(57)【要約】  標的化チロシンキナーゼインヒビターでの治療に対する癌の感受性を予測するための方法およびキットを開示する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者から得たサンプルにおいて、ニューロン特異的エノラーゼ、癌抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＣＹＦＲＡ２１−１および癌胎児性抗原（ＣＥＡ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程を含む、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するための方法であって、ＮＳＥに関する所定レベル未満のＮＳＥのレベル、ＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、ＣＡ１２５に関する所定レベル未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＥＡに関する所定レベルを超えるＣＥＡのレベルのいずれか１つ又はそれらのいずれかの組合せが、各マーカーに関する所定レベルを超えるＮＳＥ、ＣＡ１２５またはＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを有する被験者と比較した場合または各マーカーに関する所定レベル未満のＣＥＡのレベルを有する被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性の増加を示す、方法。
【請求項２】
該癌が非小細胞肺癌である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
該サンプルが血液サンプルである、請求項１記載の方法。
【請求項４】
該サンプルが血清または血漿サンプルである、請求項１記載の方法。
【請求項５】
該方法が、該被験者からサンプルを得ることを更に含む、請求項１記載の方法。
【請求項６】
各マーカーのレベルを免疫組織化学的方法またはイムノアッセイにより決定する、請求項１記載の方法。
【請求項７】
ＮＳＥ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＡ１２５およびＣＥＡからなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項８】
ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡのレベルを決定することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項９】
該方法が、それらの２以上のマーカーのレベルから該被験者に関するマーカー特性を得ることを更に含み、所定パターンを有するマーカー特性が、該所定パターンを欠くマーカー特性と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性の増加を示す、請求項７または８記載の方法。
【請求項１０】
該方法が、分類樹分析を適用することにより、該サンプルにおける２以上のマーカーのレベルを対照サンプルにおける同じマーカーのレベルと比較することを更に含む、請求項７または８記載の方法。
【請求項１１】
該分類樹分析をコンピュータ処理により行う、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
被験者から得たサンプルにおいて、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡを含むマーカーパネルにおけるマーカーのレベルを決定し、該サンプルにおける各マーカーのレベルを各マーカーに関する所定レベルと比較する工程を含む、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者における癌の感受性を予測するための方法であって、各マーカーに関する所定レベルと比較した場合の、該サンプルにおける各マーカーのレベルが、該被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該癌の感受性を示す、方法。
【請求項１３】
該サンプルにおける各マーカーのレベルを各マーカーに関する所定レベルと比較することが、該マーカーレベルを参照サンプルにおける該マーカーのそれぞれのレベルと比較することを含み、該参照サンプルが、各マーカーに関する所定レベルに対応するレベルの該マーカーのそれぞれを含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
該癌が非小細胞肺癌である、請求項１２記載の方法。
【請求項１５】
該被験者のサンプルにおけるＮＳＥレベルがＮＳＥに関する所定レベル未満である、請求項１２記載の方法。
【請求項１６】
該被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１レベルがＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満である、請求項１２記載の方法。
【請求項１７】
該被験者のサンプルにおけるＣＥＡレベルがＣＥＡに関する所定レベルを超えている、請求項１２記載の方法。
【請求項１８】
該被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５レベルがＣＡ１２５に関する所定レベル未満である、請求項１２記載の方法。
【請求項１９】
該被験者からのサンプルが血液サンプルである、請求項１２記載の方法。
【請求項２０】
該被験者からのサンプルが血清または血漿サンプルである、請求項１２記載の方法。
【請求項２１】
該方法が、該被験者からサンプルを得ることを更に含む、請求項１２記載の方法。
【請求項２２】
該被験者のサンプルにおける各マーカーのレベルを免疫組織化学的方法またはイムノアッセイにより決定する、請求項１２記載の方法。
【請求項２３】
該方法が、該マーカーのレベルから該被験者に関するマーカー特性を得ることを更に含み、所定パターンを有するマーカー特性が、該所定パターンを欠くマーカー特性を有する被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性の増加を示す、請求項１２記載の方法。
【請求項２４】
該方法が、分類樹分析を適用することにより、該被験者のサンプルにおけるマーカーのレベルを該参照サンプルにおけるマーカーのレベルと比較することを更に含む、請求項１２記載の方法。
【請求項２５】
該分類樹分析をコンピュータ処理により行う、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
癌の治療のためのＡＢＴ−８６９の投与の予測効力に関して、それぞれが癌を有する又は癌を有する疑いのある１以上の被験者を分類するための方法であって、該方法が、各被験者からのサンプルにおいて、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡからなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定することを含み、参照サンプルにおけるＮＳＥのレベルと比較して減少したＮＳＥのレベル、参照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルと比較して減少したＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、参照サンプルにおけるＣＥＡのレベルと比較して増加したＣＥＡのレベル、参照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルと比較して減少したＣＡ１２５のレベルのいずれか１つ、またはそれらのいずれかの組合せが、該被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該癌の感受性を示す、方法。
【請求項２７】
該方法が、ＮＳＥ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＡ１２５およびＣＥＡの少なくとも１つのレベルに基づいてＡＢＴ−８６９での治療に対して感受性であるものとして各被験者を分類することを更に含む、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
該被験者が非小細胞肺癌を有する、または非小細胞肺癌を有する疑いがある、請求項２６記載の方法。
【請求項２９】
該被験者のサンプルにおけるＮＳＥレベルが該参照サンプルにおけるＮＳＥのレベルと比較して減少している、請求項２６記載の方法。
【請求項３０】
該被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１レベルが該参照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルと比較して減少している、請求項２６記載の方法。
【請求項３１】
該被験者のサンプルにおけるＣＥＡレベルが該参照サンプルにおけるＣＥＡのレベルと比較して増加している、請求項２６記載の方法。
【請求項３２】
該被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５レベルが該参照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルと比較して減少している、請求項２６記載の方法。
【請求項３３】
該サンプルが血液サンプルである、請求項２６記載の方法。
【請求項３４】
該サンプルが血清または血漿サンプルである、請求項２６記載の方法。
【請求項３５】
該方法が、各被験者からサンプルを得ることを更に含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３６】
各マーカーのレベルを免疫組織化学的方法またはイムノアッセイにより決定する、請求項２６記載の方法。
【請求項３７】
該方法が、前記の１以上のマーカーのレベルから各被験者に関するマーカー特性を得ることを更に含み、所定パターンを有するマーカー特性が、該所定パターンを欠くマーカー特性を有する被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性の増加を示す、請求項２６記載の方法。
【請求項３８】
該方法が、分類樹分析を適用することにより、各被験者のサンプルにおけるマーカーのレベルを該参照サンプルにおける同じマーカーのレベルと比較することを更に含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３９】
ａ）１以上の結合試薬（各結合試薬は、ＮＳＥ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＡ１２５およびＣＥＡからなる群から選択される少なくとも１つのマーカーに対する、独立した結合特異性を有し、各結合試薬は、独立して、少なくとも１つの基体上の別々の位置に結合する）を含むアレイ、および
ｂ）該アレイ内に所定レベルの該マーカーを含有する対照サンプル（ここで、各マーカーに関する所定レベルは、そのマーカーに関するレベルがＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す際の比較対象となるレベルである）を含む、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するためのキット。
【請求項４０】
該癌が非小細胞肺癌である、請求項３９記載のキット。
【請求項４１】
被験者のサンプルにおけるＮＳＥのレベルが、該対照サンプルにおけるＮＳＥのレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項３９記載のキット。
【請求項４２】
被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルが、該対照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項３９記載のキット。
【請求項４３】
被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５のレベルが、該対照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項３９記載のキット。
【請求項４４】
被験者のサンプルにおけるＣＥＡのレベルが、該対照サンプルにおけるＣＥＡのレベルを超えていれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項３９記載のキット。
【請求項４５】
前記の１以上の基体がそれぞれ、検出可能標識に結合した固体支持体を含む、請求項３９記載のキット。
【請求項４６】
該検出可能標識が蛍光化合物を含む、請求項４５記載のキット。
【請求項４７】
該被験者からのサンプルにおける各マーカーのレベルを決定するための説明を更に含む、請求項３９記載のキット。
【請求項４８】
該被験者からのサンプルが血液サンプルである、請求項４７記載のキット。
【請求項４９】
該被験者からのサンプルが血漿サンプルである、請求項４７記載のキット。
【請求項５０】
該被験者からのサンプルが血清サンプルである、請求項４７記載のキット。
【請求項５１】
ａ）ＮＳＥ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＡ１２５、ＣＥＡおよびそれらのトランケート化形態からなる群から選択される１以上を含むマーカーのマイクロアレイ、ならびに
ｂ）所定レベルの該マーカーを含有する対照サンプル（ここで、各マーカーに関する所定レベルは、そのマーカーに関するレベルがＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す際の比較対象となるレベルである）を含む、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するためのキット。
【請求項５２】
該癌が非小細胞肺癌である、請求項５１記載のキット。
【請求項５３】
被験者のサンプルにおけるＮＳＥのレベルが、該対照サンプルにおけるＮＳＥのレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項５１記載のキット。
【請求項５４】
被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルが、該対照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項５１記載のキット。
【請求項５５】
被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５のレベルが、該対照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項５１記載のキット。
【請求項５６】
被験者のサンプルにおけるＣＥＡのレベルが、該対照サンプルにおけるＣＥＡのレベルを超えていれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す、請求項５１記載のキット。
【請求項５７】
該被験者からのサンプルにおける各マーカーのレベルを決定するための説明を更に含む、請求項５１記載のキット。
【請求項５８】
該被験者からのサンプルが血液サンプルである、請求項５１記載のキット。
【請求項５９】
該被験者からのサンプルが血漿サンプルである、請求項５１記載のキット。
【請求項６０】
該被験者からのサンプルが血清サンプルである、請求項５１記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、全般的には、腫瘍状態を有する又はその疑いのある被験者の評価および／または治療に関するものであり、特に、ある薬物療法に対して感受性である患者を特定するための、およびそのような療法に対する患者の応答のモニターを可能にする、生物マーカーの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
癌の遺伝的異質性は、有効な抗癌薬の開発を困難にしている要因である。古典的な組織病理学的分類によれば単一疾患であるとみなされている癌は、分子プロファイリングに付されると複数のゲノムサブタイプを示すことが多い。場合によっては、異なるゲノムサブタイプが或る薬物の効力に対する機能的関連性を有するらしい。例えば、ある標的化抗癌薬の効力は遺伝子増幅のようなゲノムの特徴の存在に相関されている（例えば、Ｔ．Ｊ．Ｌｙｎｃｈら，“Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ  ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ  ｏｆ  ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ−ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｏ  ｇｅｆｉｔｉｎｉｂ”，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３５０：２１２９−２１３９，２００４を参照されたい）。
【０００３】
臨床研究は、肺癌患者を細分するために使用されうる或る血漿および血清マーカーをも特定している。Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙは診療所における腫瘍マーカーの使用に関する実施指針および推奨を公開している（Ｔｈｅ  ＮＡＣＢ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  Ｍａｒｋｅｒｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｃｌｉｎｉｃ．Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｅｃｔｉｏｎ  ３Ｐ）。腫瘍マーカー放出のパターンは腫瘍の組織学的バックグラウンドに相関されており、混合組織学的成分を表しうる。表１はマーカーＣＹＦＲＡ  ２１−１、ＣＥＡ、ＮＳＥおよびＰｒｏＧＲＰと腫瘍組織学との相関性を要約している。
【０００４】
【表１】
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【０００５】
或るマーカーと肺癌の或るサブクラスとの相関性は、異なる組織学的サブタイプを区別するのに有用かもしれないが、そのようなマーカーの機能的重要性は一般に十分には理解されていない。
【０００６】
ＡＢＴ−８６９（リニファニブ（Ｌｉｎｉｆａｎｉｂ））［Ｎ−（４−（３−アミノ−１Ｈ−インダゾール−４−イル）フェニル）−Ｎ’−（２−フルオロ−５−メチルフェニル）尿素］は、ＶＥＧＦおよびＰＤＧＦ受容体ファミリーの全メンバーを抑制し（例えば、４ｎＭのＫＤＲ  ＩＣ５０値）、無関係な受容体チロシンキナーゼ、可溶性チロシンキナーゼおよびセリン／トレオニンキナーゼに対して、より低い活性を有する（ＩＣ５０値＞１μＭ）ことが示されている多標的化受容体チロシンキナーゼインヒビターである。また、それは、突然変異体の構成的に活性なＦＬＴ３およびＫＩＴキナーゼに依存する腫瘍細胞に対して強力な抗増殖およびアポトーシス作用を示す。その強力な抗腫瘍活性にもかかわらず、多数の悪性細胞型はＡＢＴ−８６９に対して治療抵抗性である。抵抗性の原因は不明である。
【０００７】
ＡＢＴ−８６９は種々の癌に対する潜在的な治療用途を有するため、ＡＢＴ療法に対して最も感受性である患者を特定する付随的診断アッセイが必要とされている。また、ＡＢＴ−８６９での治療の効力をモニターするために用いられうる診断方法が必要とされている。血液または血漿画分のような容易に入手可能な組織サンプルにおいて測定されうるマーカーを使用する付随的アッセイが更に必要とされている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Ｔ．Ｊ．Ｌｙｎｃｈら，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３５０：２１２９−２１３９，２００４
【非特許文献２】Ｔｈｅ  ＮＡＣＢ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  Ｍａｒｋｅｒｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｃｌｉｎｉｃ．Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｅｃｔｉｏｎ  ３Ｐ
【発明の概要】
【０００９】
発明の概要
マーカーであるニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、サイトケラチン１９の血清可溶性断片（ＣＹＦＲＡ２１−１）、癌抗原１２５（ＣＡ１２５）および癌胎児性抗原（ＣＥＡ）のレベルは薬物ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の癌の感受性を示すことが判明している。本明細書に記載されている方法およびキットは、１つには、ＮＳＥに関する所定レベル未満のＮＳＥのレベル、ＣＡ１２５に関する所定レベル未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＥＡに関する所定レベルを超えるＣＥＡのレベル、およびＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルのいずれか１以上またはそれらの組合せが、該マーカーのいずれかに関する比較しうるレベルを有さない被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の癌の感受性の増加を示すという知見に基づいている。
【００１０】
したがって、１つの態様においては、本開示は、被験者から得たサンプルにおいて、ニューロン特異的エノラーゼ、サイトケラチン１９の血清可溶性断片（ＣＹＦＲＡ２１−１）、癌抗原１２５（ＣＡ１２５）および癌胎児性抗原（ＣＥＡ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程を含む、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するための方法を提供し、ここで、ＮＳＥに関する所定レベル未満のＮＳＥのレベル、ＣＡ１２５に関する所定レベル未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＥＡに関する所定レベルを超えるＣＥＡのレベル、およびＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルのいずれか１つ又はそれらのいずれかの組合せは、各マーカーに関する所定レベルを超えるＮＳＥ、ＣＹＦＲＡ２１−１またはＣＡ１２５のレベルを有する被験者と比較した場合または各マーカーに関する所定レベル未満のＣＥＡのレベルを有する被験者と比較した場合の、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の癌の感受性の増加を示す。該癌は非小細胞肺癌でありうる。該方法は、例えば、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡからなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含みうる。該方法は、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡのレベルを決定することを含みうる。該方法は更に、例えば、それらの２以上のマーカーのレベルから該被験者に関するマーカー特性（ｍａｒｋｅｒ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を得ることを含みうる。この場合、所定パターンを有するマーカー特性は、該所定パターンを欠くマーカー特性と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性の増加を示す。該方法は更に、分類樹（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｔｒｅｅ）分析を適用することにより、サンプルにおける２以上のマーカーのレベルを対照サンプルにおける同じマーカーのレベルと比較することを含みうる。分類樹分析はコンピュータ処理により行われうる。
【００１１】
もう１つの態様においては、本開示は、被験者から得たサンプルにおいて、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡを含むマーカーパネルにおけるマーカーのレベルを決定し、該サンプルにおける各マーカーのレベルを各マーカーに関する所定レベルと比較する工程を含む、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者における癌の感受性を予測するための方法を提供し、ここで、各マーカーに関する所定レベルと比較した場合の、該サンプルにおける各マーカーのレベルは、該被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該癌の感受性を示す。該方法においては、該サンプルにおける各マーカーのレベルを各マーカーに関する所定レベルと比較することは、該マーカーレベルを参照サンプルにおける該マーカーのそれぞれのレベルと比較することを含み、ここで、該参照サンプルは、各マーカーに関する所定レベルに対応するレベルの該マーカーのそれぞれを含む。該癌は非小細胞肺癌でありうる。該方法においては、被験者のサンプルにおけるＮＳＥレベルは、例えば、ＮＳＥに関する所定レベル未満であることが可能であり、被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５レベルはＣＡ１２５に関する所定レベル未満であることが可能であり、被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１レベルはＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満であることが可能であり、あるいは被験者のサンプルにおけるＣＥＡレベルはＣＥＡに関する所定レベルを超えており、あるいは４つ全ての条件のいずれかの組合せが存在しうる。該方法は更に、例えば、それらの１以上のマーカーのレベルから該被験者に関するマーカー特性（ｍａｒｋｅｒ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を得ることを含みうる。この場合、所定パターンを有するマーカー特性は、該所定パターンを欠くマーカー特性を有する被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性の増加を示す。該方法は更に、分類樹（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｔｒｅｅ）分析を適用することにより、被験者のサンプルにおけるマーカーのレベルを参照サンプルにおけるマーカーのレベルと比較することを含みうる。分類樹分析は、例えばコンピュータ処理により行われうる。
【００１２】
もう１つの態様においては、本開示は、癌の治療のためのＡＢＴ−８６９の投与の予測効力に関して、それぞれが癌を有する又は癌を有する疑いのある１以上の被験者を分類するための方法を提供し、該方法は、各被験者からのサンプルにおいて、ＮＳＥ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＡ１２５およびＣＥＡからなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定することを含み、ここで、参照サンプルにおけるＮＳＥのレベルと比較して減少したＮＳＥのレベル、参照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルと比較して減少したＣＡ１２５のレベル、参照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルと比較して減少したＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、参照サンプルにおけるＣＥＡのレベルと比較して増加したＣＥＡのレベルのいずれか１つ、またはそれらのいずれかの組合せは、該被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該癌の感受性を示す。該方法は更に、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡの少なくとも１つのレベルに基づいてＡＢＴ−８６９での治療に対して感受性であるものとして各被験者を分類することを含みうる。該方法においては、該被験者または被験者らは非小細胞肺癌を有しうる、または非小細胞肺癌を有する疑いがありうる。該方法においては、例えば、被験者のサンプルにおけるＮＳＥレベルは該参照サンプルにおけるＮＳＥのレベルと比較して低いことが可能である。被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５レベルは該参照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルと比較して低いことが可能である。被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１レベルは該参照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルと比較して低いことが可能である。被験者のサンプルにおけるＣＥＡレベルは該参照サンプルにおけるＣＥＡのレベルと比較して高いことが可能である。該方法は更に、それらの１以上のマーカーのレベルから各被験者に関するマーカー特性（ｍａｒｋｅｒ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を得ることを含みうる。この場合、所定パターンを有するマーカー特性は、該所定パターンを欠くマーカー特性を有する被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性の増加を示す。該方法は更に、コンピュータ処理により行われうる分類樹（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｔｒｅｅ）分析を適用することにより、各被験者のサンプルにおけるマーカーのレベルを参照サンプルにおける同じマーカーのレベルと比較することを含みうる。前記方法のいずれにおいても、該サンプルは、血清または血漿サンプルを含む血液サンプルでありうる。前記方法はいずれも、被験者からサンプルを得る工程を更に含みうる。前記方法のいずれにおいても、各マーカーのレベルは、例えば免疫組織化学的方法またはイムノアッセイにより決定されうる。
【００１３】
もう１つの態様においては、本開示は、ａ）１以上の結合試薬（各結合試薬は、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡからなる群から選択される少なくとも１つのマーカーに対する、独立した結合特異性を有し、各結合試薬は、独立して、少なくとも１つの基体上の別々の位置に結合する）を含むアレイ、およびｂ）該アレイ内に所定レベルの該マーカーを含有する対照サンプル（ここで、各マーカーに関する所定レベルは、そのマーカーに関するレベルがＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す際の比較対象となるレベルである）を含む、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するためのキットを提供する。該キットの構成によりＡＢＴ−８６９の投与の感受性を予測する対象となる癌は非小細胞肺癌でありうる。該キットにおいては、該対照サンプルにおけるＮＳＥのレベルは、例えば、被験者のサンプルにおけるＮＳＥのレベルが、該対照サンプルＮＳＥレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該対照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルは、被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５のレベルが、該対照サンプルＣＡ１２５レベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該対照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルは、被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルが、該対照サンプルＣＹＦＲＡ２１−１レベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該対照サンプルにおけるＣＥＡのレベルは、被験者のサンプルにおけるＣＥＡのレベルが、該対照サンプルＣＥＡレベルを超えれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該キットにおいては、前記の１以上の基体はそれぞれ、検出可能な標識に結合した固体支持体を含みうる。該検出可能標識は、例えば蛍光化合物を含みうる。該キットは更に、被験者からのサンプルにおける各マーカーのレベルを決定するための説明を含みうる。被験者のサンプルは、血漿サンプルまたは血清サンプルを含む血液サンプルでありうる。
【００１４】
もう１つの態様においては、本開示は、ａ）ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＥＡおよびそれらのトランケート化形態からなる群から選択される１以上を含むマーカーのマイクロアレイ、ならびにｂ）所定レベルの該マーカーを含有する対照サンプル（ここで、各マーカーに関する所定レベルは、そのマーカーに関するレベルがＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す際の比較対象となるレベルである）を含む、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するためのキットを提供する。該キットの構成によりＡＢＴ−８６９の投与の感受性を予測する対象となる癌は非小細胞肺癌でありうる。該キットにおいては、該対照サンプルにおけるＮＳＥのレベルは、例えば、被験者のサンプルにおけるＮＳＥのレベルが、該対照サンプルＮＳＥレベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該対照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルは、被験者のサンプルにおけるＣＡ１２５のレベルが、該対照サンプルＣＡ１２５レベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該対照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルは、被験者のサンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルが、該対照サンプルＣＹＦＲＡ２１−１レベル未満であれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該対照サンプルにおけるＣＥＡのレベルは、被験者のサンプルにおけるＣＥＡのレベルが、該対照サンプルＣＥＡレベルを超えれば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示すようなレベルでありうる。該キットにおいては、前記の１以上の基体はそれぞれ、検出可能な標識に結合した固体支持体を含みうる。該検出可能標識は、例えば蛍光化合物を含みうる。該キットは更に、被験者からのサンプルにおける各マーカーのレベルを決定するための説明を含みうる。被験者のサンプルは、血漿サンプルまたは血清サンプルを含む血液サンプルでありうる。
【００１５】
詳細な説明
Ａ．定義
この節および本明細書における全開示において用いられている表題は限定的なものではない。
【００１６】
ａ）本明細書中で用いる単数形は、文脈と明らかに矛盾しない限り、複数指示物を含む。本明細書における数的範囲の列挙に関しては、同程度の精度を伴ってそれらの間に介在する各数値が明らかに含まれる。例えば、範囲６〜９の場合、６および９に加えて数字７および８が含まれ、範囲６．０〜７．０の場合、数字６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９および７．０が明らかに含まれる。
【００１７】
ｂ）ニューロン特異的エノラーゼ（「ＮＳＥ」）
本明細書中で互換的に用いる「ニューロン特異的エノラーゼ」および「ＮＳＥ」なる語は、エノラーゼ２（正式記号ＥＮＯ２）としても公知であるヒト遺伝子によりコードされるタンパク質およびその保存的変異体を意味する。本明細書中で用いる「正式記号」なる語は、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎにより保有されているＥｎｔｒｅｚＧｅｎｅデータベースにおいて用いられているものを意味する。
【００１８】
ｃ）癌抗原１２５（「ＣＡ１２５」）
本明細書中で互換的に用いる「癌抗原１２５」および「ＣＡ１２５」なる語は、ヒトＭＵＣ１６遺伝子によりコードされるタンパク質（正式記号ＭＵＣ１６）であるＭＵＣ１６としても公知の細胞表面結合性のＭｕｃｉｎ１６から誘導される、卵巣癌に関する腫瘍マーカーとして認識されている炭水化物抗原、およびＣＡ１２５の保存的変異体を意味する。
【００１９】
ｄ）サイトケラチン１９の血清可溶性断片（「ＣＹＦＲＡ２１−１」）
本明細書中で互換的に用いる「サイトケラチン１９の血清可溶性断片」および「ＣＹＦＲＡ２１−１」なる語は、ヒトケラチン１９遺伝子によりコードされるタンパク質であるサイトケラチン１９（正式記号ＫＲＴ１９）から誘導される、肺癌を含む複数の癌に関する腫瘍マーカーとして認識されている抗原、およびＫＲＴ１９の保存的変異体を意味する。
【００２０】
ｅ）癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）
本明細書中で互換的に用いる「癌胎児性抗原」および「ＣＥＡ」なる語は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＡＥ７５５５９としてのアミノ酸配列を有するヒトタンパク質およびその保存的変異体を意味する。
【００２１】
ｆ）検出可能標識
本明細書中で用いる「検出可能（な）標識」なる語は、シグナルを生成する任意の部分を意味し、この場合、該シグナルは、該部分に結合した分子の状態の変化の光学的、電気的または他の物理的表示により測定可能である。そのような物理的表示手段は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電磁気的、放射化学的および化学的手段、例えば蛍光、化学蛍光、化学発光など（これらに限定されるものではない）を含む。
【００２２】
ｇ）被験者
本明細書中で用いる「被験者」および「患者」なる語は、該被験者がいずれかの形態の治療を受けた又は現在受けているかどうかに無関係に、互換的に用いられる。本明細書中で用いる「被験者」および「被験者ら」なる語は、哺乳動物（例えば、ウシ、ブタ、ラクダ、ラマ、ウマ、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、ハムスター、モルモット、ネコ、イヌ、ラットおよびマウス、非ヒト霊長類（例えば、サル、例えば、シノモルグスサル、チンパンジーなど）およびヒト）（これらに限定されるものではない）を含むいずれかの脊椎動物を意味する。好ましくは、被験者はヒトである。
【００２３】
ｈ）試験サンプル
本明細書中で用いる「試験サンプル」なる語は、一般に、１以上の癌マーカーに関して試験されている及び／又は１以上の癌マーカーを含有する疑いのある生物学的物質を意味する。該生物学的物質はいずれかの生物学的起源に由来しうる。生物学的物質の例には、末梢血サンプル、腫瘍または疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的サンプル、細針吸引サンプル、骨髄サンプル、リンパ節サンプル、尿サンプル、腹水サンプル、洗浄サンプル、食道ブラッシングサンプル、膀胱または肺洗浄サンプル、脊髄液サンプル、脳液サンプル、管吸引サンプル、乳頭分泌物サンプル、胸膜滲出液サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプル、または血液サンプルの血清もしくは血漿画分、末梢血サンプルのいずれかからの抽出もしくは加工サンプルが含まれるが、これらに限定されるものではない。試験サンプルは、該生物学的起源から得られたままの状態で直接的に、または該サンプルの特性を変化させるための前処理の後で使用されうる。例えば、そのような前処理は、血液から血漿を調製し、粘液を希釈することなどを含みうる。前処理方法は、濾過、沈殿、希釈、蒸留、混合、濃縮、阻害性化合物の不活性化、試薬の添加、細胞溶解などをも含みうる。そのような前処理方法を試験サンプルに対して用いる場合、そのような前処理方法は、癌細胞が試験サンプル内に保持されるようなものである。
【００２４】
Ｂ．ＡＢＴ−８６９に対する癌感受性を予測するマーカー
本開示方法およびキットは、１つには、被験者から得られた試験サンプルにおいて見出される或るマーカー（または「生物マーカー」）のレベルがＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を予測するという驚くべき知見に基づいている。これらの予測マーカーには、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡが含まれる。
【００２５】
本発明方法は化合物ＡＢＴ−８６９（リニファニブ（Ｌｉｎｉｆａｎｉｂ）；［Ｎ−（４−（３−アミノ−１Ｈ−インダゾール−４−イル）フェニル）−Ｎ’−（２−フルオロ−５−メチルフェニル）尿素）］に関して特に有用であり、該化合物は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）および血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）受容体ファミリーのメンバーの強力なインヒビターであるＡＴＰ競合性受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）インヒビターである。Ｓｈａｎｋａｒ  Ｄ．Ｂ．ら，Ｂｌｏｏｄ，Ａｐｒ  １５：１０９（８），３４００−８（２００７）を参照されたい。ＡＢＴ−８６９の化学構造は以下のとおりである。
【００２６】
【化１】
2013525814.tif 000004
【００２７】
ＡＢＴ−８６９の他の合成方法は既に記載されている（例えば、Ａ．Ｋｒｕｇｅｒら，Ｏｒｇ．Ｐｒｏｃｅｓｓ  Ｒｅｓ．Ｄｅｖ．１３（６），１４１９−２５（２００９）を参照されたい）。ＡＢＴ−８６９を含有する医薬組成物ならびに癌治療のためのその投与の経路および方法は公知であり、例えば、米国特許出願第１１／６３６，１８９号（ＵＳ  ２００７／０１３５３８７）（その全開示を参照により本明細書に組み入れることとする）に詳細に記載されている。
【００２８】
予測マーカーは、被験者からの試験サンプル（例えば、血漿または血清サンプルでありうる血液サンプル）において見出され測定されうるいずれかのマーカーであり、そのマーカーのレベル（すなわち、量）は特定の治療用化合物および／または化合物のクラスに対する癌の応答に相関される。本明細書に記載されているとおり、マーカーＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡは、ＡＢＴ−８６９の投与を意味するＡＢＴ−８６９での治療に対する被験者の感受性またはより詳しくは被験者の癌の感受性を予測することが見出された。臨床的結果、より詳しくはＡＢＴ−８６９に対する感受性に対するマーカーの相関性を決定するために、関心のある特定の癌を有する被験者におけるマーカー濃度を、例えば、ベースライン尺度に関して開始時点で、ついで治療計画の開始の後の約３週間、例えば第２１日または第２２日の時点における第２の時点で測定する。マーカー閾値または「カットオフ」は、例えば、特定の癌の型に関する中央値として、または値の分布におけるそのようなカットオフ値が選択されうるいずれかの他の統計的アプローチを用いることにより確定されうる。各マーカーに関して、該閾値を超える又はそれ未満のマーカーレベルを有するものとして被験者を分類する。ついで生存、例えば総生存時間を治療クラスの関数として決定し、各マーカーおよび治療に関して比較する。
【００２９】
このようにして、各マーカーに関して、所定のカットオフレベルを特定し、これは、本明細書に記載されている方法およびキットにおいて後に用いられうる参照レベルとなる。より詳しくは、本明細書に記載されているとおり、ＮＳＥに関する所定レベル未満のＮＳＥのレベル、ＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、ＣＡ１２５に関する所定レベル未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＥＡに関する所定レベルを超えるＣＥＡのレベルまたはそれらのいずれかの組合せは、各マーカーに関する所定レベルを超えるＮＳＥ、ＣＡ１２５もしくはＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを有する被験者またはＣＥＡに関する所定レベル未満のＣＥＡのレベルを有する被験者と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の癌の感受性の増加を示す。
【００３０】
典型的に、被験者からの試験サンプルにおける各マーカーのレベルは、免疫組織化学的方法またはイムノアッセイ技術、例えばエンザイムイムノアッセイ（ＥＩＡ）を用いて決定され、そのためのキットは幾つかの商業的供給業者から容易に商業的に入手可能である。典型的な微粒子エンザイムイムノアッセイ技術は、Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから入手可能なＡＸＳＹＭ（登録商標）Ｓｙｓｔｅｍである。該アッセイは多重（マルチプレックス）技術を含みうる。したがって、単一アッセイ法の出力から２以上のマーカーのレベルが決定されうる。試験サンプルにおけるＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡのいずれか２以上のマーカーレベルを組合せて、それらの２以上のマーカーレベルから構成されるパターンにより特徴づけられるマーカー特性（「生物マーカープロファイル」と称されることもある）を得ることが可能である。典型的なそのようなパターンは、例えば、ＣＡ１２５に関する所定カットオフ未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定カットオフ未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルおよびＣＥＡに関する所定カットオフを超えるＣＥＡのレベルの１以上と共に、ＮＳＥに関する所定カットオフ未満のＮＳＥのレベルから構成される。該マーカー特性はＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡ以外の１以上のマーカーのレベルを含みうる。所定パターンを有する、すなわち、それぞれの少なくとも２つのマーカーに関するカットオフ基準のような或る基準を満たすマーカー特性は、該所定パターンを欠くマーカー特性と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の感受性の増加を示す。
【００３１】
本開示の方法およびキットにおけるこれらのマーカーの使用は、ＡＢＴ−８６９を使用する標的化癌療法を開発するための基礎となる。該方法は、例えば、単独療法として又は他の化学療法（例えば、通常の化学療法）との併用療法の一部として被検者に投与されるＡＢＴ−８６９療法のための付随的アッセイの基礎として特に有用でありうる。ＡＢＴ−８６９の投与に対する癌の感受性を該マーカーレベルが予測することが決定される対象となるいずれかの癌型に関して、該方法は行われうる。典型的なそのような癌はいずれかの癌腫、例えば非小細胞肺癌、またはいずれかの充実性腫瘍である。
【００３２】
Ｃ．方法
被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するための方法は、本明細書に記載されている予測マーカー、すなわち、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、癌抗原１２５（ＣＡ１２５）、サイトケラチン１９の血清可溶性断片（ＣＹＦＲＡ２１−１）および癌胎児性抗原（ＣＥＡ）の少なくとも１つのレベルを決定することを含む。１）ＮＳＥに関する所定レベル未満のＮＳＥのレベル、２）ＣＡ１２５に関する所定レベル未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、および３）ＣＥＡに関する所定レベルを超えるＣＥＡのレベルのいずれか１以上、またはそれらのいずれかの組合せは、各マーカーに関する所定レベルを超えるＮＳＥ、ＣＡ１２５またはＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを有する被験者と比較した場合または各マーカーに関する所定レベル未満のＣＥＡのレベルを有する被験者と比較した場合の、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の癌の感受性の増加を示す。該方法は、例えば、ＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡの４つ全てのレベルを決定することを含みうる。本開示の対象となる癌は、抗血管新生療法、例えばＡＢＴ−８６９療法が想定される任意の癌、特に、任意の充実性腫瘍、例えば乳房腫瘍、および癌腫、例えば肝細胞癌、腎細胞癌、小細胞および大細胞癌、ならびにそれらの組合せを含み、例えば非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を含む。
【００３３】
薬物が癌細胞を殺す、または腫瘍細胞を減少させる、および／または全体的な癌の成長もしくは広がり（転移）を低減する能力に基づいて、癌または被験者（患者）は、ＡＢＴ−８６９の投与を含む選択された薬物治療計画に対して感受性または抵抗性であると示されうる。感受性でない癌細胞または腫瘍は治療計画に対して抵抗性であるとみなされ、該薬物療法に応答しないもの、例えば、該薬物療法が腫瘍サイズを有意に減少させず、また、腫瘍の成長や広がりを抑制もしないものである。該治療計画に感受性である癌細胞は該薬物療法に応答して、腫瘍サイズの減少および／または腫瘍の成長もしくは広がりの抑制、ひいては総生存期間（「ＯＳ」）の延長をももたらすものである。治療計画に対する応答のモニターは、多数の病理学的、臨床的およびイメージング方法、例えば、本明細書に記載されている方法および医学分野で一般によく知られている方法により達成されうる。例えば、腫瘍サイズは、軟組織イメージング技術、例えば超音波、ＣＴおよび／またはＤＣＥ−ＭＲＩを用いて評価されうる。また、該方法は、採血およびフィンガースティック（これらに限定されるものではない）を含むいずれかの組織サンプル採取技術、ならびに針生検を含む組織生検技術を用いて、被験者から試験サンプルを得ることを更に含みうると理解されるであろう。
【００３４】
２以上のマーカーのレベルを決定する場合には、該方法は、それらの２以上のマーカーのレベルから被験者に関するマーカー特性を得ることを更に含みうる。該マーカー特性は、例えば、２以上のマーカーレベルを含むことが可能であり、この場合、そのマーカーに関するカットオフ値と比較した場合の各レベルは該マーカー特性の特徴を決定し、該特徴も該特性を構成する。所定パターン（すなわち、各マーカーに関するカットオフ値と比較した場合の或る関係をそれぞれが有するマーカーレベルを表すパターン）を有する特性は、該所定パターンを欠くマーカー特性と比較した場合、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の感受性の増加を示す。例えば、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の感受性の増加を示しＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡの全てに関するマーカーレベルに基づく所定特性パターンは、１）ＮＳＥに関する所定レベル未満のＮＳＥのレベル、２）ＣＹＦＲＡ２１−１に関する所定レベル未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、３）ＣＡ１２５に関する所定レベル未満のＣＡ１２５のレベル、および３）ＣＥＡに関する所定レベルを超えるＣＥＡのレベルにより特徴づけられるパターンである。これらのパターンの特徴の全てを有する特性はいずれも、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の感受性を示す特性の典型例である。
【００３５】
該マーカーレベルの分析は、少なくとも２つのマーカーのレベルを対照サンプルにおける同じマーカーのレベルと比較することを更に含むことが可能であり、これは、分類樹分析を適用することにより行われうる。分類樹分析は一般によく知られており、コンピュータ処理を用いるマーカーレベルの分析に容易に適用されうる。例えば、ＡＢＴ−８６９での治療に対する癌の感受性と相関する本明細書に記載のマーカーレベルを表す参照３Ｄ等高線プロットを作成することが可能である。いずれかの与えられた被験者に関して、比較しうる３Ｄプロットを作成し、該プロットを該参照３Ｄプロットと比較して、ＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の感受性を示すマーカー特性を該被験者が有するかどうかを決定することが可能である。分類樹分析はマーカーレベルの分析に好適である。なぜなら、それはグラフ表示に特に適しており、解釈が容易だからである。しかし、本明細書に記載されている方法に基づいて、２つの異なる被験者からの又は参照サンプルおよび被験者からの複数のマーカーレベルを比較し、ＡＢＴ−８６９の投与に対する被験者の感受性を示す出力を与える、コンピュータに基づくあらゆる適用が用いられうる、と理解されるであろう。
【００３６】
該方法は、被験者における癌の治療のためのＡＢＴ−８６９の投与の予測効力に関して、癌を有する又は癌を有する疑いのある各被験者からなる１以上の被験者を分類するために用いられうる。そのようなアプローチは、各被験者からのサンプルにおいて、マーカーＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡの少なくとも１つのレベルを決定し、各マーカーのレベルを参照サンプルにおけるそのレベルと比較することを含む。該参照サンプルはマーカーに関する所定カットオフ値に対応する量の各マーカーを含む。１）参照サンプルにおけるＮＳＥのレベルと比較して減少したＮＳＥのレベル、２）参照サンプルにおけるＣＹＦＲＡ２１−１のレベルと比較して減少したＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、参照サンプルにおけるＣＥＡのレベルと比較して増加したＣＥＡのレベル、参照サンプルにおけるＣＡ１２５のレベルと比較して減少したＣＡ１２５のレベル、またはそれらのいずれかの組合せは、該被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する癌の感受性を示す。したがって、該方法は、例えば、ＡＢＴ−８６９での治療が別の療法と比べて優れた結果をもたらす可能性がある患者集団を対象とするために用いられうる。
【００３７】
Ｄ．キット
本開示はまた、被験者へのＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者における癌の感受性を予測するためのキットを提供する。該キットは、例えば、１以上の結合試薬を含むアレイ、および所定レベルのマーカーを含有する対照サンプルを含むことが可能であり、ここで、各マーカーに関する所定レベルは、そのマーカーに関するレベルがＡＢＴ−８６９の投与に対する該被験者の癌の感受性を示す際の比較対象となるレベルである。各マーカーに関する所定レベルは、例えば、統計分析（例えば、本明細書、例えば実施例に記載されているもの）により決定されるカットオフまたは閾値である。各結合試薬はＮＳＥ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびＣＥＡの少なくとも１つに対する独立した結合特異性を有する。典型的なそのような結合試薬は抗体である。あるいは、キットは２以上の該マーカーまたはそのトランケート化形態もしくは断片のアレイを含みうる。
【００３８】
抗体
結合試薬は、例えばポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、アフィニティ成熟抗体または抗体フラグメントでありうる。各マーカーに対する捕捉抗体および検出抗体の両方が使用されるサンドイッチイムノアッセイ形態が使用されうる。抗体は検出可能標識に結合（例えば、コンジュゲート化）されうる。モノクローナル抗体は該マーカー／抗原に高特異的であるが、好ましくは、可能な限り多くの該マーカー／抗原を固定化するためには、捕捉抗体としてポリクローナル抗体が使用されうる。ついで、各マーカー／抗原に対する検出抗体として、該マーカー／抗原に対する固有の高い結合特異性を有するモノクローナル抗体が使用されうる。いずれの場合も、該捕捉抗体および検出抗体は、好ましくは他方の結合を妨げることなく、各マーカー上の非重複エピトープを認識する。
【００３９】
ポリクローナル抗体は、適当な非ヒト哺乳動物（例えば、マウスまたはウサギ）に免疫原を注射（例えば、皮下または筋肉内注射）することにより産生される。一般に、該免疫原は、標的抗原に対する比較的高いアフィニティを有する高力価の抗体の産生を誘発するはずである。所望により、当技術分野でよく知られた結合技術により、担体タンパク質に該マーカーをコンジュゲート化（結合）する。一般に使用される担体には、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、チログロブリン、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）および破傷風トキソイドが含まれる。ついで該コンジュゲートを、該動物を免疫するために使用する。ついで、該動物から採取した血液サンプルから該抗体を得る。ポリクローナル抗体を製造するために用いられる技術は文献に詳細に記載されている（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，“Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ａｎｔｉｓｅｒａ  ｗｉｔｈ  Ｓｍａｌｌ  Ｄｏｓｅｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎ：Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｉｎｔｒａｄｅｒｍａｌ  Ｉｎｊｅｃｔｉｏｎｓ”，Ｌａｎｇｏｎｅら編（Ａｃａｄ．Ｐｒｅｓｓ，１９８１））。該動物により産生されたポリクローナル抗体を更に、標的抗原が結合しているマトリックスへの結合および該マトリックスからの溶出により精製することが可能である。ポリクローナルおよびモノクローナル抗体の精製および／または濃縮のための、免疫学の分野において一般的な種々の技術が当業者に知られている（例えば、Ｃｏｌｉｇａｎら，（１９９１）Ｕｎｉｔ  ９，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅを参照されたい）。
【００４０】
多数の用途にはモノクローナル抗体（ｍＡｂ）が好ましい。ｍＡｂを分泌するハイブリドーマの製造のための一般的方法はよく知られている（ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ  （１９７５）  Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５）。簡潔に説明すると、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎにより記載されているとおり、該技術は、メラノーマ、奇形癌または頚部、神経膠腫もしくは肺の癌を有する５人の異なる癌患者の局所流出リンパ節からリンパ球を単離し（外科的試料からサンプルを得た場合）、該細胞をプールし、該細胞をＳＨＦＰ−１と融合させることを含む。ハイブリドーマを、癌細胞系に結合した抗体の産生に関してスクリーニングした。関心のあるｍＡｂの基本的反応パターンを決定するために、通常のスクリーニング技術（例えば、酵素結合イムノソルベントアッセイまたは「ＥＬＩＳＡ」）を用いてｍＡｂ間の特異性の確認を行うことが可能である。
【００４１】
本明細書中で用いる「抗体」なる語は、抗原結合性抗体フラグメント、例えば一本鎖抗体（ｓｃＦｖなど）をも含み、これは、ファージ提示技術を用いて製造／選択されうる。細菌に感染するウイルス（バクテリオファージまたはファージ）の表面上で抗体フラグメントを発現させうることにより、例えば１０１０個を超える非結合性クローンのライブラリーから単一の結合抗体フラグメントを単離することが可能となる。抗体フラグメントをファージの表面上で発現させる（ファージ提示）ために、抗体フラグメント遺伝子を、ファージ表面タンパク質（例えば、ｐＩＩＩ）をコードする遺伝子内に挿入し、該抗体フラグメント−ｐＩＩＩ融合タンパク質を該ファージ表面上で提示させる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら（１９９１）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９：４１３３−４１３７）。
【００４２】
ファージの表面上の抗体フラグメントは機能性であるため、ファージ含有抗原結合性抗体フラグメントは抗原アフィニティクロマトグラフィーにより非結合性ファージから分離されうる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４）。該抗体フラグメントのアフィニティに応じて、１ラウンドのアフィニティ選択で２０倍〜１，０００，０００倍の富化（濃縮）率が得られる。しかし、細菌に該溶出ファージを感染させることにより、より多数のファージが増殖し、もう１つのラウンドの選択に付すことが可能である。このようにして、１ラウンドにおける１０００倍の富化は２ラウンドの選択において１，０００，０００倍になりうる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４）。したがって、富化が低い場合であっても（Ｍａｒｋｓら（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７）、複数のラウンドのアフィニティ選択は稀有ファージの単離をもたらしうる。抗原上のファージ抗体ライブラリーの選択は富化をもたらすため、僅か３〜４ラウンドの選択の後で大多数のクローンは抗原に結合する。したがって、比較的少数のクローン（数百個）を抗原への結合に関して分析する必要があるに過ぎない。
【００４３】
非常に大きく且つ多様なＶ遺伝子レパトワをファージ上で提示させることにより、前免疫化を行うことなくヒト抗体を製造することが可能である（Ｍａｒｋｓら（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７）。１つの実施形態においては、ヒト末梢血リンパ球に存在する天然ＶＨおよびＶＬレパトワをＰＣＲにより未免疫化ドナーから単離する。３０００万個のファージ抗体のライブラリーを作製するためにファージベクター内にクローニングされうるｓｃＦｖ遺伝子レパトワを作製するために、ＰＣＲを用いて、Ｖ遺伝子レパトワをランダムに互いにスプライシングさせることが可能である（同誌）。単一の「ナイーブ」ファージ抗体ライブラリーから、ハプテン、多糖およびタンパク質を含む１７個を超える異なる抗原に対して結合性抗体フラグメントが単離されている（Ｍａｒｋｓら（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７；Ｍａｒｋｓら（１９９３）．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１０：７７９−７８３；Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら（１９９３）ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：７２５−７３４；Ｃｌａｃｋｓｏｎら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ．３５２：６２４−６２８）。ヒトチログロブリン、免疫グロブリン、腫瘍壊死因子およびＣＥＡを含む自己タンパク質に対して抗体が産生されている（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら（１９９３）ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：７２５−７３４）。該抗体フラグメントは、選択に使用される抗原に対して高特異的であり、１ｎＭ〜１００ｎＭの範囲のアフィニティを有する（Ｍａｒｋｓら（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７；Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら（１９９３）ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：７２５−７３４）。より大きなファージ抗体ライブラリーは、より大きな比率の抗原に対する、より高い結合アフィニティの、より多くの抗体の単離をもたらす。
【００４４】
当業者が容易に認識しているとおり、抗体は多数の商業的サービス業者（例えば、Ｂｅｒｋｅｌｅｙ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｂｅｔｈｙｌ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ａｎａｗａ、Ｅｕｒｏｇｅｎｅｔｅｃなど）のいずれかによっても製造されうる。
【００４５】
固相
本開示のキットにおいては、各結合試薬は固相に結合されうる。固相は、抗体に結合する十分な表面アフィニティを有するいずれかの適当な物質でありうる。例えば、各捕捉抗体は該マーカーの１つに対して特異的結合を示す。該固相は、磁性粒子、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、キュベット、膜、骨格分子、石英結晶、フィルム、濾紙、ディスクまたはチップのような多数の形態のいずれかをとりうる。有用な固相分子には以下のものが含まれる：天然重合体炭水化物およびその合成修飾、架橋または置換誘導体、例えば寒天、アガロース、架橋アルギン酸、置換および架橋グアーガム、セルロースエステル（特に硝酸およびカルボン酸とのもの）、混合セルロースエステルならびにセルロースエーテル；窒素を含有する天然重合体、例えばタンパク質、および誘導体、例えば架橋または修飾ゼラチン；天然炭化水素重合体、例えばラテックスおよびゴム；合成重合体、例えばビニル重合体、例えばポリエチレン、ポリプロピレン、ポリスチレン、ポリビニルクロリド、ポリビニルアセタートおよびその部分的に加水分解された誘導体、ポリアクリルアミド、ポリメタクリラート、前記縮合重合体の共重合体および三元共重合体、例えばポリエステル、ポリアミドおよび他の重合体、例えばポリウレタンまたはポリエポキシド；無機物質、例えばアルカリ土類金属およびマグネシウムのスルファートまたはカルボナート、例えば硫酸バリウム、硫酸カルシウム、炭酸カルシウム、アルカリおよびアルカリ土類金属、アルミニウムおよびマグネシウムのシリカート；ならびにアルミニウムまたはケイ素オキシドまたはヒドラート、例えばクレー、アルミナ、タルク、カオリン、ゼオライト、シリカゲルまたはガラス（これらの物質は前記重合体物質と共にフィルターとして使用されうる）；ならびに前記クラスの混合物または共重合体、例えば、既存天然重合体上で合成重合体の重合を開始させることにより得られるグラフト共重合体。これらの物質の全ては、例えばフィルム、シート、チューブ、粒子またはプレートのような適当な形状で使用されることが可能であり、あるいはそれらは例えば紙、ガラス、プラスチックフィルムまたは織物などのような適当な不活性担体上にコーティングされ又はそれらに結合もしくは積層されうる。ニトロセルロースは、モノクローナル抗体を含む多種多様な試薬に対する優れた吸収および吸着特性を有する。ナイロンも類似特性を有し、同様に好適である。前記物質はいずれも、１以上の特異的結合試薬の例えばマイクロアレイのようなアレイを形成させるために使用されうる。
【００４６】
あるいは、該固相は微粒子でありうる。本開示において有用な微粒子は、いずれかの適当なタイプの粒状物質から当業者により選択されることが可能であり、ポリスチレン、ポリメタクリラート、ポリプロピレン、ラテックス、ポリテトラフルオロエチレン、ポリアクリロニトリル、ポリカルボナートまたは類似物質から構成されるものを包含する。更に、磁界内の微粒子の扱いが容易となるよう、該微粒子は磁性または常磁性微粒子でありうる。典型的な実施形態においては、該微粒子はカルボキシル化磁性微粒子である。微粒子は可溶性試薬と試験サンプルとの混合物に懸濁されることが可能であり、あるいは支持物質により保持され固定化されうる。後者の場合、支持物質上または支持物質内の微粒子は該支持物質内のどの位置へも実質的に移動できない。あるいは、該微粒子は、沈降または遠心分離により、可溶性試薬と試験サンプルとの混合物中の懸濁液から分離されうる。該微粒子が磁性または常磁性である場合、該微粒子は、磁界により、可溶性試薬と試験サンプルとの混合物中の懸濁液から分離されうる。本開示の方法は、固相が微粒子を含む自動化および半自動化系を含む微粒子技術を利用する系における使用に適合化されうる。そのような系には、公開ＥＰＯ出願番号ＥＰ  ０  ４２５  ６３３およびＥＰ  ０  ４２４  ６３４に対応する係属中の米国特許出願第４２５，６５１号および米国特許第５，０８９，４２４号ならびに米国特許第５，００６，３０９号に記載されているものが含まれる。
【００４７】
固相の選択に影響を及ぼす他の考慮事項には、標識物の非特異的結合を最小にしうること、および使用される標識系との適合性が含まれる。例えば、蛍光標識と共に使用される固相は、シグナル検出を可能にする十分に低いバックグラウンド蛍光を有するべきである。特異的捕捉抗体の結合の後、固体支持体の表面は更に、非特異的結合を最少にするために例えば血清、タンパク質または他のブロッキング剤のような物質で処理されうる。
【００４８】
検出系
本開示のキットは１以上の検出可能標識を含みうる。１以上の特異的結合試薬、例えば抗体は、検出可能標識に結合されうる。使用に適した検出可能標識には、分光的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的手段により検出可能な部分を有するいずれかの化合物または組成物が含まれる。そのような標識には、例えば酵素、オリゴヌクレオチド、ナノ粒子、化学発光団、発蛍光団、蛍光消光剤、化学発光消光剤またはビオチンが含まれる。したがって、例えば、光学的シグナルを用いるように意図されたイムノアッセイキットにおいては、化学発光、蛍光、りん光電気化学的発光、紫外吸収、可視吸収、赤外吸収、屈折、表面プラズモン共鳴におけるアナライト濃度依存性変化として光学的シグナルが測定される。電気的シグナルを用いるように意図されたイムノアッセイキットにおいては、電流、抵抗、電位、質量対荷電比またはイオン数におけるアナライト濃度依存性変化として電気的シグナルが測定される。状態変化シグナルを用いるように意図されたイムノアッセイキットにおいては、サイズ、溶解度、質量または共鳴におけるアナライト濃度依存性変化として状態変化シグナルが測定される。
【００４９】
本開示における有用な標識には、磁性ビーズ（例えば、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（商標））、蛍光色素（例えば、フルオレセイン、テキサス・レッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質）など（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．，ＵＳＡを参照されたい）化学発光化合物、例えばアクリジニウム（例えば、アクリジニウム−９−カルボキサミド）、フェナントリジニウム、ジオキセタン、ルミノールなど、放射能標識（例えば、３Ｈ、１２５１、３５Ｓ、１４Ｃまたは３２Ｐ）、触媒、例えば酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼおよびその他のＥＬＩＳＡにおいて一般に使用されるもの）および比色標識、例えばコロイド金（例えば、４０〜８０ｎｍ径サイズの範囲の金粒子は緑色光を高効率で散乱させる）または着色ガラスもしくはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズが含まれる。そのような標識の使用を教示している特許には、米国特許第３，８１７，８３７号、第３，８５０，７５２号、第３，９３９，３５０号、第３，９９６，３４５号、第４，２７７，４３７号、第４，２７５，１４９号および第４，３６６，２４１号が含まれる。
【００５０】
該標識は、生物学的サンプルとの接触の前または途中または後で、各抗体、例えば、サンドイッチイムノアッセイ形態における検出抗体に結合されうる。いわゆる「直接標識」は、該アッセイにおける使用の前に抗体に直接的に結合している又は組込まれている検出可能標識である。直接標識は、当業者によく知られた幾つかの手段のいずれかにより、検出抗体に結合または組込まれうる。
【００５１】
一方、いわゆる「間接標識」は、典型的に、アッセイ中の或る時点で各抗体に結合する。しばしば、間接標識は、使用の前に検出剤に結合している又は組込まれている部分に結合する。したがって、例えば、各抗体はアッセイにおける使用の前にビオチン化されうる。アッセイ中に、アビジン結合発蛍光団はビオチン含有検出剤に結合して、容易に検出されうる標識を与えうる。
【００５２】
間接標識のもう１つの例においては、免疫グロブリン定常領域に特異的に結合するポリペプチド、例えばポリペプチドＡまたはポリペプチドＧも、検出抗体に対する標識として使用されうる。これらのポリペプチドは連鎖球菌の細胞壁の通常の構成成分である。それらは、種々の種に由来する免疫グロブリン定常領域に対する強力な非免疫原性反応性を示す（全般的には、Ｋｒｏｎｖａｌら，（１９７３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１１１：１４０１−１４０６およびＡｋｅｒｓｔｒｏｍ（１９８５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３５：２５８９−２５４２を参照されたい）。そのようなポリペプチドをこのようにして標識し、アッセイ混合物に加えることが可能であり、この場合、それらは各捕捉および検出抗体ならびに自己抗体に結合して全てを標識し、サンプル中に存在するアナライトおよび自己抗体に起因する合成シグナルを与える。
【００５３】
幾つかの標識は、検出可能シグナル生成させるために追加的試薬の使用を要しうる。ＥＬＩＳＡにおいては、例えば、酵素標識（例えば、ベータ−ガラクトシダーゼ）は、検出可能シグナルを生成するために基質（例えば、Ｘ−ｇａｌ）の添加を要するであろう。直接標識としてアクリジニウム化合物を使用するように意図されたイムノアッセイキットにおいては、ベース溶液および過酸化水素源も該キットに含まれうる。
【００５４】
本開示の試験キットは、好ましくは、例えば１以上のイムノアッセイを行うことにより、被験者からのサンプルにおける各マーカーのレベルを決定するための説明を含む。該説明は更に、特定のタイプの試験サンプル、例えば血液サンプル、より詳しくは血清サンプルまたは血漿サンプルを分析するための説明を含みうる。本開示のキットに含まれる説明はパッケージング（包装）材に添付されることが可能であり、あるいはパッケージ挿入物として含まれることが可能である。該説明は、典型的には、書かれた又は印刷された資料であるが、それらはそのようなものには限定されない。そのような説明を記憶しそれらを最終使用者に伝達しうる任意の媒体が本開示において想定される。そのような媒体には、電子記憶媒体（例えば、磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ）、光学的媒体（例えば、ＣＤ  ＲＯＭ）などが含まれるが、それらに限定されるものではない。本明細書中で用いる「説明」なる語は、該説明を提供するインターネットサイトのアドレスを含みうる。
【００５５】
Ｅ．本開示の方法の応用
本明細書に記載されている生物マーカー、オリゴヌクレオチド、方法、キットおよび関連組成物は典型的な実施形態の代表例であり、本発明の範囲を限定するものではない、と当業者は容易に理解するであろう。本発明の範囲および精神から逸脱することなく、本明細書に開示されている本開示に種々の置換および修飾が施されうることが当業者に明らかであろう。
【００５６】
本明細書に挙げられている全ての特許および刊行物は、本開示が関連している当業者の水準を示す。全ての特許および刊行物を、各刊行物が参照により本明細書中に組み入れられると具体的かつ個別に示されている場合と同様に、参照により本明細書に組み入れることとする。
【００５７】
本明細書に例示的に適切に記載されている本開示は、本明細書に具体的に開示されていないいずれの要素、限定をも伴うことなく実施されうる。したがって、例えば、本明細書における各場合において、「含む」、「から実質的になる」および「からなる」なる語はいずれも、それらのうちのその他の２つの用語で置き換えられうる。用いられている用語および表現は説明のための用語として用いられており、限定のための用語として用いられているのではなく、そのような用語および表現の使用においては、示され記載されている特徴またはその一部のいずれの均等物をも除外する意図はなく、特許請求されている本開示の範囲内で種々の修飾が可能であると認識される。したがって、本開示は好ましい実施形態および随意的特徴により具体的に開示されているが、本明細書に開示されている概念の修飾および変更が当業者により施されることが可能であり、そのような修飾および変更は、添付の特許請求の範囲により定められる本発明の範囲内であるとみなされると理解されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【００５８】
【図１】ＡＢＴ−８６９で治療された又は治療されていない病期３／４  ＮＳＣＬＣ患者の３つの異なるコホートに関する総生存日数（ＯＳ）を示すカプラン・マイヤー・プロットである。
【図２】ＡＢＴ−７５１を使用して又は使用しないでＡｌｉｍｔａ（登録商標）で治療された患者コホート（Ｍ０５−７８０）に関する一連のカプラン・マイヤー・プロットであり、評価した８つのマーカーのそれぞれに関するＯＳが、ＮＳＣＬＣ中央値閾値と比較して該マーカーのベースライン血漿レベルに従いプロットされている。
【図３】ＡＢＴ−８６９で治療されていないクラスター患者と比較した場合の、ＡＢＴ−８６９で治療した後のＯＳの増加により特徴づけられる患者クラスター（「クラスター２」）の分析に基づく２つのカプラン・マイヤー・プロットを示す。
【実施例】
【００５９】
限定としてではなく例示として、本開示の具体例を以下に示すこととする。
【００６０】
実施例１：種々の治療剤を使用する多重ＮＳＣＬＣ治験におけるデータに基づく臨床結果とのマーカーの相関
治療計画により区別される３つの患者コホートを総生存に関して評価した。全患者は病期３／４  ＮＳＣＬＣを有すると診断された。ＮＳＣＬＣ治験におけるベースラインにおけるマーカー濃度をイムノアッセイにより測定した。ＮＳＣＬＣ被験者を以下のとおりに３つのコホートのうちの１つに割り当てた：ＡＢＴ−７５１（Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ａｂｂｏｔｔ  Ｐａｒｋ，ＩＬから入手可能であるＮ−［２−［（４−ヒドロキシフェニル）アミノ］−３−ピリミジニル］−４−メトキシベンゼンスルホンアミド）と共に又はそれを伴わずにペメトレキセド（ｐｅｍｅｔｒｅｘｅｄ）（Ｅｌｉ  Ｌｉｌｌｙ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮから入手可能であるＡｌｉｍｔａ（登録商標））が被験者に投与されたＭ０５−７８０（Ｎ＝８３）；ＡＢＴ−７５１と共に又はそれを伴わずにドセタキセル（Ｄｏｃｅｔａｘｅｌ）が被験者に投与されたＭ０５−７８２（Ｎ＝２１）；およびＡＢＴ−８６９のみが被験者に投与されたＭ０６−８８０（Ｎ＝１０３）。
【００６１】
閾値マーカーレベルを超える又はそれ未満のマーカーレベルを有するものとして患者を分類した。分類の関数としての生存を各マーカーおよび治療に関して比較した。中央値決定、最適閾値に関する統計的モデリング、良性肺疾患との比較においてＮＳＣＬＣを予測するものであると当技術分野において確定されている値、およびＡＢＴ−８６９での治療の場合の急速な進行の疾患との比較における安定な疾患を有する患者におけるマーカーの相対濃度の比較（これらに限定されるものではない）を含む複数の方法によりマーカー閾値を評価した。
【００６２】
図１は、病期３／４  ＮＳＣＬＣ患者の３つの異なるコホートに関する総生存日数（ＯＳ−ＤＵＲ）を示すカプラン・マイヤー・プロットであり、Ｍ０５−７８０に関しては赤色で、Ｍ０５−７８２に関しては緑色で、そしてＭ０６−８８０に関しては青色で結果が示されている。図２は、ＡＢＴ−７５１と共に又はそれを伴わずにＡｌｉｍｔａ（登録商標）で治療された患者コホート（Ｍ０５−７８０）に関する一連のカプラン・マイヤー・プロットであり、評価した８つの血漿マーカーのそれぞれに関するＯＳが、ＮＳＣＬＣ中央値閾値と比較して各マーカーのベースライン血漿レベルに従いプロットされている。表２は、ＡＢＴ−８６９で治療された又はＡＢＴ−７５１で治療された患者における、図２における８つのマーカーのうちの７つ（Ｃｙｆｒａ２１−１、ＮＳＥ、ＣＥＡ、ＳＣＣ、ＰｒｏＧＲＰ、ＣＡ１５−３およびＣＡ１２５）に関する観察された生マーカーレベルおよび閾値の概要を示す。
【００６３】
図３は２つのカプラン・マイヤー・プロットを示し、これらは共に、クラスター２として特定された患者クラスターの更なる分析に基づくものである。図３において理解されうるとおり、クラスター２の患者は、ＡＢＴ−７５１と共に又はそれを伴わずにＡｌｉｍｔａ（登録商標）で治療された患者と比較された場合に、ＡＢＴ−８６９での治療の後でＯＳにおける顕著な増加を示す、ＮＳＣＬＣ治験を経た患者であった。クラスター２の患者をベースライン血漿マーカーレベルに関して特徴づけし、全ての患者は、ＮＳＥに関する閾値未満のＮＳＥのレベル、ＣＹＦＲＡ２１−１に関する閾値未満のＣＹＦＲＡ２１−１のレベル、ＣＡ１２５に関する閾値未満のＣＡ１２５のレベル、ＣＥＡに関する閾値を超えるＣＥＡのレベルの１以上を示した。
【００６４】
【表２】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際調査報告】
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