(57)【要約】炎症反応およびその他の細胞反応を調節する組成物であって、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド（その活性断片および／または変異体を含む）を含む組成物を提供する。炎症性疾患または炎症状態のように、炎症の調節による恩恵を受ける状態の治療に、前記組成物を用いる方法も提供する。別の態様では、本発明は、本発明による組成物を投与することによって、治療を必要とする被検体の疾患、障害、またはその他の状態を治療する方法を提供する。
2013513390.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
炎症反応を調節する組成物であって、単離アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチド（このポリペプチドは炎症反応を調節する）、または、その生物学的に活性な断片、スプライス変異体、もしくは変異体と、製薬学的に許容可能な担体とを含む組成物。
【請求項２】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがチロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）、グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）、グリシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＧｌｙＲＳ）、ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨｉｓＲＳ）、セリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＳＲＳ）、フェニルアラニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｈｅＲＳ）、アラニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｌａＲＳ）、アスパラギニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｎＲＳ）、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）、システイニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＣｙｓＲＳ）、グルタミルｔＲＮＡシンテターゼ（ＥＲＳ）、プロリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｒｏＲＳ）、アルギニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＲＲＳ）、イソロイシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＩＲＳ）、ロイシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＬＲＳ）、リシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＫＲＳ）、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＴＲＳ）、メチオニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＭＲＳ）、またはバリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＶＲＳ）である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ＡＡＲＳポリペプチドのタンパク質分解断片を含む、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記ポリペプチドをプロテアーゼとともにインビトロでインキュベートすることによって、前記タンパク質分解断片の配列が抽出される、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
前記ＡＡＲＳポリペプチドを細胞内で組み換え発現させることによって、前記タンパク質分解断片の配列が抽出され、前記細胞が、１つ以上の組み換えプロテアーゼまたは内因性プロテアーゼを含む、請求項３に記載の組成物。
【請求項６】
前記タンパク質分解断片が、内因性の天然ＡＡＲＳタンパク質分解断片の配列を含む、請求項３に記載の組成物。
【請求項７】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがＹＲＳポリペプチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項８】
前記ＹＲＳポリペプチドがＣ末端でトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１〜５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１０】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約５０〜１００個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１１】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１００〜１５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１２】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、または１０のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１５０〜２００個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１３】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、または１０のアミノ酸配列を含み、少なくとも約２００〜２５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１４】
前記ＹＲＳポリペプチドがＮ末端でトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１５】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１〜５０個のアミノ酸残基がＮ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１６】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約５０〜１００個のアミノ酸残基がＮ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１００〜１５０個のアミノ酸残基がＮ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１８】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、または１０のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１５０〜２００個の残基がＮ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、または１０のアミノ酸配列を含み、少なくとも約２００〜２５０個のアミノ酸残基がＮ末端からトランケートされている、請求項７に記載の組成物。
【請求項２０】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号２に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含み、３４１番のアラニンがチロシンで置換されていない、請求項７に記載の組成物。
【請求項２１】
前記ＹＲＳポリペプチドが、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項２２】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがＧｌｙＲＳポリペプチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項２３】
前記ＧｌｙＲＳポリペプチドが、配列番号１６に示されている完全長ヒトグリシルｔＲＮＡシンテターゼ配列の断片である、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記断片が、配列番号１６の３６７〜４３８番のアミノ酸残基、またはその活性変異体を含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ＧｌｙＲＳポリペプチドが、配列番号１６に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２６】
前記ＧｌｙＲＳポリペプチドが、配列番号１６の５７〜６８５番、２１４〜６８５番、２３９〜６８５番、３１１〜６８５番、４３９〜６８５番、５１１〜６５８番、２１４〜４３８番、３６７〜４３８番、２１４〜４２０番、２１４〜３３８番、８５〜１２７番、１〜２１３番、１〜６１番、８５〜２１４番、３３３〜６８５番、１２８〜６８５番、２６５〜６８５番、４８３〜６８５番、もしくは２５〜５６番のアミノ酸残基、またはその活性断片を含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２７】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがＱＲＳポリペプチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項２８】
前記ＱＲＳポリペプチドが、配列番号２５に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
前記ＱＲＳポリペプチドがＣ末端でトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３０】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１〜５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３１】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約５０〜１００個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３２】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１００〜１５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３３】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１５０〜２００個の残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３４】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約２００〜２５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３５】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約２５０〜３５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３６】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約３５０〜４５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３７】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約４５０〜５００個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３８】
前記ＱＲＳポリペプチドが配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約５００〜５５０個のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３９】
前記ＱＲＳポリペプチドが、配列番号２５、または、配列番号３６〜１０３もしくは１０９〜１１５のうちのうちのいずれか１つ以上の１〜１８３番、１〜２２０番、１〜２４９番、または１〜２００番のアミノ酸残基を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項４０】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがＨｉｓＲＳポリペプチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項４１】
ＨｉｓＲＳスプライス変異体ポリペプチドを含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４２】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、ＨｉｓＲＳのＷＨＥＰドメインを少なくとも含む、請求項４０または４１に記載の組成物。
【請求項４３】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、ＨｉｓＲＳのアンチコドン結合ドメインを少なくとも含む、請求項４０または４１に記載の組成物。
【請求項４４】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、アミノアシル化機能ドメインを欠損している、請求項４０または４１に記載の組成物。
【請求項４５】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、ＨｉｓＲＳのＷＨＥＰドメインと、ＨｉｓＲＳのアンチコドン結合ドメインを少なくとも含むが、アミノアシル化機能ドメインを欠損している、請求項４０または４１に記載の組成物。
【請求項４６】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、配列番号２８、３０、または３２に示されている配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４７】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、配列番号２８、３０、または３２に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４８】
前記ＨｉｓＲＳポリペプチドが、配列番号２８、３０、または３２に示されている配列の少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項４０または４１に記載の組成物。
【請求項４９】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがＷＲＳポリペプチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項５０】
前記ＷＲＳポリペプチドが、配列番号３３〜３５のうちのいずれか１つ以上に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５１】
前記ＷＲＳポリペプチドが、配列番号３３〜３５のうちのいずれか１つ以上の生物学的に活性な断片を含む、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５２】
前記ＡＡＲＳポリペプチドがアスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）である、請求項１に記載の組成物。
【請求項５３】
前記ＡｓｐＲＳポリペプチドが、配列番号１０５に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５４】
配列番号１０５の１〜１５４番のアミノ酸から本質的になる、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５５】
被検体の炎症反応を調節するための医薬組成物であって、請求項１〜５４のうちのいずれか一項に記載のアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチドと、製薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
【請求項５６】
炎症反応を調節する方法であって、炎症反応調節活性を有する有効濃度のアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチドと細胞を接触させ、それによって炎症反応を調節することを含む方法。
【請求項５７】
前記細胞が免疫細胞または血管細胞である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記免疫細胞が顆粒球、リンパ球、単球／マクロファージ、樹状細胞、または肥満細胞である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記顆粒球が好中球、好酸球、または好塩基球である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記リンパ球がＢ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記血管細胞が平滑筋細胞、内皮細胞、または線維芽細胞である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６２】
インビトロまたはエキソビボで前記細胞を接触させることを含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項６３】
前記細胞を被検体に投与することをさらに含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記ＡＡＲＳポリペプチドを被検体に直接投与することによって、被検体内で前記細胞を接触させることを含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項６５】
急性炎症反応を低減すること、慢性炎症反応を低減すること、またはこれらの両方を含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項６６】
急性炎症反応を増大させること、慢性炎症反応を増大させること、またはこれらの両方を含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項６７】
１つ以上の免疫細胞または血管細胞の活性化、炎症分子の分泌、増殖、活性、移動、または粘着を調節することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項６８】
１つ以上の炎症分子のレベルまたは活性を調節することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項６９】
前記１つ以上の炎症分子が、補体系、キニン系、凝固系、または線維素溶解系のうちのいずれか１つ以上の血漿由来炎症分子を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記１つ以上の炎症分子が、リソソーム果粒、血管作用性アミン、エイコサノイド、サイトカイン、急性期タンパク質、または一酸化窒素のうちのいずれか１つ以上の細胞由来炎症分子を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７１】
前記１つ以上のサイトカインが、表ＪおよびＫに記載のサイトカインから選択される、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
ＴＮＦ−α、ＩＬ−２、ＭＩＰ−１β、ＩＬ−１２（ｐ４０）、ＫＣ、ＭＩＰ−２、またはＩＬ−１０のうちのいずれか１つ以上のレベルまたは活性を調節することを含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
皮膚、毛包、神経系、聴覚系・平衡器官、呼吸系、胃食道組織、胃腸系、脈管系、肝臓、胆嚢、リンパ／免疫系、泌尿生殖系、筋骨格系、脂肪組織、乳房、および内分泌系から選択した１つ以上の組織、組織系、または器官と関連する炎症反応または炎症状態を調節することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項７４】
Ｉ型過敏症、ＩＩ型過敏症、ＩＩＩ型過敏症、ＩＶ型過敏症、即時型過敏症、抗体媒介過敏症、免疫複合体媒介過敏症、Ｔリンパ球媒介過敏症、および遅延型過敏症から選択した過敏症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項７５】
家族性地中海熱、ＴＮＦ受容体関連周期性症候群（ＴＲＡＰＳ）、高ＩｇＤ症候群（ＨＩＤＳ）、ＣＩＡＳ１関連疾患（マックル・ウェルズ症候群、家族性寒冷自己炎症性症候群、および新生児期発症多臓器性炎症性疾患、ＰＡＰＡ症候群（無菌性関節炎、壊疽性膿皮症）、ざ瘡）、ならびにブラウ症候群から選択した自己炎症状態を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項７６】
前立腺癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、肺癌、卵巣癌、精巣癌、胃癌、膀胱癌、膵癌、肝癌、腎癌、脳腫瘍、黒色腫、非黒色腫皮膚癌、骨肉種、リンパ腫、白血病、甲状腺癌、子宮内膜癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、神経芽細胞腫、多形グリア芽腫、および非ホジキンリンパ腫から選択した癌と関連する炎症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項７７】
全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）と関連する炎症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項７８】
サイトカインストームと関連する炎症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項７９】
肉芽腫性炎症、線維素性炎症、化膿性炎症、漿液性炎症、または潰瘍炎症のうちのいずれか１つ以上と関連する炎症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項８０】
１つ以上の創傷と関連する炎症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項８１】
慢性閉塞性肺障害（ＣＯＰＤ）と関連する炎症を治療することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項８２】
炎症反応を増大させて、原発性または続発性免疫不全を治療すること含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項８３】
前記原発性免疫不全が、複合型Ｔ細胞・Ｂ細胞免疫不全、抗体欠損症、明確に定義済みの症候群、免疫異常調節疾患、食細胞障害、自然免疫障害、または補体欠損症である、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記炎症状態が、関節リウマチ、糖尿病、または心臓血管疾患と関連するものである、請求項７３に記載の方法。
【請求項８５】
１つ以上の免疫細胞または血管細胞の活性と関連する炎症状態を調節することを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項８６】
前記免疫細胞が顆粒球、リンパ球、単球／マクロファージ、樹状細胞、または肥満細胞である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記顆粒球が好中球、好酸球、または好塩基球である、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記リンパ球がＢ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞である、請求項８６に記載の方法。
【請求項８９】
前記血管細胞が平滑筋細胞、内皮細胞、または線維芽細胞である、請求項８６に記載の方法。
【請求項９０】
前記炎症状態が好中球媒介性状態、マクロファージ媒介性状態、またはリンパ球媒介性状態である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９１】
非標準的な生物学的活性を有する単離グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）ポリペプチド、またはその活性変異体。
【請求項９２】
前記非標準的な生物学的活性が、細胞増殖の調節、アポトーシスの調節、Ａｋｔ媒介性細胞シグナル伝達の調節、細胞代謝の調節、およびサイトカイン産生の調節からなる群から選択される、請求項９１に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９３】
前記活性変異体がその長さに沿って、配列番号２５、３６〜１０３、または１０９〜１１５のうちのいずれか１つと少なくとも９０％の同一性を有する、請求項９１に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９４】
前記活性変異体がその長さに沿って、配列番号２５の１〜１８３番、１〜２２０番、１〜２４９番、または１〜２００番のアミノ酸残基と少なくとも９０％の同一性を有する、請求項９１に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９５】
配列番号２５の断片である、請求項９１に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９６】
前記断片がタンパク質分解断片である、請求項９５に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９７】
前記ＱＲＳポリペプチドをプロテアーゼとともにインビトロでインキュベートすることによって、前記タンパク質分解断片の配列が抽出される、請求項９６に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９８】
前記ＱＲＳポリペプチドを細胞内で組み換え発現させることによって、前記タンパク質分解断片の配列が抽出され、前記細胞が、１つ以上の組み換えプロテアーゼまたは内因性プロテアーゼを含む、請求項９６に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項９９】
前記タンパク質分解断片が、内因性の天然ヒトまたはマウスＱＲＳタンパク質分解断片の配列を含む、請求項９６に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項１００】
配列番号２５の１〜１８３番、１〜２２０番、１〜２４９番、もしくは１〜２００番のアミノ酸残基、または、その活性断片もしくは変異体を含む、請求項９８に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項１０１】
配列番号２５の１〜１８３番、１〜２２０番、１〜２４９番、もしくは１〜２００番のアミノ酸残基、または、その活性断片もしくは変異体から本質的になる、請求項９８に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項１０２】
配列番号３６〜１０３または１０９〜１１５のうちのいずれか１つを含む、請求項９に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項１０３】
配列番号３６〜１０３または１０９〜１１５のうちのいずれか１つから本質的になる、請求項９に記載の単離ＱＲＳポリペプチド。
【請求項１０４】
請求項９１〜１０３のうちのいずれか一項に記載のポリペプチドと、異種の融合パートナーとを含む融合ポリペプチド。
【請求項１０５】
請求項９１〜１０４のうちのいずれか一項に記載のポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項１０６】
請求項１０５に記載の単離ポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
【請求項１０７】
請求項１０６に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項１０８】
請求項９１に記載の単離グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドを少なくとも１つ含む二量体または多量体。
【請求項１０９】
組成物であって、
生理学的に許容可能な担体と、
（ｉ）請求項９１に記載の単離ポリペプチド、
（ｉｉ）請求項１０４に記載の融合タンパク質、
（ｉｉｉ）請求項１０５に記載の単離ポリヌクレオチド、
（ｉｖ）請求項１０６に記載の発現ベクター、および
（ｖ）請求項１０８に記載の二量体または多量体、
からなる群から選択される少なくとも１つの構成成分と、
を含む組成物。
【請求項１１０】
細胞活性を調節する方法であって、請求項１０９に記載の組成物と細胞または組織を接触させることを含む方法。
【請求項１１１】
前記細胞活性が、細胞移動、細胞増殖、血管新生、アポトーシス、Ａｋｔ媒介性細胞シグナル伝達、細胞代謝、およびサイトカイン産生からなる群から選択される、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記細胞活性がＴＮＦ−αの活性または分泌である、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１３】
前記細胞活性がＩＬ−１２の活性または分泌である、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１４】
ある状態を治療する方法であって、その治療を必要とする被検体に、請求項１０９に記載の組成物を投与することを含み、前記状態が、炎症性疾患、自己免疫疾患、腫瘍性疾患、代謝疾患、神経系疾患、感染、心臓血管疾患、および異常血管新生と関連する疾患からなる群から選択される方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９（ｅ）条に基づき、２００９年１２月１１日に出願された米国特許仮出願第６１／２８５，９１３号、２００９年１２月１１日に出願された米国特許仮出願第６１／２８５，９２３号、及び２００９年１２月１１日に出願された米国特許仮出願第６１／２８５，９１９号の優先権を主張するものであり、これらの内容の全体は、参照により組み込まれる。
【０００２】
配列表に関する陳述
本出願と関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、それによって、参照により本明細書に組み込まれる。本発明の配列表を含むテキストファイルの名称は１２０１６１＿４２０ＰＣ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。このテキストファイルは１１５ＫＢであり、２０１０年１２月１０日に作成され、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
【０００３】
本発明は広くは、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド（そのトランケート体、タンパク質分解断片、および／または変異体を含む）を含む組成物、ならびに、炎症およびその他の細胞応答を調節する目的で前記組成物を用いる方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
ｔＲＮＡ分子のアミノアシル化を触媒するアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは、翻訳プロセス中に遺伝情報を解読するのに不可欠である。高等真核生物では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは他のポリペプチドと結合して、超分子多酵素複合体を形成する。真核生物の各ｔＲＮＡシンテターゼは、原核生物のｔＲＮＡシンテターゼ相当物と密接に関連するコア酵素と、このコア酵素のアミノ末端またはカルボキシル末端に付加されている１つ以上の付加ドメインからなる。ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）は例えば、原核生物および下等真核生物のＹＲＳ分子の一部ではないカルボキシル末端ドメインを有する。
【０００５】
チロシルｔＲＮＡシンテターゼ、トリプトファンｔＲＮＡシンテターゼなどのようなアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは、特にシグナル伝達経路における活性を含め、哺乳類細胞における広範な機能と関連している。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチド（そのトランケート断片、タンパク質分解断片、および変異体を含む）を含む組成物が炎症反応を調節し、それによって炎症を調節するという予想外の発見に本発明の実施形態は由来する。したがって、これらのＡＡＲＳポリペプチドは、様々な炎症性疾患または炎症状態を治療するのに有用である。
【０００７】
よって、本発明の実施形態は広くは、炎症を調節する組成物であって、１つ以上の単離アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチド、またはその生物学的に活性な断片もしくは変異体を含み、前記ポリペプチドが炎症を調節する組成物に関する。特定の実施形態では、前記ＡＡＲＳポリペプチドは、チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）、グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）、グリシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＧｌｙＲＳ）、ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨｉｓＲＳ）、セリルｔＲＮＡシンテターゼ、フェニルアラニルｔＲＮＡシンテターゼ、アラニルｔＲＮＡシンテターゼ、アスパラギニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｎＲＳ）、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）、システイニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＣｙｓＲＳ）、グルタミルｔＲＮＡシンテターゼ、プロリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｒｏＲＳ）、アルギニルｔＲＮＡシンテターゼ、イソロイシルｔＲＮＡシンテターゼ、ロイシルｔＲＮＡシンテターゼ、リシルｔＲＮＡシンテターゼ、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼ、メチオニルｔＲＮＡシンテターゼ、またはバリルｔＲＮＡシンテターゼである。
【０００８】
特定の実施形態は、前記ＡＡＲＳポリペプチドのタンパク質分解断片を含む。特定の実施形態では、このタンパク質分解断片の配列は、前記ポリペプチドをプロテアーゼとともにインビトロでインキュベートすることによって抽出する。特定の実施形態では、タンパク質分解断片の配列は、ＡＡＲＳポリペプチドを細胞内で組み換え発現させることによって抽出する。この際、前記細胞は１つ以上の組み換えプロテアーゼまたは内因性プロテアーゼを含む。特定の実施形態では、前記タンパク質分解断片は、内因性の天然ヒトまたはマウスＡＡＲＳタンパク質分解断片の配列を含む。
【０００９】
特定の実施形態では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼはＹＲＳポリペプチドである。特定の実施形態では、ＹＲＳポリペプチドはそのＣ末端でトランケートされている。特定の実施形態では、ＹＲＳポリペプチドは、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１〜５０番、５０〜１００番、１００〜１５０番、１５０〜２００番、または約２００〜２５０番のアミノ酸残基がＣ末端でトランケートされている。
【００１０】
特定の実施形態では、ＹＲＳポリペプチドはそのＮ末端でトランケートされている。特定の実施形態では、ＹＲＳポリペプチドは、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１〜５０番、５０〜１００番、５０〜１００番、１００〜１５０番、１５０〜２００番、または約２００〜２５０番のアミノ酸残基がＮ末端でトランケートされている。
【００１１】
特定の実施形態では、ＹＲＳポリペプチドは、配列番号２に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含み、３４１番のアラニンはチロシンに置換されていない。特定の実施形態では、ＹＲＳポリペプチドは、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。
【００１２】
特定の実施形態では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼはＧｌｙＲＳポリペプチドである。特定の実施形態では、ＧｌｙＲＳポリペプチドは、配列番号１６に示されている完全長ヒトグリシルｔＲＮＡシンテターゼ配列の断片である。特定の実施形態では、この断片は、配列番号１６の３６７〜４３８番のアミノ酸残基、またはその活性変異体を含む。特定の実施形態では、ＧｌｙＲＳポリペプチドは、配列番号１６に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＧｌｙＲＳポリペプチドは、配列番号１６の５７〜６８５番、２１４〜６８５番、２３９〜６８５番、３１１〜６８５番、４３９〜６８５番、５１１〜６５８番、２１４〜４３８番、３６７〜４３８番、２１４〜４２０番、２１４〜３３８番、８５〜１２７番、１〜２１３番、１〜６１番、８５〜２１４番、３３３〜６８５番、１２８〜６８５番、２６５〜６８５番、４８３〜６８５番、もしくは２５〜５６番のアミノ酸残基、またはその活性断片を含む。
【００１３】
特定の実施形態では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼはＱＲＳポリペプチドである。特定の実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは、配列番号２５に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＱＲＳポリペプチドはそのＣ末端でトランケートされている。特定の実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは配列番号２５のアミノ酸配列を含み、少なくとも約１〜５０番、５０〜１００番、５０〜１００番、１００〜１５０番、１５０〜２００番、２００〜２５０番、２５０〜３００番、３００〜３５０番、３５０〜４００番、４００〜４５０番、４５０〜５００番、または約５００〜５５０番のアミノ酸残基がＣ末端からトランケートされている。特定の実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは、配列番号２５、または、配列番号３６〜１０３もしくは１０９〜１１５のうちのうちのいずれか１つ以上の１〜１８３番、１〜２２０番、１〜２４９番、または１〜２００番のアミノ酸残基を含む。
【００１４】
特定の実施形態では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼはＨｉｓＲＳポリペプチドである。特定の実施形態は、ＨｉｓＲＳのスプライス変異体ポリペプチドを含む。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは少なくとも、ＨｉｓＲＳのＷＨＥＰドメインを含む。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは少なくとも、ＨｉｓＲＳのアンチコドン結合ドメインを含む。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは、アミノアシル化機能ドメインを欠損している。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは少なくとも、ＨｉｓＲＳのＷＨＥＰドメインと、ＨｉｓＲＳのアンチコドン結合ドメインを含むが、アミノアシル化機能ドメインを欠損している。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは、配列番号２８、３０、または３２に示されている配列を含む。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは、配列番号２８、３０、または３２に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは、配列番号２８、３０、または３２に示されている配列の少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含む。
【００１５】
特定の実施形態では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼはＷＲＳポリペプチドである。特定の実施形態では、ＷＲＳポリペプチドは、配列番号３３〜３５のうちのいずれか１つ以上に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＷＲＳポリペプチドは、配列番号３３〜３５のうちのいずれか１つ以上の生物学的に活性な断片を含む。
【００１６】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドはアスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）である。特定の実施形態では、ＡｓｐＲＳポリペプチドは、配列番号１０５に示されているアミノ酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＡｓｐＲｓポリペプチドは、配列番号１０５の１〜１５４番のアミノ酸から本質的になる。
【００１７】
特定の実施形態は、被検体の炎症反応を調節するための医薬組成物であって、請求項１〜５４のうちのいずれか一項に記載のアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチドと、製薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物を含む。
【００１８】
特定の実施形態は、炎症反応を調節する方法であって、炎症反応調節活性を有する有効濃度のアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチドと細胞を接触させ、それによって炎症反応を調節することを含む方法を含む。
【００１９】
特定の実施形態では、前記細胞は免疫細胞または血管細胞である。特定の実施形態では、免疫細胞は顆粒球、リンパ球、単球／マクロファージ、樹状細胞、または肥満細胞である。特定の実施形態では、顆粒球は好中球、好酸球、または好塩基球である。特定の実施形態では、リンパ球はＢ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、またはγδＴ細胞である。特定の実施形態では、血管細胞は平滑筋細胞、内皮細胞、または線維芽細胞である。
【００２０】
特定の実施形態は、インビトロまたはエキソビボで前記細胞を接触させることを含む。特定の実施形態は、前記細胞を被検体に投与することを含む。特定の実施形態は、前記ＡＡＲＳポリペプチドを被検体に直接投与することによって、前記細胞を被検体内で接触させることを含む。
【００２１】
特定の実施形態は、急性炎症反応を低減すること、慢性炎症反応を低減すること、またはこれらの両方を含む。特定の実施形態は、急性炎症反応を増大させること、慢性炎症反応を増大させること、またはこれらの両方を含む。特定の実施形態は、１つ以上の免疫細胞または血管細胞の活性化、炎症分子の分泌、増殖、活性、移動、または粘着を調節することを含む。特定の実施形態は、１つ以上の炎症分子のレベルまたは活性を調節することを含む。
【００２２】
特定の実施形態では、前記１つ以上の炎症分子は、補体系、キニン系、凝固系、または線維素溶解系のうちのいずれか１つ以上の血漿由来炎症分子を含む。特定の実施形態では、前記１つ以上の炎症分子は、リソソーム果粒、血管作用性アミン、エイコサノイド、サイトカイン、急性期タンパク質、または一酸化窒素のうちのいずれか１つ以上の細胞由来炎症分子を含む。特定の実施形態では、前記１つ以上のサイトカインは、表ＪおよびＫに記載のサイトカインから選択する。特定の実施形態は、ＴＮＦ−α、ＩＬ−２、ＭＩＰ−１β、ＩＬ−１２（ｐ４０）、ＫＣ、ＭＩＰ−２、またはＩＬ−１０のうちのいずれか１つ以上のレベルまたは活性を調節することを含む。
【００２３】
特定の実施形態は、皮膚、毛包、神経系、聴覚系・平衡器官、呼吸系、胃食道組織、胃腸系、脈管系、肝臓、胆嚢、リンパ／免疫系、泌尿生殖系、筋骨格系、脂肪組織、乳房、および内分泌系から選択した１つ以上の組織、組織系、または器官と関連する炎症反応または炎症状態を調節することを含む。
【００２４】
特定の実施形態は、Ｉ型過敏症、ＩＩ型過敏症、ＩＩＩ型過敏症、ＩＶ型過敏症、即時型過敏症、抗体媒介性過敏症、免疫複合体媒介性過敏症、Ｔリンパ球媒介性過敏症、および遅延型過敏症から選択した過敏症を治療することを含む。
【００２５】
特定の実施形態は、家族性地中海熱、ＴＮＦ受容体関連周期性症候群（ＴＲＡＰＳ）、高ＩｇＤ症候群（ＨＩＤＳ）、ＣＩＡＳ１関連疾患（マックル・ウェルズ症候群、家族性寒冷自己炎症性症候群、および新生児期発症多臓器性炎症性疾患）、ＰＡＰＡ症候群（無菌性関節炎、壊疽性膿皮症、ざ瘡）、ならびにブラウ症候群から選択した自己炎症状態を治療することを含む。
【００２６】
特定の実施形態は、前立腺癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、肺癌、卵巣癌、精巣癌、胃癌、膀胱癌、膵癌、肝癌、腎癌、脳腫瘍、黒色腫、非黒色腫皮膚癌、骨肉種、リンパ腫、白血病、甲状腺癌、子宮内膜癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、神経芽細胞腫、多形グリア芽腫、および非ホジキンリンパ腫から選択した癌と関連する炎症を治療することを含む。
【００２７】
特定の実施形態は、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）と関連する炎症を治療することを含む。特定の実施形態は、サイトカインストームと関連する炎症を治療することを含む。特定の実施形態は、肉芽腫性炎症、線維素性炎症、化膿性炎症、漿液性炎症、または潰瘍炎症のうちのいずれか１つ以上と関連する炎症を治療することを含む。特定の実施形態は、１つ以上の創傷と関連する炎症を治療することを含む。特定の実施形態は、慢性閉塞性肺障害（ＣＯＰＤ）と関連する炎症を治療することを含む。
【００２８】
特定の実施形態は、炎症反応を増大させて、原発性または続発性免疫不全を治療すること含む。特定の実施形態では、原発性免疫不全は、複合型Ｔ細胞・Ｂ細胞免疫不全、抗体欠損症、明確に定義済みの症候群、免疫異常調節疾患、食細胞障害、自然免疫障害、または補体欠損症である。
【００２９】
特定の実施形態は、１つ以上の免疫細胞または血管細胞の活性と関連する炎症状態を調節することを含む。特定の実施形態では、前記免疫細胞は顆粒球、リンパ球、単球／マクロファージ、樹状細胞、または肥満細胞である。特定の実施形態では、前記顆粒球は好中球、好酸球、または好塩基球である。特定の実施形態では、前記リンパ球はＢ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞である。特定の実施形態では、前記血管細胞は平滑筋細胞、内皮細胞、または線維芽細胞である。特定の実施形態では、前記炎症状態は、好中球媒介性状態、マクロファージ媒介性状態、またはリンパ球媒介性状態である。
【００３０】
本発明の特定の態様は、特定のグルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）ポリペプチドが、治療的関連性のある非標準的な生物学的活性を有するという発見に由来する。したがって、１つの態様によれば、本発明は、少なくとも１つの非標準的な生物学的活性を有する単離ＱＲＳポリペプチド、ならびに、前記非標準的な活性を実質的に保持するその活性断片および変異体を提供する。「非標準的な活性」とは、本明細書で使用する場合、広くは、本発明のＱＲＳポリペプチドが有する活性のうち、アミノアシル化以外の活性を、さらに具体的には、ｔＲＮＡＧｌｎ分子にグルタミンを付加する以外の活性を指す。本明細書に詳述されているように、特定の実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドが示す非標準的な生物学的活性としては、細胞増殖の調節、アポトーシスの調節、細胞シグナル伝達（例えばＡｋｔを介するもの）の調節、血管新生の調節、細胞移動の調節、細胞結合の調節、細胞代謝の調節、サイトカイン産生（例えばＩＬ−１２、ＴＮＦ−α）の調節などを挙げてよいが、これらに限らない。
【００３１】
特定の実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドは、完全長哺乳類ＱＲＳタンパク質の連続する断片である。さらに具体的な実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは、配列番号２５、３６〜１０３、または１０９〜１１５に示されているヒトまたはマウスＱＲＳタンパク質配列の連続する断片である。実例的には、この断片は、完全長でなく、さらに、目的の非標準的な生物学的活性を少なくとも１つ保持していれば、本質的にいずれの長さのものであってよい。特定の実例的な実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドのサイズは、約１０〜５０個、１０〜１００個、１０〜１５０個、１０〜２００個、１０〜２５０個、１０〜３００個、１０〜３５０個、１０〜４００個、１０〜４５０個、１０〜５００個、１０〜５５０個、１０〜６００個、１０〜６５０個、１０〜７００個、または１０〜７５０個の範囲のアミノ酸の長さとなる。特定の実例的な実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドのサイズは、約２０〜５０個、２０〜１００個、２０〜１５０個、２０〜２００個、２０〜２５０個、２０〜３００個、２０〜３５０個、２０〜４００個、２０〜４５０個、２０〜５００個、２０〜５５０個、２０〜６００個、２０〜６５０個、２０〜７００個、または２０〜７５０個の範囲のアミノ酸の長さとなる。別の実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドのサイズは、約５０〜１００個、５０〜１５０個、５０〜２００個、５０〜２５０個、５０〜３００個、５０〜３５０個、５０〜４００個、５０〜４５０個、５０〜５００個、５０〜５５０個、５０〜６００個、５０〜６５０個、５０〜７００個、または５０〜７５０個の範囲のアミノ酸の長さとなる。別の実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドのサイズは、約１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜２５０個、１００〜３００個、１００〜３５０個、１００〜４００個、１００〜４５０個、１００〜５００個、１００〜５５０個、１００〜６００個、１００〜６５０個、１００〜７００個、または１００〜７５０個の範囲のアミノ酸の長さとなる。さらに別の実例的な実施形態では、本発明のＱＲＳポリペプチドのサイズは、約２００〜２５０個、２００〜３００個、２００〜３５０個、２００〜４００個、２００〜４５０個、２００〜５００個、２００〜５５０個、２００〜６００個、２００〜６５０個、２００〜７００個、または２００〜７５０個の範囲のアミノ酸の長さとなる。
【００３２】
本発明のさらなる実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは、配列番号２５に示されているヒトＱＲＳタンパク質配列のようなＱＲＳタンパク質配列の断片の活性変異体（すなわち、目的の非標準的な生物学的活性を少なくとも１つ保持する変異体）を含む。より特定的な実施形態では、この活性変異体はその長さに沿って、配列番号２５、３６〜１０３、または１０９〜１１５に示されているヒトまたはマウスＱＲＳ配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、または９９％の同一性を有するポリペプチドである。
【００３３】
本発明の他の実施形態は、非標準的な活性を１つ以上有するＱＲＳスプライス変異体および点突然変異体（天然か非天然かは問わない）を提供する。本発明の別の実施形態は、非標準的な活性を１つ以上有するＱＲＳタンパク質分解断片（内因的に（すなわち細胞内で）産生されたか、インビトロで産生されたかは問わない）を提供する。特定の実施形態では、前記タンパク質分解断片の配列は、ＱＲＳポリペプチドをプロテアーゼとともにインビトロでインキュベートすることによって同定する。特定の実施形態では、前記タンパク質分解断片の配列は、ＱＲＳポリペプチドを細胞内で組み換え発現させることによって特定する。この際、前記細胞は１つ以上の組み換えプロテアーゼまたは内因性プロテアーゼを含む。特定の実施形態では、前記タンパク質分解断片は、内因性の天然ヒトまたはマウスＱＲＳタンパク質分解断片の配列を含む。
【００３４】
本発明のさらに特定的な実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは、配列番号２５のヒトＱＲＳ配列の断片であって、１〜１８３番（Ｑ１）、１〜２２０番（Ｑ２）、１〜２４９番（Ｑ３）、または１〜２００番（Ｑ４）までのアミノ酸残基を含むか、もしくは本質的にこれらからなる断片、または、目的の非標準的な生物学的活性を少なくとも１つ実質的に保持するその活性断片もしくは変異体を含む。特定の実施形態では、ＱＲＳポリペプチド断片は、配列番号３６〜１０３、または１０９〜１１５のうちのいずれか１つを含むか、またはこれらから本質的になる。
【００３５】
本発明の別の態様によれば、本明細書に記載されているようなＱＲＳポリペプチドを少なくとも１つと、異種の融合パートナーとを含む融合タンパク質を提供する。
【００３６】
本発明の別の態様によれば、本明細書に記載されているようなポリペプチドおよび融合タンパク質をコードする単離ポリヌクレオチドとともに、前記ポリヌクレオチドを含む発現ベクターと、前記発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。
【００３７】
本発明のさらに別の態様によれば、生理学的に許容可能な担体と、本明細書に記載されているような本発明の単離ポリペプチド、融合タンパク質、抗体、単離ポリヌクレオチド、発現ベクター、宿主細胞などのうちの少なくとも１つを含む組成物、例えば医薬組成物を提供する。
【００３８】
また本発明は別の態様では、本明細書に記載されているような本発明の組成物と細胞または組織を接触させることによって細胞活性を調節する方法であって、調節対象である前記細胞活性が、細胞増殖、アポトーシス、細胞シグナル伝達、細胞代謝、血管新生、細胞移動、細胞結合、サイトカイン産生などからなる群から選択される方法を提供する。
【００３９】
別の態様では、本発明は、本発明による組成物を投与することによって、治療を必要とする被検体の疾患、障害、またはその他の状態を治療する方法を提供する。実例として、前記疾患、障害、または状態としては、癌、炎症性疾患もしくは炎症状態、免疫疾患（自己免疫疾患を含む）、および／または異常血管新生と関連する状態を挙げてよいが、これらに限らない。
【００４０】
配列表
配列番号１は、ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）の完全長アミノ酸配列である。
【００４１】
配列番号２は、完全長ヒトＹＲＳのＹ３４１Ａ変異体のアミノ酸配列である。
【００４２】
配列番号３は、Ｃ末端（１〜３６４番のアミノ酸）がトランケートされたヒトＹＲＳのアミノ酸配列である。
【００４３】
配列番号４は、ヒトＹＲＳの完全長アミノ酸配列（配列番号１）をコードするポリヌクレオチド配列である。
【００４４】
配列番号５は、８個のアミノ酸タグの配列を示している。
【００４５】
配列番号６は、ＳＰ１ヒトＹＲＳスプライス変異体のアミノ酸配列である。
【００４６】
配列番号７は、ＳＰ１ヒトＹＲＳスプライス変異体（配列番号６）をコードするポリヌクレオチド配列である。
【００４７】
配列番号８は、ＳＰ２ヒトＹＲＳスプライス変異体のアミノ酸配列である。
【００４８】
配列番号９は、ＳＰ２ヒトＹＲＳスプライス変異体（配列番号８）をコードするポリヌクレオチド配列である。
【００４９】
配列番号１０は、ＳＰ３ヒトＹＲＳスプライス変異体のアミノ酸配列である。
【００５０】
配列番号１１は、ＳＰ３ヒトＹＲＳスプライス変異体（配列番号１０）をコードするポリヌクレオチド配列である。
【００５１】
配列番号１２は、ＳＰ４ヒトＹＲＳスプライス変異体のアミノ酸配列である。
【００５２】
配列番号１３は、ＳＰ４ヒトＹＲＳスプライス変異体（配列番号１２）をコードするポリヌクレオチド配列である。
【００５３】
配列番号１４は、ＳＰ５ヒトＹＲＳスプライス変異体のアミノ酸配列である。
【００５４】
配列番号１５は、ＳＰ５ヒトＹＲＳスプライス変異体（配列番号１４）をコードするポリヌクレオチド配列である。
【００５５】
配列番号１６は、ヒト細胞質グリシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＧｌｙＲＳ）の完全長アミノ酸配列である。
【００５６】
配列番号１７は、配列番号１６のＧｌｙＲＳポリペプチドをコードする核酸配列である。
【００５７】
配列番号１８〜２４は、ＧｌｙＲＳ断片の境界を割り出す際に解析した実例的なペプチド配列を表している。
【００５８】
配列番号２５は、ヒトグルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）の完全長アミノ酸配列である。
【００５９】
配列番号２６および２７は、ＱＲＳ断片の境界を割り出す際に解析した実例的なペプチド配列を表している。
【００６０】
配列番号２８は、ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨｉｓＲＳ）タンパク質（ＮＰ＿００２１００．２）の完全長アミノ酸配列である。
【００６１】
配列番号２９は、ＨｉｓＲＳ−ＳＶ９スプライス変異体をコードする核酸配列である。
【００６２】
配列番号３０は、配列番号２９によってコードされるＨｉｓＲＳ−ＳＶ９スプライス変異体ポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００６３】
配列番号３１は、ＨｉｓＲＳ−ＳＶ１１スプライス変異体をコードする核酸配列である。
【００６４】
配列番号３２は、配列番号３１によってコードされるＨｉｓＲＳ−ＳＶ１１スプライス変異体ポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００６５】
配列番号３３は、ヒトトリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）の主要アイソフォームのアミノ酸配列である。
【００６６】
配列番号３４は、ヒトＷＲＳのトランケート変異体（Ｔ２）のアミノ酸配列である。
【００６７】
配列番号３５は、ヒトＷＲＳのトランケート変異体（Ｔｏｌｔｒｕｐ）のアミノ酸配列である。
【００６８】
配列番号３６〜１０３は、ヒトＱＲＳの各種の内因性ペプチド断片を表している。
【００６９】
配列番号１０４は、ヒトフェニルアラニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｈｅＲＳ）スプライス変異体（ＰｈｅＲＳ＿ＳＶ１Ｐ）のアミノ酸配列である。
【００７０】
配列番号１０５は、完全長ヒトアスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）ポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００７１】
配列番号１０６は、ヒトＷＲＳのＮ末端断片（Ｆ１、１〜４７１番のアミノ酸）のアミノ酸配列である。
【００７２】
配列番号１０７は、ヒトＷＲＳのスプライス変異体（ミニＷＲＳ、４８〜４７１番のアミノ酸）のアミノ酸配列である。
【００７３】
配列番号１０８は、ヒトＷＲＳ）の断片（Ｔ１、７１〜４７１番のアミノ酸）のアミノ酸配列である。
【００７４】
配列番号１０９〜１１５は、ヒトＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得た天然の内因性ヒトＱＲＳタンパク質分解断片である。
【００７５】
配列番号１６６は、マウスグルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ｍＱＲＳ）の完全長アミノ酸配列である。
【００７６】
配列番号１１７は、配列番号２５のヒトＱＲＳポリペプチドをコードする核酸配列である。
【図面の簡単な説明】
【００７７】
【図１Ａ】チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが、好中球の肺への移動に及ぼす作用を示す図である。図１Ａは、デキサメタゾンで処理したポジティブコントロール細胞と、未処理のコントロール細胞との比較におけるＹ３４１Ａの作用を、図１ＢはミニＹＲＳの作用を示す図である（実施例１を参照されたい）。
【図１Ｂ】チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが、好中球の肺への移動に及ぼす作用を示す図である。図１Ａは、デキサメタゾンで処理したポジティブコントロール細胞と、未処理のコントロール細胞との比較におけるＹ３４１Ａの作用を、図１ＢはミニＹＲＳの作用を示す図である（実施例１を参照されたい）。
【図２Ａ】ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが、顆粒球の肺への移動に及ぼす作用を示す図である。図２Ａは、好中球の移動の減少を示す図であり、図２Ｂは、好酸球の移動の減少を示す図である（実施例１を参照されたい）。
【図２Ｂ】ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが、顆粒球の肺への移動に及ぼす作用を示す図である。図２Ａは、好中球の移動の減少を示す図であり、図２Ｂは、好酸球の移動の減少を示す図である（実施例１を参照されたい）。
【図３】ＣＸＣＲ−２受容体でトランスフェクションした２９３細胞株およびＣＨＯ細胞株の移動をチロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが刺激することを示す図である（実施例２を参照されたい）。図２４の左側のグラフは、２９３／ＣＸＣＲ−２細胞の結果を示しており、図２４の右側のグラフは、ＣＨＯ／ＣＸＣＲ−２細胞の結果を示している。
【図４】ＹＲＳポリペプチドの多形核（ＰＭＮ）細胞の移動に対する刺激作用を示す図である（実施例３を参照されたい）。
【図５Ａ】Ｄ１  ＡｓｐＲＳポリペプチド（配列番号１０５の１〜１５４番のアミノ酸）に応答してインビボおよびインビトロでサイトカインが放出されることを示す図である。図５Ａは、１０ｍｇ／ｋｇのＤ１を静脈内注入したマウスのＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０の循環血清中レベルを示している。ＴＮＦ−αは早い時点では増大したが、速やかに除去された一方で、抗炎症性サイトカインのＩＬ−１０は、時間が経っても増加し続けた。図５Ｂは、Ｄ１を注入したマウスから採った５つのサイトカインのインビボの血清中レベルを示している。図５Ｃは、Ｄ１で刺激したＰＢＭＣのインビボ解析を示しており、４時間後の時点でＴＮＦ−αが増大しており（完全長ＤＲＳよりも著しく高い）、図５Ｄは、分泌されたＩＬ−１０のレベルが、ＰＢＭＣをＤ１で処理してから２４時間後の時点に大幅に増大していることを示している。
【図５Ｂ】Ｄ１  ＡｓｐＲＳポリペプチド（配列番号１０５の１〜１５４番のアミノ酸）に応答してインビボおよびインビトロでサイトカインが放出されることを示す図である。図５Ａは、１０ｍｇ／ｋｇのＤ１を静脈内注入したマウスのＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０の循環血清中レベルを示している。ＴＮＦ−αは早い時点では増大したが、速やかに除去された一方で、抗炎症性サイトカインのＩＬ−１０は、時間が経っても増加し続けた。図５Ｂは、Ｄ１を注入したマウスから採った５つのサイトカインのインビボの血清中レベルを示している。図５Ｃは、Ｄ１で刺激したＰＢＭＣのインビボ解析を示しており、４時間後の時点でＴＮＦ−αが増大しており（完全長ＤＲＳよりも著しく高い）、図５Ｄは、分泌されたＩＬ−１０のレベルが、ＰＢＭＣをＤ１で処理してから２４時間後の時点に大幅に増大していることを示している。
【図５Ｃ】Ｄ１  ＡｓｐＲＳポリペプチド（配列番号１０５の１〜１５４番のアミノ酸）に応答してインビボおよびインビトロでサイトカインが放出されることを示す図である。図５Ａは、１０ｍｇ／ｋｇのＤ１を静脈内注入したマウスのＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０の循環血清中レベルを示している。ＴＮＦ−αは早い時点では増大したが、速やかに除去された一方で、抗炎症性サイトカインのＩＬ−１０は、時間が経っても増加し続けた。図５Ｂは、Ｄ１を注入したマウスから採った５つのサイトカインのインビボの血清中レベルを示している。図５Ｃは、Ｄ１で刺激したＰＢＭＣのインビボ解析を示しており、４時間後の時点でＴＮＦ−αが増大しており（完全長ＤＲＳよりも著しく高い）、図５Ｄは、分泌されたＩＬ−１０のレベルが、ＰＢＭＣをＤ１で処理してから２４時間後の時点に大幅に増大していることを示している。
【図５Ｄ】Ｄ１  ＡｓｐＲＳポリペプチド（配列番号１０５の１〜１５４番のアミノ酸）に応答してインビボおよびインビトロでサイトカインが放出されることを示す図である。図５Ａは、１０ｍｇ／ｋｇのＤ１を静脈内注入したマウスのＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０の循環血清中レベルを示している。ＴＮＦ−αは早い時点では増大したが、速やかに除去された一方で、抗炎症性サイトカインのＩＬ−１０は、時間が経っても増加し続けた。図５Ｂは、Ｄ１を注入したマウスから採った５つのサイトカインのインビボの血清中レベルを示している。図５Ｃは、Ｄ１で刺激したＰＢＭＣのインビボ解析を示しており、４時間後の時点でＴＮＦ−αが増大しており（完全長ＤＲＳよりも著しく高い）、図５Ｄは、分泌されたＩＬ−１０のレベルが、ＰＢＭＣをＤ１で処理してから２４時間後の時点に大幅に増大していることを示している。
【図６】組み換えＨＲＳ−ＳＶ９およびＨＲＳ−ＳＶ１１スプライス変異体ポリペプチドが、活性化Ｊｕｒｋａｔ  Ｔ細胞内のＩＬ−２の分泌を高めることを示す図である。細胞をＨＲＳ−ＳＶ９またはＨＲＳ−ＳＶ１１の存在下または非存在下で、ＰＭＡ（２５ｎｇ／ｍｌ）およびイオノマイシン（２５０ｎｇ／ｍｌ）で処理し、４８時間後、培地をＥＬＩＳＡによって解析した。
【図７】ＨＲＳ−ＳＶ９がＰＢＭＣを刺激して、用量依存的にＴＮＦ−αを分泌させたことを示す図である。
【図８】ＱＲＳ（配列番号２５）のドメイン構造およびアミノ酸配列を示すとともに、完全長ＱＲＳの内因性タンパク質分解によって産生されたＱＲＳの断片（配列番号１１６および１１７）のＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分離結果を示す図である。
【図９】過剰発現および精製のために大腸菌タンパク質発現ベクターにクローニングしたＱＲＳ断片（Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、およびＱ４として表されている）を示す図である。
【図１０】４つのすべてのＱＲＳ断片（Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、およびＱ４）で前処理したところ、０．５ＥＵ・ｍｌのＬＰＳによる刺激後、ＰＢＭＣから放出されるＴＮＦ−αの量が抑制されたことを示す図である。
【図１１】Ｑ４の断片で前処理したところ、０．５ＥＵ／ｍｌのＬＰＳによる刺激後、４〜２４時間後にＰＢＭＣから放出されるＴＮＦ−αの量が抑制されたことを示す図である。
【図１２】ＱＲＳのＱ４断片で前処理したところ、ＬＰＳによる刺激後、ＰＢＭＣから放出されるＩＬ−１２（ｐ４０）の量が抑制されたことを示す図である。
【図１３Ａ】ＡＡＲＳポリペプチドのＴＨＰ−１細胞の移動に対する阻害作用を示す図である。図１３Ａは、ＨｉｓＲＳが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｂは、ＡｓｐＲＳが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｃは、ｐ４３ポリペプチドが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−５への移動を阻害する作用を示している。
【図１３Ｂ】ＡＡＲＳポリペプチドのＴＨＰ−１細胞の移動に対する阻害作用を示す図である。図１３Ａは、ＨｉｓＲＳが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｂは、ＡｓｐＲＳが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｃは、ｐ４３ポリペプチドが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−５への移動を阻害する作用を示している。
【図１３Ｃ】ＡＡＲＳポリペプチドのＴＨＰ−１細胞の移動に対する阻害作用を示す図である。図１３Ａは、ＨｉｓＲＳが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｂは、ＡｓｐＲＳが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｃは、ｐ４３ポリペプチドが、ＴＨＰ−１の化学誘引物質ＣＣＬ−５への移動を阻害する作用を示している。
【図１４】マクロファージ由来の細胞質のＱＲＳペプチド画分（青）、および馴化培地のＱＲＳペプチド画分（赤）のタンパク質トポグラフィーおよび移動解析プラットフォーム（ＰＲＯＴＯＭＡＰ）とともに、ＱＲＳポリペプチド配列の説明を示す図であり、（紫）は、ペプチドが、細胞質の画分と馴化培地の画分の両方に存在していたことを示している。実施例５を参照されたい。
【図１５Ａ】図１４のＰＲＯＭＡＰに対応する天然の内因性ＱＲＳペプチド断片のアミノ酸配列を示す図である。これらの図では、（青、イタリック体）は、細胞質ゾルで検出されたペプチドに相当し、（赤、下線付き）は、馴化培地で検出されたペプチドに相当し、（紫、下線付きイタリック体）は、両方のサンプルで検出されたペプチドに相当する。図１５Ａは、バンド６（完全長ＱＲＳ）のペプチド断片を示しており、図１５Ｂは、バンド９（Ｃ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示しており、図１５Ｃ〜Ｄは、バンド１９および２０（Ｎ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示している。
【図１５Ｂ】図１４のＰＲＯＭＡＰに対応する天然の内因性ＱＲＳペプチド断片のアミノ酸配列を示す図である。これらの図では、（青、イタリック体）は、細胞質ゾルで検出されたペプチドに相当し、（赤、下線付き）は、馴化培地で検出されたペプチドに相当し、（紫、下線付きイタリック体）は、両方のサンプルで検出されたペプチドに相当する。図１５Ａは、バンド６（完全長ＱＲＳ）のペプチド断片を示しており、図１５Ｂは、バンド９（Ｃ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示しており、図１５Ｃ〜Ｄは、バンド１９および２０（Ｎ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示している。
【図１５Ｃ】図１４のＰＲＯＭＡＰに対応する天然の内因性ＱＲＳペプチド断片のアミノ酸配列を示す図である。これらの図では、（青、イタリック体）は、細胞質ゾルで検出されたペプチドに相当し、（赤、下線付き）は、馴化培地で検出されたペプチドに相当し、（紫、下線付きイタリック体）は、両方のサンプルで検出されたペプチドに相当する。図１５Ａは、バンド６（完全長ＱＲＳ）のペプチド断片を示しており、図１５Ｂは、バンド９（Ｃ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示しており、図１５Ｃ〜Ｄは、バンド１９および２０（Ｎ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示している。
【図１５Ｄ】図１４のＰＲＯＭＡＰに対応する天然の内因性ＱＲＳペプチド断片のアミノ酸配列を示す図である。これらの図では、（青、イタリック体）は、細胞質ゾルで検出されたペプチドに相当し、（赤、下線付き）は、馴化培地で検出されたペプチドに相当し、（紫、下線付きイタリック体）は、両方のサンプルで検出されたペプチドに相当する。図１５Ａは、バンド６（完全長ＱＲＳ）のペプチド断片を示しており、図１５Ｂは、バンド９（Ｃ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示しており、図１５Ｃ〜Ｄは、バンド１９および２０（Ｎ末端ＱＲＳ断片）のペプチド断片を示している。
【図１６Ａ】スタウロスポリンで処理したヒトＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得た内因性ＱＲＳペプチド（青、イタリック体）のアミノ酸配列を示す図である。図１８Ａは、スタウロスポリン（ＳＴＳ）で４時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１８のペプチド、図１８Ｂは、スタウロスポリン（ＳＴＳ）で４時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１９のペプチドを示している。図１８Ｃは、ＳＴＳで６時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１８のペプチドを示している。
【図１６Ｂ】スタウロスポリンで処理したヒトＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得た内因性ＱＲＳペプチド（青、イタリック体）のアミノ酸配列を示す図である。図１８Ａは、スタウロスポリン（ＳＴＳ）で４時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１８のペプチド、図１８Ｂは、スタウロスポリン（ＳＴＳ）で４時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１９のペプチドを示している。図１８Ｃは、ＳＴＳで６時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１８のペプチドを示している。
【図１６Ｃ】スタウロスポリンで処理したヒトＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得た内因性ＱＲＳペプチド（青、イタリック体）のアミノ酸配列を示す図である。図１８Ａは、スタウロスポリン（ＳＴＳ）で４時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１８のペプチド、図１８Ｂは、スタウロスポリン（ＳＴＳ）で４時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１９のペプチドを示している。図１８Ｃは、ＳＴＳで６時間処理したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から得たバンド１８のペプチドを示している。
【発明を実施するための形態】
【００７８】
本発明は、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）、およびＡＡＲＳ由来の特定のポリペプチドが、治療的関連性のある非標準的な生物学的活性を有するという発見に由来する。すなわち、１つの態様によれば、本発明は、非標準的な生物学的活性を少なくとも１つ有する単離ＡＡＲＳポリペプチドとともに、前記非標準的な活性を実質的に保持するその活性断片および変異体を提供する。
【００７９】
「非標準的な活性」とは、本明細書で使用する場合、広くは、本発明のＡＡＲＳポリペプチドが有する活性のうち、ｔＲＮＡ分子へのアミノ酸付加物以外の活性を指す。本明細書に詳述されているように、特定の実施形態では、本発明のＡＡＲＳポリペプチドが示す非標準的な生物学的活性としては、インビボ、エキソビボ、インビトロを問わず、急性炎症反応、慢性炎症反応、全身炎症反応、局所炎症反応、および細胞レベルの炎症反応を含む炎症反応の調節を挙げてよいが、これらに限らない。炎症反応調節活性の例としては、各種免疫細胞の成長、活性、または輸送の調節、および、各種サイトカインの産生または分泌の調節が挙げられるが、これらに限らない。したがって、本発明の実施形態は、炎症反応を増大または低下させ、それによって、炎症と関連する疾患または状態の治療および予防の際に治療上有効な活性を持たせることなどによって炎症を調節するＡＡＲＳポリペプチド（そのトランケート体、スプライス変異体、タンパク質分解断片、および変異体を含む）を含む。
【００８０】
併行してＡＡＲＳポリペプチドを用いることが、他の治療よりも有益な点としては例えば、従来型の治療とは異なる作用機序、炎症性シグナル伝達との相乗作用、高い効能、および脱免疫化分子を用いることと関連する有益性が挙げられる。他の有益点は、当業者には明らかであろう。
【００８１】
本発明の実施の際には、特に別段の定めのない限り、当該技術分野における分子生物学の従来の方法および組み換えＤＮＡ技法を用いることになり、これらの多くは、実例を示す目的で後述されている。これらの技法は文献に十分に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２０００）、ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｄ．Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．）、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｎ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｐ．Ｈｅｒｄｅｗｉｊｎ，ｅｄ．，２００４）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，１９８５）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ｍｏｄｅｒｎ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｂｕｚｄｉｎ  ａｎｄ  Ｌｕｋｙａｎｏｖ，ｅｄｓ．，２００９）、Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，１９８４）、Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８６）、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｒ．Ｉ．（２００５）Ｃｕｌｔｕｒｅ  ｏｆ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌｓ，ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｂａｓｉｃ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｈｏｂｏｋｅｎ  ＮＪ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ（３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  ２０１０）、Ｆａｒｒｅｌｌ，Ｒ．，ＲＮＡ  Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｇｕｉｄｅ  ｆｏｒ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ（３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  ２００５）を参照されたい。
【００８２】
本明細書で引用されているすべての文献、特許、および特許出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００８３】
定義
別段の定めのない限り、本明細書で用いられるすべての技術用語および科学用語の意味は、本発明の属する分野の通常の知識を有する物によって広く理解されている意味と同じである。本発明の実施および試験の際には、本明細書に記載されている方法および材料と類似または同等のいずれの方法および材料も使用することができるが、好ましい方法および材料について説明する。本発明の目的のために、下記の用語について以下で定義する。
【００８４】
「ａ」および「ａｎ」という冠詞は、本明細書では、冠詞の文法上の対象の１つまたは２つ以上（すなわち少なくとも１つ）を指す目的で使用する。例として、「ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ」は、１つまたは２つ以上の要素を意味する。
【００８５】
「約」は、基準とする数量、レベル、値、数、頻度、比率、寸法、サイズ、量、重量、または長さと３０％、２５％、２０％、２５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、または１％ほど異なる数量、レベル、値、数、頻度、比率、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
【００８６】
「生物学的に活性な断片」という用語は、基準のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の断片に適用する場合、基準配列の少なくとも約０．１％、０．５％、１％、２％、５％、１０％、１２％、１４％、１６％、１８％、２０％、２２％、２４％、２６％、２８％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、１００％、１１０％、１２０％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％以上の活性を有する断片を指す。配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、および１０９〜１１５の代表的な基準のポリペプチド配列、または、配列番号４、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、および３１の代表的な基準のヌクレオチド配列など、基準のアミノアシルｔＲＮＡトランスフェラーゼポリヌクレオチドまたはポリペプチドの炎症反応調節活性を含むか、またはコードする少なくとも約１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１２０個、１４０個、１６０個、１８０個、２００個、２２０個、２４０個、２６０個、２８０個、３００個、３２０個、３４０個、３６０個、３８０個、４００個、４２０個、４４０個、４６０個、４８０個、または５００個超（これらの間のすべての整数を含む）の連続するヌクレオチドまたはアミノ酸残基の長さの生物学的に活性な断片が本発明の範囲内に含まれる。
【００８７】
生物学的に活性な断片としては、基準のＡＡＲＳ配列の天然スプライス変異体、およびＡＡＲＳポリペプチドのタンパク質分解断片も挙げられる。
【００８８】
「タンパク質分解断片」またはタンパク質分解断片の配列は、様々な技法に従って同定または抽出することができる。例えば、本明細書で例示されているように、タンパク質分解断片は、ＡＡＲＳポリペプチドを所定のプロテアーゼとともにインキュベートするなどによってインビトロで同定することも、内因的に（すなわちインビボで）同定することもできる。特定の実施形態では、例えば１つ以上の所定のプロテアーゼを含むように変性させたか、ＡＡＲＳポリペプチドに作用することのできる１つ以上のプロテアーゼを天然の状態で含む所定の微生物または真核細胞内でＡＡＲＳポリペプチドを組み換え発現させ、内因的に産生させたタンパク質分解断片を前記微生物または真核細胞から単離し、特徴付けることによって、内因性タンパク質分解断片を生成または同定することができる。このようなタンパク質分解断片の例としては、本明細書に記載されているＱ１〜Ｑ４、および表Ｃ−１に示されているタンパク質分解断片（それらの変異体も含む）が挙げられる。
【００８９】
特定の実施形態では、天然の内因性タンパク質分解断片は例えば、様々な細胞部分（例えば細胞質ゾル、膜、核）、および／または、様々な細胞型（ＲＡＷマクロファージ（例えばＲＡＷ２６４．７マクロファージ、実施例５参照）のようなマクロファージ、初代Ｔ細胞、ＪｕｒｋａｔｓのようなＴ細胞株を含むＴ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞などを例えば含む）の成長培地から生成または同定することができる。しかしながら、特定の実施形態では、生成された内因性タンパク質分解断片は、質量分析法のような技法、または同等の技法によって同定することができる。インビトロまたは内因的に同定したタンパク質分解断片を生成または同定したらシークエンシングして、組み換えによる産生のために発現ベクターにクローニングするか、または、合成的に産生させることができる。
【００９０】
代表的な生物学的に活性な断片は一般に、相互作用、例えば分子内相互作用または分子間相互作用に関与する。分子間相互作用は、特異的結合相互作用または酵素的相互作用であることができる。分子間相互作用は、ＡＡＲＳポリペプチドと、別のＡＡＲＳポリペプチドなどの標的分子、または炎症のプロセス（例えばサイトカインの産生もしくは分泌、免疫細胞の移動または動員、自己抗原もしくは外来抗原に対する免疫細胞の応答、粘着）の調節に関わる標的分子との間の作用であることができる。ＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片としては、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５のアミノ酸配列と十分な類似性または同一性を有するか、またはこれらのアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含むポリペプチド断片（これらの生物学的に活性な部分を含む）が挙げられ、あるいは、ＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片は、配列番号４、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、または３１のヌクレオチド配列によってコードされるものである。
【００９１】
「コード配列」とは、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与するいずれかの核酸配列を意味する。これに対し、「非コード配列」という用語は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与しないいずれかの核酸配列を指す。
【００９２】
本明細書全体を通じて、文脈によって別段の意味が求められない限り、「含む」という用語は、記載されている１つの工程もしくは要素、または、工程群もしくは要素群を含むが、他のいずれかの１つの工程もしくは要素、または、工程群もしくは要素群を排除しないことを示すと理解するものとする。
【００９３】
「〜からなる」とは、「〜からなる」という語句に続くものが含まれ、これらに限定されることを意味する。したがって、「〜からなる」という語句は、列挙した要素が必要または必須であり、かつ他の要素が存在することができないことを示す。「本質的に〜からなる」とは、この語句の後に列挙したいずれの要素も含み、かつ列挙した要素に関する開示内容において定められた活性または作用に干渉したり、または寄与したりしない他の要素に制限されることを意味する。したがって、「本質的に〜からなる」という語句は、列挙した要素は必要または必須であるが、他の要素が任意であり、他の要素が列挙した要素の活性または作用に重大な影響を及ぼすか否かに応じて、他の要素が存在しても存在しなくてもよいことを示す。
【００９４】
「相補的」および「相補性」という用語は、塩基対合則によって結び付けられるポリヌクレオチド（すなわちヌクレオチドの配列）を指す。例えば、「Ａ−Ｇ−Ｔ」という配列は、「Ｔ−Ｃ−Ａ」という配列と相補的である。相補性は、「部分的」であってもよく、この場合には、一部の核酸塩基のみが塩基対合則に従って適合する。あるいは、核酸の間に「完全」相補性または「全」相補性が存在してもよい。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率性および強度に有意な影響を及ぼす。
【００９５】
「〜に相当する」または「〜への相当」とは、（ａ）基準のポリヌクレオチド配列の全部もしくは一部と実質的に同一であるか相補的であるヌクレオチド配列を有するか、ペプチドもしくはタンパク質中のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、または（ｂ）基準のペプチドまたはタンパク質中のアミノ酸配列と実質的に同一であるアミノ酸配列を有するペプチドもしくはポリペプチドを意味する。
【００９６】
「誘導体」とは、当該技術分野において理解されているように、修飾によって、例えば、他の化学的部分とのコンジュゲーションまたは複合体化（例えばペグ化）によって、または翻訳後修飾技法によって塩基配列から派生させたポリペプチドを意味する。「誘導体」という用語には、機能的に同等の分子を提供する付加または欠失を含め、親配列に対してなされた変更もその範囲内に含まれる。
【００９７】
本明細書で使用する場合、「機能」および「機能的な」などの用語は、生物学的、酵素的、または治療的な機能を指す。
【００９８】
「遺伝子」とは、染色体上の特定の遺伝子座を占めるとともに、転写および／または翻訳調節配列および／またはコード領域および／または非翻訳配列（すなわち、イントロン、５’および３’非翻訳配列）からなる遺伝単位を意味する。
【００９９】
「相同性」とは、同一であるか、または保存的置換を構成するアミノ酸の数の比率を指す。相同性は、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒａｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，１９８４，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １２，３８７〜３９５（参照によって本明細書に組み込まれる））などの配列比較プログラムを用いて割り出してよい。この方法では、アラインメントへのギャップの挿入によって（このようなギャップは、例えば、ＧＡＰで用いられている比較アルゴリズムによって定めることができる）、本明細書で言及されている配列と類似または実質的に異なる長さの配列を比較することができる。
【０１００】
「宿主細胞」という用語には、本発明のいずれかの組み換えベクター（単一もしくは複数）または単離ポリヌクレオチドの入れ物であることができるか、または入れ物であった個別の細胞または細胞培養物が含まれる。宿主細胞には単一の宿主細胞の子孫が含まれ、この子孫は、自然の突然変異および／もしくは変化、偶発的な突然変異および／もしくは変化、または故意の突然変異および／もしくは変化によって、元の親細胞と（形態学または全ＤＮＡ相補体において）必ずしも完全に同一でなくてよい。宿主細胞には、インビボまたはインビトロで本発明の組み換えベクターまたはポリヌクレオチドでトランスフェクションまたは感染させた細胞が含まれる。本発明の組み換えベクターを含む宿主細胞は組み換え宿主細胞である。
【０１０１】
「単離」とは、本来の状態において通常伴う成分を実質的または本質的に含まない物質を意味する。例えば、「単離ポリヌクレオチド」には、本明細書で使用する場合、天然の状態において隣接する配列から精製されたポリヌクレオチド、例えば、通常はその断片に隣接する配列から除去されたＤＮＡ断片が含まれる。あるいは、「単離ペプチド」または「単離ポリペプチド」などには、本明細書で使用する場合、その天然の細胞環境およびその細胞の他の細胞成分との会合体からペプチド分子またはポリペプチド分子をインビトロで単離および／または精製したものが含まれ、すなわち、インビボ物質とはあまり関連しない。
【０１０２】
「〜から得た」とは、例えばポリヌクレオチド抽出物またはポリペプチド抽出物などのサンプルが被検体の特定の供給源から単離されているか、この供給源に由来することを意味する。例えば、この抽出物は、被検体から直接単離した組織または生体液から得ることができる。
【０１０３】
「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書で使用する場合、ホスホジエステル結合（またはその関連する構造変異体もしくは合成類似体）を介して連結した複数のヌクレオチド残基（デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチド、またはその関連する構造変異体もしくは合成類似体）から構成されるポリマーを指す。したがって、「オリゴヌクレオチド」という用語は典型的には、ヌクレオチド残基およびその間の結合が天然に存在するヌクレオチドポリマーを指すが、この用語には、各種の類似体（ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ホスホルアミダート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、２−Ｏ−メチルリボ核酸などが挙げられるが、これらに限らない）もその範囲内に含まれることが分かるであろう。オリゴヌクレオチド分子の正確なサイズは、特定の用途に応じて変化し得る。オリゴヌクレオチドの長さは典型的には多少短く、一般に約１０〜３０ヌクレオチド残基であるが、「オリゴヌクレオチド」という用語はいずれの長さの分子も指すことができるものの、「ポリヌクレオチド」または「核酸」という用語は典型的には、大きいオリゴヌクレオチドのために用いられる。
【０１０４】
「機能可能に結合した」という用語は、本明細書で使用する場合、プロモーターの調節管理下に構造遺伝子を置き、その遺伝子の転写および任意に翻訳をコントロールすることを意味する。異種プロモーター／構造遺伝子の組み合わせの構造において、遺伝子配列またはプロモーターと、自然環境でコントロールされる遺伝子（すなわち、遺伝子配列またはプロモーターが由来する遺伝子）との間の距離とほぼ同一である遺伝子転写開始部位からの距離で、遺伝子配列またはプロモーターを配置することが一般に好ましい。当該技術分野において既知のように、機能を喪失することなく、この距離を多少変えることができる。同様に、そのコントール下で配置すべき異種遺伝子に対する調節配列因子の好ましい位置は、その自然環境でのその因子の位置づけ（すなわち、その因子が由来する遺伝子）によって定められる。
【０１０５】
「ポリヌクレオチド」または「核酸」という用語は、本明細書で使用する場合、ｍＲＮＡ、ＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはＤＮＡを示す。この用語は典型的には、少なくとも長さが１０個の塩基のヌクレオチドのポリマー形態（リボヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチドまたはいずれかのヌクレオチド型の修飾形態のうちのいずれか）を指す。この用語には、ＤＮＡの一本鎖形態および二本鎖形態が含まれる。
【０１０６】
「ポリヌクレオチド変異体」および「変異体」などの用語は、本明細書において後で定義するストリンジェントな条件下で、基準のＡＡＲＳ配列とハイブリダイズする基準のＡＡＲＳポリヌクレオチド配列またはポリヌクレオチドと実質的な配列同一性を示すポリヌクレオチドを指す。またこれらの用語には、少なくとも１つのヌクレオチドの付加、欠失、または置換によって基準のポリヌクレオチドと区別されるポリヌクレオチドも含まれる。したがって、「ポリヌクレオチド変異体」および「変異体」という用語には、１つ以上のヌクレオチドが付加、欠失、または異なるヌクレオチドで置換されたポリヌクレオチドが含まれる。これに関しては、突然変異、付加、欠失、および置換を含む一定の変更を基準のポリヌクレオチドに行っても、変更したポリヌクレオチドが、基準のポリヌクレオチドの生物学的機能または活性を保持することができることは当該技術分野において十分に理解されている。ポリヌクレオチド変異体には例えば、配列番号４、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、もしくは３１に示されている配列、またはＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片をコードするその一部と少なくとも５０％（ならびに、少なくとも５１％〜少なくとも９９％、およびその間の全ての整数の比率）の配列同一性を有するポリヌクレオチドが含まれる。「ポリヌクレオチド変異体」および「変異体」という用語には、天然の対立遺伝子変異体も含まれる。
【０１０７】
「ポリペプチド」、「ポリペプチド断片」、「ペプチド」、および「タンパク質」は本明細書において、アミノ酸残基のポリマー、ならびに、その変異体および合成類似体を指す目的で、同義的に使用する。したがって、これらの用語は、１つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然のアミノ酸の化学的類似体などの非天然の合成アミノ酸であるアミノ酸ポリマーと、天然のアミノ酸ポリマーとに適用する。
【０１０８】
「アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ」（ＡＡＲＳ）という用語は広くは、天然型または野生型において、特定のアミノ酸またはその前駆体の親和性のある同系統のｔＲＮＡのすべてへのエステル結合を触媒して、アミノアシル−ｔＲＮＡを形成できる酵素を指す。この「標準的な」活性では、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは、２つの工程による反応を触媒する。最初は、アミノアシル−アデニレートを形成することによって、それぞれのアミノ酸を活性化し（この際、ピロホスフェートを置換することによって、アミノ酸のカルボキシルがＡＴＰのα−ホスフェートに結合する）、続いて、正しいｔＲＮＡが結合すると、アミノアシル−アデニレートのアミノアシル基が、ｔＲＮＡの２’または３’末端のＯＨに移動する。
【０１０９】
クラスＩのアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは典型的には、高度に保存された２つの配列モチーフを有する。これらの酵素は、アデノシンヌクレオチドの２’−ＯＨでアミノアシル化し、通常は単量体または二量体である。クラスＩＩのアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは典型的には、高度に保存された３つの配列モチーフを有する。これらの酵素は、同じアデノシンの３’−ＯＨでアミノアシル化し、通常は二量体または四量体である。クラスＩＩの酵素の活性部位は主に、αヘリックスを側面に有する７本鎖の逆平行βシートで構成されている。フェニルアラニン−ｔＲＮＡシンテターゼはクラスＩＩであるが、２’−ＯＨでアミノアシル化する。
【０１１０】
ＡＡＲＳポリペプチドとしては、チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）、グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）、グリシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＧｌｙＲＳ）、ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ、セリルｔＲＮＡシンテターゼ、フェニルアラニルｔＲＮＡシンテターゼ、アラニルｔＲＮＡシンテターゼ、アスパラギニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｎＲＳ）、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）、システイニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＣｙｓＲＳ）、グルタミルｔＲＮＡシンテターゼ、プロリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｒｏＲＳ）、アルギニルｔＲＮＡシンテターゼ、イソロイシルｔＲＮＡシンテターゼ、ロイシルｔＲＮＡシンテターゼ、リシルｔＲＮＡシンテターゼ、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼ、メチオニルｔＲＮＡシンテターゼ、およびバリルｔＲＮＡシンテターゼが挙げられる。これらのＡＡＲＳポリペプチドの完全長野生型配列は当該技術分野において既知である。ＡＡＲＳポリペプチドの意味の中には、ＡＩＭＰ−１（すなわちｐ４３）、ＡＩＭＰ−２（すなわちｐ３８）、およびＡＩＭＰ−３（すなわちｐ１８）を含むアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ相互作用多機能タンパク質（ＡＩＭＰ）も含まれる。
【０１１１】
「ポリペプチド」、「ポリペプチド断片」、「トランケートポリペプチド」、または「その変異体」という用語には、ヒトまたはマウスＡＡＲＳポリペプチドのアミノ酸配列のような基準のＡＡＲＳ配列と少なくとも５０％（ならびに、少なくとも５１％〜少なくとも９９％、およびこれらの間のすべての整数の比率）の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド（その生物学的に活性な断片を含む）、例えば、基準配列の少なくとも約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１２０個、１４０個、１６０個、１８０個、２００個、２２０個、２４０個、２６０個、２８０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、または７００個超（これらの間のすべての整数を含む）の連続するアミノ酸を有する断片が包まれるが、これらに限らない。これらの用語には、ある属または種から他の属または種へと存在および発生し得るＡＡＲＳポリペプチドの天然の対立遺伝子変異体がさらに包まれる。例示的な基準配列としては、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、および１０９〜１１５のうちのいずれか１つに示されているものが挙げられる。
【０１１２】
ＡＡＲＳプリペプチドには、そのトランケート体、断片、および／または変異体を含め、基準のＡＡＲＳポリペプチドの特定の生物学的活性（例えば被検体内またはインビトロでの炎症反応調節活性）の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、または１０００％超を示すポリペプチドが包まれる。単なる実例として、ＡＡＲＳに関連する非標準的な生物学的活性は例えば、顆粒球などの免疫細胞が肺を含む炎症部位に移動するのを低減するＡＡＲＳポリペプチドの能力を測定することによって、または、ＡＡＲＳポリペプチドが、特定の抗原（自己抗原か外来抗原かは問わない）に対する免疫細胞の応答に及ぼす作用を測定することによって定量化してよい。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、好中球のような免疫細胞の抗原に対する感作を減じ、それによって、これらの細胞の炎症部位への動員を低減する。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、免疫細胞の炎症反応を調節するか、または、各種の炎症分子などのレベルもしくは活性を調節する。免疫細胞をアッセイするのに好適なインビトロモデルは本明細書に記載されており（実施例１参照）、当該技術分野において既知である。基準のＡＡＲＳポリペプチドよりも生物学的活性が実質的に低いＡＡＲＳポリペプチド（そのトランケート体および／または変異体を含む）は、生物学的に活性な基準のＡＡＲＳポリペプチド（すなわち非標準的な活性を有する）の比活性度の約２５％、１０％、５％、または１％未満を示すものである。
【０１１３】
ポリペプチド「変異体」という用語は、少なくとも１つのアミノ酸残基の付加、欠失、または置換によって基準のポリペプチドと区別されるポリペプチドを指す。特定の実施形態では、ポリペプチド変異体は、保存的または非保存的であり得る１つ以上の置換基によって、基準のポリペプチドと区別される。特定の実施形態では、ポリペプチド変異体は保存的置換基を含み、これに関しては、ポリペプチドの活性の性質を変化させることなく、いくつかのアミノ酸を広範な類似の特性を有する他のアミノ酸に変化させてよいことは、当該技術分野において十分に理解されている。また、ポリペプチド変異体には、１つ以上のアミノ酸が付加または欠失されているか、異なるアミノ酸残基で置換されているポリペプチドも含まれる。
【０１１４】
本発明は、本明細書に記載の方法において、完全長ＡＡＲＳポリペプチドの変異体（例えば、Ｙ３４１Ａ置換基を有する完全長ＹＲＳポリペプチド）、完全長ＡＡＲＳポリペプチドのトランケート断片、スプライス変異体、タンパク質分解断片（内因性タンパク質分解断片を含む）、およびこれらの断片の変異体、ならびに、これらの関連する生物学的に活性な断片を用いることを意図している。ＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片としては、（推定）完全長ＡＡＲＳポリペプチド配列のアミノ酸配列（配列番号１など）もしくはその一部、または、配列番号２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、もしくは１０９〜１１５のポリペプチドと十分類似しているか、またはこれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドが挙げられる。
【０１１５】
典型的には、生物学的に活性な断片は、ＡＡＲＳポリペプチドの少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフを含み、各種の活性ドメインのうちの１つ以上（いくつかのケースではすべて）を含んでよく、炎症反応調節活性を有する断片を含む。いくつかのケースでは、ＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片は、特定のトランケート断片に固有の生物学的活性（例えば、サイトカインの分泌を調節する活性、免疫細胞の移動を調節する活性）を有し、完全長ＡＡＲＳポリペプチドがその活性を持たなくてもよいようになっている。特定のケースでは、生物学的活性は、他の完全長ＡＡＲＳポリペプチド配列から生物学的に活性なＡＡＲＳポリペプチド断片を分離することによって、または、完全長ＡＡＲＳ野生型ポリペプチド配列の特定の残基（例えばＹＲＳポリペプチドのＹ３４１Ａ）を変更し、生物学的に活性なドメインをアンマスクすることによって明らかにしてよい。トランケートＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片は、例えば、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、もしくは１０９〜１１５のうちのいずれか１つに示されているアミノ酸配列、または、各種のヒトＡＡＲＳポリペプチドの既知のアミノ酸配列の１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１１０個、１２０個、１３０個、１４０個、１５０個、１６０個、１７０個、１８０個、１９０個、２００個、２２０個、２４０個、２６０個、２８０個、３００個、３２０個、３４０個、３６０個、３８０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、または７５０個超（これらの間のすべての整数を含む）の連続するアミノ酸、または連続しないアミノ酸（例えばスプライス変異体は連続しない場合がある）であるポリペプチド断片であることができる。特定の実施形態では、生物学的に活性な断片は、炎症反応を調節する配列、ドメイン、またはモチーフを含む。好適には、生物学的に活性な断片は、その由来元である生物学的に活性（すなわち非標準的な生物学的活性）なポリペプチドの活性の約１％、１０％、２５％、または５０％以上の活性を有する。
【０１１６】
「配列同一性」という用語、または、例えば、「〜と５０％同一である配列」を含むという表現は、本明細書で使用する場合、配列が、ヌクレオチドベースまたはアミノ酸ベースで、比較ウィンドウにわたって同一である程度を指す。したがって、「配列同一率」は、比較ウィンドウにわたって、２つの最適にアラインメントした配列を比較し、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）、または同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、およびＭｅｔ）が両方の配列に存在する位置の数を割り出して、適合した位置の数を求め、適合した位置の数を比較ウィンドウ中の位置の総数（すなわちウィンドウサイズ）で除し、その結果に１００を乗じて配列同一率を求めることによって計算することができる。
【０１１７】
２つ以上のポリヌクレオチドまたはポリペプチド間の配列の関係を説明するのに用いる用語としては、「基準配列」、「比較ウィンドウ」、「配列同一性」、「配列同一率」、および「実質的同一性」が挙げられる。「基準配列」は少なくとも１２個であるが、頻繁には１５〜１８個、頻繁には少なくとも２５個のモノマー単位（ヌクレオチドおよびアミノ酸残基を含む）の長さである。２つのポリヌクレオチドはそれぞれ、（１）その２つのポリヌクレオチド間で類似する配列（すなわち、完全なポリヌクレオチド配列の一部のみ）と、（２）その２つのポリヌクレオチド間で異なる配列を含み得るので、２つ（または２つ超）のポリヌクレオチド間の配列比較は典型的には、「比較ウィンドウ」にわたる２つのポリヌクレオチド配列を比較して、配列が類似する局所的領域を同定および比較することによって行う。「比較ウィンドウ」は、少なくとも６個の連続する位置、通常は約５０〜約１００個、より通常には約１００〜約１５０個の概念的セグメントを指し、このセグメントで、２つの配列を最適にアラインメントした後に、配列を同数の連続する位置の基準配列と比較する。比較ウィンドウは、２つの配列の最適なアラインメントのために、基準配列（付加または欠失を含まない）と比較した場合、約２０％以下の付加または欠失（すなわちギャップ）を含み得る。比較ウィンドウをアラインメントするための配列の最適なアラインメントは、アルゴリズム（５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ  Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ，ＵＳＡのＧｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  ＧｒｏｕｐのＷｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ７．０中のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）をコンピュータによって実行することによって、または、目視と、選択される種々の方法のうちのいずれかによって作成した最良のアラインメント（すなわち、比較ウィンドウにわたって最高の相同率が得られる）によって行ってよい。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９によって開示されているように、ＢＬＡＳＴプログラムファミリーを参照にしてもよい。配列解析の詳細な考察は、Ｕｎｉｔ  １９．３  ｏｆ  Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ，１９９４−１９９８，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５で見ることができる。
【０１１８】
本明細書で使用する場合、「被検体」には、本発明のＡＡＲＳポリペプチド、エキソビボまたはインビトロでＡＡＲＳポリペプチドによって処理した細胞（例えば幹細胞）のうちのいずれか、またはこれら両方で治療することができる症状を示すか、症状を示すリスクのあるいずれかの動物が含まれる。好適な被検体（患者）としては、実験動物（マウス、ラット、ウサギ、またはモルモットなど）、家畜、および飼育動物またはペット（ネコまたはイヌなど）が挙げられる。非ヒト霊長類、好ましくはヒトの患者が含まれる。特定の実施形態は、炎症反応の増大もしくは病的な炎症反応、または不十分な炎症反応を示すか、または示すリスクのある被検体を含む。
【０１１９】
アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドの「有効濃度」とは、インビトロまたはエキソビボでの細胞内か、組織内か、被検体内かを問わず、コントロールのポリペプチドまたは非ポリペプチドと比較して、所望の方法で炎症反応または炎症を調節できる量を指す。炎症反応調節活性の一例としては、顆粒球（例えば好中球、好酸球）またはリンパ球などの免疫細胞の肺などの所定の組織への移動の低減が挙げられる。別の例としては、免疫細胞の抗原に対する感作の減少が挙げられる。炎症反応調節活性のさらなる例としては、サイトカイン産生の調節が挙げられる。他の例は、本明細書に記載の説明と、当該技術分野における了解事項から明らかであろう。
【０１２０】
「免疫細胞」としては、Ｂ細胞、キラーＴ細胞（すなわちＣＤ８＋Ｔ細胞）、ヘルパーＴ細胞（すなわちＴｈ１およびＴｈ２細胞を含むＣＤ４＋Ｔ細胞）、ナチュラルキラー細胞、およびγδＴ細胞などのリンパ球、単球、マクロファージ、好中球、樹状細胞、肥満細胞、好酸球、ならびに好塩基球を含め、脊椎動物の免疫系のあらゆる細胞が挙げられる。
【０１２１】
「巨核球」とは一般に、正常な血液凝固に必要な栓球（すなわち、血小板）産生を担う骨髄細胞を指す。巨核球は典型的には、骨髄細胞１０，０００個あたり１個を占める。巨核球は、骨髄中の多能性造血幹細胞前駆細胞に由来する。トロンボポエチン（ＴＰＯ）は、巨核球産生の一次シグナルである。すなわち、ＴＰＯは、骨髄中の前駆細胞の最終巨核球表現型への分化を誘導するのに十分であるが、絶対に必要というわけではない。巨核球分化のための他の分子シグナルとしては、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＩＬ−６、ＩＬ−１１、ケモカイン（ＳＤＦ−１、ＦＧＦ−４）、およびエリスロポエチンが挙げられる。
【０１２２】
巨核球は、ＣＦＵ−Ｍｅ（多能性造血幹細胞または血球芽細胞）→巨核芽球→前巨核球→巨核球という系譜によって発達すると考えられている。巨核芽球の段階で、細胞はその分裂能力を喪失するが、依然としてそのＤＮＡを複製して発達し続け、倍数体になることができる。成熟すると、巨核球は、血小板すなわち栓球の産生プロセスを開始する。トロンボポエチンは、巨核球を誘導して、小さな原血小板プロセス、すなわち、放出前に血小板を保存するための細胞質内膜を形成させる一因となる。放出の際、これらの各原血小板プロセスにより、２０００〜５０００個の新たな血小板を産生することができる。全体的には、新たに放出された血小板の約２／３が循環血液中に残り、約１／３が脾臓によって隔離されることになる。血小板の放出後、残った細胞核は典型的には、骨髄障壁を通過して血液に到達し、肺胞マクロファージによって肺内で消費される。巨核球減少は、骨髄中の巨核球不足である。
【０１２３】
「赤血球」とは、ヘム基を含む複合金属タンパク質であるヘモグロビン（その鉄原子は一時的に、肺の酸素分子（Ｏ２）に結合する）から主になる赤血球細胞を指す。赤血球は、赤血球生成と呼ばれるプロセスによって産生され、このプロセスでは、赤血球は単分化能幹細胞から発生し、網赤血球を経て約７日で赤血球に成熟し、寿命は、合わせて約１００〜１２０日である。「赤血球増加症」は、赤血球の過剰によって特徴付けられる疾患であり、血液粘性の向上によって、多くの症状が現れることがある。「貧血」は、赤血球数が少ないこと、または、赤血球もしくはヘモグロビンに何らかの異常があることが原因で、血液の酸素運搬能力が低くなることによって特徴付けられる疾患である。
【０１２４】
「顆粒球」とは、細胞質に顆粒が存在することによって特徴付けられる白血球を指す。顆粒球は、核の形が変化するので、多形核白血球（ＰＭＮまたはＰＭＬ）とも称される。顆粒球の例としては、好中球、好酸球、および好塩基球が挙げられる。
【０１２５】
「好中球」または好中球性顆粒球とは一般に、ヒトにおける豊富な白血球型を指し、好塩基球および好酸球とともに多形核細胞ファミリー（ＰＭＮ）の一部をなす。好中球は、ヘマトキシリンおよびエオシン（Ｈ＆Ｅ）の組織学的または細胞学的調製物に対する独特の染色特性に従って容易に同定することができる。好中球は通常、血流中に存在するが、主に感染または癌に起因する炎症の開始期（すなわち急性期）の間に、炎症部位の方に移動する第１の炎症細胞群のうちの１つである。典型的には、好中球はまず血管を介して移動し、次いで、炎症部位で生じる化学的シグナル（例えば、インターロイキン−８（ＩＬ−８）、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）、およびＣ５ａ）に続いて間質組織を介して移動する。「好中球減少症」とは好中球数の減少が存在することを指し、先天性（遺伝性）障害に起因する場合もあれば、再生不良性貧血または特定の種類の白血病の場合のような他の状態によって発症する場合もある。「好中球増加症」とは、好中球数が異常に高いことを指す。
【０１２６】
「好酸球」とは、細胞質中にサイズが均一で粗くて丸い顆粒を有する白血球を指し、典型的には二葉（二分葉）の核を有する。好酸球の細胞質顆粒は、エオシン染料で赤く染まる。好酸球は通常、末梢血白血球の約１％〜約３％を構成する（１立方メートル当たり約３５０〜６５０個）。血中の好酸球数は、アレルギー反応、および蠕虫などの寄生虫感染中に正常範囲を超えて上昇することが多い。「好酸球減少症」とは、顆粒球減少症の１つの形態を指し、好酸球の数が予想よりも少ない形態である。「好酸球増加症」とは、血中の好酸球数が異常に高いことを指す。例えば、好酸球増加症は、軽度（好酸球が１立方メートル当たり約１５００個未満）、中度（１立方メートル当たり約１５００〜約５０００個）、または重度（１立方メートル当たり約５０００個超）に分類することができる。原発性好酸球増加症では、好酸球産生量の増加は典型的には、好酸球性白血病などにおける造血幹細胞の異常を原因とする。続発性好酸球増加症では、好酸球産生量の増加は典型的には、サイトカインによって促される反応プロセスを原因とする。
【０１２７】
好塩基球とは、細胞質中にサイズが均一で粗い青みがかった黒色の顆粒を有する白血球を指し、典型的には二葉（二分葉）の核を有する。好塩基球の細胞質顆粒は塩基性染料で染まる。好塩基球は通常、末梢血白血球の約０．５％〜３％を構成する。好塩基球は、ヒスタミンおよびセロトニンなどの化学物質を保持および放出する。好塩基球は、外来粒子を貪食することができ、ヘパリン、セロトニン、およびヒスタミンの産生、保持、および放出も行う。ヘパリンおよびヒスタミンなどの炎症性化学物質の放出は、ぜん息およびアレルギーと関連していることが多い。好塩基球は、骨髄中で幹細胞によって持続的に産生される。「好塩基球減少症」とは好塩基球数の減少（例えば血液１リットル当たり約０．０１×１０９個未満）を指し、「好塩基球増加症」とは好塩基球数の増加（例えば血液１リットル当たり約１０１０個超）を指す。
【０１２８】
「リンパ球」とは一般に、脊椎動物の免疫系の白血球を指し、Ｂ細胞、Ｔ細胞（例えばヘルパーＴ細胞、細胞障害性Ｔ細胞、γδＴ細胞）、およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。一般に、かつ例示目的に限れば、Ｂ細胞は抗体を産生および分泌し、Ｔヘルパー細胞は、他の免疫細胞を調節するサイトカインと成長因子を放出し、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、ウイルスに感染した細胞、腫瘍細胞、同種移植片を溶解させ、ＮＫ細胞は、ウイルスに感染した細胞と腫瘍細胞を溶解させる。「リンパ球減少症」は、血中のリンパ球レベルが異常に低いことによって特徴付けられる。正常なリンパ球総数は典型的には、成人で約１０００〜４８００個／μＬ、２歳未満の幼児で約３０００〜９５００個／μＬである。６歳では、正常なリンパ球総数の下限は約１５００個／μＬである。リンパ球減少症は、成人で＜１０００個／μＬ、２歳未満の幼児で＜３０００個／μＬというリンパ球総数によって特徴付けられることが多い。リンパ球減少症の具体例としては、Ｔリンパ球減少症（Ｔ細胞が非常に少なくなる（例えばＣＤ４＋Ｔ細胞数が約３００個／μＬ未満になる）が、他のリンパ球の数は正常であることが多い）、Ｂリンパ球減少症（Ｂ細胞数が非常に少なくなるが、他のリンパ球の数は正常であることが多い）、およびＮＫリンパ球減少症（ナチュラルキラー細胞数が非常に少なくなるが、他のリンパ球の数は正常であることが多い）が挙げられる。
【０１２９】
「リンパ球増加症」とは、リンパ球数が異常に高いことを指し、リンパ球総数が正常よりも４０％多いことによって特徴付けられることが多い。成人では、絶対リンパ球増加症は典型的には、絶対リンパ球数が１マイクロリットル当たり４０００個を超えるときに存在し、幼児では１マイクロリットル当たり７０００個を超えるときに、乳児では１マイクロリットル当たり９０００個を超えるときに存在する。相対リンパ球増加症は、白血球におけるリンパ球の比率が高くなったとき（４０％超）、かつ、リンパ球数（ＡＬＣ）が正常であるとき（１マイクロリットル当たり約４０００個未満）に発症し得る。
【０１３０】
「調節する」という用語には、典型的には統計的または生理学的に有意な量で「増大させる」または「刺激する」、および、「減少させる」または「低減する」が含まれる。
【０１３１】
「増強する」もしくは「増強」、「増大させる」もしくは「増大」、または「刺激する」もしくは「刺激」という用語は一般に、１つ以上の作用剤または組成物が細胞内で、ＡＡＲＳポリペプチドを含まない場合、またはコントロール分子／組成物の場合のいずれかによって引き起こされる応答よりも高い生理学的応答（すなわち下流作用）を生み出すか、または引き起こす能力を指す。測定可能な生理学的応答としては、当該分野における理解から明らかであり、かつ本明細書に記載のものの中でも特に、細胞の成長、増殖、粘着、または移動の増大を挙げてよい。当該技術分野において既知の方法の中でも特に、インビトロでのコロニー形成アッセイは、本発明で提供される作用剤に対する細胞応答を測定するための代表的な方法の１つである。測定可能な生理学的応答としては、例えば体温によって測定されるような炎症変化などの臨床応答、発赤、腫れ、またはその他の臨床的炎症指標も挙げてよい。「増大」または「増強」量は典型的には「統計学的に有意な」量であり、この量としては、ＡＡＲＳポリペプチドを含まない場合（作用剤が存在しない場合）またはコントロール組成物の場合によって得られる量の１．１倍、１．２倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、または３０倍超（例えば５００倍、１０００倍）（これらの間かつ１を超えるすべての整数および小数点が含まれる。）例えば、１．５、１．６、１．７．１．８など）の増加を挙げてよい。
【０１３２】
「低減する」という用語は一般に、診断分野の常法に従って測定した場合に、本発明の１つ以上のＡＡＲＳポリペプチドが、関連する生理学的応答または細胞応答（本明細書に記載されている疾患または状態の症状など）を「低下させる」能力に関するものである場合がある。例としては、顆粒球などの免疫細胞の肺への移動の低下、および、肺の炎症の低下が挙げられる。測定可能な生理学的応答としては、例えば体温によって測定されるような炎症、発赤、腫れ、またはその他の臨床的炎症指標の低下を挙げてよい。関連する生理学的応答または細胞応答（インビボまたはインビトロ）は当業者には明らかであろう。応答の「低下」は、ＡＡＲＳポリペプチドを含まない場合またはコントロール組成物の場合によって生み出される応答との比較において、統計的に有意であってよく、この低下としては例えば、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％（これらの間のすべての整数を含む）の低下を挙げてよい。
【０１３３】
「移動」とは、細胞移動、すなわち、本明細書に記載されているように、かつ当該技術分野において既知のとおり、常法のインビトロアッセイに従って測定することができるプロセスを指す（例えば実施例８を参照されたい）。移動は、ある組織から別の組織へ（例えば骨髄から末梢血液へ、もしくは末梢血液から肺組織へ）、または、ある組織内の部位から、その同じ組織内の別の部位への細胞の移動のようなインビボの移動も指す。インビボの移動（例えば化学走化）は、感染、または組織の損傷／炎症に応答して生じることが多い。
【０１３４】
「分化」とは、特殊性の低い（例えば多能性、全能性、多分化能性などの）細胞が、特殊性の高まった細胞型になるプロセスを指す。
【０１３５】
本明細書で使用する場合、「治療」または「治療する」には、炎症の調節と関連する疾患もしくは状態の症状もしくは病状、または、炎症の調節から恩恵を受ける場合のある他の一次治療の結果（例えば感染、アレルギー）に対するいずれかの望ましい作用が含まれ、治療している疾患または状態の１つ以上の測定可能な指標が最小限変化または改善することが含まれる場合もある。「治療」または「治療する」は、疾患もしくは状態、またはその関連する症状の完全な根絶または治癒を必ずしも示さない。この治療を受けている被検体は、霊長類、特にヒトと、ウマ、ウシ、ブタ、およびヒツジなどのその他の哺乳類と、一般的な家禽およびペットとを含め、治療を必要としているいずれかの動物である。また、「予防的」治療も含まれ、予防的治療は、関連する疾患もしくは状態を発現させるリスク、または、関連する疾患もしくは状態と関連する症状を発現させるリスクを低減する。臨床的改善の代表的な指標としては、ＡＡＲＳポリペプチドの投与後か、エキソビボもしくはインビトロでＡＡＲＳポリペプチドによって処理した細胞の投与後か、またはこれらの両方かに関わらず、体温の変化、免疫細胞数の変化、および細菌数の変化が挙げられるが、これらに限らない。
【０１３６】
「ベクター」とは、ポリヌクレオチド分子、好ましくは、例えば、ポリヌクレオチドを挿入またはクローニングできるプラスミド、バクテリオファージ、酵母、またはウイルスに由来するＤＮＡ分子を意味する。ベクターは好ましくは、１つ以上の固有の制限部位を含み、所定の宿主細胞（標的細胞もしくは標的組織、または、その前駆細胞もしくは前駆組織を含む）中で自己複製することができるか、クローニングされる配列を複製可能なように、所定の宿主のゲノムに組み込むことができる。したがって、ベクターは、自己複製ベクター、すなわち、染色体外体として存在するベクターであることができ、その複製は、染色体複製から独立している（例えば、線状または閉環状プラスミド、染色体外要素、ミニ染色体、または人工染色体）。ベクターは、自己複製を確実にするためのいずれかの手段を含むことができる。あるいは、ベクターは、宿主細胞に組み込まれる場合、ゲノムに組み込まれ、組み込まれた染色体と共に複製されるベクターであることができる。ベクター系は、単一のベクターまたはプラスミド、宿主細胞のゲノムに導入される全ＤＮＡを共に含む２個以上のベクターまたはプラスミド、またはトランスポゾンを含むことができる。ベクターの選択は典型的には、ベクターと、そのベクターが導入される宿主細胞との適合性に左右されることになる。本発明のケースでは、ベクターは好ましくは、細菌細胞内で機能可能に機能するベクターである。このベクターは、好適な形質転換体の選択の際に利用できる抗生物質耐性遺伝子のような選択マーカーも含むことができる。
【０１３７】
「野生型」および「天然の」という用語は、天然の供給源から単離したときの遺伝子または遺伝子産物の特徴を有する遺伝子または遺伝子産物を指す目的で同義的に用いる。野生型の遺伝子または遺伝子産物（例えばポリペプチド）とは、母集団内で最も頻繁に観察されるので、その遺伝子の「正常」または「野生型」形態と任意に定められるものである。
【０１３８】
アミノアシル−ｔＲＮＡポリペプチドおよびその変異体
本発明は部分的には、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド（そのトランケート体および変異体を含む）がインビボおよびエキソビボ（またはインビトロ）の両方で、炎症反応を調節するという観察結果に関する。したがって、本発明のポリペプチドは、完全長アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドに加えて、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドのいずれかの生物学的に活性な断片、または、その変異体もしくは修飾体を含み、このポリペプチドは、被検者内、インビトロ、またはエキソビボのいずれかで炎症反応を調節できる。
【０１３９】
アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは典型的には、同種のアミノ酸によるｔＲＮＡ分子のアミノアシル化を触媒する。アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは、ｔＲＮＡに含まれるヌクレオチドトリプレットとアミノ酸を結合させる中心的役割から、進化の際に出現した最初のタンパク質の１つと考えられている。
【０１４０】
上記のように、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼの例としては、チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）、グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）、グリシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＧｌｙＲＳ）、ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨｉｓＲＳ）、セリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＳＲＳ）、フェニルアラニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｈｅＲＳ）、アラニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｌａＲＳ）、アスパラギニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｎＲＳ）、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）、システイニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＣｙｓＲＳ）、グルタミルｔＲＮＡシンテターゼ（ＥＲＳ）、プロリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｒｏＲＳ）、アルギニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＲＲＳ）、イソロイシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＩＲＳ）、ロイシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＬＲＳ）、リシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＫＲＳ）、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＴＲＳ）、メチオニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＭＲＳ）、およびバリルｔＲＮＡシンテターゼ（ＶＲＳ）が挙げられる。
【０１４１】
チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）は、クラスＩ  ｔＲＮＡシンテターゼファミリーに属し、活性部位に、高度に保存された配列モチーフを２つ（ＨＩＧＨおよびＫＭＳＫＳ）有する。クラスＩ  ｔＲＮＡシンテターゼは、アデノシンヌクレオチドの２’−ＯＨでアミノアシル化を行い、通常は単量体（サブユニットが１つ）または二量体（サブユニットが２つ）である。
【０１４２】
ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼは、１）活性化Ｅ・Ｔｙｒ−ＡＭＰ中間体の形成を担うと共に、細菌、古細菌、および真核生物の間で保存されているアミノ末端ロスマンフォールドドメイン、２）細菌および真核生物の間で保存されていないｔＲＮＡアンチコドン認識ドメイン、および３）ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼに固有のものであり、その一次構造が、推定ヒトサイトカイン内皮単球活性化タンパク質ＩＩと４９％同一であり、カエノラブディティス・エレガンス由来のメチオニルｔＲＮＡシンテターゼのカルボキシル末端ドメインと５０％同一であり、サッカロミセス・セレビシエ由来のＡｒｃ１ｐのカルボキシル末端ドメインと４３％同一であるカルボキシル末端ドメインという３つのドメインから構成されている。
【０１４３】
ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼの最初の２つのドメインは、Ｓ．セレビシエ由来のチロシルｔＲＮＡシンテターゼと５２％同一であり、メタノコッカス・ヤナシ由来のチロシルｔＲＮＡシンテターゼと３６％同一であり、バチルス・ステアロサーモファイラス由来のチロシルｔＲＮＡシンテターゼと１６％同一である。Ｂ．ステアロサーモファイラスにおいてチロシル−アデニレート複合体の形成に関与することが知られている１５個のアミノ酸のうちの９個は、すべての生物にわたって保存されているのに対して、ｔＲＮＡＴｙｒの認識に関与するアミノ酸は保存されていない。大腸菌内で発現させた組み換えヒトおよびＢ．ステアロサーモファイラスチロシルｔＲＮＡシンテターゼの動態解析によって、ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼが、ヒトｔＲＮＡＴｙｒをアミノアシル化するが、Ｂ．ステアロサーモファイラス  ｔＲＮＡＴｙｒをアミノアシル化せず、Ｂ．ステアロサーモファイラスチロシルｔＲＮＡシンテターゼが、Ｂ．ステアロサーモファイラス  ｔＲＮＡＴｙｒをアミノアシル化するが、ヒトｔＲＮＡＴｙｒをアミノアシル化しないことが示されている。ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼのカルボキシル末端ドメインは、メチオニルｔＲＮＡシンテターゼのカルボキシル末端ドメインの遺伝子重複から生じたものであり、この酵素の活性部位にｔＲＮＡを誘導できると考えられている。
【０１４４】
真核生物チロシルｔＲＮＡシンテターゼの生物学的断片は、タンパク質の合成を細胞シグナル伝達経路に結び付ける。これらの断片は、可変スプライシングもしくはタンパク質分解のいずれかによって自然に、または、人工的なタンパク質分解処理によって作製してよい。例えば、本発明で提供されるように、Ｎ末端断片のミニＹＲＳは、インビボで炎症反応を調節することができる。加えて、完全長ＹＲＳポリペプチド配列の特定の突然変異によって、基準配列に炎症反応調節活性の増大がもたらされる（例えばＹ３４１Ａ）。完全長ＹＲＳポリペプチド配列のトランケート型スプライス変異体の例としては、ＳＰ１〜ＳＰ５ポリペプチドが挙げられる。
【０１４５】
ヒトチロシルｔＲＮＡシンテターゼの完全長アミノ酸配列は配列番号１に示されている。触媒ドメインとアンチコドン認識ドメインの両方を含むヒトミニＹＲＳ（すなわち配列番号３またはミニＴｒｙ）の構造は、１．１８Åの分解能まで報告されている。ヒトおよび細菌のこの酵素の触媒ドメインが重ね合わさっているのに対して、触媒ドメインと比べて、アンチコドン認識ドメインが空間的に配置されているのは、細菌のオルソログと比べると、ミニＹＲＳ独自のものである。いずれかの１つの理論によって束縛されたくないが、アンチコドン認識ドメインの独自の配向によって、断片のミニＹＲＳが、各種の細胞シグナル伝達経路で活性が高くなる理由を説明することができる。
【０１４６】
ＹＲＳポリペプチド変異体の具体例としては、Ｒ９３Ｑ置換基、Ｉ１４Ｌ置換基、Ｎ１７Ｇ置換基、Ｌ２７Ｉ置換基、Ａ８５Ｓ置換基、およびＶ１５６Ｌ置換基、ならびにこれらの組み合わせから選択されるアミノ酸置換基を１つ以上有する完全長ＹＲＳポリペプチド、または、そのトランケート体もしくはスプライス変異体が挙げられる。ＹＲＳポリペプチド変異体の特定的な例としては、配列番号１の１〜３６４番のアミノ酸とＲ９３Ｑ置換基とを有するＹＲＳポリペプチド、配列番号１の１〜３５３番のアミノ酸とＩ１４Ｌ置換基とを有するＹＲＳポリペプチド、配列番号１の１〜３５３番のアミノ酸とＮ１７Ｇ置換基とを有するＹＲＳポリペプチド、配列番号１の１〜３５３番のアミノ酸とＬ２７Ｉ置換基とを有するＹＲＳポリペプチド、配列番号１の１〜３５３番のアミノ酸とＡ８５Ｓ置換基とを有するＹＲＳポリペプチド、および配列番号１の１〜３５３番のアミノ酸とＶ１５６Ｌ置換基とを有するＹＲＳポリペプチドが挙げられるが、これらに限らない。
【０１４７】
生物学的に活性なＹＲＳ断片の特定的な例としては、配列番号１に示されているアミノ酸配列の１〜３４３番のアミノ酸、１〜３４４番のアミノ酸、１〜３５０番のアミノ酸、１〜３５３番のアミノ酸、または１〜３６４番のアミノ酸を含むか、または、これらからなるＣ末端トランケート型チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドに加えて、配列番号３および６のポリペプチドが挙げられるが、これらに限らない。生物学的に活性な断片の追加的な例としては、配列番号６、１０、１２、および１４に示されているアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなるＮ末端トランケート型チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが挙げられるが、これらに限らない。上記およびその他のＹＲＳポリペプチドは、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに含まれる。
【０１４８】
ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳまたはＨｉｓＲＳ）は、クラスＩＩａ  ｔＲＮＡシンテターゼファミリーに属するα２二量体である。ＨｉｓＲＳの一次構造に関する編集物には、これらのホモ二量体酵素のサブユニットが、４２０〜５５０個のアミノ酸残基からなることが示されている。これは、ペプチド鎖のサイズが約３００〜１１００個のアミノ酸残基であるＡＡＲＳの中でも、比較的短い鎖長を表している。配列番号２８は、完全長ＨｉｓＲＳタンパク質（ＮＰ＿００２１００．２）のアミノ酸配列である。配列番号３０はＨＲＳ−ＳＶ９スプライス変異体のアミノ酸配列であり、配列番号３２はＨＲＳ−ＳＶ１１スプライス変異体のアミノ酸配列である。
【０１４９】
ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド、およびその変異体またはトランケート体の例としては、ＨｉｓＲＳのＷＨＥＰドメイン、例えば、ヒト完全長ＨｉｓＲＳタンパク質の３〜４３番のアミノ酸残基を少なくとも含むＨｉｓＲＳ断片、および、ＨｉｓＲＳのアンチコドン結合ドメイン、例えば、完全長ヒトＨｉｓＲＳタンパク質の４０６〜５０１番のアミノ酸残基を少なくとも含むＨｉｓＲＳ断片が挙げられる。さらなる例としては、ヒト完全長ＨｉｓＲＳタンパク質の機能的なアミノアシル化ドメイン、例えば、５４〜３９８番のアミノ酸残基を欠損しているＨｉｓＲＳ断片、または、ＷＨＥＰドメインおよびアンチコドン結合ドメインを少なくとも含むが、機能的なアミノアシル化ドメインを欠損しているＨｉｓＲＳスプライス変異体ポリペプチドが挙げられる。
【０１５０】
特定の実施形態では、本発明のＨｉｓＲＳポリペプチドは、配列番号２８、３０、もしくは３２に示されている配列を含むか、または、配列番号２８、３０、もしくは３２に示されているポリペプチドの連続する断片もしくは不連続の断片（例えば、スプライス変異体は不連続である場合がある）である。実例的には、これらの断片は、目的の非標準的な生物学的活性を少なくとも１つを保持していれば、本質的にいずれの長さのものであってもよい。例えば、本明細書でさらに説明されているように、このような断片は、配列番号２８、３０、または３２の少なくとも約５個、１０個、１５個、２０個、２５個、５０個、７５個、または８０個以上の連続するアミノ酸残基を含んでよい。
【０１５１】
本発明のさらなる実施形態では、ＨｉｓＲＳポリペプチドは、配列番号２８、３０、または３２に示されている配列の活性変異体（すなわち、目的の非標準的な生物学的活性を少なくとも１つ保持する変異体）を含む。特定の実施形態では、この活性変異体はその長さに沿って、配列番号２８、３０、または３２に示されている配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の同一性を有するポリペプチドである。特定の実施形態では、本発明のＨｉｓＲＳポリペプチドは、完全長ヒトＨｉｓＲＳタンパク質の１〜４８番の残基からなるポリペプチドではない。上記およびその他のＨｉｓＲＳポリペプチドは、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに含まれる。
【０１５２】
トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）（トリプトファンｔＲＮＡリガーゼとも称される）は、クラスＩ  ｔＲＮＡシンテターゼファミリーに属する。トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼは、タンパク質合成に不可欠な機能である、トリプトファンによるｔＲＮＡｔｒｐのアミノアシル化を触媒する。ヒトＷＲＳは、Ｎ末端領域にキナーゼドメインを、Ｃ末端の近くにセリンリン酸化部位を有する。
【０１５３】
ヒトトリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼの２つの主要な形態はインビボで、ｍＲＮＡの可変スプライシングを通じて産生され、完全長タンパク質（配列番号３３）、およびその断片（ミニＷＲＳ（配列番号１０７）と表されることが多い）が生成される。ＩＦＮ−γ感受性プロモーターにより産生される選択的スプライス変異体であるヒトＴ１−ＷＲＳ（配列番号１０８）およびＴ２−ＷＲＳ（配列番号３４）も含まれ、後者は、ＷＲＳのＮ末端トランケート型断片である。さらには、Ｎ末端断片（Ｆ１、配列番号１０６）、および「Ｔｏｌｓｔｒｕｐ」と称されるＷＲＳ断片（配列番号３５）も含まれる。ヒトＷＲＳの他のスプライス変異体は当該技術分野において既知である（例えば、Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３２（２）：７１９−２７，２００４（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。
【０１５４】
構造的には、完全長ＷＲＳは、標準的なジヌクレオチド結合フォールド、二量体界面、およびヘリカルドメインという３つの部分を含む。この酵素は、チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）と十分な構造的相同性を有し、これらの２つの酵素は、配座異性体として説明できるほどである。その活性化アミノ酸、トリプトファニル−５’ＡＭＰと相互作用する構造要素は、チロシル−５’ＡＭＰ複合体で見られるものとほぼ同じである。また、インドールを認識する側鎖も高度に保存されており、トリプトファンかチロシンかという選択を確実に行うためには、保存されたアスパラギン酸を含む「特異性決定」ヘリックスの再配向が必要となる。ＹＲＳではカルボキシ末端はディスオーダーしているので見られないが、ＷＲＳでは、カルボキシ末端は、二量体界面の一部を形成している（Ｄｏｕｂｌｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．３：１７−３１，１９９５を参照されたい）。
【０１５５】
ヒトＴ２−ＷＲＳの結晶構造は、２．５Åの分解能で報告されている。この変異体は、バチルス・ステアロサーモファイラスＷＲＳ（ｂＷＲＳ）との配列相同性が２２％と非常に低いが、その全体構造は著しく似ている。Ｔ２−ＷＲＳとｂＷＲＳとの構造を比較すると、基質の結合およびｔＲＮＡの結合において重要な役割を果たす基質結合ポケット内および基質結合ポケットの入口の根本的な構造差が明らかになる。Ｔ２−ＷＲＳは、活性部位の開口が広く、ｂＷＲＳの閉じたコンフォメーションと類似のコンパクトなコンフォメーションをとる。モデリング調査によって、ｔＲＮＡは二量体酵素と結合し、そのアクセプターアームを介してヒトＷＲＳの結合ポリペプチド１と、および、そのアンチコドンループを介してＷＲＳのαヘリカルドメインと主に相互作用することが示されている。
【０１５６】
完全長ＷＲＳポリペプチド（すなわち主なスプライス変異体）のアミノ酸配列は、配列番号３３に示されている。各種のスプライス変異体または断片のアミノ酸配列は、配列番号３４および３５に示されている。したがって、ＷＲＳポリペプチドの上記およびその他の変異体または断片は、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに含まれる。
【０１５７】
グルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）は、クラスＩ  ｔＲＮＡシンテターゼファミリーに属し、そのヒトタンパク質は、高分子タンパク質複合体を形成するいくつかの哺乳類アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼのうちの１つである。ＱＲＳの真核生物特異的なＮ末端付加体は、多ＡＲＳ複合体の他の成分の結合を安定させると思われ、したがって、そのＣ末端触媒ドメインは、ＱＲＳを多ＡＡＲＳ複合体と結合させるのに必要である。
【０１５８】
ヒトＱＲＳ酵素は、細菌の酵素および酵母の酵素のいずれとも異なっており、ヒトＱＲＳのかなりの部分が、ｔＲＮＡのチャージング以外の機能を果たすように進化したことが暗示されている。例えば、真核細胞ＱＲＳ（ＥＣ６．１．１．１８）のＮ末端領域内の少なくとも２つの異なる領域（パートＩおよびパートＩＩ）に対応するものは大腸菌にはない。これらの領域が非特異的な形でＲＮＡに結合して、ｔＲＮＡと酵素との間の相互作用を高めると考えられているものの、これらの領域は酵素機能に必須な訳ではない（例えば、Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：１６５０８−１２を参照されたい）。さらに、ヒトおよびマウス細胞は、おそらく選択的開始コドンまたは選択的スプライシングが原因で、Ｎ末端領域のパート１に欠失を含むＱＲＳ変異体を少なくとも１つ発現させる。しかしながら、酵母に関する入手可能な配列データでは、酵母は、上記のようなＱＲＳ変異体を発現させないが、むしろ、Ｎ末端領域のパートＩとパートＩＩの両方を含むＱＲＳポリペプチドを発現させるのに過ぎないことが暗示されている。
【０１５９】
ＱＲＳの分子の系統発生の研究では、ＱＲＳが、近縁酵素のグルタミルｔＲＮＡシンテターゼから比較的最近進化したことが暗示されている。証拠として、所定のグルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ突然変異体は、グルタミン酸の認識が増強されている。例えば、活性部位に近い２つの残基Ｐｈｅ−９０およびＴｙｒ−２４０の突然変異誘発によって、グルタミン酸認識はインビトロで３〜５倍上昇し、グルタミン酸によるｔＲＮＡｇｌｎのミスアシル化が生じる。
【０１６０】
ＱＲＳは様々な複合体で、最も重要には、同種のｔＲＮＡｇｌｎによって結晶化されている。この酵素は、ｔＲＮＡの凹面と広範に接触し、３４〜３６位のアンチコドンＣＵＧ、および、アミノアシルアクセプターの直前の、ｔＲＮＡの５’末端と３’末端との間の塩基対と特異的に相互作用する。
【０１６１】
特定のＱＲＳポリペプチドは、抗アポトーシス活性を有する。例えば、ヒトＱＲＳは、グルタミンに依存する形で、ファスライゲーションによって活性化されるアポトーシスシグナル調節キナーゼ１（ＡＳＫ１）と相互作用する。この相互作用は、これらの２つの酵素の触媒ドメインが関係しており、ファスリガンドによって解離される。また、この相互作用は、ＡＳＫ１活性（インビトロキナーゼおよび転写アッセイによって測定）と、ＡＳＫ１によって誘発される細胞死（グルタミン欠乏によって弱まる作用）の両方を阻害する。したがって、ＱＲＳとＡＳＫ１との抗アポトーシス相互作用は、グルタミンの細胞内濃度によって増強され、ファスライゲーションによって低減される。この抗アポトーシス活性は、ヒトＱＲＳのＣ末端の５３９個のアミノ酸にあると考えられている。
【０１６２】
完全長ＱＲＳポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号２５に示されている。ＱＲＳの変異体、トランケート体、または断片の特定の具体例としては、配列番号２５の１〜１８３番のアミノ酸（ＱＲＳ１またはＱ１）、１〜２２０番のアミノ酸（ＱＲＳ２またはＱ２）、１〜２４９番のアミノ酸（ＱＲＳ３またはＱ３）、１〜２００（ＱＲＳ４またはＱ４）、１〜（１８１〜２９３）番のアミノ酸、例えば、１〜１８０番、１〜１８１番、１〜１８２番、１〜１８３番、１〜１８４番、１〜１８５番、１〜１８６番、１〜１８７番、１〜１８８番、１〜１８９番、１〜１９０番、１〜１９１番、１〜１９２番、１〜１９３番、１〜１９４番、１〜１９５番、１〜１９６番、１〜１９７番、１〜１９８番、１〜１９９番、１〜２００番などまでのアミノ酸を含むか、またはこれらから本質的になるＱＲＳポリペプチドが挙げられる（表２参照）。配列番号３６〜１０３および１０９〜１１５のペプチドも挙げられる。したがって、ＱＲＳポリペプチドの上記およびその他の変異体は、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに含まれる。
【０１６３】
グリシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＧｌｙＲＳ）は、ｔＲＮＡシンテターゼのクラスＩＩファミリーに属するα２二量体である（例えば、米国特許出願第１２／４９２，９２５号（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。この遺伝子の約２４６２ｂｐのｃＤＮＡは、６８５個のアミノ酸をコードする大規模なオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含み、Ｍ（ｒ）の予測値は７７，５０７Ｄａである。ヒトＧｌｙＲＳのタンパク質配列は、カイコガＧｌｙＲＳと約６０％の同一性を、Ｓ．セレビシエＧｌｙＲＳと４５％の同一性を有し、クラスＩＩ  ｔＲＮＡシンテターゼの特徴であるモチーフ２および３を含む。
【０１６４】
完全長ＧｌｙＲＳポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号１６に示されている。配列番号１８〜２４は、ＧｌｙＲＳ断片の境界を割り出す際に解析した例示的なペプチド配列を表している。
【０１６５】
ＧｌｙＲＳタンパク質分解断片の特定の例としては、配列番号１６の５７〜６８５番、２１４〜６８５番、２３９〜６８５番、３１１〜６８５番、４３９〜６８５番、５１１〜６５８番、２１４〜４３８番、３６７〜４３８番、２１４〜４２０番、２１４〜３３８番、８５〜１２７番、１〜２１３番、１〜６１番、８５〜２１４番、３３３〜６８５番、１２８〜６８５番、２６５〜６８５番、４８３〜６８５番、または２５〜５６番のアミノ酸残基を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなるポリペプチド（目的の非標準的な生物学的活性を少なくとも１つ実質的に保持するその生物学的に活性なトランケート体または変異体（例えば、前記断片と約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％の配列同一性を有する変異体）を含む）が挙げられる。特定の具体的な実施形態では、ＧｌｙＲＳポリペプチドは、ＮＣＢＩ  ＃  ＣＲ５９４９４７、Ｕ０９５８７、および／またはＵ０９５１０のうちのいずれか１つに示されているようなポリペプチドではない。したがって、ＧｌｙＲＳポリペプチドの上記およびその他の変異体は、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに含まれる。
【０１６６】
非標準的な活性を有するＡＡＲＳポリペプチドの追加的な例としては、完全長ヒトＰｈｅＲＳタンパク質配列とは異なる独自のアミノ酸配列をＣ末端に有するフェニルアラニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＰｈｅＲＳ）スプライス変異体ポリペプチド（ＰｈｅＲＳ＿ＳＶ１Ｐ）（配列番号１０４）（これらのＰｈｅＲＳポリペプチドの変異体および断片を含む）と、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）ポリペプチド（配列番号１０５）（配列番号１０５の１〜１５４番、１〜１７４番、１〜３１番、３９９〜４２５番、４１３〜４７６番、または３９７〜４２５番のアミノ酸残基から本質的になるその断片を含む）が挙げられる。
【０１６７】
本発明の実施形態は、被検体の炎症を調節する目的で、ＡＡＲＳポリペプチド（そのトランケート型断片、スプライス変異体、タンパク質分解断片、および変異体、ならびに／または、修飾ポリペプチドを含む）を含む組成物を用いることを意図している。本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知である炎症調節活性の中でも特に、顆粒球のような免疫細胞の肺への移動を低減するか、顆粒球のような免疫細胞の所与の抗原もしくは刺激原に対する感作を減じるか、またはこれらの両方を行うＡＡＲＳポリペプチドが含まれる。本出願に含まれる変異体タンパク質は生物学的に活性であり、すなわち、基準のＡＡＲＳポリペプチド配列（例えば、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、および３２〜１０８、１０９〜１１５など）の炎症反応調節活性を依然として有している。このような変異体は、例えば遺伝的多型または人間による操作によって得ることができる。
【０１６８】
基準のＡＡＲＳポリペプチド断片の生物学的に活性な変異体は、デフォルトパラメーターを用いて、本明細書の別の箇所で説明されている配列アラインメントプログラムによって割り出した場合、基準のタンパク質のアミノ酸配列と少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、広くは少なくとも７５％、８０％、８５％、通常は約９０％〜９５％以上、典型的には約９８％以上の配列相同性または同一性を有することになる。基準のＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な変異体は元のタンパク質と、広くは２００個、１００個、５０個、または２０個のアミノ酸残基分ほど、好適にはわずか１〜１５個のアミノ酸残基分、わずか１〜１０個、例えばわずか６〜１０個、わずか５個、わずか４個、わずか３個、わずか２個、またはさらにはわずか１個のアミノ酸残基分異なっていてよい。いくつかの実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５の基準の配列と、少なくとも１個であるが、１５個未満、１０個未満、または５個未満のアミノ酸残基分異なる。別の実施形態では、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５の基準の配列と、少なくとも１個の残基分異なるが、残基の２０％未満、１５％未満、１０％未満、または５％未満の残基が異なる。
【０１６９】
ＡＡＲＳポリペプチドは、アミノ酸の置換、欠失、トランケート、および挿入を含む様々な方法で変更してよい。このような操作の方法は当該技術分野において一般的に知られている。例えば、例えば、トランケート型および／または変異体のＡＡＲＳポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、ＤＮＡの突然変異によって調製することができる。突然変異誘発およびヌクレオチド配列変更の方法は当該分野において周知である。例えば、Ｋｕｎｋｅｌ（１９８５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．８２：４８８−４９２）、Ｋｕｎｋｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，１５４：３６７−３８２）、米国特許第４，８７３，１９２号、Ｗａｔｓｏｎ，Ｊ．Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．，（“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｅ”，Ｆｏｕｒｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．，１９８７）およびその引用文献を参照されたい。目的のタンパク質の生物学的活性に影響を及ぼさない適切なアミノ酸置換に関する手引きは、Ｄａｙｈｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，（１９７８）Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（Ｎａｔｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｆｏｕｎｄ．，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．）のモデルで見ることができる。点突然変異またはトランケートによって作製したコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする方法、および所定の特性を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする方法は、当該技術分野において既知である。このような方法は、ＡＡＲＳポリペプチドのコンビナトリアル突然変異誘発によって作成した遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。再帰的アンサンブル突然変異誘発（ＲＥＭ）（ライブラリー中での機能的突然変異体の頻度を高める技法）をスクリーニングアッセイと組み合わせて用いて、ＡＡＲＳポリペプチド変異体を同定することができる（Ａｒｋｉｎ  ａｎｄ  Ｙｏｕｒｖａｎ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５、Ｄｅｌｇｒａｖｅ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，６：３２７−３３１）。後でさらに詳細に論じるように、１つのアミノ酸を、類似の特性を有する別のアミノ酸と交換するなどの保存的置換が望ましい場合がある。
【０１７０】
生物学的に活性なトランケート型および／または変異体のＡＡＲＳポリペプチドは、基準のＡＡＲＳアミノ酸配列（例えば、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、および１０９〜１１５）との比較において、その配列沿いの様々な位置に保存的アミノ酸置換基を含んでよい。「保存的アミノ酸置換基」とは、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基に置換された置換基である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当該技術分野において定義されており、一般には以下のようなサブクラス分けすることができる。
【０１７１】
酸性残基：この残基は、生理学的ｐＨでのＨイオンの喪失によって負電荷を有し、その残基を含有するペプチドが生理学的ｐＨで水性媒質中に存在する場合に、そのペプチドのコンフォメーションにおける表面の位置を探索するように、その残基は水溶液によって引きつけられる。酸性側鎖を有するアミノ酸としては、グルタミン酸およびアスパラギン酸が挙げられる。
【０１７２】
塩基性残基：この残基は、生理学的ｐＨまたは、その１もしくは２ｐＨ単位内のｐＨにおけるＨイオンとの結合によって正電荷を有し（例えばヒスチジン）、その残基を含有するペプチドが生理学的ｐＨで水性媒質中に存在する場合に、そのペプチドのコンフォメーションにおける表面の位置を探索するように、その残基は水溶液によって引きつけられる。塩基性側鎖を有するアミノ酸としては、アルギニン、リシン、およびヒスチジンが挙げられる。
【０１７３】
荷電残基：この残基は、生理学的ｐＨにおいて荷電しており、したがって、この残基としては、酸性または塩基性側鎖を有するアミノ酸（すなわちグルタミン酸、アスパラギン酸、アルギニン、リシン、およびヒスチジン）が挙げられる。
【０１７４】
疎水性残基：この残基は、生理学的ｐＨにおいて荷電しておらず、その残基を含有するペプチドが水性媒質中に存在する場合に、そのペプチドのコンフォメーションにおける内部の位置を探索するように、その残基は水溶液に反発される。疎水性側鎖を有するアミノ酸としては、チロシン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニンおよびトリプトファンが挙げられる。
【０１７５】
中性／極性残基：この残基は、生理学的ｐＨにおいて荷電していないが、その残基を含有するペプチドが水性媒質中に存在する場合に、そのペプチドのコンフォメーションにおける内部の位置を探索するに足るほどには、水溶液に反発されない。中性／極性側鎖を有するアミノ酸としては、アスパラギン、グルタミン、システイン、ヒスチジン、セリン、およびトレオニンが挙げられる。
【０１７６】
この説明は、「小型」のような特定のアミノ酸も特徴付ける。極性基を欠いていても、「小型」アミノ酸の側鎖は疎水性を付与するに足る大きさではないからである。プロリンを除き、「小型」アミノ酸は、少なくとも１つの極性基が側鎖上に存在するときには４つ以下の炭素を、存在しないときには３つ以下の炭素を有するアミノ酸である。小型側鎖を有するアミノ酸としては、グリシン、セリン、アラニンおよびトレオニンが挙げられる。遺伝子にコードされる第２級アミノ酸であるプロリンは、ペプチド鎖の二次コンフォメーションに及ぼす作用が知られていることから、特殊なケースである。プロリンの構造は、その側鎖がαアミノ基の窒素およびα炭素に結合している点で、他のすべての天然アミノ酸と異なる。いくつかのアミノ酸類似性マトリックスが当該技術分野において知られている（例えば、Ｄａｙｈｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，１９７８，Ａ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｃｈａｎｇｅ  ｉｎ  ｐｒｏｔｅｉｎｓに例えば開示されているようなＰＡＭ１２０マトリックスおよびＰＡＭ２５０マトリックスを参照されたい）。しかし、Ｍａｔｒｉｃｅｓ  ｆｏｒ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ  ｄｉｓｔａｎｃｅ  ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ  Ｉｎ  Ｍ．Ｏ．Ｄａｙｈｏｆｆ，（ｅｄ．），Ａｔｌａｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｖｏｌ．５，ｐｐ．３４５−３５８，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  ＤＣ、およびＧｏｎｎｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，の論文（Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５６：１４４３０−１４４５，１９９２）は、グリシン、セリン、アラニン、およびトレオニンと同じ群にプロリンを含む。したがって、本発明の目的では、プロリンは「小型アミノ酸」として分類する。
【０１７７】
極性または非極性としての分類に必要な引力または反発力の程度は任意であり、したがって、本発明が具体的に意図するアミノ酸は、極性または非極性として分類してある。具体的に命名していない大半のアミノ酸は、既知の挙動に基づいて分類することができる。
【０１７８】
アミノ酸残基は、残基の側鎖置換基に関する自明の分類である環状または非環状、および芳香族または非芳香族として、ならびに、小型または大型として、さらにサブクラス分けすることができる。追加の極性置換基が存在する場合には、残基が、カルボキシル炭素を含めて合わせて４つ以下の炭素原子を含む場合、追加の極性置換基が存在しない場合には、３つ以下の炭素原子を含む場合に、その残基を小型とみなす。当然ながら、小型残基は必ず非芳香族である。アミノ酸残基は、その構造的特性に応じて、２つ以上のクラスに分類できる。天然タンパク質のアミノ酸について、このスキームによるサブクラス分類を表Ａに示す。
【０１７９】
【表Ａ】
2013513390.tif 000003
【０１８０】
保存的アミノ酸置換基には、側鎖に基づいた分類も含まれる。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸のグループは、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシンであり、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸のグループは、セリンおよびトレオニンであり、アミド含有側鎖を有するアミノ酸のグループは、アスパラギンおよびグルタミンであり、芳香族側鎖を有するアミノ酸のグループは、フェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファンであり、塩基性側鎖を有するアミノ酸のグループは、リシン、アルギニン、およびヒスチジンであり、硫黄含有側鎖を有するアミノ酸のグループは、システインおよびメチオニンである。例えば、ロイシンのイソロイシンもしくはバリンとの置換、アスパラギン酸のグルタミン酸との置換、トレオニンのセリンとの置換、またはアミノ酸の構造的に関連するアミノ酸との類似の置換は、得られる変異体ポリペプチドの特性に大きな影響を及ぼさないと予想することが妥当である。例えば、ロイシンのイソロイシンもしくはバリンとの置換、アスパラギン酸のグルタミン酸との置換、トレオニンのセリンとの置換、または、あるアミノ酸を構造的に関連するアミノ酸と同様に置換することによって、得られた変異体ポリペプチドの特性に大きな影響は及ぶことはないと予想することは理にかなっている。アミノ酸の変更によって、機能的なトランケート型および／または変異体ＡＡＲＳポリペプチドが得られるか否かは、本明細書に記載されているように、その活性アッセイすることによって容易に割り出すことができる（例えば、実施例１、２、１０、および１１を参照されたい）。保存的置換基は表Ｂに、代表的な置換基という見出しで示されている。本発明の範囲内に入るアミノ酸置換は一般に、（ａ）置換領域中のペプチド骨格の構造、（ｂ）標的部位の分子の電荷もしくは疎水性、（ｃ）側鎖の嵩、または、（ｄ）生物学的機能の維持に及ぼすその影響の点で有意に異ならない置換基を選択することによって行う。置換基の導入後、その変異体の生物学的活性についてスクリーニングする。
【０１８１】
【表Ｂ】
2013513390.tif 000004
【０１８２】
あるいは、保存的置換を行うための類似のアミノ酸は、側鎖の同一性に基づいて３つのカテゴリーに分類することができる。Ｚｕｂａｙ，Ｇ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｔｈｉｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｗｍ．Ｃ．Ｂｒｏｗｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ（１９９３）に記載されているように、第１のグループには、グルタミン酸、アスパラギン酸、アルギニン、リシン、ヒスチジン（いずれも荷電側鎖を有する）が含まれ、第２のグループには、グリシン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、グルタミン、アスパラギンが含まれ、第３のグループには、ロイシン、イソロイシン、バリン、アラニン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニンが含まれる。
【０１８３】
したがって、トランケート型および／または変異体ＡＡＲＳポリペプチド中の予想される非必須アミノ酸残基は典型的には、同じ側鎖ファミリー由来の別のアミノ酸残基に置換する。あるいは、飽和突然変異誘発などによって、ＡＡＲＳコード配列の全部または一部に沿って、突然変異をランダムに導入することができ、得られた突然変異体の親ポリペプチドの活性についてスクリーニングして、親ポリペプチドの活性を保持する突然変異体を同定することができる。コード配列の突然変異誘発後、コードされたペプチドを組み換え発現させ、そのペプチドの活性を割り出すことができる。「非必須」アミノ酸残基は、その活性の１つ以上を消失または実質的に変更させることなく、実施形態のポリペプチドの基準の配列から変更することができる残基である。好適には、配列の変更は、これらの活性の１つを実質的に消失させないものである。例えば、活性は、基準のＡＡＲＳポリペプチドの少なくとも２０％、４０％、６０％、７０％、８０％、１００％、５００％、または１０００％超である。「必須」アミノ酸残基は、基準のＡＡＲＳポリペプチドから変更したときに、基準の活性の２０％未満しか存在しないような形で、親分子の活性が消失する残基である。例えば、このような必須アミノ酸残基としては、様々な供給源由来のＡＡＲＳポリペプチドの活性結合部位（単一もしくは複数）またはモチーフ（単一もしくは複数）中に保存されている配列を含め、様々な種にわたってＡＡＲＳポリペプチド中に保存されている残基が挙げられる。
【０１８４】
したがって、本発明は、天然のＡＡＲＳポリペプチド配列またはその生物学的に活性な断片の変異体も意図しており、この変異体は、１つ以上のアミノ酸残基の付加、欠失、または置換によって、天然の配列と区別される。一般に変異体は、基準のＡＡＲＳポリペプチド配列、例えば、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、および１０９〜１１５に示されているような配列と少なくとも約３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の類似性または配列同一性を示すことになる。さらに、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１１０個、１２０個、１３０個、１４０個、または１５０個以上のアミノ酸の付加、欠失、または置換によって、天然の配列または親配列と異なるが、親または基準のＡＡＲＳポリペプチド配列の特性を保持する配列を意図している。特定の実施形態では、そのトランケートＡＡＲＳポリペプチドが、インビボ、インビトロ、またはエキソビボのいずれかで炎症反応を調節できるならば（例えば、好中球および好酸球を含む顆粒球のような免疫細胞の移動を低減できるならば）、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５のＡＡＲＳポリペプチドを含め、いずれかのＡＡＲＳポリペプチドのＣ末端またはＮ末端領域は、約１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１１０個、１２０個、１３０個、１４０個、１５０個、１６０個、１７０個、１８０個、１９０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、もしくは７００個以上のアミノ酸、または、約１０〜５０個、２０〜５０個、５０〜１００個、１００〜１５０個、１５０〜２００個、２００〜２５０個、２５０〜３００個、３００〜３５０個、３５０〜４００個、４００〜４５０個、４５０〜５００個、５００〜５５０個、５５０〜６００個、６００〜６５０個、６５０〜７００個、もしくは７００個超（これらの間のすべての整数および範囲（例えば、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５）を含む）のアミノ酸をトランケートしてよい。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは基準のＡＡＲＳ配列と、１個以上、５０個、４０個、３０個、２０個、１５個、１０個、８個、６個、５個、４個、３個、または２個未満のアミノ酸残基が異なる。別の実施形態では、変異体ポリペプチドは、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５の対応する配列と、１％以上、２０％、１５％、１０％、または５％未満の残基が異なる（この比較にアラインメントが必要な場合、類似性が最大になるように配列をアラインメントする必要がある。欠失、挿入、またはミスマッチから「ループ」アウトした配列を差異と見なす）。この差異は好適には、非必須残基または保存的置換基での差異または変化である。
【０１８６】
特定の実施形態では、変異体ポリペプチドは、例えば配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５に示されているようなＡＡＲＳポリペプチドの対応する配列と少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９８％以上の配列同一性または類似性を有するアミノ酸配列を含むとともに、好中球または好酸球の肺への移動または動員を低減することなどによって、被検体の肺の炎症を低減する能力を有する。
【０１８７】
配列間の配列類似性または配列同一性（これらの用語は、本明細書では同義的に用いる）の計算は、以下のようにして行う。２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の同一率を割り出す目的で、最適に比較できるように、それらの配列をアラインメントする（例えば、最適にアラインメントできるように、第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができ、比較する目的で、非相同配列を無視することができる）。特定の実施形態では、比較目的でアラインメントする基準配列の長さは、基準配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、６０％、さらに好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。続いて、対応するアミノ酸の位置またはヌクレオチドの位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められている場合、その位置において、分子は同一である。
【０１８８】
２つの配列間の同一率は、それらの配列が共有する同一の位置の数の関数であり、その際、２つの配列を最適にアラインメントするために導入する必要があるギャップの数、および各ギャップの長さを考慮する。
【０１８９】
２つの配列間の配列の比較および同一率の割り出しは、数学アルゴリズムを用いて行うことができる。好ましい実施形態では、２つのアミノ酸配列間の同一率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，（１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３）のアルゴリズムを用いて割り出し、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ギャップウェイト１６、１４、１２、１０、８、６、または４、およびレングスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いる。さらに別の好ましい実施形態では、２つのヌクレオチド配列間の同一率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムを用いて割り出し、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックス、ギャップウェイト４０、５０、６０、７０、または８０、およびレングスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いる。特に好ましいパラメーターセット（別段の定めのない限り、使用すべきパラメーター）は、ギャップペナルティが１２、ギャップ伸長ペナルティが４、フレームシフトギャップペナルティが５であるＢｌｏｓｓｕｍ６２スコアリングマトリックスである。
【０１９０】
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列間の同一率は、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ（１９８９，Ｃａｂｉｏｓ，４：１１−１７）のアルゴリズムを用いて割り出すことができ、その際には、ＰＡＭ１２０のウェイト残基テーブル、ギャップレングスペナルティ１２、およびギャップペナルティ４を用いる。
【０１９１】
本明細書に記載されている核酸配列およびタンパク質配列は、「クエリー配列」として用いて公開データベースを検索して、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連配列を同定することができる。このような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，２１５：４０３−１０）のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて行うことができる。ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワードレングス＝１２を用いて、ＢＬＡＳＴのヌクレオチド検索を行って、本発明の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得ることができる。ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワードレングス＝３を用いて、ＢＬＡＳＴのタンパク質検索を行って、本発明のタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的でギャップ付きのアラインメントを得るためには、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９７，Ｎｅｃｒｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ，２５：３３８９−３４０２）に記載されているように、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴを用いることができる。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを用いるときには、各プログラム（例えばＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターを使用することができる。
【０１９２】
ＡＡＲＳポリペプチドの変異体は、ＡＡＲＳポリペプチドの突然変異体のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって同定することができる。ＡＡＲＳタンパク質コード配列のライブラリーまたは断片、例えば、Ｎ末端、Ｃ末端、または内部断片を用いて、ＡＡＲＳポリペプチドの変異体をスクリーニングして、その後に選択するための多彩な断片集団を生成することができる。
【０１９３】
点突然変異およびトランケートによって作製したコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする方法、ならびに、所定の特性を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする方法は、当該技術分野において既知である。このような方法は、ＡＡＲＳポリペプチドのコンビナトリアル突然変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。
【０１９４】
ＡＡＲＳポリペプチドのタンパク質分解断片も含まれる。特定の実例的な実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドのタンパク質分解断片は、当該技術分野において既知および利用可能である技法に従って、様々なタンパク質分解酵素またはタンパク質分解化学物質を用いて作製してよい。タンパク質分解断片は、管理された条件下で、（本明細書に記載されているように、および、当該技術分野において既知のように）ＡＡＲＳポリペプチドを１種以上のプロテアーゼとともにインキュベートし、それによって作製された断片を単離および特徴付けするなどによって、インビトロで作製することができる。タンパク質分解断片は、所定の細胞（例えば細菌細胞、真核細胞）内でＡＡＲＳポリペプチドを組み換え発現させ、それによって作製された内因性断片を単離および特徴付けするなどによって、インビボで、すなわち内因的に作製することもできる（例えば実施例１０を参照されたい）。
【０１９５】
プロテアーゼは通常、（ｉ）触媒される反応、（ｉｉ）触媒部位の化学的性質、および（ｉｉｉ）その構造によって明らかになるような進化的関係という３つの主な基準に従って分類される。触媒のメカニズムによって分類した場合のプロテアーゼまたはプロテイナーゼの一般的な例としては、アスパラギン酸プロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、および金属プロテアーゼが挙げられる。
【０１９６】
大半のアスパラギン酸プロテアーゼはペプシンファミリーに属する。このファミリーには、ペプシンおよびキモシンのような消化酵素に加えて、リソソームカテプシンＤ、およびレニンのようなプロセシング酵素と、特定の真菌プロテアーゼ（例えばペニシロペプシン、リゾプスペプシン、エンドチアペプシン）が含まれる。アスパラギン酸プロテアーゼの第２のファミリーには、ＡＩＤＳウイスル（ＨＩＶ）由来のプロテアーゼ（レトロペプシンとも呼ばれる）のようなウイルスプロテイナーゼが含まれる。
【０１９７】
セリンプロテアーゼには、２つの別個のファミリーがある。１つ目は、キモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、およびカリクレインのような哺乳類酵素を含むキモトリプシンファミリーであり、２つ目は、スブチリシンのような細菌酵素を含むスブチリシンファミリーである。これらの２つのファミリーの一般的な三次元構造は異なるが、これらの２つのファミリーは、同じ活性部位幾何学形状と、同じメカニズムによる触媒進行を有する。セリンプロテアーゼは、異なる基質特異性を示し、その相違は主に、様々な酵素サブ部位（基質残基と相互作用する部位）内のアミノ酸置換基に関連する。セリンプロテアーゼには、基質と広範に相互作用する部位を有するものもあれば、基質のＰ１残基に限られる特異性を有するものもある。
【０１９８】
システインプロテアーゼファミリーには、パパイン、アクチニジン、およびブロメラインのような植物プロテアーゼ、いくつかの哺乳類リソソームカテプシン、細胞質ゾルのカルパイン（カルシウム依存性）に加えて、いくつかの寄生虫（例えば、トリパノソーマ、住血吸虫）プロテアーゼが含まれる。パパインが原型であり、パパインは、このファミリーのうち最も研究されているメンバーである。インターロイキン１β変換酵素のＸ線構造が最近解明されたことにより、システインプロテイナーゼの新たなフォールドタイプが明らかになった。
【０１９９】
メタロプロテイナーゼは、細菌、真菌、および高等生物に見られる原始的なクラスのプロテアーゼの１つである。メタロプロテイナーゼの配列および３Ｄ構造は非常に様々であるが、酵素の大半は、触媒活性のある亜鉛原子を含む。場合によっては、タンパク質分解活性が喪失することなく、亜鉛が、コバルトまたはニッケルのような別の金属によって置換されている場合もある。細菌サーモリシンの特徴はかなり明らかになっており、その結晶構造によって、亜鉛に２つのヒスチジンと１つのグルタミン酸が結合することが示されている。多くのメタロプロテアーゼは、配列モチーフＨＥＸＸＨを含み、このモチーフは、亜鉛に２つのヒスチジンリガンドを結合させる。第３のリガンドは、グルタミン酸（サーモリシン、ネプリライシン、アラニルアミノペプチダーゼ）、またはヒスチジン（アスタシン、セラリシン）のうちのいずれかである。
【０２００】
例示的なプロテアーゼとしては例えば、アクロモペプチダーゼ、アミノペプチダーゼ、アンクロド、アンギオテンシン変換酵素、ブロメライン、カルパイン、カルパインＩ、カルパインＩＩ、カルボキシペプチダーゼＡ、カルボキシペプチダーゼＢ、カルボキシペプチダーゼＧ、カルボキシペプチダーゼＰ、カルボキシペプチダーゼＷ、カルボキシペプチダーゼＹ、カスパーゼ１、カスパーゼ２、カスパーゼ３、カスパーゼ４、カスパーゼ５、カスパーゼ６、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、カスパーゼ１０、カスパーゼ１１、カスパーゼ１２、カスパーゼ１３、カテプシンＢ、カテプシンＣ、カテプシンＤ、カテプシンＥ、カテプシンＧ、カテプシンＨ、カテプシンＬ、キモパパイン、チマーゼ、キモトリプシン、クロストリパイン、コラゲナーゼ、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ１ｓ、補体因子Ｄ、補体因子Ｉ、ククミシン、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ、エラスターゼ（白血球）、エラスターゼ（膵臓）、エンドプロテイナーゼＡｒｇ−Ｃ、エンドプロテイナーゼＡｓｐ−Ｎ、エンドプロテイナーゼＧｌｕ−Ｃ、エンドプロテイナーゼＬｙｓ−Ｃ、エンテロキナーゼ、因子Ｘａ、フィシン、フューリン、グランザイムＡ、グランザイムＢ、ＨＩＶプロテアーゼ、Ｉガーゼ、カリクレイン組織、ロイシンアミノペプチダーゼ（一般）、ロイシンアミノペプチダーゼ（細胞質ゾル）、ロイシンアミノペプチダーゼ（ミクロソーム）、マトリックスメタロプロテアーゼ、メチオニンアミノペプチダーゼ、ニュートラーゼ、パパイン、ペプシン、プラスミン、プロリダーゼ、プロナーゼＥ、前立腺特異抗原、ストレプトマイセス・グリセウス由来の好アルカリ性プロテアーゼ、アスペルギルス由来のプロテアーゼ、アスペルギルス・サイトイ由来のプロテアーゼ、アスペルギルス・ソーヤ由来のプロテアーゼ、プロテアーゼ（Ｂ．リケニフォルミス由来）（アルカリ性、すなわちアルカラーゼ）、バチルス・ポリミキサ由来のプロテアーゼ、バチルス属由来のプロテアーゼ、クモノスカビ属由来のプロテアーゼ、プロテアーゼＳ、プロテアソーム、アスペルギルス・オリザエ由来のプロテアーゼ、プロテイナーゼ３、プロテイナーゼＡ、プロテイナーゼＫ、プロテインＣ、ピログルタミン酸アミノペプチダーゼ、レニン、レニン、ストレプトキナーゼ、サブチリシン、サーモリシン、トロンビン、組織プラスミノゲン活性化因子、トリプシン、トリプターゼ、およびウロキナーゼが挙げられる。
【０２０１】
表Ｃ〜Ｇは、ＡＡＲＳポリペプチドを様々なプロテアーゼとともにインキュベートすることによって、インビトロで作製できるタンパク質分解断片のタイプを示している。特定の実施形態では、示されているプロテアーゼが特定の切断部位のみを切断して、部分的な切断のみを行うように、インキュベート条件を管理することができ、その後、当該技術分野において既知の技法（例えばクロマトグラフィー）に従って、所望のタンパク質分解断片を単離する。当該技術分野における常法に従って、所望の断片の単離および特徴付け（例えばシークエンシング）を行ったら、所望に応じて、クローニング、および、組み換えによる産生または合成による産生を行うことができる。
【０２０２】
したがって、プロテアーゼのいずれかの組み合わせ（例えばカスパーゼ１とヒドロキシルアミン）、または、個々の切断部位のいずれかの組み合わせを含め、本明細書のいずれかに列挙されているプロテアーゼに加えて、表Ｃ〜Ｇに示されている代表的なプロテアーゼによって作製できるいずれのタンパク質分解断片も、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに含まれる。また、切断部位の残基の位置はおおよそであってよい。単なる実例として、ＡＡＲＳタンパク質分解断片としては、ヨードソ安息香酸（表Ｃを参照）とのインキュベートによって切断または部分的に切断された、ＧｌｙＲＳの約１〜１６５番の残基、約１６６〜４４５番の残基、約１６６〜４５５番の残基、約１６６〜７１６番の残基、約４４５〜７１６番の残基、または約４５５〜７１６番の残基を挙げてよい。追加の実例として、ＡＡＲＳタンパク質分解断片としては、プロリンエンドペプチダーゼ（表Ｄを参照）によって切断または部分的に切断された、ＱＲＳの約１〜９８番の残基、約１〜１３５番の残基、約９８〜１３５番の残基、約１〜２３４番の残基、約９８〜２３４番の残基、約１〜３７９番の残基、約２３４〜６７４番の残基、または約１３５〜７３７番の残基を挙げてよい。さらなる例示的な例として、ＡＡＲＳポリペプチドとしては、ヒドロキシルアミンによって切断または部分的に切断された、ＱＲＳの約１〜２１０番の残基、約１〜２７３番の残基、約１〜２９５番の残基、約２１０〜２７３番の残基、約２１０〜２９５番の残基、約２７３〜２９５番の残基を挙げてよい。本発明のＡＡＲＳポリペプチドのいずれか、および表Ｃ〜Ｇのプロテアーゼのいずれか、または、本明細書に列挙されているか、もしくは当該技術分野において既知である他のプロテアーゼに、同様のパターンを適用することができる。
【０２０３】
【表Ｃ−１】
2013513390.tif 000005
【表Ｃ−２】
2013513390.tif 000006
【０２０４】
【表Ｄ−１】
2013513390.tif 000007
【表Ｄ−２】
2013513390.tif 000008
【０２０５】
【表Ｅ】
2013513390.tif 000009
【０２０６】
【表Ｆ−１】
2013513390.tif 000010
【表Ｆ−２】
2013513390.tif 000011
【０２０７】
【表Ｇ−１】
2013513390.tif 000012
【表Ｇ−２】
2013513390.tif 000013
【０２０８】
特定の実施形態は、内因性の天然ＡＡＲＳポリペプチド断片に由来するアミノ酸配列を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる単離ＡＡＲＳポリペプチドと、前記断片を含む医薬組成物と、それらの使用法に関する。特定の実施形態では、上記のとおり、天然の内因性タンパク質分解断片の配列は、例えば、様々な細胞画分（例えば、細胞質画分、膜画分、核画分）、ならびに／または、初代細胞および初代細胞株を含む様々な細胞型由来の馴化培地から生成または同定することができる。このような細胞型の例としては、単級、樹状細胞、マクロファージ（例えば、ＲＡＷ２６４．７マクロファージ。実施例５参照）、好中球、好酸球、好塩基球、ならびに、リンパ球（ＪｕｒｋａｔＴ細胞のような初代Ｔ細胞および初代Ｔ細胞株を含むＢ細胞およびＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋ヘルパー細胞、およびＣＤ８＋キラー細胞）、ならびに、ナチュラルキラー細胞など）のような免疫細胞が挙げられるが、これらに限らない。
【０２０９】
特定の実施形態では、内因性タンパク質分解断片は、質量分析法のような技法、または同等の技法によって同定することができる。単なる実例として、かつ限定することなく、特定の実施形態では、１Ｄ  ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって、様々な細胞型またはその画分由来のプロテオームを分離し、そのゲルレーンを一定の間隔でバンドに切り出してよく、その後、そのバンドは任意により、トリプシンのような適切なプロテアーゼで消化して、ペプチドを放出させてよく、続いて、１Ｄ逆相ＬＣ−ＭＳ／ＭＳによって解析してよい。得られたプロテオミクスデータを統合して、いわゆるペプトグラフにしてよい。このペプトグラフは左のパネルで、垂直方向におけるＳＤＳ−ＰＡＧＥの泳動結果（上が高分子量、下が低分子量）に対して、水平方向における所定のタンパク質の配列包括度（左がＮ末端、右がＣ末端方向）をプロットしたものである。続いて、特定のペプチド断片をシークエンシングまたはマッピングすることができる。表Ｈは、これらの代表的な技法に従ってＲＡＷマクロファージから同定した例示的なマウスＱＲＳポリペプチド断片一式を示している。表Ｉは、ヒトＱＲＳポリペプチド断片の対応する一式を示している。表Ｊは、ヒトＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞から同定した例示的なヒトＱＲＳポリペプチド断片一式を示している。
【０２１０】
【表Ｈ−１】
2013513390.tif 000014
【表Ｈ−２】
2013513390.tif 000015
【０２１１】
【表Ｉ】
2013513390.tif 000016
【０２１２】
【表Ｊ】
2013513390.tif 000017
【０２１３】
したがって、特定の具体的な実施形態には、配列番号３６〜１０３、または１０９〜１１５（上記の表Ｈ、Ｉ、およびＪに示されている）のうちのいずれか１つ以上を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる単離ＱＲＳポリペプチドであって、肺の炎症を低減するなどによって炎症を調節する単離ＱＲＳポリペプチド（その変異体も含む）が含まれる。特定の実施形態では、これらの単離ＱＲＳポリペプチド断片は、完全長ＱＲＳポリペプチド中の位置によって特徴付けた場合、その断片を取り囲むＣ末端残基および／またはＮ末端残基のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個以上をさらに含んでよい。特定の実施形態では、これらの単離ＱＲＳポリペプチド断片は、そのＣ末端残基および／またはＮ末端残基のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個未満を含むようにトランケートされていてよい。このようなＱＲＳポリペプチド断片を含む医薬組成物と、前記ポリペプチドまたは組成物を用いて、治療を必要とする被検体を治療する方法も含まれる。
【０２１４】
本発明は、炎症を調節する目的で、ＡＡＲＳキメラタンパク質または融合タンパク質を用いることも意図している。本明細書で使用する場合、ＡＡＲＳ「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」には、別のＡＡＲＳポリペプチド（例えば、複数の断片を作製するのが目的）、非ＡＡＲＳポリペプチドのいずれか、またはこれらの両方に結合したＡＡＲＳポリペプチドまたはポリペプチド断片が含まれる。「非ＡＡＲＳポリペプチド」とは、ＡＲＲＳタンパク質と異なるとともに、同じ生物または異なる生物に由来するタンパク質に対応するアミノ酸配列を有する「異種ポリペプチド」を指す。融合タンパク質のＡＡＲＳポリペプチドは、生物学的に活性なＡＡＲＳアミノ酸配列の全部または一部に対応することができる。特定の実施形態では、ＡＡＲＳ融合タンパク質には、ＡＡＲＳタンパク質の生物学的に活性な部分が少なくとも１つ（または２つ）含まれる。融合タンパク質を形成するポリペプチドは、Ｃ末端をＣ末端に、Ｎ末端をＮ末端に、またはＮ末端をＣ末端に連結することもできるが、典型的にはＣ末端をＮ末端に連結させる。融合タンパク質のポリペプチドは、いずれの順序であることもできる。
【０２１５】
本質的にいずれかの所望の目的のために、融合パートナーを設計し、含めてよい。ただし、融合パートナーが、ポリペプチドの炎症調節活性に悪影響を及ぼさないことを条件とする。例えば、１つの実施形態では、融合パートナーは、元の組み換えタンパク質よりも高い収量でタンパク質を発現させるのを補助する配列（発現エンハンサー）を含んでよい。タンパク質の溶解性を向上させるように、または、タンパク質を所望の細胞内区画にターゲティングさせることができるように、他の融合パートナーを選択してもよい。
【０２１６】
融合タンパク質は、リガンドに対する親和性が高い部分を含むことができる。例えば、融合タンパク質は、ＡＡＲＳ配列がＧＳＴ配列のＣ末端に融合されているＧＳＴ−ＡＡＲＳ融合タンパク質であることができる。別の例として、ＡＡＲＳポリペプチドは、そのＣ末端で、Ｌ−Ｅ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−Ｈ（配列番号５）というタグのような８個のアミノ酸のタグに融合してよい。特定の具体的な実施形態では、ＹＲＳポリペプチドの１〜３６４番のアミノ酸が、そのＣ末端で、３６５−Ｌ−Ｅ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−Ｈ−３７２（配列番号５）のタグに融合されている。このような融合タンパク質は、ＡＡＲＳポリペプチドの精製および／または同定を容易にすることができる。あるいは、融合タンパク質は、そのＮ末端に異種シグナル配列を含むＡＡＲＳタンパク質であることができる。特定の宿主細胞では、異種シグナル配列を用いることを通じて、ＡＡＲＳタンパク質の発現および／または分泌を増大させることができる。
【０２１７】
より一般的には、Ｆｃ断片のような異種配列への融合を用いて、ＡＡＲＳポリペプチドの望ましくない特徴を除去したり、または、所望の特徴（例えば、薬物動態学的特性）を向上させたりしてよい。例えば、異種配列への融合によって、ＡＡＲＳポリペプチドの化学的安定性を増大させたり、免疫原性を減少させたり、インビボでのターゲティングを向上させたり、および／または、循環血液中での半減期を延長させたりしてよい。
【０２１８】
また、異種配列への融合を用いて、ＡＡＲＳポリペプチドによって肺の炎症を低減できるのみならず、異種ポリペプチドによって他の経路を改変（すなわち、刺激または阻害）することもできる二官能性タンパク質のような二官能性融合タンパク質を作製してもよい。このような経路の例としては、自然免疫もしくは適応免疫活性化経路のような様々な免疫系関連経路、または、血管新生もしくは造血のような細胞成長調節経路が挙げられるが、これらに限らない。特定の態様では、異種ポリペプチドは、ＡＡＲＳポリペプチドと相乗的に作用して、被検体の炎症関連経路を調節できる。二官能性融合タンパク質を作製するのに用いてよい異種ポリペプチドの例としては、トロンボポエチン、サイトカイン（例えばＩＬ−１１）、ケモカイン、および様々な造血成長因子、ならびに、これらの生物学的に活性な断片および／または変異体が挙げられるが、これらに限らない。
【０２１９】
融合タンパク質は一般に、標準的な技法を用いて調製してよい。例えば、所望の融合体のポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列を別々にアセンブルし、適切な発現ベクターにライゲーションしてよい。ペプチドリンカーを用いて、または用いないで、１つのポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の３’末端を、第２のポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の５’末端にライゲーションして、それらの配列のリーディングフレームが同相にくるようにする。これによって、両方の成分ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融合タンパク質に翻訳されるようになる。
【０２２０】
ペプチドリンカー配列を用いて、各ポリペプチドが所望に応じて、その二次構造および三次構造に折り畳まれるようにするのに十分な距離で、第１および第２のポリペプチド成分を分離してよい。このようなペプチドリンカー配列は、当該技術分野において周知の標準的な技法を用いて融合タンパク質に組み込む。特定のペプチドリンカー配列は、（１）フレキシブルな拡張コンフォメーションをとり得る、（２）第１および第２のポリペプチド上の機能エピトープと相互作用できる二次構造をとれない、ならびに、（３）ポリペプチド機能エピトープと反応し得る疎水性残基または荷電残基がないという要因に基づいて選択してよい。好ましいペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ａｓｎ、およびＳｅｒ残基を含む。ＴｈｒおよびＡｌａのような他の中性付近のアミノ酸も、リンカー配列中で用いてもよい。リンカーとして有用に用いてよいアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  ４０：３９  ４６（１９８５）、Ｍｕｒｐｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８３：８２５８  ８２６２（１９８６）、米国特許第４，９３５，２３３号、および米国特許第４，７５１，１８０号に開示されているものが挙げられる。リンカー配列は一般に、１〜約５０個のアミノ酸の長さであってよい。機能ドメインを分離して、立体的干渉を防止するのに用いることができる非必須Ｎ末端アミノ酸領域を第１および第２のポリペプチドが有する場合には、リンカー配列は不要である。
【０２２１】
ライゲーションしたＤＮＡ配列は、好適な転写要素または翻訳調節要素に機能可能に結合させてよい。ＤＮＡの発現を担う調節要素は典型的には、第１のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’側に位置する。同様に、翻訳および転写終結シグナルを終結させるのに必要な終止コドンは、第２のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の３’側に存在する。
【０２２２】
一般に、ポリペプチドおよび融合ポリペプチド（ならびにそれらをコードするポリヌクレオチド）は、単離する。「単離」ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、その元の環境から取り外したものである。例えば、天然のタンパク質が、天然の系において共存する物質の一部または全部から分離されている場合、その天然のタンパク質は単離されている。好ましくは、このようなポリペプチドの純度は、少なくとも約９０％、より好ましくは少なくとも約９５％、最も好ましくは少なくとも約９９％である。例えば、自然環境の一部ではないベクターにポリヌクレオチドがクローニングされている場合、そのポリヌクレオチドは単離されているとみなす。
【０２２３】
また、特定の実施形態には、ＡＡＲＳポリペプチドの二量体も包まれる。二量体としては例えば、２つの同一のＡＡＲＳポリペプチドによるホモ二量体、２つの異なるＡＡＲＳポリペプチド（例えば、完全長ＹＲＳポリペプチドとトランケートＹＲＳポリペプチド、トランケートＹＲＳポリペプチドとトランケートＷＲＳポリペプチド）によるヘテロ二量体、および／または、ＡＡＲＳポリペプチドと異種ポリペプチドによるヘテロ二量体を挙げてよい。本明細書に記載されているように、ＡＡＲＳポリペプチドと異種ポリペプチドによるヘテロ二量体のような特定のヘテロ二量体は、二官能性であってよい。また、１つ以上の置換、トランケート、欠失、付加、化学修飾、またはこれらの変更の組み合わせが原因であるかを問わず、第２のＡＡＲＳポリペプチドと実質的に二量体にならない単離ＡＡＲＳポリペプチドの単量体も含め、ＡＡＲＳポリペプチドの単量体も含まれる。特定の実施形態では、単量体のＡＡＲＳポリペプチドは、炎症反応調節活性を含む生物学的活性を有し、二量体または多量体のＡＡＲＳポリペプチド複合体は、これらの活性を有さない。
【０２２４】
本発明の特定の実施形態は、本明細書に記載されているように、ＡＡＲＳポリペプチドの所望の特徴を向上させる修飾を含め、修飾したＡＡＲＳポリペプチドの利用も意図している。発明のＡＡＲＳポリペプチドの修飾としては、１つ以上の構成アミノ酸の化学的および／または酵素的誘導体化が挙げられ、これには、側鎖修飾、骨格修飾、Ｎ末端修飾、およびＣ末端修飾（アセチル化、ヒドロキシル化、メチル化、アミド化、炭水化物または脂質部分および捕因子の結合を含む）などが含まれる。例示的修飾としては、ＡＡＲＳポリペプチドのペグ化も挙げられる（例えば、Ｖｅｒｏｎｅｓｅ  ａｎｄ  Ｈａｒｒｉｓ，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ５４：４５３−４５６，２００２（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。
【０２２５】
特定の態様では、化学選択的ライゲーション技術を用いて、部位特異的な形および制御した形でポリマーを結合させるなどによって、本発明のトランケートＡＡＲＳポリペプチドを修飾してよい。このような技術は典型的には、化学的手段または組み換え手段のいずれかによってタンパク質骨格に化学選択的アンカーを組み込み、その後、相補的リンカーを保有するポリマーで修飾することに依存する。その結果、アセンブリプロセスと、得られたタンパク質−ポリマーコンジュゲートの共有結合構造を制御することができ、それによって、効能および薬物動態学的特性のような薬物特性を合理的に最適化可能になる（例えば、Ｋｏｃｈｅｎｄｏｅｒｆｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ９：５５５−５６０，２００５を参照されたい）。
【０２２６】
本発明のトランケート型および／または変異体ＡＡＲＳポリペプチドは、当業者に既知のいずれかの好適な手順（組み換え技法など）によって調製してよい。例えば、ＡＡＲＳポリペプチドは、（ａ）トランケートＡＡＲＳポリペプチドをコードするとともに、調節要素に機能可能に結合されているポリヌクレオチド配列を含むコンストラクトを調節する工程と、（ｂ）このコンストラクトを宿主細胞に導入する工程と、（ｃ）この宿主細胞を培養して、トランケートＡＡＲＳポリペプチドを発現させる工程と、（ｄ）宿主細胞から、トランケート型および／または変異体ＡＡＲＳポリペプチドを単離する工程とを含む手順によって調製してよい。実例的な例では、ヌクレオチド配列は、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、または１４に示されているか、もしくはそれに由来するポリペプチド配列の少なくとも１つの生物学的に活性な部分、または、その生物学的に活性な変異体もしくは断片をコードする。組み換えＡＡＲＳポリペプチドは好都合なことに、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８９、前出）（具体的には１６項および１７項）、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９４、前出）（具体的には１０章および１６章）、ならびに、Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．１９９５−１９９７）（具体的には１章、５章、および６章）に記載されているような標準的なプロトコールを用いて調製することができる。
【０２２７】
組み換えによる製法に加えて、本発明のポリペプチドおよびその断片は、固相法を用いる直接的なペプチド合成法（Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１５４（１９６３））によって作製してよい。タンパク質合成は、手動法または自動法を用いて行ってよい。自動合成は、例えばＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ４３１Ａというペプチド合成装置（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を用いて行ってよい。あるいは、様々な断片は、個別に化学合成し、化学的方法を用いて組み合わせて、所望の分子を作製してよい。
【０２２８】
ポリヌクレオチド組成物
本発明は、本発明のアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド（そのトランケート体および／または変異体を含む）をコードする単離ポリヌクレオチドと、このようなポリヌクレオチドを含む組成物も提供する。
【０２２９】
本明細書で使用する場合、「ＤＮＡ」、「ポリヌクレオチド」、および「核酸」という用語は、特定の種の全ゲノムＤＮＡから単離されたＤＮＡ分子を指す。したがって、ポリペプチドをコードするＤＮＡセグメントは、１つ以上のコード配列を含むが、そのＤＮＡセグメントが得られる種の全ゲノムＤＮＡから実質的に単離または精製されるＤＮＡセグメントを指す。「ＤＮＡセグメント」および「ポリヌクレオチド」という用語には、ＤＮＡセグメントと、ＤＮＡセグメントよりも小さい断片が含まれ、組み換えベクター（例えば、プラスミド、コスミド、ファージミド、ファージ、ウイルスなどを含む）も含まれる。
【０２３０】
当業者であれば分かるように、本発明のポリヌクレオチド配列としては、タンパク質、ポリペプチド、ペプチドなどを発現させるか、または、発現させるように適合できるゲノム配列、ゲノム外配列、およびプラスミドコード配列、ならびに、遺伝子工学により作られた、より小さい遺伝子セグメントを挙げることができる。このようなセグメントは、自然に単離させても、人の手によって合成的に改変してもよい。
【０２３１】
当業者であれば分かるように、ポリヌクレオチドは、一本鎖分子（コードまたはアンチセンス分子）であっても、二本鎖分子であっても、ＤＮＡ（ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、または合成ＤＮＡ）分子またはＲＮＡ分子であってもよい。さらなるコード配列または非コード配列が本発明のポリヌクレオチド内に存在していてもよく（必ずしも必要ではない）、ポリヌクレオチドは、他の分子および／または支持材料に結合していてもよい（必ずしも必要ではない）。
【０２３２】
ポリヌクレオチドは、天然配列（すなわち、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼまたはその一部をコードする内因性配列）を含んでも、天然配列の変異体または生物学的に機能的な同等物を含んでもよい。ポリヌクレオチド変異体は、後でさらに説明するように、好ましくは、コードされたポリペプチドの炎症反応調節活性が、未修飾ポリペプチドよりも実質的に低下しないように、１つ以上の置換、付加、欠失、および／または挿入を含んでよい。コードされたポリペプチドの炎症反応調節活性に対する影響は一般に、本明細書に記載されているように評価してよい。
【０２３３】
さらなる実施形態では、本発明は、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼと同一であるか、または相補的である配列の様々な長さの連続するストレッチを含む単離ポリヌクレオチドであって、本明細書に記載されているようなトランケート型アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼをコードする単離ポリヌクレオチドを提供する。
【０２３４】
本出願のＡＡＲＳポリペプチドをコードする代表的なヌクレオチド配列には、配列番号４、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、および３１のポリヌクレオチド配列のようなコード配列と、ＡＡＲＳ遺伝子の完全長または実質的に完全長のヌクレオチド配列の一部、または、その転写物もしくはそれらの転写物のＤＮＡコピーが含まれる。
【０２３５】
ＡＡＲＳヌクレオチド配列の一部は、配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、および１０９〜１１５のポリペプチド、または、これらの配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または９８％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含め、基準のポリペプチドの生物学的活性を保持するポリペプチドの一部またはセグメントをコードしてよい。ＡＡＲＳポリペプチドの生物学的に活性な断片をコードするＡＡＲＳヌクレオチド配列の一部は、少なくとも約２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１２０個、１５０個、３００個、または４００個の連続するアミノ酸残基、または完全長ＡＡＲＳポリペプチドに存在するほぼすべての数のアミノ酸までをコードしてよい。本文脈および本明細書で用いられるすべての他の文脈において、「間の長さ」が、示した値の間のいずれかの長さ（１０１個、１０２個、１０３個など、１５１個、１５２個、１５３個など、２０１個、２０２個、２０３個など）を意味することは容易に分かるであろう。
【０２３６】
本発明のポリヌクレオチドは、それ自体のコード配列の長さにかかわらず、他のＤＮＡ配列（プロモーター、ポリアデニル化シグナル、追加の制限酵素部位、多重クローニング部位、他のコードセグメントなど）と組み合わせて、その全長が大幅に変わるようにしてよい。したがって、ほとんどすべての長さのポリヌクレオチド断片を用いてよいことが意図されており、その全長は、意図する組み換えＤＮＡプロコールでの調製のしやすさおよび使いやすさによって限定されるのが好ましい。
【０２３７】
本発明は、ＡＡＲＳヌクレオチド配列の変異体も意図している。核酸変異体は、対立遺伝子変異体（同じ遺伝子座）、ホモログ（異なる遺伝子座）、およびオルソログ（異なる生物）のような天然のものであることも、非天然のものであることもできる。上記のような天然の変異体は、周知の分子生物学技法、例えば、当該技術分野において既知のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、およびハイブリダイゼーション技法を用いて同定することができる。非天然の変異体は、ポリヌクレオチド、細胞、または生物に適用される突然変異誘発技法を含む突然変異誘発技法によって作製することができる。この変異体は、ヌクレオチドの置換、欠失、逆位、および挿入を含むことができる。コード領域と非コード領域のいずれかまたは両方で変異させることができる。変異は、保存的アミノ酸置換基と非保存的アミノ酸置換基の両方をもたらすことができる（コードされた産物と比較した場合）。ヌクレオチド配列に関しては、保存的変異体には、遺伝暗号の縮重のために、基準のＡＡＲＳポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号１、２、３、６、８、１０、１２、１４、１６、２５、２８、３０、３２〜１０８、または１０９〜１１５に示されている配列など）をコードする配列が含まれる。変異体ヌクレオチド配列には、合成的に誘導したヌクレオチド配列、例えば、部位特異的変異誘発を用いることによって生成された配列であるが、依然としてＡＡＲＳポリペプチドをコードする配列なども含まれる。一般に、特定のＡＡＲＳヌクレオチド配列の変異体は、デフォルトパラメーターを用いて本明細書の他の部分に記載されている配列アラインメントプログラムによって割り出した場合、特定のヌクレオチド配列と少なくとも約３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、一般には少なくとも約７５％、８０％、８５％、望ましくは約９０％〜９５％以上、より好適には約９８％以上の配列同一性を有することになる。
【０２３８】
ＡＡＲＳヌクレオチド配列を用いて、他の生物、特に他の生物または微生物由来の対応する配列および対立遺伝子を単離することができる。当該技術分野においては、核酸配列のハイブリダイゼーションに関する方法を容易に利用可能である。周知の技法に従って、本明細書に示されているコード配列との配列同一性に基づき、他の生物由来のコード配列を単離してよい。これらの技法では、所定の生物由来のクローニングされたゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡフラグメントの集団（すなわち、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリー）に存在する他のＡＡＲＳコード配列と選択的にハイブリダイズするプローブとして、既知のコード配列の全部または一部を使用する。
【０２３９】
したがって、本発明は、下記のストリンジェントな条件下で、基準のＡＡＲＳヌクレオチド配列またはその補体とハイブリダイズするポリヌクレオチドも意図している。本明細書で使用する場合、「低いストリンジェントな条件、中度のストリンジェントな条件、高いストリンジェントな条件、または非常に高いストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件を説明するものである。ハイブリダイゼーション反応を行う手引きは、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９８，前出），Ｓｅｃｔｉｏｎｓ  ６．３．１−６．３．６に見ることができる。水性および非水性の方法はこの参照文献に記載されており、いずれかを用いることができる。本発明における低いストリンジェントな条件の基準としては、少なくとも約１％  ｖ／ｖ〜少なくとも約１５％  ｖ／ｖのホルムアミドと、少なくとも約１Ｍ〜少なくとも約２Ｍの塩で４２℃にてハイブリダイズし、少なくとも約１Ｍ〜少なくとも約２Ｍの塩で４２℃にて洗浄する条件が挙げられ、この条件が含まれる。低いストリンジェントな条件としては、１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳで６５℃にてハイブリダイズし、（ｉ）２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、または（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、４０ｍＭ  ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、５％ＳＤＳで室温にて洗浄する条件を挙げてよい。低いストリンジェントな条件の１つの実施形態としては、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）で約４５℃にてハイブリダイズし、その後、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで少なくとも５０℃にて２回洗浄する条件が挙げられる（低いストリンジェントな条件では、洗浄温度は５５℃まで上昇させることができる）。中度のストリンジェントな条件としては、少なくとも約１６％  ｖ／ｖ〜少なくとも約３０％  ｖ／ｖのホルムアミドと、少なくとも約０．５Ｍ〜少なくとも約０．９Ｍの塩で４２℃にてハイブリダイズし、少なくとも約０．１Ｍ〜少なくとも約０．２Ｍの塩で５５℃にて洗浄する条件が挙げられ、この条件が含まれる。中度のストリンジェントな条件としては、１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳで６５℃にてハイブリダイズし、（ｉ）２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、または（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、４０ｍＭ  ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、５％ＳＤＳで６０〜６５℃にて洗浄する条件も挙げてよい。中度のストリンジェントな条件の１つの実施形態としては、６×ＳＳＣで約４５℃にてハイブリダイズし、その後、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで６０℃にて１回以上洗浄する条件が挙げられる。高いストリンジェントな条件としては、少なくとも約３１％  ｖ／ｖ〜少なくとも約５０％  ｖ／ｖのホルムアミドと、約０．０１Ｍ〜約０．１５Ｍの塩で４２℃にてハイブリダイズし、約０．０１Ｍ〜約０．０２Ｍの塩で５５℃にて洗浄する条件が挙げられ、この条件が含まれる。高いストリンジェントな条件としては、１％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳで６５℃にて���イブリダイズし、（ｉ）０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、または（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、４０ｍＭ  ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、１％ＳＤＳで、６５℃を超える温度にて洗浄する条件も挙げてよい。高いストリンジェントな条件の１つの実施形態としては、６×ＳＳＣで約４５℃にてハイブリダイズし、その後、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで６５℃にて１回以上洗浄する条件が挙げられる。
【０２４０】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、非常に高いストリンジェントな条件下で、開示されているヌクレオチド配列とハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされる。非常に高いストリンジェントな条件の１つの実施形態としては、０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳで６５℃にてハイブリダイズし、その後、０．２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳで６５℃にて１回以上洗浄する条件が挙げられる。
【０２４１】
他のストリンジェントな条件は当該技術分野において周知であり、当業者であれば、様々な要因を操作してハイブリダイゼーションの特異性を最適化できることを認識するであろう。最終洗浄のストリンジェンシーの最適化は、高度なハイブリダイゼーションを確実にする役割を果たすことができる。詳細な例については、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，前出の２．１０．１〜２．１０．１６頁およびＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８９、前出）の１．１０１項〜第１．１０４項を参照されたい。
【０２４２】
ストリンジェントな洗浄は典型的には約４２℃〜６８℃の温度で行うが、当業者であれば、他の温度がストリンジェントな条件に適する場合もあることが分かるであろう。最大のハイブリッド速度は典型的には、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドを形成する際のＴｍよりも約２０℃〜２５℃低い温度で得られる。Ｔｍは融点、すなわち、２つの相補的ポリヌクレオチド配列が解離する温度であることは当該技術分野において周知である。Ｔｍを推定する方法は当該技術分野において周知である（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，前出の２．１０．８頁を参照されたい）。
【０２４３】
一般に、ＤＮＡの完全にマッチした二本鎖のＴｍは、Ｔｍ＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０Ｍ）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−０．６３（％ホルムアミド）−（６００／長さ）（式中、ＭはＮａ＋の濃度であり（好ましくは０．０１モル〜０．４モルの範囲）、％Ｇ＋Ｃは、総塩基数の比率としてのグアノシン塩基とシトシン塩基との和であり（３０％Ｇ＋Ｃと７５％Ｇ＋Ｃとの間の範囲内）、％ホルムアミドは、ホルムアミドの体積％濃度であり、長さは、ＤＮＡ二本鎖中の塩基対の数である）という式による近似値として予測してよい。二本鎖ＤＮＡのＴｍは、ランダムにミスマッチした塩基対数が１％増加するごとに約１℃低下する。洗浄は一般に、高いストリンジェンシーではＴｍ−１５℃で、または、中度のストリンジェンシーではＴｍ−３０℃で行う。
【０２４４】
ハイブリダイゼーション手順の一例では、固定化ＤＮＡを含む膜（例えば、ニトロセルロース膜またはナイロン膜）を４２℃で、標識プローブを含むハイブリダイゼーション緩衝液（５０％脱イオンホルムアミド、５×ＳＳＣ、５×デンハート液（０．１％フィコール、０．１％ポリビニルピロリドン、および０．１％ウシ血清アルブミン）、０．１％ＳＤＳ、ならびに２００ｍｇ／ｍＬ変性サケ精子ＤＮＡ）中にてオーバーナイトでハイブリダイズする。続いて、この膜に対して、２回連続して中度のストリンジェントな洗浄（すなわち、２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで４５℃にて１５分間洗浄してから、２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで１５分間、５０℃にて洗浄する）を行い、その後、２回連続して、より高いストリンジェントな洗浄（すなわち、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで１２分間、５５℃にて洗浄してから、０．２×ＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳ溶液で１２分間、６５〜６８℃にて洗浄する）を行う。
【０２４５】
ポリヌクレオチドおよびその融合物は、当該技術分野において既知かつ利用可能な、十分に確立された様々な技法のいずれかを用いて調製、操作、および／または発現させてよい。例えば、本発明のポリペプチド、または、その融合タンパク質もしくは機能的等価物をコードするポリヌクレオチド配列を組み換えＤＮＡ分子中で用いて、適切な宿主細胞中で、トランケート型および／または変異体アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドを発現させてよい。遺伝暗号の固有の縮重により、実質的に同一であるか、または機能的に等価であるアミノ酸配列をコードする他のＤＮＡ配列を作製してよく、これらの配列を用いて、所与のポリペプチドをクローニングおよび発現させてよい。
【０２４６】
当業者であれば分かるように、場合によっては、非天然のコドンを有するポリペプチドコードヌクレオチド配列を作製するのが有益であり得る。例えば、特定の原核生物宿主または真核生物宿主に好ましいコドンは、タンパク質発現速度を向上させるように、または、所望の特性（天然の配列から生成された転写物よりも長い半減期など）を有する組み換えＲＮＡ転写物が産生されるように選択することができる。
【０２４７】
さらに、様々な理由で、ポリペプチドコード配列を変更する目的で（遺伝子産物のクローニング、プロセシング、発現、および／または活性を改変する変更が挙げられるが、これらに限らない）、当該技術分野において一般的に知られている方法を用いて、本発明のポリヌクレオチド配列を工学技術によって作製することができる。
【０２４８】
所望のポリペプチドを発現させる目的で、適切な発現ベクター、すなわち、挿入されるコード配列の転写および翻訳に必要な要素を含むベクターに、ポリペプチドまたは機能的等価物をコードするヌクレオチド配列を挿入してよい。当業者に周知の方法を用いて、目的のポリペプチドをコードする配列、ならびに、適切な転写および翻訳制御要素を含む発現ベクターを構築してよい。これらの方法としては、インビトロの組み換えＤＮＡ技法、合成技法、およびインビボの遺伝子組み換えが挙げられる。このような技法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８９）、およびＡｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９８９）に記載されている。
【０２４９】
様々な発現ベクター／宿主系が知られており、それらの発現ベクター／宿主系を用いて、ポリヌクレオチド配列を含有および発現させてよい。このようなものとしては、組み換えバクテリオファージ、プラスミド、またはコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換した細菌のような微生物、酵母発現ベクターで形質転換した酵母、ウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）に感染させた昆虫細胞系、ウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルス（ＣａＭＶ）、タバコモザイクウイルス（ＴＭＶ））、もしくは細菌発現ベクター（例えば、ＴｉもしくはｐＢＲ３２２プラスミド）で形質転換した植物細胞系、あるいは動物細胞系が挙げられるが、これらに限らない。
【０２５０】
発現ベクター内に存在する「制御要素」または「調節配列」は、宿主細胞タンパク質と相互作用して転写および翻訳を実行するベクターの非翻訳領域（エンハンサー、プロモーター、５’および３’非翻訳領域）である。このような要素の強度と特異性は様々であってよい。用いるベクター系および宿主に応じて、好適な転写および翻訳要素（構成的プロモーターおよび誘導プロモーターを含む）をいずれの数用いてもよい。例えば、細菌系でクローニングする場合、ファージミドｐＢＬＵＥＳＣＲＩＰＴ（カリフォルニア州ラホヤのＳｔｒａｔａｇｅｎｅ）、またはプラスミドＰＳＰＯＲＴ１（メリーランド州ゲイサーズバーグのＧｉｂｃｏ  ＢＲＬ）のハイブリッドｌａｃＺプロモーターなどのような誘導プロモーターを用いてよい。哺乳類細胞系では、哺乳類遺伝子または哺乳類ウイルス由来のプロモーターが一般に好ましい。ポリペプチドをコードする配列の複数のコピーを含む細胞株を生成する必要がある場合、有益なことに、ＳＶ４０またはＥＢＶベースのベクターを適切な選択マーカーとともに用いてよい。
【０２５１】
細菌系では、発現させたポリペプチドの意図する用途に応じて、多数の発現ベクターを選択してよい。例えば、大量に必要とする場合、容易に精製される融合タンパク質を高レベルに発現させるベクターを用いてよい。このようなベクターとしては、多機能性大腸菌クローニングおよび発現ベクター（ハイブリッドタンパク質が産生されるように、アミノ末端Ｍｅｔ配列およびそれに続くβ−ガラクトシダーゼの７個の残基とインフレームで、目的のポリペプチドをコードする配列をベクターにライゲーションできるＢＬＵＥＳＣＲＩＰＴ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）など）、ｐＩＮベクター（Ｖａｎ  Ｈｅｅｋｅ＆Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：５５０３  ５５０９（１９８９））などが挙げられるが、これらに限らない。ｐＧＥＸベクター（ウィスコンシン州マディソンのＰｒｏｍｅｇａ）を用いて、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパク質として、外来ポリペプチドを発現させてもよい。一般に、このような融合タンパク質は可溶性であり、グルタチオン−アガロースビーズに吸着させてから、遊離グルタチオンの存在下で溶離させることによって、溶解細胞から容易に精製することができる。このような系で作製したタンパク質は、ヘパリン、トロンビン、または第ＸＡ因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計して、クローニングした目的のポリペプチドを任意にＧＳＴ部分から放出させることができるようにしてよい。
【０２５２】
酵母サッカロミセス・セレビシエでは、構成的プロモーターまたは誘導プロモーター（α因子、アルコールオキシダーゼ、およびＰＧＨなど）を含む多数のベクターを用いてよい。レビューについては、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．（前出）、およびＧｒａｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５３：５１６−５４４（１９８７）を参照されたい。
【０２５３】
植物発現ベクターを用いる場合、多数のプロモーターのうちのいずれかによって、ポリペプチドをコードする配列を発現させてよい。例えば、ＣａＭＶの３５Ｓおよび１９Ｓプロモーターのようなウイルスプロモーターを単独で用いても、ＴＭＶ由来のΩリーダー配列と組み合わせて用いてもよい（Ｔａｋａｍａｔｓｕ，ＥＭＢＯ  Ｊ．６：３０７−３１１（１９８７））。あるいは、ＲＵＢＩＳＣＯの小サブユニットまたは熱ショックプロモーターのような植物プロモーターを用いてよい（Ｃｏｒｕｚｚｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．３：１６７１−１６８０（１９８４）、Ｂｒｏｇｌｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２４：８３８−８４３（１９８４）、およびＷｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｓｕｌｔｓ  Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ  Ｄｉｆｆｅｒ．１７：８５−１０５（１９９１））。これらのコンストラクトは、直接的なＤＮＡ形質転換、または病原体媒介性トランスフェクションによって、植物細胞に導入することができる。このような技法は、多数の一般的に入手可能なレビューに記載されている（例えば、Ｈｏｂｂｓ  ｉｎ  ＭｃＧｒａｗ  Ｈｉｌｌ，Ｙｅａｒｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｐｐ．１９１−１９６（１９９２）を参照されたい）。
【０２５４】
昆虫系を用いて、目的のポリペプチドを発現させてもよい。例えば、ある昆虫系では、オートグラファ・カリフォルニカ核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ）をベクターとして用いて、スポドプテラ・フルギペルダ細胞またはトリコプルシア幼虫内で外来遺伝子を発現させる。ポリペプチドをコードする配列をウイルスの非必須領域（ポリヘドリン遺伝子など）にクローニングし、ポリヘドリンプロモーターの制御下に置いてよい。ポリペプチドコード配列をうまく挿入することによって、ポリヘドリン遺伝子を不活化し、コートタンパク質のない組み換えウイルスを産生させることになる。続いて、この組み換えウイルスを用いて、例えば、目的のポリペプチドを発現させることができるＳ．フルギペルダ細胞またはトリコプルシア幼虫に感染させてよい（Ｅｎｇｅｌｈａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：３２２４−３２２７（１９９４））。
【０２５５】
哺乳類宿主細胞では、多数のウイルスベースの発現系が一般的に入手可能である。例えば、アデノウイルスを発現ベクターとして使用する場合、後期プロモーターおよび三分節リーダー配列からなるアデノウイルス転写／翻訳複合体に、目的のポリペプチドをコードする配列をライゲーションしてよい。ウイルスゲノムの非必須のＥ１またはＥ３領域への挿入を用いて、感染させた宿主細胞中でポリペプチドを発現できる生存ウイルスを得てよい（Ｌｏｇａｎ＆Ｓｈｅｎｋ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８１：３６５５−３６５９（１９８４））。さらに、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）エンハンサーまたは即時型／初期サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）エンハンサー／プロモーター領域のような転写エンハンサーを用いて、哺乳類宿主細胞中での発現を増大させてよい。
【０２５６】
特異的開始シグナルを用いて、目的のポリペプチドをコードする配列をより効率的に翻訳してよい。このようなシグナルは、ＡＴＧ開始コドンと隣接配列を含む。ポリペプチドをコードする配列、その開始コドン、および上流配列を適切な発現ベクターに挿入するケースでは、さらなる転写または翻訳制御シグナルは必要ない場合がある。しかし、コード配列またはその一部のみを挿入するケースでは、ＡＴＧ開始コドンを含む外因性翻訳制御シグナルを提供すべきである。さらに、この開始コドンは、インサート全体が翻訳されるように、正確なリーディングフレーム中に存在すべきである。外因性翻訳要素と開始コドンは、様々な起源（天然および合成の両方）のものであってよい。発現効率は、文献（Ｓｃｈａｒｆ．  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｓｕｌｔｓ  Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ  Ｄｉｆｆｅｒ．２０：１２５−１６２（１９９４））に記載されているエンハンサーのように、使用する特定の細胞系に適したエンハンサーを含めることによって高めてよい。
【０２５７】
加えて、宿主細胞株は、挿入された配列の発現を調節するか、または、発現タンパク質を所望の形でプロセシングする能力について選択しよい。このようなポリペプチドの修飾としては、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化、およびアシル化が挙げられるが、これらに限らない。また、タンパク質の「プレプロ」体を切断する翻訳後プロセシングを用いて、正確な挿入、フォールディング、および／または機能を促してよい。特定の細胞機構、および翻訳後活性についての特徴的な機構を有する別の宿主細胞（ＣＨＯ、Ｈｅｌａ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ２９３、およびＷ１３８など）は、外来タンパク質が正確に修飾およびプロセシングされるように選択してよい。
【０２５８】
長期間、組み換えタンパク質が高収率で産生されるように、安定的な発現が一般には好ましい。例えば、同じベクターまたは別個のベクター上に、ウイルス複製開始点および／または内因性発現要素と、選択可能なマーカー遺伝子とを含むことができる発現ベクターを用いて、目的のポリヌクレオチドを安定的に発現させる細胞株を形質転換してよい。ベクターの導入後、細胞を富栄養培地中で１〜２日間成長させてから、選択培地に交換してよい。選択可能なマーカーの目的は、選択に対する耐性を付与することであり、その存在によって、導入された配列をうまく発現させる細胞を成長および回収できるようになる。その細胞型に適した組織培養技法を用いて、安定的に形質転換した細胞の耐性クローンを増殖させてよい。
【０２５９】
いずれかの数の選択系を用いて、形質転換した細胞株を回収してよい。このような選択系としては、ｔｋ細胞中で用いることができる単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（Ｗｉｇｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  １１：２２３−２３２（１９７７））、およびａｐｒｔ細胞中で用いることができるアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Ｌｏｗｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ２２：８１７−８２３（１９９０））遺伝子が挙げられるが、これらに限らない。また、選択の根拠として、代謝拮抗物質（例えば、メトトレキサートに対する耐性を付与するｄｈｆｒ（Ｗｉｇｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７７：３５６７−７０（１９８０））、抗生物質耐性（例えば、アミノグリコシド、ネオマイシン、およびＧ−４１８に対する耐性を付与するｎｐｔ（Ｃｏｌｂｅｒｅ−Ｇａｒａｐｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５０：１−１４（１９８１））、または除草剤耐性（例えば、クロルスルフロンに対する耐性を付与するａｌｓ、またはホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼに対する耐性を付与するｐａｔ（Ｍｕｒｒｙ，前出））を用いることができる。さらなる選択遺伝子が説明されており、例えば、ｔｒｐＢ（細胞がトリプトファンの代わりにインドールを利用できるようにする）、またはｈｉｓＤ（細胞がヒスチジンの代わりのヒスチノールを利用できるようにする）（Ｈａｒｔｍａｎ＆Ｍｕｌｌｉｇａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：８０４７−５１（１９８８））が説明されている。アントシアニン、β−グルクロニダーゼおよびその基質ＧＵＳ、ならびに、ルシフェラーゼおよびその基質ルシフェリンなどのマーカーとともに、可視マーカーを用いることが支持されており、形質転換体を同定する目的のみならず、特異的ベクター系に起因する一時的または安定的なタンパク質の発現の量を定める目的でも広く用いられている（Ｒｈｏｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５５：１２１−１３１（１９９５））。
【０２６０】
ポリヌクレオチドにコードされた産物に対して特異的なポリクローナルまたはモノクローナル抗体のいずれかを用いて、その産物の発現を検出および測定するための様々なプロトコールが当該技術分野において知られている。例としては、固相酵素免疫検定法（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫検定法（ＲＩＡ）、および蛍光活性化細胞分離法（ＦＡＣＳ）が挙げられる。これらおよびその他のアッセイは特に、Ｈａｍｐｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｒｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９９０）、およびＭａｄｄｏｘ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１５８：１２１１−１２１６（１９８３）に説明されている。
【０２６１】
多種多様な標識およびコンジュゲート技法が当業者に知られており、それらの技法を様々な核酸アッセイおよびアミノ酸アッセイで用いてよい。ポリヌクレオチドに関連する配列を検出するための標識ハイブリダイゼーションまたはＰＣＲプローブを作製する手段としては、オリゴ標識、ニックトランスレーション、末端標識、または標識したヌクレオチドを用いるＰＣＲ増幅が挙げられる。あるいは、ｍＲＮＡプローブの作製のために、配列またはそのいずれかの部分をベクターにクローニングしてもよい。このようなベクターは当該技術分野において既知であるとともに市販されており、このようなベクターを用いて、Ｔ７、Ｔ３、またはＳＰ６のような適切なＲＮＡポリメラーゼ、および標識したヌクレオチドを付加することによって、インビトロでＲＮＡプローブを合成してよい。これらの手順は、様々な市販のキットを用いて行ってよい。用いてよい好適なレポーター分子または標識としては、放射性核種、酵素、蛍光剤、化学発光剤、または発色剤、ならびに、基質、補因子、インヒビター、および磁性粒子などを挙げてよい。
【０２６２】
細胞培養物からタンパク質を発現および回収するのに適した条件下で、目的のポリヌクレオチド配列で形質転換した宿主細胞を培養してよい。組み換え細胞が産生したタンパク質は、用いる配列および／またはベクターに応じて、細胞内に分泌させるか、または含めてよい。当業者であれば分かるように、本発明のポリヌクレオチドを含む発現ベクターは、原核細胞膜または真核細胞膜を通じて、コードされたポリペプチドを分泌させるシグナル配列を含むように設計してよい。他の組み換え構築体を用いて、可溶性タンパク質の精製を容易にするポリペプチドドメインをコードするヌクレオチド配列に、目的のポリペプチドをコードする配列をつなぎ合わせてもよい。
【０２６３】
抗体組成物、その断片、および他の結合剤
別の態様によれば、本発明はさらに、本明細書中に開示されているポリペプチド、または、その一部、変異体、もしくは誘導体に対する免疫学的結合性を示す結合剤（抗体およびその抗原結合断片など）と、これらの使用法を提供する。好ましくは、このような結合剤は、本発明のＡＡＲＳポリペプチドによって媒介される非標準的な活性の１つ以上を調節するか、または、被検体から得た生物サンプルのようなサンプル中の所定のＡＡＲＳポリペプチド（例えば、トランケート体、選択的スプライス変異体、突然変異体）の有無を検出するのに有効である。
【０２６４】
例えば、特定の実施形態は、被検体中のＡＡＲＳポリペプチドを同定または特徴付ける方法であって、被検体から生物サンプルを得る工程と、その生物サンプルを抗体またはその抗原結合断片と接触させる工程であって、その抗体または抗原結合断片が、本発明のＡＡＲＳポリペプチドに特異的に結合する工程と、結合した抗体またはその抗原結合断片の有無を検出することによって、被検体中のＡＡＲＳポリペプチドを同定または特徴付ける工程とを含む方法を意図している。特定の態様では、上記の抗体またはその抗原結合断片は、所定のＡＡＲＳ突然変異体または選択的スプライス変異体のような特定の変異体またはトランケート型ＡＡＲＳポリペプチドに特異的に結合するが、完全長野生型ＡＡＲＳポリペプチドのような他のＡＡＲＳポリペプチドには特異的に結合しない。
【０２６５】
抗体またはその抗原結合断片は、（例えばＥＬＩＳＡアッセイで）ポリペプチドと検出可能なレベルで反応するとともに、同様の条件下で、無関係のポリペプチドとは検出可能な形で反応しない場合、本発明のポリペプチドに「特異的に結合する」、「免疫学的に結合する」、および／または「免疫学的に反応性を示す」という。
【０２６６】
免疫学的結合とは一般に、本明細書の文脈内で使用する場合、免疫グロブリン分子と、その免疫グロブリンに特異的な抗原との間に生じるタイプの非共有相互作用を指す。免疫学的結合相互作用の強度、すなわち親和性は、その相互作用の解離定数（Ｋｄ）で表わすことができ、Ｋｄが小さいほど、親和性が大きいことになる。所定のポリペプチドの免疫学的結合特性は、当該技術分野において周知の方法を用いて定量化できる。このような方法の１つは、抗原結合部位／抗原複合体の形成および解離の速度の測定を伴い、これらの速度は、複合体パートナーの濃度、相互作用の親和性、および両方向の速度に等しく影響を及ぼす幾何学的パラメーターに左右される。したがって、「オン速度定数」（Ｋｏｎ）および「オフ速度定数」（Ｋｏｆｆ）のいずれも、会合および解離の濃度および実際の速度を計算することによって割り出すことができる。Ｋｏｆｆ／Ｋｏｎの比率によって、親和性と無関係のすべてのパラメーターを取り除くことができ、したがって、この比率は解離定数Ｋｄに等しい。一般には、Ｄａｖｉｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９０）Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５９：４３９−４７３を参照されたい。
【０２６７】
抗体の「抗原結合部位」または「結合部分」とは、抗原結合に関与する免疫グロブリン分子の部分を指す。抗原結合部位は、重（「Ｈ」）鎖および軽（「Ｌ」）鎖からなるＮ末端可変（「Ｖ」）領域のアミノ酸残基によって形成されている。重鎖および軽鎖のＶ領域内の高度な多様性を示す３つの伸展部分を「超可変領域」といい、超可変領域は、超可変領域よりも保存性の高い隣接する伸展部分（「フレームワーク領域」または「ＦＲ」として知られている）の間に挟まれている。したがって、「ＦＲ」という用語は、免疫グロブリン中の超可変領域の間かつ超可変領域に隣接して天然に存在するアミノ酸配列を指す。抗体分子では、軽鎖の３つの超可変領域、および重鎖の３つの超可変領域は、三次元空間においてそれぞれに対して相対的に配置されており、抗原結合表面を形成している。この抗原結合表面は、結合した抗原の三次元表面と相補的であり、重鎖および軽鎖それぞれの３つの超可変領域は、「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」という。
【０２６８】
結合剤は、例えば、ペプチド成分を含むか、もしくは含まないリボゾーム、ＲＮＡ分子、またはポリペプチドであってよい。好ましい実施形態では、結合剤は、抗体またはその抗原結合断片ある。抗体は、当業者にとって既知の様々な技法のいずれかによって調製してよい。例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照されたい。一般に抗体は、組み換え抗体を産生させるようにする目的で、本明細書に記載されているようなモノクローナル抗体の生成を含め、細胞培養技法によって、または、好適な細菌もしくは哺乳類宿主細胞に抗体遺伝子をトランスフェクションすることによって作製することができる。ある１つの技法では、まず、多種多様な哺乳類のいずれか（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、またはヤギ）に、ポリペプチドを含む免疫原を注射する。この工程では、本発明のポリペプチドは、修飾なしで免疫原としての機能を果たすことができる。あるいは、特に比較的短いポリペプチドでは、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニンのようなキャリアタンパク質にそのポリペプチドを結合させる場合、より高い免疫応答が誘発される場合がある。免疫原は、好ましくは１回以上の追加免疫を組み込んだ所定のスケジュールに従って動物宿主に注射し、その動物から周期的に採血する。続いて、例えば、好適な固体支持体に結合させたポリペプチドを用いるアフィニティークロマトグラフィーによって、ポリペプチドに対して特異的なポリクローナル抗体を上記のような抗血清から精製してよい。
【０２６９】
目的のポリペプチドに対して特異的なモノクローナル抗体は例えば、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１１−５１９，１９７６の技法およびその改良型を使用して調製してよい。簡潔には、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドとの反応性）を有する抗体を産生できる不死化細胞株を調製することを含む。このような細胞株は、例えば、上記のように免疫した動物から得た脾臓細胞から産生させてよい。続いて、例えば、骨髄腫細胞融合パートナー（好ましくは、免疫動物と同系のもの）と融合することによって、この脾臓細胞を不死化する。様々な融合技法を用いてよい。例えば、脾臓細胞および骨髄腫細胞を非イオン性界面活性剤と数分間組み合わせてから、ハイブリッド細胞の成長を補助するが、骨髄腫細胞の成長は補助しない選択培地に、低密度で播いてよい。好ましい選択技法は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン）選択を用いるものである。十分な時間、通常約１〜２週間の経過後、ハイブリッドのコロニーが観察される。単一コロニーを選択し、その培養物上清のポリペプチドに対する結合活性を試験する。高い反応性と特異性を有するハイブリドーマが好ましい。
【０２７０】
モノクローナル抗体は、成長しているハイブリドーマコロニーの上清から単離してよい。加えて、マウスのような好適な脊椎動物宿主の腹膜腔にハイブリドーマ細胞株を注射するなど、様々な技法を用いて収率を向上させてよい。続いて、腹水または血液からモノクローナル抗体を回収してよい。クロマトグラフィー、ゲルろ過、沈殿析出、および抽出のような従来の技法によって、夾雑物を抗体から除去してよい。本発明のポリペプチドは、例えばアフィニティークロマトグラフィー工程の精製プロセスで用いてよい。
【０２７１】
当該技術分野では、抗体分子の免疫学的結合特性を示すことのできる抗原結合部位を含む治療上有用な分子が数多く知られている。タンパク質分解酵素のパパインは、ＩｇＧ分子を選択的に切断していくつかの断片をもたらすが、そのうちの２つ（「Ｆ（ａｂ）」断片）はそれぞれ、無傷の抗原結合部位を含む共有結合したヘテロ二量体を含む。酵素のペプシンはＩｇＧ分子を切断して、両方の抗原結合部位を含む「Ｆ（ａｂ’）２」断片を含むいくつかの断片をもたらすことができる。「Ｆｖ」断片は、免疫グロブリン分子のＩｇＭ、稀なケースではＩｇＧまたはＩｇＡの選択的なタンパク質切断によって、作製することができる。しかし、Ｆｖ断片はより一般的には、当該技術分野において既知の組み換え技法を用いて得られる。Ｆｖ断片には、天然抗体分子の抗原認識および結合能力の大半を保持する抗原結合部位を含む非共有結合のＶＨ：：ＶＬヘテロ二量体が含まれる。Ｉｎｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９７２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ６９：２６５９−２６６２、Ｈｏｃｈｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９７６）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １５：２７０６−２７１０、およびＥｈｒｌｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１−４０９６。
【０２７２】
一本鎖Ｆｖ（「ｓＦｖ」）ポリペプチドは、ペプチドコードリンカーによって連結されたＶＨおよびＶＬコード遺伝子を含む遺伝子融合体から発現される、共有結合したＶＨ：：ＶＬヘテロ二量体である。Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５（１６）：５８７９−５８８３。天然には凝集しているが、化学的に分離させた抗体Ｖ領域由来のポリペプチド軽鎖および重鎖を、抗原結合部位の構造と実質的に類似する三次元構造に折り畳まれるｓＦｖ分子に変換するために、化学的構造を識別するための方法が数多く説明されている。例えば、Ｈｕｓｔｏｎらの米国特許第５，０９１，５１３号および同第５，１３２，４０５号、ならびに、Ｌａｄｎｅｒらの米国特許第４，９４６，７７８号を参照されたい。
【０２７３】
上記の各分子は、重鎖および軽鎖のＣＤＲセットを含み、ＣＤＲはそれぞれ、重鎖および軽鎖のＦＲセットの間に挟まれており、ＦＲは、ＣＤＲを支持し、相互に対するＣＤＲの空間的関係を定めている。本明細書で使用する場合、「ＣＤＲセット」という用語は、重鎖または軽鎖のＶ領域の３つの超可変領域を指す。これらの領域は、重鎖または軽鎖のＮ末端から見て、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、および「ＣＤＲ３」という。したがって、抗原結合部位は、重鎖および軽鎖の各Ｖ領域のＣＤＲセットを含む６個のＣＤＲを含む。単一のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、またはＣＤＲ３）を含むポリペプチドは、本明細書では「分子認識単位」という。数多くの抗原−抗体複合体の結晶学的解析によって、ＣＤＲのアミノ酸残基が、結合した抗体と広範に接触し、この抗原との広範な接触の大半が、重鎖ＣＤＲ３との接触であることが示されている。したがって、分子認識単位は主に、抗原結合部位の特異性に関与する。
【０２７４】
本明細書で使用する倍亜、「ＦＲセット」という用語は、重鎖または軽鎖のＶ領域のＣＤＲセットのＣＤＲを組み立てる４つの側面のアミノ酸配列を指す。いくつかのＦＲ残基は、結合した抗原と接触する場合があるが、ＦＲは主に、Ｖ領域を折り畳んで、抗原結合部位、特に、ＣＤＲに直接隣接するＦＲ残基にするのに関与する。ＦＲ内では、特定のアミノ残基および特定の構造的特徴が非常に高度に保存されている。この関連で、すべてのＶ領域配列は、約９０個のアミノ酸残基からなる内部のジスルフィドループを含む。Ｖ領域が折り畳まれて結合部位になると、ＣＤＲは、抗原結合表面を形成する突出したループモチーフとして提示される。一般に、正確なＣＤＲアミノ酸配列にかかわらず、ＣＤＲループが折り畳まれて特定の「標準的」構造になる形状に影響を及ぼすＦＲの保存構造領域が存在すると認識されている。さらに、特定のＦＲ残基は、抗体の重鎖および軽鎖の相互作用を安定化させる非共有結合のドメイン間接触に関与することが知られている。
【０２７５】
げっ歯類Ｖ領域と、その関連するＣＤＲで、ヒト定常ドメインに融合したＣＤＲとを有するキメラ抗体（Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９、Ｌｏｂｕｇｌｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：４２２０−４２２４、Ｓｈａｗ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８７）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８：４５３４−４５３８、およびＢｒｏｗｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４７：３５７７−３５８３）、適切なヒト抗体定常ドメインと融合する前に、ヒト支持ＦＲに移植したげっ歯類ＣＤＲ（Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６、およびＪｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５）、ならびに、組み換えベニアリングしたげっ歯類ＦＲによって支持されているげっ歯類ＣＤＲ（１９９２年１２月２３日に公開された欧州特許第５１９，５９６号）を含め、非ヒト免疫グロブリン由来の抗原結合部位を含む数多くの「ヒト化」抗体分子が説明されている。これらの「ヒト化」分子は、ヒトレシピエントの部分の治療上の適用の期間および有効性を制限するげっ歯類抗ヒト抗体分子に対する不要な免疫学的応答を最小限にするように設計されている。
【０２７６】
本明細書で使用する場合、「ベニアリングＦＲ」および「組み換えベニアリングＦＲ」という用語は、実質的にすべての天然ＦＲポリペプチドのフォールディング構造を保持する抗原結合部位を含む異種分子を得る目的で、例えば、げっ歯類の重鎖または軽鎖のＶ領域由来のＦＲ残基をヒトＦＲ残基と選択的に置換することを指す。ベニアリング技法は、抗原結合部位のリガンド結合特性が主に、抗原結合表面内の重鎖および軽鎖のＣＤＲセットの構造と相対的配置によって決まるという了解事項に基づいている。Ｄａｖｉｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９０）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５９：４３９−４７３。したがって、抗原結合特異性をヒト化抗体のみで保存することができ、その際、そのＣＤＲ構造、ＣＤＲ間の相互作用、およびＣＤＲと残りのＶ領域ドメインとの相互作用を慎重に維持させる。ベニアリング技法を用いることによって、免疫系に暴露されやすい外部の（例えば溶媒に露出する）ＦＲ残基をヒト残基と選択的に置換して、免疫原性が低いか、または、実質的に非免疫原性のベニアリング表面のいずれかを含むハイブリッド分子をもたらす。
【０２７７】
本発明の別の実施形態では、本発明のモノクローナル抗体は、１つ以上の目的の薬剤にカップリングさせてよい。例えば、治療薬を好適なモノクローナル抗体に直接または間接的に（例えばリンカー基を介して）カップリング（例えば共有結合）させてよい。薬剤と抗体との直接反応は、それぞれが他方と反応することができる置換基を保有するときに可能である。例えば、薬剤または抗体の求核基（アミノ基またはスルフヒドリル基など）は、他方のカルボニル含有基（無水物もしくは酸ハロゲン化物など）、または良好な脱離基（例えばハロゲン化物）を含むアルキル基と反応できる場合がある。
【０２７８】
あるいは、リンカー基を介して治療薬と抗体とをカップリングさせることが望ましい場合もある。リンカー基は、結合能への干渉を回避する目的で、抗体を薬剤から遠ざけるスペーサーとして機能することができる。リンカー基は、薬剤または抗体の置換基の化学反応性を向上させ、それによって、カップリング効率を向上させる働きもできる。化学反応性の向上によって、薬剤または薬剤の官能基が利用しやすくなる場合もあり、化学反応性が向上しなければ、これらは利用しやすくならないことになる。
【０２７９】
様々な二官能性または多官能性試薬（ホモ官能性およびヘテロ官能性の両方）（イリノイ州ロックフォードのＰｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．のカタログに記載されている試薬など）をリンカー基として用いてよいことは当業者には明らかであろう。カップリングは、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基、または酸化炭水化物残基を介して行ってよい。このような方法論について説明している文献は数多く存在する（例えばＲｏｄｗｅｌｌらの米国特許第４，６７１，９５８号）。
【０２８０】
治療薬が、本発明の免疫コンジュゲートの抗体部分から遊離している場合の方が効力がある場合には、細胞へのインターナリゼーション中またはインターナリゼーション後に切断可能なリンカー基を用いるのが望ましい場合もある。多種多様な切断可能なリンカー基が説明されている。これらのリンカー基から薬剤を細胞内に放出させる仕組みとしては、ジスルフィド結合の還元による切断（例えばＳｐｉｔｌｅｒの米国特許第４，４８９，７１０号）、感光性結合への照射による切断（例えばＳｅｎｔｅｒらの米国特許第４，６２５，０１４号）、誘導体化アミノ酸側鎖の加水分解による切断（例えば、Ｋｏｈｎらの米国特許第４，６３８，０４５号）、血清補体媒介性加水分解による切断（例えばＲｏｄｗｅｌｌらの米国特許第４，６７１，９５８号）、および、酸触媒加水分解（例えばＢｌａｔｔｌｅｒらの米国特許第４，５６９，７８９号）が挙げられる。
【０２８１】
２つ以上の薬剤を抗体にカップリングするのが望ましい場合がある。１つの実施形態では、薬剤の複数の分子を１つの抗体分子にカップリングする。別の実施形態では、２つ以上の型の薬剤を１つの抗体にカップリングしてよい。特定的な実施形態にかかわらず、様々な方法で、２つ以上の薬剤を有する免疫コンジュゲートを調製してよい。例えば、２つ以上の薬剤を抗体分子に直接カップリングしてもよいし、複数の付着部位をもたらすリンカーを用いることもできる。
【０２８２】
炎症反応の調節および使用法
本発明の実施形態は、アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＡＲＳ）ポリペプチド、およびその変異体が、インビトロおよびインビボの両方で、様々な有用な形で炎症を調節するという発見に関する。例えば特定の実施形態では、本発明のＡＡＲＳポリペプチドは、数ある機構の中でも特に、免疫細胞の所定の組織への移動または浸潤を低減したり、抗炎症性サイトカインの産生を増大させたり、または、炎症性サイトカインの産生を減少させたりするなどして、炎症反応を低減する。特定の実施形態では、本発明のＡＡＲＳポリペプチドは、数ある機構の中でも特に、免疫細胞の所定の組織への移動または浸潤を増大させたり、炎症性サイトカインの産生を増大させたり、または、抗炎症性サイトカインの産生を減少させたりするなどして、炎症反応を増大または刺激する。
【０２８３】
「炎症」とは一般に、病原体、損傷細胞（例えば創傷）および刺激原のような有害な刺激に対する、組織の生物学的反応を指す。「炎症反応」という用語は、炎症を起こしたり調節したりする特別な仕組みを指し、単なる例示として、本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知である仕組みの中でも特に、免疫細胞の活性化および移動、サイトカインの産生、血管拡張（キニンの放出、フィブリン溶解、および凝固を含む）が挙げられる。理想的には、炎症は、有害な刺激を除去することと、罹患した１つ以上の組織を治癒するプロセスを開始させることの両方が目的の身体による保護機能である。炎症がなければ、創傷と感染が治癒されることはなく、組織の破壊が進み、生命を脅かす状況が生まれる。一方、過剰炎症または慢性炎症は、本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知である疾患の中でも特に、枯草熱、アテローム硬化症、関節リウマチのような様々な疾患と関連している場合がある。
【０２８４】
本発明のＡＡＲＳポリペプチドは、急性炎症、慢性炎症、またはこれらの両方を調節できる。特定の実施形態は、急性炎症または急性炎症反応を増大させることに関し、特定の実施形態は、慢性炎症または慢性炎症反応を増大させることに関する。被検体の必要性に応じて、特定の実施形態は、急性炎症または急性炎症反応を低減することに関し、特定の実施形態は、慢性炎症または慢性炎症反応を低減することに関する。
【０２８５】
急性炎症は、有害と思われる刺激に対する身体の初期反応に関し、血漿と白血球が血液から損傷組織に移動することの増大を伴う。急性炎症は短期的なプロセスであり、典型的には数分または数時間以内に開始され、有害な刺激が除去されると終了する。急性炎症は、発赤、熱感の増大、腫れ、疼痛、および機能喪失のうちのいずれか１つ以上によって特徴付けてよい。発赤と熱感は主に、体中心温度の血流の炎症部位への増大を原因とし、腫れは流体貯留を原因とし、疼痛は典型的には、神経終末を刺激する化学物質の放出を原因とし、機能喪失には複数の原因がある。
【０２８６】
急性炎症反応は主に、在住マクロファージ、樹状細胞、組織球、クップファー細胞、および肥満細胞のような局所免疫細胞によって開始される。感染、熱傷、またはその他の損傷の開始時にこれらの細胞が活性化し、血管作用性アミンおよびエイコサノイドなど、炎症の臨床的兆候を担う炎症性メディエーターを放出する。血管拡張と、その結果生じる血流の増大によって、発赤と熱感の増大が生じる。血管の透過性の向上によって、血漿タンパク質および流体が当該組織に滲出または漏出し、腫れを発生させる。ブラジキニンなどの放出された特定のメディエーターは、疼痛に対する感受性を増大させるとともに、血管を変化させて、好中球のような白血球が移動または管外遊出できるようにする（典型的には、局所免疫細胞によって作られる走化性勾配に沿って移動する）。
【０２８７】
また、急性炎症反応には、予め形成された血漿タンパク質からなる無細胞の生化学的カスケード系も１つ以上含まれ、このカスケード系は並行して、免疫反応を開始および賦活する働きをする。これらの系としては、細菌によって主に活性化される補体系と、特定の感染、熱傷、またはその他の外傷を原因とするタイプの組織損傷のような壊死によって主に活性化される凝固系およびフィブリン溶解系が挙げられる。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、炎症反応、または、個々の急性炎症反応のうちのいずれか１つ以上を調節してよい。
【０２８８】
慢性炎症、持続性炎症反応、および遅延型炎症反応は、炎症部位に存在する細胞型の進行性変化によって特徴付けられ、慢性炎症、持続性炎症反応、および遅延型炎症反応によって、炎症プロセスに由来する組織が同時またはほぼ同時に破壊および治癒されることが多い。細胞レベルでは、慢性炎症反応には、単球、マクロファージ、リンパ球、プラスマ細胞、および線維芽細胞のような様々な免疫細胞が関係するが、顆粒球によって主に媒介される急性炎症とは対照的に、慢性炎症は、単球およびリンパ球のような単核細胞によって主に媒介される。慢性炎症には、ＩＦＮγおよびその他のサイトカインのような様々な炎症性メディエーター、成長因子、反応性酸素種、ならびに加水分解酵素も関係する。慢性炎症は、何カ月または何年もの間継続する場合があるとともに、望ましくない組織の破壊および線維症に至る場合がある。
【０２８９】
慢性炎症の臨床的兆候は、疾患、炎症性病変、原因、および解剖学的な罹患部の持続時間に左右される（例えばＫｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｏｂｂｉｎｓ  Ｂａｓｉｃ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ−８ｔｈ  Ｅｄ．，２００９  Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｌｏｎｄｏｎ、Ｍｉｌｌｅｒ，ＬＭ，Ｐａｔｈｏｌｏｄｙ  Ｌｅｃｔｕｒｅ  Ｎｏｔｅｓ，Ａｔｌａｎｔｉｃ  Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ  Ｃｏｌｌｅｇｅ，Ｃｈａｒｌｏｔｔｅｔｏｗｎ，ＰＥＩ，Ｃａｎａｄａを参照されたい）。慢性炎症は、例えば、本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知である病態または疾患の中でも特に、アレルギー、アルツハイマー病、貧血、大動脈弁狭窄、関節リウマチおよび変形性関節症のような関節炎、癌、うっ血性心不全、線維筋痛症、線維症、心臓発作、腎不全、狼瘡、膵炎、脳卒中、外科合併症、炎症性肺疾患、炎症性腸疾患、アテローム硬化症、乾癬を含む様々な病態または疾患と関連している。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、慢性炎症を治療もしくは管理するか、個々の慢性炎症反応のうちのいずれか１つ以上を調節するか、または、慢性炎症と関連するいずれかの１つ以上の疾患もしくは状態を治療してよい。
【０２９０】
ＡＡＲＳポリペプチドは、組織細胞数の増加によって特徴付けられる炎症プロセスである増殖性炎症も調節できる。このような炎症には、乾癬、脂漏症、または湿疹のような皮膚の状態を含めることができ、このような炎症は、癌および異常成長の観点から、特に、より効率的な分子法に基づき証拠を集めて、低グレードの慢性炎症についても記録することを踏まえて考えることもできる。
【０２９１】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、炎症に関わる様々な細胞の活性化、炎症分子の分泌（例えばサイトカインもしくはキニンの分泌）、増殖、活性、移動、または粘着を調節するなどによって、細胞レベルで炎症反応を調節できる。このような細胞の例としては免疫細胞と血管細胞が挙げられる。免疫細胞としては例えば、好中球、好酸球、および好塩基球のような顆粒球、マクロファージ／単球、Ｂ細胞、キラーＴ細胞（すなわちＣＤ８＋Ｔ細胞）、ヘルパーＴ細胞（すなわち、Ｔｈ１およびＴｈ２細胞を含むＣＤ４＋Ｔ細胞）、ナチュラルキラー細胞、およびγδＴ細胞のようなリンパ球、樹状細胞、ならびに肥満細胞が挙げられる。血管細胞の例としては、平滑筋細胞、内皮細胞、および線維芽細胞が挙げられる。好中球媒介性、マクロファージ媒介性、およびリンパ球媒介性炎症状態を含め、１つ以上の免疫細胞または血管細胞と関連する炎症状態を調節する方法も含まれる。
【０２９２】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、血漿由来の炎症分子および細胞由来の炎症分子を含む炎症分子のレベルまたは活性を調節できる。炎症性分子および抗炎症性分子が含まれる。血漿由来の炎症分子の例としては、補体系、キニン系、凝固系、およびフィブリン溶解系のうちのいずれか１つ以上のタンパク質または分子が挙げられるが、これらに限らない。補体系のメンバーの例としては、１分子のＣ１ｑと２分子のＣ１ｒと２分子のＣ１ｓいう約６個の分子を含む分子複合体として血清中に存在するＣ１、Ｃ２（ａおよびｂ）、Ｃ３（ａおよびＢ）、Ｃ４（ａおよびｂ）、Ｃ５、ならびに、Ｃ５ａ、Ｃ５ｂ、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８、およびＣ９の細胞膜傷害複合体が挙げられる。キニン系の例としては、ブラジキニン、カリジン、カリクレイン、カルボキシペプチターゼ、アンギオテンシン変換酵素、および中性エンドペプチダーゼが挙げられる。
【０２９３】
細胞由来の炎症分子の例としては、リソソーム果粒に含まれる酵素、血管作用性アミン、エイコサノイド、サイトカイン、急性期タンパク質、および一酸化窒素のような可溶性気体が挙げられるが、これらに限らない。血管作用性アミンは少なくとも１つのアミノ基を含み、血管を標的とし、血管の透過性を変化させたり、または血管拡張を起こしたりする。血管作用性アミンの例としては、ヒスタミンおよびセロトニンが挙げられる。エイコサノイドとは、炭素数２０の必須脂肪酸の酸化によって作られるシグナル伝達分子を指し、エイコサノイドとしては、プロスタグランジン、プロスタサイクリン、トロンボキサン、およびロイコトリエンが挙げられる。
【０２９４】
サイトカインとは、免疫細胞によって分泌される様々な物質を指し、サイトカインとしては、ポリペプチドおよび糖タンパク質が挙げられる。典型的には、サイトカインは、オートクラインサイトカイン（そのサイトカインを分泌する細胞と同じ型の細胞に作用する）、または、パラクリンサイトカイン（そのサイトカインを分泌する細胞と異なる型の細胞への作用に限定される）のいずれかに分類される。サイトカインの例、サイトカインを産生する細胞の例、サイトカインの標的細胞の例、および代表的な活性は、下記の表ＪおよびＫに記載されている。
【０２９５】
【表Ｋ−１】
2013513390.tif 000018
【表Ｋ−２】
2013513390.tif 000019
【０２９６】
【表Ｌ】
2013513390.tif 000020
【０２９７】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、ＴＮＦ−α、ＭＩＰ−１ｂ、ＩＬ−１２（ｐ４０）、ＫＣ、ＭＩＰ−２、またはＩＬ−１０のうちのいずれか１つ以上のレベルを向上させる。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、単球、リンパ球、またはこれらの両方を含む末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）によるＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０のうちの少なくとも１つの分泌を増大させる。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、活性化Ｔ細胞のようなリンパ球によるＩＬ−２の分泌を増大させる。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、ＰＢＭＣのような免疫細胞によるＴＮＦ−αの分泌を低下させ、特定の実施形態では、上記およびその他の細胞によるリポ多糖誘発性のＴＮＦ−αの分泌を低下させる。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、ＰＢＭＣのような免疫細胞によるＩＬ−１２の分泌を低下させ、特定の実施形態では、上記およびその他の細胞によるリポ多糖誘発性のＩＬ−１２の分泌を低下させる。
【０２９８】
各サイトカインは典型的には、対応するサイトカイン受容体を有する。サイトカイン受容体のクラスの例としては、免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリー受容体（免疫グロブリン（抗体）、細胞接着分子、およびさらには一部のサイトカインと構造的相同性を有するＩＬ−１受容体タイプなど）、造血成長因子ファミリー受容体（ＩＬ−２受容体ファミリー、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−３、およびＩＬ−５の受容体など）、インターフェロン（タイプ２）ファミリー受容体（ＩＦＮβおよびγの受容体を含む）が挙げられるが、これらに限らない。さらなる例としては、システインに富む共通の細胞外結合ドメインを有するとともに、ＣＤ４０、ＣＤ２７、およびＣＤ３０のようないくつかの他の非サイトカインリガンドと相互作用する腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）（タイプ３）ファミリー受容体、Ｇタンパク質共役受容体、ならびに、ＣＸＣＲ４およびＣＣＲ５のようなケモカイン受容体を含む７本の膜貫通ヘリックスファミリー受容体、さらには、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１、およびＲＡＮＴＥＳの受容体が挙げられる。したがって、特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、１つ以上の所定のサイトカイン（表ＪおよびＫに示されているサイトカインなど）のレベルもしくは活性、１つ以上の所定のサイトカイン受容体のレベルもしくは活性、サイトカインとその受容体との相互作用、または、これらのいずれかの組み合わせを調節できる。
【０２９９】
ＡＡＲＳポリペプチドは、急性期タンパク質のレベルまたは活性も調節できる。急性期タンパク質の例としては、Ｃ反応性タンパク質、血清アミロイドＡ、血清アミロイドＰ、およびバソプレッシンが挙げられる。特定の場合では、急性期タンパク質の発現によって、アミロイドーシス、熱、血圧上昇、低発汗、倦怠感、食欲喪失、および傾眠を含む一連の望ましくない全身的作用が生じることがある。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドは、急性期タンパク質のレベルもしくは活性、その全身的作用、またはこれらの両方を調節できる。
【０３００】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、局所炎症、全身性炎症、またはこれらの両方を調節する。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、局所炎症または局所炎症反応を低減または維持（すなわち、さらなる炎症の増大を予防）できる。特定の実施形態では、被検体の必要性に応じて、ＡＡＲＳポリペプチドは、局所炎症または局所炎症反応を増大できる。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドは、全身性炎症または全身性炎症反応を低減または維持（すなわち、さらなる炎症の増大を予防）できる。特定の実施形態では、被検体の必要性に応じて、ＡＡＲＳポリペプチドは、全身性炎症または全身性炎症反応を増大できる。
【０３０１】
特定の実施形態では、炎症または炎症反応の調節は、１つ以上の組織または器官と関連していることがある。このような組織または気管の非限定的な例としては、皮膚（例えば真皮、表皮、皮下層）、毛包、神経系（例えば脳、脊髄、末梢神経）、聴覚系・平衡器官（例えば内耳、中耳、外耳）、呼吸系（例えば鼻、気管、肺）、胃食道組織、胃腸系（例えば口、食道、胃、小腸、大腸、直腸）、脈管系（例えば心臓、血管、および動脈）、肝臓、胆嚢、リンパ／免疫系（例えばリンパ節、リンパ濾胞、脾臓、胸腺、骨髄）、泌尿生殖系（例えば腎臓、尿管、膀胱、尿道、膀胱頸、ファローピウス管、卵巣、子宮、陰門、前立腺、尿道球腺、精巣上体、前立腺、精嚢、精巣）、筋骨格系（例えば骨格筋、平滑筋、骨組織、軟骨、腱、靱帯）、脂肪組織、乳房、および内分泌系（例えば視床下部、下垂体、甲状腺、膵臓、副腎）が挙げられる。したがって、上記の組織または器官の炎症と関連する状態または疾患を治療するなどの目的で、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、上記の組織または器官のいずれかと関連する炎症を調節してよい。
【０３０２】
上記のとおり、特定の実施形態は、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、特定の組織または器官と関連する炎症または炎症反応を低減または管理（すなわち炎症のさらなる増大を予防）できる。皮膚の真皮層、表皮層、および皮下層と関連する炎症、完全、および癌を含め、皮膚と関連する炎症反応または状態が含まれる。皮膚と関連する炎症状態の例としては、乾癬、刺激性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、アトピー性皮膚炎（湿疹）、アレルギー性接触皮膚炎、熱誘発性皮膚炎、薬物誘発性皮膚炎、異汗性皮膚炎、じんま疹、自己免疫性皮膚炎、黒色腫などの皮膚癌、および水疱性皮膚炎のような皮膚炎が挙げられるが、これらに限らない。細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、多形性紅斑、結節性紅斑、環状肉芽腫、ウルシ皮膚炎、および中毒性表皮壊死症も挙げられる。
【０３０３】
特定の実施形態は、中枢神経系の脳および脊髄、末梢神経系、ならびに髄膜と関連する炎症、感染、および癌を含め、神経系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。実験および臨床における神経変性疾患において、補体、接着分子、シクロオキシゲナーゼ酵素、およびその産物、ならびにサイトカインを含む炎症性メディエーターの発現が増加し、実験動物での介入研究によって、これらの因子のうちのいくつかが、ニューロン損傷に直接寄与していることが暗示されている。例えば、インターロイキン−１（ＩＬ−１）のような特有のサイトカインは、脳卒中および頭部損傷のような急性神経変性に深く関わっていた。
【０３０４】
神経系と関連する炎症状態の例としては、髄膜炎（すなわち、脳および脊髄を覆う保護膜の炎症）、脊髄炎、脳脊髄炎（例えば筋痛性脳脊髄炎、急性播種性脳脊髄炎、多発性硬化症、自己免疫性脳脊髄炎）、クモ膜炎（すなわち、中枢神経系の神経を取り囲み保護する膜の１つであるクモ膜の炎症）、肉芽腫、薬物誘発性炎症または髄膜炎、アルツハイマー病などの神経変性疾患、脳卒中、ＨＩＶ認知症、ウイルス性脳炎および細菌性脳炎などの脳炎、寄生虫感染、炎症性脱髄障害、および、ＣＮＳのＣＤ８＋Ｔ細胞媒介性自己免疫疾患などの自己免疫傷害が挙げられるが、これらに限らない。さらなる例としては、パーキンソン病、重症筋無力症、運動神経障害、ギラン・バレー症候群、自己免疫性神経障害、ランバート・イートン無筋力症症候群、腫瘍随伴性神経系疾患、腫瘍随伴性小脳萎縮、非腫瘍随伴性スティッフマン症候群、進行性小脳萎縮、ラスムッセン脳炎、筋萎縮性側索硬化症、シドナム舞踏病、ジル・ド・ラ・ツレット症候群、自己免疫性多発性内分泌症、免疫異常性ニューロパシー、後天性神経性筋強直症、先天性多発性視神経炎、およびスティッフマン症候群が挙げられる。
【０３０５】
上記のとおり、神経系の感染と関連する炎症も含まれる。神経系の炎症と関連する細菌感染の具体例としては、Ｂ群連鎖球菌（例えばサブタイプＩＩＩ）および肺炎連鎖球菌（例えば血清型６、９、１４、１８、２３）のような連鎖球菌感染、大腸菌（例えばＫ１抗原を有する大腸菌）、リステリア菌（例えば血清型ＩＶｂ）、髄膜炎菌のようなナイセリア感染、ブドウ球菌感染、ヘモフィルスインフルエンザタイプＢのようなヘモフィルス感染、クレブシエラ属、およびヒト結核菌が挙げられるが、これらに限らない。主に頭蓋の外傷（鼻腔に細菌が入り、髄膜腔に至る可能性がある）に関するか、または、脳室シャントもしくはそれに関連する器具（例えば心室外のドレイン、オマヤレザバー）が埋設された患者におけるブドウ球菌およびシュードモナス属、ならびに、その他のグラム陰性バチルス属による感染も含まれる。神経系の炎症と関連するウイルス感染の具体例としては、エンテロウイルス、１型および２型単純ヘルペスウイルス、ヒトＴリンパ好性ウイルス、水痘・帯状疱疹ウイルス、ムンプスウイスル、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、およびリンパ球脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）が挙げられるが、これらに限らない。髄膜炎は、梅毒トレポネーマおよびライム病ボレリアのようなスピロヘータ、マラリア（例えば大脳マラリア）のような寄生虫、クリプトコックス・ネオフォルマンスのような真菌、ならびに、フォーラーネグレリアのようなアメーバによる感染に起因する場合もある。
【０３０６】
髄膜炎、またはその他の形態の神経系炎症は、癌の髄膜への転移（悪性髄膜炎）、非ステロイド性抗炎症薬、抗生物質、および静注免疫グロブリンのような特定の薬物、サルコイドーシス（または神経サルコイドーシス）、全身性エリテマトーデスのような結合組織障害、ならびに、ベーチェット病のような特定の形態の脈管炎（血管壁の炎症状態）と関連している場合もある。類表皮嚢胞および類皮嚢腫は、刺激物をくも膜下腔中に放出することによって、髄膜炎を発症させる場合がある。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、上記の状態のうちのいずれか１つ以上を治療または管理できる。
【０３０７】
特定の実施形態は、内耳、中耳、および外耳のような聴覚系・平衡器官と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。聴覚系・平衡器官と関連する炎症状態の例としては、外耳炎（例えば耳感染）、中耳炎（通常空気で満たされている腔に流体が蓄積する場合がある）、およびこれらに関連する伝音難聴、迷路炎、内耳感染または炎症（いずれもめまいおよび聴力損失を引き起こす）、前庭神経の感染である前庭ニューロン炎（一般にはウイルス感染。めまい感を引き起こす）、ならびに、蝸牛神経の感染である蝸牛ニューロン炎（一般にはウイルス感染。突発性難聴を引き起こすがめまいは引き起こさない）が挙げられるが、これらに限らない。聴力損失により人工内耳を埋め込まれた患者は、肺炎球菌髄膜炎、およびそれに関連する炎症を発症するリスクが高くなる。
【０３０８】
特定の実施形態は、鼻、気管、および肺と関連する炎症、感染、および癌を含め、呼吸系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。呼吸系と関連する炎症状態の例としては、アトピー性ぜん息、非アトピー性ぜん息、アレルギー性ぜん息、アトピー性ＩｇＥ媒介性気管支ぜん息、気管支ぜん息、本態性ぜん息、真性ぜん息、病態生理学傷害を原因とする内因性ぜん息、環境因子を原因とする外因性ぜん息、原因が未知または不明の本態性ぜん息、非アトピー性ぜん息、気管支炎性ぜん息、気腫性ぜん息、運動誘発性ぜん息、アレルゲン誘発性ぜん息、冷気誘発性ぜん息、職業性ぜん息、細菌感染、真菌感染、原虫感染、またはウイルス感染を原因とする感染性ぜん息、非アレルギー性ぜん息、初期ぜん息、乳児喘鳴症候群および気管支炎、慢性または急性気管支収縮、慢性気管支炎、末梢気道閉塞、ならびに、気腫が挙げられるが、これらに限らない。さらなる例としては、慢性好酸球性肺炎、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）のような閉塞性または炎症性気道疾患が挙げられ、ＣＯＰＤとしては、慢性気管支炎、肺気腫、または、ＣＯＰＤと関連するか、または関連しない呼吸困難が挙げられ、ＣＯＰＤは、不可逆性進行性気道閉塞、および成人呼吸促進症候群（ＡＲＤＳ）によって特徴付けられる。
【０３０９】
肺の炎症と関連する状態のさらなる例としては、他の薬物療法に起因する気道過敏性の憎悪、肺高血圧症と関連する気道疾患、急性気管支炎、急性喉頭気管性気管支炎、アラキジン酸性気管支炎、カタル性気管支炎、クループ性気管支炎、乾性気管支炎、感染性ぜん息性気管支炎、増殖性気管支炎、ブドウ球菌または連鎖球菌性気管支炎、および小胞性気管支炎のような気管支炎、急性肺損傷、ならびに、円柱状気管支拡張症、小嚢性気管支拡張症、紡錘状気管支拡張症、細気管支拡張症、嚢状気管支拡張症、乾性気管支拡張症、および濾胞状気管支拡張症のような気管支拡張症に関する状態が挙げられる。
【０３１０】
とりわけＣＯＰＤとは、気道を遮断し、罹患者の正常な呼吸を次第に困難にする肺疾患群を指す。気腫および慢性気管支炎は、ＣＯＰＤ疾患群の２大状態であるが、ＣＯＰＤは、当該技術分野において既知の状態の中でも特に慢性ぜん息性気管支炎を原因とする損傷を指すこともできる。大半のケースでは、気道への損傷は最終的には、肺における酸素と二酸化炭素の交換を妨げる。標準的な治療は主に、症状を制御するとともに、さらなる損傷を最小限に抑えることに焦点を当てている。
【０３１１】
気腫はＣＯＰＤの１つの側面を表すものである。気腫は、肺胞の脆弱な壁内で炎症を引き起こし、これによって、肺胞の壁および弾性線維の一部が破壊され、呼息時に小気道を虚脱させるとともに、肺から空気が出にくくなる場合もある。気腫の兆候および症状としては例えば、息切れ（特に労作時）、喘鳴、および胸苦しさが挙げられる。
【０３１２】
慢性気管支炎はＣＯＰＤの別の側面を表すものである。慢性気管支炎は、持続的な咳によって特徴付けられ、気管支の炎症および狭搾を引き起こす。この状態は粘液の産生も増大させ、これによってさらに、狭搾した気管支を詰まらせることがある。慢性気管支炎は主に喫煙で発症し、典型的には、咳が少なくとも３カ月持続するとともに、それが２年以上連続して認められるものとして定義されている。慢性気管支炎の兆候および症状としては例えば、特に喫煙が原因で朝起きるとまず痰が出ること、黄色の痰が出る慢性的な咳、後期における息切れ、および頻繁な呼吸器感染が挙げられる。
【０３１３】
上記のとおり、ＣＯＰＤとは主に、上記の２つの慢性的な肺の状態に起因する肺の閉塞を指す。しかし、ＣＯＰＤ罹患者の多くは、これらの２つの状態を両方とも有する。
【０３１４】
慢性ぜん息性気管支炎はＣＯＰＤの別の側面を表すものである。慢性ぜん息性気管支炎は通常、ぜん息（気管支痙攣）を併発した慢性気管支炎として特徴付けられる。炎症性および感染分泌物が気道の平滑筋を刺激すると、ぜん息を発症する場合がある。症状は、慢性気管支炎の症状と似ているが、症状としては、間欠的、またさらには日常的な喘鳴エピソードも挙げられる。
【０３１５】
特定の実施形態では、ＣＯＰＤは本源的には、たばこの煙およびその他の刺激原を原因とする。大半のケースでは、ＣＯＰＤに至る肺損傷は、長期的な喫煙を原因とする。しかし、葉巻の煙、副流煙、パイプの煙、大気汚染、および特定の職業的な煙霧を含む他の刺激原がＣＯＰＤを引き起こす場合もある。胃酸が食道に逆流すると発症する胃食道逆流性疾患（ＧＥＲＤ）は、ＣＯＰＤを悪化させることがあるのみならず、患者によっては、ＣＯＰＤを発症させる場合さえある。まれなケースでは、ＣＯＰＤは、α−１−アンチトリプシンと呼ばれるタンパク質レベルの低下を引き起こす遺伝的傷害に起因する。したがって、ＣＯＰＤの危険因子としては、たばこの煙への曝露、粉塵および化学物質への職業的曝露（化学物質の煙霧、蒸気、および粉塵への長期的曝露によって肺が刺激され、かつ炎症を起こす）、胃食道逆流性疾患（胃酸逆流の重症形態で、胃酸およびその他の胃内容物が食道に逆流する）、加齢（ＣＯＰＤは年月を追ってゆっくりと進展するので、大半の患者は、症状が現れたときの年齢が少なくとも４０歳である）、ならびに、遺伝的特質（α−１−アンチトリプシン欠損症として知られるまれな遺伝的傷害は、ＣＯＰＤのいくつかの症例の原因である）が挙げられる。
【０３１６】
特定の実施形態では、ＣＯＰＤは自己免疫成分も有する。例えば、重症の気腫を罹患した患者の肺および末梢血液Ｔ細胞は、インビトロでエラスチンペプチドによって刺激されると、Ｔｈ１サイトカインおよびケモカインをを分泌し、これらの患者は、コントロールよりも抗エラスチン抗体が増大していた（Ｇｏｓｗａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．１７８：１３０．４１，２００７を参照されたい）。また、ＣＯＰＤを罹患した患者では、肺上皮に対するアビディティ、および細胞毒性を媒介する潜在能力を有するＩｇＧ自己抗体が認められる（Ｆｅｇｈａｌｉ−Ｂｏｓｔｗｉｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｒｉｔ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．１７７：１５６−６３，２００８を参照されたい）。自己反応性免疫反応は、例えば、エラスチンのような自己抗原に対する自己反応性反応を含め、この疾患の病因において重要で、ＣＯＰＤに関与する場合があるので、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、免疫細胞の自己抗原に対する感作を減じると、肺の炎症が低減される場合がある。
【０３１７】
上記のとおり、特定の実施形態は、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、免疫細胞の所定の抗原（肺の炎症に関連する自己抗原および外来抗原、刺激原、アレルゲン、または感染物質を含む）に対する感作を減じることに関する。ＡＡＲＳポリペプチドは、免疫細胞の所定の抗原に対する感作を減じることによって、それらの免疫細胞の肺への移動または動員を低減し、それによって、炎症を低減できる。免疫細胞の例としては、リンパ球、単球、マクロファージ、樹状細胞、ならびに、好中球、好酸球、および好塩基球のような顆粒球が挙げられる。抗原の例としては、たばこの煙のような煙、大気汚染、溶接による煙霧のような煙霧、シリカ粉塵、および炭鉱や金鉱で見られるような職場粉塵を含む粉塵、カドミウムおよびイソシアネートのような化学物質が挙げられるが、これらに限らない。リポポ多糖（ＬＰＳ）（感受性のある患者のＣＯＰＤを憎悪させる場合がある）を含め、既知のアレルゲン、および、細菌またはウイルス抗原のような感染物質も挙げられる。
【０３１８】
本明細書に記載されている他の自己抗原に加え、自己抗原の例としては、受容体リガンド、化学誘引物質、およびシグナル伝達分子が挙げられるが、これらに限らない。特定の実施形態では、ＣＸＣＲ−２受容体を介する抗原または自己抗原シグナルに対する反応。いずれか１つの理論に束縛されたくないが、特定のＡＡＲＳポリペプチドは、ＣＸＣＲ２受容体などの推定受容体を好中球の表面に結合させ、その結果、その受容体を脱感作できる（すなわち、その受容体はインターナリゼーションし、細胞表面に存在しなくなる）。上記および同様のケースでは、上記により、ＩＬ−８のようなＣＸＣＲ−２リガンドに反応しない循環好中球の集団が存在する。ＩＬ−８はＣＯＰＤにおいて、たばこの煙により産生されるので、例えば、特定の好中球のＩＬ−８のようなＣＸＣＲ−２リガンドに対する感作を減じると、好中球の肺への移動が低減され、それによって、ＣＯＰＤと関連する炎症、特にたばこの煙を原因とする炎症が低減される。
【０３１９】
ＣＯＰＤの合併症または関連する症状としては、当該技術分野において既知の疾患の中でも特に、呼吸器感染、高血圧、心臓障害（例えば心臓発作、不整脈、肺性心）、肺癌（慢性気管支炎を罹患した喫煙者は、慢性気管支炎を有さない喫煙者よりも、肺癌を罹患するリスクが高い）、肺炎、気胸症、およびうつ病のリスクの増大を挙げてよい。さらなる例としては、粘液を産生するとともに、血液が混じる場合のある咳、疲労、頻回の呼吸器感染、頭痛、軽い運動によって悪化する息切れ（呼吸困難）、身体の両側に影響を及ぼす足首、足、または脚の腫れ、および喘鳴が挙げられる。ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、ＣＯＰＤまたは炎症に関連するその他の肺の状態と関連する合併症または症状を低減または管理できる。
【０３２０】
ＣＯＰＤを罹患した被検体は、当該技術分野において既知の常的な診断技法に従って同定してよい。例えば、肺活量測定のような肺機能試験によって、肺がどの程度の空気を保持できるか、および、その人がどの程度速く肺から空気を吐き出せるかを測定する。肺活量測定は、症状が現れる前にＣＯＰＤを検出することができ、肺活量測定を用いて、疾患の進行を追跡するとともに、治療をモニタリングすることもできる。加えて、胸部Ｘ線によって、ＣＯＰＤの主因の１つである気腫が見えるとともに、他の肺の問題点または心不全が除外される場合もある。加えて、動脈血ガス分析によって、肺がどの程度効率的に酸素を血中に運ぶとともに、二酸化酸素を除去するか測定して、ＣＯＰＤの適応症を示す。痰の検査、すなわち痰の細胞の分析は、特定の肺の問題の原因を同定するとともに、特定の肺癌を除外する助けとなることができる。また、コンピュータ連動断層撮影（ＣＴ）スキャンは、内部器官の高精度画像を生成し、気腫、すなわちＣＯＰＤの検出を助けることができる。
【０３２１】
本発明の他の態様同様に、ＣＯＰＤを罹患した（またはＣＯＰＤに罹患するリスクを有する）被検体に投与するＡＡＲＳポリペプチドの量は、総体的健康状態、年齢、性別、体重、および薬物耐性、ならびに、ＡＡＲＳポリペプチドに対する反応の程度、重症度、タイプなど、その被検体の特徴によって決まることになる。例えば、循環好中球のような免疫細胞の脱感作では、典型的には頻度（１日当たり、１週間当たり、１カ月当たりなどの投与回数）を定めた形で、複数回投与（１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回など）を行ってよい。
【０３２２】
併用療法も含まれる。例えば、肺の炎症またはＣＯＰＤの他の治療法と組み合わせて、１種以上のＡＡＲＳポリペプチドを用いることができる。このような治療法の例としては、たばこまたはその他の肺刺激原への曝露を止めるかまたは減らすなどのライフスタイルの変更、肺のリハビリテーション、気管支拡張薬（例えばイプラトロピウム、チオトロピウム、サルメテロール、フォルモテロール）、コルチコステロイドのようなステロイド、抗生物質、定量吸入器（ＭＤＩ）およびドライパウダー式吸入器、噴霧器の使用、α−１−アンチトリプシン欠損症向けの遺伝子置換療法、酸素療法、ならびに、手術（肺嚢胞切除術、気腫肺減量術、および肺移植を含む）が挙げられるが、これらに限らない。
【０３２３】
特定の実施形態は、口、食道、胃、小腸、大腸、および直腸と関連する炎症、感染、および癌を含め、胃腸系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。「胃腸の炎症」とは、本明細書で使用する場合、胃腸管の粘膜層の炎症を指し、急性および慢性の炎症状態を含む。急性炎症は一般に、短期の発症、および好中球の浸潤または流入によって特徴付けられる。慢性炎症は一般に、比較的長期の発症、および単核細胞の浸潤または流入によって特徴付けられる。慢性炎症は典型的には、自然寛解および自然発生の期間によっても特徴付けることができる。「胃腸管の粘膜層」は、腸（小腸および大腸を含む）、直腸、胃の内壁、口腔などの粘膜を含むことを意図している。
【０３２４】
「慢性胃炎症」とは、比較的長期の発症によって特徴付けられる、胃腸管の粘膜の炎症を指し、長期にわたり（例えば数日、数週間、数カ月、または数年、および、患者が亡くなるまで）持続し、単核細胞の浸潤または流入と関連している場合が多く、さらには、自然寛解および自然発生の期間と関連していることもある。このような慢性炎症を有する「慢性胃炎症状態」（「慢性胃炎症疾患」ともいう）としては、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、環境障害（例えば、化学療法、放射線療法などのような治療レジメンと関連する胃炎症）によって誘発される大腸炎、慢性肉芽腫症のような状態における大腸炎（例えばＳｃｈａｐｐｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ  Ｄｉｓ  Ｃｈｉｌｄ．８４：１４７−１５１，２００１を参照されたい）、セリアック病、セリアックスプルー（すなわち、グルテンとして知られるタンパク質の摂取に応答して、腸の内層が炎症する遺伝性疾患）、食物アレルギー、胃炎、感染性胃炎または腸炎（例えばヘリコバクターピロリ感染性慢性活動性胃炎）、および、感染物質を原因とするその他の形態の胃炎症、ならびに、他の類似の状態が挙げられるが、これらに限らない。
【０３２５】
本明細書で使用する場合、「炎症性腸疾患」または「ＩＢＤ」とは、腸の全部または一部の炎症によって特徴付けられる様々な疾患のいずれかを指す。炎症性腸疾患の例としては、クローン病および潰瘍性大腸炎が挙げられるが、これらに限らない。ＩＢＤという用語には、偽膜性大腸炎、出血性大腸炎、溶血性尿毒症症候群大腸炎、コラーゲン蓄積大腸炎、虚血性大腸炎、放射線大腸炎、薬物および化学物質誘発性大腸炎、空置大腸炎、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、過敏性結腸症候群、クローン病、ならびに、活動性、難治性、および瘻孔形成を含め、クローン病のすべてのサブタイプが含まれる。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、上記の状態のうちのいずれか１つ以上を治療または管理できる。
【０３２６】
特定の実施形態は、脈管系と関連する炎症反応および状態、または、血管および心臓と関連する炎症のような脈管炎症を低減することに関する。脈管系と関連する炎症状態の例としては、心筋炎、心膜炎、閉塞性疾患、アテローム硬化症、心筋梗塞、血栓症、ヴェーゲナー肉芽腫症、高安動脈炎、川崎病、抗因子ＶＩＩＩ自己免疫疾患、懐死性小血管炎、顕微鏡的多発血管炎、チャーグ・ストラウス症候群、ｐａｕｃｉ−ｉｍｍｕｎｅ型巣状壊死性糸球体腎炎、半月体形成性糸球体腎炎、抗リン脂質症候群、抗体誘発性心不全、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫性溶血性貧血、シャーガス病における心臓自己免疫、および抗ヘルパーＴリンパ球自己免疫が挙げられるが、これらに限らない。心内膜炎（血管を通じて細菌の小集団が拡散することによる心臓弁の感染）、静脈炎もしくは脈管炎（１つ以上の静脈の炎症）、および血栓静脈炎（血栓に関連する静脈炎症）も挙げられる。血栓静脈炎は、様々な場所で繰り返し起きる場合があり、その場合、移行性血栓静脈炎または逍遥性静脈炎と呼ばれる。静脈炎は、細菌感染、刺激性または発疱性溶液などの化学物質への曝露、カニューレを挿入中に静脈中に移動させるなどの皮膚穿刺による身体外傷、セレブレックス、オランザピン、抗うつ薬などの投薬、およびアルコール乱用のような様々な原因と関連する場合がある。特定の実施形態は、急性リウマチ熱、先天性トキソプラスマ症、エンテロウイルス胎内感染、ライム病、およびリウマチ熱のうちのいずれか１つ以上を原因とする心炎を治療または管理することにも関する場合がある。
【０３２７】
特定の実施形態は、急性および慢性肝炎、ならびに、急性および慢性胆嚢を含め、肝臓または胆嚢と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。肝臓または胆嚢と関連する炎症状態の例としては、自己免疫性肝炎、ウイルス性肝炎（例えばＡ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単核細胞症、風疹、エプスタイン・バーウイルス、およびサイトメガロウイルス）、ならびに、重症細菌感染、アメーバ感染、投薬（例えばアゴメラチン、アロプリノール、アミトリプチリン、アミオダロン、アザチオプリン、パラセタモール、ハロタン、イブプロフェン、インドメタシン、イソニアジド、リファンピシン、ピラジナミド、ケトコナゾール、ロラタジン、メトトレキセート、メチルドーパ、ミノサイクリン、ニフェジピン、ニトロフラントイン、フェニトイン、バルプロ酸、トログリタゾン、ジドブジン）、毒素（例えばアルコール、真菌毒素）、および代謝障害（例えばウィルソン病、身体の銅代謝障害、ヘモクロマトーシス、身体の鉄代謝障害、非アルコール性脂肪性肝炎、α１−アンチトリプシン欠損症）のような他の原因の肝炎が挙げられるが、これらに限らない。さらなる例としては、非アルコール性脂肪肝疾患、原発性胆汁性肝硬変のような肝硬変、閉塞性黄疸、虚血性肝炎、および胆嚢疾患が挙げられる。
【０３２８】
特定の実施形態は、リンパ／免疫系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。リンパ／免疫系と関連する炎症状態の例としては、シャーガス病のような自己免疫疾患、慢性閉塞性肺障害（ＣＯＰＤ）、クローン病、皮膚筋炎、Ｉ型糖尿病、子宮内膜症、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本病、汗腺膿瘍、川崎病、ＩｇＡ腎症、特発性血小板減少性紫斑病、間質性膀胱炎、エリテマトーデス、混合結合組織病、限局性強皮症、重症筋無力症、ナルコレプシー、神経性筋強直症、尋常性天疱瘡、悪性貧血、乾癬、乾癬性関節炎、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、関節リウマチ、統合失調症、強皮症、シェーグレン症候群、全身硬直症候群、側頭動脈炎、潰瘍性大腸炎、白斑、およびヴェーゲナー肉芽腫症に加えて、自己免疫性溶血性貧血および様々なリンパ節症が挙げられるが、これらに限らない。
【０３２９】
移植片拒絶、慢性移植片拒絶、亜急性移植片拒絶、超急性移植片拒絶、急性移植片拒絶、および移植片対宿主病など、免疫に関連する状態で、移植片、組織、細胞、または器官の移植と関連する状態も挙げられる。特定の実施形態では、移植片のドナーに、組織の除去前または除去中に、ＡＡＲＳポリペプチドを投与することができる。特定の実施形態では、移植片のレシピエントに、移植療法の前、最中、および／または後にＡＡＲＳポリペプチドを投与して、炎症に関連する移植療法合併症を低減することができる。移植療法の例としては、当該技術分野において既知のものの中でも特に、骨髄、幹細胞、末梢血、肝臓、肺、心臓、皮膚、および腎臓が挙げられる。さらなる例としては、ぜん息、じんま疹、花粉アレルギー、チリダニアレルギー、毒物アレルギー、化粧品アレルギー、ラテックスアレルギー、化学物質アレルギー、薬物アレルギー、虫刺されアレルギー、動物鱗屑アレルギー、イラクサアレルギー、ツタウルシアレルギー、および食物アレルギーのようなアレルギーと関連する炎症状態が挙げられる。
【０３３０】
特定の実施形態は、泌尿生殖系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。泌尿生殖系と関連する炎症状態の例としては、尿管、膀胱、尿道、膀胱頸、ファローピウス管、卵巣、子宮、陰門、前立腺、尿道球腺、精巣上体、前立腺、精嚢、精巣、または腎臓の炎症、感染、または癌が挙げられるが、これらに限らない。自己免疫性間質性腎炎、腎膿瘍（腎内または腎外）、急性前立腺炎、血尿、尿道炎（例えばクラミジアおよびその他の性感染症）、骨盤腹膜炎（ＰＩＤ）、および前立腺膿瘍も挙げられる。糸球体腎炎、ループス腎炎、腎症、痛風、毒または化学物質（例えばエーテル、硫酸タリウム）、特定の薬剤（例えばピロキシカム、カンジル、フェルデンジェル、フェンサイド、ピロックス）、ヘルマン症候群、黄熱、免疫複合体病、腸チフス、尿道狭窄、腎結核、および膿痂疹後腎炎のうちの１つ以上と関連する腎炎も挙げられる。
【０３３１】
特定の実施形態は、筋骨格系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。筋骨格系と関連する炎症状態の例としては、関節リウマチおよび乾癬性関節炎のような関節炎、強直性脊椎炎、自己免疫性筋炎、原発性シェーグレン症候群、平滑筋自己免疫疾患、筋炎、多発筋炎、腱炎、靭帯炎症、軟骨炎症、関節炎症、髄膜炎症、手根管症候群、慢性筋肉炎症、ならびに、骨粗しょう症および変形性関節症と関連する骨炎症を含む骨炎症が挙げられるが、これらに限らない。ティーツェ症候群、胸肋関節、胸鎖関節、または肋骨肋軟骨連結の良性疼痛性非化膿性限局性腫脹、肋軟骨炎、胸骨筋症候群、剣状突起痛、突発性胸鎖亜脱臼、胸肋鎖骨過形成症、線維筋痛症、肩腱炎または滑液包炎、痛風関節炎、リウマチ性多筋痛、エリテマトーデス、骨棘、および圧力骨折のような骨折も挙げられる。
【０３３２】
特定の実施形態は、内分泌系と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。内分泌系と関連する炎症状態の例としては、視床下部、下垂体、甲状、膵臓、または副腎と関連する炎症、感染、または癌、膵疾患のような腺疾患、Ｉ型糖尿病のような糖尿病、甲状腺疾患、グレーブス病、甲状腺炎、突発性自己免疫性甲状腺炎、橋本甲状腺炎、特発性粘液水腫、卵巣自己免疫、自己免疫性抗精子不妊症、自己免疫性前立腺炎、およびＩ型自己免疫性多腺症候群が挙げられるが、これらに限らない。
【０３３３】
特定の実施形態は、免疫および炎症を含む生理学的および病理学的プロセスの調節に積極的に関与する脂肪組織と関連する炎症反応および状態を低減することに関する。マクロファージは脂肪組織の成分であり、その活性に積極的に関与する。さらに、リンパ球と脂肪細胞との相互作用によって、免疫を調節することができる。脂肪組織は、アディポカイン、レプチン、アディポネクチン、レジスチン、およびビスファチン、ならびに、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、単球化学誘導タンパク質１などのようなサイトカインおよびケモカインを含む様々な炎症性および抗炎症性因子を産生および放出する。脂肪組織によって産生される炎症性分子は、インスリン抵抗性の発現、肥満と関連する心臓血管疾患のリスクの増大に積極的に関与するものとされている。これに対して、レプチンレベルの低下は、栄養不良患者のＴ細胞応答性の低下を原因とする感染に対する感受性を増大させる素因を与える場合がある。様々な炎症状態において、アディポカインレベルの変化が観察されている（例えば、Ｆａｎｔｕｚｚｉ，Ｊ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１５：９１１−１９，２００５、およびＢｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ  Ｒｅｓｅａｃｈ．９６：９３９，２００５を参照されたい）。
【０３３４】
ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、過敏症と関連する炎症も治療または管理することもできる。このような状態の例としては、Ｉ型過敏症、ＩＩ型過敏症、ＩＩＩ型過敏症、ＩＶ型過敏症、即時型過敏症、抗体媒介性過敏症、免疫複合体媒介性過敏症、Ｔリンパ球媒介性過敏症、および遅延型過敏症が挙げられる。
【０３３５】
ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、自己炎症状態も治療または管理することができる。自己炎症状態の例としては、家族性地中海熱、ＴＮＦ受容体関連周期性症候群（ＴＲＡＰＳ）、高ＩｇＤ症候群（ＨＩＤＳ）、マックル・ウェルズ症候群、家族性寒冷自己炎症性症候群、および新生児期発症多臓器性炎症性疾患のようなＣＩＡＳ１関連疾患、ＰＡＰＡ症候群（無菌性関節炎、壊疽性膿皮症、ざ瘡）、ならびに、ブラウ症候群が挙げられる。
【０３３６】
ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、様々な癌と関連する炎症を治療または管理することもできる。このような癌の例としては、前立腺癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、肺癌、卵巣癌、精巣癌、胃癌、膀胱癌、膵癌、肝癌、腎癌、脳腫瘍、黒色腫、非黒色腫皮膚癌、骨肉種、リンパ腫、白血病、甲状腺癌、子宮内膜癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、神経芽腫、多形グリア芽腫、および非ホジキンリンパ腫が挙げられるが、これらに限らない。
【０３３７】
上記のとおり、特定の実施形態は、全身性炎症を低減または管理する目的などで、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、全身性炎症を調節してよい。特定の実施形態では、全身性炎症は、様々な潜在的原因を有する全身炎症状態である全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）と関連するものであってよい。ＳＩＲＳは、常的な診断技法に従って特徴付けるか、または同定してよい。１つの非限定例として、ＳＩＲＳは、（ｉ）３６℃未満または３８℃超の体温、（ｉｉ）毎分９０回超の心拍数、（ｉｉｉ）毎分２０呼吸超の頻呼吸（高呼吸速度）、または４．３ｋＰａ（３２ｍｍＨｇ）未満の動脈血二酸化炭素分圧、および（ｉｖ）４０００細胞／ｍｍ３（４×１０９細胞／Ｌ）未満、もしくは１２，０００細胞／ｍｍ３（１２×１０９細胞／Ｌ）超の白血球細胞数、または、１０％超の未熟好中球（杆状）の存在のうちの２つ以上の存在によって同定してよい。
【０３３８】
ＳＩＲＳは大まかには、感染性または非感染性のいずれかに分類される。最も一般的には、感染性ＳＩＲＳは、既知または疑わしい感染と併発する全身炎症状態であるセプシス（菌血症、ウイルス血症、寄生虫血症、およびトキシックショック症候群を含む）と関連している。セプシスは、多種多様な感染物質と関連している場合があり、そのような物質としては、ストレプトコッカス・アガラクティエ、大腸菌、インフルエンザ菌、リステリア菌、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌、黄色ブドウ球菌、クレブシエラ属の種、緑膿菌、エンテロバクター属の種、Ｓ．アガラクティエ、セラチア属の種、アシネトバクター属の種、肺炎連鎖球菌、サルモネラ属の種、および髄膜炎菌のような細菌、風疹、サイトメガロウイルス、単純疱疹、および水痘ウイルスのようなウイルス、マラリア感染（例えば熱帯熱マラリア原虫）、トリパノソーマ症、およびフィラリア症における寄生虫のような寄生虫、ならびに、カンジダ属の種、アスペルギルス属の種、ヒストプラスマ属の種、クリプトコックス・ネオフォルマンス、コクシジオイデス・イミティス、ブラストミセス・デルマチチジス、およびニューモシスティス・カリニのような真菌が挙げられるが、これらに限らない。特定の実施形態では、肺の感染（例えば肺炎）、膀胱の感染、腎臓の感染（例えば尿路感染症）、皮膚の感染（例えば蜂巣炎）、腹部の感染（例えば虫垂炎）、およびその他の区域の感染（例えば髄膜炎）は、セプシスに波及し、かつセプシスを発症させることがある。ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、セプシスの罹患にかかわらず、上記の感染物質のうちのいずれかと関連する炎症を調節してよい。
【０３３９】
非感染性ＳＩＲＳは、外傷、熱傷、膵炎、虚血、出血、外科合併症、副腎不全、肺塞栓症、大動脈瘤、心タンポナーデ、アナフィラキシー、薬物過剰摂取などと関連している場合がある。ＳＩＲＳは、本明細書に記載されている器官または器官系を含め、１つ以上の器官または器官系の不全を合併する場合が多い。具体例としては、急性肺損傷、急性腎損傷、ショック、および多臓器不全症候群などが挙げられる。典型的には、ＳＩＲＳは、根本的な問題に対象を絞ること（例えば、血液量減少に対しては十分な補液、膵炎に対してはＩＶＦ／ＮＰＯ、アナフィラキシーに対してはエピネフリン／ステロイド／ベネドリル）によって治療する。特定の場合においては、セレン、グルタミン、およびエイコサペンタエン酸が、ＳＩＲＳの症状を改善させる効果があることが示されており、ビタミンＥのような抗酸化物質も有用である場合がある。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドを単独で、または他の療法と併せて用いて、ＳＩＲＳおよびＳＩＲＳの合併症を治療または管理できる。
【０３４０】
全身性炎症は、「サイトカインストーム」とも関連する場合がある。このサイトカインストームは、サイトカインと免疫細胞との間の正のフィードバックループを原因とする危険な免疫反応であり、様々なサイトカインのレベルを大幅に上昇させる。特定の場合においては、サイトカインストーム（高サイトカイン血症）には、サイトカイン、無酸素ラジカル、凝固因子）のような多数の既知の炎症性メディエーターの全身放出が含まれる。ＴＮＦ−α、ＩＬ−１、およびＩＬ−６のような炎症性サイトカイン、ならびに、ＩＬ−１０およびＩＬ−１受容体アンタゴニストのような抗炎症性サイトカインのレベルの上昇が含まれる。サイトカインストームは、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）、セプシス、トリインフルエンザ、痘瘡、およびＳＩＲＳを含む数多くの炎症性および非炎症性疾患で起こることがある。サイトカインストームは、特定の薬剤によって誘発される場合もある。治療としては、Ｔ細胞反応を低減するＯＸ４０ＩＧ、ＡＣＥ阻害薬、アンギオテンシンＩＩ受容体遮断薬、コルチコステロイド、ゲムフィブロジル、フリーラジカルスカベンジャー、およびＴＮＦ−α遮断薬が挙げられる。したがって、ＡＡＲＳポリペプチドを単独で、または他の療法と併せて用いて、サイトカインストームを治療または管理できる。
【０３４１】
特定の実施形態は、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、肉芽腫炎症、線維素炎症、化膿炎症、漿液炎症、または潰瘍炎症のうちのいずれか１つ以上を低減してよい。肉芽腫炎症は、結核菌、らい菌、および梅毒菌のような感染物質に対する応答に典型的には起因する肉芽腫の形成によって特徴付けられる。線維素炎症は、血管透過性の大幅な上昇（これにより、フィブリンが血管を貫通できるようになる）に起因する。癌細胞など、適当な凝固促進性刺激が存在する場合、線維性滲出液が沈積する。このプロセスは漿膜腔でよく見られ、漿膜腔では、漿膜間で線維性滲出液が瘢痕に変化することがあり、漿膜の機能が制限される。化膿炎症は、好中球、死細胞、および流体からなる大量の膿の形成に起因する。ブドウ球菌のような化膿菌による感染は、この種の炎症の特徴である。周囲組織で包まれた、膿の大きな限局性集積は、膿瘍と呼ばれる。漿液炎症は、一般には漿膜の中皮細胞によって産生されるが、血漿に由来する場合もある非粘着性漿液からなる大量の滲出液によって特徴付けられる。このタイプの炎症の例としては皮膚疱疹が挙げられる。典型的には上皮付近で起こる潰瘍炎症は、その表面由来の組織を壊死喪失させ、それによって、組織の下層を露出させる。その後の上皮の陥凹は潰瘍として知られている。
【０３４２】
肉体的損傷または創傷の治療にも、ＡＡＲＳポリペプチドを用いてよい。例としては、擦過傷、挫傷、切創、刺創、裂傷、衝撃による創傷、振とう、挫傷、熱傷、凍傷、化学熱傷、日焼け、壊疽、壊死、乾燥、放射線熱傷、放射能熱傷、気道熱傷、筋断裂、肉離れ、腱断裂、腱損傷、靭帯損傷、靭帯断裂、過伸展、軟骨断裂、骨折、圧迫神経、潰瘍、および射創、またはその他の外傷が挙げられる。
【０３４３】
ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、特発性炎症、すなわち病因が未知の炎症も治療または管理できる。併用療法も含まれ、その場合には、当該技術分野において広く利用可能であるとともに既知である療法を含め、本明細書に記載されている炎症性疾患または炎症状態のいずれかに対する１種以上の他の療法と併せて、１種以上のＡＡＲＳポリペプチドを投与または使用する。併用療法の例としては、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、免疫選択性抗炎症性誘導体（ＩｍＳＡＩＤ）、およびステロイド（例えばコルチコステロイド）のような標準的な抗炎症薬、抗生物質および抗ウイルス薬のような抗感染薬、抗酸化物質、サイトカイン、化学療法薬の使用、ならびに、その他の抗癌療法および免疫抑制療法が挙げられる。
【０３４４】
鑑別診断を行う目的、さらには、例えば、一般に認められた臨床基準に従って改善度を判断することによって、治療の過程で治療上有効な投与量が投与されたか判断するなど、治療をモニタリングする目的などで、炎症状態およびその他の状態の兆候および症状を評価する基準は、当業者には明らかであるとともに、例えば、Ｂｅｒｋｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｔｈｅ  Ｍｅｒｃｋ  Ｍａｎｕａｌ，１６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍｅｒｃｋ  ａｎｄ  Ｃｏ．，Ｒａｈｗａｙ，Ｎ．Ｊ．，１９９２、Ｇｏｏｄｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｇｏｏｄｍａｎ  ａｎｄ  Ｇｉｌｍａｎ‘ｓ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，１０ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｅｌｍｓｆｏｒｄ，Ｎ．Ｙ．，（２００１）、Ａｖｅｒｙ’ｓ  Ｄｒｕｇ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，３ｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ，ＡＤＩＳ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｔｄ．，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ａｎｄ  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ．（１９８７）、Ｅｂａｄｉ，Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，Ｌｉｔｔｌｅ，Ｂｒｏｗｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．，Ｂｏｓｔｏｎ，（１９８５）、Ｏｓｏｌｃｉ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ‘ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ（１９９０）、Ｋａｔｚｕｎｇ，Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，Ａｐｐｌｅｔｏｎ  ａｎｄ  Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴ（１９９２）の教示内容によって例示されている。
【０３４５】
特定の実施形態は、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、炎症を増大させてよい。例えば、被検体の必要性に応じて、特定の実施形態は、急性炎症もしくは急性炎症反応、または、これらの両方を増大させてよい。特定の実施形態は、慢性炎症もしくは慢性炎症反応、または、これらの両方を増大させてよい。特定の実施形態は、急性炎症と慢性炎症の両方を増大させてよい。特定の実施形態は、局所炎症もしくは全身炎症、またはこれらの両方を増大させてよい。
【０３４６】
特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、原発性免疫不全および続発性免疫不全を含め、身体が十分な免疫反応を開始させることができない免疫不全を治療または管理できる。原発性免疫不全の例としては、Ｔ細胞Ｂ細胞複合型免疫不全を含むＴ細胞およびＢ細胞免疫不全のような様々な常染色体劣性およびＸ連鎖遺伝性状態、抗体欠損症、明確に定義済みの症候群、免疫異常疾患、食細胞障害、自然免疫障害、および補体欠損症が挙げられる。
【０３４７】
Ｔ細胞およびＢ細胞免疫不全の例としては、γｃ欠損症、ＪＡＫ３欠損症、インターロイキン７受容体鎖α欠損症、ＣＤ４５欠損症、ＣＤ３δ／ＣＤ３δ欠損症のようなＴ−／Ｂ＋欠損症、および、ＲＡＧ１／２欠損症、ＤＣＬＲＥ１Ｃ欠損症、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細網異形成症のようなＴ−／Ｂ−欠損症が挙げられる。さらなる例としては、オーメン症候群、ＤＮＡリガーゼＩＶ型欠損症、ＣＤ４０リガンド欠損症、ＣＤ４０欠損症、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ（ＰＮＰ）欠損症、クラスＩＩ  ＭＨＣ欠損症、ＣＤ３γ欠損症、ＣＤ８欠損症、ＺＡＰ−７０欠損症、ＴＡＰ−１／２欠損症、および翼状らせん欠損症が挙げられる。
【０３４８】
抗体欠損症の例としては、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ｂｔｋ欠損症、ブルトン無ガンマグロブリン血症）、μ−重鎖欠損症、ｌ−５欠損症、Ｉｇα欠損症、ＢＬＮＫ欠損症、免疫不全を伴う胸腺腫、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、ＩＣＯＳ欠損症、ＣＤ１９欠損症、ＴＡＣＩ（ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ）欠損症、およびＢＡＦＦ受容体欠損症が挙げられる。さらなる例としては、ＡＩＤ欠損症、ＵＮＧ欠損症、重鎖欠失、κ鎖欠損症、単離ＩｇＧサブクラス欠損症、ＩｇＡ・ＩｇＧサブクラス欠損症、選択的免疫グロブリンＡ欠損症、および一過性乳児低ガンマグロブリン血症（ＴＨＩ）が挙げられる。
【０３４９】
「明確に定義済みの症候群」の例としては、ヴィスコット・オールドリッチ症候群、毛細管拡張性運動失調、運動失調様症候群、ナイミーヘン症候群、ブルーム症候群、ディ・ジョージ症候群、軟骨毛髪形成不全およびシムケ症候群のような免疫不全性骨異形成症、シムケ症候群、２型ヘルマンスキー・パドラック症候群、高ＩｇＥ症候群、慢性粘膜皮膚カンジダ症が挙げられる。
【０３５０】
免疫異常疾患の例としては、チェディアック・東症候群および２型グリセリ症候群のように色素脱失または白皮症を伴う免疫不全、パーフォリン欠損症、ＭＵＮＣ１３Ｄ欠損症、およびシンタクシン１１欠損症のような家族性血球貪食性リンパ組織球症、Ｘ連鎖リンパ増殖症候群、１ａ型（ＣＤ９６欠損）、１ｂ型（ファスリガンド欠損）、２ａ型（ＣＡＳＰ１０欠損）、および２ｂ型（ＣＡＳＰ８欠損）のようなリンパ球増殖性症候群、カンジダ症および外胚葉性ジストロフィを伴う自己免疫性多発性内分泌症、ならびに、免疫異常・多内分泌腺症・消化管障害・Ｘ連鎖症候群が挙げられる。さらに、骨髄に影響を及ぼす疾患が、白血球減少症のような白血球の異常または減少をもたらす場合もある。白血球減少症は、ウイルス感染、リケッチア感染、一部の原生動物への感染、結核を含む特定の感染および疾患、ならびに特定の癌によって誘発されることがある。
【０３５１】
食細胞障害の例としては、ＥＬＡ２欠損症（例えば脊髄形成異常症を伴う）、ＧＦＩ１欠損症（Ｔ／Ｂリンパ球減少症を伴う）、またはＧ−ＣＳＦＲ欠損症（Ｇ−ＣＳＦ−非応答性）のような重症先天性好中球減少症、コストマン症候群、周期性好中球減少症、Ｘ連鎖好中球減少症／脊髄形成異常症、１、２、および３型白血球接着不全、ＲＡＣ２欠損症、β−アクチン欠損症、限局型若年性歯周炎、パピヨン・ルフェーブル症候群、特異顆粒欠損症、シュバッハマン・ダイアモンド症候群、慢性肉芽腫性疾患（Ｘ連鎖および常染色体型を含む）、好中球グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ欠損症、ＩＬ−１２およびＩＬ−２３β１鎖欠損症、ＩＬ−１２ｐ４０欠損症、インターフェロンγ受容体１欠損症、インターフェロンγ受容体２欠損症、ならびにＳＴＡＴ１欠損症が挙げられる。
【０３５２】
自然免疫欠損症の例としては、ＮＥＭＯ欠損症およびＩＫＢＡ欠損症のような無汗性外胚葉形成異常症、ＩＲＡＫ−４欠損症、ＷＨＩＭ症候群（いぼ、低ガンマグロブリン血症、感染症、ミエロカテキシス）、ならびにゆうぜい状表皮発育異常症が挙げられる。補体欠損症と代表的な関連状態の例としては、Ｃ１ｑ欠損症（例えば狼瘡様症候群、リウマチ様疾患、感染）、Ｃ１ｒ欠損症、Ｃ４欠損症、Ｃ２欠損症（例えば狼瘡様症候群、脈管炎、多発筋炎、化膿性感染）、Ｃ３欠損症（例えば再発性化膿性感染）、Ｃ５欠損症（例えばナイセリア感染）、Ｃ６欠損症、Ｃ７欠損症（例えば脈管炎）、Ｃ８ａおよびＣ８ｂ欠損症、Ｃ９欠損症（例えばナイセリア感染）、Ｃ１−阻害因子欠損症（例えば遺伝性血管浮腫）、因子Ｉ欠損症（化膿性感染）、因子Ｈ欠損症（例えば溶血性尿毒症症候群、膜性増殖性糸球体腎炎）、因子Ｄ欠損症（例えばナイセリア感染）、プロパージン欠損症（例えばナイセリア感染）、ＭＢＰ欠損症（例えば化膿性感染）、およびＭＡＳＰ２欠損症が挙げられる。
【０３５３】
原発性免疫不全は、当該技術分野における常法に従って診断することができる。代表的な診断テストとしては、血中の様々な種類の単核細胞（例えば、リンパ球、ＣＤ１９＋、ＣＤ２０＋、およびＣＤ２１＋リンパ球のような様々なＢリンパ球群、ナチュラルキラー細胞、ならびにＣＤ１５＋に対して陽性の単球を含むリンパ球および単球）の計数、活性化マーカー（例えばＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ２５、ＣＤ８０）の存在の測定、遅延型過敏症、マイトジェンおよび同属異系細胞に対する細胞応答、細胞によるサイトカイン産生に関する皮膚テストのようなＴ細胞の機能に関するテスト、定期予防接種および一般的な後天性感染に対する抗体を同定すること、およびＩｇＧサブクラスを定量することなどによるＢ細胞の機能に関するテスト、ならびに、ニトロブルーテトラゾリウムクロリドの減少を測定し、化学走性および殺菌活性をアッセイすることなどによる食細胞の機能に関するテストが挙げられるが、これらに限らない。したがって、本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知のように、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、原発性免疫不全を有する被検体の急性炎症または急性炎症反応を刺激または保持できる。
【０３５４】
続発性免疫不全の原因の例としては、栄養失調、加齢、および投薬（例えば化学療法、疾患修飾性抗リウマチ薬、器官移植後の免疫抑制薬、糖質コルチコイド）が挙げられる。さらなる原因としては、骨髄および血球の癌（例えば白血病、リンパ腫、多発骨髄種）を含む様々な癌、ならびに、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）を原因とする後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）のような特定の慢性感染が挙げられる。本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知のように、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、免疫不全を有する被検体の急性炎症または急性炎症反応を刺激または保持できる。また、本明細書に記載されているとともに、当該技術分野において既知のように、ＡＡＲＳポリペプチドを用いて、続発性免疫不全を有する被検体の慢性炎症または慢性炎症反応も刺激または保持できる。
【０３５５】
特定の実施形態では、例えば、治療上関連する細胞活性（細胞代謝、細胞分化、細胞増殖、細胞死、細胞動員、細胞移動、遺伝子転写、ｍＲＮＡ翻訳、細胞インピーダンス、サイトカイン産生などが挙げられるが、これらに限らない）を調節する方法であって、本明細書に記載されているようなＡＡＲＳ組成物と細胞を接触させることを含む方法を提供する。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）またはその組成物は、自己免疫障害に関連する抗原、およびリポ多糖（ＬＰＳ）のような外来抗原を含む免疫刺激抗原に対する細胞のサイトカイン反応を調節する。特定の実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）またはその組成物は、上記のような免疫刺激抗原に対する細胞のサイトカイン反応を阻害する。特定の実施形態では、その細胞は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。
【０３５６】
特定の特定的な実施形態では、インビボまたはインビトロのいずれかで、ＰＢＭＣのような哺乳類細胞中におけるＴＮＦ−αの産生または分泌を阻害する目的で、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）またはその組成物を提供する。特定の特定的な実施形態では、インビボまたはインビトロのいずれかで、ＰＢＭＣのような哺乳類細胞中におけるＩＬ−１２の産生または分泌を阻害する目的で、ＱＲＳポリペプチドまたはその組成物を提供する。特定の実施形態では、ＱＲＳポリペプチドは、自己免疫障害に関連する抗原、およびリポ多糖（ＬＰＳ）のような外来抗原を含む免疫刺激抗原に対する細胞のＴＮＦ−αまたはＩＬ−１２に基づく分泌反応を阻害する。したがって、上記のような活性の１つ以上の調節により恩恵を受けると思われるいずれかの細胞または組織または被検体を本質的に治療する際に、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）を用いてよい。
【０３５７】
例えば腫瘍性疾患、免疫系疾患（例えば自己免疫疾患および炎症）、感染性疾患、代謝疾患、ニューロン／神経系疾患、筋／心臓血管疾患、異常造血と関連する疾患、異常血管新生と関連する疾患、異常細胞生存と関連する疾患などの治療または予防に関連する状況を含む数多くの治療的状況のいずれかにおいても、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）および組成物を用いてもよい。
【０３５８】
例えば、特定の実例的な実施形態では、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）と本発明の組成物を用いて、例えば内皮細胞の増殖および／またはシグナル伝達の調節を介して、血管新生を調節してよい。内皮細胞の増殖および／または細胞シグナル伝達は、適切な細胞株（例えばヒト肺微小血管内皮細胞（ＨＭＶＥＣ−Ｌ）およびヒト臍帯静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ））を用いるとともに、適切なアッセイ（例えば内皮細胞移動アッセイ、内皮細胞増殖アッセイ、管形成アッセイ、マトリゲルプラグアッセイなど）を用いてモニタリングしてよく、これらの多くは、当該技術分野において既知かつ利用可能である。
【０３５９】
したがって、関連する実施形態では、血管新生の調節による恩恵を受けると思われる本質的にいずれかの細胞または組織または被検体の治療の際に、本発明の組成物を用いてよい。例えば、いくつかの実施形態では、血管新生（例えば血管新生状態）をきたしているか、またはきたしやすい細胞または組織または被検体と、本発明の好適な組成物を接触させて、血管新生状態を阻害してよい。別の実施形態では、アンギオスタチン活性に干渉し、および／または、血管新生を促す目的で、血管新生（例えば血管新生状態）が不十分であるか、または不十分になりやすい細胞または組織と、本発明の適切な組成物を接触させてよい。
【０３６０】
血管新生状態の実例的な例としては、加齢性黄斑変性（ＡＭＤ）、癌（固形癌および血液癌の両方）、発育異常（器官発生）、糖尿病性失明、子宮内膜症、眼血管新生、乾癬、関節リウマチ（ＲＡ）、および皮膚変色（例えば血管腫、火炎状母斑、または単純母斑)が挙げられるが、これらに限らない。抗血管新生状態の例としては、心臓血管疾患、再狭窄、虚血組織の再灌流または心不全後の組織損傷、慢性炎症、および創傷治癒が挙げられるが、これらに限らない。
【０３６１】
本発明の組成物は、自己免疫および／または炎症疾患、状態、および障害を直接的または間接的のいずれかで媒介する細胞を調節することによって、抗炎症性または炎症性の適応症を治療する免疫調節薬としても有用である場合もある。本発明の組成物の免疫調節薬としての有用性は、例えば移動アッセイ（例えば白血球もしくはリンパ球を用いるもの）、サイトカイン産生アッセイ（例えばＴＮＦ−α、ＩＬ−１２）、または細胞生存能アッセイ（例えばＢ細胞、Ｔ細胞、単球、もしくはＮＫ細胞を用いるもの）を含め、当該技術分野において既知かつ利用可能な数多くの技法のいずれかを用いてモニタリングできる。
【０３６２】
本発明に従って治療してよい例示的な免疫系疾患、障害、または状態としては、原発性免疫不全、免疫媒介性血小板減少症、川崎病、骨髄移植（例えば成人または小児が最近骨髄移植を受けた状態）、慢性Ｂ細胞リンパ性白血病、ＨＩＶ感染（例えば、成人または小児のＨＩＶ感染）、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー、輸血後紫斑などが挙げられるが、これらに限らない。
【０３６３】
加えて、さらなる疾患、障害、および状態としては、ギラン・バレー症候群、貧血（例えば、バルボウイルスＢ１９と関連する貧血、感染（例えば反復感染）のリスクの高い安定多発性骨髄腫患者、自己免疫性溶血性貧血（例えば温式自己免疫性溶血性貧血）、血小板減少症（例えば新生児血小板減少症）、および免疫媒介性好中球減少症）、移植（例えばサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）陽性器官のＣＭＶ陰性レシピエント）、低ガンマグロブリン血症（例えば、感染または罹患の危険因子を有する低ガンマグロブリン血症新生児）、てんかん（例えば難治性てんかん）、全身性脈管炎症候群、重症筋無力症（例えば重症筋無力症における代償障害）、皮膚筋炎、ならびに多発筋炎が挙げられる。
【０３６４】
さらなる自己免疫疾患、障害、および状態としては、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性新生児血小板減少症、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫性血球減少症、溶血性貧血、抗リン脂質症候群、皮膚炎、アレルギー性脳脊髄炎、心筋炎、再発性多発性軟骨炎、リウマチ性心疾患、糸球体腎炎（例えばＩｇＡ腎症）、多発性硬化症、神経炎、ブドウ膜炎眼炎、多発性内分泌腺症、紫斑病（例えばヘーノホ・シェーンライン紫斑病）、ライター病、スティッフマン症候群、自己免疫性肺炎症、ギラン・バレー症候群、インスリン依存性糖尿病、および自己免疫性炎症性眼疾患が挙げられるが、これらに限らない。
【０３６５】
さらなる自己免疫疾患、障害、または状態としては、自己免疫性甲状腺炎、例えば細胞媒介性体液性甲状腺細胞毒性によって特徴付けられる橋本甲状腺炎および甲状腺炎を含む甲状腺低下症、ＳＬＥ（例えば、循環性および局所生成性免疫複合体によって特徴付けられる場合が多い）、グッドパスチャー症候群（例えば、抗基底膜抗体によって特徴づけられる場合が多い）、天疱瘡（例えば、表皮棘融解性抗体によって特徴付けられる場合が多い）、例えばグレーブス病のような受容体自己免疫（例えば、甲状腺刺激ホルモン受容体に対する抗体によって特徴付けられる場合が多い、重症筋無力症（例えば、アセチルコリン受容体抗体によって特徴付けられる場合が多い）、インスリン抵抗性（例えば、インスリン受容体抗体によって特徴づけられる場合が多い）、自己免疫性溶血性貧血（例えば、抗体感作赤血球の食作用によって特徴付けられる場合が多い）、および自己免疫性血小板減少性紫斑病（例えば、抗体感作血小板の食作用によって特徴付けられる場合が多い）が挙げられるが、これらに限らない。
【０３６６】
さらなる自己免疫疾患、障害、または状態としては、関節リウマチ（例えば、関節内の免疫複合体によって特徴付けられる場合が多い）、抗コラーゲン抗体を伴う強皮症（例えば、核小体抗体および他の核抗体によって特徴付けられる場合が多い）、混合結合組織疾患（例えば、抽出核抗原、例えばリボ核タンパク質に対する抗体によって特徴付けられる場合が多い）、多発筋炎／皮膚筋炎（例えば、非ヒストン性抗核抗体によって特徴付けられる場合が多い）、悪性貧血（例えば、抗壁細胞抗体、抗ミクロソーム抗体、および抗内因子抗体によって特徴付けられる場合が多い）、特発性アディソン病（例えば、体液性細胞媒介性副腎細胞毒性によって特徴付けられる場合が多い）、不妊症（例えば、抗精子抗体によって特徴付けられる場合が多い）、原発性糸球体腎炎およびＩｇＡ腎症のような糸球体腎炎（例えば、糸球体基底膜抗体または免疫複合体によって特徴付けられる場合が多い）、水疱性類天疱瘡（例えば、基底膜中のＩｇＧおよび補体によって特徴付けられる場合が多い）、シェーグレン症候群（例えば、複数の組織抗体および／または特異的な非ヒストン抗核抗体（ＳＳ−Ｂ）によって特徴付けられる場合が多い）、真性糖尿病（例えば、細胞媒介性かつ体液性島細胞抗体によって特徴付けられる場合が多い）、ならびに、喘息または嚢胞性線維症を伴うアドレナリン作動薬耐性を含むアドレナリン作動薬耐性（例えば、βアドレナリン作動薬受容体抗体によって特徴付けられる場合が多い）が挙げられるが、これらに限らない。
【０３６７】
さらなる自己免疫疾患、障害、または状態としては、慢性活動性肝炎（例えば、平滑筋抗体によって特徴付けられる場合が多い）、原発性胆汁性肝硬変（例えば、抗ミトコンドリア抗体によって特徴付けられる場合が多い）、他の内分泌腺不全（例えば一部のケースでは、特異的組織抗体によって特徴付けられる）、白斑（例えば、抗色素細胞抗体によって特徴付けられる場合が多い）、脈管炎（例えば、血管壁中の免疫グロブリンおよび補体、ならびに／または低血清補体によって特徴付けられる場合が多い）、心筋梗塞後状態（例えば、抗心筋抗体によって特徴付けられる場合が多い）、心臓切開症候群（例えば、抗心筋抗体によって特徴付けられる場合が多い）、じんま疹（例えば、ＩｇＥに対するＩｇＧおよびＩｇＭ抗体によって特徴付けられる場合が多い）、アトピー皮膚炎（例えば、ＩｇＥに対するＩｇＧおよびＩｇＭ抗体によって特徴付けられる場合が多い）、ぜん息（例えば、ＩｇＥに対するＩｇＧおよびＩｇＭ抗体によって特徴付けられる場合が多い）、炎症性ミオパシー、ならびに、その他の肉芽腫性変性萎縮性障害が挙げられるが、これらに限らない。
【０３６８】
別の実施形態では、細胞の増殖および／または生存を調節するために、したがって、細胞の増殖および／または生存の異常によって特徴付けられる疾患、障害、または状態を治療または予防する目的で、本発明のＡＡＲＳポリペプチド（例えばＲＱＳポリペプチド）および組成物を用いてよい。例えば、特定の実施形態では、ＱＲＳ組成物を用いて、アポトーシスを調節するか、および／または、アポトーシス異常と関連する疾患もしくは状態を治療してよい。アポトーシスは、プログラム細胞死として知られる細胞シグナル伝達カスケードを説明するために用いられる用語である。アポトーシスを誘発する分子（例えば、癌）、およびアポトーシスを阻害する分子（すなわち、脳卒中、心筋梗塞、敗血症など）に対して、様々な治療適応が存在する。アポトーシスは、当該技術分野において既知かつ利用可能である多数の利用可能な技法のいずれかによってモニタリングすることができ、この技法としては、例えば、ＤＮＡの断片化、膜の非対称性の変化、アポトーシスカスパーゼの活性化ならびに／またはチトクロムＣおよびＡＩＦの放出を測定するアッセイが挙げられる。
【０３６９】
細胞生存の延長またはアポトーシスの阻害と関連する実例的な疾患としては、癌（濾胞性リンパ腫、癌腫、およびホルモン依存性腫瘍（結腸癌、心臓腫瘍、膵癌、黒色腫、網膜芽腫、グリア芽腫、肺癌、腸癌、精巣癌、胃癌、神経芽腫、粘液腫、筋腫、リンパ腫、内皮腫、骨芽細胞腫、骨巨細胞腫、骨肉腫、軟骨肉腫、腺腫、乳癌、前立腺癌、カポージ肉腫、および卵巣癌などが挙げられるが、これらに限らない））、自己免疫障害（多発性硬化症、シェーグレン症候群、グレーブス病、橋本甲状腺炎、自己免疫性糖尿病、胆汁性肝硬変、ベーチェット病、クローン病、多発筋炎、全身性エリテマトーデス、免疫関連糸球体腎炎、自己免疫性胃炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、および関節リウマチなど）、ウイルス感染（ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、およびアデノウイルスなど）、炎症、移植片対宿主病（急性および／または慢性）、急性移植片拒絶、ならびに慢性移植片拒絶が挙げられるが、これらに限らない。
【０３７０】
細胞生存の延長と関連するさらなる実例的な疾患または状態としては、白血病（白血病（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病（骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、および赤白血病を含む）、ならびに、慢性白血病（例えば、慢性骨髄性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ球性白血病）を含む）のような悪性疾患および関連障害、髄異形成症候群、真性赤血球増加症、リンパ腫（例えば、ホジキン病および非ホジキン病）、多発骨髄腫、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、Ｈ鎖病、および固形腫瘍（線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、膵癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、肺癌、腎細胞癌、ヘパトーム、胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、希突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、および網膜芽腫のような肉腫および癌腫が挙げられるが、これらに限らない）の進行および／または転移が挙げられるが、これらに限らない。
【０３７１】
アポトーシスの増大と関連する実例的な疾患としては、ＡＩＤＳ（ＨＩＶ誘発性腎症およびＨＩＶ脳炎など）、神経変性障害（アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮側索硬化症、色素性網膜炎、小脳変性および脳腫瘍、または従前の関連疾患など）、自己免疫障害（多発性硬化症、シェーグレン症候群、グレーブス病、橋本甲状腺炎、自己免疫性糖尿病、胆汁性肝硬変、ベーチェット病、クローン病、多発筋炎、全身性エリテマトーデス、免疫関連糸球体腎炎、自己免疫性胃炎、血小板減少性紫斑病、および関節リウマチなど）、脊髄形成異常症候群（再生不良性貧血など）、移植片対宿主病（急性および／または慢性）、虚血性傷害（心筋梗塞、脳卒中、および再灌流傷害を原因とするものなど）、肝臓損傷または疾患（例えば、肝炎関連肝臓損傷、肝硬変、虚血／再灌流傷害、胆汁うっ滞（胆管損傷）および肝臓癌）、毒素誘発性肝疾患（アルコールを原因とするものなど）、敗血症性ショック、潰瘍性大腸炎、悪液質、ならびに食欲不振が挙げられるが、これらに限らない。
【０３７２】
さらなる実施形態では、本発明の組成物は、ニューロン／神経系の疾患または障害の治療の際に有用である場合があり、その実例的な例としては、パーキンソン病、アルツハイマー病、ピック病、クロイツフェルト・ヤコブ病、ハンチントン舞踏病、交代性片麻痺、筋萎縮側索硬化症、運動失調、脳性麻痺、慢性疲労性症候群、慢性疼痛症候群、先天性神経系異常、脳神経疾患、せん妄、認知症、脱髄疾患、自律神経障害、てんかん、頭痛、ハンチントン病、水頭症、髄膜炎、運動障害、筋疾患、神経系新生物、神経皮膚症候群、神経変性疾患、神経毒性症候群、眼球運動障害、末梢神経系障害、下垂体障害、脳空洞症、レット症候群、睡眠障害、脊髄障害、脳卒中、シデナム舞踏病、ツレット症候群、神経系の外傷および損傷などが挙げられる。
【０３７３】
さらに、追加的な実施形態は、副腎脳白質ジストロフィ、クラッベ病（球様細胞白質萎縮症）、異染性白質萎縮症、アレクサンダー病、カナバン病（海綿状白質萎縮症）、ペリツェウス・メルツバッハー病、コケーン症候群、ハーラー病、ロウ症候群、リー病、ウィルソン病、ハレルフォルデン・スパッツ病、テイ・サックス病などのような代謝障害の治療の際に本発明の組成物を用いることに関する。代謝プロセスの調節における本発明の組成物の有用性は、当該技術分野において既知かつ利用可能な様々な技法のいずれかを用いてモニタリングしてよく、この技法としては、例えば、脂肪細胞の脂質生成または脂肪細胞の脂肪分解を測定するアッセイが挙げられる。
【０３７４】
本発明のさらに具体的な実施形態では、本発明のＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）および組成物を用いて、例えば細胞シグナル伝達タンパク質（例えばＡｋｔ）を介して細胞シグナル伝達を調節してよい。細胞シグナル伝達は、数多くの周知のアッセイのうちのいずれかを用いてモニタリングしてよい。例えば、一般的な細胞シグナル伝達イベントの誘発は、様々な標的タンパク質のリン酸化パターンの変化を通じてモニタリングすることができる。したがって、ＱＲＳポリペプチドでの細胞の処理に応答する細胞シグナル伝達活性を検出することは、明確な生物学的作用の指標としての役割を果たす。このアッセイで用いる標的タンパク質は、主要な細胞シグナル伝達カスケードの重要な構成要素を含むように選択してよく、それによって、細胞シグナル伝達の景観とその治療上の関連性についての幅広い概観が得られる。一般に、このようなアッセイは、ＱＲＳポリペプチドで細胞を処理してから、標的タンパク質のリン酸化（活性化）型を特異的に検出する抗体で免疫検出することを含む。
【０３７５】
治療上関連する細胞シグナル伝達イベントをモニタリングするのに用いる実例的な標的タンパク質としては、ｐ３８  ＭＡＰＫ（マイトジェン活性化プロテインキナーゼ。細胞性のストレスおよび炎症性サイトカインにより活性化され、細胞分化およびアポトーシスに関与する）、ＳＡＰＫ／ＪＮＫ（ストレス活性化プロテインキナーゼ／Ｊｕｎ−アミノ末端キナーゼ。細胞ストレスおよび炎症性サイトカインによって活性化される）、Ｅｒｋ１／２、ｐ４４／４２  ＭＡＰＫ（マイトジェン活性化プロテインキナーゼＥｒｋ１およびＥｒｋ２。多種多様な細胞外シグナルによって活性化され、細胞の成長および分化の調節に関与する）、ならびに、Ａｋｔ（インスリンおよび様々な成長因子または生存因子によって活性化され、アポトーシスの阻害、グリコーゲン合成の調節、細胞周期調節、および細胞成長に関与する）を挙げてよいが、これらに限らない。リン酸化によって媒介される細胞シグナル伝達の変化の一般的な指標として、チロシン残基の一般的なリン酸化もモニタリングしてよい。
【０３７６】
当然ながら、本発明の組成物が調節する細胞イベントまたは細胞活性をモニタリングするために、細胞接着分子（例えば、カドヘリン、インテグリン、クラウディン、カテニン、セレクチンなど）、および／またはイオンチャネルタンパク質のような他のクラスのタンパク質もアッセイしてもよいことは分かるであろう。
【０３７７】
本発明の別の具体的な実施形態では、本発明のＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）および組成物を用いて、細胞、例えば白血球によるサイトカインの産生を調節してよい。サイトカインの産生は、当該技術分野において既知の数多くのアッセイ（すなわちＲＴ−ＰＣＲ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳｐｏｔ、フローサイトメトリーなど）のうちのいずれかを用いてモニタリングしてよい。一般に、このようなアッセイは、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）で細胞を処理してから、サイトカインｍＲＮＡまたはポリペプチドを検出して、サイトカイン産生量の変化を測定することを含む。したがって、ＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）による細胞の処理に応答してサイトカイン産生量が増加および／または減少するのを検出することは、明確な生物学的作用の指標としての役割を果たす。本発明のＱＲＳポリペプチドは、サイトカインの産生を調節することによって、免疫反応または炎症反応を誘発、促進、および／または阻害できる。例えば、本発明のＡＡＲＳポリペプチド（例えばＱＲＳポリペプチド）および組成物を用いて、被検体のサイトカインプロファイル（すなわちタイプ１対タイプ２）を変化させてよい。ＱＲＳ組成物の生物学的作用をモニタリングする目的で測定してよい実例的なサイトカインとしては、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３、ＴＧＦ−β、ＴＮＦ−α、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γ、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β、ＭＣＰ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦなどが挙げられるが、これらに限らない。
【０３７８】
一般には、治療有効量のポリペプチドを被検体または患者に投与する。特定的な実施形態では、投与するポリペプチドの量は典型的には、患者の体重１ｋｇ当たり約０．１μｇ〜約０．１ｍｇ〜約５０ｍｇの範囲となる。疾患の種類および重症度に応じて、体重１ｋｇ当たり約０．１μｇ〜約０．１ｍｇ〜約５０ｍｇ（例えば１回当たり約０．１〜１５ｍｇ／ｋｇ）のポリペプチドが、例えば１回以上の個別投与または持続注入によって患者に投与する際の初期量候補であることができる。例えば投与レジメンは、約４ｍｇ／ｋｇの初期負荷量を投与してから、週に１回、約２ｍｇ／ｋｇの維持量、すなわち、初期負荷量の半量でポリペプチドを投与することを含んでよい。ただし、他の投与レジメンも有用である場合がある。典型的な１日の投与量は、上記の要因に応じて、約０．１μｇ／ｋｇ〜約１μｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ/ｋｇ以上の範囲となる。数日間以上にわたる反復投与では、状態に応じて、疾患の症状が所望どおりに抑制されるまで治療を持続する。上記およびその他の療法（例えばエキソビボ療法）の経過は、従来の方法およびアッセイによって、ならびに、医師またはその他の当業者にとって既知の基準に基づき、容易にモニタリングすることができる。
【０３７９】
製剤および医薬組成物
本発明の組成物は、製薬学的に許容可能または生理学的に許容可能な溶液中に配合したアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド（そのトランケート体および／または変異体を含む）であって、単独でまたは１つ以上の他の治療様式と組み合わせて、細胞または動物に投与するためのものを含む。本発明の組成物は所望に応じて、他の薬剤（例えば、他のタンパク質もしくはポリペプチド、または、製薬学的に活性な様々な薬剤など）とも組み合わせて投与してよいことも分かるであろう。その追加の薬剤が、炎症反応調節活性、または実現するのが望ましい他の作用に悪影響を及ぼさないならば、本発明の組成物中に含めてもよい他の成分に対する制限は事実上ない。
【０３８０】
本発明の医薬組成物では、製薬学的に許容可能な賦形剤および担体溶液の配合は当業者に周知であり、様々な治療レジメン（例えば、経口、非経口、静脈内、鼻腔内、および筋肉内投与および製剤を含む）で、本明細書に記載されている特定の組成物を用いる際に適した投与および治療レジメンの作成も同様である。
【０３８１】
特定の用途では、本明細書に開示されている医薬組成物は、経口投与を介して被検体に送達してよい。したがって、これらの組成物は、不活性賦形剤または同化可能な食用担体とともに配合しても、硬ゼラチンカプセルまたは軟ゼラチンカプセルに封入しても、圧縮して錠剤にしても、食品とともに直接組み込んでもよい。
【０３８２】
特定の環境では、例えば米国特許第５，５４３，１５８号、米国特許第５，６４１，５１５号、および米国特許第５，３９９，３６３号（それぞれ、その全体が参照により、本明細書に具体的に組み込まれる）に記載されているように、本明細書に開示されている医薬組成物は、非経口送達、静脈内送達、筋肉内送達、または、さらには腹腔内送達するのが望ましいであろう。ヒドロキシプロピルセルロースのような界面活性剤と好適に混合した水中で、遊離塩基または薬理学的に許容可能な塩としての活性化合物の溶液を調製してよい。また、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、およびこれらの混合物中、ならびに油中で、分散体を調製してもよい。これらの調製物は、通常の保存および使用条件下で、微生物の成長を防止するための防腐剤を含む。
【０３８３】
注射用途に適した医薬形態としては、滅菌水溶液または分散液、および、滅菌注射液または分散液を即時調製するための滅菌粉末が挙げられる（米国特許第５，４６６，４６８号（その全体は参照により、本明細書に具体的に組み込まれる））。いずれのケースでも、医薬形態は無菌である必要があり、注射しやすい程度の流動性を有する必要がある。医薬形態は、製造条件および保存条件下で安定的である必要があり、細菌および真菌のような微生物の汚染作用から保護する形で保存する必要がある。担体は、例えば水、エタノール、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、これらの好適な混合物、ならびに／または植物油を含む溶媒または分散媒であることができる。適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティングを用いること、分散液の場合、必要な粒径を保持させること、および界面活性剤を用いることによって保持させてよい。微生物作用の予防は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チロメサールなどによって容易化することができる。多くの場合、等張剤、例えば糖または塩化ナトリウムを含めるのが好ましいであろう。組成物中で吸収遅延剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを用いることによって、注射用組成物を持続的に吸収させることができる。
【０３８４】
水溶液で非経口投与する際には、例えば、必要に応じてその溶液に好適な形で緩衝液を加え、その希釈液はまず、十分な生理食塩水またはグルコースで等張化する必要がある。これらの特定的な水溶液は、静脈内投与、筋肉内投与、皮下投与、および腹腔内投与に特に適している。これに関連して、用いることができる滅菌水媒体は、本開示を考慮すれば、当業者には既知であろう。例えば、１回投与量を１ｍｌの等張ＮａＣｌ溶液に溶解させ、１０００ｍｌの皮下注入用流体に添加するか、または、推奨注入部位に注射してよい（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１５ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ｐｐ．１０３５−１０３８  ａｎｄ  １５７０−１５８０を参照されたい）。治療する被検体の状態に応じて、投与量を多少変えることが必要になる。いずれにしても、投与の責任を負う者が、個々の被検体に適した用量を決定する。さらに、ヒトに投与する際には、調製物は、ＦＤＡのＯｆｆｉｃｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓの基準によって求められる無菌性、発熱性、ならびに、一般的な安全性および純度の基準を満たす必要がある。
【０３８５】
滅菌注射液は必要に応じて、上に列挙した様々な他の成分とともに、活性化合物を必要な量で適切な溶媒中に組み込んでから、ろ過滅菌することによって調製することができる。一般に、基剤の分散媒、および上に列挙した成分由来の他の必要な成分を含む滅菌ビヒクルに、様々な滅菌活性成分を組み込むことによって分散液を調製する。滅菌注射液を調製するための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、活性成分といずれかの追加的な所望の成分とからなる粉末が、事前に濾過滅菌したその溶液から得られる真空乾燥技法および凍結乾燥技法である。
【０３８６】
本明細書に開示されている組成物は、天然の形態または塩形態で調合してよい。製薬学的に許容可能な塩としては、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基を用いて形成させたもの）、および、例えば塩酸またはリン酸のような無機酸、または、酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸などのような有機酸を用いて形成させた酸付加塩が挙げられる。遊離カルボキシル基を用いて形成させた塩も、例えばナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、または水酸化第二鉄のような無機塩基、および、イソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、およびプロカインなどのような有機塩基から誘導することができる。調合の際、溶液は、投与製剤と適合する様式、かつ治療有効量で投与することになる。製剤は、注射液、薬物放出カプセルなどのような様々な剤形で容易に投与する。
【０３８７】
本明細書で使用する場合、「担体」には、ありとあらゆる溶媒、分散媒、ビヒクル、コーティング、賦形剤、抗菌剤、抗真菌剤、等張剤、吸収遅延剤、緩衝液、担体液、懸濁液、コロイドなどが含まれる。製薬学的に活性な物質用のこのような媒質および作用剤を用いることは、当該技術分野において周知である。いずれかの従来の媒質または作用剤が活性成分と不適合である場合を除き、医薬組成物中で媒質または作用剤を用いることが意図されている。補助的な活性成分を医薬組成物に組み込むこともできる。
【０３８８】
「製薬学的に許容可能な」という語句は、ヒトに投与した場合に、アレルギー反応または類似の有害な反応を引き起こさない分子体および組成物を指す。活性成分としてタンパク質を含む水性組成物の調製は、当該技術分野において十分に理解されている。典型的には、このような組成物は、溶液または懸濁液のいずれかの注射液として調製し、注射前に液体によって溶液または懸濁液にするのに適した固体形態でも調製することができる。調製物は、乳化することもできる。
【０３８９】
特定の実施形態では、本発明の医薬組成物は、鼻腔内噴霧、吸入、および／または他のエアゾール送達ビヒクルによって送達してよい。遺伝子、ポリヌクレオチド、およびペプチド組成物を鼻エアゾールスプレーによって肺に直接送達する方法は、例えば、米国特許第５，７５６，３５３号および米国特許第５，８０４，２１２号（それぞれ、その全体が参照により、本明細書に具体的に組み込まれる）に記載されている。同様に、鼻腔内微粒子樹脂（Ｔａｋｅｎａｇａ  ｅｔ  ａｌ，，１９９８）、およびリゾホスファチジル−グリセロール化合物（米国特許第５，７２５，８７１号（参照により、その全体が本明細書に具体的に組み込まれる））を用いて薬物を送達することも、製薬学分野において周知である。同様に、ポリテトラフルオロエチレン支持マトリックスの形態での薬物の経粘膜送達は、米国特許第５，７８０，０４５号（参照により、その全体が本明細書に具体的に組み込まれる）に記載されている。
【０３９０】
局所製剤も含まれる。局所製剤の例としては、クリーム、軟膏、パスタ剤、ローション剤、およびゲルが挙げられる。
【０３９１】
特定の実施形態では、送達は、本発明の組成物を好適な宿主細胞に導入するためのリポソーム、ナノカプセル、微粒子、ミクロスフィア、脂質粒子、小胞などを用いて行ってよい。具体的には、本発明の組成物は、脂質粒子、リポソーム、小胞、ナノスフェア、またはナノ粒子などに封入された形で送達されるように調合してよい。既知かつ従来の技法を用いて、このような送達ビヒクルを調合および使用することができる。
【０３９２】
本明細書で引用されているすべての文献、特許出願、および発行済み特許は参照により、個々の各文献、特許出願、または発行済み特許が参照により組み込まれることが具体的かつ個々に記されているかのように、本明細書に組み込まれる。
【０３９３】
例示および例として、かつ明確に理解する目的で、上記の発明について多少詳しく説明してきたが、当業者であれば、本発明の教示を踏まえれば、添付の特許請求の範囲の趣旨および範囲から逸脱することなく、本発明に特定の変更および修正を行ってよいことは容易に分かるであろう。限定としてではなく、単なる例示として、下記の実施例を提供する。当業者であれば、本質的に同様の成果を上げるように変更または修正できる重要ではない様々なパラメーターを容易に認識するであろう。
【実施例】
【０３９４】
実施例１
アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは、リポ多糖（ＬＰＳ）チャレンジ後、好中球の肺への移動および浸潤を低減する。
【０３９５】
好中球の循環系からの肺への移動は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に関係している（例えば、Ｒ．Ａ．Ｓｔｏｃｋｌｅｙ，Ｃｈｅｓｔ  １２１：１５１Ｓ−１５５Ｓ，２００２を参照されたい）。ＣＸＣＲ−２の発現は、好中球の移動の一因となることがある（例えば、Ｒｉｏｓ−Ｓａｎｔｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  ａｎｄ  Ｃｒｉｔｉｃａｌ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １７５：４９０−４９７，２００７を参照されたい）。チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＹＲＳ）ポリペプチドとヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨｉｓＲＳ）ポリペプチドを用いて、好中球媒介性障害を治療できるか割り出すために、雄のＣ５７ＢＬ／６マウスに麻酔し、２００μｇ／ｍｌのリポ多糖（ＬＰＳ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈカタログ＃Ｌ２８８０）を５０μｌ、鼻腔内注射し、ＬＰＳ投与の約８時間後に殺処分した。マウスは、ＬＰＳへの曝露前に、ＹＲＳポリペプチド、ＨｉｓＲＳポリペプチド、またはコントロールで処理した。気管カテーテルを挿入し、１ｍｌの氷冷塩類溶液で肺を５回洗い流すことによって、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）サンプルを回収した。その後の細胞の染色および計数に備えて、洗浄流体を回収した。
【０３９６】
図１Ａに示されているように、好中球は典型的には、健常な未処置の動物から回収したＢＡＬ流体には存在しない。ＬＰＳの鼻腔内投与によって、循環好中球が肺に浸潤し、ＢＡＬサンプル中の好中球が著しく増加した（図１ＡのＬＰＳグループ）。デキサメタゾン（この実験のポジティブコントロールとして用いた合成コルチコステロイド）で事前に腹腔内処理を行ったところ、ＬＰＳチャレンジ後、好中球が肺に移動する能力が低下した（図１ＡのＤｅｘグループ）。同様に、ＬＰＳ投与の７〜８時間前および１．５時間前に２回、ＹＲＳシンテターゼポリペプチドとＨｉｓＲＳシンテターゼポリペプチドをそれぞれ静脈内投与したところ、ＢＡＬサンプル中の好中球が大幅に減少した。ＹＲＳについての結果は図１に示されている（図１ＡのＹ３４１Ａグループ、図１ＢのミニＹＲＳグループ）。完全長ＨｉｓＲＳポリペプチドは、好中球に対して同様の作用を及ぼしたとともに（図２Ａ）、好酸球の肺への移動も低下させることができた（図２Ｂ）。同様の結果は、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＷＲＳ）ポリペプチドでも見られる。
【０３９７】
実施例２
チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドは、ＣＸＣＲ−２受容体でトランスフェクションした２９３細胞株およびＣＨＯ細胞株の移動を刺激する。
【０３９８】
チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドに応答して、ＣＸＣＲ−２発現細胞が移動するのを測定することによって、チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドのＣＸＣＲ−２シグナル伝達に対する作用をテストした。１０％の熱不活化ＦＢＳ、１％のペニシリン−ストレプトマイシン、および８００μｇ／ｍｌのジェネティシン（すべて、カリフォルニア州カールズバッドのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎから購入）を添加したＤＭＥＭ培地中に、２９３／ＣＸＣＲ−２細胞を維持した。０．１％のＢＳＡを含むＤＭＥＭ培地を移動緩衝液として用いた。移動アッセイの前に、細胞を３０分間、移動緩衝液中で血清飢餓状態にし、２００ｇで５分間、遠心分離し、最終密度が１×１０６細胞／ｍｌとなるように、移動緩衝液に再懸濁した。１００μｌを６．５ｍｍのトランスウェルフィルターインサート（マサチューセッツ州ケンブリッジのＣｏｓｔａｒ）に加え、コントロールのケモカイン、チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド、または緩衝液のみを含む６００μｌの移動緩衝液をプレートの下室に加えた。細胞を４時間にわたって移動させ、上室（トランスウェルフィルターインサート）に残った細胞をコットンスワブで除去した。続いて、５００μｌの細胞解離緩衝液（カリフォルニア州カールズバッドのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）および１２μｇ／ｍｌのカルセインＡＭ（カリフォルニア州カールズバッドのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を含む新たな２４ウェルプレートに、フィルターインサートを移した。１時間、３７℃でインキュベート後、細胞を回収し、１００μｌのＰＢＳに再懸濁し、３８４ウェルの透明なＧｒｅｉｎｅｒ製プレートに移し、プレートリーダーの蛍光によって計数した。
【０３９９】
１０％の熱不活化ＦＢＳ、１％のペニシリン−ストレプトマイシン−グルタミン、および８００μｇ／ｍｌのジェネティシンを添加したＦ１２倍地中に、ＣＨＯ−Ｋ１／ＣＸＣＲ−２細胞を維持した。０．５％のＢＳＡを含むＦ１２培地を移動緩衝液として用いた。移動の前に、細胞を３０分間、移動緩衝液中で血清飢餓状態にし、細胞解離緩衝液を用いて回収し、２００ｇで５分間、スピンダウンし、最終密度が１×１０６細胞／ｍｌとなるように、移動緩衝液に再懸濁した。１００μｌを６．５ｍｍのトランスウェルフィルターインサートに加え、コントロールのケモカイン、チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド、または緩衝液のみを含む６００μｌの移動緩衝液をプレートの下室に加えた。細胞を３時間にわたって移動させ、上室（トランスウェルフィルターインサート）に残った細胞をコットンスワブで除去した。続いて、５００μｌのＰＢＳおよび１２μｇ／ｍｌのカルセインＡＭを含む新たな２４ウェルプレートに、フィルターインサートを移した。３０分、３７℃でインキュベート後、再度、５００μｌのフェノールレッド不含トリプシンを含む新たな２４ウェルプレートにフィルターを移した。２〜５分間インキュベート後、分離した細胞を回収し、１００μｌのＰＢＳに再懸濁し、３８４ウェルの透明なＧｒｅｉｎｅｒ製プレートに移し、プレートリーダーの蛍光によって計数した。
【０４００】
図３は、チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドが、ＣＸＣＲ−２でトランスフェクションした細胞の移動を誘発する能力を示している。
【０４０１】
実施例３
チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドは、多形核（ＰＭＮ）細胞の移動を刺激する。
【０４０２】
ＹＲＳポリペプチドのＰＭＮ細胞の移動に対する作用を試験するために、Ｒｏｓｅｔｔｅｓｅｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ  Ｇｒａｎｕｌｏｃｙｔｅ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｋｉｔ（ブリティッシュコロンビア州バンクーバーのＳｔｅｍＣｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）をメーカーの指示に従って用いて、新鮮なヒト末梢血からヒト顆粒球細胞を精製した。０．５％のＦＢＳを添加した無血清ＲＰＭＩ培地を移動緩衝液として用いた。４×１０７個の細胞を１ｍｌの移動緩衝液に再懸濁させ、１ｍｇ／ｍｌのカルセインＡＭ溶液（カリフォルニア州カールズバッドのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）８μｌとともに、３０分間インキュベートした。細胞を回収し、２００ｇで５分間、ブレーキオフにてスピンダウンし、移動緩衝液で１回洗浄し、最終密度が１×１０７／ｍｌになるように、同じ緩衝液に再懸濁させた。
【０４０３】
１００μを６．５ｍｍのトランスウェルフィルターインサート（マサチューセッツ州ケンブリッジのＣｏｓｔａｒ）に加え、コントロールのケモカイン、チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド、または緩衝液のみを含む６００μｌの移動緩衝液をプレートの下室に加えた。細胞をインキュベーター内で４５分間にわたって移動させ、下室に移動した細胞を回収し、１００μｌのＰＢＳに再懸濁させ、３８４ウェルの透明のＧｒｅｉｎｅｒ製プレートに移し、プレートリーダーの蛍光によって計数した。
【０４０４】
図４は、ケモカインを用いた場合に典型的に観察される釣鐘移動曲線を示している。チロシルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドは、低いｐＭ濃度および高いμＭ濃度の両方でＰＭＮの二相性の移動を誘発した。
【０４０５】
実施例４
アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドＤ１は、炎症性サイトカインと抗炎症性サイトカインの両方の分泌を誘発する。
【０４０６】
完全長ＡｓｐＲＳのＤ１断片（１〜１５４番の残基）と炎症との間の考え得る関連性を証明するために、組み換えタンパク質を健常なマウスに静脈内注射し、血流に分泌される炎症性サイトカイン（炎症性と抗炎症性の両方）の変化（ビヒクルコントロールとの比較）を観察した。注射の２時間後、および６時間後に血清を回収し、ＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０のレベルをＥＬＩＳＡによって測定した。
【０４０７】
注射の２時間後にＤ１を調べたところ、炎症性サイトカイン（ＴＮＦ−α、ＭＩＰ−１ｂ、ＩＬ−１２（ｐ４０）、ＫＣ、ＭＩＰ−２）、および、抗炎症性サイトカインであるＩＬ−１０の両方の分泌が増大していることが観察された（図５Ａおよび５Ｂ）。注射の６時間後のＤ１では、炎症性サイトカインは検出できなかったが、抗炎症性のＩＬ−１０の血清中のレベルは増大し続けていた（図５ＡおよびＢを参照されたい）。
【０４０８】
これらの結果を確認するために、ヒトドナーから単離した、単球とリンパ球との混合体を意味する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をインビトロでＤ１タンパク質（および完全長ＡｓｐＲＳタンパク質）に曝露し、その培地において、処理に応答してＴＮＦ−αまたはＩＬ−１０のいずれかが分泌されることについて試験した。インビボで観察された作用と同様に、Ｄ１で処理することによって、混合細胞集団からＴＮＦ−αが分泌されたとともに（処理の４時間後）、ＩＬ−１０も分泌された（処理の２４時間後）（図５ＣおよびＤを参照されたい）。
【０４０９】
実施例５
スプライス変異体ＨＲＳ−ＳＶ９およびＨＲＳ−ＳＶ１１は、活性化Ｔ細胞におけるＩＬ−２の分泌を増大させる。
【０４１０】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって抗原が提示Ｓされると、活性化Ｔ細胞の最も初期の検出可能な反応は、ＩＬ−２のようなサイトカインの分泌である。オートクラインの分泌を通じて、ＩＬ−２はＴ細胞の増殖を促し、それによって、抗原を排除するのに必要な細胞を生成させる。したがって、ＩＬ−２分泌調節因子は、Ｔリンパ球媒介性免疫反応に対する免疫調節薬としての役割を果たす。
【０４１１】
白血病Ｊｕｒｋａｔ  Ｔ細胞（ＡＴＣＣ  Ｎｏ：ＴＩＢ−１５２）は、活性化の指標としてＩＬ−２の発現と放出を利用して、Ｔ細胞の活性を調査する目的で広く用いられている。Ｔ細胞の活性化のために、ホルボールエステル（ＰＭＡ）とイオノマイシン（ＩＯＭ）によってＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞を刺激した。ＩＬ−２の培地への分泌をＥＬＩＳＡによって評価した。予想どおり、ＰＭＡおよびイオノマイシンによって刺激したＪｕｒｋａｔ  Ｔ細胞は、用量依存的にＩＬ−２を放出した。
【０４１２】
図６に示されているように、ＨＲＳ−ＳＶ９およびＨＲＳ−ＳＶ１１は、ＰＭＡおよびＩＯＭの両方を適用したところ、ＩＬ−２の分泌を有意に上昇させた。すなわち、ＨＲＳ−ＳＶ９およびＨＲＳ−ＳＶ１１のいずれも、免疫調節活性を示した。
【０４１３】
実施例６
スプライス変異体ＨＲＳ−ＳＶ９は、ＰＢＭＣにおけるＴＮＦ−αの分泌を刺激する。
【０４１４】
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をヒト血液から単離した。１０％のＦＢＳを含むＲＰＭＩ培地にこの細胞を再懸濁して、１×１０６細胞／ｍＬにした。１００万個の細胞を２４時間、６．２５ｎｍ、１２．５ｎｍ、２５ｎｍ、５０ｎｍ、１００ｎｍ、および２５０ｎｍのＨＲＳ−ＳＶ９で処理した。また、ＰＢＭＣは、１ＥＵ／ｍＬのリポ多糖（ＬＰＳ）、ＰＢＳ、または１００ｎｍのネガティブコントロールタンパク質１もしくは２によっても処理した。２４時間後、２０００×ｇで１０分間遠心分離することによって細胞上清を回収し、ＴＮＦ−α  ＥＬＩＳＡアッセイ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＤＡＴ００Ｃ）で評価した。
【０４１５】
図７に示されているように、ＨＲＳ−ＳＶ９はＰＢＭＣを刺激して、容量依存的にＴＮＦ−αを分泌させた。これに対し、ＰＢＳまたはネガティブコントロールタンパク質で処理した細胞は、最小限のＴＮＦ−αしか分泌しなかったか、ＴＮＦ−αを分泌しなかった（ＰＢＳ、Ｎｅｇ  Ｃｔｒｌ．１、およびＮｅｇ．Ｃｔｒｌ．２）。既知のＴＮＦ−α分泌誘発因子であるＬＰＳでは、１ＥＵ／ｍｌにおいて陽性シグナルが認められた。最小限の量のＬＰＳしかＨＲＳ−ＳＶ９タンパク質に存在していなかったが（２５０ｎＭにおいて約０．１１ＥＵ／ｍＬ）、ＨＲＳ−ＳＶ９で観察されたＴＮＦ−αシグナルは、ＬＰＳに起因すると思われるシグナルよりも強い。すなわち、この実施例の結果によって、ＨＲＳ−ＳＶ９が、ＴＮＦ−α分泌調節因子としての役割を果たすことが示されている。
【０４１６】
実施例７
内因性ヒトグルタミニルｔＲＮＡシンテターゼ（ＱＲＳ）断片の生成と同定
【０４１７】
完全長組み換えヒトＱＲＳ（配列番号２５）を発現させ、ニッケルＩＭＡＣクロマトグラフィーを用いて大腸菌から精製した。精製プロセスを通じて内因性タンパク質分解断片を生成してから、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳを用いて特徴付けを行った。いずれか１つの理論によって束縛されたくないが、これらの断片は、自然のタンパク質分解プロセスを通じてヒト細胞で作られる断片を示していると考えられる。
【０４１８】
ヒトＱＲＳでタンパク質分解が生じる残基を同定するために、４〜１２％のＭＯＰＳで泳動するＳＤＳ−ＰＡＧＥによって、ＱＲＳを分離し、その断片を含むゲルスライスを切除し、インゲルトリプシン消化後、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ解析を行った。このプロセスによって、この完全長タンパク質の部分のうち、ＱＲＳ断片が生成された部分と、内因性のタンパク質分解切断に起因し得る非トリプシン切断部位の両方を同定することができた。同定されたタンパク質断片のいずれも、ＱＲＳのＮ末端部分を表していた。下記の表１および図８（Ａ〜Ｃ）を参照されたい。
【表１】
2013513390.tif 000021
【０４１９】
上記の表１に示されている、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳによって同定した断片とぴったり適合するＱＲＳ断片を過剰発現および精製のために、大腸菌タンパク質発現ベクターにクローニングした。ニッケルＩＭＡＣクロマトグラフィーを用いてタンパク質を精製し、Ｓａｒｔｏｂｉｎｄ  Ｑという膜（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ）を用いて、夾雑物を除去した。図９を参照されたい。
【０４２０】
実施例８
ＱＲＳのＮ末端タンパク質分解断片は、ＰＢＭＣからＬＰＳ誘発性ＴＮＦ−αが分泌されるのを阻害する。
【０４２１】
ＱＲＳポリペプチドのＴＮＦ−αの分泌に対する作用を測定するために、健常なドナーから得たヒト血液から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を単離し、ＱＲＳポリペプチドで処理した。１０％のＦＢＳを含むＲＰＭＩ培地にこの細胞を再懸濁して、１×１０６細胞／ｍＬにした。１００万個の細胞を３０分間、６３ｎＭ、１２５ｎＭ、２５０ｎＭ、および５００ｎＭ（Ｑ３については４６３ｎＭの用量応答性の各Ｑ断片で前処理した。３０分後、リポ多糖（ＬＰＳ、０．５ＥＵ／ｍＬ）を前処理済みおよび未処理細胞に加えた。２４時間後、２０００×ｇで１０分間遠心分離することによって細胞上清を回収し、ＴＮＦ−α  ＥＬＩＳＡ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＤＡＴ００Ｃ）で、キットの説明に従って評価した。
【０４２２】
図１０に示されているように、４つのすべてのＱＲＳ断片による前処理によって、０．５ＥＵ／ｍｌのＬＰＳによる刺激後、ＰＢＭＣから放出されるＴＮＦ−αの量が抑制された。
【０４２３】
実施例９
ＱＲＳのＮ末端タンパク質分解断片は、４時間後および２４時間後の時点に、ＰＢＭＣからＬＰＳ誘発性ＴＮＦ−αが分泌されるのを阻害する。
【０４２４】
より長期におけるＱＲＳポリペプチドのＴＮＦ−αの分泌に対する作用を測定するために、健常なドナーから得たヒト血液から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を単離し、ＱＲＳポリペプチドで処理した。１０％のＦＢＳを含むＲＰＭＩ培地にこの細胞を再懸濁して、１×１０６細胞／ｍＬにした。１００万個の細胞を３０分間、５００ｎＭのＱ４で前処理した。３０分後、リポ多糖（ＬＰＳ、０．５ＥＵ／ｍＬ）を、Ｑ４で前処理した細胞と未処理の細胞に加えた。４時間後および２４時間後に、２０００×ｇで１０分間遠心分離することによって細胞上清を回収し、ＴＮＦ−α  ＥＬＩＳＡ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＤＡＴ００Ｃ）で、キットの説明に従って評価した。
【０４２５】
図１１に示されているように、Ｑ４断片による前処理によって、０．５ＥＵ／ｍｌのＬＰＳによる刺激後、４〜２４時間後であっても、ＰＢＭＣから放出されるＴＮＦ−αの量が抑制された。
【０４２６】
実施例１０
ＱＲＳのＮ末端タンパク質分解断片は、ＰＢＭＣからＬＰＳ誘発性ＩＬ−１２（ｐ４０）が分泌されるのを阻害する。
【０４２７】
ＱＲＳポリペプチドのＩＬ−１２の分泌に対する作用を測定するために、健常なドナーから得たヒト血液から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を単離し、ＱＲＳポリペプチドで処理した。１０％のＦＢＳを含むＲＰＭＩ培地にこの細胞を再懸濁して、１×１０６細胞／ｍＬにした。１００万個の細胞を３０分間、５００ｎＭのＱ４で前処理した。３０分後、リポ多糖（ＬＰＳ、０．５ＥＵ／ｍＬ）を、Ｑ４で前処理した細胞と未処理の細胞に加えた。インキュベーションから２４時間後、細胞上清を回収し、液体窒素中で急速凍結した。ＩＬ−１２（ｐ４０）のレベルを検出する多重サイトカイン解析のために、サンプルを凍結状態でＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ミネソタ州セントポール）に送付した。
【０４２８】
図１２に示されているように、ＱＲＳのＱ４断片による前処理によって、ＬＰＳによる刺激後、ＰＢＭＣから放出されるＩＬ−１２（ｐ４０）の量が抑制された。
【０４２９】
実施例１１
ヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ、およびｐ４３ポリペプチドは、ＴＨＰ−１の移動を低減する。
【０４３０】
１０％の熱不活化ＦＢＳ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＮｏ．１００８２１４７）および０．０５ｍＭの２−メルカプトエタノールを添加したＲＰＭＩ−１６４０培地（ＡＴＣＣカタログＮｏ．３０−２００１）中で、ＴＨＰ−１細胞（ＡＴＣＣカタログＮｏ．ＴＩＢ−２０２）を培養した。細胞密度は、≦１×１０６細胞／ｍｌに維持した。移動は、２４ウェルプレート中のＣｏｒｎｉｎｇ  Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ  Ｐｅｒｍｅａｂｌｅ  Ｓｕｐｐｏｒｔｓ（直径６．５ｍｍ、ポアサイズ８．０μｍ、Ｆｉｓｈｅｒ  ＳｃｉｅｎｔｉｃｉｃカタログＮｏ．０７−２００−１５０）で行った。
【０４３１】
移動アッセイの前に、３００ｇで１０分間、遠心分離することによって細胞を回収し、ＰＢＳで洗浄し、所望の濃度のヒスチジルｔＲＮＡシンテターゼ（ＨｉｓＲＳ）、アスパルチルｔＲＮＡシンテターゼ（ＡｓｐＲＳ）、ｐ４３ポリペプチド、またはコントロールとしてのＰＢＳを添加した移動培地（ＲＰＭＩ−１６４０培地、０．１％ＢＳＡ）に、６×１０６細胞／ｍｌの密度で再懸濁した。この細胞を６μｇ／ｍｌのカルセインＡＭ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＮｏ．Ｃ３０９９）で蛍光標識し、３７℃の５％ＣＯ２組織培養用インキュベーター内に４５分間置いた。続いて、１００μｌの細胞（６×１０５個の細胞を含む）を移動ユニットの上室に加え、化学誘引物質ＣＣＬ−５もしくはＣＣＬ−２３（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログＮｏ．２７８−ＲＮ−０１０（ＣＣＬ−５）および１３１−Ｍ１−０２５（ＣＣＬ−２３））または緩衝液のみ（ネガティブコントロールとして）を含む６００μｌの移動培地をそれぞれの下室に加え、３７℃の５％ＣＯ２インキュベーター内で細胞を２時間移動させた。
【０４３２】
下室に移動した細胞を回収し、１００μｌのＰＢＳに再懸濁し、３８４ウェルの透明なＧｒｅｉｎｅｒ製プレートに入れ、蛍光（４８５／５３８／５３０）をプレートリーダーで定量した。結果は図１３Ａ〜図１３Ｃに示されている。図１３Ａは、ＨｉｓＲｓがＴＨＰ−１のＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｂは、ＡｓｐＲＳがＴＨＰ−１のＣＣＬ−２３への移動を阻害する作用を示しており、図１３Ｃは、ｐ４３ポリペプチドがＴＨＰ−１のＣＣＬ−５への移動を阻害する作用を示している。
【０４３３】
実施例１２
マクロファージ中の内因性ＱＲＳ断片のＬＣ／ＭＳ／ＭＳによる同定
【０４３４】
非標準的な活性を有する内因性タンパク質分解ＱＲＳ断片を同定するために、マクロファージ（ＲＡＷ２６４．７）細胞株を無血清ＤＭＥＭ培地で、１５×１０６細胞／フラスコの濃度にて処理した。４８時間後、培地と細胞ペレットを回収して処理した。分泌された細胞質ゾルのプロテオーム画分由来の２００μｇのタンパク質をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離し、質量分析法による解析のためにゲルスライスを調製した。
【０４３５】
Ｕｌｔｉｍａｔｅ３０００  μＬＣシステム（Ｄｉｏｎｅｘ）を備えたイオントラップ質量分析計ＬＴＱ  ＸＬ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）によって、インゲル消化物を解析した。まず、サンプルをＰｅｐＴｒａｐ（ｍｉｃｈｒｏｍ）に１０分間、０．１％ギ酸中の５％アセトニトリルとともに、Ｄｉｏｎｅｘのオートサンプラーを用いて充填した。続いて、１０ｃｍのＣ１８樹脂を含む１００μｍ（内径）の溶融シリカキャピラリーカラム（ｍｉｃｈｒｏｍ）を用いて、このサンプルの解析を行った。０．４５μｌ／分の流速で、０．１％ギ酸中の５〜３３．５％アセトニトリルの線状勾配を用いて、１１０分以内に、このカラムから質量分析計にペプチドを溶出させた。
【０４３６】
１フルＭＳスキャン後に、イオンが多い上位７つの７回のＭＳ／ＭＳスキャンを行うように、データ依存スキャンモードでＬＴＱにかけた。動的排除は、リピートカウントを１、リピート期間を２０秒、排除リストサイズを３００、排除期間を６０秒にすることによって可能にした。
【０４３７】
ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ解析後、マウスＩＰＩデータベースの標的／デコイ連結型変異体を用いて、生データをＢｉｏＷｏｒｋｓ３．３．１（ＳＥＱＵＥＳＴ）で検索した。ＳＥＱＵＥＳＴデータをフィルタリングし、ＤＴＡＳｅｌｅｃｔでソートした。フィルタリングしたプロテオームデータを整理して、Ｓｃｒｉｐｐｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＢｅｎｊａｍｉｎ  Ｃｒａｖａｔｔ教授の研究室で設計されたＰＲＯＴＯＭＡＰスクリプトを用いて、ペプトグラフにした（Ｄｉｘ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ．１３４：６７９−６９１、２００８（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。
【０４３８】
図１４は、ＱＲＳポリペプチド配列の説明とともに、細胞質ゾル画分（青）および馴化培地画分（赤）のタンパク質のトポグラフィーおよび移動解析プラットフォーム（ＰＲＯＴＯＭＡＰ）を示しており、（紫）は、細胞質ゾル画分と馴化培地画分の両方でペプチドが見られたことを示している。図１５Ａ〜１５Ｄは、図１４のＰＲＯＴＯＭＡＰに対応するペプチド断片を示している。これらの図では、（青、イタリック体）は、細胞質ゾルで検出されたペプチドに相当し、（赤、下線付き）は、馴化培地で検出されたペプチドに相当し、（紫、下線付きイタリック体）は、両方のサンプルで検出されたペプチドに相当する。図１５Ａは、バンド６（完全長ＱＲＳ）のペプチド断片を示しており、図１５Ｂは、バンド９（Ｃ末端ＲＱＳ断片）のペプチド断片を示しており、図１５Ｃ〜Ｄは、バンド１９および２０（Ｎ末端ＱＲＳ断片）のペプチドを示している。
【０４３９】
述べたように、上記の開示内容は、説明的、実例的、および代表的なものであり、以下に続く添付の特許請求の範囲によって定められる範囲を限定するものとして解釈すべきではない。
【図５Ｃ】
2013513390.tif 000022
【図５Ｄ】
2013513390.tif 000023
【図１Ａ】
2013513390.tif 000024
【図１Ｂ】
2013513390.tif 000025
【図２Ａ】
2013513390.tif 000026
【図２Ｂ】
2013513390.tif 000027
【図３】
2013513390.tif 000028
【図４】
2013513390.tif 000029
【図５Ａ】
2013513390.tif 000030
【図５Ｂ】
2013513390.tif 000031
【図６】
2013513390.tif 000032
【図７】
2013513390.tif 000033
【図８】
2013513390.tif 000034
【図９】
2013513390.tif 000035
【図１０】
2013513390.tif 000036
【図１１】
2013513390.tif 000037
【図１２】
2013513390.tif 000038
【図１３Ａ】
2013513390.tif 000039
【図１３Ｂ】
2013513390.tif 000040
【図１３Ｃ】
2013513390.tif 000041
【図１４】
2013513390.tif 000042
【図１５Ａ】
2013513390.tif 000043
【図１５Ｂ】
2013513390.tif 000044
【図１５Ｃ】
2013513390.tif 000045
【図１５Ｄ】
2013513390.tif 000046
【図１６Ａ】
2013513390.tif 000047
【図１６Ｂ】
2013513390.tif 000048
【図１６Ｃ】
2013513390.tif 000049
【配列表】
2013513390000001.app
【国際調査報告】
2013513390.tif 000050
2013513390.tif 000051
2013513390.tif 000052
2013513390.tif 000053
2013513390.tif 000054
2013513390.tif 000055
2013513390.tif 000056
2013513390.tif 000057
2013513390.tif 000058
2013513390.tif 000059