ｈ５は潜在的な治療剤の最も望ましい特性を有するとして機能アッセイに基づき選択された。次いで１３Ｈ５はＩｇＧ１抗体アイソタイプに変換されて、ＣＨＯ細胞中で産生され、最初はＭＤＸ−１１０３という名称でさらなる特徴付けおよび前臨床開発のために選択されたが、現在はＭＥＤＩ−５４５と呼ばれている。それぞれあらゆる目的でその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２００７／００１４７２４号；２００８年３月２５日に出願された、「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｗｉｔｈ  Ｄｅｃｒｅａｓｅｄ  Ｄｅａｍｉｄａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｅｓ」と題される国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０５８１３３号および２００８年３月２５日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０５８１３２号も参照されたい。
【００４９】
治療剤は、米国特許第７，６１９，０７０号および同第７，６６２，３８１号、ならびに国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３３３５８号に開示されているものを含めた、インターフェロン受容体に対する抗体であり得る。
【００５０】
Ａ．抗体
抗体は、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え作製抗体、細胞内抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（二重特異性ｓｃＦｖを含む）、ＢｉＴＥ分子、一本鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）または上記のいずれかのエピトープ結合フラグメントであり得る。抗体は、いずれかの免疫グロブリン分子または免疫グロブリン分子の活性部分であり得る。さらに、抗体は任意のアイソタイプであり得る。例えば、それはアイソタイプＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のいずれかであり得る。抗体は、可変および定常領域を含む完全長抗体、あるいはその抗原結合フラグメント、例えば一本鎖抗体またはＦａｂもしくはＦａｂ’２フラグメントであり得る。また抗体は、細胞毒素または放射性同位元素のような治療剤とコンジュゲートまたは連結されていてもよい。
【００５１】
治療法において、ＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤またはＩ型インターフェロンもしくはＩＦＮαの受容体と結合してその活性を調節する薬剤以外の第二の薬剤を患者に投与し得る。第二の薬剤としては、非ステロイド系抗炎症剤、例えばイブプロフェン，ナプロキセン，スリンダク，ジクロフェナク，ピロキシカム，ケトプロフェン、ジフルニサル，ナブメトン，エトドラクおよびオキサプロジン，インドメタシンなど；ヒドロキシクロロキンのような抗マラリア剤；副腎皮質ステロイドホルモン、例えばプレドニゾン，ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロンおよびデキサメタゾンなど；メトトレキサート；免疫抑制剤、例えばアザチオプリンおよびシクロホスファミドなど；ならびに例えばＴ細胞を標的とするアレファセプトおよびエファリズマブのような生物学的薬剤、またはＴＮＦαを標的とするＥｎｂｒｅｌ、ＲｅｍｉｃａｄｅおよびＨｕｍｉｒａのような生物学的薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５２】
Ｂ．候補治療剤の同定
ＩＦＮα仲介性障害を治療するための候補治療剤は、本開示に包含される方法により同定され得る。候補治療剤は、低分子または生物学的薬剤を含めた任意のタイプの分子であり得る。本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、疾患、障害または状態のための治療剤として有用であることが直ちに同定され得る。あるいは、本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、患者治療用の選択の前に、さらに試験および／または修飾する必要があり得る。あるいは、本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、さらなる試験の後、患者治療用の分子としての選択から外され得る。
【００５３】
候補薬剤を同定する方法では、ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させる。細胞は任意のタイプの細胞、例えばＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含む市販の不死化細胞系、ＩＦＮαで処置してＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを誘導した市販の不死化細胞系、ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを有する患者から単離された細胞、または健常患者から単離し、ＩＦＮαで処置してＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを誘導した細胞などであり得る。
【００５４】
細胞を薬剤と接触させた後に、細胞のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出する。変化の存在は、ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの少なくとも１つの遺伝子の上方制御された発現または活性における少なくとも１０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも２０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも３０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも４０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも５０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも６０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも７０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも７５％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも８０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも８５％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも９０％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも９５％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも９６％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも９７％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも９８％の減少、少なくとも１つの上方制御された遺伝子の少なくとも９９％の減少または少なくとも１つの上方制御された遺伝子の１００％の減少を含めた、ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける任意の変化であり得る。
【００５５】
Ｖ．患者におけるＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルの中和
薬剤による治療は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルの中和をもたらし得る。薬剤による治療は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性の疾患または障害の１つ以上の症状の減少をもたらし得る。薬剤による治療は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性の疾患または障害に関連した再燃の減少をもたらし得る。薬剤による治療は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性の疾患または障害を有する患者の予後の改善をもたらし得る。薬剤による治療は、患者のより高い生活の質をもたらし得る。薬剤による治療は、患者への第二の薬剤の共投与の必要性を軽減するか、または第二の薬剤の投与量を減少させ得る。薬剤による治療は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性の疾患または障害に関連した患者の入院回数を減少させ得る。
【００５６】
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルを中和し得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルの中和は、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つの遺伝子の減少であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルの中和は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルにおいて上方制御された少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つの任意の遺伝子の少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％または少なくとも９０％の減少である。あるいは、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性プロファイルの中和は、上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性遺伝子の、対照試料中のそのＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性遺伝子発現レベルの最大５０％、最大４５％、最大４０％、最大３５％、最大３０％、最大２５％、最大２０％、最大１５％、最大１０％、最大５％、最大４％、最大３％、最大２％または最大１％以内である発現減少を指す。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤が抗体のような生物学的薬剤である場合、薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇまたは１〜５ｍｇ／ｋｇの用量でＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαプロファイルを中和し得る。
【００５７】
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤は、さらにまたは代わりに、１つ以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプの発現を中和する。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプは、任意の２個以上、２個超、３個超、４個超、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超または１０個超のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβまたはＩＦＮωを含み得る。これらのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８およびＩＦＮα１４をすべて含み得る。あるいは、これらのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα２１を含み得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプの中和は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも５個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも１０個の任意のサブタイプの少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％または少なくとも９０％の減少であり得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプの中和は、ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプ遺伝子の、対照試料中のそのＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプ発現レベルの最大５０％、最大４５％、最大４０％、最大３５％、最大３０％、最大２５％、最大２０％、最大１５％、最大１０％、最大５％、最大４％、最大３％、最大２％または最大１％以内である発現減少であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤が抗体のような生物学的薬剤である場合、薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇまたは１〜５ｍｇ／ｋｇの用量でＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮサブタイプを中和し得る。
【００５８】
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤は、さらにまたは代わりに、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれかまたはその両方のＩＦＮα受容体、またはＴＮＦαまたはＩＦＮγまたはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２、またはＩＦＮＧＲ１とＩＦＮＧＲ２の両方）の発現を中和し得る。ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれかまたはその両方のＩＦＮα受容体、またはＴＮＦαまたはＩＦＮγまたはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２、またはＩＦＮＧＲ１とＩＦＮＧＲ２の両方）の発現の中和は、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも５つ、少なくとも６つの任意のこれらの遺伝子の少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％または少なくとも９０％の減少であり得る。ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれかまたはその両方のＩＦＮα受容体、またはＴＮＦαまたはＩＦＮγまたはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２、またはＩＦＮＧＲ１とＩＦＮＧＲ２の両方）の発現の中和は、対照試料中のこれらの遺伝子発現レベルの最大５０％、最大４５％、最大４０％、最大３５％、最大３０％、最大２５％、最大２０％、最大１５％、最大１０％、最大５％、最大４％、最大３％、最大２％または最大１％の発現の減少である。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤が抗体のような生物学的薬剤である場合、薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇまたは１〜５ｍｇ／ｋｇの用量でＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれかまたはその両方のＩＦＮα受容体、またはＴＮＦαまたはＩＦＮγまたはＩＦＮγ受容体ＩＦＮＧＲ１もしくはＩＦＮＧＲ２の発現を中和し得る。
【００５９】
Ｃ．患者試料
試料は、本開示の方法で患者からも入手し得る。試料としては、任意の生物学的液体または組織、例えば全血、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻分泌液、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核球、全白血球細胞、リンパ節細胞、脾細胞、扁桃腺細胞または皮膚が挙げられる。試料は、当該技術分野で公知の任意の手段により入手し得る。
【００６０】
ＶＩ．疾患進行のモニター法
患者の疾患進行のモニター法では、患者由来の試料を薬剤、例えば、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤、またはＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合するがその活性を調節しない薬剤、またはＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤を含み得るまたは含み得ない薬剤の組合せの投与の前後に入手し得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルは、（薬剤投与の前後の）試料中で入手し得る。試料中のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを比較する。比較は、試料中に存在するＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数であり得るか、または試料中に存在するＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの量であり得るか、またはそれらの任意の組合せであり得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数またはレベル（またはそれらの組合せ）が、治療剤投与の後に得られた試料において、治療剤投与の前に得られた試料に比べて減少する場合、治療剤の有効性を示す差異が示され得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍または少なくとも１０倍だけ減少し得る。所与の上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーのレベルは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または少なくとも９５％だけ減少し得る。レベルが減少した上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つまたは少なくとも４つであり得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数の減少とレベルの減少の任意の組合せが有効性を示し得る。下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数またはレベル（またはそれらの任意の組合せ）が、治療剤投与の後に得られた試料において、治療剤投与の前に得られた試料に比べて減少する場合、治療剤の有効性を示す差異が示され得る。
【００６１】
患者から得られる試料は、薬剤の最初の投与の前、すなわち、患者が薬剤の投与を受けずに入手し得る。あるいは、患者から得られる試料は、治療過程における薬剤投与の後に生じ得る。例えば、モニタリングプロトコールの開始前に薬剤が投与されていてもよい。薬剤投与の後に患者から追加の試料を入手してもよく、試料中のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーを比較する。試料は、同じまたは異なるタイプであり得る、例えば、得られた各試料は血液試料であり得るか、または得られた各試料は血清試料であり得る。各試料中で検出されるＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーは、同じであり得るか、または大幅に重複し得るか、または類似し得る。
【００６２】
試料は、治療剤の投与前後の任意の時間に入手し得る。治療剤投与の後に入手する試料は、治療剤投与の少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１２日または少なくとも１４日後に入手し得る。治療剤投与の後に入手する試料は、治療剤投与の少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間または少なくとも８週間後に入手し得る。治療剤投与の後に入手する試料は、治療剤投与の少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月または少なくとも６ヵ月後に入手し得る。
【００６３】
治療剤投与の後に追加の試料を患者から入手し得る。少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個の試料を患者から入手して、疾患または障害の経時的な進行または退行をモニターし得る。疾患進行は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年または患者の生涯にわたる期間の間モニターし得る。追加の試料は、一定の間隔で、例えば月１回、隔月、四半期に１回、年２回または年１回などの間隔で患者から入手し得る。試料は、薬剤投与後に一定間隔で患者から入手し得る。例えば、薬剤の各投与の１週間後、または薬剤の各投与の２週間後、または薬剤の各投与の３週間後、または薬剤の各投与の１ヵ月後または薬剤の各投与の２ヵ月後に患者から入手し得る。あるいは、薬剤の各投与後に患者から複数の試料を入手し得る。
【００６４】
患者における疾患進行は、薬剤の投与なしで同様にモニターし得る。疾患または障害を有する患者から試料を定期的に入手し得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーが、後に入手した試料において前に入手した試料に比べて増加する場合、疾患進行が同定される。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個または少なくとも１０個だけ増加し得る。所与の上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーのレベルが少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または少なくとも９５％だけ増加する場合、疾患進行が同定される。所与の下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーのレベルが少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または少なくとも９５％だけ減少する場合、疾患進行が同定される。レベルが増加した上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個または少なくとも３５個であり得る。レベルが減少した下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個または少なくとも３５個であり得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数の増加とレベルの増加の任意の組合せが、疾患進行を示し得る。代わりにまたは組み合わせて、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数の減少とレベルの減少の任意の組合せが、疾患の進行を示し得る。また疾患退行も、薬剤により治療されていない、疾患または障害を有する患者において同定し得る。この場合、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数が、後に入手した試料において前に入手した試料に比べて減少すれば、退行が同定され得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個または少なくとも１０個だけ減少し得る。所与の上方制御された型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーのレベルが少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも��０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または少なくとも９５％だけ減少する場合、疾患退行が同定され得る。所与の下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または少なくとも９５％だけ増加する場合、疾患退行が同定され得る。レベルが減少した上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個または少なくとも３５個であり得る。レベルが増加した下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性マーカーの数は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個または少なくとも３５個であり得る。任意の期間にわたり、任意の間隔で試料を入手することにより、疾患退行または障害退行をモニターし得る。試料を少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年または患者の生涯の期間にわたって入手することにより、疾患退行または障害退行をモニターし得る。試料を少なくとも月１回、隔月、四半期に１回、年２回または年１回入手することにより、疾患退行または障害退行をモニターし得る。試料は厳密な間隔で入手する必要はない。
【００６５】
ＶＩＩ．キットおよびプローブ
本開示はキットおよびプローブも包含する。プローブは、ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれ得る任意の遺伝子の任意の発現または活性を検出する任意の分子であり得る。
【００６６】
ＶＩＩＩ．ＩＦＮ活性の検出法
本開示はＩＦＮ活性の検出法も包含する。これらの方法は、インターフェロン刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含む細胞を使用し得る。ポリヌクレオチド配列を含む細胞は、ポリヌクレオチド配列によるトランスフェクションまたは形質転換が可能であり、かつ培養で維持することができる任意の細胞であり得る。このような細胞としては、動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞が挙げられる。これらの細胞は、付着性であり得るか、または浮遊状態で培養し得る。細胞が動物細胞である場合、細胞は既知の細胞系、例えばＨｅＬａ、ＣＯＳ、ＮＩＨ３Ｔ３、ＡＧＳ、２９３、ＣＨＯ、Ｈｕｈ−７、ＨＵＶＥＣ、ＭＣＦ−７、Ｃ６、ＢＨＫ−２１、ＢＮＬ  ＣＬ２、Ｃ２Ｃ１２、ＨｅｐＧ２およびＡＴＤＣ５などに由来し得る。その他の数多くの細胞系が知られており、かつ当業者により入手可能である。あるいは細胞は、不死化されているかまたはされていない初代細胞であり得る。
【００６７】
細胞は、インターフェロン刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含み得る。ポリヌクレオチド配列は、細胞のＤＮＡ内に安定に組み込まれ得るか、または細胞中で安定的にまたは一時的に存在する染色体外エレメントであり得る。ポリヌクレオチドは、裸のポリヌクレオチド分子、脂質もしくはその他の分子と複合体形成したポリヌクレオチド分子、またはウイルス粒子中のポリヌクレオチドとして細胞内に導入されていてよい。
【００６８】
ポリヌクレオチド分子が裸のポリヌクレオチドとして導入された場合、ポリヌクレオチドは直線状または環状分子であり得る。環状ポリヌクレオチド分子の非限定的な例としては、プラスミドおよび人工染色体が挙げられる。これらのベクターは、例えば、酵素により切断されて直線状のポリヌクレオチド分子を生じ得る。
【００６９】
さらに、ポリヌクレオチドが裸のポリヌクレオチドとして導入された場合、それは当該技術分野で公知の任意の多くの技術により細胞内に導入されていてよい。このような技術としては、エレクトロポレーション、マイクロインジェクションおよび微粒子銃粒子送達が挙げられるが、これらに限定されない。また例えば、ＬｏｅｆｆｌｅｒおよびＢｅｈｒ，１９９３，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：５９９−６１８；Ｃｏｈｅｎら，１９９３，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：６１８−６４４；Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａ．Ｔｈｅｒ．２９：６９−９２（１９８５），Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．第２版，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９ならびにＡｕｓｕｂｅｌら編，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．，Ｎ．Ｙ．（１９８７−２００１）も参照されたい。
【００７０】
ポリヌクレオチドが脂質またはリポソームとの複合体として導入された場合、これも当業者に公知の任意の多くの技術により導入されていてよい。脂質またはリポソームは、ＤＮＡまたはＲＮＡと結合して疎水性のコートされた送達媒体を生じる脂肪粒子または脂質の混合物を含む。適切なリポソームは、卵、植物または動物源のような天然源由来のリン脂質、例えばホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロール、スフィンゴミエリン、ホスファチジルセリンまたはホスファチジルイノシトールなどを含めた従来の合成または天然のリン脂質リポソーム材料のいずれかを含み得る。また合成リン脂質、例えば、ジミリストイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリンならびに対応する合成ホスファチジルエタノールアミンおよびホスファチジルグリセロールも使用し得る。当業者に公知の市販の脂質またはリポソームトランスフェクション試薬の例としては、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＧＥＮＥＪＵＩＣＥ（登録商標）（Ｎｏｖａｇｅｎ）、ＧＥＮＥＪＡＭＭＥＲ（登録商標）（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、ＦＵＧＥＮＥ（登録商標）ＨＤ（Ｒｏｃｈｅ）、ＭＥＧＡＦＥＣＴＩＮ（商標）（Ｑｂｉｏｇｅｎｅ）、ＳＵＰＥＲＦＥＣＴ（登録商標）（Ｑｉａｇｅｎ）およびＥＦＦＥＣＴＥＮＥ（登録商標）（Ｑｉａｇｅｎ）が挙げられる。
【００７１】
ポリヌクレオチドがその他の分子との複合体として導入された場合、それは圧縮されているか、またはナノスフェア中にあり得る。圧縮されたポリヌクレオチド複合体は、米国特許第５，９７２，９０１号、同第６，００８，３３６号および同第６，０７７，８３５に記載されている。ナノスフェアは、米国特許第５，７１８，９０５号および同第６，２０７，１９５号に記載されている。核酸と複合体を形成するこれらの圧縮されたポリヌクレオチド複合体およびナノスフェアは、ポリマー性カチオンを用いる。典型的なポリマー性カチオンとしては、ゼラチン、ポリ−Ｌ−リジンおよびキトサンが挙げられる。あるいは、ポリヌクレオチドは、ＤＥＡＥ−デキストランと複合体を形成しているか、またはリン酸カルシウム共沈殿または塩化カルシウム共沈殿のような技術を用いてトランスフェクトされていてもよい。
【００７２】
ポリヌクレオチドがウイルスに付随して導入された場合、ウイルスは、ポリヌクレオチド送達に適した任意の公知のウイルスであり得る。ベクターとして使用し得るウイルスの例としては、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レンチウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス）、ワクシニアウイルス、パボウイルス、センダイウイルス、ＳＶ４０ウイルス、呼吸器多核体ウイルスなどが挙げられる。
【００７３】
ポリヌクレオチド配列は、レポーター遺伝子およびインターフェロン刺激応答エレメントを含み得る。レポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質、β−グルクロニダーゼまたは分泌性胎盤アルカリホスファターゼのいずれか１つであり得る。多くの上記レポーター遺伝子、例えば緑色蛍光タンパク質およびルセリフェラーゼ（ｌｕｃｅｒｉｆｅｒａｓｅ）のバリエーションが知られており、かつ当業者により容易に同定および／または作製し得る。上記のものに加えその他のレポーター遺伝子も当業者に既知であり、容易に入手可能である。インターフェロン刺激応答エレメントも当業者に既知である。これらは、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、ＣｌｏｎｅｔｅｃｈおよびＢｉｏｍｙｘのような販売業者から入手し得る。またこれらは、例えば、Ａｌｃａｎｔａｒａら（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．３０（２００２）：２０６８−２０７５）およびＫｉｒｃｈｈｏｆｆら（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １８（１９９９）：３７２５−３７３６）において報告されている。
【００７４】
アッセイで使用する細胞を試料と共にインキュベートし得る。試料は、患者から、患者試料または較正のためのもしくは対照として使用する対照試料を有する業者から入手し得る。試料を患者から入手する場合、それは任意の生物学的液体または組織、例えば全血、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻分泌液、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核球、全白血球細胞、リンパ節細胞、脾細胞、扁桃腺細胞または皮膚などであり得る。
【００７５】
レポーター遺伝子の発現は、当該技術分野で公知の任意の手段により検出する。発現は、「０」であっても、試料中のＩＦＮ活性を示す。当業者は、レポーター遺伝子の任意のレベルの発現をさらに定量化し、次いでこれを試料中のＩＦＮ活性のレベルと関連付け得る。
【００７６】
出願人らは、本開示の態様のいくつかを記載するために、非限定的な一連の実施形態を提供する。
【００７７】
実施形態
実施形態１．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα仲介性の疾患または障害を有する患者を治療する方法であって：
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤を投与し；
患者がＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含み；かつ
薬剤が患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
【００７８】
実施形態２．中等度のまたは強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαＰＤマーカープロファイルを含む自己免疫疾患患者を治療する方法であって：
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤を投与し；
薬剤が患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
【００７９】
実施形態３．疾患または障害を有する患者におけるＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する方法であって：
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαと結合してその活性を調節する薬剤を患者に投与し；
薬剤が患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
【００８０】
実施形態４．患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの中和を検出することをさらに含む、実施形態１〜３のいずれか１つの方法。
【００８１】
実施形態５．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルがＰＤマーカー遺伝子の転写産物を含む、実施形態１〜４のいずれか１つの方法。
【００８２】
実施形態６．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが、ＰＤマーカー遺伝子から発現されるポリペプチドを含む、実施形態１〜４のいずれか１つの方法。
【００８３】
実施形態７．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態１〜６のいずれか１つの方法。
【００８４】
実施形態８．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態１〜６のいずれか１つの方法。
【００８５】
実施形態９．遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態７または８の方法。
【００８６】
実施形態１０．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約３と少なくとも約１５の間、少なくとも約３と少なくとも約１０の間または少なくとも約３と少なくとも約５の間である、実施形態９の方法。
【００８７】
実施形態１１．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約２、少なくとも約２．５、少なくとも約３、少なくとも約３．５、少なくとも約４、少なくとも約４．５、少なくとも約５、少なくとも約５．５、少なくとも約６、少なくとも約６．５、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９または少なくとも約１０である、実施形態９の方法。
【００８８】
実施形態１２．薬剤が生物学的薬剤である、実施形態１〜１１のいずれか１つの方法。
【００８９】
実施形態１３．薬剤が抗体である、実施形態１２の方法。
【００９０】
実施形態１４．抗体がＭＥＤＩ−５４５である、実施形態１３の方法。
【００９１】
実施形態１５．抗体が、１つ以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに対して特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、実施形態１３の方法。
【００９２】
実施形態１６．薬剤の投与が、疾患または障害の１つ以上の症状を軽減する、実施形態１〜１５のいずれか１つの方法。
【００９３】
実施形態１７．抗体を約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの間の用量で投与する、実施形態１３〜１６のいずれか１つの方法。
【００９４】
実施形態１８．抗体を、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの間または０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの間の用量で投与する、実施形態１７の方法。
【００９５】
実施形態１９．薬剤が、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを少なくとも１０％だけ、少なくとも２０％だけ、少なくとも３０％だけ、少なくとも４０％だけまたは少なくとも５０％だけ中和する、実施形態１〜１８のいずれか１つの方法。
【００９６】
実施形態２０．疾患または障害が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、ＳＳｃ、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎のうちの１つである、実施形態１〜１９のいずれか１つの方法。
【００９７】
実施形態２１．疾患または障害が狼瘡である、実施形態２０の方法。
【００９８】
実施形態２２．疾患または障害が乾癬である、実施形態２０の方法。
【００９９】
実施形態２３．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８および１４の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１〜２２のいずれか１つの方法。
【０１００】
実施形態２４．患者の自己免疫疾患進行をモニターまたは予後診断する方法であって、患者由来の第一の試料における第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手することを含む方法。
【０１０１】
実施形態２５．第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが強いプロファイルであり、かつ患者の予後が疾患進行である、実施形態２４の方法。
【０１０２】
実施形態２６．自己免疫疾患がＳＬＥであり、かつ進行がＳＬＥ再燃である、実施形態２５の方法。
【０１０３】
実施形態２７．第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが弱いプロファイルであり、かつ患者の予後が疾患退行である、実施形態２６の方法。
【０１０４】
実施形態２８．実施形態２４の方法であって：
患者由来の第二の試料における第二のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手し；
第一の発現プロファイルと比較した第二の発現プロファイルにおけるＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘導性マーカーの数もしくはレベルの増加が、疾患進行を予後診断する；または
第一の発現プロファイルと比較した第二の発現プロファイルにおけるＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘導性マーカーの数もしくはレベルの減少が、疾患退行を予後診断する
ことを含む方法。
【０１０５】
実施形態２９．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが、ＰＤマーカー遺伝子の転写産物を含む、実施形態２６〜２８のいずれか１つの方法。
【０１０６】
実施形態３０．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが、ＰＤマーカー遺伝子から発現されるポリペプチドを含む、実施形態２４〜２８のいずれか１つの方法。
【０１０７】
実施形態３１．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの発現または活性を含む、実施形態２４〜２８のいずれか１つの方法。
【０１０８】
実施形態３２．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの発現または活性からなる、実施形態２４〜２８のいずれか１つの方法。
【０１０９】
実施形態３３．ＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤による治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法であって：
患者由来の第一の試料における第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手すること；
ＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤を投与すること；
患者由来の第二の試料における第二のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手すること；および
第一と第二のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを比較することを含み、
第一と第二のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける差異が、ＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示す方法。
【０１１０】
実施形態３４．第一のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態３３の方法。
【０１１１】
実施形態３５．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態３３の方法。
【０１１２】
実施形態３６．差異が遺伝子の活性レベルの上方制御された発現の減少である、実施形態３４または３５の方法。
【０１１３】
実施形態３７．疾患または障害が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、ＳＳｃ、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎のうちの１つである、実施形態３３〜３５のいずれか１つの方法。
【０１１４】
実施形態３８．疾患が狼瘡である、実施形態３７の方法。
【０１１５】
実施形態３９．治療剤が低分子または生物学的薬剤である、実施形態３３〜３８のいずれか１つの方法。
【０１１６】
実施形態４０．生物学的薬剤が抗体である、実施形態３９の方法。
【０１１７】
実施形態４１．抗体が、ＭＥＤＩ−５４５および／または１つ以上のＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮαサブタイプに対して特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない抗体である、実施形態４０の方法。
【０１１８】
実施形態４２．第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを治療剤投与の前に入手する、実施形態３３〜４１のいずれか１つの方法。
【０１１９】
実施形態４３．第一のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを治療剤投与時に入手する、実施形態３３〜４１のいずれか１つの方法。
【０１２０】
実施形態４４．第一および第二の試料が全血または血清である、実施形態３３〜４３のいずれか１つの方法。
【０１２１】
実施形態４５．患者由来の第三の試料における第三のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態３３〜４４のいずれか１つの方法。
【０１２２】
実施形態４６．患者由来の第四の試料における第四のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態４５の方法。
【０１２３】
実施形態４７．患者由来の第五の試料における第五のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態４６の方法。
【０１２４】
実施形態４８．患者由来の第六の試料における第六のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態４７の方法。
【０１２５】
実施形態４９．第二の試料を、治療剤投与の少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月または少なくとも２ヵ月後に入手する、実施形態３３〜４８のいずれか１つの方法。
【０１２６】
実施形態５０．第三の試料を、第二の試料入手の少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月または少なくとも２ヵ月後に入手する、実施形態４５の方法。
【０１２７】
実施形態５１．第四の試料を、第三の試料入手の少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月または少なくとも２ヵ月後に入手する、実施形態４６の方法。
【０１２８】
実施形態５２．第五の試料を、第四の試料入手の少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月または少なくとも２ヵ月後に入手する、実施形態４７の方法。
【０１２９】
実施形態５３．差異が遺伝子の上方制御された発現または活性の減少である、実施形態３３〜５２のいずれか１つの方法。
【０１３０】
実施形態５４．減少が少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％である、実施形態５３の方法。
【０１３１】
実施形態５５．ＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する方法であって：
患者由来の試料中のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの有無を検出し、
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの存在の検出が、ＩＦＮαと結合してその活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する
ことを含む方法。
【０１３２】
実施形態５６．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態５５の方法。
【０１３３】
実施形態５７．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態５５の方法。
【０１３４】
実施形態５８．遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態５６または５７の方法。
【０１３５】
実施形態５９．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約２、少なくとも約３および少なくとも約４である、実施形態５８の方法。
【０１３６】
実施形態６０．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約２、少なくとも約２．５、少なくとも約３、少なくとも約３．５、少なくとも約４、少なくとも約４．５、少なくとも約５、少なくとも約５．５、少なくとも約６、少なくとも約６．５、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９または少なくとも約１０である、実施形態５９の方法。
【０１３７】
実施形態６１．患者が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、ＳＳｃ、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎から選択される障害を有すると診断されている、実施形態５５〜６０のいずれか１つの方法。
【０１３８】
実施形態６２．障害が狼瘡である、実施形態６１の方法。
【０１３９】
実施形態６３．治療剤が低分子または生物学的薬剤である、実施形態５５〜６２のいずれか１つの方法。
【０１４０】
実施形態６４．生物学的薬剤が抗体である、実施形態６３の方法。
【０１４１】
実施形態６５．抗体がＭＥＤＩ−５４５である、実施形態６４の方法。
【０１４２】
実施形態６６．抗体が、１つ以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに対して特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、実施形態６４の方法。
【０１４３】
実施形態６７．上方制御された発現または活性が、１つ以上の遺伝子のｍＲＮＡレベルの増加を含む、実施形態５５〜６６のいずれか１つの方法。
【０１４４】
実施形態６８．上方制御された発現または活性が、１つ以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、実施形態５５〜６６のいずれか１つの方法。
【０１４５】
実施形態６９．上方制御された発現または活性が、１つ以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、実施形態５５〜６６のいずれか１つの方法。
【０１４６】
実施形態７０．試料が全血である、実施形態５５〜６９のいずれか１つの方法。
【０１４７】
実施形態７１．患者をＩＦＮαレベルの増加と関連した障害を有すると診断する方法であって：
患者由来の試料中のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの有無を検出し、
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの存在の検出が、患者をＩＦＮαレベルの増加と関連した障害を有すると同定する
ことを含む方法。
【０１４８】
実施形態７２．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態７１の方法。
【０１４９】
実施形態７３．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態７１の方法。
【０１５０】
実施形態７４．遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態７２または７３の方法。
【０１５１】
実施形態７５．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約２、少なくとも約３と少なくとも約４の間である、実施形態７４の方法。
【０１５２】
実施形態７６．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約２、少なくとも約２．５、少なくとも約３、少なくとも約３．５、少なくとも約４、少なくとも約４．５、少なくとも約５、少なくとも約５．５、少なくとも約６、少なくとも約６．５、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９または少なくとも約１０である、実施形態７４の方法。
【０１５３】
実施形態７７．疾患または障害が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、ＳＳｃ、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎のうちの１つである、実施形態７２〜７６のいずれか１つの方法。
【０１５４】
実施形態７８．障害が狼瘡である、実施形態７７の方法。
【０１５５】
実施形態７９．上方制御された発現または活性が、１つ以上の遺伝子のｍＲＮＡレベルの増加を含む、実施形態７２〜７８のいずれか１つの方法。
【０１５６】
実施形態８０．上方制御された発現または活性が、１つ以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、実施形態７２〜７８のいずれか１つの方法。
【０１５７】
実施形態８１．上方制御された発現または活性が、１つ以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、実施形態７２〜７８のいずれか１つの方法。
【０１５８】
実施形態８２．ＩＦＮα仲介性障害を治療するための候補治療剤を同定する方法であって：
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させること；および
細胞のＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出することを含み、
ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御における減少を含む変化の存在が、その薬剤が候補治療剤であることを示す方法。
【０１５９】
実施形態８３．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態８２の方法。
【０１６０】
実施形態８４．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルが：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；ならびに
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態８２の方法。
【０１６１】
実施形態８５．遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態８３の方法。
【０１６２】
実施形態８６．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約３と少なくとも約１５の間、少なくとも約３と少なくとも約１０の間または少なくとも約３と少なくとも約５の間である、実施形態８５の方法。
【０１６３】
実施形態８７．遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約２、少なくとも約２．５、少なくとも約３、少なくとも約３．５、少なくとも約４、少なくとも約４．５、少なくとも約５、少なくとも約５．５、少なくとも約６、少なくとも約６．５、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９または少なくとも約１０である、実施形態８５の方法。
【０１６４】
実施形態８８．ＩＦＮαレベルに関連した障害を含む患者から細胞を入手する、実施形態実施形態８３〜８７のいずれか１つの方法。
【０１６５】
実施形態８９．細胞をＩＦＮαで処置してＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルを誘導する、実施形態８３〜８７のいずれか１つの方法。
【０１６６】
実施形態９０．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御が、１つ以上の遺伝子のｍＲＮＡレベルの増加を含む、実施形態８３〜８９のいずれか１つの方法。
【０１６７】
実施形態９１．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御が、１つ以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、実施形態８３〜８９のいずれか１つの方法。
【０１６８】
実施形態９２．ＩＦＮα誘導性ＰＤマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御が、１つ以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、実施形態８３〜８９のいずれか１つの方法。
【０１６９】
実施形態９３．以下の遺伝子セット：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
のいずれか１つの発現を特異的に増幅し検出するポリヌクレオチドを含む、プライマーセット。
【０１７０】
実施形態９４．１８Ｓ、ＡＣＴＢおよびＧＡＰＤＨを増幅し検出するプライマーをさらに含む、実施形態９３のプライマーセット。
【０１７１】
実施形態９５．遺伝子セット：
（ａ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｂ）ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｃ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｄ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２；または
（ｅ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２；または
（ｆ）ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＩＦＩ６
のいずれか１つの発現を特異的に検出するポリヌクレオチドからなるプライマーセット。
【０１７２】
実施形態９６．プライマーセットが配列番号１〜２４の配列を有する、実施形態９３および９４。
【０１７３】
実施形態９６．ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２が、配列番号２５〜３２の配列を有する、実施形態１〜９５のいずれか実施形態。
【０１７４】
実施形態９７．実施形態９３〜９６のプライマーを含むキット。
【０１７５】
実施形態９８．発現増加が、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡレベルにおける平均または中央値の発現増加である、実施形態１〜９６のいずれかの実施形態。
【０１７６】
実施形態９９．Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することを含み、少なくとも約４倍のｍＲＮＡ増加が、薬剤による治療に適した被検体を示す方法。
【０１７７】
実施形態１００．ｍＲＮＡが、健常な患者由来のプール試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２うちの少なくとも４つのｍＲＮＡに比べて増加している、実施形態９９の方法。
【０１７８】
実施形態１０１．ｍＲＮＡ増加が、試料中に存在する１つ以上の対照遺伝子のｍＲＮＡと比較したものである、実施形態９９または１００のいずれかの方法。
【０１７９】
実施形態１０２．１つ以上の対照遺伝子が、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨおよび１８Ｓ  ｒＲＮＡから選択される、実施形態９９〜１０１のいずれかの方法。
【０１８０】
実施形態１０３．ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡ増加を検出する、実施形態９９〜１０２のいずれかの方法。
【０１８１】
実施形態１０４．薬剤が抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、実施形態９９〜１０３のいずれかの方法。
【０１８２】
実施形態１０５．抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、９９〜１０４のいずれかの実施形態の方法。
【０１８３】
実施形態１０６．抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、９９〜１０５のいずれかの実施形態の方法。
【０１８４】
実施形態１０７．少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡ検出が、
１）被検体から得た試料からＲＮＡを単離すること；
２）そのＲＮＡからｃＤＮＡを合成すること；
３）そのｃＤＮＡを、配列番号２５〜３２の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること；および
４）そのｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、９９〜１０６のいずれかの実施形態の方法。
【０１８５】
実施形態１０８．オリゴヌクレオチドが、配列番号１３〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、９９〜１０７のいずれかの実施形態の方法。
【０１８６】
実施形態１０９．Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することを含み、ｍＲＮＡ増加が以下の演算法：
【数１】
2013503642.tif 000003
【０１８７】
であり；
【数２】
2013503642.tif 000004
【０１８８】
に従って算出され、かつ約７．６のΔＣｔＩＦＮが薬剤による治療に適した被検体を示す方法。
【０１８９】
実施形態１１０．薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、９９〜１０９のいずれかの実施形態の方法。
【０１９０】
実施形態１１１．抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、９９〜１１０のいずれかの実施形態の方法。
【０１９１】
実施形態１１２．抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、９９〜１１１のいずれかの実施形態の方法。
【０１９２】
実施形態１１３．少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が：
１）被検体から得た試料からＲＮＡを単離すること；
２）そのＲＮＡからｃＤＮＡを合成すること；
３）そのｃＤＮＡを、配列番号２５〜３５の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること；および
４）そのｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、９９〜１１２のいずれかの実施形態の方法。
【０１９３】
実施形態１１４．オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、９９〜１１３のいずれかの実施形態の方法。
【０１９４】
実施形態１１５．Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療する方法であって：
ａ）被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することにより治療に適した被検体を同定し、少なくとも約４倍のｍＲＮＡ増加が治療に適した被検体を示すこと；および
ｂ）治療剤を投与すること
を含む方法。
【０１９５】
実施形態１１６．ｍＲＮＡ増加が、健常な患者由来のプール試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡと比較したものである、９９〜１１５のいずれかの実施形態の方法。
【０１９６】
実施形態１１７．ｍＲＮＡ増加が、試料中に存在する１つ以上の対照遺伝子のｍＲＮＡと比較したものである、９９〜１１６のいずれかの実施形態の方法。
【０１９７】
実施形態１１８．１つ以上の対照遺伝子が、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨおよび１８Ｓ  ｒＲＮＡから選択される、９９〜１１７のいずれかの実施形態の方法。
【０１９８】
実施形態１１９．ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡ増加を検出する、９９〜１１８のいずれかの実施形態の方法。
【０１９９】
実施形態１２０．薬剤が抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、９９〜１１９のいずれかの実施形態の方法。
【０２００】
実施形態１２１．抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、９９〜１２０のいずれかの実施形態の方法。
【０２０１】
実施形態１２２．抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、９９〜１２１のいずれかの実施形態の方法。
【０２０２】
実施形態１２３．少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が：
１）被検体から得た試料からＲＮＡを単離すること；
２）そのＲＮＡからｃＤＮＡを合成すること；
３）そのｃＤＮＡを、配列番号２５〜３５の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること；および
４）そのｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、９９〜１２２のいずれかの実施形態の方法。
【０２０３】
実施形態１２４．オリゴヌクレオチドが、配列番号１３〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、９９〜１２３のいずれかの実施形態の方法。
【０２０４】
実施形態１２５．Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、
ａ）被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出し、ｍＲＮＡ増加が以下の演算法：
【数３】
2013503642.tif 000005
【０２０５】
であり；
【数４】
2013503642.tif 000006
【０２０６】
に従って算出され、かつ約７．６のΔＣｔＩＦＮが、ＩＦＮα活性を調節する薬剤による治療に適した被検体を示すこと；および
ｂ）治療剤を投与すること
を含む方法。
【０２０７】
実施形態１２６．薬剤が抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、９９〜１２５のいずれかの実施形態の方法。
【０２０８】
実施形態１２７．抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、９９〜１２６のいずれかの実施形態の方法。
【０２０９】
実施形態１２８．抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、９９〜１２７のいずれかの実施形態の方法。
【０２１０】
実施形態１２９．少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が：
１）被検体から入手した試料からＲＮＡを単離すること；
２）そのＲＮＡからｃＤＮＡを合成すること；
３）そのｃＤＮＡを、配列番号２５〜３５の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること；および
４）そのｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、９９〜１２８のいずれかの実施形態の方法。
【０２１１】
実施形態１３０．オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、９９〜１２９のいずれかの実施形態の方法。
【０２１２】
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許および特許出願は、各刊行物、特許および特許出願が具体的かつ個別にその内容全体が参照により本明細書に組み込まれることが示された場合と同様に、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２１３】
本願は、２００７年５月３日に出願された米国特許仮出願第６０／９２４，２１９号、２００７年５月２１日に出願された同第６０／９２４，５８４号、２００７年９月１９日に出願された同第６０／９６０，１８７号、２００７年１１月５日に出願された同第６０／９９６，１７６号、２００８年６月２０日に出願された同第６１／１２９，３６６号、２００７年１２月６日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４７号、２００８年５月５日に出願された同ＰＣＴ／ＵＳ２００８／６２６４６号、２００９年６月１９日に出願された同ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４８０２８号および２００９年６月２日に出願された米国特許出願第１２／５１７，３３３号を参照により組み込む。また本願は、２００７年５月３日に出願された米国特許仮出願第６０／９２４，２２０号、２００７年１１月６日に出願された同第６０／９９６，２１９号および２００７年１２月６日に出願された同第６０／９９６，８２０号も参照により組み込む。さらに本願は、２００７年１１月５日に出願された米国特許仮出願第６０／９９６，１７４号、２００７年１２月６日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４１号および２００９年６月２日に出願された米国特許出願第１２／５１７，３３４号を参照により組み込む。本願はさらに、２００８年２月８日に出願された米国特許仮出願第６１／００６，９６３号および２００９年２月６日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３３４０７号を参照により組み込む。
【０２１４】
以下の一連の例は単に説明の目的で提供されるものであり、本開示はこれらの例に限定されるものとして決して解釈されるべきではない。
【実施例】
【０２１５】
ＩＸ．実施例１：抗ＩＦＮアルファ治療剤用の診断検査の開発
Ａ．背景
遺伝子発現プロファイリングを用いて、その転写産物が３つの選択基準を満たす薬力学（ＰＤ）遺伝子を同定した。具体的には、この基準は１）Ｉ型ＩＦＮサブタイプにより誘導可能であること、２）ＳＬＥ患者血清中においてＭＥＤＩ−５４５により抑制されること、および３）ＳＬＥ患者において正常な健常ドナーに比べて過剰発現されることである。このような遺伝子としては、それぞれその内容全体が参照により組み込まれる、２００７年１２月６日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４７号、２００８年５月５日に出願された同ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６２６４６号、２００９年２月６日に出願された同ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３３４０７号および２００９年６月１９日に出願された同ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４８０２８号の遺伝子が挙げられる。
【０２１６】
過去の研究により、ＳＬＥのような疾患の「サイン」として使用し得る遺伝子グループの同定が可能となった。例えば、本出願人らは以前、ＳＬＥおよびその他の自己免疫疾患の２１の遺伝子サインを同定した。その内容全体が参照により組み込まれる、２００７年１２月６日に出願された国際出願ＰＣＴＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４７号を参照されたい。本出願人らは、２１の遺伝子のサブセットがＳＬＥのような自己免疫疾患に罹患している患者を同定するために確実に使用し得るか否かを判定することを望んでいた。さらに、本出願人らは、患者がＩ型インターフェロンを調節する治療剤、例えば抗インターフェロンアルファ抗体または抗インターフェロン受容体抗体などに応答するか否かのサインとして、２１の遺伝子のサブセットを使用し得るか否かを判定することを望んでいた。
【０２１７】
２１の遺伝子のサブセットを患者の同定に使用し得るか否かを判定するために、本出願人らは、ＭＥＤＩ−５４５の臨床試験が進行中である患者からの遺伝子発現データを解析した。標準的な臨床プロトコールに従って、ＭＥＤＩ−５４５をＳＬＥ患者に投与した。臨床結果は、標準的なＳＬＥ評価法、例えばエリテマトーデスにおけるエストロゲンの安全性−全身性エリテマトーデス疾患活動性指標（Ｓａｆｅｔｙ  ｏｆ  Ｅｓｔｒｏｇｅｎｓ  ｉｎ  Ｌｕｐｕｓ  Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ−Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｌｕｐｕｓ  Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘ）（ＳＥＬＥＮＡ−ＳＬＥＤＡＩ）、ブリテン諸島狼瘡活動性グループ指標（Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｉｓｌｅｓ  Ｌｕｐｕｓ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｇｒｏｕｐ  ｉｎｄｅｘ）および医師包括評価（Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ  Ｇｌｏｂａｌ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ）（ＭＤＧＡ）などを用いて評価した。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  ｐｌｕｓ  ２．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐｓ（登録商標）を用いて患者試料の遺伝子発現プロファイリングを行い、候補遺伝子を同定した。
【０２１８】
以下で述べるように、この解析により、抗ＩＦＮアルファまたはＩ型インターフェロン治療剤による治療のための患者（例えば、ＳＬＥまたは筋炎患者）同定のための診断用遺伝子セット（例えば、４または５遺伝子ベースのアッセイ）の同定がもたらされた。具体的には、診断用遺伝子セットを、ＳＬＥ患者におけるシファリムマブ（ＭＥＤＩ−５４５）に対する応答を予測するその能力に関して選択した。その結果、上記４つの遺伝子の発現測定を用いて、シファリムマブによる治療が有効なまたは有効でないＳＬＥ患者を予測することができる。以下で詳述するように、４つの遺伝子の発現は、様々な状態において、またこれらの疾患に対する治療法による治療に適した患者を同定するために使用し得る。診断検査に適した５つの遺伝子のグループは、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２およびＩＦＩ６からなる。このグループから選択される任意の４つの遺伝子が診断検査に適切であり得る。表１ならびに図１および２に解析データが記載されている遺伝子のグループは、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２からなる。
【０２１９】
Ｂ．検査の原理
診断検査は定量的逆転写‐ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）に基づくものであ。この検査は、４つの標的遺伝子：ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７およびＲＳＡＤ２から生じる転写産物を増幅し検出する。またこの診断検査は、対照（「ハウスキーピング遺伝子」）としての内在性ＲＮＡ分子のセット：ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨおよび１８Ｓ  ｒＲＮＡも増幅し検出する。転写産物標的は、許可されているＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｑｉａｇｅｎ，キットカタログ番号７６２１６４；Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，採血管カタログ番号７６２１６５；Ｋ０４２６１３）を用いて患者から採取した全血試料から得られた全ＲＮＡ試料から増幅する。ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡキットに明記されている手順を用いてＲＮＡを単離する。２つの配列特異的な順方向および逆方向プライマー（未標識）を用いて標的転写産物を増幅する。蛍光レポーター部分であるＦＡＭおよび蛍光クエンチャー部分であるＢＨＱ１で標識した配列特異的プローブを用いて、増幅された各標的を検出する。各標的を９６ウェルプレートの各ウェルにおいて増幅し検出する。試料中の各転写産物量の定量をＣｌｉｎｉｃａｌ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  Ｔｅｓｔ  Ｓｙｓｔｅｍである、ＳＤＳソフトウェアバージョン１．４を備えたＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７５００  Ｆａｓｔ  ＤｘリアルタイムＰＣＲ機器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ，カタログ番号４４０６９８５；Ｋ０８２５６２）での蛍光検出に基づいて行う。
【０２２０】
定量により、ＲＮＡ試料中の転写産物の相対存在量に対応する、各標的のサイクル閾値（Ｃｔ）の値が決定される。Ｃｔは、各増幅サイクルの伸長段階におけるポリメラーゼの５’−３’エキソヌクレアーゼ活性による隣接レポーター−クエンチャーの切り離しにより生じた蛍光シグナルの幾何学的増加を測定することにより決定される。各遺伝子および対照の定量的Ｃｔ値を用いて、健常被検体に対する、自己免疫疾患に罹患している被検体における標的遺伝子の過剰発現のレベルを算出する。過剰発現のレベルは、健常被検体における遺伝子の平均レベルに対する、自己免疫疾患に罹患している被検体における標的遺伝子のｍＲＮＡレベルの平均変化倍数として表すか、またはＩ型インターフェロン誘導性遺伝子の過剰発現のスコアとして表し得る。
【０２２１】
具体的には、スコア（ΔＣｔＩＦＮ）（「デルタＣｔ」）は、４つの標的遺伝子の平均Ｃｔと３つの対照遺伝子の平均Ｃｔの間の差として以下の演算法：
【数５】
2013503642.tif 000007
【０２２２】
であり；
【数６】
2013503642.tif 000008
【０２２３】
に従って算出する。
【０２２４】
次いでこのスコアを用いて定量試験結果を決定するが、ここでは、カットオフ以上のスコアが陽性の試験結果であり、カットオフ未満のスコアが陰性の試験結果である。陰性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がない（非応答者である）ことを示し、陽性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がある（応答者である）ことを示す。
【０２２５】
Ｃ．検査手順
１．ＲＮＡ調製
許可されているＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｑｉａｇｅｎ，キットカタログ番号７６２１６４；Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，採血管カタログ番号７６２１６５；Ｋ０４２６１３）を用いて、全ＲＮＡを全血から調製し、ｃＤＮＡ合成の鋳型を得る。ＲＮＡの収率および品質を、２６０ｎｍおよび２８０ｎｍの波長での吸光度を測定することにより分光測光法で試験する。ＲＮＡ収率は式Ｃ（ｍｇ／ｍｌ）＝Ａ２８０／０．０２５を用いて算出する。さらに、２６０ｎｍおよび２８０ｎｍにおける吸光度の比を用いてＲＮＡの純度を評価する。Ａ２６０／Ａ２８０比の許容範囲は１．６以上である。
【０２２６】
２．ｃＤＮＡ合成および標的増幅
液体ＲＴ酵素ＭｉｘならびにＲＴプライマーおよびヌクレオチドを含有するＲＴ緩衝液を用いて、ｃＤＮＡを精製全ＲＮＡから合成する。ｃＤＮＡの合成は、ＲＮＡ分子とハイブリダイズし、かつＲＴ酵素の基質として働くランダムヘキサデカマーの混合物であるＲＴプライマーを使用した、ランダムプライミング法を用いる。得られたｃＤＮＡは、ＲＮＡ試料中に存在する配列を表すＤＮＡの比例混合物を含有する。
【０２２７】
ｑＰＣＲ緩衝液、遺伝子プライマーおよびプローブ、ならびに臨床グレードのＡｍｐｌｉＴａｑ  Ｇｏｌｄポリメラーゼを用いて、標的転写産物を同時に増幅し検出する。各増幅サイクルの間に、２つの配列特異的な順方向および逆方向プライマー（未標識）が、アニーリング段階において相補的なｃＤＮＡ鋳型とハイブリダイズし、伸長段階においてＡｍｐｌｉＴａｑ  Ｇｏｌｄポリメラーゼの基質として働くことにより、標的に相補的な新たなＤＮＡ鎖が生成される。順方向および逆方向プライマーは、それぞれ異なるセンスまたはアンチセンス鎖とハイブリダイズする。増幅された各標的の検出は、蛍光レポーター部分であるＦＡＭおよび蛍光消光部分であるＢＨＱ１で標識され、アニーリング段階において相補的な標的配列とハイブリダイズする、配列特異的プローブを用いて行う。各標的は、９６ウェルプレートの各ウェルにおいて増幅し検出する。
【０２２８】
2013503642.tif 000009
【０２２９】
３．シグナル検出
試料中の各転写産物量の定量を、ＳＤＳソフトウェアバージョン１．４を備えたＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７５００  Ｆａｓｔ  ＤｘリアルタイムＰＣＲ機器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ，カタログ番号４４０６９８５；Ｋ０８２５６２）での蛍光検出に基づいて行い、これにより、ＲＮＡ試料中の転写産物の相対存在量に対応する、各標的のサイクル閾値（Ｃｔ）の値が決定される。この機器は、各増幅サイクルの伸長段階におけるポリメラーゼの５’−３’エキソヌクレアーゼ活性による隣接レポーター−クエンチャーの切り離しにより生じた蛍光シグナルの幾何学的増加を測定することによりＣｔを決定する。各遺伝子および対照の定量的Ｃｔ値を用いて、Ｉ型インターフェロン誘導性遺伝子の過剰発現のスコアを算出する。
【０２３０】
４．検査対照
逆転写、ｃＤＮＡ合成、ＰＣＲ、ハイブリダイゼーションおよび／または検出段階における潜在的なユーザーエラー、汚染、交差反応および／または検査不具合を検出するために、実行ごとに任意に含まれるインビトロ転写産物（ＩＶＴ）ＲＮＡ対照（それぞれの４つの標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子対照）を設計する。対照結果は、所与の実行を有効または無効とするための有効性の対照として使用する。これらは、許可されているＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｓｙｓｔｅｍにより行われ、かつＲＮＡ品質検査により管理されたＲＮＡ単離の有効性を立証するためには使用しない。カットオフに近い陰性および低い陽性対照も含め得る。
【０２３１】
５．ソフトウェア
ソフトウェアを使用して、上記方程式を用いてデルタＣｔを算出する。次いでデルタＣｔを用いて定量試験結果を決定するが、ここでは、カットオフ以上のスコアが陽性の試験結果であり、カットオフ未満のスコアが陰性の試験結果である。陰性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がない（非応答者である）ことを示し、陽性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がある（応答者である）ことを示す。
【０２３２】
６．検査キットの成分
2013503642.tif 000010
【０２３３】
７．標的遺伝子を同時に増幅し検出するためのオリゴヌクレオチド
2013503642.tif 000011
【０２３４】
2013503642.tif 000012
【０２３５】
８．標的遺伝子の配列
2013503642.tif 000013
【０２３６】
Ｘ．実施例２：種々の解析はＭＥＤＩ−５４５に対する応答が４遺伝子サインに関連することを示す
２つの主要な方法を用いて、診断陽性患者対陰性患者を命名するために使用する閾値を決定した。第一に、２０２人のＳＬＥ被検者の４遺伝子診断の変化倍数スコアの分布を、単一の最頻値以外の最頻値の存在に関して評価した。このような多峰性分布は、２つ以上のスコア母集団の存在を示唆し得る。この分布から２つの異なる最頻値を特定し、これら２つの最頻値を区別する領域の重心を約４の値で見出した。この分布は、約２〜約８の範囲を用いて２つの最頻値が区別され、適切な平均変化倍数のカットオフが約２と約８の間であり得ることを示している。
【０２３７】
第二に、２４人の正常な健常ドナーの４遺伝子診断の変化倍数スコア分布を、ＳＬＥスコア分布と比較した上限に関して評価した。２４人の正常な健常ドナーの平均診断変化倍数スコアは１．３４で上界（平均＋２＊ＳＤ）が２．９１である。正常な健常ドナー母集団の被検者数は、本発明者らの疾患母集団の被検者数よりもかなり少なかったため、本発明者らは、二峰性のＳＬＥスコア分布の結果と一致する正常な健常ドナーにおける上界診断スコアの内輪の見積もりを用いた。したがって、診断陽性および診断陰性群のＳＬＥ患者を層別化するために４以上というカットポイントを選択した。
【０２３８】
診断陽性母集団では、１４７人のＳＬＥ被験者がこの群に層別化され、スコアの平均、中央値および標準偏差はそれぞれ、３６．１３、６３．７６および２．７１である。診断陰性母集団では、５５人のＳＬＥ被験者がこの群に層別化され、スコアの平均、中央値および標準偏差はそれぞれ、０．９５、０．８９および２．００である。二試料両側のＷｅｌｃｈ改変ｔ検定は、ｐ値１．６２×１０−６６で２群間の有意差を示している。
【０２３９】
変化倍数算出に基づく臨床試験データから得られた４遺伝子サイン（すなわち、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２サイン）を用いて、ＳＬＥＤＡＩ臨床エンドポイントを用いた受診者動作特性（ＲＯＣ）曲線を作成した。この曲線を図１に示すが、これは治療後１８２日、１９６日および２１０日目に評価し、エンドポイントとしてベースラインからの少なくとも４ポイントのＳＬＥＤＡＩ減少を用いたものである。ＲＯＣ曲線に基づき、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の発現において４以上という平均変化倍数のカットオフポイントを選択した。
【０２４０】
４以上という平均変化倍数のカットオフポイントでは、治療後１８２日目に採取した血液試料から得られたデータに基づく試験の感度および特異度は、それぞれ８７．０％および３２．９％である。１８２日目のデータのＡＵＣは０．５９である。４以上という平均変化倍数のカットオフポイントでは、治療後１９６日目に採取した血液試料から得られたデータに基づく試験の感度および特異度は、それぞれ８５．７％および３２．８％である。１９６日目のデータのＡＵＣは０．５７である。最後に、同じカットオフポイントを用いた場合、治療後２１０日目に得られた感度、特異度およびＡＵＣの値はそれぞれ、８６．０％、３３．８％および０．５６である。
【０２４１】
ＳＬＥ患者を診断陽性（応答者）対診断陰性（非応答者）状態に区分するための分類指標として、４つの各遺伝子の変化倍数として示される過剰発現の平均を用いた場合、群間が明確に区別される。ｌｏｇ２尺度での４遺伝子平均スコアの分布は、２つの明白な最頻値を明瞭に示しており、その間に当てはまる値はほとんどない。図２Ａおよび２Ｂは、平均変化倍数のカットオフが４以上の４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）診断法を用いた診断試験陽性および陰性群への患者の分布を示す。
【０２４２】
Ａ．４以上のＳＬＥＮＡ−ＳＬＥＤＡＩ
本発明者らは、ＭＩ−ＣＰ１５２にわたってすべてのシファリムマブ用量群をプールし、ベースラインからのＳＥＬＥＮＡ−ＳＬＥＤＡＩの４ポイント以上の減少（ＳＥＬＥＮＡ−ＳＬＥＤＡＩ応答者）という臨床エンドポイントを用いて、１８２日目に４６．６％の陽性的中率（ＰＰＶ；診断陽性被検者［Ｄｘ＋］のうち応答者である被験者のパーセンテージ）を算出した。同様に、１８２日目に８２．１％の陰性的中率（ＮＰＶ；診断陰性被検者［Ｄｘ−］のうち非応答者である被験者のパーセンテージ）を算出した。この同じ臨床エンドポイントでは、感度および特異度の値は８７．０％および３２．９％であった。
【０２４３】
本発明者らは、約２０％〜４０％のプラセボ奏効率を観察したため、本発明者らは、「デルタＰＰＶ」および「デルタＮＰＶ」を算出して、的中率に対するプラセボ効果を考慮することが適切であることを見出した。デルタＰＰＶ値は、シファリムマブ治療被験者のＰＰＶ（大部分が中間解析時に得られた０．３および１．０ｍｇ／ｋｇのデータに基づく）とプラセボ治療被験者のＰＰＶの間の差である。同様に、デルタＮＰＶでは、この計算はシファリムマブ治療被験者（同様に、大部分が０．３および１．０ｍｇ／ｋｇ群のデータ）のＮＰＶとプラセボ治療被験者のＮＰＶの間の差からなる。これらのデルタＰＰＶ／ＮＰＶ統計値はＰＰＶとＮＰＶの内輪の見積もりであり、プラセボ投与された応答患者との関連における薬物投与された応答患者のパーセンテージを示す。したがって、これらの統計値は、応答者状態に本来存在する「ノイズ」レベルを示す。しかし、これらの調整されたＰＰＶ／ＮＰＶ値を用いても、シファリムマブで治療したＤｘ陰性患者に比べ、シファリムマブで治療したＤｘ陽性患者において優れた奏効率が依然として見られる。
【０２４４】
結果のまとめを表１に示す。
【０２４５】
表１．治療後１８２日、１９６日および２１０日目に報告された、診断状態により分類した奏効率
【表１】
2013503642.tif 000014
【０２４６】
ＣＩ＝信頼区間；ＤＸ＝診断
図３Ａおよび３Ｂは、中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する患者におけるＭＥＤＩ−５４５の複数回静脈内投与を評価するための第１ｂ相、多施設、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究のデータを示す。すべてのＳＬＥ被験者は、予備スクリーニングにおいて６以上のＳＬＥＤＡＩスコアを有する。図３Ａおよび３Ｂは、プラセボまたは０．３／１／３／１０ｍｇ／ｋｇのＭＥＤＩ−５４５のコホートの４遺伝子（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）サイン陽性または陰性のＳＬＥ患者の対時間曲線下面積マイナスベースラインＳＬＥＤＡＩスコアを示す。図３Ａはサイン陽性、図３Ｂはサイン陰性である。
【０２４７】
４遺伝子診断（すなわち、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２サイン）と臨床試験における被験者の主要な人口統計学的／臨床的変数との間に大きな相関パターンはない。これらの主要な変数に対するピアソン相関係数を表２に記載する。
【０２４８】
表２．４遺伝子サイン（すなわち、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２サイン）と主要な人口統計学的／臨床的変数に対するピアソン相関係数。１８２日目および１９６日目は、それぞれＭＥＤＩ５４５投与後１８２日目および１９６日目に採取した血液から得られた遺伝子発現パターンを表す。
【表２】
2013503642.tif 000015
【０２４９】
Ｂ．ＳＥＬＤＡＩ応答における正相関、４ポイント以上の減少（改善）
データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目までプラセボまたはシファリムマブを投与した。４ポイント以上のＳＬＥＤＡＩ減少（疾患活動性における改善）であるＳＬＥＤＡＩ応答を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ６以上ベースラインＳＬＥＤＡＩスコアを有する患者が含まれており、１、３または１０ｍｇ／ｋｇのシファリムマブまたはプラセボを投与された被験者のデータが示されている。１９６日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。
【０２５０】
図４Ａは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答（％）はシファリムマブ被験者（ｎ＝８８）で５２．５％、およびプラセボ被験者（ｎ＝２２）で３３．９％である。図４Ｂは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均複合応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝２２）で２５．７％％、およびプラセボ被験者（ｎ＝６）で２２．２％である。
【０２５１】
Ｃ．サインの減少とＳＬＥＤＡＩ応答の正相関。ベースライン後のＤｘにおいて５０％以上の減少対５０％未満の減少を有するＤｘ＋被験者における、４ポイント以上減少（改善）のＳＬＥＤＡＩ応答
図５Ａおよび５Ｂ。データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目までプラセボまたはシファリムマブを投与した。４ポイントを超えるＳＬＥＤＡＩ減少（疾患活動性における改善）であるＳＬＥＤＡＩ応答を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ６を超えるベースラインＳＬＥＤＡＩスコアを有する被験者が含まれており、１、３または１０ｍｇ／ｋｇのシファリムマブまたはプラセボを投与された被験者のデータが示されている。１９６日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。
【０２５２】
図５Ａは、スクリーニングで診断試験が陽性であり、またシファリムマブで治療した場合、投与後２８〜２１０日目のベースライン診断サインスコアにおいて５０％を超える中央値減少を有した被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答（％）はシファリムマブ被験者（ｎ＝２３）で６６．３％、およびプラセボ被験者（ｎ＝２２）で３３．９％である。図Ｂは、スクリーニングで陽性の診断試験を有し、またはシファリムマブで治療した場合、投与後２８〜２１０日のベースライン診断サインスコアにおいて５０％未満の中央値減少を有した被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答（％）はシファリムマブ被験者（ｎ＝２３）で４８．０％、およびプラセボ被験者（ｎ＝２２）で３３．９％である。
【０２５３】
Ｄ．複合応答とサインの正相関
図６Ａおよび６Ｂに示されるように、被験者の複合応答は、陽性の４遺伝子サインスコアと相関する。データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目まで、プラセボまたは０．３、１、３もしくは１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ用量のシファリムマブを２週間ごとに投与した。４ポイント以上のＳＬＥＤＡＩ減少（改善）および１以下の新たなＢＩＬＡＧ  Ｂスコア（少なくとも中等度の再燃の尺度）および３インチ（約７．６ｃｍ）視覚的アナログ尺度で０．３インチ（約０．７６ｃｍ）を超える医師包括評価（ｐｈｙｓｉｃｉａｎ  ｇｌｏｂａｌ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ）の悪化なしである複合応答を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ６以上のベースラインＳＬＥＤＡＩスコアを有する被験者が含まれる。１９６日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。図６Ａは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均複合応答（％）はシファリムマブ被験者（ｎ＝８８）で４６．４％、およびプラセボ被験者（ｎ＝２９）で３６．１％である。図６Ｂは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均複合応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝２８）で１９．１％、およびプラセボ被験者（ｎ＝９）で１４．８％である。
【０２５４】
Ｅ．ＳＬＥＤＡＩ曲線下面積マイナスベースラインにおける正相関
図７Ａおよび７Ｂに示されるように、ＳＬＥＤＡＩ曲線下面積マイナスベースラインの減少は、陽性の４遺伝子サインスコアと相関する。データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目まで、プラセボまたは０．３、１、３もしくは１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ用量のシファリムマブを２週間ごとに投与した。ＳＬＥＤＡＩスコア（疾患活動性の尺度）に対する曲線下面積マイナスベースラインを示し、負の大きな値ほど疾患活動性における大きな減少を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者が含まれる。図７Ａは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均曲線下面積マイナスベースラインはシファリムマブ被験者（ｎ＝９２）で−２．３４、およびプラセボ被験者（ｎ＝３０）で−１．１４である。図７Ｂは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、１８２〜２１０日目の平均曲線下面積マイナスベースラインはシファリムマブ被験者（ｎ＝２９）で−０．４６、およびプラセボ被験者（ｎ＝１０）で−０．８８である。
【０２５５】
Ｆ．ベースラインからのＳＬＥＤＡＩの変化とサインの正相関
図８Ａおよび８Ｂに示されるように、ベースラインからのＳＬＥＤＡＩの減少は、陽性の４遺伝子サインスコアと相関する。データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目まで、プラセボまたは０．３、１、３もしくは１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ用量のシファリムマブを２週間ごとに投与した。６以上のベースラインＳＬＥＤＡＩを有する患者において４ポイント以上のＳＬＥＤＡＩ減少（疾患活動性における改善であるＳＬＥＤＡＩ応答を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。１９６日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後２８〜２１０日目に５０％以上のＩ型ＩＦＮサインの中央値減少を有する被験者を示す。図８Ａは、１ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝１０）で５３％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝７）で２１％である。図８Ｂは、３ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝６）で６３％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝６）で３３％である。
【０２５６】
Ｇ．サイン抑制、ＳＬＥＤＡＩ応答および用量
図９Ａ〜９Ｃ。データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目まで、プラセボまたは０．３、１、３もしくは１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ用量のシファリムマブを２週間ごとに投与した。６以上のベースラインＳＬＥＤＡＩを有する患者において、４ポイント以上のＳＬＥＤＡＩ減少（疾患活動性における改善）であるＳＬＥＤＡＩ応答を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。１９６日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後２８〜２１０日目に５０％以上のＩ型ＩＦＮサインの中央値減少を有する被験者を示す。図９Ａは、１ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝１０）で５３％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝７）で２１％である。図９Ｂは、３ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝６）で６３％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝６）で３３％である。図９Ｃは、１０ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝９）で７５％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝９）で４５％である。
【０２５７】
データは試験ＣＰ１５２のものである。中等度から重度の活動性ＳＬＥを有する被験者をＩ型ＩＦＮサインのスクリーニングにより層別化した後、０〜１８２日目まで、プラセボまたは０．３、１、３もしくは１０ｍｇ／ｋｇのＩＶ用量のシファリムマブを２週間ごとに投与した。６以上のベースラインＳＬＥＤＡＩを有する患者において、４ポイント以上のＳＬＥＤＡＩ減少（疾患活動性における改善）であるＳＬＥＤＡＩ応答を示す。黒四角／実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角／点線はプラセボ患者を表す。１８２〜２１０日目のみの短い線は、１８２〜２１０日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも１用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。１９６日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後２８〜２１０日目に５０％未満のＩ型ＩＦＮサインの中央値減少を有する被験者を示す。図１０Ａは、１ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝９）で３７％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝７）で２１％である。図１０Ｂは、３ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝１２）で４２％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝６）で３３％である。図１０Ｃは、１０ｍｇ／ｋｇのＩＶでシファリムマブを投与された被験者を含み、１６８〜２１０日目の平均ＳＬＥＤＡＩ応答はシファリムマブ被験者（ｎ＝１５）で４５％、および同じコホートのプラセボ被験者（ｎ＝９）で４５％である。
【０２５８】
Ｈ．健常ドナーに対する変化倍数に対するデルタＣｔ
初期の研究では、本発明者らは、各ＳＬＥ患者に対する参照として２４人の正常な健常ドナーのプールを用いて変化倍数を算出した。しかし、本発明者らは、この参照は困惑するような問題点、具体的には：１）それは検査内に変動をもたらされす可能性がある、および２）常に同じ動的範囲を有する人為的な参照を作製することは負担となるという問題点を有し得ることがわかった。
【０２５９】
本発明者らは、この正常参照の必要性を評価するための解析を行い、デルタＣｔ値を変化倍数の値と比較した場合、この２つ（共にｌｏｇ２に変換）の間に９９％を超える相関関係があることを見出した。したがって、参照としてＳＬＥ患者試料由来のハウスキーピング遺伝子にデルタＣｔ値を用いることが可能であり、健常ドナーを測定する、またはそれと比較する必要なない。このアプローチは、診断試験の一次出力が定量的スコアではなく、陽性または陰性の定性的結果である場合に強化され得る。本発明者らの結果は、変化倍数尺度における４以上というカットオフは、デルタＣｔ尺度における７．６以上というカットオフに置き換えられることを示している。
【０２６０】
ＸＩ．実施例３．皮膚筋炎および多発性筋炎における疾患活動性と血中でのＩ型インターフェロン誘導性およびその他のサイトカイン誘導性遺伝子発現との間の関係
Ａ．背景
ＤＭまたはＰＭを有する４２人の患者の末梢血を、初期実験におけるＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  ｐｌｕｓ  ２．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐｓ（登録商標）を用いた遺伝子発現プロファイリングに供し、Ｉ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の末梢過剰発現を示す患者の罹患率を特定した。ＤＭおよびＰＭに対する潜在的な治療剤標的としてのＩ型ＩＦＮに関する科学的洞察をさらに得るために、次いでＤＭまたはＰＭを有する２４人の患者を前向き研究に加え、標準的な臨床ケアを受けている間、最大で６年間（平均１．９年間）追跡した。
【０２６１】
Ｂ．方法
疾患活動性の筋炎治療意図活動性指数（Ｍｙｏｓｉｔｉｓ  Ｉｎｔｅｎｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｔｒｅａｔ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘ）（ＭＩＴＡＸ）を含めた臨床経過を１５０人にわたる患者診察で評価した。この指数は、各器官または系に対して医師が大用量のステロイドおよび／または免疫抑制剤により治療を行い得る、医師が用いる６つの器官または系に基づくものである。８０人の患者診察で採取した末梢血試料を、Ｉ型ＩＦＮ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１０およびＩＬ−１３シグナル伝達経路のためのサイトカイン誘導性遺伝子発現のマイクロアレイ解析に使用した。
【０２６２】
Ｃ．結果
４２人のうち３５人（８７％）のＤＭおよびＰＭ患者が、末梢血におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の中程度／強度の過剰発現を有していた。治療過程の間の長期的研究では、２４人のうち２１人の患者が末梢血におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインの過剰発現を示した。具体的には、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２、ならびにＩ型ＩＦＮ誘導性１３遺伝子複合サイン（ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１およびＩＦＩ６）が、治療期間中の疾患活動性と非常に相関していた。３人の患者では、治療期間中のＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の過剰発現が、疾患再発の約１ヶ月以内で先行した。またＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１０およびＩＬ−１３誘導性遺伝子サインもＤＭおよびＰＭ患者において過剰発現されたが、疾患活動性とは相関がなかった。
【０２６３】
Ｉ型ＩＦＮの標的化は、末梢におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の過剰発現を有するＤＭおよびＰＭ患者母集団において臨床的利点をもたらし得る。末梢血におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の過剰発現は、これらの患者の抗Ｉ型ＩＦＮ療法の開発のための薬力学的および予測的バイオマーカーとしての使用のためのさらなる研究に値する。具体的には、ＳＬＥに関する上記結果は、４遺伝子診断が抗インターフェロンアルファ療法に応答するＤＭおよびＰＭ患者の同定を可能にすることを示している。
【０２６４】
ＸＩＩ．実施例４：ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃおよびＲＡ罹患患者由来の全血におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の過剰発現の存在および程度を評価するための４または５遺伝子サインの使用
Ａ．背景
本発明者らは、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、皮膚筋炎（ＤＭ）、多発性筋炎（ＰＭ）、関節リウマチ（ＲＡ）および全身性強皮症（ＳＳｃ）を有する患者におけるＩ型インターフェロン（ＩＦＮ）経路の活性化に共通点があるか否かを判定する研究を行った。
【０２６５】
本発明者らは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ｇｅｎｅｃｈｉｐ（登録商標）を用いて、２６２人のＳＬＥ、４４人のＤＭ、３３人のＰＭ、３８人のＳＳｃおよび８９人のＲＡ被験者の全血（ＷＢ）において過剰発現された転写産物を同定し、発現を２４人の健常被験者と比較した。ＷＢにおけるＩ型ＩＦＮ経路の活性化を、５遺伝子Ｉ型ＩＦＮサイン（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２）を用いて各被験者に関して個別に評価し、同様に１６人のＳＬＥおよび２２人のＳＳｃ被験者由来の病変皮膚、３７人のＤＭおよび３６人のＰＭ被験者由来の筋肉生検材料、ならびに２０人のＲＡ被験者由来の滑膜組織においても同様に評価した。上記被験者のＷＢにおける経路活性化に関して、その他のサイトカイン遺伝子サイン、例えばＴＮＦ−α、ＩＬ１β、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１７およびＧＭ−ＣＳＦなども評価した。さらに、Ｉ型ＩＦＮ誘導性および非Ｉ型ＩＦＮ誘導性転写産物の両方の発現プロファイルを用いたクラスタリング法により、疾患および健常被験者の分子分類を行った。
【０２６６】
被験者のＩ型ＩＦＮ経路活性化を評価するために使用したこの５遺伝子パネルは、Ｙａｏら，２００９に記載されているように、ＤＭ、ＰＭおよびＳＬＥを有する被験者における抗ＩＦＮ−α  ｍＡｂの薬力学を測定するために使用された、２１個のＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子のセットから同定された。この５遺伝子は、正常な健常ドナーに比べ、ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃ、ＲＡおよびシェーグレン病を有する被験者において、これら２１個の遺伝子の中で最も過剰発現することが見出された（表３）。表３の遺伝子は、２１個の遺伝子中でのこの５遺伝子の順位を示すために、各ブロックの２１個の遺伝子を（個々の疾患それぞれにおいて）降順に並べ替えてある。
【０２６７】
表３．ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃ、ＲＡにおける遺伝子発現
【表３】
2013503642.tif 000016
【０２６８】
2013503642.tif 000017
【０２６９】
2013503642.tif 000018
【０２７０】
2013503642.tif 000019
【０２７１】
2013503642.tif 000020
【０２７２】
2013503642.tif 000021
【０２７３】
2013503642.tif 000022
【０２７４】
2013503642.tif 000023
【０２７５】
2013503642.tif 000024
【０２７６】
2013503642.tif 000025
【０２７７】
本発明者らは、ＷＢにおけるＩ型ＩＦＮ経路活性化に関して陽性であるＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃおよびＲＡ被験者の割合が、ＳＬＥで７２％、ＤＭで６６％、ＰＭで６１％、ＳＳｃで５０％およびＲＡで３３％であることを見出した。罹患組織およびＷＢの両方において、Ｉ型ＩＦＮ誘導性転写産物の一致した過剰発現が観察された。
【０２７８】
上記研究から、ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃおよびＲＡ被験者の母集団におけるＩ型ＩＦＮ経路の活性化が一貫して観察された。ＰＭおよびＲＡ被験者のサブグループもＴＮＦ−α経路の活性化を示し、またＳＳｃ被験者のサブグループはＩＬ−１７経路の強い活性化を示した。３６個のＩ型ＩＦＮ誘導性転写産物の共通のセットが被験者ＷＢにおいて最も過剰発現される転写産物に含まれていた。したがって、上記研究は、異なる疾患症状を有するすべての被験者を、古典的なＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃおよびＲＡという名称を示すのではなく、分子的特徴により分類することが可能であることを示している。
【０２７９】
Ｂ．結果
個々のＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＳＳｃおよびＲＡ被験者ならびに健常被験者のＷＢにおける５つのＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子を用いて算出したＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインのスコアを、図１１Ａに示す。複数の遺伝子の相対的発現の総スコアは、経路活性の確固とした測定をもたらし得る。総スコアが４を超える患者をＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サイン陽性と見なした。５遺伝子パネルを用いたＩ型ＩＦＮ遺伝子サイン陽性／陰性状態の閾値は、健常な正常ドナーのサイン値の分布を用いて決定した。これら２４人の正常な健常ドナーの試料数が少ないため、本発明者らは、サイン状態の閾値の内輪の見積もりを組み込んだ。正常な健常ドナーのＩ型ＩＦＮ遺伝子サイン値の最大値は３である。４というカットオフにより、一般母集団とより一致する可能性がある分散がさらにもたらされる。これらの被験者のＷＢにおけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインの過剰発現のスコアは、健常被験者のものと比べて有意であった（健常な正常被験者、ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ被験者の中央値スコアは、それぞれ１．１、３４．５、１２．４、５．３、２．３および４．３であり；ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ被験者のｐ値は、それぞれ７．８×１０−４７、７．５×１０−７、６．６×１０−４、４．７×１０−５および５．２×１０−４である）。
【０２８０】
各自己免疫疾患において、Ｉ型ＩＦＮ経路活性化に関して「サイン陽性」のスコアであった被験者のパーセンテージには、５遺伝子Ｉ型ＩＦＮサインスコアを用いた（表４）。各自己免疫疾患内でのＩ型ＩＦＮ経路活性化に関してサイン陽性である患者は：ＳＬＥで７３％、ＤＭで６６％、ＰＭで６１％およびＳＳｃで５０％、ＲＡで３３％である。陽性サイン（または陰性サイン）である同様の被験者を同定するための方法は、これらの自己免疫疾患の特定のサブグループにおけるＩ型ＩＦＮ遺伝子過剰発現の確固たる存在を示す。
【０２８１】
表４．正常な健常対照ならびにＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭ、ＲＡおよびＳＳｃ疾患における、ＷＢにおいて陽性Ｉ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインを有する被験者のパーセンテージ
【表４】
2013503642.tif 000026
【０２８２】
また本発明者らは、疾患組織（ＳＬＥおよびＳＳｃ被験者の病変皮膚、ＤＭおよびＰＭ被験者の筋肉標本およびＲＡ被験者の滑膜組織）におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の過剰発現も評価した。本発明者らは、ＩＦＮ−αまたはＩＦＮ−βによる初代ヒトケラチノサイト／線維芽細胞モデルおよび筋芽細胞筋細胞系（ＳｋＭＣ）のインビトロ刺激を用いて、皮膚および筋肉に特徴的な細胞における潜在的なＩ型ＩＦＮ誘導性転写産物を同定した。常在皮膚細胞または筋細胞系においてＩ型ＩＦＮにより誘導された転写産物の大部分は、ＷＢにおいても誘導可能であった（皮膚のデータはＹａｏ  Ｙ，Ｊａｌｌａｌ  Ｊら．Ｔｙｐｅ  Ｉ  ＩＦＮ  ａｓ  ａ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｔａｒｇｅｔ  ｆｏｒ  ｐｓｏｒｉａｓｉｓ．  ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ２００８；３（７）：ｅ２７３７．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０００２７３７に記載されていたものである）。以下の試料数、１６人のＳＬＥ、３７人のＤＭ、３６人のＰＭ、２２人のＳＳｃおよび２０人のＲＡ被験者では、評価したＳＬＥ、ＳＳｃ、ＤＭ、ＰＭおよびＲＡ被験者の大きなサブセットにおいて、疾患部位でＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の高い過剰発現が観察された（ＳＬＥ、ＳＳｃ、ＤＭおよびＰＭ被験者でそれぞれｐ値＜０．０１；５遺伝子Ｉ型ＩＦＮサインスコアの中央値は、正常な健常ドナー、ＳＬＥおよびＳＳｃ被験者の皮膚において０．８、１３．６、４．５；正常な健常ドナー、ＤＭおよびＰＭ被験者の筋肉標本において０．９、１５．３および５；滑膜組織および正常な健常ドナーおよびＲＡ被験者において１．０および７．１（ＲＡ比較は正常対照の試料数が少な過ぎるために評価できなかった）；図１１Ｂ）。
【０２８３】
マッチしたＷＢと疾患組織標本において陽性のＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サイン（５遺伝子サインを使用）を有する患者間の解析では、１６人のＳＬＥ被験者のうち１３人がＷＢおよび病変皮膚において同等のＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインスコアを示した（フィッシャー直接検定を用いてＰ＜０．０５）。ペアのＷＢと筋肉標本を有する１０人のＤＭおよび９人のＰＭ被験者では、２つのＤＭ筋肉標本、１つのＰＭ筋肉および１つのＰＭ  ＷＢ標本（同一患者由来）がＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインに関して陰性であった。ペアのＷＢと皮膚標本を有する１０人のＳＳｃ被験者では、７人の被験者が同等のＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子サインスコアを示した。これらの観察結果は、ＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭおよびＳＳｃ被験者のＷＢおよび疾患組織におけるＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の発現が一致する強い傾向を示している。
【０２８４】
さらなる解析で、本発明者らは、４遺伝子サイン（ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２）を調べ、これもＳＬＥ、ＤＭ、ＰＭおよびＳＳｃ被験者のＷＢおよび疾患組織における４つのＩ型ＩＦＮ誘導性遺伝子の発現が一致する強い傾向を示すと判断した。図１２Ａおよび１２Ｂを参照されたい。
【図１】
2013503642.tif 000031
【図２Ａ】
2013503642.tif 000032
【図２Ｂ】
2013503642.tif 000033
【図３Ａ】
2013503642.tif 000034
【図３Ｂ】
2013503642.tif 000035
【図４Ａ】
2013503642.tif 000036
【図４Ｂ】
2013503642.tif 000037
【図５Ａ】
2013503642.tif 000038
【図５Ｂ】
2013503642.tif 000039
【図６Ａ】
2013503642.tif 000040
【図６Ｂ】
2013503642.tif 000041
【図７Ａ】
2013503642.tif 000042
【図７Ｂ】
2013503642.tif 000043
【図８Ａ】
2013503642.tif 000044
【図８Ｂ】
2013503642.tif 000045
【図９Ａ】
2013503642.tif 000046
【図９Ｂ】
2013503642.tif 000047
【図９Ｃ】
2013503642.tif 000048
【図１０Ａ】
2013503642.tif 000049
【図１０Ｂ】
2013503642.tif 000050
【図１０Ｃ】
2013503642.tif 000051
【図１１Ａ】
2013503642.tif 000052
【図１１Ｂ】
2013503642.tif 000053
【図１２Ａ】
2013503642.tif 000054
【図１２Ｂ】
2013503642.tif 000055
【配列表】
2013503642000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成24年5月7日(2012.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することを含み、少なくとも約４倍のｍＲＮＡ増加が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
【請求項２】
前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が、
１）前記被検体から得た試料からＲＮＡを単離することと、
２）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成することと、
３）前記ｃＤＮＡを、配列番号２５〜３２の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
４）前記ｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１３〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
Ｉ型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療するための方法であって、
ａ）前記被検体の試料中のＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のうちの少なくとも４つのｍＲＮＡの増加を検出することにより、治療に適した被検体を同定し、少なくとも約４倍のｍＲＮＡの増加が治療に適した被検体を示すことと、
ｂ）前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
【請求項８】
前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
少なくともＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６およびＲＳＡＤ２のｍＲＮＡの検出が、
１）前記被検体から得た試料からＲＮＡを単離することと、
２）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成することと、
３）前記ｃＤＮＡを、配列番号２５〜３２の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
４）前記ｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１３〜２４の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項７に記載の方法。
【国際調査報告】
2013503642.tif 000056