【事件の表示】
　特許第６４０４４２３号発明「肺癌におけるＲＯＳキナーゼ」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６４０４４２３号の請求項１ないし９に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６４０４４２３号の請求項１〜９に係る特許についての出願は、平成２４年５月２３日（パリ条約による優先権主張　２０１１年５月２３日　米国）を国際出願日とする特願２０１４−５１２０７２号の一部を新たな特許出願として平成２９年９月１１日に出願されたものであって、平成２９年１１月２２日に手続補正書が提出され、平成３０年９月２１日にその特許権の設定登録がされ、平成３０年１０月１０日に特許掲載公報が発行された。その後、その特許について、平成３１年４月５日に特許異議申立人浜俊彦により特許異議の申立てがされ、当審は、令和１年７月２３日付けで取消理由を通知した。それに対し、特許権者は、令和１年１０月２８日に意見書を提出した。
第２　本件発明
　本件特許の請求項１〜９に係る発明（以下、順に「本件発明１」、「本件発明２」等といい、併せて「本件発明」ともいう。）は、次のとおりのものである。
【請求項１】
　ヒト非小細胞肺癌腫（ＮＳＣＬＣ）患者由来の生物学的サンプル中のＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する方法。
【請求項２】
　前記生物学的サンプルが、肺生検、気管支肺胞洗浄、腫瘍摘出、微細針吸引または胸水貯留から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
　前記検出が、前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的に結合する蛍光標識された核酸プローブを利用して蛍光ｉｎ−ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）アッセイを行う工程、および前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが前記ＦＩＳＨアッセイで検出された蛍光シグナルに基づいて前記生物学的サンプルに存在するか否かを決定する工程を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
　前記プローブの１つが前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドのＦＩＧ部分にハイブリダイズし、そして前記プローブのもう１つが前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドのＲＯＳ部分にハイブリダイズする、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
　前記検出が、前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの少なくとも１つのフラグメントを増幅するプライマー対を使用してポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行う工程を含み、前記フラグメントが融合接合部を包含し、前記サンプル中の前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドの存在が、前記ＰＣＲ反応からの増幅産物の検出に基づき決定される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項６】
　前記ＰＣＲがＲＴ−ＰＣＲであり、鋳型として前記サンプル中のｍＲＮＡを利用する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
　前記検出が核酸配列決定を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項８】
　ヒトＮＳＣＬＣ患者の処置において使用するための薬剤の調製におけるＲＯＳ阻害性治療剤の使用であって、前記患者由来の生物学的サンプル中でＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドの存在が検出された、上記使用。
【請求項９】
　治療剤は、ＰＦ−０２３４１０６６、ＮＶＴ　ＴＡＥ−６８４またはＡＰ２６１１３である、請求項８に記載の使用。
第３　当審が通知した取消理由の概要
　当審において、本件発明１〜９に対して、令和１年７月２３日付けで通知した取消理由の要旨は、次のとおりである。
１　取消理由１（甲第２号証を主引用例とする進歩性欠如）
　本件発明１〜９は、甲第２号証に記載された発明、並びに甲第４号証及び甲第５号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、本件発明に係る特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである。
２　取消理由２（甲第３号証を主引用例とする進歩性欠如）
　本件発明１〜９は、甲第３号証、並びに甲第２号証、甲第４号証及び甲第５号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、本件発明に係る特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである。
３　引用文献等一覧
　上記甲第２〜５号証（以下、順に「甲２」、「甲３」等ともいう。）は、次のとおりのものである。
甲第２号証：国際公開第２０１０／０９３９２８号
甲第３号証：Ｃｅｌｌ，　２００７，　Ｖｏｌ．１３１，　Ｎｏ．６，　ｐ
　　　　　　ｐ．１１９０−１２０３
甲第４号証：Ｐｌｏｓ　Ｏｎｅ，　２０１１．０１，　Ｖｏｌ．６，　Ｎｏ
　　　　　　．１，　ｅ１５６４０
甲第５号証：Ｇｅｎｅｓ，　Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ　ａｎｄ　Ｃａｎｃｅ
　　　　　　ｒ，　２００３，　Ｖｏｌ．３７，　Ｎｏ．１，　ｐｐ．５８
　　　　　　−７１
第４　取消理由についての当審の判断
１　甲２〜５の記載事項
（１）甲２（国際公開第２０１０／０９３９２８号）
　甲２は、本件優先日前に頒布された、「ヒト癌における変異ＲＯＳ発現」と題する発明を公開する国際公開公報であって、次の事項が記載されている。なお、原文は英語であるため、その翻訳文として、その日本語公表公報である特表２０１２−５１７２４５号公報の記載から段落番号を含めて摘記する。
　甲２−１　「【０２５８】
　実施例１
　全体的なホスホペプチドプロファイリングによる肝臓癌患者におけるＲＯＳキナーゼ活性の同定
　最近記載された、複雑な混合物から修飾ペプチドを単離して質量分析で特性化するための強力な技術（「ＩＡＰ」技術、米国特許公開第２００３００４４８４８号、Ｒｕｓｈ　ｅｔ　ａｌ，　“Ｉｍｍｕｎｏａｆｆｉｎｉｔｙ　Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｍｏｄｉｆｉｅｄ　Ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｆｒｏｍ　Ｃｏｍｐｌｅｘ　Ｍｉｘｔｕｒｅｓ”を参照）を用いて、患者ＸＹ３−７８Ｔおよび０９０６６５ＬＣを含む数人のヒト肝臓癌患者におけるキナーゼ活性化の全体的なリン酸化反応プロファイルを調べた。リン酸化チロシン特異的抗体（ＣＥＬＬ　ＳＩＧＮＡＬＩＮＧ　ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ，ＩＮＣ．（マサチューセッツ州ベバリー）、２００３／０４カタログ番号９４１１）を用いてＩＡＰ技術を実施し、２３人のヒト患者から採取した肝臓細胞および類腫瘍組織の抽出物からホスホチロシンを含むペプチドを単離し、次いで、その特性化を行った。
・・・
　【０２７０】
　前記ＩＡＰ分析は、多くのチロシンリン酸化タンパク質を同定し、そのほとんどは新規である（データは不掲載）。２３人の肝臓癌患者のうち、３人は胆管肝臓癌を有していた。胆管肝臓癌の２人の患者、すなわち患者ＸＹ３−７８Ｔおよび０９０６６５ＬＣは、チロシンリン酸化ＲＯＳキナーゼを含むことが判明した肝臓癌試料を有し、これは、腫瘍に隣接する組織におけるＭＳ分析によって検出されず、残りの２１人の患者試料のいずれにおいても検出されなかった。
　【０２７１】
　実施例２
　ＦＩＧ−ＲＯＳ融合遺伝子の単離および配列決定
　２つの肝臓癌患者試料において検出されたＲＯＳキナーゼの活性化形態が存在するならば、キメラＲＯＳ転写物が存在するかどうかを判定するために、ＲＯＳのキナーゼドメインをコード化する配列に関してｃＤＮＡ末端の５’高速増幅を行った。
　【０２７２】
　相補的ＤＮＡ末端の高速増幅
　ＲＮｅａｓｙ　Ｍｉｎｉ　Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、ヒト腫瘍試料からＲＮＡを抽出した。ＤＮｅａｓｙ　Ｔｉｓｓｕｅ　Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、ＤＮＡを抽出した。ｃＤＮＡ末端の高速増幅を、ｃＤＮＡ合成用にプライマーＲＯＳ−ＧＳＰ１ならびにネステッドＰＣＲ反応用にＲＯＳ−ＧＳＰ２およびＲＯＳ−ＧＳＰ３．１を用い、５’ＲＡＣＥシステム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して実施し、続いてＰＣＲ産物のクローニングおよび配列決定を行った。
　５’ＲＡＣＥシステムに関して、以下のプライマーを使用した：
・・・
　【０２７３】
　ＰＣＲ産物の配列決定によって、ＸＹ３−７８Ｔおよび０９０６６５ＬＣの患者試料におけるＲＯＳキナーゼは、キメラＲＯＳ転写物の実際の生成物であること、すなわちＲＯＳ転写物の一部とＦＩＧ遺伝子の転写物の一部との融合物であることが明らかになった。配列分析により、患者ＸＹ３−７８Ｔおよび０９０６６５ＬＣの両方ともＦＩＧのＮ末端に対するＲＯＳのＣ末端の融合から生じる融合タンパク質を含む肝臓癌細胞を有していたことが明らかになった（図２、パネルＢおよびＣを参照）。両試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ融合はインフレームであった。患者ＸＹ３−７８Ｔでは、短い方の融合タンパク質、すなわちＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）は、ＲＯＳの最後の４２１アミノ酸に対するＦＩＧの最初の２０９アミノ酸の融合から生じた。患者０９０６６５ＬＣにおいて、長い方の融合タンパク質、すなわちＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）は、ＲＯＳの最後の４６６アミノ酸に対するＦＩＧの最初の４１２アミノ酸の融合から生じた。」
　甲２−２　「【０２７５】
　実施例３
　ＰＣＲアッセイを用いたヒト癌試料における変異ＲＯＳキナーゼ発現の検出
　ヒト癌試料における本発明の変異ＲＯＳキナーゼおよび／またはＦＩＧ−ＲＯＳ融合タンパク質（例えば、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）またはＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ））の存在は、ｃＤＮＡまたはゲノム逆転写酵素（ＲＴ）および／またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて検出した。・・・
　【０２７６】
　ＰＣＲアッセイ
　ＦＩＧ−ＲＯＳ融合が起こったことを確認するために、患者ＸＹ３−７８Ｔおよび０９０６６５ＬＣの肝臓癌細胞試料から抽出されたＲＮＡに関してＲＴ−ＰＣＲを実施した。ＲＴ−ＰＣＲのために、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ（商標）ＩＩＩ第１鎖合成システム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）とオリゴ（ｄＴ）２０を使用して２．５ｕｇの全ＲＮＡから第１鎖ｃＤＮＡを合成した。次いで、プライマー対ＦＩＧ−Ｆ２およびＲＯＳ−ＧＳＰ３．１を使用して、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合遺伝子を増幅した。これらの配列は次のとおりである：・・・
　【０２７７】
　図３に示すように、患者ＸＹ３−７８Ｔの肝臓癌細胞試料は、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチドをコード化すると予想されるｍＲＮＡを含んでいた。患者０９０６６５ＬＣから得られた肝臓癌細胞試料は、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチドをコード化すると予想されるｍＲＮＡを含んでいた。対照として、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）転座を含むことが知られているヒトグリア芽種であるＵ１１８ＭＧ細胞系から単離されたＲＮＡに関してＲＴ−ＰＣＲを実施した。Ｕ１１８ＭＧ細胞をアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（バージニア州マナッサス）から購入し、１０％ＦＢＳを含むＤＥＥＭ中で成長させた。
・・・
　【０２８３】
　ゲノムＰＣＲのために、ＤＮｅａｓｙ　Ｔｉｓｓｕｅ　Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて細胞試料からＤＮＡを抽出した。ＸＹ３−７８Ｔについてはプライマー対ＦＩＧ−Ｆ３およびＲＯＳ−ＧＳＰ３．１を用いてＬｏｎｇＲａｎｇｅ　ＰＣＲキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、融合遺伝子のＰＣＲ増幅を実施した。
・・・
　【０２８４】
　０９０６６５ＬＣおよびＵ１１８ＭＧに関してはプライマー対ＦＩＧ−Ｆ７およびＲＯＳ−ＧＳＰ４．１を用いてＬｏｎｇＲａｎｇｅ　ＰＣＲキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、融合遺伝子のＰＣＲ増幅を実施した。
・・・
　【０２８５】
　図５に示すように、患者ＸＹ３−７８Ｔおよび０９０６６５ＬＣの肝臓癌試料のゲノムにおいてＦＩＧ−ＲＯＳ転座が起こった。Ｕ１１８ＭＧ細胞系は患者０９０６６５ＬＣの細胞と同じＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチドを発現するが、これら２つの試料間でＦＩＧおよびＲＯＳ遺伝子における正確なゲノム切断点は異なっている。切断点は次のとおりであることが判明した：・・・
　【０２８７】
　このアッセイを用いて本発明の変異ＲＯＳキナーゼおよび／またはＦＩＧ−ＲＯＳ融合タンパク質（例えば、他の生物学的組織試料におけるヒト癌試料中のＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）またはＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ））の存在を検出することができる（たとえば、腫瘍試料は、肝臓、膵臓、腎臓、または精巣癌を有する患者から得ることができる）。このような分析により、切断型ＲＯＳキナーゼ（および／またはＦＩＧ−ＲＯＳ融合タンパク質）の発現により特徴づけられる癌を有する患者が特定され、この患者はＲＯＳ阻害剤を用いた治療に反応する可能性が高い。」
　甲２−３　「【０１９２】
　いくつかの実施形態において、生体試料は循環腫瘍細胞を含む。循環腫瘍細胞（「ＣＴＣ」）は、商標Ｖｉｔａ−Ａｓｓａｙ（商標）、Ｖｉｔａ−Ｃａｐ（商標）、およびＣｅｌｌＳｅａｒｃｈ（登録商標）（Ｖｉｔａｔｅｘ、ＬＬＣ（Ｊｏｈｎｓｏｎ　ａｎｄ　Ｊｏｈｎｓｏｎ　ｃｏｒｐｏｒａｉｏｎ）から市販されている）で販売されているキットおよび試薬を用いて精製することができる。ＣＴＣを単離するための他の方法が記載されている（たとえば、ＰＣＴ公開第ＷＯ／２００２／０２０８２５号、Ｃｒｉｓｔｏｆａｎｉｌｌｉ　ｅｔ　ａｌ，　Ｎｅｗ　Ｅｎｇｌ．　Ｊ．　ｏｆ　Ｍｅｄ．　３５１（８）：７８１−７９１（２００４）、およびＡｄａｍｓ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｊ．　Ａｍｅｒ．　Ｃｈｅｍ．　Ｓｏｃ．　１３０（２７）：８６３３−８６４１（Ｊｕｌｙ　２００８）を参照）。特定の実施形態では、循環腫瘍細胞（「ＣＴＣ」）は、肺から単離することができるか、または肺に由来すると特定することができる。
　【０１９３】
　したがって、本発明は、ＣＴＣを単離し、次いでＣＴＣをスクリーニングするための方法、ＣＴＣにおける本発明の変異ＲＯＳポリペプチドまたはポリヌクレオチド（例えば、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドもしくはポリヌクレオチド）の存在を同定するための１以上のアッセイ様式を提供する。いくつかの非限定的アッセイ様式としては、ウェスタンブロッティング分析、フローサイトメトリー（ＦＣ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光（ＩＦ）、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）およびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が挙げられる。本発明の変異ＲＯＳポリペプチドまたはポリヌクレオチド（例えば、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドまたはポリヌクレオチド）を含むと特定された患者からのＣＴＣは、患者由来の癌（例えば、非小細胞肺癌などの肺癌）が少なくとも１つのＲＯＳキナーゼ阻害治療薬を含む組成物に反応する可能性があることを示す。」
（２）甲３（Ｃｅｌｌ，　２００７，　Ｖｏｌ．１３１，　Ｎｏ．６，　ｐｐ．１１９０−１２０３）
　甲３は、本件優先日前に頒布された、「ホスホチロシンシグナル伝達の世界規模調査は肺癌における発癌性キナーゼを同定する」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。なお、原文は英語のため、異議申立書に添付された抄訳及び当審による翻訳文を示す。
　甲３−１　「ＮＳＣＬＣ細胞株及び腫瘍におけるＡＬＫ及びＲＯＳ融合タンパク質
　ＡＬＫの高レベルのリン酸化が図３Ａの上左隅の患者群及びＨ２２２８細胞株（図２Ｅ、図４Ａ及び表１）において観察された。また、ＲＯＳの高レベルのリン酸化が１つの腫瘍サンプル及び細胞株ＨＣＣ７８細胞株において観察された（図４Ｂ及び表１）。リン酸化のランクは、これらのサンプルにおいて、ＡＬＫ及びＲＯＳを最上位の近傍あるいは最上位に配置する（表１及びＳ３）。ＡＬＫ及びＲＯＳのタンパク質の発現はＮＳＣＬＣ細胞株の間で制限されており、予測された分子量よりも小さかった（図Ｓ３Ａ及び図Ｓ３Ｂ）。発現されたＲＮＡ転写物を調査するためにＲＴ−ＰＣＲとＤＮＡシークエンスが実施された。Ｈ２２２８細胞株及び３つの異なる腫瘍試料由来のＲＮＡ転写物の５’ＲＡＣＥ分析は、微小管関連タンパク質であるＥＭＬ４へのＡＬＫの融合を示した（図４Ｃ参照）。・・・
　ＨＣＣ７８細胞の同様の分析は、膜貫通型溶質担体タンパク質ＳＬＣ３４Ａ２へのＲＯＳの融合を示す。最初の膜貫通領域の直後で終わるＳＬＣ３４Ａ２のＮ末端領域は、ＲＯＳの膜貫通領域のＮ末端に融合され、２つの膜貫通ドメインを有する切断型融合タンパク質を産生する。この融合タンパク質の２つの形態がＨＣＣ７８細胞において観察され、これは同じ転座事象から産生された異なるスプライシング産物を表す可能性が高い（図４Ｅ参照）。第二のＲＯＳ融合はｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍において同定された。図４Ｆに示される様に、ｃ−ＲＯＳは、ＭＩＦ免疫サイトカインに対して高い親和性を有するＩＩ型膜貫通タンパク質であるＣＤ７４のＮ末端半分に融合される（Ｌｅｎｇら、２００３）。ＣＤ７４のＮ末端領域は、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合の正確な部位でＲＯＳに融合され（図４Ｅ参照）、ＳＬＣ３４Ａ２融合にみられる様に、２つの膜貫通ドメインを有する融合タンパク質を奇妙にも作り出す。哺乳動物細胞におけるタグ付きＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合タンパク質の発現は、膜画分に局在する構成的キナーゼ活性を示した（図Ｓ３Ｅ及びＳ３Ｆ参照）。我々はＡＬＫ及びＲＯＳのキナーゼドメイン配列決定したが、変異は見つからなかった。」（第１１９６頁左欄第４〜第１１９７頁左欄第１９行）
　甲３−２　「
図４　細胞株及び患者におけるＡＬＫ及びＲＯＳ融合の同定
・・・
（Ｅ）ＳＬＣ３４Ａ２、ＲＯＳ及びＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合タンパク質の概略図。矢印は染色体切断点を示す。
（Ｆ）ＣＤ７４、ＲＯＳ及びＣＤ７４−ＲＯＳ融合タンパク質の概略図。矢印は染色体切断点を示す。
」（図４Ｅ、図４Ｆ、図の説明）
（３）甲４（Ｐｌｏｓ　Ｏｎｅ，　２０１１．０１，　Ｖｏｌ．６，　Ｎｏ．１，　ｅ１５６４０）
　甲４は、本件優先日前に頒布された、「チロシンキナーゼシグナル伝達の調査はヒト胆管癌におけるＲＯＳキナーゼ融合を明らかにする」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。なお、原文は英語のため、異議申立書に添付された抄訳及び当審による翻訳文を示す。
　甲４−１　「胆管癌（bile duct cancer）としても知られる胆管癌（Cholangiocarcinoma）は、生存期間の中央値が２年未満である、２番目に一般的な原発性肝癌である。この病気の発症の根底にある分子メカニズムは明らかではない。胆管癌で活性化されたチロシンキナーゼシグナル伝達を調査するために、質量分析と組み合わせた免疫親和性プロファイリングを採用して、原発性胆管癌患者の約７５０種類のタンパク質から１，０００を超えるチロシンリン酸化部位を特定すると共に、ＤＤＲ１、ＥＰＨＡ２、ＥＧＦＲ、ＲＯＳチロシンキナーゼを特定した。さらに、８．７％（２３人中２人）の胆管癌患者におけるＲＯＳキナーゼ融合の存在を確認した。３Ｔ３細胞におけるＲＯＳ融合の発現は、ｉｎ　ｖｉｔｒｏ及びｉｎ　ｖｉｖｏの両方で形質転換能を付与し、そしてそのキナーゼ阻害剤に反応する。本研究者らのデータは、ＲＯＳキナーゼが胆管癌の治療標的及び診断分子マーカーの有望な候補であることを実証する。胆管癌におけるＲＯＳチロシンキナーゼ融合の同定は、肺癌及び神経膠芽腫における他のＲＯＳキナーゼ融合の存在とともに、癌における活性化ＲＯＳキナーゼについてのより広範なスクリーニングが保証されることを示唆する。」（要約）
（４）甲５（Ｇｅｎｅｓ，　Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ　ａｎｄ　Ｃａｎｃｅｒ，　２００３，　Ｖｏｌ．３７，　Ｎｏ．１，　ｐｐ．５８−７１）
　甲５は、本件優先日前に頒布された、「間質性ｄｅｌ（６）（ｑ２１ｑ２１）を有する神経膠芽腫における受容体チロシンキナーゼＲＯＳへのＦＩＧの融合」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。なお、原文は英語のため、異議申立書に添付された抄訳及び当審による翻訳文を示す。
　甲５−１　「膜貫通癌原遺伝子受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）ＲＯＳは、中枢神経系の新生物において異常に発現されるオーファン受容体である。本稿において、ヒト膠芽腫（ＧＢＭ）のＦＩＧ（膠芽腫で融合）と呼ばれるタンパク質のアミノ末端部分へのカルボキシ末端キナーゼドメインの融合を我々は報告する。正常及びＵ１１８ＭＧ　ＧＢＭ細胞におけるＦＩＧ及びＲＯＳ遺伝子の両方を特徴付けることによって、６ｐ２１上の２４０キロベースの染色体内ホモ接合性欠失が、ＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子座の形成に関与していることを我々は決定した。ＦＩＧ−ＲＯＳ転写物は、７つのＦＩＧエクソン及び９つのＲＯＳ由来エクソンによってコードされている。我々はまた、ＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子座が構成的に活性なキナーゼ活性を有するインフレーム融合タンパク質をコードすることを示し、これはＦＩＧ−ＲＯＳが癌遺伝子として作用し得ることを示唆している。これは染色体内欠失から生じる融合ＲＴＫタンパク質の最初の例であり、そしてそれはヒト星状細胞腫から単離された最初の融合ＲＴＫタンパク質を表す。」（要約）
２　取消理由１（甲２を主引用例とする進歩性欠如）についての判断
（１）甲２に記載された発明
　上記甲２−２は、「ＰＣＲアッセイを用いたヒト癌試料における変異ＲＯＳキナーゼ発現の検出」の実験結果を記載した項であり、要するに、患者由来の肝臓癌細胞試料であるＸＹ３−７８Ｔ及び０９０６６５ＬＣについて、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を確認するために、当該試料から抽出されたＲＮＡに関して逆転写酵素によってｃＤＮＡを合成し、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合遺伝子を増幅したこと、また、ＸＹ３−７８Ｔ及び０９０６６５ＬＣは、それぞれＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチドをコードするｍＲＮＡ及びＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチドをコードするｍＲＮＡを含んでいたことが記載されている。そして、ＸＹ３−７８Ｔ及び０９０６６５ＬＣが上記ｍＲＮＡを含んでいたということは、ＸＹ３−７８Ｔ及び０９０６６５ＬＣから上記ｍＲＮＡの存在を検出したということに他ならないから、上記甲２−２には、上記患者由来の試料において、上記ｍＲＮＡの存在を検出する方法が記載されていることは明らかである。
　そうすると、上記甲２−２の記載から、甲２には以下の発明が記載されていると認められる。
 「肝臓癌患者由来の細胞試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチドまたはＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのｍＲＮＡの存在を検出する方法。」（以下、甲２発明という。） 
（２）対比
　本件発明１と甲２発明とを対比する。 
　甲２発明における、「患者由来の細胞試料」、「ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチドまたはＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド」及び「ｍＲＮＡ」は、それぞれ、本件発明１の「患者由来の生物学的サンプル」、「ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチド」及び「ポリヌクレオチド」に相当する。 
　そうすると、両者は、「患者由来の生物学的サンプル中のＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する方法。」で一致し、以下の点で相違する。 
　相違点： 
　本件発明１は、生物学的サンプルが、「ヒト非小細胞肺癌腫（ＮＳＣＬＣ）患者由来」であるのに対し、甲２発明は、「肝臓癌患者由来」である点。
 
（３）判断
　上記相違点に係る構成が当業者が容易に想到し得たものであるというためには、当業者が、ヒト非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者由来の生物学的サンプルからも甲２発明の肝臓癌患者由来の細胞試料と同様にＦＩＧ−ＲＯＳ融合が見出されることを推認できる必要がある。以下、この観点から検討する。
　ア　甲２−３の記載について
　上記甲２−３には、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）等の肺癌を含む癌患者由来の循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）について、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドまたはヌクレオチドが検出された場合には、当該患者はＲＯＳキナーゼ阻害治療薬が有効である可能性があるという示唆を含む一応の記載がある。しかしながら、上記甲２−３の記載は、仮定に基づく可能性を示すものに過ぎず、事実として、ＮＳＣＬＣ患者由来の生物学的サンプルから実際にＦＩＧ−ＲＯＳ融合が見出されたという根拠はなく、また、甲２発明の肝臓癌患者由来の細胞試料と同様にＦＩＧ−ＲＯＳ融合が見出され得ることを具体的な根拠をもって示唆するものでもない。
　イ　ＦＩＧ−ＲＯＳ融合がみられる腫瘍について
　本件優先日当時、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合は、上記甲２−１及び上記甲４−１に記載されている様に、肝臓癌（胆管癌）の一部において見つかったことが知られていたものの、他の腫瘍組織においてＦＩＧ−ＲＯＳ融合が存在することは知られていなかった。甲５には、グリア芽腫細胞株においてＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドの発現が見られたことが記載されているものの（甲５−１）、グリア芽腫患者の組織において、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドが発現したことは記載されておらず、また細胞株においてある変異がみられたとしても、患者由来の組織において同変異が存在するとは必ずしもいえないことが本件優先日当時の技術常識であったと認められるから、グリア芽腫患者由来の組織においてＦＩＧ−ＲＯＳ融合が見つかっていたとはいえない。つまり、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合は、本件優先日当時、肝臓癌（胆管癌）の一部に見つかったことが知られていたのみであり、種々の腫瘍についても見つかるといった公知の事実はなかったといえる。
　ウ　ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の頻度について
　上記甲２−１及び上記甲４−１には、２３例の肝臓癌（胆管癌）患者由来のサンプル中、２例（約８．７％）においてＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドの存在が確認されたことが示されている。一方、甲３は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者におけるＲＯＳ融合ポリペプチドの探索を目的とする実験の結果を示す学術論文であり、当該結果には、１５０の患者由来のサンプルからＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチドの存在が１例、４１のＮＳＣＬＣ細胞株からＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドの存在が１例確認できたことは示されているものの、当該実験は、ＲＯＳ融合ポリペプチドを網羅的に同定しており、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドの存在についても確認され得る実験であったにも関わらず、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドの存在を確認できたことは何ら示されていない。つまり、本件優先日当時、ＮＳＣＬＣ患者において、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合は検出されておらず、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の頻度は極めて低いものであったことが認められる。
　一方、本件特許の発明の詳細な説明には、５５６例の非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者由来のサンプルから、１例（約０．１８％）のサンプルにおいてＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を確認したことが記載されており（実施例９〜１１）、本件特許は、甲２及び甲３にて示された実験よりも解析の規模を著しく拡大することで、初めてＮＳＣＬＣ患者において極めて頻度の低いＦＩＧ−ＲＯＳ融合を見出したものと認められる。
  なお、上述のＮＳＣＬＣ患者におけるＦＩＧ−ＲＯＳ融合の頻度が極めて低いことは、特許権者による令和１年１０月２８日付けで提出された意見書に添付された、本件優先日後に頒布された学術文献である乙第１０号証（Ｔｈｅ　Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ，　２０１３，　Ｖｏｌ．１８，　ｐｐ．８６５−８７５）において、ＮＳＣＬＣ由来のサンプルで確認されたＲＯＳ１（ＲＯＳと同義である。）融合ポリペプチドにおけるＲＯＳ１と融合する対象ポリペプチドの頻度として、ＣＤ７４及びＳＬＣ３４Ａ２がそれぞれ４２％及び１２％であるのに対し、ＦＩＧは３％でしかないことが示されている（図１Ｂ及び表１）ことによっても裏付けられているといえる。
　エ　ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在の確認手段について
　甲２には、肝臓癌患者におけるＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在について、ホスホペプチドプロファイリングによって肝臓癌患者由来の細胞試料におけるＲＯＳキナーゼ活性の同定を行った後、ＲＴ−ＰＣＲを実施することで、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を確認したことが記載されている（甲２−１）。
　一方、本件特許の発明の詳細な説明には、ＮＳＣＬＣ患者におけるＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在について、免疫組織化学（ＩＨＣ）によってＮＳＣＬＣ患者由来の生物学的サンプルにおけるＲＯＳキナーゼ・タンパク質を検出し、そのサンプルについて、蛍光ｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）アッセイを行うことで、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を確認したことが記載されており（実施例９〜１１）、甲２に記載された方法とは異なる方法によって、ＮＳＣＬＣ患者からＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を見出したものと認められる。そうすると、甲２に記載された肝臓癌患者由来の細胞試料からＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を確認した手法を、そのままＮＳＣＬＣ患者由来の生物学的サンプルに適用したとしても、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を見出せることが必ずしも蓋然性が高いとはいえない。
　上記ア〜エの検討事項を総合すると、本件優先日当時、当業者がＮＳＣＬＣ患者からＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を根拠をもって推認する手がかりがあったとはいえず（ア及びイ）、また、ＮＳＣＬＣ患者におけるＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を見出すことが容易であったともいえる事情もない（ウ及びエ）。
　そうすると、甲２発明において、肝臓癌患者由来の細胞試料に代えてＮＳＣＬＣ患者由来の生物学的サンプルを用いることが当業者にとって容易に想到し得たものとはいえない。
（４）小括
　本件発明１は、甲２発明及び甲２〜５の記載並びに本件優先日当時の技術常識に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　また、本件発明２〜７は本件発明１を引用するものであり、本件発明８及び９は甲２発明との対比において上記相違点と同様の相違点を含むものであるから、本件発明２〜９も、同様の理由により、当業者が容易に発明をすることができたものではない。
　よって、上記取消理由１によっては本件発明に係る特許を取り消すことはできない。
　３　取消理由２（甲３を主引用例とする進歩性欠如）についての判断
（１）甲３に記載された発明
　上記甲３−１は、「ＮＳＣＬＣ細胞株及び腫瘍におけるＡＬＫ及びＲＯＳ融合タンパク質」に関する実験結果を記載した項であり、要するに、発現されたＲＮＡ転写物を調査するためにＲＴ−ＰＣＲとＤＮＡシークエンスが実施され、ＮＳＣＬＣ細胞株であるＨ２２２８細胞株及び３つの異なるＮＳＣＬＣ腫瘍サンプル由来のＲＮＡ転写物の５’ＲＡＣＥ分析によって、ＥＭＬ４−ＡＬＫ融合タンパク質が同定されたこと、また、ＮＳＣＬＣ細胞株であるＨＣＣ７８細胞株の同様の分析によって、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合タンパク質が同定されたこと、ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍においてＣＤ７４のＮ末端半分に融合された第二のＲＯＳ融合タンパク質が同定されたことが記載されている。そして、上記ＨＣＣ７８細胞株の上記分析は、先のＨ２２２８細胞株及びＮＳＣＬＣ腫瘍サンプルにおける分析と同様の分析であるから、ＲＴ−ＰＣＲとＤＮＡシークエンスを伴うＲＮＡ転写物の５’ＲＡＣＥ分析により行われたものと認められる。また、ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍における分析については、上記甲３−２に明示的な記載はないものの、当該分析の結果がＨＣＣ７８細胞株におけるＲＯＳ融合の分析の結果と同列に記載されていることから、ＨＣＣ７８細胞株における分析と同様、すなわち、先のＨ２２２８細胞株及びＮＳＣＬＣ腫瘍サンプルにおける分析と同様の分析であると認められ、よってＲＴ−ＰＣＲとＤＮＡシークエンスを伴うＲＮＡ転写物の５’ＲＡＣＥ分析により行われたものといえる。そして、ＲＴ−ＰＣＲとＤＮＡシークエンスを伴うＲＮＡ転写物の５’ＲＡＣＥ分析は、一般に、試料から抽出されたｍＲＮＡを鋳型として逆転写酵素によってｃＤＮＡを合成し、目的のｃＤＮＡに相補的に結合するプライマーを用いたＰＣＲ法によって当該ｃＤＮＡを増幅し、シークエンスによって当該ｃＤＮＡの配列を調べる手法を含む分析であり、上記甲３−１に記載の実験は、上記分析によってＲＯＳ融合タンパク質を同定したものであるから、上記分析によってＲＯＳ融合タンパク質をコードするｃＤＮＡを検出し、当該ｃＤＮＡの配列を調べることでＲＯＳ融合タンパク質を同定したことは明らかである。つまり、上記分析にＲＯＳ融合タンパク質をコードするｃＤＮＡを検出する方法が含まれることは自明である。
　また、上記甲３−２は上記甲３−１の実験結果の図を示すものであり、上記実験結果の図には、上記ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍であるＮＳＣＬＣ患者由来のＣＳ０４２からＣＤ７４−ＲＯＳ融合タンパク質が同定されたことが示されている。
　そうすると、上記甲３−１及び甲３−２の記載から、甲３には、以下の発明が記載されていると認められる。 
 「ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍患者由来の腫瘍サンプル中のＣＤ７４−ＲＯＳ融合タンパク質をコードするｃＤＮＡを検出する方法。」（以下、甲３発明という。） 
（２）対比
　本件発明１と甲３発明とを対比する。
　甲３発明における「ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍患者由来の腫瘍サンプル」は本件発明１の「ヒト非小細胞肺癌腫（ＮＳＣＬＣ）患者由来の生物学的サンプル」に相当する。また、甲３発明における「ＲＯＳ融合タンパク質」及び「ｃＤＮＡを検出する」は、それぞれ、本件発明１における「ＲＯＳ融合ポリペプチド」及び「ヌクレオチドの存在を検出する」に相当する。 
　そうすると、両者は、「ヒト非小細胞肺癌腫（ＮＳＣＬＣ）患者由来の生物学的サンプル中のＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするヌクレオチドの存在を検出する方法」で一致し、以下の点で相違する。 
 
　相違点： 
　本件発明１は、「ＲＯＳ融合ポリペプチド」が「ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチド」であるのに対し、甲３発明は、「ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチド」である点。 
（３）判断
　上記相違点に係る発明が当業者が容易に想到し得たものであるというためには、当業者が、ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍患者由来の腫瘍サンプルから、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合のみならず、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合が見出されることを推認できる必要がある。以下、この観点から検討する。
　上記２（３）で検討したとおり、本件優先日当時、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在は、肝臓癌（胆管癌）の一部にみられたことが知られていたのみであり、種々の腫瘍についても存在するといった公知の事実もなく、また、ＮＳＣＬＣ患者におけるＦＩＧ−ＲＯＳ融合の頻度は極めて低いことから、当該患者由来の生物学的サンプル中において実際にＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を見出すことは、当業者にとって容易であったとはいえない事情があった。
　加えて、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチドは、異なる染色体間の転座の結果生成される融合ポリペプチドであるが（甲３−１、甲３−２）、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドは、染色体内の欠失によって生成される融合ポリペプチドであり（本件特許の発明の詳細な説明における段落［０２７１］）、染色体間の転座と同一染色体内の欠失とが同種の変異ともいえないことから、甲３に記載されたＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチドの同定が、直ちにＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を示唆するとはいえないものと認められる。
　そうすると、甲２〜５の記載及び本件優先日当時の技術常識に基づいて、ｃ−ＲＯＳ陽性ＮＳＣＬＣ腫瘍患者由来の腫瘍サンプル中においてＦＩＧ−ＲＯＳ融合の存在を見出すことは、当業者にとって容易に想到し得たこととはいえないから、甲３発明において、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチドをＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドに変更し、当該ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするヌクレオチドの存在を検出する方法することは、当業者が容易に想到し得たものとすることはできない。
（４）小括
　本件発明１は、甲３発明及び甲２〜５の記載並びに本件優先日当時の技術常識に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　また、本件発明２〜７は本件発明１を引用するものであり、本件発明８及び９は甲３発明との対比において上記相違点と同様の相違点を含むものであるから、本件発明２〜９も、同様の理由により、当業者が容易に発明をすることができたものではない。
　よって、上記取消理由２によっては、本件発明に係る特許を取り消すことはできない。
第５　取消理由で採用しなかった特許異議申立理由についての判断
１　申立理由１（明確性要件違反）について
（１）申立理由１の具体的な内容
　本件発明１及び２について、本件発明１及び２は方法発明であるにも関わらず、具体的な工程が一切特定されていないため、どのようにしてＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出するのか不明確であるから、本件発明１及び２に係る特許は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしておらず、よって同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである。
（２）判断
　本件出願日当時において、あるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する方法として、例えば当該ポリヌクレオチドに特異的に結合する試薬（例えば、ＦＩＳＨプローブ、サザン・ブロッティング・プローブ、またはノーザン・ブロッティング・プローブ等）等を用いて上記ポリヌクレオチドの存在を検出する方法は既に慣用技術であったといえる。
　そうすると、本件発明１及び２に具体的な工程が特定されていないとしても、どのようにしてＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出するのかが不明とまではいえないから、本件発明１及び２が不明確であるとはいえず、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件に違反したものとすることはできない。
（３）小括
　上記申立理由１によっても本件発明１及び２に係る特許を取り消すことはできない。
２　申立理由２（サポート要件違反）
（１）申立理由２の具体的な内容
　本件発明１、２、４、６及び７に係る特許は、以下のア〜エの理由から、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、よって同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである。
　ア　本件発明１、２について
　本件発明１及び２は方法発明であるにも関わらず、具体的な工程が一切特定されていない。一方、発明の詳細な説明には、ＲＯＳキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的に結合する試薬を利用して、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する方法のみ記載されている（段落［０１３２］）。したがって、本件発明１及び２は、発明の詳細な説明に記載された発明の課題を解決する手段が反映されていないから、発明の詳細な説明に記載された範囲を超えている。
　イ　本件発明４について
　本件発明４に特定されている、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのＦＩＧ部分にハイブリダイズするプローブと、ＲＯＳ部分にハイブリダイズするプローブの２種類のＦＩＳＨプローブを利用してＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出することは発明の詳細な説明に記載されていないため、本件発明４は発明の詳細な説明に記載された発明ではない。
　ウ　本件発明６について
　本件発明６に特定されている、サンプル中のｍＲＮＡを鋳型としてＲＴ−ＰＣＲを行いＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出することは発明の詳細な説明に記載されていないため、本件発明６は発明の詳細な説明に記載された発明ではない。
　エ　本件発明７について
　本件発明７に特定されている、核酸配列決定を行いＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出することは発明の詳細な説明に記載されていないため、本件発明７は発明の詳細な説明に記載された発明ではない。
（２）判断
　ア　本件発明１、２について
　本件発明１、２の解決しようとする課題は、発明の詳細な説明における、「残念なことに、肺癌は、初期段階で診断されない場合が多く、化学療法または放射線療法と併用した場合でさえ、手術に完全に応答しない場合が多い。例えば、ＮＳＣＬＣは、米国における癌死亡の主要原因であり、全ての肺癌の約８７％を占める。・・・３つの別個のサブタイプを含むＮＳＣＬＣは、転移した後になってやっと検出される場合が多く、従って、死亡率は診断の２年以内に７５％である。」（段落［０００７］）及び「従って、初期段階で肺癌を同定する新規方法、および肺癌を処置するための新規方法（および新規試薬）を発見することは、有用である。」（段落［０００９］）の記載から、初期段階で肺癌を同定する新規方法及び肺癌を処置するための新規方法のいずれかを提供することであると認められる。
　そして、発明の詳細な説明における実施例９〜１１には、肺癌の一種であるＮＳＣＬＣの患者サンプルからＦＩＧ−ＲＯＳ融合物の存在が確認されたことが示され、「これらのデータは、ＮＳＣＬＣにおいて第６染色体上の染色体内欠失としてＦＩＧ−ＲＯＳ融合物を示した最初であった」（段落［０２７２］）ことが記載されており、また、実施例１３〜１５には、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドを発現するＢａＦ３細胞に、ＡＬＫキナーゼ阻害剤を投与した結果、アポトーシスが誘導されたことが示され、「切断型ＲＯＳキナーゼ（・・・ＲＯＳ融合タンパク質、例えばＦＩＧ−ＲＯＳ・・・）の発現を特徴とする癌を有する患者を同定し、この患者は、ＲＯＳ阻害性治療剤を使用する処置の候補である」（段落［０２８０］）ことが記載されている。以上の記載から、「ヒト非小細胞肺癌腫（ＮＳＣＬＣ）患者由来の生物学的サンプル中のＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する」ことで、ＲＯＳ阻害性治療剤を使用するなど新たな処置を可能とし、その点で肺癌を処置するための新規の方法を提供しているといえるから、本件発明１及び２は、その特定事項において具体的な工程が含まれていなくとも、発明の詳細な説明において、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されていると認められる。
　したがって、本件発明１及び２は、発明の詳細な説明に記載された範囲を超えているとはいえない。
　イ　本件発明４について
　発明の詳細な説明における実施例１１（段落［０２７０］〜段落［０２７２］）及び図１５には、以下の記載がある。なお、下線は当審によって付与されたものである。
　「〔実施例１１〕
　肺腫瘍７４９由来のＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合遺伝子の単離および配列決定
・・・
　この腫瘍７４９のＦＩＳＨパターンが何であるかを決定するために、第３の遠位プローブＲＰ１１−２１３Ａ１７をＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎから得て、この腫瘍におけるＲＯＳ変異がＦＩＧ−ＲＯＳ融合に起因し得るか否かをさらに調査した。ＦＩＧ遺伝子とＲＯＳ遺伝子との融合物は、神経膠芽腫、胆管細胞癌および肝臓癌において記載されている・・・が、この融合物は、肺では以前には記載されていなかった。ＦＩＧ遺伝子とＲＯＳ遺伝子との融合は、転座も逆位も生じないが、第６染色体上の２４０キロベースの染色体内欠失から生じるので、新たなセットのＦＩＳＨプローブを設計した。
　・・・肺ＩＤ７４９が実際にＦＩＧ−ＲＯＳ陽性であるか否かを決定するために、別のＦＩＳＨプローブ・セットを設計した（図１５）。・・・
プローブ・セット２は、ＲＯＳ上に位置する１７９Ｐ９およびＦＩＧ遺伝子上に位置する２１３Ａ７を含んだ
　「
」（図１５）
　上記プローブ・セット２は、ＲＯＳ遺伝子部分及びＦＩＧ遺伝子部分に対応するプローブからなるから、発明の詳細な説明には、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出するＦＩＳＨアッセイにて利用される核酸プローブについて、ＦＩＧ部分及びＲＯＳ部分にハイブリダイズするものが記載されていることは明らかである。また、本件優先日当時において、ＦＩＳＨアッセイにて利用される核酸プローブとして、検出したいヌクレオチドの特徴的な部分にハイブリダイズするものを用いることは技術常識であり、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する場合にＦＩＧ−ＲＯＳ融合の特徴的な部分であるＦＩＧ部分及びＲＯＳ部分にハイブリダイズするプローブを選択することは上記技術常識からみて自明の事項である。よって、発明の詳細な説明には、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出するＦＩＳＨアッセイにて利用される核酸プローブについて、「前記プローブの１つが前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドのＦＩＧ部分にハイブリダイズし、そして前記プローブのもう１つが前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドのＲＯＳ部分にハイブリダイズする」ものであることが記載されていると認められる。
　したがって、本件発明４は発明の詳細な説明に記載された発明である。
　ウ　本件発明６について
　発明の詳細な説明における実施例１３（段落［０２７８］〜段落［０２７９］）には、以下の記載がある。なお、下線は当審によって付与されたものである。
　「〔実施例１３〕
　ＰＣＲアッセイを使用した、ヒト肺癌サンプルにおけるＲＯＳキナーゼ発現の検出
　
ヒト肺癌サンプル中の異常に発現された全長ＲＯＳタンパク質またはＲＯＳ融合タンパク質（例えば、
ＦＩＧ−ＲＯＳ融合タンパク質
の存在は、
逆転写（ＲＴ）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）
を使用して検出され得る
　簡潔に例として述べると、腫瘍または胸水貯留サンプルは、標準的な技術を使用してＮＳＣＬＣを有する患者から得られ得る。切断型ＲＯＳキナーゼ、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合タンパク質、ＣＤ７４−ＲＯＳまたはＦＩＧ−ＲＯＳに対するＰＣＲプローブを構築した。ＲＮｅａｓｙ　Ｍｉｎｉ　Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）が、
腫瘍または胸水貯留サンプルからＲＮＡを抽出するために使用され得る
ＲＴ−ＰＣＲについて、第１鎖ｃＤＮＡは、
総ＲＮＡから合成した
プライマー対を使用して増幅した
　以上の記載から、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在の検出方法として、ＲＴ−ＰＣＲが用いられ、ＮＳＣＬＣ患者から得られるサンプルより抽出したＲＮＡからｃＤＮＡを合成すること、すなわち鋳型としてサンプル中のｍＲＮＡを利用することが記載されていると認められるし、本件優先日当時において、所望のポリヌクレオチドの存在の検出に用いられるＲＴ−ＰＣＲにおいて、鋳型としてサンプル中のｍＲＮＡを利用することは技術常識である。よって、発明の詳細な説明には、上記検出に用いられるＰＣＲとして、「前記ＰＣＲがＲＴ−ＰＣＲであり、鋳型として前記サンプル中のｍＲＮＡを利用する」ことが記載されているものと認められる。
　したがって、本件発明６は発明の詳細な説明に記載された発明である。
　エ　本件発明７について
　発明の詳細な説明における実施例１２（段落［０２７３］〜段落［０２７７］）には、以下の記載がある。なお、下線は当審によって付与されたものである。
　「〔実施例１２〕
　
肺腫瘍７４９由来のＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合遺伝子の
配列決定
　腫瘍７４９（これは、ホルマリン固定したパラフィン包埋腫瘍であった）由来のＲＯＳ融合物を単離および配列決定するために、以下のプロトコルを使用した。・・・
　ＦＦＰＥ腫瘍サンプルからのＲＴ−ＰＣＲ：３×１０μｍの切片由来のＲＮＡを、標準的なプロトコル（ＲＮｅａｓｙ　ＦＦＰＥ　Ｋｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ）に従って抽出した。第１鎖ｃＤＮＡを、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ　ＩＩＩ第１鎖合成系（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を遺伝子特異的プライマーと共に使用して、５００ｎｇの総ＲＮＡから合成した。次いで、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ｃＤＮＡを、短いアイソフォームについてＰＣＲプライマー対ＦＩＧ−Ｆ３およびＲＯＳ−ＧＳＰ３．１を使用し、長いアイソフォームについてＰＣＲプライマー対ＦＩＧ−Ｆ７およびＲＯＳ−ＧＳＰ３．２を使用して、増幅した。ＧＡＰＤＨプライマーは、Ｑｉａｇｅｎ（Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）から購入した。
・・・
　ＦＩＧのためのプライマーは、腫瘍７４９において観察されたＦＩＳＨパターンおよびＦＩＧ−ＲＯＳ融合物に関する公開された情報に基づいて選択したので、腫瘍７４９は、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合物であることが予測された。
・・・
　予測されるように、腫瘍７４９におけるＲＯＳ融合タンパク質は実際に、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合物、具体的には、以前に記載されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合物であった（ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１０／０９２３８２８を参照のこと）。図１７は、腫瘍７４９由来のＦＦＰＥブロック由来の配列（「ｓｂｊｃｔ」のライン）の、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１０／０９２３８２８に記載されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）由来の配列（「ｑｕｅｒｙ」のライン）のアラインメントを示す。・・・
　ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）のアミノ酸配列は配列番号：５８中に示され、
ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）のヌクレオチド配列は配列番号：５７中に示される。
・・・
ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号５６および配列番号５５に示される。
　以上の記載から、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、配列決定によって検出したことが記載されていると認められるし、本件優先日当時において、所望のポリヌクレオチドの存在を配列決定によって検出することは慣用技術に過ぎないから、発明の詳細な説明には、上記検出として「前記検出が核酸配列決定を含む」ことが記載されているものと認められる。
　したがって、本件発明７は発明の詳細な説明に記載された発明である。
（３）小括
　上記申立理由２によっても本件発明１、２、４、６及び７に係る特許を取り消すことはできない。
３　申立理由３（実施可能要件違反）について
（１）申立理由３の具体的な内容
　本件発明１及び２は、方法発明であるにも関わらず、具体的な工程が一切特定されていない。一方、発明の詳細な説明には、ＲＯＳキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的に結合する試薬を利用して、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する方法のみ記載されており、それ以外の手段を用いてＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する方法は記載されていない。したがって、「ＲＯＳキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的に結合する試薬を利用」する以外の手段に関して、発明の詳細な説明は、本件発明１及び２を当業者が実施できる程度に明確かつ十分に記載されていないから、本件特許は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、よって同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである。
（２）判断
　上記１（２）で述べたとおり、本件優先日当時において、あるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在の検出方法として、例えば当該ポリヌクレオチドに特異的に結合する試薬（例えば、ＦＩＳＨプローブ、サザン・ブロッティング・プローブ、またはノーザン・ブロッティング・プローブ等）を用いる検出方法は慣用技術であったといえる。
　そして、本件発明１及び２の実施に際して、当業者であれば通常上記慣用技術の採用を想定するものと認められるところ、発明の詳細な説明には、本件発明１及び２を実施するにあたり、上記想定のとおり、上記慣用技術を採用できることが記載され、具体的にＦＩＳＨプローブを用いる等の慣用手段によって実施できたことについても記載されている。そして、発明の詳細な説明に上記慣用技術以外の方法の記載がないことで本件発明１及び２の一部の態様を実施できないといった特段の事情もなく、発明の詳細な説明の記載及び本件出願時当時の技術常識に基づいて本件発明１及び２を当業者が実施できないという具体的な理由も見当たらない。
　したがって、本件特許の発明の詳細な説明は、本件発明１及び２を当業者が実施できる程度に明確かつ十分に記載されたものであるというべきである。
（３）小括
　上記申立理由３によっても本件特許を取り消すことはできない。
４　申立理由４（新規事項の追加）について
（１）申立理由４の具体的な内容
　本件発明１〜９は、平成２９年１１月２２日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲に記載された発明である。
　しかしながら、本件発明１、４、６及び７は、上記２（１）ア〜エのとおり、発明の詳細な説明に記載されたものではなく、本件特許の出願当初の明細書における発明の詳細な説明に記載されたものでもないから、平成２９年１１月２２日付け手続補正書による補正は、出願当初の明細書等に記載した事項の範囲内においてしたものではなく、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていないため、本件特許は同法第１１３条第１号に該当し、取り消されるべきものである。
（２）判断
　上記２（２）ア〜エで述べたとおり、平成２９年１１月２２日付け手続補正書により補正された発明である本件発明１、４、６及び７は、発明の詳細な説明に記載されたものであり、そして、上記２（２）ア〜エで述べた発明の詳細な説明の記載事項は、出願当初の明細書等において記載された事項である。
　よって、平成２９年１１月２２日付け手続補正書による補正は、出願当初の明細書等に記載した事項の範囲内においてしたものである。
（３）小括
　上記申立理由４によっても本件特許を取り消すことはできない。
５　申立理由５（甲第１号証を主引用例とする新規性欠如、進歩性欠如）について
（１）申立理由５の具体的な内容
　上記４（１）のとおり、平成２９年１１月２２日付け手続補正書による補正は、出願当初の明細書等に記載した事項の範囲内においてしたものではない。そして、当該補正によって追加された事項は、本件特許の原出願の当初明細書等に記載された事項の範囲内でもないから、本件特許に係る出願は分割要件を満たしておらず、特許法第４４条第２項の規定は適用されない。したがって、本件特許に係る出願は原出願の時にしたものとはみなされず、よって、現実の出願日である平成２９年９月１１日に出願したものとして取り扱われるべきである。
　一方、甲第１号証（以下、甲１という。）は、本件特許に係る出願の出願日前の平成２６年７月１７日に公表された特表２０１４−５１７２９７号公報であり、本件特許の原出願である特願２０１４−５１２０７２号の公表特許公報である。
　そうすると、甲１は本件特許に係る出願の出願日前に頒布された刊行物であり、そして、本件発明１〜３、５、８及び９は甲１に記載された発明と実質的な相違点はないから、本件発明１〜３、５、８及び９は、甲１に記載された発明であるか、甲１に記載された発明に基づいて当業者が容易になし得たものである。
　また、本件発明４、６及び７は、甲１に記載された発明及び周知技術に基づき当業者が容易になし得たものである。
　したがって、本件発明１〜３、５、８及び９は、特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができず、また本件発明１〜９は、同法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、本件発明に係る特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである。
（２）判断
　上記４（２）で述べたとおり、平成２９年１１月２２日付け手続補正書による補正は、出願当初の明細書等に記載した事項の範囲内においてしたものである。そして、当該補正は本件特許の原出願の当初明細書等に記載された事項の範囲内でもあるから、本件特許に係る出願は分割要件を満たしており、特許法第４４条第２項の規定が適用され、原出願の時（平成２４年５月２３日）にしたものとみなされる。そして、特許法第２９条第１項第３号の判断の基準日は、原出願の優先日である平成２３年５月２３日である。
　そうすると、甲１は本件優先日前に頒布された刊行物ではないから、上記申立理由５は理由がない。
（３）小括
　上記申立理由５によっても本件発明に係る特許を取り消すことはできない。
６　申立理由６（甲２を引用例とする新規性欠如）について
（１）申立理由６の具体的な内容
　本件発明１〜３、８及び９は、甲２に記載された発明と実質的な相違点はないから、本件発明１〜３、８及び９は、甲２に記載された発明である。
　したがって、本件発明１〜３、８及び９は、特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができないから、本件発明１〜３、８及び９に係る特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである。
（２）判断
　上記「第４　取消理由についての当審の判断」における「２　取消理由１（甲２を主引用例とする進歩性欠如）についての判断」で述べたとおり、本件発明１は、甲２に記載された発明（甲２発明）と相違点を有するものであるから、甲２発明と同一ではない。
　また、本件発明２及び３は、本件発明１を引用するものであるから、甲２発明と同一でないことは明らかであるし、本件発明８及び９も、甲２発明との対比において上記相違点と同様の相違点を含むものであるから、本件発明８及び９も、同様の理由により、甲２発明と同一ではない。
　よって、本件発明１〜３、８及び９は、甲２に記載された発明であるとはいえない。
（３）小括
　上記申立理由６によっても本件発明に係る特許を取り消すことはできない。
第６　むすび
　以上のとおりであるから、取消理由通知に記載した取消理由及び特許異議申立書に記載した特許異議申立理由によっては、本件請求項１〜９に係る特許を取り消すことはできない。
　また、他に本件請求項１〜９に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和１年１２月６日（２０１９．１２．６）