(57)【要約】個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型に基づく薬理ゲノミクス及び治療反応性ガイド手法を使用して、肝炎ウイルス感染に起因する疾患等のウイルス疾患を含む感染症を酵母系免疫療法で治療するための改善された方法が開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症の治療、又は、慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状の予防、改善、又は治療の少なくともいずれかのための方法であって、前記個体に、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインと、少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの一方又は両方とを含む酵母系免疫療法組成物を投与することを含み、酵母系免疫療法組成物とインターフェロン及び抗ウイルス化合物の少なくともいずれか一方とが、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン又は抗ウイルス化合物が効果的であることが確立されている期間よりも長期間にわたって同時投与される方法。
【請求項２】
Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症の治療、又は、慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状の予防、改善、又は治療の少なくともいずれかのための方法であって、前記個体に、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインと、少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの一方又は両方とを含む酵母系免疫療法組成物を含む治療プロトコールを投与することを含み、前記個体のウイルスレベルをモニターし、前記個体が初めてウイルス陰性を達成した時、前記個体を前記治療プロトコールで更に４〜４８週間治療する方法。
【請求項３】
Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症の治療、又は、慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状の予防、改善、又は治療の少なくともいずれかのための方法であって、前記個体に、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインと、少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの一方又は両方とを含む酵母系免疫療法組成物を投与することを含み、酵母系免疫療法組成物とインターフェロン及び抗ウイルス化合物の少なくともいずれか一方とが同時投与され、インターフェロン及び抗ウイルス化合物の少なくともいずれか一方が、前記酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン又は抗ウイルス性化合物が有効であることがそれぞれ確立されているプロトコールよりも、少ない用量、少ない頻度、及び短い期間の少なくともいずれかで投与される方法。
【請求項４】
酵母系免疫療法組成物とインターフェロン及び抗ウイルス化合物の少なくともいずれか一方とが、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び抗ウイルス化合物の少なくともいずれか一方が有効であることが確立されている期間よりも少なくとも数週間長い期間にわたって同時投与される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
酵母系免疫療法組成物とインターフェロン及び抗ウイルス化合物の少なくともいずれか一方とが、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び抗ウイルス化合物のいずれか一方が有効であることが確立されている期間よりも少なくとも４〜４８週間長い期間にわたって同時投与される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
インターフェロンがペグ化インターフェロン−αである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
インターフェロンがペグ化インターフェロン−α−２ａ又はペグ化インターフェロン−α−２ｂである、請求項１〜３のいずれかの一項に記載の方法。
【請求項８】
抗ウイルス化合物がリバビリンである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
抗ウイルス化合物がリバビリン及びＨＣＶプロテアーゼ阻害剤を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
抗ウイルス化合物がリバビリン及びＨＣＶポリメラーゼ阻害剤を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
抗ウイルス化合物が１つ又は２つのＨＣＶポリメラーゼ阻害剤を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症の治療、又は、慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状の予防、改善、又は治療の少なくともいずれかのための方法であって、個体に、
（ａ）１つ又は複数のＨＣＶ抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物、
（ｂ）ペグ化インターフェロン−α、及び
（ｃ）リバビリン
を投与することを含み、
酵母系免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンが、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有するインターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する無効個体には７２週間にはわたって同時投与され、ただし（ｂ）及び（ｃ）の少なくともいずれか一方の作用剤は、任意に、免疫療法の非存在下で（ｂ）又は（ｃ）の作用剤が有効であるとそれぞれ確立されたプロトコールよりも、少ない用量、少ない頻度、及び短い期間の少なくともいずれかで投与されてもよく、
酵母系免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンが、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有するインターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただし、前記Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体が、前記期間の最初の１２週間以内にウイルス陰性に達しない場合、酵母系免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間を超えて、無効個体には７２週間を超えて投与される方法。
【請求項１３】
抗原が、ＨＣＶ配列を含む融合タンパク質であり、ＨＣＶ配列が、１〜５つのＨＣＶタンパク質及びそれらの免疫原性ドメインの少なくともいずれかからなり、ＨＣＶタンパク質が、ＨＣＶコア（配列番号２０の１〜１９１位）；ＨＣＶ  Ｅ１エンベロープ糖タンパク質（配列番号２０の１９２〜３８３位）；ＨＣＶ  Ｅ２エンベロープ糖タンパク質（配列番号２０の３８４〜７４６位）；ＨＣＶ、Ｐ７イオンチャネル（配列番号２０の７４７〜８０９位）；ＨＣＶ  ＮＳ２メタロプロテアーゼ（配列番号２０の８１０〜１０２６位）；ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ／ヘリカーゼ（配列番号２０の１０２７〜１６５７位）；ＨＣＶ  ＮＳ４ａ  ＮＳ３プロテアーゼコファクター（配列番号２０の１６５８〜１７１１位）；ＨＣＶ  ＮＳ４ｂ（配列番号２０の１７１２〜１９７２位）；ＨＣＶ  ＮＳ５ａ（配列番号２０の１９７３〜２４２０位）；及びＨＣＶ  ＮＳ５ｂ  ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（配列番号２０の２４２１〜３０１１位）からなる群から選択され、
前記組成物が、前記融合タンパク質中のＨＣＶタンパク質又はその免疫原性ドメインの各々に対する免疫応答を誘発する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
ＨＣＶ配列が、ＨＣＶコア配列又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに結合されたＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ配列又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインからなり、ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ配列が、天然ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼの触媒ドメインを欠如しており、前記組成物が、ＨＣＶ  ＮＳ３特異的免疫応答及びＨＣＶコア特異的免疫応答を誘発する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
融合タンパク質が配列番号２を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
個体の肝炎ウイルス感染症を治療する方法であって、前記個体を、
（ａ）１つ又は複数の肝炎抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つの肝炎抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物、及び
（ｂ）インターフェロン、抗ウイルス化合物、宿主酵素阻害剤、及び（ａ）の酵母系免疫療法組成物以外の免疫療法組成物の少なくともいずれか１つから選択される１つ又は複数の作用剤
の投与を含む治療プロトコールで治療することを含み、
前記治療プロトコールが、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合は、（ｂ）の１つ又は複数の作用剤の投与用量、投与頻度、及び投与期間の少なくともいずれかを、免疫療法の非存在下で（ｂ）の作用剤が有効であることが確立されている投与用量、投与頻度、又は投与期間と比較して低減させることにより変更され、
前記治療プロトコールが、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合は、前記プロトコールに対するこれらの個体の応答性をモニターし、前記プロトコールに対して遅延応答者である個体の前記プロトコールの投与期間を延長することにより変更される方法。
【請求項１７】
肝炎ウイルスがＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）又はＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
インターフェロンがインターフェロン−αである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
個体の慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症の治療、又は、慢性ＨＢＶ感染症の少なくとも１つの症状の予防、改善、又は治療の少なくともいずれかのための方法であって、個体に、
（ａ）１つ又は複数のＨＢＶ抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＢＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物と、
（ｂ）インターフェロン、ラミブジン、アデホビル、テノホビル、テルビブジン、及びエンテカビルから選択される１つ又は複数の作用剤とを投与することを含み、
酵母系免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、前記個体がセロコンバージョンに達するまで同時投与され、ただし（ｂ）の作用剤は、任意に、酵母系免疫療法の非存在下で（ｂ）の作用剤が有効であることが確立されているプロトコールよりも、少ない用量、少ない頻度、及び短い期間の少なくともいずれかで投与され、その後任意に（ａ）及び（ｂ）の作用剤の少なくともいずれか一方が更に１〜１２か月間投与され、
酵母系免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤が、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型の有する個体には、前記個体がセロコンバージョンに達するまで同時投与され、その後（ａ）及び（ｂ）の作用剤の少なくともいずれか一方が更に１〜１２か月間投与される方法。
【請求項２０】
抗原が、表面タンパク質（Ｌ、Ｍ、及びＳ、並びにその機能的及び免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；プレコア／コア／ｅ（プレコア、コア、ｅ抗原、並びにその機能的及び免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；ポリメラーゼ；（全長、ＲＴドメイン、ＴＰドメイン、並びにその機能的及び免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及びＸ抗原（又はその機能的及び免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）からなる群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
個体の感染症を治療する方法であって、前記個体を、酵母系免疫療法組成物の投与を含む治療プロトコールで治療することを含み、前記個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型が、前記プロトコールを投与する前に決定され；
全個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答時間よりも遅延して、前記治療プロトコールに初めて応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合は、前記治療プロトコールの投与期間が延長され；かつ
Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合は、前記治療プロトコールが、酵母系免疫療法組成物以外の前記治療プロトコールの１つ又は複数の作用剤の投与用量、投与期間、又は投与頻度を低減させることにより修正される方法。
【請求項２２】
個体の感染症の治療を向上させる方法であって、
（ａ）個体を治療する前に前記個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型を検出すること、
（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症の治療用の追加の作用剤と共に同時投与し、酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間よりも延長されること、及び
（ｃ）酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症の治療用の追加の作用剤と共に同時投与し、治療プロトコールが、酵母系免疫療法の非存在下での追加の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度と比較して、前記プロトコールの追加の作用剤の用量を低減させ、投与期間を短縮させ、又は投与頻度を低減させるように修正されること
の少なくともいずれかを含む方法。
【請求項２３】
感染症がウイルス疾患である、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２４】
感染症が肝炎ウイルス感染症である、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２５】
酵母系免疫療法組成物が、少なくとも１つの抗原又はその免疫原性ドメインを含み、抗原が、感染症を引き起こす病原体と関連しているか又は感染症を引き起こす病原体に由来する、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２６】
抗原が、ウイルス抗原、真菌抗原、細菌抗原、蠕虫抗原、寄生虫抗原、外寄生生物抗原、及び原虫抗原からなる群から選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
個体のウイルス血症を治療する方法であって、前記個体を、酵母系免疫療法組成物の投与を含む治療プロトコールで治療することを含み、前記個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型が、前記プロトコールを投与する前に決定され、全個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答時間よりも遅延して、前記治療プロトコールに初めて応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合は、前記治療プロトコールの投与期間が延長される方法。
【請求項２８】
Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団のウイルス血症を治療する方法であって、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団を、酵母系免疫療法組成物の投与を含む治療プロトコールで治療することを含み、前記個体の治療プロトコールに対する応答性をモニターし、前記個体が治療プロトコールに対して遅延応答者である場合、前記個体が、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体よりも長期間にわたって治療される方法。
【請求項２９】
酵母系免疫療法組成物が、抗原を発現する酵母媒体を含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
酵母媒体が全酵母である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
酵母媒体が熱不活化酵母である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
酵母媒体がサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）に由来する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
（ａ）ＤＮＡ試料中のＩＬ２８Ｂ多型を検出するためのポリヌクレオチドプライマー又はプローブ、及び
（ｂ）感染症病原体に由来する抗原を発現する熱不活化全酵母を含む酵母系免疫療法組成物
を含むキット。
【請求項３４】
（ａ）個体の前記ＩＬ−２８Ｂ遺伝子型を検出すること、
（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症の治療用の追加の作用剤と共に同時投与し、酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間と比較して延長されること、及び
（ｃ）酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症の治療用の追加の作用剤と共に同時投与し、治療プロトコールが、酵母系免疫療法の非存在下での追加の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度と比較して、前記プロトコールの追加の作用剤の用量を低減させ、投与期間を短縮させ、又は投与頻度を低減させるように修正されること
を含むプロトコールで感染症を治療する方法における酵母系免疫療法組成物の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般的に、肝炎ウイルス感染に起因する疾患等のウイルス疾患を含む感染症を酵母系免疫療法で治療するための改善された方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ワクチンを含む免疫療法組成物は、医療産業が疾患を予防及び治療するために利用可能な最も対費用効果の高い手段の１つである。しかしながら、病原体による感染により引き起こされる疾患又は病原体による感染に伴う疾患を含む様々な疾患の安全で有効な免疫療法戦略を開発する切迫した必要性が依然として存在する。肝炎ウイルス感染により引き起こされる疾患等のウイルス疾患を含む多くの感染症を治療するためには、細胞媒介性（細胞性）免疫応答を誘発する免疫療法を提供することが望ましい。疾患は、継続期間、症状、重症度、及び／又は転帰が、特定の個体又は患者で異なることが多く、種々の疾患療法は、ある個体又は患者集団の場合に、他の個体又は患者集団よりも効果的であることがある。したがって、患者の治療が成功する確率を最適化するために、及び／又は患者に利益をもたらす可能性の低い治療を回避又は修正するために、個々の患者又は患者集団に特異的な情報を使用することにより、つまり個別化療法により疾患療法を向上させる必要性が存在する。
【０００３】
２つの感染因子、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）及びＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）は、世界的に、急性及び慢性肝炎の主な原因物質である。ＨＣＶ感染は、世界で２億人を超える人々に影響を与えており、多くの国々で重大な健康問題である（非特許文献１、非特許文献２）。同様に、ＨＢＶは、世界の様々な地域で伝染病を引き起こしており、中国では地方病である（非特許文献３）。少なくとも３億５０００万人の慢性ウイルス保菌者を含む、世界人口のおよそ３分の１である２０億人を超える人々が、ＨＢＶに感染している。
【０００４】
ＨＣＶに感染した個体のおよそ２０〜４０％は、急性期にウイルスを除去するが、残りの６０〜８０％は、肝不全及び肝臓癌に帰着する場合がある慢性疾患を発症する（非特許文献４〜６）。現在、ＨＣＶ感染症の予防用組成物は存在せず、治療選択は、現在のところ標準治療（ＳＯＣ）インターフェロン／リバビリン療法に限定されており、この療法は、耐容性に乏しい場合が多く、多くの患者に禁忌であり、高価である。加えて、インターフェロン（ペグ化インターフェロン−αを含むインターフェロン−α）及びリバビリンによる現行の標準治療の効力は、特に遺伝子型１、米国及びほとんどの先進国で最も多い遺伝子型に限定されている（非特許文献７）。したがって、現行の標準治療投薬計画を使用した治療を成功させることができるのは、ＨＣＶ感染者の一部のみである。
【０００５】
更に、患者群が異なれば、年齢、肥満度指数（ＢＭＩ）、ウイルス負荷、性別、及び人種等の要因に基づき、ＳＯＣ投薬計画に対する応答は様々であることが示されている（非特許文献８〜１１）。加えて、最近、慢性遺伝子型１ＨＣＶに感染した患者のＳＯＣ療法（ペグ化インターフェロン及びリバビリン）に対する応答（非特許文献１２〜１４）、並びに急性感染の個体によるＨＣＶの自然除去（非特許文献１５）と有意に関連するＩＬ２８Ｂ遺伝子（これは、インターフェロン−λをコードする）の上流の遺伝的多型が示されている。ｒｓ１２９７９８６０と称されるこの多型は、慢性遺伝子型１ＨＣＶに感染したヨーロッパ系アメリカ人患者及びアフリカ系アメリカ人患者間で観察されたＳＯＣに対する応答の違いと有意に相関する（非特許文献１２）。より詳しくは、個体は、ｒｓ１２９７９８６０遺伝子座の３つの遺伝子型のうちの１つに分類される：Ｃ／Ｃ（Ｃ対立遺伝子がホモ接合性）、Ｃ／Ｔ（Ｃ及びＴ対立遺伝子がテロ接合性）、又はＴ／Ｔ（Ｔ対立遺伝子がホモ接合性）。上述したＨＣＶ感染症のインターフェロン療法研究に関して、Ｃ／Ｃ個体は、標準治療インターフェロン療法に対して完全寛解を達成する可能性が最も高いが、Ｃ／Ｔ個体の応答率は、遙かにより不良であり、Ｔ／Ｔ個体の応答率は、極めて不良である。Ｔｈｏｍａｓらによる研究は、この多型が、急性感染の個体によるＨＣＶの自然除去にも同様に関連していたことを示した（つまり、Ｃ／Ｃ個体は、急性感染を自然除去する可能性が最も高いが、Ｃ／Ｔ個体の自然除去は、遙かにより低く、Ｃ／Ｔ個体では、更により低い）。したがって、ある患者群（Ｃ／Ｔ及び特にＴ／Ｔ）は、彼らのＩＬ２８Ｂ遺伝子型が好ましくないことに基づき、急性ＨＣＶ感染症の現行ＳＯＣ療法及び自然除去に不良な転帰を示すことが予想される。遺伝子型２／３ＨＣＶに慢性感染した患者に関するより最近の研究は、ＩＬ２８Ｂ多型が、ＳＯＣに対する予測転帰と同様に関連することを示した（非特許文献１６）。また、Ｍａｎｇｉａらは、Ｃ／Ｃ遺伝子型が、遺伝子型１感染と同様に、ＨＣＶ遺伝子型２／３における急性感染の自然除去と関連する可能性より高いことを示唆した。
【０００６】
この表現型とこれまでで最も強い関連シグナルを示すｒｓ１２９７９８６０多型に加えて、幾つかの他の緊密に相関する多型が同定されており、急性ＨＣＶ感染の自然除去及び／又はインターフェロンに基づく療法／ＳＯＣに対する応答における転帰と関連付けられている（例えば、ｒｓ２８４１６８１３、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ７２４８６６８、ｒｓ１１８８１２２２、又はｒｓ８１０５７９０、非特許文献１２〜１４、１７、及び１８を参照）。しかしながら、これらは、ｒｓ１２９７９８６０多型と非常に密接に関連しており、上記で考察した応答性表現型から分離されていない。
【０００７】
ＨＢＶに関しては、幼児のおよそ９０％及び１〜５歳の小児の２５％〜５０％が、依然としてＨＢＶに慢性感染したままであることになる（２０１０年９月時点の疾病対策予防センター）。小児期に慢性感染した者のおよそ２５％及び小児期後に慢性感染した者の１５％は、肝硬変又は肝細胞癌で若くして死亡し、慢性感染した個体の大多数は、肝硬変又は末期肝臓疾患の発症まで無症候のままである（２０１０年９月時点のＣＤＣ）。世界中で年間１００万人の死亡（米国では年間約２０００〜４０００人の死亡）が、慢性ＨＢＶ感染に起因する。ＨＢＶ感染症の現行標準治療（ＳＯＣ）療法には、主に、ラミブジン（ＥＰＩＶＩＲ（登録商標））、アデホビル（ＨＥＰＳＥＲＡ（登録商標））、テノホビル（ＶＩＲＥＡＤ（登録商標））、テルビブジン（ＴＹＺＥＫＡ（登録商標））、及びエンテカビル（ＢＡＲＡＣＬＵＤＥ（登録商標））等の抗ウイルス薬が含まれ、また、インターフェロン（例えば、インターフェロン−α２ａ及びペグ化インターフェロン−α２ａ（ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標））又はペグ化インターフェロン−α２ｂ（ＰＥＧＩＮＴＲＯＮ（登録商標））が含まれる。これらの薬物、特に抗ウイルス剤は、典型的には長期間投与され（例えば、最大１〜５年以上にわたって毎日又は毎週）、ウイルス複製を遅延又は停止させるが、セロコンバージョン及び寛解により判断すると、典型的には完全な「治癒」又はウイルスの根絶をもたらさない。インターフェロンに基づく手法は、毒性であり、寛解率がわずかであり、長期間許容することができない。したがって、ＨＢＶに慢性感染した患者のセロコンバージョン率及び治癒率を増加させる療法を見出す必要性が依然として存在する。
【０００８】
したがって、標準治療（ＳＯＣ）療法は、慢性ＨＣＶ又は慢性ＨＢＶ等の感染症を罹患している患者の、現行では最も良好な認可されている治療を提供するが、この投薬計画には著しい有害効果があるため、服薬不履行、服用量減少、及び治療中断に結び付き、併せて、ある割合の患者が、依然として療法に応答しないか又は療法に対する応答を持続しない場合がある。したがって、当技術分野には、感染症の治療処置を向上させる必要性が依然として存在する。更に、応答結果に対する患者遺伝子型及び臨床的特徴の影響を検討した最近の研究では、治療に対する個体の応答性により導かれる柔軟性のある治療プロトコールを提供することに加えて、例えば、所与の時点での特定の疾患又は状態に関する個体の免疫状態及び／又は遺伝的背景に基づく治療によって誘発される免疫応答を制御するか又は免疫応答に影響を及ぼすことにより、個体を治療するためのより個別化された手法を提供することができることが望ましいことが示されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｌａｕｅｒ及びＷａｌｋｅｒ、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２００１年；３４５巻：４１〜５２頁
【非特許文献２】Ｓｈｅｐａｒｄら、Ｌａｎｃｅｔ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００５年；５巻：５５８〜５６７頁
【非特許文献３】Ｗｉｌｌｉａｍｓ、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ、２００６年、４４巻（３号）：５２１〜５２６頁
【非特許文献４】Ｖｉｌｌａｎｏら、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ、１９９９年；２９巻：９０８〜９１４頁
【非特許文献５】Ｓｅｅｆｆ、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２００２年；３６巻：Ｓ３５〜Ｓ４６頁
【非特許文献６】Ｃｏｘら、Ｃｌｉｎ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ２００５年；４０巻：９５１〜９５８頁
【非特許文献７】Ｄｉｅｎｓｔａｇ及びＭｃＨｕｔｃｈｉｓｏｎ、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００６年；１３０巻：２３１〜２６４頁
【非特許文献８】Ｗａｌｓｈら、２００６年、Ｇｕｔ  ５５巻、５２９〜５３５頁
【非特許文献９】Ｇａｏら、２００４年、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ３９巻、８８０〜８９０頁
【非特許文献１０】ＭｃＨｕｔｃｈｉｓｏｎら、２００９年、ＮＥＪＭ  ３６１巻：５８０〜５９３頁
【非特許文献１１】Ｆｒｉｅｄ、２００２年、ＮＥＪＭ  ３４７巻：９７５〜９８２頁
【非特許文献１２】Ｇｅら、２００９年、Ｎａｔｕｒｅ  ４６１巻、３９９〜４０１頁
【非特許文献１３】Ｔａｎａｋａら、２００９年、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４１巻：１１０５頁
【非特許文献１４】Ｓｕｐｐｉａｈら、２００９年、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４１巻：１１００頁
【非特許文献１５】Ｔｈｏｍａｓら、２００９年  Ｎａｔｕｒｅ  ４６１巻、７９８〜８０１頁
【非特許文献１６】Ｍａｎｇｉａら、２０１０年、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１３９巻（３号）：８２１〜８２７頁
【非特許文献１７】Ｒａｕｓｃｈら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１０年、１３８巻：１３３８〜４５頁
【非特許文献１８】ＭｃＣａｒｔｈｙら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、２０１０年、１３８巻：２３０７〜１４頁
【発明の概要】
【００１０】
本発明は、一般的に、感染症を治療するための薬理ゲノミクス及び治療応答性ガイド手法（pharmacogenomic and response-guided approach）において、酵母系免疫療法（又は同様の特性を有する免疫療法）を使用する方法に関する。具体的には、本発明は、感染症を治療するための薬理ゲノミクス及び治療応答性ガイド手法において、酵母系免疫療法を様々な併用療法の基礎成分として使用することができることを示す。下記の概要に記載の実施形態は、本発明の種々の実施形態の例示であるが、本発明は、本発明の他の実施形態が、本発明の詳細な説明及び本明細書に記載の例に記述されているように、これらの実施形態に限定されない。
【００１１】
本発明の１つの実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメイン、並びに少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を含む酵母系免疫療法組成物を、個体に投与するステップを含む。免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物が有効であると確立されている期間よりも長期間にわたって同時投与される。１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物が有効であると確立されている期間よりも少なくとも数週間長い期間にわたって同時投与される。１つの態様では、インターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物が有効であると確立されている期間よりも少なくとも４〜４８週間長い期間にわたって同時投与される。
【００１２】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメイン、並びに少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を含む酵母系免疫療法組成物を含む治療プロトコールを個体に投与することを含む。個体のウイルスレベルをモニターし、個体が最初にウイルス陰性を達成したら、個体は、この治療プロトコールで更に４〜４８週間治療される。
【００１３】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメイン、並びに少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を含む酵母系免疫療法組成物を、個体に投与するステップを含む。免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は同時投与され、インターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法組成物の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物がそれぞれ有効であると確立されたプロトコールよりも、用量を低減させて、頻度を低減させて、及び／又は期間を短縮して投与される。
【００１４】
本発明の更に別の実施形態は、個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、（ａ）１つ又は複数のＨＣＶ抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物；（ｂ）ペグ化インターフェロン−α、及び（ｃ）リバビリンを個体に投与することを含む。個体がＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただしインターフェロン及び／又はリバビリンは、任意に、免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又はリバビリンがそれぞれ有効であると確立されたプロトコールよりも、用量を低減させて、頻度を低減させて、又は期間を短縮して投与される場合がある。個体がＣ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただしＣ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体が期間の最初の１２週間以内にウイルス陰性に達しない場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間を超えて、無効個体には７２週間を超えて投与される。１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又はリバビリンは、少なくとも更に数週間投与される。１つの態様では、インターフェロン及び／又はリバビリンは、更に少なくとも４〜４８週間投与される。
【００１５】
本発明の別の実施形態は、個体の肝炎ウイルス感染症を治療する方法であって、（ａ）１つ又は複数の肝炎ウイルス抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つの肝炎ウイルス抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物；並びに（ｂ）インターフェロン、抗ウイルス化合物、宿主酵素阻害剤、及び／又は（ａ）の免疫療法組成物以外の免疫療法組成物から選択される１つ又は複数の作用剤を投与することを含む治療プロトコールで個体を治療することを含む方法に関する。治療プロトコールは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、免疫療法の非存在下で（ｂ）の作用剤が有効であると確立されている投与用量及び／又は投与頻度及び／又は投与期間と比較して、（ｂ）の作用剤の１つ又は複数の投与用量及び／又は投与頻度及び／又は投与期間を低減させることにより修正される。治療プロトコールは、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、これら個体の応答性をモニターし、プロトコールに対して遅延応答者である個体のプロトコールの投与期間を延長することにより修正される。１つの態様では、肝炎ウイルスは、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）である。１つの態様では、Ｂ型肝炎ウイルスは、（ＨＢＶ）である。
【００１６】
本発明の別の実施形態は、個体の慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＢＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、以下のものを個体に投与することを含む：（ａ）１つ又は複数のＨＢＶ抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＢＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物；並びに（ｂ）インターフェロン、ラミブジン、アデホビル、テノホビル、テルビブジン、及びエンテカビルから選択される１つ又は複数の作用剤。免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤は、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、個体がセロコンバージョンに達するまで同時投与され、ただし（ｂ）の作用剤は、任意に、免疫療法の非存在下で（ｂ）の作用剤が有効であると確立されているプロトコールよりも、用量を低減させて、頻度を低減させて、又は期間を短縮して投与され、その後任意に（ａ）及び／又は（ｂ）の作用剤が更に１〜１２か月間投与される場合がある。免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、個体がセロコンバージョンに達するまで同時投与され、その後（ａ）及び／又は（ｂ）の作用剤が更に１〜１２か月間投与される。
【００１７】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＢＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメイン並びに抗ウイルス化合物を含む酵母系免疫療法組成物を含む治療プロトコールを個体に投与することを含む。個体のセロコンバージョンをモニターし、個体が最初にセロコンバージョンを達成すると、個体は、この治療プロトコールで更に６〜１２か月間治療される。
【００１８】
本発明の更に別の実施形態は、個体の感染症を治療する方法であって、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコールで個体を治療することを含む方法に関する。この実施形態では、個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、プロトコールを投与する前に決定される。治療プロトコールを投与する期間は、全ての個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答期間よりも遅延して、初めて治療プロトコールに応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合、延長される。それに加えて又はその代わりに、治療プロトコールは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、酵母系免疫療法組成物以外の、治療プロトコールにおける１つ又は複数の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度を低減することにより修正される。
【００１９】
本発明の別の実施形態は、個体の感染症治療を向上させる方法であって、（ａ）個体を治療する前に個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型を検出すること；（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加作用剤と共に同時投与し、酵母系免疫療法組成物及び追加作用剤が投与される期間が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び追加作用剤が投与される期間と比較して延長されていること；及び任意に又は代替的に（ｃ）酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加作用剤と共に同時投与することを含み、治療プロトコールが、酵母系免疫療法の非存在下における追加作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度と比較して、プロトコールにおける追加作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度を低減させるように修正されている方法に関する。
【００２０】
本発明の別の実施形態は、個体のウイルス血症を治療する方法であって、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコールで個体を治療することを含む方法に関する。個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、治療プロトコールを投与する前に決定され、治療プロトコールを投与する期間は、全ての個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答期間よりも遅延して初めて治療プロトコールに応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合、延長される。
【００２１】
本発明の更に別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団のウイルス血症を治療する方法であって、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコールで、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団を治療することを含む方法に関する。治療プロトコールに対する個体の応答性をモニターし、個体が治療プロトコールに対する遅延応答者である場合、個体は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体よりも長期間治療される。
【００２２】
本発明の別の実施形態は、（ａ）ＤＮＡ試料中のＩＬ２８Ｂ多型を検出するためのヌクレオチドプライマー及び／又はプローブ；及び（ｂ）感染症病原体由来の抗原を発現する熱不活化全酵母を含む酵母系免疫療法組成物を含むキットに関する。
【００２３】
本発明の更に別の実施形態は、あるプロトコールで感染症を治療するための方法における酵母系免疫療法組成物の使用であって、上記プロトコールが、（ａ）個体のＩＬ−２８Ｂ遺伝子型を検出すること；（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加作用剤と共に同時投与し、酵母系免疫療法組成物及び追加作用剤が投与される期間が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び追加作用剤が投与される期間と比較して延長されていること；及び任意に又は代替的に（ｃ）酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加作用剤と共に同時投与することを含み、上記治療プロトコールが、酵母系免疫療法の非存在下における追加作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度と比較して、上記プロトコールにおける追加作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度を低減させるように修正されている使用に関する。
【００２４】
本発明の別の実施形態は、個体の感染症を治療する方法であって、（ａ）個体を治療する前に個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型を検出すること；及び（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための治療プロトコールと併せて投与することを含む方法に関する。
【００２５】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団の感染症を治療する方法、感染症の治療を向上させる方法、及び／又は疾患の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団を、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコ−ルで治療し、治療プロトコ−ルに対する個体の応答性をモニターし、個体が治療の臨床マイルストーンを達成した後、規定の追加期間にわたって個体を治療プロトコールで治療することを含む。
【００２６】
本発明の別の実施形態は、個体のウイルス血症を治療する方法であって、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコールで個体を治療することを含む方法に関する。個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、治療プロトコールを投与する前に決定され、治療プロトコールを投与する期間は、全ての個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答期間よりも遅延して初めて治療プロトコールに応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合、延長される。
【００２７】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、酵母系免疫療法組成物、並びに少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を投与することを含む治療プロトコールで慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための薬剤の調製における、又は慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物が有効であると確立されている期間よりも長期間にわたって同時投与される。１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物が有効であると確立されている期間よりも少なくとも数週間長い期間にわたって同時投与される。１つの態様では、インターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物が有効であると確立されている期間よりも少なくとも４〜４８週間長い期間にわたって同時投与される。
【００２８】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、酵母系免疫療法組成物、並びに少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を投与することを含む治療プロトコールで慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための薬剤の調製における、又は慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。個体のウイルスレベルをモニターし、個体が最初にウイルス陰性を達成したら、個体は、治療プロトコールで更に４〜４８週間治療される。
【００２９】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、酵母系免疫療法組成物、並びに少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を投与することを含む治療プロトコールで慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための薬剤の調製における、又は慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、同時に投与され、インターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、酵母系免疫療法組成物の非存在下でインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物がそれぞれ有効であると確立されているプロトコールよりも、用量を低減させて、頻度を低減させて、及び／又は期間を短縮して投与される。
【００３０】
本発明の別の実施形態は、個体に、（ａ）酵母系免疫療法組成物、（ｂ）ペグ化インターフェロン−α、及び（ｃ）リバビリンを投与することを含む治療プロトコールで慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための薬剤の調製における、又は慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療するための、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。個体がＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただしインターフェロン及び／又はリバビリンは、任意に、免疫療法の非存在下でインターフェロン及び／又はリバビリンがそれぞれ有効であると確立されているプロトコールよりも、用量を低減させて、頻度を低減させて、又は期間を短縮して投与される場合がある。個体がＣ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただしＣ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体が、期間の最初の１２週間以内にウイルス陰性に達しない場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間を超える期間にわたって、無効個体には７２週間を超える期間にわたって投与される。１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又はリバビリンは、少なくとも更に数週間投与される。１つの態様では、インターフェロン及び／又はリバビリンは、更に少なくとも４〜４８週間投与される。
【００３１】
本発明の別の実施形態は、（ａ）１つ又は複数の肝炎ウイルス抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する酵母系免疫療法組成物；並びに（ｂ）インターフェロン、抗ウイルス化合物、宿主酵素阻害剤、及び／又は（ａ）の免疫療法組成物以外の免疫療法組成物から選択される１つ又は複数の作用剤を個体に投与することを含む治療プロトコールで肝炎ウイルス感染症を治療するための薬剤の調製における、又は肝炎ウイルス感染症を治療するための、少なくとも１つの肝炎ウイルス抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。治療プロトコールは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、（ｂ）の作用剤の１つ又は複数の投与用量及び／又は投与頻度及び／又は投与期間を、免疫療法の非存在下で（ｂ）の作用剤が有効であると確立されている投与用量及び／又は投与頻度及び／又は投与期間と比較して低減させることにより修正される。治療プロトコールは、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、プロトコールに対するこれら個体の応答性をモニターし、プロトコールに対する遅延応答者である個体のプロトコールの投与期間を延長することにより修正される。１つの態様では、肝炎ウイルスは、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）である。１つの態様では、Ｂ型肝炎ウイルスは、（ＨＢＶ）である。
【００３２】
本発明の別の実施形態は、（ａ）１つ又は複数のＨＢＶ抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する酵母系免疫療法組成物；並びに（ｂ）インターフェロン、ラミブジン、アデホビル、テノホビル、テルビブジン、及びエンテカビルから選択される１つ又は複数の作用剤を個体に投与することを含む治療プロトコールで慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療するための薬剤の調製における、又は慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療するための、少なくとも１つのＨＢＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤は、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、個体がセロコンバージョンに達するまで同時投与され、ただし（ｂ）の作用剤は、任意に、免疫療法の非存在下において（ｂ）の作用剤が有効であると確立されているプロトコールよりも、用量を低減させて、頻度を低減させて、又は期間を短縮して投与され、その後任意に（ａ）及び／又は（ｂ）の作用剤が更に１〜１２か月間投与される場合がある。免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、個体がセロコンバージョンに達するまで同時投与され、その後（ａ）及び／又は（ｂ）の作用剤が更に１〜１２か月間投与される。
【００３３】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び抗ウイルス化合物を投与することを含む治療プロトコールで慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療するための薬剤の調製における、又は慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療するための、少なくとも１つのＨＢＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物の使用に関する。個体のセロコンバージョンをモニターし、個体が最初にセロコンバージョンを達成したら、個体は、治療プロトコールで更に６〜１２か月間治療される。
【００３４】
本発明の更に別の実施形態は、酵母系免疫療法組成物を投与することを含み、個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型がプロトコールの投与前に決定される治療プロトコールで感染症を治療するための薬剤の調製における、又は感染症を治療するための、酵母系免疫療法組成物の使用に関する。治療プロトコールを投与する期間は、全ての個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答期間よりも遅延して初めて治療プロトコールに応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合、延長される。それに加えて又はその代わりに、治療プロトコールは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、酵母系免疫療法組成物以外の治療プロトコールにおける１つ又は複数の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度を低減することにより修正される。
【００３５】
本発明の更に別の実施形態は、ある治療プロトコールで個体の感染治療を向上させるための薬剤の調製における又は個体の感染治療を向上させるための酵母系免疫療法組成物の使用であって、上記治療プロトコールが、（ａ）個体を治療する前に個体のＩＬ−２８Ｂ遺伝子型を検出すること；（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加の作用剤と共に同時投与し、酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間と比較して延長されていること；及び任意に又は代替的に（ｃ）酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加作用剤と共に同時投与することを含み、上記治療プロトコールが、酵母系免疫療法の非存在下における追加の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度と比較して、上記プロトコールにおける追加の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度を低減させるように修正されている使用に関する。
【００３６】
本発明の更に別の実施形態は、個体のウイルス血症を治療するための薬剤の調製における又は個体のウイルス血症を治療するための酵母系免疫療法組成物の使用であって、治療プロトコールが、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む使用に関する。個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、プロトコールを投与する前に決定され、治療プロトコールを投与する期間は、全ての個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答期間よりも遅延して初めて治療プロトコールに応答するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔの遺伝子型を有する個体の場合、延長される。
【００３７】
本発明の更に別の実施形態は、個体のウイルス血症を治療するための薬剤の調製における又は個体のウイルス血症を治療するための酵母系免疫療法組成物の使用であって、治療プロトコールが、酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に投与することを含む使用に関する。治療プロトコールに対する個体の応答性をモニターし、個体が治療プロトコールに対する遅延応答者である場合、個体はＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体よりも長期間治療される。
【００３８】
本発明の別の実施形態は、（ａ）ＤＮＡ試料中のＩＬ２８Ｂ多型の検出するためのヌクレオチドプライマー及び／又はプローブ；及び（ｂ）感染症病原体由来の抗原を発現する熱不活化全酵母を含む酵母系免疫療法組成物を含むキットに関する。
【００３９】
本発明の更に別の実施形態は、あるプロトコールで感染症を治療するための方法における酵母系免疫療法組成物の使用であって、上記プロトコールが、（ａ）個体のＩＬ−２８Ｂ遺伝子型を検出すること；（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加の作用剤と共に同時投与し、酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間が、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に酵母系免疫療法組成物及び追加の作用剤が投与される期間と比較して延長されていること；及び任意に又は代替的に（ｃ）酵母系免疫療法組成物を、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための追加の作用剤と共に同時投与することを含み、上記治療プロトコールが、酵母系免疫療法の非存在下における追加の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度と比較して、上記プロトコールにおける追加の作用剤の用量、投与期間、又は投与頻度を低減させるように修正されている使用に関する。
【００４０】
本発明の別の実施形態は、個体の感染症を治療する方法であって、（ａ）個体を治療する前に個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型を検出すること；及び（ｂ）酵母系免疫療法剤組成物を、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体に、感染症を治療するための治療プロトコールと併せて投与することを含む方法に関する。
【００４１】
本発明の別の実施形態は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団の感染症を治療する方法、感染症の治療を向上させる方法、及び／又は疾患の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。本方法は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体又は個体の集団を、酵母系免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコ−ルで治療し、治療プロトコ−ルに対する個体の応答性をモニターし、個体が治療の臨床マイルストーンを達成した後、規定の追加期間にわたって個体を治療プロトコールで治療することを含む。
【００４２】
本明細書の任意の箇所に記載されている実施形態のいずれかのうち１つの態様では、インターフェロンは、インターフェロン−αを含むがそれに限定されないＩ型インターフェロンである。上記又は本明細書の他所に記載されている、インターフェロンのタイプが指定されない本発明の実施形態のいずれかにおいて、１つの態様では、インターフェロンは、ペグ化インターフェロン−α−２ａ又はペグ化インターフェロン−α−２ｂである。本明細書に記載の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、インターフェロンは、インターフェロン−λではない。本明細書に記載の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、インターフェロンは、インターフェロン−λである。本明細書に記載の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、インターフェロンは、コンセンサスインターフェロンである。
【００４３】
上記又は本明細書の他所に記載されている、抗ウイルス化合物がまだ指定されない本発明の実施形態のいずれかにおいて、１つの態様では、抗ウイルス化合物は、リバビリンである。１つの態様では、抗ウイルス化合物には、リバビリン及びＨＣＶプロテアーゼ阻害剤が含まれる。１つの態様では、抗ウイルス化合物には、リバビリン及びＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が含まれる。１つの態様では、抗ウイルス化合物には、１種又は２種のＨＣＶポリメラーゼ阻害剤が含まれる。
【００４４】
上記の本発明の実施形態のいずれかにおいて、１つの態様では、感染症は、ウイルス疾患である。１つの態様では、感染症は、肝炎ウイルス感染である。１つの態様では、感染症は、慢性Ｃ型肝炎ウイルス感染である。１つの態様では、感染症は、Ｂ型肝炎ウイルス感染である。１つの態様では、免疫療法組成物は、少なくとも１つの抗原又はその免疫原性ドメインを含み、抗原は、感染症を引き起こす病原体と関連しているか又は感染症を引き起こす病原体に由来する。１つの態様では、抗原は、ウイルス抗原、真菌抗原、細菌抗原、蠕虫抗原、寄生虫抗原、外寄生生物抗原、及び原虫抗原からなる群から選択される。１つの態様では、抗原は、慢性感染症と関連するあらゆるウイルスを含むウイルスに由来する。１つの態様では、ウイルスには、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：アデノウイルス、アレナウイルス、ブンヤウイルス、コロナウイルス、コクサッキーウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン−バーウイルス、フラビウイルス、ヘパドナウイルス、肝炎ウイルス、ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、レンチウイルス、はしかウイルス、おたふくかぜウイルス、ミクソウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス、パポバウイルス、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、パルボウイルス、ピコルナウイルス、ポックスウイルス、狂犬病ウイルス、ＲＳウイルス、レオウイルス、ラブドウイルス、風疹ウイルス、トガウイルス、水痘ウイルス、及びＴ−リンパ球指向性ウイルス。１つの態様では、抗原は、肝炎ウイルス由来である。１つの態様では、肝炎ウイルスは、ＨＣＶ又はＨＢＶである。１つの態様では、抗原は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）由来である。１つの態様では、抗原は、以下のものからなる群から選択される属に由来する感染因子に由来する：アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ボルデテラ（Ｂｏｒｄａｔｅｌｌａ）、ブルギア（Ｂｒｕｇｉａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、コクシジウム（Ｃｏｃｃｉｄｉａ）、クリプトコックス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ディロフィラリア（Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ）、エシェリヒア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランキセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、淋菌（Ｇｏｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ヒストプラスマ（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）、リーシュマニア（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、ミコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、パラメシウム（Ｐａｒａｍｅｃｉｕｍ）、百日咳（Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、プラスモジウム（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）、ニューモシスティス（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ）、リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トキソプラズマ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、ビブリオコレラ（Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ）、及びエルジニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）。１つの態様では、抗原は、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビブリオ科（Ｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、パスツレラ科（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、マイコプラズマ科（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、及びリケッチア科（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ）からなる群から選択される科に由来する細菌に由来する。１つの態様では、細菌は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、ボルデテラ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、ミコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビブリオ（Ｖｉｂｒｉｏ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、フランキセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリヒア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、パスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、及びエルジニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）から選択される属である。
【００４５】
本明細書に記載のＣ型肝炎ウイルス感染に関する本発明の実施形態のいずれかにおいて、１つの態様では、抗原は、ＨＣＶ配列を含む融合タンパク質であり、ＨＣＶ配列は、１〜５つのＨＣＶタンパク質及び／又はその免疫原性ドメインで構成されており、ＨＣＶ配列は、以下のものからなる群から選択される：ＨＣＶコア（配列番号２０の１〜１９１位）；ＨＣＶ  Ｅ１エンベロープ糖タンパク質（配列番号２０の１９２〜３８３位）；ＨＣＶ  Ｅ２エンベロープ糖タンパク質（配列番号２０の３８４〜７４６位）；ＨＣＶ  Ｐ７イオンチャネル（配列番号２０の７４７〜８０９位）；ＨＣＶ  ＮＳ２メタロプロテアーゼ（配列番号２０の８１０〜１０２６位）；ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ／ヘリカーゼ（配列番号２０の１０２７〜１６５７位）；ＨＣＶ  ＮＳ４ａ  ＮＳ３プロテアーゼコファクター（配列番号２０の１６５８〜１７１１位）；ＨＣＶ  ＮＳ４ｂ（配列番号２０の１７１２〜１９７２位）；ＨＣＶ  ＮＳ５ａ（配列番号２０の１９７３〜２４２０位）；及びＨＣＶ  ＮＳ５ｂ  ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（配列番号２０の２４２１〜３０１１位）。１つの態様では、組成物は、融合タンパク質中のＨＣＶタンパク質又はその免疫原性ドメインの各々に対する免疫応答を誘発する。
【００４６】
１つの態様では、ＨＣＶ配列は、ＨＣＶコア配列又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに結合されたＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ配列又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成されており、ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ配列は、天然ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼの触媒ドメインを欠如しており、組成物は、ＨＣＶ  ＮＳ３特異的免疫応答及びＨＣＶコア特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼは、全長ＮＳ３タンパク質の最初のＮ末端８８個アミノ酸に続くＨＣＶ  ＮＳ３の２６２個アミノ酸（配列番号２０では１１１５〜１３７６位）で構成される。１つの態様では、ＨＣＶコア配列は、全長ＨＣＶコア配列の２〜１４０位のアミノ酸で構成される（配列番号２０では２〜１４０位）。１つの態様では、ＨＣＶコアの疎水性Ｃ末端配列は切断されている。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号２を含むか又は配列番号２からなる。
【００４７】
別の態様では、ＨＣＶ配列は、全長不活化ＨＣＶ  ＮＳ３タンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成され、組成物は、ＨＣＶ  ＮＳ３特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、ＨＣＶ  ＮＳ３タンパク質は、配列番号２０のＨＣＶポリタンパク質配列の残基１１６５に突然変異を含み、この変異は、このタンパク質のタンパク質分解活性の失活をもたらす。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号４を含むか又は配列番号４からなる。
【００４８】
別の態様では、ＨＣＶ配列は、ＨＣＶ  Ｅ２タンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに融合されたＨＣＶ  Ｅ１タンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成され、組成物は、ＨＣＶ  Ｅ１特異的免疫応答及びＨＣＶ  Ｅ２特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、ＨＣＶ  Ｅ１タンパク質は全長タンパク質であり、ＨＣＶ  Ｅ２タンパク質は全長タンパク質である。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号１２を含むか又は配列番号１２からなる。１つの態様では、ＨＣＶ  Ｅ１タンパク質は、ＨＣＶ  Ｅ１のアミノ酸１〜１５６で構成される切断型Ｅ１タンパク質である（配列番号２０では１９２〜３４７位）。１つの態様では、ＨＣＶ  Ｅ２タンパク質は、ＨＣＶ  Ｅ２のアミノ酸１〜３３４で構成される切断型Ｅ２タンパク質である（配列番号２０では３８４〜７１７位）。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号６を含むか又は配列番号６からなる。
【００４９】
別の態様では、ＨＣＶ配列は、膜貫通ドメイン欠失ＨＣＶ  ＮＳ４ｂタンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成され、組成物は、ＨＣＶ  ＮＳ４ｂ特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、膜貫通ドメイン欠失ＨＣＶ  ＮＳ４ｂタンパク質は、ＨＣＶ  ＮＳ４ｂのアミノ酸１７７〜２６１（配列番号２０では１８８８〜１９７２位）に結合されたＨＣＶ  ＮＳ４ｂのアミノ酸１〜６９（配列番号２０では１７１２〜１７８０位）で構成される。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号８を含むか又は配列番号８からなる。
【００５０】
１つの態様では、ＨＣＶ配列は、膜貫通ドメイン欠失ＨＣＶ  Ｅ２タンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに融合された膜貫通ドメイン欠失ＨＣＶ  Ｅ１タンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに融合された切断型ＨＣＶコアタンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成され、組成物は、ＨＣＶコア特異的免疫応答、ＨＣＶ  Ｅ１特異的免疫応答、及びＨＣＶ  Ｅ２特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、切断型ＨＣＶコアタンパク質は、ＨＣＶコアタンパク質の２〜１４０位（配列番号２０では２〜１４０位）で構成され、膜貫通ドメイン欠失ＨＣＶ  Ｅ１タンパク質は、ＨＣＶ  Ｅ１タンパク質の１〜１５６位（配列番号２０では１９２〜３４７位）で構成され、膜貫通ドメイン欠失ＨＣＶ  Ｅ２タンパク質は、ＨＣＶ  Ｅ２タンパク質の１〜３３４位（配列番号２０では３８４〜７１７位）で構成される。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号１４を含むか又は配列番号１４からなる。
【００５１】
別の態様では、ＨＣＶ配列は、膜貫通ドメインを欠如するＨＣＶ  ＮＳ４ｂ又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに融合されたＨＣＶ  ＮＳ４ａ又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに融合された不活化ＨＣＶ  ＮＳ３又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成され、組成物は、ＨＣＶ  ＮＳ３特異的免疫応答、ＨＣＶ  ＮＳ４ａ特異的免疫応答、及びＨＣＶ  ＮＳ４ｂ特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、ＨＣＶ  ＮＳ３タンパク質は、ＨＣＶ  ＨＳ３の１〜６３１位（配列番号２０では１０２７〜１６５７位）で構成され、配列番号２０における１１６５位のセリンは、プロテアーゼを不活化するためにアラニンに置換されており、ＨＣＶ  ＮＳ４ａタンパク質は、ＨＣＶ  ＮＳ４ａタンパク質の１〜５４位（配列番号２０では６３５〜６９１位）で構成され、ＨＣＶ  ＮＳ４ｂタンパク質は、ＨＣＶ  ＮＳ４ｂの１７７〜２６１位（配列番号２０では１８８８〜１９７２位）に融合されたＨＣＶ  ＮＳ４ｂの１〜６９位（配列番号２０では１７１２〜１７８０位）で構成される。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号１６を含むか又は配列番号１６からなる。
【００５２】
１つの態様では、ＨＣＶ配列は、ＨＣＶ  ＮＳ５ｂ  Ｃ末端の不活化欠失を含むＨＣＶ  ＮＳ５ｂタンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインに融合されたＨＣＶ  ＮＳ５ａタンパク質又はその少なくとも１つの免疫原性ドメインで構成され、組成物は、ＨＣＶ  ＮＳ５ａ特異的免疫応答を誘発する。１つの態様では、ＨＣＶ  ＮＳ５ａタンパク質は、ＨＣＶ  ＮＳ５ａの１〜４４８（配列番号２０では１９７３〜２４２０位）で構成され、ＨＣＶ  ＮＳ５ｂタンパク質は、ＨＣＶ  ＮＳ５ｂの１〜５３９（配列番号２０では２４２１〜２９５９位）で構成される。１つの態様では、融合タンパク質は、配列番号１８を含むか又は配列番号１８からなる。
【００５３】
本明細書のいずれかの箇所に記載されているＢ型肝炎ウイルス感染に関する実施形態のいずれかのうち１つの態様では、抗原は、表面タンパク質（Ｌ、Ｍ、及び／若しくはＳ、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；プレコア／コア／ｅ（プレコア、コア、ｅ−抗原、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；ポリメラーゼ；（全長、ＲＴドメイン、ＴＰドメイン、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及びＸ抗原（又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）からなる群から選択される。
【００５４】
本明細書のいずれかの箇所に記載されている本発明の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、本方法又はプロトコールは、プロトコールの他の作用剤を投与する前に、酵母系免疫療法組成物のみを４〜１２週間投与することを更に含む。
【００５５】
本明細書のいずれかの箇所に記載されている本発明の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、免疫療法組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発する。１つの態様では、免疫療法組成物は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する。１つの態様では、免疫療法組成物は、以下の特徴の１つ又は複数を有する：（ａ）抗原提示細胞の活性化に有効な１つ又は複数のパターン認識受容体を刺激する；（ｂ）抗原提示細胞の接着分子、共刺激分子、並びにＭＨＣクラスＩ及び／又はクラスＩＩ分子を上方制御する；（ｃ）抗原提示細胞による炎症促進性サイトカインの産生を誘導する；（ｄ）Ｔ細胞によるＴｈ１型サイトカインの産生を誘導する；（ｅ）Ｔ細胞によるＴｈ１７型サイトカインの産生を誘導する；（ｆ）制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の数及び／又は機能性を低減する；及び／又は（ｇ）ＭＨＣクラスＩ及び／又はＭＨＣクラスＩＩ、抗原特異的免疫応答を誘発する。
【００５６】
本明細書のいずれかの箇所に記載されている本発明の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、免疫療法組成物は、アジュバントを含む。
本明細書のいずれかの箇所に記載されている本発明の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、免疫療法組成物は、生物学的応答修飾物質を含む。
【００５７】
本明細書のいずれかの箇所に記載されている本発明の実施形態のいずれかのうち１つの態様では、酵母系免疫療法組成物は酵母媒体を含み、抗原又はその免疫原性ドメインは、酵母媒体により発現されるか、酵母媒体に結合されているか、又は酵母媒体と混合されている。１つの態様では、抗原又はその免疫原性ドメインは、酵母媒体により発現される。１つの態様では、酵母媒体は、全酵母、酵母スフェロプラスト、酵母サイトプラスト、酵母ゴースト、及びその亜細胞酵母膜抽出物又はそれらの画分からなる群から選択される。１つの態様では、抗原又はその免疫原性ドメインは、酵母媒体により発現される。１つの態様では、酵母媒体は、全酵母及び酵母スフェロプラストからなる群から選択される。１つの態様では、酵母媒体は全酵母である。１つの態様では、酵母媒体は熱不活化酵母である。１つの態様では、酵母媒体は、サッカロマイセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）に由来する。１つの態様では、酵母媒体は、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）に由来する。
【図面の簡単な説明】
【００５８】
【図１】免疫療法と慢性ＨＣＶ感染症の標準治療療法を併用した第２相臨床試験の計画を示す模式図である。
【図２】フィッシャーの正確確率検定（両側）により決定されたｐ値を含む、全患者（全体）、インターフェロン未使用患者（ＩＦＮ未使用）、及び以前にインターフェロン療法に対して無効であった患者（無効者）の第２相臨床試験における治療終了時（ＥＴＲ）応答のＩＴＴ（包括）解析を示す棒グラフであり、３剤療法が、ＳＯＣ単独と比較してＥＴＲを改善したことを示す。
【図３】３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者の、ＳＯＣ単独と比べた応答動態を示すグラフであり、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者が、ＳＯＣ単独を受容したインターフェロン未使用被験者よりも、ＳＶＲ（持続性ウイルス学的著効）の１０％絶対的改善及びＳＶＲの２１％相対的改善を示す。また、図３は、３剤療法を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した（ＲＶＲ）被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した被験者よりも、多くの被験者がＳＶＲの達成に至ったことを示す。
【図４】３剤療法を受容した無効被験者の、ＳＯＣ単独と比べた応答動態を示すグラフであり、３剤療法を受容した無効者が、ＳＯＣ単独を受容した無効被験者よりも、ＳＶＲ（持続性ウイルス学的著効）の１２％絶対的改善を示す。
【図５】図２〜４に示されているデータを要約した棒グラフであり、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者、無効被験者、及び全被験者の、ＳＯＣ単独と比べたＥＴＲ及びＳＶＲでのウイルス学的応答が比較されている。
【図６】３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者の、ＳＯＣ単独と比べたＩＬ２８Ｂ遺伝子型によるＳＶＲ率（全体と比較したＣ／Ｃ対Ｃ／Ｔ対Ｔ／Ｔ）を示す棒グラフである。
【図７】３剤療法対を受容したインターフェロン未使用被験者の、ＳＯＣ単独と比べたＩＬ２８Ｂ遺伝子型によるウイルス除去（ＥＴＲ及びＳＶＲ）を要約した棒グラフである。
【図８】ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有するインターフェロン未使用被験者の応答動態（３剤療法対ＳＯＣ単独）を示すグラフであり、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容した被験者よりも多くがＳＶＲを達成したことを示す（７４％対６５％）。また、図５は、３剤療法を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した（ＲＶＲ）ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した被験者よりも、多くがＳＶＲの達成に至ったことを示す（８３％対６３％）。
【図９】ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ遺伝子型を有するインターフェロン未使用被験者の応答動態（３剤療法対ＳＯＣ単独）を示すグラフであり、３剤療法を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した（ＲＶＲ）ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した被験者よりも、多くがＳＶＲの達成に至ったことを示す（９０％対６９％）。また、図６は、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ被験者よりも、多くが治療終了時にウイルス陰性を達成し（６９％対５４％）、治療中に遅延して初めてウイルス陰性を達成した被験者は、治療後に再発する可能性が高いと考えられることを示す。
【図１０】ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ遺伝子型を有するインターフェロン未使用被験者の応答動態（３剤療法対ＳＯＣ単独）を示すグラフであり、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者のかなりの割合がＳＶＲを達成したが、ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者はＳＶＲを達成しなかったことを示す（６０％対０％）。また、図７は、同数の３剤療法ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者及びＳＯＣ単独ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者が、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成したが（ＲＶＲ）、３剤療法を受容した被験者のみが、ＳＶＲに達成に至ったことを示す（５０％対０％）。また、図７は、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者が、治療の最初の１２週間後もウイルス陰性の達成を持続したが、ＳＯＣ単独を受容した追加のＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者は、治療の最初の１２週間後にウイルス陰性を達成しなかったことを示す。
【図１１】治療終了時に、３剤療法を受けたインターフェロン未使用及び無効者の群が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善を示したことを示す棒グラフである（６１％対３６％）。
【図１２Ａ】インターフェロン未使用（ＩＦＮ未使用）被験者の治療終了時に（４８週間）、３剤療法が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善を示したことを示す図である（５６％対２８％）。
【図１２Ｂ】無効被験者の治療終了時に（７２週間）、３剤療法が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善を示したことを示す図である（２８％対７％）。
【図１３】治療後２４週時に（ＳＶＲ２４）、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の持続的改善を示したことを示す図である（４２％対２１％）。
【図１４】３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者のＨＣＶ特異的Ｔ細胞応答が、ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者と比較して、最大１０倍増加したことを示すグラフである。
【図１５】ＳＯＣ単独を受容したインターフェロン未使用被験者と比較した、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者のＩＬ２８Ｂ亜群による細胞性免疫応答の分類を示し、３剤療法がＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者の細胞性免疫を改善することを示す棒グラフである。
【図１６】第２相臨床試験の３剤療法集団中の１人のＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者の重複しており最適化されていないＨＣＶペプチドプールに対するＥＬＩＳｐｏｔ応答の代表的な例を示すグラフである。
【図１７】３剤療法対ＳＯＣ単独の設定におけるＨＣＶ感染肝細胞の免疫除去の提唱作用機構を示す模式図である。
【発明を実施するための形態】
【００５９】
本発明は、一般的に、限定ではないが慢性肝炎ウイルス感染等のウイルス感染症を含む感染症を免疫療法で治療する（例えば、酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物を投与することにより疾患又は状態を治療する）ための改善された方法に関する。具体的には、本発明は、（ａ）個体の遺伝的背景及びこの遺伝的背景が免疫療法による治療の決定にどのように影響を及ぼすか及び治療の決定を導くことができるかと、（ｂ）免疫療法を含む治療投薬計画に対する個体の実際の応答とを考慮及び組み合わせた、感染症を治療するための免疫療法の新規使用を提供する。本発明は、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症及び慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症の両方を含む慢性肝炎ウイルス感染症の免疫療法治療に有用であり、他の感染症を免疫療法で治療するためにも有用である。本明細書には、療法に対する個体の応答を予測することにより導かれる、治療に対する柔軟な手法と組み合わせた、ＩＬ２８Ｂとして知られている遺伝子座（「ＩＬ２８Ｂ」と称される場合もある）における又は関連した個体の遺伝子型、及びこの遺伝子型に基づく（及び／又は本明細書に記載の他の緊密に関連／関係した多型に基づく）個体の免疫応答の予測に部分的に基づく、「治療応答性ガイド治療」と「薬理ゲノミクスガイド免疫療法」とを組み合わせた新規な方法（まとめると「薬理ゲノミクス／治療応答性ガイド免疫療法」）が記載される。本発明の方法は、（ａ）個体の治療が成功する確率を最適化する、及び／又は（ｂ）個体に利益をもたらさない可能性が高いか又は毒性である治療を回避、修正、若しくは排除する。特に、本明細書に記載の発見は、本明細書では一般的に個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型と呼ばれる１つ又は複数の遺伝子多型が、個体及び／又は個体の特定の群が酵母系免疫療法にどのように応答するかに対して影響を及ぼすことを明らかにし、酵母系免疫療法（及び他の同様なタイプの免疫療法）が、標準治療療法（例えば、インターフェロン療法、抗ウイルス剤療法、又は感染因子の他の従来療法）に対する応答を変更できることを明らかにする。この応答の変更は、さもなくば標準治療療法に応答しない可能性のある個体、及び／又は酵母系免疫療法成分を含まない療法により引き起こされる毒性及び／若しくは副作用を被る可能性のある個体に有益であり得る。実際、酵母系免疫療法は、そのような個体の治癒率（又は治療成功率若しくは治療有益率）を向上させ、望ましくない副作用を有する標準治療療法の成分の使用を低減、減少、又は排除することができる。
【００６０】
より詳しくは、本発明は、ＩＬ２８Ｂと呼ばれる遺伝子座における個体の特定の遺伝子型に応じて、個体が酵母系免疫療法に異なる応答を示すという発見、更に、従来の又は認可されている療法（つまり、標準治療又は「ＳＯＣ」）と組み合わせた免疫療法に対する種々の遺伝子型の応答が、ＳＯＣ単独に対するこれら遺伝子型の応答とは異なる（つまり、酵母系免疫療法に対する応答は、抗ウイルス剤又はインターフェロンに基づく療法等のＳＯＣに対する個体の応答により予測されない）という発見に基づく。特に、本発明は、酵母系免疫療法が、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わらず、ＨＣＶによる慢性感染症に対する生産的な（有益な）応答を増大させることを示す。しかしながら、この増大は、最も「不利な」ＩＬ２８Ｂ遺伝子型（つまり、慢性ＨＣＶの現行標準治療（ＳＯＣ）療法に対して、わずかに又は不十分に、及びいずれの場合でも「好ましい」とはほど遠い程度にしか応答しないことが予測されるＩＬ２８Ｂ遺伝子型）において特に顕著である。具体的には、慢性Ｃ型肝炎ウイルス感染症のＳＯＣプロトコールに免疫療法を追加することにより、患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わらず治療応答が改善されたことが本明細書で示されている（つまり、応答は、Ｃ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、及びＴ／Ｔ遺伝子型の各々において、ＳＯＣと比較してある点で増強された）。しかしながら、免疫療法の効果は、最も不良な予後遺伝子型（Ｔ／Ｔ）（ＳＯＣ療法に対する応答予測に基づいて「最も不良なもの」）を有する患者において最も大きかった。
【００６１】
したがって、本発明は、感染症の全体的治療投薬計画の基礎成分としての免疫療法及び特に酵母系免疫療法の使用（つまり、標準治療療法と新しい療法との組み合わせ）を記述するものであり、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座の「Ｃ」対立遺伝子を有する個体及び特にＣ／Ｃ遺伝子型の個体では、免疫療法の使用は、治療的免疫応答の増強及び治療転帰の改善に加えて、治療期間を短縮することができ、並びに／又は特に毒性及び他の望ましくない治療の副作用に寄与するインターフェロン及び抗ウイルス剤等の、治療プロトコールの１つ若しくは複数の成分の投与期間、投与用量、及び／若しくは投与頻度を低減することができる（つまり、用量節約）。実際、幾つかの個体では、酵母系免疫療法をプロトコールに追加することを使用して、療法の非免疫学的成分の１つ又は複数を排除することもできる。Ｃ／Ｔ及びＴ／Ｔ個体の両方を含むＩＬ２８Ｂ遺伝子座の「Ｔ」対立遺伝子を有する個体、及び特にＴ／Ｔ個体では、治療投薬計画にそのような免疫療法を追加することにより、治療的免疫応答が増強され、治療転帰が改善され、さもなくば免疫療法の非存在下での投薬計画に対して応答しないか又は応答が不良であると予期される個体さえ救済することになるであろう。これら個体では、本発明は、これら個体の応答率を向上させることを目標にして、治療の継続期間を延長するか、又はさもなくば治療マイルストーンを使用して治療を修正することができる、免疫療法を含むロバストな治療応答性ガイド療法を企図する。実際、そのような投薬計画において治療期間を延長する場合でさえ、本明細書に記載の免疫療法の使用は、治療プロトコールの１つ又は複数の成分の投与期間、投与用量、及び／又は投与頻度の低減を可能にすることもでき、又は望ましくない副作用（例えば、毒性又は耐性）を示す成分を排除することさえできる。感染症の治療投薬計画に免疫療法を追加すると、様々な作用剤の新しい組み合せ及び投薬プロトコールが可能である（例えば、免疫療法を、インターフェロンを排除した１種、２種、又は３種以上抗ウイルス剤と組み合わせる、免疫療法を、１種又は複数の抗ウイルス剤及びインターフェロンと組み合わせる、免疫療法を、治療応答性ガイド方式の標準的非免疫投薬計画に追加する等）。
【００６２】
本発明が基づくこの発見は、慢性Ｃ型肝炎ウイルス感染治療の第２相臨床試験から生じたものに基づくが、本発明は、ＨＢＶ並びに免疫療法手法から利益を得る又は利益を得る可能性のある他の感染症の治療に拡張することができることが予期される。この第２相臨床研究では、ＧＩ−５００５と称する、慢性Ｃ型肝炎ウイルス感染症の酵母系免疫療法をＳＯＣ（インターフェロン及びリバビリン）と組み合わせて使用して、慢性Ｃ型肝炎ウイルス感染症を有する個体を治療した。より詳しくは、ＧＩ−５００５、即ちＨＣＶ  ＮＳ３及びコア抗原を高レベルで発現する熱不活化全Ｓ．セレビシエ免疫療法製品を、ペグ化インターフェロン−α及びリバビリン（ＳＯＣ）と組み合わせて使用して、遺伝子型１慢性ＨＣＶ感染症を有する被験者を治療した（治験計画の模式図については図１を参照）。この非盲検治験では、患者（合計１４０人が参加）を１：１に無作為化し、患者の以前の治療経過中のウイルス学的応答により階層化した。集団１の患者は、１２週間にわたる４０ＹＵ（１ＹＵ＝１０，０００，０００個の酵母）のＧＩ−５００５の５回の週１回皮下（ＳＣ）投与、その後は２回の月１回皮下（ＳＣ）投与で構成されるＧＩ−５００５導入単独療法を受け（患者の４箇所の別個部位に１０ＹＵ用量として投与された）、その後、月１回の４０ＹＵのＧＩ−５００５投与並びにペグ化インターフェロン及びリバビリンで構成される３剤療法を受容した（インターフェロン未使用患者には４８週間、及びインターフェロン療法に対して以前に無効であった患者には７２週間投与された）。集団２の患者は、ＳＯＣ単独による治療を受容した（先行するＧＩ−５００５単独療法を受けずに）。治療終了時応答（ＥＴＲ）までの報告された結果では、３剤療法（つまり、ＳＯＣ（ペグ化インターフェロン−α及びリバビリン）と組み合わせた酵母系免疫療法）は、ＳＯＣ単独と比較して、種々の患者群でウイルス動態の改善、完全寛解率の改善、並びに肝機能の改善及び／又は肝損傷の低減を示した（ＭｃＨｕｔｃｈｉｓｏｎら、「ＧＩ−５００５  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  Ｐｌｕｓ  Ｐｅｇ−ＩＦＮ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ  Ｉｎ  Ｇｅｎｏｔｙｐｅ  １  Ｃｈｒｏｎｉｃ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｃｏｍｐａｒｅｄ  Ｔｏ  Ｐｅｇ−ＩＦＮ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ  Ａｌｏｎｅ  Ｉｎ  Ｎａｉｖｅ  ａｎｄ  Ｎｏｎ−  Ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ；Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ  ＲＶＲ  ａｎｄ  Ｖｉｒａｌ  Ｋｉｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  ＧＩ−５００５−０２  Ｐｈａｓｅ  ２  Ｓｔｕｄｙ」ポスター発表；ＡＡＳＬＤ  １１月３日、２００８年；Ｌａｗｉｔｚら、「ＧＩ−５００５  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  Ｐｌｕｓ  ＰＥＧ−ＩＦＮ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ  Ｖｅｒｓｕｓ  ＰＥＧ−ＩＦＮ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ  ｉｎ  Ｇｅｎｏｔｙｐｅ  １  Ｃｈｒｏｎｉｃ  ＨＣＶ  Ｓｕｂｊｅｃｔｓ；Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ  Ｐｈａｓｅ  ２  ＥＶＲ  Ａｎａｌｙｓｅｓ」ポスター発表；ＥＡＳＬ  ４月２４日、２００９年；ＭｃＨｕｔｃｈｉｓｏｎら、「ＧＩ−５００５  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｐｌｕｓ  Ｐｅｇ−ＩＦＮ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ  Ｉｍｐｒｏｖｅｓ  Ｅｎｄ  ���ｆ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ａｔ  ４８  Ｗｅｅｋｓ  Ｖｅｒｓｕｓ  Ｐｅｇ−ＩＦＮ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ  ｉｎ  Ｎａｉｖｅ  Ｇｅｎｏｔｙｐｅ  １  Ｃｈｒｏｎｉｃ  ＨＣＶ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ」ポスター発表；ＡＡＳＬＤ  １１月２日、２００９年；及びＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０５７５３５号）。
【００６３】
本発明以前は、酵母系免疫療法を含むがそれに限定されない免疫療法に対する応答性に対するＩＬ２８Ｂ遺伝子型の影響は、知られていなかった。未使用遺伝子型１慢性ＨＣＶ患者における、３剤療法に対する治療終了時応答（ＥＴＲ）及び持続性ウイルス学的著効（ＳＶＲ）に対するＩＬ２８Ｂの影響を評価した際、免疫療法をＳＯＣに追加すると（３剤療法）、全てのＩＬ２８Ｂ遺伝子型の応答率（つまり、ＨＣＶではウイルス陰性、本明細書の他所で定義されている）が改善されることが、本発明者らにより発見された。しかしながら、各ＩＬ２８Ｂ遺伝子型がどのように免疫療法に応答するかに違いもあり、それらの各々は、興味深いものであった。ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を決定することにより、予期しなかった遺伝子型に基づく応答相関が明らかにされ、これにより、免疫療法による治療応答性ガイド療法を基礎として使用して、患者応答がどのように改善され得るかが更に教示される。
【００６４】
具体的には、ＳＯＣと共にＧＩ−５００５を受容し、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ遺伝子型でもあった患者は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座にＴ対立遺伝子を有する（Ｃ／Ｔ及びＴ／Ｔ）全ての患者で最も良好な治療応答を示した。対照的に、ＳＯＣのみを受容した患者（酵母系免疫療法を受容しない）は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座にＴ対立遺伝子を有する全ての患者の中で最も不良な応答を示した。更に、ＳＯＣと組み合わせて酵母系免疫療法を使用する３剤療法は、３つ全ての遺伝子型（Ｃ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、及びＴ／Ｔ）において、ＳＯＣと比較してＨＣＶ特異的免疫応答を向上させ、Ｔ／Ｔで最も大きな違いが観察された。更に、結果は、幾人かの患者、特にＩＬ２８Ｂ遺伝子型Ｃ／Ｔ及びＴ／Ｔの患者（つまり、ＳＯＣ療法に対してより不良な応答を予測するＩＬ２８Ｂ遺伝子座に「Ｔ対立遺伝子」を有する患者）は、治療上有益な様式（例えば、ＨＣＶ患者の場合は、ウイルス陰性）で免疫療法に応答することが可能であるが、例えば、予後が好ましいＩＬ２８Ｂ遺伝子型（Ｃ／Ｃ）の患者よりも応答が遅延する傾向があったことを示した。この発見により、ＳＯＣプロトコールによる療法のタイミングに関する現行ガイドラインは、転帰の事前予測に基づく患者についての判断ポイントに導くことができるが、免疫療法の転帰を予測するには不十分であることが示された。実際、本発明は、個体が感染に対して完全寛解（例えば、持続性ウイルス陰性の達成）を示す確率を向上させるために、免疫療法に対する応答がより遅い個体のための治療応答性ガイド式の治療修正（例えば、総治療期間を延長すること及び／又は療法に使用される作用剤を修正することによる）を提供する。
【００６５】
このように、本発明では、ＩＬ２８Ｂ状態は、個体が免疫療法にどのように応答するかを予測する指標であることが示されており、免疫療法を使用する新規な感染症治療戦略、具体的には酵母系免疫療法の基盤が提供されている。本明細書で提供された結果は、慢性ＨＣＶ感染症並びにインターフェロン及びリバビリンの例示的なＳＯＣ組み合わせによる治療の状況で示されているが、本発明の有益性は、特定のタイプの免疫療法を治療プロトコールに追加することと患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型との相関性であるため、本発明は、免疫療法及び特に酵母系免疫療法を使用する、あらゆる感染症の薬理ゲノミクス／治療応答性ガイド治療に容易に応用される。上記で考察したように、インターフェロン療法と共に又はインターフェロン療法をせずに投与される新しい組み合わせの改善された抗ウイルス薬は、ＨＣＶに慢性感染している患者の応答率の向上を継続させた（例えば、リバビリン及びペグ化インターフェロン−αと組み合わせて投与されるＴＥＬＡＰＲＥＶＩＲ（商標）、Ｖｅｒｔｅｘ社製／Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｊｏｈｎｓｏｎ社製／Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ社製のＮＳ３プロテアーゼ阻害剤；ＢＯＣＥＰＲＥＶＩＲ（商標）、リバビリン及びペグ化インターフェロン−αと組み合わせて投与されるＭｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｉｎｃ．社製のＮＳ３プロテアーゼ阻害剤；リバビリンと組み合わせてペグ化インターフェロン−αと共に又はペグ化インターフェロン−αを用いずに投与されるＰＳＩ−７９７７、Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製のウリジンヌクレオチド類似体ポリメラーゼ阻害剤；及びインターフェロンを用いずに併用治療として投与される、ＰＳＩ−７９７７及びＰＳＩ−９３８（Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製のグアニンヌクレオチド類似体ポリメラーゼ阻害剤）の組み合わせ）。しかしながら、これら薬物は、それらの先行薬と同様に、異なるＩＬ２８Ｂ遺伝子型の患者に生じる免疫応答に明白な相違があることを無視して、ウイルスに直接作用し、ほとんどがインターフェロンとの併用投与を依然として必要としており、幾つかのより重症の毒性が引き起こされる。実際、開発中の新しい治療投薬計画の下でさえ、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に基づく「階段状」応答率が依然として存在すると考えられ、Ｔ対立遺伝子を有する個体は、少なくとも、あまり好ましくない応答を示す傾向がある（例えば、Ｊａｃｏｂｓｏｎら、２０１１年、「Ｔｅｌａｐｒｅｖｉｒ  ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ  ｉｍｐｒｏｖｅｄ  ＳＶＲ  ｒａｔｅｓ  ａｃｒｏｓｓ  ａｌｌ  ＩＬ２８Ｂ  ｇｅｎｏｔｙｐｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ＡＤＶＡＮＣＥ  ｔｒｉａｌ」、ＥＡＳＬ、ベルリン、ドイツ、抄録；Ｐｏｌら、２００１年「Ｓｉｍｉｌａｒ  ＳＶＲ  Ｒａｔｅｓ  Ｉｎ  ＩＬ２８Ｂ  ＣＣ，ＣＴ  Ｏｒ  ＴＴ  Ｐｒｉｏｒ  Ｒｅｌａｐｓｅｒ，Ｐａｒｔｉａｌ−Ｏｒ  Ｎｕｌｌ−Ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｔｒｅａｔｅｄ  Ｗｉｔｈ  Ｔｅｌａｐｒｅｖｉｒ／Ｐｅｇｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ／Ｒｉｂａｖｉｒｉｎ：Ｒｅｔｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｒｅａｌｉｚｅ  Ｓｔｕｄｙ」、  ＥＡＳＬ、ベルリン、ドイツ、抄録；Ｐｏｏｒｄａｄら、２００１年、「ＩＬ２８Ｂ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  Ｐｒｅｄｉｃｔｓ  Ｖｉｒｏｌｏｇｉｃ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  Ｇｅｎｏｔｙｐｅ  １  Ｔｒｅａｔｅｄ  Ｗｉｔｈ  Ｂｏｃｅｐｒｅｖｉｒ（Ｂｏｃ）Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  Ｔｈｅｒａｐｙ」ＥＡＳＬ、ベルリン、ドイツ、抄録）。
【００６６】
対照的に、本発明の酵母系免疫療法は、本来的に所与の感染症と戦うことができないか又は免疫応答の増強から利益を得る可能性のある免疫応答の必要性に取り組む比類なきものである。したがって、酵母系免疫療法を、インターフェロン、抗ウイルス剤、及び他の感染症治療手法に基づく様々な併用療法の基礎成分として追加することにより、治療するのが最も困難なＩＬ２８Ｂ遺伝子型をさえ含む全ての患者の療法に対する応答率が更に向上されることになる。酵母系免疫療法は、標準治療の失敗が持続することになる個体を「レスキュー」することが予期され、それらのほとんどが毒性及び薬剤耐性等の他の望ましくない副作用に関連している非免疫学的療法剤及び／又はサイトカインの低減、排除、又は使用短縮を可能にし、それにより患者コンプライアンス、生活の質、及び治療成功確率を向上させることになる。
【００６７】
上記で考察したように、本発明は、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ対立遺伝子を保持する個体に、及び特にＴ対立遺伝子がホモ接合性である個体に特に利点があると予期される。加えて、個体の幾つかの亜集団はより高い頻度でＴ対立遺伝子を保持するため、本発明は、ＳＯＣ療法を使用して治療するのが歴史的により難しかった亜集団に利点をもたらすことが予期される。例えば、Ｇｅら、上記には、ヨーロッパ系祖先の個人と比較して、アフリカ系アメリカ人は、集団においてより高いＴ／Ｔ遺伝子型の出現頻度を示しており、ヒスパニックも、この遺伝子型のより高い出現頻度を示すことが示されていた。慢性ＨＣＶ患者のＳＯＣに対する不良な転帰を予想するＩＬ２８Ｂ遺伝子型の事前研究に基づくと、そのような個体（Ｔ／Ｔ遺伝子型を有する個体）のＳＯＣ療法継続の完全な中止を勧告することが可能であり、そのような個体は、これら時点までにウイルス陰性でない患者は持続性ウイルス学的著効（ＳＶＲ）の可能性がより低くなるという事前の統計に基づき、初期応答エンドポイントに到達することができないため、初期にＳＯＣ療法から除外される可能性がより高いであろう。更に、開発中の改善された抗ウイルス療法でさえ、少なくとも１つのＴ対立遺伝子を有する患者の応答率が依然として最も低いと考えられており、そのような治療投薬計画は、全ての患者の応答率を更に上昇させるため、新しい投薬計画に依然として応答しない患者は、治療選択肢がないまま取り残される可能性が更に高い。しかしながら、本発明は、最も不良な予後を示す患者群の陽性治療転帰に対する新たな希望を提供する。実際、Ｇｅらの結果は、ある個体（例えば、Ｔ／Ｔ遺伝子型を有する個体）が、現行ＨＣＶ療法の良好な候補ではない場合があることを示唆していた可能性があるが、本発明は、免疫療法をプロトコールに追加することにより、その予後を完全に変更し、そのような患者は、今や回復に関する良好な予後を示す。この分析を、Ｔ／Ｔ対立遺伝子がある人種集団においてより高い頻度で出現するという知見に延長すると、本発明による免疫療法の使用は、これら集団全体においてかなりの療法向上を提供することになる。本発明は、そのような療法の経過を、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型等の目的分子マーカーを使用して個別化されており、免疫療法に対する個体の応答性に基づいて修正することができるものに変更する。
【００６８】
本明細書で提供されたデータは、免疫療法が、感染症の療法に個体が応答し易い様式を変更することができることを示し、それは、感染又はその直接的症状の低減又は緩和を促進するように個体の免疫応答を変更することによる可能性が最も高い。ＩＬ２８Ｂ遺伝子は、インターフェロン−λ３として知られているＩＩＩ型インターフェロンをコードする。ｒｓ１２９７９８６０多型、又は任意の緊密に関連する多型（例えば、ｒｓ２８４１６８１３、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ７２４８６６８、ｒｓ１１８８１２２２、又はｒｓ８１０５７９０、Ｇｅら、上記、Ｓｕｐｐｉａｈら、上記、Ｔａｎａｋａら、上記、Ｒａｕｓｃｈら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、２０１０年、１３８巻：１３３８〜４５頁、及びＭｃＣａｒｔｈｙら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、２０１０年、１３８巻：２３０７〜１４頁を参照）が、因果関係を持って表現型と関連しているか否か、又は表現型がインターフェロン−λに対する影響により生じるかのか否かは、今のところ判明していない。しかしながら、理論により束縛されないが、本発明は、１つの実施形態では、１つ又は複数のＩＦＮ−λサイトカインの調節又は活性における効果に基づき、感染症治療の治療プロトコールを修正することを包含する。３つのインターフェロン−λサイトカイン：インターフェロン−λ３（ＩＬ２８Ｂによりコードされる）、インターフェロン−λ１（ＩＬ２９によりコードされる）、及びインターフェロン−λ２（ＩＬ２８Ａによりコードされる）が存在し、３つの遺伝子は全て１９番染色体に位置する。このクラスのインターフェロン−λタンパク質は、２００２年に最初の記載があり、２００３年に発表された（Ｋｏｔｅｎｋｏら、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４巻：６９〜７７頁（２００３年）；及びＳｈｅｐｐａｒｄら、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４巻：６３〜６８頁（２００３年））。このクラスのインターフェロンは、インターフェロン−α等のＩ型インターフェロンとは構造が異なり、Ｉ型インターフェロンとは異なる組織内分布を示す異なる受容体を使用するが、ＩＦＮ−λは、Ｉ型インターフェロンと同様のシグナル伝達経路及び同様の生物学的機能を有する。この群の３つのサイトカインは、一般的に単にインターフェロン−λと呼ばれる。インターフェロン−λは、Ｉ型インターフェロンと同様に、ウイルス感染により誘導され、ＨＣＶ複製を含むウイルス複製を阻害することが示されているが、インターフェロン−λは、ウイルスに対して直接ではなく、実際は免疫系に影響を発揮する場合があると考えられている（Ｕｚｅら、２００７年、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ  ８９巻：７２９〜７３４頁による総説を参照）。実際、インターフェロン−λ１（ＩＬ２９によりコードされる）は、現在、インターフェロン−αの有望な代替薬として慢性ＨＣＶの臨床試験中である。加えて、ＩＩＩ型インターフェロンの抗増殖性及びアポトーシス効果が、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで示されており（Ｍａｈｅｒら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．２００８年、７巻、１１０９〜１１１５頁；Ｌｉら、Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｌｉｆ．２００８年、４１巻、９６０〜９７９頁）、抗腫瘍効果が、マウスで示されて���る（Ｌａｓｆａｒら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２００６年、６６巻、４４６８〜４４７７頁；Ｓａｔｏら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００６年、１７６巻、７６８６〜７６９４頁）。
【００６９】
２００９年に、Ｍｅｎｎｅｃｈｅｔ及びＵｚｅは、インターフェロン−λで処理した樹状細胞（ＤＣ）が「制御性Ｔ細胞」又は「Ｔｒｅｇ」（ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋Ｔ細胞）として知られているＴ細胞のサブセットの増殖を特異的に誘導したことを示した（Ｍｅｎｎｅｃｈｅｔ及びＵｚｅ、２００９年、Ｂｌｏｏｄ  １０７巻（１１号）：４４１７〜４４２３頁）。したがって、Ｍｅｎｎｅｃｈｅｔ及びＵｚｅは、インターフェロン−λが、拡大解釈すれば、ＨＣＶ感染細胞を除去するように作用することになるＴ細胞応答を下方制御するように作用する場合があるＴｒｅｇを上方制御することにより、エフェクターＴ細胞の能動抑制に関与する場合があることを提唱している。インターフェロン−λファミリーメンバーは、幾つかの対抗する機能を有する場合があるため、一方又は他方の機能又は発現の修飾は、ｉｎ  ｖｉｖｏで異なる免疫制御に寄与する可能性がある。
【００７０】
酵母系免疫療法は、ＴＨ１７免疫応答を上方制御し、Ｔｒｅｇの数及び／又は機能を抑制することができることが今や知られており、これは、理論的には、Ｍｅｎｎｅｃｈｅｔ及びＵｚｅにより提唱されたインターフェロン−λメンバーの作用と対抗するものであろう。また、酵母系免疫療法は、Ｔｒｅｇ作用を上方制御することができる他のインターフェロン−λファミリーメンバーの作用を増強することができる。加えて、酵母系免疫療法は、酵母が結合するパターン認識受容体により媒介される広範な「危険信号」により樹状細胞を活性化する。骨髄由来抗原提示細胞又は樹状細胞に対するそのようなシグナル伝達及び活性化の非存在下では、これら細胞がサイトカイン単独（例えば、ＩＦＮ−λ又はＩＦＮ−α）等の異なる刺激に遭遇することにより予期され得るように、これら細胞は、Ｔ細胞応答を抑制する骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）になる（例えば、Ｙａｎｇら、２００４年、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．５巻（５号）：５０８〜５１５頁；又はＮａｇａｒａｊら、２０１０年、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８４巻：３１０６〜３１１６頁を参照）。
【００７１】
本発明の１つの態様では、ＩＬ２８Ｂ遺伝子の上流の多型（又は密接に関連する多型）が、ＩＦＮ−λ機能（遺伝子が共にクラスターを形成しているため、ＩＦＮ−λタンパク質のいずれか１つ、２つ、又は３つを含む場合がある）に影響を及ぼす場合、理論により束縛されないが、本発明は、限定ではないがＩ型及びＩＩＩ型インターフェロンの両方を含むインターフェロン療法を使用してどのように個体を治療するか、及びインターフェロン療法を使用してどの個体を治療するかを変更することができ、及び／又は遺伝子型に基づくインターフェロン療法を使用してＨＣＶ感染を調節するための新しいプロトコールを示すことができる洞察を提供することができる。例えば、理論により束縛されないが、本明細書に記載のＴ対立遺伝子を保持する個体の多型が、ＩＦＮ−λを何らかの様式で修飾する場合（例えば、サイトカイン産生の制御を変更することにより）、この修飾されたＩＦＮ−λ産生は、Ｔ対立遺伝子を保持する個体の生産的Ｔ細胞応答を阻害することになり、本明細書に記載されている免疫療法の投与は、その阻害を軽減し、生産的免疫応答の生成を可能にすると考えられる。したがって、１つの態様では、本発明は、全ての患者における免疫療法の使用を提供することになるが、ＩＦＮ−λ投与は、Ｔ対立遺伝子を保持する個体等の少なくともあるサブセットの患者には好ましくないことを示すことができる。或いは、ＩＦＮ−λと組み合わせた免疫療法の作用が治療的利益を提供する場合、免疫療法と併用したＩＦＮ−λ投与を企図することができる。また、インターフェロン−λをコードする遺伝子付近の又は遺伝子中の更なる多型が、ＳＯＣ療法に応答してある個体で観察されたより不良な転帰に寄与している可能性があり、免疫療法をこのプロトコールに追加することにより、この表現型を克服し、そのような個体で有益な応答を増大させることができることが、本発明により企図される。
【００７２】
作用機序が何であれ、酵母系免疫療法、及び類似したタイプの免疫応答を提供する免疫療法は、さもなくば免疫不全、免疫抑制、又は単にＨＣＶ除去能力に関するＴ細胞活性化経路の無効化を被ると考えられる患者に利益を提供し、これは、恐らくはＴ細胞が個体において活性化される及び／又は応答する様式を変更することにより、又は個体におけるＴ細胞活性化の代替経路を提供することにより、他の感染症に拡張することができる。本発明による酵母系免疫療法の使用は、個体が、感染症に対する有効な免疫応答を開始する能力を向上させる。本明細書の考察の多くには、慢性ＨＣＶ感染、ＨＣＶの現行ＳＯＣ、及びＩＬ２８Ｂ遺伝子型に基づきＳＯＣと組み合わせた酵母系免疫療法に対する個体の応答が使用されているが、これらのシナリオは、本発明の例示である。実際、本発明は、酵母系免疫療法が特定のＩＬ２８Ｂ遺伝子型の個体にどのように作用するかに関する理解に基づくものであり、この効果は、理論により束縛されないが、感染症に対して個体により誘発される免疫応答に関連すると考えられるため、及び感染症と闘うことは、免疫系の機能であるため、本発明は、他の感染症及びそのような疾患の対応する従来の治療又はＳＯＣ治療に容易に拡張される。
【００７３】
本発明によると、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座（下記により詳細に記載）にＣ／Ｃ遺伝子型を有する「Ｃ／Ｃ」個体は、ＨＣＶの従来治療投薬計画（例えば、抗ウイルス剤及び／又はインターフェロン等の直接作用剤の組み合わせ等のＳＯＣ）に対する応答について最も良好な予後を示すことが予想される。例えば、ＨＣＶでは、Ｃ／Ｃ個体のおよそ７８％が、持続性ウイルス学的著効（ＳＶＲ）を達成することになり、それは、ＳＯＣに応答したＨＣＶの「治癒」を示す（Ｇｅら、上記）。加えて、Ｃ／Ｃ個体は、ＨＣＶ感染を自然除去する可能性が最も高い（Ｔｈｏｍａｓら、上記）。本発明者らは、今や、慢性ＨＣＶ感染及び進行中のＳＯＣ治療の状況で、Ｃ／Ｃ個体がどのように酵母系免疫療法に応答するのかを発見し、他の感染状態又は感染症に容易に拡張される、これら個体の治療に対する薬理ゲノミクス及び治療応答性ガイド手法を本明細書にて提供する。
【００７４】
本明細書に記載の研究では、かなりの人数のＣ／Ｃ個体が、治療初期（最初の１２週間）にＳＯＣ＋酵母系免疫療法（３剤療法）に応答し、ＳＯＣ単独を受容したＣ／Ｃ個体についても同じことが言えたが、ＲＶＲ又はｃＥＶＲを達成した３剤療法受容Ｃ／Ｃ個体は、ＳＯＣ単独を受容したＣ／Ｃ個体と比較してより高い割合が、治療終了時の完全寛解及びＳＶＲの達成に至った。したがって、Ｃ／Ｃ個体は、一般的に、３剤療法及びＳＯＣ単独の両方に対して同様の動態で良好に応答し、３剤療法は、ＥＴＲ及びＳＶＲエンドポイントまでに、かなりのより多くのＣ／Ｃ患者に完全寛解をもたらす（図５を参照）。実際、本明細書に記載の研究におけるＳＯＣ  Ｃ／Ｃ患者及び３剤療法Ｃ／Ｃ患者は両方とも、全体的に良好なＳＶＲ率を示し、３剤療法は、更にほとんど１０％に近い優位性をもたらした。したがって、酵母系免疫療法は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体が療法に応答することになる可能性を向上させることにより、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体に利益をもたらす。たとえＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体が、本来的に、ＨＣＶ等の感染因子に対して、他のＩＬ２８Ｂ遺伝子型よりも有効な免疫応答を開始すると考えられるとしても、酵母系免疫療法を標準治療投薬計画に追加することにより、応答が増強され、より多くのＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体が治療エンドポイント達成を成功させることが可能になる。更に、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体を特定することにより、そのような個体が、治療を修正して毒性及び薬物耐性等の他の副作用を低減させることを可能にすることができ、免疫療法が投薬計画に追加される場合、作用剤の１つ又は全てによる治療の期間又は治療の継続期間を更に短縮することができる。例えば、酵母系免疫療法は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体が、治療転帰を犠牲にせずに、副作用を低減し、薬物耐性発生の可能性を低減し、患者コンプライアンスを向上させるために、治療投薬計画の他の作用剤の用量を修正し（例えば、１つの作用剤、特により高い毒性又は他の副作用を有する作用剤の継続期間、用量、及び／又は頻度を低減し）、投与される作用剤の組み合わせを修正し（インターフェロン等の毒性作用剤を排除する、及び／又はそれほど毒性でない抗ウイルス剤を追加する）、及び／又は総治療期間を修正する（例えば、総治療期間を短縮する）ことを可能にすることができる。例えば、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体は、慢性ＨＣＶ感染症を治療するために酵母系免疫療法を使用する場合、療法のＳＯＣ成分中のインターフェロン−α及び／又はリバビリン及び／又は別の抗ウイルス剤及び／又は他の低分子剤（例えば、プロテアーゼ阻害剤）の用量及び／又は頻度を低減又は排除することができる場合があり、及び／又は免疫療法の追加により治療過程を短縮することができる場合がある。加えて、酵母系免疫療法は、そのような療法の非存在下では陽性応答を達成することが難しいＣ／Ｃ患者をレスキューすることができる。本発明の方法を使用して、免疫療法をＳＯＣ療法に追加することにより、ＳＯＣの場合と同じ治療プロトコールを使用する場合でさえ（例えば、治療期間を延長することなく）、ＳＯＣと比較して有意な利点が、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体にもたらされると予期される。
【００７５】
本発明によると、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座（下記により詳細に記載）にヘテロ接合性Ｃ／Ｔ遺伝子型を有する個体である「Ｃ／Ｔ」個体は、ＨＣＶの従来の治療投薬計画（例えば、抗ウイルス剤及び／又はインターフェロン等の直接作用剤の組み合わせ等のＳＯＣ）に対する応答について中程度の予後を示すことが予想される。例えば、慢性ＨＣＶ感染では、これら個体のおよそ３７％が、ＳＯＣ療法に応答してＳＶＲを達成することになる（Ｇｅら、上記）。本発明者らは、今や、慢性ＨＣＶ感染及び進行中のＳＯＣ治療の状況で、Ｃ／Ｔ個体がどのように酵母系免疫療法に応答するのかを発見し、他の感染状態又は感染症に容易に拡張される、これら個体の治療に対する薬理ゲノミクス及び治療応答性ガイド手法を本明細書にて提供する。本発明は、免疫療法を使用することにより、インターフェロン未使用個体及びインターフェロンに基づく療法に以前無効であった者を含むＣ／Ｔ個体の応答率を相当程度向上させることができることを示す証拠を提供する。
【００７６】
より詳しくは、３剤療法Ｃ／Ｔ個体及びＳＯＣ  Ｃ／Ｔ個体は両方とも、本明細書に記載の研究では同じＳＶＲ率を達成したが（図６を参照）、個々の応答及び応答動態を検討することにより（図６を参照）、Ｃ／Ｔの応答を向上させるために今や使用することができる酵母系免疫療法（３剤療法）を追加する場合の応答の特徴が明らかされる（これはＴ／Ｔ患者にも一般的に当てはまり、下記でより詳細に考察されている）。具体的には、３剤療法及びＳＯＣ単独の両方で、Ｃ／Ｔは、完全寛解（ウイルス陰性）への遅発的時間経過を示し、治療の最初の１２週間後、つまり治療成功を予測するために使用される重要な早期応答時点（ＥＶＲ）後に、ウイルス陰性に達する個体の数が増加した。しかしながら、ＳＯＣ治療群は、療法を受けたＣ／Ｔ応答者を喪失したが（つまり、薬物が依然として投与されていた２４〜４８週間に）、３剤療法治療群は、この同じ期間中に療法を受けたＣ／Ｔの完全寛解を実質的に維持し、３剤療法を受けたＣ／Ｔの場合は良好なＥＴＲを達成した（図６を参照）。３剤療法群のＣ／Ｔが、ＳＶＲにおける完全寛解の合計割合を、ＳＯＣ単独を受けたＣ／Ｔと同じ割合に移行させるのに十分なほどの再発を起こすのは、４８週目の治療終了後（ＥＴＲ）に過ぎなかった（特筆すべきは、ＳＯＣ群のＣ／Ｔも、治療後には応答者は喪失した）。２４〜４８週中に最初のウイルス陰性を達成しその後治療後に再発したＣ／Ｔ個体を検討すると、免疫療法に対するこれら個体の応答に対する更なる洞察がもたらされる。具体的には、図６を参照すると、３剤療法群では、個体が治療に際して最初にウイルス陰性を達成する時期が治療期間の後期であればあるほど、個体は、治療後のより早期に再発することが一般的に観察される。これらのデータは、Ｃ／Ｔが、療法（いずれのタイプでもよい）に対してよりゆっくりと応答し、一方で、３剤療法（あらゆるＳＯＣ＋酵母系免疫療法に外挿される）を継続することにより、ＳＯＣとは対照的にウイルス陰性が維持されると考えられることを示す。しかしながら、Ｃ／Ｔが治療期間の後期にウイルス陰性を達成する場合、療法が中止されると、多くがウイルス陰性を維持することができない。こうしたデータは全体として、これら個体は、療法をより長期間継続すれば、より良好な転帰が得られる可能性があることを示す。
【００７７】
したがって、本発明者らは、本明細書にて、免疫療法を受容するＣ／Ｔを療法中にモニターし、時間的エンドポイント又は臨床的マイルストーンであるかに関わらず、その疾患の陽性応答を示すか又は予測する特定のマイルストーンに到達しないことにより判断して、免疫療法及び所与の感染症のＳＯＣの組み合わせに対して遅延応答者である個体を特定すべきであることを提唱する。例えば、ＳＯＣと組み合わせた酵母系免疫療法による治療が延長されるべき患者には、酵母系免疫療法を含む１２〜２４週間のＳＯＣ療法後に、又はＳＯＣのみを受容した患者がいつＳＶＲに進行することになるのかが最もよく予測されることが判明した時間後に、初めてウイルス陰性に達する、ＨＣＶに慢性感染したＣ／Ｔ患者が含まれる。同様に、ウイルス陰性を達成した後でさえセロコンバージョンを達成しないか、又は緩解を示すＨＢＶに慢性感染したＣ／Ｔ患者の場合、酵母系免疫療法の延長又は投薬計画への追加、又は投薬計画で既に使用されている場合は、酵母系免疫療法の延長が、本発明により企図される。或いは、Ｃ／Ｔ患者には、酵母系免疫療法を含む投薬計画を使用するよりの長期の治療を、最初に処方してもよい。１つの実施形態では、Ｃ／Ｔ個体は、延長された期間にわたって酵母系免疫療法／ＳＯＣ投薬計画を継続して受容し、標準治療終了時（例えば、現行ＳＯＣ投薬計画下のＨＣＶインターフェロン未使用個体の場合は４８週目、ＨＣＶ無効個体の場合は７２週目）を超える、又はセロコンバージョン等の臨床マイルストーンを超える療法を可能にする。酵母系免疫療法を使用する延長療法により、かなりより高い割合のＣ／Ｔ個体が、完全寛解を達成することになると考えられる（例えば、ＨＣＶの場合はＳＶＲでの完全寛解、ＨＢＶの場合はセロコンバージョン、又は数か月間の緩解を伴わないセロコンバージョン等）。本明細書に示されているデータは、患者が療法に対して完全寛解を達成する確率を最適化するために、単独患者を免疫療法に基づく投薬計画下における応答性についてモニターし、最初に応答した時期と遺伝子型とを組み合わせることに基づき治療を延長又は修正することにより、患者の療法を個別化することができることを示す。例えば、免疫療法を受容するＣ／Ｔ患者は、ＳＯＣ単独のプロトコール下のＣ／Ｔ患者と比較して治療転帰を向上させつつ、治療転帰を犠牲にせずに用量を修正する、投与される作用剤の組み合わせを修正する、及び／又は総治療期間を修正することができる可能性がある。
【００７８】
したがって、ＳＯＣが最も成功すると予測される期間内に療法に対して陽性応答を達成するか、又は治療の成功を予測する臨床マイルストーンを達成するＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ遺伝子型を有する個体の場合、本明細書で提供されたデータに基づき、免疫療法をＳＯＣ療法に追加することは、ＳＯＣの場合と同じ治療プロトコールを使用する場合でさえ（例えば、治療期間を延長することなく）、そのような個体に有意な利点をもたらすことも予期される。ＳＯＣが最も成功すると予測される期間後に療法に対して陽性応答を達成するか、又は所与の期間後に治療成功と関連する臨床マイルストーンを達成しないＣ／Ｔ個体の場合、ＳＯＣを併用した免疫療法の投与期間を標準ＳＯＣプロトコールを超えて延長すること等により、治療プロトコールを修正することは、そのようなＣ／Ｔ患者に持続可能な完全寛解をもたらすのにより効果的であることが予期される。延長期間は、特定の患者が療法期間のどれくらい後期に応答の成功を達成するか又は臨床マイルストーンを達成するかに応じて、調整することができる。例えば、ＨＣＶでは、療法の２４週間でウイルス陰性を達成する患者は、特に患者が療法に十分耐容性であれば、２０週間でウイルス陰性を達成した患者よりも長期の合計期間にわたって療法を受容することができる。加えて、免疫療法を使用することにより、これらに限定されないが、治療剤の用量を調整すること及び／又は使用される作用剤の組み合わせ修正することを含む他のパラメータを修正することができる。本発明は、遺伝子型に基づく治療応答性ガイド療法が、ＳＯＣ単独に基づく転帰の事前予測因子により制限されることなく免疫療法の利点を実現するための効果的な方法であることを示す根拠を提供している。本発明以前は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に基づくＨＣＶ及び他の感染症の治療に対する、そのような個別化された手法又は治療応答性ガイド手法は、利用可能ではなかった。
【００７９】
本発明によると、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座（下記により詳細に記載）にＴ／Ｔ遺伝子型を有する「Ｔ／Ｔ」個体は、ＨＣＶの従来の治療投薬計画（例えば、抗ウイルス剤及び／又はインターフェロン等の直接作用剤の組み合わせ等のＳＯＣ）に対する応答について不良な予後を示すことが予想される。例えば、慢性ＨＣＶ感染では、これら個体のおよそ２６％が、ＳＯＣ療法に応答してＳＶＲを達成するに過ぎないであろう（Ｇｅら、上記）。本発明者らは、今や、慢性ＨＣＶ感染及び進行中のＳＯＣ治療の状況で、Ｔ／Ｔ個体がどのように酵母系免疫療法に応答するのかを発見し、他の感染状態又は感染症に容易に拡張される、これら個体の治療に対する薬理ゲノミクス及び治療応答性ガイド手法を本明細書にて提供する。本発明は、Ｔ／Ｔ個体の応答率が、免疫療法を使用することにより、著しく向上され得ることを示す根拠を提供する。より詳しくは、本明細書に記載の研究では、Ｔ／Ｔ患者のＥＴＲ率及びＳＶＲ率は両方とも、ＳＯＣ又は従来の対照と比較して３剤療法の場合で著しくより大きく（図７を参照）、Ｔ／Ｔ患者の６０％がＥＴＲを達成し、ＳＶＲに対する陰性を維持し、ＳＯＣ単独を受容した患者の０％と比較すると、免疫療法は、この高リスク患者群に実質的な効果を示すことが示された。より詳しくは、この研究において、３剤療法は、１２週前に又は１２週後に（遅延応答者）ウイルス陰性に達した患者にＳＶＲをもたらしたが、ＳＯＣは、いかなるＴ／Ｔ患者にもＳＶＲをもたらすことができなかった。加えて、３剤療法群のＴ／Ｔ患者は全て、２４週までにウイルス陰性に達した。ＳＯＣ単独の場合に従来報告されている２６％という低いＳＶＲ率と比較して（この研究では０％が報告されている）、免疫療法は、この亜群の患者の転帰を不良から良好に変化させることができることを示した。加えて、本明細書に記載されている結果は、このＴ／Ｔ亜群内では、上述のＣ／Ｔ遺伝子型患者のように、幾人かの患者は、療法の後期に、ＳＯＣによる慢性ＨＣＶ治療において陽性転帰の予測因子として使用される１２週ＥＶＲエンドポイント後に陰性を達成した。そのような患者は、延長された期間にわたって治療される場合（例えば、インターフェロン未使用個体の場合は合計で４８週間よりも長期、無効個体の場合は合計で７２週間よりも長期）、標準ＳＯＣプロトコールが使用される患者と比較して、ＳＶＲに達する可能性が向上すると予想することができる。したがって、本発明者らは、免疫療法を受容するＴ／Ｔを療法中にモニターし、時間的エンドポイント又は臨床マイルストーンであるかに関わらず、その疾患の陽性応答を示すか又は予測する特定のマイルストーンに到達しないことにより判断して、免疫療法及び所与の感染症のＳＯＣの組み合わせに対して遅延応答者である個体を特定すべきであることを提唱する。例えば、ＳＯＣと組み合わせた酵母系免疫療法による治療が延長されるべき患者には、酵母系免疫療法を含む１２〜２４週間のＳＯＣ療法後に、又はＳＯＣのみを受容した患者がいつＳＶＲに進行することになるのかを最もよく予測することが判明した時間後に、初めてウイルス陰性に達する、ＨＣＶに慢性感染したＴ／Ｔ患者が含まれる。同様に、ウイルス陰性を達成した後でさえセロコンバージョンを達成しないか、又は緩解を示す、ＨＢＶに慢性感染したＴ／Ｔ患者の場合、酵母系免疫療法の延長又は投薬計画への追加、又は投薬計画で既に使用されている場合は酵母系免疫療法の延長が、本発明により企図される。或いは、Ｔ／Ｔ患者には、酵母系免疫療法を含む投薬計画を使用するよりも長期間の治療を最初に処方してもよい。患者が療法で完全寛解を達成する確率を最適化するために、免疫療法に基づく投薬計画下の応答性についてＴ／Ｔ患者をモニターし、最初に応答した時期と遺伝子型とを組み合わせることに基づき治療を延長又は修正することにより、患者の療法を個別化することができることを示す。例えば、免疫療法を受容するＴ／Ｔ患者は、実際にＳＯＣ単独のプロトコール下でのＴ／Ｔ患者と比較して治療転帰を向上させつつ、治療転帰を犠牲にせずに用量を修正する、投与される作用剤の組み合わせを修正する、及び／又は総治療期間を修正することができる可能性がある。
【００８０】
したがって、ＳＯＣが最も成功すると予測される期間内に療法に対して陽性応答を達成するか、又は治療の成功を予測する臨床マイルストーンを達成するＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ遺伝子型を有する個体の場合、免疫療法をＳＯＣ療法に追加することは、ＳＯＣの場合と同じ治療プロトコールを使用する場合でさえ（例えば、治療期間を延長することなく）、そのような個体に有意な利点をもたらすことが予期される。しかしながら、そのような患者が他の患者よりもゆっくりと応答することを示す本明細書で提供されたデータに基づき、先行研究に基づくそのような患者の遺伝子型に基づく不良な予後と併せて、本発明は、患者が持続可能な応答を達成する可能性を最大化するために、これら患者の大部分又は幾つかのシナリオでは全てのための延長療法を起想する。例えば、本明細書で提供されたデータは、Ｔ／Ｔ個体が、群として、Ｃ／Ｃ遺伝子型の個体よりも療法の後期で応答することを示す。また、Ｔ／Ｔ個体の場合、ＳＯＣを用いた免疫療法の投与期間を標準ＳＯＣプロトコールを超えて延長することは、そのようなＴ／Ｔ患者に持続可能な完全寛解をもたらすためにより効果的であることが予期される。Ｃ／Ｔ患者と同じように、延長期間は、特定の患者が療法期間のどれくらい後期に応答の成功を達成するかに応じて、調整することができる。加えて、免疫療法を使用することにより、これらに限定されないが、治療剤の用量を調整すること及び／又は使用される作用剤の組み合わせを修正すること、及び／又は作用剤の投与頻度を修正することを含む他の治療パラメータを修正することができる。
【００８１】
本発明の更に１つの実施形態は、酵母系免疫療法組成物を含む免疫療法組成物を個体に投与することを含む治療プロトコールを使用して個体の感染症を治療する方法に関する。本発明によると、感染症は、病原性又は感染性生物による感染により引き起こされるあらゆる疾患として定義される。本発明は、癌を診断、予防、又は治療するための方法を除外し、むしろ病原体又は感染因子による感染及び感染に関連する症状を予防又は治療することに向けられるが、癌を診断、予防、緩和、又は治療するための方法を除外する。本明細書に記載の任意の実施形態の１つの態様では、感染症は、ウイルス疾患である。本発明の１つの実施形態では、ウイルス血症又は慢性ウイルス血症を治療する方法が企図される。本明細書で使用される場合、ウイルス血症は、血流中にウイルスが存在することを指す。好ましくは、ウイルス血症は、低減又は除去される。本明細書に記載の任意の実施形態の１つの態様では、感染症は、肝炎ウイルス感染である。本明細書に記載の任意の実施形態の１つの態様では、感染症は、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染である。本明細書に記載の任意の実施形態の１つの態様では、感染症は、慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染である。肝炎、肝炎ウイルス、又は肝炎ウイルス感染に対する本明細書における一般的な任意の言及は、指定のない場合は、ＨＣＶ又はＨＢＶを含むウイルスを指すことができる。本発明の１つの態様では、ウイルスは、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）であり、感染は、ＨＣＶ及び／又はＨＢＶ等の別のウイルスとＨＩＶとの同時感染を含む場合がある。本明細書に記載の任意の実施形態の１つの態様では、感染症は、ウイルス、真菌、細菌、蠕虫、寄生生物、外寄生生物、又は原虫による感染である。
【００８２】
本発明の方法の１つの中の１つの要素は、個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型が、治療プロトコールを始める前に判明しているか、決定されているか、又は調査されていることである。本発明によると、本発明の治療方法の実施者は、遺伝子型決定を行う者と同じ個人又は団体である必要はない。個体の遺伝子型は、診断研究室により事前に決定することができ、例えば、この情報は、任意の好適な形態の口頭、書面、電子的、又は他の情報伝達より、実施者に提供することができる。１つの実施形態では、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を決定するためのキット（例えば、ＤＮＡ試料等の試料中のＩＬ２８Ｂ遺伝子型を決定する又はＩＬ２８Ｂ多型を検出するのに有用な試薬、プローブ、プライマー、及び／又は他の作用剤含む）が、感染症又は状態を治療するための治療用試薬（酵母系免疫療法試薬又は組成物を含む）及び被験者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型に基づいてそれを使用するための説明書と共に提供される。個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型を知ることにより、免疫療法を含むプロトコールは、必要に応じて、個体の遺伝子型、及び遺伝子型に基づく療法に対するこの個体の転帰予想を考慮して、修正することができる。
【００８３】
本発明の方法は、一般的に、治療プロトコールに対する個体の応答を最適化することを目的として（つまり、薬理ゲノミクスガイド応答（pharmacogenomic guided response））、個体がＣ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有するか否かに応じて、更に治療プロトコールに対する個体の応答性に基づき、その個体に異なる治療を施すことを含む。理想的には、個体は、所与の感染症内で完全寛解を達成するより高い可能性を示すことになり、ここで「完全寛解」とは、典型的には感染因子の検出に関して（所与の感染に関する技術分野での標準技術により決定される）病原体負荷の陰性又は著しい低減を達成すること、特定の抗原のセロコンバージョンを達成すること、特定のバイオマーカーの産生又は除去を達成すること、及び／又は感染に直接関連する症状の実質的な低減又は完全な除去を達成することを意味する。これら指標は、感染症が異なれば異なることが認識されるはずであり、そのような指標は、例えばＨＣＶ及びＨＢＶについては本明細書で提供されている。
【００８４】
一般的に、Ｃ／Ｃ表現型を有する個体には、免疫療法の非存在下の標準治療プロトコール用に規定されたパラメータに従って、又は免疫療法を含むプロトコールを使用して全ての個体で（つまり、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わりなく）臨床的に意味のある完全寛解を達成するように規定されたパラメータに従って、又は免疫療法を含むプロトコールを使用してＣ／Ｃ個体で臨床的に意味のある完全寛解を達成するように事前に規定されたパラメータに従ってのいずれかで、酵母系免疫療法を含む治療プロトコールが投与されることになる。必要に応じて、治療に対するＣ／Ｃ患者の応答をモニターしてもよく、幾つかの場合には、用量を調整してもよく、治療剤の組み合わせを修正してもよく、及び／又は治療プロトコールを短縮又は延長してもよい。１つの態様では、Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体には、感染症の治療に使用される追加の作用剤（例えば、病原体に直接作用することができる作用剤、インターフェロン等のサイトカイン）と組み合わせて酵母系免疫療法が投与され、プロトコールは、追加の作用剤の１つ又は複数の投与期間、用量、及び／又は投与頻度を低減するように修正される。１つの態様では、本発明の免疫療法の非存在下での標準治療プロトコールで使用されることになる１つ又は複数の作用剤は、排除される（例えば、インターフェロンが排除される）。１つの態様では、酵母系免疫療法が標準治療プロトコールに追加される場合、全ての作用剤を使用する合計治療期間が短縮される。
【００８５】
１つの態様では、Ｃ／Ｔ表現型又はＴ／Ｔ表現型を有する個体には、免疫療法の非存在下での標準的治療プロトコール用に規定されたパラメータに従って、又は免疫療法を含むプロトコールを使用して全ての個体で（つまり、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わりなく）臨床的に意味のある完全寛解を達成するように規定されたパラメータに従って、又は免疫療法を含むプロトコールを使用してＣ／Ｃ個体で臨床的に意味のある完全寛解を達成するように事前に規定されたパラメータに従ってのいずれかで、酵母系免疫療法を含む治療プロトコールが最初に投与される。その後、治療プロトコールは、全ての個体又はＣ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の平均応答期間よりも後に、又は特定の臨床マイルストーンの到達後に開始する規定の治療期間までに、治療プロトコールに初めて応答するＣ／Ｔ又はＴ／Ｔ個体の場合、プロトコールが投与される期間を延長すること等により修正される。例えば、後者の場合、ＨＢＶに慢性感染した患者には、酵母系免疫療法が、ウイルス陰性又はセロコンバージョンの臨床エンドポイントに到達するまで、標準治療療法（例えば、抗ウイルス剤）と組み合わせて投与される。この時点で、患者は、更に数か月（例えば、６〜１２か月間）併用療法で治療される。このタイプの治療応答性ガイド療法は、個体が厳密な適時性の範囲外で応答することを可能にし、次いでこの個体の療法を更なる期間延長して療法の成功を増強する。ある場合には、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔ個体の応答に従って、治療剤の用量を調整してもよく、及び／又は治療剤の組み合わせを修正してもよい。１つの実施形態では、治療プロトコールに対する個体の応答性を選択された時間間隔でモニターし、個体が治療プロトコールに対して遅延応答者である場合、個体は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体よりも長期間にわたって、又はＳＯＣ若しくは新しい標準プロトコールが指定する期間よりも長期間にわたって治療される（並びに／又は個体を治療するために使用される作用剤及び／若しくは作用剤の用量が修正される）。Ｔ／Ｔ個体に関して、１つの実施形態では、個体は、最初に、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体よりも長期間にわたって、又はＳＯＣ若しくは新しい標準プロトコールが指定する期間よりも長期間にわたって治療される（並びに／又は個体を治療するために使用される作用剤の組み合わせ及び／若しくは作用剤の用量が修正される）。そのような個体の応答性をモニターし、必要に応じて、例えば、治療期間を延長することにより、並びに／又は個体を治療するのに使用される作用剤及び／若しくは作用剤の用量を修正することにより、治療プロトコールを修正することができる。
【００８６】
本発明の１つの実施形態は、個体の肝炎ウイルス感染症を治療する方法に関する。本方法は、少なくとも１つの肝炎ウイルス抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物を投与することを含む治療プロトコールで個体を治療することを含む。個体のＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、プロトコールを投与する前に決定され、治療プロトコールは、患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型に従って、本明細書に詳細に記載されているように修正される。例えば、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ個体には、治療投薬計画の１つ又は複数の作用剤の継続期間、用量、又は頻度が低減又は排除される用量節約手法を使用してもよい。ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ又はＴ／Ｔ個体では、例えば、指定の時間的エンドポイントよりも遅延して応答する個体の場合は、治療プロトコールの投与期間を延長し、又は臨床マイルストーン到達後に作用剤を指定の期間にわたって投与し、並びに／又は個体を治療するのに使用される作用剤の組み合わせ及び／若しくは作用剤の用量を修正する。
【００８７】
本発明によると、本明細書に記載の本発明の任意の実施形態に関して、「臨床マイルストーン」は、治療中の個体の状態を決定するために、及び／又は治療に対する個体の治療転帰を予想するために、又は治療的処置の転帰を評価する（例えば、臨床エンドポイントであるマイルストーンの場合）ために有用な又は使用されている、個体の感染症の治療中の測定可能な又は検出可能な臨床事象である。例えば、本明細書の他所に詳細に記載されているように、慢性ＨＣＶ感染症の臨床マイルストーンには、ウイルス陰性及びＡＬＴ正常化並びにＲＶＲ、ＥＶＲ、ＥＴＲ、及びＳＶＲを含む時点での個体のウイルス状態が含まれる。ＨＢＶの臨床マイルストーンには、ウイルス陰性、セロコンバージョン、及び無緩解疾患が含まれる。
【００８８】
本発明によると、本明細書に記載の本発明の任意の実施形態に関して、治療プロトコール投与の「期間を延長する」、作用剤を「より長期に」又は「より長期間にわたって」投与する、又はこれら語句のあらゆる代替的語句は、最初に投与されたプロトコールと比較して（免疫療法の非存在下での標準的治療プロトコール用に規定されたパラメータに従って、又は免疫療法を含むプロトコールを使用して全ての個体で（つまり、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わりなく）臨床的に意味のある完全寛解を達成するように規定されたパラメータに従って、又は免疫療法を含むプロトコールを使用してＣ／Ｃ個体で臨床的に意味のある完全寛解を達成するように事前に規定されたパラメータに従ってのいずれかで施された免疫療法を含むプロトコールを含んでいてもよい）、プロトコールを好適な期間延長して、そのような個体が治療プロトコールに応答するためのより長い期間を提供することを意味する。そのような延長された期間は、治療される感染症に依存することになり、更に１、２、３、４、５、６、若しくは７日間、又は更に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０若しくはそれ以上の週間、又は更に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２若しくはそれ以上の月間にわたる治療であってもよい。幾つかの態様では、治療期間を延長することに加えて、使用される作用剤を修正してもよく、及び／又は作用剤の用量を修正してもよい。１つの態様では、１つ又は複数の作用剤は、基準期間よりも又は臨床マイルストーンの達成を超えて少なくとも数週間長期にわたって投与される。１つの態様では、１つ又は複数の作用剤は、少なくとも更に４〜４８週間投与され、それには、４〜４８の任意の数が含まれる（例えば、４、５、６、７、８．．．１２．．．２４．．．３６．．．４８）。１つの態様では、１つ又は複数の作用剤は、基準時点又は臨床マイルストーンを超えて、少なくとも更に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２か月間投与される。
【００８９】
１つの実施形態では、酵母系免疫療法を含む治療投薬計画は、臨床マイルストーン到達後、指定の期間にわたって継続される。この実施形態では、臨床マイルストーン達成前の治療期間は規定されないが、むしろマイルストーン到達後の追加の治療期間が規定される。例えば、ＨＢＶ治療では、患者は、典型的には、セロコンバージョン、及び１つ又は複数のＨＢＶ抗原の喪失等の臨床マイルストーンに基づいて治療され、治療は数か月間又は数年間継続する場合がある。ＨＣＶ治療においてでさえ、現行の標準治療の治療決定用時間的エンドポイントを使用する代わりに、臨床マイルストーンの使用を療法に組み込むことができ、例えば、患者はウイルス陰性が最初に達成されるまで治療され、その後治療は、このマイルストーン後に標準的期間にわたって進行する（例えば、更に１２、２４、３６、又は４８か月以上）。
【００９０】
治療剤の用量を調整、修正、又は変更することは、単一投与で個体に送達される作用剤の量を変更するために、所与の治療剤の量を増加又は減少させることを意味する。併用療法における１つの作用剤の用量を調整してもよく（例えば、他の作用剤の用量を変えないまま、より毒性の作用剤の用量を低減してもよい）、又は併用療法の複数の作用剤の用量を調整してもよい。本発明の１つの態様では、用量は、プロトコール又は投薬計画に含まれる酵母系免疫療法の非存在下で感染症の治療に有効であるか又は有効であると以前に確立された用量と比較して、作用剤の用量が低減されるように修正される。
【００９１】
治療剤の投与期間を調整、修正、又は変更することは、個体に送達される作用剤の総量を変更するために、又は患者が所与の作用剤を受容する時間を変更するために、所与の治療剤が投与される時間の量（合計又は１サイクル当たりのいずれか）を増加又は減少させることを意味する。併用療法における１つの作用剤の投与期間を調整してもよく（例えば、他の作用剤の用量を変えないまま、より毒性の作用剤を所与の期間後に除外してもよい）、又は併用療法の複数の作用剤の投与期間を調整してもよい。本発明の１つの態様では、投与期間は、投薬計画に含まれる酵母系免疫療法の非存在下で感染症の治療に有効であるか又は有効であると以前に確立された合計期間と比較して、作用剤が投与される合計期間が長期化されるように修正される。本発明の１つの態様では、投薬計画に含まれる酵母系免疫療法の非存在下で感染症の治療に有効であるか又は有効であると以前に確立された合計期間と比較して、作用剤が投与される合計期間が低減されるように、作用剤の投与期間を短縮することが望ましい場合がある。
【００９２】
治療剤の投与の頻度を調整、修正、又は変更することは、所与の治療剤の投薬間の時間を増加又は減少させることを意味する。併用療法における１つの作用剤の投与頻度を調整してもよく（例えば、他の作用剤の投与頻度を変えないまま、より毒性の作用剤の投与頻度を低減してもよい）、又は併用療法の複数の作用剤の投与頻度を調整してもよい。本発明の１つの態様では、投与頻度は、投薬計画に含まれる酵母系免疫療法の非存在下で感染症の治療に有効であるか又は有効であると以前に確立された作用剤の投与頻度よりも、作用剤がより頻繁に又はより間隔をおいて投与されるように修正される。
【００９３】
「有効であると確立されている」作用剤の用量又は投与プロトコールに対する本明細書における言及は、作用剤の所与の用量又は用量範囲、投与頻度、投与経路、及び／又は投与期間が、典型的には所与の疾患又は状態に関する作用剤の使用についての規制当局の認可により、所与の目的に有効である以前に確立されていることを意味する。例えば、酵母系免疫療法剤の非存在下でＨＣＶの治療に有効であると確立されているペグ化インターフェロン−αの用量は、慢性Ｃ型肝炎用にリバビリンと組み合わせて使用される場合のインターフェロンの推奨用量であり、それは、週1回で１８０μｇ（１．０ｍＬバイアル又は０．５ｍＬ事前充填注射器）である（例えば、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）、Ｒｏｃｈｅ社製）。したがって、本発明の１つの態様では、酵母系免疫療法を含んでいたプロトコールでは、インターフェロンの用量を低減することができ（又は必要とみなされる場合は、用量を増加させる）、又は投与頻度を、週１回よりも間隔をおいた頻度に修正することができ（又は必要とみなされる場合は、より頻繁に）、又はインターフェロンを、標準プロトコール又は治療投薬計画よりも短い又は長い合計期間で投与することができる（たとえば、遺伝子型１  ＨＣＶに慢性感染したインターフェロン未使用患者の場合、標準プロトコールは４８週間である）。
【００９４】
投与される作用剤の組み合わせを調整、修正、又は変更することは、作用剤の組み合わせ中の少なくとも１つの作用剤を、その作用剤を除外することにより、又はその作用剤を異なる作用剤に置き換えることにより、又は作用剤の既存の組み合わせに新しい作用剤を追加することにより変更することを意味する。例えば、免疫療法、インターフェロン−α、及びリバビリンの組み合わせでは、リバビリンを除外してもよく、又は異なる抗ウイルス剤に置き換えてもよく、又は別の抗ウイルス若しくは宿主酵素阻害剤をこの組み合わせに追加してもよい（恐らくは、１つ又は複数の作用剤の用量の変更と共に）。或いは、インターフェロン成分を排除してもよい。別の例として、酵母系免疫療法が、リバビリン、インターフェロン、及びウイルスプロテアーゼ阻害剤と組み合わされている場合があり、その場合、例えば、インターフェロンをこの組み合わせから除外してもよい。酵母系免疫療法と感染症治療用の他の治療剤との事実上あらゆる組み合わせが起想される。
【００９５】
本発明の別の実施形態は、これらに限定されないが、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染又はＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を含む個体の肝炎ウイルス感染症を治療する方法に関する。本方法は、以下のものを投与することを含む治療プロトコールで個体を治療することを含む：（ａ）１つ又は複数の肝炎ウイルス抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つの肝炎ウイルス抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物；並びに（ｂ）インターフェロン、抗ウイルス化合物、宿主酵素阻害剤、及び／又は（ａ）の免疫療法組成物以外の免疫療法組成物から選択される１つ又は複数の作用剤。
【００９６】
この実施形態の１つの態様では、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、治療プロトコールは、（ｂ）の作用剤の１つ又は複数の投与期間、投与用量、及び／又は投与頻度を低減することにより、又は酵母系免疫療法剤の非存在下での治療プロトコールの投与期間と比較して、治療プロトコールの合計投与期間を短縮することにより修正される。
【００９７】
この実施形態の１つの態様では、Ｃ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の治療プロトコールは、プロトコールに対するこれら個体の応答性をモニターし、（１）プロトコールに対する遅延応答者であるこれら個体のプロトコールの投与期間を延長することにより、（２）療法がそれを超えて延長されることになる臨床エンドポイント後に所与の期間を提供することにより、及び／又は（３）（ｂ）の作用剤の１つ又は複数の投与期間、投与用量、及び／又は投与頻度を修正することにより、修正される。
【００９８】
この実施形態の１つの態様では、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の治療プロトコールは、プロトコールに対するこれら個体の応答性をモニターし、（１）プロトコールに対する遅延応答者であるこれら個体のプロトコールの投与期間を延長することにより、（２）療法がそれを超えて延長されることになる臨床エンドポイント後に所与の期間を提供することにより、及び／又は（３）（ｂ）の作用剤の１つ又は複数の投与期間、投与用量、及び／又は投与頻度を修正することにより、修正される。１つの態様では、ＴＴ遺伝子型を有する個体のプロトコールは、合計治療期間を延長することにより、療法がそれを超えて延長されることになる臨床エンドポイント後に所与の期間を提供することにより、及び／又は（３）（ｂ）の作用剤の１つ又は複数の投与期間、投与用量、及び／又は投与頻度を修正することにより、自動的に修正される。
【００９９】
本発明の別の実施形態は、個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法であって、個体に、（ａ）１つ又は複数のＨＣＶ抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物；及び（ｂ）少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物の１つ又は両方を投与することを含む方法である。１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、Ｃ／Ｃ又はＣ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有するインターフェロン未使用個体には４８週間にわたって同時投与され、Ｃ／Ｃ又はＣ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただし、Ｃ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体が、期間の最初の１２週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、インターフェロン未使用個体の場合は４８週間を超える期間にわたって、無効個体の場合は７２週間を超える期間にわたって同時投与される。別の実施形態では、Ｃ／Ｃ遺伝子型を有する個体が、期間の最初の１２週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、インターフェロン未使用個体の場合は４８週間を超える期間にわたって、無効個体の場合は７２週間を超える期間にわたって同時投与される。
１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には４８週間未満の期間にわたって同時投与される。１つの実施形態では、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、抗ウイルス剤又はインターフェロンのいずれかの用量、投与期間、又は投与頻度は、他の遺伝子型に投与される用量と比較して、又は酵母系免疫療法の包含の非存在下で典型的に提供される用量と比較して低減される。１つの実施形態では、インターフェロンは、Ｃ／Ｃ個体のプロトコールから除外される。
加えて、１つの実施形態では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全ての個体（インターフェロン未使用及び無効者）に４８〜７２週間にわたって同時投与され、ただし個体が、最初の１２〜２４週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、４８〜７２週間を超える期間にわたって同時投与される。別の実施形態では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全てのインターフェロン未使用個体には４８週間にわたって同時投与され、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全ての無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただし個体が、最初の１２〜２４週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物は、インターフェロン未使用個体の場合は４８週間を超える期間にわたって、無効個体の場合は７２週間を超える期間にわたって同時投与される。１つの実施形態では、抗ウイルス剤又はインターフェロンのいずれかの用量、投与期間、又は投与頻度が低減される。１つの実施形態では、インターフェロンは、プロトコールから除外される。
【０１００】
本発明の別の実施形態は、個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法であって、個体に、（ａ）１つ又は複数のＨＣＶ抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物；及び（ｂ）少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物の１つ又は両方を投与することを含む方法である。１つの態様では、免疫療法組成物並びにインターフェロン及び／又は抗ウイルの化合物は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する患者に、個体が最初にウイルス陰性に達するまで投与され、その後併用療法を使用して更に２４週間、３６週間、４８週間、又は６０週間以上投与される。１つの態様では、抗ウイルス剤又はインターフェロンのいずれかの用量、投与期間、又は投与頻度が低減される。１つの実施形態では、インターフェロンは、プロトコールから除外される。
【０１０１】
本発明の別の実施形態は、個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法であって、個体に、（ａ）１つ又は複数のＨＣＶ抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物；（ｂ）ペグ化インターフェロン−α；及び（ｃ）リバビリンを投与することを含む方法である。この実施形態の１つの態様では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有するインターフェロン−未使用個体には４８週間にわたって同時投与され、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する無効個体には７２週間にわたって同時投与される。１つの実施形態では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には４８週間未満の期間にわたって同時投与される。１つの実施形態では、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、リバビリン又はペグ化インターフェロン−αのいずれかの用量、投与期間、又は投与頻度は、他の遺伝子型に投与される用量と比較して、又は酵母系免疫療法の包含の非存在下で典型的に提供される用量と比較して低減される。１つの実施形態では、インターフェロンは、Ｃ／Ｃ個体のプロトコールから除外される。
この実施形態の１つの態様では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｃ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有するインターフェロン未使用個体には４８週間にわたって、Ｃ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する無効個体には７２週間にわたって同時投与され、ただし、Ｃ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体が、期間の最初の１２週以内にウイルス陰性に達しない場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体には４８週間を超える期間にわたって、無効個体には７２週間を超える期間にわたって投与される。
１つの態様では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全ての個体（インターフェロン未使用及び無効者）の場合は７２週間にわたって同時投与され、ただし、個体が、最初の１２〜２４週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及び／又はリバビリンは、７２週間を超える期間にわたって同時投与される。別の態様では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全てのインターフェロン未使用個体の場合は４８週間にわたって同時投与され、Ｔ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全ての無効個体の場合は７２週間にわたって同時投与され、ただし個体が、最初の１２〜２４週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、インターフェロン未使用個体の場合は４８週間を超える期間にわたって、無効個体の場合は７２週間を超える期間にわたって同時投与される。
【０１０２】
本発明の別の方法は、個体の慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＣＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法であって、個体に、（ａ）１つ又は複数のＨＣＶ抗原に対してＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＣＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物；（ｂ）ペグ化インターフェロン−α；（ｃ）リバビリン；及び（ｄ）ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤を投与することを含む方法に関する。この実施形態の１つの態様では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には２４〜４８週間にわたって同時投与される。１つの実施形態では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、及びリバビリンは、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には２４〜４８週間未満の期間にわたって同時投与される。１つの実施形態では、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、リバビリン、プロテアーゼ阻害剤、又はペグ化インターフェロン−αの用量、投与期間、又は投与頻度は、他の遺伝子型に投与される用量と比較して、又は酵母系免疫療法の包含の非存在下で典型的に提供される用量と比較して低減される。１つの実施形態では、インターフェロンは、Ｃ／Ｃ個体のプロトコールから除外される。１つの態様では、免疫療法組成物、ペグ化インターフェロン−α、リバビリン、及びプロテアーゼ阻害剤は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する全ての個体（インターフェロン未使用及び無効者）の場合は２４〜７２週間にわたって同時投与され、ただし、個体が、最初の１２週以内にウイルス陰性に到達しない場合、免疫療法組成物、並びにペグ化インターフェロン−α、リバビリン、及びプロテアーゼ阻害剤は、２４〜４８週間を超える期間にわたって同時投与される。
【０１０３】
本発明の別の実施形態は、個体の慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を治療する、及び／又は慢性ＨＢＶ感染症の少なくとも１つの症状を予防、改善、又は治療する方法に関する。個体のＨＢＶ感染は、典型的には、感染個体の血液中にＨＢｓＡｇ（Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原）及び／又はＨＢｅＡｇ（ｅ抗原）を検出することにより診断される。加えて、慢性ＨＢＶ感染は、ＨＢＶ  ＤＮＡ（＞２０００ＩＵ／ｍｌ）及び／又はＡＬＴレベル上昇を特定することにより診断することができる。ウイルス感染からの回復（完全寛解、治療のエンドポイント）は、ＨＢｅＡｇ及びＨＢｓＡｇの喪失並びにＢ型肝炎表面抗原（抗ＨＢ）に対する抗体及び／又はＨＢｅＡｇに対する抗体の発生であるＨＢｅＡｇ／ＨＢｓＡｇセロコンバージョンにより決定される。セロコンバージョンは、現行の標準治療処置（つまり、抗ウイルス剤又はインターフェロン）下の慢性感染患者では、発生するのに数年かかる場合がある。また、ウイルスＤＮＡの喪失又は著しい低減（ＰＣＲによる検出可能なレベル未満、又は＜２０００ＩＵ／ｍｌ）、血清アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）レベルの正常化、及び肝炎症及び線維症の改善について、患者をモニターすることができる。「ＡＬＴ」は、肝損傷の十分に検証された指標であり、肝炎症の代理指標としての役割を果たす。先行大規模肝炎治験では、ＡＬＴレベルの低減及び／又は正常化（ＡＬＴ正常化）は、肝機能の改善及び連続生検により決定される肝線維症の低減と相関することが示されている。
【０１０４】
個体は、通常、ＡＬＴレベル上昇及びＨＢＶ  ＤＮＡ上昇（＞２００００ＩＵ／ｍｌ）並びに／又は検出可能なＨＢｅＡｇを示す場合、認可されているインターフェロン又は抗ウイルス剤を使用してＨＢＶが治療される。慢性ＨＢＶ感染では、ＳＯＣは、幾つかの異なる認可された治療プロトコールの１つであってもよく、これには、限定ではないがインターフェロン療法又は抗ウイルス療法が含まれる。慢性ＨＢＶ感染症を有する個体を治療するための現行ＳＯＣは、インターフェロン又は抗ウイルス化合物を含む。ＨＢＶ感染用に現在認可されている抗ウイルス剤には、ラミブジン（ＥＰＩＶＩＲ（登録商標））、アデホビル（ＨＥＰＳＥＲＡ（登録商標））、テノホビル（ＶＩＲＥＡＤ（登録商標））、テルビブジン（ＴＹＺＥＫＡ（登録商標））、及びエンテカビル（ＢＡＲＡＣＬＵＤＥ（登録商標））が含まれる。
【０１０５】
慢性Ｂ型肝炎ウイルス感染症を治療する方法は、個体に、（ａ）１つ又は複数のＨＢＶ抗原に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する、少なくとも１つのＨＢＶ抗原又はその免疫原性ドメインを含む酵母系免疫療法組成物等の免疫療法組成物；並びに（ｂ）インターフェロン、ラミブジン、アデホビル、テノホビル、テルビブジン、及びエンテカビルから選択される１つ又は複数の作用剤を投与することを含む。免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤は、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、（ｂ）の作用剤が有効であると確立されている期間にわたって、又は個体がＨＢｅＡｇ又はＨＢｓＡｇセロコンバージョンに達するまで同時投与される。この臨床エンドポイントの後、個体は、併用療法で更に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２か月間治療される。１つの実施形態では、Ｃ／ＣのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体の場合、抗ウイルス剤又はインターフェロンの用量、投与期間、又は投与頻度は、他の遺伝子型に投与される用量と比較して、又は酵母系免疫療法の包含の非存在下で典型的に提供される用量と比較して低減される。免疫療法組成物及び１つ又は複数の作用剤は、Ｃ／Ｔ又はＴ／ＴのＩＬ２８Ｂ遺伝子型を有する個体には、（ｂ）の作用剤が有効であると確立されている期間にわたって、又は個体がＨＢｅＡｇ又はＨＢｓＡｇセロコンバージョンに達するまで同時投与される。この臨床エンドポイントの後、個体は、併用療法で更に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、又は２４か月間治療され、並びに／又は個体を治療するために使用される作用剤、作用剤の組み合わせ、及び／若しくは作用剤の用量が修正される。１つの態様では、Ｃ／Ｔ及び／又はＴ／Ｔ個体は、Ｃ／Ｃ個体がセロコンバージョン後に治療されるよりも１〜１２か月間より長期であるセロコンバージョン後の期間にわたって治療される。１つの実施形態では、各個体は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わらず、個体がＨＢｅＡｇ又はＨＢｓＡｇセロコンバージョンに達するまで治療され、その後同じ投薬計画を使用して更に１〜２４か月間治療される。１つの実施形態では、酵母系免疫療法を含む療法を受容するＴ／Ｔ個体は、酵母系免疫療法を含まない療法を受容するＴ／Ｔ個体よりも、著しく多数の個体が、セロコンバージョン及び無緩解状態に達する。
【０１０６】
本発明の実施形態のいずれかに関する種々の態様及び定義は、下記に記載されている。
ＩＬ２８Ｂ遺伝子型及び個体の遺伝子型を特定する方法
本発明によると、「ＩＬ２８Ｂ遺伝子型」又はこの語句のあらゆる派生語若しくは類似用法に対する言及は、染色体１９にある、インターフェロン−λ３をコードするＬ２８Ｂ遺伝子のおよそ３キロベース（ｋｂ）上流に実際に存在する多型の同一性に関連する遺伝子型を指す。したがって、この多型を「ＩＬ２８Ｂ遺伝子型」と呼ぶことは便利であるが、この多型により影響を受ける実際の遺伝子は判明していない。影響は、免疫応答と関連すると考えられるが、ＩＬ２８Ｂが、ＩＩＩ型インターフェロンであるインターフェロン−λ３をコードするという事実は、この点で興味深い。したがって、この多型は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子に影響を及ぼす可能性があり、及び／又は異なる遺伝子に影響を及ぼす可能性がある。ｒｓ１２９７９８６０と称されるこの多型は、ＨＣＶのＳＯＣ療法（インターフェロン／リバビリン療法）の転帰と強く関連していることが、Ｇｅらにより２００９年（Ｎａｔｕｒｅ、４６１巻、３９９〜４０１頁）に最初に特徴付けられ、それは、Ｔａｎａｋａら（２００９年、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４１巻：１１０５頁）及びＳｕｐｐｉａｈら（２００９年、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４１巻：１１００頁）によりすぐに確認された。また、２００９年には、Ｔｈｏｍａｓら（Ｎａｔｕｒｅ  ４６１巻、７９８〜８０１頁）は、この多型が、急性感染症の個体によるＨＣＶの自然除去にも関係していたことを示し、ＨＣＶの自然除去に関連する今までで最も強力で最も重要な遺伝子的影響であると記載された。ｒｓ１２９７９８６０多型に加えて、幾つかの他の緊密に相関する多型が特定されており、急性ＨＣＶ感染の自然除去における転帰及び／又はインターフェロンに基づく療法／ＳＯＣに対する応答と関連付けられている（例えば、ｒｓ２８４１６８１３、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ７２４８６６８、ｒｓ１１８８１２２２、又はｒｓ８１０５７９０、Ｇｅら、上記、Ｓｕｐｐｉａｈら、上記、Ｔａｎａｋａら、上記、Ｒａｕｓｃｈら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１０年、１３８巻：１３３８〜４５頁、及びＭｃＣａｒｔｈｙら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、２０１０年、１３８巻：２３０７〜１４頁を参照）。これら多型の少なくとも幾つかは、今のところｒｓ１２９７９８６０遺伝子座の影響から分離可能でないため、本発明の１つの実施形態では、ｒｓ１２９７９８６０遺伝子座に加えて又はその代わりに、これら他の遺伝子座のいずれか１つ又は複数を使用して、標準治療又はインターフェロンに基づく療法の転帰を予測してもよい。
【０１０７】
個体は、ｒｓ１２９７９８６０遺伝子座の３つの遺伝子型のうちの１つに分類される：Ｃ／Ｃ（Ｃ対立遺伝子についてホモ接合性）、Ｃ／Ｔ（Ｃ及びＴ対立遺伝子についてヘテロ接合性）、又はＴ／Ｔ（Ｔ対立遺伝子についてホモ接合性）。Ｃ／Ｃ個体は、下記の表に示されているように（表は、Ｇｅら、２００９年、上記に提供されているデータを使用して生成した）、ＳＯＣ療法に応答してＳＶＲを達成する可能性が最も高いが、Ｃ／ＴのＳＶＲ率は、さらに不良であり、Ｔ／ＴのＳＶＲ率は、著しく不良である。
【０１０８】
【表１】
2013522302.tif 000002
Ｇｅら及び他者らは、この多型が、全患者群においてＳＯＣ療法後のＳＶＲと強く関連していたことを示したが、この多型により、異なる人種集団による応答に違いがあることが以前に観察されたことも説明されると考えられる（つまり、ヨーロッパ人祖先の個体対アフリカ系アメリカ人祖先の個体間で以前に観察されたＳＯＣに対する応答の違いの多くは、各集団のＣ対立遺伝子の頻度により説明することができる）。
【０１０９】
また、Ｇｅら、上記は、ＩＬ２８Ｂ  ｒｓ１２９７９８６０遺伝子型と非常に緊密に相関していた２つの他の変異を特定し、変異体の非依存性試験は、もしあるとすれば、どの多型が観察された表現型に実際に因果関係を持って関与したかを識別することができなかった。ｒｓ２８４１６８１３（ＩＬ２８Ｂ遺伝子の翻訳開始コドンの３７ｂｐ上流のＧ＞Ｃ変異）及びｒｓ８１０３１４２（ＩＦＮ−λ３のアミノ酸置換Ｌｙｓ７０Ａｒｇをコードする非同義コード化一塩基多型）と称されるこれら多型、並びに本明細書に記載のＩＬ２８Ｂ遺伝子型と高度に相関する任意の他の多型も、個体を治療するための免疫療法を含む癌療法を修正するために個々に又は任意の組み合わせで使用するために、本発明により包含される。ＨＣＶの治療応答と相関しているＩＬ２８Ｂ領域の別の多型は、ｒｓ８０９９９１７であり、これは、ＩＬ２８ＡとＩＬ２８Ｂとの間の遺伝子間領域に位置する。
【０１１０】
ｒｓ１２９７９８６０遺伝子座の多型を含む、本明細書に記載の多型はいずれも、当技術分野で公知である任意の好適な遺伝子型決定方法を使用して特定することができる。そのような方法は、例えば、Ｇｅら、Ｓｕｐｐｉａｈら、Ｔａｎａｋａら、及びＴｈｏｍａｓらに記載されている。実施例２には、本発明で使用された方法が記載されており、この方法では、ＰＣＲと双方向配列決定とが組み合わされている。他の方法には、これらに限定されないが、ハイブリダイゼーション法、プライマー伸長法、一本鎖コンフォーメーション多型法、ピロシーケンス法、高解像度融解曲線法、及び配列決定法が含まれ得る。
【０１１１】
慢性ＨＣＶ感染に関連する背景及び定義
慢性Ｃ型肝炎を治療するための現行標準治療（ＳＯＣ）は、ペグ化インターフェロン−α＋リバビリンの併用療法であり、インターフェロンは、典型的には、リバビリンの１日１回の投与と共に、２４週間（ＨＣＶ遺伝子型２及び３）又は４８週間（ＨＣＶ遺伝子型１及び４）にわたって皮下注射により週１回投与される。インターフェロン／リバビリン療法は、遺伝子型２又は３のＨＣＶ感染症に罹患している患者に比較的効果的であるが（患者の約８５％は、持続性ウイルス学的著効（ＳＶＲ）に達する）、遺伝子型１のＨＣＶに感染した患者の約５０％は、ＳＶＲに達しない。更に、現行ＳＯＣの耐容性は不良であり、インターフェロンは、インフルエンザ様症状及びうつ病を含む副作用を引き起こすことが知られている炎症促進性サイトカインであり、リバビリンは、患者の２０〜３０％に溶血性貧血を誘発する。標準治療（ＳＯＣ）と共に使用される場合、報告されている有害事象には、インフルエンザ様症状（例えば、発熱、頭痛、悪寒）、胃腸問題（例えば、悪心、食欲不振、下痢）、神経精神障害（例えば、うつ病）、皮膚障害、及び血液疾患が含まれる。これら副作用は、患者の服薬不履行又は治療中断に結び付くことが多く、患者の１０〜２０％でエリスロポエチンレスキュー及び／又は用量低減が必要とされる。
【０１１２】
慢性ＨＣＶにおける血清ＨＣＶ  ＲＮＡレベルの挙動は、未感染肝細胞、感染肝細胞、及び血清中の遊離ウイルスを含む、ウイルス動態の３つの成分モデルを使用した種々の設定で予想されている。インターフェロン（ＩＦＮ）療法の経過初期の末梢血ウイルスレベルは、それらを容易に測定することができ、持続性ウイルス学的応答（ＳＶＲ、ＩＦＮに基づく療法の終了後少なくとも６か月間は末梢ウイルスレベルが陰性であると定義される）等の、長期ＩＦＮ治療の設定において他のより意味のあるエンドポイントと相関しているという事実により、療法に対する応答の初期予測因子としての役割を果たしている。インターフェロン療法の設定におけるウイルス除去は、二相性である；最初の週に生じる末梢ウイルス負荷低減の急速初期相（第１相）、その後の律速性で漸進的な、数か月にわたって生じる末梢ウイルス負荷低減の第２相（第２相）（Ｌａｙｄｅｎ−Ａｌｍｅｒら、Ｊ  Ｖｉｒａｌ  Ｈｅｐ  ２００６年；１３巻：４９９〜５０４頁；Ｈｅｒｒｍａｎｎ及びＺｅｕｚｅｍ  Ｓ．Ｅｕｒ  Ｊ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｈｅｐａｔｏｌ  ２００６年；１８巻：３３９〜３４２頁）第１相動態は、ウイルス複製阻害の効率を反映しており（迅速な末梢ウイルス除去により駆動される）、第２相動態は、感染肝細胞の直接的除去を表している。感染肝細胞の除去は、肝感染の完全な根絶及びＳＶＲを達成する際の律速段階である。
【０１１３】
療法の最終目的はＳＶＲであるが、下記に要約されているように患者治療を導くためのマーカーとしての役目を果たす幾つかの初期予後エンドポイントが存在する。
【０１１４】
【表２】
2013522302.tif 000003
上記の表のＳＯＣ療法（インターフェロン−α及びリバビリン）と関連するエンドポイントのうち、ＥＶＲは、最も重要な転帰の陰性予測因子である。インターフェロン療法で１２週目までにＥＶＲ（ウイルス負荷の２ｌｏｇ１０を超える低減）を達成しない患者は、最終的に３％未満のＳＶＲ達成確率を示す。これら患者の自然免疫応答は、４８週間のウイルス抑制の状況ではウイルス感染細胞を除去することができないと考えられるため、これらの患者は、ＳＯＣに関連する著しい副作用から患者を救うために日常的に療法から外される。ＲＶＲ及びｃＥＶＲは、陽性予測エンドポイントであり、およそ９０％の患者が、４８週間のペグ化インターフェロン基づく療法の後で最終的にＳＶＲを達成する。
【０１１５】
患者は、これらウイルス学的エンドポイントにおける患者の応答により分類される。「無応答者」は、ＳＯＣで１２週目までに少なくとも１ｌｏｇ１０のウイルス負荷の低減を達成することできない患者であり、これら患者は免疫系の障害を有している可能性があると考えられる。「無効者」は、１２週間にわたる療法を受容し、ＥＶＲを達成しない患者である。「部分的応答者」は、１２週目までに２ｌｏｇ１０を超えるウイルス負荷の低減を示すが、ウイルス陰性を決して達成しない患者と定義される。これら患者は、より攻撃的な投薬計画に応答する確率が２０〜３０％である。「再発者」は、治療終了時にウイルス根絶（陰性）を達成するが、そのウイルス負荷が、２４週間の経過観察中に検出可能なレベルに戻る患者である。
【０１１６】
遺伝子型１患者における４８週間の標準治療に対する平均患者応答は、十分に特徴付けられている。例えば、以下の表は、ペグ化インターフェロン−α２（ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ；Ｒｏｃｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ社製）＋リバビリンのＳＯＣ療法を受容した慢性Ｃ型肝炎感染症を有する患者（遺伝子型１）のうちの、これら患者の典型的な応答予測を示す。
【０１１７】
【表３】
2013522302.tif 000004
Ｃ型肝炎に感染した個体でのウイルス複製、ウイルス血症のレベル、及び慢性状態への進行は、ＣＤ４＋ヘルパー（Ｔｈ）及びＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球（ＣＴＬ）により媒介されるＨＣＶ特異的細胞性免疫により直接的及び間接的に影響を受けることが、多数の報告により示唆されている（Ｃｏｏｐｅｒら、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １９９９年；１０巻：４３９〜４４９頁；Ｇｅｒｌａｃら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １９９９年；１１７巻：９３３〜９４１頁；Ｌｅｃｈｎｅｒら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  ２０００年；１９１巻：１４９９〜１５１２頁；Ｔｈｉｍｍｅら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  ２００１年；１９４巻：１３９５〜１４０６頁；Ｓｈｏｕｋｒｙら、Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ２００４年；５８巻：３９１〜４２４頁）。ヒト及びチンパンジーでの研究により、ＨＣＶは、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答の開始が肝臓及び血中で検出できる数週間前に、複製することができることが明らかにされている。更に、ＣＤ８＋（及び恐らくはＣＤ４＋）Ｔ細胞による機能の獲得は、Ｔ細胞が血中で増殖した後でさえ、遅延する場合がある（Ｓｈｏｕｋｒｙ、同書）。機能的ＣＤ８＋Ｔ細胞の出現は、ウイルス血症の制御、及び少なくとも幾つかの場合には、血清トランスアミナーゼの上昇と動態的に関連しており、急性Ｃ型肝炎中の肝損傷が免疫病理学的であることを示唆する。血液、肝臓、又はその両方で検出可能なウイルス特異的Ｔリンパ球応答を発生させない個体は、持続的ＨＣＶ感染のリスクが最も高い。恐らく最も重要なことには、細胞性免疫反応の発生は、感染が恒久的に制御されることを必ずしも保証しないということである。持続的感染の再発及び確立を予防するためには、ウイルス複製を見かけ上制御した時点を超えて数週間又は数か月間にわたって、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答を保持しなければならない。
【０１１８】
免疫療法組成物
本発明は、少なくとも１つの免疫療法組成物の使用を含む。１つの態様では、免疫療法組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発する。１つの態様では、免疫療法組成物は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する。１つの態様では、免疫療法組成物は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発する。１つの態様では、免疫療法組成物は、以下の特徴の１つ又は複数を有する：（ａ）抗原提示細胞の活性化に有効な１つ又は複数のパターン認識受容体を刺激する；（ｂ）抗原提示細胞の接着分子、共刺激分子、並びにＭＨＣクラスＩ及び／又はクラスＩＩ分子を上方制御する；（ｃ）抗原提示細胞による炎症促進性サイトカインの産生を誘導する；（ｄ）Ｔ細胞によるＴｈ１型サイトカインの産生を誘導する；（ｅ）Ｔ細胞によるＴｈ１７型サイトカインの産生を誘導する；（ｆ）Ｔｒｅｇを阻害又は下方制御する；及び／又は（ｇ）ＭＨＣクラスＩ及び／又はＭＨＣクラスＩＩ、抗原特異的免疫応答を誘発する。好適な免疫療法組成物には、酵母系免疫療法組成物、ウイルス系免疫療法組成物、抗体系免疫療法組成物、ＤＮＡ免疫療法組成物、サブユニットワクチン、並びにＴＬＲアゴニスト、サイトカイン、免疫強化剤、及び他の作用剤等の、免疫応答を刺激又は調節するのに有用な任意の成分又はアジュバントが含まれていてもよく、これらの多くは下記でより詳細に記載されている。
【０１１９】
酵母系免疫療法組成物
本発明の任意の実施形態の１つの態様では、本発明は、少なくとも１つの「酵母系免疫療法組成物」（この語句は、「酵母系免疫療法製品」、「酵母系組成物」、「酵母系免疫療法剤」、又は「酵母系ワクチン」と同義に使用される場合がある）の使用を含む。本明細書で使用される場合、語句「酵母系免疫療法」又は「酵母系免疫療法組成物」は、酵母媒体成分を含み、被験者に少なくとも１つの治療利益を達成するのに十分な免疫応答を誘発する組成物（又はそのような組成物の使用）を指す。より詳しくは、酵母系免疫療法組成物は、酵母媒体成分を含み、限定ではないが、Ｔ細胞媒介性細胞性免疫応答を含む細胞性免疫反応等の免疫応答を誘発又は誘導することができる組成物である。１つの態様では、本発明に有用な酵母系免疫療法組成物は、ＣＤ８＋及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞媒介性免疫応答、並びに１つの態様ではＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞媒介性免疫応答を誘導することができる。任意に、酵母系免疫療法組成物は、体液性免疫応答を誘発することができる。本発明に有用な酵母系免疫療法組成物は、例えば、個体の疾患若しくは状態又は疾患若しくは状態に起因する症状が治療されるように、個体の免疫応答を誘発することができる。
【０１２０】
本発明の酵母系免疫療法組成物は、「予防的」又は「治療的」のいずれであってもよい。予防的に提供される場合、本発明の免疫療法組成物は、疾患又は状態の任意の症状に先だって提供される。免疫療法組成物の予防的投与は、任意のその後の疾患の発症を予防、又は改善、又は発症までの時間を遅延する役目を果たす。治療的提供される場合、免疫療法組成物は、疾患の症状の発症時又は発症後に提供される。
【０１２１】
典型的には、酵母系免疫療法組成物は、酵母媒体、及び酵母媒体により発現されるか、酵母媒体に結合しているか、又は酵母媒体と混合されている少なくとも１つの抗原又はその免疫原性ドメインを含む。幾つかの実施形態では、抗原又はその免疫原性ドメインは、融合タンパク質として提供される。本発明の１つの態様では、融合タンパク質は、２つ以上の抗原を含むことができる。１つの態様では、融合タンパク質は、１つ若しくは複数の抗原の２つ以上の免疫原性ドメイン、又は１つ若しくは複数の抗原の２つ以上のエピトープを含むことができる。
【０１２２】
本発明で使用される酵母系免疫療法組成物のいずれかでは、酵母媒体に関する以下の態様が、本発明に含まれる。本発明によると、酵母媒体は、本発明の治療組成物中の１つ又は複数の抗原、その免疫原性ドメイン、又はそのエピトープと共に使用することができるあらゆる酵母細胞（例えば、全細胞又は完全細胞）又はその誘導体であり（以下を参照）、又は１つの態様では、酵母媒体は、単独で又はアジュバントとして使用することができる。したがって、酵母媒体には、これらに限定されないが、生菌完全酵母微生物（つまり、細胞壁を含むその全ての成分を有する酵母細胞）；酵母スフェロプラスト（つまり、細胞壁を欠如する酵母細胞）、酵母サイトプラスト（つまり、細胞壁及び核を欠如する酵母細胞）、酵母ゴースト（つまり、細胞壁、核、及び細胞質を欠如する酵母細胞）、亜細胞酵母膜抽出物若しくはその画分（酵母膜粒子とも呼ばれ、以前は亜細胞酵母粒子とも呼ばれた）、任意の他の酵母粒子、又は酵母細胞壁調製物を含む、死滅（死）又は不活化完全酵母微生物又はその誘導体が含まれ得る。
【０１２３】
酵母スフェロプラストは、典型的には、酵母細胞壁を酵素消化することにより生成される。そのような方法は、例えば、Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら、１９９１年、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９４巻、６６２〜６７４頁に記載されており、この文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１２４】
酵母サイトプラストは、典型的には、酵母細胞の除核により生成される。そのような方法は、例えば、Ｃｏｏｎ、１９７８年、Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．Ｍｏｎｏｇｒ．４８巻、４５〜５５頁に記載されており、この文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１２５】
酵母ゴーストは、典型的には、透過性又は溶解細胞を再封入することにより生成され、その細胞の細胞小器官の少なくとも幾つかを含んでいてもよいが、その必要はない。そのような方法は、例えば、Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら、１９８３年、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５８巻、３６０８〜３６１４頁及びＢｕｓｓｅｙら、１９７９年、Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ  ５５３巻、１８５〜１９６頁に記載されており、それらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１２６】
酵母膜粒子（亜細胞酵母膜抽出物又はその画分）は、天然の核又は細胞質を欠如する酵母膜を指す。この粒子は、天然酵母膜の大きさから、超音波処理又は当業者に公知の他の膜破砕法により生成されその後再封入された微粒子までの範囲の大きさを含む任意の大きさであり得る。亜細胞酵母膜抽出物を生成する方法は、例えば、Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら、１９９１年、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９４巻、６６２〜６７４頁に記載されている。また、酵母膜部分、及び抗原又は他のタンパク質が酵母膜粒子を調製する前に酵母により組換え的に発現された場合は、抗原又は他の目的タンパク質を含有する酵母膜粒子の画分を使用することができる。抗原又は他の目的タンパク質は、膜の内部、膜のいずれかの表面、又はそれらの組み合わせに坦持されていてもよい（つまり、タンパク質は、酵母膜粒子の膜の内側及び外側の両方に存在してもよく、及び／又は酵母膜粒子の膜を貫通していてもよい）。１つの実施形態では、酵母膜粒子は、膜表面にある又は膜内に少なくとも部分的に埋め込まれている少なくとも１つの所望の抗原又は他の目的タンパク質を含む完全酵母膜、破砕酵母膜、又は破砕及び再封入酵母膜であってもよい組換え酵母膜粒子である。
【０１２７】
酵母細胞壁調製物の一例は、酵母細胞壁調製物が、動物への投与時に疾患標的に対する所望の免疫応答を刺激するように、その表面にある又は細胞壁内に少なくとも部分的に埋め込まれている抗原を担持する単離酵母細胞壁である。
【０１２８】
任意の酵母菌株を使用して、本発明の酵母媒体を生成することができる。酵母は、３つの綱のうちの１つに属する単細胞微生物である：子嚢菌綱、担子菌綱、及び不完全菌綱。免疫修飾因子として使用するための酵母のタイプの選択するために考慮すべきことの１つは、酵母の病原性である。１つの実施形態では、酵母は、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）等の非病原性菌株である。非病原性酵母菌株の選択は、酵母媒体が投与される個体に対するあらゆる有害効果を最小限に抑える。しかしながら、酵母の病原性を、当業者に公知の任意の方法により無効にすることできる場合（例えば、突然変異株）、病原性酵母を使用することができる。本発明の１つの態様によると、非病原性酵母菌株が使用される。
【０１２９】
本発明で使用することができる酵母菌株の属には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：サッカロマイセス、カンジダ（病原性であり得る）、クリプトコックス、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、クリベロマイセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ピキア（Ｐｉｃｈｉａ）、ロドトルラ（Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ）、シゾサッカロミセス（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、及びヤロウイア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）。１つの態様では、酵母属は、サッカロマイセス、カンジダ、ハンゼヌラ、ピキア、又はシゾサッカロミセスから選択され、１つの態様では、サッカロマイセスが使用される。本発明で使用することができる酵母菌株の種には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：サッカロマイセス・セレビシエ、サッカロマイセス・カールスベルゲンシス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｌｓｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ・ケフィール（Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｅｆｙｒ）、カンジダ・トロピカリス（Ｃａｎｄｉｄａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）、クリプトコックス・ローレンティ（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｕｒｅｎｔｉｉ）、クリプトコックス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ハンゼヌラ・アノマラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ  ａｎｏｍａｌａ）、ハンゼヌラ・ポリモルファ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ）、クリベロマイセス・フラジリス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、クリベロマイセス・ラクティス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ）、クリベロマイセス・マルキシアヌス変種ラクティス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｍａｒｘｉａｎｕｓ  ｖａｒ．ｌａｃｔｉｓ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）、ロドトルラ・ルブラ（Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ  ｒｕｂｒａ）、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ）、及びヤロウイア・リポリティカ（Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）。これら種の多数には、前述の種内に含まれることが意図される様々な亜種、タイプ、サブタイプ等が含まれることが理解されるべきである。１つの態様では、本発明で使用される酵母種には、Ｓ．セレビシエ、Ｃ．アルビカンス、Ｈ．ポリモルファ、Ｐ．パストリス、及びＳ．ポンベが含まれる。Ｓ．セレビシエは、操作が比較的容易であり、食品添加物としての使用が「安全食品認定」又は「ＧＲＡＳ」であるため有用である（ＧＲＡＳ、ＦＤＡ規則案６２ＦＲ１８９３８、１９９７年４月１７日）。本発明の１つの実施形態は、Ｓ．セレビシエｃｉｒ°（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ  ｃｉｒ°）菌株等の、プラスミドを特に高いコピー数に複製することができる酵母菌株である。このＳ．セレビシエ菌株は、１つ又は複数の標的抗原及び／又は抗原融合タンパク質及び／又は他のタンパク質の高レベル発現を可能にする発現ベクターを支援することが可能な１つの菌株である。加えて、本発明では任意の突然変異酵母菌株を使用することができ、それらには、Ｎ結合グリコシル化を伸長させる酵素の突然変異等の、発現される標的抗原又は他のタンパク質の���訳後修飾の低減を示すものが含まれる。
【０１３０】
１つの実施形態では、本発明の酵母媒体は、酵母媒体及び抗原／作用剤が送達される、樹状細胞又はマクロファージ等の細胞タイプと融合させることが可能であり、それにより、酵母媒体及び多くの実施形態では抗原又は他の作用剤の、細胞タイプに対する効率的な送達を達成する。本明細書で使用される場合、酵母媒体と標的細胞タイプとの融合は、標的細胞タイプ（例えば、樹状細胞又はマクロファージ）の膜と融合してシンシチウム形成に至る酵母細胞膜又はその粒子の能力を指す。本明細書で使用される場合、シンシチウムは、細胞の融合により生成される原形質の多核物質である。多数のウイルス表面タンパク質（ＨＩＶ等の免疫不全ウイルス、インフルエンザウイルス、ポリオウイルス、及びアデノウイルスの表面タンパク質を含む）及び他の融合剤（卵子と精子との融合に関与するもの等）は、２膜間（つまり、ウイルス膜及び哺乳動物細胞膜、又は哺乳動物細胞膜間）の融合を達成することができることが示されている。例えば、ＨＩＶ  ｇｐ１２０／ｇｐ４１異種抗原をその表面に産生する酵母媒体は、ＣＤ４＋Ｔリンパ球と融合することが可能である。しかしながら、標的化部分を酵母媒体に組み込むことは、幾つかの状況下では望ましい場合があるが、必ずしも必要ではないことが留意される。抗原を細胞外に発現する酵母媒体の場合、これは、本発明の酵母媒体の更なる利点であり得る。一般的に、本発明に有用な酵母媒体は、樹状細胞（並びにマクロファージ等の他の細胞）により容易に取り込まれる。
【０１３１】
本発明のほとんどの実施形態では、酵母系免疫療法組成物は、少なくとも１つの抗原、その免疫原性ドメイン、又はそのエピトープを含む。本発明での使用が企図される抗原には、それに対して免疫応答を誘発することが所望であるあらゆる抗原が含まれる。
【０１３２】
本発明での使用が企図される抗原には、病原体に関連するか、又は病原体により引き起こされるか若しくは関連する疾患若しくは状態に関連するあらゆる抗原が含まれる。そのような抗原には、これらに限定されないが、ウイルス抗原、真菌抗原、細菌抗原、蠕虫抗原、寄生虫抗原、外寄生生物抗原、原虫抗原、又は任意の他の感染因子に由来する抗原を含む、病原体に関連するあらゆる抗原が含まれる。これら抗原は、天然抗原（それらが由来する生物に関して）又は幾つかの様式（例えば、配列変化又は融合タンパク質の生成）で修飾されている遺伝子操作された抗原であってもよい。幾つかの実施形態（つまり、抗原が、組換え核酸分子から酵母媒体により発現される場合）では、抗原は、細胞全体若しくは微生物全体以外のタンパク質又はその任意のエピトープ若しくは免疫原性ドメイン、融合タンパク質、又はキメラタンパク質であってもよいことが理解されるであろう。
【０１３３】
１つの態様では、抗原には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：アデノウイルス、アレナウイルス、ブンヤウイルス、コロナウイルス、コクサッキーウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン−バーウイルス、フラビウイルス、ヘパドナウイルス、肝炎ウイルス（ＨＣＶ及びＨＢＶを含む）、ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、レンチウイルス、はしかウイルス、おたふくかぜウイルス、ミクソウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス、パポバウイルス、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、パルボウイルス、ピコルナウイルス、ポックスウイルス、狂犬病ウイルス、ＲＳウイルス、レオウイルス、ラブドウイルス、風疹ウイルス、トガウイルス、及び水痘ウイルス。他のウイルスには、ヒトＴ細胞リンパ球指向性ウイルス（ＨＴＬＶ−Ｉ及びＨＴＬＶ−ＩＩ等のＨＴＬＶ）、ウシ白血病ウイルス（ＢＬＶＳ）、及びネコ白血病ウイルス（ＦＬＶ）等のＴリンパ球指向性ウイルスが含まれる。レンチウイルスには、これらに限定されないが、ヒト（ＨＩＶ−１又はＨＩＶ−２を含むＨＩＶ）、サル（ＳＩＶ）、ネコ（ＦＩＶ）、及びイヌ（ＣＩＶ）免疫不全ウイルスが含まれる。１つの実施形態では、ウイルス抗原には、非腫瘍ウイルスに由来するものが含まれる。
【０１３４】
本発明の１つの実施形態では、本発明の組成物には、被験者を免疫するための少なくとも１つのＨＣＶ抗原及び／又は少なくとも１つのＨＣＶ抗原の少なくとも１つの免疫原性ドメインが含まれる。組成物は、必要に応じて、１つ又は複数のＨＣＶ抗原の１つ又は複数の免疫原性ドメインを含む１つの、２つの、少数の、幾つかの、又は多数のＨＣＶ抗原を含むことができる。例えば、本明細書に記載の、任意の融合タンパク質を含む任意のタンパク質は、以下のものから選択される任意の１つ又は複数のＨＣＶタンパク質の少なくとも１つ又は複数の部分を含むことができる：ＨＣＶ  Ｅ１エンベロープ糖タンパク質、ＨＣＶ  Ｅ２エンベロープ糖タンパク質、ＨＣＶ、Ｐ７イオンチャネル、ＨＣＶ  ＮＳ２メタロプロテアーゼ、ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ／ヘリカーゼ、ＨＣＶ  ＮＳ４ａ  ＮＳ３プロテアーゼコファクター、ＨＣＶ  ＮＳ４ｂ、ＨＣＶ  ＮＳ５ａ、ＨＣＶ  ＮＳ５ｂ  ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、及びＨＣＶコア配列。１つの態様では、融合タンパク質は、１つ又は複数のＨＣＶ抗原の少なくとも１つ又は複数の免疫原性ドメインを含む。
【０１３５】
本発明の１つの好ましい態様では、ＨＣＶ抗原は、ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼ及びコア配列で構成されるＨＣＶタンパク質である。別の態様では、ＨＣＶ抗原は、ＨＣＶコア配列に結合されている天然ＮＳ３タンパク質の触媒ドメインを欠如するＨＣＶ  ＮＳ３タンパク質で構成される。別の態様では、ＨＣＶ抗原は、ＨＣＶコア配列に結合されている天然ＮＳ３タンパク質の最初のＮ末端８８個アミノ酸の後に続くＨＣＶ  ＮＳ３の２６２個アミノ酸（つまり、ＨＣＶ  ＮＳ３の８９〜３５０位；配列番号２０）で構成される。１つの態様では、ＨＣＶコア配列は、疎水性Ｃ末端配列を欠如している。別の態様では、ＨＣＶコア配列は、Ｃ末端の２個のアミノ酸、グルタミン酸及びアスパラギン酸を欠如する。好ましい態様では、ＨＣＶコア配列は、天然ＨＣＶコア配列のアミノ酸２〜１４０位で構成される。
【０１３６】
例えば、酵母（例えば、サッカロマイセス・セレビシエ）を操作して、銅誘導性プロモーターであるＣＵＰ１の制御下でＨＣＶ  ＮＳ３−コア融合タンパク質を発現させた。この融合タンパク質は、以下の配列エレメントがＮ末端からＣ末端にインフレームで融合された単一ポリペプチドである（括弧内はＨＣＶポリタンパク質（配列番号２０）の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号２により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号２の１〜６位）；２）ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼタンパク質のアミノ酸８９〜３５０（配列番号２０の１１１５〜１３７６）（配列番号２の６〜２６８位）；３）クローニングに導入された単一トレオニンアミノ酸残基（配列番号２の２６９位）；４）ＨＣＶコアタンパク質のアミノ酸２〜１４０（配列番号２０の２〜１４０）（配列番号２の２７０〜４０８位）；及び５）コア変異体の親水性を増加させる配列Ｅ−Ｄ（配列番号２の４０９〜４１０位）。配列番号２の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号１により表される。配列番号２は、本明細書ではＧＩ−５００５と呼ばれる酵母系免疫療法製品により発現される融合タンパク質である。
【０１３７】
本発明の別の好ましい態様では、ＨＣＶ抗原は、本発明による融合タンパク質の一部である不活化全長ＨＣＶ  ＮＳ３である。この実施形態では、酵母（例えば、サッカロマイセス・セレビシエ）を操作して、銅誘導性プロモーターであるＣＵＰ１の制御下で不活化全長ＨＣＶ  ＮＳ３融合タンパク質を発現させた。全長ＨＣＶ  ＮＳ３を含むこの融合タンパク質は、以下の配列エレメントがＮ末端からＣ末端にインフレームで融合された単一ポリペプチドである（括弧内はＨＣＶポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号４により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号４の１〜６位）；及び２）ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼタンパク質のアミノ酸１〜６３１（配列番号２０の１０２７〜１６５７）（配列番号４の７〜６３７位）（ＨＣＶポリペプチド残基１１６５のアミノ酸は、タンパク質分解活性を不活化するためにセリンからアラニンに変更されていることに留意されたい）。配列番号４の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号３により表される。
【０１３８】
本発明の別の好ましい態様では、酵母組成物は、切断型ＨＣＶ  Ｅ１−Ｅ２融合タンパク質を含む。この実施形態では、酵母（例えば、サッカロマイセス・セレビシエ）を操作して、Ｅ１−Ｅ２融合タンパク質を、以下の配列エレメントがＮ末端からＣ末端にインフレームで融合された単一ポリペプチドとして発現させる（括弧内はＨＣＶポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６により表される）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号６の１〜６位）；２）ＨＣＶタンパク質Ｅ１のアミノ酸１〜１５６（配列番号２０の１９２〜３４７）（配列番号６の７〜１６２位）；及び３）ＨＣＶタンパク質Ｅ２のアミノ酸１〜３３４（配列番号２０の３８４〜７１７）（配列番号６の１６３〜４４６位）。この特定の融合タンパク質では、Ｅ１の３６個のＣ末端疎水性アミノ酸及びＥ２の２９個のＣ末端疎水性アミノ酸が、酵母での細胞質内蓄積を促進するために融合タンパク質から除外されたことが留意される。配列番号６の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号５により表される。
【０１３９】
本発明の更に別の好ましい態様では、酵母組成物は、膜貫通（ＴＭ）ドメイン欠失ＨＣＶ  ＮＳ４ｂ融合タンパク質を含む。この融合タンパク質は、以下の配列エレメントがタンデムでＮ末端からＣ末端にインフレームで配置された単一ポリペプチドである（括弧内はポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号８により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号８の１〜６位）；２）ＨＣＶタンパク質ＮＳ４ｂのアミノ酸１〜６９（配列番号２０の１７１２〜１７８０）（配列番号８の７〜７５位）；及び３）ＨＣＶタンパク質ＮＳ４ｂのアミノ酸１７７〜２６１（配列番号２０の１８８８〜１９７２）（配列番号８の７６〜１６０位）。複数の膜貫通ドメインを含有するＮＳ４ｂアミノ酸７０〜１７６（配列番号２０の１７８１〜１８８７）に対応する１０７個アミノ酸領域は、酵母での細胞質内蓄積を促進するために除外された。配列番号８の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号７により表される。
【０１４０】
本発明の更に別の好ましい態様では、酵母組成物は、コア−Ｅ１−Ｅ２融合タンパク質を含む。この融合タンパク質は、以下の配列エレメントがタンデムでＮ末端からＣ末端にインフレームで配置された単一ポリペプチドである（括弧内はポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１２により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号１２の１〜６位）；及び２）全長コア、Ｅ１、Ｅ２タンパク質（配列番号１２の７〜７５１位：コアは７〜１９６位に及ぶ；Ｅ１は１９７〜３８７位に及ぶ；及びＥ２は３８８〜７５１位に及ぶ）をコードする未修飾ＨＣＶポリタンパク質のアミノ酸１〜７４６（配列番号２０の２〜７４６）。配列番号１２の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号１１により表される。
【０１４１】
本発明の別の好ましい態様では、酵母組成物は、膜貫通ドメインが欠失したコア−Ｅ１−Ｅ２融合タンパク質を含む。この融合タンパク質は、以下の配列エレメントがＮ末端からＣ末端にインフレームで融合された単一ポリペプチドである（括弧内はポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１４により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）、２）ＨＣＶコアタンパク質のアミノ酸２〜１４０（配列番号２０の２〜１４０）（配列番号１４の７〜１４５位）、３）ＨＣＶタンパク質Ｅ１のアミノ酸１〜１５６（配列番号２０の１９２〜３４７）（配列番号１４の１４６〜３０１位）、及び４）ＨＣＶタンパク質Ｅ２のアミノ酸１〜３３４（配列番号２０の３８４〜７１７）（配列番号１４の３０２〜６３５位）。コアタンパク質の５１個のＣ末端疎水性アミノ酸及びＥ１の３６個のＣ末端疎水性アミノ酸及びＥ２の２９個のＣ末端疎水性アミノ酸は、酵母での細胞質内蓄積を促進するために融合タンパク質から除外された。配列番号１４の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号１３により表される。
【０１４２】
本発明の更に別の好ましい態様では、酵母組成物は、ＮＳ３プロテアーゼが不活化され、ＮＳ４ｂが膜貫通ドメインを欠如するＮＳ３−ＮＳ４ａ−ＮＳ４ｂ融合タンパク質を含む。ＮＳ３−ＮＳ４ａ−ＮＳ４ｂ融合タンパク質は、以下の配列エレメントがＮ末端からＣ末端にインフレームで融合された単一ポリペプチドである（括弧内はポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１６により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号１６の１〜６位）；２）全長ＨＣＶ  ＮＳ３タンパク質に対応するアミノ酸１〜６３１（配列番号２０の１０２７〜１６５７）（注：ＮＳ３のタンパク質分解能力を不活化するために、セリン１３９（配列番号２０では１１６５位）がアラニンに変更されている）（配列番号１６の７〜６３４位）；３）ＮＳ４ａタンパク質のアミノ酸１〜５４（配列番号２０の１６５８〜１７１１）（配列番号１６の６３５〜６９１位）；４）ＨＣＶタンパク質ＮＳ４ｂのアミノ酸１〜６９（配列番号２０の１７１２〜１７８０）（配列番号１６の６９２〜７７６位）；及び５）ＨＣＶタンパク質ＮＳ４ｂのアミノ酸１７７〜２６１（配列番号２０の１８８８〜１９７２）（配列番号１６の７７７〜８４５位）。複数の膜貫通ドメインを含有するＮＳ４ｂアミノ酸７０〜１７６（配列番号２０の１７８１〜１８８７）に対応する１０７個アミノ酸領域は、酵母での細胞質内蓄積を促進するために除外された。配列番号１６の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号１５により表される。
【０１４３】
本発明の別の好ましい態様では、酵母組成物は、ＮＳ５ｂ  Ｃ末端を不活化のために欠失させたＮＳ５ａ−ＮＳ５ｂ融合タンパク質を含む。このＮＳ５ａ−ＮＳ５ｂ融合タンパク質は、以下の配列エレメントがＮ末端からＣ末端にインフレームで融合された単一ポリペプチドである（括弧内はポリタンパク質の付番であり、融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１８により表されている）：１）プロテアソーム分解に対する耐性を付与する配列ＭＡＤＥＡＰ（配列番号９）（配列番号１８の１〜６位）；２）アミノ酸１〜１４８に対応するＮＳ５ａタンパク質全体（配列番号２０の１９７３〜２４２０）（配列番号１８の７〜４５４位）；及び３）ＮＳ５ｂのアミノ酸１〜５３９（配列番号２０の２４２１〜２９５９）（配列番号１８の４５５〜９９３位）。ＮＳ５ｂのＨＣＶ複製活性に必要な５２個のＣ末端残基を、タンパク質を不活化するために欠失させた。配列番号１８の融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号１７により表される。
【０１４４】
本発明の特定の態様では、上述の融合タンパク質は、２つのＨＣＶタンパク質間（例えば、ＨＣＶ  ＮＳ３配列及びＨＣＶコア配列）に１つ又は複数の異種性リンカー配列を含有する。好ましい実施形態では、異種性リンカー配列は、単一の異種性アミノ酸残基で構成される。より好ましい実施形態では、異種性リンカー配列は、単一のトレオニン残基で構成される。
【０１４５】
本発明の別の態様では、本発明の組成物には、被験者を免疫するための少なくとも１つのＨＢＶ抗原及び／又は少なくとも１つのＨＢＶ抗原の少なくとも１つの免疫原性ドメインが含まれる。組成物は、必要に応じて、１つ又は複数のＨＢＶ抗原の１つ又は複数の免疫原性ドメインを含む１つの、２つの、少数の、幾つかの、又は多数のＨＢＶ抗原を含むことができる。例えば、本明細書に記載の、任意の融合タンパク質を含む任意のタンパク質は、以下のものから選択される任意の１つ又は複数のＨＢＶタンパク質の少なくとも１つ又は複数の部分を含むことができる：ＨｂｓＡｇ、Ｐｏｌ、コア、及びＸタンパク質。１つの態様では、融合タンパク質は、１つ又は複数のＨＢＶ抗原の少なくとも１つ又は複数の免疫原性ドメインを含む。本発明により包含されるＨＢＶタンパク質又は融合タンパク質は、以下のものから選択される任意の１つ又は複数のＨＢＶタンパク質の少なくとも部分又は全長を含むことができる：大型（Ｌ）、中型（Ｍ）、及び／又は小型（Ｓ）の表面タンパク質を含むＨＢＶ表面タンパク質（表面抗原又はエンベロープタンパク質又はＨＢｓＡｇとも呼ばれる）；ＨＢＶプレコアタンパク質；ＨＢＶコアタンパク質（コア抗原又はＨＢｃＡｇとも呼ばれる）；ＨＢＶ  ｅ抗原（ＨＢｅＡｇとも呼ばれる）；ＨＢＶポリメラーゼ（ＲＴドメイン及びＴＰドメインと呼ばれる、ポリメラーゼの一方のドメイン又は両方のドメインを含む）；ＨＢＶ  Ｘ抗原（Ｘ又はＨＢｘとも呼ばれる）；及び／又はこれらＨＢＶタンパク質のいずれか１つ又は複数のうちのいずれか１つ又は複数の免疫原性ドメイン。
【０１４６】
本発明に有用なＨＢＶ抗原の組み合わせには、これらに限定されないが、以下のものが含まれる（融合体内での順序は任意である）：
（１）（ａ）プレコア／コア／ｅ（プレコア、コア、ｅ抗原、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；（ｂ）ポリメラーゼ（全長、ＲＴドメイン、ＴＰドメイン、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及び／又は（ｃ）Ｘ抗原（又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）のいずれか１つ又は複数と組み合わされた表面タンパク質（Ｌ、Ｍ、及び／若しくはＳ、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；
（２）（ａ）表面タンパク質（Ｌ、Ｍ、及び／若しくはＳ、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；（ｂ）ポリメラーゼ（全長、ＲＴドメイン、ＴＰドメイン、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及び／又は（ｃ）Ｘ抗原（又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）のいずれか１つ又は複数と組み合わされたプレコア／コア／ｅ（プレコア、コア、ｅ抗原、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；
（３）（ａ）表面タンパク質（Ｌ、Ｍ、及び／若しくはＳ、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；（ｂ）プレコア／コア／ｅ（プレコア、コア、ｅ抗原、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及び／又は（ｃ）Ｘ抗原（又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）のいずれか１つ又は複数と組み合わされたポリメラーゼ（全長、ＲＴドメイン、ＴＰドメイン、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及び／又は
（４）（ａ）表面タンパク質（Ｌ、Ｍ、及び／若しくはＳ、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；（ｂ）ポリメラーゼ（全長、ＲＴドメイン、ＴＰドメイン、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）；及び／又は（ｃ）プレコア／コア／ｅ（プレコア、コア、ｅ抗原、並びに／又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）のいずれか１つ又は複数と組み合わされたＸ抗原（又はその機能的及び／若しくは免疫学的ドメインのいずれか１つ若しくは組み合わせ）。
【０１４７】
既知遺伝子型の各々について、ＨＢＶ遺伝子及びそれによりコードされるタンパク質の核酸及びアミノ酸配列は、当技術分野で公知である。下記の表は、ＨＢＶの８つの既知遺伝子型の各々のＨＢＶ構造タンパク質及び非構造タンパク質の全ての例示的（代表的）アミノ酸配列の配列識別子に対する参照を提供する。同じＨＢＶ遺伝子型に由来する同じタンパク質の異なるウイルス分離株間のアミノ酸配列には、小さな変異が生じる場合があることが留意される。しかしながら、上記で考察したように、菌株及びＨＢＶの血清型及びＨＢＶの遺伝子型は、血清型と遺伝子型との間でさえ、高いアミノ酸同一性を示す。したがって、本明細書で提供されている手引き及び例示的ＨＢＶ配列に対する参照を使用すると、当業者であれば、本発明の組成物及び方法で使用するための、任意のＨＢＶ菌株、血清型、又は遺伝子型に由来する、融合タンパク質を含む、様々なＨＢＶに基づくタンパク質及び／又はその相同体を容易に生成することができるであろう。
【０１４８】
【表４】
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本発明の別の態様では、抗原は、以下のものから選択される属に由来する感染因子に由来する：アスペルギルス、ボルデテラ、ブルギア、カンジダ、クラミジア、コクシジウム、クリプトコックス、ディロフィラリア、エシェリヒア、フランキセラ、淋菌、ヒストプラスマ、リーシュマニア、ミコバクテリウム、マイコプラズマ、パラメシウム、百日咳、プラスモジウム、肺炎球菌、ニューモシスティス、リケッチア、サルモネラ、シゲラ、スタフィロコッカス、ストレプトコッカス、トキソプラズマ、ビブリオコレラ、及びエルジニア。１つの態様では、感染因子は、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）又は三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｖｉｖａｘ）から選択される。
【０１４９】
１つの態様では、抗原は、腸内細菌科、ミクロコッカス科、ビブリオ科、パスツレラ科、マイコプラズマ科、及びリケッチア科から選択される科に由来する細菌に由来する。１つの態様では、細菌は、シュードモナス、ボルデテラ、ミコバクテリウム、ビブリオ、バチルス、サルモネラ、フランキセラ、スタフィロコッカス、ストレプトコッカス、エシェリヒア、エンテロコッカス、パスツレラ、及びエルジニアから選択される属である。１つの態様では、細菌は、以下のものから選択される種に由来する：シュードモナス・エルギノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、シュードモナス・マレイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍａｌｌｅｉ）、シュードモナス・シュードマレイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、ボルデテラ・パータシス（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・レプレ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ）、フランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）、バチルス・アントラシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃ）、エルシニア・ペスチス（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、及びボルデテラ・ブロンキセプチカ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ）。
【０１５０】
１つの態様では、抗原は真菌に由来し、そのような真菌には、これらに限定されないが、以下のものに由来する真菌が含まれる：サッカロマイセス種、アスペルギルス種、クリプトコックス種、コクシジオイデス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）種、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）種、ヒストプラスマ種、又はブラストミセス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ）種。１つの態様では、真菌は、以下のものから選択される種に由来する：アスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）、Ａ．フラバス（Ａ．ｆｌａｖｕｓ）、黒色コウジ菌（Ａ．ｎｉｇｅｒ）、Ａ．テレウス（Ａ．ｔｅｒｒｅｕｓ）、Ａ．ニデュランス（Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ）、コクシジオイデス・ポサダシ（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｐｏｓａｄａｓｉｉ）、又はクリプトコックス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）。侵襲性疾患を引き起こすアスペルギルスの最も一般的な種には、Ａ．フミガーツス、Ａ．フラバス、黒色コウジ菌、Ａ．テレウス、及びＡ．ニデュランスが含まれ、例えば、免疫抑制、又はＴ細胞若しくは食細胞障害を有する患者に見出される場合がある。Ａ．フミガーツスは、喘息、アスペルギローム、及び侵襲性アスペルギルス症に関与するとされている。サンホアキン渓谷熱としても知られているコクシジオイデス症は、コクシジオイデス・イミチスにより引き起こされる真菌疾患であり、急性呼吸器感染症及び慢性肺疾患、又は髄膜、硬骨、及び関節への内転移に結び付く場合がある。例えば、非免疫抑制被験者又はＨＩＶに感染している被験者等の免疫抑制被験者におけるクリプトコックス関連症状も、本発明の方法により標的とされる。
【０１５１】
幾つかの実施形態では、抗原は、融合タンパク質である。本発明の１つの態様では、融合タンパク質は、２つ以上の抗原を含むことができる。１つの態様では、融合タンパク質は、１つ若しくは複数の抗原の２つ以上の免疫原性ドメイン、又は１つ若しくは複数の抗原の２つ以上のエピトープを含むことができる。そのような抗原を含有する酵母系免疫療法組成物は、広範な患者の抗原特異的免疫を提供することができる。例えば、本発明に有用な複数ドメイン融合タンパク質は、複数のドメインを有していてもよく、各ドメインは、特定のタンパク質に由来するペプチドで構成されており、このペプチドは、このタンパク質のいずれかの側を隣接する少なくとも４個のアミノ酸残基で構成されており、このタンパク質に見出される突然変異アミノ酸を含み、この突然変異は、特定の疾患又は状態と関連している。
【０１５２】
１つの実施形態では、本発明に有用な酵母系免疫療法組成物の成分として使用される融合タンパク質は、酵母における異種抗原の発現に特に有用な構築体を使用して産生される。典型的には、所望の抗原性タンパク質又はペプチドは、それらのアミノ末端が、以下のものに融合されている：（ａ）酵母媒体における融合タンパク質発現を安定させるか、又は発現された融合タンパク質の翻訳後修飾を防止する特定の合成ペプチド（そのようなペプチドは、例えば、２００４年８月１２日に公開された米国特許出願公開第２００４−０１５６８５８号Ａ１に詳細に記載されており、この文献は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）；（ｂ）いずれかの融合パートナーが、酵母におけるタンパク質発現安定性の著しい増強を提供するか、及び／又は酵母細胞によるタンパク質の翻訳後修飾を防止する内因性酵母タンパク質の少なくとも部分、（そのようなタンパク質も、例えば、上記の米国特許出願公開第２００４−０１５６８５８号Ａ１に詳細に記載されている）；及び／又は（ｃ）酵母の表面に融合タンパク質を発現させる酵母タンパク質の少なくとも部分（例えば、本明細書により詳細に記載されているＡｇａタンパク質）。加えて、本発明は、特にタンパク質の選択及び特定に使用するための、抗原をコードする構築体のＣ末端に融合されているペプチドの使用を含む。そのようなペプチドには、これらに限定されないが、ペプチドタグ（例えば、６×Ｈｉｓ）又は任意の他の短鎖エピトープタグ等の任意の合成又は天然ペプチドが含まれる。本発明による抗原のＣ末端に結合されたペプチドは、上記で考察したＮ末端ペプチドを付加して使用してもよく、又は付加せずに使用してもよい。
【０１５３】
１つの実施形態では、融合タンパク質に有用な合成ペプチドは、抗原のＮ末端に結合されており、このペプチドは、抗原に対して異種性である少なくとも２個のアミノ酸残基で構成されており、このペプチドは、酵母媒体における融合タンパク質発現を安定化するか又は発現された融合タンパク質の翻訳後修飾を防止する。合成ペプチド及び抗原のＮ末端部分は、一緒になって以下の要件を満たす融合タンパク質を形成する：（１）融合タンパク質の１位のアミノ酸残基は、メチオニンである（つまり、合成ペプチド中の最初のアミノ酸はメチオニンである）；（２）融合タンパク質の２位のアミノ酸残基は、グリシン又はプロリンではない（つまり、合成ペプチドの２番目のアミノ酸は、グリシン又はプロリンではない）；（３）融合タンパク質の２〜６位のアミノ酸残基はいずれもメチオニンではない（つまり、２〜６位のアミノ酸は、合成ペプチド又はタンパク質の一部であるか否かに関わらず、合成ペプチドが６個アミノ酸より短い場合、メチオニンを含んでいない）；及び（４）融合タンパク質の２〜６位のアミノ酸はいずれも、リジン又はアルギニンではない（つまり、２〜６位のアミノ酸は、合成ペプチド又はタンパク質の一部であるか否かに関わりなく、合成ペプチドが５個アミノ酸より短い場合、リジン又はアルギニンを含んでいない）。合成ペプチドは、２個アミノ酸と短くともよいが、１つの態様では、少なくとも２〜６個のアミノ酸であり（３個、４個、及び５個のアミノ酸を含む）、６個のアミノ酸より長くともよく、整数で最大約２００個のアミノ酸、３００個のアミノ酸、４００個のアミノ酸、５００個以上のアミノ酸であってもよい。
【０１５４】
１つの実施形態では、融合タンパク質は、Ｍ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６のアミノ酸配列を含み、ここで、Ｍはメチオニンであり、Ｘ２は、グリシン、プロリン、リジン、又はアルギニン以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３は、メチオニン、リジン、又はアルギニン以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ４は、メチオニン、リジン、又はアルギニン以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ５は、メチオニン、リジン、又はアルギニン以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ６は、メチオニン、リジン、又はアルギニン以外の任意のアミノ酸である。１つの実施形態では、Ｘ６残基は、プロリンである。酵母細胞における抗原発現の安定性を増強する及び／又は酵母におけるタンパク質の翻訳後修飾を防止する例示的な合成配列は、配列Ｍ−Ａ−Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｐ（配列番号１）を含む。発現産物の安定性増強に加えて、この融合パートナーは、この構築体のワクチン用抗原に対する免疫応答に負の影響を及ぼさないと考えられる。加えて、合成融合ペプチドは、抗体等の選択作用剤により認識され得るエピトープを提供するように設計することができる。
【０１５５】
本発明の１つの態様では、酵母媒体は、抗原が酵母媒体の表面に発現されるか、又は発現されたタンパク質産物の部分的若しくは全体的な送達若しくは移行により酵母媒体の表面に提供されるように操作される（細胞外発現）。本発明のこの態様を達成するための１つの方法は、酵母媒体の表面に１つ又は複数のタンパク質を配置するためのスペーサーアームを使用することである。例えば、スペーサーアームを使用して、抗原又は他の目的タンパク質と抗原又は他の目的タンパク質を酵母細胞壁に標的化するタンパク質との融合タンパク質を生成することができる。例えば、他のタンパク質を標的化するために使用することができる１つのそようなタンパク質は、抗原又は他のタンパク質が酵母の表面に配置されるように、抗原又は他のタンパク質が酵母細胞壁に標的化されることを可能にする酵母タンパク質である（例えば、細胞壁タンパク質２（ｃｗｐ２）、Ａｇａ２、Ｐｉｒ４、又はＦｌｏ１タンパク質）。酵母タンパク質以外のタンパク質をスペーサーアームに使用してもよいが、いずれのスペーサーアームの場合でも、免疫原性応答を、スペーサーアームタンパク質に対してではなく標的抗原に対して向かわせることが最も望ましい。そのため、他のタンパク質をスペーサーアームに使用する場合、使用されるスペーサーアームタンパク質は、標的抗原に対する免疫応答が圧倒されるほど大きな免疫応答をスペーサーアームタンパク質自体に対して発生させるべきでない。当業者であれば、標的抗原に対する免疫応答と比べて、スペーサーアームタンパク質に対する免疫応答が小さくなることを目指すはずである。スペーサーアームは、必要に応じて、抗原が酵母から容易に除去されるか又はプロセシングされて酵母から離脱することを可能にする切断部位（例えば、プロテアーゼ切断部位）を有するように構築することができる。免疫応答の大きさを決定するあらゆる公知の方法を使用することができ（例えば、抗体産生、細胞溶解アッセイ等）、当業者に直ちに公知である。
【０１５６】
標的抗原又は他のタンパク質を酵母表面に露出するように配置する別の方法は、グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）等のシグナル配列を使用して、標的を酵母細胞壁に係留することである。或いは、位置決めは、細胞壁に結合されるタンパク質（例えば、ｃｗｐ）に抗原が結合するように、抗原又は他の目的タンパク質を、小胞体（ＥＲ）に移行させることにより分泌経路に標的化するシグナル配列を付加することにより達成することができる。
【０１５７】
１つの態様では、スペーサーアームタンパク質は、酵母タンパク質である。酵母タンパク質は、酵母タンパク質の約２個〜約８００個のアミノ酸で構成されていてもよい。１つの実施形態では、酵母タンパク質は、約１０〜７００個のアミノ酸である。別の実施形態では、酵母タンパク質は、約４０〜６００個のアミノ酸である。本発明の他の実施形態には、少なくとも２５０個アミノ酸、少なくとも３００個アミノ酸、少なくとも３５０個アミノ酸、少なくとも４００個アミノ酸、少なくとも４５０個アミノ酸、少なくとも５００個アミノ酸、少なくとも５５０個アミノ酸、少なくとも６００個アミノ酸、又は少なくとも６５０個アミノ酸である酵母タンパク質が含まれる。１つの実施形態では、酵母タンパク質は、長さが少なくとも４５０個アミノ酸である。
【０１５８】
酵母タンパク質の使用は、酵母媒体における融合タンパク質の発現を安定させることができ、発現された融合タンパク質の翻訳後修飾を防止することができ、及び／又は融合タンパク質を酵母の特定の区画に標的化することができる（例えば、酵母細胞表面に発現させるために）。酵母分泌経路に送達する場合、使用する例示的な酵母タンパク質には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：Ａｇａ（これらに限定されないが、Ａｇａ１及び／又はＡｇａ２を含む）；ＳＵＣ２（酵母インベルターゼ）；アルファファクターシグナルリーダー配列；ＣＰＹ；それを細胞壁に局在化及び保持するためのＣｗｐ２ｐ；娘細胞形成の初期段階中の酵母細胞芽に局在化させるためのＢＵＤ遺伝子；Ｆｌｏ１ｐ；Ｐｉｒ２ｐ；及びＰｉｒ４ｐ。
【０１５９】
他の配列を使用して、タンパク質を、酵母媒体の他の部分、例えばサイトゾル又はミトコンドリアに標的化する、保持する、及び／又は安定化させることができる。上記の実施形態のいずれかに使用することができる好適な酵母タンパク質の例には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：ＳＥＣ７；ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼＰＣＫ１、ホスホグリセロキナーゼＰＧＫ、及びトリオースリン酸イソメラーゼＴＰＩ遺伝子産物（グルコース及びサイトゾル内局在化でのそれらの抑制性発現のため）；ヒートショックタンパク質ＳＳＡ１、ＳＳＡ３、ＳＳＡ４、ＳＳＣ１、細胞が熱処理に曝されると、それらの発現が誘導され、そのタンパク質はより熱安定性である；ミトコンドリアにインポートするためのミトコンドリアタンパク質ＣＹＣ１；ＡＣＴ１。
【０１６０】
酵母媒体を生成し、酵母媒体を、目的の抗原及び／又は他のタンパク質及び／又は作用剤と共に発現させる、混合する、及び／又は結合させて、酵母系免疫療法組成物を生成する方法が、本発明により企図される。
【０１６１】
本発明によると、用語「酵母媒体−抗原複合体」又は「酵母−抗原複合体」は、酵母媒体と抗原とのあらゆる結合を記述するために一般的に使用されており、そのような組成物が上述のように免疫応答を誘発するために使用される場合、「酵母系免疫療法組成物」と同義に使用することができる。そのような結合には、酵母（組換え酵母）による抗原の発現、酵母への抗原の導入、抗原と酵母との物理的な結合、並びに酵母及び抗原を緩衝液又は他の溶液又は製剤等の中で共に混合することが含まれる。これらのタイプの複合体は、下記に詳細に記載されている。
【０１６２】
１つの実施形態では、酵母媒体を調製するために使用される酵母細胞は、酵母細胞によりタンパク質が発現されるように、タンパク質（例えば、抗原又は作用剤）をコードする異種性核酸分子を用いて形質移入される。そのような酵母は、本明細書では組換え酵母又は組換え酵母媒体とも呼ばれる。その後、酵母細胞は、完全細胞として樹状細胞に取り込まれてもよく、又は酵母細胞は、死滅させてもよく、又は酵母スフェロプラスト、サイトプラスト、ゴースト、又は亜細胞粒子の形成等により誘導体化して、それらのいずれの場合でも、その後誘導体を樹状細胞に取り込ませることができる。また、酵母スフェロプラストは、抗原又は他のタンパク質を発現する組換えスフェロプラストを生成するために、組換え核酸分子で直接的に形質移入することができる（例えば、スフェロプラストを全酵母から生成し、その後形質移入する）。
【０１６３】
１つの態様では、酵母媒体を調製するために使用される酵母細胞又は酵母スフェロプラストは、抗原又は他のタンパク質が酵母細胞又は酵母スフェロプラストにより組換え的に発現されるように、抗原又は他のタンパク質をコードする組換え核酸分子で形質移入される。この態様では、抗原又は他のタンパク質を組換え的に発現する酵母細胞又は酵母スフェロプラストを使用して、酵母サイトプラスト、酵母ゴースト、又は酵母膜粒子若しくは酵母細胞壁粒子、又はそれらの画分を含む酵母媒体を生成する。
【０１６４】
一般的に、酵母媒体及び抗原及び／又は他の作用剤は、本明細書に記載の任意の技術により結合させることができる。１つの態様では、酵母媒体の細胞内に抗原及び／又は作用剤を取り込ませた。別の態様では、抗原及び／又は作用剤を共有結合又は非共有結合で酵母媒体と結合させた。更に別の態様では、酵母媒体及び抗原及び／又は作用剤を、混合により結合させた。別の態様及び１つの実施形態では、抗原及び／又は作用剤は、酵母媒体により、又は酵母媒体が由来した酵母細胞又は酵母スフェロプラストにより組換え的に発現される。
【０１６５】
本発明の酵母媒体により産生される抗原及び／又は他のタンパク質の数は、酵母媒体により合理的に産生され得る任意の数の抗原及び／又は他のタンパク質のどの数でもよく、約２つ〜約６つの異種性抗原及び／又は他のタンパク質を含む、典型的には少なくとも１つ〜少なくとも約６つ以上の範囲にある。
【０１６６】
本発明の酵母媒体における抗原又は他のタンパク質の発現は、当業者に公知の技術を使用して達成される。手短に言えば、宿主酵母細胞への形質転換に際して核酸分子の構成的発現又は制御された発現のいずれかを達成可能にするために、少なくとも１つの所望の抗原又は他のタンパク質をコードする核酸分子は、核酸分子が転写調節配列に作用可能に結合されるように発現ベクターに挿入される。１つ又は複数の抗原及び／又は他のタンパク質をコードする核酸分子は、１つ又は複数の発現ベクター中で１つ又は複数の発現調節配列に作用可能に結合されていてもよい。特に重要な発現調節配列は、プロモーター及び上流活性化配列等の転写開始を制御する配列である。任意の好適な酵母プロモーターを本発明で使用することができ、様々なそのようなプロモーターは、当業者に公知である。サッカロマイセス・セレビシエにおける発現用プロモーターには、これらに限定されないが、以下の酵母タンパク質をコードする遺伝子のプロモーターが含まれる：アルコールデヒドロゲナーゼＩ（ＡＤＨ１）又はＩＩ（ＡＤＨ２）、ＣＵＰ１、ホスホグリセリン酸キナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ（ＴＰＩ）、翻訳伸長因子ＥＦ−１アルファ（ＴＥＦ２）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ；トリオースリン酸デヒドロゲナーゼの場合はＴＤＨ３とも呼ばれる）、ガラクトキナーゼ（ＧＡＬ１）、ガラクトース−１−リン酸ウリジル−トランスフェラーゼ（ＧＡＬ７）、ＵＤＰ−ガラクトースエピメラーゼ（ＧＡＬ１０）、チトクロムｃ１（ＣＹＣ１）、Ｓｅｃ７タンパク質（ＳＥＣ７）、及び酸性ホスファターゼ（ＰＨ０５）、並びにＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨ及びＣＹＣ１／ＧＡＬ１０プロモーター等のハイブリッドプロモーターが含まれ、並びに細胞のグルコース濃度が低い（例えば、約０．１〜約０．２パーセント）場合に誘導されるＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーター、並びにＣＵＰ１プロモーター及びＴＥＦ２プロモーターが含まれる。同様に、エンハンサーとも呼ばれる多数の上流活性化配列（ＵＡＳ）が知られている。サッカロマイセス・セレビシエにおける発現用の上流活性化配列には、これらに限定されないが、以下のタンパク質をコードする遺伝子のＵＡＳが含まれる：ＰＣＫ１、ＴＰＩ、ＴＤＨ３、ＣＹＣ１、ＡＤＨ１、ＡＤＨ２、ＳＵＣ２、ＧＡＬ１、ＧＡＬ７、及びＧＡＬ１０、並びにＧＡＬ４遺伝子産物により活性化される他のＵＡＳ。１つの態様では、ＡＤＨ２  ＵＡＳが使用される。ＡＤＨ２  ＵＡＳはＡＤＲ１遺伝子産物により活性化されるため、異種性遺伝子がＡＤＨ２  ＵＡＳに作用可能に結合されている場合、ＡＤＲ１遺伝子を過剰発現することが好ましい場合がある。サッカロマイセス・セレビシエにおける発現用の転写終結配列には、α因子、ＧＡＰＤＨ、及びＣＹＣ１遺伝子の終結配列が含まれる。
【０１６７】
メチロトローフ酵母中で遺伝子を発現するための転写調節配列には、アルコールオキシダーゼ及びギ酸デヒドロゲナーゼをコードする遺伝子の転写調節領域が含まれる。
本発明による酵母細胞への核酸分子の形質移入は、核酸分子が細胞に導入される任意の方法により達成することができ、これらに限定されないが、拡散、能動輸送、超音波浴、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着、及びプロトプラスト融合が含まれる。形質移入された核酸分子は、当業者に公知の技術を使用して、酵母染色体に組み込んでもよく、又は染色体外のベクターで維持してもよい。そのような核酸分子を保持する酵母媒体の例は、本明細書において詳細に開示されている。上記で考察したように、酵母サイトプラスト、酵母ゴースト、及び酵母膜粒子又は細胞壁調製物は、完全酵母微生物又は酵母スフェロプラストを所望の核酸分子で形質移入して、その中で抗原を産生させ、その後当業者に公知の技術を使用してその微生物又はスフェロプラストを操作して、所望の抗原又は他のタンパク質を含有するサイトプラスト、ゴースト、又は亜細胞酵母膜抽出物若しくはその画分を生成することによっても生成することができる。
【０１６８】
組換え酵母媒体を産生するための、並びに抗原及び／又は他のタンパク質（例えば、本明細書に記載の作用剤）を酵母媒体により発現するための効果的な条件には、酵母菌株を培養することができる効果的な培地が含まれる。効果的な培地は、典型的には、同化可能な炭水化物、窒素、及びリン酸供給源、並びに適切な塩、無機質、金属、並びにビタミン及び増殖因子等の他の栄養素を含む水性媒体である。培地は、複雑な栄養素を含んでいてもよく、又は限定最少培地であってもよい。本発明の酵母菌株は、これらに限定されないが、バイオリアクター、エルレンマイヤーフラスコ、試験管、マイクロタイター皿、及びペトリ皿を含む様々な容器で培養することができる。培養は、酵母菌株に適切な温度、ｐＨ、及び酸素含有量で実施される。そのような培養条件は、十分に当業者の専門知識内にある（例えば、Ｇｕｔｈｒｉｅら（編）、１９９１年、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、１９４巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏを参照）。
【０１６９】
本発明の幾つかの態様では、酵母は、中性ｐＨ条件下で、特に少なくとも５．５のｐＨレベルに維持された培地で増殖され、つまり培地のｐＨは、ｐＨ５．５未満に低下することは許されない。他の態様では、酵母は、約５．５に維持されたｐＨレベルで増殖する。他の態様では、酵母は、約５．６、５．７、５．８、又は５．９に維持されたｐＨレベルで増殖される。別の態様では、酵母は、約６に維持されたｐＨレベルで増殖される。別の態様では、酵母は、約６．５に維持されたｐＨレベルで増殖される。他の態様では、酵母は、約６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、又は７．０に維持されたｐＨレベルで増殖される。他の態様では、酵母は、約７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、又は８．０に維持されたｐＨレベルで増殖される。ｐＨレベルは、酵母の培養に重要である。当業者であれば、培養プロセスには、酵母培養の開始だけでなく、培養の維持も同様に含まれることを理解するであろう。酵母培養は、時間がたつと酸性になることが知られているため（つまり、ｐＨが低下する）、培養プロセス中は、ｐＨレベルをモニターすることに注意を払わなければならない。培地のｐＨレベルが６未満に低下する酵母細胞養殖は、培地のｐＨが培養プロセス中のある時点で少なくとも５．５にされる場合、依然として本発明の範囲内で企図される。そのため、酵母が、少なくともｐＨ５．５以上の培地で増殖される時間が長いほど、望ましい特徴を有する酵母を得るという点で、結果はより良好であろう。
【０１７０】
本明細書で使用される場合、用語「中性ｐＨ」の一般的な使用は、約ｐＨ５．５〜約ｐＨ８、及び１つの態様では約ｐＨ６〜約８のｐＨ領域を指す。当業者であれば、ｐＨ計で測定する場合、わずかな変動（例えば、１０分の１、又は１００分の１）が生じる場合があることを理解するであろう。そのため、酵母細胞を増殖させるための中性ｐＨの使用は、酵母細胞が、培養時間の大部分で中性ｐＨにて増殖されることを意味する。酵母培養における中性ｐＨの使用は、酵母を免疫修飾用の媒体として使用するための望ましい特徴である幾つかの生物学的効果を促進する。１つの態様では、中性ｐＨで酵母を培養することにより、細胞世代時間に対するいかなる負の効果（例えば、倍加時間の遅延）もない良好な酵母増殖が可能になる。酵母は、細胞壁の柔軟性を失わずに、高密度に増殖を継続することができる。別の態様では、中性ｐＨの使用は、全ての回収密度において柔軟な細胞壁を有する酵母及び／又は細胞壁消化酵素（例えば、グルカナーゼ）に感受性である酵母の産生を可能にする。この形質が望ましいのは、柔軟な細胞壁を有する酵母は、酵母の宿主となる細胞中でサイトカイン（例えば、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ））の分泌を促進すること等により、独特な免疫応答を誘導することができるためである。加えて、細胞壁に位置する抗原への接近可能度がより大きくなることは、そのような培養方法により可能になる。別の態様では、幾つかの抗原の場合、中性ｐＨを使用することにより、ジチオトレイトール（ＤＴＴ）での処理によるジスルフィド結合抗原の放出が可能になり、それは、そのような抗原発現酵母をより低いｐＨ（例えば、ｐＨ５）の培地で培養する場合は可能ではない。最後に、別の態様では、中性ｐＨ法を使用して培養された酵母は、これらに限定されないが、ＩＦＮ−γ、インターロイキン１２（ＩＬ−１２）、及びＩＬ−２を含む、少なくともＴＨ１型サイトカインの産生増加を誘発し、炎症促進性サイトカイン（例えば、ＩＬ−６）等の他のサイトカインの産生増加も誘発する場合がある。
【０１７１】
１つの実施形態では、酵母グリコシル化の量の制御を使用して、酵母による抗原の発現、特に表面での発現を制御する。酵母グリコシル化の量は、糖部分はかさ高い傾向があるため、表面に発現される抗原の免疫原性及び抗原性に影響を及ぼす場合がある。そのため、酵母表面の糖部分の存在、及び標的抗原周囲の３次元空間に対するその影響は、本発明による酵母を調節する際に考慮されるべきである。任意の方法を使用して、酵母のグリコシル化の量を低減（又は、必要に応じて増加）させることができる。例えば、低グリコシル化を示すように選択されている酵母突然変異株（例えば、ｍｎｎ１、ｏｃｈ１、及びｍｎｎ９突然変異体）を使用してもよく、又は標的抗原のグリコシル化受容体配列を突然変異により除去してもよい。或いは、グリコシル化パターンが短縮された酵母、例えばピキアを使用してもよい。また、グリコシル化を低減又は変更する方法を使用して酵母を処理することができる。
【０１７２】
本発明の１つの実施形態では、抗原又は他のタンパク質を酵母媒体で組換え的に発現する代わりに、タンパク質若しくはペプチド、又は抗原としての役目を果たすか及び／若しくは本発明による免疫調節剤又は生物学的応答修飾物質として有用な糖質若しくは他の分子が、酵母媒体の細胞内に取り込まれる。その後、今や抗原及び／又は他のタンパク質を細胞内に含有する酵母媒体を患者に投与してもよく、又は樹状細胞等の担体に取り込ませてもよい。ペプチド及びタンパク質は、拡散、能動輸送、リポソーム融合、エレクトロポレーション、食作用、凍結融解サイクル、及び超音波浴による等、当業者に公知の技術により本発明の酵母媒体に直接挿入することができる。ペプチド、タンパク質、糖質、又は他の分子を直接取り込むことができる酵母媒体には、完全酵母、並びにスフェロプラスト、ゴースト、又はサイトプラストが含まれ、それらには、生成後に抗原及び他の作用剤を取り込ませることができる。或いは、完全酵母に抗原及び／又は作用剤を取り込ませ、その後それからスフェロプラスト、ゴースト、サイトプラスト、又は亜細胞粒子を調製してもよい。この実施形態では、例えば、微生物又はその部分の取り込み等によりもたらされる、少なくとも１、２、３、４、又は任意の整数から最大数百又は何千個の抗原及び／又は他の作用剤に及ぶ任意の数の抗原及び／又は他の作用剤を酵母媒体に取り込ませることができる。
【０１７３】
本発明の別の実施形態では、抗原及び／又は他の作用剤は、酵母媒体に物理的に結合されている。酵母媒体に対する抗原及び／又は他の作用剤の物理的結合は、これらに限定されないが、抗原及び／若しくは他の作用剤を酵母媒体の外側表面に化学的に架橋すること、又は抗原及び／若しくは他の作用剤を、抗体若しくは他の結合パートナーを使用すること等により、酵母媒体の外側表面に生物学的に結合させることを含む共有結合及び非共有結合法を含む当技術分野で好適な任意の方法により達成することができる。化学的架橋は、例えば、グルタルアルデヒド結合、フォトアフィニティーラベリング、カルボジイミドによる処理、ジスルフィド結合を架橋可能な化学薬品による処理、及び当技術分野で標準的な他の架橋用化学薬品による処理を含む方法により達成することができる。或いは、酵母膜の脂質二重層又は細胞壁の成分の電荷を変更する化学薬品を酵母媒体と接触させてもよく、その結果、酵母の外側表面は、特定の電荷特徴を有する抗原及び／又は他の作用剤と融合又は結合する可能性がより高くなる。また、抗体、結合ペプチド、可溶性受容体、及び他のリガンド等の標的化作用剤を、融合タンパク質として抗原に組み込んでもよく、又はそうでなければ酵母媒体に抗原を結合させるための抗原に結合させてもよい。
【０１７４】
抗原又は他のタンパク質が、酵母の表面に発現されるか、又は酵母の表面物理的に結合される場合、１つの態様では、スペーサーアームは、抗原又は他のタンパク質の表面での発現又は含有量を最適化するように注意深く選択することができる。スペーサーアームのサイズは、抗原又は他のタンパク質が、結合のために酵母表面にどの程度露出されるかに影響を及ぼす。したがって、当業者であれば、どの抗原又は他のタンパク質が使用されているかに応じて、酵母表面の抗原又は他のタンパク質の適切な間隔を達成するスペーサーアームを選択するであろう。１つの実施形態では、スペーサーアームは、少なくとも４５０個アミノ酸の酵母タンパク質である。スペーサーアームは、上記で詳細に考察されている。
【０１７５】
抗原表面発現の最適化に関して更に考慮することは、抗原及びスペーサーアームの組み合わせが、単量体として、又は二量体として、又は三量体として、又は更により多くの共に結合された単位として発現されるべきか否かである。単量体、二量体、三量体等のこの使用は、抗原の適切な間隔又は折り畳みを可能にし、その結果、抗原の全てでないとしても、ある部分が、抗原をより免疫原性にする様式で酵母媒体の表面に提示される。
【０１７６】
更に別の実施形態では、酵母媒体及び抗原又は他のタンパク質は、緩衝液又は他の好適な製剤（例えば、混合物）中で、酵母媒体及び抗原又は他のタンパク質を共に穏やかに混合することによる等、より受動的で非特異的又は非共有結合的機序により互いに結合される。
【０１７７】
本発明の１つの実施形態では、酵母媒体及び抗原又は他のタンパク質は両方とも、本発明の治療用組成物又はワクチンを形成する樹状細胞又はマクロファージ等の担体の細胞内に取り込まれる。或いは、抗原又は他のタンパク質は、酵母媒体の非存在下で樹状細胞に取り込まれてもよい。
【０１７８】
１つの実施形態では、完全酵母（異種性抗原又は他のタンパク質を発現する又は発現しない）を破砕又は加工して、酵母細胞壁調製物、酵母膜粒子、又は酵母断片（つまり、非完全な）を生成することができ、幾つかの実施形態では、酵母断片は、免疫応答を増強するための抗原（例えば、ＤＮＡワクチン、タンパク質サブユニットワクチン、死滅又は不活化病原体）を含む他の組成物と共に提供又は投与することができる。例えば、酵素処理、化学処理、又は物理的力（例えば、機械的剪断又は超音波処理）を使用して酵母を解体し、アジュバントとして使用される部分にすることができる。
【０１７９】
本発明の１つの実施形態では、本発明に有用な酵母媒体には、死滅しているか又は不活化されている酵母媒体が含まれる。酵母の死滅化又は不活性化は、当技術分野で公知である様々な好適な方法のいずれかにより達成することができる。例えば、酵母の熱不活性化は、酵母を不活化する標準的方法であり、当業者は、必要に応じて、当技術分野で公知の標準的方法により、標的抗原の構造変化をモニターすることができる。或いは、化学的方法、電気的方法、放射能的方法、又はＵＶ法等の、酵母を不活化する他の方法を使用することができる。例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、１９４巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ（１９９０年）等の標準的酵母培養教科書に開示されている方法を参照されたい。使用されるいずれの不活化戦略においても、標的抗原の二次構造、三次構造、又は四次構造が考慮されるべきであり、そのような構造は、その免疫原性を最適化するように保存されるべきである。
【０１８０】
酵母媒体は、被験者に直接投与されるか又は当業者に公知の多数の技術を使用して樹状細胞等の担体に最初に取り込まれる調製物を含む、本発明の酵母系免疫療法組成物又は製品に製剤化することができる。例えば、酵母媒体は、凍結乾燥により乾燥させることができる。また、酵母媒体を含む製剤は、製パン又は醸造作業に使用される酵母等になされているように、酵母を固塊又は錠剤に充填することにより調製することができる。加えて、酵母媒体は、宿主又は宿主細胞により許容される等張緩衝剤等の薬学的に許容される賦形剤と混合されていてもよい。そのような賦形剤の例には、水、生理食塩水、リンゲル液、デキストロース溶液、ハンクス溶液、及び他の生理学的平衡塩水溶液が含まれる。固定油、ゴマ油、オレイン酸エチル、又はトリグリセリド等の非水性媒体を使用することもできる。他の有用な製剤には、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ソルビトール、グリセロール、又はデキストラン等の粘性増強剤を含有する懸濁物が含まれる。賦形剤は、等張性及び化学的安定性を増強する物質等の、少量の添加剤を含有することもできる。緩衝剤の例には、リン酸緩衝剤、重炭酸塩緩衝剤、及びＴｒｉｓ緩衝剤が含まれ、保存剤の例には、チメロサール、ｍ−又はｏ−クレゾール、ホルマリン、及びベンジルアルコールが含まれる。標準的製剤は、注射用懸濁液又は溶液として好適な液体に取り込むことができる液体注射剤又は固形物のいずれであってもよい。したがって、非液体製剤では、賦形剤は、例えば、投与前に滅菌水又は生理食塩水を添加することができるデキストロース、ヒト血清アルブミン、及び／又は保存剤を含むことができる。
【０１８１】
本発明の１つの実施形態では、組成物は、追加の作用剤及び／又は生物学的応答修飾化合物、又はそのような修飾物質を産生する能力（つまり、そのような修飾物質をコードする核酸分子を用いて酵母媒体を形質移入することによる）を含むことができる。
【０１８２】
そのような作用剤には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：サイトカイン、ケモカイン、ホルモン、脂質誘導体、ペプチド、タンパク質、ポリサッカライド、低分子薬、抗体及びその抗原結合性断片（これらに限定されないが、抗サイトカイン抗体、抗サイトカイン受容体抗体、抗ケモカイン抗体を含む）、ビタミン、ポリヌクレオチド、核酸結合部分、アプタマー、並びに増殖修飾因子。幾つかの好適な作用剤には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：ＩＬ−１、又はＩＬ−１のアゴニスト若しくはＩＬ−１Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−１、又は他のＩＬ−１アンタゴニスト；ＩＬ−６、又はＩＬ−６のアゴニスト若しくはＩＬ−６Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−６、又は他のＩＬ−６アンタゴニスト；ＩＬ−１２、又はＩＬ−１２のアゴニスト若しくはＩＬ−１２Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−１２、又は他のＩＬ−１２アンタゴニスト；ＩＬ−１７、又はＩＬ−１７のアゴニスト若しくはＩＬ−１７Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−１７、又は他のＩＬ−１７アンタゴニスト；ＩＬ−２１、又はＩＬ−２１のアゴニスト又はＩＬ−２１Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−２１、又は他のＩＬ−２１アンタゴニスト；ＩＬ−２２、又はＩＬ−２２のアゴニスト若しくはＩＬ−２２Ｒ、抗ＩＬ−２２、又は他のＩＬ−２２アンタゴニスト；ＩＬ−２３、又はＩＬ−２３のアゴニスト若しくはＩＬ−２３Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−２３、又は他のＩＬ−２３アンタゴニスト；ＩＬ−２５、又はＩＬ−２５のアゴニスト若しくはＩＬ−２５Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−２５、又は他のＩＬ−２５アンタゴニスト；ＩＬ−２７、又はＩＬ−２７のアゴニスト若しくはＩＬ−２７Ｒのアゴニスト、抗ＩＬ−２７、又は他のＩＬ−２７アンタゴニスト；Ｉ型インターフェロン（ＩＦＮ−αを含む）又はＩ型インターフェロン若しくはその受容体のアゴニスト若しくはアンタゴニスト；ＩＩ型インターフェロン（ＩＦＮ−γを含む）又はＩＩ型インターフェロン若しくはその受容体のアゴニスト若しくはアンタゴニスト；抗ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、抗ＣＴＬＡ−４抗体（例えば、アネルギー性Ｔ細胞を放出する）；Ｔ細胞共刺激因子（例えば、抗ＣＤ１３７、抗ＣＤ２８、抗ＣＤ４０）；アレムツズマブ（例えば、ＣａｍＰａｔｈ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（例えば、ＯＮＴＡＫ（商標））；抗ＣＤ４；抗ＣＤ２５；抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＰＤ−Ｌ２；ＦＯＸＰ３を阻止する作用剤（例えば、活性／死滅ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋Ｔ抑制性細胞を抑制する）；Ｆｌｔ３リガンド、イミキモド（Ａｌｄａｒａ（登録商標））、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）；顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、サルグラモスチム（Ｌｅｕｋｉｎｅ（商標））；限定ではないが、プロラクチン及び成長ホルモンを含むホルモン；これらに限定されないが、ＴＬＲ−２アゴニスト、ＴＬＲ−４アゴニスト、ＴＬＲ−７アゴニスト、及びＴＬＲ−９アゴニストを含むトール様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト；これらに限定されないが、ＴＬＲ−２アンタゴニスト、ＴＬＲ−４アンタゴニスト、ＴＬＲ−７アンタゴニスト、及びＴＬＲ−９アンタゴニストを含むＴＬＲアンタゴニスト；これらに限定されないが、ＣＯ��−２阻害剤（例えば、セレコキシブ、ＮＳＡＩＤＳ）、グルココルチコイド、スタチン、並びにサリドマイド及びＩＭｉＤ（商標）（サリドマイドの構造的及び機能的類似体（例えば、ＲＥＶＬＩＭＩＤ（登録商標）（レナリドマイド）、ＡＣＴＩＭＩＤ（登録商標）（ポマリドマイド））を含むその類似体を含む抗炎症剤及び免疫調節剤；真菌性若しくは細菌性成分、又は任意の炎症性サイトカイン若しくはケモカイン等の炎症促進性作用剤；これらに限定されないが、ウイルス系ワクチン、細菌系ワクチン、又は抗体系ワクチンを含む免疫療法ワクチン；並びに任意の他の免疫調節物質、免疫強化物質、抗炎症剤、及び／又は炎症促進性作用剤。そのような作用剤の任意の組み合わせが本発明により企図されており、酵母系免疫療法剤と組み合わせたそのような作用剤、又は酵母系免疫療法剤を用いたプロトコールで（例えば、同時に、順次に、又は他の形式で）投与されるそのような作用剤はいずれも、本発明により包含される組成物である。そのような作用剤は、当技術分野で周知である。これら作用剤は、単独で使用してもよく、又は本明細書に記載の他の作用剤と組み合わせて使用してもよい。
【０１８３】
本発明の作用剤は、幾つかの態様では、生物学的応答修飾化合物と呼ばれる場合があり、本発明は、そのような修飾物質を産生する能力（つまり、そのような修飾物質をコードする核酸分子を用いて酵母媒体を形質移入することによる）を含む。例えば、酵母媒体に、少なくとも１つの抗原及び少なくとも１つの生物学的応答修飾化合物を形質移入又は取り込ませてもよく、又は本発明の組成物を、少なくとも１つの生物学的応答修飾物質と共に投与してもよい。生物学的応答修飾物質には、免疫調節化合物と呼ばれる場合がある、免疫応答を調節することできるアジュバント及び他の化合物、並びに酵母系免疫療法剤等の、別の化合物又は作用剤の生物活性を修飾する化合物が含まれ、そのような生物活性は免疫系効果に限定されない。ある免疫調節化合物は、防御免疫応答を刺激することできる一方で、他の免疫調節化合物は、有害免疫応答を抑制することができ、所与の酵母系免疫療法剤と組み合わせた免疫調節が有用であるか否かは、治療若しくは予防される疾患状態若しくは症状に、及び／又は治療される個体に少なくとも部分的に依存する場合がある。ある生物学的応答修飾物質は、細胞媒介性免疫応答を優先的に調節する一方で、他の生物学的応答修飾物質は、体液性免疫応答を優先的に増強する（つまり、体液性免疫と比較して細胞媒介性免疫のレベルが増大される免疫応答、又はその逆の免疫応答を刺激することができる）。ある生物学的応答修飾物質は、酵母系免疫療法剤の生物学的特性と共通する１つ又は複数の特性を有するか、又は酵母系免疫療法剤の生物学的特性を増強又は補完する。免疫応答の刺激又は抑制を測定するための、並びに細胞媒介性免疫反応と体液性免疫応答とを区別するための当業者に公知の技術は、多数存在する。
【０１８４】
作用剤には、所与のタンパク質若しくはペプチド又はそのドメインのアゴニスト及びアンタゴニストが含まれ得る。本明細書で使用される場合、「アゴニスト」は、受容体又はリガンドに結合し、応答を生成又は誘発する、低分子、タンパク質、ペプチド、抗体、核酸結合剤等を含むがそれらに限定されない任意の化合物又は作用剤であり、それらには、受容体又はリガンドに結合する天然物質の作用を模倣する作用剤が含まれ得る。「アンタゴニスト」は、アゴニストの作用を阻止又は阻害又は低減する、低分子、タンパク質、ペプチド、抗体、核酸結合剤等を含むがそれらに限定されない任意の化合物又は作用剤である。
【０１８５】
本発明の組成物には、特定の感染症から被験者を保護するのに有用な任意の他の化合物、又はそのような感染症の任意の症状を治療又は改善する任意の化合物が更に含まれ得る。
【０１８６】
したがって、本発明は、本発明の方法に有用な様々な組成物も含み、それらの種々の態様は、本明細書に詳細に記載されている。
本発明は、本明細書に記載の組成物のいずれか、又は本明細書に記載の組成物の個々の成分のいずれかを含むキットも含む。
【０１８７】
本発明の組成物を投与又は使用するための方法
本発明は、本発明の組成物を被験者に送達（投与、免疫）することを含む。投与プロセスは、ｅｘ  ｖｉｖｏで又はｉｎ  ｖｉｖｏで実施することができるが、典型的にはｉｎ  ｖｉｖｏで実施される。Ｅｘ  ｖｉｖｏ投与は、酵母媒体、抗原、及び任意の他の作用剤又は組成物を細胞に取り込ませ、その細胞を患者に戻すという条件下で、患者から取り出された細胞（樹状細胞）の集団に、本発明の組成物を投与すること等、患者の外部にて制御ステップの一部を実施することを指す。本発明の治療用組成物は、任意の好適な投与方法により、患者に戻すか又は患者に投与することができる。
【０１８８】
組成物の投与は、全身性、粘膜性、及び／又は標的部位位置の近位（例えば、感染部位付近）であってもよい。好適な投与経路が、予防又は治療される状態のタイプ、使用される抗原、及び／又は標的細胞集団若しくは組織に依存することは、当業者であれば明らかであろう。種々の許容される投与方法には、これらに限定されないが、以下の投与方法が含まれる：静脈内投与、腹腔内投与、筋内投与、結節内投与、冠動脈内投与、動脈内投与（例えば、頚動脈への）、皮下投与、経皮的送達、気管内投与、皮下投与、関節内投与、脳室内投与、吸入投与（例えば、エアロゾル）、頭蓋内投与、脊髄内投与、眼内投与、耳内投与、鼻腔内投与、経口投与、経肺投与、カテーテル含浸、及び組織への直接注射。１つの態様では、投与経路には、静脈内、腹腔内、皮下、皮内、結節内、筋肉内、経皮、吸入、鼻腔内、経口、眼内、関節内、頭蓋内、及び脊髄内が含まれる。非経口送達には、皮内、筋肉内、腹腔内、胸膜腔内、肺内、静脈内、皮下、心房カテーテル、及び静脈カテーテル経路が含まれ得る。耳内送達には点耳剤が含まれ、鼻腔内送達には、点鼻剤又は鼻腔内注射が含まれ、眼内送達には目薬が含まれ得る。また、エアロゾル（吸入）送達は、当技術分野で標準的な方法を使用して実施することができる（例えば、Ｓｔｒｉｂｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １８９巻：１１２７７〜１１２８１頁、１９９２年を参照、この文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。粘膜免疫を調節する他の投与経路は、ウイルス感染症の治療に有用である。そのような経路には、気管支、皮内、筋肉内、鼻腔内、他の吸入、直腸、皮下、局所、経皮、膣、及び尿道経路が含まれる。１つの態様では、本発明の酵母系免疫療法組成物は、皮下投与される。
【０１８９】
本発明の種々の方法は、本発明の組成物を投与することにより疾患又は状態を治療する。本明細書で使用される場合、語句「疾患を治療する」又はその任意の並び換え（例えば、「疾患について治療する」等）は、一般的に、疾患を予防すること、疾患の少なくとも１つの症状を予防すること、疾患の発症を遅延させること、疾患の１つ又は複数の症状を低減すること、疾患の出現を低減すること、及び／又は疾患の重症度を低減することを指すことができる。感染症及び他の疾患に関して、本発明の方法は、以下の１つ又は複数を結果としてもたらすことができる：疾患又は状態の予防、感染症の予防、感染により引き起こされる疾患又は症状の発症の遅延、生存の増加、病原体負荷の低減（例えば、ウイルス力価の低減）、個体の感染に起因する少なくとも１つの症状の低減、感染又は疾患に起因する臓器又は生理学的系の損傷の低減、臓器又は系の機能の改善、及び／又は個体の全体的健康の改善。
【０１９０】
本発明の酵母系免疫療法組成物に関して、一般的に、好適な単一用量は、好適な期間にわたって１回又は複数回で投与する際に、酵母媒体及び抗原（含まれている場合）を、抗原特異的免疫応答の誘発に有効な量で、患者体内の所与の細胞タイプ、組織、又は領域に効果的に提供することが可能な用量である。例えば、１つの実施形態では、本発明の酵母媒体の単一用量は、組成物が投与されている生物の体重１キログラム当たり約１×１０５〜約５×１０７個の酵母細胞当量である。１つの態様では、本発明の酵母媒体の単一用量は、１用量当たり（つまり、１生物当たり）約０．１Ｙ．Ｕ．（１×１０６細胞）〜約１００Ｙ．Ｕ．（１×１０９細胞）であり、０．１×１０６細胞きざみの任意の中間用量が含まれる（つまり、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６．．．）。１つの実施形態では、用量には、１Ｙ．Ｕ．〜４０Ｙ．Ｕ．、及び１つの態様では、１０Ｙ．Ｕ〜４０Ｙ．Ｕ．の用量が含まれる。１つの実施形態では、用量は、個体の異なる部位にではあるが、同じ投与期間中に投与される。例えば、４０Ｙ．Ｕ．用量は、１投与期間中に個体の４つの異なる部位に１０Ｙ．Ｕ．用量を注射することにより、投与される場合がある。
【０１９１】
治療用組成物の「追加免疫」又は「ブースト」は、例えば、抗原に対する免疫応答が衰退した場合、又は特定の抗原に対する免疫応答を提供するか又は記憶応答を誘導することが必要である場合に投与される。追加免疫は、最初の投与後、約１、２、３、４、５、６、７、又は８週間間隔から、月１回、２か月に１回、四半期毎に１回、年１回、数年に１回で投与される。１つの実施形態では、投与スケジュールは、生物の体重１ｋｇ当たり約１×１０５個〜約５×１０７酵母細胞当量の組成物が、数週間から数か月、数年間までの期間にわたって少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回又はそれ以上投与されるスケジュールである。
【０１９２】
本発明の１つの態様では、酵母系免疫療法組成物。本発明の１つの態様では、作用剤は、酵母系免疫療法組成物と共に順次投与される。別の実施形態では、作用剤は、酵母系免疫療法組成物が投与される前に投与される。別の実施形態では、作用剤は、酵母系免疫療法組成物が投与された後で投与される。１つの実施形態では、作用剤は、酵母系免疫療法組成物との交互投薬で、又は酵母系組成物が作用剤の１つ又は複数の連続した投薬の間に又は投薬と共に、所定の間隔で投与されるプロトコールで投与される。１つの実施形態では、酵母系免疫療法組成物は、作用剤の投与を開始する前に、ある期間にわたって１つ又は複数の用量で投与される。言い換えれば、酵母系免疫療法組成物は、ある期間は単独療法として投与され、その後、新たな用量の酵母系免疫療法と同時に又は酵母系免疫療法と交互する様式でのいずれかで、作用剤投与が追加される。或いは、作用剤は、酵母系免疫療法組成物の投与を開始する前に、ある期間にわたって投与されてもよい。１つの態様では、この酵母が、作用剤を発現又は担持するように操作されているか、又は異なる酵母が、作用剤を発現又は坦持するように操作又は産生されている。
【０１９３】
１つの態様では、免疫療法と共に使用される１つ又は複数の療法は、少なくとも１つのインターフェロン及び少なくとも１つの抗ウイルス化合物のうちの１つ又は両方を投与することを含む。この実施形態では、インターフェロン及び抗ウイルス化合物等の追加療法は、免疫療法組成物が最初に投与された少なくとも４週間後に初めて投与される。この実施形態の他の態様では、インターフェロン及び抗ウイルス化合物等の追加療法は、免疫療法組成物が最初に投与された少なくとも４〜１２週間後に最初に投与され、別の態様では、免疫療法組成物が最初に投与された少なくとも１２週間後に最初に投与される。好ましくは、インターフェロンは、被験者に週１回で２４〜４８週間以上投与され、抗ウイルス化合物は、同じ期間にわたって１日１回投与される。１つの態様では、抗ウイルス化合物は、リバビリンである。別の態様では、インターフェロンは、少なくとも２４週間又は４８週間以上にわたって２、３、又は４週間毎に、抗ウイルス療法中に被験者に投与される。１つの実施形態では、抗ウイルス化合物の投薬は、１日１回、２日毎、３日毎、４日毎、５日毎、６日毎、又は週１回であり、１日１回が、１つの好ましい実施形態である。
【０１９４】
本明細書で使用される場合、用語「抗ウイルス化合物」は、直接的抗ウイルス治療効果により、ＨＣＶ生活環の１つ又は複数の種々のステップを標的とする任意の化合物、典型的には低分子阻害剤又は抗体を指す。ＨＣＶ治療用の抗ウイルス化合物は、「Ｃ型肝炎のための特異的に標的化された抗ウイルス療法（Specifically Targeted Antiviral Therapy for Hepatitis C）」又は「ＳＴＡＴ−Ｃ」と呼ばれることもある。抗ウイルス化合物の例には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：ウイルスプロテアーゼ阻害剤（例えば、ＴＥＬＡＰＲＥＶＩＲ（商標）、Ｖｅｒｔｅｘ／Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｊｏｈｎｓｏｎ／Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ社製のＮＳ３プロテアーゼ阻害剤；ＢＯＣＥＰＲＥＶＩＲ（商標）（Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｉｎｃ．社製のＮＳ３プロテアーゼ阻害剤；ＲＧ７２２７、ＨＣＶ  ＮＳ３／４プロテアーゼの阻害剤、ＩｎｔｅｒＭｕｎｅ，Ｉｎｃ．／Ｒｏｃｈｅ社製）、ポリメラーゼ阻害剤（例えば、Ｒ−７１２８、Ｒｏｃｈｅ／Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製の経口シチジンヌクレオシド類似体及びＮＳ５ｂポリメラーゼ阻害剤のプロドラッグ；ＰＳＩ−７９７７、Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製のウリジンヌクレオチド類似体ポリメラーゼ阻害剤；ＰＳＩ−９３８、Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製のグアニンヌクレオチド類似体ポリメラーゼ阻害剤）、又は他のウイルス阻害剤（例えば、Ｖａｌｅａｎｔ社製のＴＡＲＩＢＡＶＩＲＩＮ（商標）（ビラミジン））。また、用語「抗ウイルス化合物」は、本明細書で使用される場合、宿主酵素阻害剤を含む。ＨＢＶ治療用の抗ウイルス化合物には、ラミブジン（ＥＰＩＶＩＲ（登録商標））、アデホビル（ＨＥＰＳＥＲＡ（登録商標））、テノホビル（ＶＩＲＥＡＤ（登録商標））、テルビブジン（ＴＹＺＥＫＡ（登録商標））、及びエンテカビル（ＢＡＲＡＣＬＵＤＥ（登録商標））が含まれる。
【０１９５】
リバビリンは、本発明に有用な抗ウイルス化合物の例であるが、本発明は、この抗ウイルス化合物に限定されない。他の抗ウイルス化合物及びそれらの投与計画は、本明細書の他所で考察されており、及び／又は当技術分野で公知である。「リバビリン」は、不完全プリン６員環を有するリボシルプリン類似体である。リバビリンの化学名は、１−（ベータ）−Ｄ−リボフラノシル−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３−カルボキサミドである。リバビリンの実験式は、Ｃ８Ｈ１２Ｎ４Ｏ５であり、分子量は、２４４．２である。リバビリンは白色から白色に近い粉末である。リバビリンは、十分に水溶性であり、無水アルコールにわずかに可溶性である。リバビリンのカルボキサミド基により、この天然ヌクレオシド薬は、その回転に応じてアデノシン又はグアノシンと類似する場合がある。リバビリンは、細胞性キナーゼにより活性化されるプロドラッグであり、細胞性キナーゼは、リバビリンを５’三リン酸ヌクレオチドに変化させる。リバビリンは、この形態では、ウイルス複製に関係するＲＮＡ代謝の局面を妨害する。リバビリンの誘導体は、当技術分野で周知であり、（ＣＯＰＥＧＵＳ（登録商標）；ＲＥＢＥＴＯＬ（登録商標）；ＲＩＢＡＳＰＨＥＲＥ（商標）；ＶＩＬＯＮＡ（商標）、ＶＩＲＡＺＯＬＥ（登録商標）、またＳａｎｄｏｚ社製、Ｔｅｖａ社製、Ｗａｒｒｉｃｋ社製の後発薬）として市販されている。リバビリンは、２００ｍｇの錠剤又はカプセルで市販されているが、あらゆる好適な形態の用量又は送達タイプが、本発明により包含される。用量は、医師の選択及び推薦により、及びバビリンがインターフェロンと併用されているか否かにより変動する場合があり、適切な用量の決定は、当業者の能力内にある。リバビリンの好適な用量は、インターフェロンと共に使用される場合、１日１回およそ８００ｍｇ〜およそ１２００ｍｇの範囲であってもよく、これらの用量間の任意の増加分が含まれる（例えば、９００ｍｇ、１０００ｍｇ、１１００ｍｇ等）。典型的には、用量は体重に基づいて決定され、体重の重い人ほど、より高い用量のリバビリンを服用する。好ましい実施形態では、リバビリンは、１０００ｍｇ（被験者＜７５ｋｇ）〜１２００ｍｇ（被験者＞７５ｋｇ）で１日１回投与され、２つの分割用量で経口投与される。用量は、好ましくは、投薬計画（製品の説明書による）の基線体重及び耐容性に応じて、患者毎に個別化される。
【０１９６】
「宿主酵素阻害剤」は、ウイルス及び免疫系をいずれも標的としないため、間接的に作用する。これら分子は、ウイルスにより利用される宿主細胞機能を阻害することにより作用する。そのような阻害剤の例には、これらに限定されないが、サイクロフィリンＢ阻害剤、アルファグルコシダーゼ阻害剤、ＰＦＯＲ阻害剤、及びＩＲＥＳ阻害剤が含まれる。例示的な宿主酵素阻害剤には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：ＤＥＢＩＯ（登録商標）−０２５（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍａ社製）、サイクロフィリンＢ阻害剤；ＣＥＬＧＯＳＩＶＩＲ（商標）（Ｍｉｇｅｎｉｘ社製）、経口アルファグルコシダーゼ阻害剤；ＮＩＭ８１１（商標）（Ｎｏｖａｒｔｉｓ社製）、サイクロフィリンＢ阻害剤；ＡＬＩＮＩＡ（商標）（Ｒｏｍａｒｋ社製のニタゾキサニド）、ＰＦＯＲ阻害剤；及びＶＧＸ−４１０Ｃ（商標）（ＶＧＸ  Ｐｈａｒｍａ社製）、経口ＩＲＥＳ阻害剤。
【０１９７】
ＢＯＣＥＰＲＥＶＩＲ（商標）は、ＮＳ３プロテアーゼ阻害剤である。ＨＣＶ治療の場合、上記薬物は、現在、１日３回８００ｍｇの用量で経口投与される。
ＴＥＬＡＰＲＥＶＩＲ（商標）は、ＮＳ３プロテアーゼ阻害剤である。ＨＣＶ治療の場合、上記薬物は、現在、７５０ｍｇの用量で経口投与される。
【０１９８】
「ラミブジン」又は２’，３’−ジデオキシ−３’−チアシチジンは、一般的に３ＴＣと呼ばれ、強力なヌクレオシド類似体逆転写酵素阻害剤（ｎＲＴＩ）である。ＨＢＶ感染症の治療の場合、ラミブジンは、１日１回１００ｍｇの用量で丸剤又は経口液剤として投与される（３か月〜１２歳の小児には、１．４〜２ｍｇ／ｌｂ．１日２回）。
【０１９９】
「アデホビル」（アデホビルジピボキシル）又は９−［２−［［ｂｉｓ［（ピバロイルオキシ）メトキシ］−ホスフィニル−メトキシ］エチル］アデニンは、経口投与されるヌクレオチド類似体逆転写酵素阻害剤（ｎｔＲＴＩ）である。ＨＢＶ感染症の治療の場合、アデホビルは、１日１回１０ｍｇの用量で服用される丸剤として投与される。
【０２００】
「テノホビル」（テノホビルジソプロキシルフマル酸塩）又は（｛［（２Ｒ）−１−（６−アミノ−９Ｈ−プリン−９−イル）プロパン−２−イル］オキシ｝メチル）ホスホン酸は、ヌクレオチド類似体逆転写酵素阻害剤（ｎＲＴＩ）である。ＨＢＶ治療の場合、テノホビルは、１日１回３００ｍｇ（テノホビルジソプロキシルフマル酸塩）の用量で服用される丸剤として投与される。
【０２０１】
「テルビブジン」又は１−（２−デオキシ−β−Ｌ−エリスロ−ペントフラノシル）−５−メチルピリミジン−２，４（１Ｈ，３Ｈ）−ジオンは、合成チミジンヌクレオシド類似体（チミジンのＬ異性体）である。ＨＢＶ感染症の治療の場合、テルビブジンは、１日１回６００ｍｇの用量で服用される丸剤又は経口液剤として投与される。
【０２０２】
「エンテカビル」又は２−アミノ−９−［（１Ｓ，３Ｒ，４Ｓ）−４−ヒドロキシ−３−（ヒドロキシメチル）−２−メチリデンシクロペンチル］−６，９−ジヒドロ−３Ｈ−プリン−６−オンは、ウイルスの逆転写、ＤＮＡ複製、及び転写を阻害するヌクレオシド類似体（グアニン類似体）である。ＨＢＶ感染症の治療の場合、エンテカビルは、１日１回０．５ｍｇの用量で服用される丸剤又は経口液剤として投与される（ラミブジン抵抗性又はテルビブジン耐性変異体の場合は、１日１回１ｍｇ）。
【０２０３】
インターフェロンの投与を含む本発明の実施形態のいずれにおいても、インターフェロンは、任意のインターフェロンであってもよい。本明細書で使用される場合、用語「インターフェロン」は、典型的には、二本鎖ＲＮＡの存在に応答して免疫系の細胞により及び多種多様な細胞により産生されるサイトカインを指す。インターフェロンは、宿主細胞内のウイルス複製を阻害し、ナチュラルキラー細胞及びマクロファージを活性化し、リンパ球に対する抗原提示を増加させ、ウイルス感染に対する宿主細胞の耐性を誘導することにより、免疫応答を支援する。Ｉ型インターフェロンには、インターフェロン−αが含まれる。本発明の方法に有用なインターフェロンには、以下のものが含まれる：任意のＩ型インターフェロン、及び好ましくはインターフェロン−α、及びより好ましくはインターフェロン−α２、及びより好ましくは、これに限定されないが、ペグ化インターフェロン、インターフェロン融合タンパク質（アルブミンに融合されたインターフェロン）を含む、より長寿命型のインターフェロン、及びインターフェロンを含む放出制御製剤（例えば、ミクロスフェア内のインターフェロン又はポリアミノ酸ナノ粒子を有するインターフェロン）。
【０２０４】
本発明の１つの実施形態では、インターフェロンは、インターフェロン−αではない。１つの実施形態では、インターフェロンは、インターフェロン−αである。１つの実施形態では、インターフェロンは、インターフェロン−λではない。１つの実施形態では、インターフェロンは、インターフェロン−λである。１つの実施形態では、インターフェロンは、慢性Ｃ型肝炎ウイルス感染症の治療用に連邦医薬品局（Federal Drug Administration）により承認されている、新しい非天然Ｉ型インターフェロンである「コンセンサスインターフェロン」、即ちＣＩＦＮである。ＣＩＦＮは、天然アルファインターフェロンの各々対応する位置で最も高頻度に観察されるアミノ酸で構成されるように生物学的に操作されていた（例えば、Ｍｅｌｉａｎ及びＰｌｏｓｋｅｒ、Ｄｒｕｇｓ、２００１年、６１巻（１１号）：１６６１〜９１頁を参照）。
【０２０５】
１つのインターフェロン、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）、ペグインターフェロンα−２ａは、組換えα−２ａインターフェロン（近似分子量［ＭＷ］２０，０００ダルトン）と、単一分岐ｂｉｓ−モノメトキシポリエチレングリコール（ＰＥＧ）鎖（近似ＭＷ  ４０，０００ダルトン）との共有結合による結合体である。ＰＥＧ部分は、リジンとの安定したアミド結合により、単一部位でインターフェロンα部分に結合されている。ペグインターフェロンα−２ａは、６０，０００ダルトンの近似分子量を有する。インターフェロンα−２ａは、クローニングされたヒト白血球インターフェロン遺伝子が大腸菌に挿入され、大腸菌で発現される組換えＤＮＡ技術を使用して産生される。１つの実施形態では、インターフェロンは、これらに限定されないが、インターフェロン−α２又はペグ化インターフェロン−α２を含むインターフェロン−αである。
【０２０６】
別のインターフェロン、ＰＥＧＩＮＴＲＯＮ（登録商標）、ペグ化インターフェロン−α２ｂは、組換えα−２ｂインターフェロンと、モノメトキシポリエチレングリコール（ＰＥＧ）（近似ＭＷ  １２，０００ダルトン）との共有結合による結合体である。
【０２０７】
インターフェロンは、典型的には筋肉内又は皮下注射により投与され、３００〜１０００万単位の用量で投与することができ、１つの実施形態では、３００万単位が好ましい。別の実施形態では、慢性Ｃ型肝炎用にリバビリンと組み合わせて使用される場合のインターフェロンの推奨用量は、週１回１８０μｇ（１．０ｍＬバイアル又は０．５ｍＬ事前充填注射器）である（例えば、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）の場合）。
【０２０８】
インターフェロンの用量は、定期的なスケジュールで投与され、１週当たり１、２、３、４、５、又は６回から、週１回、２週毎、３週毎、又は月１回まで変動する。現在利用可能なインターフェロンの典型的な用量は、週１回で提供され、本発明によると、それはインターフェロンの好ましい投薬スケジュールである。投与量及びタイミングは、医師の選択及び推薦により、並びに使用されている特定のインターフェロンについての推奨により変動する場合があり、適切な用量の決定は、当業者の能力内にある。
【０２０９】
好ましくは、インターフェロン及び抗ウイルス化合物療法の経過が開始されると、追加用量の免疫療法組成物は、同じ期間にわたって又はその期間の少なくとも一部期間にわたって投与され、インターフェロン及び抗ウイルス化合物の経過が終了しても、投与は継続される場合がある。しかしながら、期間全体にわたる免疫療法の投薬スケジュールは、インターフェロン及び／又は抗ウイルス化合物の投薬スケジュールとは異なっていてもよく、好ましくは異なっている。例えば、免疫療法組成物は、最後に投与された（最も最近の）インターフェロン投与と同じ日、又はその少なくとも３〜４日後（又は最後の投与の任意の好適な日数後）に投与してもよく、週１回、２週に１回、月１回、２か月に１回、又は３〜６か月毎に投与してもよい。免疫療法組成物の初期単独療法投与中は、組成物は、好ましくは週１回で４〜１２週間投与され、その後月１回で投与される（追加のインターフェロン／抗ウイルス療法が、プロトコールに追加させる時期に関わらず）。１つの態様では、免疫療法組成物は、週１回で５週間投与され、その後、完全な治療プロトコールが終了するまで、月１回で投与される。
【０２１０】
本発明の態様では、酵母系免疫療法組成物及び他の作用剤は、一緒に（同時に）投与することができる。本明細書で使用される場合、同時使用は、全ての化合物の全ての用量が、同じ日に同時に投与されることを必ずしも意味しない。むしろ、同時使用は、療法成分の各々が（例えば、免疫療法及びインターフェロン療法、並びに追加されている場合は抗ウイルス療法）、ほぼ同じ時期に開始され（数時間内、又は互いに最大１〜７日間内）、同じ通常期間にわたって投与されることを意味する。ただし各成分は、異なる投薬スケジュールを有していてもよい（例えば、１日１回用量のリバビリンに加えて、週１回のインターフェロン及び月１回の免疫療法等）。加えて、同時投与期間の前又は後に、作用剤又は免疫療法組成物のいずれか１つを、他方の作用剤を用いずに投与することができる。
【０２１１】
本発明の方法では、組成物及び治療用組成物は、任意の脊椎動物を含む動物に、及び限定ではないが、霊長類、げっ歯動物、家畜、及び家庭ペットを含む、特に脊椎動物種である哺乳類の任意のメンバーに投与することができる。家畜には、消費用の哺乳動物又は有用な産物を生産する哺乳動物（例えば、羊毛生産用のヒツジ）が含まれる。防御すべき哺乳動物には、ヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ヤギ、ヒツジ、ウシ、ウマ、及びブタが含まれる。
【０２１２】
「個体」は、限定ではないが、ヒトを含む哺乳動物等の脊椎動物である。哺乳動物には、これらに限定されないが、農場動物、スポーツ用動物、ペット、霊長類、マウス、及びラットが含まれる。用語「個体」は、用語「動物」、「被験者」、又は「患者」と同義に使用することができる。
【０２１３】
本発明に有用な基本技術
本発明の実施では、別様の指定がない限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、核酸化学、及び免疫学の従来技術が使用されることになり、それらは当業者に周知である。そのような技術は、以下のもの等の文献に十分に説明されている：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、１９４巻、Ｇｕｔｈｒｉｅら編、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９０年）；Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ  ｏｆ  ｙｅａｓｔｓ、Ｓｋｉｎｎｅｒら編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８０年）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  ｙｅａｓｔ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ：ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｃｏｕｒｓｅ  ｍａｎｕａｌ、Ｒｏｓｅら、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９０年）；Ｔｈｅ  Ｙｅａｓｔ  Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ：Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｇｌｅら編、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９７年）；Ｔｈｅ  Ｙｅａｓｔ  Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ：Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、Ｊｏｎｅｓら編、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９３年）；Ｔｈｅ  Ｙｅａｓｔ  Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ：Ｇｅｎｏｍｅ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ａｎｄ  Ｅｎｅｒｇｅｔｉｃｓ、Ｂｒｏａｃｈら編、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９２年）；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９年）及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版（Ｓａｍｂｒｏｏｋ及びＲｕｓｓｅｌ、２００１年）、（本明細書では合わせて「Ｓａｍｂｒｏｏｋ」と呼ぶ）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７年、２００１年までの追録を含む）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ、（Ｍｕｌｌｉｓら編、１９９４年）；Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ（１９８８年）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ（１９９９年）Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ（本明細書では合わせて「Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ」と呼ぶ）、Ｂｅａｕｃａｇｅら編、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、２０００年）；Ｃａｓａｒｅｔｔ及びＤｏｕｌｌ’ｓ  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ  Ｔｈｅ  Ｂａｓｉｃ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ｏｆ  Ｐｏｉｓｏｎｓ、Ｃ．Ｋｌａａｓｓｅｎ編、第６版（２００１年）、及びＶａｃｃｉｎｅｓ���Ｓ．Ｐｌｏｔｋｉｎ、及びＷ．Ｏｒｅｎｓｔｅｉｎ編、第３版（１９９９年）。
【０２１４】
一般的定義
「標準治療」（ＳＯＣ）は、一般的に、又は臨床医が、あるタイプの患者、疾患、又は臨床状況の場合に従うべき特定の感染症の治療又は診断又は治療プロセスに現在認可されている標準治療を指す。慢性ＨＢＶ感染等の幾つかの疾患では、ＳＯＣは、種々の抗ウイルス剤（ラミブジン（ＥＰＩＶＩＲ（登録商標））、アデホビル（ＨＥＰＳＥＲＡ（登録商標））、テノホビル（ＶＩＲＥＡＤ（登録商標））、テルビブジン（ＴＹＺＥＫＡ（登録商標））、及びエンテカビル（ＢＡＲＡＣＬＵＤＥ（登録商標）））又はＩ型インターフェロン（例えば、ペグ化インターフェロン−α）を含む幾つかの異なる認可されている治療プロトコールのうちの１つを含んでいてもよい。ＨＣＶ感染に関して、ＳＯＣは、Ｃ型肝炎ウイルスを治療するための現行の標準治療を指し、それは、インターフェロン（好ましくは、インターフェロン−α２、及びより好ましくはペグ化インターフェロン−α）と抗ウイルス化合物であるリバビリンとの組み合わせを投与することから本質的になる。この組み合わせは、典型的には１日１回の投薬スケジュールで経口投与されるリバビリンの同時投与と共に、典型的にはインターフェロンを２４週間（ＨＣＶ遺伝子型２及び３）又は４８週間（ＨＣＶ遺伝子型１及び４）にわたって週１回皮下注射することにより投与される。最終的にＨＣＶのＳＯＣであるとみなすことができるＨＣＶ療法の新しいプロトコールには、現行の標準治療（ペグ化インターフェロン−α及びリバビリン）と、ＴＥＬＡＰＲＥＶＩＲ（商標）、Ｖｅｒｔｅｘ／Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｊｏｈｎｓｏｎ／Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ社製のＮＳ３プロテアーゼ阻害剤、又はＢＯＣＥＰＲＥＶＩＲ（商標）、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｉｎｃ．社製のＮＳ３プロテアーゼ阻害剤として知られている２つのプロテアーゼ阻害剤のうちの１つとの組合せが含まれる。加えて、他の抗ウイルス剤が開発中であり、それらには、以下のものが含まれる：ペグ化インターフェロン−α及びリバビリンと組み合わせて使用される、Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製のウリジンヌクレオチド類似体ポリメラーゼ阻害剤であるポリメラーゼ阻害剤ＰＳＩ−７９７７、又はインターフェロンの非存在下で一緒に使用される、Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ社製のグアニンヌクレオチド類似体ポリメラーゼ阻害剤であるＰＳＩ−７９７７及びＰＳＩ−９３８の組み合わせ。
【０２１５】
「ウイルス陰性」又は「完全寛解」は、本明細書では同義に使用することができ、ＨＣＶの場合は、ウイルスが検出不能であることを含む、２５ＩＵ／ｍｌ未満のＨＣＶ  ＲＮＡと定義される。「完全応答者」は、完全寛解を達成した被験者である。ＨＢＶの場合、ウイルス陰性は、典型的には、ＰＣＲによる検出可能レベル未満又は２０００ＩＵ／ｍｌ未満と定義される。
【０２１６】
ＨＣＶの「迅速なウイルス学的応答」（ＲＶＲ）は、４週間のインターフェロン系療法後にウイルス陰性になることであると定義される。
ＨＣＶの「早期ウイルス学的応答」（ＥＶＲ）は、インターフェロン系療法の１２週目までにウイルス負荷が２ｌｏｇ１０を超えて低減されることであると定義される。
【０２１７】
ＨＣＶの「完全ＥＶＲ」（ｃＥＶＲ）は、インターフェロン系療法の１２週目までにウイルス陰性になることであると定義される。
ＨＣＶの「治療終了時応答」（ＥＴＲ）は、インターフェロン未使用被験者の場合、インターフェロン系療法の４８週までにウイルス陰性になること、及び無効者（遺伝子型１の患者）の場合、７２週までにウイルス陰性になることであると定義される。
【０２１８】
ＨＣＶの「持続性ウイルス学的著効」（ＳＶＲ又はＳＶＲ２４）は、ＥＴＲ６か月後にウイルス陰性であることと定義される。
ＨＣＶの「未使用」又は「インターフェロン未使用」被験者（患者）は、以前にインターフェロン又はＳＯＣ（リバビリン及びインターフェロン）の治療を受けていない被験者である。
【０２１９】
「無応答者」は、ＳＯＣの１２週までにウイルス負荷の少なくとも１ｌｏｇ１０の低減を達成することができないＨＣＶ感染被験者である。
「無効者」は、１２週間にわたるインターフェロン系療法を受け、ＥＶＲを達成しなかった被験者である。
【０２２０】
「部分的応答者」は、１２週までに２ｌｏｇ１０を超えるウイルス負荷の低減を示すが、ウイルス陰性を決して達成しない患者と定義される。
「不良な応答者」は、１２週までに１〜２ｌｏｇ１０のウイルス負荷低減を示すが、ウイルス陰性を決して達成しない患者と定義される。
【０２２１】
「破綻」被験者又は「治療破綻」被験者は、治療中にウイルス陰性を達成するが、そのウイルス負荷が治療終了時（ＥＴＲエンドポイント）前に検出可能なレベルに戻る被験者である。
【０２２２】
「再発者」は、治療終了時（ＥＴＲエンドポイント）までにウイルス根絶（陰性）を達成するが、そのウイルス負荷が、２４週間の経過観察中に検出可能なレベルに戻る被験者である。
【０２２３】
ＨＢＶ患者の「セロコンバージョン」は、ＨＢｅＡｇ及びＨＢｓＡｇの喪失、並びにＢ型肝炎表面抗原（抗ＨＢｓ抗体）に対する抗体及び／又はＨＢｅＡｇに対する抗体の発生であるＨＢｅＡｇ／ＨＢｓＡｇセロコンバージョンを指す。臨床研究では、セロコンバージョン又は防御抗体（抗ＨＢｓ抗体）レベルは、以下のように定義される：（ａ）ラジオイムノアッセイにより決定して１０試料比単位（ＳＲＵ、sample ratio unit）以上；（ｂ）酵素イムノアッセイにより決定して陽性の結果；又は（ｃ）１０ｍＩＵ／ｍｌ以上の抗体濃度の検出（１０ＳＲＵは、１０ｍＩＵ／ｍＬの抗体に相当する）。
【０２２４】
「ＡＬＴ」は、肝損傷の十分に検証された指標であり、肝炎症の代理指標としての役割を果たす。先行大規模肝炎治験では、ＡＬＴレベルの低減及び／又は正常化（ＡＬＴ正常化）は、肝機能の改善及び連続生検により決定される肝線維症の低減と相関することが示されている。
【０２２５】
「免疫療法組成物」は、被験者に少なくとも１つの治療利益を達成するのに十分な免疫応答を誘発する組成物である。
「ＴＡＲＭＯＧＥＮ（商標）」（Ｇｌｏｂｅｌｍｍｕｎｅ，Ｉｎｃ．社、ルーイビル、コロラド州）は、酵母系免疫療法剤の例であり、一般的に、１つ又は複数の異種性抗原を細胞外に（その表面に）、細胞内に（内部的に又はサイトゾル的に）、又は細胞外及び細胞内の両方に発現する酵母媒体を指す。ＴＡＲＭＯＧＥＮ（商標）製品は、一般的に記述されている（例えば米国特許第５，８３０，４６３号明細書を参照）。ある酵母系免疫療法組成物並びにそれを製作する方法及び一般的に使用する方法は、例えば、米国特許第５，８３０，４６３号明細書、米国特許第７，０８３，７８７号明細書、米国特許第７，７３６，６４２号明細書、Ｓｔｕｂｂｓら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．７巻：６２５〜６２９頁（２００１年）、Ｌｕら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６４巻：５０８４〜５０８８頁（２００４年）、及びＢｅｒｎｓｔｅｉｎら、Ｖａｃｃｉｎｅ  ２００８年１月２４日；２６巻（４号）：５０９〜２１頁にも詳細に記載されており、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０２２６】
本明細書で使用される場合、用語「類似体」は、別の化合物に構造的に類似しているが、組成がわずかに異なる化学化合物を指す（１つの原子が異なる元素の原子に置換されているか、又は特定の官能基が存在するか、又は１つの官能基が別の官能基に置換されている等）。したがって、類似体は、機能及び外観は類似又は同等であるが、基準化合物とは異なる構造又は由来を有する化合物である。
【０２２７】
用語「置換された」、「置換誘導体」、及び「誘導体」は、化合物の記述に使用される場合、非置換化合物に結合されている少なくとも１つの水素が、異なる原子又は化学部分に置換されていることを意味する。
【０２２８】
誘導体は、親化合物と類似した物理的構造を有するが、誘導体は、親化合物とは異なる化学的及び／又は生物学的特性を有する場合がある。そのような特性には、これらに限定されないが、以下の特性が含まれる：親化合物の活性の増大若しくは減少、親化合物と比較して新しい活性、生物学的利用能の増強若しくは減少、効力の増強若しくは減少、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及び／若しくはｉｎ  ｖｉｖｏでの安定性の増強若しくは減少、並びに／又は吸収特性の増強若しくは減少。
【０２２９】
一般的に、用語「生物学的に活性」は、化合物が、ｉｎ  ｖｉｖｏ（つまり、自然の生理学的環境で）又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ（つまり、実験室条件下）で測定又は観察して、細胞又は生物の代謝又は他のプロセスに影響を及ぼす少なくとも１つの検出可能な活性を有することを示す。
【０２３０】
本発明によると、本明細書における用語「抗原」の一般的な使用は、以下のものを指す：天然又は合成由来であるタンパク質の任意の部分（ペプチド、部分タンパク質、全長タンパク質）、細胞性組成物（全細胞、細胞溶解産物、又は破砕細胞）、生物（生物全体、溶解産物、又は破砕細胞）、又は糖質、又は他の分子、又はそれらの部分。抗原は、免疫系の要素（例えば、Ｔ細胞、抗体）が遭遇するのと同じ又は類似の抗原に対して抗原特異的免疫応答（例えば、体液性及び／又は細胞媒介性免疫応答）を誘発することができる。
【０２３１】
抗原は、単一エピトープほど小さな大きさでもよく、又はより大きくともよく、複数のエピトープを含んでいてもよい。そのため、抗原のサイズは、約５〜１２個アミノ酸（例えば、ペプチド）ほど小さな大きさであってもよく、多量体及び融合タンパク質、キメラタンパク質、全細胞、微生物全体、又はそれらの部分（例えば、全細胞の溶解産物又は微生物の抽出物）を含む全長タンパク質ほど大きなサイズであってもよい。加えて、抗原には、本発明の酵母媒体又は組成物に取り込ませることができる糖質が含まれ得る。幾つかの実施形態（つまり、抗原が、組換え核酸分子から酵母媒体により発現される場合）では、抗原は、細胞全体若しくは微生物全体以外の、タンパク質、融合タンパク質、キメラタンパク質、又はそれらの画分であってもよいことが理解されるであろう。
【０２３２】
免疫応答の刺激を参照する場合、用語「免疫原」は、用語「抗原」のサブセットであり、したがって幾つかの場合では、用語「抗原」と同義に使用することができる。免疫原は、本明細書で使用される場合、体液性及び／又は細胞媒介性免疫反応を誘発する（つまり、免疫原性である）抗原を記述し、したがって免疫原を個体に投与すると、個体の免疫系が遭遇するのと同じ又は類似した抗原に対する抗原特異的免疫応答が開始される。
【０２３３】
所与の抗原の「免疫原性ドメイン」は、動物に投与されると免疫原として作用する少なくとも１つのエピトープを含有する抗原の任意の部分、画分、又はエピトープ（例えば、ペプチド画分又はサブユニット又は抗体エピトープ又は他の立体構造エピトープ）であってもよい。例えば、単一タンパク質は、複数の異なる免疫原性ドメインを含有する場合がある。免疫原性ドメインは、体液性免疫応答の場合等のように、タンパク質内の直鎖配列である必要がない。
【０２３４】
エピトープは、本明細書では、免疫応答を誘発するのに十分な所与の抗原内の単一の免疫原性部位であると定義される。当業者であれば、Ｔ細胞エピトープは、Ｂ細胞エピトープとはサイズ及び組成が異なり、クラスＩ  ＭＨＣ経路により提示されるエピトープは、クラスＩＩ  ＭＨＣ経路により提示されるエピトープとは異なることを理解するであろう。エピトープは、直鎖配列エピトープ又は立体構造エピトープ（保存された結合領域）であってもよい。
【０２３５】
「個体」又は「被験者」又は「患者」という用語は、同義に使用することができ、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。哺乳動物には、これらに限定されないが、農場動物、スポーツ用動物、ペット、霊長類、マウス、及びラットが含まれる。
【０２３６】
本発明によると、用語「調節する」は、「制御する」と同義に使用することができ、一般的に、特定の活性の上方制御又は下方制御を指す。本明細書で使用される場合、用語「上方制御する」は、一般的に、以下のもののいずれかを記述するために使用することができる：特定の活性を誘発、開始、増加、増大、追加免疫、改善、増強、増幅、促進、又は提供すること。同様に、用語「下方制御する」は、一般的に、以下のもののいずれかを記述するために使用することができる：特定の活性を減少、低減、阻害、改善、縮小、軽減、阻止、又は予防すること。
【０２３７】
本発明によると、「異種性アミノ酸」は、指定のアミノ酸配列を隣接することが天然では見出されない（つまり、自然界、ｉｎ  ｖｉｖｏで見い出されない）、又は指定のアミノ酸配列の機能と関連しない、又は所与のアミノ酸配列が由来する生物の標準的コドン使用頻度を使用して、天然配列のそのようなヌクレオチドを翻訳した場合、指定のアミノ酸配列を遺伝子に生じるようにコードする天然核酸配列を隣接するヌクレオチドによりコードされることはないアミノ酸の配列である。
【０２３８】
本発明によると、本発明の酵母媒体に関して、異種性融合タンパク質を含む「異種性」タンパク質又は「異種性」抗原への言及は、タンパク質又は抗原が、酵母により天然に発現されるタンパク質又は抗原ではないことを意味するが、融合タンパク質は、酵母により天然に発現される酵母配列又はタンパク質又はその部分を含んでいてもよい。
【０２３９】
本発明の１つの実施形態では、本明細書に記載のアミノ酸配列はいずれも、指定のアミノ酸配列のＣ末端及び／又はＮ末端の各々を隣接する少なくとも１個から、最大約２０個の追加の異種性アミノ酸を用いて産生することができる。その結果生じるタンパク質又はポリペプチドは、指定のアミノ酸配列から「本質的になる」と呼ぶことができる。上記で考察したように、本発明によると、異種性アミノ酸は、指定のアミノ酸配列を隣接することが天然では見出されない（つまり、自然界、ｉｎ  ｖｉｖｏで見い出されない）、又は指定のアミノ酸配列の機能と関連しない、又は所与のアミノ酸配列が由来する生物の標準的コドン使用頻度を使用して、天然配列のそのようなヌクレオチドを翻訳した場合、指定のアミノ酸配列を遺伝子に生じるようにコードする天然核酸配列を隣接するヌクレオチドによりコードされることはないアミノ酸の配列である。同様に、語句「から本質的になる」は、本明細書で核酸配列に関して使用される場合、指定のアミノ酸配列をコードする核酸配列の５’末端及び／又は３’末端の各々で、少なくとも１個から、最大約６０個もの追加の異種性ヌクレオチドにより隣接されていてもよい指定のアミノ酸配列をコードする核酸配列を指す。異種性ヌクレオチドは、それが天然遺伝子に生じるように指定のアミノ酸配列をコードする核酸配列を隣接することが天然には見出されないか（つまり、自然界、ｉｎ  ｖｉｖｏで見い出されない）、又は指定のアミノ酸配列を有するタンパク質に任意の追加の機能を付与するか若しくは指定のアミノ酸配列を有するタンパク質の機能を変更するタンパク質をコードしない。
【０２４０】
本発明によると、語句「選択的に結合する」は、本発明の抗体、抗原結合性断片、又は結合パートナーが、指定のタンパク質に優先的に結合する能力を指す。より詳しくは、語句「選択的に結合する」は、あるタンパク質が別のタンパク質に特異的結合することを指し（例えば、抗原に対する抗体、その断片、又は結合パートナー）、結合のレベルは、任意の標準的アッセイ（例えば、イムノアッセイ）により測定して、アッセイのバックグラウンド対照よりも統計的に有意に高い。例えば、イムノアッセイを実施する場合、対照は、典型的には抗体又は抗原結合性断片のみを含有する（つまり抗原の非存在下で）反応ウエル／チューブを含み、抗原の非存在下での抗体又はその抗原結合性断片による反応の量（例えば、ウエルに対する非特異的結合）は、バックグラウンドであるとみなされる。結合は、酵素イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫ブロットアッセイ等を含む、当技術分野で標準的な様々な方法を使用して測定することができる。.
本発明における単離されたタンパク質又はポリペプチドへの言及は、全長タンパク質、融合タンパク質、又はそのようなタンパク質の任意の断片、ドメイン、立体構造エピトープ、又は相同体を含む。より詳しくは、単離されたタンパク質は、本発明によると、その天然環境（つまり、ヒトによる操作を受けていない環境）から取り出されたタンパク質（ポリペプチド又はペプチドを含む）であり、例えば、精製されたタンパク質、部分的に精製されたタンパク質、組換え的に産生されたタンパク質、及び合成的に生成されたタンパク質を含むことができる。そのため、「単離された」は、タンパク質が精製されている程度を反映しない。好ましくは、本発明の単離されたタンパク質は、組換え的に産生される。本発明によると、用語「修飾」及び「突然変異」は、特に本明細書に記載のタンパク質又はその部分のアミノ酸配列（又は核酸配列）の修飾／突然変異に関して、同義に使用することができる。
【０２４１】
本明細書で使用される場合、用語「相同体」は、天然タンパク質又はペプチドがわずかに修飾されていることにより、天然タンパク質又はペプチド（つまり、「原型」又は「野生型」タンパク質）とは異なるが、天然型の基本的タンパク質及び側鎖組織を維持するタンパク質又はペプチドを参照するために使用される。そのような変化には、これらに限定されないが、以下のものが含まれる：欠失（例えば、タンパク質又はペプチドの短縮型）、挿入、及び／又は置換を含む１つ又は少数のアミノ酸側鎖の変化；１つ又は少数の原子の立体化学の変化；及び／又はこれらに限定されないが、メチル化、グリコシル化、リン酸化、アセチル化、ミリストイル化、プレニル化、パルミタート化（palmitation）、アミド化、及び／又はグリコシルホスファチジルイノシトールの付加を含む軽微な誘導体化。相同体は、天然タンパク質又はペプチドと比較して、増強された、低減された、又は実質的に同様な特性のいずれを有していてもよい。相同体は、タンパク質のアゴニスト又はタンパク質のアンタゴニストを含むことができる。相同体は、これらに限定されないが、単離された天然タンパク質に対する直接的修飾、直接タンパク質合成、又は例えば古典的又は組換えＤＮＡ技術を使用して、タンパク質をコードする核酸配列を修飾して、無作為若しくは標的突然変異誘発を達成することを含む、タンパク質産生に関する技術分野で公知の技術を使用して産生することができる。
【０２４２】
本明細書に記載の任意のタンパク質又は免疫原性ドメインを含む所与のタンパク質の相同体は、基準タンパク質のアミノ酸配列に対して、少なくとも約４５％、又は少なくとも約５０％、又は少なくとも約５５％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約６５％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約７５％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約８５％、又は少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％の同一性、又は少なくとも約９５％の同一性、又は少なくとも約９６％の同一性、又は少なくとも約９７％の同一性、又は少なくとも約９８％の同一性、又は少なくとも約９９％の同一性（又は４５％〜９９％の整数きざみの任意の同一性パーセント）であるアミノ酸配列を含んでいてもよく、このようなアミノ酸配列から本質的になっていてもよく、又はこのようなアミノ酸配列からなっていてもよい。１つの実施形態では、相同体は、基準タンパク質の天然アミノ酸配列に対して、１００％未満の同一性、約９９％未満の同一性、約９８％未満の同一性、約９７％未満の同一性、約９６％未満の同一性、約９５％未満の同一性等、約７０％未満まで１％きざみの同一性のアミノ酸配列を含むか、このようなアミノ酸配列から本質的になるか、又はこのようなアミノ酸配列からなる。
【０２４３】
本明細書で使用される場合、別様の指示がない限り、パーセント（％）同一性に対する言及は、以下を使用して実施される相同性の評価を指す：（１）アミノ酸探索にはｂｌａｓｔｐ及び核酸探索にはｂｌａｓｔｎを使用し、初期設定ではクエリー配列の低複雑性領域がフィルタリングされる標準的初期設定パラメータを用いたＢＬＡＳＴ２．０  Ｂａｓｉｃ  ＢＬＡＳＴ相同性検索（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．、Ｍａｄｄｅｎ，Ｔ．Ｌ．、Ｓｃｈａａｆｆｅｒ，Ａ．Ａ．、Ｚｈａｎｇ，Ｊ．、Ｚｈａｎｇ，Ｚ．、Ｍｉｌｌｅｒ，Ｗ．及びＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１９９７年）「Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ．」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５巻：３３８９〜３４０２頁に記載、この文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）；（２）ＢＬＡＳＴ２アラインメント（下記に記載のパラメータを使用）；（３）及び／又は標準的初期設定パラメータを用いたＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ（位置特異的反復ＢＬＡＳＴ）。ＢＬＡＳＴ２．０  Ｂａｓｉｃ  ＢＬＡＳＴとＢＬＡＳＴ２との間には標準パラメータに幾つかの違いがあるため、ＢＬＡＳＴ２プログラムを使用すると２つの特定の配列が有意な相同性を有すると認識される場合でも、これら配列の一方をクエリー配列として使用しＢＬＡＳＴ２．０  Ｂａｓｉｃ  ＢＬＡＳＴで探索を実施すると、第２の配列が最高一致の中に特定されない場合があることが留意される。加えて、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴは、自動化された使いやすい形態の「プロファイル」探索を提供し、配列相同体を探索する高感度な方法である。このプログラムは、まずギャップ付きＢＬＡＳＴデータベース検索を行う。ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴプログラムは、返ってきた任意の有意なアラインメントからの情報を使用して、位置特異的スコアマトリックスを構築し、それが、次回のデータベース探索のクエリー配列に使用される。したがって、これらプログラムのいずれか１つを使用することにより同一性パーセントを決定することができることが理解されるべきである。
【０２４４】
２つの特定の配列は、Ｔａｔｕｓｏｖａ及びＭａｄｄｅｎ、（１９９９年）、「Ｂｌａｓｔ２  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ−ａ  ｎｅｗ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｃｏｍｐａｒｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」、ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｌｅｔｔ．１７４巻：２４７〜２５０頁に記載のように、ＢＬＡＳＴ２配列を使用して互いにアラインすることができ、この文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。ＢＬＡＳＴ２配列アラインメントは、その結果生じるアラインメントにギャップ（欠失及び挿入）の導入を許容する２配列間のギャップ付きＢＬＡＳＴ探索（ＢＬＡＳＴ２．０）を実施するために、ＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムを使用してｂｌａｓｔｐ又はｂｌａｓｔｎで実施される。本明細書では明瞭性のために、ＢＬＡＳＴ２配列アラインメントは、以下の標準的初期設定パラメータを使用して実施される。
【０２４５】
ｂｌａｓｔｎの場合、０  ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックスを使用：
一致に対する報酬＝１
不一致に対するペナルティ＝−２
オープンギャップ（５）及び伸長ギャップ（２）ペナルティ
ｇａｐ  ｘ＿ｄｒｏｐｏｆｆ（５０）期待値（１０）ワードサイズ（１１）フィルタ（オン）
ｂｌａｓｔｐの場合、０  ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックスを使用：
オープンギャップ（１１）及び伸長ギャップ（１）ペナルティ
ｇａｐ  ｘ＿ｄｒｏｐｏｆｆ（５０）期待値（１０）ワードサイズ（３）フィルタ（オン）。
【０２４６】
単離された核酸分子は、その天然環境（つまり、ヒトによる操作を受けていない）から取り出された核酸分子であり、その天然環境とは、核酸分子が自然界において見出されるゲノム又は染色体である。そのため、「単離された」は、核酸分子が精製されている程度を必ずしも反映しないが、核酸分子が自然界において見出されるゲノム全体又は染色体全体を、分子が含んでいないことを示す。単離された核酸分子は、遺伝子を含んでいてもよい。遺伝子を含む単離された核酸分子は、そのような遺伝子を含む染色体の断片ではなく、むしろ遺伝子に関連するコード領域及び制御領域を含むが、同じ染色体に天然に見い出される追加の遺伝子を含まない。また、単離された核酸分子は、自然界において指定の核酸配列を通常は隣接しない追加の核酸（つまり、異種性配列）により隣接された（つまり、配列の５’末端及び／又は３’末端に）指定の核酸配列を含むことができる。単離された核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、又はＤＮＡ若しくはＲＮＡのいずれかの誘導体（例えば、ｃＤＮＡ）を含むことができる。語句「核酸分子」は、主に物理的な核酸分子を指し、語句「核酸配列」は、主に核酸分子のヌクレオチドの配列を指すが、２つの語句は、特にタンパク質又はタンパク質のドメインをコードすることができる核酸分子又は核酸配列に関して、同義に使用することができる。
【０２４７】
組換え核酸分子は、形質移入される細胞における核酸分子の発現を効果的に制御することが可能な任意の転写調節配列の少なくとも１つに作用可能に結合された、本明細書に記載されている任意の１つ又は複数のタンパク質をコードする任意の核酸配列の少なくとも１つを含むことができる分子である。語句「核酸分子」は、主に物理的な核酸分子を指し、語句「核酸配列」は、主に核酸分子のヌクレオチドの配列を指すが、２つの語句は、特にタンパク質をコードすることができる核酸分子又は核酸配列に関して、同義に使用することができる。加えて、語句「組換え分子」は、主に転写調節配列に作用可能に結合された核酸分子を指すが、動物に投与される「核酸分子」という語句と同義に使用することができる。
【０２４８】
組換え核酸分子は、組換えベクターを含み、組換えベクターは、任意の核酸配列、典型的には異種性配列であり、本発明の融合タンパク質をコードする単離された核酸分子に作用可能に結合されており、融合タンパク質の組換え体産生を可能にすることができ、本発明により核酸分子を宿主細胞に送達することが可能である。そのようなベクターは、ベクターに挿入される単離される核酸分子に隣接していることが天然には見出されない核酸配列を含有することができる。ベクターは、ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれであってもよく、原核生物性又は真核生物性のいずれであってもよく、本発明では好ましくはウイルス又はプラスミドである。組換えベクターは、クローニング、配列決定、及び／又はそうでなければ核酸分子の操作に使用することができ、そのような分子の送達に使用することができる（例えば、ＤＮＡ組成物又はウイルスベクターに基づく組成物の場合のように）。組換えベクターは、好ましくは核酸分子の発現に使用され、発現ベクターと呼ばれる場合もある。好ましい組換えベクターは、形質移入された宿主細胞で発現させることが可能である。
【０２４９】
本発明の組換え分子では、核酸分子は、転写調節配列、翻訳調節配列、複製開始点、及び宿主細胞と適合し、本発明の核酸分子の発現を制御する他の調節配列等の制御配列を含有する発現ベクターに作用可能に結合されている。特に、本発明の組換え分子には、１つ又は複数の発現調節配列に作用可能に結合されている核酸分子が含まれる。語句「作用可能に結合された」は、宿主細胞に形質移入されると（つまり、形質転換、形質導入、又は形質移入されると）分子が発現されるように、核酸分子を発現調節配列に結合させることを指す。
【０２５０】
本発明によると、用語「形質移入」は、外来性核酸分子（つまり、組換え核酸分子）を、細胞に挿入することができる任意の方法を指すために使用される。用語「形質転換」は、そのような用語が、藻類、細菌、及び酵母等の微生物細胞に核酸分子を導入することを指すために使用される場合、用語「形質移入」と同義に使用することができる。微生物系では、用語「形質転換」は、微生物による外来性核酸の取り込みによる遺伝的変化を記述するために使用され、用語「形質移入」と本質的に同義である。したがって、形質移入技術には、これらに限定されないが、形質転換、細胞の化学的処理、粒子衝突、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着、感染、及びプロトプラスト融合が含まれる。
【０２５１】
以下の実験結果は、例示のために提供されており、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
実施例
実施例１
以下の例では、インターフェロン／リバビリン療法と組み合わせたＧＩ−５００５免疫療法により治療した被験者の第２相試験の持続性ウイルス学的著効（ＳＶＲ）エンドポイント分析を説明する。
【０２５２】
ＧＩ−５００５は、高レベルのＨＣＶ  ＮＳ３及びコア抗原を発現する、熱死滅化全サッカロマイセス・セレビシエである。ＧＩ−５００５において発現される融合タンパク質をコードする核酸配列は、本明細書では配列番号２により表される。ＧＩ−５００５は、特にＨＣＶ感染肝細胞の免疫媒介性除去により、ＨＣＶの免疫除去率を向上させる目的で、抗原特異的宿主ＣＤ４及びＣＤ８Ｔ細胞応答を誘発するように設計されている。ＧＩ−５００５−０２第２相試験では、遺伝子型１慢性ＨＣＶ感染症を有する被験者におけるＧＩ−５００５＋ペグ−ＩＦＮ／リバビリン（ＳＯＣ）の効力及び安全性を評価する。
【０２５３】
図１は、ＳＯＣ（３剤療法）と組み合わせたＧＩ−５００５（ＧＩ−５００５−０２）の第２相試験の概略的な設計を示す。以前にインターフェロン（ＩＦＮ）又はペグインターフェロン（ｐｅｇＩＦＮ）に基づく療法に対して治療未使用又は無効者であった慢性ＨＣＶ感染症を有する遺伝子型１被験者を対象とした（以前の無応答者及び再発者は除外した）。患者（合計１４０人が参加）を、１：１に無作為化し、この非盲検治験では、患者の以前の治療経過中のウイルス学的応答により階層化した。集団１では、ＧＩ−５００５を、まず、１２週間にわたる４０ＹＵ（１ＹＵ＝１０，０００，０００個の酵母）のＧＩ−５００５の週５回その後は月２回の皮下（ＳＣ）投与で構成される導入単独療法として投与し（患者の４箇所の別個部位に１０ＹＵ用量として投与した）、その後、月１回の４０ＹＵのＧＩ−５００５用量＋ペグ化インターフェロン（ｐｅｇＩＦＮ）及びリバビリンで構成される３剤療法を投与した（３剤療法治療期間は、未使用患者には４８週間であり、以前の無効者には７２週間である）。集団２の患者は、ＳＯＣ単独による治療（ＧＩ−５００５を用いずに）を同じ期間にわたって受容し（未使用の場合は４８週間又は以前の無効者の場合は７２週間）、先行ＧＩ−５００５単独療法を受容しなかった。
【０２５４】
ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）、即ちペグ化インターフェロンα−２ａは、組換えα−２ａインターフェロン（近似分子量［ＭＷ］２０，０００ダルトン）と、単一分岐ｂｉｓ−モノメトキシポリエチレングリコール（ＰＥＧ）鎖（近似ＭＷ  ４０，０００ダルトン）との共有結合による結合体である。ＰＥＧ部分は、リジンとの安定したアミド結合により、単一部位でインターフェロン−α部分に結合されている。ペグ化インターフェロン−α２ａは、６０，０００ダルトンの近似分子量を有する。インターフェロン−α２ａは、クローニングされたヒト白血球インターフェロン遺伝子が大腸菌に挿入され、大腸菌で発現される組換えＤＮＡ技術を使用して産生する。
【０２５５】
リバビリンの化学名は、１−（ベータ）−Ｄ−リボフラノシル−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３−カルボキサミドである。リバビリンの実験式は、Ｃ８Ｈ１２Ｎ４Ｏ５であり、分子量は、２４４．２である。リバビリンは、白色から白色に近い粉末である。リバビリンは、十分に水溶性であり、無水アルコールにわずかに可溶性である。リバビリンは、合成ヌクレオシド類似体である。リバビリン及びインターフェロン製品の組み合わせがＣ型肝炎ウイルスに対するその効果を発揮する機序は、完全には確立されていない。
【０２５６】
リバビリン及びインターフェロン（ペグ化ＩＦＮ−α２ａ）を、以下の推奨投薬情報に従って投与した。慢性Ｃ型肝炎用にリバビリンと組み合わせて使用される場合のインターフェロンの推奨用量は、週１回１８０μｇ（１．０ｍＬバイアル又は０．５ｍＬ事前充填注射器）である。リバビリンの１日用量は、２つの分割用量で経口投与される１０００ｍｇ（被験者＜７５ｋｇ）〜１２００ｍｇ（被験者＞７５ｋｇ）である。用量は、投薬計画の基線体重及び耐容性に応じて、患者毎に個別化されるべきである。
【０２５７】
研究は、合衆国、インド、及び欧州の４０施設で実施した。合計登録患者の７４％は、以前のインターフェロン系療法に未使用であり（本明細書では、「インターフェロン未使用」又は単に「未使用」個体と呼ばれる）、２６％は、以前の治療が失敗していた（本明細書では「無効者」と呼ばれる）。
【０２５８】
集団１の患者は全て、ＧＩ−５００５の３剤療法を終了し、集団２の患者は全て、ＳＯＣ療法を終了し、未使用及び無効患者は全て、２４週間の治療後経過観察を終了した（つまり、患者は全て、ＳＶＲエンドポイントに到達した）。ＥＴＲ＊、ＳＶＲ＊＊、及びＡＬＴ正常化＊＊＊は、下記の表１に説明されている。
【０２５９】
【表５】
2013522302.tif 000009
結果は、３剤療法（ＳＯＣ＋ＧＩ−５００５）が、十分に許容性であったことを示し、著しい新たな毒性、関連重篤有害事象、又は貧血若しくは好中球減少症用の増殖因子使用は観察されず、各群の有害事象によるＳＯＣ中断の相当数は、３剤療法＝９／６８（１３．２％）及びＳＯＣ＝８／６５（１２．３％）であった。ＥＴＲでは、ＳＯＣ単独と比較して、治療終了時応答（ＥＴＲ）の統計的に有意な（ｐ＜０．０５）改善が、３剤療法を受容した全患者の群で観察された（３剤療法  ４３／６８［６３％］対ＳＯＣ  ２８／６５［４５％］）。ＳＯＣ単独を受容した全患者の３５％（２３／６５）と比較して、３剤療法を受容した全患者の４７％（３２／６８）がＳＶＲを達成した。図５も参照されたい。
【０２６０】
群として、図２及び５に示されているように、３剤療法を受容した未使用患者は、ＳＯＣ単独を受容した未使用患者よりもＥＴＲが改善される傾向を示し（３剤療法  ３７／５０［７４％］対ＳＯＣ  ２７／４６［５９％］）、この研究では、３剤療法の１２％の優位性が示された。ＳＯＣ単独を受容した未使用患者の４８％（２２／４６）と比較して、３剤療法を受容した未使用患者の５８％（２９／５０）がＳＶＲを達成した。ＳＶＲは、３剤療法を受容したＩＬ−２８Ｂ  Ｃ／Ｃ亜群、及び特にＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ亜群の両方で生じた（ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ亜群では、ＳＶＲは生じなかった）。
【０２６１】
図５に示されているように、治療終了時応答（ＥＴＲ）が改善される傾向（３剤療法  ６／１８［３３％］対ＳＯＣ  ２／１９［１１％］）及びＳＶＲ（３剤  ３／１８［１７％］対ＳＯＣ  １／１９［５％］）が、無効患者で観察された。各治療群の無効患者が少数であったため、これらの違いはいずれも統計的に有意ではなかった（表を参照）。無効者のＳＶＲは、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ被験者においてのみ生じた（３剤  ３／１１［２８％］対ＳＯＣ  １／１２［８％］）。
【０２６２】
要約すると、ＧＩ−５００５  ３剤療法は、ＳＯＣ単独と比較して、治療未使用及び無効者亜群だけでなく、全患者においてＥＴＲ及びＳＶＲの改善をもたらした（Δは、１０〜２２％の範囲）（表を参照）。
【０２６３】
解析結果は、図２、３、４、及び５に示されている。図２は、フィッシャーの正確確率検定（片側又は両側）により決定されたｐ値を含む、全患者（全体）、インターフェロン未使用患者（ＩＦＮ未使用）、及び以前にインターフェロン療法に対して無効であった患者（無効者）の第２相臨床試験における治療終了時（ＥＴＲ）応答のＩＴＴ（包括）解析を示す棒グラフであり、３剤療法（黒色バー）が、ＳＯＣ単独（薄色バー）と比較してＥＴＲを改善したことを示す。
【０２６４】
図３は、ＳＯＣ単独と比べた、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者の応答動態を示すグラフであり、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者（四角）が、ＳＯＣ単独を受容したインターフェロン未使用被験者（菱形）よりも、ＳＶＲ（持続性ウイルス学的著効）の１０％絶対的改善及びＳＶＲの２１％相対的改善を示す。また、図３は、３剤療法を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した（ＲＶＲ）被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した被験者よりも、多くの被験者がＳＶＲの達成に至ったことを示す。
【０２６５】
図４は、ＳＯＣ単独と比べた、３剤療法を受容した無効被験者の応答動態を示すグラフであり、３剤療法を受容した無効被験者（四角）が、ＳＯＣ単独を受容した無効被験者（菱形）よりも、ＳＶＲ（持続性ウイルス学的著効）の１２％絶対的改善を示した。
【０２６６】
図５は、全患者（全体）、インターフェロン未使用患者（ＩＦＮ未使用）、及び以前にインターフェロン療法に応答しなかった患者（無効者）の累積ＥＴＲ及びＳＶＲデータを示し、３剤療法が、ＳＯＣ単独と比較して、全ての群でＥＴＲ及びＳＶＲを改善したことを示す。
【０２６７】
要約すると、３剤療法は、ＳＯＣ単独と比較して、ＥＴＲ及びＡＬＴ正常化（実施例３を参照）を有意に改善した。ＳＯＣ単独よりもＳＶＲが１０％改善されたことが、治療終了の２４週間後に未使用患者で観察され、ＳＯＣ単独よりもＳＶＲが１２％改善されたことが、治療終了の２４週間後に無効患者で観察された。これらのデータは、ＳＯＣと組み合わせたＧＩ−５００５、並びに新規の組み合わせで使用されたＧＩ−５００５（例えば、直接作用性抗ウイルス剤と共に）は、慢性ＨＣＶ感染症の非常に有効な治療であり、他の肝炎感染症（例えば、ＨＢＶ）の治療に有効であると予期されることを示す。
【０２６８】
実施例２
以下の例は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型が、個体及び／又は個体の特定の群がどのように免疫療法に応答するかに影響を及ぼすことを示し、また免疫療法が、感染症療法の応答を変更することができることを示す。
【０２６９】
ＩＬ２８Ｂ遺伝子型（Ｃ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、Ｔ／Ｔ）は、標準治療（ＳＯＣ；ＰｅｇＩＦＮ／リバビリン）及び急性ＨＣＶの自然除去に対する持続性ウイルス学的著効（ＳＶＲ）を予測した（Ｇｅら、上記；及びＴｈｏｍａｓら、上記を参照）。ＧＩ−５００５は、自然ＨＣＶ除去に関与するＨＣＶ特異的Ｔ細胞を生成するため、この例に記載されている実験では、未使用及び無効者遺伝子型１慢性ＨＣＶにおけるＧＩ−５００５＋ＳＯＣに対する治療終了時応答（ＥＴＲ）及びＳＶＲ応答に対するＩＬ２８Ｂの影響を評価した。
【０２７０】
全患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子座を、患者のゲノムＤＮＡからＰＣＲ増幅し、双方向配列決定により遺伝子型を決定した。手短に言えば、ヒトＩＬ２８Ｂ遺伝子上流のＳＮＰ（ｒｓ１２９７９８６０）を包含する領域を、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から単離したゲノムＤＮＡからＰＣＲにより、又は乾燥血斑から直接的にセミネステッドＰＣＲにより増幅した。試料には、試験前に無作為化された番号を割り当て、人員には知らされなかった。ＰＣＲプライマーは、以下の通りであった：センス：５’−ＴＡＴＧＴＣＡＧＣＧＣＣＣＡＣＡＡＴＴＣ−３’（配列番号２１）、及びアンチセンス：５’−ＧＧＣＴＣＡＧＧＧＴＣＡＡＴＣＡＣＡＧＡ−３’（配列番号２２）、及び：５’−ＧＧＡＡＧＧＡＧＣＡＧＴＴＧＣＧＣＴＧＣ−３’（配列番号２３）。
【０２７１】
ゲノムＤＮＡ（１００ｎｇ）を、５０μＬの総容積中０．２ｍＭのｄＮＴＰ、１×高フィデリティー（ＨＦ）ＰＣＲ緩衝液（１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ２を含む、ＮＥＢ社製）、０．４μＭのセンス及びアンチセンスプライマー、並びに１単位の熱安定性ポリメラーゼ（Ｐｈｕｓｉｏｎ（商標）ｔａｑ、ＮＥＢ社製）で構成されるＰＣＲミックスに添加した。ＰＣＲは、タッチダウンプログラムを用いて以下のように実施した：セグメントｉ）９８℃で２分間；セグメントｉｉ）２０サイクルの［９８℃で１０秒間、その後６４℃からのタッチダウンアニーリングを３０秒間、その後７２℃での伸長を２０秒間］；セグメントｉｉｉ）１５サイクルの［９８℃で１０秒間、６０℃で３０秒間、及び７２℃で２０秒間］。
ＰＣＲ産物から余分なプライマー及びｄＮＴＰを除去し、ＥｘｏＳＡＰＩＴ（ＧＥ  ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ社製）を用いて３７℃で１５分間インキュベーションし、その後プライマー５’−ＧＧＣＴＣＡＧＧＧＴＣＡＡＴＣＡＣＡＧＡ−３’（配列番号２２）及び５’−ＧＧＡＡＧＧＡＧＣＡＧＴＴＧＣＧＣＴＧＣ−３’（配列番号２３）を用いて、両方向的に配列決定して、予測ＳＮＰ遺伝子座のヌクレオチドの同一性を決定した。
【０２７２】
ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、表２〜４に示されているように、集団２（ＳＯＣ単独）の無効者のＣ／Ｃ群を除いて、両集団中で均衡していた。
【０２７３】
【表６】
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【０２７４】
【表７】
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【０２７５】
【表８】
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インターフェロン未使用患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型決定の結果は、表５及び６に示されている。
【０２７６】
【表９】
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【０２７７】
【表１０】
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図６は、ＳＯＣ単独と比べた、３剤療法対を受容したインターフェロン未使用被験者におけるＩＬ２８Ｂ遺伝子型によるＳＶＲ率（全体と比較したＣ／Ｃ対Ｃ／Ｔ対Ｔ／Ｔ）を示す棒グラフである。図７は、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者におけるＩＬ２８Ｂ遺伝子型によるウイルス学的応答（ＥＴＲ及びＳＶＲ）（合計（全体）と比較したＣ／Ｃ対Ｃ／Ｔ対Ｔ／Ｔ）を、ＳＯＣ単独と比較した棒グラフである。これらの結果は、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ遺伝子型を有するＧＩ−５００５  ３剤療法被験者が、ＳＶＲにおいて最も大きな利点を有したことを示す。
【０２７８】
図８は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ遺伝子型を有するインターフェロン未使用被験者の応答動態（３剤療法対ＳＯＣ単独）を示すグラフであり、ＳＯＣ単独を受容した被験者よりも、多くのＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ被験者がＳＶＲを達成したことを示す（７４％対６５％）。また、図８は、３剤療法を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した（ＲＶＲ）ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｃ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した被験者よりも、多くの被験者がＳＶＲの達成に至ったことを示す（８３％対６３％）。
【０２７９】
図９は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ遺伝子型を有するインターフェロン未使用被験者の応答動態（３剤療法対ＳＯＣ単独）を示すグラフであり、３剤療法を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した（ＲＶＲ）ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容し、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成した被験者よりも、多くの被験者がＳＶＲの達成に至ったことを示す（９０％対６９％）。また、図９は、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ被験者の方が、ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ被験者よりも、多くが、ＥＴＲでウイルス陰性を達成し（６９％対５４％）、治療中後期に初めてウイルス陰性を達成した被験者は、治療後に再発する可能性がより高いと考えられることを示す。
【０２８０】
図１０は、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ遺伝子型を有するインターフェロン未使用被験者の応答動態（３剤療法対ＳＯＣ単独）を示すグラフであり、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者のかなりの割合がＳＶＲを達成したが、ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者はＳＶＲを達成しなかったことを示す（６０％対０％）。また、図１０は、同数の３剤療法ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者及びＳＯＣ単独ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者が、治療の最初の１２週間中にウイルス陰性を達成したが（ＲＶＲ）、３剤療法を受容したものだけが、ＳＶＲの達成に至ったことを示す（５０％対０％）。また、図１０は、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者が、治療の最初の１２週間後もウイルス陰性の達成を持続したが、ＳＯＣ単独を受容した追加のＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者は、治療の最初の１２週間後にウイルス陰性を達成しなかったことを示す。
【０２８１】
無効患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型決定の結果は、表７に示されている。
【０２８２】
【表１１】
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全患者のＩＬ２８Ｂ遺伝子型決定の結果は、表８に示されている。
【０２８３】
【表１２】
2013522302.tif 000016
これら研究の結果は、薬理ゲノミクス解析が、療法の治験結果に対する価値のある洞察を提供することができることを示す。インターフェロン未使用患者において、３剤療法は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型に関わらずＥＴＲを改善し、より多くのＣ／Ｃ及びＣ／Ｔ  ＲＶＲ、より多くのＣ／Ｔ及びＴ／Ｔ  ｃＥＶＲ、並びにより多くのＴ／Ｔ遅延応答者をもたらした。ＳＶＲに対するＧＩ−５００５の効果は、最も不良な予後遺伝子型（ＴＴ）を有する患者において最も大きい。
【０２８４】
以前の無効者においては、３剤療法は、この患者群全体の転帰を改善し、それは、ＩＬ２８Ｂ  Ｃ／Ｔ遺伝子型患者で達成されたＳＶＲの結果であった。この研究の無効者群は、インターフェロン療法に対する以前の部分応答者（この研究では、少なくとも１２週までに２ｌｏｇを超えるウイルス低減を達成するが、２４週間後に除去を示さない患者として定義された）、及び以前の不良応答者（この研究では、少なくとも療法の１２週までに１〜２ｌｏｇのウイルス低減を達成するが、２４週間後に除去を示さない患者として定義された）のみで構成されるが、他の研究では「無効者」群に含まれていることがある無応答者、再発者、又は治療破綻患者は除外されていた。以前の再発者及び以前の治療破綻患者（一般的定義を参照）は、一般的に、他のタイプの無効者と比較して再治療に対する応答がより良好であると予期されるため、本研究の無効者は、特に治療が困難である慢性感染患者の亜集団であると考えられる。
【０２８５】
まとめると、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型決定は、ＧＩ−５００５治療ワクチンが、不利なＩＬ２８Ｂタイプを有するものの療法応答を増大することを示し、ＨＣＶ感染等の感染症を治療するためのＳＯＣと免疫療法との組み合わせ、並びにそのような疾患を治療するための他のＨＣＶ阻害剤と共に免疫療法を使用することが支援される。
【０２８６】
Ｃ／Ｃは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座にＣ／Ｃ遺伝子型を有する個体であり（下記により詳細に記載されている）、ＳＯＣ療法に対する応答の予後が最も良好であると予測される（これら個体のおよそ７８％が、ＳＯＣに応答してＳＶＲを達成することになる）（Ｇｅら、上記）。加えて、Ｃ／Ｃ個体は、ＨＣＶ感染を自然除去する可能性が最も高い（Ｔｈｏｍａｓら、上記）。本発明者らは、今や、Ｃ／Ｃ個体がどのように免疫療法に応答するかを発見した。かなりの数のＣ／Ｃ個体が、治療初期（最初の１２週間）に３剤療法に応答し、ＳＯＣを受容したＣ／Ｃ個体についても同じことが当てはまるが、３剤療法を受容し、ＲＶＲ又はｃＥＶＲに達したＣ／Ｃ個体は、ＳＯＣ単独を受容したＣ／Ｃ個体と比較してより高い割合が、治療終了時の完全寛解及びＳＶＲの達成に至った。したがって、Ｃ／Ｃ個体は、一般的に、３剤療法及びＳＯＣ単独の両方に対して同様の全体的動態で良好に応答するが、３剤療法は、ＥＴＲ及びＳＶＲエンドポイントまでに、かなりより多くのＣ／Ｃ患者に完全寛解をもたらした（図８を参照）。
【０２８７】
Ｃ／Ｔは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座にヘテロ接合性Ｃ／Ｔ遺伝子型を有する個体であり（下記により詳細に記載されている）、ＳＯＣ療法に対する応答の予後が中程度であると予測される（これら個体のおよそ３７％が、ＳＯＣ療法に応答してＳＶＲを達成することになる）（Ｇｅら、上記）。本発明は、Ｃ／Ｔ個体の応答率が、免疫療法を使用することにより、著しく向上され得ることを示す根拠を提供する。より詳しくは、３剤療法及びＳＯＣ  Ｃ／Ｔインターフェロン未使用個体は両方とも、本明細書に記載の研究では同じＳＶＲ率を達成したが（図９を参照）、応答動態を検討すると（図９を参照）、Ｃ／Ｔの応答を向上させるために今や使用することができる免疫療法（３剤療法）に対する応答動態の特徴が明らかになる。具体的には、３剤療法及びＳＯＣ単独の両方において、Ｃ／Ｔは、完全寛解への遅発的時間経過を示し、最初の１２週間後に、ウイルス陰性に達する個体数の増加を示した。しかしながら、ＳＯＣ治療群は、療法を受けたＣ／Ｔ応答者を喪失したが（つまり、２４〜４８週に）、３剤療法治療群は、この同じ期間中に療法を受けたＣ／Ｔの完全寛解を実質的に維持し、３剤療法を受けたＣ／Ｔの場合は良好なＥＴＲを達成した（図９を参照）。３剤療法群のＣ／Ｔが、ＳＶＲにおける完全寛解の合計割合を、ＳＯＣ単独を受けたＣ／Ｔと同じ割合に移行させるのに十分なほどの再発を起こすのは、４８週目に治療が終了した後（ＥＴＲ）に過ぎなかった（特に、ＳＯＣ群のＣ／Ｔも、治療後に応答者を喪失した）。２４〜４８週間中に最初のウイルス陰性を達成し、その後治療後に再発したＣ／Ｔ個体を検討すると、免疫療法に対するこれら個体の応答に対する更なる洞察がもたらされた。具体的には、図９を参照すると、３剤療法群では、個体が治療に際してウイルス陰性を達成するのが後期であるほど、個体は、治療後のより早期に再発する。これらのデータは、Ｃ／Ｔが、療法（いずれのタイプでもよい）に対してより遅延して応答し、３剤療法を継続する間は、ＳＯＣとは対照的にウイルス陰性が維持されると考えられることを示す。更に、インターフェロン系療法に対する以前の無効者の中で、３剤療法は、ＳＯＣ単独を受容した患者の８％のみと比較して、２３％の患者にＳＶＲをもたらした。
【０２８８】
本明細書に示された結果に基づき、本発明者らは、免疫療法を受容したＣ／Ｔ、特に３剤療法に対して遅延応答者である個体（例えば、３剤療法の１２週間後に応答する個体）は、４８週間の標準的治療終了時を超えて３剤療法を受容し続けるべきであると考える。３剤療法を延長及び／又は修正することにより、かなりより高い割合のＣ／Ｔ個体が、ＳＶＲで完全寛解を達成することになると考えられる。更に、本明細書に示されたデータは、患者が療法に対して完全寛解を達成する確率を最適化するために、免疫療法に基づく投薬計画下の応答性について単独患者をモニターし、最初に応答した時期と遺伝子型とを組み合わせることに基づき治療を延長又は修正することにより、患者の療法を個別化することができることを示す。本発明の以前は、ＨＣＶ及び他の感染症の治療に対するそのような個別化された手法又は治療応答性ガイド手法は、利用可能ではなかった。
【０２８９】
療法の転帰に対する免疫療法の効果は、最も不良な予後遺伝子型（Ｔ／Ｔ）を有する患者において最も大きかった。Ｔ／Ｔは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子座にＴ／Ｔ遺伝子型を有する個体であり（下記により詳細に記載されている）、ＳＯＣ療法に対する応答の予後が不良であると予測される（これら個体のおよそ２６％のみが、ＳＯＣ療法に応答してＳＶＲを達成することになる）（Ｇｅら、上記）。本発明は、Ｔ／Ｔ個体の応答率が、免疫療法を使用することにより、著しく向上され得ることを示す根拠を提供する。より詳しくは、Ｔ／Ｔ患者のＥＴＲ及びＳＶＲ率は両方とも、ＳＯＣ又は従来対照と比較して３剤療法の場合で著しくより大きく（図１０を参照）、Ｔ／Ｔ患者の６０％がＥＴＲを達成し、ＳＶＲに対する陰性を維持し、免疫療法は、この高リスク患者群に実質的な効果を示すことが示された。３剤療法は、１２週前に又は１２週後（遅延応答者）にウイルス陰性に達した患者にＳＶＲをもたらしたが、ＳＯＣ単独は、この研究ではＳＶＲをもたらさなかった。３剤療法群のＴ／Ｔ患者は全て、２４週までにウイルス陰性に達した。ＳＯＣ単独の場合に従来報告されている２６％という低いＳＶＲ率及びこの研究で報告されている０％と比較して、免疫療法は、この亜群の患者の転帰を不良から良好に変化させることができることを示した。したがって、他の抗ウイルス剤及びインターフェロンを含む場合があるＳＯＣ又は新しい投薬計画等の標準的投薬計画に免疫療法を単に追加することにより、陽性転帰を示す可能性がより高い治療を、Ｔ／Ｔ患者に施すことができる。加えて、本明細書に記載の結果は、この亜群の患者では、上述のＣ／Ｔ遺伝子型患者と同じように、Ｔ／Ｔ患者の幾人かは、療法の後期、ＳＯＣで陽性転帰の予測因子として使用される１２週目ＥＶＲエンドポイント後に陰性を達成したことを示す。そのような患者は、延長された期間にわたって治療された場合（例えば、合計で４８週間よりも長期）、標準ＳＯＣプロトコールが使用される患者と比較して、ＳＶＲに達する可能性が改善されると予期することができる。したがって、患者が療法に対して完全寛解を達成する確率を最適化するために、免疫療法に基づく投薬計画下の応答性についてＴ／Ｔ患者をモニターし、最初に応答する時期と遺伝子型とを組み合わせることに基づき治療を延長又は変更することにより、患者の療法を個別化できる。
【０２９０】
実施例３
以下の例は、ＳＯＣと組み合わせた免疫療法が、Ｃ型肝炎ウイルスに慢性感染した個体の肝機能を改善することを示す。
【０２９１】
「ＡＬＴ」は、肝損傷の十分に検証された指標であり、肝炎症の代理指標としての役割を果たす。先行大規模肝炎治験では、ＡＬＴレベルの低減及び／又は正常化（ＡＬＴ正常化）は、肝機能の改善及び連続生検により決定される肝線維症の低減と相関することが示されている。慢性ＨＣＶ感染症の第２相臨床試験の患者を、ＡＬＴレベルについて調査した。治療終了時（全患者）及びＳＶＲ２４（インターフェロン未使用被験者）のＡＬＴ正常化の結果は、図１１〜１３に示されている。
【０２９２】
図１１は、３剤療法を受けたインターフェロン未使用及び無効者の群が、治療終了時に、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善を示したことを示す棒グラフである（６１％対３６％）。図１２Ａは、インターフェロン未使用（ＩＦＮ未使用）被験者の治療終了時に（４８週間）、３剤療法が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善を示したことを示す図である（５６％対２８％）。図１２Ｂは、無効被験者の治療終了時に（７２週間）、３剤療法が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善を示したことを示す図である（２８％対７％）。図１３は、治療後２４週時に（ＳＶＲ２４）、３剤療法を受容したインターフェロン未使用被験者が、ＳＯＣ単独を受容した被験者と比較してＡＬＴ正常化の改善の持続を示したことを示す図である（４２％対２１％）。
【０２９３】
実施例４
以下の例には、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ遺伝子型を有する被験者のＨＣＶ特異的Ｔ細胞応答に対する、ＳＯＣに免疫療法を追加することの効果が記載されている。
【０２９４】
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、上記の実施例１〜３に記載の臨床研究の患者から得た。ＨＣＶ特異的Ｔ細胞活性化を、ＨＣＶペプチド抗原を用いてｅｘ  ｖｉｖｏで刺激した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）のインターフェロン−γ  ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより分析した。Ｔ細胞応答の強度、幅、及び特異性を、一群のペプチドを使用して評価した。
【０２９５】
より詳しくは、ＥＬＩＳｐｏｔ免疫解析の場合、この研究において患者から単離した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、アッセイするまで凍結保存した。被験者からの全ての時点を、同じ日に分析した（縦断的解析）。アッセイの時点で、ＰＢＭＣを解凍し、ＨＣＶペプチドと共にｅｘ  ｖｉｖｏでインキュベートした。ペプチドは、発現されたＨＣＶタンパク質の全域にわたる４０７個の重複するペプチド（１５〜２０量体）の一群を含んでいた。ヒトＣＤ８＋Ｔ細胞応答の同系ペプチドであると特定された９３個のペプチド（８〜１２量体）の第２の群も分析した。
【０２９６】
Ｔ細胞応答を、ＩＦＮγ産生（Ｔ細胞活性化の特徴）により分析した。ホルボールミリステートアセテート（ＰＭＡ）＋イオノマイシンを、陽性対照として添加した。培地のみを６つの重複ウエル添加して、対照バックグラウンド値を生成し、１００万個ＰＢＭＣ当たりのＩＦＮγ産生細胞（又は「スポット」）を計数した。コアは、各ペプチドプールから平均バックグランド値を減算することにより、またその所与のペプチドプールの基線値を減算することにより各時点でのペプチドプールスコアを修正することにより調整した。
【０２９７】
ＩＬ２８Ｂ亜群及び全体（合計）により示された、インターフェロン未使用被験者の分類別細胞性免疫応答は、図１５に示されている。急性感染したＨＣＶ被験者が、強度においてロバストであり、幅広いＨＣＶエピトープ認識を示すＴ細胞応答を生成することが以前に示されているため、「分類別免疫応答」は、幅、期間、及び強度の点でＩＦＮγ  Ｔ細胞応答を評価するために事前に指定されたアルゴリズムである（Ｒｅｈｅｒｍａｎｎ及びＣｈｉｓａｒｉ、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｔｏｐｉｃｓ  ｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２０００年）２４２巻：２９９〜３２５頁；Ｌａｕｅｒら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ（２００４年）１２７巻：９２４〜９３６頁；Ｌｅｃｈｎｅｒら、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２０００年）１９１巻：１４９９〜１５１２頁）。
【０２９８】
被験者がＥＬＩＳｐｏｔアッセイで応答者であるとみなされるためには、以下の厳格な基準を満たさなければならなかった。
１）重複した（最適化されていない）ペプチドＥＬＩＳｐｏｔ：
１回の来院で１５個以上のプールが２５個を超えるスポットを示す；
又は１回の来院で少なくとも１０個のプールが２５個を超えるスポットを示し、複数の治療時測定で少なくとも２個のプールが陽性（＞２５）；
又は１回の来院で少なくとも５個のプールが２５個を超えるスポットを示し、少なくとも１個のプールが１５０個を超えるスポットを示す。
【０２９９】
２）非重複で個別の（最適化された）ペプチドＥＬＩＳｐｏｔ：
１回の来院で４個以上のプールが７５個を超えるスポットを示す；
又は少なくとも２個のプールが７５個を超えるスポットを示し、複数の治療時測定で少なくとも１個のプールが陽性（＞７５）；
又は少なくとも２個のプールが７５個を超えるスポットを示し、少なくとも１個のプールが１５０個を超えるスポットを示す。
【０３００】
ＩＦＮγ応答を、導入単独療法（ＧＩ−５００５治療被験者のみ）、３剤療法、又はＳＯＣによる様々な治療期間、及び治療後経過観察期間により評価した。
これらＥＬＩＳｐｏｔアッセイの場合、合計７６人の被験者を、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型の表示を用いて、以下のように分析した：
【０３０１】
【表１３】
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上記で考察したように、ＥＬＩＳｐｏｔ結果の解析には、幅、期間、及び強度の点でＩＦＮγ  Ｔ細胞応答を評価するために確立されている事前に指定したパラメータを使用した。結果は、ＳＯＣ単独を受容した被験者では、ＨＣＶ特異的細胞性免疫応答は、他のＩＬ２８Ｂ亜群と比較して、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者において１７倍もより低かったことを示した（０．４対６．６  Ｔ細胞／１０６ＰＢＭＣ／ウエル）。３剤療法（ＧＩ−５００５＋ＳＯＣ）を受容した被験者では、ＨＣＶ特異的細胞性免疫応答は、他のＩＬ２８Ｂ亜群と比較して、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者において最大５倍、より高かった（４７．５対８．９  Ｔ細胞／１０６ＰＢＭＣ／ウエル）。更に、ＨＣＶ特異的Ｔ細胞免疫応答は、ＳＯＣ単独を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者と比較して、３剤療法を受容したＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者において、最大１０倍増加した（４７．５対４．５  Ｔ細胞／１０６ＰＢＭＣ／ウエル、図１４を参照）。３剤療法ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者のＨＣＶ特異的免疫の改善は、上記の実施例２に記載のように、ＳＯＣ単独で治療されたＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者と比較したＳＶＲの改善（６０％対０％）と相関を示した。
【０３０２】
分類別解析を使用すると、ＳＯＣと組み合わせたＧＩ−５００５は、ＳＯＣと比較して、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ未使用被験者に免疫応答の増強をもたらした（図１５を参照）。ＳＯＣの０（５人のうち０人）と比較して、３剤療法集団の６人のＴ／Ｔ被験者のうちの４人（６７％）がＴ細胞応答を示した（図１５を参照）。加えて、ＳＯＣを受容した被験者と比較して、絶対的出現頻度が１８％増加した細胞性免疫応答が、３剤療法を受容した全ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を横断する被験者において示された（４７％対２９％）。図１６は、３剤療法集団中の１人のＩＬ−２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者の重複する（最適化されていない）ペプチドプールに対する応答の代表的な例を示す。１００万個ＰＢＭＣ（Ｙ軸）当たりのＩＦＮ−γ産生細胞の、複数時点における基線からの増加が、刺激に使用されたペプチドプール（Ｘ軸）に対してプロットされる。この図に示されているように、時間と共に、免疫応答は、強度に関して、及び細胞性免疫反応がそれに対して誘発されるＨＣＶペプチド抗原に関しての両方で増加する。
【０３０３】
要約すると、ＩＦＮγ  ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定される、ＨＣＶ特異的細胞性免疫のタイミング及び強度に関連する著しい違いが、異なるＩＬ２８Ｂ遺伝子型で認められた。ＧＩ−５００５  ３剤療法は、全てのＩＬ２８Ｂ亜群において、ＩＦＮγ  ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定されるＨＣＶ特異的細胞性免疫（Ｃ／Ｃ；４３％対３３％、Ｃ／Ｔ；４４％対３２％、Ｔ／Ｔ；６７％対０％）、並びに治療終了時ウイルス除去（Ｃ／Ｃ；８４％対７６％、Ｃ／Ｔ；６９％対５４％、Ｔ／Ｔ；６０％対２０％）、並びにＣ／Ｃ群（７４％対６５％）及びＴ／Ｔ群（６０％対０％）におけるＳＶＲを改善した。ＧＩ−５００５の最大の好ましい治療効果は、Ｔ／Ｔ群で観察された（ＥＴＲ  ＋４０％及びＳＶＲ  ＋６０％）。ＳＯＣ  ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ群で測定された低レベルのＨＣＶ特異的細胞性免疫応答は、不良な細胞性免疫が、これら患者における最も重要な障害であり、本明細書に記載されているように、抗ウイルス療法に対する病因及び応答の新しいモデルを指し示している可能性があることを示唆する。
【０３０４】
図１７は、免疫媒介性肝クリアランスに対する酵母系免疫療法の効果の仮説モデルを示す。理論により束縛されないが、ＳＯＣのみが、ＨＣＶに慢性感染した被験者に投与される場合、ＳＯＣは、ウイルス複製を阻害するが、肝臓におけるＨＣＶ得特異的ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の数が少ないため、及び抑制的制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）によりこれらエフェクターＴ細胞が抑制されるため、肝クリアランスは不良である。対照的に、３剤療法（免疫療法及びＳＯＣ）が、慢性感染した被験者に投与される場合、肝臓中のエフェクターＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の数及び機能性は、増加／活性化される。加えて、酵母系免疫療法は、Ｔｈ１７経路の誘導によりＴｒｅｇの数及び機能性を低減させ、好ましいＣＤ４／ＣＤ８効果を更に解放する。また、Ｔｈ１７細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の寿命を増加させるＩＬ２１を産生し、その全ては、効果的な肝クリアランス及びより高いＳＶＲ率に寄与する。
【０３０５】
これらの例は、ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ遺伝子型を有する３剤療法被験者が、ＳＶＲ並びにＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて最大の利点を示したことを示し、免疫療法成分であるＧＩ−５００５が、これら被験者のＴ細胞免疫の欠陥を補償していることを示す。ＳＯＣ  ＩＬ２８Ｂ  Ｔ／Ｔ被験者は、ＳＯＣ  Ｃ／Ｃ及びＣ／Ｔ患者よりも顕著に不良なウイルス学的応答及びＩＦＮ−γＥＬＩＳｐｏｔ応答を示した。これは、これら患者の基本的欠陥が細胞性免疫応答のうちの１つであることを示している。ＧＩ−５００５免疫及びウイルス学的応答とＩＬ２８Ｂ状態とが関連することは、慢性ＨＣＶの病因の代替的モデルを示唆し、このモデルでは、ＨＣＶ特異的細胞性免疫の違いが、抗ウイルス療法に対する持続的応答の駆動に主要な役割を果たす。臨床免疫学的データ及びウイルス学的データが一致することは、この第２相臨床試験で観察されたＳＶＲ利点に対する更なる信頼性を提供する。
【０３０６】
本発明の種々の実施形態が詳細に記述されているが、当業者であれば、それら実施形態の改変及び応用を起想することになることは明らかである。しかしながら、そのような改変及び応用は、以下の例示的な請求項に示されているような本発明の範囲内であることが、明確に理解されるべきである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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