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　特願２００３−５７１４１３「組換えマイナス鎖ウイルスＲＮＡ発現系およびワクチン」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年　９月　４日国際公開、ＷＯ０３／７２７２５、平成１７年　６月２３日国内公表、特表２００５−５１８２０９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、２００３年２月２１日（パリ条約による優先権主張２００２年２月２１日、米国）を国際出願日とする出願であって、その請求項１〜１７に係る発明は、平成２１年７月２１日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１〜１７に記載された事項により特定されるものと認められるところ、そのうち請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。 
　
「【請求項１】
分節されたベクターの組換え系を用いてマイナス鎖の天然には非分節型であるウイルスのためのマイナス鎖ＲＮＡウイルスを産生するための方法であって、該方法は、宿主細胞を、以下：
　（ａ）２個以上の異なる組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子をコードするヌクレオチド配列であって、該組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子の各々は、マイナス鎖ＲＮＡウイルスのＲＮＡポリメラーゼの結合部位、ならびにウイルス媒介性の複製および転写に必要なシグナルを含み、かつ該宿主細胞において該ウイルスの２個以上の異なるゲノムｖＲＮＡまたは対応するｃＲＮＡを発現し、該ウイルスアンチゲノムは、２つ以上の分節に分かれ、２つ以上のＲＮＰが生成される、ヌクレオチド配列；ならびに
　（ｂ）該ウイルスの核タンパク質およびＲＮＡ依存性ポリメラーゼを発現する、発現ベクターまたは発現ベクターのセット、
　によってトランスフェクトする工程であって、（ａ）の該２つ以上のＲＮＰが再構成され、感染性ウイルスを形成するように集合する、工程、ならびに
　培養物から該ウイルスを回収する工程、
を包含する、方法。」
　
２．引用例
　本願の優先日前に頒布された刊行物である国際公開第９９／６６０４５号（以下、「引用例」という。）には、次の事項が記載されている。なお、下線は当審で付加した。
　
　（ア）（特許請求の範囲）
「１．
鳥類パラミクソウイルス（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｕｓ）の感染性コピー生成を可能とする鳥類パラミクソウイルス・ゲノムの５’−末端に相当する核酸配列
２．（省略）
３．
複製鳥類パラミクソウイルス・ミニゲノム生成を可能とする
４．
ニューカッスル病ウイルス
５．〜１７．（省略）
１８．請求項１ないし１６のいずれかに記載の
ｃＤＮＡを少なくとも１つの細胞にトランスフェクションする
感染性コピー・鳥類パラミクソウイルスの生成方法
１９．前記
細胞がウイルス・ヌクレオカプシド（ＮＰ）、ホスホ−（Ｐ）または大型ポリメラーゼ（Ｌ）タンパク質を少なくとも発現し得る
２０．〜３１．（省略）」
　
　（イ）（１ページ３〜４行）
「
ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）
　
　（ウ）（３ページ１１行〜4ページ７行）
「
ＮＤＶ遺伝子は、陰性極性で、ウイルスタンパク質をコードするメッセンジャーＲＮＡに相補的な一本鎖ＲＮＡ分子
　この
ＲＮＡは、ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質との複合体で、リボ核酸キャプシド粒子（ＲＮＰ）を形成し
　ＮＤＶの複製は、他のパラミクソウイルス属によって使用される方法と類似している。・・・（中略）・・・
　ウイルスの
ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲＮＰの一部である）は、
相補的な転写物を産生する
ＲＮＡポリメラーゼ複合体は、転写から複製にスウィッチングされ、結果として、完全長のゲノムおよび相補ゲノムＲＮＡ分子の合成がなされる
　
新たに形成されたＲＮＰは
細胞膜において包膜される
感染した細胞から放出される
　
　（エ）（１６ページ１３〜２０行）
「
完全長ｃＤＮＡを用いる代りとして、複製応答能のあるサブゲノムＲＮＡを産生させ、かつ、鳥類パラミクソウイルスタンパク質の発現を完全に補完しあう２つ以上のサブゲノムＲＮＡを使用することが可能である。
　
　（オ）（４９ページ１０行〜５１ページ２１行）
「ヘルパーウイルスによるＮＤＶミニゲノムの複製
  
ＮＤＶの３’および５’末端が複製および転写に機能しているかどうかを決定する
  これらのミニゲノムを、転写ベクターｐＯＬＴＶ５中で両方向にクローニングして、それぞれ、
プラスミドｐＯＬＴＶ５３５およびｐＯＬＴＶ５５３を産生した
ｐＯＬＴＶ５３５Ｎ０〜Ｎ５およびｐＯＬＴＶ５５３Ｎ０〜Ｎ５）は、サイズが１〜６ｎｔだけ異なっており
プラスミドｐＯＬＴＶ５３５Ｎ３およびｐＯＬＴＶ５５３Ｎ３だけがＮＤＶ感染後のＳＥＡＰ活性の上昇を引き起こした。
プラスミドｐＯＬＴＶ７３５Ｎ３およびｐＯＬＴＶ７５３Ｎ３によって生成したミニゲノムＲＮＡだけがヘルパーウイルスによって複製される
７
７
５
５
　
　（カ）（５１ページ３１行〜５２ページ２４行）
「ヘルパーウイルスによるＮＤＶミニゲノムのパッケージング
　
　ミニゲノムＲＮＡがＮＤＶヘルパーウイルスでパッケージされるか否かを決定するために、トランスフェクションした細胞の培地を新しい単層に移し、１時間の吸着の後、その単層をＰＢＳで３回洗浄し、さらに完全培地でインキュベートした。・・・（中略）・・・この発見は、
ミニゲノムＲＮＡが、ＮＤＶエンベロープにパッケージされ得ることおよびこれらの粒子が細胞を感染させ得る
パッケージングが複製に依存していることであり、このことは、ウイルス性ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質と複合体を形成するＲＮＡ分子だけがウイルス様粒子にパッケージされる
　
  ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質を発現するプラスミドによるＮＤＶミニゲノムの複製
　
  ミニゲノムＲＮＡも基本的な
ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質をコードしているプラスミドによって複製されるか
それぞれ、プラスミドｐＣＩｎｅｏＮＰ、−Ｐおよび−Ｌ（ｃ）からなるプラスミドの組み合わせで細胞をトランスフェクションした
ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質をコードしているプラスミドは事実、ミニゲノムＲＮＡを複製し得ることが判明した。
　
　（キ）（５３ページ１８行〜５５ページ１８行）
「転写プラスミドｐＯＬＴＶ５中の完全長ＮＤＶ　ｃＤＮＡクローンの構築
　
　ＮＤＶ株ＬａＳｏｔａの完全長ｃＤＮＡクローンを構築するために、図４に示されている戦略に従って、全ＮＤＶゲノムに亘る重複ｃＤＮＡクローンを共有制限部位で結合した。転写プラスミドｐＯＬＴＶ５から導出される
ミニゲノムプラスミドｐＯＬＴＶ５３５（上記参照）の中に全ＮＤＶ　ｃＤＮＡを組み立てた
　・・・（中略）・・・転写プラスミドｐＯＬＴＶ５のＳｍａＩ部位とＳｔｕＩ部位との間にクローニングした完全長ＮＤＶ　ｃＤＮＡからなる、
得られたプラスミドをｐＮＤＦＬ＋と称した
　
　完全長ｃＤＮＡからの
感染性ＮＤＶの産生
　
　クローニングしたｃＤＮＡだけから
感染性ＮＤＶを産生するために、ミニゲノムプラスミドについて上に記載したように、ｐＣＩｎｅｏＮＰ、−Ｐおよび−Ｌ（ｃ）を用いるコトランスフェクション実験において、プラスミドｐＮＤＦＬ＋を使用した。
　
感染性ウイルスを回収するために、トランスフェクションしたＣＥＦ単層の上清を有胚鶏卵の尿膜腔
卵中で経代培養
ｐＮＤＦＬ（＋）、ｐＣＩｎｅｏＮＰ、−Ｐおよび−Ｌ（ｃ）の複合体でトランスフェクションした細胞の上清だけが、血球凝集検定法で陽性の反応を示した
接種した鶏卵から回収したウイルス
　
３．対比
　上記の摘記事項（ア）〜（ウ）、（オ）〜（キ）の記載から、引用例には「ニューカッスル病ウイルスの感染性コピー生成を可能とするニューカッスル病ウイルス・ゲノムの５’末端及び３’末端の核酸配列を含んでなるニューカッスル病ウイルスｃＤＮＡを、ウイルス・ヌクレオカプシド（ＮＰ）、ホスホ−（Ｐ）及び大型ポリメラーゼ（Ｌ）タンパク質をコードするプラスミドの組み合わせでトランスフェクションした細胞にトランスフェクションし、その上清を注入した有胚鶏卵中で培養したウイルスを回収することを含む、感染性ニューカッスル病ウイルスの生成方法。」の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されている。
　
　本願発明と引用発明を対比すると、ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）遺伝子は、陰性極性で、ウイルスタンパク質をコードするメッセンジャーＲＮＡに相補的な一本鎖ＲＮＡ分子である（摘記事項（ウ））から、引用発明の「ニューカッスル病ウイルス」は本願発明の「マイナス鎖の天然には非分節型であるウイルス」及び「マイナス鎖ＲＮＡウイルス」に相当する。
　また、ＮＤＶの３’および５’末端が含まれれば、他のシグナルを必要とせずにＮＤＶミニゲノムが複製できること（摘記事項（オ））から、複製および転写の機能を有するＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼの結合部位も、３’あるいは５’末端内に位置することは明らかである。したがって、引用発明の「ニューカッスル病ウイルスの感染性コピー生成を可能とするニューカッスル病ウイルス・ゲノムの５’末端及び３’末端の核酸配列を含んでなるニューカッスル病ウイルスｃＤＮＡ」は、本願発明の「ウイルスゲノムＲＮＡ分子をコードするヌクレオチド配列であって、該組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子」は「マイナス鎖ＲＮＡウイルスのＲＮＡポリメラーゼの結合部位、ならびにウイルス媒介性の複製および転写に必要なシグナルを含み」に相当する。
　また、宿主細胞内で転写、複製されたＮＤＶゲノムＲＮＡは、ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質とＲＮＰを形成するものであるから（摘記事項（ウ）、（カ）、（キ））、引用発明の「ニューカッスル病ウイルスの感染性コピー生成を可能とするニューカッスル病ウイルス・ゲノムの５’末端及び３’末端の核酸配列を含んでなるニューカッスル病ウイルスｃＤＮＡ」は、本願発明の「該宿主細胞において該ウイルスの」「ゲノムｖＲＮＡまたは対応するｃＲＮＡを発現し、該ウイルスアンチゲノムは」「ＲＮＰが生成される、ヌクレオチド配列」にも相当する。
　さらに、本願明細書の段落【００３８】には、「ＮＰ＝核タンパク質（ＲＮＡと結合し、ポリメラーゼ活性に必須である）」と定義され、また段落【００６１】には「ＲＮＡポリメラーゼタンパク質（ＬおよびＰ）」との記載があるから、引用発明の「ウイルス・ヌクレオカプシド（ＮＰ）、ホスホ−（Ｐ）及び大型ポリメラーゼ（Ｌ）タンパク質をコードするプラスミドの組み合わせ」は、本願発明の「（ｂ）該ウイルスの核タンパク質およびＲＮＡ依存性ポリメラーゼを発現する、発現ベクターまたは発現ベクターのセット」に相当する。
　加えて、上記のとおり、ニューカッスル病ウイルスの感染性コピー生成において、ウイルス性ＮＰ、ＰおよびＬタンパク質とゲノムＲＮＡ分子が複合体（ＲＮＰ）を形成してウイルス様粒子にパッケージされる（摘記事項（ウ）、（カ）、（キ））から、引用発明の「感染性コピー生成」は、本願発明の「ＲＮＰが再構成され、感染性ウイルスを形成するように集合する、工程」に相当する。
　また、引用発明の「有胚鶏卵中で培養したウイルスを回収する」は本願発明の「培養物から該ウイルスを回収する工程」に相当する。
　以上のことから、本願発明と引用発明は以下の一致点と、一応の相違点を有する。
　
　［一致点］
　両者が「マイナス鎖の天然には非分節型であるウイルスのためのマイナス鎖ＲＮＡウイルスを産生するための方法であって、該方法は、宿主細胞を、以下：
　（ａ）組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子をコードするヌクレオチド配列であって、該組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子は、マイナス鎖ＲＮＡウイルスのＲＮＡポリメラーゼの結合部位、ならびにウイルス媒介性の複製および転写に必要なシグナルを含み、かつ該宿主細胞において該ウイルスのゲノムｖＲＮＡまたは対応するｃＲＮＡを発現し、該ウイルスアンチゲノムは、ＲＮＰが生成される、ヌクレオチド配列；ならびに
　（ｂ）該ウイルスの核タンパク質およびＲＮＡ依存性ポリメラーゼを発現する、発現ベクターまたは発現ベクターのセット、
　によってトランスフェクトする工程であって、（ａ）の該ＲＮＰが再構成され、感染性ウイルスを形成するように集合する、工程、ならびに
　培養物から該ウイルスを回収する工程、
を包含する、方法。」
である点。
　
　［一応の相違点］
　（ｉ）組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子をコードするヌクレオチド配列が、本願発明では「
２個以上の異なる
　（ｉｉ）該組換えウイルスゲノムＲＮＡ分子の
各々
　
４．判断
　（１）一応の相違点（ｉ）について
　摘記事項（エ）には、ＮＤＶのゲノムＲＮＡをコードする完全長ｃＤＮＡを用いる（摘記事項（キ））代りとして、複製応答能のある、タンパク質の発現を完全に補完しあう２つ以上のサブゲノムＲＮＡを産生させることが記載されている。
　したがって、引用例には、「ニューカッスル病ウイルスｃＤＮＡ」の態様として、「完全長ｃＤＮＡ」を用いる態様の他に、ＮＤＶのタンパク質の発現を
完全に補完しあう２つ以上のサブゲノムＲＮＡ
いずれも異なる
　
　（２）一応の相違点（ｉｉ）について
　ＮＤＶの３’および５’末端が含まれれば、他のシグナルを必要とせずにＮＤＶミニゲノムが複製できること（摘記事項（オ））から、複製及び転写を意図する上記のサブゲノムＲＮＡの
各々
　
　以上のことから、上記一応の相違点（ｉ）及び（ｉｉ）は、いずれも引用例に記載され、あるいは記載されているに等しい事項であり、実質的な相違点とはいえない。
　
　したがって、本願発明は、本願の優先日前に頒布された刊行物である引用例に記載された発明である。
　
５．請求人の主張について
　請求人は、平成２１年７月２１日付け意見書において以下の（１）を、また審判請求書の請求の理由を補正する平成２２年３月３１日付け手続補正書において、以下の（２）及び（３）を主張している。
　
　（１）引用文献１（上記の引用例、以下、「引用例」と表記する。）は、ニューキャッスル病ウイルス（ＮＤＶ）の全長ｃＤＮＡを開示するものであり、１６ページには、２つ以上のサブゲノムｃＤＮＡを用いる可能性があるとは記載されているが、その証拠はなく単なる憶測に過ぎない。
　引用例では、ＲＮＡが別々にパッケージングされることが記載されているが、同時に感染および遺伝子の機能を補完することが必要であり、引用例の方法では、同時に感染および遺伝子の機能を補完が必要となる。したがって、補正後の本願発明の「感染性ウイルスを形成する」との特徴とは異なるものである。
　（なお、感染性のウイルスの形成については本願明細書に記載されるものであり、客観証拠である甲第１号証には、以下が記載されている。
「本研究者らは、分節型ゲノムを有するウイルスに感染した同じ細胞において両方のレポーター遺伝子を検出することができた。」）
　
　（２）原査定では、引用例には、「ニューキャッスル病ウイルス（ＮＤＶ）の全長ｃＤＮＡを開示するものであり」、「２つ以上のサブゲノムｃＤＮＡを用いる」点は、明示的に開示がない点については、否定されていないので、事実上認定している。
　
　（３）本願発明は、上記のように、２つ以上の異なるウイルスゲノムＲＮＡ分子をコードする２つ以上のセグメント化されたベクターの組み換えシステムを用いて天然にはセグメント化されていないウイルスの新規生産方法を提供するものであり、本願明細書は、その具体的な方法を提供し、その有用性を提供し、ウイルスの改変ないし減少したビルレンスおよび減毒が、定性的ないし顕著に定量的に異なることを実証しており、例えば、００２３段落、００３７段落、００７０段落および００９７段落に記載がある。
　また、客観証拠として、平成２１年７月２１日付けで甲第１号証を提出した。
　
　上記の主張について検討する。
　
　（上記（１）について）
　引用例の摘記事項（エ）には、「鳥類パラミクソウイルスタンパク質の発現を完全に補完しあう２つ以上のサブゲノムＲＮＡを使用することが
可能である
　また、引用例には、ＮＤＶの３’および５’末端が含まれれば、他のシグナルを必要とせずにＮＤＶミニゲノムが複製でき、パッケージングが複製に依存していること（摘記事項（オ）、（カ）、さらに完全長ｃＤＮＡから感染性ＮＤＶを産生できたことが記載されている（摘記事項（キ））。これらのことからすれば、完全長ｃＤＮＡよりも短いｃＤＮＡを用いて作成したＮＤＶサブゲノムも複製でき、かつパッケージングされるであろうことは当業者が十分、理解できることである。
　さらに、摘記事項（エ）における「ＲＮＡが別々にパッケージされることが
あっても
　
　なお、上記主張のうち「本願発明の「感染性ウイルスを形成する」との特徴とは異なる」とする点を、本願発明の方法が、感染性ウイルスのみを産生するための方法である、あるいは単離された感染性ウイルスを産生するための方法である、ということを前提としていると考えることもできる。
　しかしながら、仮にそのように考えたとしても、本願明細書及び請求人の甲第１号証のいずれにも、本願発明の方法によって、ＮＤＶ由来の異なるＲＮＡが一緒にパッケージされたウイルス粒子のみが産生されること、あるいは、このような粒子を単離する方法については何ら記載されていない。
　むしろ、以下に述べるとおり、甲第１号証には、本願発明と同様にして産生されるウイルスが、ＲＮＡが１種又は２種含まれるウイルス粒子の混合物であることが記載されているから、上記主張は実質的な根拠に乏しいものである。
　すなわち、甲第１号証（Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｍａｒ．２００８，Ｖｏｌ．８２，Ｎｏ．６，ｐ．２６９２−２６９８）は、本願の国際出願日から５年以上も後に刊行された論文であるが、そのｐ．２６９７左欄第７〜２５行には、
　「
２セグメントウイルスが弱毒化されている
ウイルス粒子がゲノムセグメントのうち１又は２種類を含みうるものであるから
１種類のセグメントしか有さない粒子は単独で子孫ウイルスを生成することができず、したがって欠陥を有する。
これらの粒子は同じセグメントあるいは異なるセグメントを含みうるものであり、異なるセグメントを含んだものだけが複製能を有している。
２つのＲＮＡセグメントを有する粒子の８２．６％はセグメント１を２コピー有し、０．８％はセグメント２を２コピー有し、残りの１６．６％だけが各セグメントを一つずつ有することになる
と記載されている。
　つまり、産生されたウイルス粒子は、種々のＲＮＡ（ゲノムセグメント）を含む
混合物
目的とする２種類のＲＮＡが含まれるウイルス粒子が、２つのＲＮＡセグメントを有する粒子のわずか１６．６％にすぎない
　
　これらのことから、上記主張は採用できない。
　
　（上記（２）について）
　拒絶査定には、引用例に「２つ以上のサブゲノムｃＤＮＡを用いる」点は、明示的に開示がないことを認めた記載はないので、上記主張は拒絶査定の内容を正解しないものであり、失当である。
　
　（上記（３）について）
　４．で述べたとおり、本願発明は本願の優先日前に頒布された刊行物である引用例に記載された発明であるから、特許法第２９条第２項の適用における本願発明の効果を検討するまでもなく、同条第１項第３号に該当し、特許を受けることができないものである。
　また、甲第１号証の記載はむしろ、本願発明と引用発明の同一性を明らかにするものであることも、「上記（１）について」で述べたとおりである。
　したがって、この主張も採用できない。
　
６．むすび
　以上のとおりであるから、本願の請求項１に係る発明は、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができないものである。
　したがって、他の請求項について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。