【事件の表示】
　上記当事者間の特許第３４３１１１５号「ケミカルメカニカルポリシングの操作をインシチュウでモニタするための装置及び方法」の特許無効審判事件についてされた平成２４年２月２１日付け審決に対し、知的財産高等裁判所において「特許庁が無効２００７−８００１７２号事件について平成２４年２月２１日にした審決中，『特許第３４３１１１５号の請求項９，１８，１９，２０，２４，２５，２７，２８，２９，３０，３１，３２，３９，５２に係る発明についての特許を無効とする。』との部分を取り消す。」との審決取消の判決（平成２４年（行ケ）第１０２３２号平成２５年３月１３日判決言渡）があったので、さらに審理のうえ、次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。
　特許第３４３１１１５号の請求項９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２に係る発明についての本件審判の請求は、成り立たない。
　審判費用は、その１１３分の５２を請求人の負担とし、１１３分の６１を被請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯
　平成　８年　３月２８日　　　出願（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９５年３月２８日、米国、特願平８−７４９７６号）
　平成１５年　５月２３日　　　設定登録
　平成１５年　７月２８日　　　特許公報発行（特許第３４３１１１５号）
　平成１５年１１月２７日　　　異議申立（１）（異議申立人、北村清隆、審判２００３−７２９１３号）
　平成１５年１２月２６日　　　異議申立（２）（異議申立人、松原いづみ、審判２００３−７２９１３号）
　平成１６年　４月２２日　　　取消理由通知
　平成１６年１０月２９日　　　意見書、訂正請求書
　平成１７年１２月１４日　　　異議決定（訂正を認め、維持決定）
　平成１９年　８月２４日　　　無効審判請求（無効２００７−８００１７２号）
　平成２０年　１月１６日　　　被請求人、答弁書を提出
　平成２０年　５月１６日受付　被請求人、口頭審理陳述要領書を提出
　平成２０年　５月１６日　　　請求人、口頭審理陳述要領書を提出
　平成２０年　５月２９日　　　口頭審理
　平成２０年　６月　５日受付　被請求人、上申書を提出
　平成２１年　７月１６日受付　被請求人、上申書を提出
　平成２１年１０月１４日　　　審決（「特許第３４３１１１５号の請求項１、９、１８ないし２０、２４ないし２５、２７ないし３２、３９ないし４０、４２ないし４６、４８ないし４９、５１ないし５２に係る発明についての特許を無効とする。特許第３４３１１１５号の請求項２ないし８、１０ないし１７、２１ないし２３、２６、３３ないし３８、４１、４７、５０に係る発明についての審判請求は、成り立たない。」以下、「一次審決」という。）
　平成２１年１１月２０日　　　請求人出訴（平成２１年（行ケ）第１０３７０号）
　平成２２年　２月２２日　　　被請求人出訴（平成２２年（行ケ）第１００６１号）
　平成２２年　５月２４日　　　被請求人訂正審判請求（訂正２０１０−３９００５０号）
　平成２２年　７月３０日　　　平成２２年（行ケ）第１００６１号の決定（「特許第３４３１１１５号の請求項１、９、１８ないし２０、２４ないし２５、２７ないし３２、３９ないし４０、４２ないし４６、４８ないし４９、５１ないし５２に係る発明についての特許を無効とする。」との部分を取り消す。）
　平成２２年　８月３０日　　　訂正請求期間内の訂正請求書の提出がなかったので、訂正２０１０−３９００５０号の訂正審判の請求書を本件無効審判の訂正請求とみなす（以下、本訂正請求による訂正を「一次訂正」という。）
　平成２２年１０月１２日　　　請求人、弁駁書を提出
　平成２２年１２月　１日　　　被請求人、上申書を提出
　平成２２年１２月２８日　　　平成２１年（行ケ）第１０３７０号判決（請求棄却）
　平成２３年　１月２４日　　　審決（「特許第３４３１１１５号の請求項１、９、４６、１８ないし２０、２４ないし２５、２７ないし３２、３９ないし４０、４２ないし４４、４８ないし４９、５１ないし５２に係る発明についての特許を無効とする。特許第３４３１１１５号の請求項４５に係る発明についての審判請求は、成り立たない。」以下、「二次審決」という。）
　平成２３年　６月　３日　　　被請求人出訴（平成２３年（行ケ）第１０１７７号）
　平成２３年　９月　１日　　　被請求人訂正審判請求（訂正２０１１−３９０１０６号）
　平成２３年　９月１４日　　　平成２３年（行ケ）第１０１７７号の決定（「特許第３４３１１１５号の請求項１、９、４６、１８ないし２０、２４ないし２５、２７ないし３２、３９ないし４０、４２ないし４４、４８ないし４９、５１ないし５２に係る発明についての特許を無効とする。」との部分を取り消す。）
　平成２３年１０月２１日　　　訂正２０１１−３９０１０６号の却下審決
　平成２３年１２月　８日　　　被請求人、訂正請求書を提出（以下、本訂正請求による訂正を「二次訂正」という。）
　平成２４年　１月１２日　　　請求人、弁駁書を提出
　平成２４年　２月２１日　　　審決（「特許第３４３１１１５号の請求項９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２に係る発明についての特許を無効とする。特許第３４３１１１５号の請求項１、４０、４２、４３、４４、４６、４８、４９、５１に係る発明についての審判請求は、成り立たない。」以下、「三次審決」という。）
　平成２４年　３月２９日　　　請求人出訴（平成２４年（行ケ）第１０１１７号）
　平成２４年　６月２７日　　　被請求人出訴（平成２４年（行ケ）第１０２３２号）
　平成２４年１２月２０日　　　平成２４年（行ケ）第１０１１７号判決（請求棄却）
　平成２５年　３月１３日　　　平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決（「特許第３４３１１１５号の請求項９，１８，１９，２０，２４，２５，２７，２８，２９，３０，３１，３２，３９，５２に係る発明についての特許を無効とする。」との部分を取り消す審決取消）
　
　
第２　訂正の適否について
１．訂正の内容
　被請求人の求める平成２３年１２月８日付けの訂正請求は、本件特許の願書に添付した明細書の特許請求の範囲を、訂正請求書に添付した特許請求の範囲のとおりに訂正することを求めるものであるところ、三次審決のうち、「特許第３４３１１１５号の請求項１、４０、４２、４３、４４、４６、４８、４９、５１に係る発明についての審判請求は、成り立たない」とした部分については、平成２４年（行ケ）第１０１１７号判決が確定したことをもって確定したため、残りの請求項９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２に係る発明についての訂正部分につき、その内容を、訂正箇所に下線を付して示すと、以下のとおりである。
（１）　訂正事項１
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項９について、
「【請求項９】　酸化物層の下に半導体基板を備えるウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、該回転可能な研磨ヘッドの下の研磨パッドに対して保持するステップであって、該パッドは研磨スラリによってウェットとなっている、該保持するステップと、
（ｂ）ＣＭＰが終了した終点を決定するステップであって、該終点を決定するステップは、
（ｂ１）レーザービームをウエハに向けて発するステップであって、該レーザービームは、プラーテン内に形成されたホール（孔）に近接するように配置された該研磨パッドに含まれるウィンドウを通過し、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該レーザービームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）
該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間レーザービームのための通路を与える、該発するステップと、
（ｂ２）ウエハから反射する光を検出するステップとを備える前記決定するステップとを備える方法。」とあるのを、
「【請求項９】　酸化物層の下に半導体基板を備えるウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、該回転可能な研磨ヘッドの下の研磨パッドに対して保持するステップであって、該パッドは
発泡材料からなる表面を有し、
（ｂ）ＣＭＰが終了した終点を決定するステップであって、該終点を決定するステップは、
（ｂ１）
赤光の範囲を含む
前記ウィンドウは、該パッドに形成された
中実な材料からなる
（ｂ２）ウエハから反射する
赤光の範囲を含む
と訂正する。
（２）　訂正事項２
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項１８について、
「【請求項１８】　基板上の表面層の状態の均一性を、前記層の研磨の最中に測定するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ光ビームを向けるステップであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）
前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記光ビームによって生じる干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するステップとを備える方法。」とあるのを、
「【請求項１８】　
ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、
（ａ）研磨の最中に、
発泡材料からなる表面を有する
赤光の範囲を含む
中実な材料からなる
、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与え
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記
赤光の範囲を含む
（ｃ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するステップとを備える方法。」
と訂正する。
（３）　訂正事項３
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項１９について、請求項１９自体、文言の訂正はないものの、請求項１９が引用する請求項１８の訂正にともなって訂正され、請求項２０について、請求項２０自体、文言の訂正はないものの、請求項２０が引用する請求項１９がさらに引用する請求項１８の訂正にともなって訂正されている。
（４）　訂正事項４
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項２４について、
「【請求項２４】　層を自身の上に有する基板を研磨するための研磨プロセスの特性を評価するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ光ビームを向けるステップであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）
前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記光ビームによって発生する干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から干渉計波形を抽出するステップと、
（ｄ）前記抽出された干渉計波形を保存されている情報と比較するステップであって、前記保存されている情報は、該研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、前記比較するステップと、
（ｅ）前記抽出された干渉計波形が前記保存されている情報から所定の量以上広がったとき、警告を発するステップとを備える方法。」とあるのを、
「【請求項２４】　
ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、
（ａ）研磨の最中に、
発泡材料からなる表面を有する
赤光の範囲を含む
中実な材料からなる
、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与え
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記
赤光の範囲を含む
（ｃ）前記干渉信号から干渉計波形を抽出するステップと、
（ｄ）前記抽出された干渉計波形を保存されている情報と比較するステップであって、前記保存されている情報は、該研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、前記比較するステップと、
（ｅ）前記抽出された干渉計波形が前記保存されている情報から所定の量以上広がったとき、警告を発するステップとを備える方法。」
と訂正する。
（５）　訂正事項５
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項２５について、請求項２５自体、文言の訂正はないものの、請求項２５が引用する請求項２４の訂正にともなって訂正されている。
（６）　訂正事項６
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項２７について、
「【請求項２７】　基板研磨システムであって、
（ａ）処理中に、中実な透明ウィンドウを有する研磨パッドを保持するプラーテンであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）
前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）処理中に、前記研磨パッドの前記ウィンドウを通して、研磨されるべき基板の側部に向けられ且つ入射するコリメートされた光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は干渉信号を発生する、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するようにプログラミングされたデータプロセッサとを備える研磨システム。」とあるのを、
「【請求項２７】　
ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための
（ａ）処理中に、中実な透明ウィンドウを有する
発泡材料からなる表面を有する
中実な材料からなる
、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与え
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）処理中に、前記研磨パッドの前記ウィンドウを通して、研磨されるべき基板の側部に向けられ且つ入射するコリメートされた
赤光の範囲を含む
（ｄ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するようにプログラミングされたデータプロセッサとを備える研磨システム。」
と訂正する。
（７）　訂正事項７
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項２８について、請求項２８自体、文言の訂正はないものの、請求項２８が引用する請求項２７の訂正にともなって訂正され、請求項２９について、請求項２９自体、文言の訂正はないものの、請求項２９が引用する請求項２８がさらに引用する請求項２７の訂正にともなって訂正され、請求項３０について、請求項３０自体、文言の訂正はないものの、請求項３０が引用する請求項２９がさらに引用する請求項２８がさらに引用する請求項２７の訂正にともなって訂正され、請求項３１について、請求項３１自体、文言の訂正はないものの、請求項３１が引用する請求項２９がさらに引用する請求項２８がさらに引用する請求項２７の訂正にともなって訂正され、請求項３２について、請求項３２自体、文言の訂正はないものの、請求項３２が引用する請求項３１がさらに引用する請求項２９がさらに引用する請求項２８がさらに引用する請求項２７の訂正にともなって訂正されている。
（８）　訂正事項８
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項３９について、
「【請求項３９】　
基板を研磨する
（ａ）処理中に研磨パッドを保持するプラーテンであり、前記
プラーテン
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）
前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）コリメートされた光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は、少なくとも研磨操作の一部の間に前記光ビームを前記ウィンドウに向け前記基板上に入射するように配置されて、研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉計からの周期信号を解析し、該周期信号から研磨の終点を検出するプロセッサとを備える装置。」とあるのを、
「【請求項３９】　
ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行う
（ａ）処理中に研磨パッドを保持するプラーテンであり、前記
パッド
発泡材料からなる表面と
前記ウィンドウは、該パッドに形成された
中実な材料からなる
て、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与え
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）コリメートされた
赤光の範囲を含む
（ｄ）前記干渉計からの周期信号を解析し、該周期信号から研磨の終点を検出するプロセッサとを備える装置。」
と訂正する。
（９）　訂正事項９
　本件特許明細書における特許請求の範囲の請求項５２について、
「【請求項５２】　基板を研磨するための装置であって、
（ａ）透過性のない研磨面と中実な透過性のウィンドウを有する研磨パッドであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）
前記研磨パッドと、
（ｂ）基板を研磨面に対して保持するための研磨ヘッドと、
（ｃ）ウィンドウを通過して基板に入射する光ビームを発生するための光源と、基板より反射された光を測定する検出器とを有する終点検出システムとを備える装置。」とあるのを、
「【請求項５２】　基板を研磨するための装置であって、
（ａ）
発泡材料からなり
赤光の範囲を含む
（ｂ）基板を研磨面に対して保持するための研磨ヘッドと、
（ｃ）ウィンドウを通過して基板に入射する
赤光の範囲を含む
、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与え
と訂正する。
（１０）訂正前の特許請求の範囲
　訂正請求による訂正前の特許請求の範囲における各請求項は以下のとおりである。なお、二次訂正による確定していない訂正請求のある請求項のみを示す。
「　【請求項９】　酸化物層の下に半導体基板を備えるウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、該回転可能な研磨ヘッドの下の研磨パッドに対して保持するステップであって、該パッドは研磨スラリによってウェットとなっている、該保持するステップと、
（ｂ）ＣＭＰが終了した終点を決定するステップであって、該終点を決定するステップは、
（ｂ１）レーザービームをウエハに向けて発するステップであって、該レーザービームは、プラーテン内に形成されたホール（孔）に近接するように配置された該研磨パッドに含まれるウィンドウを通過し、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該レーザービームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え、
該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間レーザービームのための通路を与える、該発するステップと、
（ｂ２）ウエハから反射する光を検出するステップとを備える前記決定するステップとを備える方法。
　　【請求項１８】　基板上の表面層の状態の均一性を、前記層の研磨の最中に測定するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ光ビームを向けるステップであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記光ビームによって生じる干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するステップとを備える方法。
　　【請求項１９】　前記計算するステップが、前記干渉信号から特徴情報を抽出するステップと、前記抽出された特徴情報から表面層の状態の均一性の前記尺度を計算するステップとを備える請求項１８に記載の方法。
　　【請求項２０】　表面層の状態の均一性の前記尺度を参考値と比較するステップと、表面層の状態の均一性の前記尺度が該参考値から所定の量以上広がったときに警告を発するステップとを更に備える請求項１９に記載の方法。
　　【請求項２４】　層を自身の上に有する基板を研磨するための研磨プロセスの特性を評価するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ光ビームを向けるステップであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記光ビームによって発生する干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から干渉計波形を抽出するステップと、
（ｄ）前記抽出された干渉計波形を保存されている情報と比較するステップであって、前記保存されている情報は、該研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、前記比較するステップと、
（ｅ）前記抽出された干渉計波形が前記保存されている情報から所定の量以上広がったとき、警告を発するステップとを備える方法。
　　【請求項２５】　干渉信号を、オペレータが見ることができるように、視覚的なディスプレイ装置上に表示するステップを更に備える請求項２４に記載の方法。
　　【請求項２７】　基板研磨システムであって、
（ａ）処理中に、中実な透明ウィンドウを有する研磨パッドを保持するプラーテンであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）処理中に、前記研磨パッドの前記ウィンドウを通して、研磨されるべき基板の側部に向けられ且つ入射するコリメートされた光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は干渉信号を発生する、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するようにプログラミングされたデータプロセッサとを備える研磨システム。
　　【請求項２８】　前記研磨ヘッドが、処理中に回転できるように、回転可能となっている請求項２７に記載の研磨システム。
　　【請求項２９】　前記プラーテンが、処理中に回転できるように、回転可能となっている請求項２８に記載の研磨システム。
　　【請求項３０】　前記干渉計が、レーザー干渉計である請求項２９に記載の研磨システム。
　　【請求項３１】　前記データプロセッサが更に、前記干渉信号から特徴情報を抽出することと、前記抽出された特徴情報から均一性の前記尺度を計算することと、をプログラミングされている請求項２９に記載の研磨システム。
　　【請求項３２】　前記データプロセッサが更に、均一性の前記尺度を参考値と比較することと、均一性の前記尺度が該参考値から所定の量以上広がったときに警告を発することと、をプログラミングされている請求項３１に記載の研磨システム。
　　【請求項３９】　基板を研磨するための装置であって、前記装置は、
（ａ）処理中に研磨パッドを保持するプラーテンであり、前記プラーテンは、中実な透明ウィンドウを有し、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）コリメートされた光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は、少なくとも研磨操作の一部の間に前記光ビームを前記ウィンドウに向け前記基板上に入射するように配置されて、研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉計からの周期信号を解析し、該周期信号から研磨の終点を検出するプロセッサとを備える装置。
　　【請求項５２】　基板を研磨するための装置であって、
（ａ）透過性のない研磨面と中実な透過性のウィンドウを有する研磨パッドであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記研磨パッドと、
（ｂ）基板を研磨面に対して保持するための研磨ヘッドと、
（ｃ）ウィンドウを通過して基板に入射する光ビームを発生するための光源と、基板より反射された光を測定する検出器とを有する終点検出システムとを備える装置。」
　
２．訂正の目的の適否、新規事項の有無
（１）　訂正事項１について
　請求項９に係る訂正事項１のうち、「パッド」に「発泡材料からなる表面を有し」という限定を加え、かつ、「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該レーザービームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え、」を「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え、」に訂正し、レーザービーム及び光を「赤光の範囲を含む」と訂正することは、研磨パッドの構造を特定し、ウィンドウの択一的記載を１つのものと限定し、かつ、プラグを「中実な材料からなる」と材料を特定し、レーザービーム及び光の波長を特定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであることは明らかであり、また、特許明細書の段落【０００３】に「カバー層２２は、通例は、オープンセル発泡ウレタン（例えばRodel IC1000）又はグルーブのある表面を有するポリウレタンシート（例えばRodel EX2000）である。」と通常研磨パッドが発泡材料からなることが記載され、段落【００２９】に「この具体例では、プラーテンホール３０の上の領域における典型的なパッド材料は、中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２に置き換えられる。」と記載され、段落【００５３】に「レーザービームの波長に関しては、・・・赤光の範囲のビームを用いることが好ましい。」と記載されていることから、研磨パッド及びプラグを特定する上記訂正は、新たな技術的事項を導入するものではない。
　以上のとおり、訂正事項１は、全体として特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（２）　訂正事項２について
　請求項１８に係る訂正事項２のうち、「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において」という限定を加え、「研磨パッド」を「発泡材料からなる表面を有する研磨パッド」と訂正し、かつ、「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、」を「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え、」に訂正し、光ビームを向けるステップに関して「前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」という限定を加え、光ビームについて「赤光の範囲を含む」という限定を加えることは、方法自体を「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）」であると特定し、研磨パッドの構造を特定し、ウィンドウの択一的記載を１つのものと限定し、かつ、プラグを「中実な材料からなる」と材料を特定し、光ビームを向けるステップを「ウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」と限定し、光ビームの波長を限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであることは明らかであり、また、特許明細書の段落【０００６】に「本発明は、研磨プロセスに関して正確性を向上し更に有用な情報を与えるために用いる事ができる終点の検出器及び方法を目指すものである。本発明の装置及び方法は、ＣＭＰプロセスの最中に、除去された材料の厚さ又はウエハ表面の平坦度をインシチュウに決定するための、干渉による技術を採用する。」とウエハのＣＭＰに関する方法であることが記載され、段落【０００３】に「カバー層２２は、通例は、オープンセル発泡ウレタン（例えばRodel IC1000）又はグルーブのある表面を有するポリウレタンシート（例えばRodel EX2000）である。」と通常研磨パッドが発泡材料からなることが記載され、段落【００２９】に「この具体例では、プラーテンホール３０の上の領域における典型的なパッド材料は、中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２に置き換えられる。」と記載され、段落【０００７】に「このウィンドウは、少なくともウエハがウィンドウの上方にある間は、ウエハに入射するレーザー光のための通路の役割を果たす。」と記載され、段落【００５３】に「レーザービームの波長に関しては、・・・赤光の範囲のビームを用いることが好ましい。」と記載されていることから、研磨パッド及びプラグを特定し、方法をウエハのＣＭＰであると特定し、光ビームを向けるステップをウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与えると特定し、光ビームの波長を限定する上記訂正は、新たな技術的事項を導入するものではない。
　以上のとおり、訂正事項２は、全体として特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（３）　訂正事項３について
　請求項１９ないし２０に係る訂正事項３は、当該請求項自体の文言の変更はないものの、請求項１９ないし２０が最終的に引用している独立請求項である請求項１８が減縮されたものであるから、請求項１９ないし２０については、それぞれ減縮されたものであることは明らかである。
　そして、訂正前の請求項１９ないし２０については新たな技術的事項を導入するものではないので、新たな技術的事項を導入することなく減縮された請求項１８を引用する請求項１９ないし２０が新たな技術的事項を導入するものではないことは明らかである。
　以上のとおり、訂正事項３は、それぞれ、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（４）　訂正事項４について
　請求項２４に係る訂正事項４のうち、「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において」という限定を加え、「研磨パッド」を「発泡材料からなる表面を有する研磨パッド」と訂正し、かつ、「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える」を「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」に訂正し、光ビームを向けるステップに関して「前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」という限定を加え、光ビームに対して「赤光の範囲を含む」ものと波長を限定することは、方法自体を「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）」であると特定し、研磨パッドの構造を特定し、ウィンドウの択一的記載を１つのものと限定し、かつ、プラグを「中実な材料からなる」と材料を特定し、光ビームを向けるステップを「ウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」と限定し、光ビームについて「赤光の範囲を含む」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであることは明らかであり、また、特許明細書の段落【０００６】に「本発明は、研磨プロセスに関して正確性を向上し更に有用な情報を与えるために用いる事ができる終点の検出器及び方法を目指すものである。本発明の装置及び方法は、ＣＭＰプロセスの最中に、除去された材料の厚さ又はウエハ表面の平坦度をインシチュウに決定するための、干渉による技術を採用する。」とウエハのＣＭＰに関する方法であることが記載され、段落【０００３】に「カバー層２２は、通例は、オープンセル発泡ウレタン（例えばRodel IC1000）又はグルーブのある表面を有するポリウレタンシート（例えばRodel EX2000）である。」と通常研磨パッドが発泡材料からなることが記載され、段落【００２９】に「この具体例では、プラーテンホール３０の上の領域における典型的なパッド材料は、中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２に置き換えられる。」と記載され、段落【０００７】に「このウィンドウは、少なくともウエハがウィンドウの上方にある間は、ウエハに入射するレーザー光のための通路の役割を果たす。」と記載され、段落【００５３】に「レーザービームの波長に関しては、・・・赤光の範囲のビームを用いることが好ましい。」と記載されていることから、研磨パッド及びプラグを特定し、方法をウエハのＣＭＰであると特定し、光ビームを向けるステップをウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与えると特定し、光ビームの波長を特定する上記訂正は、新たな技術的事項を導入するものではない。
　以上のとおり、訂正事項４は、全体として特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（５）　訂正事項５について
　請求項２５に係る訂正事項５は、当該請求項自体の文言の変更はないものの、請求項２５が引用している独立請求項である請求項２４が減縮されたものであるから、請求項２５については、減縮されたものであることは明らかである。
　そして、訂正前の請求項２５については新たな技術的事項を導入するものではないので、新たな技術的事項を導入することなく減縮された請求項２４を引用する請求項２５が新たな技術的事項を導入するものではないことは明らかである。
　以上のとおり、訂正事項５は、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（６）　訂正事項６について
　請求項２７に係る訂正事項６のうち、基板研磨システムについて「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための」という限定を加え、「研磨パッド」を「発泡材料からなる表面を有する研磨パッド」と訂正し、かつ、「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える」を「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」に訂正し、プラーテンに関して「前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」という限定を加え、光ビームについて「赤光の範囲を含む」と限定することは、研磨システム自体を「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行う」ものであると特定し、研磨パッドの構造を特定し、ウィンドウの択一的記載を１つのものと限定し、かつ、プラグを「中実な材料からなる」と材料を特定し、プラーテンを「ウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」と限定し、光ビームの波長を特定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであることは明らかであり、また、特許明細書の段落【０００６】に「本発明は、研磨プロセスに関して正確性を向上し更に有用な情報を与えるために用いる事ができる終点の検出器及び方法を目指すものである。本発明の装置及び方法は、ＣＭＰプロセスの最中に、除去された材料の厚さ又はウエハ表面の平坦度をインシチュウに決定するための、干渉による技術を採用する。」とウエハのＣＭＰに関する研磨システムであることが記載され、段落【０００３】に「カバー層２２は、通例は、オープンセル発泡ウレタン（例えばRodel IC1000）又はグルーブのある表面を有するポリウレタンシート（例えばRodel EX2000）である。」と通常研磨パッドが発泡材料からなることが記載され、段落【００２９】に「この具体例では、プラーテンホール３０の上の領域における典型的なパッド材料は、中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２に置き換えられる。」と記載され、段落【０００７】に「このウィンドウは、少なくともウエハがウィンドウの上方にある間は、ウエハに入射するレーザー光のための通路の役割を果たす。」と記載され、段落【００５３】に「レーザービームの波長に関しては、・・・赤光の範囲のビームを用いることが好ましい。」と記載されていることから、研磨パッド及びプラグを特定し、基板研磨システムをウエハのＣＭＰであると特定し、プラーテンをウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与えると特定し、光ビームの波長を特定する上記訂正は、新たな技術的事項を導入するものではない。
　以上のとおり、訂正事項６は、全体として特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（７）　訂正事項７について
　請求項２８ないし３２に係る訂正事項７は、当該請求項自体の文言の変更はないものの、請求項２８ないし３２が最終的に引用している独立請求項である請求項２７が減縮されたものであるから、請求項２８ないし３２については、それぞれ減縮されたものであることは明らかである。
　そして、訂正前の請求項２８ないし３２については新たな技術的事項を導入するものではないので、新たな技術的事項を導入することなく減縮された請求項２７を引用する請求項２８ないし３２が新たな技術的事項を導入するものではないことは明らかである。
　以上のとおり、訂正事項７は、それぞれ、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（８）　訂正事項８について
　請求項３９に係る訂正事項８は、「基板を研磨するための装置」を「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための装置」と訂正し、かつ、「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える」を「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備えて」に訂正し、プラーテンに関して「ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」という限定を加え、光ビームについて「赤光の範囲を含む」と訂正するものであるが、基板を研磨することを「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行う」ものであると特定し、パッドの構造を特定し、ウィンドウの択一的記載を１つのものと限定し、かつ、プラグを「中実な材料からなる」と材料を特定し、プラーテンを「ウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」と限定し、光ビームの波長を特定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであることは明らかである。
　また、訂正事項８は、「前記プラーテンは、中実な透明ウィンドウを有し」を「前記パッドは、発泡材料からなる表面と中実な透明ウィンドウを有し」と訂正することにより、中実な透明ウィンドウを有する部材をプラーテンからパッドに変更しているが、訂正前には、「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって・・・（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって」とあるように、ウィンドウがパッドに形成されたものであるか、又はパッドの一部であることは特定されており、プラーテンがウィンドウを有するという特定と整合していなかった。してみると、「前記
プラーテン
パッド
　また、新たな技術的事項を導入しているかどうかに関して、特許明細書の段落【０００６】に「本発明は、研磨プロセスに関して正確性を向上し更に有用な情報を与えるために用いる事ができる終点の検出器及び方法を目指すものである。本発明の装置及び方法は、ＣＭＰプロセスの最中に、除去された材料の厚さ又はウエハ表面の平坦度をインシチュウに決定するための、干渉による技術を採用する。」とウエハのＣＭＰに関する研磨システムであることが記載され、段落【０００３】に「カバー層２２は、通例は、オープンセル発泡ウレタン（例えばRodel IC1000）又はグルーブのある表面を有するポリウレタンシート（例えばRodel EX2000）である。」と通常研磨パッドが発泡材料からなることが記載され、段落【００２９】に「この具体例では、プラーテンホール３０の上の領域における典型的なパッド材料は、中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２に置き換えられる。」と記載され、段落【０００７】に「このウィンドウは、少なくともウエハがウィンドウの上方にある間は、ウエハに入射するレーザー光のための通路の役割を果たす。」と記載され、段落【００５３】に「レーザービームの波長に関しては、・・・赤光の範囲のビームを用いることが好ましい。」と記載されていることから、研磨パッド及びプラグを特定し、基板を研磨するための装置をウエハのＣＭＰであると特定し、プラーテンをウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与えると特定し、光ビームの波長を特定する上記訂正は、新たな技術的事項を導入するものではない。
　以上のとおり、訂正事項８は、全体として特許請求の範囲の減縮及び明瞭でない記載の釈明に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
（９）　訂正事項９について
　請求項５２に係る訂正事項９のうち、「透過性のない研磨面」を「発泡材料からなり透過性のない研磨面」と訂正し、かつ、ウィンドウに関して「（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、前記光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える」を「前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える」に訂正し、光源について「赤光の範囲を含む光ビームを発生する」と訂正し、ウィンドウに関してさらに「ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」という限定を加えることは、研磨面の構造を特定し、ウィンドウの択一的記載を１つのものと限定し、さらに、ウィンドウを「ウエハがウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」と限定し、光ビームの波長を特定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであることは明らかであり、また、特許明細書の段落【０００３】に「カバー層２２は、通例は、オープンセル発泡ウレタン（例えばRodel IC1000）又はグルーブのある表面を有するポリウレタンシート（例えばRodel EX2000）である。」と通常研磨面が発泡材料からなることが記載され、段落【０００７】に「このウィンドウは、少なくともウエハがウィンドウの上方にある間は、ウエハに入射するレーザー光のための通路の役割を果たす。」と記載され、段落【００５３】に「レーザービームの波長に関しては、・・・赤光の範囲のビームを用いることが好ましい。」と記載されていることから、研磨パッド及びプラグを特定し、ウエハがウィンドウの上にある時は、光をウエハへ入射させるための通路を与えると特定し、光ビームの波長を特定する上記訂正は、新たな技術的事項を導入するものではない。
　以上のとおり、訂正事項９は、全体として特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、かつ、新たな技術的事項を導入するものではない。
３．特許請求の範囲を実質的に拡張するものであるかについて
　訂正事項１ないし９については、いずれも、特許請求の範囲を拡張し、または変更するものではないことは明らかである。
　
４．むすび
　以上のとおりであるから、実質的に請求項９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２を変更する訂正である訂正事項１ないし９については、平成２３年法律第６３号による改正前の特許法（以下、「改正前特許法」という。）第１３４条の２第１項ただし書きに適合し、同法第１３４条の２第５項の規定により準用する同法第１２６条第３項及び第４項の規定に適合するので、当該訂正を認める。
　
　
第３　本件特許の請求項１ないし５２に係る発明
　上記「第２」のとおり、平成２３年１２月８日付け訂正請求による訂正（二次訂正）は認められたので、本件特許の訂正後の請求項１ないし５２に係る発明（以下、「本件特許発明１」等という。）は、上記訂正請求による訂正明細書の特許請求の範囲の請求項１ないし５２に記載された次のとおりのものである。
「　【請求項１】　ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための装置であって、
（ａ）シャシに回転自在に設置され、ホール（孔）を自身に有する回転可能な研磨プラーテンと、
（ｂ）プラーテンに設置され、研磨スラリによりウェットで、プラーテンのホールと調心されたウィンドウを有する、発泡材料からなる表面を有する研磨パッドであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え、前記プラグは前記研磨パッドの表面とほぼ共面の上面を有する、前記研磨パッドと、
（ｃ）研磨パッドに対してウエハを保持するための、回転可能な研磨ヘッドであって、このウエハが酸化物層の下の半導体基板を備える、前記研磨ヘッドと、
（ｄ）ウエハへ向けてレーザービームを発生させることが可能であり且つウエハ及びホール（孔）から反射されてくる光を検出することが可能なレーザー干渉計を有する終点検出器とを備え、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間にレーザービームをウエハへ入射させるための通路を与える装置。
　　【請求項２】　ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための装置であって、
（ａ）シャシに回転自在に設置され、ホール（孔）を自身に有する回転可能な研磨プラーテンと、
（ｂ）プラーテンに設置され、研磨スラリによりウェットで、プラーテンのホールと調心されたウィンドウを有する研磨パッドであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、レーザービームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備える、前記研磨パッドと、
（ｃ）研磨パッドに対してウエハを保持するための、回転可能な研磨ヘッドであって、このウエハが酸化物層の下の半導体基板を備える、前記研磨ヘッドと、
（ｄ）ウエハへ向けてレーザービームを発生させることが可能であり且つウエハ及びホール（孔）から反射されてくる光を検出することが可能なレーザー干渉計を有する終点検出器とを備え、該プラーテンの中の該ホールと該ウィンドウとが、該プラーテンの回転中心と一致する原点からある半径を有する円弧形状であり、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間にレーザービームをウエハへ入射させるための通路を与える装置。
　　【請求項３】　ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための装置であって、
（ａ）シャシに回転自在に設置され、ホール（孔）を自身に有する回転可能な研磨プラーテンと、
（ｂ）プラーテンに設置され、研磨スラリによりウェットで、プラーテンのホールと調心されたウィンドウを有する、研磨パッドであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、レーザービームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備える、前記研磨パッドと、
（ｃ）研磨パッドに対してウエハを保持するための、回転可能な研磨ヘッドであって、このウエハが酸化物層の下の半導体基板を備える、前記研磨ヘッドと、
（ｄ）ウエハへ向けてレーザービームを発生させることが可能であり且つウエハ及びホール（孔）から反射されてくる光を検出することが可能なレーザー干渉計を有する終点検出器とを備え、該終点検出器が更に、レーザー干渉計によって発生するレーザービームが妨害されずに該ウィンドウを通過して該ウエハに入射するように、ウィンドウがウエハに近接しているときを感知するための位置センサを備え、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間にレーザービームをウエハへ入射させるための通路を与える装置。
　　【請求項４】　（ａ）該レーザー干渉計が、ウエハから反射される光が検出される毎に検出信号を発生させるための手段を備え、
（ｂ）該位置センサが、該レーザー干渉計によって発生するレーザービームが妨害されずに該ウィンドウを通過して該ウエハに入射できるように、ウィンドウがウエハに近接する毎に感知信号を出力するための手段を備え、
（ｃ）該終点検出器が更に、該位置センサから信号を検知する期間のために該レーザー干渉計からの検出信号をサンプリングするための、該レーザー干渉計と該位置センサとに接続されたデータ取得手段を備え、該データ取得手段はサンプリングされた検出信号を代表するデータ信号を出力するための手段を備える請求項３に記載の装置。
　　【請求項５】　該データ取得手段が（ａ）該レーザー干渉計からサンプリングされた検出信号を所定の時間にわたって積分するための手段を備え、（ｂ）該出力するための該手段は該検出信号の積分されたサンプルを代表するデータ信号を出力する請求項４に記載の装置。
　　【請求項６】　該出力するための該手段によって出力されるデータ信号が、周期的であり、且つ、該終点検出器が更に、
（ａ）データ信号によって現れるサイクルの数を計数するための手段と、
（ｂ）レーザービームの波長とウエハの酸化物層の屈折率とを用いて、データ信号の１サイクル中に除去される材料の厚さを計算するための手段と、
（ｃ）酸化物層から除去されるべき材料の所望の厚さを、該計数するための該手段によりデータ信号により現れたサイクルの数と、該計算するための該手段から１サイクル中に除去される材料の厚さとの積である、除去厚さと比較するための手段と、
（ｄ）該除去厚さが、除去されるべき材料の所望の厚さ以上になったときにＣＭＰを終了させるための手段とを備える請求項４に記載の装置。
　　【請求項７】　該出力するための該手段によって出力されるデータ信号が周期的であり、且つ、該終点検出器が更に、
（ａ）（ｉ）所定のサイクルの数又は（ｉｉ）１サイクルの所定の部分の一方のそれぞれが生じた後に、これらの一方を完結するためにデータ信号により要求される時間を測定するための手段と、
（ｂ）レーザービームの波長とウエハの酸化物層の屈折率とを用いて、該測定するための該手段によって測定される時間の間に除去される材料の厚さを計算するための手段と、
（ｃ）除去の速度を算出するための手段であって、該算出するための該手段は、除去される材料の厚さを該測定するための該手段から得られる測定された時間で除する、該算出するための手段と、
（ｄ）残りの除去厚さを確定するための手段であって、該確定するための該手段は、酸化物層から除去されるべき所望の材料の厚さから除去された材料の厚さの累積を減じ、前記除去された材料の厚さの累積は、（ｉ）所定のサイクルの数又は（ｉｉ）１サイクルの所定の部分の一方のそれぞれが生じた後に、該計算するための該手段によって計算され、除去された材料の厚さを総和するための手段によって与えられる、前記確定するための手段と、
（ｅ）残りのＣＭＰ時間を確立するための手段であって、前記確立するための前記手段は、残りの除去厚さを除去の速度で除する、前記確立するための手段と
（ｆ）残りのＣＭＰの時間がなくなった後ＣＭＰを終了させるための手段とを備える請求項４に記載の装置。
　　【請求項８】　ウエハが最初は不均一な局所構造を有し、ＣＭＰの間に平坦化され、該出力するための手段によって出力されるデータ信号がウエハの表面が平坦化された後だけ周期的であり、終点検出器が更に、
（ａ）データ信号の周期的変化を検出するための手段と、
（ｂ）該検出するための手段がデータ信号の周期的変化を検出したときにＣＭＰを終了させるための手段とを備える請求項４に記載の装置。
　　【請求項９】　酸化物層の下に半導体基板を備えるウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、該回転可能な研磨ヘッドの下の研磨パッドに対して保持するステップであって、該パッドは発泡材料からなる表面を有し、研磨スラリによってウェットとなっている、該保持するステップと、
（ｂ）ＣＭＰが終了した終点を決定するステップであって、該終点を決定するステップは、
（ｂ１）赤光の範囲を含むレーザービームをウエハに向けて発するステップであって、該レーザービームは、プラーテン内に形成されたホール（孔）に近接するように配置された該研磨パッドに含まれるウィンドウを通過し、
前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え、
該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間レーザービームのための通路を与える、該発するステップと、
（ｂ２）ウエハから反射する赤光の範囲を含む光を検出するステップとを備える前記決定するステップとを備える方法。
　　【請求項１０】　酸化物層の下に半導体基板を備えるウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、該回転可能な研磨ヘッドの下の研磨パッドに対して保持するステップであって、該パッドは研磨スラリによってウェットとなっている、該保持するステップと、
（ｂ）ＣＭＰが終了した終点を決定するステップであって、該終点を決定するステップは、
（ｂ１）レーザービームをウエハに向けて発するステップであって、該レーザービームは、プラーテン内に形成されたホール（孔）に近接するように配置された該研磨パッドに含まれるウィンドウを通過し、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該レーザービームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え、該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間レーザービームのための通路を与える、該発するステップと、
（ｂ２）ウエハから反射する光を検出するステップとを備える前記決定するステップとを備え、該決定するステップが、ウィンドウがウエハに近接してレーザービームが妨害されずにウィンドウを通過してウエハに入射するときを感知するステップを備える方法。
　　【請求項１１】　（ａ）該検出するステップが、ウエハから反射される光が検出される毎に検出信号を発生するステップを備え、
（ｂ）該感知するステップが、該レーザー干渉計によって発生するレーザービームが妨害されずに該ウィンドウを通過して該ウエハに入射できるように、ウィンドウがウエハに近接する毎に感知信号を出力するステップを備え、
（ｃ）該決定するステップが、データ取得のステップを備え、該データ取得のステップが、
（ｃ１）感知信号の期間のためにレーザー干渉計から検出信号をサンプリングするステップと、
（ｃ２）サンプリングされた検出信号を代表するデータ信号を出力するステップとを備える請求項１０に記載の方法。
　　【請求項１２】　該データ取得のステップが更に、
（ａ）所定の期間の間の時間にわたって、サンプリングされた検出信号を積分するステップを備え、
（ｂ）該出力するステップが、検出信号の積分サンプルを代表するデータ信号を出力するステップを備える請求項１１に記載の方法。
　　【請求項１３】　データ信号が周期的であり、且つ、該決定のステップが更に、
（ａ）データ信号によって現れるサイクルの数を計数するステップと、
（ｂ）レーザービームの波長とウエハの酸化物層の屈折率とを用いて、データ信号の１サイクル中に除去される材料の厚さを計算するステップと、
（ｃ）酸化物層から除去されるべき材料の所望の厚さを、該計数するための該手段によりデータ信号により現れたサイクルの数と、該計算するための該手段から１サイクル中に除去される材料の厚さとの積である、除去厚さと比較するステップと、
（ｄ）該除去厚さが、除去されるべき材料の所望の厚さ以上になったときにＣＭＰを終了させるためのステップとを備える請求項１１に記載の方法。
　　【請求項１４】　データ信号が周期的であり、且つ、該決定のステップが更に、
（ａ）（ｉ）所定のサイクルの数又は（ｉｉ）１サイクルの所定の部分の一方を完結するためにデータ信号により要求される時間を測定するステップと、
（ｂ）レーザービームの波長とウエハの酸化物層の屈折率とを用いて、該測定するための該手段によって測定される時間の間に除去される材料の厚さを計算するステップと、
（ｃ）除去される材料の厚さを測定された時間で除して除去の速度を算出するステップと、
（ｄ）酸化物層から除去されるべき所望の材料の厚さから、除去された材料の厚さを減じて、残りの除去厚さを確定するステップと、
（ｅ）残りの除去厚さを除去の速度で除して、残りのＣＭＰ時間を確立するステップと、
（ｆ）残りのＣＭＰの時間がなくなった後ＣＭＰを終了させるステップとを備える請求項１１に記載の方法。
　　【請求項１５】　ウエハが最初は不均一な局所構造を有し、ＣＭＰの間に平坦化され、該出力するための手段によって出力されるデータ信号がウエハの表面が平坦化された後だけ周期的であり、該決定するステップが更に、
（ａ）データ信号の周期的変化をサーチするステップと、
（ｂ）データ信号に周期的変化が見つけられたときにＣＭＰを終了させるステップとを備える請求項１１に記載の方法。
　　【請求項１６】　ウエハが最初は不均一な局所構造を有し、ＣＭＰの間に平坦化され、該出力するための手段によって出力されるデータ信号がウエハの表面が平坦化された後だけ周期的であり、該決定するステップが更に、
（ａ）データ信号をフィルタにかけて、所定の周波数を有している成分だけを通過させるステップと、
（ｂ）フィルタがかけられたデータ信号によって現れるサイクルの数を計数するステップと、
（ｃ）レーザービームの波長とウエハの酸化物層の屈折率とを用いて、データ信号の１サイクル中に除去される材料の厚さを計算するステップと、
（ｄ）酸化物層から除去されるべき材料の所望の厚さを、フィルタがかけられたデータ信号により現れたサイクルの数と、１サイクルの間に除去される材料の厚さとの積である、除去厚さと比較するステップと、
（ｅ）該除去厚さが、除去されるべき材料の所望の厚さ以上になったときにＣＭＰを終了させるためのステップとを備える請求項１１に記載の方法。
　　【請求項１７】　ウエハが最初は不均一な局所構造を有し、ＣＭＰの間に平坦化され、該出力するための手段によって出力されるデータ信号がウエハの表面が平坦化された後だけ周期的であり、該決定するステップが更に、
（ａ）データ信号をフィルタにかけて、所定の周波数を有している成分だけを通過させるステップと、
（ｂ）フィルタがかけられたデータ信号によって現れるサイクルの一部が生じる数を計数するステップと、
（ｃ）レーザービームの波長とウエハの酸化物層の屈折率とを用いて、データ信号のサイクルの一部の間に除去される材料の厚さを計算するステップと、
（ｄ）酸化物層から除去されるべき材料の所望の厚さを、フィルタがかけられたデータ信号により現れたサイクルの一部が生じる数と、サイクルの一部の間に除去される材料の厚さとの積である、除去厚さと比較するステップと、
（ｅ）該除去厚さが、除去されるべき材料の所望の厚さ以上になったときにＣＭＰを終了させるためのステップとを備える請求項１１に記載の方法。
　　【請求項１８】　ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、基板上の表面層の状態の均一性を、前記層の研磨の最中に測定するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、発泡材料からなる表面を有する研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ赤光の範囲を含む光ビームを向けるステップであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記赤光の範囲を含む光ビームによって生じる干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するステップとを備える方法。
　　【請求項１９】　前記計算するステップが、前記干渉信号から特徴情報を抽出するステップと、前記抽出された特徴情報から表面層の状態の均一性の前記尺度を計算するステップとを備える請求項１８に記載の方法。
　　【請求項２０】　表面層の状態の均一性の前記尺度を参考値と比較するステップと、表面層の状態の均一性の前記尺度が該参考値から所定の量以上広がったときに警告を発するステップとを更に備える請求項１９に記載の方法。
　　【請求項２１】　ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、基板上の表面層の状態の均一性を、前記層の研磨の最中に測定するインシチュウの方法であって、　　
 （ａ）研磨の最中に、発泡材料からなる表面を有する研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ光ビームを向けるステップであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記向けるステップと、　　
 （ｂ）前記基板から反射されてくる前記光ビームによって生じる干渉信号をモニタするステップと、　
 （ｃ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するステップとを備え、　　
　前記計算するステップが、前記干渉信号から特徴情報を抽出するステップと、前記抽出された特徴情報から表面層の状態の均一性の前記尺度を計算するステップとを備え、　　
　前記干渉信号が低周波数成分を含み、前記抽出するステップが、前記低周波数成分の第１の特性を測定するステップと、前記第１の特性から前記抽出された情報を誘導するステップとを備える方法。
　　【請求項２２】　前記干渉計信号が高周波成分を含み、前記抽出するステップが、前記高周波数成分の第２の特性を測定するステップと、前記第１の特性及び前記第２の特性から前記抽出された情報を誘導するステップと、を備える請求項２１に記載の方法。
　　【請求項２３】　前記第１の特性が前記低周波数信号の振幅であり、前記第２の特性が前記高周波数信号の振幅であり、前記誘導するステップが、前記高周波信号の振幅と前記低周波信号の振幅との比を計算するステップを備える請求項２２に記載の方法。
　　【請求項２４】　ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、層を自身の上に有する基板を研磨するための研磨プロセスの特性を評価するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、発泡材料からなる表面を有する研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ赤光の範囲を含む光ビームを向けるステップであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記赤光の範囲を含む光ビームによって発生する干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から干渉計波形を抽出するステップと、
（ｄ）前記抽出された干渉計波形を保存されている情報と比較するステップであって、前記保存されている情報は、該研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、前記比較するステップと、
（ｅ）前記抽出された干渉計波形が前記保存されている情報から所定の量以上広がったとき、警告を発するステップとを備える方法。
　　【請求項２５】　干渉信号を、オペレータが見ることができるように、視覚的なディスプレイ装置上に表示するステップを更に備える請求項２４に記載の方法。
　　【請求項２６】　層を自身の上に有する基板を研磨するための研磨プロセスの特性を評価するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ光ビームを向けるステップであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記光ビームによって発生する干渉信号をモニタするステップと、
（ｃ）前記干渉信号から干渉計波形を抽出するステップと、
（ｄ）前記抽出された干渉計波形を保存されている情報と比較するステップであって、前記保存されている情報は、該研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、前記比較するステップと、
（ｅ）前記抽出された干渉計波形が前記保存されている情報から所定の量以上広がったとき、警告を発するステップとを備え、前記抽出するステップが、前記干渉信号から研磨速度を決定するステップと、前記干渉信号から均一性の尺度を決定するステップと、を備え、前記比較するステップが、前記研磨速度及び均一性の前記尺度を前記保存されている情報と比較するステップを備える方法。
　　【請求項２７】　ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための基板研磨システムであって、
（ａ）処理中に、中実な透明ウィンドウを有する発泡材料からなる表面を有する研磨パッドを保持するプラーテンであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、
前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）処理中に、前記研磨パッドの前記ウィンドウを通して、研磨されるべき基板の側部に向けられ且つ入射するコリメートされた赤光の範囲を含む光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は干渉信号を発生する、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するようにプログラミングされたデータプロセッサとを備える研磨システム。
　　【請求項２８】　前記研磨ヘッドが、処理中に回転できるように、回転可能となっている請求項２７に記載の研磨システム。
　　【請求項２９】　前記プラーテンが、処理中に回転できるように、回転可能となっている請求項２８に記載の研磨システム。
　　【請求項３０】　前記干渉計が、レーザー干渉計である請求項２９に記載の研磨システム。
　　【請求項３１】　前記データプロセッサが更に、前記干渉信号から特徴情報を抽出することと、前記抽出された特徴情報から均一性の前記尺度を計算することと、をプログラミングされている請求項２９に記載の研磨システム。
　　【請求項３２】　前記データプロセッサが更に、均一性の前記尺度を参考値と比較することと、均一性の前記尺度が該参考値から所定の量以上広がったときに警告を発することと、をプログラミングされている請求項３１に記載の研磨システム。
　　【請求項３３】　基板研磨システムであって、
（ａ）処理中に、中実な透明ウィンドウを有する研磨パッドを保持するプラーテンであり、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、
前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）処理中に、前記研磨パッドの前記ウィンドウを通して、研磨されるべき基板の側部に向けられ且つ入射するコリメートされた光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は干渉信号を発生する、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するようにプログラミングされたデータプロセッサとを備え、
　前記研磨ヘッドが、処理中に回転できるように、回転可能となっており、前記プラーテンが、処理中に回転できるように、回転可能となっており、前記データプロセッサが更に、前記干渉信号から特徴情報を抽出することと、前記抽出された特徴情報から均一性の前記尺度を計算することと、をプログラミングされており、前記データプロセッサが更に、均一性の前記尺度を参考値と比較することと、均一性の前記尺度が該参考値から所定の量以上広がったときに警告を発することと、をプログラミングされており、前記干渉信号が低周波数成分を含み、前記データプロセッサが、前記低周波数成分の第１の特性を測定することと、前記第１の特性から前記抽出された情報を誘導することと、により特徴情報を抽出するようにプログラミングされている研磨システム。
　　【請求項３４】　前記干渉信号が高周波数成分を含み、前記データプロセッサが、前記高周波数成分の第２の特性を測定することと、前記第２の特性から前記抽出された情報を誘導することと、により特徴情報を抽出するようにプログラミングされている請求項３３に記載の研磨システム。
　　【請求項３５】　前記第１の特性が前記低周波数信号の振幅であり、前記第２の特性が前記高周波数信号の振幅であり、前記データプロセッサが、前記高周波信号の振幅と前記低周波信号の振幅との比を計算することにより特徴情報を抽出するようにプログラミングされている請求項３４に記載の研磨システム。
　　【請求項３６】　基板を研磨するための装置であって、前記装置は、
（ａ）処理中に研磨パッドを保持するプラーテンであって、前記プラーテンは内部に通路を有する、前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）コリメートされた光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は、少なくとも研磨操作の一部の間に前記光ビームを前記通路に向け前記基板上に入射するように、配置される、前記干渉計と、
（ｄ）前記研磨パッドに含まれ、前記ホールないし通路と調心され且つ基板へと通過する光ビームが通るウィンドウであって、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、該光ビームに対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え、
干渉計から到達する光ビームを受容する散乱面を有する、前記ウィンドウとを備える装置。
　　【請求項３７】　前記プラーテン上に載置される研磨パッドを更に備え、前記ウィンドウは、前記研磨パッド内に形成され前記通路と調心される請求項３６に記載の装置。
　　【請求項３８】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、干渉計からの光に対して透過性を有し、散乱底面を有すると共に、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、前記光に対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備える、
研磨パッド。
　　【請求項３９】　ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための装置であって、前記装置は、
（ａ）処理中に研磨パッドを保持するプラーテンであり、前記パッドは、発泡材料からなる表面と中実な透明ウィンドウを有し、
前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備えて、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）コリメートされた赤光の範囲を含む光ビームを発生させることが可能な干渉計であって、前記干渉計は、少なくとも研磨操作の一部の間に前記光ビームを前記ウィンドウに向け前記基板上に入射するように配置されて、研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、前記干渉計と、
（ｄ）前記干渉計からの周期信号を解析し、該周期信号から研磨の終点を検出するプロセッサとを備える装置。
　　【請求項４０】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）発泡材料からなる研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、光に対して透過性を有すると共に、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備え、
前記研磨パッドは、第１の透過性部分と、前記研磨面を与える第２の非透過性部分とを備え、前記プラグは前記研磨パッドの第２の非透過性部分の表面とほぼ共面の上面を有し、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、光をウエハへ入射させるための通路を与える研磨パッド。
　　【請求項４１】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、光に対して透過性を有すると共に、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、前記光に対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備え、
前記研磨パッドは、第１の透過性部分と、前記研磨面を与える第２の非透過性部分とを備え、該第１の透過性部分が、中実なポリウレタンである研磨パッド。
　　【請求項４２】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）発泡材料からなる研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、光に対して透過性を有すると共に、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備え、
前記研磨パッドは、第１の透過性部分と、研磨面を与える第２の非透過性部分とを備え、該第２の非透過性部分が、添加物を有する発泡ポリウレタンであり、前記プラグは前記研磨パッドの第２の非透過性部分の表面とほぼ共面の上面を有し、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、光をウエハへ入射させるための通路を与える研磨パッド。
　　【請求項４３】　該添加物が微粒子を有することで、該第２の部分がマイクロポーラス構造を有するようにする請求項４２に記載の研磨パッド。
　　【請求項４４】　該第２の非透過性部分が、オープンセルの構造を有する請求項４０に記載の研磨パッド。
　　【請求項４５】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）発泡材料からなる研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、光に対して透過性を有すると共に、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備え、
前記研磨パッドは、第１の透過性部分と、前記研磨面を与える第２の非透過性部分とを備え、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、光をウエハへ入射させるための通路を与える研磨パッドであって、該第１の透過性部分が、該研磨面とほぼ共面の上面を有する研磨パッド。
　　【請求項４６】　該研磨面と反対側に底面を更に有する請求項４０に記載の研磨パッド。
　　【請求項４７】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、光に対して透過性を有すると共に、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、前記光に対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備え、
前記研磨パッドは、第１の透過性部分と、研磨面を与える第２の非透過性部分とを備え、該第１の透過性部分とほぼ調心されたアパーチャが底面に形成される、研磨パッド。
　　【請求項４８】　研磨パッドが、研磨面を有する第１の層と、研磨面と反対側の第２の層とを有する請求項４０に記載の研磨パッド。
　　【請求項４９】　該第１の透過性部分が、第１の層に形成される請求項４８に記載の研磨パッド。
　　【請求項５０】　ケミカルメカニカルポリシングシステムにおいて用いるための研磨パッドであって、前記研磨パッドは、
（ａ）研磨面と、
（ｂ）底面と、
を備え、前記研磨パッドの前記底面及び前記研磨面の中にはウィンドウが形成され、前記ウィンドウは、光に対して透過性を有すると共に、
（ｉ）前記ウィンドウは、該研磨パッドの一部であって、前記光に対して少なくとも部分的に透過性を有する該研磨パッドの前記一部を備え、又は
（ｉｉ）前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、前記光に対して透過性を有する前記プラグを備え、
前記研磨パッドは、第１の透過性部分と、前記研磨面を与える第２の非透過性部分とを備え、研磨面を有する第１の層と、研磨面と反対側の第２の層とを有し、第１の層の該透過性部分とほぼ調心されたアパーチャが第２の層に形成される研磨パッド。
　　【請求項５１】　研磨パッドが、自身に形成されたアパーチャを有し、透過性部分がアパーチャ内に位置をとるプラグを備える請求項４０に記載の研磨パッド。
　　【請求項５２】　基板を研磨するための装置であって、
（ａ）発泡材料からなり透過性のない研磨面と中実な透過性のウィンドウを有する研磨パッドであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、前記研磨パッドと、
（ｂ）基板を研磨面に対して保持するための研磨ヘッドと、
（ｃ）ウィンドウを通過して基板に入射する赤光の範囲を含む光ビームを発生するための光源と、基板より反射された光を測定する検出器とを有する終点検出システムとを備え、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える装置。」
　
　
第４　請求人が主張する無効理由の概要及び提出した証拠方法
　請求人は審判請求書において、本件特許発明は、以下の無効理由１及び２により無効とすべきものである旨主張し、証拠方法として最終的に甲第１〜９号証、甲第１１〜２５号証を提出した。
　
１　無効理由１：特許法第２９条第２項違反について
　本件の（一次訂正請求前の）独立形式請求項に係る請求項１、９、１８、２４、２７、３６、３８、３９、４０、４２、４７、５２に係る発明は、甲第１号証ないし甲第５号証に係る発明に基づいて当業者が容易に想到し得るものであるから、特許法第２９条第２項に基づき特許を受けることができない。
　また、その余の請求項に係る発明は、各独立形式請求項の従属項であるので、該独立形式請求項に係る各発明が無効とされた場合は、これら各従属形式請求項に係る発明も当然無効とせられるべきである。
　なお、請求人は、平成２２年１０月１２日付け弁駁書によって甲第１１〜２５号証を追加提示して訂正後の請求項１ないし５２に係る発明は、甲第１１〜２５号証を参照することにより、無効とされるべきものであることを主張している。
　ここで、一次審決及び二次審決において、「請求項２ないし８、１０ないし１７、２１ないし２３、２６、３３ないし３８、４１、４５、４７、５０についての審判請求は成り立たない」ことが確定している。また、三次審決において、「請求項１、４０、４２、４３、４４、４６、４８、４９、５１に係る発明についての審判請求は、成り立たない」ことが確定している。したがって、本審決においては、確定していない請求項９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２についての請求人の主張のみ言及する。
　
２　無効理由２：特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反について
　請求人は審判請求書において、特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反について、次の主張をしている。
　なお、一次審決ないし三次審決により確定した請求項に対する無効理由については除外した。したがって、請求項９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２に対する無効理由２についてのみ、記載することとする。
（１）請求項を特定しない特許法第３６条違反について
Ａ　レーザー光の透過を許容する透明体から成る合成樹脂製の研磨パッドが本願の原出願の優先日以前には不存在、又は、当業者が容易に想到し得なかったことになり、この限度においても本願発明の詳細な説明には本願発明を当業者が実施し得る程度に十分且つ、明確に記載されていなかったので、特許法第３６条第４項違反であり、且つ、本願の各請求項に係る発明も不明確であるから、特許法第３６条第６項第２号違反である。（審判請求書第３０ページ第１５行〜第２３行。）
Ｂ　特許審査過程・成立過程において、公知例と差別化を図る上で、「光」に関する内容を、発明の範囲から意識的に除外し、「レーザー光」に限定しているとみなされるものであるから、「レーザー光」と「光」とを同一視することはできず、本件発明は、特許を受けようとする発明が不明確であるので、特許法第３６条第１２項（「第６項」の誤記と思われる。）第２号違反であり、各発明を当業者が実施し得る程度に十分、且つ、明確に明細書に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。（審判請求書第３０ページ第２４行〜第３７ページ第１０行。）
Ｃ　本件特許の「レーザー干渉計」は、一般的に認識されている干渉計ではない。「干渉計」という語句の誤用は、軽微な誤りではなく、発明を構成するキーポイントとなった重要な誤りである。（審判請求書第３７ページ第１１行〜第４２ページ第５行。）
Ｄ　本件特許の対象となるウェハは、パターンウェハ（パターニングされたウェハ）である。ブランク酸化物ウェハの開示は、本件特許における課題を解決するものではなく、意味をなすものではない。（審判請求書第４２ページ第６行〜第４３ページ第２２行。）
Ｅ　請求項１８、３９に関し、（１）それぞれの信号の技術的意味および物理量が不明確であるので特許法第３６条第６項第２号違反であり、明細書に十分な開示がないので特許法第３６条第６項第１号違反である。
　また、明細書内において、段落【００１２】記載の「出力信号」、段落【００１８】記載の「特性信号」、段落【００１９】記載の「警告信号」、段落【００２２】記載の「特徴信号」、段落【００３５】記載の各種「信号」、段落【００３６】記載の「検出器信号」、段落【００３９】記載の各種「信号」に関し、信号自体の意味そのものが非常に曖昧で、意味不明である。したがって、「信号」を含む請求項に係る発明を当業者は本件特許明細書の記載に基づいて実施することはできない。（審判請求書第４３ページ第２３行〜第４５ページ第６行。）
Ｆ　フィルタに関する記載不備
（ｉ）図９（ｂ）は、図９（ａ）にフィルタで処理したデータとされるが、図９（ａ）の横軸と、図９（ｂ）の横軸は一致しない。横軸が記載されていないため、何を示しているか不明である。よって、図９（ａ）→図９（ｂ）と変換するフィルタが不明である。よって、本件特許明細書には当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
　また、フィルタに関する請求項は、参照する明細書部分がないか、不明確であるので、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。
（ｉｉ）パターンウェハに関するフィルタは原理的に矛盾する。よって、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｉｉｉ）図１３に示すデータは積分値であるので負の値をとることはない。よって、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｉｖ）ＣＭＰの対象となるパターンウェハの研磨の終点を検出する方法は明確ではない、もしくは開示されていないとみなされ、請求項に使用される「終点検出」、「終点を検出する」などの語句は不適切であるので、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。
　本件特許明細書においても、パターンウェハに対する実質的な終点検出方法が示されていないため、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。（審判請求書第４５ページ第７行〜第４８ページ第１２行。）
Ｇ　終点検出アルゴリズムに関する記載不備
（ｉ）段落【００４５】から何が研磨の終点か示されていないので、特許法第３６条第４項違反であり、また、「終点」という用語を含む請求項は、特許法第３６条第６項第２号違反である。
（ｉｉ）段落【００４５】では、終点を「検出する方法」に関する内容が不明確であり、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｉｉｉ）段落【００４５】には、「細密な検討」とあるが、細密な検討の内容が記載されていない。
（ｉｖ）終点検出の判断基準が曖昧である。よって、「終点検出」自体が不明確であるので、特許法第３６条第６項第２号違反である。
（ｖ）何を基準に２５０秒のところで正弦波状のサイクルが現れているのか不明で、汎用性がない。よって、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｖｉ）Ｉｎ−ｓｉｔｕで判断する方法を示さない限り、終点を検出する方法として意味をなさない。よって、当業者が実施し得る程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｖｉｉ）１サイクルで終わることが好ましいとする内容に対して、原理的に不可能であるために、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。（審判請求書第４８ページ第１３行〜第５２ページ第８行。）
Ｈ　均一性の尺度の記載不備
（ｉ）図１７に示す構成では、均一性の尺度を原理的にモニタすることはできない。よって、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｉｉ）均一性の尺度において、明らかに矛盾する事例が存在し、原理的に矛盾した論理である。よって、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。
（ｉｉｉ）様々な光路が多数存在しうるパターンウェハでは、均一性の尺度を原理的に評価できないことは自明である。よって、当業者が実施しうる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反である。（審判請求書第５２ページ第９行〜第５４ページ第１０行。）
（２）請求項を特定する特許法第３６条違反について
（ｉ）請求項９
　ウエハのケミカルメカニカルポリシングのための方法に対して、各ステップの必要性が不明であり、ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、の部分の全体の中での必要性が不明であり、何を持って終点を決定するか示されておらず、ウエハから反射する光を検出するステップとは何の光を検出するのか明細書に記載されておらず不明であるので、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第５７ページ第７行〜第１６行。）
（ｉｉ）請求項１８
　基板上の層の均一性を測定する方法は、実施不能であるか、開示されていないし、光ビームに関する内容は、明細書中に記載がなく、干渉信号が示す物理量が不明であり、干渉信号と検出信号、データ信号との実質的な差が不明であり、均一性の尺度の計算が開示されないか、原理的に計算できないため、特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第５９ページ第２３行〜第６０ページ第７行。）
（ｉｉｉ）請求項１９
　特徴情報の意味・物理量が不明であり、干渉信号から特徴情報を抽出するステップは開示されておらず意味も不明であり、抽出された特徴情報から均一性の尺度を計算するステップも開示されておらず、均一性尺度を求める上で、段落【００１８】に記載の特性信号の技術的意味・物理量と他の信号との差異が不明で均一性尺度が定義できないことから、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６０ページ第８行〜第１６行。）
（ｉｖ）請求項２０
　均一性の尺度が開示されず、また、原理的に計算できないことから、特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６０ページ第１７行〜第２０行。）
（ｖ）請求項２４
　プロセスの特性の技術的意味および物理量が不明であり、シグネチャの技術的意味・物理量が不明確であり、光ビームに関する開示はなく、シグネチャを抽出するステップの技術的意味が不明であり、研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、保存されている情報の技術的意味が不明であるので、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６１ページ第１４行〜末行。）
（ｖｉ）請求項２７
　干渉計とあるが、実質的に干渉計ではなく、語句を誤用しており、干渉信号の物理量が不明であり、光ビームに関する開示がなく、干渉信号から均一性の尺度を計算する方法が不明確であり、示されていないので、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６２ページ第６行〜第１４行。）
（ｖｉｉ）請求項３０
　レーザー干渉計は語句を誤用しているので、特許法第３６条第６項第２号違反である。（審判請求書第６２ページ第１５行〜第１７行。）
（ｖｉｉｉ）請求項３１
　特徴情報の技術的意味・物理量が不明であり、干渉信号から特徴情報を抽出することが示されておらず、段落【００１８】記載の「特性信号」の技術的意味・物理量が不明であり、抽出された特徴情報から均一性の尺度を計算する方法が示されていないから、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６２ページ第１８行〜末行。）
（ｉｘ）請求項３９
　基板を研磨することと、各特徴がどう対応し、また、それが必要機能なのか不明であり、何を行うかも不明であり、光ビームに対する開示はなく、ＣＭＰで対象となるパターンウェハは周期信号が現れず、パターンウェハに対して、周期信号から終点を検出する一意の方法が開示されていないし、フィルタは実施不能であるから、特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６４ページ第１４行〜末行。）
（ｘ）請求項５２
　光ビームに関する開示はなく、光のどのような物理量を測定するのかが不明であり、光源と検出器を有するだけの終点検出システムは特定できないから、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反である。（審判請求書第６５ページ第９行〜第１６行。）
　
３　証拠方法
　請求人は、証拠方法として、以下の証拠を提出している。なお、甲第１１〜２５号証は、平成２２年１０月１２日付け弁駁書において提出されたものであり、甲第１０号証は欠番となっている。
　甲第　１号証　特開平７−５２０３２号公報
　甲第　２号証　特開平５−３０９５５８号公報
　甲第　３号証　特開昭６３−１３４１６２号公報
　甲第　４号証　特開昭６１−７６２６０号公報
　甲第　５号証　特開平４−２５５２１８号公報
　甲第　６号証　異議２００３−７２９１３号異議の決定
　甲第　７号証　異議２００３−７２９１３号異議事件の資料の写し
　甲第　８号証　中川威雄氏の宣誓書
　甲第　９号証　本件の特願平８−７４９７６号に関する平成１４年４月１９日付け意見書の写し
　甲第１１号証　平成２１年（行ケ）第１０３７０号審決取消請求事件に関する平成２２年７月５日付け被請求人の上申書の写し
　甲第１２号証　平成２２年（行ケ）第１００６１号審決取消請求事件決定書の写し
　甲第１３号証　異議２００３−７２９１３号における平成１６年４月２２日付け取消理由通知書
　甲第１４号証　特開平５−１９３９９１号公報
　甲第１５号証　特開平５−８０２０１号公報
　甲第１６号証　無効２００６−８００７５号事件における本件被請求人による平成１８年１２月７日付け訂正請求書の写し
　甲第１７号証　  平成１９年（行ケ）第１０２５０号審決取消請求事件判決の抜粋
　甲第１８号証　本件特許の審査過程における平成１３年１０月１８日付け拒絶理由通知書
　甲第１９号証　特表平８−５０１６３５号公報（国際公開第９４／７１１０号として）
　甲第２０号証　本件特許の審査過程における平成１４年１０月１６日付け拒絶査定書
　甲第２１号証　本件特許の拒絶査定不服審判の前置審査における平成１５年３月２４日付け拒絶理由通知書
　甲第２２号証　特開平２−１９６９０６号公報
　甲第２３号証　特表平５−５０５７６９号公報
　甲第２４号証　平成１９年（行ケ）第１０２５０号審決取消請求事件判決の抜粋
　甲第２５号証　平成２１年（行ツ）第２３号、平成２１年（行ヒ）第２７号の最高裁判所の決定調書
　
　
第５　被請求人の主張の概要
　
１　被請求人の主張の概要
　被請求人の主張は、概略、以下のとおりである。
　二次訂正後の訂正された各請求項に記載された発明は、プラグを、「研磨パッドの表面とほぼ共面の上面を有する」と限定し、あるいは、光を、「赤光の範囲を含む」と特定したものである。
　甲第１号証〜甲第５号証には、ウィンドウまたはプラグを有する構成は甲１発明しか開示されておらず、しかも、甲１発明は、プラグ上面が研磨パッドの上面と共面であってはならないことを積極的に教示しているので、これらに基づいて、研磨パッドにプラグを設け、且つ、プラグの上面と研磨パッドの上面を共面にする技術思想が容易に想到可能であったと考えることはできない。
　また、赤光の範囲を含むレーザービームを用いることによって固有の優れた効果が得られることについては、本件明細書には以下のように記載されているが、甲第１〜５号証には、赤光の範囲を含むレーザービームを用いることについても、またそのことによって得られる優れた効果についても開示も示唆もされていない。（平成２３年１２月８日付け訂正請求書の第８ページ第２２行〜第２６行、第１０ページ第３行〜第６行）
　
２　証拠方法
　被請求人は、証拠方法として、以下の証拠を提出している。
　なお、乙第１〜４９号証は、平成２０年１月１６日付け審判事件答弁書の段階で、乙第５０〜７９号証は、平成２０年５月１６日受付口頭審理陳述要領書の段階で、乙第８０〜８１号証は、平成２１年７月１６日受付上申書の段階で、それぞれ提出されたものである。
　乙第　１号証　特許庁ホームページ「資料室（その他の参考情報）」における標準技術集の中の半導体製造装置関連真空・クリーン化技術の「４−４−１ＣＭＰ装置」
　乙第　２号証　インターネットフリー百科事典ウィキペディアの「化学機械研磨」
　乙第　３号証　インターネット検索ページ「ＭＩＲＲＡ　ＣＭＰシステムの常識・非常識」
　乙第　４号証　次世代ＣＭＰ用高性能パッド−ＪＳＲ　ＣＭＰ　Ｐａｄ、ＪＳＲ　Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ　Ｒｅｖｉｅｗ　Ｎｏ．１０９／２００２、３５ページないし３７ページの写し
　乙第　５号証　各種研磨パッドの摩擦特性によるＣＭＰ性能の研究、２００４年度精密工学会春季大会学術講演会講演論文集、９５５ページないし９５６ページの写し
　乙第　６号証　当社ＣＭＰ用研磨パッドの研究結果発表に関するお知らせ、日本ミクロコーティング株式会社、平成１７年１０月２７日の写し
　乙第　７号証　インターネット検索ページ「ＣＭＰ装置用研磨パッドの製造・販売で新会社設立」、東洋ゴム工業株式会社、２００４年７月１２日、Ｎｏ．７７５
　乙第　８号証　シリコンウエーハ用研磨パッド、ニッタ・ハース株式会社のパンフレットの写し
　乙第　９号証　Ｓｕｂａ　Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（Ｓｔｏｃｋ　ｏｒ　Ｐｒｉｍａｒｙ　Ｐｏｌｉｓｈｉｎｇ　Ｐａｄｓ）、Ｒｏｈｍ−Ｈａａｓ社のパンフレットの写し
　乙第１０号証　インターネット検索ページ「Ｓｉｌｉｃｏｎ　Ｖａｌｌｅｙ」
　乙第１１号証　半導体平坦化ＣＭＰ技術、土肥俊郎、河西敏男、中川威雄共著、株式会社工業調査会、１９９８年７月１５日発行、１０７、１１４、１２１、１２３、１２８、１５４〜１６６ページの写し
　乙第１２号証　ＣＭＰ用パッド（ＣＭＰ　Ｐａｄ）、ニッタ・ハース株式会社のパンフレットの写し
　乙第１３号証　Ｏｐｔｉｃａｌ　ＮａｎｏＧａｕｇｅ−光干渉式膜厚測定装置Ｃ１０１７８、Ｃ１０３２３、浜松ホトニクス株式会社のパンフレットの写し
　乙第１４号証　ＣＣＤ／ＣＭＯＳイメージ・センサの基礎と応用、米本和也著、ＣＱ出版株式会社、２００７年８月１日第５版発行、３６ページないし４０ページの写し
　乙第１５号証　拒絶査定不服審判（２００２−２６６０）特許審決公報
　乙第１６号証　平成１５年（行ケ）第４７５号審決取消請求事件判決
　乙第１７号証　ＣＭＰ用語辞典、グローバルネット株式会社、平成１２年５月２９日、４９ページないし５０ページ、１５１ページないし１５２ページの写し
　乙第１８号証　詳説半導体ＣＭＰ技術、土肥俊郎編著、株式会社工業調査会、２００１年１月１０日、１８ページ、５１ページないし５４ページの写し
　乙第１９号証　特開昭５９−１８７４５６号公報
　乙第２０号証　屈折率一覧表、株式会社セイシン企業
　乙第２１号証　ラッピング・ポリシングの基礎と応用−１−、河西敏男、機械と工具、１９９２年４月、１３３ページないし１４２ページの写し
　乙第２２号証　インターネットにおける研磨ホームページ「研磨の原点」、独立行政法人産業技術総合研究所
　乙第２３号証　特開平１０−５０８２４号公報
　乙第２４号証　超精密ラッピング加工の実際、進藤　勉、機械と工具、１９９７年５月、７２ページないし７６ページの写し
　乙第２５号証　インターネットにおける研磨ホームページ「ラッピング特性」、独立行政法人産業技術総合研究所
　乙第２６号証　特開２００２−５９３６４号公報
　乙第２７号証　ジョセフ　エル．　セクチＰＨ．Ｄ．の宣誓書及びその訳文の写し
　乙第２８号証　スーパースムーズ鏡面研磨とＰ−ＭＡＣポリシング、河西敏男、表面科学、Ｖｏｌ．２２、Ｎｏ．３、２００１年、ｐｐ．１７９−１８６の写し
　乙第２９号証　米国特許第５，４８９，２３３号明細書及びその訳文
　乙第３０号証　特表平１１−５１２９７７号公報
　乙第３１号証　ＣＭＰの実践的基礎技術、渡邊純二著、ＥＤリサーチ社発行、２００４年８月２３日、４ページないし５ページ、４２ページの写し
　乙第３２号証　シリコン基板の加工技術と加工表面品質、河西敏男、表面科学、Ｖｏｌ．２１、Ｎｏ．１１、２０００年、ｐｐ．６８８−６９５の写し
　乙第３３号証　高能率・超平滑化加工法、安永暢男、表面科学、Ｖｏｌ．２２、Ｎｏ．３、２００１年、ｐｐ．１８７−１９６の写し
　乙第３４号証　インターネット検索ページ「ＣＭＰスラリーに最適なフィルタを特定する」、Ｒａｋｅｓｈ　Ｋ．　Ｓｉｎｇｈ　著、Ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ　Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、２００５年１０月号、
　乙第３５号証　精密機械加工の原理、安永暢男、高木純一郎共著、株式会社工業調査会、２００２年１０月２５日、１６８ページの写し
　乙第３６号証　インターネットにおける研磨ホームページ「液中ポリシング」、独立行政法人産業技術総合研究所
　乙第３７号証　特開平８−１９９４３号公報
　乙第３８号証　特開平７−２３５５２０号公報
　乙第３９号証　インターネットにおける公報テキスト検索結果、ＩＰＤＬ
　乙第４０号証　無効審判２００６−８００７５号審決
　乙第４１号証　平成１９年（行ケ）第１０２５０号審決取消請求事件　原告準備書面（１）の写し
　乙第４２号証　無効審判事件２００６−８００７５号第１回口頭審理調書
　乙第４３号証　半導体プロセスにおける薄膜形成のインプロセス・モニタリング、菅原活郎、吉見武夫、広部嘉道共著、日経エレクトロニクス、１９７８年７月１０日、日経マグロウヒル社、１０８ページないし１２７ページの写し
　乙第４４号証　特開２００３−１６３１９１号公報
　乙第４５号証　特開２００５−３４０６７９号公報
　乙第４６号証　無効審判事件２００６−８００７５号における平成１８年１２月７日付け意見書
　乙第４７号証　マヌーチャー・ビランの宣誓書及びその訳文の写し
　乙第４８号証　特開平１０−８３９７７号公報
　乙第４９号証　無効審判事件２００６−８００７５号審判請求書の写し
　乙第５０号証　平成１９年（行ケ）第１０２５０号審決取消請求事件　被告準備書面（３）の写し
　乙第５１号証　ＣＭＰのサイエンス、株式会社サイエンスフォーラム発行、１９９７年８月２０日、１３５ページ、１４９ページの写し
　乙第５２号証　インターネット検索ページのシグマ光機ホームページ内「ゲルマニウム」
　乙第５３号証　インターネット検索ページの株式会社ネオトロンホームページ内「Ｇｅｒｍａｎｉｕｍ（Ｇｅ）」
　乙第５４号証　インターネット検索ページの古河電子株式会社ホームページ内「ＺｎＳｅ・ＺｎＳ・Ｇｅ・Ｓｉ・Ｍｏ等材料」
　乙第５５号証　インターネット検索ページのハリックサイエンティフィックプロダクツ、インコーポレイテッドホームページ内「ゲルマニウム、光学的特性情報」
　乙第５６号証　インターネット検索ページ、「超精密切削によるウエーハ状薄型赤外線フレネルレンズの加工」、日本機械学会誌、２００６．１１、Ｖｏｌ．１０９、Ｎｏ．１０５６、９０３ページ
　乙第５７号証　松岡亮次、卒業研究報告、「Ｇｅの吸収係数測定」、高知工科大学、平成１７年３月１７日の写し
　乙第５８号証　インターネット検索ページの株式会社ネオトロンホームページ内「Ｑｕａｒｔｚ　Ｓｉｎｇｌｅ　Ｃｒｙｓｔａｌｓ（ＳｉＯ２）」
　乙第５９号証　インターネット検索ページ、応用光研工業株式会社ホームページ内「ＳｉＯ２（光学用合成石英ガラス）」
　乙第６０号証　鈴木康夫等、「高透明性・高屈折率含硫黄ポリイミド［ＩＩ］−スルホン構造を含むポリイミド」、Ｐｏｌｙｍｅｒ　Ｐｒｅｐｒｉｎｔｓ，Ｊａｐａｎ，Ｖｏｌ．５６，Ｎｏ．２，２００７，ｐｐ．４９２８−４９２９の写し
　乙第６１号証　インターネット検索ページの株式会社オハラホームページ内「光学的性質」、１／３〜３／３ページ
　乙第６２号証　メレスグリオ株式会社パンフレット、２０００−２００４、「光学材料特性一覧」、ｗ４−２ページの写し
　乙第６３号証　インターネット検索ページのムロマチテクノス株式会社ホームページ内「エポテック　ＵＶ硬化型Ｅｐｏｘｙ樹脂接着剤」、１／２〜２／２ページ
　乙第６４号証　インターネット検索ページの株式会社ネオトロンホームページ内「Ｓｉｌｉｃｏｎ（Ｓｉ）」
　乙第６５号証　インターネット検索ページ、信越半導体株式会社のＳＯＩウエハ
　乙第６６号証　インターネット検索ページ、オプトスター社、「ＳＯＩ基板（シリコンオンインシュレータウェーハ）」
　乙第６７号証　インターネット検索ページの米国デラウエア大学ホームページ内「シリコンの光学的特性」
　乙第６８号証　インターネット検索ページの東京農工大学ホームページ内「半導体の反射色」
　乙第６９号証　津和秀夫、肥田満、「各種ラップによるＳｉ単結晶の鏡面仕上−鏡面ラッピングに関する研究（第１報）−」、精密機械、３４巻、１０号、１９６８年１０月、６６６−６７３ページの写し
　乙第７０号証　土肥俊郎、河西敏男、中川威雄共著、半導体平坦化ＣＭＰ技術、株式会社工業調査会、１９９８年７月１５日発行、４６ページ、３０２ページの写し
　乙第７１号証　特開２００５−２６８４２４号公報
　乙第７２号証　渡邊純二著、ＣＭＰの実践的基礎技術、ＥＤリサーチ社発行、２００４年８月２３日、８６ページの写し
　乙第７３号証　精密工学会２００７年度春季大会、プラナリゼーションＣＭＰとその応用セッションプログラム
　乙第７４号証　精密工学会２００８年度春季大会、プラナリゼーションＣＭＰとその応用セッションプログラム
　乙第７５号証　インターネット検索ページの東京大学ホームページ内「中川威雄研究室」、アニュアルレポート、第４７号、１９９８年度
　乙第７６号証　インターネット検索ページ、精密工学会賞第２回２００６年度受賞者業績紹介
　乙第７７号証　特別対談、部品加工が拓く２１世紀の「モノづくり」、デンソーテクニカルレビュー、Ｖｏｌ．６、Ｎｏ．２、２００１年、３〜１０ページの写し
　乙第７８号証　インターネット検索ページ発明者名「中川威雄」での公報テキスト検索結果リスト
　乙第７９号証　河西敏雄、「研磨加工技術」、表面技術、Ｖｏｌ．５７（２００６年），Ｎｏ．１１，ｐ．７４４〜７５１の写し
　乙第８０号証　マブチヒデオ教授宣誓書及びその訳文の写し
　乙第８１号証　ユーチェン・ワング宣誓書及びその訳文の写し
　
　
第６　甲第１号証ないし甲第５号証に記載された発明、事項の内容
　
１　甲第１号証
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第１号証（特開平７−５２０３２号公報）には、以下の記載がある。
ア　特許請求の範囲の請求項１
「回転する定盤の研磨布の張り付けられた面に、研磨液を滴下しつつ、ウエハ支持板に固定したウエハをウエハ支持板により回転させつつ押し付け研磨する方法において、定盤及び研磨布の回転中心と周縁との間に設けた窓からウエハの研磨面の光の反射状態を見て研磨状態を判定するウエハ研磨方法。」
イ　段落【０００１】
「【産業上の利用分野】本発明は、半導体ウエハ、特にＳＯＩ(Silicon-on-Insulator)ウエハ等の膜付きウエハの研磨方法及び装置に関する。」
ウ　段落【００１３】
「【作用】本発明方法において、定盤及び研磨布の回転中心と周縁との間に設けた窓からウエハの研磨面の光の反射状態を見て研磨状態を判定すれば、研磨を中断せずに研磨状態の終点を知ることが出来る・・・」
エ　段落【００１５】〜【００１６】
「本発明の装置において、透明窓材とウエハとの間にできる研磨液の膜を通してウエハの研磨面に照射した光の反射光を観察あるいは評価するのであるが、研磨液は液中に微粒子が懸濁したものであり、光を散乱する性質をもっているので、透明窓材の表面とウエハの研磨面との間の間隔が小さい方が観察あるいは評価に都合がよい。
　定盤の中心と周縁との間の研磨布張り付け面に半径方向に延長した溝を設けるのは、研磨布にだけ研磨布窓を設けたのでは、研磨液に空気が混じる恐れがあり、空気が混じると観察が困難となるので、研磨液を十分保持できるようにし、空気が混じらないようにするためである。溝に研磨液を十分保持させるため、この溝や研磨布窓は研磨加工に寄与しない領域となるので、ウエハ面内の加工量分布を乱さない形を選ぶ必要があり、定盤の中心から周辺にウエハの研磨面が同一時間で通過するように、定盤の中心から放射状に伸びる近接した２本の直線に囲まれるようにするのがよい。」
オ　段落【００２２】〜【００２４】
「【実施例】図１、図２に示した実施例について説明する。定盤１は直径３００ｍｍ、厚さ１０ｍｍのアルミニウム製の円盤で、その中心の片面に定盤１を回転するための軸が固定してある。定盤１の軸を固定した面の反対側の面には、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２が設けてある。・・・溝２の長手方向中央には、直径１０ｍｍの貫通孔３が設けられ、溝２の反対側では円錐状に拡大している。貫通孔３の溝２側にはパイレックス透明ガラス製の透明窓材４が嵌め込まれ、研磨液が漏れないようにしてある。
　定盤１の溝２を有する面には、定盤１と同形の厚さ０．７ｍｍのローデルニッタ社製、商品名ｓｕｂａ−５００ウレタン含浸ポリエステル不織布からなる研磨布５が張り付けられ、溝２に相当する部分は溝２と同形に切り抜かれて、研磨布窓６が形成されている。透明窓材４は定盤１の表面より約０.５ｍｍ突出するが、研磨布５の弾性を考慮しても研磨布５の表面より十分低くなっている。
　定盤１の溝２の反対側には透明窓材４の回転路に面して研磨するウエハ７の研磨面に光を照射しその反射光を受光するプローブ９が配置されている。・・・」
カ　段落【００２５】〜【００２６】
「片面に回転用の軸が固定された直径１１０ｍｍ、厚さ１０ｍｍの円盤状のアルミニウム製のウエハ支持板８に、表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着し、一方のウエハを平面研削して厚さ１５μｍのシリコン膜として直径１００ｍｍのＳＯＩウエハを、平面研削加工していない面をワックスで張り付けた。
　粒径が０.０１μｍ以下のシリカ粉末を含むアルカリ性溶液からなるローデルニッタ社製、商品名NALCO−2350を２０倍に希釈した研磨液を定盤１の研磨布５の表面に滴下しつつ、定盤１を毎分５０回転させながら、ウエハ支持板８に張り付けたウエハ７を、自転速度毎分４０回転で回転させつつ、研磨布５に、回転中心が透明窓材４の上に位置するように、研磨荷重１０ｋｇｆで押し付けて目標膜厚を１μｍにして研磨を開始した。」
キ　段落【００２７】
「この条件では、透明窓材４の移動線速度は約５００ｍｍ／秒なので、直径１０ｍｍの透明窓材４を通してウエハ７の中心を測定出来る時間は、１回の通過に付き約１０ｍ秒である。この時間は、波長範囲６８０〜８００ｎｍ、分解能１ｎｍで行う分光反射率測定に対して十分であった。測定の参照基準には、同じ条件に置いたシリコンウエハを用いた。」
ク　上記アの「研磨布の貼り付けられた面に、研磨液を滴下しつつ・・・ウエハを・・・研磨する」の記載から、これがウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のことであることは明らかである。
　ケミカルメカニカルポリシングにおいて、研磨布が研磨液によってウェットになっていることは明らかである。
　摘記事項オにおける「パイレックス透明ガラス製の透明窓材４」の記載から、透明窓材４が中実の材料からなるものであることは明らかであり、また、「ロデールニッタ社製、商品名ｓｕｂａ−５００ウレタン含浸ポリエステル不織布からなる研磨布５」の記載から、研磨布５が発泡材料からなる表面を有するものであることは明らかである。
　摘記事項キから、透明窓材４上にウエハ７の中心が存在する時の一部の間には、光をウエハ７に入射する通路が与えられ、測定を行うことは明らかである。
　摘記事項ウから、研磨状態の終点は、研磨を中断せずに、すなわち、インシチュウで知るものであることは明らかである。
　摘記事項キの「波長範囲６８０〜８００ｎｍ」において、赤色光の波長が６１０〜７５０ｎｍであるから、光が赤色の範囲を含むものであることは明らかである。
　これら記載事項、及び認定事項を、技術常識を勘案しつつ、本件発明９、１８、２４、２７、３９、５２に照らして整理すると、甲第１号証には、以下の各発明が記載されている。
「表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７のケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハ７を、回転可能なウエハ支持板８内に、該回転可能なウエハ支持板８の下の研磨布５に対して保持するステップであって、該研磨布５は発泡材料からなる表面を有し、研磨液によってウェットとなっている、該保持するステップと、
（ｂ）研磨状態の終点を知るステップであって、該終点を知るステップは、
（ｂ１）赤色の範囲を含む光をウエハ７に向けて照射するステップであって、該光は、定盤１内に形成され、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３における溝２に同形に切り抜かれた該研磨布５に含まれる研磨布窓６を通過し、
　前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ、
　該研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える、該照射するステップと、
（ｂ２）ウエハ７から反射する赤色の範囲を含む光をプローブ９により受光して検出するステップとを備える前記終点を知るステップとを備える方法。」（以下、「甲１発明１」という。）
「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７の研磨状態の終点を、ウエハ７の研磨を中断せずに知るインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨を中断せずに、発泡材料からなる表面を有する研磨布５に含まれる研磨布窓６を通して前記ウエハ７の方へ赤色の範囲を含む光を向けるステップであり、
　中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３を自身に有する定盤１の前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ、該研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える、前記向けるステップと、
（ｂ）前記ウエハ７から反射されてくる前記赤色の範囲を含む光をプローブ９により受光して検出するステップとを備える方法。」（以下、「甲１発明２」という。）
「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７を研磨するための研磨状態の終点を知るインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨を中断せずに、発泡材料からなる表面を有する研磨布５に含まれる研磨布窓６を通して前記ウエハ７の方へ赤色の範囲を含む光を向けるステップであり、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３を自身に有する定盤１における前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ、該研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える、前記向けるステップと、
（ｂ）前記ウエハ７から反射されてくる赤色の範囲を含む光をプローブ９により受光して検出して前記終点を知るステップとを備える方法。」（「甲１発明３」という。）
「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うためのウエハ研磨装置であって、
（ａ）研磨中に、定盤１の溝２と同形に切り抜かれた研磨布窓６を有する発泡材料からなる表面を有する研磨布５を保持する回転可能な定盤１であり、
　定盤１には、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３が設けられ、前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ、該研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える、前記定盤１と、
（ｂ）研磨中に表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７を定盤１上の研磨布５に対して保持する回転可能なウエハ支持板８と、
（ｃ）研磨中に、前記透明窓材４、及び研磨布５の研磨布窓６を通して、研磨されるべきウエハ７の中心の研磨面に向けられ且つ入射する赤色の範囲を含む光を照射させることが可能なプローブ９を備えるウエハ研磨装置。」（以下、「甲１発明４」という。）
「ウエハ７に対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための研磨装置であって、前記研磨装置は、
（ａ）研磨中に研磨布５を保持する定盤１であり、前記研磨布５には、発泡材料からなる表面と定盤１の溝２と同形に切り抜かれた研磨布窓６を有し、前記定盤１は、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３を自身に有する定盤１であり、前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ、該研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える、前記定盤１と、
（ｂ）研磨中にウエハ７を定盤１上の研磨布５に対して保持するウエハ支持板８と、
（ｃ）赤色範囲の光を含む光を照射することが可能なプローブ９であって、前記プローブ９は、研磨中に前記赤色の範囲を含む光を前記研磨布窓６に向け前記ウエハ７上に照射するように、配置されて、研磨中に研磨状態の終点を知る、前記プローブ９とを備える研磨装置。」（以下、「甲１発明５」という。）
「ウエハ７を研磨するための研磨装置であって、
（ａ）発泡材料からなり研磨面と研磨布窓６を有する研磨布５であり、定盤１は、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３を自身に有する定盤１であり、前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる赤色の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する透明窓材４が嵌め込まれ、前記研磨布５には、定盤１の溝２と同形に切り抜かれた研磨布窓６が形成される、
前記研磨布５と、
（ｂ）ウエハ７を定盤１上の研磨布５の研磨面に対して保持するためのウエハ支持板８と、
（ｃ）研磨布窓６を通過してウエハ７に赤色の範囲を含む光を照射しその反射光を受光するプローブ９を有する研磨状態の終点を知るものであって、前記研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光ビームをウエハ７に入射させるための通路を与える研磨装置。」（以下、「甲１発明６」という。）
　
２　甲第２号証
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第２号証（特開平５−３０９５５８号公報）には、以下の記載がある。
ア　特許請求の範囲の請求項１
「研磨対象ウェーハの所定の厚さに等しい波長の光を研磨対象ウェーハに全反射角で入射し、前記研磨対象ウェーハを光が透過したとき、または研磨対象ウェーハの所定の厚さに等しい波長の光を研磨対象ウェーハに偏光角で入射し、前記研磨対象ウェーハから反射する偏光を遮断するように配設された偏光板を前記偏光が通過したとき、研磨を終了することを特徴とする貼り合わせウェーハの研磨方法。」
イ　段落【０００３】
「【発明が解決しようとする課題】上記のような研磨方法で貼り合わせウェーハの一方、すなわちＳＯＩウェーハについて、その厚さの大部分を研磨により除去し、１μｍないしそれ以下の層を素子形成層として均一な厚さに残すことは極めて困難である。特に、素子形成層の厚さのばらつきが大きく、±０．５μｍ程度の精度であるため、ＳＯＩ半導体基板の製造歩留りが低い。また、貼り合わせウェーハをウェーハ研磨機から取り外してＳＯＩウェーハの厚さを測定する方法では、作業能率を向上させることができない。本発明は上記従来の問題点に着目してなされたもので、ＳＯＩ半導体基板の製造工程において、素子形成層であるＳｉ層を高精度に、かつ能率よく所望の厚さに研磨するための貼り合わせウェーハの研磨方法を提供することを目的としている。」
ウ　段落【０００６】〜【０００７】
「・・・貼り合わせウェーハをマウントプレートに貼着したままＳＯＩウェーハの厚さを管理することができ、所望の厚さに到達した時点で研磨を終了させることができる。・・・これらの図において、ウェーハ研磨機のポリシングパッド１は透明体で、パッド駆動装置２により回転および昇降する駆動軸２ａの先端に固着されている。マウントプレート３は、たとえばＳｉＯ２からなる透明体で、前記ポリシングパッド１の上方にレーザ発振器４、波長変換装置５がそれぞれ配設されている。マウントプレート３の下方には光検出器６が設けられ、光検出器６の出力配線は制御装置７に接続されている。・・・」
エ　段落【０００８】
「貼り合わせウェーハ１１は、２枚の単結晶Ｓｉウェーハを絶縁層ＳｉＯ２を介して貼り合わせたいわゆるＳＯＩ基板で、直接接着技術によって形成される貼り合わせ型ＳＯＩ基板の製造工程に従って、素子形成層の所定の厚さ近くまでＳｉ単結晶層を研磨したものである。・・・レーザ発振器４によって発振されたレーザ光は、波長変換装置５により所定の波長λすなわちＳＯＩウェーハの目標厚さをｔ１としたとき、λ＝ｔ１となるように変換された後、ポリシングパッド１とスラリー１０とを透過して貼り合わせウェーハ１１に全反射角θで入射される。・・・ｔ＝λになると、それまで上部Ｓｉ層１１ａの上面で全反射していた光の一部が上部Ｓｉ層１１ａを透過し、更にＳｉＯ２層１１ｂ、下部Ｓｉ層１１ｃ、ワックス層１２、マウントプレート３を透過してマウントプレート３の下方に進む。光検出器６はこの透過光を検出すると制御装置７に信号を出力し、制御装置７はパッド駆動装置２に研磨終了指令信号を送る・・・上記研磨作業中に何らかの異常が発生した場合は、制御装置７が警報装置９に指令信号を出力し、警報装置９が作動するとともにパッド駆動装置２の駆動軸２ａが上昇して研磨が中止される。」
　以上から、甲第２号証には、以下の事項が記載されている。
「ポリシングパッド１による貼り合わせウェーハ１１の研磨において、ポリシングパッド１を透明体とし、ポリシングパッド１を透過してレーザ光を照射するもの。」（以下「甲２記載事項」という。）
　
３　甲第３号証
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第３号証（特開昭６３−１３４１６２号公報）には、以下の記載がある。
ア　第１ページ右下欄第４行〜第８行
「本発明は、石英、セラミック、結晶材料などの硬質材料よりなり、研磨し難く、しかも高精度の仕上面精度を必要とし、遠紫外線ないしＸ線領域において用いられる光学部品などの被加工物を研磨する研磨加工法に関するものである。」
イ　第３ページ左上欄第１１行〜第１８行
「次に本発明の第２実施例について説明する。第２図は本発明の第２実施例を示す側面図である。
　本実施例においては、第２図に示すように光源として、レーザ光源１０を用い、このレーザ光源１０からのレーザ光線１１をビームエキスパンダ１２によって広げ、光学的に透明な材料よりなるポリッシャ３を通過させ、被加工物１の被加工面６を照射するようにしたものであり、」
ウ　第３ページ右下欄第１行〜第１０行
「上記第１、第４実施例に示す光源９としては水銀ランプを用い、第２、第３実施例の光源１０、１３としてはＮｄ−ＹＡＧレーザ、Ａｒイオンレーザ、エキシマレーザを用いればよい。また被加工物１に対する砥粒７、加工液８の組合わせは目的によって多様であるが、例えばＡＬ２Ｏ３・ＴｉＣセラミックに対し、ダイヤモンド砥粒の５０Ｗｔ％ＫＯＨ懸濁液の使用が可能であり、石英ポリッシャを通過したＮｄ−ＹＡＧレーザ、Ａｒイオンレーザの照射によって加工が促進される。」
　以上から、甲第３号証には、第２図を参照することにより、以下の事項が記載されている。
「被加工物１の被加工面６をポリッシャ３で研磨するにあたり、石英からなるポリッシャ３を透明なものとし、レーザ光線１１を照射し、透明なポリッシャ３を透過してレーザ光線を照射するもの。」（以下、「甲３記載事項」という。）
　
４　甲第４号証
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第４号証（特開昭６１−７６２６０号公報）には、以下の記載がある。
ア　第２ページ左上欄第１２行〜右上欄第１５行
「第１図は本発明の研摩方法の一実施例を示す概略断面図である。
　図において、２は被加工物たとえば光学ガラスであり、その上面が被加工面である。本実施例においては被加工面は平面である。４は研摩加工工具であるポリシャであり、該ポリシャ４としてはたとえば合成樹脂または軟質金属等のシートが用いられる。該ポリシャ４はポリシャ保持手段である平面皿６の下面に貼付固定されている。被加工物２とポリシャ４との間には研摩液８が存在する。該研摩液８中には研摩剤である微粒子が懸濁せしめられている。１０はレーザ光をガイドする光ファイバなどのライトガイドである。該ライトガイド１０はそれぞれレーザ光源からレーザ光を伝送せしめてその先端から照射せしめる。ライトガイド１０は保持手段６の全体にわたって上下方向に多数設けられている貫通孔を通って、該貫通孔に対応する位置にてポリシャ４に設けられている貫通孔中へと延びている。従って、ライトガイド１０の先端は被加工面と対向する様な配置となっている。
　加工時においては、通常の液中研摩と同様に被加工物２とポリシャ４とは適宜の圧力にて押圧せしめられつつ相対運動を行なう。」
イ　第２ページ左下欄第１３行〜第１８行
「以上の実施例においてはポリシャ４に貫通孔を設けてライトガイド１０の先端を該貫通孔中に位置せしめているが、ポリシャ４が透明なものである場合には、第２図に示される様にポリシャ４の貫通孔は設けなくともレーザ光の照射は良好に行なわれる。」
　以上から、甲第４号証には、第２図を参照することにより、以下の事項が記載されている。
「被加工物２をポリシャ４で研摩するにあたり、合成樹脂からなるポリシャ４を透明なものとし、レーザ光を照射し、透明なポリシャ４を透過してレーザ光を照射するもの。」（以下、「甲４記載事項」という。）
　
５　甲第５号証
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第５号証（特開平４−２５５２１８号公報）には、以下の記載がある。
ア　特許請求の範囲の請求項１〜３
「【請求項１】　平坦なウェーハを研磨する方法にして、ａ．研磨プラテンの外周端縁を横断しかつ該外周端縁の上方を動き得るように取り付けられた回転可能な研磨ヘッド内にウェーハを保持する段階と、ｂ．研磨スラリー内のウェーハの一面を研磨プラテンを横断して回転させる段階と、ｃ．ウェーハの一部分を研磨プラテンの外周端縁を横断してオーバーハングさせ、ウェーハの一面を露出させる段階と、ｄ．終点検出手段を使用してウェーハの終点を検出する段階とを備えることを特徴とする方法。
【請求項２】　請求項１に記載の方法にして、終点検出手段がレーザ干渉測定装置を備えることを特徴とする方法。
【請求項３】　請求項２に記載の方法にして、レーザ干渉測定装置が、ウェーハ上のパターン無し金型上に取り付けられたウェーハの酸化物の厚さを検出し得るように配置されることを特徴とする方法。」
イ　段落【０００１】
「【産業上の利用分野】本発明は、集積回路の製造方法、特に、半導体ウェーハを物理的に平面化し（ｐｌａｎａｒｉｚａｔｉｏｎ）かつ終点（ｅｎｄｐｏｉｎｔ）を検出するための新規な方法及び装置に関する。」
ウ　段落【００１６】
「【実施例】先ず図１を参照すると、本発明による物理的な平面化に適した半導体ウェーハ１０及び本発明の研磨装置が図示されている。半導体ウェーハ１０は、薄くかつ平坦であり略円形の形状をしており、微細な局部を備えて形成されている。半導体ウェーハは、その上に複数の個々の集積回路金型が形成されるシリコン又は酸化シリコンのような基板を含むことが出来る。これら個々の金型は図１に十字形パターンにて略図で示されている。」
エ　段落【００１８】〜【００１９】
「図５に断面図で示すように、ウェーハ１０は、ある領域にてその上に二酸化ケイ素（ＳｉＯ２）１４の層（以下に酸化物と称する）が形成されるシリコン基板１２を備えることが出来る。一般に、ウェーハ１０を物理的に平面化することはウェーハ１０の酸化物層１４を平面化する段階を含んでいる。ウェーハ１０は又、シリコン基板１２上に形成して酸化物被覆１４で覆った１又は２以上のタングステンのような金属膜のパターン無し金型１６を含むことが出来る。
　次に、図２を参照すると、本発明により形成された物理的な平面化及びび終点検出装置が全体として符号２０で示されている。本発明の研磨装置２０は、全体として、アルミナのような研磨性スラリー２４が適用される回転する研磨プラテン２２の形態による研磨手段と、図３に示すように、半導体ウェーハ１０を支持しかつ回転する研磨プラテン２２の外端縁を横断しかつ該外端縁を経て動き得るように取り付けられ、回転する研磨プラテン２２の半導体ウェーハ１０の全体よりも小さい寸法の一部分をオーバーハングさせる回転可能な研磨ヘッド２６と、半導体ウェーハ１０上に形成された酸化物被覆１４等の厚さを検出するためのレーザ干渉測定装置２８の形態による終点検出手段とを備えている。」
　以上から、甲第５号証には、第２図、及び第５図を参照することにより、以下の事項が記載されている。
「表面に酸化物被覆１４を有する半導体ウェーハ１０における酸化物被覆１４を物理的に平面化するに際して、レーザ干渉測定装置２８により酸化物被覆１４の厚さを検出する、物理的な平面化及び終点検出装置。」（以下、「甲５記載事項」という。）
　
　
第７　当審の判断
　
１　無効理由２：特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反についての判断
　最初に、請求人の主張する無効理由２について検討する。
　
（１）請求項を特定しない特許法第３６条違反について
Ａ　請求人の主張するＡの無効理由についての判断
　本件特許明細書の段落【００２８】には、「図３（ｂ）は、プラーテン１６とパッド１８の別の具体例である。この具体例では、クオーツインサートは排除され、パッド１８には貫通穴は存在しない。その代わりに、プラーテン１６のホール３０の上の領域では、パッド１８の裏張り層２０（存在すれば）が除去された。このことにより、ウエハ１４とプラーテン１６の底部との間には、パッド１８のポリウレタンカバー層２２だけが残っている。カバー層２２に用いられるポリウレタン材料が、レーザー干渉計３２からのレーザービームを実質的に透過させるだろうことが、見出されている。」との記載がある。そして、裏張り層を除去することによりパッドのポリウレタンカバー層だけを残し、かつ、このポリウレタンカバー層を透明なものとすれば、レーザー光等の光を透過するものであることは明らかである。また、本件特許明細書の段落【００２９】には、「図３（ｃ）に描かれている本発明の具体例において排除される。この具体例では、プラーテンホール３０の上の領域における典型的なパッド材料は、中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２に置き換えられる。このプラグは、・・・透過性を阻害する添加物を含有していない。」との記載がある。そして、透過性を阻害する添加物を含有していないポリウレタンプラグ４２であれば、レーザー光等の光を透過するものであることは明らかである。してみると、レーザー光の透過を許容する透明体から成る合成樹脂製の研磨パッドを当業者が実施し得る程度に十分且つ、明確に記載されていなかったので、特許法第３６条第４項違反であるとする無効理由、及び、本願の各請求項に係る発明も不明確であるから、特許法第３６条第６項第２号違反であるとの無効理由は成り立たない。
Ｂ　請求人の主張するＢの無効理由についての判断
　レーザー光の反射を利用した終点検出の原理が、レーザー光に限らず通常の可視光、すなわち光にも適用できるものであることは明らかである。したがって、「レーザー光」と「光」とを同一視することはできないから、本件発明は、特許を受けようとする発明が不明確であるので、特許法第３６条第６項第２号違反であるとする無効理由、及び、各発明を当業者が実施し得る程度に十分、且つ、明確に明細書に記載されていないので、特許法第３６条第４項違反であるとする無効理由は成り立たない。
Ｃ　請求人の主張するＣの無効理由についての判断
　「レーザー干渉計」という用語は、甲第５号証に「レーザ干渉測定装置」と記載され、また、乙４４号証、乙４５号証においても記載されているように、ＣＭＰの終点検出装置として一般的に用いられているものである。したがって、本件特許の「レーザー干渉計」は、一般的に認識されている干渉計ではない、「干渉計」という語句の誤用は、軽微な誤りではなく、発明を構成するキーポイントとなった重要な誤りであるとする無効理由は成り立たない。
Ｄ　請求人の主張するＤの無効理由についての判断
　ブランク酸化膜ウエハの研磨中に干渉の測定を行うことにより、周期的な信号が発生することを検証することは可能で、その様にして検証されたデータをパターンウエハのＣＭＰ研磨において参照データとして利用することが可能であることは明らかである。したがって、本件特許の対象となるウェハは、パターンウェハ（パターニングされたウェハ）であり、ブランク酸化物ウェハの開示は、本件特許における課題を解決するものではなく、意味をなすものではないとする無効理由は成り立たない。
Ｅ　請求人の主張するＥの無効理由についての判断
　各請求項に数多く現れるそれぞれの信号の技術的意味および物理量が不明確であるという漠然とした理由では、それが特許法第３６条第６項第１号及び第２号違反するのかどうか、また各請求項に係る発明を実施することができるかどうか、すなわち、特許法第３６条第６項第４号に違反するかどうか判断することはできない。
　なお、各請求項に現れる各種「信号」については、各請求項に対する特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反の無効理由としても挙げられていることから、各種「信号」の上記無効理由については、請求項ごとの判断に委ねることとする。
Ｆ　請求人の主張するＦの無効理由についての判断
　（ｉ）の点に関して、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載では、図９（ａ）のグラフをどのようにフィルタ処理することにより、図９（ｂ）のグラフのようになるのかは、必ずしも明確ではないが、各請求項中にいくつか存在する「フィルタ」の特定のある請求項については、明確である。
　したがって、このことにより、発明を実施することができないとすることも、また、特許請求の範囲の各請求項に記載された発明が発明の詳細な説明に記載されたものでないとすることも、特許請求の範囲の各請求項に記載された発明が明確でないとすることもできない。
　（ｉｉ）の点に関して、ＣＭＰで対象とするパターンウエハにおいても、程度の差こそあれ、平坦化により検出される信号に周期的なサイクルが現れることは明らかであって、これをフィルタ処理することにより、ある程度の研磨に関する情報を得られることは明らかである。
　（ｉｉｉ）の点に関して、積分した結果が必ず正の値となるものではない。
　（ｉｖ）の点に関して、段落【００６５】に、フィルタとはバンドパスフィルタであることが記載され、干渉計から検出された信号をバンドパスフィルタにかけて分析することにより研磨終点を検出できることは本件特許の優先権主張日前においても周知の事項であったことは明らかである。
　したがって、請求人の主張するＦの無効理由では、特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるとすることも、特許法第３６条第４項違反であるとすることもできない。
Ｇ　請求人の主張するＧの無効理由についての判断
　本件特許の段落【００４５】の記載から、検出された信号から認識可能な正弦波状のサイクルが取り出されることが、ＣＭＰ研磨の終点であるとすることは明らかである。
　したがって、請求人の主張するＧの無効理由では、特許法第３６条第４項違反であるとすることも、特許法第３６条第６項第２号違反であるとすることもできない。
Ｈ　請求人の主張するＨの無効理由についての判断
　研磨パッドはウエハに対して半径位置を変更しながら研磨するものであるので、研磨パッドの一部に設けられたウィンドウを通してレーザー反射光等を検出することにより、ある程度、ウエハ表面の均一性を検出できるものであることは明らかであり、それはパターンウエハにも該当するものであることも明らかである。
　したがって、請求人の主張するＨの無効理由では、特許法第３６条第４項違反であるとすることはできない。
　
（２）請求項を特定する特許法第３６条違反について
（ｉ）請求人の主張する請求項９の無効理由についての判断
　１）における各ステップの必要性が不明な点、及び２）（ａ）におけるウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、の部分の全体の中での必要性が不明な点については、必要性が不明というだけの理由で「明確でない」とすることはできない。
　また、２）の後半、３）については、ＣＭＰ研磨において、ウエハからの反射する光を検出して研磨の終点を決定する方法については、種々の方法があり、それぞれ、例示するまでもなく、従来周知のものである。
　したがって、ウエハのＣＭＰのための方法に対して、各ステップの必要性が不明であり、ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、の部分の全体の中での必要性が不明であり、何を持って終点を決定するか示されておらず、ウエハから反射する光を検出するステップとは何の光を検出するのか明細書に記載されておらず不明であるので、請求項９を特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は成り立たない。
（ｉｉ）請求人の主張する請求項１８の無効理由についての判断
　１）、５）については、「基板上の表面層の状態の均一性」とは、基板上の表面の平坦化と同様であることは明らかである。そして、平坦化の検出に関しては、平坦化によりデータ信号に周期的なサイクルが現れることは明らかである。また、均一性の判断を平坦化の判断と同様に計算できることも明らかである。
　２）については、光ビームもレーザービームも電磁波の一種であって、レーザービームの測定原理を光ビームに応用できることは明らかである。
　３）については、「干渉信号」が、レーザー干渉計に相当する光ビームの際の干渉計で検出される信号に相当するものであることは、技術的に明らかである。
　４）については、干渉信号が干渉計によって生じる信号であることは明らかで、別の請求項で特定されている検出信号、データ信号との実質的な違いはともかく、表現として異なる信号であることは明らかである。
　したがって、基板上の層の均一性を測定する方法は、実施不能であるか、開示されていないし、光ビームに関する内容は、明細書中に記載がなく、干渉信号を示す物理量が不明であり、干渉信号と検出信号、データ信号との実質的な差が不明であり、均一性の尺度の計算が開示されないか、原理的に計算できないため、請求項１８を特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
（ｉｉｉ）請求人の主張する請求項１９の無効理由についての判断
　「特徴情報」が、望ましく操作されていることがわかっているシステムに対して干渉計によって得られたシグネチャ波形を意味するものであることは、発明の詳細な説明の段落【００６８】〜【００７０】を参照することにより明らかである。そして、研磨の目標が均一性、すなわち基板上の表面の平坦化であるから、特徴情報は、基板上の表面が均一化された時の干渉計によって得られたシグネチャ波形である。
　段落【００１８】に示されている「特性信号」は、請求項１９中には存在しない。
　したがって、特徴情報の意味・物理量が不明であり、干渉信号から特徴情報を抽出するステップは開示されておらず意味も不明であり、抽出された特徴情報から均一性の尺度を計算するステップも開示されておらず、均一性尺度を求める上で、段落【００１８】に記載の特性信号の技術的意味・物理量と他の信号との差異が不明で均一性尺度が定義できないことから、請求項１９を特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるという無効理由は、成り立たない。
（ｉｖ）請求人の主張する請求項２０の無効理由についての判断
　「表面層の状態の均一性」とは、基板上の表面の平坦化と同様であることは明らかである。そして、平坦化の検出に関しては、ＣＭＰで対象とするパターンウエハにおいても、程度の差こそあれ、平坦化によりデータ信号に周期的なサイクルが現れることは明らかである。
　したがって、均一性の尺度が開示されず、また、原理的に計算できないことから、請求項２０を特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反であるという無効理由は、成り立たない。
（ｖ）請求人の主張する請求項２４の無効理由についての判断
　１）については、「研磨プロセスの特性」とは、研磨プロセスが期待通りに進行しているか否かを示す指標であることは明らかであって、請求項２４は、その特性を評価する方法に関する発明である。
　２）、４）の「シグネチャ」については、訂正後の請求項２４には存在しない。
　３）については、光ビームの点は、上記（ｉｉ）のとおりである。
　５）については、「研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、保存されている情報」とは、研磨プロセスにおいて、なんらかの操作を行なう際の、干渉計波形と比較される情報であることは明らかである。
　したがって、プロセスの特性の技術的意味および物理量が不明であり、シグネチャの技術的意味・物理量が不明確であり、光ビームに関する開示はなく、シグネチャを抽出するステップの技術的意味が不明であり、研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、保存されている情報の技術的意味が不明であるので、請求項２４を特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
（ｖｉ）請求人の主張する請求項２７の無効理由についての判断
　１）の干渉計については、前記Ｃのとおりである。２）の干渉信号、３）の光ビーム、４）の干渉信号から均一性の尺度を計算する方法については、上記（ｉｉ）のとおりである。
　したがって、干渉計とあるが、実質的に干渉計でなく、語句を誤用しており、干渉信号の物理量が不明であり、光ビームに関する開示がなく、干渉信号から均一性の尺度を計算する方法が不明確であり、示されていないので、請求項２７を特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
（ｖｉｉ）請求人の主張する請求項３０の無効理由についての判断
　請求項３０は、遡っていくと、請求項２７を大本として引用しているものであるが、請求項２７では、「光ビーム」を対象としたものであり、「レーザービーム」を対象としたものではない。しかしながら、レーザー干渉計を一般の光ビームの干渉検出にも利用できることは既述したとおりである。
　したがって、レーザー干渉計は語句を誤用しているので、請求項３０を特許法第３６条第６項第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
（ｖｉｉｉ）請求人の主張する請求項３１の無効理由についての判断
　１）の特徴情報、２）の干渉信号から特徴情報の抽出、３）の段落【００１８】の特性信号との関係、４）の均一性の尺度の計算については、上記（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｖ）のとおりである。
　したがって、特徴情報の技術的意味・物理量が不明であり、干渉信号から特徴情報を抽出することが示されておらず、段落【００１８】記載の「特性信号」の技術的意味・物理量が不明であり、抽出された特徴情報から均一性の尺度を計算する方法が示されていないから、請求項３１を特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
（ｉｘ）請求人の主張する請求項３９の無効理由についての判断
　１）については、「基板を研磨することと、各特徴がどう対応」するかという点は、明確に無効理由を示していない。「それが必要機能なのか」、及び「何を行うか」は、特許請求の範囲の明確性と関係のない事項である。
　２）の光ビームについては、上記（ｉｉ）のとおりである。
　３）のパターンウェハ、周期信号からの終点検出、フィルタについては、ＣＭＰで対象とするパターンウエハにおいても、程度の差こそあれ、平坦化によりデータ信号に周期的なサイクルが現れることは明らかである。さらに、請求項３９は、「フィルタ」を発明特定事項としていない。
　したがって、基板を研磨することと、各特徴がどう対応し、また、それが必要機能なのか不明であり、何を行うかも不明であり、光ビームに対する開示はなく、ＣＭＰで対象となるパターンウェハは周期信号が現れず、パターンウェハに対して、周期信号から終点を検出する一意の方法が開示されていないし、フィルタは実施不能であるから、請求項３９を特許法第３６条第４項、及び第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
（ｘ）請求人の主張する請求項５２の無効理由についての判断
　１）の光ビームの点については、上記（ｉｉ）のとおりである。
　２）の反射された光の測定については、（１）Ａで言及したとおり、レーザー干渉計を用い、反射光を測定することにより研磨の終点を検出することができることは明らかである。
　また、３）については、請求項５２は、光源と検出器の他に、研磨パッド、研磨ヘッドを有しており、これらにより研磨の終点を検出するシステムは従来周知のものである。
　したがって、光ビームに関する開示はなく、光のどのような物理量を測定するのか不明であり、光源と検出器を有するだけの終点検出システムは特定できないから、請求項５２を特許法第３６条第６項第１号、第２号違反であるとする無効理由は、成り立たない。
　
２　無効理由１：特許法第２９条第２項違反についての判断
　
（１）請求項９に対して
ア　対比
　本件特許発明９と甲１発明１とを対比すると、後者の「ウエハ支持板８」は前者の「研磨ヘッド」に、後者の「研磨布５」は前者の「研磨パッド」に、後者の「研磨液」は前者の「研磨スラリ」に、後者の「定盤１」は前者の「プラーテン」に、後者の「研磨布窓６」は前者の「ウインドウ」に相当する。
　後者における「中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３」は、「開口」という限りで、前者の「ホール（孔）」と共通する。
　後者における研磨はＣＭＰであることが明らかなので、後者の「研磨状態の終点を知る」ことは、前者の「ＣＭＰが終了した終点を決定する」ことに相当する。
　後者における「溝２に同形に切り抜かれた該研磨布５に含まれる研磨布窓６」は、研磨布５が定盤１の上に直接設けられたものであるから、「プラーテン内に形成された開口に近接するように配置された研磨パッドに含まれるウインドウ」という限りで、前者の「プラーテン内に形成されたホール（孔）に近接するように配置された該研磨パッドに含まれるウインドウ」と共通する。
　前者における「レーザービーム」は、後者における「光」の下位概念である。
　後者における「貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ」ることは、「研磨プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設し」である限りにおいて、前者の「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ることと共通する。
　後者の「照射する」ことは、光を照射するのであるから、「発する」といえるものである。
　後者の「該研磨布窓６は、ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える」ことは、ウエハ７の中心のみが透明窓材４の上にある時だけ、光をウエハへ入射させるものであるから、「該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間光のための通路を与える」限りにおいて、前者の「該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間レーザービームのための通路を与える」ことと共通する。
　後者の「赤色の範囲を含む」ことは、前者の「赤光の範囲を含む」ことに相当する。
　以上の点から、本件特許発明９と甲１発明１とは、以下の一致点、相違点を有している。
＜一致点１＞
「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）のための方法であって、該方法は、
（ａ）ウエハを、回転可能な研磨ヘッド内に、該回転可能な研磨ヘッドの下の研磨パッドに対して保持するステップであって、該パッドは発泡材料からなる表面を有し、研磨スラリによってウェットとなっている、該保持するステップと、
（ｂ）ＣＭＰが終了した終点を決定するステップであって、該終点を決定するステップは、
（ｂ１）赤光の範囲を含む光をウエハに向けて発するステップであって、該光は、プラーテン内に形成された開口に近接するように配置された該研磨パッドに含まれるウィンドウを通過し、
　研磨プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設し、
　該ウィンドウは、ウエハが該ウィンドウの上にあるときの時間の一部の間光のための通路を与える、該発するステップと、
（ｂ２）ウエハから反射する赤光の範囲を含む光を検出するステップとを備える前記決定するステップとを備える方法。」
＜相違点１＞
　ウエハに関して、本件特許発明９では、「酸化物層の下に半導体基板を備える」ものであると特定しているのに対して、甲１発明１では、ＳＯＩウエハではあるものの、酸化物層を表面に有するかどうか不明な点。
＜相違点２＞
　発する光に関して、本件特許発明９では、「レーザービーム」としているのに対して、甲１発明１では、単に光である点。
＜相違点３＞
　開口に関して、本件特許発明９では、「ホール（孔）」としているのに対して、甲１発明１では、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３である点。
＜相違点４＞
　光透過部材の構造に関して、本件特許発明９では、「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該レーザービームに対して透過性を有する前記プラグを備え」るとして、研磨パッドに光透過部材が設けられているのに対して、甲１発明１では、光透過部材は、貫通孔３の溝２側に嵌め込まれた透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４である点。
イ　当審の判断
（ア）上記＜相違点４＞について検討する。
　本件特許発明９において、プラグは、「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」であることが認められる。
　ここで、本件特許発明９に係る「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」との文言の意義は一義的に明らかでないことから、本件特許明細書を参照すると、本件特許明細書には、本件特許発明９の「ウィンドウ」について、段落【００２７】、図３（ａ）に示される構成（以下「第１の構成」という。）、段落【００２８】、図３（ｂ）に示される構成（以下「第２の構成」という。）、及び段落【００２９】、図３（ｃ）に示される構成（以下「第３の構成」という。）が開示されていることが認められる。そして，第３の構成において，「プラーテンホール３０」の上の領域におけるパッド材料は「中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２」に置き換えられ、「中実な（ソリッドな）ポリウレタンプラグ４２」は、プラグを通ることによるレーザービームの弱化を最小にし（【００２９】）、「プラーテン１６」に固定されるように形成されていない（図３（ｃ））。
　他方、第１の構成において、「クオーツインサート３８」は、「プラーテン１６」の上面の上に突出し、部分的に「プラーテンパッド１８」の中に入り込み、「レーザービーム３４」のためのウィンドウとして機能するとともに、ケミカルスラリ４０の一部がプラーテン１６の底部から漏出できないようにするものである（【００２７】）が、「クオーツインサート３８」が「プラーテン１６」に固定されている（図３（ａ））ことから、上記「クオーツインサート３８」は、本件特許発明９における「パッドに形成された」プラグとは認められない。また、第２の構成において、「パッド１８」の「ポリウレタンカバー層２２」は、レーザー干渉計３２からのレーザービームを実質的に透過させるとともに、レーザービームの有害な散乱を生じさせる「スラリ４０」が殆ど存在しないようにするものである（【００２８】）が、中実な材料からなるものではないから、上記「ポリウレタンカバー層２２」が、本件特許発明９における「中実な材料からなるプラグ」とは認められない。
　そうすると、本件特許明細書の記載を参酌すれば、当業者は、本件特許発明９の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」とは，第３の構成のように、プラーテンに形成されることなく、「プラーテンホール３０」の上の領域におけるパッド材料を「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」に置き換えた態様のものであると理解すると認められる。
（イ）一方、甲１発明１は、「透明窓材とウエハとの間にできる研磨液の膜を通してウエハの研磨面に照射した光の反射光を観察あるいは評価する」（第６　１　エ参照）もので、「研磨布窓６」は、「ウエハ７」の中心が該「研磨布窓６」の上にあるときの一部の間、光のための通路を与えるものであるが、「研磨布にだけ研磨布窓を設けたのでは、研磨液に空気が混じる恐れがあり、空気が混じると観察が困難となるので、研磨液を十分保持できるようにし、空気が混じらないようにするため」に、「定盤１」内に「溝２」が形成され、当該「溝２」には「研磨液を十分保持させる」（第６　１　エ参照）ものであることが認められる。また、「貫通孔３」の「溝２」側には、透明ガラス製の中実な材料からなる「透明窓材４」が嵌め込まれ、「プローブ９」からウエハの研磨面へ照射される照射光とその反射光とを通すとともに、研磨液が漏れないようにしている（第６　１　オ参照）ことも認められる。
　そうすると、甲１発明１は、「ＳＯＩウエハ７」をケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）により研磨するに際し、赤色の範囲を含む光を「ウエハ７」に向けて照射し、その反射光を観察あるいは評価して、研磨状態の終点を知ることができるようにしたもので、「定盤１」内に「溝２」を形成し、当該「溝２」に研磨液を十分保持させることで、研磨液に空気が混じらないようにして、上記反射光の観察あるいは評価を容易にし、また、「透明窓材４」を上記「溝２」に設けられた「貫通孔３」に嵌め込むことにより、上記「ウエハ７」への照射光とその反射光とを通すとともに、研磨液が漏れないようにしたものといえる。
（ウ）以上のことからすれば、甲１発明１において、上記「溝２」に研磨液を十分保持させ、上記「溝２」に形成された「貫通孔３」に、上記「ウエハ７」への照射光とその反射光とを通すためには、透明ガラス製の中実な材料からなる「透明窓材４」を上記「貫通孔３」に嵌め込む構成とするほかはないから、甲１発明１において、上記「透明窓材４」の設置位置を「研磨布５」に変更する動機付けがあるとはいえず、むしろ阻害要因があるというべきである。
　また、甲２記載事項は、「ポリシングパッド１による貼り合わせウェーハ１１の研磨において、ポリシングパッド１を透明体とし、ポリシングパッド１を透過してレーザ光を照射するもの。」であり、甲３記載事項は、「被加工物１の被加工面６をポリッシャ３で研磨するにあたり、石英からなるポリッシャ３を透明なものとし、レーザ光線１１を照射し、透明なポリッシャ３を透過してレーザ光線を照射するもの。」であり、甲４記載事項は、「被加工物２をポリシャ４で研摩するにあたり、合成樹脂からなるポリシャ４を透明なものとし、レーザ光を照射し、透明なポリシャ４を透過してレーザ光を照射するもの。」であると認められるところ、甲２ないし甲４記載事項は、全体を同じ材料からなる透明な研磨面とすることが示されているにとどまり、本件特許発明９の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」を備えること、すなわち、プラグが、プラーテンに形成されることなく、プラーテンホールの上の領域におけるパッド材料を置き換えるように形成されることが、甲第２ないし４号証に開示されているとも認められない。なお、甲第５号証は、もとより、プラグを、プラーテンホールの上の領域におけるパッド材料を置き換えるように形成することを開示するものではない。
　以上から、平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決で判示されたとおり、甲１発明１において、上記「透明窓材４」の設置位置を変更する動機付けがあるとはいえず、また、甲第２ないし５号証には、本件特許発明９の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」について開示されていないから、甲１発明１において、上記「透明窓材４」を、上記「定盤１」に形成されることなく、上記「貫通孔３」の上の領域における「研磨布５」（本件特許発明９における「パッド」に相当する。）材料を置き換えるように形成されたものとすること、すなわち、上記「透明窓材４」を上記「研磨布５」に形成することが、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。また、甲第６ないし２５号証を参照しても、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。
（エ）請求項９に対するまとめ
　したがって、相違点１ないし３について検討するまでもなく、本件特許発明９は、甲１発明１、及び甲２ないし甲４記載事項、甲５記載事項、及び甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たものとすることはできない。
　
（２）請求項１８に対して
ア　対比
　本件特許発明１８と甲１発明２とを対比すると、後者の「表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７」は前者の「基板」に、後者の「研磨布５」は前者の「研磨パッド」に、後者の「研磨布窓６」は前者の「ウインドウ」に、後者の「光」は前者の「光ビーム」に相当する。
　後者における「ウエハ７の研磨状態の終点」は、研磨は表面層に対して行うものであるから、「基板上の表面層の研磨状態」という限りで、前者の「基板上の表面層の状態の均一性」と共通する。
　後者における「ウエハ７の研磨を中断せずに知る」ことは、研磨は表面層に対して行うものであるから、前者の「層の研磨の最中に測定する」ことに相当する。
　後者の「赤色の範囲を含む」ことは、前者の「赤光の範囲を含む」ことに相当する。
　後者における「ウエハ７の方へ赤色の範囲を含む光を向ける」ことは、研磨は表面層に対して行うものであるから、前者の「基板上の表面層の方へ赤光の範囲を含む光ビームを向ける」ことに相当する。
　後者における「貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ」ることは、「研磨プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設」する限りにおいて、前者の「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ることと共通する。 
　後者の「ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える」ことは、ウエハ７の中心のみが透明窓材４の上にある時だけ、光をウエハへ入射させるものであるから、前者の「前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」に相当する。
　後者の「光をプローブ９により受光して検出する」ことは、「光ビームを受光して検出する」限りにおいて、前者の「光ビームによって生じる干渉信号をモニタする」ことと共通する。
　以上の点から、本件特許発明１８と甲１発明２とは、以下の一致点、相違点を有している。
＜一致点２＞
「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、基板上の表面層の研磨状態を、前記層の研磨の最中に測定するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、発泡材料からなる表面を有する研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ赤光の範囲を含む光ビームを向けるステップであり、研磨プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設し、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記赤光の範囲を含む光ビームを受光して検出するステップとを備える方法。」
＜相違点５＞
　測定する基板上の表面層の研磨状態に関して、本件特許発明１８では、「基板上の表面層の状態の均一性」であるとしているのに対して、甲１発明２では、ウエハ７の研磨状態の終点であるとしている点。
＜相違点６＞
　光透過部材の構造に関して、本件特許発明１８では、「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」るとして、研磨パッドに光透過部材が設けられているのに対して、甲１発明２では、光透過部材は、貫通孔３の溝２側に嵌め込まれた透明ガラス製の透明窓材４である点。
＜相違点７＞
　本件特許発明１８では、「（ｂ）基板から反射されてくる赤光の範囲を含む光ビームによって生じる干渉信号をモニタするステップと、（ｃ）前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するステップとを備える」としているのに対して、甲１発明２では、ウエハ７から反射されてくる赤光の範囲を含む光をプローブ９により受光して検出するステップを備える点。
イ　当審の判断
　上記＜相違点６＞について検討する。
　本件特許発明１８において、プラグは、「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」であることが認められる。
　したがって、平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決で判示されたとおり、甲１発明２において、上記「透明窓材４」の設置位置を変更する動機付けがあるとはいえず、また、甲第２ないし５号証には、本件特許発明１８の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」について開示されていないから、甲１発明２において、上記「透明窓材４」を、上記「定盤１」に形成されることなく、上記「貫通孔３」の上の領域における「研磨布５」（本件特許発明１８における「パッド」に相当する。）材料を置き換えるように形成されたものとすること、すなわち、上記「透明窓材４」を上記「研磨布５」に形成することが、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。また、甲第６ないし２５号証を参照しても、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。
　したがって、相違点５及び相違点７について検討するまでもなく、本件特許発明１８は、甲１発明２、及び甲２ないし甲４記載事項、甲５記載事項、及び甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たものとすることはできない。
　
（３）請求項１９、２０に対して
　請求項１９は請求項１８を引用し、請求項２０は請求項１９を引用しているものである。
　ここで、前記（２）において言及したとおり、請求項１８は、前記＜相違点６＞に係る発明特定事項により、甲第１ないし第５号証に記載された発明及び事項、甲第６ないし２５号証記載事項から容易になし得たとすることはできないとしたものであるので、当該請求項１８による特定事項をすべて含み、さらに、別の特定事項を備える請求項１９、２０に係る発明も、同様に、前記（２）において言及したとおり、＜相違点６＞に係る発明特定事項により、甲第１ないし第５号証に記載された発明及び事項、甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たとすることはできない。
　
（４）請求項２４に対して
ア　対比
　本件特許発明２４と甲１発明３とを対比すると、後者の「表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７」は前者の「基板」に、後者の「研磨布５」は前者の「研磨パッド」に、後者の「研磨布窓６」は前者の「ウインドウ」に、後者の「光」は前者の「光ビーム」に相当する。
　後者における「研磨状態の終点を知る」ことは、「研磨プロセスの特性を評価する」と言い換えることができる。
　後者における「研磨を中断せず」は、前者の「研磨の最中」に相当する。
　後者の「赤色の範囲を含む」ことは、前者の「赤光の範囲を含む」ことに相当する。
　後者における「ウエハ７の方へ赤色の範囲を含む光を向ける」ことは、研磨は表面層に対して行うものであるから、前者の「層の方へ赤光の範囲を含む光ビームを向ける」ことに相当する。
　後者における「貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ」ることは、「研磨プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設」する限りにおいて、前者の「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ることと共通する。
　後者の「ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える」ことは、ウエハ７の中心のみが透明窓材４の上にある時だけ、光をウエハへ入射させるものであるから、前者の「前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」ことに相当する。
　後者の「光をプローブ９により受光して検出する」ことは、「光ビームを受光して検出する」限りにおいて、前者の「光ビームによって発生する干渉信号をモニタする」ことと共通する。
　以上の点から、本件特許発明２４と甲１発明３とは、以下の一致点、相違点を有している。
＜一致点３＞
「ウエハのケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）において、基板を研磨するための研磨プロセスの特性を評価するインシチュウの方法であって、
（ａ）研磨の最中に、発泡材料からなる表面を有する研磨パッドに含まれるウィンドウを通して前記層の方へ赤光の範囲を含む光ビームを向けるステップであり、研磨プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設し、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記向けるステップと、
（ｂ）前記基板から反射されてくる前記赤光の範囲を含む光ビームを受光して検出するステップとを備える方法。」 
＜相違点８＞
　基板に関して、本件特許発明２４では、「層を自身の上に有する」としているのに対して、甲１発明３では、ＳＯＩウエハではあるものの、層を自身の上に有しているのかどうか不明な点。
＜相違点９＞
　光透過部材の構造に関して、本件特許発明２４では、「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、該光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」るとして、研磨パッドに光透過部材が設けられているのに対して、甲１発明３では、光透過部材は、貫通孔３の溝２側に嵌め込まれた透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４である点。
＜相違点１０＞
　本件特許発明２４では、「光ビームによって発生する干渉信号をモニタするステップ」を有しているのに対して、甲１発明３では、ウエハ７から反射されてくる光をプローブ９により受光して検出するステップを備える点。
＜相違点１１＞
　本件特許発明２４では、「（ｃ）干渉信号から干渉計波形を抽出するステップと、（ｄ）前記抽出された干渉計波形を保存されている情報と比較するステップであって、前記保存されている情報は、研磨プロセスに対して望ましい操作のポイントを代表している、前記比較するステップ」を有しているのに対して、甲１発明３では、そのようなステップを有していない点。
＜相違点１２＞
　本件特許発明２４では、「（ｅ）抽出された干渉計波形が保存されている情報から所定の量以上広がったとき、警告を発するステップ」を備えているのに対して、甲１発明３は、そのようなステップを有していない点。
イ　当審の判断
　上記＜相違点９＞について検討する。
　本件特許発明２４において、プラグは、「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」であることが認められる。
　したがって、平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決で判示されたとおり、甲１発明３において、上記「透明窓材４」の設置位置を変更する動機付けがあるとはいえず、また、甲第２ないし５号証には、本件特許発明２４の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」について開示されていないから、甲１発明３において、上記「透明窓材４」を、上記「定盤１」に形成されることなく、上記「貫通孔３」の上の領域における「研磨布５」（本件特許発明２４における「パッド」に相当する。）材料を置き換えるように形成されたものとすること、すなわち、上記「透明窓材４」を上記「研磨布５」に形成することが、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。また、甲第６ないし２５号証を参照しても、当業者が容易になし得たものとはいえない。
　したがって、相違点８、及び相違点１０ないし１２について検討するまでもなく、本件特許発明２４は、甲１発明３、及び甲２ないし甲４記載事項、甲５記載事項、及び甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たものとすることはできない。
　
（５）請求項２５に対して
　請求項２５は請求項２４を引用しているものである。
　ここで、前記（４）において言及したとおり、請求項２４は、前記＜相違点９＞に係る発明特定事項により、甲第１ないし第５号証に記載された発明及び事項、甲第６ないし２５号証記載事項から容易になし得たとすることはできないとしたものであるので、当該請求項２４による特定事項をすべて含み、さらに、別の特定事項を備える請求項２５に係る発明も、同様に、前記（４）において言及したとおり、＜相違点９＞に係る発明特定事項により、甲第１ないし第５号証に記載された発明及び事項、甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たとすることはできない。
　
（６）請求項２７に対して
ア　対比
　本件特許発明２７と甲１発明４とを対比すると、後者の「表面に熱酸化膜を形成した２枚のシリコンウエハを、熱酸化膜を接せしめて接着したＳＯＩウエハ７」は前者の「基板」に、後者の「研磨中」は前者の「処理中」に、後者の「研磨布窓６」は前者の「ウィンドウ」に、後者の「研磨布５」は前者の「研磨パッド」に、後者の「光」は前者の「光ビーム」に、後者の「光を照射」は前者の「光ビームを発生」に、後者の「定盤１」は前者の「プラーテン」に、後者の「ウエハ支持板８」は前者の「研磨ヘッド」に相当する。
　後者における「ウエハ研磨装置」が、全体的なシステムと捉えることができるから、前者の「基板研磨システム」に相当する。
　後者における「貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ」は、「プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設」する限りにおいて、前者の「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ることと共通する。
　後者の「ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える」ことは、ウエハ７の中心のみが透明窓材４の上にある時だけ、光をウエハへ入射させるものであるから、前者の「前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」ことに相当する。
　後者における「ウエハ７の中心の研磨面」は、前者の「基板の側部」に相当する。
　後者における「プローブ９」は、「光ビーム測定装置」という限りで、前者の「干渉計」と共通する。
　後者の「赤色の範囲を含む」ことは、前者の「赤光の範囲を含む」ことに相当する。
　以上の点から、本件特許発明２７と甲１発明４とは、以下の一致点、相違点を有している。
＜一致点４＞
「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための基板研磨システムであって、
（ａ）処理中に、ウィンドウを有する発泡材料からなる表面を有する研磨パッドを保持するプラーテンであり、
　プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設し、前記ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）処理中に、前記研磨パッドの前記ウィンドウを通して、研磨されるべき基板の側部に向けられ且つ入射する赤光の範囲を含む光ビームを発生させることが可能な光ビーム測定装置を備える研磨システム。」
＜相違点１３＞
　ウィンドウに関して、本件特許発明２７では、「中実な透明」と特定し、また、「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」と特定しているのに対して、甲１発明４では、ウィンドウに相当する研磨布窓６が、定盤１の溝２と同形に切り抜かれたものであり、定盤１には、中心から放射状に伸びる近接した２本の直線で囲まれ、中心付近から周縁近くまで伸びた溝２と、溝２の長手方向中央に設けられた貫通孔３が設けられ、前記貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の透明窓材４が嵌め込まれたものである点。
＜相違点１４＞
　光ビームの発生に関して、本件特許発明２７では、「コリメートされた」ものとしているのに対して、甲１発明４では、コリメートされているかどうかが不明な点。
＜相違点１５＞
　光ビーム測定装置に関して、本件特許発明２７では、「干渉計」であるとし、また、「前記干渉計は干渉信号を発生する、前記干渉計と、前記干渉信号から表面層の状態の均一性の尺度を計算するようにプログラミングされたデータプロセッサとを備える」と特定しているのに対して、甲１発明４では、プローブ９である点。
イ　当審の判断
　上記＜相違点１３＞について検討する。
　本件特許発明２７において、プラグは、「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」であることが認められる。
　したがって、平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決で判示されたとおり、甲１発明４において、上記「透明窓材４」の設置位置を変更する動機付けがあるとはいえず、また、甲第２ないし５号証には、本件特許発明２７の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」について開示されていないから、甲１発明４において、上記「透明窓材４」を、上記「定盤１」に形成されることなく、上記「貫通孔３」の上の領域における「研磨布５」（本件特許発明２７における「パッド」に相当する。）材料を置き換えるように形成されたものとすること、すなわち、上記「透明窓材４」を上記「研磨布５」に形成することが、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。また、甲第６ないし２５号証を参照しても、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。
　したがって、相違点１４ないし１５について検討するまでもなく、本件特許発明２７は、甲１発明４、及び甲２ないし甲４記載事項、甲５記載事項、及び甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たものとすることはできない。
　
（７）請求項２８、２９、３０、３１、３２に対して
　請求項２８は請求項２７を引用し、請求項２９は請求項２８を引用し、請求項３０、３１は請求項２９を引用し、請求項３２は請求項３１を引用しているものである。
　ここで、前記（６）において言及したとおり、請求項２７は、前記＜相違点１３＞に係る発明特定事項により、甲第１ないし第５号証に記載された発明及び事項、甲第６ないし２５号証記載事項から容易になし得たとすることはできないとしたものであるので、当該請求項２７による特定事項をすべて含み、さらに、別の特定事項を備える請求項２８、２９、３０、３１、３２に係る発明も、同様に、前記（６）において言及したとおり、＜相違点１３＞に係る発明特定事項により、甲第１ないし第５号証に記載された発明及び事項、甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たとすることはできない。
　
（８）請求項３９に対して
ア　対比
　本件特許発明３９と甲１発明５とを対比すると、後者の「ウエハ７」は前者の「基板」に、後者の「研磨装置」は前者の「装置」に、後者の「研磨中」は前者の「処理中」に、後者の「研磨布５」は前者の「研磨パッド」に、後者の「定盤１」は前者の「プラーテン」に、後者の「研磨布窓６」は前者の「ウィンドウ」に、後者の「光」は前者の「光ビーム」に、後者の「ウエハ支持板８」は前者の「研磨ヘッド」に相当する。 
　後者における「貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４が嵌め込まれ」ることは、「プラーテン及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設」する限りにおいて、前者の「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ることと共通する。
　後者の「ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光のための通路を与える」ことは、ウエハ７の中心のみが透明窓材４の上にある時だけ、光をウエハへ入射させるものであるから、前者の「ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」ことに相当する。
　後者における「プローブ９」は、「光測定装置」という限りで、前者の「干渉計」と共通する。
　後者における「光を照射する」ことは、前者の「光ビームを発生させる」ことに相当する。
　後者における「研磨中」は、「研磨操作の一部の間」と言い換えることができることは明らかである。
　後者の「赤色の範囲を含む」ことは、前者の「赤光の範囲を含む」ことに相当する。
　後者における「照射する」ことは、前者の「入射する」ことに相当する。
　後者における「研磨中に研磨状態の終点を知る、プローブ９を備える」ことは、研磨中が研磨プロセスのインシチュウな状態であるから、「研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、光測定装置を備え、前記光測定装置からの信号を解析し、研磨状態の終点を知るものである」限りにおいて、前者の「研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、干渉計と、前記干渉計からの周期信号を解析し、該周期信号からの研磨の終点を検出するプロセッサとを備える」ことと共通する。
　以上の点から、本件特許発明３９と甲１発明５とは、以下の一致点、相違点を有している。
＜一致点５＞
「ウエハに対してケミカルメカニカルポリシング（ＣＭＰ）を行うための装置であって、前記装置は、
（ａ）処理中に研磨パッドを保持するプラーテンであり、前記パッドは、発泡材料からなる表面を有し、プラーテン及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる光透過部材を配設し、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える、前記プラーテンと、
（ｂ）処理中に基板をプラーテン上の研磨パッドに対して保持する研磨ヘッドと、
（ｃ）赤光の範囲を含む光ビームを発生させることが可能な光測定装置であって、前記光測定装置は、少なくとも研磨操作の一部の間に前記光ビームを前記ウィンドウに向け前記基板上に入射するように配置されて、研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、光測定装置を備え、前記光測定装置からの信号を解析し、研磨状態の終点を知るものである装置。」
＜相違点１６＞
　光透過部材の構造に関して、本件特許発明３９では、「前記ウィンドウは、該パッドに形成された中実な材料からなるプラグであって、光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ているとして、研磨パッドに光透過部材が設けられているのに対して、甲１発明５では、光透過部材は、貫通孔３の溝２側に嵌め込まれた透明ガラス製の透明窓材４である点。
＜相違点１７＞
　光ビームに関して、本件特許発明３９では、「コリメートされた」と特定しているのに対して、甲１発明５では、光がコリメートされたものであるのかどうか不明な点。
＜相違点１８＞
　光測定装置に関して、本件特許発明３９では、「干渉計」と特定しているのに対して、甲１発明５では、プローブ９である点。
＜相違点１９＞
　研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、光測定装置を備え、前記光測定装置からの信号を解析し、研磨状態の終点を知るものに関して、本件特許発明３９では、「研磨プロセスのインシチュウによるモニタリングを与える、干渉計と、前記干渉計からの周期信号を解析し、該周期信号からの研磨の終点を検出するプロセッサとを備える」としているのに対して、甲１発明５では、光測定装置はプローブ９であり、研磨の終点を知ることに関してプロセッサを用いているのかどうか不明な点。
イ　当審の判断
　上記＜相違点１６＞について検討する。
　本件特許発明３９において、プラグは、「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」であることが認められる。
　したがって、平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決で判示されたとおり、甲１発明５において、上記「透明窓材４」の設置位置を変更する動機付けがあるとはいえず、また、甲第２ないし５号証には、本件特許発明３９の「パッドに形成された中実な材料からなるプラグ」について開示されていないから、甲１発明５において、上記「透明窓材４」を、上記「定盤１」に形成されることなく、上記「貫通孔３」の上の領域における「研磨布５」（本件特許発明３９における「パッド」に相当する。）材料を置き換えるように形成されたものとすること、すなわち、上記「透明窓材４」を上記「研磨布５」に形成することが、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。また、甲第６ないし２５号証を参照しても、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。
　したがって、相違点１７ないし１９について検討するまでもなく、本件特許発明３９は、甲１発明５、及び甲２ないし甲４記載事項、甲５記載事項、及び甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たものとすることはできない。
　
（９）請求項５２に対して
ア　対比
　本件特許発明５２と甲１発明６とを対比すると、後者の「ウエハ７」は前者の「基板」に、後者の「研磨装置」は前者の「装置」に、後者の「研磨布窓６」は前者の「ウィンドウ」に、後者の「研磨布５」は前者の「研磨パッド」に、後者の「光」は前者の「光ビーム」に、後者の「ウエハ支持板８」は前者の「研磨ヘッド」に相当する。
　後者の「赤色の範囲を含む」ことは、前者の「赤光の範囲を含む」ことに相当する。
　後者における「貫通孔３の溝２側には、透明ガラス製の中実な材料からなる赤色の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する透明窓材４が嵌め込まれ」は、「プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する光透過部材を配設する」限りにおいて、前者の「該パッドに形成されたプラグであって、赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える」ることと共通する。
　後者における「ウエハ７に光を照射し」は、前者の「基板に入射する光ビームを発生する」ことに相当する。
　後者における「プローブ９」は、光を照射し、反射光を受光するものであるので、「光発生兼測定装置」という限りで、前者の「光源と、基板より反射された光を測定する検出器」と共通する。
　後者における「研磨状態の終点を知るもの」は、システムであると言えるものであるから、前者の「終点検出システムとを備える装置」に相当する。
　後者の「ウエハ７の中心が該研磨布窓６の上にあるときの一部の間光ビームをウエハ７に入射させるための通路を与える」ことは、ウエハ７の中心のみが透明窓材４の上にある時だけ、光ビームをウエハへ入射させるものであるから、前者の「ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える」ことに相当する。
　以上の点から、本件特許発明５２と甲１発明６とは、以下の一致点、相違点を有している。
＜一致点６＞
「基板を研磨するための装置であって、
（ａ）発泡材料からなり研磨面とウィンドウを有する研磨パッドであり、
　プラーテンの開口及び研磨パッドのウインドウからなる通路に中実な材料からなる赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する光透過部材を配設した、前記研磨パッドと、
（ｂ）基板を研磨面に対して保持するための研磨ヘッドと、
（ｃ）ウィンドウを通過して基板に入射する赤光の範囲を含む光ビームを発生するための光発生兼測定装置を有する終点検出システムとを備え、前記ウィンドウは、ウエハが前記ウィンドウの上にある時は、周期時間の少なくとも一部の間に光ビームをウエハへ入射させるための通路を与える装置。」
＜相違点２０＞
　研磨パッド及びウィンドウに関して、本件特許発明５２では、「発泡材料からなり透過性のない研磨面と中実な透過性のウィンドウを有する」と特定し、また、「前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備え」ているとして、研磨パッドに光透過部材が設けられているのに対して、甲１発明６では、研磨パッドに相当する研磨布５は、発泡材料からなるものの、研磨面と定盤１の溝２と同形に切り抜かれた研磨布窓６を有するものであり、また、赤色の範囲を含む光透過部材は、貫通孔３の溝２側に嵌め込まれた透明ガラス製の中実な材料からなる透明窓材４である点。
＜相違点２１＞
　光発生兼測定装置に関して、本件特許発明５２では、「光源と、基板より反射された光を測定する検出器」としているのに対して、甲１発明６では、光を照射しその反射光を受光するプローブ９である点。
イ　当審の判断
　上記＜相違点２０＞について検討する。
　本件特許発明５２は「パッドに形成されたプラグ」との構成を有し、また、「発泡材料からなり透過性のない研磨面と中実な透過性のウィンドウを有する研磨パッドであり、前記ウィンドウは、該パッドに形成されたプラグであって、赤光の範囲を含む光ビームに対して透過性を有する前記プラグを備える、前記研磨パッド」との記載からすると、本件特許発明５２において、「パッドに形成されたプラグ」は、中実な光透過性のウィンドウであることが認められる。
　したがって、平成２４年（行ケ）第１０２３２号判決で判示されたとおり、甲１発明６において、上記「透明窓材４」の設置位置を変更する動機付けがあるとはいえず、また、甲第２ないし５号証には、本件特許発明５２の「パッドに形成されたプラグ」であって「中実な透過性のウィンドウを有する研磨パッド」について開示されていないから、甲１発明６において、上記「透明窓材４」を、上記「定盤１」に形成されることなく、上記「貫通孔３」の上の領域における「研磨布５」（本件特許発明５２における「パッド」に相当する。）材料を置き換えるように形成されたものとすること、すなわち、上記「透明窓材４」を上記「研磨布５」に形成することが、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。また、甲第６ないし２５号証を参照しても、当業者が容易に想到し得たものとはいえない。
　したがって、相違点２１について検討するまでもなく、本件特許発明５２は、甲１発明６、及び甲２ないし甲４記載事項、甲５記載事項、及び甲第６ないし２５号証記載事項から当業者が容易になし得たものとすることはできない。
　
　
第８　むすび
　以上のとおりであるから、請求人の主張する無効理由及び証拠方法によっては、本件特許発明９、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３９、５２について、無効とすることはできない。
　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６４条の規定により、その１１３分の５２を請求人の負担とし、１１３分の６１を被請求人が負担すべきものとする。
　
　よって、結論のとおり審決する。