【事件の表示】
　特願２００４−２０５７４６「高分子化合物の結合評価方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１８年　２月　２日出願公開、特開２００６−　２８０３８〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は、平成１６年７月１３日の出願であって、
　平成２２年５月２４日付けの拒絶理由通知に対し、平成２２年８月２日付けで意見書及び手続補正書並びに手続補足書の提出がなされ、
　平成２２年８月３１日付けの拒絶査定に対し、平成２２年１１月１８日付けで審判請求がなされ、
　平成２４年９月３日付けの拒絶理由通知に対し、平成２４年１１月５日付けで意見書及び手続補足書の提出がなされ、
　平成２５年５月２４日に面接による技術説明がなされたものである。
　
２．本願発明
　本願の請求項１〜２に記載された発明は、平成２２年８月２日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された、次のとおりのものである。
「【請求項１】アデニル酸シクラーゼに対するフォルスコリンの結合を数値計算に基づいて評価する方法であって、
アデニル酸シクラーゼの活性部位に対するフォルスコリンの結合位置を複数設定して得られた、アデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとから成る各解析モデルのそれぞれについて、古典分子動力学法を用いて位置エネルギーと運動エネルギーとの和である内部エネルギーを数値計算し、内部エネルギーが最小値となる結合位置をアデニル酸シクラーゼの活性部位に対するフォルスコリンの結合位置として特定する第１ステップと、
前記第１ステップで特定された結合位置にて結合するアデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとから成る解析モデルについて、フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定し、当該限定領域についての波動関数Φ（ｒ）と有効ポテンシャルＶ（ｒ）の初期値を設定する第２ステップと、
前記第２ステップで設定した波動関数Φ（ｒ）の初期値を下記（１）式に代入することで、前記限定領域の電荷密度ρ（ｒ）の初期値を算出する第３ステップと、
前記第２ステップで設定した有効ポテンシャルＶ（ｒ）の初期値と、前記第３ステップで算出した電荷密度ρ（ｒ）の初期値とに基づいて、下記（２）式で表されるシュレディンガーの波動方程式を解くことにより、前記限定領域の波動関数Φ（ｒ）を算出する第４ステップと、
前記第４ステップで算出した波動関数Φ（ｒ）を下記（１）式に代入することで、前記限定領域の電荷密度ρ（ｒ）を算出する第５ステップと、
前記第５ステップで算出した電荷密度ρ（ｒ）と前回算出した電荷密度ρ（ｒ）とが等しいか否かを判断し、両者が等しくない場合には、前記シュレディンガーの波動方程式を解くことで得られた波動関数Φ（ｒ）及び有効ポテンシャルＶ（ｒ）を新たな初期値として第４ステップに戻る一方、両者が等しい場合には、次ステップに移行する第６ステップと、
前記第６ステップで等しいと判断された電荷密度ρ（ｒ）を下記（３）及び（４）式で表される福井関数に代入することで、前記限定領域における電子受容性の度合いを示すＬＵＭＯｆ＋（ｒ）及び電子供与性の度合いを示すＨＯＭＯｆ−（ｒ）を算出する第７ステップと、を有し、
前記第７ステップによるＬＵＭＯｆ＋（ｒ）及びＨＯＭＯｆ−（ｒ）の算出結果に基づいて、前記限定領域においてアデニル酸シクラーゼのどの原子とフォルスコリンのどの原子とが結合するかを特定することを特徴とする結合評価方法。
【数１】
【請求項２】前記第７ステップで算出したＬＵＭＯｆ＋（ｒ）及びＨＯＭＯｆ−（ｒ）を画像表示する第８ステップと、前記第８ステップによる画像表示結果に基づいて、前記限定領域においてアデニル酸シクラーゼのどの原子とフォルスコリンのどの原子とが結合するかを特定する第９ステップと、をさらに有することを特徴とする請求項１記載の結合評価方法。」
　
３．通知された拒絶の理由の概要
　平成２４年９月３日付けの拒絶理由通知書には、
　その理由２として「この出願は、特許請求の範囲の記載が下記の点で不備のため、特許法第３６条第６項第１号に適合するものではなく、特許法第３６条第６項に規定する要件を満たしていない。」との理由と、
　その理由３として「この出願は、発明の詳細な説明の記載が下記の点で不備のため、特許法第３６条第４項第１号に適合するものではなく、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。」との理由が示され、
　その「記」には、
『１．理由２〜３について
（１）平成２２年８月２日付けの手続補正により『前記第１ステップで特定された結合位置にて結合するアデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとから成る解析モデルについて、フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定』という事項が発明特定事項として導入され、
　同日付けの意見書においては『今回の補正によって、…評価対象分子（フォルスコリン）及び高分子化合物（アデニル酸シクラーゼ）の評価対象分子に隣接する部分を含む「限定領域」がどのような領域か明確となったため、拒絶理由５の４）は解消したものと確信いたします。』との釈明がなされている。
　而して、本願明細書の段落００１６〜００１９においては「限定領域Ｇの設定方法について図３」を参照して説明がなされているところ、当該「図３」は「水素原子に属する電子」について数値計算したグラフの場合であって、当該「水素原子」は他の原子と結合状態にない（他の原子の電子の存在を考慮する必要がない）ことから、１０〜２０Å離れた距離において電子の存在確率が実質的にゼロとなり得るが、
　本願明細書に添付された図２に図示された「Ｇ：限定領域」は「Ａ：アデニル酸シクラーゼ」という巨大分子の一部を切り取る断面によって数値計算の対象領域を限定しているため、当該「断面」の部分においては当該「アデニル酸シクラーゼ」に由来する原子核及び原子間結合の部分に局在し得る電子の存在確率が実質的にゼロになり得ない。
　このため、補正後の「特定された結合位置にて結合するアデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとから成る解析モデル」において『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定』するという事項を発明特定事項とする本願請求項１の記載は、本願明細書の発明の詳細な説明に記載された「図２」の具体例の記載と整合性がないので、本願請求項１〜２に記載された発明が、本願明細書の発明の詳細な説明に実質的に記載されているとは認められない。
　また、本願明細書の段落００３０〜００３４の記載における「図４」の特性図については、アデニル酸シクラーゼとの相互作用を考慮した結果になっていることが裏付けられてないので、フォルスコリンが単独に存在した場合の等価曲面を示しているにすぎないように解され、補正後の「特定された結合位置にて結合するアデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとから成る解析モデル」としてのフォルスコリン近傍領域における等価曲面の特性図を示しているように解せない。
　してみると、補正後の本願請求項１の記載に特段の「明りようでない記載」は見当たらないものの、補正後の本願請求項１に記載された発明については、明細書のサポート要件を満たし得るものとは認められない。 
　そして、一般的な数値計算においては、対象分子〔例えば、フォルスコリン（Ｃ２２Ｈ３４Ｏ７）においては６３個の原子〕が収まる直方体空間（例えば、ｘ＝０〜３０Å、ｙ＝０〜２０Å、ｚ＝０〜２０Åの座標空間）を「限定領域」として波動関数Φ（ｘ，ｙ，ｚ）を求めるのが普通であるのに対して、
　補正後の『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として…距離ｒを半径とする３次元空間』という「限定領域」は、合計６３個の各原子の原子核を中心とする特定の空間を想定するという点で、その立体構造が複雑になるため、
　具体的にどのように当該「限定領域」をコンピュータ上で設定して本願請求項１〜２に係る発明を実施できるのか、本願明細書の発明の詳細な説明を精査しても実施可能要件を満たし得る程度の説示があるとは認められない。
　したがって、本願請求項１〜２の記載は、特許を受けようとする発明が発明の詳細な説明に記載したものであるとはいえないから、特許法第３６条第６項第１号に適合するものではなく、
　本願明細書の発明の詳細な説明の記載は、当業者が本願請求項１〜２に係る発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載しているものではないから、特許法第３６条第４項第１号に適合するものではない。
（２）平成２２年８月２日付けの手続補正により（１）〜（４）の数式が発明特定事項として導入され、
　同日付けの意見書においては『今回の補正によって、…各ステップで数値計算に使用する計算式を具体的に特定したため、拒絶理由５の２）は解消し…福井関数を具体的に特定することで、どのような手法で「電子状態の不安定な部位」を検出するのかが明確となり…拒絶理由５の５）は解消したものと確信いたします。』との釈明がなされている。
　しかしながら、当該（１）〜（４）の数式は基本的に一粒子系の数式であることから、合計６３個の原子からなる「フォルスコリン」や、巨大なタンパク質分子の一種である「アデニル酸シクラーゼ」の数値計算を行う場合に、分子軌道とエネルギーを分子全体で整合させることなく、当該（１）〜（４）の数式をそのまま使用し得るものとは認められない。
　そして、本願請求項１〜２に記載された発明の「数値計算」を行うために必要なコンピュータ・プログラムの内容について、本願明細書の発明の詳細な説明には、摘記２ｃのように「市販のプログラム」の名称などを記載することによる開示がされていない（若しくは、オリジナルなプログラムを策定するのに必要かつ十分な程度の理論及び数式が開示されていない）ことから、本願明細書の発明の詳細な説明の記載が実施可能要件を満たし得る程度の記載になっているとは認められない。
　また、本願明細書の段落００３５の「特性図については、原子が入り組んでいて図示し難いので省略する。」との記載に関して、コンピュータで図示し得るものが「図示し難い」というのは尋常ではなく、このように「図示し難い」ものであるとすれば、特に本願請求項２の「画像表示」をすることは、当業者といえども実施困難なものと認められる。
　したがって、本願明細書の発明の詳細な説明の記載は、当業者が本願請求項１〜２に係る発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載しているものではないから、特許法第３６条第４項第１号に適合するものではない。』
との指摘がなされている。
　
４．本願明細書の記載
　平成２２年８月２日付けの手続補正により補正された本願明細書の発明の詳細な説明には、次の記載がある。
「【０００８】
　本発明によれば、高分子化合物と評価対象化合物との結合部位を、評価対象分子及び高分子化合物の評価対象分子に隣接する部分を含む所定限定領域における電子状態の不安定な部位として数値計算によって検出するので、電子数が極めて多い高分子化合物を含む解析対象を効率的に数値解析することが可能であり、したがって従来の実験に基づく結合部位の解析手法に比較して結合部位の解析効率を飛躍的に向上させることができる。
…
　【００１５】
　このようにしてフォルスコリンＢの結合位置が特定されると、当該結合位置におけるフォルスコリンＢとアデニル酸シクラーゼＡとの結合部位がステップＳ２〜Ｓ９の処理に基づいて特定される。このうちステップＳ２〜Ｓ６は、フォルスコリンＢ及びアデニル酸シクラーゼＡのフォルスコリンＢに隣接する部分を含む所定の限定領域Ｇについて波動関数Φ（ｒ）を求めることにより当該限定領域Ｇの電荷密度ρ（ｒ）をコンピュータを用いた数値計算によって求める工程（電荷密度算出工程）である。なお、波動関数Φ（ｒ）及び電荷密度ρ（ｒ）において、ｒは３次元空間上の座標を示す変数である。
　【００１６】
　ここで、上記限定領域Ｇの設定方法について図３をも参照して説明する。図３は、水素原子に属する電子（１ｓ軌道の電子）の波動関数Ｒ（ｋ）を原子核を基点とした動径方向の距離ｋを変数として数値計算したグラフである。なお、このグラフでは、便宜上波動関数Ｒ（ｋ）に距離ｋを乗算した値を縦軸とし、また横軸は原子核からの距離を単位ａ．ｕ．（１ａ．ｕ．＝０．５２９オングストローム）で示している。
　【００１７】
　波動関数Ｒ（ｋ）は、周知のように電子の存在確率を示すものであり、このグラフでも原子核の位置では「０」であるが、距離ｋが大きくなるに従って大きくなり、原子核に比較的近いある距離において最大値を取ると、その後徐々に減少して「０」に漸近する。すなわち、波動関数Ｒ（ｋ）が有意な値を取り得る距離範囲は原子核近傍に限定されており、この範囲よりも遠方の距離範囲では殆ど「０」とみなすことができる。このような波動関数Ｒ（ｋ）の変化特性は、水素原子に属する電子だけではなく、他の原子、他の軌道に属する電子についても同様である。
　【００１８】
　本実施形態では、このような波動関数の変化特徴を考慮することにより、波動関数が有意な値を取り得る距離範囲を上記限定領域Ｇとし、つまり３次元位置を表す変数ｒの範囲を波動関数が十分に大きな値を取り得る領域に限定し、この限定領域Ｇの波動関数Φ（ｒ）のみを求めることにより当該限定領域Ｇの電荷密度ρ（ｒ）を算出する。波動関数Φ（ｒ）が有意な値を取り得る距離範囲は原子の種類及び電子軌道によって多少異なるが、原子核から１０〜２０オングストローム離れた距離では、殆どの原子及び電子軌道における電子の波動関数Φ（ｒ）は「０」に漸近していると考えることができる。
　【００１９】
　以上の観点から本実施形態では、限定領域Ｇを規定するしきい値として１０〜２０オングストロームを採用し、これによってフォルスコリンＢを構成する各原子の原子核を中心として半径１０〜２０オングストローム内の３次元空間を限定領域Ｇに設定している。この限定領域Ｇは、フォルスコリンＢとアデニル酸シクラーゼＡのフォルスコリンＢに隣接する部分とを含む３次元空間である。このような限定領域Ｇを設定することにより、以下に説明する電荷密度算出工程における計算量が限定領域Ｇを設けない場合に比較して大幅に減少する。
…
　【００３９】
（２）上記実施形態では、限定領域Ｇを規定するしきい値として１０〜２０オングストロームを採用することによりフォルスコリンＢを構成する各原子の原子核を中心として半径１０〜２０オングストローム内の３次元空間を限定領域Ｇに設定し、このような限定領域Ｇを設定することによりＬＵＭＯｆ＋（ｒ）及びＨＯＭＯｆ−（ｒ）の算出に必要となる電荷密度ρ（ｒ）の算出における計算量を大幅に削減して解析効率を飛躍的に向上させている。そして、このような限定領域Ｇは、フォルスコリンの構成原子に属する電子の波動関数Φ（ｒ）が原子核から１０〜２０オングストローム離れた距離において「０」に漸近していると考えることができるという知見に基づいている。」
　
　また、本願の願書には、図２、図３及び図４の（ｃ）として、次のとおりの図面が添付されている。
「【図２】
　【図３】
　【図４】　…
」
　
５．判断
（１）本願の「限定領域」について
ア．上記拒絶理由通知書の「記」の『１．（１）』の項では、
『補正後の「特定された結合位置にて結合するアデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとから成る解析モデル」において『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定』するという事項を発明特定事項とする本願請求項１の記載は、本願明細書の発明の詳細な説明に記載された「図２」の具体例の記載と整合性がないので、本願請求項１〜２に記載された発明が、本願明細書の発明の詳細な説明に実質的に記載されているとは認められない。』という第１の指摘と、
『具体的にどのように当該「限定領域」をコンピュータ上で設定して本願請求項１〜２に係る発明を実施できるのか、本願明細書の発明の詳細な説明を精査しても実施可能要件を満たし得る程度の説示があるとは認められない。』という第２の指摘がなされている。
　
イ．これに対して、平成２４年１１月５日付けの意見書では、
『当該ご指摘は、本願明細書に添付した図２が解析モデルを模式図として示していることに原因があると思います。アデニル酸シクラーゼは周知のように分子量が巨大な蛋白質であり、一方、フォスコリンは上記アデニル酸シクラーゼに比較すると分子量が大幅に小さな化合物です。つまり、両者の分子量にあまりにも大きな違いがあります。このために、図２では、アデニル酸シクラーゼの活性部位に対するフォスコリンの結合位置（位置関係）を特定するための解析モデルを図示するに際して、大幅に簡略化した模式図として示しました。また、アデニル酸シクラーゼ及びフォスコリンは何れも三次元構造を有する分子であり、これを特許図面として平面図化するに当たり、大幅に簡略化した模式図とせざるを得ませんでした。図２では、上述した事情により、フォルスコリンを構成する個々の原子を記載することなく、１つの塊のように表現し、その回りに限定領域が設定されているように描かれていますが、実際の「限定領域」は、補正後の請求項１に記載されているように、「フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間」として規定されるものです。なお、後述しますが、このような限定領域を、フォルスコリンを構成する各原子毎に設定することは、本願発明の最も特徴とするところであり、また本願発明を完成させる上で最も重要なブレークスルーとなった事柄です。』という第１の釈明と、
『本願発明では、フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心とした各限定領域の電荷密度ρ(ｒ)を求める関係で、直交座標系ではなく、極座標を用いております。有限要素法などでは一般に直交座標系が用いられますが、対象物を粒子として取り扱う解析処理において、対象物の取り扱いが容易になるので一般的に極座標を用います。本願発明では、各原子の原子核を中心とした各限定領域、つまり各原子の原子核を中心とした球形の三次元空間を取り扱うに際し、このような球形の三次元空間を定義するのに適した極座標を採用しております。このような極座標を用いても、数値計算する上で特に不都合は生じておりません。』という第２の釈明がなされている。
　
ウ．上記第１の釈明及び第２の釈明を踏まえて、上記第１の指摘及び第２の指摘の当否について検討する。
　
（ア）上記意見書の第１の釈明の『図２では、上述した事情により、フォルスコリンを構成する個々の原子を記載することなく、１つの塊のように表現し、その回りに限定領域が設定されているように描かれていますが、実際の「限定領域」は、補正後の請求項１に記載されているように、「フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間」として規定されるものです。』との釈明によれば、
　本願の願書に添付された「図２」の「Ｇ：限定領域」として図示される「
」という部分や、
　本願明細書の段落０００８の「本発明によれば、高分子化合物と評価対象化合物との結合部位を、評価対象分子及び高分子化合物の評価対象分子に隣接する部分を含む所定限定領域における電子状態の不安定な部位として数値計算によって検出する」との記載における「所定限定領域」や、
　同段落００１５の「フォルスコリンＢ及びアデニル酸シクラーゼＡのフォルスコリンＢに隣接する部分を含む所定の限定領域Ｇについて波動関数Φ（ｒ）を求める」との記載における「所定の限定領域Ｇ」や、
　同段落００１９の「この限定領域Ｇは、フォルスコリンＢとアデニル酸シクラーゼＡのフォルスコリンＢに隣接する部分とを含む３次元空間である。」との記載における「３次元空間」の「限定領域Ｇ」は、分子相互の隣接部分を含む３次元空間を意味するものであるから、
　原子核を対象とした本願請求項１に記載された『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定し』との記載における「限定領域」に該当するものではないものと解さざるを得ない。
　
（イ）また、本願明細書の段落００１６の「上記限定領域Ｇの設定方法について図３をも参照して説明する。図３は、水素原子に属する電子（１ｓ軌道の電子）の波動関数Ｒ（ｋ）を原子核を基点とした動径方向の距離ｋを変数として数値計算したグラフである。」との記載における「図３」は、分子状態にない孤立した「水素原子」それ自体の場合のグラフであるから、
　化学式がＣ２２Ｈ３４Ｏ７で表されるフォルスコリン（及びその誘導体）という分子を構成する化学結合状態にある「水素原子」や「炭素原子」や「酸素原子」の場合のものに、そのまま適用できるものではなく、
　同段落００１７の『波動関数Ｒ（ｋ）が有意な値を取り得る距離範囲は原子核近傍に限定されており、この範囲よりも遠方の距離範囲では殆ど「０」とみなすことができる。』との記載、及び
　同段落００１８の『波動関数Φ（ｒ）が有意な値を取り得る距離範囲は原子の種類及び電子軌道によって多少異なるが、原子核から１０〜２０オングストローム離れた距離では、殆どの原子及び電子軌道における電子の波動関数Φ（ｒ）は「０」に漸近していると考えることができる。』との記載も、
　分子状態にない孤立した原子の場合のことであって、分子を構成する化学結合状態にある原子の場合のものにおいては、遠方の距離範囲においても他の原子核の存在によって波動関数や電子密度を「０」とみなすことができないので、原子核から１０〜２０オングストローム離れた距離における電子の波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近していると考えることはできない。
　
（ウ）そして、同段落００１９の「限定領域Ｇを規定するしきい値として１０〜２０オングストロームを採用し、これによってフォルスコリンＢを構成する各原子の原子核を中心として半径１０〜２０オングストローム内の３次元空間を限定領域Ｇに設定している。」との記載における「限定領域Ｇ」について、
　フォルスコリンの化学構造は、本願の願書に添付された図４の（ｃ）において、Ｒ６がＨ、Ｒ７がＣＨ３、Ｒ１３がＣＨ＝ＣＨ２であって、次の「
」という化学構造を有するものであるところ（必要ならば、ＩＨＩ技報 Vol.49 No.1の第１７頁の表１を参照されたい。http://www.ihi.co.jp/var/ezwebin_site/storage/original/application/85c33fb692f594f0472f9de8d2c6f557.pdf）、これら合計６３個の原子からなるフォルスコリンの各原子の原子核を中心として半径１０〜２０オングストロームの３次元空間を限定領域Ｇに設定したとしても、例えば、炭素と炭素の一重結合における原子間距離は約１．５Å程度、炭素と水素の結合における原子間距離は約１．１Å程度なので、合計６３個ごとに設定した３次元空間の限定領域は相互に殆ど重複してしまい、
　その半径１０〜２０オングストロームの３次元空間における遠方の距離範囲において、その波動関数や電子密度を「０」とみなすことができないことは明らかであって、各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする限定領域を半径１０〜２０オングストロームの３次元空間の中で設定できないことは明らかである。
　
（エ）さらに、上記意見書の第２の釈明の『本願発明では、各原子の原子核を中心とした各限定領域、つまり各原子の原子核を中心とした球形の三次元空間を取り扱うに際し、このような球形の三次元空間を定義するのに適した極座標を採用しております。』との釈明によれば、
　本願請求項１に記載された発明は、極座標を採用して波動関数Φ（ｒ）を算出する必要があるものと認められるところ、
　分子状態にない孤立した原子の場合においては、系内の対称性が単純になる関係で極座標の採用が有利になり得るものの、本願請求項１に記載された『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定し』との記載における「限定領域」ないし「３次元空間」においては、その半径１０〜２０オングストロームの３次元空間の中に、フォルスコリンを構成する合計６３個もの原子核が存在するため系内の対称性が成り立たず、極座標に基づく計算が著しく複雑かつ困難なものとなる。
　然れども、本願明細書の発明の詳細な説明には、極座標を用いた計算方法について、当業者がその実施をすることができる程度の明確かつ十分な記載がなされていないので、当業者と雖も本願請求項１に記載された発明の波動関数Φ（ｒ）を算出することができない。
　
（オ）加えて、本願請求項１に記載された「前記限定領域の波動関数Φ（ｒ）を算出する第４ステップ」との記載における「限定領域の波動関数Φ（ｒ）」や、同じく「前記限定領域の電荷密度ρ（ｒ）を算出する第５ステップ」との記載における「限定領域の電荷密度ρ（ｒ）」や、同じく「前記限定領域においてアデニル酸シクラーゼのどの原子とフォルスコリンのどの原子とが結合するかを特定することを特徴とする結合評価方法」との記載における『限定領域において…特定する』は、
　本願請求項１に記載された『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定し』との記載における「限定領域」において、その波動関数、電荷密度、及び結合の特定を行っていることを意味するものと解さざるを得ないところ、
　各原子の原子核を中心として設定された「限定領域」は、各原子に基づいて設定されたものであって、本願の願書に添付された「図２」の「Ｇ：限定領域」として図示されるものでも、フォルスコリンという評価対象化合物の分子全体に基づいて設定されたものでもないとされていないものであることから、
　技術的な辻褄が合わず、本願請求項１に記載された「アデニル酸シクラーゼに対するフォルスコリンの結合を数値計算に基づいて評価する方法」を具体的に実施できる程度の記載があると認めることはできず、また、当該評価方法が発明の詳細な説明に記載されているとも認めることができない。
　
（カ）そうしてみると、本願請求項１に記載された『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として波動関数Φ（ｒ）が「０」に漸近する距離ｒを半径とする３次元空間を限定領域として設定し』との記載における「限定領域」について、
　上記『本願請求項１の記載は、本願明細書の発明の詳細な説明に記載された「図２」の具体例の記載と整合性がないので、本願請求項１〜２に記載された発明が、本願明細書の発明の詳細な説明に実質的に記載されているとは認められない。』という第１の指摘に係る記載不備と、
　上記『具体的にどのように当該「限定領域」をコンピュータ上で設定して本願請求項１〜２に係る発明を実施できるのか、本願明細書の発明の詳細な説明を精査しても実施可能要件を満たし得る程度の説示があるとは認められない。』という第２の指摘に係る記載不備は、
　上記第１の釈明及び第２の釈明を斟酌したとしても、また、本願明細書の発明の詳細な説明の記載を精査しても、解消し得るものとは認められない。
　
（キ）したがって、本願請求項１〜２の記載は、特許を受けようとする発明が発明の詳細な説明に記載したものであるとはいえないから、特許法第３６条第６項第１号に適合するものではなく、
　本願明細書の発明の詳細な説明の記載は、当業者が本願請求項１〜２に係る発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載しているものではないから、特許法第３６条第４項第１号に適合するものではなく、
　本願は、平成２４年９月３日付けの拒絶理由通知書に示した理由２及び３の拒絶の理由を依然として解消していないものである。
　
（２）本願の（１）〜（４）の数式について
ア．上記拒絶理由通知書の「記」の『１．（２）』の項では、
『当該（１）〜（４）の数式は基本的に一粒子系の数式であることから、合計６３個の原子からなる「フォルスコリン」や、巨大なタンパク質分子の一種である「アデニル酸シクラーゼ」の数値計算を行う場合に、分子軌道とエネルギーを分子全体で整合させることなく、当該（１）〜（４）の数式をそのまま使用し得るものとは認められない。』という第３の指摘がなされている。
　
イ．これに対して、平成２４年１１月５日付けの意見書では、
『このようなご指摘も本願発明に対する根本的な誤解に基づくものであると思料致します。式（１）〜（４）を用いた電荷密度ρ（ｒ）及び電子受容性及び電子供与性の度合いは、フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として設定された各限定領域について計算されるものです。また、このような（１）〜（４）を用いた計算は、第１ステップの後で行われるものであり、この状態においてアデニル酸シクラーゼとフォルスコリンとは相互作用を考慮する必要はありません。したがって、分子軌道とエネルギーを分子全体で整合させるような処置は必要ありません。』という第３の釈明がなされている。
　なお、平成２５年５月２４日に行われた面接による技術説明では、本願請求項１の「電荷密度ρ（ｒ）を下記（３）及び（４）式で表される福井関数に代入することで、前記限定領域における電子受容性の度合いを示すＬＵＭＯｆ＋（ｒ）及び電子供与性の度合いを示すＨＯＭＯｆ−（ｒ）を算出する第７ステップ」において、当該（３）及び（４）式の他に「ノウハウ」としての数式を用いることが説明され、
　さらに、上記技術説明においては、当該「ノウハウ」がなくても福井関数の算出が可能であることを裏付ける論文、並びに、本願請求項１に記載された（２）式が多原子系の分子でもできることを立証する論文を、平成２５年６月７日までに提出することとなった（平成２５年５月２４日付けの面接記録参照）が、これら論文についての提出は当該期日までになされなかった。
　
ウ．上記第３の釈明を踏まえて、上記第３の指摘の当否について検討する。
　
（ア）まず、上記意見書の「式（１）〜（４）を用いた電荷密度ρ(ｒ)及び電子受容性及び電子供与性の度合いは、フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として設定された各限定領域について計算されるものです。」との釈明における『フォルスコリンを構成する各原子の原子核を中心として設定された各限定領域について計算されるもの』は、フォルスコリンを構成する合計６３個の原子（炭素原子２２個、水素原子３４個、及び酸素原子７個）の各原子核を中心として合計６３個の限定領域について計算されることになるが、
　量子計算における一般的な分子軌道法では、各基底関数の線形結合によって分子軌道を表現する「近似」を採用しているところ、上記意見書の『分子軌道とエネルギーを分子全体で整合させるような処置は必要ありません』との釈明のように、上記「合計６３個の限定領域」について計算された『電荷密度ρ（ｒ）及び電子受容性及び電子供与性の度合い』が分子全体で整合させる処置がなされていないとすると、合計６３個の各限定領域ごとに計算された結果が全く統合されていないことから、フォルスコリンという評価対象化合物の分子としての『電荷密度ρ（ｒ）及び電子受容性及び電子供与性の度合い』が求められないことになる。
　
（イ）また、本願請求項１の「電荷密度ρ（ｒ）を下記（３）及び（４）式で表される福井関数に代入することで、前記限定領域における電子受容性の度合いを示すＬＵＭＯｆ＋（ｒ）及び電子供与性の度合いを示すＨＯＭＯｆ−（ｒ）を算出する第７ステップ」については、
　平成２５年５月２４日に行われた面接による技術説明では、当該（３）及び（４）式の他に「ノウハウ」としての数式も用いるとして説明されているところ、当該「ノウハウ」としての数式の内容が、本願明細書の発明の詳細な説明に記載されていないので、当業者と雖も本願請求項１に係る発明を実施できないことは明らかである。
　
（ウ）そうしてみると、本願請求項１に記載された「
」との記載における『（１）〜（４）の数式』について、
　上記『当該（１）〜（４）の数式をそのまま使用し得るものとは認められない。』という第３の指摘に係る記載不備は、
　上記第３の釈明を斟酌し、本願明細書の発明の詳細な説明の記載を精査しても、解消し得るものとは認められない。
　
（エ）したがって、本願明細書の発明の詳細な説明の記載は、当業者が本願請求項１〜２に係る発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載しているものではないから、特許法第３６条第４項第１号に適合するものではなく、
　本願は、平成２４年９月３日付けの拒絶理由通知書に示した理由３の拒絶の理由を依然として解消していないものである。
　
６．むすび
　以上のとおり、本願は、特許法第３６条第４項及び第６項に規定する要件を満たしていないから、その余の事項について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。