(57)【要約】炎症性障害、例えば関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸疾患（例えば、結腸クローン病および潰瘍性大腸炎）を治療するための他の治療薬と併用して、プロテアーゼ結合タンパク質を使用するための方法および組成物を提供する。プロテアーゼ結合タンパク質の使用により、他の治療薬の副作用が減少するまたは排除されるように、本方法および組成物において他の治療薬をより低用量で使用することができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤と併用して、炎症性障害を有するまたはその疑いのある対象に投与することを含む、炎症性障害を治療する方法。
【請求項２】
前記炎症性障害が、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記プロテアーゼ結合タンパク質がプロテアーゼ阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記プロテアーゼ結合タンパク質が、ＭＭＰ−１４、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記プロテアーゼ結合タンパク質が、ＭＭＰ−１４結合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ＭＭＰ−１４結合タンパク質が、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ＭＭＰ−１４結合タンパク質が、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記ＭＭＰ−１４結合タンパク質が、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記ＭＭＰ−１４結合タンパク質が、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記プロテアーゼ結合タンパク質が、血漿カリクレイン阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記血漿カリクレイン阻害剤が、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記血漿カリクレイン阻害剤が、配列：
2013533206.tif 000080
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０がＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１がＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３がＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５がＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７がＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８がＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９がＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１がＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１がＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２がＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４がＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５がＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９がＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４が任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々が、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１７】
前記プロテアーゼ結合タンパク質がプラスミン阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記プラスミン阻害剤が、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記プラスミン阻害剤が、配列：
2013533206.tif 000081
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８がそれぞれ個別に存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０がＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１がＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３がＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５がＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６がＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７がＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８がＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９がＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１がＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２がＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３がＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１がＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２がＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４がＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５がＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６がＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９がＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０がＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３がＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５がＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａが任意の非システインアミノ酸である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
前記プロテアーゼ結合タンパク質がＭＭＰ−９結合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＭＭＰ−９結合タンパク質が、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＭＭＰ−９結合タンパク質が、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＭＭＰ−９結合タンパク質が、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＭＭＰ−９結合タンパク質が、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
前記プロテアーゼ結合タンパク質がＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質が、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質が、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質が、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質が、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
前記プロテアーゼ結合タンパク質がＭＭＰ−１２結合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記ＭＭＰ−１２結合タンパク質が、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000082
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の、３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＭＭＰ−１２結合タンパク質が、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000083
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の、重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＭＭＰ−１２結合タンパク質が、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記ＭＭＰ−１２結合タンパク質が、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３９】
前記第２の薬剤が、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
前記第２の薬剤が、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項４１】
前記第２の薬剤が、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記第２の薬剤が、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記第２の薬剤が、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
前記第２の薬剤が、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
前記第２の薬剤が、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
前記第２の薬剤が、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４７】
前記第２の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４８】
前記第２の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５０】
前記第２の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５１】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５２】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５３】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５４】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５５】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５６】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５７】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５８】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項５９】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６０】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６１】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６２】
前記第２の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される、吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６３】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６４】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン（ｃｒｏｍｏｎ）、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６５】
第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６６】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６７】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６８】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項６９】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項７０】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項７１】
前記第２の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムまたはチオトロピウムを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項７２】
前記第２の薬剤が、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項７３】
前記第２の薬剤が、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項７４】
治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤と併用して、炎症性障害を有する危険のある対象に投与することを含む、炎症性障害を予防する方法。
【請求項７５】
プロテアーゼ結合タンパク質、および炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤
を含む、組成物。
【請求項７６】
プロテアーゼ結合タンパク質、および炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤
を含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２００８年１０月２２日に出願された、米国特許出願第６１／１０７，３８４号について優先権を主張する。先願の開示は、本出願の開示の一部と考えられる（かつ参照により本出願の開示に組み込まれる）。
【背景技術】
【０００２】
背景
免疫抑制薬は、免疫系の活性を阻害、または阻止する。免疫抑制薬は、移植された臓器および組織の拒絶を阻止し、疾患（例えば、自己免疫疾患）（例えば、関節リウマチ、多発性硬化症、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、クローン病、天疱瘡、および潰瘍性大腸炎）を治療するために、およびいくつかの他の非自己免疫炎症性疾患（例えば、長期アレルギー性喘息管理）を治療するために使用される。例はＴＮＦα阻害剤、例えば、ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）およびＣＩＭＺＩＡ（登録商標）である。他の例は、ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）（ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（Ｂｒｉｓｔｏｌ  Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ））抗−ＶＬＡ４（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））および抗−ＩＬ−６受容体抗体（Ｃｈｕｇａｉ／Ｒｏｃｈｅ）などの薬物である。
【０００３】
これらの薬物は副作用および危険がないわけではない。これらの薬物の大部分が非選択的に作用するので、免疫系は感染および悪性細胞の伝播に抵抗することができなくなる。他の副作用、例えば高血圧、脂質異常症、高血糖、消化性潰瘍、肝臓および腎臓損傷もまた存在する。免疫抑制薬はまた、他の医薬と相互作用し、それらの代謝および作用に影響する。さらに、臨床的利点は各薬物では、たとえそれが選択的であっても不完全である。例えば、疾患重篤度を５０％減少し得るが（例えば、ＡＣＲ５０スコア）、そのような利点はしばしば、全ての症状を緩和し、普通の生活に戻らせるには十分ではない。日和見感染はそのような薬物と関連する重篤な有害事象である。多発性硬化症における抗−ＶＬＡ４（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））などの接着分子遮断薬は、ウイルス感染の危険と関連している。これにより、これらの免疫抑制薬の併用が妨害されている。
【発明の概要】
【０００４】
概要
炎症およびその結果、例えば軟骨浸食および骨侵食の一因となるプロテアーゼの阻害剤は、疾患病状を抑止する潜在能力を有するが、免疫抑制性ではない。このように、そのようなプロテアーゼ阻害剤は、感染性疾患合併症に至らせず、過度の免疫抑制効果なしで、互いに、ならびに他の薬物と併用され得る。
【０００５】
本開示はとりわけ、抗体、ペプチドおよび／またはクニッツドメインベースプロテアーゼ結合タンパク質ならびに免疫抑制薬または炎症性障害のための他の治療薬を含む、炎症性障害を治療するための方法、組成物およびキットを提供する。治療される炎症性障害としては、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）が挙げられるが、それらに限定されない。例示的なプロテアーゼ結合タンパク質は、メタロプロテアーゼファミリーの全てのメンバー、とりわけＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−７などのターゲット（「ＭＭＰ結合タンパク質」）、ならびにＴＡＣＥ、ＡＤＡＭ−ＴＳ２などの他のプロテアーゼ；セリンプロテアーゼ、例えばプラスミン、ヘプシン、マトリプターゼ、血漿カリクレインおよび組織カリクレイン１；およびカテプシン、例えばカテプシンＢ、ＳおよびＫを含む。ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。ある実施形態では、併用療法はＭＭＰ結合タンパク質（例えば、ＭＭＰ阻害剤）ならびに疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、例えばメトトレキサート、および／または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）、例えばＴＮＦ−a阻害剤（エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、およびインフリキリマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）））、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）））または抗−ＣＤ２０（リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）））の使用を含む。併用療法は、相加的および／または相乗的な利点を有し、日和見感染の危険を増加させずに疾患症状および進行に対する効果を増加させ得る。ある実施形態では、薬物の併用により、免疫抑制薬または第二選択薬の用量を減少させることができ、よって、有害事象（例えば、副作用）の可能性が減少する。
【０００６】
任意の開示される方法、キットまたは組成物で使用される抗体、ペプチドおよび／またはクニッツドメインベースプロテアーゼ結合タンパク質、ならびにそれらと併用される免疫抑制薬または第二選択薬は、下記の詳細な説明で記載されている特性の１つ以上を有することができる。例えば、本明細書で記載される任意の方法またはキットで使用される好ましい組成物は、１つ以上の薬学的に許容される緩衝剤、担体、および賦形剤をさらに含むことができ、これらは、所望の特徴を組成物に提供することができ、そのような特徴としては、組成物の患者への投与の増強、阻害剤の循環半減期の増強、組成物の患者の血液化学との適合性の増強、組成物貯蔵の増強、および／または患者に投与した時の組成物の有効性の増強が挙げられるが、それらに限定されない。
【０００７】
いくつかの態様では、本開示は、炎症性障害を治療する方法を特徴とする。本方法は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤と併用して、炎症性障害を有するまたはその疑いのある対象に投与することを含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、炎症性障害は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる群より選択される。
【０００９】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【００１０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【００１１】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【００１２】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【００１３】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000002
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【００１４】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１５】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１６】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１７】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【００１９】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【００２０】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000003
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８はそれぞれ存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【００２１】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２２】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２３】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２４】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【００２６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００２７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００２９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【００３１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【００３６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００４０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【００４１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２（本明細書ではＤＸ−２７１２ＨＥＫとも呼ばれる）、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000004
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００４２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000005
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００４３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００４４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００４５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【００４６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【００４７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【００４８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【００４９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【００５０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【００５１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【００５２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【００５３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【００５４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【００５５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【００５６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【００５７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【００５８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【００５９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【００６０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【００６１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【００６２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【００６３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【００６４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【００６５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【００６６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【００６７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【００６８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【００６９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【００７０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン（ｃｒｏｍｏｎ）、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【００７１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【００７２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【００７３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【００７４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【００７５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【００７６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【００７７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【００７８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【００７９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【００８０】
別の態様では、本開示は、炎症性障害を予防する方法を特徴とする。本方法は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤と併用して、炎症性障害を有する危険のある対象に投与することを含む。
【００８１】
いくつかの実施形態では、炎症性障害は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる群より選択される。
【００８２】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【００８３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【００８４】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【００８５】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【００８６】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000006
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【００８７】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００８８】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００８９】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９０】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９１】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【００９２】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【００９３】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000007
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８の各々はそれぞれ、存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【００９４】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９５】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９６】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９７】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【００９９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１００】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000008
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000009
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【０１５３】
別の態様では、本開示は、プロテアーゼ結合タンパク質と第２の薬剤を含む組成物（例えば、単離組成物）を特徴とし、第２の薬剤は炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000010
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000011
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８の各々はそれぞれ、存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000012
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000013
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【０２００】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２１３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【０２１４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【０２１５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【０２１６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【０２１７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【０２２０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【０２２１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【０２２５】
別の態様では、本開示は、プロテアーゼ結合タンパク質と第２の薬剤を含むキットを特徴とし、第２の薬剤は炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【０２２７】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【０２２８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000014
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【０２３１】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000015
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８の各々はそれぞれ、存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000016
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000017
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２６１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【０２６５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【０２７５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【０２７８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【０２７９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【０２８４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【０２８８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【０２８９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【０２９０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【０２９６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【０２９７】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−１４に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１およびＭ００４３−Ｇ０２からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０２９８】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−９に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、およびＭ０２８１−Ｆ０６からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０２９９】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−９／−２に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＭ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０３００】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−１２に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000018
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０３０１】
本発明の１つ以上の実施形態の詳細は、添付の図面および下記説明において明記される。本発明の他の特徴、目的および利点は説明および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【０３０２】
【図１】ＤＸ−２７１２ＨＥＫについての配列情報を示す図である。
【図２】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける疾患発症に関する陰性対照、ＤＸ−２７１２ＨＥＫおよびメトトレキサート（ＭＴＸ）を用いた治療の効果を示す図である。
【図３】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける４つの重要な関節の組織学的パラメータに関する陰性対照、ＤＸ−２７１２ＨＥＫおよびメトトレキサートを用いた治療の効果を示す図である。
【図４】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける疾患発症に関する陰性対照、ＭＭＰ−９／２阻害剤およびメトトレキサート（ＭＴＸ）を用いた治療の効果を示す図である。
【図５】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける４つの重要な関節の組織学的パラメータに関する陰性対照、ＭＭＰ−９／２阻害剤およびメトトレキサートを用いた治療の効果を示す図である。
【図６】疾患進行に対するＤＸ−２７１２とメトトレキサート（ＭＴＸ）の併用の効果を示す図である。
【図７】疾患進行に対するＤＸ−２７１２とＥＮＢＲＥＬ（登録商標）の併用の効果を示す図である。
【図８】疾患進行に対するＤＸ−２７１２とＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）の併用の効果を示す図である。
【図９】図９（Ａ）はコラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）マウスモデルにおけるＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０の効果を示す。図９（Ｂ）は図９（Ａ）で示した結果に対して使用した組織学的スコア説明を提供する。
【発明を実施するための形態】
【０３０３】
詳細な説明
定義
便宜上、本発明についてさらに説明する前に、本明細書、実施例および添付の特許請求の範囲で使用される用語についてここで規定する。
【０３０４】
「１つの（“ａ”）」、「１つの（“ａｎ”）」および「その（“ｔｈｅ”）」の単数形は、文脈により別に明記されない限り、複数の言及を含む。
【０３０５】
「抗体」という用語は、少なくとも１つの免疫グロブリン可変ドメインまたは免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むタンパク質を示す。例えば、抗体は、重（Ｈ）鎖可変領域（本明細書ではＶＨと省略される）および軽（Ｌ）鎖可変領域（本明細書ではＶＬと省略される）を含むことができる。別の実施例では、抗体は２つの重（Ｈ）鎖可変領域および２つの軽（Ｌ）鎖可変領域を含む。「抗体」という用語は、抗体の抗原結合フラグメント（例えば、単鎖抗体、ＦａｂおよびｓＦａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄフラグメント、Ｆｖフラグメント、ｓｃＦｖ、およびドメイン抗体（ｄＡｂ）フラグメント（ｄｅ  Ｗｉｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １９９６；  ２６（３）：６２９−３９．））ならびに完全抗体を含む。抗体はＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、ＩｇＭ（ならびにそれらのサブタイプ）の構造的特徴を有することができる。抗体は、任意のいずれの起源由来とすることもできるが、霊長類（ヒトおよび非ヒト霊長類）抗体および霊長類化抗体が好ましい。
【０３０６】
ＶＨおよびＶＬ領域はさらに、「フレームワーク領域」（「ＦＲ」）と呼ばれる、より保存された領域が組み入れられている「相補性決定領域」（「ＣＤＲ」）と呼ばれる超可変性を有する領域に細分類することができる。フレームワーク領域とＣＤＲの範囲は正確に規定されている（例えば、Ｋａｂａｔ，  Ｅ．Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ９１−３２４２，  ａｎｄ  Ｃｈｏｔｈｉａ，  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １９６：９０１−９１７を参照されたい、また、ｗｗｗ．ｈｇｍｐ．ｍｒｃ．ａｃ．ｕｋも参照されたい）。本明細書ではＫａｂａｔ定義が使用される。ＶＨおよびＶＬはそれぞれ、典型的には、アミノ末端からカルボキシ末端まで、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４の順に配列された３つのＣＤＲおよび４つのＦＲから構成される。
【０３０７】
抗体のＶＨまたはＶＬ鎖は、重または軽鎖定常領域の全てまたは一部をさらに含むことができ、よって重または軽免疫グロブリン鎖がそれぞれ形成される。１つの実施形態では、抗体は２つの重免疫グロブリン鎖と２つの軽免疫グロブリン鎖の四量体であり、ここで、重および軽免疫グロブリン鎖は、例えばジスルフィド結合により相互接続されている。ＩｇＧでは、重鎖定常領域は３つの免疫グロブリンドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３を含む。軽鎖定常領域はＣＬドメインを含む。重および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、典型的には、抗体の宿主組織または因子への、例えば免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）へのおよび古典的補体系の第１成分（Ｃｌｑ）への結合を媒介する。免疫グロブリンの軽鎖は、κまたはλ型を有し得る。１つの実施形態では、抗体はグリコシル化される。抗体は抗体依存性細胞毒性および／または補体媒介細胞毒性に対し機能的であり得る。
【０３０８】
抗体の１つ以上の領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、１つ以上の可変領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、ＣＤＲの１つ以上は、ヒト、例えばＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２、ＨＣ  ＣＤＲ３、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、およびＬＣ  ＣＤＲ３とすることができる。軽鎖ＣＤＲの各々はヒトとすることができる。ＨＣ  ＣＤＲ３はヒトとすることができる。フレームワーク領域の１つ以上は、ヒト、例えば、ＨＣまたはＬＣのＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４とすることができる。例えば、Ｆｃ領域はヒトとすることができる。１つの実施形態では、フレームワーク領域すべては、ヒトであり、例えばヒト体細胞、例えば免疫グロブリンを産生する造血細胞または非造血細胞から得られる。１つの実施形態では、ヒト配列は、生殖系列配列であり、例えば、生殖系列核酸によりコードされる。１つの実施形態では、選択されるＦａｂのフレームワーク（ＦＲ）残基は、最も類似する霊長類生殖系列遺伝子、とりわけヒト生殖系列遺伝子における対応する残基のアミノ酸型に変換され得る。１つ以上の定常領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、免疫グロブリン可変ドメイン、定常領域、定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３、ＣＬ１）、または抗体全体の少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９２、９５、９８、または１００％は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。
【０３０９】
抗体の全てまたは一部は、免疫グロブリン遺伝子またはそのセグメントによりコードされることができる。例示的なヒト免疫グロブリン遺伝子は、κ、λ、α（ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）、γ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４）、δ、εおよびμ定常領域遺伝子、ならびに多くの免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。全長免疫グロブリン「軽鎖」（約２５ｋＤａまたは約２１４アミノ酸）は、ＮＨ２−末端（約１１０アミノ酸）において可変領域遺伝子により、ＣＯＯＨ−−末端においてκまたはλ定常領域遺伝子によりコードされる。全長免疫グロブリン「重鎖」（約５０ｋＤａまたは約４４６アミノ酸）は同様に、可変領域遺伝子により（約１１６アミノ酸）および他の上記定常領域遺伝子の１つ、例えばγ（約３３０アミノ酸をコードする）によりコードされる。ヒトＨＣの長さは、ＨＣ  ＣＤＲ３が約３アミノ酸残基から３５を超えるアミノ酸残基までさまざまであるので、かなり多様である。
【０３１０】
全長抗体の「抗原結合フラグメント」という用語は、関心対象の標的に特異的に結合する能力を保持する全長抗体の１つ以上のフラグメントを示す。全長抗体の「抗原結合フラグメント」という用語内に含まれる結合フラグメントの例としては、（ｉ）Ｆａｂフラグメント、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ヒンジ領域でジスルフィド結合により結合された２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント、（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント、（ｉｖ）抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂフラグメント(Ward et al., (1989) Nature 341:544-546)、および（ｖｉ）機能性を保持する単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。さらに、Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは別々の遺伝子によりコードされるが、組換え法を用いて、それらを単一タンパク質鎖とすることができる合成リンカーを用いて連結させることができ、その単一タンパク質内では、ＶＬおよびＶＨ領域は対合し、単一鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られている一価分子が形成される。例えば、米国特許第５，２６０，２０３号、同４，９４６，７７８号、および同４，８８１，１７５号、Ｂｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４２３−４２６；  ａｎｄ  Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３を参照されたい。
【０３１１】
抗体フラグメントは、当業者に知られている従来技術を含む任意の適切な技術を用いて得ることができる。「単一特異性抗体」という用語は、特定の標的、例えばエピトープに対し単一の結合特異性および親和性を表す抗体を示す。この用語は、「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」を含み、これらは本明細書で使用される場合、抗体がどのように生成されたかに関係なく、単一分子組成の抗体またはそのフラグメントの調製物を示す。
【０３１２】
「関節炎」という用語は、身体の関節の炎症および損傷を含む一連の炎症性障害のいずれか１つ、サブセットまたは全てを示す。このように関節炎としては、骨関節炎、関節リウマチ、乾癬性関節炎、化膿性関節炎および痛風関節炎が挙げられるが、それらに限定されない。
【０３１３】
本明細書で使用される場合、「結合親和性」は見かけの会合定数またはＫａを示す。Ｋａは解離定数（Ｋｄ）の逆数である。結合タンパク質は、例えば、特定の標的分子、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−１４などに対し、少なくとも１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性を有し得る。第２の標的に比べ第１の標的に対する結合タンパク質の親和性が高いことは、第２の標的に結合するためのＫａ（またはＫｄの数値）よりも第１の標的に結合するためのＫａが高い（またはＫｄの数値が小さい）ことにより示すことができる。そのような場合、結合タンパク質は第２の標的（例えば、第２の高次構造の同じタンパク質またはその模倣物、あるいは第２のタンパク質）に比べ第１の標的（例えば、第１の高次構造のタンパク質またはその模倣物）に対し特異性を有する。結合親和性の差（例えば、特異性または他の比較に対して）は、少なくとも１．５、２、３、４、５、１０、１５、２０、３７．５、５０、７０、８０、９１、１００、５００、１０００、または１０５倍となり得る。
【０３１４】
結合親和性は、平衡透析、平衡結合、ゲル濾過、ＥＬＩＳＡ、表面プラズモン共鳴、または分光法（例えば、蛍光アッセイ法を使用する）を含む様々な方法により決定することができる。結合親和性を評価するための例示的な条件はＴＲＩＳ緩衝液（５０ｍＭ  ＴＲＩＳ、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、５ｍＭ  ＣａＣｌ２、ｐＨ７．５）中である。これらの技術を使用して、結合されたまたは遊離の結合タンパク質の濃度を、結合タンパク質（または標的）濃度の関数として測定することができる。結合された結合タンパク質の濃度（［結合］）は、下記式：
［結合］＝Ｎ・［遊離］／（（１／Ｋａ）＋［遊離］）
により、遊離結合タンパク質濃度（［遊離］）および標的上の結合タンパク質に対する結合部位の濃度と相関し、ここで、（Ｎ）は標的分子１つあたりの結合部位の数である。
【０３１５】
しかし、時として、例えば、ＥＬＩＳＡまたはＦＡＣＳ分析などの方法により決定される親和性の定量的測定値（Ｋａに比例するため、親和性がより高いかどうか、例えば２倍高いかどうかを決定するなどの比較に使用することができる）を得ることで、例えば、機能アッセイ法、例えばインビトロまたはインビボアッセイ法において活性により、親和性の定性的測定値を得ることで、または、親和性の推定値を得ることで十分であるので、Ｋａを正確に決定することは必ずしも必要ない。
【０３１６】
「結合タンパク質」という用語は標的分子と相互作用することができるタンパク質またはポリペプチドを示す。この用語は「リガンド」と同じ意味で使用される。「ＭＭＰ−９結合タンパク質」はＭＭＰ−９と相互作用することができるタンパク質を示し、特に、優先的にＭＭＰ−９と相互作用し、および／またはこれを阻害するタンパク質を含む。例えば、ＭＭＰ−９結合タンパク質は抗体であり得る。同様に、「ＭＭＰ−１２結合タンパク質」はＭＭＰ−１２と相互作用することができるタンパク質を示し、特に、優先的にＭＭＰ−１２と相互作用するおよび／またはこれを阻害する、タンパク質を含む。さらに、「ＭＭＰ−９／２結合タンパク質」はＭＭＰ−９およびＭＭＰ−２の両方と相互作用することができるタンパク質を示し、特に、優先的にＭＭＰ−９およびＭＭＰ−２と相互作用するおよび／またはこれを阻害する、タンパク質を含む。
【０３１７】
「同族リガンド」という用語は、本明細書で記載される結合タンパク質、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−１４結合タンパク質のいずれかの天然リガンドを示し、その天然の変種（例えば、スプライスバリアント、天然突然変異体、およびアイソフォーム）を含む。
【０３１８】
「併用」および「併用療法」という用語は、同じ患者を治療するための２つ以上の薬剤または療法の使用を示し、ここで、薬剤または療法の使用または作用が時間的に重複する。薬剤または療法は同時に（例えば、患者に投与される単一の製剤として、または同時に投与される２つの別個の製剤として）、または連続して任意の順で投与することができる。
【０３１９】
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基と置き換えられたものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当該技術分野で規定されている。これらのファミリーは塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β−分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸を含む。多くのフレームワークおよびＣＤＲアミノ酸残基は１つ以上の保存的置換を含むことができる。
【０３２０】
疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）は多くの自己免疫障害において疾患の進行を遅らせるために使用される薬物のカテゴリーである。それらの使用は、関節リウマチにおいて初めて広められた（故にその名前）が、多くの他の疾患、例えば、クローン病、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、重症筋無力症および様々な他のものを含むようになっている。
【０３２１】
「事実上ヒト」免疫グロブリン可変領域は、免疫グロブリン可変領域が正常なヒトにおいて免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトフレームワークアミノ酸位置を含む免疫グロブリン可変領域である。「事実上ヒト」抗体は、抗体が正常なヒトにおいて免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトアミノ酸位置を含む抗体である。
【０３２２】
「エピトープ」は、結合タンパク質（例えば、抗体、例えば、Ｆａｂまたは全長抗体）により結合される標的化合物上の部位を示す。標的化合物がタンパク質である場合、部位は完全にアミノ酸成分から構成され得るか、完全にタンパク質のアミノ酸の化学修飾物（例えば、グリコシル部分）から構成され得るか、またはそれらの組み合わせから構成され得る。重複エピトープは、少なくとも１つの共通アミノ酸残基、グリコシル基、リン酸基、硫酸基、または他の分子特徴を含む。
【０３２３】
抗体が、第２の抗体が結合する標的化合物上の同じ部位に結合する場合、または抗体が、第２の抗体が結合する部位と重複する（例えば、アミノ酸配列または他の分子特徴（例えば、グリコシル基、リン酸基、または硫酸基）に関して、例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％重複する）部位に結合する場合、（第１の）タンパク質、例えば抗体は、別の（第２の）抗体と「同じエピトープに結合する」。
【０３２４】
第１の抗体のそのエピトープへの結合が、そのエピトープに結合する第２の抗体の量を（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％以上）減少させた場合、（第１の）タンパク質、例えば抗体は、別の（第２の）抗体と「結合について競合する」。競合は直接的（例えば、第１の抗体が、第２の抗体により結合されたエピトープと同じ、またはそれと重複するエピトープに結合する）、または間接的（例えば、第１の抗体のそのエピトープへの結合が、標的化合物の立体的変化を引き起こし、これにより第２の抗体がそのエピトープに結合する能力が減少する）であり得る。
【０３２５】
２つの配列間の「相同性」または「配列同一性」（これらの用語は本明細書で同じ意味で使用される）の計算は下記のように実施される。配列は最適比較目的のために整列される（例えば、最適整列のために第１および第２のアミノ酸または核酸配列の１つまたは両方にギャップが導入され、非相同配列は比較目的のために無視することができる）。最適整列は、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２スコアリングマトリクスを用いたＧＣＧソフトウエアパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して、１２のギャップペナルティ、４のギャップ伸張ペナルティ、および５のフレームシフトギャップペナルティを用いて、最もよいスコアで決定される。対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置にあるアミノ酸残基またはヌクレオチドがその後、比較される。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占められている場合、分子はその位置において同一である（本明細書では、アミノ酸または核酸「同一性」はアミノ酸または核酸の「相同性」と等価である）。２つの配列間の同一性％はそれらの配列により共有される同一の位置の数の関数である。
【０３２６】
好ましい実施形態では、比較目的のために整列された参照配列の長さは、参照配列の少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは少なくとも  ６０％、およびさらにより好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、または１００％である。例えば、参照配列は免疫グロブリン可変ドメイン配列の長さとし得る。
【０３２７】
「ヒト化」免疫グロブリン可変領域は、免疫グロブリン可変領域が正常なヒトにおいて免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトフレームワークアミノ酸位置を含むように修飾された免疫グロブリン可変領域である。「ヒト化」免疫グロブリンの説明としては、例えば、米国特許第６，４０７，２１３号および米国特許第５，６９３，７６２号が挙げられる。
【０３２８】
本明細書で使用される場合、「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を表す。ハイブリダイゼーション反応を実施するためのガイダンスはＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９），  ６．３．１−６．３．６において見ることができる。水性および非水性の方法がその参考文献において記載されており、いずれかを使用することができる。本明細書で言及されている具体的なハイブリダイゼーション条件は下記の通りである：（１）約４５℃での６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、少なくとも５０℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での２度の洗浄（洗浄液温度は低ストリンジェンシー条件のために５５℃まで増加され得る）、（２）約４５℃での６Ｘ  ＳＳＣ中での中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６０℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、（３）約４５℃での６Ｘ  ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６５℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、および（４）超高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は６５℃での０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％  ＳＤＳであり、続いて、６５℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、１％  ＳＤＳでの１度以上の洗浄である。超高ストリンジェンシー条件（４）が好ましい条件であり、別記されない限り、使用されるべき条件である。本開示は、低、中、高または超高ストリンジェンシーでハイブリダイズして本明細書で記載される核酸またはその相補体、例えば、本明細書で記載される結合タンパク質をコードする核酸となる核酸を含む。核酸は参照核酸の長さと同じ長さ、またはその長さの３０％以内、２０％以内または１０％以内とすることができる。核酸は本明細書で記載される免疫グロブリン可変ドメイン配列をコードする領域に対応することができる。
【０３２９】
関心対象の結合タンパク質（例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−９／２結合タンパク質）は、本明細書で記載される結合タンパク質に対し突然変異（例えば、少なくとも１、２、もしくは４、および／または１５、１０、５、もしくは３より少ない）を有し得る（例えば、保存的または非必須アミノ酸置換）が、タンパク質機能に実質的な影響を有しない。いずれにせよ特定の置換が許容され、すなわち、生物学的特性に悪影響を及ぼさず、例えば、結合活性は、例えば、突然変異が保存的かどうかを評価することにより、またはＢｏｗｉｅ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４７：１３０６−１３１０の方法により予測可能である。
【０３３０】
本明細書で使用される場合、「免疫グロブリン可変ドメイン配列」は、免疫グロブリン可変ドメインの構造を形成することができるアミノ酸配列を示し、そのため、１つ以上のＣＤＲ領域が抗原結合部位に適した高次構造で配置される。例えば、配列は、天然可変ドメインのアミノ酸配列の全てまたは一部を含み得る。例えば、配列は、１つ、２つまたはそれ以上のＮ−またはＣ−末端アミノ酸、内部アミノ酸を省略すること、１つ以上の挿入または追加の末端アミノ酸を含むこと、または他の変更を含むことができる。１つの実施形態では、免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むポリペプチドは、他の免疫グロブリン可変ドメイン配列と会合して、抗原結合部位、例えば、優先的に抗原と相互作用する構造を形成することができる。
【０３３１】
「炎症性障害」または「炎症性疾患」という用語は、全身性または局所性炎症により特徴づけられる、免疫性および自己免疫性病状の両方ならびに一般的病状を含む。このように、炎症反応または炎症性病状を治療する方法が開示されており、ここで、炎症反応または炎症性病状は、喘息、円形脱毛症、ＳＬＥ、関節リウマチ、反応性関節炎、脊椎関節炎、全身性血管炎、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症、実験的アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、移植片対宿主病、炎症性腸疾患、例えばクローン病、潰瘍性大腸炎、虚血再灌流障害、心筋梗塞、アルツハイマー病、移植片拒絶（同種および異種）、熱傷、任意の免疫複合体誘発炎症、糸球体腎炎、重症筋無力症、ループス脳症、ギラン・バレー症候群、血管炎、全身性硬化症、アナフィラキシー、カテーテル反応、アテローム、不妊症、甲状腺炎、ＡＲＤＳ、バイパス術後症候群、血液透析、若年性関節リウマチ、ベーチェット症候群、溶血性貧血、天疱瘡、水疱性類天疱瘡、脳卒中、アテローム性動脈硬化、強皮症、乾癬、サイコイドーシス、横断性脊髄炎、急性散在性脳脊髄炎、麻疹後脳脊髄炎、亜急性硬化性全脳炎、多発性筋炎、皮膚筋炎、封入体筋炎、および慢性炎症性脱髄性多発神経根症からなる群より選択されることが理解される。これらの炎症性疾患または障害の各々およびいずれかはまた、排除され得る。このように、例えば、ある実施形態では、炎症性病状は喘息ではなく、ＳＬＥではなく、関節リウマチではなく、重症筋無力症ではなく、糖尿病ではなく（例えば、インスリン依存性糖尿病ではなく）、かつ移植片拒絶ではない。癌（すなわち悪性腫瘍）と関連する炎症性病状の各々およびいずれかもまた、排除され得る。
【０３３２】
「単離組成物」は、単離組成物を得ることができる天然試料の少なくとも１つの成分の少なくとも９０％から取り出された組成物を示す。人工的に、または天然で生成された組成物は、関心対象の種または種の群が重量−重量ベースで少なくとも５、１０、２５、５０、７５、８０、９０、９２、９５、９８、または９９％純粋である場合、「少なくともある程度の純度を有する組成物」とすることができる。
【０３３３】
「クニッツドメイン」という用語は、中央逆平行βシートおよび短Ｃ−末端へリックスを形成し、かつ３つのジスルフィド結合を形成する６つのシステイン残基を含み、結果として二重ループ構造をもたらす、約５１〜６４残基の１つ以上の折り畳みドメイン、またはそのようなドメインの一部、あるいはその任意のフラグメント、変種、修飾物質または誘導体を含むまたは含有する、分子を示す。
【０３３４】
「非必須」アミノ酸残基は、生物活性を消失させずに、またはより好ましくは生物活性を実質的に変更させずに、結合剤の、例えば抗体の野生型配列から変更させることができる残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基を変更させると、実質的に活性が損失する。
【０３３５】
本明細書では「非経口投与」および「非経口で投与された」という表現は、経腸および局所投与以外の、通常注射による投与方法を意味し、静脈内、筋内、動脈内、髄腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、内皮、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内注射および注入が挙げられるが、それらに限定されない。
【０３３６】
対象において疾患を「予防すること」という用語は、対象を、薬物治療、例えば、薬物の投与に供し、よって、疾患の少なくとも１つの症状が防がれ、すなわち、望ましくない病状（例えば、宿主動物の疾患または他の望ましくない状態）の臨床症状前に投与され、よって、望ましくない病状を発症することに対し宿主を保護することを示す。疾患を「予防すること」は、「予防」または「予防治療」とも呼ばれる。
【０３３７】
「予防的有効量」は、所望の予防結果を達成するのに、必要とされる投薬および期間において、有効な量を示す。典型的には、予防用量は疾患の初期段階前にまたは初期段階で対象において使用されるので、予防的有効量は治療的有効量よりも少ない。
【０３３８】
対象が、例えば、障害に対する遺伝的素因、障害に苦しむ血縁、または他の危険因子を有する場合、対象は炎症性障害を有する「危険がある」。例えば、対象が喫煙者であるかまたは空気中の刺激物に曝露された場合、ＣＯＰＤを有する危険がある可能性がある。
【０３３９】
本明細書で使用される場合、「実質的に同一」（または「実質的に相同」）という用語は、本明細書では第２のアミノ酸または核酸配列に対し、十分な数の同一または等価の（例えば、同様の側鎖、例えば、保存的アミノ酸置換を有する）アミノ酸残基またはヌクレオチドを含む第１のアミノ酸または核酸配列を示すために使用され、そのため、第１および第２のアミノ酸または核酸配列は同様の活性、例えば、結合活性、結合優先度、または生物活性を有する（あるいは、有するタンパク質をコードする）。抗体の場合、第２の抗体は、同じ抗原に対し、同じ特異性を有し、少なくとも５０％、少なくとも２５％、または少なくとも１０％の親和性を有する。本明細書で開示される配列に類似する、または相同の配列（例えば、少なくとも約８５％の配列同一性）もまた、本出願の一部である。いくつかの実施形態では、配列同一性は、約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上とすることができる。さらに、核酸セグメントがストランドの相補体に対し、選択的ハイブリダイゼーション条件（例えば、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件）下でハイブリダイズする場合、実質的な同一性が存在する。核酸は、細胞全体中に、細胞溶解物中に、または部分的に精製されたもしくは実質的に純粋な形態で、存在し得る。
【０３４０】
生体ポリマーに対するモチーフ配列は、様々なアミノ酸とすることができる位置を含むことができる。例えば、そのような文脈での記号「Ｘ」は一般に、任意のアミノ酸（例えば２０の天然アミノ酸のいずれかまたは１９の非システインアミノ酸のいずれか）を示す。他の許容されたアミノ酸もまた、例えば、丸括弧およびスラッシュを使用して示すことができる。例えば、「（Ａ／Ｗ／Ｆ／Ｎ／Ｑ）」は、アラニン、トリプトファン、フェニルアラニン、アスパラギン、およびグルタミンがその特定の位置で許容されることを意味する。
【０３４１】
統計学的有意性は任意の当該技術分野で既知の方法により決定することができる。例示的な統計学的検定としては、スチューデントＴ検定、マンホイットニーのＵノンパラメトリック検定、およびウィルコクソンノンパラメトリック統計学的検定が挙げられる。いくつかの統計学的に有意な関係は、０．０５または０．０２より小さいＰ値を有する。特定の結合タンパク質は、例えば特異性または結合において、統計学的に有意な差（例えば、Ｐ値＜０．０５または０．０２）を示す可能性がある。「誘発する」、「阻害する」、「増強する」、「上昇させる」、「増加する」、「減少する」などの用語は、例えば、２つの状態間の同定可能な質的または量的な差を示し、差、例えば２つの状況間の統計学的に有意な差を示し得る。
【０３４２】
「治療的有効量」は、所望の治療結果を達成するのに、必要とされる投薬および期間において、有効な量を示す。組成物の治療的有効量は、因子、例えば、個体の病態、年齢、性別および体重、ならびにタンパク質の個体において所望の応答を誘発する能力によって変化し得る。治療的有効量はまた、組成物のいずれかの毒性効果または有害効果よりも、治療的に有利な効果が上回るものである。
【０３４３】
「治療的有効用量」は好ましくは、未処置対象に比べ、測定可能なパラメータ、例えば、循環ＩｇＧ抗体のレベルを、統計学的に有意な程度または少なくとも約２０％だけ、より好ましくは少なくとも約４０％だけ、さらにより好ましくは少なくとも約６０％だけ、およびさらにより好ましくは約８０％だけ調節する。化合物が測定可能なパラメータ、例えば疾患関連パラメータを調節する能力は、ヒト障害および病状、例えば、炎症性疾患（例えば、滑膜炎、アテローム性動脈硬化）、関節リウマチまたは骨関節炎における有効性が予測される動物モデルシステムにおいて評価することができる。また、組成物のこの特性は、化合物がインビトロでパラメータを調節する能力を検査することにより評価することができる。
【０３４４】
対象における疾患の「治療」または疾患を有する対象の「治療」は、対象を薬物治療、例えば、薬物の投与に供し、よって、疾患の少なくとも１つの症状が治癒、緩和、または減少されることを示す。
【０３４５】
プロテアーゼ結合タンパク質および／または阻害剤−概要
炎症性障害の治療において使用するために、本明細書で記載される組成物および方法を構成するプロテアーゼ結合タンパク質および／または阻害剤により標的とされ得る例示的なプロテアーゼは、メタロプロテアーゼファミリーの全てのメンバー、特に標的、例えば、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ならびに他のプロテアーゼ、例えばＴＡＣＥ、ＡＤＡＭ−ＴＳ２、セリンプロテアーゼ、例えばプラスミン、ヘプシン、マトリプターゼ、血漿カリクレイン、組織カリクレイン１およびカテプシン、例えばカテプシンＢ、ＳおよびＫを含む。プロテアーゼ結合タンパク質および／または阻害剤は、ある実施形態では抗体、ペプチドまたはクニッツドメインベースであり得る。
【０３４６】
プロテアーゼは広範囲の生物学的過程、例えば炎症および組織損傷に関係する。炎症細胞、例えば、好中球により産生されるセリンプロテアーゼは、様々な炎症性障害に関係する。そのようなものとして、複数の異なるプロテアーゼが単一の障害の一因となり得る。
【０３４７】
特定のプロテアーゼの例としては下記：プラスミン、組織カリクレイン、血漿カリクレイン、ＶＩＩａ因子、ＸＩａ因子、トロンビン、ウロキナーゼ、トリプシン１、トリプシン２、膵臓キモトリプシン、膵臓エラスターゼ、トリプターゼ、およびＩＩａ因子が挙げられる。関連プロテアーゼのクラスとしては、血液凝固と関連するプロテアーゼ、線維素溶解と関連するプロテアーゼ、補体と関連するプロテアーゼ、細胞外マトリクス成分を消化するプロテアーゼ、基底膜を消化するプロテアーゼ、および内皮細胞と関連するプロテアーゼが挙げられる。ある実施形態では、プロテアーゼはセリンプロテアーゼである。
【０３４８】
推定結合タンパク質／阻害剤は、それらの標的プロテアーゼの阻害の効力および選択性について選択することができる。一例では、標的プロテアーゼおよび基質が、プロテアーゼとその基質との反応を許可するアッセイ条件下で組み合わされる。アッセイ法は、試験されるタンパク質の非存在下で、漸増濃度の、試験されるタンパク質の存在下で実施される。プロテアーゼ活性が５０％阻害される試験タンパク質の濃度が、その試験タンパク質に対するＩＣ５０値（阻害濃度）またはＥＣ５０（有効濃度）値である。より低いＩＣ５０またはＥＣ５０値を有するタンパク質が、より高いＩＣ５０またはＥＣ５０値を有するタンパク質よりも、標的プロテアーゼのより強力な阻害剤であると考えられる。この態様による好ましいタンパク質は、プロテアーゼ活性の阻害のためのインビトロアッセイ法で測定すると、１００ｎＭ、１０ｎＭ、１ｎＭ、または０．１ｎＭまたはそれ未満のＩＣ５０値を有する。
【０３４９】
試験タンパク質はまた、異なるプロテアーゼに対する選択性について評価することができる。試験タンパク質は、一団のプロテアーゼのパネルまたは他の酵素に対するその効力に対してアッセイされ、ＩＣ５０値がそれぞれについて決定される。標的プロテアーゼに対し低いＩＣ５０値、および試験パネル内の他のプロテアーゼ（例えば、トリプシン、プラスミン、キモトリプシン）に対しより高いＩＣ５０値を示すタンパク質は、標的プロテアーゼに対し選択的であると考えられる。一般に、タンパク質は、そのＩＣ５０値が酵素のパネル内で測定した次に最も小さいＩＣ５０値よりも少なくとも１桁小さい場合、選択的であると考えられる。
【０３５０】
結合タンパク質／阻害剤活性はインビボで、または本明細書で記載される化合物が投与された対象の試料（例えば、血清、関節組織）中で評価することも可能である。
【０３５１】
本明細書で提供される方法および組成物において有用である具体的なプロテアーゼ結合タンパク質／阻害剤はさらに詳細に、以下に記載される。
【０３５２】
プロテアーゼ阻害剤−カリクレイン結合タンパク質／阻害剤
カリクレインは組織および血漿の両方において見られるセリンプロテアーゼである（例えば、Ｍａｒｋｌａｎｄに対する米国特許第６，３３３，４０２号を参照されたい）。血漿カリクレインは接触活性化（内因性経路）凝固、線維素溶解、低血圧、および炎症に関与する（Ｂｈｏｏｌａ，  Ｋ．Ｄ．，  Ｃ．Ｄ．  Ｆｉｇｕｅｒｏａ，  ａｎｄ  Ｋ．  Ｗｏｒｔｈｙ，    Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  （１９９２）  ４４（１）１−８０を参照されたい）。カリクレインのこれらの効果は、３つの別個の生理的基質：
ｉ）ＸＩＩ因子（凝固）、
ｉｉ）プロウロキナーゼ／プラスミノーゲン（線維素溶解）、および
ｉｉｉ）キニノーゲン（低血圧および炎症）
の活性を介して媒介される。
【０３５３】
キニノーゲンのカリクレイン切断により、キニン、小さい極めて強力な生理活性ペプチドが産生される。キニンは、内皮、上皮、平滑筋、神経、腺性および造血を含む、様々な細胞型上に存在する、ＢＫ−１およびＢＫ−２と命名されている細胞表面受容体を介して作用する。細胞内ヘテロ三量体Ｇ−タンパク質は、キニン受容体を、一酸化窒素、アデニルシクラーゼ、ホスホリパーゼＡ２およびホスホリパーゼＣを含む第２のメッセンジャー経路に結合させる。キニンの重要な生理的活性の中には、（ｉ）血管透過性の増加、（ｉｉ）血管拡張、（ｉｉｉ）気管支痙攣、および（ｉｖ）疼痛誘発がある。このように、キニンは生命を脅かす血管性ショックおよび菌血症（敗血症）または外傷と関連する浮腫、喘息の浮腫および気道過敏症、ならびに組織損傷と関連する炎症性および神経原性疼痛を媒介する。不適切な血漿カリクレイン活性および得られたキニン産生の結果は、遺伝性血管浮腫（ＨＡＥ）を有する患者において印象的に説明される。
【０３５４】
ＨＡＥはＣ１−阻害剤、血漿カリクレインの重要な内因性阻害物質の遺伝的欠損によるものである。ＨＡＥの症状としては、皮膚、皮下組織および消化管の浮腫、ならびに腹痛および嘔吐が挙げられる。ＨＡＥ患者の３分の１近くが、喉頭および上気道の浮腫による窒息で死亡している。カリクレインは、タンパク質分解イベントにより活性化されるまで、不活性分子として循環するチモーゲン（プレカリクレイン）として分泌される。（ＧｅｎｅｂａｎｋエントリＰ０３９５２はヒト血漿プレカリクレインを示す）。
【０３５５】
インビボの血漿カリクレイン（ｐＫＡ）の重要な阻害物質は、Ｃ１阻害剤である（Ｓｃｈｍａｉｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．  “Ｃｏｎｔａｃｔ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｔｓ  Ａｂｎｏｒｍａｌｉｔｉｅｓ”，  Ｃｈａｐｔｅｒ  ２  ｉｎ  Ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ，  Ｃｏｌｍａｎ，  Ｒ  Ｗ，  Ｊ  Ｈｉｒｓｈ，  Ｖ  Ｊ  Ｍａｒｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ  Ｗ  Ｓａｌｚｍａｎ，  編者，  第２版，  １９８７，  Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  ＰＡ．，  ｐｐ．２７−２８を参照されたい）。Ｃ１はセルピンであり、ｐＫＡと不可逆な、または不可逆に近い複合体を形成する。ウシ膵臓トリプシン阻害剤（ＢＰＴＩ、アプロチニン、またはＴＲＡＳＹＬＯＬ（商標）としても知られている）は最初、Ｋｉ＝３２０ｐＭを有する強いｐＫＡ阻害剤であると考えられていたが（Ａｕｅｒｓｗａｌｄ，  Ｅ．−Ａ．，  Ｄ．  Ｈｏｅｒｌｅｉｎ，  Ｇ．  Ｒｅｉｎｈａｒｄｔ，  Ｗ．  Ｓｃｈｒｏｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ．  Ｓｃｈｎａｂｅｌ，  Ｂｉｏ．  Ｃｈｅｍ．  Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ，  （１９８８），  ３６９  （Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）：２７−３５）、より最近の報告（Ｂｅｒｎｄｔ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ３２：４５６４−７０，  １９９３）では、血漿カリクレインに対するそのＫｉは３０ｎＭすなわち（３０，０００ｐＭ）であることが示されている。Ｇ３６Ｓ突然変異体は５００ｎＭを超えるＫｉを有した。
【０３５６】
Ｍａｒｋｌａｎｄら（米国特許第６，３３３，４０２号、同第５，９９４，１２５号、同第６，０５７，２８７号および同第５，７９５，８６５号）は、ヒト血漿カリクレインを阻害する際に高い親和性および特異性を有する多くの誘導体を主張する。これらのタンパク質のうちの１つがＨＡＥを有するヒト患者において試験されている。化合物が安全かつ有効であることであることが早期に指摘されている。さらに、Ｌａｄｎｅｒらによる米国特許第７，０６４，１０７号は、ヒト血漿カリクレインを阻害するのに高い親和性および特異性を有する多くの誘導体を記載し、主張している。
【０３５７】
クニッツドメインカリクレイン阻害剤
多くの有用なカリクレイン阻害剤がクニッツドメインを含む。
【０３５８】
本明細書で使用される場合、「クニッツドメイン」は少なくとも５１のアミノ酸を有し、少なくとも２つ、好ましくは３つのジスルフィドを含むポリペプチドドメインである。ドメインは、第１および第６のシステイン、第２および第４、ならびに第３および第５のシステインがジスルフィド結合を形成するように折り畳まれており（例えば、５８のアミノ酸を有するクニッツドメインでは、下記で提供されるＢＰＴＩ配列の番号に従い、システインはアミノ酸５、１４、３０、３８、５１、および５５に対応する位置に存在することができ、ジスルフィドは位置５と５５、１４と３８、ならびに３０と５１の位置のシステイン間で形成される）、または２つのジスルフィドが存在する場合、それらはそのシステインの対応するサブセット間で形成することができる。個々のシステイン間のスペーシングは、下記で提供されるＢＰＴＩ配列の番号に従い、５〜５５、１４〜３８、および３０〜５１に対応する位置間の以下のスペーシングの７、５、４、３または２つのアミノ酸内とすることができる。ＢＰＴＩ配列を基準として使用して、任意の一般的なクニッツドメイン内の特定の位置を示すことができる。整列させたシステインの数が最大化された最も良好な適合整列を同定することにより、関心対象のクニッツドメインをＢＰＴＩと比較することができる。
【０３５９】
ＢＰＴ１のクニッツドメインの３Ｄ構造（高解像度）は知られている。Ｘ線構造の１つがＢｒｏｏｋｈａｖｅｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋにおいて、「６ＰＴＩ」として示されている。いくつかのＢＰＴＩ相同体の３Ｄ構造（Ｅｉｇｅｎｂｒｏｔ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９０）  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，  ３（７）：５９１−５９８；  Ｈｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９０）  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ２９：１００１８−１００２２）が知られている。少なくとも７０のクニッツドメイン配列が知られている。既知のヒト相同体はＬＡＣＩの３つのクニッツドメイン（Ｗｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８８）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．  ２６３（１３）：６００１−６００４；  Ｇｉｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８９）  Ｎａｔｕｒｅ，  ３３８：５１８−２０；  Ｎｏｖｏｔｎｙ  ｅｔ  ａｌ，  （１９８９）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．，  ２６４（３１）：１８８３２−１８８３７）、インター−α−トリプシン阻害剤、ＡＰＰ−Ｉの２つのクニッツドメイン（Ｋｉｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８８）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．，  ２６３（３４）：１８１０４−１８１０７）、コラーゲン由来のクニッツドメイン、およびＴＦＰＩ−２の３つのクニッツドメイン（Ｓｐｒｅｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９４）  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，  ９１：３３５３−３３５７）を含む。ＬＡＣＩは３つのクニッツドメインを含む分子量３９ｋＤａのヒト血清リン糖タンパク質（表１のアミノ酸配列）である。
【０３６０】
（表１）例示的な天然クニッツドメイン
2013533206.tif 000019
【０３６１】
ＬＡＣＩのクニッツドメインはＬＡＣＩ−Ｋ１（５０〜１０７残基）、ＬＡＣＩ−Ｋ２（１２１〜１７８残基）、およびＬＡＣＩ−Ｋ３（２１３〜２７０）と呼ばれる。ＬＡＣＩのｃＤＮＡ配列がＷｕｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．，  １９８８，  ２６３（１３）：６００１−６００４）において報告されている。Ｇｉｒａｒｄら（Ｎａｔｕｒｅ，  １９８９，  ３３８：５１８−２０）は、３つのクニッツドメインの各々のＰ１残基を変更させた変異研究を報告している。ＬＡＣＩ−Ｋ１は、Ｆ．ＶＩＩａが組織因子に複合化された場合、ＶＩＩａ因子（Ｆ．ＶＩＩａ）を阻害し、ＬＡＣＩ−Ｋ２はＸａ因子を阻害する。
【０３６２】
例示的なクニッツドメインを含むタンパク質としては下記が挙げられ、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴアクセッション番号を丸括弧内に示す。
2013533206.tif 000020
【０３６３】
配列データベースからクニッツドメインを同定するために様々な方法を使用することができる。例えば、クニッツのドメインの既知のアミノ酸配列、コンセンサス配列、またはモチーフ（例えば、ＰｒｏＳｉｔｅモチーフ）は、ＧｅｎＢａｎｋ配列データベース（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  ＭＤ）に対して、例えば、ＢＬＡＳＴを用いて、ＨＭＭ（Ｈｉｄｄｅｎ  Ｍａｒｋｏｖ  Ｍｏｄｅｌ）のＰｆａｍデータベースに対して（例えば、Ｐｆａｍ検索に対するデフォルトパラメータを使用して）、ＳＭＡＲＴデータベースに対して、またはＰｒｏＤｏｍデータベースに対して検索することができる。例えば、Ｐｆａｍ  リリース９のＰｆａｍアクセッション番号ＰＦ０００１４は、多くのクニッツドメインおよびクニッツドメインを同定するためのＨＭＭを提供する。Ｐｆａｍデータベースの説明はＳｏｎｈａｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ２８（３）：４０５−４２０において見ることができ、ＨＭＭの詳細な説明は、例えば、Ｇｒｉｂｓｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １８３：１４６−１５９；  Ｇｒｉｂｓｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８４：４３５５−４３５８；  Ｋｒｏｇｈ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２３５：１５０１−１５３１；およびＳｔｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．  ２：３０５−３１４において見ることができる。ＨＭＭのＳＭＡＲＴデータベース（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｍｏｄｕｌａｒ  Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ，  ＥＭＢＬ，  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，  ＤＥ）は、Ｓｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８），  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９５：５８５７  およびＳｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２８：２３１において記載されている。ＳＭＡＲＴデータベースはＨＭＭｅｒ２検索プログラムの隠れＭａｒｋｏｖモデル（Ｒ．  Ｄｕｒｂｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ：  ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ．  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ）を用いてプロファイリングすることにより同定されたドメインを含む。データベースはまた、注釈が付けられ、監視される。ＰｒｏＤｏｍタンパク質ドメインデータベースは相同ドメインの自動編集から構成される（Ｃｏｒｐｅｔ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９），  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２７：２６３−２６７）。ＰｒｏＤｏｍの現行版は、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  ３８およびＴＲＥＭＢＬタンパク質データベースの再帰ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ検索（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２；  Ｇｏｕｚｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓ���ｒｙ  ２３：３３３−３４０．）を用いて構築されている。データベースは自動的に、各ドメインに対しコンセンサス配列を作成する。Ｐｒｏｓｉｔｅはクニッツドメインをモチーフとして列挙し、クニッツドメインを含むタンパク質を同定する。例えば、Ｆａｌｑｕｅｔ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ３０：２３５−２３８（２００２）を参照されたい。
【０３６４】
クニッツドメインは標的プロテアーゼと、主に、２つのループ領域（「結合ループ」）中のアミノ酸を用いて相互作用する。第１のループ領域は、ＢＰＴＩのアミノ酸１５〜２０に対応するおおよその残基間にある。第２のループ領域は、ＢＰＴＩのアミノ酸３１〜３７に対応するアミノ酸に対応するおおよその残基間にある。クニッツドメインの例示的なライブラリーは、第１および／または第２のループ領域内の１つ以上のアミノ酸位置を変化させている。カリクレインと相互作用するクニッツドメインに対してスクリーニングする場合に、または改善された親和性の変種を選択する場合に、変化させるのに特に有用な位置は、ＢＰＴＩの配列に関して、位置１３、１６、１７、１８、１９、３１、３２、３４および３９を含む。これらの位置の少なくともいくつかが、標的プロテアーゼと密接に接触すると予測される。他の位置、例えば、３次元構造における上記位置に隣接する位置を変化させることもまた有用である。
【０３６５】
クニッツドメインの「フレームワーク領域」は、クニッツドメインの一部である残基として規定されるが、第１および第２の結合ループ領域内の残基、すなわち、ＢＰＴＩのアミノ酸１５〜２０およびＢＰＴＩのアミノ酸３１〜３７に対するおおよその残基がとりわけ排除される。逆に、結合ループ内にない残基は、より広い範囲のアミノ酸置換（例えば、保存的および／または非保存的置換）を許容し得る。
【０３６６】
１つの実施形態では、クニッツドメインは、ヒトリポタンパク質関連凝固インヒビター（ＬＡＣＩ）タンパク質のクニッツドメイン１を含むループ構造の変異形態である。ＬＡＣＩは、パラダイムクニッツドメインである３つの内部の、明確なペプチドループ構造を含む（Ｇｉｒａｒｄ，  Ｔ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９．  Ｎａｔｕｒｅ，  ３３８：５１８−５２０）。本明細書で記載されるＬＡＣＩのクニッツドメイン１の変種はスクリーニングされ、単離されており、カリクレインに増強された親和性および特異性で結合する（例えば、米国特許第５，７９５，８６５号および同第６，０５７，２８７号を参照されたい）。これらの方法はまた、カリクレイン、例えば、血漿カリクレインと相互作用する他のクニッツドメインを得るために、他のクニッツドメインフレームワークに適用され得る。カリクレイン機能の有用なモジュレータは、典型的には、カリクレイン結合および阻害アッセイ法を用いて決定されるように、カリクレインに結合し、および／またはカリクレインを阻害する。
【０３６７】
カリクレインを阻害するクニッツドメインを含む例示的なポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０により規定されるアミノ酸配列を有する。
【０３６８】
カリクレインを阻害するクニッツドメインを含む別の例示的なポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２により規定されるアミノ酸配列を有する。
【０３６９】
例示的なポリペプチドはアミノ酸配列：
2013533206.tif 000021
を含む。
【０３７０】
「Ｘａａ」は、多くの異なるアミノ酸のいずれかとすることができるペプチド鎖中の位置を示す。第１の例では、Ｘａａはシステイン以外の任意のアミノ酸とすることができる。別の例では、下記のうちの１つ以上が当てはまる。Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕとすることができ、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒとすることができ、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎとすることができ、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒとすることができ、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａとすることができ、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅとすることができ、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅとすることができ、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒとすることができ、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌとすることができ、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕとすることができ、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅとすることができ、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐとすることができる。アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸とすることができる。
【０３７１】
さらに、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ、存在する場合は、任意のアミノ酸、例えば、任意の非システインアミノ酸とすることができる。
【０３７２】
１つの実施形態では、ポリペプチドは下記特性のうちの１つ以上を備えた配列を有する。Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＶａｌとすることができ、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、ＨｉｓまたはＡｓｎとすることができ、Ｘａａ１５はＡｒｇまたはＬｙｓとすることができ、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙとすることができ、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、ＳｅｒまたはＩｌｅとすることができ、Ｘａａ１８はＨｉｓ、ＬｅｕまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ１９はＰｒｏ、ＧｌｎまたはＬｅｕとすることができ、Ｘａａ２１はＴｒｐまたはＰｈｅとすることができ、Ｘａａ３１はＧｌｕであり、Ｘａａ３２はＧｌｕまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ３４はＩｌｅ、ＴｈｒまたはＳｅｒとすることができ、Ｘａａ３５はＴｙｒであり、かつＸａａ３９はＧｌｕ、ＧｌｙまたはＡｌａとすることができる。
【０３７３】
例示的なポリペプチドは下記を含むことができる。Ｘａａ１０はＡｓｐであり、Ｘａａ１１はＡｓｐであり、Ｘａａ１３はＰｒｏまたはＡｒｇとすることができ、Ｘａａ１５はＡｒｇであり、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙとすることができ、Ｘａａ１７はＡｌａであり、Ｘａａ１８はＨｉｓであり、Ｘａａ１９はＰｒｏであり、Ｘａａ２１はＴｒｐであり、Ｘａａ３１はＧｌｕであり、Ｘａａ３２はＧｌｕであり、Ｘａａ３４はＩｌｅまたはＳｅｒとすることができ、Ｘａａ３５はＴｙｒであり、かつＸａａ３９はＧｌｙである。
【０３７４】
本明細書で記載されるポリペプチドの一部を使用することも可能である。例えば、ポリペプチドは、特定のカリクレインエピトープに対する結合ドメインを含むことができる。例えば、クニッツドメインの結合ループは環化させ、隔離して使用することができるか、または別のドメイン、別のクニッツドメインのフレームワークにグラフトさせることができる。本明細書で記載されるアミノ配列のＮ−末端から１つ、２つ、３つまたは４つのアミノ酸、および／あるいは、本明細書で記載されるアミノ配列のＣ−末端から１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのアミノ酸を除去することもできる。
【０３７５】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１により含まれる配列の例を、下記に記載する（指示がなければ、「Ｘａａ」は、任意のアミノ酸、任意の非システインアミノ酸、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して許容されるアミノ酸の同じ組からの任意のアミノ酸を示す）。
2013533206.tif 000022
2013533206.tif 000023
2013533206.tif 000024
【０３７６】
配列の追加の例は、本明細書で記載されるアミノ酸配列、例えば、上記で提供されるアミノ酸配列に対し、少なくとも１つのアミノ酸であるが、７つ、６つ、５つ、４つ、３つ、または２つより少ないアミノ酸が異なるものを含む。１つの実施形態では、結合ループの１つにおいて、３つ、２つまたは１つより少ない違いが存在する。例えば、第１の結合ループは、本明細書で記載されるアミノ酸配列、例えば上記で提供されるアミノ酸配列に対して違いを有さない場合がある。別の実施例では、第１の結合ループも第２の結合ループも本明細書で記載されるアミノ酸配列、例えば、上記で提供されるアミノ酸配列と異ならない。
【０３７７】
１つの実施形態では、カリクレインを阻害するポリペプチドはアプロチニンである。別の実施形態では、ポリペプチドはアプロチニン以外であり、例えば、アプロチニンと、少なくとも１個、２個、３個、５個、１０個、または１５個のアミノ酸が異なる。
【０３７８】
本明細書で記載されるポリペプチドを、合成的に、任意の標準ポリペプチド合成プロトコルおよび装置を用いて製造することができる。例えば、ポリペプチドの段階的合成は、最初（すなわち、カルボキシ末端）のアミノ酸からアミノ（Ｎ）末端保護基を除去し、これに、ポリペプチドの配列中の次のアミノ酸のカルボキシル端を結合させることにより、実施することができる。このアミノ酸もまた好適に保護される。入ってくるアミノ酸のカルボキシル基は、活性化させ、反応基の形成、例えばカルボジイミド、対称酸無水物、または「活性エステル」基、例えば、ヒドロキシベンゾトリアゾールまたはペンタフェニルエステルの形成により、結合されるアミノ酸のＮ−末端と反応させることができる。好ましい固相ペプチド合成法としては、ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルをＩ−アミノ保護基として使用するＢＯＣ法、および、９−フルオレニルメチルオキシカルボニルを使用してアミノ酸残基のＩ−アミノを保護するＦＭＯＣ法が挙げられる。どちらの方法も当業者によく知られている（Ｓｔｅｗａｒｔ，  Ｊ．  ａｎｄ  Ｙｏｕｎｇ，  Ｊ．，  Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  （Ｗ．  Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  Ｃｏ．，  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ  １９８９）；  Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，  Ｊ．，  １９６３．  Ａｍ．    Ｃｈｅｍ．    Ｓｏｃ．，  ８５：２１４９−２１５４；  Ｂｏｄａｎｓｚｋｙ，  Ｍ．  ａｎｄ  Ｂｏｄａｎｓｚｋｙ，  Ａ．，  Ｔｈｅ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８４））。所望であれば、追加のアミノおよび／またはカルボキシ末端アミノ酸を、アミノ酸配列内にデザインすることができ、ポリペプチド合成中に追加することができる。
【０３７９】
ポリペプチドはまた、組換え技術を用いて生成することができる。組換え法は、多くの細胞および対応する発現ベクターのいずれかを使用することができ、そのようなベクターには、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、バキュロウイルス発現ベクター、哺乳類ウイルス発現ベクターなどが含まれるが、それらに限定されない。本明細書で記載されるポリペプチドを、トランスジェニック動物により、例えば、トランスジェニック動物の乳腺において製造することができる。いくつかの場合では、カリクレインを阻害するポリペプチド（例えば、クニッツドメインを含むポリペプチド）に対するコード配列を発現ベクター内の別のコード配列に融合させ、宿主細胞で容易に発現される融合ポリペプチドを形成させることが必要または好都合である場合がある。追加の配列の一部または全てを、例えば、プロテアーゼ消化により除去することができる。
【０３８０】
カリクレインを阻害するポリペプチド（例えば、クニッツドメインを含むポリペプチド）を生成するための例示的な組換え発現システムは、酵母発現ベクターであり、これは阻害剤ポリペプチドのためのアミノ酸配列をコードする核酸が、サッカロミセス・セレビシア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のＭＡＴαプレプロリーダーペプチド配列をコードするヌクレオチド配列と同じ読み枠で結合されるのを可能にし、操作可能な酵母プロモーターの制御下にある。得られた組換え酵母発現プラスミドを、標準方法により、適切な適合性の酵母宿主の細胞内に形質転換することができ、この細胞は、組換え酵母発現ベクターから組換えタンパク質を発現することができる。好ましくは、そのような組換え発現ベクターで形質転換された宿主酵母細胞はまた、融合タンパク質を処理して、活性阻害剤ポリペプチドを提供することができる。組換えポリペプチドを生成するための別の例示的な酵母宿主はピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）である。
【０３８１】
上記のように、カリクレインを阻害するポリペプチドは、本明細書で記載されるクニッツドメインを含むことができる。いくつかのポリペプチドは、好ましくは長さが１〜６（例えば、１、２、３、４、５、または６）のアミノ酸の追加のフランキング配列をアミノおよび／またはカルボキシ末端に含むことができるが、ただし、そのような追加のアミノ酸は、本明細書で記載される方法および組成物における使用を排除するようにカリクレイン結合親和性またはカリクレイン阻害活性を著しく損なうことはないということを条件とする。そのような追加のアミノ酸は、特定の組換え宿主細胞においてポリペプチドを発現するように意図的に追加されることができるか、または、追加の機能を提供するように、例えば、別の分子へのリンカーを提供するように、もしくはポリペプチドの精製を容易にする親和性部分を提供するように追加されることができる。好ましくは、追加の１つの（複数の）アミノ酸は、クニッツドメインのジスルフィド結合を妨害する可能性のあるシステインを含まない。
【０３８２】
１つの実施形態では、カリクレイン阻害剤、例えばポリペプチド阻害剤は、カリクレインに対して、現在、失血を減少させるためのＣＡＢＧ手順において使用するのが認められているアプロチニンよりも１０００倍程度高い結合親和性を有する。そのようなカリクレイン阻害剤の驚くほど高い結合親和性を、他の分子標的を排除するためのカリクレインに対する高度の特異性と組み合わせると、特に有用な阻害剤が提供される。しかしながら、より低い親和性または特異性を有する阻害剤もまた、適用される。
【０３８３】
典型的なクニッツドメイン、例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１を含むものは、多くの不変位置を含み、例えば、ＢＰＴＩ番号付けスキームにおいて位置５、１４、３０、５１および５５に対応する位置はシステインである。これらの位置の間のスペーシングは、クニッツドメイン折り畳み内で許容される程度まで、例えば、３つのジスルフィド結合が形成されるように、変化し得る。他の位置、例えば、位置６、７、８、９、２０、２４、２５、２６、２７、２８、２９、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３および５４、または、それらの位置に対応する位置などは、任意のアミノ酸（非天然アミノ酸を含む）とすることができる。特に好ましい実施形態では、１つ以上のアミノ酸は天然配列のものに対応する。別の実施形態では、少なくとも１つの可変位置は、天然配列のものとは異なっている。さらに別の好ましい実施形態では、アミノ酸はそれぞれ、個々にまたは集合的に、保存的または非保存的アミノ酸置換により置換されることができる。
【０３８４】
保存的アミノ酸置換は、１つのアミノ酸を同様の化学構造を有する別のアミノ酸と置き換え、タンパク質機能に影響を与え得ない。非保存的アミノ酸置換は、１つのアミノ酸を異なる化学構造の別のアミノ酸と置き換える。保存されたアミノ酸置換の例としては、例えば、Ａｓｎ−＞Ａｓｐ、Ａｒｇ−＞ＬｙｓおよびＳｅｒ−＞Ｔｈｒが挙げられる。好ましい実施形態では、これらのアミノ酸の1、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０および／または２１個は、独立してまたは集合的に、任意の組みあわせで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の対応する位置に対応するように選択することができる。
【０３８５】
他の位置、例えば、位置１０、１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、２１、２２、２３、３１、３２、３４、３５、３９、４０、４３および４５、またはそれらの位置に対応する位置は選択された組のアミノ酸のいずれかとすることができる。例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１は、１組の可能な配列を規定する。この組の各々のメンバーは、例えば、位置５、１４、３０、５１および５５にシステイン、ならびに位置１０、１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、２２１、２２、２３、３１、３２、３４、３５、３９、４０、４３および４５、またはそれらの位置に対応する位置に特定の組のアミノ酸のいずれか１つを含む。好ましい実施形態では、これらのアミノ酸の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８および／または１９個は、独立してまたは集合的に、任意の組みあわせで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の対応する位置に対応するように選択することができる。ポリペプチドは好ましくは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５、９７、９８、または９９％の同一性を有する。
【０３８６】
有用なポリペプチドはまた、本明細書で記載されるポリペプチドをコードする核酸にハイブリダイズした核酸によりコードされることができる。核酸は、中、高または超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる。本明細書で使用される場合、「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または超高ストリンジェンシー条件でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を説明する。ハイブリダイゼーション反応を実施するためのガイダンスは、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９），  ６．３．１−６．３．６において見ることができ、これは参照により組み込まれる。水性および非水性の方法がその参考文献において記載されており、いずれかを使用することができる。本明細書で言及されている具体的なハイブリダイゼーション条件は下記の通りである：（１）約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、少なくとも５０℃での０．２×  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での２度の洗浄（洗浄液温度は低ストリンジェンシー条件のために５５℃まで増加させることができる）、（２）約４５℃での６×  ＳＳＣ中での中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６０℃での０．２×  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、（３）約４５℃での６×  ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６５℃での０．２×  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、および（４）超高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は６５℃での０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％  ＳＤＳであり、続いて、６５℃での０．２×  ＳＳＣ、１％  ＳＤＳでの１度以上の洗浄である。
【０３８７】
カリクレイン阻害剤−抗体
カリクレイン阻害剤の１つのクラスは抗体を含む。例示的な抗体は、例えば、特異的にカリクレイン、例えば血漿カリクレインに結合する。抗体は多くの様式でカリクレインを阻害することができる。例えば、それは、活性部位の１つ以上の残基と接触すること、立体的に活性部位へのアクセスを妨げるもしくは妨害すること、カリクレインの成熟を阻止すること、または触媒活性のために必要とされる高次構造を不安定化することができる。
【０３８８】
抗体の１つ以上の領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、１つ以上の可変領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、ＣＤＲの１つ以上、例えばＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２、ＨＣ  ＣＤＲ３、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、およびＬＣ  ＣＤＲ３は、ヒトとすることができる。軽鎖ＣＤＲの各々はヒトとすることができる。ＨＣ  ＣＤＲ３はヒトとすることができる。フレームワーク領域の１つ以上、例えば、ＨＣまたはＬＣのＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４は、ヒトとすることができる。１つの実施形態では、フレームワーク領域すべては、ヒトであり、例えばヒト体細胞、例えば免疫グロブリンを産生する造血細胞または非造血細胞から得られる。１つの実施形態では、ヒト配列は、生殖系列配列であり、例えば、生殖系列核酸によりコードされる。１つ以上の定常領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。別の実施形態では、抗体全体の少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９２、９５、または９８％、あるいは抗体全体は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。「事実上ヒト」免疫グロブリン可変領域は、免疫グロブリン可変領域が正常な人において免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトフレームワークアミノ酸位置を含む、免疫グロブリン可変領域である。「事実上ヒト」抗体は、抗体が正常な人において免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトアミノ酸位置を含む抗体である。
【０３８９】
抗体の全てまたは一部は、免疫グロブリン遺伝子またはそのセグメントによりコードされることができる。例示的なヒト免疫グロブリン遺伝子は、κ、λ、α（ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）、γ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４）、δ、εおよびμ定常領域遺伝子、ならびに多くの免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。全長免疫グロブリン「軽鎖」（約２５Ｋｄまたは２１４アミノ酸）は、ＮＨ２−末端（約１１０アミノ酸）の可変領域遺伝子により、ＣＯＯＨ−−末端のκまたはλ定常領域遺伝子によりコードされる。全長免疫グロブリン「重鎖」（約５０Ｋｄまたは４４６アミノ酸）は同様に、可変領域遺伝子により（約１１６アミノ酸）および他の上記定常領域遺伝子の１つ、例えばγ（約３３０アミノ酸をコードする）によりコードされる。
【０３９０】
カリクレインに結合し、阻害する抗体を同定するための１つの例示的な方法は、非ヒト動物をカリクレインまたはそのフラグメントで免疫化することを含む。免疫原として実に小さなペプチドを使用することができる。１つの実施形態では、触媒活性が減少したまたは触媒活性がない変異カリクレインが、免疫原として使用される。脾臓細胞が免疫化動物から単離され、標準法を用いてハイブリドーマ細胞を製造するために使用される。１つの実施形態では、非ヒト動物は１つ以上のヒト免疫グロブリン遺伝子を含む。
【０３９１】
カリクレインに結合し、阻害するタンパク質を同定するための別の例示的な方法は、タンパク質ライブラリーを提供し、ライブラリーから、カリクレインまたはそのフラグメントに結合する１つ以上のタンパク質を選択することを含む。選択は多くの様式で実施することができる。例えば、ライブラリーは、ディスプレイライブラリーまたはプロテインアレイの形式で提供することができる。選択前に、ライブラリーを予めスクリーニングし（例えば、激減させる）、非標的分子と、例えば、カリクレイン以外のプロテアーゼと、または活性部位にアクセスできない、例えば、阻害剤に、例えばアプロチニンに結合されているカリクレインと相互作用するメンバーを除去することができる。
【０３９２】
抗体ライブラリー、例えば、抗体ディスプレイライブラリーは、多くの過程により構築することができる（例えば、ｄｅ  Ｈａａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｊ． Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ  ２７４：１８２１８−３０；  Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ４：１−２０およびＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ２１：３７１−８を参照されたい）。さらに、各過程の要素は、他の過程の要素と組み合わせることができる。変異を単一の免疫グロブリンドメイン（例えば、ＶＨまたはＶＬ）中に、または複数の免疫グロブリンドメイン（例えば、ＶＨまたはＶＬ）中に導入させるように、プロセスを使用することができる。変異は、免疫グロブリン可変ドメイン中に、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４の１つ以上の領域であって、重および軽鎖可変ドメインのいずれかおよびその両方についてのそのような領域と呼ばれる領域に、導入することができる。１つの実施形態では、変異は、ある一定の可変ドメインの３つのＣＤＲ全てに導入される。別の好ましい実施形態では、変異は、例えば重鎖可変ドメインのＣＤＲ１およびＣＤＲ２に導入される。いずれの組み合わせも実行可能である。抗体（例えば、全長抗体またはその抗原結合部分）の組換え発現のための例示的なシステムでは、抗体重鎖および抗体軽鎖の両方をコードする組換え発現ベクターが、リン酸カルシウム媒介トランスフェクションによりｄｈｆｒ−ＣＨＯ細胞に導入される。組換え発現ベクター内では、抗体重鎖遺伝子および抗体軽鎖遺伝子がそれぞれ、エンハンサー／プロモーター調節エレメント（例えば、ＳＶ４０、ＣＭＶ、アデノウイルスなどから得られ、例えばＣＭＶエンハンサー／ＡｄＭＬＰプロモーター調節エレメントまたはＳＶ４０エンハンサー／ＡｄＭＬＰプロモーター調節エレメント）に操作可能に結合され、遺伝子の高レベルの転写が駆動される。組換え発現ベクターはまた、ＤＨＦＲ遺伝子を有し、これは、メトトレキサート選択／増幅を用いて、ベクターでトランスフェクトされたＣＨＯ細胞の選択を可能にする。選択された形質転換体宿主細胞を培養して抗体重鎖および抗体軽鎖の発現が可能になり、無傷の抗体が培地から回収される。組換え発現ベクターを調製し、宿主細胞にトランスフェクトし、形質転換体を選択し、宿主細胞を培養し、培地から抗体を回収するために、標準分子生物学技術が使用される。例えば、いくつかの抗体は、アフィニティークロマトグラフィーによりタンパク質Ａまたはタンパク質Ｇを用いて単離することができる。抗体はまた、トランスジェニック動物により生成することができる。
【０３９３】
カリクレイン阻害剤−ペプチド
結合リガンドは、標的分子に独立して結合する３２以下のアミノ酸のペプチドを含むことができる。いくつかのそのようなペプチドは１つ以上のジスルフィド結合を含むことができる。他のペプチド、いわゆる「直鎖ペプチド」はシステインを有さない。１つの実施形態では、ペプチドは、人工的であり、すなわち、天然では存在せず、かつ関心対象の１つ以上のゲノムにより、例えばヒトゲノムによりコートされるタンパク質中には存在しない。合成ペプチドは、溶液中でほとんどあるいは全く構造を有さなくても（例えば、非構造）、不均質構造を有しても（例えば、交互高次構造または「緩く」構造化）、または特異な天然構造を有しても（例えば、協働的に折り畳まれている）よい。いくつかの合成ペプチドは、標的分子に結合された場合に特定の構造を採用する。いくつかの例示的な合成ペプチドは、少なくとも１つのジスルフィド結合を有するいわゆる「環状」ペプチド、例えば、約４〜１２の非システイン残基のループである。例示的なペプチドは、２８、２４、２０、または１８より短いアミノ酸の長さを有する。
【０３９４】
独立してカリクレインに結合するペプチド配列は、様々な方法のいずれかにより同定することができる。例えば、ディスプレイライブラリーまたはペプチドアレイから選択することができる。同定後、そのようなペプチドは、合成的にまたは組換え手段により生成することができる。配列はより長い配列に組み込む（例えば、挿入、付加、付着させる）ことができる。
【０３９５】
以下は、スクリーニングすることができるいくつかの例示的なファージライブラリーである。各ライブラリーは、Ｍ１３ファージの表面上の短い、多様化外因性ペプチドを表示する。ライブラリーの５つのペプチドディスプレイは、それぞれ、システイン残基が隣接する４、５、６、７、８、１０、１１、または１２のアミノ酸のセグメントを有する親ドメインに基づいていた。システインの対は、安定なジスルフィド結合を形成し、環状ディスプレイペプチドが得られると考えられる。環状ペプチドはファージ表面のタンパク質ＩＩＩのアミノ末端で表示される。ライブラリーはＴＮ６／６、ＴＮ７／４、ＴＮ８／９、ＴＮ９／４、ＴＮ１０／１０、ＴＮ１１／１、およびＴＮ１２／１と称された。２０アミノ酸の直鎖ディスプレイを有するファージライブラリーもまたスクリーニングされ、このライブラリーはＬｉｎ２０と称された。
【０３９６】
ＴＮ６／７ライブラリーは、１２−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ６／６ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｃｙｓ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は、下付整数により示される。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の普通のα−アミノ酸のいずれかを含むように変化された。
【０３９７】
ＴＮ７／４ライブラリーは、１２−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ７／４ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｃｙｓ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は、下付整数により示される。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の普通のα−アミノ酸のいずれかを含むように変化された。
【０３９８】
ＴＮ８／９ライブラリーは、１４−アミノ酸鋳型に含まれる単一結合ループを表示するように構築された。ＴＮ８／９ライブラリーはＸａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｃｙｓ−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３−Ｘａａ１４鋳型配列を使用した。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０３９９】
ＴＮ９／４ライブラリーは、１５−アミノ酸鋳型に含まれる単一結合ループを表示するように構築された。ＴＮ９／４ライブラリーはＸａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｃｙｓ１２−Ｘａａ１３−Ｘａａ１４−Ｘａａ１５鋳型配列を使用した。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０４００】
ＴＮ１０／１０ライブラリーは、１６−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ１０／９ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｃｙｓ１３−Ｘａａ１４−Ｘａａ１５−Ｘａａ１６鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は下付整数で示される。可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるようにされた。
【０４０１】
ＴＮ１１／１ライブラリーは、１７−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ１１／１ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３−Ｃｙｓ１４−Ｘａａ１５−Ｘａａ１６−Ｘａａ１７鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は下付整数で示される。可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるようにされた。
【０４０２】
ＴＮ１２／１ライブラリーは、１８−アミノ酸鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ１２／１ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３−Ｘａａ１４−Ｃｙｓ１５−Ｘａａ１６−Ｘａａ１７−Ｘａａ１８鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列中の可変アミノ酸位置の各々は下付整数で示される。鋳型のアミノ酸位置Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ１７およびＸａａ１８は、Ａｌａ、Ａｓｐ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ｌｅｕ、Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｒｐ、およびＴｙｒからなる１２アミノ酸の群から選択される各アミノ酸が許容されるように、独立して、変化された。鋳型のアミノ酸位置Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ１０、Ｘａａ１１、Ｘａａ１２、Ｘａａ１３、Ｘａａ１４、Ｘａａ１６は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０４０３】
Ｌｉｎ２０ライブラリーは、２０−アミノ酸鋳型中の単一直鎖ペプチドを表示するように構築された。鋳型中の各位置のアミノ酸は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０４０４】
Ｋａｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  １９９６）および米国特許第５，２２３，４０９号において論じられている技術は、選択した親鋳型に対応する可能性のあるバインダーのライブラリーを調製するのに有用である。上記ライブラリーは、そのような技術に従い調製し、例えば上記の通りに、カリクレインに結合しかつカリクレインを阻害するペプチドについて、スクリーニングすることができる。
【０４０５】
さらに、ファージライブラリーまたはファージライブラリーから選択された集団を、例えば、アプロチニンまたは他のカリクレイン阻害剤の結合により不活性化されたカリクレインを、例えば使用して、対抗選択することができる。そのような手順を使用して、活性部位と接触しないペプチドを廃棄することができる。
【０４０６】
ペプチドはまた、別のバックボーン、例えばペプトイドバックボーンを使用して合成することができ、例えば、プロテアーゼ抵抗性が増加した化合物が生成される。特に、この方法を使用して、カリクレインに結合し、阻害するが、それ自体、カリクレインに事実上切断されない化合物を製造することができる。
【０４０７】
プロテアーゼ阻害剤−プラスミン結合タンパク質／阻害剤
プラスミンは、プラスミノーゲンからもたらされるセリンプロテアーゼである。プラスミンの触媒ドメイン（または「ＣａｔＤｏｍ」）は、特にアルギニン残基の後の、およびより少ない程度でリシンの後の、ペプチド結合を切断し、トリプシン、キモトリプシン、カリクレイン、および多くの他のセインプロテアーゼと高度の相同性を示す。プラスミンの特異性のほとんどが、フィブリンのプラスミン結合のクリングルドメインに由来する（Ｌｕｃａｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍ  （１９８３）  ２５８（７）４２４９−５６．；  Ｖａｒａｄｉ  ＆  Ｐａｔｔｈｙ，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  （１９８３）  ２２：２４４０−２４４６．；およびＶａｒａｄｉ  ＆  Ｐａｔｔｈｙ，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  （１９８４）  ２３：２１０８−２１１２．）。活性化されると、ＡＲＧ５６１−Ｖａｌ５６２の間の結合が切断され、新しい自由アミノ末端が塩橋を形成することができる。それにもかかわらず、クリングルは２つのジスルフィドによりＣａｄＤｏｍに結合されたままである（Ｃｏｌｍａｎ，  Ｒ  Ｗ，  Ｊ  Ｈｉｒｓｈ，  Ｖ  Ｊ  Ｍａｒｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ  Ｗ  Ｓａｌｚｍａｎ，  編者，  Ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ，第二版，  １９８７，  Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  Ｐａ．，  Ｂｏｂｂｉｎｓ，  １９８７，上記）。
【０４０８】
線維素溶解の主因である作用物質は、プラスミン、プラスミノーゲンの活性化形態である。多くの物質がプラスミノーゲンを活性化することができ、活性化ハーゲマン因子、ストレプトキナーゼ、ウロキナーゼ（ｕＰＡ）、組織型プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、および血漿カリクレイン（ｐＫＡ）が含まれる。ｐＫＡは、ウロキナーゼのチモーゲン形態の活性化因子および直接プラスミノーゲン活性化因子の両方である。
【０４０９】
プラスミンは正常な循環血中では検出できないが、プラスミノーゲン、チモーゲンは約３μＭで存在する。さらなる未測定の量のプラスミノーゲンが、フィブリンにならびに細胞外マトリクスおよび細胞表面の他の成分に結合されている。正常な血液はプラスミンの生理的阻害剤、α２−プラスミン阻害剤（α２−ＰＩ）を約２μＭで含む。プラスミンおよびα２−ＰＩは１：１複合体を形成する。マトリクスまたは細胞に結合されたプラスミンは、α２−ＰＩによる阻害を比較的受けつけない。このように、プラスミンの活性化は、α２−ＰＩの中和能を超えることができ、線維素溶解促進性状態を引き起こす。
【０４１０】
プラスミンは、いったん形成されると、
ｉ）フィブリン塊を、時として時期尚早に分解し、
ｉｉ）フィブリノーゲン（血餅の構築材料）を消化して、脆弱な容易に溶解される血餅を分解生成物から形成させることにより止血を害し、フィブリノーゲン分解生成物により血小板接着／凝集の阻害を害し、
ｉｉｉ）直接血小板と相互作用して、糖タンパク質ＩｂおよびＩＩｂ／ＩＩＩａを切断し、高せん断血流領域内の損傷内皮への接着を阻止し、血小板血栓形成に必要とされる凝集応答を害し（Ａｄｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｌｏｏｄ  （１９８６）  ６８（６）１２８０−１２８４）、
ｉｖ）タンパク質分解的に、外因性凝固経路における酵素を不活性して、熱分解状態をさらに促進する。Ｒｏｂｂｉｎｓ（Ｒｏｂｂｉｎｓ，  Ｃｈａｐｔｅｒ  ２１  ｏｆ  Ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ，    Ｃｏｌｍａｎ，  Ｒ．  Ｗ．，  Ｊ．  Ｈｉｒｓｈ，  Ｖ．  Ｊ．  Ｍａｒｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ．  Ｗ．  Ｓａｌｚｍａｎ，  編者，  第二版，  １９８７，  Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  ＰＡ）はプラスミノーゲン−プラスミンシステムを詳細に再検討した。
【０４１１】
Ｍａｒｋｌａｎｄら（米国特許第６，０１０，８８０号、同第６，０７１，７２３号および同第６，１０３，４９号）は、プラスミンの阻害の際に高い親和性および特異性を有する多くの誘導体を主張している。
【０４１２】
ＤＸ−１０００
ＤＸ−１０００はヒトプラスミンを阻害するクニッツドメインポリペプチドである（Ｋｉ＝８８ｐＭ）。クニッツドメインのさらなる説明は下記で提供される。ＤＸ−１０００タンパク質はヒトＬＡＣＩのフレームワーク領域を含むが、他のフレームワークもまた使用することができる。ＤＸ−１０００の配列は下記アミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００）を含む。
2013533206.tif 000025
【０４１３】
配列はまた、２つのＮ−末端アミノ酸（「ＥＡ」）により先行させ、下記配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００）を含むことができる。
2013533206.tif 000026
【０４１４】
ＤＸ−１０００は、いくつかの機能細胞に基づく活性アッセイ法において試験され、強力な阻害活性が証明された。最初に、プラスミノーゲン／プラスミンシステムに依存することが知られている過程である、マトリゲルを介するＬＮＣａＰｓ（前立腺癌）およびＨＴ−１０８０（線維肉腫）のＤＨＴ−刺激浸潤の両方を、ＤＸ−１０００（１ｎＭ）は阻害した。興味深いことに、ＤＸ−１０００は、癌細胞浸潤およびＥＣＭタンパク質分解に直接関与する、ゼラチナーゼの発現および活性化を効果的に下方制御した。さらに、ＤＸ−１０００（１〜１０ｎＭ）は、マトリゲルまたはコラーゲンＩ型のいずれの上で培養したかに関係なく、ヒトおよびマウス内皮細胞の管形成を効果的に遮断した。止血の観点に集中すると、ＤＸ−１０００は、全般的凝固スクリーニング試験または血小板機能スクリーニング試験で、臨床的に有意な効果を示さなかった。
【０４１５】
ＤＸ−１０００は、例えばペグ化により修飾することができる。ｍＰＥＧを用いた修飾のための３つの有効なリシンおよびＮ−末端を有し、これらの位置の１つ、２つまたはそれ以上を修飾することができる（例えば、これらの位置の４つの全てを修飾することができる）。化合物４×ＰＥＧ  ＤＸ−１０００は、４つのＰＥＧ部分を含む例示的な修飾ＤＸ−１０００分子である。ＤＸ−１０００は、約５ｋＤａまたは７ｋＤａの平均分子量を有するｍＰＥＧスクシンイミジルプロピオン酸試薬と結合させることができる。
【０４１６】
ＤＸ−１０００変種および他の阻害クニッツドメイン
米国特許第６，１０３，４９９号は、プラスミンを阻害するＤＸ−１０００変種を含む、さらなるプラスミン阻害剤を記載する。これらのクニッツドメインはまた、本明細書で記載される治療法において使用することができる。
【０４１７】
例示的なプラスミン阻害量のタンパク質は、下記式：
2013533206.tif 000027
を有するクニッツドメインを含む。
【０４１８】
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７および／またはＸａａ５８は存在しなくてもよい。Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎとすることができる。Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐとすることができる。Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇとすることができる。Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙとすることができる。Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅとすることができる。Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅとすることができる。Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐとすることができる。Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎとすることができる。Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐとすることができる。Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔとすることができる。Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙとすることができるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒとすることができる。特記されない限り、Ｘａａは任意のアミノ酸、特に任意の非システインアミノ酸とすることができる。
【０４１９】
さらに、Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕとすることができる。Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、またはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ１３はＰｒｏである。Ｘａａ１５はＡｒｇである。Ｘａａ１６はＡｌａである。Ｘａａ１７はＡｒｇである。Ｘａａ１８はＰｈｅである。Ｘａａ１９はＧｌｕまたはＡｓｐとすることができる。Ｘａａ２１はＰｈｅまたはＴｒｐとすることができる。Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ３１はＡｓｐまたはＧｌｕとすることができる。Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、またはＧｌｕとすることができる。Ｘａａ３４はＶａｌ、ＩｌｅまたはＴｈｒとすることができる。Ｘａａ３５はＴｙｒである。Ｘａａ３６はＧｌｙである。Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、またはＡｓｐとすることができる。Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙとすることができるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒとすることができる。
【０４２０】
１つの実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−１０００の第１および／または第２の結合ループのアミノ酸の少なくとも８０、８５、９０、または９５％を含む。１つの実施形態では、タンパク質はヒトクニッツドメイン（例えば、本明細書で記載したヒトクニッツドメイン）由来のフレームワーク領域を含む。
【０４２１】
例示的なＤＸ−１０００変種は、ＤＸ−１０００のアミノ酸配列（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００）またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００のアミノ酸配列と少なくとも１つの、しかし８、６、５、４、３または２つよりも少ないアミノ酸の違い（例えば、置換、挿入、または欠失）だけ異なるアミノ酸配列を有する、タンパク質を含む。違いは、第１の結合ループ以外の領域中に、または第１および第２の結合ループ以外の領域中に、例えばフレームワーク領域中に存在し得る。典型的には、クニッツドメインは、ヒトでは天然には存在しないが、１０、７または４より少ないアミノ酸だけ、ヒトクニッツドメイン（例えば、本明細書で記載したヒトクニッツドメイン）とは異なるアミノ酸配列を含み得る。
【０４２２】
１つの実施形態では、プラスミンに対する化合物のＫｉは、プラスミンに対するＤＸ−１０００のＫｉの０．５〜１．５、０．８〜１．２、０．３〜３．０、０．１〜１０．０、または０．０２〜５０．０倍以内である。
【０４２３】
ＤＸ−１０００はプラスミンを阻害するクニッツドメインを含む。ＤＸ−１０００および関連クニッツドメインは本明細書で記載される。
【０４２４】
プラスミン阻害剤の１つのクラスは抗体を含む。例示的な抗体はプラスミンに特異的に結合する。抗体は多くの様式でプラスミンを阻害することができる。例えば、それは、活性部位の１つ以上の残基と接触すること、立体的に活性部位へのアクセスを妨げるもしくは妨害すること、プラスミンの成熟を阻止すること、または触媒活性のために必要とされる高次構造を不安定化することができる。
【０４２５】
結合リガンドは、独立して標的分子（例えば、プラスミン）に結合する３２以下のアミノ酸のペプチドを含むことができる。いくつかのそのようなペプチドは１つ以上のジスルフィド結合を含むことができる。他のペプチド、いわゆる「直鎖ペプチド」はシステインを有さない。１つの実施形態では、ペプチドは人工的であり、すなわち、天然には存在せず、かつ関心対象の１つ以上のゲノム、例えばヒトゲノムによりコートされるタンパク質中には存在しない。合成ペプチドは、溶液中でほとんどあるいは全く構造を有さなくても（例えば、非構造）、不均質構造を有しても（例えば、交互高次構造または「緩く」構造化）、または特異な天然構造を有しても（例えば、協働的に折り畳まれている）よい。いくつかの合成ペプチドは、標的分子に結合された場合に特定の構造を採用する。いくつかの例示的な合成ペプチドは、少なくとも１つのジスルフィド結合を有するいわゆる「環状」ペプチド、例えば、約４〜１２の非システイン残基のループである。例示的なペプチドは、２８、２４、２０、または１８より短いアミノ酸の長さを有する。
【０４２６】
プロテアーゼ阻害剤−ＭＭＰ結合タンパク質／阻害剤
他の好ましいプロテアーゼ阻害剤結合タンパク質は、マトリクスメタロプロテアーゼ結合タンパク質、または「ＭＭＰ結合タンパク質」、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−１４、およびＭＭＰ−２のものを含む。結合タンパク質は、ある実施形態では抗体、ペプチドまたはクニッツドメインベースであり得る。ある特定のＭＭＰ結合タンパク質は、さらに詳細に以下で記載される。
【０４２７】
ＭＭＰ−９結合タンパク質
任意のＭＭＰ−９結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物において使用され得る。
【０４２８】
ＭＭＰ−９は、正式名マトリクスメタロプロテイナーゼ−９前駆体を有するＭＭＰ９と称される遺伝子によりコードされる。ＭＭＰ−９に対する同義語は、マトリクスメタロプロテイナーゼ９、ゼラチナーゼＢ（ＧＥＬＢ）、９２ｋＤａゼラチナーゼ（ＣＬＧ４Ｂ）、９２ｋＤａ  ＩＶ型コラゲナーゼ（ＥＣ  ３．４．２４．３５）を含む。ＤＮＡ配列がホモ・サピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）およびハツカネズミ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ）で知られている。ヒトＭＭＰ９をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を以下に示す。マウスＭＭＰ９をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列もまた以下に示す。例示的なＭＭＰ−９タンパク質は、ヒトまたはマウスＭＭＰ−９アミノ酸配列、これらの配列の１つと８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一な配列、またはそのフラグメント、例えばシグナル配列またはプロドメインを有さないフラグメントを含む。
【０４２９】
表２は他の生物における同様の遺伝子およびヒトＭＭＰ−９との類似％を示す。ＭＭＰ−９に対し、チンパンジー（パン・トログロダイテス（Ｐａｎ  ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ））、ブタ（イノシシ（Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａ））、ウシ（ボース・タウルス（Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓ））、ショウジョウバエ（キイロショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ））、ムシ（線虫（Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ））、パン酵母（サッカロミセス・セレビシア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））、熱帯ツメガエル（シルラナ・トロピカリス（Ｓｉｌｕｒａｎａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ））、アフリカマラリア蚊（ガンビアハマダラカ（Ａｎｏｐｈｅｌｅｓ  ｇａｍｂｉａｅ））、緑藻類（コナミドリムシ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ  ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉ））ダイズ豆（ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ  ｍａｘ））、オオムギ（ホルデウム・ブルガレ（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ））、トマト（リコペルシコン・エスクレンタム（Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ  ｅｓｃｕｌｅｎｔｕｍ））、イネイモチ病菌（マグナポルテ・グリセア（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ  ｇｒｉｓｅａ））、サトウキビ（サッカラム・オフィシネラム（Ｓａｃｃｈａｒｕｍ  ｏｆｆｉｃｉｎａｒｕｍ））、タエダマツ（ピナス・タエダ（Ｐｉｎｕｓ  ｔａｅｄａ））、トウモロコシ（ジー・メイズ（Ｚｅａ  ｍａｙｓ））、コムギ（トリチウム・アエスチバム（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ａｅｓｔｉｖｕｍ））、アリカンテ（Ａｌｉｃａｎｔｅ）ブドウ（ヴィティス・ヴィニフェラ（Ｖｉｔｉｓ  ｖｉｎｉｆｅｒａ））、黒カビ（アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｃｒａｓｓａ））、分裂酵母（シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ））、ホヤ（シオナ・インテスチナリス（Ｃｉｏｎａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ））、アメーバ（キイロタマホコリカビ（Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍ  ｄｉｓｃｏｉｄｅｕｍ））、Ａ．ゴスピー（ｇｏｓｓｐｙｉｉ）酵母（アシュビア・ゴシピー（Ａｓｈｂｙａ  ｇｏｓｓｙｐｉｉ））、Ｋ．ラクティス（ｌａｃｔｉｓ）酵母（クルイベロミセス・ラクチス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ））、タルウマゴヤシ（マディカゴ・トルンカツーラ（Ｍｅｄｉｃａｇｏ  ｔｒｕｎｃａｔｕｌａ））、マラリア寄生虫（熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ））、住血吸虫寄生虫（マンソン住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｍａｎｓｏｎｉ））、モロコシ（ソルガム・バイカラー（Ｓｏｒｇｈｕｍ  ｂｉｃｏｌｏｒ））、トキソプラズマ症（トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ））ではヒトに類似するデータが見出されなかった。
2013533206.tif 000028
2013533206.tif 000029
2013533206.tif 000030
2013533206.tif 000031
【０４３０】
（表２）９つの種に由来するＭＭＰ−９オルソログ
2013533206.tif 000032
【０４３１】
ＭＭＰ−９のドメイン
ＭＭＰ−９はペプチダーゼＭ１０Ａファミリーに属する。ＭＭＰ−９は５つのドメイン、分泌型メタロプロテアーゼ遺伝子ファミリーの全てのメンバーにより共有されるアミノ末端および亜鉛結合ドメイン、７２ｋＤａ  ＩＶ型コラゲナーゼにも存在するコラーゲン結合フィブロネクチン様ドメイン、ＰＵＭＰ−１以外のこのファミリーの全ての既知の酵素により共有されるカルボキシル末端ヘモペキシン様ドメイン、およびＶ型コラーゲンのα２鎖に相同な独特な５４アミノ酸長のプロリンリッチドメインから構成される（Ｗｉｌｈｅｌｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６４，  １７２１３−１７２２１）（表３）。
【０４３２】
（表３）ＭＭＰ−９ドメイン
2013533206.tif 000033
2013533206.tif 000034
2013533206.tif 000035
【０４３３】
ＭＭＰ−９の触媒活性は、ヒスタチン−３  １／２４（ヒスタチン−５）により阻害される。ＭＭＰ−９はウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子、プラスミノーゲン、ＩＬ−１β、酢酸４−アミノフェニル水銀およびホルボールエステルにより活性化される。ＭＭＰ−９は単量体、ジスルフィド結合ホモ二量体、および２５ｋＤａタンパク質とのヘテロ二量体として存在する。マクロファージおよび形質転換された細胞系列は単量体ＭＭＰ−９のみを産生し、ヘテロ二量体型は、正常な肺胞マクロファージおよび顆粒球により産生される。前駆体の処理により６４、６７および８２ｋＤａの異なる活性形態が得られる。ＭＭＰ−３により連続して処理すると、８２ｋＤａのマトリクスメタロプロテイナーゼ−９が得られる。関節炎患者では、この酵素が関節破壊の発生の一因となり、病態の有用なマーカーとなり得る。
【０４３４】
ＭＭＰ−９の内因性阻害物質
ＭＭＰ−９は多くの内因性阻害物質を有する。他のＭＭＰの様に、ＭＭＰ−９はＴＩＭＰにより阻害される（Ｍｕｒｐｈｙ，  Ｇ．，  ａｎｄ  Ｗｉｌｌｅｎｂｒｏｃｋ，  Ｆ．  （１９９５）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  ２４８，  ４９６−５１０）。ＭＭＰ−９（およびＭＭＰ−２）の特性は、それらのチモーゲンの、ＴＩＭＰとの密着した非共有結合の、安定な複合体を形成する能力である。プロ−ＭＭＰ−２はＴＩＭＰ−２に結合し（Ｇｏｌｄｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．    （１９８９）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８６，  ８２０７−８２１１）、一方、プロ−ＭＭＰ−９はＴＩＭＰ−１に結合する（Ｗｉｌｈｅｌｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６４，  １７２１３−１７２２１）ことが示されている。ＴＩＭＰは典型的には、遅い、密着した結合阻害物質である。ファージ提示タンパク質のライブラリーから選択されるＭＭＰ−９結合タンパク質（例えば、抗体、ペプチド、クニッツドメイン）は、より迅速な速度論を有するように選択することができる。例えば、組換えＴＩＭＰ−１は、例えば、本明細書で記載されるＭＭＰ−９結合タンパク質と併用して、ＭＭＰ−９を阻害するように投与することができる。
【０４３５】
ＭＭＰ−９の低分子阻害剤
Ｓｋｉｌｅｓら（２００４，  Ｃｕｒｒ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，  １１：２９１１−７７）は、第一世代低分子ＭＭＰ阻害剤はよくないバイオアベイラビリティを有し、第二世代は筋骨格疼痛および炎症を引き起こしたことを報告した。ほとんどの低分子ＭＭＰ阻害剤は触媒亜鉛と相互作用するが、かなり低い親和性を有する。このように、効果を有するにはより高い濃度が必要とされる。触媒亜鉛との相互作用は他のＭＭＰの阻害および毒性副作用に至る。本明細書で記載されるＭＭＰ−９結合タンパク質は、低分子阻害剤と併用して使用することができる。例えば、阻害剤は併用して使用されるので、使用される低分子の用量は減少させることができ、よって、副作用がより少なくなる。低分子ＭＭＰ−９阻害剤の例としては、小さな合成アントラニル酸ベース阻害剤が挙げられる（例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ−Ｉ，  カタログ番号４４４２７８  およびＬｅｖｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｂｉｏｏｒｇ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  Ｌｅｔｔ．  １１：２９７５−２９７８を参照されたい）。
【０４３６】
ＭＭＰ−９の低分子干渉ＲＮＡ阻害剤
ＭＭＰ−９を低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）により阻害することができる。使用することができるｓｉＲＮＡの例としては下記が挙げられる。
MMP-9 siRNA
2013533206.tif 000036
対照RNA (ミスマッチ)
2013533206.tif 000037
【０４３７】
Ｋａｗａｓａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｅｂ．  １０，  ２００８，  Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．  ａｄｖａｎｃｅ  ｏｎ−ｌｉｎｅ  ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ１７２３もまた参照されたい。ｓｉＲＮＡは、ＭＭＰ−９を阻害するために、例えば本明細書で記載されるＭＭＰ−９結合タンパク質と併用して投与することができる。
【０４３８】
ＭＭＰ−９結合タンパク質
ＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）に結合し、かつ少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかである、タンパク質が提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４３９】
好ましい実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含む。例えば、ＭＭＰ−９結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。多くの例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質が本明細書で記載される。ＭＭＰ−９結合タンパク質は抗体であり得る。ＭＭＰ−９結合抗体は、単一ポリペプチド内（例えば、ｓｃＦｖ）または異なるポリペプチド（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ）上に含まれるＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列を有し得る。
【０４４０】
ＭＭＰ−９結合タンパク質は単離ペプチドまたはタンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、他のタンパク質を有さない）。
【０４４１】
ＭＭＰ−９結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−９、例えばヒトＭＭＰ−９を阻害し得る。結合タンパク質は、ＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−９の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−９上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−９内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４４２】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−９、例えばヒトＭＭＰ−９に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−９に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−９活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−９に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０４４３】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０４４４】
いくつかの実施形態では、タンパク質は少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０４４５】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−９の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。
【０４４６】
いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−９上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−９内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４４７】
例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質としては、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、およびＭ０２８１−Ｆ０６からなる抗体の群から選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、いくつかの実施形態ではＨＣおよび／またはＬＣ可変ドメインを有する抗体、または、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６のＨＣおよび／またはＬＣ  ＣＤＲを含むタンパク質が、挙げられる。これらのＭＭＰ−９結合タンパク質は、２００８年３月３日に出願された米国特許出願第６１／０３３，０７５号、２００８年３月２１日に出願された米国特許出願第６１／０５４，９３８号、および国際公開公報第２００９／１１１４５０号においてさらに記載されている。
【０４４８】
タンパク質は、抗体である場合、下記特性のうちの１つ以上を含むことができる：（ａ）ヒトＣＤＲまたはヒトフレームワーク領域、（ｂ）ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＨＣ可変ドメインのＣＤＲと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一である１つ以上のＣＤＲを含むこと、（ｃ）ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＬＣ可変ドメインのＣＤＲと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一である１つ以上のＣＤＲを含むこと、（ｄ）ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＬＣ可変ドメインと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一であること、（ｅ）ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＨＣ可変ドメインと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一であること、（ｆ）タンパク質は本明細書で記載されるタンパク質により結合されるエピトープ、またはそのようなエピトープと重複するエピトープに結合すること、ならびに（ｇ）霊長類ＣＤＲまたは霊長類フレームワーク領域。
【０４４９】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０４５０】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０４５１】
１つの実施形態では、タンパク質は霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」はヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（Ｐａｎ  ｐａｎｉｓｃｕｓ）（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ（Ｇｏｒｉｌｌａ  ｇｏｒｉｌｌａ））、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス（Ｄａｕｂｅｎｔｏｎｉａ  ｍａｄａｇａｓｃａｒｉｅｎｓｉｓ））、およびメガネザルを含む。
【０４５２】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０４５３】
ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質
任意のＭＭＰ−９／２結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物で使用され得る。ＭＭＰ−９／２結合タンパク質はＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）およびＭＭＰ−２（例えば、ヒトＭＭＰ−２）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかであるタンパク質が提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４５４】
好ましい実施形態では、ＭＭＰ−９／２結合タンパク質は少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含む。例えば、ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質は抗体であり得る。ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合抗体は、単一ポリペプチド内（例えば、ｓｃＦｖ）または異なるポリペプチド（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ）上に含まれるＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列を有し得る。
【０４５５】
ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質は単離タンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％他のタンパク質を有さない）。
【０４５６】
ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−９、例えばヒトＭＭＰ−９および／またはＭＭＰ−２、例えばヒトＭＭＰ−２を阻害し得る。結合タンパク質は、ＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）および／またはＭＭＰ−２（例えば、ヒトＭＭＰ−２）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−９の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触し、および／またはタンパク質はヒトＭＭＰ−２の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−９上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−９内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。他の実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−２上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−２内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４５７】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−９および／またはＭＭＰ−２に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−９に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０４５８】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０４５９】
いくつかの実施形態では、タンパク質は少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０４６０】
例示的なＭＭＰ−９／２結合タンパク質としては、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、いくつかの実施形態ではＨＣおよび／またはＬＣ可変ドメインを有する抗体が、挙げられる。例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質としては、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、いくつかの実施形態では、３つのＨＣおよび／または３つのＬＣ  ＣＤＲを有する抗体が挙げられる。そのようなＭＭＰ−９／２結合タンパク質は、２００８年３月３日に出願された米国特許出願第６１／０３３，０７５号、２００８年３月２１日に出願された米国特許出願第６１／０５４，９３８号、および国際公開公報第２００９／１１１５０８号においてさらに記載されている。
【０４６１】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０４６２】
１つの実施形態では、タンパク質はヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０４６３】
１つの実施形態では、タンパク質は霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」はヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ）、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス）、およびメガネザルを含む。
【０４６４】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０４６５】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質
任意のＭＭＰ−１２結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物で使用され得る。
【０４６６】
ＭＭＰ−１２は、正式名マトリクスメタロプロテイナーゼ−１２前駆体を有するＭＭＰ１２と称される遺伝子によりコードされる。ＭＭＰ−１２に対する同義語は、マトリクスメタロプロテイナーゼ１２、マクロファージエラスターゼ、マクロファージメタロエラスターゼを含む。ＤＮＡ配列がホモ・サピエンスおよびハツカネズミで知られている。ヒトＭＭＰ１２をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を以下に示す。マウスＭＭＰ１２をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を以下に示す。例示的なＭＭＰ−１２タンパク質は、ヒトまたはマウスＭＭＰ−１２アミノ酸配列、これらの配列の１つと８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一な配列、またはそのフラグメント、例えばシグナル配列またはプロドメインを有さないフラグメントを含むことができる。
ヒトMMP12のcDNAおよびアミノ酸の配列
2013533206.tif 000038
2013533206.tif 000039
【０４６７】
ＭＭＰ−１２遺伝子における多型は、例えば(2002) J Am Coll Cardiol. 3:40(1):43-8,(2002) Hum Mol Genet. 1:11(5):569-76., (2001) Stroke 32(9):2198-202., および(2000) Circ Res. 86(9):998-1003において、記載されている。
マウスMMP12のcDNAおよびアミノ酸の配列
2013533206.tif 000040
【０４６８】
ＭＭＰ−１２を制御する因子
ＭＭＰ−１２の発現は多くの因子により制御される。上方制御の報告としては、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ．  ２００４  Ｊａｎ  ２２；２３（３）：８４５−５１（ステージＩの肺癌における再発、２／１０症例），  Ａｎｎ  Ｎｅｕｒｏｌ．  ２００３  Ｊｕｎ；５３（６）：７３１−４２（脳内出血のコラーゲン誘発ラットモデル），  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２００５  Ｍａｙ  １５；６５（１０）：４２６１−７２（プロテインキナーゼＣ／ｐ５３抵抗性細胞），  Ｂｒ  Ｊ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ；１５２（４）：７２０−６（扁平上皮癌を有する９人の患者からの試料），  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｒｅｓ．  ２００５  Ｍａｙ  １；６６（２）：４１０−９（老化），  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ  １５；１７４（８）：４９５３−９．  （肺サーファクタントタンパク質Ｄ  −／−  マウス），  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．  ２００５  Ｊｕｎ  ３；２８０（２２）：２１６５３−６０．  （角膜創傷修復），  Ｓｕｒｇｅｒｙ．  ２００５  Ａｐｒ；１３７（４）：４５７−６２  （マウスにおけるＣａＣｌ２の大動脈周囲適用），  Ｊ  Ｖｉｒｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ；７９（８）：４７６４−７３  （マウスウイルス性脳炎），  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ．  ２００５  Ａｐｒ  ２９；３３０（１）：１９４−２０３  （マウスにおけるタバコの煙凝縮物），  Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｒｅｓ．  ２００５  Ｊａｎ；５４（１）：３１−６  （気管支肺胞洗浄およびＣＯＰＤ患者からの肺組織），  Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ；３２（４）：３１１−８  （トランスジェニックマウスにおけるヒトＩＬ−１βの誘発），  Ｔｏｘｉｃｏｌ  Ｐａｔｈｏｌ．  ２００４  Ｍａｙ−Ｊｕｎ；３２（３）：３５１−６  （マウスにおけるタバコの煙），  Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ２００４  Ａｐｒ；２８６（４）：Ｌ８０１−７  （リソソーム酸性リパーゼ遺伝子ノックアウトマウス），  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．  ２００４  Ｆｅｂ  １１；２４（６）：１５２１−９  （Ａ１アデノシン受容体ヌルマウス），  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ．  １９９８  Ｊｕｌ  １；８７（１−２）：６２−７２  （実験的に誘発された遅延型過敏性ＭＳモデル），  Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００５  Ｊａｎ；６１（１）：１０−７  （ＩＬ−４），  Ｊ  Ｐｅｄｉａｔｒ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｎｕｔｒ．  ２００５  Ｊａｎ；４０（１）：６０−６  （腸炎），  Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ２００５  Ｊｕｌ；２０４（１）：１３９−４５  （スタチン），  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００４  Ｏｃｔ  １５；１７３（８）：５２０９−１８  （実験的自己免疫性脳脊髄炎），  Ｊ  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２００４  Ｊｕｌ；４４（１）：５７−６５  （頸動脈に内皮損傷を有する高コレステロールハムスター），  Ｃａｎｃｅｒ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  Ｒｅｖ．  ２００４  Ｊａｎ−Ｊｕｎ；２３（１−２）：１０１−１７  （結腸直腸癌），  Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃ  Ｂｉｏｌ  Ｍｅｄ．  ２００４  Ｍａｒ  １５；３６（６）：７８２−８０１  （酸化的ストレス），  Ｃｈｅｓｔ．  ２００��  Ｆｅｂ；１２５（２）：４６６−７２  （ウッドスモーク、タバコの煙、ＣＰＯＤ）が挙げられる。
【０４６９】
下方制御または無上方制御は、Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ．  ２００３  Ａｐｒ；２７（２）：１０７−１３  （ＩＩ型コラーゲンで免疫されたマウス），  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２００３  Ｊａｎ  １；６３（１）：２５６−６２．  （エプスタイン・バーウイルスタンパク質；上咽頭癌），  Ｃｕｒｒ  Ｅｙｅ  Ｒｅｓ．  １９９８  Ｆｅｂ；１７（２）：１３２−４０  （死後のヒトの目由来のヒト光受容体間マトリクスおよび硝子体），  およびＳｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００５  Ｊａｎ；６１（１）：１０−７  （デキサメタゾン）において報告されている。
【０４７０】
ＭＭＰ−１２の内因性阻害物質
ＭＭＰ−１２は多くの内因性阻害物質を有する。他のＭＭＰの様に、ＭＭＰ−１２はＴＩＭＰにより阻害される（Ｍｕｒｐｈｙ，  Ｇ．，  ａｎｄ  Ｗｉｌｌｅｎｂｒｏｃｋ，  Ｆ．  （１９９５）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  ２４８，  ４９６−５１０）。
【０４７１】
ＭＭＰ−１２の低分子阻害剤
ＭＭＰ−１２の低分子阻害剤が合成され、試験されている。これらのほとんどが不十分な効力または不十分な特性、あるいはその両方を有する。報告としては、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．  ２００５  Ａｐｒ  １２；１０２（１５）：５３３４−９  （アセトヒドロキサム酸およびＮ−イソブチル−Ｎ−［４−メトキシフェニルスルホニル］グリシリルヒドロキサム酸）；  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２００４  Ｏｃｔ；５０（１０）：３２７５−８５  （ＭＭＰ活性の一般的なヒドロキサメート阻害剤）；  Ａｒｃｈ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  ２００３  Ｊａｎ  １５；４０９（２）：３３５−４０  （ペプチドｌｉｎ２４）；  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００１  Ｓｅｐ  ２８；３１２（４）：７４３−５１  （ヒドロキサム酸阻害剤，  ＣＧＳ２７０２３Ａ）；  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００１  Ｓｅｐ  ２８；３１２（４）：７３１−４２  （バチマスタット（ＢＢ−９４））；  Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２００１  Ｊａｎ−Ｆｅｂ；２１（１Ａ）：１４５−５５  （ＡＥ−９４１，軟骨製の経口の生体適合性抽出物）；  Ｊ  Ｃｏｍｂ  Ｃｈｅｍ．  ２０００  Ｎｏｖ−Ｄｅｃ；２（６）：６２４−３８  （ビーズ上のＸＸＸ−Ｇｐｓｉ（ＰＯ２Ｈ−ＣＨ２）Ｌ−ＸＸＸライブラリー）；  Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ．  ２０００  Ｍａｒ  １６；１４７８（１）：５１−６０  （緑茶ポリフェノール）；  Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ．  １９８４  Ｍａｙ；３５（５）：４４９−５７  （ペプチドクロロメチルケトン）；  Ａｍ  Ｒｅｖ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｄｉｓ．  １９８２  Ｆｅｂ；１２５（２）：２０３−７  （一連のエラスターゼ阻害剤）；  Ｍｅｍ  Ｉｎｓｔ  Ｏｓｗａｌｄｏ  Ｃｒｕｚ．  ２００５  Ｍａｒ；１００：１６７−１７２  （マリマスタット）；  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００４  Ａｕｇ  ２０；３４１（４）：１０６３−７６  （ＣＰ−２７１４８５，  ＰＦ−００３５６２３１，およびＰＤ−０３５９６０１）；  Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｒｅｓ．  ２００３  Ｍａｒ；５２（３）：９５−１００．；  Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ．  ２００４  Ｏｃｔ  ４；１４（１９）：４９３５−９  （新規オキサゾリン亜鉛結合基を有する阻害剤）；  ならびにＪ  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２００４  Ｊｕｌ；４４（１）：５７−６５  （ＯＮＯ−４８１７）が挙げられる。他のＭＭＰ−１２の低分子阻害剤は、例えば、米国特許出願第２００５００１４８１７号（フルオロチオフェン誘導体）、米国特許出願第２００５００１４８１６号（チオフェンアミノ酸誘導体）、米国特許第６，７７０，６４０号（１−カルボキシメチル−２−オキソ−アゼパン誘導体）、ＰＣＴ公報国際公開公報第２０００４０５７７号（１−カルボキシメチル−２−オキソ−アゼパン誘導体）、ＰＣＴ公報国際公開公報第２００５３２５４１号（置換複素環メルカプトスルフィド阻害剤）、ＰＣＴ公報国際公開公報第２００１８３４３１号、米国特許出願第２００３０１５８１５５号、欧州特許第１２８８１９９号、ＰＣＴ公報国際公開公報第２０００４０６００号および米国特許第６，３５２，９７６号、米国特許第６，３５０，９０７号、米国特許第６，９２４，２７６号、米国特許第６，９１６，８０７号、米国特許第６，６８６，３５５号、米国特許第６，５４８，４７７および米国特許第５，５０６，２４２号において記載されている。低分子は、例えば本明細書で記載されるＭＭＰ−１２結合タンパク質と併用して、ＭＭＰ−１２を阻害するために投与することができる。
【０４７２】
ＭＭＰ−１２の低分子干渉ＲＮＡ阻害剤
ＭＭＰ−１２を低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）により阻害することができる。使用することができるｓｉＲＮＡの例は、米国特許出願公開第２００４００８７５３３号およびＰＣＴ公報国際公開公報第２００４０９０９８号において記載されている。ｓｉＲＮＡは、例えば本明細書で記載されるＭＭＰ−１２結合タンパク質と併用して、ＭＭＰ−１２を阻害するために投与することができる。
【０４７３】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質
ＭＭＰ−１２（例えば、ヒトＭＭＰ−１２）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかであるタンパク質が、提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４７４】
１つの実施形態では、ＭＭＰ−１２（例えば、ヒトＭＭＰ−１２および／またはマウスＭＭＰ−１２）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含むタンパク質が提供される。例えば、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。多くの例示的なＭＭＰ−１２結合タンパク質が本明細書で記載される。
【０４７５】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質は単離タンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％他のタンパク質を有さない）。
【０４７６】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−１２、例えばヒトおよび／またはマウスＭＭＰ−１２を阻害し得る。結合タンパク質は、ＭＭＰ−１２（例えば、ヒトＭＭＰ−１２）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−１２の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−１２上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−１２内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４７７】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−１２、例えばヒトＭＭＰ−１２に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−１２活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−１２に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０４７８】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０４７９】
いくつかの実施形態では、タンパク質は少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０４８０】
１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−１２の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。
【０４８１】
いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−１２上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−１２内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４８２】
好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000041
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される抗体の軽および重鎖を有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質はＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000042
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択されるその重鎖を有するヒト抗体である。好ましい実施形態ではタンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000043
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択されるその軽鎖を有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000044
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される重鎖の対応するＣＤＲから精選される１つ以上の重鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000045
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される軽鎖の対応するＣＤＲから精選される１つ以上の軽鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000046
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される軽鎖の対応するＣＤＲから精選される１つ以上の軽鎖ＣＤＲおよび１つ以上の重鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。
【０４８３】
これらのＭＭＰ−１２結合タンパク質は、２００８年３月３日に出願された米国特許出願第６１／０３３，０７５号、および２００８年５月１４日に出願された米国特許出願第６１／１２７，８３０号、および国際公開公報第２００９／１１１５０７号においてさらに記載されている。
【０４８４】
より好ましい実施形態では、タンパク質は、抗体ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７の軽鎖および重鎖を有するヒト抗体である。別の好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７由来のその重鎖を有するヒト抗体である。さらに別の好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７由来のその軽鎖を有するヒト抗体である。さらにより好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７の重鎖の対応するＣＤＲ由来の１つ以上の重鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。別のさらにより好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７の軽鎖の対応するＣＤＲ由来の１つ以上の軽鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。
【０４８５】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０４８６】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０４８７】
１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」は、ヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ）、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス）、およびメガネザルを含む。
【０４８８】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０４８９】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質
任意のＭＭＰ−１４結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物で使用され得る。
【０４９０】
ＭＭＰ−１４は、マトリクスメタロプロテイナーゼ−１４前駆体、ＭＭＰ１４と称される遺伝子によりコードされる。ＭＭＰ−１４に対する同義語は、マトリクスメタロプロテイナーゼ１４（膜挿入）、膜型１マトリクスメタロプロテイナーゼ、膜型マトリクスメタロプロテイナーゼ１、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−Ｘ１、ＭＴ１ＭＭＰ、ＭＴ１−ＭＭＰ、ＭＴＭＭＰ１、ＭＴ−ＭＭＰ１を含む。ＭＴ−ＭＭＰは、同様の構造を有し、シグナルペプチド、プロドメイン、触媒ドメイン、ヒンジ領域、およびヘモペキシンドメインを含む（Ｗａｎｇ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，  ２７９：５１１４８−５５）。スイスプロットエントリＰ５０２８１に従い、ＭＭＰ−１４前駆体のシグナル配列はアミノ酸残基１〜２０を含む。プロペプチドは残基２１〜１１１を含む。Ｃｙｓ９３は可能なシステインスイッチとして注釈が付けられる。残基１１２〜５８２は成熟活性タンパク質を構成する。触媒ドメインは残基１１２〜３１７を含む。ヘモペキシンドメインは残基３１８〜５２３を含む。膜貫通セグメントは残基５４２〜５６２を含む。
【０４９１】
ＭＭＰ−１４は、細胞から分離されることまたは細胞表面上で見られること、単一の膜貫通アミノ酸配列により繋ぎ止めることができる。例えば、Ｏｓｎｋｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４，  Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ，  ２００：２−１０）を参照されたい。
【０４９２】
ヒトＭＭＰ１４の例示的なアミノ酸配列を表４に示す。
【０４９３】
（表４）ヒトＭＭＰ１４のアミノ酸配列
2013533206.tif 000047
Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号 CAA88372.1).
【０４９４】
マウスＭＭＰ１４の例示的なアミノ酸配列を表５に示す。
【０４９５】
（表５）マウスＭＭＰ１４のアミノ酸配列
2013533206.tif 000048
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号NP_032634.2.
【０４９６】
ＭＭＰ−１４タンパク質に対してＭＭＰ１４結合タンパク質が開発され得る、その例示的なＭＭＰ−１４タンパク質は、ヒトまたはマウスＭＭＰ−１４アミノ酸配列、これらの配列の１つと８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一な配列、またはそのフラグメント、例えばシグナル配列またはプロドメインを有さないフラグメントを含む。
【０４９７】
ＭＭＰ−１４（例えば、ヒトＭＭＰ−１４）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかであるタンパク質が、提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４９８】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質は単離タンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％他のタンパク質を有さない）。
【０４９９】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−１４、例えばヒトおよび／またはマウスＭＭＰ−１４を阻害することができる。結合タンパク質は、ＭＭＰ−１４（例えば、ヒトＭＭＰ−１４）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−１４の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−１４の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−１４の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−１４上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−１４内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０５００】
ある実施形態では、ＭＭＰ−１４（例えば、ヒトＭＭＰ−１４）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含むタンパク質が方法および組成物において使用される。例えば、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。多くの例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質が本明細書で記載される。
【０５０１】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−１４に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−１４に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１４に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−１４活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−１４に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０５０２】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０５０３】
いくつかの実施形態では、タンパク質は、少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０５０４】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質はまた抗体であり得る。ＭＭＰ−１４結合抗体は、単一ポリペプチド内（例えば、ｓｃＦｖ）または異なるポリペプチド（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ）上に含まれるＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列を有し得る。
【０５０５】
例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質としては、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、およびＭ００４３−Ｇ０２からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、ならびにいくつかの実施形態ではＨＣおよび／またはＬＣ可変ドメインを有する抗体が、挙げられる。例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質としては、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、およびＭ００４３−Ｇ０２からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、ならびにいくつかの実施形態では３つのＨＣおよび／または３つのＬＣ  ＣＤＲを有する抗体が、挙げられる。それらのさらなる記載およびそれらの発見および生成は、継続中の米国特許出願第１１／６４８，４２３号（米国特許第２００７−０２１７９９７号）および国際公開公報第２００７／０７９２１８号において提供される。
【０５０６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質はＤＸ−２４００の１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＨＣ  ＣＤＲおよび／または１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＬＣ  ＣＤＲを含む。
【０５０７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質はＤＸ−２４００のＨＣ可変領域および／またはＬＣ可変領域を含む。
【０５０８】
いくつかの実施形態では、ＤＸ−２４１０の１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＨＣ  ＣＤＲおよび／または１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＬＣ  ＣＤＲを含む。
【０５０９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質はＤＸ−２４１０のＨＣ可変領域および／またはＬＣ可変領域を含む。
【０５１０】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０５１１】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０５１２】
１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」は、ヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ）、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス）、およびメガネザルを含む。
【０５１３】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０５１４】
当該技術分野で知られている他のＭＭＰ−１４阻害剤としては、下記特許および特許出願：米国特許第６，１１４，１５９号、米国特許第６，３９９，３４８号、ＪＰ  ３８０２５６０およびＥＰ  ０７５０６７２（全てＭａｘ  Ｄｅｌｂｒｕｅｃｋ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅの名称で）、米国特許第６，１８４，０２２号、米国特許第６，８２５，０２４号、ＥＰ  ０６８５５５７、ＪＰ  ２６９４６０４（全てＤａｉｉｃｈｉ  Ｆｉｎｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓの名称で）、ならびに米国特許出願第１１／６４８，４２３号（米国特許第２００７−０２１７９９７号）および国際公開公報第２００７／０７９２１８号において開示されているものが挙げられるが、それらに限定されない。
【０５１５】
プロテアーゼ阻害剤結合タンパク質の発見および最適化
プロテアーゼ結合タンパク質は、当該技術分野で知られているリガンド発見の任意の方法により発見され得る。ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、ライブラリーをスクリーニングすることにより発見され得る。ある実施形態では、ライブラリーはディスプレイライブラリーである。ディスプレイライブラリーはエンティティの収集物であり、各エンティティはアクセス可能なポリペプチド構成要素およびポリペプチド構成要素をコードしまたは同定する回復可能な構成要素を含む。ポリペプチド構成要素は、異なるアミノ酸配列が表されるように変化される。ポリペプチド構成要素は、任意の長さ、例えば３つのアミノ酸〜３００を超えるアミノ酸とすることができる。ディスプレイライブラリーエンティティは、１を超えるポリペプチド構成要素、例えばｓＦａｂの２つのポリペプチド鎖を含むことができる。１つの例示的な実行では、ディスプレイライブラリーは、関心対象のプロテアーゼに結合するタンパク質を同定するために使用することができる。ある選択では、ライブラリーの各メンバーのポリペプチド構成要素は、関心対象のプロテアーゼ（例えばＭＭＰの触媒ドメインまたは他のフラグメント）でプロービングされ、ポリペプチド構成要素がプロテアーゼに結合する場合、ディスプレイライブラリーメンバーは、典型的には支持体上での保持により同定される。ある実施形態では、ディスプレイライブラリーは抗体を含む。他の実施形態では、ディスプレイライブラリーはクニッツドメインを含む。さらに別の実施形態では、ディスプレイライブラリーはペプチドを含む。
【０５１６】
標的に結合する候補ライブラリーメンバーを選択した後、各候補ライブラリーメンバーは、例えば、標的に対する、例えば、関心対象のプロテアーゼに対する、または他のタンパク質への、例えば別のメタロプロテイナーゼへの結合に対するその結合特性をさらに特徴づけるために、さらに分析することができる。各候補ライブラリーメンバーは、１つ以上の第２のスクリーニングアッセイ法に供することができる。アッセイ法は、結合特性、触媒特性、阻害特性、生理的特性（例えば、細胞毒性、腎クリアランス、免疫原性）、構造特性（例えば、安定性、高次構造、オリゴマー化状態）または別の機能特性に対するものとすることができる。同じアッセイ法を、様々な条件を用いて、繰り返して使用し、例えば、ｐＨ、イオンまたは温度感度を決定することができる。
【０５１７】
必要に応じて、アッセイ法は、ディスプレイライブラリーメンバーを直接、選択されたポリペプチドをコードする核酸から生成された組換えポリペプチド、または選択されたポリペプチドの配列に基づいて合成された合成ペプチドを使用することができる。選択されたＦａｂの場合、Ｆａｂを、評価することができるか、または無傷のＩｇＧタンパク質として修飾および生成することができる。結合特性に関する例示的なアッセイ法としてはＥＬＩＳＡ、ホモジナス結合アッセイ法、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）および細胞アッセイ法が挙げられ、これらの実施は当業者によく知られている。
【０５１８】
ディスプレイライブラリーの使用の他に、プロテアーゼ結合抗体を得るために他の方法を使用することができる。例えば、プロテアーゼまたはその一領域を非ヒト動物、例えば齧歯類において抗原として使用することができる。ヒト化抗体は、抗原結合に直接関与しないＦｖ可変領域の配列をヒトＦｖ可変領域由来の等価な配列と置き換えることにより生成させることができる。ヒト化抗体を生成させるための一般的な方法は、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，  Ｓ．  Ｌ．，  １９８５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７により、Ｏｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８６，  ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４により、およびＱｕｅｅｎら、米国特許第５，５８５，０８９号、米国特許第５，６９３，７６１号および米国特許第５，６９３，７６２号により提供される。それらの方法は、重または軽鎖の少なくとも１つ由来の免疫グロブリンＦｖ可変領域の全てまたは一部をコードする核酸配列を単離、操作および発現させることを含む。そのような核酸の多くの供給源が入手可能である。例えば、核酸は、上記のように、所定の標的に対する抗体を生成するハイブリドーマから得ることができる。ヒト化抗体、またはそのフラグメントをコードする組換えＤＮＡはその後、適切な発現ベクター中にクローニングすることができる。
【０５１９】
免疫グロブリンプロテアーゼ結合タンパク質（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ  ＭＭＰ結合タンパク質）は、免疫原性を減少させるように修飾され得る。治療法としての使用を対象とするプロテアーゼ結合タンパク質においては、免疫原性の減少が望ましく、というのも、対象が治療分子に対し免疫応答を発生する機会が減少するからである。プロテアーゼ結合タンパク質の免疫原性を減少させるために有用な技術は、潜在的ヒトＴ細胞エピトープの欠失／修飾およびＣＤＲの外側（例えば、フレームワークおよびＦｃ）の配列の「生殖系列化」を含む。
【０５２０】
プロテアーゼ結合抗体は、国際公開公報第９８／５２９７６号および国際公開公報第００／３４３１７号で開示されている方法によりヒトＴ細胞エピトープの特定の欠失または「脱免疫化」により修飾され得る。簡単に言うと、抗体の重および軽鎖可変領域が、ＭＨＣクラスＩＩに結合するペプチドに対し分析され、これらのペプチドは潜在的Ｔ細胞エピトープである（国際公開公報第９８／５２９７６号および国際公開公報第００／３４３１７ヒト号において規定される）。潜在的Ｔ細胞エピトープの検出のために、「ペプチドスレッディング（ｐｅｐｔｉｄｅ  ｔｈｒｅａｄｉｎｇ）」と呼ばれるコンピュータモデリングアプローチを適用することができ、さらに、ヒトＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドのデータベースが、国際公開公報第９８／５２９７６号および国際公開公報第００／３４３１７号で記載されているように、ＶＨおよびＶＬ配列に存在するモチーフのために検索される。これらのモチーフは、１８の主ＭＨＣクラスＩＩ  ＤＲアロタイプのいずれかに結合し、したがって、潜在的Ｔ細胞エピトープを構築する。検出される潜在的Ｔ−細胞エピトープは、可変領域内の少数のアミノ酸残基を置換することにより、好ましくは単一アミノ酸置換により排除することができる。潜在的保存的置換がなされる限り、しばしばであるが排他的ではなく、ヒト生殖系列抗体配列中のこの位置の共通のアミノ酸が使用され得る。ヒト生殖系列配列は、Ｉ．Ａ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７７６−７９８；  Ｃｏｏｋ，  Ｇ．  Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｔｏｄａｙ  Ｖｏｌ．  １６  （５）：  ２３７−２４２；  Ｃｈｏｔｈｉａ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏ．  ２２７：７９９−８１７において開示されている。Ｖ  ＢＡＳＥディレクトリは、ヒト免疫グロブリン可変領域配列の包括的なディレクトリを提供する（Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ａ．ら、ＭＲＣ  Ｃｅｎｔｒｅ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，  ＵＫにより蓄積）。脱免疫化変化が同定された後、ＶＨおよびＶＬをコードする核酸は、変異誘発または他の合成方法（新規合成、カセット置き換えなど）により構築することができる。変異誘発された可変配列は、ヒト定常領域に、例えば、ヒトＩｇＧ１またはκ定常領域に、任意で融合される。
【０５２１】
いくつかの場合では、潜在的Ｔ細胞エピトープは、抗体機能にとって重要であることが知られているまたは予測される残基を含む。例えば、潜在的Ｔ細胞エピトープは通常、ＣＤＲに向いて偏っている。さらに、潜在的Ｔ細胞エピトープは、抗体構造および結合にとって重要なフレームワーク残基内に存在し得る。これらの潜在的エピトープを排除するための変化は、いくつかの場合において、例えば、変化を有するおよび有しない鎖を製造し試験することにより、より多くの精査を必要とする。可能であれば、ＣＤＲに重複する潜在的Ｔ細胞エピトープは、ＣＤＲの外側での置換により排除された。いくつかの場合では、ＣＤＲ内の変更は任意にすぎず、そのため、この置換を有するおよび有さない変種は試験されるべきである。他の場合では、潜在的Ｔ細胞エピトープを除去するのに必要とされる置換は、抗体結合にとって重要であり得るフレームワーク内の残基位置にある。これらの場合では、この置換を有するおよび有さない変種は試験されるべきである。このように、いくつかの場合では、いくつかの変種脱免疫化重および軽鎖可変領域が設計され、様々な重／軽鎖の組み合わせが、最適脱免疫化抗体を同定するために試験された。最終的な脱免疫化抗体の選択は、その後に、脱免疫化の程度、すなわち可変領域内に残っている潜在的Ｔ細胞エピトープの数と共に、異なる変種の結合親和性を考慮することにより実施することができる。脱免疫化を使用して、任意の抗体、例えば、非ヒト配列を含む抗体、例えば、合成抗体、マウス抗体、他の非ヒトモノクローナル抗体、またはディスプレイライブラリーから単離された抗体を修飾することができる。
【０５２２】
プロテアーゼ結合抗体は、結合特性が実質的に保持される限り、フレームワーク領域内の１つ以上の非生殖系列アミノ酸を、抗体の対応する生殖系列アミノ酸に復帰させることにより、「生殖系列化」される。同様の方法はまた、定常領域において、例えば、定常免疫グロブリンドメインにおいて使用することができる。
【０５２３】
プロテアーゼ、例えばＭＭＰに結合する抗体、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／２、ＭＭＰ−１２またはＭＭＰ−１４などに結合する上記抗体は、抗体の可変領域を、１つ以上の生殖系列配列により類似させるために修飾され得る。例えば、抗体は、参照生殖系列配列とより類似させるために、１つ、２つ、３つまたはそれ以上のアミノ酸置換を、例えばフレームワーク、ＣＤＲ、または定常領域中に含むことができる。１つの例示的な生殖系列化方法は、単離された抗体の配列に類似する（例えば、特にデータベースにおいて最も類似する）１つ以上の生殖系列配列を同定することを含む。変異（アミノ酸レベル）がその後、単離された抗体において、増加的に、あるいは他の変異と組み合わせて実施される。例えば、いくつかのまたはすべての可能な生殖細胞変異をコードする配列を含む核酸ライブラリーが作成される。変異抗体はその後、評価されて、例えば、単離された抗体に対し１つ以上の追加の生殖系列残基を有しかつ依然として有用である（例えば、機能活性を有する）抗体が、同定される。１つの実施形態では、多くの生殖系列残基が単離された抗体に可能な限り導入される。
【０５２４】
１つの実施形態では、変異誘発を使用して、１つ以上の生殖系列残基がフレームワークおよび／または定常領域に挿入される。例えば、生殖系列フレームワークおよび／または定常領域残基は、修飾される非可変領域に類似する（例えば、最も類似する）生殖系列配列に由来することができる。変異誘発後、抗体の活性（例えば、結合または他の機能活性）を評価して、１つまたは複数の生殖系列残基が許容されるか（すなわち、活性を抑止しない）を決定することができる。同様の変異誘発をフレームワーク領域で実施することができる。
【０５２５】
生殖系列配列の選択は異なる様式で実施することができる。例えば、生殖系列配列は、選択性または類似性に対して予め決定された基準、例えば、少なくとも一定％の同一性、例えば少なくとも７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または９９．５％の同一性を満たした場合に選択することができる。選択は、少なくとも２、３、５、または１０の生殖系列配列を使用して実施することができる。ＣＤＲ１およびＣＤＲ２の場合、類似生殖配列の同定は、１つのそのような配列を選択することを含むことができる。ＣＤＲ３の場合、類似生殖配列の同定は、１つのそのような配列を選択することを含むことができるが、アミノ末端部分およびカルボキシ末端部分に別々に寄与する２つの生殖系列配列を使用することを含み得る。他の実行では、１つまたは２つを超える生殖系列配列が、例えば、コンセンサス配列を形成するために、使用される。
【０５２６】
１つの実施形態では、特定の参照可変ドメイン配列、例えば、本明細書で記載される配列に関して、関連可変ドメイン配列は、参照ＣＤＲ配列における残基と同一でない、少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５または１００％のＣＤＲアミノ酸位置を、ヒト生殖系列配列における対応する位置の残基と同一な残基（すなわち、ヒト生殖系列核酸によりコードされるアミノ酸配列）を有する。
【０５２７】
１つの実施形態では、特定の参照可変ドメイン配列、例えば、本明細書で記載される配列に関して、関連可変ドメイン配列は、ヒト生殖系列配列、例えば参照可変ドメイン配列に関連する生殖系列配列由来のＦＲ配列と同一のＦＲ領域の少なくとも３０、５０、６０、７０、８０、９０または１００％を有する。
【０５２８】
したがって、関心対象のある一定の抗体と同様の活性を有するが、１つ以上の生殖系列配列に、特に１つ以上のヒト生殖系列配列により類似する抗体を単離することは可能である。例えば、抗体は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、フレームワーク領域）において生殖系列配列と少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または９９．５％同一とすることができる。さらに、抗体は、ＣＤＲ領域中に少なくとも１、２、３、４、または５つの生殖系列残基を含むことができ、生殖系列残基は、修飾される可変領域と類似する（例えば、最も類似する）生殖系列配列に由来する。主な関心対象の生殖系列配列はヒト生殖系列配列である。抗体の活性（例えば、ＫＡにより測定される結合活性）は、元の抗体の１００、１０、５、２、０．５、０．１、および０．００１倍以内とすることができる。
【０５２９】
ヒト免疫グロブリン遺伝子の生殖系列配列は、決定されており、多くの供給源、例えば、国際ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓインフォメーションシステム（登録商標）（ＩＭＧＴ）から入手可能であり、ワールドワイドウェブを介してｉｍｇｔ．ｃｉｎｅｓ．ｆｒおよびＶ  ＢＡＳＥディレクトリで入手可能である（Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ａ．らにより蓄積、ＭＲＣ  Ｃｅｎｔｒｅ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ、ワールドワイドウェブを介してｖｂａｓｅ．ｍｒｃ−ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋで入手可能である）。
【０５３０】
Ｖκに対する例示的な生殖系列参照配列としては、Ｏ１２／Ｏ２、Ｏ１８／Ｏ８、Ａ２０、Ａ３０、Ｌ１４、Ｌ１、Ｌ１５、Ｌ４／１８ａ、Ｌ５／Ｌ１９、Ｌ８、Ｌ２３、Ｌ９、Ｌ２４、Ｌ１１、Ｌ１２、Ｏ１１／Ｏ１、Ａ１７、Ａ１、Ａ１８、Ａ２、Ａ１９／Ａ３、Ａ２３、Ａ２７、Ａ１１、Ｌ２／Ｌ１６、Ｌ６、Ｌ２０、Ｌ２５、Ｂ３、Ｂ２、Ａ２６／Ａ１０、およびＡ１４が挙げられる。例えば、Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １４（１８）：４６２８−３を参照されたい。
【０５３１】
ＨＣ可変ドメインに対する生殖系列参照配列は、特定の基準構造、例えば、Ｈ１およびＨ２高頻度可変ループ内の１〜３つの構造を有する配列に基づかせることができる。免疫グロブリン可変ドメインの高頻度可変ループの基準構造は、Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７９９−８１７；  Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７７６−７９８）；およびＴｏｍｌｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １４（１８）：４６２８−３８に記載されているように、その配列から推測することができる。１〜３つの構造を有する例示的な配列としては、ＤＰ−１、ＤＰ−８、ＤＰ−１２、ＤＰ−２、ＤＰ−２５、ＤＰ−１５、ＤＰ−７、ＤＰ−４、ＤＰ−３１、ＤＰ−３２、ＤＰ−３３、ＤＰ−３５、ＤＰ−４０、７−２、ｈｖ３００５、ｈｖ３００５ｆ３、ＤＰ−４６、ＤＰ−４７、ＤＰ−５８、ＤＰ−４９、ＤＰ−５０、ＤＰ−５１、ＤＰ−５３、およびＤＰ−５４が挙げられる。
【０５３２】
１つの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、循環中での、例えば、血液、血清、リンパまたは他の組織中でのその安定化および／または保持を、例えば、少なくとも１．５、２、５、１０、または５０倍改善する部分と物理的に結合される。例えば、プロテアーゼ結合タンパク質は、ポリマー、例えば実質的に非抗原性ポリマー、例えばポリアルキレンオキシドまたはポリエチレンキシドと会合させることができる。好適なポリマーは実質的に重量が様々である。約２００〜約３５，０００（または約１，０００〜約１５，０００、および２，０００〜約１２，５００）の数平均分子量を有するポリマーを使用することができる。例えば、プロテアーゼ結合タンパク質は、水溶性ポリマー、例えは親水性ポリビニルポリマー、例えばポリビニルアルコールおよびポリビニルピロリドンにコンジュゲートさせることができる。そのようなポリマーの非制限的リストは、ポリアルキレンオキシドホモポリマー、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）またはポリプロピレングリコール、ポリオキシエチレンポリオール、そのコポリマーおよびそのブロックコポリマーを含むが、ただし、ブロックコポリマーの水溶性が維持されることを条件とする。
【０５３３】
プロテアーゼ結合タンパク質はまた、担体タンパク質、例えば血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミンと会合させることができる。例えば、翻訳融合を使用して担体タンパク質をプロテアーゼ結合タンパク質と会合させることができる。
【０５３４】
薬物コンジュゲート
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質は、薬物（例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭまたは他の免疫抑制薬）にコンジュゲートさせることができる。複合体は治療的または予防的に使用することができ、例えば、結合タンパク質は薬物を、例えば、インビボで、例えば疾患部位（例えば炎症部位）に標的化させることができ、例えば、よって、薬物は疾患部位に影響を与える。
【０５３５】
いくつかの実施形態では、結合タンパク質自体が治療的または予防的有効性を有する（例えば、タンパク質が、プロテアーゼ活性を調節（例えば、拮抗）すること、またはプロテアーゼを発現する細胞上で効果をもたらすことができる）。結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、結合タンパク質および薬物が両方とも、プロテアーゼ活性に対する効果（例えば、疾患部位（例えば望ましくない炎症部位）への、例えばインビボでの、例えば治療効果）に（例えば、相加的にまたは相乗的に）寄与するように使用することができる。薬物および／または結合タンパク質は、例えば、抗炎症、免疫抑制などとすることができる。例えば、標的細胞が癌細胞である場合、薬物および／または結合タンパク質は、組織が炎症する能力を阻むこと、または減少させることができる。
【０５３６】
治療される炎症性障害が関節リウマチである、ある実施形態では、本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲート中の結合タンパク質の他に「他のメンバー」として使用することができる薬物のクラスは下記の通りである。
【０５３７】
いくつかの実施形態では、薬物は免疫抑制薬、例えば、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、またはロイコトリエン受容体拮抗薬である。一般に、米国特許第２００７−０２９２４４１号、米国特許第２００７−０２９２４２２号、米国特許第２００７−０２６４２６６号、および米国特許第２００６−０２３３７９４号を参照されたい。また、いくつかの場合では、「免疫抑制薬」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有する場合、下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０５３８】
他の実施形態では、薬物は、ＤＭＡＲＤ、例えば、メトトレキサート、レフルノミド、スルファサラジン、金−−非経口（ミオクリシン）、金−−経口（オーラノフィン）、抗マライア薬、例えば、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルフェート、抗生物質、例えばミノサイクリン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、シクロスポリン、レフルノミド／アラバ、ＴＮＦ−α阻害剤／抗−ＴＮＦ剤、例えば、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、およびインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））である。いくつかの場合では、「ＤＭＡＲＤ」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有するかまたはＢＲＭである場合、上記または下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０５３９】
さらに他の実施形態では、薬物は、ＢＲＭ、例えば、ＴＮＦ−α阻害剤（エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）））または抗ＣＤ２０（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、任意のモノクローナル抗体、インターフェロン、インターロイキン−２、様々な型のコロニー刺激因子（ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ）、およびキネレット（アナキンラ、ＩＬ−１拮抗薬）である。
【０５４０】
他の実施形態では、薬物は、ＮＳＡＩＤ、例えばアスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、またはサルサルテである。
【０５４１】
他の実施形態では、薬物はコルチコステロイドである。
【０５４２】
ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、免疫抑制薬、ＤＭＡＲＤまたはＢＲＭに物理的に結合される。例えば、遺伝子融合により、クニッツドメイン阻害剤がＴＮＦ−受容体−Ｆｃ融合物（例えば、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））または抗ＴＮＦ  ＩｇＧ（例えば、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）またはＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））のＣ末端に付加され得る。抗ＴＮＦ  Ｆａｂは、第２のＦａｂプロテアーゼ阻害剤に、ヒト血清アルブミンの逆末端で遺伝子融合により、結合させることができる。クニッツドメインまたはＦａｂ阻害剤は、化学修飾によりＦａｂ−ＰＥＧ（例えば、ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））コンジュゲートに結合させることができる。
【０５４３】
薬物コンジュゲート中に組み入れられ得る、他の炎症性障害、例えばＣＯＰＤ、喘息、ＭＳ、全身性硬化症、炎症性腸疾患および乾癬のための治療は、以下でさらに記載される。
【０５４４】
リンカー
本明細書で記載される結合タンパク質は、薬物に直接結合させることにより、結合タンパク質−薬物コンジュゲートを形成させるために薬物と会合させることができる。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は薬物に直接コンジュゲートされる。また、本明細書で記載される結合タンパク質は、薬物と結合タンパク質との間でリンカー領域を使用することにより結合タンパク質−薬物コンジュゲートを形成するために、薬物と会合させることができる。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は薬物にリンカーを介してコンジュゲートされる。リンカーは細胞内条件下で切断可能であり、例えば、リンカーの切断により、細胞内環境において結合タンパク質から薬物が放出される。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーは細胞内プロテアーゼにより切断可能なペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーはジペプチドリンカーである。
【０５４５】
いくつかの実施形態では、ジペプチドリンカーはｖａｌ−ｃｉｔ（ｖｃ）リンカーまたはｐｈｅ−ｌｙｓ（ｆｋ）リンカーである。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーは５．５未満のｐＨで加水分解可能である。いくつかの実施形態では、加水分解可能なリンカーはヒドラゾンリンカーである。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーはジスルフィドリンカーである。
【０５４６】
例えば、いくつかの実施形態では、細胞内環境内（例えば、リソソームまたはエンドソームまたはカベオラ内）に存在する切断剤により切断可能である。リンカーは、例えば、細胞内ペプチダーゼまたはプロテアーゼ酵素、例えば、限定はされないがリソソームまたはエンドソームプロテアーゼにより切断されるペプチジルリンカーとすることができる。いくつかの実施形態では、ペプチジルリンカーは、少なくとも２つのアミノ酸の長さまたは少なくとも３つのアミノ酸の長さである。切断剤としては、カテプシンＢおよびＤならびにプラスミンが挙げられ、これらはジペプチド薬物誘導体を加水分解し、標的細胞内で活性薬物を放出させることが知られている（例えば、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ  Ｐｈａｒｍ．  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ８３：６７−１２３  （１９９９）を参照されたい）。いくつかの実施形態では、ペプチジルリンカーは、標的細胞（例えば、癌細胞）内に存在する酵素により切断可能である。例えば、癌組織において高度に発現される、チオール依存性プロテアーゼカテプシン−Ｂにより切断可能なペプチジルリンカーを使用することができる（例えば、Ｐｈｅ−ＬｅｕまたはＧｌｙ−Ｐｈｅ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙリンカー）。他のそのようなリンカーは、例えば、米国特許第６，２１４，３４５号において記載されている。いくつかの実施形態では、細胞内プロテアーゼにより切断可能なペプチジルリンカーはＶａｌ−Ｃｉｔ（ｖｃ）リンカーまたはＰｈｅ−Ｌｙｓリンカー（ｆｋ）である（例えば、米国特許第６，２１４，３４５号を参照されたい。これはｖａｌ−ｃｉｔリンカーを用いたドキソルビシンの合成を記載する）。薬物の細胞内タンパク質分解放出を用いる１つの利点は、薬物はコンジュゲートされると減弱させることができ、コンジュゲートの血清安定性は典型的に高いことである。
【０５４７】
いくつかの好ましい実施形態では、ｖｃリンカーが本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲートにおいて使用される。例えば、結合タンパク質−ｖｃＡＦＰまたは結合タンパク質−ｖｃＭＭＡＦコンジュゲート（例えば、ＭＭＰ結合タンパク質−ｖｃＡＦＰまたはＭＭＰ結合タンパク質−ｖｃＭＭＡＦコンジュゲート）が調製される。
【０５４８】
他の実施形態では、切断可能なリンカーはｐＨ−感受性であり、すなわち、あるｐＨ値での加水分解に感受性がある。例えば、ｐＨ−感受性リンカーはある条件下で加水分解可能である。例えば、リソソーム内で加水分解可能な酸に不安定なリンカー（例えば、ヒドラゾン、セミカルバゾン、チオセミカルバゾン、ｃｉｓ−アコニットアミド、オルトエステル、アセタール、ケタールなど）を使用することができる。例えば、米国特許第５，１２２，３６８号、同第５，８２４，８０５号、同第５，６２２，９２９号；Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ  Ｐｈａｒｍ．  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ８３：６７−１２３  （１９９９）；  Ｎｅｖｉｌｌｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６４：１４６５３−１４６６１  （１９８９）を参照されたい。そのようなリンカーは、中性ｐＨ条件、例えば血液中での条件下で比較的安定であるが、ｐＨ５．５または５．０未満、リソソームの大体のｐＨでは不安定である。ある実施形態では、加水分解可能なリンカーはチオエーテルリンカーである（例えば、アシルヒドラゾン結合を介して治療薬に付着されたチオエーテル（例えば、米国特許第５，６２２，９２９号を参照されたい）など）。
【０５４９】
さらに他の実施形態では、リンカーは還元条件下で切断可能である（例えば、ジスルフィドリンカー）。様々なジスルフィドリンカーが当該技術分野で知られており、例えばＳＡＴＡ（Ｎ−スクシンイミジル−Ｓ−アセチルチオアセテート）、ＳＰＤＰ（Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート）、ＳＰＤＢ（Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）ブチレート）およびＳＭＰＴ（Ｎ−スクシンイミジル−オキシカルボニル−α−メチル−α−（２−ピリジル−ジチオ）トルエン）−、ＳＰＤＢおよびＳＭＰＴを使用して形成することができるものが挙げられる（例えば、Ｔｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ４７：５９２４−５９３１  （１９８７）；  Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ：  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ｉｎ  Ｒａｄｉｏｉｍａｇｅｒｙ  ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  （Ｃ．  Ｗ．  Ｖｏｇｅｌ  ｅｄ．，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕ．  Ｐｒｅｓｓ，  １９８７）を参照されたい。米国特許第４，８８０，９３５号も参照されたい。
【０５５０】
さらに他の実施形態では、リンカーは、マロネートリンカー（Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  １５：１３８７−９３  （１９９５））、マレイミドベンゾイルリンカー（Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏｏｒｇ−Ｍｅｄ−Ｃｈｅｍ．  ３（１０）：１２９９−１３０４  （１９９５）、または３’−Ｎ−アミド類似体（Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏｏｒｇ−Ｍｅｄ−Ｃｈｅｍ．  ３（１０）：１３０５−１２  （１９９５））である。
【０５５１】
いくつかの実施形態では、リンカーは実質的には細胞外環境感受性ではない。本明細書で使用される場合、リンカーの文脈では、「実質的には細胞外環境感受性ではない」は、結合タンパク質−薬物コンジュゲートの試料中の約２０％以下、典型的には約１５％以下、より典型的には約１０％以下、さらにより典型的には約５％以下、約３％以下、または約１％以下のリンカーが、結合タンパク質−薬物コンジュゲートが細胞外環境内（例えば、血漿内）に存在する場合、切断されることを意味する。リンカーが実質的に細胞外環境感受性であるかどうかは、例えば、血漿と共に、（ａ）結合タンパク質−薬物コンジュゲート（「コンジュゲート試料」）および（ｂ）等モル量のコンジュゲートされていない結合タンパク質または薬物（「対照試料」）の両方を、予め決められた期間（例えば、２、４、８、１６、または２４時間）、独立してインキュベートし、その後、例えば、高速液体クロマトグラフィーにより測定される、コンジュゲート試料中に存在するコンジュゲートされていない結合タンパク質または薬物の量を、対照試料中に存在するものと比較することにより決定することができる。
【０５５２】
他の相互排他的でない実施形態では、リンカーは細胞内部移行を促進する。ある実施形態では、リンカーは、薬物にコンジュゲートされた場合(すなわち、本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲートのリンカー−薬物部分の環境では)細胞内部移行を促進する。さらに他の実施形態では、リンカーは、薬物および結合タンパク質の両方にコンジュゲートされた場合細胞内部移行を促進する。
【０５５３】
本発明の組成物および方法と共に使用することができる様々なリンカーが国際公開公報第２００４／０１０９５７号において記載されている。
【０５５４】
いくつかの実施形態では、本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、炎症性障害の治療において治療的に使用される。ある実施形態では、例えば、毒性を最小に抑えるために、結合タンパク質−薬物コンジュゲートを、プロテアーゼ結合タンパク質が結合する標的を発現する細胞のみに標的化させる（例えば、ＭＭＰ結合タンパク質が結合するＭＭＰ発現細胞のみに標的化させ、近くの「傍観」細胞に標的化させない）ことが望ましい。他の実施形態では、結合タンパク質−薬物コンジュゲートを、結合タンパク質が結合する標的を発現する細胞および傍観細胞に標的化させる(例えば、「傍観者効果」を導くため)ことが望ましい。
【０５５５】
治療薬をタンパク質（例えば、プロテアーゼ結合タンパク質、例えば、ＭＭＰ結合タンパク質）に共役させるための技術は知られている。例えば、Ａｒｎｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  “Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｏｆ  Ｄｒｕｇｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，”  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  （Ｒｅｉｓｆｅｌｄ  ｅｔ  ａｌ  ｅｄｓ．，  Ａｌａｎ  Ｒ．  Ｌｉｓｓ，  Ｉｎｃ．，  １９８５）；  Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，  “Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，”  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  （Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄｓ．，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｉｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  ２ｎｄ  ｅｄ．  １９８７）；  Ｔｈｏｒｐｅ，  “Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  Ｏｆ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ａｇｅｎｔｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ：  Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ，”  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ’８４：  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  （Ｐｉｎｃｈｅｒａ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄｓ．，  １９８５）；  “Ａｎａｌｙｓｉｓ，  Ｒｅｓｕｌｔｓ，  ａｎｄ  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，”  ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ  （Ｂａｌｄｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄｓ．，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８５）；  ａｎｄ  Ｔｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｒｅｖ．  ６２：１１９−５８  （１９８２）を参照されたい。例えば、米国特許第２００６−０２３３７９４号および国際公開公報第８９／１２６２４号も参照されたい。
【０５５６】
１つの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質(例えば、ＭＭＰ結合タンパク質、抗体)を、リンカーを介して細胞毒性薬にコンジュゲートさせる。１つの実施形態では、リンカー は、細胞内環境下で切断可能であり、 例えば、切断可能なリンカーは細胞内プロテアーゼにより切断可能なペプチドリンカーである。１つの実施形態では、リンカーはペプチドリンカー、例えば、ジペプチドリンカー、例えば、ｖａｌ−ｃｉｔリンカーまたはｐｈｅ−ｌｙｓリンカーである。１つの実施形態では、切断可能なリンカーは５．５未満のｐＨで加水分解可能であり、 例えば、加水分解可能なリンカーはヒドラゾンリンカーである。別の実施形態では、切断可能なリンカーはジスルフィドリンカーである。
【０５５７】
ある実施形態では、所望のプロテアーゼ阻害剤、例えば、ＭＭＰ結合タンパク質はまた、物理的に免疫抑制薬、ＤＭＡＲＤまたはＢＲＭに結合され得る。例えば、遺伝子融合により、クニッツドメイン阻害剤を、ＴＮＦ−受容体−Ｆｃ融合物（例えば、Ｅｎｂｒｅｌ）または抗−ＴＮＦ  ＩｇＧ（例えば、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）またはＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））のＣ−末端に付加させることができる。抗−ＴＮＦ  Ｆａｂは、第２のＦａｂプロテアーゼ阻害剤にヒト血清アルブミンの逆末端で遺伝子融合により結合させることができる。クニッツドメインまたはＦａｂ阻害剤は、Ｆａｂ−ＰＥＧ（例えば、ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））複合体に化学修飾によりコンジュゲートさせることができる。
【０５５８】
薬学的組成物
別の態様では、本開示は、組成物、例えば薬学的に許容される組成物または薬学的組成物を提供し、それらはプロテアーゼ結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質、例えば抗体分子、本明細書で記載されるＭＭＰに結合すると同定された他のポリペプチドまたはペプチドを含む。プロテアーゼ結合タンパク質は、薬学的に許容される担体と共に製剤化させることができる。薬学的組成物としては、治療組成物および診断組成物、例えば、インビボ画像診断のための標識されたプロテアーゼ結合タンパク質を含む組成物が挙げられる。
【０５５９】
薬学的に許容される担体としては、生理的に適合性である、任意のおよび全ての溶媒、分散媒質、コーティング、抗菌および抗真菌剤、等張および吸収遅延剤、などが挙げられる。好ましくは、担体は静脈内、筋内、皮下、非経口、脊髄、または上皮投与（例えば、注射または注入による）に好適であるが、吸入および鼻内投与に好適な担体も企図される。投与経路によって、プロテアーゼ結合タンパク質は、化合物を不活性化し得る酸および他の天然の条件の作用から化合物を保護する材料でコートされ得る。
【０５６０】
薬学的に許容される塩は、親化合物の所望の生物活性を保持し、いずれの望ましくない毒性効果を付与しない塩である（例えば、Ｂｅｒｇｅ，  Ｓ．Ｍ．，  ｅｔ  ａｌ．，  １９７７，  Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ．  ６６：１−１９を参照されたい）。そのような塩の例としては、酸付加塩および塩基付加塩が挙げられる。酸付加塩としては、非毒性無機酸、例えば、塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、亜リン酸など、ならびに非毒性有機酸、例えば、脂肪族モノおよびジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香族酸、脂肪族および芳香族スルホン酸などから得られたものが挙げられる。塩基付加塩としては、アルカリ土類金属、例えば、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなど、ならびに非毒性有機アミン、例えば、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン、Ｎ−メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカイン、などから得られたものが挙げられる。
【０５６１】
組成物は様々な形態であり得る。これらとしては、例えば、液体、半固体および固体剤形、例えば液体溶液（例えば、注射および注入溶液）、分散物または懸濁液、錠剤、ピル、粉末、リポソームおよび坐剤が挙げられる。形態は、対象とする投与方法および治療用途に依存する。多くの組成物が、注射可能または注入可能な溶液、例えば、ヒトの抗体投与に使用されるものと同様の組成物の形態である。例示的な投与方法は、非経口（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋内)である。１つの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、静脈内注入または注射により投与される。別の好ましい実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は筋肉注射または皮下注射により投与される。
【０５６２】
組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、分散物、リポソーム、または高い薬物濃度に好適な他の規則構造として、製剤化することができる。滅菌注射溶液は、必要とされる量の結合タンパク質を、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせを有する適切な溶媒中に組み込み、必要に応じ、続いて、濾過滅菌することにより調製することができる。一般に、分散物は、活性化合物を、基本分散媒質および上記列挙されたものからの必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクル中に組み込むことにより調製される。滅菌注射溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は真空乾燥および凍結乾燥であり、前もって滅菌濾過したその溶液から活性成分に加えて任意の追加の所望の成分の粉末が得られる。溶液の適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングを使用することにより、分散物の場合に必要とされる粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤を使用することにより、維持できる。組成物中に、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸塩およびゼラチンを含ませることにより、注射可能な組成物の延長吸収をもたらすことができる。
【０５６３】
プロテアーゼ結合タンパク質は、様々な方法により投与することができるが、多くの用途では、好ましい投与経路／方法は静脈内注射または注入である。例えば、治療用途では、プロテアーゼ結合タンパク質は、静脈内注入により、３０、２０、１０、５、または１ｍｇ／分未満の速度で、約１〜１００ｍｇ／ｍ２または７〜２５ｍｇ／ｍ２の用量に到達するように投与させることができる。投与経路／方法は、所望の結果により異なる。ある実施形態では、活性化合物は化合物を即時放出に対し保護する担体を用いて、例えば制御放出製剤、例えばインプラント、およびマイクロカプセル化送達システムとして調製され得る。生分解性の生体適合性ポリマー、例えば、エチレンビニルセテート、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸を使用することができる。そのような製剤を調製するための多くの方法が使用できる。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｊ．Ｒ．  Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，  ｅｄ．，  １９７８，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照されたい。
【０５６４】
薬学的組成物は、医療装置を用いて投与することができる。例えば、１つの実施形態では、本明細書で開示される薬学的組成物は、装置、例えば、無針皮下注射装置、ポンプ、またはインプラントを用いて投与することができる。
【０５６５】
ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、確実にインビボで適切に分配されるように製剤化することができる。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は高親水性化合物を排除する。本明細書で開示される治療化合物が（所望であれば）ＢＢＢを確実に通過するために、それらを、例えばリポソーム中で製剤化することができる。リポソームを製造する方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号、同第５，３７４，５４８号および同５，３９９，３３１号を参照されたい。リポソームは、特定の細胞または臓器中に選択的に輸送され、よって、標的薬物送達を増強させる１つ以上の部分を含み得る。（例えば、Ｖ．Ｖ．  Ｒａｎａｄｅ，  １９８９，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２９：６８５を参照されたい）。
【０５６６】
投与レジメンは、最適な所望の応答（例えば、治療応答）が提供されるように調節される。例えば、単一ボーラスが投与され得るか、数回に分割された用量が徐々に投与され得るか、または用量が治療状況の危急により示されるように比例的に減少もしくは増加され得る。投与の簡便性および用量の均一性のために、単位剤形で非経口組成物を製剤化することがとりわけ好都合である。本明細書で使用される単位剤形は、治療を受ける対象に対する単一用量として適合させた物理的に別個の単位を示し、各単位は、所望の治療効果を生成させるように計算された予め決められた量の活性化合物を、必要とされる薬学的担体と共に含む。単位剤形のための仕様は、（ａ）活性化合物の特有の特性および達成される特定の治療効果により、および（ｂ）個体における治療感受性のための、そのような活性化合物を配合する技術分野における固有の制限により指示することができ、かつそれらに直接依存する。
【０５６７】
治療的または予防的有効量の、本明細書で開示されるプロテアーゼ結合タンパク質の例示的な非制限的範囲は０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、より好ましくは１〜１０ｍｇ／ｋｇである。プロテアーゼ結合タンパク質は、例えば、静脈内注入により、例えば、３０、２０、１０、５、または１ｍｇ／分未満の速度で、約１〜１００ｍｇ／ｍ２または約５〜３０ｍｇ／ｍ２の用量が達成されるように投与することができる。分子量が抗体よりも小さいプロテアーゼ結合タンパク質では、適切な量は比例的に少なくすることができる。用量値は緩和される病状の型および重篤度により変化し得る。特定の対象では、特定の投与レジメンは、個体の要求、および組成物を投与するまたは組成物の投与を監督する専門家の判定に従って、徐々に調節することができる。
【０５６８】
本明細書で開示される薬学的組成物は、「治療的有効量」または「予防的有効量」のプロテアーゼ阻害剤、例えば、本明細書で開示されるＭＭＰ結合タンパク質を含み得る。
【０５６９】
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質は、例えば、薬学的に許容される担体を含む薬学的組成物として提供することができる。組成物は、少なくとも１０、２０、３０、５０、７５、８５、９０、９５、９８、９９、または９９．９％他のタンパク種を含まないことが可能である。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は、ＧＭＰ（適正製造基準）下で生成させることができる。いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、薬学的に許容される担体、例えば、好適な緩衝剤または賦形剤中で提供される。
【０５７０】
プロテアーゼ結合タンパク質（本明細書で記載される結合タンパク質を含む薬学的組成物）の用量は、患者において、例えば疾患部位で、ＭＭＰの活性の約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％、または約１００％を遮断するのに十分である。疾患によって、これは、例えば、約０．０１ｍｇ／Ｋｇ〜約１００ｍｇ／Ｋｇ、例えば、約０．１〜約１０ｍｇ／Ｋｇの用量を必要とすることがある。例えば、用量は、約０．１、約１、約３、約６、または約１０ｍｇ／Ｋｇの用量とすることができる。例えば、１５０，０００ｇ／モル（２結合部位）の分子量を有するＩｇＧでは、これらの用量は、５Ｌの血液量に対し、それぞれ、約１８ｎＭ、１８０ｎＭ、５４０ｎＭ、１．０８μＭ、および１．８μＭの結合部位に対応する。医薬が部分的に当該技術である場合、最適用量は、臨床試験によって確立されるが、この範囲内にある可能性が最も高い。
【０５７１】
治療
記載され、本明細書で記載される方法により同定される、および／または本明細書で詳述されるプロテアーゼ結合タンパク質は、とりわけＭＭＰ結合タンパク質（またはそのタンパク質−薬物コンジュゲート）は、特にヒト対象において、治療的および予防的有用性を有する。これらのプロテアーゼ結合タンパク質は、炎症性障害を治療、予防および／または診断するために対象に投与される。治療は、障害、障害の症状、または障害素因を緩和するか、軽減するか、改変するか、修復するか、寛解するか、改善するのに、または障害、障害の症状、または障害素因に影響を及ぼすのに有効な量を投与することを含む。治療はまた、疾患または病状の発症を遅延させ得る、例えば発症を予防し得るか、またはその悪化を予防し得る。
【０５７２】
例示的な炎症性障害としては、喘息、円形脱毛症、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、反応性関節炎、脊椎関節炎、全身性血管炎、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症、実験的アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、移植片対宿主病、炎症性腸疾患、例えばクローン病、潰瘍性大腸炎、虚血再灌流障害、心筋梗塞、アルツハイマー病、移植片拒絶(同種および異種)、熱傷、任意の免疫複合体誘発炎症、糸球体腎炎、重症筋無力症、ループス脳症、ギラン・バレー症候群、血管炎、全身性硬化症、アナフィラキシー、カテーテル反応、アテローム、不妊症、甲状腺炎、ＡＲＤＳ、バイパス術後症候群、血液透析、若年性関節リウマチ、ベーチェット症候群、溶血性貧血、天疱瘡、水疱性類天疱瘡、脳卒中、アテローム性動脈硬化、強皮症、乾癬、サイコイドーシス、横断性脊髄炎、急性散在性脳脊髄炎、麻疹後脳脊髄炎、亜急性硬化性全脳炎、多発性筋炎、皮膚筋炎、封入体筋炎、および慢性炎症性脱髄性多発神経根症が挙げられるが、それらに限定されない。
【０５７３】
特に関心対象となるある炎症性障害は、下記でより詳細に記載される。
【０５７４】
本明細書で使用される場合、炎症性障害を予防するのに有効なプロテアーゼ結合タンパク質の量、または結合剤の予防的有効量は、対象に単回または複数回投与されると、障害、例えば、本明細書で記載される障害の発症または再発を予防または遅延させるのに有効な、本明細書で記載される、標的結合剤、例えば、カリクレイン阻害剤、プラスミン阻害剤、カテプシンＢ阻害剤、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質(またはＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲート)、例えば、抗−ＭＴ−ＭＭＰ（例えば、抗−ＭＭＰ−１４）抗体(または抗−ＭＴ−ＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲート)の量を示す。
【０５７５】
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質は、対象において炎症性障害を減少させる、例えば、関節リウマチを治療するために使用することができる。方法は、結合剤を対象に、例えば、炎症、障害の症状、または障害の進行を調節するのに有効な量で投与することを含む。プロテアーゼ結合タンパク質（例えば、カリクレイン阻害剤、プラスミン阻害剤、カテプシンＢ阻害剤、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質(またはＭＭＰ結合タンパク質−薬物複合体)、例えば、抗−ＭＭＰ（例えば、抗−ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）抗体(または抗−ＭＭＰ抗体−薬物複合体)）は、治療的有効量が達成されるまでに、複数回（例えば、少なくとも２、３、５、または１０回）投与され得る。
【０５７６】
プロテアーゼ結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート、および他の薬剤を投与する方法はまた、「薬学的組成物」において記載される。使用される分子の好適な用量は、対象の年齢および体重ならびに使用される特定の薬物に依存させることができる。プロテアーゼ結合タンパク質（またはそのタンパク質−薬物コンジュゲート）は、例えば、天然作用物質または病理学的薬剤とプロテアーゼ（例えば、ＭＭＰ−１４）との間の望ましくない相互作用を阻害し、減少させるための競合薬として、使用することができる。プロテアーゼ（例えば、ＭＭＰ−１４）結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲートの用量は、患者において、とりわけ疾患部位で、プロテアーゼ（例えば、ＭＭＰ−１４）の活性の９０％、９５％、９９％、または９９．９％を遮断するのに十分な量とすることができる。疾患によって、これは、０．１、１．０、３．０、６．０、または１０．０ｍｇ／Ｋｇを必要とすることがある。１５０，０００ｇ／モル（２結合部位）の分子量を有するＩｇＧでは、これらの用量は、５Ｌの血液容積に対し、約１８ｎＭ、１８０ｎＭ、５４０ｎＭ、１．０８μＭ、および１．８μＭの結合部位に対応する。
【０５７７】
１つの実施形態では、プロテアーゼ（例えば、プラスミン、カリクレイン、カテプシンＢ、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、細胞、例えば癌細胞の活性をインビボで阻害する（例えば、細胞の少なくとも１つの活性を阻害し、細胞の増殖、移動、成長または生存率を減少させる）ために使用される。プロテアーゼ結合タンパク質は、単独で、または薬剤、例えば、細胞毒性薬、細胞毒酵素、または放射性同位体にコンジュゲートさせて、使用することができる。この方法は、プロテアーゼ結合タンパク質を単独で、または薬剤（例えば、細胞毒性薬）に結合させて、そのような治療を必要する対象に投与することを含む。例えば、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）を実質的に阻害しないＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質は、薬剤を含むナノ粒子を、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）関連細胞または組織に、例えば関節組織に送達させるために使用され得る。そのようなＭＭＰ結合タンパク質は、薬物にコンジュゲートされ（ＭＭＰ結合タンパク質−薬物複合体を形成し）、薬物をＭＭＰ関連細胞または組織に送達することができる。
【０５７８】
または、プロテアーゼ結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、炎症組織付近の細胞に結合するが、その組織に十分近接し、直接または間接的に炎症を阻害する（例えば、少なくとも１つの活性を阻害し、成長および増殖を減少させ、または死滅させる）。
【０５７９】
プロテアーゼ結合タンパク質は、薬剤（例えば、様々な治療薬のいずれか）を、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）が存在する細胞および組織に送達するために使用され得る。例示的な薬剤としては、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、免疫抑制薬などが挙げられる。
【０５８０】
プロテアーゼ（例えば、カリクレイン、プラスミン、カテプシンＢ、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質、またはＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲートを投与する方法は、「薬学的組成物」において記載される。使用される分子の好適な用量は、対象の年齢および体重ならびに使用される特定の薬物に依存する。結合タンパク質は、例えば、天然作用物質または病理学的薬剤とプロテアーゼとの間の望ましくない相互作用を阻害するかまたは減少させるための競合薬として、使用することができる。
【０５８１】
例示的な疾患および病状
治療される疾患としては、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸疾患(例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎)が挙げられる。
【０５８２】
関節リウマチおよび関連する病状
関節リウマチ（ＲＡ）は、関節腫脹および関節痛を引き起こし、通常関節破壊に至る自己免疫性の慢性炎症性疾患である。ＲＡは一般に、再発／緩解過程に従い、疾患活性の「再燃」は疾患症状の緩解で分散される。ＲＡは、多くのさらなる炎症性障害と関連し、シェーグレン症候群（涙腺および唾液腺の炎症により引き起こされるドライアイおよびマウス）、胸膜炎(深呼吸および咳で疼痛を引き起こす胸膜の炎症)、リウマトイド結節（肺内で発症する炎症の結節部位）、心膜炎(横になるとまたは前かがみになると疼痛を引き起こす、心膜の炎症)、フェルティ症候群(対象を感染しやすくさせる、ＲＡと共に観察される脾腫および白血球減少症 )、および血管炎(血流を遮断する可能性のある血管の炎症)が挙げられる。ＭＭＰ−１４およびＭＭＰ−１６は関節リウマチに関係する。
【０５８３】
活動性ＲＡの症状としては、疲労、食欲不振、微熱、筋肉および関節痛、およびこわばりが挙げられる。筋肉および関節のこわばりは通常、朝および非活動期間後に最も顕著である。再燃中、一般に滑膜炎の結果として、関節はしばしば赤くなり、腫れ、痛みがあり、触ると痛い。
【０５８４】
関節リウマチに対する治療は、薬物療法、休息、関節強化運動、および関節保護の併用を含む。２つのクラスの医薬：抗炎症「第一選択薬」および「疾患修飾性抗リウマチ薬」（ＤＭＡＲＤ）が、関節リウマチの治療において使用される。第一選択薬としては、ＮＳＡＩＤＳ（例えば、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、およびエトドラク）およびコルチゾン（コルチコステロイド）が挙げられる。ＤＭＡＲＤＳ、例えば金(例えば、金塩、金チオグルコース、金チオマレート、経口金)、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、およびシクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、およびアダリムマブ、およびヒドロキシクロロキンは疾患緩解を促進し、進行性関節破壊を予防するが、抗炎症薬でない。
【０５８５】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン−、プラスミン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記治療薬の１つと共に）を、ＲＡを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、関節リウマチを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＲＡスケールに関する対象のスコアを寛解するまたは安定化する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン−、プラスミン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記治療薬の１つと共に）を、ＲＡを有する危険のある対象に投与することにより、関節リウマチを予防する方法を提供する。
【０５８６】
治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えばＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはＭＭＰ結合タンパク質−薬物複合体（例えば、上記治療薬の１つと共に）を投与することにより、関節リウマチ関連障害(例えば、シェーグレン症候群、胸膜炎、肺性リウマトイド結節、心膜炎、フェルティ症候群、または血管炎)を治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する）方法がさらに提供される。治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えばＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記治療薬の１つと共に）を投与することにより、関節リウマチ関連障害(例えば、シェーグレン症候群、胸膜炎、肺性リウマトイド結節、心膜炎、フェルティ症候群、または血管炎）を予防する方法がさらに提供される。
【０５８７】
ＲＡおよびＲＡの症状を評価するのに有用なスケールとしては、関節リウマチ重篤度スケール（ＲＡＳＳ；  Ｂａｒｄｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  （２００２）  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ４１（１）：３８−４５）、ＳＦ−３６関節炎特異的健康インデックス（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｉｎｄｅｘ）（ＡＳＨＩ；  Ｗａｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）  Ｍｅｄ．  Ｃａｒｅ．  ３７（５  Ｓｕｐｐｌ）：ＭＳ４０−５０）、関節炎影響測定スケール（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｉｍｐａｃｔ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  Ｓｃａｌｅｓ）または関節炎影響測定スケール２（ＡＩＭＳ  ｏｒ  ＡＩＭＳ２；  Ｍｅｅｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ３５（１）：１−１０）、スタンフォード健康度評価質問票（Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ）（ＨＡＱ）、ＨＡＱＩＩ、または修正ＨＡＱ（例えば、Ｐｉｎｃｕｓ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８３）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２６（１１）：１３４６−５３を参照されたい）が挙げられる。
【０５８８】
治療的有効量の薬剤または薬剤の組み合わせを送達する用量の決定に対するガイダンスは、関節リウマチの動物モデル、例えば、典型的には齧歯類においてアジュバント中の自己または異種ＩＩ型コラーゲンで免疫化することにより誘発されたコラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）から得ることができる（Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｍｅｄ．  ９８：２０７−１６  （２００４））。
【０５８９】
ＣＯＰＤ
慢性閉塞性気道疾患（ＣＯＡＤ）としても知られている慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）は、完全に可逆でない気道における気流の病理学的制限により特徴づけられる疾患群である。ＣＯＰＤは慢性気管支炎、肺気腫、および広範な他の肺障害に対する包括的用語である。これはしばしば、喫煙によることが多いが、他の風媒性刺激物質、例えば、炭塵、アスベストまたは溶媒、ならびに先天的病状、例えばα−１−アンチトリプシン欠損症による可能性がある。
【０５９０】
ＣＯＰＤの主症状としては、何ヶ月、あるいは何年も続く呼吸困難（息切れ）が挙げられ、おそらく、喘鳴および痰が生成する持続性の咳を伴う。痰は、通常気道の血管の損傷によって、血液を含み(喀血)、粘度が高くなる可能性がある。重篤なＣＯＰＤは血液中の酸素不足により引き起こされるチアノーゼに至る可能性がある。極端な場合には、肺を通して血液を流すのための心臓に必要とされる余分な仕事により肺性心に至る可能性がある。
【０５９１】
ＣＯＰＤは、１秒にわたる強制呼気量（ＦＥＶ１）の努力肺活量（ＦＶＣ）に対する比のスパイロメトリー測定値が０．７未満であり、ＦＥＶ１がプレチスモグラフにより測定される予測値の８０％未満であることにより、特に特徴づけられる。他の徴候としては、速い呼吸数(頻呼吸)および聴診器により聞かれる喘鳴音が挙げられる。肺気腫は皮下気腫と同じでなく、皮下気腫は触診で発生する捻髪音により検出され得る皮膚下の空気の集まりである。
【０５９２】
ＣＯＰＤのための治療としては、気道を拡張する吸入薬（気管支拡張薬）および時としてテオフィリンが挙げられる。ＣＯＰＤ患者は、喫煙をやめなければならない。場合によっては、吸入されたステロイドが肺の炎症を抑制するために使用され、重篤な場合または再燃時には、静脈内または経口ステロイドが投与される。感染がＣＯＰＤを悪化させる可能性があるので症状の再燃時には抗生物質が使用される。場合によっては、慢性の低流量酸素、非侵襲的換気または挿管が必要とされ得る。ＣＯＰＤ患者によっては、疾患肺の部分を除去する外科的処置が役立つことが示されている。肺リハビリテーションプログラムが患者によっては役立つ可能性がある。重篤な場合では、肺移植が時として実施される。様々な有効性を有する、臨床的に使用されるいくつかの型の気管支拡張剤、例えば、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、およびキサンチンが存在する。これらの薬物は気道の平滑筋を弛緩させ、気流を改善する。β２作用薬としては、サルブタモール（ベントリン）、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、およびホルモテロール、ならびに長時間作用性β２作用薬（ＬＡＢＡ）例えばサルメテロールが挙げられる。Ｍ３ムスカリン拮抗薬（抗コリン薬)としては、４級Ｍ３ムスカリン拮抗薬イプラトロピウム（β２作用薬サルブタモールと共に広く処方される）、イプラトロピウム、およびチオトロピウム（ＬＡＢＡおよび吸入ステロイドと併用することができる）が挙げられる。クロモンとしては、クロモグリカートおよびネドクロミルが挙げられる。ロイコトリエン拮抗薬を使用することができ、モンテルカスト、プランルカスト、およびザフィルルカストが挙げられる。キサンチンとしては、テオフィリン、メチルキサンチンおよびテオブロミンが挙げられる。より攻撃的なＥＭＲインターベンションは、ＩＶ  Ｈ１抗ヒスタミン薬およびＩＶデキサメタゾンを含む。ホスホジエステラーゼ−４拮抗薬としては、ロフルミラストおよびシロミラストが挙げられる。コルチコステロイドを使用することができ、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンが挙げられる。コルチコステロイドはしばしば単一吸入薬中で気管支拡張剤と併用される。サルメテロールおよびフルチカゾンは併用することができる（アドベア）。ＴＮＦ拮抗薬としては、カヘキシン、カヘクチン、インフリキシマブ、アダリムマブおよびエタネルセプトが挙げられる。
【０５９３】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン、プラスミン、カテプシンＢ、またはＭＭＰ結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質をＣＯＰＤ治療（例えば、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、およびキサンチン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＣＯＰＤ治療の１つと共に）を、ＣＯＰＤを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＣＯＰＤを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＣＯＰＤを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン−、プラスミン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質をＣＯＰＤ治療（例えば、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、およびキサンチン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＣＯＰＤ治療の１つと共に）を、ＣＯＰＤを有する危険のある対象に投与することにより、ＣＯＰＤを予防する方法を提供する。
【０５９４】
治療的有効量のタンパク質を送達する治療薬の有効性および用量に関するガイダンスは、ＣＯＰＤの動物モデルから得ることができ、例えば、ＰＣＴ公報国際公開公報第２００７／０８４４８６号およびその中で引用されている参考文献を参照されたい。
【０５９５】
喘息
喘息は気道が、しばしば１つ以上の誘因に応答して、時折狭窄し、炎症し、過剰量の粘膜で覆われる呼吸器系に関連する慢性病状である。これらのエピソードは、環境刺激（例えばアレルゲン）、例えば冷気、暖気、湿性空気、運動もしくは労作、または精神的ストレスへの曝露のようなことにより引き起こされ得る。子供では、最も一般的な誘因はウイルス性疾患、例えば、感冒を引き起こすものである。この気道狭窄は、喘鳴、息切れ、胸部絞扼感および咳を引き起こす。気道狭窄は気管支拡張剤に応答する。
【０５９６】
個体によっては、喘息は慢性呼吸機能障害により特徴づけられる。他の個体では、多くの誘因事象、例えば、上気道感染症、ストレス、風媒性アレルゲン、大気汚染物質（例えば、煙または交通煙霧）、または運動から生じ得る突発性の症状により特徴付けられる間欠性疾患である。下記症状のいくつかまたは全てが、喘息患者において存在し得る：呼吸困難、喘鳴、狭窄音、咳、労作不能。重篤な息切れおよび肺の締め付けを有する喘息患者の中には、決して喘鳴せず、狭窄音を有しないものがあり、それらの症状はＣＯＰＤ−型疾患と混同され得る。
【０５９７】
喘息の急性憎悪は、普通喘息発作と呼ばれる。発作の臨床特徴は息切れ(呼吸困難)および喘鳴または狭窄音のいずれかである。
【０５９８】
喘息エピソード中、炎症気道は環境誘因、例えば煙、ホコリまたは花粉に反応する。気道は狭窄し、過剰の粘液を産生し、呼吸困難となる。本質的に、喘息は気管支気道における免疫応答の結果である。
【０５９９】
喘息患者の気道は、ある誘因／刺激に対して「高感受性」である。これらの誘因への曝露に応じて、気管支（太い気道）が収縮して攣縮となる（「喘息発作」）。炎症がすぐにこれに続き、さらなる気道の狭窄および過剰な粘液産生に至り、これにより咳および他の呼吸困難に至る。
【０６００】
喘息に対する最も効果的な治療は、誘因、例えばペットまたはアスピリンを同定し、それらへの曝露を制限または排除することである。脱感作が現在、疾患に対する知られている唯一の「治癒」である。
【０６０１】
喘鳴および息切れのエピソードの症状制御は、一般に、速効型気管支拡張薬を用いて達成される。
【０６０２】
軽減薬：短時間作用性の選択的β２−アドレナリン受容体作用薬、例えば、サルブタモール（アルブテロールＵＳＡＮ）、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールが使用できる。より古い、選択性がより低いアドレナリン作用薬、例えば吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤が使用できる。抗コリン薬、例えば臭化イプラトロピウムが使用され得る。
【０６０３】
予防薬：現在の治療プロトコルは、予防薬、例えば、吸入コルチコステロイドを推奨する。これは、軽減薬をしばしば（１週間に２回超）必要とするまたは重篤な症状を有する誰においても、炎症の抑制を助け、気道の内側の腫脹を減少させる。症状が持続する場合、喘息が制御されるまで、追加の予防薬が追加される。予防薬の適切な使用により、喘息患者は軽減薬の過剰使用による合併症を避けることができる。予防薬としては、吸入グルココルチコイド（例えば、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロン）、ロイコトリエン修飾物質（例えば、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートン）、マスト細胞安定剤（例えば、クロモグリカート（クロモリン）およびネドクロミル）、抗ムスカリン薬／抗コリン薬（例えば、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウム）、メチルキサンチン（例えば、テオフィリンおよびアミノフィリン）、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、例えばオマリズマブおよびメトトレキサート）が挙げられる。
【０６０４】
長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を使用することができ、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、ならびに持続放出経口アルブテロールが挙げられる。吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤はより普及しており、現在使用されている最も普通の合剤は、フルチカゾン／サルメテロール（米国ではアドベアおよび英国ではセレチド）である。別の合剤はブデソニド／ホルモテロールであり、シムビコートとして商業的に知られている。
【０６０５】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を喘息治療（例えば、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン薬／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、メトトレキサート）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記喘息治療の１つと共に）を、喘息を有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、喘息を治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいは喘息を寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を喘息治療（例えば、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン薬／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、メトトレキサート）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記喘息治療の１つと共に）を、喘息を有する危険のある対象に投与することにより、喘息を予防する方法を提供する。
【０６０６】
治療薬の有効性および用量に関するガイダンスは、喘息の動物モデルから得ることができ、例えば、米国特許第５，６０２，３０２号または欧州特許第ＥＰ１１９２９４４  Ｂ１号およびそれらの中で引用されている参考文献を参照されたい。
【０６０７】
多発性硬化症
多発性硬化症（ＭＳ）は免疫系が中枢神経系（ＣＮＳ）を攻撃し、脱髄に至る自己免疫性病状である。これは多くの身体的および精神的症状を引き起こす可能性があり、しばしば、身体および認知障害まで進行する。疾患の発症は通常、若年成人で起こり、女性においてより一般的である。
【０６０８】
ＭＳは様々な症状を示し、例えば、感覚の変化（知覚鈍麻）、筋力低下、異常筋痙攣、または移動困難、協調および平衡困難（運動失調）、言語（構音障害）および嚥下（嚥下障害）の問題、視覚の問題（眼振、視神経炎、または複視）、疲労および急性または慢性疼痛症候群、ならびに膀胱および腸障害が挙げられる。様々な程度の認知機能障害、または抑うつもしくは仮性球麻痺情動形態の情動総体症状もまた一般的である。神経因性疼痛は普通であり、これはレルミット徴候の形態であり得る。錯感覚が存在する可能性があり、しびれてぴりぴりする感覚、刺痛、戦慄、灼熱痛、圧力感覚および触れることに対して敏感になった皮膚の領域が挙げられる。これらと関連する疼痛は、うずくような痛み、拍動痛、刺すような痛み、撃つような痛み、絶え間ない鈍痛、刺痛、絞扼感およびしびれであり得る。障害進行および症状の重篤度の主な臨床測定値は、総合障害度評価尺度すなわちＥＤＳＳである。
【０６０９】
初回発作（憎悪または再発としても知られている）はしばしば一過性で、軽度（または無症候性）であり、自己治癒性である。報告されている一般的な初期症状は、腕、脚または顔の感覚の変化（３３％）、完全なまたは部分的な視野損失（視神経炎）（１６％）、脱力（１３％）、複視（７％）、歩行時の不安定さ（５％）、および平衡問題（３％）であるが、多くの稀な初期症状、例えば、失語症または精神病が報告されている。視神経炎または限局的な脚の脱力は転倒および他の重大な事故に至る可能性がある。
【０６１０】
いくつかの療法は多発性硬化症の治療に役立つことが証明されている。治療の目的としては、発作後の機能の回復、新たな発作の予防、および能力障害の予防が挙げられる。症候性発作中、高用量の静脈内コルチコステロイド、例えばメチルプレドニソロンの投与は、急性再発のための常用療法である。インターフェロン（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標）、ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、免疫抑制薬（例えば、ミトキサントロン）およびナタリズマブ（例えば、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））を含む疾患修飾性治療が再発寛解型ＭＳのために使用される。
【０６１１】
ヒト活動性脱髄病変では、食作用マクロファージがＭＭＰ−１２陽性であり、ＭＳにおける脱髄中のＭＭＰ−１２の役割が示唆される(Vos et al. J Neuroimmunol 2003: 138(1-2): 106)。
【０６１２】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＭＳ治療（例えば、インターフェロン（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標）、ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、免疫抑制薬（例えば、ミトキサントロン）およびナタリズマブ（例えば、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＭＳ治療の１つと共に）を、ＭＳを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＭＳを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＭＳを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＭＳ治療（例えば、インターフェロン（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標）、ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、免疫抑制薬（例えば、ミトキサントロン）およびナタリズマブ（例えば、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＭＳ治療の１つと共に）を、ＭＳを有する危険のある対象に投与することにより、ＭＳを予防する方法を提供する。
【０６１３】
治療薬の有効性および用量に関するガイダンスは、ＭＳの動物モデルから得ることができ、例えば、Ｔｏｆｔ−Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００４：  １７３（８）：  ５２０９，  Ｔｓｕｔｓｕｉ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２００４：  ２４：  １５２１，  Ａｎｔｈｏｎｙ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ  １９９８：  ８７（１−２）：  ６２およびそれらの中で引用されている参考文献において記載されているものを参照されたい。
【０６１４】
硬化症
全身性硬化症（ＳＳｃ）は全身型の強皮症であり、これは皮膚または他の臓器におけるコラーゲンの過剰堆積物により特徴づけられる慢性疾患である。ＳＳｃは心臓、腎臓、肺または腸損傷自己免疫疾患の結果として致命的となり得る。
【０６１５】
強皮症は皮膚に影響し、さらに重篤な場合では、血管および内臓に影響し得る。より明らかな症状は通常、皮膚の硬化および随伴瘢痕である。血管はまたより目に見えるようになり得る。多くのＳＳｃ患者（８０％超）は、血管症状およびレイノー現象を有する。発作中、寒さに応答して手および足の変色がある。レイノー現象は普通、手指および足指に影響する。ＳＳｃおよびレイノー現象は、指潰瘍として知られている、手指および足指上の有痛性潰瘍を引き起こす可能性がある。石灰沈着もまたＳＳｃで一般的であり、しばしば肘、膝または他の関節付近で見られる。びまん性強皮症は、筋骨格、肺、胃腸、腎臓および他の合併症を引き起こす可能性がある。より多くの皮膚合併症を有する患者は、内部組織および臓器の合併症を有する可能性がより高い。
【０６１６】
ＳＳｃ毛細血管内皮細胞（ＭＶＥＣｓ）によるＭＭＰ−１２の過剰産生は、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）の切断およびインビトロでの血管新生の機能障害の一因であることが示されており、ＳＳｃ患者における血管新生の減少の一因となり得る（Ｄ’Ａｌｅｓｓｉｏ  ｅｔ  ａｌ．  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２００４：  ５０（１０）：  ３２７５）。
【０６１７】
強皮症の症状のいくつかに対する治療としては、皮膚を軟化させ、炎症を減少させる薬物が挙げられる。強皮症の皮膚変化のための局所的治療は、疾患過程を変化させないが、疼痛および潰瘍化を改善することができる。様々なＮＳＡＩＤ（非ステロイド性抗炎症薬）、例えばナプロキセンを使用して疼痛症状を和らげることができる。レイノー現象のエピソードは時として、ニフェジピンまたは他のカルシウムチャネル遮断薬に応答し、重篤な指潰瘍はプロスタサイクリン類似体イロプロストに応答し、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬ボセンタンは、レイノー現象に有益であり得る。皮膚のツッパリ感はメトトレキサートおよびシクロスポリンを用いて全身的に治療され得る。強皮症腎クリーゼ、強皮症を有する人々における急性腎不全および悪性高血圧（臓器損傷の証拠を有する非常に高い高血圧）の発症は、ＡＣＥ阻害剤のクラスからの薬物を用いて効果的に治療される。活動性肺胞炎は、しばしば少量のステロイドと共に、シクロホスファミドのパルスを用いて、しばしば治療される。肺高血圧症は、エポプロステノール、ボセンタンおよび可能であれば、噴霧化イロプロストを用いて治療され得る。
【０６１８】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＳＳｃ治療（例えば、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、エポプロステノール、およびボセンタン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＳＳｃ治療の１つと共に）を、ＳＳｃを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＳＳｃを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＳＳｃを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＳＳｃ治療（例えば、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、エポプロステノール、およびボセンタン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＳＳｃ治療の１つと共に）を、ＳＳｃを有する危険のある対象に投与することにより、ＳＳｃを予防する方法を提供する。
【０６１９】
炎症性腸疾患
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、小腸および大腸の両方に影響し、現在の治療薬に対して比較的抵抗性がある、重篤な、慢性の再発性炎症性疾患の群である。ＩＢＤは、自然発症の起源がわからない慢性再発性炎症により特徴づけられ、現在の治療選択肢では不十分である。ヒトおよび実験動物の両方での疾患の広範の研究にもかかわらず、病態の正確な機構は不明である。多くの免疫および炎症性メディエータ、例えば生体アミン、キニン、アラキドン酸代謝産物、フリーラジカル、一酸化窒素、様々な炎症性サイトカイン、および補体タンパク質が関与していると考えられる。
【０６２０】
ＩＢＤにより、クローン病および潰瘍性大腸炎、例えば、潰瘍性直腸炎、潰瘍性直腸Ｓ状結腸炎、リンパ球性大腸炎、難治性遠位大腸炎、回結腸炎、コラーゲン形成大腸炎、顕微鏡的大腸炎、嚢炎、放射線性大腸炎、および抗生物質起因性大腸炎が意味される。
【０６２１】
重篤度のレベルによって、ＩＢＤは症状を制御するための免疫抑制薬、例えばプレドニゾン、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、アザチオプリン（ＩＭＵＲＡＮ（登録商標））、メトトレキサート、または６−メルカプトプリンを必要とする可能性がある。より一般的には、ＩＢＤの治療はメサラミンの形態を必要とする。しばしば、ステロイドが、疾患再燃を制御するために使用されており、維持薬物としてかつて許容された。クローン病患者および最近では潰瘍性大腸炎を有する患者において数年間使用される場合、生物製剤、例えば静脈内投与ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）が使用されている。重篤な場合は外科的処置、例えば、腸切除、狭窄形成術または一時的もしくは永続的な人工肛門造設術または回腸瘻造設術を必要とする可能性がある。腸疾患のための他の医薬治療は様々な形態で存在するが、そのような方法は、長期ステロイド曝露または外科的切除を避けるために、根本的な病態を制御することに集中している。
【０６２２】
通常、治療は、高い抗炎症効果を有する薬物、例えばプレドニゾンを投与することにより開始される。炎症がうまく制御されるとすぐに、患者は通常より軽い薬物、例えばアサコール、メセラミンに切り換えられ、疾患が緩解で維持される。うまくいけば、上記免疫抑制薬のメセラミン（これもまた抗炎症効果を有し得る）との併用を、患者によって、投与してもまたは投与しなくてもよい。
【０６２３】
ＩＢＤに対する薬物開発における最近の進歩は、炎症促進性サイトカイン、例えばインターロイキン、インターフェロンおよび腫瘍壊死因子（ＴＮＦ−α）を阻害するモノクローナル抗体の使用を含んでいる。特に、抗−ＴＮＦ−α抗体ＣＤＰ５７１およびインフリキシマブがクローン病を治療するために臨床的に使用されており、いくらか成功している。
【０６２４】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＩＢＤ治療（例えば、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、抗炎症薬、など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＩＢＤ治療の１つと共に）を、ＩＢＤを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＩＢＤを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＩＢＤを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＩＢＤ治療（例えば、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、抗炎症薬、など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＩＢＤ治療の１つと共に）を、ＩＢＤを有する危険のある対象に投与することにより、ＩＢＤを予防する方法を提供する。
【０６２５】
乾癬
乾癬は、罹患患者の皮膚を冒すよく知られた病状である。疾患はそれ自体、慢性の再発性銀色丘疹、鱗屑丘疹および様々なサイズのプラークとして現れる。病状は、１つまたは２つの病変からなる場合、または身体障害性関節炎または落屑を伴う広汎な皮膚症である場合がある。乾癬は、１〜数ｃｍでサイズが様々である隆起性病変として現れる。
【０６２６】
乾癬は、人口の約２％をある程度冒す最も一般的な皮膚病の１つである。実際、いくつかの型の乾癬があり、尋常性乾癬が最も一般的であるが、これらの全てにおける根本的な問題は上皮細胞の過剰産生である。２１〜２８日の細胞代謝回転サイクルを遵守せずに、乾癬にかかった皮膚は、３または４日のサイクルで変わっていく。上皮はその正常な厚さの５〜１０倍まで成長する可能性がある。厚くなった上皮、血管の過増殖、ならびに好中球およびリンパ球の浸潤が、乾癬病変が隆起し、容易に触知できる一因である。病変はいつでも数個から多量の範囲にわたり得る。
【０６２７】
乾癬の病因は依然としてよく理解されていないが、明確にＴ細胞の役割を示す証拠は累積している。多数の活性化Ｔ細胞は、乾癬皮膚において見られ、健康な皮膚にはほとんど見られない。これらの活性化Ｔ細胞はインターロイキン−６を分泌することも発見されており、これはその効果の１つとして皮膚細胞増殖を刺激する能力を有する。活性化白血球の浸潤は、免疫応答が何かに対して喚起されたことを示唆する。
【０６２８】
特定の乾癬治療の効果については個体間で実質的な変化が存在し得る。このため、皮膚科医はしばしば、患者に対して最も適切な治療を見出すために、試行錯誤アプローチを使用する。特定の治療を採用する決定は乾癬の型、その位置、程度および重篤度を基本とする。患者の年齢、性別、生活の質、併存症、および治療に関連する危険に対する態度もまた考慮される。
【０６２９】
有害反応に対する可能性が最も小さな医薬が優先的に使用される。治療目的が達成されない場合、より毒性の可能性が大きい療法が使用され得る。重篤な非反応性乾癬に対しては、かなりの毒性を有する医薬が用意されている。第１の工程として、局所的治療薬と呼ばれる薬用軟膏またはクリームが、皮膚に適用される。局所的治療が所望の目的を達成できない場合、次の工程は、皮膚と紫外線（ＵＶ）に曝露させることである。この型の治療は光線療法と呼ばれる。第３の工程は、ピルまたは注射により内部摂取される医薬の使用を含む。
【０６３０】
時間とともに、乾癬は特定の療法に対して抵抗性となる可能性がある。治療は、抵抗性発症（タキフィラキシー）を予防するために、および有害反応が起こる機会を減少させるために、定期的に変えられ得る。これは治療ローテーションと呼ばれる。
【０６３１】
局所的治療
浴溶液および保湿剤は、罹患皮膚を滑らかにし、乾癬プラーク上の皮膚の蓄積を伴う乾燥を減少させるのを助ける。乾癬プラークに直接適用される薬用クリームおよび軟膏は、炎症を減少させ、蓄積鱗屑を除去し、皮膚の代謝回転を減少させ、プラークの罹患皮膚をきれいにするのを助けることができる。コールタール、ジトラノール（アントラリン）、コルチコステロイド様デスオキシメタゾン（トピコート）、ビタミンＤ３類似体（例えば、カルシポトリオール）、およびレチノイドを含む軟膏およびクリームが日常的に使用される。アルガンオイルもまた使用されており、いくつかの有望な結果が得られている。各々の作用機序はおそらく異なっているが、すべて、皮膚細胞産生を正常化し、炎症を減少させるのを助ける。活性化ビタミンＤおよびその類似体は、皮膚細胞増殖の非常に効果的な阻害剤である。
【０６３２】
いくつかの局所薬が他の療法、とりわけ光線療法と共に使用される。
【０６３３】
光線療法
毎日の短い、灼かない太陽光への曝露は、乾癬をきれいにすることまたは改善することを助けると長い間、認識されていた。太陽光は多くの異なる波長の光を含む。乾癬にとって、太陽光の治療的特性は紫外（ＵＶ）光と分類された波長によるものであると認識されていたのは、２０世紀初頭であった。紫外線波長は、ＵＶＡ（３８０〜３１５ｎｍ）、ＵＶＢ（３１５〜２８０ｎｍ）、およびＵＶＣ（２８０ｎｍ未満）に細分化される。紫外線Ｂ（ＵＶＢ）（３１５〜２８０ｎｍ）は上皮に吸収され、乾癬に有益な効果を有する。狭帯域ＵＶＢ（３１１〜３１２ｎｍ）は乾癬にとって最も役立つＵＶＢスペクトルの部分である。ＵＶＢに１週間に数回、数週間にわたって曝露されると、乾癬からの緩解を達成するのが助けられる。
【０６３４】
紫外光治療はしばしば局所的（コールタール、カルシポトリオール）または全身的治療（レチノイド）と併用されるが、これはそれらの併用には相乗効果があるからである。Ｉｎｇｒａｍ療法は、ＵＶＢおよびアントラリンペーストの適用を含む。ゲッケルマン（Ｇｏｅｃｋｅｒｍａｎ）療法は、コールタール軟膏をＵＶＢと併用する。
【０６３５】
光化学療法
ソラレンおよび紫外線Ａ光線療法（ＰＵＶＡ）は、ソラレンの経口または局所投与を紫外線Ａ（ＵＶＡ）光への曝露と併用する。正確には、ＰＵＶＡがどのように働くかはわかっていない。作用機序はおそらく、乾癬皮膚における細胞の異常に速い産生を阻害するＵＶＡ光によるソラレンの活性化を含む。ＰＵＶＡに関連する作用機序は複数あり、皮膚免疫系への効果が含まれる。
【０６３６】
全身的治療
局所的治療および光線療法に抵抗性のある乾癬は、ピルまたは注射により内部摂取される医薬により治療される。これは全身的治療と呼ばれる。全身的治療を受けている患者は、医薬の毒性のために、定期的な血液および肝機能試験を受けることが必要とされる。妊婦はこれらの治療のほとんどを避けなければならない。ほとんどの人々は、全身的治療を中断した後、乾癬の再発を経験する。
【０６３７】
３つの主な従来の全身的治療は、メトトレキサート、シクロスポリンおよびレチノイドである。メトトレキサートおよびシクロスポリンは免疫抑制薬であり、レチノイドはビタミンＡの合成形態である。他のさらなる薬物が、乾癬に対して特定的に認可されていないが、効果的であることが見出されている。これらとしては、代謝拮抗薬チオグアニン、細胞毒性薬ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、免疫抑制薬ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリンおよび経口タクロリムスが挙げられる。これらはすべて、他の治療が失敗した場合に、乾癬を治療するために効果的に使用されている。多くの他の国において認可されていないが、フマル酸エステルもまた、ドイツにおいて２０年を超えて重篤な乾癬を治療するために使用されている。
【０６３８】
いくつかの免疫調節薬が、中程度〜重度の乾癬症例の治療のために認可されている。それらとしては、アレファセプト（ＡＭＥＶＩＶＥ（登録商標））、エファリズマブ（ＲＡＰＴＩＶＡ（登録商標））、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、およびインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））が挙げられる。これらの薬物は、静脈内注入、筋肉注射または皮下注射により投与され、通常、従来の療法に応答することができなかった人々に対して、または随伴乾癬性関節炎を有する人々に対して使用される。生物製剤は、一定の免疫系細胞間の相互作用を遮断することにより作用する。それらは免疫系に対し強い効果を有し、他の免疫抑制薬と同じ危険の多くを引き起こす可能性がある。
【０６３９】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を乾癬治療（例えば、免疫抑制薬、レチノイド、免疫調節薬（生物製剤）など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記乾癬治療の１つと共に）を、乾癬を有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、乾癬を治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいは乾癬を寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を乾癬治療（例えば、免疫抑制薬、レチノイド、免疫調節薬（生物製剤）など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記乾癬治療の１つと共に）を、乾癬を有する危険のある対象に投与することにより、乾癬を予防する方法を提供する。
【０６４０】
併用療法
プロテアーゼ結合タンパク質、たとえば、本明細書で記載されるプラスミン−、カリクレイン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、例えば、抗−ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／２、ＭＭＰ−１２またはＭＭＰ−１４結合タンパク質は、関心対象の特定の炎症性障害を治療するための１つ以上の上記療法と併用して投与することができる。併用により、必要とされるプロテアーゼ結合タンパク質または他の療法の用量を低減することができ、そのため、副作用が減少する。併用療法は、１つまたは両方の薬剤の送達および効能を増強することができる。
【０６４１】
薬剤または療法は同時に（例えば、患者に投与される単一の製剤として、または同時に投与される２つの別々の製剤として）、または任意の順で連続して投与することができる。連続投与は、異なる時に与えられる投与である。１つの薬剤と別の薬剤の投与間の時間は、数分、数時間、数日、または数週とすることができる。本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質の使用はまた、別の療法の用量を減少させる、例えば、投与される別の薬剤と関連する副作用を減少させる、例えば、免疫抑制薬の副作用を減少させるために使用することができる。したがって、併用は、プロテアーゼ結合タンパク質なしで使用される場合よりも少なくとも１０、２０、３０、または５０％低い用量で第２の薬剤を投与することを含むことができる。
【０６４２】
ＲＡを治療するためにプロテアーゼ結合タンパク質と併用して使用することができる第２の薬剤は下記の通りである。
【０６４３】
ＲＡに対するいくつかの実施形態では、第２の薬剤は免疫抑制薬、例えばガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、またはロイコトリエン受容体拮抗薬である。一般に、米国特許第２００７−０２９２４４１号、米国特許第２００７−０２９２４２２号、米国特許第２００７−０２６４２６６号、および米国特許第２００６−０２３３７９４号を参照されたい。また、いくつかの場合では、「免疫抑制薬」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有する場合、下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０６４４】
他の実施形態では、第２の薬剤は、ＤＭＡＲＤ、例えば、メトトレキサート、レフルノミド、スルファサラジン、金−−非経口（ミオクリシン）、金−−経口（オーラノフィン）、抗マライア薬、例えば、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、抗生物質、例えばミノサイクリン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、シクロスポリン、レフルノミド／アラバ、ＴＮＦ−α阻害剤／抗−ＴＮＦ剤、例えば、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、およびインフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））である。いくつかの場合では、「ＤＭＡＲＤ」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有するかまたはＢＲＭである場合、上記または下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０６４５】
さらに別の実施形態では、第２の薬剤は、ＢＲＭ、例えば、ＴＮＦ−α阻害剤（エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、およびインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）））または抗ＣＤ２０（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、任意のモノクローナル抗体、インターフェロン、インターロイキン−２、様々な型のコロニー刺激因子（ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ）、およびキネレット（アナキンラ、ＩＬ−１拮抗薬）である。
【０６４６】
他の実施形態では、第２の薬剤はＮＳＡＩＤ、例えばアスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、またはサルサルテである。
【０６４７】
他の実施形態では、第２の薬剤はコルチコステロイドである。
【０６４８】
そのような併用治療において他の炎症性障害、例えばＣＯＰＤ、喘息、ＭＳ、全身性硬化症、炎症性腸疾患および乾癬を治療するのに使用するための第２の薬剤は上記である。
【０６４９】
キット
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質はキット、例えばキットの構成要素として提供することができる。例えば、そのようなキットは（ａ）プロテアーゼ結合タンパク質、例えば、プロテアーゼ結合タンパク質を含む組成物、ならびに、任意で（ｂ）情報材料を含み得る。情報材料は、本明細書で記載される方法および／または本明細書で記載される方法のためのプロテアーゼ結合タンパク質の使用に関する説明、指示、販売または他の材料とすることができる。任意で、キットは第２の療法、例えば、本明細書で記載される、例えば、併用療法で使用するための、例えば、炎症性障害のための療法を含むことができる。
【０６５０】
キットの情報材料はその形態において制限されない。１つの実施形態では、情報材料は、化合物の製造、化合物の分子量、濃度、有効期限、バッチまたは製造場所情報、などについての情報を含むことができる。１つの実施形態では、情報材料は、炎症性障害を治療、予防、または診断するために、結合タンパク質を別の薬剤と併用して使用することに関する。
【０６５１】
１つの実施形態では、情報材料はプロテアーゼ結合タンパク質を、本明細書で記載される併用治療法を実施するのに好適な様式で、例えば、好適な用量、剤形、または投与方法（例えば、本明細書で記載される用量、剤形、または投与方法）で投与するための指示を含むことができる。別の実施形態では、情報材料はプロテアーゼ結合タンパク質を、好適な対象、例えばヒト、例えは、炎症性障害を有する、またはその危険のあるヒトに投与するための指示を含むことができる。例えば、材料は、ＭＭＰ−９、−９／２、−１２または−１４結合タンパク質を関節リウマチ患者に投与するための指示を含むことができる。キットの情報材料はその形態において制限されない。多くの場合において、情報材料、例えば指示は、印刷物として提供されるが、他の形式、例えばコンピュータで読み取り可能な材料であってもよい。
【０６５２】
プロテアーゼ結合タンパク質は任意の形態、例えば、液体、乾燥または凍結乾燥形態で提供することができる。プロテアーゼ結合タンパク質は実質的に純粋および／または滅菌であることが好ましい。プロテアーゼ結合タンパク質が液体溶液中で提供される場合、液体溶液は好ましくは水溶液であり、滅菌水溶液が好ましい。プロテアーゼ結合タンパク質が乾燥形態として提供される場合、再構成は一般に、好適な溶媒の添加による。溶媒、例えば滅菌水または緩衝液は、任意でキット中で提供することができる。
【０６５３】
キットは、プロテアーゼ結合タンパク質を含有する組成物のための１つ以上の容器を含むことができる。いくつかの実施形態では、キットは、組成物および情報材料のための別々の容器、仕切りまたはコンパートメントを含む。例えば、組成物は瓶、バイアル、またはシリンジ内に含ませることができ、情報材料は容器と関連させて含ませることができる。他の実施形態では、キットの別々の要素が単一の、分割されていない容器内に含まれる。例えば、組成物は、ラベル形態で情報材料が付着された瓶、バイアルまたはシリンジ内に含まれる。いくつかの実施形態では、キットは複数（例えば、１パック）の個々の容器を含み、それぞれが結合タンパク質の１つ以上の単位剤形（例えば、本明細書で記載される剤形）を含む。例えば、キットは複数のシリンジ、アンプル、ホイルパケット、またはブリスターパックを含み、それぞれが結合タンパク質の単一の単位用量を含む。キットの容器は、気密、耐水性（例えば、湿度または蒸発の変化に対し不透過性）、および／または遮光性とすることができる。
【０６５４】
キットは任意で、組成物の投与に好適な装置、例えば、シリンジ、吸入器、点滴器（例えば、点眼器）、スワブ（綿棒または木製スワブ）、または任意のそのような送達装置を含む。１つの実施形態では、装置はプロテアーゼ結合タンパク質の計量された用量を分注する埋め込み可能な装置である。本開示はまた、例えば、本明細書で記載される構成要素を組み合わせることにより、キットを提供する方法を特徴とする。
【０６５５】
例示
下記実施例は、さらなる説明を提供するが、限定するものではない。
【０６５６】
本出願を通して引用される、全ての参考文献、係属中の特許出願および公開された特許の内容は、参照により本明細書で明確に組み込まれる。
【実施例】
【０６５７】
実施例１：マウスコラーゲン誘発関節炎におけるＭＭＰ−１２阻害の評価
コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）のモデルにおける疾患重篤度の阻害を、ＭＭＰ−１２のＤｙａｘ阻害剤、ＤＸ−２７１２ＨＥＫ（ＤＸ−２７１２またはＭ１３１Ａ０６−ＧＡ−Ｓとも呼ばれる）を用いて証明した（図１）。
【０６５８】
研究計画は下記表６で示される通りとした。
【０６５９】
（表６）ＣＩＡ研究計画におけるＭＭＰ−１２阻害
2013533206.tif 000049
注：５３９Ｂ−Ｍ１３１Ａ０６−ＧＡ−Ｓ＝ＤＸ−２７１２ＨＥＫ＝ＭＭＰ−１２抗体
【０６６０】
図２に示されるように、ＤＸ−２７１２による処置により、３５日を通して疾患発症が遅延した。疾患発症は３６〜４６日抑止されたが、関節炎スコアの急上昇が研究最終日に記録された。
【０６６１】
図３に示されるように、ＤＸ−２７１２処置により、未処置マウスに比べ、関節炎組織学的指数が有意に（ｐ＜０．０５）全体として２９％阻害された。
【０６６２】
実施例２：マウスコラーゲン誘発関節炎におけるＭＭＰ−９／２阻害の評価
コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）のモデルにおける疾患重篤度の阻害を、ＭＭＰ−９／２のＤｙａｘ阻害剤を用いて証明した。
【０６６３】
研究計画は下記表７で示される通りとした。
【０６６４】
（表７）ＣＩＡ研究計画におけるＭＭＰ−９／２阻害
2013533206.tif 000050
注：動物はＩＰ、Ｑ２Ｄで投与された。
【０６６５】
図４で示されるように、第２６日に開始した、一日おきに腹腔内経路による、２０ｍｇ／ｋｇのＤｙａｘ  ＭＭＰ−９／２阻害剤の治療的投与は、マウスの体重増加に影響しなかっただけでなく、関節炎指数により表される通り、さらなる疾患の発症を阻害するように考えられた。
【０６６６】
図５で示されるように、群３の動物は組織学的に疾患対照（群１）と同様であり、いずれのパラメータに対しても２０％以下の減少があった。
【０６６７】
炎症は、記述時はいつでも慢性であった。提示された関節に関節炎のない動物は１匹であった。
【０６６８】
実施例３：例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質の例としてはＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０が挙げられる。
【０６６９】
ＤＸ−２４００
例示的なＭＭＰ−１４抗体はＤＸ−２４００である。ＤＸ−２４００に対する可変ドメイン配列は以下である。
2013533206.tif 000051
【０６７０】
ＤＸ−２４１０
別の例示的なＭＭＰ−１４抗体はＤＸ−２４１０である。ＤＸ−２４１０に対する可変ドメイン配列は以下である。
2013533206.tif 000052
【０６７１】
国際公開公報第２００９／０７９５８５号も参照されたい。
【０６７２】
実施例４：例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質の例が以下で提供される。
【０６７３】
５３９Ａ−Ｍ０１６６−Ｆ１０  ｓＦＡＢの可変領域のＤＮＡおよびアミノ酸の配列は下記の通りである。
５３９Ａ−Ｍ０１６６−Ｆ１０（ファージ／ＳＦＡＢ）ＶＬリーダー＋ＶＬ
2013533206.tif 000053
５３９Ａ−Ｍ０１６６−Ｆ１０（ファージ／ＳＦＡＢ）ＶＨリーダー＋ＶＨ
2013533206.tif 000054
【０６７４】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３はＭＭＰ−９の選択的阻害剤である。５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３はヒトおよびマウスＭＭＰ−９の活性を減少または阻害することができる。
【０６７５】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３軽鎖（ＬＣ）および重鎖（ＨＣ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）の配列は以下の通りである。
2013533206.tif 000055
【０６７６】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３（Ｍ０２４０−Ｂ０３）のＨＣ  ＣＤＲ配列および以下に示される軽鎖配列を含むタンパク質は、本明細書で記載される方法において使用することができる。以下に示されるＬＣ  ＣＤＲおよび５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３のＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質、または以下に示されるＬＣ可変領域（軽Ｖ遺伝子）および５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３  ＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質もまた、本明細書で記載される方法において使用することができる。タンパク質は、以下で示される定常領域配列、例えば定常領域（ＬＣ−λ１）を含むことができる。
2013533206.tif 000056
ＣＤＲ領域は太字である。
【０６７７】
本明細書で記載される方法において使用することができる別の例示的なタンパク質のアミノ酸および核酸配列は、以下で提供される。以下で示されるＬＣおよびＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質、または以下で示される軽鎖および重鎖可変領域（それぞれ、ＬＶおよびＨＶ）を含むタンパク質もまた、本明細書で記載される方法において使用することができる。
【０６７８】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３：親単離物（ｓＦａｂ；ＩｇＧ−ｐＢｈ１（ｆ））。
【０６７９】
５３９Ａ−Ｘ００３４−Ｃ０２（ＧＳクローン）（Ｘ００３４−Ｃ０２）：ＤＸ−２８０２：生殖系列化された最適化配列。軽鎖および重鎖両方のシグナル配列、可変領域および定常領域を含む全抗体フラグメントが配列決定された。配列データは５３９Ａ−Ｒ０１０８−Ａ０１（５３９Ａ−Ｘ００３４−Ｃ０２）において入手可能である。
2013533206.tif 000057
2013533206.tif 000058
【０６８０】
本明細書で記載される方法において使用することができる別の例示的なタンパク質のアミノ酸および核酸配列は、以下で提供される。以下で示されるＬＣおよびＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質、または以下で示される軽鎖および重鎖可変領域（それぞれ、ＬＶおよびＨＶ）を含むタンパク質もまた、本明細書で記載される方法において使用することができる。軽鎖および重鎖（それぞれ、以下、ＬＶ＋ＬＣおよびＨＶ＋ＨＣと称される）配列を含むタンパク質もまた使用することができる。
2013533206.tif 000059
2013533206.tif 000060
2013533206.tif 000061
【０６８１】
表８は、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、およびＭ０２８１−Ｆ０６のＬＶおよびＨＶ  ＣＤＲ配列を提供する。
【０６８２】
（表８）
2013533206.tif 000062
【０６８３】
ｈＭＭＰ９およびｍＭＭＰ９に結合するために成熟されたＦａｂ親和性のためのＶＬおよびＶＨ
2013533206.tif 000063
【０６８４】
（表９）MMP-9に結合するが阻害しないＡｂ
2013533206.tif 000064
【０６８５】
国際公開公報第２００９／１１１４５０号および国際公開公報第２００９／１１１５０８号もまた、参照されたい。
【０６８６】
実施例５：例示的なＭＭＰ−９／−２結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−９／−２結合タンパク質の例としては、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５が挙げられる。
【０６８７】
５３９Ａ−Ｍ０２３７−Ｄ０２  ｓＦＡＢの可変領域のＤＮＡおよびアミノ酸の配列は以下の通りである。
539A-M0237-D02 (ファージ/SFAB) VLリーダー+VL
2013533206.tif 000065
【０６８８】
539A-M0237-D02 (ファージ/SFAB) VHリーダー+VH
2013533206.tif 000066
【０６８９】
抗体Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５を、ＩｇＧ１として生成させ、ヒトおよびマウスＭＭＰ−９およびＭＭＰ−２の阻害に対して試験した。Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０３、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５はそれぞれ、Ｍ０２５６−Ｄ１１、Ｍ０２７６−Ｆ１１、Ｍ０２７４−Ｇ０８、Ｍ０２７５−Ｄ０３、およびＭ０３０７−Ｆ０４生殖系列化された、最適化バージョンである。
【０６９０】
表１０は、生殖系列化された、最適化ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２特異抗体（Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５）のＬＶおよびＨＶ  ＣＤＲ配列を示す。下記表１０は、これらの抗体に対するＶＬおよびＶＨプラス定常領域の部分の配列の列挙である。
【０６９１】
国際公開公報第２００９／１１１５０８号も参照されたい。
【０６９２】
（表１０）生殖系列化された、最適化ｈＭＭＰ２／ｈＭＭＰ９／ｍＭＭＰ２／ｍＭＭＰ９−阻害ＡｂのＣＤＲ
2013533206.tif 000067
【０６９３】
ｈＭＭＰ９、ｈＭＭＰ２、ｍＭＭＰ９、およびｍＭＭＰ２に結合するために最適化された、生殖系列化Ｆａｂに対するＶＬおよびＶＨならびに定常領域の部分
2013533206.tif 000068
2013533206.tif 000069
【０６９４】
実施例６：例示的なＭＭＰ−１２結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−１２結合タンパク質の例としては、ＤＸ−２７１２、５３９Ｂ−Ｍ０００８−Ｈ０９−ＧＡ−Ｓ、および５３９Ｂ−Ｍ０１２１−Ｅ０７−ＧＡ−Ｓが挙げられる。
【０６９５】
ＤＸ−２７１２はまたＭ０１３１−Ａ０６−ＧＡ−Ｓとも呼ばれる。
【０６９６】
国際公開公報第２００９／１１１５０７号も参照されたい。
【０６９７】
（表１１）
2013533206.tif 000070
2013533206.tif 000071
【０６９８】
５３９Ｂ−Ｘ００４１−Ｄ０２に加え５３９Ｂ−Ｘ００４１−Ｄ０２の１３の突然変異体
2013533206.tif 000072
2013533206.tif 000073
2013533206.tif 000074
2013533206.tif 000075
2013533206.tif 000076
【０６９９】
実施例７：コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）マウスモデルにおける、単独療法としての、または他の疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）と併用した、ＤＸ−２７１２の評価
ＤＸ−２７１２、特異的ＭＭＰ−１２抗体阻害剤を用いた前のＣＩＡ研究は、ＤＸ−２７１２が関節炎疾患発症を遅延させ、関節炎重篤度を減少させるのに有効であることを証明した。ＤＸ−２７１２がＤＭＡＲＤまたはＢＲＭの最適治療用量を低減させることができるかどうかをさらに評価するために、ＤＸ−２７１２をＣＩＡモデルにおいて、単独療法として、または他のＤＭＡＲＤ（メトトレキサート）もしくはＢＲＭ（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）またはＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標））と併用して試験した。研究計画は表１２に示される。併用群では、ＤＸ−２７１２が、文献報告（Ｎｅｕｒａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．  １９９９．  Ｃｌｉｎ．  Ｅｘｐ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １１５：４２−５５；  Ｎｅｗｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  ２００１．  Ａｎｎ．  Ｒｈｅｕｍ．  Ｄｉｓ．  ６０：ｉｉｉ２５−ｉｉｉ３２；  Ｚａｌｅｖｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．  ２００７．  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １７９：１８７２−１８８３）に基づいて決定した、最適以下の用量のメトトレキサート、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）またはＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）と併用された。
【０７００】
（表１２）ＣＩＡ併用研究計画
2013533206.tif 000077
【０７０１】
結果を図６、７および８に示し、表１３に要約する。最適以下の用量のメトトレキサートまたはＥＮＢＲＥＬ（登録商標）をＤＸ−２７１２と併用すると、関節炎スコアが、最適用量のＤＭＡＲＤまたはＢＲＭ単独療法のレベルまで減少した。ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）との併用では、治療第２２日まで関節炎スコアが減少したように見えたが、その後、スコアはＤＸ−２７１２のレベルまで増加した。しかしながら、最適以下の用量のＤＭＡＲＤまたはＢＲＭ(メトトレキサートでは１ｍｇ／ｋｇ、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）では１０ｍｇ／ｋｇおよびＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）では１ｍｇ／ｋｇ)を用いた単独療法が欠如していたので、さらに掘り下げた研究を実施し、ＤＸ−２７１２と併用して使用するための最もよい、最適以下の用量のＤＭＡＲＤまたはＢＲＭを決定し、これらの予備的所見を確認した。研究計画は表１４に示される。
【０７０２】
（表１３）ＤＸ−２７１２とＤＭＡＲＤまたはＢＲＭを用いた併用研究の結果の要約
2013533206.tif 000078
*療法の研究３１日の終わり
【０７０３】
（表１４）さらなる併用ＣＩＡ研究の研究計画
2013533206.tif 000079
【０７０４】
実施例８：ヒト滑膜細胞によるコラーゲンフィルム分解活性に対するＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０の効果
ヒトリウマチ滑膜線維芽細胞は自発的に高レベルのＭＭＰ−１４を発現する（Ｍｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ，  ２００９  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２００９  Ｍａｒ；６０（３）：６８６−９７）。それらをコラーゲンフィルム上で培養させると、滑膜細胞中で発現されたＭＭＰ−１４はコラーゲンフィルムを効果的に分解する。ヒト線維芽細胞をウシＩ型コラーゲンフィルム上、３７℃で４日間、広域スペクトルのＭＭＰ−阻害剤ＧＭ６００１、ＤＸ−２４００またはＤＸ−２４１０の存在下、または非存在下で培養させた。その後、細胞をコラーゲン表面からトリプシン／ＥＤＴＡにより取り除き、コラーゲンフィルムを曝露させた。その後、フィルムを３％  ＰＦＡで３０分間固定し、クマシーブルーで染色した。ＧＭ６００１の存在下では、この分解は完全に無効にされた（データ示さず）。ＤＸ−２４００またはＤＸ−２４１０のいずれかを添加しても、用量依存様式でコラーゲン分解が阻害された（データ示さず）。５００ｎＭでは、ほとんど完全な阻害がＤＸ−２４００を用いて達成された。ＤＸ−２４１０の阻害効果は、５００ｎＭでも分解された領域を示すＤＸ−２４００よりわずかに低かった（データ示さず）。
【０７０５】
実施例１０：コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）マウスモデルにおけるＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０の評価
２００μｇのニワトリＩＩ型コラーゲンを、フロイント完全アジュバントと共にＤＢＡマウス（雄、３〜４月齢）において皮下注射した。２１日後、試験化合物を２０ｍｇ／ｋｇ、３回／週で腹腔内投与した。関節炎の臨床症状を発症した第１のマウスは、コラーゲン注射後２６日に検出された。ＤＸ−２４００またはＤＸ−２４１０は足の発赤および腫脹を有意に改善しなかったが、関節の組織学的解析により評価されるように関節炎の発症は著しく減少させた（図９（Ａ））。図９（Ｂ）は、使用した組織学的スコア化システムの説明を示す。
【０７０６】
参照文献
本出願を通して引用された論文参照文献、発行された特許、公開または非公開特許出願を含む全ての引用参照文献の内容は、その全体が参照により明確に本明細書に組み込まれる。対立する場合、本明細書のいずれの定義をも含む本出願が制御する。
【０７０７】
等価物
本発明の多くの実施形態について記載してきた。それにもかかわらず、本発明の精神および範囲から逸脱せずに、様々な改変が可能であることは理解されるであろう。したがって、他の実施形態は以下の特許請求の範囲内にある。
【図１】
2013533206.tif 000084
【図２】
2013533206.tif 000085
【図３】
2013533206.tif 000086
【図４】
2013533206.tif 000087
【図５】
2013533206.tif 000088
【図６】
2013533206.tif 000089
【図７】
2013533206.tif 000090
【図８】
2013533206.tif 000091
【図９】
2013533206.tif 000092
【手続補正書】
【提出日】平成23年6月28日(2011.6.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2013533206000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成23年9月26日(2011.9.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２００８年１０月２２日に出願された、米国特許出願第６１／１０７，３８４号について優先権を主張する。先願の開示は、本出願の開示の一部と考えられる（かつ参照により本出願の開示に組み込まれる）。
配列表
本出願は、配列表を含み、この配列表は、EFS-Webで提出されており、かつその全体が参照により本明細書に組み入れられる。2009年11月20日に作成されたASCIIコピーは、D27128WO.txtと名付けられ、かつサイズが160,229バイトである。
【背景技術】
【０００２】
背景
免疫抑制薬は、免疫系の活性を阻害、または阻止する。免疫抑制薬は、移植された臓器および組織の拒絶を阻止し、疾患（例えば、自己免疫疾患）（例えば、関節リウマチ、多発性硬化症、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、クローン病、天疱瘡、および潰瘍性大腸炎）を治療するために、およびいくつかの他の非自己免疫炎症性疾患（例えば、長期アレルギー性喘息管理）を治療するために使用される。例はＴＮＦα阻害剤、例えば、ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）およびＣＩＭＺＩＡ（登録商標）である。他の例は、ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）（ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（Ｂｒｉｓｔｏｌ  Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ））抗−ＶＬＡ４（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））および抗−ＩＬ−６受容体抗体（Ｃｈｕｇａｉ／Ｒｏｃｈｅ）などの薬物である。
【０００３】
これらの薬物は副作用および危険がないわけではない。これらの薬物の大部分が非選択的に作用するので、免疫系は感染および悪性細胞の伝播に抵抗することができなくなる。他の副作用、例えば高血圧、脂質異常症、高血糖、消化性潰瘍、肝臓および腎臓損傷もまた存在する。免疫抑制薬はまた、他の医薬と相互作用し、それらの代謝および作用に影響する。さらに、臨床的利点は各薬物では、たとえそれが選択的であっても不完全である。例えば、疾患重篤度を５０％減少し得るが（例えば、ＡＣＲ５０スコア）、そのような利点はしばしば、全ての症状を緩和し、普通の生活に戻らせるには十分ではない。日和見感染はそのような薬物と関連する重篤な有害事象である。多発性硬化症における抗−ＶＬＡ４（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））などの接着分子遮断薬は、ウイルス感染の危険と関連している。これにより、これらの免疫抑制薬の併用が妨害されている。
【発明の概要】
【０００４】
概要
炎症およびその結果、例えば軟骨浸食および骨侵食の一因となるプロテアーゼの阻害剤は、疾患病状を抑止する潜在能力を有するが、免疫抑制性ではない。このように、そのようなプロテアーゼ阻害剤は、感染性疾患合併症に至らせず、過度の免疫抑制効果なしで、互いに、ならびに他の薬物と併用され得る。
【０００５】
本開示はとりわけ、抗体、ペプチドおよび／またはクニッツドメインベースプロテアーゼ結合タンパク質ならびに免疫抑制薬または炎症性障害のための他の治療薬を含む、炎症性障害を治療するための方法、組成物およびキットを提供する。治療される炎症性障害としては、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）が挙げられるが、それらに限定されない。例示的なプロテアーゼ結合タンパク質は、メタロプロテアーゼファミリーの全てのメンバー、とりわけＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−７などのターゲット（「ＭＭＰ結合タンパク質」）、ならびにＴＡＣＥ、ＡＤＡＭ−ＴＳ２などの他のプロテアーゼ；セリンプロテアーゼ、例えばプラスミン、ヘプシン、マトリプターゼ、血漿カリクレインおよび組織カリクレイン１；およびカテプシン、例えばカテプシンＢ、ＳおよびＫを含む。ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。ある実施形態では、併用療法はＭＭＰ結合タンパク質（例えば、ＭＭＰ阻害剤）ならびに疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、例えばメトトレキサート、および／または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）、例えばＴＮＦ−a阻害剤（エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、およびインフリキリマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）））、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）））または抗−ＣＤ２０（リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）））の使用を含む。併用療法は、相加的および／または相乗的な利点を有し、日和見感染の危険を増加させずに疾患症状および進行に対する効果を増加させ得る。ある実施形態では、薬物の併用により、免疫抑制薬または第二選択薬の用量を減少させることができ、よって、有害事象（例えば、副作用）の可能性が減少する。
【０００６】
任意の開示される方法、キットまたは組成物で使用される抗体、ペプチドおよび／またはクニッツドメインベースプロテアーゼ結合タンパク質、ならびにそれらと併用される免疫抑制薬または第二選択薬は、下記の詳細な説明で記載されている特性の１つ以上を有することができる。例えば、本明細書で記載される任意の方法またはキットで使用される好ましい組成物は、１つ以上の薬学的に許容される緩衝剤、担体、および賦形剤をさらに含むことができ、これらは、所望の特徴を組成物に提供することができ、そのような特徴としては、組成物の患者への投与の増強、阻害剤の循環半減期の増強、組成物の患者の血液化学との適合性の増強、組成物貯蔵の増強、および／または患者に投与した時の組成物の有効性の増強が挙げられるが、それらに限定されない。
【０００７】
いくつかの態様では、本開示は、炎症性障害を治療する方法を特徴とする。本方法は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤と併用して、炎症性障害を有するまたはその疑いのある対象に投与することを含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、炎症性障害は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる群より選択される。
【０００９】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【００１０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【００１１】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【００１２】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【００１３】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000093
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【００１４】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１５】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１６】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１７】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００１８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【００１９】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【００２０】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000094
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８はそれぞれ存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【００２１】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２２】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２３】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２４】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００２５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【００２６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００２７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００２９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【００３１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【００３６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００３８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００３９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００４０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【００４１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２（本明細書ではＤＸ−２７１２ＨＥＫとも呼ばれる）、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000095
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００４２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000096
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００４３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【００４４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【００４５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【００４６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【００４７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【００４８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【００４９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【００５０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【００５１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【００５２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【００５３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【００５４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【００５５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【００５６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【００５７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【００５８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【００５９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【００６０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【００６１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【００６２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【００６３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【００６４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【００６５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【００６６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【００６７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【００６８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【００６９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【００７０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン（ｃｒｏｍｏｎ）、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【００７１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【００７２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【００７３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【００７４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【００７５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【００７６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【００７７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【００７８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【００７９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【００８０】
別の態様では、本開示は、炎症性障害を予防する方法を特徴とする。本方法は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第２の薬剤と併用して、炎症性障害を有する危険のある対象に投与することを含む。
【００８１】
いくつかの実施形態では、炎症性障害は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる群より選択される。
【００８２】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【００８３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【００８４】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【００８５】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【００８６】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000097
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【００８７】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００８８】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００８９】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９０】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９１】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【００９２】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【００９３】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000098
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８の各々はそれぞれ、存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【００９４】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９５】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９６】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９７】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【００９８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【００９９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１００】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000099
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000100
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【０１５３】
別の態様では、本開示は、プロテアーゼ結合タンパク質と第２の薬剤を含む組成物（例えば、単離組成物）を特徴とし、第２の薬剤は炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000101
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000102
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８の各々はそれぞれ、存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000103
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000104
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【０２００】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２１３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【０２１４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【０２１５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【０２１６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【０２１７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【０２２０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【０２２１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【０２２５】
別の態様では、本開示は、プロテアーゼ結合タンパク質と第２の薬剤を含むキットを特徴とし、第２の薬剤は炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプロテアーゼ阻害剤である。
【０２２７】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／−２、およびＭＭＰ−１２からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する。
【０２２８】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、血漿カリクレイン阻害剤である。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000105
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である。
【０２３１】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はプラスミン阻害剤である。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、配列：
2013533206.tif 000106
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７およびＸａａ５８の各々はそれぞれ、存在しなくてもよいか、Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａは任意の非システインアミノ酸である。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、プラスミン阻害剤は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１４結合タンパク質である。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、またはＭ００４３−Ｇ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は、ＤＸ−２４００の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９結合タンパク質である。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は、ＤＸ−２８０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−９／−２結合タンパク質である。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、またはＸ０１０６−Ｆ０５の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−９／−２結合タンパク質は、Ｍ０２３７−Ｄ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質はＭＭＰ−１２結合タンパク質である。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000107
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000108
、または５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の３つの重鎖ＣＤＲおよび／または３つの軽鎖ＣＤＲを含む。
【０２６１】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は、ＤＸ−２７１２の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む。
【０２６５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ４−Ｉｇを含む。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ３類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む。
【０２７５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む。
【０２７８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む。
【０２７９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む。
【０２８４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を含む。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む。
【０２８８】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ２作用薬を含む。
【０２８９】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む。
【０２９０】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムおよびチオトロピウムを含む。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む。
【０２９６】
いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ５７１抗体を含む。
【０２９７】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−１４に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１およびＭ００４３−Ｇ０２からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０２９８】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−９に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、およびＭ０２８１−Ｆ０６からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０２９９】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−９／−２に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＭ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０３００】
１つの態様では、本開示は、対象（例えば、炎症性障害を有するまたはその疑いのある、あるいはその危険のある対象）において炎症性障害を治療または予防する方法に関し、その方法は、ＭＭＰ−１２に結合する単離タンパク質（例えば、抗体、例えば、ヒト抗体）（例えば、治療的有効量）を、第２の薬剤（例えば、治療的有効量）と併用して、対象に投与することを含み、ここで、抗体はＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000109
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される抗体と同じエピトープに結合するか、またはその抗体と結合について競合し、第２の薬剤は炎症性障害のための薬剤である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は本明細書で記載される第２の薬剤である。
【０３０１】
本発明の１つ以上の実施形態の詳細は、添付の図面および下記説明において明記される。本発明の他の特徴、目的および利点は説明および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかになるであろう。
[請求項1001]
治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第2の薬剤と併用して、炎症性障害を有するまたはその疑いのある対象に投与することを含む、炎症性障害を治療する方法。
[請求項1002]
前記炎症性障害が、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる群より選択される、請求項1001に記載の方法。
[請求項1003]
前記プロテアーゼ結合タンパク質がプロテアーゼ阻害剤である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1004]
前記プロテアーゼ結合タンパク質が、ＭＭＰ−14、血漿カリクレイン、プラスミン、ＭＭＰ−9、ＭＭＰ−9／−2、およびＭＭＰ−12からなる群より選択されるプロテアーゼに結合する、請求項1001に記載の方法。
[請求項1005]
前記プロテアーゼ結合タンパク質が、ＭＭＰ−14結合タンパク質である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1006]
前記ＭＭＰ−14結合タンパク質が、ＤＸ−2400、ＤＸ−2410、Ｍ0031−Ｃ02、Ｍ0031−Ｆ01、Ｍ0033−Ｈ07、Ｍ0037−Ｃ09、Ｍ0037−Ｄ01、Ｍ0038−Ｅ06、Ｍ0038−Ｆ01、Ｍ0038−Ｆ08、Ｍ0039−Ｈ08、Ｍ0040−Ａ06、Ｍ0040−Ａ11、またはＭ0043−Ｇ02の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1005に記載の方法。
[請求項1007]
前記ＭＭＰ−14結合タンパク質が、ＤＸ−2400、ＤＸ−2410、Ｍ0031−Ｃ02、Ｍ0031−Ｆ01、Ｍ0033−Ｈ07、Ｍ0037−Ｃ09、Ｍ0037−Ｄ01、Ｍ0038−Ｅ06、Ｍ0038−Ｆ01、Ｍ0038−Ｆ08、Ｍ0039−Ｈ08、Ｍ0040−Ａ06、Ｍ0040−Ａ11、またはＭ0043−Ｇ02の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1005に記載の方法。
[請求項1008]
前記ＭＭＰ−14結合タンパク質が、ＤＸ−2400の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1005に記載の方法。
[請求項1009]
前記ＭＭＰ−14結合タンパク質が、ＤＸ−2400の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1005に記載の方法。
[請求項1010]
前記プロテアーゼ結合タンパク質が、血漿カリクレイン阻害剤である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1011]
前記血漿カリクレイン阻害剤が、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよび血漿カリクレイン結合抗体からなる群より選択される、請求項1010に記載の方法。
[請求項1012]
前記血漿カリクレイン阻害剤が、配列：
2013533206.tif 000110
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ10がＡｓｐまたはＧｌｕであり、Ｘａａ11がＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒであり、Ｘａａ13がＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎであり、Ｘａａ15がＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎであり、Ｘａａ16がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎであり、Ｘａａ17がＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒであり、Ｘａａ18がＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａであり、Ｘａａ19がＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅであり、Ｘａａ21がＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅであり、Ｘａａ31がＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒであり、Ｘａａ32がＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌであり、Ｘａａ34がＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕであり、Ｘａａ35がＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅであり、Ｘａａ39がＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐであり、アミノ酸Ｘａａ6、Ｘａａ7、Ｘａａ8、Ｘａａ9、Ｘａａ20、Ｘａａ24、Ｘａａ25、Ｘａａ26、Ｘａａ27、Ｘａａ28、Ｘａａ29、Ｘａａ41、Ｘａａ42、Ｘａａ44、Ｘａａ46、Ｘａａ47、Ｘａａ48、Ｘａａ49、Ｘａａ50、Ｘａａ52、Ｘａａ53およびＸａａ54が任意のアミノ酸であり、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1の最初の4つおよび最後の3つのアミノ酸の各々が、それぞれ個々に任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ任意の非システインアミノ酸である、請求項1010に記載の方法。
[請求項1013]
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：2のアミノ酸3〜60の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1010に記載の方法。
[請求項1014]
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：2のアミノ酸3〜60の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1010に記載の方法。
[請求項1015]
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：2の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1010に記載の方法。
[請求項1016]
前記血漿カリクレイン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：2の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1010に記載の方法。
[請求項1017]
前記プロテアーゼ結合タンパク質がプラスミン阻害剤である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1018]
前記プラスミン阻害剤が、クニッツドメイン含有ポリペプチドおよびプラスミン結合抗体からなる群より選択される、請求項1017に記載の方法。
[請求項1019]
前記プラスミン阻害剤が、配列：
2013533206.tif 000111
を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドであり、ここで、
Ｘａａ1、Ｘａａ2、Ｘａａ3、Ｘａａ4、Ｘａａ56、Ｘａａ57およびＸａａ58がそれぞれ個別に存在しなくてもよいか、Ｘａａ10がＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ11がＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐであるか、Ｘａａ13がＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａであるか、Ｘａａ15がＬｙｓまたはＡｒｇであるか、Ｘａａ16がＡｌａまたはＧｌｙであるか、Ｘａａ17がＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ18がＰｈｅまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ19がＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅであるか、Ｘａａ21がＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ22がＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ23がＴｙｒまたはＰｈｅであるか、Ｘａａ31がＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａであるか、Ｘａａ32がＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎであるか、Ｘａａ34がＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒであるか、Ｘａａ35がＴｙｒまたはＴｒｐであるか、Ｘａａ36がＧｌｙまたはＳｅｒであるか、Ｘａａ39がＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔであるか、Ｘａａ40がＧｌｙまたはＡｌａであるか、Ｘａａ43がＡｓｎまたはＧｌｙであるか、あるいはＸａａ45がＰｈｅまたはＴｙｒであり、かつ特記されない限り、Ｘａａが任意の非システインアミノ酸である、請求項1017に記載の方法。
[請求項1020]
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：100の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1017に記載の方法。
[請求項1021]
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：100の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1017に記載の方法。
[請求項1022]
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：200の配列を含むクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1017に記載の方法。
[請求項1023]
前記プラスミン阻害剤が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：200の配列からなるクニッツドメイン含有ポリペプチドである、請求項1017に記載の方法。
[請求項1024]
前記プロテアーゼ結合タンパク質がＭＭＰ−9結合タンパク質である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1025]
前記ＭＭＰ−9結合タンパク質が、ＤＸ−2802、539Ａ−Ｍ0240−Ｂ03、Ｍ0078−Ｇ07、Ｍ0081−Ｄ05、Ｍ0076−Ｄ03、Ｍ0072−Ｈ07、Ｍ0075−Ｄ12、Ｍ0166−Ｆ10、Ｍ0279−Ａ03、Ｍ0279−Ｂ02、Ｍ0288−Ｃ08、またはＭ0281−Ｆ06の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1024に記載の方法。
[請求項1026]
前記ＭＭＰ−9結合タンパク質が、ＤＸ−2802、539Ａ−Ｍ0240−Ｂ03、Ｍ0078−Ｇ07、Ｍ0081−Ｄ05、Ｍ0076−Ｄ03、Ｍ0072−Ｈ07、Ｍ0075−Ｄ12、Ｍ0166−Ｆ10、Ｍ0279−Ａ03、Ｍ0279−Ｂ02、Ｍ0288−Ｃ08、またはＭ0281−Ｆ06の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1024に記載の方法。
[請求項1027]
前記ＭＭＰ−9結合タンパク質が、ＤＸ−2802の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1024に記載の方法。
[請求項1028]
前記ＭＭＰ−9結合タンパク質が、ＤＸ−2802の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1024に記載の方法。
[請求項1029]
前記プロテアーゼ結合タンパク質がＭＭＰ−9／−2結合タンパク質である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1030]
前記ＭＭＰ−9／−2結合タンパク質が、Ｍ0237−Ｄ02、Ｘ0106−Ａ01、Ｘ0106−Ｂ02、Ｘ0106−Ｃ04、Ｘ0106−Ｅ4、またはＸ0106−Ｆ05の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1029に記載の方法。
[請求項1031]
前記ＭＭＰ−9／−2結合タンパク質が、Ｍ0237−Ｄ02、Ｘ0106−Ａ01、Ｘ0106−Ｂ02、Ｘ0106−Ｃ04、Ｘ0106−Ｅ4、またはＸ0106−Ｆ05の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1029に記載の方法。
[請求項1032]
前記ＭＭＰ−9／−2結合タンパク質が、Ｍ0237−Ｄ02の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1029に記載の方法。
[請求項1033]
前記ＭＭＰ−9／−2結合タンパク質が、Ｍ0237−Ｄ02の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1029に記載の方法。
[請求項1034]
前記プロテアーゼ結合タンパク質がＭＭＰ−12結合タンパク質である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1035]
前記ＭＭＰ−12結合タンパク質が、ＤＸ−2712、ＤＸ−2712の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000112
、または539Ｂ−Ｘ0049−Ｅ02の、3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1034に記載の方法。
[請求項1036]
前記ＭＭＰ−12結合タンパク質が、ＤＸ−2712、ＤＸ−2712の突然変異体もしくは変種、
2013533206.tif 000113
、または539Ｂ−Ｘ0049−Ｅ02の、重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1034に記載の方法。
[請求項1037]
前記ＭＭＰ−12結合タンパク質が、ＤＸ−2712の3つの重鎖ＣＤＲおよび／または3つの軽鎖ＣＤＲを含む、請求項1034に記載の方法。
[請求項1038]
前記ＭＭＰ−12結合タンパク質が、ＤＸ−2712の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む、請求項1034に記載の方法。
[請求項1039]
前記第2の薬剤が、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、5−リポキシゲナーゼ阻害剤、およびロイコトリエン受容体拮抗薬からなる群より選択される免疫抑制薬である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1040]
前記第2の薬剤が、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および炎症性腸疾患からなる炎症性障害の群より選択される炎症性障害の治療のための薬剤である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1041]
前記第2の薬剤が、関節リウマチの治療のための薬剤であり、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1042]
前記第2の薬剤が、関節リウマチの治療のための薬剤であり、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、金、サルサレート、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、アダリムマブ、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、ミノサイクリン、またはＣＴＬＡ4−Ｉｇを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1043]
前記第2の薬剤が、乾癬の治療のための薬剤であり、局所的治療薬または全身的治療薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1044]
前記第2の薬剤が、乾癬の治療のための薬剤であり、コールタール、ジトラノール、コルチコステロイド、ビタミンＤ3類似体、およびレチノイドからなる群より選択される局所的治療薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1045]
前記第2の薬剤が、乾癬の治療のための薬剤であり、メトトレキサート、シクロスポリン、レチノイド、チオグアニン、ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、タクロリムス、アレファセプト、エファリズマブ、エタネルセプト、およびインフリキシマブからなる群より選択される全身的治療薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1046]
前記第2の薬剤が、多発性硬化症の治療のための薬剤であり、コルチコステロイド、インターフェロン、酢酸グラチラマー、免疫抑制薬またはナタリズマブを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1047]
前記第2の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、ステロイド、またはエポプロステノールを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1048]
前記第2の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ニフェジピンを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1049]
前記第2の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、イロプロストを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1050]
前記第2の薬剤が、全身性硬化症の治療のための薬剤であり、ボセンタンを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1051]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、またはメトトレキサートを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1052]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、サルブタモール、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールからなる群より選択されるβ2−アドレナリン受容体作用薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1053]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤からなる群より選択されるアドレナリン作用薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1054]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウムからなる群より選択される抗ムスカリン／抗コリン薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1055]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロンからなる群より選択される吸入グルココルチコイドを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1056]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートンからなる群より選択されるロイコトリエン修飾物質を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1057]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるマスト細胞安定剤を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1058]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、テオフィリンおよびアミノフィリンからなる群より選択されるメチルキサンチンを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1059]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、抗ヒスタミン薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1060]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、オマリズマブおよびメトトレキサートからなる群より選択されるＩｇＥ遮断薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1061]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、およびアルブテロールからなる群より選択される長時間作用性β2−アドレナリン受容体作用薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1062]
前記第2の薬剤が、喘息の治療のための薬剤であり、フルチカゾン／サルメテロールおよびブデソニド／ホルモテロールからなる群より選択される、吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1063]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、気管支拡張薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1064]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、β2作用薬、Ｍ3抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン（ｃｒｏｍｏｎ）、コルチコステロイド、またはキサンチンを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1065]
第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、サルブタモール、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、ホルモテロール、およびサルメテロールからなる群より選択されるβ2作用薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1066]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1067]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、クロモグリカートおよびネドクロミルからなる群より選択されるクロモンを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1068]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、モンテルカスト、プランルカストおよびザフィルルカストからなる群より選択されるロイコトリエン拮抗薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1069]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンからなる群より選択されるコルチコステロイド拮抗薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1070]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、テオフィリン、メチルキサンチン、およびテオブロミンからなる群より選択されるキサンチン拮抗薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1071]
前記第2の薬剤が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の治療のための薬剤であり、イプラトロピウムまたはチオトロピウムを含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1072]
前記第2の薬剤が、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、または抗炎症薬を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1073]
前記第2の薬剤が、炎症性腸疾患の治療のための薬剤であり、プレドニゾン、インフリキシマブ、アザチオプリン、メトトレキサート、6−メルカプトプリン、メサラミン、ステロイド、またはＣＤＰ571抗体を含む、請求項1040に記載の方法。
[請求項1074]
治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を、治療的有効量の、炎症性障害の治療のための薬剤である第2の薬剤と併用して、炎症性障害を有する危険のある対象に投与することを含む、炎症性障害を予防する方法。
[請求項1075]
プロテアーゼ結合タンパク質、および炎症性障害の治療のための薬剤である第2の薬剤
を含む、組成物。
[請求項1076]
プロテアーゼ結合タンパク質、および炎症性障害の治療のための薬剤である第2の薬剤
を含む、キット。
【図面の簡単な説明】
【０３０２】
【図１】ＤＸ−２７１２ＨＥＫについての配列情報を示す図である。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１、６２、１２３、１１８および１２０をそれぞれ順番に開示する。
【図２】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける疾患発症に関する陰性対照、ＤＸ−２７１２ＨＥＫおよびメトトレキサート（ＭＴＸ）を用いた治療の効果を示す図である。
【図３】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける４つの重要な関節の組織学的パラメータに関する陰性対照、ＤＸ−２７１２ＨＥＫおよびメトトレキサートを用いた治療の効果を示す図である。
【図４】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける疾患発症に関する陰性対照、ＭＭＰ−９／２阻害剤およびメトトレキサート（ＭＴＸ）を用いた治療の効果を示す図である。
【図５】非疾患マウスと比べた、コラーゲン誘発関節炎のマウスモデルにおける４つの重要な関節の組織学的パラメータに関する陰性対照、ＭＭＰ−９／２阻害剤およびメトトレキサートを用いた治療の効果を示す図である。
【図６】疾患進行に対するＤＸ−２７１２とメトトレキサート（ＭＴＸ）の併用の効果を示す図である。
【図７】疾患進行に対するＤＸ−２７１２とＥＮＢＲＥＬ（登録商標）の併用の効果を示す図である。
【図８】疾患進行に対するＤＸ−２７１２とＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）の併用の効果を示す図である。
【図９】図９（Ａ）はコラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）マウスモデルにおけるＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０の効果を示す。図９（Ｂ）は図９（Ａ）で示した結果に対して使用した組織学的スコア説明を提供する。
【発明を実施するための形態】
【０３０３】
詳細な説明
定義
便宜上、本発明についてさらに説明する前に、本明細書、実施例および添付の特許請求の範囲で使用される用語についてここで規定する。
【０３０４】
「１つの（“ａ”）」、「１つの（“ａｎ”）」および「その（“ｔｈｅ”）」の単数形は、文脈により別に明記されない限り、複数の言及を含む。
【０３０５】
「抗体」という用語は、少なくとも１つの免疫グロブリン可変ドメインまたは免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むタンパク質を示す。例えば、抗体は、重（Ｈ）鎖可変領域（本明細書ではＶＨと省略される）および軽（Ｌ）鎖可変領域（本明細書ではＶＬと省略される）を含むことができる。別の実施例では、抗体は２つの重（Ｈ）鎖可変領域および２つの軽（Ｌ）鎖可変領域を含む。「抗体」という用語は、抗体の抗原結合フラグメント（例えば、単鎖抗体、ＦａｂおよびｓＦａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄフラグメント、Ｆｖフラグメント、ｓｃＦｖ、およびドメイン抗体（ｄＡｂ）フラグメント（ｄｅ  Ｗｉｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １９９６；  ２６（３）：６２９−３９．））ならびに完全抗体を含む。抗体はＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、ＩｇＭ（ならびにそれらのサブタイプ）の構造的特徴を有することができる。抗体は、任意のいずれの起源由来とすることもできるが、霊長類（ヒトおよび非ヒト霊長類）抗体および霊長類化抗体が好ましい。
【０３０６】
ＶＨおよびＶＬ領域はさらに、「フレームワーク領域」（「ＦＲ」）と呼ばれる、より保存された領域が組み入れられている「相補性決定領域」（「ＣＤＲ」）と呼ばれる超可変性を有する領域に細分類することができる。フレームワーク領域とＣＤＲの範囲は正確に規定されている（例えば、Ｋａｂａｔ，  Ｅ．Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ９１−３２４２，  ａｎｄ  Ｃｈｏｔｈｉａ，  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １９６：９０１−９１７を参照されたい、また、ｗｗｗ．ｈｇｍｐ．ｍｒｃ．ａｃ．ｕｋも参照されたい）。本明細書ではＫａｂａｔ定義が使用される。ＶＨおよびＶＬはそれぞれ、典型的には、アミノ末端からカルボキシ末端まで、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４の順に配列された３つのＣＤＲおよび４つのＦＲから構成される。
【０３０７】
抗体のＶＨまたはＶＬ鎖は、重または軽鎖定常領域の全てまたは一部をさらに含むことができ、よって重または軽免疫グロブリン鎖がそれぞれ形成される。１つの実施形態では、抗体は２つの重免疫グロブリン鎖と２つの軽免疫グロブリン鎖の四量体であり、ここで、重および軽免疫グロブリン鎖は、例えばジスルフィド結合により相互接続されている。ＩｇＧでは、重鎖定常領域は３つの免疫グロブリンドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３を含む。軽鎖定常領域はＣＬドメインを含む。重および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、典型的には、抗体の宿主組織または因子への、例えば免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）へのおよび古典的補体系の第１成分（Ｃｌｑ）への結合を媒介する。免疫グロブリンの軽鎖は、κまたはλ型を有し得る。１つの実施形態では、抗体はグリコシル化される。抗体は抗体依存性細胞毒性および／または補体媒介細胞毒性に対し機能的であり得る。
【０３０８】
抗体の１つ以上の領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、１つ以上の可変領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、ＣＤＲの１つ以上は、ヒト、例えばＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２、ＨＣ  ＣＤＲ３、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、およびＬＣ  ＣＤＲ３とすることができる。軽鎖ＣＤＲの各々はヒトとすることができる。ＨＣ  ＣＤＲ３はヒトとすることができる。フレームワーク領域の１つ以上は、ヒト、例えば、ＨＣまたはＬＣのＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４とすることができる。例えば、Ｆｃ領域はヒトとすることができる。１つの実施形態では、フレームワーク領域すべては、ヒトであり、例えばヒト体細胞、例えば免疫グロブリンを産生する造血細胞または非造血細胞から得られる。１つの実施形態では、ヒト配列は、生殖系列配列であり、例えば、生殖系列核酸によりコードされる。１つの実施形態では、選択されるＦａｂのフレームワーク（ＦＲ）残基は、最も類似する霊長類生殖系列遺伝子、とりわけヒト生殖系列遺伝子における対応する残基のアミノ酸型に変換され得る。１つ以上の定常領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、免疫グロブリン可変ドメイン、定常領域、定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３、ＣＬ１）、または抗体全体の少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９２、９５、９８、または１００％は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。
【０３０９】
抗体の全てまたは一部は、免疫グロブリン遺伝子またはそのセグメントによりコードされることができる。例示的なヒト免疫グロブリン遺伝子は、κ、λ、α（ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）、γ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４）、δ、εおよびμ定常領域遺伝子、ならびに多くの免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。全長免疫グロブリン「軽鎖」（約２５ｋＤａまたは約２１４アミノ酸）は、ＮＨ２−末端（約１１０アミノ酸）において可変領域遺伝子により、ＣＯＯＨ−−末端においてκまたはλ定常領域遺伝子によりコードされる。全長免疫グロブリン「重鎖」（約５０ｋＤａまたは約４４６アミノ酸）は同様に、可変領域遺伝子により（約１１６アミノ酸）および他の上記定常領域遺伝子の１つ、例えばγ（約３３０アミノ酸をコードする）によりコードされる。ヒトＨＣの長さは、ＨＣ  ＣＤＲ３が約３アミノ酸残基から３５を超えるアミノ酸残基までさまざまであるので、かなり多様である。
【０３１０】
全長抗体の「抗原結合フラグメント」という用語は、関心対象の標的に特異的に結合する能力を保持する全長抗体の１つ以上のフラグメントを示す。全長抗体の「抗原結合フラグメント」という用語内に含まれる結合フラグメントの例としては、（ｉ）Ｆａｂフラグメント、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ヒンジ領域でジスルフィド結合により結合された２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント、（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント、（ｉｖ）抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂフラグメント(Ward et al., (1989) Nature 341:544-546)、および（ｖｉ）機能性を保持する単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。さらに、Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは別々の遺伝子によりコードされるが、組換え法を用いて、それらを単一タンパク質鎖とすることができる合成リンカーを用いて連結させることができ、その単一タンパク質内では、ＶＬおよびＶＨ領域は対合し、単一鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られている一価分子が形成される。例えば、米国特許第５，２６０，２０３号、同４，９４６，７７８号、および同４，８８１，１７５号、Ｂｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４２３−４２６；  ａｎｄ  Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３を参照されたい。
【０３１１】
抗体フラグメントは、当業者に知られている従来技術を含む任意の適切な技術を用いて得ることができる。「単一特異性抗体」という用語は、特定の標的、例えばエピトープに対し単一の結合特異性および親和性を表す抗体を示す。この用語は、「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」を含み、これらは本明細書で使用される場合、抗体がどのように生成されたかに関係なく、単一分子組成の抗体またはそのフラグメントの調製物を示す。
【０３１２】
「関節炎」という用語は、身体の関節の炎症および損傷を含む一連の炎症性障害のいずれか１つ、サブセットまたは全てを示す。このように関節炎としては、骨関節炎、関節リウマチ、乾癬性関節炎、化膿性関節炎および痛風関節炎が挙げられるが、それらに限定されない。
【０３１３】
本明細書で使用される場合、「結合親和性」は見かけの会合定数またはＫａを示す。Ｋａは解離定数（Ｋｄ）の逆数である。結合タンパク質は、例えば、特定の標的分子、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−１４などに対し、少なくとも１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性を有し得る。第２の標的に比べ第１の標的に対する結合タンパク質の親和性が高いことは、第２の標的に結合するためのＫａ（またはＫｄの数値）よりも第１の標的に結合するためのＫａが高い（またはＫｄの数値が小さい）ことにより示すことができる。そのような場合、結合タンパク質は第２の標的（例えば、第２の高次構造の同じタンパク質またはその模倣物、あるいは第２のタンパク質）に比べ第１の標的（例えば、第１の高次構造のタンパク質またはその模倣物）に対し特異性を有する。結合親和性の差（例えば、特異性または他の比較に対して）は、少なくとも１．５、２、３、４、５、１０、１５、２０、３７．５、５０、７０、８０、９１、１００、５００、１０００、または１０５倍となり得る。
【０３１４】
結合親和性は、平衡透析、平衡結合、ゲル濾過、ＥＬＩＳＡ、表面プラズモン共鳴、または分光法（例えば、蛍光アッセイ法を使用する）を含む様々な方法により決定することができる。結合親和性を評価するための例示的な条件はＴＲＩＳ緩衝液（５０ｍＭ  ＴＲＩＳ、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、５ｍＭ  ＣａＣｌ２、ｐＨ７．５）中である。これらの技術を使用して、結合されたまたは遊離の結合タンパク質の濃度を、結合タンパク質（または標的）濃度の関数として測定することができる。結合された結合タンパク質の濃度（［結合］）は、下記式：
［結合］＝Ｎ・［遊離］／（（１／Ｋａ）＋［遊離］）
により、遊離結合タンパク質濃度（［遊離］）および標的上の結合タンパク質に対する結合部位の濃度と相関し、ここで、（Ｎ）は標的分子１つあたりの結合部位の数である。
【０３１５】
しかし、時として、例えば、ＥＬＩＳＡまたはＦＡＣＳ分析などの方法により決定される親和性の定量的測定値（Ｋａに比例するため、親和性がより高いかどうか、例えば２倍高いかどうかを決定するなどの比較に使用することができる）を得ることで、例えば、機能アッセイ法、例えばインビトロまたはインビボアッセイ法において活性により、親和性の定性的測定値を得ることで、または、親和性の推定値を得ることで十分であるので、Ｋａを正確に決定することは必ずしも必要ない。
【０３１６】
「結合タンパク質」という用語は標的分子と相互作用することができるタンパク質またはポリペプチドを示す。この用語は「リガンド」と同じ意味で使用される。「ＭＭＰ−９結合タンパク質」はＭＭＰ−９と相互作用することができるタンパク質を示し、特に、優先的にＭＭＰ−９と相互作用し、および／またはこれを阻害するタンパク質を含む。例えば、ＭＭＰ−９結合タンパク質は抗体であり得る。同様に、「ＭＭＰ−１２結合タンパク質」はＭＭＰ−１２と相互作用することができるタンパク質を示し、特に、優先的にＭＭＰ−１２と相互作用するおよび／またはこれを阻害する、タンパク質を含む。さらに、「ＭＭＰ−９／２結合タンパク質」はＭＭＰ−９およびＭＭＰ−２の両方と相互作用することができるタンパク質を示し、特に、優先的にＭＭＰ−９およびＭＭＰ−２と相互作用するおよび／またはこれを阻害する、タンパク質を含む。
【０３１７】
「同族リガンド」という用語は、本明細書で記載される結合タンパク質、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−１４結合タンパク質のいずれかの天然リガンドを示し、その天然の変種（例えば、スプライスバリアント、天然突然変異体、およびアイソフォーム）を含む。
【０３１８】
「併用」および「併用療法」という用語は、同じ患者を治療するための２つ以上の薬剤または療法の使用を示し、ここで、薬剤または療法の使用または作用が時間的に重複する。薬剤または療法は同時に（例えば、患者に投与される単一の製剤として、または同時に投与される２つの別個の製剤として）、または連続して任意の順で投与することができる。
【０３１９】
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基と置き換えられたものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当該技術分野で規定されている。これらのファミリーは塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β−分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸を含む。多くのフレームワークおよびＣＤＲアミノ酸残基は１つ以上の保存的置換を含むことができる。
【０３２０】
疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）は多くの自己免疫障害において疾患の進行を遅らせるために使用される薬物のカテゴリーである。それらの使用は、関節リウマチにおいて初めて広められた（故にその名前）が、多くの他の疾患、例えば、クローン病、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、重症筋無力症および様々な他のものを含むようになっている。
【０３２１】
「事実上ヒト」免疫グロブリン可変領域は、免疫グロブリン可変領域が正常なヒトにおいて免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトフレームワークアミノ酸位置を含む免疫グロブリン可変領域である。「事実上ヒト」抗体は、抗体が正常なヒトにおいて免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトアミノ酸位置を含む抗体である。
【０３２２】
「エピトープ」は、結合タンパク質（例えば、抗体、例えば、Ｆａｂまたは全長抗体）により結合される標的化合物上の部位を示す。標的化合物がタンパク質である場合、部位は完全にアミノ酸成分から構成され得るか、完全にタンパク質のアミノ酸の化学修飾物（例えば、グリコシル部分）から構成され得るか、またはそれらの組み合わせから構成され得る。重複エピトープは、少なくとも１つの共通アミノ酸残基、グリコシル基、リン酸基、硫酸基、または他の分子特徴を含む。
【０３２３】
抗体が、第２の抗体が結合する標的化合物上の同じ部位に結合する場合、または抗体が、第２の抗体が結合する部位と重複する（例えば、アミノ酸配列または他の分子特徴（例えば、グリコシル基、リン酸基、または硫酸基）に関して、例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％重複する）部位に結合する場合、（第１の）タンパク質、例えば抗体は、別の（第２の）抗体と「同じエピトープに結合する」。
【０３２４】
第１の抗体のそのエピトープへの結合が、そのエピトープに結合する第２の抗体の量を（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％以上）減少させた場合、（第１の）タンパク質、例えば抗体は、別の（第２の）抗体と「結合について競合する」。競合は直接的（例えば、第１の抗体が、第２の抗体により結合されたエピトープと同じ、またはそれと重複するエピトープに結合する）、または間接的（例えば、第１の抗体のそのエピトープへの結合が、標的化合物の立体的変化を引き起こし、これにより第２の抗体がそのエピトープに結合する能力が減少する）であり得る。
【０３２５】
２つの配列間の「相同性」または「配列同一性」（これらの用語は本明細書で同じ意味で使用される）の計算は下記のように実施される。配列は最適比較目的のために整列される（例えば、最適整列のために第１および第２のアミノ酸または核酸配列の１つまたは両方にギャップが導入され、非相同配列は比較目的のために無視することができる）。最適整列は、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２スコアリングマトリクスを用いたＧＣＧソフトウエアパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して、１２のギャップペナルティ、４のギャップ伸張ペナルティ、および５のフレームシフトギャップペナルティを用いて、最もよいスコアで決定される。対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置にあるアミノ酸残基またはヌクレオチドがその後、比較される。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占められている場合、分子はその位置において同一である（本明細書では、アミノ酸または核酸「同一性」はアミノ酸または核酸の「相同性」と等価である）。２つの配列間の同一性％はそれらの配列により共有される同一の位置の数の関数である。
【０３２６】
好ましい実施形態では、比較目的のために整列された参照配列の長さは、参照配列の少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは少なくとも  ６０％、およびさらにより好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、または１００％である。例えば、参照配列は免疫グロブリン可変ドメイン配列の長さとし得る。
【０３２７】
「ヒト化」免疫グロブリン可変領域は、免疫グロブリン可変領域が正常なヒトにおいて免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトフレームワークアミノ酸位置を含むように修飾された免疫グロブリン可変領域である。「ヒト化」免疫グロブリンの説明としては、例えば、米国特許第６，４０７，２１３号および米国特許第５，６９３，７６２号が挙げられる。
【０３２８】
本明細書で使用される場合、「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を表す。ハイブリダイゼーション反応を実施するためのガイダンスはＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９），  ６．３．１−６．３．６において見ることができる。水性および非水性の方法がその参考文献において記載されており、いずれかを使用することができる。本明細書で言及されている具体的なハイブリダイゼーション条件は下記の通りである：（１）約４５℃での６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、少なくとも５０℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での２度の洗浄（洗浄液温度は低ストリンジェンシー条件のために５５℃まで増加され得る）、（２）約４５℃での６Ｘ  ＳＳＣ中での中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６０℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、（３）約４５℃での６Ｘ  ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６５℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、および（４）超高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は６５℃での０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％  ＳＤＳであり、続いて、６５℃での０．２Ｘ  ＳＳＣ、１％  ＳＤＳでの１度以上の洗浄である。超高ストリンジェンシー条件（４）が好ましい条件であり、別記されない限り、使用されるべき条件である。本開示は、低、中、高または超高ストリンジェンシーでハイブリダイズして本明細書で記載される核酸またはその相補体、例えば、本明細書で記載される結合タンパク質をコードする核酸となる核酸を含む。核酸は参照核酸の長さと同じ長さ、またはその長さの３０％以内、２０％以内または１０％以内とすることができる。核酸は本明細書で記載される免疫グロブリン可変ドメイン配列をコードする領域に対応することができる。
【０３２９】
関心対象の結合タンパク質（例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−９／２結合タンパク質）は、本明細書で記載される結合タンパク質に対し突然変異（例えば、少なくとも１、２、もしくは４、および／または１５、１０、５、もしくは３より少ない）を有し得る（例えば、保存的または非必須アミノ酸置換）が、タンパク質機能に実質的な影響を有しない。いずれにせよ特定の置換が許容され、すなわち、生物学的特性に悪影響を及ぼさず、例えば、結合活性は、例えば、突然変異が保存的かどうかを評価することにより、またはＢｏｗｉｅ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４７：１３０６−１３１０の方法により予測可能である。
【０３３０】
本明細書で使用される場合、「免疫グロブリン可変ドメイン配列」は、免疫グロブリン可変ドメインの構造を形成することができるアミノ酸配列を示し、そのため、１つ以上のＣＤＲ領域が抗原結合部位に適した高次構造で配置される。例えば、配列は、天然可変ドメインのアミノ酸配列の全てまたは一部を含み得る。例えば、配列は、１つ、２つまたはそれ以上のＮ−またはＣ−末端アミノ酸、内部アミノ酸を省略すること、１つ以上の挿入または追加の末端アミノ酸を含むこと、または他の変更を含むことができる。１つの実施形態では、免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むポリペプチドは、他の免疫グロブリン可変ドメイン配列と会合して、抗原結合部位、例えば、優先的に抗原と相互作用する構造を形成することができる。
【０３３１】
「炎症性障害」または「炎症性疾患」という用語は、全身性または局所性炎症により特徴づけられる、免疫性および自己免疫性病状の両方ならびに一般的病状を含む。このように、炎症反応または炎症性病状を治療する方法が開示されており、ここで、炎症反応または炎症性病状は、喘息、円形脱毛症、ＳＬＥ、関節リウマチ、反応性関節炎、脊椎関節炎、全身性血管炎、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症、実験的アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、移植片対宿主病、炎症性腸疾患、例えばクローン病、潰瘍性大腸炎、虚血再灌流障害、心筋梗塞、アルツハイマー病、移植片拒絶（同種および異種）、熱傷、任意の免疫複合体誘発炎症、糸球体腎炎、重症筋無力症、ループス脳症、ギラン・バレー症候群、血管炎、全身性硬化症、アナフィラキシー、カテーテル反応、アテローム、不妊症、甲状腺炎、ＡＲＤＳ、バイパス術後症候群、血液透析、若年性関節リウマチ、ベーチェット症候群、溶血性貧血、天疱瘡、水疱性類天疱瘡、脳卒中、アテローム性動脈硬化、強皮症、乾癬、サイコイドーシス、横断性脊髄炎、急性散在性脳脊髄炎、麻疹後脳脊髄炎、亜急性硬化性全脳炎、多発性筋炎、皮膚筋炎、封入体筋炎、および慢性炎症性脱髄性多発神経根症からなる群より選択されることが理解される。これらの炎症性疾患または障害の各々およびいずれかはまた、排除され得る。このように、例えば、ある実施形態では、炎症性病状は喘息ではなく、ＳＬＥではなく、関節リウマチではなく、重症筋無力症ではなく、糖尿病ではなく（例えば、インスリン依存性糖尿病ではなく）、かつ移植片拒絶ではない。癌（すなわち悪性腫瘍）と関連する炎症性病状の各々およびいずれかもまた、排除され得る。
【０３３２】
「単離組成物」は、単離組成物を得ることができる天然試料の少なくとも１つの成分の少なくとも９０％から取り出された組成物を示す。人工的に、または天然で生成された組成物は、関心対象の種または種の群が重量−重量ベースで少なくとも５、１０、２５、５０、７５、８０、９０、９２、９５、９８、または９９％純粋である場合、「少なくともある程度の純度を有する組成物」とすることができる。
【０３３３】
「クニッツドメイン」という用語は、中央逆平行βシートおよび短Ｃ−末端へリックスを形成し、かつ３つのジスルフィド結合を形成する６つのシステイン残基を含み、結果として二重ループ構造をもたらす、約５１〜６４残基の１つ以上の折り畳みドメイン、またはそのようなドメインの一部、あるいはその任意のフラグメント、変種、修飾物質または誘導体を含むまたは含有する、分子を示す。
【０３３４】
「非必須」アミノ酸残基は、生物活性を消失させずに、またはより好ましくは生物活性を実質的に変更させずに、結合剤の、例えば抗体の野生型配列から変更させることができる残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基を変更させると、実質的に活性が損失する。
【０３３５】
本明細書では「非経口投与」および「非経口で投与された」という表現は、経腸および局所投与以外の、通常注射による投与方法を意味し、静脈内、筋内、動脈内、髄腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、内皮、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内注射および注入が挙げられるが、それらに限定されない。
【０３３６】
対象において疾患を「予防すること」という用語は、対象を、薬物治療、例えば、薬物の投与に供し、よって、疾患の少なくとも１つの症状が防がれ、すなわち、望ましくない病状（例えば、宿主動物の疾患または他の望ましくない状態）の臨床症状前に投与され、よって、望ましくない病状を発症することに対し宿主を保護することを示す。疾患を「予防すること」は、「予防」または「予防治療」とも呼ばれる。
【０３３７】
「予防的有効量」は、所望の予防結果を達成するのに、必要とされる投薬および期間において、有効な量を示す。典型的には、予防用量は疾患の初期段階前にまたは初期段階で対象において使用されるので、予防的有効量は治療的有効量よりも少ない。
【０３３８】
対象が、例えば、障害に対する遺伝的素因、障害に苦しむ血縁、または他の危険因子を有する場合、対象は炎症性障害を有する「危険がある」。例えば、対象が喫煙者であるかまたは空気中の刺激物に曝露された場合、ＣＯＰＤを有する危険がある可能性がある。
【０３３９】
本明細書で使用される場合、「実質的に同一」（または「実質的に相同」）という用語は、本明細書では第２のアミノ酸または核酸配列に対し、十分な数の同一または等価の（例えば、同様の側鎖、例えば、保存的アミノ酸置換を有する）アミノ酸残基またはヌクレオチドを含む第１のアミノ酸または核酸配列を示すために使用され、そのため、第１および第２のアミノ酸または核酸配列は同様の活性、例えば、結合活性、結合優先度、または生物活性を有する（あるいは、有するタンパク質をコードする）。抗体の場合、第２の抗体は、同じ抗原に対し、同じ特異性を有し、少なくとも５０％、少なくとも２５％、または少なくとも１０％の親和性を有する。本明細書で開示される配列に類似する、または相同の配列（例えば、少なくとも約８５％の配列同一性）もまた、本出願の一部である。いくつかの実施形態では、配列同一性は、約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上とすることができる。さらに、核酸セグメントがストランドの相補体に対し、選択的ハイブリダイゼーション条件（例えば、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件）下でハイブリダイズする場合、実質的な同一性が存在する。核酸は、細胞全体中に、細胞溶解物中に、または部分的に精製されたもしくは実質的に純粋な形態で、存在し得る。
【０３４０】
生体ポリマーに対するモチーフ配列は、様々なアミノ酸とすることができる位置を含むことができる。例えば、そのような文脈での記号「Ｘ」は一般に、任意のアミノ酸（例えば２０の天然アミノ酸のいずれかまたは１９の非システインアミノ酸のいずれか）を示す。他の許容されたアミノ酸もまた、例えば、丸括弧およびスラッシュを使用して示すことができる。例えば、「（Ａ／Ｗ／Ｆ／Ｎ／Ｑ）」は、アラニン、トリプトファン、フェニルアラニン、アスパラギン、およびグルタミンがその特定の位置で許容されることを意味する。
【０３４１】
統計学的有意性は任意の当該技術分野で既知の方法により決定することができる。例示的な統計学的検定としては、スチューデントＴ検定、マンホイットニーのＵノンパラメトリック検定、およびウィルコクソンノンパラメトリック統計学的検定が挙げられる。いくつかの統計学的に有意な関係は、０．０５または０．０２より小さいＰ値を有する。特定の結合タンパク質は、例えば特異性または結合において、統計学的に有意な差（例えば、Ｐ値＜０．０５または０．０２）を示す可能性がある。「誘発する」、「阻害する」、「増強する」、「上昇させる」、「増加する」、「減少する」などの用語は、例えば、２つの状態間の同定可能な質的または量的な差を示し、差、例えば２つの状況間の統計学的に有意な差を示し得る。
【０３４２】
「治療的有効量」は、所望の治療結果を達成するのに、必要とされる投薬および期間において、有効な量を示す。組成物の治療的有効量は、因子、例えば、個体の病態、年齢、性別および体重、ならびにタンパク質の個体において所望の応答を誘発する能力によって変化し得る。治療的有効量はまた、組成物のいずれかの毒性効果または有害効果よりも、治療的に有利な効果が上回るものである。
【０３４３】
「治療的有効用量」は好ましくは、未処置対象に比べ、測定可能なパラメータ、例えば、循環ＩｇＧ抗体のレベルを、統計学的に有意な程度または少なくとも約２０％だけ、より好ましくは少なくとも約４０％だけ、さらにより好ましくは少なくとも約６０％だけ、およびさらにより好ましくは約８０％だけ調節する。化合物が測定可能なパラメータ、例えば疾患関連パラメータを調節する能力は、ヒト障害および病状、例えば、炎症性疾患（例えば、滑膜炎、アテローム性動脈硬化）、関節リウマチまたは骨関節炎における有効性が予測される動物モデルシステムにおいて評価することができる。また、組成物のこの特性は、化合物がインビトロでパラメータを調節する能力を検査することにより評価することができる。
【０３４４】
対象における疾患の「治療」または疾患を有する対象の「治療」は、対象を薬物治療、例えば、薬物の投与に供し、よって、疾患の少なくとも１つの症状が治癒、緩和、または減少されることを示す。
【０３４５】
プロテアーゼ結合タンパク質および／または阻害剤−概要
炎症性障害の治療において使用するために、本明細書で記載される組成物および方法を構成するプロテアーゼ結合タンパク質および／または阻害剤により標的とされ得る例示的なプロテアーゼは、メタロプロテアーゼファミリーの全てのメンバー、特に標的、例えば、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ならびに他のプロテアーゼ、例えばＴＡＣＥ、ＡＤＡＭ−ＴＳ２、セリンプロテアーゼ、例えばプラスミン、ヘプシン、マトリプターゼ、血漿カリクレイン、組織カリクレイン１およびカテプシン、例えばカテプシンＢ、ＳおよびＫを含む。プロテアーゼ結合タンパク質および／または阻害剤は、ある実施形態では抗体、ペプチドまたはクニッツドメインベースであり得る。
【０３４６】
プロテアーゼは広範囲の生物学的過程、例えば炎症および組織損傷に関係する。炎症細胞、例えば、好中球により産生されるセリンプロテアーゼは、様々な炎症性障害に関係する。そのようなものとして、複数の異なるプロテアーゼが単一の障害の一因となり得る。
【０３４７】
特定のプロテアーゼの例としては下記：プラスミン、組織カリクレイン、血漿カリクレイン、ＶＩＩａ因子、ＸＩａ因子、トロンビン、ウロキナーゼ、トリプシン１、トリプシン２、膵臓キモトリプシン、膵臓エラスターゼ、トリプターゼ、およびＩＩａ因子が挙げられる。関連プロテアーゼのクラスとしては、血液凝固と関連するプロテアーゼ、線維素溶解と関連するプロテアーゼ、補体と関連するプロテアーゼ、細胞外マトリクス成分を消化するプロテアーゼ、基底膜を消化するプロテアーゼ、および内皮細胞と関連するプロテアーゼが挙げられる。ある実施形態では、プロテアーゼはセリンプロテアーゼである。
【０３４８】
推定結合タンパク質／阻害剤は、それらの標的プロテアーゼの阻害の効力および選択性について選択することができる。一例では、標的プロテアーゼおよび基質が、プロテアーゼとその基質との反応を許可するアッセイ条件下で組み合わされる。アッセイ法は、試験されるタンパク質の非存在下で、漸増濃度の、試験されるタンパク質の存在下で実施される。プロテアーゼ活性が５０％阻害される試験タンパク質の濃度が、その試験タンパク質に対するＩＣ５０値（阻害濃度）またはＥＣ５０（有効濃度）値である。より低いＩＣ５０またはＥＣ５０値を有するタンパク質が、より高いＩＣ５０またはＥＣ５０値を有するタンパク質よりも、標的プロテアーゼのより強力な阻害剤であると考えられる。この態様による好ましいタンパク質は、プロテアーゼ活性の阻害のためのインビトロアッセイ法で測定すると、１００ｎＭ、１０ｎＭ、１ｎＭ、または０．１ｎＭまたはそれ未満のＩＣ５０値を有する。
【０３４９】
試験タンパク質はまた、異なるプロテアーゼに対する選択性について評価することができる。試験タンパク質は、一団のプロテアーゼのパネルまたは他の酵素に対するその効力に対してアッセイされ、ＩＣ５０値がそれぞれについて決定される。標的プロテアーゼに対し低いＩＣ５０値、および試験パネル内の他のプロテアーゼ（例えば、トリプシン、プラスミン、キモトリプシン）に対しより高いＩＣ５０値を示すタンパク質は、標的プロテアーゼに対し選択的であると考えられる。一般に、タンパク質は、そのＩＣ５０値が酵素のパネル内で測定した次に最も小さいＩＣ５０値よりも少なくとも１桁小さい場合、選択的であると考えられる。
【０３５０】
結合タンパク質／阻害剤活性はインビボで、または本明細書で記載される化合物が投与された対象の試料（例えば、血清、関節組織）中で評価することも可能である。
【０３５１】
本明細書で提供される方法および組成物において有用である具体的なプロテアーゼ結合タンパク質／阻害剤はさらに詳細に、以下に記載される。
【０３５２】
プロテアーゼ阻害剤−カリクレイン結合タンパク質／阻害剤
カリクレインは組織および血漿の両方において見られるセリンプロテアーゼである（例えば、Ｍａｒｋｌａｎｄに対する米国特許第６，３３３，４０２号を参照されたい）。血漿カリクレインは接触活性化（内因性経路）凝固、線維素溶解、低血圧、および炎症に関与する（Ｂｈｏｏｌａ，  Ｋ．Ｄ．，  Ｃ．Ｄ．  Ｆｉｇｕｅｒｏａ，  ａｎｄ  Ｋ．  Ｗｏｒｔｈｙ，    Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  （１９９２）  ４４（１）１−８０を参照されたい）。カリクレインのこれらの効果は、３つの別個の生理的基質：
ｉ）ＸＩＩ因子（凝固）、
ｉｉ）プロウロキナーゼ／プラスミノーゲン（線維素溶解）、および
ｉｉｉ）キニノーゲン（低血圧および炎症）
の活性を介して媒介される。
【０３５３】
キニノーゲンのカリクレイン切断により、キニン、小さい極めて強力な生理活性ペプチドが産生される。キニンは、内皮、上皮、平滑筋、神経、腺性および造血を含む、様々な細胞型上に存在する、ＢＫ−１およびＢＫ−２と命名されている細胞表面受容体を介して作用する。細胞内ヘテロ三量体Ｇ−タンパク質は、キニン受容体を、一酸化窒素、アデニルシクラーゼ、ホスホリパーゼＡ２およびホスホリパーゼＣを含む第２のメッセンジャー経路に結合させる。キニンの重要な生理的活性の中には、（ｉ）血管透過性の増加、（ｉｉ）血管拡張、（ｉｉｉ）気管支痙攣、および（ｉｖ）疼痛誘発がある。このように、キニンは生命を脅かす血管性ショックおよび菌血症（敗血症）または外傷と関連する浮腫、喘息の浮腫および気道過敏症、ならびに組織損傷と関連する炎症性および神経原性疼痛を媒介する。不適切な血漿カリクレイン活性および得られたキニン産生の結果は、遺伝性血管浮腫（ＨＡＥ）を有する患者において印象的に説明される。
【０３５４】
ＨＡＥはＣ１−阻害剤、血漿カリクレインの重要な内因性阻害物質の遺伝的欠損によるものである。ＨＡＥの症状としては、皮膚、皮下組織および消化管の浮腫、ならびに腹痛および嘔吐が挙げられる。ＨＡＥ患者の３分の１近くが、喉頭および上気道の浮腫による窒息で死亡している。カリクレインは、タンパク質分解イベントにより活性化されるまで、不活性分子として循環するチモーゲン（プレカリクレイン）として分泌される。（ＧｅｎｅｂａｎｋエントリＰ０３９５２はヒト血漿プレカリクレインを示す）。
【０３５５】
インビボの血漿カリクレイン（ｐＫＡ）の重要な阻害物質は、Ｃ１阻害剤である（Ｓｃｈｍａｉｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．  “Ｃｏｎｔａｃｔ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｔｓ  Ａｂｎｏｒｍａｌｉｔｉｅｓ”，  Ｃｈａｐｔｅｒ  ２  ｉｎ  Ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ，  Ｃｏｌｍａｎ，  Ｒ  Ｗ，  Ｊ  Ｈｉｒｓｈ，  Ｖ  Ｊ  Ｍａｒｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ  Ｗ  Ｓａｌｚｍａｎ，  編者，  第２版，  １９８７，  Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  ＰＡ．，  ｐｐ．２７−２８を参照されたい）。Ｃ１はセルピンであり、ｐＫＡと不可逆な、または不可逆に近い複合体を形成する。ウシ膵臓トリプシン阻害剤（ＢＰＴＩ、アプロチニン、またはＴＲＡＳＹＬＯＬ（商標）としても知られている）は最初、Ｋｉ＝３２０ｐＭを有する強いｐＫＡ阻害剤であると考えられていたが（Ａｕｅｒｓｗａｌｄ，  Ｅ．−Ａ．，  Ｄ．  Ｈｏｅｒｌｅｉｎ，  Ｇ．  Ｒｅｉｎｈａｒｄｔ，  Ｗ．  Ｓｃｈｒｏｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ．  Ｓｃｈｎａｂｅｌ，  Ｂｉｏ．  Ｃｈｅｍ．  Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ，  （１９８８），  ３６９  （Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）：２７−３５）、より最近の報告（Ｂｅｒｎｄｔ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ３２：４５６４−７０，  １９９３）では、血漿カリクレインに対するそのＫｉは３０ｎＭすなわち（３０，０００ｐＭ）であることが示されている。Ｇ３６Ｓ突然変異体は５００ｎＭを超えるＫｉを有した。
【０３５６】
Ｍａｒｋｌａｎｄら（米国特許第６，３３３，４０２号、同第５，９９４，１２５号、同第６，０５７，２８７号および同第５，７９５，８６５号）は、ヒト血漿カリクレインを阻害する際に高い親和性および特異性を有する多くの誘導体を主張する。これらのタンパク質のうちの１つがＨＡＥを有するヒト患者において試験されている。化合物が安全かつ有効であることであることが早期に指摘されている。さらに、Ｌａｄｎｅｒらによる米国特許第７，０６４，１０７号は、ヒト血漿カリクレインを阻害するのに高い親和性および特異性を有する多くの誘導体を記載し、主張している。
【０３５７】
クニッツドメインカリクレイン阻害剤
多くの有用なカリクレイン阻害剤がクニッツドメインを含む。
【０３５８】
本明細書で使用される場合、「クニッツドメイン」は少なくとも５１のアミノ酸を有し、少なくとも２つ、好ましくは３つのジスルフィドを含むポリペプチドドメインである。ドメインは、第１および第６のシステイン、第２および第４、ならびに第３および第５のシステインがジスルフィド結合を形成するように折り畳まれており（例えば、５８のアミノ酸を有するクニッツドメインでは、下記で提供されるＢＰＴＩ配列の番号に従い、システインはアミノ酸５、１４、３０、３８、５１、および５５に対応する位置に存在することができ、ジスルフィドは位置５と５５、１４と３８、ならびに３０と５１の位置のシステイン間で形成される）、または２つのジスルフィドが存在する場合、それらはそのシステインの対応するサブセット間で形成することができる。個々のシステイン間のスペーシングは、下記で提供されるＢＰＴＩ配列の番号に従い、５〜５５、１４〜３８、および３０〜５１に対応する位置間の以下のスペーシングの７、５、４、３または２つのアミノ酸内とすることができる。ＢＰＴＩ配列を基準として使用して、任意の一般的なクニッツドメイン内の特定の位置を示すことができる。整列させたシステインの数が最大化された最も良好な適合整列を同定することにより、関心対象のクニッツドメインをＢＰＴＩと比較することができる。
【０３５９】
ＢＰＴ１のクニッツドメインの３Ｄ構造（高解像度）は知られている。Ｘ線構造の１つがＢｒｏｏｋｈａｖｅｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋにおいて、「６ＰＴＩ」として示されている。いくつかのＢＰＴＩ相同体の３Ｄ構造（Ｅｉｇｅｎｂｒｏｔ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９０）  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，  ３（７）：５９１−５９８；  Ｈｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９０）  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ２９：１００１８−１００２２）が知られている。少なくとも７０のクニッツドメイン配列が知られている。既知のヒト相同体はＬＡＣＩの３つのクニッツドメイン（Ｗｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８８）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．  ２６３（１３）：６００１−６００４；  Ｇｉｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８９）  Ｎａｔｕｒｅ，  ３３８：５１８−２０；  Ｎｏｖｏｔｎｙ  ｅｔ  ａｌ，  （１９８９）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．，  ２６４（３１）：１８８３２−１８８３７）、インター−α−トリプシン阻害剤、ＡＰＰ−Ｉの２つのクニッツドメイン（Ｋｉｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８８）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．，  ２６３（３４）：１８１０４−１８１０７）、コラーゲン由来のクニッツドメイン、およびＴＦＰＩ−２の３つのクニッツドメイン（Ｓｐｒｅｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９４）  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，  ９１：３３５３−３３５７）を含む。ＬＡＣＩは３つのクニッツドメインを含む分子量３９ｋＤａのヒト血清リン糖タンパク質（表１のアミノ酸配列）である。
【０３６０】
（表１）例示的な天然クニッツドメイン
2013533206.tif 000114
【０３６１】
ＬＡＣＩのクニッツドメインはＬＡＣＩ−Ｋ１（５０〜１０７残基）、ＬＡＣＩ−Ｋ２（１２１〜１７８残基）、およびＬＡＣＩ−Ｋ３（２１３〜２７０）と呼ばれる。ＬＡＣＩのｃＤＮＡ配列がＷｕｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．  Ｂｉｏｌ．    Ｃｈｅｍ．，  １９８８，  ２６３（１３）：６００１−６００４）において報告されている。Ｇｉｒａｒｄら（Ｎａｔｕｒｅ，  １９８９，  ３３８：５１８−２０）は、３つのクニッツドメインの各々のＰ１残基を変更させた変異研究を報告している。ＬＡＣＩ−Ｋ１は、Ｆ．ＶＩＩａが組織因子に複合化された場合、ＶＩＩａ因子（Ｆ．ＶＩＩａ）を阻害し、ＬＡＣＩ−Ｋ２はＸａ因子を阻害する。
【０３６２】
例示的なクニッツドメインを含むタンパク質としては下記が挙げられ、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴアクセッション番号を丸括弧内に示す。
2013533206.tif 000115
【０３６３】
配列データベースからクニッツドメインを同定するために様々な方法を使用することができる。例えば、クニッツのドメインの既知のアミノ酸配列、コンセンサス配列、またはモチーフ（例えば、ＰｒｏＳｉｔｅモチーフ）は、ＧｅｎＢａｎｋ配列データベース（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  ＭＤ）に対して、例えば、ＢＬＡＳＴを用いて、ＨＭＭ（Ｈｉｄｄｅｎ  Ｍａｒｋｏｖ  Ｍｏｄｅｌ）のＰｆａｍデータベースに対して（例えば、Ｐｆａｍ検索に対するデフォルトパラメータを使用して）、ＳＭＡＲＴデータベースに対して、またはＰｒｏＤｏｍデータベースに対して検索することができる。例えば、Ｐｆａｍ  リリース９のＰｆａｍアクセッション番号ＰＦ０００１４は、多くのクニッツドメインおよびクニッツドメインを同定するためのＨＭＭを提供する。Ｐｆａｍデータベースの説明はＳｏｎｈａｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ２８（３）：４０５−４２０において見ることができ、ＨＭＭの詳細な説明は、例えば、Ｇｒｉｂｓｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １８３：１４６−１５９；  Ｇｒｉｂｓｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８４：４３５５−４３５８；  Ｋｒｏｇｈ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２３５：１５０１−１５３１；およびＳｔｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．  ２：３０５−３１４において見ることができる。ＨＭＭのＳＭＡＲＴデータベース（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｍｏｄｕｌａｒ  Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ，  ＥＭＢＬ，  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，  ＤＥ）は、Ｓｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８），  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９５：５８５７  およびＳｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２８：２３１において記載されている。ＳＭＡＲＴデータベースはＨＭＭｅｒ２検索プログラムの隠れＭａｒｋｏｖモデル（Ｒ．  Ｄｕｒｂｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ：  ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ．  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ）を用いてプロファイリングすることにより同定されたドメインを含む。データベースはまた、注釈が付けられ、監視される。ＰｒｏＤｏｍタンパク質ドメインデータベースは相同ドメインの自動編集から構成される（Ｃｏｒｐｅｔ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９），  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２７：２６３−２６７）。ＰｒｏＤｏｍの現行版は、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  ３８およびＴＲＥＭＢＬタンパク質データベースの再帰ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ検索（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２；  Ｇｏｕｚｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓ���ｒｙ  ２３：３３３−３４０．）を用いて構築されている。データベースは自動的に、各ドメインに対しコンセンサス配列を作成する。Ｐｒｏｓｉｔｅはクニッツドメインをモチーフとして列挙し、クニッツドメインを含むタンパク質を同定する。例えば、Ｆａｌｑｕｅｔ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ３０：２３５−２３８（２００２）を参照されたい。
【０３６４】
クニッツドメインは標的プロテアーゼと、主に、２つのループ領域（「結合ループ」）中のアミノ酸を用いて相互作用する。第１のループ領域は、ＢＰＴＩのアミノ酸１５〜２０に対応するおおよその残基間にある。第２のループ領域は、ＢＰＴＩのアミノ酸３１〜３７に対応するアミノ酸に対応するおおよその残基間にある。クニッツドメインの例示的なライブラリーは、第１および／または第２のループ領域内の１つ以上のアミノ酸位置を変化させている。カリクレインと相互作用するクニッツドメインに対してスクリーニングする場合に、または改善された親和性の変種を選択する場合に、変化させるのに特に有用な位置は、ＢＰＴＩの配列に関して、位置１３、１６、１７、１８、１９、３１、３２、３４および３９を含む。これらの位置の少なくともいくつかが、標的プロテアーゼと密接に接触すると予測される。他の位置、例えば、３次元構造における上記位置に隣接する位置を変化させることもまた有用である。
【０３６５】
クニッツドメインの「フレームワーク領域」は、クニッツドメインの一部である残基として規定されるが、第１および第２の結合ループ領域内の残基、すなわち、ＢＰＴＩのアミノ酸１５〜２０およびＢＰＴＩのアミノ酸３１〜３７に対するおおよその残基がとりわけ排除される。逆に、結合ループ内にない残基は、より広い範囲のアミノ酸置換（例えば、保存的および／または非保存的置換）を許容し得る。
【０３６６】
１つの実施形態では、クニッツドメインは、ヒトリポタンパク質関連凝固インヒビター（ＬＡＣＩ）タンパク質のクニッツドメイン１を含むループ構造の変異形態である。ＬＡＣＩは、パラダイムクニッツドメインである３つの内部の、明確なペプチドループ構造を含む（Ｇｉｒａｒｄ，  Ｔ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９．  Ｎａｔｕｒｅ，  ３３８：５１８−５２０）。本明細書で記載されるＬＡＣＩのクニッツドメイン１の変種はスクリーニングされ、単離されており、カリクレインに増強された親和性および特異性で結合する（例えば、米国特許第５，７９５，８６５号および同第６，０５７，２８７号を参照されたい）。これらの方法はまた、カリクレイン、例えば、血漿カリクレインと相互作用する他のクニッツドメインを得るために、他のクニッツドメインフレームワークに適用され得る。カリクレイン機能の有用なモジュレータは、典型的には、カリクレイン結合および阻害アッセイ法を用いて決定されるように、カリクレインに結合し、および／またはカリクレインを阻害する。
【０３６７】
カリクレインを阻害するクニッツドメインを含む例示的なポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸３〜６０により規定されるアミノ酸配列を有する。
【０３６８】
カリクレインを阻害するクニッツドメインを含む別の例示的なポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２により規定されるアミノ酸配列を有する。
【０３６９】
例示的なポリペプチドはアミノ酸配列：
2013533206.tif 000116
を含む。
【０３７０】
「Ｘａａ」は、多くの異なるアミノ酸のいずれかとすることができるペプチド鎖中の位置を示す。第１の例では、Ｘａａはシステイン以外の任意のアミノ酸とすることができる。別の例では、下記のうちの１つ以上が当てはまる。Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕとすることができ、Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、ＡｌａまたはＴｈｒとすることができ、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、ＬｙｓまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ１５はＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、ＡｓｎまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ１６はＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、ＡｓｐまたはＡｓｎとすることができ、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｉｌｅ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＴｈｒとすることができ、Ｘａａ１８はＨｉｓ、Ｌｅｕ、ＧｌｎまたはＡｌａとすることができ、Ｘａａ１９はＰｒｏ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、ＡｓｎまたはＩｌｅとすることができ、Ｘａａ２１はＴｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、ＨｉｓまたはＩｌｅとすることができ、Ｘａａ３１はＧｌｕ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、ＩｌｅまたはＴｈｒとすることができ、Ｘａａ３２はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ  Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ａｌａ、ＧｌｙまたはＶａｌとすることができ、Ｘａａ３４はＩｌｅ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ａｓｎ、ＧｌｙまたはＬｅｕとすることができ、Ｘａａ３５はＴｙｒ、ＴｒｐまたはＰｈｅとすることができ、Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、ＳｅｒまたはＡｓｐとすることができる。アミノ酸Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ２０、Ｘａａ２４、Ｘａａ２５、Ｘａａ２６、Ｘａａ２７、Ｘａａ２８、Ｘａａ２９、Ｘａａ４１、Ｘａａ４２、Ｘａａ４４、Ｘａａ４６、Ｘａａ４７、Ｘａａ４８、Ｘａａ４９、Ｘａａ５０、Ｘａａ５２、Ｘａａ５３およびＸａａ５４は任意のアミノ酸とすることができる。
【０３７１】
さらに、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の最初の４つおよび最後の３つのアミノ酸の各々は、任意で存在してもまたは存在しなくてもよく、かつ、存在する場合は、任意のアミノ酸、例えば、任意の非システインアミノ酸とすることができる。
【０３７２】
１つの実施形態では、ポリペプチドは下記特性のうちの１つ以上を備えた配列を有する。Ｘａａ１１はＡｓｐ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＶａｌとすることができ、Ｘａａ１３はＰｒｏ、Ａｒｇ、ＨｉｓまたはＡｓｎとすることができ、Ｘａａ１５はＡｒｇまたはＬｙｓとすることができ、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙとすることができ、Ｘａａ１７はＡｌａ、Ａｓｎ、ＳｅｒまたはＩｌｅとすることができ、Ｘａａ１８はＨｉｓ、ＬｅｕまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ１９はＰｒｏ、ＧｌｎまたはＬｅｕとすることができ、Ｘａａ２１はＴｒｐまたはＰｈｅとすることができ、Ｘａａ３１はＧｌｕであり、Ｘａａ３２はＧｌｕまたはＧｌｎとすることができ、Ｘａａ３４はＩｌｅ、ＴｈｒまたはＳｅｒとすることができ、Ｘａａ３５はＴｙｒであり、かつＸａａ３９はＧｌｕ、ＧｌｙまたはＡｌａとすることができる。
【０３７３】
例示的なポリペプチドは下記を含むことができる。Ｘａａ１０はＡｓｐであり、Ｘａａ１１はＡｓｐであり、Ｘａａ１３はＰｒｏまたはＡｒｇとすることができ、Ｘａａ１５はＡｒｇであり、Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙとすることができ、Ｘａａ１７はＡｌａであり、Ｘａａ１８はＨｉｓであり、Ｘａａ１９はＰｒｏであり、Ｘａａ２１はＴｒｐであり、Ｘａａ３１はＧｌｕであり、Ｘａａ３２はＧｌｕであり、Ｘａａ３４はＩｌｅまたはＳｅｒとすることができ、Ｘａａ３５はＴｙｒであり、かつＸａａ３９はＧｌｙである。
【０３７４】
本明細書で記載されるポリペプチドの一部を使用することも可能である。例えば、ポリペプチドは、特定のカリクレインエピトープに対する結合ドメインを含むことができる。例えば、クニッツドメインの結合ループは環化させ、隔離して使用することができるか、または別のドメイン、別のクニッツドメインのフレームワークにグラフトさせることができる。本明細書で記載されるアミノ配列のＮ−末端から１つ、２つ、３つまたは４つのアミノ酸、および／あるいは、本明細書で記載されるアミノ配列のＣ−末端から１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのアミノ酸を除去することもできる。
【０３７５】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１により含まれる配列の例を、下記に記載する（指示がなければ、「Ｘａａ」は、任意のアミノ酸、任意の非システインアミノ酸、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して許容されるアミノ酸の同じ組からの任意のアミノ酸を示す）。
2013533206.tif 000117
2013533206.tif 000118
2013533206.tif 000119
【０３７６】
配列の追加の例は、本明細書で記載されるアミノ酸配列、例えば、上記で提供されるアミノ酸配列に対し、少なくとも１つのアミノ酸であるが、７つ、６つ、５つ、４つ、３つ、または２つより少ないアミノ酸が異なるものを含む。１つの実施形態では、結合ループの１つにおいて、３つ、２つまたは１つより少ない違いが存在する。例えば、第１の結合ループは、本明細書で記載されるアミノ酸配列、例えば上記で提供されるアミノ酸配列に対して違いを有さない場合がある。別の実施例では、第１の結合ループも第２の結合ループも本明細書で記載されるアミノ酸配列、例えば、上記で提供されるアミノ酸配列と異ならない。
【０３７７】
１つの実施形態では、カリクレインを阻害するポリペプチドはアプロチニンである。別の実施形態では、ポリペプチドはアプロチニン以外であり、例えば、アプロチニンと、少なくとも１個、２個、３個、５個、１０個、または１５個のアミノ酸が異なる。
【０３７８】
本明細書で記載されるポリペプチドを、合成的に、任意の標準ポリペプチド合成プロトコルおよび装置を用いて製造することができる。例えば、ポリペプチドの段階的合成は、最初（すなわち、カルボキシ末端）のアミノ酸からアミノ（Ｎ）末端保護基を除去し、これに、ポリペプチドの配列中の次のアミノ酸のカルボキシル端を結合させることにより、実施することができる。このアミノ酸もまた好適に保護される。入ってくるアミノ酸のカルボキシル基は、活性化させ、反応基の形成、例えばカルボジイミド、対称酸無水物、または「活性エステル」基、例えば、ヒドロキシベンゾトリアゾールまたはペンタフェニルエステルの形成により、結合されるアミノ酸のＮ−末端と反応させることができる。好ましい固相ペプチド合成法としては、ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルをＩ−アミノ保護基として使用するＢＯＣ法、および、９−フルオレニルメチルオキシカルボニルを使用してアミノ酸残基のＩ−アミノを保護するＦＭＯＣ法が挙げられる。どちらの方法も当業者によく知られている（Ｓｔｅｗａｒｔ，  Ｊ．  ａｎｄ  Ｙｏｕｎｇ，  Ｊ．，  Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  （Ｗ．  Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  Ｃｏ．，  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ  １９８９）；  Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，  Ｊ．，  １９６３．  Ａｍ．    Ｃｈｅｍ．    Ｓｏｃ．，  ８５：２１４９−２１５４；  Ｂｏｄａｎｓｚｋｙ，  Ｍ．  ａｎｄ  Ｂｏｄａｎｓｚｋｙ，  Ａ．，  Ｔｈｅ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８４））。所望であれば、追加のアミノおよび／またはカルボキシ末端アミノ酸を、アミノ酸配列内にデザインすることができ、ポリペプチド合成中に追加することができる。
【０３７９】
ポリペプチドはまた、組換え技術を用いて生成することができる。組換え法は、多くの細胞および対応する発現ベクターのいずれかを使用することができ、そのようなベクターには、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、バキュロウイルス発現ベクター、哺乳類ウイルス発現ベクターなどが含まれるが、それらに限定されない。本明細書で記載されるポリペプチドを、トランスジェニック動物により、例えば、トランスジェニック動物の乳腺において製造することができる。いくつかの場合では、カリクレインを阻害するポリペプチド（例えば、クニッツドメインを含むポリペプチド）に対するコード配列を発現ベクター内の別のコード配列に融合させ、宿主細胞で容易に発現される融合ポリペプチドを形成させることが必要または好都合である場合がある。追加の配列の一部または全てを、例えば、プロテアーゼ消化により除去することができる。
【０３８０】
カリクレインを阻害するポリペプチド（例えば、クニッツドメインを含むポリペプチド）を生成するための例示的な組換え発現システムは、酵母発現ベクターであり、これは阻害剤ポリペプチドのためのアミノ酸配列をコードする核酸が、サッカロミセス・セレビシア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のＭＡＴαプレプロリーダーペプチド配列をコードするヌクレオチド配列と同じ読み枠で結合されるのを可能にし、操作可能な酵母プロモーターの制御下にある。得られた組換え酵母発現プラスミドを、標準方法により、適切な適合性の酵母宿主の細胞内に形質転換することができ、この細胞は、組換え酵母発現ベクターから組換えタンパク質を発現することができる。好ましくは、そのような組換え発現ベクターで形質転換された宿主酵母細胞はまた、融合タンパク質を処理して、活性阻害剤ポリペプチドを提供することができる。組換えポリペプチドを生成するための別の例示的な酵母宿主はピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）である。
【０３８１】
上記のように、カリクレインを阻害するポリペプチドは、本明細書で記載されるクニッツドメインを含むことができる。いくつかのポリペプチドは、好ましくは長さが１〜６（例えば、１、２、３、４、５、または６）のアミノ酸の追加のフランキング配列をアミノおよび／またはカルボキシ末端に含むことができるが、ただし、そのような追加のアミノ酸は、本明細書で記載される方法および組成物における使用を排除するようにカリクレイン結合親和性またはカリクレイン阻害活性を著しく損なうことはないということを条件とする。そのような追加のアミノ酸は、特定の組換え宿主細胞においてポリペプチドを発現するように意図的に追加されることができるか、または、追加の機能を提供するように、例えば、別の分子へのリンカーを提供するように、もしくはポリペプチドの精製を容易にする親和性部分を提供するように追加されることができる。好ましくは、追加の１つの（複数の）アミノ酸は、クニッツドメインのジスルフィド結合を妨害する可能性のあるシステインを含まない。
【０３８２】
１つの実施形態では、カリクレイン阻害剤、例えばポリペプチド阻害剤は、カリクレインに対して、現在、失血を減少させるためのＣＡＢＧ手順において使用するのが認められているアプロチニンよりも１０００倍程度高い結合親和性を有する。そのようなカリクレイン阻害剤の驚くほど高い結合親和性を、他の分子標的を排除するためのカリクレインに対する高度の特異性と組み合わせると、特に有用な阻害剤が提供される。しかしながら、より低い親和性または特異性を有する阻害剤もまた、適用される。
【０３８３】
典型的なクニッツドメイン、例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１を含むものは、多くの不変位置を含み、例えば、ＢＰＴＩ番号付けスキームにおいて位置５、１４、３０、５１および５５に対応する位置はシステインである。これらの位置の間のスペーシングは、クニッツドメイン折り畳み内で許容される程度まで、例えば、３つのジスルフィド結合が形成されるように、変化し得る。他の位置、例えば、位置６、７、８、９、２０、２４、２５、２６、２７、２８、２９、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３および５４、または、それらの位置に対応する位置などは、任意のアミノ酸（非天然アミノ酸を含む）とすることができる。特に好ましい実施形態では、１つ以上のアミノ酸は天然配列のものに対応する。別の実施形態では、少なくとも１つの可変位置は、天然配列のものとは異なっている。さらに別の好ましい実施形態では、アミノ酸はそれぞれ、個々にまたは集合的に、保存的または非保存的アミノ酸置換により置換されることができる。
【０３８４】
保存的アミノ酸置換は、１つのアミノ酸を同様の化学構造を有する別のアミノ酸と置き換え、タンパク質機能に影響を与え得ない。非保存的アミノ酸置換は、１つのアミノ酸を異なる化学構造の別のアミノ酸と置き換える。保存されたアミノ酸置換の例としては、例えば、Ａｓｎ−＞Ａｓｐ、Ａｒｇ−＞ＬｙｓおよびＳｅｒ−＞Ｔｈｒが挙げられる。好ましい実施形態では、これらのアミノ酸の1、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０および／または２１個は、独立してまたは集合的に、任意の組みあわせで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の対応する位置に対応するように選択することができる。
【０３８５】
他の位置、例えば、位置１０、１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、２１、２２、２３、３１、３２、３４、３５、３９、４０、４３および４５、またはそれらの位置に対応する位置は選択された組のアミノ酸のいずれかとすることができる。例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１は、１組の可能な配列を規定する。この組の各々のメンバーは、例えば、位置５、１４、３０、５１および５５にシステイン、ならびに位置１０、１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、２２１、２２、２３、３１、３２、３４、３５、３９、４０、４３および４５、またはそれらの位置に対応する位置に特定の組のアミノ酸のいずれか１つを含む。好ましい実施形態では、これらのアミノ酸の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８および／または１９個は、独立してまたは集合的に、任意の組みあわせで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の対応する位置に対応するように選択することができる。ポリペプチドは好ましくは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５、９７、９８、または９９％の同一性を有する。
【０３８６】
有用なポリペプチドはまた、本明細書で記載されるポリペプチドをコードする核酸にハイブリダイズした核酸によりコードされることができる。核酸は、中、高または超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる。本明細書で使用される場合、「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または超高ストリンジェンシー条件でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を説明する。ハイブリダイゼーション反応を実施するためのガイダンスは、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９），  ６．３．１−６．３．６において見ることができ、これは参照により組み込まれる。水性および非水性の方法がその参考文献において記載されており、いずれかを使用することができる。本明細書で言及されている具体的なハイブリダイゼーション条件は下記の通りである：（１）約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、少なくとも５０℃での０．２×  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での２度の洗浄（洗浄液温度は低ストリンジェンシー条件のために５５℃まで増加させることができる）、（２）約４５℃での６×  ＳＳＣ中での中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６０℃での０．２×  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、（３）約４５℃での６×  ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、続いて、６５℃での０．２×  ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での１度以上の洗浄、および（４）超高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は６５℃での０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％  ＳＤＳであり、続いて、６５℃での０．２×  ＳＳＣ、１％  ＳＤＳでの１度以上の洗浄である。
【０３８７】
カリクレイン阻害剤−抗体
カリクレイン阻害剤の１つのクラスは抗体を含む。例示的な抗体は、例えば、特異的にカリクレイン、例えば血漿カリクレインに結合する。抗体は多くの様式でカリクレインを阻害することができる。例えば、それは、活性部位の１つ以上の残基と接触すること、立体的に活性部位へのアクセスを妨げるもしくは妨害すること、カリクレインの成熟を阻止すること、または触媒活性のために必要とされる高次構造を不安定化することができる。
【０３８８】
抗体の１つ以上の領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、１つ以上の可変領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。例えば、ＣＤＲの１つ以上、例えばＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２、ＨＣ  ＣＤＲ３、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、およびＬＣ  ＣＤＲ３は、ヒトとすることができる。軽鎖ＣＤＲの各々はヒトとすることができる。ＨＣ  ＣＤＲ３はヒトとすることができる。フレームワーク領域の１つ以上、例えば、ＨＣまたはＬＣのＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４は、ヒトとすることができる。１つの実施形態では、フレームワーク領域すべては、ヒトであり、例えばヒト体細胞、例えば免疫グロブリンを産生する造血細胞または非造血細胞から得られる。１つの実施形態では、ヒト配列は、生殖系列配列であり、例えば、生殖系列核酸によりコードされる。１つ以上の定常領域は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。別の実施形態では、抗体全体の少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９２、９５、または９８％、あるいは抗体全体は、ヒトまたは事実上ヒトとすることができる。「事実上ヒト」免疫グロブリン可変領域は、免疫グロブリン可変領域が正常な人において免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトフレームワークアミノ酸位置を含む、免疫グロブリン可変領域である。「事実上ヒト」抗体は、抗体が正常な人において免疫原性応答を誘発しないように十分な数のヒトアミノ酸位置を含む抗体である。
【０３８９】
抗体の全てまたは一部は、免疫グロブリン遺伝子またはそのセグメントによりコードされることができる。例示的なヒト免疫グロブリン遺伝子は、κ、λ、α（ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）、γ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４）、δ、εおよびμ定常領域遺伝子、ならびに多くの免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。全長免疫グロブリン「軽鎖」（約２５Ｋｄまたは２１４アミノ酸）は、ＮＨ２−末端（約１１０アミノ酸）の可変領域遺伝子により、ＣＯＯＨ−−末端のκまたはλ定常領域遺伝子によりコードされる。全長免疫グロブリン「重鎖」（約５０Ｋｄまたは４４６アミノ酸）は同様に、可変領域遺伝子により（約１１６アミノ酸）および他の上記定常領域遺伝子の１つ、例えばγ（約３３０アミノ酸をコードする）によりコードされる。
【０３９０】
カリクレインに結合し、阻害する抗体を同定するための１つの例示的な方法は、非ヒト動物をカリクレインまたはそのフラグメントで免疫化することを含む。免疫原として実に小さなペプチドを使用することができる。１つの実施形態では、触媒活性が減少したまたは触媒活性がない変異カリクレインが、免疫原として使用される。脾臓細胞が免疫化動物から単離され、標準法を用いてハイブリドーマ細胞を製造するために使用される。１つの実施形態では、非ヒト動物は１つ以上のヒト免疫グロブリン遺伝子を含む。
【０３９１】
カリクレインに結合し、阻害するタンパク質を同定するための別の例示的な方法は、タンパク質ライブラリーを提供し、ライブラリーから、カリクレインまたはそのフラグメントに結合する１つ以上のタンパク質を選択することを含む。選択は多くの様式で実施することができる。例えば、ライブラリーは、ディスプレイライブラリーまたはプロテインアレイの形式で提供することができる。選択前に、ライブラリーを予めスクリーニングし（例えば、激減させる）、非標的分子と、例えば、カリクレイン以外のプロテアーゼと、または活性部位にアクセスできない、例えば、阻害剤に、例えばアプロチニンに結合されているカリクレインと相互作用するメンバーを除去することができる。
【０３９２】
抗体ライブラリー、例えば、抗体ディスプレイライブラリーは、多くの過程により構築することができる（例えば、ｄｅ  Ｈａａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｊ． Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ  ２７４：１８２１８−３０；  Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ４：１−２０およびＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ２１：３７１−８を参照されたい）。さらに、各過程の要素は、他の過程の要素と組み合わせることができる。変異を単一の免疫グロブリンドメイン（例えば、ＶＨまたはＶＬ）中に、または複数の免疫グロブリンドメイン（例えば、ＶＨまたはＶＬ）中に導入させるように、プロセスを使用することができる。変異は、免疫グロブリン可変ドメイン中に、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４の１つ以上の領域であって、重および軽鎖可変ドメインのいずれかおよびその両方についてのそのような領域と呼ばれる領域に、導入することができる。１つの実施形態では、変異は、ある一定の可変ドメインの３つのＣＤＲ全てに導入される。別の好ましい実施形態では、変異は、例えば重鎖可変ドメインのＣＤＲ１およびＣＤＲ２に導入される。いずれの組み合わせも実行可能である。抗体（例えば、全長抗体またはその抗原結合部分）の組換え発現のための例示的なシステムでは、抗体重鎖および抗体軽鎖の両方をコードする組換え発現ベクターが、リン酸カルシウム媒介トランスフェクションによりｄｈｆｒ−ＣＨＯ細胞に導入される。組換え発現ベクター内では、抗体重鎖遺伝子および抗体軽鎖遺伝子がそれぞれ、エンハンサー／プロモーター調節エレメント（例えば、ＳＶ４０、ＣＭＶ、アデノウイルスなどから得られ、例えばＣＭＶエンハンサー／ＡｄＭＬＰプロモーター調節エレメントまたはＳＶ４０エンハンサー／ＡｄＭＬＰプロモーター調節エレメント）に操作可能に結合され、遺伝子の高レベルの転写が駆動される。組換え発現ベクターはまた、ＤＨＦＲ遺伝子を有し、これは、メトトレキサート選択／増幅を用いて、ベクターでトランスフェクトされたＣＨＯ細胞の選択を可能にする。選択された形質転換体宿主細胞を培養して抗体重鎖および抗体軽鎖の発現が可能になり、無傷の抗体が培地から回収される。組換え発現ベクターを調製し、宿主細胞にトランスフェクトし、形質転換体を選択し、宿主細胞を培養し、培地から抗体を回収するために、標準分子生物学技術が使用される。例えば、いくつかの抗体は、アフィニティークロマトグラフィーによりタンパク質Ａまたはタンパク質Ｇを用いて単離することができる。抗体はまた、トランスジェニック動物により生成することができる。
【０３９３】
カリクレイン阻害剤−ペプチド
結合リガンドは、標的分子に独立して結合する３２以下のアミノ酸のペプチドを含むことができる。いくつかのそのようなペプチドは１つ以上のジスルフィド結合を含むことができる。他のペプチド、いわゆる「直鎖ペプチド」はシステインを有さない。１つの実施形態では、ペプチドは、人工的であり、すなわち、天然では存在せず、かつ関心対象の１つ以上のゲノムにより、例えばヒトゲノムによりコートされるタンパク質中には存在しない。合成ペプチドは、溶液中でほとんどあるいは全く構造を有さなくても（例えば、非構造）、不均質構造を有しても（例えば、交互高次構造または「緩く」構造化）、または特異な天然構造を有しても（例えば、協働的に折り畳まれている）よい。いくつかの合成ペプチドは、標的分子に結合された場合に特定の構造を採用する。いくつかの例示的な合成ペプチドは、少なくとも１つのジスルフィド結合を有するいわゆる「環状」ペプチド、例えば、約４〜１２の非システイン残基のループである。例示的なペプチドは、２８、２４、２０、または１８より短いアミノ酸の長さを有する。
【０３９４】
独立してカリクレインに結合するペプチド配列は、様々な方法のいずれかにより同定することができる。例えば、ディスプレイライブラリーまたはペプチドアレイから選択することができる。同定後、そのようなペプチドは、合成的にまたは組換え手段により生成することができる。配列はより長い配列に組み込む（例えば、挿入、付加、付着させる）ことができる。
【０３９５】
以下は、スクリーニングすることができるいくつかの例示的なファージライブラリーである。各ライブラリーは、Ｍ１３ファージの表面上の短い、多様化外因性ペプチドを表示する。ライブラリーの５つのペプチドディスプレイは、それぞれ、システイン残基が隣接する４、５、６、７、８、１０、１１、または１２のアミノ酸のセグメントを有する親ドメインに基づいていた。システインの対は、安定なジスルフィド結合を形成し、環状ディスプレイペプチドが得られると考えられる。環状ペプチドはファージ表面のタンパク質ＩＩＩのアミノ末端で表示される。ライブラリーはＴＮ６／６、ＴＮ７／４、ＴＮ８／９、ＴＮ９／４、ＴＮ１０／１０、ＴＮ１１／１、およびＴＮ１２／１と称された。２０アミノ酸の直鎖ディスプレイを有するファージライブラリーもまたスクリーニングされ、このライブラリーはＬｉｎ２０と称された。
【０３９６】
ＴＮ６／７ライブラリーは、１２−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ６／６ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｃｙｓ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は、下付整数により示される。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の普通のα−アミノ酸のいずれかを含むように変化された。
【０３９７】
ＴＮ７／４ライブラリーは、１２−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ７／４ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｃｙｓ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は、下付整数により示される。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の普通のα−アミノ酸のいずれかを含むように変化された。
【０３９８】
ＴＮ８／９ライブラリーは、１４−アミノ酸鋳型に含まれる単一結合ループを表示するように構築された。ＴＮ８／９ライブラリーはＸａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｃｙｓ−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３−Ｘａａ１４鋳型配列を使用した。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０３９９】
ＴＮ９／４ライブラリーは、１５−アミノ酸鋳型に含まれる単一結合ループを表示するように構築された。ＴＮ９／４ライブラリーはＸａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｃｙｓ１２−Ｘａａ１３−Ｘａａ１４−Ｘａａ１５鋳型配列を使用した。鋳型中の可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０４００】
ＴＮ１０／１０ライブラリーは、１６−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ１０／９ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｃｙｓ１３−Ｘａａ１４−Ｘａａ１５−Ｘａａ１６鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は下付整数で示される。可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるようにされた。
【０４０１】
ＴＮ１１／１ライブラリーは、１７−アミノ酸多様化鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ１１／１ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３−Ｃｙｓ１４−Ｘａａ１５−Ｘａａ１６−Ｘａａ１７鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列における可変アミノ酸位置の各々は下付整数で示される。可変アミノ酸位置の各々（Ｘａａ）は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるようにされた。
【０４０２】
ＴＮ１２／１ライブラリーは、１８−アミノ酸鋳型に含まれる単一環状ペプチドを表示するように構築された。ＴＮ１２／１ライブラリーは、Ｘａａ１−Ｘａａ２−Ｘａａ３−Ｃｙｓ４−Ｘａａ５−Ｘａａ６−Ｘａａ７−Ｘａａ８−Ｘａａ９−Ｘａａ１０−Ｘａａ１１−Ｘａａ１２−Ｘａａ１３−Ｘａａ１４−Ｃｙｓ１５−Ｘａａ１６−Ｘａａ１７−Ｘａａ１８鋳型配列を使用し、ここで、鋳型のアミノ酸配列中の可変アミノ酸位置の各々は下付整数で示される。鋳型のアミノ酸位置Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ１７およびＸａａ１８は、Ａｌａ、Ａｓｐ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ｌｅｕ、Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｒｐ、およびＴｙｒからなる１２アミノ酸の群から選択される各アミノ酸が許容されるように、独立して、変化された。鋳型のアミノ酸位置Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ１０、Ｘａａ１１、Ｘａａ１２、Ｘａａ１３、Ｘａａ１４、Ｘａａ１６は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０４０３】
Ｌｉｎ２０ライブラリーは、２０−アミノ酸鋳型中の単一直鎖ペプチドを表示するように構築された。鋳型中の各位置のアミノ酸は、システイン（Ｃｙｓ）以外の任意のアミノ酸が許容されるように変化された。
【０４０４】
Ｋａｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  １９９６）および米国特許第５，２２３，４０９号において論じられている技術は、選択した親鋳型に対応する可能性のあるバインダーのライブラリーを調製するのに有用である。上記ライブラリーは、そのような技術に従い調製し、例えば上記の通りに、カリクレインに結合しかつカリクレインを阻害するペプチドについて、スクリーニングすることができる。
【０４０５】
さらに、ファージライブラリーまたはファージライブラリーから選択された集団を、例えば、アプロチニンまたは他のカリクレイン阻害剤の結合により不活性化されたカリクレインを、例えば使用して、対抗選択することができる。そのような手順を使用して、活性部位と接触しないペプチドを廃棄することができる。
【０４０６】
ペプチドはまた、別のバックボーン、例えばペプトイドバックボーンを使用して合成することができ、例えば、プロテアーゼ抵抗性が増加した化合物が生成される。特に、この方法を使用して、カリクレインに結合し、阻害するが、それ自体、カリクレインに事実上切断されない化合物を製造することができる。
【０４０７】
プロテアーゼ阻害剤−プラスミン結合タンパク質／阻害剤
プラスミンは、プラスミノーゲンからもたらされるセリンプロテアーゼである。プラスミンの触媒ドメイン（または「ＣａｔＤｏｍ」）は、特にアルギニン残基の後の、およびより少ない程度でリシンの後の、ペプチド結合を切断し、トリプシン、キモトリプシン、カリクレイン、および多くの他のセインプロテアーゼと高度の相同性を示す。プラスミンの特異性のほとんどが、フィブリンのプラスミン結合のクリングルドメインに由来する（Ｌｕｃａｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍ  （１９８３）  ２５８（７）４２４９−５６．；  Ｖａｒａｄｉ  ＆  Ｐａｔｔｈｙ，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  （１９８３）  ２２：２４４０−２４４６．；およびＶａｒａｄｉ  ＆  Ｐａｔｔｈｙ，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  （１９８４）  ２３：２１０８−２１１２．）。活性化されると、ＡＲＧ５６１−Ｖａｌ５６２の間の結合が切断され、新しい自由アミノ末端が塩橋を形成することができる。それにもかかわらず、クリングルは２つのジスルフィドによりＣａｄＤｏｍに結合されたままである（Ｃｏｌｍａｎ，  Ｒ  Ｗ，  Ｊ  Ｈｉｒｓｈ，  Ｖ  Ｊ  Ｍａｒｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ  Ｗ  Ｓａｌｚｍａｎ，  編者，  Ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ，第二版，  １９８７，  Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  Ｐａ．，  Ｂｏｂｂｉｎｓ，  １９８７，上記）。
【０４０８】
線維素溶解の主因である作用物質は、プラスミン、プラスミノーゲンの活性化形態である。多くの物質がプラスミノーゲンを活性化することができ、活性化ハーゲマン因子、ストレプトキナーゼ、ウロキナーゼ（ｕＰＡ）、組織型プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、および血漿カリクレイン（ｐＫＡ）が含まれる。ｐＫＡは、ウロキナーゼのチモーゲン形態の活性化因子および直接プラスミノーゲン活性化因子の両方である。
【０４０９】
プラスミンは正常な循環血中では検出できないが、プラスミノーゲン、チモーゲンは約３μＭで存在する。さらなる未測定の量のプラスミノーゲンが、フィブリンにならびに細胞外マトリクスおよび細胞表面の他の成分に結合されている。正常な血液はプラスミンの生理的阻害剤、α２−プラスミン阻害剤（α２−ＰＩ）を約２μＭで含む。プラスミンおよびα２−ＰＩは１：１複合体を形成する。マトリクスまたは細胞に結合されたプラスミンは、α２−ＰＩによる阻害を比較的受けつけない。このように、プラスミンの活性化は、α２−ＰＩの中和能を超えることができ、線維素溶解促進性状態を引き起こす。
【０４１０】
プラスミンは、いったん形成されると、
ｉ）フィブリン塊を、時として時期尚早に分解し、
ｉｉ）フィブリノーゲン（血餅の構築材料）を消化して、脆弱な容易に溶解される血餅を分解生成物から形成させることにより止血を害し、フィブリノーゲン分解生成物により血小板接着／凝集の阻害を害し、
ｉｉｉ）直接血小板と相互作用して、糖タンパク質ＩｂおよびＩＩｂ／ＩＩＩａを切断し、高せん断血流領域内の損傷内皮への接着を阻止し、血小板血栓形成に必要とされる凝集応答を害し（Ａｄｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｌｏｏｄ  （１９８６）  ６８（６）１２８０−１２８４）、
ｉｖ）タンパク質分解的に、外因性凝固経路における酵素を不活性して、熱分解状態をさらに促進する。Ｒｏｂｂｉｎｓ（Ｒｏｂｂｉｎｓ，  Ｃｈａｐｔｅｒ  ２１  ｏｆ  Ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ，    Ｃｏｌｍａｎ，  Ｒ．  Ｗ．，  Ｊ．  Ｈｉｒｓｈ，  Ｖ．  Ｊ．  Ｍａｒｄｅｒ，  ａｎｄ  Ｅ．  Ｗ．  Ｓａｌｚｍａｎ，  編者，  第二版，  １９８７，  Ｊ．  Ｂ．  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  ＰＡ）はプラスミノーゲン−プラスミンシステムを詳細に再検討した。
【０４１１】
Ｍａｒｋｌａｎｄら（米国特許第６，０１０，８８０号、同第６，０７１，７２３号および同第６，１０３，４９号）は、プラスミンの阻害の際に高い親和性および特異性を有する多くの誘導体を主張している。
【０４１２】
ＤＸ−１０００
ＤＸ−１０００はヒトプラスミンを阻害するクニッツドメインポリペプチドである（Ｋｉ＝８８ｐＭ）。クニッツドメインのさらなる説明は下記で提供される。ＤＸ−１０００タンパク質はヒトＬＡＣＩのフレームワーク領域を含むが、他のフレームワークもまた使用することができる。ＤＸ−１０００の配列は下記アミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００）を含む。
2013533206.tif 000120
【０４１３】
配列はまた、２つのＮ−末端アミノ酸（「ＥＡ」）により先行させ、下記配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００）を含むことができる。
2013533206.tif 000121
【０４１４】
ＤＸ−１０００は、いくつかの機能細胞に基づく活性アッセイ法において試験され、強力な阻害活性が証明された。最初に、プラスミノーゲン／プラスミンシステムに依存することが知られている過程である、マトリゲルを介するＬＮＣａＰｓ（前立腺癌）およびＨＴ−１０８０（線維肉腫）のＤＨＴ−刺激浸潤の両方を、ＤＸ−１０００（１ｎＭ）は阻害した。興味深いことに、ＤＸ−１０００は、癌細胞浸潤およびＥＣＭタンパク質分解に直接関与する、ゼラチナーゼの発現および活性化を効果的に下方制御した。さらに、ＤＸ−１０００（１〜１０ｎＭ）は、マトリゲルまたはコラーゲンＩ型のいずれの上で培養したかに関係なく、ヒトおよびマウス内皮細胞の管形成を効果的に遮断した。止血の観点に集中すると、ＤＸ−１０００は、全般的凝固スクリーニング試験または血小板機能スクリーニング試験で、臨床的に有意な効果を示さなかった。
【０４１５】
ＤＸ−１０００は、例えばペグ化により修飾することができる。ｍＰＥＧを用いた修飾のための３つの有効なリシンおよびＮ−末端を有し、これらの位置の１つ、２つまたはそれ以上を修飾することができる（例えば、これらの位置の４つの全てを修飾することができる）。化合物４×ＰＥＧ  ＤＸ−１０００は、４つのＰＥＧ部分を含む例示的な修飾ＤＸ−１０００分子である。ＤＸ−１０００は、約５ｋＤａまたは７ｋＤａの平均分子量を有するｍＰＥＧスクシンイミジルプロピオン酸試薬と結合させることができる。
【０４１６】
ＤＸ−１０００変種および他の阻害クニッツドメイン
米国特許第６，１０３，４９９号は、プラスミンを阻害するＤＸ−１０００変種を含む、さらなるプラスミン阻害剤を記載する。これらのクニッツドメインはまた、本明細書で記載される治療法において使用することができる。
【０４１７】
例示的なプラスミン阻害量のタンパク質は、下記式：
2013533206.tif 000122
を有するクニッツドメインを含む。
【０４１８】
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５６、Ｘａａ５７および／またはＸａａ５８は存在しなくてもよい。Ｘａａ１０はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、またはＧｌｎとすることができる。Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＶａｌまたはＡｓｐとすることができる。Ｘａａ１３はＰｒｏ、ＬｅｕまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ１５はＬｙｓまたはＡｒｇとすることができる。Ｘａａ１６はＡｌａまたはＧｌｙとすることができる。Ｘａａ１７はＡｒｇ、ＬｙｓまたはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ１８はＰｈｅまたはＩｌｅとすることができる。Ｘａａ１９はＧｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、ＳｅｒまたはＩｌｅとすることができる。Ｘａａ２１はＰｈｅ、ＴｙｒまたはＴｒｐとすることができる。Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ３１はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ＧｌｎまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｐｒｏ、またはＧｌｎとすることができる。Ｘａａ３４はＶａｌ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ａｌａ、またはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ３５はＴｙｒまたはＴｒｐとすることができる。Ｘａａ３６はＧｌｙまたはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、またはＭｅｔとすることができる。Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙとすることができるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒとすることができる。特記されない限り、Ｘａａは任意のアミノ酸、特に任意の非システインアミノ酸とすることができる。
【０４１９】
さらに、Ｘａａ１０はＡｓｐまたはＧｌｕとすることができる。Ｘａａ１１はＴｈｒ、Ａｌａ、またはＳｅｒとすることができる。Ｘａａ１３はＰｒｏである。Ｘａａ１５はＡｒｇである。Ｘａａ１６はＡｌａである。Ｘａａ１７はＡｒｇである。Ｘａａ１８はＰｈｅである。Ｘａａ１９はＧｌｕまたはＡｓｐとすることができる。Ｘａａ２１はＰｈｅまたはＴｒｐとすることができる。Ｘａａ２２はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ２３はＴｙｒまたはＰｈｅとすることができる。Ｘａａ３１はＡｓｐまたはＧｌｕとすることができる。Ｘａａ３２はＴｈｒ、Ａｌａ、またはＧｌｕとすることができる。Ｘａａ３４はＶａｌ、ＩｌｅまたはＴｈｒとすることができる。Ｘａａ３５はＴｙｒである。Ｘａａ３６はＧｌｙである。Ｘａａ３９はＧｌｕ、Ｇｌｙ、またはＡｓｐとすることができる。Ｘａａ４０はＧｌｙまたはＡｌａとすることができる。Ｘａａ４３はＡｓｎまたはＧｌｙとすることができるか、あるいはＸａａ４５はＰｈｅまたはＴｙｒとすることができる。
【０４２０】
１つの実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−１０００の第１および／または第２の結合ループのアミノ酸の少なくとも８０、８５、９０、または９５％を含む。１つの実施形態では、タンパク質はヒトクニッツドメイン（例えば、本明細書で記載したヒトクニッツドメイン）由来のフレームワーク領域を含む。
【０４２１】
例示的なＤＸ−１０００変種は、ＤＸ−１０００のアミノ酸配列（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００）またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００のアミノ酸配列と少なくとも１つの、しかし８、６、５、４、３または２つよりも少ないアミノ酸の違い（例えば、置換、挿入、または欠失）だけ異なるアミノ酸配列を有する、タンパク質を含む。違いは、第１の結合ループ以外の領域中に、または第１および第２の結合ループ以外の領域中に、例えばフレームワーク領域中に存在し得る。典型的には、クニッツドメインは、ヒトでは天然には存在しないが、１０、７または４より少ないアミノ酸だけ、ヒトクニッツドメイン（例えば、本明細書で記載したヒトクニッツドメイン）とは異なるアミノ酸配列を含み得る。
【０４２２】
１つの実施形態では、プラスミンに対する化合物のＫｉは、プラスミンに対するＤＸ−１０００のＫｉの０．５〜１．５、０．８〜１．２、０．３〜３．０、０．１〜１０．０、または０．０２〜５０．０倍以内である。
【０４２３】
ＤＸ−１０００はプラスミンを阻害するクニッツドメインを含む。ＤＸ−１０００および関連クニッツドメインは本明細書で記載される。
【０４２４】
プラスミン阻害剤の１つのクラスは抗体を含む。例示的な抗体はプラスミンに特異的に結合する。抗体は多くの様式でプラスミンを阻害することができる。例えば、それは、活性部位の１つ以上の残基と接触すること、立体的に活性部位へのアクセスを妨げるもしくは妨害すること、プラスミンの成熟を阻止すること、または触媒活性のために必要とされる高次構造を不安定化することができる。
【０４２５】
結合リガンドは、独立して標的分子（例えば、プラスミン）に結合する３２以下のアミノ酸のペプチドを含むことができる。いくつかのそのようなペプチドは１つ以上のジスルフィド結合を含むことができる。他のペプチド、いわゆる「直鎖ペプチド」はシステインを有さない。１つの実施形態では、ペプチドは人工的であり、すなわち、天然には存在せず、かつ関心対象の１つ以上のゲノム、例えばヒトゲノムによりコートされるタンパク質中には存在しない。合成ペプチドは、溶液中でほとんどあるいは全く構造を有さなくても（例えば、非構造）、不均質構造を有しても（例えば、交互高次構造または「緩く」構造化）、または特異な天然構造を有しても（例えば、協働的に折り畳まれている）よい。いくつかの合成ペプチドは、標的分子に結合された場合に特定の構造を採用する。いくつかの例示的な合成ペプチドは、少なくとも１つのジスルフィド結合を有するいわゆる「環状」ペプチド、例えば、約４〜１２の非システイン残基のループである。例示的なペプチドは、２８、２４、２０、または１８より短いアミノ酸の長さを有する。
【０４２６】
プロテアーゼ阻害剤−ＭＭＰ結合タンパク質／阻害剤
他の好ましいプロテアーゼ阻害剤結合タンパク質は、マトリクスメタロプロテアーゼ結合タンパク質、または「ＭＭＰ結合タンパク質」、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−１４、およびＭＭＰ−２のものを含む。結合タンパク質は、ある実施形態では抗体、ペプチドまたはクニッツドメインベースであり得る。ある特定のＭＭＰ結合タンパク質は、さらに詳細に以下で記載される。
【０４２７】
ＭＭＰ−９結合タンパク質
任意のＭＭＰ−９結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物において使用され得る。
【０４２８】
ＭＭＰ−９は、正式名マトリクスメタロプロテイナーゼ−９前駆体を有するＭＭＰ９と称される遺伝子によりコードされる。ＭＭＰ−９に対する同義語は、マトリクスメタロプロテイナーゼ９、ゼラチナーゼＢ（ＧＥＬＢ）、９２ｋＤａゼラチナーゼ（ＣＬＧ４Ｂ）、９２ｋＤａ  ＩＶ型コラゲナーゼ（ＥＣ  ３．４．２４．３５）を含む。ＤＮＡ配列がホモ・サピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）およびハツカネズミ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ）で知られている。ヒトＭＭＰ９をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を以下に示す。マウスＭＭＰ９をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列もまた以下に示す。例示的なＭＭＰ−９タンパク質は、ヒトまたはマウスＭＭＰ−９アミノ酸配列、これらの配列の１つと８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一な配列、またはそのフラグメント、例えばシグナル配列またはプロドメインを有さないフラグメントを含む。
【０４２９】
表２は他の生物における同様の遺伝子およびヒトＭＭＰ−９との類似％を示す。ＭＭＰ−９に対し、チンパンジー（パン・トログロダイテス（Ｐａｎ  ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ））、ブタ（イノシシ（Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａ））、ウシ（ボース・タウルス（Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓ））、ショウジョウバエ（キイロショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ））、ムシ（線虫（Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ））、パン酵母（サッカロミセス・セレビシア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））、熱帯ツメガエル（シルラナ・トロピカリス（Ｓｉｌｕｒａｎａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ））、アフリカマラリア蚊（ガンビアハマダラカ（Ａｎｏｐｈｅｌｅｓ  ｇａｍｂｉａｅ））、緑藻類（コナミドリムシ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ  ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉ））ダイズ豆（ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ  ｍａｘ））、オオムギ（ホルデウム・ブルガレ（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ））、トマト（リコペルシコン・エスクレンタム（Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ  ｅｓｃｕｌｅｎｔｕｍ））、イネイモチ病菌（マグナポルテ・グリセア（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ  ｇｒｉｓｅａ））、サトウキビ（サッカラム・オフィシネラム（Ｓａｃｃｈａｒｕｍ  ｏｆｆｉｃｉｎａｒｕｍ））、タエダマツ（ピナス・タエダ（Ｐｉｎｕｓ  ｔａｅｄａ））、トウモロコシ（ジー・メイズ（Ｚｅａ  ｍａｙｓ））、コムギ（トリチウム・アエスチバム（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ａｅｓｔｉｖｕｍ））、アリカンテ（Ａｌｉｃａｎｔｅ）ブドウ（ヴィティス・ヴィニフェラ（Ｖｉｔｉｓ  ｖｉｎｉｆｅｒａ））、黒カビ（アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｃｒａｓｓａ））、分裂酵母（シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ））、ホヤ（シオナ・インテスチナリス（Ｃｉｏｎａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ））、アメーバ（キイロタマホコリカビ（Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍ  ｄｉｓｃｏｉｄｅｕｍ））、Ａ．ゴスピー（ｇｏｓｓｐｙｉｉ）酵母（アシュビア・ゴシピー（Ａｓｈｂｙａ  ｇｏｓｓｙｐｉｉ））、Ｋ．ラクティス（ｌａｃｔｉｓ）酵母（クルイベロミセス・ラクチス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ））、タルウマゴヤシ（マディカゴ・トルンカツーラ（Ｍｅｄｉｃａｇｏ  ｔｒｕｎｃａｔｕｌａ））、マラリア寄生虫（熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ））、住血吸虫寄生虫（マンソン住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｍａｎｓｏｎｉ））、モロコシ（ソルガム・バイカラー（Ｓｏｒｇｈｕｍ  ｂｉｃｏｌｏｒ））、トキソプラズマ症（トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ））ではヒトに類似するデータが見出されなかった。
2013533206.tif 000123
2013533206.tif 000124
2013533206.tif 000125
2013533206.tif 000126
【０４３０】
（表２）９つの種に由来するＭＭＰ−９オルソログ
2013533206.tif 000127
【０４３１】
ＭＭＰ−９のドメイン
ＭＭＰ−９はペプチダーゼＭ１０Ａファミリーに属する。ＭＭＰ−９は５つのドメイン、分泌型メタロプロテアーゼ遺伝子ファミリーの全てのメンバーにより共有されるアミノ末端および亜鉛結合ドメイン、７２ｋＤａ  ＩＶ型コラゲナーゼにも存在するコラーゲン結合フィブロネクチン様ドメイン、ＰＵＭＰ−１以外のこのファミリーの全ての既知の酵素により共有されるカルボキシル末端ヘモペキシン様ドメイン、およびＶ型コラーゲンのα２鎖に相同な独特な５４アミノ酸長のプロリンリッチドメインから構成される（Ｗｉｌｈｅｌｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６４，  １７２１３−１７２２１）（表３）。
【０４３２】
（表３）ＭＭＰ−９ドメイン
2013533206.tif 000128
2013533206.tif 000129
2013533206.tif 000130
【０４３３】
ＭＭＰ−９の触媒活性は、ヒスタチン−３  １／２４（ヒスタチン−５）により阻害される。ＭＭＰ−９はウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子、プラスミノーゲン、ＩＬ−１β、酢酸４−アミノフェニル水銀およびホルボールエステルにより活性化される。ＭＭＰ−９は単量体、ジスルフィド結合ホモ二量体、および２５ｋＤａタンパク質とのヘテロ二量体として存在する。マクロファージおよび形質転換された細胞系列は単量体ＭＭＰ−９のみを産生し、ヘテロ二量体型は、正常な肺胞マクロファージおよび顆粒球により産生される。前駆体の処理により６４、６７および８２ｋＤａの異なる活性形態が得られる。ＭＭＰ−３により連続して処理すると、８２ｋＤａのマトリクスメタロプロテイナーゼ−９が得られる。関節炎患者では、この酵素が関節破壊の発生の一因となり、病態の有用なマーカーとなり得る。
【０４３４】
ＭＭＰ−９の内因性阻害物質
ＭＭＰ−９は多くの内因性阻害物質を有する。他のＭＭＰの様に、ＭＭＰ−９はＴＩＭＰにより阻害される（Ｍｕｒｐｈｙ，  Ｇ．，  ａｎｄ  Ｗｉｌｌｅｎｂｒｏｃｋ，  Ｆ．  （１９９５）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  ２４８，  ４９６−５１０）。ＭＭＰ−９（およびＭＭＰ−２）の特性は、それらのチモーゲンの、ＴＩＭＰとの密着した非共有結合の、安定な複合体を形成する能力である。プロ−ＭＭＰ−２はＴＩＭＰ−２に結合し（Ｇｏｌｄｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．    （１９８９）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８６，  ８２０７−８２１１）、一方、プロ−ＭＭＰ−９はＴＩＭＰ−１に結合する（Ｗｉｌｈｅｌｍ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６４，  １７２１３−１７２２１）ことが示されている。ＴＩＭＰは典型的には、遅い、密着した結合阻害物質である。ファージ提示タンパク質のライブラリーから選択されるＭＭＰ−９結合タンパク質（例えば、抗体、ペプチド、クニッツドメイン）は、より迅速な速度論を有するように選択することができる。例えば、組換えＴＩＭＰ−１は、例えば、本明細書で記載されるＭＭＰ−９結合タンパク質と併用して、ＭＭＰ−９を阻害するように投与することができる。
【０４３５】
ＭＭＰ−９の低分子阻害剤
Ｓｋｉｌｅｓら（２００４，  Ｃｕｒｒ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，  １１：２９１１−７７）は、第一世代低分子ＭＭＰ阻害剤はよくないバイオアベイラビリティを有し、第二世代は筋骨格疼痛および炎症を引き起こしたことを報告した。ほとんどの低分子ＭＭＰ阻害剤は触媒亜鉛と相互作用するが、かなり低い親和性を有する。このように、効果を有するにはより高い濃度が必要とされる。触媒亜鉛との相互作用は他のＭＭＰの阻害および毒性副作用に至る。本明細書で記載されるＭＭＰ−９結合タンパク質は、低分子阻害剤と併用して使用することができる。例えば、阻害剤は併用して使用されるので、使用される低分子の用量は減少させることができ、よって、副作用がより少なくなる。低分子ＭＭＰ−９阻害剤の例としては、小さな合成アントラニル酸ベース阻害剤が挙げられる（例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ−Ｉ，  カタログ番号４４４２７８  およびＬｅｖｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｂｉｏｏｒｇ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  Ｌｅｔｔ．  １１：２９７５−２９７８を参照されたい）。
【０４３６】
ＭＭＰ−９の低分子干渉ＲＮＡ阻害剤
ＭＭＰ−９を低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）により阻害することができる。使用することができるｓｉＲＮＡの例としては下記が挙げられる。
MMP-9 siRNA
2013533206.tif 000131
対照RNA (ミスマッチ)
2013533206.tif 000132
【０４３７】
Ｋａｗａｓａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｅｂ．  １０，  ２００８，  Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．  ａｄｖａｎｃｅ  ｏｎ−ｌｉｎｅ  ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ１７２３もまた参照されたい。ｓｉＲＮＡは、ＭＭＰ−９を阻害するために、例えば本明細書で記載されるＭＭＰ−９結合タンパク質と併用して投与することができる。
【０４３８】
ＭＭＰ−９結合タンパク質
ＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）に結合し、かつ少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかである、タンパク質が提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４３９】
好ましい実施形態では、ＭＭＰ−９結合タンパク質は少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含む。例えば、ＭＭＰ−９結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。多くの例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質が本明細書で記載される。ＭＭＰ−９結合タンパク質は抗体であり得る。ＭＭＰ−９結合抗体は、単一ポリペプチド内（例えば、ｓｃＦｖ）または異なるポリペプチド（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ）上に含まれるＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列を有し得る。
【０４４０】
ＭＭＰ−９結合タンパク質は単離ペプチドまたはタンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、他のタンパク質を有さない）。
【０４４１】
ＭＭＰ−９結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−９、例えばヒトＭＭＰ−９を阻害し得る。結合タンパク質は、ＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−９の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−９上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−９内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４４２】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−９、例えばヒトＭＭＰ−９に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−９に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−９活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−９に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０４４３】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０４４４】
いくつかの実施形態では、タンパク質は少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０４４５】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−９の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。
【０４４６】
いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−９上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−９内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４４７】
例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質としては、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、およびＭ０２８１−Ｆ０６からなる抗体の群から選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、いくつかの実施形態ではＨＣおよび／またはＬＣ可変ドメインを有する抗体、または、ＤＸ−２８０２、５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３、Ｍ００７８−Ｇ０７、Ｍ００８１−Ｄ０５、Ｍ００７６−Ｄ０３、Ｍ００７２−Ｈ０７、Ｍ００７５−Ｄ１２、Ｍ０１６６−Ｆ１０、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、またはＭ０２８１−Ｆ０６のＨＣおよび／またはＬＣ  ＣＤＲを含むタンパク質が、挙げられる。これらのＭＭＰ−９結合タンパク質は、２００８年３月３日に出願された米国特許出願第６１／０３３，０７５号、２００８年３月２１日に出願された米国特許出願第６１／０５４，９３８号、および国際公開公報第２００９／１１１４５０号においてさらに記載されている。
【０４４８】
タンパク質は、抗体である場合、下記特性のうちの１つ以上を含むことができる：（ａ）ヒトＣＤＲまたはヒトフレームワーク領域、（ｂ）ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＨＣ可変ドメインのＣＤＲと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一である１つ以上のＣＤＲを含むこと、（ｃ）ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＬＣ可変ドメインのＣＤＲと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一である１つ以上のＣＤＲを含むこと、（ｄ）ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＬＣ可変ドメインと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一であること、（ｅ）ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列は、上記ＨＣ可変ドメインと少なくとも８５、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一であること、（ｆ）タンパク質は本明細書で記載されるタンパク質により結合されるエピトープ、またはそのようなエピトープと重複するエピトープに結合すること、ならびに（ｇ）霊長類ＣＤＲまたは霊長類フレームワーク領域。
【０４４９】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０４５０】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０４５１】
１つの実施形態では、タンパク質は霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」はヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（Ｐａｎ  ｐａｎｉｓｃｕｓ）（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ（Ｇｏｒｉｌｌａ  ｇｏｒｉｌｌａ））、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス（Ｄａｕｂｅｎｔｏｎｉａ  ｍａｄａｇａｓｃａｒｉｅｎｓｉｓ））、およびメガネザルを含む。
【０４５２】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０４５３】
ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質
任意のＭＭＰ−９／２結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物で使用され得る。ＭＭＰ−９／２結合タンパク質はＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）およびＭＭＰ−２（例えば、ヒトＭＭＰ−２）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかであるタンパク質が提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４５４】
好ましい実施形態では、ＭＭＰ−９／２結合タンパク質は少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含む。例えば、ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質は抗体であり得る。ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合抗体は、単一ポリペプチド内（例えば、ｓｃＦｖ）または異なるポリペプチド（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ）上に含まれるＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列を有し得る。
【０４５５】
ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質は単離タンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％他のタンパク質を有さない）。
【０４５６】
ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−９、例えばヒトＭＭＰ−９および／またはＭＭＰ−２、例えばヒトＭＭＰ−２を阻害し得る。結合タンパク質は、ＭＭＰ−９（例えば、ヒトＭＭＰ−９）および／またはＭＭＰ−２（例えば、ヒトＭＭＰ−２）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−９の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触し、および／またはタンパク質はヒトＭＭＰ−２の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−９の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−９上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−９内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。他の実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−２上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−２内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４５７】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−９および／またはＭＭＰ−２に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−９に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０４５８】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０４５９】
いくつかの実施形態では、タンパク質は少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０４６０】
例示的なＭＭＰ−９／２結合タンパク質としては、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、いくつかの実施形態ではＨＣおよび／またはＬＣ可変ドメインを有する抗体が、挙げられる。例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質としては、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、いくつかの実施形態では、３つのＨＣおよび／または３つのＬＣ  ＣＤＲを有する抗体が挙げられる。そのようなＭＭＰ−９／２結合タンパク質は、２００８年３月３日に出願された米国特許出願第６１／０３３，０７５号、２００８年３月２１日に出願された米国特許出願第６１／０５４，９３８号、および国際公開公報第２００９／１１１５０８号においてさらに記載されている。
【０４６１】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０４６２】
１つの実施形態では、タンパク質はヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０４６３】
１つの実施形態では、タンパク質は霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」はヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ）、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス）、およびメガネザルを含む。
【０４６４】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０４６５】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質
任意のＭＭＰ−１２結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物で使用され得る。
【０４６６】
ＭＭＰ−１２は、正式名マトリクスメタロプロテイナーゼ−１２前駆体を有するＭＭＰ１２と称される遺伝子によりコードされる。ＭＭＰ−１２に対する同義語は、マトリクスメタロプロテイナーゼ１２、マクロファージエラスターゼ、マクロファージメタロエラスターゼを含む。ＤＮＡ配列がホモ・サピエンスおよびハツカネズミで知られている。ヒトＭＭＰ１２をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を以下に示す。マウスＭＭＰ１２をコードする例示的なｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を以下に示す。例示的なＭＭＰ−１２タンパク質は、ヒトまたはマウスＭＭＰ−１２アミノ酸配列、これらの配列の１つと８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一な配列、またはそのフラグメント、例えばシグナル配列またはプロドメインを有さないフラグメントを含むことができる。
ヒトMMP12のcDNAおよびアミノ酸の配列
2013533206.tif 000133
2013533206.tif 000134
【０４６７】
ＭＭＰ−１２遺伝子における多型は、例えば(2002) J Am Coll Cardiol. 3:40(1):43-8,(2002) Hum Mol Genet. 1:11(5):569-76., (2001) Stroke 32(9):2198-202., および(2000) Circ Res. 86(9):998-1003において、記載されている。
マウスMMP12のcDNAおよびアミノ酸の配列
2013533206.tif 000135
【０４６８】
ＭＭＰ−１２を制御する因子
ＭＭＰ−１２の発現は多くの因子により制御される。上方制御の報告としては、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ．  ２００４  Ｊａｎ  ２２；２３（３）：８４５−５１（ステージＩの肺癌における再発、２／１０症例），  Ａｎｎ  Ｎｅｕｒｏｌ．  ２００３  Ｊｕｎ；５３（６）：７３１−４２（脳内出血のコラーゲン誘発ラットモデル），  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２００５  Ｍａｙ  １５；６５（１０）：４２６１−７２（プロテインキナーゼＣ／ｐ５３抵抗性細胞），  Ｂｒ  Ｊ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ；１５２（４）：７２０−６（扁平上皮癌を有する９人の患者からの試料），  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｒｅｓ．  ２００５  Ｍａｙ  １；６６（２）：４１０−９（老化），  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ  １５；１７４（８）：４９５３−９．  （肺サーファクタントタンパク質Ｄ  −／−  マウス），  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．  ２００５  Ｊｕｎ  ３；２８０（２２）：２１６５３−６０．  （角膜創傷修復），  Ｓｕｒｇｅｒｙ．  ２００５  Ａｐｒ；１３７（４）：４５７−６２  （マウスにおけるＣａＣｌ２の大動脈周囲適用），  Ｊ  Ｖｉｒｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ；７９（８）：４７６４−７３  （マウスウイルス性脳炎），  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ．  ２００５  Ａｐｒ  ２９；３３０（１）：１９４−２０３  （マウスにおけるタバコの煙凝縮物），  Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｒｅｓ．  ２００５  Ｊａｎ；５４（１）：３１−６  （気管支肺胞洗浄およびＣＯＰＤ患者からの肺組織），  Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００５  Ａｐｒ；３２（４）：３１１−８  （トランスジェニックマウスにおけるヒトＩＬ−１βの誘発），  Ｔｏｘｉｃｏｌ  Ｐａｔｈｏｌ．  ２００４  Ｍａｙ−Ｊｕｎ；３２（３）：３５１−６  （マウスにおけるタバコの煙），  Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ２００４  Ａｐｒ；２８６（４）：Ｌ８０１−７  （リソソーム酸性リパーゼ遺伝子ノックアウトマウス），  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．  ２００４  Ｆｅｂ  １１；２４（６）：１５２１−９  （Ａ１アデノシン受容体ヌルマウス），  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ．  １９９８  Ｊｕｌ  １；８７（１−２）：６２−７２  （実験的に誘発された遅延型過敏性ＭＳモデル），  Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００５  Ｊａｎ；６１（１）：１０−７  （ＩＬ−４），  Ｊ  Ｐｅｄｉａｔｒ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｎｕｔｒ．  ２００５  Ｊａｎ；４０（１）：６０−６  （腸炎），  Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ２００５  Ｊｕｌ；２０４（１）：１３９−４５  （スタチン），  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００４  Ｏｃｔ  １５；１７３（８）：５２０９−１８  （実験的自己免疫性脳脊髄炎），  Ｊ  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２００４  Ｊｕｌ；４４（１）：５７−６５  （頸動脈に内皮損傷を有する高コレステロールハムスター），  Ｃａｎｃｅｒ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  Ｒｅｖ．  ２００４  Ｊａｎ−Ｊｕｎ；２３（１−２）：１０１−１７  （結腸直腸癌），  Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃ  Ｂｉｏｌ  Ｍｅｄ．  ２００４  Ｍａｒ  １５；３６（６）：７８２−８０１  （酸化的ストレス），  Ｃｈｅｓｔ．  ２００��  Ｆｅｂ；１２５（２）：４６６−７２  （ウッドスモーク、タバコの煙、ＣＰＯＤ）が挙げられる。
【０４６９】
下方制御または無上方制御は、Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ．  ２００３  Ａｐｒ；２７（２）：１０７−１３  （ＩＩ型コラーゲンで免疫されたマウス），  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２００３  Ｊａｎ  １；６３（１）：２５６−６２．  （エプスタイン・バーウイルスタンパク質；上咽頭癌），  Ｃｕｒｒ  Ｅｙｅ  Ｒｅｓ．  １９９８  Ｆｅｂ；１７（２）：１３２−４０  （死後のヒトの目由来のヒト光受容体間マトリクスおよび硝子体），  およびＳｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００５  Ｊａｎ；６１（１）：１０−７  （デキサメタゾン）において報告されている。
【０４７０】
ＭＭＰ−１２の内因性阻害物質
ＭＭＰ−１２は多くの内因性阻害物質を有する。他のＭＭＰの様に、ＭＭＰ−１２はＴＩＭＰにより阻害される（Ｍｕｒｐｈｙ，  Ｇ．，  ａｎｄ  Ｗｉｌｌｅｎｂｒｏｃｋ，  Ｆ．  （１９９５）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  ２４８，  ４９６−５１０）。
【０４７１】
ＭＭＰ−１２の低分子阻害剤
ＭＭＰ−１２の低分子阻害剤が合成され、試験されている。これらのほとんどが不十分な効力または不十分な特性、あるいはその両方を有する。報告としては、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．  ２００５  Ａｐｒ  １２；１０２（１５）：５３３４−９  （アセトヒドロキサム酸およびＮ−イソブチル−Ｎ−［４−メトキシフェニルスルホニル］グリシリルヒドロキサム酸）；  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２００４  Ｏｃｔ；５０（１０）：３２７５−８５  （ＭＭＰ活性の一般的なヒドロキサメート阻害剤）；  Ａｒｃｈ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  ２００３  Ｊａｎ  １５；４０９（２）：３３５−４０  （ペプチドｌｉｎ２４）；  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００１  Ｓｅｐ  ２８；３１２（４）：７４３−５１  （ヒドロキサム酸阻害剤，  ＣＧＳ２７０２３Ａ）；  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００１  Ｓｅｐ  ２８；３１２（４）：７３１−４２  （バチマスタット（ＢＢ−９４））；  Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２００１  Ｊａｎ−Ｆｅｂ；２１（１Ａ）：１４５−５５  （ＡＥ−９４１，軟骨製の経口の生体適合性抽出物）；  Ｊ  Ｃｏｍｂ  Ｃｈｅｍ．  ２０００  Ｎｏｖ−Ｄｅｃ；２（６）：６２４−３８  （ビーズ上のＸＸＸ−Ｇｐｓｉ（ＰＯ２Ｈ−ＣＨ２）Ｌ−ＸＸＸライブラリー）；  Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ．  ２０００  Ｍａｒ  １６；１４７８（１）：５１−６０  （緑茶ポリフェノール）；  Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ．  １９８４  Ｍａｙ；３５（５）：４４９−５７  （ペプチドクロロメチルケトン）；  Ａｍ  Ｒｅｖ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｄｉｓ．  １９８２  Ｆｅｂ；１２５（２）：２０３−７  （一連のエラスターゼ阻害剤）；  Ｍｅｍ  Ｉｎｓｔ  Ｏｓｗａｌｄｏ  Ｃｒｕｚ．  ２００５  Ｍａｒ；１００：１６７−１７２  （マリマスタット）；  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  ２００４  Ａｕｇ  ２０；３４１（４）：１０６３−７６  （ＣＰ−２７１４８５，  ＰＦ−００３５６２３１，およびＰＤ−０３５９６０１）；  Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｒｅｓ．  ２００３  Ｍａｒ；５２（３）：９５−１００．；  Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ．  ２００４  Ｏｃｔ  ４；１４（１９）：４９３５−９  （新規オキサゾリン亜鉛結合基を有する阻害剤）；  ならびにＪ  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２００４  Ｊｕｌ；４４（１）：５７−６５  （ＯＮＯ−４８１７）が挙げられる。他のＭＭＰ−１２の低分子阻害剤は、例えば、米国特許出願第２００５００１４８１７号（フルオロチオフェン誘導体）、米国特許出願第２００５００１４８１６号（チオフェンアミノ酸誘導体）、米国特許第６，７７０，６４０号（１−カルボキシメチル−２−オキソ−アゼパン誘導体）、ＰＣＴ公報国際公開公報第２０００４０５７７号（１−カルボキシメチル−２−オキソ−アゼパン誘導体）、ＰＣＴ公報国際公開公報第２００５３２５４１号（置換複素環メルカプトスルフィド阻害剤）、ＰＣＴ公報国際公開公報第２００１８３４３１号、米国特許出願第２００３０１５８１５５号、欧州特許第１２８８１９９号、ＰＣＴ公報国際公開公報第２０００４０６００号および米国特許第６，３５２，９７６号、米国特許第６，３５０，９０７号、米国特許第６，９２４，２７６号、米国特許第６，９１６，８０７号、米国特許第６，６８６，３５５号、米国特許第６，５４８，４７７および米国特許第５，５０６，２４２号において記載されている。低分子は、例えば本明細書で記載されるＭＭＰ−１２結合タンパク質と併用して、ＭＭＰ−１２を阻害するために投与することができる。
【０４７２】
ＭＭＰ−１２の低分子干渉ＲＮＡ阻害剤
ＭＭＰ−１２を低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）により阻害することができる。使用することができるｓｉＲＮＡの例は、米国特許出願公開第２００４００８７５３３号およびＰＣＴ公報国際公開公報第２００４０９０９８号において記載されている。ｓｉＲＮＡは、例えば本明細書で記載されるＭＭＰ−１２結合タンパク質と併用して、ＭＭＰ−１２を阻害するために投与することができる。
【０４７３】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質
ＭＭＰ−１２（例えば、ヒトＭＭＰ−１２）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかであるタンパク質が、提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４７４】
１つの実施形態では、ＭＭＰ−１２（例えば、ヒトＭＭＰ−１２および／またはマウスＭＭＰ−１２）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含むタンパク質が提供される。例えば、ＭＭＰ−１２結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。多くの例示的なＭＭＰ−１２結合タンパク質が本明細書で記載される。
【０４７５】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質は単離タンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％他のタンパク質を有さない）。
【０４７６】
ＭＭＰ−１２結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−１２、例えばヒトおよび／またはマウスＭＭＰ−１２を阻害し得る。結合タンパク質は、ＭＭＰ−１２（例えば、ヒトＭＭＰ−１２）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−１２の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−１２上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−１２内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４７７】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−１２、例えばヒトＭＭＰ−１２に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１２に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−１２活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−１２に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０４７８】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０４７９】
いくつかの実施形態では、タンパク質は少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０４８０】
１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−１２の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。
【０４８１】
いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＭＰ−１２の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−１２上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−１２内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０４８２】
好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000136
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される抗体の軽および重鎖を有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質はＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000137
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択されるその重鎖を有するヒト抗体である。好ましい実施形態ではタンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000138
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択されるその軽鎖を有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000139
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される重鎖の対応するＣＤＲから精選される１つ以上の重鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000140
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される軽鎖の対応するＣＤＲから精選される１つ以上の軽鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、ＤＸ−２７１２の突然変異体または変種（例えば、国際公開公報第２００９／１１１５０７号に記載されている）、
2013533206.tif 000141
、および５３９Ｂ−Ｘ００４９−Ｅ０２からなる群より選択される軽鎖の対応するＣＤＲから精選される１つ以上の軽鎖ＣＤＲおよび１つ以上の重鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。
【０４８３】
これらのＭＭＰ−１２結合タンパク質は、２００８年３月３日に出願された米国特許出願第６１／０３３，０７５号、および２００８年５月１４日に出願された米国特許出願第６１／１２７，８３０号、および国際公開公報第２００９／１１１５０７号においてさらに記載されている。
【０４８４】
より好ましい実施形態では、タンパク質は、抗体ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７の軽鎖および重鎖を有するヒト抗体である。別の好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７由来のその重鎖を有するヒト抗体である。さらに別の好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７由来のその軽鎖を有するヒト抗体である。さらにより好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７の重鎖の対応するＣＤＲ由来の１つ以上の重鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。別のさらにより好ましい実施形態では、タンパク質は、ＤＸ−２７１２、Ｍ０００８−Ｈ０９、Ｍ０１３１−Ａ０６またはＭ０１２１−Ｅ０７の軽鎖の対応するＣＤＲ由来の１つ以上の軽鎖ＣＤＲを有するヒト抗体である。
【０４８５】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０４８６】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０４８７】
１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」は、ヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ）、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス）、およびメガネザルを含む。
【０４８８】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０４８９】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質
任意のＭＭＰ−１４結合タンパク質が、本明細書で開示される炎症性障害を治療するための方法および組成物で使用され得る。
【０４９０】
ＭＭＰ−１４は、マトリクスメタロプロテイナーゼ−１４前駆体、ＭＭＰ１４と称される遺伝子によりコードされる。ＭＭＰ−１４に対する同義語は、マトリクスメタロプロテイナーゼ１４（膜挿入）、膜型１マトリクスメタロプロテイナーゼ、膜型マトリクスメタロプロテイナーゼ１、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−Ｘ１、ＭＴ１ＭＭＰ、ＭＴ１−ＭＭＰ、ＭＴＭＭＰ１、ＭＴ−ＭＭＰ１を含む。ＭＴ−ＭＭＰは、同様の構造を有し、シグナルペプチド、プロドメイン、触媒ドメイン、ヒンジ領域、およびヘモペキシンドメインを含む（Ｗａｎｇ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，  ２７９：５１１４８−５５）。スイスプロットエントリＰ５０２８１に従い、ＭＭＰ−１４前駆体のシグナル配列はアミノ酸残基１〜２０を含む。プロペプチドは残基２１〜１１１を含む。Ｃｙｓ９３は可能なシステインスイッチとして注釈が付けられる。残基１１２〜５８２は成熟活性タンパク質を構成する。触媒ドメインは残基１１２〜３１７を含む。ヘモペキシンドメインは残基３１８〜５２３を含む。膜貫通セグメントは残基５４２〜５６２を含む。
【０４９１】
ＭＭＰ−１４は、細胞から分離されることまたは細胞表面上で見られること、単一の膜貫通アミノ酸配列により繋ぎ止めることができる。例えば、Ｏｓｎｋｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４，  Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ，  ２００：２−１０）を参照されたい。
【０４９２】
ヒトＭＭＰ１４の例示的なアミノ酸配列を表４に示す。
【０４９３】
（表４）ヒトＭＭＰ１４のアミノ酸配列
2013533206.tif 000142
Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号 CAA88372.1)(ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０)
【０４９４】
マウスＭＭＰ１４の例示的なアミノ酸配列を表５に示す。
【０４９５】
（表５）マウスＭＭＰ１４のアミノ酸配列
2013533206.tif 000143
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号NP_032634.2(ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１)
【０４９６】
ＭＭＰ−１４タンパク質に対してＭＭＰ１４結合タンパク質が開発され得る、その例示的なＭＭＰ−１４タンパク質は、ヒトまたはマウスＭＭＰ−１４アミノ酸配列、これらの配列の１つと８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一な配列、またはそのフラグメント、例えばシグナル配列またはプロドメインを有さないフラグメントを含む。
【０４９７】
ＭＭＰ−１４（例えば、ヒトＭＭＰ−１４）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域、またはクニッツドメインを含むペプチド、ポリペプチドのいずれかであるタンパク質が、提供される。そのような結合タンパク質を発見し、選択し、改善するための方法が以下でさらに説明される。
【０４９８】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質は単離タンパク質であり得る（例えば、少なくとも７０、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％他のタンパク質を有さない）。
【０４９９】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質はさらに、ＭＭＰ−１４、例えばヒトおよび／またはマウスＭＭＰ−１４を阻害することができる。結合タンパク質は、ＭＭＰ−１４（例えば、ヒトＭＭＰ−１４）の触媒活性を阻害することができる。１つの実施形態では、タンパク質はヒトＭＭＰ−１４の触媒ドメインに結合し、例えばタンパク質はＭＭＰ−１４の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触する。いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＭＰ−１４の活性部位内の、または活性部位近くの残基に接触しないが、その代わりに、ＭＭＰ−１４上の他の場所で結合し、ＭＭＰ−１４内に立体変化を引き起こし、これがその活性に影響する（例えば、阻害する）。
【０５００】
ある実施形態では、ＭＭＰ−１４（例えば、ヒトＭＭＰ−１４）に結合し、少なくとも１つの免疫グロブリン可変領域を含むタンパク質が方法および組成物において使用される。例えば、ＭＭＰ−１４結合タンパク質は重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。多くの例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質が本明細書で記載される。
【０５０１】
タンパク質は、少なくとも１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０および１０１１Ｍ−１の結合親和性で、ＭＭＰ−１４に結合することができる。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０−３、５×１０−４ｓ−１、または１×１０−４ｓ−１より遅いＫｏｆｆでＭＭＰ−１４に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、１×１０２、１×１０３、または５×１０３Ｍ−１ｓ−１より速いＫｏｎでＭＭＰ−１４に結合する。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＭＭＰ−１４活性を、例えば、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９、および１０−１０Ｍより低いＫｉで阻害する。タンパク質は、例えば、１００ｎＭ、１０ｎＭまたは１ｎＭより低いＩＣ５０を有し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は約１．８ｎＭのＩＣ５０を有する。ＭＭＰ−１４に対するタンパク質の親和性は、１００ｎｍ未満、１０ｎＭ未満、または約３ｎＭ（例えば、３．１ｎＭ）、約５ｎＭ（例えば、５ｎＭ）、約６ｎｍ（例えば、５．９ｎＭ）、約７ｎＭ（例えば、７．１ｎＭ）、または約１０ｎＭ（例えば、９．６ｎＭ）のＫＤにより特徴づけることができる。
【０５０２】
いくつかの実施形態では、タンパク質は２００ｎＭ未満のＫＤを有する。
【０５０３】
いくつかの実施形態では、タンパク質は、少なくとも約１０分（例えば、１１分）、少なくとも約２０分（例えば、１８分）、少なくとも約２５分（例えば、２５分）、少なくとも約３５分（例えば、３３分）、または少なくとも約６０分（例えば、５７分）のｔ１／２を有する。
【０５０４】
ＭＭＰ−１４結合タンパク質はまた抗体であり得る。ＭＭＰ−１４結合抗体は、単一ポリペプチド内（例えば、ｓｃＦｖ）または異なるポリペプチド（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ）上に含まれるＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列を有し得る。
【０５０５】
例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質としては、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、およびＭ００４３−Ｇ０２からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、ならびにいくつかの実施形態ではＨＣおよび／またはＬＣ可変ドメインを有する抗体が、挙げられる。例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質としては、ＤＸ−２４００、ＤＸ−２４１０、Ｍ００３１−Ｃ０２、Ｍ００３１−Ｆ０１、Ｍ００３３−Ｈ０７、Ｍ００３７−Ｃ０９、Ｍ００３７−Ｄ０１、Ｍ００３８−Ｅ０６、Ｍ００３８−Ｆ０１、Ｍ００３８−Ｆ０８、Ｍ００３９−Ｈ０８、Ｍ００４０−Ａ０６、Ｍ００４０−Ａ１１、およびＭ００４３−Ｇ０２からなる抗体の群より選択される、重鎖（ＨＣ）および／または軽鎖（ＬＣ）、ならびにいくつかの実施形態では３つのＨＣおよび／または３つのＬＣ  ＣＤＲを有する抗体が、挙げられる。それらのさらなる記載およびそれらの発見および生成は、継続中の米国特許出願第１１／６４８，４２３号（米国特許第２００７−０２１７９９７号）および国際公開公報第２００７／０７９２１８号において提供される。
【０５０６】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質はＤＸ−２４００の１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＨＣ  ＣＤＲおよび／または１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＬＣ  ＣＤＲを含む。
【０５０７】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質はＤＸ−２４００のＨＣ可変領域および／またはＬＣ可変領域を含む。
【０５０８】
いくつかの実施形態では、ＤＸ−２４１０の１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＨＣ  ＣＤＲおよび／または１つ以上の（例えば、１、２または３つの）ＬＣ  ＣＤＲを含む。
【０５０９】
いくつかの実施形態では、ＭＭＰ−１４結合タンパク質はＤＸ−２４１０のＨＣ可変領域および／またはＬＣ可変領域を含む。
【０５１０】
１つの実施形態では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。別のものでは、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は異なるポリペプチド鎖の構成要素である。例えば、タンパク質はＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。タンパク質は可溶性Ｆａｂ（ｓＦａｂ）とすることができる。他の実行では、タンパク質は、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ミニボディ、ｓｃＦｖ：：Ｆｃ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ融合物、ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、Ｆａｂ：：ＨＳＡ：：Ｆａｂ融合物、または本明細書の結合タンパク質の１つの抗原結合部位を備える他の分子を含む。これらのＦａｂのＶＨおよびＶＬ領域は、ＩｇＧ、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ２’、ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ、ＰＥＧ化ｓｃＦｖ、ＰＥＧ化Ｆａｂ２、ＶＨ：：ＣＨ１：：ＨＳＡ＋ＬＣ、ＨＳＡ：：ＶＨ：：ＣＨ１＋ＬＣ、ＬＣ：：ＨＳＡ＋ＶＨ：：ＣＨ１、ＨＳＡ：：ＬＣ＋ＶＨ：：ＣＨ１、または他の適切な構築物として提供することができる。
【０５１１】
１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトまたはヒト化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上のヒト抗体フレームワーク領域、例えば、全てのヒトフレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、ヒトＦｃドメイン、またはヒトＦｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。
【０５１２】
１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類または霊長類化抗体であるか、またはヒトにおいて非免疫原性である。例えば、タンパク質は、１つ以上の霊長類抗体フレームワーク領域、例えば、全ての霊長類フレームワーク領域を含む。１つの実施形態では、タンパク質は、霊長類Ｆｃドメイン、または霊長類Ｆｃドメインと少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＦｃドメインを含む。「霊長類」は、ヒト（ホモ・サピエンス）、チンパンジー（パン・トログロダイテスおよびパン・パニスカス（ボノボ））、ゴリラ（ゴリラ・ゴリラ）、テナガザル、サル、キルネザル、アイアイ（ダウベントニア・マダガスカリエンシス）、およびメガネザルを含む。
【０５１３】
ある実施形態では、タンパク質はマウスまたはウサギ由来の配列を含まない（例えば、マウスまたはウサギ抗体ではない）。
【０５１４】
当該技術分野で知られている他のＭＭＰ−１４阻害剤としては、下記特許および特許出願：米国特許第６，１１４，１５９号、米国特許第６，３９９，３４８号、ＪＰ  ３８０２５６０およびＥＰ  ０７５０６７２（全てＭａｘ  Ｄｅｌｂｒｕｅｃｋ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅの名称で）、米国特許第６，１８４，０２２号、米国特許第６，８２５，０２４号、ＥＰ  ０６８５５５７、ＪＰ  ２６９４６０４（全てＤａｉｉｃｈｉ  Ｆｉｎｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓの名称で）、ならびに米国特許出願第１１／６４８，４２３号（米国特許第２００７−０２１７９９７号）および国際公開公報第２００７／０７９２１８号において開示されているものが挙げられるが、それらに限定されない。
【０５１５】
プロテアーゼ阻害剤結合タンパク質の発見および最適化
プロテアーゼ結合タンパク質は、当該技術分野で知られているリガンド発見の任意の方法により発見され得る。ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、ライブラリーをスクリーニングすることにより発見され得る。ある実施形態では、ライブラリーはディスプレイライブラリーである。ディスプレイライブラリーはエンティティの収集物であり、各エンティティはアクセス可能なポリペプチド構成要素およびポリペプチド構成要素をコードしまたは同定する回復可能な構成要素を含む。ポリペプチド構成要素は、異なるアミノ酸配列が表されるように変化される。ポリペプチド構成要素は、任意の長さ、例えば３つのアミノ酸〜３００を超えるアミノ酸とすることができる。ディスプレイライブラリーエンティティは、１を超えるポリペプチド構成要素、例えばｓＦａｂの２つのポリペプチド鎖を含むことができる。１つの例示的な実行では、ディスプレイライブラリーは、関心対象のプロテアーゼに結合するタンパク質を同定するために使用することができる。ある選択では、ライブラリーの各メンバーのポリペプチド構成要素は、関心対象のプロテアーゼ（例えばＭＭＰの触媒ドメインまたは他のフラグメント）でプロービングされ、ポリペプチド構成要素がプロテアーゼに結合する場合、ディスプレイライブラリーメンバーは、典型的には支持体上での保持により同定される。ある実施形態では、ディスプレイライブラリーは抗体を含む。他の実施形態では、ディスプレイライブラリーはクニッツドメインを含む。さらに別の実施形態では、ディスプレイライブラリーはペプチドを含む。
【０５１６】
標的に結合する候補ライブラリーメンバーを選択した後、各候補ライブラリーメンバーは、例えば、標的に対する、例えば、関心対象のプロテアーゼに対する、または他のタンパク質への、例えば別のメタロプロテイナーゼへの結合に対するその結合特性をさらに特徴づけるために、さらに分析することができる。各候補ライブラリーメンバーは、１つ以上の第２のスクリーニングアッセイ法に供することができる。アッセイ法は、結合特性、触媒特性、阻害特性、生理的特性（例えば、細胞毒性、腎クリアランス、免疫原性）、構造特性（例えば、安定性、高次構造、オリゴマー化状態）または別の機能特性に対するものとすることができる。同じアッセイ法を、様々な条件を用いて、繰り返して使用し、例えば、ｐＨ、イオンまたは温度感度を決定することができる。
【０５１７】
必要に応じて、アッセイ法は、ディスプレイライブラリーメンバーを直接、選択されたポリペプチドをコードする核酸から生成された組換えポリペプチド、または選択されたポリペプチドの配列に基づいて合成された合成ペプチドを使用することができる。選択されたＦａｂの場合、Ｆａｂを、評価することができるか、または無傷のＩｇＧタンパク質として修飾および生成することができる。結合特性に関する例示的なアッセイ法としてはＥＬＩＳＡ、ホモジナス結合アッセイ法、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）および細胞アッセイ法が挙げられ、これらの実施は当業者によく知られている。
【０５１８】
ディスプレイライブラリーの使用の他に、プロテアーゼ結合抗体を得るために他の方法を使用することができる。例えば、プロテアーゼまたはその一領域を非ヒト動物、例えば齧歯類において抗原として使用することができる。ヒト化抗体は、抗原結合に直接関与しないＦｖ可変領域の配列をヒトＦｖ可変領域由来の等価な配列と置き換えることにより生成させることができる。ヒト化抗体を生成させるための一般的な方法は、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，  Ｓ．  Ｌ．，  １９８５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７により、Ｏｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８６，  ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４により、およびＱｕｅｅｎら、米国特許第５，５８５，０８９号、米国特許第５，６９３，７６１号および米国特許第５，６９３，７６２号により提供される。それらの方法は、重または軽鎖の少なくとも１つ由来の免疫グロブリンＦｖ可変領域の全てまたは一部をコードする核酸配列を単離、操作および発現させることを含む。そのような核酸の多くの供給源が入手可能である。例えば、核酸は、上記のように、所定の標的に対する抗体を生成するハイブリドーマから得ることができる。ヒト化抗体、またはそのフラグメントをコードする組換えＤＮＡはその後、適切な発現ベクター中にクローニングすることができる。
【０５１９】
免疫グロブリンプロテアーゼ結合タンパク質（例えば、ＩｇＧまたはＦａｂ  ＭＭＰ結合タンパク質）は、免疫原性を減少させるように修飾され得る。治療法としての使用を対象とするプロテアーゼ結合タンパク質においては、免疫原性の減少が望ましく、というのも、対象が治療分子に対し免疫応答を発生する機会が減少するからである。プロテアーゼ結合タンパク質の免疫原性を減少させるために有用な技術は、潜在的ヒトＴ細胞エピトープの欠失／修飾およびＣＤＲの外側（例えば、フレームワークおよびＦｃ）の配列の「生殖系列化」を含む。
【０５２０】
プロテアーゼ結合抗体は、国際公開公報第９８／５２９７６号および国際公開公報第００／３４３１７号で開示されている方法によりヒトＴ細胞エピトープの特定の欠失または「脱免疫化」により修飾され得る。簡単に言うと、抗体の重および軽鎖可変領域が、ＭＨＣクラスＩＩに結合するペプチドに対し分析され、これらのペプチドは潜在的Ｔ細胞エピトープである（国際公開公報第９８／５２９７６号および国際公開公報第００／３４３１７ヒト号において規定される）。潜在的Ｔ細胞エピトープの検出のために、「ペプチドスレッディング（ｐｅｐｔｉｄｅ  ｔｈｒｅａｄｉｎｇ）」と呼ばれるコンピュータモデリングアプローチを適用することができ、さらに、ヒトＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドのデータベースが、国際公開公報第９８／５２９７６号および国際公開公報第００／３４３１７号で記載されているように、ＶＨおよびＶＬ配列に存在するモチーフのために検索される。これらのモチーフは、１８の主ＭＨＣクラスＩＩ  ＤＲアロタイプのいずれかに結合し、したがって、潜在的Ｔ細胞エピトープを構築する。検出される潜在的Ｔ−細胞エピトープは、可変領域内の少数のアミノ酸残基を置換することにより、好ましくは単一アミノ酸置換により排除することができる。潜在的保存的置換がなされる限り、しばしばであるが排他的ではなく、ヒト生殖系列抗体配列中のこの位置の共通のアミノ酸が使用され得る。ヒト生殖系列配列は、Ｉ．Ａ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７７６−７９８；  Ｃｏｏｋ，  Ｇ．  Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｔｏｄａｙ  Ｖｏｌ．  １６  （５）：  ２３７−２４２；  Ｃｈｏｔｈｉａ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏ．  ２２７：７９９−８１７において開示されている。Ｖ  ＢＡＳＥディレクトリは、ヒト免疫グロブリン可変領域配列の包括的なディレクトリを提供する（Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ａ．ら、ＭＲＣ  Ｃｅｎｔｒｅ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，  ＵＫにより蓄積）。脱免疫化変化が同定された後、ＶＨおよびＶＬをコードする核酸は、変異誘発または他の合成方法（新規合成、カセット置き換えなど）により構築することができる。変異誘発された可変配列は、ヒト定常領域に、例えば、ヒトＩｇＧ１またはκ定常領域に、任意で融合される。
【０５２１】
いくつかの場合では、潜在的Ｔ細胞エピトープは、抗体機能にとって重要であることが知られているまたは予測される残基を含む。例えば、潜在的Ｔ細胞エピトープは通常、ＣＤＲに向いて偏っている。さらに、潜在的Ｔ細胞エピトープは、抗体構造および結合にとって重要なフレームワーク残基内に存在し得る。これらの潜在的エピトープを排除するための変化は、いくつかの場合において、例えば、変化を有するおよび有しない鎖を製造し試験することにより、より多くの精査を必要とする。可能であれば、ＣＤＲに重複する潜在的Ｔ細胞エピトープは、ＣＤＲの外側での置換により排除された。いくつかの場合では、ＣＤＲ内の変更は任意にすぎず、そのため、この置換を有するおよび有さない変種は試験されるべきである。他の場合では、潜在的Ｔ細胞エピトープを除去するのに必要とされる置換は、抗体結合にとって重要であり得るフレームワーク内の残基位置にある。これらの場合では、この置換を有するおよび有さない変種は試験されるべきである。このように、いくつかの場合では、いくつかの変種脱免疫化重および軽鎖可変領域が設計され、様々な重／軽鎖の組み合わせが、最適脱免疫化抗体を同定するために試験された。最終的な脱免疫化抗体の選択は、その後に、脱免疫化の程度、すなわち可変領域内に残っている潜在的Ｔ細胞エピトープの数と共に、異なる変種の結合親和性を考慮することにより実施することができる。脱免疫化を使用して、任意の抗体、例えば、非ヒト配列を含む抗体、例えば、合成抗体、マウス抗体、他の非ヒトモノクローナル抗体、またはディスプレイライブラリーから単離された抗体を修飾することができる。
【０５２２】
プロテアーゼ結合抗体は、結合特性が実質的に保持される限り、フレームワーク領域内の１つ以上の非生殖系列アミノ酸を、抗体の対応する生殖系列アミノ酸に復帰させることにより、「生殖系列化」される。同様の方法はまた、定常領域において、例えば、定常免疫グロブリンドメインにおいて使用することができる。
【０５２３】
プロテアーゼ、例えばＭＭＰに結合する抗体、例えば、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／２、ＭＭＰ−１２またはＭＭＰ−１４などに結合する上記抗体は、抗体の可変領域を、１つ以上の生殖系列配列により類似させるために修飾され得る。例えば、抗体は、参照生殖系列配列とより類似させるために、１つ、２つ、３つまたはそれ以上のアミノ酸置換を、例えばフレームワーク、ＣＤＲ、または定常領域中に含むことができる。１つの例示的な生殖系列化方法は、単離された抗体の配列に類似する（例えば、特にデータベースにおいて最も類似する）１つ以上の生殖系列配列を同定することを含む。変異（アミノ酸レベル）がその後、単離された抗体において、増加的に、あるいは他の変異と組み合わせて実施される。例えば、いくつかのまたはすべての可能な生殖細胞変異をコードする配列を含む核酸ライブラリーが作成される。変異抗体はその後、評価されて、例えば、単離された抗体に対し１つ以上の追加の生殖系列残基を有しかつ依然として有用である（例えば、機能活性を有する）抗体が、同定される。１つの実施形態では、多くの生殖系列残基が単離された抗体に可能な限り導入される。
【０５２４】
１つの実施形態では、変異誘発を使用して、１つ以上の生殖系列残基がフレームワークおよび／または定常領域に挿入される。例えば、生殖系列フレームワークおよび／または定常領域残基は、修飾される非可変領域に類似する（例えば、最も類似する）生殖系列配列に由来することができる。変異誘発後、抗体の活性（例えば、結合または他の機能活性）を評価して、１つまたは複数の生殖系列残基が許容されるか（すなわち、活性を抑止しない）を決定することができる。同様の変異誘発をフレームワーク領域で実施することができる。
【０５２５】
生殖系列配列の選択は異なる様式で実施することができる。例えば、生殖系列配列は、選択性または類似性に対して予め決定された基準、例えば、少なくとも一定％の同一性、例えば少なくとも７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または９９．５％の同一性を満たした場合に選択することができる。選択は、少なくとも２、３、５、または１０の生殖系列配列を使用して実施することができる。ＣＤＲ１およびＣＤＲ２の場合、類似生殖配列の同定は、１つのそのような配列を選択することを含むことができる。ＣＤＲ３の場合、類似生殖配列の同定は、１つのそのような配列を選択することを含むことができるが、アミノ末端部分およびカルボキシ末端部分に別々に寄与する２つの生殖系列配列を使用することを含み得る。他の実行では、１つまたは２つを超える生殖系列配列が、例えば、コンセンサス配列を形成するために、使用される。
【０５２６】
１つの実施形態では、特定の参照可変ドメイン配列、例えば、本明細書で記載される配列に関して、関連可変ドメイン配列は、参照ＣＤＲ配列における残基と同一でない、少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５または１００％のＣＤＲアミノ酸位置を、ヒト生殖系列配列における対応する位置の残基と同一な残基（すなわち、ヒト生殖系列核酸によりコードされるアミノ酸配列）を有する。
【０５２７】
１つの実施形態では、特定の参照可変ドメイン配列、例えば、本明細書で記載される配列に関して、関連可変ドメイン配列は、ヒト生殖系列配列、例えば参照可変ドメイン配列に関連する生殖系列配列由来のＦＲ配列と同一のＦＲ領域の少なくとも３０、５０、６０、７０、８０、９０または１００％を有する。
【０５２８】
したがって、関心対象のある一定の抗体と同様の活性を有するが、１つ以上の生殖系列配列に、特に１つ以上のヒト生殖系列配列により類似する抗体を単離することは可能である。例えば、抗体は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、フレームワーク領域）において生殖系列配列と少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または９９．５％同一とすることができる。さらに、抗体は、ＣＤＲ領域中に少なくとも１、２、３、４、または５つの生殖系列残基を含むことができ、生殖系列残基は、修飾される可変領域と類似する（例えば、最も類似する）生殖系列配列に由来する。主な関心対象の生殖系列配列はヒト生殖系列配列である。抗体の活性（例えば、ＫＡにより測定される結合活性）は、元の抗体の１００、１０、５、２、０．５、０．１、および０．００１倍以内とすることができる。
【０５２９】
ヒト免疫グロブリン遺伝子の生殖系列配列は、決定されており、多くの供給源、例えば、国際ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓインフォメーションシステム（登録商標）（ＩＭＧＴ）から入手可能であり、ワールドワイドウェブを介してｉｍｇｔ．ｃｉｎｅｓ．ｆｒおよびＶ  ＢＡＳＥディレクトリで入手可能である（Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ａ．らにより蓄積、ＭＲＣ  Ｃｅｎｔｒｅ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ、ワールドワイドウェブを介してｖｂａｓｅ．ｍｒｃ−ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋで入手可能である）。
【０５３０】
Ｖκに対する例示的な生殖系列参照配列としては、Ｏ１２／Ｏ２、Ｏ１８／Ｏ８、Ａ２０、Ａ３０、Ｌ１４、Ｌ１、Ｌ１５、Ｌ４／１８ａ、Ｌ５／Ｌ１９、Ｌ８、Ｌ２３、Ｌ９、Ｌ２４、Ｌ１１、Ｌ１２、Ｏ１１／Ｏ１、Ａ１７、Ａ１、Ａ１８、Ａ２、Ａ１９／Ａ３、Ａ２３、Ａ２７、Ａ１１、Ｌ２／Ｌ１６、Ｌ６、Ｌ２０、Ｌ２５、Ｂ３、Ｂ２、Ａ２６／Ａ１０、およびＡ１４が挙げられる。例えば、Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １４（１８）：４６２８−３を参照されたい。
【０５３１】
ＨＣ可変ドメインに対する生殖系列参照配列は、特定の基準構造、例えば、Ｈ１およびＨ２高頻度可変ループ内の１〜３つの構造を有する配列に基づかせることができる。免疫グロブリン可変ドメインの高頻度可変ループの基準構造は、Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７９９−８１７；  Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７７６−７９８）；およびＴｏｍｌｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １４（１８）：４６２８−３８に記載されているように、その配列から推測することができる。１〜３つの構造を有する例示的な配列としては、ＤＰ−１、ＤＰ−８、ＤＰ−１２、ＤＰ−２、ＤＰ−２５、ＤＰ−１５、ＤＰ−７、ＤＰ−４、ＤＰ−３１、ＤＰ−３２、ＤＰ−３３、ＤＰ−３５、ＤＰ−４０、７−２、ｈｖ３００５、ｈｖ３００５ｆ３、ＤＰ−４６、ＤＰ−４７、ＤＰ−５８、ＤＰ−４９、ＤＰ−５０、ＤＰ−５１、ＤＰ−５３、およびＤＰ−５４が挙げられる。
【０５３２】
１つの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、循環中での、例えば、血液、血清、リンパまたは他の組織中でのその安定化および／または保持を、例えば、少なくとも１．５、２、５、１０、または５０倍改善する部分と物理的に結合される。例えば、プロテアーゼ結合タンパク質は、ポリマー、例えば実質的に非抗原性ポリマー、例えばポリアルキレンオキシドまたはポリエチレンキシドと会合させることができる。好適なポリマーは実質的に重量が様々である。約２００〜約３５，０００（または約１，０００〜約１５，０００、および２，０００〜約１２，５００）の数平均分子量を有するポリマーを使用することができる。例えば、プロテアーゼ結合タンパク質は、水溶性ポリマー、例えは親水性ポリビニルポリマー、例えばポリビニルアルコールおよびポリビニルピロリドンにコンジュゲートさせることができる。そのようなポリマーの非制限的リストは、ポリアルキレンオキシドホモポリマー、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）またはポリプロピレングリコール、ポリオキシエチレンポリオール、そのコポリマーおよびそのブロックコポリマーを含むが、ただし、ブロックコポリマーの水溶性が維持されることを条件とする。
【０５３３】
プロテアーゼ結合タンパク質はまた、担体タンパク質、例えば血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミンと会合させることができる。例えば、翻訳融合を使用して担体タンパク質をプロテアーゼ結合タンパク質と会合させることができる。
【０５３４】
薬物コンジュゲート
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質は、薬物（例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭまたは他の免疫抑制薬）にコンジュゲートさせることができる。複合体は治療的または予防的に使用することができ、例えば、結合タンパク質は薬物を、例えば、インビボで、例えば疾患部位（例えば炎症部位）に標的化させることができ、例えば、よって、薬物は疾患部位に影響を与える。
【０５３５】
いくつかの実施形態では、結合タンパク質自体が治療的または予防的有効性を有する（例えば、タンパク質が、プロテアーゼ活性を調節（例えば、拮抗）すること、またはプロテアーゼを発現する細胞上で効果をもたらすことができる）。結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、結合タンパク質および薬物が両方とも、プロテアーゼ活性に対する効果（例えば、疾患部位（例えば望ましくない炎症部位）への、例えばインビボでの、例えば治療効果）に（例えば、相加的にまたは相乗的に）寄与するように使用することができる。薬物および／または結合タンパク質は、例えば、抗炎症、免疫抑制などとすることができる。例えば、標的細胞が癌細胞である場合、薬物および／または結合タンパク質は、組織が炎症する能力を阻むこと、または減少させることができる。
【０５３６】
治療される炎症性障害が関節リウマチである、ある実施形態では、本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲート中の結合タンパク質の他に「他のメンバー」として使用することができる薬物のクラスは下記の通りである。
【０５３７】
いくつかの実施形態では、薬物は免疫抑制薬、例えば、ガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、またはロイコトリエン受容体拮抗薬である。一般に、米国特許第２００７−０２９２４４１号、米国特許第２００７−０２９２４２２号、米国特許第２００７−０２６４２６６号、および米国特許第２００６−０２３３７９４号を参照されたい。また、いくつかの場合では、「免疫抑制薬」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有する場合、下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０５３８】
他の実施形態では、薬物は、ＤＭＡＲＤ、例えば、メトトレキサート、レフルノミド、スルファサラジン、金−−非経口（ミオクリシン）、金−−経口（オーラノフィン）、抗マライア薬、例えば、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルフェート、抗生物質、例えばミノサイクリン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、シクロスポリン、レフルノミド／アラバ、ＴＮＦ−α阻害剤／抗−ＴＮＦ剤、例えば、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、およびインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））である。いくつかの場合では、「ＤＭＡＲＤ」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有するかまたはＢＲＭである場合、上記または下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０５３９】
さらに他の実施形態では、薬物は、ＢＲＭ、例えば、ＴＮＦ−α阻害剤（エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）））または抗ＣＤ２０（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、任意のモノクローナル抗体、インターフェロン、インターロイキン−２、様々な型のコロニー刺激因子（ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ）、およびキネレット（アナキンラ、ＩＬ−１拮抗薬）である。
【０５４０】
他の実施形態では、薬物は、ＮＳＡＩＤ、例えばアスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、またはサルサルテである。
【０５４１】
他の実施形態では、薬物はコルチコステロイドである。
【０５４２】
ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、免疫抑制薬、ＤＭＡＲＤまたはＢＲＭに物理的に結合される。例えば、遺伝子融合により、クニッツドメイン阻害剤がＴＮＦ−受容体−Ｆｃ融合物（例えば、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））または抗ＴＮＦ  ＩｇＧ（例えば、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）またはＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））のＣ末端に付加され得る。抗ＴＮＦ  Ｆａｂは、第２のＦａｂプロテアーゼ阻害剤に、ヒト血清アルブミンの逆末端で遺伝子融合により、結合させることができる。クニッツドメインまたはＦａｂ阻害剤は、化学修飾によりＦａｂ−ＰＥＧ（例えば、ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））コンジュゲートに結合させることができる。
【０５４３】
薬物コンジュゲート中に組み入れられ得る、他の炎症性障害、例えばＣＯＰＤ、喘息、ＭＳ、全身性硬化症、炎症性腸疾患および乾癬のための治療は、以下でさらに記載される。
【０５４４】
リンカー
本明細書で記載される結合タンパク質は、薬物に直接結合させることにより、結合タンパク質−薬物コンジュゲートを形成させるために薬物と会合させることができる。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は薬物に直接コンジュゲートされる。また、本明細書で記載される結合タンパク質は、薬物と結合タンパク質との間でリンカー領域を使用することにより結合タンパク質−薬物コンジュゲートを形成するために、薬物と会合させることができる。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は薬物にリンカーを介してコンジュゲートされる。リンカーは細胞内条件下で切断可能であり、例えば、リンカーの切断により、細胞内環境において結合タンパク質から薬物が放出される。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーは細胞内プロテアーゼにより切断可能なペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーはジペプチドリンカーである。
【０５４５】
いくつかの実施形態では、ジペプチドリンカーはｖａｌ−ｃｉｔ（ｖｃ）リンカーまたはｐｈｅ−ｌｙｓ（ｆｋ）リンカーである。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーは５．５未満のｐＨで加水分解可能である。いくつかの実施形態では、加水分解可能なリンカーはヒドラゾンリンカーである。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーはジスルフィドリンカーである。
【０５４６】
例えば、いくつかの実施形態では、細胞内環境内（例えば、リソソームまたはエンドソームまたはカベオラ内）に存在する切断剤により切断可能である。リンカーは、例えば、細胞内ペプチダーゼまたはプロテアーゼ酵素、例えば、限定はされないがリソソームまたはエンドソームプロテアーゼにより切断されるペプチジルリンカーとすることができる。いくつかの実施形態では、ペプチジルリンカーは、少なくとも２つのアミノ酸の長さまたは少なくとも３つのアミノ酸の長さである。切断剤としては、カテプシンＢおよびＤならびにプラスミンが挙げられ、これらはジペプチド薬物誘導体を加水分解し、標的細胞内で活性薬物を放出させることが知られている（例えば、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ  Ｐｈａｒｍ．  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ８３：６７−１２３  （１９９９）を参照されたい）。いくつかの実施形態では、ペプチジルリンカーは、標的細胞（例えば、癌細胞）内に存在する酵素により切断可能である。例えば、癌組織において高度に発現される、チオール依存性プロテアーゼカテプシン−Ｂにより切断可能なペプチジルリンカーを使用することができる（例えば、Ｐｈｅ−ＬｅｕまたはＧｌｙ−Ｐｈｅ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙリンカー(ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５８)）。他のそのようなリンカーは、例えば、米国特許第６，２１４，３４５号において記載されている。いくつかの実施形態では、細胞内プロテアーゼにより切断可能なペプチジルリンカーはＶａｌ−Ｃｉｔ（ｖｃ）リンカーまたはＰｈｅ−Ｌｙｓリンカー（ｆｋ）である（例えば、米国特許第６，２１４，３４５号を参照されたい。これはｖａｌ−ｃｉｔリンカーを用いたドキソルビシンの合成を記載する）。薬物の細胞内タンパク質分解放出を用いる１つの利点は、薬物はコンジュゲートされると減弱させることができ、コンジュゲートの血清安定性は典型的に高いことである。
【０５４７】
いくつかの好ましい実施形態では、ｖｃリンカーが本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲートにおいて使用される。例えば、結合タンパク質−ｖｃＡＦＰまたは結合タンパク質−ｖｃＭＭＡＦコンジュゲート（例えば、ＭＭＰ結合タンパク質−ｖｃＡＦＰまたはＭＭＰ結合タンパク質−ｖｃＭＭＡＦコンジュゲート）が調製される。
【０５４８】
他の実施形態では、切断可能なリンカーはｐＨ−感受性であり、すなわち、あるｐＨ値での加水分解に感受性がある。例えば、ｐＨ−感受性リンカーはある条件下で加水分解可能である。例えば、リソソーム内で加水分解可能な酸に不安定なリンカー（例えば、ヒドラゾン、セミカルバゾン、チオセミカルバゾン、ｃｉｓ−アコニットアミド、オルトエステル、アセタール、ケタールなど）を使用することができる。例えば、米国特許第５，１２２，３６８号、同第５，８２４，８０５号、同第５，６２２，９２９号；Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ  Ｐｈａｒｍ．  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ８３：６７−１２３  （１９９９）；  Ｎｅｖｉｌｌｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６４：１４６５３−１４６６１  （１９８９）を参照されたい。そのようなリンカーは、中性ｐＨ条件、例えば血液中での条件下で比較的安定であるが、ｐＨ５．５または５．０未満、リソソームの大体のｐＨでは不安定である。ある実施形態では、加水分解可能なリンカーはチオエーテルリンカーである（例えば、アシルヒドラゾン結合を介して治療薬に付着されたチオエーテル（例えば、米国特許第５，６２２，９２９号を参照されたい）など）。
【０５４９】
さらに他の実施形態では、リンカーは還元条件下で切断可能である（例えば、ジスルフィドリンカー）。様々なジスルフィドリンカーが当該技術分野で知られており、例えばＳＡＴＡ（Ｎ−スクシンイミジル−Ｓ−アセチルチオアセテート）、ＳＰＤＰ（Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート）、ＳＰＤＢ（Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）ブチレート）およびＳＭＰＴ（Ｎ−スクシンイミジル−オキシカルボニル−α−メチル−α−（２−ピリジル−ジチオ）トルエン）−、ＳＰＤＢおよびＳＭＰＴを使用して形成することができるものが挙げられる（例えば、Ｔｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ４７：５９２４−５９３１  （１９８７）；  Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ：  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ｉｎ  Ｒａｄｉｏｉｍａｇｅｒｙ  ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  （Ｃ．  Ｗ．  Ｖｏｇｅｌ  ｅｄ．，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕ．  Ｐｒｅｓｓ，  １９８７）を参照されたい。米国特許第４，８８０，９３５号も参照されたい。
【０５５０】
さらに他の実施形態では、リンカーは、マロネートリンカー（Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  １５：１３８７−９３  （１９９５））、マレイミドベンゾイルリンカー（Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏｏｒｇ−Ｍｅｄ−Ｃｈｅｍ．  ３（１０）：１２９９−１３０４  （１９９５）、または３’−Ｎ−アミド類似体（Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏｏｒｇ−Ｍｅｄ−Ｃｈｅｍ．  ３（１０）：１３０５−１２  （１９９５））である。
【０５５１】
いくつかの実施形態では、リンカーは実質的には細胞外環境感受性ではない。本明細書で使用される場合、リンカーの文脈では、「実質的には細胞外環境感受性ではない」は、結合タンパク質−薬物コンジュゲートの試料中の約２０％以下、典型的には約１５％以下、より典型的には約１０％以下、さらにより典型的には約５％以下、約３％以下、または約１％以下のリンカーが、結合タンパク質−薬物コンジュゲートが細胞外環境内（例えば、血漿内）に存在する場合、切断されることを意味する。リンカーが実質的に細胞外環境感受性であるかどうかは、例えば、血漿と共に、（ａ）結合タンパク質−薬物コンジュゲート（「コンジュゲート試料」）および（ｂ）等モル量のコンジュゲートされていない結合タンパク質または薬物（「対照試料」）の両方を、予め決められた期間（例えば、２、４、８、１６、または２４時間）、独立してインキュベートし、その後、例えば、高速液体クロマトグラフィーにより測定される、コンジュゲート試料中に存在するコンジュゲートされていない結合タンパク質または薬物の量を、対照試料中に存在するものと比較することにより決定することができる。
【０５５２】
他の相互排他的でない実施形態では、リンカーは細胞内部移行を促進する。ある実施形態では、リンカーは、薬物にコンジュゲートされた場合(すなわち、本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲートのリンカー−薬物部分の環境では)細胞内部移行を促進する。さらに他の実施形態では、リンカーは、薬物および結合タンパク質の両方にコンジュゲートされた場合細胞内部移行を促進する。
【０５５３】
本発明の組成物および方法と共に使用することができる様々なリンカーが国際公開公報第２００４／０１０９５７号において記載されている。
【０５５４】
いくつかの実施形態では、本明細書で記載される結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、炎症性障害の治療において治療的に使用される。ある実施形態では、例えば、毒性を最小に抑えるために、結合タンパク質−薬物コンジュゲートを、プロテアーゼ結合タンパク質が結合する標的を発現する細胞のみに標的化させる（例えば、ＭＭＰ結合タンパク質が結合するＭＭＰ発現細胞のみに標的化させ、近くの「傍観」細胞に標的化させない）ことが望ましい。他の実施形態では、結合タンパク質−薬物コンジュゲートを、結合タンパク質が結合する標的を発現する細胞および傍観細胞に標的化させる(例えば、「傍観者効果」を導くため)ことが望ましい。
【０５５５】
治療薬をタンパク質（例えば、プロテアーゼ結合タンパク質、例えば、ＭＭＰ結合タンパク質）に共役させるための技術は知られている。例えば、Ａｒｎｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  “Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｏｆ  Ｄｒｕｇｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，”  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  （Ｒｅｉｓｆｅｌｄ  ｅｔ  ａｌ  ｅｄｓ．，  Ａｌａｎ  Ｒ．  Ｌｉｓｓ，  Ｉｎｃ．，  １９８５）；  Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，  “Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，”  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  （Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄｓ．，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｉｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  ２ｎｄ  ｅｄ．  １９８７）；  Ｔｈｏｒｐｅ，  “Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  Ｏｆ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ａｇｅｎｔｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ：  Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ，”  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ’８４：  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  （Ｐｉｎｃｈｅｒａ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄｓ．，  １９８５）；  “Ａｎａｌｙｓｉｓ，  Ｒｅｓｕｌｔｓ，  ａｎｄ  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，”  ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ  （Ｂａｌｄｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  ｅｄｓ．，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８５）；  ａｎｄ  Ｔｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｒｅｖ．  ６２：１１９−５８  （１９８２）を参照されたい。例えば、米国特許第２００６−０２３３７９４号および国際公開公報第８９／１２６２４号も参照されたい。
【０５５６】
１つの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質(例えば、ＭＭＰ結合タンパク質、抗体)を、リンカーを介して細胞毒性薬にコンジュゲートさせる。１つの実施形態では、リンカー は、細胞内環境下で切断可能であり、 例えば、切断可能なリンカーは細胞内プロテアーゼにより切断可能なペプチドリンカーである。１つの実施形態では、リンカーはペプチドリンカー、例えば、ジペプチドリンカー、例えば、ｖａｌ−ｃｉｔリンカーまたはｐｈｅ−ｌｙｓリンカーである。１つの実施形態では、切断可能なリンカーは５．５未満のｐＨで加水分解可能であり、 例えば、加水分解可能なリンカーはヒドラゾンリンカーである。別の実施形態では、切断可能なリンカーはジスルフィドリンカーである。
【０５５７】
ある実施形態では、所望のプロテアーゼ阻害剤、例えば、ＭＭＰ結合タンパク質はまた、物理的に免疫抑制薬、ＤＭＡＲＤまたはＢＲＭに結合され得る。例えば、遺伝子融合により、クニッツドメイン阻害剤を、ＴＮＦ−受容体−Ｆｃ融合物（例えば、Ｅｎｂｒｅｌ）または抗−ＴＮＦ  ＩｇＧ（例えば、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）またはＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））のＣ−末端に付加させることができる。抗−ＴＮＦ  Ｆａｂは、第２のＦａｂプロテアーゼ阻害剤にヒト血清アルブミンの逆末端で遺伝子融合により結合させることができる。クニッツドメインまたはＦａｂ阻害剤は、Ｆａｂ−ＰＥＧ（例えば、ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））複合体に化学修飾によりコンジュゲートさせることができる。
【０５５８】
薬学的組成物
別の態様では、本開示は、組成物、例えば薬学的に許容される組成物または薬学的組成物を提供し、それらはプロテアーゼ結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質、例えば抗体分子、本明細書で記載されるＭＭＰに結合すると同定された他のポリペプチドまたはペプチドを含む。プロテアーゼ結合タンパク質は、薬学的に許容される担体と共に製剤化させることができる。薬学的組成物としては、治療組成物および診断組成物、例えば、インビボ画像診断のための標識されたプロテアーゼ結合タンパク質を含む組成物が挙げられる。
【０５５９】
薬学的に許容される担体としては、生理的に適合性である、任意のおよび全ての溶媒、分散媒質、コーティング、抗菌および抗真菌剤、等張および吸収遅延剤、などが挙げられる。好ましくは、担体は静脈内、筋内、皮下、非経口、脊髄、または上皮投与（例えば、注射または注入による）に好適であるが、吸入および鼻内投与に好適な担体も企図される。投与経路によって、プロテアーゼ結合タンパク質は、化合物を不活性化し得る酸および他の天然の条件の作用から化合物を保護する材料でコートされ得る。
【０５６０】
薬学的に許容される塩は、親化合物の所望の生物活性を保持し、いずれの望ましくない毒性効果を付与しない塩である（例えば、Ｂｅｒｇｅ，  Ｓ．Ｍ．，  ｅｔ  ａｌ．，  １９７７，  Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ．  ６６：１−１９を参照されたい）。そのような塩の例としては、酸付加塩および塩基付加塩が挙げられる。酸付加塩としては、非毒性無機酸、例えば、塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、亜リン酸など、ならびに非毒性有機酸、例えば、脂肪族モノおよびジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香族酸、脂肪族および芳香族スルホン酸などから得られたものが挙げられる。塩基付加塩としては、アルカリ土類金属、例えば、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなど、ならびに非毒性有機アミン、例えば、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン、Ｎ−メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカイン、などから得られたものが挙げられる。
【０５６１】
組成物は様々な形態であり得る。これらとしては、例えば、液体、半固体および固体剤形、例えば液体溶液（例えば、注射および注入溶液）、分散物または懸濁液、錠剤、ピル、粉末、リポソームおよび坐剤が挙げられる。形態は、対象とする投与方法および治療用途に依存する。多くの組成物が、注射可能または注入可能な溶液、例えば、ヒトの抗体投与に使用されるものと同様の組成物の形態である。例示的な投与方法は、非経口（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋内)である。１つの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、静脈内注入または注射により投与される。別の好ましい実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は筋肉注射または皮下注射により投与される。
【０５６２】
組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、分散物、リポソーム、または高い薬物濃度に好適な他の規則構造として、製剤化することができる。滅菌注射溶液は、必要とされる量の結合タンパク質を、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせを有する適切な溶媒中に組み込み、必要に応じ、続いて、濾過滅菌することにより調製することができる。一般に、分散物は、活性化合物を、基本分散媒質および上記列挙されたものからの必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクル中に組み込むことにより調製される。滅菌注射溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は真空乾燥および凍結乾燥であり、前もって滅菌濾過したその溶液から活性成分に加えて任意の追加の所望の成分の粉末が得られる。溶液の適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングを使用することにより、分散物の場合に必要とされる粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤を使用することにより、維持できる。組成物中に、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸塩およびゼラチンを含ませることにより、注射可能な組成物の延長吸収をもたらすことができる。
【０５６３】
プロテアーゼ結合タンパク質は、様々な方法により投与することができるが、多くの用途では、好ましい投与経路／方法は静脈内注射または注入である。例えば、治療用途では、プロテアーゼ結合タンパク質は、静脈内注入により、３０、２０、１０、５、または１ｍｇ／分未満の速度で、約１〜１００ｍｇ／ｍ２または７〜２５ｍｇ／ｍ２の用量に到達するように投与させることができる。投与経路／方法は、所望の結果により異なる。ある実施形態では、活性化合物は化合物を即時放出に対し保護する担体を用いて、例えば制御放出製剤、例えばインプラント、およびマイクロカプセル化送達システムとして調製され得る。生分解性の生体適合性ポリマー、例えば、エチレンビニルセテート、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸を使用することができる。そのような製剤を調製するための多くの方法が使用できる。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｊ．Ｒ．  Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，  ｅｄ．，  １９７８，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照されたい。
【０５６４】
薬学的組成物は、医療装置を用いて投与することができる。例えば、１つの実施形態では、本明細書で開示される薬学的組成物は、装置、例えば、無針皮下注射装置、ポンプ、またはインプラントを用いて投与することができる。
【０５６５】
ある実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、確実にインビボで適切に分配されるように製剤化することができる。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は高親水性化合物を排除する。本明細書で開示される治療化合物が（所望であれば）ＢＢＢを確実に通過するために、それらを、例えばリポソーム中で製剤化することができる。リポソームを製造する方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号、同第５，３７４，５４８号および同５，３９９，３３１号を参照されたい。リポソームは、特定の細胞または臓器中に選択的に輸送され、よって、標的薬物送達を増強させる１つ以上の部分を含み得る。（例えば、Ｖ．Ｖ．  Ｒａｎａｄｅ，  １９８９，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２９：６８５を参照されたい）。
【０５６６】
投与レジメンは、最適な所望の応答（例えば、治療応答）が提供されるように調節される。例えば、単一ボーラスが投与され得るか、数回に分割された用量が徐々に投与され得るか、または用量が治療状況の危急により示されるように比例的に減少もしくは増加され得る。投与の簡便性および用量の均一性のために、単位剤形で非経口組成物を製剤化することがとりわけ好都合である。本明細書で使用される単位剤形は、治療を受ける対象に対する単一用量として適合させた物理的に別個の単位を示し、各単位は、所望の治療効果を生成させるように計算された予め決められた量の活性化合物を、必要とされる薬学的担体と共に含む。単位剤形のための仕様は、（ａ）活性化合物の特有の特性および達成される特定の治療効果により、および（ｂ）個体における治療感受性のための、そのような活性化合物を配合する技術分野における固有の制限により指示することができ、かつそれらに直接依存する。
【０５６７】
治療的または予防的有効量の、本明細書で開示されるプロテアーゼ結合タンパク質の例示的な非制限的範囲は０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、より好ましくは１〜１０ｍｇ／ｋｇである。プロテアーゼ結合タンパク質は、例えば、静脈内注入により、例えば、３０、２０、１０、５、または１ｍｇ／分未満の速度で、約１〜１００ｍｇ／ｍ２または約５〜３０ｍｇ／ｍ２の用量が達成されるように投与することができる。分子量が抗体よりも小さいプロテアーゼ結合タンパク質では、適切な量は比例的に少なくすることができる。用量値は緩和される病状の型および重篤度により変化し得る。特定の対象では、特定の投与レジメンは、個体の要求、および組成物を投与するまたは組成物の投与を監督する専門家の判定に従って、徐々に調節することができる。
【０５６８】
本明細書で開示される薬学的組成物は、「治療的有効量」または「予防的有効量」のプロテアーゼ阻害剤、例えば、本明細書で開示されるＭＭＰ結合タンパク質を含み得る。
【０５６９】
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質は、例えば、薬学的に許容される担体を含む薬学的組成物として提供することができる。組成物は、少なくとも１０、２０、３０、５０、７５、８５、９０、９５、９８、９９、または９９．９％他のタンパク種を含まないことが可能である。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は、ＧＭＰ（適正製造基準）下で生成させることができる。いくつかの実施形態では、プロテアーゼ結合タンパク質は、薬学的に許容される担体、例えば、好適な緩衝剤または賦形剤中で提供される。
【０５７０】
プロテアーゼ結合タンパク質（本明細書で記載される結合タンパク質を含む薬学的組成物）の用量は、患者において、例えば疾患部位で、ＭＭＰの活性の約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％、または約１００％を遮断するのに十分である。疾患によって、これは、例えば、約０．０１ｍｇ／Ｋｇ〜約１００ｍｇ／Ｋｇ、例えば、約０．１〜約１０ｍｇ／Ｋｇの用量を必要とすることがある。例えば、用量は、約０．１、約１、約３、約６、または約１０ｍｇ／Ｋｇの用量とすることができる。例えば、１５０，０００ｇ／モル（２結合部位）の分子量を有するＩｇＧでは、これらの用量は、５Ｌの血液量に対し、それぞれ、約１８ｎＭ、１８０ｎＭ、５４０ｎＭ、１．０８μＭ、および１．８μＭの結合部位に対応する。医薬が部分的に当該技術である場合、最適用量は、臨床試験によって確立されるが、この範囲内にある可能性が最も高い。
【０５７１】
治療
記載され、本明細書で記載される方法により同定される、および／または本明細書で詳述されるプロテアーゼ結合タンパク質は、とりわけＭＭＰ結合タンパク質（またはそのタンパク質−薬物コンジュゲート）は、特にヒト対象において、治療的および予防的有用性を有する。これらのプロテアーゼ結合タンパク質は、炎症性障害を治療、予防および／または診断するために対象に投与される。治療は、障害、障害の症状、または障害素因を緩和するか、軽減するか、改変するか、修復するか、寛解するか、改善するのに、または障害、障害の症状、または障害素因に影響を及ぼすのに有効な量を投与することを含む。治療はまた、疾患または病状の発症を遅延させ得る、例えば発症を予防し得るか、またはその悪化を予防し得る。
【０５７２】
例示的な炎症性障害としては、喘息、円形脱毛症、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、反応性関節炎、脊椎関節炎、全身性血管炎、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症、実験的アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、移植片対宿主病、炎症性腸疾患、例えばクローン病、潰瘍性大腸炎、虚血再灌流障害、心筋梗塞、アルツハイマー病、移植片拒絶(同種および異種)、熱傷、任意の免疫複合体誘発炎症、糸球体腎炎、重症筋無力症、ループス脳症、ギラン・バレー症候群、血管炎、全身性硬化症、アナフィラキシー、カテーテル反応、アテローム、不妊症、甲状腺炎、ＡＲＤＳ、バイパス術後症候群、血液透析、若年性関節リウマチ、ベーチェット症候群、溶血性貧血、天疱瘡、水疱性類天疱瘡、脳卒中、アテローム性動脈硬化、強皮症、乾癬、サイコイドーシス、横断性脊髄炎、急性散在性脳脊髄炎、麻疹後脳脊髄炎、亜急性硬化性全脳炎、多発性筋炎、皮膚筋炎、封入体筋炎、および慢性炎症性脱髄性多発神経根症が挙げられるが、それらに限定されない。
【０５７３】
特に関心対象となるある炎症性障害は、下記でより詳細に記載される。
【０５７４】
本明細書で使用される場合、炎症性障害を予防するのに有効なプロテアーゼ結合タンパク質の量、または結合剤の予防的有効量は、対象に単回または複数回投与されると、障害、例えば、本明細書で記載される障害の発症または再発を予防または遅延させるのに有効な、本明細書で記載される、標的結合剤、例えば、カリクレイン阻害剤、プラスミン阻害剤、カテプシンＢ阻害剤、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質(またはＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲート)、例えば、抗−ＭＴ−ＭＭＰ（例えば、抗−ＭＭＰ−１４）抗体(または抗−ＭＴ−ＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲート)の量を示す。
【０５７５】
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質は、対象において炎症性障害を減少させる、例えば、関節リウマチを治療するために使用することができる。方法は、結合剤を対象に、例えば、炎症、障害の症状、または障害の進行を調節するのに有効な量で投与することを含む。プロテアーゼ結合タンパク質（例えば、カリクレイン阻害剤、プラスミン阻害剤、カテプシンＢ阻害剤、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質(またはＭＭＰ結合タンパク質−薬物複合体)、例えば、抗−ＭＭＰ（例えば、抗−ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）抗体(または抗−ＭＭＰ抗体−薬物複合体)）は、治療的有効量が達成されるまでに、複数回（例えば、少なくとも２、３、５、または１０回）投与され得る。
【０５７６】
プロテアーゼ結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート、および他の薬剤を投与する方法はまた、「薬学的組成物」において記載される。使用される分子の好適な用量は、対象の年齢および体重ならびに使用される特定の薬物に依存させることができる。プロテアーゼ結合タンパク質（またはそのタンパク質−薬物コンジュゲート）は、例えば、天然作用物質または病理学的薬剤とプロテアーゼ（例えば、ＭＭＰ−１４）との間の望ましくない相互作用を阻害し、減少させるための競合薬として、使用することができる。プロテアーゼ（例えば、ＭＭＰ−１４）結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲートの用量は、患者において、とりわけ疾患部位で、プロテアーゼ（例えば、ＭＭＰ−１４）の活性の９０％、９５％、９９％、または９９．９％を遮断するのに十分な量とすることができる。疾患によって、これは、０．１、１．０、３．０、６．０、または１０．０ｍｇ／Ｋｇを必要とすることがある。１５０，０００ｇ／モル（２結合部位）の分子量を有するＩｇＧでは、これらの用量は、５Ｌの血液容積に対し、約１８ｎＭ、１８０ｎＭ、５４０ｎＭ、１．０８μＭ、および１．８μＭの結合部位に対応する。
【０５７７】
１つの実施形態では、プロテアーゼ（例えば、プラスミン、カリクレイン、カテプシンＢ、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、細胞、例えば癌細胞の活性をインビボで阻害する（例えば、細胞の少なくとも１つの活性を阻害し、細胞の増殖、移動、成長または生存率を減少させる）ために使用される。プロテアーゼ結合タンパク質は、単独で、または薬剤、例えば、細胞毒性薬、細胞毒酵素、または放射性同位体にコンジュゲートさせて、使用することができる。この方法は、プロテアーゼ結合タンパク質を単独で、または薬剤（例えば、細胞毒性薬）に結合させて、そのような治療を必要する対象に投与することを含む。例えば、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）を実質的に阻害しないＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質は、薬剤を含むナノ粒子を、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）関連細胞または組織に、例えば関節組織に送達させるために使用され得る。そのようなＭＭＰ結合タンパク質は、薬物にコンジュゲートされ（ＭＭＰ結合タンパク質−薬物複合体を形成し）、薬物をＭＭＰ関連細胞または組織に送達することができる。
【０５７８】
または、プロテアーゼ結合タンパク質、またはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲートは、炎症組織付近の細胞に結合するが、その組織に十分近接し、直接または間接的に炎症を阻害する（例えば、少なくとも１つの活性を阻害し、成長および増殖を減少させ、または死滅させる）。
【０５７９】
プロテアーゼ結合タンパク質は、薬剤（例えば、様々な治療薬のいずれか）を、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）が存在する細胞および組織に送達するために使用され得る。例示的な薬剤としては、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、免疫抑制薬などが挙げられる。
【０５８０】
プロテアーゼ（例えば、カリクレイン、プラスミン、カテプシンＢ、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質、またはＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲートを投与する方法は、「薬学的組成物」において記載される。使用される分子の好適な用量は、対象の年齢および体重ならびに使用される特定の薬物に依存する。結合タンパク質は、例えば、天然作用物質または病理学的薬剤とプロテアーゼとの間の望ましくない相互作用を阻害するかまたは減少させるための競合薬として、使用することができる。
【０５８１】
例示的な疾患および病状
治療される疾患としては、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性硬化症、喘息、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸疾患(例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎)が挙げられる。
【０５８２】
関節リウマチおよび関連する病状
関節リウマチ（ＲＡ）は、関節腫脹および関節痛を引き起こし、通常関節破壊に至る自己免疫性の慢性炎症性疾患である。ＲＡは一般に、再発／緩解過程に従い、疾患活性の「再燃」は疾患症状の緩解で分散される。ＲＡは、多くのさらなる炎症性障害と関連し、シェーグレン症候群（涙腺および唾液腺の炎症により引き起こされるドライアイおよびマウス）、胸膜炎(深呼吸および咳で疼痛を引き起こす胸膜の炎症)、リウマトイド結節（肺内で発症する炎症の結節部位）、心膜炎(横になるとまたは前かがみになると疼痛を引き起こす、心膜の炎症)、フェルティ症候群(対象を感染しやすくさせる、ＲＡと共に観察される脾腫および白血球減少症 )、および血管炎(血流を遮断する可能性のある血管の炎症)が挙げられる。ＭＭＰ−１４およびＭＭＰ−１６は関節リウマチに関係する。
【０５８３】
活動性ＲＡの症状としては、疲労、食欲不振、微熱、筋肉および関節痛、およびこわばりが挙げられる。筋肉および関節のこわばりは通常、朝および非活動期間後に最も顕著である。再燃中、一般に滑膜炎の結果として、関節はしばしば赤くなり、腫れ、痛みがあり、触ると痛い。
【０５８４】
関節リウマチに対する治療は、薬物療法、休息、関節強化運動、および関節保護の併用を含む。２つのクラスの医薬：抗炎症「第一選択薬」および「疾患修飾性抗リウマチ薬」（ＤＭＡＲＤ）が、関節リウマチの治療において使用される。第一選択薬としては、ＮＳＡＩＤＳ（例えば、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、およびエトドラク）およびコルチゾン（コルチコステロイド）が挙げられる。ＤＭＡＲＤＳ、例えば金(例えば、金塩、金チオグルコース、金チオマレート、経口金)、メトトレキサート、スルファサラジン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、クロラムブシル、およびシクロスポリン、レフルノミド、エタネルセプト、インフリキシマブ、アナキンラ、およびアダリムマブ、およびヒドロキシクロロキンは疾患緩解を促進し、進行性関節破壊を予防するが、抗炎症薬でない。
【０５８５】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン−、プラスミン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記治療薬の１つと共に）を、ＲＡを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、関節リウマチを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＲＡスケールに関する対象のスコアを寛解するまたは安定化する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン−、プラスミン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記治療薬の１つと共に）を、ＲＡを有する危険のある対象に投与することにより、関節リウマチを予防する方法を提供する。
【０５８６】
治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えばＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはＭＭＰ結合タンパク質−薬物複合体（例えば、上記治療薬の１つと共に）を投与することにより、関節リウマチ関連障害(例えば、シェーグレン症候群、胸膜炎、肺性リウマトイド結節、心膜炎、フェルティ症候群、または血管炎)を治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する）方法がさらに提供される。治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えばＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質を別の治療薬、例えば、ＤＭＡＲＤ、ＢＲＭ、コルチコステロイドまたはＮＳＡＩＤと併用して、あるいはＭＭＰ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記治療薬の１つと共に）を投与することにより、関節リウマチ関連障害(例えば、シェーグレン症候群、胸膜炎、肺性リウマトイド結節、心膜炎、フェルティ症候群、または血管炎）を予防する方法がさらに提供される。
【０５８７】
ＲＡおよびＲＡの症状を評価するのに有用なスケールとしては、関節リウマチ重篤度スケール（ＲＡＳＳ；  Ｂａｒｄｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  （２００２）  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ４１（１）：３８−４５）、ＳＦ−３６関節炎特異的健康インデックス（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｉｎｄｅｘ）（ＡＳＨＩ；  Ｗａｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９９）  Ｍｅｄ．  Ｃａｒｅ．  ３７（５  Ｓｕｐｐｌ）：ＭＳ４０−５０）、関節炎影響測定スケール（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｉｍｐａｃｔ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  Ｓｃａｌｅｓ）または関節炎影響測定スケール２（ＡＩＭＳ  ｏｒ  ＡＩＭＳ２；  Ｍｅｅｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ３５（１）：１−１０）、スタンフォード健康度評価質問票（Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ）（ＨＡＱ）、ＨＡＱＩＩ、または修正ＨＡＱ（例えば、Ｐｉｎｃｕｓ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８３）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２６（１１）：１３４６−５３を参照されたい）が挙げられる。
【０５８８】
治療的有効量の薬剤または薬剤の組み合わせを送達する用量の決定に対するガイダンスは、関節リウマチの動物モデル、例えば、典型的には齧歯類においてアジュバント中の自己または異種ＩＩ型コラーゲンで免疫化することにより誘発されたコラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）から得ることができる（Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｍｅｄ．  ９８：２０７−１６  （２００４））。
【０５８９】
ＣＯＰＤ
慢性閉塞性気道疾患（ＣＯＡＤ）としても知られている慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）は、完全に可逆でない気道における気流の病理学的制限により特徴づけられる疾患群である。ＣＯＰＤは慢性気管支炎、肺気腫、および広範な他の肺障害に対する包括的用語である。これはしばしば、喫煙によることが多いが、他の風媒性刺激物質、例えば、炭塵、アスベストまたは溶媒、ならびに先天的病状、例えばα−１−アンチトリプシン欠損症による可能性がある。
【０５９０】
ＣＯＰＤの主症状としては、何ヶ月、あるいは何年も続く呼吸困難（息切れ）が挙げられ、おそらく、喘鳴および痰が生成する持続性の咳を伴う。痰は、通常気道の血管の損傷によって、血液を含み(喀血)、粘度が高くなる可能性がある。重篤なＣＯＰＤは血液中の酸素不足により引き起こされるチアノーゼに至る可能性がある。極端な場合には、肺を通して血液を流すのための心臓に必要とされる余分な仕事により肺性心に至る可能性がある。
【０５９１】
ＣＯＰＤは、１秒にわたる強制呼気量（ＦＥＶ１）の努力肺活量（ＦＶＣ）に対する比のスパイロメトリー測定値が０．７未満であり、ＦＥＶ１がプレチスモグラフにより測定される予測値の８０％未満であることにより、特に特徴づけられる。他の徴候としては、速い呼吸数(頻呼吸)および聴診器により聞かれる喘鳴音が挙げられる。肺気腫は皮下気腫と同じでなく、皮下気腫は触診で発生する捻髪音により検出され得る皮膚下の空気の集まりである。
【０５９２】
ＣＯＰＤのための治療としては、気道を拡張する吸入薬（気管支拡張薬）および時としてテオフィリンが挙げられる。ＣＯＰＤ患者は、喫煙をやめなければならない。場合によっては、吸入されたステロイドが肺の炎症を抑制するために使用され、重篤な場合または再燃時には、静脈内または経口ステロイドが投与される。感染がＣＯＰＤを悪化させる可能性があるので症状の再燃時には抗生物質が使用される。場合によっては、慢性の低流量酸素、非侵襲的換気または挿管が必要とされ得る。ＣＯＰＤ患者によっては、疾患肺の部分を除去する外科的処置が役立つことが示されている。肺リハビリテーションプログラムが患者によっては役立つ可能性がある。重篤な場合では、肺移植が時として実施される。様々な有効性を有する、臨床的に使用されるいくつかの型の気管支拡張剤、例えば、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、およびキサンチンが存在する。これらの薬物は気道の平滑筋を弛緩させ、気流を改善する。β２作用薬としては、サルブタモール（ベントリン）、バンブテロール、クレンブテロール、フェノテロール、およびホルモテロール、ならびに長時間作用性β２作用薬（ＬＡＢＡ）例えばサルメテロールが挙げられる。Ｍ３ムスカリン拮抗薬（抗コリン薬)としては、４級Ｍ３ムスカリン拮抗薬イプラトロピウム（β２作用薬サルブタモールと共に広く処方される）、イプラトロピウム、およびチオトロピウム（ＬＡＢＡおよび吸入ステロイドと併用することができる）が挙げられる。クロモンとしては、クロモグリカートおよびネドクロミルが挙げられる。ロイコトリエン拮抗薬を使用することができ、モンテルカスト、プランルカスト、およびザフィルルカストが挙げられる。キサンチンとしては、テオフィリン、メチルキサンチンおよびテオブロミンが挙げられる。より攻撃的なＥＭＲインターベンションは、ＩＶ  Ｈ１抗ヒスタミン薬およびＩＶデキサメタゾンを含む。ホスホジエステラーゼ−４拮抗薬としては、ロフルミラストおよびシロミラストが挙げられる。コルチコステロイドを使用することができ、グルココルチコイド、ベクロメタゾン、モメタゾン、およびフルチカゾンが挙げられる。コルチコステロイドはしばしば単一吸入薬中で気管支拡張剤と併用される。サルメテロールおよびフルチカゾンは併用することができる（アドベア）。ＴＮＦ拮抗薬としては、カヘキシン、カヘクチン、インフリキシマブ、アダリムマブおよびエタネルセプトが挙げられる。
【０５９３】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン、プラスミン、カテプシンＢ、またはＭＭＰ結合タンパク質、特にＭＭＰ結合タンパク質をＣＯＰＤ治療（例えば、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、およびキサンチン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＣＯＰＤ治療の１つと共に）を、ＣＯＰＤを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＣＯＰＤを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＣＯＰＤを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質、例えば、カリクレイン−、プラスミン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、特にＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−１４、−１２、−９、−９／２）結合タンパク質をＣＯＰＤ治療（例えば、β２作用薬、Ｍ３抗ムスカリン薬、ロイコトリエン拮抗薬、クロモン、コルチコステロイド、およびキサンチン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＣＯＰＤ治療の１つと共に）を、ＣＯＰＤを有する危険のある対象に投与することにより、ＣＯＰＤを予防する方法を提供する。
【０５９４】
治療的有効量のタンパク質を送達する治療薬の有効性および用量に関するガイダンスは、ＣＯＰＤの動物モデルから得ることができ、例えば、ＰＣＴ公報国際公開公報第２００７／０８４４８６号およびその中で引用されている参考文献を参照されたい。
【０５９５】
喘息
喘息は気道が、しばしば１つ以上の誘因に応答して、時折狭窄し、炎症し、過剰量の粘膜で覆われる呼吸器系に関連する慢性病状である。これらのエピソードは、環境刺激（例えばアレルゲン）、例えば冷気、暖気、湿性空気、運動もしくは労作、または精神的ストレスへの曝露のようなことにより引き起こされ得る。子供では、最も一般的な誘因はウイルス性疾患、例えば、感冒を引き起こすものである。この気道狭窄は、喘鳴、息切れ、胸部絞扼感および咳を引き起こす。気道狭窄は気管支拡張剤に応答する。
【０５９６】
個体によっては、喘息は慢性呼吸機能障害により特徴づけられる。他の個体では、多くの誘因事象、例えば、上気道感染症、ストレス、風媒性アレルゲン、大気汚染物質（例えば、煙または交通煙霧）、または運動から生じ得る突発性の症状により特徴付けられる間欠性疾患である。下記症状のいくつかまたは全てが、喘息患者において存在し得る：呼吸困難、喘鳴、狭窄音、咳、労作不能。重篤な息切れおよび肺の締め付けを有する喘息患者の中には、決して喘鳴せず、狭窄音を有しないものがあり、それらの症状はＣＯＰＤ−型疾患と混同され得る。
【０５９７】
喘息の急性憎悪は、普通喘息発作と呼ばれる。発作の臨床特徴は息切れ(呼吸困難)および喘鳴または狭窄音のいずれかである。
【０５９８】
喘息エピソード中、炎症気道は環境誘因、例えば煙、ホコリまたは花粉に反応する。気道は狭窄し、過剰の粘液を産生し、呼吸困難となる。本質的に、喘息は気管支気道における免疫応答の結果である。
【０５９９】
喘息患者の気道は、ある誘因／刺激に対して「高感受性」である。これらの誘因への曝露に応じて、気管支（太い気道）が収縮して攣縮となる（「喘息発作」）。炎症がすぐにこれに続き、さらなる気道の狭窄および過剰な粘液産生に至り、これにより咳および他の呼吸困難に至る。
【０６００】
喘息に対する最も効果的な治療は、誘因、例えばペットまたはアスピリンを同定し、それらへの曝露を制限または排除することである。脱感作が現在、疾患に対する知られている唯一の「治癒」である。
【０６０１】
喘鳴および息切れのエピソードの症状制御は、一般に、速効型気管支拡張薬を用いて達成される。
【０６０２】
軽減薬：短時間作用性の選択的β２−アドレナリン受容体作用薬、例えば、サルブタモール（アルブテロールＵＳＡＮ）、レバルブテロール、テルブタリンおよびビトルテロールが使用できる。より古い、選択性がより低いアドレナリン作用薬、例えば吸入エピネフリンおよびエフェドリン錠剤が使用できる。抗コリン薬、例えば臭化イプラトロピウムが使用され得る。
【０６０３】
予防薬：現在の治療プロトコルは、予防薬、例えば、吸入コルチコステロイドを推奨する。これは、軽減薬をしばしば（１週間に２回超）必要とするまたは重篤な症状を有する誰においても、炎症の抑制を助け、気道の内側の腫脹を減少させる。症状が持続する場合、喘息が制御されるまで、追加の予防薬が追加される。予防薬の適切な使用により、喘息患者は軽減薬の過剰使用による合併症を避けることができる。予防薬としては、吸入グルココルチコイド（例えば、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾンおよびトリアムシノロン）、ロイコトリエン修飾物質（例えば、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト、およびジロートン）、マスト細胞安定剤（例えば、クロモグリカート（クロモリン）およびネドクロミル）、抗ムスカリン薬／抗コリン薬（例えば、イプラトロピウム、オキシトロピウム、およびチオトロピウム）、メチルキサンチン（例えば、テオフィリンおよびアミノフィリン）、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、例えばオマリズマブおよびメトトレキサート）が挙げられる。
【０６０４】
長時間作用性β２−アドレナリン受容体作用薬を使用することができ、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール、ならびに持続放出経口アルブテロールが挙げられる。吸入ステロイドと長時間作用性気管支拡張薬との合剤はより普及しており、現在使用されている最も普通の合剤は、フルチカゾン／サルメテロール（米国ではアドベアおよび英国ではセレチド）である。別の合剤はブデソニド／ホルモテロールであり、シムビコートとして商業的に知られている。
【０６０５】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を喘息治療（例えば、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン薬／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、メトトレキサート）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記喘息治療の１つと共に）を、喘息を有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、喘息を治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいは喘息を寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を喘息治療（例えば、グルココルチコイド、ロイコトリエン修飾物質、マスト細胞安定剤、抗ムスカリン薬／抗コリン薬、抗ヒスタミン薬、ＩｇＥ遮断薬、メトトレキサート）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記喘息治療の１つと共に）を、喘息を有する危険のある対象に投与することにより、喘息を予防する方法を提供する。
【０６０６】
治療薬の有効性および用量に関するガイダンスは、喘息の動物モデルから得ることができ、例えば、米国特許第５，６０２，３０２号または欧州特許第ＥＰ１１９２９４４  Ｂ１号およびそれらの中で引用されている参考文献を参照されたい。
【０６０７】
多発性硬化症
多発性硬化症（ＭＳ）は免疫系が中枢神経系（ＣＮＳ）を攻撃し、脱髄に至る自己免疫性病状である。これは多くの身体的および精神的症状を引き起こす可能性があり、しばしば、身体および認知障害まで進行する。疾患の発症は通常、若年成人で起こり、女性においてより一般的である。
【０６０８】
ＭＳは様々な症状を示し、例えば、感覚の変化（知覚鈍麻）、筋力低下、異常筋痙攣、または移動困難、協調および平衡困難（運動失調）、言語（構音障害）および嚥下（嚥下障害）の問題、視覚の問題（眼振、視神経炎、または複視）、疲労および急性または慢性疼痛症候群、ならびに膀胱および腸障害が挙げられる。様々な程度の認知機能障害、または抑うつもしくは仮性球麻痺情動形態の情動総体症状もまた一般的である。神経因性疼痛は普通であり、これはレルミット徴候の形態であり得る。錯感覚が存在する可能性があり、しびれてぴりぴりする感覚、刺痛、戦慄、灼熱痛、圧力感覚および触れることに対して敏感になった皮膚の領域が挙げられる。これらと関連する疼痛は、うずくような痛み、拍動痛、刺すような痛み、撃つような痛み、絶え間ない鈍痛、刺痛、絞扼感およびしびれであり得る。障害進行および症状の重篤度の主な臨床測定値は、総合障害度評価尺度すなわちＥＤＳＳである。
【０６０９】
初回発作（憎悪または再発としても知られている）はしばしば一過性で、軽度（または無症候性）であり、自己治癒性である。報告されている一般的な初期症状は、腕、脚または顔の感覚の変化（３３％）、完全なまたは部分的な視野損失（視神経炎）（１６％）、脱力（１３％）、複視（７％）、歩行時の不安定さ（５％）、および平衡問題（３％）であるが、多くの稀な初期症状、例えば、失語症または精神病が報告されている。視神経炎または限局的な脚の脱力は転倒および他の重大な事故に至る可能性がある。
【０６１０】
いくつかの療法は多発性硬化症の治療に役立つことが証明されている。治療の目的としては、発作後の機能の回復、新たな発作の予防、および能力障害の予防が挙げられる。症候性発作中、高用量の静脈内コルチコステロイド、例えばメチルプレドニソロンの投与は、急性再発のための常用療法である。インターフェロン（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標）、ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、免疫抑制薬（例えば、ミトキサントロン）およびナタリズマブ（例えば、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））を含む疾患修飾性治療が再発寛解型ＭＳのために使用される。
【０６１１】
ヒト活動性脱髄病変では、食作用マクロファージがＭＭＰ−１２陽性であり、ＭＳにおける脱髄中のＭＭＰ−１２の役割が示唆される(Vos et al. J Neuroimmunol 2003: 138(1-2): 106)。
【０６１２】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＭＳ治療（例えば、インターフェロン（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標）、ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、免疫抑制薬（例えば、ミトキサントロン）およびナタリズマブ（例えば、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＭＳ治療の１つと共に）を、ＭＳを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＭＳを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＭＳを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＭＳ治療（例えば、インターフェロン（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標）、ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、免疫抑制薬（例えば、ミトキサントロン）およびナタリズマブ（例えば、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＭＳ治療の１つと共に）を、ＭＳを有する危険のある対象に投与することにより、ＭＳを予防する方法を提供する。
【０６１３】
治療薬の有効性および用量に関するガイダンスは、ＭＳの動物モデルから得ることができ、例えば、Ｔｏｆｔ−Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２００４：  １７３（８）：  ５２０９，  Ｔｓｕｔｓｕｉ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２００４：  ２４：  １５２１，  Ａｎｔｈｏｎｙ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ  １９９８：  ８７（１−２）：  ６２およびそれらの中で引用されている参考文献において記載されているものを参照されたい。
【０６１４】
硬化症
全身性硬化症（ＳＳｃ）は全身型の強皮症であり、これは皮膚または他の臓器におけるコラーゲンの過剰堆積物により特徴づけられる慢性疾患である。ＳＳｃは心臓、腎臓、肺または腸損傷自己免疫疾患の結果として致命的となり得る。
【０６１５】
強皮症は皮膚に影響し、さらに重篤な場合では、血管および内臓に影響し得る。より明らかな症状は通常、皮膚の硬化および随伴瘢痕である。血管はまたより目に見えるようになり得る。多くのＳＳｃ患者（８０％超）は、血管症状およびレイノー現象を有する。発作中、寒さに応答して手および足の変色がある。レイノー現象は普通、手指および足指に影響する。ＳＳｃおよびレイノー現象は、指潰瘍として知られている、手指および足指上の有痛性潰瘍を引き起こす可能性がある。石灰沈着もまたＳＳｃで一般的であり、しばしば肘、膝または他の関節付近で見られる。びまん性強皮症は、筋骨格、肺、胃腸、腎臓および他の合併症を引き起こす可能性がある。より多くの皮膚合併症を有する患者は、内部組織および臓器の合併症を有する可能性がより高い。
【０６１６】
ＳＳｃ毛細血管内皮細胞（ＭＶＥＣｓ）によるＭＭＰ−１２の過剰産生は、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）の切断およびインビトロでの血管新生の機能障害の一因であることが示されており、ＳＳｃ患者における血管新生の減少の一因となり得る（Ｄ’Ａｌｅｓｓｉｏ  ｅｔ  ａｌ．  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２００４：  ５０（１０）：  ３２７５）。
【０６１７】
強皮症の症状のいくつかに対する治療としては、皮膚を軟化させ、炎症を減少させる薬物が挙げられる。強皮症の皮膚変化のための局所的治療は、疾患過程を変化させないが、疼痛および潰瘍化を改善することができる。様々なＮＳＡＩＤ（非ステロイド性抗炎症薬）、例えばナプロキセンを使用して疼痛症状を和らげることができる。レイノー現象のエピソードは時として、ニフェジピンまたは他のカルシウムチャネル遮断薬に応答し、重篤な指潰瘍はプロスタサイクリン類似体イロプロストに応答し、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬ボセンタンは、レイノー現象に有益であり得る。皮膚のツッパリ感はメトトレキサートおよびシクロスポリンを用いて全身的に治療され得る。強皮症腎クリーゼ、強皮症を有する人々における急性腎不全および悪性高血圧（臓器損傷の証拠を有する非常に高い高血圧）の発症は、ＡＣＥ阻害剤のクラスからの薬物を用いて効果的に治療される。活動性肺胞炎は、しばしば少量のステロイドと共に、シクロホスファミドのパルスを用いて、しばしば治療される。肺高血圧症は、エポプロステノール、ボセンタンおよび可能であれば、噴霧化イロプロストを用いて治療され得る。
【０６１８】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＳＳｃ治療（例えば、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、エポプロステノール、およびボセンタン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＳＳｃ治療の１つと共に）を、ＳＳｃを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＳＳｃを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＳＳｃを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＳＳｃ治療（例えば、ＮＳＡＩＤ、カルシウムチャネル遮断薬、プロスタサイクリン類似体、デュアルエンドセリン受容体拮抗薬、メトトレキサート、シクロスポリン、ＡＣＥ阻害剤、シクロホスファミド、エポプロステノール、およびボセンタン）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＳＳｃ治療の１つと共に）を、ＳＳｃを有する危険のある対象に投与することにより、ＳＳｃを予防する方法を提供する。
【０６１９】
炎症性腸疾患
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、小腸および大腸の両方に影響し、現在の治療薬に対して比較的抵抗性がある、重篤な、慢性の再発性炎症性疾患の群である。ＩＢＤは、自然発症の起源がわからない慢性再発性炎症により特徴づけられ、現在の治療選択肢では不十分である。ヒトおよび実験動物の両方での疾患の広範の研究にもかかわらず、病態の正確な機構は不明である。多くの免疫および炎症性メディエータ、例えば生体アミン、キニン、アラキドン酸代謝産物、フリーラジカル、一酸化窒素、様々な炎症性サイトカイン、および補体タンパク質が関与していると考えられる。
【０６２０】
ＩＢＤにより、クローン病および潰瘍性大腸炎、例えば、潰瘍性直腸炎、潰瘍性直腸Ｓ状結腸炎、リンパ球性大腸炎、難治性遠位大腸炎、回結腸炎、コラーゲン形成大腸炎、顕微鏡的大腸炎、嚢炎、放射線性大腸炎、および抗生物質起因性大腸炎が意味される。
【０６２１】
重篤度のレベルによって、ＩＢＤは症状を制御するための免疫抑制薬、例えばプレドニゾン、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、アザチオプリン（ＩＭＵＲＡＮ（登録商標））、メトトレキサート、または６−メルカプトプリンを必要とする可能性がある。より一般的には、ＩＢＤの治療はメサラミンの形態を必要とする。しばしば、ステロイドが、疾患再燃を制御するために使用されており、維持薬物としてかつて許容された。クローン病患者および最近では潰瘍性大腸炎を有する患者において数年間使用される場合、生物製剤、例えば静脈内投与ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）が使用されている。重篤な場合は外科的処置、例えば、腸切除、狭窄形成術または一時的もしくは永続的な人工肛門造設術または回腸瘻造設術を必要とする可能性がある。腸疾患のための他の医薬治療は様々な形態で存在するが、そのような方法は、長期ステロイド曝露または外科的切除を避けるために、根本的な病態を制御することに集中している。
【０６２２】
通常、治療は、高い抗炎症効果を有する薬物、例えばプレドニゾンを投与することにより開始される。炎症がうまく制御されるとすぐに、患者は通常より軽い薬物、例えばアサコール、メセラミンに切り換えられ、疾患が緩解で維持される。うまくいけば、上記免疫抑制薬のメセラミン（これもまた抗炎症効果を有し得る）との併用を、患者によって、投与してもまたは投与しなくてもよい。
【０６２３】
ＩＢＤに対する薬物開発における最近の進歩は、炎症促進性サイトカイン、例えばインターロイキン、インターフェロンおよび腫瘍壊死因子（ＴＮＦ−α）を阻害するモノクローナル抗体の使用を含んでいる。特に、抗−ＴＮＦ−α抗体ＣＤＰ５７１およびインフリキシマブがクローン病を治療するために臨床的に使用されており、いくらか成功している。
【０６２４】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＩＢＤ治療（例えば、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、抗炎症薬、など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＩＢＤ治療の１つと共に）を、ＩＢＤを有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、ＩＢＤを治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいはＩＢＤを寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質をＩＢＤ治療（例えば、免疫抑制薬、抗−ＴＮＦ結合タンパク質、サイトカイン阻害剤、ＢＲＭ、抗炎症薬、など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記ＩＢＤ治療の１つと共に）を、ＩＢＤを有する危険のある対象に投与することにより、ＩＢＤを予防する方法を提供する。
【０６２５】
乾癬
乾癬は、罹患患者の皮膚を冒すよく知られた病状である。疾患はそれ自体、慢性の再発性銀色丘疹、鱗屑丘疹および様々なサイズのプラークとして現れる。病状は、１つまたは２つの病変からなる場合、または身体障害性関節炎または落屑を伴う広汎な皮膚症である場合がある。乾癬は、１〜数ｃｍでサイズが様々である隆起性病変として現れる。
【０６２６】
乾癬は、人口の約２％をある程度冒す最も一般的な皮膚病の１つである。実際、いくつかの型の乾癬があり、尋常性乾癬が最も一般的であるが、これらの全てにおける根本的な問題は上皮細胞の過剰産生である。２１〜２８日の細胞代謝回転サイクルを遵守せずに、乾癬にかかった皮膚は、３または４日のサイクルで変わっていく。上皮はその正常な厚さの５〜１０倍まで成長する可能性がある。厚くなった上皮、血管の過増殖、ならびに好中球およびリンパ球の浸潤が、乾癬病変が隆起し、容易に触知できる一因である。病変はいつでも数個から多量の範囲にわたり得る。
【０６２７】
乾癬の病因は依然としてよく理解されていないが、明確にＴ細胞の役割を示す証拠は累積している。多数の活性化Ｔ細胞は、乾癬皮膚において見られ、健康な皮膚にはほとんど見られない。これらの活性化Ｔ細胞はインターロイキン−６を分泌することも発見されており、これはその効果の１つとして皮膚細胞増殖を刺激する能力を有する。活性化白血球の浸潤は、免疫応答が何かに対して喚起されたことを示唆する。
【０６２８】
特定の乾癬治療の効果については個体間で実質的な変化が存在し得る。このため、皮膚科医はしばしば、患者に対して最も適切な治療を見出すために、試行錯誤アプローチを使用する。特定の治療を採用する決定は乾癬の型、その位置、程度および重篤度を基本とする。患者の年齢、性別、生活の質、併存症、および治療に関連する危険に対する態度もまた考慮される。
【０６２９】
有害反応に対する可能性が最も小さな医薬が優先的に使用される。治療目的が達成されない場合、より毒性の可能性が大きい療法が使用され得る。重篤な非反応性乾癬に対しては、かなりの毒性を有する医薬が用意されている。第１の工程として、局所的治療薬と呼ばれる薬用軟膏またはクリームが、皮膚に適用される。局所的治療が所望の目的を達成できない場合、次の工程は、皮膚と紫外線（ＵＶ）に曝露させることである。この型の治療は光線療法と呼ばれる。第３の工程は、ピルまたは注射により内部摂取される医薬の使用を含む。このアプローチは、全身的治療と呼ばれる。
【０６３０】
時間とともに、乾癬は特定の療法に対して抵抗性となる可能性がある。治療は、抵抗性発症（タキフィラキシー）を予防するために、および有害反応が起こる機会を減少させるために、定期的に変えられ得る。これは治療ローテーションと呼ばれる。
【０６３１】
局所的治療
浴溶液および保湿剤は、罹患皮膚を滑らかにし、乾癬プラーク上の皮膚の蓄積を伴う乾燥を減少させるのを助ける。乾癬プラークに直接適用される薬用クリームおよび軟膏は、炎症を減少させ、蓄積鱗屑を除去し、皮膚の代謝回転を減少させ、プラークの罹患皮膚をきれいにするのを助けることができる。コールタール、ジトラノール（アントラリン）、コルチコステロイド様デスオキシメタゾン（トピコート）、ビタミンＤ３類似体（例えば、カルシポトリオール）、およびレチノイドを含む軟膏およびクリームが日常的に使用される。アルガンオイルもまた使用されており、いくつかの有望な結果が得られている。各々の作用機序はおそらく異なっているが、すべて、皮膚細胞産生を正常化し、炎症を減少させるのを助ける。活性化ビタミンＤおよびその類似体は、皮膚細胞増殖の非常に効果的な阻害剤である。
【０６３２】
いくつかの局所薬が他の療法、とりわけ光線療法と共に使用される。
【０６３３】
光線療法
毎日の短い、灼かない太陽光への曝露は、乾癬をきれいにすることまたは改善することを助けると長い間、認識されていた。太陽光は多くの異なる波長の光を含む。乾癬にとって、太陽光の治療的特性は紫外（ＵＶ）光と分類された波長によるものであると認識されていたのは、２０世紀初頭であった。紫外線波長は、ＵＶＡ（３８０〜３１５ｎｍ）、ＵＶＢ（３１５〜２８０ｎｍ）、およびＵＶＣ（２８０ｎｍ未満）に細分化される。紫外線Ｂ（ＵＶＢ）（３１５〜２８０ｎｍ）は上皮に吸収され、乾癬に有益な効果を有する。狭帯域ＵＶＢ（３１１〜３１２ｎｍ）は乾癬にとって最も役立つＵＶＢスペクトルの部分である。ＵＶＢに１週間に数回、数週間にわたって曝露されると、乾癬からの緩解を達成するのが助けられる。
【０６３４】
紫外光治療はしばしば局所的（コールタール、カルシポトリオール）または全身的治療（レチノイド）と併用されるが、これはそれらの併用には相乗効果があるからである。Ｉｎｇｒａｍ療法は、ＵＶＢおよびアントラリンペーストの適用を含む。ゲッケルマン（Ｇｏｅｃｋｅｒｍａｎ）療法は、コールタール軟膏をＵＶＢと併用する。
【０６３５】
光化学療法
ソラレンおよび紫外線Ａ光線療法（ＰＵＶＡ）は、ソラレンの経口または局所投与を紫外線Ａ（ＵＶＡ）光への曝露と併用する。正確には、ＰＵＶＡがどのように働くかはわかっていない。作用機序はおそらく、乾癬皮膚における細胞の異常に速い産生を阻害するＵＶＡ光によるソラレンの活性化を含む。ＰＵＶＡに関連する作用機序は複数あり、皮膚免疫系への効果が含まれる。
【０６３６】
全身的治療
局所的治療および光線療法に抵抗性のある乾癬は、ピルまたは注射により内部摂取される医薬により治療される。これは全身的治療と呼ばれる。全身的治療を受けている患者は、医薬の毒性のために、定期的な血液および肝機能試験を受けることが必要とされる。妊婦はこれらの治療のほとんどを避けなければならない。ほとんどの人々は、全身的治療を中断した後、乾癬の再発を経験する。
【０６３７】
３つの主な従来の全身的治療は、メトトレキサート、シクロスポリンおよびレチノイドである。メトトレキサートおよびシクロスポリンは免疫抑制薬であり、レチノイドはビタミンＡの合成形態である。他のさらなる薬物が、乾癬に対して特定的に認可されていないが、効果的であることが見出されている。これらとしては、代謝拮抗薬チオグアニン、細胞毒性薬ヒドロキシ尿素、スルファサラジン、免疫抑制薬ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリンおよび経口タクロリムスが挙げられる。これらはすべて、他の治療が失敗した場合に、乾癬を治療するために効果的に使用されている。多くの他の国において認可されていないが、フマル酸エステルもまた、ドイツにおいて２０年を超えて重篤な乾癬を治療するために使用されている。
【０６３８】
いくつかの免疫調節薬が、中程度〜重度の乾癬症例の治療のために認可されている。それらとしては、アレファセプト（ＡＭＥＶＩＶＥ（登録商標））、エファリズマブ（ＲＡＰＴＩＶＡ（登録商標））、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、およびインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））が挙げられる。これらの薬物は、静脈内注入、筋肉注射または皮下注射により投与され、通常、従来の療法に応答することができなかった人々に対して、または随伴乾癬性関節炎を有する人々に対して使用される。生物製剤は、一定の免疫系細胞間の相互作用を遮断することにより作用する。それらは免疫系に対し強い効果を有し、他の免疫抑制薬と同じ危険の多くを引き起こす可能性がある。
【０６３９】
本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を乾癬治療（例えば、免疫抑制薬、レチノイド、免疫調節薬（生物製剤）など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記乾癬治療の１つと共に）を、乾癬を有するまたはその疑いのある対象に投与することにより、乾癬を治療する（例えば、１つ以上の症状を寛解する、安定化する、または排除する、あるいは乾癬を寛解する）方法を提供する。本開示は、治療的有効量のプロテアーゼ結合タンパク質を乾癬治療（例えば、免疫抑制薬、レチノイド、免疫調節薬（生物製剤）など）と併用して、あるいはプロテアーゼ結合タンパク質−薬物コンジュゲート（例えば、上記乾癬治療の１つと共に）を、乾癬を有する危険のある対象に投与することにより、乾癬を予防する方法を提供する。
【０６４０】
併用療法
プロテアーゼ結合タンパク質、たとえば、本明細書で記載されるプラスミン−、カリクレイン−、カテプシンＢ−、またはＭＭＰ−結合タンパク質、例えば、抗−ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−９／２、ＭＭＰ−１２またはＭＭＰ−１４結合タンパク質は、関心対象の特定の炎症性障害を治療するための１つ以上の上記療法と併用して投与することができる。併用により、必要とされるプロテアーゼ結合タンパク質または他の療法の用量を低減することができ、そのため、副作用が減少する。併用療法は、１つまたは両方の薬剤の送達および効能を増強することができる。
【０６４１】
薬剤または療法は同時に（例えば、患者に投与される単一の製剤として、または同時に投与される２つの別々の製剤として）、または任意の順で連続して投与することができる。連続投与は、異なる時に与えられる投与である。１つの薬剤と別の薬剤の投与間の時間は、数分、数時間、数日、または数週とすることができる。本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質の使用はまた、別の療法の用量を減少させる、例えば、投与される別の薬剤と関連する副作用を減少させる、例えば、免疫抑制薬の副作用を減少させるために使用することができる。したがって、併用は、プロテアーゼ結合タンパク質なしで使用される場合よりも少なくとも１０、２０、３０、または５０％低い用量で第２の薬剤を投与することを含むことができる。
【０６４２】
ＲＡを治療するためにプロテアーゼ結合タンパク質と併用して使用することができる第２の薬剤は下記の通りである。
【０６４３】
ＲＡに対するいくつかの実施形態では、第２の薬剤は免疫抑制薬、例えばガンシクロビル、エタネルセプト、シクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキサート、コルチゾール、アルドステロン、デキサメタゾン、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、またはロイコトリエン受容体拮抗薬である。一般に、米国特許第２００７−０２９２４４１号、米国特許第２００７−０２９２４２２号、米国特許第２００７−０２６４２６６号、および米国特許第２００６−０２３３７９４号を参照されたい。また、いくつかの場合では、「免疫抑制薬」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有する場合、下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０６４４】
他の実施形態では、第２の薬剤は、ＤＭＡＲＤ、例えば、メトトレキサート、レフルノミド、スルファサラジン、金−−非経口（ミオクリシン）、金−−経口（オーラノフィン）、抗マライア薬、例えば、ヒドロキシクロロキン、クロロキンホスフェート、クロロキンスルファート、抗生物質、例えばミノサイクリン、Ｄ−ペニシラミン、アザチオプリン、シクロホスファミド、シクロスポリン、レフルノミド／アラバ、ＴＮＦ−α阻害剤／抗−ＴＮＦ剤、例えば、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、およびインフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））である。いくつかの場合では、「ＤＭＡＲＤ」は、その薬物または薬剤が免疫抑制活性を有するかまたはＢＲＭである場合、上記または下記薬物の他のクラスの１つのメンバーとして考えられ得ることに注意されたい。
【０６４５】
さらに別の実施形態では、第２の薬剤は、ＢＲＭ、例えば、ＴＮＦ−α阻害剤（エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、およびインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）））または抗ＣＤ２０（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、任意のモノクローナル抗体、インターフェロン、インターロイキン−２、様々な型のコロニー刺激因子（ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ）、およびキネレット（アナキンラ、ＩＬ−１拮抗薬）である。
【０６４６】
他の実施形態では、第２の薬剤はＮＳＡＩＤ、例えばアスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、エトドラク、またはサルサルテである。
【０６４７】
他の実施形態では、第２の薬剤はコルチコステロイドである。
【０６４８】
そのような併用治療において他の炎症性障害、例えばＣＯＰＤ、喘息、ＭＳ、全身性硬化症、炎症性腸疾患および乾癬を治療するのに使用するための第２の薬剤は上記である。
【０６４９】
キット
本明細書で記載されるプロテアーゼ結合タンパク質はキット、例えばキットの構成要素として提供することができる。例えば、そのようなキットは（ａ）プロテアーゼ結合タンパク質、例えば、プロテアーゼ結合タンパク質を含む組成物、ならびに、任意で（ｂ）情報材料を含み得る。情報材料は、本明細書で記載される方法および／または本明細書で記載される方法のためのプロテアーゼ結合タンパク質の使用に関する説明、指示、販売または他の材料とすることができる。任意で、キットは第２の療法、例えば、本明細書で記載される、例えば、併用療法で使用するための、例えば、炎症性障害のための療法を含むことができる。
【０６５０】
キットの情報材料はその形態において制限されない。１つの実施形態では、情報材料は、化合物の製造、化合物の分子量、濃度、有効期限、バッチまたは製造場所情報、などについての情報を含むことができる。１つの実施形態では、情報材料は、炎症性障害を治療、予防、または診断するために、結合タンパク質を別の薬剤と併用して使用することに関する。
【０６５１】
１つの実施形態では、情報材料はプロテアーゼ結合タンパク質を、本明細書で記載される併用治療法を実施するのに好適な様式で、例えば、好適な用量、剤形、または投与方法（例えば、本明細書で記載される用量、剤形、または投与方法）で投与するための指示を含むことができる。別の実施形態では、情報材料はプロテアーゼ結合タンパク質を、好適な対象、例えばヒト、例えは、炎症性障害を有する、またはその危険のあるヒトに投与するための指示を含むことができる。例えば、材料は、ＭＭＰ−９、−９／２、−１２または−１４結合タンパク質を関節リウマチ患者に投与するための指示を含むことができる。キットの情報材料はその形態において制限されない。多くの場合において、情報材料、例えば指示は、印刷物として提供されるが、他の形式、例えばコンピュータで読み取り可能な材料であってもよい。
【０６５２】
プロテアーゼ結合タンパク質は任意の形態、例えば、液体、乾燥または凍結乾燥形態で提供することができる。プロテアーゼ結合タンパク質は実質的に純粋および／または滅菌であることが好ましい。プロテアーゼ結合タンパク質が液体溶液中で提供される場合、液体溶液は好ましくは水溶液であり、滅菌水溶液が好ましい。プロテアーゼ結合タンパク質が乾燥形態として提供される場合、再構成は一般に、好適な溶媒の添加による。溶媒、例えば滅菌水または緩衝液は、任意でキット中で提供することができる。
【０６５３】
キットは、プロテアーゼ結合タンパク質を含有する組成物のための１つ以上の容器を含むことができる。いくつかの実施形態では、キットは、組成物および情報材料のための別々の容器、仕切りまたはコンパートメントを含む。例えば、組成物は瓶、バイアル、またはシリンジ内に含ませることができ、情報材料は容器と関連させて含ませることができる。他の実施形態では、キットの別々の要素が単一の、分割されていない容器内に含まれる。例えば、組成物は、ラベル形態で情報材料が付着された瓶、バイアルまたはシリンジ内に含まれる。いくつかの実施形態では、キットは複数（例えば、１パック）の個々の容器を含み、それぞれが結合タンパク質の１つ以上の単位剤形（例えば、本明細書で記載される剤形）を含む。例えば、キットは複数のシリンジ、アンプル、ホイルパケット、またはブリスターパックを含み、それぞれが結合タンパク質の単一の単位用量を含む。キットの容器は、気密、耐水性（例えば、湿度または蒸発の変化に対し不透過性）、および／または遮光性とすることができる。
【０６５４】
キットは任意で、組成物の投与に好適な装置、例えば、シリンジ、吸入器、点滴器（例えば、点眼器）、スワブ（綿棒または木製スワブ）、または任意のそのような送達装置を含む。１つの実施形態では、装置はプロテアーゼ結合タンパク質の計量された用量を分注する埋め込み可能な装置である。本開示はまた、例えば、本明細書で記載される構成要素を組み合わせることにより、キットを提供する方法を特徴とする。
【０６５５】
例示
下記実施例は、さらなる説明を提供するが、限定するものではない。
【０６５６】
本出願を通して引用される、全ての参考文献、係属中の特許出願および公開された特許の内容は、参照により本明細書で明確に組み込まれる。
【実施例】
【０６５７】
実施例１：マウスコラーゲン誘発関節炎におけるＭＭＰ−１２阻害の評価
コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）のモデルにおける疾患重篤度の阻害を、ＭＭＰ−１２のＤｙａｘ阻害剤、ＤＸ−２７１２ＨＥＫ（ＤＸ−２７１２またはＭ１３１Ａ０６−ＧＡ−Ｓとも呼ばれる）を用いて証明した（図１）。
【０６５８】
研究計画は下記表６で示される通りとした。
【０６５９】
（表６）ＣＩＡ研究計画におけるＭＭＰ−１２阻害
2013533206.tif 000144
注：５３９Ｂ−Ｍ１３１Ａ０６−ＧＡ−Ｓ＝ＤＸ−２７１２ＨＥＫ＝ＭＭＰ−１２抗体
【０６６０】
図２に示されるように、ＤＸ−２７１２による処置により、３５日を通して疾患発症が遅延した。疾患発症は３６〜４６日抑止されたが、関節炎スコアの急上昇が研究最終日に記録された。
【０６６１】
図３に示されるように、ＤＸ−２７１２処置により、未処置マウスに比べ、関節炎組織学的指数が有意に（ｐ＜０．０５）全体として２９％阻害された。
【０６６２】
実施例２：マウスコラーゲン誘発関節炎におけるＭＭＰ−９／２阻害の評価
コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）のモデルにおける疾患重篤度の阻害を、ＭＭＰ−９／２のＤｙａｘ阻害剤を用いて証明した。
【０６６３】
研究計画は下記表７で示される通りとした。
【０６６４】
（表７）ＣＩＡ研究計画におけるＭＭＰ−９／２阻害
2013533206.tif 000145
注：動物はＩＰ、Ｑ２Ｄで投与された。
【０６６５】
図４で示されるように、第２６日に開始した、一日おきに腹腔内経路による、２０ｍｇ／ｋｇのＤｙａｘ  ＭＭＰ−９／２阻害剤の治療的投与は、マウスの体重増加に影響しなかっただけでなく、関節炎指数により表される通り、さらなる疾患の発症を阻害するように考えられた。
【０６６６】
図５で示されるように、群３の動物は組織学的に疾患対照（群１）と同様であり、いずれのパラメータに対しても２０％以下の減少があった。
【０６６７】
炎症は、記述時はいつでも慢性であった。提示された関節に関節炎のない動物は１匹であった。
【０６６８】
実施例３：例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−１４結合タンパク質の例としてはＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０が挙げられる。
【０６６９】
ＤＸ−２４００
例示的なＭＭＰ−１４抗体はＤＸ−２４００である。ＤＸ−２４００に対する可変ドメイン配列は以下である。
2013533206.tif 000146
【０６７０】
ＤＸ−２４１０
別の例示的なＭＭＰ−１４抗体はＤＸ−２４１０である。ＤＸ−２４１０に対する可変ドメイン配列は以下である。
2013533206.tif 000147
【０６７１】
国際公開公報第２００９／０７９５８５号も参照されたい。
【０６７２】
実施例４：例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−９結合タンパク質の例が以下で提供される。
【０６７３】
５３９Ａ−Ｍ０１６６−Ｆ１０  ｓＦＡＢの可変領域のＤＮＡおよびアミノ酸の配列は下記の通りである。
５３９Ａ−Ｍ０１６６−Ｆ１０（ファージ／ＳＦＡＢ）ＶＬリーダー＋ＶＬ
2013533206.tif 000148
５３９Ａ−Ｍ０１６６−Ｆ１０（ファージ／ＳＦＡＢ）ＶＨリーダー＋ＶＨ
2013533206.tif 000149
【０６７４】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３はＭＭＰ−９の選択的阻害剤である。５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３はヒトおよびマウスＭＭＰ−９の活性を減少または阻害することができる。
【０６７５】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３軽鎖（ＬＣ）および重鎖（ＨＣ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）の配列は以下の通りである。
2013533206.tif 000150
【０６７６】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３（Ｍ０２４０−Ｂ０３）のＨＣ  ＣＤＲ配列および以下に示される軽鎖配列を含むタンパク質は、本明細書で記載される方法において使用することができる。以下に示されるＬＣ  ＣＤＲおよび５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３のＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質、または以下に示されるＬＣ可変領域（軽Ｖ遺伝子）および５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３  ＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質もまた、本明細書で記載される方法において使用することができる。タンパク質は、以下で示される定常領域配列、例えば定常領域（ＬＣ−λ１）を含むことができる。
2013533206.tif 000151
ＣＤＲ領域は太字である。
【０６７７】
本明細書で記載される方法において使用することができる別の例示的なタンパク質のアミノ酸および核酸配列は、以下で提供される。以下で示されるＬＣおよびＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質、または以下で示される軽鎖および重鎖可変領域（それぞれ、ＬＶおよびＨＶ）を含むタンパク質もまた、本明細書で記載される方法において使用することができる。
【０６７８】
５３９Ａ−Ｍ０２４０−Ｂ０３：親単離物（ｓＦａｂ；ＩｇＧ−ｐＢｈ１（ｆ））。
【０６７９】
５３９Ａ−Ｘ００３４−Ｃ０２（ＧＳクローン）（Ｘ００３４−Ｃ０２）：ＤＸ−２８０２：生殖系列化された最適化配列。軽鎖および重鎖両方のシグナル配列、可変領域および定常領域を含む全抗体フラグメントが配列決定された。配列データは５３９Ａ−Ｒ０１０８−Ａ０１（５３９Ａ−Ｘ００３４−Ｃ０２）において入手可能である。
2013533206.tif 000152
2013533206.tif 000153
【０６８０】
本明細書で記載される方法において使用することができる別の例示的なタンパク質のアミノ酸および核酸配列は、以下で提供される。以下で示されるＬＣおよびＨＣ  ＣＤＲを含むタンパク質、または以下で示される軽鎖および重鎖可変領域（それぞれ、ＬＶおよびＨＶ）を含むタンパク質もまた、本明細書で記載される方法において使用することができる。軽鎖および重鎖（それぞれ、以下、ＬＶ＋ＬＣおよびＨＶ＋ＨＣと称される）配列を含むタンパク質もまた使用することができる。
2013533206.tif 000154
2013533206.tif 000155
2013533206.tif 000156
【０６８１】
表８は、Ｍ０２７９−Ａ０３、Ｍ０２７９−Ｂ０２、Ｍ０２８８−Ｃ０８、およびＭ０２８１−Ｆ０６のＬＶおよびＨＶ  ＣＤＲ配列を提供する。
【０６８２】
（表８）
2013533206.tif 000157
【０６８３】
ｈＭＭＰ９およびｍＭＭＰ９に結合するために成熟されたＦａｂ親和性のためのＶＬおよびＶＨ
2013533206.tif 000158
【０６８４】
（表９）MMP-9に結合するが阻害しないＡｂ
2013533206.tif 000159
【０６８５】
国際公開公報第２００９／１１１４５０号および国際公開公報第２００９／１１１５０８号もまた、参照されたい。
【０６８６】
実施例５：例示的なＭＭＰ−９／−２結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−９／−２結合タンパク質の例としては、Ｍ０２３７−Ｄ０２、Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５が挙げられる。
【０６８７】
５３９Ａ−Ｍ０２３７−Ｄ０２  ｓＦＡＢの可変領域のＤＮＡおよびアミノ酸の配列は以下の通りである。
539A-M0237-D02 (ファージ/SFAB) VLリーダー+VL
2013533206.tif 000160
【０６８８】
539A-M0237-D02 (ファージ/SFAB) VHリーダー+VH
2013533206.tif 000161
【０６８９】
抗体Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５を、ＩｇＧ１として生成させ、ヒトおよびマウスＭＭＰ−９およびＭＭＰ−２の阻害に対して試験した。Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０３、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５はそれぞれ、Ｍ０２５６−Ｄ１１、Ｍ０２７６−Ｆ１１、Ｍ０２７４−Ｇ０８、Ｍ０２７５−Ｄ０３、およびＭ０３０７−Ｆ０４生殖系列化された、最適化バージョンである。
【０６９０】
表１０は、生殖系列化された、最適化ＭＭＰ−９／ＭＭＰ−２特異抗体（Ｘ０１０６−Ａ０１、Ｘ０１０６−Ｂ０２、Ｘ０１０６−Ｃ０４、Ｘ０１０６−Ｅ４、およびＸ０１０６−Ｆ０５）のＬＶおよびＨＶ  ＣＤＲ配列を示す。下記表１０は、これらの抗体に対するＶＬおよびＶＨプラス定常領域の部分の配列の列挙である。
【０６９１】
国際公開公報第２００９／１１１５０８号も参照されたい。
【０６９２】
（表１０）生殖系列化された、最適化ｈＭＭＰ２／ｈＭＭＰ９／ｍＭＭＰ２／ｍＭＭＰ９−阻害ＡｂのＣＤＲ
2013533206.tif 000162
【０６９３】
ｈＭＭＰ９、ｈＭＭＰ２、ｍＭＭＰ９、およびｍＭＭＰ２に結合するために最適化された、生殖系列化Ｆａｂに対するＶＬおよびＶＨならびに定常領域の部分
2013533206.tif 000163
2013533206.tif 000164
【０６９４】
実施例６：例示的なＭＭＰ−１２結合タンパク質
例示的なＭＭＰ−１２結合タンパク質の例としては、ＤＸ−２７１２、５３９Ｂ−Ｍ０００８−Ｈ０９−ＧＡ−Ｓ、および５３９Ｂ−Ｍ０１２１−Ｅ０７−ＧＡ−Ｓが挙げられる。
【０６９５】
ＤＸ−２７１２はまたＭ０１３１−Ａ０６−ＧＡ−Ｓとも呼ばれる。
【０６９６】
国際公開公報第２００９／１１１５０７号も参照されたい。
【０６９７】
（表１１）
2013533206.tif 000165
2013533206.tif 000166
【０６９８】
５３９Ｂ−Ｘ００４１−Ｄ０２に加え５３９Ｂ−Ｘ００４１−Ｄ０２の１３の突然変異体
2013533206.tif 000167
2013533206.tif 000168
2013533206.tif 000169
2013533206.tif 000170
2013533206.tif 000171
2013533206.tif 000172
【０６９９】
実施例７：コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）マウスモデルにおける、単独療法としての、または他の疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）または生体応答修飾物質（ＢＲＭ）と併用した、ＤＸ−２７１２の評価
ＤＸ−２７１２、特異的ＭＭＰ−１２抗体阻害剤を用いた前のＣＩＡ研究は、ＤＸ−２７１２が関節炎疾患発症を遅延させ、関節炎重篤度を減少させるのに有効であることを証明した。ＤＸ−２７１２がＤＭＡＲＤまたはＢＲＭの最適治療用量を低減させることができるかどうかをさらに評価するために、ＤＸ−２７１２をＣＩＡモデルにおいて、単独療法として、または他のＤＭＡＲＤ（メトトレキサート）もしくはＢＲＭ（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）またはＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標））と併用して試験した。研究計画は表１２に示される。併用群では、ＤＸ−２７１２が、文献報告（Ｎｅｕｒａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．  １９９９．  Ｃｌｉｎ．  Ｅｘｐ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １１５：４２−５５；  Ｎｅｗｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  ２００１．  Ａｎｎ．  Ｒｈｅｕｍ．  Ｄｉｓ．  ６０：ｉｉｉ２５−ｉｉｉ３２；  Ｚａｌｅｖｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．  ２００７．  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １７９：１８７２−１８８３）に基づいて決定した、最適以下の用量のメトトレキサート、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）またはＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）と併用された。
【０７００】
（表１２）ＣＩＡ併用研究計画
2013533206.tif 000173
【０７０１】
結果を図６、７および８に示し、表１３に要約する。最適以下の用量のメトトレキサートまたはＥＮＢＲＥＬ（登録商標）をＤＸ−２７１２と併用すると、関節炎スコアが、最適用量のＤＭＡＲＤまたはＢＲＭ単独療法のレベルまで減少した。ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）との併用では、治療第２２日まで関節炎スコアが減少したように見えたが、その後、スコアはＤＸ−２７１２のレベルまで増加した。しかしながら、最適以下の用量のＤＭＡＲＤまたはＢＲＭ(メトトレキサートでは１ｍｇ／ｋｇ、ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）では１０ｍｇ／ｋｇおよびＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標）では１ｍｇ／ｋｇ)を用いた単独療法が欠如していたので、さらに掘り下げた研究を実施し、ＤＸ−２７１２と併用して使用するための最もよい、最適以下の用量のＤＭＡＲＤまたはＢＲＭを決定し、これらの予備的所見を確認した。研究計画は表１４に示される。
【０７０２】
（表１３）ＤＸ−２７１２とＤＭＡＲＤまたはＢＲＭを用いた併用研究の結果の要約
2013533206.tif 000174
*療法の研究３１日の終わり
【０７０３】
（表１４）さらなる併用ＣＩＡ研究の研究計画
2013533206.tif 000175
【０７０４】
実施例８：ヒト滑膜細胞によるコラーゲンフィルム分解活性に対するＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０の効果
ヒトリウマチ滑膜線維芽細胞は自発的に高レベルのＭＭＰ−１４を発現する（Ｍｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ，  ２００９  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．  ２００９  Ｍａｒ；６０（３）：６８６−９７）。それらをコラーゲンフィルム上で培養させると、滑膜細胞中で発現されたＭＭＰ−１４はコラーゲンフィルムを効果的に分解する。ヒト線維芽細胞をウシＩ型コラーゲンフィルム上、３７℃で４日間、広域スペクトルのＭＭＰ−阻害剤ＧＭ６００１、ＤＸ−２４００またはＤＸ−２４１０の存在下、または非存在下で培養させた。その後、細胞をコラーゲン表面からトリプシン／ＥＤＴＡにより取り除き、コラーゲンフィルムを曝露させた。その後、フィルムを３％  ＰＦＡで３０分間固定し、クマシーブルーで染色した。ＧＭ６００１の存在下では、この分解は完全に無効にされた（データ示さず）。ＤＸ−２４００またはＤＸ−２４１０のいずれかを添加しても、用量依存様式でコラーゲン分解が阻害された（データ示さず）。５００ｎＭでは、ほとんど完全な阻害がＤＸ−２４００を用いて達成された。ＤＸ−２４１０の阻害効果は、５００ｎＭでも分解された領域を示すＤＸ−２４００よりわずかに低かった（データ示さず）。
【０７０５】
実施例１０：コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）マウスモデルにおけるＤＸ−２４００およびＤＸ−２４１０の評価
２００μｇのニワトリＩＩ型コラーゲンを、フロイント完全アジュバントと共にＤＢＡマウス（雄、３〜４月齢）において皮下注射した。２１日後、試験化合物を２０ｍｇ／ｋｇ、３回／週で腹腔内投与した。関節炎の臨床症状を発症した第１のマウスは、コラーゲン注射後２６日に検出された。ＤＸ−２４００またはＤＸ−２４１０は足の発赤および腫脹を有意に改善しなかったが、関節の組織学的解析により評価されるように関節炎の発症は著しく減少させた（図９（Ａ））。図９（Ｂ）は、使用した組織学的ス コア化システムの説明を示す。
【０７０６】
参照文献
本出願を通して引用された論文参照文献、発行された特許、公開または非公開特許出願を含む全ての引用参照文献の内容は、その全体が参照により明確に本明細書に組み込まれる。対立する場合、本明細書のいずれの定義をも含む本出願が制御する。
【０７０７】
等価物
本発明の多くの実施形態について記載してきた。それにもかかわらず、本発明の精神および範囲から逸脱せずに、様々な改変が可能であることは理解されるであろう。したがって、他の実施形態は以下の特許請求の範囲内にある。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2013533206000001.app
【国際調査報告】
2013533206.tif 000176
2013533206.tif 000177
2013533206.tif 000178