(57)【要約】【課題】結核菌に感染している被験体において、結核菌遺伝系統ごとに特異的に、被験体の遺伝子情報に基づいて、結核症発症のリスクを判定する方法の提供。【解決手段】被験体において、結核症の発症と関連している被験体ゲノムの一塩基多型部位の塩基を同定し、かつ被験体に潜伏感染している結核菌遺伝系統をタイピングし、結核菌遺伝系統特異的に、被験体において潜伏感染している結核菌により結核症を発症するリスクを判定する方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体において、結核症の発症と関連している被験体ゲノムの一塩基多型部位の塩基を同定し、かつ被験体に潜伏感染している結核菌遺伝系統をタイピングし、結核菌遺伝系統特異的に、被験体において潜伏感染している結核菌により結核症を発症するリスクを判定する方法。
【請求項２】
タイピングされる結核菌遺伝系統が、北京株、非北京株、EAI株及び非EAI株からなる群から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項３】
被験体が感染している結核菌が北京株であるときに、以下の(b1)〜(b14)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、以下の(nb1)〜(nb12)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌がEAI株であるときに、以下の(e1)〜(e8)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌が非EAI株であるときに、以下の(ne1)〜(ne5)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定することを含む、請求項１又は２に記載の方法：
(b1)  rs9348878
配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(b2)  rs2070600
配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(b3)  rs401864
配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(b4)  rs673119
配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(b5)  rs1321267
配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(b6)  rs2076625
配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである；
(b7)  rs7142055
配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(b8)  rs1157619
配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(b9)  rs4924568
配列番号９で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(b10)  rs1899820
配列番号10で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである；
(b11)  rs2695163
配列番号11で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(b12)  rs1197772
配列番号12で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(b13)  rs1081022
配列番号13で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はGである；
(b14)  rs1648835
配列番号14で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はGである；
(nb1)  rs12144738
配列番号15で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb2)  rs1494320
配列番号16で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb3)  rs1712674
配列番号17で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである；
(nb4)  rs1418425
配列番号18で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(nb5)  rs4688637
配列番号19で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(nb6)  rs12374531
配列番号20で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(nb7)  rs11784415
配列番号21で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(nb8)  rs2182093
配列番号22で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(nb9)  rs10798
配列番号23で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(nb10)  rs4267316
配列番号24で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb11)  rs6071980
配列番号25で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb12)  rs743057
配列番号26で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(e1)  rs1178938
配列番号27で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(e2)  rs800065
配列番号28で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(e3)  rs1372667
配列番号29で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである；
(e4)  rs13174549
配列番号30で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(e5)  rs7087410
配列番号31で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(e6)  rs10898382
配列番号32で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである；
(e7)  rs957129
配列番号33で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである；
(e8)  rs1658693
配列番号34で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(ne1)  rs1820920
配列番号35で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(ne2)  rs11737270
配列番号36で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである； 
(ne3)  rs10832678
配列番号37で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(ne4)  rs10507084
配列番号38で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；又は
(ne5)  rs1440548
配列番号39で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。
【請求項４】
（１）  配列番号１で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b1)  rs9348878）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（２）  配列番号２で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b2)  rs2070600）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（３）  配列番号３で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b3)  rs401864）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（４）  配列番号４で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b4)  rs673119）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（５）  配列番号５で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b5)  rs1321267）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（６）  配列番号６で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b6)  rs2076625）の塩基がGの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（７）  配列番号７で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b7)  rs7142055）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（８）  配列番号８で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b8)  rs1157619）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（９）  配列番号９で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b9)  rs4924568）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（10）  配列番号10で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b10)  rs1899820）の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（11）  配列番号11で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b11)  rs2695163）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（12）  配列番号12で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b12)  rs1197772）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（13）  配列番号13で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b13)  rs1081022）の塩基がTの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（14）  配列番号14で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b14)  rs1648835）の塩基がTの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（15）  配列番号15で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb1)  rs12144738）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（16）  配列番号16で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb2)  rs1494320）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（17）  配列番号17で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb3)  rs1712674）の塩基がGの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（18）  配列番号18で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb4)  rs1418425）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（19）  配列番号19で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb5)  rs4688637）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（20）  配列番号20で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb6)  rs12374531）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（21）  配列番号21で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb7)  rs11784415）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（22）  配列番号22で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb8)  rs2182093）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（23）  配列番号23で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb9)  rs10798）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（24）  配列番号24で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb10)  rs4267316）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（25）  配列番号25で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb11)  rs6071980）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（26）  配列番号26で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb12)  rs743057）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（27）  配列番号27で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e1)  rs1178938）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（28）  配列番号28で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e2)  rs800065）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（29）  配列番号29で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e3)  rs1372667）の塩基がGの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（30）  配列番号30で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e4)  rs13174549）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（31）  配列番号31で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e5)  rs7087410）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（32）  配列番号32で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e6)  rs10898382）の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（33）  配列番号33で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e7)  rs951729）の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（34）  配列番号34で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e8)  rs1658693）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（35）  配列番号35で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne1)  rs1820920）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（36）  配列番号36で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne2)  rs11737270）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（37）  配列番号37で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne3)  rs10832678）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（38）  配列番号38で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne4)  rs10507084）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（39）  配列番号39で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne5)  rs1440548）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定する、
請求項３記載の方法。
【請求項５】
結核菌感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマーであって、
以下の(p1)〜(p14)のいずれかの北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー、以下の(p15)〜(p26)のいずれかの非北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー、以下の(p27)〜(p34)のいずれかのEAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー、又は以下の(p35)〜(p39)のいずれかの非EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー：
(p1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（rs9348878の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（rs2070600の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（rs401864の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（rs673119の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（rs1321267の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（rs2076625の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（rs7142055の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（rs1157619の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p9)  配列番号９の塩基配列における26番目の塩基（rs4924568の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p10)  配列番号10の塩基配列における26番目の塩基（rs1899820の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p11)  配列番号11の塩基配列における26番目の塩基（rs2695163の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p12)  配列番号12の塩基配列における26番目の塩基（rs1197772の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p13)  配列番号13の塩基配列における26番目の塩基（rs1081022の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p14)  配列番号14の塩基配列における26番目の塩基（rs1648835の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p15)  配列番号15の塩基配列における26番目の塩基（rs12144738の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p16)  配列番号16の塩基配列における26番目の塩基（rs1494320の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p17)  配列番号17の塩基配列における26番目の塩基（rs1712674の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p18)  配列番号18の塩基配列における26番目の塩基（rs1418425の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p19)  配列番号19の塩基配列における26番目の塩基（rs4688637の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p20)  配列番号20の塩基配列における26番目の塩基（rs12374531の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p21)  配列番号21の塩基配列における26番目の塩基（rs11784415の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p22)  配列番号22の塩基配列における26番目の塩基（rs2182093の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p23)  配列番号23の塩基配列における26番目の塩基（rs10798の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p24)  配列番号24の塩基配列における26番目の塩基（rs4267316の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p25)  配列番号25の塩基配列における26番目の塩基（rs6071980の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p26)  配列番号26の塩基配列における26番目の塩基（rs743057の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p27)  配列番号27の塩基配列における26番目の塩基（rs1178938の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p28)  配列番号28の塩基配列における26番目の塩基（rs800065の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p29)  配列番号29の塩基配列における26番目の塩基（rs1372667の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p30)  配列番号30の塩基配列における26番目の塩基（rs13174549の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p31)  配列番号31の塩基配列における26番目の塩基（rs7087410の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p32)  配列番号32の塩基配列における26番目の塩基（rs10898382の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p33)  配列番号33の塩基配列における26番目の塩基（rs951729の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p34)  配列番号34の塩基配列における26番目の塩基（rs1658693の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p35)  配列番号35の塩基配列における26番目の塩基（rs1820920の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p36)  配列番号36の塩基配列における26番目の塩基（rs11737270の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p37)  配列番号37の塩基配列における26番目の塩基（rs10832678の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p38)  配列番号38の塩基配列における26番目の塩基（rs10507084の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；又は
(p39)  配列番号39の塩基配列における26番目の塩基（rs1440548の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー。
【請求項６】
結核菌感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブであって、
以下の(q1)〜(q14)のいずれかの北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ、以下の(q15)〜(q26)のいずれかの非北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ、以下の(q27)〜(q34)のいずれかのEAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ、又は以下の(q35)〜(q39)のいずれかの非EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ：
(q1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（rs9348878の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（rs2070600の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（rs401864の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（rs673119の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（rs1321267の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（rs2076625の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（rs7142055の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（rs1157619の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q9)  配列番号９の塩基配列における26番目の塩基（rs4924568の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q10)  配列番号10の塩基配列における26番目の塩基（rs1899820の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q11)  配列番号11の塩基配列における26番目の塩基（rs2695163の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q12)  配列番号12の塩基配列における26番目の塩基（rs1197772の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q13)  配列番号13の塩基配列における26番目の塩基（rs1081022の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q14)  配列番号14の塩基配列における26番目の塩基（rs1648835の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q15)  配列番号15の塩基配列における26番目の塩基（rs12144738の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q16)  配列番号16の塩基配列における26番目の塩基（rs1494320の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q17)  配列番号17の塩基配列における26番目の塩基（rs1712674の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q18)  配列番号18の塩基配列における26番目の塩基（rs1418425の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q19)  配列番号19の塩基配列における26番目の塩基（rs4688637の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q20)  配列番号20の塩基配列における26番目の塩基（rs12374531の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q21)  配列番号21の塩基配列における26番目の塩基（rs11784415の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q22)  配列番号22の塩基配列における26番目の塩基（rs2182093の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q23)  配列番号23の塩基配列における26番目の塩基（rs10798の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q24)  配列番号24の塩基配列における26番目の塩基（rs4267316の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q25)  配列番号25の塩基配列における26番目の塩基（rs6071980の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q26)  配列番号26の塩基配列における26番目の塩基（rs743057の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q27)  配列番号27の塩基配列における26番目の塩基（rs1178938の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q28)  配列番号28の塩基配列における26番目の塩基（rs800065の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q29)  配列番号29の塩基配列における26番目の塩基（rs1372667の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q30)  配列番号30の塩基配列における26番目の塩基（rs13174549の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q31)  配列番号31の塩基配列における26番目の塩基（rs7087410の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q32)  配列番号32の塩基配列における26番目の塩基（rs10898382の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q33)  配列番号33の塩基配列における26番目の塩基（rs951729の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q34)  配列番号34の塩基配列における26番目の塩基（rs1658693の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q35)  配列番号35の塩基配列における26番目の塩基（rs1820920の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q36)  配列番号36の塩基配列における26番目の塩基（rs11737270の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q37)  配列番号37の塩基配列における26番目の塩基（rs10832678の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q38)  配列番号38の塩基配列における26番目の塩基（rs10507084の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ;又は
(q39)  配列番号39の塩基配列における26番目の塩基（rs1440548の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ。
【請求項７】
請求項５に記載のプライマー又は請求項６に記載のプローブを含む、結核症を発症するリスクを判定するためのキット。
【請求項８】
被験体において、結核症の発症と関連している被験体ゲノムの一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現量を測定し、かつ被験体に潜伏感染している結核菌遺伝系統をタイピングし、被験体において潜伏感染している結核菌により結核症を発症するリスクを判定する方法。
【請求項９】
被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、配列番号16で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（(nb2)  rs1494320）の近傍に位置する遺伝子であるCD53遺伝子の発現を測定し、該遺伝子の発現が上昇している場合に、結核症の発症のリスクが高いと判定する、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、配列番号25で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（(nb11)  rs6071980）の近傍に位置する遺伝子であるMAFB遺伝子の発現を測定し、該遺伝子の発現が上昇している場合に、結核症の発症のリスクが高いと判定する、請求項８記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、結核症の発症するリスクを判定する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
結核症発症と関連するヒト遺伝子多型の同定は候補遺伝子研究等によりゲノム全域を対象として様々に行われてきた(非特許文献１を参照）。一方、結核菌ゲノムについても発症と関連する遺伝子変異の研究が行われている（非特許文献２を参照）。しかしながら、これらのヒトゲノムと結核菌ゲノムを同時に解析し、結核菌遺伝系統特異的に発症に関わる遺伝子をゲノム全域から網羅的に解析した例はこれまでになかった。これは、疾患を発症した患者からヒトゲノム情報と結核菌ゲノム情報をともに取得することは稀であるためである。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００３】
【非特許文献１】Fol M et al. Acta Biochim Pol. 2015;62(4):633-40.
【非特許文献２】Coscolla M et al. Semin Immunol. 2014 Dec;26(6):431-44.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
本発明は、結核症発症に関連するヒトゲノム及び病原菌ゲノムの相互作用の解明から、結核菌遺伝系統特異的に結核症発症に関連するヒト遺伝子を同定し、結核菌に感染している被験体において、被験体の遺伝子情報に基づいて、結核菌系統ごとに特異的に、結核症発症のリスクを判定する方法の提供を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明者らは、ヒトゲノム全域の一塩基多型(SNP:Single Nucleotide Polymorphism)の情報を取得することに加え、結核菌のゲノム情報も取得し、２つの情報を併せて結核症発症との関連解析を行った。この解析により、ヒトゲノムと結核菌ゲノムを独立に解析していた際には関連が同定できない結核菌遺伝系統特異的に結核症発症と関連したヒトゲノム中のSNPs及びその近傍の遺伝子を同定した。
【０００６】
ヒトゲノムのSNP情報は、結核症を発症した患者及び健常者の血液より抽出したDNA及びSNPタイピング用マイクロアレイによって得た。
【０００７】
同時に、患者より感染結核菌のゲノムを抽出し、結核菌の遺伝系統の判別を行った。解析においては、結核症患者群と健常者群の持つ遺伝的背景をそろえる為にゲノム全域のSNPs情報を用いて主成分分析を行った。また、患者の発症年齢情報を用いての患者群の分類も行った。
【０００８】
そして、感染している結核菌の遺伝系統ごとに結核症患者群を分類し、共通の遺伝系統の結核菌に感染した患者群と健常者群における各SNPｓのアリル頻度を比較する関連解析を実施することにより、結核菌の遺伝系統特異的に統計的な関連を示すSNPｓを探索し、本発明を完成させるに至った。
【０００９】
すなわち、本発明は以下のとおりである。
[１]  被験体において、結核症の発症と関連している被験体ヒトゲノムの一塩基多型部位の塩基を同定し、かつ被験体に潜伏感染している結核菌遺伝系統をタイピングし、被験体において潜伏感染している結核菌により結核菌遺伝系統特異的に、結核症を発症するリスクを判定する方法。
[２]  タイピングされる結核菌遺伝系統が、北京株、非北京株、EAI株及び非EAI株からなる群から選択される、[１]の方法。
[３]  被験体が感染している結核菌が北京株であるときに、以下の(b1)〜(b14)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、以下の(nb1)〜(nb12)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌がEAI株であるときに、以下の(e1)〜(e8)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌が非EAI株であるときに、以下の(ne1)〜(ne5)の少なくとも１つの一塩基多型部位の塩基を同定することを含む、[１]又は[２]の方法：
(b1)  rs9348878
配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(b2)  rs2070600
配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(b3)  rs401864
配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(b4)  rs673119
配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(b5)  rs1321267
配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(b6)  rs2076625
配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである；
(b7)  rs7142055
配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(b8)  rs1157619
配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(b9)  rs4924568
配列番号９で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(b10)  rs1899820
配列番号10で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである；
(b11)  rs2695163
配列番号11で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(b12)  rs1197772
配列番号12で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(b13)  rs1081022
配列番号13で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はGである；
(b14)  rs1648835
配列番号14で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はGである；
(nb1)  rs12144738
配列番号15で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb2)  rs1494320
配列番号16で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb3)  rs1712674
配列番号17で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである；
(nb4)  rs1418425
配列番号18で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(nb5)  rs4688637
配列番号19で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(nb6)  rs12374531
配列番号20で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(nb7)  rs11784415
配列番号21で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(nb8)  rs2182093
配列番号22で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(nb9)  rs10798
配列番号23で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(nb10)  rs4267316
配列番号24で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb11)  rs6071980
配列番号25で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(nb12)  rs743057
配列番号26で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである；
(e1)  rs1178938
配列番号27で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである；
(e2)  rs800065
配列番号28で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(e3)  rs1372667
配列番号29で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである；
(e4)  rs13174549
配列番号30で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；
(e5)  rs7087410
配列番号31で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(e6)  rs10898382
配列番号32で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである；
(e7)  rs951729
配列番号33で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである；
(e8)  rs1658693
配列番号34で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(ne1)  rs1820920
配列番号35で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである；
(ne2)  rs11737270
配列番号36で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである； 
(ne3)  rs10832678
配列番号37で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである；
(ne4)  rs10507084
配列番号38で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである；又は
(ne5)  rs1440548
配列番号39で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。
[４]（１）  配列番号１で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b1)  rs9348878）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（２）  配列番号２で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b2)  rs2070600）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（３）  配列番号３で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b3)  rs401864）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（４）  配列番号４で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b4)  rs673119）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（５）  配列番号５で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b5)  rs1321267）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（６）  配列番号６で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b6)  rs2076625）の塩基がGの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（７）  配列番号７で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b7)  rs7142055）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（８）  配列番号８で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b8)  rs1157619）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（９）  配列番号９で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b9)  rs4924568）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（10）  配列番号10で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b10)  rs1899820）の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（11）  配列番号11で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b11)  rs2695163）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（12）  配列番号12で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b12)  rs1197772）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（13）  配列番号13で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b13)  rs1081022）の塩基がTの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（14）  配列番号14で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(b14)  rs1648835）の塩基がTの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（15）  配列番号15で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb1)  rs12144738）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（16）  配列番号16で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb2)  rs1494320）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（17）  配列番号17で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb3)  rs1712674）の塩基がGの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（18）  配列番号18で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb4)  rs1418425）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（19）  配列番号19で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb5)  rs4688637）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（20）  配列番号20で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb6)  rs12374531）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（21）  配列番号21で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb7)  rs11784415）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（22）  配列番号22で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb8)  rs2182093）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（23）  配列番号23で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb9)  rs10798）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（24）  配列番号24で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb10)  rs4267316）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（25）  配列番号25で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb11)  rs6071980）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（26）  配列番号26で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(nb12)  rs743057）の塩基がAの場合に、Gの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（27）  配列番号27で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e1)  rs1178938）の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（28）  配列番号28で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e2)  rs800065）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（29）  配列番号29で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e3)  rs1372667）の塩基がGの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（30）  配列番号30で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e4)  rs13174549）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（31）  配列番号31で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e5)  rs7087410）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（32）  配列番号32で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e6)  rs10898382）の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（33）  配列番号33で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e7)  rs951729）の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（34）  配列番号34で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(e8)  rs1658693）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定し、
（35）  配列番号35で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne1)  rs1820920）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（36）  配列番号36で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne2)  rs11737270）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（37）  配列番号37で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne3)  rs10832678）の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定し、
（38）  配列番号38で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne4)  rs10507084）の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定し、又は
（39）  配列番号39で示される塩基配列の26番目の一塩基多型部位（(ne5)  rs1440548）の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定する、
[３]の方法。
[５]  結核菌感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのヒトゲノムに対するプライマーであって、以下の(p1)〜(p14)のいずれかの北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー、以下の(p15)〜(p26)のいずれかの非北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー、以下の(p27)〜(p34)のいずれかのEAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー、又は以下の(p35)〜(p39)のいずれかの非EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー：
(p1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（rs9348878の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（rs2070600の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（rs401864の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（rs673119の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（rs1321267の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（rs2076625の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（rs7142055の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（rs1157619の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p9)  配列番号９の塩基配列における26番目の塩基（rs4924568の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p10)  配列番号10の塩基配列における26番目の塩基（rs1899820の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p11)  配列番号11の塩基配列における26番目の塩基（rs2695163の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p12)  配列番号12の塩基配列における26番目の塩基（rs1197772の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p13)  配列番号13の塩基配列における26番目の塩基（rs1081022の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p14)  配列番号14の塩基配列における26番目の塩基（rs1648835の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p15)  配列番号15の塩基配列における26番目の塩基（rs12144738の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p16)  配列番号16の塩基配列における26番目の塩基（rs1494320の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p17)  配列番号17の塩基配列における26番目の塩基（rs1712674の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p18)  配列番号18の塩基配列における26番目の塩基（rs1418425の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p19)  配列番号19の塩基配列における26番目の塩基（rs4688637の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p20)  配列番号20の塩基配列における26番目の塩基（rs12374531の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p21)  配列番号21の塩基配列における26番目の塩基（rs11784415の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p22)  配列番号22の塩基配列における26番目の塩基（rs2182093の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p23)  配列番号23の塩基配列における26番目の塩基（rs10798の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p24)  配列番号24の塩基配列における26番目の塩基（rs4267316の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p25)  配列番号25の塩基配列における26番目の塩基（rs6071980の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p26)  配列番号26の塩基配列における26番目の塩基（rs743057の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p27)  配列番号27の塩基配列における26番目の塩基（rs1178938の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p28)  配列番号28の塩基配列における26番目の塩基（rs800065の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p29)  配列番号29の塩基配列における26番目の塩基（rs1372667の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p30)  配列番号30の塩基配列における26番目の塩基（rs13174549の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p31)  配列番号31の塩基配列における26番目の塩基（rs7087410の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p32)  配列番号32の塩基配列における26番目の塩基（rs10898382の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p33)  配列番号33の塩基配列における26番目の塩基（rs951729の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p34)  配列番号34の塩基配列における26番目の塩基（rs1658693の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p35)  配列番号35の塩基配列における26番目の塩基（rs1820920の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p36)  配列番号36の塩基配列における26番目の塩基（rs11737270の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p37)  配列番号37の塩基配列における26番目の塩基（rs10832678の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p38)  配列番号38の塩基配列における26番目の塩基（rs10507084の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；又は
(p39)  配列番号39の塩基配列における26番目の塩基（rs1440548の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー。
[６]  結核菌感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブであって、
以下の(q1)〜(q14)のいずれかの北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ、以下の(q15)〜(q26)のいずれかの非北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ、以下の(q27)〜(q34)のいずれかのEAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ、又は以下の(q35)〜(q39)のいずれかの非EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ：
(q1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（rs9348878の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（rs2070600の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（rs401864の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（rs673119の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（rs1321267の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（rs2076625の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（rs7142055の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（rs1157619の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q9)  配列番号９の塩基配列における26番目の塩基（rs4924568の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q10)  配列番号10の塩基配列における26番目の塩基（rs1899820の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q11)  配列番号11の塩基配列における26番目の塩基（rs2695163の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q12)  配列番号12の塩基配列における26番目の塩基（rs1197772の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q13)  配列番号13の塩基配列における26番目の塩基（rs1081022の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q14)  配列番号14の塩基配列における26番目の塩基（rs1648835の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q15)  配列番号15の塩基配列における26番目の塩基（rs12144738の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q16)  配列番号16の塩基配列における26番目の塩基（rs1494320の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q17)  配列番号17の塩基配列における26番目の塩基（rs1712674の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q18)  配列番号18の塩基配列における26番目の塩基（rs1418425の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q19)  配列番号19の塩基配列における26番目の塩基（rs4688637の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q20)  配列番号20の塩基配列における26番目の塩基（rs12374531の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q21)  配列番号21の塩基配列における26番目の塩基（rs11784415の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q22)  配列番号22の塩基配列における26番目の塩基（rs2182093の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q23)  配列番号23の塩基配列における26番目の塩基（rs10798の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q24)  配列番号24の塩基配列における26番目の塩基（rs4267316の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q25)  配列番号25の塩基配列における26番目の塩基（rs6071980の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q26)  配列番号26の塩基配列における26番目の塩基（rs743057の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q27)  配列番号27の塩基配列における26番目の塩基（rs1178938の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q28)  配列番号28の塩基配列における26番目の塩基（rs800065の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q29)  配列番号29の塩基配列における26番目の塩基（rs1372667の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q30)  配列番号30の塩基配列における26番目の塩基（rs13174549の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q31)  配列番号31の塩基配列における26番目の塩基（rs7087410の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q32)  配列番号32の塩基配列における26番目の塩基（rs10898382の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q33)  配列番号33の塩基配列における26番目の塩基（rs951729の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q34)  配列番号34の塩基配列における26番目の塩基（rs1658693の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q35)  配列番号35の塩基配列における26番目の塩基（rs1820920の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q36)  配列番号36の塩基配列における26番目の塩基（rs11737270の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q37)  配列番号37の塩基配列における26番目の塩基（rs10832678の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q38)  配列番号38の塩基配列における26番目の塩基（rs10507084の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ;又は
(q39)  配列番号39の塩基配列における26番目の塩基（rs1440548の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ。
[７]  [５]のプライマー又は[６]のプローブを含む、結核症を発症するリスクを判定するためのキット。
[８]  被験体において、結核症の発症と関連している被験体ゲノムの一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現量を測定し、かつ被験体に潜伏感染している結核菌遺伝系統をタイピングし、被験体において潜伏感染している結核菌により結核症を発症するリスクを判定する方法。
[９]  被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、配列番号16で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（(nb2)  rs1494320）の近傍に位置する遺伝子であるCD53遺伝子の発現を測定し、該遺伝子の発現が上昇している場合に、結核症の発症のリスクが高いと判定する、[８]の方法。
[１０]  被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、配列番号25で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（(nb11)  rs6071980）の近傍に位置する遺伝子であるMAFB遺伝子の発現を測定し、該遺伝子の発現が上昇している場合に、結核症の発症のリスクが高いと判定する、[８]の方法。
【発明の効果】
【００１０】
本発明の方法により、一塩基多型を同定し、又はその一塩基多型部位の近傍遺伝子の発現を測定することにより、結核菌に感染している結核菌の遺伝系統ごとに、結核症の発症リスクを判定し、結核症の発症のリスクが高い結核菌感染者を未発症の感染者の中から効率的に選別し、発症前に治療を行い、発症を未然に防ぐことができる。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１−１】結核菌遺伝系統特異的に結核症の発症と関連した一塩基多型のリスト及び近傍の遺伝子を示す図である（北京株）。
【図１−２】結核菌遺伝系統特異的に結核症の発症と関連した一塩基多型のリスト及び近傍の遺伝子を示す図である（北京株）（図１−１の続き）。
【図２−１】結核菌遺伝系統特異的に結核症の発症と関連した一塩基多型のリスト及び近傍の遺伝子を示す図である（非北京株）。
【図２−２】結核菌遺伝系統特異的に結核症の発症と関連した一塩基多型のリスト及び近傍の遺伝子を示す図である（非北京株）（図２−１の続き）。
【図３】結核菌遺伝系統特異的に結核症の発症と関連した一塩基多型のリスト及び近傍の遺伝子を示す図である（EAI株）。
【図４】結核菌遺伝系統特異的に結核症の発症と関連した一塩基多型のリスト及び近傍の遺伝子を示す図である（非EAI株）。
【図５】結核発症リスク候補遺伝子であるCD53遺伝子の結核患者における発現解析の結果を示す図である。
【図６】結核発症リスク候補遺伝子であるMAFB遺伝子の結核患者における発現解析の結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
以下、本発明を詳細に説明する。
【００１３】
本発明はヒト及び結核菌の遺伝子情報に基づいて、被験体の結核症（TB: Tuberculosis）発症のリスクを判定する方法である。ここで、被験体の結核症発症のリスクを判定するとは、被験体における結核症の発症のし易さ、又はしにくさを判定することをいう。本発明において、結核菌(Mycobacterium tuberculosis）に感染しているが発症していない被験体、すなわち、結核菌が潜伏感染している被験体を対象とする。また、本発明は、被験体の結核症発症のリスクを判定するための補助的データを取得する方法でもある。本発明において、評価、判定とは予測ともいう。
【００１４】
結核症とは、結核菌により引き起こされる感染症をいう。好発部位は肺であるが、全身の臓器、器官に感染し、肺結核あるいは結核性髄膜炎、結核性リンパ節炎等の肺外結核を発症する。
【００１５】
世界中のヒトのうち３人に１人は結核菌に感染している。結核菌に感染しているヒトのうち、結核症を発症するヒトは10人に１人程度である。また、発症するヒトでも感染から10年〜数十年経てから発症することも多い。本発明の方法で、結核症発症のリスクを判定し、リスクが高いと判定された場合、予め結核菌に対する抗生物質を投与することにより発症を回避することができる。
【００１６】
具体的には、潜伏感染している被験体における結核症の発症のし易さと関連しているヒトゲノム上のSNP（一塩基多型）を分析し、一塩基多型部位の塩基の種類に基づいて結核症発症のリスクを評価、判定する。ここで、一塩基多型の分析とは、一塩基多型部位の塩基を同定することをいう。
【００１７】
また、結核症の発症のし易さと関連している一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現を測定し、該発現量に基づいて結核症発症のリスクを評価、判定する。一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子は、一塩基多型部位に距離的に近い遺伝子、好ましくは距離的に最も近い遺伝子をいう。一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子は、一塩基多型部位のアリルにより、発現が減退したり、発現が亢進したりする。従って、一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現を測定することにより、一塩基多型部位の塩基を指標に結核症発症のリスクを判定できるのと同様に、結核症の発症のし易さと関連している一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現を指標に結核症発症のリスクを判定することができる。
【００１８】
結核菌ゲノムの遺伝系統(Lineage)は多様性を示し、北京（Beijing）株、EAI（East-African Indian)株、CAS（Central Asian Strain)株、Euro-American株等がある。また、北京株は感染者が多いため、北京株以外の株をまとめて非北京（非Beijing）株と呼び、非北京株にはEAI株、CAS株及びEuro-American株が含まれる。同様に、EAI株は感染者が多いため、EAI株以外の株をまとめて非EAI株と呼び、非EAI株には北京株、CAS株及びEuro-American株が含まれる。
【００１９】
潜伏感染している結核菌の株により、被験体における結核症発症のリスクと関連する一塩基多型は異なる。さらに、被験体の年齢により結核症発症のリスクは異なっており、年齢により老年性発症又は若年性発症という。発症する被験体の年齢が４５歳以上のときに老年性発症といい、４５歳未満のときに若年性発症という（Mahasirimongkol S et al. J Hum Genet. 2012 Jun;57(6):363-7）。
【００２０】
実際に結核症を発症した患者から結核菌を単離し、タイピングにより結核菌の遺伝系統を決定するとともに、該患者のゲノム全域の一塩基多型を分析する。この際、ヒトのゲノム全域の一塩基多型情報を用いた主成分分析を実施することにより、関連解析を実施する前に収集した患者から健常者群と同様の遺伝的背景を持つ患者群を抽出することが可能となる。また、患者の発症年齢情報を考慮することで、共通の発症機構を有していると考えられる患者群を抽出することが可能となる。
【００２１】
そのような方法で抽出した患者群を用いて、感染している結核菌のゲノム情報をもとに、北京株感染患者群、非北京株感染患者群、EAI株感染患者群、非EAI株感染患者群それぞれに結核症全患者群を分類し、共通の遺伝系統の結核菌に感染した患者群と健常者群における各一塩基多型のアリル頻度を比較する関連解析を実施することで、結核菌の遺伝系統の感染時の発症と特異的な関連を有する一塩基多型を同定することができる。
【００２２】
本発明者らは、ヒト全ゲノム解析（GWAS)の手法により、ヒトゲノム上の複数の一塩基多型が結核の発症と関連していることを見出し、本発明を完成させたが、ここで結核の発症と関連しているとは、一塩基多型のアリルと結核症を発症するリスクとが統計学的に関連していることをいう。
【００２３】
一塩基多型の分析は、一塩基多型部位の塩基の種類、すなわちアリルを決定することをいい、１対の染色体上の一方の染色体について検出する場合も、両方の染色体について検出する場合も包含され、両方の染色体について検出する場合にも、一塩基多型部位においてホモ接合性かヘテロ接合性かの検出を含む。被験体から単離した試料に含まれる特定のアリルに対立する各々のアリルを検出し、遺伝子型を決定することができる。あるアリルのみが検出された場合は当該アリルをホモに有するホモ接合性であり、２つのアリルが検出された場合には該２つのアリルをヘテロに有するヘテロ接合性である。
【００２４】
結核菌が潜伏感染している被験体における、結核症の発症のリスクは以下の方法で判定する。
【００２５】
被験体の結核菌感染部位より、結核菌を単離する。通常は被験体の喀痰から単離すればよい。結核菌の単離のため、結核患者の喀痰をLowenstein-Jensen培地に塗布し、37℃で4〜6週間培養する。培養された菌体からゲノムDNAを抽出する。具体的な抽出方法としては、菌体をTE(10mM Tris HCl pH 8.0, 1mM EDTA)に懸濁後、80℃20分の熱処理により殺菌し、10mg/mlのリゾチーム溶液を添加し、一晩反応させることで溶菌させる。さらに10%SDS/proteinase K溶液を添加し65℃10分の反応後、5M NaCl及びCTAB/NaCl溶液を添加し、さらに65℃10分反応させる。その後、クロロフォルム/イソアミルアルコール溶液と混合し、水層に対して2-プロパノールを用いてDNA沈殿を行う。70%エタノールで洗浄後、残ったペレットをTEバッファーに懸濁し、DNA濃度を測定する。
【００２６】
単離した結核菌ゲノムDNAをタイピングし、遺伝系統を決定する。結核菌をタイピングするためのマーカー及び方法は公知であり、例えば、特定のマーカーの存非をPCR法により測定するGagneux S et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Feb 21;103(8):2869-73.に記載のLSP（Large Sequence Polymorphism）判定法や、本発明者らが開発したDigiTag2法を結核菌ゲノムのSNPタイピングに応用した判定法（Srilohasin P et al. J. Clin. Microbiol. 2014, 52(6): 1962-8)で行うことができる。LSP判定法とは具体的には、EAI株、北京株、CAS株、Euro-American株に分類する場合は、マーカーとなるゲノム領域として、RD239、TbD1、RD105、RD750、7bp deletion at pks 15/1の５つを組み合わせて用いる。特異的なプライマーセットにより対象領域を増幅することで、その増幅産物のサイズにより対象領域の欠失の有無を判定し、遺伝系統の判定が出来る。EAI株はRD239(-)かつTbD1（＋）であり、北京株はRD105(-)かつTbD1(-)であり、CAS株はRD750(-)かつTbD1(-)であり、Euro-American株はTbD1(-)かつ7bp deletion at pks 15/1である。
【００２７】
これらのタイピング方法は一例である。結核菌遺伝系統は、上記の遺伝系統の分類だけでなく、さらに亜系統に分類できる。より細分類して、それぞれの系統について、結核症発症に関連した一塩基多型を決定することもできる。
【００２８】
結核菌のタイピングと同時に、被験体の末梢血細胞よりゲノムを抽出し、一塩基多型を分析するか、あるいは、一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現量を測定すればよい。発現量は例えば、血液中の発現量を測定すればよい。すなわち、本発明においては、被験体に潜伏感染している結核菌を採取し、タイピングし結核菌の遺伝系統を決定し、同時に被験体のヒトゲノム中の結核症の発症のし易さと関連している一塩基多型を分析し、又は該一塩基多型の近傍に位置する遺伝子の発現量を測定する。最終的に感染している結核菌の型ごとに、被験体の一塩基多型分析又は遺伝子の発現量から、結核症発症のリスクを判定する。
【００２９】
具体的には、本発明の方法においては、それぞれ、北京株感染被験体、非北京株感染被験体、EAI株感染被験体、及び非EAI株感染被験体について以下の一塩基多型を分析する。一塩基多型を示す「rsXXXXXX（Ｘは任意の数字）」は、NCBI(National Center for Biotechnology Information)のSNPデータベース(dbSNP BUILD137)のリファレンス番号であるrs番号を示す。
【００３０】
以下の一塩基多型は、特定の遺伝系統の結核菌に感染時の結核症の発症との関連をP値で表した場合に、1×10-5以下の一塩基多型である。ここで、P値とは結核症を発症した患者群と発症しない健常者群とで一塩基多型の頻度に差があるかどうかを示す値であり、値が小さいほど、相関が確からしいと判定される。
【００３１】
また、一塩基多型部位の塩基は、SNPデータベースに登録されている順鎖又は逆鎖いずれかの配列における塩基で表している。他方の鎖の配列では、相補的な塩基となる。
【００３２】
北京株感染被験体
rs9348878、rs2070600、rs401864、rs673119、rs1321267、rs2076625、rs7142055、rs1157619、rs4924568、rs1899820、rs2695163、rs1197772、rs1081022、rs1648835
【００３３】
非北京株感染被験体
rs12144738、rs1494320、rs1712674、rs1418425、rs4688637、rs12374531、rs11784415、rs2182093、rs10798、rs4267316、rs6071980、rs743057
【００３４】
EAI株感染被験体
rs1178938、rs800065、rs1372667、rs13174549、rs7087410、rs10898382、rs951729、rs1658693
【００３５】
非EAI株感染被験体
rs1820920、rs11737270、rs10832678、rs10507084、rs1440548
【００３６】
上記rs番号で表される一塩基多型は以下に説明する一塩基多型である。以下の説明において、それぞれの一塩基多型において、特定の結核菌遺伝系統の発症のリスクの大きさを示すオッズ比（OR)(95％信頼区間）、及びP値を示す。ある一塩基多型のオッズ比が１以上の場合その一塩基多型においてマイナーアリルを有する被験体は結核症を発症する可能性が高くなる。例えば、1.94の場合、結核症を発症する可能性は、1.94倍に高まる。一方、ある一塩基多型のオッズ比が１未満の場合その一塩基多型においてマイナーアリルを有する被験体は結核症を発症する可能性が低くなる。例えば、0.61の場合、結核症を発症する可能性は、0.61倍に低下する。
【００３７】
北京株感染被験体
(b1)  rs9348878
配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.98 (1.48-2.64)であり、P値は、2.69×10-6である。
【００３８】
(b2)  rs2070600
配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Gの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてGアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.00 (1.50-2.67)であり、P値は、2.07×10-6である。
【００３９】
(b3)  rs401864
配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.63 (1.32-2.02)であり、P値は、5.36×10-6である。
【００４０】
(b4)  rs673119
配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.80 (1.39-2.33)であり、P値は、6.97×10-6である。
【００４１】
(b5)  rs1321267
配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.95 (1.46-2.60)であり、P値は、5.35×10-6である。
【００４２】
(b6)  rs2076625
配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に小さい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定することができる。オッズ比は、0.61 (0.49-0.75)であり、P値は、4.31×10-6である。
【００４３】
(b7)  rs7142055
配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.08 (1.50-2.89)であり、P値は、7.78×10-6である。
【００４４】
(b8)  rs1157619
配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Cの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.49 (1.70-3.64)であり、P値は、1.27×10-6である。
【００４５】
(b9)  rs4924568
配列番号９で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてGアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.31 (1.60-3.35)であり、P値は、5.15×10-6である。
【００４６】
(b10)  rs1899820
配列番号10で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.31 (1.60-3.35)であり、P値は、5.15×10-6である。
【００４７】
(b11)  rs2695163
配列番号11で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.35 (1.63-3.38)であり、P値は、2.97×10-6である。
【００４８】
(b12)  rs1197772
配列番号12で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.36 (1.64-3.40)であり、P値は、2.02×10-6である。
【００４９】
(b13)  rs1081022
配列番号13で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はGである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてGアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.27 (1.62-3.18)であり、P値は、9.83×10-7である。
【００５０】
(b14)  rs1648835
配列番号14で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はGである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Gの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてGアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.33 (1.65-3.29)であり、P値は、8.60×10-7である。
【００５１】
非北京株感染被験体
(nb1)  rs12144738
配列番号15で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.22 (1.59-3.10)であり、P値は、2.08×10-6である。
【００５２】
(nb2)  rs1494320
配列番号16で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.71 (1.40-2.08)であり、P値は、7.84×10-8である。
【００５３】
(nb3)  rs1712674
配列番号17で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.77 (1.40-2.25)であり、P値は、1.63×10-6である。
【００５４】
(nb4)  rs1418425
配列番号18で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.74 (1.43-2.12)であり、P値は、2.54×10-8である。
【００５５】
(nb5)  rs4688637
配列番号19で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.08 (1.50-2.88)であり、P値は、7.15×10-6である。
【００５６】
(nb6)  rs12374531
配列番号20で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ結核症老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に小さい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定することができる。オッズ比は、0.58 (0.45-0.74)であり、P値は、8.54×10-6である。
【００５７】
(nb7)  rs11784415
配列番号21で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.03 (1.50-2.74)であり、P値は、2.54×10-6である。
【００５８】
(nb8)  rs2182093
配列番号22で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.38 (1.65-3.43)であり、P値は、1.80×10-6である。
【００５９】
(nb9)  rs10798
配列番号23で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Gの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてGアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.60 (1.32-1.95)であり、P値は、2.31×10-6である。
【００６０】
(nb10)  rs4267316
配列番号24で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.26 (1.58-3.23)であり、P値は、5.29×10-6である。
【００６１】
(nb11)  rs6071980
配列番号25で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.09 (1.51-2.90)であり、P値は、6.77×10-6である。
【００６２】
(nb12)  rs743057
配列番号26で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はGである。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Gの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に小さい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてGアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定することができる。オッズ比は、0.59 (0.47-0.74)であり、P値は、5.70×10-6である。
【００６３】
EAI株感染被験体
(e1)  rs1178938
配列番号27で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はAである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.37 (1.67-3.35)であり、P値は、5.97×10-7である。
【００６４】
(e2)  rs800065
配列番号28で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.33 (1.65-3.30)であり、P値は、9.72×10-7である。
【００６５】
(e3)  rs1372667
配列番号29で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はTである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.29 (1.59-3.32)であり、P値は、6.43×10-6である。
【００６６】
(e4)  rs13174549
配列番号30で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Cの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に小さい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが低いと判定することができる。オッズ比は、0.44 (0.31-0.62)であり、P値は、2.02×10-6である。
【００６７】
(e5)  rs7087410
配列番号31で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.27 (1.58-3.25)であり、P値は、5.94×10-6である。
【００６８】
(e6)  rs10898382
配列番号32で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.62 (1.32-2.00)であり、P値は、3.66×10-6である。
【００６９】
(e7)  rs951729
配列番号33で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、A又はCである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がAの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Aアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.61 (1.31-1.97)であり、P値は、5.93×10-6である。
【００７０】
(e8)  rs1658693
配列番号34で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に小さい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定することができる。オッズ比は、0.63 (0.51-0.77)であり、P値は、8.57×10-6である。
【００７１】
非EAI株感染被験体
(ne1)  rs1820920
配列番号35で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、2.04 (1.48-2.82)であり、P値は、9.18×10-6である。
【００７２】
(ne2)  rs11737270
配列番号36で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである。この一塩基多型は、若年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ若年期（４５歳未満）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも若年期（４５歳未満）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.81 (1.40-2.34)であり、P値は、4.14×10-6である。
【００７３】
(ne3)  rs10832678
配列番号37で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、G又はAである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がGの場合に、Aの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Gアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてAアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.66 (1.33-2.07)であり、P値は、5.66×10-6である。
【００７４】
(ne4)  rs10507084
配列番号38で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、T又はCである。この一塩基多型は、老年性発症との関連性が高い。一塩基多型部位の塩基がTの場合に、Cの場合に比べ老年期（４５歳以上）において結核症を発症する被験体の割合が有意に小さい。すなわち、Tアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてCアリルを保有している被験体よりも老年期（４５歳以上）において結核症を発症するリスクが低いと判定することができる。オッズ比は、0.58 (0.46-0.73)であり、P値は、4.21×10-6である。
【００７５】
(ne5)  rs1440548
配列番号39で示される塩基配列の26番目の塩基における多型であり、C又はTである。一塩基多型部位の塩基がCの場合に、Tの場合に比べあらゆる年齢において結核症を発症する被験体の割合が有意に大きい。すなわち、Cアリル(マイナーアリル）を保有している被験体においてTアリルを保有している被験体よりもあらゆる年齢において結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。オッズ比は、1.70 (1.35-2.13)であり、P値は、4.12×10-6である。
【００７６】
被験体が感染している結核菌が北京株であるときに、上記の(b1)〜(b14)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13又は14個の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、上記の(nb1)〜(nb12)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、10、11又は12個の一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌がEAI株であるときに、上記の(e1)〜(e8)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７又は８個の一塩基多型部位の塩基を同定し、被験体が感染している結核菌が非EAI株であるときに、上記の(ne1)〜(ne5)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４又は5個の一塩基多型部位の塩基を同定し、塩基の種類により結核症を発症するリスクを判定することができる。
【００７７】
また、上記一塩基多型の分析の代りに、あるいは、一塩基多型の分析と共に、被験体における一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現を測定してもよい。該遺伝子の発現が亢進しているか、叉は減弱している場合に、前記被験体が結核症を発症するリスクが高いと判定することができる。
【００７８】
上記の一塩基多型は人類集団によらず存在するため、本発明の方法は世界中のあらゆる人類集団に適用することができる。本発明の方法においては、一塩基多型の分析と結核菌のタイピングを同時に行うが、人類集団によっては、感染している結核菌が１種類の場合があり、このような場合は、タイピングを省略してもよい。例えば、日本人はほとんどが北京型である。
【００７９】
上記の各一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子は以下のとおりである。
北京株感染被験体
rs9348878  PRRT1（Proline Rich Transmembrane Protein 1) (6.8kbp 3')
rs2070600  AGER (Advanced Glycosylation End-product specific Receptor) (Missense)
rs401864  ASCC3 (Activating Signal Cointegrator 1 Complex subunit 3) (Intron)
rs673119  ASCC3 (Activating Signal Cointegrator 1 Complex subunit 3) (43kbp 5')
rs1321267  LOC100507254 (Intron)
rs2076625  KIAA1549L (KIAA1549 Like) (Intron)
rs7142055  MIS18BP1 (MIS18 Binding Protein 1) (264kbp 3')
rs1157619  MEIS2 (Meis homeobox 2) (Intron)
rs4924568  MGA (MGA, MAX dimerization protein) (4.6kbp 5’)
rs1899820  MGA (MGA, MAX dimerization protein) (1.0kbp 5’)
rs2695163  MGA (MGA, MAX dimerization protein) (Synonymous)
rs1197772  MAPKBP1 (Mitogen-Activated Protein Kinase Binding Protein 1) (2.1kbp 5')
rs1081022  MAPKBP1 (Mitogen-Activated Protein Kinase Binding Protein 1) (Intron)
rs1648835  JMJD7-PLA2G4B (Jumonji Domain containing 7 and Phospholipase A2, Group IVB) (Intron)
【００８０】
非北京株感染被験体
rs12144738  FHAD1 (Forkhead Associated phosphopeptide binding Domain 1) (Intron)
rs1494320  CD53 (Intron)
rs1712674  CD53 (23kbp 3')
rs1418425  LRIF1 (Ligand dependent nuclear Receptor Interacting Factor 1) (21kbp 3')
rs4688637  PTPRG (Protein Tyrosine Phosphatase, Receptor type G) (Intron)
rs12374531  PPP2R2B (Protein Phosphatase 2 Regulatory subunit Bbeta) (52kbp 5')
rs11784415  LRRC69 (Leucine Rich Repeat Containing 69) (Intron)
rs2182093  PLCE1 (Phospholipase C Epsilon 1) (Intron)
rs10798  KCNQ1 (Potassium voltage-gated channel subfamily Q member 1) (3'-UTR)
rs4267316  MAF (MAF bZIP transcription factor) (268kbp 5')
rs6071980  MAFB (MAF bZIP transcription factor B) (446kbp 3')
rs743057  FAM19A5 (Family with sequence similarity 19 member A5, C-C motif chemokine like) (Intron)
【００８１】
EAI株感染被験体
rs1178938  C3orf58 (Chromosome 3 open reading frame 58) (67kbp 3')
rs800065  C3orf58 (Chromosome 3 open reading frame 58) (68kbp 3')
rs1372667  CDH12 (Cadherin 12) (31kbp 5')
rs13174549  EBF1 (Early B-cell Factor 1) (Intron)
rs7087410  LOC220906 (106kbp 3')
rs10898382  DLG2 (Discs Large MAGUK scaffold protein 2) (Intron)
rs951729  DLG2 (Discs Large MAGUK scaffold protein 2) (Intron)
rs1658693  BTG1 (BTG anti-proliferation factor 1) (26kbp 5')
【００８２】
非EAI株感染被験体
rs1820920  MIR4790 (MicroRNA 4790) (301kbp 5')
rs11737270  FBXW7 (F-box and WD repeat domain containing 7) (254kbp 3')
rs10832678  C11orf58 (Chromosome 11 open reading frame 58) (7.9kbp 3')
rs10507084  RMST (Rhabdomyosarcoma 2 associated transcript) (106kbp 5')
rs1440548  LOC284294 (450kbp 3')
【００８３】
上記の遺伝子のうち、CD53の発現が非北京株感染被験体において、健常者に比べて上昇した場合に、該被験体は結核症発症のリスクが高いと判定することができる。また、MAFBの発現が非北京株感染被験体において、健常者に比べて上昇した場合に、該被験体は結核症発症のリスクが高いと判定することができる。
【００８４】
図１−１及び図１−２に上記の一塩基多型のrs番号、一塩基多型が存在するヒト染色体の番号、マイナーアリル/メジャーアリル、一塩基多型の近傍に位置する遺伝子、発症が老年期か若年期か、結核菌各遺伝系統のP値、及びオッズ比を示す。
【００８５】
本発明において、上記の一塩基多型及び該一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子は、結核症を発症するリスクを判定するための遺伝子マーカーということができる。
【００８６】
本発明の方法においては、被験体から試料を採取し、該検体のDNAやRNAについて一塩基多型を分析すればよい。すなわち、被験体から一塩基多型を含むゲノムDNAを抽出し、抽出したDNAに含まれる対立遺伝子の一塩基多型部位の塩基を同定すればよい。  分析に用いる検体としては、染色体DNAを含む試料ならばあらゆる試料を用いることができ、例えば、血液、皮膚、口腔粘膜、毛、尿、爪、細胞等が挙げられる。これらの試料から、常法に従い、染色体、DNA又はRNA等の核酸を単離し分析すればよい。
【００８７】
一塩基多型の解析は、通常の遺伝子多型解析方法によって行うことができる。例えば、ジデオキシ法やMaxam-Gilbert法等の公知の方法により直接配列決定するシークエンス解析による解析法、遺伝子多型に特異的なプローブや該プローブを固定化したマイクロアレイ（DNAチップ）などを用いるハイブリダイゼーション法、遺伝子多型に特異的なプライマーを用いる種々の方法などがあげられ、さらに具体的に、プライマー伸長法（TaqMan（登録商標）法）、PCR-SSCP法、一本鎖コンフォメーション多型解析（SSCP;single strand conformation polymorphism）、Invader法、シングルヌクレオチドプライマー法、PCR法、NASBA法、LCR法、SDA法、LAMP法、制限断片長多型（RFLP）を利用する方法、変性勾配ゲル電気泳動法（DGGE）、ミスマッチ部位の化学的切断を利用した方法（CCM）、SNaPshot法、MassArray法、Pyrosequencing法、SNP-IT法、BeadArray法、Scorpion法、MADI-TOF/MS法等が挙げられる。また、各一塩基多型の遺伝子型をオリゴDNAタグへ変換し、DNAチップとのハイブリダイゼーションにより解析を行うDigiTag2法を用いることもできる。DigiTag2法は、Srilohasin P et al. J. Clin. Microbiol. 2014, 52(6): 1962-8、Nishida N et al., Analytical Biochemistry 346(2):281-288、Nishida et al., Analytical Biochemistry 364(1):78-85等の記載に従って行うことができる。
【００８８】
シークエンス解析による解析は、通常の方法により行うことができる。具体的には、一塩基多型部位の５’側の数十塩基の位置に設定したプライマーを使用してシークエンス反応を行い、その解析結果から、一塩基多型部位の塩基を決定することができる。
【００８９】
プライマーを用いる方法は、一塩基多型部位を含む遺伝子配列の一部に対応するプライマーを用いて、被験体から単離した核酸サンプルを増幅させて行う。すなわち、例えば、一方のアリルに完全又はほぼ完全に相補的なプライマーと他方のアリルにのみ完全又はほぼ完全に相補的なプライマーを用い、各プライマーを用いた場合に被験体から単離した核酸サンプルが増幅されるか否かにより一塩基多型のアリルを同定することができる。また、一方のアリルに対応するプライマーのみを用いてもよい。
【００９０】
プローブを用いる方法は、一塩基多型部位を含む遺伝子配列の一部に対応するオリゴヌクレオチド又はその相補的配列、あるいはストリンジェント条件下でそれらの配列にハイブリダイズし得る配列からなるオリゴヌクレオチドからなるプローブを用いて、被験体から単離した核酸サンプル、又はそれをPCR等の公知の方法により増幅した核酸サンプルとのハイブリダイゼーションを行うことにより分析することができる。すなわち、一方のアリルに完全又はほぼ完全（例えば、対象とする一塩基多型部位に連続した塩基配列部分が70％以上の配列同一性、好ましくは80％以上の配列同一性、より好ましくは90％以上の配列同一性、特に好ましくは95％以上の配列同一性を有することをいう）に相補的なプローブと他方のアリルにのみ完全又はほぼ完全に相補的なプローブを用い、各プローブを用いた場合に被験体から単離した核酸サンプル又はそれを増幅した核酸サンプルとハイブリダイズするか否かにより一塩基多型のアリルを同定することができる。また、一方のアリルに対応したプローブのみを用いてもよい。ハイブリダイゼーションの条件は、一塩基多型を区別するのに十分な条件であればよく、例えば一塩基多型部位が特定のアリルの場合にはハイブリダイズするが、他のアリルの場合にはハイブリダイズしないような条件、例えばストリンジェントな条件であり、このような条件は当業者ならば適宜設定することができる。  プローブは、一端を基板に固定してDNAチップ（マイクロアレイ）として使用してもよい。この場合、DNAチップには、１つの遺伝子多型部位に対応するプローブのみが固定されていても、複数の一塩基多型部位に対応するプローブが固定されていてもよい。
【００９１】
一塩基多型を検出するためのプローブやプライマーは、一塩基多型の配列情報に基づいて適宜設計することができる。
【００９２】
プローブは、一塩基多型部位を含む塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列或いはストリンジェント条件下でそれらの配列にハイブリダイズし得る配列からなるヌクレオチド断片（好ましくは、DNA断片）からなり、塩基の数は5〜50、好ましくは10〜30、さらに好ましくは10〜25である。
【００９３】
プライマーは、一塩基多型部位のアリルを同定できるプライマーであり、例えば、一塩基多型部位を含む配列を有する領域を増幅することのできる配列である。これらのプライマーは、一塩基多型部位を含む配列を含んでいてもよく、また一塩基多型部位を含む領域（好ましくは４０〜１０００塩基の長さの領域）の3’側と5’側の両端に設定されたフォワードプライマーとリバースプライマーのプライマー対であってもよい。プライマーは、一塩基多型部位を含む塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列或いはストリンジェント条件下でそれらの配列にハイブリダイズし得る配列からなるヌクレオチド断片（好ましくは、DNA断片）からなり、塩基の数は5〜50、好ましくは10〜30、さらに好ましくは15〜25である。
【００９４】
また、プローブ又はプライマーは一塩基多型部位を含む連続した塩基配列において、数個、好ましくは1〜5個、さらに好ましくは１個又は２個、特に好ましくは１個のミスマッチを含んでいてもよい。
【００９５】
本発明は、上記の一塩基多型を分析するために用いるプローブ及び一塩基多型を分析するために一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いるプライマー（好ましくは、少なくとも一対のプライマーセット）を包含する。また、プローブを固定化したDNAチップをも包含する。さらに、プローブ、DNAチップ、プライマーを含む上記の一塩基多型部位を解析するためのキットも包含する。
【００９６】
該キットは、他に一塩基多型の解析に使用される制限酵素、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、核酸標識分子、緩衝液、該キットの取扱説明書等を含んでいてもよい。
【００９７】
一塩基多型部位の解析に用いるプローブ又はプライマーとして以下のものを挙げることができる。
【００９８】
北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー
(p1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（rs9348878の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（rs2070600の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（rs401864の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（rs673119の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（rs1321267の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（rs2076625の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（rs7142055の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（rs1157619の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p9)  配列番号９の塩基配列における26番目の塩基（rs4924568の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p10)  配列番号10の塩基配列における26番目の塩基（rs1899820の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p11)  配列番号11の塩基配列における26番目の塩基（rs2695163の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p12)  配列番号12の塩基配列における26番目の塩基（rs1197772の多型部位の塩基）を
含む領域を増幅することができるプライマー
(p13)  配列番号13の塩基配列における26番目の塩基（rs1081022の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p14)  配列番号14の塩基配列における26番目の塩基（rs1648835の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
【００９９】
非北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー
(p15)  配列番号15の塩基配列における26番目の塩基（rs12144738の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p16)  配列番号16の塩基配列における26番目の塩基（rs1494320の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p17)  配列番号17の塩基配列における26番目の塩基（rs1712674の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p18)  配列番号18の塩基配列における26番目の塩基（rs1418425の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p19)  配列番号19の塩基配列における26番目の塩基（rs4688637の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p20)  配列番号20の塩基配列における26番目の塩基（rs12374531の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p21)  配列番号21の塩基配列における26番目の塩基（rs11784415の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p22)  配列番号22の塩基配列における26番目の塩基（rs2182093の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p23)  配列番号23の塩基配列における26番目の塩基（rs10798の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p24)  配列番号24の塩基配列における26番目の塩基（rs4267316の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p25)  配列番号25の塩基配列における26番目の塩基（rs6071980の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p26)  配列番号26の塩基配列における26番目の塩基（rs743057の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
【０１００】
EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー
(p27)  配列番号27の塩基配列における26番目の塩基（rs1178938の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p28)  配列番号28の塩基配列における26番目の塩基（rs800065の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p29)  配列番号29の塩基配列における26番目の塩基（rs1372667の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p30)  配列番号30の塩基配列における26番目の塩基（rs13174549の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p31)  配列番号31の塩基配列における26番目の塩基（rs7087410の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p32)  配列番号32の塩基配列における26番目の塩基（rs10898382の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p33)  配列番号33の塩基配列における26番目の塩基（rs951729の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p34)  配列番号34の塩基配列における26番目の塩基（rs1658693の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
【０１０１】
非EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプライマー
(p35)  配列番号35の塩基配列における26番目の塩基（rs1820920の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p36)  配列番号36の塩基配列における26番目の塩基（rs11737270の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p37)  配列番号37の塩基配列における26番目の塩基（rs10832678の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p38)  配列番号38の塩基配列における26番目の塩基（rs10507084の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
(p39)  配列番号39の塩基配列における26番目の塩基（rs1440548の多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー
【０１０２】
北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ
(q1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（rs9348878の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（rs2070600の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（rs401864の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（rs673119の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（rs1321267の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（rs2076625の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（rs7142055の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（rs1157619の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q9)  配列番号９の塩基配列における26番目の塩基（rs4924568の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q10)  配列番号10の塩基配列における26番目の塩基（rs1899820の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q11)  配列番号11の塩基配列における26番目の塩基（rs2695163の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q12)  配列番号12の塩基配列における26番目の塩基（rs1197772の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q13)  配列番号13の塩基配列における26番目の塩基（rs1081022の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q14)  配列番号14の塩基配列における26番目の塩基（rs1648835の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
【０１０３】
非北京株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ
(q15)  配列番号15の塩基配列における26番目の塩基（rs12144738の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q16)  配列番号16の塩基配列における26番目の塩基（rs1494320の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q17)  配列番号17の塩基配列における26番目の塩基（rs1712674の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q18)  配列番号18の塩基配列における26番目の塩基（rs1418425の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q19)  配列番号19の塩基配列における26番目の塩基（rs4688637の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q20)  配列番号20の塩基配列における26番目の塩基（rs12374531の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q21)  配列番号21の塩基配列における26番目の塩基（rs11784415の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q22)  配列番号22の塩基配列における26番目の塩基（rs2182093の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q23)  配列番号23の塩基配列における26番目の塩基（rs10798の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q24)  配列番号24の塩基配列における26番目の塩基（rs4267316の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q25)  配列番号25の塩基配列における26番目の塩基（rs6071980の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q26)  配列番号26の塩基配列における26番目の塩基（rs743057の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
【０１０４】
EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ
(q27)  配列番号27の塩基配列における26番目の塩基（rs1178938の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q28)  配列番号28の塩基配列における26番目の塩基（rs800065の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q29)  配列番号29の塩基配列における26番目の塩基（rs1372667の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q30)  配列番号30の塩基配列における26番目の塩基（rs13174549の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q31)  配列番号31の塩基配列における26番目の塩基（rs7087410の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q32)  配列番号32の塩基配列における26番目の塩基（rs10898382の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q33)  配列番号33の塩基配列における26番目の塩基（rs951729の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q34)  配列番号34の塩基配列における26番目の塩基（rs1658693の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
【０１０５】
非EAI株感染被験体における結核症発症のリスクを判定するためのプローブ
(q35)  配列番号35の塩基配列における26番目の塩基（rs1820920の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q36)  配列番号36の塩基配列における26番目の塩基（rs11737270の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q37)  配列番号37の塩基配列における26番目の塩基（rs10832678の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q38)  配列番号38の塩基配列における26番目の塩基（rs10507084の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
(q39)  配列番号39の塩基配列における26番目の塩基（rs1440548の多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ
【０１０６】
被験体が感染している結核菌が北京株であるときに、上記の(p1)〜(p14)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13又は14個のプライマーを用い、被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、上記の(p15)〜(p26)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、10、11又は12個のプライマーを用い、被験体が感染している結核菌がEAI株であるときに、上記の(p27)〜(p34)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７又は８個のプライマーを用い、被験体が感染している結核菌が非EAI株であるときに、上記の(p35)〜(p39)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４又は５個のプライマーを用い、一塩基多型を同定すればよい。プライマーは好ましくはフォワードプライマーとリバースプライマーのプライマー対として用いる。
【０１０７】
また、被験体が感染している結核菌が北京株であるときに、上記の(q1)〜(q14)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13又は14個のプローブを用い、被験体が感染している結核菌が非北京株であるときに、上記の(q15)〜(q26)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、10、11又は12個のプローブを用い、被験体が感染している結核菌がEAI株であるときに、上記の(q27)〜(q34)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４、５、６、７又は８個のプローブを用い、被験体が感染している結核菌が非EAI株であるときに、上記の(q35)〜(q39)の少なくとも１つ、好ましくは２、３、４又は５個のプローブを用い、一塩基多型を同定すればよい。
【０１０８】
本発明は、上記のプライマー又はプローブを含む、結核症発症のリスクを判定するための試薬又はキットを包含する。
【０１０９】
上記の一塩基多型部位の近傍に位置する遺伝子の発現は、各遺伝子のmRNAを測定しても、発現したタンパク質を測定してもよい。好ましくは、mRNAを測定する。mRNA又はタンパク質は、組織や細胞から抽出したものを測定すればよい。
【０１１０】
組織や細胞中のmRNAの測定は、例えば、組織又は細胞からRNAを抽出し、cDNAに逆転写し、該cDNAを測定すればよい。cDNAの測定は、各遺伝子の配列情報を利用して、各遺伝子に相補的にハイブリダイズするプローブ又はプライマーを用いて行うことができる。プローブ又はプライマーを用いた測定は、上記の一塩基多型を検出する方法に準じて行うことができる。
【０１１１】
タンパク質の測定は、組織や細胞からタンパク質を抽出し、該タンパク質に対するモノクローナル抗体等の抗体を用いて抗原抗体反応を利用したイムノアッセイにより行うことができる。また、採取した組織又は細胞に対して前記抗体を利用した免疫組織化学、免疫細胞化学による染色により、測定することもできる。
【０１１２】
本発明の方法により、結核症を発症するリスクが高いと判定された場合は、被験体に（１）リファンピシン、（２）イソニアジド、（３）ストレプトマイシン、（４）エタンブトール、（５）ピラジナミド等の抗生物質を適宜組合せて数か月にわたって投与すればよい。例えば、（１）と（２）と（４）若しくは（３）と（５）を約２カ月投与し、その後（１）と（２）を約４か月投与すればよい。
【実施例】
【０１１３】
本発明を以下の実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【０１１４】
本発明はタイ王国内で収集された結核症発症者及び健常者を対象とした解析結果に基づく。結核症の診断は患者の喀痰からの結核菌の培養判定に基づき、陽性であったものを結核症発症者と判定した。HIVウイルスに共感染していた患者は除外されている。健常者は結核の病歴がない者である。患者の血液及び感染結核菌よりDNA抽出を行った。
【０１１５】
ヒトゲノムのSNP情報は、Illumina社製造のSNPタイピング用マイクロアレイであるIllumina Human610-Quad v1.0又はIllumina HumanOmniExpressExome-8 v1.2によって得た。2つのアレイで共通する338,476 SNPs由来の遺伝子型情報が本発明の実施過程で解析対象となっている。検体データの品質管理としてはゲノム全域のSNPにおける遺伝子型の決定率が98％以上の検体を採用した。SNPデータの品質管理としては(1)全検体中95％以上の検体で遺伝子型が決定され、(2)全検体中でマイナーアリルの頻度が５％以上あり、かつ(3)健常者検体中のハーディワインベルグ平衡検定においてP値が0.001以上と大きく理論値と異ならないという３条件を全て満たしたSNPを採用した。最終的に、266,604個の常染色体上のSNPsが関連解析に用いられた。
【０１１６】
すべての検体は前記のデータ品質管理をクリアしたSNPsを用いたidentity by descent (IBD) 検定を行い、重複検体もしくは第一度近親者検体を含まないことを確認している。また、国際Hapmapプロジェクトの公開データ[GSE17205 (CEU), GSE17206 (CHB+JPT)及びGSE17207 (YRI)]をコントロールとした主成分分析により、関連解析に用いる全てのタイ人検体がアジア人集団に含まれることを確認している。さらに、タイ人集団は遺伝的背景に多様性があることから、ヒトゲノム全域のSNPs情報を用いた主成分分析を実施し、関連解析を実施する前に、収集したタイ人患者から健常者群と同様の遺伝的背景を持つ患者群を抽出した。抽出の結果、解析対象とした全1784検体中で遺伝的背景が近い1,457検体が選択され、結核患者686検体と健常者771検体が含まれた。全ての結核患者検体から感染結核菌のゲノムが抽出されている。
【０１１７】
同時に、抽出した感染結核菌のゲノムを用いて、結核菌の遺伝系統の判別を行った。判定には抽出したゲノムDNAを鋳型とするPCR法に基づくLSP（large sequence polymorphism）法を用いて行った。具体的には、EAI株、北京株、CAS株、Euro-American株及びその他という５つの遺伝系統に分類するため、マーカーとなる結核菌ゲノム領域として、TbD1, RD105, RD239, 7bp deletion at pks15/1 及び RD750という5つのゲノム領域を組み合わせた。各ゲノム領域に対する特異的なプライマーセットにより対象領域を増幅することで、その増幅産物のサイズにより対象領域の欠失の有無を判定し、その結果から遺伝系統を判定した。EAI株はRD239(-)かつTbD1(+)であり、北京株はRD105(-)かつTbD1(-)であり、CAS株はRD750(-)かつTbD1(-)であり、Euro-American株はTbD1(-)かつ7bp deletion at pks 15/1である。その他の株はTbD1(-)かつその他４領域全て(+)であった。スポリゴタイピングによる分類も行ったが、LSP法による分類結果と一致するものであった。今回用いた全ての検体は単一の遺伝系統による感染であった。本発明では、北京（Beijing)株は感染者が多いため、北京株以外の株をまとめて非北京株と呼び、非北京(Non-Beijing)株にはEAI株、CAS株及びEuro-American株が含まれる。同様に、EAI株は感染者が多いため、EAI株以外の株をまとめて非EAI株と呼び、非EAI株には北京株、CAS株及びEuro-American株が含まれる。
【０１１８】
それらの感染している結核菌のゲノム情報をもとに、北京株感染患者群、非北京株感染患者群、EAI株感染患者群、非EAI株感染患者群それぞれに結核症全患者群を分類し、共通の遺伝系統の結核菌に感染した患者群と対照となる健常者群における266,604SNPｓのアリル頻度を比較する関連解析を実施することで、結核菌の遺伝系統と特異的な関連が示唆されるSNPsを同定した。同時に、患者の発症年齢情報を用いての患者群の分類も組み合わせた解析により共通の発症機構を有していると考えられる患者群を抽出し、結核菌の遺伝系統と特定の発症年齢において特異的な関連が示唆されるSNPsを同定した。患者の発症年齢による分類は既報（Mahasirimongkol S et al. J Hum Genet. 2012 Jun;57(6):363-7）に従い45歳以上の老年発症群と45歳未満の若年発症群に分類した。本探索により見出された結核菌の遺伝系統特異的に結核症発症と関連するSNPｓ及びその近傍遺伝子が発明の具体的な対象となる（図１〜４）。
【０１１９】
関連解析においては結核患者群と健常者群の間でアリルのカウントについてカイ二乗検定を行い、P値を算出している。結核患者群と健常者群の間での遺伝的背景のズレの指標であるgenomic inflation factorは1.066と許容範囲内であった。統計的にP値が1E-05を下回るものは関連が示唆されたもの(suggestively associated)と判断される。P値が1E-05を下回った全てのSNPsについて遺伝子型タイピングの生データの確認を行い、遺伝子型決定に問題が無いことを確認している。
【０１２０】
具体的な結果としては、収集された集団中の北京株感染患者群において、結核菌の遺伝系統情報を考慮しない全患者群（表中Totalの欄)に比べて検体数が少ないにも関わらずより統計的に有意な関連（P値）が見出されるSNPsが14個同定された。これらのSNPｓは非北京株感染患者群においては有意な関連が見出されなかった。これら14SNPsの最近傍の遺伝子として10種の遺伝子が見出された（表中Geneの項目)。その他の分類においても、非北京株感染患者群において全患者群よりも有意な関連を示す12SNPs(11遺伝子）、EAI株感染患者群において全患者群よりも有意な関連を示す8SNPs(6遺伝子）、非EAI株感染患者群において全患者群よりも有意な関連を示す5SNPs（5遺伝子）が同定された。
【０１２１】
また、各結核発症リスク候補遺伝子の結核患者における発現解析を、既報（Berry MP et al. Nature. 2010 Aug 19;466(7309):973-7.）のGene Expression Omnibus登録データ(GSE19435及びGSE19439)を用いて行った。このデータはUnited Kingdom在住の結核患者の血液よりRNAを回収し、Illumina Human HT-12 V3 BeadChip arrays (Illumina)による発現量測定を行ったものである。Illumina BeadStudio version 1.5.1.3ソフトウェアを用いてアレイ間のデータの均一化が既に行われたデータとして公開されている。データに付随して公開されている発現量の信頼性の指標であるdetection p-valueが0.05以下と十分に信頼性のあるデータを解析に使用した。その結果、CD53遺伝子とMAFB遺伝子それぞれについて、健常者（Control）に比べ患者（治療開始前）（PTB_00）で遺伝子発現量が有意に上昇しており、治療後2ヶ月（PTB_02）、12ヶ月（PTB_12）の時点では発現量が低下していた。さらに、CD53遺伝子とMAFB遺伝子それぞれ、結核菌に感染しているものの発症していない潜在感染（Latent TB, LTB）の患者よりも、結核発症患者（Pulmonary TB, PTB）において遺伝子発現量が上昇していた。図５にCD53遺伝子の結果、図６にMAFB遺伝子の結果を示す。それぞれの図においてＡは、健常者（Control）、患者（治療開始前, PTB_00）、治療後2ヶ月（PTB_02）及び12ヶ月（PTB_12）の時点での発現量を示し、Ｂは健常者（Control）、結核菌感染未発症者（潜伏感染）（LTB)及び（結核発症患者）(PTB)における発現量を示す。本解析では結核菌の遺伝系統は考慮できていないものの、近傍のSNPにおいて結核菌遺伝系統特異的な発症リスクが見られることを合わせると、これらの遺伝子発現量の上昇を測定することは、結核発症の予測に有用なマーカーとなる可能性がある。
【産業上の利用可能性】
【０１２２】
本発明の方法により、結核菌に感染している被験体において、結核菌の遺伝系統ごとに結核症を発症するリスクを判定することができ、結核症の発症の可能性の診断に利用することができる。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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