(57)【要約】  本発明は、リバビリン療法によって誘発される貧血と関連している遺伝子マーカーおよびバイオマーカーを提供する。該遺伝子マーカーは、ＩＴＰＡ遺伝子内のヒト第２０染色体上のどこかに位置しており、該バイオマーカーは低ＩＴＰＡ活性表現型である。これらのリバビリン誘発性貧血マーカーは、とりわけ、リバビリンの医薬組成物および薬物製剤での処置の際に最も貧血が起こりにくいであろう患者を特定するため、リバビリンでの処置に感受性の疾患を有する患者の処置方法において、ならびにかかる患者に対して最も適切な治療法を選択するための方法において有用である。
2013511259.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
医薬組成物と処方情報を含む薬物製剤であって、
該医薬組成物はリバビリン化合物を含み、該処方情報は薬理遺伝学的指示を含み、
該薬理遺伝学的指示は、試験の結果が少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーについて陰性である患者の、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患の処置を含み、該ＲＩＡマーカーは表１のＲＩＡマーカーから選択されるか、または該ＲＩＡマーカーは正常ＩＴＰＡ活性である、
薬物製剤。
【請求項２】
（ａ）個体から核酸試料を採取し、核酸試料をアッセイして、表１の多型部位（ＰＳ）における該個体の遺伝子型を調べること、ここで、該個体が前記ＰＳの貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、ＲＩＡマーカーが存在し、該個体が前記ＰＳの他方の対立遺伝子についてホモ接合型である場合、ＲＩＡマーカーは存在しない；あるいは
（ｂ）個体から生物学的試料を採取し、該生物学的試料を、アミノ酸３２位にプロリン（ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２）を有するＩＴＰＡの存在についてアッセイすること
を含む、個体を少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーの有無について試験する方法。
【請求項３】
（ａ）の部の工程を含み、さらに、前記ＰＳにおける該個体の遺伝子型を示す試験報告を作成することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
（ｂ）の部の工程を含み、該アッセイ工程が、該生物学的試料を、ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片と接触させることを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
該アッセイ工程が、該生物学的試料を、（１）ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片、および（２）ＩＴＰＡ−Ｔｈｒ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片の各々と接触させることを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する個体を、リバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーの有無について試験するためのキットであって、表１の多型部位の群から選択される少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）を遺伝子型分類するために設計された一組のオリゴヌクレオチドを含むキット。
【請求項７】
該オリゴヌクレオチドが、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブである、請求項６に記載のキット。
【請求項８】
該オリゴヌクレオチドが固相表面上に固定化された、請求項６または７に記載のキット。
【請求項９】
該ＲＩＡマーカーが、表１のホモ接合型ＲＩＡマーカーから選択される、請求項１〜８のいずれかに記載の薬物製剤、方法またはキット。
【請求項１０】
該リバビリン化合物での処置に感受性の疾患がウイルス感染である、請求項１〜１０のいずれかに記載の薬物製剤、方法またはキット。
【請求項１１】
該ウイルス感染が、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）またはＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）による慢性感染である、請求項１０に記載の薬物製剤、方法またはキット。
【請求項１２】
該リバビリン化合物が、リバビリンまたはリバビリンプロドラッグである、請求項１〜１２のいずれかに記載の薬物製剤、方法またはキット。
【請求項１３】
ＨＣＶによる慢性感染について個体を処置する方法であって、表１の少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）の個体の遺伝子型を得、得られた遺伝子型に基づいた処置レジメンを処方することを含み、
ここで、該遺伝子型が、貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、処置レジメンは：
（ａ）該個体に、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質を、リバビリンおよびリバビリン誘発性貧血に反対作用する少なくとも１種類の薬剤と併用して投与すること；または
（ｂ）該個体に、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質を、リバビリン化合物でない少なくとも１種類の抗ウイルス剤と併用して投与すること；または
（ｃ）該個体に、どちらもインターフェロンαタンパク質またはリバビリン化合物でない少なくとも２種類の抗ウイルス剤の組合せを投与すること
を含むものである、前記方法。
【請求項１４】
該少なくとも１種類の抗ウイルス剤がＨＣＶプロテアーゼ阻害薬である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
該少なくとも２種類の抗ウイルス剤の組合せがＨＣＶプロテアーゼ阻害薬とＨＣＶポリメラーゼプロテアーゼ阻害薬を含むものである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
該ＨＣＶプロテアーゼ阻害薬が、ボセプレビル、ナルラプレビルまたはテラプレビルである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
該ＩＦＮ−αタンパク質が、ペグ化インターフェロンα−２ａタンパク質、アルブミン−インターフェロンα−２ａ融合タンパク質、ペグ化インターフェロンα−２ｂまたはアルブミン−インターフェロンα−２ｂ融合タンパク質である、請求項１３〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
該個体がコーカサス系、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック系またはアジア系と自己意識している個体である、請求項１〜１７のいずれかに記載の薬物製剤、方法またはキット。
【請求項１９】
該ＲＩＡマーカーが、
ｒｓ６０５１７０２におけるＡ／Ａ遺伝子型；
ｒｓ１１２７３５４におけるＣ／Ｃ遺伝子型；
ｒｓ７２７０１０１におけるＡ／Ａ遺伝子型；
ｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１の各々におけるＡ／Ｃ遺伝子型；ならびに
正常ＩＴＰＡ活性
からなる群から選択される、請求項１〜１８のいずれかに記載の薬物製剤、方法またはキット。
【請求項２０】
該ＲＩＡマーカーは、請求項１〜１７の個体がコーカサス系と自己意識している場合はｒｓ６０５１７０２  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型、該個体がアフリカ系アメリカ人と自己意識している場合はｒｓ３８１０５６０  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型、または該個体がヒスパニック系と自己意識している場合はｒｓ１１６９７１１４におけるＴ／Ｔ遺伝子型である、請求項１〜１９のいずれかに記載の薬物製剤、方法またはキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、リバビリン療法の有害効果と関連しているマーカーに関し、特に、リバビリン誘発性貧血と関連している遺伝的多型およびバイオマーカーに関する。
【背景技術】
【０００２】
このセクションまたは本出願の任意のセクションにおける任意の刊行物の特定は、かかる刊行物が本発明に対する先行技術であることの是認ではない。
【０００３】
リバビリン（１−［（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）−３，４−ジヒドロキシ−５−（ヒドロキシメチル）オキソラン−２−イル］−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３−カルボキサミドは、１−（β−Ｄ−リボフラノシル）−１Ｈ−ｌ，２，４−トリアゾール−３−カルボキサミド）としても知られており、広範な抗ウイルス活性を有するヌクレオシド類似体である。リバビリン（ＲＢＶ）の主な臨床用途は、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染の処置のためのインターフェロンαとの併用であり、現在の医療標準では、ＲＢＶはペグ化インターフェロンα（ＰｅｇｌＦＮ）と併用されている（ペグインターフェロンα−２ａ（Ｈｏｆｆｍａｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ（Ｎｕｔｌｅｙ，ＮＪ）により商標名ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）で市販）またはペグインターフェロンα−２ｂ（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ（Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ，ＮＪ）により商標名Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）で市販）のいずれか）。ペグ−ＩＦＮ／ＲＢＶ併用療法剤は、一連の処置制限有害効果と関連している。
【０００４】
このような有害効果の１つにＲＢＶ誘発性貧血があり、これは、大部分の患者が患う。ＲＢＶ誘発性貧血は、典型的には治療の最初の４週間の間に始まり、２つの機構：赤血球の溶血（すなわち、溶血性貧血）および赤血球生成の抑制（インターフェロンの並行使用による）によるものである。溶血性貧血はリバビリンで処置された患者のほぼ全員が患うが、ヘモグロビン減少の程度は個体間でかなり異なり得る。
【０００５】
最近、ＲＢＶ誘発性溶血性貧血の機構が報告された（Ｄｅ  Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉ，Ｌ．ら，Ｈｅｐａｔｏｌ．３１：９９７−１００４（２０００）；Ｌｉｎｅ，Ｃ−Ｃら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．４４：２６５−２７５（２００４））。血漿リバビリンが細胞内にプロドラッグとして進入すると、リバビリンの５’−一リン酸塩（ＲＭＰ）、−二リン酸塩（ＲＤＰ）および−三リン酸塩（ＲＴＰ）に変換され、アデノシン三リン酸（ＡＴＰ）の枯渇がもたらされる。赤血球にはリバビリンリン酸塩を加水分解するのに必要とされるホスファターゼがないため該塩が蓄積され、ＲＴＰ濃度は、赤血球内で血漿中より６０倍大きいレベルに達する。リバビリンリン酸塩の総蓄積量および相対的ＡＴＰ欠損により、赤血球は、細網内皮系による酸化的ストレスに対して高度に感受性となり、血管外溶血がもたらされる。
【０００６】
ペグ−ＩＦＮ／ＲＢＶ併用療法剤の臨床試験では、ヘモグロビン（Ｈｂ）レベルが平均２〜３ｇ／ｄＬ低下した。Ｈｂレベルは、５０％より多くの患者で＜１２ｇ／ｄＬまで低下し、中等度の貧血（Ｈｂ＜１１ｇ／ｄＬ）が約３０％の患者に起こり、リバビリン用量の低減を要する重度の貧血（Ｈｂ＜１０ｇ／ｄＬ）が１５％までの患者に起こった。Ｍａｎｎｓ，Ｍ．Ｐ．ら，Ｌａｎｃｅｔ  ３５８：９５８−９６５（２００１）。しかしながら、ＲＢＶ用量を低減すると、ペグ−ＩＦＮ／ＲＢＶ併用療法剤の有効性に対してマイナスの影響を有することがあり得る（ＭｃＨｕｔｃｈｉｎｓｏｎ，Ｊ．Ｇ．ら，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  １２３：１０６１−１０６９（２００２）；Ｓｂｉｆｆｍａｎ，Ｍ．Ｌ．ら，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  １２６：１０１５−１０２３（２００４）；Ｈａｄｚｉｙａｎｎｉｓ，Ｓ．Ｊ．ら，Ａｎｎ  Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ  １４０：３４６−３５５（２００４））。さらに、中等度の貧血であっても生活の質は障害され、処置に対する合致が改変されることがあり得、治療の早期中止となり得る。
【０００７】
このような望ましくない結果を最小限にするため、組換えヒトエリスロポエチン（エポエチンアルファ）などの処置誘発性貧血を中和する薬剤が、多くの場合で補助療法薬として使用される。しかしながら、かかる補助療法薬により、既に複雑で高価な処置レジメンに対して複雑さとコストが付加される。
【０００８】
したがって、中等度または重度のＲＢＶ誘発性貧血のリスクがあり、そのため、治療中に充分なリバビリンが維持されるように設計された処置レジメンの恩恵を最も受けるであろう患者を特定する必要性が存在している。いくつかの患者のベースライン特徴がＲＢＶ誘発性貧血の予後因子として特定されており、性別、リバビリン用量／キログラム、ベースライン（治療前）ヘモグロビン濃度、年齢、肝硬変および腎機能障害が挙げられる（例えば、Ｓｕｌｋｏｗｓｋｉ，Ｍ．Ｓ．ら，Ｊ．Ｖｉｒａｌ  Ｈｅｐａｔｏｌ．１１（３）：２４３−２５０（２００４）参照）。本発明は、ＲＢＶ誘発性貧血と相関している遺伝子マーカーを提供することにより、この予後因子のリストに加えられる。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｄｅ  Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉ，Ｌ．ら，Ｈｅｐａｔｏｌ．３１：９９７−１００４（２０００）
【非特許文献２】Ｌｉｎｅ，Ｃ−Ｃら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．４４：２６５−２７５（２００４）
【非特許文献３】Ｍａｎｎｓ，Ｍ．Ｐ．ら，Ｌａｎｃｅｔ  ３５８：９５８−９６５（２００１）
【非特許文献４】ＭｃＨｕｔｃｈｉｎｓｏｎ，Ｊ．Ｇ．ら，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  １２３：１０６１−１０６９（２００２）
【非特許文献５】Ｓｂｉｆｆｍａｎ，Ｍ．Ｌ．ら，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  １２６：１０１５−１０２３（２００４）
【非特許文献６】Ｈａｄｚｉｙａｎｎｉｓ，Ｓ．Ｊ．ら，Ａｎｎ  Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ  １４０：３４６−３５５（２００４）
【非特許文献７】Ｓｕｌｋｏｗｓｋｉ，Ｍ．Ｓ．ら，Ｊ．Ｖｉｒａｌ  Ｈｅｐａｔｏｌ．１１（３）：２４３−２５０（２００４）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明は、処置誘発性ヘモグロビン（Ｈｂ）低減と第２０染色体および第１０染色体上の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）との関連の特定がもたらされた、ペグインターフェロンα−２ｂまたはペグインターフェロンα−２ａと併用してＲＢＶで処置した３つの人種集団（ｅｔｈｎｉｃ  ｇｒｏｕｐ）（ヨーロッパ系アメリカ人、アフリカ系アメリカ人、およびヒスパニック系）のＨＣＶ患者のレトロスペクティブ全ゲノム解析試験（ＧＷＡＳ）に基づいたものである。
【００１１】
このような関連ＳＮＰのうちの１つは、第２０染色体のｐ１３領域（２０ｐ１３）に存在し、ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅにおいてｒｓ６０５１７０２で特定されるＡ／Ｃ多型である。Ｃ対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である個体は、Ａ対立遺伝子についてホモ接合型である個体よりも、処置の最初の４週間の間に少なくとも３ｇ／ｄｌのヘモグロビン（Ｈｂ）の減少が起こる可能性が有意に低かった。
【００１２】
本発明者らは、ヨーロッパ系アメリカ人では、ｒｓ６０５１７０２の防御的Ｃ対立遺伝子が、イノシントリホスファターゼ（ＩＴＰＡ）をコードする遺伝子におけるＩＴＰＡ活性の低下の原因として関連している２つの変異：エキソン２における９４Ｃ＞Ａミスセンス変異（これにより、プロリンのトレオニン置換（Ｐ３２Ｔ）（ｒｓ１１２７３５４）がもたらされ、ＩＴＰＡ単量体の二量体酵素への会合が障害されたり、エキソン２および３のミススプライシングが引き起こされたりし得る）；および第２イントロン内に存在するスプライシング改変ＳＮＰ（ＩＶＳ２＋２１  Ａ＞Ｃ；ｒｓ７２７０１０１）（これにより、エキソン３のミススプライシングがもたらされる）と連鎖不平衡（ＬＤ）であることを見い出した。Ｓｕｍｉ，Ｓら，Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  １１１：３６０−３６７（２００２）；Ｃａｏ，Ｈ．ら，Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ４７：６２０−６２２（２００２）；Ａｒｅｎａｓ，Ｍ．ら，Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ  １７７２：９６−１０２（２００７）。ｒｓ１１２７３５４  Ａ対立遺伝子は、すべての人種集団に見られたが、その頻度は中央および南アメリカ人集団の１〜２％からアジア系集団の１１〜１９％までと集団間で有意に異なる（Ｍａｒｓｈ  Ｓ．ら，Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４９：５７９−５８１（２００４））。コーカサス系、アフリカ系アメリカ人およびアフリカ系の集団では、ｒｓ１１２７３５４  Ａ対立遺伝子頻度は５〜７％である。ｒｓ７２７０１０１  Ｃ対立遺伝子の対立遺伝子頻度は、コーカサス系集団ではおよそ１３％であり、日本人集団では観察されなかった（Ｍａｅｄａ  Ｔ．ら，Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．８５：２７１−２７９（２００５））。
【００１３】
このような低活性ＩＴＰＡ変異によってＲＢＶ誘発性貧血に対する防御が付与され得る可能性を試験するため、本発明者らは、ＨＣＶ患者コホートにおいて、ｒｓ１１２７３５４  ＳＮＰおよびｒｓ７２７０１０１  ＳＮＰを遺伝子型分類し、このようなＩＴＰＡ  ＳＮＰにより、ｒｓ６０５１７０２で観察された関連シグナルが完全に説明されることを見い出した。この所見に基づき、本発明者らは、本明細書において、イノシントリホスファターゼ欠損によりＲＢＶ誘発性溶血性貧血が防御されると考える。
【００１４】
イノシントリホスファターゼ欠損は、赤血球中のイノシン三リン酸（ＩＴＰ）の蓄積を特徴とする赤血球酵素病であり、チオプリン薬であるアザチオプリンおよび６−メルカプトプリンに対する有害な応答と関連している（Ｂｉｅｒａｕ，Ｊ．ら，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８（９）：１２２１−１２２８（２００７））。ＲＢＶ誘発性溶血性貧血の機構は赤血球中へのＲＢＶ−ＴＰの蓄積を伴うため、ＲＢＶ誘発性貧血に対するイノシントリホスファターゼ欠損の防御効果は、ＲＢＶ−ＴＰの影響を受ける細胞内プロセスにおけるＩＴＰのＲＢＶ−ＴＰとの競合により、細胞がＲＢＶ−ＴＰの溶解作用から防御されることによって説明され得る。
【００１５】
したがって、本発明者らは、臨床的に有意なＲＢＶ誘発性貧血を有する可能性が高い個体の特定（例えば、≧３ｇ／ｄＬのＨｂの減少またはＨｂ≦１０ｇ／ｄＬ）は、以下：ＩＴＰＡ欠損と関連しているＩＴＰＡ遺伝子におけるＳＮＰ（あれば）の正常ＩＴＰＡ活性対立遺伝子（例えば、ｒｓ１１２７３５４またはｒｓ７２７０１０１  ＳＮＰの貧血関連対立遺伝子）、本明細書に記載のＧＷＡＳにおける任意のＳＮＰ、および正常ＩＴＰＡ活性対立遺伝子では高ＬＤである２０ｐ１３領域内の他の任意のＳＮＰにおける対立遺伝子のいずれかの有無について試験することにより行われ得ると考える。このようなＳＮＰを以下の表１に示す。表には、ＳＮＰが存在している多型部位（ＰＳ）（ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅ表示により特定）、そのＰＳに見られる別の対立遺伝子、ＲＢＶ誘発性貧血と関連している対立遺伝子（本明細書において「貧血対立遺伝子」という）、ならびにこの対立遺伝子を含むヘテロ接合型およびホモ接合型の遺伝子型（本明細書においてＲＩＡ（「Ｒ」ｉｂａｖｉｒｉｎ−「Ｉ」ｎｄｕｃｅｄ「Ａ」ｎｅｍｉａ）遺伝子マーカーという）を示す。表１のＳＮＰは、ｒｓ１０１５９４７７が第１０染色体上のヘキソキナーゼ遺伝子に存在している以外はすべて、第２０染色体に存在している。
【００１６】
【表１】
2013511259.tif 000003
2013511259.tif 000004
本発明者らは、本明細書において、（１）表１の１種類以上のＲＩＡ遺伝子マーカーの存在、および／または（２）赤血球の正常なＩＴＰＡ活性について個体を試験することが、リバビリンでの処置に感受性の疾患に対するリバビリン療法に応答して最も貧血が起こりやすい個体を特定するのに有用であると想定している。また、このようなＲＩＡマーカー（ＳＮＰ遺伝子マーカーおよびＩＴＰＡ活性バイオマーカー）により、赤血球中でリン酸化されてＲＢＶ−ＴＰと構造的に類似した三リン酸塩を生成させる任意のリバビリン類似体（例えば、タリバビリン）に応答して最も貧血が起こりやすい個体も特定されるはずである。リバビリンおよびかかる構造類似体を、本明細書では、集合的にリバビリン化合物と称する。
【００１７】
したがって、一実施形態において、本発明は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有し、少なくとも１種類のＲＩＡマーカーについての試験で陰性である個体を処置するための、リバビリン化合物を含む医薬組成物を提供する。
【００１８】
別の実施形態では、本発明は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有し、少なくとも１種類のＲＩＡマーカーについての試験で陰性である個体を処置するための医薬の製造におけるリバビリン化合物の使用を提供する。
【００１９】
また別の実施形態では、本発明は、リバビリン医薬組成物と、該医薬組成物を推奨する薬理遺伝学的指示を含む処方情報を含む薬物製剤を提供する。該薬理遺伝学的指示は、該医薬組成物中のリバビリン化合物での処置に感受性の疾患、および該疾患を有し、少なくとも１種類のＲＩＡマーカーが欠損していることによって遺伝学的に規定される患者の２つの要素を含む。
【００２０】
また、本発明は、個体から核酸試料を採取し、該試料をアッセイして表１の多型部位の少なくとも１つにおける該個体の遺伝子型を調べることを含む、個体を少なくとも１種類のＲＩＡマーカーの有無について個体を試験する方法を提供する。
【００２１】
別の実施形態では、本発明は、個体から生物学的試料を採取し、該生物学的試料を、アミノ酸３２位にプロリンを有するＩＴＰＡ（ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２）の存在についてアッセイすることを含む、個体をＲＩＡマーカーの存在について試験する方法を提供する。一部の実施形態では、該アッセイ工程は、生物学的試料を、ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合する（すなわち、ＩＴＰＡ−Ｔｈｒ３２には結合しない）モノクローナル抗体と接触させることを含む。他の実施形態では、該アッセイ工程は、該生物学的試料を、ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体およびＩＴＰＡ−Ｔｈｒ３２に特異的に結合する（すなわち、ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に結合しない）モノクローナル抗体の各々と接触させることを含む。
【００２２】
また別の実施形態では、本発明は、リバビリン化合物で処置した場合、個体に重度の貧血（Ｈｂ＜１０ｇ／ｄＬ）のリスクがあるかどうかを予測する方法を提供し、該方法は、個体から赤血球試料を採取すること、該試料中のＩＴＰＡ活性を測定すること、および該ＩＴＰＡ活性を標準（例えば、正常ＩＴＰＡ活性での範囲）と比較することを含み、ここで、測定されたＩＴＰＡ活性が標準よりも低い場合、リバビリン化合物で処置したとき、個体は重度の貧血を起こしにくいという予測になり、測定されたＩＴＰＡ活性が標準よりも低くない（例えば、正常範囲内であるか、それより高い）場合、リバビリン化合物で処置したとき、個体は重度の貧血を起こす可能性があるという予測になる。
【００２３】
一部の実施形態では、個体をＲＩＡマーカーの有無について試験する方法は、さらに、アッセイした多型部位の該個体の遺伝子型を示す試験報告を作成することを含み、該試験報告を、該個体または該個体をリバビリン化合物での処置に感受性の疾患について処置している医師に提供することを含んでいてもよい。
【００２４】
別の態様では、本発明は、核酸試料においてＲＩＡマーカーを検出するためのキットを提供する。キットは、ＲＩＡマーカーの多型部位における各対立遺伝子が特定されるように設計された一組の１種類以上のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、核酸試料は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する患者由来のものである。一部の好ましい実施形態では、該疾患は慢性ＨＣＶ感染である。他の好ましい実施形態では、リバビリン化合物はリバビリンまたはタリバビリンである。
【００２５】
なおさらなる実施形態では、本発明は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する個体を処置するための治療法の選択方法であって、少なくとも１種類のＲＩＡマーカーの存在から該個体の遺伝子型を得ること、および得られた遺伝子型に基づいて治療法を選択することを含む方法を提供する。一部の実施形態では、個体がＲＩＡマーカーを有する場合、選択される治療法は、リバビリン化合物を、リバビリン誘発性貧血に反対作用する薬剤と併用して投与することを含むものである。他の実施形態では、ＲＩＡマーカーを有する個体に選択される治療法は、該疾患に推奨される用量より低い用量のリバビリン化合物での処置を含むものであるか、またはリバビリン化合物での処置を除外する。個体にＲＩＡマーカーがない場合、選択される治療法は、一部の実施形態では、リバビリン化合物を、該疾患に推奨される用量または推奨用量より高い用量のいずれかで投与すること、および該個体を貧血についてモニタリングすることを含むものである。
【００２６】
また、本発明は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する個体の群から、リバビリン化合物での初期処置または継続処置のための個体を選択するためのスクリーニング方法を提供する。このスクリーニング方法は、該疾患群の各構成員を少なくとも１種類のＲＩＡマーカーの存在について試験すること、およびＲＩＡマーカーについての試験で陽性である個体をすべて、処置から除外することを含む。
【００２７】
ＲＩＡ遺伝子マーカーを使用する上記の各実施形態において、該マーカーは、表１に示すヘテロ接合型およびホモ接合型ＲＩＡマーカーのうちのいずれかである。好ましい実施形態では、ＲＩＡマーカーは、ホモ接合型ＲＩＡマーカーのうちの１つである。好ましい一実施形態では、ＲＩＡマーカーは、ｒｓ１１２７３５４におけるＣ／Ｃ遺伝子型またはｒｓ７２７０１０１におけるＡ／Ａ遺伝子型である。別の好ましい実施形態では、ＲＩＡマーカーは、該個体がコーカサス系人種である場合はｒｓ６０５１７０２  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型、または個体がアフリカ系人種である場合はｒｓ３８１０５６０  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型、または該個体がヒスパニック系人種である場合はｒｓ１１６９７１１４におけるＴ／Ｔ遺伝子型である。他の実施形態では、リバビリン化合物での処置によって誘発される重度の貧血の予測は、表１の少なくとも２つのＰＳの各々のＲＩＡマーカーの存在に基づいたものであり、好ましい実施形態では、該２つのＰＳはｒｓ１１２７３５４とｒｓ７２７０１０１である。
【００２８】
リバビリン化合物での処置に感受性の疾患が慢性ＨＣＶ感染である上記のいずれかの組成物および方法の一部の実施形態では、慢性ＨＣＶ感染は、遺伝子型１（Ｇｌ  ＨＣＶ）、遺伝子型３（Ｇ３  ＨＣＶ）または遺伝子型４（Ｇ４  ＨＣＶ）からなる群から選択されるＨＣＶ遺伝子型を有するベースラインウイルス負荷量が高い感染である。
【００２９】
上記のすべての実施形態において、ＲＩＡマーカーについて試験が陽性であることを、ＲＢＶ誘発性貧血の１種類以上の他の予測因子の存在と組み合わせて使用し、リバビリン化合物で処置したとき重度の貧血を起こす可能性がある患者を特定してもよい。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１Ａ】異なる長さの転写物にコードされた２種類のヒトＩＴＰＡＡアイソフォームの参照アミノ酸配列を示す。長い方の転写物は、図１Ａ（配列番号ｌ）に示した１９４アミノ酸のアイソフォームａをコードし、短い方の転写物は、図１Ｂ（配列番号２）に示した１７７アミノ酸のアイソフォームｂをコードしている。変異アミノ酸位の位置を該参照配列において太字で示し、変異（低頻度）対立遺伝子の実体を該変異アミノ酸位の下に太字で示している。
【図１Ｂ】異なる長さの転写物にコードされた２種類のヒトＩＴＰＡＡアイソフォームの参照アミノ酸配列を示す。長い方の転写物は、図１Ａ（配列番号ｌ）に示した１９４アミノ酸のアイソフォームａをコードし、短い方の転写物は、図１Ｂ（配列番号２）に示した１７７アミノ酸のアイソフォームｂをコードしている。変異アミノ酸位の位置を該参照配列において太字で示し、変異（低頻度）対立遺伝子の実体を該変異アミノ酸位の下に太字で示している。
【図２】ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染しており、ペグ−ＩＦＮα−２ａまたは２ｂ／リバビリン併用療法で４週間処置したヨーロッパ系アメリカ人、アフリカ系アメリカ人およびヒスパニック系患者を合わせた群における、処置誘発性ヘモグロビン減少の有意な決定因子に関する単一−マーカー遺伝子型トレンド試験の結果を示す。上部および中央のグラフは、それぞれ、全ゲノムおよび２０ｐ１３染色体領域で遺伝子型分類したすべてのＳＮＰのｐ値［−ｌｏｇ（Ｐ）］を示し、上位１０個の長い垂直線は、ゲノム全体においてヘモグロビン減少との有意な関連が示されたＳＮＰを示す。下部のグラフは、２０ｐ１３領域におけるＩＴＰＡ遺伝子および周囲遺伝子の位置および構造を示す。
【図３】ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染し、ペグ−ＩＦＮ／ＲＢＶ併用療法剤で処置した種々の患者群における、ｒｓ６０５１７０２多型部位における遺伝子型（ＣＣ、ＡＣまたはＡＡ）（Ｘ軸）と、≧３ｇ／ｄＬのＨｂレベルの減少を示した各遺伝子型を有する患者のパーセント（Ｙ軸）との関連を示す。Ｎは、表示した患者群での各遺伝子型を有する被検体の総数を表す。さらなる詳細は本実施例で示す。
【図４】ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染し、ペグ−ＩＦＮ／ＲＢＶ併用療法剤で処置した患者のうち、中等度の貧血（≧３ｇ／ｄＬのＨｂの減少、ドット部）または重度の貧血（Ｈｂ≦１０ｇ／ｄＬ、斜線部）を起こした患者の割合を、ＩＴＰＡ活性と関連している２つのＩＴＰＡ  ＳＮＰの遺伝子型（ｒｓ１１２７３５４、左上のグラフおよびｒｓ７２７０１０１、右上のグラフ）または予測したＩＴＰＡ欠損（下側のグラフ）の関数として示す。＋＋＋は、残存活性が非常に低いことを示し、＋＋は、正常活性の３０％であることを示し、＋は、正常活性の６０％であることを示し、Ｎは、各ＩＴＰＡ遺伝子型または予測した表現型を有する患者の総数を表す。さらなる詳細は本実施例で示す。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
Ｉ．総論
本発明は、本明細書に記載した具体的な実施形態による範囲に限定されないものとする。実際、当業者には、前述の説明から、本明細書に記載したものに加えて本発明の種々の変形例が明らかとなろう。かかる変形例は、添付の特許請求の範囲の範囲に含まれることを意図する。
【００３２】
本出願を通して特許、特許出願、刊行物、製品に関する文書、およびプロトコルを挙げているが、その開示内容は、引用によりその全体があらゆる目的のために本明細書に組み込まれる。
ＩＩ．定義
本発明がより容易に理解され得るように、一部の科学技術用語を以下に具体的に定義する。本文書中の別の箇所に具体的に定義していない限り、本明細書で用いる他のすべての科学技術用語は、本明細書における使用と同様の状況で使用される場合に、本発明が属する技術分野の当業者に一般的に理解されているものと同じ意味を有する。
【００３３】
本明細書（添付の特許請求の範囲を含む）で用いる場合、「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」などの単数形の語は、本文中にそうでないことを明示していない限り、その対応する複数の指示対象物を含む。
【００３４】
「約」は、数値規定されたパラメータ（例えば、本明細書において考察している治療用薬剤の投薬量、または処置期間の長さ）を修飾するように使用されている場合、そのパラメータが、該パラメータに関して記載された数値より最大１０％以上または以下まで異なっていてもよいことを意味する。例えば、ＨＣＶ患者の処置に使用されるリバビリンの用量約８００ｍｇは、７２０ｍｇ〜８８０ｍｇの間で変動させてもよい。
【００３５】
「対立遺伝子」は、その特定のヌクレオチド配列によって他の形態と識別される遺伝子または他の遺伝子座の特定の形態である。また、対立遺伝子という用語は、多型部位において見られる別の多型の１つ（例えば、ＳＮＰ）も含む。
【００３６】
「有益な結果」は、リバビリン化合物での処置の所望の臨床結果を意味し、限定されないが：１つ以上の疾患症状の緩和、疾患の程度の減弱（例えば、ウイルス負荷量の低減）、疾患の状態の安定化（すなわち、悪化しない）、疾患進行の遅滞、疾患状態の改善または軽減、生存期間の長期化（処置しない場合の予測生存期間との比較時）、無再発生存期間、寛解（一部であれ、完全であれ）および治癒（すなわち、疾患の解消）が挙げられる。
【００３７】
「本質的に〜からなる（「ｃｏｎｓｉｓｔ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ」）」および「ｃｏｎｓｉｓｔ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ」または「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ」などの変化形は、本明細書全体および特許請求の範囲で用いる場合、記載の任意の要素または要素群が含まれること、および明記した投薬レジメン、方法または組成物の基本的または新規な性質を実質的に変化させない、記載の要素と類似したまたは異なる性質の他の要素が含まれてもよいことを示す。
【００３８】
「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳動物」は、いずれかの請求項に記載の組成物および方法が必要とされるか、または有益であり得る任意の被検体、特に、哺乳動物被検体を意図する。好ましい実施形態では、個体はヒトである。より好ましい実施形態では、個体は成人のヒト、すなわち、少なくとも１８歳である。
【００３９】
「イノシントリホスファターゼ」（ＩＴＰＡもしくはＩＴＰａｓｅ）または「イノシン三リン酸ピロホスホヒドロラーゼ」は、配列番号１（アイソフォームａ、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿２５８４１２．１、ＧＩ：１５６２６９９９）または配列番号２（アイソフォームｂ、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿８５２４７０．１；ＧＩ：３１６５７１４４）のアミノ酸を含むポリペプチドを意味する。ＩＴＰＡアイソフォームａ（５８５ヌクレオチドのオープンリーディングフレームを含む転写物にコードされている）では、プロリンまたはトレオニンの対立遺伝子変異がアミノ酸３２位に存在している。この対立遺伝子変異はＩＴＰＡアイソフォームｂでは１５位に存在し、このアイソフォームは１７７個のアミノ酸を有し、５’コード領域内に別のインフレームスプライス部位が使用された短い方の転写物にコードされている。したがって、ＩＴＰＡａ  Ｔｈｒポリペプチドは、配列番号ｌのアミノ酸３２位にトレオニンを有するＩＴＰａｓｅアイソフォームａであり、ＩＴＰＡｂ  Ｔｈｒポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸１５位にトレオニンを有するＩＴＰａｓｅアイソフォームｂである。同様に、ＩＴＰＡａ  Ｐｒｏポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸３２位にプロリンを有するＩＴＰａｓｅアイソフォームａであり、ＩＴＰＡｂ  Ｐｒｏポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸１５位にプロリンを有するＩＴＰａｓｅアイソフォームｂである。
【００４０】
「単離された」は、典型的には、ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴヌクレオチドまたはタンパク質などの生物学的分子の精製状態を反映するために使用しており、かかる状況において、分子には、他の生物学的分子（核酸、タンパク質、脂質、糖質など）、または細胞残屑および増殖培地などの他の物質が実質的に含有されていないことを意味する。一般的に、用語「単離された」は、他の生物学的分子もしくは物質の完全な非存在、または水、バッファーもしくは塩の非存在を示すことを意図するものでないが、これらの存在は、実質的に本発明の方法の妨げとならない量であるものとする。
【００４１】
「ＩＴＰＡ活性」は、イノシン三リン酸（ＩＴＰ）がイノシン一リン酸塩（ＩＭＰ）に変換される速度をいい、１時間あたりヘモグロビン１グラムあたりに形成されるＩＭＰのマイクロモル（μモル）［μモル／（ｇ  Ｈｂ・ｈ）］で表示する。「正常ＩＴＰＡ活性」は、類似の人種起源の健常個体集団、例えば、ｒｓ１１２７３５４  ＰＳにＣ／Ｃ遺伝子型およびｒｓ７２７０１０１  ＰＳにＡ／Ａ遺伝子型を有するコーカサス系、アジア系、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック系で観察される活性である。コーカサス系の女性では、正常ＩＴＰＡ活性は、１３３．９〜３６２．０μモル／ｇ  Ｈｂ・ｈ）の範囲内の任意の値であり、コーカサス系の男性では、正常ＩＴＰＡ活性は、１５４．３〜４０８．３μモル／（ｇ  Ｈｂ・ｈ）の範囲内の任意の値である。
【００４２】
「遺伝子座」は、表現型の特長と関連している遺伝子、物理的特長（多型部位など）または位置に対応する染色体またはＤＮＡ分子上の位置をいう。
【００４３】
「ヌクレオチドペア」は、個体の染色体の２つのコピー上の多型部位に見られる２つのヌクレオチド（これは、同じであっても異なっていてもよい）の組である。
【００４４】
「オリゴヌクレオチド」は、通常、５〜１００連続塩基長、最も多くの場合では、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１５〜５０、１５〜４０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２０、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０または２０〜２５連続塩基長である核酸をいう。オリゴヌクレオチドの配列は、遺伝子座の任意の対立遺伝子形態に特異的にハイブリダイズするように設計され得る；かかるオリゴヌクレオチドは、対立遺伝子特異的プローブと称される。遺伝子座がＳＮＰを含むＰＳである場合、該ＳＮＰの相補対立遺伝子は、対立遺伝子特異的プローブ内の任意の位置に存在し得る。本発明の実施に有用な他のオリゴヌクレオチドは、ＰＳに隣接する標的領域に特異的にハイブリダイズするものであり、その３’末端は該ＰＳから１〜約１０ヌクレオチド以内、好ましくは約５ヌクレオチド以内に位置する。ＰＳの隣接部にハイブリダイズするかかるオリゴヌクレオチドは、ポリメラーゼ媒介性プライマー伸長法に有用であり、本明細書において「プライマー−伸長オリゴヌクレオチド」と称する。好ましい実施形態では、プライマー−伸長オリゴヌクレオチドの３末端は、該ＰＳと直接隣接して存在するヌクレオチドに相補的なデオキシヌクレオチドである。
【００４５】
「非経口投与」は、静脈内、皮下または筋肉内注射を意味する。
【００４６】
「薬学的に許容され得る」は、分子性実体および組成物が「一般的に安全とみなされる」こと−例えば、生理学的に許容され、典型的には、ヒトに投与したときにアレルギー反応または同様の不都合な反応（例えば、胃の不快感など）をもたらさないことをいう。別の実施形態では、この用語は、分子性実体および組成物が、連邦もしくは州政府の規制機関によって承認されていること、または米国薬局方もしくは動物（より特別にはヒト）における使用のための別の一般的に認知された薬局方に記載されていることを示す。
【００４７】
「多型部位」または「ＰＳ」は、多型、例えば、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、可変数タンデム反復配列（ＶＮＴＲ）、ジヌクレオチド反復配列、トリヌクレオチド反復配列、テトラヌクレオチド反復配列、単純配列反復配列、Ａｌｕなどの要素の挿入、および１つ以上のヌクレオチドの欠失または挿入）が見られる遺伝子座または遺伝子の位置をいう。通常、ＰＳの前または後ろには、対象集団において高度に保存された配列が存在し、したがって、ＰＳの位置決定は、典型的には、該ＰＳを含む３０〜６０ヌクレオチドのコンセンサス核酸配列を参照して行われ、ＳＮＰの場合、該コンセンサス核酸配列は、一般的に「ＳＮＰコンテキスト（ｃｏｎｔｅｘｔ）配列」と称される。また、ＰＳの位置は、コンセンサスまたは参照配列内のタンパク質翻訳の開始コドン（ＡＴＧ）に相対するその位置によっても特定され得る。当業者には、コンセンサスまたは参照配列と比較したとき個体において１つ以上の挿入または欠失が存在するために、具体的なＰＳの位置が、対象集団の各個体において、参照配列またはコンテキスト配列内の厳密に同じ位置に存在しないことがあり得ることが理解されよう。さらに、当業者に、具体的な検出対象のＰＳにおける別の対立遺伝子および該ＰＳが存在する参照配列またはコンテキスト配列の一方または両方が示された場合、任意の所与の個体において多型部位の別の対立遺伝子を検出するためのロバストで、特異的かつ正確なアッセイを設計することは、当業者にとって常套的なことである。したがって、当業者には、参照配列またはコンテキスト配列内の具体的な位置を参照した（またはかかる配列内の開始コドンに対する）本明細書に記載の任意のＰＳの位置の明示は、便宜上にすぎないこと、および具体的に列挙した任意のヌクレオチド位置は、文字どおり、本明細書に記載の任意の遺伝子型分類法または当該技術分野でよく知られた他の遺伝子型分類法を用いた、本発明の遺伝子マーカーの有無についての試験の対象の、任意の個体において、同じＰＳが同じ遺伝子座に実際に存在しているどのようなヌクレオチド位置も含むことが理解されよう。
【００４８】
「リバビリン応答」は、リバビリン化合物での処置の所望の臨床結果を意味し、限定されないが：１つ以上の疾患症状の緩和、疾患の程度の減弱、疾患の状態の安定化（すなわち、悪化しない）、疾患進行の遅滞、疾患状態の改善または軽減、生存期間の長期化（処置しない場合の予測生存期間との比較時）、無再発生存期間、寛解（一部であれ、完全であれ）および治癒（すなわち、疾患の解消）が挙げられる。
【００４９】
「リバビリン処置未経験」は、本明細書に記載の任意の実施形態による処置または試験対象の個体または患者が、これまでに、いずれのリバビリン化合物（任意の実験用または承認済リバビリン薬物製剤を含む）でも処置されたことがないことを意味する。
【００５０】
「処置する」または「処置すること」は、本明細書に記載の任意のリバビリン化合物を含む組成物などの治療用薬剤を、該治療用薬剤を必要とする個体に、内服的または外用的に投与することを意味する。該薬剤を必要とする個体としては、該薬剤での処置に感受性の病状または障害を有するか、または該病状または障害が発現するリスクがあると診断された個体、ならびに第１の治療用薬剤での処置の１種類以上の有害効果（これは、第２の治療用薬剤での緩和に感受性である）を有するか、または該有害効果が発現するリスクがある個体が挙げられる。典型的には、治療用薬剤は治療有効量で投与され、治療有効量は、１つ以上の有益な結果をもたらすのに有効な量を意味する。具体的な薬剤の治療有効量は、処置対象の患者の疾患状態、年齢および体重、ならびに患者の感受性（例えば、治療用薬剤に対する応答能）などの要素に応じて異なり得る。有益なまたは臨床結果が得られたかどうかは、対象の疾患、症状または有害効果の存在、重症度または進行状態を評価するために医師または他の熟練保険医療提供者によって典型的に使用される任意の臨床的手段によって評価することができる。典型的には、薬剤の治療有効量は、該当する臨床測定値（１つまたは複数）において、ベースライン状態または処置なしの場合に予測される状態と比べて、少なくとも５％、通常、少なくとも１０％、より通常には少なくとも２０％、最も通常には少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、最も好ましくは少なくとも６０％、理想的には少なくとも７０％、より理想的には少なくとも８０％、最も理想的には少なくとも９０％の改善がもたらされる量である。本発明の実施形態（例えば、処置方法または製造物品）により、どの患者でも所望の臨床上の有益性または結果が得られるとは限らないが、当該技術分野で知られた任意の統計学的検定（スチューデントのｔ試験、カイ２−検定、マンホイットニーによるＵ−検定、クラスカル−ウォリス検定（Ｈ−検定）、ヨンクヒール・タプストラ−検定およびウィルコクスン−検定）によって測定した場合、統計学的に有意な数の患者において所望の臨床上の有益性または結果が得られるはずである。
【００５１】
慢性ＨＣＶ感染の処置の状況における「ウイルス負荷量」は、患者の血清中のＨＣＶ  ＲＮＡの量を意味する（当該技術分野および本明細書において、血清ＨＣＶ  ＲＮＡおよびＨＣＶウイルス負荷量とも称する）。ウイルス負荷量は、好ましくは、当該技術分野において信頼性のある結果が得られると一般的に認められた定量的ＲＴ−ＰＣＲアッセイを用いて測定される。より好ましくは、個体のＨＣＶウイルス負荷量を測定するために使用されるＲＴ−ＰＣＲアッセイは、約２９国際単位／ｍＬ（ＩＵ／ｍＬ）以下の定量下限（ＬＬＱ）を有するものである。ベースライン時および抗ウイルス療法での処置中の種々の時点で患者のＨＣＶウイルス負荷量を定量することは、患者が高いベースラインウイルス負荷量（本明細書において定義）を有するかどうかの分類、およびウイルス応答表現型（例えば、本明細書に記載のウイルス応答表現型のいずれか１つ）への患者の割り当てに有用である。
【００５２】
「ベースラインウイルス負荷量」は、１種類以上の抗ウイルス剤での治療開始前の血清ＨＣＶ  ＲＮＡレベルを意味する。「高いベースラインウイルス負荷量」は、当該技術分野において患者を慢性ＨＣＶウイルス感染の処置に困難さを有すると分類するのに一般的に理解されているＨＣＶ  ＲＮＡの量を意味する。間接的ペグインターフェロンα／リバビリン療法の状況において、患者を処置が困難であると分類するのに使用されていた２つのベースラインウイルス負荷量値は、＞６００，０００ＩＵ／ｍｌおよび＞８００，０００ＩＵ／ｍｌである。最近では、患者を処置が困難であると分類するのに使用されているウイルス負荷量は＞４００，０００ＩＵ／ｍｌである。
【００５３】
「検出不可能なＨＣＶ  ＲＮＡ」は、検出下限（ＬＬＤ）が約１０ＩＵ／ｍｌ以下であるＲＴ−ＰＣＲアッセイまたは異なる方法論を使用しているが当該技術分野において同等もしくは同様の感度をもたらすと一般的に認められた任意の他のアッセイを用いてＨＣＶ  ＲＮＡが検出されなかったことを意味する。
【００５４】
慢性ＨＣＶ感染の処置の状況における「ウイルス応答」は、抗ウイルス療法の開始後の血清ＨＣＶ  ＲＮＡレベルの低下を意味する。
【００５５】
一部の実施形態では、抗ウイルス療法剤は、リバビリン化合物とインターフェロンαを含むものである。インターフェロンαを含む併用療法剤は、当該技術分野において多くの場合、インターフェロン−α系治療薬と称される。他の実施形態では、測定されるウイルス応答は、インターフェロンαを含まない抗ウイルス療法に対する応答である。好ましいウイルス応答表現型は迅速ウイルス応答（ＲＶＲ）、早期ウイルス応答（ＥＶＲ）、処置応答終了（ＥＴＲ）、持続的ウイルス応答（ＳＶＲ）、低速応答、空白応答、無応答（ＮＲ）および再発である。これらの応答表現型の定義および評価時点を以下に記載する。一部の実施形態では、ＨＣＶ処置は、間接的抗ウイルス療法剤（ペグインターフェロンα／リバビリン併用療法剤）の導入期、続いて、「直接抗ウイルス療法」（これは、本明細書で用いる場合、治療が、少なくとも１種類の直接的抗ウイルス剤（ＨＣＶプロテアーゼプロテアーゼ阻害薬など）の投与を含むことを意味し、１種類以上の間接的抗ウイルス剤（ペグ化インターフェロンおよびリバビリンなど）と併用してもよい）を含むものである。かかる多重相処置レジメンでは、後述するウイルス応答時点に導入処置期間を含めない；そうではなく、これは、直接的抗ウイルス療法での処置の長さを示す。
【００５６】
例えば、ペグ化インターフェロン−αとリバビリンを含む間接的抗ウイルス併用療法の状況における「迅速ウイルス応答」または「ＲＶＲ」は、４週間の処置の終了時に血清ＨＣＶ  ＲＮＡが検出不可能であることを意味する。
【００５７】
「早期ウイルス応答」または「ＥＶＲ」は、１２週間の抗ウイルス療法の終了時における血清ＨＣＶ  ＲＮＡの≧２ｌｏｇの減少を意味し、「完全ＥＶＲ」は、１２週間の抗ウイルス療法の終了時に血清ＨＣＶ  ＲＮＡが検出不可能であることを意味する。
【００５８】
「処置応答終了または「ＥＴＲ」は、血清ＨＣＶ  ＲＮＡが、抗ウイルス療法の終結時、好ましくは、本明細書に記載の任意の処置レジメンの終結時、または規制機関によって承認された処方情報において推奨された任意の処置レジメンの終結時に検出不可能であることを意味する。ＥＴＲ時点の非限定的な例は１２、１６、２４、３６および４８週間である。
【００５９】
「持続的ウイルス応答」または「ＳＶＲ」は、抗ウイルス療法の終結時および抗ウイルス療法終了後、最長２４週間の時点で血清ＨＣＶ  ＲＮＡが検出不可能であることを意味する。一部の実施形態では、ＳＶＲは、抗ウイルス療法の終了後、１２週間の時点で測定される。また、ＳＶＲは、Ｄｒ．Ｓｔｅｖｅｎ  Ｌ．Ｆｌａｍｍ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ，第２８９巻，Ｎｏ．１８，ｐｐ．２４１３〜２４１７（２００３）にも報告されている。
【００６０】
ペグ化インターフェロンα／リバビリン併用療法の状況における「低速応答」は、血清ＨＣＶ  ＲＮＡが、１２週間の抗ウイルス療法の終了時に≧２ｌｏｇ減少しているが、なお検出可能であり、２４週間の抗ウイルス療法の終了時には血清ＨＣＶ  ＲＮＡが検出不可能であることを意味する。
【００６１】
「空白応答」は、それぞれ、４週間および１２週間の抗ウイルス療法の終了時に血清ＨＣＶ  ＲＮＡが＜１ｌｏｇ減少および／または血清ＨＣＶ  ＲＮＡが＜２ｌｏｇ減少していることを意味する。
【００６２】
「無応答」または「ＮＲ」は、最低１２週間の抗ウイルス療法期間を通して検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡが存在することを意味する。無応答表現型は、典型的には、４週間および１２週間の抗ウイルス療法の終了時血清ＨＣＶ  ＲＮＡが検出可能である場合に割り当てられる。
【００６３】
「再発」は、処置応答終了（ＥＴＲ）後（例えば、限定されないが、ＥＴＲの１２週間後または２４週間後）任意の時点での検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡの存在を意味する。
ＩＩＩ．本発明のリバビリン誘発性貧血マーカーの有用性
本明細書に記載のＲＩＡマーカーの表現型効果により、さまざまな商業的適用、例えば限定されないが、１種類以上のこのようなマーカーの有無に基づいて選択された患者での治験用または既に承認されたリバビリン薬物の臨床試験、ＲＩＡマーカーがない患者を処置するためのリバビリン化合物を含む医薬組成物および薬物製剤、診断方法、および患者が１種類以上のこのようなマーカーを有するかどうかに基づいて患者に薬物療法をあつらえることを伴う薬理遺伝学的処置方法におけるこのようなマーカーの使用が補助される。
【００６４】
本明細書における請求項に記載の任意の商業的適用の有用性は、本発明のＲＩＡマーカーの存在と溶血性貧血の発生との相関が、リバビリン化合物を受けた１００％の個体において観察されることを要するものでない；また、診断方法またはキットが、どの個体においてもＲＩＡマーカーの有無の測定において特定の度合の特異性または感度を有することを要するものでもなく、本明細書における請求項に記載の診断方法が、どの個体についても該個体がリバビリン化合物に応答して溶血性貧血を有する可能性があることの予測において１００％正確であることを要するものでもない。したがって、本発明者らは、本明細書において、用語「測定する」、「測定すること」および「予測すること」は、明白なまたは一定の結果を必要とすると解釈されるべきでない；そうではなく、このような用語は、請求項に記載の方法が大部分の個体に対して正確な結果をもたらすものであること、または任意の所与の個体に対する結果もしくは予測が不正確であるよりは正確である可能性が高いことを意図することを意味するものと解釈されるべきである。
【００６５】
好ましくは、本発明の診断方法によって示される結果の精度は、該方法が使用される具体的な適用に対して当業者または規制当局が適当であるとみなし得るものである。同様に、請求項に記載の薬物製剤および処置方法の有用性は、どの個体においても請求項に記載の効果または所望の効果がもたらされることを要するものではない；必要とされるのは、臨床療法士が、適用可能なあらゆる基準に整合する自身の専門的判断を適用する際に、請求項に記載の方法に従って、または請求項に記載の薬物製剤での所与の個体の処置で、請求項に記載の効果が得られる可能性が、該処置または薬物製剤の処方が正当であるとするのに充分に高いと決定することだけである。
【００６６】
Ａ．本発明のリバビリン誘発性貧血マーカーの試験
ＲＩＡマーカーの有無は、当該技術分野において一般的に使用されている任意のさまざまな遺伝子型分類手法によって検出され得る。典型的には、かかる遺伝子型分類手法では、対象のＰＳを含む領域または対象のＰＳに隣接している領域に相補的な１種類以上のオリゴヌクレオチドを使用する。対象の具体的なＰＳの遺伝子型分類に使用されるオリゴヌクレオチドの配列は、典型的には、該ＰＳのコンテキスト配列に基づいて設計される。表１に特定した任意の多型部位の特定の個体での位置は、対象のＰＳの周囲の参照コード配列もしくはゲノムＤＮＡ配列内の対象のＰＳの位置、または以下の表２に記載したコンテキスト配列内もしくはその相補配列内のうちの１つの対象のＰＳの位置に対応する位置である。表２のコンテキスト配列は、２００９年１０月２５日にＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅに報告されたものであり、別の対立遺伝子は、以下の命名法で示す：Ｙは、ＣまたはＴを示し、Ｓは、ＧまたはＣを示し、Ｒは、ＧまたはＡを示し、Ｋ＝ＧまたはＴ、Ｍ＝ＡまたはＣ。表１のＰＳを遺伝子型分類するためのオリゴヌクレオチドの設計に有用な長いコンテキスト配列は、２００９年１０月２６日付けでＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅに示されたコンテキスト配列である。
【００６７】
【表２】
2013511259.tif 000005
2013511259.tif 000006
2013511259.tif 000007
2013511259.tif 000008
当業者には認識されるように、特定のＰＳを含む核酸試料は相補的な二本鎖分子であり得、したがって、同様に、センス鎖上の特定の部位に対する参照は、その相補アンチセンス鎖上の対応する部位も示し得る。同様に、染色体の一方の鎖の両コピー上のＰＳについて得られた特定の遺伝子型に対する参照は、他方の鎖の両コピー上の同じＰＳについて得られる相補的な遺伝子型と同等である。したがって、ＩＴＰＡ遺伝子のコード鎖上のｒｓ１１２７３５４  ＰＳのＡ／Ａ遺伝子型は、非コード鎖上の該ＰＳのＴ／Ｔ遺伝子型と同等である。
【００６８】
本明細書に記載のコンテキスト配列、ならびにその相補配列は、個体が表１に特定した貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型であるかホモ接合型であるかの判定を可能にする当該技術分野でよく知られた任意のさまざまな方法を用いて、対象のヒト被検体から採取した核酸試料中の表１の多型部位の遺伝子型分類を行うためのプローブおよびプライマーを設計するために使用され得る。かかる方法で使用される核酸分子としては、一般的にＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはＲＮＡから誘導したｃＤＮＡが挙げられる。
【００６９】
典型的には、遺伝子型分類法は、個体から採取した生物学的試料から調製した核酸試料アッセイし、対象の１つ以上の多型部位に存在するヌクレオチドまたはヌクレオチドペアの実体を調べることを伴う。核酸試料は、事実上、任意の生物学的試料から調製され得る。例えば、簡便な試料としては、全血血清、精液、唾液、涙、糞便、尿、汗、口内物質、皮膚および髪が挙げられる。体細胞は、
対象のＰＳに存在する両方の対立遺伝子の実体の決定が可能であるため好ましい。
【００７０】
核酸試料は、当業者に知られた任意の手法を用いて解析のために調製され得る。好ましくは、かかる手法は、核酸分子内の所望の多型部位（１つまたは複数）の遺伝子型を判定するのに充分純粋なゲノムＤＮＡの単離がもたらされるものである。該判定の感度および特異性を向上させるため、多くの場合、核酸試料から、遺伝子型分類するＰＳを含む標的領域を増幅させることが望ましい。核酸の単離および増幅手法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）（２００１）において知得され得る。
【００７１】
当業者に知られた任意の増幅手法が本発明の実施に使用され得、限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）手法が挙げられる。ＰＣＲは、当業者に知られた材料および方法を用いて行われ得る（概要は，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｚａｌｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（Ｈ．Ａ，Ｅｒｌｉｃｈ編，Ｆｒｅｅｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，Ｎ．Ｙ．，１９９２）；ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓら編，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．，１９９０）；Ｍａｔｉｌｌａら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９：４９６７（１９９１）；Ｅｃｋｅｒｔら，ＰＣＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  １：１７（１９９１）；ＰＣＲ（ＭｃＰｈｅｒｓｏｎら編，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ）；および米国特許第４，６８３，２０２号を参照。他の適当な増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（ＷｕおよびＷａｌｌａｃｅ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４：５６０（１９８９）およびＬａｎｄｅｇｒｅｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７（１９８８）参照）、転写増幅（Ｋｗｏｈら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１  １７３（１９８９））、自家持続配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８７：１８７４（１９９０））；等温法（Ｗａｌｋｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：３９２−６（１９９２））；ならびに核酸系配列増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられる。
【００７２】
増幅した標的領域をアッセイし、標的領域内のＰＳに存在する少なくとも一方の対立遺伝子の実体を調べる。遺伝子座の両方の対立遺伝子が増幅標的において提示される場合、あるＰＳにおいてホモ接合型である個体では、該ＰＳにおいて１つの対立遺伝子だけが検出されるが、個体が、該ＰＳについてヘテロ接合型である場合、２つの異なる対立遺伝子が検出されることが当業者には容易に認識されよう。
【００７３】
対立遺伝子の実体は、直接（正の同定として知られている）、または参照によって（負の同定と称される）特定され得る。例えば、ＳＮＰが、参照集団においてグアニンまたはシトシンであることがわかっている場合、ＰＳは、該部位においてホモ接合型である個体ではグアニンもしくはシトシンのいずれかである、または該個体が、該部位においてヘテロ接合型である場合、グアニンとシトシンの両方である、と肯定的に判定される。あるいはまた、ＰＳは、グアニン（したがって、シトシン／シトシン）でない、またはシトシン（したがって、グアニン／グアニン）でないと否定的に判定され得る。
【００７４】
個体から採取した核酸試料のＰＳの対立遺伝子または対立遺伝子ペア（例えば、ＳＮＰの場合は２つのヌクレオチド）の特定は、当業者に知られた任意の手法を用いて行われ得る。好ましい手法は、最小限の試料の取り扱いで多数のＰＳの迅速で正確なアッセイが可能なものである。適当な手法の一例としては、限定されないが、増幅した標的領域の直接ＤＮＡ配列決定、キャピラリー電気泳動、対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーション、一本鎖コンホメーション多型解析、変性勾配ゲル電気泳動、温度勾配電気泳動、ミスマッチ検出；核酸アレイ、プライマー特異的伸長、タンパク質検出、および当該技術分野でよく知られた他の手法が挙げられる。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）（２００１  ）；Ａｕｓｕｂｅｌら，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）（１９９７）；Ｏｒｉｔａら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６，２７６６−２７７０（１９８９）；Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓら，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＤＩＡＧＮＯＳＩＳ  ＯＦ  ＧＥＮＥＴＩＣ  ＤＩＳＥＡＳＥＳ，Ｅｌｌｅｓ編，ｐｐ．３２  １−３４０，１９９６；Ｗａｒｔｅｌｌら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８：２６９９−７０６（１９９０）；Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７−１６６２；Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：２３２−６（１９８９）；Ｗｉｎｔｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：７５７５（１９８５）；Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５；Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ  ａｎｄ  Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３；Ｍｏｄｒｉｃｈ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２５：２２９−５３（１９９１）；米国特許第６，３００，０６３号；同第５，８３７，８３２号；同第５，４５９，０３９号；およびＨｕＳＮＰ  Ｍａｐｐｉｎｇ  Ａｓｓａｙ，ｒｅａｇｅｎｔ  ｋｉｔ  ａｎｄ  ｕｓｅｒ  ｍａｎｕａｌ，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｐａｒｔ  Ｎｏ．９００９４（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）を参照のこと。
【００７５】
好ましい実施形態では、ＰＳの対立遺伝子（１つまたは複数）の実体は、ポリメラーゼ媒介性プライマー伸長法を用いて調べる。かかる方法がいくつか特許および科学文献において報告されており、「遺伝子ビット解析（Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｂｉｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）」法（国際公開第９２／１５７１２号）およびリガーゼ／ポリメラーゼ媒介性遺伝子ビット解析（米国特許第５，６７９，５２４号）が挙げられる。関連する方法が、国際公開第９１／０２０８７号、同第９０／０９４５５号、同第９５／１７６７６号、ならびに米国特許第５，３０２，５０９号および同第５，９４５，２８３号に開示されている。該多型の相補配列を含む伸長プライマーは、米国特許第５，６０５，７９８号に記載の質量分析によって検出され得る。
【００７６】
別のプライマー伸長法は、対立遺伝子特異的ＰＣＲを使用するものである（Ｒｕａｎｏ，Ｇ．ら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：８３９２（１９８９）；Ｒｕａｎｏ，Ｇ．ら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９：６８７７−８２（１９９１）；  国際公開第９３／２２４５６号；Ｔｕｒｋｉら，Ｊ．Ｇｕｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：１６３５−４１（１９９５））。また、国際公開第８９／１０４１４号に記載の対立遺伝子特異的プライマーの組を使用し、核酸の多数の領域を同時に増幅させることにより、多数のＰＳが調べられ得る。
【００７７】
多型を特定および解析するためのまた別のプライマー伸長法は、付加塩基の標識とプライマーの標識間の蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）とカップリングさせた蛍光標識プライマーの単一塩基伸長（ＳＢＥ）を使用するものである。典型的には、該方法（Ｃｈｅｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：１０７５６−６１（１９９７）に記載されたものなど）では、５’末端を５−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）で標識した遺伝子座特異的オリゴヌクレオチドプライマーが使用される。この標識プライマーは、３’末端が、対象の多型部位に直接隣接するように設計される。標識プライマーが遺伝子座にハイブリダイズし、標識プライマーの単一塩基伸長が、デオキシリボヌクレオチドが存在しないことを除いて、蛍光標識ジデオキシリボヌクレオチド（ｄｄＮＴＰ）により色素ターミネータ（ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ）配列決定様式で行われる。標識プライマーの波長での励起に応答した添加ｄｄＮＴＰの蛍光の増大を使用し、付加ヌクレオチドの実体を推測する。
【００７８】
好ましい遺伝子型分類アッセイは、ＴａｑＭａｎ（登録商標）  ＳＮＰ  Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ａｓｓａｙ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製）またはほぼ同じ信頼性、精度および特異性を有するアッセイである。
【００７９】
上記の方法ではすべて、任意のＰＳの対立遺伝子（１つまたは複数）の実体を検出するために設計されたアッセイの精度および特異性は、典型的には、該ＰＳの対立遺伝子（１つまたは複数）の実体が既知であるＤＮＡ試料でアッセイを行うことにより確認する。好ましくは、考えられ得る各対立遺伝子を提示する試料を確認プロセスに含める。常染色体上およびＸ染色体上のものなどの二倍体遺伝子座では、確認試料としては、典型的には、当該ＰＳの主対立遺伝子についてホモ接合型である試料、当該ＰＳの副対立遺伝子についてホモ接合型である試料、および当該ＰＳにおいてヘテロ接合型である試料が挙げられる。また、このような確認試料は、典型的には、アッセイを試験試料（すなわち、当該ＰＳの対立遺伝子（１つまたは複数）の実体が未知である試料）において行う場合に対照として含められる。また、アッセイの特異性は、試験試料のアッセイ結果を異なる型のアッセイを用いて同じ試料で得られた結果と比較することによっても確認され得る（例えば、対象のＰＳを含んでいると考えられる増幅標的領域の配列を決定し、決定された配列を、当該技術分野で認められたコンテキスト配列（本明細書に示したコンテキスト配列など）と比較することにより）。
【００８０】
正確なゲノム位置がアッセイ対象になることを確立するために必要なコンテキスト配列の長さは、標的領域内の配列の特殊性に基づいて異なる（例えば、他のゲノム領域内に１つ以上の高度に相同な配列が存在することがあり得る）。当業者は、既知の手法（公に入手可能な配列データベースに対してコンテキスト配列をブラスティング（ｂｌａｓｔｉｎｇ）することなど）を用いて、任意のＰＳに対するコンテキスト配列の適切な長さを容易に決定することができよう。増幅標的領域（これにより、第１レベルの特異性が示される）では、既知試料のＰＳの各側の約３０〜６０塩基のコンテキスト配列を調べることが、典型的には、アッセイの設計が対象のＰＳに特異的であることを確保するのに充分である。場合によっては、確認済のアッセイで試験試料について明白な結果が得られないことがあり得る。これは、通常、試料が不充分な純度または量のＤＮＡを有する結果であり、通常、ＤＮＡ試料を再度精製もしくは再単離すること、または試料を異なる型のアッセイを用いてアッセイすることにより明白な結果が得られる。
【００８１】
さらに、特定のＲＩＡマーカーの有無の判定が必要とされる本明細書に記載の任意の方法を実施する際、またはＲＩＡマーカーのＰＳの個体の遺伝子型を得る際には、かかる活動は、患者が目的のマーカーを有するかどうかを判定するための患者の遺伝子組成に関する充分な情報を含むデータ集積体を参考にすることにより行われ得る。好ましくは、データ集積体は、個体にどのようなＲＩＡマーカー（１種類または複数種）が存在するか存在しないかが列挙されたものである。データ集積体としては、コンピュータまたは他の電子媒体もしくは非電子媒体（適切な情報または遺伝子データを保存することができるもの）によってアクセス可能な個々の患者の記録、医療データカード、ファイル（例えば、ＡＳＣＩＩフラットファイル）が挙げられ得る。本明細書で用いる場合、医療データカードは、携帯型保存デバイス、例えば、磁気データカード、スマートカード（これは、オンボード型プロセッシングユニットを有し、Ｓｉｅｍｅｎｓ（Ｍｕｎｉｃｈ  Ｇｅｒｍａｎｙ）などの供給元から販売されている）、またはフラッシュメモリカードである。データ集積体がコンピュータによってアクセス可能なファイルである場合；かかるファイルを、種々の媒体上、例えば：サーバー、クライアント、ハードディスク、ＣＤ、ＤＶＤ、個人用のデジタルアシスタント、例えば、Ｐａｌｍ  Ｐｉｌｏｔ  テープ、ジップディスク、コンピュータの内部ＲＯＭ（読み出し専用メモリ）またはインターネットもしくはワールドワイドウェブ上に存在させてもよい。コンピュータによってアクセス可能なファイルの保存用の他の媒体は、当業者に自明であろう。
【００８２】
また、本発明では、個体が、表１に示した任意のＳＮＰについて貧血対立遺伝子と高い連鎖不平衡（ＬＤ）である異なる遺伝子座に対立遺伝子（例えば、ヌクレオチド）を有するかどうかを判定することにより、ＲＩＡマーカーの試験が行われ得ることを想定する。同じ染色体上の異なる遺伝子座上の２つの特定の対立遺伝子は、一方の遺伝子座の該対立遺伝子の一方の存在によって他方の遺伝子座の他方の対立遺伝子の存在が予測される傾向にある場合、ＬＤであるという。かかる変異（これを、本明細書では連鎖変異または代理（ｐｒｏｘｙ）変異と称する）は、対象の貧血対立遺伝子と高ＬＤである任意の型の変異（例えば、ＳＮＰ、挿入または欠失）であり得る。
【００８３】
連鎖変異は、表１の任意のＳＮＰの貧血対立遺伝子と、染色体領域２０ｐ１３または第２０染色体上のどこかに存在する多型部位の候補連鎖対立遺伝子との連鎖不平衡（ＬＤ）の度合を調べることにより容易に特定される。候補連鎖変異は、現在既知の多型の対立遺伝子であってもよい。他の候補連鎖変異は、当業者により、多型を見い出すための当該技術分野でよく知られた任意の手法を用いて容易に特定され得よう。
【００８４】
表１の貧血対立遺伝子と候補連鎖変異間のＬＤの度合は、当該技術分野で知られた任意のＬＤ測定法を用いて測定され得る。ゲノム領域におけるＬＤパターンは、適切に選択された試料において、任意の２つの対立遺伝子（例えば、異なるＰＳのヌクレオチド同士）が連鎖不平衡であるかどうかを判定するための当該技術分野で知られた種々の手法を用いて経験的に容易に測定される（例えば、ＧＥＮＥＴＩＣ  ＤＡＴＡ  ＡＮＡＬＹＳＩＳ  ＩＩ，Ｗｅｉｒ，Ｓｉｎｅｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，ＭＡ  １９９６参照）。当業者には、どのＬＤ測定法が具体的な集団試料サイズおよびゲノム領域に最良に適しているかが容易に選択され得よう。最も多くの場合で使用される連鎖不平衡測定法の一例はｒ２であり、これは、Ｄｅｖｌｉｎら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２９（２）：３１１−２２（１９９５））に記載された式を用いて計算される。ｒ２は、第１の遺伝子座の対立遺伝子Ｘによって、同じ染色体上の第２の遺伝子座の対立遺伝子Ｙの存在が、どれだけ良好に予測されるかの測定値である。この測定値は、予測が完璧な場合でのみ（例えば、Ｙが存在する場合のみＸ）１．０になる。
【００８５】
好ましくは、連鎖変異の遺伝子座は、ゲノム領域内の約１００キロベース、より好ましくは任意の表１のＰＳにまたがる約１０ｋｂである。他の連鎖変異は、貧血対立遺伝子とのＬＤが、適当な参照集団で測定したとき、少なくとも０．７５、より好ましくは少なくとも０．８０、さらにより好ましくは少なくとも０．８５または少なくとも０．９０、なおより好ましくは少なくとも０．９５、および  最も好ましくは１．０のｒ２値を有するものである。このｒ２測定に使用される参照集団は、一般的な集団、リバビリン化合物を使用している集団、リバビリン化合物が活性を有する特定の病状（インターフェロンαを併用する慢性ＨＣＶ感染など）と診断された集団、もしくは構成員が同じ人種集団（コーカサス系、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック系、ラテン系、先住アメリカ人など）に属していると自己意識している集団、またはこれらのカテゴリーの任意の組合せであり得る。好ましくは、参照集団は、リバビリン化合物での処置対象の患者集団の遺伝的多様性を反映している集団である。
【００８６】
一部の実施形態では、医師が、患者が表１の１つ以上の多型部位に少なくとも１つの貧血対立遺伝子を有するかどうかを判定するために設計された診断試験を指図することにより、患者が本明細書に記載のＲＩＡマーカーを有するかどうかを判定する（またはＲＩＡマーカーのＰＳの個体の遺伝子型を得る）。好ましくは、該試験により、両方の対立遺伝子の実体、すなわち、このＰＳの遺伝子型が決定される。一部の実施形態では、試験を行う実験室で、患者から採取した生物学的試料（血液試料または口腔内スワブなど）から核酸試料を調製する。一部の実施形態では、患者の血液試料を医師もしくは医師スタッフの構成員または技術者が、診断試験所で吸引採取する。一部の実施形態では、患者に、口腔内部から口腔内スワブを採取するためのキットを提供し、次いで、患者は、それを医師スタッフ構成員に渡すか、または直接診断試験所に郵送する。
【００８７】
一部の実施形態において、試験を行う実験室では、試料が試験される個体の実体が知らされていない；すなわち、実験室が受領した試料は、実験室に送られる前になんらかの様式で無記名にされている。例えば、試料は、単に番号またはなんらかの他のコード（「試料ＩＤ」）によって識別され得、診断方法の結果は、試料ＩＤを用いて試験を依頼した団体に報告され得る。好ましい実施形態では、個体の実体と個体の試料間の関係は個体または個体の医師のみに知らされる。
【００８８】
一部の実施形態では、試験結果が得られた後、試験を行う実験室で、貧血対立遺伝子が遺伝子型分類した多型部位に存在するのか存在しないのかを示す、好ましくは患者が貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型であるのかホモ接合型であるのかを示す試験報告を作成する。一部の実施形態では、試験報告は、試験を行う実験室で作成された書面であり、患者または患者の医師に、ハードコピーとして、または電子メールによって送付される。他の実施形態では、試験報告は、コンピュータプログラムによって作成され、医師の診療所のビデオモニターに表示される。
【００８９】
また、試験報告は、患者または患者の医師または医師の診療所の許可された従業員に対する試験結果の直接口頭伝達を含むものであってもよい。同様に、試験報告は、医師が患者のファイルに作成した試験結果の記録を含むものであってもよい。
【００９０】
好ましい一実施形態では、患者が貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、試験報告は、さらに、患者が試験でリバビリン誘発性貧血と関連している遺伝子マーカーについて陽性であったことを示すものであり、一方、該個体が、他方の対立遺伝子についてホモ接合型である場合、試験報告は、さらに、患者が試験でリバビリン誘発性貧血と関連している遺伝子マーカーについて陰性であったことを示すものである。一部の実施形態では、試験結果にはリバビリン化合物に応答して重度の貧血を有する確率スコアが含まれ、これは、該当疾患集団の種々の患者のパラメータ（例えば、年齢、性別、リバビリン用量／キログラム、ベースラインヘモグロビン濃度）に加重したモデルでの実験により誘導される。各パラメータに付与される加重は、該当疾患集団のリバビリン化合物に応答して示される貧血の個体間のばらつきの説明のその他のパラメータと比べたその寄与に基づいたものである。この貧血確率スコアは、医師により、患者に対する治療または処置レジメンを選択する際の指針として使用され得る。例えば、慢性ＨＣＶ感染では、リバビリン誘発性貧血と関連している患者のパラメータとしては、年齢、性別、リバビリン用量／キログラム、およびベースラインヘモグロビン濃度に加えて、肝硬変の存在が挙げられる。
【００９１】
典型的には、個体は、リバビリン療法の開始前にＲＩＡマーカーの存在について試験され得るが、かかる試験は、個体に初回用量のリバビリン化合物を投与した後の任意の時点で行われ得ることが想定され、好ましい試験時点は、リバビリン化合物での処置の２週間後、３週間後または４週間後である。例えば、処置担当医師は、患者が充分に応答しなかったことを懸念することがあり得、個体がより高用量のリバビリンに耐容し得るかどうかをＲＩＡマーカーの有無について試験することにより判定すること所望する。一部の実施形態では、医師により、個体をＲＩＡマーカーについて試験すべきか否かが判定され得る。例えば、医師により、試験の結果がＲＩＡマーカーについて陰性である患者に指示されたリバビリン化合物を含む医薬組成物を処方すべきかどうかが検討され得る。一部の実施形態では、医師は、ＲＢＶ誘発性貧血に反対作用する補助療法薬（エポエチンアルファなど）を処方するかどうかの判断の補助のために、患者のＲＩＡマーカー状態を知ること望む場合があり得る。
【００９２】
任意の個体患者の処置にＲＩＡマーカーの試験結果をどのように使用するかを決定する際、医師はまた、他の関連状況、例えば、処置対象の疾患病状、患者の年齢、体重、性別、ベースラインヘモグロビン濃度、遺伝的背景および人種を考慮し、治療および／または該治療での処置レジメンの選択の際、このような要素と遺伝子マーカー試験結果の組合せのインプットを、医師の指針を補助するモデルに含めることもあり得る。
【００９３】
表１の任意のＲＩＡマーカーの有無の検出は、この目的のために特別に設計されたキットを用いて行われ得る。一実施形態において、本発明のキットは、表１の少なくとも１つのマーカーのＰＳの各対立遺伝子の特定のために設計された一組のオリゴヌクレオチドを含むものである。好ましい実施形態では、ＰＳは、ｒｓ６０５１７０２、ｒｓ３８１０５６０、ｒｓ１１６９７１１４、ｒｓ３３１０、ｒｓ９６４５６９、ｒｓ１１２７３５４またはｒｓ７２７０１０１である。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドの組は、表１のＰＳの２つ以上の任意の組合せの対立遺伝子を特定するために設計される。好ましい実施形態では、ＰＳの組合せは、少なくともｒｓ１１２７３５４多型部位とｒｓ７２７０１０１多型部位を含むものである。別の好ましい実施形態では、ＰＳの組合せは、ｒｓ６０５１７０２、ｒｓ３８１０５６０、ｒｓ１１６９７１１４、ｒｓ３３１０およびｒｓ９６４５６９の各々を含むものである。
【００９４】
一部の実施形態では、キットのオリゴヌクレオチドは、対立遺伝子特異的プローブまたは対立遺伝子特異的プライマーのいずれかである。他の実施形態では、キットは、プライマー−伸長オリゴヌクレオチドを含むものである。なおさらなる実施形態では、オリゴヌクレオチドの組は、対立遺伝子特異的プローブ、対立遺伝子特異的プライマーおよびプライマー−伸長オリゴヌクレオチドの組合せである。キットは、リバビリンに対する有益および／または有害な応答と関連している他の遺伝子マーカーの存在を検出するために設計されたオリゴヌクレオチドを含むものであってもよい。
【００９５】
本発明のキットのオリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの標的領域に特異的にハイブリダイズすることができるものでなければならない。本明細書で用いる場合、特異的ハイブリダイゼーションは、オリゴヌクレオチドが、標的領域と特定のハイブリダイズ条件下で逆平行の二本鎖構造を形成するが、同じハイブリダイズ条件下で該ポリヌクレオチドとともにインキュベートした場合、非標的領域とはかかる構造を形成しないことを意味する。一部の実施形態では、標的領域は対象のＰＳを含み、一方、他の実施形態では、標的領域は、ＰＳに隣接した１〜１０ヌクレオチドに存在する。
【００９６】
キットの各オリゴヌクレオチドの組成および長さは、ＰＳを含むゲノム領域の性質ならびに該オリゴヌクレオチドを用いて行われるアッセイの型に依存し、当業者によって容易に決定される。
【００９７】
例えば、アッセイで使用するポリヌクレオチドは、増幅産物を構成するものであり得、したがって、該オリゴヌクレオチドの必要とされる特異性は、個体から単離したゲノムまたはｃＤＮＡ内の標的領域ではなく増幅産物内の標的領域へのハイブリダイゼーションに関するものである。別の例として、キットが２つ以上の多型部位を同時に遺伝子型分類するために設計されたものである場合、キットの各ＰＳのオリゴヌクレオチドの融解温度は、典型的には、狭い範囲内、好ましくは約５℃未満、より好ましくは約２℃未満である。
【００９８】
一部の実施形態では、キットの各オリゴヌクレオチドは、その標的領域の完璧な相補配列である。オリゴヌクレオチドは、一方の分子のどのヌクレオチドも、他方の分子の対応する位置のヌクレオチドに相補的である場合、別の核酸分子と「完璧」または「完全」な相補配列であるという。完璧に相補的なオリゴヌクレオチドは多型の検出に好ましいが、完全な相補性からの逸脱も想定され、その場合、かかる逸脱は、該分子が上記に定義した標的領域に特異的にハイブリダイズすることを妨げないものである。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、非相補的な断片をその５’末端に有し、該プライマーの残部は標的領域に完全に相補的なものであり得る。あるいはまた、非相補的なヌクレオチドは、プローブまたはプライマー内に散在していてもよいが、得られるプローブまたはプライマーはなお、標的領域に特異的にハイブリダイズすることができるものとする。
【００９９】
一部の好ましい実施形態では、キットの各オリゴヌクレオチドは、その標的領域にストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で特異的にハイブリダイズする。ストリンジェントハイブリダイゼーション条件は配列依存性であり、状況に応じて異なる。一般的に、ストリンジェント条件は、規定のイオン強度とｐＨにおいて具体的な配列の熱融点（Ｔｍ）より約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度である（規定のイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下での）。標的配列は、一般的に過剰に存在しているため、Ｔｍでは、プローブの５０％は平衡状態を占める。
【０１００】
典型的には、ストリンジェント条件としては、ｐＨ７．０〜８．３で少なくとも約０．０１〜１．０Ｍのナトリウムイオン濃度（または他の塩）の塩濃度が挙げられ、温度は、短いオリゴヌクレオチドプローブ（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）では少なくとも約２５℃である。また、ストリンジェント条件は、ホルムアミドなどの不安定化剤の添加によっても達成され得る。例えば、５×ＳＳＰＥ（７５０ｍＭ  ＮａＣｌ，５０ｍＭ  リン酸Ｎａ，５ｍＭ  ＥＤＴＡ，ｐＨ７．４）および２５〜３０℃の温度の条件が、対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーションに適している。さらなるストリンジェント条件は，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９８９），第７，９および１１章，ならびにＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤ  ＨＹＢＲＩＤＩＺＡＴＩＯＮ，Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ，Ｈａｙｍｅｓら，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，１９８５を参照するとよい。
【０１０１】
ストリンジェントハイブリダイゼーション条件の非限定的な一例としては、４×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約６５〜７０℃でのハイブリダイゼーション（あるいはまた、４×ＳＳＣ＋５０％ホルムアミド中、約４２〜５０℃でのハイブリダイゼーション）の後、１×ＳＳＣ中、約６５〜７０℃での１回以上の洗浄が挙げられる。高度ストリンジェントハイブリダイゼーション条件の非限定的な一例としては、１×ＳＳＣ中、約６５〜７０℃でのハイブリダイゼーション（あるいはまた、１×ＳＳＣ＋５０％ホルムアミド中、約４２〜５０℃でのハイブリダイゼーション）後、０．３×ＳＳＣ中、約６５〜７０℃での１回以上の洗浄が挙げられる。還元型ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な一例としては、４×ＳＳＣ中、約５０〜６０℃でのハイブリダイゼーション（あるいはまた、６×ＳＳＣ＋５０％ホルムアミド中、約４０〜４５℃でのハイブリダイゼーション）後、２×ＳＳＣ中、約５０〜６０℃での１回以上の洗浄が挙げられる。また、上記の値の中間範囲（例えば、６５〜７０℃または４２〜５０℃）のストリンジェンシー条件も本発明に包含されることを意図する。ＳＳＰＥ（ｌ×ＳＳＰＥは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、１．０ｍＭ  ＮａＨ２Ｐ０４、および１．２５ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４である）を、ＳＳＣ（１×ＳＳＣは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウムである）の代わりにハイブリダイゼーションおよび洗浄バッファーに使用してもよく；洗浄は、ハイブリダイゼーションが終了するたびに１５分間行う。
【０１０２】
５０塩基対長未満であることが予測されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）より５〜１０℃低いのがよく、ここで、Ｔｍは、下記の式に従って求められる。１８塩基対長未満のハイブリッドでは、Ｔｍ（℃）＝２（Ａ＋Ｔ塩基の数）＋４（Ｇ＋Ｃ塩基の数）である。１８〜４９塩基対長のハイブリッドでは、Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）であり、式中、Ｎは、ハイブリッドの塩基の数であり、［Ｎａ＋］はハイブリダイゼーションバッファーのナトリウムイオン濃度である（１×ＳＳＣの［Ｎａ＋］＝０．１６５  Ｍ）。
【０１０３】
本発明のキットのオリゴヌクレオチドは、リン酸化状態のリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、および非環状ヌクレオチド誘導体、ならびに他の機能的に等価な誘導体のいずれかで構成されたものであってもよい。あるいはまた、該オリゴヌクレオチドはリン酸無含有主鎖を有するものであってもよく、該主鎖は、例えば、カルボキシメチル、アセトアミド、カルバメート、ポリアミド（ペプチド核酸（ＰＮＡ））などの結合で構成されたものであり得る（Ｖａｒｍａ，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＢＩＯＴＥＣｈＮＯＬＯＧＹ，Ａ  ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ  ＤＥＳＫ  ＲＥＦＥＲＥＮＣＥ，Ｍｅｙｅｒｓ編，ｐｐ．６  １７−２０，ＶＣＨ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，１９９５）。該オリゴヌクレオチドは、化学合成によって当該技術分野で知られた任意の適当な方法論を用いて調製されたものであってもよく、生物学的試料から例えば制限消化によって誘導したものであってもよい。該オリゴヌクレオチドは、当該技術分野で知られた任意の手法により検出可能な標識を含むものであってもよく、放射性標識、蛍光標識、酵素標識、タンパク質、ハプテン、抗体、配列タグなどの使用が挙げられる。キットのオリゴヌクレオチドは、解析物特異的試薬（ＡＳＲ）として製造および市販されているものであってもよく、承認済の診断用デバイスの構成要素を構成しているものであってもよい。
【０１０４】
一部の実施形態では、キットのオリゴヌクレオチドの組は、２つ以上の多型部位の対立遺伝子の実体の同時判定を可能にするために異なる標識を有する。また、該オリゴヌクレオチドは、固相表面上、例えば、マイクロチップ、シリカビーズ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡのＢｅａｄＡｒｒａｙ技術など）、またはガラススライド（例えば、国際公開第９８／２００２０号および同第９８／２００１９号参照）に固定化させたオリゴヌクレオチドの整列アレイを構成しているものであってもよい。かかる固定化オリゴヌクレオチドを含むキットは、さまざまな多型検出アッセイ、例えば限定されないが、プローブハイブリダイゼーションおよびポリメラーゼ伸長アッセイが行われるように設計され得る。
【０１０５】
また、本発明のキットに、他の試薬、例えば、ハイブリダイゼーションバッファー（例えば、該オリゴヌクレオチドを対立遺伝子特異的プローブとして使用する場合）またはジデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄｄＮＴＰ；例えば、多型部位の対立遺伝子をプライマー伸長によって検出する場合）を含めてもよい。また、ポリメラーゼ媒介性遺伝子型分類アッセイにおける使用のための設計されるキットは、ポリメラーゼと、実施されるポリメラーゼ媒介性アッセイのために最適化された反応バッファーを含むものであり得る。
【０１０６】
また、本発明のキットに、特異的ハイブリダイゼーションが起こった時点、または特異的ポリメラーゼ媒介性伸長が起こった時点を検出する試薬を含めてもよい。かかる検出試薬としては、ビオチン−または蛍光−タグ化オリゴヌクレオチドあるいはｄｄＮＴＰおよび／または酵素標識抗体および該酵素の作用を受けると検出可能なシグナルを生じる１種類以上の物質が挙げられ得る。
【０１０７】
当業者には、該アッセイを行うためのオリゴヌクレオチドの組および試薬は、生物学的または化学的活性を保持し、アッセイでの適正な使用を可能にすることが適切な場合は、キット容器内に入れられた別々の収容器にて供給されることが理解されよう。
【０１０８】
他の実施形態では、キットの各オリゴヌクレオチドおよびすべての他の試薬は、表１の１つ以上のＰＳの遺伝子型を調べるために設計されたアッセイでの最適な性能のために品質試験が行われる。一部の実施形態では、キットには、判定された遺伝子型を、試験した核酸試料、ＲＩＡマーカーの有無に帰属させるためにどのようにして使用するかが記載された使用説明マニュアルが含まれる。
【０１０９】
一部の好ましい実施形態では、キットのオリゴヌクレオチドの組は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドである。本明細書で用いる場合、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）という用語は、充分にストリンジェントな条件下で、ＰＳを含む標的領域ＰＳのある対立遺伝子には特異的にハイブリダイズするが、異なる対立遺伝子を含む同領域にはハイブリダイズしないできるオリゴヌクレオチドを意味する。当業者には理解されるように、対立遺伝子特異性は、さまざまな容易に最適化されるストリンジェンシー条件、例えば、塩およびホルムアミド濃度、ならびにハイブリダイゼーション工程と洗浄工程の両方の温度に依存する。
【０１１０】
ＡＳＯプローブおよびプライマーに典型的に使用されるハイブリダイゼーション条件および洗浄条件の例は、Ｋｏｇａｎら，「Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｅｍｏｐｈｉｌｉａ  Ａ」ｉｎ  ＰＣＲ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ，Ａ  ＧＵＩＤＥ  ＴＯ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９９０、およびＲｕａｆｌｏら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：６２９６−３００（１９９０）を参照するとよい。
【０１１１】
典型的には、ＡＳＯは、一方の対立遺伝子に完璧に相補的であるが、他方の対立遺伝子に対する単一ミスマッチを含む。ＡＳＯプローブでは、単一ミスマッチは、好ましくは、標的領域内の多型部位と整列させた場合、オリゴヌクレオチドプローブの中央の位置内に存在する（例えば、１５量体ではだいたい７番目または８番目の位置、１６量体では８番目または９の位置、２０量体では１０番目または１１番目の位置）。ＡＳＯプライマー内の単一ミスマッチは、３’末端ヌクレオチド、好ましくは３’から２番目のヌクレオチドに存在する。コード鎖または非コード鎖のいずれかにハイブリダイズするＡＳＯプローブおよびプライマーも本発明によって想定される。
【０１１２】
一部の実施形態では、キットは、アッセイ対象の各ＰＳに対する一対の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含むものであり、この一対の一方の構成員は一方の対立遺伝子（例えば、貧血対立遺伝子）に特異的であり、他方の構成員は他方の対立遺伝子に特異的である。かかる実施形態では、キットのユーザーがアッセイしたＰＳの遺伝子型を判定することが可能となるように、一対のオリゴヌクレオチドは異なる長さを有する、または異なる検出可能な標識を有するものであり得る。
【０１１３】
さらに他の好ましい実施形態では、キットのオリゴヌクレオチドはプライマー−伸長オリゴヌクレオチドである。任意のこのようなオリゴヌクレオチドによるポリメラーゼ媒介性伸長の終止ミックスは、該オリゴヌクレオチドの伸長がＰＳに存在する別の（ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ）ヌクレオチドに応じて、対象のＰＳで、またはその１塩基後ろで終結するように選択される。
【０１１４】
一実施形態において、キットは、表１の多型部位の少なくとも１つの遺伝子型分類のための一対の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含むものである。一実施形態において、該一対の一方のＡＳＯプローブは、表２の貧血対立遺伝子のコンテキスト配列と同一であるか、または該配列に完璧に相補的な少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該一対の他方のＡＳＯプローブは、表２の他方の対立遺伝子のコンテキスト配列と同一であるか、または該配列に完璧に相補的な少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。好ましい一実施形態では、キットは、ｒｓ６０５１７０２、ｒｓ３８１０５６０、ｒｓ１１６９７１１４、ｒｓ３３１０、ｒｓ９６４５６９、ｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１からなる群から選択される少なくとも１つのＰＳの遺伝子型分類のためのかかるＡＳＯプローブを含むものである。別の好ましい実施形態では、キットは、このようなＰＳの任意の２つ以上、例えば、（ａ）ｒｓ  １１２７３５４とｒｓ７２７０１０１または（ｂ）ｒｓ６０５１７０２、ｒｓ３８１０５６０およびｒｓ１１６９７１１４の遺伝子型分類のためのかかるＡＳＯプローブを含むものである。さらに別の実施形態では、キットは、ｒｓ６０５１７０２、ｒｓ３８１０５６０、ｒｓ１１６９７１１４、ｒｓ３３１０、ｒｓ９６４５６９、ｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１の各々の遺伝子型分類のためのかかるＡＳＯプローブを含むものである。
【０１１５】
また別の実施形態では、リバビリン誘発性貧血に対する個体の感受性が、赤血球ＩＴＰＡ活性に対する個体の表現型を調べることにより予測される。この表現型分類法は、リバビリン誘発性貧血のリスクが低い個体を検出するのに有用である。それは、該個体が、ｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１以外の多型もしくは変異によって引き起こされる、またはＩＴＰＡ活性レベルに影響を及ぼす他の要素（例えば、喫煙、ダイエット、ステロイド系経口避妊薬および他の薬物，Ａｔａｎａｓｏｖａ  Ｓ．ら，Ｔｈｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｍｏｎｉｔ  ２９（１）；６−１０（２００７））によって引き起こされるＩＴＰＡ欠損を有するためである。ＩＴＰＡ活性は、個体から採取した血液試料から調製した赤血球溶解物において測定する。ヒト赤血球においてＩＴＰＡ活性を測定するためのアッセイは、報告されており、例えば，Ｈｏｌｍｅｓ  Ｓ．Ｌ．ら，Ｃｌｉｎ  Ｃｈｉｍ  Ａｃｔａ  ９７（２−３）：１４３−１５３（１９７９）；Ｓｕｍｉ  Ｓ．ら，Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ．１１１：３６−３７０（２００２）；Ｂｉｒｅａｕ，Ｊ．ら，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  ２５（９−１１）：１１２９−１１３２（２００６）；およびＳｈｉｐｋｏｖａら，Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．５２（２）：２４０−２４７（２００６）を参照のこと。また、ｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１の種々の遺伝子型のＩＴＰＡ活性レベルも報告されている：Ｓｕｍｉら（上掲）およびＳｈｉｐｋｏｖａら（上掲）。以下の表３は、Ｓｈｉｐｋｏｖａら（上掲）に記載されたアッセイおよびデータを用いて予測され得るｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１多型部位の異なる遺伝子型のＩＴＰａｓｅ活性の中央値と範囲を示す。
【０１１６】
【表３】
2013511259.tif 000009
好ましい実施形態では、≧１２５μｍｏｌ  ＩＭＰ／ｇ  Ｈｂ×ｈ（Ｓｈｉｐｋｏｖａら（上掲）に記載のアッセイで測定時）の赤血球ＩＴＰＡ活性を有する個体は、ｒｓ１１２７３５４に対するヘテロ接合型ＲＩＡマーカー（ＣＡ遺伝子型）を有する患者によって示されるものと同等の度合のリバビリン誘発性貧血を示すと予測され得る。
【０１１７】
Ｂ．医薬組成物、薬物製剤および処置レジメン
本明細書に記載のいずれかの方法および製剤での試験対象または処置対象の個体は、リバビリン化合物での処置を必要とするヒト被検体である。一部の実施形態では、個体は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患と診断された個体、または該疾患の症状を示す個体である。他の実施形態では、使用されるリバビリン化合物は、個体が診断された適応症の処置における使用が承認されたものである。また他の実施形態では、使用されるリバビリン化合物は、診断された疾患または発現した症状（１つまたは複数）の処置に承認されていないが、処方する医師が、個体の処置に有用であろうと考える薬物である。
【０１１８】
本発明の医薬組成物、薬物製剤および方法に使用されるリバビリン化合物は、赤血球内で代謝されてＲＴＰと構造的に類似した三リン酸塩を生成させる任意のヌクレオシド類似体（任意のリバビリン誘導体を含む）であり得る。したがって、本発明に有用なリバビリン化合物としては、限定されないが、インビボでリバビリンに代謝されるリバビリンプロドラッグが挙げられる。
【０１１９】
かかるリバビリンプロドラッグとしては、米国特許６，６７３，７７３に記載のリバビリン誘導体が挙げられ、好ましいリバビリンプロドラッグは、式Ｉ：
【０１２０】
【化１】
2013511259.tif 000010
を有するものである。
【０１２１】
別の好ましいリバビリンプロドラッグはタリバビリン（１−（β−Ｄ−リボフラノシル）−ｌ，２，４−トリアゾール−３−カルボキサミド、ビラミジンおよびリバミジンとしても知られている）である。また、タリバビリンのプロドラッグ（国際公開第０１／６０３７９号に記載のビラミジンプロドラッグ）も本発明におけるリバビリン化合物として有用である。
【０１２２】
リバビリン化合物は、経口、静脈内または気道投与のために製剤化され得る。好ましいリバビリン製剤としては、カプセル剤（ＲＥＢＥＴＯＬ（登録商標）としてＳｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈにより市販）、錠剤（ＣＯＰＥＧＵＳとしてＨｏｆｆｍａｎｎ  Ｌａ−Ｒｏｃｈｅにより市販）、吸入用液剤（ＶＩＲＡＺＯＬＥ（登録商標）としてＶａｌｅａｎｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓにより市販）、および前述のブランド製剤の全身性型、例えば、ＲＩＢＡＳＰＨＥＲＥ（登録商標）錠剤（Ｔｈｒｅｅ  Ｒｉｖｅｒｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって市販）、カプセル剤および錠剤（Ｔｅｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ  Ｌｔｄによって市販）ならびにリバビリンカプセル剤および錠剤（Ｓａｎｄｏｚによって市販）が挙げられる。
【０１２３】
本発明に従って処置され得る疾患および病状は、一般的に、リバビリン化合物での処置に感受性のもの、すなわち、リバビリン化合物により、該疾患を有する患者群において臨床的に測定可能な有益な結果（例えば、ＨＣＶ感染患者でのウイルス負荷量の低減）が得られるものである。リバビリン化合物での処置に感受性である例示的な疾患および病状としては、限定されないが、広範なＲＮＡおよびＤＮＡウイルスによって引き起こされるウイルス感染、例えば限定されないが、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、黄熱病ウイルス、デング熱ウイルス、西ナイルウイルス、クンジンウイルス、Ａ型、Ｂ型およびＣ型インフルエンザウイルス（Ｈ１Ｎ１および他のブタインフルエンザウイルスを含む）、ヒトパラインフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（「ＲＳＶ」）；ＳＡＲＳコロナウイルス、麻疹ウイルス、天然痘ウイルス、ラッサ熱ウイルス；韓国型出血熱ウイルス、クリミア−コンゴ出血熱ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、セントルイス脳炎ウイルス、ハンタウイルス、ポリオ、イヌジステンパーウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ヒトヘルペスウイルス６型、パピローマウイルス、ポックスウイルス、ライノウイルス、ヒトＴリンパ好性ウイルス−１型および２型、ヒトロタウイルスならびに狂犬病ウイルスが挙げられる。好ましくは、該疾患は、リバビリン化合物が米食品医薬品局などの規制機関によって承認されたものである。
【０１２４】
好ましい実施形態では、ウイルス感染がＨＣＶであり、リバビリン化合物が、少なくとも１種類の他の抗ウイルス剤、例えば、インターフェロン（インターフェロンα（ＩＦＮ−α）、インターフェロンλ（例えば、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−２またはＩＦＮ−λ３）およびインターフェロンβ（ＩＦＮ−β）など）と併用して使用される。特に好ましい実施形態では、ウイルス感染が慢性ＨＣＶ感染であり、少なくとも１種類の他の抗ウイルス剤が組換えＩＦＮ−２ａもしくはＩＦＮ−α２ｂ、またはアミノ酸配列が、各位置において種々の天然ＩＦＮ−α亜型の該位置に最も一般的に存在するアミノ酸を選択することにより設計された任意のコンセンサスＩＦＮ−αタンパク質である。
【０１２５】
本発明の方法でリバビリン（ｒｉｂａｖｒｉｎ）化合物との併用における使用に特に好ましいＩＦＮ−α組成物は、政府の規制機関によって承認済のインターフェロンα−２製剤、例えば、以下の任意のもの：Ｒｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａ（インターフェロン−α２Ａ，組換え）（Ｈｏｆｆｍａｎｎ  Ｌａ−Ｒｏｃｈｅ，Ｎｕｔｌｅｙ  Ｎ．Ｊ．  によって市販））、およびそのペグ化型、例えば、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ａ）（Ｈｏｆｆｍａｎｎ  Ｌａ−Ｒｏｃｈｅ，Ｎｕｔｌｅｙ  Ｎ．Ｊ．によって市販））；ＩＮＴＲＯＮ（登録商標）Ａ（インターフェロンα−２ｂ、組換え）（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ，ＮＪによって市販））およびそのペグ化型、例えば、Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ｂ）；（ＩＮＦＥＲＧＥＮ（登録商標）（インターフェロンａｌｐｈａｃｏｎ−１）、コンセンサスＩＦＮ−α（最初にＡｍｇｅｎ，Ｔｈｏｕｓａｎｄ  Ｏａｋｓ，ＣＡによって開発、現在、Ｔｈｒｅｅ  Ｒｉｖｅｒｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｗａｒｒｅｎｄａｌｅ，ＰＡによって市販）である。本発明における使用に想定される他のインターフェロンとしては：インターフェロンαと非インターフェロンタンパク質との融合体、例えば、例えば、ＺＡＬＢＩＮ（登録商標）（アルブインターフェロンα−２ｂ）（これは、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤおよびＮｏｒｖａｒｔｉｓ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；Ｌｏｃｔｅｒｏｎによって開発され、制御放出インターフェロンα治験製剤（Ｂｉｏｌｅｘ／ＯｃｔｏＰｌｕｓ）である）；ならびにＢｅｌｅｒｏｆｏｎ（登録商標）（天然αインターフェロンの単一アミノ酸変異型、Ｎａｕｔｉｌｕｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈによって操作）が挙げられる。また、上記に挙げた任意のＩＦＮ−α組成物は、異なる商標名、例えば、ＶＩＲＡＦＥＲＯＮＰＥＧ（登録商標）ペグインターフェロンα−２ｂ（これは、Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）ペグインターフェロンα−２ｂと同じ組成である）で販売されている場合があり得る。
【０１２６】
ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）ペグインターフェロンα−２ａは、１つの４０ｋＤａの分枝ＰＥＧ−ポリマーをアミド結合によってインターフェロンα−２ｂ分子のリジン側鎖に共有結合させることにより得られる。例えば、Ｄｈａｌｌｕｉｎ，Ｃ．ら，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．１６：５０４−５１７（２００５）および米国特許第７，２０１，８９７号を参照のこと。得られる製剤は、主に６種類のモノペグ化位置異性体の混合物である（Ｄｈａｌｌｕｉｎ，Ｃ（上掲）、Ｆｏｓｅｒ，Ｓ．ら，Ｊ．Ｐｒｏｔ．Ｅｘｐ．Ｐｕｒｉｆ．３０：７８−８７［２００３］）。ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ａ）およびそのバイオシミラーを、本明細書では、ｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンα−２ａとも称する。
【０１２７】
Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）ペグインターフェロンα−２ｂは、組換えインターフェロン−α２ｂを、１２，０００Ｄａの平均分子量を有するスクシンイミジルカーボネートＰＥＧ（ＳＣ−ＰＥＧ１２ｋ）と、１００ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．５）中で共有結合的に反応させることにより得られる（例えば、Ｇｒａｃｅ，Ｍ．ら，Ｊ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｒｅｓ．２１：１１０３−１１１５（２００１）；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｓ．ら，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖ．５４：５４７−５７０（２０００）；および米国特許第５，９５１，９７４号参照）。得られる製剤は、主に、ＰＥＧ  １２ｋがインターフェロンα−２ｂの異なる残基にウレタン結合によって結合され、大部分の位置異性体がヒスチジン３４にウレタン結合を有するモノペグ化種の混合物である（例えば、Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｓ．ら（上掲）および米国特許第５，９５１，９７４号参照）。Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）ペグインターフェロンα−２ｂおよびそのバイオシミラーは、本明細書においてＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンα−２ｂとも称する。
【０１２８】
本発明の方法において使用され得る既に承認済の、および現在市販されている他のＩＦＮ−α製剤としては：Ｂｅｒｏｆｏｒ（登録商標）α２（組換えインターフェロンα−２Ｃ、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，Ｉｎｃ．，Ｒｉｄｇｅｆｉｅｌｄ，ＣＴ；インターフェロンα−ｎ１、Ｓｕｒｎｉｆｅｒｏｎ（登録商標）（Ｓｕｍｉｔｏｍｏ、Ｊａｐａｎ）として知られた天然αインターフェロンの精製ブレンドまたはＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロンα−ｎｌ（ＩＮＳ），Ｇｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．，Ｌｏｎｄｏｎ、Ｇｒｅａｔ  Ｂｒｉｔａｉｎ；コンセンサスαインターフェロン、例えば、米国特許第４，８９７，４７１号および同第４，６９５，６２３号（特に、その実施例７、８または９）に記載のもの；ＡＬＦＥＲＯＮ  Ｎ  Ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ（登録商標）［Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎα−ｎ３（ヒト白血球由来）、Ｈｅｍｉｓｐｈｅｒｘ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡから入手可能な天然αインターフェロンの多くの種の混合物が挙げられる。
【０１２９】
本発明に有用な他のインターフェロンα−ポリマーコンジュゲートは、米国特許第４，７６６、１０６号、同第４，９１７，８８８号、欧州特許出願公開公報番号０２３６９８７号、同第０５１０３５６号、同第０５９３８６８号および同第０８０９９９６号ならびに国際公開第９５／１３０９０号に記載されている。
【０１３０】
また、任意の上記の市販のペグ化インターフェロンα製剤、すなわち、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ａ）およびＰｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ｂ）の承認に関連して規制当局に事前に提出された信用できる前臨床および／または臨床データに少なくとも一部基づいて規制機関によって承認済の任意のペグ化インターフェロンα２ａまたは２ｂの医薬組成物も、本発明における使用に想定される。後に承認されたかかる製剤は、規制機関により、既に承認済の製剤のジェネリック、生物学的等価体、バイオシミラーまたは代用薬などの用語で示されるものであり得、該用語は、規制機関によって明示的に規定されている場合もあり、そうでない場合もあり得る。
【０１３１】
非経口投与が意図されるペグ化インターフェロンαの医薬組成物は、適当なバッファー、例えば、Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、酢酸またはリン酸（例えば、二塩基性リン酸ナトリウム／一塩基性リン酸ナトリウム）バッファー、ならびに薬学的に許容され得る賦形剤（例えば、スクロース、トレハロース）、担体（例えば、ヒト血清アルブミン）、毒性薬剤（例えば、ＮａＣｌ）、保存料（例えば、チメロサール（ｔｈｉｍｅｒｏｓｏｌ）、クレゾールまたはベンジルアルコール（ｂｅｎｙｌａｌｃｏｈｏｌ）、および界面活性剤（例えば、ｔｗｅｅｎまたはポリソルベート）を含む滅菌注射用水を用いて製剤化され得る。例えば、米国特許第６，１８０，０９６号および国際公開第２００６／０２０７２０号を参照のこと。かかる組成物は、凍結乾燥粉末として２〜８℃の冷蔵下で保存され、使用前に滅菌水を用いて再構成され得る。かかる再構成された水性液剤は、典型的には、再構成から２４時間以内に使用されるまでの間の保存時は安定である。例えば、米国特許第４，４９２，５３７号；同第５，７６２，９２３号および同第５，７６６，５８２号を参照のこと。凍結乾燥ペグ化インターフェロン製剤はペン型シリンジシステムにて提供され得、該システムは、一区画に希釈剤（すなわち、滅菌水）を内包し、別の区画に凍結乾燥ペグ化インターフェロン−α粉末を内包するガラスカートリッジを備えたものである。
【０１３２】
水性ペグ化インターフェロン製剤の例は、米国特許第５，７６２，９２３号に記載されている。かかる製剤は、充填済反復用量シリンジ（例えば、インスリンなどの薬物の送達に有用なもの）に保存され得る。典型的な適当なシリンジとしては、ペン型シリンジに取り付けられた充填済バイアルを備えたシステム（Ｎｏｖｏ  Ｎｏｒｄｉｓｋから入手可能なＮＯＶＯＬＥＴ  Ｎｏｖｏ  Ｐｅｎなど）、ならびにユーザーが自分で容易に注射が可能な充填済ペン型シリンジが挙げられる。
【０１３３】
また、本発明では、リバビリン化合物および上記のいずれかのインターフェロンαを、インターフェロン応答を誘導すると提案されているｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストと併用して使用することを想定する。例えば、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７およびＴＬＲ９のアゴニストは、ＨＣＶの処置における使用が評価されている。
【０１３４】
好ましい実施形態では、本発明のＲＩＡマーカーは、規制当局によって慢性ＨＢＶまたは慢性ＨＣＶへの指示が承認済のインターフェロンα／リバビリン併用療法処置レジメンとともに、特に好ましい実施形態では、Ｒｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａ（インターフェロン−α２Ａ，組換え）、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ａ）、ＩＮＴＲＯＮ（登録商標）Ａ（インターフェロンα−２ｂ，組換え）およびＰｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ｂ）製剤について添付文書に記載された慢性Ｃ型肝炎に対する任意の投与レジメンおよび処置レジメンとともに使用される。Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ｂ）製剤の場合、かかる承認済の併用レジメンは、ＨＣＶ遺伝子型２または３に慢性的に感染した患者には２４週間の治療、およびＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染した患者には４８週間までの治療を推奨するものであり、２４週間の治療は、欧州では、遺伝子型１感染を有する患者サブセットおよび処置４週目でＨＣＶ−ＲＮＡ陰性であり、処置２４週目もＨＣＶ−ＲＮＡ陰性のままである低ウイルス負荷量（＜６００，０００）の患者に承認されている。
【０１３５】
また、本発明では、リバビリンよりも貧血の可能性が低いヌクレオシド類似体を、ＩＦＮ−α系レジメンと併用して、ＲＩＡマーカーについての試験の結果が陽性である個体のＨＣＶ感染の処置のために使用することを想定する。例えば、臨床試験においてタリバビリンとＰｅｇｌｎｔｒｏｎ（ペグインターフェロンα−２ｂ）で処置した患者は、報告によると、リバビリンとＰｅｇｌｎｔｒｏｎで処置した患者よりも、貧血を示した患者が少なかった。
【０１３６】
また、本発明のＲＩＡマーカーは、１種類以上のさらなる抗ウイルス剤と併用したＩＦＮ−α／リバビリン療法での処置時に、最もＲＢＶ誘発性貧血を起こしにくい、ＨＣＶに慢性的に感染した患者を選択するためにも使用され得る。あるいはまた、ＲＩＡマーカーについての試験の結果が陽性である患者には、リバビリン化合物でない１種類以上の抗ウイルス剤が、ＩＦＮ−αとともに、またはなしで処方され得る。かかる併用処置レジメンに有用な抗ウイルス剤の非限定的な例としては、ＨＣＶプロテアーゼ阻害薬、ＮＳ３プロテアーゼ阻害薬、ＨＣＶポリメラーゼ阻害薬、ＨＣＶ  ＮＳ５Ａ阻害薬、ＩＲＥＳ阻害薬、ＮＳ４Ｂ阻害薬、ＨＣＶヘリカーゼ阻害薬、ＨＣＶ進入阻害薬、ＨＣＶビリオン生成プロテアーゼ阻害薬、および他のインターフェロンが挙げられる。
【０１３７】
一実施形態において、抗ウイルス剤はＨＣＶプロテアーゼ阻害薬である。
【０１３８】
かかる併用レジメンに有用なＨＣＶプロテアーゼ阻害薬は、国際公開第２００９／０３８６６３号、同第２００７／０９２６１６号、および同第２００２／１８３６９号ならびに米国特許出願公開第２００７／００４２９６８号に記載されている。
【０１３９】
本発明の方法および併用療法に有用な他のＨＣＶプロテアーゼ阻害薬（ｉｎｈｂｉｔｉｏｒ）としては、ボセプレビル（ＳＣＨ５０３０３４）およびＳＣＨ  ９００５１８（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ）；テラプレビル（ＶＸ−９５０）、ＶＸ−５００およびＶＸ−８１３（Ｖｅｒｔｅｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＭＫ−７００９（Ｍｅｒｃｋ）；ならびにＩＴＭＮ−１９１（Ｒ７２２７）（Ｉｎｔｅｒｍｕｎｅ  ａｎｄ  Ｒｏｃｈｅ）；ＴＭＣ−４３５（Ｍｅｄｉｖｉｒ／Ｔｉｂｏｔｅｃ）；ＭＫ−７００９（Ｍｅｒｃｋ）；ＧＳ−９１３２およびＡＣＨ−１０９５（Ｇｉｌｅａｄ／Ａｃｈｉｌｌｏｎ）；ＰＨＸ１７６６（Ｐｈｅｎｏｍｉｘ）；ＡＢＴ−４５０  ＨＣＶ（Ａｂｂｏｔｔ／Ｅｎａｎｔａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ならびにＢＩＬＮ  ２０６１およびＢＩ  ２０１３３５（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）が挙げられる。
【０１４０】
本発明の方法および併用療法に有用なＨＣＶプロテアーゼ阻害薬（ｉｎｈｂｉｔｏｒ）のさらなる例としては、Ｌａｎｄｒｏら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３６（３１）：９３４０−９３４８（１９９７）；Ｉｎｇａｌｌｉｎｅｌｌａら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３７（２５）：８９０６−８９１４（１９９８）；Ｌｌｉｎａｓ−Ｂｒｕｎｅｔら，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ，８（１３）：１７１３−１７１８（１９９８）；Ｍａｒｔｉｎら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３７（３３）：１１４５９−１１４６８（１９９８）；Ｄｉｍａｓｉら，Ｊ  Ｖｉｒｏｌ，７１（１０）：７４６１−７４６９（１９９７）；Ｍａｒｔｉｎら，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ，１０（５）：６０７−６１４（１９９７）；Ｅｌｚｏｕｋｉら，Ｊ  Ｈｅｐａｔ，２７（１）：４２−４８（１９９７）；ＢｉｏＷｏｒｌｄ  Ｔｏｄａｙ，９（２１７）：４（１９９８年１１月１０日）；米国特許出願公開第２００５／０２４９７０２号および同第２００７／０２７４９５１号；ならびに国際公開第９８／１４１８１号、同第９８／１７６７９号、同第９８／１７６７９号、同第９８／２２４９６号および同第９９／０７７３４号および同第０５／０８７７３１号に開示されたものが挙げられる。
【０１４１】
本発明の組成物および方法に有用なＨＣＶプロテアーゼ阻害薬のさらなる例としては、限定されないが、以下の化合物：
【０１４２】
【化２】
2013511259.tif 000011
2013511259.tif 000012
が挙げられる。
【０１４３】
別の実施形態では、抗ウイルス剤はＮＳ３プロテアーゼ阻害薬である。本発明の方法および本発明の併用療法に有用なＮＳ３セリンプロテアーゼ阻害薬としては、限定されないが、米国特許第７，４９４，９８８号、同第７，４８５，６２５号、同第７，４４９，４４７号、同第７，４４２，６９５号、同第７，４２５，５７６号、同第７，３４２，０４１号、同第７，２５３，１６０号、同第７，２４４，７２１号、同第７，２０５，３３０号、同第７，１９２，９５７号、同第７，１８６，７４７号、同第７，１７３，０５７号、同第７，１６９，７６０号、同第７，０１２，０６６号、同第６，９１４，１２２号、同第６，９１１，４２８号、同第６，８９４，０７２号、同第６，８４６，８０２号、同第６，８３８，４７５号、同第６，８００，４３４号、同第６，７６７，９９１号、同第５，０１７，３８０号、同第４，９３３，４４３号、同第４，８１２，５６１号および同第４，６３４，６９７号；米国特許出願公開第２００２００６８７０２号、同第２００２０１６０９６２号、同第２００５０１１９１６８号、同第２００５０１７６６４８号、同第２００５０２０９１６４号、同第２００５０２４９７０２号および同第２００７００４２９６８号；ならびに国際公開第０３／００６４９０号、同第０３／０８７０９２号、同第０４／０９２１６１号および同第０８／１２４１４８号に開示されたものが挙げられる。
【０１４４】
なおさらなる実施形態では、抗ウイルス剤は、ＨＣＶポリメラーゼ阻害薬であり、本発明の方法および併用療法に有用なＨＣＶポリメラーゼ阻害薬としては、限定されないが：ＶＰ−１９７４４（Ｗｙｅｔｈ／ＶｉｒｏＰｈａｒｍａ）、ＰＳＩ−７８５１（Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ）、Ｒ７１２８（Ｒｏｃｈｅ／Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ）、ＰＦ−００８６８５５４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＶＣＨ−７５９およびＶＣＨ−９１６（ＶｉｒｏＣｈｅｒｎ／Ｖｅｒｔｅｘ）、ＨＣＶ−７９６（Ｗｙｅｔｈ／ＶｉｒｏＰｈａｒｍａ）、ＩＤＸ１８４（Ｉｄｅｎｉｘ）、ＮＭ−２８３（Ｉｄｅｎｉｘ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｒ−１６２６（Ｒｏｃｈｅ）、ＭＫ−０６０８（Ｉｓｉｓ／Ｍｅｒｃｋ）、ＧＳ９１９０（Ｇｉｌｅａｄ）、ＡＢＴ−３３３（Ａｂｂｏｔｔ）、Ａ−８４８８３７およびＡ−８３７０９３（Ａｂｂｏｔｔ）、ＧＳＫ−７１１８５（Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ＡＮＡ５９８（Ａｎａｄｙｓ）、ＧＳＫ−６２５４３３（Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ＸＴＬ−２１２５（ＸＴＬ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ならびにＮｉら，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，７（４）：４４６（２００４）；Ｔａｎら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，１：８６７（２００２）；およびＢｅａｕｌｉｅｕら，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎａｌ  Ｄｒｕｇｓ，５：８３８（２００４）、ならびに国国際公開第０８／０８２４８４号、同第０８／０８２４８８号、同第０８／０８３３５１号、同第０８／１３６８１５号、同第０９／０３２１１６号、同第０９／０３２１２３号、同第０９／０３２１２４号および同第０９／０３２１２５号に開示されたものが挙げられる。
【０１４５】
別の実施形態では、抗ウイルス剤はＨＣＶ  ＮＳ５Ａプロテアーゼ阻害薬である。本発明の方法および併用療法に有用なＨＣＶ  ＮＳ５Ａプロテアーゼ阻害薬の非限定的な例は、ＡＺＤ２８３６（Ａ−８３１）およびＡＺＤ７２９５（Ａ−６８９）（Ａｒｒｏｗ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ならびにＢＭＳ−７９００５２（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）である。
【０１４６】
一実施形態において、抗ウイルス剤は、ＮＳ４Ｂプロテアーゼ阻害薬、例えば、塩酸クレミゾールおよびクレミゾールの他の塩である。
【０１４７】
一実施形態において、抗ウイルス剤は、ＨＣＶレプリカーゼプロテアーゼ阻害薬（例えば、米国特許出願公開第２００９００８１６３６号に開示されたもの）である。
【０１４８】
別の実施形態では、抗ウイルス剤は、ＨＣＶヘリカーゼ阻害薬（トリオキサレンなど）である。
【０１４９】
別の実施形態では、抗ウイルス剤は、ＨＣＶ進入阻害薬、例えば限定されないが、ＩＴＸ５０６１およびＩＴＸ４５２０（ｉＴｈｅｒｘ））、ＰＲＯ  ２０６（Ｐｒｏｇｅｎｉｅｓ）ならびにセルゴシビル（ＭＸ−３２５３）、ＭＩＧＥＮＩＸである。
【０１５０】
別の実施形態では、抗ウイルス剤は、ＲＮＡｉ化合物、例えば、ＴＴ−０３３（Ｔａｃｅｒｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，ＣＡ）である。
【０１５１】
なおさらなる実施形態では、抗ウイルス剤は、別の１型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ−βもしくはＩＦＮ−ω）、ＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ−γ）またはＩＩＩ型インターフェロン（例えば、１１−２８もしくは１１−２９）である。
【０１５２】
本発明の方法および併用療法における使用に想定されるＩＩＩ型インターフェロンの例としては、限定されないが、ＰＥＧ−ＩＦＮλ（ＺｙｍｏＧｅｎｅｔｉｃｓ／Ｂｒｉｓｏｌ  Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）が挙げられる。
【０１５３】
本発明の方法および併用療法における使用に想定されるなおさらなる抗ウイルス剤の例としては、限定されないが、ＴＴ０３３（Ｂｅｎｉｔｅｃ／Ｔａｃｅｒｅ  Ｂｉｏ／Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｓｉｒｎａ−０３４（Ｓｉｒｎａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＧＮＩ−１０４（ＧＥＮｉｍｍｕｎｅ）、ＩＤＸ−１０２（Ｉｄｅｎｉｘ）、Ｌｅｖｏｖｉｒｉｎ（商標）（ＩＣＮ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｃｏｓｔａ  Ｍｅｓａ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；Ｈｕｍａｘ（Ｇｅｎｍａｂ）、ＩＴＸ−２１５５（Ｉｔｈｒｅｘ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＰＲＯ  ２０６（Ｐｒｏｇｅｎｉｅｓ）、ＨｅｐａＣｉｄｅ−Ｉ（ＮａｎｏＶｉｒｏｃｉｄｅｓ）、ＭＸ３２３５（Ｍｉｇｅｎｉｘ）、ＳＣＶ−０７（ＳｃｉＣｌｏｎｅ  Ｐｈａｒｍａ）、ＫＰＥ０２００３００２（Ｋｅｍｉｎ  Ｐｈａｒｍａ）、Ｌｅｎｏｃｔａ（ＶｉｏＱｕｅｓｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＩＥＴ−Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ  Ｔｈｅｒａｐｙ（Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、Ｚａｄａｘｉｎ（ＳｃｉＣｌｏｎｅ  Ｐｈａｒｍａ）、ＶＰ  ５０４０６（商標）（Ｖｉｒｏｐｈａｒｍａ、Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ，Ｅｘｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）；ＩＳＩＳ  １４８０３（商標）（ＩＳＩＳ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；Ｈｅｐｔａｚｙｍｅ（商標）（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｂｏｕｌｄｅｒ，Ｃｏｌｏｒａｄｏ）；Ｔｈｙｍｏｓｉｎ（商標）（ＳｃｉＣｌｏｎｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｓａｎ  Ｍａｔｅｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；Ｍａｘａｍｉｎｅ（商標）（Ｍａｘｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；ＮＫＢ−１２２（ＪｅｎＫｅｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｉｎｃ．，Ｎｏｒｔｈ  Ｃａｒｏｌｉｎａ）；Ａｌｉｎｉａ（Ｒｏｍａｒｋ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ＩＮＦＯＲＭ−１（Ｒ７１２８、ＩＴＭＮ−１９１およびリバビリンの組合せ）；ならびにミコフェノール酸モフェチル（Ｈｏｆｆｍａｎ−ＬａＲｏｃｈｅ，Ｎｕｔｌｅｙ，Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ）、ＳＣＹ−６３５（ＳＣＹＮＥＸＩＳ）、ＡＮＡ７７３（Ａｎａｄｙｓ）、ＣＹＴ１０７（Ｃｙｔｈｅｒｉｓ）、ＳＰＣ３６４９（Ｓａｎｔａｒｉｓ  Ｐｈａｒｍａ）、Ａｌｉｎｉａ（ｎｉｔｒａｚｏｘａｎｉｄｅ）（Ｒｏｍａｒｋ）；オグルファニド二ナトリウム（Ｉｍｐｌｉｃｉｔ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＣＴＳ−１０２７（Ｃｏｎａｔｕｓ）ＮＯＶ−２０５（Ｎｏｖｅｌｏｓ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＩＭＯ−２１２５（Ｉｄｅｒａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）およびＣＦ１０２（ＣＡＮ−ＦＩＴＥ）が挙げられる。
【０１５４】
また、（１）ＲＩＡマーカーの存在の試験で陽性、および（２）ＩＴＰＡ欠損についての試験で陰性（例えば、ＩＴＰＡ活性≧１２５μｍｏｌ  ＩＭＰ／ｇ  Ｈｂ  Ｘ  ｈ（Ｓｈｉｐｋｏｖａら（上掲）に記載のアッセイで測定時））の一方または両方を有する個体では、本発明は、リバビリン化合物を含む任意の治療レジメンに対する、ＲＢＶ誘発性貧血に反対作用する薬剤を用いた補助療法薬を想定する。かかる薬剤としては、エポエチン（ｅｐｏｉｅｔｅｎ）α、漢方薬十全大補湯（ＴＪ−４８）、ニンヒニョエイト（ｎｉｎｈｉｎｙｏｅｉｔｏ）（ＮＹＴ）およびエイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）（ビタミンＣおよびＥの補給とともに、またはなし）（例えば、Ｍａｒｔｉｎ，Ｐ．ら、Ｊ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  ａｎｄ  Ｈｅｐａｔｏｌ  ２３：８４４−８５５（２００８）を参照のこと）、または赤血球のＩＴＰＡ活性を阻害する薬剤が挙げられる。
【０１５５】
一部の実施形態では、リバビリンでの処置に感受性の疾患を有するが、ＲＩＡマーカーについての試験の結果が陽性であるおよび／またはＩＴＰＡ欠損についての試験の結果が陰性（例えば、ＩＴＰＡ活性≧１２５μｍｏｌ  ＩＭＰ／ｇ  Ｈｂ  Ｘ  ｈ）である患者は、リバビリン化合物を除いた処置レジメンで処置する。一部の実施形態では、かかる処置レジメンは、リバビリン化合物でない、イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＭＰＤＨ）の阻害薬、例えば、メリメポディブ（ＶＸ−４９７）（Ｍａｒｋｌａｎｄ  Ｗ．ら，Ａｎｔｉｍｉｃ  ｏｂ  Ａｇｅｎｔｓ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  ４４：８５９−８６６（２０００））、ミコフェノール酸モフェチル（ｏｒｎｂｅｒｇ  Ａ．ら，Ｉｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：１０７−１１５（２００５））およびミゾリビン（Ｎａｋａ  Ｋ．ら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ．３３０：８７１−８７９（２００５）を含むものである。
【０１５６】
ＨＣＶ感染の処置のために本発明の併用療法で使用されるその他の薬剤の用量および投薬レジメンは、担当医師により、添付文書の承認された用量および投薬レジメン；ならびに患者の年齢、性別、および一般健康状態を考慮して決定され得る。ＨＣＶ併用療法で投与される薬剤は、同時に（すなわち、同じ組成物または別々の組成物で次から次に）投与してもよく、逐次投与してもよい。これは、併用成分を異なる投与スケジュールで施与する（例えば、ある成分は１日１回、別の成分は６時間毎に投与する）場合、または好ましい医薬組成物が異なる（例えば、あるものは錠剤であり、あるものはカプセル剤である）場合、特に有用である。したがって、別々の投薬形態を含むキットが好都合である。
【０１５７】
ＩＦＮ−αがＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンα−２ｂ（Ｐｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ｂ）またはそのバイオシミラーなど）である場合、慢性ＨＣＶ感染の好ましい処置レジメンは、週１回の１．５ｍｃｇ／ｋｇのＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンα−２ｂと毎日８００〜１４００ｍｇの用量のリバビリンの併用を含むものである。リバビリンの用量は、患者の体重を基にしており：体重が４０〜６５ｋｇの患者では８００ｍｇ／日、体重が６５ｋｇより重く８５ｋｇまでの患者では１０００ｍｇ／日、体重が８５ｋｇより重く１０５ｋｇまでの患者では１２００ｍｇ／日、体重が１０５ｋｇより重い患者では１４００ｍｇ／日である。一部の実施形態では、ＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンα−２ｂの推奨週用量は、０．５、０．７５または１．０ｍｃｇ／ｋｇであり、リバビリンの日用量は、患者の体重に基づいて６００〜１４００ｍｇのリバビリンである。
【０１５８】
ＩＦＮ−αがｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンα−２ａ（ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ａ）またはそのバイオシミラーなど）である場合、慢性ＨＣＶ感染の好ましい処置レジメンは、１８０ｍｅｇ／週のｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンα−２ａとの併用で、体重が＜７５ｋｇの患者では１０００ｍｇ、体重が≧７５ｋｇの患者では１２００ｍｇのリバビリンの日用量を含むものである。一部の実施形態では、ｂＰＥＧ４０−インターフェロンα−２ａの推奨週用量は、１８０ｍｅｇより少なくとも２５％少ない用量である。
【０１５９】
一部の好ましい実施形態では、高いウイルス負荷量のＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染しており、ＲＩＡマーカーについての試験の結果が陰性である患者は、インターフェロンα（ＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンα−２ｂおよびｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンα−２ａなど）をリバビリンまたは別のリバビリン化合物と併用して投与する約２〜１７週間の導入処置期間の後、インターフェロンα、リバビリン化合物およびプロテアーゼ阻害薬（ボセプレビルまたはテラプレビルなど）を三重併用で投与する約１２〜約２８週間の第２の処置期間を含む併用レジメンで処置する。かかる二相処置レジメンは国際公開第２００９／０３８６６３号に記載されている。特に好ましい実施形態では、導入期間は約４週間であり、第２の処置期間は約２４週間である。
【０１６０】
患者におけるＲＩＡ遺伝子マーカーまたはＩＴＰＡ欠損バイオマーカーの有無に基づいて該患者の処置のために選択される併用療法剤を投与する場合、該併用薬の治療用薬剤、または該治療用薬剤を含む医薬組成物（１種類もしくは複数種）は、任意の順序（例えば、逐次、並行、一緒、同時など）で投与され得る。かかる併用療法剤中の種々の治療用薬剤の量は異なる量（異なる投薬量）であってもよく、同じ量（同じ投薬量）であってもよい。一部の実施形態では、併用薬中の薬剤は、かかる薬剤が単独療法剤として患者の疾患または病状の処置に使用される場合に一般的に使用される用量で投与されるが、他の実施形態では、該薬剤は、かかる薬剤が単独療法剤として該疾患または病状の処置に一般的に使用される用量よりも少ない用量で投与される。
【０１６１】
一部の実施形態では、併用療法で使用する治療用薬剤を同じ医薬組成物中に存在させ、該組成物は、経口投与、静脈内  投与、皮下投与または非経口投与に適したものであり得る。
【０１６２】
また、本発明者らは、本発明において本明細書に記載のＲＩＡマーカーが、薬理遺伝学的指示、すなわち、疾患成分とＲＩＡマーカー成分を含む指示のための新たなリバビリン薬物製剤の市販を規制当局の承認を求めるために使用されることがあり得ることを想定する。疾患成分は、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患であり、遺伝子マーカー成分は、本明細書に記載の少なくとも１種類のＲＩＡマーカーについて陰性である試験患者である。同様に、本発明者らは、本明細書において、このようなＲＩＡマーカーが、医師が、特定の疾患に対して、一般集団でのかかる疾患に対する便益／リスク比が非常に小さいことに基づいて処方したがらない現在承認済のリバビリン薬物に対する、かかる薬理遺伝学的指示の承認を求めるために有用であることを想定する。
【０１６３】
薬理遺伝学的指示の承認を求めることは、典型的には、当該化合物で処置した２つの別々の患者群においてリバビリン化合物に応答した貧血の発生を調べることを伴う。一方の群の各個体は、提案された薬理遺伝学的指示下に置かれる疾患および遺伝的プロフィールを有する個体である。他方の群の個体は、提案された薬理遺伝学的指示の遺伝子マーカー成分を有するかどうかとは無関係に無作為に選択され得る。あるいはまた、個体は、遺伝子マーカー成分に対応する個体および対応しない個体のパーセントが、一般集団または提案された薬理遺伝学的指示の疾患成分を有する患者集団で観察されるものと類似している「対照」群が得られる様式で他方の群に割り当てられる。承認を求める薬物製剤は、プロスペクティブ臨床試験で２つの群に投与され得る。あるいはまた、以前に該薬物で処置した患者のレトロスペクティブ薬理遺伝学的解析を行ってもよい。
【０１６４】
薬理遺伝学的指示を求める対象の薬物製剤は、他の治療活性薬剤、例えば、提案された薬理遺伝学的指示の疾患または病状の処置に対して有効性を有する別の薬物、またはリバビリンによって引き起こされる貧血以外の有害効果の発生の低減が意図される薬剤を用いて評価される場合もあり得る。一部の実施形態では、規制当局の承認を求める薬理遺伝学的指示は、他のマーカー（遺伝子マーカーもしくはバイオマーカー）または該薬物に対する応答の予測因子を含むものであり得る。例えば、ＰｅｇＩＦＮ／リバビリン併用療法で処置した慢性ＨＣＶ患者のＳＶＲと関連している遺伝子マーカーは、Ｇｅ  Ｄ，Ｆｅｌｌａｙ  Ｊ，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ＡＪら  Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ＩＬ２８Ｂ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｖｉｒａｌ  ｃｌｅａｒａｎｃｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ２００９および米国仮特許出願第６１２３２５４７号（２００９年８月１４日出願）に記載されている。また、ペグ化インターフェロンαとリバビリンでの併用療法に対する速やかなＨＣＶウイルス応答（ＲＶＲ）は、ＳＶＲの達成の良好な予測因子である。
【０１６５】
薬理遺伝学的試験は、薬理遺伝学的薬物製剤を具体的な国で市販する前に、承認を得る規制機関または政府団体の代表と協議して設計され得る。好ましくは、規制機関は、主要先進国（例えば、オーストラリア、カナダ、中国、欧州連合の加盟国、日本など）の政府に認定された機関である。最も好ましくは、規制機関は、米国政府に認定された機関であり、提出される承認のための申請の型は、当該薬物製剤に適用される食品医薬品化粧品法の最新制定版に示された法定基準に依存し、また、規制当局への提出物の作製費用および薬物製剤のマーケティングストラテジーなどの他の考慮事項が含まれることがあり得る。例えば、薬物製剤中の医薬製剤が、提案された薬理遺伝学的指示の疾患成分について以前に承認されたものである場合、申請は、書面ＮＤＡ、変更（ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔａｌ）ＮＤＡまたは簡略ＮＤＡであり得るが、申請は、医薬製剤が以前に承認されたものでない場合は、完全なＮＤＡであることが必要とされ得る；これらの用語は、製薬分野の当業者によって適用される意味を有するもの、または１９８４年の医薬品の価格競争と特許期間回復法で定義されたものである。
【０１６６】
本発明の１種類以上のＲＩＡマーカーを用いた薬理遺伝学的臨床試験の所望の結果の１つは、（１）リバビリン化合物を含む医薬組成物、および（２）該医薬組成物を推奨する薬理遺伝学的指示を含む処方情報を含む薬物製剤の市販の承認である。処方情報は、典型的には、薬物に関する製品パンフレット（多くの場合、添付文書とも称される）またはラベルにて知得される。
【０１６７】
上記で考察したように、薬理遺伝学的指示は２つの成分：疾患成分とＲＩＡマーカー成分を有する。したがって、処方情報は、疾患成分に記載された疾患または疾患の処置において、薬物で示された貧血が少ない遺伝学的に規定される患者群が記載されたものであり得る。一部の実施形態では、処方情報には、遺伝学的に規定される群の個体をどのようにして特定するかが記載されている。例えば、一部の実施形態では、処方情報には、薬物を、本明細書に記載の１種類以上のＲＩＡマーカーについての試験の結果が陰性である個体、またはＩＴＰＡ欠損について試験結果が陽性である個体に対して指示するよう記述されている。あるいはまた、処方情報には、薬物が、１種類以上のＲＩＡマーカーについて試験結果が陽性である個体、またはＩＴＰＡ欠損についての試験の結果が陰性である個体には禁忌であると記載されており、一部の好ましい実施形態では、処方情報には、薬理遺伝学的指示の必要とされる遺伝子マーカー成分の有無を検出するために使用すべき少なくとも１つの承認済の診断試験の名称が含まれている。上記のように、本発明の薬理遺伝学的薬物製剤における薬理遺伝学的指示に、医薬組成物に対する応答の予測因子のさらなるマーカーおよび／または１種類以上の他の治療活性薬剤との併用での該薬物の使用に対する要件を含めてもよい。処方情報に、推奨される投薬量および処置レジメンに関する情報を含めてもよい。
【０１６８】
一部の実施形態では、薬理遺伝学的薬物製剤は、当該薬物製剤が薬理遺伝学的製剤であることを特定し、薬剤師および医師が、この製剤を、同じまたは類似の活性成分を含むが薬理遺伝学的指示のない他の市販製剤と識別することが補助されるように、製造業者によって採用された独自の外観を有する製剤として、または該外観を有するパッケージにて提供される。医薬製剤および薬物製剤パッケージの外観を独自のブランドの薬物製剤の創出の一部として使用することは、当該技術分野でよく知られており、錠剤またはカプセル剤の形状および色、ならびに該薬剤の上面または薬物製剤のパッケージ材の上面への符号またはロゴのスタンプ表記が挙げられる。
【０１６９】
本発明の好ましい薬理遺伝学的薬物製剤では、医薬組成物はリバビリンを含む。本発明の薬物製剤の好ましい薬理遺伝学的指示は、ＨＣＶに慢性的に感染し、表１に記載されたＲＩＡ遺伝子マーカーの少なくとも１つについての試験の結果が陰性である患者の処置のために、インターフェロンαと併用して該医薬組成物を使用することを含むものである。一部の好ましい実施形態では、患者は、本明細書において上記に定義した高いベースラインＨＣＶウイルス負荷量を有する患者である。他の好ましい実施形態では、患者は、ＨＣＶ遺伝子型１に感染しており、高いＨＣＶウイルス負荷量を有する。より好ましい実施形態では、処方情報には、リバビリン医薬組成物は、高いベースラインウイルス負荷量のＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染している患者の処置のために、インターフェロンαおよび少なくとも１種類の他の抗ウイルス剤との併用して指示するよう記述されている。抗ウイルス剤は、ＨＣＶプロテアーゼ阻害薬、ＨＣＶポリメラーゼプロテアーゼ阻害薬、またはＨＣＶ複製を特異的に阻害する別の薬剤であり得る。処方情報は、このような抗ウイルス剤の２種類以上の任意の組合せとの併用でのリバビリン医薬組成物の使用を推奨するものであり得る。また、処方情報は推奨処置レジメンを含むものであり得、好ましい処置レジメンは、ＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンα−２ｂおよびｂＰＥＧ４０−インターフェロンα−２ａ医薬組成物について上記の任意のものである。
【０１７０】
本明細書に記載の方法の実施または本明細書に記載のキットおよび製剤の使用に関与する解析操作および数学的操作のいずれか、またはすべてがコンピュータによって実行され得る。例えば、コンピュータにより、ＲＩＡマーカーの有無を、試験を行う実験室の従業者または処置担当医師によって入力された遺伝子型データに基づいて個体に割り当てるコンピュータプログラムが実行され得る。また、同じコンピュータまたは異なるコンピュータで、ＲＩＡマーカー（ＲＢＶ誘発性貧血に影響を及ぼし得る他の患者特異的または治療特異的要素でもよい）の割り当てに基づいて個体に起こることが予測される貧血度合を出力してもよい。一部の実施形態では、コンピュータにより、ＲＢＶ誘発性貧血と関連している種々の患者パラメータおよび疾患パラメータ（例えば、１種類以上のＲＩＡマーカーの有無、ＩＴＰＡ活性レベル、ベースラインヘモグロビンレベル、同時使用中の薬など）から患者の貧血確率スコアを誘導するコンピュータプログラムが実行される。個体のＲＩＡマーカーの有無またはＩＴＰＡ欠損に関するデータは、個体の他の臨床データおよび／または遺伝子データを含むリレーショナルデータベース（例えば、一例として、ＯｒａｃｌｅデータベースまたはＡＳＣＩＩフラットファイルの組）の一部として保存され得る。このようなデータは、コンピュータのハードドライブに保存してもよく、例えば、ＣＤ  ＲＯＭもしくはコンピュータによりアクセス可能な１つ以上の他の保存デバイスに保存してもよい。例えば、データは、ネットワーク経由でコンピュータ通信される１つ以上のデータベースに保存され得る。
ＩＶ．本発明の例示的な具体的実施形態
１．リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有し、少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーについての試験で陰性である個体を処置するためのリバビリン化合物を含む医薬組成物であって、
該ＲＩＡマーカーは表１のＲＩＡ遺伝子マーカーから選択されるものであるか、または
該ＲＩＡマーカーは正常ＩＴＰＡ活性である
医薬組成物。
２．リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有し、少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーについての試験で陰性である個体を処置するための医薬の製造におけるリバビリン化合物の使用であって、
該ＲＩＡマーカーは表１のＲＩＡマーカーから選択されるものであるか、または
該ＲＩＡマーカーは正常ＩＴＰＡ活性である
使用。
３．医薬組成物と処方情報を含む薬物製剤であって、
該医薬組成物はリバビリン化合物を含み、該処方情報は薬理遺伝学的指示を含み、
該薬理遺伝学的指示は、試験の結果が少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーについて陰性である患者の、リバビリン化合物での処置に感受性の疾患の処置を含み、該ＲＩＡマーカーは表１のＲＩＡマーカーから選択されるか、または該ＲＩＡマーカーは正常ＩＴＰＡ活性である、
薬物製剤。
４．個体を少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーの有無について試験する方法であって、個体から核酸試料を採取し、核酸試料をアッセイして、表１の多型部位（ＰＳ）の該個体の遺伝子型を調べることを含み、ここで、該個体が前記ＰＳの貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、ＲＩＡマーカーが存在し、該個体が前記ＰＳの他方の対立遺伝子についてホモ接合型である場合、ＲＩＡマーカーは存在しない、方法。
５．さらに、前記ＰＳの該個体の遺伝子型を示す試験報告を作成することを含む、実施形態４の方法。
６．個体から生物学的試料を採取し、該生物学的試料を、アミノ酸３２位にプロリン（ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２）を有するＩＴＰＡの存在についてアッセイすることを含む、個体をＲＩＡマーカーの存在について試験する方法。
７．該アッセイ工程が、該生物学的試料を、ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片と接触させることを含む、実施形態６の方法。
８．該アッセイ工程が、該生物学的試料を、（１）ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片、および（２）ＩＴＰＡ−Ｔｈｒ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片の各々と接触させることを含む、実施形態６の方法。
９．リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する個体を処置するための治療法の選択方法であって、
表１の多型部位から選択される多型部位（ＰＳ）の該個体の遺伝子型を得、得られた遺伝子型に基づいて治療法を選択することを含み、
該個体が、選択したＰＳの貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、選択される治療法は：
（ａ）リバビリン化合物を該疾患に推奨される用量でリバビリン誘発性貧血に反対作用する薬剤と併用して投与することを含むものである、
（ｂ）リバビリン化合物を該疾患に推奨される用量よりも少ない用量で投与することを含むものである、または
（ｂ）リバビリン化合物での処置を除外したものであり、
該個体が、選択したＰＳの他方の対立遺伝子についてホモ接合型である場合、
選択される治療法は：
（ａ）リバビリン化合物を該疾患に推奨される用量で投与すること、または
（ｂ）リバビリン化合物を該疾患に推奨される用量よりも高い用量で投与し、該個体を貧血についてモニタリングすること
を含むものである、方法。
１０．リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する個体の群から、初期処置またはリバビリン化合物での継続処置を行う個体を選択するためのスクリーニング方法であって、該疾患群の各構成員を、少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーの存在について試験すること、およびＲＩＡマーカーについての試験で陽性である個体をすべて、処置から除外することを含み、ＲＩＡマーカーについての試験の陽性は、表１の多型部位から選択される少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）の貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型遺伝子型またはホモ接合型遺伝子型であることである方法。
１１．リバビリン化合物での処置に感受性の疾患を有する個体を、リバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーの有無について試験するためのキットであって、表１の多型部位の群から選択される少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）を遺伝子型分類するために設計された一組のオリゴヌクレオチドを含むキット。
１２．該オリゴヌクレオチドが対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブである実施形態１１のキット。
１３．該オリゴヌクレオチドが固相表面上に固定化された実施形態１１または１２のキット。
１４．該ＲＩＡマーカーが、表１のホモ接合型ＲＩＡマーカーから選択される、実施形態１〜１３いずれかの医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
１５．リバビリン化合物で処置した場合、個体に重度の貧血のリスクがあるかどうかを予測する方法であって、個体から赤血球試料を採取すること、および該試料中のＩＴＰＡ活性を測定することを含み、測定されたＩＴＰＡ活性が正常より低い場合、リバビリン化合物で処置したとき、個体は重度の貧血を起こしにくいという予測になり、測定されたＩＴＰＡ活性正常であるか、正常より高い場合、リバビリン化合物で処置したとき、個体は重度の貧血を起こす可能性があるという予測になる。
１６．リバビリン化合物での処置に感受性の疾患がウイルス感染である、実施形態１〜１５いずれかの医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
１７．ウイルス感染が、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）またはＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）による慢性感染である、実施形態１６の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
１８．Ｃ型肝炎ウイルスがＨＣＶ遺伝子型１である、実施形態１７の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
１９．リバビリン化合物がリバビリンまたはリバビリンプロドラッグである、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
２０．リバビリンプロドラッグがタリバビリンである、実施形態１９の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
２１．ＩＦＮ−αが非経口投与のために製剤化されたものである、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
２２．ＨＣＶに慢性的に感染している個体が、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質とリバビリンを含む併用療法に応答して貧血が起こすかどうかを予測する方法であって、
個体から核酸試料を採取すること；
該核酸試料をアッセイし、表１の少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）の該患者の遺伝子型を調べること；および
調べた遺伝子型に基づいて予測を行うこと
を含み、
患者の遺伝子型が貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、個体は重度の貧血を起こす可能性があるという予測になり、患者の遺伝子型が他方の対立遺伝子についてホモ接合型である場合、個体は貧血を起こしにくいという予測になる、
方法。
２３．ＨＣＶによる慢性感染について個体を処置する方法であって、
表１の少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）の個体の遺伝子型を得、得られた遺伝子型に基づいた処置レジメンを処方すること
を含み、
ここで、該遺伝子型が、貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、処置レジメンは：
（ａ）個体に、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質を、リバビリンおよびリバビリン誘発性貧血に反対作用する少なくとも１種類の薬剤と併用して投与すること；または
（ｂ）個体に、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質を、リバビリン化合物でない少なくとも１種類の抗ウイルス剤と併用して投与すること；または
（ｃ）個体に、どちらもインターフェロンαタンパク質またはリバビリン化合物でない少なくとも２種類の抗ウイルス剤の組合せを投与すること
を含むものである方法。
２４．該少なくとも１種類の抗ウイルス剤がＨＣＶプロテアーゼ阻害薬である、実施形態２３の方法。
２５．該少なくとも２種類の抗ウイルス剤の組合せがＨＣＶプロテアーゼ阻害薬とＨＣＶポリメラーゼ阻害薬を含むものである、実施形態２４の方法。
２６．ＨＣＶプロテアーゼ阻害薬が、ボセプレビル、ナルラプレビルまたはテラプレビルである、実施形態２４の方法。
２７．ＩＦＮ−αタンパク質がペグ化インターフェロンα−２ａタンパク質またはアルブミン−インターフェロンα−２ａ融合タンパク質である、実施形態２２〜２６のいずれかの方法。
２８．ＩＦＮ−αタンパク質がＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ａ）またはそのバイオシミラーである、実施形態２７の方法。
２９．ＩＦＮ−αタンパク質がペグ化インターフェロンα−２ｂまたはアルブミン−インターフェロンα−２ｂ融合タンパク質である、実施形態２２〜２６のいずれかの方法。
３０．ＩＦＮ−αタンパク質がＰｅｇｌｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンα−２ｂ）またはそのバイオシミラーである、実施形態２９の方法。
３１．個体が、コーカサス系、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック系またはアジア系と自己意識している個体である、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３２．個体がコーカサス系と自己意識している個体である、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３３．該ＲＩＡマーカーが、ｒｓ６０５１７０２におけるＡ／Ａ遺伝子型、ｒｓ１１２７３５４におけるＣ／Ｃ遺伝子型、ｒｓ７２７０１０１におけるＡ／Ａ遺伝子型または正常ＩＴＰＡ活性からなる群から選択される、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３４．該ＲＩＡマーカーがｒｓ６０５１７０２におけるＡ／Ａ遺伝子型である、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３５．該ＲＩＡマーカーがＡ／Ｃ遺伝子型またはｒｓ１１２７３５４におけるＣ／Ｃ遺伝子型である、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３６．該ＲＩＡマーカーがＡ／Ｃ遺伝子型またはｒｓ７２７０１０１におけるＡ／Ａ遺伝子型である、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３７．該ＲＩＡマーカーがｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１の各々のＡ／Ｃ遺伝子型である、先のいずれかの実施形態の医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３８．該ＲＩＡマーカーが正常ＩＴＰＡ活性である、実施形態１〜３３いずれかの医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
３９．該ＲＩＡマーカーが、個体がコーカサス系と自己意識している場合はｒｓ６０５１７０２  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型、該個体がアフリカ系アメリカ人と自己意識している場合はｒｓ３８１０５６０  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型、または該個体がヒスパニック系と自己意識している場合はｒｓ１１６９７１１４におけるＴ／Ｔ遺伝子型である、実施形態１〜３２いずれかの医薬組成物、使用、薬物製剤、方法またはキット。
４０．各オリゴヌクレオチドが別々のシリカビーズ上に固定化された実施形態１３のキット。
【実施例】
【０１７１】
以下の実施例は、より明白に本発明を説明するために示したものであり、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきでない。
実施例１．リバビリン誘発性貧血と関連している単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の特定
処置応答に対する遺伝的寄与を確認するため、本発明者らは、ＩＤＥＡＬ試験で得たゲノム試料において全ゲノム関連試験を行った。該試験の設計は、ＭｃＨｕｔｃｈｉｓｏｎら，Ｊ．Ｖｉｒａｌ  Ｈｅｐａｔｏｌ，第１５巻，７号，２００８年７月，第４７５〜４８１頁に報告されている。簡単には、ＩＤＥＡＬ試験では、ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染した処置未経験患者を無作為化し（１：１：１）、以下：ペグインターフェロンα−２ｂ（ＰＥＧ２ｂ）を１．５ｍｃｇ／ｋｇ／週＋リバビリン（ＲＢＶ）；ＰＥＧ２ｂを１．０ｍｃｇ／ｋｇ／週＋ＲＢＶ；またはペグインターフェロンα−２ａ（ＰＥＧ２ａ）を１８０ｍｅｇ／週＋ＲＢＶのうちの１つの４８週間の処置レジメンを施与した。ＰＥＧ２ｂレジメンでは、体重が４０〜６５ｋｇの患者には８００ｍｇ／日のＲＢＶを施与し；体重が６５ｋｇより重く８５ｋｇまでの患者には１０００ｍｇ／日のＲＢＶを施与し；体重が８５ｋｇより重く１０５ｋｇまでの患者には１２００ｍｇ／日のＲＢＶを施与し；体重が１０５ｋｇより重い患者には１４００ｍｇ／日のＲＢＶを施与した。ＰＥＧ２ａレジメンでは、体重が＜７５ｋｇの患者には１０００ｍｇ／日のＲＢＶを施与し、一方、体重が≧７５ｋｇの患者には１２００ｍｇ／日のＲＢＶを施与した。ヘモグロビン値を、ベースライン時（初回用量での処置前）、２週目、４週目、８週目、１２週目、その後、処置終了（全４８週間）まで６週間毎に測定した。追跡測定値は、処置後４週目、１２週目および２４週目に得た。
【０１７２】
ＲＢＶ誘発性貧血の全ゲノム解析では、本発明者らは、治療の４週目を３つの臨床表現型：ｉ）Ｈｂの絶対減少；ｉｉ）≧３ｇ／ｄＬのＨｂの減少；ｉｉｉ）≦１０ｇ／ｄＬのレベルまでのＨｂの減少に対する遺伝的寄与を評価する時点として選択した。４週目までに、有意な貧血が起こったが、増殖因子療法は開始していなかった。４週目までのペグ−ＩＦＮまたはＲＢＶのいずれかに対する支持が＜８０％である患者（Ｎ＝９５）、および４週目のＨｂデータがない患者（Ｎ＝２１）は、この解析から除外した。試験集団の臨床的特徴を以下に示す。
【０１７３】
【表４】
2013511259.tif 000013
１２８６例の個体のゲノム試料を、フェーズＩＩ  ＨａｐＭａｐデータ（ＨｕｍａｎＨａｐ  ６１０  ｑｕａｄ  Ｖ  １．０）から誘導された約６００，０００個のタギングＳＮＰを含むＡｌｕｍｉｎａ（登録商標）（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）のＨｕｍａｎ６１０−ｑｕａｄ  ＢｅａｄＣｈｉｐを用いて遺伝子型分類した。一連の品質管理工程により、関連試験で５６５，７５９個の多型が得られた。
【０１７４】
一次関連試験は、各単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）とＨｂ表現型との関連の単一−マーカー遺伝子型トレンド試験を伴うものであり、ＰＬＩＮＫソフトウェア（Ｐｕｒｃｅｌｌ，Ｓ．ら  Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ．８１（２００７））にて実行される線形およびロジスティック回帰モデルを、いくつかの共変量（例えば、年齢、性別、体重、前処理肝臓生検材料の線維症の重症度、ベースラインヘモグロビンレベル、ならびに試験で投与するＲＢＶの用量およびＰｅｇＩＦＮの型と用量）を補正して使用した。別途の解析を３つの人種集団において行った。集団の層別化に起因する誤った関連の可能性を制御するため、改良ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ法（Ｐｒｉｃｅ，Ａ．Ｌ．ら  Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３８，９０４−９（２００６））を使用し、各人種集団における集団家系軸を補正した。有意差は、ボンフェローニの補正（Ｐカットオフ＝８．８×１０−８）を用いて評価した。以下の表５に、スタウファーの加重Ｚ−法によりＰ値の組合せた後の最も強い関連を示す２０個のＳＮＰを、３つの人種集団のそのＰ値とともに示す。ＳＮＰは、ｒｓ１０１５９４７７（これは、第１０染色体上のＨＫ１遺伝子のイントロン変異である）以外はすべて２０ｐ１３に対するマッピングされる。
【０１７５】
【表５】
2013511259.tif 000014
３つの各人種集団においてＨｂ減少と最も強い関連を示すＳＮＰを以下の表６に、種々の該人種集団のそのＰ値とともに示す。
【０１７６】
【表６】
2013511259.tif 000015
ヨーロッパ系アメリカ人集団におけるトップ関連シグナルの独立性を、ネスト（ｎｅｓｔｅｄ）線形回帰モデルを用いて試験した。このモデルでは、個々のＳＮＰを、最も関連している変異ｒｓ６０５１７０２を含めた後に加えた。さらなる独立的関連が、ｒｓ２２９５５４７（Ｐ＝１．４×１０−９）およびｒｓ６０５１８５５（Ｐ＝２．３×ｌ０−４）で観察され、これは、合成的関連をもたらす原因部位がいくつか存在することを示唆する。
【０１７７】
ｒｓ６０５１７０２  ＳＮＰとＲＢＶ誘発性貧血との関連が、４週間の処置後に３ｇ／ｄＬより大きい、または小さいＨｂの減少を有する被検体を比較するケース−コントロール解析において確認された。図３に示すデータから明らかなように、この場合も、ｒｓ６０５１７０２  ＳＮＰで、最も強い関連シグナルがヨーロッパ系アメリカ人で示された：ＣＣ遺伝子型の患者では、２．９％のみで少なくとも３ｇ／ｄＬのＨｂの減少が示されたが、主対立遺伝子ＡＡについてホモ接合型である患者では、５８．８％がこの閾値に達した。整合して、いずれのＣＣ患者も、４週目に＜１０ｇ／ｄＬのＨｂ濃度を有さなかったが、ＡＡ遺伝子型を有する患者は、１３％に重度の貧血が起こったと記録された（データ表示せず）。
実施例２．リバビリン誘発性貧血の原因多型候補の特定
合計１５個のＳＮＰで、全ゲノムで有意な関連が示され、複合解析で定量的Ｈｂ減少が見られた：このようなＳＮＰは、５つの異なるタンパク質コード遺伝子を含む２５０ｋｂの領域全体に広がっていた（図１）。このような遺伝子の１つはＩＴＰＡ遺伝子である。ＩＴＰＡ遺伝子内の２つのＳＮＰ（Ｐ３２Ｔアミノ酸変異をもたらすｒｓ１１２７３５４と、第２イントロンに存在するスプライシング改変ＳＮＰであるｒｓ７２７０１０１）は、ＩＴＰＡ欠損およびチオプリン毒性の増大と機能的に関連しているため、本発明者らは、ＣＥＰＨ親のＨａｐＭａｐデータ（Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，Ｎａｔｕｒｅ  ４３７：１２９９−１３２０（２００５））を使用し、このようなＩＴＰＡ  ＳＮＰとｒｓ６０５１７０２  ＳＮＰ間の連鎖不平衡の度合を調べた。この解析には、ｒｓ１１２７３５４、ｒｓ７２７０１０１およびｒｓ６０５１７０２  ＳＮＰについて完全な遺伝子型データを有する５６のＣＥＵ親を含めた。本発明者らは、ＩＴＰＡ欠損と関連している各ＩＴＰＡ対立遺伝子が、ヘモグロビン減少とあまり関連していないｒｓ６０５１７０２Ｃ対立遺伝子と優先的に関連していることを見い出した。
【０１７８】
ＲＢＶ誘発性貧血におけるＩＴＰＡ活性の機能的役割の可能性をさらに評価するため、本発明者らは、２つの低活性対立遺伝子を破壊して新たな変異型にし、この変異型をＬＤについて試験すると、ＨａｐＭａｐ  ＳＮＰはすべて、周囲の１Ｍｂ領域内に存在した。最高ｒ２は０．６５であり、これは、ｒｓ６０５１７０２  ＳＮＰおよびこの領域内の２６個の他のＳＮＰで観察された（表７参照）。
【０１７９】
【表７】
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実施例３．ＩＴＰＡ欠損とリバビリン誘発性貧血に対する防御との関連
実施例２に記載した結果から、低ＩＴＰＡ活性によりリバビリン誘発性溶血性貧血に対する防御がもたらされる可能性が示唆された。この可能性を試験するため、本発明者らは、試験集団試料の１６８名の患者由来のゲノム試料のＩＴＰＡ遺伝子のコード領域全体を配列決定し、全試験集団のｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１  ＳＮＰを遺伝子型分類し、種々の遺伝子型を、ｒｓ６０５１７０２  Ｃ対立遺伝子（ＧＷＡＳにて特定）との関連について、および処置誘発性Ｈｂ減少との独立的関連について解析した。
【０１８０】
配列決定では、関連シグナルに寄与し得る他の明白な機能低下変異は示されなかった（データ表示せず）。しかしながら、ｒｓ１１２７３５４およびｒｓ７２７０１０１  ＩＴＰＡ  ＳＮＰの低活性対立遺伝子を回帰モデルに組み込むと、実施例１に記載のＧＷＡＳで観察された関連が完全に説明された（データ表示せず）。また、ヨーロッパ系アメリカ人家系のＨＣＶ患者では、２つの低活性ＩＴＰＡ対立遺伝子は、ペグ−ＩＦＮ／ＲＢＶ療法時にＨｂ減少が少ないことと関連しているｒｓ６０５１７０２  ＰＳのＣ対立遺伝子を同様に担持する染色体上にほぼ排他的に見られた。このデータを以下の表８に示す。
【０１８１】
【表８】
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また、これらの各ＩＴＰＡ低活性対立遺伝子は、以下の表９に示すように、試験集団において、リバビリン誘発性貧血に対する防御と独立して関連している。
【０１８２】
【表９】
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これらの変異の臨床的意義を、中等度または重度の貧血（それぞれ、≧３ｇ／ｄＬのＨｂまたは≦１０ｇ／ｄＬのＨｂレベルの減少と規定する）に苦しんでいる患者の割合を、個体遺伝子型の関数として、またはＳｈｉｐｋｏｖａ，Ｍ．ら，Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ．５２：２４０−２４７（２００６）から推定されるＩＴＰＡ欠損度合の関数として：野生型ホモ接合型との比較において調べることにより評価すると、ＩＴＰＡ活性は、ｒｓ７２７０１０１ヘテロ接合性では６０％まで；ｒｓ１１２７３５４ヘテロ接合性またはｒｓ７２７０１０１ホモ接合性では３０％まで；および混合型ヘテロ接合性またはｒｓ１１２７３５４ホモ接合性では非常に低い残留活性まで減少した。データを図４に示す。ＩＴＰＡ酵素活性が正常の３分の１未満である予測された１８４名の患者では、重度の貧血を有する患者は全く観察されず、４．３％のみが中等度の貧血を有した（下側のグラフ、左側の２つのバー）。他方、「正常な」ＩＴＰＡ機能を有すると予測された８６３名の患者のうち、１３．３％が重度の貧血（すなわち、≦１０ｇ／ｄＬまでのＨｂの減少）に苦しみ、５８．４％に中等度の貧血（≧３ｇ／ｄＬのＨｂの減少）が起こった。
【０１８３】
最後に、イノシントリホスファターゼ欠損がＲＢＶ誘発性溶血性貧血に対する主要な保護因子であると特定されたことは、薬理遺伝学的な診断方法および製剤におけるＩＴＰＡ欠損対立遺伝子の検出またはＩＴＰＡ活性の測定の根拠をもたらす。また、ＩＴＰＡ欠損は良性状態と思われるため、ＩＴＰＡに対する薬理学的介入によってＲＢＶ誘発性貧血を防御することが可能であり得る。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成24年7月9日(2012.7.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）ヒト個体から核酸試料を採取し、核酸試料をアッセイして、下記表１の多型部位（ＰＳ）における該個体の遺伝子型を調べること（ここで、該個体が前記ＰＳの貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、ＲＩＡマーカーが存在し、該個体が前記ＰＳの他方の対立遺伝子についてホモ接合型である場合、ＲＩＡマーカーは存在しない）、あるいは
（ｂ）ヒト個体から生物学的試料を採取し、該生物学的試料を、アミノ酸３２位にプロリンを有するＩＴＰＡ（ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２）の存在についてアッセイすること（ここで、アミノ酸３２位にプロリンを有するＩＴＰＡが存在する場合、ＲＩＡマーカーが存在しない）
を含む、少なくとも１種類のリバビリン誘発性貧血（ＲＩＡ）マーカーの有無についてヒト個体から採取した生物学的試料を試験する方法。
2013511259.tif 000024
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【請求項２】
（ａ）の部の工程を含み、さらに、前記ＰＳにおける該個体の遺伝子型を示す試験報告を作成することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＲＩＡマーカーが、表１のホモ接合型ＲＩＡマーカーから選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
ＲＩＡマーカーが、個体がコーカサス系と自己認識している場合はｒｓ６０５１７０２  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型であり、個体がアフリカ系アメリカ人と自己認識している場合はｒｓ３８１０５６０  ＰＳにおけるＡ／Ａ遺伝子型であり、個体がヒスパニック系と自己認識している場合はｒｓ１１６９７１１４におけるＴ／Ｔ遺伝子型である、請求項１乃至３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
（ｂ）の部の工程を含み、アッセイ工程が、生物学的試料を、ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片と接触させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
アッセイ工程が、生物学的試料を、（１）ＩＴＰＡ−Ｐｒｏ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片、および（２）ＩＴＰＡ−Ｔｈｒ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその結合断片の各々と接触させることを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
下記表１の少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）の個体の遺伝子型を得、得られた遺伝子型に基づいた治療レジメンを処方することを含む方法でＨＣＶによる慢性感染についてヒト個体を治療するためのリバビリン化合物を含む医薬組成物であって、遺伝子型が貧血対立遺伝子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、治療レジメンが、
（ａ）個体に、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質を、リバビリンおよびリバビリン誘発性貧血を中和する少なくとも１種類の薬剤と併用して投与すること、または
（ｂ）個体に、インターフェロンα（ＩＦＮ−α）タンパク質を、リバビリン化合物でない少なくとも１種類の抗ウイルス剤と併用して投与すること、または
（ｃ）個体に、どちらもインターフェロンαタンパク質またはリバビリン化合物でない少なくとも２種類の抗ウイルス剤の組み合わせを投与すること
を含む、前記医薬組成物。
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【請求項８】
前記少なくとも１種類の抗ウイルス剤がＨＣＶプロテアーゼ阻害剤である、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記少なくとも２種類の抗ウイルス剤の組み合わせがＨＣＶプロテアーゼ阻害剤とＨＣＶポリメラーゼ阻害剤である、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤がボセプレビル、ナルラプレビルまたはテラプレビルである、請求項８または９に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
ＩＦＮ−αタンパク質が、ペグ化インターフェロンα−２ａタンパク質、アルブミン−インターフェロンα−２ａ融合タンパク質、ペグ化インターフェロンα−２ｂまたはアルブミン−インターフェロンα−２ｂ融合タンパク質である、請求項７乃至１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
多型部位が、個体がコーカサス系と自己認識している場合はｒｓ６０５１７０２  ＰＳであり、個体がアフリカ系アメリカ人と自己認識している場合はｒｓ３８１０５６０  ＰＳであり、個体がヒスパニック系と自己認識している場合はｒｓ１１６９７１１４である、請求項７乃至１１のいずれか１項に記載の医薬組成物。