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　特願２００５−５１７６９２「システイン残基が酸化されたＤＪ−１誘導体」拒絶査定不服審判事件〔平成１７年　８月１８日国際公開、ＷＯ２００５／０７５５１３〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
 第１．手続の経緯・本願発明
　本願は、特許法第４１条に基づく優先権主張を伴う平成１７年（２００５年）２月２日を国際出願日（優先日２００４年２月４日　特願２００４−２７６１７号、２００４年２月２４日　特願２００４−４７５１７号）とする国際出願であって、その請求項１に係る発明は、平成２５年１月２２日付手続補正書によって補正された特許請求の範囲の請求項１の記載からみて、以下のとおりのものである。
　
「ＤＪ−１において、１０６位のシステイン残基がシステインスルホン酸に酸化されてなるＤＪ−１誘導体（Ｃｙｓ（ＳＯ３Ｈ）１０６ＤＪ−１）。」（以下、「本願発明」という。）
　
第２．引用例
　当審の拒絶の理由で引用例１として引用された、本願優先日前の２００１年（平成１３年）に頒布された刊行物であるFree Radical Biology & Medicine,2001,Vol.30,No.6,pp.625-635には、下記の事項が記載されている。
　
（１）「我々は、二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動（2D-PAGE)により、酸化ストレスに反応する、ヒト臍帯静脈内皮細胞（HUVEC)で発現する蛋白のパターンを調べた。HUVECにH2O2を100μMで60分間曝露すると、銀染色後の2Dゲルにおいて、コントロールゲルに比較して、8つのスポットの濃度が増加し、8つのスポットの濃度が減少した。これらの変化は、クメンヒドロパーオキシド及びtert-ブチルヒドロパーオキシドのようなヒドロパーオキシドに対して細胞を曝露した場合にも観察されたが、Ｓ−アルキル化化合物、酸化窒素及び重金属塩のような酸化ストレスを誘導する他の薬剤に曝露した場合には、観察されなかった。それゆえ、これらのタンパク質をヒドロパーオキシド反応タンパク質（HPRPs）と名付けた。」（abstractの項1〜7行）
　
（２）「HUVECをH2O2に曝露後の反応タンパク質の検出
　我々は2D-PAGEをヒト臍帯静脈内皮細胞（HUVEC）において、酸化ストレスに対して、そのレベルが反応するタンパク質を検出するために、2D-PAGEを使用した。最初に、生物システムにおいて産生されるROS（合議体注：活性酸素種）であるH2O2に対しHUVECを曝露した。Figure 1A及び1Bは典型的な2Dゲルを示している。その上では、タンパク質は等電点電気泳動法(IEF)により第１次元方向に分離された。100μM H2O2で1時間曝露した後、我々は、コントロールゲルに比較して、ゲル上で新たに見えるようになった4つのスポット及び濃くなった2つのスポットを見出した(Figs.1C 1D)。それと同時に、H2O2に反応して、6つのスポットが、濃度が減少し、あるいは、消滅した。次に、塩基性pIをもつタンパク質を分析するために、我々は、第1次元をNEPHGEにより2D-PAGEを行った。・・・。結局のところ、銀染色による検出により、HUVECにおいて、16のタンパク質の発現が、H2O2に反応するように見えた。シクロヘキシミド(10μg/ml)は、タンパク質合成を阻害するものであるが、これらのH2O2に誘導される反応に対し影響を示さなかった。」(627頁右欄12〜35行)
　
（３）「HPRPsの同定
　HPRPsを同定するために、我々は、マイクロシークエンシングにより様々なタンパク質の内部アミノ酸配列を分析した。得られたアミノ酸配列及びコンピューターデータベースから同定された対応するタンパク質はTable 1に要約されている。我々の分析は、16HPRPsのうちの12個が、2つの異なるそれぞれのpI値をもつ6のタンパク質に対応することを明らかにした。」（629頁左欄9〜16行）
　
（４）「これらの観察は、様々なタンパク質はH2O2に反応して、より低いpI値の構造的に修飾された形へ変換されたことを示している。それは、たぶん、特定の遺伝子の活性化に関わらない。」（629頁右欄4〜8行）
　
（５）Table 1には、HPRP-2が、分子量25.1kDa、pI 6.2であること、及び、HPRP-2’が、分子量25.1kDa、pI 5.8であることが記載されている。(630頁)
　
 
　当審の拒絶の理由で引用例２として引用された、本願優先日前の２００１年（平成１３年）に頒布された刊行物であるFree Rad. Res.,2001,Vol.35,pp.301-310は、「２次元ゲルにおけるペルオキシレドキシン及びDJ-1の酸化体が、Paraquatの致死レベルへの反応において、増加した」と題した文献であって、下記の事項が記載されている。
　
（６）「我々は以前に、パーオキシレドキシンI(PrxI),Prx II,Prx III,Prx VI,HSP27,G3PDH及び２つの同定されていないタンパク質（HPRP-2'及びHPRP-5')からなる、ヒドロパーオキシド反応タンパク質（HPRPs)をヒト臍帯静脈内皮細胞で発見した。」(301頁左欄1〜5行)
　
（７）「マイクロシークエンス分析により、HPRP-2及び-2'は、ヒトDJ-1に一致することが明らかになった。」(301頁左欄18〜20行)
　
（８）「我々は以前に、初代培養されたヒトさい帯静脈から誘導された内皮細胞（HUVEC)においてHPRPsを見出した[12]。我々はHUVEC にかえて、ヒト内皮細胞株（ECV304）を用いると、細胞外からのECV304に対するH2O2曝露により、HPRP-5'を除いて、全てのHPRPsが同様に観察されたが(Figure 1,Table I)、ECV304はHUVECよりも酸化剤に対して僅かな耐性がみられた。」（304頁左欄5〜11行）
　
（９）TABLE Iには、コントロールにおいて観察されたHPRP-2が、分子量25.1kDaでpIが6.2であること、及び、H2O2処理において観察されたHPRP-2'が、分子量25.1kDaでpIが5.8であること、及び、HPRP-2及びHPRP-2'の両者が、DJ-1であることが記載されている。（305頁) 
 　 
　ここで、引用例２において、[12]として引用されている文献は、上記の引用例１である。
　したがって、記載事項（６）及び（８）より、HUVECにおいて見出されたHPRPsが、ECV304においてもHPRP-5'を除いて観察されたことがわかり、記載事項（７）及び（９）より、ECV304において同定されたHPRP-2及びHPRP-2'が、いずれもDJ-1であることがわかる。そして、記載事項（９）により、DJ-1であると同定されたHPRP-2及びHPRP-2'の分子量及びpIは、記載事項（５）のHPRP-2及びHPRP-2'と分子量及びpIで一致していることからみて、引用例１に記載されるHPRP-2及びHPRP-2'は、DJ-1であることがわかる。
  　
 　 　
第３．対比・判断
１．本願発明について
　本願明細書段落【００２３】〜【００２５】には、
「実施例１
（１）試料調製
  
培養ヒトさい帯静脈血管内皮細胞（Human Umbilical Vein Endothelial Cell: HUVEC,
を
培養した。
培地中に88.2 mM過酸化水素を3.4μl添加し（最終濃度100 μ M）１時間CO2インキュベータ内で培養を続けた。過酸化水素処理を行った細胞は回収した後リン酸緩衝液で洗浄し二次元電気泳動に供した。
  
回収した細胞は等電点電気泳動用溶液
に溶解し
等電点電気泳動（一次元目）を行った。
SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動によって二次元目の電気泳動を行った。二次元電気泳動ゲルはSyproRuby (Molecular Probes社)により蛍光染色してスポットを可視化し、HUVECへの過酸化水素負荷の有無により位置の移動したスポットを切り出した。
（３）質量分析によるタンパク質同定と構造解析
  
過酸化水素負荷に応答を示した（二次元電気泳動上で位置の移動した）スポットは、トリプシンを用いたゲル内消化によりペプチド断片とした。このペプチド混合物はナノスプレーイオン化LC-MS/MSシステムに導入した。
DJ-1誘導体のトリプシン消化フラグメントの
９３％を同定した
  
その結果、二次元電気泳動上で酸性側に現れたスポット(DJ-1誘導体)について、LC-MS/MSの測定データから構造決定を行ったところ、DJ-1の106番目のシステイン残基がシステインスルホン酸（Cys-SO3H）に酸化されていることがわかった。
と記載されている。
　そうすると、本願発明のDJ-1誘導体は、HUVECに対して、H2O2を100 μM濃度で１時間の条件で処理し、その後、一次元目に等電点電気泳動、及び、二次元目にSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いた二次元電気泳動を施すことで、位置が酸性側に移動したスポットの一つから単離した物質であるといえる。
　
２．対比
　本願発明と、引用例１に記載された事項とを比較すると、引用例１に記載のHPRP-2'は、上記第２．に記載のとおりH2O2 に反応して酸性側にシフトして現れたDJ-1であるから、両者は、
「DJ-1において、H2O2処理により酸化されてなるDJ-1誘導体」
である点で一致するが、
本願発明は、「１０６位のシステイン残基がシステインスルホン酸」に酸化されている「Cys（SO3H）106DJ-1」であるのに対し、引用例１に記載のDJ-1は、どのような位置がどのように酸化されているのかが特定されていない点で相違する。
　
３．当審の判断
　化学物質に係る発明に関しては、新規な化学物質を世の中に提供するという貢献に対して排他的独占権である特許権が付与されるものであり、公知の化学物質の、未知であった部分構造を解明し、解明された部分構造を特定することでは、新規な化学物質を提供したとはいえない。そのような新たに解明された部分構造によりが特定された化学物質であっても、部分構造による特定は、公知の化学物質に関する新規な情報を提供しているにすぎず、その化学物質自体が新規ではないと判断される。
　
　ここで、本願発明と、引用例１記載のDJ-1の誘導体（HPRP-2')を比較すると、いずれも、同じ細胞であるHUVECに対し、同じ酸化剤であるH2O2を、同じ100μMという濃度条件下、同じく１時間という時間条件で処理を施して得られたDJ-1の酸化誘導体であるから、両者は物として同一である蓋然性が極めて高いものである。
　詳細に実験条件を比較すると、両者の電気泳動の条件等に若干の差異は認められるものの、強力な酸化剤であるH2O2を、100μMで１時間という、通常生体内では存在し得ないような過酷な酸化条件に細胞は曝露されていることから、両者の酸化剤の負荷以外の若干の実験条件の差異によって、DJ-1の酸化状態に差異が生じているとは考えにくい。
　
　確かに、引用例１では、どのような位置にどのような酸化が起きているかが明らかにされていないのに対し、本願発明においては、これを「１０６位のシステイン残基がシステインスルホン酸」に酸化されている「Ｃｙｓ（ＳＯ３Ｈ）１０６ＤＪ−１」であると、酸化物の部分構造を明らかにしてはいるものの、これは、引用例１において、知られていなかった部分構造を単に解明したにすぎず、引用例１に記載される化学物質と比較して、本願発明が、このような部分構造を特定することで新規な化学物質を提供しているわけではない。
　
　よって、上記の相違点は、実質的な相違点とは認められず、化学物質に係る発明である本願発明は、引用例１に記載された物質と同一であり、新規性を有しない。
　
４．小括
　したがって、本願発明は、引用例１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない。
　
　
５．請求人の主張
　審判請求人は、意見書において、以下のような主張をしている。
（１）「しかしながら、出願時の技術常識によりますと、ＨＵＶＥＣとＥＣＶ３０４は異なる細胞であることは明らかです。本書に添付する手続補足書にて提出致します参考資料（Ｌａｂ　Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ　２０００，８０：３７−４５）によりますと、ＨＵＶＥＣとＥＣＶ３０４の機能は大きく異なり、ＥＣＶ３０４はＨＵＶＥＣ由来の細胞ではなく、更にＥＣＶ３０４は内皮細胞の細胞株としてふさわしくないことが明らかに明記されています（Ｓｕｍｍａｒｙ等をご参照ください。）
　従いまして、審判長殿が述べられておりますように、ＥＣＶ３０４がＨＵＶＥＣ細胞と
同様
　
　上記の主張は、先の拒絶理由通知に記載した、引用例
２
同様
１
　
（２）「また、審判長殿は本願発明の図面から同様のｐＩを有するＤＪ−１の酸化物を同定したことにより、引用例等に記載の発明と物として同一であると述べられています。しかしながら、同一のｐＩであるからと言って、システイン残基がスルホン酸に酸化されていることは、引用例には何ら記載されておらず、それを当然に導き出せるような記載は全く存在しませんし。さらに、酸化されるアミノ酸残基がＤＪ−１における１０６位のシステイン残基といった、特定のシステイン残基であることも引用例には何ら記載はなく、これについても当業者が当然に導き出せるような示唆も教示も何ら見当たりません。」
　
　確かに、引用例１には、DJ-1の１０６位のシステイン残基がスルホン酸に酸化されていることは記載されていないものの、４．で述べた通り、本願発明と引用例１に記載のタンパク質とは、いずれも、同じ細胞であるHUVECに対し、同じ酸化剤であるH2O2を、同じ100μMという濃度条件下、同じく１時間という時間条件で処理を施して得られたDJ-1の酸化誘導体であるから、両者は物として同一である蓋然性が極めて高いものであって、引用例１に記載のDJ-1の酸化物も、本願発明と同じく、１０６位のシステイン残基がスルホン酸に酸化されていると推認される。
　
　したがって、請求人の主張は採用できない。
　
　
第４．むすび
　以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができないから、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論の通り審決する。