【事件の表示】
　特願２００４−５０６３４８「ＨＩＶ調節／アクセサリータンパク質の融合タンパク質」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年１１月２７日国際公開、ＷＯ０３／９７６７５、平成１８年　１月２６日国内公表、特表２００６−５０２７０４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は、２００３年（平成１５年）５月１４日を国際出願日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００２年５月１６日　デンマーク）とする出願であって、平成２１年５月１１日に特許請求の範囲について手続補正がなされたが、同年８月３日付で拒絶査定がなされ、これに対して、同年１２月２２日に拒絶査定に対する審判請求がなされるとともに、同日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　
２．平成２１年１２月２２日付の手続補正についての補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
　平成２１年１２月２２日付の手続補正を却下する。
［理由］
（１）補正後の本願発明  
　上記補正により、特許請求の範囲の請求項１は、
「【請求項１】Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される少なくとも４つのＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列、または１種以上の前記タンパク質のアミノ酸配列の誘導体を含む融合タンパク質であって、当該融合タンパク質は、天然のＮ末端およびＣ末端を持つＨＩＶタンパク質の生成を誘発するかもしれない細胞性プロテアーゼの特異的切断配列を、当該融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列間に含まず、かつＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体は、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列である、融合タンパク質。」から、
「【請求項１】Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される少なくとも４つのＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列、または１種以上の前記タンパク質のアミノ酸配列の誘導体を含む融合タンパク質であって、当該融合タンパク質は、当該融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列間に切断配列ＲＥＫＲＡＶＶＧを含まず、かつＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体は、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ、ＨＩＶ−２単離株ＢＥＮ、ＨＩＶ−２単離株ＣＡＭ２、ＨＩＶ−２単離株Ｄ１９４、ＨＩＶ−２単離株ＥＨＯ、ＨＩＶ−２単離株ＧＨ１、ＨＩＶ−２単離株ＫＲ、ＨＩＶ−２単離株ＭＤＳ、ＨＩＶ−２単離株ＲＯＤまたはＨＩＶ−２単離株ＳＢＬＩＳＹにおける各ＨＩＶタンパク質のＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：２、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：３、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：４、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：５、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：６、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：７、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：８、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：９、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１０、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１１、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１２、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１３、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１４またはＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１５で表されるアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも７０％の相同性を示すアミノ酸配列である、融合タンパク質。」へと補正された。
　
（２）新規事項について
　融合タンパク質に含むＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体のアミノ酸配列について、補正後の請求項１には、「ＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ、ＨＩＶ−２単離株ＢＥＮ、ＨＩＶ−２単離株ＣＡＭ２、ＨＩＶ−２単離株Ｄ１９４、ＨＩＶ−２単離株ＥＨＯ、ＨＩＶ−２単離株ＧＨ１、ＨＩＶ−２単離株ＫＲ、ＨＩＶ−２単離株ＭＤＳ、ＨＩＶ−２単離株ＲＯＤまたはＨＩＶ−２単離株ＳＢＬＩＳＹにおける各ＨＩＶタンパク質のＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：２、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：３、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：４、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：５、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：６、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：７、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：８、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：９、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１０、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１１、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１２、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１３、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１４またはＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１５で表されるアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも７０％の相同性を示すアミノ酸配列である」と記載され、配列番号１〜６としてＨＩＶ−１タンパク質のアミノ酸配列が、配列番号７〜１５としてＨＩＶ−２タンパク質のアミノ酸配列が記載された配列表が、上記補正と同時に追加された。
　一方、ＨＩＶ単離株及びＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列についての本願明細書の記載は、段落【００１２】〜【００１３】に「本発明に関して「ＨＩＶ」という用語は、当業者に知られている任意のＨＩＶグループ、サブタイプ（クレード）、株または分離株を表す。具体的には、ＨＩＶは、ＨＩＶ−１でもＨＩＶ−２でもよい。ＨＩＶ−１は９つのサブタイプ（クレードＡ〜Ｉ）に分類されており、ＨＩＶ−２は５つのサブタイプ（Ａ〜Ｅ）に分類されているが、これらはすべて本発明の範囲に包含される。本発明の場合、最も好ましいＨＩＶクレードは、ＨＩＶ−１クレードＡ、ＢおよびＣである。しかし本発明は最も好ましいこれらのクレードに限定されるわけではない。
　ＨＩＶ調節タンパク質Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｒｅｖ、Ｔａｔ、ＶｐｘおよびＮｅｆのタンパク質配列は、当業者に知られている。一例として、ＧｅｎＢａｎｋデータベースに開示されているさまざまな配列、特にＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５を持つＨＩＶ−１分離株ＨＸＢ２Ｒの配列が挙げられるが、本発明はこの態様に限定されるわけではない。このＧｅｎＢａｎｋエントリーでは、さまざまなＨＩＶ１遺伝子の配列とそれらの遺伝子がコードするタンパク質が特定されている。」とあるだけである。
　このように、本願の出願当初の明細書及び図面（以下、「当初明細書等」という。）には、ＨＩＶ−１分離株ＨＸＢ２Ｒ以外の、ＨＩＶ−１分離株の名称及びＨＩＶ−２分離株の名称、及びそれらの遺伝子がコードするアミノ酸配列又はＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号については何ら記載されておらず、本願優先日当時多数知られていたＨＩＶ−１分離株及びＨＩＶ−２分離株の中から、ＨＩＶ−２単離株ＢＥＮ、ＨＩＶ−２単離株ＣＡＭ２、ＨＩＶ−２単離株Ｄ１９４、ＨＩＶ−２単離株ＥＨＯ、ＨＩＶ−２単離株ＧＨ１、ＨＩＶ−２単離株ＫＲ、ＨＩＶ−２単離株ＭＤＳ、ＨＩＶ−２単離株ＲＯＤ、及びＨＩＶ−２単離株ＳＢＬＩＳＹを選択することは、当初明細書等には記載されておらず、かつ、その記載から自明な事項であるとはいえない。また、配列表で追加された配列番号７〜１５のＨＩＶ−２のタンパク質のアミノ酸配列についても、当初明細書等には記載されておらず、かつ、その記載から自明な事項であるとはいえない。
　したがって、上記請求項１に係る補正は、本願の当初明細書等のすべての事項を総合することにより導かれる技術的事項との関係において、新たな技術的事項を導入するものであり、この補正は、当初明細書等に記載した事項の範囲内においてしたものでなく、平成１８年改正前特許法第１７条の２第３項の規定に違反するものである。
　
（３）目的要件について
　上記補正前の請求項１の「ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体は、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列」は、上記補正により、「ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体は、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ、ＨＩＶ−２単離株ＢＥＮ、（単離株名は省略）またはＨＩＶ−２単離株ＳＢＬＩＳＹにおける各ＨＩＶタンパク質のＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：２、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：３、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：４、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：５、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：６、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：７、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：８、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：９、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１０、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１１、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１２、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１３、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１４またはＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１５で表されるアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも７０％の相同性を示すアミノ酸配列」と補正された。
　相同性比較の基準となるアミノ酸配列が、補正前では「ＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列」であったものが、補正後には「各ＨＩＶタンパク質のＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：１〜１５で表されるアミノ酸配列」となっており、上記（２）で述べたように、ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：７〜１５は、ＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ由来のＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列ではないから、補正により、相同性比較の基準となるアミノ酸配列が追加あるいは変更されている。また、追加された各ＨＩＶ株のアミノ酸配列は、ＨＸＢ２Ｒと相違しており、これらのアミノ酸配列と少なくとも７０％の相同性を示すアミノ酸配列が、補正前のＨＸＢ２Ｒのアミノ酸配列と少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列に包含されるとはいえないから、かかる補正は、発明特定事項を概念的により下位の発明特定事項とするものではなく、しかも特許請求の範囲を変更するものである。
　したがって、この補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項第２号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものではなく、また、請求項の削除、誤記の訂正、又は明りょうでない記載の釈明の何れかを目的とするものでもないので、特許法第１７条の２第４項の規定に違反するものである。
　
（４）むすび　
　以上のとおり、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第３項の規定に違反するものであり、また、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第４項の規定に違反するものであるから、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
３．本願発明について
　平成２１年１２月２２日付手続補正は上記のとおり却下されたので、本出願に係る発明は、平成２１年５月１１日付手続補正により補正された明細書及び図面の記載からみて、その請求項１〜２６に記載された事項により特定されるとおりのものであり、そのうち請求項１に係る発明は、以下のとおりである。
　
「【請求項１】Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される少なくとも４つのＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列、または１種以上の前記タンパク質のアミノ酸配列の誘導体を含む融合タンパク質であって、当該融合タンパク質は、天然のＮ末端およびＣ末端を持つＨＩＶタンパク質の生成を誘発するかもしれない細胞性プロテアーゼの特異的切断配列を、当該融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列間に含まず、かつＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体は、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列である、融合タンパク質。」（以下、「本願発明１」という。）
　
（１）特許法第２９条第２項
（１−１）引用例
　原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された本願優先日前の２００２年１月２４日に頒布された刊行物である国際公開第０２／６３０３号（以下、「引用例」という。）には、（なお、下線は当審による。）
(i)「本発明は、ヒト免疫不全ウイルス(ＨＩＶ)アクセサリータンパク質のＶｉｆ、Ｖｐｕ及びＮｅｆのタンパク質コンポーネントの配列を含むポリタンパク質に関係する。幾つかの具体例において、このポリタンパク質のコンポーネントタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｖｉｆ、Ｖｐｕ及びＮｅｆの順序で配置される。幾つかの具体例においては、少なくとも１つのタンパク質コンポーネントは、弱毒化形態のアクセサリータンパク質である。幾つかの具体例においては、ヒト免疫不全ウイルスのアクセサリータンパク質のＶｉｆ、Ｖｐｕ及びＮｅｆタンパク質コンポーネントの各々は、弱毒化形態である。
　幾つかの具体例においては、プロテアーゼ開裂部位を、ポリタンパク質のタンパク質コンポーネントの間に導入する。」（第７頁第１３行〜第２１行）、
(ii)「我々は、弱毒化ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ及びｎｅｆクローンによりそれぞれの抗原刺激により誘導されるＴ細胞増殖応答をも測定した。図１Ｂは、Ｔ細胞増殖実験からのデータを示しており、該実験においては、Ｔ細胞の増殖が、ｖｉｆ、ｖｐｕ、ｖｐｒ及びｎｅｆを発現するプラスミドでの免疫化により誘導された。１００μｇの各ｃＤＮＡ発現カセットをマウスに筋肉注射し、２週間後に一回、それらのマウスに追加の注射をした。追加の注射の１週間後に、２匹のマウスから脾臓を分離してＴ細胞増殖用に用いた。脾臓細胞を、５及び１μｇ／ｍｌの組換えタンパク質で３日間刺激した。１μＣｉ3Ｈを加えて、取り込まれたｃｐｍを計数した。抗原特異的な刺激(ＳＩ)を計算し、Ｖｉｆ、Ｖｐｕ及びＮｅｆにつき提示した。少なくとも３つの別々の実験において、同様の結果が得られた。結果は、ｖｉｆ、ｖｐｕ及びｎｅｆが有意のリンパ球増殖応答誘導することができるが、Ｖｐｒ抗原による刺激はこのアッセイにおいて利益がなかったことを示している。
これらの結果及び以前の研究から得られた情報に基づいて、アクセサリー遺伝子ｖｐｒは、本研究にマルチ遺伝子ワクチン構築物の部分として含めない
(iii)「ｖｉｆ／ｖｐｕ／ｎｅｆ融合タンパク質カセット(ｐＶＶＮ)及びタンパク質分解性開裂部位を有するｖｉｆ／ｖｐｕ／ｎｅｆ融合タンパク質構築物(ｐＶＶＮ−Ｐ)の構築及び発現：融合タンパク質としてアクセサリー遺伝子を含むマルチ遺伝子ＤＮＡ発現カセットを構築するために、我々は、弱毒化して尚免疫学的に活性なｖｉｆ(Ｎ１７)ｖｐｕ(Ｍ５２５６)及びｎｅｆ(Ｓ３１３)クローンを出発点として選択した。ｖｉｆ及びｖｐｕの停止コドンを除去して、融合タンパク質が個々の遺伝子と同じエピトープを有するようにイン・フレームで融合した。このｖｉｆ／ｖｐｕ／ｎｅｆ融合遺伝子構築物を、
ｐＶＶＮ
ｐＶＶＮ−Ｐ
(iv)「このＣＴＬアッセイを、上記のように免疫化したマウスから採収した脾臓細胞について行なった。同様の結果が、複数の実験において得られた。５０：１のエフェクター：標的比において、Ｎｅｆワクシニア感染標的を用いて、特異的溶解のパーセンテージは、ｐＶＶＮ−Ｐ及びｐＶＶＮ免疫化マウス由来の脾臓細胞によって、それぞれ、３８及び３１％である。」（第３４頁第２行〜第６行）、
(v)「それらのデータは、ＨＩＶ−１に感染したＮＩＨ３Ｔ３／ＣＤ４／ＣＣＲ５細胞を用いるｐＶＶＮ及びｐＶＶＮ−Ｐによる特異的溶解のパーセンテージを示している。５０：１のエフェクター：標的比において、ＶＶＮ及びＶＶＮ−Ｐによる溶解パーセンテージは、二向性ウイルスに感染した標的では、それぞれ、２９及び４２であり、特異的溶解は、Ｔ向性感染標的において、１６及び２１％である。興味深いことに、ｐＶＶＮ−Ｐ構築物により誘導された特異的ＣＴＬのパーセンテージは、常に、ｐＶＶＮ構築物による免疫化よりも高い。」（第３５頁第６行〜第１２行）、
(vi)「自然の感染において、抗ＨＩＶ−１ ＣＴＬ応答は、非常に初期に現われ、一時的に、ウイルスのセットポイントの確立に相関するようである。ＣＴＬは、ウイルス感染細胞をターゲットとして破壊することによるウイルスクリアランスにおいて決定的な役割を演じる。特異的ＣＴＬ応答の生成によって免疫応答をウイルスタンパク質に向けることは、
ウイルス内の複数の抗原性標的に対する広範な免疫応答の誘導を可能にするであろう
(vii)「Ｖｐｕ及びＮｅｆの両方とも、内部で発現された場合にＣＤ４及びＭＨＣクラスＩ分子のダウンレギュレーションに関与することが示されている。Ｎｅｆは、感染細胞表面のＭＨＣクラスＩの発現をブロックし、それにより、ウイルス感染細胞をＣＴＬ媒介の破壊から保護する。これらの遺伝子の生物学的機能の適当な弱毒化は、宿主細胞の仮説的な負の効果を、それらの重要な免疫学的エピトープを保持したままで排除するであろう。
　我々の研究において、これらのｖｉｆ、ｖｐｕ及びｎｅｆ遺伝子を、様々な臨床状態の患者から分離したウイルスからクローン化した。これらの遺伝子の機能的及び弱毒化形態の両方を発現するＤＮＡ構築物を、免疫適格マウスにおいて細胞性及び液性応答を誘導する能力について分析した。
機能的及び弱毒化遺伝子を免疫原として使用した免疫学的データは、完全に類似している
(viii)「【請求項１１】　ＨＩＶ Ｖｉｆが、SEQ ID NO:１であり；ＨＩＶ Ｖｐｕが、SEQ ID NO:２であり且つＨＩＶ Ｎｅｆが、SEQ ID NO:３である、請求項１１に記載のポリタンパク質。」（特許請求の範囲第１１項）、と記載されている。
　
（１−２）対比
　本願発明１の「誘導体」について、本願明細書の段落【００１７】には、「本融合タンパク質中のタンパク質のコンフォメーションは生物学的に活性なタンパク質の天然のコンフォメーションとは異なるので、本融合タンパク質中のＨＩＶタンパク質が個々のタンパク質と比較して低下した活性を持つこと、または全く活性を持たないことは、既に指摘したとおりである。しかし、融合タンパク質中のＨＩＶタンパク質が生物学的に活性である危険性は、さらに減少させることが望ましいかもしれない。この目的にとって、融合タンパク質の一部である個々のＨＩＶタンパク質の特に好ましい「誘導体」は、低下した活性を持つＨＩＶタンパク質または活性を全く持たないＨＩＶタンパク質が得られるように、いくつかのアミノ酸、より好ましくは１０個を超えないアミノ酸、最も好ましくは５個を超えないアミノ酸が、欠失しているか、または挿入もしくは置換されているアミノ酸配列誘導体である。あるＨＩＶタンパク質の生物活性が低下しているかどうかを判定するための試験は、当業者に知られている。」と記載されており、「低下した活性を持つＨＩＶタンパク質または活性を全く持たないＨＩＶタンパク質」とは、弱毒化したＨＩＶタンパク質に他ならないから、本願発明１は、融合タンパク質に含むＨＩＶタンパク質として、弱毒化した誘導体を用いる態様を包含するものである。
　そこで、融合タンパク質に含むＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列が、「Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される少なくとも４つのＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列」である態様を本願発明１Ａと、「Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される少なくとも４つのＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体であって、ＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列」である態様を本願発明１Ｂとして、以下検討する。
　
（１−２−１）本願発明１Ａについて
　まず、本願発明１Ａと引用例に記載された事項を比較すると、上記引用例記載事項(iii)に記載のＶＶＰとは、弱毒化されたＨＩＶ　Ｖｉｆ−Ｖｐｕ−Ｎｅｆの融合タンパク質であって、タンパク質分解性開裂部位を有さないものであるから、本願発明１Ａにおける「Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される複数のＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列を含む融合タンパク質であって、当該融合タンパク質は、天然のＮ末端およびＣ末端を持つＨＩＶタンパク質の生成を誘発するかもしれない細胞性プロテアーゼの特異的切断配列を、当該融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列間に含まない」融合タンパク質に相当し、両者は、そのような融合タンパク質である点で共通する。
　一方、両者は、（イ）Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される複数のＨＩＶタンパク質が、前者では、少なくとも４つのＨＩＶタンパク質であるのに対して、後者では３つのＨＩＶタンパク質である点、及び（ロ）それらＨＩＶタンパク質が、前者ではネイティブなタンパク質であるのに対して、後者では弱毒化形態のタンパク質である点、の２点で相違する。
　
（１−２−２）本願発明１Ｂについて
　次に、本願発明１Ｂと引用例に記載された事項を比較すると、上記引用例記載事項(iii)に記載のＶＶＰとは、弱毒化されたＨＩＶ　Ｖｉｆ−Ｖｐｕ−Ｎｅｆの融合タンパク質であって、タンパク質分解性開裂部位を有さないものであり、弱毒化されたＨＩＶタンパク質は、ＨＩＶタンパク質の誘導体に該当するから、本願発明１Ｂにおける「Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される複数のＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体を含む融合タンパク質であって、当該融合タンパク質は、天然のＮ末端およびＣ末端を持つＨＩＶタンパク質の生成を誘発するかもしれない細胞性プロテアーゼの特異的切断配列を、当該融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列間に含まない」融合タンパク質に相当し、両者は、そのような融合タンパク質である点で共通する。
　一方、両者は、（イ）Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｖｐｘ、Ｒｅｖ、ＴａｔおよびＮｅｆから選択される複数のＨＩＶタンパク質が、前者では、少なくとも４つのＨＩＶタンパク質であるのに対して、後者では３つのＨＩＶタンパク質である点、及び（ハ）ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体が、本願発明１Ｂでは、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列であるのに対して、引用例に記載のＶＶＰは、弱毒化形態のＶｉｆ、Ｖｐｕ、Ｎｅｆであり、それらをコードするヌクレオチド配列はそれぞれ配列番号１〜３に示されているものの、それらによりコードされるアミノ酸配列が、ＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すかどうかは記載されていない点、の２点で相違する。
　
（１−３）当審の判断
（１−３−１）相違点（イ）について
　上記引用例記載事項(ii)には、Ｖｉｆ−Ｖｐｕ−Ｎｅｆ融合タンパク質とした理由として、ＨＩＶアクセサリータンパク質の弱毒化ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ及びｎｅｆクローン、各クローンによる抗原刺激により誘導されるＴ細胞増殖応答を予め測定したところ、Ｖｐｒ抗原による刺激はこのアッセイでＴ細胞を増殖しなかったという結果及び以前の研究から得られた情報に基き、アクセサリー遺伝子ｖｐｒをマルチ遺伝子ワクチン構築物の部分として含めなかったことが記載されており、もし仮にｖｐｒクローンによる刺激でＴ細胞増殖が誘導されていれば、このｖｐｒ遺伝子も含めて４つのＨＩＶタンパク質を融合した可能性が高いといえる。
　さらに、原査定の拒絶の理由で引用した引用文献２（国際公開第０２／３６８０６号）に「【請求項７】前記疾患関連抗原が、連結してひとつになっているが、この順序である必要はないＨＩＶの抗原性フラグメントＧａｇ−Ｐｏｌ−Ｔａｔ−Ｒｅｖ−ＮｅｆまたはＴａｔ−Ｒｅｖ−Ｅｎｖ−Ｎｅｆを含む、請求項６に記載の核酸構築物。」と記載され、また、上記引用例記載事項（vi)に「ＣＴＬは、ウイルス感染細胞をターゲットとして破壊することによるウイルスクリアランスにおいて決定的な役割を演じる。特異的ＣＴＬ応答の生成によって免疫応答をウイルスタンパク質に向けることは、ウイルス内の複数の抗原性標的に対する広範な免疫応答の誘導を可能にするであろう。」とあるように、細胞性免疫又は体液性免疫の獲得のため、ウイルスの複数の抗原性標的を用いて広範な免疫応答を誘導しようとすることは、本願優先日前既に周知の技術的課題であるから、Ｖｉｆ−Ｖｐｕ−Ｎｅｆ融合タンパク質が細胞性免疫を誘導できたという上記引用例の記載に接した当業者であれば、より多くのＨＩＶアクセサリータンパク質を用いて、さらに広範な免疫応答を誘導しようとすることは自然の発想であり、この点に格別の特徴は見出せない。
　
（１−３−２）相違点（ロ）について
　引用例の記載で実際にＣＴＬ誘導及びＴ細胞増殖反応を測定するために用いたＶＶＰは、弱毒化形態の融合タンパク質であるが、上記引用例記載事項(i)には「幾つかの具体例において、このポリタンパク質のコンポーネントタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｖｉｆ、Ｖｐｕ及びＮｅｆの順序で配置される。幾つかの具体例においては、少なくとも１つのタンパク質コンポーネントは、弱毒化形態のアクセサリータンパク質である。幾つかの具体例においては、ヒト免疫不全ウイルスのアクセサリータンパク質のＶｉｆ、Ｖｐｕ及びＮｅｆタンパク質コンポーネントの各々は、弱毒化形態である。」とあるように、引用例でも弱毒化タンパク質に限定しているわけではなく、弱毒化していないネイティブなタンパク質を用いることもその１態様として包含しており、弱毒化形態のタンパク質に代えネイティブなタンパク質を用いることは、当業者が必要に応じて適宜なし得ることである。
　さらに、上記引用例記載事項(vii)に「機能的及び弱毒化遺伝子を免疫原として使用した免疫学的データは、完全に類似している。弱毒化並びに機能的クローンの両方が、強いが変化しやすいＣＴＬ及びＴ細胞増殖応答をマウスにおいて誘導することができた。」とあるように、ネイティブなタンパク質と弱毒化したタンパク質におけるＣＴＬ及びＴ細胞増殖は同等であったことが記載されており、弱毒化したタンパク質を免疫原として用いる不利益がなければ、ワクチンとしての安全性等の見地から、引用例のように弱毒化したものを用い、弱毒化したタンパク質を用いる不利益があればネイティブなタンパク質を用いるという、二者択一の事項にすぎず、引用例に記載の融合タンパク質にネイティブなタンパク質を用いることは、当業者であれば必要に応じて随時なし得ることである。
　
（１−３−３）相違点（ハ）について
　引用例に記載の配列番号１〜３の核酸配列は、いずれもＨＩＶ−１由来のものであることが記載されており、配列番号１〜３で示される弱毒化したｖｉｆ、ｖｐｕ、ｎｅｆのそれぞれの核酸配列は、相同性検索の結果、ＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）におけるｖｉｆ、ｖｐｕ、ｎｅｆと、核酸レベルでそれぞれ９４％、９６％、９８％の相同性、アミノ酸レベルで８０％以上の相同性を有するから、相違点（ハ）は実質的な相違ではない。
　
（１−３−４）本願発明１Ａ、１Ｂの効果について
　本願明細書には、本願発明１Ａの融合タンパク質をコードする核酸配列を、ウイルスゲノムに挿入してウイルスベクターを作成することが記載されているにとどまり、実際に、このウイルスベクターによってＣＴＬ誘導やＴ細胞増殖を誘導できることは確認されておらず、本願発明１Ａ及び１Ｂにおいて、融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質を３つではなく、４つ以上としたことにより、上記引用例の記載から予測できない程の格別な効果が奏されたものとはいえない。
　また、本願発明１Ａにおいて奏される、融合タンパク質にネイティブなタンパク質を組み込むことにより、個々のネイティブなタンパク質の活性を低下できる点については、自然界において個別に発現し、機能しているタンパク質を融合タンパク質にすれば、個々のタンパク質のネイティブなコンフォメーションが変化して、その個々の活性に変化を与えることは、当業者であれば予測し得る範囲内のことであり、本願発明１Ａにおいて奏される効果が、上記引用例の記載から予測できない程の格別なものとはいえない。
　したがって、本願発明１は、引用例の記載から当業者が容易に発明することができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができない。
　
（１−４）審判請求人の主張
　審判請求人は、平成２３年１２月１３日付回答書中で、(i)「本発明の融合タンパク質は副作用の少ないワクチンの調製に有用です。本発明のポイントは、本発明の融合タンパク質は、融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の間に切断配列を有しないという点にあります。すなわち、本発明の融合タンパク質は切断されて本来のＨＩＶタンパク質を生成させることはありません。本発明の融合タンパク質は天然のＨＩＶタンパク質に起因する欠点を失っており、それゆえ、免疫応答を抑制するこれらのタンパク質の好ましくない効果を避けることができます。本発明者らは、単一タンパク質が有する副作用をもたないワクチンとして利用できるタンパク質を提供するという課題を解決することを目指しました。 発明者らは、本発明の融合タンパク質は、好ましくない副作用を有することなく、免疫応答を生起する能力を維持していることを見出しました。本発明の融合タンパク質は、融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質を弱毒化形態で用いる必要がないという利点も有します。」、及び(ii)「しかし、本発明者らは、この行動指針をとることにより（大きな困難にもかかわらず）驚くべき成功をおさめ、予測できない免疫応答を観察したのです。ＷＯ２０１１／０４２１８０に示されるとおり、本発明の融合タンパク質を含むワクチンは、臨床試験において、安全かつ有効であることが示されました（参考資料１：実施例３（２５−３４頁）、及びＦｉｇ.２）。 」と主張している。
　まず、上記(i)の主張については、引用例記載事項(iv)、(v)には、ｐＶＶＮとタンパク分解切断部位を有するｐＶＶＮ−ｐの両方について、Ｎｅｆワクシニア感染標的を用いてのＣＴＬの特異的溶解のパーセンテージが３１％と３８％であり、ＨＩＶ−１に感染したＮＩＨ３Ｔ３／ＣＤ４／ＣＣＲ５細胞を用いてのＣＴＬの特異的溶解のパーセンテージが、二向性ウイルスに感染した標的では、２９％と４２％、Ｔ向性感染標的では１６％と２１％であり、ｐＶＶＮ−Ｐ構築物により誘導された特異的ＣＴＬのパーセンテージは、常に、ｐＶＶＮ構築物による免疫化よりも高いと記載されている。しかしながら、タンパク分解切断部位を有さないｐＶＶＮにおいても、３１、２９、１６％と有意に細胞性免疫誘導がなされたことが具体的に記載されており、しかも、引用例には、Ｈｅｌａ細胞中のＶＶＮは、６１kDaの融合タンパク質の形態で存在し切断されないことも具体的に確認されており、融合タンパク質を構成するＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の間に切断配列を有さないＶＶＰは、切断されて本来のＨＩＶタンパク質を生成させることはないにもかかわらず、細胞性免疫を誘導することが確認されており、引用例には、タンパク分解切断部位を有さないＶＶＮをその一態様とする発明が明確に記載されている。
　また、審判請求人が、平成２１年５月１１日付意見書に添付した比較試験のデータによれば、Ｈｅｌａ細胞において、Ｔａｔタンパク質が、Ｖｉｆ−Ｖｐｒ−Ｖｐｕ−Ｒｅｖ−Ｔａｔという融合タンパク質中でも活性ではあるが、Ｔａｔ単独に比較して活性が１／５となること、弱毒化ＴａｔではＴａｔ単独に比べて１／９となることが示されているが、融合タンパク質ではネイティブなコンフォメーションが阻害され、個々のタンパク質の活性が変化することは、当業者であれば予測できることであるばかりか、活性は１／５程度といっても依然として存在するから、ワクチンの技術分野における当業者であれば、引用例のように弱毒化形態とすることを選択するといえ、むしろネイティブなタンパク質を用いることにより奏される効果が、当業者が予測できない程の格別なものとはいえない根拠となるものである。しかも、弱毒化タンパク質を用いる態様も本願発明１は包含しており、審判請求人の上記(i)の主張は採用できない。
　次に上記(ii)の主張についても、本願優先日から９年後に公開されたＷＯ２０１１／０４２１８０に記載のワクチンは、その図面１に示されているように、Ｖｉｆ−Ｖｐｒ−Ｖｐｕ−Ｒｅｖという融合タンパク質だけでなく、ウイルスベクターの異なる場所に、不活性化Ｎｅｆ及び不活性化Ｔａｔ、Ｇａｇ−Ｐｏｌを含有するウイルスベクターであり、本願発明１の融合タンパク質自体の効果を証明するものではなく、しかも、本願明細書の記載からは明らかではない効果について、本願優先日から９年という長期間を経過した後に、初めて明らかにされたものであるから、審判請求人の上記(ii)の主張は採用できない。
　
（２）特許法第３６条第４項
　本願発明１は、融合タンパク質という化学物質に係る発明であり、化学物質に係る発明について、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明に記載されているといえるためには、その化学物質が製造可能なように記載されているだけでなく、その用途が明らかにされ使用できるように記載されていること、あるいは技術常識を参酌すれば記載されているに等しいことが要件とされる。
　一方、本願請求項１に記載の発明には、ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列の誘導体を含む融合タンパク質であって、融合タンパク質中のアミノ酸配列の対応部分をＨＩＶ−１単離株ＨＸＢ２Ｒ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＫＯ３４５５）における各ＨＩＶタンパク質のアミノ酸配列と比較した場合に、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列を含む融合タンパク質が包含されている。
　しかしながら、少なくとも５０％の相同性を示すアミノ酸配列では、ＨＩＶタンパク質とはアミノ酸配列が著しく異なり、その結果、細胞性免疫を誘導できない融合タンパク質が多数包含されていることは明らかである。
　したがって、本願請求項１に記載の化学物質に係る発明には、その用途が不明であって使用できない物が包含されており、本願の発明の詳細な説明には、当該発明について当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているものとは認められず、本願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。
　
４．むすび
  以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、特許法第２９条２項の規定により特許を受けることができないものであり、また、本願請求項１に記載の発明について、本願は特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。