(57)【要約】  本発明は、ＩＢＳを診断、予後及びサブタイプする新規のバイオマーカー、キット及び方法を提供する。本明細書中に同定される新規のＩＢＳバイオマーカーの血清レベルを検出することによって、過敏性腸症候群の診断を補助する方法も提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
（ａ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；及び
（ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法であり、
ここで、前記ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする、前記方法。
【請求項２】
（ｃ）試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする、請求項１に記載の前記方法。
【請求項３】
対照レベル又は濃度が、健常対象からの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル又は濃度である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル又は濃度の増加が、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示す、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するＩＢＳマーカーの同一又は低減したレベル又は濃度が、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
対照レベル又は濃度が、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル又は濃度である、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するＩＢＳマーカーの同一又は増加したレベル又は濃度が、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示す、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するＩＢＳマーカーの低減したレベル又は濃度が、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
ＩＢＳマーカーが糖鎖欠損トランスフェリンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ＩＢＳマーカーがウロコルチンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
ＩＢＳマーカーがコルチゾールである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
ＩＢＳマーカーがサブスタンスＰである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ＩＢＳマーカーが神経成長因子である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＡである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＢである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
ＩＢＳマーカーが血管作動性腸管ペプチドである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ＩＢＳマーカーがグルカゴン様ペプチド２である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
ＩＢＳマーカーがモチリンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
ＩＢＳマーカーが下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
ＩＢＳマーカーがセロトニンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
ＩＢＳマーカーがセロトニン−Ｏ−サルフェートである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
ＩＢＳマーカーが５−ヒドロキシインドール酢酸である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
ＩＢＳマーカーが５−ＨＴグルクロニドである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
ＩＢＳマーカーがチロシンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
ＩＢＳマーカーがフェニルアラニンである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
ＩＢＳマーカーがＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
ＩＢＳマーカーがセロトニン再取り込み輸送体である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンヒドロキシラーゼ１である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＡである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＢである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
ＩＢＳマーカーがヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
対象がＩＢＳの疑いがある、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
結合部分が抗体を含む、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
ＥＬＩＳＡがサンドイッチＥＬＩＳＡである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
対象からの生物試料中の少なくとも１種の追加のバイオマーカーのレベル又は濃度を決定することを更に含み、前記バイオマーカーが、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択されるものとする、請求項１〜３８のいずれか一項に記載の前記方法。
【請求項４０】
（ｄ）対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって、前記対象についての症状プロファイルを決定すること；及び
（ｅ）ＩＢＳバイオマーカーのレベル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して、対象がＩＢＳであること又はＩＢＳでないことを診断すること；
を更に含む、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記少なくとも１種の症状が、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、鼓脹、腹部膨満、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも１種の症状の存在又は重症度が、質問票を使用して同定される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムを使用することを含む、請求項１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
アルゴリズムがシステムプロファイルに更に基づく、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記統計的アルゴリズムが学習統計的分類子システムを含む、請求項４３又は４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記統計的アルゴリズムが、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せが、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
対象がＩＢＳである確率を提供することを更に含む、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
ＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）として、ＩＢＳの診断を分類することを更に含む、請求項１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
ＩＢＳでない対象をＩＢＤである、ＩＢＤでない、又は健常対象であるとして診断することを更に含む、請求項４０〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は後退をモニタリングする方法であって：
（ａ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、ＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；
（ｃ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、ＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｄ）前記複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；及び
（ｅ）第１の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルと第２の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルとを比較すること；
を含む前記方法であり、
ここで、第２の試料中のＩＢＳマーカーのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、第２の試料中のＩＢＳマーカーのレベルが第１の試料に比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの後退を示すものとし、そして
ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする、前記方法。
【請求項５２】
ＩＢＳマーカーが糖鎖欠損トランスフェリンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
ＩＢＳマーカーがウロコルチンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
ＩＢＳマーカーがコルチゾールである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５７】
ＩＢＳマーカーがサブスタンスＰである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５８】
ＩＢＳマーカーが神経成長因子である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５９】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＡである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６０】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＢである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６１】
ＩＢＳマーカーが血管作動性腸管ペプチドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６２】
ＩＢＳマーカーがグルカゴン様ペプチド２である、請求項５１に記載の方法。
【請求項６３】
ＩＢＳマーカーがモチリンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６４】
ＩＢＳマーカーが下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６５】
ＩＢＳマーカーがセロトニンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６６】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６７】
ＩＢＳマーカーがセロトニン−Ｏ−サルフェートである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６８】
ＩＢＳマーカーが５−ヒドロキシインドール酢酸である、請求項５１に記載の方法。
【請求項６９】
ＩＢＳマーカーが５−ＨＴグルクロニドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項７０】
ＩＢＳマーカーがチロシンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項７１】
ＩＢＳマーカーがフェニルアラニンである、請求項５１に記載の方法。
【請求項７２】
ＩＢＳマーカーがＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６である、請求項５１に記載の方法。
【請求項７３】
ＩＢＳマーカーがセロトニン再取り込み輸送体である、請求項５１に記載の方法。
【請求項７４】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンヒドロキシラーゼ１である、請求項５１に記載の方法。
【請求項７５】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＡである、請求項５１に記載の方法。
【請求項７６】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＢである、請求項５１に記載の方法。
【請求項７７】
ＩＢＳマーカーがヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａである、請求項５１に記載の方法。
【請求項７８】
結合部分が抗体を含む、請求項５１〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
ＥＬＩＳＡがサンドイッチＥＬＩＳＡである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
対象からの生物試料中の少なくとも１種の追加のバイオマーカーのレベルを決定することを更に含み、前記バイオマーカーが、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択されるものとする、請求項５１〜８０のいずれか一項に記載の前記方法。
【請求項８２】
対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって、前記対象についての症状プロファイルを決定することを更に含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項８３】
前記少なくとも１種の症状が、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、鼓脹、腹部膨満、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムを使用することを含む、請求項５１〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
アルゴリズムがシステムプロファイルに更に基づく、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記アルゴリズムが統計的アルゴリズムを含む、請求項８４又は８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記統計的アルゴリズムが学習統計的分類子システムを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記統計的アルゴリズムが、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せが、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の治療に有用な薬物を服用する対象において薬物の効力をモニタリングすることを含む、請求項５１〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
１種以上のプロセッサを制御して対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、
診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、前記診断マーカープロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を前記コードが含み、
ここで、前記診断マーカープロファイルは、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択される少なくとも１種の診断ＩＢＳマーカーのレベルを示すものとする、前記コンピュータ読取可能媒体。
【請求項９２】
ＩＢＳマーカーが糖鎖欠損トランスフェリンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９３】
ＩＢＳマーカーがウロコルチンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９４】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９５】
ＩＢＳマーカーがコルチゾールである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９６】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９７】
ＩＢＳマーカーがサブスタンスＰである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９８】
ＩＢＳマーカーが神経成長因子である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項９９】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＡである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１００】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＢである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０１】
ＩＢＳマーカーが血管作動性腸管ペプチドである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０２】
ＩＢＳマーカーがグルカゴン様ペプチド２である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０３】
ＩＢＳマーカーがモチリンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０４】
ＩＢＳマーカーが下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０５】
ＩＢＳマーカーがセロトニンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０６】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０７】
ＩＢＳマーカーがセロトニン−Ｏ−サルフェートである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０８】
ＩＢＳマーカーが５−ヒドロキシインドール酢酸である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１０９】
ＩＢＳマーカーが５−ＨＴグルクロニドである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１０】
ＩＢＳマーカーがチロシンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１１】
ＩＢＳマーカーがフェニルアラニンである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１２】
ＩＢＳマーカーがＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１３】
ＩＢＳマーカーがセロトニン再取り込み輸送体である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１４】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンヒドロキシラーゼ１である、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１５】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＡである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１６】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＢである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１７】
ＩＢＳマーカーがヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａである、請求項９１に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１８】
診断マーカープロファイルが、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される、対象からの生物試料中の少なくとも１種の追加の診断マーカーのレベルを示す、請求項９１〜１１７のいずれか一項に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１１９】
前記対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと組み合わせて前記診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、前記診断マーカープロファイル及び前記症状プロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含む、請求項９１〜１１８のいずれか一項に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１２０】
前記統計処理が、単一の学習統計的分類子システムを含む、請求項１１９に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１２１】
前記統計処理が、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む、請求項１２０に記載のコンピュータ読取可能媒体。
【請求項１２２】
少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せが、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
対象からの血清又は血液試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するシステムであって：
（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュールであって、ここで、前記診断マーカープロファイルは、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択される少なくとも１種の診断ＩＢＳマーカーの存在又はレベルを示すものとする、前記データ収集モジュールと；
（ｂ）統計処理をデータセットに適用することによってデータセットを処理して、前記診断マーカープロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュールと；
（ｃ）統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールと；
を含む、前記システム。
【請求項１２４】
ＩＢＳマーカーが糖鎖欠損トランスフェリンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１２５】
ＩＢＳマーカーがウロコルチンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１２６】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１２７】
ＩＢＳマーカーがコルチゾールである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１２８】
ＩＢＳマーカーが副腎皮質刺激ホルモンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１２９】
ＩＢＳマーカーがサブスタンスＰである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３０】
ＩＢＳマーカーが神経成長因子である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３１】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＡである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３２】
ＩＢＳマーカーがニューロキニンＢである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３３】
ＩＢＳマーカーが血管作動性腸管ペプチドである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３４】
ＩＢＳマーカーがグルカゴン様ペプチド２である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３５】
ＩＢＳマーカーがモチリンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３６】
ＩＢＳマーカーが下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３７】
ＩＢＳマーカーがセロトニンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３８】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１３９】
ＩＢＳマーカーがセロトニン−Ｏ−サルフェートである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４０】
ＩＢＳマーカーが５−ヒドロキシインドール酢酸である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４１】
ＩＢＳマーカーが５−ＨＴグルクロニドである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４２】
ＩＢＳマーカーがチロシンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４３】
ＩＢＳマーカーがフェニルアラニンである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４４】
ＩＢＳマーカーがＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４５】
ＩＢＳマーカーがセロトニン再取り込み輸送体である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４６】
ＩＢＳマーカーがトリプトファンヒドロキシラーゼ１である、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４７】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＡである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４８】
ＩＢＳマーカーがモノアミンオキシダーゼＢである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１４９】
ＩＢＳマーカーがヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａである、請求項１２３に記載のシステム。
【請求項１５０】
診断マーカープロファイルが、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される、対象からの生物試料中の少なくとも１種の追加の診断マーカーのレベルを示す、請求項１２３〜１４９のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１５１】
前記対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと組み合わせて前記診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、前記診断マーカープロファイル及び前記症状プロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を前記データ処理モジュールが含む、請求項１２３〜１５０のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１５２】
前記統計処理が、単一の学習統計的分類子システムを含む、請求項１５１に記載のシステム。
【請求項１５３】
前記統計処理が、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む、請求項１５２に記載のシステム。
【請求項１５４】
少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せが、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む、請求項１５３に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【関連出願の相互参照】
【０００１】
本出願は、２００９年１０月３０日に出願された米国仮出願第６１／２５６，７１７号、２００９年１１月２５日に出願された米国仮出願第６１／２６４，５８８号及び２０１０年４月２０日に出願された米国仮出願第６１／３２６，１７６号の優先権を主張し、これらの全開示は、全ての目的のため、参照することによって本明細書中に組み込まれる。以下の文献も参照することにより本明細書中に組み込まれる：２００７年８月１４日に出願され、そして、２００８年４月１０日に公開された米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号明細書；２００７年８月２０日に出願され、そして、２００８年７月１０日に公開された米国特許出願公開第２００８／０１６６７１９号明細書。
【背景技術】
【０００２】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）は、全ての胃腸障害の中で最も一般的であり、総人口の１０〜２０％が罹患し、消化不調の全患者の５０％超を占める。しかしながら、研究により、ＩＢＳを罹患する者の約１０％〜５０％のみが実際に医学的治療を求めるにすぎないと示唆されている。ＩＢＳの患者は、異なる症状、例えば、主として排便と関連する腹痛、下痢、便秘又は交互に生じる下痢及び便秘、腹部膨張、ガス並びに便中の過剰な粘液などを示す。ＩＢＳ患者の４０％超は非常に激しい症状を示すため、仕事を休み、社会生活を削減し、性交を回避し、約束を取消し、旅行を中止し、薬剤投与を受け、更に、困惑の恐怖のために家に閉じこもらなければならない。米国で試算されたＩＢＳの医療費は、年間当たり８０億ドルである（Talley et al., Gastroenterol., 109:1736-1741 (1995)）。
【０００３】
ＩＢＳ患者は、それらの顕著な腸の症状に応じて以下の３つの群に分類される：便秘優勢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢優勢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）並びに下痢及び便秘が交互に生じるＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）。現在の診療において、ＩＢＳの診断は、ローマＩＩＩ基準に基づいており、そして、患者が示す症状（その他の胃腸障害を除く）による。この障害を同定するのに使用することのできる生物学的な、Ｘ線写真の、内視鏡の又は生理学的な特異的バイオマーカーは存在しない。
【０００４】
過敏性腸症候群は、異種の（heterogeneous）胃腸（ＧＩ）機能障害である。その病因と免疫システムとの関与を指し示す証拠が増えている。胃腸感染症は、ＩＢＳの発症を引き起こす誘発要因であることがある。一方で、ＩＢＳはしばしば「脳−腸障害」と呼ばれる。５−ＨＴシグナル経路の異常調節により媒介される分泌及びＧＩ運動性における変化が、排便習慣における異常の基礎となることがある。結腸神経に近接する肥胖細胞の活性化は、ＩＢＳを罹患する患者により経験される異常痛覚と相関している。肥胖細胞は、活性化の際に、種々の炎症性メディエーターを生成及び放出できることがよく知られている。しかしながら、これらの種々の経路がどのように互いに伝達するのか、そして、これらの相互作用がＩＢＳ患者と健康な対象との間で同じように挙動するのかどうか、ということは不明である。
【０００５】
ＩＢＳの正確な病態生理は、よく理解されていない。それにもかかわらず、末梢感作として公知の、内臓疼痛知覚に対する感受性の増大が存在する。この感作は、モノアミン（例えば、カテコールアミン及びインドールアミン）、サブスタンスＰ並びに種々のサイトカイン及びプロスタノイド、例えば、Ｅ型プロスタグランジンを含む種々のメディエーターに起因する、一次求心性ニューロンの変換過程の閾値の低減及び増幅の増加を含む（例えば、Mayer et al., Gastroenterol., 107:271-293 (1994)を参照）。管腔内の内容物及び／又はガスの異常な処理をもたらす腸運動機能障害が、ＩＢＳの原因病理にも関与している（例えば、Kellow et al., Gastroenterol., 92:1885-1893 (1987); Levitt et al., Ann. Int. Med., 124:422-424 (1996)を参照）。心理学的な要因もＩＢＳ症状の一因であることがあり、これによって誘因されていなければ、うつ病及び不安を含む障害とともに現れることがある（例えば、Drossman et al., Gastroenterol. Int., 8:47-90 (1995)を参照）。
【０００６】
ＩＢＳの原因は、よく理解されていない。腸壁は、食物を胃から腸管に通して直腸へ移動させる際に収縮及び弛緩する筋肉の層により覆われている。通常、これらの筋肉は協調されたリズムで収縮及び弛緩する。ＩＢＳ患者においては、これらの収縮が、典型的には、正常のものよりも強く、正常のものよりも長く持続する。結果として、食物がより速やかに腸を通過させられ、一部の場合においてはガス、鼓脹及び下痢を引き起こす。他の場合においては逆のことが生じ、食物移動が緩慢であり、便が硬くなり、乾燥し、便秘を引き起こす。
【０００７】
ＩＢＳの正確な病態生理については、依然として解明されていない。腸管運動障害及び内臓知覚の変化は、症状の発症に対する重要な要因であるとみなされている（Quigley, Scand. J. Gastroenterol., 38(Suppl. 237):1-8 (2003); Mayer et al., Gastroenterol., 122:2032-2048 (2002)）。一方、この病態は、現在、一般に、脳−腸軸の障害と見なされている。近年、腸管感染症及び腸炎の役割についても提案されている。研究により、細菌学的に確認された胃腸炎に引き続いてＩＢＳが発症することが実証された一方、他の研究により、ＩＢＳにおける軽度の粘膜炎症（Spiller et al., Gut, 47:804-811 (2000); Dunlop et al., Gastroenterol., 125:1651-1659 (2003); Cumberland et al., Epidemiol. Infect., 130:453-460 (2003)を参照）及び免疫活性化（Gwee et al., Gut, 52:523-526 (2003); Pimentel et al., Am. J. Gastroenterol., 95:3503-3506 (2000)を参照）の証拠が提供された。腸管フローラもまた関与し、近年の研究により、免疫活性の調節による障害の治療におけるプロバイオティクス生物ビフィドバクテリウム属の効力が実証された（O’Mahony et al., Gastroenterol., 128:541-551 (2005)）。
【０００８】
視床下部−下垂体−副腎軸（ＨＰＡ）はヒトにおける中核内分泌ストレス系であり（De Wied et al., Front. Neuroendocrinol., 14:251-302 (1993)）、脳と腸の免疫系との重要な結びつきを提供する。この軸の活性化は身体的及び心理的なストレス因子の両方に応答して起こり（Dinan, Br. J. Psychiatry, 164:365-371 (1994)）、これらストレス因子は両方ともＩＢＳの病態生理に関与している（Cumberland et al., Epidemiol. Infect., 130:453-460 (2003)）。ＩＢＳの患者は、幼児期における性的及び身体的な虐待の割合が高いとともに、成人期におけるストレスの多い人生の出来事の割合が高いことが報告されている（Gaynes et al., Baillieres Clin. Gastroenterol., 13:437-452 (1999)）。このような心理社会的なトラウマ又は乏しい認識に基づく対処方法は、症状の重症度、日常の機能及び健康の結果に深い影響を及ぼす。
【０００９】
ＩＢＳの病因は十分に特性決定されていないが、医学界は、患者病歴に基づくＩＢＳ診断を補助するためにローマＩＩ基準として公知の合意に基づく定義及び基準を策定した。ローマＩＩ基準は、１年の期間にわたり３ヵ月の継続的又は反復的な腹痛又は不快感がみられ、これらの腹痛又は不快感が、排便によって軽減され、及び／又は排便頻度若しくは便の硬さの変化及び以下の２種以上を伴うことを要する：排便頻度の変化、便形態の変化、糞便移動の変化、粘液の移動又は鼓脹及び腹部膨張。これらの症状を引き起こし得る任意の構造的又は生化学的な障害も存在しないことも必要な条件である。結果として、ローマＩＩ基準は、実質的な患者病歴が存在する場合にのみ使用することができ、他の点でこの症状を説明する、異常な腸構造又は代謝過程が存在しない場合にのみ信頼性がある。同様に、近年、医学界によって策定されたローマＩＩＩ基準は、症状の特定の組合せ、詳細な患者病歴及び身体検査の提示が存在する場合にのみ使用することができる。
【００１０】
ＩＢＳと他の疾患又は障害との症状の類似性のために、患者をＩＢＳとして診断することは困難であり得ることが十分に実証されている。実際、ＩＢＳ症状は、非常に多くの他の腸の疾患と類似するか又は同一であるため、正確な診断が下されるまでに数年を要し得る。例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の患者は、例えば、鼓脹、下痢、便秘及び腹痛の軽度の徴候及び症状を示すが、ＩＢＳの患者と区別することは困難であることがある。結果として、ＩＢＳとＩＢＤとの症状の類似性によって、迅速且つ正確な診断が困難になる。ＩＢＳとＩＢＤとを区別して診断することが困難であるため、これらの疾患の早期且つ有効な治療が妨げられている。残念ながら、類似症状を示す他の腸疾患又は障害から、ＩＢＳを明確に区別するための迅速且つ正確な診断方法は、現在利用可能ではない。本発明はこの要求を満たし、更に、関連する利点も提供する。
【発明の概要】
【００１１】
本発明は、個体からの試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを正確に分類する方法、アッセイ、システム及びコードを提供する。非限定的な例として、本発明は、統計的アルゴリズム及び／又は経験的データを使用して、個体からの試料をＩＢＳ試料として分類するのに有用である。同様に、本発明はまた、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法、アッセイ、システム及びコードを提供する。本発明は、統計的アルゴリズム及び／又は経験的データの組合せを使用して、ＩＢＳ様の症状を示す１種以上の疾患又は障害を除外し、そして、ＩＢＳを確定するのに有用である。従って、本発明は、ＩＢＳの正確な診断予測及び治療決定の指針に有用な予後情報を提供する。
【００１２】
１つの観点において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
（ａ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；及び
（ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；
を含む前記方法を提供する。
【００１３】
１つの観点において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は後退をモニタリングする方法であって：
（ａ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、ＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；
（ｃ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、ＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｄ）前記複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；及び
（ｅ）第１の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルと第２の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルとを比較すること；
を含む前記方法であり、
ここで、
第２の試料中のＩＢＳマーカーのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、そして、第２の試料中のＩＢＳマーカーのレベルが第１の試料に比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの後退を示すものとする、前記方法を提供する。
【００１４】
１つの観点において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって：
診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、前記診断マーカープロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を前記コードが含み、
ここで、前記診断マーカープロファイルは、本明細書中に記載の少なくとも１種のＩＢＳ診断マーカーのレベルを示すものとする、前記コンピュータ読取可能媒体を提供する。
【００１５】
別の観点において、本発明は、対象からの血清又は血液試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するシステムであって：
（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュールであって、ここで、前記診断マーカープロファイルは、本明細書中に記載の少なくとも１種のＩＢＳ診断マーカーの存在又はレベルを示すものとする、前記データ収集モジュール；
（ｂ）統計処理をデータセットに適用することによってデータセットを処理して、前記診断マーカープロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び
（ｃ）統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュール；
を含む、前記システムを提供する。
【００１６】
１つの観点において、本発明は、個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法であって：
（ａ）試料において少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって、診断マーカープロファイルを決定すること；及び
（ｂ）前記診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを使用して、前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類すること；
を含む、前記方法を提供する。
【００１７】
本明細書中に記載の診断方法の或る実施態様において、ＩＢＳマーカーは、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ)、抗菌性抗体、肥胖細胞マーカー、ストレスマーカー、消化管ホルモン、セロトニン代謝産物、セロトニン経路マーカー、糖鎖欠損トランスフェリン（carbohydrate deficient transferrin；ＣＤＴ）、ラクトフェリン、抗組織トランスグルタミナーゼ（anti-tissue transglutaminase；ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子（tissue inhibitor of metalloproteinase；ＴＩＭＰ）、α−グロブリン、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タキキニン、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン、セリンプロテアーゼ、プロスタグランジン、ヒスタミン及びこれらの組合せからなる群から選択される。
【００１８】
本明細書中に記載の診断方法の好ましい実施態様において、ＩＢＳマーカーは、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質（corticotrophin-releasing hormone-binding protein）、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ並びにこれらの組合せからなる群から選択される。
【００１９】
本発明の種々の方法及びアッセイの好ましい実施態様において、表１に示すバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種以上の存在又はレベルを検出して、ＩＢＳの予測に有用な診断マーカープロファイルを作成する。或る例において、本明細書中に記載のバイオマーカーは、免疫アッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用して分析される。
【表１】
2013509593.tif 000002
2013509593.tif 000003
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】本発明の１つの実施態様における用量応答曲線を示す図である。
【００２１】
【図２】本発明の１つの実施態様における用量応答曲線を示す図である。
【００２２】
【図３】本発明の１つの実施態様における標準曲線を示す図である。ウサギ抗ヒトトリプターゼを免疫アッセイプレート上にコーティングし、アッセイ緩衝液（ＰＢＳ中５％ＢＳＡ）によってブロッキングした。種々の濃度のヒトトリプターゼ（標準曲線）又はヒト血清試料（アッセイ緩衝液中で１：５及び１：１０に希釈）をウェルに添加し、室温で２時間インキュベートした。プレートを洗浄し、抗トリプターゼ（Ｇ３）アルカリホスファターゼ（ＡＰ）標識ＭｃＡｂを添加し、室温で２時間インキュベートした。プレートを洗浄し、ＡＰ基質（ＣＳＰＤ）を各ウェルに添加した。発光プレートリーダーを使用して発光を検出した。血清トリプターゼ濃度は、標準曲線を使用して計算した。（トリプターゼ検出範囲０．０１９−５０００ｎｇ／ｍＬ。ＥＣ５０＝６５ｎｇ／ｍＬ；正常プール血清中にスパイクされた２０ｎｇ／ｍＬのトリプターゼについて回収率８１．５％）。実施例１参照。
【００２３】
【図４】ＧＩ対照、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄの血清中のトリプターゼ濃度についての棒グラフを示す図である。
【００２４】
【図５】トリプターゼｌｏｇ値分布についての棒グラフを示す図である。
【００２５】
【図６】トリプターゼデータの密度分析を示す図である。
【００２６】
【図７】ＧＩ対照、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの血清中のトリプターゼ濃度についての棒グラフを示す図である。
【００２７】
【図８】本発明の１つの実施態様におけるヒトトリプターゼの用量応答曲線を示す図である。
【００２８】
【図９】トリプターゼＥＬＩＳＡの最適化を示す図である。（Ａ）種々の量の捕捉抗体についてのトリプターゼ標準曲線の比較。（Ｂ）検出抗体希釈の最適化。（Ｃ）種々の量の正常ヒト血清（ＮＨＳ）の存在下でのトリプターゼ標準曲線の比較。
【００２９】
【図１０】健常対照（ｎ＝１３９）及びＩＢＳの対象（ｎ＝３７８）からの血清中のトリプターゼレベルを示す図である。
【００３０】
【図１１】健常対照に対するＩＢＳ患者におけるヒスタミン及びＰＧＥ２の血清レベルの増加を示す図である。
【００３１】
【図１２】本明細書中に同定及び開示されるＩＢＳマーカーから導出される分子経路の１つの実施態様を示す図である。
【００３２】
【図１３】本発明の１つの実施態様による疾患分類システム（ＤＣＳ）を示す図である。
【００３３】
【図１４】、同定された代謝産物が、非ＩＢＳ個体の血清と比較するとＩＢＳ個体の血清において種々の濃度で存在することを実証する、代表的なクロマトグラフを提供する図である。
【００３４】
【図１５】健常対照に対するＩＢＳ患者における同定された代謝産物の血清レベルの増加を示す図である。
【００３５】
【図１６】ＩＢＳ予測において同定されたトップの変数を示す図である。
【００３６】
【図１７】トリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物生成が、全血のＴＮＦα処理に応じて増加することを示す代表的なクロマトグラフを提供する図である。
【００３７】
【図１８】種々の炎症性サイトカインで処理した全血中の（Ａ）ＴＰＨ１及び（Ｂ）ＭＡＯ発現を示す図である。
【００３８】
【図１９】種々の炎症性サイトカインで処理した全血中のウロコルチン（Ｕｃｎ）レベル（Ｙ軸）を示す図である。
【００３９】
【図２０】種々の炎症性サイトカインで処理した全血中の、肥胖細胞マーカーである（Ａ）ヒスタミン、（Ｂ）ＰＧＥ２及び（Ｃ）トリプターゼのレベルを示す図である。
【００４０】
【図２１】本明細書中に記載のいくつかのマーカーにより媒介される胃腸系における白血球、腸クロム親和細胞、肥胖細胞及び血小板の間の相互作用を示す図である。
【００４１】
【図２２】ＩＢＳ患者及び健常対照（ＨＣ）対象からの血清試料のＨＰＬＣ分析から得られる代表的なクロマトグラフを提供する図である。
【００４２】
【図２３】ＩＢＳ患者（ＩＢＳ−Ｃ＝１２，ＩＢＳ−Ｄ＝２４，ＩＢＳ−Ｍ＝１４）及び健常対照対象（ＨＣ＝３８）からの試料のＨＰＬＣ分析により決定される、７．５分ピーク、１３．５分ピーク及び１７．２分ピークの血清レベル（ＡＵＣ）を示す図である。
【００４３】
【図２４】質量分析による７．５分ピークの構造説明を提供する図である。７．５分ピーク中に存在する化合物の分子量は、アミノ酸チロシンの分子量に相当する１８１．９ｍ／ｚ（パネルＡ）であると決定された。分子イオン（１８１．９ｍ／ｚ）からＯＨ基（１７ｍ／ｚ）を除去したものに相当するｍ／ｚ１６４．９での顕著な質量ピークを示すパネルＢと、前記分子イオンからＨ２Ｏ（１８ｍ／ｚ）及びＮＨ３（１７ｍ／ｚ）を除去したものに相当するｍ／ｚ１４６．９での顕著な質量ピークを示すパネルＣと、前記分子イオンからＨＣＯＯＨ（ｍ／ｚ４６）及びＯＨ基（１７ｍ／ｚ）を除去したものに相当するｍ／ｚ１１９での顕著な質量ピークを示すパネルＤとの結果から、このピークのアイデンティティがチロシンであることが更に実証された。
【００４４】
【図２５】質量分析による１３．５分ピークの構造説明を提供する図である。１３．５分ピーク中に存在する化合物の分子量は、アミノ酸フェニルアラニンの分子量に相当する１６５．９ｍ／ｚ（パネルＡ）であると決定された。分子イオン（１６５．９ｍ／ｚ）からＨ２Ｏ（１８ｍ／ｚ）及びＮＨ３（１７ｍ／ｚ）を除去したものに相当するｍ／ｚ１３１．０での顕著な質量ピークを示すパネルＢと、前記分子イオンからＨＣＯＯＨ（４６ｍ／ｚ）を除去したものに相当するｍ／ｚ１２０．０での顕著な質量ピークを示すパネルＣとの結果から、このピークのアイデンティティがフェニルアラニンであることが更に実証された。
【００４５】
【図２６】ＨＰＬＣ分析により決定される、血清試料に対するＤ−チロシン中スパイクの用量依存応答を示す図である。
【００４６】
【図２７】ＨＰＬＣ分析により決定される、血清試料に対するＬ−フェニルアラニン中スパイクの用量依存応答を示す図である。
【００４７】
【図２８】ＩＢＳの病態生理におけるセロトニン経路及びその関与を示す図である。
【００４８】
【図２９】全血球のサイトカイン処理により生成される５−ＨＴ経路代謝酵素の転写レベルを示す図である。
【００４９】
【図３０】全血球のサイトカイン処理により生成される肥胖細胞活性化マーカーの正規化レベルを示す図である。
【００５０】
【図３１】全血球のサイトカイン処理により生成されるウロコルチン（Ｕｃｎ）のレベルを示す図である。
【発明の詳細な説明】
【００５１】
Ｉ．序論
患者を過敏性腸症候群（ＩＢＳ）として診断することは、ＩＢＳと他の疾患又は障害との症状の類似性のために困難であり得る。例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である患者は、例えば、鼓脹、下痢、便秘及び腹痛の軽度の徴候及び症状を示すが、ＩＢＳ患者と区別することは困難であり得る。結果として、ＩＢＳとＩＢＤとの症状の類似性によって迅速且つ正確な診断が困難になり、疾患の早期且つ有効な治療が妨げられる。
【００５２】
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の病理は完全には理解されていないが、多くの研究により、ＩＢＳは脳−腸軸の調節不全により引き起こされる障害であるという仮説がもたらされている（総説については、Ohman and Simren, Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2010 Mar;7(3):163-73参照）。この理論を支持する一つの観察は、ＩＢＳと診断された患者の腸粘膜内で肥胖細胞の数の増加を見出すことができるという度重なる研究結果である（Guilarte, M. et al, Gut 56, 203-209 (2007); Walker, M. M. et al, Pharmacol. Ther. 29, 765-773 (2009); Akbar, A. et al, Gut 57, 923-929 (2008); Barbara, G. et al, Gastroenterology 126, 693-702 (2004); Barbara, G. et al, Gastroenterology 132, 26-37 (2007); Cremon, C. et al, Am. J. Gastroenterol. 104, 392-400 (2009); and O’Sullivan, M. et al, Neurogastroenterol. Motil., 12, 449-457 (2000)）。同様に、一部の研究により、ヒスタミン及びセリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ）を含むこれらの細胞から放出されるメディエーターのレベルが、ＩＢＳ患者の結腸粘膜内で見出されることも分かっている（Buhner et al., Gastroenterology 2009 Oct;137(4); Barbara et al., Gastroenterology, Volume: 122 , Number: 4 Suppl. 1, Page: A-276, April 2002）。しかしながら、この研究結果は、他の研究によりこのような相関が存在しないことが報告されているので、依然として議論の的である（Guilarte et al., Gut 2007 Feb;56(2):203-9）。
【００５３】
ＩＢＳ患者の結腸粘膜内での肥胖細胞メディエーターのレベルの増加の存在にかかわらず、結腸生検は侵襲的手順であるため、このような相関は制限された診断値を有する。研究者は、ＩＢＳ患者の血液／血清中の同様のパターンを非侵襲的診断に十分好適な体液に探索するが、今日まで相関は報告されていない（Lessof et al., Ann Allergy. 1983 Aug;51(2 Pt 2):249-50; Guilarte, M. et al, Gut 56, 203-209 (2007); Ohman and Simren, Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2010 Mar;7(3):163-73）。
【００５４】
有利には、本発明は、他の観点のうち、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断及び分類のための非侵襲的方法及びアッセイを提供する。或る実施態様において、これらの方法及びアッセイは、ＩＢＳの疑いがあるか又は既にＩＢＳと診断された対象の血液及び／又は血清中の種々のＩＢＳバイオマーカーの存在又は濃度レベルの検出に関する。好ましい実施態様において、本発明方法は、対象からの血液及び／又は血清試料中において、表１に同定される１種以上のＩＢＳマーカーを検出することを含む。追加のマーカーを使用することもできる。
【００５５】
本発明は、部分的には、或る診断マーカー（例えば、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２、ヒスタミン、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗Saccharomyces cerevisiae抗体、抗菌性抗体、肥胖細胞マーカー、ストレスマーカー、消化管ホルモン、セロトニン代謝産物、セロトニン経路マーカー、糖鎖欠損トランスフェリン（ＣＤＴ）、ラクトフェリンなど）の存在又はレベルを検出すること単独により、又は１つ以上の質問（例えば、「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」）に対する個体の回答に基づくＩＢＳ関連症状の存在又は重症度を同定することの組合せによって、個体からの生物試料をＩＢＳ試料として分類する精度を、実質的に改善することができるという驚くべき発見に基づくものである。図１２は、本明細書中に同定及び開示されたＩＢＳマーカーによって導出された分子経路の非限定的な例を示す。いくつかの観点において、本発明は統計的アルゴリズムを使用して、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料としての試料の分類を補助する。その他の観点において、本発明は、他の腸疾患（例えば、ＩＢＤ）を除外し、次いで非ＩＢＤ試料を分類する統計的アルゴリズムを使用して、ＩＢＳの分類を補助する。
【００５６】
ＩＩ．定義
本明細書において使用される以下の用語は、特に記載のない限り、これらに帰属する意味を有する。
【００５７】
「分類すること」という用語は、疾患状態を有する試料を「関連づけること」又は「カテゴライズすること」を含む。或る例において、「分類すること」は、統計的証拠、経験的証拠又はこの両方に基づく。或る実施態様において、分類する方法及びシステムは、既知の疾患状態を有する試料の、いわゆるトレーニングセットを使用する。トレーニングデータセットは、確立されると、未知試料の特徴を比較する基準、モデル又は雛形として機能して試料の未知の疾患状態を分類する。或る例において、試料を分類することは、試料の疾患状態を診断することに通じる。或る他の例において、試料を分類することは、試料の疾患状態を別の疾患状態から区別することに通じる。
【００５８】
「過敏性腸症候群」又は「ＩＢＳ」という用語は、以下に限定されるものではないが、典型的には、いかなる明白な構造的異常も存在せず、腹痛、腹部不快感、排便パターンの変化、便通の消失又はより頻繁な便通、下痢及び便秘を含む１種以上の症状を特徴とする機能的腸障害の群を含む。症状の顕著さに応じて少なくとも３種のＩＢＳ型が存在する：（１）下痢優勢型（ＩＢＳ−Ｄ）；（２）便秘優勢型（ＩＢＳ−Ｃ）及び（３）交互に生じる排便パターンを有するＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）。ＩＢＳは、症状の混合型（ＩＢＳ−Ｍ）としても発症し得る。種々なＩＢＳの臨床サブタイプ、例えば、感染後ＩＢＳも存在する（ＩＢＳ−ＰＩ）。
【００５９】
「試料を転換すること」という用語は、マーカーを抽出するための、あるいは、本明細書中に定義されるマーカーを変化又は改変するための試料の物理的及び／又は化学的変化を含む。マーカーのレベル又は濃度を計測するための試料又はマーカーの抽出、操作、化学的沈殿、ＥＬＩＳＡ、複合体化、免疫抽出、物理的又は化学的改変は、全て転換を構成する。試料又はマーカーが転換工程前後で同一でない限り、変化又は改変が転換である。
【００６０】
「試料」という用語は、個体から得られる任意の生物試験体を含む。本発明における使用に好適な試料は、以下に限定されるものではないが、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（すなわち、便）、涙液及び他の任意の体液又は組織試料（例えば、生検物）、例えば、小腸又は結腸試料並びにこれらの細胞抽出物（例えば、赤血球細胞抽出物）を含む。好ましい実施態様において、試料は、血液、血漿又は血清試料である。より好ましい実施態様において、試料は、血清試料である。例えば、血清、唾液及び尿の試料の使用は、当分野において周知である（例えば、Hashida et al., J. Clin. Lab. Anal., 11:267-86 (1997)参照）。当業者は、試料（例えば、血清試料）をマーカーレベルの分析の前に希釈することができることを認識している。
【００６１】
「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、個体からの試料をＩＢＳ試料として分類するため又は個体からの試料におけるＩＢＳ様症状と関連する１種以上の疾患又は障害を除外するために使用することができる任意の診断マーカー、例えば、生化学マーカー、血清学マーカー、遺伝子マーカー又はその他の臨床的若しくは超音波検査上の特徴を含む。「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、ＩＢＳをこの種々の型又は臨床サブタイプの１種に分類するために使用することができる任意の分類マーカー、例えば、生化学マーカー、血清学マーカー、遺伝子マーカー又は他の臨床的若しくは超音波検査上の特徴を包含する。本発明における使用に好適な診断マーカーの非限定的な例は、以下に記載され、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗Saccharomyces cerevisiae抗体、抗菌性抗体、肥胖細胞マーカー、ストレスマーカー、消化管ホルモン、セロトニン代謝産物、セロトニン経路マーカー、糖鎖欠損トランスフェリン（ＣＤＴ）、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリクスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰｓ）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子（ＴＩＭＰｓ）、αグロブリン、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タキキニン、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン（ＣＲＨ）、セリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ、エラスターゼ）、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）、ヒスタミン、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、ラクツロースなどを含む。分類マーカーの例は、限定されるものではないが、レプチン、ＳＥＲＴ、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ＨＴ、胃幽門洞粘膜タンパク質８、ケラチン−８、クローディン−８、ゾヌリン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン受容体１（ＣＲＨＲ１）、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン受容体２（ＣＲＨＲ２）、トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などを含む。いくつかの実施態様において、診断マーカーを使用して、ＩＢＳをこの種々の型又は臨床サブタイプのうちの１種に分類することができる。その他の実施態様において、分類マーカーを使用して、試料をＩＢＳ試料として分類するか、又はＩＢＳ様症状と関連する１種以上の疾患及び障害を除外することができる。当業者は、本発明における使用に好適な追加の診断及び分類マーカーについて理解する。
【００６２】
或る例において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適なハイブリダイゼーションアッセイ及び増幅ベースアッセイの例は、上記のものである。或る他の例において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、免疫アッセイ又は免疫組織化学アッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適な免疫アッセイ及び免疫組織化学アッセイの非限定的な例は、本明細書に記載のものである。
【００６３】
本明細書において使用される「結合部分」という用語は、目的のバイオマーカーを特異的に認識することのできる分子の任意のクラスを意味する。本明細書に記載の方法における使用に適当な結合部分の非限定的な例は、タンパク質、例えば、モノクローナル抗体又はポリクローナル抗体及びそれらの機能的フラグメント（例えば、ミニボディ、二量体（diabodies）、三量体（triabodies）、一本鎖Ｆｖ、Ｆ（ａｂ）’など）、ファージディスプレイ又はリボソームディスプレイからの組合せによる誘導タンパク質、ペプチド、核酸、例えばアプタマー、並びに目的のバイオマーカーを特異的に認識することのできるその他の分子を含む。
【００６４】
本明細書において使用される「プロファイル」という用語は、疾患又は障害、例えば、ＩＢＳ又はＩＢＤと関連する明確な特徴又は特性を表す、任意のデータのセットを含む。前記用語は、試料中の１種以上の診断マーカーを分析する「診断マーカープロファイル」、個体が経験している又は経験した１種以上のＩＢＳ関連臨床因子（例えば、症状）を同定する「症状プロファイル」及びこれらの組合せを含む。例えば、「診断マーカープロファイル」は、ＩＢＳ及び／又はＩＢＤと関連する１種以上の診断マーカーの存在又はレベルを表すデータのセットを含むことができる。同様に、「症状プロファイル」は、ＩＢＳ及び／又はＩＢＤと関連する１種以上の症状の存在、重症度、頻度及び／又は持続期間を表すデータのセットを含むことができる。
【００６５】
一部の実施態様において、上記の診断マーカー及び／又は診断プロファイルの１種以上を計測するためのパネルは、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するために構築及び使用することができる。当業者は、例えば、個体試料のアリコート又は希釈物を使用して、複数の診断マーカーの存在又はレベルを同時に又は連続的に決定することができることを認識する。或る例において、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、これが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料群中の同一マーカーのレベルを少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％又は１０００％上回る（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較群中の同一マーカーの中央レベルを上回る）場合、上昇しているとみなされる。或る他の例において、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、これが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料群中の同一マーカーのレベルを少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％下回る（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較群中の同一マーカーの中央レベルを下回る）場合、低下しているとみなされる。
【００６６】
「個体」、「対象」又は「患者」という用語は、典型的にはヒトを指すが、例えば、他の霊長類、齧歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなどを含む他の動物も指す。
【００６７】
本明細書において使用される「実質的に同一のアミノ酸配列」という用語は、天然に生じるアミノ酸配列と類似するが、同一ではないアミノ酸配列を含む。例えば、天然に生じるペプチド、ポリペプチド又はタンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するアミノ酸配列は、天然に生じるペプチド、ポリペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と関連する１種以上の改変、例えば、アミノ酸付加、欠失又は置換を有することができるが、但し、この改変された配列が、天然に生じるペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の少なくとも１種の生物学的活性、例えば、免疫活性を実質的に保持することを条件とする。アミノ酸配列間の実質的な類似性の比較は、通常、約６〜１００残基間、好ましくは約１０〜１００残基間、より好ましくは約２５〜３５残基間の配列を用いて実施される。本発明のペプチド、ポリペプチド又はタンパク質、又はその断片の特に有用な改変は、例えば、安定性の増加をもたらす改変である。１個以上のＤ型アミノ酸の取り込みは、ポリペプチド又はポリペプチド断片の安定性の増加において有用な改変である。同様にリジン残基の欠失又は置換は、ポリペプチド又はポリペプチド断片を分解から保護することによって安定性を増加させることができる。
【００６８】
「ＩＢＳの進行又は後退をモニタリングする」という用語は、個体の疾患状態（例えば、ＩＢＳの存在又は重症度）を決定するための本発明の方法、システム及びコードの使用を含む。或る例において、アルゴリズム（例えば、学習統計的分類子システム（learning statistical classifier system））の結果が、より早期において同一個体について得られた結果と比較される。一部の実施態様において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの分析及び／又はこの同定あるいはＩＢＳ関連症状に基づき、個体においてＩＢＳが急速又は緩慢に進行する可能性を決定することによって、ＩＢＳの進行を予測するために使用することができる。その他の実施態様において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの分析及び／又はこの同定あるいはＩＢＳ関連症状に基づき、個体においてＩＢＳが急速又は緩慢に後退する可能性を決定することによって、ＩＢＳの後退を予測するために使用することができる。
【００６９】
「ＩＢＳの治療に有用な薬物を服用している個体における薬物の効力をモニタリングすること」という用語は、ＩＢＳを治療する治療剤が投与された後、この治療剤の有効性を決定するために本発明の方法、システム及びコードを使用することを含む。或る例において、アルゴリズム（例えば、学習統計的分類子システム）の結果は、治療剤の使用開始前又は治療のより早期の段階における同一個体について得られた結果と比較される。本明細書中に記載のＩＢＳの治療に有用な薬物は、個体の健康を改善するために使用される任意の化合物又は薬物であり、以下に限定されるものではないが、ＩＢＳ薬、例えば、セロトニン作動薬、抗うつ剤、塩化物チャネル活性化因子、クロライドチャネル遮断薬、グアニル酸シクラーゼアゴニスト、抗生物質、オピオイド、ニューロキニンアンタゴニスト、抗痙攣又は抗コリン作動薬、ベラドンナアルカロイド、バルビツレート、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ−１）アナログ、副腎皮質刺激ホルモン放出因子（ＣＲＦ）アンタゴニスト、プロバイオティクス、これらの遊離塩基、医薬的に許容可能なこれらの塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。
【００７０】
「治療有効量又は用量」という用語は、治療効果の達成が必要とされる対象において、治療効果を達成することができる薬物の用量を含む。例えば、ＩＢＳの治療に有用な薬物の治療有効量は、ＩＢＳと関連する１種以上の症状を予防又は軽減することができる量であることができる。正確な量は、当業者が公知技術を使用して確認することができる（例えば、Lieberman, Pharmaceutical Dosage Forms, Vols. 1-3 (1992); Lloyd, The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding (1999); Pickar, Dosage Calculations (1999); and Remington:  The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition, Gennaro, Ed., Lippincott, Williams & Wilkins (2003) 参照）。
【００７１】
ＩＩＩ．実施態様の説明
本発明は、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法、システム及びコードを提供する。同様に、本発明は、個体からの試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを正確に分類する方法、システム及びコードを提供する。一部の実施態様において、本発明は、統計的アルゴリズム（例えば、学習統計的分類子システム）及び／又は経験的データ（例えば、ＩＢＳマーカーの存在又はレベル）の使用に依存する。本発明は、統計的アルゴリズム及び／又は経験的データの組合せを使用してＩＢＳ様症状を示す１種以上の疾患又は障害を除外し、ＩＢＳを確定するためにも有用である。従って、本発明はＩＢＳの正確な診断的予測及び治療決定の指針に有用な予後情報を提供する。
【００７２】
Ａ．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法
１つの観点において、本発明は、表１に示すバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種以上のレベルを決定することによって、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法を提供する。好ましい実施態様において、本明細書中に提供される方法は、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーの検出によるものである。
【００７３】
或る実施態様において、脳由来神経栄養因子（Brain-Derived Neurotropic Factor；ＢＤＮＦ）好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（Neutrophil Gelatinase-Associated Lipocalin；ＮＧＡＬ）、TNF-関連アポトーシス弱誘発因子(TNF-related Weak Inducer of Apoptosis；ＴＷＥＡＫ) 、成長関連癌遺伝子α（Growth-Related Oncogene Alpha；ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（Interleukin-1 Beta；ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子−１（Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1；ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のＩＢＳバイオマーカーと共に、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種のバイオマーカーのレベルを、決定することによって、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法が提供される。
【００７４】
更にその他の実施態様では、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、α−グロブリン（例えば、α−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーと共に、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ、ヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種のバイオマーカーのレベルを決定することによって、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法が提供される。更に他の実施態様において、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せの他の診断マーカーの存在又はレベルを検出することもできる。
【００７５】
別の観点において、本発明は、個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法であって、
（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって、診断マーカープロファイルを決定すること；
（ｂ）診断マーカープロファイルに基づく第１の統計的アルゴリズムを使用して、試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類すること；及び
試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合には、
（ｃ）工程（ａ）において決定されたものと同一の診断マーカープロファイル又は異なる診断マーカープロファイルに基づく第２の統計的アルゴリズムを使用して、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類すること；
を含む前記方法を提供する。
【００７６】
ＩＢＤを除外するために使用される診断マーカーは、ＩＢＳを確定するために使用される診断マーカーと同一であることができる。あるいは、ＩＢＤを除外するために使用される診断マーカーは、ＩＢＳを確定するために使用される診断マーカーと異なることができる。
【００７７】
一部の実施態様において、第１にＩＢＤを除外し（すなわち、試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類し）、次いでＩＢＳを確定する（すなわち、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する）方法は、
症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（ここで、症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づく第１の統計的アルゴリズムを使用して、試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類すること；及び
試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、工程（ａ）において決定されたものと同一のプロファイル又は異なるプロファイルに基づく第２の統計的アルゴリズムを使用して、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類すること；
を含む。当業者は、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルを同時に又は任意の順序で連続的に決定することができることを認識する。
【００７８】
追加の実施態様において、本発明の方法は腸炎（intestinal inflammation）を除外することを更に含む。腸炎の非限定的な例は、急性炎症、憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎、感染性下痢及びこれらの組合せを含む。一部の例において、腸炎はＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、カルプロテクチン又はこれらの組合せの存在又はレベルに基づき除外される。
【００７９】
本明細書に記載のとおり、本発明の方法は、臨床医、例えば、胃腸科専門医又は一般開業医にＩＢＳ分類結果を送付することを更に含むことができる。本方法は、個体がＩＢＳを有する確率の形式で診断を提供することもできる。例えば、個体は、約０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上のＩＢＳを有する確率を有することができる。一部の例において、本発明の方法は、個体におけるＩＢＳの予後を更に提供する。例えば、予後は、外科処置、ＩＢＳのカテゴリー又は臨床サブタイプの発現、１種以上の症状の発現あるいは疾患からの回復であることができる。
【００８０】
１．β−トリプターゼ
１つの観点において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
（ａ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；
を含む前記方法であり、
ここで、前記ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする前記方法が提供される。１つの実施態様において、本方法は、（ｃ）試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルと対照レベルとを比較することを更に含み、ここで、対照レベルに対する試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルの差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【００８１】
特定の実施態様において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって：
（ａ）ＩＢＳマーカーが含有される試料を、ＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカーと捕捉抗ＩＢＳマーカー抗体とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、接触させること；
（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；
（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び
（ｄ）試料中の前記ＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出すること；
を含む前記アッセイであり、
ここで、前記ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする、前記アッセイを提供する。
【００８２】
或る実施態様において、対照レベルは、健常対象からの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル、あるいは、健常対象のコホートからの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの平均レベルである。他の実施態様において、対照レベルは、非ＩＢＳ対象からの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル、あるいは、非ＩＢＳ対象のコホートからの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの平均レベルである。別の実施態様において、対照レベルは、疾患対象からの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベル、あるいは、疾患対象のコホートからの血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの平均レベルである。対照レベルを決定するために有用な疾患対象の非限定的な例は、ＩＢＳの対象、非ＩＢＳ胃腸疾患の対象、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の対象、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の対象、クローン病（ＣＤ）の対象、セリアック病の対象、胃食道逆流性症（ＧＥＲＤ）の対象、癌の対象、胃腸管の癌の対象、胃癌の対象、小腸又は大腸癌の対象などを含む。
【００８３】
対照レベルが、１人以上の健常対象の血液又は血清試料中のＩＢＳマーカーのレベルである場合、対象からの試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルが対照レベルと比較して増加することが、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上の健常対象である場合、対象からの試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルが対照レベルと比較して同様であるか又は低減することは、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【００８４】
対照レベルが１人以上のＩＢＳの対象の血液又は血清試料中のＩＢＳマーカーのレベルである場合、対象からの試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルが対照レベルと比較して同様であるか又は増加することは、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上のＩＢＳの対象である場合、対象からの試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルが対照レベルと比較して低減することは、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【００８５】
本発明の或る観点において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のＩＢＳマーカー、並びに、β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択される少なくとも１種の追加の血液又は血清バイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。１つの実施態様において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及びβ−トリプターゼのレベルを検出又は決定することを含む。別の実施態様において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及びＰＧＥ２のレベルを検出又は決定することを含む。第３の実施態様において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及びヒスタミンのレベルを検出又は決定することを含む。更に別の実施態様において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー、β−トリプターゼ、ヒスタミン及びＰＧＥ２のレベルを検出又は決定することを含む。好ましくは、ＩＢＳマーカー、β−トリプターゼ、ヒスタミン及び／又はＰＧＥ２は、同一の血液又は血清試料から検出されるが、ある例において、バイオマーカーは、例えば、同時に又は異なる時間に同一個体から採取された異なる血液又は血清試料中で検出することができる。或る実施態様において、バイオマーカーは、対象からの血液又は血清試料の種々のアリコートを用いて実施される別個のアッセイにおいて検出することができる。他の実施態様において、バイオマーカーは、単一マルチプレックス検出アッセイ、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）ｘＭＡＰ（商標）アッセイにおいて検出することができる。
【００８６】
本発明の更に他の観点において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、β−トリプターゼ、ヒスタミン、ＰＧＥ２及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーと、血液又は血清試料中のＩＢＳマーカーとを検出することを含む前記方法が提供される。或る実施態様において、追加のバイオマーカーの少なくとも２種を検出することができる。その他の実施態様において、追加のバイオマーカーの少なくとも３、４、５、６、７、８、９又は１０種を検出することができる。
【００８７】
少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定するために使用される試料は、典型的には、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（すなわち、便）、涙液及び任意の他の体液又は組織試料（すなわち、生検物）、例えば、小腸又は結腸の試料である。好ましくは、試料は、血清、全血、血漿、糞便、尿又は組織生検物である。或る例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定する前に、個体からの試料を得ることを更に含む。好ましい実施態様において、追加のバイオマーカーは、血液又は血清試料から検出することができる。その他の実施態様において、追加のバイオマーカーは、対象の腸からの生検物又は糞便試料から検出することができる。
【００８８】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００８９】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９０】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からのＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９１】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９２】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からのインターロイキン−１β（ＩＬ−１β）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９３】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの組織メタロプロテアーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、組織メタロプロテアーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、組織メタロプロテアーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９４】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９５】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９６】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９７】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカー及び生物試料からの抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施態様において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施態様において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。その他の実施態様において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
【００９８】
１つの実施態様において、本方法は、血液又は血清試料からのＩＢＳマーカーのレベル、並びに、血液又は血清試料、糞便試料又は対象の腸の生検物からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）及び抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）の全てのレベルを検出又は決定することを含む。
【００９９】
或る実施態様において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適なハイブリダイゼーションアッセイの例は、以下に限定されるものではないが、ノザンブロッティング、ドットブロッティング、ＲＮａｓｅプロテクション及びこれらの組合せを含む。本発明の方法における使用に好適な増幅ベースアッセイの非限定的な例は、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を含む。
【０１００】
或る他の実施態様において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、免疫アッセイ又は免疫組織化学アッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適な免疫アッセイの非限定的な例は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法における使用に好適な免疫組織化学アッセイの例は、以下に限定されるものではないが、免疫蛍光アッセイ、例えば、直接的蛍光抗体アッセイ、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、抗補体免疫蛍光アッセイ及びアビジン−ビオチン免疫蛍光アッセイを含む。その他のタイプの免疫組織化学アッセイは、免疫ペルオキシダーゼアッセイを含む。
【０１０１】
好ましい実施態様において、ＩＢＳマーカーの存在又はレベルは、サンドイッチ酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用して決定される。サンドイッチＥＬＩＳＡにおける抗体の捕捉及び検出のため、任意の好適な抗体ペアを使用することができる。当業者は、アッセイに適切な抗体ペアを選択する方法を理解及び認識する。一般に、第１の（捕捉）抗体の結合が第２の（検出）抗体を干渉しないように、対象となる標的（例えば、ＩＢＳマーカー）へ種々のエピトープで結合する２種の抗体が選択される。或る実施態様において、複合体の検出を補助するため、検出抗体は、酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされる。その他の実施態様において、検出抗体に結合する酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）にコンジュゲートされた二次抗体を、アッセイにおいて使用することができる。一般に、次いで複合体は、発光基質、例えば、Ｕｌｔｒａ ＬＩＴＥ（商品名）（ＮＡＧ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）； ＳｅｎｓｏＬｙｔｅ（商標）（ＡｎａＳｐｅｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｆｅｍｔｏ Ｍａｘｉｍｕｍ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ （Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）； ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ （Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ， Ｉｎｃ）の使用によって検出される。好ましい実施態様において、β−トリプターゼサンドイッチＥＬＩＳＡは、アッセイ感度を向上させるため、検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗トリプターゼ抗体及びＣＰＳＤ含有発光基質の使用を含む。ＣＰＳＤ基質は、化学発光検出系、例えば、ＥＬＩＳＡ−Ｌｉｇｈｔ（商品名）Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に見出すことができる
【０１０２】
一部の実施態様において、本明細書において提供される方法は、対象についての症状プロファイルを決定する工程を更に含み、症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される。好ましい実施態様において、本方法は：
（ｄ）対象についての症状プロファイルを決定すること（症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；及び
（ｅ）ＩＢＳバイオマーカーのレベル及びシステムプロファイルに基づくアルゴリズムを使用して対象がＩＢＳであること又はＩＢＳでないことを診断すること；
を含む。好ましい実施態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、例えば、
場合により症状プロファイルと組み合わせて、ＩＢＳマーカー又は上記のこの組合せについての診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；及び
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類すること；
を含む。
【０１０３】
症状プロファイルは、典型的には、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、鼓脹、腹部膨満、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の症状の存在及び重症度を同定することによって決定される。
【０１０４】
好ましい実施態様において、ＩＢＳを予測するのに有用な症状プロファイルを作成するため、本明細書に記載の症状の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の存在又は重症度が同定される。或る例では、質問票又は他の形式の記述、口頭あるいは電話調査を使用して、症状プロファイルを生成する。質問票又は調査は、典型的には、回答者から現在及び／又は最近のＩＢＳ関連症状について情報を収集する目的のための標準化された一連の質問及び回答を含む。
【０１０５】
一部の実施態様において、症状プロファイルは、質問票又は調査において示された質問に対する回答の全て又は一部を編集及び／又は分析することによって生成される。その他の実施態様において、症状プロファイルは、以下の質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人の回答に基づき生成される。これらの実施態様のいずれかに従って作成される症状プロファイルを、本明細書に記載のアルゴリズムベースの方法において診断マーカープロファイルと組み合わせて使用して、ＩＢＳ予測の精度を改善することができる。
【０１０６】
一部の実施態様において、本明細書において提供される方法は、対象がＩＢＳである見込みを提供することを更に含む。或る実施態様において、本方法は、対象が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高いという見込みを提供することを含むことができる。関連する実施態様において、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類された試料がＩＢＳの対象からのものである見込みを提供することを更に含む方法が提供される。或る実施態様において、本方法は、試料が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高い対象からのものである見込みを提供することを含むことができる。
【０１０７】
その他の実施態様において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類することを更に含む。関連する実施態様において、試料をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料として更に分類する方法が本明細書において提供される。
【０１０８】
１つの実施態様において、本発明は、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイであって：
（ａ）ＩＢＳマーカーがＩＢＳマーカーと捕捉抗ＩＢＳマーカー抗体とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、ＩＢＳマーカーが含有される試料を接触させること；
（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；
（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び
（ｄ）試料中のＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出すること；
を含む前記アッセイを提供する。
【０１０９】
一部の例において、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイは、試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）及び／又はヒスタミンの存在又はレベルを検出することを更に含む。
【０１１０】
更に他の実施態様において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳでない対象を、ＩＢＤである、ＩＢＤでない、セリアック病である、セリアック病でない、健常対象である、又は胃腸疾患でないとして診断することを更に含む。関連する実施態様において、非ＩＢＳ試料を、ＩＢＤ試料、非ＩＢＤ試料、健常試料、非胃腸疾患試料、セリアック試料などとして更に分類する方法が本明細書において提供される。
【０１１１】
１つの実施態様において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムの使用を含む。或る実施態様において、アルゴリズムは、システムプロファイルに更に基づく。好ましい実施態様において、アルゴリズムは、統計的アルゴリズム、例えば、学習統計的分類子システムを含む。より好ましい実施態様において、アルゴリズムは、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む。最も好ましい実施態様において、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せは、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む。
【０１１２】
２．ストレスマーカー
１つの実施態様において、本発明は、対象からの生物試料（例えば、血液又は血清試料）中のストレスマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、前記対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。ストレスマーカーのレベル又は濃度は、当分野において公知の種々の方法と、その他の周知の方法とにより決定することができ、前記公知の種々の方法としては、以下に制限されるものではないが、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；及び、化学発光アッセイ（ＣＬ）；例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によるマーカーの精製；を挙げることができ、そして、前記その他の周知の方法としては、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を挙げることができる。
【０１１３】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するストレスマーカーが前記ストレスマーカーとストレスマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をストレスマーカー結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。好ましい実施態様において、ストレスマーカーは、ウロコルチン（Ｕｃｎ）、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質（ＣＲＦＢＰ）、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、及びこれらの組合せから選択される。
【０１１４】
１つの実施態様において、上記に提供した方法は、試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【０１１５】
１つの実施態様では、対照レベル又は濃度は、健常対象からの血液又は血清試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度の増加は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するストレスマーカーの同一又は低減したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１１６】
別の実施態様では、対照レベル又は濃度は、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するストレスマーカーの同一又は増加したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するストレスマーカーのレベル又は濃度の低減は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１１７】
別の関連する実施態様では、ストレスマーカー及び少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法が提供され、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される。
【０１１８】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するウロコルチンが前記ウロコルチンとウロコルチン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をウロコルチン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するウロコルチンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１１９】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質が前記副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質と副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１２０】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するコルチゾールが前記コルチゾールとコルチゾール結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をコルチゾール結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するコルチゾールのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１２１】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する副腎皮質刺激ホルモンが前記副腎皮質刺激ホルモンと副腎皮質刺激ホルモン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を副腎皮質刺激ホルモン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する副腎皮質刺激ホルモンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１２２】
３．消化管ホルモン
１つの実施態様において、本発明は、対象からの生物試料（例えば、血液又は血清試料）中の消化管ホルモンのレベル又は濃度を検出することによって、前記対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。消化管ホルモンのレベル又は濃度は、当分野において公知の種々の方法と、その他の周知の方法とにより決定することができ、前記公知の種々の方法としては、以下に制限されるものではないが、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；及び、化学発光アッセイ（ＣＬ）；例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によるマーカーの精製；を挙げることができ、そして、前記その他の周知の方法としては、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を挙げることができる。
【０１２３】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する消化管ホルモンが前記消化管ホルモンと消化管ホルモン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を消化管ホルモン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。好ましい実施態様において、消化管ホルモンは、サブスタンスＰ、神経成長因子（ＮＧＦ）、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、グルカゴン様ペプチド２（ＧＬＰ−２）、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド（ＰＡＣＡＰ）及びこれらの組合せから選択される。
【０１２４】
１つの実施態様において、上記に提供した方法は、試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【０１２５】
１つの実施態様では、対照レベル又は濃度は、健常対象からの血液又は血清試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度の増加は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する消化管ホルモンの同一又は低減したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１２６】
別の実施態様では、対照レベル又は濃度は、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する消化管ホルモンの同一又は増加したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する消化管ホルモンのレベル又は濃度の低減は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１２７】
別の関連する実施態様では、消化管ホルモン及び少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法が提供され、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される。
【０１２８】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するサブスタンスＰが前記サブスタンスＰとサブスタンスＰ結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をサブスタンスＰ結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するサブスタンスＰのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１２９】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する神経成長因子が前記神経成長因子と神経成長因子結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を神経成長因子結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する神経成長因子のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３０】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するニューロキニンＡが前記ニューロキニンＡとニューロキニンＡ結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をニューロキニンＡ結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するニューロキニンＡのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３１】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するニューロキニンＢが前記ニューロキニンＢとニューロキニンＢ結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をニューロキニンＢ結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するニューロキニンＢのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３２】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する血管作動性腸管ペプチドが前記血管作動性腸管ペプチドと血管作動性腸管ペプチド結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を血管作動性腸管ペプチド結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する血管作動性腸管ペプチドのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３３】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するグルカゴン様ペプチド２が前記グルカゴン様ペプチド２とグルカゴン様ペプチド２結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をグルカゴン様ペプチド２結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するグルカゴン様ペプチド２のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３４】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するモチリンが前記モチリンとモチリン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をモチリン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するモチリンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３５】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドが前記下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドと下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチドのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１３６】
４．セロトニン代謝産物
１つの実施態様において、本発明は、対象からの生物試料（例えば、血液又は血清試料）中のセロトニン代謝産物のレベル又は濃度を検出することによって、前記対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。セロトニン代謝産物のレベル又は濃度は、当分野において公知の種々の方法と、その他の周知の方法とにより決定することができ、前記公知の種々の方法としては、以下に制限されるものではないが、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；及び、化学発光アッセイ（ＣＬ）；例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によるマーカーの精製；を挙げることができ、そして、前記その他の周知の方法としては、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を挙げることができる。
【０１３７】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するセロトニン代謝産物が前記セロトニン代謝産物とセロトニン代謝産物結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をセロトニン代謝産物結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。好ましい実施態様において、セロトニン代謝産物は、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド及びこれらの組合せから選択される。
【０１３８】
１つの実施態様において、上記に提供した方法は、試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【０１３９】
１つの実施態様では、対照レベル又は濃度は、健常対象からの血液又は血清試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度の増加は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン代謝産物の同一又は低減したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１４０】
別の実施態様では、対照レベル又は濃度は、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン代謝産物の同一又は増加したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン代謝産物のレベル又は濃度の低減は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１４１】
別の関連する実施態様では、セロトニン代謝産物及び少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法が提供され、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される。
【０１４２】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するセロトニンが前記セロトニンとセロトニン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をセロトニン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するセロトニンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１４３】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するトリプトファンが前記トリプトファンとトリプトファン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をトリプトファン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するトリプトファンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１４４】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するセロトニン−Ｏ−サルフェートが前記セロトニン−Ｏ−サルフェートとセロトニン−Ｏ−サルフェート結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をセロトニン−Ｏ−サルフェート結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するセロトニン−Ｏ−サルフェートのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１４５】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する５−ヒドロキシインドール酢酸が前記５−ヒドロキシインドール酢酸と５−ヒドロキシインドール酢酸結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を５−ヒドロキシインドール酢酸結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する５−ヒドロキシインドール酢酸のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１４６】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する５−ＨＴグルクロニドが前記５−ＨＴグルクロニドと５−ＨＴグルクロニド結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を５−ＨＴグルクロニド結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する５−ＨＴグルクロニドのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１４７】
５．血清代謝産物
１つの実施態様において、本発明は、対象からの生物試料（例えば、血液又は血清試料）中の血清代謝産物のレベル又は濃度を検出することによって、前記対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。血清代謝産物のレベル又は濃度は、当分野において公知の種々の方法と、その他の周知の方法とにより決定することができ、前記公知の種々の方法としては、以下に制限されるものではないが、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；及び、化学発光アッセイ（ＣＬ）；例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によるマーカーの精製；を挙げることができ、そして、前記その他の周知の方法としては、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を挙げることができる。
【０１４８】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する血清代謝産物が前記血清代謝産物と血清代謝産物結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を血清代謝産物結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。好ましい実施態様において、血清代謝産物は、チロシン及び／又はフェニルアラニンから選択される。
【０１４９】
１つの実施態様において、上記に提供した方法は、試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【０１５０】
１つの実施態様では、対照レベル又は濃度は、健常対象からの血液又は血清試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度の増加は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する血清代謝産物の同一又は低減したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１５１】
別の実施態様では、対照レベル又は濃度は、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する血清代謝産物の同一又は増加したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する血清代謝産物のレベル又は濃度の低減は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１５２】
別の関連する実施態様では、血清代謝産物及び少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法が提供され、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される。
【０１５３】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するチロシンが前記チロシンとチロシン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をチロシン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するチロシンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１５４】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するフェニルアラニンが前記フェニルアラニンとフェニルアラニン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をフェニルアラニン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するフェニルアラニンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１５５】
６．セロトニン経路マーカー
１つの実施態様において、本発明は、対象からの生物試料（例えば、血液又は血清試料）中のセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度を検出することによって、前記対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。セロトニン経路マーカーのレベル又は濃度は、当分野において公知の種々の方法と、その他の周知の方法とにより決定することができ、前記公知の種々の方法としては、以下に制限されるものではないが、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；及び、化学発光アッセイ（ＣＬ）；例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によるマーカーの精製；を挙げることができ、そして、前記その他の周知の方法としては、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を挙げることができる。
【０１５６】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するセロトニン経路マーカーが前記セロトニン経路マーカーとセロトニン経路マーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をセロトニン経路マーカー結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。好ましい実施態様において、セロトニン経路マーカーは、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ、ヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ及びこれらの組合せから選択される。
【０１５７】
１つの実施態様において、上記に提供した方法は、試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【０１５８】
１つの実施態様では、対照レベル又は濃度は、健常対象からの血液又は血清試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度の増加は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン経路マーカーの同一又は低減したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１５９】
別の実施態様では、対照レベル又は濃度は、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン経路マーカーの同一又は増加したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するセロトニン経路マーカーのレベル又は濃度の低減は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１６０】
別の関連する実施態様では、セロトニン経路マーカー及び少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法が提供され、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される。
【０１６１】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６が前記ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６とＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１６２】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するセロトニン再取り込み輸送体が前記セロトニン再取り込み輸送体とセロトニン再取り込み輸送体結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をセロトニン再取り込み輸送体結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するセロトニン再取り込み輸送体のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１６３】
別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するトリプトファンヒドロキシラーゼ１が前記トリプトファンヒドロキシラーゼ１とトリプトファンヒドロキシラーゼ１結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をトリプトファンヒドロキシラーゼ１結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するトリプトファンヒドロキシラーゼ１のレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１６４】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するモノアミンオキシダーゼＡが前記モノアミンオキシダーゼＡとモノアミンオキシダーゼＡ結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をモノアミンオキシダーゼＡ結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するモノアミンオキシダーゼＡのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１６５】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するモノアミンオキシダーゼＢが前記モノアミンオキシダーゼＢとモノアミンオキシダーゼＢ結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をモノアミンオキシダーゼＢ結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するモノアミンオキシダーゼＢのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１６６】
更に別の特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在するヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａが前記ヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａとヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料をヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１６７】
７．糖鎖欠損トランスフェリン（ＣＤＴ）
１つの実施態様において、本発明は、対象からの生物試料（例えば、血液又は血清試料）中の糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度を検出することによって、前記対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度は、当分野において公知の種々の方法と、その他の周知の方法とにより決定することができ、前記公知の種々の方法としては、以下に制限されるものではないが、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；及び、化学発光アッセイ（ＣＬ）；例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によるマーカーの精製；を挙げることができ、そして、前記その他の周知の方法としては、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を挙げることができる。
【０１６８】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンが前記糖鎖欠損トランスフェリンと糖鎖欠損トランスフェリン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を糖鎖欠損トランスフェリン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。
【０１６９】
１つの実施態様において、上記に提供した方法は、試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度と対照レベル又は濃度とを比較することを更に含み、ここで、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度の差は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示すものであるものとする。
【０１７０】
１つの実施態様では、対照レベル又は濃度は、健常対象からの血液又は血清試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度の増加は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在するストレスマーカーの同一又は低減したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１７１】
別の実施態様では、対照レベル又は濃度は、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度であり、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンの同一又は増加したレベル又は濃度は、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、それに対して、対照レベル又は濃度に対する試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度の低減は、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
【０１７２】
別の関連する実施態様では、糖鎖欠損トランスフェリン及び少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することによって、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法が提供され、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される。
【０１７３】
特定の実施態様では、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって：
試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンが前記糖鎖欠損トランスフェリンと糖鎖欠損トランスフェリン結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下で、対象からの血液又は血清試料を糖鎖欠損トランスフェリン結合部分と接触させること；及び
前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在する糖鎖欠損トランスフェリンのレベル又は濃度を決定すること；
を含む前記方法が提供される。１つの実施態様において、前記方法は、少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーのレベル又は濃度を検出することを更に含み、ここで、前記少なくとも１種の追加のＩＢＳマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択されるものとする。
【０１７４】
Ｂ．症状プロファイル
一部の実施態様において、ＩＢＳの診断を補助する方法は：
症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（ここで、症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定されるものとする）；並びに
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類すること；
を含む。当業者は、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルを同時に又は任意の順序で連続的に決定することができることを認識する。
【０１７５】
症状プロファイルは、典型的には、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、鼓脹、腹部膨満、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の症状の存在及び重症度を同定することによって決定される。
【０１７６】
好ましい実施態様において、ＩＢＳを予測するのに有用な症状プロファイルを作成するため、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の本明細書に記載の症状の存在又は重症度が同定される。ある例において、質問票又は他の形式の記述、口頭あるいは電話調査を使用して、症状プロファイルを生成する。質問票又は調査は、典型的には、回答者から現在及び／又は最近のＩＢＳ関連症状について情報を収集する目的のための標準化された一連の質問及び回答を含む。例えば、実施例３は、個体における１種以上のＩＢＳ関連症状の存在又は重症度を同定するために質問票に含めることができる例示的な質問を提供する。
【０１７７】
或る実施態様において、症状プロファイルは、質問票又は調査において示された質問に対する回答の全て又は一部を編集及び／又は分析することによって生成される。或るその他の実施態様において、症状プロファイルは、以下の質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人の回答に基づき生成される。これらの実施態様のいずれかに従って作成される症状プロファイルを、本明細書に記載のアルゴリズムベースの方法において、診断マーカープロファイルと組み合わせて使用して、ＩＢＳ予測の精度を改善することができる。
【０１７８】
Ｃ．統計的アルゴリズムの使用
一部の実施態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、統計的アルゴリズムと併用する診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づく。ある例において、統計的アルゴリズムは、学習統計的分類子システムである。学習統計的分類子システムは、ランダムフォレスト（ＲＦ）、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストされたツリー、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般的なカイ二乗自動相互作用検出モデル、インタラクティブツリー、多変量適応的回帰スプライン、機械学習分類子及びこれらの組合せからなる群から選択することができる。好ましくは、学習統計的分類子システムは、ツリーベースの統計的アルゴリズム（例えば、ＲＦ、Ｃ＆ＲＴなど）及び／又はＮＮ（例えば、人工的ＮＮなど）である。本発明における使用に好適な学習統計的分類子システムの追加の例は、米国特許出願第１１／３６８，２８５号に記載されている。或る実施態様において、本方法は、対象からの試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。
【０１７９】
或る例において、統計的アルゴリズムは、単一の学習統計的分類子システムである。好ましくは、単一の学習統計的分類子システムは、ツリーベースの統計的アルゴリズム、例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴを含む。非限定的な例として、単一の学習統計的分類子システムを使用して、予測値又は確率値、及び少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベル（すなわち、診断マーカープロファイル）単独、あるいは少なくとも１種の症状の存在又は重症度（すなわち、症状プロファイル）との組合せに基づき、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することができる。単一の学習統計的分類子システムの使用は、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料をＩＢＳ試料として分類する。そのようなものとして、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することは、対象におけるＩＢＳの診断の補助に有用である。
【０１８０】
或るその他の例において、統計的アルゴリズムは、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。好ましくは、学習統計的分類子システムの組合せは、例えば、タンデム又はパラレルで使用されるＲＦ及びＮＮを含む。非限定的な例として、最初にＲＦを使用して、診断マーカープロファイル単独、又は症状プロファイルとの組合せに基づく予測値又は確率値を作成することができ、次いでＮＮを使用して、予測値又は確率値及び同一又は異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することができる。有利には、本発明の複合型ＲＦ／ＮＮ学習統計的分類子システムは、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料をＩＢＳ試料として分類する。特に好ましい実施態様において、統計的アルゴリズムは、ランダムフォレスト分類子又はランダムフォレスト分類子とニューラルネットワーク分類子との組合せである。
【０１８１】
一部の例において、１種以上の学習統計的分類子システムを使用して得られたデータは、処理アルゴリズムを使用して処理することができる。このような処理アルゴリズムを、例えば、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク及びレーベンバーグ・マルカートアルゴリズムからなる群から選択することができる。他の例において、このような処理アルゴリズムの組合せを、例えばパラレル又はシリアル方式で使用することができる。
【０１８２】
或る他の実施態様において、本発明の方法は、臨床医、例えば、胃腸科専門医又は一般開業医にＩＢＳ分類結果を送付することを更に含む。別の実施態様において、本発明の方法は、個体がＩＢＳである確率の形式で診断を提供する。例えば、個体は、ＩＢＳである確率が約０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上であり得る。更に別の実施態様において、本発明の方法は、個体におけるＩＢＳの予後を更に提供することができる。例えば、予後は、外科処置、ＩＢＳのカテゴリー又は臨床サブタイプの発現、１種以上の症状の発現あるいは疾患からの回復であることができる。
【０１８３】
Ｄ．アッセイ及びキット
当分野において公知の種々のアッセイ、技術及びキットのいずれかを使用して、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定し、試料がＩＢＳと関連するか否かを分類することができる。
【０１８４】
本発明は、部分的には、個体から得られる試料中の少なくとも１種のマーカーの存在又はレベルを決定することに依存する。本明細書において使用される「少なくとも１種のマーカーの存在を決定すること」という用語は、当業者に公知の任意の定量又は定性アッセイを使用することによって、対象となる各マーカーの存在を決定することを含む。ある例において、特定の形質、変化あるいは生化学的又は血清学的な物質（例えば、タンパク質又は抗体）の存在又は非存在を決定する定性アッセイは、対象となる各マーカーを検出するために好適である。或る他の例において、ＲＮＡ、タンパク質、抗体又は活性の存在又は非存在を決定する定量アッセイは、対象となる各マーカーを検出するために好適である。本明細書において使用される「少なくとも１種のマーカーのレベルを決定する」という用語は、当業者に公知の任意の直接的又は間接的な定量アッセイを使用することによって、対象となる各マーカーのレベルを決定することを含む。或る例において、例えば、ＲＮＡ、タンパク質、抗体又は活性の相対量又は絶対量を決定する定量アッセイは、対象となる各マーカーのレベルを決定するために好適である。当業者は、マーカーのレベルを決定するために有用な任意のアッセイも、マーカーの存在又は非存在を決定するために有用であることを認識する。
【０１８５】
本明細書において使用される「抗体」という用語は、ポリクローナル又はモノクローナル及び任意のアイソタイプであることができる免疫グロブリン分子の集団、又は免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な断片を含む。このような免疫活性断片は、重鎖及び軽鎖の可変領域を含有し、これらは抗原に特異的に結合する抗体分子の一部を構成する。例えば、当分野においてＦａｂ、Ｆａｂ’又はＦ（ａｂ’）２として公知の免疫グロブリン分子の免疫活性断片は、抗体という用語の意味に含まれる。
【０１８６】
フローサイトメトリーを使用して、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定することができる。このようなフローサイトメトリーアッセイは、ビーズベース免疫アッセイを含み、例えば、カンジダ・アルビカンス及びＨＩＶタンパク質に対する血清抗体の検出について記載されている方法と同一の方法において抗体マーカーレベルを決定するために使用することができる（例えば、Bishop and Davis, J. Immunol. Methods, 210:79-87 (1997); McHugh et al., J. Immunol. Methods, 116:213 (1989); Scillian et al., Blood, 73:2041 (1989)を参照）。
【０１８７】
マーカーに特異的な組換え抗原を発現させるためのファージディスプレイ技術を使用して、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定することもできる。例えば、抗体マーカーに特異的な抗原を発現するファージ粒子は、所望により、抗体、例えば、抗ファージモノクローナル抗体を使用してマルチウェルプレートに固定することができる（Felici et al., “Phage-Displayed Peptides as Tools for Characterization of Human Sera” in Abelson (Ed.), Methods in Enzymol., 267, San Diego: Academic Press, Inc. (1996)を参照）。
【０１８８】
競合的及び非競合的免疫アッセイを含む種々の免疫アッセイ技術を使用して、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定することができる（例えば、Self and Cook, Curr. Opin. Biotechnol., 7:60-65 (1996)を参照）。免疫アッセイという用語は、以下に限定されるものではないが、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；並びに化学発光アッセイ（ＣＬ）を含む技術を包含する。所望により、このような免疫アッセイは、自動化されることができる。免疫アッセイは、レーザーにより誘導される蛍光とともに使用することもできる（例えば、Schmalzing and Nashabeh, Electrophoresis, 18:2184-2193 (1997); Bao, J. Chromatogr. B. Biomed. Sci., 699:463-480 (1997)を参照）。リポソーム免疫アッセイ、例えば、フローインジェクションリポソーム免疫アッセイ及びリポソーム免疫センサーも、本発明における使用に好適である（例えば、Rongen et al., J. Immunol. Methods, 204:105-133 (1997)を参照）。更に、タンパク質／抗体複合体の形成が、マーカー濃度に応じてピーク速度信号に変換される光分散の増加をもたらすネフェロメトリーアッセイが、本発明における使用に好適である。ネフェロメトリーアッセイはBeckman Coulter (Brea, CA; Kit #449430)から市販されており、Behring Nephelometer Analyzerを使用して実施することができる（Fink et al., J. Clin. Chem. Clin. Biol. Chem., 27:261-276 (1989)）。
【０１８９】
抗原捕捉ＥＬＩＳＡは、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルの決定に有用であり得る。例えば、抗原捕捉ＥＬＩＳＡにおいては、対象となるマーカーに対する抗体が固相に結合され、マーカーが抗体によって結合されるように試料が添加される。非結合タンパク質が洗浄によって除去された後、結合マーカーの量を、例えば、放射免疫アッセイを使用して定量することができる。（例えば、Harlow and Lane, Antibodies:  A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1988を参照）。サンドイッチＥＬＩＳＡも、本発明における使用に好適であり得る。例えば、２抗体サンドイッチアッセイにおいて、第１の抗体が固体担体に結合され、対象となるマーカーが第１の抗体に結合することが可能となる。マーカーの量は、マーカーに結合する第２の抗体の量を計測することによって定量される。抗体は、種々の固体担体、例えば、磁性又はクロマトグラフマトリックス粒子、アッセイプレートの表面（例えば、マイクロタイターウェル）、固体基材又は膜の一片（例えば、プラスチック、ナイロン、紙）などに固定化することができる。アッセイストリップは、抗体又は複数の抗体を固体担体上のアレイにおいてコーティングすることによって調製することができる。次いで、このストリップは、試験試料中に浸漬することができ、洗浄及び検出工程によって迅速に処理して計測可能なシグナル、例えば、有色点を生成することができる。
【０１９０】
例えば、ヨウ素−１２５（１２５Ｉ）標識された二次抗体（Harlow and Lane，前掲）を使用する放射免疫アッセイも、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために好適である。化学発光マーカーによって標識された二次抗体も、本発明における使用に好適である。化学発光二次抗体を使用する化学発光アッセイは、マーカーレベルの高感度な非放射性検出に好適である。このような二次抗体は、種々の源、例えば、Amersham Lifesciences, Inc.（Arlington Heights, IL）から市販品として得ることができる。
【０１９１】
上記免疫アッセイは、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために特に有用である。非限定的な例として、ＩＬ−８結合分子、例えば、抗ＩＬ−８抗体又は細胞外ＩＬ−８結合タンパク質（例えば、ＩＬ−８受容体）を使用するＥＬＩＳＡは、試料がＩＬ−８タンパク質について陽性か否かを決定するため、又は試料中のＩＬ−８タンパク質レベルを決定するために有用である。固定好中球ＥＬＩＳＡは、試料がＡＮＣＡについて陽性か否かを決定するため、又は試料中のＡＮＣＡレベルを決定するために有用である。同様に、酵母細胞壁ホスホペプチドマンナンを使用するＥＬＩＳＡは、試料がＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧについて陽性か否かを決定するため、あるいは試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルを決定するために有用である。ＯｍｐＣタンパク質又はこの断片を使用するＥＬＩＳＡは、試料が抗ＯｍｐＣ抗体について陽性か否かを決定するため、又は試料中の抗ＯｍｐＣ抗体レベルを決定するために有用である。Ｉ２タンパク質又はこの断片を使用するＥＬＩＳＡは、試料が抗Ｉ２抗体について陽性か否かを決定するため、又は試料中の抗Ｉ２抗体レベルを決定するために有用である。フラジェリンタンパク質（例えば、Ｃｂｉｒ−１フラジェリン）又はこの断片を使用するＥＬＩＳＡは、試料が抗フラジェリン抗体について陽性か否かを決定するため、又は試料中の抗フラジェリン抗体レベルを決定するために有用である。更に、上記免疫アッセイは、試料中のその他の診断マーカーの存在又はレベルを決定するために特に有用である。
【０１９２】
対象となるマーカーに対する抗体の特異的な免疫結合は、直接的又は間接的に検出することができる。直接的標識は、蛍光又は発光タグ、金属、色素、放射性核種などを含み、抗体に結合される。ヨウ素１２５（１２５Ｉ）によって標識された抗体を使用して、試料中の１種以上のマーカーのレベルを決定することができる。マーカーに特異的な化学発光抗体を使用する化学発光アッセイは、マーカーレベルの高感度な非放射性検出に好適である。蛍光色素によって標識された抗体も、試料中の１種以上のマーカーのレベルを決定するために好適である。蛍光色素の例は、以下に限定されるものではないが、ＤＡＰＩ、フルオレセイン、ヘキスト３３２５８、Ｒ−フィコシアニン、Ｂ−フィコエリスリン、Ｒ−フィコエリスリン、ローダミン、テキサスレッド及びリサミンを含む。蛍光色素に結合している２次抗体は、市販品として得ることができ、例えば、ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトＩｇＧ−ＦＩＴＣは、Tago Immunologicals（Burlingame, CA）から入手可能である。
【０１９３】
間接的標識は、当分野において周知の種々の酵素、例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、βガラクトシダーゼ、ウレアーゼなどを含む。セイヨウワサビペルオキシダーゼ検出系は、例えば、発色基質テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）とともに使用することができ、過酸化水素の存在下で４５０ｎｍにおいて検出可能な可溶性生成物を生じさせる。アルカリホスファターゼ検出系は、発色基質ｐ−ニトロフェニルホスフェートとともに使用することができ、例えば、４０５ｎｍにおいて容易に検出可能な可溶性生成物を生じさせる。同様に、βガラクトシダーゼ検出系は、発色基質ｏ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド（ＯＮＰＧ）とともに使用することができ、４１０ｎｍにおいて検出可能な可溶性生成物を生じさせる。ウレアーゼ検出系は、例えば、ウレア−ブロモクレゾールパープル（Sigma Immunochemicals; St. Louis, MO）の基質とともに使用することができる。酵素に結合している有用な２次抗体は、多数の市販源から得ることができ、例えば、ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトＩｇＧ−アルカリホスファターゼは、Jackson ImmunoResearch（West Grove, PA.）から購入することができる。
【０１９４】
直接又は間接的標識からのシグナルは、例えば、発色基質からの色を検出するための分光光度計；放射線を検出するための放射線カウンター、例えば、１２５Ｉの検出のためのガンマカウンター；又はある波長の光の存在下で蛍光を検出するための蛍光光度計；を使用して分析することができる。酵素結合抗体の検出のため、マーカーレベルの量の定量分析は、分光光度計、例えば、EMAX Microplate Reader（Molecular Devices; Menlo Park, CA）を使用して製造業者の説明書に従って行うことができる。所望により、本発明のアッセイは、自動化又はロボットによって実施することができ、複数の試料からのシグナルを同時に検出することができる。
【０１９５】
定量ウエスタンブロッティングを使用して、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを検出又は決定することもできる。ウエスタンブロットは、周知の方法、例えば、走査デンシメトリー又はホスホイメージングによって定量することができる。非限定的な例として、タンパク質試料は、１０％ＳＤＳ−ＰＡＧＥ  Ｌａｅｍｍｌｉゲル上で電気泳動される。１次マウスモノクローナル抗体はブロットと反応され、抗体結合は、予備的なスロットブロット実験を使用して線形であることを確認することができる。ヤギ抗マウスセイヨウワサビペルオキシダーゼ結合抗体（ＢｉｏＲａｄ）は、２次抗体として使用され、シグナル検出は、化学発光を使用して、例えば、Renaissance化学発光キット（New England Nuclear; Boston, MA）を用いて製造業者の説明書に従って実施される。ブロットのオートラジオグラフは、走査デンシトメーター（Molecular Dynamics; Sunnyvale, CA）を使用して分析され、陽性対照に対して正規化される。値は、例えば、実値と陽性対照との比として報告される（デンシトメトリーインデックス）。このような方法は当分野において周知であり、例えば、Parra et al., J. Vasc. Surg., 28:669-675 (1998)に記載されている。
【０１９６】
あるいは、種々の免疫組織化学アッセイ技術を使用して、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定することができる。免疫組織化学アッセイという用語は、蛍光顕微鏡又は光学顕微鏡を使用する、対象となるマーカーと反応する抗体に結合させた（すなわち、コンジュゲートさせた）蛍光色素又は酵素の視覚的検出を利用する技術を包含し、そして、以下に限定されるものではないが、直接的蛍光抗体アッセイ、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、抗補体免疫蛍光、アビジン−ビオチン免疫蛍光及び免疫ペルオキシダーゼアッセイを含む。例えば、ＩＦＡアッセイは、試料がＡＮＣＡについて陽性か否か、試料中のＡＮＣＡのレベル、試料がｐＡＮＣＡについて陽性か否か、試料中のｐＡＮＣＡのレベル及び／又はＡＮＣＡ染色パターン（例えば、ｃＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ染色パターン）を決定するために有用である。試料中のＡＮＣＡの濃度は、例えば、終点滴定によって、又は既知の参照標準と比較して視覚的蛍光強度を測定することによって定量することができる。
【０１９７】
あるいは、対象となるマーカーの存在又はレベルは、精製マーカーの量を検出又は定量することによって決定することができる。マーカーの精製は、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によって達成することができる。対象となるマーカーの定性又は定量検出は、以下に限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を含む周知の方法によって決定することもできる。
【０１９８】
複数のマーカーの分析は、１つの試験試料について別個に又は同時に実施することができる。マーカーの別個又は連続的アッセイのため、好適な機器は、臨床実験室用分析装置、例えば、ＥｌｅｃＳｙｓ（Ｒｏｃｈｅ）、ＡｘＳｙｍ（Ａｂｂｏｔｔ）、Ａｃｃｅｓｓ（Ｂｅｃｋｍａｎ）、ＡＤＶＩＡ（商標）、ＣＥＮＴＡＵＲ（商標）（Ｂａｙｅｒ）、及びＮＩＣＨＯＬＳ  ＡＤＶＡＮＴＡＧＥ（商標）（Ｎｉｃｈｏｌｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）免疫アッセイ系を含む。好ましい機器又はタンパク質チップは、単一表面上で複数のマーカーの同時アッセイを実施する。特に有用な物理フォーマットは、複数の異なるマーカー検出のため、複数の独立したアドレス可能なロケーションを有する表面を含む。このようなフォーマットは、タンパク質マイクロアレイ又は「タンパク質チップ」（例えば、Ng et al., J. Cell Mol. Med., 6:329-340 (2002)）及びある種のキャピラリー装置を含む（例えば、米国特許第６，０１９，９４４号を参照）。これらの実施態様においては、それぞれの独立した表面上のロケーションは、それぞれの領域における検出のための１種以上のマーカーを固定化するために抗体を含むことができる。あるいは、表面は、表面の独立したロケーションに固定された１種以上の独立した粒子（例えば、マイクロ粒子又はナノ粒子）を含むことができ、マイクロ粒子は、検出のための１種以上のマーカーを固定化するために抗体を含む。
【０１９９】
対象となる種々のマーカーの存在又はレベルを決定する上記アッセイに加え、定型的な技術、例えば、ノザン分析、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、又はマーカーをコードする配列の一部に相補的な核酸配列に対するハイブリダイゼーションに基づく他の任意の方法（例えば、スロットブロットハイブリダイゼーション）を使用するマーカーのｍＲＮＡレベルの分析も本発明の範囲内である。適用可能なＰＣＲ増幅技術は、例えば、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. New York(1999), Chapter 7 and Supplement 47; Theophilus et al., “PCR Mutation Detection Protocols,” Humana Press, (2002)；及びInnis et al., PCR Protocols, San Diego, Academic Press, Inc. (1990)に記載されている。一般的な核酸ハイブリダイゼーション法は、Anderson, “Nucleic Acid Hybridization,” BIOS Scientific Publishers, 1999に記載されている。複数の転写された核酸配列（例えば、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ）の増幅又はハイブリダイゼーションも、マイクロアレイ上に配列されたｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ配列から実施することができる。マイクロアレイ法は、一般に、Hardiman, “Microarrays Methods and Applications: Nuts & Bolts,” DNA Press, 2003; and Baldi et al., “DNA Microarrays and Gene Expression: From Experiments to Data Analysis and Modeling,” Cambridge University Press, 2002に記載されている。
【０２００】
マーカーの遺伝子型、例えば、遺伝子マーカーの分析は、以下に限定されるものではないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースの分析、配列解析及び電気泳動分析を含む当分野において公知の技術を使用して実施することができる。ＰＣＲベース分析の非限定的な例は、Applied Biosystemsから入手可能なTaqman（商標）対立遺伝子識別アッセイを含む。配列分析の非限定的な例は、マキサム・ギルバートシーケンシング、サンガーシーケンシング、キャピラリーアレイＤＮＡシーケンシング、サーマルサイクルシーケンシング（Sears et al., Biotechniques, 13:626-633 (1992)）、固相シーケンシング（Zimmerman et al., Methods Mol. Cell Biol., 3:39-42 (1992)）、質量分析、例えば、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ；Fu et al., Nature Biotech., 16:381-384 (1998)）を用いるシーケンシング及びハイブリダイゼーションによるシーケンシング（Chee et al., Science, 274:610-614 (1996); Drmanac et al., Science, 260:1649-1652 (1993); Drmanac et al., Nature Biotech., 16:54-58 (1998)）を含む。電気泳動分析の非限定的な例は、スラブゲル電気泳動、例えば、アガロース又はポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動及び変性勾配ゲル電気泳動を含む。マーカー中の多型部位における個体の遺伝子型を決定する他の方法は、例えば、Third Wave Technologies, Inc.からのINVADER（商標）アッセイ、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、ヘテロ二本鎖モビリティアッセイ及び一本鎖ＤＮＡ高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析を含む。
【０２０１】
対象となるいくつかのマーカーは、複数の試料の効果的な処理のために１つの試験に合することができる。更に、当業者は、同一対象からの、試験する複数の試料の値（例えば、連続的な時点などにおけるもの）を認識する。このような一連の試料の試験によって、経時的なマーカーレベルの変化の同定が可能となる。マーカーレベルの増加又は減少並びにマーカーレベルの変化の非存在も、ＩＢＳを分類するため又はＩＢＳ様症状と関連する疾患及び障害を除外するための有用な情報を提供することができる。
【０２０２】
上記の１種以上のマーカーを計測するためのパネルを構築して、試料をＩＢＳと関連するとして分類するための本発明のアプローチに関連する関連情報を提供することができる。このようなパネルを構築して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０種以上の個々のマーカーの存在又はレベルを決定することができる。単一のマーカー又はマーカーのサブセットの分析も、種々の臨床背景において当業者が実施することができる。これらは、以下に限定されるものではないが、巡回、緊急治療、救急救命治療、集中治療、モニタリングユニット、入院患者、通院患者、診療所、医療クリニック及び集団検診を含む。
【０２０３】
マーカーの分析は、同様に種々の物理フォーマットにおいて実施することができる。例えば、マイクロタイタープレートの使用又は自動化を使用して、多数の試験試料の処理を促進することができる。あるいは、単一の試料フォーマットを開発して、適時の様式において治療及び診断を簡略化することができる。
【０２０４】
１．実施態様
１つの観点において、本発明は、血液又は血清試料中のＩＢＳマーカーを検出するアッセイであって：
（ａ）固相表面を第１の抗ＩＢＳマーカー捕捉抗体によりコーティングする工程；
（ｂ）、試料中に存在するＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカー及び抗ＩＢＳマーカー捕捉抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、固相表面を血液又は血清試料と接触させる工程；
（ｃ）三重複合体を形成するのに好適な条件下で、ＩＢＳマーカー及び抗ＩＢＳマーカー複合体を、第２の検出抗体と接触させる工程；及び
（ｄ）三重複合体を、発光又は化学発光基質と接触させる工程；
を含む方法であり、ここで、ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする、前記方法を提供する。
【０２０５】
１つの実施態様において、検出抗体は、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。その他の実施態様において、検出抗体は酵素にコンジュゲートされておらず、本方法は、
（ｉ）四重複合体を形成するのに好適な条件下で、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされた第３の抗体へ、三重複合体を接触させる工程；及び
（ｉｉ）四重複合体を発光又は化学発光基質と接触させる工程；
を更に含む。
【０２０６】
サンドイッチＥＬＩＳＡにおける抗体の捕捉及び検出のため、任意の好適な抗体ペアを使用することができる。当業者は、アッセイに適切な抗体ペアを選択する方法を理解及び認識する。一般に、第１の（捕捉）抗体の結合が第２の（検出）抗体を干渉しないように、対象となる標的（例えば、ＩＢＳマーカー）へ異なるエピトープで結合する２種の抗体が選択される。或る実施態様において、複合体の検出を補助するため、検出抗体は、酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされる。その他の実施態様において、検出抗体に結合する酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）にコンジュゲートされた二次抗体をアッセイにおいて使用することができる。
【０２０７】
一般に、複合体は、発光基質、例えば、キット、例えば、Ultra LITE（商品名）（NAG Research Laboratories）；SensoLyte（商標）（AnaSpec）；SuperSignal ELISA Femto Maximum Sensitivity Substrate（Thermo Scientific）；SuperSignal ELISA Pico Chemiluminescent Substrate（(Thermo Scientific）に見出される発光基質；又はＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Tropix, Inc）の使用により検出される。
【０２０８】
好ましい実施態様において、ＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出するアッセイはサンドイッチＥＬＩＳＡを含み、前記サンドイッチＥＬＩＳＡは、検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗ＩＢＳマーカー抗体及びＣＰＳＤ含有発光基質の使用に依存して、アッセイ感度を向上させる。ＣＰＳＤ基質は、化学発光検出系、例えば、ELISA-Light（商品名）System（Applied Biosystems）に見出すことができる。
【０２０９】
本アッセイの好ましい実施態様において、血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの検出限界は、約５００ｐｇ／ｍＬ未満である。或る実施態様において、血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの検出限界は、約５００ｐｇ／ｍＬ未満又は約４００ｐｇ／ｍＬ未満、３００ｐｇ／ｍＬ、２５０ｐｇ／ｍＬ、２００ｐｇ／ｍＬ、１５０ｐｇ／ｍＬ、１００ｐｇ／ｍＬ、７５ｐｇ／ｍＬ、５０ｐｇ／ｍＬ、４０ｐｇ／ｍＬ、３０ｐｇ／ｍＬ、２５ｐｇ／ｍＬ、２０ｐｇ／ｍＬ、１５ｐｇ／ｍＬ又は約１０ｐｇ／ｍＬ未満である。好ましい実施態様において、血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの検出限界は、約２００ｐｇ／ｍＬ未満である。より好ましい実施態様において、血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの検出限界は、約１００ｐｇ／ｍＬ未満である。より好ましい実施態様において、血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの検出限界は、約５０ｐｇ／ｍＬ未満である。最も好ましい実施態様において、血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーの検出限界は、約２５ｐｇ／ｍＬ未満である。
【０２１０】
別の観点において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって：
（ａ）ＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカー及び捕捉抗ＩＢＳマーカー抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、ＩＢＳマーカーを有する試料を接触させること；
（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて、複合体を標識複合体に転換すること；
（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び
（ｄ）試料中のＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出すること；
を含むアッセイであり、ここで、ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする、前記アッセイを提供する。
【０２１１】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの１つの実施態様において、試料はヒト血清である。
【０２１２】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、試料はＩＢＳの疑いがある対象から得られる。
【０２１３】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、試料中のＩＢＳマーカーのレベルが健常対照と比べて高ければ、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。
【０２１４】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、アッセイは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。
【０２１５】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、試料中のＩＢＳマーカーの存在又はレベルの検出は、検出デバイスの使用を含む。
【０２１６】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、検出デバイスは発光プレートリーダーを含む。
【０２１７】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、検出デバイスは分光光度計を含む。
【０２１８】
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施態様において、アッセイは、試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び／又はヒスタミンの存在又はレベルの検出を更に含む。
【０２１９】
別の観点において、本発明は、ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイであって：
（ａ）ＩＢＳマーカーが前記ＩＢＳマーカー及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、ＩＢＳマーカーを有する試料を接触させること；
（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて、複合体を標識複合体に転換すること；
（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び
（ｄ）試料中のＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出すること；
を含むアッセイであり、ここで、ＩＢＳマーカーが、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａからなる群から選択されるものとする、前記アッセイを提供する。
【０２２０】
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの１つの実施態様において、アッセイは、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−ＡとＩＢＳ−Ｃとの区別を補助する。
【０２２１】
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施態様において、試料はヒト血清である。
【０２２２】
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施態様において、アッセイは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。
【０２２３】
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施態様において、試料中のＩＢＳマーカーの存在又はレベルの検出は、検出デバイスの使用を含む。
【０２２４】
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施態様において、アッセイは、試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び／又はヒスタミンの存在又はレベルの検出を更に含む。
【０２２５】
或る実施態様において、本明細書において提供されるアッセイは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、ヒスタミン及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーの存在又はレベルを検出することを更に含むことができる。
【０２２６】
更にその他の実施態様において、本明細書において提供されるアッセイは、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、α−グロブリン（例えば、α−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーの存在又はレベルを検出することを更に含むことができる。更にその他の実施態様において、その他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せの存在又はレベルを検出することもできる。
【０２２７】
或る実施態様において、提供されるアッセイは、本明細書に記載のバイオマーカーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０種以上の検出を含むことができる。
【０２２８】
別の観点において、対象におけるＩＢＳの診断を補助するキット又は試料をＩＢＳ試料若しくは非ＩＢＳ試料として分類するキットが提供される。或る実施態様において、本明細書において提供されるキットは、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａから選択されるＩＢＳバイオマーカーの存在又はレベルを検出するための結合部分を含有する。
【０２２９】
その他の実施態様において、キットは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、ヒスタミン及びこれらの組合せからなる群から選択される追加のバイオマーカーのための少なくとも１種の結合部分も含有する。
【０２３０】
更にその他の実施態様において、キットは、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、α−グロブリン（例えば、α−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン並びにこれらの組合せからなる群から選択される追加のバイオマーカーのための少なくとも１種の結合部分を含有する。
【０２３１】
或る実施態様において、提供されるキットは、本明細書中に記載のバイオマーカーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０種以上のための結合部分を含有することができる。
【０２３２】
好ましい実施態様において、血液又は血清試料中のＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出するキットが提供される。１つの実施態様において、キットは、場合により固体表面に結合している第１の捕捉抗体及び前記捕捉抗体とは異なるＩＢＳマーカー上のエピトープに結合する第２の検出抗体を含有する。或る実施態様において、検出抗体はアルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。その他の実施態様において、検出抗体は、酵素、すなわち、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされていない。検出抗体が酵素にコンジュゲートされていない或る実施態様において、キットは、検出抗体に特異的な第３の抗体を更に含むことができ、第３の抗体は、酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。
【０２３３】
或る実施態様においてキットは、発光又は化学発光基質、例えば、Ultra LITE（商品名）（NAG Research Laboratories）；SensoLyte（商標）（AnaSpec）；SuperSignal ELISA Femto Maximum Sensitivity Substrate（Thermo Scientific）；SuperSignal ELISA Pico Chemiluminescent Substrate（Thermo Scientific）；に見出される発光基質又はＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ）も含有する。好ましい実施態様において、発光基質は、ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェートである。
【０２３４】
或る実施態様において、ＩＢＳマーカーの存在又はレベルを検出するキットは、約５００ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーを検出するのに好適である。或る実施態様において、本キットは、約５００ｐｇ／ｍＬ未満又は約４００ｐｇ／ｍＬ未満、３００ｐｇ／ｍＬ、２５０ｐｇ／ｍＬ、２００ｐｇ／ｍＬ、１５０ｐｇ／ｍＬ、１００ｐｇ／ｍＬ、７５ｐｇ／ｍＬ、５０ｐｇ／ｍＬ、４０ｐｇ／ｍＬ、３０ｐｇ／ｍＬ、２５ｐｇ／ｍＬ、２０ｐｇ／ｍＬ、１５ｐｇ／ｍＬ又は約１０ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーを検出するのに好適である。好ましい実施態様において、本キットは、約２００ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーを検出するのに好適である。より好ましい実施態様において、本キットは、約１００ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーを検出するのに好適である。より好ましい実施態様において、本キットは、約５０ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーを検出するのに好適である。最も好ましい実施態様において、本キットは、約２５ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するＩＢＳマーカーを検出するのに好適である。
【０２３５】
Ｅ．治療をモニタリング及び割り付ける方法
一部の実施態様において、個体をＩＢＳであるとして診断した後、ＩＢＳに関連する１種以上の症状の治療に有用な薬物の治療有効量を個体に投与する。好適なＩＢＳ薬は、以下に限定されるものではないが、セロトニン作動薬、抗うつ剤、クロライドチャネル活性化因子、クロライドチャネル遮断薬、グアニル酸シクラーゼアゴニスト、抗生物質、オピオイドアゴニスト、ニューロキニンアンタゴニスト、抗痙攣又は抗コリン作動薬、ベラドンナアルカロイド、バルビツレート、ＧＬＰ−１アナログ、ＣＲＦアンタゴニスト、プロバイオティクス、これらの遊離塩基、医薬的に許容されるこれらの塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。その他のＩＢＳ薬は、増量剤、ドーパミンアンタゴニスト、駆風剤、トランキライザー、デクストフィソパム（dextofisopam）、フェニトイン、チモロール及びジルチアゼムを含む。更に、神経又はグリア細胞シグナリングに影響を及ぼすことによって腸透過性を調節するグルタミン及びグルタミン酸のアミノ酸を投与して、ＩＢＳの患者を治療することができる。
【０２３６】
その他の実施態様において、本発明の方法は、ＩＢＳ試料又はＩＢＳの診断を、ＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料又は診断として分類することを更に含む。或る例において、ＩＢＳ試料又は診断をＩＢＳのカテゴリー、形態又は臨床サブタイプに分類することは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の本明細書に提供される分類マーカーの存在又はレベルに基づく。好ましくは、ＩＢＳの少なくとも１種の形態は、本明細書中に提供される１種以上のＩＢＳマーカーの存在又はレベルに基づきＩＢＳの少なくとも１種の他の形態から区別される。或る例において、本発明の方法を使用して、既にＩＢＳであると同定された個体において、ＩＢＳ−Ｃ試料とＩＢＳ−Ａ及び／又はＩＢＳ−Ｄ試料とを区別することができる。或るその他の例において、本発明の方法を使用して、既にＩＢＳでないと診断された個体からの試料をＩＢＳ−Ａ試料、ＩＢＳ−Ｃ試料、ＩＢＳ−Ｄ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することができる。
【０２３７】
或る実施態様において、本方法は、分類から得られた結果を臨床医に送付することを更に含む。或るその他の実施態様において、本方法は、個体がＩＢＳ−Ａ、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ又はＩＢＳ−ＰＩである確率の形式の診断を更に提供する。本発明の方法は、ＩＢＳ−Ａ、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ及び／又はＩＢＳ−ＰＩの治療に有用な薬物の治療有効量を個体に投与することを更に含むことができる。好適な薬物は、以下に限定されるものではないが、テガセロド（Zelnorm（商品名））、アロセトロン（Lotronex（商標））、ルビプロストン（Amitiza（商品名））、リファミキシン（Xifaxan（商品名））、ＭＤ−１１００、プロバイオティクス及びこれらの組合せを含む。
【０２３８】
試料がＩＢＳ−Ａ又はＩＢＳ−Ｃ試料として分類され、及び／又は個体がＩＢＳ−Ａ又はＩＢＳ−Ｃであると診断された例において、テガセロド又は他の５−ＨＴ４アゴニスト（例えば、モサプリド、レンザプリド、ＡＧ１−００１など）の治療有効用量を個体に投与することができる。一部の例において、試料がＩＢＳ−Ｃとして分類され、及び／又は個体がＩＢＳ−Ｃである診断された場合、ルビプロストン又はその他のクロライドチャネル活性化因子、リファミキシン又は腸内細菌の過剰成長を制御できるその他の抗生物質、ＭＤ−１１００又は他のグアニル酸シクラーゼアゴニスト、アシマドリン又はその他のオピオイドアゴニスト又はタルネタントあるいはその他のニューロキニンアンタゴニストの治療有効量を個体に投与することができる。その他の例において、試料がＩＢＳ−Ｄとして分類され、及び／又は個体がＩＢＳ−Ｄであると診断された場合、アロセトロン又はその他の５−ＨＴ３アンタゴニスト（例えば、ラモセトロン、ＤＤＰ−２２５など）、クロフェレマー又はその他のクロライドチャネル遮断薬、タルネタント又はその他のニューロキニンアンタゴニスト（例えば、サレデュータントなど）あるいは抗うつ剤、例えば、三環系抗うつ剤の治療有効量を個体に投与することができる。
【０２３９】
更に別の観点において、本発明は、個体におけるＩＢＳの進行及び後退をモニタリングする方法であって：
（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって診断マーカープロファイルを決定すること；及び
（ｂ）診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを使用して個体におけるＩＢＳの存在又は重症度を決定すること；
を含む前記方法を提供する。
【０２４０】
１つの実施態様において、ＩＢＳの進行及び後退をモニタリングする方法は：
症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（ここで、前記症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定されるものとする）；及び
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して個体におけるＩＢＳの存在又は重症度を決定すること；
を含む。
【０２４１】
関連する観点において、本発明は、ＩＢＳの治療に有用な薬物を服用する個体における薬物の効力をモニタリングする方法であって：
（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって診断マーカープロファイルを決定すること；及び
（ｂ）診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを使用して薬物の有効性を決定すること；
を含む前記方法を提供する。
【０２４２】
１つの実施態様において、ＩＢＳ薬の効力をモニタリングする方法は：
症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（ここで、前記症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定されるものとする）；及び
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して薬物の有効性を決定すること；
を含む。
【０２４３】
１つの実施態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は後退をモニタリングする方法であって：
（ａ）試料中に存在するＩＢＳマーカーが、ＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、ＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；
（ｃ）試料中に存在するＩＢＳマーカーがＩＢＳマーカーとＩＢＳマーカー結合部分とを含む複合体に転換するのに好適な条件下において、２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、ＩＢＳマーカー結合部分と接触させること；
（ｄ）複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルを決定すること；及び
（ｅ）第１の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルと第２の試料中に存在するＩＢＳマーカーのレベルとを比較すること；
を含む方法であり、ここで、第２の試料中のＩＢＳマーカーのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、そして、第２の試料中のＩＢＳマーカーのレベルが第１の試料と比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの後退を示すものであるとする、前記方法を提供する。
【０２４４】
治療をモニタリング及び割り付ける方法の或る実施態様において、本方法は、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２、ヒスタミン及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーのレベルの存在を検出することを更に含む。或る実施態様において、本方法は、上記に提供した追加のバイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０種全ての存在又はレベルを検出することを含む。
【０２４５】
更にその他の実施態様において、本方法は、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、α−グロブリン（例えば、α−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーのレベルの存在を検出することを更に含むことができる。更にその他の実施態様において、その他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せなどの存在又はレベルを検出することもできる。
【０２４６】
一部の実施態様において、上記の診断マーカーの１種以上を計測するためのパネルを、ＩＢＳの存在若しくは重症度を決定するため又はＩＢＳ薬の有効性を決定するために構築及び使用することができる。当業者は、例えば、個体試料のアリコート又は希釈物を使用して複数の診断マーカーの存在又はレベルを同時に又は連続的に決定することができることを認識する。上記のとおり、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、一般に、これが比較試料又は試料群における同一のマーカーのレベルを少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％又は１０００％上回る（例えば、中央値を上回る）場合、上昇しているとみなされる。同様に、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、典型的には、比較試料又は試料群における同一のマーカーのレベルを少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％下回る（例えば、中央値を下回る）場合、低下しているとみなされる。
【０２４７】
或る実施態様において、ＩＢＳの進行及び後退をモニタリングする方法は：
症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（ここで、前記症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定されるものとする）；及び
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して個体のＩＢＳの存在又は重症度を決定すること；
を含む。或るその他の実施態様において、ＩＢＳ薬の効力をモニタリングする方法は：
症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（ここで、前記症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定されるものとする）；及び
診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して薬物の有効性を決定すること；
を含む。当業者は、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルを同時に又は任意の順序で連続的に決定することができることを認識する。
【０２４８】
一部の実施態様において、ＩＢＳの存在又は重症度あるいはＩＢＳ薬の有効性を決定することは、統計的アルゴリズムを併用する診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づく。或る例において、統計的アルゴリズムは、学習統計的分類子システムである。学習統計的分類子システムは、本明細書中に記載の学習統計的分類子システムのいずれかを含む。
【０２４９】
或る実施態様において、本発明の方法は、工程（ｂ）において決定された個体におけるＩＢＳの存在又は重症度を、より早期の個体におけるＩＢＳの存在又は重症度と比較することを更に含むことができる。非限定的な例として、ＩＢＳ薬を服用している個体について決定されたＩＢＳの存在又は重症度を、ＩＢＳ薬の使用開始前又は治療のより早期の同一個体について決定されたＩＢＳの存在又は重症度と比較することができる。或る他の実施態様において、本発明の方法は、工程（ｂ）において決定されたＩＢＳ薬の有効性と治療のより早期の個体におけるＩＢＳ薬の有効性とを比較することによって、ＩＢＳ薬の有効性を決定することを含むことができる。追加の実施態様において、本方法は、ＩＢＳのモニタリング結果を臨床医、例えば、胃腸科専門医又は一般開業医に送付することを更に含むことができる。
【０２５０】
Ｆ．試料を分類するためのコンピュータ読取可能媒体及びシステム
１つの観点において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、
診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、前記診断マーカープロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を前記コードが含み、
ここで、前記診断マーカープロファイルは、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の診断マーカーのレベルを示すものとする、前記コンピュータ読取可能媒体を提供する。
【０２５１】
その他の実施態様において、ＩＢＳを確定するためのコンピュータ読取可能媒体は、
個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含む。当業者は、統計処理を診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに同時に又は任意の順序で連続的に適用することができることを認識する。
【０２５２】
特定の実施態様において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、
診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、前記診断マーカープロファイルに基づき前記試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を前記コードが含み、
ここで、前記診断マーカープロファイルは、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示すものとする、前記コンピュータ読取可能媒体を提供する。
【０２５３】
関連する観点において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、前記コードが：
（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットに第１の統計処理を適用して、診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示（ここで、前記診断マーカープロファイルは、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示すものとする）；及び
試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、（ｂ）同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するための指示；
を含む、前記コンピュータ読取可能媒体を提供する。
【０２５４】
１つの実施態様において、ＩＢＳを確定するためのコンピュータ読取可能媒体は、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含む。
【０２５５】
その他の実施態様において、第１にＩＢＤを除外し、次いでＩＢＳを確定するためのコンピュータ読取可能媒体は、
個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットに第１の統計処理を適用して、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示；及び
試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するための指示；
を含む。当業者は、第１及び／又は第２の統計処理を診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに同時に又は任意の順序で連続的に適用することができることを認識する。
【０２５６】
１つの実施態様において、第１及び第２の統計処理は、種々のプロセッサにおいて実装される。あるいは、第１及び第２の統計処理は、単一のプロセッサにおいて実装される。別の実施態様において、第１の統計処理は、学習統計的分類子システムである。本発明における使用に好適な学習統計的分類子システムの例は、上記のとおりである。或る例において、第１及び／又は第２の統計処理は、単一の学習統計的分類子システム、例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴである。或るその他の例において、第１及び／又は第２の統計処理は、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。非限定的な例として、学習統計的分類子システムの組合せは、例えば、タンデムで使用されるＲＦ及びＮＮ又はＳＶＭを含む。一部の例において、１種以上の学習統計的分類子システムを使用して得られたデータは、処理アルゴリズムを使用して処理することができる。
【０２５７】
別の観点において、本発明は、対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するシステムであって：
（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール（ここで、前記診断マーカープロファイルは、糖鎖欠損トランスフェリン、ウロコルチン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン、サブスタンスＰ、神経成長因子、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド、グルカゴン様ペプチド２、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、セロトニン、トリプトファン、セロトニン−Ｏ−サルフェート、５−ヒドロキシインドール酢酸、５−ＨＴグルクロニド、チロシン、フェニルアラニン、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６、セロトニン再取り込み輸送体、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、モノアミンオキシダーゼＡ、モノアミンオキシダーゼＢ及びヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示すものとする）；
（ｂ）データセットに統計処理を適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び
（ｃ）統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュール；
を含む前記システムを提供する。
【０２５８】
或る実施態様において、血液又は血清試料がＩＢＳと関連するか否かを分類するか、ＩＢＳの診断を補助するか、又はＩＢＳを確定するシステムは、
個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール；
データセットに統計処理を適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び
統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュール；
を含むシステムを提供する。
【０２５９】
関連する観点において、本発明は、個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類するシステムであって：
（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール（ここで、前記診断マーカープロファイルは、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示す）；
（ｂ）データセットに第１の統計処理を適用することによってデータセットを処理して、診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する第１の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；
試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び
（ｃ）第１及び／又は第２の統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールを含むシステム；
を提供する。
【０２６０】
１つの実施態様において、第１にＩＢＤを除外し、次いでＩＢＳを確定するシステムは：
個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール；
データセットに第１の統計処理を適用することによってデータセットを処理して、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する第１の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；
試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び
第１及び／又は第２の統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュール；
を含む。
【０２６１】
或る実施態様において、診断マーカープロファイルは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子α（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ−１）、抗Saccharomyces cerevisiae抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）、ヒスタミン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加の診断マーカーのレベルを示す。或る実施態様において、本方法は、上記に提供した追加のバイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０種全ての存在又はレベルを検出することを含む。
【０２６２】
更にその他の実施態様において、診断マーカープロファイルは、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、α−グロブリン（例えば、α−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加の診断マーカーのレベルを示す。更にその他の実施態様において、その他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せの存在又はレベルを検出することもできる。
【０２６３】
Ｇ．ＩＢＳ様症状を示す疾患及び障害
種々の構造又は代謝疾患及び障害は、ＩＢＳと類似する兆候又は症状を引き起こし得る。非限定的な例として、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、セリアック病（ＣＤ）、急性炎症、憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎、慢性感染性下痢、ラクターゼ欠損症、癌（例えば、結腸直腸癌）、小腸又は結腸の機械的閉塞、腸管感染症、虚血、消化不良、吸収不良、子宮内膜症及び未同定の腸管の炎症性疾患などの疾患及び障害の患者は、ＩＢＳと同様の、軽度から中等度の疼痛、並びに、便の硬さ及び／又は便通の頻度における変化を伴う腹部不快感を示し得る。追加のＩＢＳ様症状は、慢性下痢又は慢性便秘あるいは便秘と下痢を交互に繰り返す症状、体重減少、腹部膨満又は鼓脹及び糞便粘液を含むことができる。
【０２６４】
大部分のＩＢＤ患者は、２種の明確な臨床サブタイプであるクローン病及び潰瘍性大腸炎のうちの１種に分類することができる。クローン病は、回腸下部を侵襲し、結腸及び腸管の他の領域を患うことが多い炎症性疾患である。潰瘍性大腸炎は、主として大腸の粘膜及び粘膜下組織中に局在する炎症を特徴とする。ＩＢＤのこれらの臨床サブタイプを罹患する患者は、典型的には、ＩＢＳ様症状、例えば、腹痛、慢性下痢、体重減少及び痙攣などを示す。
【０２６５】
セリアック病の臨床所見も、ＩＢＳ様症状、例えば、慢性下痢、体重減少及び腹部膨満を伴う腹部不快感を特徴とする。セリアック病は、典型的には絨毛萎縮、陰窩の過形成及び／又は小腸の粘膜内層の炎症を伴う腸粘膜の免疫介在障害である。セリアック病の個体は、栄養の吸収不良に加えて、ミネラル欠損、ビタミン欠損、骨粗鬆症、自己免疫疾患及び腸悪性腫瘍（例えば、リンパ腫及び癌腫）に対する危険に面している。適当な遺伝的及び環境的状況におけるタンパク質、例えば、グルテン（例えば、小麦、ライ麦、大麦、オート麦、キビ、ライ小麦、スペルト麦及びカムート中に存在するグルテニン及びプロラミンタンパク質）への暴露が、セリアック病を引き起こす原因であると考えられている。
【０２６６】
ＩＢＳ様症状を示す腸炎を特徴とするその他の疾患及び障害は、例えば、急性炎症、憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎及び慢性感染性下痢並びに未同定の腸管の炎症性障害を含む。急性炎症のエピソードを経験している患者は、典型的には、ＩＢＳ様症状に加えてＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルが上昇している。ＣＲＰは、炎症過程の急性期に肝臓によって産生され、通常、炎症過程の開始約２４時間後に放出される。憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎及び慢性感染性下痢を罹患する患者は、典型的には、ＩＢＳ様症状に加えて、糞中のラクトフェリン及び／又はカルプロテクチンのレベルが増加している。ラクトフェリンは、粘膜によって分泌される糖タンパク質であり、白血球の二次顆粒中の主要なタンパク質である。白血球は一般に炎症部位にリクルートされ、活性化され、周辺領域に顆粒の内容物を放出する。この過程が便中のラクトフェリンの濃度を増加させる。
【０２６７】
過敏性嚢症候群のような嚢のその他の非炎症病態と比較して、回腸嚢肛門吻合（すなわち、クローン病の重症例の場合、結腸の完全切除後に嚢が作出される）の患者においては、ラクトフェリンレベルの増加が観察される。ラクトフェリンレベルの上昇は憩室炎患者においても観察され、この憩室炎は、消化管における膨張した嚢（すなわち、憩室）が炎症を起こし、及び／又は感染し、重症度の腹痛、発熱、悪心及び排便習慣の顕著な変化を引き起こす病態である。顕微鏡的大腸炎も便中ラクトフェリンレベルの増加を伴う慢性炎症性障害である。顕微鏡的大腸炎は、持続性の水様下痢（非血性）、通常、体重減少を伴う腹痛、大腸内視鏡検査及び放射線検査における正常な粘膜並びに非常に特異的な組織病理学的変化を特徴とする。顕微鏡的大腸炎は、コラーゲン蓄積大腸炎及びリンパ性大腸炎の２種の疾患からなる。コラーゲン蓄積大腸炎は、病因が不明であり、長期の水様下痢及び正常な大腸内視鏡検査結果を示す患者に見出される。コラーゲン蓄積大腸炎及びリンパ性大腸炎は両方とも、結腸内膜におけるリンパ球の増加を特徴とする。コラーゲン蓄積大腸炎は更に、結腸の上皮下コラーゲン層の肥大化を特徴とする。慢性感染性下痢も、便中ラクトフェリンレベルの増加を伴う疾病である。慢性感染性下痢は通常、細菌、ウイルス又は原生動物の感染によって引き起こされ、患者はＩＢＳ様症状、例えば、下痢及び腹痛を示す。ラクトフェリンレベルの増加は、ＩＢＤの患者においても観察される。
【０２６８】
腸炎を伴う疾患及び障害は、ＣＲＰ及び／又はラクトフェリン及び／又はカルプロテクチンレベルを決定することに加えて、糞便中血液の存在、例えば、便中ヘモグロビンを検出することによって排除することもできる。患者の自覚なく起こる腸出血は、潜在出血又は潜出血と呼ばれる。潜在出血の存在（例えば、便中ヘモグロビン）は、典型的には、患者の糞便試料中で観察される。その他の病態、例えば、潰瘍（例えば、胃潰瘍、十二指腸潰瘍）、癌（胃癌、結腸直腸癌）及び痔も、腹痛並びに便の硬さ及び／又は排便頻度の変化を含むＩＢＳ様症状を示し得る。
【０２６９】
更に、便中カルプロテクチンレベルを評価することもできる。カルプロテクチンは、主に好中球及び単球に由来する抗菌活性を有するカルシウム結合タンパク質である。カルプロテクチンは、嚢胞性繊維症、関節リウマチ、ＩＢＤ、結腸直腸癌、ＨＩＶ及び他の炎症性疾患と臨床的関連を有することが見出されている。このレベルは、血清、血漿、口腔、脳脊髄液及び滑液、尿及び便中で計測されている。ＧＩ障害における便中カルプロテクチンの利点は、以下のとおり認識されている：室温において３〜７日間安定であり、このことによって普通郵便による試料の運搬が可能になり；クローン病の患者の便中α１−アンチトリプシンと相関し；ほとんど大部分の消化管癌及びＩＢＤの患者において上昇する。便中カルプロテクチンは、潰瘍性大腸炎における疾患活性の内視鏡的及び組織学的グレーディングと十分相関し、そして、ＩＢＤにおける疾患活性の指標であるインジウム１１１によって標識された好中性顆粒球の便排泄と十分相関することが見出された。
【０２７０】
上記事項を考慮すると、広範囲の疾患及び障害がＩＢＳ様症状を引き起こし得、これによって試料をＩＢＳ試料として明確に分類することに対する実質的な障壁が作られることが明らかである。しかしながら、本発明は、例えば、統計的アルゴリズムを使用して個体からの試料をＩＢＳ試料として分類することによって、又は、例えば、統計的アルゴリズムの組合せを使用してＩＢＳと類似する臨床所見を共有するこれらの疾患及び障害を排除（すなわち、除外）し、試料中のＩＢＳ試料を同定（すなわち、確定）することによってこの制限を克服する。
【０２７１】
Ｈ．診断マーカー
種々の診断マーカーは、個体からの試料をＩＢＳ試料として分類するか又は個体からの試料におけるＩＢＳ様症状と関連する１種以上の疾患又は障害を除外する本発明の方法、システム及びコードにおける使用に好適である。診断マーカーの例は、以下に限定されるものではないが、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗Saccharomyces cerevisiae抗体、抗菌性抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰｓ）、リポカリン及びＭＭＰの複合体、組織メタロプロテアーゼ阻害因子（ＴＩＭＰｓ）、グロブリン（例えばα−グロブリン）、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タキキニン、グレリン、ニューロテンシン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン（ＣＲＨ）、セリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ、例えば、β−トリプターゼ、エラスターゼなど）、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）、ヒスタミン、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、ラクツロース、肥胖細胞マーカー、ストレスマーカー、消化管ホルモン、セロトニン代謝産物、セロトニン経路マーカー、糖鎖欠損トランスフェリン（ＣＤＴ）並びにこれらの組合せを含む。本発明によりＩＢＳを予測するための追加の診断マーカーは、全ての目的のために参照することにより全体が本明細書に取り込まれる２００７年８月１４日に出願された米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１４に記載の技術を使用して選択することができる。当業者は、本発明における使用に好適なその他の診断マーカーについても理解する。
【０２７２】
特定の実施態様において、診断マーカープロファイルは、以下のバイオマーカー：セリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ、例えば、β−トリプターゼ）；プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）；及び／又はヒスタミンの少なくとも１、２又は３種全ての存在又はレベルを検出することにより決定される。
【０２７３】
その他の実施態様において、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０種以上の診断マーカーの存在又はレベルを個体試料中で決定する。ある例において、サイトカインは、下記のサイトカインの１種以上を含む。好ましくは、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、レプチン、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２の存在又はレベルを個体試料中で決定する。或るその他の例において、成長因子は、下記の成長因子の１種以上を含む。好ましくは、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）及び／又はアンフィレギュリン（ＳＤＧＦ）の存在又はレベルを個体試料中で決定する。
【０２７４】
一部の例において、抗好中球抗体は、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ、ＳＡＰＰＡ及びこれらの組合せを含む。その他の例において、ＡＳＣＡは、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ、ＡＳＣＡ−ＩｇＭ及びこれらの組合せを含む。更なる例において、抗菌性抗体は、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体、抗Ｉ２抗体及びこれらの組合せを含む。
【０２７５】
或る例において、リポカリンは、下記のリポカリンの１種以上を含む。好ましくは、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）及び／又はＮＧＡＬとマトリックスメタロプロテアーゼとの複合体（例えば、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）の存在又はレベルを、個体試料中で決定する。その他の例において、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）は、下記のＭＭＰの１種以上を含む。好ましくは、ＭＭＰ−９の存在又はレベルを個体試料中で決定する。更なる例において、組織メタロプロテアーゼ阻害因子（ＴＩＭＰ）は、下記のＴＩＭＰの１種以上を含む。好ましくは、ＴＩＭＰ−１の存在又はレベルを個体試料中で決定する。更に追加の例において、α−グロブリンは、下記のα−グロブリンの１種以上を含む。好ましくは、α−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイドの存在又はレベルを、個体試料中で決定する。
【０２７６】
或るその他の例において、アクチン切断タンパク質は、下記のアクチン切断タンパク質の１種以上を含む。好ましくは、ゲルゾリンの存在又はレベルを個体試料中で決定する。追加の例において、Ｓ１００タンパク質は、例えば、カルグラニュリンを含む下記のＳ１００タンパク質の１種以上を含む。更にその他の例において、フィブリノペプチドは、下記のフィブリノペプチドの１種以上を含む。好ましくは、フィブリノペプチドＡ（ＦＩＢＡ）の存在又はレベルを個体試料中で決定する。更なる例において、タキキニン、例えば、サブスタンスＰ、ニューロキニンＡ及び／又はニューロキニンＢの存在又はレベルを、個体試料中で決定する。
【０２７７】
一部の例において、セリンプロテアーゼは、下記のセリンプロテアーゼの１種以上を含む。好ましくは、セリンプロテアーゼ、例えば、トリプターゼ（例えば、β−トリプターゼ）の存在又はレベルを、個体試料中で決定する。その他の例において、プロスタグランジンは、下記のプロスタグランジンの１種以上を含む。好ましくは、プロスタグランジン、例えば、ＰＧＥ２の存在又はレベルを個体試料中で決定する。
【０２７８】
その他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ及び／又はガストリンの存在又はレベルを決定することもできる。
【０２７９】
１．セリンプロテアーゼ
試料中の少なくとも１種のセリンプロテアーゼの存在又はレベルの決定は、本発明において有用である。本明細書において使用される用語「セリンプロテアーゼ」は、活性部位のアミノ酸の１個がセリンであるプロテアーゼのファミリーの任意のメンバーを含む。セリンプロテアーゼの非限定的な例は、トリプターゼ（例えば、α−トリプターゼ、β−トリプターゼ、γ−トリプターゼ及び／又はΔ−トリプターゼ）、エラスターゼ、キモトリプシン、トリプシン、サブチリシン及びこれらの組合せを含む。トリプターゼは、種々の生体液中で計測することができ、肥胖細胞活性化についての有用なマーカーとして機能することができるヒト肥胖細胞の豊富な特異的中性プロテアーゼである。実際、トリプターゼは、ＩＢＳにおける肥胖細胞活性化についてのマーカーとして使用することができる。トリプターゼは、おそらくプロテアーゼ活性化受容体２の活性化によって、肥胖細胞のプロ分泌及びプロ炎症効果を説明する良好な候補と考えられているが、他の肥胖細胞メディエーターも関与し得る。好ましい実施態様において、β−トリプターゼ（ＴＰＢＡＢ１）を、対象からの血液又は血清試料中で検出する。β−トリプターゼは、一般に、トリプターゼβ−１又はトリプターゼＩとも称され、トリプターゼα／β１遺伝子（ＴＰＳＡＢ１；ＮＭ＿００３２９４）によってコードされ、翻訳されて２７５個のアミノ酸のトリプターゼβ−１前駆体タンパク質（ＮＰ＿００３２８５）が形成される。次いで、前駆体タンパク質はシグナルペプチド（アミノ酸１〜１８）及び活性化ペプチドプロペプチド（アミノ酸１９〜３０）の除去によりプロセッシングされ、成熟トリプターゼβ−１ポリペプチド（アミノ酸３１〜２７５；ＵｎｉＰｒｏｔ：Ｑ１５６６１）がもたらされる。
【０２８０】
或る例において、特定のセリンプロテアーゼ、例えば、トリプターゼの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイにより、ｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のセリンプロテアーゼ、例えば、トリプターゼの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清試料中のトリプターゼの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡ技術は、本明細書に記載されている。特に好ましい実施態様において、β−トリプターゼのレベルは、検出抗体がアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗β−トリプターゼ抗体、例えば、市販の抗体Ｇ３であるサンドイッチＥＬＩＳＡアッセイを使用して血液又は血清試料中で検出される。発光基質、例えば、ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート）を使用してアッセイの感度を向上させることができる。
【０２８１】
２．プロスタグランジン
試料中の少なくとも１種のプロスタグランジンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される用語「プロスタグランジン」は、脂肪酸から酵素的に誘導され、動物体内における重要な機能を有する脂質化合物の群の任意のメンバーを含む。全てのプロスタグランジンは、５炭素環を含む２０個の炭素原子を含有する。プロスタグランジンは、トロンボキサン及びプロスタサイクリンと一緒になって、プロスタノイドクラスの脂肪酸誘導体を形成する。プロスタノイドクラスは、エイコサノイドのサブクラスである。プロスタグランジンの非限定的な例は、プロスタグランジンＩ２（ＰＧＩ２）、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、プロスタグランジンＦ２α（ＰＧＦ２α）及びこれらの組合せを含む。好ましい実施態様において、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）を、対象、例えば、ＩＢＳの疑いがある対象からの血液又は血清試料中で検出する。或る実施態様において、ＰＧＥ２は、ＥＬＩＳＡ又は化学発光アッセイにより検出することができる。血清試料中のＰＧＥ２の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Cayman Chemical Co.（Ann Arbor, MI）から入手可能である。
【０２８２】
３．ヒスタミン
試料中のヒスタミンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される用語「ヒスタミン」は、局所免疫応答に関与し、腸内の生理学的機能を調節し、神経伝達物質として作用する生体アミンを含む。ヒスタミンは、炎症応答を誘引する。外部病原体（foreign pathogens）に対する免疫応答の一部として、ヒスタミンは、好塩基球及び結合組織付近に見出される肥胖細胞により産生される。ヒスタミンは、白血球及びその他のタンパク質に対する毛細血管の浸透性を増加させて、患部組織内でこれらを外部侵入物と交戦させる。このことは、実質的に全ての動物体細胞内で見出される。好ましい実施態様において、ヒスタミンは、対象、例えば、ＩＢＳの疑いがある対象からの血液又は血清試料中で検出される。或る実施態様において、ヒスタミンは、ＥＬＩＳＡ又は化学発光アッセイにより検出することができる。血清試料中のヒスタミンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Immunotech (Czech Republic)及びCayman Chemical Co. (Ann Arbor, MI)から入手可能である。
【０２８３】
４．サイトカイン
試料中の少なくとも１種のサイトカインの存在又はレベルの決定は、本発明において特に有用である。本明細書において使用される「サイトカイン」という用語は、種々の範囲の免疫システム機能を調節する免疫細胞によって分泌される、種々のポリペプチド又はタンパク質のいずかを含み、そして、小分子サイトカイン、例えば、ケモカインを包含する。「サイトカイン」という用語は、例えば、体重、造血、血管新生、創傷治癒、インスリン耐性、免疫応答及び炎症応答の調節において機能する脂肪細胞によって分泌されるサイトカインの群を含むアディポサイトカインも含む。
【０２８４】
或る観点において、以下に限定されるものではないが、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ｒａ）、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、可溶性ＩＬ−６受容体（ｓＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２３及びＩＬ−２７を含む少なくとも１種のサイトカインの存在又はレベルを、試料中で決定する。或る他の観点において、少なくとも１種のケモカイン、例えば、ＣＸＣＬ１／ＧＲＯ１／ＧＲＯα、ＣＸＣＬ２／ＧＲＯ２、ＣＸＣＬ３／ＧＲＯ３、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４、ＣＸＣＬ５／ＥＮＡ−７８、ＣＸＣＬ６／ＧＣＰ−２、ＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２、ＣＸＣＬ９／ＭＩＧ、ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０、ＣＸＣＬ１１／Ｉ−ＴＡＣ、ＣＸＣＬ１２／ＳＤＦ−１、ＣＸＣＬ１３／ＢＣＡ−１、ＣＸＣＬ１４／ＢＲＡＫ、ＣＸＣＬ１５、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７／ＤＭＣ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ２／ＭＣＰ−１、ＣＣＬ３／ＭＩＰ−１α、ＣＣＬ４／ＭＩＰ−１β、ＣＣＬ５／ＲＡＮＴＥＳ、ＣＣＬ６／Ｃ１０、ＣＣＬ７／ＭＣＰ−３、ＣＣＬ８／ＭＣＰ−２、ＣＣＬ９／ＣＣＬ１０、ＣＣＬ１１／エオタキシン、ＣＣＬ１２／ＭＣＰ−５、ＣＣＬ１３／ＭＣＰ−４、ＣＣＬ１４／ＨＣＣ−１、ＣＣＬ１５／ＭＩＰ−５、ＣＣＬ１６／ＬＥＣ、ＣＣＬ１７／ＴＡＲＣ、ＣＣＬ１８／ＭＩＰ−４、ＣＣＬ１９／ＭＩＰ−３β、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ−３α、ＣＣＬ２１／ＳＬＣ、ＣＣＬ２２／ＭＤＣ、ＣＣＬ２３／ＭＰＩＦ１、ＣＣＬ２４／エオタキシン−２、ＣＣＬ２５／ＴＥＣＫ、ＣＣＬ２６／エオタキシン−３、ＣＣＬ２７／ＣＴＡＣＫ、ＣＣＬ２８／ＭＥＣ、ＣＬ１、ＣＬ２及びＣＸ３ＣＬ１の存在又はレベルを試料中で決定する。或る更なる観点において、以下に限定されるものではないが、レプチン、アディポネクチン、レジスチン、活性型又は総プラスミノーゲン活性化抑制因子１（ＰＡＩ−１）、ビスファチン及びレチノール結合タンパク質４（ＲＢＰ４）を含む少なくとも１種のアディポサイトカインの存在又はレベルを、試料中で決定する。好ましくは、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２の存在又はレベルを決定する。
【０２８５】
更にその他の観点では、サイトカインレベルの割合を試料中で決定する。例えば、ＩＬ−１０（ＴＮＦ−α／ＩＬ−１０）レベルに対するＴＮＦ−αレベルの割合、又は、ＩＬ−１２（ＩＬ−１０／ＩＬ−１２）レベルに対するＩＬ−１０レベルの割合をＩＢＳの診断に用いることができる。更にその他の実施態様において、任意の１つのサイトカインレベルに対するその他の任意の１つのサイトカインのレベルの割合を使用することができる。本発明の方法において使用することのできる割合の非限定的な例は、ＴＮＦ−α／ＴＷＥＡＫ、ＴＮＦ−α／ＯＰＧ、ＴＮＦ−α／ＩＦＮ−α、ＴＮＦ−α／ＩＦＮ−β、ＴＮＦ−α／ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１α、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１ｒａ、ＴＮＦ−α／ＩＬ−２、ＴＮＦ−α／ＩＬ−４、ＴＮＦ−α／ＩＬ−５、ＴＮＦ−α／ＩＬ−６、ＴＮＦ−α／ｓＩＬ−６Ｒ、ＴＮＦ−α／ＩＬ−７、ＴＮＦ−α／ＩＬ−８、ＴＮＦ−α／ＩＬ−９、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１０、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１２、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１３、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１５、ＴＮＦ−α／ＩＬ−１７、ＴＮＦ−α／ＩＬ−２３、ＴＮＦ−α／ＩＬ−２７、ＴＷＥＡＫ／ＯＰＧ、ＴＷＥＡＫ／ＩＦＮ−α、ＴＷＥＡＫ／ＩＦＮ−β、ＴＷＥＡＫ／ＩＦＮ−γ、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１α、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１ｒａ、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−２、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−４、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−５、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−６、ＴＷＥＡＫ／ｓＩＬ−６Ｒ、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−７、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−８、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−９、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１０、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１２、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１３、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１５、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−１７、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−２３、ＴＷＥＡＫ／ＩＬ−２７、ＩＬ−６／ＴＷＥＡＫ、ＩＬ−６／ＯＰＧ、ＩＬ−６／ＩＦＮ−α、ＩＬ−６／ＩＦＮ−β、ＩＬ−６／ＩＦＮ−γ、ＩＬ−６／ＩＬ−１α、ＩＬ−６／ＩＬ−１β、ＩＬ−６／ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−６／ＩＬ−２、ＩＬ−６／ＩＬ−４、ＩＬ−６／ＩＬ−５、ＩＬ−６／ｓＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−６／ＩＬ−７、ＩＬ−６／ＩＬ−８、ＩＬ−６／ＩＬ−９、ＩＬ−６／ＩＬ−１０、ＩＬ−６／ＩＬ−１２、ＩＬ−６／ＩＬ−１３、ＩＬ−６／ＩＬ−１５、ＩＬ−６／ＩＬ−１７、ＩＬ−６／ＩＬ−２３、ＩＬ−６／ＩＬ−２７、ＩＬ−１２／ＴＷＥＡＫ、ＩＬ−１２／ＯＰＧ、ＩＬ−１２／ＩＦＮ−α、ＩＬ−１２／ＩＦＮ−β、ＩＬ−１２／ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１２／ＩＬ−１α、ＩＬ−１２／ＩＬ−１β、ＩＬ−１２／ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−１２／ＩＬ−２、ＩＬ−１２／ＩＬ−４、ＩＬ−１２／ＩＬ−５、ＩＬ−１２／ＩＬ−６、ＩＬ−１２／ｓＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−１２／ＩＬ−７、ＩＬ−１２／ＩＬ−８、ＩＬ−１２／ＩＬ−９、ＩＬ−１２／ＩＬ−１０、ＩＬ−１２／ＩＬ−１３、ＩＬ−１２／ＩＬ−１５、ＩＬ−１２／ＩＬ−１７、ＩＬ−１２／ＩＬ−２３、ＩＬ−１２／ＩＬ−２７、ＩＬ−１０／ＴＷＥＡＫ、ＩＬ−１０／ＯＰＧ、ＩＬ−１０／ＩＦＮ−α、ＩＬ−１０／ＩＦＮ−β、ＩＬ−１０／ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０／ＩＬ−１α、ＩＬ−１０／ＩＬ−１β、ＩＬ−１０／ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−１０／ＩＬ−２、ＩＬ−１０／ＩＬ−４、ＩＬ−１０／ＩＬ−５、ＩＬ−��０／ＩＬ−６、ＩＬ−１０／ｓＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−１０／ＩＬ−７、ＩＬ−１０／ＩＬ−８、ＩＬ−１０／ＩＬ−９、ＩＬ−１０／ＩＬ−１２、ＩＬ−１０／ＩＬ−１３、ＩＬ−１０／ＩＬ−１５、ＩＬ−１０／ＩＬ−１７、ＩＬ−１０／ＩＬ−２３、ＩＬ−１０／ＩＬ−２７、ＩＬ−８／ＴＷＥＡＫ、ＩＬ−８／ＯＰＧ、ＩＬ−８／ＩＦＮ−α、ＩＬ−８／ＩＦＮ−β、ＩＬ−８／ＩＦＮ−γ、ＩＬ−８／ＩＬ−１α、ＩＬ−８／ＩＬ−１β、ＩＬ−８／ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−８／ＩＬ−２、ＩＬ−８／ＩＬ−４、ＩＬ−８／ＩＬ−５、ＩＬ−８／ＩＬ−６、ＩＬ−８／ｓＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−８／ＩＬ−７、ＩＬ−８／ＩＬ−８、ＩＬ−８／ＩＬ−９、ＩＬ−８／ＩＬ−１０、ＩＬ−８／ＩＬ−１２、ＩＬ−８／ＩＬ−１３、ＩＬ−８／ＩＬ−１５、ＩＬ−８／ＩＬ−１７、ＩＬ−８／ＩＬ−２３、ＩＬ−８／ＩＬ−２７、又は一方のサイトカインのもう一方のサイトカインに対する任意のその他の割合を含む。
【０２８６】
或る例において、特定のサイトカインの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のサイトカインの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中のサイトカイン、例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、R&D Systems, Inc. (Minneapolis, MN)、Neogen Corp. (Lexington, KY)、Alpco Diagnostics (Salem, NH)、Assay Designs, Inc. (Ann Arbor, MI)、BD Biosciences Pharmingen (San Diego, CA)、Invitrogen (Camarillo, CA)、Calbiochem (San Diego, CA) 、CHEMICON International, Inc. (Temecula, CA)、Antigenix America Inc. (Huntington Station, NY)、QIAGEN Inc. (Valencia, CA)、Bio-Rad Laboratories, Inc. (Hercules, CA)及び／又はBender MedSystems Inc. (Burlingame, CA)から入手可能である。
【０２８７】
５．ＴＷＥＡＫ
ＴＷＥＡＫは、構造的に関連するサイトカインのＴＮＦスーパーファミリーのメンバーである。全長膜固定型（membrane-anchored）ＴＷＥＡＫは、多くの細胞型の表面上に見出すことができ、そして、タンパク質分解処理によって生じるより小さな生物学的活性型（smaller, biologically active form）は細胞外環境でも検出されている（例えば、Chicheportiche et al., J. Biol. Chem., 272:32401-32410 (1997)を参照）。ＴＷＥＡＫは、繊維芽細胞成長因子誘導性１４（Ｆｎ１４；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１２Ａ又はＴＮＦＲＳＦ１２Ａとしても公知）と命名されたＴＮＦ受容体スーパーファミリーメンバーと結合することによって作用する。ＴＷＥＡＫは、細胞成長及び血管新生の刺激、炎症性サイトカインの誘導並びにアポトーシスの刺激を含む多数の生物学的活性を有する（例えば、Wiley et al., Cytokine Growth Factor Rev., 14:241-249 (2003)を参照）。特に、ＴＷＥＡＫは、繊維芽細胞及び滑膜細胞において、ＰＧＥ２、ＭＭＰ−１、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、及びＩＰ−１０の発現を誘導すること並びに内皮細胞においてＩＣＡＭ−１、Ｅ−セレクチン、ＩＬ−８及びＭＣＰ−１の発現を上方調節することが示されている（例えば、Campbell et al., Front. Biosci., 9:2273-2284 (2004)を参照）。ＦＮ１４受容体へのＴＷＥＡＫの結合又は構成的なＦｎ１４の過剰発現は、免疫又は炎症過程、発癌、癌治療耐性及び腫瘍形成において重要な役割を担うＮＦ−ＫＢシグナリング経路を活性化することも実証されている（例えば、Winkles et al., Cancer Lett., 235:11-17 (2006);及びWinkles et al., Front. Biosci., 12:2761-2771 (2007)を参照）。当業者は、ＴＷＥＡＫが腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１２（ＴＮＦＳＦ１２）、ＡＰＯ３リガンド（ＡＰＯ３Ｌ）、ＣＤ２５５、ＤＲ３リガンド、ＦＮ１４及びＵＮＱ１８１／ＰＲＯ２０７としても公知であることを認識する。
【０２８８】
生物試料、例えば、血清、血漿、唾液又は尿試料中のＴＷＥＡＫの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Antigenix America Inc. (Huntington Station, NY)、Bender MedSystems Inc. (Burlingame, CA) 、Agdia Inc. (Elkhart, IN) 、American Research Products Inc. (Belmont, MA) 、Biomeda Corp. (Foster City, CA) 、BioVision, Inc. (Mountain View, CA),及びKamiya Biomedical Co. (Seattle, WA)から入手可能である。
【０２８９】
６．オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）
ＯＰＧは、構造的に関連するサイトカインのＴＮＦスーパーファミリーの４０１個のアミノ酸メンバーである。ＯＰＧは、ＮＦＫＢの受容体活性化因子（ＲＡＮＫ）と相同性を示し、ＲＡＮＫリガンド（ＲＡＮＫＬ；ＯＰＧリガンド（ＯＰＧＬ）としても公知）の可溶性デコイ受容体として作用することによってマクロファージの破骨細胞への分化を阻害し、破骨細胞の吸収を調節する。結果としてＯＰＧ−ＲＡＮＫ−ＲＡＮＫＬ系は、破骨細胞の形成、機能及び生存において直接的且つ本質的な役割を担う。ＯＰＧ−ＲＡＮＫ−ＲＡＮＫＬ系は、癌細胞遊走をモジュレートし、こうして骨への転移の発現を制御することも示されている。当業者は、ＯＰＧがオステオプロテゲリン及び破骨細胞形成阻害因子（ＯＣＩＦ）としても公知であることを認識する。
【０２９０】
血清、血漿、唾液又は尿試料中のＯＰＧの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Antigenix America Inc. (Huntington Station, NY)、Immunodiagnostic Systems Ltd. (Boldon, United Kingdom)及びBioVendor, LLC (Candler, NC)から入手可能である。
【０２９１】
７．レプチン
レプチンは、サイトカインのアディポサイトカインファミリーのメンバーであり、そして、食物の取り込みを阻害すること及びエネルギー消費を刺激することによって体重の調節において決定的な役割を担う１６ｋＤのペプチドホルモンである。レプチンは主に脂肪細胞によって合成され、体脂肪含量に比例した量で血漿中を循環する（例えば、Maffei et al., Nat. Med., 1:1155-1161 (1995); Considine et al., Diabetes, 45:992-994 (1996)を参照）。レプチンは、異種間で非常に高い程度の相同性を示し、他のサイトカインとも構造が類似している（例えば、Madej et al., FEBS Lett., 373:13-18 (1995)を参照）。レプチンはレプチン受容体を介して作用し、前記レプチン受容体は、細胞外モチーフである４個のシステイン残基及び多数のフィブロネクチンタイプＩＩＩドメインを特徴とする受容体のＩ型サイトカインスーパーファミリーの単一膜貫通ドメイン受容体（single-transmembrane domain receptor）である（例えば、Heim, Eur. J. Clin. Invest., 26:1-12 (1996)を参照）。レプチン受容体は、ホモ二量体として存在することが公知であり、そして、受容体にリガンドが結合した後に生じる構造変化によって活性化される（例えば、Devos et al., J. Biol. Chem., 272:18304-18310 (1997)を参照）オルタナティブスライシングによって生じる、６種のレプチン受容体のアイソフォームがこれまでに同定されている（例えば，Wang et al., Nature, 393:684-688 (1998); Lee et al., Nature, 379:632-635 (1996)を参照）。
【０２９２】
生物試料、例えば、血清、血漿、唾液又は尿試料中のレプチンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、R&D Systems, Inc. (Minneapolis, MN)、B-Bridge International (Mountain View, CA) 、Neogen Corp. (Lexington, KY) 、Assay Designs, Inc. (Ann Arbor, MI) 、Invitrogen (Camarillo, CA) 、CHEMICON International, Inc. (Temecula, CA)、Antigenix America Inc. (Huntington Station, NY)、LINCO Research, Inc. (St. Charles, MO)、Diagnostic Systems Laboratories, Inc. (Webster, TX)、Immuno-Biological Laboratories, Inc. (Minneapolis, MN)及びCayman Chemical Co. (Ann Arbor, MI)から入手可能である。
【０２９３】
８．成長因子
試料中の１種以上の成長因子の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「成長因子」という用語は、細胞増殖及び／又は細胞分化を刺激することができる種々のペプチド、ポリペプチド又はタンパク質のいずれかを含む。
【０２９４】
或る観点において、以下に限定されるものではないが、上皮成長因子（ＥＧＦ）、ヘパリン結合性上皮成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ；ＳＥＲＰＩＮＦ１としても公知）、アンフィレギュリン（ＡＲＥＧ；神経鞘腫由来成長因子（ＳＤＧＦ）としても公知）、塩基性繊維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、トランスフォーミング成長因子α（ＴＧＦ−α）、トランスフォーミング成長因子β（ＴＧＦ−β）、骨形成タンパク質（bone morphogenetic proteins；例えばＢＭＰ１−ＢＭＰ１５）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、神経成長因子（ＮＧＦ）、β神経成長因子（β−ＮＧＦ）、神経栄養因子（例えば、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、ニューロトロフィン３（ＮＴ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴ４）など）、成長分化因子−９（ＧＤＦ−９）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）及びトロンボポエチン（ＴＰＯ）を含む少なくとも１種の成長因子の存在又はレベルが、試料中で決定される。好ましくは、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、アンフィレギュリン（ＳＤＧＦ）及び／又はＢＤＮＦの存在又はレベルが決定される。
【０２９５】
或る例において、特定の成長因子の存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイにより、ｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定の成長因子の存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中の成長因子、例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＳＤＧＦ又はＢＤＮＦの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Antigenix America Inc. (Huntington Station, NY) 、Promega (Madison, WI)、R&D Systems, Inc. (Minneapolis, MN)、Invitrogen (Camarillo, CA)、CHEMICON International, Inc. (Temecula, CA)、Neogen Corp. (Lexington, KY)、PeproTech (Rocky Hill, NJ)、Alpco Diagnostics (Salem, NH)、Pierce Biotechnology, Inc. (Rockford, IL)及び／又はAbazyme (Needham, MA)から入手可能である。
【０２９６】
９．リポカリン
試料中の１種以上のリポカリンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「リポカリン」という用語は、いくつかの共通する分子認識特性：種々の疎水性小分子と結合する能力；特異的な細胞表面受容体への結合；及び可溶性高分子との複合体の形成；を特徴とする、種々のスモール細胞外タンパク質（small extracellular proteins）のいずれかを含む（例えば、Flowers, Biochem. J., 318:1-14 (1996)を参照）。リポカリンの生物学的機能の変化は、これらの特性の１種以上によって媒介される。リポカリンタンパク質ファミリーは顕著な機能の多様性を示し、レチノール輸送、無脊椎動物の隠蔽色（invertebrate cryptic coloration）、嗅覚及びフェロモン輸送並びにプロスタグランジンの生合成における役割を担う。リポカリンは、細胞の恒常性の調節及び免疫応答の調節に関与し、キャリアタンパク質として、内因性及び外因性化合物の一般的なクリアランスにも作用する。リポカリンは配列レベルにおいて顕著な多様性を有するが、これらの３次元構造は統一した特徴がある。リポカリンの結晶構造は高度に保存されており、内部のリガンド結合部位を囲む、単一の８本鎖の連続的に水素結合した逆平行βバレルを含む。
【０２９７】
或る観点において、以下に限定されるものではないが、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ；ヒト好中球リポカリン（ＨＮＬ）又はリポカリン−２としても公知）、フォンエブネル腺タンパク質（ＶＥＧＰ；リポカリン−１としても公知）、レチノール結合タンパク質（ＲＢＰ）、プルプリン（ＰＵＲＰ）、レチノイン酸結合タンパク質（ＲＡＢＰ）、α２ｕ−グロブリン（Ａ２Ｕ）、主要尿タンパク質（ＭＵＰ）、ビリン結合タンパク質（ＢＢＰ）、α−クルスタシアニン、妊娠性タンパク質１４（ＰＰ１４）、β−ラクトグロブリン（Ｂｌｇ）、α１−ミクログロブリン（Ａ１Ｍ）、Ｃ８のガンマ鎖（Ｃ８γ）、アポリポタンパク質Ｄ（ＡｐｏＤ）、ラザリロ（ＬＡＺ）、プロスタグランジンＤ２シンターゼ（ＰＧＤＳ）、休眠特異的タンパク質（quiescence-specific protein；ＱＳＰ）、脈絡叢タンパク質、臭気物質結合タンパク質（ＯＢＰ）、α１−酸性糖タンパク質（ＡＧＰ）、プロバシン（ＰＢＡＳ）、アフロジシン、オロソムコイド及びプロゲスターゲン関連子宮内膜タンパク質（progestagen-associated endometrial protein；ＰＡＥＰ）を含む少なくとも１種のリポカリンの存在又はレベルが、試料中で決定される。或るその他の観点において、例えば、ＮＧＡＬ及びマトリックスメタロプロテアーゼの複合体（例えば、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）を含む少なくとも１種のリポカリン複合体の存在又はレベルを決定する。好ましくは、ＮＧＡＬ又はそのＭＭＰ−９との複合体の存在又はレベルが決定される。
【０２９８】
或る例において、特定のリポカリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のリポカリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿又は尿試料中のリポカリン、例えば、ＮＧＡＬの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、AntibodyShop A/S (Gentofte, Denmark)、LabClinics SA (Barcelona, Spain) 、Lucerna-Chem AG (Luzern, Switzerland) 、R&D Systems, Inc. (Minneapolis, MN)及びAssay Designs, Inc. (Ann   Arbor, MI)から入手することができる。ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体の存在又はレベルを決定するための適切なＥＬＩＳＡキットは、例えばR&D Systems, Inc. (Minneapolis, MN)から入手可能である。追加のＮＧＡＬ及びＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体のＥＬＩＳＡ技術は、例えば、Kjeldsen et al., Blood, 83:799-807 (1994);及びKjeldsen et al., J. Immunol. Methods, 198:155-164 (1996)に記載されている。
【０２９９】
１０．マトリックスメタロプロテアーゼ
試料中の少なくとも１種のマトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「マトリックスメタロプロテアーゼ」又は「ＭＭＰ」という用語は、種々の細胞外マトリックスタンパク質を分解し、細胞表面受容体を開裂させ、アポトーシスリガンドを放出し、及び／又はケモカインを調節することができる亜鉛依存型エンドペプチダーゼを含む。ＭＭＰは、細胞挙動、例えば、細胞増殖、遊走（接着／分散）、分化、血管新生および宿主防御において主要な役割を担うとも考えられている。
【０３００】
或る観点において、以下に限定されるものではないが、ＭＭＰ−１（間質性コラゲナーゼ）、ＭＭＰ−２（ゼラチナーゼＡ）、ＭＭＰ−３（ストロメリシン−１）、ＭＭＰ−７（マトリリシン）、ＭＭＰ−８（好中球コラゲナーゼ）、ＭＭＰ−９（ゼラチナーゼＢ）、ＭＭＰ−１０（ストロメリシン−２）、ＭＭＰ−１１（ストロメリシン−３）、ＭＭＰ−１２（マクロファージメタロエラスターゼ）、ＭＭＰ−１３（コラゲナーゼ−３）、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−１５、ＭＭＰ−１６、ＭＭＰ−１７、ＭＭＰ−１８（コラゲナーゼ−４）、ＭＭＰ−１９、ＭＭＰ−２０（エナメリシン）、ＭＭＰ−２１、ＭＭＰ−２３、ＭＭＰ−２４、ＭＭＰ−２５、ＭＭＰ−２６（マトリリシン−２）、ＭＭＰ−２７及びＭＭＰ−２８（エピリシン）を含む少なくとも１種の少なくとも１種のＭＭＰの存在又はレベルを試料中で決定する。好ましくは、ＭＭＰ−９の存在又はレベルが決定される。
【０３０１】
或る例において、特定のＭＭＰの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のＭＭＰの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清又は血漿試料中のＭＭＰ、例えば、ＭＭＰ−９の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Calbiochem (San Diego, CA), CHEMICON International, Inc. (Temecula, CA), and R&D Systems, Inc. (Minneapolis,  MN)から入手可能である。
【０３０２】
１１．組織メタロプロテアーゼ阻害因子
試料中の少なくとも１種の組織メタロプロテアーゼ阻害因子（ＴＩＭＰ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「組織メタロプロテアーゼ阻害因子」又は「ＴＩＭＰ」という用語は、ＭＭＰを阻害することができるタンパク質を含む。
【０３０３】
或る観点において、以下に限定されるものではないが、ＴＩＭＰ−１、ＴＩＭＰ−２、ＴＩＭＰ−３及びＴＩＭＰ−４を含む少なくとも１種の少なくとも１種のＴＩＭＰの存在又はレベルを試料中で決定する。好ましくは、ＴＩＭＰ−１の存在又はレベルを決定する。
【０３０４】
或る例において、特定のＴＩＭＰの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のＴＩＭＰの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清又は血漿試料中のＴＩＭＰ、例えば、ＴＩＭＰ−１の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Alpco Diagnostics (Salem, NH)、Calbiochem (San Diego, CA)、Invitrogen (Camarillo, CA)、CHEMICON International, Inc. (Temecula, CA)及びR&D Systems, Inc. (Minneapolis,  MN)から入手可能である。
【０３０５】
１２．グロブリン
試料中の少なくとも１種のグロブリンの存在又はレベルの決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「グロブリン」という用語は、血清電気泳動時にアルブミンよりも移動しない血清タンパク質ファミリーの異種系列の任意のメンバーを含む。タンパク質電気泳動は、典型的には、グロブリンを以下の３種のカテゴリー：α−グロブリン（すなわち、α−１−グロブリン又はα−２−グロブリン）；β−グロブリン；及びγ−グロブリン；にカテゴライズするために使用される。
【０３０６】
α−グロブリンは、アルカリ又は電荷を帯びた溶液中でよく移動する血漿中の球状タンパク質の集団を含む。これらは、一般に、或る血液プロテアーゼ及び阻害活性を阻害するように機能する。α−グロブリンの例は、以下に限定されるものではないが、α−２−マクログロブリン（α２−ＭＧ）、ハプトグロビン（Ｈｐ）、オロソムコイド、α−１−アンチトリプシン、α−１−アンチキモトリプシン、α−２−アンチプラスミン、アンチトロンビン、セルロプラスミン、ヘパリン補因子ＩＩ、レチノール結合タンパク質及びトランスコルチンを含む。好ましくは、α２−ＭＧ、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイドの存在又はレベルが決定される。或る例において、１種以上のハプトグロビンアロタイプ、例えば、Ｈｐ前駆体、Ｈｐβ、Ｈｐα１及びＨｐα２が決定される。
【０３０７】
或る例において、特定のグロブリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のグロブリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿又は尿試料中のグロブリン、例えば、α２−ＭＧ、ハプトグロビン又はオロソムコイドの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、GenWay Biotech, Inc. (San Diego, CA)及び／又はImmundiagnostik AG (Bensheim, Germany)から入手可能である。
【０３０８】
１３．アクチン切断タンパク質
試料中の少なくとも１種のアクチン切断タンパク質の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「アクチン切断タンパク質」という用語は、アクチンのリモデリング及び細胞運動性の調節に関与するタンパク質ファミリーの任意のメンバーを含む。アクチン切断タンパク質の非限定的な例は、ゲルゾリン（ブレビン又はアクチン脱重合因子としても公知）、ビリン、フラグミン及びアドセベリンを含む。例えば、ゲルゾリンは白血球、血小板及び他の細胞のタンパク質であり、マイクロモーラ−未満のカルシウム存在下でアクチンフィラメントを切断し、これによって細胞質のアクチンゲルをゾル化する。
【０３０９】
或る例において、特定のアクチン切断タンパク質の存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のアクチン切断タンパク質の存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血漿試料中のアクチン切断タンパク質、例えば、ゲルゾリンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡ技術は、例えば、Smith et al., J. Lab. Clin. Med., 110:189-195 (1987);及びHiyoshi et al., Biochem. Mol. Biol. Int., 32:755-762 (1994)に記載されている。
【０３１０】
１４．Ｓ１００タンパク質
試料中の少なくとも１種のＳ１００タンパク質の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「Ｓ１００タンパク質」という用語は、２個のＥＦハンドカルシウム結合ドメインの存在及び細胞型特異的発現を特徴とする低分子量酸性タンパク質ファミリーの任意のメンバーを含む。ヒトには、少なくとも２１種の異なるタイプのＳ１００タンパク質が存在する。この名称は、Ｓ１００タンパク質が中性ｐＨの硫酸アンモニウム中で１００％可溶である事実に由来する。ほとんどのＳ１００タンパク質は、ホモ２量体型であり、非共有結合によって一緒に保持される２個の同一のポリペプチドからなる。Ｓ１００タンパク質は構造的にはカルモジュリンと類似するが、環境因子に応じて異なるレベルにおいて特定の細胞内で細胞特異的に発現する点で異なる。Ｓ１００タンパク質は、通常、神経堤に由来する細胞（例えば、シュワン細胞、メラノサイト、グリア細胞）、軟骨細胞、脂肪細胞、筋上皮細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、樹状細胞及びケラチノサイト内に存在する。Ｓ１００タンパク質は、種々の細胞内及び細胞外の機能、例えば、タンパク質のリン酸化、転写因子、カルシウムイオン（Ｃａ２＋）の恒常性、細胞骨格構成成分の動態、酵素活性、細胞成長及び分化並びに炎症応答の調節に関与している。
【０３１１】
カルグラニュリンは、腎上皮細胞及び好中球を含む複数の細胞タイプにおいて発現されるＳ１００タンパク質であり、慢性炎症の病態下における浸潤単球及び顆粒球中に豊富である。カルグラニュリンの例は、以下に限定されるものではないが、カルグラニュリンＡ（Ｓ１００Ａ８又はＭＲＰ−８としても公知）、カルグラニュリンＢ（Ｓ１００Ａ９又はＭＲＰ−１４としても公知）及びカルグラニュリンＣ（Ｓ１００Ａ１２としても公知）を含む。
【０３１２】
或る例において、特定のＳ１００タンパク質の存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、特定のＳ１００タンパク質の存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、又は尿試料中のＳ１００タンパク質、例えば、カルグラニュリンＡ（Ｓ１００Ａ８）、カルグラニュリンＢ（Ｓ１００Ａ９）の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Peninsula Laboratories Inc. (San Carlos, CA)及びHycult biotechnology b.v. (Uden, The Netherlands)から入手可能である。
【０３１３】
Ｓ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９の複合体カルプロテクチンは、好中球、単球及びケラチノサイトの細胞質におけるカルシウム及び亜鉛結合性タンパク質である。カルプロテクチンは、好中性顆粒球及びマクロファージにおける主要なタンパク質であり、これらの細胞中の細胞質ゾル分画における総タンパク質の６０％ほどを占める。従って、カルプロテクチンは好中球の代謝回転の代理マーカーである。糞便中のカルプロテクチン濃度は、腸粘膜好中球の浸潤の強度及び炎症の重症度と相関する。一部の例において、カルプロテクチンは、少量（５０〜１００ｍｇ）の便試料を使用するＥＬＩＳＡ法により計測することができる（例えば、Johne et al., Scand J Gastroenterol., 36:291-296 (2001)を参照）。
【０３１４】
試料中の少なくとも１種のタキキニンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「タキキニン」という用語は、カルボキシ末端の配列Ｐｈｅ−Ｘ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｍｅｔ−ＮＨ２を共有するアミド化されたニューロペプチドを含む。タキキニンは、典型的には、１種以上のタキキニン受容体（例えば、ＴＡＣＲ１、ＴＡＣＲ２及び／又はＴＡＣＲ３）に結合する。
【０３１５】
或る観点において、以下に限定されるものではないが、サブスタンスＰ、ニューロキニンＡ及びニューロキニンＢを含む少なくとも１種のタキキニンの存在又はレベルを試料中で決定する。好ましくは、サブスタンスＰの存在又はレベルを決定する。サブスタンスＰは、中枢及び末梢神経系の両方において、神経末端から放出される、長さ１１アミノ酸のペプチドである。サブスタンスＰ放出神経が分布する非常に多くの生物学的な部位には、皮膚、腸、胃、膀胱及び心血管系がある。
【０３１６】
或る例において、特定のタキキニンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或る他の例において、特定のタキキニンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中のタキキニン、例えば、サブスタンスＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、MD Biosciences Inc. (St.   Paul, MN)、Assay Designs, Inc. (Ann Arbor, MI)、R&D Systems, Inc. (Minneapolis, MN)、Sigma-Aldrich Corp. (St. Louis, MO)及びCayman Chemical Co. (Ann   Arbor, MI)から入手可能である。
【０３１７】
１６．グレリン
試料中のグレリンの存在又はレベルの決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「グレリン」という用語は、成長ホルモン分泌促進受容体（ＧＨＳＲ）に対する内因性リガンドであり、成長ホルモン放出の調節に関与する２８アミノ酸のペプチドを含む。グレリンは、典型的には、３番目のセリン残基においてｎ−オクタノイル基によってアシル化され、活性型グレリンを形成することができる。あるいは、グレリンは、非アシル化型（すなわち、デスアシルグレリン）として存在することができる。グレリンは、胃底の粘膜内に主に局在する特殊化腸クロム親和細胞内で主に発現され、レプチンとは反対の代謝効果を有する。グレリンは、食物の取り込みを刺激し、炭水化物の使用を向上させ、脂肪の利用を低減させ、胃の運動及び酸分泌を増加させ、自発運動を低減させる。
【０３１８】
或る例において、グレリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、グレリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中の活性型グレリン又はデスアシル−グレリンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Alpco Diagnostics (Salem, NH)、Cayman Chemical Co. (Ann Arbor, MI)、LINCO Research, Inc. (St. Charles, MO)及びDiagnostic Systems Laboratories, Inc. (Webster, TX)から入手可能である。
【０３１９】
１７．ニューロテンシン
試料中のニューロテンシンの存在又はレベルの決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「ニューロテンシン」という用語は、中枢神経系及び胃腸管にわたり広く分布するトリデカペプチドを含む。ニューロテンシンは、いくつかの胃腸機能及び疾患状態の発現及び進行において重要なメディエーターとして同定されており、神経、上皮細胞及び／又は免疫及び炎症系の細胞に対して直接的又は間接的に作用する特定の受容体と相互作用することによって、その効果を発揮する（例えば、Zhao et al., Peptides, 27:2434-2444 (2006)を参照）。
【０３２０】
或る例において、ニューロテンシンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、ニューロテンシンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。試料中のニューロテンシンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡ技術は、例えば、Davis et al., J. Neurosci. Methods, 14:15-23 (1985);及びWilliams et al., J. Histochem. Cytochem., 37:831-841 (1989)に記載されている。
【０３２１】
１８．副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン
試料中の副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン（ＣＲＨ；副腎皮質刺激ホルモン放出因子又はＣＲＦとしても公知）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン」、「ＣＲＨ」、「副腎皮質刺激ホルモン放出因子」又は「ＣＲＦ」という用語は、哺乳動物、例えば、ヒトにおけるストレスに対する応答の近位部を媒介する視床下部の室傍核によって分泌される４１アミノ酸ペプチドを含む。ＣＲＨは、典型的には、１種以上の副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン受容体（例えば、ＣＲＨＲ１及び／又はＣＲＨＲ２）に結合する。ＣＲＨは、視床下部、脊髄、胃、脾臓、十二指腸、副腎及び胎盤によって発現される。
【０３２２】
或る例において、ＣＲＨの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或るその他の例において、ＣＲＨの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液、又は尿試料中のＣＲＨの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Alpco Diagnostics (Salem, NH)及びCosmo Bio Co., Ltd. (Tokyo, Japan)から入手可能である。
【０３２３】
１９．抗好中球抗体
試料中のＡＮＣＡレベル及び／又はｐＡＮＣＡの存在又は非存在の決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「抗好中球細胞質抗体」又は「ＡＮＣＡ」という用語は、好中球の細胞質及び／又は核成分に対する抗体を含む。ＡＮＣＡ活性は、好中球におけるＡＮＣＡの染色パターン：（１）核周囲の際立った明るさを有しない好中球細胞質の染色（ｃＡＮＣＡ）；（２）核の外縁周りの核周囲の染色（ｐＡＮＣＡ）；（３）核の内縁周りの核周囲の染色（ＮＳＮＡ）；及び（４）好中球全体にわたる斑点を有する拡散した染色（ＳＡＰＰＡ）；に基づき、いくつかの幅のあるカテゴリーに分割することができる。ある例において、ｐＡＮＣＡ染色は、ＤＮアーゼ処理に感受性を示す。ＡＮＣＡという用語は、以下に限定されるものではないが、ｃＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及びＳＡＰＰＡを含む、全ての種々の抗好中球反応性を包含する。同様にＡＮＣＡという用語は、以下に限定されるものではないが、免疫グロブリンＡ及びＧを含む全ての免疫グロブリンのアイソタイプを包含する。
【０３２４】
個体からの試料中のＡＮＣＡレベルは、例えば、アルコール固定された好中球を用いて免疫アッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用して決定することができる。特定のカテゴリーのＡＮＣＡ、例えば、ｐＡＮＣＡの存在又は非存在は、例えば、免疫組織化学アッセイ、例えば、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイを使用して決定することができる。好ましくは、試料中のｐＡＮＣＡの存在又は非存在は、ＤＮアーゼ処理され、固定された好中球を用いて免疫蛍光アッセイを使用して決定される。固定された好中球に加えて、ＡＮＣＡレベルを決定するために好適なＡＮＣＡに特異的な抗原は、以下に限定されるものではないが、非精製の又は部分精製された好中球抽出物；精製タンパク質、タンパク質断片又は合成ペプチド、例えば、ヒストンＨ１又はこれらのＡＮＣＡ反応性断片（例えば、米国特許第6,074,835号を参照）；ヒストンＨ１様抗原、ポーリン抗原、バクテロイド抗原又はこれらのＡＮＣＡ反応性断片（例えば、米国特許第6,033,864号を参照）；分泌小胞抗原又はこのＡＮＣＡ反応性断片（例えば、米国特許出願第08/804,106号を参照）；及び抗ＡＮＣＡのイディオタイプの抗体を含む。当業者は、ＡＮＣＡに特異的な追加の抗原の使用が本発明の範囲内であることを認識する。
【０３２５】
２０．抗Saccharomyces cerevisiae抗体
試料中のＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧ）レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗Saccharomyces cerevisiae免疫グロブリンＡ」又は「ＡＳＣＡ−ＩｇＡ」という用語は、S. cerevisiaeと特異的に反応する免疫グロブリンＡのアイソタイプの抗体を含む。同様に、「抗Saccharomyces cerevisiae免疫グロブリンＧ」又は「ＡＳＣＡ−ＩｇＧ」という用語は、S. cerevisiaeと特異的に反応する免疫グロブリンＧのアイソタイプの抗体を含む。
【０３２６】
試料がＡＳＣＡ−ＩｇＡ又はＡＳＣＡ−ＩｇＧについて陽性であるか否かの決定は、ＡＳＣＡに特異的な抗原を使用して行われる。このような抗原は、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧによって特異的に結合される任意の抗原又は抗原の混合物であることができる。ＡＳＣＡ抗体は、最初はS. cerevisiaeへの結合能を特徴としていたが、当業者は、ＡＳＣＡによって特異的に結合される抗原が、S. cerevisiaeから又は抗原がＡＳＣＡ抗体に特異的に結合することができる限り種々の他の源から得ることができることを理解する。従って、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルを決定するために使用することができるＡＳＣＡに特異的な抗原の例示的な源は、以下に限定されるものではないが、完全死滅酵母細胞、例えば、Saccharomyces又はCandida細胞；酵母細胞壁マンナン、例えば、ホスホペプチドマンナン（ＰＰＭ）；オリゴ糖、例えば、オリゴマンノシド；ネオ糖脂質；抗ＡＳＣＡイディオタイプ抗体などを含む。酵母の異なる種及び株、例えば、S. cerevisiae株Ｓｕ１、Ｓｕ２、ＣＢＳ１３１５又はＢＭ１５６あるいはCandida albicans株ＶＷ３２は、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧに特異的な抗原としての使用に好適である。ＡＳＣＡに特異的な精製及び合成抗原も、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルの決定における使用に好適である。精製抗原の例は、以下に限定されるものではないが、精製オリゴ糖抗原、例えば、オリゴマンノシドを含む。合成抗原の例は、以下に限定されるものではないが、合成オリゴマンノシド、例えば、米国特許出願公開第20030105060号に記載のもの、例えば、D-Man β(1-2) D-Man β(1-2) D-Man β(1-2) D-Man-OR、D-Man α(1-2) D-Man α(1-2) D-Man α(1-2) D-Man-OR及びD-Man α(1-3) D-Man α(1-2) D-Man α(1-2) D-Man-ORを含み、ここで、Ｒは水素原子、Ｃ１〜Ｃ２０アルキル基又は場合により標識された連結基であるものとする。
【０３２７】
酵母細胞壁マンナン、例えば、ＰＰＭの調製物は、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルの決定において使用することができる。このような水溶性表面抗原は、当分野において公知の適切な任意の抽出技術、例えば、オートクレーブによって調製することができか、又は市販品として得ることができる（例えば、Lindberg et al., Gut, 33:909-913 (1992)を参照）。ＰＰＭの酸安定性画分は、本発明の統計的アルゴリズムにおいても有用である（例えば、Sendid et al., Clin. Diag. Lab. Immunol., 3:219-226 (1996)を参照）。試料中のＡＳＣＡレベルの決定において有用である例示的なＰＰＭは、S. uvarum株ＡＴＣＣ＃３８９２６に由来する。
【０３２８】
精製オリゴ糖抗原、例えば、オリゴマンノシドも、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルの決定において有用であり得る。精製オリゴマンノシド抗原は、例えば、Faille et al., Eur. J. Microbiol. Infect. Dis., 11:438-446 (1992)に記載のとおり、好ましくは、ネオ糖脂質に変換される。当業者は、このようなオリゴマンノシド抗原のＡＳＣＡとの反応性が、マンノシル鎖長（Frosh et al., Proc Natl. Acad. Sci. USA, 82:1194-1198 (1985)）；アノマー配置（Fukazawa et al., In “Immunology of Fungal Disease,” E. Kurstak (ed.), Marcel Dekker Inc., New York, pp. 37-62 (1989); Nishikawa et al., Microbiol. Immunol., 34:825-840 (1990); Poulain et al., Eur. J. Clin. Microbiol., 23:46-52 (1993); Shibata et al., Arch. Biochem. Biophys., 243:338-348 (1985); Trinel et al., Infect. Immun., 60:3845-3851 (1992)を参照）；又は結合の位置（Kikuchi et al., Planta, 190:525-535 (1993)を参照）を変えることによって最適化することができることを理解する。
【０３２９】
本発明の方法における使用に好適なオリゴマンノシドは、以下に限定されるものではないが、マンノテトラオースＭａｎ（１−３）Ｍａｎ（１−２）Ｍａｎ（１−２）Ｍａｎを有するオリゴマンノシドを含む。このようなオリゴマンノシドは、例えば、Faille et al．，（前掲）に記載のとおりＰＰＭから精製することができる。ＡＳＣＡに特異的な例示的ネオ糖脂質は、このそれぞれのＰＰＭからオリゴマンノシドを放出させ、続いて放出されたオリゴマンノシドを４−ヘキサデシルアニリンなどにカップリングさせることによって構築することができる。
【０３３０】
２１．抗菌性抗体
試料中の抗ＯｍｐＣ抗体レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗外膜タンパク質Ｃ抗体」又は「抗ＯｍｐＣ抗体」という用語は、例えば、国際公開第WO01/89361号に記載のとおり細菌の外膜ポーリンに対する抗体を含む。「外膜タンパク質Ｃ」又は「ＯｍｐＣ」という用語は、抗ＯｍｐＣ抗体との免疫反応性を示す細菌のポーリンを指す。
【０３３１】
個体からの試料中に存在する抗ＯｍｐＣ抗体のレベルは、ＯｍｐＣタンパク質又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を使用して決定することができる。試料中の抗ＯｍｐＣ抗体のレベルの決定において有用である好適なＯｍｐＣ抗原は、以下に限定されるものではないが、ＯｍｐＣタンパク質、ＯｍｐＣタンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するＯｍｐＣポリペプチド又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を含む。本明細書において使用されるＯｍｐＣポリペプチドは、一般に、配列アライメントプログラム、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して決定されるアミノ酸同一性において、ＯｍｐＣタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、更により好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列の同一性のあるアミノ酸配列を有するポリペプチドを説明する。このような抗原は、腸内細菌、例えば、E. coliからの精製によって、核酸、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｋ００５４１の組換えによる発現によって、合成手段、例えば、液相又は固相ペプチド合成によって、あるいはファージディスプレイを使用することによって調製することができる。
【０３３２】
試料中の抗Ｉ２抗体レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗Ｉ２抗体」という用語は、例えば、米国特許第6,309,643号に記載の細菌の転写制御因子と相同性を共有する微生物抗原に対する抗体を含む。「Ｉ２」という用語は、抗Ｉ２抗体との免疫反応性を示す微生物抗原を指す。微生物Ｉ２タンパク質は、C. pasteurianum由来の予測タンパク質４、Mycobacterium tuberculosis由来のＲｖ３５５７ｃ及びAquifex aeolicus由来の転写制御因子とある程度の類似性と弱い相同性を共有する１００アミノ酸のポリペプチドである。Ｉ２タンパク質についての核酸及びタンパク質配列は、例えば、米国特許第6,309,643号に記載されている。
【０３３３】
個体からの試料中に存在する抗Ｉ２抗体のレベルは、Ｉ２タンパク質又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を使用して決定することができる。試料中の抗Ｉ２抗体のレベルの決定において有用である好適なＩ２抗原は、以下に限定されるものではないが、Ｉ２タンパク質、Ｉ２タンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するＩ２ポリペプチド又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を含む。このようなＩ２ポリペプチドは、C. pasteurianumのタンパク質４よりもＩ２タンパク質と高い配列類似性を示し、このアイソタイプ変異型及びホモログを含む。本明細書において使用されるＩ２ポリペプチドは、一般に、配列アライメントプログラム、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して決定されるアミノ酸同一性において、天然に生じるＩ２タンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、更により好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列の同一性のあるアミノ酸配列を有するポリペプチドを説明する。このようなＩ２抗原は、例えば、微生物からの精製によって、Ｉ２抗原をコードする核酸の組換えによる発現によって、合成手段、例えば、液相又は固相ペプチド合成によって、あるいはファージディスプレイを使用することによって調製することができる。
【０３３４】
試料中の抗フラジェリン抗体レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗フラジェリン抗体」という用語は、例えば、国際公開第WO03/053220号及び米国特許出願公開第20040043931号に記載の細菌鞭毛のタンパク質構成成分に対する抗体を含む。「フラジェリン」という用語は、抗フラジェリン抗体との免疫反応性を示す細菌の鞭毛タンパク質を指す。微生物のフラジェリンは、フィラメント形成のために中空の筒状に配置された細菌の鞭毛中に見出されるタンパク質である。
【０３３５】
個体からの試料中の抗フラジェリン抗体のレベルは、フラジェリンタンパク質又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を使用して決定することができる。試料中の抗フラジェリン抗体のレベルの決定において有用である好適なフラジェリン抗原は、以下に限定されるものではないが、フラジェリンタンパク質、例えば、Ｃｂｉｒ−１フラジェリン、フラジェリンＸ、フラジェリンＡ、フラジェリンＢ、これらの断片及びこれらの組合せ、フラジェリンタンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するフラジェリンポリペプチド又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を含む。本明細書において使用されるフラジェリンポリペプチドは、一般に、配列アライメントプログラム、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して決定されるアミノ酸同一性において、天然に生じるフラジェリンタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、更により好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列の同一性のあるアミノ酸配列を有するポリペプチドを説明する。このようなフラジェリン抗原は、細菌、例えば、Helicobacter Bilis、Helicobacter mustelae、Helicobacter pylori、Butyrivibrio fibrisolvens及び盲腸中に見出される細菌からの精製によって、フラジェリン抗原をコードする核酸の組換えによる発現によって、合成手段、例えば、液相又は固相ペプチド合成によって、あるいはファージディスプレイを使用することによって調製することができる。
【０３３６】
２２．肥胖細胞マーカー
試料中の肥胖細胞マーカーの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「肥胖細胞マーカー」という用語は、豊富な肥胖細胞又は肥満細胞が存在することあるいは増加することを示す、任意のタンパク質又は代謝産物を含む。或る実施態様において、これらの肥胖細胞マーカーは、肥胖細胞の細胞表面上に存在することができるか、及び／又は、肥胖細胞内に特異的に発現又は存在することができる。肥胖細胞は、一般的に、結合組織中に見出され、そして、高レベルのヒスタミン及びヘパリンを含有する大顆粒を有する（harbor）。これらの細胞は、ＣＤ３４＋骨髄前駆体細胞から由来すると考えられ、そして、創傷治癒、病原体対する防御、アレルギー並びにアナフィラキシーを含むいくつかの生物学的過程において機能する。肥胖細胞マーカーの非限定的な例は、トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、プロスタグランジンＤ２（ＰＧＤ２）、カルボキシペプチダーゼA、カイメース、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ１１７（ｃ−Ｋｉｔ）、ＬＡＭＰ−１（ＣＤ１０７ａ）、ＬＡＭＰ−２（ＣＤ１０７ｂ）などを含む。
【０３３７】
神経支配の近位にある炎症性肥胖細胞が、ＩＢＳで経験される腹痛に寄与することがあるということが仮定されている（Rijnierse A. et al., Pharmacol Ther. (2007)）。このことと一致するように、多数の肥胖細胞及び肥胖細胞の活性化がＩＳＢ患者における腸管部位で見出されている。胃腸管に限局した後、肥胖細胞は、アレルゲン、微生物生成物及び／又は神経伝達物質により刺激され、分泌促進反射を刺激し且つ腹痛の感知された感覚を増加させる豊富な種類の生物活性メディエーターを放出する。そのようにして、胃腸管における肥胖細胞又は肥胖細胞代謝産物の存在の増加をＩＢＳの診断に使用することができる。従って、１つの実施態様において、肥胖細胞脱顆粒に関連するバイオマーカー、例えば、トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２、ヒスタミン及びヒスタミン代謝産物（４−イミダゾール酢酸、ｔ−メチルヒスタミン及びｔ−メチル−４−イミダゾール酢酸を含む）は、本発明の方法に有用である。その他の実施態様において、セロトニン、神経成長因子、血管内皮細胞成長因子、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−γ、ＩＬ−６及びＩＬ−８を含む肥胖細胞から特異的に放出されるバイオマーカーは、本発明の方法に有用である。
【０３３８】
或る例において、肥胖細胞マーカーの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、肥胖細胞マーカーの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ、又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。
【０３３９】
或る実施態様において、肥胖細胞マーカーは、トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）又はこれらの組合せであることができる。更にその他の実施態様において、豊富な肥胖細胞の存在又は増加を、抗Ｋｉ抗体、例えばＫｉ−ＭＣ１又はＫｉ−Ｍ１Ｐモノクローナル抗体（Hamann K. et al., Br J Dermatol. (1995)）又は蛍光ベルベリン結合アッセイ（Berlin and Enerback, Int Arch Allergy Appl Immunol. (1983)）を使用することにより検出することができる。
【０３４０】
２３．消化管ホルモン
試料中の少なくとも１種の消化管ホルモンの存在又はレベルを決定することも、本発明において有用である。本明細書において使用される「消化管ホルモン」という用語は、ある細胞により放出され有機体中に局在する第２の細胞の代謝産物を変化させる、腸管に存在する化学物質又はペプチドを含む。一般的に、ホルモンは、細胞表面上に位置する特異的受容体に結合した後で、標的細胞における応答を促進する。動物では、ホルモンは、一般に、全身にわたって血流中に輸送されるが、これらは拡散により転座（translocate）することができる。このようにして、内分泌性ホルモン分子が血流中へ直接分泌し、その一方で、外分泌性ホルモンは管（duct）へ直接分泌して、そこから血流を横断するかあるいはパラクリンシグナル伝達を介して全身にわたって拡散する。ＩＢＳマーカーとしての使用に適当な消化管ホルモンの非限定的な例は、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、サブスタンスＰ、神経成長因子（ＮＧＦ）、ニューロキニンＡ、ニューロキニンＢ、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ−１）、グルカゴン様ペプチド２（ＧＬＰ−２）、モチリン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド（ＰＡＣＡＰ）、セクレチン、コレシストキニン、神経ペプチドＹ、膵ポリペプチド、ペプチドＹＹ、エンテログルカゴン及びグルコース依存性インスリン分泌刺激ペプチドを含む。
【０３４１】
或る例において、腸ペプチドホルモンマーカーの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ペプチドホルモンマーカーの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ、又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。
【０３４２】
２４．カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）
ＣＧＲＰは、ヒトにおいては２つの成熟形態のα−ＣＧＲＰ及びβ−ＣＧＲＰで存在する、ペプチドのカルシトニンファミリーのメンバーである。α−ＣＧＲＰは、カルシトニン／ＣＧＲＰ遺伝子の選択的スプライシングから形成される３７アミノ酸ペプチド：ＡＣＤＴＡＴＣＶＴＨＲＬＡＧＬＬＳＲＳＧＧＶＶＫＮＮＦＶＰＴＮＶＧＳＫＡＦ−ＮＨ２（配列番号１）である。β−ＣＧＲＰは、カルシトニン関連ポリペプチド、β前駆体遺伝子から形成される３７アミノ酸ポリペプチドＡＣＮＴＡＴＣＶＴＨＲＬＡＧＬＬＳＲＳＧＧＭＶＫＳＮＦＶＰＴＮＶＧＳＫＡＦ−ＮＨ２（配列番号２）である。或る例において、ＣＧＲＰは、カルシトニンアイソフォームＣＧＲＰプレプロタンパク質（ＮＰ＿００１０２９１２５）又はその変異体（例えば、ＮＰ＿００１０２９１２４又はＮＰ＿００１７３２）、ＣＧＲＰプロペプチド（ＣＡＡ３４０７０）、あるいはカルシトニン関連ポリペプチド、β前駆体（ＮＰ＿０００７１９）からなることがある。
【０３４３】
ＣＧＲＰは、末梢ニューロン及び中枢ニューロンの両方で生成される最も豊富なペプチドであり（Rosenfeld MG et al., Nature (1983)）、そして、最も効力のあるペプチド血管拡張剤であり、痛みの伝達に機能することができる（Brian SD et al., Nature (1985); McCulloch et al., PNAS (1986)）。ＣＧＲＰは、カルシトニン受容体様受容体（ＣＬＲ）と呼ばれるＧタンパク質結合受容体と受容体活性修飾タンパク質（ＲＡＭＰ１）とから構成されるヘテロメリック受容体を介してその効果を介在することによって、心臓血管恒常性及び痛覚（nociception）における１つの役割を果たすと考えられている。
【０３４４】
或る例において、ＣＧＲＰ又はその前駆体の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ペプチドホルモンマーカーの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＣＧＲＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Cayman Chemical Co. (Ann Arbor, MI)、Bachem Holding AG/ Peninsula Laboratories, LLC (San Carlos, CA)及びBioPorto Diagnostics (Denmark)から入手することができる。
【０３４５】
２５．サブスタンスＰ
サブスタンスＰは、中枢及び末梢神経系の両方において、神経末端から放出される、長さ１１アミノ酸（ＲＰＫＰＱＱＦＦＧＬＭ−ＮＨ２；配列番号３）のペプチドである。サブスタンスＰ放出神経が分布する非常に多くの生物学的な部位には、皮膚、腸、胃、膀胱及び心血管系がある。サブスタンスＰは、プレプロタキキニンＡ遺伝子（ＴＡＣ１；ＮＭ＿００３１８２）の選択的スプライシング後のポリペプチド前駆体に由来する。或る実施態様において、サブスタンスＰ又はサブスタンスＰ前駆体タンパク質は、ＩＢＳのマーカー、例えば、ＴＡＣ１ポリペプチド（ＮＰ＿００３１７３；ＮＰ＿０５４７０４；ＮＰ＿０５４７０２；及びＮＰ＿０５４７０３）又はその転写産物として有用であることがある。
【０３４６】
或る例において、サブスタンスＰ又はその前駆体の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ペプチドホルモンマーカーの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のサブスタンスＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Cayman Chemical Co. (Ann Arbor, MI)、Bachem Holding AG/ Peninsula Laboratories, LLC (San Carlos, CA)及びMD Biosciences Inc. (St.   Paul, MN)から入手することができる。
【０３４７】
２６．神経成長因子（ＮＧＦ）
ＮＧＦは、ＮＧＦ−βファミリーのメンバーであり、そして、ホモ二量体化してより大きな複合体へ導入される分泌タンパク質である。ＮＧＦは神経成長刺激活性を有し、そして、複合体は、成長の調節と交感神経ニューロン及び或る感覚ニューロンの分化とに関与する。特定の標的ニューロンの分化及び生存を誘導するスモール分泌タンパク質。ＮＧＦは、この成長因子のＴｒｋＡ及びＬＮＧＦＲに応答することができる細胞の表面上で、少なくとも２つの受容体に結合する。ＮＧＦは、ＮＧＦ遺伝子（ＮＭ＿００２５０６）によりコードされる前駆体ポリペプチド（ＮＰ＿００２４９７）から由来するスモールポリペプチド（ＮＰ＿００２４９７の残基１２２−２４１）である。或る実施態様において、ＮＧＦ、ＮＧＦ前駆体ポリペプチド又はＮＧＦポリペプチド（ＮＰ＿００２４９７の残基１９−１２１）は、ＩＢＳマーカーとして有用であることがある。
【０３４８】
或る例において、ＮＧＦ又はその前駆体の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＮＧＦ、その前駆体又はそのプロタンパク質の存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＮＧＦの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Millipore (Billerica, MA)、CUSABIO Biotech Co., Ltd. (Newark, DE)、Emelca Biosciences (Belgium)及びSignosis, Inc. (Sunnyvale,  CA)から入手することができる。
【０３４９】
２７．ニューロキニンＡ
ニューロキニンＡは、プレプロタキキニンＡ遺伝子（ＴＡＣ１；ＮＭ＿００３１８２）の選択的スプライシング後のポリペプチド前駆体に由来する、長さ１０アミノ酸（ＨＫＴＤＳＦＶＧＬＭ；配列番号４）のペプチドである。ペプチドは、神経ペプチド神経伝達物質のタキキニンファミリーのメンバーである。或る実施態様において、ニューロキニンＡ又はニューロキニンＡ前駆体タンパク質は、ＩＢＳのマーカー、例えば、ＴＡＣ１ポリペプチド(ＮＰ＿００３１７３及びＮＰ＿０５４７０３)又はその転写産物として有用であることがある。
【０３５０】
或る例において、ニューロキニンＡ又はその前駆体の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ニューロキニンＡの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のニューロキニンＡの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Abcam (Cambridge, MA)、Fitzgerald Industries (North Acton, MA)及びRayBiotech, Inc (Norcross, GA)から入手することができる。
【０３５１】
２８．ニューロキニンＢ
ニューロキニンＢは、タキキニン３遺伝子（ＴＡＣ３；ＮＭ＿００３１８２）によりコードされるタキキニン３前駆体（ＮＰ＿０３７３８３）に由来する、長さ１０アミノ酸（ＤＭＨＤＦＦＶＧＬＭ−ＮＨ２；配列番号５）のペプチドである。ペプチドは、神経ペプチド神経伝達物質のタキキニンファミリーのメンバーである。或る実施態様において、ニューロキニンＢ又はニューロキニンＢ前駆体タンパク質は、ＩＢＳのマーカー、例えば、ＴＡＣ３ポリペプチド(ＮＰ＿０３７３８３）又はその転写産物として有用であることがある。
【０３５２】
或る例において、ニューロキニンＢ又はその前駆体の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ニューロキニンＢの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のニューロキニンＢの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Abcam (Cambridge, MA)、Bachem Holding AG/ Peninsula Laboratories, LLC (San Carlos, CA)及びRayBiotech, Inc (Norcross, GA)から入手することができる。
【０３５３】
２９．血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）
ＶＩＰは、ヒトの腸、膵臓及び視床下部において見出される２８アミノ酸ペプチドホルモン（ＨＳＤＡＶＦＴＤＮＹＴＲＬＲＫＱＭＡＶＫＫＹＬＮＳＩＬＮ；配列番号６）である。このペプチドは、平滑筋弛緩を誘導し、胃酸分泌及び腸管腔からの吸収の阻害を引き起こし、そして、膵液及び胆汁への水分分泌を刺激する。ＶＩＰは、血管作動性腸管ペプチド遺伝子（Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：７４３２）の選択的スプライシング後のポリペプチド前駆体に由来する。或る実施態様において、ＶＩＰ、ＶＩＰ前駆体タンパク質（例えば、NP_919416又はNP_003372）、ＶＩＰプロペプチド又はＶＩＰペプチドをコードする転写産物（例えば、NM_003381又はNM_194435）は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３５４】
或る例において、ＶＩＰの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＶＩＰ、その前駆体又はそのプロペプチドの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＶＩＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Phoenix Pharmaceuticals, Inc. (Burlingame, CA)、BioPorto Diagnostics (Denmark)及びRayBiotech, Inc (Norcross, GA)から入手することができる。
【０３５５】
３０．グルカゴン様ペプチド２（ＧＬＰ−２）
ＧＬＰ−２は、腸、膵臓及び脳において発現する３３アミノ酸ペプチドホルモン（ＨＡＤＧＳＦＳＤＥＭＮＴＩＬＤＮＬＡＡＲＤＦＩＮＷＬＩＱＴＫＩＴＤ；配列番号７）である。ＧＬＰ−２は、ＧＬＰ−１とともに腸内で共分泌（co-secrete）して、そこで、胃運動性、分泌、糖輸送並びに細胞分化及び増殖を調節する働きをすることが知られている。ＧＬＰ−２は、グルカゴン遺伝子(ＣＧＣ；ＮＭ＿００２０５４)によりコードされるポリペプチド前駆体、プログルカゴンに由来する。或る実施態様において、ＧＬＰ−２、ＧＬＰ−２前駆体タンパク質（例えば、ＮＰ＿００２０４５）、ＧＬＰ−２プロタンパク質又はＧＬＰ−２ペプチドをコードする転写産物（例えば、ＮＭ＿００２０５４）は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３５６】
或る例において、ＧＬＰ−２の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＧＬＰ−２、その前駆体又はそのプロペプチドの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＧＬＰ−２の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、RayBiotech, Inc (Norcross, GA)、BioSupply UK (England)及びBioCat GmbH (Germany)から入手することができる。
【０３５７】
３１．モチリン
小腸にある内分泌性Ｍ細胞から分泌される２２アミノ酸ペプチドホルモン（ＦＶＰＩＦＴＹＧＥＬＱＲＭＱＥＫＥＲＮＫＧＱ；配列番号８）である。いったん放出されると、モチリンは、ペプシンの生成を刺激し、そして、不消化物質の消化管を通じた輸送に関与する伝播性消化管収縮運動（migrating motor complexes）を調節する。モチリンは、モチリン遺伝子（ＭＬＮ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：４２９５）によりコードされる前駆体ポリペプチド、プロモチリンに由来する。ＭＬＮの転写は、二つのアイソフォーム（ＮＭ＿００２４１８及びＮＭ＿００１０４０１０９）のうちの一方への選択的スプライシングを受け、これは、２つの異なる前駆体ポリペプチド（ＮＰ＿００２４０９及びＮＰ＿００１０３５１９８）の翻訳をもたらす。或る実施態様において、モチリン、モチリン前駆体ポリペプチド、モチリンプロペプチド（例えば、モチリン関連ペプチド）又はモチリンをコードする転写産物は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３５８】
或る例において、モチリンの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、モチリン、その前駆体又はそのプロペプチドの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のモチリンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Abcam (Cambridge, MA)、CUSABIO Biotech Co., Ltd. (Newark, DE)及びPhoenix Biotech (China)から入手することができる。
【０３５９】
３２．下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド（ＰＡＣＡＰ）
ＰＡＣＡＰは、神経系、胃腸管及びリンパ系にわたって見出される血管作用性神経ペプチド（ＶＮ）である。ＶＮ、例えば、ＰＡＣＡＰ及びＶＩＰは、神経伝達物質、神経調節物質、向神経性刺激物質、ホルモン調節因子、血管拡張薬並びに免疫及び痛覚調節因子として機能する。ＰＡＣＡＰは、アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド１（下垂体）遺伝子（ＡＤＣＹＡＰ１；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：１２７１６１７）によりコードされる前駆体タンパク質（ＮＰ＿００１１０８）である。ＡＤＣＹＡＰ１遺伝子のの転写は、二つのアイソフォーム（ＮＭ＿００１０９９７３３及びＮＭ＿００１１１７）のうちの一方への選択的スプライシングを受け、これは、２つの異なる前駆体ポリペプチド（ＮＰ＿００１０９３２０３及びＮＰ＿００１１０８）の翻訳をもたらす。発現ＰＡＣＡＰポリペプチドは、２つのプロペプチド、ＰＡＣＡＰ関連ペプチド（ＤＶＡＨＧＩＬＮＥＡＹＲＫＶＬＤＱＬＳＡＧＫＨＬＱＳＬＶＡＲＧＶＧＧＳＬＧＧＧＡＧＤＤＡＥＰＬＳ；配列番号９）、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド３８（ＨＳＤＧＩＦＴＤＳＹＳＲＹＲＫＱＭＡＶＫＫＹＬＡＡＶＬＧＫＲＹＫＱＲＶＫＮＫ；配列番号１０）及び下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド２７（ＨＳＤＧＩＦＴＤＳＹＳＲＹＲＫＱＭＡＶＫＫＹＬＡＡＶＬ；配列番号１１)を含む、より小さいペプチドへ更に処理される。或る実施態様において、ＰＡＣＡＰ、ＰＡＣＡＰ前駆体ポリペプチド、ＰＡＣＡＰプロペプチド（例えば、ＰＡＣＡＰ関連ペプチド、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド３８及び下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド２７）又はＰＡＣＡＰをコードする転写産物は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３６０】
或る例において、ＰＡＣＡＰの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＰＡＣＡＰ、その前駆体又はそのプロペプチドの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＰＡＣＡＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Santa Cruz Biotechnology, Inc. (Santa Cruz, CA)、US Biological (Swampscott, MA)及びNovus Biologicals (Littleton, CO)から入手することができる。
【０３６１】
３３．セロトニン代謝産物
試料中の少なくとも１種のセロトニン（５−ヒドロキシトリプタミン；５ＨＴ）代謝産物の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「セロトニン代謝産物」という用語は、セロトニン、セロトニン生合成中間体及びセロトニン代謝産物を含む。セロトニンは、胃腸管において主に見出され、そこでは腸運動を調節する働きをし、そして、より少ない程度では中枢神経系において見出され、そこでは気分、食欲、睡眠、筋収縮及び種々の認識機能の調節に関連する。セロトニンレベルは、ＩＢＳ患者の胃腸管において上方調節される。また、セロトニン濃度は、ＩＢＳ（Ｃ）よりもＩＢＳ（Ｄ）においてより高い。しかしながら、セロトニン輸送体（ＳＥＲＴ）による血小板への再取り込みの厳しい調節によって、セロトニンレベルの変動は血漿中で容易に測定されない。そのために、本明細書中に提供される１つの実施態様においては、ＩＢＳの診断用に腸内のセロトニン濃度を反映するために、セロトニン代謝産物を、例えば、血液及び尿の生物試料中で検出することができる。ＩＢＳマーカーとしての使用に適当なセロトニン代謝産物の非限定的な例は、トリプトファン、５−ＨＴ−Ｏ−サルフェート、セロトニンＯ−サルフェート（５−ヒドロキシトリプタミンＯ−サルフェート；５−ＨＴ−Ｏ−サルフェート）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ），５−ＨＴグルクロニド（５−ＨＴ−ＧＡ）及び５−ヒドロキシトリプトホール（５−ＨＴＯＬ）を含む。
【０３６２】
或る例において、セロトニン代謝産物の存在又はレベルを、質量分析ベースアッセイ、プロトン磁気共鳴分光ベースアッセイ、クロマトグラフアッセイ（例えば、液体クロマトグラフアッセイ又はＨＰＬＣ）、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）などを使用して検出する。
【０３６３】
３４．腸神経系血清代謝産物
試料中の少なくとも１種の腸神経系血清代謝産物の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「腸神経系血清代謝産物」という用語は、ドパミン、ノルエピネフリン、エピネフリン、チロシン、フェニルアラニン、ドパミン生合成中間体、ノルエピネフリン生合成中間体、エピネフリン生合成中間体、及びドパミン代謝産物、ノルエピネフリン代謝産物、エピネフリン代謝産物を含む。本明細書中に提供される１つの実施態様において、ＩＢＳを診断、サブタイプ又は予後提供するために、腸神経系血清代謝産物を、例えば、血液及び尿の生物試料中に検出することができる。或る実施態様において、高レベルのチロシンは、ＩＢＳに関連するか又はＩＢＳを示すか、あるいは、ＩＢＳの可能性の増加に関連する。その他の実施態様において、高レベルのチロシンは、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍに関連するか、あるいは、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを示す。別の実施態様において、高レベルのフェニルアラニンは、ＩＢＳに関連するか又はＩＢＳを示すか、あるいは、ＩＢＳの可能性の増加に関連する。その他の実施態様において、高レベルのフェニルアラニンは、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍに関連するか、あるいは、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを示す。
【０３６４】
或る例において、腸神経系血清代謝産物の存在又はレベルを、質量分析ベースアッセイ、プロトン磁気共鳴分光ベースアッセイ、クロマトグラフアッセイ（例えば、液体クロマトグラフアッセイ又はＨＰＬＣ）、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）などを使用して検出する。
【０３６５】
Ｉ．セロトニン経路マーカー
試料中の少なくとも１種のセロトニン経路マーカーの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「セロトニン経路マーカー」という用語は、セロトニンの生合成又は代謝あるいは胃腸管におけるセロトニンレベルの調節に関与する遺伝子とタンパク質と酵素とを含む。ＩＢＳマーカーとしての使用に適当なセロトニン経路マーカーの非限定的な例は、ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６（ｕＧＴ１Ａ６）、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ１（ＴＰＨ１）、モノアミンオキシダーゼＡ（ＭＡＯ−Ａ）、モノアミンオキシダーゼＢ（ＭＡＯ−Ｂ）及びヒドロキシトリプタミンレセプター３Ａ（５−ＨＴ３Ａ；５−ＨＴ３Ｒ）を含む。
【０３６６】
１．ＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼ１−６（ＵＧＴ１Ａ６）
ＵＧＴ１Ａ６は、種々の基質のグルクロン酸化を触媒する、ＥＲの膜結合酵素のＵＤＰ−グルクロノシル／ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼスーパーファミリーのメンバーである。酵素のＵＤＰ−グルクロノシル／ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼスーパーファミリーは、ＵＴＰ−糖から疎水性小分子へのグリコシル基の添加を触媒する。哺乳類のＵＤＰ−グルクロノシルトランスフェラーゼは、例えば、Burchell et al., DNA Cell Biol., 10(7):487-94 (1991)に記載される。これらの酵素は、それらのＣ末端領域において約５０のアミノ酸残基の保存ドメインを共有し、そして、例えば、薬剤（例えば、トポイソメラーゼＩ阻害因子）及び発癌物質の生体異物の解毒及びその後の除去において主要な役割を果たす。セロトニンは、ＵＧＴ１Ａ６の特異的な内因性基質であることが既に分かっている（King C. et al., Arch Biochem Biophys (1999)）。ＵＧＴ１Ａ６、Ｅ．Ｃ．２．４．１．１７酵素は、転写産物（ＮＭ＿００１０７２及びＮＭ＿２０５８６２）の選択的スプライシング後で、ＵＤＰグルクロノシルトランスフェラーゼ１ファミリー、ポリペプチドＡ６遺伝子（ＵＧＴ１Ａ６；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：５４５７８）及び２つの前駆体ポリペプチド（ＮＰ＿００１０６３及びＮＰ＿９９５５８４）のうちの一方の成熟タンパク質（matures）によってコードされる。ＵＧＴ１Ａ６＊１、ＵＧＴ１Ａ６＊２、ＵＧＴ１Ａ６＊３及びＵＧＴ１Ａ６＊４を含む種々の対立遺伝子が、ＵＧＴ１Ａ６遺伝子用に存在する(Nagar S. et al., Pharmacogenetics (2004))。これらのハプロタイプは、ｒｓ６７５９８９２（１５８Ｔ＞Ｇ）、ｒｓ１０４２７０８（３４８Ｃ＞Ａ）、ｒｓ２０７０９５９（６８０Ａ＞Ｇ）、ｒｓ１１０５８７９（６９１Ａ＞Ｇ）及びｒｓ１０４２７０９（１６６７Ｇ＞Ｃ）を含む、公知のＵＧＴ１Ａ６のＳＮＰの種々の組合せを含む。或る実施態様において、ＵＧＴ１Ａ６、その前駆体タンパク質、ＵＧＴ１Ａ６のｍＲＮＡ又はＵＧＴ１Ａ６のＳＮＰ、ハプロタイプあるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３６７】
或る例において、ＵＧＴ１Ａ６の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＵＧＴ１Ａ６又はその前駆体の存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＵＧＴ１Ａ６の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Abnova (Walnut CA)及びSanta Cruz Biotechnology, Inc. (Santa Cruz, CA)から入手することができる。更にその他の例において、ＵＧＴ１Ａ６遺伝子の、ＳＮＰ又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３６８】
２．セロトニン選択的再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）
ＳＥＲＴは、モノアミン神経伝達物質の細胞へ及び細胞からの輸送を促進する、膜結合受容体のモノアミン輸送体ファミリーのメンバーである。セロトニン受容体（ＳＥＲＴ）は、ニューロン及び血小板へのセロトニンの取り込みを介在し、それによってin vivoでのセロトニンレベルを調節する。ＳＥＲＴ遺伝子における多型性は、乳児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、アルツハイマー病、心的外傷後ストレス障害、うつ病、肺高血圧症、心筋梗塞及びＩＢＳを含む種々の疾患と以前から関連している（検討のために、Murphy DL et al., Mol Interv. (2004)を参照。）。ＳＥＲＴは、溶質キャリアファミリー６（神経伝達物質輸送体、セロトニン）、メンバー４遺伝子（ＳＬＣ６Ａ４；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：６５３２；ＮＭ＿００１０４５）によってコードされる７０ｋＤａ膜貫通受容体（ＮＰ＿００１０３６）である。種々のＳＮＰは、ｒｓ６３５５（４７２Ｇ＞Ｃ）、ｒｓ２２２８６７３（９０８Ｇ＞Ｃ）、ｒｓ２８９１４８３２（１５７８Ａ＞Ｃ）、ｒｓ２８９１４８３３（１６９８Ｔ＞Ｃ）、ｒｓ２８９１４８３４（１９５３Ｃ＞Ｇ）、ｒｓ６３５２（２１２０Ａ＞Ｃ）及びＩ４２５Ｖを含むＳＬＣ６Ａ４遺伝子において同定されている。更に、Ａ＞Ｇ多型性（rs25531）及び短い変異体をもたらす４４塩基対の削除の多型性（rs4795541）を含むSLC6A4遺伝子のプロモーター領域における多型性が記載されている（Heils A et al., J Neurochem. (1996)）。或る実施態様において、ＳＥＲＴ、ＳＬＣ６Ａ４のｍＲＮＡ又はＳＬＣ６Ａ４のＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３６９】
或る例において、ＳＥＲＴの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＳＥＲＴの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＳＥＲＴの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Abgent, Inc. (San Diego, CA)、OriGene Technologies (Rockville, MD)及びAbcam (Cambridge, MA)から入手することができる。更にその他の例において、ＳＬＣ６Ａ４遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３７０】
３．トリプトファンヒドロキシラーゼ１（ＴＰＨ１）
ＴＰＨ１は、Ｌ−トリプトファンのヒドロキシル化を触媒して、５−ヒドロキシトリプトファン、セロトニン生合成の中間体を形成するＥ．Ｃ．１．１４．１６．４酵素である。トリプトファンヒドロキシラーゼの２つのアイソフォーム（ＴＰＨ１及びＴＰＨ２）は、哺乳類の腸及び中枢神経系において見出される。ＴＰＨ１は腸内に見出される主要なアイソフォームであり、そして、ＴＰＨ２は中枢神経系において見出される主要なアイソフォームである。特に、ＴＰＨは、縫線ニューロン、松果体細胞、肥胖細胞、単核白血球、ランゲルハンス島のβ細胞、並びに腸及び膵臓の腸クロム親和細胞を含む、いくつかの細胞系統において発現する。ＴＰＨ１は、トリプトファンヒドロキシラーゼ１遺伝子（ＴＰＨ１；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：７１６６；ＮＭ＿００４１７９）によりコードされる５０ｋＤａタンパク質（ＮＰ＿００４１７０）である。種々のＳＮＰは、ｒｓ１７２４２３（３０１＋１２８１Ｇ＞Ａ）、ｒｓ２１１１０２（９３０＋６２９Ａ＞Ｇ）、ｒｓ１０４８８６８３（４０２＋１２７６Ａ＞Ｇ）、ｒｓ６８４３０２（１１７＋１８４０Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ５０３９６４（７２３Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ４９０８９５（７８９Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ４１２７４３５０（８２０Ｃ＞Ａ）、ｒｓ４１２７４３４８（９２９Ｃ＞Ｔ）及びｒｓ５６１５１７９８（１０９５Ｔ＞Ｃ）を含むＴＰＨ１遺伝子において同定されている。いくつかのＴＰＨ１のＳＮＰは、衝動的攻撃手段(New AS et al., Am J Med Genet. (1998))及び統合失調症(Allen NC et al., Nat Genet. (2008))を含む精神障害と関連する。或る実施態様において、ＴＰＨ１、ＴＰＨ１のｍＲＮＡ又はＴＰＨ１のＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３７１】
或る例において、ＴＰＨ１の存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＴＰＨ１の存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＴＰＨ１の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Novus Biologicals (Littleton, CO)及びAbcam (Cambridge, MA)から入手することができる。更にその他の例において、ＴＰＨ１遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３７２】
４．モノアミンオキシダーゼＡ（ＭＡＯ−Ａ）
ＭＡＯ−Ａ、すなわちＥ．Ｃ．１．４．３．４酵素は、フラビン−含有アミンオキシドレダクターゼの酵素ファミリーのメンバーである。ミトコンドリア外膜に限局されるこの酵素は、ＦＡＤ補因子を用いて、セロトニン、ノルエピネフリン及びエピネフリンを含む神経作用性及び血管作用性アミンの脱アミノ化を触媒する。ＭＡＯ−Ａは、モノアミンオキシダーゼＡ遺伝子（ＭＡＯＡ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：４１２８；ＮＭ＿０００２４０）によりコードされる５９．７ｋＤａタンパク質（ＮＰ＿０００２３１）である。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ１８００４６４（５６６Ａ＞Ｃ）、ｒｓ５８５２４３２３（６９６Ｇ＞Ａ）、ｒｓ１１３７０６８（８１８Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ７２５５４６３２（１０６７Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ６３２３（１０７２Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ６１７３０７２５（１０７４Ｔ＞Ｃ）、ｒｓ１７９９８３５（１１２１Ｔ＞Ｇ）、ｒｓ１８００４６５（１２０７Ａ＞Ｔ）、ｒｓ１８０３９８７（１３２４Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ７０６５４２８（１３４２Ａ＞Ｇ）、ｒｓ１８０３９８６（１５１６Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ１１３７０７０（１５９１Ｔ＞Ｃ）、ｒｓ１８００４６６（１７４０Ａ＞Ｇ）、ｒｓ３７８８８６２（ＮＴ＿０７９５７３．３、位置６３６９１３１Ａ／Ｃ）及びｒｓ１４６５１０８（ＮＴ＿０７９５７３．３、位置６３８９９７６Ａ／Ｇ）を含むＭＡＯＡ遺伝子において同定されている。いくつかのＭＡＯＡのＳＮＰは、自閉症スペクトラム障害（Yoo HJ et al., Neurosci Res. (2009)）、双極性情動障害(Lin et al., Behav Brain Funct. (2008))、及び注意欠陥過活動性障害(Rommelse NN et al., Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. (2008))を含む障害と関連している。或る実施態様において、ＭＡＯ−Ａ、ＭＡＯＡのｍＲＮＡ又はＭＡＯＡのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３７３】
或る例において、ＭＡＯＡの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＭＡＯ−Ａの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＭＡＯ−Ａの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Novus Biologicals (Littleton, CO)、Abcam (Cambridge, MA)及びAbnova (Walnut, CA)から入手することができる。更にその他の例において、ＭＡＯＡ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３７４】
５．モノアミンオキシダーゼＢ（ＭＡＯ−Ｂ）
ＭＡＯ−Ｂ、すなわちＥ．Ｃ．１．４．３．４酵素は、フラビン−含有アミンオキシドレダクターゼの酵素ファミリーのメンバーである。ＭＡＯ−Ｂは、ＭＡＯ−Ａと約７０％の配列同一性を共有し、ＭＡＯ−Ａと同様にミトコンドリア外膜に限局され、そして、神経作用性及び血管作用性アミンの脱アミノ化を触媒する。ＭＡＯ−Ｂは、ベンジルアミン、フェニルエチルアミン及びドパミンを優先的に脱アミン化する。ＭＡＯ−Ａが、セロトニン及びエピネフリンを、ＭＡＯ−Ｂよりも高い親和性で脱アミン化するという事実のために、うつ病の第１選択治療用にはＭＡＯ−Ａ抑制因子よりもＭＡＯ−Ｂ抑制因子が好ましい。ＭＡＯ−Ｂは、モノアミンオキシダーゼＢ遺伝子（ＭＡＯＢ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：４１２９；ＮＭ＿０００８９８）によりコードされる５８．８ｋＤａタンパク質（ＮＰ＿０００８８９）である。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ１２０１０２６０（２６０Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ１７８５６６６３（２８９Ｇ＞Ａ）、ｒｓ１７８５２０４６（５６５Ｃ＞Ａ）、ｒｓ１２８４５７８３（７６７Ａ＞Ｃ）、ｒｓ１２８５０４９６（７７５Ｃ＞Ａ）、ｒｓ１２８４５７７３（７７７Ａ＞Ｃ）、ｒｓ７８７９３５６（７８２Ａ＞Ｇ）、ｒｓ５５８１５３２３（１０８７Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ５９５２６９６（１２２９Ａ＞Ｇ）、ｒｓ６３２４（１６３７Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ１０４０３９９（ＮＴ＿０７９５７３．３、位置６４７７１６６Ｃ／Ｔ）及びｒｓ６６５１８０６（ＮＴ＿０７９５７３．３、位置６５４０７３１Ａ／Ｃ）を含むＭＡＯ−Ｂ遺伝子において同定されている。いくつかのＭＡＯＢのＳＮＰは、注意欠陥過活動性障害(Li J et al., Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. (2008)及び大うつ病の脆弱性（Dlugos AM et al., J Neural Transm. (2009)）を含む障害と関連している。或る実施態様において、ＭＡＯ−Ｂ、ＭＡＯＢのｍＲＮＡ又はＭＡＯＢのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３７５】
或る例において、ＭＡＯＢの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＭＡＯ−Ｂの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＭＡＯ−Ｂの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Novus Biologicals (Littleton, CO)、Abcam (Cambridge, MA)及びSanta Cruz Biotechnology, Inc. (Santa Cruz, CA)から入手することができる。更にその他の例において、ＭＡＯＢ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３７６】
６．ヒドロキシトリプタミンレセプター３Ａ（５−ＨＴ３Ｒ）
５−ＨＴ３Ｒは、リガンド依存性イオンチャネル受容体（ligand-gated ion channel receptor）スーパーファミリーのメンバーである。５−ＨＴ３Ｒポリペプチドは、少なくとも１つの５−ＨＴ３Ｒサブユニットを含有するヘテロ５量体型構造又はホモ５量体型５−ＨＴ３Ｒからなることができる、５量体型膜貫通５−ＨＴ３受容体のサブユニットである。５−ＨＴ３受容体はイオン透過孔であり、セロトニンと結合する際には、ニューロンにおける興奮反応をもたらす構造変化を生じさせる。近年、ミクロＲＮＡがＨＴ３Ｒ受容体の調節に寄与することが示された(Kapeller J et al., Hum Mol Genet. (2008))。５−ＨＴ３Ｒタンパク質は、転写産物(ＮＭ＿０００８６９、ＮＭ＿００１１６１７７２及びＮＭ＿２１３６２１）の選択的スプライシング後に、５−ヒドロキシトリプタミン（セロトニン）レセプター３Ａ遺伝子（ＨＴＲ３Ａ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：３３５９）によってコードされ、そして、前駆体ポリペプチド（ＮＰ＿０００８６０、ＮＰ＿００１１５５２４４及びＮＰ＿９９８７８６）からシグナルペプチドを除去することによって処理される。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ３３９４０２０８（１６８Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ７２４６６４６４（１７０Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ７２４６６４６５（２０５Ｇ＞Ａ）、ｒｓ７２４６６４６７（７０５Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ３４３２７３６４（７１４Ｇ＞Ａ）、ｒｓ４９３８０６３（８９６Ｇ＞Ａ）、ｒｓ５６２３２１２０（９６９Ｇ＞Ａ）、ｒｓ３５８１５２８５（１１６９Ｇ＞Ａ）、ｒｓ１２２８５００５（１１９８Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ３５５９２０８３（１３２０Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ３４１１１９４６（１４７１Ｇ＞Ａ）、ｒｓ３５９４４９５４（１４７９Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ１１７６７１３（１５１５Ａ＞Ｇ）、ｒｓ１１５０２２０（ＮＴ＿０３３８９９．７、位置１７４２０３０２Ｃ／Ｔ）及びｒｓ１０６２６１３（９７Ｃ＞Ｔ）を含むＨＴＲ３Ａ遺伝子において同定されている。いくつかのＨＴＲ３ＡのＳＮＰは、治療抵抗性統合失調症(Ji X et al., Neurosci Lett. (2008))及び自閉症(Anderson BM et al., Neurogenetics (2009))を含む障害に関連している。或る実施態様において、５−ＨＴ３Ｒ、ＨＴＲ３ＡのｍＲＮＡ、ＨＴＲ３ＡのミクロＲＮＡ又はＨＴＲ３ＡのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３７７】
或る例において、ＨＴＲ３Ａの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、５−ＨＴ３Ｒの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中の５−ＨＴ３Ｒの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、RayBiotech, Inc (Norcross, GA)及びSanta Cruz Biotechnology, Inc. (Santa Cruz, CA)から入手することができる。更にその他の例において、ＨＴＲ３Ａ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３７８】
Ｊ．ストレスマーカー
試料中の少なくとも１種のストレスマーカーの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「ストレスマーカー」という用語は、ストレスに対する中枢神経系の応答を介在する働きをする、任意のペプチド、ホルモン、代謝産物、タンパク質又は遺伝子を含む。これらのマーカーは、ストレスに対する応答において放出されるホルモン、ストレスに対する応答において特異的に生成される代謝産物、ストレスに対する応答において特異的に発現する遺伝子及びタンパク質、及びストレス依存性ホルモンと代謝産物とを結合する細胞受容体を含む。ＩＢＳマーカーとしての使用に適当なストレスマーカーの非限定的な例は、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン（ＣＲＨ；ＣＲＦ）、ウロコルチン（Ｕｃｎ）、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質（ＣＲＦＢＰ）及び副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ、コルチコトロピン）を含む。
１．副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン（ＣＲＨ；ＣＲＦ）
ＣＲＨは、中枢神経系のストレス応答に関与する神経内分泌ホルモンである。このホルモンは、多くのストレス関連末梢効果及び行動応答を介在する。ＣＲＨは、上部及び下部の両方の胃腸管におけるストレス誘導の運動性に関与することが示されている。ＣＲＨは、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン遺伝子（ＣＲＨ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：１３９２；ＮＭ＿０００７５６）によりコードされる前駆体ポリペプチド（副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン前駆体；ＮＰ＿０００７４７）に由来する４１−アミノ酸ペプチドホルモン（ＳＥＥＰＰＩＳＬＤＬＴＦＨＬＬＲＥＶＬＥＭＡＲＡＥＱＬＡＱＱＡＨＳＮＲＫＬＭＥＩＩ；配列番号１２）である。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ１２７２１５１１（１８９Ｃ＞Ｇ）、ｒｓ７２５５６３９８（２３６Ｇ＞Ｃ）、ｒｓ３８３２５９０（３３０−ＣＣＧ＞ＣＧＣＣＣＧ）、ｒｓ６１５９（４７３Ａ＞Ｃ）、ｒｓ２８３６４０１６（６９２Ｇ＞Ｃ）、ｒｓ２８３６４０１７（ＮＴ＿００８１８３．１８、位置１８９４３９９７Ａ／Ｇ）及びｒｓ２８３６４０１４（ＮＴ＿００８１８３．１８、位置１８９４３６８３Ｃ／Ｇ）を含むＣＲＨ遺伝子において同定されている。或る実施態様において、ＣＲＨ、ＣＲＨ前駆体ポリペプチド、ＣＲＨプロペプチド、ＣＲＨのｍＲＮＡ又はＣＲＨのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
【０３７９】
或る例において、ＣＲＨの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＣＲＨの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＣＲＨの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、IBL America (Minneapolis, MN)及びAbbiotec (San Diego, CA)から入手することができる。更にその他の例において、ＣＲＨ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３８０】
２．ウロコルチン１（Ｕｃｎ）
Ｕｃｎは、ペプチドホルモンであり、そして、sauvagine/副腎皮質刺激ホルモン放出因子／ウロテンシンＩファミリーのメンバーである。ウロコルチンは、ＣＲＦ−１及びＣＲＦ−２受容体の両方に対して高い親和性を有し、そして、ＣＲＨよりも効能のある食欲抑制薬である。視床下部において主に生成されるＣＲＨと異なり、ＵＣＮは胃腸管で生成され、そのためにＣＲＨよりも容易に血漿中で検出される。ＵＣＮは、ウロコルチン遺伝子（ＵＣＮ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：７３４９；ＮＭ＿００３３５３）によりコードされる前駆体ポリペプチド（ウロコルチンプレプロタンパク質；ＮＰ＿００３３４４）に由来する４０−アミノ酸ペプチドホルモン（ＤＮＰＳＬＳＩＤＬＴＦＨＬＬＲＴＬＬＥＬＡＲＴＱＳＱＲＥＲＡＥＱＮＲＩＩＦＤＳＶ；配列番号１３）である。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ１１５５７５０８（ＮＴ＿０２２１８４．１４；位置６３４７２２１Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８３６４０４６（ＮＴ＿０２２１８４．１４；位置６３４６９４８Ａ／Ｇ）、ｒｓ３５４０３１１４（ＮＴ＿０２２１８４．１４；位置６３４６９０２Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６７０９７８１（ＮＴ＿０２２１８４．１４；位置６３４６７９８Ｃ／Ｇ）、ｒｓ２８３６４０４５（５２５Ｃ＞Ｔ）及びｒｓ１１５５７５０７（ＮＴ＿０２２１８４．１４；位置６３４６１１８Ｇ／Ｔ）を含むＣＲＨ遺伝子において同定されている。或る実施態様において、ＵＣＮ、ＵＣＮ前駆体ポリペプチド、ＵＣＮプロペプチド、ＵＣＮのｍＲＮＡ又はＵＣＮのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
或る例において、ＵＣＮの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＵＣＮの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＵＣＮの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Novus Biologicals (Littleton, CO)、Abcam (Cambridge, MA)及びUS Biological (Swampscott, MA)から入手することができる。更にその他の例において、ＵＣＮ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３８１】
３．副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質（ＣＲＨＢＰ）
ＣＲＨＢＰは、ＣＲＨとＵｃｎとの両方に対する高い親和性を有し、ＣＲＦ受容体活性化を防止し、そして、それによってこれらのペプチドホルモンの生物活性及びバイオアベイラビリティを調節する。特に、これらの相互作用はＣＲＨＢＰ上の異なる結合表面によって介在される(Huising et al., J Biol Chem. (2008))。ＣＲＨＢＰは、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン結合タンパク質遺伝子（ＣＲＨＢＰ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：１３９３；ＮＭ＿００１８８２）によりコードされる前駆体ポリペプチド（ＮＰ＿００１８７３）に由来する分泌糖タンパク質である。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ１１３３０８２（３７２Ｃ＞Ａ）、ｒｓ１０５３９６７（５２９Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ３４３４７６７６（５４４Ｇ＞Ａ）、ｒｓ２６８４４３０３（５４７Ｃ＞Ｇ）、ｒｓ３７９２７３８（ＮＴ＿００６７１３．１４、位置２６８４２１４２Ａ／Ｃ）、ｒｓ４１２７２２４６（ＮＴ＿００６７１３．１４、位置２６８４３４２０Ａ／Ｃ）及びｒｓ２１３５０７８（ＮＴ＿００６７１３．１４、位置２６８５９８２６Ｃ／Ｔ）を含むＣＲＨＢＰ遺伝子において同定されている。いくつかのＣＲＨＢＰのＳＮＰは、不安障害及びアルコール乱用障害(Enoch MA et al., PLoS One (2008))並びに自然早産(Velez DR et al., PLoS One (2008))を含む障害と関連している。或る実施態様において、ＣＲＨＢＰ、ＣＲＨＢＰのｍＲＮＡ又はＣＲＨＢＰのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
或る例において、ＣＲＨＢＰの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＣＲＨＢＰの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＣＲＨＢＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Abgent, Inc. (San Diego, CA)、Abbiotec (San Diego, CA)及びAlpco (Salem, NH)から入手することができる。更にその他の例において、ＣＲＨＢＰ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３８２】
４．コルチゾール
コルチゾールは、ストレス及び不安に応答して副腎において生成されるコルチコステロイドホルモンである。グルココルチコイドの生成は、ＣＲＨ及び副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）により調節される。ストレス又は不安に応答して放出された後に、コルチゾールは、恒常性の回復を助ける働きをし、そして、インスリン、血清中のコラーゲンフリーアミノ酸、胃酸分泌、ナトリウム、カリウム、水分及び銅を含む、体内の複数の代謝産物のレベルに影響を及ぼす。或る例において、コルチゾールの存在又はレベルを、質量分析ベースアッセイ、プロトン磁気共鳴分光ベースアッセイ、クロマトグラフアッセイ（例えば、液体クロマトグラフアッセイ又はＨＰＬＣ）、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）ベースアッセイ(Yu et al., Assay Drug Dev Technol. (2007))、酵素断片相補ベースアッセイ（enzyme fragment complementation based assay；(Kumar A et al., Biosens Bioelectron. (2007)）、蛍光アッセイ(Appel D et al., Anal Bioanal Chem. (2005))などを用いて検出する。
【０３８３】
５．副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ、コルチコトロピン）
ＡＣＴＨは、甲状腺による甲状腺ホルモンの生成及び放出を刺激する働きをする、下垂体前葉により生成され且つ分泌される３９アミノ酸刺激ホルモン（ＳＹＳＭＥＨＦＲＷＧＫＰＶＧＫＫＲＲＰＶＫＶＹＰＮＧＡＥＤＥＳＡＥＡＦＰＬＥＦ；配列番号１４）である。ＡＣＴＨは、一般に生物学的ストレスに応答して生成され、そして、副腎皮質からのアンドロゲン及びコルチゾールの生成の増加に影響する。ＡＣＴＨは、プロオピオメラノコルチン遺伝子（ＰＯＭＣ；Ｅｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ：５４４３；ＮＭ＿０００９３９；ＮＭ＿００１０３５２５６）の選択的スプライシング後に翻訳される、プロオピオメラノコルチンプレタンパク質（ＮＰ＿０００９３０；ＮＰ＿００１０３０３３３）の成熟形態に由来する。プロオピオメラノコルチンプレタンパク質は、ＮＰＰ（残基２７−１０２）、メラノトロピンγ（残基７７−８７）、ポテンシャルペプチド（残基（１０５−１３４）、コルチコトロピン（残基１３８−１７６）、メラノトロピンα（残基１３８−１５０）、コルチコトロピン様中間ペプチド（残基１５６−１７６）、リポトロピンβ（残基１７９−２６７）、リポトロピンγ（残基１７９−２３４）、メラノトロピンβ（残基２１７−２３４）、β−エンドルフィン（残基２３７−２６７）及びメトエンケファリン（残基２３７−２４１）を含む１１ポテンシャルポリペプチドへ高度に処理される。いくつかのＳＮＰは、ｒｓ８１９２６０５（２８１Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ２８９３２４７０（４２１Ａ＞Ｇ）、ｒｓ２８９３２４７１（４４８Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ２８９３０３６８（５４５Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ３５２５４３９５（５５２ｉｎｓＡＧＣＡＧＣＧＧＣ）、ｒｓ１０６５４３９４（５６０ｉｎｓＧＣＣＧＣＴＧＣＴ）、ｒｓ３４６５０６１３（６０９Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ８１９２６０６（６５７Ｃ＞Ｇ）、ｒｓ４５４６３４９２（６９７Ｇ＞Ｔ）、ｒｓ２０７１３４５（８４８Ｃ＞Ｔ）、ｒｓ２８９３２４７２（９６９Ｃ＞Ｇ）、ｒｓ３７５４８６０（ＮＴ＿０２２１８４．１４、位置４２０９１８７Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１００９３８８（ＮＴ＿０２２１８４．１４、位置４２０７０３４Ｃ／Ｇ）及びｒｓ１０４２５７１（ＮＴ＿０２２１８４．１４、位置４１９９８２０Ｃ／Ｔ）を含むＰＯＭＣ遺伝子において同定されている。いくつかのＰＯＭＣのＳＮＰは、パーキンソン病(Shadrina M et al., Neurosci Lett. (2006))、肥満(Ahituv N et al., Am J Hum Genet. (2007)及び物質依存(Zhang H et al., Biol Psychiatry (2009))を含む障害と関連している。或る実施態様において、ＡＣＴＨ、ＰＯＭＣのｍＲＮＡ又はＰＯＭＣのＳＮＰ、ハプロタイプ、多型変異体、あるいは遺伝子型は、ＩＢＳのマーカーとして有用であることがある。
或る例において、ＰＯＭＣの存在又はレベルを、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて、ｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。或るその他の例において、ＡＣＴＨの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＡＣＴＨの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、Calbiotech (Spring Valley, CA)、GenWay Biotech, Inc. (San Diego, CA)及びMD Bioproducts (St. Paul, MN)から入手することができる。更にその他の例において、ＰＯＭＣ遺伝子の、ＳＮＰ、多型性、又は特定のハプロタイプ又は遺伝子型を、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースアッセイ、例えば、ｑＰＣＲアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、単一ヌクレオチド塩基配列決定アッセイ又は質量分析ベースアッセイを用いて検出する。
【０３８４】
Ｋ．他の診断マーカー
試料中のラクトフェリンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。或る例において、ラクトフェリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。或る他の例において、ラクトフェリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えばＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。Calbiochem（San Diego,CA）から入手可能なラクトフェリンのＥＬＩＳＡキットは、血漿、尿、気管支肺胞洗浄物、脳脊髄液試料中のヒトラクトフェリンを検出するために使用することができる。同様に、U.S. Biological (Swampscott, MA)から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、血漿試料中のラクトフェリンのレベルを決定するために使用することができる。米国特許出願公開第20040137536号は、糞便試料中のラクトフェリンレベルの上昇の存在を決定するためのＥＬＩＳＡアッセイを記載している。同様に、米国特許出願公開第20040033537号は、糞便、粘液又は胆汁試料中の内因性ラクトフェリン濃度を決定するためのＥＬＩＳＡアッセイを記載している。一部の実施態様において、この場合、抗ラクトフェリン抗体の存在又はレベルは、例えば、ラクトフェリンタンパク質又はこの断片を使用して試料中で検出することができる。
【０３８５】
試料中の糖鎖欠損トランスフェリン（ＣＤＴ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。ＣＤＴは、大量のアルコール摂取の存在を検出するために現在使用されている診断試験である。この試験は、通常、血液、血清、毛又は尿試料中の０個、１個又は２個のシアル酸鎖により修飾されるトランスフェリンポリペプチド、すなわち、糖鎖欠損トランスフェリンタンパク質のレベルを測定する。そのようにして、ＣＤＴ試験を使用して個体をアルコール乱用問題又はアルコール中毒と同定する。或る実施態様において、ＣＤＴ試験又はＣＤＴレベルは、ＩＢＳのマーカーとして有用であることができる。或るその他の例において、ＣＤＴの存在又はレベルを、Consumer Genetics, Inc. (Sunnyvale, CA)及びSebia electrophoresis (Norcross, GA)により販売される電気泳動アッセイにより検出する。或るその他の例において、ＣＤＴの存在又はレベルを、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、等電点電気泳動アッセイ、免疫組織化学アッセイ又は質量分析ベースアッセイを使用して検出する。
【０３８６】
免疫アッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡも、試料中のＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）の存在又はレベルを決定するために特に有用である。例えば、Alpco Diagnostics (Salem, NH)から入手可能なサンドイッチ比色ＥＬＩＳＡアッセイを使用して、血清、血漿、尿又は糞便試料中のＣＲＰのレベルを決定することができる。同様に、Biomeda Corporation (Foster City, CA)から入手可能なＥＬＩＳＡキットを使用して、試料中のＣＲＰレベルを検出することができる。試料中のＣＲＰレベルを決定するその他の方法は、例えば米国特許第6,838,250号及び同第6,406,862号；並びに米国特許出願公開第20060024682号及び同第20060019410号に記載されている。
【０３８７】
更に、潜血、便潜血は、胃腸疾病の指標となることが多く、胃腸出血をモニタリングするために種々のキットが開発されてきた。例えば、Ｈｅｍｏｃｃｕｌｔ  ＳＥＮＳＡは、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒの製品であるが、胃腸出血、鉄欠乏、消化性潰瘍、潰瘍性大腸炎及び一部の例においては結腸直腸癌のスクリーニングにおいて、診断の補助となるものである。この特定のアッセイは、青色を生じる過酸化水素によるグアヤクの酸化に基づく。同様の比色アッセイが、糞便試料中の血液を検出するためにHelena Laboratories (Beaumont, TX)から市販されている。ヘモグロビン又はヘム活性の存在又はレベルを決定することによる糞便試料中の潜血を検出するその他の方法は、例えば米国特許第4,277,250号、同第4,920,045号、同第5,081,040号及び同第5,310,684号に記載されている。
【０３８８】
試料中のフィブリノーゲン又はこのタンパク質分解産物、例えば、フィブリノペプチドの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。フィブリノーゲンは、肝臓内で合成される血漿糖タンパク質で、３種の構造的に異なるサブユニット：アルファ（ＦＧＡ）；ベータ（ＦＧＢ）；及びガンマ（ＦＧＧ）から構成される。トロンビンは、フィブリノーゲン分子の限定的なタンパク質分解を引き起こし、この間にフィブリノペプチドＡ及びＢがアルファ及びベータ鎖のＮ末端領域からそれぞれ放出される。フィブリノペプチドＡ及びＢは、多くの種において配列解読がなされており、血管収縮物質としての生理的役割を有することができ、血液凝固時の局所止血を補助することができる。１つの実施態様において、ヒトフィブリノペプチドＡは、配列：Ａｌａ−Ａｓｐ−Ｓｅｒ−Ｇｌｙ−Ｇｌｕ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−Ｐｈｅ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−Ｇｌｕ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｖａｌ−Ａｒｇ（配列番号１５）を含む。別の実施態様において、ヒトフィブリノペプチドＢは、配列：Ｇｌｐ−Ｇｌｙ−Ｖａｌ−Ａｓｎ−Ａｓｐ−Ａｓｎ−Ｇｌｕ−Ｇｌｕ−Ｇｌｙ−Ｐｈｅ−Ｐｈｅ−Ｓｅｒ−Ａｌａ−Ａｒｇ（配列番号１６）を含む。American Diagnostica Inc. (Stamford,  CT)から入手可能なＥＬＩＳＡキットを使用して、血漿又は他の生体液中のヒトフィブリノペプチドＡの存在又はレベルを検出することができる。
【０３８９】
或る実施態様において、試料中のカルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。カルシトニンは、甲状腺の傍濾胞細胞によって合成される３２アミノ酸のペプチドホルモンである。カルシトニンは、副甲状腺ホルモンのものとは反対の効果である、血清カルシウムの低減を引き起こす。ＣＧＲＰは、カルシトニンとともに、第１１染色体上に局在するＣＴ／ＣＧＲＰ遺伝子に由来する。ＣＧＲＰは３７アミノ酸のペプチドであり、強力な内因性血管拡張物質である。ＣＧＲＰは主に神経組織内で産生され；しかしながら、この受容体は体中に発現する。Cayman Chemical Co. (Ann   Arbor, MI)から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、血漿、血清、神経組織、ＣＳＦ及び培養液を含む種々の試料中のヒトＣＧＲＰの存在又はレベルを検出するために使用することができる。
【０３９０】
その他の実施態様において、試料中の抗組織トランスグルタミナーゼ抗体（ｔＴＧ）抗体の存在又はレベルの決定が、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗ｔＴＧ抗体」という用語は、組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）又はこの断片を認識する任意の抗体を含む。トランスグルタミナーゼは、ユビキタスであり、種間で高度に保存されたＣａ２＋依存性酵素の多様なファミリーである。全てのトランスグルタミナーゼの中で、ｔＴＧは最も広く分布している。或る例において、抗ｔＴＧ抗体は、抗ｔＴＧＩｇＡ抗体、抗ｔＴＧＩｇＧ抗体又はこれらの混合物である。ScheBo Biotech USA Inc. (Marietta,  GA)から入手可能なＥＬＩＳＡキットを使用して、血液試料中のヒト抗ｔＴＧＩｇＡ抗体の存在又はレベルを検出することができる。
【０３９１】
試料中のＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５遺伝子における多型の存在の決定も、本発明において有用である。例えば、ＮＯＤ２遺伝子における多型、例えば、Ｒ７０３Ｗタンパク質変異をもたらすＣ２１０７Ｔ核酸変異を個体からの試料中で同定することができる（例えば、米国特許出願公開第20030190639号を参照）。代替的実施態様において、ＮＯＤ２ｍＲＮＡレベルは、ＩＢＳの分類を補助するために本発明の診断マーカーとして使用することができる。
【０３９２】
試料中のセロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）遺伝子における多型の存在の決定も、本発明において有用である。例えば、ＳＥＲＴ遺伝子のプロモーター領域における多型は、転写活性に影響し、５−ＨＴ再取り込み効率の変化をもたらす。ＳＥＲＴ−Ｐ欠失／欠失遺伝子型とＩＢＳ表現型との間には強い遺伝子型の関連が観察されることが示されている（例えば、Yeo Gut, 53:1396-1399 (2004)を参照）。代替的実施態様において、ＳＥＲＴｍＲＮＡレベルは、ＩＢＳの分類を補助するために本発明の診断マーカーとして使用することができる（例えば、Gershon, J. Clin. Gastroenterol., 39(5 Suppl.):S184-193 (2005)を参照）。
【０３９３】
或る観点において、トリプトファンヒドロキシラーゼ１のｍＲＮＡのレベルが診断マーカーである。例えば、トリプトファンヒドロキシラーゼ１のｍＲＮＡは、ＩＢＳにおいては顕著に減少していることが示されている（例えば、Coats, Gastroenterology, 126:1897-1899 (2004)を参照）。或るその他の観点において、細菌の過剰成長の指標となるメタンを計測するためのラクツロース呼気検査を、ＩＢＳについての診断マーカーとして使用することができる。
【０３９４】
追加の診断マーカーは、以下に限定されるものではないが、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン、ＮＢ３遺伝子多型、ＮＣＩ１遺伝子多型、便中白血球、α２Ａ及びα２Ｃアドレナリン受容体遺伝子多型、ＩＬ−１０遺伝子多型、ＴＮＦ−α遺伝子多型、ＴＮＦ−β１遺伝子多型、αアドレナリン受容体、Ｇタンパク質、５−ＨＴ２Ａ遺伝子多型、５−ＨＴＴＬＰＲ遺伝子多型、５−ＨＴ４受容体遺伝子多型、ゾヌリン並びに３３量体ペプチドを含む（Shan et al., Science, 297:2275-2279 (2002)；国際公開第03/068170号を参照）。
【０３９５】
Ｌ．分類マーカー
種々の分類マーカーが、ＩＢＳをカテゴリー、形態、臨床サブタイプ、例えば、ＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）に分類する本発明の方法、システム及びコードにおける使用に好適である。分類マーカーの例は、以下に限定されるものではないが、上記の診断マーカーのいずれか（例えば、レプチン、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、トリプターゼ、ＰＧＥ２、ヒスタミンなど）及び腔粘膜タンパク質８、ケラチン−８、クローディン−８、ゾヌリン、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン受容体１（ＣＲＨＲ１）、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン受容体２（ＣＲＨＲ２）などを含む。
【０３９６】
例えば、以下の実施例１及び２は、β−トリプターゼレベルの計測がＩＢＳ−Ｃ患者試料とＩＢＳ−Ａ及びＩＢＳ−Ｄ患者試料とを区別するために特に有用であることを示す。同様に、全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる２００７年８月１４日に出願された米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１は、レプチンレベルを計測することがＩＢＳ−Ｃ患者試料とＩＢＳ−Ａ及びＩＢＳ−Ｄ患者試料とを区別するために特に有用であることを説明している。更に、粘膜ＳＥＲＴ及びトリプトファンヒドロキシラーゼ１の発現は、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄにおいて減少していることが示されている（例えば、Gershon, J. Clin. Gastroenterol., 39(5 Suppl):S184-193 (2005)を参照）。更に、ＩＢＳ−Ｃ患者は、食後の５−ＨＴ放出の障害を示す一方、ＩＢＳ−ＰＩ患者は、５−ＨＴのより高いピークレベルを有する（例えば、Dunlop, Clin Gastroenterol Hepatol., 3:349-357 (2005)を参照）。更に、図１１において理解することができるとおり、ヒスタミン及びＰＧＥ２の血清レベルも、ＩＢＳ−Ｄ患者試料とＩＢＳ−Ａ、ＩＢＳ−Ｃ及び健常対照の患者試料とを区別するために特に有用である。
【０３９７】
Ｍ．統計的アルゴリズム
一部の観点において、本発明は、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するための統計的アルゴリズム又は処理を使用して試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法、アッセイ、システム及びコードを提供する。その他の観点において、本発明は、試料を非ＩＢＤ試料又はＩＢＤ試料として分類するための第１の統計的アルゴリズム又は処理を使用し（すなわち、ＩＢＤ除外工程）、次いで非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するための第２の統計的アルゴリズム又は処理を使用して（すなわち、ＩＢＳ確定工程）、試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法、システム及びコードを提供する。好ましくは、統計的アルゴリズム又は処理は、１種以上の学習統計的分類子システムを独立して含む。本明細書に記載のとおり、学習統計的分類子システムの組合せは、有利には、試料がＩＢＳと関連するか否かを分類することについての感度、特異度、陰性適中率、陽性適中率及び／又は全体精度の改善を提供する。好ましい実施態様において、本明細書において提供される方法、アッセイ、システム及びコードは、少なくとも２種の統計的アルゴリズムの組合せを使用する。
【０３９８】
一部の実施態様において、第１の統計的アルゴリズムは、ランダムフォレスト（ＲＦ）、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストされたツリー、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般的なカイ二乗による自動相互作用検出モデル、インタラクティブツリー、多変量適応的回帰スプライン、機械学習分類子及びこれらの組合せからなる群から選択される学習統計的分類子システムである。或る例において、第１の統計的アルゴリズムは単一の学習統計的分類子システムである。好ましくは、単一の学習統計的分類子システムは、ツリーベース統計的アルゴリズム、例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴを含む。或るその他の例において、第１の統計的アルゴリズムは、例えばタンデム又はパラレルで使用される少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。非限定的な例として、最初にＲＦを使用して診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づき予測値又は確率値を作成することができ、次いでＮＮ（例えば人工的ＮＮ）を使用して予測値又は確率値及び同一又は異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づき試料を非ＩＢＤ試料又はＩＢＤ試料として分類することができる。本発明の複合型ＲＦ／ＮＮ学習統計的分類子システムは、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料を非ＩＢＤ試料として分類する。
【０３９９】
或る実施態様において、第２の統計的アルゴリズムは、上記の学習統計的分類子システムのいずれかを含む。或る例において、第２の統計的アルゴリズムは、単一の学習統計的分類子システム、例えば、ツリーベース統計的アルゴリズム（例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴ）などである。ある他の例において、第２の統計的アルゴリズムは、例えばタンデム又はパラレルで使用される少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。非限定的な例として、最初にＲＦを使用して診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づき予測値又は確率値を作成することができ、次いでＮＮ（例えば人工的ＮＮ）又はＳＶＭを使用して予測値又は確率値及び同一又は異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づき非ＩＢＤ試料を非ＩＢＳ試料又はＩＢＳ試料として分類することができる。本明細書に記載の複合型ＲＦ／ＮＮ又はＲＦ／ＳＶＭ学習統計的分類子システムは、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料をＩＢＳ試料として分類する。
【０４００】
一部の例において、１種以上の学習統計的分類子システムを使用して得られたデータは、処理アルゴリズムを使用して処理することができる。このような処理アルゴリズムは、例えば、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク及びレーベンバーグ・マルカート・アルゴリズムからなる群から選択することができる。その他の例において、このような処理アルゴリズムの組合せを、例えば、パラレル又はシリアル方式で使用することができる。
【０４０１】
「統計的アルゴリズム」又は「統計処理」という用語は、可変要素間の関係を決定するために使用される種々の統計分析のいずれかを含む。本発明において、可変要素は、対象となる少なくとも１種のマーカーの存在又はレベル及び／又は少なくとも１種のＩＢＳ関連症状の存在又は重症度である。任意数のマーカー及び／又は症状を、本明細書に記載の統計的アルゴリズムを使用して分析することができる。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０種以上のバイオマーカー及び／又は症状を統計的アルゴリズムに含めることができる。１つの実施態様において、ロジスティック回帰が使用される。別の実施態様において、直線回帰が使用される。或る例において、本発明の統計的アルゴリズムは、可変要素として所与の母集団内における特定のマーカーの分位値の大きさを使用することができる。分位値は、（可能な限り）等数の観察結果を含む群にデータサンプルを分割する一組の「カットポイント」である。例えば、四分位値は、データサンプルを（可能な限り）等数の観察結果を含む４つの群に分割する値である。下位四分位値は、順位づけられたデータセットから上位４分の１のデータ値であり；上位四分位値は、順位づけられたデータセットから下位４分の１のデータ値である。五分位値は、データサンプルを（可能な限り）等数の観察結果を含む５つの集団に分割する値である。本発明は、アルゴリズムにおける可変要素として（ちょうど連続可変要素と同じように）、マーカーレベルの百分率範囲（例えば、三分位値、四分位値、五分位値など）又はこれらの累積指数（例えば、マーカーレベルの四分位値の合計など）の使用も含むことができる。
【０４０２】
好ましくは、本発明の統計的アルゴリズムは、１種以上の学習統計的分類子システムを含む。本明細書において使用される「学習統計的分類子システム」という用語は、複雑なデータセット（例えば、対象となるマーカーのパネル及び／又はＩＢＳ関連症状のリスト）に適合し、このようなデータセットに基づき決定を下すことができる機械学習アルゴリズム技術を含む。一部の実施態様において、単一の学習統計的分類子システム、例えば、分類ツリー（例えば、ランダムフォレスト）が使用される。その他の実施態様において、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の学習統計的分類子システムの組合せが好ましくはタンデムで使用される。学習統計的分類子システムの例は、以下に限定されるものではないが、帰納学習を使用するもの（例えば、決定／分類ツリー、例えば、ランダムフォレスト、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストされたツリーなど）、確率的で近似的に正しい（ＰＡＣ）学習、コネクショニスト学習（例えば、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、人工ニューラルネットワーク（ＡＮＮ）、ニューロファジーネットワーク（ＮＦＮ）、ネットワーク構造、パーセプトロン、例えば、多層パーセプトロン、多層フィードフォワードネットワーク、ニューラルネットワークの適用、ビリーフネットワークにおけるベイジアン学習など）、強化学習（例えば、既知環境下での受動的学習、例えば、ナイーブ学習、適応的動的学習及び時間差分学習、未知環境下での受動的学習、未知環境下での能動学習、学習行動価値関数、強化学習の適用など）並びに遺伝的アルゴリズム及び進化的プログラミングを含む。その他の学習統計的分類子システムは、サポートベクターマシン（例えば、カーネル法）、多変量適応的回帰スプライン（ＭＡＲＳ）、レーベンバーグ・マルカートアルゴリズム、ガウス・ニュートンアルゴリズム、ガウス混合、勾配降下アルゴリズム及び学習ベクトル量子化（ＬＶＱ）を含む。
【０４０３】
ランダムフォレストは、Ｌｅｏ  Ｂｒｅｉｍａｎ及びＡｄｅｌｅ  Ｃｕｔｌｅｒによって開発されたアルゴリズムを使用して構築される学習統計的分類子システムである。ランダムフォレストは、多数の個々の決定ツリーを使用し、個々のツリーによって決定されたクラスのモード（すなわち、最も頻繁に生じること）を選択することによってクラスを決定する。ランダムフォレスト分析は、例えば、Salford Systems (San Diego, CA)から入手可能なRandomForestsソフトウエアを使用して実施することができる。ランダムフォレストの説明については、例えば、Breiman, Machine Learning, 45:5-32 (2001)；及びhttp://stat-www.berkeley.edu/users/breiman/RandomForests/cc_home.htmを参照。
【０４０４】
分類及び回帰ツリーは、古典的回帰モデルにフィッティングすることに対するコンピュータを駆使した代替案を提示し、典型的には、１個以上の予測因子に基づく対象となるカテゴリカル又は連続的応答のために考えられる最良のモデルを決定するために使用される。分類及び回帰ツリー分析は、例えば、Salford Systemsから入手可能なＣＡＲＴソフトウエア又はStatSoft, Inc. (Tulsa, OK)から入手可能なStatisticaデータ分析ソフトウエアを使用して実施することができる。分類及び回帰ツリーの説明は、例えば、Breiman et al. “Classification and Regression Trees,” Chapman and Hall, New York (1984);及びSteinberg et al., “CART: Tree-Structured Non-Parametric Data Analysis,” Salford Systems, San Diego, (1995)に見出される。
【０４０５】
ニューラルネットワークは、計算に対するコネクショニストアプローチに基づく情報処理のための数学又は計算モデルを使用する、相互結合している人工ニューロン群である。典型的には、ニューラルネットワークは、このネットワークを流れる外部又は内部情報に基づき、これらの構造を変化させる適応型システムである。ニューラルネットワークの具体的な例は、フィードフォワードニューラルネットワーク、例えば、パーセプトロン、単層パーセプトロン、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク、ＡＤＡＬＩＮＥネットワーク、ＭＡＤＡＬＩＮＥネットワーク、ラーンマトリクスネットワーク（Learnmatrix networks）、放射基底関数（ＲＢＦ）ネットワーク及び自己組織化マップ又はコホネン自己組織化ネットワーク；リカレントニューラルネットワーク、例えば、単純リカレントネットワーク及びホップフィールド・ネットワーク；確率的ニューラルネットワーク、例えば、ボルツマンマシン；モジュール型ニューラルネットワーク、例えば、コミッティマシン及び関連ニューラルネットワーク；並びにその他のタイプのネットワーク、例えば、即座に訓練されたニューラルネットワーク、スパイキングニューラルネットワーク、動的ニューラルネットワーク及びカスケーディングニューラルネットワークを含む。ニューラルネットワーク分析は、例えば、StatSoft, Inc.から入手可能なStatisticaデータ分析ソフトウエアを使用して実施することができる。ニューラルネットワークの説明については、例えば、Freeman et al., In “Neural Networks:  Algorithms, Applications and Programming Techniques,” Addison-Wesley Publishing Company (1991); Zadeh, Information and Control, 8:338-353 (1965); Zadeh, “IEEE Trans. on Systems, Man and Cybernetics,” 3:28-44 (1973); Gersho et al., In “Vector Quantization and Signal Compression,” Kluywer Academic Publishers, Boston, Dordrecht, London(1992);及びHassoun, “Fundamentals of Artificial Neural Networks,” MIT Press, Cambridge, Massachusetts, London(1995)を参照。
【０４０６】
サポートベクターマシンは、分類及び回帰に使用される一連の関連する教師付き学習技術であり、例えば、Cristianini et al., “An Introduction to Support Vector Machines and Other Kernel-Based Learning Methods,” Cambridge University Press (2000)に記載されている。サポートベクターマシン分析は、例えば、Thorsten Joachims (Cornell University)によって開発されたＳＶＭｌｉｇｈｔソフトウエア又はChih-Chung Chang及びChih-Jen Lin (National Taiwan University)によって開発されたＬＩＢＳＶＭソフトウエアを使用して実施することができる。
【０４０７】
本明細書に記載の学習統計的分類子システムは、健常個体、ＩＢＳ患者、ＩＢＤ患者及び／又はセリアック病患者からの試料のコホート（例えば、血清試料）を使用してトレーニング及び試験することができる。例えば、生検、大腸内視鏡検査又は例えば、米国特許第6,218,129号に記載の免疫アッセイを使用して、医師、好ましくは胃腸科専門医によってＩＢＤを保有していると診断された患者からの試料は、本発明の学習統計的分類子システムのトレーニング及び試験における使用に好適である。ＩＢＤと診断された患者からの試料も、例えば、米国特許第5,750,355号及び同第5,830,675号に記載の免疫アッセイを使用して、クローン病又は潰瘍性大腸炎に階層化することができる。公表された基準、例えば、マニング、ローマＩ、ローマＩＩ又はローマＩＩＩ診断基準を使用してＩＢＳと診断された患者からの試料は、本発明の学習統計的分類子システムのトレーニング及び試験における使用に好適である。健常個体からの試料は、ＩＢＤ及び／又はＩＢＳ試料として同定されなかったものを含むことができる。当業者は、本発明の学習統計的分類子システムのトレーニング及び試験において使用することができる患者試料のコホートを得るための追加の技術及び診断基準について理解する。
【０４０８】
本明細書において使用される「感度」という用語は、本発明の診断方法、システム又はコードが、試料が陽性である（例えば、ＩＢＳを有する）場合に陽性結果を出す確率を指す。感度は、真陽性の結果の数を真陽性及び偽陰性の合計によって割ったものとして計算される。感度は、本質的には、本発明の方法、システム又はコードがいかに正しくＩＢＳを有するものを、疾患を有しないものから区別するかの尺度である。統計的アルゴリズムは、ＩＢＳを分類する感度が少なくとも約６０％であり、例えば、少なくとも約６５％、７０％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施態様において、ＩＢＳを分類する感度は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１０を参照）には少なくとも約９０％であり、又は単一の学習統計的分類子システムが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１１を参照）には少なくとも約８５％である。
【０４０９】
「特異度」という用語は、本発明の診断方法、システム又はコードが、試料が陽性ではない（例えばＩＢＳを有しない）場合に陰性結果を出す確率を指す。特異度は、真陰性の結果の数を真陰性及び偽陽性の合計によって割ったものとして計算される。特異度は、本質的には、本発明の方法、システム又はコードがいかに正しくＩＢＳを有しないものを、疾患を有するものから排除するかの尺度である。統計的アルゴリズムは、ＩＢＳを分類する特異度が少なくとも約７０％であり、例えば、少なくとも約７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であるように選択することができる。好ましい実施態様において、ＩＢＳを分類する特異度は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１０を参照）には少なくとも約８６％であり、又は単一の学習統計的分類子システムが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１１を参照）には少なくとも約８４％である。
【０４１０】
本明細書において使用される「陰性適中率」又は「ＮＰＶ」という用語は、ＩＢＳを有しないと同定された個体が実際に疾患を有しない確率を指す。陰性適中率は、真陰性の数を真陰性及び偽陰性の合計によって割ったものとして計算することができる。陰性適中率は、診断方法、システム又はコードの特徴及び分析された母集団における疾患の有病率によって決定される。統計的アルゴリズムは、疾患の有病率を有する母集団における陰性適中率が、約７０％〜約９９％の範囲内にあり、例えば、少なくとも約７０％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施態様においては、ＩＢＳを分類する陰性適中率は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１０を参照）には、少なくとも約８７％である。
【０４１１】
「陽性適中率」又は「ＰＰＶ」という用語は、ＩＢＳを有すると同定された個体が実際に疾患を有する確率を指す。陽性適中率は、真陽性の数を真陽性及び偽陽性の合計によって割ったものとして計算することができる。陽性適中率は、診断方法、システム又はコードの特徴及び分析された母集団における疾患の有病率によって決定される。統計的アルゴリズムは、疾患の有病率を持つ母集団における陽性適中率が、約８０％〜約９９％の範囲内にあり、例えば、少なくとも約８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施態様において、ＩＢＳを分類する陽性適中率は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１０を参照）には、少なくとも約９０％である。
【０４１２】
予測値は、陰性及び陽性適中率を含み、分析される母集団における疾患の有病率に影響される。本発明の方法、システム又はコードにおいて、統計的アルゴリズムは、特定のＩＢＳ保有率を有する臨床母集団のための望ましい臨床パラメータを生成するように選択することができる。例えば、学習統計的分類子システムは、例えば、診療所、例えば、胃腸科専門医の診療所又は一般開業医の診療所において認められ得る、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％又は７０％までのＩＢＳ有病率に対して選択することができる。
【０４１３】
本明細書において使用される「全体一致」又は「全体精度」という用語は、本発明の方法、システム又はコードが疾患状態を分類する精度を指す。全体精度は、真陽性及び真陰性の合計を試料結果の総数によって割ったものとして計算され、分析される母集団における疾患の有病率によって影響を受ける。例えば、統計的アルゴリズムは、疾患有病率を有する患者の母集団における全体精度が少なくとも約６０％であり、例えば、少なくとも約６５％、７０％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施態様において、ＩＢＳを分類する全体精度は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例１０を参照）には、少なくとも約８０％である。
【０４１４】
Ｎ．疾患分類システム
図１３は、本発明の１つの実施態様に従った疾患分類システム（ＤＣＳ）（２００）を説明する。図に示されるとおり、ＤＣＳは、ＤＣＳ知能モジュール（２０５）、例えば、プロセッサ（２１５）及び記憶モジュール（２１０）を有するコンピュータを含む。知能モジュールは、１種以上の直接接続（例えば、ＵＳＢ、Ｆｉｒｅｗｉｒｅ又は他のインターフェース）及び１種以上のネットワーク接続（例えば、モデム又は他のネットワークインターフェースデバイスを含む）を通して情報を伝達及び受信するためのコミュニケーションモジュール（図示せず）も含む。記憶モジュールは、内部記憶デバイス及び１個以上の外部記憶デバイスを含むことができる。知能モジュールは、ディスプレイモジュール（２２５）、例えば、モニタ又はプリンタも含む。１つの観点において、知能モジュールは、データ、例えば、データ収集モジュール、例えば、試験システム（２５０）からの患者試験結果を、直接接続を介するか又はネットワーク（２４０）上のいずれかで受信する。例えば、試験システムは、１個以上の患者試料（２５５）に対し多重分析検定を実行し、試験結果を知能モジュールに自動的に提供するように配列されることがある。データは、ユーザによる直接入力を介して知能モジュールに提供することができるか、あるいは、携帯用媒体、例えば、コンパクトディスク（ＣＤ）又はデジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）からダウンロードすることができる。試験システムは、知能モジュールと直接的に連結させて知能モジュールと統合することができるか、又はネットワーク上で知能モジュールと遠隔的に連結することができる。知能モジュールは、周知のネットワーク上で１個以上のクライアントシステム（２３０）とデータを交信することもできる。例えば、要求している医師及び健康管理提供者は、クライアントシステム（２３０）を使用して、研究室又は病院に常駐させることができる知能モジュールから報告を取得及び閲覧することができる。
【０４１５】
ネットワークは、ＬＡＮ（ローカルエリアネットワーク）、ＷＡＮ（ワイドエリアネットワーク）、無線ネットワーク、２地点間ネットワーク、スター型ネットワーク、トークンリングネットワーク、ハブネットワーク又はその他の構成であることができる。現在使用されている最も一般的なタイプのネットワークは、ＴＣＰ／ＩＰ（伝送制御プロトコル／インターネットプロトコル）ネットワーク、例えば、大文字の「Ｉ」を用いて「インターネット（Internet）」と称されることが多いネットワークのグローバルインターネットワークであり、本明細書の実施例の多くにおいて使用されるものの、ＴＣＰ／ＩＰは現在好ましいプロトコルではあるが、本発明が使用することができるネットワークは、これに限定されないと理解すべきである。
【０４１６】
米国特許出願公開第2008/0085524号からの、図２に示したシステムにおけるいくつかの要素は、本明細書において詳細に説明する必要がない慣用で周知の要素を含むことができる。例えば、知能モジュールは、デスクトップ型パーソナルコンピュータ、ワークステーション、大型汎用コンピュータ、ノート型コンピュータなどとして実装することができる。各クライアントシステムは、デスクトップ型パーソナルコンピュータ、ワークステーション、ノート型コンピュータ、ＰＤＡ、携帯電話又は任意のＷＡＰ可能なデバイスあるいはインターネット又は他のネットワーク接続に直接又は間接的に接続可能な任意の他のコンピュータデバイスを含むことができる。クライアントシステムは、典型的には、ＨＴＴＰクライアント、例えば、閲覧プログラム、例えば、ＭｉｃｒｏｓｏｆｔのＩｎｔｅｒｎｅｔ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（商品名）ブラウザ、Ｎｅｔｓｃａｐｅ’ｓ  Ｎａｖｉｇａｔｏｒ（商品名）ブラウザ、Ｏｐｅｒａブラウザ又は携帯電話、ＰＤＡ若しくは他のワイヤレスデバイスの場合にはＷＡＰ可能なブラウザなどを実行し、クライアントシステムのユーザがネットワーク上で知能モジュールから利用可能な情報及びページにアクセスし、処理し、閲覧することを可能にする。各クライアントシステムは、典型的には、１個以上のユーザインターフェースデバイス、例えば、知能モジュールによって提供されるページ、フォーム及び他の情報とともにディスプレイ（例えば、モニタスクリーン、ＬＣＤディスプレイなど）（２３５）にブラウザによって提供されるグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）と相互作用するために、キーボード、マウス、タッチスクリーン、ペンなども含む。上記のとおり、本発明は、ネットワークの特定のグローバルインターネットワークを指す、インターネットとともに使用することに好適である。しかしながら、他のネットワーク、例えば、イントラネット、エクストラネット、仮想プライベートネットワーク（ＶＰＮ）、非ＴＣＰ／ＩＰベースネットワーク、任意のＬＡＮ又はＷＡＮなどをインターネットの代わりに使用することができることと理解すべきである。
【０４１７】
１つの実施態様によれば、各クライアントシステム及びこの構成要素の全ては、アプリケーション、例えば、中央処理装置、例えば、Ｉｎｔｅｌ（商標）Ｐｅｎｔｉｕｍ（商標）プロセッサなどを使用するコンピュータコードの実行を含むブラウザを使用してオペレータによる設定が可能である。同様に、知能モジュール及びこの構成要素の全ては、中央処理装置（２１５）、例えば、Ｉｎｔｅｌ  Ｐｅｎｔｉｕｍプロセッサなど又は複数のプロセッサユニットを使用するコンピュータコードの実行を含む（１種以上の）アプリケーションを使用してオペレータにより設定可能であり得る。本明細書に記載の、知能モジュールを操作及び設定してデータ及び試験結果を処理するためのコンピュータコードは、好ましくは、ハードディスク上にダウンロード及び保存されるが、全体のプログラムコード又はこの一部は、任意の他の揮発性若しくは不揮発性記憶媒体又は周知の装置、例えば、ＲＯＭ若しくはＲＡＭに保存されてもよく、又はプログラムコードを保存することができる任意の他のコンピュータ読取可能媒体（２６０）、例えば、コンパクトディスク（ＣＤ）媒体、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）媒体、フロッピーディスク、ＲＯＭ、ＲＡＭなどに提供されてもよい。
【０４１８】
本発明の種々の観点及び実施態様を実装するためのコンピュータコードは、コンピュータシステム、例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、ＨＴＭＬ、Ｊａｖａ、ＪａｖａＳｃｒｉｐｔなど又は任意の他のスクリプト言語、例えば、ＶＢＳｃｒｉｐｔ上で実行可能な任意のプログラミング言語において実装することができる。更に、プログラムコード全体又はこの一部は、搬送波信号として具体化することができ、この信号は、周知の任意の通信媒体又はプロトコル（例えば、ＴＣＰ／ＩＰ、ＨＴＴＰ、ＨＴＴＰＳ、Ｅｔｈｅｒｎｅｔなど）を使用して、インターネット上で、又は周知の任意の他の慣用的なネットワーク接続（例えば、エクストラネット、ＶＰＮ、ＬＡＮなど）上でソフトウエア源（例えば、サーバ）から伝達及びダウンロードすることができる。
【０４１９】
１つの実施態様によれば、知能モジュールは、患者の試験結果及び／又は質問票の回答を分析するための疾患分類処理を実装して患者試料がＩＢＳと関連するか否かを決定する。データは、メモリ（２１０）内の１個以上のデータ表又は他の論理データ構造あるいは知能モジュールと接続された別個の記憶装置又はデータベースシステムに保存することができる。１種以上の統計処理が、典型的には、特定の患者についての試験データを含むデータセットに適用される。例えば、試験データは、患者からの試料中の少なくとも１種のマーカーの存在又はレベルを示すデータを含む診断マーカープロファイルを含むことができる。試験データは、患者が患っている又は最近患っていたＩＢＳと関連する、少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示すデータを含む症状プロファイルを含むこともできる。１つの観点において、統計処理は、診断マーカープロファイル及び／又は症状プロファイル基づき患者試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成する。別の観点において、第１の統計処理は、診断マーカープロファイル及び／又は症状プロファイルに基づき患者試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する第１の統計的に導出される判定を生成する。患者試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、第２の統計処理が同一又は異なるデータセットに適用されて非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定が生成される。第１及び／又は第２の統計的に導出される判定は、知能モジュールに付随又は接続されたディスプレイ装置に表示されてもよく、又は（１個以上の）判定は別個のシステム、例えばクライアントシステム（２３０）に提供及び表示することができる。表示された結果によって、医師が妥当な診断又は予後を下すことが可能になる。
【０４２０】
Ｏ．治療及び治療モニタリング
個体からの試料がＩＢＳ試料として分類されると、本発明の方法、システム及びコードは、ＩＢＳと関連する１種以上の症状の治療に有用な薬物（すなわち、ＩＢＳ薬）の治療有効量をこの個体に投与することを更に含むことができる。治療用途のため、ＩＢＳ薬は、単独で投与することができるか、あるいは、１種以上の追加のＩＢＳ薬及び／若しくはＩＢＳ薬と関連する副作用を軽減する１種以上の薬物と組み合わせて同時投与することができる。
【０４２１】
ＩＢＳ薬は、必要に応じて好適な医薬賦形剤とともに投与することができ、許容された投与方式のいずれかによって実施することができる。従って、投与は、例えば、静脈内、局所、皮下、経皮的、経皮、筋肉内、経口、頬、舌下、歯肉、口蓋、関節内、非経口、動脈内、皮内、脳室内、頭蓋内、腹腔内、病巣内、鼻内、直腸、膣内又は吸入であることができる。「同時投与」は、ＩＢＳ薬が、第２薬物（例えば、別のＩＢＳ薬、ＩＢＳ薬の副作用の軽減に有用な薬物など）の投与と同時に、この投与直前に、又はこの投与直後に投与されることを意味する。
【０４２２】
ＩＢＳ薬の治療有効量は、例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８回以上繰り返し投与することができるか、又は用量を連続注入によって投与することができる。用量は、固体、半固体、凍結乾燥粉末又は液体投薬形態、例えば、錠剤、丸剤、ペレット剤、カプセル剤、散剤、液剤、懸濁液剤、乳剤、坐剤、持続性浣腸剤、クリーム剤、軟膏剤、ローション剤、ゲル剤、エアロゾル剤、フォーム剤などの形態を取ることができ、好ましくは、正確な投与量の簡単な投与に好適な単位投薬形態のものである。
【０４２３】
本明細書において使用される「単位投薬形態」は、ヒト対象及び他の哺乳動物に対する単一の投与量として好適な物理的に分離した単位を指し、各単位は、所望の発現、忍容性及び／又は治療効果を生成するように計算された、ＩＢＳ薬の所定量を、好適な医薬賦形剤とともに含有する（例えば、アンプル）。更に、より濃縮された投薬形態を調製することができ、次いでこれからより希釈された単位投薬形態を生成することができる。従って、より濃縮された投薬形態は、実質的には、例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０倍以上の量のＩＢＳ薬を含有する。
【０４２４】
このような投薬形態の調製方法は、当業者に公知である（例えば、REMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES, 18TH ED., Mack Publishing Co., Easton, PA (1990)を参照）。投薬形態は、典型的には、慣用の医薬担体又は賦形剤を含み、他の医薬剤、担体、助剤、希釈剤、組織透過促進剤、可溶化剤などを更に含むことができる。適切な賦形剤は、当分野において周知の方法によって、特定の投薬形態及び投与経路に応じて個々に調整することができる（例えば、REMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES、前掲を参照）。
【０４２５】
好適な賦形剤の例は、以下に限定されるものではないが、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アラビアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、生理食塩水、シロップ、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びポリアクリル酸、例えば、Carbopol、例えば、Carbopol 941、Carbopol 980、Carbopol 981などを含む。投薬形態は、滑剤、例えば、タルク、ステアリン酸マグネシウム及び鉱油；湿潤剤；乳化剤；懸濁化剤；保存剤、例えば、メチル−、エチル−及びプロピル−ヒドロキシ−ベンゾエート（すなわち、パラベン）；ｐＨ調整剤、例えば、無機及び有機酸及び塩基；甘味剤；並びに香味剤を更に含むことができる。投薬形態は、生分解性ポリマービーズ、デキストラン及びシクロデキストリン包接錯体を含むこともできる。
【０４２６】
経口投与のため、治療有効用量は、錠剤、カプセル剤、乳剤、懸濁液剤、液剤、シロップ剤、噴霧剤、トローチ剤、散剤及び徐放性剤形の形態であることができる。経口投与に好適な賦形剤は、医薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、滑石、セルロース、グルコース、ゼラチン、スクロース、炭酸マグネシウムなどを含む。
【０４２７】
一部の実施態様において、治療有効用量は、丸剤、錠剤又はカプセル剤の形態を取り、従って、投薬形態は、ＩＢＳ薬とともに、以下のいずれか：希釈剤、例えば、ラクトース、スクロース、第二リン酸カルシウムなど；崩壊剤、例えば、デンプン又はこの誘導体；滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウムなど；及び結合剤、例えば、デンプン、アカシアゴム、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、セルロース及びこれらの誘導体を含有することができる。ＩＢＳ薬は、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）担体中に配置される坐剤に配合することもできる。
【０４２８】
液体投薬形態は、例えば、経口、局所又は静脈内投与のための液剤又は懸濁液剤を形成するため、担体、例えば、生理食塩水（例えば、０．９ｗ／ｖ％塩化ナトリウム）、水性デキストロース、グリセロール、エタノールなどの中で、ＩＢＳ薬及び場合により１種以上の医薬的に許容される助剤を溶解又は分散させることによって調製することができる。ＩＢＳ薬は、持続性浣腸剤に配合することもできる。
【０４２９】
局所投与のため、治療有効用量は、乳剤、ローション剤、ゲル剤、フォーム剤、クリーム剤、ゼリー剤、液剤、懸濁液剤、軟膏剤及び経皮貼付剤の形態であることができる。吸入による投与のため、ＩＢＳ薬は、乾燥粉末として又はネブライザを介して液体形態で送達することができる。非経口投与のため、治療有効用量は、滅菌注射液剤及び滅菌包装粉末の形態であることができる。好ましくは、注射液剤は、約４．５〜約７．５のｐＨにおいて配合される。
【０４３０】
治療有効用量は、凍結乾燥形態で提供することもできる。このような投薬形態は、投与前の再構成のために緩衝液、例えば、重炭酸塩を含むことができる、あるいは、緩衝液は、例えば、水により再構成するために凍結乾燥投薬形態中に含めることができる。凍結乾燥投薬形態は、好適な血管収縮剤、例えば、エピネフリンを更に含むことができる。凍結乾燥投薬形態は、シリンジ中で提供することができ、場合により、再構成された投薬形態を個体に直ちに投与することができるように、再構成のための緩衝液と組み合わせて包装することができる。
【０４３１】
ＩＢＳ治療のための治療的使用において、ＩＢＳ薬は、一日あたり約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約１０００ｍｇ／ｋｇの初回投与量において投与することができる。約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約２００ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ又は約１０ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇの１日用量の範囲を使用することができる。しかしながら、投与量は、個体の要求、ＩＢＳ症状の重症度及び用いられるＩＢＳ薬に応じて変えることができる。例えば、投与量は、本明細書に記載の方法に従ってＩＢＳであるとして分類された個体におけるＩＢＳ症状の重症度を考慮して経験的に決定することができる。個体に投与される用量は、本発明に関して、経時的に個体における有益な治療応答に影響を及ぼすのに十分であることが好ましい。用量のサイズは、個体における特定のＩＢＳ薬の投与に伴う任意の不利益な副作用の存在、性質及び程度によって決定することもできる。特定の状況に対する適切な投与量の決定は、医師の技能の範囲内である。一般に、治療は、ＩＢＳ薬の最適な用量よりも少ない投与量で開始される。その後、投与量は、状況下における最適な効果に達するまで少しずつ増加される。便宜上、所望により、総１日投与量は、その日の間で分割し、分けて投与することができる。
【０４３２】
本明細書において使用される「ＩＢＳ薬」という用語は、ＩＢＳと関連する１種以上の症状の治療に有用な薬物の全ての医薬的に許容される形態を含む。例えば、ＩＢＳ薬は、ラセミ体又は異性体の混合物、イオン交換樹脂に結合した固体複合体などであることができる。更に、ＩＢＳ薬は溶媒和形態であることができる。「ＩＢＳ薬」という用語は、記載されているＩＢＳ薬の全ての医薬的に許容される塩、誘導体及びアナログ並びにこれらの組合せも含むものとする。例えば、ＩＢＳ薬の医薬的に許容される塩は、以下に限定されるものではないが、ＩＢＳ薬の酒石酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、酒石酸水素塩、二塩酸塩、サリチル酸塩、ヘミコハク酸塩、クエン酸塩、マレイン酸塩、塩酸塩、カルバミン酸塩、硫酸塩、硝酸塩及び安息香酸塩の形態並びにこれらの組合せなどを含む。ＩＢＳ薬の任意の形態、例えばＩＢＳ薬の医薬的に許容される塩、ＩＢＳ薬の遊離塩基又はこれらの混合物は、本発明の方法における使用に好適である。
【０４３３】
ＩＢＳと関連する１種以上の症状の治療に有用な好適な薬物は、以下に限定されるものではないが、セロトニン作動薬、抗うつ剤、クロライドチャネル活性化因子、クロライドチャネル遮断薬、グアニル酸シクラーゼアゴニスト、抗生物質、オピオイド、ニューロキニンアンタゴニスト、抗痙攣あるいは抗コリン作動薬、ベラドンナアルカロイド、バルビツレート、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ−１）アナログ、副腎皮質刺激ホルモン放出因子（ＣＲＦ）アンタゴニスト、プロバイオティクス、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。その他のＩＢＳ薬は、増量剤、ドーパミンアンタゴニスト、駆風剤、トランキライザー、デクストフィソパム、フェニトイン、チモロール及びジルチアゼムを含む。
【０４３４】
セロトニン作動薬は、ＩＢＳ症状、例えば、便秘、下痢及び／又は交互に発症する下痢及び便秘の治療に有用である。セロトニン作動薬の非限定的な例は、Cash et al., Aliment. Pharmacol. Ther., 22:1047-1060 (2005)に記載されており、５−ＨＴ３受容体アゴニスト（例えば、ＭＫＣ−７３３など）、５−ＨＴ４受容体アゴニスト（例えば、テガセロド（Ｚｅｌｎｏｒｍ（商品名））、プルカロプリド、ＡＧ１−００１など）、５−ＨＴ３受容体アンタゴニスト（例えば、アロセトロン（Ｌｏｔｒｏｎｅｘ（商標））、シランセトロン、オンダンセトロン、グラニセトロン、ドラセトロン、ラモセトロン、パロノセトロン、Ｅ−３６２０、ＤＤＰ−２２５、ＤＤＰ−７３３など）、５−ＨＴ３受容体アンタゴニスト／５−ＨＴ４受容体アゴニストの混合物（例えば、シサプリド、モサプリド、レンザプリドなど）、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。更に、神経又はグリア細胞シグナリングに影響を及ぼすことによって腸透過性を調節するアミノ酸、例えば、グルタミン及びグルタミン酸を、ＩＢＳ患者を治療するために投与することができる。
【０４３５】
抗うつ剤、例えば、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）又は三環系抗うつ剤は、ＩＢＳ症状、例えば、腹痛、便秘及び／又は下痢の治療に特に有用である。ＳＳＲＩ抗うつ剤の非限定的な例は、シタロプラム、フルボキサミン、パロキセチン、フルオキセチン、セルトラリン、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。三環系抗うつ剤の例は、以下に限定されるものではないが、デシプラミン、ノルトリプチリン、プロトリプチリン、アミトリプチリン、クロミプラミン、ドキセピン、イミプラミン、トリミプラミン、マプロチリン、アモキサピン、クロミプラミン、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。
【０４３６】
クロライドチャネル活性化因子は、ＩＢＳ症状、例えば、便秘の治療に有用である。クロライドチャネル活性化因子の非限定的な例は、ルビプロストン（Ａｍｉｔｉｚａ（商品名））、この遊離塩基、この医薬的に許容される塩、この誘導体又はこのアナログである。更に、クロフェレマーなどのクロライドチャネル遮断薬は、ＩＢＳ症状、例えば、下痢の治療に有用である。グアニル酸シクラーゼアゴニスト、例えば、ＭＤ−１１００は、ＩＢＳと関連する便秘の治療に有用である（例えば、Bryant et al., Gastroenterol., 128:A-257 (2005)を参照）。抗生物質、例えば、ネオマイシンも、ＩＢＳと関連する便秘の治療における使用に好適であり得る（例えば、Park et al., Gastroenterol., 128:A-258 (2005)を参照）。非吸収性抗生物質、例えば、リファキシミン（Ｘｉｆａｘａｎ（商品名））は、ＩＢＳと関連する小腸の細菌過剰成長及び／又は便秘を治療するために好適である（例えば、Sharara et al., Am. J. Gastroenterol., 101:326-333 (2006)を参照）。
【０４３７】
オピオイド、例えば、カッパオピオイド（例えば、アシマドリン）は、ＩＢＳと関連する疼痛及び／又は便秘を治療するのに有用であり得る。ニューロキニン（ＮＫ）アンタゴニスト、例えば、タルネタント、サレデュータント並びに他のＮＫ２及び／又はＮＫ３アンタゴニストは、ＩＢＳ症状、例えば、結腸中の筋肉の過敏性、便秘及び／又は下痢を治療するのに有用であり得る。抗痙攣又は抗コリン作動薬、例えば、ジサイクロミンは、ＩＢＳ症状、例えば、腸及び膀胱の筋肉における痙攣を治療するために有用であり得る。その他の抗痙攣又は抗コリン作動薬、例えば、ベラドンナアルカロイド（例えば、アトロピン、スコポラミン、ヒヨスチアミンなど）は、ＩＢＳに関連する腸痙攣を軽減するためにバルビツレート、例えば、フェノバルビタールと組み合わせて使用することができる。ＧＬＰ−１アナログ、例えば、ＧＴＰ−０１０は、ＩＢＳ症状、例えば、便秘を治療するために有用であり得る。ＣＲＦアンタゴニスト、例えば、アストレシン及びプロバイオティクス、例えば、ＶＳＬ＃３（商標）は、１種以上のＩＢＳ症状を治療するために有用であり得る。当業者は、現在使用されている又は開発中のＩＢＳと関連する１種以上の症状を治療するために好適な追加のＩＢＳ薬について理解する。
【０４３８】
個体からの試料がＩＢＳ試料として分類されたら、個体を定期的な間隔でモニタリングしてある治療レジメンの効力を評価することもできる。例えば、あるマーカーのレベルは、治療、例えば、薬物の治療効果に基づき変化する。患者は、個別的アプローチにおいて応答を評価し、ある薬物又は治療の効果を理解するためにモニタリングされる。更に、患者は薬物に応答しないことがあるが、マーカーは変化し得、このことは、患者が、これらのマーカーレベルによって同定することができる特別な集団（非応答性）に属することを示唆する。これらの患者は、患者の現在の治療及び処方された代替の治療を中止することができる。
【０４３９】
ＩＶ．実施例
以下の実施例は説明のために提供するものであり、特許請求される発明を限定するものではない。
【０４４０】
２００７年８月１４日に出願された米国特許出願公開第2008/0085524号からの実施例は、全ての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０４４１】
実施例１．ＩＢＳを予測するためのトリプターゼＥＬＩＳＡ
本実施例は、肥胖細胞β−トリプターゼの存在又はレベルを検出するための高感度ＥＬＩＳＡを説明する。なお、図１〜７を参照のこと。
【０４４２】
背景：肥胖細胞は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の病因において重要な役割を担う。遠位腸セグメント内での肥胖細胞浸潤及び活性化の増加は、ＩＢＳの症状の発症及び重症度に関連する。肥胖細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の上昇に関与している。肥胖細胞マーカーの計測は、ＩＢＳの臨床診断において重要な意味を有し得る。しかしながら、この試みは、高感度アッセイの欠如に起因して遅れていた。
【０４４３】
方法：本明細書において、本発明者らは、ヒト血清試料中のトリプターゼレベルを計測するための高感度両面ＥＬＩＳＡアッセイ（検出限界０．０１９ｎｇ／ｍＬ）の開発及び検証を報告する。このアッセイは正確であり、堅牢であり、再現性を示す。健常対照及びＩＢＳ患者における血清トリプターゼ濃度を、このアッセイを使用して計測した。
【０４４４】
結果：健常対照における平均血清トリプターゼレベルは、９．３２±２．１ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１５６）であった。ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者は、顕著に高い血清トリプターゼ濃度を示す（ＩＢＳ−Ｄについて１２．７１ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝２０９）、ＩＢＳ−Ａについて１１．９４ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝５７）、ｐ＜０．０１）；一方、ＩＢＳ−Ｃについての平均トリプターゼレベルは、９．３４ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１１８）であり、ＩＢＳ−Ｃについての健常対照との顕著な差はない。
【０４４５】
結論：これは、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者とＩＢＳ−Ｃ患者及び健常対照とを区別するこれまでのところ開発された最初のバイオマーカーである。血清トリプターゼレベルを他のＰｒｏｍｅｔｈｅｕｓ  ＩＢＳバイオマーカーと組み合わせることによって、本発明者らは、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者の診断の精度を改善することができた。
【０４４６】
捕捉抗体としてのウサギ抗トリプターゼ及び検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされたＧ３を使用して血清肥胖細胞β−トリプターゼのレベルを決定するためのＥＬＩＳＡアッセイを開発した。発光基質ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート）を使用して、アッセイ感度を向上させた。５％ＢＳＡ及び１０％正常ヒト血清を有する緩衝液中でβ−トリプターゼについて１〜１０００ｎｇ／ｍＬの標準範囲にわたり線形用量応答曲線が観察された。このアッセイの下限は、０．０１９ｎｇ／ｍＬであり、イントラアッセイ及びインターアッセイ変動係数は、１ｎｇ／ｍＬ及び１０００ｎｇ／ｍＬのトリプターゼ濃度において１５％未満であった。血清に添加された既知量の精製トリプターゼの回収率は、８８％であった。健常対照、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄ患者からのトリプターゼの血清レベルを試験するため、免疫アッセイを利用した。健常対照における平均血清トリプターゼレベルは、７．０＋２．１ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１１３）であった。ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄにおける平均トリプターゼレベルは、それぞれ９．６ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１１６）及び１２．７（ｎ＝２０９）であった。１１．４ｎｇ／ｍＬ（平均＋２ＳＤ）のカットオフ値を使用すると、ＧＩ健常対照についてのアッセイ特異度は８２％（ｎ＝１５６）であり、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄについてのアッセイ感度は、それぞれ２１．５％及び２４．９％であった。患者の症状及びＩＢＳについての他のマーカーと血清トリプターゼレベルとを組み合わせることは、ＩＢＳ−Ｄと他のタイプの過敏性腸症候群を区別するのに役立ち得る。
【０４４７】
実施例２．ＩＢＳにおける血清トリプターゼレベルの診断有用性の評価
背景：肥胖細胞は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の発病において重要な役割を担う。遠位腸セグメント内での肥胖細胞浸潤及び活性化の増加は、ＩＢＳの症状の発症及び重症度に関連する。肥胖細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の上昇に関与している。肥胖細胞マーカーの計測は、ＩＢＳの臨床診断において重要な意味を有し得る。しかしながら、この試みは、高感度アッセイの欠如に起因して遅れていた。
【０４４８】
方法：本明細書において、本発明者らは、ヒト血清試料中のトリプターゼレベルを計測するための高感度２部位ＥＬＩＳＡアッセイ（検出限界０．０１９ｎｇ／ｍＬ）の開発及び検証を報告する。このアッセイは正確であり、堅牢であり、再現性を示す。健常対照及びＩＢＳ患者における血清トリプターゼ濃度を、このアッセイを使用して計測した。
【０４４９】
結果：健常対照における平均血清トリプターゼレベルは、７．１±２．５ｎｇ／ｍＬであった。ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者は、健常対照対象よりも高い血清トリプターゼ濃度を示す（ＩＢＳ−Ｄについて１０．３±８．７ｎｇ／ｍＬ、ＩＢＳ−Ａについて１２．１±１０．７ｎｇ／ｍＬ）、一方、ＩＢＳ−Ｃについての平均トリプターゼレベルは、９．６±９．４ｎｇ／ｍＬであった。ＩＢＳ−Ｃ群とＩＢＳ−Ｄ群との血清トリプターゼレベルの統計的差異が存在した（ｐ＜０．０１）。
【０４５０】
結論：血清トリプターゼ濃度は、ＩＢＳ−Ｄ患者とＩＢＳ−Ｃ患者とを区別するこれまでのところ開発された最初のバイオマーカーである。血清トリプターゼレベルを他のＩＢＳバイオマーカーと組み合わせてＩＢＳの診断の精度を改善することができる。
【０４５１】
図８は、本明細書に記載のトリプターゼＥＬＩＳＡにおけるヒトトリプターゼの用量依存性応答を示す。プロトコル：９６ウェルマイクロタイタ−プレートを、炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中１００ｍＬの２ｍｇ／ｍＬ抗ヒトトリプターゼ抗体によって４℃において一晩コーティングした。ＰＢＳＴによって洗浄した後、プレートを３００ｍＬ／ウェルのブロッキング／アッセイ緩衝液（ＰＢＳ中５％ＢＳＡ）と、室温（ＲＴ）において３０分間穏やかに撹拌しながらインキュベートした。洗浄後、１００ｍＬ／ウェルの段階希釈（アッセイ緩衝液中１：８）したヒトトリプターゼをプレートに添加した。ＲＴにおいて更に２時間インキュベートした後、プレートを洗浄し、次いでアッセイ緩衝液中で最適に希釈した１００ｍＬのＡＰにコンジュゲートされた抗ヒトトリプターゼとインキュベートした。プレートを穏やかに撹拌しながら２時間インキュベートし、次いで洗浄した。１００ｍＬのＴｒｏｐｉｘ  ＣＳＰＤ基質を各ウェルに添加し、暗所で３０分間インキュベートしてから、発光プレートリーダーによって発光を読み取った。相対発光単位（ＲＬＵ）及びトリプターゼ濃度をＰｒｉｓｍ  Ｇｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｏｇｒａｍによってプロットした。トリプターゼ検出範囲＝０．０１９−５０００ｎｇ／ｍＬ。ＥＣ５０＝６５ｎｇ／ｍＬ。回収率は、正常プール血清中にスパイクされた２０ｎｇについて８１．５％であった。
【０４５２】
図９は、本明細書に記載のトリプターゼＥＬＩＳＡの最適化を示す。図１０は、健常対照（ｎ＝１３９）及びＩＢＳの対象（ｎ＝３７８）からの血清中のトリプターゼレベルを示す。トリプターゼレベルを、アッセイ緩衝液によって１０倍希釈した血清試料中でＥＬＩＳＡによって計測した。ＩＢＳ患者も、このサブタイプ：ＩＢＳ−Ｄ（ｎ＝２０６）：下痢優勢型；ＩＢＳ−Ｃ（ｎ＝１１６）：便秘優勢型；ＩＢＳ−Ａ（ｎ＝５６）：交互症状；に従って示す。各値は、二重決定の平均である。実線は、各群からの中央値である。１２ｎｇ／ｍＬのカットオフ値は、中央プラス２ＳＤを有する健常対象から計算した（点線）。健常対象に対して＊ｐ＜０．０００１；ＩＢＳ−Ｄに対して＊＊ｐ＜０．０００１；マン・ホイットニーＵ検定。表２は、ＩＢＳサブタイプ及び健常対象におけるトリプターゼレベルの概要を提供する（カットオフ＝１２．０ｎｇ／ｍＬ）。
【表２】
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【０４５３】
図１１は、健常対照に対するＩＢＳ患者におけるヒスタミン及びＰＧＥ２の血清レベルの増加を示す。ＰＧＥ２は、Ｃａｙｍａｎ製キットを使用するＥＬＩＳＡによって５０μＬの血清中で計測した。ヒスタミンは、Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈ  ＥＩＡキットを使用して１０μＬの血清中で計測した。試料は二重に試験した。実線は、各群の中央値である。例えば、或る観点において、健常対照、ＩＢＳ−Ａ及び／又はＩＢＳ−Ｃ試料又は標準と比べて高いレベルのＰＧＥ２を検出することによって、ＩＢＳ−Ｄを診断するか又はＩＢＳの他の臨床サブタイプから区別することができる。或るその他の観点において、健常対照及び／又はＩＢＳ−Ｃ試料又は標準と比べて高いレベルのヒスタミンを検出することによって、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ａを診断するか又はＩＢＳ−Ｃと区別することができる。
【０４５４】
結論：（１）血清トリプターゼレベルを高感度で、高精度で正確に計測することができるサンドイッチＥＬＩＳＡ法を開発した。このアッセイは、高程度の再現性を有し、多数のヒト血清の定型的試験に好適である。（２）このＥＬＩＳＡを使用して、本発明者らは、健常対照とＩＢＳ患者との血清トリプターゼレベルの有意差を見出した。ＩＢＳ患者のうち、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者は、ＩＢＳ−Ｃ患者と比較して統計的に高いトリプターゼレベルを有した。（３）追加の肥胖細胞マーカー、ヒスタミン及びＰＧＥ２も、ＩＢＳ患者血清試料中で異常であることを見出した。これらのマーカーをトリプターゼと組み合わせることは、ＩＢＳの診断精度の改善をもたらした。
【０４５５】
実施例３．ＩＢＳと関連する症状の存在又は重症度を同定するための質問票
本実施例は、個人における１種以上のＩＢＳ関連症状の存在又は重症度を同定するために有用な質問票について説明する。本質問票は、クリニック又は開業医の診療所で個人によって全ての項目を記入されてもよいし、あるいは家に持ち帰り、個人がクリニック又は開業医の診療所に戻ってくる（例えば、患者の採血のため）ときに提出することができる。
【０４５６】
一部の実施態様において、本質問票は、個人に、１種以上のＩＢＳと関連する症状の存在又は重症度に関する回答を提供することを求める一連の質問を含む第１のセクションを含む。本質問票は、一般に、ＩＢＳ関連症状、例えば、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、鼓脹及び／又は腹部膨満の存在、重症度、頻度及び／又は持続期間を同定することを対象とした質問を含む。
【０４５７】
或る例において、質問票の第１のセクションは、ローマＩＩＩ基準に基づく、ローマ委員会によって策定された、http://www.romecriteria.org/questionnaires/から入手可能な質問票からの質問の全て又は一部を含む。例えば、質問票は、成人機能性ＧＩ障害に対するローマＩＩＩ診断質問票（別表Ｃ）（http://www.romecriteria.org/pdfs/AdultFunctGIQ.pdfから入手可能）の９２０〜９３６ページに説明される９３個の質問の全て又は一部を含むことができる。好ましくは、質問票の第１のセクションは、ローマＩＩＩ診断質問票に説明される９３個の質問の１６個を含む（表３を参照）。あるいは、質問票の第１のセクションは、表３に示される１６個の質問の一部（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５個）を含有することができる。非限定的な例として、表３に説明される以下の１０個の質問：質問番号２、３、５、６、９、１０、１１、１３、１５及び１６を質問票に含めることができる。当業者は、質問票の第１のセクションが、疼痛、不快感及び／又は便の硬さの変化に関する表３に示す質問に類似する質問を含むことができることを認識する。
【表３】
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【０４５８】
その他の実施態様において、質問票は、個人に、ＩＢＳと関連する疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情の存在又は重症度に関する回答を提供することを求める一連の質問を含有する第２のセクションを含む。例えば、本質問票は、個人がＩＢＳの１種以上の症状と関連する疼痛又は不快感を経験している時の不安、恐れ、緊張感、懸念、心配、悩み、ストレス、落ち込み、失望感、絶望、悲観、疑念及び／又は否定的なことの存在、重症度、頻度及び／又は持続期間を同定することを対象とした質問を含むことができる。
【０４５９】
ある例において、質問票の第２のセクションは、Sullivan et al., The Pain Catastrophizing Scale: Development and Validation, Psychol. Assess., 7:524-532 (1995)に記載の質問票からの質問の全て又は一部を含む。例えば、質問票は、個人が疼痛を経験した場合に或る消極的な思考又は感情を有する程度：０＝全くない、１＝軽度、２＝中程度、３＝重度、４＝いつも、を示す痛みの認知面の評価（ＰＣＳ）に従って個人によって回答されるべき一連の質問を含むことができる。質問票の第２のセクションは、ＩＢＳと関連する疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情の存在又は重症度を同定することに関連する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個以上の質問又は記述を含有することができる。非限定的な例として、個人が疼痛を経験した場合以下の思考又は感情の１つ以上：「私はいつも疼痛が止むかどうか心配している」；「私はもうこれ以上疼痛に耐えられないと感じる」；「私は疼痛が悪化するのではないかと恐れている」；「私は疼痛が消えることを切望している」；及び「私は疼痛がどれほど痛いかについて考え続けている」を有する程度を評価するように個人に求めることができる。当業者は、質問票がＩＢＳと関連する疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情に関する類似の質問を含むことができると理解する。
【０４６０】
一部の実施態様において、質問票は、質問票の第１のセクション又はこの一部からの質問（例えば、表３を参照）のみを含む。その他の実施態様においては、質問票は、質問票の第２セクション又はこの一部からの質問のみを含む。
【０４６１】
個人によって本質問票が全て記入されると、各質問に対する回答に対応する数字を合わせることができ、得られる値は、個体からの試料中の１種以上の診断マーカーの分析と組み合わせ、本明細書に記載の統計的アルゴリズムを使用して処理してＩＢＳ予測の精度を増加させることができる。
【０４６２】
あるいは、以下質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人からの「はい」又は「いいえ」の回答は、本明細書に記載のバイオマーカーの１種以上の分析結果と組み合わせ、単一の統計的アルゴリズム又は統計的アルゴリズムの組合せを使用して処理してＩＢＳ予測の精度を増加させることができる。
【０４６３】
実施例４．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断のための血液ベース診断アッセイ
本実施例は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）についての最初の血液ベースバイオマーカー試験を説明する。本試験は、ＩＢＳの診断において臨床医を補助することができる。下記のＩＢＳ診断は、承認されたＩＢＳ専門家及びＧＩクリニックから回収された十分に特性決定されたＩＢＳ試料を使用して検証した。試料は、ローマＩＩ又はローマＩＩＩ陽性であり、患者は、１年超にわたりＩＢＳの診断を受けた。試験は、５０％の感度、８８％の特異度、７０％の全体精度を有する。
【０４６４】
本アッセイを開発するために使用された全コホートは、１７２１個の血清試料からなるものであった。使用された検証コホートは、５１６個の血清試料からなるものであり、このうち５０％はローマＩＩ又はローマＩＩＩ基準に従ってＩＢＳと診断されたものであり；３６％は非ＩＢＳ疾患対照であり；及び１４％は正常健常対照であった。アッセイの感度は５０％であり、特異度は８８％である。医師が患者において疾患の確率が約７５％であると決定し、ＩＢＳを確定する場合、陽性試験結果の９４％は真陽性である一方、陰性試験結果の３８％は真陰性である。医師が患者において疾患の確率が約２５％であると決定し、ＩＢＳを除外する場合、陰性試験結果の８６％は真陰性である一方、陽性試験結果の６１％は真陽性である。
【０４６５】
アッセイは、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子からなる２種の学習統計的分類子システムと組み合わせたバイオマーカーの定量分析を含む。
【０４６６】
アッセイの試験体要件は、例えば、ＳＳＴチューブ中の２．０ｍＬの分離血清を医師が得ることからなる。最良の結果のため、試料を回収から２時間以内に遠心分離及び冷蔵すべきである。アッセイ検出前に試料を運搬する必要がある場合、試料は冷蔵又は冷凍すべきである。最良の結果のため、試料を使用前に４℃において７日以下又は冷凍の場合は３０日間貯蔵すべきである。
【０４６７】
手短に述べると、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）は、ＩＢＳバイオマーカーのＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＣＢｉｒ１、ＡＮＣＡ及びｔＴＧについて特異的な抗体を用いて実施する。更に、化学発光アッセイは、ＩＢＳバイオマーカーのＢＤＮＦ、ＮＧＡＬ、ＴＷＥＡＫ、ＧＲＯ−α、ＩＬ−１β及びＴＩＭＰ−１について実施する。健常対象におけるこれらのマーカーの正常範囲についての参照値を、表４に提供する。
【表４】
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【０４６８】
或る例において、上記ＩＢＳバイオマーカーの検出からの情報は、患者によって提供される症状情報と組み合わせることができる。例えば、ＩＢＳの診断において臨床医を更に補助するため、患者は、患者の症状のチェックリストを記入することができ、そこからの情報をＩＢＳバイオマーカーからの情報と組み合わせることができる。この方式において使用することができるチェックリストの例を、表５に提供する。
【表５】
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【０４６９】
実施例５．過敏性腸症候群の患者の血清における新規の代謝産物の同定
５−ヒドロキシトリプタミンは、トリプトファンデヒドロゲナーゼにより触媒されるトリプトファンから変換される。体内の５−ＨＴの９５％超が、胃腸管の腸クロム親和細胞から放出される。５−ＨＴは、腸神経系の腸管筋ニューロン及び粘膜下ニューロンにある種々の受容体サブタイプを介して作用し、ＧＩ管の正常機能において重要な役割を果たすことが知られている。５−ＨＴの異常レベルは、過敏性腸症候群の病因と関連する。
【０４７０】
５−ＨＴ（ヒドロキシトリプタミン）は、ＧＩの運動性、分泌及び感覚において重要な役割を果たす。５−ＨＴ受容体に作用するセロトニン作動性治療は、ＩＢＳ患者が経験する症状を効果的に改善する。５−ＨＴ代謝産物の研究は、ＩＢＳの正確な診断に使用され得る生物学的に関連のあるバイオマーカーの同定を導くことがある。
【０４７１】
血清代謝産物は、高性能液体クロマトグラフィ（ＨＰＬＣ）を使用して、ＩＢＳ−Ｃの１２患者、ＩＢＳ−Ｄの２４患者、ＩＢＳ−Ｍの１４患者及び健常な３８対象からの試料を調査した。本発明者らは、ＩＢＳ試料及び健常対照試料における２０ピーク超の分離を可能にするＤｉｐｈｅｎｙｌカラムを使用する高処理ＨＰＬＣ方法を開発及び最適化した。同じ対象からの血漿、血清及び尿試料を、５−ＨＴ及びその代謝産物のレベルについて比較した。
【０４７２】
手短に述べると、承認されたＩＲＢ（Prometheus 08IBS04プロトコル）に従って、ＳＳＴ管中に血清試料を収集した。イソプロパノール６０ｕＬ及びアセトニトリル３６０ｕＬを用いて、ヒト血清３００ｕＬを除タンパクした。混合物を次に１５分間２０００ｘｇで遠心分離した。代謝産物を含有する上澄みを第２の管へ移し、そして、Speed Vac Plus (model SC110A)を用いて濃縮した。乾燥ペレット剤を１６０ｕＬの水で戻して、その１００ｕＬをＨＰＬＣシステム(Agilant 1200)へ注入した。
【０４７３】
液体クロマトグラフィーは、quaternaryポンプ、オートサンプラー、ＤＡＤ及びＦＬＤからなるアジレント１２００ＨＰＬＣシステムを使用して実施した。クロマトグラフ分離を、１０μｍのMetaguard PursuitXR C18ガードカラム及び４．６ｘ２０ｍｍ、５μｍのSunFire C18ガードカラムにより保護される４．６ｘ１５０ｍｍ、５μｍのVarian Pursuit Diphenylカラム上で実施した。最初の２０分間の分析については、１００％緩衝液Ａから１００％緩衝液Ｂの勾配を使用した。５５分後には、移動相が１００％緩衝液Ｂから１００％緩衝液Ａへ１分間にわたって変化した。次に、緩衝液Ａを、次の注入用に備えて１００％で１０分間保持した。移動相Ａは、氷酢酸を使用するｐＨ４の酢酸ナトリウム緩衝液１０ｍＭからなるものであった。移動相Ｂは、メタノール１２％を有する以外は緩衝液Ａと同じであった。５−ＨＴ及びその他のインドールを、２２５の励起及び３４２の放出で設定されるＦＬＤを使用して検出した。トリプトファン及びキヌレニンを、２７８及び３６０のそれぞれの波長に設定されるＵＶで検出した。
【０４７４】
Ｅｏｘ＝０．６５Ｖにおいて２５℃で測定を実施した。較正曲線は、１０〜２００ｐｇ／ｍＬの範囲にわたって線形である。方法確認は、国際的に容認された基準に従って実施した。血液は、健常対照対象及びＩＢＳ対象から採集された。
【０４７５】
分析の際に、ＵＶ検出器による２０分及び蛍光検出器による７．５分、１３．５分、５２分それぞれの保持時間で、いくつかの公知の検体（例えば、トリプトファン、及び、５−ＨＴ及びその代謝産物、５−ＨＴ−Ｏ−Ｓ及びキヌレニン）及びいくつかの新規の代謝産物を同定した。この分析からの代表的なクロマトグラフを図１４に示す。各バイオマーカーのレベルを図１５に示す。
【０４７６】
表６に見られるように、内部標準により標準化された後で、３つのＩＢＳサブタイプの全てにおける血清５−ＨＴ濃度は、健常対照の濃度よりも低かった、すなわち、中央値ＡＵＣは、健常対象について９４．５であり、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍについてそれぞれ６６．８５、４８．３及び４６．２５であった。５−ＨＴにより標準化された後で、７．５分及び１３．５分のピークについての濃度曲線下面積は、３つのＩＢＳサブタイプの全てにおいてより高かった。ＩＢＳ−Ｄ患者は、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｍ及び健常提供者よりも高いレベルの２０分ＵＶピークを有していた。これらの研究結果は、ＩＢＳ診断用のバイオマーカーとして血清代謝産物を用いることがあることを示唆している。血清代謝産物の予測力を図１６に示す。
【表６】
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【０４７７】
実施例６．ヒト血球中の肥胖細胞活性化及び５−ＨＴ代謝産物についての炎症性サイトカイン処理の効果
過敏性腸症候群は、多因子機能性ＧＩ疾患である。局所腸粘膜における炎症性刺激は、ＩＢＳ疾患の発病の誘因として関与している。セロトニン異常調節、肥胖細胞活性化及びストレス応答の全ては、この疾患の病因に寄与する。本実施例は、健常提供者からの炎症性サイトカイン処理された血液試料におけるこれらの経路の相互作用の研究を提供する。ストレスマーカー及び肥胖細胞の血漿レベル並びに５−ＨＴ代謝産物における変化を測定した。炎症性刺激が、トリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物を変化させることが分かった。同様に、血漿キヌレニン及び５−ＨＴ−Ｏ−Ｓレベルを、ＴＮＦ−α処理によって上方調節した。ＩＬ−１β刺激は、肥胖細胞活性化のマーカーであるＰＧＥ２のレベルの増加をもたらした。５−ＨＴ生合成酵素（ＴＰＨ−１）及び代謝酵素（ＭＡＯ）の定量化は、サイトカインによりこれらの酵素の転写産物が変化するという結果を導いた。これらの経路の相互作用の理解は、生物学的に関連するバイオマーカーを同定して臨床診断を支援するのに役立つ。
【０４７８】
過敏性腸症候群は、異種の疾患である。その病因と免疫システムとの関与を指し示す証拠が増えている。胃腸感染症は、症状の発現を引き起こす誘発要因であることがある。ＩＢＳはしばしば「脳−腸障害」と呼ばれる。セロトニンシグナル系の異常調節により媒介されることのある胃腸の運動性及び分泌における変化が、排便習慣における異常の基礎となることがある。結腸神経に近接する肥胖細胞の活性化は、ＩＢＳを罹患する患者における異常痛覚と相関していた。肥胖細胞は、活性化の際に、種々の炎症性メディエーターを生成及び放出できることがよく知られている。これらの経路がどのように互いに伝達するのか、そして、これらの相互作用がＩＢＳ患者と健康な対象との間で同じように挙動するのかどうか、ということは不明のままである。
【０４７９】
血液試料を以下のように収集して処理した。健常提供者からの新鮮なヒト血液試料をヘパリン管中に収集した。試料を７つの１５ｍＬｃｏｌｌｏｑｕｉａｌ管へ分注し、そして、炎症性サイトカイン、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＴＩＭＰ１、ＮＧＡＬ、２−Ｐｌｅｘ（ＢＤＮＦ及びＴＷＥＡＫ）、５−Ｐｌｅｘ（Ｇｒｏ−ａ、ＡＳＣＡ、ＡＮＣＡ、ｔＴＧ、ＣＢｉｒ１）を用いて細胞培養インキュベータ中に３７℃で２日間処理した。試料中の代謝産物のレベルを測定するために、処理された血漿試料３００μＬからイソプロパノール及びアセトニトリルによって化学物質を抽出した。代謝産物を、ｄｉｐｈｅｎｏｌカラム（Ａｌｉｇａｎｔシステム）を使用してＨＰＬＣにより分離した。機械を０〜１２％メタノールの勾配で２０分間操作し、次に、１２％メタノールで５５分間均一濃度（isocratic）で操作した。５−ＨＴ及びその他のインドールを、２２５の励起及び３４２の放出で設定されるＦＬＤを使用して検出した。トリプトファン及びキヌレニンを、２７８及び３６０のそれぞれの波長に設定されるＵＶで検出した。この分析からの代表的なクロマトグラフを図１７に示す。図１８及び表７に見られるように、血液試料のＴＮＦ−α処理はトリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物を著しく刺激し、キヌレニン及び５−ＨＴ−Ｏ−Ｓ生成の上昇をもたらした。
【表７】
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【０４８０】
ＭＡＯ、ＴＰＨ１及びＳＥＲＴ発現プロファイリング：２．４ｍＬの処理した各血液試料をパクスジーン管へ加えて、トータルＲＮＡを製造業者のプロトコルに従って調製した。２００ｎｇのトータルＲＮＡをｃＤＮＡへ逆転写して、続いて２００ｎｇのｃＤＮＡをｑＰＣＲ反応（ＡＢＩ ７０００システム）による定量化のために使用した。
【０４８１】
免疫マーカーの測定：肥胖細胞マーカー、５−ＨＴ及びウロコルチン（Ｕｃｎ）をＥＬＩＳＡにより測定した。トリプターゼ及びＵｃｎをＰｒｏｍｅｔｈｅｕｓにより開発されたアッセイを使用して測定した。業務用のアッセイを使用してＰＧＥ２、ヒスタミン及び５−ＨＴを測定した。表８及び図１９に見られるように、Ｕｃｎレベルは、ＴＮＦ−α、ＴＩＭＰ１及びＮＧＡＬ処理に応じて著しく上昇した。表９及び図２０に見られるように、肥胖細胞マーカーＰＧＥ２は、ＩＬ−１β処理に応じて著しく上昇した。
【表８】
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【表９】
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【０４８２】
ＴＮＦ−α処理が、健常なヒト血球におけるトリプトファン代謝産物、キヌレニン及び５−ＨＴ代謝産物、５−ＨＴ−Ｏ−Ｓの放出の増加を導くことを、本実施例は実証する。トリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物における変化は、サイトカイン処理により誘導される血球中の５−ＨＴＭＡＯ及びＴＰＨ１発現の変化に起因することがある。更に、肥胖細胞マーカーＰＧＥ２のレベルは、新鮮な全血のＩＬ−１β処理の際に著しく増加したことが分かった。ＩＢＳ患者血球におけるサイトカイン応答の更なる研究が、ＩＢＳ病因に寄与する経路における機構的な相互作用についての手掛かりを与えることがある。
【０４８３】
実施例７．ＩＢＳ及びそのサブタイプの同定のために有用な代謝産物バイオマーカーとしてのチロシン、フェニルアラニン及びセロトニンの発見
セロトニン（５−ヒドロキシトリプタミン、５ＨＴ）は、胃腸の（ＧＩ）運動性、分泌及び感覚において重要な役割を果たす。５−ＨＴ３受容体アンタゴニスト、すなわちアロセトロンは、重度の下痢優勢型の女性の過敏性腸症候群（ＩＢＳ）患者への適応が認められており、そして、５−ＨＴ４受容体アゴニスト、すなわちテガセロッドは、便秘優勢型のＩＢＳ患者への適応が認められている。５−ＨＴがＩＢＳにおいて果たす主な役割のために、血清中の５−ＨＴの分析及びその代謝産物の分析は、ＩＢＳの正確な診断に用いられることのできる生物学的に関連のあるバイオマーカーの同定を導くことがある。この目的のために、高性能液体クロマトグラフィ（ＨＰＬＣ）を使用して、新規のバイオマーカーを探すためのＩＢＳ患者及び健常対照（ＨＣ）対象からの血清代謝産物の分析が行われてきた。実際には、ＩＢＳ患者対ＨＣ対象における種々の濃度を有するいくつかの潜在的なバイオマーカーが見出された。これらの新規のバイオマーカーを同定するために、ヒトのプール血清試料の大規模な抽出及びＨＰＬＣ精製を実施してこれらのマーカーを分離し、そして、質量分光分析を使用してこれらの化学構造を確立した。マーカーの１つを５−ＨＴそれ自体であると同定し、その一方で、その他の分離されたマーカーのうちの２つをチロシン及びフェニルアラニンであると同定し、そして、次に、ヒト血清試料中へ合成チロシン及びフェニルアラニンをスパイキングすることによって分析ＨＰＬＣにおけるこれらのマーカーピークの同定を確認した。５−ＨＴの血清レベルは、ＩＢＳ患者よりもＨＣ対象で高いことがわかった。それに対して、ＩＢＳ患者サブタイプは、チロシン及びフェニルアラニンの種々のレベルを有する。チロシン及びフェニルアラニンレベルの測定はＩＢＳ診断に関連する。なぜなら、これらの２つのアミノ酸は、腸神経系の重要な調節因子であるドパミン、ノルエピネフリン及びエピネフリンの生合成のための前駆体であるからである。
【０４８４】
ＩＢＳの病因が不明瞭なままであるのに対して、セロトニン（５−ＨＴ）生合成及び代謝、肥胖細胞浸潤、内臓過敏、ストレス応答並びに細菌感染（感染後ＩＢＳ）を含む、ＩＢＳにおいて異常調節された重度の病態生理学的経路を示唆する証拠の実体がある。勿論、５−ＨＴ系は、ＧＩ生理学及び病態生理学において重要な役割を果たし、そして、いくつかの５−ＨＴ受容体アゴニスト及びアンタゴニストは、ＩＢＳの適応について認められているか、又は、臨床開発下にある。この理由のために、ＩＢＳ患者血清試料中の潜在的なバイオマーカーとしての５−ＨＴ及びその代謝産物の同定は、ＩＢＳの正確な診断を容易にし、そして、より良い治療を提供することができる。この目的のために、高性能液体クロマトグラフィ（ＨＰＬＣ）方法を展開して、ＩＢＳ患者及び健常対照（ＨＣ）対象からの血清試料中の潜在的なバイオマーカーが同定されてきた。
【０４８５】
ＨＰＬＣ分析用の血清試料の調製：ＩＲＢ認可されたプロトコルに従ってＩＢＳ患者血清試料をＳＳＴ管中に収集し、そして、健常対照血清試料を提供者から入手した。ＨＰＬＣ分析用の血清試料を調製するために、血清３００μＬをイソプロパノール６０μＬ及びアセトニトリル３６０μＬと共にエッペンドルフ管中に攪拌（vortexing）することによって除タンパク化して、混合物を２０００Ｘｇで１５分間遠心分離した。血清代謝産物を含有する上澄み液を第２のエッペンドルフ管へ移し、そして、Speed Vac Plus濃縮(モデルSC110A)を使用して溶媒を蒸発した。乾燥ペレット剤を１６０μＬの水で戻して、その１００μＬを分析用ＨＰＬＣシステムへ注入した。
【０４８６】
分析ＨＰＬＣ手順：分析用に用いられるＨＰＬＣは、バイナリポンプ、オートサンプラー、ＤＡＤ検出器及びＦＬＤ検出器からなるアジレントモデル１２００ＨＰＬＣシステムである。連続して接続している１０μｍのC18 Metaguard Pursuit XRガードカラム及び４．６ｘ２０ｍｍ、５μｍのC18 Sun Fireガードカラムによって保護される、４．６ｘ１５０ｍｍ、５μｍのVarian Pursuit Diphenylカラム上で代謝産物の分離を実施した。移動相Ａは、氷酢酸を使用してｐＨ４に緩衝した１０ｍＭの酢酸ナトリウム溶液からなり、そして、移動相Ｂは、移動相Ａにおけるメタノール１２容量％であった。１ｍＬ／分の流量で１００％移動相Ａから１００％移動相Ｂへ２０分で変化し、次に、１００％移動相Ｂに３５分間留まる勾配を使用して、ＨＰＬＣ分析を室温で実施した。５５分後に、移動相は１００％Ｂから１００％Ａへ１分にわたって変化し、そして、次の１０分間は、次の分析用の調製において１００％Ａで維持された。励起波長２２５ｎｍ及び放出波長３４２ｎｍに設定されるＦＬＤ検出器を使用して、５−ＨＴ及びその他のインドール含有分子を検出した。それぞれ２７８ｎｍ及び３６０ｎｍに設定されるＵＶ波長を有するＤＡＤ検出器を使用して、キヌレニン及びその他の代謝産物を検出した。
【０４８７】
代謝産物の大規模分離及び同定：ＨＰＬＣ分析において同定されるバイオマーカーピークの化学構造を確立するために、プール血清試料の大規模精製を３Ｄ  ＢｉｏＯｐｔｉｍａによって実施して、そして、分離された代謝産物マーカーの構造を質量分析によって決定した。
【０４８８】
図２２は、ＩＢＳ患者（図２２、パネルａ、ｂ及びｃ）及び健常対照対象（パネルｄ、ｅ及びｆ）からの血清試料のＨＰＬＣ分析から得られる代表的なクロマトグラフを示す。パネルａ及びｄにおけるピークが２７８ｎｍでのＵＶ吸光度により検出されたのに対して、パネルｂ及びｅにおけるピークは３６０ｎｍでのＵＶ吸光度により検出された。パネルｃ及びｆにおけるピークは、蛍光検出によりモニタリングされた。図２２に見られるように、７．５分、１３．５分及び１７．２分で溶出する３つの顕著なピーク（囲みにより表示）は、ＩＢＳ血清試料とＨＣ血清試料との間でのピークエリアにおける差を示す。ＩＢＳ血清試料とＨＣ血清試料との間でのピークエリアにおける差は、その他の溶出ピーク（eluted peaks）でも見られるが、それらは顕著ではなかった。７．５分、１３．５分及び１７．２分のピークエリアにおけるＩＢＳとＨＣ対象との有意差のために、収集された血清試料のすべてをＨＰＬＣ法により評価した。図２３は、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ及びＨＣ対象から得られる血清試料における３つのピークレベルの統計的分布を示す。図２３に見られるように、１７．２分ピークの血清レベルはＩＢＳ患者よりもＨＣ対象でより高いことが分かったのに対して、ＩＢＳ患者サブタイプは、７．５分及び１３．５分ピークで種々のレベルを有する。１７．２分で溶出するピークは、ＨＰＬＣ分析において、５−ＨＴ標準中にスパイクされるものとの共溶出により容易に５−ＨＴとして同定されたが、７．５分及び１３．５分ピークの同定は不明であった。これらの２つピークの化学構造を確立するために、プール血清試料の大規模精製を実施して、これらの２つのピークに存在する化合物を分離し、質量分析によりこれらの構造を決定した。図２４は、アミノ酸チロシンとしての同定を確立するための質量分析による７．５分ピークの構造解明を示し、そして、図２５は、アミノ酸フェニルアラニンとしての同定を確立するための質量分析による１３．５分ピークの構造解明を示す。図２６は、線形用量依存応答曲線を発生させる、
血清試料に対する標準Ｄ−チロシンのスパイキングに起因するＨＰＬＣ分析結果を示しており、そして、図２７は、線形用量依存応答曲線を発生させる、血清試料に対する標準Ｌ−フェニルアラニンのスパイキングに起因するＨＰＬＣ分析結果を示す。
【０４８９】
この研究では、ＨＰＬＣ法を展開して、ＩＢＳの診断用の潜在的なバイオマーカーを探すために、ＩＢＳ患者及び健常対照対象から得られる血清試料中に存在する代謝産物を分析した。チロシン、フェニルアラニン及びセロトニンに相当する３つの顕著なマーカーを見出した。セロトニンの血清レベルは、ＩＢＳ患者よりも健常対照対象においてより高いことが分かったのに対して、ＩＢＳ患者サブタイプは、チロシン及びフェニルアラニンの種々のレベルを有する。セロトニンレベルに加えて、チロシン及びフェニルアラニンレベルの測定はＩＢＳ診断に関連する。なぜなら、これらの２つのアミノ酸は、腸神経系の重要な調節因子であるドパミン、ノルエピネフリン及びエピネフリンの生合成用の前駆体であるからである。
【０４９０】
実施例８．ＴＮＦα処理が、トリプトファン代謝産物、キヌレニン及び５−ＨＴ代謝産物、５−ＨＴ−Ｏ−ＳＯ３Ｈの放出の増加をもたらす。ＩＬ−１β処理が全血球（whole blood cells）中のＰＧＥ２を増加させ、そして、ＴＮＦα及びＴＩＭＰ１治療が全血球中のウロコルチンレベルを上昇させる。
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）は、多因子機能性胃腸（ＧＩ）疾患である。局所腸粘膜における炎症性刺激は、ＩＢＳ疾患の発病の１つの誘因として関与している。セロトニン（５−ＨＴ）異常調節、肥胖細胞活性化及びストレス応答と関連する経路の全ては、この疾患の病因に寄与する。ＩＢＳ診断用のバイオマーカーを見出す試みにおいて、これらの経路の相互作用は、健常提供者からの炎症性サイトカイン処理された全血試料において研究されてきた。ストレス応答マーカー及び肥胖細胞活性化のレベル並びに５−ＨＴ代謝産物における変化を決定した。炎症性サイトカイン刺激が、トリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物を変化させることが分かった。血漿キヌレニン及び５−ＨＴ−Ｏ−ＳＯ３Ｈレベルを、ＴＮＦ−α処理によって上方調節した。ＩＬ−１β刺激は、肥胖細胞活性化のマーカーであるＰＧＥ２のレベルの増加をもたらした。５−ＨＴ生合成酵素（ＴＰＨ１）及び代謝酵素（ＭＡＯ）のｍＲＮＡレベルの測定は、これらの酵素の転写産物がサイトカイン処理による影響を受けることを示唆した。従って、これらの経路の相互作用の理解は、生物学的に関連するバイオマーカーを同定してＩＢＳの臨床診断を支援するのに役立つ。
【０４９１】
血液試料の収集及び処理：健常提供者からの新鮮なヒト血液試料をヘパリン管中に収集した。収集した試料を７つの１５ｍＬＣｏｌｌｏｑｕｉａｌ管へ分注し、そして、炎症性サイトカイン、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＴＩＭＰ１（組織メタロプロテアーゼ阻害因子１）、ＮＧＡＬ（好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン）を用いて細胞培養インキュベータ中に３７℃で２日間処理した。
【０４９２】
代謝産物の測定：各３００μＬの処理された血漿試料から、イソプロパノール及びアセトニトリルを用いて生成物を抽出し、そして、アジレントＨＰＬＣシステム上のｄｉｐｈｅｎｙｌカラムを使用して抽出物を分析した。代謝産物の分離を、ｐＨ４．０の酢酸ナトリウム緩衝液１０ｍＭ中の０〜１２％メタノールからの直線勾配を用いて２０分間実施し、続いて、同じ緩衝液中の１２％メタノールで３５分間均一濃度（isocratic）で操作した。インドール代謝産物及び５−ＨＴを、２２５ｎｍの励起波長及び３４２ｎｍの放出波長で設定されるＦＬＤ検出器を使用して検出した。トリプトファン及びキヌレニンを、それぞれ２７８ｎｍ及び３６０ｎｍの波長で設定されるＵＶで検出した。
【０４９３】
ＭＡＯ、ＴＰＨ１及びＳＥＲＴ発現プロファイリング：処理された血液試料の各々からの２．４ｍＬの分割量をパクスジーン管へ加えて、トータルＲＮＡを製造業者のプロトコルに従って調製した。２００ｎｇのトータルＲＮＡの分割量をｃＤＮＡへ逆転写し、そして、２００ｎｇの得られたｃＤＮＡをｑＰＣＲ反応(ＡＢＩ ７０００システム)による定量化のために使用した。
【０４９４】
免疫マーカーの測定：トリプターゼ及びＵｃｎ（ウロコルチン）をＰｒｏｍｅｔｈｅｕｓにより開発されたアッセイを使用して測定した。市販のＥＬＩＳＡアッセイを使用してＰＧＥ２、ヒスタミン及び５−ＨＴを測定した。
【０４９５】
図２８は、ＩＢＳの病態生理における５−ＨＴ経路及びその関与を示す。５−ＨＴ３受容体アンタゴニスト、すなわちロトロネックスは、重度の下痢優勢型の女性のＩＢＳ患者への適応が認められており、これは、腸の分泌、集団ぜん動（propulsion）及び疼痛の刺激をもたらす５−ＨＴ３受容体の活性化を阻害するからである。表１０は、全血球中の５−ＨＴ経路代謝産物のレベルに対するサイトカイン処理の効果を示し、それに対して、図２９は、全血球中の５−ＨＴ経路代謝酵素の転写レベルに対するサイトカイン処理の効果を示す。表１０に見られるように、ＴＮＦα処理が、代謝産物キヌレニン及び５−ＨＴ−Ｏ−ＳＯ３Ｈの相対レベルを大きく増加させた。このことは、このサイトカインがトリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物を刺激し、それによってキヌレニン及び５−ＨＴ−Ｏ−ＳＯ３Ｈ合成の増加がもたらされたことを示している。ＩＬ−１β及びＴＩＭＰ１での処理による５−ＨＴ経路代謝産物についての目立った効果は認められなかった。
【０４９６】
それに対して、全血球のＴＮＦα処理がＴＰＨ１ではなくＭＡＯの転写を阻害し、一方で、ＩＬ−１β処理は、ＭＡＯでなはくＴＰＨ１の転写レベルを大いに増加させた（図２９を参照）。ＴＩＭＰ１処理もＴＰＨ１の転写レベルをわずかに増加させるがＭＡＯの転写レベルを阻害し、一方で、ＮＧＡＬ処理はこれら２つの転写産物について著しい効果を有するようには見られなかった。ＳＥＲＴの転写レベルは、処理された細胞のいずれにおいても検出不能であった。表１１及び図３０は、全血球のサイトカイン処理により生成される肥胖細胞活性化マーカーのレベルを示す。ＩＬ−１βでの処理は、マーカーＰＧＥ２のレベルを大いに増加させ、一方で、ＮＧＡＬ、ＴＩＭＰ１及びＴＮＦαでの処理によるその他のマーカーレベルにおける目立った変化は認められなかった。図３１は、全血球のサイトカイン処理により生成されるストレス応答マーカーウロコルチン（Ｕｃｎ）のレベルを示す。ウロコルチンレベルは、ＩＬ−１βではなく、ＴＮＦα、ＴＩＭＰ１及びＮＧＡＬでの処理により大いに上昇する。図１９は、本明細書中に確定される一部のマーカーにより介在される胃腸系における白血球、腸クロム親和細胞、肥胖細胞及び血小板の間の相互作用を示す略図である。
【表１０】
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【表１１】
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【０４９７】
ＴＮＦα処理が、健常なヒト全血球におけるトリプトファン代謝産物、キヌレニン及び５−ＨＴ代謝産物、５−ＨＴ−Ｏ−ＳＯ３Ｈの放出の増加をもたらすことを、本実施例は実証する。理論に縛られることなく、トリプトファン及び５−ＨＴ代謝産物に見られる変更は、サイトカイン処理により誘導される血球中の酵素ＭＡＯ及びＴＰＨ１の発現での変化に起因することができる。
【０４９８】
図３０に見られるように、肥胖細胞活性化マーカーＰＧＥ２のレベルは、全血球のＩＬ−１β処理で大いに増加した。更に、図３１に見られるように、ＴＮＦα及びＴＩＭＰ１処理も、全血球中のストレス応答マーカーウロコルチンのレベルを大いに上昇させた。ＩＢＳ患者血球のサイトカイン処理における応答の更なる研究は、ＩＢＳの病因に寄与する経路における機構的な相互作用についての手掛かりを与えることがある。
【０４９９】
参考文献：
1.  Barbara G and Cremon C. Serine proteases: new players in diarrhea-predominant irritable bowel syndrome. Gut. 2008 May;57(5):591-9.
【０５００】
2.  Barbara G, Wang B, Stanghellini V, et al. Mast Cell-Dependent Excitation of Visceral-Nociceptive Sensory Neurons in Irritable Bowel Syndrome. Gastroenterology 2007;132:26-37.
【０５０１】
3.  Foley KF, Pantano C, Ciolino A, Mawe GM. IFN-γand TNF-αdecrease serotonin transporter function and expression in Caco2 cells. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol, 292: G779-G784, 2007.
【０５０２】
4.  Burczynski ME, Peterson RL, Twine NC, Zuberek KA, Brodeur BJ, Casciotti L, Maganti V, Reddy PS, Strahs A, Immermann F, Spinelli W, Schwertschlag U, Slager AM, Cotreau MM, Dorner AJ. Molecular classification of Crohn's disease and ulcerative colitis patients using transcriptional profiles in peripheral blood mononuclear cells. J Mol Diagn, 8:51-61, 2006.
【０５０３】
明確な理解の目的のために、本発明を説明及び実施例によっていくらか詳細に記載したが、当業者は、添付の特許請求の範囲の範囲内で一定の変更及び改変を実施することができることを理解する。更に、本明細書において提供される各参考文献は、各参考文献が参照により個々に組み込まれたのと同程度に全体として参照により組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８Ａ】
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【図１８Ｂ】
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【図１９】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２０Ｃ】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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