(57)【要約】本発明は、インターフェロンに基づく治療を受けたＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）を伴う多様な患者集団における第１９染色体上の一塩基多型（ＳＮＰｓ）とウイルス学的成果との関連性の知見に基づく。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＣＶに感染しているヒト対象のインターフェロンに基づく治療に対する早期ウイルス応答を予測するための方法であって、
そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における少なくとも１つのＣ対立遺伝子の存在は、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答の可能性がより高いことの指標となる方法。
【請求項２】
対象が遺伝子型−１  ＨＣＶに感染している、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対象は以前にインターフェロンで治療されたことがない、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロン  アルファ−２ａ単剤療法、ペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリン、またはインターフェロン  アルファ−２ｂとリバビリンの群から選択される治療を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
対象は前回のペグインターフェロン  アルファ−２ｂとリバビリンの治療から早期ウイルス応答を達成しなかった、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
インターフェロンに基づく治療がペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリンを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ＨＣＶに感染しているヒト対象のインターフェロンに基づく治療に対する早期ウイルス応答を予測するための方法であって、
そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における２つのＴ対立遺伝子の存在は、ｒｓ１２９７９８６０に少なくとも１つのＣ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答がない可能性がより高いことの指標となる方法。
【請求項８】
対象が遺伝子型−１  ＨＣＶに感染している、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
対象は以前にインターフェロンで治療されたことがない、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロン  アルファ−２ａ単剤療法、ペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリン、またはインターフェロン  アルファ−２ｂとリバビリンの群から選択される治療を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
対象は前回のペグインターフェロン  アルファ−２ｂとリバビリンの治療から早期ウイルス応答を達成しなかった、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
インターフェロンに基づく治療がペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリンを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＨＣＶに感染しているヒト対象において持続的ウイルス応答を達成するためのインターフェロンに基づく治療期間を選択する方法において、インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリン、ペグインターフェロン  アルファ−２ａと直接作用型抗ウイルス薬、ペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬、またはリバビリンと直接作用型抗ウイルス薬（内因性インターフェロンを含む）から選択される方法であって：
そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における少なくとも１つのＣ対立遺伝子の存在は、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子が存在する対象と比較して持続的ウイルス応答を達成するためのインターフェロンに基づく治療期間がより短いことの指標となる方法。
【請求項１４】
対象が遺伝子型−１  ＨＣＶに感染している、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
直接作用型抗ウイルス薬がＨＣＶプロテアーゼ阻害薬である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ＨＣＶに感染しているヒト対象のペグインターフェロン  アルファ−２ａ、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬による治療に対する応答を予測するための方法であって、
そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における少なくとも１つのＣ対立遺伝子の存在は、その対象がその治療に対してｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答または持続的ウイルス応答を達成する可能性がより高いことの指標となる方法。
【請求項１７】
対象が遺伝子型−１  ＨＣＶに感染している、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
直接作用型抗ウイルス薬がＨＣＶプロテアーゼ阻害薬である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＨＣＶに感染しているヒト対象のペグインターフェロン  アルファ−２Ａ、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬による治療に対する応答を予測するための方法であって、
そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における２つのＴ対立遺伝子の存在は、その対象がその治療に対してｒｓ１２９７９８６０に少なくとも１つのＣ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答または持続的ウイルス応答を達成しない可能性がより高いことの指標となる方法。
【請求項２０】
対象が遺伝子型−１  ＨＣＶに感染している、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
直接作用型抗ウイルス薬がＨＣＶプロテアーゼ阻害薬である、請求項２０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染患者の薬理学的治療に対する応答を予測するのに有用な方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
慢性Ｃ型肝炎の標準治療は、ペグインターフェロン(peginterferon)とリバビリン(ribavirin)の組合わせである１。この標準治療で治療した後の全体的な持続的ウイルス応答(overall sustained virological response)（ＳＶＲ）率は約５０％である２−４が、ある個体患者がＳＶＲを達成するかどうかを予測するのは難しい。
【０００３】
ＳＶＲを達成する確率は患者集合体およびウイルス因子に応じて変動する。たとえば、より若い患者、白人およびアジア人の患者、ならびに進行性肝線維症を伴わない個体は、治療後にＨＣＶ感染が排除される可能性がより高い５−８。また、ＨＣＶ遺伝子型１ではなく遺伝子型２または３に感染している患者、および血清中の基点ＨＣＶ  ＲＮＡレベルが低い患者は治癒の見込みがきわめて高い２−４，６，８。
【０００４】
より正確なＳＶＲ予測は、現在では治療開始後にようやく可能になる。ＨＣＶ遺伝子型に関係なく、４または１２週間の治療後にＨＣＶ  ＲＮＡが排除されている個体は、ウイルス血症が持続している個体よりＳＶＲ達成の見込みがはるかに高い９。迅速ウイルス応答(rapid virological response)（ＲＶＲ；４週目にＨＣＶ  ＲＮＡを検出できない）は強力なＳＶＲ予測子である；逆に、早期ウイルス応答(early virological response)（ＥＶＲ；１２週目のＨＣＶ  ＲＮＡが２ｌｏｇ減より大きい）を達成できないことは、治療前特性とは無関係に不応答の強力な予測子である１０。
【０００５】
標準治療に対する潜在的なレスポンダーとノンレスポンダーを前もって識別できれば、慢性Ｃ型肝炎患者の治療に大きな効果があるであろう。患者が標準治療に応答する可能性に基づいて、治療の決定を個別化できるであろう。たとえば、現在の標準治療でＳＶＲを達成する可能性がきわめて低い患者は、直接作用型抗ウイルス薬が得られるまで治療を延期することができる。逆に、ＳＶＲを達成する可能性が高い患者は、既知のものである治療計画で直ちに治療を開始する方が好ましいであろう。
【０００６】
宿主およびウイルス因子のほかに、宿主の遺伝子多様性も標準治療による治療に対する応答に影響を及ぼす１１。ゲノムワイドな関連研究からの最近の証拠は、ペグインターフェロン＋リバビリンで治療した患者におけるＳＶＲの確率にＩＬ−２８ｂ遺伝子のプロモーター領域の一塩基多型（ＳＮＰｓ）が強い影響を及ぼすことを示唆している１２−１４。この分析の目的は、治療ナイーブ個体、およびペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）単剤療法またはペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）もしくは通常インターフェロンのいずれか＋リバビリンによる併用療法を受けた患者であって前回のペグインターフェロン  アルファ−２ｂ（１２ＫＤ）＋リバビリンのコースに対するノンレスポンダーを含む多様な患者コホートにおいて、早期ウイルス応答（ＥＶＲ）とＳＶＲの両方に関連するＳＮＰｓを探査することであった。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ghany MG, Strader DB, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C: An update. Hepatology 2009;49:1335-1374.
【非特許文献２】Manns MP, McHutchison JG, Gordon SC, Rustgi VK, Shiffman M, Reindollar R, Goodman ZD, Koury K, Ling M, Albrecht JK. Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C: a randomised trial. Lancet 2001;358:958-965.
【非特許文献３】Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Lin A, Hoffman J, Yu J. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection. N Engl J Med 2002;347:975-982.
【非特許文献４】Hadziyannis SJ, Sette H, Jr., Morgan TR, Balan V, Diago M, Marcellin P, Ramadori G, Bodenheimer H, Jr., Bernstein D, Rizzetto M, Zeuzem S, Pockros PJ, Lin A, Ackrill AM. Peginterferon-alpha 2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C: a randomized study of treatment duration and ribavirin dose. Ann Intern Med 2004;140:346-355.
【非特許文献５】Conjeevaram HS, Fried MW, Jeffers LJ, Terrault NA, Wiley-Lucas TE, Afdhal N, Brown RS, Belle SH, Hoofnagle JH, Kleiner DE, Howell CD. Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis C genotype 1. Gastroenterology 2006;131:470-477.
【非特許文献６】Dienstag JL, McHutchison JG. American Gastroenterological Association technical review on the management of hepatitis C. Gastroenterology 2006;130:231-264.
【非特許文献７】Missiha S, Heathcote J, Arenovich T, Khan K. Impact of asian race on response to combination therapy with peginterferon alpha-2a and ribavirin in chronic hepatitis C. Am J Gastroenterol 2007;102:2181-2188.
【非特許文献８】Reddy KR, Messinger D, Popescu M, Hadziyannis SJ. Peginterferon alpha -2a (40 kDa) and ribavirin: comparable rates of sustained virological response in sub-sets of older and younger HCV genotype 1 patients. J Viral Hepat 2009;16:724-731.
【非特許文献９】Ferenci P, Fried MW, Shiffman ML, Smith CI, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Chaneac M, Reddy KR. Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis C patients treated with peginterferon alpha-2a (40 KD)/ribavirin. J Hepatol 2005;43:425-433.
【非特許文献１０】Martinot-Peignoux M, Maylin S, Moucari R, Ripault MP, Boyer N, Cardoso AC, Giuily N, Castelnau C, Pouteau M, Stern C, Auperin A, Bedossa P, Asselah T, Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitis C treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 2009;14:501-511.
【非特許文献１１】Asselah T, Bieche I, Sabbagh A, Bedossa P, Moreau R, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Gene expression and hepatitis C virus infection. Gut 2009;58:846-858.
【非特許文献１２】Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance. Nature 2009;461:399-401.
【非特許文献１３】Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, Bassendine M, Spengler U, Dore GJ, Powell E, Riordan S, Sheridan D, Smedile A, Fragomeli V, Muller T, Bahlo M, Stewart GJ, Booth DR, George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 2009;41:1100-1104.
【非特許文献１４】Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Korenaga M, Hino K, Hige S, Ito Y, Mita E, Tanaka E, Mochida S, Murawaki Y, Honda M, Sakai A, Hiasa Y, Nishiguchi S, Koike A, Sakaida I, Imamura M, Ito K, Yano K, Masaki N, Sugauchi F, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 2009;41:1105-1109.
【発明の概要】
【０００８】
本発明は、インターフェロンに基づく計画で治療した患者の位置ｒｓ１２９７９８６０におけるＳＮＰ遺伝子型とＥＶＲおよびＳＶＲ両方との強い関連性の知見に基づく。１態様において、本発明は、ＨＣＶに感染しているヒト対象のインターフェロンに基づく治療に対する早期ウイルス応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における少なくとも１つのＣ対立遺伝子の存在は、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答の可能性がより高いことの指標となる方法を提供する。
【０００９】
他の態様において、本発明は、ＨＣＶに感染しているヒト対象のインターフェロンに基づく治療に対する早期ウイルス応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における２つのＴ対立遺伝子の存在は、ｒｓ１２９７９８６０に少なくとも１つのＣ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答がない可能性がより高いことの指標となる方法を提供する。
【００１０】
他の態様において、本発明は、ＨＣＶに感染しているヒト対象において持続的ウイルス応答を達成するためのインターフェロンに基づく治療期間を選択する方法において、インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリン、ペグインターフェロン  アルファ−２ａと直接作用型抗ウイルス薬、ペグインターフェロン  アルファ−２ａとリバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬、またはリバビリンと直接作用型抗ウイルス薬（内因性インターフェロンを含む）から選択される方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における少なくとも１つのＣ対立遺伝子の存在は、ｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子が存在する対象と比較して持続的ウイルス応答を達成するためのインターフェロンに基づく治療期間がより短いことの指標となる方法を提供する。
【００１１】
さらに他の態様において、本発明は、ＨＣＶに感染しているヒト対象のペグインターフェロン  アルファ−２ａ、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬による治療に対する応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における少なくとも１つのＣ対立遺伝子の存在は、その対象がその治療に対してｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答または持続的ウイルス応答を達成する可能性がより高いことの指標となる方法を提供する。
【００１２】
さらに他の態様において、本発明は、ＨＣＶに感染しているヒト対象のペグインターフェロン  アルファ−２Ａ、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬による治療に対する応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型ｒｓ１２９７９８６０に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のｒｓ１２９７９８６０における２つのＴ対立遺伝子の存在は、その対象がその治療に対してｒｓ１２９７９８６０に少なくとも１つのＣ対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答または持続的ウイルス応答を達成しない可能性がより高いことの指標となる方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１Ａ】図１は、（ａ）ＳＶＲ、（ｂ）ＥＶＲ、および（ｃ）ｒｓ１２９７９８６０に対して調整した後のＳＶＲについてのゲノムワイドな関連結果を、遺伝子型１集団全体の染色体により示す。
【図１Ｂ】同上。（ｂ）ＥＶＲについて。
【図１Ｃ】同上。（ｃ）ｒｓ１２９７９８６０に対して調整した後のＳＶＲについて。
【図２Ａ】図２は、（ａ）ＳＶＲおよび（ｂ）ＥＶＲについての試験統計値の分布の四分位点−四分位点プロットを示す。灰色の丸は期待ｐ値を表わし、青色の丸は観察ｐ値を示す。
【図２Ｂ】同上。（ｂ）ＥＶＲについて。
【図３】図３は、白人遺伝子型１集団におけるＩＬ−２８領域の有意ＳＮＰｓ（ｐ＜１０−５）の連鎖不平衡（linkage disequilibrium）を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
定義
本発明の理解を容易にするために、多数の用語を以下に定義する。本明細書中で定義する用語は、本発明に関係する分野の当業者が一般に理解している意味をもつ。“ａ”、“ａｎ”および“ｔｈｅ”などの用語は、単一のものだけを表わすのではなくその全般的クラスを含むものとし、その特定の例を説明のために採用できる。本明細書中の専門用語は本発明の特定の態様を記述するために用いられるが、それらの使用が特許請求の範囲に示したもの以外に本発明を限定することはない。
【００１５】
インターフェロンによる治療に対する“応答”という用語は、薬剤の投与に対する望ましい応答である。ウイルス学的エンドポイントには、下記のものが含まれる：“早期ウイルス応答”（ＥＶＲ）：基点から１２週目までの血清ＨＣＶ  ＲＮＡの≧２−ｌｏｇ低下（Ｃｏｂａｓ  Ａｍｐｌｉｃｏｒ  ＨＣＶ  Ｍｏｎｉｔｏｒ  Ｔｅｓｔ，ｖ２．０による，定量限界６００ＩＵ／ｍＬ）と定義、完全ＥＶＲ（ｃＥＶＲ）：血清中にＨＣＶ  ＲＮＡを検出できない（Ｃｏｂａｓ  Ａｍｐｌｉｃｏｒ  ＨＣＶ  Ｔｅｓｔ  ｖ２．０による，定量限界５０ＩＵ／ｍＬ）と定義、および／または“持続的ウイルス応答”（ＳＶＲ）：２４週間の非治療追跡期間の終了時にＨＣＶ  ＲＮＡを検出できない（＜５０ＩＵ／ｍＬ）と定義。
【００１６】
用語“試料”または“生体試料”は、個体から摘出した組織または体液の試料を表わし、たとえば組織生検材料、血漿、血清、全血、髄液、リンパ液、外部切片（皮膚、呼吸器管、腸管および尿生殖管の）、涙液、唾液、乳汁、血球、腫瘍、臓器を含むが、これらに限定されない。インビトロ細胞培養構成要素の試料も含まれる（培地中での細胞、ウイルス感染が推定される細胞、組換え細胞の増殖から得られる調整培地、および細胞成分を含むが、これらに限定されない）。
【００１７】
用語“インターフェロン”と“インターフェロン−アルファ”は本明細書中で互換性をもって用いられ、ウイルス複製および細胞増殖を阻害し、免疫応答を調節する、相同性の高い種特異的タンパク質のファミリーを表わす。代表的な適切なインターフェロン類には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：組換えインターフェロン  アルファ−２ｂ、たとえばＩｎｔｒｏｎ（登録商標）Ａインターフェロン：Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ニュージャージー州ケニルワース）から入手されるもの；組換えインターフェロン  アルファ−２ａ、たとえばＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａインターフェロン：Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ（ニュージャージー州ナットレイ）から入手されるもの；組換えインターフェロン  アルファ−２Ｃ、たとえばＢｅｒｏｆｏｒ（登録商標）アルファ２インターフェロン：Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，Ｉｎｃ．（コネチカット州リッジフィールド）から入手されるもの；インターフェロン  アルファ−ｎ１：天然アルファインターフェロン類の精製ブレンド、たとえばＳｕｍｉｆｅｒｏｎ（登録商標）：日本、住友から入手されるもの、もしくはＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロン  アルファ−ｎ１（ＩＮＳ）：Ｇｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．（英国ロンドン）から入手されるもの；またはコンセンサス  アルファ  インターフェロン、たとえばU.S. Pat. No. 4,897,471および4,695,623 (特に、その例7、8または9)に記載のもの、ならびにＡｍｇｅｎ，Ｉｎｃ．（カリフォルニア州ニューベリーパーク）から入手される特定の製品；またはインターフェロン  アルファ−ｎ３、天然アルファインターフェロン類の混合物：Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓが調製し、Ｐｕｒｄｕｅ  Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃｏ．（コネチカット州ノーウォーク）からＡｌｆｅｒｏｎの商品名で入手されるもの。インターフェロン  アルファ−２ａまたはインターフェロン  アルファ−２ｂの使用が好ましい。インターフェロン類には、下記に定義するＰＥＧ化インターフェロン(pegylated interferon)を含めることができる。
【００１８】
用語“ＰＥＧ化インターフェロン”、“ＰＥＧ化インターフェロン  アルファ”および“ペグインターフェロン”は、本明細書中で互換性をもって用いられ、インターフェロン  アルファ、好ましくはインターフェロン  アルファ−２ａおよびアルファ−２ｂのポリエチレングリコール修飾コンジュゲートを意味する。代表的な適切なＰＥＧ化インターフェロン  アルファにはＰｅｇａｓｙｓ（登録商標）およびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）が含まれるが、これらに限定されない。
【００１９】
用語“リバビリン”は、化合物１−（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）−３，４−ジヒドロキシ−５−ヒドロキシメチル−テトラヒドロ−フラン−２−イル）−１Ｈ−［１，２，４］トリアゾール−３−カルボン酸アミドを表わし、これは合成のインターフェロン非誘導性広域抗ウイルス性ヌクレオシド類似体であり、Ｖｉｒａｚｏｌｅ（登録商標）およびＣｏｐｅｇｕｓ（登録商標）の名称で入手できる。
【００２０】
“直接作用型抗ウイルス薬”は、免疫機能とは無関係に特異的抗ウイルス効果を発揮する。ＨＣＶに対する直接作用型抗ウイルス薬の例にはプロテアーゼ阻害薬、ポリメラーゼ阻害薬、ＮＳ５Ａ阻害薬、ＩＲＥＳ阻害薬、およびヘリカーゼ阻害薬が含まれるが、これらに限定されない。
【００２１】
慢性Ｃ型肝炎を伴う患者について現在推奨されている第１線治療は、遺伝子型１または４のウイルスを保有する患者には４８週間、遺伝子型２または３のウイルスを保有する患者には２４週間の、リバビリンと併用したＰＥＧ化インターフェロン  アルファである。リバビリンとの併用治療は、１コース以上のインターフェロン  アルファ療法後に再発した患者、およびそれまで未治療の患者において、インターフェロン  アルファ単剤療法より効果が大きいことが見出された。しかしリバビリンは、催奇形性および発癌性を含めた著しい副作用を示す。さらに、リバビリンは約１０〜２０％の患者に溶血性貧血を引き起こし、用量低減またはリバビリン療法停止が必要となる；これは三リン酸リバビリンが赤血球に蓄積することと関係している可能性がある。したがって、治療コストおよび有害事象発生率を低下させるために、有効性を妨げることなく治療をより短期のものに適合させることが望ましい。ＰＥＧ化インターフェロン  アルファとリバビリンによる遺伝子型１患者に対する短縮した“治療期間”は、たとえば２４週間であろう。ＰＥＧ化インターフェロン  アルファとリバビリンを直接作用型抗ウイルス薬と組み合わせたものによる遺伝子型１患者に対する短縮した治療期間は、８週間、１２週間または１６週間という短かいものである可能性がある。
【００２２】
本明細書中で用いる用語“対立遺伝子”および“対立遺伝子バリアント”は、遺伝子またはその部分に関連する、イントロン、エキソン、イントロン／エキソンジャンクション、ならびに３’および／または５’非翻訳領域を含む別形態の遺伝子を表わす。一般に、、対立遺伝子は相同染色体上の同一の遺伝子座または位置を占める。対象が２つの同一の対立遺伝子または遺伝子をもつ場合、その対象をその遺伝子または対立遺伝子についてホモ接合性であると言う。対象が２つの異なる対立遺伝子または遺伝子をもつ場合、その対象をその遺伝子についてヘテロ接合性であると言う。ある特定の遺伝子の対立遺伝子は、１個のヌクレオチドまたは数個のヌクレオチドにおいて互いに異なる可能性があり、またヌクレオチドの置換、欠失および挿入を含む可能性がある。
【００２３】
本明細書中で用いる用語“多型性”は、エキソンおよびイントロンまたはその部分（たとえば、対立遺伝子バリアント）を含む、１より多い形態の核酸の共存を表わす。少なくとも２つの異なる形態、すなわち２つの異なるヌクレオチド配列をもつ部分を、遺伝子の多型領域と呼ぶ。多型領域は単一ヌクレオチド、すなわち“一塩基多型”または“ＳＮＰ”である可能性があり、異なる対立遺伝子においてはその同一性が異なる。多型領域がヌクレオチド数個の長さである可能性もある。
【００２４】
多型性を検出するための多数の方法が知られており、それらを本発明に関して使用できる。一般に、これらは基礎となる核酸配列における１以上の変異の直接同定（たとえば、インサイチュハイブリダイゼーション）または間接同定（二次分子、たとえばタンパク質配列またはタンパク質結合に対する変化の同定）を含む。
【００２５】
多型性を検出するための周知の１方法は、その変異または多型部位にオーバーラップしてその変異または多型領域の周囲の約５、１０、２０、２５または３０ヌクレオチドを含むプローブを用いる、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションである。たとえばキットに使用するためには、一塩基多型などの対立遺伝子バリアントに特異的にハイブリダイズすることができる数種類のプローブ、あるいはさらに固相支持体、たとえばビーズまたはチップに付着させたものを利用者に提供する。
【００２６】
一塩基多型“ｒｓ１２９７９８６０”は、ＳＮＰｓのデータベース（ｄｂＳＮＰ，www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)中にそのアクセス番号により同定されるＳＮＰを表わし、ヒト第１９染色体上のＩＬ２８ｂ遺伝子のプロモーター領域に位置する。
【００２７】
２つの大規模な多国籍研究（実施例のセクションに記載）から得たデータのこの分析結果は、Ge et al.１２が最初に報告したＩＬ−２８領域のＳＮＰｓとペグインターフェロン＋リバビリンで治療した後のＳＶＲとの顕著な関連性を確認および拡張する。今回の分析では、この最上位ＳＮＰ（ｒｓ１２９７９８０）がＥＶＲ（ｐ＝５．０×１０−２６）およびＳＶＲ（ｐ＝１．４×１０−２１）の両方と関連づけられた。ペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）＋リバビリンだけでなく、ペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）単剤療法、および通常インターフェロン＋リバビリンの組合わせで治療した後にＳＶＲを達成した患者、ならびに家系性が十分に調べられたノンレスポンダーの大規模サブグループを含めたことが、本研究の独自の長所である。
【００２８】
この研究により、幾つか独自の示唆を得ることができる。第１に、本発明者らは、ｒｓ１２９７９８６０の影響はＳＶＲよりＥＶＲに及ぶ可能性が最も大きいことを示唆する。ＳＶＲではなくＥＶＲとの関連性は、治療に対するこれまでのノンレスポンダーにおいて、またペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）単剤療法、または通常インターフェロン＋リバビリンで治療した患者にみられた。本発明者らはこれを、このＳＮＰが作用する機序はより遅い第２相低減または肝細胞代謝回転とではなく血清ＨＣＶ  ＲＮＡレベルの迅速な第１相低減と関連することを意味すると解釈する。ＨＣＶ  ＲＮＡの第１相低減は、インターフェロンに基づく療法を開始した直後に起きる十分に文献記載された現象であり、インターフェロンに対する特定患者の感受性の指標であることが示唆されている１９。
【００２９】
次に、この研究に用いた特定のチップにより、ｒｓ１２９７９８６０のほかに一連のＳＮＰｓの有意性をランク付けすることができた；それらはすべて先の研究で同定されたものである１２，１４，２０，２１。有意性の高い幾つかのマーカーがＩＬ２８ｂ領域に同定されたが、それらはいずれもｒｓ１２９７９８０に対して調整した後のＳＶＲと有意な関連性はなかった。唯一のＳＮＰ（ｒｓ８０９９９１７）がｒｓ１２９７９８６０に対して調整した後のＥＶＲと統計的に有意に関連していたが、その関連性は多重比較に対して調整した後には有意とみなされないと思われるものであった。
【００３０】
さらに、ｒｓ１２９７９８６０に対して調整することにより、本発明者らは、ウイルス応答を達成する確率に影響を及ぼす可能性のある潜在的な遺伝子−遺伝子相互作用の探索を開始することができた。前記のように、初期分析において同定したＩＬ２８ｂ領域の他の高有意ＳＮＰｓはいずれも、このプロセス後に保持されていなかった；しかし、第４染色体上に位置するこれまで報告されていない一連のＳＮＰｓが明らかになった。
【００３１】
これを含めて幾つかの後向き研究で得られた結果１２−１４，２０−２３が一致したことにより、本発明者らはＩＬ２８ｂのプロモーター領域のＳＮＰｓがインターフェロンに基づく療法の治療成果と高い関連性をもつと確信をもって言える。この領域の多数のプロモーターのうちのひとつにおける変化は肝臓でのインターフェロン  ラムダの発現を変化させることが示唆された。インターフェロン  ラムダはＩＩＩ型インターフェロンであり、これはＩ型インターフェロン（インターフェロン−アルファを含む）のＪａｋ／Ｓｔａｔ経路とオーバーラップするシグナル伝達経路の引き金を引く２４−２６。本発明者らは、“寛容(permissive)”ＳＮＰをもつ患者ではＨＣＶ感染がインターフェロン類−ＩＩＩ型インターフェロン類（たとえばＩＬ２８）を含む−の局所産生を誘導するという仮説を立てている。その結果、肝臓でインターフェロン誘導遺伝子発現が生じる。この仮説は、インターフェロンに基づく療法に対するノンレスポンダーの肝臓では療法開始前にインターフェロン刺激遺伝子(interferon-stimulated gene)（ＩＳＧ）の肝発現が増加して見掛け上の“前活性化状態”にあるという先のレポート２７と一致する。内因性ＩＳＧ誘導のレベルと後続のインターフェロンに基づく療法に対する応答性とのこの見掛け上の逆説的な関係は、明らかには説明されていない。ある研究者らは、プロテインキナーゼＰＫＲと同様な軸上でのＩＳＧ誘導の下流作用のうちあるものは真核細胞開始因子(eukaryotic initiation factor)２アルファ（ｅＩＦ２ａ）のリン酸化により内因性タンパク質産生を抑制し、その結果、肝細胞は外来性インターフェロンによるそれ以上の刺激に対して不応性になるため、タンパク質産生をそれ以上減弱できない可能性があると推測した２８。ＨＣＶ  ＲＮＡは内部リボソーム進入部位を介して翻訳され、部分的にｅＩＦ２ａ非依存性である。したがって、“前活性化状態”にもかかわらず、依然としてＨＣＶ  ＲＮＡの複製および追加ウイルス粒子の組立ては衰えない２８。この仮説は、基点ウイルス負荷の増大が治療成果不良の指標であることを示唆する先の分析６にもかかわらず、本発明者らの分析で応答性不良ＧＷＡＳ遺伝子型が治療可能性の大きい遺伝子型より低いウイルス負荷を伴う理由を説明している。内因性のインターフェロン産生は、ウイルス複製に部分的損傷を与えるが、同時にこれらの患者において宿主細胞タンパク質合成に損傷を与える。宿主細胞がタンパク質産生をそれ以上低減できないか、あるいはＩＳＧの刺激を増大できない閾値があると思われる。しかし、逆に外来性ＰＥＧ化インターフェロンの投与は内因性インターフェロンに対する感受性がより低い患者を“救済”できない。遺伝子多型性はＩＳＧ発現において役割を果たす可能性がある。これから本発明者らは、ＨＣＶ根絶をもたらす、より好ましいＩＳＧプロフィールを得るために、最終的にはインターフェロン経路を選択的にターゲティングするのが可能であると推測する。
【００３２】
第４染色体のＳＮＰがＳＶＲと関連するがＥＶＲとは関連しない機序の可能性を説明するのはより難しい。最も単純な説明には、この領域の遺伝子がＳＶＲのみと関連する肝細胞代謝回転などの現象に関与していることが必要であろう。両方の遺伝子座がそれらの作用を発揮する機序に、さらに他の宿主−宿主、または宿主−ウイルス遺伝子相互作用が関与している可能性があり、これはさらに慎重に評価する必要がある。
【００３３】
ＩＬ２８ｂ領域のインターフェロン治療感受性遺伝子座の知見は、現在の標準治療(standard of care)（ＳＯＣ）、すなわちペグインターフェロン＋リバビリンによる療法に対して密接な意味をもつ。近い将来、ある患者においては療法開始前にＩＬ２８ｂ遺伝子型を判定し、それらの患者を、ＨＣＶ遺伝子型によって−現在推奨されているように１−だけでなく、ヒト遺伝子型によっても層別化することを考慮できるであろう。現在の治療パラダイムと対照的に、初期治療計画はウイルスとヒト両方の遺伝子型に基づくであろう。これに関して、リバビリンの推測上の役割に前向き調査で取り組む必要があろう。
【００３４】
この知見は、現在行なわれているＨＣＶ療法のための直接作用型抗ウイルス薬の開発プログラムに対しても密接な意味をもつ。直接作用型抗ウイルス薬は、免疫機能とは無関係に特異的な抗ウイルス作用を発揮するが、開発中の薬物クラスのうち少なくともあるものは相加的（相乗的ではなくとも）な固有の免疫調節作用が利点となる可能性があると考えられる。実際には、耐性ＨＣＶの出現を阻止する必要があるのでインターフェロンに基づく療法は依然として治療の主力になると思われる２９。ＨＣＶ  ＲＮＡはＩ型インターフェロンの誘導を阻害することができる特異的タンパク質をコードする。たとえば、ＨＣＶのＮＳ３−４Ａプロテアーゼは、インターフェロン調節因子３（ＩＲＦ−３）のリン酸化を阻害することにより、ｄｓＲＮＡ誘導によるインターフェロン産生を遮断する３０。したがってＮＳ３−４Ａプロテアーゼは二重の療法標的であり、それを阻害するとウイルス複製が遮断されてＩＲＦ−３によるＨＣＶ  ＲＮＡ複製制御が回復する可能性がある。第２の小分子または標準治療と組み合わせて投与した場合に強力な抗ウイルス効果をもつテラプレビル(Telaprevir)などのプロテアーゼ阻害薬は、ＨＣＶが宿主のインターフェロン応答に損傷を与えるプロテアーゼ機能も阻害する。インターフェロン不応性表現型をもつ患者とインターフェロン感受性ＩＬ２８ｂ表現型をもつ患者において、直接作用型の抗ウイルス薬をペグインターフェロン＋リバビリンと組み合わせた場合に治療成果が同様であるかどうかを観察することが重要であろう。インターフェロン不応患者は、三重療法（直接作用型抗ウイルス薬＋ペグインターフェロン＋リバビリン）に対しては、彼らが直接作用型抗ウイルス薬のみによる単剤療法を受けているかのように応答する可能性がある。もしそうであれば、インターフェロン不応性ＩＬ２８ｂ表現型をもつ患者は、テラプレビルのような薬物による治療に際して耐性変異の選択をはるかに受けやすいという可能性がある３１。これらの可能性は、インターフェロン感受性ＳＮＰ（ｒｓ１２９７９８６０）をもつ患者はペグインターフェロンとリバビリンによる短縮治療が有益であり、インターフェロン不応性表現型をもつ患者は治療期間延長および／またはより強力な治療計画の候補となる可能性があるというシナリオを示唆する。あるいは、インターフェロン不応性表現型をもつ患者はインターフェロンを含まない直接作用型抗ウイルス薬の併用計画がより適切な可能性がある。
【００３５】
ＰＥＧ化インターフェロンによる標準治療に対して過去にノンレスポンダーであった患者についてのペグインターフェロン  アルファ−２ａ＋リバビリン療法の登録試行を含めた本発明者らの独自のデータセットにより、ｒｓ１２９７９８６０  ＳＮＰとＳＶＲではなくＥＶＲとの相関性が強調される。言い換えると、このＳＮＰは療法に対する最終応答ではなくインターフェロンに対する患者の応答性を判定し、したがってＥＶＲを達成する可能性があるという理由でＳＶＲになる可能性がある患者またはその可能性がない患者を同定する補助となる。それがＥＶＲとは無関係にＳＶＲを予測することは考えられない。これは直接作用型抗ウイルス薬をインターフェロンと一緒に使用することに対してきわめて密接な意味をもつ。
【００３６】
インターフェロン応答性についての基点遺伝子予測子の利用により、直接作用型抗ウイルス療法およびインターフェロンによる標準治療の個別化が可能になる。インターフェロン応答性不良（すなわちｒｓ１２９７９８６０に２つのＴ対立遺伝子）と判定された患者は、内因性または外来性インターフェロン仲介経路の相加効果または相乗効果に依存する小分子療法の候補としては劣る−特にこれらがＳＯＣに加えて単剤として投与される場合。懸念されるのは、これらの患者が有効な単剤療法の結果として薬物耐性変異を発現するリスクが高いことであろう。
【００３７】
逆に、インターフェロン応答性表現型（すなわちｒｓ１２９７９８６０に２つのＣ対立遺伝子）をもつ患者は、ＳＯＣのみ、または小分子と組み合わせた、短縮療法コースの卓越した候補となるであろう。インターフェロン応答性に対する遺伝的素因によって可能になるさらに他の考慮事項は、直接作用型抗ウイルス薬の組合わせの“同調”である。許容できる内因性インターフェロン応答性をもつと予測された患者は、ウイルス機能をターゲティングする薬物−たとえば、内因性インターフェロン応答に対しても阻害性の役割をもつプロテアーゼ阻害薬−に対する卓越した候補であり、ウイルスＰＡＭＰ(pathogen associated molecular pattern、病原体関連分子パターン）の量を減少させる薬物（たとえば、ポリメラーゼ阻害薬）に対してはより劣る候補である可能性がある；これらは患者が内因性インターフェロン応答性によって自身の治癒を促進する能力に損傷を与える作用をする可能性があるからである。同様に、インターフェロン応答性不良と予測された患者は、直接作用型抗ウイルス薬単剤と対比した第１線療法としての“４剤(quad)”療法（２種類の直接作用型抗ウイルス薬をペグインターフェロンとリバビリンに追加）、または３剤療法（ＳＯＣと１種類のＤＡＡ）の候補となる可能性がある。
【実施例】
【００３８】
方法
患者試料の採集およびウイルス学的エンドポイント
２つの大規模ランダム化多国籍第ＩＩＩ相試験に参加した慢性Ｃ型肝炎患者サブセットからの試料を分析した３，１５。１つの試験では、インターフェロンナイーブ患者を、ペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）単剤もしくはリバビリンとの組合わせ、または通常インターフェロン  アルファ−２ｂ＋リバビリンによる、４８週間の治療にランダム化した３。前回のペグインターフェロン  アルファ−２ｂ（１２ＫＤ）＋リバビリンの１２週間コースに対するノンレスポンダーのみが第２の試験に適格であり、患者を標準または誘導用量計画のいずれかのペグインターフェロン  アルファ−２ａ（４０ＫＤ）による４８または７２週間のいずれかの治療にランダム化した（すべての患者に標準用量のリバビリンを投与）１５。これらの試験の試験設計、包含および除外の基準、ならびに一次結果は他に公表されている３，１５。
【００３９】
遺伝子分析への参加に同意した患者から採集した血液試料を、Ｒｏｃｈｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓａｍｐｌｅ  ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙに保存した。ＤＮＡをＲｏｃｈｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓａｍｐｌｅ  ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙで抽出し、５０ｎｇ／μＬに標準化した。試料につき最初にＹ染色体特異的ＴａｑＭａｎ  Ａｓｓａｙ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，カリフォルニア州フォスターシティー）を用いた品質検査を行ない、ＤＮＡ品質および臨床データとの性別一致の両方を評価した。
【００４０】
ウイルス学的エンドポイントには下記のものが含まれる：早期ウイルス応答（ＥＶＲ）：血清中にＨＣＶ  ＲＮＡを検出できない（Ｃｏｂａｓ  Ａｍｐｌｉｃｏｒ  ＨＣＶ  Ｔｅｓｔ  ｖ２．０による，定量限界５０ＩＵ／ｍＬ）または基点から１２週目までの血清ＨＣＶ  ＲＮＡの低下≧２−ｌｏｇ（Ｃｏｂａｓ  Ａｍｐｌｉｃｏｒ  ＨＣＶ  Ｍｏｎｉｔｏｒ  Ｔｅｓｔ，ｖ２．０による，定量限界６００ＩＵ／ｍＬ）と定義、および持続的ウイルス応答（ＳＶＲ）：２４週間の非治療追跡期間の終了時にＨＣＶ  ＲＮＡを検出できない（＜５０ＩＵ／ｍＬ）と定義。
【００４１】
ＳＶＲについてのＧＷＡＳ分析において、レスポンダーグループは、インターフェロンナイーブ被験集団からのＳＶＲを伴う遺伝子型−１患者すべてから構成された。ノンレスポンダーは、１）ＰＥＧ化インターフェロン治療により再攻撃した被験集団からの遺伝子型−１非ＳＶＲ患者すべて、２）ＰＥＧ化インターフェロンとリバビリンで治療したインターフェロンナイーブ被験集団からの遺伝子型−１非ＳＶＲ患者から構成された。
【００４２】
したがって、ＰＥＧ化インターフェロンにより再攻撃した被験集団からのレスポンダーすべてを本発明者らの分析から除外した。
ＥＶＲについてのＧＷＡＳ分析において、ＥＶＲグループは、インターフェロンナイーブ被験集団からのＥＶＲを伴う遺伝子型−１患者すべてから構成された。非ＥＶＲグループは、１）ＰＥＧ化インターフェロン治療により再攻撃した被験集団からの患者すべて、および２）ＰＥＧ化インターフェロン＋リバビリンで治療した治療ナイーブ被験集団からの遺伝子型−１非ＥＶＲ患者から構成された。
【００４３】
非遺伝子型−１患者中の自己申告による白人のＩＬ２８Ｂ領域ＳＮＰで、各試験において別個に追加の探査分析を行なった（詳細は結果のセクションを参照）。
遺伝子型データ分析
１，０１６，４２３のマーカーにつき、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｆｉｎｉｕｍ（登録商標）ＨＤ  Ａｓｓａｙ  Ｓｕｐｅｒで、ＨｕｍａｎＯｍｎｉ１  Ｑｕａｄ（ｖ１．０）チップおよびｉＳｃａｎスキャナーを用いて、試料を遺伝子型判定した。重複試料間の不一致呼出し(discordant call)、過剰のヘテロ接合性、低い呼出し率（＜０．９５）、クラスター分離、ＧｅｎＴｒａｉｎスコア、強度およびクラスター幅についてＳＮＰをゼロ設定するために、初期品質管理を行なった。合計２５の試料が品質検査またはその後の遺伝子型判定試験に不合格であった。品質管理後に、遺伝子型呼出しをもつ１，００２，１３９のＳＮＰｓが得られた。自己申告による白人集団について、染色体当たりのＳＮＰｓの数、対立遺伝子頻度分布、およびＨａｒｄｙ  Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡を計算した。
【００４４】
統計分析
ウイルス応答（ＥＶＲまたはＳＶＲ）と基点変数（連続変数として挿入した年齢、肥満指数［ＢＭＩ］、ＨＣＶ  ＲＮＡレベルおよびＡＬＴ商、カテゴリー変数として挿入した性別、ＨＣＶ遺伝子型、組織診［肝硬変の有無］および人種）との関連性を、一変量ロジスティック回帰モデルにおいて評価した。
【００４５】
ロジスティック回帰（ＰＲＯＣ  ＬＯＧＩＳＴＩＣ，ＳＡＳ  ｖ９．２）を用いて、基点ＢＭＩ、性別、年齢、ウイルス負荷、ＡＬＴ商および主成分分析（ＰＣＡ）成分につき調整した後に、個々のＳＮＰｓと応答／非応答との関連性を調べた。
【００４６】
家系の分析は、Purcell et al.１６が提唱したＰＣＡを基礎とし、全集団を用いて作製した家系データセットを使用した（“ｐｇｔ”）。全集団に１１の多様な人種の対象セットからのＨａｐＭａｐ  Ｐｈａｓｅ  ＩＩＩ創始者を補充し、ＳＡＳ  ＪＭＰ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｉｎｃ．，米国ノースカロライナ州ケアリー）で分析した。ＰＣＡ成分を、異常値を含めて、または含めずに比較した。異常値は、その家系が上位１０の推論した変動軸(inferred axes of variation)のひとつにおいて平均から少なくとも６の標準偏差をもつ個体と定義された。
【００４７】
ＸおよびＹ染色体上またはミトコンドリアＤＮＡ中にあったＳＮＰｓは、ＨａｐＭａｐ  Ｐｈａｓｅ  ＩＩＩ創始者中の判定されなかった遺伝子型ＳＮＰｓと共に除かれ（リリース数２７）、あるいは既知の高い連鎖不平衡をもつ領域にあった（Ｃｈｒ５，４４〜５１．５Ｍｂ；Ｃｈｒ６，２４〜３６Ｍｂ；Ｃｈｒ８，８〜１２Ｍｂ；Ｃｈｒ１１，４２〜５８Ｍｂ；Ｃｈｒ１７，４０〜４３Ｍｂ）。残りのＳＮＰｓは、ＰＬＩＮＫ１６を用いてウインドウサイズ１０００、ｒ２＜０．２５およびウインドウシフト１００で間引かれた。
【００４８】
ウイルス応答（ＥＶＲまたはＳＶＲ）と個々のＳＮＰｓとの関連性を、ロジスティック回帰分析により調べた。基点特性（ＢＭＩ、性別、年齢、基点ＨＣＶ  ＲＮＡレベル、ＡＬＴ商およびＰＣＡ成分）につき調整を行なった。有意性を尤度比検定(likelihood ratio test)（ＬＲＴ）により評価した。
【００４９】
ゼロモデル(null model)を下記のとおり定義した：
ウイルス応答＝ＢＭＩ  ＋  性別  ＋  年齢  ＋  ＨＣＶ  ＲＮＡレベル  ＋  ＡＬＴ商  ＋  ＰＣＡ成分
ゼロモデルにおいては、ＳＮＰｓの遺伝的影響をゼロと仮定した。
【００５０】
対立モデル(alternative model)を下記のとおり定義した：
ウイルス応答＝ＢＭＩ  ＋  性別  ＋  年齢  ＋  ＨＣＶ  ＲＮＡレベル  ＋  ＡＬＴ商  ＋  ＰＣＡ成分  ＋  ＳＮＰ
ＬＲＴを用いて、それぞれの対立モデル（すなわち、ＳＮＰｓを含む）についての最大尤度推定値を対応するゼロモデル（すなわち、ＳＮＰｓを含まない）と比較した：識別パラメーター数に等しいχ２分布および自由度をもつもの。ＳＮＰｓを連続変数（０、１、２）としてモデルに挿入した。ＰＣＡ成分は分析集団の上位５成分に相当していた。同様なモデルを自己申告による白人集団および非遺伝子型１集団において実行した。
【００５１】
白人“ｐｇｔ”集団においてＩＬ−２８領域の有意ＳＮＰｓ（ｐ＜１０−５）間の連係不均衡（ＬＤ）を計算した。ｒ２のＬＤプロットをＨａｐｌｏｖｉｅｗ  ｖ４．１１７で作製し、ＬＤブロックをGabriel et al.１８の方法により推論した。
【００５２】
結果
合計４０６人の治療ナイーブ患者、および前回のペグインターフェロン  アルファ−２ｂ（１２ＫＤ）による治療コースに応答しなかった４２６人の患者について試料を入手した。ＥＶＲの分析は８００人の患者からのデータに基づき、これにはＥＶＲを達成した３６３人の個体（４５％）およびＥＶＲを達成しなかった４３７人の個体（５５％）が含まれていた。ＳＶＲの分析は６６３人の患者からのデータに基づき、これにはＳＶＲを達成した２４５人の患者（３７％）およびＳＶＲを達成しなかった４１８人（６３％）が含まれていた。ＥＶＲおよびＳＶＲの分析に含めた患者の基点特性を表１に示す。
【００５３】
基点因子の一変量ロジスティック回帰モデルは、ＨＣＶ遺伝子型（ｐ＝１．５０×１０−２５）、年齢（５．８０×１０−１８）、ＡＬＴ商（ｐ＝７．５０×１０−１０）、人種（ｐ＝９．２０×１０−７）、ＢＭＩ（ｐ＝４．７０×１０−５）および組織診（ｐ＝１．３０×１０−５）がＥＶＲと有意に相関すること、ならびにＨＣＶ遺伝子型（ｐ＝４．３０×１０−２７）、年齢（ｐ＝５．５０×１０−１８）、ＡＬＴ商（ｐ＝２．１０×１０−８）、人種（ｐ＝２．１０×１０−８）、組織診（ｐ＝５．４０×１０−７）、ＢＭＩ（ｐ＝７．２０×１０−６）およびＨＣＶ  ＲＮＡレベル（ｐ＝０．００２２）がＳＶＲと有意に関連することを示した。注目すべきことに、性別はＥＶＲまたはＳＶＲのいずれとも有意に関連せず、ＨＣＶ  ＲＮＡレベルはＳＶＲと有意に関連しなかった。
【００５４】
遺伝子型１集団全体におけるＧＷＡＳ結果
遺伝子型について分析した合計４つの試料を、血縁係数が高い（高い近親度を示す）という理由で除外した。遺伝子型１患者からのデータの分析には、ＥＶＲ状態が分かっている６２７人の患者（２１５人のレスポンダー［３４．３％］および４１２人のノンレスポンダー［６５．７％］）、およびＳＶＲ状態が分かっている５１６人の患者（１２８人のレスポンダー［２４．８％］および３８８人のノンレスポンダー［７５．２％］）が含まれていた。
【００５５】
ＳＶＲおよびＥＶＲのゲノムワイドな関連結果を染色体により図１に示す。有意性の高い一連のｐ値が第１９染色体の上のＩＬ−２８領域に同定された。四分位点−四分位点プロットは、第１９染色体に関連するｐ値についての幾つかの大きな偏差を除いて、期待ｐ値と観察ｐ値が近接することを示した（図２）。
【００５６】
ＳＶＲおよびＥＶＲについてのロジスティック回帰分析により、ｐ＜１０−５をもつそれぞれ１２および１９のＳＮＰｓが明らかになった（表２）。
それぞれＳＶＲおよびＥＶＲに関連する上位６つのＳＮＰｓは同一であり、第１９染色体のＩＬ−２８領域に含まれていた。ＳＶＲおよびＥＶＲに関連する上位２つのＳＮＰｓは、ｒｓ１２９７９８６０（それぞれ、ｐ＝１．４×１０−２１およびｐ＝５．０×１０−２６）およびｒｓ１２９８０２７５（それぞれ、ｐ＝５．８×１０−１８およびｐ＝４．９×１０−２３）であった。ＳＶＲに関連する残り６つのＳＮＰｓ（表２）のうち、ＥＶＲに関連するものはなく、第１９染色体上に位置するものはなく、４つ（ｒｓ９４３８９７、ｒｓ１７６７１１０２、ｒｓ４９６１４４１およびｒｓ１８９２７２３）は稀なホモ接合体クラスにおける少数の観察（ＢＢ＜１０人の個体）であるので、偽関連の可能性がある。ＥＶＲに関連する残り１３のＳＮＰｓ（表２）のうち、ＳＶＲに関連するものはなく、１つだけ（ｒｓ４８０３２２３）が第１９染色体上に位置し、２つ（ｒｓ１１８９８００およびｒｓ４９７５６２９）は偽関連の可能性がある。
【００５７】
ＳＶＲおよびＥＶＲのいずれかのモデルについてｐ＜１０−５をもつすべてのＳＮＰｓのロジスティック回帰分析を、全集団および自己申告による白人サブグループに関して表３に示す。ｒｓ１２９７９８６０の影響に対して調整した後に分析を反復した場合、ＳＶＲと有意に関連するマーカーはなく、１つのマーカーだけがＥＶＲと有意に関連していた（ｒｓ８０９９９１７，ｐ＝０．０１３０）。
【００５８】
続いて行なった表３に提示するＩＬ−２８領域のＳＮＰｓ間の連係不均衡の調査により、高度の連係不均衡をもつ１クラスター（ｒｓ１２９７９８６０とｒｓ１２９８０２７５の間，ｒ２＝０．９８）、ならびにｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ１２９７９８６０、ｒｓ８１０９８８６およびｒｓ８０９９９１７から構成される下流ＳＮＰｓの第２クラスターが立証された（図３）。
【００５９】
ｒｓ１２９７９８６０に対して調整した後のＳＶＲについてのゲノムワイドな結果を図１ｃに示す。ｒｓ１２９７９８６０に対して調整し、さらにノンレスポンダーを包含した後のＳＶＲについてのロジスティック回帰分析の結果により、ｐ＜１０−５をもつさらに１０のＳＮＰｓが明らかになった（表４）。興味深いことに、それらのうち最も顕著な５つのうち３つ（ｒｓ１０００９９４８、ｒｓ１００２３６０６、およびｒｓ７６７３７６３）は、第４染色体上に位置する。不思議なことに、これらはＳＶＲのみと関連し、ＥＶＲとは関連性がなかった。
【００６０】
自己申告による白人集団におけるｒｓ１２９７９８６０の探査分析
ＩＬ２８Ｂ間の関連性をより良く解明および理解するために、まず自己申告による白人集団における非遺伝子型１中のｒｓ１２９７９８６０間の関連性を探査する。ＧＷＡＳの場合と同じロジスティック回帰モデルで、ＳＶＲとｒｓ１２９７９８６０  Ｃ対立遺伝子番号の間に、名目上の第１種過誤５％で境界線上の有意な関連性がみられる（ＯＲ＝１．８８，９５％  ＣＩ＝［０．９７；３．６７］，ｐ＝０．０６）。同様に、ＥＶＲとｒｓ１２９７９８６０  Ｃ対立遺伝子番号の間に有意の関連性がみられる（ＯＲ＝２．２７，９５％  ＣＩ［１．１２；４．７０］，ｐ＝０．０２）。
【００６１】
さらに、これら２試験におけるｒｓ１２９７９８６０間の関連性も別に記載する。ナイーブ治療集団に、ＥＶＲとｒｓ１２９７９８６０  Ｃ対立遺伝子の間にほぼ５のＯＲで関連性がみられる（ＯＲ＝４．９８  ９５％  ＣＩ［２．３５；１０．５３］，ｐ＝２．６×１０−５）。この関連性は、３つの治療階層すべてに常にみられる。
【００６２】
ＰＥＧ化インターフェロン療法が無効であった患者集団においては、持続的ウイルス応答について関連性がみられなかった。しかし、ＥＶＲ（Ｎ＝１８５）と非ＥＶＲ（Ｎ＝１５４）を比較すると、依然としてｒｓ１２９７９８６０との関連性がある（ＯＲ＝１．９１［１．２２；２．９６］，ｐ＝０．００３）。この関連性は、基点のウイルス負荷、性別、年齢、治療およびＡＬＴ商とは無関係であった。
【００６３】
本明細書に開示し、特許請求の範囲に記載したすべての組成物および／または方法は、本発明の開示内容を考慮すれば多大な実験を行なうことなく調製および実施できる。本発明の組成物および方法を好ましい態様に関して記載したが、それらの組成物および／または方法あるいは本明細書に記載した工程の順序を本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく変更できることは当業者に自明であろう。当業者に自明のそのような類似の置換および改変はすべて、特許請求の範囲に定めた本発明の概念、精神および範囲に含まれるものとする。
【００６４】
参考文献
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【００６５】
【表１】
2013529068.tif 000002
【００６６】
【表２−１】
2013529068.tif 000003
【００６７】
【表２−２】
2013529068.tif 000004
【００６８】
【表２−３】
2013529068.tif 000005
【００６９】
【表２−４】
2013529068.tif 000006
【００７０】
【表３】
2013529068.tif 000007
【００７１】
【表４】
2013529068.tif 000008
【図１Ａ】
2013529068.tif 000009
【図１Ｂ】
2013529068.tif 000010
【図１Ｃ】
2013529068.tif 000011
【図２Ａ】
2013529068.tif 000012
【図２Ｂ】
2013529068.tif 000013
【図３】
2013529068.tif 000014
【配列表】
2013529068000001.app
【国際調査報告】
2013529068.tif 000015
2013529068.tif 000016
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