(57)【要約】      （修正有）【課題】癌における患者選択及び予後診断のためのバイオマーカー、並びに治療処置方法、製品及びそれらの作製方法、診断キット、検出方法及びそれに関連する宣伝方法を提供する。【解決手段】試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いことを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いとの推奨をする。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高い、疾患又は障害を有する個体を同定する方法であって、
ａ．個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いことを示すこと、及び
ｂ．個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いとの推奨を提供すること
を含む方法。
【請求項２】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に対する疾患又は障害を有する個体の応答を予測する方法であって、
ａ．個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答性である可能性がより高いことを示すこと、及び
ｂ．個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答性である可能性の増加を有するとの推奨を提供すること
を含む方法。
【請求項３】
疾患又は障害を有する個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の有益性を示す可能性を判定する方法であって、
ａ．個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療が有益である可能性の増加を有することを示すこと、及び
ｂ．個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療が有益である可能性の増加を有するとの推奨を提供すること
を含む方法。
【請求項４】
疾患又は障害を有する個体のための療法を選択する方法であって、
ａ．個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及び
ｂ．試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいて、個体のために選択される療法がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療を含むとの推奨を提供すること
を含む方法。
【請求項５】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを更に含む、請求項１から４の何れか一項に記載の方法。
【請求項６】
個体において疾患又は障害を治療する方法であって、
ａ．個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及び
ｂ．ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与すること
を含む方法。
【請求項７】
個体において疾患又は障害を治療する方法であって、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含み、治療は個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づく方法。
【請求項８】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを宣伝する方法であって、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいて、疾患又は障害を有する個体を治療するためのＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの使用を対象オーディエンスに促進することを含む方法。
【請求項９】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを受けるための、疾患又は障害を有する個体を同定するアッセイであって、
ａ．個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及び
ｂ．ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいて、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを推奨すること
を含むアッセイ。
【請求項１０】
疾患又は障害を有する個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定するための１つ又は複数の試薬を含む診断キットであって、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した場合の有効性のより高い可能性を意味し、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在は、疾患を有する個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した場合の有効性のより低い可能性を意味する診断キット。
【請求項１１】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される、請求項１から１０の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１２】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが免疫関連マーカーである、請求項１から１０の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１３】
免疫関連マーカーがＴ細胞関連マーカーである、請求項１２に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１４】
Ｔ細胞関連マーカーが、ＣＤ８Ａ、ＩＦＮ−ｇ、ＥＯＭＥＳ、グランザイム−Ａ、ＣＸＣＬ９及びその任意の組合せからなる群から選択される、請求項１３に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１５】
免疫関連マーカーが、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＤ４５ＲＯ、ＩＤＯ１、ガレクチン９、ＭＩＣ−Ａ、ＭＩＣ−Ｂ、ＣＴＬＡ−４及びその任意の組合せからなる群から選択される、請求項１２に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１６】
疾患又は障害が増殖性の疾患又は障害である、請求項１から１５の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１７】
疾患又は障害が免疫関連の疾患又は障害である、請求項１から１５の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１８】
疾患又は障害が癌である、請求項１から１５の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項１９】
癌が、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、頭頚部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌及び他の血液悪性腫瘍からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２０】
個体から得られる試料が、組織、全血、血漿、血清及びその組合せからなる群から選択される、請求項１から１９の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２１】
組織試料が腫瘍組織試料である、請求項２０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２２】
腫瘍組織試料が、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその任意の組合せを含む、請求項２１に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２３】
組織試料が、ホルマリン固定及びパラフィン包埋され、新鮮なままで又は凍結されて保管される、請求項２０から２２の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２４】
試料が全血である、請求項２０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２５】
全血が、免疫細胞、循環性腫瘍細胞及びその任意の組合せを含む、請求項２４に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２６】
試料がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の前に得られる、請求項１から２５の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２７】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在が、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療すると個体が臨床有益性の増加を有する可能性が高いことを示す、請求項１から２６の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２８】
臨床有益性の増加が、全生存（ＯＳ）、無進行生存（ＰＦＳ）、完全寛解（ＣＲ）、部分寛解（ＰＲ）及びその組合せの１つ又は複数の相対的な増加を含む、請求項２７に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項２９】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料に存在しない、請求項１から２８の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３０】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を超えて構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料中に存在する、請求項１から２８の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３１】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の少なくとも１％に存在する、請求項３０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３２】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の少なくとも５％に存在する、請求項３０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３３】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の少なくとも１０％に存在する、請求項３０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３４】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学法、免疫蛍光法、放射線免疫検定法、ドットブロット法、免疫検出方法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ又はＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術及びＦＩＳＨ、及びその組合せからなる群から選択される方法を使用して試料中に検出される、請求項１から３３の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３５】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーがタンパク質発現によって試料中に検出される、請求項１−３４の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３６】
タンパク質発現が免疫組織化学法（ＩＨＣ）によって判定される、請求項３５に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３７】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用して検出される、請求項３６に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３８】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーがＩＨＣによって弱い染色強度として検出される、請求項３５から３７の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項３９】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーがＩＨＣによって中程度の染色強度として検出される、請求項３５から３７の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４０】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーがＩＨＣによって強い染色強度として検出される、請求項３５から３７の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４１】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその任意の組合せにおいて検出される、請求項３０から４０の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４２】
染色が膜染色、細胞質染色及びその組合せである、請求項３０から４１の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４３】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在が試料中の不在又は無染色として検出される、請求項３０から４２の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４４】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在が試料中の任意の染色として検出される、請求項３０から４３の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４５】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが核酸発現によって試料中に検出される、請求項１から３４の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４６】
核酸発現が、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ若しくはＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はＦＩＳＨを使用して判定される、請求項４５に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４７】
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその任意の組合せにおいて検出される、請求項４５又は４６に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４８】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストがＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト及びＰＤ−１結合性アンタゴニストからなる群から選択される、請求項１から４７の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項４９】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストがＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである、請求項４８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５０】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する、請求項４９に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５１】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合を阻害する、請求項５０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５２】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＢ７−１への結合を阻害する、請求項５０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５３】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１及びＢ７−１の両方への結合を阻害する、請求項５０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５４】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが抗体である、請求項５０に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５５】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項５４に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５６】
抗体がヒト、ヒト化又はキメラ抗体である、請求項５５に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５７】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストがＰＤ−１結合性アンタゴニストである、請求項４８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５８】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する、請求項５７に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項５９】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１への結合を阻害する、請求項５８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６０】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する、請求項５８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６１】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方への結合を阻害する、請求項５８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６２】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが抗体である、請求項５８に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６３】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項６２に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６４】
抗体がヒト、ヒト化又はキメラ抗体である、請求項６３に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６５】
細胞傷害剤、化学療法剤、増殖阻害剤、放射線療法剤及び抗血管新生剤、及びその組合せからなる群から選択される第２の治療薬の有効量を更に含む、請求項１から６４の何れか一項に記載の方法、アッセイ及び／又はキット。
【請求項６６】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる個体の治療応答を評価する方法であって、
（ａ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与中又は投与後の時点で個体に由来する生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを判定すること、及び
（ｂ）生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルと参照レベルとの比較に基づいて個体の治療を維持するか、調整するか、又は停止することを含み、
参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化はＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療への応答の指標となる方法。
【請求項６７】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによって治療される個体の応答を監視する方法であって、
（ａ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与中又は投与後の時点で個体に由来する生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを判定すること、及び
（ｂ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療を受けている個体における応答を監視するために、生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを参照レベルと比較すること
を含む方法。
【請求項６８】
１つ又は複数のバイオマーカーの参照レベルが、（１）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与前の個体からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベル；（２）参照集団からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベル；（３）１つ又は複数のバイオマーカーの前もって割り当てられたレベル；及び（４）第１の時点より前の第２の時点での個体からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベルからなる群から選択される、請求項６６又は６７に記載の方法。
【請求項６９】
参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化がレベルの増加である、請求項６６から６８の何れか一項に記載の方法。
【請求項７０】
参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化がレベルの低下である、請求項６６から６８の何れか一項に記載の方法。
【請求項７１】
１つ又は複数のバイオマーカーが、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される、請求項６６から７０の何れか一項に記載の方法。
【請求項７２】
１つ又は複数のバイオマーカーが免疫関連マーカーである、請求項６６から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７３】
１つ又は複数のバイオマーカーがＴ細胞関連マーカーである、請求項６６から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７４】
１つ又は複数のバイオマーカーがＴ細胞活性化マーカーである、請求項６６から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７５】
Ｔ細胞活性化マーカーが、参照レベルと比較して生物学的試料中で増加する、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
Ｔ細胞活性化マーカーが、ＣＤ８、ＩＦＮ−ｇ、グランザイム−Ａ、ＴＮＦ−ａ、パーフォリン及びその任意の組合せからなる群から選択される、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
１つ又は複数のバイオマーカーが活性化された増殖性Ｔ細胞である、請求項６６から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７８】
活性化された増殖性Ｔ細胞が、参照レベルと比較して生物学的試料中で増加する、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
活性化された増殖性Ｔ細胞がＣＤ８＋／Ｋｉ６７＋細胞、ＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ６７＋細胞及びその任意の組合せである、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
１つ又は複数のバイオマーカーがＩＬ−６である、請求項６６から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項８１】
ＩＬ−６レベルが、参照レベルと比較して生物学的試料中で低下する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
個体に由来する生物学的試料が、細胞、組織、組織培養物、腫瘍、生体液及びその組合せからなる群から選択される、請求項６６から８１の何れか一項に記載の方法。
【請求項８３】
生体液が、血漿、血清、全血、ＰＢＭＣ及びその組合せからなる群から選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
組織が腫瘍組織である、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
腫瘍組織が、腫瘍細胞、腫瘍浸潤細胞、間質細胞及びその任意の組合せからなる群から選択される、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
細胞が循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）である、請求項８２に記載の方法。
【請求項８７】
個体が増殖性の疾患又は障害を患っている、請求項６６から８６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８８】
個体が癌又は悪性腫瘍を患っている、請求項６６から８６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８９】
癌又は悪性腫瘍が、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、頭頚部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌及び他の血液悪性腫瘍から選択される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
個体が免疫関連の疾患又は障害を患っている、請求項６６から８６の何れか一項に記載の方法。
【請求項９１】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストがＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである、請求項６６から９０の何れか一項に記載の方法。
【請求項９２】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合を阻害する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＢ７−１への結合を阻害する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９５】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１及びＢ７−１の両方への結合を阻害する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９６】
ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストが抗体である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９７】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
抗体がヒト、ヒト化又はキメラ抗体である、請求項９６に記載の方法。
【請求項９９】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストがＰＤ−１結合性アンタゴニストである、請求項６６から９０の何れか一項に記載の方法。
【請求項１００】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１への結合を阻害する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方への結合を阻害する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０４】
ＰＤ−１結合性アンタゴニストが抗体である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０５】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
抗体がヒト、ヒト化又はキメラ抗体である、請求項１０４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願とのクロスリファレンス
本出願は、ここに出典明示により完全に援用される、２０１３年３月１５日に出願の米国特許仮出願第６１／８０２２９６号；２０１３年４月１６日に出願の第６１／８１２６７８号；２０１３年５月３０日に出願の第６１／８２９２３６号及び２０１３年９月２６日に出願の第６１／８８３１８６号の優先権を主張する。
【０００２】
本明細書において、病態、例えば癌の治療のためのバイオマーカー、及びＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路アンタゴニストを使用する方法が提供される。詳細には、癌における患者選択及び予後診断のためのバイオマーカー、並びに治療処置方法、製品及びそれらの作製方法、診断キット、検出方法及びそれに関連する宣伝方法が提供される。
【背景技術】
【０００３】
癌は、ヒトの健康への最も致命的な脅威の１つであり続ける。米国では、癌は毎年ほぼ１，３００，０００人の新規患者に影響を及ぼし、心疾患に次いで第２の主要な死因であり、４例中およそ１例の死亡を占める。例えば、肺癌は、アメリカの女性の間で最も一般的な形の癌であり、主要な癌キラーである。癌が、５年以内に第１の死因として心血管疾患を凌ぐ可能性があると予測されてもいる。固形腫瘍は、それらの死亡のほとんどの原因である。特定の癌の医療においてかなりの進歩があったが、全ての癌の全体的５年生存率は過去２０年で約１０％改善しただけである。癌又は悪性腫瘍は、転移し、無制限に速やかに増殖し、タイムリーな検出及び治療を極めて困難にする。
【０００４】
癌の治療におけるかなりの進歩にもかかわらず、向上した療法がまだ求められている。
【０００５】
特許出願及び公開を含む本明細書で引用される全ての参考文献は、出典明示により完全に援用される。
【発明の概要】
【０００６】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高い、疾患又は障害を有する個体を同定する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いことを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いとの推奨を提供することを含む方法が提供される。
【０００７】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に対する疾患又は障害を有する個体の応答を予測する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答性である可能性がより高いことを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答性である可能性の増加を有するとの推奨を提供することを含む方法が提供される。
【０００８】
本明細書において、疾患又は障害を有する個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の有益性を示す可能性を判定する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療が有益である可能性の増加を有することを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療が有益である可能性の増加を有するとの推奨を提供することを含む方法が提供される。
【０００９】
本明細書において、疾患又は障害を有する個体のための療法を選択する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及び試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいて、個体のために選択される療法がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療を含むとの推奨を提供することを含む方法が提供される。
【００１０】
一部の実施態様では、方法は、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを更に含む。
【００１１】
本明細書において、個体において疾患又は障害を治療する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及びＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む方法が提供される。
【００１２】
本明細書において、個体において疾患又は障害を治療する方法であって、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含み、治療は個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づく方法が提供される。
【００１３】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを宣伝する方法であって、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいて、疾患又は障害を有する個体を治療するためのＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの使用を対象オーディエンスに促進することを含む方法が提供される。
【００１４】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを受けるための、疾患又は障害を有する個体を同定するアッセイであって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及びＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいてＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを推奨することを含む方法が提供される。
【００１５】
本明細書において、疾患又は障害を有する個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定するための１つ又は複数の試薬を含む診断キットであって、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した場合の有効性のより高い可能性を意味し、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在は、前記疾患を有する個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した場合の有効性のより低い可能性を意味する診断キットが提供される。
【００１６】
本明細書において、一緒に包装されている、薬学的に許容される担体中のＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト及び、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの発現に基づいて、疾患又は障害を有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書を含む製品も提供される。治療方法には、本明細書に開示される治療方法の何れも含まれる。製品を製造する方法であって、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを含む薬学的組成物と、薬学的組成物は、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの発現に基づいて疾患又は障害を有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書とをパッケージ中に組み合わせることを含む方法も更に提供される。
【００１７】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様において、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【００１８】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様において、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは免疫関連マーカーである。一部の実施態様では、免疫関連マーカーはＴ細胞関連マーカーである。一部の実施態様では、Ｔ細胞関連マーカーは、ＣＤ８Ａ、ＩＦＮ−ｇ、ＥＯＭＥＳ、グランザイム−Ａ、ＣＸＣＬ９及びその任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施態様では、免疫関連マーカーは、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＤ４５ＲＯ、ＩＤＯ１、ガレクチン９、ＭＩＣ−Ａ、ＭＩＣ−Ｂ、ＣＴＬＡ−４及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【００１９】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、疾患又は障害は増殖性の疾患又は障害である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、疾患又は障害は免疫関連の疾患又は障害である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、疾患又は障害は癌である。一部の実施態様では、癌は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、頭頚部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌及び他の血液悪性腫瘍からなる群から選択される。
【００２０】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、個体から得られる試料は、組織、全血、血漿、血清及びその組合せからなる群から選択される。一部の実施態様では、組織試料は腫瘍組織試料である。一部の実施態様では、腫瘍組織試料は、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその任意の組合せを含む。一部の実施態様では、組織試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋され、新鮮なままで又は凍結されて保管される。一部の実施態様では、試料は全血である。一部の実施態様では、全血は、免疫細胞、循環性腫瘍細胞及びその任意の組合せを含む。
【００２１】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、試料はＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の前に得られる。
【００２２】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療すると個体が臨床有益性の増加を有する可能性が高いことを示す。一部の実施態様では、臨床有益性の増加は、全生存（ＯＳ）、無進行生存（ＰＦＳ）、完全寛解（ＣＲ）、部分寛解（ＰＲ）及びその組合せの１つ又は複数の相対的な増加を含む。
【００２３】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料中に存在しない。
【００２４】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を超えて構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料中に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも１％に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも５％に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも１０％に存在する。
【００２５】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学法、免疫蛍光法、放射線免疫検定法、ドットブロット法、免疫検出方法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ又はＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術及びＦＩＳＨ、及びその組合せからなる群から選択される方法を使用して試料中に検出される。
【００２６】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーはタンパク質発現によって試料中に検出される。一部の実施態様では、タンパク質発現は、免疫組織化学法（ＩＨＣ）によって判定される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用して検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって弱い染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって中程度の染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって強い染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその任意の組合せにおいて検出される。一部の実施態様では、染色は、膜染色、細胞質染色又はその組合せである。
【００２７】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在は試料中の不在又は無染色として検出される。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は試料中の任意の染色として検出される。
【００２８】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様において、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは核酸発現によって試料中に検出される。一部の実施態様では、核酸発現はｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ若しくはＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術又はＦＩＳＨを使用して判定される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその任意の組合せにおいて検出される。
【００２９】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト及びＰＤ−１結合性アンタゴニストからなる群から選択される。
【００３０】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、Ｂ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１及びＢ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【００３１】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【００３２】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−１結合性アンタゴニストである。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１へのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストはＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【００３３】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【００３４】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、細胞傷害剤、化学療法剤、増殖阻害剤、放射線療法剤及び抗血管新生剤、及びその組合せからなる群から選択される第２の治療薬の有効量を更に含む。
【００３５】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる個体の治療応答を評価する方法であって、（ａ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与中又は投与後の時点で個体に由来する生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを判定すること、及び（ｂ）生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルと参照レベルとの比較に基づいて個体の治療を維持するか、調整するか、又は停止することを含み、参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化はＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療への応答の指標となる方法が提供される。
【００３６】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによって治療される個体の応答を監視する方法であって、（ａ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与中又は投与後の時点で個体に由来する生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを判定すること、及び（ｂ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療を受けている個体における応答を監視するために、生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを参照レベルと比較することを含む方法が提供される。
【００３７】
一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーの参照レベルは、（１）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与前の個体からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベル；（２）参照集団からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベル；（３）１つ又は複数のバイオマーカーの前もって割り当てられたレベル；及び（４）第１の時点より前の第２の時点での個体からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベルからなる群から選択される。
【００３８】
一部の実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化は、レベルの増加である。
【００３９】
一部の実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化は、レベルの低下である。
【００４０】
一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【００４１】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される１つ又は複数のバイオマーカーは、参照レベルと比較して生物学的試料中で増加する。一部の実施態様では、参照レベルと比較したＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの生物学的試料中の増加は、治療に対する陽性応答の指標となる。
【００４２】
一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーは免疫関連マーカーである。一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーはＴ細胞関連マーカーである。
【００４３】
一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーはＴ細胞活性化マーカーである。
【００４４】
一部の実施態様では、参照レベルと比較して、Ｔ細胞活性化マーカーは生物学的試料中で増加する。
【００４５】
一部の実施態様では、Ｔ細胞活性化マーカーは、ＣＤ８、ＩＦＮ−ｇ、グランザイム−Ａ、ＴＮＦ−ａ、パーフォリン及びその任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施態様では、参照レベルと比較したＣＤ８、ＩＦＮ−ｇ、グランザイム−Ａ、ＴＮＦ−ａ、パーフォリン及びその任意の組合せからなる群から選択されるＴ細胞活性化マーカーの生物学的試料中の増加は、治療に対する陽性応答の指標となる。
【００４６】
一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーは活性化された増殖性Ｔ細胞である。
【００４７】
一部の実施態様では、参照レベルと比較して、活性化された増殖性Ｔ細胞は生物学的試料中で増加する。
【００４８】
一部の実施態様では、活性化された増殖性Ｔ細胞はＣＤ８＋／Ｋｉ６７＋細胞、ＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ６７＋細胞及びその任意の組合せである。
【００４９】
一部の実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーはＩＬ−６である。一部の実施態様では、参照レベルと比較してＩＬ−６レベルは生物学的試料中で低下する。一部の実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中のＩＬ−６レベルの低下は、治療に対する陽性応答の指標となる。一部の実施態様では、参照レベルと比較してＩＬ−６レベルは生物学的試料中で増加する。一部の実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中のＩＬ−６レベルの増加は、治療に対する陰性応答の指標となる。
【００５０】
一部の実施態様では、個体に由来する生物学的試料は、細胞、組織、組織培養物、腫瘍、生体液及びその組合せからなる群から選択される。
【００５１】
一部の実施態様では、生体液は、血漿、血清、全血、ＰＢＭＣ及びその組合せからなる群から選択される。
【００５２】
一部の実施態様では、組織は腫瘍組織である。一部の実施態様では、腫瘍組織は、腫瘍細胞、腫瘍浸潤細胞、間質細胞及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【００５３】
一部の実施態様では、細胞は循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）である。
【００５４】
一部の実施態様では、個体は増殖性の疾患又は障害を患う。
【００５５】
一部の実施態様では、個体は癌又は悪性腫瘍を患う。一部の実施態様では、癌又は悪性腫瘍は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、頭頚部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌及び他の血液悪性腫瘍から選択される。
【００５６】
一部の実施態様では、個体は免疫関連の疾患又は障害を患う。
【００５７】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである。
【００５８】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【００５９】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、Ｂ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１及びＢ７−１の両方へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【００６０】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは抗体である。一部の実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【００６１】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１結合性アンタゴニストである。
【００６２】
一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−１の結合を阻害する。
【００６３】
一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１へのＰＤ−１の結合を阻害する。一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を阻害する。一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【００６４】
一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは抗体である。一部の実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、抗体は、ヒトの、ヒト化された又はキメラの抗体である。
【００６５】
特許又は出願ファイルは、カラーで実行された少なくとも１つの図面を含有する。カラー図面を有する本特許又は特許出願公開のコピーは、要求及び必要な手数料の支払時にオフィスによって提供されることになる。
【図面の簡単な説明】
【００６６】
【図１】コントロール細胞試料の例示的ＩＨＣ分析を示す図である。（Ａ）親ＨＥＫ−２９３細胞のネガティブコントロールＩＨＣ染色；（Ｂ）弱い染色強度を有する組換えヒトＰＤ−Ｌ１でトランスフェクトされたＨＥＫ−２９３細胞のＩＨＣ染色；（Ｃ）中程度の染色強度を有する組換えヒトＰＤ−Ｌ１でトランスフェクトされたＨＥＫ−２９３細胞のＩＨＣ染色；（Ｄ）強い染色強度を有する組換えヒトＰＤ−Ｌ１でトランスフェクトされたＨＥＫ−２９３細胞のＩＨＣ染色；（Ｅ）胎盤組織試料のポジティブ組織コントロールＩＨＣ染色；（Ｆ）扁桃組織試料のポジティブ組織コントロールＩＨＣ染色。全てのＩＨＣ染色を、専売の抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用して行った。
【図２】（Ａ）三種陰性乳癌；（Ｂ）悪性メラノーマ；（Ｃ）ＮＳＣＬＣ、腺癌からの腫瘍試料の例示的ＰＤ−Ｌ１陽性ＩＨＣ染色を示す図である。
【図３】癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ／ＣＲ応答を有する腫瘍浸潤免疫細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。（Ａ）ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ分析を使用した、腫瘍試料領域内のＰＤ−Ｌ１＋腫瘍浸潤免疫細胞の％。（Ｂ）ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ分析を使用した、腫瘍試料内の総免疫浸潤物内のＰＤ−Ｌ１＋ＩＣの％。
【図４】ＰＤ−Ｌ１  ｑＰＣＲ分析を使用した、癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ／ＣＲ応答を有する腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１遺伝子発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。
【図５】癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ／ＣＲ応答を有する腫瘍試料中のＰＤ−１遺伝子発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。
【図６】癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ応答を有する腫瘍試料中の様々な免疫遺伝子発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解。
【図７】抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した患者からの連続的なプレ／オン治療腫瘍生検の概略図を示す図である。対ベースライン（プレ治療又はアーカイブ腫瘍組織を含む）、及びメラノーマ、腎細胞癌（ＲＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、頭頚部癌（Ｈ＆Ｎ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胃、及び乳癌を含めた様々な徴候を患う抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した患者（ｎ＝２６）からのオン治療腫瘍生検材料を査定した。
【図８】（ａ）ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤の増加が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者からの腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１発現の増加と関連していたこと；及び（ｂ）抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者における抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療後の、グランザイムＡ、パーフォリン、ＩＦＮ−ｇ、ＴＮＦａ及びＣＤ８を含めたＴ細胞活性化マーカーの増加を示す図である。
【図９】抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を受けている患者におけるＰＤ−Ｌ１発現の変化を要約する図である。
【図１０】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療を受けている患者において、（ａ）ＣＤ８＋／Ｋｉ６７＋細胞であると同定された、血液中の増殖性Ｔ細胞の発生頻度の増加；及び（ｂ）ＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ６７＋細胞であると同定された、活性化された増殖性Ｔ細胞の発生頻度の増加を示す図である。
【図１１】血漿中のＩＬ−６レベルの低下が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者と関連しており、血漿中のＩＬ−６レベルの増加が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療で進行する患者と関連していたことを示す図である。
【図１２】癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ／ＣＲ応答を有する腫瘍試料中の様々な免疫遺伝子発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。
【図１３】癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ／ＣＲ応答を有するメラノーマ又はＮＳＣＬＣからの腫瘍試料中のＩＤＯ１遺伝子発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。
【図１４】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者から採取した血液中の循環性Ｔ細胞上のＰＤ−Ｌ１発現の増加を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。
【図１５】癌患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療に対するＰＤ又はＰＲ／ＣＲ応答を有する腫瘍試料中の、細胞傷害性Ｔｈ１細胞、ＩＦＮ−ｇ及びＴ細胞輸送マーカーの遺伝子発現の相関を示す図である。ＰＤ＝進行性疾患；ＰＲ＝部分寛解；ＣＲ＝完全寛解。
【図１６】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答するメラノーマ患者におけるＴ細胞活性化マーカーの増加を示す図である。
【図１７】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答しないメラノーマ患者におけるＴ細胞活性化マーカーにおける腫瘍内Ｔ細胞の低い発生頻度及びＴ細胞活性化の欠如を示す図である。
【図１８】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者の血液中のＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ−６７＋活性化Ｔ細胞の発生頻度の一過性の増加を示す図である。
【図１９】このＴ細胞集団の遅延性の増加が応答と相関し、低下が疾患進行と相関する、ＣＤ４＋／ＩＣＯＳ＋Ｔ細胞の増減（サイクル３後に起こる）を示す図である。
【図２０】ＰＤ−Ｌ１発現の適応性の増加が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者において顕著であることを示す図である。
【図２１】フラクタルカイン／ＣＸ３ＣＬ１の発現が進行と相関した一方、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する応答とＣＴＬＡ４発現の相関を示す図である。
【図２２】６つの癌徴候にわたって、Ｔｅｆｆ（Ｔエフェクター）細胞、Ｔｒｅｇ（Ｔ制御）細胞、及びＴｈ１７細胞と関連している遺伝子サインの相関を示す図である。
【図２３】抗ＰＤ−Ｌ１治療に応答しない患者におけるＩＬ１７Ｆのより高い腫瘍遺伝子発現に向かう傾向を示す図である。Ｒ＝応答者；ｎＲ＝非応答者。
【図２４】ＩＬ−１７Ｆの腫瘍遺伝子発現が、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する遅い応答を有する患者においてより高いことを示す図である。
【図２５】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療を受けている患者における循環性ＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ６７＋細胞の一過性の増加を示す図である。（ａ）ＵＢＣ患者における、（ｂ）全ての患者における。
【図２６】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療を受けている患者における血漿ＩＬ−１８の一過性の増加を示す図である。更に、ベースライン血漿ＭＣＰ−１は、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する部分寛解／完全寛解（ＰＲ／ＣＲ）を有する患者においてより低かった。ＩＬ−１８及びＭＣＰ−１の両方も、単球において主に発現された。
【図２７】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療後に進行した患者からのプレ治療腫瘍が、骨髄細胞（例えば、単球、樹状細胞）において主に発現された、比例的により高い骨髄遺伝子サイン（ＩＬ−８、ＣＣＬ２、及びＩＬ１Ｂ）を示したことを示す図である。
【図２８】抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者の血液中の可溶型ＰＤ−Ｌ１の相関を示す図である。
【図２９】腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）におけるＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答の間の関連を示す図である。（ａ）ＮＳＣＬＣにおける、（ｂ）全ての腫瘍における。
【図３０】腫瘍細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答の間の関連を示す図である。（ａ）ＮＳＣＬＣにおける、（ｂ）全ての腫瘍における。
【発明を実施するための形態】
【００６７】
定義
用語「ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト」は、ＰＤ−１シグナル伝達軸でのシグナル伝達からもたらされるＴ細胞機能不全を取り除き、結果としてＴ細胞機能を回復又は増強するために、その結合パートナーの１つ又は複数とのＰＤ−Ｌ１軸結合パートナーの相互作用を阻害する分子である。本明細書で用いるように、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストには、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト及びＰＤ−１結合性アンタゴニスト、並びにＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１の間の相互作用（例えば、ＰＤ−Ｌ２−Ｆｃ融合）を妨害する分子が含まれる。
【００６８】
用語「ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト」は、ＰＤ−１、Ｂ７−１などのその結合パートナーの１つ又は複数とのＰＤ−Ｌ１の相互作用からもたらされるシグナル伝達を低減、ブロック、阻害、抑止又は妨害する分子である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、その結合パートナーへのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する分子である。具体的な態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１及び／又はＢ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストには、ＰＤ−１、Ｂ７−１などのその結合パートナーの１つ又は複数とのＰＤ−Ｌ１の相互作用からもたらされるシグナル伝達を低減、ブロック、阻害、抑止又は妨害する、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド及び他の分子が含まれる。一実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、機能不全のＴ細胞をより非機能不全にさせないように、Ｔリンパ球及び他の細胞の上で発現される細胞表面タンパク質により又はそれを通して媒介される陰性シグナル、ＰＤ−Ｌ１又はＰＤ−１を通して媒介されるシグナル伝達を低減する。
【００６９】
用語「ＰＤ−１結合性アンタゴニスト」は、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２などのその結合パートナーの１つ又は複数とのＰＤ−１の相互作用からもたらされるシグナル伝達を低減、ブロック、阻害、抑止又は妨害する分子である。一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、その結合パートナーへのＰＤ−１の結合を阻害する分子である。具体的な態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１及び／又はＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を阻害する。例えば、ＰＤ−１結合性アンタゴニストには、ＰＤ−Ｌ１及び／又はＰＤ−Ｌ２とのＰＤ−１の相互作用からもたらされるシグナル伝達を低減、ブロック、阻害、抑止又は妨害する、抗ＰＤ−１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド及び他の分子が含まれる。一実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、機能不全のＴ細胞をより非機能不全にさせないように、Ｔリンパ球及び他の細胞の上で発現される細胞表面タンパク質により又はそれを通して媒介される陰性シグナル、ＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１を通して媒介されるシグナル伝達を低減する。
【００７０】
本明細書において用語「プログラム死リガンド１」及び「ＰＤ−Ｌ１」は、天然配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド、ポリペプチド変異体並びに天然配列ポリペプチド及びポリペプチド変異体の断片（本明細書において更に規定される）を指す。本明細書に記載されるＰＤ−Ｌ１ポリペプチドは、様々な供給源、例えばヒト組織型、又は別の供給源から単離されるか、又は組換え若しくは合成の方法によって調製されるものであってもよい。
【００７１】
「天然配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド」は、天然に由来する対応するＰＤ−Ｌ１ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【００７２】
「ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド変異体」又はその変形は、本明細書に開示される天然の配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列の何れかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する、本明細書に規定されるＰＤ−Ｌ１ポリペプチド、一般に活性ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドを意味する。そのようなＰＤ−Ｌ１ポリペプチド変異体には、例えば、天然のアミノ酸配列のＮ末端又はＣ末端で１つ又は複数のアミノ酸残基が付加されるか欠失している、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドが含まれる。通常、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド変異体は、本明細書に開示される天然の配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列と少なくとも約８０％の配列同一性、あるいは、少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のアミノ酸配列同一性を有する。通常、ＰＤ−Ｌ１変異体ポリペプチドは、長さが少なくとも約１０アミノ酸、あるいは長さが少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２８９アミノ酸かそれ以上である。任意選択的に、ＰＤ−Ｌ１変異体ポリペプチドは、天然のＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列と比較して１つ以下の保存的アミノ酸置換を、あるいは天然のＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列と比較して２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以下の保存的アミノ酸置換を有する。
【００７３】
本明細書に規定される用語「ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト」は、天然の配列ＰＤ−Ｌ１によって媒介される生物活性及び／又は機能を部分的又は完全にブロック、阻害又は中和する任意の分子である。ある特定の実施態様では、そのようなアンタゴニストはＰＤ−Ｌ１に結合する。一実施態様では、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様では、アンタゴニストは抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。別の実施態様では、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様では、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００７４】
本明細書で互換的に使用されるように、「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらのアナログ、又は、ＤＮＡ若しくはＲＮＡポリメラーゼによって、又は合成反応によってポリマーに組み込むことができる任意の基質であってもよい。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチド及びそれらのアナログを含むことができる。存在するならば、ヌクレオチド構造の修飾はポリマーのアセンブリーの前後に付与することができる。ヌクレオチド配列には、非ヌクレオチド成分が割り込んでもよい。ポリヌクレオチドは、合成の後に、例えば標識とのコンジュゲーションによって更に修飾されてもよい。他のタイプの修飾には、例えば、天然に存在するヌクレオチドの１つ又は複数のアナログによる「キャップ」置換、インターヌクレオチド修飾、例えば非荷電結合によるもの（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアミデート、カルバメートなど）、及び荷電結合によるもの（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）、ペンダント部分、例えばタンパク質（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ−Ｌ−リジンなど）を含有するもの、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）を有するもの、キレーター（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化的金属など）を含有するもの、アルキル剤を含有するもの、修飾結合を有するもの（例えば、アルファアノマー核酸など）、並びにポリヌクレオチド（一又は複数）の非修飾型が含まれる。更に、糖に通常存在するヒドロキシル基の何れも、例えばホスホネート基、リン酸基と置き換えられるか、標準の保護基によって保護されるか、追加のヌクレオチドへの追加の結合を調製するために活性化されてもよく、又は、固体若しくは半固体の支持体にコンジュゲートされてもよい。５’及び３’末端のＯＨは、リン酸化されるか、炭素原子数１から２０のアミン又は有機キャップ形成基部分で置換されてもよい。他のヒドロキシルが、標準の保護基に誘導体化されてもよい。ポリヌクレオチドは、当技術分野で一般に公知であるリボース又はデオキシリボース糖の類似形、例えば、２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−又は２’−アジド−リボース、炭素環式糖アナログ、α−アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース又はリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式アナログ及び無塩基ヌクレオシドアナログ、例えばメチルリボシドを含有することもできる。１つ又は複数のホスホジエステル結合が、代替の連結基と置き換えられてもよい。これらの代替の連結基には、限定されずに、リン酸がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ２（「ホルムアセタール」）で置き換えられ、そこで、各Ｒ又はＲ’は独立してＨであるか、又はエーテル（−Ｏ−）結合、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シ���ロアルケニル若しくはアラルジルを任意選択的に含有する置換型若しくは非置換型のアルキル（１−２０Ｃ）である実施態様が含まれる。ポリヌクレオチドの全ての結合が同一である必要があるとは限らない。上の記載は、本明細書において言及されるＲＮＡ及びＤＮＡを含む全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００７５】
本明細書で用いられるように、「オリゴヌクレオチド」は、そうとは限らないが長さが約２５０ヌクレオチド未満である、短い一本鎖ポリヌクレオチドを一般に指す。オリゴヌクレオチドは合成物であってもよい。用語「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」は、互いに排他的でない。ポリヌクレオチドの上の記載は、オリゴヌクレオチドに等しく及び完全に適用できる。
【００７６】
用語「プライマー」は、核酸とハイブリダイズすること、及び、一般に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって続く相補的な核酸の重合が可能である一本鎖ポリヌクレオチドを指す。
【００７７】
用語「小分子」は、約２０００ダルトン以下、好ましくは約５００ダルトン以下の分子量の任意の分子を指す。
【００７８】
用語「宿主細胞」、「宿主細胞系」及び「宿主細胞培養物」は互換的に使用され、そのような細胞の子孫を含む、外因性の核酸が導入された細胞を指す。宿主細胞には「形質転換体」及び「形質転換細胞」が含まれ、それらには、一次形質転換細胞及び継代数に関係なくそれに由来する子孫が含まれる。子孫は親細胞と核酸内容が完全に同一でなくてもよく、突然変異を含有することができる。本明細書において、当初形質転換された細胞でスクリーニング又は選択されたのと同じ機能又は生物活性を有する突然変異体子孫が含まれる。
【００７９】
本明細書で用いるように、用語「ベクター」は、それが結合する別の核酸を増殖させることが可能な核酸分子を指す。本用語は、自己複製する核酸構造としてのベクター、並びにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターを含む。ある特定のベクターは、それらが動作可能に連結された核酸の発現を導くことが可能である。そのようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。
【００８０】
「単離された」抗体は、その天然の環境の成分から分離されたものである。一部の実施態様では、抗体は、例えば電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、毛細管電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）によって判定したときに、９５％を超える又は９９％を超える純度まで精製される。抗体純度の評価方法のレビューについては、例えば、Ｆｌａｔｍａｎ等、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ８４８：７９−８７（２００７）を参照。
【００８１】
「単離された」核酸は、その天然の環境の成分から分離された核酸分子を指す。単離された核酸には、核酸分子を通常含有する細胞に含有される核酸分子が含まれるが、その核酸分子は染色体外に存在するかその天然の染色体位置と異なる染色体位置に存在する。
【００８２】
本明細書において、用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造物、例えば限定されずにモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、及び、それらが所望の抗原結合活性を示す限り抗体断片を包含する。
【００８３】
用語「抗ＰＤ−Ｌ１抗体」及び「ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体」は、ＰＤ−Ｌ１を標的にすることにおいて診断及び／又は治療用の薬剤として抗体が有益であるのに十分な親和性でＰＤ−Ｌ１に結合することが可能な抗体を指す。一実施態様では、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）で測定したときの、無関係な非ＰＤ−Ｌ１タンパク質への抗ＰＤ−Ｌ１抗体の結合の程度は、ＰＤ−Ｌ１への抗体の結合の約１０％未満である。ある特定の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、異なる種からのＰＤ−Ｌ１の間で保存されるＰＤ−Ｌ１のエピトープに結合する。
【００８４】
「ブロッキング」抗体又は「アンタゴニスト」抗体は、それが結合する抗原の生物活性を阻害又は低減するものである。好ましいブロッキング抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物活性を実質的又は完全に阻害する。
【００８５】
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有相互作用の合計の強度を指す。特に明記しない限り、本明細書で用いるように、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体及び抗原）の間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。そのパートナーＹへの分子Ｘの親和性は、解離定数（Ｋｄ）によって一般的に表すことができる。親和性は、本明細書に記載されるものを含む当技術分野で公知の一般方法を用いて測定することができる。結合親和性の測定のための具体的な例証的及び例示的な実施態様は、以下に記載される。
【００８６】
「親和性成熟」抗体は、そのような改変を有しない親抗体と比較して、１つ又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）に１つ又は複数の改変を有する抗体を指し、そのような改変は抗原への抗体の親和性の向上をもたらすものである。
【００８７】
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例には、限定されずにＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；線状抗体；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多重特異的抗体が含まれる。
【００８８】
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイにおいてその抗原への参照抗体の結合を５０％以上ブロックする抗体を指し、反対に、参照抗体は競合アッセイにおいてその抗原へのその抗体の結合を５０％以上ブロックする。例示的な競合アッセイは本明細書で提供される。
【００８９】
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部は特定の供給源又は種に由来するが、重鎖及び／又は軽鎖の残部は異なる供給源又は種に由来する抗体を指す。
【００９０】
抗体の「クラス」は、その重鎖によって保有される定常ドメイン又は定常領域の種類を指す。抗体の５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、これらのいくつかはサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２に更に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、α、δ、ε、γ及びμとそれぞれ呼ばれている。
【００９１】
本明細書において、用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「完全な抗体」は互換的に使用され、天然の抗体構造に実質的に類似した構造を有するか、本明細書に規定されるＦｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
【００９２】
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」は、可能な変異体抗体、例えば天然に存在する突然変異を含有するか、モノクローナル抗体調製物の生成の間に生じる、一般に少量存在する変異体を除いて、実質的に均一な抗体の集団、すなわち集団を構成する個々の抗体が同一であり及び／又は同じエピトープに結合する集団から得られる抗体を指す。異なる決定因子（エピトープ）に向けられる異なる抗体を一般的に含むポリクローナル抗体調製物と対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子に向けられる。したがって、修飾子「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体集団から得られるという抗体の性格を示し、いかなる特定の方法による抗体の生成を必要とするものと解釈するべきでない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、様々な技術、例えば限定されずにハイブリドーマ方法、組換えＤＮＡ方法、ファージディスプレイ方法及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法によって作製することができ、そのような方法及びモノクローナル抗体を作製するための他の例示的な方法は本明細書に記載されている。
【００９３】
「ヒト抗体」は、ヒト若しくはヒト細胞によって生成されるか、又はヒト抗体レパートリー若しくは他のヒト抗体をコードする配列を利用するヒト以外の供給源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、ヒト以外の抗原に結合する残基を含むヒト化抗体を特異的に排除する。
【００９４】
「ヒト化」抗体は、ヒト以外のＨＶＲからのアミノ酸残基及びヒトＦＲからのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施態様では、ヒト化抗体は、少なくとも１つの、及び一般的に２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、そこにおいて、ＨＶＲ（例えばＣＤＲ）の全て又は実質的に全てはヒト以外の抗体のそれらに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てはヒト抗体のそれらに対応する。ヒト化抗体は、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を任意選択的に含むことができる。抗体、例えばヒト以外の抗体の「ヒト化形」は、ヒト化を経た抗体を指す。
【００９５】
「免疫複合体」は、限定されずに細胞傷害剤を含む１つ又は複数の異種分子にコンジュゲートされている抗体である。
【００９６】
参照ポリペプチド配列に関して「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後の、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の百分率と規定され、いかなる保存的置換も配列同一性の一部とみなされない。アミノ酸配列同一性パーセントを判定するためのアラインメントは、当分野の技術の範囲内である様々な方法で、例えば公開されているコンピュータソフトウェア、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを用いて達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含む、配列を整列させるための適当なパラメータを決定することができる。しかし、本明細書の目的では、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて生成されている。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって書かれ、ソースコードはＵ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ  Ｏｆｆｉｃｅ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．、２０５５９の利用者文書に申請され、そこにおいてそれは米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．、Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公開されているか、ソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ  Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで用いるためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータはＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変更されない。
【００９７】
ＡＬＩＧＮ−２がアミノ酸配列比較のために用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの又はそれに対する所与のアミノ酸配列Ａのアミノ酸配列同一性％（それは、代わりに、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの又はそれに対するある特定のアミノ酸配列同一性％を有するか含む所与のアミノ酸配列Ａと言い表すことができる）は、以下の通りに計算され：
１００×分数Ｘ／Ｙ
上式で、ＸはＡとＢのそのプログラムのアラインメントにおいて配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により同一の組合せとして評価されるアミノ酸残基の数であり、ＹはＢにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さに等しくない場合、Ａ対Ｂのアミノ酸配列同一性％はＢ対Ａのアミノ酸配列同一性％に等しくないことが理解される。特記されていない限り、本明細書で用いられる全てのアミノ酸配列同一性％値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを用いて直前の段落に記載の通りに得られる。
【００９８】
用語「検出」には、直接的及び間接的な検出を含む、任意の検出手段が含まれる。
【００９９】
本明細書で用いられる用語「バイオマーカー」は、試料中で検出することができる指標、例えば、予測的、診断的及び／又は予後診断的指標を指す。バイオマーカーは、ある特定の分子的、病理的、組織学的及び／又は臨床的特性によって特徴付けられる特定のサブタイプの疾患又は障害（例えば、癌）の指標の役割をすることができる。一部の実施態様では、バイオマーカーは遺伝子である。バイオマーカーには、限定されずに、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）、ポリヌクレオチドコピー数の変化（例えば、ＤＮＡコピー数）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチドの修飾（例えば翻訳後修飾）、炭水化物、及び／又は糖脂質をベースとした分子マーカーが含まれる。
【０１００】
本明細書において用語「バイオマーカーサイン」、「サイン」、「バイオマーカー発現サイン」又は「発現サイン」は互換的に使用され、その発現が指標である、例えば予測的、診断的及び／又は予後診断的指標であるバイオマーカーの１つ又は組合せを指す。バイオマーカーサインは、ある特定の分子的、病理的、組織学的及び／又は臨床的特性によって特徴付けられる特定のサブタイプの疾患又は障害（例えば、癌）の指標の役割をすることができる。一部の実施態様では、バイオマーカーサインは、「遺伝子サイン」である。用語「遺伝子サイン」は「遺伝子発現サイン」と互換的に使用され、その発現が指標である、例えば予測的、診断的及び／又は予後診断的指標であるポリヌクレオチドの１つ又は組合せを指す。一部の実施態様では、バイオマーカーサインは、「タンパク質サイン」である。用語「タンパク質サイン」は「タンパク質発現サイン」と互換的に使用され、その発現が指標である、例えば予測的、診断的及び／又は予後診断的指標であるポリペプチドの１つ又は組合せを指す。
【０１０１】
個体への臨床有益性の増加に関連したバイオマーカーの「量」又は「レベル」は、生物学的試料中で検出可能なレベルである。これらは、当業技術者に公知であり、本明細書に開示されてもいる方法によって測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療への応答を判定するために使用することができる。
【０１０２】
用語「発現のレベル」又は「発現レベル」は一般に互換的に使用され、生物学的試料中のバイオマーカーの量を一般に指す。「発現」は、情報（例えば、遺伝子によってコードされた及び／又は後成的な）が、細胞中に存在して作動する構造に変換される過程を一般に指す。したがって、本明細書で用いるように、「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、又はポリヌクレオチド及び／若しくはポリペプチドの修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）でさえも指すことができる。それらが選択的スプライシング若しくは分解された転写産物によって、又はポリペプチドの例えばタンパク質分解による翻訳後プロセシングから生成される転写産物を起源とするかどうかにかかわらず、転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド又はポリヌクレオチド及び／若しくはポリペプチドの修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）の断片も発現されたとみなすものとする。「発現遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、次にポリペプチドに翻訳されるもの、及びＲＮＡに転写されるが、ポリペプチドに翻訳されないもの（例えば、転移及びリボソームＲＮＡ）も含まれる。
【０１０３】
「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」又は「上昇したレベル」は、コントロール、例えば疾患若しくは障害（例えば、癌）を患っていない個体（一又は複数）又は内部コントロール（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較した、個体におけるバイオマーカーの発現の増加又はレベルの上昇を指す。
【０１０４】
「低減した発現」、「低減した発現レベル」又は「低減したレベル」は、コントロール、例えば疾患若しくは障害（例えば、癌）を患っていない個体（一又は複数）又は内部コントロール（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較した、個体におけるバイオマーカーの発現の減少又はレベルの低下を指す。一部の実施態様では、低減した発現は、発現がほとんどない又は全くない。
【０１０５】
用語「ハウスキーピングバイオマーカー」は、全ての細胞型に一般に同じように存在するバイオマーカー（例えば、ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド）又はバイオマーカー群を指す。一部の実施態様では、ハウスキーピングバイオマーカーは、「ハウスキーピング遺伝子」である。本明細書において、「ハウスキーピング遺伝子」は、その活性が細胞機能の維持のために必須であり、全ての細胞型に一般に同じように存在するタンパク質をコードする遺伝子又は遺伝子群を指す。
【０１０６】
本明細書で用いるように、「増幅」は、所望の配列の複数のコピーを生成する過程を一般に指す。「複数のコピー」とは、少なくとも２コピー数を意味する。「コピー」は、必ずしも鋳型配列との完全な配列相補性又は同一性を意味するとは限らない。例えば、コピーは、ヌクレオチドアナログ、例えばデオキシイノシン、意図的な配列改変（鋳型とハイブリダイゼーションが可能であるが相補的でない配列を含むプライマーを通して導入された配列改変など）、及び／又は増幅の間に起こる配列の誤り）を含むことができる。
【０１０７】
用語「多重ＰＣＲ」は、単一の反応で２個以上のＤＮＡ配列を増幅するために複数のプライマーセットを使用して、単一の供給源（例えば、個体）から得られる核酸で実行される単一のＰＣＲ反応を指す。
【０１０８】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者が容易に判定でき、一般に、プローブ長、洗浄温度及び塩濃度に依存する実験的計算である。一般に、より長いプローブは適切なアニーリングのためにより高い温度を必要とするが、より短いプローブはより低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、それらの融点より下の環境に相補鎖が存在するときにリアニールする、変性ＤＮＡの能力に一般に依存する。プローブとハイブリダイゼーションが可能な配列の間の所望の相同性の程度がより高いほど、使用することができる相対温度はより高い。結果として、より高い相対温度は反応条件をよりストリンジェントにする傾向があり、より低い温度はよりそうでないということである。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの追加の詳細及び説明については、Ａｕｓｕｂｅｌ等、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、（１９９５）を参照する。
【０１０９】
本明細書に規定される「ストリンジェントな条件」又は「高ストリンジェンシー条件」は、（１）洗浄のために低いイオン強度及び高い温度、例えば５０℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムを用いるもの；（２）ハイブリダイゼーションの間に変性剤、例えばホルムアミド、例えば５０（ｖ／ｖ）％ホルムアミドを、０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の５０ｍＭリン酸ナトリウムバッファーと４２℃で用いるもの；又は（３）４２℃での５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭＮａＣｌ、０．０７５Ｍクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハート液、超音波処理サーモン精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ及び１０％硫酸デキストランを用いる溶液中での一晩のハイブリダイゼーションと、４２℃での０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中での１０分間の洗浄と、続く５５℃でのＥＤＴＡを含有する０．１×ＳＳＣからなる１０分間の高ストリンジェンシー洗浄によって識別することができる。
【０１１０】
「中程度ストリンジェント条件」は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ等、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ、１９８９、によって記載される通りに識別することができ、上記のものよりストリンジェントでない洗浄液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及びＳＤＳ％）の使用を含む。中程度ストリンジェント条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハート液、１０％硫酸デキストラン及び２０ｍｇ／ｍｌの変性した剪断サーモン精子ＤＮＡを含む溶液中での３７℃で一晩のインキュベーションと、続く約３７−５０℃の１×ＳＳＣ中でのフィルターの洗浄である。当業者は、プローブ長などの因子に適合するために、必要に応じて温度、イオン強度などを調整する方法を認める。
【０１１１】
本明細書で用いられる「ポリメラーゼ連鎖反応」又は「ＰＣＲ」の技術は、１９８７年７月２８日に公布された米国特許第４６８３１９５号に記載されている通り、核酸、ＲＮＡ及び／又はＤＮＡの微量の特異的断片が増幅される手順を一般に指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計できるように、対象領域の末端又はそれ以上からの配列情報を入手する必要性がある。これらのプライマーは、増幅される鋳型の反対側の鎖に配列が同一であるか類似している。２つのプライマーの５’末端のヌクレオチドは、増幅する材料の末端と一致することができる。ＰＣＲは、全ゲノムＤＮＡから特異的ＲＮＡ配列、特異的ＤＮＡ配列を、及び全細胞性ＲＮＡ、バクテリオファージ又はプラスミド配列などから転写されたｃＤＮＡを増幅するために使用することができる。一般に、Ｍｕｌｌｉｓ等、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．、５１：２６３（１９８７）；Ｅｒｌｉｃｈ編、ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、（Stockton Press、NY、1989）を参照。本明細書で用いるように、ＰＣＲは、プライマーとして公知の核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）の使用を含む、核酸試験試料を増幅するための核酸ポリメラーゼ反応方法の唯一でないが１つの例であると考えられ、核酸の特異的断片を増幅若しくは生成するために、又は特定の核酸に相補的である核酸の特異的断片を増幅若しくは生成するために核酸ポリメラーゼを利用する。
【０１１２】
「定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」又は「ｑＲＴ−ＰＣＲ」は、ＰＣＲ生成物の量がＰＣＲ反応の各段階で測定されるＰＣＲの形を指す。この技術は、Ｃｒｏｎｉｎ等、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６４（１）：３５−４２（２００４）；及びＭａ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５：６０７−６１６（２００４）を含む様々な刊行物に記載されている。
【０１１３】
用語「マイクロアレイ」は、基質上のハイブリダイゼーションが可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの順序づけられた配置を指す。
【０１１４】
単数形又は複数形で使用されるとき、用語「ポリヌクレオチド」は任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを一般に指し、それらは非修飾のＲＮＡ若しくはＤＮＡ又は修飾されたＲＮＡ若しくはＤＮＡであってもよい。したがって例えば、本明細書に規定されるポリヌクレオチドには、限定されずに、一本鎖及び二本鎖のＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖の領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖のＲＮＡ、並びに一本鎖及び二本鎖の領域を含むＲＮＡ、一本鎖であるかより一般的には二本鎖であってもよい、又は一本鎖及び二本鎖の領域を含むことができるＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子が含まれる。更に、本明細書で用いられる用語「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡ若しくはＤＮＡ又はＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖の領域を指す。そのような領域中の鎖は、同じ分子又は異なる分子からであってもよい。領域は分子の１つ又は複数の全てを含むことができるが、より一般的には分子のいくつかの領域だけを含むことができる。三重螺旋領域の分子の１つは、しばしばオリゴヌクレオチドである。用語「ポリヌクレオチド」には、具体的にはｃＤＮＡが含まれる。本用語には、１つ又は複数の修飾塩基を含有するＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）及びＲＮＡが含まれる。したがって、安定性のために又は他の理由のために修飾された骨格を有するＤＮＡ又はＲＮＡは、本明細書においてその用語が意図される「ポリヌクレオチド」である。更に、異常な塩基、例えばイノシン又は修飾塩基、例えばトリチウム化された塩基を含むＤＮＡ又はＲＮＡは、本明細書に規定される用語「ポリヌクレオチド」の中に含まれる。一般に、用語「ポリヌクレオチド」は、非修飾のポリヌクレオチドの全ての化学的、酵素的及び／又は代謝的修飾形に加えて、ウイルス並びに単純及び複雑な細胞を含む細胞の特性を示すＤＮＡ及びＲＮＡの化学形態を包含する。
【０１１５】
用語「オリゴヌクレオチド」は、比較的短いポリヌクレオチド、例えば限定されずに一本鎖のデオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖のリボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖のＤＮＡを指す。オリゴヌクレオチド、例えば一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドは、化学的方法によって、例えば市販されている自動オリゴヌクレオチド合成装置を用いてしばしば合成される。しかし、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えＤＮＡ媒介技術を含む様々な他の方法によって、並びに細胞及び生物体でのＤＮＡの発現によって作製することができる。
【０１１６】
本明細書において用語「診断」は、分子的若しくは病的な状態、疾患又は状況（例えば、癌）の同定又は分類を指すために使用される。例えば、「診断」は特定の型の癌の同定を指すことができる。「診断」は、例えば組織病理学的基準による、又は分子的特徴による癌の特定のサブタイプの分類を指すこともできる（例えば、バイオマーカー（例えば、特定の遺伝子又は前記遺伝子によってコードされるタンパク質）の１つ又は組合せの発現によって特徴付けられるサブタイプ）。
【０１１７】
本明細書において用語「診断を助ける」ことは、疾患又は障害（例えば、癌）の特定の型の症状又は状態の存在又は性質に関して臨床判定を下すことにおいて支援する方法を指すために使用される。例えば、疾患又は状態（例えば、癌）の診断を助ける方法は、個体からの生物学的試料である特定のバイオマーカーを測定することを含むことができる。
【０１１８】
本明細書で用いる用語「試料」は、例えば物理的、生化学的、化学的及び／又は生理的特徴に基づいて特徴付ける及び／又は同定する細胞性及び／又は他の分子実体を含有する関心の対象及び／又は個体から得られるかそれに由来する組成物を指す。例えば、語句「疾患試料」及びその変形は、特徴付ける細胞性の及び／又は分子的実体を含有することが予想されるか公知である関心の対象から得られる任意の試料を指す。試料には、限定されずに、一次若しくは培養された細胞又は細胞系、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、小胞液、精液、羊水、ミルク、全血、血液由来細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物及び組織培地、組織抽出物、例えばホモジナイズされた組織、腫瘍組織、細胞抽出物、及びその組合せが含まれる。
【０１１９】
「組織試料」又は「細胞試料」は、対象又は個体の組織から得られた類似の細胞の集合を意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な凍結及び／又は保存された器官、組織試料、生検及び／又は吸引液からの固体組織；血液又は血漿などの任意の血液成分；体液、例えば脳脊髄液、羊水、腹水又は間質液；対象の妊娠又は発達期間中の任意の時期からの細胞であってもよい。組織試料は、一次若しくは培養された細胞又は細胞系であってもよい。任意選択的に、組織又は細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存剤、抗凝固薬、バッファー、固定剤、栄養素、抗生物質などの天然において組織と本来混合していない化合物を含有することができる。
【０１２０】
本明細書で用いるように、「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「コントロール試料」、「コントロール細胞」又は「コントロール組織」は、比較目的のために使用される試料、細胞、組織、標準又はレベルを指す。一実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、同じ対象又は個体の身体の健康な及び／又は病気に罹っていない部分（例えば、組織又は細胞）から得られる。例えば、病気に罹っている細胞又は組織に隣接している健康な及び／又は病気に罹っていない細胞又は組織（例えば、腫瘍に隣接した細胞又は組織）。別の実施態様では、参照試料は同じ対象又は個体の身体の未治療の組織及び／又は細胞から得られる。更に別の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、当該対象又は個体ではない個体の身体の健康な及び／又は病気に罹っていない部分（例えば、組織又は細胞）から得られる。更に別の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、当該対象又は個体ではない個体の身体の未治療の組織及び／又は細胞から得られる。
【０１２１】
本明細書の目的のために、組織試料の「切片」は、組織試料の単一の部分又は断片、例えば組織試料から切り取られた組織又は細胞の薄切片を意味する。組織試料の同じ切片を形態学的及び分子的レベルで分析することができるか、又はポリペプチド及びポリヌクレオチドに関して分析することができるものと理解される場合には、組織試料の複数の切片をとり、分析にかけることができるものと理解される。
【０１２２】
「相関する」又は「相関している」は、どんな形であれ、第１の分析又はプロトコールの成績及び／又は結果を、第２の分析又はプロトコールの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第１の分析若しくはプロトコールの結果を第２のプロトコールの実行で使用することができ、及び／又は、第２の分析若しくはプロトコールを実施するべきであるかどうか判定するために第１の分析若しくはプロトコールの結果を使用することができる。ポリペプチドの分析又はプロトコールの実施態様に関して、特定の治療レジメンを実施するべきであるかどうか判定するために、ポリペプチド発現の分析又はプロトコールの結果を使用することができる。ポリヌクレオチドの分析又はプロトコールの実施態様に関して、特定の治療レジメンを実施するべきであるかどうか判定するために、ポリヌクレオチド発現の分析又はプロトコールの結果を使用することができる。
【０１２３】
「個体の応答」又は「応答」は、個体への有益性を示す任意のエンドポイント、例えば限定されずに、（１）減速及び完全な停止を含む疾患進行（例えば、癌進行）のある程度の阻害；（２）腫瘍サイズの縮小；（３）隣接した末梢器官及び／又は組織への癌細胞浸潤の阻害（すなわち、低減、減速又は完全な阻止）；（４）転移の阻害（すなわち、低減、減速又は完全な阻止）；（５）疾患又は障害（例えば、癌）に伴う１つ又は複数の症状のある程度の軽減；（６）全体的生存及び無進行生存を含む生存期間の長さの増加又は延長；及び／又は（９）治療後の所与の時点での死亡率の低下を使用して評価することができる。
【０１２４】
医薬による治療に対する患者の「有効応答」又は患者の「応答性」及び類似の言い回しは、癌などの疾患又は障害の危険があるかそれを患っている患者に付与される臨床的又は治療的な有益性を指す。一実施態様では、そのような有益性には、以下の任意の１つ又は複数が含まれる：生存（全体的生存及び無進行生存を含む）を延長すること；客観的な応答（完全寛解又は部分寛解を含む）をもたらすこと；又は癌の徴候若しくは症状を改善すること。一実施態様では、バイオマーカーを発現しない患者と比較して、医薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）による治療に応答性である可能性が増加すると予測される患者を同定するために、バイオマーカー（例えばＩＨＣを用いて判定されるＰＤ−Ｌ１発現）が使用される。一実施態様では、バイオマーカーを同じレベルで発現しない患者と比較して、医薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）による治療に応答性である可能性が増加すると予測される患者を同定するために、バイオマーカー（例、例えばＩＨＣを用いて判定されるＰＤ−Ｌ１発現）が使用される。一実施態様では、バイオマーカーの存在は、バイオマーカーが存在しない患者と比較して、医薬による治療に応答する可能性がより高い患者を同定するために使用される。別の実施態様では、バイオマーカーの存在は、患者が、バイオマーカーが存在しない患者と比較して医薬による治療が有益である可能性の増加を有することを決定するために使用される。
【０１２５】
「生存」は生き続けている患者を指し、全体的生存並びに無進行生存を含む。
【０１２６】
全体的生存は、時期（診断又は治療の時期から規定の期間、例えば１年、５年などの間、生き続けている患者を指す。
【０１２７】
無進行生存は、癌が進行しないか更に悪化せずに生き続けている患者を指す。
【０１２８】
「生存を延長すること」は、未治療の患者と比較して（すなわち、医薬で治療されていない患者と比較して）、又は指定されたレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、及び／又は承認された抗腫瘍剤で治療された患者と比較して、治療された患者で全体的生存又は無進行生存を増加させることを意味する。客観的な応答は、完全寛解（ＣＲ）又は部分寛解（ＰＲ）を含む測定可能な応答を指す。
【０１２９】
完全寛解又は「ＣＲ」は、治療に応答しての癌の全ての徴候の消失を意図する。これは、癌が治癒したことを必ずしも意味しない。
【０１３０】
部分寛解又は「ＰＲ」は、治療に応答しての、身体における１つ又は複数の腫瘍若しくは病変のサイズの縮小、又は癌の範囲の減少を指す。
【０１３１】
本明細書で用いられる用語「実質的に同じ」は、２つの値の間の差が、前記値（例えば、Ｋｄ値又は発現）で測定される生物学的特性の面で生物学的及び／又は統計的にほとんど又は全く有意でないと当業者がみなすような、２つの数値の間の十分に高い程度の類似性を表す。前記２つの値の間の差は、例えば、参照／コンパレーター値の関数として、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満及び／又は約１０％未満である。
【０１３２】
本明細書で用いられる語句「実質的に異なる」は、２つの値の間の差が、前記値（例えば、Ｋｄ値）で測定される生物学的特性の面で統計的に有意であると当業者がみなすような、２つの数値の間の十分に高い程度の差を表す。前記２つの値の間の差は、例えば、参照／コンパレーター分子の値の関数として、約１０％を超え、約２０％を超え、約３０％を超え、約４０％を超え、及び／又は約５０％を超える。
【０１３３】
本明細書で用いるとき、語「標識」は、検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、一般的にポリヌクレオチドプローブ又は抗体などの試薬に直接的又は間接的にコンジュゲート又は融合され、それがコンジュゲート又は融合される試薬の検出を容易にする。標識はそれ自体検出可能であってもよく（例えば放射性同位体標識又は蛍光性標識）、又は酵素標識の場合は、検出可能な生成物をもたらす基質化合物又は組成物の化学変性を触媒することができる。
【０１３４】
薬剤の「有効量」は、必要な投薬量及び期間で、所望の治療的又は予防的結果を達成するのに有効な量を指す。
【０１３５】
「治療的有効量」は、哺乳動物で疾患又は障害を治療又は予防するための治療剤の量を指す。癌の場合、治療剤の治療的有効量は、癌細胞の数を低減すること；原発腫瘍のサイズを低減すること；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害すること（すなわち、ある程度遅らせること、好ましくは停止すること）；腫瘍転移を阻害すること（すなわち、ある程度遅らせること、好ましくは停止すること）；腫瘍増殖をある程度阻害すること；及び／又は障害に関連する症状の１つ又は複数をある程度軽減することができる。薬物が増殖を阻止することができ、及び／又は既存の癌細胞を死滅させることができる限り、それは細胞増殖抑制性及び／又は細胞傷害性であってもよい。癌療法については、インビボ有効性は、例えば、生存期間、疾患進行までの時間（ＴＴＰ）、奏効率（ＲＲ）、応答期間、及び／又は生活の質を評価することによって測定することができる。
【０１３６】
用語「癌」及び「癌性」は、無秩序な細胞増殖を一般に特徴とする哺乳動物の生理的状態を指すか記載する。良性及び悪性の癌がこの定義に含まれる。「初期の癌」又は「初期の腫瘍」は、侵襲的でも転移性でもないか、ステージ０、Ｉ又はＩＩの癌と分類される癌を意味する。癌の例には、限定されずに、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリン産生腫瘍及び島細胞癌を含む）、中皮腫、シュワン細胞腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、メラノーマ及び白血病又はリンパ悪性腫瘍が含まれる。そのような癌のより詳細な例には、扁平細胞癌（例えば上皮扁平細胞癌）、肺癌、例えば小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌及び肺の扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃腸癌を含む胃又は腹部の癌、膵癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、肝癌、乳癌（転移性乳癌を含む）、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜又は子宮の癌腫、唾液腺癌、腎又は腎性の癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、メルケル細胞癌、菌状息肉腫、精巣癌、食道癌、胆管の腫瘍、並びに頭頚部癌及び血液学的悪性腫瘍が含まれる。一部の実施態様では、癌は、局所的に再発性又は転移性の疾患（局所的に再発性の疾患は治療意図の切除に適合しない）を有する乳房の任意の組織学的に確認された三重陰性（ＥＲ−、ＰＲ−、ＨＥＲ２−）腺癌を含む、三重陰性転移性乳癌である。
【０１３７】
用語「薬学的製剤」は、そこに含まれる有効成分の生物活性を有効にするような形であり、製剤が投与される対象に容認できないほど毒性である追加の成分を含有しない調製物を指す。
【０１３８】
「薬学的に許容される担体」は、薬学的製剤中の、有効成分以外の対象に無毒である成分を指す。薬学的に許容される担体には、バッファー、賦形剤、安定剤又は保存剤が含まれるが、これらに限定されない。
【０１３９】
本明細書で用いるように、「治療」（及び「治療する」又は「治療すること」などの文法上のその変形）は、治療する個体の自然経過を変化させる企てにおける臨床介入を指し、予防のために、又は臨床病理の過程で実施することができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生又は再発を予防すること、症状の緩和、疾患の任意の直接的又は間接的な病理学的帰結の減少、転移を予防すること、疾患進行の速度を低下させること、病態の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善が含まれるがこれらに限定されない。一部の実施態様では、疾患の発達を遅らせるか疾患の進行を減速するために、抗体が使用される。
【０１４０】
用語「抗癌療法」は、癌の治療で有益な療法を指す。抗癌治療剤の例には、限定されずに、例えば化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害剤、放射線療法で使用する薬剤、抗血管形成剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及び癌を治療する他の薬剤、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来増殖因子阻害剤（例えば、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（イマチニブメシレート））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、以下の標的ＰＤＧＦＲ−ベータ、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ受容体（一又は複数）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２の１つ又は複数に結合するアンタゴニスト（例えば、中和抗体）、並びに他の生物活性及び有機化学薬剤などが含まれる。その組合せも本発明に含まれる。
【０１４１】
本明細書で用いられる用語「細胞傷害剤」は、細胞の機能を阻害若しくは阻止し、及び／又は細胞の破壊を引き起こす物質を指す。本用語には、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射性同位体）、化学療法剤、例えばメトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素、抗生物質、並びに毒素、例えばその断片及び／又はその変異体を含む細菌、真菌、植物又は動物起源の小分子毒素又は酵素活性毒素、並びに下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗癌剤が含まれるものとする。他の細胞傷害剤は、下に記載される。殺腫瘍剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
【０１４２】
「化学療法剤」は、癌の治療で有益な化合物を指す。化学療法剤の例には、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル；ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ及びウレドパなどのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成アナログトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトセシン、スコポレクチン及び９−アミノカンプトセシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンジスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロルエタミン、酸化メクロルエタミン塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムスチンなどのニトロソウレア；エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマ１１及びカリケアマイシンオメガ１１（例えば、Nicolaou等、Angew.Chem Intl.Ed.Engl.、33:183-186(1994)を参照）；ＣＤＰ３２３、経口アルファ−４インテグリン阻害剤；ジネミシンＡを含むジネミシン；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注入（ＤＯＸＩＬ（登録商標）を含む）、リポソームドキソルビシンＴＬＣ  Ｄ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマ���シン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗薬；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸アナログ；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリンアナログ；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクシウリジンなどのピリミジンアナログ；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎；フロリン酸などの葉酸補充液；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルチン；ジアジクオン；エルフォルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；マイタンシン及びアンサマイトシンなどのマイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモル；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメト；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標））及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチン（例えば、ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））及びカルボプラチンなどの白金剤；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、チューブリン重合が微小管を形成することを阻止するビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボリン；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含む、レチノイン酸などのレチノイド；クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））又はリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））などのビスホスホネート；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖と関係づけられるシグナル伝達経路で遺伝子の発現を阻害するもの、例えばＰＫＣ−アルファ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子療法ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン）などのワクチン；トポイソメラーゼ１阻害剤（例えば、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えば、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ）；ペリホシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオゾーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ、ＡＢＴ５１０；オブリメルセンナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））などのＢｃｌ−２阻害剤；ピキサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（下の定義を参照する）；チロシンキナーゼ阻害剤（下の定義を参照する）；ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））などのセリンスレオニンキナーゼ阻害剤；ロナファルニブ（ＳＣＨ  ６６３６、ＳＡＲＡＳＡＲ（商標））などのファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤；並びに上記の何れかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体；並びに上記の２つ以上の組合せ、例えばＣＨＯＰ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン及びプレドニゾロンの併用療法の略記号；及びＦＯＬＦＯＸ、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標）と５−ＦＵ及びロイコボリンとを組み合わせた治療レジメンの略記号が含まれる。
【０１４３】
本明細書に規定される化学療法剤には、癌の増殖を促進することができるホルモンの効果を調節、低減、ブロック又は阻害する働きをする「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療薬」が含まれる。それらはそれら自身、限定されずに以下を含むホルモンであってもよい：アゴニスト／アンタゴニストプロファイルが混合した抗エストロゲン、例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン、ケオキシフェン及びＳＥＲＭ３などの選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）；アゴニスト特性のない純粋な抗エストロゲン、例えばフルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））及びＥＭ８００（このような薬剤はエストロゲン受容体（ＥＲ）二量体化をブロックすること、ＤＮＡ結合を阻害すること、ＥＲ代謝回転を増加させること及び／又はＥＲレベルを抑制することができる）；アロマターゼ阻害薬、例えばホルメスタン及びエクセメスタン（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））などのステロイド性アロマターゼ阻害薬、並びに非ステロイド性アロマターゼ阻害薬、例えばアナストロゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミド、及び他のアロマターゼ阻害薬、例えばボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、酢酸メゲストロール（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール及び４（５）−イミダゾール；ロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン及びトリプテレリンを含む黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト；性ステロイド、例えば酢酸メゲストロール及び酢酸メドロキシプロゲステロンなどのプロゲスチン、ジエチルスチルベストロール及びプレマリンなどのエストロゲン、並びにフルオキシメステロン、全てのトランスレチノイン酸及びフェンレチニドなどのアンドロゲン／レチノイド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方調節因子（ＥＲＤ）；フルタミド、ニルタミド及びビカルタミドなどの抗アンドロゲン；並びに上記の何れかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体；並びに前述の２つ以上の組合せ。
【０１４４】
本出願で用いられる用語「プロドラッグ」は、親薬物と比較して腫瘍細胞に対して細胞傷害性が低く、酵素によってより活性な親形態に活性化又は変換することが可能である、薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導形を指す。例えば、Ｗｉｌｍａｎ、「Ｐｒｏｄｒｕｇｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ」Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ、１４、ｐ３７５−３８２、６１５ｔｈ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  Ｂｅｌｆａｓｔ（１９８６）及びＳｔｅｌｌａ等、「Ｐｒｏｄｒｕｇｓ：Ａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」、Ｄｉｒｅｃｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ、Ｂｏｒｃｈａｒｄｔ等（編）、ｐ２４７−２６７、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ（１９８５）を参照。本発明のプロドラッグには、限定されずに、リン酸含有プロドラッグ、チオリン酸含有プロドラッグ、硫酸含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、任意選択的に置換されたフェノキシアセトアミドを含有するプロドラッグ又は任意選択的置換されたフェニルアセトアミドを含有するプロドラッグ、５−フルオロシトシン、及びより活性な細胞傷害性遊離薬物に変換することができる他の５−フルオロウリジンプロドラッグが含まれる。本発明で使用するためにプロドラッグ形に誘導体化することができる細胞傷害薬の例には、限定されずに上記の化学療法剤が含まれる。
【０１４５】
本明細書で使用されるとき、「増殖阻害剤」は、細胞（例えば、インビトロ又はインビボにおいてその増殖がＰＤ−Ｌ１発現に依存する細胞）の増殖を阻害する化合物又は組成物を指す。増殖阻害剤の例には、細胞周期の進行（Ｓ期以外の場所で）をブロックする薬剤、例えばＧ１期停止及びＭ期停止を誘導する薬剤が含まれる。古典的なＭ期ブロッカーには、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン及びトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド及びブレオマイシンが含まれる。Ｇ１を停止する薬剤、例えばＤＮＡアルキル化剤、例えばタモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロルエタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル及びａｒａ−Ｃは、Ｓ期停止にも波及する。更なる情報は、Ｍｕｒａｋａｍｉ等によるＴｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ及びＩｓｒａｅｌ編、Ｃｈａｐｔｅｒ  １、表題「Ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ、ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ、ａｎｄ  ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  ｄｒｕｇｓ」（ＷＢ  Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、１９９５）、特にｐ１３に見出すことができる。タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル）は、両方ともイチイに由来する抗癌薬である。欧州イチイに由来するドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ））は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成アナログである。パクリタキセル及びドセタキセルはチューブリン二量体からの微小管の組立てを促進し、脱重合を阻止することによって微小管を安定させ、それは細胞での有糸分裂の阻害をもたらす。
【０１４６】
「放射線療法」は、正常に機能するその能力を制限するように、又は細胞を全滅させるように細胞への十分な傷害を誘導するための、誘導されたガンマ線又はβ線の使用を意味する。治療の投薬量及び持続期間を判定するために、当技術分野で公知である多くの方法があることが理解される。一般的な治療は１回投与で与えられ、一般的な投薬量は１日につき１０から２００単位（グレイ）である。
【０１４７】
「個体」又は「対象」は、哺乳動物である。哺乳動物には、限定されずに、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト及びサルなどのヒト以外の霊長類）、ウサギ及び齧歯動物（例えば、マウス及びラット）が含まれる。ある特定の実施態様では、個体又は対象はヒトである。
【０１４８】
本明細書において用語「同時に」は、投与の少なくとも一部が時間的に重複する、２個以上の治療剤の投与を指すために使用される。したがって、同時投与は、１つ又は複数の薬剤の投与が１つ又は複数の他の薬剤の投与を中止した後にも継続する投与レジメンを含む。
【０１４９】
「低減又は阻害する」は、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又はそれ以上の全体の減少を引き起こす能力を意味する。低減又は阻害するは、治療されている障害の症状、転移の存在若しくはサイズ、又は原発腫瘍のサイズを指すことができる。
【０１５０】
用語「添付文書」は、適応症、使用法、投薬量、投与、併用療法、禁忌症及び／又はそのような治療製品の使用に関する警告に関する情報を含む、治療製品の市販パッケージに慣習的に含まれる説明書を指すために使用される。
【０１５１】
「製造品」は、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患若しくは障害（例えば、癌）の治療のための医薬又は本明細書に記載されるバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品（例えば、パッケージ又は容器）又はキットである。ある特定の実施態様では、製造品又はキットは、本明細書に記載される方法を実施するための単位として促進、配送又は販売される。
【０１５２】
「対象オーディエンス」は、特に特定の使用、治療又は適応症のために、マーケティング又は広告によって特定の医薬を促進するか促進する予定の一群の人々又は機関、例えば、個体、集団、新聞購読者、医学の文献及び雑誌、テレビ又はインターネット視聴者、ラジオ又はインターネットのリスナー、医師、製薬会社などである。
【０１５３】
本明細書で使用するとき、語句「基づく」は、治療決定、添付文書で提供される情報又はマーケティング／プロモーションの指針などを知らせるために、１つ又は複数のバイオマーカーに関する情報が使用されることを意味する。
【０１５４】
当業者が理解するように、本明細書で「約」のついた値又はパラメータへの言及は、その値又はパラメータ自体を対象とする実施態様を含む（及び記載する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記載は、「Ｘ」の記載を含む。
【０１５５】
本明細書に記載される態様及び実施態様は、態様及び実施態様「からなる」及び／又は「から事実上なる」ことを含むものと理解される。本明細書で用いるように、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、特に明記しない限り複数形を含む。
【０１５６】
Ｉ．方法及び用途
ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを利用する方法が本明細書で提供される。詳細には、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを利用する方法が提供される。
【０１５７】
診断法
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高い、疾患又は障害を有する個体を同定する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いことを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答する可能性がより高いとの推奨を提供することを含む方法が提供される。
【０１５８】
本明細書において、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に対する疾患又は障害を有する個体の応答を予測する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答性である可能性がより高いことを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に応答性である可能性の増加を有するとの推奨を提供することを含む方法が更に提供される。
【０１５９】
本明細書において、疾患又は障害を有する個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の有益性を示す可能性を判定する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定することであって、試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療が有益である可能性の増加を有することを示すこと、及び個体がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療が有益である可能性の増加を有するとの推奨を提供することを含む方法が更に提供される。
【０１６０】
疾患又は障害を有する個体のための療法を選択する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及び試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいて、個体のために選択される療法がＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療を含むとの推奨を提供することを含む方法が更に提供される。
【０１６１】
一部の実施態様では、方法は、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを更に含む。
【０１６２】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【０１６３】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは免疫関連マーカーである。免疫関連マーカーは、免疫細胞によって、又は他の細胞（例えば腫瘍細胞、内皮細胞、線維芽細胞又は他の間質細胞）によって発現されるマーカーを指す。免疫細胞以外によって発現される場合は、マーカーは、活性化、プライミング、抗原の認識及び提示、サイトカイン及びケモカインの生成、増殖、遊走、生存、抗体産生その他などの免疫細胞の生物学及び機能の調節に関与することができる。一部の実施態様では、免疫関連マーカーはＴ細胞関連マーカーである。一部の実施態様では、Ｔ細胞関連マーカーは、ＣＤ８Ａ、ＩＦＮ−ｇ、ＥＯＭＥＳ、グランザイム−Ａ、ＣＸＣＬ９及びその任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施態様では、免疫関連マーカーは、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＤ４５ＲＯ、ＩＤＯ１、ガレクチン９、ＭＩＣ−Ａ、ＭＩＣ−Ｂ、ＣＴＬＡ−４及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【０１６４】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療すると個体が臨床有益性の増加を有する可能性が高いことを示す。一部の実施態様では、臨床有益性の増加は、以下の１つ又は複数の相対的な増加を含む：全生存（ＯＳ）、無進行生存（ＰＦＳ）、完全寛解（ＣＲ）、部分寛解（ＰＲ）及びその組合せ。
【０１６５】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料中に存在しない。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を超えて構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料中に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも１％に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも５％に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも１０％に存在する。
【０１６６】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学法、免疫蛍光法、放射線免疫検定法、ドットブロット法、免疫検出方法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ又はＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術及びＦＩＳＨ、及びその組合せからなる群から選択される方法を使用して試料中に検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、タンパク質発現によって試料中に検出される。一部の実施態様では、タンパク質発現は、免疫組織化学法（ＩＨＣ）によって判定される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用して検出される。
【０１６７】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって弱い染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって中程度の染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって強い染色強度として検出される。
【０１６８】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣ分析などのタンパク質発現分析を使用して腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞又はその組合せで検出される。腫瘍浸潤免疫細胞には、限定されずに、腫瘍内免疫細胞、腫瘍周囲免疫細胞又はその任意の組合せ、他の腫瘍間質細胞（例えば線維芽細胞）が含まれる。そのような腫瘍浸潤免疫細胞は、Ｔリンパ球（例えばＣＤ８＋Ｔリンパ球及び／又はＣＤ４＋Ｔリンパ球）、Ｂリンパ球又は他の骨髄系細胞、例えば顆粒球（好中球、好酸球、好塩基球）、単球、マクロファージ、樹状細胞（すなわち、嵌合樹状細胞）、組織球及びナチュラルキラー細胞であってもよい。
【０１６９】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーのための染色は、膜染色、細胞質染色及びその組合せとして検出される。他の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在は試料中の不在又は無染色として検出される。
【０１７０】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、核酸発現によって試料中に検出される。一部の実施態様では、核酸発現は、ｑＰＣＲ、ｒｔＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、多重ｑＰＣＲ若しくはＲＴ−ｑＰＣＲ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術又はＦＩＳＨを用いて判定される。
【０１７１】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ｑＰＣＲ分析などの核酸発現を用いて、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその組合せで検出される。
【０１７２】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト及びＰＤ−１結合性アンタゴニストからなる群から選択される。
【０１７３】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、Ｂ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１及びＢ７−１の両方へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【０１７４】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【０１７５】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−１結合性アンタゴニストである。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１へのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【０１７６】
一部の実施態様では、個体から得られる試料は、組織、全血、血漿、血清及びその組合せからなる群から選択される。一部の実施態様では、試料は組織試料である。一部の実施態様では、試料は腫瘍組織試料である。一部の実施態様では、腫瘍組織試料は、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞又はその任意の組合せを含む。
【０１７７】
一部の実施態様では、試料はＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の前に得られる。一部の実施態様では、組織試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋され、新鮮なままで又は凍結されて保管される。
【０１７８】
一部の実施態様では、試料は全血である。一部の実施態様では、全血は、免疫細胞、循環性腫瘍細胞及びその任意の組合せを含む。
【０１７９】
一部の実施態様では、疾患又は障害は増殖性の疾患又は障害である。一部の実施態様では、疾患又は障害は、免疫関連の疾患又は障害である。一部の実施態様では、疾患又は障害は癌である。一部の実施態様では、癌は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、頭頚部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌及び他の血液悪性腫瘍である。
【０１８０】
バイオマーカー（例えば、ＰＤ−Ｌ１）の存在及び／又は発現のレベル／量は、限定されずにＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片及び／又は遺伝子コピー数を含む、当技術分野で公知である任意の適する基準に基づいて定性的及び／又は定量的に判定することができる。ある特定の実施態様では、第１の試料中のバイオマーカーの存在及び／又は発現のレベル／量は、第２の試料中の存在／不在及び／又は発現のレベル／量と比較して増加又は上昇する。ある特定の実施態様では、第１の試料中のバイオマーカーの存在／不在及び／又は発現のレベル／量は、第２の試料中の存在及び／又は発現のレベル／量と比較して減少又は低下する。ある特定の実施態様では、第２の試料は、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織である。遺伝子の存在／不在及び／又は発現のレベル／量を判定するための追加の開示は、本明細書に記載される。
【０１８１】
方法の何れかの一部の実施態様では、上昇した発現は、本明細書に記載されるものなどの標準の当技術分野で公知の方法によって検出される、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織と比較したときの、バイオマーカー（例えば、タンパク質又は核酸（例えば、遺伝子又はｍＲＮＡ））のレベルの約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上の何れかの全体的増加を指す。ある特定の実施態様では、上昇した発現は、試料中のバイオマーカーの発現のレベル／量の増加を指し、そこにおいて、増加は、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織の中のそれぞれのバイオマーカーの発現のレベル／量の少なくとも約１．５×、１．７５×、２×、３×、４×、５×、６×、７×、８×、９×、１０×、２５×、５０×、７５×又は１００×の何れかである。一部の実施態様では、上昇した発現は、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、コントロール組織又は内部コントロール（例えばハウスキーピング遺伝子）と比較したときの、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍又は約３．２５倍を超える全体的増加を指す。
【０１８２】
方法の何れかの一部の実施態様では、低下した発現は、本明細書に記載されるものなどの標準の当技術分野で公知の方法によって検出される、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織と比較したときの、バイオマーカー（例えば、タンパク質又は核酸（例えば、遺伝子又はｍＲＮＡ））のレベルの約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上の何れかの全体的低下を指す。ある特定の実施態様では、低下した発現は、試料中のバイオマーカーの発現のレベル／量の減少を指し、そこにおいて、減少は、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織の中のそれぞれのバイオマーカーの発現のレベル／量の少なくとも約０．９×、０．８×、０．７×、０．６×、０．５×、０．４×、０．３×、０．２×、０．１×、０．０５×又は０．０１×の何れかである。
【０１８３】
試料中の様々なバイオマーカーの存在及び／又は発現のレベル／量はいくつかの方法によって分析することができ、その多くは当技術分野で公知であり、熟練者に理解され、例えば、限定されずに、免疫組織化学法（「ＩＨＣ」）、ウェスタンブロット分析、免疫沈降、分子結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＦＡ、蛍光活性化細胞分取（「ＦＡＣＳ」）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、定量的な血液ベースのアッセイ（例えば血清ＥＬＩＳＡ）、生化学的酵素活性アッセイ、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、サザン分析、ノーザン分析、全ゲノム配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）、例えば定量的リアルタイムＰＣＲ（「ｑＲＴ−ＰＣＲ」）及び他の増幅型検出方法、例えば分枝ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、マイクロアレイ分析、遺伝子発現プロファイリング、及び／又は遺伝子発現の連続分析（「ＳＡＧＥ」）、並びにタンパク質、遺伝子及び／又は組織アレイ分析によって実施することができる多種多様なアッセイの何れか１つが含まれる。生成物がそうである遺伝子及び遺伝子産物の状態を評価するための一般的なプロトコールは、例えばＡｕｓｕｂｅｌ等編、１９９５、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、ユニット２（ノーザンブロッティング）、４（サザンブロッティング）、１５（イムノブロッティング）及び１８（ＰＣＲ分析）に見出される。Ｒｕｌｅｓ  Ｂａｓｅｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ又はＭｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（「ＭＳＤ」）から入手できるものなどの、多重化されたイムノアッセイを使用することもできる。
【０１８４】
一部の実施態様では、バイオマーカーの存在及び／又は発現のレベル／量は、以下を含む方法を用いて判定される：（ａ）試料（対象の癌試料など）に対して遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（例えばｒｔＰＣＲ又はｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡーｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術又はＦＩＳＨを実施すること；並びに（ｂ）試料中のバイオマーカーの存在及び／又は発現のレベル／量を判定すること。一部の実施態様では、マイクロアレイ方法は、上で指摘した遺伝子をコードするか、上で指摘した遺伝子によってコードされるタンパク質の１つ又は複数に結合することができる１つ又は複数のポリペプチド（ペプチド又は抗体など）を有する核酸分子に、ストリンジェント条件下でハイブリダイズすることができる１つ又は複数の核酸分子を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様では、ＰＣＲ方法は、ｑＲＴ−ＰＣＲである。一実施態様では、ＰＣＲ方法は、多重ＰＣＲである。一部の実施態様では、遺伝子発現はマイクロアレイによって測定される。一部の実施態様では、遺伝子発現はｑＲＴ−ＰＣＲによって測定される。一部の実施態様では、発現は多重ＰＣＲによって測定される。
【０１８５】
細胞中のｍＲＮＡの評価のための方法は周知であり、例には、相補的なＤＮＡプローブを使用するハイブリダイゼーションアッセイ（１つ又は複数の遺伝子に特異的な標識リボプローブを使用するｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ノーザンブロット及び関連する技術など）、及び様々な核酸増幅アッセイ（例えば、遺伝子の１つ又は複数に特異的である相補的なプライマーを使用するＲＴ−ＰＣＲ、及び他の増幅型の検出方法、例えば分枝ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）が含まれる。
【０１８６】
哺乳動物からの試料は、ノーザン、ドットブロット又はＰＣＲ分析を用いて、ｍＲＮＡについて都合よく分析することができる。更に、そのような方法は、生物学的試料中の標的ｍＲＮＡのレベルを判定すること（例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較用コントロールｍＲＮＡ配列のレベルを同時に検査することによる）を可能にする、１つ又は複数の工程を含むことができる。任意選択的に、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定してもよい。
【０１８７】
任意選択の方法は、マイクロアレイ技術により組織又は細胞試料で標的ｍＲＮＡなどのｍＲＮＡを検査又は検出するプロトコールを含む。核酸マイクロアレイを使用して、検査及びコントロール組織試料からの検査及びコントロールｍＲＮＡ試料を逆転写し、標識し、ｃＤＮＡプローブを生成する。次に固体支持体の上に固定化された核酸のアレイに、プローブをハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列及び位置が既知であるように構成される。例えば、その発現が抗血管新生療法の臨床的利益の増加又は低減と相関する遺伝子のセレクションを、固体支持体の上に配列させることができる。標識プローブと特定のアレイメンバーとのハイブリダイゼーションは、プローブが由来する試料がその遺伝子を発現することを示す。
【０１８８】
一部の実施態様によると、存在及び／又は発現のレベル／量は、前記の遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することによって測定される。ある特定の実施態様では、本方法は、バイオマーカーの結合を許容する条件下で、抗体を有する生物学的試料を本明細書に記載されるバイオマーカー（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）と接触させること、及び複合体が抗体とバイオマーカーの間で形成されるかどうか検出することを含む。そのような方法は、インビトロ又はインビボの方法であってもよい。一実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる療法に適格な対象を選択するために、抗体、例えば個体の選択のためのバイオマーカーが使用される。
【０１８９】
ある特定の実施態様では、試料中のバイオマーカータンパク質の存在及び／又は発現のレベル／量は、ＩＨＣ及び染色プロトコールを使用して検査される。組織切片のＩＨＣ染色は、試料中のタンパク質の存在を判定又は検出する信頼できる方法であることが示されている。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーはＰＤ−Ｌ１である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１は免疫組織化学法によって検出される。一部の実施態様では、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの発現の上昇は、タンパク質発現の上昇であり、更なる実施態様では、ＩＨＣを使用して判定される。一実施態様では、バイオマーカーの発現レベルは、以下を含む方法を用いて判定される：（ａ）試料（対象の癌試料など）のＩＨＣ分析を抗体で実施すること；及び（ｂ）試料中のバイオマーカーの発現レベルを判定すること。一部の実施態様では、ＩＨＣ染色強度は、参照と比較して判定される。一部の実施態様では、参照は参照値である。一部の実施態様では、参照は参照試料（例えば、癌以外の患者からのコントロール細胞系染色試料又は組織試料）である。
【０１９０】
ＩＨＣは、形態学的染色及び／又は蛍光ｉｎ−ｓｉｔｕハイブリダイゼーションなどの追加の技術と組み合わせて実施することができる。ＩＨＣの２つの一般方法、直接的及び間接的アッセイが利用可能である。第１のアッセイによると、標的抗原への抗体の結合は、直接的に判定される。この直接的なアッセイは、蛍光性タグ又は酵素標識一次抗体などの、更なる抗体相互作用なしで可視化することができる標識試薬を使用する。一般的な間接測定法では、非コンジュゲート型一次抗体は抗原に結合し、次に標識二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識とコンジュゲートされる場合、抗原の可視化を提供するために発色性又は蛍光発生基質が加えられる。いくつかの二次抗体が一次抗体の上の異なるエピトープと反応することができるので、シグナル増幅が起こる。
【０１９１】
ＩＨＣのために使用される一次及び／又は二次抗体は、検出可能な部分で一般に標識される。多数の標識が利用可能であり、それらは以下のカテゴリーに一般に分類することができる：（ａ）放射性同位体、例えば３５Ｓ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ及び１３１Ｉ；（ｂ）コロイド金粒子；（ｃ）蛍光標識、例えば限定されずに、希土類キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン、フィコシアニン又は市販の蛍光団、例えばＳＰＥＣＴＲＵＭ  ＯＲＡＮＧＥ７及びＳＰＥＣＴＲＵＭ  ＧＲＥＥＮ７及び／又は上記の何れか１つ又は複数の誘導体；（ｄ）様々な酵素基質標識が利用可能であり、米国特許第４２７５１４９号はこれらの一部のレビューを提供する。酵素標識の例には、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４７３７４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸脱水素酵素、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）などのペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカライドオキシダーゼ（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環式オキシダーゼ（ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼなど）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼなどが含まれる。
【０１９２】
酵素基質組合せの例には、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）と基質としての水素ペルオキシダーゼ；アルカリ性ホスファターゼ（ＡＰ）と発色性基質としてのパラニトロフェニルホスフェート；及びβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）と発色性基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光原基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）が含まれる。これらの総合レビューについては、米国特許第４２７５１４９号及び４３１８９８０号を参照する。
【０１９３】
方法の何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１は、抗ＰＤ−Ｌ１診断用抗体（すなわち、一次抗体）を使用して免疫組織化学法によって検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１診断用抗体は、ヒトＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１診断用抗体はヒト以外の抗体である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１診断用抗体は、ラット、マウス又はウサギの抗体である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１診断用抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１診断用抗体は直接的に標識される。
【０１９４】
このように調製される検体は、マウントして、カバーガラスを載せることができる。次に、例えば顕微鏡を用いてスライドの評価を判定し、当技術分野で常套的に使用される染色強度基準を用いることができる。一実施態様では、腫瘍からの細胞及び／又は組織がＩＨＣを用いて検査されるとき、染色は腫瘍細胞及び／又は組織（試料中に存在する可能性のある間質又は周囲の組織に対して）で一般に判定又は評価されるものと理解される。一部の実施態様では、腫瘍からの細胞及び／又は組織がＩＨＣを用いて検査されるとき、染色は、腫瘍内又は腫瘍周囲免疫細胞を含む腫瘍浸潤免疫細胞での判定又は評価を含むものと理解される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、ＩＨＣによって試料の＞０％で、試料の少なくとも１％で、試料の少なくとも５％で、試料の少なくとも１０％で検出される。
【０１９５】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、任意の強度のＰＤ−Ｌ１染色によるＩＨＣで検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって弱い染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって中程度の染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって強い染色強度として検出される。
【０１９６】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞及びその組合せで検出される。
【０１９７】
ＩＨＣで使用するのに適する抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、当技術分野で周知である。当業者ならば、例えば本明細書に開示されるＩＨＣプロトコールを使用して抗ＰＤ−Ｌ１抗体と比較することによって、追加の適する抗ＰＤ−Ｌ１抗体を同定及び特徴付けることができることを理解する。
【０１９８】
胎盤及び扁桃組織（強いＰＤ−Ｌ１染色強度）；組換えヒトＰＤ−Ｌ１でトランスフェクトさせたＨＥＫ−２９３細胞（弱から、中程度及び強い強度の様々な程度のＰＤ−Ｌ１染色強度）を用いて陽性組織コントロールが例示される。以下は、例示的なＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ基準について参照することができる。
2019060883.tif 000002
【０１９９】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ診断評価のための基準は、以下の通りに提供される：
2019060883.tif 000003
【０２００】
代替の方法では、抗体−バイオマーカー複合体が形成するのに十分な条件下で前記バイオマーカーに特異的な抗体と試料を接触させ、次に前記複合体を検出することができる。バイオマーカーの存在は、血漿又は血清を含む各種の組織及び試料を分析するためのウェスタンブロット法及びＥＬＩＳＡ手順などのいくつかの方法で検出することができる。そのようなアッセイフォーマットを用いる各種のイムノアッセイ技術が利用でき、例えば米国特許第４０１６０４３号、４４２４２７９号及び４０１８６５３号を参照されたい。これらには、非競合型の単一部位及び２部位又は「サンドウィッチ」アッセイ、並びに伝統的な競合結合アッセイが含まれる。これらのアッセイには、標的バイオマーカーへの標識抗体の直接結合も含まれる。
【０２０１】
組織又は細胞試料中の選択されたバイオマーカーの存在及び／又は発現のレベル／量は、機能的又は活性ベースのアッセイによって検査することもできる。例えば、バイオマーカーが酵素である場合は、組織又は細胞試料中の所与の酵素活性の存在を判定又は検出するために、当技術分野で公知のアッセイを実行することができる。
【０２０２】
ある特定の実施態様では、分析するバイオマーカーの量の差及び使用する試料の品質の変動性について、並びに各アッセイ間の変動性について試料が標準化される。そのような標準化は、周知のハウスキーピング遺伝子を含むある特定の標準化バイオマーカーの発現を検出し、組み込むことによって達成することができる。あるいは、標準化は、分析した遺伝子の全て又はその大きなサブセット（大域的標準化手法）の平均又は中央シグナルに基づくことができる。遺伝子単位で、対象の腫瘍ｍＲＮＡ又はタンパク質の測定された標準化された量は、参照セットで見出される量と比較される。１対象あたりの１試験腫瘍あたりの各ｍＲＮＡ又はタンパク質の標準化された発現レベルは、参照セットで測定される発現レベルの百分率として表すことができる。分析する特定の対象試料で測定される存在及び／又は発現のレベル／量は、この範囲内の何らかのパーセンタイルにあり、それは当技術分野で周知である方法によって判定することができる。
【０２０３】
一実施態様では、試料は臨床試料である。別の実施態様では、試料は診断アッセイで使用される。一部の実施態様では、試料は、原発腫瘍又は転移腫瘍から得られる。腫瘍組織の代表的断片を得るために、組織生検がしばしば使用される。あるいは、対象の腫瘍細胞を含有することが既知であるかそのように考えられている組織又は液の形で、腫瘍細胞を間接的に得ることができる。例えば、肺癌病変の試料は、切除、気管支鏡検査法、細針吸引、気管支擦過法によって、又は痰、胸膜液若しくは血液から得ることができる。遺伝子又は遺伝子産物は、癌若しくは腫瘍組織から、又は尿、痰、血清若しくは血漿などの他の体試料から検出することができる。癌試料中の標的遺伝子又は遺伝子産物の検出のための上述の同じ技術は、他の体試料に応用することができる。癌細胞は癌病変から脱却させることができ、そのような体試料に出現することができる。そのような体試料をスクリーニングすることによって、これらの癌のために簡単な早期診断を達成することができる。更に、そのような体試料を標的遺伝子又は遺伝子産物について試験することによって、療法の進行をより容易に監視することができる。
【０２０４】
ある特定の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、検査試料を得るときと異なる１時点又は複数時点で得られる、同じ対象又は個体からの単一の試料又は組み合わせた多重試料である。例えば、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、検査試料を得る時より早い時点で同じ対象又は個体から得られる。そのような参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、参照試料が癌の初期診断の間に得られ、その後癌が転移性になるときに検査試料が得られる場合に役立つことができる。
【０２０５】
ある特定の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、対象又は個体でない１人又は複数人の健康な個体からの組み合わせた多重試料である。ある特定の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、対象又は個体でない疾患又は障害（例えば、癌）を有する１人又は複数人の個体からの組み合わせた多重試料である。ある特定の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、対象又は個体でない１人又は複数人の個体からの正常な組織からのプールされたＲＮＡ試料又はプールされた血漿若しくは血清試料である。ある特定の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、対象又は個体でない疾患又は障害（例えば、癌）を有する１人又は複数人の個体からの腫瘍組織からのプールされたＲＮＡ試料又はプールされた血漿若しくは血清試料である。
【０２０６】
一部の実施態様では、試料は個体からの組織試料である。一部の実施態様では、組織試料は腫瘍組織試料（例えば、生検組織）である。一部の実施態様では、組織試料は肺組織である。一部の実施態様では、組織試料は腎臓組織である。一部の実施態様では、組織試料は皮膚組織である。一部の実施態様では、組織試料はすい臓組織である。一部の実施態様では、組織試料は胃組織である。一部の実施態様では、組織試料は膀胱組織である。一部の実施態様では、組織試料は食道組織である。一部の実施態様では、組織試料は中皮組織である。一部の実施態様では、組織試料は乳房組織である。一部の実施態様では、組織試料は甲状腺組織である。一部の実施態様では、組織試料は結腸直腸組織である。一部の実施態様では、組織試料は頭頚部組織である。一部の実施態様では、組織試料は骨肉腫組織である。一部の実施態様では、組織試料は前立腺組織である。一部の実施態様では、組織試料は、卵巣組織、ＨＣＣ（肝臓）、血液細胞、リンパ節、骨／骨髄である。
【０２０７】
方法の何れかの一部の実施態様では、疾患又は障害は腫瘍である。一部の実施態様では、腫瘍は悪性の癌性腫瘍（すなわち、癌）である。一部の実施態様では、腫瘍及び／又は癌は、固形腫瘍又は非固形若しくは軟組織腫瘍である。軟組織腫瘍の例には、白血病（例えば、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、成熟Ｂ細胞急性リンパ芽球白血病、慢性リンパ球性白血病、多形球性（polymphocytic）白血病又は毛様細胞性白血病）又はリンパ腫（例えば、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫又はホジキン病）が含まれる。固形腫瘍には、血液、骨髄又はリンパ系以外の体組織の任意の癌が含まれる。固形腫瘍は、上皮細胞起源のもの及び非上皮細胞起源のものに更に分割することができる。上皮細胞固形腫瘍の例には、胃腸管、結腸、結腸直腸（例えば、基底様の結腸直腸癌）、乳房、前立腺、肺、腎臓、肝臓、すい臓、卵巣（例えば、類子宮内膜卵巣癌）、頭頚部、口腔、胃、十二指腸、小腸、大腸、肛門、胆嚢、下唇、鼻咽頭、皮膚、子宮、雄性器、泌尿器（例えば、尿路上皮癌、形成異常尿路上皮癌、移行細胞癌）、膀胱及び皮膚の腫瘍が含まれる。非上皮起源の固形腫瘍には、肉腫、脳腫瘍及び骨腫瘍が含まれる。一部の実施態様では、癌は非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。一部の実施態様では、癌は、二次又は三次の局所的に進行したか転移性の非小細胞肺癌である。一部の実施態様では、癌は腺癌である。一部の実施態様では、癌は扁平上皮癌である。
【０２０８】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学法、免疫蛍光法、放射線免疫検定法、ドットブロット法、免疫検出方法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ又はＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術及びＦＩＳＨ、及びその組合せからなる群から選択される方法を使用して試料中に検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーはＦＡＣＳ分析を使用して検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーはＰＤ−Ｌ１である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１発現は、血液試料中に検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１発現は、血液試料中の循環性免疫細胞で検出される。一部の実施態様では、循環性免疫細胞は、ＣＤ３＋／ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施態様では、免疫細胞は、分析の前に血液試料から単離される。そのような細胞集団を単離／濃縮するための、限定されずに細胞選別を含む任意の適する方法を使用することができる。一部の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体などのＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１軸経路の阻害剤による治療に応答する個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１発現は上昇する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１発現は、血液試料中の、ＣＤ３＋／ＣＤ８＋Ｔ細胞などの循環性免疫細胞で上昇する。
【０２０９】
治療方法
個体において疾患又は障害を治療する方法であって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及びＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む方法が提供される。
【０２１０】
本明細書において、個体における疾患又は障害の治療であって、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含み、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づく治療が更に提供される。
【０２１１】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【０２１２】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは免疫関連マーカーである。免疫関連マーカーは、免疫細胞によって、又は他の細胞（例えば腫瘍細胞、内皮細胞、線維芽細胞又は他の間質細胞）によって発現されるマーカーを指す。免疫細胞以外によって発現される場合は、マーカーは、活性化、プライミング、抗原の認識及び提示、サイトカイン及びケモカインの生成、増殖、遊走、生存、抗体産生その他などの免疫細胞の生物学及び機能の調節に関与することができる。一部の実施態様では、免疫関連マーカーはＴ細胞関連マーカーである。一部の実施態様では、Ｔ細胞関連マーカーは、ＣＤ８Ａ、ＩＦＮ−ｇ、ＥＯＭＥＳ、グランザイム−Ａ、ＣＸＣＬ９及びその任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施態様では、免疫関連マーカーは、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＤ４５ＲＯ、ＩＤＯ１、ガレクチン９、ＭＩＣ−Ａ、ＭＩＣ−Ｂ、ＣＴＬＡ−４及びその任意の組合せからなる群から選択される。
【０２１３】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療すると個体が臨床有益性の増加を有する可能性が高いことを示す。一部の実施態様では、臨床有益性の増加は、以下の１つ又は複数の相対的な増加を含む：全生存（ＯＳ）、無進行生存（ＰＦＳ）、完全寛解（ＣＲ）、部分寛解（ＰＲ）及びその組合せ。
【０２１４】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料中に不在である。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーが試料の０％を超えて構成する場合、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料中に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも１％に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも５％に存在する。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは試料の少なくとも１０％に存在する。
【０２１５】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学法、免疫蛍光法、放射線免疫検定法、ドットブロット法、免疫検出方法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲ又はＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術及びＦＩＳＨ、及びその組合せからなる群から選択される方法を使用して試料中に検出される。
【０２１６】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、タンパク質発現によって試料中に検出される。一部の実施態様では、タンパク質発現は、免疫組織化学法（ＩＨＣ）によって判定される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用して検出される。
【０２１７】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって弱い染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって中程度の染色強度として検出される。一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣによって強い染色強度として検出される。
【０２１８】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ＩＨＣ分析などのタンパク質発現分析を使用して、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞又はその組合せで検出される。腫瘍浸潤免疫細胞には、限定されずに、腫瘍内免疫細胞、腫瘍周囲免疫細胞又はその任意の組合せ、他の腫瘍間質細胞（例えば線維芽細胞）が含まれる。そのような腫瘍浸潤免疫細胞は、Ｔリンパ球（例えばＣＤ８＋Ｔリンパ球及び／又はＣＤ４＋Ｔリンパ球）、Ｂリンパ球又は他の骨髄系細胞、例えば顆粒球（好中球、好酸球、好塩基球）、単球、マクロファージ、樹状細胞（すなわち、嵌合樹状細胞）、組織球及びナチュラルキラー細胞であってもよい。
【０２１９】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーのための染色は、膜染色、細胞質染色及びその組合せとして検出される。他の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在は、試料中の不在又は無染色として検出される。
【０２２０】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、核酸発現によって試料中に検出される。一部の実施態様では、核酸発現は、ｑＰＣＲ、ｒｔＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、多重ｑＰＣＲ若しくはＲＴ−ｑＰＣＲ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術又はＦＩＳＨを用いて判定される。
【０２２１】
一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、ｑＰＣＲ分析などの核酸発現を用いて、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞及びその組合せで検出される。
【０２２２】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト及びＰＤ−１結合性アンタゴニストからなる群から選択される。
【０２２３】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、Ｂ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１及びＢ７−１の両方へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【０２２４】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【０２２５】
方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストはＰＤ−１結合性アンタゴニストである。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１へのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を阻害する。方法、アッセイ及び／又はキットの何れかの一部の実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【０２２６】
本発明の方法に有益な抗ＰＤ−Ｌ１抗体及びその作製方法の例は、ＰＣＴ特許出願国際公開第２０１０／０７７６３４Ａ１号に記載され、それらは出典明示により本明細書に援用される。
【０２２７】
一部の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１の間及び／又はＰＤ−Ｌ１とＢ７−１の間の結合を阻害することが可能である。一部の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ及び（Ｆａｂ’）２断片からなる群から選択される抗体断片である。一部の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はヒト化抗体である。一部の実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はヒト抗体である。
【０２２８】
一実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３配列を含む重鎖可変領域ポリペプチドを含有し：そこにおいて
（ａ）ＨＶＲ−Ｈ１配列は、ＧＦＴＦＳＸ１ＳＷＩＨ（配列番号１）であり；
（ｂ）ＨＶＲ−Ｈ２配列は、ＡＷＩＸ２ＰＹＧＧＳＸ３ＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）であり；
（ｃ）ＨＶＲ−Ｈ３配列は、ＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）であり；
更に：Ｘ１は、Ｄ又はＧであり；Ｘ２は、Ｓ又はＬであり；Ｘ３は、Ｔ又はＳである。
【０２２９】
具体的な一態様では、Ｘ１はＤであり；Ｘ２はＳであり、Ｘ３はＴである。別の態様では、ポリペプチドは、式（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）によりＨＶＲの間に並置されている可変領域重鎖フレームワーク配列を更に含む。更に別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、フレームワーク配列は、ＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、フレームワーク配列の少なくとも１つは以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１は、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳ（配列番号４）であり
ＨＣ−ＦＲ２は、ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶ（配列番号５）であり
ＨＣ−ＦＲ３は、ＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ（配列番号６）であり
ＨＣ−ＦＲ４は、ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ（配列番号７）である。
【０２３０】
更なる態様では、重鎖ポリペプチドは、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含む可変領域軽鎖と更に組み合わされ：そこにおいて
（ａ）ＨＶＲ−Ｌ１配列は、ＲＡＳＱＸ４Ｘ５Ｘ６ＴＸ７Ｘ８Ａ（配列番号８）であり；
（ｂ）ＨＶＲ−Ｌ２配列は、ＳＡＳＸ９ＬＸ１０Ｓ（配列番号９）であり；
（ｃ）ＨＶＲ−Ｌ３配列は、ＱＱＸ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４ＰＸ１５Ｔ（配列番号１０）であり；
更に：Ｘ４はＤ又はＶであり；Ｘ５はＶ又はＩであり；Ｘ６はＳ又はＮであり；Ｘ７はＡ又はＦであり；Ｘ８はＶ又はＬであり；Ｘ９はＦ又はＴであり；Ｘ１０はＹ又はＡであり；Ｘ１１はＹ、Ｇ、Ｆ又はＳであり；Ｘ１２は、Ｌ、Ｙ、Ｆ又はＷであり；Ｘ１３は、Ｙ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ又はＩであり；Ｘ１４は、Ｈ、Ｖ、Ｐ、Ｔ又はＩであり；Ｘ１５は、Ａ、Ｗ、Ｒ、Ｐ又はＴである。
【０２３１】
更なる態様では、Ｘ４はＤであり；Ｘ５はＶであり；Ｘ６はＳであり；Ｘ７はＡであり；Ｘ８はＶであり；Ｘ９はＦであり；Ｘ１０はＹであり；Ｘ１１はＹであり；Ｘ１２はＬであり；Ｘ１３はＹであり；Ｘ１４はＨであり；Ｘ１５はＡである。更なる態様では、軽鎖は、式（ＬＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）によりＨＶＲの間に並置されている可変領域軽鎖フレームワーク配列を更に含む。更なる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、フレームワーク配列の少なくとも１つは以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１は、ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ（配列番号１１）であり
ＬＣ−ＦＲ２は、ＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ（配列番号１２）であり
ＬＣ−ＦＲ３は、ＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ（配列番号１３）であり
ＬＣ−ＦＲ４は、ＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１４）である。
【０２３２】
別の実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体又は抗原結合断片が提供され：そこにおいて
（ａ）重鎖はＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、更に：
（ｉ）ＨＶＲ−Ｈ１配列は、ＧＦＴＦＳＸ１ＳＷＩＨ（配列番号１）であり
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｈ２配列は、ＡＷＩＸ２ＰＹＧＧＳＸ３ＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）であり
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｈ３配列は、ＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）であり、
（ｂ）軽鎖はＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、更に：
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１配列は、ＲＡＳＱＸ４Ｘ５Ｘ６ＴＸ７Ｘ８Ａ（配列番号８）であり
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２配列は、ＳＡＳＸ９ＬＸ１０Ｓ（配列番号９）であり
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３配列は、ＱＱＸ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４ＰＸ１５Ｔ（配列番号１０）であり
更に：Ｘ１はＤ又はＧであり；Ｘ２はＳ又はＬであり；Ｘ３はＴ又はＳであり；Ｘ４はＤ又はＶであり；Ｘ５はＶ又はＩであり；Ｘ６はＳ又はＮであり；Ｘ７はＡ又はＦであり；Ｘ８はＶ又はＬであり；Ｘ９はＦ又はＴであり；Ｘ１０はＹ又はＡであり；Ｘ１１はＹ、Ｇ、Ｆ又はＳであり；Ｘ１２はＬ、Ｙ、Ｆ又はＷであり；Ｘ１３はＹ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ又はＩであり；Ｘ１４はＨ、Ｖ、Ｐ、Ｔ又はＩであり；Ｘ１５はＡ、Ｗ、Ｒ、Ｐ又はＴである。
【０２３３】
具体的な一態様では、Ｘ１はＤであり；Ｘ２はＳであり、Ｘ３はＴである。別の態様では、Ｘ４はＤであり；Ｘ５はＶであり；Ｘ６はＳであり；Ｘ７はＡであり；Ｘ８はＶであり；Ｘ９はＦであり；Ｘ１０はＹであり；Ｘ１１はＹであり；Ｘ１２はＬであり；Ｘ１３はＹであり；Ｘ１４はＨであり；Ｘ１５はＡである。更に別の態様では、Ｘ１はＤであり；Ｘ２はＳであり、Ｘ３はＴであり、Ｘ４はＤであり；Ｘ５はＶであり；Ｘ６はＳであり；Ｘ７はＡであり；Ｘ８はＶであり；Ｘ９はＦであり；Ｘ１０はＹであり；Ｘ１１はＹであり；Ｘ１２はＬであり；Ｘ１３はＹであり；Ｘ１４はＨであり、Ｘ１５はＡである。
【０２３４】
更なる態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＬＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含む。更なる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔサブグループＩ、ＩＩ又はＩＩＩ配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１    ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳ    （配列番号４）
ＨＣ−ＦＲ２    ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶ                （配列番号５）
ＨＣ−ＦＲ３    ＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ    （配列番号６）
ＨＣ−ＦＲ４    ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ                    （配列番号７）。
【０２３５】
更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１    ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ    （配列番号１１）
ＬＣ−ＦＲ２    ＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ            （配列番号１２）
ＬＣ−ＦＲ３    ＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ    （配列番号１３）
ＬＣ−ＦＲ４    ＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ                    （配列番号１４）。
【０２３６】
更なる具体的態様では、抗体はヒト又はマウスの定常領域を更に含む。更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。更なる具体的態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。更なる具体的態様では、抗体は低減されたか最小限のエフェクター機能を有する。更なる具体的態様では、最小限のエフェクター機能は、「エフェクターなしのＦｃ突然変異」又は無グリコシル化からもたらされる。更なる実施態様では、エフェクターなしのＦｃ突然変異は、定常領域でのＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０２３７】
更に別の実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され：そこにおいて
（ａ）重鎖は、それぞれＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１５）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１６）及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）と少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３配列を更に含み、又は
（ｂ）軽鎖は、それぞれＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号１７）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号１８）及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号１９）と少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３配列を更に含む。
【０２３８】
具体的な態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。別の態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＬＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含む。更に別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのサブグループＩ、ＩＩ又はＩＩＩ配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１    ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳ    （配列番号４）
ＨＣ−ＦＲ２    ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶ                （配列番号５）
ＨＣ−ＦＲ３    ＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ    （配列番号６）
ＨＣ−ＦＲ４    ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ                    （配列番号７）。
【０２３９】
更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１    ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ    （配列番号１１）
ＬＣ−ＦＲ２    ＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ            （配列番号１２）
ＬＣ−ＦＲ３    ＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ    （配列番号１３）
ＬＣ−ＦＲ４    ＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ                    （配列番号１４）。
【０２４０】
更なる具体的態様では、抗体はヒト又はマウスの定常領域を更に含む。更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。更なる具体的態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。更なる具体的態様では、抗体は低減されたか最小限のエフェクター機能を有する。更なる具体的態様では、最小限のエフェクター機能は、「エフェクターなしのＦｃ突然変異」又は無グリコシル化からもたらされる。更なる実施態様では、エフェクターなしのＦｃ突然変異は、定常領域でのＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０２４１】
更なる実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され：そこにおいて
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ（配列番号２０）と少なくとも８５％の配列同一性を有し、又は
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号２１）と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０２４２】
具体的な態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。別の態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＬＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含む。更に別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのサブグループＩ、ＩＩ又はＩＩＩ配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１    ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳ    （配列番号４）
ＨＣ−ＦＲ２    ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶ                （配列番号５）
ＨＣ−ＦＲ３    ＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ    （配列番号６）
ＨＣ−ＦＲ４    ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ                    （配列番号７）。
【０２４３】
更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１    ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ    （配列番号１１）
ＬＣ−ＦＲ２    ＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ            （配列番号１２）
ＬＣ−ＦＲ３    ＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ    （配列番号１３）
ＬＣ−ＦＲ４    ＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ                    （配列番号１４）。
【０２４４】
更なる具体的態様では、抗体はヒト又はマウスの定常領域を更に含む。更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。更なる具体的態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。更なる具体的態様では、抗体は低減されたか最小限のエフェクター機能を有する。更なる具体的態様では、最小限のエフェクター機能は、原核細胞での生成からもたらされる。更なる具体的態様では、最小限のエフェクター機能は、「エフェクターなしのＦｃ突然変異」又は無グリコシル化からもたらされる。更なる実施態様では、エフェクターなしのＦｃ突然変異は、定常領域でのＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０２４５】
更なる実施態様では、本発明は、上記の抗ＰＤ−Ｌ１抗体の何れかを少なくとも１つの薬学的に許容される担体と一緒に含む組成物を提供する。
【０２４６】
更なる実施態様では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖又は重鎖可変領域配列をコードする単離された核酸が提供され：そこにおいて
（ａ）重鎖は、それぞれＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１５）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号１６）及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）と少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３配列を更に含み、
（ｂ）軽鎖は、それぞれＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号１７）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号１８）及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号１９）と少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３配列を更に含む。
【０２４７】
具体的な態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。一態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＬＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲの間に並置されている１つ又は複数のフレームワーク配列を含む。更に別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのサブグループＩ、ＩＩ又はＩＩＩ配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１    ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳ    （配列番号４）
ＨＣ−ＦＲ２    ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶ                  （配列番号５）
ＨＣ−ＦＲ３    ＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ    （配列番号６）
ＨＣ−ＦＲ４    ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ                      （配列番号７）。
【０２４８】
更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔのカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の１つ又は複数は以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１    ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ    （配列番号１１）
ＬＣ−ＦＲ２    ＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ            （配列番号１２）
ＬＣ−ＦＲ３    ＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ    （配列番号１３）
ＬＣ−ＦＲ４    ＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ                    （配列番号１４）。
【０２４９】
更なる具体的態様では、抗体はヒト又はマウスの定常領域を更に含む。更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。更なる具体的態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。更なる具体的態様では、抗体は低減されたか最小限のエフェクター機能を有する。更なる具体的態様では、最小限のエフェクター機能は、原核細胞での生成からもたらされる。更なる具体的態様では、最小限のエフェクター機能は、「エフェクターなしのＦｃ突然変異」又は無グリコシル化からもたらされる。更なる態様では、エフェクターなしのＦｃ突然変異は、定常領域でのＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０２５０】
更なる態様では、核酸は、前に記載された抗ＰＤ−Ｌ１抗体の何れかをコードする核酸の発現に適するベクターを更に含む。更なる具体的態様では、ベクターは、核酸の発現に適する宿主細胞を更に含む。更なる具体的態様では、宿主細胞は真核細胞又は原核細胞である。更なる具体的態様では、真核細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）などの哺乳動物細胞である。
【０２５１】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片は、当技術分野で公知の方法を用いて、例えば、発現に適する形の前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体又は抗原結合断片の何れかをコードする核酸を含有する宿主細胞を、そのような抗体又は断片を生成するのに適する条件下で培養し、抗体又は断片を回収することを含む方法によって作製することができる。更なる実施態様では、本発明は、本明細書で提供される抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片及び少なくとも１つの薬学的に許容される担体を含む組成物を提供する。
【０２５２】
Ａ．抗体
１．抗体親和性
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、≦１μＭの解離定数（Ｋｄ）を有する。一実施態様では、Ｋｄは、以下のアッセイによって記載される対象の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原で実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原へのＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定シリーズの存在下で最小限の濃度の（１２５Ｉ）標識抗原でＦａｂを平衡させ、結合した抗原を次に抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートで捕捉することによって測定される（例えば、Chenら、J.Mol.Biol.293:865-881(1999)を参照）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ  Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後室温（およそ２３℃）で２−５時間、ＰＢＳ中の２（ｗ／ｖ）％ウシ血清アルブミンでブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を対象のＦａｂの連続希釈と混合する（例えば、Ｐｒｅｓｔａら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９（１９９７）の、抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一貫する）。対象のＦａｂを次に一晩インキュベートする；しかし、平衡に確実に到達するように、インキュベーションはより長い期間（例えば、約６５時間）続けることができる。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために、混合液を捕捉プレートに移す。溶液を次に除去し、ＰＢＳ中の０．１％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ２０（登録商標））でプレートを８回洗浄する。プレートが乾燥したとき、１５０μｌ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０（商標）；Ｐａｃｋａｒｄ）を加え、１０分間、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）で計数する。最大結合の２０％以下を与える各Ｆａｂの濃度が、競合結合アッセイで使用するために選択される。
【０２５３】
別の実施形態により、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定化抗原ＣＭ５チップと２５℃で使用する表面プラズモン共鳴アッセイを用いてＫｄを測定する。簡潔には、供給業者の指示に従って、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。結合タンパク質のおよそ１０反応単位（ＲＵ）を達成するために、抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウムｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈してから、５μｌ／分の流量で注入する。抗原の注射の後、１Ｍのエタノールアミンを注入して未反応基をブロックする。反応速度論的測定のために、Ｆａｂの二倍連続希釈（０．７８ｎＭ−５００ｎＭ）を、２５℃の０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（商標））界面活性剤を有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）でおよそ２５μｌ／分の流速により注入する。会合及び解離センサーグラムを同時に取り付け、簡単な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を用いることによって、会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を計算する。平衡解離定数（Ｋｄ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎで計算する。例えば、Ｃｈｅｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１（１９９９）を参照。上記の表面プラズモン共鳴アッセイにより会合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合は、会合速度は、ＰＢＳ、ｐＨ７．２中の２０ｎＭ抗抗原抗体（Ｆａｂ形）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ、放出＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加又は低下を、流動停止を備えた分光光度計（Ａｖｉｖ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計で測定される漸増濃度の抗原の存在下で、２５℃で測定する蛍光消光技術を用いて判定することができる。
【０２５４】
２．抗体断片
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片には、限定されずに、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ及びｓｃＦｖ断片、並びに下記の他の断片が含まれる。特定の抗体断片のレビューのために、Ｈｕｄｓｏｎ等Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）を参照。ｓｃＦｖ断片のレビューについては、例えばＴｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、第１１３巻、Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ及びＭｏｏｒｅ編、（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、ｐ２６９−３１５（１９９４）のＰｌｕｃｋｔｈｕｎを参照；国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５５７１８９４号及び５５８７４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、増加したインビボ半減期を有するＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照する。
【０２５５】
ダイアボディは、二価又は二重特異性であってよい、２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）を参照。トリアボディ及びテトラボディも、Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）に記載されている。
【０２５６】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全体若しくは一部又は軽鎖可変ドメインの全体若しくは一部を含む抗体断片である。ある特定の実施態様では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ；例えば、米国特許第６２４８５１６Ｂ１号を参照）。
【０２５７】
本明細書に記載されるように、抗体断片は、限定されずに、インタクトな抗体のタンパク分解並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又はファージ）による生成を含む、様々な技術によって作製することができる。
【０２５８】
３．キメラ及びヒト化抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８１：６８５１−６８５５（１９８４）に記載されている。一例では、キメラ抗体は、ヒト以外の可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどのヒト以外の霊長類に由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変化している「クラススイッチ」された抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合性断片を含む。
【０２５９】
ある特定の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。一般的に、ヒト以外の抗体はヒトへの免疫原性を低減するためにヒト化されるが、その一方で親のヒト以外の抗体の特異性及び親和性を保持する。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）がヒト以外の抗体に由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する１つ又は複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、ヒト定常領域の少なくとも一部も任意選択的に含む。一部の実施態様では、例えば抗体の特異性又は親和性を回復又は改善するために、ヒト化抗体の一部のＦＲ残基は、ヒト以外の抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換される。
【０２６０】
ヒト化抗体及びそれらの作製方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ及びＦｒａｎｓｓｏｎ、Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）でレビューされ、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ等、Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１００２９−１００３３（１９８９）；米国特許第５８２１３３７号、７５２７７９１号、６９８２３２１号及び７０８７４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ等ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：２５−３４（２００５）（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）移植を記載する）；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（１９９１）（「リサーフェシング」を記載する）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：４３−６０（２００５）（「ＦＲシャフリング」を記載する）；並びにＯｓｂｏｕｒｎ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：６１−６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ等、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ、８３：２５２−２６０（２０００）（ＦＲシャフリングの「誘導選択」手法を記載する）で更に記載される。
【０２６１】
ヒト化のために使用することができるヒトフレームワーク領域には、限定されずに以下のものが含まれる：「最良適合」方法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims等、J.Immunol.151:2296(1993)を参照）；軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Carter等、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、89:4285(1992);及びPresta等、J.Immunol.、151:2623(1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞突然変異した）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro及びFransson、Front.Biosci.13:1619-1633(2008)を参照；及びＦＲライブラリーのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Baca等、J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及びRosok等、J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996)を参照）。
【０２６２】
４．ヒト抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知である様々な技術を用いて生成することができる。ヒト抗体は、ｖａｎ  Ｄｉｊｋ及びｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９（２００８）に一般に記載される。
【０２６３】
ヒト抗体は、抗原投与に応答してヒト可変領域を有するインタクトなヒト抗体又はインタクトな抗体を生成するように修飾されているトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって調製することができる。そのような動物はヒト免疫グロブリン遺伝子座の全体又は一部を一般に含有し、それらは内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えるか、又はそれらは染色体外に存在するか若しくは動物の染色体にランダムに組み込まれる。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法のレビューについては、Ｌｏｎｂｅｒｇ、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５（２００５）を参照する。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６０７５１８１号及び６１５０５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載する米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ  ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７０４１８７０号及びＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照されたい。そのような動物によって生成されるインタクトな抗体からのヒト可変領域は、例えば異なるヒト定常領域と組み合わせることによって更に修飾することができる。
【０２６４】
ヒト抗体は、ハイブリドーマをベースとした方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の生成のための、ヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞系が記載されている（例えば、Kozbor J.Immunol.、133:3001(1984);Brodeur等、Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications、p51-63(Marcel Dekker,Inc.、New York、1987);及びBoerner等、J.Immunol.、147:86(1991)を参照。）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を通して生成されるヒト抗体も、Ｌｉ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１０３：３５５７−３５６２（２００６）に記載されている。追加の方法には、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞系からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の生成を記載する）及びＮｉ、Ｘｉａｎｄａｉ  Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ、２６（４）：２６５−２６８（２００６）（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載する）に記載されるものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）も、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ及びＢｒａｎｄｌｅｉｎ、Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ、２０（３）：９２７−９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ及びＢｒａｎｄｌｅｉｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｆｉｎｄｉｎｇｓ  ｉｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ、２７（３）：１８５−９１（２００５）に記載されている。
【０２６５】
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成することもできる。そのような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと次に組み合わせることができる。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択する技術は、下に記載される。
【０２６６】
５．ライブラリー由来の抗体
抗体は、所望の活性又は活性を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてそのようなライブラリーをスクリーニングするために、様々な方法が当技術分野で公知である。そのような方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７（O'Brien等編、Human Press、Totowa、NJ、2001）でレビューされ、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ等、Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ等、Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）；Ｍａｒｋｓ及びＢｒａｄｂｕｒｙ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８：１６１−１７５（Lo編、Human Press、Totowa、NJ、2003）；Ｓｉｄｈｕ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）；Ｌｅｅ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）；及びＬｅｅ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）に更に記載されている。
【０２６７】
ある特定のファージディスプレイ方法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローニングされ、ファージライブラリーでランダムに再結合され、それらは、Ｗｉｎｔｅｒ等、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、（１２）：４３３−４５５（１９９４）に記載される通り抗原結合性ファージについて次にスクリーニングすることができる。ファージは、抗体断片を一般的に単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片として又はＦａｂ断片として提示する。免疫化された供給源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原への高親和性抗体を提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ等、ＥＭＢＯＪ、１２：７２５−７３４（１９９３）に記載される通り、いかなる免疫化なしに広範囲の非自己及び自己抗原への抗体の単一供給源を提供するために、ナイーブレパートリーをクローニングすることができる（例えば、ヒトから）。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ及びＷｉｎｔｅｒ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２２７：３８１−３８８（１９９２）に記載される通り、幹細胞から再構成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、高度可変ＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するためにランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用することによって、ナイーブライブラリーを合成することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載する特許公報には、例えば、米国特許第５７５０３７３号並びに米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０号が含まれる。
【０２６８】
ヒト抗体ライブラリーから単離される抗体又は抗体断片は、本明細書においてヒト抗体又はヒト抗体断片とみなされる。
【０２６９】
６．多重特異性抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある特定の実施態様では、結合特異性の１つはＰＤ−Ｌ１に対してであり、他は任意の他の抗原に対してである。ある特定の実施態様では、二重特異性抗体は、ＰＤ−Ｌ１の２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体は、ＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に細胞傷害剤を局在化するために用いることもできる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【０２７０】
多重特異性抗体の作製技術には、限定されずに、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え同時発現（Milstein及びCuello、Nature 305:537(1983)）、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker等、EMBO J.10:3655(1991)を参照）、及び「ノブ−イン−ホール」操作（例えば、米国特許第５７３１１６８を参照）が含まれる。多重特異性抗体は、抗体Ｆｃヘテロ二量体分子を作製するために静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）；２つ以上の抗体又は断片を架橋させること（例えば、米国特許第４６７６９８０号及びBrennan等、Science、229:81(1985)を参照）；二重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny等、J.Immunol.、148(5):1547-1553(1992)を参照）；二重特異性抗体断片を作製するための「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger等、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、90:6444-6448(1993)を参照）；及び単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用すること（例えば、Gruber等、J.Immunol.、152:5368(1994)を参照）；及び、例えばＴｕｔｔ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）に記載される三重特異性抗体を調製することによって作製することもできる。
【０２７１】
「タコ抗体」を含む３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も、本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。
【０２７２】
本明細書において、抗体又は断片は、ＰＤ−Ｌ１並びに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用Ｆａｂ」又は「ＤＡＦ」も含む。
【０２７３】
７．抗体変異体
ａ）グリコシル化変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように改変される。抗体に対するグリコシル化部位の付加又は欠失は、１つ又は複数のグリコシル化部位が形成又は除去されるように、アミノ酸配列を改変することによって都合よく達成することができる。
【０２７４】
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合する炭水化物を改変することができる。哺乳動物細胞によって生成される天然抗体は、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合する、分枝状の二触覚オリゴ糖を一般に含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ等、ＴＩＢＴＥＣＨ  １５：２６−３２（１９９７）を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧＩｃＮＡｃ）、ガラクトース及びシアル酸、並びに二触覚オリゴ糖構造の「ステム」のＧＩｃＮＡｃに結合したフコースを含むことができる。一部の実施態様では、ある特定の向上した性質を有する抗体変異体を作製するために、抗体のオリゴ糖を修飾することができる。
【０２７５】
一実施態様では、Ｆｃ領域に結合する（直接的又は間接的に）フコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異体が提供される。例えば、そのような抗体中のフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％又は２０％から４０％であってもよい。例えば国際公開第２００８／０７７５４６号に記載される通り、フコースの量は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析によって測定される、Ａｓｎ２９７に結合する全ての糖構造（例えば複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計と比較した、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって判定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の２９７位（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）あたりに位置するアスパラギン残基を指す。しかし、抗体中の軽微な配列変動のために、Ａｓｎ２９７は、２９７位から約±３アミノ酸上流又は下流に、すなわち２９４位から３００位の間に位置することもできる。そのようなフコシル化変異体は、向上したＡＤＣＣ機能を有することができる。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ．）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ  Ｈａｋｋｏ  Ｋｏｇｙｏ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照。「脱フコシル化」又は「フコース欠損」抗体変異体に関する刊行物の例には、以下のものが含まれる：米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号；米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号；米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号；米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号；米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；国際公開第２００５／０５３７４２号；国際公開第２００２／０３１１４０号；Ｏｋａｚａｋｉ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ等、Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）。脱フコシル化抗体の生成が可能な細胞系の例には、タンパク質フコシル化が欠損しているＬｅｃ１３  ＣＨＯ細胞（Ripka等、Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、Adams等、特に実施例１１）、並びにノックアウト細胞系、例えばアルファ−１，６−フコシル基転移酵素遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki等、Biotech.Bioeng.87:614(2004);Kanda、Y.等、Biotechnol.Bioeng.、94(4):680-688(2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が含まれる。
【０２７６】
二分されたオリゴ糖を有する、例えば抗体のＦｃ領域に結合する二触覚オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分される抗体変異体が更に提供される。そのような抗体変異体は、低下したフコシル化及び／又は向上したＡＤＣＣ機能を有することができる。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔ等）；米国特許第６６０２６８４号（Ｕｍａｎａ等）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａ等）に記載されている。Ｆｃ領域に結合するオリゴ糖に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体も、提供される。そのような抗体変異体は、向上したＣＤＣ機能を有することができる。そのような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌ等）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ、Ｓ．）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ、Ｓ．）に記載されている。
【０２７７】
ｂ）Ｆｃ領域変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に１つ又は複数のアミノ酸修飾を導入し、それによってＦｃ領域変異体を生成することができる。Ｆｃ領域変異体は、１つ又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４  Ｆｃ領域）を含むことができる。
【０２７８】
ある特定の実施態様では、本発明は、それを抗体のインビボ半減期が重要であるが、ある特定のエフェクター機能（例えば補体及びＡＤＣＣ）が不要又は有害である適用のための望ましい候補にする、エフェクター機能の全てではなく一部を有する抗体変異体を企図する。ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低減／消失を確認するために、インビトロ及び／又はインビボ細胞傷害性アッセイを実行することができる。例えば、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（したがってＡＤＣＣ活性を欠いている可能性がある）がＦｃＲｎ結合能力を保持することを確認するために、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行することができる。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞、ＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩだけを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ及びＫｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）の４６４ページの表３で要約されている。対象の分子のＡＤＣＣ活性を評価するインビトロアッセイの非限定例は、米国特許第５５００３６２号（例えば、Hellstrom、I.等、Proc.Natl'Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986)を参照）及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ、Ｉ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ’Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：１４９９−１５０２（１９８５）；５８２１３３７号（Bruggemann、M.等、J.Exp.Med.166:1351-1361(1987)を参照）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法を用いることができる（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ、ＣＡ；及びＣｙｔｏＴｏｘ  ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を参照）。そのようなアッセイのための有益なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は更に、対象の分子のＡＤＣＣ活性は、例えばＣｌｙｎｅｓ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されているものなどの動物モデルにおいてインビボで評価されてもよい。抗体はＣ１ｑに結合することができなく、したがってＣＤＣ活性を欠くことを確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを実行することもできる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えば、Gazzano-Santoro等、J.Immunol.Methods 202:163(1996);Cragg、M.S.等、Blood 101:1045-1052(2003);及びCragg、M.S.及びM.J.Glennie、Blood 103:2738-2743(2004)を参照）。当技術分野で公知の方法を使用して、ＦｃＲｎ結合及びインビボでのクリアランス／半減期判定を実施することもできる（例えば、Petkova、S.B.等、Int'l.Immunol.18(12):1759-1769(2006)を参照）。
【０２７９】
エフェクター機能の低減した抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９の１つ又は複数が置換されたものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ突然変異体には、残基２６５及び２９７がアラニンに置換されたいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ突然変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２つ以上で置換されたＦｃ突然変異体が含まれる（米国特許第７３３２５８１号）。
【０２８０】
ＦｃＲへの結合が向上又は減少したある特定の抗体変異体が記載される。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号及びShields等、J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)を参照。）ある特定の実施態様では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを向上させる１つ又は複数のアミノ酸置換、例えばＦｃ領域の２９８位、３３３位及び／又は３３４位（ＥＵの残基番号付け）の置換を有するＦｃ領域を含む。一部の実施態様では、例えば米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号及びＩｄｕｓｏｇｉｅ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４（２０００）に記載されているように、改変された（すなわち、向上又は減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存細胞傷害性（ＣＤＣ）をもたらす改変がＦｃ領域に加えられる。
【０２８１】
増加した半減期、及び胎児への母体ＩｇＧの移動の原因となる（Guyer等、J.Immunol.117:587(1976)及びKim等、J.Immunol.24:249(1994)）新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合の向上を有する抗体が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Ｈｉｎｔｏｎ等）に記載される。それらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を向上させる１つ又は複数の置換をその中に有するＦｃ領域を含む。そのようなＦｃ変異体には、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４の１つ又は複数の置換、例えばＦｃ領域残基４３４の置換を有するものが含まれる（米国特許第７３７１８２６号）。Ｆｃ領域変異体の他の例に関する、Ｄｕｎｃａｎ及びＷｉｎｔｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ  ３２２：７３８−４０（１９８８）；米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照。
【０２８２】
ｃ）システイン組入れ抗体変異体
ある特定の実施態様では、抗体の１つ又は複数の残基がシステイン残基で置換されるシステイン組入れ抗体、例えば「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作製することが望ましい。特定の実施態様では、置換される残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。本明細書に更に記載されるように、それらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基は抗体のアクセス可能な部位に置かれ、抗体を他の部分、例えば薬物部分又はリンカー−薬物部分にコンジュゲートさせて免疫複合体を作製するために使用することができる。ある特定の実施態様では、以下の残基の任意の１つ又は複数をシステインで置換することができる：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。例えば米国特許第７５２１５４１に記載されるように、システイン組入れ抗体を生成することができる。
【０２８３】
ｄ）免疫複合体
本明細書において、１つ又は複数の細胞傷害剤、例えば化学療法剤若しくは薬物、増殖阻害剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物起源のタンパク質毒素、酵素活性毒素、又はその断片）、又は放射性同位体にコンジュゲートされる本明細書の抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む免疫複合体が更に提供される。
【０２８４】
一実施態様では、免疫複合体は、抗体が１つ又は複数の薬物、例えば、限定されずに、マイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、５４１６０６４号及び欧州特許０４２５２３５Ｂ１号を参照）；モノメチルオーリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）などのオーリスタチン（米国特許第５６３５４８３号及び５７８０５８８号及び７４９８２９８号を参照）；ドラスタチン；カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、５７１４５８６号、５７３９１１６号、５７６７２８５号、５７７０７０１号、５７７０７１０号、５７７３００１号及び５８７７２９６号を参照；Hinman等、Cancer Res.53:3336-3342(1993);及びLode等、Cancer Res.58:2925-2928(1998)を参照）；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン（Kratz等、Current Med.Chem.13:477-523(2006);Jeffrey等、Bioorganic & Med.Chem.Letters 16:358-362(2006);Torgov等、Bioconj.Chem.16:717-721(2005);Nagy等、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000);Dubowchik等、Bioorg.& Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002);King等、J.Med.Chem.45:4336-4343(2002);及び米国特許第６６３０５７９号を参照）；メトトレキセート；ビンデシン；タキサン、例えばドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル及びオルタタキセル；トリコテセン；並びにＣＣ１０６５にコンジュゲートされる抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。
【０２８５】
別の実施態様では、免疫複合体は、限定されずに、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素Ａ鎖（緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）から）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデッシンＡ鎖、アルファ−サルシン、アブラギリ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ダイアンシンタンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ及びＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａ）阻害剤、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテセンを含む、酵素活性毒素又はその断片にコンジュゲートされる本明細書に記載の抗体を含む。
【０２８６】
別の実施態様では、免疫複合体は、放射性原子にコンジュゲートされて放射性コンジュゲートを形成する、本明細書に記載の抗体を含む。放射性コンジュゲートの生成のために、様々な放射性同位体が利用できる。例には、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体が含まれる。放射性コンジュゲートが検出のために使用される場合は、それは、シンチグラフィー研究のための放射性原子、例えばＴｃ９９若しくはＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像化（磁気共鳴画像化、ｍｒｉとしても知られる）のためのスピン標識、例えば、再度ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン若しくは鉄を含むことができる。
【０２８７】
抗体及び細胞毒性剤のコンジュゲートは、様々な二官能基タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能基誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣｌなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トルエン２，６−ジイソシアネートなど）及びビス活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）を用いて作製することができる。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３８：１０９８（１９８７）に記載のように調製することができる。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート剤である。国際公開第９４／１１０２６号を参照する。リンカーは、細胞内で細胞傷害薬の放出を促進する「開裂可能なリンカー」であってもよい。例えば、酸に対して不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、感光性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari等、Cancer Res.52:127-131(1992);米国特許第５２０８０２０号）を使用することができる。
【０２８８】
本明細書の免疫複合体又はＡＤＣは、限定されずに、市販されている（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ．、Ｕ．Ｓ．Ａから）架橋試薬、例えば、限定されずに、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ及びスルホ−ＳＭＰＢ、及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）によって調製されるコンジュゲートを明示的に企図する。
【０２８９】
Ｃ．結合性ポリペプチド
結合性ポリペプチドは、本明細書に記載のＰＤ−Ｌ１に、好ましくは特異的に結合するポリペプチドである。いくつかの実施態様では、結合性ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストである。結合性ポリペプチドは、既知のポリペプチド合成手法を使用して化学的に合成することができるか又は組換えテクノロジーを使用して調製し、精製することができる。結合性ポリペプチドは、通常長さが少なくとも約５アミノ酸、代わりに長さが少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００アミノ酸以上であり、ここで、かかる結合性ポリペプチドは、本明細書に記載の標的、ＰＤ−Ｌ１に、好ましくは特異的に結合する能力がある。結合性ポリペプチドは、既知の技法を使用した過度の実験なしに同定することができる。この点で、ポリペプチド標的に特異的に結合する能力がある結合性ポリペプチドに関するポリペプチドライブラリーをスクリーニングするための技法が、当該技術分野で既知である（例えば、米国特許第５５５６７６２号、５７５０３７３号、４７０８８７１号、４８３３０９２号、５２２３４０９号、５４０３４８４号、５５７１６８９号、５６６３１４３号；ＰＣＴ公開国際公開第８４／０３５０６号及び国際公開第８４／０３５６４号；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81:3998-4002 (1984)；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82:178-182 (1985)；Geysen等, in Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986)；Geysen等, J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987)；Schoofs等, J. Immunol., 140:611-616 (1988),Cwirla, S. E.等 (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378；Lowman, H.B.等 (1991) Biochemistry, 30:10832；Clackson, T.等 (1991) Nature, 352: 624； Marks, J. D.等 (1991), J. Mol. Biol., 222:581；Kang, A.S.等 (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363及びSmith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668を参照されたい）ことは、注目される。
【０２９０】
この点で、バクテリオファージ（ファージ）ディスプレイは、標的ポリペプチド、ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する能力があるそれらのライブラリーのメンバー（一又は複数）を同定するための大きいポリペプチドライブラリーをスクリーニングすることを可能にする１つの既知の技法である。ファージディスプレイは、それによって変異ポリペプチドが、バクテリオファージ粒子の表面上のコートタンパク質への融合タンパク質として提示される技法である（Scott, J.K.及びSmith, G. P. (1990) Science, 249:386）。ファージディスプレイの有用性は、選択的にランダム化されたタンパク質変異体（又はランダムにクローン化されたｃＤＮＡ）の大きいライブラリーを、高親和性で標的分子に結合する配列に関して迅速にかつ効率的に分別することができるという事実にある。ペプチドのディスプレイ（Cwirla, S. E.等 (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378）又はファージ上のタンパク質（Lowman, H.B.等 (1991) Biochemistry, 30:10832；Clackson, T.等 (1991) Nature, 352: 624；Marks, J. D.等 (1991), J. Mol. Biol., 222:581；Kang, A.S.等 (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363）ライブラリーは、特異的な結合特質を有するものを求めて数百万のポリペプチド又はオリゴペプチドをスクリーニングするのに使用されてきた（Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668）。ランダム突然変異体のファージライブラリーを分別することは、多数の変異体をコンストラクトし、増殖するための戦略、標的受容体を使用した親和性精製のための手順、及び結合濃縮の結果を査定する手段を必要とする。米国特許第５２２３４０９号、第５４０３４８４号、第５５７１６８９号、及び第５６６３１４３号。
【０２９１】
大部分のファージディスプレイ方法は、繊維状ファージを使用してきたが、ラムドイドファージディスプレイ系（国際公開第９５／３４６８３号；米国第５６２７０２４号）、Ｔ４ファージディスプレイ系（Ren等, Gene, 215:439 (1998)；Zhu等, Cancer Research, 58(15):3209-3214 (1998)；Jiang等, Infection & Immunity, 65(11):4770-4777 (1997)；Ren等, Gene, 195(2):303-311 (1997)；Ren, Protein Sci., 5:1833 (1996)；Efimov等, Virus Genes, 10:173 (1995)）及びＴ７ファージディスプレイ系（Smith及びScott, Methods in Enzymology, 217:228-257 (1993);米国第５７６６９０５号）も既知である。
【０２９２】
追加の改善は、ディスプレイ系が、選択された標的分子への結合を求めてペプチドライブラリーをスクリーニングし、望ましい特質を求めてこれらのタンパク質をスクリーニングする潜在力を有する機能性タンパク質を提示する能力を増強する。ファージディスプレイ反応に関するコンビナトリアル反応デバイスが開発され（国際公開第９８／１４２７７号）、ファージディスプレイライブラリーは、二分子相互作用（国際公開第９８／２０１６９号；国際公開第９８／２０１５９号）及び制約されたヘリックスペプチドの特質（国際公開第９８／２００３６号）を分析し、制御するために使用されてきた。国際公開第９７／３５１９６号は、結合性リガンドを選択的に単離するために、ファージディスプレイライブラリーを、そこでリガンドが標的分子に結合することになる１つの溶液及びそこで親和性リガンドが標的分子に結合しないことになる第２の溶液と接触させる、親和性リガンドを単離する方法を記載している。国際公開第９７／４６２５１号は、親和性精製抗体でランダムファージディスプレイライブラリーをバイオパンニングし、次いで結合性ファージを単離し、その後マイクロプレートウェルを使用したマイクロパンニングプロセスを行って、高親和性結合性ファージを単離する方法を記載している。親和性タグとしての黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡの使用も報告されている（Li等 (1998) Mol Biotech., 9:187）。国際公開第９７／４７３１４号は、ファージディスプレイライブラリーとすることができるコンビナトリアルライブラリーを使用して、酵素特異性を識別するための基質サブトラクションライブラリーの使用を記載している。ファージディスプレイを使用した洗剤における使用に適した酵素を選択する方法が、国際公開第９７／０９４４６号に記載されている。特異的な結合性タンパク質を選択する追加の方法が、米国特許第５４９８５３８号、第５４３２０１８号、及び国際公開第９８／１５８３３号に記載されている。
【０２９３】
ペプチドライブラリーを産出し、これらのライブラリーをスクリーニングする方法は、米国特許第５７２３２８６号、第５４３２０１８号、第５５８０７１７号、第５４２７９０８号、第５４９８５３０号、第５７７０４３４号、第５７３４０１８号、第５６９８４２６号、第５７６３１９２号、及び第５７２３３２３号にも開示されている。
【０２９４】
Ｄ．結合性小分子
ＰＤ−Ｌ１小分子アンタゴニストとしての使用のための結合性小分子が、本明細書で提供される。
【０２９５】
結合性小分子は、好ましくは、本明細書に記載のＰＤ−Ｌ１に、好ましくは特異的に結合する本明細書で定義した結合性ポリペプチド又は抗体以外の有機分子である。結合性有機小分子は、既知の手法（例えば、ＰＣＴ公開国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照されたい）を使用して、同定し、化学的に合成することができる。結合性有機小分子は、通常、サイズが約２０００ダルトン未満、代わりにサイズが約１５００、７５０、５００、２５０又は２００ダルトン未満であり、ここで、本明細書に記載のポリペプチドに、好ましくは特異的に結合する能力があるかかる有機小分子は、既知の技法を使用した過度の実験なしに同定することができる。この点で、ポリペプチド標的に結合する能力がある分子を求めて有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技法が、当該技術分野で既知である（例えば、ＰＣＴ公開国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照されたい）ことは注目される。結合性有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、一級アミン、二級アミン、三級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、ウレア、カルバメート、カーボネート、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホネート、ハロゲン化アルキル、アルキルスルホネート、芳香族化合物、複素環式化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、スルホニル塩化物、ジアゾ化合物、酸塩化物等とすることができる。
【０２９６】
Ｅ．アンタゴニストポリヌクレオチド
ポリヌクレオチドアンタゴニストが、本明細書で提供される。ポリヌクレオチドは、アンチセンス核酸及び／又はリボザイムとすることができる。アンチセンス核酸は、ＰＤ−Ｌ１遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかしながら、完全な相補性は、好ましくはあるが、必要ではない。
【０２９７】
本明細書で参照した「ＲＮＡの少なくとも一部に相補的な」配列は、ＲＮＡとハイブリダイズして、安定な二本鎖を形成することができるのに十分な相補性を有する配列を意味する；二本鎖ＰＤ−Ｌ１アンチセンス核酸の場合、したがって、二本鎖ＤＮＡの一本鎖を試験することができるか、又は三本鎖形成をアッセイすることができる。ハイブリダイズする能力は、相補性の程度及びアンチセンス核酸の長さの両方に依存することになる。一般的に、ハイブリダイズしている核酸が大きいほど、より多くの塩基が、それが含有し、なお安定な二本鎖（又は場合に応じて三本鎖）を形成することができるＰＤ−Ｌ１  ＲＮＡとミスマッチする。当業者は、ハイブリダイズした複合体の融点を判定するための標準的な手順の使用によって、ミスマッチの許容できる程度を確かめることができる。
【０２９８】
メッセージの５’末端、例えば、ＡＵＧ開始コドンまで及びこれを含む５’非翻訳配列に相補的なポリヌクレオチドは、翻訳を阻害するのに最も効率的に働くはずである。しかしながら、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列は、ｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに効果的であることも示された。一般的に、Ｗａｇｎｅｒ，Ｒ．，１９９４，Ｎａｔｕｒｅ  ３７２：３３３−３３５を参照されたい。したがって、ＰＤ−Ｌ１遺伝子の５’又は３’非翻訳、非コード化領域に相補的なオリゴヌクレオチドを、内因性のＰＤ−Ｌ１  ｍＲＮＡの翻訳を阻害するためのアンチセンス手法において使用することができる。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なポリヌクレオチドは、ＡＵＧ開始コドンの相補物を含むはずである。ｍＲＮＡコード化領域に相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは、効率性が低い翻訳の阻害剤であるが、本発明に従って使用される。ＰＤ−Ｌ１  ｍＲＮＡの５’領域、３’領域にであろうと又はコード化領域にであろうとハイブリダイズするように設計されている、アンチセンス核酸は、長さが少なくとも６のヌクレオチドであるべきであり、好ましくは長さが６から約５０のヌクレオチドにわたるオリゴヌクレオチドである。特定の実施態様では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド又は少なくとも５０ヌクレオチドである。
【０２９９】
一実施態様では、ＰＤ−Ｌ１アンチセンス核酸は、外来性配列からの転写によって、細胞内に作製される。例えば、ベクター又はその一部が転写され、ＰＤ−Ｌ１遺伝子のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を作製する。かかるベクターは、ＰＤ−Ｌ１アンチセンス核酸をコードする配列を含有する。かかるベクターは、それが望ましいアンチセンスＲＮＡを作製するように転写され得る限り、エピソームのままであるか又は染色体性に組み込まれることができる。かかるベクターは、当該技術分野で標準的な組換えＤＮＡテクノロジー方法によってコンストラクトすることができる。ベクターは、脊椎動物細胞における複製及び発現に使用される、プラスミド、ウイルス、又は当該技術分野で既知の他のものとすることができる。ＰＤ−Ｌ１をコードする配列、又はその断片の発現は、脊椎動物、好ましくはヒト細胞において作用する、当該技術分野で既知の任意のプロモーターによることができる。かかるプロモーターは、誘導性又は構成性とすることができる。かかるプロモーターは、ＳＶ４０初期プロモーター領域（Bernoist及びChambon, Nature 29:304-310 (1981)）、ラウス肉腫ウイルスの３’末端反復配列（Yamamoto等, Cell 22:787-797 (1980)）中に含有されるプロモーター、ヘルペスチミジンプロモーター（Wagner等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:1441-1445 (1981)）、メタロチオネイン遺伝子の調節配列（Brinster等, Nature 296:39-42 (1982)）等を含むがこれらに限定されない。
【０３００】
Ｆ．抗体及び結合性ポリペプチド変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチドの結合親和性及び／又は他の生物学的特質を改善することが望まれ得る。抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、抗体及び／若しくは結合性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列中に適切な改変を導入することによって、又はペプチド合成によって調製することができる。かかる改変は、例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列内の残基の欠失及び／又はこれ中への挿入及び／又はこれの置換を含む。最終コンストラクトが望ましい特性、例えば、標的結合を所持するという条件で、欠失、挿入、及び置換の任意の組合せを行って、最終コンストラクトに到達することができる。
【０３０１】
ある特定の実施態様では、１つ又は複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体及び／又は結合性ポリペプチド変異体が提供される。置換の突然変異生成に関する対象の部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。保存的置換を、「保存的置換」の見出しの下で表１に示す。より実質的な変化を、「例示的置換」の見出しの下で表１に提供し、アミノ酸側鎖クラスに関して以下で更に記載した。アミノ酸置換を、対象の抗体及び／又は結合性ポリペプチド並びに望ましい活性、例えば、保持された／改善された抗原結合、低下した免疫原性、又は改善されたＡＤＣＣ又はＣＤＣを求めてスクリーニングされた産物中に導入することができる。
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【０３０２】
アミノ酸は、共通の側鎖の特質に従ってグループ化することができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、メチオニン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン；
（２）中性の親水性：システイン、セリン、スレオニン、アスパラギン、グルタミン；
（３）酸性：アスパラギン酸、グルタミン酸；
（４）塩基性：ヒスチジン、リジン、アルギニン；
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：グリシン、プロリン；
（６）芳香族：トリプトファン、チロシン、フェニルアラニン。
【０３０３】
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴うことになる。
【０３０４】
置換の変異体の１つの型は、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体）の１つ又は複数の超可変領域残基を置換することに関与する。一般的に、別の研究のために選択された生じた変異体（一又は複数）は、親抗体に対していくつかの生物学的特質（例えば、親和性の増加、免疫原性の減少）における改変（例えば、改善）を有することになるかつ／又は親抗体の実質的に保持されたいくつかの生物学的特質を有することになる。例示的置換の変異体は、親和性成熟抗体であり、これは、例えば、本明細書で記載したもの等の、ファージディスプレイに基づく親和性成熟技法を使用して、簡便には産出することができる。簡潔に述べると、１つ又は複数のＨＶＲ残基を変異させ、変異抗体をファージ上に提示し、特定の生物活性（例えば、結合親和性）を求めてスクリーニングする。
【０３０５】
改変（例えば、置換）を、例えば、抗体親和性を改善するために、ＨＶＲにおいて行うことができる。かかる改変を、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞の成熟プロセス中に高い発生頻度で突然変異を起こすコドンによってコードされる残基（例えば、Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照されたい）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）において行うことができ、生じた変異ＶＨ又はＶＬを結合親和性に関して試験する。二次ライブラリーをコンストラクトし、再び選択することによる親和性成熟が、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７に記載されている（O'Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, (2001)）。親和性成熟のいくつかの実施態様では、多様性が、いろいろな方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、チェインシャフリング、又はオリゴヌクレオチド指定突然変異）の何れかによって、成熟に関して選択された可変遺伝子中に導入される。次いで、二次ライブラリーを作る。次いで、ライブラリーをスクリーニングして、望ましい親和性を有する任意の抗体変異体を同定する。多様性を導入するための別の方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、１回に４−６残基）がランダム化される、ＨＶＲ指定手法に関与する。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャンニング突然変異生成又はモデル化を使用して、特異的に同定することができる。特に、ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３は、しばしば標的とされる。
【０３０６】
ある特定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、かかる改変が、抗体が抗原に結合する能力を実質的に減少させない限り、１つ又は複数のＨＶＲ内で起こり得る。例えば、結合親和性を実質的に減少させない保存的改変（例えば、本明細書で提供される保存的置換）を、ＨＶＲにおいて行うことができる。かかる改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外とすることができる。上で提供した変異ＶＨ及びＶＬ配列のある特定の実施態様では、各ＨＶＲは、不変であるか、又は１つ、２つ若しくは３つ以下のアミノ酸置換を含有する。
【０３０７】
突然変異生成のための標的とすることができる抗体及び／又は結合性ポリペプチドの残基又は領域の同定のための有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ及びＷｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１−１０８５によって記載されている、「アラニンスキャンニング突然変異生成」と称される。この方法において、残基又は標的残基（例えば、アルギニン、アスパラギン酸、ヒスチジン、リジン、及びグルタミン酸等の荷電残基）の群が、同定され、中性又は負荷電アミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）と置換されて、抗体と抗原の相互作用が影響されるかどうかを判定する。別の置換を、最初の置換に対する機能感受性を実証するアミノ酸位置で導入することができる。代わりに、又は追加的に、抗体と抗原の間の接触点を同定するための抗原抗体複合体の結晶構造。かかる接触残基及び隣接する残基は、置換のための候補として標的とする又は除去することができる。変異体を、スクリーニングして、それらが望ましい特質を含有するかどうかを判定することができる。
【０３０８】
アミノ酸配列挿入は、長さが１つの残基から１００以上の残基を含有するポリペプチドにわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、及び単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例は、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体を含む。抗体分子の他の挿入変異体は、抗体の血清半減期を増加させる酵素（例えば、ＡＤＥＰＴに関する）又はポリペプチドへの抗体のＮ又はＣ末端への融合を含む。
【０３０９】
Ｇ．抗体及び結合性ポリペプチド誘導体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体及び／又は結合性ポリペプチドは、更に改変されて、当該技術分野で既知であり、容易に入手可能である追加の非タンパク質部分を含有することができる。抗体及び／又は結合性ポリペプチドの誘導体化に適した部分は、水溶性ポリマーを含むが、これらに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（ホモ重合体又はランダム共重合体）、及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモ重合体、プロリプロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、及びそれらの混合物を含むが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性により、製造における利点を有し得る。ポリマーは、任意の分子量のものとすることができ、分岐していても又は分岐していなくてもよい。抗体及び／又は結合性ポリペプチドに結合しているポリマーの数は、変動することができ、１つを超えるポリマーが結合している場合、それらは同じ又は異なる分子とすることができる。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は型は、改善される抗体及び／又は結合性ポリペプチドの特定の特質又は機能、抗体誘導体及び／又は結合性ポリペプチド誘導体が定義された条件下で療法において使用されることになるかどうか等を含むがこれらに限定されない、考慮に基づいて判定することができる。
【０３１０】
別の実施態様では、照射への曝露によって選択的に加熱することができる非タンパク質部分への抗体及び／又は結合性ポリペプチドのコンジュゲートが提供される。一実施態様では、非タンパク質部分は、カーボンナノチューブである（Kam等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11600-11605 (2005)）。照射は、任意の波長のものとすることができ、普通の細胞を害さないが、抗体及び／又は結合性ポリペプチド−非タンパク質部分の近位にある細胞が死滅される温度まで非タンパク質部分を加熱する波長を含むがこれらに限定されない。
【０３１１】
いくつかの実施態様では、試料は、組織試料である。いくつかの実施態様では、試料は、腫瘍組織試料である。いくつかの実施態様では、腫瘍組織試料は、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞、腫瘍内免疫細胞、腫瘍周囲の免疫細胞又はそれらの任意の組合せ、腫瘍間質細胞（例えば線維芽細胞）を含む。いくつかの実施態様では、試料は、患者の癌のものである。いくつかの実施態様では、試料は、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の前に得られる。いくつかの実施態様では、試料は、ホルマリン固定され、パラフィン包埋されている。
【０３１２】
いくつかの実施態様では、疾患又は障害は、増殖性の疾患又は障害である。いくつかの実施態様では、疾患又は障害は、免疫関連の疾患又は障害である。いくつかの実施態様では、疾患又は障害は、癌である。いくつかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌、腎細胞癌、卵巣癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頚部癌、骨肉腫、前立腺癌、又は膠芽細胞腫である。いくつかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施態様では、ＮＳＣＬＣは、二次又は三次局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣである。いくつかの実施態様では、ＮＳＣＬＣは、腺癌である。いくつかの実施態様では、ＮＳＣＬＣは、扁平上皮癌である。
【０３１３】
方法の何れかのいくつかの実施態様では、上記の実施態様の何れかによる個体は、ヒトとすることができる。
【０３１４】
別の実施態様では、癌を治療する方法が本明細書で提供される。一実施態様では、方法は、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの有効量を、かかる癌を有する個体に投与することを含む。１つのかかる実施態様では、方法は、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することを更に含む。いくつかの実施態様では、個体は、ヒトとすることができる。
【０３１５】
本明細書で記載したＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを、療法において単独で又は他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、本明細書で記載したＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを、少なくとも１つの追加の治療剤とともに共投与することができる。ある特定の実施態様では、追加の治療剤は、化学療法剤である。
【０３１６】
上記で注目したかかる併用療法は、併用投与（ここで２つ以上の治療剤が同じ又は別々の製剤に含まれる）、及びアンタゴニストの投与が、追加の治療剤及び／又はアジュバントの投与前に、これと同時に、及び／又はこの後で起こり得る別々の投与を包含する。本明細書で記載したＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを、放射線療法と組み合わせて使用することもできる。
【０３１７】
本明細書で記載したＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は小分子）（及び任意の追加の治療剤）を、非経口、肺内、及び鼻腔内、並びに局所的治療に望ましい場合に病巣内投与を含めた、任意の適した手段によって投与することができる。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与を含む。投薬は、投与が短期的又は慢性的であるかどうかに部分的に依存して、任意の適した経路による、例えば、静脈内又は皮下注射等の注射によることができる。単一の又は様々な時点にわたる複数の投与、ボーラス投与、及びパルスインフュージョンを含むが、これらに限定されない様々な投薬スケジュールが、本明細書で企図される。
【０３１８】
本明細書で記載したＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は小分子）を、医学行動規範と一致した様式で、製剤化し、投薬し、投与することができる。これに関連した考慮に関する因子は、治療される特定の障害、治療される特定の哺乳類、個々の患者の臨床的状態、障害の原因、薬剤の送達の部位、投与の方法、投与のスケジューリング、及び医療施術者に既知の他の因子を含む。ＰＤ−Ｌ１軸アンタゴニストは、問題の障害を予防する又は治療するために現在使用されている１つ又は複数の薬剤とともに製剤化されている必要はないが、任意選択的にこれらの薬剤とともに製剤化されている。かかる他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの量、障害又は治療の型、及び上記で議論した他の因子に依存する。これらは、本明細書で記載したのと同じ用量及び投与経路、若しくは本明細書で記載した用量の約１から９９％で、又は適切であると経験的に／臨床的に判定される任意の用量で及び任意の経路によって一般的に使用される。
【０３１９】
疾患の予防又は治療に関して、本明細書で記載したＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの適切な用量（単独で又は１つ若しくは複数の他の追加の治療剤と組み合わせて使用される場合）は、治療される疾患の型、疾患の重症度及び過程、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストが予防的目的で投与されるのか治療的目的で投与されるのか、以前の療法、患者の病歴及びＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストに対する応答、及び主治医の裁量に依存することになる。ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、単回で、又は一連の治療にわたって、患者に適切に投与される。１つの典型的な１日の用量は、上記の因子に依存して、約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ以上にわたる。数日以上にわたる反復投与に関して、状態に依存して、治療は、疾患症状の望ましい抑圧が生じるまで一般的に持続される。かかる用量を、断続的、例えば、週１回又は３週間に１回（例えば、患者が、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの約２回から約１２回、又は例えば、約６回の用量を受けるように）投与することができる。初回のより高い負荷用量、その後の１つ又は複数のより低い用量を投与することができる。例示的投薬計画は、投与することを含む。しかしながら、他の用量計画が有用であり得る。この療法の進行は、従来の技法及びアッセイによって容易に監視することができる。
【０３２０】
方法の何れかのいくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）を、約０．３−３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与する。いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）を、約０．３ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、又は３０ｍｇ／ｋｇの何れかの用量で投与する。いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）を、２１日サイクルで約２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、又は３０ｍｇ／ｋｇの何れかの用量で投与する。上記の製剤又は治療的方法の何れかを、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの代わりに又はこれに加えて、イムノコンジュゲートを使用して実行することができることが理解されよう。
【０３２１】
本明細書に記載のＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの医薬製剤を、凍結乾燥製剤又は水溶液の形で、望ましい程度の純度を有するかかる抗体を１つ又は複数の任意選択の薬学的に許容される担体と混合することによって調製する（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)）。いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、結合性小分子、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又はポリヌクレオチドである。薬学的に許容される担体は、一般的に、用いる用量及び濃度でレシピエントに無毒であり、リン酸、クエン酸及び他の有機酸等のバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含めた抗酸化剤；保存剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンザルコニウムクロライド；ベンゼトニウムクロリド；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール等）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン等のアミノ酸；単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、又はデキストリンを含めた他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール等の糖類；ナトリウム等の造塩対イオン；金属複合体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含むがこれらに限定されない。本明細書の例示的な薬学的に許容される担体は、可溶型中性の活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標），Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）等のヒト可溶型ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質等の間質薬物分散剤を更に含む。ｒＨｕＰＨ２０を含めた、いくつかの例示的ｓＨＡＳＥＧＰ及び使用の方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一実施態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは、コンドロイチナーゼ等の１つ又は複数の追加のグリコサミノグリカナーゼと組み合わされる。
【０３２２】
例示的凍結乾燥製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性抗体製剤は、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されているものを含み、後者の製剤は、ヒスチジン−アセテートバッファーを含む。
【０３２３】
本明細書の製剤は、治療される特定の徴候に関して必要に応じて、１つを超える活性成分、好ましくは互いに悪影響しない相補的な活性を有するものも含有することができる。かかる活性成分は、意図された目的に効果的である量で、組合せで適切に存在する。
【０３２４】
活性成分を、例えばコアセルベーション技法によって又は界面重合によって調製された、マイクロカプセル、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチンマイクロカプセル及びポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセル中に、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）中に又はマクロエマルション中に封入することができる。かかる技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
【０３２５】
徐放調製物を調製することができる。徐放調製物の適した例は、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスを含み、このマトリックスは、造形品、例えば、フィルム、又はマイクロカプセルの形である。
【０３２６】
インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌状態は、例えば、滅菌濾過膜を通した濾過によって、容易に達成することができる。
【０３２７】
上記の製品の何れかは、ＰＤ−Ｌ１アンタゴニストの代わりに又はこれに加えて、本明細書で記載したイムノコンジュゲートを含むことができることが理解されよう。
【０３２８】
バイオマーカーを同定すること及びそれを使用する方法
治療応答性バイオマーカーを同定する方法が、本明細書で提供される。
【０３２９】
いくつかの実施態様では、薬力学的バイオマーカーを、被分析物発現レベルと、１つ又は複数のプレ治療ベースライン応答と比較した、対象の応答における正又は負の変化の間の相関又は定義された関連に基づいて同定することができる。いくつかの実施態様では、被分析物発現レベルを、治療又は治療的介入の前、この間、及びこの後に対象から採取された試料において測定することができる。
【０３３０】
薬力学的バイオマーカーを、限定することなく、治療監視及び治療効率の評価に使用することができる。例えば、薬力学的バイオマーカーレベルを、対象に関する治療の過程の樹立又は改変における使用のために、臨床医に提供することができる。治療が選択され、治療が開始する場合、対象を、２つ以上の間隔で生物学的試料を採取し、所与の時間間隔治療前、治療の間、治療後に相当する臨床応答を判定し、臨床応答を経時的に比較することによって、定期的に監視することができる。増加する、低下する又は安定化する臨床応答又は薬力学的バイオマーカーレベルにおける変化に関して観察されるこれらの応答及び任意の傾向に基づいて、臨床医、セラピスト、又は他の医療専門家は、治療を現状のまま続けること、治療を中断すること、又は経時的に改善を見る目標に治療計画を適合させることを選択することができる。
【０３３１】
したがって、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる個体の治療応答を評価する方法であって、（ａ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与中又は投与後の時点で個体に由来する生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び（ｂ）生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルと参照レベルとの比較に基づいて個体の治療を維持するか、調整するか、又は停止することを含み、参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化はＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療への応答の指標となる方法が本明細書で提供される。
【０３３２】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した個体の応答を監視する方法であって、（ａ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与中又は投与後の時点での、個体に由来する生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び（ｂ）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療を受けている個体における応答を監視するために、生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルを参照レベルと比較することを含む方法が本明細書で更に提供される。
【０３３３】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーの参照レベルが、（１）ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの投与前の個体からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベル；（２）参照集団からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベル；（３）１つ又は複数のバイオマーカーの前もって割り当てられたレベル；及び（４）第１の時点より前の第２の時点での個体からの１つ又は複数のバイオマーカーのレベルからなる群から選択される。
【０３３４】
参照集団と個体の生物学的試料の相関を示し、比較するために、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療前及び／又は後に、治療を受けた個体の集団、すなわち、臨床集団によって示された臨床応答に関するデータを得ることが必要である。この臨床データは、臨床治験（一又は複数）の結果のレトロスペクティブ分析によって得ることができる。代わりに、臨床データを、１つ又は複数の新しい臨床治験をデザインし、実行することによって得ることができる。臨床集団データの分析は、標準参照集団を定義するのに有用であり、これは次に、治療的治療の選択のために対象を分類するかつ／又はＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療に対する陽性応答を示すとして対象を分類するのに有用である。
【０３３５】
いくつかの実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化は、レベルの増加である。
【０３３６】
いくつかの実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中の１つ又は複数のバイオマーカーのレベルの変化は、レベルの低下である。
【０３３７】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーが、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される。いくつかの実施態様では、参照レベルと比較した、生物学的試料中のＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ２及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの増加は、治療に対する陽性応答の指標となる。
【０３３８】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーは免疫関連マーカーである。
【０３３９】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーはＴ細胞関連マーカーである。
【０３４０】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーはＴ細胞活性化マーカーである。
【０３４１】
いくつかの実施態様では、Ｔ細胞活性化マーカーは参照レベルと比較して生物学的試料で増加する。
【０３４２】
いくつかの実施態様では、Ｔ細胞活性化マーカーは、ＣＤ８、ＩＦＮ−ｇ、グランザイム−Ａ、ＴＮＦ−ａ、パーフォリン及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される。いくつかの実施態様では、参照レベルと比較した、生物学的試料中のＣＤ８、ＩＦＮ−ｇ、グランザイム−Ａ、ＴＮＦ−ａ、パーフォリン及びそれらの任意の組合せからなる群から選択されるＴ細胞活性化マーカーの増加は、治療に対する陽性応答の指標となる。
【０３４３】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーは活性化された増殖性Ｔ細胞である。
【０３４４】
いくつかの実施態様では、活性化された増殖性Ｔ細胞は、参照レベルと比較して生物学的試料中で増加する。
【０３４５】
いくつかの実施態様では、活性化された増殖性Ｔ細胞は、ＣＤ８＋／Ｋｉ６７＋細胞、ＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ６７＋細胞及びそれらの任意の組合せである。
【０３４６】
いくつかの実施態様では、１つ又は複数のバイオマーカーはＩＬ−６である。
【０３４７】
いくつかの実施態様では、ＩＬ−６レベルは、参照レベルと比較して生物学的試料中で低下する。いくつかの実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中のＩＬ−６レベルの低下は、治療に対する陽性応答の指標となる。いくつかの実施態様では、ＩＬ−６レベルは、参照レベルと比較して生物学的試料中で増加する。いくつかの実施態様では、参照レベルと比較した生物学的試料中のＩＬ−６レベルの増加は、治療に対する応答がないことを示す。
【０３４８】
いくつかの実施態様では、個体に由来する生物学的試料は、細胞、組織、組織培養物、腫瘍、生体液及びその組合せからなる群から選択される。
【０３４９】
いくつかの実施態様では、生体液は、血漿、血清、全血、ＰＢＭＣ及びその組合せからなる群から選択される。
【０３５０】
いくつかの実施態様では、組織は、腫瘍組織である。
【０３５１】
いくつかの実施態様では、腫瘍組織は、腫瘍細胞、腫瘍浸潤細胞、間質細胞及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０３５２】
いくつかの実施態様では、細胞は、循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）である。
【０３５３】
いくつかの実施態様では、個体は、増殖性の疾患又は障害を患う。
【０３５４】
いくつかの実施態様では、個体は、癌又は悪性腫瘍を患う。
【０３５５】
いくつかの実施態様では、癌又は悪性腫瘍は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、メラノーマ、頭頚部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌及び他の血液悪性腫瘍から選択される。
【０３５６】
いくつかの実施態様では、個体は、免疫関連の疾患又は障害を患う。
【０３５７】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストである。
【０３５８】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【０３５９】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【０３６０】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、Ｂ７−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【０３６１】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１及びＢ７−１の両方へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する。
【０３６２】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、抗体である。
【０３６３】
いくつかの実施態様では、抗体は、モノクローナル抗体である。
【０３６４】
いくつかの実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【０３６５】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１結合性アンタゴニストである。
【０３６６】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、そのリガンド結合パートナーへのＰＤ−１の結合を阻害する。
【０３６７】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【０３６８】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【０３６９】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方へのＰＤ−１の結合を阻害する。
【０３７０】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、抗体である。
【０３７１】
いくつかの実施態様では、抗体は、モノクローナル抗体である。
【０３７２】
いくつかの実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体である。
【０３７３】
宣伝の方法
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを宣伝する方法であって、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在及び／又はレベルに基づいて、疾患又は障害を有する個体を治療するためのＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの使用を対象オーディエンスに促進することを含む方法が、本明細書で更に提供される。いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストの使用は、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの上昇したレベルに基づく。
【０３７４】
宣伝は、一般的に、後援者が同定され、メッセージが制御されている非個人的媒体を通した、有給の通信である。本明細書での目的のための宣伝は、広報、広報活動、間接的宣伝方式、後援、アンダーライティング、及び販売促進を含む。この用語は、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する都合良いパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、促進し、動機付けし、又は行動を改変するようにアピールするように設計された印刷通信媒体の何れかにおいて現れる後援された情報公示も含む。
【０３７５】
本明細書の診断法の宣伝及び促進は、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを送達するために使用される宣伝媒体の例は、放送媒体に現れるメッセージであるコマーシャルを含めた、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。宣伝は、食料品のカートの座席上、空港の通路の壁、及びバスの側面にあるもの、又は電話保留メッセージ、若しくは店舗内のＰＡシステムで聞こえるもの、又は視覚的若しくは聴覚的通信が配置され得る全ての場所のものも含む。
【０３７６】
促進又は宣伝手段のより特定の例は、テレビ、ラジオ、映画、ウェブキャスト及びウェビナー等のインターネット、同時ユーザーに到達するように意図された相互作用的なコンピュータネットワーク、固定若しくは電光掲示板、及び他の公共看板、ポスター、雑誌及び新聞等の伝統的若しくは電子的な文献、他の報道発信地、プレゼンテーション、又は、例えば、電子メール、電話、インスタントメッセージ、郵便、宅配便、大量一斉メール若しくはキャリアメール、対面での訪問等による個々の接触を含む。
【０３７７】
使用される宣伝の型は、多くの因子、例えば、到達されるべき対象オーディエンス、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者の性質、並びに、コストの考慮、並びに医薬及び診断の宣伝を規制する関連法律及び規制等に依存することになる。宣伝は、サービスの相互作用並びに／又はユーザーの人口統計及び地理的な位置等の他のデータによって定義されたユーザーの特徴付けに基づいて、個別化又はカスタマイズすることができる。
【０３７８】
診断キット、アッセイ及び製品
疾患又は障害を有する個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定するための１つ又は複数の試薬を含む診断キットであって、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在は、個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した場合の有効性のより高い可能性を意味し、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの不在は、疾患を有する個体をＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した場合の有効性のより低い可能性を意味する、診断キットが本明細書で提供される。任意選択的に、キットは、個体がＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを発現する場合に、疾患又は障害を治療するための医薬（例えば抗ＰＤ−Ｌ１抗体等のＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト）を選択するためにキットを使用するための説明書を更に含む。別の実施態様では、説明書は、個体がＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを発現しない場合に、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト以外の医薬を選択するためにキットを使用するためのものである。
【０３７９】
ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを受ける疾患又は障害を有する個体を同定するアッセイであって、個体からの試料中のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在を判定すること、及びＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの存在に基づいてＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストを推奨することを含むアッセイも本明細書で提供される。
【０３８０】
一緒に包装された、薬学的に許容される担体中のＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）、及びＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）が、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの発現に基づいて疾患又は障害を有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書を含む製品も本明細書で提供される。治療方法は、本明細書で開示した治療方法の何れかを含む。ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）を含む薬学的組成物、及び薬学的組成物が、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの発現に基づいて疾患又は障害を有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書をパッケージにおいて組み合わせることを含む、製品を製造する方法が更に提供される。
【０３８１】
製品は、容器、及び容器上に又は容器と結合したラベル又は添付文書を含む。適した容器は、例えば、ビン、バイアル、シリンジ等を含む。容器は、ガラス又はプラスチック等のいろいろな材料から形成されていてよい。容器は、活性薬剤として癌医薬を含む組成物を保持又は含有し、滅菌アクセスポートを有することができる（例えば容器は、静脈内溶液バッグ又は皮下注射針によって穿刺可能なストッパーを有するバイアルとすることができる）。
【０３８２】
製品は、静菌性の注射用水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液及びデキストローズ溶液等の薬学的に許容される希釈剤バッファーを含む第２の容器を更に含むことができる。製品は、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含めた、商業及びユーザー観点から望ましい他の材料を更に含むことができる。
【０３８３】
本発明の製品は、例えば添付文書の形である、組成物が本明細書のバイオマーカー（一又は複数）の発現レベルに基づいて癌を治療するのに使用されることを示す情報も含む。挿入物又はラベルは、紙又は磁気的に記録された媒体（例えば、フロッピーディスク）若しくはＣＤ−ＲＯＭ等の電子媒体上等の、任意の形をとることができる。ラベル又は挿入物は、キット又は製品における薬学的組成物及び投与形態に関する他の情報も含むことができる。
【０３８４】
本発明は、ＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）を含む薬学的組成物、及び薬学的組成物が、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの発現に基づいて癌（ＮＳＣＬＣ等）を有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書をパッケージにおいて組み合わせることを含む、製品を製造する方法にも関する。
【０３８５】
製品は、静菌性の注射用水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液、及び／又はデキストローズ溶液等の薬学的に許容される希釈剤バッファーを含む追加の容器を更に含むことができる。製品は、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含めた、商業及びユーザー観点から望ましい他の材料を更に含むことができる。
【実施例】
【０３８６】
以下は、方法及び組成物の例である。上で提供した一般的な説明を考慮すると、様々な他の実施態様を実行することができることが理解されよう。
【０３８７】
実施例に関する材料及び方法
試料：腫瘍試料又は癌細胞株のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）切片を分析した。
【０３８８】
免疫組織化学法（ＩＨＣ）：ホルマリン固定、パラフィン包埋組織切片を、抗原回復、ブロッキング及び一次抗ＰＤ−Ｌ１抗体でのインキュベーション前に、脱パラフィンした。二次抗体でのインキュベーション及び酵素発色後に、切片を対比染色し、カバースリッピングの前に、アルコール及びキシレンの連続で脱水した。
【０３８９】
以下のプロトコールを、ＩＨＣに関して使用した。Ｖｅｎｔａｎａ  Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ  ＸＴ又はＢｅｎｃｈｍａｒｋ  Ｕｌｔｒａシステムを使用して、以下の試薬及び材料を使用したＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ染色を行った。
一次抗体：抗ＰＤ−Ｌ１ウサギモノクローナル一次抗体
検体型：組織試料のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）切片及び変動する染色強度のコントロール細胞ペレット
手順種：ヒト
装置：ＢｅｎｃｈＭａｒｋ  ＸＴ又はＢｅｎｃｈｍａｒｋ  Ｕｌｔｒａ
エピトープ回復条件：細胞コンディショニング、スタンダード１（ＣＣ１、Ｖｅｎｔａｎａ、ｃａｔ＃９５０−１２４）
一次抗体条件：１／１００、３６℃で６．５μｇ／ｍｌ／１６分
希釈剤：抗体希釈バッファー（担体タンパク質及びＢｒｉｇ−３５を含有するトリス−バッファー生理食塩水）
ネガティブコントロール：６．５μｇ／ｍｌでのナイーブなウサギＩｇＧ（細胞シグナル伝達）又は希釈剤単独
検出：Ｏｐｔｉｖｉｅｗ又はＵｌｔｒａｖｉｅｗ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＤＡＢ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ）、及び増幅キット（適用可能な場合）を、製造者の説明書（Ｖｅｎｔａｎａ）に従って使用した。
対比染色：ＶｅｎｔａｎａヘマトキシリンＩＩ（ｃａｔ＃７９０−２２０８）／Ｂｌｕｉｎｇ試薬（Ｃａｔ＃７６０−２０３７）とともに（それぞれ、４分及び４分）
Ｂｅｎｃｈｍａｒｋプロトコールは、以下の通りであった：
１．パラフィン（選択された）
２．脱パラフィン（選択された）
３．細胞コンディショニング（選択された）
４．調節器＃１（選択された）
５．スタンダードＣＣ１（選択された）
６．Ａｂインキュベーション温度（選択された）
７．３６Ｃ  Ａｂ  Ｉｎｃ．（選択された）
８．滴定（選択された）
９．自動分注（一次抗体）、及び（１６分）間インキュベートする
１０．対比染色（選択された）
１１．１滴の（ヘマトキシリンＩＩ）（対比染色）を適用し、カバースリップを適用し、（４分）間インキュベートする
１２．対比染色後（選択された）
１３．１滴の（ＢＬＵＩＮＧ試薬）（対比染色後）を適用し、カバースリップを適用し、（４分）間インキュベートする
１４．石けん水でスライドを洗浄して、油を除去する
１５．水でスライドをすすぐ
１６．９５％エタノール、１００％エタノールからキシレンを通してスライドを脱水する（Ｌｅｉｃａ  ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒ  ｐｒｏｇｒａｍ＃９）
１７．カバースリップ。
【０３９０】
実施例１−ＩＨＣによってＰＤ−Ｌ１発現をスコアリングする
腫瘍検体におけるＰＤ−Ｌ１発現の存在又は不在を、ＩＨＣによって、ヒトホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織におけるＰＤ−Ｌ１を検出することができる抗ＰＤ−Ｌ１特異的抗体を使用して、査定した。腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１の相対発現を測定し、定量化するために、ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣスコアリングシステムを開発して、腫瘍細胞及び腫瘍浸潤免疫細胞におけるＰＤ−Ｌ１特異的シグナルを測定した。免疫細胞は、リンパ球及び／又はマクロファージ／組織球形態を有する細胞と定義される。
【０３９１】
腫瘍細胞染色は、任意の強度の膜染色を示す全ての腫瘍細胞のパーセントとして表現される。浸潤免疫細胞染色は、任意の強度の染色を示す免疫細胞によって占められた総腫瘍領域のパーセントと定義される。総腫瘍領域は、悪性細胞及び主な腫瘍塊に直接隣接しており、近接している免疫浸潤物の領域を含めた、腫瘍関連ストロマを包含する。更に、浸潤免疫細胞染色は、全ての腫瘍浸潤免疫細胞のパーセントと定義される。
【０３９２】
腫瘍組織におけるＰＤ−Ｌ１染色強度の広いダイナミックな範囲があった。細胞内局在にかかわらず、シグナルも、強い、中程度、弱い、又は陰性染色と分類した。
【０３９３】
図１に示すように、陰性シグナル強度は、ＨＥＫ−２９３細胞を使用して例示したように、任意の検出可能なシグナルの不在によって特徴を明らかにされる。対照的に、陽性シグナル強度は、組換えヒトＰＤ−Ｌ１でトランスフェクトされたＨＥＫ−２９３細胞を使用して例示したように、金から濃褐色の膜染色によって特徴を明らかにされる。最後に、陽性シグナル強度も、胎盤栄養芽細胞の染色及び扁桃陰窩の領域における、及びしばしば金から濃褐色染色によって特徴を明らかにされる膜パターンでの強い染色によって、例示される。腫瘍組織において、ＰＤ−Ｌ１陰性試料は、２０×対物レンズを使用して査定した場合、検出可能なシグナルを有さない又は弱い細胞質バックグラウンド染色のみを有するとして認定される。対照的に、ＰＤ−Ｌ１陽性試料は、腫瘍細胞及び／又は浸潤免疫細胞における主要な膜染色を実証する。ＰＤ−Ｌ１染色は、薄い、明るい茶色の膜を有する弱いから低い倍率で容易に認識される濃褐色の濃い膜を有する強いまでの可変強度で観察される。図２に例示したように、３つの代表的なＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍試料を示す：（Ａ）大部分の腫瘍細胞が、ＰＤ−Ｌ１に関して強く陽性であり、膜及び細胞質染色の組合せを示している、三種陰性乳癌（１００×倍率）；（Ｂ）それらのいくらかがＰＤ−Ｌ１に関する膜染色を有する、免疫細胞のクラスターが示されている、悪性メラノーマ；ＰＤ−Ｌ１に関する膜染色を有するまれな腫瘍細胞（矢印）（４００×倍率）；（Ｃ）ＰＤ−Ｌ１に関する強い染色を有する免疫細胞のクラスターが示されている、ＮＳＣＬＣ、腺癌；ＰＤ−Ｌ１に関する膜及び／又は細胞質染色を有するいくつかの腫瘍細胞（矢印）（４００×倍率）。
【０３９４】
陽性の場合における染色は、空間分布及び強度に関して限局的である傾向がある。任意の強度の染色を示している腫瘍又は免疫細胞の百分率を、視覚的に推定し、使用して、ＰＤ−Ｌ１状態を判定した。アイソタイプネガティブコントロールを使用して、試験試料中のバックグラウンドの存在を査定した。
【０３９５】
染色は、Ｈ＆Ｅに関する１つの連続的な組織切片、抗ＰＤ−Ｌ１に関する第２の連続的な組織切片、及びアイソタイプネガティブコントロールに関する第３の連続的な組織切片を必要とした。ＰＤ−Ｌ１−トランスフェクトＨＥＫ−２９３細胞株コントロール又は扁桃スライドを、ランコントロール及びアッセイ特異性に関する参照として使用した。
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【０３９６】
いくつかの場合において、ＰＤ−Ｌ１陽性状態は、腫瘍細胞、関連する腫瘍内、及び近接する腫瘍周囲の線維増生ストロマによって占められた腫瘍領域の最大５０％における腫瘍細胞又は腫瘍浸潤免疫細胞における任意の強度の識別可能なＰＤ−Ｌ１染色の存在を含むことができる。したがって、ＰＤ−Ｌ１陽性染色は、任意の強度の染色を示す腫瘍細胞又は腫瘍浸潤免疫細胞の５０％までもを含む。
【０３９７】
抗ＰＤ−Ｌ１で染色された査定可能なスライドを、上記のように査定した。陰性染色強度は、任意の検出可能なシグナルの不在又は薄灰色から青（褐色又は黄褐色ではなく）として特徴を明らかにされたシグナル及び膜増強の不在によって、特徴を明らかにされた。膜染色がない（例えば、不在である）場合、そのケースは陰性であった。
【０３９８】
実施例２−抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用した治療
フェーズＩ研究デザインは、（ａ）抗ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ試薬（ｂ）ＰＤ−Ｌ１  ｑＰＣＲ試薬によって測定されるＰＤ−Ｌ１遺伝子発現（ｃ）多重ｑＰＣＲ「免疫チップ」によって測定される免疫遺伝子サインによって評価されたＰＤ−Ｌ１腫瘍状態と、（ｉ）ＲＥＣＩＳＴ  １．１に基づく応答（ｉｉ）免疫関連応答基準（ｉｉｉ）ＰＦＳ（ｉｖ）ＯＳ（ｖ）完全寛解速度（ｖｉ）応答の耐久性（ｖｉｉ）６週でのＰＤによって測定されるＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の単剤療法阻害の臨床有益性の間の相関を特に査定した。拡大コホートにある患者に、ＰＤ−Ｌ１腫瘍状態の評価のための腫瘍組織を提供するように要求し、ＰＤ−Ｌ１腫瘍状態にかかわらず拡大コホートに登録するか、又はＰＤ−Ｌ１に関するＩＨＣアッセイによって測定されたＰＤ−Ｌ１腫瘍状態に基づいて患者を予め選択した拡大コホートに登録した。登録された腫瘍型は、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮及び非扁平上皮組織構造）、メラノーマ、ＲＣＣ、ＣＲＣ、胃癌、乳癌、ＳＣＣＨＮ、膵癌、膀胱癌及び血液悪性腫瘍を特に含んだ。追加的に、リンパ腫、骨髄腫、肉腫、卵巣癌、前立腺癌、食道癌、小細胞肺癌、菌状息肉症、メルケル細胞癌、子宮頸癌、ＨＰＶ又はＥＢＶ＋ＳＣＣＨＮ、及び胸腺癌を有する患者も、登録した。
【０３９９】
ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の単剤療法阻害からの臨床有益性とベースラインＰＤ−Ｌ１腫瘍状態の相関を評価することに加えて、研究は、（ａ）アーカイブ腫瘍試料対新鮮な又は最近の腫瘍生検試料中のＰＤ−Ｌ１状態を測定すること、（ｂ）抗ＣＤ８  ＩＨＣ試薬を有する腫瘍におけるＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤を査定すること、（ｃ）種々の細胞型％におけるＰＤ−Ｌ１染色、染色のコンパートメント又は強度を査定すること、（ｄ）ＰＤ−Ｌ１又はＣＤ８の腫瘍周囲対腫瘍内染色のインパクト、（ｅ）ＰＤ−Ｌ１染色の増幅のインパクト、（ｆ）ｑＰＣＲ又は免疫チップ評価の前の腫瘍のマクロダイセクションのインパクト、（ｇ）ＰＤ−Ｌ１状態評価及び有益性との相関への組織試料年齢及び固定化のインパクト、（ｈ）上記の腫瘍特徴付け方法を使用して臨床有益性又は毒性を評価するためのオン治療腫瘍生検の値、（ｉ）オン治療有益性を評価するための又は患者選択のためのＦＤＧ  ＰＥＴイメージング及びＣＴコントラスト強調の値、（ｊ）上記の治療に関する有益性を予測することにおける腫瘍突然変異性／癌遺伝子状態（例えば、ＫＲＡＳ、ｂＲＡＦ、ＰＩ３Ｋ経路突然変異状態、メチオニン状態、Ｈｅｒ２ｎｅｕ状態、ＰＴＥＮ状態）の値、（ｋ）ＣＴＣ数及びＰＤ−Ｌ１特徴付け、（ｌ）循環性細胞型、サブセット及び数、（ｍ）循環性血漿／血清バイオマーカー、（ｎ）人種差、（ｏ）喫煙状態、（ｐ）ＦｃｇＲＩＩＩ多型状態、（ｑ）免疫関連多型状態の有益性も査定した。
【０４００】
研究デザイン。この研究は、固形及び液性腫瘍における抗ＰＤ−Ｌ１抗体（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路阻害による治療の予備活性及び安全性を査定するように設計されているフェーズＩ多施設治験であった。２５０人を超える患者を、１７を超える多国籍の部位にわたって登録した。疾患の進行、患者の臨床状態に依存した容認できない毒性まで、ＭＰＤＬ３２８０Ａによる治療を続けた（すなわち、それらがそれらのＥＣＯＧ  ＰＳを維持し、調査者によって評価される臨床有益性に関する潜在力がある場合、疾患進行の証拠を有する患者には、研究治療を続けておいた）。この研究からのデータの中間分析を、２０１２年７月１日より前に登録された患者を含めた、研究に登録された患者に関して（ｎ＝１２２）、研究の開始後、２０１３年１月１０日を含めた複数の時に行った。このデータは、研究において、その腫瘍がより低いレベルのＰＤ−Ｌ１を発現した患者は、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路阻害から最小の有益性を引き出したが、腫瘍免疫浸潤細胞において特に測定される、それらの腫瘍におけるより高いレベルのＰＤ−Ｌ１を有した患者は、耐久性のある応答によって測定される有益性の大部分を引き出したことを示唆している。
【０４０１】
研究中、腫瘍測定値及び生存状態に関するデータを、ＰＦＳ、全生存（ＯＳ）及び全奏効率（ＯＲＲ）及び上記で注目した他の測定値の査定のために収集した。ＣＴスキャンを、ベースラインで及び約６週間毎に得た。一部の患者におけるイメージングは、ＦＤＧ−ＰＥＴイメージングを含んだ。血液バイオマーカーを、ベースラインで、並びに血液に基づく及び細胞サブセットに基づくバイオマーカーに関する研究において評価した。臨床成績とこれら及び他の腫瘍バイオマーカーの相関を示すことは、予測的バイオマーカー、例えば、薬物活性又は療法に対する応答を反映することができる循環しているマーカーを同定するのを補助することになる。血清及び血漿のための血液を、前もって指定した時に同意している患者から採取し、これらの探索性マーカーのレベルに関して査定した。
【０４０２】
実施例３−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体からの試料のＩＨＣによるスコアリングは、ＰＤ−Ｌ１発現と治療に対する応答の間の相関を示す
図３Ａに例示したように、腫瘍試料を、抗ＰＤ−Ｌ１抗体ＭＰＤＬ３２８０Ａで治療したフェーズＩ患者からのＰＤ−Ｌ１発現に関して分析した。データセットは、２０１２年７月１日より前に登録された患者を含む。腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１状態に関する染色を、上記のＩＨＣプロトコールを使用して行った。
【０４０３】
予備結果は、腫瘍浸潤細胞（ＩＣ）におけるＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する患者の臨床応答の間の相関があることを示している。特に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する部分寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を示した患者は、ＩＨＣによって検出された、腫瘍試料領域内のＰＤ−Ｌ１発現腫瘍浸潤細胞の染色と相関した。腫瘍試料領域は、悪性細胞、及び主な腫瘍塊に直接隣接しており、近接している免疫浸潤物の領域を含めた、腫瘍関連ストロマを包含する。対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する臨床応答を示さなかった患者の腫瘍（例えば、進行性疾患（ＰＤ）を示している）は、腫瘍試料領域内の腫瘍浸潤免疫細胞におけるより低いＰＤ−Ｌ１発現を示した。ｐ＜０．０００１。
【０４０４】
抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する患者の臨床応答と総免疫細胞内のＰＤ−Ｌ１発現腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）の染色の間の相関も観察された。図３Ｂに示したように、抗ＰＤ−Ｌ１治療による治療に対する応答性を示した患者は、腫瘍試料内の総免疫浸潤物内のＰＤ−Ｌ１発現腫瘍浸潤細胞の染色と相関した。腫瘍試料内の免疫浸潤物の総数を、Ｈ＆Ｅ染色によって判定した。抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する部分寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を示した患者は、総免疫浸潤物内のＰＤ−Ｌ１発現腫瘍浸潤細胞の染色と相関した。対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する臨床応答を示さなかった患者の腫瘍（例えば、進行性疾患（ＰＤ）を示している）は、腫瘍試料領域内の腫瘍浸潤免疫細胞におけるより低いＰＤ−Ｌ１発現を示した。ｐ＜０．０００５。
【０４０５】
予備データは、ＰＤ−Ｌ１腫瘍状態が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に応答する可能性がより高い患者を同定するための予測的マーカーであり得ることを示唆している。これまで観察された最初の臨床有益性は、ＰＲ及び／又はＣＲを含むが、持続的監視は、応答の耐久性、ＰＦＳ、全生存（ＯＳ）及び全奏効率（ＯＲＲ）の査定を含めた追加の有益性を反映し得る。この予備データは、腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）上の発現を含めた、腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１発現が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測することができるという支持を提供している。データは、ＰＤ−Ｌ１腫瘍状態が、患者が抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療の有益性を示す可能性を判定することができることを更に支持している。
【０４０６】
実施例４−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体からの試料のｑＰＣＲによるスコアリングは、ＰＤ−Ｌ１発現と治療に対する応答の間の相関を示す
ＰＤ−Ｌ１遺伝子発現状態が、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する患者応答と相関を示したかどうかを査定するために、腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１の遺伝子発現レベルをｑＰＣＲによって判定した。フェーズ１患者からの組織をマクロダイセクションして、腫瘍含有量に関して濃縮した。ＲＮＡを、ＦＦＰＥ切片から単離し、ＰＤ−Ｌ１遺伝子発現を、ＰＣＲに基づく手法（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を使用して測定した。ＰＤ−Ｌ１発現をハウスキーピング遺伝子（ＧｕｓＢ）に基準化した。
【０４０７】
ＦＦＰＥ  ＲＮＡ単離
ＦＦＰＥ腫瘍検体からのＨ＆Ｅ側を、組織診断及び腫瘍含有量評価に関して、病理学者によって検証した。全体的な腫瘍含有量が７０−７５％未満である場合、ＲＮＡを、マクロダイセクションした組織から単離して、腫瘍含有量に関して濃縮した。
【０４０８】
ＦＦＰＥ組織切片を、組織溶解物を調製する前に、Ｅｎｖｉｒｅｎｅ試薬（Ｈａｒｄｙ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｓａｎｔａ  Ｍａｒｉａ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して脱パラフィンした。ＲＮＡ単離を、ＬＣペルツズマブＦＦＰＥＴ  ＲＮＡキット（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ｐａｒｔ  ＃０６４７４  ９６９  ００１）を使用して行った。ＲＮＡ濃度及び２６０／２８０比を、ＮａｎｏＤｒｏｐ（登録商標）ＮＤ−２０００／８０００ＵＶ−Ｖｉｓ分光光度計によって判定した。各試料に関して、２０ｎｇ−２００ｎｇ  ＲＮＡ（体積で２μＬ）を、ＢｉｏＭａｒｋリアルタイムＰＣＲプラットフォーム（Ｉｍｍｕｎｅ  Ｆｌｕｉｄｉｇｍパネル）を使用した、遺伝子発現分析に使用した。１１０ｎｇ−１１５ｎｇ  ＲＮＡを、ＰＤＬ１  ｑＰＣＲアッセイに使用した。
【０４０９】
ＰＤ−Ｌ１  ｑＰＣＲアッセイ
ＰＤ−Ｌ１  ｑＰＣＲを、Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ（ＲＭＳ）によって開発されたＰＤＬ１  ｍＲＮＡ  ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを使用して行った。ＰＤＬ１及び参照遺伝子（ＧｕｓＢ又はＴＭＥＭ５５Ｂ）ｍＲＮＡを、ＲＭＳによって提供された反応混合物及びＯｌｉｇｏ  Ｍｉｘを使用し、製造者の説明書に従って、逆転写し、増幅し、検出した。熱サイクル条件は、以下の通りであった：５０℃で５分間の１サイクル、９５℃で１分間の１サイクル、６１℃で３０分間の１サイクル、次いで９５℃で１５秒間及び６１℃で３０秒間の２サイクル、次いで９２℃で１５秒間及び６１℃で３０秒間の５３サイクル、その後４０℃で３０秒間及び２５℃で１０秒間の１サイクル。反応を、Ｃｏｂａｓ  ｚ４８０  Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）において行った。ＰＤ−Ｌ１発現レベルを、デルタＣｔ（ｄＣｔ）方法を以下のように使用して判定した：Ｃｔ（ＰＤ−Ｌ１）−Ｃｔ（参照遺伝子）。データセットは、２０１２年１１月１日より前に入手可能であった試料を有する患者を含む。
【０４１０】
図４に例示したように、予備結果は、腫瘍試料中の上昇したＰＤ−Ｌ１遺伝子発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する患者の臨床応答の間に相関があることを示している。抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する部分寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を示した患者は、腫瘍試料内のＰＤ−Ｌ１遺伝子発現と相関した。対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する臨床応答を示さなかった患者の腫瘍（例えば、進行性疾患（ＰＤ）を示している）は、腫瘍試料内のより低いＰＤ−Ｌ１遺伝子発現を示した。ｐ＝０．００３７。
【０４１１】
この予備データは、ＰＤ−Ｌ１腫瘍遺伝子発現状態が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測するための有用なバイオマーカーであり得ることを示唆している。ＰＤ−Ｌ１腫瘍遺伝子発現プロファイルは、腫瘍細胞、腫瘍浸潤細胞又は両方の組合せに由来し得る。
【０４１２】
実施例５−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体からの試料のｑＰＣＲによるスコアリングは、ＰＤ−１発現と治療に対する応答の間の相関を示す
腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１遺伝子発現と患者臨床応答の間に観察された相関に加えて、ＰＤ−１遺伝子発現状態も、臨床応答と相関することが示された。図５に示したように、腫瘍試料中のＰＤ−１遺伝子発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する患者の臨床応答の間の相関が観察された。抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する部分寛解（ＰＲ）を示した患者は、腫瘍試料内のＰＤ−１遺伝子発現と相関した。対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する臨床応答を示さなかった患者（例えば、ＰＤ）とＰＤ−１遺伝子発現状態のより少ない相関があった。ｐ＝０．０２０６。データセットは、２０１２年１１月１日より前に入手可能であった試料を有する患者を含む。
【０４１３】
この予備データは、ＰＤ−１腫瘍状態が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に応答する可能性がより高い患者を同定するための別の予測的マーカーであり得ることを示唆している。腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）、腫瘍細胞又は２つの組合せにおける発現を含めた、腫瘍試料中のＰＤ−１遺伝子発現は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測することができる。
【０４１４】
この予備データは、ＰＤ−１腫瘍状態が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に応答する可能性がより高い患者を同定するための別の予測的マーカーであり得ることを示唆している。腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）、腫瘍細胞又は２つの組合せにおける発現を含めた、腫瘍試料中のＰＤ−１遺伝子発現は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測することができる。
【０４１５】
実施例６−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体からの試料の腫瘍免疫遺伝子サインは、治療に対する応答との相関を示す
いくつかの免疫遺伝子サインと抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する患者の応答の間に相関があるかどうかを判定するために、以下のプロトコールを行った。
【０４１６】
Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析
遺伝子発現分析を、ＢｉｏＭａｒｋリアルタイムＰＣＲプラットフォーム（Ｉｍｍｕｎｅ  Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を使用して行った。２μｌの総ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写し、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ／Ｐｌａｔｉｎｕｍ  Ｔａｑ及び２×反応混合物（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、単一反応でプレ増幅した。９６Ｔａｑｍａｎプライマー／プローブセットを、０．２×Ｔａｑｍａｎアッセイ濃度の最終希釈でのプレ増幅反応に含んだ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）。熱サイクル条件は、以下の通りであった：５０℃で１５分間の１サイクル、７０℃で２分間の１サイクル、次いで９５℃で１５秒間及び６０℃で４分間の１８サイクル。
【０４１７】
プレ増幅したｃＤＮＡを、１．９４倍に希釈し、次いで製造者の説明書に従って、Ｂｉｏｍａｒｋ  ＢＭＫ−Ｍ−９６．９６プラットフォーム（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）上でＴａｑｍａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  ＭａｓｔｅｒＭｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、増幅した。全ての試料を、３重でアッセイした。発現パネルにおける全てのＴａｑｍａｎアッセイは、ＦＡＭ−ＭＧＢであり、５つの参照遺伝子、ＧｕｓＢ、ＳＤＨＡ、ＳＰ２、ＴＭＥＭ５５Ｂ及びＶＰＳ−３３Ｂを含めて、オーダーメイド又は特注設計でＬｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓを通して注文した。参照遺伝子に関するＣｔ値の中央値を、各試料に関して計算し、発現レベルを、デルタＣｔ（ｄＣｔ）方法を以下のように使用して判定した：Ｃｔ（標的遺伝子）−Ｃｔ中央値（参照遺伝子）。代わりに、示された場合はいつでも、発現レベルを、各標的遺伝子のＣｔ値を全ての遺伝子のＣｔ中央値に基準化した後、判定した。
【０４１８】
図６に例示したように、いくつかの免疫遺伝子サインと抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する患者の応答の間に相関がある。結果は、いくつかの免疫遺伝子の発現が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する患者応答と相関していたことを示している。例えば、ＩＦＮ−ｇ、ＣＤ８Ａ、ＥＯＭＥＳ、グランザイムＡ及びＣＸＣＬ９を含めたＴ細胞活性化免疫遺伝子は、抗ＰＤ−Ｌ１による治療に対する患者部分寛解と相関することが見出された。データセットは、２０１２年１１月１日より前に入手可能であった試料を有する患者を含む。
【０４１９】
この予備データは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療を使用したＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に応答する可能性がより高い患者を同定するのに役立ち得る追加の予測的バイオマーカーが同定されたことを示唆している。免疫遺伝子サインは、ＩＦＮ−ｇ、ＣＤ８Ａ、ＥＯＭＥＳ、グランザイムＡ及びＣＸＣＬ９を含むがこれらに限定されず、免疫細胞活性化と関連している。
【０４２０】
実施例７−ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２発現と抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対する応答の相関
抗ＰＤ−Ｌ１抗体等のＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストで治療した局所進行性又は転移性腫瘍を有する患者の臨床活性、安全性及びバイオマーカー。
【０４２１】
ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２は、Ｔｈ１及びＴｈ２免疫応答を調節することが報告されている。腫瘍発現ＰＤ−Ｌ１は、活性化Ｔ細胞上のＰＤ−１又はＢ７．１に結合している場合、癌免疫回避を媒介することができる。その受容体へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害することは、腫瘍特異的Ｔ細胞免疫を回復するための魅力的な戦略となる。しかしながら、腫瘍微小環境において発現されたＰＤ−Ｌ２は、ＰＤ−１を発現しているＴ細胞にも結合することができ、それらの機能の勢いを弱める。ＭＰＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体）、有効性及び安全性を最適化するためのＴｈ１駆動応答を促進するように設計された操作されたＦｃドメインを含有するヒトモノクローナル抗体を、フェーズＩ結果とともに本明細書で記載する。
【０４２２】
材料及び方法：研究を、３＋３用量増大及び拡大コホートを含めた、局所進行性又は転移性固形腫瘍を有する患者において、ＭＰＤＬ３２８０Ａ投与ＩＶ  ｑ３ｗで行った。ＯＲＲは、ＲＥＣＩＳＴ  ｖ１．１によって評価し、ｕ／ｃＣＲ及びｕ／ｃＰＲを含む。ＰＤ−Ｌ１を、アーカイブ腫瘍検体におけるＩＨＣ（陽性対陰性）によって測定し、ＰＤ−Ｌ２を、ｑＰＣＲ（高対低）によって測定した。
【０４２３】
結果：２０１３年２月１日時点で、１７１人の患者が安全性に関して査定可能であった。投与された用量は、≦１（ｎ＝９）、３（ｎ＝３）、１０（ｎ＝３５）、１５（ｎ＝５７）及び２０ｍｇ／ｋｇ（ｎ＝６７）を含む。用量増大コホートにおける患者は、用量制限毒性（ＤＬＴ）を経験しなかった。最大耐用量（ＭＴＤ）は、同定されなかった。患者に、１４７日の期間中央値（１−４５０の範囲）の間、ＭＰＤＬ３２８０Ａを与えた。４１％の患者は、属性にかかわらず、Ｇ３／４ＡＥを報告した。急性間質性肺炎は観察されなかった。２０１２年７月１日より前に登録された１２２人の患者が、有効性に関して査定可能であった。ＲＥＣＩＳＴ応答が、ＮＳＣＬＣ（９／３７）、ＲＣＣ（５／３９）、メラノーマ（９／３５）、ＣＲＣ（１／４）及び胃癌（１／１）を含めた複数の腫瘍型において観察された。２１％（２５／１２２）のＯＲＲが、１＋から２５３＋日の奏功期間範囲で非選択固形腫瘍において観察された。他の患者は、明白なＸ線検査進行後、遅延応答を有した（ＯＲＲに含まれていない）。２４週ＰＦＳは、４２％であった。９４人の患者は、ＰＤ−Ｌ１状態に関して査定可能な腫瘍を有し、８１人の患者は、ＰＤ−Ｌ２に関して査定可能な腫瘍を有した。ＰＤ−Ｌ２発現中央値は、ＰＤ−Ｌ１陰性腫瘍に対してＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍において、〜２×高かった。ＯＲＲは、ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍を有する患者に関して３９％（１３／３３）であり、これに対して、ＰＤ−Ｌ１陰性腫瘍を有する患者に関して１３％（８／６１）であった。ＰＤ−Ｌ２高腫瘍を有する患者は、２７％（１１／４１）のＯＲＲを示し、これに対して、ＰＤ−Ｌ２低腫瘍を有する患者は、１３％（５／４０）を示した。
【０４２４】
ＭＰＤＬ３２８０Ａは、間質性肺炎関連死なく、良好な耐容性を示した。耐久性のある応答が、いろいろな腫瘍において観察された。ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２腫瘍状態は、ＭＰＤＬ３２８０Ａに対する応答と相関するように見える。この予備データは、腫瘍細胞、腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）上の、及び／又は間質細胞等の腫瘍微小環境内の及びそれらの任意の組合せでの発現を含めた、腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２発現が、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測することができるという追加の支持を提供している。データは、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２腫瘍状態が、患者が抗ＰＤ−Ｌ１抗体等のＰＤ−Ｌ１軸結合性アンタゴニストによる治療の有益性を示すことになる可能性を判定することができることを更に支持している。
【０４２５】
実施例８−抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療は、治療に応答するＰＤ−Ｌ１＋患者におけるＴ細胞活性化の増加につながる
抗ＰＤ−Ｌ１抗体に応答する患者への臨床有益性を評価するためのオン治療腫瘍生検及び治療効率と関連している薬力学的（ＰＤ）バイオマーカーの同定の価値を査定した。
【０４２６】
図７に例示したように、進行中のフェーズＩ研究からの抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した患者からの連続的なプレ／オン治療腫瘍生検材料を評価した。メラノーマ、ＲＣＣ、ＮＳＣＬＣ、Ｈ＆Ｎ、ＣＲＣ、胃、及び乳癌を含めた様々な徴候を患う、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した患者（ｎ＝２６）からの対ベースライン（プレ治療又はアーカイブ腫瘍組織を含む）及びオン治療腫瘍生検材料を、抗ＣＤ８  ＩＨＣ試薬及び遺伝子発現分析を通した薬力学的バイオマーカーを使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤に関して分析した。
【０４２７】
図８（ａ）に例示したように、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤の増加は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者からの腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１発現の増加と関連していた。ベースライン条件下で、Ｔ細胞及びＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞は、共存することができ、限局的ＰＤ−Ｌ１発現は、癌細胞と免疫細胞間の接触面を表し得る（抗腫瘍Ｔ細胞攻撃は、腫瘍又は免疫細胞ＰＤ−Ｌ１発現によって制御され得る）。抗ＰＤ−Ｌ１抗体でのサイクル１デイ１（Ｃ１Ｄ１）治療後４週で、高密度なリンパ球浸潤、特にＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤とともに、腫瘍試料内のＰＤ−Ｌ１発現の増加が検出された。ＣＤ８＋Ｔ細胞のこの増加は、腫瘍細胞のＴ細胞媒介死滅につながり得、これは次にＴ細胞増殖及び活性化につながり得る。かかる活性化Ｔ細胞は、ＩＦＮ−ｇを遊離することができ、隣接する腫瘍細胞及び／又は免疫細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現を誘導することもできる。
【０４２８】
図８（ｂ）に例示したように、いくつかのＴ細胞活性化マーカーは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者において増加することが見出された。グランザイムＡ、パーフォリン、ＩＦＮ−ｇ、ＴＮＦａ及びＣＤ８を含めたＴ細胞活性化マーカーの遺伝子発現レベルは、プレ治療ベースラインレベルと比較して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者において抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療後に増加することが見出された。
【０４２９】
このデータは、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤の増加が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者からの腫瘍試料中のＰＤＬ−１発現の増加と相関したことを示唆している。更に、グランザイムＡ、パーフォリン、ＩＦＮ−ｇ、ＴＮＦａ及びＣＤ８を含むがこれらに限定されないいくつかのＴ細胞活性化マーカーの発現が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者からの腫瘍試料中で増加することが見出された。これらのマーカーは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用することを含むＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する療法の臨床有益性及び有効性を評価するための有用な薬力学的バイオマーカーであり得る。
【０４３０】
実施例９−ＰＤ−Ｌ１発現の適応性の増加は、治療に応答する患者において顕著である
抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者からの腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤及びＴ細胞活性化マーカーの発現の増加に加えて、腫瘍ＰＤ−Ｌ１発現の増加も、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者において観察された。
【０４３１】
図９に例示したように、対腫瘍生検材料における抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対する応答の概要を示す。抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者における標的病変（ＳＬＤ）の最も長い直径の和の＞３０％減少があった全ての例（４／４患者；１００％）において、ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣによって測定される腫瘍ＰＤ−Ｌ１発現の増加もあった。抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者におけるＳＬＤの０−３０％減少でさえも、３３％の患者（２／６患者）が、治療後の腫瘍ＰＤ−Ｌ１発現の増加を示した。
【０４３２】
対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答せず、ＳＬＤの０−２０％増加を示した患者において、１／１０患者のみが、腫瘍ＰＤ−Ｌ１発現の増加を示した。更に、ＳＬＤの＞２０％増加を示した患者に関して、誰も（０／４患者）、腫瘍ＰＤ−Ｌ１発現の任意の測定可能な増加を示さなかった。
【０４３３】
この予備データは、腫瘍におけるＰＤ−Ｌ１発現が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者において増加し得、かかる増加が、腫瘍を攻撃する局所的な腫瘍浸潤白血球（ＴＩＬ）の指標である、薬力学的バイオマーカーとして、及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用することを含むＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する療法の臨床有益性及び有効性を評価するためのマーカーとしても役立ち得る適応性の増加であり得ることを示唆している。
【０４３４】
実施例１０−抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療は、血液中の活性化Ｔ細胞の発生頻度の増加につながる
血液中の抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療の薬力学的（ＰＤ）バイオマーカーの同定も査定した。
【０４３５】
フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）分析：
全血を、ヘパリンナトリウム（ＮａＨｅｐ）血液採取管において採取した。血液を、採取管をゆっくりと反転することによって混合した。細胞を、適切な抗体組合せで染色し、暗所で室温で３０分間インキュベートした。インキュベーション後、ＦＡＣＳＬｙｓｅを全ての管に加えた。管を、ボルテックスし、暗所で室温で１０分間インキュベートした。細胞を、１％ＢＳＡを有するＰＢＳで洗浄した。洗浄後、ＦＡＣＳＰｅｒｍ２を全ての管に加え、暗所で室温で１０分間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を、１％ＢＳＡを有するＰＢＳで洗浄し、適用可能な場合、抗体でインキュベートした。インキュベーション後、細胞を、１％ＢＳＡを有するＰＢＳで洗浄し、１％パラホルムアルデヒドに再懸濁した。管を、ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩフローサイトメーター上でそれらが獲得されるまで、２−８℃で保管した。
【０４３６】
図１０（ａ）に例示したように、ＣＤ８＋／Ｋｉ６７＋として同定される、血液中の増殖性Ｔ細胞は、Ｃ１Ｄ１（サイクル１、１日目）と比較して、Ｃ２Ｄ１（サイクル２、１日目）での〜２倍の増加で、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療の過程中に増加する。更に、図１０（ｂ）に例示したように、ＣＤ８＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋／Ｋｉ６７＋として同定される、血液中でも活性化される増殖性Ｔ細胞は、抗ＰＤ−Ｌ１治療の過程中に増加し、Ｃ２Ｄ１でより高頻度である（〜２倍の増加）。
【０４３７】
この予備データは、血液中の活性化Ｔ細胞増殖が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療の過程中に増加し得、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用することを含むＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する療法の薬力学的バイオマーカーとして役立ち得ることを示唆している。
【０４３８】
実施例１１−血漿中のＩＬ−６発現の低下は、治療に応答する患者と関連し得る
血漿中の抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療の薬力学的（ＰＤ）バイオマーカーの同定も査定した。
【０４３９】
血漿分析
血液を、ヘパリンナトリウム採取管中に採取した。管を、採取管をゆっくりと反転することによって徹底的に混合した。その後、採取管を、最低１５００−２０００×ｇで１５分間、冷却遠心機で遠心分離した。血漿を、ポリプロピレンクライオバイアルに移し、分析まで凍結保存した。血漿を、製造者の推奨に従って、改変ＥＬＩＳＡを使用して、ＩＬ−６及び他のサイトカインに関して分析した。
【０４４０】
図１１に例示したように、血漿中のＩＬ−６レベルの低下は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者と関連していた。特に、治療の過程にわたって有利なＰＲ／ＣＲ応答（部分寛解／完全寛解）を示した患者は、ＩＬ−６レベルの測定可能な低下も示した。
【０４４１】
対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療が有益でなかった患者は、治療の過程にわたる血漿中のＩＬ−６レベルの増加と関連していた。図１１に例示したように、治療の過程にわたってＰＤ応答（進行性疾患）を示した患者は、ＩＬ−６レベルの測定可能な増加を示した。
【０４４２】
この予備データは、血漿中のＩＬ−６レベルが、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用することを含むＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する療法の臨床有益性及び有効性を評価するための薬力学的バイオマーカーとして役立ち得ることを示唆している。
【０４４３】
実施例１２−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体からの試料中の腫瘍免疫遺伝子発現は、治療に対する応答との相関を示す
追加の免疫遺伝子サイン及びプロトコールによる治療に対する患者の応答性を更に査定するために、遺伝子発現分析を、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析を使用して、実施例６に前述したように行った。
【０４４４】
図１２に例示したように、いくつかの追加の免疫関連遺伝子と抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する患者の応答の間に相関がある。特に、ＣＴＬＡ４及びＣＤ４５ＲＯの遺伝子発現レベルは、進行性疾患（ＰＤ）を有する患者と比較して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療後に部分寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を示した患者においてより高いことが観察された。図１２は、ＣＸ３ＣＬ１（ケモカイン）、ＬＧＬＳ９（Ｇａｌｅｃｔｉｎ−９）、ＭＩＣ−Ａ及びＭＩＣ−Ｂの遺伝子発現レベルが、ＰＤ．ＨＫ．を有する患者と比較して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に応答する患者（ＰＲ／ＣＲ）においてより低いことが観察されたことも例示している。このデータは、以下の癌徴候：メラノーマ、ＲＣＣ、ＮＳＣＬＣ、ＣＲＣ、胃癌、膀胱癌、卵巣癌、乳癌、頭頚部癌、膵癌、肉腫、食道癌、ＳＣＬＣ、多発性骨髄腫、ＮＨＬ、及び子宮内膜癌を患う患者から採取した試料からのプールされた遺伝子発現レベルを表している。
【０４４５】
興味深いことに、いくつかの免疫関連遺伝子は、疾患徴候に依存して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する患者の応答と種々の相関パターンを示す。図１３に例示したように、ＩＤＯ１（インドールアミン−ピロール２，３−ジオキシゲナーゼ）の遺伝子発現レベルは、進行性疾患（ＰＤ）を有する患者と比較して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療後に部分寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を示したメラノーマ患者においてより高かった。しかしながら、ＮＳＣＬＣ患者において、ＩＤＯ１の遺伝子発現レベルは、ＰＤを有する患者と比較して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療後にＰＲ又はＣＲを示した患者においてより低かった。したがって、これらのバイオマーカーが、疾患徴候に依存して、異なる相関プロファイルを示し得ることがあり得る。
【０４４６】
これらの結果は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用すること等の、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に応答する可能性がより高い患者を同定するのに役立ち得る追加の予測的バイオマーカーが同定されたことを示唆している。
【０４４７】
実施例１３−血液中の循環性Ｔ細胞上のＰＤ−Ｌ１発現は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する応答と相関する
循環性Ｔ細胞上のＰＤ−Ｌ１発現が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療に対する患者応答と相関したかどうかを査定するために、血液試料を、治療の前６０日以内に採取し、ＦＡＣｓ解析を行って、試料中のＴ細胞上のＰＤ−Ｌ１発現のレベルを判定した。
【０４４８】
簡潔に述べると、プレ治療患者からの血液試料を、抗凝固薬（例えばヘパリンナトリウム、ＥＤＴＡ、又はクエン酸塩）を含有する管に採取した。採取した血液を、少なくとも３回、採取管をゆっくりと反転することによって、徹底的に採取管において混合した。約１００μＬの抗凝固処理された全血を、適切に標識された試験管中にピペットで移した。血液を、以下の一次抗体で染色し、暗所で室温で３０分間インキュベートした：抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ８抗体及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体。一次抗体染色後、次いで赤血球を、例えば塩化アンモニウム溶解溶液を使用して溶解し、次いで細胞を、１％ＢＳＡを有する２ｍＬ  ＰＢＳで洗浄した。次いで血液細胞を、暗所で室温で２０分間、二次抗体又は適切な量のストレプトアビジン（色素）（ビオチン化された一次抗体を使用した場合）で染色した。次いで細胞を、１％ＢＳＡを含有するＰＢＳで再び洗浄し、１％パラホルムアルデヒドに再懸濁し、フローサイトメーター上でそれらが獲得されるまで、２−８℃で保管した。
【０４４９】
図１４に示したように、循環性Ｔ細胞（ＣＤ３＋／ＣＤ８＋）上の上昇したＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する患者の臨床応答の間に相関がある。抗ＰＤ−Ｌ１治療後に部分寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を示した患者は、それらの循環性Ｔ細胞上のＰＤ−Ｌ１発現の上昇したレベルと相関した。対照的に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する臨床応答を示さなかった患者（例えば、進行性疾患（ＰＤ）を有する）は、それらの循環性Ｔ細胞上のより低いＰＤ−Ｌ１発現を示した。
【０４５０】
これらの結果は、循環性Ｔ細胞上のＰＤ−Ｌ１発現が、例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用した、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測するための価値のある有用なバイオマーカーであり得ることを示唆している。
【０４５１】
実施例１４−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体及び診断上の選択された個体における治療に対する応答との相関のフェーズ１ａ研究
研究ＰＣＤ４９８９ｇは、３週毎に静脈内注入によって投与される抗ＰＤ−Ｌ１抗体（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）の安全性及び忍容性を査定するための、進行型固形腫瘍及び血液悪性腫瘍を有する患者における進行中のフェーズＩａ治験である。研究は、ＮＳＣＬＣ患者の大きいコホートを含有する（最低６ヶ月の追跡調査を有する５３を含めて、ｎ＝７９）。
【０４５２】
研究ＰＣＤ４９８９ｇからのこれらの予備結果は、腫瘍浸潤免疫細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現が、ＭＰＤＬ３２８０Ａに対する応答と関連していることを示唆している。ＮＳＣＬＣにおけるＰＤ−Ｌ１陽性は、腫瘍細胞、関連する腫瘍内、及び近接する腫瘍周囲の線維増生ストロマによって占められた腫瘍領域の≧５％をカバーする腫瘍浸潤免疫細胞における任意の強度の識別可能なＰＤ−Ｌ１染色と定義される。ＮＳＣＬＣにおけるＰＤ−Ｌ１診断評価に関する提案された基準を、以下に提供する：
2019060883.tif 000006
【０４５３】
２０１３年４月３０日のデータカットオフ時点で、最低６ヶ月の追跡調査を有し、２０１２年１０月１日より前に投薬した、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣを有する５３人の患者がいた。この群の年齢中央値は、６２歳（２４−８４歳の範囲）であり、この群は、重度にプレ治療した患者集団を代表した：８４．９％が、≧２の事前の全身療法を有し、５２．８％が、≧４の事前の全身療法を有した。著しい応答が、複数の全身療法に失敗したかつ／又は治療の開始前に症候性であった患者におけるものを含めて、ＮＳＣＬＣにおいて観察された。応答への時間中央値は、１１．７週であり、約９０％の応答が２４週（６ヶ月）までに観察された。最低６ヶ月の追跡調査を有する全てのＮＳＣＬＣ患者における客観的奏効率（ＯＲＲ）は、２２．６％（９５％ＣＩ：１２．３％−３５．１％）である。
【０４５４】
腫瘍浸潤免疫細胞のＰＤ−Ｌ１陽性は、ＭＰＤＬ３２８０Ａで治療したＮＳＣＬＣ患者におけるより高い応答を予測するように見えた。≧５％のＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＨＣ  ２／３）を有するＮＳＣＬＣ患者は、ＩＨＣ  ０／１の診断プロファイルを有する患者における１８．２％（９５％ＣＩ：８．２％−３３．８％）と比較して、４６．２％のＯＲＲ（９５％ＣＩ：２２．４％−７４．０％）を有した。≧１０％のＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＨＣ３）のより高い診断閾値を使用した場合、ＰＤ−Ｌ１陽性患者は、ＩＨＣ  ０／１の診断プロファイルを有する患者における１７．５％（９５％ＣＩ：７．８％−３１．５％）と比較して、８３．３％（９５％ＣＩ：４０．２％−９９．１％）のＯＲＲを有した。予備経験は、ＩＨＣ  ２／３の診断カットオフが、ＭＰＤＬ３２８０Ａで治療したＮＳＣＬＣ患者に関する重要な臨床有益性と関連していることを示している。応答した患者は、全てのＮＳＣＬＣ応答が、データカットオフの時点で研究における１７０から５３４日続き、耐久性のある抗腫瘍免疫を発達させたように見えた。
【０４５５】
実施例１５−抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療した個体からの試料の腫瘍免疫遺伝子サインは、治療に対する応答との相関を示す
免疫性薬力学的効果を、ＭＰＤＬ３２８０Ａで治療した患者からの腫瘍及び血液において査定した。治療において、応答する腫瘍は、腫瘍細胞の発現及び腫瘍浸潤免疫細胞ＰＤ−Ｌ１発現、ＣＤ８＋Ｔ細胞の浸潤及びＴｈ１−優性免疫浸潤物の増加を示し、これは適応性のＰＤ−Ｌ１上方制御に関する証拠を提供している。非応答者は、最小の腫瘍ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤及びＴ細胞活性化の不在（グランザイム、パーフォリン及びＥＯＭＥＳ発現によって測定される）を示した。
【０４５６】
図１５に例示したように、ＭＰＤＬ３２８０Ａに対する抗腫瘍応答は、Ｔ細胞の生物学的特徴に関するマーカーと関連していた。特に、細胞傷害性Ｔｈ１細胞、ＩＦＮ−ｇ及びＴ細胞輸送マーカーのより高い遺伝子発現が、ベースラインでの腫瘍組織において検出され、これは、ＭＰＤＬ３２８０Ａ活性と関連していた。例えば、ＩＦＮ−ｇ、ＣＤ８Ａ、グランザイムＢ及びＣＸＣＬ９を含めた、Ｔ細胞活性化免疫遺伝子は、ＭＰＤＬ３２８０Ａによる治療に対する患者部分寛解／完全寛解と相関することが見出された。データセットは、２０１３年６月１日時点で入手可能であった試料を有する患者を含む。
【０４５７】
図１６に例示したように、ＭＰＤＬ３２８０Ａは、治療に応答するメラノーマを有する患者におけるＴ細胞活性化の増加につながる。特に、グランザイムＡ、グランザイムＢ、パーフォリン、ＥＯＭＥＳ、ＩＦＮ−ｇ、ＴＮＦ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＤ８Ａ及びＩＣＯＳを含めた、いくつかのＴ細胞活性化マーカーが、ＭＰＤＬ３２８０Ａに応答する患者において増加することが見出された。
【０４５８】
対照的に、図１７に例示したように、ＭＰＤＬ３２８０Ａに応答しないメラノーマを有する患者は、腫瘍内Ｔ細胞の低発生頻度を示し、Ｔ細胞活性化を欠く。
【０４５９】
臨床成績とのそれらの関連に関する循環性バイオマーカーも査定した。血液中のＣＤ８＋ＨＬＡ−ＤＲ＋Ｋｉ６７＋Ｔ細胞の発生頻度は、全ての患者において評価した場合、ＭＰＤＬ３２８０Ａの最初の投与後すぐに増加し、サイクル２の終わりまでにベースラインレベルに戻り、これは、ＰＤ−Ｌ１阻害の一過性の薬力学的測定値を表している。図１８に例示したように、ＭＰＤＬ３２８０Ａは、血液中の活性化Ｔ細胞の発生頻度の一過性の増加につながり、ＣＤ８＋ＨＬＡ−ＤＲ＋Ｋｉ６７＋Ｔ細胞が、ＭＰＤＬ３２８０Ａ治療の潜在的な薬力学的バイオマーカーであり得ることを示唆している。
【０４６０】
図１９に例示したように、ＣＤ４＋／ＩＣＯＳ＋Ｔ細胞の著しい増減が観察され、このＴ細胞集団の遅延性の増加が応答と相関し、低下が疾患進行と相関した（サイクル３後に生じる）。ＣＤ４＋／ＩＣＯＳ＋Ｔ細胞の増加は、ＭＰＤＬ３２８０Ａによる治療後に強いＣＤ８＋抗腫瘍Ｔ細胞応答を開始する患者におけるヘルパーＴ細胞応答の付属的な活性化を反映している。
【０４６１】
更に、ＰＤ−Ｌ１発現の適応性の増加は、ＭＰＤＬ３２８０Ａに応答する患者において顕著であった。図２０に例示したように、対腫瘍生検材料におけるＭＰＤＬ３２８０Ａに対する応答の概要を示す。ＭＰＤＬ３２８０Ａに応答する患者において、ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣアッセイによって測定される、腫瘍細胞ＰＤ−Ｌ１発現の増加及び腫瘍浸潤免疫細胞ＰＤＬ−１発現の増加の両方があった。
【０４６２】
実施例１６−抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療後の応答又は進行とのＣＴＬＡ４及びフラクタルカイン発現相関
複数の癌型にわたって、Ｔｈ１関連遺伝子発現、ＣＴＬＡ４の存在、及びフラクタルカイン／ＣＸ３ＣＬ１の不在を示すプレ治療腫瘍は、活性と関連していた。特に、ＣＴＬＡ４の発現は、ＭＰＤＬ３２８０Ａに対する応答と強く相関していた。一方、図２１に例示したように、プレ治療腫瘍におけるフラクタルカイン／ＣＸ３ＣＬ１の発現は、ＭＰＤＬ３２８０Ａに対する進行と強く相関していた。ＣＴＬＡ４の役割は、更なるＴ細胞活性化を阻害することにつながり得る、Ｔ細胞によって発現される因子としてよく樹立されている。種々の腫瘍型にわたるＭＰＤＬ３２８０Ａに応答した患者におけるより高いプレ治療ＣＴＬＡ４発現の相関は、ＣＴＬＡ４が、抗癌免疫応答における重要なフィードバック機構として役立ち、活性Ｔ細胞免疫及び炎症のマーカーとなることを示唆している。しかしながら、末梢において、負の制御因子としてのＣＴＬＡ４の機能的役割は、ＰＤ−Ｌ１の機能的役割ほどには重要でないように見える。
【０４６３】
ＭＰＤＬ３２８０Ａに対する疾患の進行を経験した患者におけるより高いプレ治療フラクタルカイン（ＣＸ３ＣＬ１）発現の相関も、このケモカインは、一般的にＴ細胞浸潤の駆動と関連しているので、予想外であった。しかしながら、その切断されていない形において、フラクタルカインは、内皮細胞へのリンパ球接着を誘導し、したがって、腫瘍床中へのＴ細胞流入を事実上制限することができる。ＭＰＤＬ３２８０Ａで治療した患者に関する腫瘍及び進行性疾患におけるフラクタルカイン発現の関連は、フラクタルカイン発現が、活性免疫応答を欠く腫瘍に関するフィードバック機構ともなる又は活性腫瘍免疫応答抑制因子となることを示唆している。
【０４６４】
これらの結果は、ＣＴＬＡ４及びフラクタルカインが、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用すること等の、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に応答する可能性がより高い患者を同定するのに役立つ、価値のある予測的バイオマーカーであり得ることを示唆している。
【０４６５】
実施例１７−６つの癌型にわたる腫瘍浸潤リンパ球サイン及び疾患予後要因とのそれらの関連
抗腫瘍免疫を調節するか又は阻害し、したがって免疫調節性療法に対する応答又は抵抗性に寄与し得る因子の複雑さを更に査定するかつ理解するために、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｂｉｏｍａｒｋプラットフォームを使用したいくつかの高感度な免疫遺伝子発現アッセイ（ｉＣＨＩＰ）を使用して、ＣＲＣ（ｎ＝４８）、ＢＣ（ｎ＝１２６）、ＮＳＣＬＣ（ｎ＝５１）、メラノーマ（ｎ＝３５）、ＲＣＣ（ｎ＝４８）、及び膀胱癌（ｎ＝４２）を含めた６つの癌徴候にわたる免疫応答の質を調べた。ｉＣＨＩＰプラットフォームは、ＩＦＮｇ経路、細胞傷害性Ｔ細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔエフェクター細胞、Ｔ−制御細胞、Ｔｈ１７細胞、骨髄細胞、樹状細胞、ＮＫ細胞、Ｂ−細胞及び免疫チェックポイントマーカーと関連しているサインを示す９６の遺伝子からなる。
【０４６６】
ＲＮＡを、臨床採取物に由来する又はＭＰＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体）の進行中のフェーズＩ研究において採取したホルマリン固定パラフィン包埋アーカイブ組織から抽出した。適切な患者インフォームドコンセントを、バイオマーカーの探索性査定に関する機関審査委員会から得た。
【０４６７】
図２２に示したように、Ｔｅｆｆ（Ｔエフェクター細胞）、Ｔｒｅｇ（Ｔ−制御細胞）、及びＴｈ１７と関連している遺伝子サインを示す。Ｔｅｆｆ細胞は、遺伝子クラスター：ＣＤ８Ａ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮｇ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、パーフォリンによって定義され；Ｔｒｅｇ細胞は、遺伝子クラスター：ＦＯＸＰ３によって定義され；Ｔｈ１７細胞は、遺伝子クラスター：ＲＯＲＣ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ１７Ａによって定義される。
【０４６８】
免疫遺伝子発現分析は、徴候にわたって、免疫抑制性及び免疫応答性因子並びに細胞型のユニークなパターンを示した。三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）、ＮＳＣＬＣ及び膀胱癌を含む徴候が、ＩＦＮ−ｇサインの最も高い普及を示す一方、ＣＲＣ及びホルモン受容体−陽性乳癌は、最も低い発現を有する疾患を構成する。ＴＮＢＣにおける高いＩＦＮ−ｇサインに加えて、乳癌のこの亜型はまた、メラノーマと比較した場合、高いＴｒｅｇサインからなり、これは、ＩＦＮ−ｇ：Ｔｒｅｇ遺伝子発現の最も高い比となる。Ｔｈ１７遺伝子サインは、全ての他の徴候と比較して、ＣＲＣにおいて最も普及している。疾患段階、成果（入手可能な場合）並びに分子亜型及びＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＰＩＫ３ＣＡ及びＥＧＦＲにおける突然変異を含めた他の疾患特異的な既知の予後因子とのこれらの遺伝子サインの関連は、現在進行中である。
【０４６９】
特に、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答者におけるより高いＰＤ−Ｌ１（ＣＤ２７４）の腫瘍遺伝子発現にもかかわらず、図２３に例示したように、ＲＣＣ患者のコホートにおいて、抗ＰＤ−Ｌ１治療に応答しない患者におけるＩＬ１７Ｆのより高い腫瘍遺伝子発現への傾向が観察された。
【０４７０】
更に、ＩＬ−１７Ｆの腫瘍遺伝子発現は、図２４に例示したように、徴候（メラノーマ、肺癌、ＲＣＣ）にわたって、抗ＰＤ−Ｌ１に対する遅い応答（療法の６ヶ月後の応答）を有する患者においてより高い。
【０４７１】
したがって、いくつかのバイオマーカーが、疾患段階及びＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する療法のタイミングに依存して、異なる相関プロファイルを示し得ることがあり得る。
【０４７２】
実施例１８−ＭＰＤＬ３２８０ＡによるＰＤ−Ｌ１の阻害は、転移性尿路上皮膀胱癌（ＵＢＣ）を有する患者における臨床活性につながる
転移性ＵＢＣは、予後不良及び限定された治療選択肢と関連している。ＰＤ−Ｌ１発現は、この疾患において普及しており、その受容体ＰＤ−１及びＢ７．１に結合することによって、免疫媒介破壊から癌細胞を保護することができる。
【０４７３】
フェーズＩ研究において、ＵＢＣ患者は、最大１年間、ＭＰＤＬ３２８０Ａ  １５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ  ｑ３ｗを受けた。客観的奏効率（ＯＲＲ；未確定の応答を含めた）を、ＲＥＣＩＳＴ  ｖ１．１によって評価した。同時に、腫瘍及び循環性バイオマーカーを査定して、ＭＰＤＬ３２８０Ａ免疫相関を研究した。
【０４７４】
２０１３年９月１９日時点で、３１人のＰＤ−Ｌ１＋ＵＢＣ患者を、ＭＰＤＬ３２８０Ａで治療した。患者は、８４％が男性であり、６６歳（４２−８６）の年齢中央値を有し、５７％がＥＣＯＧ  ＰＳ１であり、６８％が内臓転移を有した。７１％が、≧２の事前の療法を受け；９７％が、事前の白金に基づく化学療法を受けた。患者は、データカットオフの時点で４３日（１−１５３）の期間中央値の間、ＭＰＤＬ３２８０Ａを受けた。≧２の患者において生じるＧ１−４治療関連ＡＥは、発熱、貧血、食欲不振、疲労及び悪心であった。関連Ｇ３−４  ＡＥは、３．２％の患者において生じた。免疫関連ＡＥはなかった。２０人の患者が、２．８ヶ月（１．４−５）の追跡調査中央値で、分析の時に有効性に関して査定可能であった。ＯＲＲは、４３日（３９−８２）の応答への時間中央値で５０％（１ＣＲ及び９ＰＲ）であり、これは最初のＸ線検査評価に相当し、ベースラインでＣＮＳ、肺及び骨転移を有する患者を含んだ。全ての応答者は、臨床カットオフの時にまだ応答していた。
【０４７５】
関連が、腫瘍浸潤免疫細胞上のＰＤ−Ｌ１状態と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答の間に観察され、別の査定が、腫瘍細胞上のＰＤ−Ｌ１状態と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答の関連を判定するために、進行中である。
【０４７６】
治療は、循環性Ｋｉ−６７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の一過性の増加をもたらし、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１経路の阻害剤でのＵＢＣを有する患者における療法に対する活性の潜在的な薬力学的（ＰＤ）バイオマーカーを示している。図２５に例示したように、循環性Ｋｉ−６７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＭＰＤＬ３２８０Ａによる治療中の一過性の上昇を実証した。
【０４７７】
治療は、図２６に例示したように、ＩＦＮ−ｇシグナル伝達の上流である、ＩＬ−１８等の血漿タンパク質の一過性の増加ももたらし、これは活性の別のＰＤバイオマーカーとなる。更に、ベースライン血漿ＭＣＰ−１は、部分寛解／完全寛解（ＰＲ／ＣＲ）を有する患者においてより低かった。ＩＬ−１８及びＭＣＰ−１の両方は、骨髄細胞の成分である、単球において主に発現された（図２６を参照されたい）。
【０４７８】
プレ治療腫瘍からの遺伝子発現データは、進行した患者が、比例的により高い骨髄遺伝子サインを有したことを示した。図２７に例示したように、進行性疾患（ＰＤ）を有した患者は、ＩＬ−８、ＣＣＬ２、及びＩＬ１Ｂの上昇したレベルを示し、これらは、骨髄型細胞（例えば、単球、樹状細胞）において主に存在していることと関連していた。
【０４７９】
ＭＰＤＬ３２８０Ａは、このプレ治療したＰＤ−Ｌ１＋ＵＢＣ集団において良好な耐容性を示した。５０％の治療した患者が、治療に応答した。応答は、急速であり、進行中であった。バイオマーカー分析は、ＰＤマーカー及び療法に対する抵抗性の潜在的な機構のマーカーを明らかにした。
【０４８０】
実施例１９−可溶型ＰＤ−Ｌ１の上昇したレベルは、治療に応答する患者において顕著である
可溶型ＰＤ−Ｌ１の上昇したベースライン血漿レベルも、進行中のフェーズ１研究における抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答する患者からの血液試料において観察された。
【０４８１】
血液を、ヘパリンナトリウム採取管中に採取した。管を、採取管をゆっくりと反転することによって、徹底的に混合した。その後、採取管を、最低１５００−２０００×ｇで１５分間、冷却遠心機において遠心分離した。血漿をポリプロピレンクライオバイアルに移し、分析まで凍結保管した。血漿を、製造者の推奨に従って、改変ＥＬＩＳＡを使用して、ＩＬ−６及び他のサイトカインに関して分析した。
【０４８２】
図２８に例示したように、標的病変（ＳＬＤ）の最も長い直径の和の≧３０％減少を有する、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に応答したＲＣＣを有する患者は、ＳＬＤの≧２０％減少のみを示した患者よりも、それらの血漿試料中の可溶型ＰＤ−Ｌ１（ｓＰＤＬ１）のより高いレベルと相関することが見出された。
【０４８３】
この予備データは、血漿中の可溶型ＰＤ−Ｌ１発現が、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１経路の阻害に関与する癌療法に対する患者の応答性を予測するための価値のある有用なバイオマーカーであり得ることを示唆している。
【０４８４】
実施例２０−腫瘍浸潤免疫細胞及び腫瘍細胞上のＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療１に対する応答の関連
進行中のフェーズ１研究において、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答と、腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）及び腫瘍細胞の両方におけるＰＤ−Ｌ１発現の明白な関連が観察された。図２９に例示したように、腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）におけるＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答の間の関連が、ＮＳＣＬＣを有する患者（図２９（ａ））及び全ての患者（図２９（ｂ））において観察された。同様に、腫瘍細胞（ＴＣ）におけるＰＤ−Ｌ１発現と抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答の間の関連が、ＮＳＣＬＣを有する患者（図３０（ａ））及び全ての患者（図３０（ｂ））において観察された。
【０４８５】
前述の発明を、理解の明確さの目的で、例示及び例として少し詳細に記載したが、記載及び例は、範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書で引用した全ての特許及び科学文献の開示は、その全体がはっきりと出典明示により援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成30年12月18日(2018.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【外国語明細書】
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