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　特願２０００−５５６０３６「ヒト内因性レトロウイルスモチーフを有する核酸及び推定されるタンパク質配列のファミリーのならびにその使用」拒絶査定不服審判事件〔平成１１年１２月２９日国際公開、ＷＯ９９／６７３９５、平成１４年　６月２５日国内公表、特表２００２−５１８０５１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成１１年６月２３日を国際出願日（パリ条約による優先権主張１９９８年６月２３日　仏国）とする国際出願であって、その請求項１に係る発明は、平成２１年７月２７日付手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、その請求項１に記載された、以下のとおりのものである。
「配列SEQ ID NO:１〜８、10、13、16、17、20〜22及び28、前記配列に由来する少なくとも14ヌクレオチドのコーディングフレーム、ならびに前記配列に相補的な配列からなる群より選択される配列からなる、HERV-7qと名付けられたヒト内因性レトロウイルスファミリーからの単離ポリヌクレオチド。」（以下、「本願発明１」という。）
　また、本願請求項５に係る発明は、同手続補正書の特許請求の範囲請求項１、３、及び５に記載された事項である、
「【請求項１】配列SEQ ID NO:１〜８、10、13、16、17、20〜22及び28、前記配列に由来する少なくとも14ヌクレオチドのコーディングフレーム、ならびに前記配列に相補的な配列からなる群より選択される配列からなる、HERV-7qと名付けられたヒト内因性レトロウイルスファミリーからの単離ポリヌクレオチド。」、
「【請求項３】請求項１に記載のポリヌクレオチド又は請求項２に記載の転写物によりコードされた単離タンパク質。」、及び、
「【請求項５】少なくとも１つのナンセンスコドンが、次のアミノ酸：Phe (F)、Leu (L)、Ser (S)、Tyr (Y)、Cys (C)、Trp (W)、Gln (Q)、Arg (R)、Lys (K)、Glu (E)又はGly (G)の１つをエンコードするコドンで置換されている請求項１に記載のポリヌクレオチドから得られる請求項３に記載の単離タンパク質。」
により特定される、以下の通りのものである。
「少なくとも１つのナンセンスコドンが、次のアミノ酸：Phe (F)、Leu (L)、Ser (S)、Tyr (Y)、Cys (C)、Trp (W)、Gln (Q)、Arg (R)、Lys (K)、Glu (E)又はGly (G)の１つをエンコードするコドンで置換されている配列SEQ ID NO:１〜８、10、13、16、17、20〜22及び28、前記配列に由来する少なくとも14ヌクレオチドのコーディングフレーム、ならびに前記配列に相補的な配列からなる群より選択される配列からなる、HERV-7qと名付けられたヒト内因性レトロウイルスファミリーからの単離ポリヌクレオチドによりコードされた単離タンパク質」（以下、「本願発明５」という。）
　また、本願請求項２１に係る発明は、同手続補正書の特許請求の範囲請求項１、８、１４及び２１に記載された事項である、
「【請求項１】配列SEQ ID NO:１〜８、10、13、16、17、20〜22及び28、前記配列に由来する少なくとも14ヌクレオチドのコーディングフレーム、ならびに前記配列に相補的な配列からなる群より選択される配列からなる、HERV-7qと名付けられたヒト内因性レトロウイルスファミリーからの単離ポリヌクレオチド。」、
「【請求項８】請求項１若しくは２に記載の単離ポリヌクレオチド又は請求項７に記載の単離抗体を少なくとも１つ含む、自己免疫病因を有するヒト病理学的状態の検出用の診断試薬。」、
「【請求項１４】ａ）分析すべき核酸及び/又はタンパク質を含有する生物学的試料を請求項８〜１１のいずれか１つに記載する少なくとも１つの診断試薬と接触させる工程、及び
ｂ）前記核酸及び/又はタンパク質と前記診断試薬との間の相互作用から生ずる生成物をいずれかの適当な手段で検出する工程
を含み、核酸及び/又はタンパク質−診断試薬相互作用の検出が自己免疫病因を有するヒト神経病理学的状態を示す、自己免疫病因を有するヒト神経病理学的状態を検出する方法。」、及び、
「【請求項２１】自己免疫病因を有する神経病理学的状態が多発性硬化症である請求項１４〜２０のいずれか１つに記載の方法。」
により特定されるものであって、このうち、分析すべき対象が「核酸」であって、診断試薬が単離ポリヌクレオチドを含むことにより特定される発明は、以下のとおりである。
「ａ）分析すべき核酸を含有する生物学的試料を、配列SEQ ID NO:１〜８、10、13、16、17、20〜22及び28、前記配列に由来する少なくとも14ヌクレオチドのコーディングフレーム、ならびに前記配列に相補的な配列からなる群より選択される配列からなる、HERV-7qと名付けられたヒト内因性レトロウイルスファミリーからの単離ポリヌクレオチドを少なくとも１つ含む、自己免疫病因を有するヒト病理学的状態の検出用の診断試薬と接触させる工程、及び
ｂ）前記核酸と前記診断試薬との間の相互作用から生ずる生成物をいずれかの適当な手段で検出する工程
を含み、核酸−診断試薬相互作用の検出が多発性硬化症を示す、多発性硬化症を検出する方法。」（以下、「本願発明２１」という。）
　
２．原査定の拒絶の理由の概要
　これに対して、原査定の拒絶の理由は、
（１）本願の発明の詳細な説明は、本願請求項１〜２３に記載の発明を当業者が実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されていない、
（２）本願の発明の詳細な説明には、本願請求項１〜２３に記載の発明が記載されていない、
というものである。
　
３．特許法第３６条第４項
（１）本願発明について
　HERV-7qとは、配列決定プログラムによって同定されたヒト内因性レトロウイルスに関するものであって（段落【０００６】、図２）、当該ウイルスに関し、配列SEQ ID 1,22はenvドメインの塩基配列、配列SEQ ID 2,28はgagドメインの塩基配列、配列SEQ ID 3はHERV-7qの全長の塩基配列、配列SEQID 4〜8,10,13,16,17は、HERV-7qのgagドメイン乃至はenvドメインの配列に基づき配列データベースより同定されたenv型ドメイン類似体（HEx）、あるいは、gag型ドメイン類似体（HGx）の塩基配列、を示すものである（段落【００１５】、【００５８】）。また、配列SEQ ID 20,21は、当該ウイルスのLTR配列の塩基配列を示すものである（段落【００５６】）。
　そうすると、本願発明は、配列SEQ IDに示される配列、あるいは、これらの配列に由来するコーディングフレームであって、少なくとも14ヌクレオチドからなるポリヌクレオチド、及び、これらポリヌクレオチドのナンセンスコドンがアミノ酸をコードするコドンにより置換されてなるポリヌクレオチドから得られるタンパク質に係るものであるといえる。
　
（２）本願明細書の記載
　本願明細書には、ヒト内因性レトロウイルス配列を、配列データベース及び配列決定プログラムを用いて検索により同定し「HERV-7q」と名付けたこと（段落【０００６】、【０００９】）、当該配列は、通常のレトロウイルスが有する構造であるLTR-gag-pol-env-LTR構造を有するものであること（段落【０００９】、図２）、「本発明に記載するある種の内因性レトロウイルス配列は、多発性硬化症に罹病性を示すとみなされている領域に近いか又はその中に位置することが認められる：例えば、HERV-7qと第7染色体の7q21-22領域・・」（段落【００２０】）とあるように、多発性硬化症（MS）に関連するとみなされている染色体領域中あるいはその近傍に当該配列が存在すること等から、多発性硬化症とHERV-7qとが関連するであろうと予想していること、また、HERV-7qのenvあるいはgagとの配列類似性により同定されたモチーフ（HEx,HGx）に関し、当該モチーフについても、多発性硬化症等の疾患に対する罹病性が従来述べられている領域に存在するものであること（段落【００２０】、【００２８】、【００３０】等）が記載されている。
　さらに、本願発明１の単離ヌクレオチドの有用性に関して、「本発明は、完全な又は部分的なヒト内因性レトロウイルスモチーフを有する新規な核酸配列及び推定されるタンパク質配列のファミリー、及び該配列にフランキング又は隣接し、かつ後者によって制御される配列；該フランキング配列の構造(ポリアデニル化、又はスプライシング等)の発現又は損傷の修飾に関する。また、この発明は、特に多発性硬化症のような自己免疫成分をもつ神経病理学的症状の診断、予防及び治療に用いるための該核酸配列及びその相当するタンパク質配列の検出及び/又は使用に関する。」（段落【０００１】）、「HERV-7q ファミリーに属するヒト内因性レトロウイルス配列は、環境に関連した攻撃に対して保護するか、又は個体に有益であり得る。この有益な効果は、これらの配列の幾つかで発揮される選択圧及び同定される推定されるタンパク質構造の潜在的な機能特性の理由の１つである可能性がある：例えば、新規なタンパク質をエンコードし、HERV-7qのenvドメインに相当し得る長いオープンリーディングフレーム。
  HERV-7qファミリーに属するヒト内因性レトロウイルス配列は、例えば癌につながる過程、自己免疫成分をもつ神経病理学的症状、又は内因性もしくは外因性のウイルスもしくはレトロウイルスに関連する又は関連しないいずれかの他の病状の進行に関連する病理学的症状に関連することもある。その作用は、発症、悪化、発症までの時間の変化又は疾患に対する保護に関わっている。」（段落【００２１】）とあるように、本願発明のHERV-7qが、新規な核酸配列及び推定されるタンパク質配列のファミリーを提供すること、及び、多発性硬化症等の各種の疾患と関連する可能性があることが記載されている。
　
　また、ナンセンスコドンがアミノ酸をコードするコドンで置換されてなる発明に関し、「実際、HERV-7q型配列(正常とみなされている個体から単離)と病理学的起源の幾つかの試料由来の配列とに認められた違いは、無作為的に分布しているわけではない。感染性レトロウイルス粒子(EMBL アクセスNo.: A60168, A60200、A60201、A60171など)から得た gag領域とHERV-7qの相当するgag配列とで行った比較(図９)によれば、突然変異が好ましくはナンセンスコドンに影響を及ぼすことが認められる。例えば、HERV-7q中の2つのナンセンスコドンはA60200でアルギニンコドンにより置換され、これにより HERV-7qの109アミノ酸と A60200の166アミノ酸の配列を推定することができる。この結果、塩基の変化によりリーディングフレームを拡張し、より長い大きさのポリペプチド構造をエンコードすることができる(図１０)。」（段落【００２０】）と記載され、【図１０】には、 HERV-7qで同定された推定されるgagタンパク質モチーフ(下段)、及び、感染性レトロウイルス（EMBL  アクセスNo：A60200）に属する推定されるgagタンパク質モチーフ(上段)の２つのアミノ酸配列のアラインメントが示されている。そして、下段のアミノ酸配列中には「X」と記載され、Xとは、ナンセンスコドンを意味するものである（【図面の簡単な説明】参照。）。
　　
　また、実験データと解される記載に関しては、本願明細書で同定されたenvによりコードされるエンベリンについて、MS患者と対照からなる２群の個体間を比較すると、MS患者で487〜488アミノ酸の間にテトラペプチドＶＬＱＭの挿入が見られたこと（段落【００１６】）、495のアミノ酸位置において、テトラペプチドＭＱＳＭをコードする12ヌクレオチドの挿入が見られたこと（段落【００１７】）（以下、「第１の実験結果」という）が記載され、また、実施例２には、５人のMS患者と１人の正常者のエンベリンの配列を比較した結果、「エンベリンの配列の修飾は、幾人かの患者由来のＤＮＡで観察された（図１７）。」（以下、「第２の実験結果」という）と記載されているのみであって、エンベリンと疾患との関連を示すより詳細な実験結果は示されていない。しかも、本願発明１に含まれるLTR,gag,HEx及びHGx等の他の単離ポリヌクレオチドについては、これとMSとの関連を示す具体的な実験結果は全く示されていない。
　　
（３）当審の判断
（３−１）本願発明１、２１について
　本願発明１は、単離ポリヌクレオチドに係る化学物質発明であるが、化学物質発明に関し、発明の詳細な説明の記載が当業者にとって実施可能な程度に明確かつ十分に記載されていると認められるためには、当業者が明細書の記載及び技術常識から、化学物質を製造可能なだけでなく、それを使用できるように技術的に意味のある特定の用途を有していることを裏付ける必要がある。
　ここで、疾患とは個体における病態を意味するが、単一の遺伝子と個体レベルでの疾患状態との関連は、一般に予想が困難であることが技術常識であり、ある遺伝子が疾患の診断に使用可能と認められるためには、当業者の技術常識を参酌すれば、その遺伝子が疾患の診断に使用可能であることが明らかでない場合、明細書において、当該遺伝子が疾患と有意に関連すること、すなわち、当該遺伝子をノックアウトした場合に個体における疾患状態が発生・減退すること、あるいは、統計学的に解析可能な程度に多数の個体からなる正常者群及び患者群において、遺伝子の塩基配列又は発現量が有意に異なること等、を示す必要がある。
　しかしながら、本願明細書には、上記（２）に記載したような、実験結果しか示されていない。つまり、第１の実験結果については、エンベリンにおけるテトラペプチドの挿入が、どの程度の頻度（サンプル数）で観察されるのか不明であるし、仮に、ＭＳ患者及び正常者１人ずつの比較により同定されたものと解した場合、当該テトラペプチドの挿入が単なる個体差による可能性を否定できるものではない。また、第２の実験結果については、正常者と配列を比較した５人のＭＳ患者のうち、「幾人か」の患者由来のＤＮＡでエンベリンの配列の修飾があったにすぎない。また、比較対照の正常者の配列が唯一であることから、ＭＳ患者と正常者のエンベリンをコードする塩基配列の相違が、単なる個体差による可能性を否定できない。
　したがって、これらの実験結果では、正常者と患者とのエンベリンの配列の相違と疾患とが、有意に関連することが裏付けられているとは言えず、本願発明１のenvの単離ポリヌクレオチドとＭＳとを関連づけるには不十分である。
　また、内因性レトロウイルスであれば、ＭＳに有意に関連するのであり、当該ウイルスの配列をＭＳの診断に使用可能という本願出願時の技術常識があったともいえない。
　したがって、エンベリンの塩基配列を利用して、ＭＳ患者と正常者とを区別することができるとは認められないから、請求項１に記載の配列SEQ ID:1（エンベリンをコードする2599塩基からなる塩基配列である）からなる単離ポリヌクレオチド、当該配列に由来する少なくとも14ヌクレオチドのコーディングフレーム、ならびに前記配列に相補的な配列からなる群より選択される配列からなる、単離ポリヌクレオチドは、ＭＳ等の疾患の診断に用いることができない。また、当該単離ポリヌクレオチドがコードする蛋白質を疾患状態にある個体に発現させれば、ＭＳ等の疾患状態が改善する等の薬理試験結果も何ら示されていないから、当該単離ポリヌクレオチドを用いて、疾患の予防や治療に用いることができるとは認められない。このように、当該単離ポリヌクレオチドは、有用性が不明のウイルスの一部をコードするものにすぎないから、当該ポリヌクレオチドに、技術的に意味のある他の用途を見出すことができない。
　
　次に、HERV-7qのgag配列やLTR配列と、MSとの関連性については、本願明細書において具体的な検討はなされておらず、当該配列を、ＭＳ等の疾患の検出に利用できるとは認められない。また、他に技術的に意味のある特定の用途を見出すことはできない。
　まして、単にHERV-7qのgag配列あるいはenv配列との相同性、及び、染色体における疾患との関連が従来述べられている領域に存在することに特徴があるにすぎないHGxやHExのモチーフが、多発性硬化症等の疾患と関連するとは到底認めることができず、また、他に技術的に意味のある特定の用途を見出すことはできない。
　そうすると、本願発明１に係る単離ポリヌクレオチドには、有用性が認められず、よって、本願発明１について、発明の詳細な説明の記載は、当業者が実施可能な程度に明確かつ十分になされたものではないから、この出願は特許を受けることができない。
　さらに、請求項１に記載される単離ポリヌクレオチドを診断試薬として用いることにより特定される、多発性硬化症の検出方法に係る本願発明２１は、上述した理由と同様の理由により、当業者が使用できるものではない。
　また、本願発明２１は、「分析すべき核酸と単離ポリヌクレオチドを含む診断試薬との相互作用の検出が多発性硬化症を示す」ことにより特定されるものであるが、「HERV-7q型配列（正常とみなされている個体から単離）」（段落【００２０】）と記載されていることから、請求項１の配列IDにより特定される塩基配列を有する単離ポリヌクレオチドは、正常個体の塩基配列を有するものであるから、そのような正常個体の塩基配列を有する単離ポリヌクレオチドと分析すべき核酸との相互作用の検出は、正常であることを示すとしても、多発性硬化症を示すとは認められない。したがって、この点でも、本願発明２１を当業者が実施可能でないことは明らかである。
　
（３−２）本願発明５について
　本願発明５は、単離タンパク質に係る化学物質発明であるが、（３−１）で述べたように、発明の詳細な説明の記載が当業者にとって実施可能な程度に明確かつ十分に記載されていると認められるためには、当業者が明細書の記載及び技術常識から、化学物質を製造可能なだけでなく、それを使用できるように技術的に意味のある特定の用途を有していることを裏付ける必要がある。
　ここで、本願発明５は、配列SEQ ID NO:１〜８、10、13、16、17、20〜22及び28に示される塩基配列中のナンセンスコドン、すなわち、アミノ酸をコードしないコドンが、Phe (F)、Leu (L)、Ser (S)、Tyr (Y)、Cys (C)、Trp (W)、Gln (Q)、Arg (R)、Lys (K)、Glu (E)又はGly (G)の１つをコードするコドンで置換されているポリヌククレオチドがコードするタンパク質であり、正常とみなされている個体から単離されたHERV-7q型配列中のナンセンスコドンを上記のアミノ酸をコードするコドンに置換してなるポリヌクレオチドから発現されるタンパク質に係るものである。
　しかし、そのようなタンパク質は天然に存在するものではなく、何に使用できるのか、不明である。さらに、本願発明５は、１４ヌクレオチドのコーディングフレームからなる単離ポリヌクレオチドから得られるタンパク質を含むものであり、これはわずか４アミノ酸からなるものであるが、そのような４アミノ酸からなるタンパク質を含む本願発明５は、本願明細書及び当業者の技術常識を参酌しても、その使用用途が全く不明である。
　よって、本願発明５について、発明の詳細な説明の記載は、当業者が実施可能な程度に明確かつ十分になされたものではないから、この出願は特許を受けることができない。
　
（４）審判請求人の主張
　審判請求人が、平成２１年７月２７日付で提出した手続補足書には、参考文献１〜８が証拠として示されており、同日付意見書において、これらの証拠に基づき、本願発明の単離ポリヌクレオチドにより、患者の生物学的試料において、自己免疫病因を有する神経病理学的症状の診断／検出が実際に可能であると主張している。 
　しかし、これらの参考文献１〜８は、いずれも、本願出願日後に公知となった文献であるから、本願出願日時点における従来技術であることを明示するものではなく、本願出願日当時の技術常識を裏付けるものとして参酌できない。
　　
　また、審判請求人が、平成２２年２月２２日付で提出した手続補足書には、甲１〜８号証が証拠として示されており、これらはいずれも、本願出願日前に公知となった文献である。
　これら証拠に基づき、審判請求人は、同年２月１８日付審判請求書の手続補正書において、以下の点を主張している。
(i)甲第１〜５号証を示しながら、 多くのヒト内因性レトロウイルスのヌクレオチドがヒト組織で発現することは当該分野において公知であると述べ、本願発明者らによって報告された論文である甲第６及び７号証には、EST分析により、HERV-7ファミリーのメンバーの転写物が発現されること等が示されているから、HERV-7qファミリーのポリヌクレオチドが、転写され、生物学的機能を有するタンパク質を生じること、出願時の技術常識を考慮すれば、本願明細書の開示に接した当業者は、具体的な発現実験の結果が記載されていなくとも、本願発明のHERV-7qファミリーのポリヌクレオチドがヒトにおいて転写され、翻訳されることを理解すると主張している。
　また、甲１号証には、ヒト内因性レトロウイルスにおけるDNA多型と自己免疫疾患との間の関連はHRES-1及び多発性硬化症について証明されていること、本願発明のHERV-7qファミリーのポリヌクレオチドは、多発性硬化症に対して感受性を示すと考えられる領域内又は該領域に近接して位置していること(段落【0020】)、HERV-7q envが、免疫調節モチーフ等の各種のモチーフを含有していること(段落【0009】及び【0046】、図５)、LTRがスーパー抗原をエンコードし得ることも教示されていること(段落【0029】)から、HERV-7qファミリーのポリヌクレオチドが、ウイルス又はレトロウイルス起源の生物学的に活性なポリペプチドとのその類似性により、自己免疫疾患の発症に関与する生物学的に活性なタンパク質として発現することを強く示していると主張している。
　
　しかしながら、本願発明１、２１は、単離ポリヌクレオチド及びそれを診断試薬として用いる方法に係るものであって、タンパク質に関する発明ではないから、審判請求人の、HERV-7qファミリーがタンパク質として発現することに関する上記の主張は、本願発明１、２１と関係がないものである。
　また、本願発明５は、単離タンパク質に関するものではあるが、HERV-7qファミリーのポリヌクレオチドに対して、ナンセンスコドンをアミノ酸をコードするコドンに置換を施してなるポリヌクレオチドの発現産物であるから、天然に存在するものではない。しかも、（３−２）で述べたように、そのような発現産物であるタンパク質のうちの、わずか４アミノ酸からなるタンパク質も包含するものであるから、本願発明５のタンパク質に含まれる任意のものが、ヒトにおいて転写・翻訳により発現し、あるいはその一部分であるとは認められない。まして、自己免疫疾患の発症に関与する生物学的に活性なタンパク質として発現するとは到底認められない。
　したがって、上記の請求人の主張は採用できない。
　
(ii)審判請求人は、甲第６号証、甲第８号証、特表平１１−５０２４１６号公報等を示しながら、HERV-7qは、多発性硬化症に関連することが知られている外因性レトロウイルスＭＳＲＶと配列相同性が高いこと、マウス内因性レトロウイルス及びヒツジ内因性レトロウイルスは、感染性及び病原性のビリオンを産生し、神経学的疾患等を引き起こすこと、これら内因性ウイルスとの類似性に基づけば、当業者は、HERV-7qが多発性硬化症の病因に関与することを理解すると主張している。
　しかし、MSRVとHERV-7qとの配列相同性が高いことが示されているのはpol領域のみであって、envやgag領域はむしろ異なっていることが記載されている（段落【００１９】）。そして、polがレトロウイルスにおいて最も保存されていることは知られているから（甲８号証7587頁右欄１９〜２０行）、HERV-7qの配列がMSRVと相同性が高いこと等を根拠に、HERV-7qが多発性硬化症の病因に関与すると理解する旨の主張は採用できない。
　
（５）小括
　したがって、本願発明１、５、２１について、本願の発明の詳細な説明の記載は、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分になされたものではなく、本願は特許法第３６条第４項の規定に違反するものである。
　
４．特許法第３６条第６項第１号
（１）当審の判断
　本願明細書には、上記３．（３）で述べた通り、本願発明１に記載される単離ポリヌクレオチドが、MS等の疾患の診断に用いることができることを裏付けるのに足る実験結果は記載されておらず、また、本願出願日当時の技術常識から、当該ポリヌクレオチドをMSの診断に用いることができることが明らかともいえないから、請求項１に記載される単離ポリヌクレオチドを診断試薬して用いることにより特定される多発性硬化症の検出方法に係る本願発明２１は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（２）小括
　したがって、本願発明２１は、発明の詳細な説明に記載したものではないから、本願は特許法第３６条第６項第１号の規定に違反するものである。
　　
５．むすび
　以上のとおりであるから、本願は、本願請求項１、５及び２１に記載の発明について、特許法第３６条第４項に規定される要件を満たしておらず、また、本願請求項２１に記載の発明について、特許法第３６条第６項第１号に規定される要件を満たしていないから、特許を受けることができない。したがって、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。