【事件の表示】
　上記当事者間の特許第４６６２５８０号発明「自動化診断用分析器および方法」の特許無効審判事件について，次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。　
　本件審判の請求は、成り立たない。　
　審判費用は，請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯　
１　出願手続経緯　
　本件特許第４６６２５８０号に係る出願は，平成１１年４月３０日（パリ条約による優先権主張　１９９８年５月１日　米国）を国際出願日として特許出願された特願２０００−５４７４７６号の一部を，平成１９年６月６日に新たな出願として出願したものであり，本件出願の手続の経緯の概要は，以下のとおりである。　
　　
平成１９年　６月　６日　本件特許出願（特願２００７−１５１０４１号）
平成２３年　１月１４日　特許権の設定登録　
　　
２　審判手続経緯　
　これに対して，請求人より平成２３年９月６日に本件無効審判の請求がなされたものであり，本件無効審判における手続の経緯の概要は，以下のとおりである。　
　　
平成２３年　９月　６日　無効審判請求（甲第１〜１４号証，甲第２〜６，
　　　　　　　　　　　　８，１０，１４号証の抄訳）　
平成２４年　２月１３日　訂正請求　
　　　　　　２月１３日　答弁書（乙第１〜１９号証，乙第１〜１１，１３
　　　　　　　　　　　　〜１７，１９号証の抄訳）　
　　　　　　５月１１日　弁駁書（甲第２，４，５，１０号証の抄訳（追加
　　　　　　　　　　　　），甲第１５〜２５号証，甲第１７〜２３号証の
　　　　　　　　　　　　抄訳）　
　　　　　　６月１８日　審理事項通知書　
　　　　　　８月２８日　口頭審理陳述要領書（請求人，甲第２６〜２９号
　　　　　　　　　　　　証，甲第４号証の抄訳（追加），甲第２７〜２８
　　　　　　　　　　　　号証の抄訳）　
　　　　　　８月２８日　口頭審理陳述要領書（被請求人，乙第３，１６号
　　　　　　　　　　　　証の抄訳（追加），乙第２０〜２３号証，乙第２
　　　　　　　　　　　　０〜２３号証の抄訳）　
　　　　　　９月　７日　口頭審理陳述要領書（２）（被請求人）　
　　　　　　９月１１日　第１回口頭審理　
　　　　　　９月１１日　審理終結　
　　　　　　９月２５日　上申書（被請求人）　
　　　　　　９月２６日　上申書（請求人，甲第３０〜３１号）　
　　
第２　訂正請求について　
１　本件訂正請求の内容　
　平成２４年２月１３日付け訂正請求書による訂正（以下「本件訂正請求」という）の内容は，本件特許明細書を，訂正請求書に添付した全文訂正明細書のとおりに訂正しようとするものであり，以下のとおりである（下線部は訂正箇所である）。　
　　
　本件訂正は，本件特許の特許請求の範囲について，　
「【請求項１】　
　核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセスであって、該プロセスは、
分析器内において
　ａ）
該分析器の
該分析器内で
　ｂ）
該分析器の
おり
該増幅ステーションは該処理デッキ上に配置された該複数のステーションのうちの１つである、
ならびに
　ｃ）該分離された標的核酸を含む反応受容器を、工程ｂ）の前に該増幅ステーションへと運搬する工程、　
を
実施することを
　コンピュータコントローラが、異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために、該複数のステーションを並行して操作
し
　
該複数のステーションは、ハウジング内に含まれ、
　
該自動化工程は操作者の仲介なしに実施される
プロセス。　
【請求項２】　
　
前記自動化工程は、前記工程ｂ）の後に、
提供する工程をさらに包含し
該プローブの提供は、
なされる
【請求項３】　
　前記プローブが、検出可能な標識を含む、請求項２に記載のプロセス。　
【請求項４】　
　前記標識が、蛍光色素または化学発光化合物である、請求項３に記載のプロセス。　
【請求項５】　
　
前記自動化工程は、
工
【請求項６】　
　前記検出する工程が、前記流体試料中の生物またはウイルスの標的群のメンバーの存在または不存在の指標として、前記反応受容器から発生した光の量を決定することを含む、請求項５に記載のプロセス。　
【請求項７】　
　
前記自動化工程は、
工
【請求項８】　
　請求項２〜７のいずれか一項に記載のプロセスであって、
前記自動化工程
工
【請求項９】　
前記プローブが、前記反応受容器の前記増幅ステーションから前記ハイブリダイゼーションステーションへの運搬の後に、該反応受容器に提供される、請求項８に記載のプロセス。　
【請求項１０】　
　請求項８または請求項９に記載のプロセスであって、
前記自動化工程
工
【請求項１１】　
　前記検出ステーションが、前記反応受容器の内容物により発生した光の量を決定するための照度計を備える、請求項１０に記載のプロセス。　
【請求項１２】　
　
前記自動化工程は、
工
【請求項１３】　
　
前記自動化工程は、
工
【請求項１４】　
　
前記自動化工程は、
工
【請求項１５】　
　前記不活性化試薬が、過マンガン酸カリウムの溶液、ギ酸、次亜塩素酸ナトリウムの溶液、ヒドラジンおよび硫酸ジメチルからなる群より選択される化学薬品を含む、請求項１４に記載のプロセス。　
【請求項１６】　
　請求項１４または請求項１５に記載のプロセスであって、
前記自動化工程
工
【請求項１７】　
　前記標的核酸が前記固体支持体上に固定化される前に、該標的核酸が、捕捉プローブにハイブリダイズされる、請求項１に記載のプロセス。　
【請求項１８】　
　前記流体試料が、前記分離する工程の間に磁場に供される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載のプロセス。　
【請求項１９】　
　前記運搬する工程の各々が、受容器運搬機構を用いて実施される、請求項１〜１８のいずれか一項に記載のプロセス。　
【請求項２０】　
　前記増幅ステーションにおいて前記反応
受
【請求項２１】　
　請求項１〜２０のいずれか一項に記載のプロセスであって、前記反応受容器が、一体化されて形成された複数の
反応
の
【請求項２２】　
  前記複数の
反応
反応
流体試料を含み、該同じかまたは異なる流体試料は、該各反応受容器中の該同じかまたは異なる流体試料中に存在し得る
増
ものである
【請求項２３】　
　前記
複数の反応
反応受容器
【請求項２
４
　前記ハウジングが、自給型の分析器ユニットを規定する、
請求項１〜２３のいずれか１項
【請求項２
５
　前記分析器ユニットが可動式である、請求項２
４
【請求項２
６
　前記他の材料が非ハイブリダイズ核酸を含む、請求項１〜２
５
」と訂正するものである。　
　　
２　当審の本件訂正請求についての判断　
（１）請求項１において，「分析器内において」，「該分析器の」および「該分析器内で」を追加する訂正　
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（２）請求項１において，「該増幅ステーションは該処理デッキ上に配置された該複数のステーションのうちの１つである」を追加する訂正　
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（３）請求項１において，「実施することを」を追加する訂正　
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（４）請求項１において，「該複数のステーションは、ハウジング内に含まれ」を追加する訂正　
　　
　「ハウジング」は訂正前の請求項１〜２３を引用する請求項２４に記載された事項であり，請求項１に「ハウジング」を追加する訂正は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　そして，本件特許明細書の段落【００２３】における「（好ましい実施形態の詳細な説明）（分析器概要） 
本発明に従った自動化診断分析器
分析器５０
ハウジング６０を含む。
自動化アッセイを行うことに伴う多様なステーションおよびアッセイ標本は，ハウジング６０内に収容される
多様な溶液，試薬およびその他のアッセイを行うのに使用される材料が，好ましくはハウジング６０内に格納され，アッセイが分析器５０を用いて行われるときに生成する廃物も同様である
　　
（５）請求項１において，「該自動化工程は操作者の仲介なしに実施される」を追加する訂正　
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（６）請求項２において，「前記反応受容器に、プローブを、該プローブを、前記標的配列または該標的配列もしくはその相補体を含むアンプリコンにハイブリダイズするのに十分な時間および条件下で、提供する自動化工程をさらに包含する」を「
前記自動化工程は、前記工程ｂ）の後に、
提供する工程をさらに包含し
該プローブの提供は、
なされる
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（７）請求項５，７，１２，１３および１４において，「・・・・・自動化工程をさらに包含」を「
前記自動化工程は、
工
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（８）請求項８，１０および１６において，「・・・・・該プロセスは、・・・・・自動化工程をさらに包含」を「・・・・・
前記自動化工程
工
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（９）請求項２２において，「前記複数の受容器のうちの各受容器容器は、同じかまたは異なる標的核酸を同時に分離し、該受容器容器の流体サンプル中に存在し得る同じかまたは異なる標的配列を増幅するための同じかまたは異なる流体サンプルを含む」を「前記複数の
反応
反応
流体試料を含み、該同じかまたは異なる流体試料は、該各反応受容器中の該同じかまたは異なる流体試料中に存在し得る
増
ものである
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
　なお，この訂正について請求人は，「図５８や多試験管ユニットの節からは反応受容器の形状しか読み取れず、答弁書で説明した内容に相当する記載は見当たらない。従って、訂正後の請求項２２において説明されているような各反応受容器に含まれる得る流体試料の種類やその反応の手順については明示されておらず、訂正の根拠が不十分であると言わざるを得ない。」（弁駁書５８頁６〜１１行）あるいは「しかしながら、図５８や多試験管ユニットの節には容器の内容物についての記載は一切見当たらない。特に、訂正の根拠として挙げられた上記段落等において、当該反応受容器が如何なるサンプルを含み、また、当該サンプルが如何なるタイミングで分離や増幅にかけられるかについては何ら説明がなされていない。ましてや、訂正前のイ）『同時に』分離される『同じかまたは異なる標的核酸』と、ロ）増幅される『同じかまたは異なる標的配列』とが同一の標的核酸であり、且つ、これらが『同時に』分離・増幅されることが本件特許明細書の記載により支持されていないことは明らかである。」（口頭審理陳述要領書４頁３〜１１行）として，請求項２２に係る訂正は訂正要件を満たしていないと主張している。
　しかしながら，多試験管ユニットである「前記複数の反応受容器」，すなわち，「一体化されて形成された複数の反応受容器」は，図５８および段落【００７３】〜【００８１】に明記されており，この多試験管ユニットの各反応受容器に，「同じかまたは異なる流体試料」が含まれる，すなわち，「同一種の流体試料」あるいは「複数種の流体試料」が収容されることは，本件特許明細書の段落【００１５】の記載からみて明らかである。そして，複数の多試験管ユニットが，同時に並行して「分離」あるいは「増幅」の処理が実施されることも，同様に，同段落【００２１】の記載からみて明らかである。したがって，上記請求人の主張は採用できない。　
　　
（１０）請求項２３において，「前記受容器の各々」を「前記
複数の反応
反応受容器
　　
　この訂正は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（１１）「【請求項２５】・・・・・請求項２４に記載のプロセス。」を「【請求項２
４
請求項１〜２３のいずれか１項
　　
　この訂正は，上記請求項１の減縮訂正にともなうものであって，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（１２）「【請求項２６】・・・・・請求項２５に記載のプロセス。」を「【請求項２
５
４
　　
　この訂正は，上記請求項１の減縮訂正にともなうものであって，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
（１３）「【請求項２７】・・・・・請求項１〜２６のいずれか一項に記載のプロセス。」を「【請求項２
６
５
　　
　この訂正は，上記請求項１の減縮訂正にともなうものであって，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当することは，明らかである。　
　　
３　まとめ　
　してみると，訂正事項（１）〜（１３）は，特許請求の範囲の減縮および明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当し，新規事項を追加するものではなく，実質上特許請求の範囲を拡張または変更するものでもない。
　以上のとおり，本件訂正請求は，平成２３年法改正前の特許法１３４条の２第５項において準用する同法１２６条３項および４項の規定に適合し，また，上記訂正事項は，同法１３４条の２ただし書きに適合するから，当該訂正を認める。　
　　
第３　本件発明　
　以上のように，本件訂正請求が認められることから，本件特許の請求項１〜２６に係る発明は，上記訂正請求により訂正された特許明細書の記載からみて，その特許請求の範囲の請求項１〜２６に記載された事項により特定される上記「 １　本件訂正請求の内容」にて記載されたとおりのものである（以下「本件発明１」〜「本件発明２６」という）。　
　　
第４　当事者の主張　
１　請求人の主張　
　審判請求書，弁駁書および口頭審理陳述要領書によれば，請求人は，請求項２２についての訂正は認められず，訂正後の本件発明１〜２６は，特許法２９条２項の規定によって特許を受けることができないものであって，本件発明１〜２６に付与された本件特許は同法１２３条１項２号の規定により無効とすべきものであると主張して下記甲第２〜３１号証を提出し，また，訂正後の本件発明１〜２６は，同法３６条４項および同法３６条６項１号の規定によって特許を受けることができないものであり，訂正後の本件発明２２〜２６は，同法３６条６項２号の規定によって特許を受けることができないものであって，本件発明１〜２６に付与された本件特許は同法１２３条１項４号の規定により，無効とすべきものであると主張している。　
　　
（１）甲第１号証：特許第４６６２５８０号公報（本件特許明細書）　
（２）甲第２号証：Automated Sample Processing Using Robotics for Genetic Typing of Short Tandem Repeat Polymorphisms by Capillary Electrophoresis, by Phillip Belgrader and Michael A.Marino, Laboratory Robotics and Automation, Vol.9, pp.3-7,(1997)　
（３）甲第３号証：A Magnetic Attraction to High-Throughput Genomics, Trevor L.Hawkins et.al., SCIENCE, Vol.276, 第１８８７頁及び第１８８９頁（第１８８８頁は広告のみのため省略）　
（４）甲第４号証：国際公開第９３／２５９１２号　
（５）甲第５号証：COBAS AMPLICOR: fully automated RNA and DNA amplification and detection system for routine diagnostic PCR, DiDomenico N et.al.,Clinical Chemistry 42(12), p.1915-23, (1996)　
（６）甲第６号証：An Open Software Environment to Optimize the Productivity of Robotized Laboratories,Reto Buhlmann, Jorge Carmona, Alain Donzel, Nader Donzel, and Jose Gil, Journal of Chromatographic Science, Vol.32, pp.243-248, June 1994　
（７）甲第７号証：特開平５−２８１２３９号公報　
（８）甲第８号証：米国特許第５６１２２００号公報　
（９）甲第９号証：特開昭６２−１４８８５８号公報　
（１０）甲第１０号証：Experiment manager software for an automated chemistry workstation, including a scheduler for parallel experimentation, L.Andrew Corkan and Jonathan S.Lindsey, Original Research Paper, Laboratory Information Management, 17(1992), 47-74　
（１１）甲第１１号証：特開平８−２１１０７１号公報　
（１２）甲第１２号証：特開平１０−６２４２６号公報　
（１３）甲第１３号証：Image of Techne PHC-3 Thermal cycler,download of vendorPegasus Scientific Inc.,http://www.pegasusscientific.com/detail.cfm?autonumber=67881　
（１４）甲第１４号証：米国特許第４７５１１７７号公報　
（１５）甲第１５号証：特許第４５１１０３４号の無効審判請求（無効２０１１−８０００４９号）に対する平成２４年２月７日付け審決　
（１６）甲第１６号証：特開平７−１０７９９９号公報　
（１７）甲第１７号証：Kinetic PCR Analysis:Real-time Monitoring of DNA Amplification Reaction,Russel Higuchi, Carita Fockler, Gavin Dollinger' and Robert Watson, Biotechnology 1993, 11(9), pp. 1026-1030　
（１８）甲第１８号証：Automated DNA diagnostics using an ELISA-Based oligonucletide ligate assay, Nickerson, Deborah A. ; Kaiser, Robert; Lappin, Stephen; Stewart, Jason; Hood, Leroy; Landegren, Ulf, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 87 (22), pp. 8923-8927　
（１９）甲第１９号証：Automated techniques in biotechnology, Rudi Pauwels, Hilde Azijn, Marie-Pierre de Bethune, Carine Claeys and Kurt Hertogs, Current Opinion in Biotechnology 1995, 6, pp. 111-117　
（２０）甲第２０号証：Automation of Polymerase Chain Reaction Tests-Reduction of Human Errors Leading to Contamination-”,Werner W. Wilke et al., Diagnostic Microbiology and Infections  Disease,  21(4): pp. 181-185, (1995)　
（２１）甲第２１号証：Automation of Polymerase Chain Reaction Tests to Achieve Acceptable Contamination Rates, Werner W. Wilke et al., Clinical Chemistry, 41(4), pp. 622-623, (1995)　
（２２）甲第２２号証：米国特許第５５５４５１６号公報　
（２３）甲第２３号証：国際公開第０１／４４５１０号　
（２４）甲第２４号証：特開平１−２１１５００号公報　
（２５）甲第２５号証：Evaluation of automated COBAS AMPLICOR PCR system for detection of several infectious agents and its impact on laboratory management, Donald Jungkind et al., Journal of Clinical Microbiology, pp. 2778-2783,(1996)　
（２６）甲第２６号証：Journal of Biomolecular Screening, Society of Biochemical Screening Volume 1, Number 4, pp. 161-172, (1996)　
（２７）甲第２７号証：PCR, C. R. Newton and A. Graham, 1997, pp.1-28
（２８）甲第２８号証：Cycle sequencing, K. Kretz et al., Genome Research, 1994 3: S107-S112　
（２９）甲第２９号証：参考図「処理能力比較」　
（３０）甲第３０号証：ＴＩＧＲＩＳ（登録商標）のウエブサイト, http://www. fujirebio.co.jp/products/nat.html　
（３１）甲第３１号証：APPLIED BIOSYSTEMS PRODUCT CATALOGUE, 1993-1994, Applied Biosystems　
　　
２　被請求人の主張　
　これに対して，被請求人は，答弁書および口頭審理陳述要領書において，乙第１〜２３号証を提出して，上記無効理由は理由がないと主張している。
　　
（１）乙第１号証：Belgraderら，Laboratory Robotics and Automation, 1997, Vol.9, p.3-7（甲第２号証と同じ） 
（２）乙第２号証：Hawkinsら，Science 20 June 1997: 1887-1889（甲第３号証と同じ） 
（３）乙第３号証：国際公開第９３／２５９１２号パンフレット（甲第４号証と同じ） 
（４）乙第４号証：Krieg P.A.編，A Laboratory Guide to RNA, 1996, Wiley-Liss, p.210　
（５）乙第５号証：White B.A.編，PCR Cloning Protocols, 1997, Humana Press Inc., p.4-5　
（６）乙第６号証：Dennis Lo Y.M.編，Clinical Applications of PCR, 1998, Humana Press Inc., p.11-17　
（７）乙第７号証：Uckunら，Blood, 1998, Vol.92, No.3, p.810-821　
（８）乙第８号証：Farrell, RNA Methods, Second Edition, Academic Press, 1998, chapter 15, pp. 296-307　
（９）乙第９号証：Riggioら,J. Med. Microbiol., 1999, Vol.48, 317-322
（１０）乙第１０号証：Leeら，J.Clin.Microbiol., 1998, Vol.36, No.10, p. 2887-2892
（１１）乙第１１号証：Leeら編，Nucleic Acid Amplification Technologies: Application to Disease Diagnosis, p.110　
（１２）乙第１２号証の１：国際公開９７／１６５６１パンフレット　
（１３）乙第１２号証の２：特表２０００−５００３３１号公報（乙第１２号証の１の対応公表公報）　
（１４）乙第１３号証：van Gemenら，PCR Methods and Applications,4: S177-S184(Cold Spring Harbor Laboratory 1995) 　
（１５）乙第１４号証：Stoneら，Molecular and Gellular Probes, 1996, 10, p.359-370
（１６）乙第１５号証：Findlayら，Clin. Chem., 1993, Vol.39, No.9, p.1927-1933　
（１７）乙第１６号証：DiDomenicoら，Clin. Chem. 1996 Dec; 42(12): 1915-1923（甲第５号証と同じ）の抄訳文　
（１８）乙第１７号証：Meltzer S.J.編，PCR in Bioanalysis, Humana Press Inc., p.1-29　
（１９）乙第１８号証：特許庁のウェブサイト,http://www.jpo.go.jp/cqi/link.cqi?url=/shiryou/kijun/kijun2/tukujitu_casestudy.htm,平成２３年８月９日ダウンロード　
（２０）乙第１９号証：ＴＩＧＲＩＳ（登録商標）の宣伝広告用パンフレット　
（２１）乙第２０号証：Experiment manager software for an automated chemistry workstation, including a scheduler for parallel experimentation, L.Andrew Corkan and Jonathan S.Lindsey, Original Research Paper, Laboratory Information Management, 17(1992), 47-74（甲第１０号証と同じ）　
（２２）乙第２１号証：Kinetic PCR Analysis:Real-time Monitoring of DNA Amplification Reaction,Russel Higuchi, Carita Fockler, Gavin Dollinger' and Robert Watson, Biotechnology 1993, 11(9), pp. 1026-1030（甲第１７号証と同じ）　
（２３）乙第２２号証：Automated DNA Diagnostics Using an ELISA-Based Oligonucletide Litigate Assay, Nickerson, Deborah A. ; Kaiser, Robert; Lappin, Stephen; Stewart, Jason; Hood, Lerroy; Landegren, Ulf, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 87 (22), pp. 8923-8927（甲第１８号証と同じ）　
（２４）乙第２３号証：Automation of Polymerase Chain Reaction Tests-Reduction of Human Errors Leading to Contamination-,Werner W. Wilke et al., Diagnostic Microbiology and Infections  Disease,  21(4): pp. 181-185, (1995)（甲第２０号証と同じ） 
　　
第５　各証拠およびその内容　
　以下，「甲第２号証」〜「甲第３１号証」を「甲２」〜「甲３１」と，「乙第１号証」〜「乙第２３号証」を「乙１」〜「乙２３」という。　
　なお，これら書証のうち日本語ではない原語で記載されたものについては，その翻訳について当事者に争いがないので，原文は省略し，その代替として当審，請求人あるいは被請求人の翻訳文を摘記する。　
　　
１　甲２について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２には，「血染カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅を自動化したロボティックシステム」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２−ア）　
「我々は，血染カード（bloodstain card）からのＤＮＡ精製と，ＰＣＲ増幅とを，自動化され，連続したプロセスにおいて結合させる，ロボティックシステムを作製した。このシステムは，一日に多数の試料を処理することを可能とするものであり，周辺機器を必要に応じて追加したり性能向上することを可能にする組み立てユニットとして設計されている。現在の装置は，ＳＴＲｓからなるｌｏｃｉにより生成されるＰＣＲ増幅生成物を得るための，ロボティックシステムを用いたものも含んでいる。より作業時間を短縮するために，これらの生成物は，自動化されたキャピラリー電気泳動法により検出される。この方法は，ゲルの注入と，手動によるサンプルの装填を不要とするものである。」（３頁左欄１〜１４行）　
　　
（甲２−イ）　
「我々は，処理能力の高い血染カードの処理システムを開発のためにロボティックスを利用する。血染カードは，我々の研究所において，ＤＮＡ分類による軍人識別のために保存される参照試料を，収集し保存するために，日常的に用いられている。さらに，ますます多くの法の実施当局が，血染カードを，有罪判決を受けた重罪犯罪者や性犯罪者のＤＮＡの保管とデータバンクを設立するために用いている。その結果，作製されるカードの数は急速に増えており，サンプル処理と分析のための高い処理能力をもったシステムの開発は不可欠となっている。この論文において，我々は，ＤＮＡ精製と，ＳＴＲｌｏｃｉのＰＣＲを，自動化され，連続した手法において結合させる，ロボティックシステムについて説明する。結果として得られたＰＣＲ生成物は，自動化されたキャピラリー電気泳動法によって特徴付けられた。」（４頁左欄４〜２０行）　
　　
（甲２−ウ）　
「試料　
　血染カード（Fitzco，Mineapolis，MN）は，６人の職員から得た血液により滴下され，空気乾燥され，−２０℃にて保存された。パンチ（１／１６インチ）は，カードから手作業で得られ，Cycloplate（Robbins　Scientific，Sunnyvale,CA）と名付けられた，特別な９６ウエル　マイクロプレートに，一つのウエルに一つのパンチが入るように，納められた。」（４頁左欄２２〜２８行）　
　
（甲２−エ）　
「ロボティックサンプル処理　
　ロボティックシステムは，４ｍの直線軌道にあるＴ２６５ロボティックアーム（CRS　Robotics，Burlington，OT，Canada）と，MF-102　マイクロプレート供給ステーション（Eastern　Technical　Sales，Manchester，NH）と，液体処理ピペッティングステーション（Rosys，Wilmington，DE）と，ヒートブロックと，二つのProgene　サーマルサイクラー（Techne，Princeton，NJ）と，マイクロプレートホルダー（Beckman，Columbia，MD）と，からなる。このシステムは，ヴァージョン４．３のRobocommソフトウエア（CRS　Robotics）と，RAPL−IIプログラム言語（CRS　Robotics）により，プログラム化されていた。　
　マイクロプレート供給部は，血染カードのパンチを納めたマイクロプレートをロボティックアームへ供給した。上記アームは，マイクロプレートをピペッティングステーションへ移送し，マイクロアンプチューブラック（Applied　Biosystems　Division/Perkin　Elmer，Foster　City，CA）の上へ配置した。これは，端部が離れた状態となっていた。上記アームは，マイクロプレートに，ピペットチップが通過するための孔を有した，特別な蓋をかぶせた。これらの孔は，時折吸引の際に上記チップに付着するパンチが，ウエルから取り出されないように，充分小さなものとされた。ピペッティングステーションは，それぞれのウエルに，２００μＬの毒性のないＦＴＡ精製試薬（Fitzco）を添加し，１０分待ち，溶液を吸引した。ＦＴＡ精製試薬による抽出は繰り返された。パンチは２００μＬのTE（1mM　tris-HCl，0.5mM　EDTA，pH8.0）により二回洗浄され，２００μＬのエタノールにより二回洗浄された。上記アームは，精製されたパンチを納めたマイクロプレートをヒートブロックに移送した。マイクロプレートは，パンチを乾燥させるために８０℃で１０分間培養され，その後，上記アームはマイクロプレートをピペッティングステーションに戻した。Amplitaq　DNA　ポリメラーゼ（Applied　Biosystems　Division/Perkin　Elmer）が，ＰＣＲ試薬（試薬3mLに対して，ポリメラーゼ25μL）に添加され，溶液はピペットを５回上下動させることで混合された。ＰＣＲ試薬は１X　STRバッファ（Promega，Madison，WI）と，vWA　またはTHO１　STRプライマーペア（それぞれ５μM）（Promega）と，からなる。容積３０μＬのＰＣＲ混合物がそれぞれのウエルに添加され，その後，２５μＬの液体ワックス（MJ　Research，Watertown，MA）が添加された。アームは，マイクロプレートをサーマルサイクラーへ配置し，サーマルサイクラーの加熱されたカバーは自動的に閉じられ，そしてサーマルサイクルは９６℃で２分維持し，９４℃で３０秒，６０℃で３０秒及び７０℃で３０秒のサイクル１０回：９０℃で３０秒，６０℃で３０秒，７０℃で３０秒及び７０℃で１０分のサイクル２０回，とした。の条件によるサーマルサイクルが行われた。ＰＣＲが完了すると，サーマルサイクラーのカバーは開けられ，アームはマイクロプレートをマイクロプレートホルダーへと移送した。」（４頁左欄２９行〜同頁右欄３０行）　
　　
（甲２−オ）　
「結果と考察　
　・・・・・これは，血染カードのパンチ上のＤＮＡの精製のための新しい手法を実施することによって，達成された。ＰＣＲのインヒビターが，パンチから抽出されたが，ＤＮＡは，パンチに対して強固に固定されたままとなり，その後，固相ＰＣＲにより増幅された。ＤＮＡがパンチから取り去られる従来の手法に比べたこの方法の有利な点は，マイクロプレートのウエル間でのＤＮＡのクロスコンタミネーションが無くなる点である。」（５頁左欄１〜１６行）　
　　
（甲２−カ）　
「この報告において示すロボティックシステム（Figure.1）は，試料処理における高い処理能力を実現し，我々の従来システムに対して大きな進歩を表すために，実用的なアプローチをするものである。システムは，直線トラック上のロボティックアーム，向上された液体処理によるピペッティングステーション，マイクロプレートに収容された９６００の血染のパンチを収容可能なマイクロプレート供給部，ロボティックアームが接近可能で接続可能なように特に設計されたサーマルサイクラー，とを一体化させている。操作手順はRobocommソフトウエアとRAPL IIプログラム言語で記載され，これによりロボティックアームが自動的にパンチを有したマイクロプレートをマイクロプレート供給部から選択し，以下の各位置へ移送するのを指示する。（１）ＤＮＡ精製のためのピペッティングステーション，（２）パンチを乾燥させるためのヒートブロック，（３）ＰＣＲセットアップのためのピペッティングステーション，（４）ＰＣＲを実行するためのサーマルサイクラー，そして最後に（５）保存のためのマイクロプレートホルダー。　
　処理の開始のために，６人の血染カードが準備された。それぞれのカードから１６個のパンチが，９６ウエル　マイクロプレートに収容された。マイクロプレートはマイクロプレート供給部に収容され，適切な溶液，ＰＣＲ試薬，AmplitaqＤＮＡポリメラーゼがピペッティングステーションのプラットフォームのコンテナーに装填された（Figure.1）。ＰＣＲ試薬は，フルオレセイン標識されたプライマーペアを含んでおり，これによりTHO1またはvWA　STRの多型の座を増幅させる。操作手順は，コンピュータにより開始され，ＤＮＡ精製とＰＣＲの全体の処理は，連続的で自動的な形態で実行された。処理の完了時に，ＰＣＲ生成物を有したマイクロプレートは，手動によってマイクロプレートホルダーから取りはずされ，９６個全てのサンプルはＣＥによって解析された。電気泳動図は，安定したＰＣＲ生成物を示したが，これはＣＥソフトウエアによって自動的に強度に従い分けられたものである（Figure.2）。全てのサンプルから，明確な結果が，容易に得られ，サンプルの混合やコンタミネーションは，全く示されなかった。遺伝子型の読み出しは，矛盾なく正確であり，６人全てについて，有効で従来法廷で用いられてきた検査によって予め決定された遺伝子型と一致した。」（５頁左欄１７行〜同頁右欄４行）　
 　 
 （甲２−キ） 
 「ＤＮＡ精製とＰＣＲセットアップには１時間要し，ＰＣＲには２時間要した。ＰＣＲセットアップにおける支障を回避するために，さらに２つのサーマルサイクラーが，システムに追加され得る。４つのサーマルサイクラーによる処理能力により，最初の３時間で９６サンプルが処理され，その後１時間毎にさらに９６サンプルが処理されるであろう。連続的なシステムの稼働によって，１日あたり，２１００のサンプルが処理され，最終的に分類されるであろう。しかしながら，システム効率を最大化するためのスケジューリングソフトウエアを利用して，いくつかのアプリケーションを調整することによって（すなわち，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送される），処理能力はより向上されるであろう。いずれにしても，効率的に実用化された迅速な解析技術の先端において，システムにより，処理された試料が充分に供給されるであろう。　
　今後のシステムへの改善・変更として，血染カードのパンチングの自動化と，サンプル処理のＣＥ解析への統合化が，挙げられる。これは，自動化された血染カードパンチャー，ＰＣＲ生成物を扱うための他のピペッティングステーション，そしてロボティックアームがマイクロプレートをサンプル区画へ装填することのできるＣＥシステムの追加によって達成されるであろう。」（５頁右欄５行〜６頁右欄３行）　
　　
（甲２−ク）　
　Figure.1には，直線軌道上に配置されたロボティックアームと，プレートホルダー，２つのサーマルサイクラー，プレート供給部，ピペッティングステーションがその順に上記直線軌道と平行に配置され，上記軌道の反対側にコンピュータが配置された形態が，記載されている。　
　　
　上記記載事項（甲２−ア）〜（甲２−ク）を総合すると，甲２には，以下の発明が記載されていると認められる。　
　　
「血染カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅とを連続自動化され，かつ，プログラム化されたロボティックシステムにより実行されるプロセスであり， 
　該ロボティックシステムは，直線軌道にあるロボティックアームと，マイクロプレート供給ステーションと，ＤＮＡ精製およびＰＣＲセットアップのためのピペッティングステーションと，パンチを乾燥させるためのヒートブロックと，ＰＣＲを実行するためのサーマルサイクラーと，保存のためのマイクロプレートホルダーと，からなり，　
　処理の開始のために，血染カードが準備され，カードから手作業で得られたパンチがマイクロプレートの一つのウエルに一つのパンチが入るように納められ，該マイクロプレートをマイクロプレート供給部に収容するステップと，　
　前記マイクロプレート供給部において，パンチを納めた前記マイクロプレートを前記ロボティックアームへ供給し，該アームが，該マイクロプレートを前記ピペッティングステーションへ移送するステップと，　
　該ピペッティングステーションにおいて，前記アームは，前記マイクロプレートに，ピペットチップが通過するための孔であり，吸引の際に上記チップに付着するパンチが，ウエルから取り出されないように，充分小さな孔を有した特別な蓋をかぶせ，それぞれの前記ウエルにＦＴＡ精製試薬を添加し，該ＦＴＡ精製試薬による抽出を繰り返し，前記パンチは洗浄され，前記アームは，該精製されたパンチを納めた前記マイクロプレートを前記ヒートブロックに移送するステップと，　
　前記ヒートブロックにおいて，前記マイクロプレートは，前記パンチを乾燥させるために８０℃で１０分間培養され，その後，前記アームは，前記マイクロプレートを前記ピペッティングステーションに戻すステップと，　
　前記ピペッティングステーションにおいて，Amplitaq　DNA　ポリメラーゼが，ＰＣＲ試薬に添加して混合され，該混合物がそれぞれの前記ウエルに添加され，前記アームは，前記マイクロプレートを前記サーマルサイクラーへ配置するステップと，　
　前記サーマルサイクラーにおいて，該サーマルサイクラーの加熱されたカバーは自動的に閉じられてサーマルサイクルが行われ，ＰＣＲが完了すると，前記サーマルサイクラーのカバーは開けられて，前記アームは前記マイクロプレートを前記マイクロプレートホルダーへと移送するステップと，　
　処理の完了時に，ＰＣＲ生成物を有した前記マイクロプレートは，手動によって該マイクロプレートホルダーから取りはずされ解析されるステップと，　
　さらに，ＤＮＡ精製とＰＣＲセットアップには１時間，ＰＣＲには２時間要するから，４つのサーマルサイクラーにより，最初の３時間で９６サンプルを処理し，その後１時間毎にさらに９６サンプルを処理するという連続的なシステムの稼働によって，１日あたり，２１００のサンプルを処理するとともに，システム効率を最大化するためのスケジューリングソフトウエアを利用して，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートが前記マイクロプレート供給部から前記ピペッティングステーションに移送されるステップと　
　からなるプロセス。」（以下「甲２発明」という）　
　　
２　甲３について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲３には，「配列決定Sequatronシステム」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲３−ア）　
「ＤＮＡ塩基配列決定法が発明されてから２０年の間，人ゲノムのほんのわずかな部分，全３０００Ｍｂｐの約１％しか解読されていない。それゆえ，ヒトゲノムプロジェクトが残り９９％の配列を２００５年までに完了することを表明していることを考えると，これは幾分困難に感じられる。」（１８８７頁左欄１〜１０行 ）　
　　
（甲３−イ）　
「これらを念頭に置き，我々は，ヒトゲノムプロジェクトに求められる実験室の処理能力を満足するための，自動化された配列決定システムを設計した。　
　我々は，まず，主要な性能要件についての考察から始めた。（i）機械的に，システムはマイクロリットル容積の何千ものサンプルを，異なり変化する生化学工程において扱わなければならない。サンプル処理のために高度に統合されたchip-basedシステムが開発中ではあるが，現在の技術で目的を達成するために最も確実な手法は，実験室で行われる人による操作を模倣することである。全てがスケジューリングソフトウエアによって調和して動作される，液体操作，サーモサイクリング，混合，保存のためのモデュールのセットの中央に配置された，関節を有したアームを用いて，我々は包括的に自動化されたプラットフォームを作り出すことが可能となった。（ii）生化学的に，システムは，従来からの手法であり自動化困難な手法である，ＤＮＡ単離において用いられる遠心分離法と溶媒抽出法を，回避しなければならない。このような制約を克服するために，我々は，ＳＰＲＩと呼ばれる方法を開発した（２）。一定の条件下で，ＤＮＡはカルボキシルコーディングした磁性粒子の表面に強固に結合され，徹底的に洗浄され，そしてその後溶液中に戻され得る。　
　これらの考察から，我々は，Sequatronを設計した。これは，自動化され，高い処理能力のゲノム構造機能解析システムに適用可能なものである。Sequatronという語は，実質的に，関節を有したロボティックアームを有した包括的なプラットフォーム，集中的管理，スケジューリングソフトウエアを意味する。」（１８８７頁左欄２４行〜右欄１行）　
　　
（甲３−ウ） 
「Sequatronシステムは，当初は，ＤＮＡ塩基配列決定のために設計されたが，分子生物学における課題の一般的な解決手法も提供する。　
　基本的なSequatronプラットフォームは，手首部分にカスタマイズされた指を備えたCRS　A465　関節アーム（CRS　Robotics,Burlington,Canada）を備えた１．５×１．５ｍのテーブルから成る（図を参照）。中央パーソナルコンピュータ（PC）が，シリアル接続を介して，直接アームを制御し，他のデバイスへ（または，それらのコンピューターコントローラへ）動作指示を送る（ダイアグラム参照）。当該ＰＣはイベント，例えばプレートと液体処理システムやサーマルサイクラーとの往復の動きをスケジュール管理する；スケジュール管理は，CRS　Roboticsにより開発された簡便なプログラム言語を用いることで可能となる。」（１８８７頁右欄４〜２１行）　
　　
 （甲３−エ）　
「現在，我々は，次の各事項を実行するための，３つのSequatronシステムを有している。　
（i）Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの，
（ii）染色されたプライマーおよび染色されたターミネ−タの化学反応を用いたＤＮＡ塩基配列決定反応を実行するもの，　
（iii）部分的に完了したゲノム配列のギャップを埋めるために行う，特別なＰＣＲ増幅の実行と，選択されたテンプレートの配列決定の実行を含む，フィニッシング（第３のシステムはプロトタイプが作成されたが，まだ開発中である。）を実行するもの。」（１８８７頁右欄３０〜４７行）　
　　
（甲３−オ）　
「精製Sequatronは，ＤＮＡを，ＳＰＲＩを用いてＭ１３やＰＣＲ生成物から単離する。　
　その目的は，再現性と効率化を達成することである。磁気ビーズを用いたアプローチは，我々の全ての応用において，非常に安定した，対費用効果の高い（テンプレートあたり１０セント以下）ものであることが，明らかとなり，Sequatronシステムのための，ＤＮＡ単離と操作において，一般的な手法となった。・・・・・　
　配列決定Sequatronは，先のシステムにより精製されたＭ１３　ＤＮＡを用いた，ＤＮＡ塩基配列決定反応を実行する。塩基配列決定反応の自動化には，３８４ウエル　プレートにおける液体処理，反応のサーモサイクリング，９６ウエルプレートへ戻しての保存，の無人操作が必要となる。このSequatronは，配列決定反応のセットアップのために，３つのタイプのモデュールを用いる。一つ目は，Packard　104　XYZ液体処理ロボット（Packard　Instrument，Meriden，CT）であり，４つのシングルピペットチップの一つを，１２チャンネルピペットに置き換えることで改善されたものであり，１２の新しいチップは，Packardロボットコントロールユニットによってシリアル接続を介して制御される，二つの６チャンネルディスペンサー（Cavro，Sunnyvale，CA）に接続している。その結果，マイクロタイタプレートに対する，またマイクロタイタプレートからの迅速な分注や，これと同様に他の試薬源からの迅速な分注が可能な，高度に柔軟なワークステーションが得られる。二つ目のモデュールのタイプは，液体処理部（Tecan　US，Research　Triangle　Park，NC）であり，これもまた，１２チャンネルピペットを用いるように改善されている。三つ目のモデュールのタイプは，特別なサーマルサイクリング装置（Techne，Princeton，NJ，and　MJ　Research，Watertown，MA）であり，シリアル接続を介して制御される，加熱された蓋を有した３８４ウエルのペルチェブロックを備えたものである。　
　３８４ウエル・サーモサイクラーの利点は，９６ウエル−プレートからのDNAテンプレートを，ダイプラーマーのシーケンシングに必要な，４つの異なる配列決定反応（ヌクレオチドＡ，Ｔ，Ｃ，Ｇ）へと都合よく分けることが出来る点にあり，それにより，サンプルトラッキングを簡略化し，コストを低減する。」（１８８７頁右欄４８行〜１８８９頁左欄３５行）　
　　
（甲３−カ）　
 「Sequatronシーケンシング　中央に，CRS A465 ロボティックアームがあり，マイクロタイタプレートをカルーセル（左）から，配列決定反応のセットアップを行う二つのPackard 104 XYZロボット（緑）の一つへと移動させている様子が示されている。Tecan XYZ ロボット（オレンジ，カルーセルの右）は，配列決定反応が完了したものを保存するために用いられ，TechneとMJ　Research　サーマルサイクラー（茶色）は配列決定反応を実行するために用いられる。」（１８８７頁中央における図の解説）　
　　
（甲３−キ）　
　１８８９頁中央の図には，中央に，マイクロタイタプレートを保持したＣＲＳロボティックアームが配置され，その周囲に，プレートカルーセル，Tecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンが配置され，中央パソコンに対して，ＣＲＳロボティックアーム，プレートカルーセル，パソコンを介してTecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，パソコンを介してPackard　XYZ液体処理ステージが接続された形態が記載されるとともに，図の説明文として，「配列決定Sequatronの構成要素。各モジュールは，イーサネットによってプロセス制御データベースと繋がっているセントラルコンピューターによって制御される。」と記載されている。　
　　
（甲３−ク）　
「本装置の典型的な実施は，大体１０，０００クローンの中から約５００個のクローンを選択し，必要に応じてＰＣＲ反応を設定し，そして種々の配列決定のための化学反応を実施することを伴うことがある。」（１８８９頁左欄５７〜６１行）　
　　
（甲３−ケ）　
「将来的な課題としては，試薬（ＤＮＡ配列決定における主要なコスト）の容量の減少及び（プロセスにおける最も労働集約的な工程の１つである，配列決定ゲルへの手動でのローディングを回避するための）配列検出器への直接的な結合が挙げられる。我々は，圧電性ディスペンサーを備える液体操作システム（BioChip Processor, Packard Instrument）を用いることにより，容量の１０倍の減少を達成したが，このような小容量の使用は，蒸発の問題を持ち込み，そして，液体操作のための一体型のチップベースのシステムに対する需要を促し得る。我々はまた，サンプル調製を配列検出器に結び付けるための方法を試みた。Sequatronは，当然のことながら，マイクロタイタープレートを用いるキャピラリ−ベースまたは質量分析ベースのシーケンサーと連動する。あるいは，Sequatronは，アームをシーケンサーの前面に移動及び配置し得る独立して誘導される運搬手段上にシステムを設置することによって，既存のスラブゲルシーケンサー（例えば，Applied BioSystems　モデル３７７）と共に使用され得る。より一般的には，Sequatronシステムは，ヒトゲノムプロジェクトの範囲内及びヒトゲノムプロジェクトを超える範囲の両方における，他のオートメーション需要のためのフレキシブルなプラットフォームを提供する。Sequatronの試作品は，サブクローンライブラリー，細菌人工染色体（ＢＡＣ）のプール及び他のライブラリーの構築と，配列決定対象である大型の挿入クローンの特徴づけのための開発におけるものである。将来のシステムはまた，遺伝子型決定，高密度アレイの準備及び医薬化合物のハイスループットスクリーニングなどの機能的遺伝学にも向けられ得る。将来のある時点において，分子生物学の仕事を実施するより小型のSequatronシステムは，当然，典型的なラボの環境に存在することもあり得る。」（１８８９頁右欄９〜５１行）　
　　
　上記記載事項（甲３−ア）〜（甲３−ケ）を総合すると，甲３には，以下の発明が記載されていると認められる。　
　　
「中央に，マイクロタイタプレートを保持するＣＲＳロボティックアームが配置され，その周囲に，プレートカルーセル，Tecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンが配置され，中央パソコンに対して，ＣＲＳロボティックアーム，プレートカルーセル，Tecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージのそれぞれが接続された構成を有し，該ＣＲＳロボティックアームは，例えば，マイクロタイタプレートをカルーセルから配列決定反応のセットアップを行う二つのPackard 104 XYZロボットの一つへと移動させる動作を行うものであり，Tecan XYZ ロボットは，配列決定反応が完了したものを保存するために用いられ，TechneとMJ　Research　サーマルサイクラーは配列決定反応を実行する配列決定Sequatronシステムによる配列決定する方法であって，　
　他のシステムにより精製されたＤＮＡを用いた，ＤＮＡ塩基配列決定反応を自動実行する配列決定する方法であり，配列決定反応のセットアップのための３つのプロセスを有する配列決定する方法。　
一つ目のステップは，Packard　104　XYZ液体処理ロボットにより，マイクロタイタプレートに対する，またマイクロタイタプレートからの迅速な分注や，これと同様に他の試薬源からの迅速な分注をするステップであり，　
二つ目のステップは，液体処理のステップであり，　
三つ目のステップは，シリアル接続を介して制御される，加熱された蓋を有した３８４ウエルのペルチェブロックを備えた特別なサーマルサイクリング装置によるステップである。」（以下「甲３発明」という）　
　　
３　甲４について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲４には，「自動化された核酸調製に用いられる装置」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲４−ア）　
「アッセイプレート内での磁性粒子の使用を包含する、複合サンプルから関心のあるＤＮＡ配列を調製するための装置と、複合サンプルからＤＮＡを調製する自動化された方法が開示され、この装置は、三次元空間においてアッセイプレートを移動するための手段；該アッセイプレートに液体を供給するための手段；そのアッセイプレートの温度を制御するための熱制御手段；そのアッセイプレートにおける磁性粒子を操作するための磁性分離手段；および上記全ての手段の制御および協働操作のため、および複合サンプルからＤＮＡを調節するための自動化方法のためのコンピュータコントロール手段を備える。」（フロント頁アブストラクト）　
　　
（甲４−イ）　
「本願発明の技術分野　
　この発明は，自動化された核酸の調製に関するものであり，自動化された核酸の調製方法とそのために用いられる装置に関するものである。　
　発明の背景　
「現在，多数の大規模ＤＮＡ配列決定プロジェクトが進行している。配列データの生成における律速段階の一つは高純度のＤＮＡ鋳型の調製である。　
　ＤＮＡの調製または操作を含む技術の進歩により，あるプロセスのために自動化装置の導入が可能になった。例えば，ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を実施するための自動化装置，およびＤＮＡ配列決定反応を実施するための自動化装置が，公知である。」（１頁２行〜２頁２６行）　
　　
（甲４−ウ）　
「発明の概要 　
　発明の一つの形態において，本願発明は，複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスの調製のための装置を提供する。これは，アッセイプレートにおける磁気粒子の使用を含むものである。上記装置は，　
アッセイプレートを３次元空間内で移動させる手段，　
アッセイプレートに液体を供給する手段，　
アッセイプレートから液体を排出する手段，　
アッセイプレートの温度制御のための温度調整手段，　
アッセイプレート内の磁気粒子を操作するための磁気分離手段，　
上記全ての手段を制御し協働して動作させるためのコンピュータ制御手段を備える。　
・・・・・　
　本願発明の装置は，あるゆる三次元内で移動が可能なロボットヘッドを都合よく備える　
・・・・・　
　該磁気的分離手段は，２つの分離ワークステーションを都合よく備える。一方のワークステーションは棒状のマグネットを備えてよく，かかるマグネットは，典型的なマイクロタイタプレートがその上に載ることができ，プレート内のウエルの列が棒状のマグネットと整列するような大きさ及び数となっている。このようなステーションを「分離」ステーションと呼ぶこともでき，当該ステーションは磁気粒子をマグネットに引き寄せることで混合物から当該粒子を分離するのに使用してもよい。他の磁気ワークステーションは，２列のウエルが各棒磁石の間に配置されるような大きさおよび数の棒磁石を備え得，これらの磁石がマイクロタイタープレート上のウエルの異なる列の間に置かれ得るような，プレートの磁石に関する移動を可能とする。このステーションは，「洗浄」ステーションと呼ばれ得る。洗浄は，マイクロタイタープレートのウエルに洗浄メディウムを加え，磁気粒子をウエルの片側に引きつけることによって行われ得る。　
　適切な期間（例えば，５秒）の後，プレートは，磁石がウエルの反対側に来るように磁石に関して動かされ，それにより，洗浄メディウムの中を通して磁気粒子を引きずる。　
・・・・・　
　該温度調節手段は，マイクロタイタプレートにあるブロックから他のブロックに移動してプレートの温度を変える、それぞれ一定の所望の温度に設定された３つのヒートブロックを都合よく備える。しかし、他の構成が当業者によって認識され得る。例えば、制御された可変温度を有する単一の加熱ブロックが、使用され得る。　
・・・・・　
　該装置の全ての運転はコンピューター手段，典型的にはパーソナルコンピューターによって制御される。かかるコンピューターは，例えば，ロボットヘッド及びマイクロタイタープレートの動作，液体のピペッティング／分配，並びに熱制御手段の温度，を，典型的にはＲＳ２３２コンピューターインターフェースを介して制御する。」（２頁２７行〜６頁４行）　
　　
（甲４−エ）　
「発明の他の形態において，本願発明は，複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスを調製する自動化された方法を提供する。この方法は，以下のステップのための自動化された手段を使用することを含むものであり，ステップとは，適切な洗浄剤の存在下で熱の作用によりＤＮＡ含有物の溶解を引き起こすステップ，ポリマーを含有するハイブリダイゼーションバッファーと共にプローブに結合された磁気粒子を加えて，有効な核酸濃度の増加をもたらすステップ，関心のある配列を，相補的なプローブにハイブリダイズさせるステップ，次いで，磁力によりサンプルの残部から，粒子／プローブ複合体と，これにハイブリダイズした配列を分離するステップ。・・・・・望ましくは，上記方法のステップは，マイクロタイタアッセイプレートのウエル内において実行される。」（６頁５〜１９行）　
　　
（甲４−オ）　
「図面の詳細な説明　
　図１は，本願発明のＤＮＡ調製方法を実行するのに適した，本願発明に基づき自動化された装置の構造を表すものである。この装置は，多数の標準的な市販のコンポーネントを備えており，これは，明瞭性の目的のため，図には示していない。」（７頁１５〜２１行）　
　　
（甲４−カ）　
「図示された装置は，Ｘ−Ｙ−Ｚロボット１０，例えばBurger　Lahr，Aerotech　またはLinearTechnology製のもの，を備える。ロボットは，基板（図示されない）を備え，これは，Ｘ方向に延びるレール１２，１４，１６，１８と，Ｙ方向に延びるレール２０，２２，２４を有した直線状の枠組みを支持している。」（７頁２２行〜８頁１行）　
 　　
（甲４−キ）　
「ロボットヘッド３８は，レール３４，３６の下端で移動される。ロボットヘッド３８は，ブロック２６，２８，３０とレール３４，３６に対応した駆動手段によって適切に可動させるよう機能する，コンピュータ制御手段（図示しない）の制御のもと，基板に対して３次元方向で可動である。　
　ロボットヘッドは，標準的な９６ウエル　マイクロタイタプレート（図示しない）を，枠組みの範囲中で異なる位置の間で移動させるように設計されている。」（８頁１１〜１９行） 
　　
（甲４−ク）　
「ロボットヘッドはまた，ピペッティング機能と吸引機能を実行するように設計されている。」（８頁２３〜２４行）　
　　
（甲４−ケ）　
「基板は，本願方法を実行するために必要な，多数の異なる構成要素を支持している。特に，基板は，Techne製の３つのヒートブロックを支持し，その一つは図の４０として概略的に記載されている。それぞれのヒートブロックは，コンピュータ制御手段のもと，異なる所定温度に加熱されるように適合されている。基板は，また，例えばTechne製の二つの磁気分離ステーションを備えており，そのうちの一つは，図に４２として概略的に示されている。それぞれの磁気分離ステーションは，平行に配置された棒磁石のアレイよりなる。　
 　一つの磁気分離ステーションは，液体が吸引される間，マイクロタイタプレートウエルの底に，磁気ビーズを保持し，これによりビーズを分離するように設計されている。」（８頁最終行〜９頁１３行） 　
　　
（甲４−コ）　
 「他方の磁気分離ステーションは，洗浄機能を実行するよう設計され，一つおきのマイクロタイタプレートのウエル列の間の空間の下に配置されるよう，分離して配置された４つの棒磁石を備えるように設計されている。」（９頁１７〜２０行）　
　　
（甲４−サ）　
 「この処理が何度も繰り返されて，磁気ビーズはウエルの中の液体中を左右に移動し，洗浄機能を実行する。」（９頁３１行〜１０頁１行）　
　　
（甲４−シ）　
「基板は，使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部も支持しており，これは４４として概略的に図示され，それと共に，チップがロボットヘッドによって適正に持ち上げられたかを検知するための対応したセンサ４６も図示されている。　
　基板は，チップの廃棄ステーションも有しており，４８として概略的に図示されており，これは，その下にチップを受ける容器（図示しない）を有した開口を備えている。　
　装置は，また，処理を待つタイタプレートや処理を実行されたマイクロタイタプレートを保管する領域も有している。　
　装置は，また，再生のあと，更なる使用において再利用される，ビーズの一時的な保管のための容器も有している。　
　装置は，さらに，ＰＣ（図示しない）のようなコンピューター制御手段を有し，これにより，ロボットヘッドと対応する機能の動きを，当業者には明らかな形態で，制御し協動させる。　
　処理されるサンプルを納めたマイクロタイタプレートは，使用において，ロボットヘッド２８によりつかみ上げられ，所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動される。」（１０頁２〜２２行）
　　
（甲４−ス）　
「例　
　以下の例は，自動化されたＤＮＡ調製方法に関するものであり，図１の装置において実行の可能なものである。本実施例は、３’末端にビオチン基を伴って合成されたオリゴヌクレオチドプローブに関する。このビオチン化プローブは、ストレプトアビジンでコートされた磁気ビーズに付着されて、磁気ビーズ／プローブ複合体を形成する。このプローブは、Ｍ１３−２１ユニバーサルプライマー部位から上流にある領域に対して相補的であるように設計される。　
　・・・・・そして，粒子／プローブ　複合物が加えられ，プローブは標的ＤＮＡへのアニールが可能となる。一度結合されると，粒子／プローブ／鋳型　複合物は，残りの試料から，磁力によって分離可能となり，洗浄される。そして，鋳型は，加熱によって粒子／ブローブ　複合体から遊離されることが可能となる。手順はシンプルで迅速であり，簡単に自動化される。全ての成長後のステップは，マイクロタイタプレート内部で実行可能であり，遠心分離やエタノール沈降が不要となる。この例においては，２５０のランダムなＭ１３サブクローンが準備され，上に概要が示された手法を用いてシーケンスされた。（２５０のランダムなＭ１３サブクローンが以下に記載の方法に従い調製され，そして配列決定された。）」（１０頁２３行〜１１頁１９行）　
　　
（甲４−セ）　
「・・・・・そして，上清をマイクロタイタープレートへと移した。各々が２００μｌの上清を含む２つのウエルを用いて，各サンプルから４００μｌの上清を使用した（Ｆａｌｃｏｎ　３９１１　ＭｉｃｒｏＴｅｓｔ　Ｆｌｅｘｉｂｌｅ　Ａｓｓａｙ　Ｐｌａｔｅ）。　
溶解
　上澄みの添加に先立ち，エッペンドルフ型マルチディスペンシング　ピペットを用いて，１０μｌの１５％ＳＤＳがそれぞれのウエルに添加された。ファージは，マイクロタイタプレートをTechne　PHC-3サイクラーで１０分間７０度に加熱することによって，溶解された。　
アニーリング
　２０ｕｌのハイブリダイゼーションバッファ（20%PEG 8000/2.5M NaCl）が，マルチディスペンシングピペットにより，各ウエルに添加された。混合は必要とされないので，同じチップが全てのウエルに使用され得る。また，２０ｕｌの粒子／プローブ　複合体が各ウエルに添加され，ディッシュは４５°で３０分間，インキュベートされた。　
洗浄ステップ
　マイクロタイタプレートはサイクラーから取りはずされ，Dynal　MPC-96磁気セパレータへセットされた。３０秒後，上澄みは吸引され，１００ｕｌの洗浄バッファ（0.1X　SSC）がそれぞれのウエルに添加され，５秒間隔で３回，プレートを磁気セパレータ上で移動させることにより，粒子は洗浄バッファ内部を移動された。このステップは，全３回繰り返された。最後に，粒子は，１０ｕｌの水の中に溶離された；磁石を用いることで，粒子はこの小さな容積に分散され得る。 
　　
変性
　プレートを８０度で３分加熱することによって，鋳型は，プローブから，遊離される。加熱の後，粒子は磁石を用いて集められ，上澄みは新たなマイクロタイタプレートへ移された。」（１２頁２８行〜１４頁４行）　
　　
（甲４−ソ）　
「シーケンシング結果　
　一度，上記のように鋳型が精製されると，配列決定反応の実行が可能となるが，これは予備反応の混合物が生成可能となり，事前に分注可能となるからである。ABI　Taq　ダイプライマーキット試薬が使用された。・・・全ての試料は，Ｍ１３−２１ユニバーサル　プライマーとTaqポリメラーゼを用いて，配列決定反応が行われた。反応は，Techne　PHC-3ドライサイクラーにおいて行われ，それぞれの試料はミネラルオイルで覆われていた。反応の生成物は，ABI　373A　DNAシーケンサーにより解析された。」（１４頁２３行〜１５頁５行）　
　　
（甲４−タ）　
「２．Ｘ，Ｙ，Ｚロボティックヘッドを備えた請求項１に記載された装置」（１８頁１２〜１３行）　
　　
　上記記載事項（甲４−ア）〜（甲４−タ）を総合すると，甲４には，以下の発明が記載されていると認められる。　
　　
「複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスを調製する自動化された方法であって，以下のステップのための自動化された手段を使用することを含むものであり，　
　前記ステップとは，　
　適切な洗浄剤の存在下で熱の作用によりＤＮＡ含有物の溶解を引き起こすステップ，　
　ポリマーを含有するハイブリダイゼーションバッファーと共にプローブに結合された磁気粒子を加えて，有効な核酸濃度の増加をもたらすステップ，
　関心のある配列を，相補的なプローブにハイブリダイズさせるステップ，
　次いで，磁力によりサンプルの残部から，粒子／プローブ　複合体と，これにハイブリダイズした配列を分離するステップであり，　
　前記自動化された手段とは，基板を備えたＸ−Ｙ−Ｚロボット１０とロボットヘッド３８を備え，　
　該ロボットヘッド３８は，コンピュータ制御手段のもと，基板に対して３次元方向で可動であり，マイクロタイタプレートを，枠組みの範囲中で異なる位置の間で移動させるように設計され，ピペッティング機能と吸引機能を実行するように設計されており，　
　前記基板は，３つのヒートブロックを支持し，それぞれのヒートブロックは，コンピュータ制御手段のもと，異なる所定温度に加熱されるように適合され，　
　二つの磁気分離ステーションを備え，　
　前記磁気分離ステーションに一つは，液体が吸引される間，マイクロタイタプレートウエルの底に，磁気ビーズを保持し，これによりビーズを分離するように設計され，　
　前記磁気分離ステーションの他方は，洗浄機能を実行するよう設計され，
　前記基板は，使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部を支持し，チップの廃棄ステーションを有し，　
　処理を待つマイクロタイタプレートや処理を実行されたマイクロタイタプレートを保管する領域も有し， 
　コンピューター制御手段を有し，これにより，ロボットヘッド３８と対応する機能の動きを制御し協動させるものであり，　
　そして，処理されるサンプルを納めたマイクロタイタプレートは，使用において，ロボットヘッド２８によりつかみ上げられ，所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動される，
　ＤＮＡシーケンスを調製する自動化された方法。」（以下「甲４発明」という）　
　　
４　甲５について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲５には，「標的核酸の増幅と検出を自動化するCOBAS　AMPLICORシステム」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲５−ア）　
「COBAS　AMPLICORTMシステムは，様々な感染性疾患のための診断ＰＣＲ手順を実行する，標的核酸の増幅と検出を自動化するものである。このシステムは，二つのそれぞれ独立に制御される加熱／冷却ブロックを備えた一つのサーマルサイクラー，インキュベーター，磁気粒子洗浄部，ピペッター，フォトメーターを有している。」（１９１５頁左欄１〜６行）　
　　
（甲５−イ）　
「化学の進歩は，この技術におけるフォーマッティングの進歩が，速いペースで進行することを可能にしてきたが，自動化は，特に検出方法については，かなり遅れている。例外は，多数のサーマルサイクラーの急速な開発である［３６］。この論文において，我々は，診断ＰＣＲのルーティンを実行するための，完全に自動化されたシステムについて説明する。これは，標的ＤＮＡをＰＣＲによって増幅し，または，標的ＲＮＡを逆転写ＰＣＲによって増幅し，そして結果として生じた増幅された生成物を特異的に検出する，統合されたシステムである。このシステムは，増幅のためのサブシステムと，検出のためのサブシステムとを，備えている。増幅のためのサブシステムは，二つの中央線御されたサーマルサイクラーセグメント（一つの集積回路基板に接続された，二つの加熱／冷却ブロック）を備えている。二つのサーマルサイクラーセグメントの温度は，独立に制御可能であり，これにより，それぞれ異なるサイクリングプロファイルを必要とする，二セットのサンプルの同時増幅を，柔軟に行うことができる。ＰＣＲ生成物は，ELISA-likeフォーマットにより検出される。ここでは，オリゴヌクレオチド　プローブでコーティングされた常磁性の微粒子が，生成物へのハイブリダイゼーションによって，ビオチンでラベルされた増幅生成物を捕捉する。検出のためのサブシステムは，４つのモデュール，温度制御されたインキュベーター，磁気粒子の洗浄ステーション，自動化されたピペッティングユニット，基板に組み込まれたフォトメーター，を有している。このシステムは，（ａ）内部コントロールのオプションを提供すること，（ｂ）標的核酸の選択的な増幅のための酵素ウラシル−Ｎ−グリコシラーゼを含む試薬であるＡｍｐＥｒａｓｅ（登録商標）［２３］を組み込むこと，（ｃ）プロトコールの標準化，（ｄ）試料および試薬のバーコードによる識別，ならびに（ｅ）自動化された試料のピペッティングおよび試薬の添加，によって，結果の無欠性を確実なものとするように設計されている。」（１９１５頁右欄２３行〜１９１６頁左欄１９行）　
　　
（甲５−ウ）　
「システムは，５つの機器（サーマルサイクラー，インキュベーター，洗浄ステーション，ピペッター，フォトメータ）を，一つのユニットに組み合わせたものである。標的核酸は，サーマルサイクラーで増幅される。ハイブリダイゼーションと検出反応は，３７℃インキュベータにおいて実行される。洗浄ステーションは，微粒子を分離し洗浄し再懸濁するための，磁石，再懸濁チップ，吸引チップ，を備えている。ピペッターは，ｘ−ｙ−ｚ移動機構の上に搭載された，自動化されたピペッティングステーションからなる。フォトメータは，発色現象の後，吸光度を測定する。」（１９１６頁左欄２６〜最終行）　
　　
（甲５−エ）　
「完全に統合されたCOBAS　AMPLICORシステム　
　この上面図は，サーマルサイクラー加熱／冷却ブロック（１），自動化されたピペッター（２），インキュベータ（３），洗浄ステーション（４），フォトメータ（５），の配置を示すものである。A-ringは，加熱／冷却ブロックの下方に配置されている。」（１９１６頁Ｆｉｇ．１の説明）　
　　
（甲５−オ）　
 「システムの特徴　
 ディスポーザブルである。　
　サーマルサイクラーは，成形されたリング（A-ring）を用いており，これは，ＰＣＲ増幅用の，１２個のキャップを備えたポリプロピレンチューブ（A-tubes；最大の作動容量は３００μＬ）を有している。それぞれのA-ringは，識別情報バーコードのためのタブを有し，それぞれのA-tubeには，個別に番号がふられている。それぞれの反応混合物の増幅後の解析は，ディスポーザブルなポリスチレン検出カップ（D-cup；最大の作動容量は３５０μＬ）の中で実行される。このカップは，一般に，システムにより，ハイブリダイゼーション，検出，洗浄，フォトメータによる検出，の全てのステップにおいて用いられる。」（１９１６頁右欄１〜１０行）　
　　
（甲５−カ）　
「サーマルサイクラー。　
 ・・・サーマルサイクラーは二つの中央制御されたセグメントと，追加のA-ringを保持するための二つの周囲温度セグメント（ブロック）を有している。・・・　
　二つの稼働モードが実行可能である。第一のモードは，２４またはより少ないサンプルの増幅と検出に用いられるもので，システムは，増幅が完了した後，自動的に検出を開始する（シーケンシャルモード）。自動化されたピペッターが，増幅された生成物を，検出のために，サーマルサイクリングセグメントにあるA-ringからD-cupへと移動させる。　
（該自動化ピペッターは，検出のためにサーマルサイクリングセグメントのAリングからDカップに増幅産物を移動させる。）第二のモードは，サンプルが２４より多い場合に用いられる。２４サンプルの最初のセットが検出されている間，残りのサンプルの第二のセットが，増幅される（パラレルモード）。システムは，試料の最初のセットの増幅が完了した後，一時停止して，オペレータが，増幅されたA-ringを周囲温度セグメントへと移送し，追加のA-ringをサーマルサイクリングセグメントへ加え，システムを再スタートさせるのを，可能とする。このモードにおいて，自動化されたピペッターは，検出のために増幅された生成物を，周囲温度セグメントのA-tubeの最初のセットから移送する。」（１９１６頁右欄１１〜３３行）　
　　
（甲５−キ）　
「試薬の移送。　
　検出を実行するために必要な全ての試薬は，COBAS　AMPLICORシステムに保持されている。・・・・・ピペッターは，試薬の一定分量を，カセッテからA-tubeまたはD-cupのいずれかへ移送するのに用いられる。ピペッターのチップは，A-tubeや試薬カセッテキャップへ容易に穿孔可能なように加工されている。（該ピペッターのチップは，Ａチューブや試薬カセットキャップを容易に貫通できるように作られている。）COBAS　AMPLICORは，それぞれの試薬移送の後，自動的にピペッターチップを洗浄する。」（１９１６頁右欄３４〜４６行）　
　　
 （甲５−ク）１９１６頁のFig.1は，COBAS　AMPLICORシステムの上面からの図を示すものであり，この図には，サーマルサイクラー，ピペッター，インキュベータ，洗浄ステーション，フォトメータが，枠を備えた単一のケース内に近接して配置された形態が記載されている。 そして，図１の説明文として，「この上面図は、サーマルサイクラーのヒーティング／クーリング・ブロック（１），自動化ピペッター（２），インキュベータ（３），洗浄ステーション（４），フォトメータ（５）を示している。」と記載されている。　
　　
（甲５−ケ）　
「フォトメータ。　
　フォトメータは，検出反応による吸光度を測定するものであり，パルス化され発光ピーク波長６６０ｎｍであり，周波数３５ｍＨｚで作動する，GaAlAs　LEDを備えている。D-cupを通過したパルス光強度は，透過光強度に比例した電流値を生じる光電子増倍管ダイオードにより測定される。」（１９１７頁左欄１〜７行）　
　　
（甲５−コ）　
「複合的なテスト。　
　増幅反応混合物は，プライマーの二つのペアを含有していた。・・・それぞれの増幅反応における生成物は，C.trachomatis，CT　IC，またはN.gonorrboeaeに特異的なプローブでコーティングされた常時性粒子を用いて，三つの個々の反応において検出された。」（１９１７頁左欄３１行〜同頁右欄５行）　
　　
（甲５−サ）　 
「システムオペレーション。　
　オペレータは，手作業により，MasterMix（バッファ溶液であり，耐熱・熱安定性のポリメラーゼ，AmpEraseＲ（Roche　Diagnostic　Systems，Branchburg，NJ），プライマー，塩，dNTPsを含有している）を，それぞれのA-tubeに添加する。システム外でのサンプル調製は，COBAS　AMPLICORにおける分析の前に必要となる。分析に特有なサンプルの調製手順は，洗浄工程（特定の検体タイプに対して），核酸を遊離するための溶解工程，ＰＣＲに適した溶解した検体を提供する，中和工程または核酸の沈殿工程，から成る。　
・・・サンプルが調製された後，これらは，適切で分析に特有なMasterMixを含有した，A-Tubeに移送される。そして，A-ring，D-cupラック，試薬カセッテはシステムに搭載される。適切なワークリストデータとコマンドが，オペレータによって，キーパッドかバーコードスキャナを用いて，入力される。そして，システムの動作が開始する。 
　ＰＣＲ増幅プロファイルは，複数の異なるアッセイがシステムにあらかじめ入力されているため，独自に設計されている。適切な増幅プロファイルは，入力されたワークリストデータに従い，自動的に実行される。増幅の最後に，１００μＬの変性溶液が，それぞれのA-tubeの内容物に，自動的に添加される。ハイブリダイゼーション反応は，D-cupを基板上の保存ラックから３７℃インキュベータに移送し，続いて１００μＬのハイブリダイゼーション溶液と２５μＬの変性された増幅産物をD-cupに添加することによって，開始する。ハイブリダイゼーション溶液は，分析に特有なオリゴヌクレオチドプローブでコーティングされた常磁性微粒子（DynabeadsＲ；Dynal　A.S.,Oslo，Norway）を含んでいる。それぞれの，ハイブリダイゼーション反応物は，洗浄ステーションへ移送される前，３７℃で１４分インキュベートされる。　
　洗浄ステーションは，１２個のD-cup位置に洗浄ホイールと，それぞれのcup位置に一対の磁石と（再懸濁が実行される位置は除く），吸引と再懸濁のためのチップと，対応する洗浄タワーと，を有している。・・・検出は，それぞれのD-cupに，安定化されたアビジン複合のＨＲＰ溶液よりなる希釈液２００μＬを添加し，３７℃で１４分インキュベートすることにより，開始される。それぞれのD-cupは，その後，洗浄ステーションへ移送され，４つの洗浄工程のサイクルを受け，最後の色形成ステップのためにインキュベータに戻ってくる。３回目の１４分３７℃のインキュベータは，３００μＬのＴＭＢ基質溶液の存在下で実行される。このインキュベータ期間の後，D-cupはフォトメータに移送され，ここで吸収が測定される。COBAS　AMPLICORは，ハイブリダイゼーション，洗浄，検出の工程における，それぞれのステップについて，正確に時間管理し，それにより，ハイブリダイゼーション開始時刻と吸収測定時刻との時間間隔は，それぞれのD-cupについて同じとなる。」（１９１７頁右欄６行〜１９１８頁左欄２行） 
 　 
 （甲５−シ）
「増幅が完了した後，生じたアンプリコンは検査特異的なオリゴヌクレオチド・プローブでコートされた常磁性微粒子とハイブリダイズされる。ハイブリダイゼーションが終了すると，反応混合物は磁気的に分離され，そして組み込まれなかったプライマー及びｄＮＴＰは吸引され，そして残った微小粒子は洗浄される。」（１９１８頁左欄２３〜２９行）　
　　
（甲５−ス）　
「ＴＭＢ基質溶液へのアビジン−ＨＲＰの持ち越しは，偽陽性の結果を生じる。ＣＯＢＡＳ　ＡＭＰＬＩＣＯＲ装置の一部は，このような持ち越しを防ぐように設計されているので，このシステムは，アビジン−ＨＲＰ結合体のピペッティングとＴＭＢ基質のピペッティングとの間に，少なくとも３回のピペットの洗浄と，２回の他の試薬の移動を実施するようにプログラムされている。アビジン−ＨＲＰの持ち越しの上限を決定するために，我々は，ＣＯＢＡＳ　ＡＭＰＬＩＣＯＲシステムに，濃縮したＨＲＰ溶液をＡチューブからＤカップへとピペットで移動させ，ＴＭＢ基質をＤカップに加え，そして，再度ピペットをすすぐようにプログラムした。システムは，第二のＡチューブ内のブランク溶液についてこの手順を直ちに繰り返した。このプロトコールにより，我々は，２回のピペットのすすぎと１回の中間試薬の移動（濃縮したＨＲＰを含むＤカップ内へのＴＭＢ基質の移動）のみによって隔てられたＨＲＰピペッティング工程からブランク溶液のピペッティング工程への持ち越しを評価することができた。濃縮したＨＲＰ溶液の活性は，１：１０６希釈が，０．０５と０．１との間の吸光度を生じるように調整した。基準を提供するために，我々は，濃縮したＨＲＰ溶液の１：１０６希釈物をＤカップに手動で加え，そして，ＣＯＢＡＳ　ＡＭＰＬＩＣＯＲが，ＴＭＢ基質溶液を加えた。ＴＭＢ基質が加えられた後，Ｄカップを３７℃で１４分間インキュベートし，その吸光度を光度計で読んだ。結果（図４）は，２回のピペットのすすぎと１回の中間的な移動の工程が，１０のシステム全てにおいて，ＨＲＰ濃度を少なくとも１０６倍減少させたことを実証する。」（１９１９頁左欄１３行〜同頁右欄１６行）　
　　
（甲５−セ）　
「該装置は，Ｃ．トラコマチス（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）アンプリコン（１．０」Ａ）の複数の試料（Ａチューブあたり６つ）をＤカップに移動させた。」（１９２０頁Ｆｉｇ．６の説明）　
　　
（甲５−ソ）　 
 「考察 
　この，ＰＣＲ増幅と検出のための，完全に自動化されたシステムにおいて，装置は三つのプロセスを自動化する。それは，サンプルから取得したターゲット核酸のＰＣＲ増幅，増幅された生成物の，標的に特異的なオリゴヌクレオチドプローブへの，ハイブリダイゼーション捕捉，プローブが結合した増幅生成物の検出であり，酵素に媒介された発色であり，分光的に定量化できる発光による検出，である。全部で４８のサンプルを同時に扱うことができ，増幅と検出は，システムによって同時に実行できる。装置の動作モードには柔軟性がある。装置は，増幅と検出の反応を，シーケンシャルモード，または，パラレルモードで，実行するようプログラムできる。シーケンシャルモードは，完全な不介在を可能とする。一度システムが開始すると，結果はオペレータの介在なしに得られる。パラレルモードでは，オペレータは最初のサンプルのセットを装置に装填する。増幅が完了した後，適宜のタイミングで，オペレータはしばらく装置へ戻り，増幅されたサンプルを周囲温度保持ブロックへ移送し，第二のサンプルセットを，サーマルサイクラーへ装填する。第二のサンプルセットは，最初のサンプルセットの増幅生成物が検出されている間，増幅される。それぞれのサンプルセットの結果は，オペレータの介在なしに得られる。 
　システムは，５つの装置（サーマルサイクラー，インキュベータ，洗浄ステーション，ピペッタ，フォトメータ）を一つのユニットへと統合するものである。サーマルサイクラーモデュールが，二つのセグメントを備え，二つの異なる増幅プロファイルを同時に実行可能であるため，システムは，複数のアッセイを同時に実行可能である。パラレルモードでは，４つまでの異なる増幅プロファイルが実行可能である（二つの増幅処理のそれぞれに，二つのプロファイル）。複数アッセイを実行する場合，ユーザーは，システムを，それぞれの増幅反応から得た生成物を，適切な捕捉プローブを用いて検出するようにプログラムする。　
・・・・・　
　該システムの内部ソフトウエハは，スループットの最大化と不要な検査を最小化するために反射検査能力を提供する。」（１９２１頁右欄１〜５７行）　
　　
（甲５−タ）　
「装置の洗浄能力，そして，全体的なシステムの性能の我々の調査は，アンプリコンまたは試薬の持ち越しの証拠を見出さなかった。すなわち，ピペッティングモジュールの設計および付随するピペットチップのすすぎ処理は，各ピペッティング工程の後に，残留するＤＮＡおよび他の試薬をピペットチップから効率的に除去する。ＣＯＢＡＳ　ＡＭＰＬＩＣＯＲ検出フォーマットの全体的な洗浄効率の研究は，標準的なアッセイ条件下において，微粒子および検出カップが徹底的に洗浄されることを示した。検出精度研究からの結果は，ＣＯＢＡＳ　ＡＭＰＬＩＣＯＲ検出サブシステムの優れた再現性（３〜４％のＣＶ）を実証する；これに対し，ＡＭＰＬＩＣＯＲマイクロウエルプレート検出フォーマットは，５〜１５％のＣＶを示す（データ示さず）。一体型の増幅および検出の処理の精度に関するデータは，ＰＣＲ増幅プロセスが，システムの調節可能性に対し，検出サブシステムよりも大きく寄与していることを示唆する。」（１９２２頁左欄８〜２３行）　
　　
（甲５−チ）　
「このシステムは，実験室の構成を単純化し，工程とワークステーションを統合し，そして，手動の作業を減らす。」（１９２２頁左欄４２〜４３行）
　　
５　甲６について　 
 　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲６には，「試料の並行処理」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （甲６−ア）　 
「当該ソフトウェアは包括的なアプローチとオープン構造という戦略的なコンセプトに基づくものである。これらのコンセプトを応用することで，あらゆるコンピュータ駆動機器の実行が単純化される。」（２４３頁左欄１１〜１４行）
 　 
 （甲６−イ）　 
「このプロジェクトの主な目的は，品質と再現性を同時に改善しつつ，生産性を向上し且つコストを削減することである。この目的達成のために，多段階式の手順は，様々な状態のレベルで試料の並行処理を必要とする。これらの状況は，すべてのタスクの効率的なスケジューリングによって適切に管理される。」（２４３頁右欄３１〜３６行） 
 　 
 （甲６−ウ）　 
「ロボットに応用したスケジューリングタスクは，複数の試料が，通常，試料の使用期限及び処理手続と関連する時間的制約に反することなく，試料調製の順序又は分析手順内における複数の状態のレベルにおいて，自動化されたシステム上で同時に処理される一連の処理である。」（２４４頁左欄４８〜５３行）　 
 　 
（甲６−エ）　 
「このプロセスで得られる最大の処理量は１日当たり１５２個の試料である（３日の就業日）。この最適化された状態において，ロボットアームは９０％超の時間使用状態にあり，そして５つの異なる状態のレベルのサンプルを同時に処理する。」（２４５頁右欄３１〜３５行） 
 　 
６　甲７について　 
 　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲７には，「医療上のアナライザに使用されるインキュベータ」に関して，次の事項が記載されている。 
 　 
 （甲７−ア）「【０００１】【産業上の利用分野】この発明は医療上のアナライザに使用されるインキュベータに関するものであり，更に詳しくは，この種のインキュベータにおけるスライドエレメントの位置決めを適正に行なう技術に関するものである。」 
 　 
 （甲７−イ）「【０００９】図１においてこの発明のインキュベータを使用したアナライザ１０は通常のようにスライドエレメント“Ｅ”を予熱ステーション１４に装填するプッシャブレード１２とこのスライドエレメントをインキュベータ３０に搬送する第２のプッシャブレード１６とを有する。」
 　 
 （甲７−ウ）「【００２２】・・・患者サンプルを担持した試験エレメントＥ・・・」 
 　 
７　甲８について　 
 　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲８には，「Method and kit for destroying ability of nucleic acid to be amplified」に関して，次の事項が記載されている。 
 　 
 （甲８−ア） 
「本発明は，ＲＮＡ及びＤＮＡのいずれをも含むものであって，核酸増幅法によって増幅されるものを破壊する化学物質を使用する。」（１段６２〜６４行）　 
 　 
 （甲８−イ）　
「かかる化学物質の例として，マンガン酸カリウムの溶液，ギ酸，次亜塩素酸ナトリウムの溶液，ヒドラジン，硫酸ジメチル及び類似の化合物がある。」（２段４〜７行）　 
 　 
８　甲９について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲９には，「車輪を備えた自動免疫測定装置」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （甲９−ア）　
 「本発明は，多数の被検体（試料）を自動的かつ連続的に測定するために用いられる自動免疫測定装置に関するものである。」（１頁右欄２〜４行 ）　
　　
 （甲９−イ）第１図には，装置底部に車輪の備わった形態が記載されている。　
　　
９　甲１０について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１０には，「サンプルの同時処理」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （甲１０−ア）　
 「このワークステーションは、比較的きれいな合成化学ドメインにおけるマイクロスケール用に設計されている。・・・・・　
・・・・・並行性は，主に，半自律のハードウェアモジュールによって，ユーザーインターフェースによって，及び，スケジューラーを利用して，サンプルの同時処理を介してもたらされる。」（４７頁３〜１４行） 
　　
（甲１０−イ） 
「図２．自動化化学ワークステーション」（４９頁図２の説明１行）　
 　 
（甲１０−ウ） 
「我々は，可能な限り５つのハードウェアモジュールが同時に機能し得るように，並行して構築することに努めてきた。」（５０頁右欄５〜７行） 
 　 
１０　甲１１について　 
 　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１１には，「試料の同時処理」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （甲１１−ア）「【００３８】図７に示すように，この形態例に係る自動分析装置３０は，当該自動分析装置３０に関する種々の制御を行うＣＰＵ及びメモリ６０と，カートリッジ容器３２の装填の指示，解析結果の表示等の種々の表示を行う表示部６５と，前記カートリッジ容器情報読取手段に相当し，前記回転ステージ３０に装填されたカートリッジ容器３２の回転ステージ３０の中心に近い方の端に付されたバーコードをバーコード読取部５１で読み取って解読するバーコード読取制御部６６と，を有する。」 
 　 
 （甲１１−イ）「【００５９】処理パターンの設定は，できるだけ短い時間に沢山の処理を行うこと，即ち，処理効率を上げるように処理パターンの設定が行われる。しかも，その際できればなるべく回転ステージ３０の動作を少なくすることである。」 
 　 
 （甲１１−ウ）「【００６１】しかし，当該処理時間の大半は，インキュベーション（恒温反応）のための時間であり，その間は，ピペット装置４７は空いている状態にある。そこで，その時間を利用して他の処理を行わせることによって処理時間を短縮させることができる。」 
 　 
１１　甲１２について　 
 　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１２には，「自動化処理システム」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （甲１２−ア）「【００２０】本発明では，基本的には各モジュールが記憶したソフトウエアに基づいて情報処理機構がその装置の運用を自律的にとり行うため，各モジュールは自律的，分散的，並列的に動作する。本発明の自動化処理システムは，各モジュールを制御するためのコントローラやパソコン，ワークステーションなどの中央制御装置を必要とせず，システム全体として，自律分散処理システムとして機能する。」　
 　 
 （甲１２−イ）「【００９４】本実施例では医師の端末と試料容器が一つの場合を説明したが，それぞれ複数あってもよい。この場合，複数の医師の端末からの依頼により，複数の試料容器は，各々の処理動作を並行してそれぞれ自律的に行う。このように本システムは自律的かつ並列分散的な制御方式を有する。」　
 　 
１２　甲１３について　 
 　甲１３は，TECHNE PHC-3 THERMAL CYCLER-TECHNIに関するものであり，Pegasus　Scientific　Inc.のインターネットサイトである， 
 http://www.pegasusscientific.com/detail.cfm?autonumber=67881からダウンロードされたイメージの紙出力である。甲１３には，イメージ左上に紙出力の日付と推測される２０１１／０２／１１が記入されることから，本件特許の優先日後に頒布されたものと推認される。そして，甲１３にはTECHNE PHC-3 THERMAL CYCLERのカラー写真が記載され，写真の下に，「カテゴリー：ＰＣＲ／サーマルサイクラー」と記載されている。　
 　 
１３　甲１４について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１４には，「Methods and kits for performing nucleic acid hybridization assays」に関して，次の事項が記載されている。 
 　 
 （甲１４−ア） 
「試料溶液中に懸濁されている，選択された標的ポリヌクレオチドについて当該試料溶液を探索する方法であって，以下の工程：
（ａ）当該試料を，固定化されたポリヌクレオチドと相補的であり，且つ当該ポリヌクレオチドとハイブリダイズ可能な第一の部分を有し，且つ当該第一の部分と離れており且つ異なる第二の部分であって，当該標的ポリヌクレオチドの第一の部分と相補的であり且つハイブリダイズ可能なヌクレオチド配列を有している第二の部分，を有するメデイエーターポリヌクレオチドに曝露する工程；　
（ｂ）当該試料に対し，付随しているレポーター基を有しているプローブポリヌクレオチドであって，当該標的ポリヌクレオチドの第二の部分と相補的であり且つハイブリダイズ可能なヌクレオチド配列を有する部分を有しているプローブポリヌクレオチドを導入する工程，ここで，当該第二の部分は，当該標的ポリヌクレオチドの第一の部分と離れており且つ異なる；　
（ｃ）当該標的ポリヌクレオチドの第一の部分と，当該メデイエーターポリヌクレオチドの第二の部分とを，そして当該標的ポリヌクレオチドの第二の部分と当該プローブポリヌクレオチドの当該部分とをハイブリダイズする工程；及び　
（ｄ）当該メデイエーターポリヌクレオチドの第一の部分と，当該固定化されたポリヌクレオチドとをハイブリダイズすることにより，当該メデイエーターポリヌクレオチドを固定化する工程，　
を含んで成る，方法。」（１５段４４〜６８行）　 
 　 
１４　甲１６について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１６には，「遺伝子解析方法及び装置」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲１６−ア）　
「【０００６】　
【発明が解決しようとする課題】上記のような検出方法をはじめ、生体試料からゲノムを抽出するプロセス、及びＤＮＡ増幅の反応液の調製プロセスはこれまで手操作で行われており、大変な労力を要している。特に多数の試料を手操作で処理するには、過酷であり時には調製ミスを起こす可能性がある。またこれらのプロセスは、液体の注入、混合、分離、加温、冷却等の操作を繰り返す作業であるので煩雑であり、また再現性良く試料調製を行うには熟練を要する。さらに取り扱う生体試料には検査者に感染する恐れのあるウイルスや、環境を汚染する細菌等も含まれる為、組み換えＤＮＡ実験指針に示す法律等に従って、作業所全体を隔離したり、クリーンベンチを使用する等、取り扱い場所を限定し厳重な注意を払う必要がある。」　
　　
（甲１６−イ）　
「【００２１】（３）ハイブリダイゼイション工程
ＤＮＡ増幅工程を行った反応液に、オリゴヌクレオチドプローブ５を作用させる（ハイブリダイゼイション）。このオリゴヌクレオチドプローブ５の塩基配列は、目的とするＤＮＡ配列中の、オリゴヌクレオチドプライマー１および２の配列以外を選択し、更にこのオリゴヌクレオチドプローブ５の５’末端或いは５’末端から数塩基内側の領域に蛍光色素６が標識されたものを準備する。このオリゴヌクレオチドプローブ５の塩基長は、２０塩基以上であれば使用可能であり、好ましくは３０から５０塩基あればより確実であるが、塩基長が長鎖となれば切断されやすくなり、その取り扱いや、合成に手間が掛かるため、２０から３０塩基前後のものが適切である。」　
　　
（甲１６−ウ）　
「【００２７】・・・・・また上記分注機、上記保冷室、上記加温機、上記検出器、上記搬送機の作動空間を覆い、装置内部作業空間と装置外部空間を遮断する筐体が設けられているから、生体試料を閉じ込めた状態で処理することができるので、作業者や環境を汚染することなく遺伝子解析を行うことが出来る。」　
　　
（甲１６−エ）　
「【００４５】（２）ウイルス感染症のウイルスゲノムの検出の例　
ヒトＢ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  Ｖｉｒｕｓ：ＨＢＶ）感染による肝炎の、遺伝子検出方法に関する文献に蛋白質  核酸  酵素，３５巻，１７号：（１９９０），３００３頁〜３０１０頁がある。これによると、ＨＢＶゲノムは約３，２００塩基対の２本鎖ＤＮＡであり、既に全塩基配列が決定されている。我々は上記の報告に従って、本発明を用いて以下の方法によりＨＢＶゲノムの検出を行った。ＨＢＶはＤＮＡウイルスであるので、生体試料からの遺伝子抽出は１．の方法に従って１００μｌの血液より抽出したＤＮＡを約０．５μｇ用いた。ＰＣＲ増幅により増幅させる遺伝子領域は、ＨＢｓ抗原中の遺伝子の４３２ｂｐであり、この領域の遺伝子部位は変異が少なく、良く保存されている領域である。この領域の両端にそれぞれ相補的なオリゴヌクレオチドプライマー（プライマ３とプライマ４）をＤＮＡ合成機により合成した。プライマの配列を以下に示す。　
【００４６】プライマ３  ５’−ＧＧＡＣＴＴＣＴＣＴＣＡＡＴＴＴＴＣＴＡＧＧＧ−３’　
プライマ４  ５’−ＣＡＡＡＴＧＧＣＡＣＴＡＧＴＡＡＡＣＴＧＡＧＣ−３’　
次いで前記の方法に従って、プライマ３及びプライマ４をビオチンを標識した。　
ＰＣＲ反応液の組成は５０μｌ中　
１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｍａｒｋ）　
５０ｍＭ  ＫＣｌ（和光純薬）　
１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2（和光純薬）　
０．１％  ゼラチン（ｓｉｇｍａ）　
５０ｐｍｏｌ  プライマ３　
５ｐｍｏｌ  プライマ４　
０．２５ｍＭ  ｄＡＴＰ，ｄＣＴＰ，ｄＧＴＰ，ｄＴＴＰ（Ｔａｋａｒａ）
２．５ｕｎｉｔ  Ｔａｑ  ｐｌｙｍｅｒａｓｅ（Ｃｅｔｕｓ）　
この反応液を、加温機にて以下の条件で加温した。　
【００４７】９５℃×１分、（９５℃×１．５分、５７℃×１分、７２℃×２分）×４０サイクル　
この反応液を４℃に保存した。次いでプライマ３とプライマ４に挾まれた領域のハイブリダイゼイションプローブ（プローブ２）を混入した。プローブ２の塩基配列を示す。　
【００４８】プローブ２  −ＴＣＣＴＣＴＴＣＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＧＣＣＴＣＡＴＣＴ−３’　
このプローブ２の５’にＦＩＴＣを付加したものを準備した。保存したＰＣＲ反応液にプローブ２を５ｐｍｏｌ混入し、ハイブリダイゼイション工程を行った。ハイブリダイゼイション工程の手順を以下に示す。　
【００４９】ＰＣＲ反応液５０μｌ　
１ｐｍｏｌ／１０μｌ    プローブ２　
これらを９５℃に３分間保温し、次いで３７℃で１０分間保温し、次いで４℃に保温した。次いで精製工程を次の手順で行った。　
【００５０】ハイブリダイゼイション済反応液  ６０μｌ　
精製洗浄液１００μｌ（１０μｇ  磁気ビーズ  Ｍ−２８０  ストレプトアビジン（ダイナル））　
以上を分注機で注入、混合後、１０分間室温で保持し、次いで分注機の容器保持台に内蔵された磁石を作用させ、ビオチン標識されたオリゴヌクレオチドプライマーを凝集した。次いで分注機を動作させ、混合後反応液全量を吸引した。ついで、ＴＥバッファに溶解し、検出器にて検出を行った。検出器に容器１を搬送し、オリゴヌクレオチドプローブに標識したＦＩＴＣの蛍光光５１８ｎｍの蛍光強度を測定した。　
【００５１】検出結果を図７に示す。このうち肝炎患者から抽出した試料１及び３は、非患者である試料２及び４の蛍光度よりも高い値を示した。（１）の検出結果の判定方法と同様に、このプロセスの判定基準値を測定により求め、１，０００を基準値とし、プログラムした。よって図７中の判定項目に、試料Ｎｏ．１、Ｎｏ．３は陽性を示し、Ｎｏ．２，Ｎｏ．４は陰性を示し、同様に他の試料についても判定することが出来た。」　
　　
（甲１６−オ）　
「【００６２】次いで搬送機２０の詳細な構成を、図１２を用いて説明する。本搬送機はモータ７１、モータ間のアーム６０、ハンド部６１からなる自動制御機械であり、自動組立てライン等で用いられるごく一般的なロボットアームである。この先端に設けられたハンド部７３はチャック部７４を介して容器１２を保持し、持ち上げ、移動後、容器を置くことが出来る。これらはコントローラ２１に指令により動作し、容器１２を分注機１５、加温機１６、保冷室１７、検出器１９のそれぞれの間を最短距離でそれぞれへ搬送することが出来る。」　
　　
１５　甲１７について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１７には，「Kinetic PCR Analysis:Real-time Monitoring of DNA Amplification Reaction」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲１７−ア）　
「この検出は、いったん増幅が始められるとチューブを開ける必要がないという点で、「均質」である。これにより、必要な労働量が減らされ、プロセスは簡単になり、ＰＣＲ産物が後の反応へと『キャリーオーバー』混入するリスクが減少する。」（１０２９頁左欄３８〜４２行）　
　　
（甲１７−イ）　
「キャップを使用しなかった場合，ミネラルオイル又はAmpliwaxTM(Perkin-Elmer, Norwalk, CT)が蒸発の障壁として使用された。」（１０３０頁左欄６２〜６４行）　
　　
１６　甲１８について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１８には，「Automated DNA Diagnostics Using an ELISA-Based Oligonucletide Litigate Assay」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲１８−ア）　
「ロボット式ワークステーション．　マルチピペットツールとマルチバルクツールとを備えたＢｉｏｍｅｋ　１０００ワークステーション（Ｂｅｃｋｍａｎ）を使用して、すべてのピペット操作手順、吸引手順、および洗浄手順を実施した。このワークステーションは、ＥＬＩＳＡの間に洗浄液を交換するように、ソレノイドで変更されている。サンプル処理用のすべての試薬は、滅菌９６ミニチューブカセット中に保存した。」（８９２３頁右欄１４〜２０行）　
　　
（甲１８−イ）　
「図１．　ロボット式ワークステーションを用いて実施した自動化ＰＣＲ／ＯＬＡ手順における工程の模式図。このアッセイは、以下の３つの工程を含む：１，ＤＮＡ標的増幅；２，ビオチン（Ｂ）標識およびジゴキシゲニン（Ｄ）標識オリゴヌクレオチドプローブならびにＴ４ＤＮＡリガーゼ（Ｌ）を用いた標的ヌクレオチド配列の分析；３，ストレプトアビジン（ＳＡ）コートしたマイクロタイターウエル上でのビオチン（Ｂ）標識プローブの捕捉、ならびにアルカリホスファターゼ（ＡＰ）結合体化抗ジゴキシゲニン（αＤ）抗体および基質（Ｓ）を用いるＥＬＩＳＡ手順を使用することによる共有結合したジゴキシゲニン（Ｄ）の分析。」（８９２４頁右欄図１の説明）　
　　
（甲１８−ウ）　
「本アッセイのステップは自動化可能であり，これにより退屈で単調なプロセスにおいて人間が介在する必要性（及びミスの可能性）を排除することができる。自動化により，ハイスループットが可能である。現在、著者らは、１人の操作者とロボット式ワークステーションとにより、１日当たり１２００の連結反応を処理し得る。」（８９２６頁右欄５〜１０行）　
　　
１７　甲１９について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲１９には，「Automated techniques in biotechnology」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲１９−ア）　
「異なるＰＣＲ反応手順を実施するようにプログラムで制御可能なサーモサイクラーが広く使用されるようになっている。プログラムで制御可能なロボットも使用されており，これにより複数組のＰＣＲチューブを異なる複数の温度ステーションに運搬することができる。ＰＣＲの自動化は以下のように二方向で進化している。１つは，特有のピペッティング装置の開発であり，これによりデリケートな液体の処理が実施可能になり，以前の反応に由来する増幅したＤＮＡにより新たな反応混合物が汚染するのを防ぐことができる。次は，反応条件及び容器の縮小化である。長方形のシリコンチップの特定の領域をエッチングすることで，５μｌ〜１０μｌのＰＣＲ試薬を保持することができるマイクロチャンバーが構築されている［１５］。装置を微小化した場合，マイクロスケールのＰＣＲは自動化にとってより魅力的なものとなるであろう［１６］。」（１１４頁左欄５１行〜同頁右欄１３行）　
　　
１８　甲２０について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２０には，「ＰＣＲの自動化によるキャリーオーバーコンタミネーションの減少」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （甲２０−ア） 
 「我々は，２１ヶ月にわたり手作業で実施されたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースのＤＮＡ解析実験と，Ｚｙｍａｒｋロボットシステムにより実施された２５ヶ月の自動ＰＣＲとを性能比較した。ＰＣＲ技術の自動化は，キャリーオーバーコンタミネーションを報告する実験数の６倍の減少をもらたし，そして，全反応間の全コンタミネーション率を６８倍減少させた。手作業による実験における混入の発生は、研究間隔の間全体にわたり一様に分散し、実験室職員の経験不足と相関した。」（１８１頁左欄１〜１０行）
　　
（甲２０−イ）　
「ＰＣＲ実験は，Ｚｙｍａｔｅ　ＩＩロボットシステム（Ｚｙｍａｒｋ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｈｏｐｋｉｎｔｏｎ，ＭＡ，ＵＳＡ）を用いて自動化した（Ｓｕｔｔｏｎら，１９９３；ＳｕｔｔｏｎおよびＷｉｌｋｅ，１９９５）。ＤＮＡ抽出は、このロボットシステムと同じ実験室において手作業で実施した。ロボット自動化試薬アセンブリ（プライマー、緩衝液、ＭｇＣｌ２、デオキシヌクレオチド三リン酸、およびＴｈｅｒｍｕｓ　ａｑｕａｔｉｃｕｓ　ＤＮＡポリメラーゼＩ）、サンプルローディング、ＰＣＴ−１００　９６ウエルＵ底およびＶ底サーマルサイクラー（ＭＪ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｗａｔｅｒｔｏｗｎ，ＭＡ，ＵＳＡ），および増幅したＤＮＡと電気泳動用緩衝液との混合．これはすべて、鋼カニューレを取り付けたＨａｍｉｌｔｏｎシリンジを備えたロボット式ハンドと、滅菌しておらず濾過していない使い捨て可能なピペットチップを使用する８チャネル式空気置換ピペットハンドとを使用して達成した。アンプリコンとローディング緩衝液との混合はこのロボットによって慣用的に実施したが、ゲルのうちの約７５％は、手作業による実験と同じ実験室において実施した。他の２５％は、このロボットを配置したのと同じ実験室おいて実施した。このＤＮＡ分析実験のすべての段階は同じロボット実験室において実施したが、手作業によるＤＮＡ抽出およびゲル電気泳動は、各々、その施設の専用の場所に委託した。」（１８３頁左欄２５行〜同頁右欄１５行）　
　　
１９　甲２１について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２１には，「ＰＣＲベースのＤＮＡ解析における自動化」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２１−ア）　
「更に，コンタミネーションを防ぎ，且つ既存のコンタミネーション問題を是正するのに役立つ複数の物理的及び化学的方法が開発されている（６−１１）。自動化はＰＣＲベースのＤＮＡ診断の信頼性を改善するための別の手段であり（１２），そしてＫｏｄａｋ（１３）とＲｏｃｈｅはそれぞれ自動化ＰＣＲ装置を開発している。」（６２２頁左欄１２〜１９行）  
　　
２０　甲２２について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２２には，「核酸配列増幅方法，組成物及びキットNucleic acid sequence amplification method, composition and kit」に関して，次の事項が記載されている。 
 　 
（甲２２−ア）　
「図１を用いて説明すると、本発明は、ＲＮＡ又はＤＮＡである核酸標的配列（２）を，プロモーター６及びプライマー８を有するプロモーター−プライマープロモーター（６）及びプライマー（８）を有するプロモーター−プライマーを含んで成るオリゴヌクレオチドで処理することを含んで成る方法を特徴としており，ここで，プライマー（８）は，前記標的配列の３’末端（９）又はその付近で複合化できる程度当該標的配列の３’末端（９）部分と十分相補的である。プロモーター−プライマー（４）は，僅かに一本の核酸配列から実質的に成り，増幅を達成するのにその他のプロモーター−プライマーを反応混合物に導入する必要はない。」（９欄６１行〜１０欄４行）
　　
２１　甲２３について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２３には，「マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種の核酸増幅および検出」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２３−ア）　
「転写媒介増幅又は転写付随増幅とは，ＲＮＡポリメラーゼを使用して核酸の鋳型から多数のＲＮＡ転写物を生成するあるゆる種類の核酸増幅を意味する。」（８頁５〜７行）　
　　
２２　甲２４について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２４には，「アフィニティー検定用増幅を伴う標的およびバックグラウンド捕獲法」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２４−ア）　
「実施例  5.　
  本実施例では標的DNAの非特異的複製およびそのDNAの転写の両方が捕獲された標的DNAの増幅に使用されている。　
  第５図を参照すると、変性された試料DNAは上記に述べたように捕獲され、DNAポリメラーゼ酵素（例えば、クレノウ（Klenow）断片；ヨーロ・ジエイ・バイオケム（Dur.J.Biochem.）（1974）45:623、ニユー・イングランド・バイオラボス（New England Biolabs）より入手可能）、ランダムオリゴヘキサマープライマー（即ち、ヘキサマーはヘキサマー中の各ヌクレオチド位置において無秩序に選択された塩基を含むように調製されている）およびデオキシヌクレオチド三リン酸が追加の２重鎖DNAを作るために標的DNAを複製を引き起こすように適当な緩衝液に添加される。適当なオリゴヘキサマープライマーはフアルマシア・インク（Pharmacia,Inc）（ピスコタウエイ（Piscotaway）、NJ）から入手可能であり、カタログ番号27−2166に記載されている。適当なデオキシヌクレオチド三リン酸／緩衝液は次の組成を有している：　
66mM  グリシンNaOH緩衝液、pH9.2　
6mM   MgCl2　
1mM   ２−メルカプトエタノール　
30mM  各dCTP、dGTP、dTTP、dATP　
  プライマーは特定の配列ではないので、単に統計的問題としてそれらのあるものは、配列に拘わりなく試料配列に結合してその複製を引き起こす。（別法として、二重鎖DNAを捕獲プローブαから開始される合成により形成することができる。）シグマサブユニツトを欠落するRNAポリメラーゼがヌクレオチド三リン酸及び低塩濃度転写緩衝液と共に添加される。標的DNA（数が増加している）からの転写はそのDNAの多くのRNAコピーを生産する。RNA転写物は実施例４のようにして捕獲され検出される。　
実施例  6.　
  本実施例では、標的DNAがDNAポリメラーゼを用いて複製される。　
  第６図を参照すると、試料DNAは変性され、小さくされ、実施例４および５で述べられたようにして捕獲される。DNAポリメラーゼ、例えば、クレノウ断片、およびデオキシヌクレオチド三リン酸ランダムヘキサマーオリゴヌクレオチドと共に適当な緩衝液に添加して、非特異的二重鎖DNA合成を行わせた。インビトロで合成されたDNA生成物は加熱処理（例えば、100℃で３分間）またはそれと同じ効果を持つ処理によつて一重鎖DNAにされ、そして新たなDNAポリメラーゼが加熱処理によつて失活したものの代わりに添加される。そして更に、インビトロDNA複製が起こされる。加熱処理およびポリメリゼーシヨン反応が、標的DNAのレベルが約1000倍になるまで約10回繰り返される。複製されたDNAはインビトロで加熱もしくはアルカリによつて変性され、そして捕獲され上記に述べたようにして検出される。」（２８頁右下欄１８行〜２９頁左下欄１５行）　
　　
２３　甲２５について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２５の２７８０頁のＦＩＧ．１には，自動化されたCOBAS AMPLICOR PCRシステムのカラー写真が記載され，この図には，システムが蓋を伴った内蔵型ユニットとして構成された形態が記載されている。　
　　
２４　甲２６について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２６には，「マイクロプレート」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２６−ア）　
　図３はマイクロプレートの底面図および縦断面図であり，図４はマイクロプレートの斜視図である。
　　
２５　甲２７について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２７には，「ＰＣＲ」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２７−ア）　
「ミネラルオイル．ＰＣＲを覆うライトミネラルオイルの層は、反応チューブの蓋を加熱しないサーマルサイクラーにおいて蒸発を防ぐために必要である。通常、５０〜６０μｌのオイルが１００μｌのＰＣＲに添加され、そしてその量はＰＣＲの効率ばらつきを防ぐために標準化されるべきである。当該ばらつきはサーマルプロファイルを変更する過剰なオイルにより生じることがある。当該オイルはまた、サンプル間の汚染を防ぐのに寄与する。サーマルサイクラーの蓋が加熱される場合（例えば、P.E. Applied Biosystems 社製サーマルサイクラーGeneAmp 2400 又は9600; MJ Research 社製DNA engenes ; Techne 社製 Cyclogen 又はGene E）、反応液を油で重層する必要はない。ミネラルオイルの代替手段としてシリコンオイルを使用することもできる[１３]。当該オイルはPCR後にピペットで簡単に除去することができ、あるいはクロロホルムによる抽出で除去することができる。あるいは、ピペットチップを油層から挿入して水槽（PCR）のアリコートを分析のために除去することができる。」（２７頁６〜２０行）　
　　
２６　甲２８について　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲２８には，「サイクル　シークエンシング」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（甲２８−ア）　
「ＰＲＯＴＯＣＯＬ（Taq DNAポリメラーゼ用）　
１．　３μｌの適当なｄｄＮＴＰを４つのターミネーションチューブのそれぞれに添加する。当該チューブに蓋をし、そして氷上で保持する。　
２．　各DNAの鋳型について、氷上で以下の反応成分を組み合わせ、ピペットで穏やかに、しなしながら徹底的に混合する：　
　鋳型　
　プライマー（２〜５ピコモル；１０〜２５ナノグラムの１７量体）　
　４μｌの１０倍シークエンスバッファー　
　１０μＣｉ［α−３２Ｐ］ｄＡＴＰ、又は［α−３２Ｓ］ｄＡＴＰ（標識プライマーが使用されている場合には不要）　
　２〜５ユニットのＴａｑ　ＤＮＡポリメラーゼ　
　最終的な体積が３０μｌにするための水　
３．　ステップ２由来の７μｌの反応混合物を、ステップ２由来の４つのターミネーションチューブのそれぞれに等分して添加する。　
４．　必要に応じて反応溶液に１５μｌのシリコンオイル又はミネラルオイルを重層する。　
５．最適なサイクリングパラメータは使用する鋳型、プライマー及びサーマルサイクラーによって変動する。有用な出発時のプロファイルを以下に示す：　
　以下の工程を３０サイクル　
　９５℃で３０秒間　
　６０℃で３０秒間　
　７２℃で６０秒間　
６．　５μｌの以下の停止用色素を油層に添加し、そしてピペッティングにより混合する。　
７．　８０℃以上で２〜５分間試料を熱変性させ、直ちに配列決定用のゲルに１〜３μｌ添加する。」（Ｓ１１０頁１３行〜Ｓ１１１頁３行）　
　　
２７　甲２９について　
　請求人が作成した資料であって，甲２記載装置構成において，分離工程と増幅工程とが同時に実施された場合，１日の処理能力が２１１２サンプルであり，分離工程と増幅工程を連続して実施された場合，１日の処理能力が７６８サンプルであることを示している。　
　　
２８　甲３０について　
　甲３０は，核酸増幅検査（ＮＡＴ検査）システムである「タイグリスＴＭＤＴＳシステム」および「Ａｓ−１０００増幅検出機／Ｐｓ−１０００分離機」に関するものであり，富士レビオ（株）のインターネットサイトから，平成２４年９月２１日にダウンロードし，紙出力したものであり，次の事項が記載されている。　
　　
（甲３０−ア）　
　タイグリスＴＭ，すなわち，ＴＩＧＲＩＳ（登録商標）が「ＴＭＡ法核酸増幅」を実施するものである。　
　　
２９　甲３１について　
　１９９８年の著作権表示があるものの，頒布日が不明の刊行物である甲３１には，「サイクルシークエンシング」に関して，図１−３には次の事項が記載されている。　
　　
（甲３１−ア）
　サイクルシークエンシングにおいても鋳型（すなわち標的配列）に対応する配列が繰り返し生成される。
　　
３０　乙１〜３について　 
　乙１〜３は甲２〜４と同一の書証である。 
　　
３１　乙４について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である乙４には，「ＰＣＲにおける汚染管理のために，増幅の前後で作業領域および物質の物理的分離を行うこと」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
（乙４−ア） 
「競合的ＲＴ　ＰＣＲのための汚染管理は，良好かつ基本的なＰＣＲに関する実験上の衛生法を課すものであり，これは，指向性のワークフローとともに，増幅前と増幅後の段階について作業領域および物質の物理的な分離を含む。検体の相互汚染の可能性を最小限にするためには，実行可能な場合には，研究室へのアクセスの制限と，操作者の徹底的な訓練もまた，ポジティブディスプレースメント式ピペットおよびエアゾール耐性ピペットチップの使用とともに重要である。」（２１０頁１１〜１７行） 
 　 
３２　乙５について　 
　本件特許の優先日前に頒布されたものである乙５は，「ＰＣＲ前後における作業領域の分離」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（乙５−ア） 
「ＰＣＲ前およびＰＣＲ後の作業について，専用のピペッター，プラグつきピペットチップおよび分離した作業領域が指定されるべきである。」（４頁下から２〜１行）　
　　
３３　乙６について　
　乙６は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許の優先日の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。 
　乙６は頒布された刊行物であるが，その頒布日については，「1998 Humana Press Inc.」と記載されるのみであり，本件特許の優先日前に頒布されたものであるのか不明である。　
　乙６には，「汚染回避のためのＰＣＲ関連操作の物理的分離」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
（乙６−ア） 
 「高感度はまた，その主たる弱点，すなわち，その外因的な汚染に起因して偽陽性の結果を生じる傾向もＰＣＲに与える（１，２）。それゆえ，汚染の回避は，ＰＣＲ実験室，特に，診断情報を生成することに関係するものを設置する際の，一つの最も重要な考慮の対象である。」（１１頁３〜７行）
　　
（乙６−イ） 
「３．汚染回避の原理　
　多くの問題と同様に，回避は矯正よりも望ましい；そして，ＰＣＲ汚染も例外でない。ＰＣＲにおける汚染回避の主要な原理は以下のとおりである：
　１．個々のＰＣＲ関連操作の厳密な物理的分離：我々は，試料調製段階，ＰＣＲ準備段階およびＰＣＲ後段階について３つの別々の領域を使用することを推奨する。これは，機器と同じ程度に，実験手順の遂行にも当てはまる。すなわち，設備のあらゆる物品は，いかに小さいものであっても，各領域に制限されるべきである。これは，実験ノートにも当てはまり，実験ノートは，異なる領域間で持ち運んで込んではならない。物品の移動が必須である場合，その方向は，ＰＣＲ前領域からＰＣＲ後領域となるべきであり，逆はあってはならない。　
　　　ａ．試料調製領域：この領域は，ＤＮＡおよびＲＮＡの抽出などの試料物質の処理のためのものである。ＰＣＲ産物は，常に，この領域に入ることを許されない。ピペッティングの器具および実験着を含む専用の器具および試薬が，もっぱら試料調製の目的のために保持されるべきである。手袋は常に着用され，頻繁に交換されるべきである。一般に，試料の処理が単純であればあるほど，汚染が導入される機会がより少なくなる。専用の保存設備，例えば，フリーザーが，試料調製だけのために利用可能であるべきである。　
　　　ｂ．ＰＣＲ準備領域：ＰＣＲ反応の準備は，層流フード内で実施されることが推奨される。フードの境界を定められた領域は，その領域の清潔の維持を容易にする。専用の器具および保存設備がＰＣＲ準備領域の近くに利用可能であるべきである。試料をＰＣＲ試薬に加えるための別の領域が利用可能であるべきである。ＤＮＡまたはＲＮＡ試料は，けっして，ＰＣＲ準備フードの内側に入れてはならない。　
　　　ｃ．ＰＣＲ機器：ＰＣＲ機器の位置は，厳密な増幅の要件に依存する。一ラウンドのＰＣＲをともない，個々のＰＣＲチューブが，分析の前に試薬の添加もしくはサンプリングのために開かれる必要のないＰＣＲの用途については，ＰＣＲ機器は，ＰＣＲ後領域（ｄを参照のこと）に配置され得る。しかし，ＰＣＲチューブが開かれる必要がある用途（例えば，ネスト化ＰＣＲまたは手動によるホットスタート）については，ＰＣＲ機器は，試料調製，ＰＣＲ準備およびＰＣＲ後領域とは別の第４の隔離された領域に配置されるべきである。ネスト化ＰＣＲまたは手動によるホットスタートが必要とされる場合，専用のピペットセットがこの目的に割り当てられるべきである。　
　　　ｄ．ＰＣＲ後領域：これは，電気泳動，制限酵素分析およびサザンブロッティングを含むＰＣＲ産物の分析のために確保される領域である。ＰＣＲ後領域からの物品は，上述した他の領域へと戻すことは許されない。これは，ノートやペンといった物品を含むことに留意することが重要である。」（１２頁１〜３７行）　
 　 
３４　乙７について　 
 　乙７は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許の優先日の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。 
 　乙７は，１９９８年８月１日，すなわち本件特許の優先日後に頒布された刊行物である。　
 　乙７には，「汚染防止のためにＰＣＲ反応と試料調製とを別の部屋で行うこと」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
 （乙７−ア）　
 「試料の相互汚染を防止するために厳密な予防措置を使用し，そして，ＲＮＡ抽出ならびにＰＣＲ増幅の段階において，ネガディブコントロールを含めた４７。増幅したｃＤＮＡ配列の持ち越しを防ぐために，我々は，ＰＣＲ反応を実施した部屋とは別の専用の部屋において我々の試料を調製した。　
　バイオセイフティーフード内でＵＶ殺菌灯を使用して，露出された表面上に残るＤＮＡを迅速に傷め，その後の増幅に不適当なものとした。備品およびピペッティング装置の別のセットを，試料の調製用，反応の準備用の専用とした。脱イオン水，バッファー溶液，使い捨てピペットチップおよび遠心チューブをオートクレープした。我々は，試薬をアリコートに分けて，必要とされる繰り返しのサンプリング回数を最小限にした。ＰＣＲ反応において用いた全ての試薬を，ＰＣＲ増幅産物が存在しない領域において調製，分割および保存した。同様に，増幅に使用したオリゴヌクレオチドを，ＰＣＲ産物を含まない環境中で合成および精製した。ＰＣＲ反応に関与する個人は，手袋の装着と，手袋を頻繁に交換することを要求された。ピペッティング装置のバレルは，試料ＲＮＡを含むエアゾールで汚染され，試料の相互汚染につながり得る。これを防ぐために，我々は，エアゾール耐性チップを備えたピペットを使用した。我々は，試薬を，アリコートに分ける前に混合した。全てのＰＣＲ試薬は，「予備混合物」へと組み合わせ，これを次いで，ＲＮＡ／ｃＤＮＡを含む反応チューブ内にピペットで入れた。予め混合したｄＮＴＰ，プライマー，バッファーおよび酵素などの非試料成分は，試料ｃＤＮＡより前に反応チューブに加えた（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏ−Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）。」（８１１頁右欄４６行〜８１２頁左欄６行）  
 　 
３５　乙８について　 
　乙８は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許の優先日の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。 
 　乙８は，１９９８年１２月２３日，すなわち本件特許の優先日後に頒布された刊行物である。　
　乙８には，「汚染防止のために，鋳型調製，試薬調製，ＰＣＲサイクリングのために専用領域を定めること」に関して，次の事項が記載されている。
 　 
 （乙８−ア） 
 「最適化の手順　
・・・・・　
６．サンプル準備領域。明らかに鋳型の調製，試薬の調製およびＰＣＲサイクリングのために別々の部屋を維持するために利用可能な適切な研究室の面積を有することが望ましいが，これは，より小さい研究室において常に可能というわけではない。代わりに，アンプリコン汚染（ＰＣＲ持ち越し）という特有の危険性を最小限にするために，研究室内で，少なくとも，鋳型のみが扱われる領域，ならびに，試薬の調製およびＰＣＲサイクリング専用の領域を定めることが最善である。さらに，研究者は，どのチューブを，そして，どの方法に各領域内へと移動させるかを大いに認識すべきである。一般に，もっぱらＰＣＲ関連物品の調製および取り扱いに関連する３つの領域が指定されるべきである。物質の移動または流れは，常に，最も清浄または最も高度に純化された物質を用いる領域（試薬の調整）から，純度が劣る領域（鋳型の調整），最も純度の低いまたは最も汚い物質を含む最終領域（生成物の分析のための，サーマルサイクラーおよびゲルの箱／プレートリーダーの場所）であるべきである。図１のフローチャートに示唆されるようなＰＣＲに関連する試料成分の一定方向の動きは，おそらく，持ち越し汚染の発生率を最小限にする。研究者は，十分に，遠心分離機，マイクロピペッター，そして，さらには実験着などの設備が，その指定された領域から出ることがないように忠告を受ける。ＰＣＲ技術のこの局面に対して慎重に注意を払わなければ，ＤＮＡおよびＲＮＡの両方の鋳型について，おそらく，遅かれ早かれがっかりさせる汚染の問題が生じるだろう。」（３０５頁２７行〜３０７頁１２行） 
 　 
３６　乙９について　 
 　乙９は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許の優先日の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。 
 　乙９は，１９９９年，すなわち本件特許の優先日後に頒布された刊行物である。　
 　乙９には，「汚染回避のために，試料調製，ＰＣＲ反応準備，ＰＣＲ後分析のために別々の部屋を使用すること」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
（乙９−ア）　
「ＰＣＲ品質管理　汚染を回避するために，ＰＣＲを実施する際，厳重な手順を採用した。試料の調製と，ＰＣＲ反応の準備と，反応生成物のＰＣＲ後分析のために別々の部屋を使用した。反応を準備する際には，全ての段階においてフィルターチップを用い，そして，試料を反応混合物に加えるためにポジティブディスプレースメント式チップを使用した。」（３１８頁右欄４２〜４９行） 
 　 
３７　乙１０について　 
　乙１０は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許の優先日の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。 
　乙１０は，１９９８年１０月，すなわち本件特許の優先日後に頒布された刊行物である。　
　乙１０には，「持ち越し汚染を回避するために，試料調製，ＰＣＲ前準備，サーマルサイクリング，ＰＣＲ後処理を別々の部屋で行うこと」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
 （乙１０−ア） 
「敗血症の直接的診断のためのネスト化ＰＣＲプロトコールの応用。確率されたネスト化ＰＣＲプロトコールは，上述のような微調整のいくつかの工程の後に，最終的に臨床症例を診断するために使用した。偽陽性および持ち越しによる汚染を最小限にするために，試料の調製，ＰＣＲ前の準備，サーマルサイクリングおよびＰＣＲ後の処理は，標準的なプロトコール（６）によって推奨されるように，別々の道具を用いて別々の部屋で行った。処理の各工程において，エアゾール耐性チップ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ　Ｍａｎｎｈｅｉｍ）を使用した。偽陽性は，各工程においてネガティブコントロールを用いることにより厳密に排除した。」（２８９０頁左欄１１〜２０行） 
 　 
３８　乙１１について　 
　乙１１は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許の優先日の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出した刊行物である。 
　乙１１には，「Copyright 1997 Eaton Publishing」と記載されており，本件特許の優先日前に頒布されたものと推認される。　
　乙１１には，「相互汚染を回避するために，検体調製，アッセイ準備，分析のために別々の部屋を使用すること」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
（乙１１−ア） 
「現在，手動による核酸増幅アッセイもまた，増幅反応の最終生成物による検体の相互汚染の影響を受けやすく，これは，ＰＣＲのユーザを悩ませている問題である。核酸増幅アッセイの申し分のない感度は，１０１４分子もの最終生成物を含み得る増幅反応混合物からの最終生成物の２〜３の分子だけが偽陽性の結果を生じ得るという信頼性であり得る。人件費を削減することに加え，密閉された使い捨ての反応パックを使用する完全な自動化核酸増幅機器は，相互汚染の可能性をほぼ排除するはずである。密閉された反応パックがない場合，増幅アッセイは，専用の設備と，検体の調製，アッセイの準備および分析のための別々の部屋の使用を必要とし得る。」（１１０頁２８〜３８行） 
 　 
３９　乙１２の１について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である乙１２の１は，出願手続において，平成１８年１２月４日付け拒絶理由通知の中で引用文献１として引用された文献である。　
 　 
４０　乙１２の２について　 
　２０００年１月１８日，すなわち本件特許の優先日後に頒布された刊行物である乙１２の２は，上記乙１２の１の国内公表公報である。 
 　 
４１　乙１３について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である乙１３には，「持ち越し汚染防止のために，ＮＡＳＢＡ活動（核酸単離，増幅設定，および増幅産物の生成）に対し物理的分離を行うこと」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（乙１３−ア）　
「この１チューブ定量式（Ｑ）−ＮＡＳＢＡは，定量ごとに１回の増幅のみを使用し，そして，核酸の実際の単離の前に，溶解バッファー内の臨床試料に，内部標準を加えることを可能にする。」（Ｓ１７７頁１９〜２２行） 
　　
（乙１３−イ）　
「われわれの研究室では，ＮＡＳＢＡ活動（核酸単離，増幅設定，および増幅産物の生成）に対する物理的分離を行って，持ち越し汚染を防止してきている。物理的分離は，異なる研究室を利用すること，あるいは換気フードまたはフローキャビネットを使用することによって達成している。各々の指定領域には，自分用のセットの研究用装備（ピペット）が備わり，領域の間の移動を最小限にする。」（Ｓ１７８頁３６〜４１行） 
　　
（乙１３−ウ） 
 「すべての増幅方法について存在する汚染に関する問題は，単純に，異なるＮＡＳＢＡ活動を物理的に分離することによって対処することができる（材料および方法を参照のこと）。」（Ｓ１８３頁２６〜２８行） 
 　 
４２　乙１４について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である乙１４には，「アナライザ−において，密閉された使い捨てパックを使用すること」に関して，次の事項が記載されている。　
　　
（乙１４−ア）　
「このアナライザ−（ＧａｌｉｌｅｏＴＭ）は，密閉された使い捨てパックにおいてこれらのタスクを実施し，７時間ごとに１０サンプルのスループットを１回行い，最初の結果までは３時間である。」（３６０頁左欄１２〜１５行） 
 　 
４３　乙１５について　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である乙１５には，「増幅および検出アッセイにおいてパウチを使用すること」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
（乙１５−ア） 
 「この機器は，依然として，一度に８個のパウチを収容する。」（１９３２頁左欄１２〜１３行） 
　　
（乙１５−イ） 
 「全体的な増幅および検出アッセイの時間は，約１時間まで低減されている。代表的には，４０サイクルのＰＣＲが，９５℃にて１５秒間および６８℃にて３０秒間からなるサーマルプロフィール（傾斜あり，これには，１サイクルにつき約６５秒を要する）で実行される。検出処理は，実施に約１５分を要する。パウチが機器上に装填された後，システムは完全に操作者から独立するように設計され，そして，結果は，紙テープ上に出力される。」（１９３２頁左欄１９〜２６行） 
 　 
４４　乙１６について　 
　乙１６は甲５と同一の書証である。　
　　
４５　乙１７について　 
　乙１７は頒布された刊行物であるが，その頒布日については，「1998 Humana Press Inc.」と記載されるのみであり，本件特許の優先日前に頒布されたものであるのか不明である。　
 　乙１７には，「相互汚染回避のために，ＰＣＲ前後の作業領域を物理的に分離すること」に関して，次の事項が記載されている。　
 　 
（乙１７−ア） 
「１　臨床微生物学における核酸増幅の応用　　Ｇｏｒｍ　Ｌｉｓｂｙ」（目次　vii頁） 
　　
（乙１７−イ） 
「２．４．２偽陽性の結果　
・・・・・　
　汚染は，過去にＰＣＲ技術の主要な問題と考えられていたが（３１，３２），この問題は，この技術の特別な要求に応じた職員の厳しい訓練とＰＣＲ実験室を設計（下記の見出し４．１を参照のこと），そして，市販のＰＣＲキットに既に包含されている持ち越し防止システムの適用によって最小限度に抑えられ得る。」（６頁１〜１３行）　
 　 
（乙１７−ウ） 
 「４．１　実験室の設計および職員の訓練　
・・・・・　
　相互汚染の回避における必須の要素は，ＰＣＲ前とＰＣＲ後の作業領域を，物理的に分離（理想的には，２つの別々の建物に）することである。慣用的な臨床実験室において，これは実用的ではないが，社内ＰＣＲ（または，ＬＣＲおよび／もしくは３ＳＲ技術の社内変法，ｂＤＮＡ技術は該当しない，下記の見出し５．１〜５．３を参照のこと）を実施するＰＣＲ実験室についての「ゴールドスタンダード」（レベル３）を考慮すべきである：一定方向のワークフロー（実験室１から４）で，かつ，個別に気流がひけない場合には一定方向の気流（１６３）を持つ，４つの別々の部屋（図２）。各部屋は，少なくとも２つのドアによって他の部屋のいずれからも分離されるべきであり，可能であれば，実験室１，２および３では正の気圧が達成されるべきである。」（９頁２６行〜１０頁１行） 
 　 
（乙１７−エ）　
「レベル２：持ち越し防止システムが社内での分析に含まれている場合，実験室３は省略できる。臨床材料の抽出と，この抽出された材料の予め作製されたＰＣＲミックスへの添加は，実験室２の，好ましくは，２つの層気流作業台で実施される。この実験室設計はまた，持ち越し防止手順を含むＬＣＲおよび／または３ＳＲ技術が実施される場合にも推奨される。　
　レベル１：市販のＰＣＲ，ＬＣＲまたは３ＳＲキットのみが使用される場合，患者試料の抽出および分析の準備（増幅前の手順）は，実験室１内の２つの層気流作業台の中で実施され得る。増幅および増幅後の手順は，実験室４で実施される。」（１０頁９〜１８行）　
　　
４６　乙１８について　 
　乙１８は，特許庁のインターネットサイトにおいて，平成２２年６月３０日付けで発表された「『進歩性』のケーススタディ」の公開についての紙出力である。　
　　
４７　乙１９について　
　乙１９は，ジェン−プロウブ社の製品ＴＩＧＲＩＳの宣伝広告用パンフレットであり，刊行物であるといえる。また，「2006 Gen-Probe Incorporated」との記載があることから２００６年以降に頒布されたものと推測されるが，その頒布日は不明である。なお，乙１９の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。 
　乙１９には，試料のスループットについて，「最初の結果について３．５時間，最初の結果に続いて１時間あたり１００サンプルが処理されること」について記載されている。　
　　
４８　乙２０について　
　乙２０は甲１０と同一である。　
　　
４９　乙２１について　
　乙２１は甲１７と同一である。　
　　
５０　乙２２について　
　乙２２は甲１８と同一である。　
　　
５１　乙２３について　
　乙２３は甲２０と同一である。　
　　
第６　当審の判断　
　　
１　甲２発明に対する進歩性について　
　　
（１）対比　
　本件発明１と甲２発明とを対比する。　
　　
ア　甲２発明の「ロボティックシステム」は，ＰＣＲ増幅反応の実施において使用するための装置であり，そのプロセスは自動化されたものである。そして，上記増幅反応が核酸に基づくものであり，該プロセスが「ロボティックシステム」内において実行されるのは明らかである。　
　よって，甲２発明の「血染カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅とを連続自動化され，かつ，プログラム化されたロボティックシステムにより実行されるプロセス」は，本件発明１の「核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセス」に相当し，甲２発明の「ロボティックシステム」は，本件発明１の「分析器」に相当するといえる。　
　　
イ　甲２発明の「マイクロプレート供給ステーション」，「ピペッティングステーション」，「ヒートブロック」，「サーマルサイクラー」，「マイクロプレートホルダー」は，それぞれの機能および構成からみて，本件発明１の「複数のステーション」に相当する。　
　　
ウ　甲２発明においては，Amplitaq　DNA　ポリメラーゼおよびＰＣＲ試薬の混合物をウエルに添加した後，ＰＣＲ増幅が実行されるのであるから，甲２発明の「Amplitaq　DNA　ポリメラーゼ」および「ＰＣＲ試薬」はＰＣＲ増幅を行うための試薬として機能するものであるといえる。　
　一方，本件発明１において，「増幅試薬」の具体的な内容は特定されていない。本件特許明細書の発明の詳細な説明を参酌すると，「【０２６０】試薬コンテナ用のトレイ１９２２内の位置を確認するために、ベースプレート１９２６上には、英数字のボトル位置ラベル１９４０が好ましくは設けられる。好ましいラベル図式は、円で囲んだ文字−数字対（最初の文字Ａ、Ｅ、ＰまたはＳに続いて、番号１、２、３または４を含む）を含む。文字Ａ、Ｅ、ＰおよびＳは、それぞれ、増幅試薬、酵素試薬、プローブ試薬および選択試薬を表わし、これらは、分析器５０の好ましい使用モードに対応しており、また、番号１〜４は、トレイ１９２２の四分円を表わしている。各モジュラー断片１９３０は、各ボトル保持空洞１９２４の底部にて、円形穴１９３４を含む。穴１９３４は、ボトル位置ラベル１９４０と整列して、その結果、ラベル１９４０は、モジュラー断片１９３０がベースプレート１９２６で適切な位置にあるとき、見られ得る。」と記載され，増幅試薬と酵素試薬を区別している。ここで，ＤＮＡポリメラーゼは，通常，酵素試薬として扱われるものである。　
　そうすると，甲２発明の少なくとも「ＰＣＲ試薬」は本件発明１の「増幅試薬」に含まれるものといえるから，甲２発明の「ＰＣＲ試薬」は，本件発明１の「増幅試薬」に相当するといえる。　
　　
エ　甲２発明の「ピペッティングステーション」は，「ＤＮＡ精製およびＰＣＲセットアップ」を実行するためのステーションであり，「ＤＮＡ精製」の実行にあたり，マイクロプレートのパンチの納められたウエルに対してＦＴＡ精製試薬を添加し，ＦＴＡ精製試薬による抽出を繰り返し，精製されたパンチを得るものであるから，甲２発明において，ＤＮＡ精製を行う対象となる試料はパンチ上に固定された状態にあり，ＤＮＡ精製された試料もパンチ上に固定された状態にあるといえる。　
　また，ＦＴＡ精製試薬を用いたＤＮＡ精製とは，その原理からみて，標的核酸を他の材料から分離するものであるということができる。　
　そうすると，甲２発明の，「ＦＴＡ精製試薬」を用いた「ＤＮＡ精製」「のための」「ピペッティングステーション」と本件発明１の「分離ステーション」とは，「分析器の第一位置に配置され」「複数のステーションのうちの１つである」「分離ステーション」である点で共通し，甲２発明の「該ピペッティングステーションにおいて，前記アームは，前記マイクロプレートに，ピペットチップが通過するための孔であり，吸引の際に上記チップに付着するパンチが，ウエルから取り出されないように，充分小さな孔を有した特別な蓋をかぶせ，それぞれの前記ウエルにＦＴＡ精製試薬を添加し，該ＦＴＡ精製試薬による抽出を繰り返し，前記パンチは洗浄され，前記アームは，該精製されたパンチを納めた前記マイクロプレートを前記ヒートブロックに移送するステップ」と，本件発明１の「該分析器の処理デッキ上の第一位置に配置された分離ステーションにおいて、該分析器内で磁気応答性の固体支持体上に固定化された標的核酸を、流体試料中に存在する他の材料から分離する工程であって、該分離ステーションは、該処理デッキ上に配置された複数のステーションのうちの１つである、工程」とは，「該分析器の該処理デッキ上の第一位置に配置された分離ステーションにおいて，該分析器内で固体支持体上に固定化された標的核酸を，他の材料から分離する工程であって，該分離ステーションは，複数のステーションのうちの１つである，工程」である点で共通するといえる。　
　　
オ　甲２発明の「サーマルサイクラー」は「ＰＣＲを実行するため」のものであり，「マイクロプレート」のウエルには，精製されたパンチに対してＰＣＲ増幅を行う試薬として作用するAmplitaq　DNA　ポリメラーゼおよびＰＣＲ試薬が添加されている。ここで，ＰＣＲ増幅を実行するサーマルサイクラーが，標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするものであるのは当然の前提である。　
　また，甲２発明の「マイクロプレート」の備える「ウエル」は，その中に「血染カード」の「パンチ」が収納され，「Amplitaq　DNA　ポリメラーゼ」と「ＰＣＲ試薬」が添加混合され，ＰＣＲ増幅が実行されるのであるから，本件発明１の「反応受容器」に相当するものであるといえる。　
　そうすると，甲２発明の「ＰＣＲを実行するため」の「サーマルサイクラー」と本件発明１の「増幅ステーション」とは，「分析器の第二位置に配置され」「複数のステーションのうちの１つである」「増幅ステーション」である点で共通し，甲２発明の「前記サーマルサイクラーにおいて，該サーマルサイクラーの加熱されたカバーは自動的に閉じられてサーマルサイクルが行われ，ＰＣＲが完了すると，前記サーマルサイクラーのカバーは開けられて，前記アームは前記マイクロプレートを前記マイクロプレートホルダーへと移送するステップ」と，本件発明１の「該分析器の該処理デッキ上の第二位置に配置された増幅ステーションにおいて、前記分離された標的核酸を、反応受容器中で１つ以上の増幅試薬とともに、該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間および条件下でインキュベートする工程であって、該反応受容器は、開放頂部端と閉鎖底部端とを有するように形成されており、該増幅ステーションは該処理デッキ上に配置された該複数のステーションのうちの１つである、工程」とは，「該分析器の第二位置に配置された増幅ステーションにおいて、前記分離された標的核酸を、反応受容器中で１つ以上の増幅試薬とともに、該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間および条件下でインキュベートする工程」である点で共通するといえる。　
　　
カ　甲２発明の「ロボティックアーム」は「マイクロプレート」を「マイクロプレート供給部から選択し」，「ピペッティングステーション」，「ヒートブロック」，「サーマルサイクラー」，「マイクロプレートホルダー」の「各位置へ移送するよう構成され」たものであるから，甲２発明の「Amplitaq　DNA　ポリメラーゼが，ＰＣＲ試薬に添加して混合され，該混合物がそれぞれのウエルに添加され，上記アームは，マイクロプレートをサーマルサイクラーへ配置するステップ」は，本件発明１の「該分離された標的核酸を含む反応受容器を、工程ｂ）の前に該増幅ステーションへと運搬する工程」に相当するといえる。　
 　 
キ　甲２発明は，「プログラム化されたロボティックシステム」であり，「４つのサーマルサイクラーにより」「連続的なシステムの稼働によって，１日あたり，２１００のサンプルを処理」するのであるから，「ＤＮＡ精製とＰＣＲセットアップ」（分離工程）と「ＰＣＲ」（増幅工程）とは，それぞれ異なるサーマルサイクラーを同時に使用して異なるマイクロプレートに対して同時に実行される（甲２９参照）とともに，「ロボティックアーム」によるマイクロプレートの移送は「ソフトウエアの指示により」行われ，「あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されるよう構成」することも「スケジューリングソフトウエアを利用して」行われるものであり，摘記事項（甲２−カ）に「・・・操作手順は，コンピュータにより開始され，ＤＮＡ精製とＰＣＲの全体の処理は，連続的で自動的な形態で実行された。・・・」と記載されることから，これらの操作がコンピュータ制御によるものであるのは明らかである。　
　そうすると，甲２発明の「ＤＮＡ精製とＰＣＲセットアップには１時間，ＰＣＲには２時間要するから，４つのサーマルサイクラーにより，最初の３時間で９６サンプルを処理し，その後１時間毎にさらに９６サンプルを処理するという連続的なシステムの稼働によって，１日あたり，２１００のサンプルを処理するとともに，システム効率を最大化するためのスケジューリングソフトウエアを利用して，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されるステップ」と，本件発明１の「コンピュータコントローラが、異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために、該複数のステーションを並行して操作し」とは，「コンピュータコントローラが、異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために、該複数のステーションを並行して操作し」である点で共通する。　
　　
ク　甲２発明においては，「血染カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅とを連続自動化かつ，プログラム化されたロボティックシステムにより実行されるプロセス」であり，「処理の開始のために，血染カードが準備され，カードから手作業で得られたパンチがマイクロプレートの一つのウエルに一つのパンチが入るように納められ，マイクロプレートはマイクロプレート供給部に収容されるステップ」と「処理の完了時に，ＰＣＲ生成物を有したマイクロプレートは，手動によってマイクロプレートホルダーから取りはずされ解析されるステップ」以外の工程は，連続自動化されいているのであるから，甲２発明においても，その「ＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅」のプロセスは，本件発明１と同様に，「自動化工程は操作者の仲介なしに実施される」といえる。　
　　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。　
　　
（一致点）　
「核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセスであって、該プロセスは、分析器内において以下の自動化工程：　
　ａ）該分析器の第一位置に配置された分離ステーションにおいて、該分析器内で固体支持体上に固定化された標的核酸を、他の材料から分離する工程であって、該分離ステーションは、該分析器に配置された複数のステーションのうちの１つである、工程；　
　ｂ）該分析器の第二位置に配置された増幅ステーションにおいて、前記分離された標的核酸を、反応受容器中で１つ以上の増幅試薬とともに、該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間および条件下でインキュベートする工程であって、該増幅ステーションは該分析器内に配置された該複数のステーションのうちの１つである、工程；　
　ｃ）該分離された標的核酸を含む反応受容器を、工程ｂ）の前に該増幅ステーションへと運搬する工程、　
を実施することを包含し、　
　コンピュータコントローラが、異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために、該複数のステーションを並行して操作し、　
　該自動化工程は操作者の仲介なしに実施される、　
プロセス。」　
　　
（相違点１−１）本件発明では「ハウジング」および「処理デッキ」を備え，「分離ステーション」および「増幅ステーション」を含む「複数のステーション」が「処理デッキ上に配置され」るとともに，「ハウジング内に含まれ」るものであるのに対して，甲２発明では，このような特定が無い点。　
　　
（相違点１−２）「分離ステーション」において，本件発明１では「磁気応答性の固体支持体上に固定化された標的核酸を、流体試料中に存在する他の材料から分離する工程」とするものであるのに対して，甲２発明では，このような特定がされていない点。　
　　
（相違点１−３）「増幅ステーション」おいて，本件発明１では，「反応受容器は、開放頂部端と閉鎖底部端とを有するように形成されて」いるものであるのに対して，甲２発明では，このような特定がされていない点。　
　　
（２）相違点１−１について　
　摘記事項（甲２−エ）に「ロボティックシステムは，４ｍの直線軌道にある・・・・・」と記載されるように，甲２発明のロボティックシステムの軌道となる直線軌道は４ｍの長さを有するものである。　
　また，摘記事項（甲２−ク）より，ロボティックアームの上記直線軌道に平行に，プレートホルダー，２つのサーマルサイクラー，プレート供給部，ピペッティングステーションが配置され，上記軌道の反対側にコンピュータが配置されている。　
　さらに，上記サーマルサイクラーはカバーを有するものであり，このカバーはマイクロプレートの出し入れに応じて開閉されるものであることから，独立した装置として構成されたものといえる。　
　ここで，「ハウジング」及び「処理デッキ」について，本件発明１は具体的に特定しておらず，本件特許明細書中において具体的に定義されるものでもないが，生化学試料を対象とした自動化装置において，「ハウジング」及び「処理デッキ」として通常想定されるのは，甲２５に記載させるようなデスクトップ型あるいは本件特許明細書に記載された実施例のようなキャスタホイールを備えた可動型のシステムを内蔵する規模のものといえ，屋内に収容された装置の配置された，部屋の屋根や床のような規模のものを上記「ハウジング」や「処理デッキ」として解釈することはできない。　
　そうすると，全長４ｍ程度に及ぶ直線軌道，さらに，プレートホルダー，２つのサーマルサイクラー，プレート供給部，ピペッティングステーション，コンピュータを含んだロボティックシステムを，単一の処理デッキ上に配置してハウジング内に納めることについて，甲２に示唆されているということはできず，また，甲２発明において甲２５の記載を適用して相違点１−１のような構成とすることには動機付けもなく，むしろ，その大きさからみて，阻害要因が存在するというべきである。　
　したがって，相違点１−１は，当業者が容易に想到し得ることとはいえない。　
　　
（３）相違点１−２について　
　甲２発明において，試料となるのは血染カードから得られたパンチである。　
　また，摘記事項（甲２−オ）に「これは，血染カードのパンチ上のＤＮＡの精製のための新しい手法を実施することによって，達成された。ＰＣＲのインヒビターが，パンチから抽出されたが，ＤＮＡは，パンチに対して強固に固定されたままとなり，その後，固相ＰＣＲにより増幅された。ＤＮＡがパンチから取り去られる従来の手法に比べたこの方法の有利な点は，マイクロプレートのウエル間でのＤＮＡのクロスコンタミネーションが無くなる点である。」と記載されるように，甲２発明は，パンチ上にＤＮＡを保持することにより，クロスコンタミネーションを低減させることを意図している。
　そうすると，生化学分析において標的核酸を分離する際に，試料形態を流体とし，標的核酸の分離対象を流体試料中に存在する他の材料とすることが，例えば，甲５に記載されるように，本件特許の優先権主張日前に周知であるとしても，甲２発明において，分離対象を固相から流体とすることについて動機付けは無く，むしろ阻害要因があるといえる。　
　したがって，相違点１−２は，当業者が容易に想到し得ることということはできない。　
　　
（４）相違点１−３について　
　生化学分析において用いられるマイクロプレートは，甲２６の図面等から明らかなように，通常，ウエル上端部の開放された形状を有すること，および，甲２発明のウエルはピペッティングステーションにおいて特別な蓋をかぶせられることからみて，甲２発明におけるマイクロプレートは，ウエル上端部が開放された形状を有するものと解するのが自然である。反応容器とは別体の蓋等により頂部端が閉鎖されるか否かは，本件発明１に特定されておらず，また，反応容器の形状とは関係がないから，相違点１−３の判断に影響を与えるものではない。　
　そして，マイクロプレートのウエルの底部（端）は，閉鎖されているのは当然であり，相違点１−３は実質的な相違点とはいえない。　
　　
（５）まとめ　
　以上のとおり，本件発明は上記相違点１−１および１−２の点で，甲２発明および他の甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。　
　　
２　甲３発明に対する進歩性について　
　　
（１）対比　
　本件発明１と甲３発明とを対比する。　
　　
ア　甲３発明の「配列決定Sequatronシステム」は，摘記事項（甲３−エ）に「現在，我々は，次の各事項を実行するための，３つのSequatronシステムを有している。（i）Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの，（ii）染色されたプライマーおよび染色されたターミネ−タの化学反応を用いたＤＮＡ塩基配列決定反応を実行するもの，（iii）部分的に完了したゲノム配列のギャップを埋めるために，行う，特別なＰＣＲ増幅の実行と，選択されたテンプレートの配列決定の実行を含む，フィニッシング（第３のシステムはプロトタイプが作成されたが，まだ開発中である。）を実行するもの。」と記載される３つのSequatronシステムのうち，第２のシステムである。そして，上記第２のシステムが実施する「ＤＮＡ塩基配列決定反応」は，第１のシステムが「Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの」であることからみて，増幅を伴うものではないと理解される。　
　さらに，甲３に，上記３つのシステムを統合することや，そのための具体的手段について，記載されているということもできない。　
　そうすると，甲３発明の「他のシステムにより精製されたＤＮＡを用いた，ＤＮＡ塩基配列決定反応を自動実行する配列決定する方法」は，ＤＮＡ精製やＰＣＲ増幅を実行するものではなく，増幅を伴う配列決定反応を実行するものでもないから，本件発明の「核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセス」とは，「核酸に基づく反応を実施するためのプロセス」である点でのみ共通するというべきである。　
　　
イ　「ＤＮＡ塩基配列決定」は一種の分析であるといえるから，甲３発明の「配列決定Sequatronシステム」は，「分析器」といえる。　
　　
ウ　甲３発明の「プレートカルーセル」，「TecanXYZステージ」，「Techne/MJ　サーマルサイクラー」，「Packard　XYZ液体処理ステージ」は，これらの機能および構成からみて，本件発明の「複数のステーション」に相当する。　
　　
エ　甲３発明の「マイクロタイタプレート」が試料を受容する部分を備えるのは明らかであるから，これは，本件発明の「反応受容器」に相当するものといえる。　
　　
オ　甲３発明においては「該ＣＲＳロボティックアームは，例えば，マイクロタイタプレートをカルーセルから配列決定反応のセットアップを行う二つのPackard 104 XYZロボットの一つへと移動させる動作を行うものであ」るから，甲３発明が「マイクロタイタプレート」を運搬する工程を実施することは，明らかである。　
　　
カ　甲３発明は，「ＤＮＡ塩基配列決定反応を自動実行する配列決定する方法」であるから，操作者の仲介なしに実施されるといえる。　
　　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。　
　　
（一致点）　
「核酸に基づく反応を実施するためのプロセスであって，該プロセスは，分析器内において，　
　複数ステーションでの自動化工程：　
　反応受容器を運搬する工程：　
を実施することを包含し，　
　該自動化工程は操作者の仲介なしに実施される，　
プロセス。」　
　　
（相違点２−１）「プロセス」が，本件発明１では「核酸に基づく増幅反応を実施するため」であるのに対して，甲３発明は，「配列決定反応を実施する」ためである点。　
　　
（相違点２−２）「分析器」が，本件発明１では「ハウジング」および「処理デッキ」を備え，「該分析器の処理デッキ上の第一位置に配置された」「複数のステーションのうちの１つである」「分離ステーション」と「該分析器の該処理デッキ上の第二位置に配置された」「該複数のステーションのうちの１つである」「増幅ステーション」とを備えているのに対して，甲３発明では，そのような構成ではない点。　
　　
（相違点２−３）「自動化工程」が，本件発明１では「該分析器内で磁気応答性の固体支持体上に固定化された標的核酸を、流体試料中に存在する他の材料から分離する工程」と「前記分離された標的核酸を、反応受容器中で１つ以上の増幅試薬とともに、該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間および条件下でインキュベートする工程」とを含むものであるのに対して，甲３発明では，そのような工程を包含しない点。 
 　 
（相違点２−４）「反応受容器」が，本件発明１では「開放頂部端と閉鎖底部端とを有するように形成されて」いるのに対して，甲３発明では，そのような構成であるか否か不明である点。　
　　
（相違点２−５）「運搬する工程」が，本件発明では「該分離された標的核酸を含む反応受容器を、工程ｂ）の前に該増幅ステーションへと運搬する工程」であるのに対して，甲３発明では，そのような工程ではない点。　
　　
（相違点２−６）本件発明では「コンピュータコントローラが、異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために、該複数のステーションを並行して操作し」ているのに対して，甲３発明では，不明である点。　
 　 
（２）相違点２−１について　
　上記「（１）ア」において検討したとおり，甲３発明は，ＰＣＲ増幅の実行を行うものではなく，増幅を伴う配列決定反応を行うものということもできない。　
　そうすると，生化学試料のＰＣＲ増幅を自動化することが，甲２に記載されるように本件特許の優先権主張日前に公知であるとしても，甲３発明を，敢えて核酸に基づく増幅反応，すなわち核酸増幅を実施するために使用する動機付けはなく，むしろ，「核酸増幅」を別の自動化装置にて実施することを前提とする甲３発明においては，阻害要因があるというべきであって，相違点２−１は，当業者にとって容易であるということはできない。　
 　 
（３）相違点２−２について　
　甲３発明の配列決定Sequatronシステムは，摘記事項（甲３−キ）に「中央に，マイクロタイタプレートを保持したＣＲＳロボティックアームが配置され，その周囲に，プレートカルーセル，TecanXYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンが配置され，中央パソコンに対して，ＣＲＳロボティックアーム，プレートカルーセル，パソコンを介してTecanXYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，パソコンを介してPackard　XYZ液体処理ステージが接続された形態が記載されている。」と記載されるように，ＣＲＳロボティックアームの周囲に，プレートカルーセル，パソコンおよびTecanXYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，パソコンおよびPackard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンを備えるものである。 
　「１　甲２発明に対する進歩性について　（２）相違点１について」にて述べたように，「ハウジング」及び「処理デッキ」について，本件発明１は具体的に特定しておらず，本件特許明細書中において具体的に定義されるものでもないが，生化学試料を対象とした自動化装置において，「ハウジング」及び「処理デッキ」として通常想定されるのは，甲２５に記載させるようなデスクトップ型あるいは本件特許明細書に記載された実施例のようなキャスタホイールを備えた可動型のシステムを内蔵する規模のものといえ，屋内に収容された装置の配置された，部屋の屋根や床のような規模のものを上記「ハウジング」や「処理デッキ」として解釈することはできない。　
　そうすると，甲３発明のシステムが各処理部に加えて複数のパソコンを備えていること，各処理部の一般的なサイズや図面に記載された配置形態からして，これら全てを単一の処理デッキ上に配置してハウジングに納めることが想定されているとはいえず，当業者であっても容易になし得ることであるとはいえない。　
　　
（４）相違点２−３について　
　上記「（２）」で検討したとおり，甲３発明は，増幅反応の実施を想定したものではないから，「核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセス」において分離工程と増幅工程を自動化することが甲２に記載されているように，本件特許の優先権主張日前に公知であるとしても，甲３発明には分離工程と増幅工程に替える動機付けがなく，当業者が容易に想到し得ることということはできない。　
　　
（５）相違点２−４について　 
　「１　甲２発明に対する進歩性について　（４）相違点３について」にて述べたように，生化学分析において用いられる「マイクロタイタプレート」，すなわち「マイクロプレート」は，甲２６の図面等から明らかなように，通常，ウエル上端部の開放された形状を有すること，および，甲３発明の「３８４ウエル」が「サーマルサイクリング装置」において「加熱された蓋」を有することからみて，甲３発明における「マイクロタイタプレート」は，ウエル上端部が開放された形状を有するものと解するのが自然である。反応容器とは別体の蓋等により頂部端が閉鎖されるか否かは，本件発明１に特定されておらず，また，反応容器の形状とは関係がないから，相違点２−４の判断に影響を与えるものではない。　
　そして，「マイクロタイタプレート」のウエルの底部（端）は，閉鎖されているのは当然であり，相違点２−４は実質的な相違点とはいえない。　
　　
（６）相違点２−５について　
　そもそも，甲３発明には「分離工程」と「増幅工程」を備えていないのであるから，「反応受容器」を「分離ステーション」から「増幅ステーション」へと運搬することはありえない。そして，前述したように，甲３発明には分離工程と増幅工程に替える動機付けがなのであるから，相違点３と同様に，相違点２−５も当業者が容易に想到し得ることということはできない。　
　　
（７）相違点２−６について　
　甲３の記載全体を通じて，相違点２−６に係る複数同時並行操作についての記載および示唆があるとはいえない。　
　また，請求人が提出した他の証拠は，甲３発明のような自動化システムにおいて，複数同時並行操作を実現するための具体的手段について開示するものではない。　
　さらに，分離工程と増幅工程を包含しない甲３発明に，甲２に記載された分離工程と増幅工程に関する事項を適用する動機付けはないことは明らかであり，適用しても本件発明１の作用効果を奏することができないのは明らかであるから，当業者が相違点２−６について容易に想到し得るということはできない。　
　　
（８）まとめ　
　以上のとおり，本件発明は上記相違点２−４以外の点で，甲３発明および他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。　
　　
３　甲４発明に対する進歩性について　
　　
（１）対比　
　本件発明と甲４発明とを対比する。　
　　
ア　甲４発明の「複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスを調製する自動化された方法」は，摘記事項（甲４−イ）に「本願発明の技術分野　この発明は，自動化された核酸の調製に関するものであり，自動化された核酸の調製方法とそのために用いられる装置に関するものである。発明の背景　現在，多数の大規模ＤＮＡ配列決定プロジェクトが進行している。配列データの生成における律速段階の一つは高純度のＤＮＡ鋳型の調製である。・・・・・ＤＮＡの調製または操作を含む技術の進歩により、あるプロセスのために自動化装置の導入が可能になった。例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を実施するための自動化装置、およびＤＮＡ配列決定反応を実施するための自動化装置が、公知である。」と記載され，摘記事項（甲４−シ）に「例　以下の例は，自動化されたＤＮＡ調製方法に関するものであり，図１の装置において実行の可能なものである。・・・」と記載されていることからみて，配列決定方法の全体を対象とする方法ではなく，ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）およびＤＮＡ配列決定反応の前に実施される，高純度のＤＮＡ鋳型を調製するためのＤＮＡ調製方法，すなわち，ＤＮＡ鋳型を精製する方法であるといえる。　
　そして，甲４の摘記事項（甲４−セ）には「シーケンシング結果　一度，上記のように鋳型が精製されると，配列決定反応の実行が可能となるが，これは予備反応の混合物が生成可能となり，事前に分注可能となるからである。ABI　Taq　ダイプライマーキット試薬が使用された。・・・全ての試料は，M13-21　ユニバーサル　プライマーとTaqポリメラーゼを用いて，配列決定反応が行われた。反応は，Techne　PHC-3ドライサイクラーにおいて行われ，それぞれの試料はミネラルオイルで覆われていた。反応の生成物は，ABI　373A　DNAシーケンサーにより解析された。」と記載されているが，プライマーとTaqポリメラーゼを用いてTechne　PHC-3ドライサイクラーにて行われる該配列決定反応は，甲４発明に含まれる工程ではなく，甲４発明のＤＮＡ調製後に行われる工程であるといえる。このことは，該「Techne　PHC-3ドライサイクラー」が，甲４発明の「３つのヒートブロック」であることを示唆する記載がない，すなわち，実施例では「Techne製の３つのヒートブロック」あるいは「Techne　PHC-3サイクラー」と記載されているものの，該記載が前記配列決定反応の「Techne　PHC-3ドライサイクラー」と同じものであることを意味しているとはいえないし，該「DNAシーケンサー」が甲４発明の「基板」に配置することを示唆する記載ないことからも明らかである。　
　一方，本件発明１は，「核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセス」であって，「該分析器内で磁気応答性の固体支持体上に固定化された標的核酸を、流体試料中に存在する他の材料から分離する工程」，すなわち，「核酸に基づく増幅反応」のためのＤＮＡ鋳型となる標的核酸を精製する工程を含むものである。　
　また，本件特許明細書の段落【０００８】には「たいていの場合、当業者に周知のいくつかの核酸増幅手順のうちの任意を使用して標的配列を増幅することが望ましい。特定的には、核酸増幅は増幅される核酸配列に相補的な配列を含む、核酸アンプリコン（コピー）の酵素的合成である。この技術において実施される核酸増幅手順の例は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）および転写付随増幅（ＴＡＡ）を含む。核酸増幅は、サンプル中に存在する標的配列の量が非常に低いとき特に有用である。標的配列を増幅し、そして合成されるアンプリコンを検出することにより、アッセイの感度が非常に改善される。これは、対象の生物またはウイルスに属するサンプル中の核酸の検出をより確実にするために、アッセイの開始において標的配列がほとんど必要とされないからである。」と記載されていることからみて，本件発明１の「核酸に基づく増幅反応」が，ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）以外の核酸増幅を含むとしても，甲４に記載されているような「ＤＮＡ配列決定反応」を含めていないことは明らかである。　
　そうすると，甲４発明の「複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスを調製する自動化された方法」と本件発明１の「核酸に基づく増幅反応を実施するためのプロセス」とは，「核酸に基づく精製反応を実施するためのプロセス」である点でのみ共通するというべきである。　
　　
 イ　「複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスを調製する」ことは，分析の一種である「ＤＮＡ配列決定」の一部であるといえるから，甲４発明の「自動化された手段」は，「分析器」といえる。　
　　
ウ　甲４発明の「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」，「マイクロタイタプレートを保管する領域」は，その機能からみて，本件発明１の「複数のステーション」に相当するといえる。　
　　
エ　甲４発明の「基板」は「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」を支持するものであり，本件発明１の「処理デッキ」に相当するといえる。　
 　 
オ　甲４の摘記事項（甲４−シ）における「例　以下の例は，自動化されたＤＮＡ調製方法に関するものであり，図１の装置において実行の可能なものである。・・・そして，粒子／プローブ　複合物が加えられ，プローブは標的ＤＮＡへのアニールが可能となる。一度結合されると，粒子／プローブ／鋳型　複合物は，残りの試料から，磁力によって分離可能となり，洗浄される。・・・」との記載，（甲４−ス）における「・・・
洗浄ステップ
変性
　　
カ　甲４発明の「マイクロタイタプレート」は，処理されるサンプルを納めるのであるから，本件発明１の「分離された標的核酸を含む反応受容器」に相当するといえる。　
　　
キ　甲４発明の「ロボットヘッド３８」は「マイクロタイタプレートを，枠組みの範囲中で異なる位置の間で移動させるように設計され」たものであり，「マイクロタイタプレート」を「つかみ上げ」「所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動」させるものである。 
　そして，上記「位置」が，「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」，「マイクロタイタプレートを保管する領域」であるのは，その機能からみて明らかである。 
　そうすると，甲４発明の「処理されるサンプルを納めたマイクロタイタプレートは，使用において，ロボットヘッド２８によりつかみ上げられ，所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動される」と，本件発明１の「該分離された標的核酸を含む反応受容器を、工程ｂ）の前に該増幅ステーションへと運搬する工程」とは，「該分離された標的核酸を含む反応受容器を運搬する工程」の点で共通するといえる。　
　　
ク　甲４発明においては「コンピューター制御手段を有し，これにより，ロボットヘッド３８と対応する機能の動きを制御し協動させる」のであるから，本件発明１と同様に「操作者の仲介なしに実施される」ものであるといえる。　
　　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。　
 　 
（一致点） 
「核酸に基づく精製反応を実施するためのプロセスであって、該プロセスは，分析器内において以下の自動化工程：　
　ａ）該分析器の処理デッキ上の第一位置に配置された分離ステーションにおいて、該分析器内で磁気応答性の固体支持体上に固定化された標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離する工程であって、該分離ステーションは，該処理デッキ上に配置された複数のステーションのうちの１つである，工程；　
　ｃ）該分離された標的核酸を含む反応受容器を運搬する工程、　
を実施することを包含し，　
該自動化工程は操作者の仲介なしに実施される，　
プロセス。」 
 　 
（相違点３−１）「分析器」が，本件発明１では「ハウジング内に含まれ」ているのに対して，甲４発明では，ハウジングの有無について不明である点。 
 　 
（相違点３−２）「自動化工程」が，本件発明１では「該分析器の該処理デッキ上の第二位置に配置された増幅ステーションにおいて、前記分離された標的核酸を、反応受容器中で１つ以上の増幅試薬とともに、該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間および条件下でインキュベートする工程であって、該増幅ステーションは該処理デッキ上に配置された該複数のステーションのうちの１つである、工程」を実施することを包含しているのに対して，甲４発明では，そのような工程を実施することを包含していない点。 
 　 
 （相違点３−３）「反応受容器」が，本件発明では「該反応受容器は、開放頂部端と閉鎖底部端とを有するように形成され」るものであるのに対して，甲４発明では，そのような特定がない点。 
 　 
 （相違点３−４）本件発明では「コンピュータコントローラが、異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために、該複数のステーションを並行して操作」するのに対して，甲４発明では，不明である点。　
 　 
（２）相違点３−１について　
「１　甲２発明に対する進歩性について　（２）相違点１について」にて述べたように，「ハウジング」について，本件発明１は具体的に特定しておらず，本件特許明細書中において具体的に定義されるものでもないが，生化学試料を対象とした自動化装置において，「ハウジング」として通常想定されるのは，甲２５に記載させるようなデスクトップ型あるいは本件特許明細書に記載された実施例のようなキャスタホイールを備えた可動型のシステムを内蔵する規模のものといえ，屋内に収容された装置の配置された，部屋の屋根や床のような規模のものを上記「ハウジング」として解釈することはできない。また，上記記載事項（甲１６−ウ）によれば，甲１６には「上記分注機、上記保冷室、上記加温機、上記検出器、上記搬送機の作動空間を覆い、装置内部作業空間と装置外部空間を遮断する筐体が設けられているから、生体試料を閉じ込めた状態で処理することができるので、作業者や環境を汚染することなく遺伝子解析を行うことが出来る。」と記載され，該「筐体」が本件発明１の「ハウジング」に類似しているといえるものの，甲１６に記載のものは，本件発明１の「処理デッキ」に相当するものを有しておらず，デスクトップ型あるいは可動型のシステムを内蔵する規模のものを想定しているといえない。　
　そうすると，ロボットヘッド３８を備えたＸ−Ｙ−Ｚロボット１０，３つのヒートブロック，磁気分離ステーション，ピペットチップの供給部およびチップの廃棄ステーションを支持した基板をハウジング内に納めることについて，甲４に示唆されているということはできず，また，甲４発明において甲２５および１６の記載を適用して相違点３−１のような構成とすることには動機付けもなく，むしろ，その大きさからみて，阻害要因が存在するというべきである。　
　したがって，相違点３−１は，当業者が容易に想到し得ることとはいえない。　
 　 
（３）相違点３−２について　
　上記「（１）ア」において検討したとおり，甲４発明は，核酸増幅の実行を行うものではなく，増幅を伴う配列決定反応を行うものということもできない。　
　そうすると，生化学試料のＰＣＲ増幅を自動化することが，甲２に記載されるように本件特許の優先権主張日前に公知であるとしても，それは，甲４の「自動化された手段」で実施するのではなく，それとは独立した手段にて実施されるのであって，甲４発明を，敢えて核酸増幅を実施するために使用する動機付けはなく，むしろ，「核酸増幅」および「配列決定」を別の自動化装置にて実施することを前提とする甲４発明においては阻害要因があるというべきであって，相違点３−２は，当業者にとって容易であるということはできない。　
　　
（４）相違点３−３について　
「１　甲２発明に対する進歩性について　（４）相違点３について」にて述べたように，生化学分析において用いられる「マイクロタイタプレート」，すなわち「マイクロプレート」は，甲２６の図面等から明らかなように，通常，ウエル上端部の開放された形状を有すること，および，甲４発明における「マイクロタイタプレート」は，ウエル上端部が開放された形状を有するものと解するのが自然である。反応容器とは別体の蓋等により頂部端が閉鎖されるか否かは，本件発明１に特定されておらず，また，反応容器の形状とは関係がないから，相違点３−３の判断に影響を与えるものではない。　
　そして，「マイクロタイタプレート」のウエルの底部（端）は，閉鎖されているのは当然であり，相違点３−３は実質的な相違点とはいえない。
　　
（５）相違点３−４について　
　甲４の記載全体を通じて，相違点３−４に係る複数同時並行操作について，記載および示唆があるとはいえない。　
　また，請求人が提出した他の証拠は，甲４発明のような自動化システムにおいて，複数同時並行操作を実現するための具体的手段について開示するものではない。　　
　さらに，増幅工程を包含しない甲４発明に甲２に記載された分離と増幅に関する事項を適用する動機付けはないことは明らかであり，適用しても本件発明１の作用効果を奏することができないのは明らかであるから，当業者が相違点３−４について容易に想到し得るということはできない。　
　　
（６）まとめ　
　以上のとおり，本件発明１は上記相違点３−３以外の点で，甲４に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。　
 　 
４　本件発明２〜２６について  
　本件発明２〜２６は，いずれも本件発明１を引用してさらに限定したものであり，甲２〜４発明のそれぞれと対比すると，上で挙げた相違点を少なくとも有している。　
　そして，上記相違点については，当業者といえども容易に想到し得るものでないから，新たな相違点については検討するまでもなく，本件発明２〜２６は，甲２〜４に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
 　 
５　本件特許明細書の記載要件について　
（１）請求人は，「本件発明の『反応受容器は、開放頂部端と閉鎖底部端とを有するように形成されている』について，本件特許の明細書の段落【００１４】には、本件の特許発明の効果として『病原曝露、汚染、および流出を多いに減少させる』と記載されている。しかしながら，反応受容器の頂部端が開放されているにも拘わらず、なぜ，病原曝露等を減少させるという効果が得られるのか，発明の詳細な説明に記載されていない。」旨を主張している。（請求書９５頁１５〜２２行）　
　　
　しかしながら，請求人が主張する「病原曝露を減少させる効果」に関して，本件特許明細書には，【００１３】に「手作業で行うとき，核酸に基づくアッセイに関する複雑さとかなりの数の処理工程は，医者の間違いの機会，病原への曝露，およびアッセイ中の相互汚染を導びく。・・・」と記載され，【００１４】に「・・・特に，核酸に基づくアッセイの多様な処理工程を自動化することによって，かなりの利点が実現され得，これらの利点には，使用者の間違いのリスク，病原曝露，汚染，および流出を多いに減少させることが含まれ，一方でスループット容量のかなりの増加という利点が含まれる。核酸に基づくアッセイの工程の自動化はまた医者が必要とする訓練の量を減少させ，そして大容量手作業適用に起因する肉体的損傷の原因を実質的に除去する。」と記載され，【０３２５】に「・・・一旦，分析器５０が始動され開始すると，それは，通常，操作者の補助または介入を殆どまたは全く必要としない。・・・結果的に，手動のピペット取出，インキュベーションタイミング，温度制御，および手動で行われる複数アッセイに関連した他の限界は，回避され，それにより，信頼性，効率および出力が高まる。操作者が試料に触れるのは，一般に試料の装填に限られているので，潜在的な感染の危険性は，大きく低下する。」と記載されており，上記効果は，手作業に起因する病原への曝露を，アッセイ処理工程の自動化によって減少させることによって得られるものとされ，反応受容器の頂部端が開放されたことと直接的に関連するものではないことが理解される。　
　　
　よって，本件特許明細書の特許請求の範囲に記載された発明が，発明の詳細な説明に記載したものではないとまではいえず，また，本件特許明細書の発明の詳細な説明が，その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に，記載したものではないとまでいうことはできず，請求人の上記主張は採用できない。　
　　
（２）請求人は，「本件の請求項２２の記載は、日本語の体をなしておらず、それによって特定しようとする構成要件Ａ２２の技術的意義が全く不明である。・・・・・全ての受容器容器が異なる流体サンプルを含んでおり、且つ異なる標的配列が分離されて増幅されるという態様を含むことを意味していたとしても、本件特許の明細書はその根拠を明らかにしていない。」旨を主張している。（請求書９６頁１２〜２７行）　
　　
　しかしながら，請求項２２は，「前記複数の
反応
反応
流体試料を含み、該同じかまたは異なる流体試料は、該各反応受容器中の該同じかまたは異なる流体試料中に存在し得る
増
ものである
　　
 第７　むすび　　
 　以上のとおり，本件発明１〜２６，すなわち，訂正後の請求項１〜２６に係る発明は，甲第２〜４号証に記載された発明，および，他の各甲号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものではないから，訂正後の請求項１〜２６に係る発明についての特許は，特許法２９条２項の規定に違反してなされたものではなく，同法第１２３条１項２号に該当しない。　
　また，本件特許明細書の特許請求の範囲および発明の詳細な説明の記載は，同法３６条４項および同法３６条６項１，２号の規定に適合するものであるから，本件特許に対する特許は同法１２３条１項４号に該当しない。 
　　
　審判に関する費用については，特許法１６９条２項において準用する民事訴訟法６１条の規定により，審判費用は請求人の負担すべきものとする。　
　　
　よって，結論のとおり審決する。