【事件の表示】
　特願２００３−５７９７５７「ヒト代謝モデルおよび方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年１０月　９日国際公開、ＷＯ０３／８２２１４、平成１７年　７月２１日国内公表、特表２００５−５２１９２９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　米国での優先基礎出願　ＵＳ　６０／３６８５８８　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　２００２（平成１４）年３月２９日
　国際出願　ＰＣＴ／ＵＳ０３／０９７５１
　本願出願　特願２００３−５７９７５７号
　　　　　　　　　　　　　　　　　　（平成１５年３月２７日）
　拒絶理由通知書　　　　平成２１年　２月　３日付け
　意見書・手続補正書    　平成２１年　８月１０日付け
　拒絶査定平成２１年　８月２５日付け
　審判請求書・手続補正書　平成２１年１２月２８日付け
　前置審査報告平成２２年　３月　５日付け
第２　平成２１年１２月２８日付けの手続補正についての補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
　審判請求と同時に行った平成２１年１２月２８日付けの手続補正（以下，本願補正という。）を却下する。
　
［理由］
１．補正の内容
　本願補正は，本願補正前（平成２１年８月１０日付け手続補正書参照）には請求項１〜６６であったものを，本件補正によって請求項１〜６５に補正したものであって，本願補正前の請求項１０が削除されたものである。本願補正前の請求項１は，本願補正後の請求項１に対応したものであるから，補正の内容を検討するに際しては，本願補正前の請求項１と本願補正後の請求項１について次のように対比検討する。
　本願補正により補正された特許請求の範囲の請求項のうち，請求項１の記載は，本願補正前に
「　【請求項１】
　コンピューター読み取り可能媒体上に格納されたプログラムであって，該プログラムは，コンピューターによって実行可能であり，該プログラムは、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能を予測するためのものであり、該コンピューターは、入力手段と、処理手段と、表示手段とを含み、該プログラムが該処理手段によって実行されると、
　該プログラムは、
　（ａ）該入力手段が、複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物を複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に関連づけるデータ構造を提供することであって、該データ構造は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物および反応のリストを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応の各々は、該反応の基質として同定された反応物と、該反応の産物として同定された反応物と、該基質および該産物に関連する化学量論係数とを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応のうちの少なくとも１つは、該反応を実行する高分子をエンコードする関連の遺伝子を示すように注釈される、ことと、
　（ｂ）該入力手段が、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に対する上限の境界または下限の境界の束縛セットを提供することと、
　（ｃ）該処理手段が、該束縛セットが該データ構造に適用される場合に、目的関数を最小化または最大化する少なくとも１つの流束分布を決定することであって、該少なくとも１つの流束分布は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である、ことと、
　（ｄ）該処理手段が、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である該少なくとも１つの流束分布を該表示手段上に表示することと
　を行わせる、プログラム。」（以下，「旧請求項１」という。）
とあったものを，
　
「　【請求項１】
　コンピューター読み取り可能媒体上に格納されたプログラムであって、該プログラムは、コンピューターによって実行可能であり、該プログラムは、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能を予測するためのものであり、該コンピューターは、入力手段と、処理手段と、表示手段とを含み、該プログラムが該処理手段によって実行されると、
　該プログラムは、
　（ａ）該入力手段が、複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物を複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に関連づけるデータ構造を提供することであって、該データ構造は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物および反応のリストを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応の各々は、該反応の基質として同定された反応物と、該反応の産物として同定された反応物と、該基質および該産物に関連する化学量論係数とを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応のうちの少なくとも１つは、該反応を実行する高分子をエンコードする関連の遺伝子を示すように注釈
され、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は、複数の異なる膜区画に割り当てられた複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応である、
　（ｂ）該入力手段が、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に対する上限の境界または下限の境界の束縛セットを提供することと、
　（ｃ）該処理手段が、該束縛セットが該データ構造に適用される場合に、
該複数の異なる膜区画を横切る該複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に対して、
　（ｄ）該処理手段が、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である該少なくとも１つの流束分布を該表示手段上に表示することと
　を行わせる、プログラム。」（以下，「新請求項１」という。）
　と補正しようとするものである。
　
２．補正の適否
２−１．本願補正が限定的減縮に当たるか否か
　本願補正は，旧請求項１に記載された「Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応」について，「複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は、複数の異なる膜区画に割り当てられた複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応」であること，及び「複数の異なる膜区画を横切る該複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応」であること，に変更するものである。
　
　平成１８年改正前特許法１７条の２第４項は，特許請求の範囲についてする補正は，同条４項１ないし４号に掲げる事項を目的とするものに限る旨を，さらに，同条４項２号は，特許請求の範囲の減縮を目的とする場合には，同法３６条５項の規定により請求項に記載した発明を特定するために必要な事項を限定するものであって，その補正前の当該請求項に記載された発明とその補正後の当該請求項に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるものに限る旨（限定的減縮）を規定する。
　そこで，本願補正が，平成１８年改正前特許法１７条の２第４項２号における限定的減縮に当たるか否かについて検討する。
　
　「区画」に関したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応について，出願当初の特許請求の範囲には，次の記載がある。
「【請求項１０】
前記複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物のうちの少なくとも１つの反応物または前記複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応のうちの少なくとも１つの反応が、サブシステムまたは区画への代入で注釈される、請求項１に記載のコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１１】
前記複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応における第１の基質または第１の産物が、第１の区画に代入され、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応における第２の基質または第２の産物が、第２の区画に代入される、請求項１０に記載のコンピューター読み取り可能媒体。」
　また，本願補正前（平成２１年８月１０日付け手続補正書参照）請求項１０及び１１には，「区画」に関したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応について，次の記載がある。
「【請求項１０】
　前記複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物のうちの少なくとも１つの反応物または前記複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応のうちの少なくとも１つの反応が、サブシステムまたは区画への割り当てで注釈される、請求項１に記載のプログラム。
【請求項１１】
　前記複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応における第１の基質または第１の産物が、第１の区画に割り当てられ、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応における第２の基質または第２の産物が、第２の区画に割り当てられる、請求項１０に記載のプログラム。」
　これらの請求項の記載から判断すると，いずれの請求項の記載も，複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は区画毎に別個独立したものであれば足りると判断できる。
　これに対して，新請求項１では「膜区画を横切る該複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応」と記載されている。
　
　そうすると，新請求項１は，旧請求項１に記載した発明を特定するために必要な事項を単に限定しただけではなく，Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に関連して，
　１）区画は「膜」で複数に区切られており，
　２）複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は区画毎に別個独立したものではなく，区画を横断する反応であって，
　３）複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は化学的および電気化学的に均衡するもの，であるといった，新たな技術的事項を付け加えたものといえる。
　したがって，本願補正は，新たな技術的事項を付け加えるものであって限定的減縮を目的とするものには該当しない（平成２２年（行ケ）１０１１７号知的財産高等裁判所平成２２年１０月２８日判決言渡）ものと認められる。
　
　よって，本願補正は，平成１８年改正前特許法１７条の２第４項の規定に違反するものであるから，同法１５９条１項において読み替えて準用する同法５３条１項の規定により却下すべきものである。
　
２−２．本願補正後の発明が特許出願の際独立して特許を受けることができるか否か
　また，仮に，本願補正が限定的減縮に当たると仮定した場合であるとしても，平成１８年改正前特許法１７条の２第５項において準用する同法１２６条５項の規定するように，特許出願の際独立して特許を受けることができるものであることが必要である（平成１９年（行ケ）第１００５６号知的財産高等裁判所平成１９年１０月３１日判決言渡　平成２１年（行ケ）第１００９０号知的財産高等際裁判所平成２１年１０月２９日判決言渡　平成２３年（行ケ）第１０３５８号知的財産高等裁判所平成２３年９月７日判決言渡）ので，この点についても念のため，検討する。
　
（１）本願補正発明
　本願補正発明のうち，請求項１に係る発明は，上記「１．補正の内容」の新請求項１に記載したとおりのものである。
　
（２）刊行物の記載事項
　原査定の拒絶の理由で引用された本願の米国での優先基礎出願の日前に頒布された刊行物である「北野宏明，システムバイオロジー　生命をシステムとして理解する，株式会社秀潤社，２００１年　７月　１日，第１版，ｐ．２３６−２４９」（以下，引用文献１という。）には，図面とともに，次の事項が記載されている。
　ア．「ＦＢＡは，代謝反応の構造のみを利用し，質量保存則などの基本的制約条件を基に，ターゲットとなる代謝回路の挙動範囲とその特徴を分析する。その本質的な部分は以下のとおりである。
(1)　代謝反応を一連の一次方程式として記述する。
(2)　この連立方程式の解の範囲を満たすベクトル空間を定義する。
(3)　このベクトル空間を生化学的に意味のある基底に変換する。
(4)　線形計画法で与えられた目的関数を最大化する代謝状態を特定する。
　この手法は，Palssonらによって，Haemophilus　influenzae　Rd，大腸菌K-12，およびMG1655，ヒト赤血球等に適用されている。」（２３６頁下から９行目〜最下行。なお，丸囲み数字は当審で(1)〜(4)に置き換えた。）
　
　イ．「２−代謝流束均衡解析の基礎
　まず，代謝流束均衡解析の基本的手法を説明する。代謝流束均衡解析は，線形代数と線形計画法がその数学的基礎になっている。
　ここでは，Palssonが使っている簡単な例を基に，その概要を説明する。
　例えば，図１Aにあるような代謝ネットワークがあったとする。Ａ〜Ｅまでの５個の代謝生成物と，１１の代謝反応プロセスから構成される。より具体的には，図１Ｂに見られるように，代謝酵素反応および暫定的に定義されたシステムの境界を物質が輸送されるなどが代謝流（Flux）を構成する。図１Ｂで，ｖｉと表現されているのが，内部代謝流（internal　flux）の流量で，酵素反応による代謝反応過程であり，ｂｉと表現されているのが，交換代謝流（exchange　flux）の流量で，解析のために定義したシステムの境界を代謝生成物が移動するか，酵素反応で対象システム以外の代謝生成物へと変化する場合である。」（２３７頁２〜１２行目）
　
ウ．「代謝流束均衡解析で，代謝ネットワークの構造は，ｍ×ｎの反応関係（stoichiometric）
を記述する行列Ｓとして表現される。ここで，ｍは代謝反応物の数で，ｎは代謝反応の数である。この例では，ｍ＝5，ｎ＝11である。これらを使って，（10.1）式を書き直すと，（10.2）式となる。
　　　　　　　　　　ｄｘ／ｄｔ＝Ｓ・ｖ−ｂ　　　　　　　　（10.2）
　ここで，　ｘ＝｛Ｘ１，Ｘ２，・・・Ｘｍ｝，ｖ＝｛ｖ１，ｖ２，・・・ｖｍ｝，ｂ＝｛ｂ１，ｂ２，…ｂｍ｝である。また，各々の変数には，生化学的に意味のある解空間を構成する制約がある。それは，すべての内部代謝流は，正の値（ｖｉ≧０）をとり，交換代謝流は，外向きの代謝流は，ｂｊ≧０，内向きの代謝流は　ｂｊ≦０というものである。」
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（２３８頁６〜１４行目）
　
エ．「図４は，基底Ｐを構成する各々のベクトルに対応する代謝経路を示す。この変換の結果，この代謝回路の定常状態における代謝状態は、基底Ｐの張る空間の中に入ることになる。この基底Ｐの構成要素ベクトルに対応する各々の代謝経路は、極限代謝経路（extreme metabolic pathway）という。
　つまり，各々の極限代謝流から構成されるベクトル空間の中に、理論的に可能な定常代謝状態を示す部分空間が存在する。これは，図５Ａのようにコーンで表される。基底Ｐは，このコーンを生成するベクトルから構成されている。代謝が定常均衡している場合には，システムの状態は，このコーンの作る部分空間の一点となる。
　この基底Ｐを基本に，代謝回路が，何かの機能に対して最適化されているかを検証する。ここでは，連立線形方程式を扱うので，線形計画法（Linear Programming: ＬＰ）を用いることができる。Palssonらは，表現型相空間解析（Phenotype Phase Plane Analysis）という手法を導入している。これは，目的関数（例えば，大腸菌の成長速度など）に関係する２つの変数を取り上げ，その平面のすべての点で，ＬＰを利用して，最適代謝バランスを計算する。この平面は，ＬＰによって計算された最適線（line of optimality）によって分類される。
　これが，ＦＢＡの概要である。次に，実際に大腸菌に応用した場合の事例を見てみる。
３−大腸菌への応用
　Palssonらは，大腸菌Ｋ−12の720の代謝反応と436の代謝生成物、587の酵素を含むモデルを構築し，その代謝回路の特徴を分析した。ここでまず，代謝回路の中核となる48個の遺伝子の単一ノックアウト，ダブルノックアウトなどをモデル上で構築し，それらが成長速度にどのように影響するかを調べた。その結果，48個のうち32個の遺伝子が，冗長である，つまりノックアウトしても成長速度に大きな影響はないという結果が出た（表１）。
　また，ダブルノックアウトの38％とトリプルノックアウトの19％で成長に影響はないことが判明した。
　さらに，これらのノックアウトの際に，どのように代謝回路が，その代謝流パターンを変化させているのかを示したのが図６である。さらに，Palssonらは，酸素取り入れ量を正常値から０まで変化させ、代謝回路が、好気性成長から嫌気性成長にスイッチすることも確認した。この際に、各々の遺伝子の活性がどのように変化するべきかの理論予測も立てている（表２）。これらの予測は，マイクロアレイ実験などで検証が可能なはずである。」
　　　　　　　　　　　　　　　（２４０頁８行目〜２４２頁１１行目）
　
オ．「小規模ながら，実験的検証を伴った解析の結果は，Palssonらによって報告されている。
Palssonらは，大腸菌(MG1655)の代謝回路に対してＦＢＡを適用し，その代謝が，大腸菌の成長速度を最大となるように最適化するようになっているということを明らかにする。この研究では，アセテートの取り込みと成長速度の関係を理論的に解析し，実験結果と照合している。モデル化された大腸菌の代謝回路に基づき，アセテート取り込みと酸素取り込みをＸＹの軸とし，成長速度をＺ軸とした代謝流空間を設定し，最適な領域を計算する。図にある， ＬＯ (Line of Optimality)が，最適線であり，アセテートと酸素の取り込み量に対して，最も効率的に成長が行われる代謝領域である。これを二次元に投射したのが，図10である。領域２は，酸素が制限されている状態で，アセテートの取り入れが最適解より過剰になっている領域である。また，この理論予測を検証する実験結果をこの図10にプロットされている。理論予測におけるＬＯの傾斜が， 1.04に対し，実験結果からの傾斜が0.91とその差は14％であり，かなり高い一致といえる。図11は，アセテートと酸素の各々の取り込みと成長速度の関係を示している。赤線が理論予測で，黒は実験値である。
　さらに，Palssonは，succinateと酸素の取り入れと成長速度の関係も同様に解析している。
この場合，最適線が４本となり，アセテートと酸素の場合よりは，複雑な領域構造になるが，領域１と２の間の最適線が最も成長速度を高く維持できることは同様に推定できる（図12)。また，最大酸素取り入れ速度近くで，実験結果が横軸方向へ移動することも予測できる。これらは，実験的にも確認された。理論予測と実験結果の誤差は10.7%であった。」
　　　　　　　　　　　　　　　　（２４７頁１行目〜２４８頁４行目）
　
　これらの記載からして，引用文献１には，次の発明（以下「引用発明」と言う。）が記載されている。
「代謝流束均衡解析において，大腸菌K-12，およびMG1655，ヒト赤血球等に適用され，代謝回路の挙動範囲とその特徴を分析するものであり，
　（ａ）ｍ（＝５）個の代謝生成物と，ｎ（＝１１）の代謝反応プロセスから構成される，ｍ×ｎの反応関係（stoichiometric）を記述する行列Ｓとして表現される代謝ネットワークで，システムの境界を代謝生成物が移動するものであって，また，大腸菌Ｋ−12の代謝反応において該反応を実行する酵素をエンコードする関連の遺伝子の影響を示し，
　（ｂ）代謝ネットワークの各々の変数には，生化学的に意味のある解空間を構成する制約があって，
　（ｃ）その場合，目的関数（例えば，大腸菌の成長速度など）に関係する２つの変数を取り上げ，その平面のすべての点で，線形計画法（Linear Programming： ＬＰ）を利用して，最適代謝バランスを計算すること。」
　
（３）対比
　本願補正発明と引用発明とを対比する。
　ア．引用発明はヒト赤血球に適用して最適代謝バランスを計算するものであることから，本願補正発明のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能を予測するものと言える。
　
　イ．引用発明の（ａ）に関して，引用発明は，ｍ（＝５）個の代謝生成物と，ｎ（＝１１）の代謝反応プロセスから構成される，ｍ×ｎの反応関係（stoichiometric）を記述する行列Ｓとして表現される代謝ネットワークであり，代謝生成物は反応物であり，代謝反応プロセスは反応であり，反応関係（stoichiometric）は図２に示される化学量論係数を含むものであることから，本願補正発明において，複数の反応物を複数の反応に関連づけるデータ構造を提供することであって、該データ構造は、反応物および反応のリストを含み、該複数の反応の各々は、該反応の基質として同定された反応物と、該反応の産物として同定された反応物と、該基質および該産物に関連する化学量論係数とを含むものであると言える。
　
　ウ．また，引用発明において大腸菌Ｋ−12の代謝反応において該反応を実行する酵素をエンコードする関連の遺伝子の影響は，本願補正発明における反応を実行する高分子をエンコードする関連の遺伝子を示すよう注釈することに相当している。
　
　エ．引用発明の（ｂ）に関して，引用発明は 代謝ネットワークの各々の変数には，生化学的に意味のある解空間を構成する制約があることを示しているが，これは，本願補正発明の反応に対する上限の境界または下限の境界の束縛セットを提供することに相当している。
　
　オ．引用発明の（ｃ）に関して，目的関数（例えば，大腸菌の成長速度など）に関係する２つの変数を取り上げ，その平面のすべての点で，線形計画法（Linear Programming: ＬＰ）を利用して，最適代謝バランスを計算するとしているが，これは，本願補正発明において，前記束縛セットが該データ構造に適用される場合に、目的関数を最小化または最大化する少なくとも１つの流束分布を決定することであって，該流束分布は生理学的機能を予測するものであることに相当している。
　
　以上をまとめると，本願補正発明と引用発明の一致点及び相違点は次のとおりである。
［一致点］
「　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能を予測するための代謝流束均衡解析のための方法であり、
　（ａ）複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物を複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に関連づけるデータ構造を提供することであって、該データ構造は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物および反応のリストを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応の各々は、該反応の基質として同定された反応物と、該反応の産物として同定された反応物と、該基質および該産物に関連する化学量論係数とを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応のうちの少なくとも１つは、該反応を実行する高分子をエンコードする関連の遺伝子を示すように注釈されることと、
　（ｂ）該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に対する上限の境界または下限の境界の束縛セットを提供することと、
　（ｃ）該束縛セットが該データ構造に適用される場合に、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に対して、目的関数を最小化または最大化する少なくとも１つの流束分布を決定することであって、該少なくとも１つの流束分布は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である、ことと、
　を行わせる方法。」
　
　［相違点１］
　本願補正発明は，コンピューター読み取り可能媒体上に格納されたプログラムであって，該プログラムは，コンピューターによって実行可能であり，該コンピューターは、入力手段と、処理手段と、表示手段とを含み、該プログラムが該処理手段によって実行されるのに対して，引用発明ではコンピューターによる各手段であることが特定されていない点。
　
　［相違点２］
　本願補正発明は，複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は、複数の異なる膜区画に割り当てられた複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応であるのに対して，引用発明のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は，系の外部がさらに膜に包まれていることは特定されていない点。
　
　［相違点３］
　本願補正発明のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は，複数の異なる膜区画を横切る該複数の化学的および電気化学的に均衡したものであるのに対して，引用発明のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は複数の異なる膜区画を横切るものではない点。
　
　［相違点４］
　本願補正発明では，処理手段が、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である少なくとも１つの流束分布を表示手段上に表示するのに対して，引用発明ではＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である少なくとも１つの流束分布を表示することは明示されていない点。
　
（４）検討
　これらの相違点について検討する。
　
　ａ．相違点１，４に関して
　引用発明にはコンピューターを用いて，代謝流束均衡解析を行って生理学的機能を予測することは明記されていないものの，引用発明の解析にコンピューターが必要であることは自明であって，相違点１のように，各手段を有するコンピューターによって実行可能なプログラムとすることは，当業者が当然に行いうることである。
　また，相違点４のように，代謝流束均衡解析を行って生理学的機能を予測した流束分布をコンピューターの表示手段上に表示することも，同様に当業者が当然に行いうることである。
　
　ｂ．相違点２，３に関して
　本願の米国での優先基礎出願の日前に頒布された刊行物である「Ramakrishna R， Edwards JS， McCulloch A， Palsson BO. ”Flux-balance analysis of mitochondrial energy metabolism: consequences of systemic stoichiometric constraints．” Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 2001 Mar;280 (3): R695-704.」（以下，「刊行物Ａ」と言う。）には，図表とともに，次の事項が記載されている。
　
カ．「Genetic defects that affect mitochondrial functions have been implicated in several human diseases. FBA can characterize the metabolic behavior due to genetic deletions at the metabolic level， and the effect of mutations in the tricarboxylic acid (TCA) cycle on mitochondrial ATP production was simulated.」（Ｒ６９５頁左欄１３〜１８行）
（当審仮訳：ミトコンドリアの機能に影響を及ぼす遺伝的欠陥は、幾つかのヒト疾患に関与している。FBAは、代謝レベルでの原因遺伝子の欠損に代謝挙動を特徴づけることができ、ミトコンドリアのATPの生産にトリカルボン酸（TCA）サイクルにおける突然変異の効果がシミュレートされた。）
　
キ．「The model was to comprise of the metabolic pathways that constitute a functioning mitochondrion， including the reactions in the mitochondrial matrix， contributing reactions in the cytosol， and key shuttles.」（Ｒ６９６頁左欄６〜１０行）
（当審仮訳：モデルは、ミトコンドリアのマトリックスでの反応、細胞質での反応，および重要な往復輸送を含め，機能するミトコンドリアの構成要素である代謝経路で構成した。）
ク．「The mitochondrial model．The flux balance model for mitochondria presented here comprises the glycolytic pathways， TCA cycle， and the electron transport system (ETS).　」（Ｒ６９６頁右欄下から１９〜１７行）
（当審仮訳：ミトコンドリアモデル。ここで紹介するミトコンドリアの流束均衡モデルは、解糖系、TCAサイクル、電子伝達系（ETS）を含む。）
ケ．「The reactions， which make up the model， are divided into three sets， based on whether they occur in the cytosol or in the mitochondria or in transporting an intermediate across the mitochondrial membrane.」（Ｒ６９６頁右欄下から４行〜末行）
（当審仮訳：モデルを構成する反応群は、それらが細胞質で発生するのか，ミトコンドリアの中で発生するのか，ミトコンドリアの膜を横断する中間体の輸送において発生するのか，に基づいて３組に分割された。）
　
　これらの記載からして，刊行物Ａには，Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応である，ミトコンドリアの複数の流束均衡モデルについて，細胞膜やミトコンドリアの膜といった，複数の異なる膜区画を横切る複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応についてシミュレーションを行うことが記載されている。
　したがって，引用発明に，刊行物Ａに記載された技術的事項を適用することによって，相違点２および相違点３の本願補正発明のように，複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応は、複数の異なる膜区画に割り当てられ，複数の異なる膜区画を横切る，複数の化学的および電気化学的に均衡したＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応とすることは当業者が容易に相当することができたものである。
　
（５）独立特許要件についてのまとめ
　以上のように，本願補正発明は，引用発明及び刊行物Ａに記載された技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであって，特許出願の際独立して特許を受けることができるものとすることができない。
　したがって，平成１８年改正前特許法１７条の２第５項で準用する特許法１２６条５項の規定に違反してなされたものであるから，同法１５９条１項において読み替えて準用する同法５３条１項の規定により却下すべきものである。
　
２−３．補正の適否についてのまとめ
　本願補正は，新たな技術的事項を付け加えるものであって限定的減縮を目的とするものには該当しないものであって，平成１８年改正前特許法１７条の２第４項の規定に違反するものであるから，同法１５９条１項において読み替えて準用する同法５３条１項の規定により却下すべきものである。
　また，仮に，本願補正が限定的減縮に当たると仮定した場合にも，引用発明及び刊行物Ａに記載された技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであって，特許出願の際独立して特許を受けることができるものとすることができないものであるから，平成１８年改正前特許法１７条の２第５項で準用する特許法１２６条５項の規定に違反してなされたものであるから，同法１５９条１項において読み替えて準用する同法５３条１項の規定により却下すべきものである。
　
第３　本願発明について
１．本願発明
　平成２１年１２月２８日付けの手続補正は上記のとおり却下されたので，本願発明は，平成２１年８月１０日付け手続補正書の特許請求の範囲１ないし６６に記載された事項により特定されるものであるところ，その請求項１に記載された発明は，旧請求項１に記載したとおりのものである。
　
２．刊行物
　原査定の拒絶の理由で引用された刊行物，及び，その記載事項は，前記「第２．２．２−２．（２）」に記載したとおりである。
　
３．対比・判断
　本願発明は，前記「第２　２−２．」で検討した本願補正発明における相違点２及び相違点３についての限定事項を省いたものである。
　したがって，本願発明と引用発明との一致点及び相違点は次のとおりである。
　［一致点］
「（ａ）複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物を複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に関連づけるデータ構造を提供することであって、該データ構造は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応物および反応のリストを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応の各々は、該反応の基質として同定された反応物と、該反応の産物として同定された反応物と、該基質および該産物に関連する化学量論係数とを含み、該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応のうちの少なくとも１つは、該反応を実行する高分子をエンコードする関連の遺伝子を示すように注釈される，ことと、
　（ｂ）該複数のＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ反応に対する上限の境界または下限の境界の束縛セットを提供することと、
　（ｃ）該束縛セットが該データ構造に適用される場合に、目的関数を最小化または最大化する少なくとも１つの流束分布を決定することであって、該少なくとも１つの流束分布は、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である、ことと、
　　を行わせる方法。」
　
　［相違点１］
　本願発明は，コンピューター読み取り可能媒体上に格納されたプログラムであって，該プログラムは，コンピューターによって実行可能であり，該コンピューターは、入力手段と、処理手段と、表示手段とを含み、該プログラムが該処理手段によって実行されるのに対して，引用発明ではコンピューターによる各手段であることが特定されていない点。
　
　［相違点４］
　本願発明では，処理手段が、Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である少なくとも１つの流束分布を表示手段上に表示するのに対して，引用発明ではＨｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ生理学的機能の予測である少なくとも１つの流束分布を表示することは明示されていない点。
　
　相違点１，４については，「第２　２．　２−２．（４）検討　ａ．相違点１，４に関して」に記載したように，当業者が当然に行いうることであるこから，本願発明は引用発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
第４　まとめ
　以上のとおり，本願の請求項１に係る発明は，引用発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　したがって，本願は，その余の請求項について論及するまでもなく，拒絶すべきものである。
　よって，結論の通り審決する。