(57)【要約】関節リウマチの同定方法、診断方法及び予後診断方法ならびに治療方法が提供される。効果的な関節リウマチの治療薬を同定する方法及び関節リウマチの治療薬への反応性を予測する方法も提供される。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡの分子サブタイプを診断する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表１、表５、表１０、ＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５、ｓＦｃＲＨ５、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ分子サブタイプを示す、方法。
【請求項２】
生物学的試料が骨膜組織である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
遺伝子の一又は組合せの発現がＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを用いて測定される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
遺伝子の組合せがＸＢＰ１、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＬＯＣ２５５４５８、ＬＯＣ３３９５６２、ＰＩＭ２、ＳＬＣ２Ａ１１、ＦＡＭ４６Ｃ、ＮＤＰ５２、ＣＤ７９Ａ、ＳＬＣ３８Ａ１、ＩＧＬＬ１、ＬＯＣ９１３１６、ＰＬＣＧ２、ＬＯＣ４４０３６１、ＭＧＣ２７１６５、ＩＧＫＶ１Ｄ１３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＨＥＲＰＵＤ１、ＤＫＦＺＰ５６４Ｇ２０２２、ＧＩＭＡＰ５、ＤＥＲＬ３、ＦＬＪ２２１７０、ＰＨＹＨ、ＭＴＭＲ４、ＮＤＥＬ１、ＳＳＢ１、ＮＬＫ、ＴＭＡＰ１、ＳＬＣ３９Ａ３、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＦＡＭ２０Ｂ、ＦＫＢＰ１１、Ｐ２ＲＹ８、ＫＩＡＡ０７４６、ＳＣＡＭＰ５、ＬＲＰ１２、ＳＬＣ３９Ａ６、ＤＫＦＺｐ７６２Ｃ２４１４、Ｅ２ＩＧ２、ＳＯＳ１及びＡＰＧ１０Ｌを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
生物学的試料が血清であり、タンパク質の一又は組合せがＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及びその組合せから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
血清中のＲＦを測定し、血清がＲＦ陽性であるか、ＲＦ陰性であるかを決定することをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
測定がイムノアッセイを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
イムノアッセイがＥＬＩＳＡである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ＣＸＣＬ１３の量を決定することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
決定された量が１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ｓＦｃＲＨ５の量を決定することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
決定された量が１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
血清がＲＦに陽性として決定され、タンパク質の組合せがＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５からなる、請求項６に記載の方法。
【請求項１４】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡの分子サブタイプを診断する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表２、表６、表１１、ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ分子サブタイプを示す、方法。
【請求項１５】
生物学的試料が骨膜組織である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
遺伝子の一又は組合せの発現がＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを用いて測定される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
遺伝子の組合せがＥＭＩＬＩＮ２、ＲＨＯＧ、ＭＩＣＡＬ３、ＮＡＧＡ、ＳＥＲＰＩＮＢ１、ＩＣＡＭ１、ＺＹＸ、ＵＢＥ３Ａ、ＶＰＳ１３Ａ、ＦＬＪ１１２５９、ＣＣＬ２、ＧＳＴＯ１、ＬＩＬＲＢ２、ＦＬＮＡ、ＬＩＬＲＢ３、Ｐ２ＲＸ４、ＨＳＭＰＰ８、ＨＣＫ、ＣＸＣＬ３、ＴＰＭ４、ＣＡＰＺＢ、ＰＧＤ、ＣＴＳＢ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ１、ＳＬＣ１６Ａ３、ＣＴＳＺ、Ｃ５Ｒ１、ＦＬＪ２０８４７、ＣＬＫ１、ＶＥＧＦ、Ｃ９ｏｒｆ８８、ＡＲＬ７、ＲＡＰＧＥＦ１、ＴＦＲＣ、ＡＴＰ６Ｖ１Ａ、ＺＹＸ、ＮＲＰ２、ＣＣＲ１、ＮＰＣ１、ＴＣＦ７Ｌ２、ＫＩＡＡ０４８５、ＴＭ７ＳＦ１、ＰＬＡＵ、ＣＴＳＬ、ＦＺＤ４、ＬＡＣＴＢ、ＫＩＡＡ０５８２、ＭＦＨＡＳ１、ＬＩＬＲＢ３、ＲＡＢＧＡＰ１、ＦＡＭ５０Ｂ、ＭＢＤ２、ＶＰＳ３７Ｃ、ＡＣＴＮ１、ＭＧＣ２７５２、ＰＬＡＵＲ及びＥＩＦ４Ｅ２を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡの分子サブタイプを診断する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表３、表７、表１２、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦｂ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ分子サブタイプを示す、方法。
【請求項１９】
生物学的試料が骨膜組織である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
遺伝子の一又は組合せの発現がＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを用いて測定される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
遺伝子の組合せがＳＬＣ２９Ａ１、ＦＺＤ８、ＧＵＬＰ１、ＲＮＡＳＥ４、ＰＴＴＧ１、ＧＰＲ６４、ＣＢＸ７、ＣＬＵ、ＫＢＴＢＤ９、ＩＰＯ９、ＰＬＥＫＨＡ１、ＮＯＶＡ１、ＡＢＴＢ２、ＭＳＬ３Ｌ１、ＮＴＮ４、ＧＡＢＡＲＡＰＬ１、ＩＤＨ２、ＰＣＯＬＣＥ２、ＮＴＲＫ２、ＡＲＧＢＰ２、ＳＣＡＲＡ３、ＳＬＣ３５Ａ１、ＨＭＧＢ３、ＰＯＳＴＮ、ＬＴＢＰ３、ＬＯＣ２０１８９５、ＮＤＦＩＰ１、ＬＯＣ２８３４８１、ＦＬＪ１０９７０、ＡＵＴＳ２、ＦＡＮＣＡ、ＰＰＰ３ＣＡ、ＢＢＳ１、ＦＬＪ３２８０３及びＣＨＤ９を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡの分子サブタイプを診断する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表４、表８、表１３、ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ分子サブタイプを示す、方法。
【請求項２３】
生物学的試料が骨膜組織である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
遺伝子の一又は組合せの発現がＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを用いて測定される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
遺伝子の組合せがＣＲＥＢ３Ｌ１、ＫＹＮＵ、ＣＤＨ１１、Ｃ１０ｏｒｆ３８、ＦＬＪ２２６６２、ＳＴＡＴ５Ａ、ＦＣＧＲ２Ｃ、ＨＥＰＨ、ＬＯＣ９０１３９、ＳＥＰＴ１１、ＣＴＳＳ、ＰＴＰＮＳ１、ＫＩＡＡ１３７４、ＴＰＭ１、ＶＳＩＧ４、ＡＰ１Ｓ２、ＦＬＪ４４６３５、ＭＡＰ４Ｋ４、ＲＮＡＳＥＴ２、ＬＰＩＮ１、ＭＦＡＰ２、ＣＯＬ４Ａ１、ＨＥＹＬ、ＣＯＬ１８Ａ１、ＭＧＣ１７９４３、ＧＰＲ１１６、ＫＣＴＤ１５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＭＡＲＣＯ、ＣＤＨ５、ＮＸＮ、ＡＰ１Ｓ２、Ｃ１６ｏｒｆ９、ＫＹＮＵ、ＭＧＣ４８９７２、ＦＢＰ１、ＺＮＦ４６２、ＭＳＲ１、ＡＤＲＢＫ１、ＳＧＫＬ、ＳＬＣ３８Ａ２、ＱＡＲＳ、ＣＤ６８、ＡＢＣＡ１、ＹＩＦ１、ＦＬＪ２０３６４、ＦＰＲＬ２、ＭＡＰ１Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＡＳＫ、ＦＬＪ１１１２７、ＰＯＳＴＮ、ＨＡＶＣＲ２、ＦＧＬ２、ＴＲＩＭ１４、ＬＩＬＲＡ２、ＩＴＧＢ２、ＦＣＧＲ２Ｃ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＧＲ３Ｂ、ＬＳＴ１、ＰＮＫＰ及びＣＯＲＯ１Ａを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、ＲＡ治療薬への被検者の応答性を予測する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表１、表５、表１０、ＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５、ｓＦｃＲＨ５、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ治療薬への被検者の応答性を予測する、方法。
【請求項２７】
生物学的試料が血清であり、タンパク質の一又は組合せがＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及びその組合せから選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
血清中のＲＦを測定し、血清がＲＦ陽性であるか、ＲＦ陰性であるかを決定することをさらに含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
測定がイムノアッセイを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
イムノアッセイがＥＬＩＳＡである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＲＡ治療薬がＢ細胞アンタゴニストである、請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２０に対する抗体である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ＣＤ２０に対する抗体がリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
測定されたタンパク質の一又は組合せの量を決定することをさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
ＣＸＣＬ１３の量が１１６．６ｐｇ／ｍｌより高いと決定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
ｓＦｃＲＨ５の量が１２６．７ｎｇ／ｍｌより高いと決定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
血清がＲＦ陽性であると決定される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３９】
被検者がリツキシマブに効果的に反応すると予測される、請求項２６−３８の何れか一項に記載の方法。
【請求項４０】
患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを含むかどうか決定することを含む、関節リウマチを有する患者がＢ細胞アンタゴニストに反応するかどうかを予測する方法であって、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその量の組合せの量が被検者がアンタゴニストに反応することを示す、方法。
【請求項４１】
血清中のＲＦを測定し、血清がＲＦ陽性かＲＦ陰性かを決定することをさらに含み、血清がＲＦ陽性と決定される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
患者の血清試料中のバイオマーカーとしてＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又は両方の量を評価し、被検者がアンタゴニストでの治療に効果的に反応するかを予測することを含む、関節リウマチを有する被検者がＢ細胞アンタゴニストでの治療に効果的に反応するかどうかを予測する方法であって、１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せが被検者がアンタゴニストでの治療に効果的に反応する可能性が高いことを示す、方法。
【請求項４３】
血清中のＲＦを測定し、血清がＲＦ陽性かＲＦ陰性かを決定することをさらに含み、血清がＲＦ陽性と決定される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４４】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡ治療薬に対する応答性を予測する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表２、表６、表１１、ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ治療薬への被検者の反応を予測する、方法。
【請求項４５】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡ治療薬に対する応答性を予測する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表３、表７、表１２、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦｂ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ治療薬への被検者の反応を予測する、方法。
【請求項４６】
被検者から得られた生物学的試料における遺伝子の一又は組合せの発現、又は遺伝子の一又は組合せからコード化されるタンパク質の発現を測定することを含む、被検者のＲＡ治療薬に対する応答性を予測する方法であって、遺伝子の一又は組合せは表４、表８、表１３、ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択され、遺伝子の一又は組合せの上昇した発現、又はタンパク質の一又は組合せの上昇した発現がＲＡ治療薬への被検者の反応を予測する、方法。
【請求項４７】
患者の血清試料がＲＦ陽性であり、１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含む場合に、関節リウマチを治療するために患者に有効量のＲＡ治療薬を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法。
【請求項４８】
ＲＡ治療薬がＢ細胞アンタゴニストである、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２０に対する抗体である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
ＣＤ２０に対する抗体がリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
関節リウマチを治療するために患者に有効量のＢ細胞アンタゴニストを投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法であって、投与前に患者の血清試料がＲＦ陽性であるか、１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含むかどうかを決定し、それによりＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその量の組合せの量が患者がアンタゴニストに反応することを示す、方法。
【請求項５３】
ＲＡ治療薬がＢ細胞アンタゴニストである、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２０に対する抗体である、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
ＣＤ２０に対する抗体がリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
関節リウマチを治療するために患者に有効量のＢ細胞アンタゴニストを投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法であって、投与前に患者の血清試料がＲＦ陽性であるか、１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含むかどうかを決定し、それによりＲＦ陽性であること、及びＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその量の組合せの量が患者がアンタゴニストでの治療に有利に反応する可能性が高いことを示す、方法。
【請求項５８】
ＲＡ治療薬がＢ細胞アンタゴニストである、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
Ｂ細胞アンタゴニストがＣＤ２０に対する抗体である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
ＣＤ２０に対する抗体がリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される、請求項６０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【発明の開示】
【０００１】
関連出願の説明
本出願は、２００９年９月３日に出願の米国仮出願番号第６１／２７５，９４８号及び２００９年１０月１６日に出願の米国仮出願番号第６１／２５２，４２４号の優先権の利益を請求し、両出願の全ては本明細書に出典明示により援用されたものとする。
【０００２】
技術分野
関節リウマチの同定方法、診断方法及び予後診断方法、ならびに関節リウマチの治療方法が提供される。有効な関節リウマチ治療薬の同定方法及び関節リウマチ治療薬に対する反応性を予測する方法も提供する。
【０００３】
発明の背景
関節リウマチ（ＲＡ）は、臨床的に重要な慢性全身性自己免疫炎症性疾患であり、アメリカ合衆国の１３０万人から２１０万人が発症している（Ａｌａｍａｎｏｓａ  ａｎｄ  Ｄｒｏｓｏｓ，  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．  Ｒｅｖ．，  ４：１３０−１３６  （２００５）を参照のこと）。ＲＡは、病因論が未知の自己免疫疾患である。大部分のＲＡ患者は、現在利用可能な治療によっても進行性の関節の破壊、奇形、障害及び早発性の死亡さえ引き起こす、疾患の慢性的な経過を経験する。年間９００万人以上の医師の訪問及び２５０，０００回以上の入院がＲＡにより生じる。    
【０００４】
ＲＡの診断は、一般的に患者の兆候及び症状の臨床的な評価及び検査の評価に依存する。一般に、ＲＡを有することが推測される患者の検査評価は、血清中のリウマチ因子（ＲＦ）として知られる特定の抗体レベル及び環状シトルリン化ペプチドに対する抗体（抗ＣＣＰ）レベルの測定を含み得る。（例えばＳｃｈｅｌｌｅｋｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．，  ４３：１５５−１６３  （２０００）；  ＤｉＦｒａｎｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｒｅｖ．  Ｒｈｅｕｍ．  Ｅｎｇｌ．  Ｅｄ．，  ６６（５）：  ２５１−２５５  （１９９９）；  Ｒａｎｔａｐａａ−Ｄａｈｌｑｖｉｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．，  ４８：２７４１−２７４９  （２００３）；  Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２２（１２）：  １５０３−１５０７  （２００６）；  Ｒｕｓｓｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，  ３３（７）：  １２４０−１２４２  （２００６）；  Ｏｔａ，  Ｒｉｎｓｈｏ  ｂｙｏｒｉ．  Ｊａｐ．  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｐａｔｈｏｌ．，  ５４（８）８６１−８６８  （２００６）；  Ａｖｏｕａｃ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎ．  Ｒｈｅｕｍ．  Ｄｉｓ．，  ６５（７）：  ８４５−８５１  （２００６）を参照のこと）。これらの抗体はＲＡ患者の血清中でしばしば見られるのに対して、全てのＲＡ患者がそれらを有するというわけではない。赤血球沈降速度（ＥＳＲ）として知られる付加的な血液検査もまた用いられ得る。必ずしもＲＡというわけではないが、高いＥＳＲは炎症性プロセスの一般的な存在を示す。さらに、血液検査は、例えばＲＡと関連しているＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）などの他の因子のレベルを評価するために用いられてもよい。さらに、発症した関節のエックス線検査解析も行われてもよい。要するに、ＲＡを診断するためのそのような現在利用可能な検査は、不正確かつ不完全である。  
【０００５】
特定の例において、患者が特定の米国リウマチ学会（ＡＣＲ）基準を満たす場合、ＲＡの診断は製作される。特定のそのような基準は、最大の改善の前に少なくとも１時間続く関節の内外での朝のこわばり；３箇所以上の関節の関節炎：３箇所以上の関節部が、医師によって観察される軟組織の膨張又は体液（骨の過剰成長のみではない）を有する；１４の起こりうる関節部（左右）は、近位指節間関節（ＰＩＰ）、中手指節関節（ＭＣＰ）、手首、肘、膝、足首及び中足指節関節（ＭＴＰ）である；手関節の関節炎：手首、ＭＣＰ関節又はＰＩＰ関節などにおける、上記のように膨張した少なくとも一つの関節部；対称性関節炎：体の両側の同じ関節部（上記の３以上の関節部の関節炎）の同時関与（ＰＩＰ、ＭＣＰ又はＭＴＰ関節の両側性病変は、絶対的に左右対称でなくとも容認される）リウマトイド結節：医師によって観察される、骨の突出又は伸筋表面上、又は関節近接領域におけるリウマトイド結節；血清リウマチ因子：正常なコントロール患者の５％以下で陽性であるあらゆる方法による血清リウマチ因子の異常な量の証明；エックス線検査の変化：前後方向の手及び手首のＸ線における関節リウマチで典型的なエックス線検査の変化であって、罹患した関節に局所化するかほとんどが罹患した関節に近接する浸食又は明白な骨の脱灰を含む（骨関節炎の変化単独では適さない）。一般的に、患者が少なくとも上記の基準の四つを満たす場合にＲＡの診断が行われる。
【０００６】
多くの公開された研究は、診断及び予後診断を目的とする信頼性が高いバイオマーカー同定の試みについて報告している。（例えばＲｉｏｊａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  Ｒｈｅｕｍ．  ５８（８）：  ２２５７−２２６７  （２００８）；Ｐｙｒｐａｓｏｐｏｕｌｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｄｉａｇｎ．  Ｔｈｅｒ．  １４（１）：  ４３−４８  （２０１０）；国際公開第２００４／０００９４７９号；国際公開第２００７／０１０５１３３号；国際公開第２００７／０３８５０１号；国際公開第２００７／１３５５６８号；国際公開第２００８／１０４６０８号；国際公開第２００８／０５６１９８号；国際公開第２００８／１３２１７６号；及び国際公開第２００８／１５４４２３号を参照）。しかしながら、臨床医等が正確に関節リウマチの病態生理学態様、臨床活性、治療への反応性、予後診断又は疾患を進行させるリスクを定義することを可能にする、臨床的に確証された診断マーカー、例えばバイオマーカーは同定されていない。したがって、ＲＡ患者が治療を求めているので、特定の患者に有効な治療薬の探索に関与する多くの試行錯誤が存在する。そのような試行錯誤には、多くの場合、最も有効な治療を見つけるため、患者の大きなリスク及び不快が関与する。したがって、測定すること間のより有効手段のためのニーズがある。そして、どの患者がどの治療に反応するかを決定するため、及びそのような決定を喘息患者のためのより効果的な治療計画に組み込むためのより効果的な手段に対するニーズがある。
【０００７】
したがって、客観的に患者の疾患の存在を同定及び／又は分類するため、関節リウマチの病態生理学の態様、臨床活性、様々なＲＡ治療薬での治療への反応を含む治療への反応、予後診断及び／又は関節リウマチ発症のリスクを定義するために用いることができる分子ベースの診断方法を含むさらなる診断方法を得ることは、高度に有利であり得る。さらに、疾患の様々な臨床的指標及び／又は病態生理学的指標及び／又は他の生物学的指標と関連する分子ベースの診断マーカーを得ることは有利である。したがって、関節リウマチ及び他の自己免疫疾患と関連する新規な分子バイオマーカーを同定するという継続的なニーズが存在している。そのような関連性は、患者の関節リウマチの存在の同定又は疾患を発症する感受性の決定に役立つ。そのような関連性は、ＲＡの病態生理学の態様、臨床活性、治療への反応又は予後診断の同定にも役立つ。さらに、そのような関連性に関する統計学的に及び生物学的に重要で再現可能な情報は、例えば臨床研究において特定のＲＡ患者亜集団で治療的恩恵を有することが示された特定の治療薬での治療から有意に恩恵を受けることが期待される一部の特定の患者の同定の取り組みにおける不可欠な構成要素として利用され得る。
【０００８】
本明細書に記載される発明は、上記のニーズを満たし、その他の利益を提供する。
【０００９】
特許出願及び公報を含む本明細書に引用される全ての文献は、あらゆる目的のためにその全てが出典明示により援用されるものとする。  
【００１０】
発明の概要
本発明の組成物及び方法は、少なくとも部分的に、関節リウマチ（ＲＡ）の４つの新規かつ異なる分子表現型（本明細書において分子サブタイプとも称される）の定義に基づく。本明細書に記載されるこれらの４つのＲＡ分子サブタイプは、サブタイプと、それぞれの分子サブタイプの関節病理学の特定の組織学的指標及び特定の生物学的経路との重要な関連性との間の差次的な遺伝子発現に基づいて定義された。用語「分子表現型」及び「分子サブタイプ」は、本明細書では交換可能に用いられる。
【００１１】
したがって、ある態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（リンパ系リッチ（Ｌ）サブタイプとして本明細書に記載される）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表５に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表５に記載される遺伝子の一又は組合せにコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプ治療標的は、表１に記載される遺伝子の一又は組合せにコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプ治療標的は、表１０に記載される遺伝子の一又は組合せにコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＬサブタイプの治療標的は、一以上のＣＤ２０（ＭＳ４Ａ１と同義）、ＣＴＬＡ４、ＣＤ３、ＣＲＴＡＭ、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＣＤ１９、ＨＬＡＩＩ、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ＣＤ３８、ＩＬ２１Ｒ、ＩＬ１２Ｒβ１及びＩＬ１２Ｒβ２から選択される。
【００１２】
別の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（Ｌサブタイプとして本明細書に記載される）を診断する方法は、表５に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表５に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表５に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一つ以上は、Ｌサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＬサブタイプＲＡの診断方法は、表１に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一つ以上は、Ｌサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＬサブタイプＲＡの診断方法は、表１０に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１０に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一つ以上は、Ｌサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＬサブタイプを診断する方法は、一以上のＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。特定の実施態様において、ＲＡのＬサブタイプを診断する方法は、ＣＸＣＬ１３及び／又はｓＦｃＲＨ５のタンパク質発現及び／又は血清中のＲＦを測定することを含む。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。特定の実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。特定の実施態様において、血清がＲＦに陽性である場合及びｓＦｃＲＨ５の血清レベルがコントロール試料と比較して上昇している場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。そのような特定の実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルは、１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い。特定の実施態様において、血清がＲＦに陽性である場合及びｓＦｃＲＨ５とＣＸＣＬ１３の血清レベルがコントロール試料と比較して上昇している場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。そのような特定の実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルは１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は���５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高く、ＣＸＣＬ１３の血清レベルは１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い。
【００１３】
他の態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（本明細書において骨髄性リッチ（Ｍ）サブタイプ）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表６に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表６に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表２に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表１１に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＭサブタイプの治療標的は、ＣＬＥＣ５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＡＬＣＡＭ、ＩＬ１ＲＡＰ、ＩＲＡＫ１、ＮＲＰ２、ＴＲＥＭ１及びＶＥＧＦの一以上から選択される。
【００１４】
他の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（本明細書にＭサブタイプとして記載される）を診断する方法は、表６に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表６に記載される遺伝子の一又は組合せによって発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表６に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｍサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＭサブタイプＲＡの診断方法は、表２に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表２に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表２に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｍサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＭサブタイプＲＡの診断方法は、表１１に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１１に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｍサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＭサブタイプを診断する方法は、ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１の一以上の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。
【００１５】
別の態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（繊維芽細胞リッチ２型（Ｆ２）サブタイプとして本明細書に記載される）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表７に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表７に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表３に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表１２に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＦ２サブタイプの治療標的は、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７ＲＣ、ＴＩＭＰ３及びＴＮＦＲＳＦ１１Ｂの一以上から選択される。
【００１６】
他の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（本明細書にＦ２サブタイプとして記載される）を診断する方法は、表７に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表７に記載される遺伝子の一又は組合せによって発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表７に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ２サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプＲＡの診断方法は、表３に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表３に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表３に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ２サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプＲＡの診断方法は、表１２に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１２に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ２サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＦ２サブタイプの診断方法は、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ，ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄの一以上の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。
【００１７】
別の態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（繊維芽細胞リッチ１型（Ｆ１）サブタイプとして本明細書に記載される）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプの治療標的は、表８に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプの治療標的は、表４に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプの治療標的は、表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプ治療標的は、表８に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプ治療標的は、表４に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプ治療標的は、表１３に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＦ１サブタイプの治療標的は、ＣＤＨ１１、ＩＴＧＡ１１及びＣＬＥＣ１１Ａの一以上から選択される。
【００１８】
他の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（本明細書にＦ１サブタイプとして記載される）を診断する方法は、表８に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表８に記載される遺伝子の一又は組合せによって発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表８に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ１サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプＲＡの診断方法は、表４に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表４に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表４に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ１サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプＲＡの診断方法は、表１３に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１３に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ１サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＦ１サブタイプの診断方法は、ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦの一以上の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。
【００１９】
ある態様において、遺伝子発現はマイクロアレイで測定される。別の態様において、遺伝子発現は、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応法（ｑＰＣＲ）で測定される。別の態様において、遺伝子発現は、マルチプレックスＰＣＲで測定される。他の実施態様によれば、遺伝子発現は、上述した遺伝子のタンパク質発現量を観測することで測定される。他の実施態様によれば、健常なコントロールと比較した場合に、対象の遺伝子の相対的なｍＲＮＡレベルがコントロール遺伝子ｍＲＮＡのレベルの２倍を超えると、対象の遺伝子の発現は上昇していると考えられる。他の実施態様によれば、対象の遺伝子の相対的なｍＲＮＡレベルは、健常コントロールの遺伝子発現と比較して３倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍又は３０倍より高い。ある態様において、遺伝子発現レベルは、ＰＣＲ法、マイクロアレイ法又はイムノアッセイ法から選択される方法で測定される。一実施態様において、マイクロアレイ法は、前述の遺伝子をコード化する核酸分子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる一以上の核酸分子を有するか、前述の遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上に結合することができる一以上のポリペプチド（例えばペプチド又は抗体）を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様において、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。一実施態様において、ＰＣＲ法はマルチプレックスＰＣＲである。一実施例によれば、イムノアッセイ法は、患者試料中の前述の遺伝子から発現されるタンパク質に抗体を結合させること、及び患者試料のタンパク質レベルが上昇しているかを決定することを含む。特定の実施態様において、イムノアッセイ法は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦのタンパク質発現は、ＥＬＩＳＡで測定される。
【００２０】
ある態様では、被検者の関節リウマチのサブタイプを同定する方法が提供され、その方法は被験者から得られた生体試料において、特定のサブタイプと関連する一以上の遺伝子又は前記遺伝子にコード化される一以上のタンパク質の発現を測定することを含む。ある態様では、本明細書に記載されるように、ＲＡのサブタイプは、Ｌサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表１、表５又は表１０に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５である。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルは１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプとして同定される。特定の実施態様において、ＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプとして同定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表２、表６又は表１１に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、���ＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表３又は表７又は表１２に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表４又は表８又は表１３に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
【００２１】
別の態様において、ＲＡを有する被検者がＲＡ治療薬に反応するかどうかを予測する方法が提供され、その方法は被験者から得られた生体試料において、ＲＡの特定のサブタイプと関連する遺伝子特性の一以上の遺伝子又は前記遺伝子にコード化される一以上のタンパク質の発現（タンパク質特性）を測定することを含む。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及びＲＦから選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２抗体、ＣＤ２０抗体、ＢＲ３抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。特定の実施態様において、ＲＡを有する被検者がリツキシマブに反応するかどうかを予測する方法が提供され、その方法はＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦの血清レベルを測定することを含む。一実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。一実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。一実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高く、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。一実施態様において、血清がＲＦ陽性であり、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高く、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。
【００２２】
別の態様において、上述の遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。
【００２３】
さらに別の態様において、前述の遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。    
【００２４】
さらに別の態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
【００２５】
特定の実施態様において、ＲＡ治療薬は、サイトカイン／ケモカイン、リンパ球、樹状細胞、マクロファージ、繊維芽細胞、骨芽細胞及び破骨細胞から選択される生物学的経路を標的とする。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬は、ＴＮＦ阻害剤、Ｂ細胞アンタゴニスト、ＩＬ−１７Ａ／Ｆ結合剤、ＩＬ−６結合剤、ＣＤ２８／Ｂ７経路の阻害剤などの同時刺激の阻害剤、ＣＤ４結合剤から選択される。特定の実施態様において、ＣＤ２８／Ｂ７経路の阻害剤は、ＣＴＬＡ４−Ｉｇである。
【００２６】
さらに別の態様において、被検者のＲＡを診断又は予後診断する方法が提供され、その方法は被検者から得られた生体試料における特定のサブタイプと関連した一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質の発現を測定することを含む。ある態様において、本明細書に記載されているように、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプがＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、方法は、被検者から得られた血清思料におけるＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦのタンパク質発現を測定することを含む。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断又は予後診断される。特定の実施態様において、ＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断又は予後診断される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の一から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の両方である。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１���ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
【００２７】
更なる態様において、被検者のＲＡの診断又は予後診断を補助する方法が提供され、その方法は被検者から得られた生体試料における特定のサブタイプと関連する一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質の発現を測定することを含む。ある態様において、ＲＡのサブタイプは、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、方法は、被検者から得られた血清試料におけるＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦのタンパク質発現）を測定することを含む。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、ＬサブタイプＲＡの診断又は予後診断は補助される。特定の実施態様において、ＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＬサブタイプＲＡの診断又は予後診断は補助される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の一から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の両方である。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ���ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
【００２８】
ある態様において、ＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性が検出された被検者のＲＡを治療する方法が提供される。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプに関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタ��パク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。    
【００２９】
別の態様において、ＲＡの分子サブタイプを有する被検者を治療する方法が提供され、その方法はＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性が検出された被検者におけるサブタイプを治療するのに有効な治療剤を被検者に投与することを含む。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は本明細書にきさいされるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプに関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。ある種の実施形態では、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプ��ーブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
【００３０】
別の態様において、ＲＡを有するか有すると考えられ、ＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性が検出された被検者に薬剤を投与するという指示書と共に薬剤を梱包することを含む、ＲＡ治療薬を製造することを含む方法が提供される。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプロ��ブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
【００３１】
ある態様において、ＲＡ治療薬での治療のためにＲＡに苦しむ患者を選択するための方法が提供され、その方法はＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性の存在を検出することを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプに関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
【００３２】
別の態様において、被検者又は被検者から得られた生体試料のＲＡのステージを評価する方法が提供され、その方法は被検者から得られた生体試料中のＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性の存在を検出することを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性は表１又は表５に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、��ＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
【００３３】
さらに別の態様において、生体試料において分子サブタイプと関連する遺伝子特性を検出することを含む、患者のＲＡの分子サブタイプを診断するためのキットが提供される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＬサブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｍサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＭサブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ２サブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ１サブタイプを示す。特定の実施態様において、遺伝子発現レベルは、ｍＲＮＡレベルをアッセイすることにより測定される。特定の実施態様において、アッセイは、ＰＣＲ法及び／又はマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様において、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。一実施態様において、ＰＣＲ法はマルチプレックスＰＣＲである。特定の実施態様において、キットは、ヌクレアーゼ、リガーゼ及びポリメラーゼから選択される少なくとも一つの酵素を含む。
【００３４】
更なる態様において、患者の生体試料の分子サブタイプに関連する一以上のタンパク質の発現を検出することを含む、患者のＲＡの分子サブタイプを診断するためのキットが提供される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＬサブタイプを示す。特定の実施態様において、検出されるタンパク質は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５、ＲＦ及びその組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＭサブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ２サブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ１サブタイプを示す。特定の実施態様において、タンパク質分子は、抗体、ペプチド又はペプチボディである。さらなる実施態様において、キットは、タンパク質分子を検出するためのマイクロアレイチップを含む。
【００３５】
ある態様において、患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含む場合に、関節リウマチを治療するために患者にＲＡ治療薬の有効量を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストはＣＤ２０に対する抗体であり、ＣＤ２０に対する抗体はリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。
【００３６】
別の態様において、患者にＢ細胞アンタゴニストの有効量を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法であって、投与前に患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含むかを決定し、それによりＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその組合せの量が患者がアンタゴニストによる治療に反応するであろうことを示す方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストはＣＤ２０に対する抗体であり、ＣＤ２０に対する抗体はリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。
【００３７】
さらに別の態様において、患者にＢ細胞アンタゴニストの有効量を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法であって、投与前に患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含むかを決定し、それによりＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその組合せの量が患者がアンタゴニストによる治療に有利に反応する可能性が高いことを示す方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストはＣＤ２０に対する抗体であり、ＣＤ２０に対する抗体はリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。
【００３８】
さらに別の態様において、ターゲットオーディエンスに、得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを示す関節リウマチの患者又は患者集団を治療するために、アンタゴニスト又はその製薬的組成物の使用を宣伝することを含む、Ｂ細胞アンタゴニスト又はその製薬的に許容可能な組成物を宣伝広告するための方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
【００３９】
ある態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む製薬的組成物、及び製薬的に許容可能な担体、及び得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを示す関節リウマチの患者を治療するためのものであることを記載するラベル、が共に梱包された製品が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
【００４０】
別の態様において、Ｂ細胞アンタゴニスト又はその製薬的組成物を製造する方法であって、アンタゴニスト又は製薬的組成物、及び得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを示す関節リウマチの患者を治療するためのものであることを記載するラベル、を容器中に組み合わせることを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
【００４１】
さらに別の態様において、関節リウマチを有する患者のために治療方法の選択肢を提供する方法であって、得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを含む関節リウマチの患者を治療するという指示書を含む添付文書と共に、バイアル中のＢ細胞アンタゴニストを梱包することを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
【００４２】
さらに別の態様において、関節リウマチ患者亜集団に使用するためのＢ細胞アンタゴニストを特定するための方法であって、前記亜集団の血清試料中に１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せの存在により特徴付けられる患者亜集団にＢ細胞アンタゴニストを投与するという指示を提供することを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
【００４３】
ある態様において、関節リウマチ患者亜集団に用いるためのＢ細胞アンタゴニストのマーケティング方法であって、そのような亜集団の患者の血清試料における１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せの存在によって特徴づけられる患者亜集団の治療のためのアンタゴニストの使用についての情報をターゲットオーディエンスに知らせることを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、そのような亜集団の患者の血清試料はＲＦ陽性である。
【００４４】
別の態様において、関節リウマチを有する患者又は患者亜集団の治療を選択するための方法が提供され、その方法は：（ａ）患者の血清試料中のＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５の量又はこれらの量の両方を決定すること；（ｂ）血清試料がＲＦ陽性かＲＦ陰性かを決定すること；及び（ｃ）患者の試料がＲＦ陽性であり、１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを有する場合、治療としてＢ細胞アンタゴニストを選択すること、を含む。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】図１は、実施例１に記載されるようなＲＡ患者の滑膜組織のマイクロアレイ解析に続く、試料クラスター及び枝のサポート値を表しているデンドログラムを示す。
【００４６】
【図２】図２は、実施例１に記載されるようなＲＡの４つ分子表現型（サブタイプ）を明らかにするヒートマップ及びブートストラップデンドログラム（垂直線）を示す。Ｆ１＝繊維芽細胞−リッチ１型サブタイプ；Ｆ２＝繊維芽細胞−リッチ２型サブタイプ；Ｌ＝リンパ系リッチサブタイプ；Ｍ＝骨髄リッチサブタイプ。各々の分子表現型は、ブートストラップデンドログラムの上の図の最上位に示される；ヒートマップ内の遺伝子発現の周囲に対応するボックスが示され、同時制御された特性遺伝子の特異的な領域を強調している。発現データは、視覚化のためにｚ−スコア標準化された（図の下部にあるバー）。
【００４７】
【図３】図３は、実施例１に記載されるＬサブタイプ滑膜組織試料の分子的、臨床的、組織学的及び免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）非Ｌサブタイプ試料（ＮＬ）と比較したＬサブタイプ試料（Ｌ）のＸＢＰ１転写因子の発現；（Ｂ）リンパ系の凝集体を欠く滑膜試料（−）と比較したリンパ系の凝集体（＋）を含む滑膜試料におけるＸＢＰ１転写因子の発現；（Ｃ）試験した全てのＲＡ試料におけるＸＢＰ１発現レベルと比較した赤血球沈降速度（ＥＳＲ）（「沈降速度」）のグラフィカルプロット；（Ｄ）試験した全てのＲＡ試料におけるＸＢＰ１発現レベルと比較したＣ反応性タンパク質のグラフィカルプロット；（Ｅ）Ｌサブタイプの代表的な滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｆ）Ｌサブタイプの代表的な滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｇ）Ｌサブタイプの代表的な滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｈ）Ｌサブタイプの代表的な試料ののＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
【００４８】
【図４】図４は、実施例１に記載されるＭサブタイプ滑膜組織試料の分子的、組織学的及び免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）他のサブタイプ（Ｆ１、Ｆ２、Ｌ）の発現と比較したＭサブタイプ試料（Ｍ）におけるＩＣＡＭ１の発現；（Ｂ）Ｍサブタイプ試料におけるＴＮＦ遺伝子発現と比較したＩＬ１遺伝子発現のグラフィカルプロット；（Ｃ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｄ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｅ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｆ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料のＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
【００４９】
【図５】図５は、実施例１に記載されるＦ２サブタイプ滑膜組織試料の分子的、組織学的免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）他のサブタイプ（Ｆ１、Ｌ及びＭ）の発現と比較したＦ２サブタイプ試料（Ｆ１）におけるＩＬ１７Ｄの発現；（Ｂ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｃ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｄ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｅ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料のＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
【００５０】
【図６】図６は、実施例１に記載されるＦ１サブタイプ滑膜組織試料の分子的、組織学的及び免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）他のサブタイプ（Ｆ２、Ｌ及びＭ）の発現と比較したＦ１サブタイプ試料（Ｆ１）におけるＩＬ１７Ｄの発現；（Ｂ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｃ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｄ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｅ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料のＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
【００５１】
【図７】図７は、実施例１に記載される分子サブタイプによる、リンパ系クラスターの試料の割合を示す。Ｆ１、Ｆ２、Ｌ及びＭ分子サブタイプは、底面の軸に沿って示される。
【００５２】
【図８】図８は、実施例１に記載されるように、各々の示された分子サブタイプの、ＲＡの特定の典型的なマーカーについての特定の試料の値を示す。（Ａ）赤血球沈降速度（ＥＳＲ）（ｍｍ／ｈｒ）；（Ｂ）Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）（ｍｇ／ｄＬ）；（Ｃ）ステージ別のエックス線検査の進行。Ｆ１、Ｆ２、Ｌ及びＭ分子サブタイプは、底面の軸に沿って（Ａ）−（Ｃ）のそれぞれについて示される；各々の点は、個々の試料についての値を表す。
【００５３】
【図９】図９は、実施例１に記載される各々のサブタイプに特異的な遺伝子特性の統計解析によって同定される各々の分子サブタイプの生物学的経路を示す。ヒートマップは解析の結果を表す。サブタイプＦ１、Ｆ２、Ｌ及びＭのそれぞれはヒートマップの上部に記載される；生物学的経路はヒートマップの右側に沿って示される；ヒートマップ中の灰色の濃淡は、図の底面に示されるスケールによる、各々のサブタイプの中で統計学的に多い経路についてのｐ値に対応する。
【００５４】
【図１０】図１０は、実施例２に記載されるように、マイクロアレイ解析によって差次的に発現することが見い出された選択された遺伝子の検証を示す。（Ａ）Ｆ１特異的な転写産物；（Ｂ）Ｆ２特異的な転写産物；（Ｃ）Ｌ特異的な転写産物；（Ｄ）Ｍ特異的な転写産物。（Ａ）−（Ｄ）のそれぞれにおいて、遺伝子転写物の名称はグラフの上部に示される；サブタイプＦ１、Ｆ２、Ｌ及びＭのそれぞれのは、正常（Ｎｒｍｌ）及び骨関節炎（ＯＡ）個体と共に各々のグラフの水平軸に示される；ハウスキーピング遺伝子（ＨＰＲＴ１）と比較して多量の転写産物は、各々のグラフの垂直軸に示される。
【００５５】
【図１１】図１１は、実施例３に記載されるように、健常なコントロールと比較した、リツキシマブの投薬前のＲＥＦＬＥＸ試験におけるＲＡ患者の（Ａ）血清ｓＦｃＲＨ５レベル及び（Ｂ）血清ＣＸＣＬ１３レベルのグラフィカルプロットを示す。血清ｓＦｃＲＨ５レベルは、（Ａ）の垂直軸（ｎｇ／ｍｌ）にプロットされる；血清ＣＸＣＬ１３レベルは、（Ｂ）の垂直軸（ｐｇ／ｍｌ）にプロットされる；健常なコントロール及びＲＡ患者は、（Ａ）及び（Ｂ）の水平軸に示される。
【００５６】
【図１２】図１２は、実施例３に記載されるように、ＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５データの限界感度解析の結果を示す。ストライプのバー：リツキシマブを処理された患者；オープンバー：プラセボを処理された患者；バーの幅は、集団の患者数を反映する；図の右側は、９５％信頼区間（ＣＩ）での、高バイオマーカー集団及び低バイオマーカー集団間のプラセボ修正最適サブグループの有効性の相違を示す。
【００５７】
【図１３】図１３は、実施例３に記載されるように、ＲＥＦＬＥＸ試験（Ａ）及びＳＥＲＥＮＥ試験（Ｂ）におけるｓＦｃＲＨ５レベル及びＲＦ血清陽性によって定義される患者サブセットのプラセボ対照２４週間ＡＣＲ５０奏効率を示す。ストライプのバー、リツキシマブを処理された患者；オープンバー、プラセボを処理された患者。患者サブセットは、水平軸に示される（全ての患者、ＦｃＲＨ５ｌｏ又はｈｉ、ＲＦ陰性又は陽性）；そのサブセットにおける患者の総数と比較した、各々のサブセットにおけるＡＣＲ５０反応を示す患者数は、それぞれのバーの上に示される。プラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率（ΔＡＣＲ５０）もまた、各々のサブセットについてグラフの上部に示される。
【００５８】
【図１４】図１４は、実施例３に記載されているように、ＲＥＦＬＥＸ試験におけるｓＦｃＲＨ５レベル、ＣＸＣＬ１３レベル及びＲＦ血清陽性によって定義される患者サブセットのプラセボ対照２４週間ＡＣＲ５０奏効率を示す。ストライプのバー、リツキシマブを処理された患者；オープンバー、プラセボを処理された患者。患者サブセットは、水平軸に示される（全ての患者、ＦｃＲＨ５ｌｏ又はｈｉ、ＣＸＣＬ１３ｌｏ又はｈｉ、ＲＦ陰性又は陽性）；そのサブセットにおける患者の総数と比較した、各々のサブセットにおけるＡＣＲ５０反応を示す患者数は、それぞれのバーの上に示される。プラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率（ΔＡＣＲ５０）もまた、各々のサブセットについてグラフの上部に示される。
【発明の詳細な説明】
【００５９】
特に定義されない限り、本願明細書において用いられる専門的及び科学的な用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって共通して理解されるのと同じ意味を有する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｊ．  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  （Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．  １９９４）及びＭａｒｃｈ，  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ４ｔｈ  ｅｄ．，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  （Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．  １９９２）は、本出願において用いられる用語の多くについての、一般的な指針を当業者に提供する。
【実施例】
【００６０】
以下は、本発明の方法及び組成物の例である。上記の一般的な記載を前提に、その他様々な実施態様が実施され得ることはよく理解されている。
【００６１】
実施例１  
方法及び被検者
被検者及び滑膜の生検
ヒト被験者から得られる検体が関与する全ての手法は、ミシガン大学治験委員会の承認が得られたプロトコルの下で行われた。ヒト滑膜組織はＲＡの米国リウマチ学会によって開発された７つの基準のうちの少なくとも４つの存在に基づいてＲＡと診断された患者の発症した関節から滑膜切除術によって得られた（Ａｒｎｅｔｔ，  Ｆ．  Ｃ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．，  ３１：  ３１５−３２４  （１９８８））。切除された組織は、直ちに液体窒素で瞬間凍結され、−８０℃で保存された。適合する組織学切片のために、試料は一次的に−２０℃にして、クリオスタットで切片化され、直ちに−８０℃に戻した。凍結された試料は、ＱｉａｇｅｎブランドＲＬＴ中でホモジナイズされ、ＲＮＡは製造業者推奨プロトコルに従って単離された（Ｑｉａｇｅｎ，  Ｖａｌｅｎｃｉａ，  ＣＡ）。
【００６２】
方法
マイクロアレイハイブリダイゼーション
ｃＲＮＡの調製及びアレイハイブリダイゼーションのための方法は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｉｎｃ．（Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，  ＣＡ）によって提供された。簡潔に、３μｇのトータルＲＮＡは、ｃＤＮＡ合成キットＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  Ｃｈｏｉｃｅ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，  Ｃａｒｌｓｂａｄ，  ＣＡ）及びＴ７−（ｄＴ）２４オリゴマープライマー（Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｏｖａｔｏ，  ＣＡ）を用いて二本鎖ｃＤＮＡに変換された。二本鎖ｃＤＮＡは、親和性樹脂Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｌｅａｎｕｐ  Ｍｏｄｕｌｅ  Ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｉｎｃ．）を用いて精製され、次いでエタノール沈澱された。標識されたｃＲＮＡは、インビトロ転写試薬（Ｅｎｚｏ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，  ＮＹ）中で、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼ及びビオチン標識ヌクレオチドを用いてｃＤＮＡから生成された。標識されたｃＲＮＡは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｌｅａｎｕｐ  Ｍｏｄｕｌｅ  Ｋｉｔを用いて精製された。標識されたｃＲＮＡの量は、２６０ｎｍにおける吸光度を測定し、２６０ｎｍにおける１ＯＤが４０ｇ／ｍｌのＲＮＡに相当するという慣例を用いることで測定された。１５マイクログラムの標識されたｃＲＮＡは、４０ｍＭトリス−酢酸塩ｐＨ  ８．１、１００ｍＭ酢酸カリウム及び３０ｍＭ酢酸マグネシウム中で３０分間、９４℃でインキューベートすることによって断片化された。試料は、６０ｒｐｍに設定されたローティッセリーオーブンで１９時間、４５℃でＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｉｎｃ．）にハイブリダイズされた。アレイは洗浄され、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーションにおいて染色され、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ｓｃａｎｎｅｒ  ３０００でスキャンされた。データ解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）オペレーティングシステム及び解析ソフトウェアを用いて行われた。
【００６３】
組織病理学及び免疫組織化学
染色は、アセトンで固定されたヒト滑膜組織の５μｍ厚凍結切片に対して行われた。切片のいくつかは、組織学的評価のために、ヘマトキシリン‐エオジンで染色された。他の切片は、３０分間１０％血清でブロッキングされ、以下の系統マーカー（ＣＤ２０−マウス抗ヒトクローンＬ２６、５ｇ／ｍｌ、Ｄａｋｏ；ＣＤ３−ウサギ抗ヒト抗体ＳＰ７、１：２００希釈、ＮｅｏＭａｒｋｅｒｓ；及びＣＤ６８−マウス抗ヒトクローンＫＰ−１、２．５ｇ／ｍｌ、Ｄａｋｏ）を発現する細胞の検出のために染色された。全ての免疫組織化学染色は、種特異的な、ビオチン化二次抗体及び３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）で検出された。
【００６４】
統計解析
マイクロアレイデータの統計解析は、統計プログラミング環境Ｒ（ＵＲＬで利用可能：ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）及び商業的に入手可能なＳｐｏｔｆｉｒｅ  Ｄｅｃｉｓｉｏｎ  Ｓｉｔｅ（ＴＩＢＣＯ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｉｎｃ，  Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，  ＣＡ）において利用可能なオープンソースツールを用いて行われた。分子サブタイプの同定は、オープンソースのＲパッケージであるＰｖｃｌｕｓｔを用いたマルチスケールブートストラップリサンプリングによって行われた（Ｓｈｉｍｏｄａｉｒａ，  Ｈ  ａｎｄ  Ｓｕｚｕｋｉ，  Ｒ．，  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，  ２２（１２），  ２００６）。差次的に発現された遺伝子のヒートマップ視覚化及び同定は、Ｓｐｏｔｆｉｒｅにより提供される分散分析を用いて行われた。それぞれのサブタイプで有意に大きな割合を占める経路の同定は、開発者の推奨プロトコルに続いて、ＣｏＰｕｂを用いて行われた（Ｆｒｉｊｔｅｒｓ，  Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ３６：  Ｗ４０６−Ｗ４１０  （Ｗｅｂ  ｓｅｒｖｅｒ  ｉｓｓｕｅ  ｄｏｉ：  １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｎ２１５）  （２００８））；  ＵＲＬ：ｓｅｒｖｉｃｅｓ．ｎｂｉｃ．ｎｌ／ｃｇｉ  ｂｉｎ／ｃｏｐｕｂ／ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ＿ａｎａｌｙｓｉｓ．ｐｌで利用可能。簡潔には、各々のサブタイプで特異的に上方制御されたＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット識別子（上位１０００にランク付けされたプローブセット）がウェブサーバーにアップロードされた。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３Ａ  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｉｎｃ．）は背景データセットとして選択され、サーチカテゴリーは生物学的プロセスに限定し、全ての算出設定はそれらのデフォルトとした。結果データは、パソコンに保存され、Ｓｐｏｔｆｉｒｅの比較ヒートマップ視覚化のためにフォーマットされた。
【００６５】
分類指標の同定：分子表現型の訓練及び試験
２０，７７６のプローブ及びクラス標識からなるフィルター処理された発現データセットを用いて、我々は、（ｉ）その他の３つのサブタイプから各々の推定上の患者サブクラス区別する、又は（ｉｉ）互いに４つ全てのサブクラスを互いに区別することができる、一連の２−クラス及びマルチクラス分類モデルを構築することを求めた。我々は、本明細書において、そのような分類モデルを「分類指標」と呼ぶ。複数の試料が同じ患者で利用可能だった場合には、その患者の試料はモデルを始めるためにランダムに選択された。変数（プローブ）の選択及びモデル訓練は、ＣＭＡパッケージを用いて行われた（Ｓｌａｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ９：４３９  （２００８））。２−クラスモデルの場合、変数選択は、その２−試料ｔ−統計の絶対値又はそのロバストウィルコクソン統計値に従って、特定のクラス標識とのそれぞれのプローブの関連性をランク付けすることによって行われた。マルチクラスモデルでは、それぞれのプローブは、４つ全ての推定上のクラスについて、その一元Ｆ−統計又はそのロバストＫｒｕｓｋａｌｌ−Ｗａｌｌｉｓ試験統計の値によってランク付けされた。試験統計の値は、１つ抜き交差確認法（ＬＯＯＣＶ）を４８回、又はクラスサイズが十分に大きいと考えられた場合（すなわちＦ２、Ｌ及びＭ２−クラスモデルについて）は５倍交差確認法を１００回以上記録した。試験統計のそれぞれのモデル及び選択のために、交差確認法のそれぞれの回において、最大かつ最も有意な試験統計値を有する上位２０のプローブのリストが保持された。プローブが上位２０の最も強く関連しているプローブのリストに見られた交差確認法の回数（又は割合）の算出に基づいて、プローブ特異的な投票ベースの変数重要性尺度が作成された。  
【００６６】
ＣＭＡパッケージで線形判別分析（ＬＤＡ）を行い、これらの特異的な４８の患者試料を用いることで得られた推定上のクラス標識が、クラスタリング結果の当初の推定された標識と比較された。サニティーチェックとして、変数選択及びＬＤＡステップが順序を変えたクラス標識を用いて繰り返され、誤分類の割合の増加が生じた。
【００６７】
２色マイクロアレイプラットフォーム（Ｌｉｎｄｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，  ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ５（６）：  ｅ１１３１０  （２０１０））についての公的に利用可能な独立試験データは、訓練データから構成されるモデルの頑健性を評価するために用いられた。各々のＲＡ患者ｔｗｏ−ｔｗｏ−ｗａｙモデルのために及びマルチ・クラス・モデルのために、パラメータ又は頑健な試験統計値の選択を通じて凝集され、交差確認法の上位２０のプローブのリストの特定の回において見られる固有のプローブセットは、訓練データについてＲのＭＡＳＳパッケージを用いてＬＤＡモデルに適用される（Ｖｅｎａｂｌｅｓ，  Ｗ．  Ｎ．  ＆  Ｒｉｐｌｅｙ，  Ｂ．  Ｄ．  （２００２）  Ｍｏｄｅｒｎ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｗｉｔｈ  Ｓ．  Ｆｏｕｒｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ．  ＩＳＢＮ  ０−３８７−９５４５７−０）ＬＯＯＣＶを用いて、新規な予測クラス標識が、訓練データについて構築されたＬＤＡモデルを新しい試験セットデータに適用させることで得られた。２つのデータセット間のプローブは、それらの固有のＥｎｔｒｅｚ遺伝子識別番号によって連結された。いずれかのデータセットの複数のプローブが特定のＥｎｔｒｅｚ遺伝子番号に位置した場合には、固有のプローブは特定の遺伝子を表すために選択された。元のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ訓練データにおいて、複数回のＬＯＯＣＶを通して最も高い変数重要性スコアを有するプローブが選択された。同数の場合、１つのプローブがランダムに選択された。試験データにおいて特有の代表的なプローブも、ランダムに選択された。試験データセットにおける欠測データは、そのプローブの発現中央値を用いて帰属させた。ＬＤＡを行う前に、訓練及び試験データを、同等の条件にするために、中心化及び拡大、縮小した。それぞれ４つの分子表現型のための分類指標は、下記に提供される。
【００６８】
分子表現型（サブタイプ）の同定
例えば、ＲＡの病因学及び進行において重要な分子経路のさらなる理解の基礎としての遺伝子発現パターンを評価するため、及び診断及び予後診断の目的のための潜在的な治療的標的及びバイオマーカーを同定するために、ＲＡを有する患者から単離された滑膜組織についての遺伝子発現マイクロアレイ実験が行われた。５０人のＲＡ患者から切除された８１の滑膜組織試料についての遺伝子発現マイクロアレイ実験は、全ゲノム発現アレイであるＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｉｎｃ．）を用いて行われた。発現データは、製造業者から提供されたソフトウェアであるＭＡＳ５を用いて正規化され、５００に標準化され、対数変換及びｚ−スコア化された。少なくとも１００の最小限の発現を有し、全ての試料におけるプローブの平均発現量と比較して少なくとも５つの試料において１．５の標準偏差で異なる場合、そのプローブは解析に含まれた。この評価から２０，７７６のプローブが生じ、それらは１０，０００の反復に代えてランダムに抽出され、アグロメレーションのために距離メトリック及び平均連結法として相関を用いてクラスタリングされた。図１に示された結果として生じたデンドログラムは、試料クラスタリング及び結果として生じたブートストラップ分岐サポート値を表す。
【００６９】
我々は、マイクロアレイ実験（図２）の結果から生じたヒートマップを解析し、異なるＲＡ分子サブタイプ間で差次的に発現される遺伝子の相対的な発現量に基づいて、ＲＡの４つの分子サブタイプを同定した。我々は、試料を、ブートストラップデンドログラム（図２）から推定した４つの異なる群に割り振った。対数変換された発現データの分散分析は、それぞれの群において差次的に発現した遺伝子を同定した。階層的クラスター分析は、統計学的に有意なプローブ（ｐ＜１．０Ｅ−６を有する５５０１のプローブ）について行われた。発現データは、視覚化のためにｚ−スコアで標準化された。
【００７０】
図２に示されるように、試料の最も大きい群（４５％）は、本明細書にリンパ系リッチ（Ｌ）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｌ」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、８７％ブートストラップサポート）。これらの試料は、広範囲なリンパ系浸潤及びろ胞様リンパ球のクラスターを共有した（それぞれｐ＜０．０１）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、Ｂ細胞、プラズマ細胞、Ｔ細胞及びマクロファージのパターン特性を明らかにし、Ｂ及びＴ細胞活性化、アイソタイプスイッチ、Ｉｇ分泌及びサイトカイン産生を含む特定の経路に関与していた。表５は、Ｌサブタイプと関連するプローブセット（及び関連する遺伝子）のリストを提供する。これらは、以下の基準を用いたマイクロアレイデータから同定された：（１）倍数変化  ＞  １．５（Ｌサブタイプ中）；（２）ｔ検定ｐ値  ＜  ０．０００１；及び（３）以下のタンパク質の分子カテゴリーの少なくとも一に属すると注釈が付けられている：分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、キナーゼタンパク質、Ｇ結合タンパク質受容体タンパク質、ホスファターゼタンパク質、核受容体タンパク質、イオンチャネルタンパク質、Ｅ３−リガーゼタンパク質、脱ユビキチン化酵素タンパク質。
【００７１】
下記の表１は、Ｌサブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表５のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。表１において同定された遺伝子は、細胞表面発現及び分泌の特性を共有するタンパク質をコード化する。それらの特性を有するタンパク質は、場合により、例えばモノクローナル抗体の目標となり、その場合は治療的標的であると考えられる。分泌タンパク質及び細胞膜から切断された産物は、場合によって、測定され、その場合はバイオマーカーであると考えられる。
表１．特定のＬサブタイプの治療標的及びバイオマーカー
【表１−０１】
2013503643.tif 000003
【表１−０２】
2013503643.tif 000004
【表１−０３】
2013503643.tif 000005
【００７２】
上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的方法を用いて、以下の表１０に示されるように、Ｌ表現型分類指標が同定された。
表１０．Ｌ表現型（サブタイプ）分類指標の遺伝子及びプローブ
【表１０−０１】
2013503643.tif 000006
【表１０−０２】
2013503643.tif 000007
【００７３】
図２に示されるように、試料の他の群（２１％）は、本明細書に骨髄系リッチ（Ｍ）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｍ」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、６７％分岐サポート）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、モノサイト、マクロファージ、好中球及びリンパ球のパターン特性を明らかにし、マクロファージ活性化、貪食作用、呼吸性バースト、Ｔ細胞活性化及びサイトカイン産生を含む特定の経路に関与していた。さらに、このサブタイプは、関節血管分布と逆相関していた（ｐ＜０．０５）。表６は、Ｍサブタイプと関連しているプローブセット（及び関連する遺伝子）のリストを提供する。これらは、以下の基準を用いてマイクロアレイデータから同定された：（１）倍数変化  ＞  １．５（Ｍサブタイプ中）；（２）ｔ検定ｐ値  ＜  ０．０００１；及び（３）以下のタンパク質の分子カテゴリーの少なくとも一に属すると注釈が付けられている：分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、キナーゼタンパク質、Ｇ結合タンパク質受容体タンパク質、ホスファターゼタンパク質、核受容体タンパク質、イオンチャネルタンパク質、Ｅ３−リガーゼタンパク質、脱ユビキチン化酵素タンパク質。
【００７４】
下記の表２は、Ｍサブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表６のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。表２において同定された遺伝子は、細胞表面発現及び分泌の特性を共有するタンパク質をコード化する。それらの特性を有するタンパク質は、場合により、例えばモノクローナル抗体の目標となり、その場合は治療的標的であると考えられる。分泌タンパク質及び細胞膜から切断された産物は、場合によって、測定され、その場合はバイオマーカーであると考えられる。
表２． 特定のＭサブタイプ治療標的及びバイオマーカー。
【表２−０１】
2013503643.tif 000008
【表２−０２】
2013503643.tif 000009
【００７５】
上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的手法を用いて、以下の表１１に示されるように、Ｍ表現型分類指標が同定された。
表１１．Ｍ表現型（サブタイプ）分類指標遺伝子及びプローブ
【表１１−０１】
2013503643.tif 000010
【表１１−０２】
2013503643.tif 000011
【００７６】
図２に示すように、２つの非炎症性分子サブタイプが同定された。第一の群（２２％）は、本明細書に繊維芽細胞リッチ２型（Ｆ２）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｆ２」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、９４％分岐サポート）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、繊維芽細胞及び骨芽細胞のパターン特性を明らかにし、骨の形成、増殖及び分化、ｗｎｔ−シグナリング及び腫瘍形成を含む特定の経路に関与していた。Ｆ２遺伝子発現特性は、リンパ球及びＣＤ１５＋細胞浸潤と逆相関していた（それぞれｐ＜０．０１）。第二の非炎症性群（２２％）は、本明細書に繊維芽細胞リッチ１型（Ｆ１）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｆ１」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、８８％分岐サポート）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、繊維芽細胞、破骨細胞及び骨芽細胞のパターン特性を明らかにし、骨の破壊及び脈管形成を含む特定の経路に関与していた。さらに、Ｆ１サブタイプは、他のサブタイプと比較して滑膜のライニング過形成とより高度に関連していた。表７及び８は、それぞれＦ２及びＦ１サブタイプと関連するプローブセット（及び関連する遺伝子）のリストを提供する。これらは、以下の基準を用いてマイクロアレイデータから同定された：（１）倍数変化  ＞  １．５（Ｌサブタイプ中）；（２）ｔ検定ｐ値  ＜  ０．０００１；及び（３）以下のタンパク質の分子カテゴリーの少なくとも一に属すると注釈が付けられている：分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、キナーゼタンパク質、Ｇ結合タンパク質受容体タンパク質、ホスファターゼタンパク質、核受容体タンパク質、イオンチャネルタンパク質、Ｅ３−リガーゼタンパク質、脱ユビキチン化酵素タンパク質。
【００７７】
下記の表３は、Ｆ２サブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表７のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。
下記の表３は、Ｆ１サブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表８のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。表３及び４において同定された遺伝子は、細胞表面発現及び分泌の特性を共有するタンパク質をコード化する。それらの特性を有するタンパク質は、場合により、例えばモノクローナル抗体の目標となり、その場合は治療的標的であると考えられる。分泌タンパク質及び細胞膜から切断された産物は、場合によって、測定され、その場合はバイオマーカーであると考えられる。
表３．特定のＦ２サブタイプ治療標的及びバイオマーカー。
【表３−０１】
2013503643.tif 000012
【表３−０２】
2013503643.tif 000013
表４． 特定のＦ１サブタイプ治療標的及びバイオマーカー。
【表４−０１】
2013503643.tif 000014
【表４−０２】
2013503643.tif 000015
【表４−０３】
2013503643.tif 000016
【００７８】
上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的手法を用いて、以下の表１２に示されるように、Ｆ２表現型分類指標が同定された。
表１２．Ｆ２表現型（サブタイプ）分類指標遺伝子及びプローブ
【表１２−０１】
2013503643.tif 000017
【表１２−０２】
2013503643.tif 000018
【００７９】
上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的手法を用いて、以下の表１３に示されるように、Ｆ１表現型分類指標が同定された。
表１３．Ｆ１表現型（サブタイプ）分類指標遺伝子及びプローブ
【表１３−０１】
2013503643.tif 000019
【表１３−０２】
2013503643.tif 000020
【００８０】
それぞれの分子サブタイプをさらに特徴づけ、それぞれの分子サブタイプの遺伝子発現特性及びＲＡの臨床的と組織学的特徴との関連性を見いだすために、それぞれの分子サブタイプの試料はそのサブタイプにおいて主に発現される一以上の特定の遺伝子の発現について解析された。特定の試料は、炎症の全身性測定値、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）及びＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルとの関連性についても評価された。エックス線検査の進行度との関連性についても評価された。さらに、試料を組織学的及び免疫組織化学的解析に供した。
【００８１】
図３は、Ｌサブタイプ試料についてのこれらの研究結果を示す。図３Ａは、転写因子ＸＢＰ１が他のサブタイプ（ＮＬ）の試料と比較してＬサブタイプ試料（Ｌ）において上方制御されることを示す。したがって、ＸＢＰ１の発現は、Ｌサブタイプ特異的な代替マーカーである。さらにまた、図３Ｂは、ＸＢＰ１発現がリンパ球凝集体を欠く試料（−）と比較してリンパ球凝集体を含む滑膜試料（＋）において有意に上方制御されることを示す。図３Ａ及び３Ｂの箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。図３は、ＸＢＰ１発現がＥＳＲ（図３Ｃ）又はＣＲＰレベル（図３Ｄ）とは関連していないことも示している。図３Ｅ−Ｈは、Ｌサブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図３Ｅは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図３Ｆは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図３Ｇは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図３Ｈは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
【００８２】
図４は、Ｍサブタイプ試料の特性評価を示す。図４Ａは、遺伝子ＩＣＡＭ１が、他のサブタイプ（Ｆ１、Ｆ２及びＬ）の試料と比較してＭサブタイプ試料（Ｍ）において上方制御されることを示す。図４Ａにおいて、箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。したがって、ＩＣＡＭ１の発現は、Ｍサブタイプ特異的な代替マーカーである。図４Ｂは、Ｍサブタイプ試料におけるＴＮＦ遺伝子発現と比較したＩＬ１遺伝子発現のグラフィカルプロットである。プロットは、Ｍサブタイプの滑膜試料におけるＩＬ１遺伝子発現とＴＮＦ遺伝子発現が相関していることを示す。この相関は、その他の３つの分子サブタイプにおいて観測されなかった（データ未掲載）。図４Ｃ−Ｆは、Ｍサブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図４Ｃは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図４Ｄは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図４Ｅは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図４Ｆは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
【００８３】
図５は、Ｆ２サブタイプ試料の特性評価を示す。図５Ａは、遺伝子ＩＬ１７Ｄが他のサブタイプ（Ｆ１、Ｌ及びＭ）の試料と比較してＦ２サブタイプ試料（Ｍ）において上方制御されることを示す。図５Ａにおいて、箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。したがって、ＩＬ１７Ｄの発現は、Ｆ２サブタイプ特異的な代替マーカーである。図５Ｂ−Ｅは、Ｆ２サブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図５Ｂは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図５Ｃは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図５Ｄは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図５Ｅは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
【００８４】
図６は、Ｆ１サブタイプ試料の特性評価を示す。図６Ａは、遺伝子ＩＴＧＡ１１が他のサブタイプ（Ｆ２、Ｌ及びＭ）の試料と比較してＦ１サブタイプ試料（Ｍ）において上方制御されることを示す。図６Ａにおいて、箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。したがって、ＩＴＧＡ１１の発現は、Ｆ１サブタイプ特異的な代替マーカーである。図６Ｂ−Ｅは、Ｆ１サブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図６Ｂは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図６Ｃは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図６Ｄは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図６Ｅは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
【００８５】
各々のサブタイプについて、我々は特定の関節から得られた試料の数を測定した。このデータは、以下の表９に示される。
表９．分子サブタイプによる関節の分布。
【表９】
2013503643.tif 000021
【００８６】
上記のように、我々は、Ｌサブタイプのろ胞様リンパ球クラスターを観測した。我々は、Ｌサブタイプに加えてその他の３つのサブタイプそれぞれの試料の組織学的切片を解析し、リンパ系クラスター（又は凝集体）を示すそれぞれのサブタイプの試料の割合を定量した。結果を図７に示す。図７に示すように、Ｌサブタイプ試料の約６０％がリンパ系クラスターを有したが、Ｆ２及びＭサブタイプ試料のかなり少ない割合（＜  １０％）がリンパ系クラスターを有した。Ｆ１サブタイプ試料のさらに小さい割合（２％−３％）がリンパ系クラスターを有した。これらの結果は、Ｌサブタイプ遺伝子発現特性が関節における系統的なリンパ系の構成の存在と関連していることを示す。
【００８７】
それぞれのサブタイプと、炎症の全身性測定値、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）及びＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルならびにＸ線検査の進行度との関連性が評価された。ＥＳＲ、ＣＲＰ及びエックス線検査の評価は、当業者に周知の標準的な方法に従って行われた。これらの関連性は、視覚的に図８Ａ−Ｃに示される。図８Ａ−Ｃに示すように、サブタイプのいずれも、ＥＳＲ、ＣＲＰ及び／又はエックス線検査の進行度とは明らかに関連していない。上記のように、ＥＳＲ、ＣＲＰレベル及びエックス線検査の進行度は、ＲＡの診断マーカーとして使用され、それぞれにはある程度の制限がある。Ｐｉｎａｌｓ，  Ｒ．Ｓ．，  ｅｔ．  ａｌ．，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ２４：１３０８  （１９８１）及びＦｅｌｓｏｎ，  Ｄ．Ｔ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ３８：  ７２７−３５  （１９９５）を参照のこと。したがって、本明細書に記載される遺伝子発現特性は、例えば、本明細書に記載される方法を用いて使用され、先の診断マーカー又は方法の制限を向上又は回避する新規な診断組成物を提供するが、これに限定されるものではない。
【００８８】
それぞれの分子サブタイプに関係していると示される生物学的経路を同定するために、それぞれのサブタイプに特異的な遺伝子特性の統計解析（経路解析）が行われた。この解析結果は、図９に示されるヒートマップに表される。それぞれの分子サブタイプはヒートマップの上部に記載され、生物学的経路はヒートマップの右側に沿って提供される。ヒートマップは、図の底部に示されるスケールに従って、それぞれのサブタイプの統計学的に豊富な経路のｐ値のログを表すために、濃淡を付けられている。統計学的に豊富な経路は、開発者の推奨プロトコルにしたがって、公的に利用可能なウェブ−サービス、ＣｏＰｕｂを用いて同定された（Ｆｒｉｊｔｅｒｓ，  Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ３６：  Ｗ４０６−Ｗ４１０  （Ｗｅｂ  ｓｅｒｖｅｒ  ｉｓｓｕｅ  ｄｏｉ：  １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｎ２１５）  （２００８））；  ＵＲＬ：ｓｅｒｖｉｃｅｓ．ｎｂｉｃ．ｎｌ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｃｏｐｕｂ／ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ＿ａｎａｌｙｓｉｓ．ｐｌで利用可能。簡潔には、それぞれのサブタイプで特異的に上方制御されたＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット識別子（上位１０００までにランク付けされたプローブセット）は、ウェブサーバにアップロードされた。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３Ａ  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｉｎｃ．）は、背景データセットとして選択され、サーチカテゴリーは生物学的プロセスに限定され、全ての算出設定はそれらのデフォルトとした。結果データは、パソコンに保存され、比較視覚化のためにフォーマットされた。図９に示されるように、Ｌサブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えばＢ及びＴ細胞活性化及びサイトカイン産生を含む；Ｍサブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えばマクロファージ活性化、貪食作用、呼吸性バースト及びサイトカイン産生を含む；Ｆ２サブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えば骨の形成、増殖及び分化、ｗｎｔ−シグナリング及び細胞周期を含む；及び、Ｆ１サブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えば骨芽細胞分化、骨再形成及び脈管形成を含む。
【００８９】
実施例２
実施例１において同定した分子４つの分子表現型（サブタイプ）をさらに特徴づけるために、それぞれの表現型の特異的な細胞型及び生物学的プロセスを示す選択された遺伝子は、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応法（ｑＰＣＲ）を用いて特異性について試験された。非ＲＡコントロールとして、我々は骨関節炎患者から得られた一組の滑膜試料（ＯＡ）及びＲＡではなく関節の外傷を患う患者から得られた一組の滑膜試料（正常［Ｎｒｍｌ］）を用いた。リアルタイムｑＰＣＲは、以下のように実行された。
【００９０】
ｃＤＮＡ合成はｉＳｃｒｉｐｔ  ＴＭｃＤＮＡ合成キット及びプロトコル（Ｂｉｏｒａｄ，  Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，  ＣＡ）を用いて行われた  。２００ｎｇのトータルＲＮＡは、４μｌの５×ｉＳｃｒｉｐｔＴＭ反応混合物、１μｌのｉＳｃｒｉｐｔＴＭ逆転写酵素及びヌクレアーゼを含まない水を含む２０μｌのｃＤＮＡ反応混合物に添加された。逆転写反応混合物は、２５℃で５分間、４２℃で３０分間及び８５℃で５分間インキューベートされた。
【００９１】
ｃＤＮＡ試料の遺伝子特異的な前増幅は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，  ＣＡ）を用いて行われた。合計７７の２０×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｓｓａｙｓの１μｌ（全てのアッセイはＦＡＭ  ＴＭ色素標識されたＭＧＢプローブＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，  ＣＡを含んだ）は、プールされ、１アッセイにつき０．２×の最終濃度にまで１×ＴＥバッファーで希釈された。試料につき、１．２５μｌのｃＤＮＡ、１．２５μｌのプールされたアッセイ混合物及び２．５μｌの２×ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）が混合された。前増幅反応は、９５℃で１０分間、及び９５℃で１５秒間と６０℃で４分間の１４サイクルというプロトコルを用いて、ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，  ＣＡ）中で行われた。熱サイクルの後、前増幅された試料は、１×ＴＥバッファーで５倍に希釈された。
【００９２】
４５の遺伝子及び３つのハウスキーピング遺伝子（ＨＰＲＴ１、ＧＡＰＤＨ及びＢ−Ａｃｔｉｎ）についてのマイクロアレイデータの半定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲでの検証は、ＢｉｏＭａｒｋ  ＴＭ  ４８．４８  Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｒｒａｙｓ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  ＣＡ）を用いて行われた。２．５μｌの前増幅されたｃＤＮＡ、２．５μｌのＴａｑＭａｎＴＭＵｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，  ＣＡ）及び０．２５μｌのＤＡ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｌｏａｄｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  ＣＡ）を含む試料混合物、及び２．５μｌの２０×ＴａｑＭａｎＴＭＧｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｓｓａｙ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，  ＣＡ）及び２．５μｌのＤＡ  Ａｓｓａｙ  Ｌｏａｄｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  ＣＡ）を含むアッセイ混合物が調製された。ＩＦＣ  ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｒ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  ＣＡ）のコントロールライン液での４８．４８  Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｒｒａｙの準備に続いて、５μｌの試料混合物はそれぞれの注入口にロードされ、５μｌのアッセイ混合物はチップの検出器注入口にロードされた。全ての試料は、二回ロードされた。チップは、その後試料及びアッセイをロードし、混合するためにＩＦＣ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｒに置かれ、ＢｉｏＭａｒｋ  ＴＭ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍに移動された。サイクルプログラムは、９５℃で１０分に続く９５℃で１５秒間と６０℃で１分間の４０サイクルで構成された。
【００９３】
データは、ＣＴ値を得るために、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．１．１、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  ＣＡ）を用いて解析された。相対存在量は、以下の化学式に従って算出された：２＾（平均ＣＴ遺伝子Ａ−平均ＣＴ  ＨＰＲＴ１）。ＨＰＲＴ１は、最も安定したハウスキーピング遺伝子であった。結果は図１０Ａ−Ｄに示される。
【００９４】
図１０Ａ−Ｄのそれぞれにおいて、それぞれの試料のそれぞれの遺伝子についてのボックス−プロットは、分子表現型Ｆ１、Ｆ２、Ｌ及びＭによって分類されて示される。５人の健常コントロール（Ｎｒｍｌ）及び４１人の非炎症性骨関節炎（ＯＡ）試料は、参考のために含まれた。それぞれのプロットのボックスは、２５〜７５パーセンタイルを表し、水平線は中央値を表し、ひげは９５％信頼区間の評価を表し、個々の点はそれぞれの観測に相当する。
【００９５】
Ｆ１表現型の結果は、図１０Ａに示される。Ｐｅｒｉｏｓｔｉｎ（ＰＯＳＴＮ）はＦ１特異的な転写産物として検証された（図１０Ａ）。ＰＯＳＴＮが一定の機械的ストレスにかけられたコラーゲンリッチ線維性結合組織において主に発現されることが示された（Ｏｋｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ．  ８８（１）：  ５７−６３  （２００８））。ＰＯＳＴＮ発現は、ＴＧＦＢによって誘導され、骨髄線維症の成分であることが示されている。検証されたさらなるＦ１特異的な転写産物は、ＡＤＡＭ１２、ＣＴＨＲＣ１及びＥＮＰＥＰを含んだ（図１０Ａ）。
【００９６】
図１０Ｂに示すように、Ｆ２特異的な転写産物ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１及びＴＩＭＰ３の全てが、Ｆ２として同定された患者試料において上方制御されたが、Ｆ２組織におけるこれらの転写産物のレベルはＯＡ組織において見られるレベルとは有意に異ならなかった。
【００９７】
図１０Ｃに示したように、Ｂ細胞転写産物ＣＤ１９、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ及びＩＲＴＡ２は、Ｌ表現型に対する特異性を示した。Ｌ組織におけるこれらの転写産物のそれぞれの発現は、正常及びＯＡ組織における発現より有意に高かった。
【００９８】
図１０Ｄに示すように、ＣＣＬ２、ＣＸＣＬ３及びＶＥＧＦＡは全てＭ表現型に特異的であったが、マクロファージ活性化マーカーＣＤ６８は正常コントロールと同様の低レベルを有したＦ１以外の全ての表現型において同様のレベルを示した。ＶＥＧＦＡレベルも注目すべきであり、ＲＡ及びＯＡ試料中でＭ表現型に特有であった。
【００９９】
これらの所見は、プラットフォームに依存しない表現型特異的な差次的遺伝子発現の検証を提供する。重要なことに、本明細書で試験された検体の全ては、細胞表面及び／又は可溶性タンパク質をコード化し、したがって全身又は骨液において測定可能な表現型特異的なバイオマーカーとして機能し得る。さらに、これらの検体はｑＰＣＲによって容易に検出可能であったので、直接的な滑膜組織の評価の可能性は最小限に侵襲的な生検技術を用いて実現可能であり得る。
【０１００】
実施例３
上記のように、Ｌサブタイプは、滑膜組織の組織学的切片において、系統的なリンパ系の構成の存在と関連していた。これらのリンパ系クラスターは、多数のＢ細胞を含むことも示された（図３Ｈ参照）。さらにまた、胚中心に類似しているクラスターの形態に基づくと、リンパ系クラスターが抗体分泌プラズマ細胞を含む可能性が高い。さらに、上記の通り、Ｌサブタイプは、Ｂ細胞、プラズマ細胞及び他の細胞の遺伝子特性の発現と関連していた。そのような遺伝子は、表１に示されるように、ＩＲＴＡ２（ＦｃＲＨ５）及びＣＸＣＬ１３を含む。ＣＸＣＬ１３は全身で検出される可溶性ケモカインであるが、完全長ＦｃＲＨ５はＢ細胞に限定された膜結合タンパク質である。しかしながら、それは一次ｍＲＮＡの選択的スプライシングによって、切断された可溶性タンパク質として発現する（Ｈａｔｚｉｖａｓｓｉｌｉｏｕ，  Ｇ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １４：２７７−２８９，  ｄｏｉ：Ｓ１０７４−７６１３（０１）００１０９−１  ［ｐｉｉ］  （２００１）；  Ｉｓｅ，  Ｔ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２１：１６９−１７４，  ｄｏｉ：  ２４０４４４５  ［ｐｉｉ］  １０．１０３８／ｓｊ．ｌｅｕ．２４０４４４５  （２００７））。したがって、我々は、ｓＦｃＲＨ５及びＣＸＣＬ１３がＲＡ患者の血清において測定可能で、その場合はＬサブタイプの血清バイオマーカーとして役立ち得ると仮定した。さらに、例えばリツキシマブなどの抗ＣＤ２０治療的抗体を含む多くの治療剤がＢ細胞を標的とすることから、我々は、血清ｓＦｃＲＨ５及び／又はＣＸＣＬ１３がそのような治療薬への患者の反応性を予測するためのバイオマーカーとして有用かどうかを決定しようとした。
表５．ＲＡのＬサブタイプと関連する遺伝子発現。
【表５−０１】
2013503643.tif 000022
【表５−０２】
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【表５−０３】
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【表５−０４】
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【表５−０５】
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【表５−０６】
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【表５−０７】
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【表５−０８】
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【表５−０９】
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【表５−１０】
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【表５−１１】
2013503643.tif 000032
【表５−１２】
2013503643.tif 000033
【表５−１３】
2013503643.tif 000034
【表５−１４】
2013503643.tif 000035
【表５−１５】
2013503643.tif 000036
【表５−１６】
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【表５−１７】
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【表５−１８】
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【表５−１９】
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【表５−２０】
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【表５−２１】
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【表５−２２】
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【表５−２３】
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【表５−２４】
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【表５−２５】
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表６．ＲＡのＭサブタイプと関連する遺伝子発現。
【表６−０１】
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【表６−０２】
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【表６−０３】
2013503643.tif 000049
【表６−０４】
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【表６−０５】
2013503643.tif 000051
【表６−０６】
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【表６−０７】
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【表６−０８】
2013503643.tif 000054
【表６−０９】
2013503643.tif 000055
【表６−１０】
2013503643.tif 000056
【表６−１１】
2013503643.tif 000057
表７．ＲＡのＦ２サブタイプと関連する遺伝子発現。
【表７−０１】
2013503643.tif 000058
【表７−０２】
2013503643.tif 000059
【表７−０３】
2013503643.tif 000060
【表７−０４】
2013503643.tif 000061
【表７−０５】
2013503643.tif 000062
【表７−０６】
2013503643.tif 000063
【表７−０７】
2013503643.tif 000064
【表７−０８】
2013503643.tif 000065
【表７−０９】
2013503643.tif 000066
【表７−１０】
2013503643.tif 000067
【表７−１１】
2013503643.tif 000068
【表７−１２】
2013503643.tif 000069
【表７−１３】
2013503643.tif 000070
表８．ＲＡのＦ１サブタイプと関連する遺伝子発現。
【表８−０１】
2013503643.tif 000071
【表８−０２】
2013503643.tif 000072
【表８−０３】
2013503643.tif 000073
【表８−０４】
2013503643.tif 000074
【表８−０５】
2013503643.tif 000075
【表８−０６】
2013503643.tif 000076
【表８−０７】
2013503643.tif 000077
【表８−０８】
2013503643.tif 000078
【表８−０９】
2013503643.tif 000079
【表８−１０】
2013503643.tif 000080
【表８−１１】
2013503643.tif 000081
【表８−１２】
2013503643.tif 000082
【表８−１３】
2013503643.tif 000083
【表８−１４】
2013503643.tif 000084
【表８−１５】
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【図１】
2013503643.tif 000086
【図２】
2013503643.tif 000087
【図３Ａ−Ｄ】
2013503643.tif 000088
【図３Ｅ−Ｈ】
2013503643.tif 000089
【図４Ａ−Ｂ】
2013503643.tif 000090
【図４Ｃ−Ｆ】
2013503643.tif 000091
【図５】
2013503643.tif 000092
【図６】
2013503643.tif 000093
【図７−８】
2013503643.tif 000094
【図９】
2013503643.tif 000095
【図１０Ａ】
2013503643.tif 000096
【図１０Ｂ】
2013503643.tif 000097
【図１０Ｃ】
2013503643.tif 000098
【図１０Ｄ】
2013503643.tif 000099
【図１１】
2013503643.tif 000100
【図１２】
2013503643.tif 000101
【図１３】
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【図１４】
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【国際調査報告】
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