(57)【要約】本発明は、ボレリア抗原と結合する抗体の検出に有用な組成物（例えば、ペプチド組成物）を提供する。ペプチド組成物は、ボレリアＶｌｓＥタンパク質のＩＲ６ドメイン中に変異体を含むポリペプチド配列を含む。本発明はさらに、そのようなペプチド組成物を含みかつボレリア抗原と結合する抗体の検出およびライム病の診断に有用な、装置、方法、およびキットも提供する。2013511530.tif 000003
2013511530.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１の式の配列
Ｍ−Ｋ−Ｘ３−Ｘ４−Ｄ−Ｘ６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｖ−Ｌ−Ｘ１４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ１９−Ｇ−Ｘ２１−Ｆ−Ａ−Ｘ２４−Ｘ２５（配列番号１）
を含む、単離されたペプチドであって、ここで、Ｘ３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、およびＸ２５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチド。
【請求項２】
Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＮであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１がＩであり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１がＥであり、Ｘ２４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５がＫである、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項３】
Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＤであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１が、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１が、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５が、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項４】
さらなるＮ末端ペプチド配列を含み、該さらなるＮ末端ペプチド配列が、天然ＶｌｓＥ配列または非ＶｌｓＥボレリア（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）抗原である、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項５】
さらなるＮ末端ペプチド配列が、配列番号７３の配列、ｎ１−ｎ２−Ｓ−Ｐ−ｎ５−ｎ６−Ｐ（配列番号７３）またはその断片であり、ここで、ｎ１が、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ２が、ＥおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ５が、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｎ６が、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項４記載の単離されたペプチド。
【請求項６】
さらなるＣ末端ペプチド配列を含み、該さらなるＣ末端ペプチド配列が天然ＶｌｓＥ配列または非ＶｌｓＥボレリア抗原である、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項７】
さらなるＣ末端ペプチド配列が、配列番号７４の配列、Ｖ−ｃ２−Ｅ−Ｇ−ｃ５−Ｑ−Ｑ−Ｅ−Ｇ−Ａ−Ｑ−Ｑ−Ｐ−Ｓ（配列番号７４）またはその断片であり、ここで、ｃ２は、ＱおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ５は、ＶおよびＡからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項６記載の単離されたペプチド。
【請求項８】
さらなるＣ末端ペプチド配列が、配列番号７６の配列、Ａ−Ｖ−ｃ３−Ｅ−Ｇ−ｃ６−Ｑ−Ｑ−Ｅ−Ｇ−Ａ−Ｑ−Ｑ−Ｐ−Ｓ（配列番号７６）またはその断片であり、ここで、ｃ３は、ＱおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ６は、ＶおよびＡからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項６記載の単離されたペプチド。
【請求項９】
少なくとも３０、３５、４０または４５アミノ酸を含む、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１０】
リガンドに結合している、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１１】
ビオチン化されている、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１２】
ストレプトアビジンと結合している、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１３】
固体支持体に付着しているかまたは固定化されている、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１４】
ビーズ、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路、マイクロタイタープレート中のウェル、またはローター中の流路に付着しているかまたは固定化されている、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１５】
配列番号３〜７０からなる群から選択される配列を含む、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１６】
配列番号２の配列
ｎ１−ｎ２−ｎ３−ｎ４−ｎ５−ｎ６−ｎ７−Ｑ−Ｄ−ｎ１０−Ｍ−Ｋ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｄ−Ｘ１６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ２０−Ｘ２１−Ｖ−Ｌ−Ｘ２４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ２９−Ｇ−Ｘ３１−Ｆ−Ａ−Ｘ３４−Ｘ３５−Ｄ−Ｎ−Ｅ−ｃ３９−Ｄ−ｃ４１−Ａ−Ｅ−ｃ４４−Ｇ（配列番号２）
からの少なくとも３０、３５、４０または４５の連続したアミノ酸を含み、ここで、ｎ１は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ２は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ３は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ４は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ５は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ６は、ＦおよびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ７は、ＳおよびＴからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ１０は、Ｄ、ＮおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｃ３９は、ＨおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｃ４１は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ４４は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項１記載の単離されたペプチド。
【請求項１７】
Ｘ１４がＮであり、Ｘ２１がＩであり、Ｘ３１がＥであり、Ｘ３４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ３５がＫである、請求項１４記載の単離されたペプチド。
【請求項１８】
Ｘ１４がＤであり、Ｘ３４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項１４記載の単離されたペプチド。
【請求項１９】
第１の単離されたペプチドおよび第２の単離されたペプチドを含む単離されたペプチドの混合物であって、第１の単離されたペプチドが第２の単離されたペプチドと異なり、第１および第２の単離されたペプチドのそれぞれが、配列番号１の配列
Ｍ−Ｋ−Ｘ３−Ｘ４−Ｄ−Ｘ６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｖ−Ｌ−Ｘ１４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ１９−Ｇ−Ｘ２１−Ｆ−Ａ−Ｘ２４−Ｘ２５（配列番号１）
を含み、ここで、Ｘ３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチドの混合物。
【請求項２０】
３以上の異なる単離されたペプチドを含む単離されたペプチドの混合物であって、それぞれの単離されたペプチドが配列番号１の配列
Ｍ−Ｋ−Ｘ３−Ｘ４−Ｄ−Ｘ６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｖ−Ｌ−Ｘ１４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ１９−Ｇ−Ｘ２１−Ｆ−Ａ−Ｘ２４−Ｘ２５（配列番号１）
を含み、ここで、Ｘ３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチドの混合物。
【請求項２１】
それぞれの単離されたペプチドがリガンドに結合している、請求項１９または２０記載の混合物。
【請求項２２】
単離されたペプチドの１以上がビオチン化されている、請求項１９または２０記載の混合物。
【請求項２３】
単離されたペプチドの１以上がストレプトアビジンと結合している、請求項１９または２０記載の混合物。
【請求項２４】
それぞれの単離されたペプチドが固体支持体に固定化されている、請求項１９または２０記載の混合物。
【請求項２５】
以下の工程を含む、試料において、ボレリア抗原のエピトープに対する抗体を検出する方法：
試料を請求項１記載の単離されたペプチドと接触させる工程；および
該単離されたペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、ボレリア抗原のエピトープに対する抗体が該試料中に存在することを表す、工程。
【請求項２６】
前記ボレリア抗原が、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア・アフゼリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ａｆｚｅｌｌｉ）、またはボレリア・ガリニ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｇａｒｉｎｉｉ）種由来である、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
前記単離されたペプチドが固体支持体に固定化されている、請求項２５記載の方法。
【請求項２８】
前記固体支持体が、ビーズ、ラテラルフローアッセイ装置中の流路、マイクロタイタープレート中のウェル、またはローター中の流路である、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
前記検出工程が、（ｉ）ＥＬＩＳＡアッセイを実施すること、（ｉｉ）ラテラルフローアッセイを実施すること、（ｉｉｉ）凝集アッセイを実施すること、または（ｉｖ）分析ローターを通じて試料を流すことを含む、請求項２５記載の方法。
【請求項３０】
前記試料がヒトまたはイヌ対象由来である、請求項２５記載の方法。
【請求項３１】
前記試料が血液、血清、脳脊髄液、尿、または唾液の試料である、請求項２５記載の方法。
【請求項３２】
前記試料を請求項１記載の２以上の単離されたペプチドと接触させる工程を含む、請求項２５記載の方法。
【請求項３３】
以下の工程を含む、対象においてライム病を診断するための方法：
対象由来の試料を請求項１記載の単離されたペプチドと接触させる工程；および
該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、対象がライム病に罹っていることを表す、工程。
【請求項３４】
請求項１記載の１以上の単離されたペプチドと該１以上の単離されたペプチドのエピトープを認識する抗体と結合することができる標識試薬とを含む、キット。
【請求項３５】
前記１以上の単離されたペプチドが固体支持体に付着している、請求項３４記載のキット。
【請求項３６】
前記１以上の単離されたペプチドが、ビーズ、管若しくはウェル、ラテラルフローアッセイ装置、または分析ローターに付着している、請求項３４記載のキット。
【請求項３７】
標識試薬が、検出可能な標識に結合した抗ヒトまたは抗イヌＩｇＧ抗体である、請求項３４記載のキット。
【請求項３８】
検出可能な標識がコロイド状金粒子である、請求項３７記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２００９年１１月１７日に出願された米国特許仮出願第６１／２６２，０９９号（その全体が参照により本明細書中に組み込まれる）の利益を主張する。
【０００２】
電子出願されるテキストファイルの説明
電子出願されたテキストファイルの内容は、その全体が参照により本明細書中に組み込まれる：配列表のコンピュータで読み取り可能な形式のコピー（ファイル名：ＡＢＡＸ＿０３５＿０１ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ、記録日：２０１０年１１月１６日、ファイルサイズ２９キロバイト）。
【背景技術】
【０００３】
ライム病は、重大な公衆衛生上の懸念となっている衰弱性疾患である。この疾患は、病原性ボレリア（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）菌（スピロヘータ）に感染することにより引き起こされ、様々な種のボレリアに感染したマダニに噛まれることによって伝播される。ライム病の正確かつ早期の発見は有効な治療に重要である。ライム病の診断に十分な唯一の臨床症状は、遊走性紅斑、特徴的な牛眼様外観を有する発疹の存在である。しかし、遊走性紅斑は感染の早期にのみ存在し、その場合でも、全ての感染者に現れるわけではない。ベル麻痺などのライム病と関連する他の臨床症状は、単独または組み合わせのいずれでも、遊走性紅斑がない場合の臨床診断を決定するほど特異的ではない。
【０００４】
遊走性紅斑がない場合、ライム病の診断の根拠は、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア・アフゼリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ａｆｚｅｌｌｉ）、またはボレリア・ガリニ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｇａｒｉｎｉｉ）などの病原性ボレリア種に対する抗体応答である。北米では、疾病管理センター（ＣＤＣ）は、ＥＬＩＳＡなどの高感度第１段アッセイと、第１段アッセイが陽性または不確かであるならば、それに続くウェスタンブロットとからなるライム病の血清学的診断のための２段階法を推奨する。第１段アッセイは、伝統的には、全細胞ボレリア・ブルグドルフェリ抗原または組換え型ボレリアタンパク質を利用してきた。しかし、そのようなアッセイは解釈するのが困難であり、感染よりもむしろ予防接種に起因するボレリア抗体により複雑になる。加えて、一部のボレリアアッセイで用いられる全細胞超音波処理物は、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）抗体と反応する。
【０００５】
最近では、ボレリアの可変表面抗原（ＶｌｓＥ）の保存されたＩＲ６ドメインに基づくＣ６ペプチドアッセイは、播種性および末期ライム病に関して高感度を有する第１段アッセイとして広く認められるようになってきている。Ｃ６ペプチドアッセイは、ボレリア・ブルグドルフェリＶｌｓＥタンパク質の単一の２５アミノ酸配列を試験抗原として使用する。Ｃ６ペプチドアッセイはライム病の診断のための一段法に好適であり得ると示唆されているが、感染性ボレリアのある株を検出できないので、そのような目的に十分感受性でないことが明らかになりつつある。
【０００６】
したがって、ボレリア抗原を検出するためのさらなるアッセイおよびライム病の血清学的診断が当該技術分野で依然として必要とされている。
【発明の概要】
【０００７】
本発明は、一つには、ボレリアＶｌｓＥタンパク質のＩＲ６ドメインのある配列変異体が、幅広いボレリア種に対する抗体応答のロバストな検出をもたらすという発見に基づく。したがって、本発明は、ボレリア抗原と結合する抗体の検出およびライム病の診断に有用な組成物、装置、方法、ならびにキットを提供する。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
一態様において、本発明は、ボレリア抗原を認識する抗体と結合することができるペプチドを提供する。ある実施形態では、ペプチドは、ＶｌｓＥ  ＩＲ６ドメインおよび少なくとも１つ（例えば、２、３など）の他のボレリア抗原由来の配列を含む。ある実施形態では、少なくとも１つの他のボレリア抗原は、表面抗原（例えば、ＯｓｐＣ、ｐ４１、またはそれらの組み合わせ）である。
【０００９】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１の配列、Ｍ−Ｋ−Ｘ３−Ｘ４−Ｄ−Ｘ６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｖ−Ｌ−Ｘ１４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ１９−Ｇ−Ｘ２１−Ｆ−Ａ−Ｘ２４−Ｘ２５（配列番号１）（ここで、Ｘ３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である）を含む。
【００１０】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＮであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１がＩであり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１がＥであり、Ｘ２４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５がＫである、配列番号１の配列を含む。他の実施形態において、本発明のペプチドは、Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＤであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１が、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１が、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５が、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である配列番号１の配列を含む。
【００１１】
ある実施形態では、本発明のペプチドは配列番号１の配列を含み、さらなるＮ末端ペプチド配列をさらに含む。さらなるＮ末端ペプチド配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のアミノ酸を含み得、天然または非天然配列のいずれかであり得る。ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１により定義される配列を含み、そしてさらなるＣ末端配列をさらに含む。さらなるＣ末端ペプチド配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のアミノ酸を含み得、そして天然または非天然配列のいずれかであり得る。ある実施形態では、非天然配列は、非ＶｌｓＥボレリア抗原（例えば、ボレリアＯｓｐＣまたはｐ４１抗原）を含む。
【００１２】
他の実施形態において、本発明のペプチドは、配列番号２の配列、ｎ１−ｎ２−ｎ３−ｎ４−ｎ５−ｎ６−ｎ７−Ｑ−Ｄ−ｎ１０−Ｍ−Ｋ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｄ−Ｘ１６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ２０−Ｘ２１−Ｖ−Ｌ−Ｘ２４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ２９−Ｇ−Ｘ３１−Ｆ−Ａ−Ｘ３４−Ｘ３５−Ｄ−Ｎ−Ｅ−ｃ３９−Ｄ−ｃ４１−Ａ−Ｅ−ｃ４４−Ｇ（配列番号２）（ここで、ｎ１は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ２は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ３は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ４は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ５は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ６は、ＦおよびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ７は、ＳおよびＴからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ１０は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、およびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｃ３９は、ＨおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｃ４１は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ４４は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である）を含む。ある関連する実施形態では、ｎ１０は、Ｄ、Ｎ、およびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４はＮであり、Ｘ２１はＩであり、Ｘ３１はＥであり、Ｘ３４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ３５はＫである。他の関連する実施形態では、ｎ１０は、Ｄ、Ｎ、およびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４はＤであり、そしてＸ３４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸である。
【００１３】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、少なくとも２５、３０、３５、４０、４５、またはそれ以上のアミノ酸を含む。ある実施形態では、本発明のペプチドは、単離された（例えば、合成および／または精製）ペプチドである。ある実施形態では、本発明のペプチドはリガンドと結合する。例えば、ある実施形態では、ペプチドはビオチン化されている。他の実施形態において、ペプチドは、アビジン、ストレプトアビジン、またはニュートラビジンと結合する。他の実施形態において、ペプチドは、キャリアタンパク質（例えば、血清アルブミンまたは免疫グロブリンＦｃドメイン）と結合する。さらに他の実施形態では、ペプチドは、デンドリマーおよび／または複数の抗原ペプチド系（ＭＡＰＳ）の一部と結合する。
【００１４】
ある実施形態では、本発明のペプチドを、固体支持体に付着させるか、または固体支持体上に固定化する。ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ（例えば、コロイド粒子、ナノ粒子、ラテックスビーズなど）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路（例えば、多孔質膜）、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中）である。
【００１５】
別の態様において、本発明は、１以上の本発明のペプチドを含む組成物を提供する。例えば、ある実施形態において、本発明は、配列番号１の配列を含むペプチド、配列番号２の配列を含むペプチド、またはその混合物を含む組成物を提供する。ある実施形態では、組成物は、２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドの混合物を含み、この場合、各ペプチドは配列番号１または配列番号２の配列を含む。
【００１６】
ある実施形態では、ペプチドはリガンドと結合している。例えば、ある実施形態では、ペプチドはビオチン化されている。他の実施形態において、ペプチドは、アビジン、ストレプトアビジン、またはニュートラビジンと結合している。他の実施形態において、ペプチドはキャリアタンパク質（例えば、血清アルブミンまたは免疫グロブリンＦｃドメイン）と結合している。さらに他の実施形態では、ペプチドはデンドリマーと結合し、および／または複数の抗原ペプチド系（ＭＡＰＳ）の一部である。
【００１７】
別の態様において、本発明は、本発明のペプチドをコード化する配列を含む核酸を提供する。加えて、本発明は、そのような核酸を含むベクター、およびそのようなベクターを含む宿主細胞を提供する。ある実施形態では、ベクターはシャトルベクターである。他の実施形態において、ベクターは、発現ベクター（例えば、細菌または真核生物発現ベクター）である。ある実施形態では、宿主細胞は細菌細胞である。他の実施形態において、宿主細胞は真核生物細胞である。
【００１８】
別の態様において、本発明は装置を提供する。ある実施形態では、装置はイムノアッセイを実施するために有用である。例えば、ある実施形態では、装置はラテラルフローイムノアッセイ装置である。他の実施形態において、装置は分析ローターである。他の実施形態において、装置は、例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中の管またはウェルである。さらに他の実施形態では、装置は、電気化学的、光学的、または光電式センサーである。
【００１９】
ある実施形態では、装置は本発明のペプチドを含む。他の実施形態において、装置は、異なる本発明のペプチドの混合物を含む。例えば、ある実施形態では、装置は、２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドを含む。ある実施形態では、ペプチドまたは混合物中の各ペプチドは、配列番号１または配列番号２の配列を含む。ある実施形態では、ペプチドを装置に付着させるかまたは装置上に固定化する。
【００２０】
別の態様において、本発明は、試料においてボレリア抗原のエピトープに対する抗体を検出する方法を提供する。ある実施形態では、方法は、試料を本発明のペプチドと接触させる工程、および、該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、該試料中にボレリア抗原のエピトープに対する抗体が存在することを表す工程を含む。ある実施形態では、ボレリア抗原は感染性ボレリア種、たとえばボレリア・ブルグドルフェリ、ボレリア・アフゼリ、またはボレリア・ガリニ由来である。ある実施形態では、方法は、試料を２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドの混合物と接触させる工程を含む。
【００２１】
ある実施形態では、ペプチドまたは混合物中の各ペプチドは、単離された（例えば、合成および／または精製）ペプチドである。ある実施形態では、ペプチドまたはペプチドの混合物を、固体支持体に付着させるか、または固体支持体上に固定化する。ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ（例えば、コロイド粒子、ナノ粒子、ラテックスビーズなど）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路（例えば、多孔質膜）、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中）である。ある実施形態では、固体支持体は、金属、ガラス、セルロース系材料（例えば、ニトロセルロース）、またはポリマー（例えば、ポリスチレン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリスルホンなど）を含む。ある実施形態では、ペプチドまたは異なるペプチドの混合物を、デンドリマーに付着させ、かつ／またはＭＡＰＳ系中に組み込む。
【００２２】
ある実施形態では、検出工程はＥＬＩＳＡアッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、ラテラルフローイムノアッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、凝集アッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、分析ローター中で試料をスピンさせることを含む。さらに他の実施形態では、検出工程は、試料を、電気化学的センサー、光学的センサー、または光電式センサーで分析することを含む。
【００２３】
ある実施形態では、試料は、血液、血清、血漿、脳脊髄液、尿、粘液、または唾液などの体液である。他の実施形態において、試料は、組織（例えば、組織ホモジネート）または細胞溶解物である。ある実施形態では、試料は、野生動物（例えば、シカまたは齧歯類、例えばマウス、シマリス、リスなど）由来である。他の実施形態において、試料は、実験動物（例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、サル、霊長類など）由来である。他の実施形態において、試料は、家畜または野生動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ）由来である。さらに他の実施形態では、試料はヒト由来である。
【００２４】
別の態様において、本発明は、対象においてライム病を診断する方法を提供する。ある実施形態では、方法は、対象由来の試料を本発明のペプチドと接触させる工程、および、該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、対象がライム病に罹っていることを表す工程を含む。ある実施形態では、方法は、試料を２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドの混合物と接触させる工程を含む。
【００２５】
ある実施形態では、ペプチドまたは混合物中の各ペプチドは、単離された（例えば、合成および／または精製）ペプチドである。ある実施形態では、ペプチドまたは異なるペプチドの混合物を、固体支持体に付着させるか、または固体支持体上に固定化する。例えば、ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ（例えば、コロイド粒子、ナノ粒子、ラテックスビーズなど）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路（例えば、多孔質膜）、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中）である。ある実施形態では、固体支持体は、金属、ガラス、セルロース系材料（例えば、ニトロセルロース）、またはポリマー（例えば、ポリスチレン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリスルホンなど）を含む。ある実施形態では、ペプチドまたは異なるペプチドの混合物を、デンドリマーに付着させ、かつ／またはＭＡＰＳ系中に組み込む。
【００２６】
ある実施形態では、検出工程はＥＬＩＳＡアッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、ラテラルフローイムノアッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、凝集アッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、分析ローター中で試料をスピンさせることを含む。さらに他の実施形態では、検出工程は、試料を、電気化学的センサー、光学的センサー、または光電式センサーで分析することを含む。
【００２７】
ある実施形態では、試料は、血液、血清、血漿、脳脊髄液、尿、または唾液などの体液である。他の実施形態において、試料は、組織（例えば、組織ホモジネート）または細胞溶解物である。ある実施形態では、対象は、野生動物（例えば、シカまたは齧歯類、例えばマウス、シマリス、リスなど）である。他の実施形態において、対象は、実験動物（例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、サル、霊長類など）である。他の実施形態において、対象は、家畜または野生動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ）である。さらに他の実施形態では、対象はヒトである。
【００２８】
更に別の態様において、本発明はキットを提供する。ある実施形態では、キットは本発明のペプチドを含む。ある実施形態では、キットは、２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドを含む。ペプチドは、配列番号１または配列番号２の配列を含み得る。ある実施形態では、ペプチドを、固体支持体に付着させるか、または固体支持体上に固定化する。例えば、ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ（例えば、コロイド粒子、ナノ粒子、ラテックスビーズなど）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル（例えば、プレート中）である。ある実施形態では、ペプチドまたは異なるペプチドの混合物を、デンドリマーに付着させ、かつ／またはＭＡＰＳ系中に組み込む。
【００２９】
ある実施形態では、キットは、ビーズの集団またはプレート（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート）をさらに含む。他の実施形態において、キットは、装置、たとえばラテラルフローイムノアッセイ装置、分析ローター、電気化学的センサー、光学的センサー、または光電式センサーをさらに含む。ある実施形態では、ビーズの集団、プレート、または装置は、イムノアッセイの実施に有用である。例えば、ある実施形態では、ビーズの集団、プレート、または装置は、試料由来の抗体および本発明のペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成の検出に有用である。ある実施形態では、本発明のペプチドまたは異なるペプチドの混合物を、ビーズ、プレート、もしくは装置に付着させるか、またはビーズ、プレート、もしくは装置上に固定化する。
【００３０】
ある実施形態では、キットは使用説明書をさらに含む。例えば、ある実施形態では、キットは、ボレリア抗原に対する抗体を検出するためまたはライム病を診断するための本発明のペプチドの使用法を示す使用説明書を含む。ある実施形態では、キットは、ボレリア抗原に対する抗体を検出するためまたはライム病を診断するためのビーズの集団、プレート、または装置（例えば、本発明のペプチドまたは異なるペプチドの混合物を含む）の使用法を示す使用説明書を含む。
【００３１】
本発明のさらなる態様および実施形態は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３２】
【図１】ボレリア抗原に対する抗体を検出するために用いることができる間接的サンドイッチアッセイの線図である。この実施形態において、抗ヒトＩｇＧ／ＩｇＭまたは抗イヌＩｇＧ／ＩｇＭ抗体を、好適な基質（例えば、ニトロセルロース膜）に試験部位で固定化する。試験試料中の抗体を、固定化抗体により結合する。適切なボレリア抗原に対する試験試料抗体は、次いで本発明のペプチドに結合する。本発明のペプチドがビオチンに結合する場合、コロイド状金で標識されたストレプトアビジンを用いて、試験部位でのペプチドの存在を検出することができる。間接的サンドイッチアッセイを逆に操作することができる−すなわち、本発明のペプチドを基質に固定化して、試験試料中の抗ボレリア抗体を捕捉し、そして標識（例えばコロイド状金）と結合した抗ヒトＩｇＧ／ＩｇＭまたは抗イヌＩｇＧ／ＩｇＭ抗体を用いて、試験部位で固定化ペプチドに結合した抗体の存在を検出できると理解される。
【図２】図１の間接的サンドイッチアッセイに基づくラテラルフローイムノアッセイ装置の線図である。ラテラルフローイムノアッセイ装置のこの実施形態では、試料は試料ローディングパッドで適用され、次に結合体パッドを通って試験膜へと流れる。ペプチド−ビオチン−ストレプトアビジン−金複合体は、試料が結合体パッドを通過する際に可溶化され、本発明のペプチドと適切な抗ボレリア抗原抗体との間に複合体が形成される。試験部位は、試料中のすべての抗体と結合する試料に適切な抗ＩｇＧまたは抗ＩｇＭ抗体を含む。たとえば、タンパク質Ｌを、抗ＩｇＧまたは抗ＩｇＭ抗体の代わりに用いることができる。試料中の十分な抗体が本発明のペプチドと結合した場合、試験部位で正のシグナルが出現するであろう。ラテラルフローイムノアッセイ装置の別の実施形態において、本発明のペプチドは、試験部位（Ｔ）で固定化され、検出可能な標識（例えばコロイド状金粒子）に結合した試料に適切な抗ＩｇＧまたは抗ＩｇＭ抗体（たとえば、抗ヒトまたは抗イヌ）が結合体パッド中に存在する。結合体パッドを通過する試料は、標識された抗体を可溶化し、そして試験試料中に存在する任意の抗ボレリア抗原抗体は、標識された抗体に結合し、そのような抗体複合体は、本発明の固定化されたボレリアペプチドにより試験部位で捕捉され、それにより正のシグナルを産生する。いずれの実施形態でも、装置は、結合体パッド中の標識されたペプチドまたは標識された抗体を認識する結合パートナーが固定化された対照部位（Ｃ）をさらに含み得る。
【図３】ボレリア抗原に対する抗体を検出するために用いることができるダブル抗原サンドイッチアッセイの線図である。この実施形態において、本発明のペプチドは、試験部位で好適な基質（例えば、ニトロセルロース膜、ＥＬＩＳＡプレートのウェル）に固定化される。試験試料中の抗体は本発明の固定化されたペプチドにより結合される。適切なボレリア抗原に対する試験試料抗体は、次いで、試験部位で固定化されたペプチドの第１のセットと結合した抗体の存在を検出する、ディテクター分子（例えば、コロイド状金、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ））に結合した本発明のペプチドの第２のセットと結合する。
【発明を実施するための形態】
【００３３】
詳細な説明
本明細書中で用いられる場合、以下の用語は以下の意味を有する：
【００３４】
「抗原」という用語は、本明細書中で用いられる場合、抗体によって認識され得る分子を指す。抗原は、たとえば、ペプチドまたはその修飾形態であり得る。抗原は、１以上のエピトープを含み得る。
【００３５】
「エピトープ」という用語は、本明細書中で用いられる場合、抗体によって特異的に認識される抗原の一部である。エピトープは、たとえば、ペプチド（例えば、本発明のペプチド）の一部を含み得るか、またはペプチドの一部から構成され得る。エピトープは、直線状エピトープ、連続エピトープ、または立体構造エピトープであり得る。
【００３６】
「核酸」、「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書中で交換可能に用いられ、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ（１本鎖であるかまたは２本鎖であるかによらない）、ならびにそれらの化学修飾物を包含する。
【００３７】
本明細書中で用いられる一文字アミノ酸略語は、当該技術分野でのそれらの標準的な意味を有し、本明細書中で記載する全てのペプチド配列を、慣例に従って、Ｎ末端を左手に、そしてＣ末端を右手に記載する。
【００３８】
更なる用語は、必要に応じて、以下の詳細な説明で定義する。
【００３９】
組成物および装置
本発明は、一つには、ボレリアＶｌｓＥタンパク質のＩＲ６ドメインにおけるある配列変異体は、広範囲のボレリア種に対する抗体応答のロバストな検出をもたらすという発見に基づく。したがって、一態様において、本発明は、ボレリア抗原を認識する抗体と結合することができるペプチドを提供する。
【００４０】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、ＶｌｓＥ  ＩＲ６ドメイン、またはその断片、および少なくとも１つ（例えば、２、３など）の他のボレリア抗原由来の配列（例えば、エピトープを含む配列）を含む。ある実施形態では、少なくとも１つの他のボレリア抗原は、表面抗原または、ＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＯｓｐＣ、ｐ４１、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される抗原である。したがって、例えば、ある実施形態では、本発明のペプチドは、（ｉ）ＶｌｓＥ  ＩＲ６ドメイン、またはその断片、および（ｉｉ）ＯｓｐＡタンパク質のエピトープを含む配列、ＯｓｐＢタンパク質のエピトープを含む配列、ＯｓｐＣタンパク質のエピトープを含む配列、ｐ４１タンパク質のエピトープを含む配列、またはそのような配列の組み合わせを含む。他の実施形態において、本発明のペプチドは、（ｉ）ＶｌｓＥ  ＩＲ６ドメイン、またはその断片、（ｉｉ）ＯｓｐＣタンパク質のエピトープを含む配列、および（ｉｉｉ）ｐ４１タンパク質のエピトープを含む配列を含む。
【００４１】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１、Ｍ−Ｋ−Ｘ３−Ｘ４−Ｄ−Ｘ６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｖ−Ｌ−Ｘ１４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ１９−Ｇ−Ｘ２１−Ｆ−Ａ−Ｘ２４−Ｘ２５（配列番号１）（ここで、Ｘ３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である）の配列を含むかまたは配列番号１の配列から構成される。
【００４２】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＮであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１がＩであり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１がＥであり、Ｘ２４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５がＫである、配列番号１の配列を含むかまたは配列番号１の配列から構成される。他の実施形態において、本発明のペプチドは、Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＤであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１が、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１が、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５がＫである、配列番号１の配列を含むか、または配列番号１の配列から構成される。更に他の実施形態では、本発明のペプチドは、Ｘ３が、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ４がＤであり、Ｘ６が、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０が、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１１が、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４が、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１９が、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１が、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４が、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ２５がＫまたはＲである、配列番号１の配列を含むか、または配列番号１の配列から構成される。
【００４３】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号３）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号７）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号９）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号１０）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号１１）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号１２）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号１３）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号１４）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号１５）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号１６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号１７）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号１８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号１９）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号２０）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号２１）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号２２）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号２３）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号２４）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号２５）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｖ−Ｋ（配列番号２６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号２７）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号２８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号２９）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｗ−Ｋ（配列番号３０）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号３１）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号３２）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号３３）；またはＭ−Ｋ−Ｒ−Ｄ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｍ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｑ−Ｆ−Ａ−Ｙ−Ｋ（配列番号３４）の配列を含むか、またはこの配列から構成される。
【００４４】
他の実施形態において、本発明のペプチドは、Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号３５）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号３６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号３７）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号３８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号３９）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４０）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４１）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４２）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４３）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４４）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４５）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４７）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号４９）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５０）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５１）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５２）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５３）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５４）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５５）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｑ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５７）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｋ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号５９）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６０）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６１）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｖ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６２）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６３）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６４）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６５）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｆ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６６）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６７）；Ｍ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｎ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６８）；Ｍ−Ｋ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号６９）；またはＭ−Ｋ−Ｑ−Ｎ−Ｄ−Ｅ−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｌ−Ｉ−Ｖ−Ｌ−Ｈ−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｎ−Ｇ−Ｅ−Ｆ−Ａ−Ｉ−Ｋ（配列番号７０）の配列を含むか、またはこの配列から構成される。
【００４５】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１の配列およびさらなるＮ末端ペプチド配列（例えば、Ｎ末端伸長）を含む。さらなるＮ末端ペプチド配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、またはそれ以上のアミノ酸を含み得る。ある実施形態では、Ｎ末端ペプチド配列は、約５〜約１０、約１０〜約１５、約１５〜約２０、約２０〜約２５、約２５〜約３０、約３０〜約４０、または約４０〜約５０アミノ酸の長さを有する。さらなるＮ末端ペプチド配列は、天然配列であり得る。本明細書中で用いられる場合、「天然」配列は、天然に存在するボレリアＶｌｓＥ配列、またはその変異体由来のペプチド配列である。ある実施形態では、ペプチド配列は、天然に存在するボレリアＶｌｓＥ配列の断片である。ペプチド配列は、たとえば、ＶｌｓＥの保存領域または非保存領域由来であり得る。ペプチド配列は、たとえば免疫優性エピトープなどのエピトープまたは宿主（例えば、ヒト、イヌなど）免疫系により認識可能な任意の他のエピトープを含み得る。ＶｌｓＥタンパク質およびそれらのペプチドは、たとえば米国特許第６，４７５，４９２号、第６，６６０，２７４号、第６，７１９９８３号、および第６，７４０７４４号、米国特許出願第２００９／０１６２８７５号、ならびに欧州特許第０８９４１４３号、第１０１２１８１号、第１１７１６０５号、および第１５８９１０９号（その内容は、参照により本明細書中に組み込まれる）中に記載されている。
【００４６】
変異体ポリペプチドは、配列番号１〜７０で示されるペプチドと少なくとも約８０、８５、９０、９５、９８、または９９％同一であり、本発明のポリペプチドでもある。％配列同一性は、当該技術分野で認められている意味を有し、２つのポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の同一性を測定するための方法は数多くある。例えば、Ｌｅｓｋ，  Ｅｄ．，  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  （１９８８）；Ｓｍｉｔｈ，  Ｅｄ．，  Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  （１９９３）；Ｇｒｉｆｆｉｎ  ＆  Ｇｒｉｆｆｉｎ，  Ｅｄｓ．，  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ，  Ｐａｒｔ  Ｉ，  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ，  （１９９４）；ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ，  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  （１９８７）；およびＧｒｉｂｓｋｏｖ  ＆  Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，  Ｅｄｓ．，  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ，  Ｍ  Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  （１９９１）を参照。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを整列させる方法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １２：３８７  （１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ  （Ａｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．、Ｊ  Ｍｏｌｅｃ．  Ｂｉｏｌ．  ２１５：４０３  （１９９０））、ならびにＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎの局所的相同性アルゴリズム（Ａｄｖ．  Ａｐｐ．  Ｍａｔｈ．，  ２：４８２−４８９  （１９８１））を使用するＢｅｓｔｆｉｔプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８  ｆｏｒ  Ｕｎｉｘ，  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐａｒｋ，  ５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  Ｗｉｓ．  ５３７１１）をはじめとするコンピュータプログラムで体系化されている。例えば、ＦＡＳＴＡアルゴリズムを利用するコンピュータプログラムＡＬＩＧＮ（ギャップオープンペナルティ（−１２）およびギャップ伸長ペナルティ（−２）でアフィンギャップ検索）を使用することができる。
【００４７】
配列アラインメントプログラムのいずれかを用いて、特定の配列が、例えば基準配列と約９５％同一であるかどうかを判断する場合、パラメータは、同一性のパーセンテージが基準ポリヌクレオチドの全長にわたって算出されるように、そして基準ポリヌクレオチドにおけるヌクレオチドの総数の５％までの同一性におけるギャップが許容されるように、設定される。
【００４８】
ペプチド配列の変異体は、一つには、配列の既知特性に基づいて、当業者が容易に決定することができる。例えば、変異体ペプチドは、アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）および／または欠失（例えば、小さな単一アミノ酸の欠失、または２、３、４、５、１０、１５、２０、もしくはそれ以上の連続したアミノ酸を含む欠失）を含み得る。したがって、ある実施形態では、天然ペプチド配列の変異体は、（ｉ）１以上（例えば、２、３、４、５、６、もしくはそれ以上）の保存的アミノ酸置換、（ｉｉ）１以上（例えば、２、３、４、５、６、もしくはそれ以上）のアミノ酸の欠失、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせにより、天然に存在する配列とは異なるものである。欠失アミノ酸は連続的であり得るか、または非連続的であり得る。保存的アミノ酸置換は、それらの側鎖および化学的性質で関連するアミノ酸のファミリー内で起こるものである。これらとしては、たとえば（１）酸性アミノ酸：アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩；（２）塩基性アミノ酸：リシン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性アミノ酸：アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；（４）非荷電極性アミノ酸：グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン；（５）脂肪族アミノ酸：グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニン（セリンおよびトレオニンは、場合によって、別に脂肪族−ヒドロキシルとして分類される）；（６）芳香族アミノ酸：フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン；（７）アミドアミノ酸：アスパラギン、グルタミン；ならびに（９）硫黄含有アミノ酸：システインおよびメチオニンが挙げられる。たとえば、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｅｄ．  ｂｙ  Ｌ．  Ｓｔｒｙｅｒ，  Ｗ  Ｈ  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．：  １９８１を参照。変異体ペプチドが好適であることを確認するための方法は、通常通りであり、慣例的である。
【００４９】
ペプチド配列の変異体は、先に定義したペプチド配列に関する変化を含む。例えば、既知エピトープを含む前述のペプチド配列は、一端もしくは両端で（たとえば約１〜３アミノ酸）延長または短縮することができ、および／または１、２、３、４またはそれ以上のアミノ酸を保存的アミノ酸などにより置換することができる。さらに、タンパク質の領域が対象のエピトープを含むと確認されているならば、研究者は、対象の領域を、オリジナルのラフな領域のエンドポイントから（たとえば、いずれかの方向に約５アミノ酸）「シフト」させて、活性を最適化することができる。
【００５０】
ある実施形態では、さらなるＮ末端ペプチド配列は、別のＩＲ６ドメインペプチドを含む可能性があるか、または別のＩＲ６ドメインペプチドから構成される可能性がある。他の実施形態において、天然配列は、天然ではＶｌｓＥ  ＩＲ６ドメインのＮ末端に隣接するＶｌｓＥ配列である。
【００５１】
ある実施形態では、さらなるＮ末端ペプチド配列は非天然配列である。本明細書中で用いられる場合、「非天然」配列は、ボレリアタンパク質由来であるかどうかにかかわらず、天然ＶｌｓＥペプチド配列以外の任意のタンパク質配列である。ある実施形態において、さらなるＮ末端ペプチド配列は、ＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＤｂｐＡ、鞭毛関連タンパク質ＦｌａＡ（ｐ３７）およびＦｌａＢ（ｐ４１）、ＯｓｐＣ（２５ｋｄ）、ＢＢＫ３２、ＢｍｐＡ（ｐ３９）、ｐ２１、ｐ３９、ｐ６６またはｐ８３などのボレリア抗原のエピトープを含む。他の微生物由来のポリペプチドまたはペプチドも用いることができる。
【００５２】
さらなるＮ末端ペプチド配列を含む本発明のペプチドは、感染後早期（例えば、感染の開始後１〜２週間以内）にボレリア感染を診断するために設計することができる。その発現が感染の初期段階で認識された、（例えば、感染後早期にそれに対するＩｇＭ抗体が現れる）病原性ボレリアタンパク質には、ＯｓｐＣ、ＢＢＫ３２、鞭毛関連タンパク質ＦｌａＢ（ｐ４１）、および度合いは少ないが、ＢｍｐＡ（ｐ３９）、および鞭毛関連タンパク質ＦｌａＡ（ｐ３７）が含まれる。ポリペプチドまたはそれらのポリペプチド由来のペプチドは、早期感染についてのアッセイに好適である。例えば、早期感染の診断に用いることができるいくつかの好適な直線状エピトープとしては、Ｊｏｂｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｃｌｉｎ  Ｄｉａｇｎ  Ｌａｂ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １０，  ５７３−８）（その内容は、参照により本明細書中に組み込まれる）により報告されているように、ＯｓｐＣ中のペプチド：ＰＶＶＡＥＳＰＫＫＰ（配列番号７１）、ＩＬＭＴＬＦＬＦＩＳＣＮＮＳ（配列番号７２）、ならびにアミノ酸１６１および２１０の間に含まれる１以上のエピトープが挙げられる。米国特許第６，７１６，５７４号（その内容は、参照により本明細書中に組み込まれる）で記載されるＯｓｐＣペプチドも用いることができる。主な架橋反応性エピトープを含まないことが示されている他の好適な領域は、残基１２０〜２３５などＦｌａＢ（ｐ４１）で同定されている。たとえば、Ｃｒｏｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （（２００３）  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｉｍｍｕｎ．  ７１，  ３４１９−３４２８；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９））  Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｒｅｖ  １２，  ６３３−６５３；ならびに米国特許第５，６１８，５３３号、第５，６４３，７３３号、第５，６４３，７５１号、第５，９３２，２２０号、および第６，６１７，４４１号を参照（そのそれぞれの内容は、参照により本明細書中に組み込まれる）。直線状または立体構造エピトープのいずれかを有する他のペプチドは当該技術分野で公知である。たとえばＯｓｐＣ、ＢＢＫ３２またはＤｂｐＡの可変領域からさらなる非天然エピトープ配列を同定する方法は、たとえば、ＵＳ２００９／０１６２８７５で検討されている。
【００５３】
ある実施形態では、さらなるＮ末端ペプチド配列はＯｓｐＣ由来である。例えば、ある実施形態において、さらなるＮ末端ペプチド配列は、配列番号７３の配列、ｎ１−ｎ２−Ｓ−Ｐ−ｎ５−ｎ６−Ｐ（配列番号７３）またはその断片（例えば、Ｃ末端断片）であり、ここで、ｎ１は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ２は、ＥおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｎ６は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である。
【００５４】
ある実施形態では、さらなるＮ末端ペプチド配列は配列の組み合わせである。例えば、さらなるＮ末端ペプチド配列は、天然、非天然配列、またはそのような配列の任意の組み合わせ（例えば、２以上の天然配列、２以上の非天然配列、天然および非天然配列など）を含み得る。
【００５５】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１により定義される配列を含み、そしてさらなるＣ末端配列をさらに含む。さらなるＣ末端ペプチド配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、またはそれ以上のアミノ酸を含み得る。さらなるＣ末端ペプチド配列は、天然配列であり得る。例えば、ある実施形態では、さらなるＣ末端ペプチド配列は、別のＩＲ６ドメインペプチドを含み得るか、または別のＩＲ６ドメインペプチドから構成され得る。他の実施形態において、天然配列は、天然ではＶｌｓＥ  ＩＲ６ドメインのＣ末端に隣接するＶｌｓＥ配列である。
【００５６】
ある実施形態では、さらなるＣ末端ペプチド配列は非天然配列である。ある実施形態では、さらなるＣ末端ペプチド配列は、前述のように、ＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＤｂｐＡ、鞭毛関連タンパク質ＦｌａＡ（ｐ３７）およびＦｌａＢ（ｐ４１）、ＯｓｐＣ（２５ｋｄ）、ＢＢＫ３２、ＢｍｐＡ（ｐ３９）、ｐ２１、ｐ３９、ｐ６６またはｐ８３などのボレリア抗原のエピトープを含む。他の微生物由来のポリペプチドまたはペプチドも用いることができる。
【００５７】
ある実施形態では、さらなるＣ末端ペプチド配列は、ＦｌａＢ（ｐ４１）由来である。例えば、ある実施形態では、さらなるＣ末端ペプチド配列は、配列番号７４の配列、Ｖ−ｃ２−Ｅ−Ｇ−ｃ５−Ｑ−Ｑ−Ｅ−Ｇ−Ａ−Ｑ−Ｑ−Ｐ−Ｓ（配列番号７４）またはその断片（例えば、Ｎ末端断片）である（ここで、ｃ２は、ＱおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ５は、ＶおよびＡからなる群から選択されるアミノ酸である）。他の実施形態において、さらなるＣ末端ペプチド配列は、配列番号７６の配列、Ａ−Ｖ−ｃ３−Ｅ−Ｇ−ｃ６−Ｑ−Ｑ−Ｅ−Ｇ−Ａ−Ｑ−Ｑ−Ｐ−Ｓ（配列番号７６）またはその断片（例えば、Ｎ末端断片）である（ここで、ｃ３は、ＱおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ６は、ＶおよびＡからなる群から選択されるアミノ酸である）。
【００５８】
ある実施形態では、さらなるＣ末端ペプチド配列は、配列の組み合わせである。例えば、さらなるＣ末端ペプチド配列は、天然、非天然配列、またはそのような配列の任意の組み合わせ（例えば、２以上の天然配列、２以上の非天然配列、天然および非天然配列など）を含み得る。
【００５９】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１により定義される配列を含み、さらなるＮ末端ペプチド配列およびさらなるＣ末端ペプチド配列を更に含む。さらなるＮ末端およびＣ末端ペプチド配列は前記のとおりであり得る。本発明のペプチドは、完全長ＶｌｓＥタンパク質から構成されない。しかし、ある実施形態では、本発明のペプチドは、完全長ＶｌｓＥタンパク質を含み得る。他の実施形態において、本発明のペプチドは完全長ＶｌｓＥタンパク質を含まない。
【００６０】
前記配列に加えて、さらなるＮ末端およびＣ末端配列は、イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、凝集アッセイなど）での検出のために本発明のペプチドをより良好に提示するように設計されたフレキシブル配列を含む可能性があるか、またはフレキシブル配列から構成される可能性がある。そのようなフレキシブル配列は、当業者によって容易に同定され得る。
【００６１】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号２、ｎ１−ｎ２−ｎ３−ｎ４−ｎ５−ｎ６−ｎ７−Ｑ−Ｄ−ｎ１０−Ｍ−Ｋ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｄ−Ｘ１６−Ｉ−Ａ−Ａ−Ｘ２０−Ｘ２１−Ｖ−Ｌ−Ｘ２４−Ｇ−Ｍ−Ａ−Ｋ−Ｘ２９−Ｇ−Ｘ３１−Ｆ−Ａ−Ｘ３４−Ｘ３５−Ｄ−Ｎ−Ｅ−ｃ３９−Ｄ−ｃ４１−Ａ−Ｅ−ｃ４４−Ｇ（配列番号２）（ここで、ｎ１は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ２は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ３は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ４は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ５は、ＡおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ６は、ＦおよびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ７は、ＳおよびＴからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｎ１０は、Ｄ、Ｅ、Ｑ、およびＮからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１３は、ＲおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４は、ＮおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１６は、ＮおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２０は、Ｖ、ＦおよびＬからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２１は、ＩおよびＭからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２４は、Ｋ、ＱおよびＨからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２９は、Ｎ、ＱおよびＥからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３１は、ＥおよびＱからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３４は、Ｉ、Ｖ、ＹおよびＷからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３５は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｃ３９は、ＨおよびＤからなる群から選択されるアミノ酸であり、ｃ４１は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてｃ４４は、ＫおよびＲからなる群から選択されるアミノ酸である）の配列を含むか、またはこの配列から構成される。ある関連する実施形態では、ｎ１０は、Ｄ、Ｑ、およびＮからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４はＮであり、Ｘ２１はＩであり、Ｘ３１はＥであり、Ｘ３４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ３５はＫである。他の関連する実施形態では、ｎ１０は、ＱおよびＮからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４はＮであり、Ｘ２１はＩであり、Ｘ３１はＥであり、Ｘ３４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてＸ３５はＫである。他の関連する実施形態では、ｎ１０は、Ｄ、Ｑ、およびＮからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４はＤであり、そしてＸ３４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸である。更に別の関連する実施形態では、ｎ１０は、ＱおよびＮからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ１４はＤであり、そしてＸ３４は、Ｉ、Ｗ、およびＹからなる群から選択されるアミノ酸である。
【００６２】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号２により定義される配列を含み、さらなるＮ末端ペプチド配列、さらなるＣ末端ペプチド配列、またはそれらの組み合わせを更に含む。さらなるＮ末端およびＣ末端ペプチド配列は前記のとおりであり得る。
【００６３】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、２５以上（例えば、２６、２７、２８、２９、またはそれ以上）のアミノ酸残基を含むか、または２５以上のアミノ酸残基から構成される。ある実施形態では、本発明のペプチドは、３０以上（例えば、３１、３２、３３、３４、またはそれ以上）のアミノ酸残基を含むか、または３０以上のアミノ酸残基から構成される。ある実施形態では、本発明のペプチドは、３５以上（例えば、３６、３７、３８、３９、またはそれ以上）のアミノ酸残基を含むか、または３５以上のアミノ酸残基から構成される。ある実施形態では、本発明のペプチドは、４０以上（例えば、４１、４２、４３、４４、またはそれ以上）のアミノ酸残基を含むか、または４０以上のアミノ酸残基から構成される。ある実施形態では、本発明のペプチドは、４５以上（例えば、４６、４７、４８、４９、またはそれ以上）のアミノ酸残基を含むか、または４５以上のアミノ酸残基から構成される。ある実施形態では、本発明のペプチドは、５０以上（例えば、５１、５２、５３、５４、またはそれ以上）のアミノ酸残基を含むか、または５０以上のアミノ酸残基から構成される。ある実施形態では、本発明のペプチドは、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、またはそれ以上のアミノ酸残基を含むか、またはこれから構成される。
【００６４】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、本明細書中に記載されるペプチド配列のエピトープを含む。例えば、ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１〜７０からなる群から選択される配列のエピトープを含む。
【００６５】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、本明細書中に記載されるペプチド配列の断片を含む。例えば、ある実施形態では、本発明のペプチドは、配列番号１〜７０からなる群から選択される配列の断片を含む。断片は、例えば少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、または４４アミノ酸の長さであり得る。断片は連続的であり得るか、または１以上の欠失（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のアミノ酸残基の欠失）を含み得る。ある実施形態では、断片は、米国特許第６，４７５，４９２号、第６，６６０，２７４号、第６，７１９９８３号、または第６，７４０７４４号、米国特許出願第２００９／０１６２８７５号、または欧州特許第０８９４１４３号、第１０１２１８１号、第１１７１６０５号、または第１５８９１０９号で記載されている配列を含む。ある実施形態では、断片は、米国特許第６，４７５，４９２号、第６，６６０，２７４号、第６，７１９９８３号、および第６，７４０７４４号、米国特許出願第２００９／０１６２８７５号、および欧州特許第０８９４１４３号、第１０１２１８１号、第１１７１６０５号、および第１５８９１０９号の１以上で記載される配列から構成されない。本明細書中に記載されるペプチド配列の断片を含む本発明のペプチドは、さらなるＮ末端ペプチド配列、さらなるＣ末端ペプチド配列、またはそれらの組み合わせをさらに含み得る。さらなるＮ末端およびＣ末端ペプチド配列は前記のとおりであり得る。
【００６６】
さらなるＮ末端またはＣ末端ペプチド配列を含む本発明のペプチドは、ペプチド（例えば、配列番号１もしくは２のペプチド、またはその断片）をさらなるＮ末端もしくはＣ末端ペプチド配列と連結するリンカーを更に含み得る。リンカーは、例えばペプチドスペーサーであり得る。そのようなスペーサーは、例えば、約１〜５（例えば、約３）個のアミノ酸残基、好ましくは非荷電アミノ酸、例えばグリシンもしくはアラニンなどの脂肪族残基から構成される可能性がある。一実施形態において、スペーサーは、トリプレットグリシンスペーサーである。別の実施形態において、スペーサーはトリプレットアラニンスペーサーである。さらに別の実施形態において、スペーサーはグリシン残基およびアラニン残基の両方を含む。あるいは、リンカーは、化学（すなわち非ペプチド）リンカーであり得る。
【００６７】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、合成化学によって産生される（すなわち、「合成ペプチド」）。他の実施形態において、本発明のペプチドは生物学的に（すなわち、リボソームなどの細胞機構により）産生される。ある実施形態では、本発明のペプチドは単離される。本明細書中で用いられる場合、「単離された」ペプチドは、合成的または生物学的のいずれかで産生され、次いでペプチドを産生するために使用される化学物質および／または細胞機構から、少なくとも部分的に精製されたペプチドである。ある実施形態では、本発明の単離されたペプチドは実質的に精製される。「実質的に精製された」という用語は、本明細書中で用いられる場合、細胞物質（タンパク質、脂質、炭水化物、核酸など）、培地、化学前駆体、ペプチドの合成で使用される化学物質、またはそれらの組み合わせが実質的にない、ペプチドなどの分子を指す。実質的に精製されたペプチドは、約４０％未満、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、２％、１％以下のペプチドの合成で用いられる細胞物質、培地、他のポリペプチド、化学前駆体、および／または化学物質を有する。したがって、実質的に純粋なペプチドなどの分子は、対象の分子の少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％（乾燥重量規準）であり得る。本発明の単離されたペプチドは、たとえばキットの一部として、水、緩衝液の中、または再構成のために準備されている乾燥形態であり得る。本発明の単離されたペプチドは、薬剤的に許容される塩の形態であり得る。本発明のペプチドと塩を形成することができる好適な酸および塩基は、当業者に周知であり、無機および有機酸および塩基を含む。
【００６８】
ある実施形態では、本発明のペプチドはアフィニティー精製される。例えば、ある実施形態では、本発明のペプチドは、それらが抗ボレリア抗体（例えば、ＶｌｓＥタンパク質および、場合によって他のボレリア抗原に対する抗体）と結合する能力を利用して、そのような抗体を本発明のペプチドと接触させて、ペプチド−抗体複合体が形成され得るようにし、このペプチド−抗体複合体を洗浄して不純物を除去し、次いでペプチドを抗体から溶出させることにより精製される。抗体を、たとえば固体支持体に付着させることができる。アフィニティー精製の方法は、当業者に周知であり、日常的である。
【００６９】
ある実施形態では、本発明のペプチドを修飾する。本発明のペプチドは、熱および／または洗浄剤（例えば、ＳＤＳ）での変性によるなど、種々の技術により修飾することができる。あるいは、本発明のペプチドを、１以上のさらなる部分との会合により修飾することができる。会合は共有または非共有であり得、そして、例えば、リシンもしくはシステインなどの末端アミノ酸リンカー、化学カップリング剤、またはペプチド結合によるものであり得る。さらなる部分は、例えば、リガンド、リガンド受容体、融合パートナー、検出可能な標識、酵素、またはペプチドを固定化する基質であり得る。
【００７０】
本発明のペプチドを、リガンド、たとえばビオチン（例えば、システインもしくはリシン残基による）、脂質分子（例えば、システイン残基による）、またはキャリアタンパク質（例えば、血清アルブミン、免疫グロブリンＦｃドメイン（たとえば、システインまたはリシン残基による））に結合させることができる。ビオチンなどのリガンドとの結合は、ペプチドをリガンド受容体、たとえばアビジン、ストレプトアビジン、ポリマーストレプトアビジン（たとえば、ＵＳ２０１０／００８１１２５およびＵＳ２０１０／０２６７１６６（どちらも参照により本明細書中に組み込まれる）を参照）、またはニュートラビジンと会合させるために有用であり得る。アビジン、ストレプトアビジン、ポリマーストレプトアビジン、ニュートラビジンを、次に、シグナリング部分（例えば、可視化できる部分、例えばコロイド状金、蛍光部分、または酵素（ホースラディッシュペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ）あるいは固体基質（例えば、Ｉｍｍｏｂｉｌｏｎまたはニトロセルロース膜）に結合させることができる。あるいは、本発明のペプチドをアビジン、ストレプトアビジン、ポリマーストレプトアビジン、またはニュートラビジンなどのリガンド受容体と融合または連結させ、それによりペプチドと対応するリガンド、たとえばビオチンおよびそれに結合した任意の部分（例えば、シグナリング部分）または固体基質との会合を促進することができる。他のリガンド−受容体対の例は、当該技術分野で周知であり、同様に用いることができる。
【００７１】
本発明のペプチドを、精製の改善、宿主細胞におけるペプチドの発現の増強、検出の支援、ペプチドの安定化などのために使用することができる融合パートナー（例えば、ペプチドまたは他の部分）に融合させることができる。融合パートナーに好適な化合物の例としては、キャリアタンパク質（例えば、血清アルブミン、免疫グロブリンＦｃドメイン）、ベータ−ガラクトシダーゼ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、ヒスチジンタグなどを挙げることができる。融合は、例えばペプチド結合によって達成することができる。例えば、本発明のペプチドおよび融合パートナーは融合タンパク質であり得、さらなるＮ末端およびＣ末端ペプチド配列に関連して前述したように、インフレームで直接融合させることができるか、またはペプチドリンカーを含むことができる。
【００７２】
加えて、本発明のペプチドは、種々の既知化学基または分子のいずれかを含むように修飾することができる。そのような修飾としては、グリコシル化、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、ポリエチレングリコールに対する共有結合（例えば、ペグ化）、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有架橋結合の形成、シスチンの形成、ピログルタミン酸塩の形成、ホルミル化、ガンマカルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、ユビキチン化、脂肪酸での修飾、アルギニル化などのトランスファーＲＮＡにより媒介されたアミノ酸のタンパク質への付加などが挙げられるが、これらに限定されるものではない。アミノ酸（非天然アミノ酸を含む）の類似体および置換結合を有するペプチドも含まれる。本明細書中で検討される配列のいずれかから構成される本発明のペプチドは、検討される修飾のいずれかにより修飾することができる。そのようなペプチドもやはりアミノ酸から「構成される」。
【００７３】
前述の修飾は当業者に周知であり、科学文献で非常に詳細に記載されている。いくつかの特に一般的な修飾、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマ−カルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化は、例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，  ２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｔ．  Ｅ．  Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，  Ｗ．Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  （１９９３）などの多くの基本的なテキストで記載されている。Ｗｏｌｄ，  Ｆ．，  Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｖａｌｅｎｔ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，  Ｂ．  Ｃ．  Ｊｏｈｎｓｏｎ，  Ｅｄ．，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １−１２  （１９８３）；Ｓｅｉｆｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １８２：６２６−６４６およびＲａｔｔａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ａｎｎ．  Ｎ．Ｙ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ６６３：４８−６２など、このテーマに関して多くの詳細な総説が入手可能である。
【００７４】
ある実施形態では、本発明のペプチドは、固体または半固体支持体などの基質に付着しているか、または基質上に固定化されている。結合は、共有または非共有であり得、共有または非共有結合を可能にするペプチド、たとえば担体、支持体または表面に付着している成分に対して高親和性を有する部分と結合する部分により促進される可能性がある。例えば、ペプチドは、ビオチンなどのリガンドと結合する可能性があり、表面と関連する成分は、アビジンなどの対応するリガンド受容体であり得る。ペプチドは、イムノアッセイ中に抗体を含む試料の添加前もしくは添加後のいずれかに、基質に付着させることができるか、または基質上に固定化することができる。
【００７５】
ある実施形態では、基質は、ビーズ、たとえばコロイド粒子（例えば、金、銀、白金、銅、金複合体、他の軟質金属、コア・シェル構造粒子、もしくは中空金ナノスフェアから作製されたコロイド状ナノ粒子）または他の種類の粒子（例えば、磁気ビーズあるいはシリカ、ラテックス、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリアクリレート、もしくはＰＶＤＦを含む粒子またはナノ粒子）である。そのような粒子は、標識（例えば、比色用、化学発光、または蛍光標識）を含む可能性があり、イムノアッセイ中にペプチドの位置を可視化するために有用であり得る。ある実施形態では、本発明のペプチドの末端システインを用いて、ペプチドを金、銀、白金、銅、金複合体、他の軟質金属などから作製されたナノ粒子に直接結合させる。
【００７６】
ある実施形態では、基質は、ドットブロットまたはラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路である。例えば、ペプチドを、ＰＶＤＦ膜（例えば、Ｉｍｍｏｂｉｌｏｎ（商標）膜）、ニトロセルロース膜、ポリエチレン膜、ナイロン膜、または類似の種類の膜などの多孔質膜に付着させるか、または多孔質膜上に固定化することができる。
【００７７】
ある実施形態では、基質は分析ローター中の流路である。他の実施形態において、基質は、管もしくはウェル、例えば、ＥＬＩＳＡアッセイでの使用に好適なプレート（例えば、マイクロタイタープレート）中のウェルである。そのような基質は、ガラス、セルロース系材料、ポリエチレン、ポリプロピレン、もしくはポリエステルなどの熱可塑性ポリマー、粒子状物質から構成される焼結構造（例えば、ガラスまたは種々の熱可塑性ポリマー）、またはニトロセルロース、ナイロン、ポリスルホンなどから構成されるキャスト膜フィルムを含み得る。基質は、通常、多孔性ポリエチレンとして知られるポリエチレンの焼結微粒子、例えば、Ｃｈｒｏｍｅｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ニューメキシコ州アルバカーキ）製の０．２〜１５ミクロンの多孔性ポリエチレンであり得る。これらの基質材料はすべて、フィルム、シート、もしくはプレートなどの好適な形状で使用することができるか、あるいはそれらを、紙、ガラス、プラスチックフィルム、もしくは織物などの適切な不活性担体にコーティングまたは接着または積層することができる。ペプチドを固相上に固定化するための好適な方法としては、イオン性、疎水性、共有結合性相互作用などが挙げられる。
【００７８】
したがって、別の態様において、本発明は装置を提供する。ある実施形態では、装置はイムノアッセイを実施するために有用である。例えば、ある実施形態では、装置はラテラルフローイムノアッセイ装置である。他の実施形態において、装置は分析ローターである。他の実施形態において、装置はドットブロットである。他の実施形態において、装置は、例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中の管またはウェルである。さらに他の実施形態では、装置は、電気化学的センサー、光学的センサー、または光電式センサーである。
【００７９】
ある実施形態では、装置は本発明のペプチドを含む。他の実施形態において、装置は、異なる本発明のペプチドの混合物を含む。例えば、ある実施形態では、装置は、２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドを含む。ある実施形態では、ペプチドまたは混合物中の各ペプチドは、配列番号１または２の配列を含む。ある実施形態では、ペプチドは装置に付着しているかまたは装置上に固定化されている。
【００８０】
別の態様において、本発明は、１以上の本発明のペプチドを含む組成物を提供する。例えば、ある実施形態では、本発明は、配列番号１の配列を含むペプチド、配列番号２の配列を含むペプチド、またはその混合物を含む組成物を提供する。ある実施形態では、組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、またはそれ以上のペプチド（例えば、配列番号１または配列番号２によって定義されるすべての可能なペプチド）の混合物を含む。ある実施形態では、ペプチドは、本明細書中で記載されるように、（例えば、１以上のさらなる部分との会合により）修飾される。
【００８１】
ある実施形態では、当該組成物は、１以上の本発明のペプチドおよび１以上のさらなるペプチド、たとえばボレリアペプチドもしくは抗原、１以上の感染性ボレリア種由来のペプチドもしくは抗原、またはライム病の１以上の原因物質由来のペプチドもしくは抗原を含む。ボレリアペプチドまたは抗原は、本明細書中に記載される任意のボレリアペプチドもしくは抗原（例えば、ＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＤｂｐＡ、鞭毛関連タンパク質ＦｌａＡ（ｐ３７）およびＦｌａＢ（ｐ４１）、ＯｓｐＣ（２５ｋｄ）、ＢＢＫ３２、ＢｍｐＡ（ｐ３９）、ｐ２１、ｐ３９、ｐ６６、ｐ８３、もしくはＶｌｓＥタンパク質）、またはその任意の断片もしくはエピトープであり得る。いくつかの好適なボレリアペプチドは、たとえば米国特許出願第２００９／０１６２８７５号で記載されている。組み合わせは、個々のペプチドもしくはポリペプチドのカクテル（単純混合物）を含み得、または融合ペプチドもしくはポリペプチド（例えば、多量体ペプチド）の形態であり得るか、またはペプチドはデンドリマー（例えば、ＭＡＰＳ構造においてと同様）により、場合によって連結残基（たとえばリシン残基）を介して連結される可能性がある。本発明のペプチドを、そのＮ末端またはＣ末端で別の好適なペプチドに融合させることができる。２コピー以上の本発明のペプチドを、単独で、または１以上のさらなるペプチドと組み合わせて、互いに結合させることができる。融合および非融合ペプチドまたはポリペプチドの組み合わせを用いることができる。一実施形態において、さらなるペプチドは、ボレリアペプチドもしくは抗原由来のＢ細胞および／またはＴ細胞エピトープ、感染性ボレリア種由来のペプチドもしくは抗原、あるいはライム病の原因物質由来のペプチドもしくは抗原を含む。
【００８２】
別の態様において、本発明は、本発明のペプチドをコード化する配列を含む核酸を提供する。本発明の核酸は全微生物ゲノムよりも少ないゲノムを含み、１本鎖または２本鎖であり得る。核酸は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、化学的に合成されたＲＮＡもしくはＤＮＡまたはそれらの組み合わせであり得る。核酸は、タンパク質、脂質、および他のポリヌクレオチドなどの他の成分を含まないように精製することができる。例えば、核酸は、５０％、７５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％精製することができる。本発明の核酸は本明細書中に記載されるペプチドをコード化する。ある実施形態では、核酸は、配列番号１〜７０の配列、またはその組み合わせを有するペプチドをコード化する。本発明の核酸は、他のヌクレオチド配列、たとえばリンカーをコードする配列、シグナル配列、ＴＭＲストップトランスファー配列、膜貫通ドメイン、またはタンパク質精製で有用なリガンド、たとえばグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、ヒスチジンタグ、およびブドウ球菌タンパク質Ａを含む可能性がある。
【００８３】
本発明の核酸を単離することができる。「単離された」核酸は、天然では結合する５'および３'フランキングゲノム配列の一方または両方と直接隣接しないものである。単離された核酸は、たとえば、任意の長さの組換えＤＮＡ分子であり得る。ただし、天然では、天然に存在するゲノム中の組換えＤＮＡ分子に直接隣接して見いだされる核酸配列が除去されているかまたは存在しないものとする。単離された核酸は、天然に存在しない核酸分子も含む。本発明の核酸は、免疫原性ペプチドをコード化する断片も含み得る。本発明の核酸は、完全長ポリペプチド、ペプチド断片、および変異体または融合ペプチドをコード化することができる。
【００８４】
本発明の核酸を、少なくとも一部では、例えば、感染した個体からの血液、血清、唾液、または組織などの生物試料中に存在する核酸配列から単離することができる。核酸は、例えば、自動合成装置を用いて、実験室で合成することもできる。ＰＣＲなどの増幅法を用いて、核酸を、少なくとも一部では、ポリペプチドをコード化するゲノムＤＮＡまたはｃＤＮＡのいずれかから増幅することができる。
【００８５】
本発明の核酸は、天然に存在するポリペプチドのコーディング配列を含み得るか、または天然に存在しない改変された配列をコード化することができる。所望により、核酸を、例えば、複製起点、プロモーター、エンハンサー、または宿主細胞において本発明のポリヌクレオチドの発現を引き起こす他の調節エレメントをはじめとする発現制御エレメントを含む発現ベクター中にクローンすることができる。発現ベクターは、例えば、ｐＢＲ３２２、ｐＵＣ、もしくはＣｏｌＥ１などのプラスミド、またはアデノウイルス２型ベクターもしくは５型ベクターなどのアデノウイルスベクターであり得る。場合によって、これらに限定されるものではないが、シンドビスウイルス、シミアンウイルス４０、アルファウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、ならびにサイトメガロウイルスおよびレトロウイルスベクター、たとえばネズミ肉腫ウイルス、マウス乳ガンウイルス、モロニーネズミ白血病ウイルス、およびラウス肉腫ウイルスをはじめとする他のベクターを用いることができる。ミニ染色体、たとえばＭＣおよびＭＣ１、バクテリオファージ、ファージミド、酵母人工染色体、細菌人工染色体、ウイルス粒子、ウイルス様粒子、コスミド（ファージラムダｃｏｓ部位が挿入されているプラスミド）およびレプリコン（細胞中で自身の制御下で複製できる遺伝因子）も用いることができる。
【００８６】
発現制御配列に機能的に連結されたポリヌクレオチドを調製し、宿主細胞においてそれらを発現する方法は、当該技術分野で周知である。たとえば、米国特許第４，３６６，２４６号を参照。ポリヌクレオチドの転写および／または翻訳を引き起こす１以上の発現制御エレメントに隣接または近接した位置にある場合に、本発明の核酸は機能的に連結される。
【００８７】
したがって、例えば、本発明のペプチドを、通常の遺伝子操作技術にしたがって組換え的に産生することができる。本発明の組換えペプチドを産生するために、ペプチドをコード化する核酸を好適な発現系に挿入する。一般的に、選択されたペプチドをコード化するポリヌクレオチド配列が発現制御配列に機能的に連結されて、当該ペプチドの発現が可能になる、組換え分子またはベクターが構築される。例えば、細菌、ウイルス、酵母、真菌、昆虫またはほ乳動物発現系を含むベクターをはじめとする多種の適切な発現ベクターが当該技術分野で公知である。そのような発現ベクターを得る方法および使用する方法は周知である。本発明の組成物または方法について用いられるこれらの分子生物学技術のガイダンスについては、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｍｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ，  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，８：２７７−２９８  （Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｅｄｉｔｉｏｎ）、Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  （ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．，  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｅｄｉｔｉｏｎ），  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，  ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｖｏｌ．  ６２，  （Ｔｕａｎ，  ｅｄ．，  Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｔｏｔｏｗａ，  Ｎ．Ｊ．，  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｅｄｉｔｉｏｎ）、およびＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  （Ａｕｓａｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ，  Ｅｄｓ．，）  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  ＮＹ  （ｃｕｒｒｅｎｔ  ｅｄｉｔｉｏｎ）、ならびにそれらの引用文献を参照。
【００８８】
したがって、本発明は、本発明の核酸を含むベクター、およびそのようなベクターを含む宿主細胞も提供する。ある実施形態では、ベクターはシャトルベクターである。他の実施形態において、ベクターは、発現ベクター（例えば、細菌または真核生物発現ベクター）である。ある実施形態では、宿主細胞は細菌細胞である。他の実施形態において、宿主細胞は真核生物細胞である。
【００８９】
この方法による本発明のトランスフェクションの組換え核酸またはベクターに好適な宿主細胞または細胞系には細菌細胞が含まれる。例えば、大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）の種々の株（例えば、ＨＢ１０１、ＭＣ１０６１）がバイオテクノロジーの分野で宿主細胞として周知である。枯草菌（Ｂ．  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、ストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、および他の桿菌などの種々の株もこの方法で用いることができる。あるいは、本発明のペプチドは、通常の手順を用いて、酵母、昆虫、ほ乳動物、または他の細胞型で発現することができる。
【００９０】
本発明は、組換えペプチドまたはポリペプチドを産生するための方法であって、例えば、エレクトロポレーションなどの通常の手段により、本発明のポリヌクレオチドを含む少なくとも１つの発現ベクターで、発現制御配列（例えば、転写調節配列）の制御下で宿主細胞をトランスフェクトまたは形質転換する工程を含む方法も提供する。トランスフェクトまたは形質転換された宿主細胞を次いで、ペプチドまたはポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養する。発現されたペプチドまたはポリペプチドは、細胞から（または細胞外で発現される場合は培地から）、ＨＰＬＣ、ＦＰＬＣなどを用いた順相もしくは逆相などの液体クロマトグラフィー、無機リガンドまたはモノクローナル抗体などを用いたアフィニティークロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、固定化金属キレートクロマトグラフィー、ゲル電気泳動などをはじめとする当業者に公知の適切な手段により、回収、単離、そして場合により精製される。当業者は、本発明の範囲から逸脱することなく、最も適切な単離および精製技術を選択することができる。当業者は、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）、キャピラリー電気泳動、カラムクロマトグラフィー（例えば、高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ））、またはアミノ末端アミノ酸分析をはじめとする標準的方法を用いることにより、ペプチドまたはポリペプチドの純度を測定することができる。
【００９１】
方法
別の態様において、本発明は、試料においてボレリア抗原のエピトープに対する抗体を検出する方法を提供する。ある実施形態では、当該方法は、試料を本発明のペプチドと接触させる工程、および、該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、前記試料中のボレリア抗原のエピトープに対する抗体の存在を表す工程を含む。ある実施形態では、ボレリア抗原は感染性ボレリア種由来である。ある実施形態では、ボレリア抗原は、病原性ボレリア種、たとえば狭義のボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ  ｓｅｎｓｕ  ｓｔｒｉｃｔｏ）、ボレリア・アフゼリ、またはボレリア・ガリニ由来である。ライム病に関与するボレリアの他の種、たとえばＢ．ルシタニアエ（ｌｕｓｉｔａｎｉａｅ）およびＢ．バライシアナエ（ｖａｌａｉｓｉａｎａｅ）も、本発明のペプチドと特異的に反応できる抗体を誘導するならば、本発明の方法を用いて検出することができる。したがって、「病原性ボレリア」という用語は、本明細書中で用いられる場合、ライム病を引き起こす任意のそのようなボレリア種を指すと理解されるべきである。
【００９２】
ある実施形態では、当該方法は、試料を、２、３、４、またはそれ以上（例えば、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、またはそれ以上）の異なる本発明のペプチドの混合物と接触させる工程を含む。ある実施形態では、当該方法は、試料を、１以上の本発明のペプチドおよび１以上の他のペプチド（例えば、ボレリアペプチド、またはその抗原断片もしくはエピトープ、たとえばＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＤｂｐＡ、鞭毛関連タンパク質ＦｌａＡ（ｐ３７）およびＦｌａＢ（ｐ４１）、ＯｓｐＣ（２５ｋｄ）、ＢＢＫ３２、ＢｍｐＡ（ｐ３９）、ｐ２１、ｐ３９、ｐ６６、ｐ８３、またはＶｌｓＥタンパク質）の混合物と接触させる工程を含む。
【００９３】
ある実施形態では、ペプチドまたは混合物中の各ペプチドは、単離された（例えば、合成および／または精製）ペプチドである。ある実施形態では、ペプチドまたはペプチドの混合物は、固体支持体に付着しているか、または固体支持体上に固定化されている。ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ（例えば、コロイド粒子、ナノ粒子、ラテックスビーズなど）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路（例えば、多孔質膜）、分析ローター中の流路、管もしくはウェル（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中）、またはセンサー（例えば、電気化学的、光学的、もしくは光電式センサー）である。
【００９４】
ある実施形態では、検出工程はＥＬＩＳＡアッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、ラテラルフローイムノアッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、凝集アッセイを実施することを含む。他の実施形態において、検出工程は、分析ローター中で試料をスピンさせることを含む。さらに他の実施形態では、検出工程は、試料を電気化学的、光学的、もしくは光電式センサーで分析することを含む。
【００９５】
本発明のペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出するための様々な通常のアッセイが数多くある。例えば、検出工程は、ＥＬＩＳＡアッセイを実施すること、ラテラルフローイムノアッセイを実施すること、凝集アッセイを実施すること、分析ローター中の試料を分析すること、または試料を電気化学的、光学的、もしくは光電式センサーで分析することを含み得る。これらの異なるアッセイは前述され、および／または当業者に周知である。
【００９６】
一実施形態では、当該方法は、感染した対象の免疫系によりその生体液組織中で産生され、本発明のペプチドまたは本発明のペプチドおよび、場合によって、１以上の好適なさらなる抗原性ポリペプチドまたはペプチドの組み合わせに対して特異的に結合することができる、ボレリア抗原（例えば、Ｂ．ブルグドルフェリ（ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）などの病原性ボレリアの抗原）に対する天然に存在する抗体の存在を検出する工程を含む。
【００９７】
好適なイムノアッセイ法は、典型的には：（例えば、患者から）抗体を含む可能性がある体液もしくは組織の試料を受け取るかまたは入手すること；分析される試料を本発明のペプチドと、特異的ペプチド−抗体複合体の形成に（例えば、ペプチドの抗体に対する特異的結合のために）有効な条件下、接触（例えば、インキュベートまたは反応）させること；および接触（反応）させた試料を抗体−ペプチド反応の存在について分析すること（例えば、抗体−ペプチド複合体の量を測定すること）を含む。多量の抗体−ペプチド複合体の存在は、対象が感染性ボレリア種にさらされ、感染性ボレリア種に感染したことを示す。ボレリア抗原に対する抗体に対して「特異的に結合する」（例えば、「特異的である」かまたは「優先的に」結合する）ペプチド（その修飾された形態を含む）は、抗体と相互作用するか、または抗体の検出を可能にするために十分な量および時間で抗体と物理的結合を形成するかもしくは物理的に結合する。「特異的に」または「優先的に」という用語により、ペプチドが、そのような抗体について、試料中の他の抗体よりも高い親和性（例えば、より高度の選択性）を有することを意味する。例えば、ペプチドはその抗体について、試料中の他の抗体についてよりも少なくとも約１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、またはそれ以上高い親和性を有する可能性がある。そのような親和性または特異性の程度は、例えば、競合的結合研究をはじめとする種々の通常の手続きによって決定することができる。ＥＬＩＳＡアッセイでは、陽性反応は、健常対照群の平均値よりも２または３標準偏差高い値として定義される。いくつかの実施形態において、ライム病の明確な血清学的診断を提供するためには、第２段アッセイが必要である。
【００９８】
「抗体を含む試料」または「試料中の抗体を検出する」などの言い回しは、抗体が含まれないかまたは検出されない試料または定量（例えば、検出未遂）を除外することを意味しない。一般的な意味で、本発明は、感染性ボレリアでの感染に反応して産生される抗体が試料中に存在するかどうかを、それが検出されるかどうかにかかわらず決定するためのアッセイを含む。
【００９９】
ペプチドおよび抗体が特異的に反応するようにするためのペプチドおよび抗体の反応条件は、当業者に周知である。たとえば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  （Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｅｄｉｔｏｒｓ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｉｎｃ）を参照。
【０１００】
当該方法は、抗体を含む可能性がある体液または組織の試料を対象から受け取るかまたは入手する工程を含む。抗体は、たとえば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、ＩｇＭ、またはＩｇＡ型のものであり得る。一般的に、ＩｇＭおよび／またはＩｇＡ抗体は、例えば、感染の初期段階での検出に関して検出される。ボレリア感染の場合、ＩｇＭ抗体が長時間持続する可能性があるが、前述のさらなるペプチドのいくつかが当該方法で用いられる場合にＩｇＧ抗体を検出することができる（例えば、鞭毛タンパク質の検出のためのペプチド）。試料は、好ましくは、入手が容易であり、静脈血試料もしくはさらには指穿刺から得られる血清または血漿であってよい。他の身体部位由来の組織または脳脊髄液（ＣＳＦ）、唾液、胃液、粘液、尿などの他の体液は、抗体を含むことが知られており、試料源として用いることができる。
【０１０１】
ペプチド抗原および試料抗体が好適な培地中で反応することが許容されたら、アッセイを実施して、抗体−ペプチド反応の有無を決定する。当業者には明らかなように、多くの種類の好適なアッセイには、免疫沈降および凝集アッセイが含まれる。
【０１０２】
本発明のある実施形態において、アッセイは、試料中の抗体を固定化する工程；本発明のペプチドを添加する工程；および、たとえば、標識されるペプチドによるか、あるいは標識された結合パートナー（例えば、ストレプトアビジン−コロイド状金複合体）またはペプチドを特異的に認識する標識された抗体などの標識された物質を添加することにより、ペプチドに結合した抗体の程度を検出する工程を含む。たとえば、図１を参照。他の実施形態において、アッセイは、本発明のペプチドを固定化する工程；抗体を含む試料を添加する工程；および、たとえば、標識（例えば、コロイド状金複合体、蛍光標識、酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ））に直接または間接的に結合した本発明の別のペプチドを添加することによるか、あるいは結合パートナーまたは試料抗体（例えば、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗イヌＩｇＧ抗体、抗イヌＩｇＭ抗体、タンパク質Ａ、タンパク質Ｇ、タンパク質Ｌ、もしくはそれらの組み合わせなど）を特異的に認識する標識された抗体などの標識された物質を添加することにより、ペプチドに結合した抗体の量を検出する工程を含む。たとえば、図３を参照。さらに他の実施形態では、アッセイは、反応物質のいずれも固定化することなく、ペプチドと抗体を含む試料とを反応させる工程、およびその後、たとえば、標識されるペプチドによるか、あるいは標識された結合パートナー（例えば、ストレプトアビジン−コロイド状金複合体）またはペプチドを特異的に認識する標識された抗体などの標識された物質を添加することにより、抗体およびペプチドの複合体の量を検出する工程を含む。
【０１０３】
本発明のペプチドの固定化は、共有的または非共有的のいずれかであり得、非共有的固定化は非特異的（例えば、たとえば、マイクロタイターウェル中のポリスチレン表面に対する非特異的結合）であり得る。固体もしくは半固体担体、支持体または表面に対する特異的または半特異的結合は、固体もしくは半固体担体、支持体または表面に対するその共有または非共有結合を可能にする部分が結合しているペプチドにより達成することができる。例えば、この部分は、担体、支持体または表面に付着している成分に対する親和性を有する可能性がある。この場合、この部分は、たとえば、６−アミノヘキサン酸などのペプチドのアミノ酸基に結合したビオチンもしくはビオチニル基またはその類似体であり得、成分はその場合アビジン、ストレプトアビジン、ニュートラビジン、またはその類似体である。別の可能性は、この部分が、アミノ酸配列Ｈｉｓ−Ｈｉｓ−Ｈｉｓ−Ｈｉｓ−Ｈｉｓ−Ｈｉｓ（配列番号７５）を有し、担体がＮｉ＋＋またはＣｏ＋＋イオンで荷電したニトリロトリ酢酸（ＮＴＡ）誘導体を含む状況である。好適な担体、支持体、および表面としては、これらに限定されるものではないが、ビーズ（例えば、磁気ビーズ、コロイド粒子またはナノ粒子、たとえばコロイド状金、またはシリカ、ラテックス、ポリスチレン、ポリカーボネート、もしくはＰＤＶＦを含むナノ粒子）、スチレン−ジビニルベンゼン、ヒドロキシル化スチレン−ジビニルベンゼンなどのコポリマーのラテックス、ポリスチレン、カルボキシル化ポリスチレン、カーボンブラックのビーズ、非活性化またはポリスチレンもしくはポリ塩化ビニル活性化ガラス、エポキシ活性化多孔性磁性ガラス、ゼラチンまたは多糖粒子または他のタンパク質粒子、赤血球、モノクローナル抗体もしくはポリクローナル抗体またはそのような抗体のＦａｂ断片が挙げられる。
【０１０４】
特異的抗体の検出用抗原を用いたイムノアッセイのプロトコルは、当該技術分野で周知である。例えば、通常のサンドイッチアッセイを用いることができるか、または通常の競合アッセイ形式を用いることができる。いくつかの好適な種類のアッセイの考察については、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（上記）を参照。ある実施形態では、本発明のペプチドは、抗体を含む試料の添加前または添加後のいずれかに、共有または非共有結合により、固体もしくは半固体表面または担体上に固定化される。
【０１０５】
特異的結合アッセイ、特にイムノアッセイを実施する装置は公知であり、本発明の方法での使用のために容易に適応させることができる。固相アッセイは、一般的に、沈殿、遠心分離、ろ過、クロマトグラフィー、または磁気などの分離工程を必要とする不均一アッセイ法よりも実施するのがより容易である。なぜなら、試薬の分離がより速く、より簡単であるからである。固相アッセイ装置としては、マイクロタイタープレート、フロースルーアッセイ装置（例えば、ラテラルフローイムノアッセイ装置）、計深棒、およびイムノキャピラリーまたはイムノクロマトグラフィーイムノアッセイ装置が挙げられる。
【０１０６】
本発明の実施形態において、固体もしくは半固体表面または担体は、マイクロタイターウェル中の底もしくは壁、フィルター表面または膜（例えば、ニトロセルロース膜もしくはＰＶＤＦ（ポリフッ化ビニリデン）膜、たとえばＩｍｍｏｂｉｌｏｎ（商標）膜）中空繊維、ビーズ状クロマトグラフィー媒体（例えば、アガロースまたはポリアクリルアミドゲル）、磁気ビーズ、繊維状セルロースマトリックス、ＨＰＬＣマトリックス、ＦＰＬＣマトリックス、ペプチドが結合した分子が、液相中に溶解または分散された場合、フィルターにより保持され得るようなサイズの分子を有する物質、ミセルを形成できるか、またはミセルの形成に関与して、ミセルを連行することなく液相の変更もしくは交換を可能にする物質、水溶性ポリマー、または任意の他の好適な担体、支持体もしくは表面である。
【０１０７】
本発明のいくつかの実施形態において、ペプチドは検出を可能にする好適な標識を備えている。単独または他の組成物もしくは化合物と共同して、検出可能なシグナルを提供できる通常の標識を用いることができる。好適な検出方法には、免疫蛍光顕微鏡検査法（共焦点顕微鏡法を含む）によるか、またはフローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）により、蛍光標識で直接的もしくは間接的に標識された薬剤を検出すること、オートラジオグラフィー、電子顕微鏡法、免疫染色、細胞下分画などにより放射標識された薬剤を検出することが含まれる。一実施形態では、放射性元素（例えば、放射性アミノ酸）をペプチド鎖中に直接組み入れ；別の実施形態では、蛍光標識を、ビオチン／アビジン相互作用、フルオレセイン結合抗体との結合などによりペプチドと結合させる。一実施形態において、抗体の検出可能な特異的結合パートナーを混合物に添加する。例えば、結合パートナーは、第１の抗体と結合する検出可能な二次抗体または他の結合剤（例えば、タンパク質Ａ、タンパク質Ｇ、タンパク質Ｌ）であり得る。この二次抗体または他の結合剤は、たとえば、放射性、酵素、蛍光、発光、または他の検出可能な標識、たとえばアビジン／ビオチン系で標識することができる。別の実施形態において、結合パートナーは、直接的または間接的に（例えばビオチン／アビジン相互作用により）酵素、たとえばホースラディッシュペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼに結合させることができる本発明のペプチドである。そのような実施形態では、検出可能なシグナルは、発色性、蛍光発生、または化学発光基質などの検出可能なシグナルを産生する酵素の基質を添加することにより産生される。
【０１０８】
結合したペプチドを検出するための「検出系」は、本明細書中で用いられる場合、ペプチドに特異的な抗体などの検出可能な結合パートナーを含み得る。一実施形態において、結合パートナーは直接的に標識される。別の実施形態において、結合パートナーは、好適な基質の存在下で検出可能なシグナルを産生できる酵素などのシグナル生成試薬と結合させる。ペプチドを固定化するための表面は、場合によって検出系を伴っていてもよい。
【０１０９】
本発明の実施形態において、検出手順は、変色について抗体−ペプチド複合体を目視検査するか、または物理化学的変化について抗体−ペプチド複合体を検査することを含む。物理化学的変化は、酸化反応または他の化学反応とともに起こり得る。それらは、分光光度計等を用いて目で検出することができる。
【０１１０】
特に有用なアッセイ形式は、ラテラルフローイムノアッセイ形式である。ヒトもしくは動物（例えば、イヌ、マウス、シカなど）免疫グロブリンに対する抗体、またはｓｔａｐｈ  ＡもしくはＧタンパク質抗体を、乾燥し、ガラス繊維パッド（試料アプリケーションパッドまたは結合体パッド）上に配置されたシグナルジェネレーターまたはレポーター（例えば、コロイド状金）で標識することができる。診断ペプチドをニトロセルロースまたはＰＶＤＦ（ポリフッ化ビニリデン）膜（例えば、Ｉｍｍｏｂｉｌｏｎ（商標）膜）などの膜上に固定化する。試料（血液、血清など）の溶液を試料アプリケーションパッド上に施用する（または結合体パッド中に流す）場合、これは標識されたレポーターを溶解し、これは次に試料中の全抗体と結合する。結果として得られる複合体は次いで、次の膜（診断ペプチドを含むＰＶＤＦまたはニトロセルロース）中に毛管作用により輸送される。診断ペプチドに対する抗体が存在するならば、それらは膜上の縞状の診断ペプチドと結合し、それによりシグナル（例えば、見ることができるかまたは可視化することができるバンド）を生成する。標識された抗体または第２の標識された抗体に対して特異的なさらなる抗体を用いて、対照シグナルを産生することができる。
【０１１１】
ラテラルフローイムノアッセイの別の形式は、リガンド（例えば、ビオチン）と結合し、標識されたリガンド受容体（例えば、ストレプトアビジン−コロイド状金）と複合体形成した本発明のペプチドまたは組成物を含む。標識されたペプチド複合体を試料アプリケーションパッドまたは結合体パッド上に配置することができる。抗ヒトＩｇＧ／ＩｇＭまたは抗動物（例えば、イヌ、マウス、シカ）ＩｇＧ／ＩｇＭ抗体または他の本発明のペプチドをＰＶＤＦのニトロセルロースなどの膜上に、試験部位（例えば、試験ライン）で固定化する。試料を試料アプリケーションパッドに添加する場合、試料中の抗体は標識されたペプチド複合体と反応するので、本発明のペプチドと結合する抗体が間接的に標識されるようになる。試料中の抗体は次いで毛管作用により次の膜（診断ペプチドを含むＰＶＤＦまたはニトロセルロース）中へ輸送され、固定化された抗ヒトＩｇＧ／ＩｇＭまたは抗動物ＩｇＧ／ＩｇＭ抗体（またはタンパク質Ａ、タンパク質Ｇ、タンパク質Ｌ、もしくはそれらの組み合わせ）または固定化された本発明のペプチドと結合する。試料抗体のいずれかが標識された本発明のペプチドと結合するならば、ペプチドと結合した標識は、試験部位で見ることができるか、または可視化することができる。この種のラテラルフロー装置の一実施形態を図２に示す。試験部位で固定化された捕捉剤として、かつ試料中の抗体と反応するための可溶性の標識された複合体として本発明のペプチドが用いられるこの種のラテラルフロー装置の別の実施形態を図３に示す。このアッセイに好適な対照としては、たとえば、試料アプリケーションパッドまたは結合体パッドに位置するニワトリＩｇＹ−コロイド状金結合体、および試験部位の近くに位置する対照部位で固定化された抗ニワトリＩｇＹ抗体を挙げることができる。
【０１１２】
血液製剤または他の生理液もしくは生体液をスクリーニングするための別のアッセイは、酵素結合免疫吸着測定法、すなわちＥＬＩＳＡである。ＥＬＩＳＡで典型的には、本発明の単離されたペプチドまたは組成物は、直接または捕捉マトリックス（例えば、抗体）を介してマイクロタイターウェルの表面に吸着される。表面上の残存する非特異的タンパク質結合部位を次いで、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、熱失活した正常ヤギ血清（ＮＧＳ）、またはＢＬＯＴＴＯ（防腐剤、塩、および消泡剤も含む脱脂粉乳の緩衝液）などの適切な作用物質でブロックする。ウェルを次いで特異的抗ボレリア（例えば、Ｂ．ブルグドルフェリ）抗体を含むと推測される生物試料とともにインキュベートする。試料をそのままで適用することができるか、または、通常、少量（０．１から５．０重量％）のタンパク質、たとえばＢＳＡ、ＮＧＳ、またはＢＬＯＴＴＯを含む緩衝液中で希釈できることが多い。特異的結合が起こるために十分な時間インキュベートした後、ウェルを洗浄して、非結合タンパク質を除去し、次いで最適濃度の適切な抗免疫グロブリン抗体（例えば、ヒト対象については、イヌ、マウス、ウシなどの別の動物由来の抗ヒト免疫グロブリン（αＨｕＩｇ））または標準的手続により酵素もしくは他の標識に結合させ、ブロッキング緩衝液中に溶解させた本発明の別のペプチドとともにインキュベートする。標識は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、ベータ−ガラクトシダーゼ、アルカリホスファターゼ、グルコースオキシダーゼなどをはじめとする種々の酵素から選択することができる。特異的結合が再度起こるために十分な時間をおき、次いでウェルを再度洗浄して非結合結合体を除去し、酵素に好適な基質を添加する。発色させ、ウェルの内容物の光学密度を目視または機器によって測定する（適切な波長で測定する）。カットオフＯＤ値は、ライム病が固有でない地域からの個体から集めた少なくとも５０の血清試料の平均ＯＤ＋３標準偏差（ＳＤ）として、または他のそのような通常の定義により定義することができる。非常に特異的なアッセイの場合、ＯＤ＋２ＳＤをカットオフ値として用いることができる。
【０１１３】
ＥＬＩＳＡの一実施形態において、本発明のペプチドを、ストレプトアビジンまたは同等のビオチン結合化合物、たとえばアビジンもしくはニュートラビジンで、アルカリ性コーティング緩衝液中最適濃度にてコーティングした９６ウェルＥＬＩＳＡプレートあるいは同等の固相などの表面上に固定化し、４℃で一晩インキュベートする。標準的な洗浄緩衝液で好適な回数洗浄した後、通常のブロッキング緩衝液中に溶解させた、最適濃度の本発明のペプチドまたは組成物のビオチン化形態を各ウェルに施用する。試料を次いで添加し、アッセイは前記のように進行する。ＥＬＩＳＡアッセイを実施するための条件は、当該技術分野で周知である。
【０１１４】
別の実施形態では、方法は凝集アッセイを含む。例えば、ある実施形態では、コロイド粒子（例えば、コロイド状金など）またはラテックスビーズを本発明のペプチドまたは組成物に結合させる。その後、生体液をビーズ／ペプチド結合体とともにインキュベートし、それにより反応混合物を形成する。反応混合物を次いで分析して、抗体の存在を究明する。ある実施形態では、凝集アッセイは、（１）競合アッセイの場合は、本発明の組成物のペプチドに特異的な抗体、または（２）サンドイッチアッセイの場合は、試料抗体（例えば、抗ヒトＩｇＧもしくはＩｇＭ抗体、抗イヌＩｇＧもしくはＩｇＭ抗体など）を検出できる抗体に結合したコロイド粒子（例えば、コロイド状金など）またはラテックスビーズなどの粒子の第２集団の使用を含む。好適な凝集法は、凝集の程度を評価する手段として遠心分離を含み得る。
【０１１５】
さらに他の実施形態において、本発明のペプチドまたは組成物をニトロセルロース紙上にエレクトロブロットまたはドットブロットする。その後、生体液（例えば、血清または血漿）などの試料をブロットされた抗原とともにインキュベートし、そして生体液中の抗体を抗原と結合させる。結合した抗体は次いで、例えば、標準的な免疫酵素法によるか、または二次抗体またはタンパク質Ａ、タンパク質Ｇ、タンパク質Ｌ、もしくはそれらの組み合わせなどの他の抗体結合剤に対するコロイド状ナノ粒子カップルを用いて可視化することにより検出できる。
【０１１６】
本発明の単離されたペプチドを対象においてボレリア抗体および病原性ボレリア（例えば、Ｂ．ブルグドルフェリ）による感染を検出するために任意の数の通常のタンパク質アッセイ形式、特にイムノアッセイ形式を利用するように設計することができることは、当業者には理解されるはずである。本発明は、したがって、特定のアッセイ形式の選択により限定されず、当業者に公知のアッセイ形式を包含すると考えられる。
【０１１７】
ある実施形態では、当該方法で使用される試料は、血液、血清、脳脊髄液、尿、または唾液などの体液である。他の実施形態において、試料は、組織（例えば、組織ホモジネート）または細胞溶解物である。ある実施形態では、試料は、野生動物（例えば、シカまたは齧歯類、例えばマウス、シマリス、リスなど）由来である。他の実施形態において、試料は、実験動物（例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、サル、霊長類など）由来である。他の実施形態において、試料は、家畜または野生動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ）由来である。さらに他の実施形態では、試料はヒト由来である。
【０１１８】
前記考察の多くは病原性ボレリアに対する抗体の検出に関する。しかし、考察は、インビトロまたはインビボのいずれかでの予備刺激されたＴ細胞の検出にも適用されると理解されるべきである。
【０１１９】
ＩｇＧが産生されるので、細胞性免疫反応（例えば、Ｔヘルパー応答）が生じると予想される。したがって、予備刺激されたＴ細胞と本発明のペプチドとの間の免疫学的反応性を測定することが可能であると予想される。インビトロでは、これは、対象から単離されたＴ細胞を本発明のペプチドとともにインキュベートし、そして免疫反応性を、例えばその後のＴ細胞増殖を測定すること、または、Ｔ細胞からのサイトカイン、例えばＩＦＮ−γの放出を測定することによって、行うことができる。これらの方法は当該分野で周知である。
【０１２０】
本発明の方法をインビボで実施する場合、種々の通常のアッセイのいずれかを用いることができる。例えば、アッセイを皮膚試験の形態で、例えば対象に本発明のペプチドを皮内注射することにより、実施することができる。注射位置での陽性の皮膚反応は、対象がライム病の原因となり得る病原性ボレリアにさらされ、これに感染したことを示し、注射位置で陰性の皮膚反応は、対象がそのように暴露／感染しなかったことを示す。このようなインビボ試験は、対象におけるＴ細胞応答の検出に依存する。
【０１２１】
別の態様において、本発明は、対象においてライム病を診断する方法を提供する。対象は、ライム病の原因物質に対する抗体を有すると推測される対象であり得る。この診断法は、ライム病の臨床症状を示す対象を診断するために有用である。
【０１２２】
ある実施形態では、この方法は、対象由来の試料を本発明のペプチドと接触させる工程、および、該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、対象がライム病に罹っていることを表す工程を含む。ある実施形態では、方法は、試料を２、３、４、またはそれ以上（例えば、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、またはそれ以上）の異なる本発明のペプチドの混合物と接触させる工程を含む。ある実施形態では、方法は、試料を１以上の本発明のペプチドと１以上の他のペプチド（例えば、ＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＤｂｐＡ、鞭毛関連タンパク質ＦｌａＡ（ｐ３７）およびＦｌａＢ（ｐ４１）、ＯｓｐＣ（２５ｋｄ）、ＢＢＫ３２、ＢｍｐＡ（ｐ３９）、ｐ２１、ｐ３９、ｐ６６、ｐ８３、またはＶｌｓＥタンパク質などのボレリアペプチド、またはその抗原断片もしくはエピトープ）との混合物と接触させる工程を含む。
【０１２３】
ある実施形態では、ペプチドまたは混合物中の各ペプチドは、単離された（例えば、合成および／または精製）ペプチドである。ある実施形態では、ペプチドまたは異なるペプチドの混合物を基質（例えば、固体または半固体支持体）に付着させるか、または基質上に固定化する。例えば、ある実施形態では、基質はビーズ（例えば、コロイド状または他の種類の粒子もしくはナノ粒子）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路（例えば、多孔質膜）、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート中）である。
【０１２４】
本発明のペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出するための様々な通常のアッセイが数多くある。例えば、検出工程は、ＥＬＩＳＡアッセイを実施すること、ラテラルフローイムノアッセイを実施すること、凝集アッセイを実施すること、分析ローター中の試料を分析すること、または試料を電気化学的、光学的、もしくは光電式センサーで分析することを含み得る。これらの異なるアッセイは前述され、および／または当業者に周知である。
【０１２５】
ある実施形態では、試料は、血液、血清、脳脊髄液、尿、または唾液などの体液である。他の実施形態において、試料は、組織（例えば、組織ホモジネート）または細胞溶解物である。ある実施形態では、対象は、野生動物（例えば、シカまたは齧歯類、例えばマウス、シマリス、リスなど）である。他の実施形態において、対象は、実験動物（例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、サル、霊長類など）である。他の実施形態において、対象は、家畜または野生動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ）である。さらに他の実施形態では、対象はヒトである。
【０１２６】
キット
更に別の態様において、本発明はキットを提供する。ある実施形態では、キットは本発明のペプチドを含む。ある実施形態では、キットは、２、３、４、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドを含む。ペプチドは、配列番号１または配列番号２の配列を含み得る。ある実施形態では、ペプチドは、固体支持体に付着しているか、または固体支持体上に固定化されている。例えば、ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ（例えば、コロイド粒子もしくはナノ粒子）、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル（たとえばプレート中）である。
【０１２７】
特定の種類のアッセイ用の試薬は、本発明のキットで提供することもできる。したがって、キットは、（例えば、凝集アッセイまたはラテラルフローアッセイに好適な）ビーズの集団、またはプレート（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイに好適なプレート）を含み得る。他の実施形態において、キットは、ラテラルフローイムノアッセイ装置、分析ローター、または電気化学的、光学的、もしくは光電式センサーなどの装置を含む。ビーズの集団、プレート、および装置はイムノアッセイを実施するために有用である。例えば、それらは、試料由来の抗体および本発明のペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出するために有用である可能性がある。ある実施形態では、ペプチド、本発明の異なるペプチドの混合物、または本発明のペプチド組成物をビーズ、プレート、もしくは装置に付着させるかまたは固定化させる。
【０１２８】
加えて、キットは、種々の希釈剤および緩衝液、標識された結合体または特異的に結合した抗原もしくは抗体の検出用の他の作用物質、および他のシグナル生成試薬、例えば酵素基質、コファクターおよびクロモゲンを含み得る。キットの他の成分を当業者は容易に決定することができる。そのような成分は、コーティング試薬、本発明のペプチドに特異的なポリクローナルもしくはモノクローナル捕捉抗体、または２以上の抗体のカクテル、標準としてこれらの抗原の精製もしくは半精製抽出物、モノクローナル抗体ディテクター抗体、抗マウス、抗イヌ、抗ニワトリ、もしくは抗ヒト抗体とそれに結合したインジケーター分子、比色用表示図、使い捨て手袋、除染指示書、アプリケ−タースティックまたは容器、試料準備カップなどを含み得る。一実施形態において、キットは、緩衝液またはペプチド−抗体複合体を形成させる反応培地を構成するために適切な他の試薬を含む。
【０１２９】
そのようなキットは、Ｂ．ブルグドルフェリなどの病原性ボレリアによる感染を診断するための臨床検査室に好都合で有効な手段を提供する。したがって、ある実施形態では、キットは使用説明書をさらに含む。例えば、ある実施形態では、キットは、ボレリア抗原に対する抗体を検出するためまたはライム病を診断するための本発明のペプチドの使用法を示す使用説明書を含む。ある実施形態では、キットは、ボレリア抗原に対する抗体を検出するためまたはライム病を診断するためのビーズの集団、プレート、または装置（例えば、本発明のペプチドまたは異なるペプチドの混合物を含む）の使用法を示す使用説明書を含む。
【０１３０】
本発明のペプチド、当該ペプチドを含む組成物および装置、キットおよび方法は、多くの利点をもたらす。例えば、これらにより、簡単で、安価、迅速、感受性かつ正確なライム病の検出が可能になり、梅毒、慢性関節炎、および多発性硬化症などの疾患をはじめとする、筋肉痛、関節痛、倦怠感もしくは発熱などの「ライム様」症状を有する他の疾患との血清学的交差反応を回避する。これにより、正確な診断が可能になる。さらに、本発明の診断検査（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、または凝集アッセイ）は、抗ＯｓｐＡ抗体またはボレリアの細胞表層タンパク質に基づくワクチンに反応して産生される他の抗体を含む血清試料において有用である。本発明のＶｌｓＥ  ＩＲ６ペプチドは、そのような抗体と交差反応せず、それにより、予防接種を受けた個体を、Ｂ．ブルグドルフェリに自然に感染した個体から識別することが可能になる。
【０１３１】
参照により組み込まれる文書中の定義が本明細書中で提供される定義と一致しない場合は、本明細書中で提供する定義が支配する。本発明の好ましい実施形態を参照して本発明を記載したが、当業者には明らかであるような、種々の変化および修飾を、本発明の精神から逸脱することなくなすことができると理解されるべきである。したがって、本発明は以下の請求の範囲によってのみ限定される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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