(57)【要約】【課題】タンパク質の切断により得られた各ペプチドの情報をわかりやすく表示する。【解決手段】分析装置は、タンパク質の切断により生成された複数のペプチドを検出する検出部と、検出部からの出力信号を解析して強度情報を生成する解析部と、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出部と、算出された複数のペプチド配列のそれぞれに対応する強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数に基づいた位置に表示する出力部と、を備える。【選択図】図１
2019060696.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質の切断により生成された複数のペプチドを検出する検出部と、
前記検出部からの出力信号を解析して強度情報を生成する解析部と、
前記タンパク質の前記切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、前記切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出部と、
算出された複数の前記ペプチド配列のそれぞれに対応する前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数に基づいた位置に表示する出力部と、
を備える分析装置。
【請求項２】
請求項１に記載の分析装置において、
前記出力部は、前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数と、前記タンパク質のアミノ酸配列における前記ペプチドの位置と、に基づいた位置に表示する分析装置。
【請求項３】
請求項２に記載の分析装置において、
前記出力部は、前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数と、前記タンパク質のアミノ酸配列における前記ペプチドの位置と、に基づいて二次元にマッピングして表示する分析装置。
【請求項４】
請求項３に記載の分析装置において、
前記出力部は、
前記強度情報を、表として二次元にマッピングして表示し、
前記表のそれぞれの行または列に、前記未切断部位の数が等しい前記複数のペプチド配列に対応する前記強度情報を表示する分析装置。
【請求項５】
請求項４に記載の分析装置において、
前記未切断部位の特定の数に対応する前記行または前記列の数は、前記未切断部位の特定の数に１を足した数である分析装置。
【請求項６】
請求項１から５までのいずれか一項に記載の分析装置において、
前記強度情報は、前記ペプチド配列に対応するピークのピーク強度、前記ピークに対応する面積、および前記ピークの信頼性に関する数値からなる群から選択される少なくとも一つの値を含む分析装置。
【請求項７】
請求項６に記載の分析装置において、
前記出力部は、前記強度情報に含まれる少なくとも一つの前記値の大きさに基づいて、前記強度情報を区別して表示する分析装置。
【請求項８】
請求項１から７までのいずれか一項に記載の分析装置において、
前記出力部は、検出された前記複数のペプチドの総数、および前記タンパク質のアミノ酸配列における、対応する前記複数のペプチドが少なくとも一つ検出されているアミノ酸配列の割合からなる群から選択される少なくとも一つの値を、前記強度情報と共に表示する分析装置。
【請求項９】
請求項１から８までのいずれか一項に記載の分析装置において、
質量分析計および／またはクロマトグラフを備え、
前記質量分析計および／または前記クロマトグラフにより前記複数のペプチドを分離する分析装置。
【請求項１０】
請求項９に記載の分析装置において、
前記複数のペプチドを、ＭＡＬＤＩ法またはエレクトロスプレー法によりイオン化するイオン化部を備える分析装置。
【請求項１１】
請求項１から１０までのいずれか一項に記載の分析装置において、
前記切断は、酵素的切断または化学的切断である分析装置。
【請求項１２】
タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、前記切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出することと、
前記タンパク質の前記切断により生成された複数のペプチドを検出して取得した強度情報を含む測定データを取得することと、
算出された複数の前記ペプチド配列のそれぞれに対応する前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数に基づいた位置に表示することと、
を備える表示方法。
【請求項１３】
タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、前記切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出処理と、
前記タンパク質の前記切断により生成された複数のペプチドが検出されて得られた強度情報を含む測定データを取得して解析する解析処理と、
算出された複数の前記ペプチド配列のそれぞれに対応する前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数に基づいた位置に表示する表示処理と、を処理装置に行わせるプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、分析装置、表示方法およびプログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
タンパク質を酵素やタンパク質の化学的切断を行う化合物等の切断試薬により切断し、ペプチド断片に分解して分析等することが行われている。このとき、切断によりどのようなペプチド断片が生じたかを正確に解析することが重要である。
【０００３】
タンパク質の切断で生じたペプチド断片は、質量分析計等の分析装置により、質量等が測定され、この測定データに基づいて解析処理によりアミノ酸配列が決定される。決定された各ペプチドのアミノ酸配列は、残基番号と共にユーザに対して表示される（特許文献１）。
【０００４】
タンパク質の上記切断では１種類のタンパク質から様々なアミノ酸配列を有するペプチド断片が生じるため、これらの分析装置では各ペプチド断片を分析した情報をわかりやすく出力することが求められる。例えば、タンパク質のアミノ酸配列中の、各ペプチド断片のアミノ酸配列が対応する位置や、各ペプチド断片が、切断の配列特異性に基づいて理論的に切断される位置であるにもかかわらず、実際に切断されなかった部位（以下、未切断部位（Ｍｉｓｓｅｄ  Ｃｌｅａｖａｇｅ）と呼ぶ）を含むか否か等の情報が、明確に表示されることが好ましい。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】米国特許出願公開第２０１１／００８４２０３号明細書
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
タンパク質の切断により得られた各ペプチドの情報をわかりやすく表示する。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明の好ましい実施形態による分析装置は、タンパク質の切断により生成された複数のペプチドを検出する検出部と、前記検出部からの出力信号を解析して強度情報を生成する解析部と、前記タンパク質の前記切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、前記切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出部と、算出された複数の前記ペプチド配列のそれぞれに対応する前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数に基づいた位置に表示する出力部と、を備える。
さらに好ましい実施形態では、前記出力部は、前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数と、前記タンパク質のアミノ酸配列における前記ペプチドの位置と、に基づいた位置に表示する。
さらに好ましい実施形態では、前記出力部は、前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数と、前記タンパク質のアミノ酸配列における前記ペプチドの位置と、に基づいて二次元にマッピングして表示する。
さらに好ましい実施形態では、前記出力部は、前記強度情報を、表として二次元にマッピングして表示し、前記表のそれぞれの行または列に、前記未切断部位の数が等しい前記複数のペプチド配列に対応する前記強度情報を表示する。
さらに好ましい実施形態では、前記未切断部位の特定の数に対応する前記行または前記列の数は、前記未切断部位の特定の数に１を足した数である。
さらに好ましい実施形態では、前記強度情報は、前記ペプチド配列に対応するピークのピーク強度、前記ピークに対応する面積、および前記ピークの信頼性に関する数値からなる群から選択される少なくとも一つの値を含む。
さらに好ましい実施形態では、前記出力部は、前記強度情報に含まれる少なくとも一つの前記値の大きさに基づいて、前記強度情報を区別して表示する。
さらに好ましい実施形態では、前記出力部は、検出された前記複数のペプチドの総数、および前記タンパク質のアミノ酸配列における、対応する前記複数のペプチドが少なくとも一つ検出されているアミノ酸配列の割合からなる群から選択される少なくとも一つの値を、前記強度情報と共に表示する。
さらに好ましい実施形態では、質量分析計および／またはクロマトグラフを備え、前記質量分析計および／または前記クロマトグラフにより前記複数のペプチドを分離する。
さらに好ましい実施形態では、前記複数のペプチドを、ＭＡＬＤＩ法またはエレクトロスプレー法によりイオン化するイオン化部を備える。
さらに好ましい実施形態では、前記切断は、酵素的切断または化学的切断である。
本発明の好ましい実施形態による表示方法は、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、前記切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出することと、前記タンパク質の前記切断により生成された複数のペプチドを検出して取得した強度情報を含む測定データを取得することと、算出された複数の前記ペプチド配列のそれぞれに対応する前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数に基づいた位置に表示することと、を備える。
本発明の好ましい実施形態によるプログラムは、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、前記切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出処理と、前記タンパク質の前記切断により生成された複数のペプチドが検出されて得られた強度情報を含む測定データを取得して解析する解析処理と、算出された複数の前記ペプチド配列のそれぞれに対応する前記強度情報を、前記ペプチドの有する前記未切断部位の数に基づいた位置に表示する表示処理と、を処理装置に行わせる。
【発明の効果】
【０００８】
本発明によれば、タンパク質の切断により得られた各ペプチドにおける未切断部位の情報等に基づいて、各ペプチドの情報をわかりやすく表示することができる。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】図１は、一実施形態の分析装置の概略構成を示す図である。
【図２】図２は、強度情報表示画面の一例を示す図である。
【図３】図３は、一実施形態の表示方法の流れを示すフローチャートである。
【図４】図４は、変形例における強度情報表示画面の一例を示す図である。
【図５】図５は、プログラムを説明するための概念図である。
【図６】図６は、実施例における強度情報表示画面の一例を示す図であり、（Ａ）は、残基番号１〜６７に対応する部分を示し、（Ｂ）は残基番号６８〜１４１に対応する部分を示している。
【図７】図７は、実施例における強度情報表示画面の一例を示す図であり、（Ａ）は、残基番号１４２〜１９４に対応する部分を示し、（Ｂ）は残基番号１９５〜２５４に対応する部分を示している。
【図８】図８は、実施例における強度情報表示画面の一例を示す図であり、（Ａ）は、残基番号２５５〜２９８に対応する部分を示し、（Ｂ）は残基番号２９９〜３５３に対応する部分を示している。
【図９】図９は、実施例における強度情報表示画面の一例を示す図であり、（Ａ）は、残基番号３５４〜３９５に対応する部分を示し、（Ｂ）は残基番号３９６〜４４１に対応する部分を示している。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
以下、図を参照して本発明を実施するための形態について説明する。以下の実施形態の分析装置は、タンパク質が切断されて生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、当該切断の配列特異性等に基づいて算出し、それぞれのペプチド配列に対応する測定データ等の情報を表示するものである。以下では、分析装置を質量分析装置として説明するが、ペプチドに関する測定データを取得することが可能であれば、質量分析装置以外の様々な分析装置にも適用可能である。
【００１１】
図１は、本実施形態の分析装置１の概略構成を示す図である。分析装置１は、測定部１００と、制御部４０とを備える。
なお、制御部４０の機能の一部または全部は、測定部１００とは物理的に離れた電子計算機、サーバ等に配置してもよい。
【００１２】
測定部１００は、試料由来のペプチドイオンＳを生成するイオン化部１０と、イオン加速部２１と、質量分離部２２と、検出部３０とを備える。試料は、精製されたタンパク質を、酵素や、タンパク質の化学的切断を行う化合物を含む切断試薬により切断して得たペプチドである。酵素としては、トリプシン、キモトリプシン、エンドプロテイナーゼＧｌｕ−Ｃ、エンドプロテイナーゼＬｙｓ−Ｃ、エンドプロテイナーゼＡｓｐ−Ｎ、およびエンドプロテイナーゼＡｒｇ−Ｃ等、タンパク質の化学的切断を行う化合物としては臭化シアン、ＢＮＰＳ−スカトール、Ｎ−ブロモサクシンイミド（ＮＢＳ）、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）−ＨＣｌ−ＨＢｒ、ヒドロキシルアミン、および塩酸グアニジンを含む１０％酢酸等を用いることができるが、特に限定されない。イオン化部１０で生成されたペプチドイオンＳの移動を矢印Ａ１で模式的に示した。
【００１３】
制御部４０は、入力部４１と、通信部４２と、記憶部４３と、出力部４４と、処理部５０とを備える。処理部５０は、装置制御部５１と、配列算出部５２と、解析部５３と、出力制御部５４とを備える。測定部１００の検出部３０からのペプチドイオンＳの検出信号の流れを矢印Ａ２で模式的に示した。装置制御部５１による測定部１００の制御を矢印Ａ３で模式的に示した。
【００１４】
測定部１００のイオン化部１０は、イオン源を備え、試料成分をイオン化する。イオン化の方法は特に限定されないが、ペプチドを効率的にイオン化する観点から、ＭＡＬＤＩ法またはエレクトロスプレー法（ＥＳＩ）が好ましい。ＥＳＩの場合、分析装置１が液体クロマトグラフをさらに備え、液体クロマトグラフで分離された試料成分をイオン化部１０がイオン化する構成にすると、高い分離能を得ることができるためより好ましい。イオン化部１０でイオン化されたペプチドイオンＳは、不図示の引出電極等による電場により引き出され、イオン加速部２１に導入される。
【００１５】
イオン加速部２１は、加速電極２１０を備え、導入されたペプチドイオンＳを加速させる。加速されたペプチドイオンＳの流れは、不図示のイオンレンズにより適宜収束されて質量分離部２２に導入される。
【００１６】
質量分離部２２は、フライトチューブ２２０を備え、それぞれのペプチドイオンＳがフライトチューブ２２０の内部を飛行する際の、飛行時間の違いよりペプチドイオンＳを分離する。
なお、図１ではリニア型のフライトチューブ２２０が示されているが、リフレクトロン型やマルチターン型等でもよい。ペプチドイオンＳを分離して検出することができれば、質量分析の方法は特に限定されない。
【００１７】
検出部３０は、マルチチャンネルプレート等のイオン検出器を備え、質量分離部２２で分離されたペプチドイオンＳを検出し、検出部３０に入射したイオンの数に応じた強度の検出信号を出力する。検出部３０から出力された検出信号は、制御部４０の処理部５０に入力される。
【００１８】
制御部４０の入力部４１は、マウス、キーボード、各種ボタンおよび／またはタッチパネル等の入力装置を含んで構成される。入力部４１は、測定部１００の動作の制御に必要な情報、および処理部５０の行う処理に必要な情報等を、ユーザから受け付ける。
【００１９】
制御部４０の通信部４２は、インターネット等の無線や有線接続により通信可能な通信装置を含んで構成される。通信部４２は、ペプチドイオンＳのアミノ酸配列の分析に必要なデータを受信したり、解析部５３の解析結果等の処理部５０が処理したデータを送信したり、適宜必要なデータを送受信する。
【００２０】
制御部４０の記憶部４３は、不揮発性の記憶媒体を備える。記憶部４３は、ペプチドイオンＳのアミノ酸配列の分析に必要なデータ、測定部１００から出力された測定データ、処理部５０が処理を実行するためのプログラム、および解析部５３の解析結果等を記憶する。
【００２１】
制御部４０の出力部４４は、液晶モニタ等の表示装置やプリンター等を含んで構成され、測定部１００の測定に関する情報や、解析部５３の解析結果等を、表示装置に表示したり、紙媒体に印刷したりする。
【００２２】
制御部４０の処理部５０は、ＣＰＵ等のプロセッサを含んで構成され、分析装置１を制御する動作の主体として機能する。処理部５０は、記憶部４３等に記憶されたプログラムを実行することにより各種処理を行う。
【００２３】
処理部５０の装置制御部５１は、入力部４１から入力された測定条件に関するデータに基づいて、測定部１００の動作を制御する。
【００２４】
処理部５０の配列算出部５２は、タンパク質の切断の配列特異性と、切断により生成されるペプチドが含む未切断部位の数に基づいて、タンパク質が切断された際に生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を算出する。
【００２５】
タンパク質をトリプシンで切断する場合を例に説明する。トリプシンは、以下の配列特異性を有する。すなわち、（１）タンパク質のアミノ酸配列における、リシン（Ｌｙｓ：一文字表記ではＫ）およびアルギニン（Ａｒｇ：一文字表記ではＲ）のカルボキシ基側（Ｃ末端側）を切断する。かつ、（２）トリプシンは、リシン、アルギニンのカルボキシ側でもプロリン（Ｐｒｏ：一文字表記ではＰ）との間は切断しない。装置制御部５１は、タンパク質の配列中、リシンまたはアルギニンのＣ末端側であってプロリンとの間ではない位置を配列特異性に基づいた切断位置とする。装置制御部５１は、当該切断位置に基づいて、タウタンパク質からトリプシンによる切断で生成し得るペプチドのペプチド配列を、当該切断位置の一部が実際には切断されなかった場合も想定して生成する。
【００２６】
配列算出部５２は、タンパク質が、配列特異性に基づいた切断位置の全てで切断されたと想定される場合に生成する複数のペプチド配列のそれぞれをＭＣ０配列として算出する。ＭＣ０配列は、未切断部位が０個と仮定した場合の、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチド配列のそれぞれに相当する。後に詳述する図２では、４０残基からなるタンパク質のアミノ酸配列と、切断位置Ｄ１〜Ｄ７で切断されたＭＣ０配列ならびに、以下に説明するＭＣ１配列およびＭＣ２配列が実線で区切られてわかりやすく模式的に表示されている。
【００２７】
配列算出部５２は、タンパク質のアミノ酸配列上で隣り合うＭＣ０配列をつなげ、未切断部位を１か所備えるペプチド配列としてＭＣ１配列を算出する。言い換えれば、タンパク質のアミノ酸配列を切断してＭＣ０配列を生成した際の切断位置のそれぞれに、Ｎ末端側から自然数の番号を対応させていった場合（図２のＤ１〜Ｄ７に相当）に、偶数番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれと、奇数番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれとをＭＣ１配列として算出する。以下では、偶数番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣ１（０）配列と呼び、奇数番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣ１（１）配列と呼ぶ。
【００２８】
同様に、配列算出部５２は、未切断部位を２か所備えるＭＣ２配列を作成する。配列算出部５２は、タンパク質のアミノ酸配列を切断してＭＣ０配列を生成した際の切断位置のそれぞれに、Ｎ末端側から自然数の番号を対応させていった場合に、ｎを自然数として、３ｎ番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれと、３ｎ−２番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれと、３ｎ−１番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれとをＭＣ２配列として算出する。以下では、３ｎ番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣ２（０）配列と呼び、３ｎ−２番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣ２（１）配列と呼び、３ｎ−１番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣ２（２）配列と呼ぶ。
【００２９】
より一般的に述べると、配列算出部５２は、未切断部位をｍか所備えるＭＣｍ配列を算出する。配列算出部５２は、タンパク質のアミノ酸配列を切断してＭＣ０配列を生成した際の切断位置のそれぞれに、Ｎ末端側から自然数の番号を対応させていった場合に、ｎを自然数として、（ｍ＋１）×ｎ番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれと、（ｍ＋１）×ｎ−ｍ番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれと、（ｍ＋１）×ｎ−（ｍ−１）番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列と、…、（ｍ＋１）×ｎ−１番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列のそれぞれとをＭＣｍ配列として算出する。以下では、（ｍ＋１）×ｎ番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣｍ（０）配列と呼び、（ｍ＋１）×ｎ−ｍ番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣｍ（１）配列と呼び、（ｍ＋１）×ｎ−（ｍ−１）番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣｍ（２）配列と呼び…（ｍ＋１）×ｎ−１番目の切断位置で切断して生成したペプチド配列をＭＣｍ（ｍ）配列と呼ぶ。
【００３０】
各ＭＣｍ（ｐ）配列（ｐ＝０からｍまでの整数）は、未切断部位をｍ個備え、Ｎ末端側とＣ末端側に生じ得る未切断部位がｍではないペプチドを合わせると、複数のペプチドからなるＭＣｍ（ｐ）配列の各ｐに対応する全体がそれぞれタンパク質のアミノ酸配列の全体を構成することになる。配列算出部５２が算出するペプチド配列に対応する未切断部位の数ｍの範囲は特に限定されず、例えば実施例（図６）ではＭＣ３配列まで算出しているが、ＭＣ２配列以下まで算出してもよいし、ｍ＝４以上の任意のＭＣｍ配列まで算出してもよい。
【００３１】
配列算出部５２は、算出したＭＣ０配列およびＭＣ１配列等の各ペプチド配列を有するペプチドまたはペプチドイオンの分子量および／または各同位体毎のモノアイソトピック質量を各アミノ酸の分子量および／または同位体比に基づいて算出し、質量情報として記憶部４３に記憶させる。配列算出部５２は、各ペプチド配列を、タンパク質中の対応する部分の残基番号と、質量情報とを対応付けて、ペプチド配列情報として記憶部４３に記憶させる。
【００３２】
処理部５０の解析部５３は、検出部３０から出力された検出信号に基づく測定データを解析する。解析部５３は、標準物質を測定等して得た較正曲線等を適宜用いて、検出された各ペプチドイオンＳに対応する飛行時間をｍ／ｚ値に換算し、マススペクトルを作成する。解析部５３は、マススペクトルの各ピークから、各ピークに対応するペプチドイオンＳの検出量を算出する。ペプチドイオンＳの検出量は、ピークに対応する面積であるピーク面積や、ピークの最大値であるピーク強度等により定量される。ピーク面積やピーク強度は、適宜公知の方法によりノイズを除去したり検出された強度値をスムージングしたりして算出することができる。
【００３３】
解析部５３は、各ピークの信頼性に関する数値を算出する。解析部５３は、各ピークに影響するノイズの面積または強度を算出し、それぞれピーク面積またはピーク強度で割ることにより信号対雑音比（以下、Ｓ／Ｎ比と呼ぶ）を算出し、ピークの信頼性の指標とする。上述のピーク面積若しくはピーク強度等のペプチドイオンＳの検出量に関する情報、および／またはピークの信頼性に関する数値等の情報を含む、各ピークに対応付けられた情報を強度情報と呼ぶ。
なお、Ｓ／Ｎ比の算出方法は特に限定されない。
【００３４】
解析部５３は、マススペクトル上の各ピークを、各ピークに対応するｍ／ｚ値に基づいて、配列算出部５２が算出したＭＣ０配列等のペプチド配列のいずれかに対応させる。解析部５３は、ユーザ等により入力部４１等を介して適宜設定された質量値の許容誤差範囲に収まるように、各ピークに対応するｍ／ｚ値とペプチド配列の分子量またはモノアイソトピック質量とを対応付ける。この対応付けの処理を含む処理部５０の処理の一部は、適宜分析装置１の外部のソフトウェア等を用いて処理してもよい。
【００３５】
解析部５３は、各ピークと、配列算出部５２が算出したペプチド配列との対応に基づいて、記憶部４３に記憶されているペプチド配列情報に、ピーク強度やＳ／Ｎ比等の強度情報を各ペプチド配列に対応させて記憶させる。
【００３６】
処理部５０の出力制御部５４は、配列算出部５２が算出したペプチド配列および／または解析部５３の解析結果等から出力画像を作成し、適宜測定部１００の測定条件等と合わせて出力部４４に出力する。出力画像は、適宜表示装置の画面上または印刷物上に表示されて出力される。
【００３７】
図２は、出力制御部５４が出力部４４を介して出力する表示画面（強度情報表示画面）の一例を示す図である。強度情報表示画面２００は表の形式で、４０残基のタンパク質をトリプシン処理した際に生成した各ペプチド配列に対応するペプチドイオンＳの検出量を表示している。出力制御部５４は、強度情報表示画面２００に表示する情報を、適宜ペプチド配列情報を参照して取得する。
【００３８】
強度情報表示画面２００は、ペプチドイオンＳに対応するタンパク質のアミノ酸配列と、ペプチドイオンＳの未切断部位の数とに基づく位置に、当該ペプチドイオンＳの強度情報を二次元にマッピングして表示する。図２の例では、タンパク質中のペプチドイオンＳが対応するアミノ酸配列の位置がＮ末端側からＣ末端側の方へ移動する程、表のより右側にペプチドイオンＳの強度情報が表示される。ペプチドイオンＳの未切断部位が多くなればなるほど、表の下部にペプチドイオンＳが表示される。
なお、強度情報表示画面２００の縦方向の位置に対応させてタンパク質中のアミノ酸配列の位置を示し、横方向の位置に対応させて未切断部位の数を示してもよい。すなわち、強度情報表示画面２００では、図２とは表の行と列を入れ替えてもよい。
【００３９】
項目「残基番号」に対応する行２１０には、タンパク質中のアミノ酸配列の残基番号が、未切断部位の無いＭＣ０配列に対応する残基に基づいて表示されている。行２１０の各セルは、未切断部位の無い場合の切断位置Ｄ１〜Ｄ７で区切られている。
【００４０】
項目「配列」に対応する行２１１には、各残基番号の範囲に対応するペプチド配列が示されている。トリプシンによるタンパク質の切断の配列特異性に基づいて、切断位置Ｄ１〜Ｄ７の直前の残基はリシン（Ｋ）またはアルギニン（Ｒ）となっている。
【００４１】
項目「質量」に対応する行２１２には、行２１１で示した配列に対応するペプチドの分子量が示されている。検出された互いに異なるｍ／ｚ値を有する複数のペプチドイオンＳが同一のペプチド配列でイオン価数の異なるイオンの場合、出力制御部５４は、これら複数のペプチドイオンＳの検出量の和の値を、強度情報として対応するペプチド配列の位置に表示することができる。
なお、出力制御部５４は、行２１２にペプチド配列に対応する分子量では無く、適宜モノアイソトピック質量を表示する構成にしてもよい。
【００４２】
項目「ＭＣ０」に対応する行Ｃ０、項目「ＭＣ１」に対応する行Ｃ１０およびＣ１１、項目「ＭＣ２」に対応する行Ｃ２０，Ｃ２１およびＣ２２、ならびに、項目「ＭＣ３」に対応する行Ｃ３０，Ｃ３１，Ｃ３２およびＣ３３には、強度情報が表示される。図２では、出力制御部５４は、ピーク強度の値を強度情報として各ペプチドの対応する位置に表示している。出力制御部５４は、ピーク面積または、ピークのＳ／Ｎ比等のピークの信頼性に関する情報を強度情報として表示してもよい。出力制御部５４は、強度情報に含まれるこれらのパラメータの複数を同時に表示してもよい。
なお、図２では、未切断部位の数が０から３までのペプチド配列の強度情報を示しているが、出力制御部５４は、適宜未切断部位が４以上のペプチド配列に対応する強度情報を表示することができる。
【００４３】
出力制御部５４は、ピーク面積、ピーク強度、Ｓ／Ｎ比等の各数値に基づいて、強度情報表示画面２００の各ペプチド配列に対応する位置を、階調や色の違い等により区別して表示することができる。図２では、強度情報が、対応するピーク面積が０以上５０未満、５０以上１００未満または１００以上の場合でそれぞれ異なるハッチングにより区別して表示されている。
【００４４】
項目「ＭＣ０」に対応する行Ｃ０には、未切断部位の数が０個のペプチドに対応する強度情報が示されている。行Ｃ０のセルは、未切断部位を持たないペプチド配列に対応するため、切断位置Ｄ１〜Ｄ７の各位置に対応する線で区切られている。
【００４５】
項目「ＭＣ１」に対応する第１の行Ｃ１０には、未切断部位が１個であって、Ｎ末端側から数えて偶数番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ１（０）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ１０のセルは、偶数番目の切断位置Ｄ２，Ｄ４およびＤ６で区切られている。
【００４６】
項目「ＭＣ１」に対応する第２の行Ｃ１１には、未切断部位が１個であって、Ｎ末端側から数えて奇数番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ１（１）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ１１のセルは、奇数番目の切断位置Ｄ１，Ｄ３，Ｄ５およびＤ７で区切られている。
【００４７】
項目「ＭＣ２」に対応する第１の行Ｃ２０には、未切断部位が２個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて３ｎ番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ２（０）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ２０のセルは、３ｎ番目の切断位置Ｄ３およびＤ６で区切られている。
【００４８】
項目「ＭＣ２」に対応する第２の行Ｃ２１には、未切断部位が２個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて３ｎ−２番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ２（１）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ２１のセルは、３ｎ−２番目の切断位置Ｄ１、Ｄ４およびＤ７で区切られている。
【００４９】
項目「ＭＣ２」に対応する第３の行Ｃ２２には、未切断部位が２個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて３ｎ−１番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ２（２）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ２２のセルは、３ｎ−１番目の切断位置Ｄ２およびＤ５で区切られている。
【００５０】
項目「ＭＣ３」に対応する第１の行Ｃ３０には、未切断部位が３個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて４ｎ番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ３（０）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ３０のセルは、４ｎ番目の切断位置Ｄ４で区切られている。
【００５１】
項目「ＭＣ３」に対応する第２の行Ｃ３１には、未切断部位が３個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて４ｎ−３番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ３（１）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ３１のセルは、４ｎ−３番目の切断位置Ｄ１およびＤ５で区切られている。
【００５２】
項目「ＭＣ３」に対応する第３の行Ｃ３２には、未切断部位が３個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて４ｎ−２番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ３（２）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ３２のセルは、４ｎ−２番目の切断位置Ｄ２およびＤ６で区切られている。
【００５３】
項目「ＭＣ３」に対応する第４の行Ｃ３３には、未切断部位が３個であって、ｎを自然数として、Ｎ末端側から数えて４ｎ−１番目の切断位置で切断されたペプチド（ＭＣ３（３）配列を有するペプチド）に対応する強度情報が示されている。行Ｃ３３のセルは、４ｎ−１番目の切断位置Ｄ３およびＤ７で区切られている。
【００５４】
図２では、各未切断部位の数に対応するペプチドの強度情報を示す行の数は、未切断部位の数に１を足した数となっている。未切断部位の数が１のペプチドの強度情報を示す部分Ｃ１は、行Ｃ１０および行Ｃ１１の２行から構成されている。未切断部位の数が２のペプチドの強度情報を示す部分Ｃ２は、行Ｃ２０、行Ｃ２１および行Ｃ２２の３行から構成されている。未切断部位の数が３のペプチドの強度情報を示す部分Ｃ３は、行Ｃ３０、行Ｃ３１、Ｃ３２および行Ｃ３３の４行から構成されている。
【００５５】
出力制御部５４は、各ペプチドに対応するペプチド配列の長さに応じて、強度情報を表示する表示幅を変化させている。例えば、図２では、６個のアミノ酸で構成されるペプチド配列に対応する表示幅Ｌ１は、４個のアミノ酸で構成されるペプチド配列に対応する表示幅Ｌ２よりも長くなっている。
なお、出力制御部５４は、各ペプチド配列に対応する強度情報の表示幅Ｌ１，Ｌ２を一定にする等、適宜設定することができる。
【００５６】
強度情報表示画面２００では、タンパク質のアミノ酸配列に対応する位置と、未切断部位の数に基づいて各ペプチド配列が順序良く配置される。従って、用いた切断試薬では、タンパク質のアミノ酸配列上のどの切断位置で切断されやすいかや、どの範囲でペプチドの未切断部位の数が多くなっているか等を簡便に読み取ることができる。例えば、図２に示した強度情報表示画面２００の例では、切断位置Ｄ２において切断されたペプチドの検出量が切断位置Ｄ３で切断されたペプチドの検出量よりも圧倒的に多い。従って、図２の強度情報表示画面２００に対応するタンパク質の切断では、切断位置Ｄ２は、切断位置Ｄ３よりも切れやすいといえる。また、残基番号３１〜４０の範囲では、ペプチドが検出されておらず、Ｃ末端側が切れにくい傾向にあることが読み取れる。
【００５７】
図３は、本実施形態の表示方法を含む分析方法の流れを示すフローチャートである。ステップＳ１００１において、タンパク質を、質量分析により得たｍ／ｚ値に対するアミノ酸配列の対応付けが可能な程度に、適宜精製して調製する操作が行われる。ステップＳ１００１が終了したら、ステップＳ１００３に進む。
【００５８】
ステップＳ１００３において、調製されたタンパク質と、タンパク質の酵素的切断を行う酵素またはタンパク質の化学的切断を行う化合物を含むタンパク質切断試薬とを反応させ、ペプチドを生成する操作が行われる。ステップＳ１００３が終了したら、ステップＳ１００５に進む。ステップＳ１００５において、イオン化部１０は、生成されたペプチドをイオン化する。ステップＳ１００５が終了したら、ステップＳ１００７に進む。
【００５９】
ステップＳ１００７において、質量分離部２２は、イオン化されたペプチド、すなわちペプチドイオンＳを質量分離する。ステップＳ１００７が終了したら、ステップＳ１００９に進む。ステップＳ１００９において、検出部３０は、質量分離されたペプチドイオンＳを検出する。ステップＳ１００９が終了したら、ステップＳ１０１１に進む。
【００６０】
ステップＳ１０１１において、解析部５３は、検出されたペプチドイオンＳのマススペクトルを取得する。ステップＳ１０１１が終了したら、ステップＳ１０１３に進む。ステップＳ１０１３において、解析部５３は、取得されたマススペクトルにおけるピークの強度等の情報を含む強度情報を取得する。ステップＳ１０１３が終了したら、ステップＳ１０１５に進む。
【００６１】
ステップＳ１０１５において、配列算出部５２は、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する。ステップＳ１０１５が終了したら、ステップＳ１０１７に進む。
なお、ステップＳ１０１５は、ステップＳ１０１３の後に行われる必要はなく、ステップＳ１０１７よりも前に行われれば、いつ行われてもよい。
【００６２】
ステップＳ１０１７において、出力制御部５４は、算出された複数のペプチド配列のそれぞれに対応する強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数および／またはタンパク質のアミノ酸配列におけるペプチドの位置と、に基づいて二次元にマッピングして表示する。ステップＳ１０１７が終了したら、処理を終了する。
【００６３】
上述の実施の形態によれば、次の作用効果が得られる。
（１）本実施形態の分析装置は、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出部５２と、算出された複数のペプチド配列のそれぞれに対応する強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数に基づいた位置に表示する出力部４４と、を備える。これにより、各ペプチドにおける未切断部位の情報等に基づいて、各ペプチドの情報をわかりやすく表示することができる。
【００６４】
（２）本実施形態の分析装置において、出力部４４は、強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数と、タンパク質のアミノ酸配列におけるペプチドの位置と、に基づいた位置に表示する。これにより、タンパク質のアミノ酸配列におけるペプチドの位置および、未切断部位の情報等に基づいて、各ペプチドの情報をわかりやすく表示することができる。
【００６５】
（３）本実施形態の分析装置において、出力部４４は、強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数と、タンパク質のアミノ酸配列におけるペプチドの位置と、に基づいて二次元にマッピングして表示する。これにより、強度情報を二次元に展開してわかりやすい位置に表示することができる。
【００６６】
（４）本実施形態の分析装置において、出力部４４は、強度情報を、例えば図２に示す強度情報表示画面２００に示すように、表として二次元にマッピングして表示し、表のそれぞれの行に、未切断部位の数が等しい複数のペプチド配列に対応する強度情報を表示する。これにより、各強度情報に対応するペプチドがタンパク質のアミノ酸配列のどの位置に対応するかをわかりやすく表示することができる。
なお、項目２１０〜２１２、Ｃ１〜Ｃ３を左右に一行に配置してもよく、この場合、未切断部位の数が等しい複数のペプチドに対応する強度情報はそれぞれの列に表示される。
【００６７】
（５）本実施形態の分析装置において、例えば、未切断部位の数が１の場合、偶数番目の未切断位置と、奇数番目の未切断位置を上下２行に並べて示している。すなわち、未切断部位の特定の数に対応する行または列の数は、未切断部位の特定の数に１を足した数である。これにより、ペプチド配列の一部が重なる複数のペプチドを異なる位置にわかりやすく表示することができる。
【００６８】
（６）本実施形態の分析装置１において、図２の表示例では、強度情報は、ペプチド配列に対応するピークのピーク強度である。強度情報として、ピークに対応する面積、および／またはピークの信頼性に関する数値を用いてもよい。このような強度情報を表示することにより、各ペプチド配列に対応するペプチドの検出量および／またはその検出の信頼性を、わかりやすく表示することができる。
【００６９】
（７）本実施形態の分析装置において、出力部４４は、強度情報に含まれる少なくとも一つの値の大きさに基づいて、強度情報を区別して表示する。これにより、各ペプチドに対応する強度情報の値の大きさの違いを強調することができる。
【００７０】
（８）本実施形態の分析装置は、質量分析計を備え、質量分析計により複数のペプチドを分離する。これにより、質量分析計の高い分離能を利用して精密に各ペプチドの分析をすることができる。また、質量分析計とクロマトグラフを組み合わせることにより、高い分離能を実現することもできる。
なお、クロマトグラフのみでペプチドを分離してもよい。
【００７１】
（９）本実施形態の表示方法は、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出することと、算出された複数のペプチド配列のそれぞれに対応する強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数に基づいた位置に表示することと、を備える。これにより、各ペプチドにおける未切断部位の情報等に基づいて、各ペプチドの情報をわかりやすく表示することができる。
【００７２】
次のような変形も本発明の範囲内であり、上述の実施形態と組み合わせることが可能である。以下の変形例において、上述の実施形態と同様の構造、機能を示す部位に関しては、同一の符号で参照し、適宜説明を省略する。
（変形例１）
出力制御部５４は、上述の実施形態の強度情報表示画面２００に、さらにそれぞれの未切断部位の数に対応するペプチド全体についての情報を加えて表示してもよい。
【００７３】
図４は、本変形例の強度情報表示画面２０１を示す図である。強度情報表示画面２０１では、強度情報表示画面２００に対応する情報に加え、検出ペプチド数２５１および配列被覆率２５２が、未切断部位の数に対応して表示されている。
【００７４】
検出ペプチド数２５１の欄は、未切断部位の数に対応して配列算出部５３が算出した各ペプチド配列に対応するペプチドのうち、測定部１００により検出されたものの数を示している。
【００７５】
例えば、未切断部位の数が０個の場合（「ＭＣ０」）に対応する検出ペプチド数は、残基番号１−６に対応するペプチド、残基番号７−１０に対応するペプチド、残基番号１１−１５に対応するペプチド、残基番号１６−２４に対応するペプチド、残基番号２５−２６に対応するペプチドおよび残基番号２７−３０に対応するペプチドの合計６個であるため、６が表示されている。
【００７６】
未切断部位の数が２個の場合（「ＭＣ２」）に対応する検出ペプチド数は、残基番号７−２４に対応するペプチドおよび残基番号１１−２６に対応するペプチドの合計２個であるため、２が表示されている。このように、検出ペプチド数は、未切断部位の数が等しければ、配列の一部が重複するペプチドのそれぞれを１として全て加算する。
【００７７】
配列被覆率２５２の欄は、タンパク質のアミノ酸配列全体のうち、対応するペプチドが検出されている部分の割合を示す。
【００７８】
例えば、未切断部位が０個の場合（「ＭＣ０」）の配列被覆率は、残基番号１−３０に対応する部分Ｓ１においてペプチドが検出されているから、Ｓ１部分に含まれる残基数３０を、タンパク質全体の残基数４０で割って、％表示に換算して７５．０となる。
【００７９】
未切断部位が２個の場合（「ＭＣ２」）の配列被覆率は、残基番号７−２６に対応する部分Ｓ２においてペプチドが検出されているから、Ｓ２部分に含まれる残基数２０を、タンパク質全体の残基数４０で割って、％表示に換算して５０．０となる。
【００８０】
本実施形態の分析装置において、出力部４４は、検出された複数のペプチドの総数（検出ペプチド数）、およびタンパク質のアミノ酸配列における、対応する複数のペプチドが少なくとも一つ検出されているアミノ酸配列の割合（配列被覆率）からなる群から選択される少なくとも一つの値を、強度情報と共に表示する。これにより、何種類のペプチドが検出され、これらのペプチドによりタンパク質のアミノ酸配列がどの程度対応付けされているかをわかりやすく表示することができる。
【００８１】
（変形例２）
上述の実施形態では、強度情報を二次元の表として示したが、三次元以上の次元の表を二次元に立体的に表示してもよい。例えば、出力制御部５４は、図２に示された強度情報表示画面２００において、強度情報の値を三次元棒グラフとして示してもよい。これにより、多次元の情報を適当な角度から立体的に示すことにより、わかりやすく表示することができる。
【００８２】
（変形例３）
分析装置１の情報処理機能を実現するためのプログラムをコンピュータ読み取り可能な記録媒体に記録して、この記録媒体に記録された、上述した測定、解析および表示の処理およびそれに関連する処理の制御に関するプログラムをコンピュータシステムに読み込ませ、実行させてもよい。なお、ここでいう「コンピュータシステム」とは、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）や周辺機器のハードウェアを含むものとする。また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、光ディスク、メモリカード等の可搬型記録媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークや電話回線等の通信回線を介してプログラムを送信する場合の通信線のように、短時間の間、動的にプログラムを保持するもの、その場合のサーバやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発性メモリのように、一定時間プログラムを保持するものを含んでもよい。また上記のプログラムは、前述した機能の一部を実現するためのものであってもよく、さらに前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせにより実現するものであってもよい。
【００８３】
また、パーソナルコンピュータ（以下、ＰＣと記載）等に適用する場合、上述した制御に関するプログラムは、ＣＤ−ＲＯＭ等の記録媒体やインターネット等のデータ信号を通じて提供することができる。図５はその様子を示す図である。ＰＣ９５０は、ＣＤ−ＲＯＭ９５３を介してプログラムの提供を受ける。また、ＰＣ９５０は通信回線９５１との接続機能を有する。コンピュータ９５２は上記プログラムを提供するサーバーコンピュータであり、ハードディスク等の記録媒体にプログラムを格納する。通信回線９５１は、インターネット、パソコン通信などの通信回線、あるいは専用通信回線などである。コンピュータ９５２はハードディスクを使用してプログラムを読み出し、通信回線９５１を介してプログラムをＰＣ９５０に送信する。すなわち、プログラムをデータ信号として搬送波により搬送して、通信回線９５１を介して送信する。このように、プログラムは、記録媒体や搬送波などの種々の形態のコンピュータ読み込み可能なコンピュータプログラム製品として供給できる。
【００８４】
上述した情報処理機能を実現するためのプログラムとして、タンパク質の切断により生成され得る複数のペプチドのペプチド配列を、切断の配列特異性と、未切断部位の数とに基づいて算出する配列算出処理と、タンパク質の切断により生成された複数のペプチドが検出されて得られた強度情報を含む測定データを取得して解析する解析処理と、算出された複数のペプチド配列のそれぞれに対応する強度情報を、ペプチドの有する未切断部位の数に基づいた位置に表示する表示処理と、を処理装置に行わせるプログラムが含まれる。これにより、各ペプチドにおける未切断部位の情報等に基づいて、各ペプチドの情報をわかりやすく表示することができる。
【実施例】
【００８５】
４４１アミノ酸からなり配列表の配列番号１のアミノ酸配列を有するタウタンパク質を還元およびアルキル化した後、トリプシンにより切断する酵素処理をし、切断により生成されたペプチドを精製した。精製されたペプチドを、ＭＡＬＤＩ法によりイオン化し、四重極イオントラップおよびＴＯＦＭＳにより質量分離して検出した。
【００８６】
図６（Ａ）（Ｂ）、図７（Ａ）（Ｂ）、図８（Ａ）（Ｂ）および図９（Ａ）（Ｂ）に、検出したペプチドの強度情報として、マススペクトルにおけるピーク強度を二次元にマッピングした強度情報表示画面の例を分割して示した。配列表の配列番号と図６〜９の表中のペプチドとの対応は以下の通りである。
配列番号２…残基番号１〜５、配列番号３…残基番号６〜２３、配列番号４…残基番号２５〜４４、配列番号５…残基番号４５〜６７、配列番号６…残基番号６８〜８７、配列番号７…残基番号８８〜１２６、配列番号８…残基番号１２７〜１３０、配列番号９…残基番号１３３〜１４０、配列番号１０…残基番号１４４〜１４８、配列番号１１…残基番号１５１〜１５５、配列番号１２…残基番号１５６〜１６３、配列番号１３…残基番号１６４〜１７０、配列番号１４…残基番号１７１〜１７４、配列番号１５…残基番号１７５〜１８０、配列番号１６…残基番号１８１〜１９０、配列番号１７…残基番号１９１〜１９４、配列番号１８…残基番号１９５〜２０９、配列番号１９…残基番号２１２〜２２１、配列番号２０…残基番号２２６〜２３０、配列番号２１…残基番号２３１〜２３４、配列番号２２…残基番号２３５〜２４０、配列番号２３…残基番号２４３〜２５４、配列番号２４…残基番号２６０〜２６７、配列番号２５…残基番号２６８〜２７４、配列番号２６…残基番号２７５〜２８０、配列番号２７…残基番号２８２〜２９０、配列番号２８…残基番号２９１〜２９４、配列番号２９…残基番号２９５〜２９８、配列番号３０…残基番号２９９〜３１７、配列番号３１…残基番号３１８〜３２１、配列番号３２…残基番号３２２〜３４０、配列番号３３…残基番号３４４〜３４７、配列番号３４…残基番号３５０〜３５３、配列番号３５…残基番号３５４〜３６９、配列番号３６…残基番号３７１〜３７５、配列番号３７…残基番号３７６〜３７９、配列番号３８…残基番号３８０〜３８３、配列番号３９…残基番号３８６〜３９５、配列番号４０…残基番号３９６〜４０６、配列番号４１…残基番号４０７〜４３８。
【００８７】
本発明は上記実施形態の内容に限定されるものではない。本発明の技術的思想の範囲内で考えられるその他の態様も本発明の範囲内に含まれる。
【符号の説明】
【００８８】
１…分析装置、１０…イオン化部、２１…イオン加速部、２２…質量分離部、３０…検出部、４０…制御部、５０…処理部、５１…装置制御部、５２…配列算出部、５３…解析部、５４…出力制御部、１００…測定部、２００，２０１…強度情報表示画面、Ｓ…ペプチドイオン。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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