(57)【要約】      （修正有）【課題】バイオマーカーの発現レベルを利用した、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩に対する応答性の判定方法の提供。【解決手段】対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定することを含み、前記バイオマーカーの低い発現レベルが、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が前記対象の治療に有効なものとなることを示すものであり、乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを判定するための方法を提供する。【選択図】図１
2019150027.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを判定するための方法であって、
前記対象に由来するサンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定することを含み、前記バイオマーカーの低い発現レベルが、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が前記対象の治療に有効なものとなることを示すものである、方法。
【請求項２】
乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを判定するための方法であって、
前記対象に由来するサンプルをアッセイし、前記サンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定することを含み、前記バイオマーカーの低い発現レベルが、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が前記対象の治療に有効なものとなることを示すものである、方法。
【請求項３】
乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを予測するための方法であって、
前記対象に由来するサンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定する段階、及び
前記サンプルにおける前記バイオマーカーの発現レベルが低いと判定される場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が乳癌をもつ対象の治療に有効になると予測する段階
を含む、方法。
【請求項４】
エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する乳房腫瘍の感受性の判定方法であって、
前記腫瘍における表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定することを含み、前記腫瘍における前記バイオマーカーの低い発現レベルが、前記腫瘍はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対して感受性であることを示す、方法。
【請求項５】
エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する乳房腫瘍の感受性の判定方法であって、
前記腫瘍における表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定する段階、及び
前記腫瘍における前記バイオマーカーの発現レベルが低いと判定される場合には、前記腫瘍はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対して感受性であると同定する段階
を含む、方法。
【請求項６】
乳房腫瘍のサンプルが乳癌をもつ対象から取得される、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】
乳癌をもつ対象の治療方法であって、
表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルが低い乳癌をもつ対象を同定する段階、及び
治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を前記対象に投与する段階
を含む、方法。
【請求項８】
乳癌をもつ対象の治療方法であって、
前記対象に由来するサンプルをアッセイし、前記サンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定する段階、及び
前記サンプルにおいて前記バイオマーカーの低い発現レベルが検出される場合には、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を前記対象に投与する段階
を含む、方法。
【請求項９】
エリブリンの医薬的に許容可能な塩がエリブリンメシラートである、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
対象がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療を以前に受けていない、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
対象がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療を以前に受けている、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
乳癌がエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
乳癌がプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
乳癌がＨＥＲ−２陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
乳癌がエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性且つプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
乳癌がエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
乳癌がプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
乳癌がエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性、プロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性乳癌である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも２種のバイオマーカーが低い発現レベルを有する、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも３種のバイオマーカーの発現レベルが低い発現レベルを有する、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも４種のバイオマーカーの発現レベルが低い発現レベルを有する、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも５種のバイオマーカーの発現レベルが低い発現レベルを有する、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
対照に比較して低いバイオマーカーの発現レベルが存在する、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
バイオマーカーが検出可能なレベルで発現されない、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
バイオマーカーの発現レベルが核酸レベルで測定される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
バイオマーカーの発現レベルがｃＤＮＡを検出することにより測定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
バイオマーカーの発現レベルがｍＲＮＡ又はｍｉＲＮＡを検出することにより測定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
バイオマーカーの発現レベルがＤＮＡを検出することにより測定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
バイオマーカーの発現レベルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅反応、逆転写酵素ＰＣＲ解析法、定量逆転写酵素ＰＣＲ解析法、ノーザンブロット解析法、ＲＮＡａｓｅプロテクションアッセイ、デジタルＲＮＡ検出／定量法、及びその組合せ又は部分組合せから構成される群から選択される技術を使用することにより測定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
バイオマーカーの発現レベルが蛋白質レベルで測定される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
蛋白質の存在が、蛋白質と特異的に結合する抗体又はその抗原結合性フラグメントを使用して検出される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
抗体又はその抗原結合性フラグメントがマウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、二重特異性抗体、キメラ抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＳｃＦｖ、ＳＭＩＰ、アフィボディ、アビマー、バーサボディ、ナノボディ、ドメイン抗体及びこれらの抗体のいずれかの抗原結合性フラグメントから構成される群から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
抗体又はその抗原結合性フラグメントが標識されている、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
抗体又はその抗原結合性フラグメントが放射性ラベル、ビオチンラベル、発色団ラベル、蛍光団ラベル及び酵素ラベルから構成される群から選択されるラベルで標識されている、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
バイオマーカーの発現レベルが、イムノアッセイ、ウェスタンブロット解析法、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光測定法、免疫沈降法、平衡透析法、免疫拡散法、電気化学発光イムノアッセイ（ＥＣＬＩＡ）、ＥＬＩＳＡアッセイ、イムノポリメラーゼ連鎖反応及びその組合せ又は部分組合せから構成される群から選択される技術を使用することにより測定される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３６】
イムノアッセイが電気化学発光法、化学発光法、蛍光化学発光法、蛍光偏光法及び時間分解蛍光法から構成される群から選択される溶液イムノアッセイである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
イムノアッセイが電気化学発光法、化学発光法及び蛍光化学発光法から構成される群から選択されるサンドイッチイムノアッセイである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
サンプルが対象から得られた体液又はその成分を含む、請求項１から３、６又は８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
体液が血液、リンパ液、血清、血漿、嚢胞液、乳頭吸引分泌液、尿、唾液、及び生検から採取された体液から構成される群から選択される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
サンプルが対象から得られた組織又はその成分を含む、請求項１から３、６又は８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
組織が乳房組織、結合組織、リンパ組織、生検から得られた組織及び腫瘤生検から得られた組織から構成される群から選択される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
組織が乳房組織又はその成分である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
乳房組織の前記成分が乳房組織細胞を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
乳房組織細胞が循環乳房腫瘍細胞である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
対象がヒト対象である、請求項１から３又は６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを予測するためのキットであって、
表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬；及び
乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを予測する場合の前記キットの使用説明書
を含む、キット。
【請求項４７】
エリブリンの医薬的に許容可能な塩がエリブリンメシラートである、請求項４６に記載のキット。
【請求項４８】
バイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬がバイオマーカーにおけるヌル突然変異を同定するためのプローブである、請求項４６に記載のキット。
【請求項４９】
バイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬がバイオマーカーを増幅及び／又は検出するためのプローブである、請求項４６に記載のキット。
【請求項５０】
バイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬が抗体である、請求項４６に記載のキット。
【請求項５１】
更に対象から生体サンプルを取得するための試薬を含む、請求項４６に記載のキット。
【請求項５２】
更に対照サンプルを含む、請求項４６に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
癌とは各々特定種の細胞の無制御な増幅を特徴とする多種多様な疾患を表すために使用される用語である。癌はこのような細胞を含む組織で発生し、癌が診断時に他の組織に広がっていない場合には、例えば外科手術、放射線又は別の型の局所療法により治療することができる。しかし、癌がその原発組織から転移している徴候がある場合には、別の治療アプローチが一般に使用される。実際に、転移の程度を判定することはできないので、広がりの徴候が検出される場合には通常では全身治療アプローチが取られる。これらのアプローチは癌細胞等の迅速に分裂する細胞の増殖を妨げる化学療法薬の投与を伴う。
【０００２】
ハリコンドリンＢは海洋性海綿動物クロイソカイメン（Ｈａｌｉｃｈｏｎｄｒｉａ  ｏｋａｄａｉ）から最初に単離された後、Ａｘｉｎｅｌｌａ種、Ｐｈａｋｅｌｌｉａ  ｃａｒｔｅｒｉ及びＬｉｓｓｏｄｅｎｄｏｒｙｘ種で検出された構造的に複雑な大環状化合物である。ハリコンドリンＢの完全な合成は１９９２年に報告されている（Ａｉｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：３１６２−３１６４，１９９２）。ハリコンドリンＢはチューブリン重合、微小管集合、β−チューブリン架橋、ＧＴＰ及びビンブラスチンとチューブリンの結合、並びにチューブリン依存性インビトロＧＴＰ加水分解を阻害することが示されている。この分子は抗癌性をもつこともインビトロ及びインビボで示されている。米国特許第６，２１４，８６５Ｂ１号には抗癌作用をもつハリコンドリンＢ類似体が記載されている。
【０００３】
特に、ハリコンドリンＢ類似体であるエリブリンメシラートが抗癌剤として開発されている。最近、エリブリンメシラートは転移性疾患治療用の少なくとも２種類の化学療法レジメンの治療歴を有する転移性乳癌患者の治療用に承認されており、以前の治療としては術後補助療法又は転移状態でのアントラサイクリン及び／又はタキサンが挙げられる。癌患者が抗癌剤に応答する可能性があるか否かを治療前に予測できるのであれば、適切な治療の選択を導くことができ、患者に有益である。従って、癌、特に乳癌をもつ患者におけるエリブリンに対する応答性を評価又は予測するのに有用な方法及び組成物が必要とされている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】米国特許第６，２１４，８６５号明細書
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ａｉｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：３１６２−３１６４，１９９２
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明は本願に記載するバイオマーカーの低い発現レベル、例えば発現不在が、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）に対する応答性の指標となるという知見に少なくとも部分的に基づく。具体的に言うと、例えば表１に記載するバイオマーカーの１種以上を含むこれらのバイオマーカーが対象において発現不在又は低い発現レベルを示すならば、この対象はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して応答性になると判断される。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
従って、１態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、前記サンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）が乳癌をもつ前記対象の治療に有効になると判断することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定するための方法を提供する。別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）が乳癌をもつ前記対象の治療に有効になると判断することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定するための方法を提供する。別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記サンプルにおける前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）が乳癌をもつ対象の治療に有効になると予測することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予測するための方法を提供する。本発明の上記態様の１実施形態において、前記方法は更に対象からサンプルを取得する段階を含むことができる。
【０００８】
更に別の態様において、本発明は例えば乳癌をもつ対象に由来する乳房腫瘍における表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記腫瘍における前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、前記腫瘍がエリブリン又はその類似体による治療に対して感受性であると判断することにより、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する前記腫瘍の感受性を判定するための方法を提供する。更に別の態様において、本発明は例えば乳癌をもつ対象に由来する乳房腫瘍における表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーが前記腫瘍において低レベルで発現される場合には、前記腫瘍がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して感受性であると断定することにより、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する前記腫瘍の感受性を判定するための方法を提供する。
【０００９】
本発明の他の態様では、乳癌をもつ対象の治療方法を提供する。前記方法は表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーが低レベルで発現される乳癌をもつ対象を同定する段階と、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与する段階を含む。更に別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、前記サンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記サンプルにおいて前記バイオマーカーの低い発現レベルが検出される場合には、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与することにより、前記対象を治療する方法を提供する。本発明の上記態様の１実施形態において、前記方法は更に対象からサンプルを取得する段階を含むことができる。
【００１０】
本発明の他の態様では、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩に対して感受性の乳癌をもつ対象の治療方法を提供する。前記方法はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩に対して感受性の乳癌（例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーが低レベルで発現される乳癌）をもつ対象を同定する段階と、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与する段階を含む。更に別の態様において、本発明はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩に対して感受性の乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、前記サンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記サンプルにおいて前記バイオマーカーの低い発現レベルが検出される場合には、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与することにより、前記対象を治療する方法を提供する。本発明の上記態様の１実施形態において、前記方法は更に対象からサンプルを取得する段階を含むことができる。
【００１１】
各種実施形態において、前記対象はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による前治療を受けていない。あるいは、前記対象はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による前治療を受けている。所定実施形態において、前記乳癌はエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性乳癌及び／又はプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性乳癌及び／又はＨｅｒ−２陰性乳癌である。
【００１２】
各種実施形態では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種又は少なくとも５種のバイオマーカーの発現レベルを測定する。
【００１３】
特定実施形態では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される２種以上のバイオマーカーの部分組合せを含む予測遺伝子シグネチャーを使用する。各種実施形態では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種又は少なくとも５種のバイオマーカーの発現レベルを測定する。例えば、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも２種のバイオマーカー、例えばＤＹＳＦとＥＤＩＬ３、ＧＮＡＴ１とＥＲＧＩＣ３、ＫＲＴ２４とＰＡＰＬＮ、ＭＡＮＳＣ１とＰＤＧＦＢ、ＰＣＤＨ１とＰＤＧＦＢ、又はＰＨＯＳＰＨＯ２とＰＳＥＮＥＮを含むことができる。別の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも３種のバイオマーカー、例えばＣＯＬ７Ａ１とＹＴＨＤＦ１とＺＩＣ５、ＣＫＬＦとＩＬ１０とＴＵＢＢ６、ＣＤＣ２０とＣＦＬ１とＴＭＥＭ７９、ＨＹＡＬ２とＮＣＢＰ１とＳＮＸ１１、又はＣＥＰ１５２とＮＣＢＰ１とＳＡＴＢ１を含むことができる。別の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも４種のバイオマーカー、例えばＡＰＢＢ２とＣＣＬ２６とＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１、ＡＮＧとＪＡＭ３とＫＬＨＬ１７とＰＡＰＬＮ、ＩＴＦＧ３とＭＡＤ２Ｌ１ＢＰとＮＭＵとＰＤＧＦＢ、ＳＰＴＡ１とＴＹＲＯＢＰとＳＮＸ１１とＰＳＥＮＥＮ、ＧＲＡＭＤ４とＧＮＡＴ１とＴＭＩＧＤ２とＹＴＨＤＦ１、又はＧＲＡＭＤ４とＨＹＡＬ２とＰＨＯＳＰＨＯ２とＴＵＢＢ６を含むことができる。別の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも５種のバイオマーカー、例えばＣＣＬ２６とＣＤＣ２０とＥＲＧＩＣ３とＥＤＩＬ３とＰＣＤＨ１、ＤＹＳＦとＮＭＵとＰＨＯＳＰＨＯ２とＰＳＥＮＥＮとＳＮＸ１１、ＡＰＢＢ２とＣＫＬＦとＣＹＰ４Ｆ３とＴＵＢＢ６とＹＴＨＤＦ１、又はＣＥＰ１５２とＭＡＤ２Ｌ１ＢＰとＳＰＴＡ１とＴＭＥＭ７９とＺＩＣ５を含むことができる。
【００１４】
特定実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーはバイオマーカーＡＢＩ３、ＡＮＧ、ＡＰＢＢ２、ＣＣＬ２６、ＣＤＣ２０、ＣＥＰ１５２、ＣＦＬ１、ＣＫＬＦ、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＹＰ４Ｆ３、ＤＹＳＦ、ＧＮＡＴ１、ＧＲＡＭＤ４、ＨＹＡＬ２、ＩＬ１０、ＩＴＦＧ３、ＪＡＭ３、ＫＬＨＬ１７、ＫＲＴ２４、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ、ＭＡＮＳＣ１、ＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＮＣＢＰ１、ＮＭＵ、ＰＣＤＨ１、ＰＨＯＳＰＨＯ２、ＳＰＴＡ１、ＴＭＩＧＤ２、ＴＹＲＯＢＰ、ＺＩＣ５、ＥＲＧＩＣ３、ＰＤＧＦＢ、ＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１、ＴＭＥＭ７９及びＹＴＨＤＦ１の２種以上、例えばＡＢＩ３とＡＮＧ、ＡＰＢＢ２とＣＣＬ２６、ＧＮＡＴ１とＧＲＡＭＤ４、ＩＬ１０とＩＴＦＧ３、ＭＡＣＳＣ１とＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＮＭＵとＰＣＤＨ１、又はＴＹＲＯＢＰとＺＩＣ５を含むことができる。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも３種、例えばＡＢＩ３とＡＮＧとＡＰＢＢ２、ＣＣＬ２６とＣＫＬＦとＣＯＬ７Ａ１、ＤＹＳＦとＧＮＡＴ１とＨＹＡＬ２、ＪＡＭ３とＫＬＨＬ１７とＫＲＴ２４、ＮＣＢＰ１とＮＭＵとＰＣＤＨ１、ＳＰＴＡ１とＴＭＩＧＤ２とＴＹＲＯＢＰ、又はＺＩＣ５とＭＡＤ２Ｌ１ＢＰとＣＤＣ２０を含む。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも４種、例えばＡＢＩ３とＡＮＧとＡＰＢＢ２とＣＣＬ２６、ＣＥＰ１５２とＣＦＬ１とＣＫＬＦとＣＯＬ７Ａ１、ＫＲＴ２４とＭＡＮＳＣ１とＭＯＢＫＬ１ＢとＳＰＴＡ１、ＴＹＲＯＢＰとＴＭＩＧＤ２とＰＨＯＳＰＨＯ２とＮＭＵ、ＡＢＩ３とＧＮＡＴＩとＫＬＨＬ１７とＳＰＴＡ１、又はＣＥＰ１５２とＨＹＡＬ２とＰＣＤＨ１とＴＭＩＧＤ２を含む。更に他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも５種、例えばＣＫＬＦとＣＯＬ７Ａ１とＧＲＡＭＤ４とＪＡＭ３とＰＣＤＨ１、ＡＰＢＢ２とＣＥＰ１５２とＤＹＳＦとＩＬ１０とＴＹＲＯＢＰ、ＣＹＰ４Ｆ３とＨＹＡＬ２とＩＴＦＧ３とＫＬＨＬ１７とＫＲＴ２４、ＮＣＢＰ１とＳＰＴＡ１とＴＭＩＧＤ２とＩＬ１０とＪＡＭ３、又はＣＣＬ２６とＰＨＯＳＰＨＯ２とＳＰＴＡ１とＴＭＩＧＤ２とＺＩＣ５を含む。
【００１５】
他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーはバイオマーカーＥＲＧＩＣ３、ＰＤＧＦＢ、ＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１、ＴＭＥＭ７９もしくはＹＴＨＤＦ１の２種以上、又はその任意の部分組合せ、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢ、ＥＲＧＩＣ３とＰＳＥＮＥＮ、ＥＲＧＩＣ３とＳＡＴＢ１、ＥＲＧＩＣ３とＳＮＸ１１、ＥＲＧＩＣ３とＴＭＥＭ７９、ＥＲＧＩＣ３とＹＴＨＤＦ１、ＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮ、ＰＤＧＦＢとＳＡＴＢ１、ＰＤＧＦＢとＳＮＸ１１、ＰＤＧＦＢとＴＭＥＭ７９、ＰＤＧＦＢとＹＴＨＤＦ１、ＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１、ＰＳＥＮＥＮとＳＮＸ１１、ＰＳＥＮＥＮとＴＭＥＭ７９、ＰＳＥＮＥＮとＹＴＨＤＦ１、ＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１、ＳＡＴＢ１とＴＭＥＭ７９、ＳＡＴＢ１とＹＴＨＤＦ１、ＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９、ＳＮＸ１１とＹＴＨＤＦ１、又はＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含むことができる。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも３種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９、ＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１、又はＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＳＡＴＢ１を含む。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも４種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１とＥＲＧＩＣ３、又はＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＹＴＨＤＦ１を含む。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも５種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１、ＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＴＭＥＭ７９、又はＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含む。更に他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは少なくとも６種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９、ＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１、又はＥＲＧＩＣ３とＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含む。更に別の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは７種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含む。
【００１６】
各種実施形態において、前記バイオマーカーはＳＰＴＡ１、ＰＡＰＬＮ、ＰＣＤＨ１、ＴＭＩＧＤ２及び／又はＫＲＴ２４の１種以上以外のものである。特定実施形態において、前記バイオマーカーはＳＰＴＡ１、ＰＡＰＬＮ、ＰＣＤＨ１、ＴＭＩＧＤ２及びＫＲＴ２４以外のものである。１実施形態において、前記バイオマーカーはＳＰＴＡ１以外のものである。別の実施形態において、前記バイオマーカーはＰＡＰＬＮ以外のものである。別の実施形態において、前記バイオマーカーはＰＣＤＨ１以外のものである。別の実施形態において、前記バイオマーカーはＴＭＩＧＤ２以外のものである。更に別の実施形態において、前記バイオマーカーはＫＲＴ２４以外のものである。
【００１７】
特定実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーはバイオマーカーＡＢＩ３、ＡＮＧ、ＡＰＢＢ２、ＣＣＬ２６、ＣＤＣ２０、ＣＥＰ１５２、ＣＦＬ１、ＣＫＬＦ、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＹＰ４Ｆ３、ＤＹＳＦ、ＧＮＡＴ１、ＧＲＡＭＤ４、ＨＹＡＬ２、ＩＬ１０、ＩＴＦＧ３、ＪＡＭ３、ＫＬＨＬ１７、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ、ＭＡＮＳＣ１、ＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＮＣＢＰ１、ＮＭＵ、ＰＨＯＳＰＨＯ２、ＴＹＲＯＢＰ、ＺＩＣ５、ＥＲＧＩＣ３、ＰＤＧＦＢ、ＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１、ＴＭＥＭ７９、ＹＴＨＤＦ１、ＥＤＩＬ３及びＴＵＢＢ６の２種以上、例えばＡＢＩ３とＡＮＧ、ＧＲＡＭＤ４とＨＹＡＬ２、ＮＭＵとＰＨＯＳＰＨＯ２、ＺＩＣ５とＰＳＥＮＥＮ、又はＳＮＸ１１とＭＯＢＫＬ１Ｂを含むことができる。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも３種、例えばＡＰＢＢ２とＣＤＣ２０とＣＫＬＦ、ＣＯＬ７Ａ１とＤＹＳＦとＧＮＡＴ１、ＮＣＢＰ１とＳＡＴＢ１とＥＤＩＬ３、ＰＳＥＮＥＮとＤＹＳＦとＧＮＡＴ１、ＭＡＮＳＣ１とＺＩＣ５とＣＦＬ１、又はＣＫＬＦとＧＲＡＭＤ４とＮＭＵを含む。他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも４種、例えばＡＮＧとＣＣＬ２６とＣＥＰ１５２とＪＡＭ３、ＡＰＢＢ２とＣＹＰ４Ｆ３とＩＴＦＧ３とＴＹＲＯＢＰ、ＣＹＰ４Ｆ３とＭＡＮＳＣ１とＰＤＧＦＢとＹＴＨＤＦ１、ＴＵＢＢ６とＤＹＳＦとＰＨＯＳＰＨＯ２とＣＤＣ２０、又はＣＫＬＦとＫＬＨＬ１７とＨＹＡＬ２とＺＩＣ５を含む。更に他の実施形態において、前記予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも５種、例えばＩＬ１０とＣＥＰ１５２とＣＯＬ７Ａ１とＴＹＲＯＢＰとＥＲＧＩＣ３、ＴＭＥＭ７９とＳＮＸ１１とＰＳＥＮＥＮとＧＮＡＴ１とＧＲＡＭＤ４、ＪＡＭ３とＳＮＸ１１とＫＬＨＬ１７とＭＯＢＫＬ１ＢとＥＲＧＩＣ３、又はＮＭＵとＰＨＯＳＰＨＯ２とＰＤＧＦＢとＣＦＬ１とＡＮＧを含む。
【００１８】
本発明の各種方法及び／又はキットにおいて、前記バイオマーカーはＡＢＩ３以外のもの、ＡＮＧ以外のもの、ＡＰＢＢ２以外のもの、ＣＣＬ２６以外のもの、ＣＤＣ２０以外のもの、ＣＥＰ１５２以外のもの、ＣＦＬ１以外のもの、ＣＫＬＦ以外のもの、ＣＯＬ７Ａ１以外のもの、ＣＹＰ４Ｆ３以外のもの、ＤＹＳＦ以外のもの、ＧＮＡＴ１以外のもの、ＧＲＡＭＤ４以外のもの、ＨＹＡＬ２以外のもの、ＩＬ１０以外のもの、ＩＴＦＧ３以外のもの、ＪＡＭ３以外のもの、ＫＬＨＬ１７以外のもの、ＫＲＴ２４以外のもの、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ以外のもの、ＭＡＮＳＣ１以外のもの、ＭＯＢＫＬ１Ｂ以外のもの、ＮＣＢＰ１以外のもの、ＮＭＵ以外のもの、ＰＣＤＨ１以外のもの、ＰＨＯＳＰＨＯ２以外のもの、ＳＰＴＡ１以外のもの、ＴＭＩＧＤ２以外のもの、ＴＹＲＯＢＰ以外のもの、ＺＩＣ５以外のもの、ＥＲＧＩＣ３以外のもの、ＰＤＧＦＢ以外のもの、ＰＳＥＮＥＮ以外のもの、ＳＡＴＢ１以外のもの、ＳＮＸ１１以外のもの、ＴＭＥＭ７９以外のもの、ＥＤＩＬ３以外のもの、ＰＡＰＬＮ以外のもの、ＴＵＢＢ６以外のもの及び／又はＹＴＨＤＦ１以外のものである。
【００１９】
所定実施形態において、前記バイオマーカーは検出可能なレベルで発現されない。別の実施形態において、前記バイオマーカーは対照に比較して低レベルで発現される。発現は任意の適切な方法により直接又は間接的に測定することができる。所定実施形態では、任意の適切な方法を使用してバイオマーカーの発現レベルを核酸レベルで測定する。例えば、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ又はＤＮＡを検出することによりバイオマーカーの発現レベルを測定することができる。特定実施形態では、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅反応、逆転写酵素ＰＣＲ解析法、定量逆転写酵素ＰＣＲ解析法、ノーザンブロット解析法、ＲＮＡａｓｅプロテクションアッセイ、デジタルＲＮＡ検出／定量法（例えばｎａｎｏＳｔｒｉｎｇ）及びその組合せ又は部分組合せから構成される群から選択される技術を使用することによりバイオマーカーの発現レベルを測定する。
【００２０】
所定実施形態では、ｍｉＲＮＡを検出することによりバイオマーカーの発現レベルを測定することができる。具体的には、ｍｉＲＮＡ濃度を評価し、ｍＲＮＡの発現を制御するｍｉＲＮＡの濃度が上昇している場合には、前記バイオマーカーをコードするｍＲＮＡの発現レベルが低いと判断することにより、ｍＲＮＡ発現を間接的に評価することができる。
【００２１】
他の実施形態では、任意の適切な方法を使用してバイオマーカーの発現レベルを蛋白質レベルで測定する。例えば、前記蛋白質と特異的に結合する抗体又はその抗原結合性フラグメントを使用して前記蛋白質の存在又は濃度を検出することができる。特定実施形態において、前記抗体又はその抗原結合性フラグメントはマウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、二重特異性抗体、キメラ抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＳｃＦｖ、ＳＭＩＰ、アフィボディ、アビマー、バーサボディ、ナノボディ及びドメイン抗体、又はこれらの抗体のいずれかの抗原結合性フラグメントから構成される群から選択される。特定実施形態では、例えば放射性ラベル、ビオチンラベル、発色団ラベル、蛍光団ラベル及び酵素ラベルから構成される群から選択されるラベルで前記抗体又はその抗原結合性部分を標識する。所定実施形態では、イムノアッセイ、ウェスタンブロット解析法、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光測定法、免疫沈降法、平衡透析法、免疫拡散法、電気化学発光イムノアッセイ（ＥＣＬＩＡ）、ＥＬＩＳＡアッセイ、イムノポリメラーゼ連鎖反応及びその組合せ又は部分組合せから構成される群から選択される技術を使用することによりバイオマーカーの発現レベルを測定する。特定実施形態において、前記イムノアッセイは電気化学発光法、化学発光法、蛍光化学発光法、蛍光偏光法及び時間分解蛍光法から構成される群から選択される溶液イムノアッセイである。他の実施形態において、前記イムノアッセイは電気化学発光法、化学発光法及び蛍光化学発光法から構成される群から選択されるサンドイッチイムノアッセイである。適切な結合パートナー又は酵素活性を利用するアッセイのように前記蛋白質を検出することが可能な物質を利用する他のアッセイも使用することができる（例えば受容体分子を検出するためにリガンドの使用）。
【００２２】
任意の適切な方法により対象からサンプルを得ることができ、場合により更に処理工程に供してもよい（例えば凍結、分画、固定、グアニジン処理等）。任意組織（例えば生検）、細胞又は体液及びその任意成分（例えば画分又は抽出液）等の対象に由来する任意の適切なサンプルを使用することができる。各種実施形態において、前記サンプルは前記対象から得られた体液又はこのような体液の成分である。例えば、前記体液としては血液、血漿、血清、唾液、リンパ液、嚢胞液、乳頭吸引分泌液、尿、又は生検（例えば腫瘤生検）から採取した体液が挙げられる。他の実施形態において、前記サンプルは前記対象から得られた組織又はその成分である。例えば、前記組織としては生検（例えば腫瘤生検）から得られた組織、乳房組織、結合組織及び／又はリンパ組織が挙げられる。特定実施形態において、前記組織は乳房組織又はその成分（例えば前記乳房組織から採取した細胞）である。特定実施形態において、前記乳房組織の前記成分は乳房組織細胞である。別の実施形態において、前記乳房組織の前記成分は循環乳房腫瘍細胞である。
【００２３】
１実施形態において、前記対象はヒトである。
【００２４】
別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予測するためのキットとして、表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬と、乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予測する場合の前記キットの使用説明書を含むキットを提供する。例えば、バイオマーカーの発現レベルを測定するための前記試薬は前記バイオマーカーにおけるヌル突然変異を同定するためのプローブとすることができる。バイオマーカーの発現レベルを測定するための前記試薬は前記バイオマーカーを増幅及び／又は検出するためのプローブでもよい。更に別の実施形態において、バイオマーカーの発現レベルを測定するための前記試薬は抗体とすることができ、例えば前記バイオマーカーの野生型又はヌル突然変異体の発現産物に特異的な抗体が挙げられる。
【００２５】
特定実施形態において、前記キットは更に対象から生体サンプルを取得するための試薬を含む。別の実施形態において、前記キットは対照サンプルを含む。
【００２６】
別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象が表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを判定及び／又は断定することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定するための方法を提供する。別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、前記対象が表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを判定することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予測するための方法を提供する。別の態様において、本発明は乳房腫瘍が表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むことを特徴とするか否かを判定及び／又は断定することにより、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する前記腫瘍の感受性を判定するための方法を提供する。更に別の態様において、本発明は表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを断定し、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を対象に投与することにより、乳癌をもつ対象をエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩で治療するための方法に関する。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１】実施例１に記載するように実施した乳癌細胞株における高スループットｓｉＲＮＡスクリーニング法を示す。
【図２】エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩の効力のバイオマーカーとして更に検討するための所定の遺伝子の同定と選択を示す。
【図３】実施例１に記載するように実施した確認アッセイを示す。
【図４】実施例１に記載するようにｓｉＲＮＡによる治療後のｃＤＮＡの相対量を測定するためのＱｕａｎｔｉＴｅｃｔ  ＳＹＢＲアッセイの結果を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２８】
本発明は乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定するための方法、乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予測するための方法、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する乳房腫瘍の感受性を判定するための方法、及び乳癌をもつ対象の治療方法を提供する。一般に、これらの方法は前記対象に由来するサンプルにおける表１に記載する少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、乳癌を治療するためにエリブリンもしくはその類似体を使用できると判断し、及び／又は前記乳房腫瘍がエリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して感受性であると判断する。
【００２９】
本発明は本願に記載するバイオマーカーの低い発現レベル、例えば発現不在がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）に対する応答性の指標となるという知見に少なくとも部分的に基づく。本願に示すように、所定の遺伝子の発現を「ノックダウン」させ、得られたノックダウン細胞のエリブリンメシラートに対する感受性を評価するためにｓｉＲＮＡ技術を利用した。これらの試験結果に基づき、表１に記載する遺伝子の各々の低い発現レベルはエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する乳癌細胞の感受性に関係があると断定した。
【００３０】
本願で特に定義しない限り、本発明に関して使用する科学技術用語は当業者に広く理解されている意味とする。用語の意味と範囲は明瞭となるはずであるが、潜在的に曖昧な場合には、辞書又は外部の定義よりも本願に記載する定義を優先する。更に、文脈からそうでないと判断される場合を除き、単数形の用語（例えば不定冠詞を付けた用語）は複数形を含む（例えば１種以上のバイオマーカー）。本願では、特に指定しない限り、「又は」の使用は「及び／又は」を意味する。更に、「含む」なる用語とこの用語の他の語形（例えば「含んでいる」や「含まれる」）の使用は非限定的である。また、特に指定しない限り、「要素」又は「成分」等の用語は１単位からなる要素及び成分と、２以上のサブユニットからなる要素及び成分の両者を包含する。
【００３１】
「乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定する」なる用語はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による対象の治療が前記対象において有効になる（例えば前記対象に治療効果を提供する）か、あるいは有効にならないという可能性を評価することを意味する。治療が有効になるか、あるいはならないという可能性の評価は典型的にはエリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療が開始される前又は治療が再開される前に実施することができる。上記の代わりに又は上記と組合せて、有効な治療の可能性の評価は例えば治療を継続すべきか又は中断すべきかを判断するためには治療中に実施することができる。例えば、（ａ）前記対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカー、例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、乳癌をもつ前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できると判断することにより、あるいは（ｂ）前記対象に由来するサンプルをアッセイし、前記サンプルにおけるバイオマーカー、例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、乳癌をもつ前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できると判断することにより、このような評価を実施することができる。
【００３２】
本願で使用する「エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する乳房腫瘍の感受性を判定する」なる用語はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する乳房腫瘍、例えば乳癌細胞の感受性を評価することを意味する。腫瘍の感受性としては、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）が腫瘍細胞を死滅させる能力、腫瘍細胞の広がり及び／又は転移を抑制する能力、及び／又は腫瘍細胞の増殖を完全もしくは部分的に抑制する能力（例えば腫瘍細胞の増殖を少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％遅らせる能力）が挙げられる。前記評価は（ｉ）エリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療を開始する前、（ｉｉ）対象における治療を再開する前、及び／又は例えば治療を継続すべきかもしくは中断すべきかを判断するためには治療中に実施することができる。例えば、（ａ）前記腫瘍におけるバイオマーカー、例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記腫瘍における前記バイオマーカーの発現レベルが低い場合には、前記腫瘍がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対して感受性であると判断することにより、あるいは（ｂ）前記腫瘍におけるバイオマーカー、例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定し、前記バイオマーカーが前記腫瘍において低レベルで発現される場合には、前記腫瘍がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対して感受性であると断定することにより、このような判定を実施することができる。
【００３３】
本願で使用する「エリブリン」なる用語はハリコンドリンＢの当分野で周知の完全合成大環状ケトン類似体を意味する。その開示内容全体を本願に援用する米国特許第６，２１４，８６５号に記載されているように、エリブリンは下記構造：
【００３４】
【化１】
2019150027.tif 000003
をもち、本願に記載するような技術又はその開示内容全体を本願に援用するＫｉｍ  ＤＳ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎｏｖｅｍｂｅｒ  ２００９）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１３１（４３）：１５６３６−４１に記載されているような技術を使用して製造することができる。エリブリンはＥＲ−０８６５２６とも呼ばれ、ＣＡＳ登録番号２５３１２８−４１−５により識別される。エリブリンメシラートはＥ７３８９とも呼ばれる。
【００３５】
本願で使用する「エリブリン類似体」なる用語はエリブリンの１個以上の原子又は官能基が別の原子又は官能基で置換された化合物を包含する。例えば、エリブリン類似体としては、エリブリンも含めて下式（Ｉ）を有する化合物が挙げられる。
【００３６】
【化２】
2019150027.tif 000004
式（Ｉ）中、ＡはＣ１−６飽和又はＣ２−６不飽和炭化水素骨格であり、前記骨格は置換されていないか、又は１から１３個の置換基、好ましくは１から１０個の置換基、例えばシアノ、ハロ、アジド、Ｑ１及びオキソから選択される少なくとも１個の置換基をもつ。各Ｑ１は独立してＯＲ１、ＳＲ１、ＳＯ２Ｒ１、ＯＳＯ２Ｒ１、ＮＲ２Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）（ＣＯ）Ｒ１、ＮＲ４（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）ＯＲ１、（ＣＯ）ＯＲ１、Ｏ（ＣＯ）Ｒ１、（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１、及びＯ（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１から選択される。置換基の数は例えば１から６、１から８、２から５、又は１から４とすることができる。本願の全開示を通して、数値範囲は両端を含むものとする。
【００３７】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ４、Ｒ５及びＲ６は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６ハロアルキル、Ｃ１−６ヒドロキシアルキル、Ｃ１−６アミノアルキル、Ｃ６−１０アリール、Ｃ６−１０ハロアリール（例えばｐ−フルオロフェニル又はｐ−クロロフェニル）、Ｃ６−１０ヒドロキシアリール、Ｃ１−４アルコキシ−Ｃ６アリール（例えばＣ１−３アルコキシ−Ｃ６アリール、ｐ−メトキシフェニル、３，４，５−トリメトキシフェニル、ｐ−エトキシフェニル又は３，５−ジエトキシフェニル）、Ｃ６−１０アリール−Ｃ１−６アルキル（例えばベンジル又はフェネチル）、Ｃ１−６アルキル−Ｃ６−１０アリール、Ｃ６−１０ハロアリール−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキル−Ｃ６−１０ハロアリール、（Ｃ１−３アルコキシ−Ｃ６アリール）−Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−９複素環基、Ｃ２−９複素環基−Ｃ１−６アルキル、Ｃ２−９ヘテロアリール及びＣ２−９ヘテロアリール−Ｃ１−６アルキルから選択される。例えばＡがブトキシと２−アミノエトキシ等の２個の異なるアルコキシ（ＯＲ１）基で置換されている場合には、Ｒ１は２個以上存在していてもよい。
【００３８】
Ａの例としては、２，３−ジヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシエチル、３−ヒドロキシ−４−ペルフルオロブチル、２，４，５−トリヒドロキシペンチル、３−アミノ−２−ヒドロキシプロピル、１，２−ジヒドロキシエチル、２，３−ジヒドロキシ−４−ペルフルオロブチル、３−シアノ−２−ヒドロキシプロピル、２−アミノ−１−ヒドロキシエチル、３−アジド−２−ヒドロキシプロピル、３，３−ジフルオロ−２，４−ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、２−ヒドロキシ−２（ｐ−フルオロフェニル）エチル、−ＣＨ２（ＣＯ）（置換又は無置換アリール）、−ＣＨ２（ＣＯ）（アルキル又はハロアルキルやヒドロキシアルキル等の置換アルキル）及び３，３−ジフルオロ−２−ヒドロキシペント−４−エニルが挙げられる。
【００３９】
Ｑ１の例としては、−ＮＨ（ＣＯ）（ＣＯ）−（複素環基又はヘテロアリール）、−ＯＳＯ２−（アリール又は置換アリール）、−Ｏ（ＣＯ）ＮＨ−（アリール又は置換アリール）、アミノアルキル、ヒドロキシアルキル、−ＮＨ（ＣＯ）（ＣＯ）−（アリール又は置換アリール）、−ＮＨ（ＣＯ）（アルキル）（ヘテロアリール又は複素環基）、Ｏ（置換又は無置換アルキル）（置換又は無置換アリール）、及び−ＮＨ（ＣＯ）（アルキル）（アリール又は置換アリール）が挙げられる。
【００４０】
Ｄ及びＤ’は各々独立してＲ３及びＯＲ３から選択され、前記式中、Ｒ３はＨ、Ｃ１−３アルキル又はＣ１−３ハロアルキルである。Ｄ及びＤ’の例はメトキシ、メチル、エトキシ及びエチルである。幾つかの実施形態において、Ｄ及びＤ’の一方はＨである。
【００４１】
ｎの値は１又は好ましくは０であり、従って、６員環又は５員環を形成する。この環は置換されていなくてもよいし、置換されていてもよく、例えばＥはＲ５又はＯＲ５であり、複素環基又はシクロアルキルでもよく、例えばＧはＳ、ＣＨ２、ＮＲ６、又は好ましくはＯである。
【００４２】
Ｊ及びＪ’は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルコキシ又はＣ１−６アルキルであり、あるいはＪとＪ’は一緒になって＝ＣＨ２又は−Ｏ−（直鎖又は分岐鎖Ｃ１−５アルキレン）−Ｏ−であり、例えば環外メチリデン、イソプロピリデン、メチレン又はエチレンである。
【００４３】
ＱはＣ１−３アルキル、好ましくはメチルである。
【００４４】
Ｔは場合により（ＣＯ）ＯＲ７（式中、Ｒ７はＨ又はＣ１−６アルキルである）で置換されたエチレン又はエテニレンである。
【００４５】
Ｕ及びＵ’は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルコキシ又はＣ１−６アルキルであり、あるいはＵとＵ’は一緒になって＝ＣＨ２又は−Ｏ−（直鎖又は分岐鎖Ｃ１−５アルキレン）−Ｏ−である。
【００４６】
ＸはＨ又はＣ１−６アルコキシである。
【００４７】
Ｙ及びＹ’は各々独立してＨ又はＣ１−６アルコキシであり、あるいはＹとＹ’は一緒になって＝Ｏ、＝ＣＨ２、又は−Ｏ−（直鎖又は分岐鎖Ｃ１−５アルキレン）−Ｏ−である。
【００４８】
Ｚ及びＺ’は各々独立してＨ又はＣ１−６アルコキシであり、あるいはＺとＺ’は一緒になって＝Ｏ、＝ＣＨ２、又は−Ｏ−（直鎖又は分岐鎖Ｃ１−５アルキレン）−Ｏ−である。
【００４９】
所定実施形態において、前記エリブリン類似体としては、下式（ＩＩ）：
【００５０】
【化３】
2019150027.tif 000005
を有する化合物が挙げられる。
【００５１】
式（ＩＩ）中、各置換は以下のように定義される。
【００５２】
ＡはＣ１−６飽和又はＣ２−６不飽和炭化水素骨格であり、前記骨格は置換されていないか、又は独立してシアノ、ハロ、アジド、オキソ及びＱ１から選択される１個以上１０個以下の置換基をもつ。
【００５３】
各Ｑ１は独立してＯＲ１、ＳＲ１、ＳＯ２Ｒ１、ＯＳＯ２Ｒ１、ＮＲ２Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）（ＣＯ）Ｒ１、ＮＲ４（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）ＯＲ１、（ＣＯ）ＯＲ１、Ｏ（ＣＯ）Ｒ１、（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１及びＯ（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１から選択される。
【００５４】
Ｒ１、Ｒ２及びＲ４は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６ハロアルキル、Ｃ１−６ヒドロキシアルキル、Ｃ１−６アミノアルキル、Ｃ６−１０アリール、Ｃ６−１０ハロアリール、Ｃ６−１０ヒドロキシアリール、Ｃ１−３アルコキシ−Ｃ６アリール、Ｃ６−１０アリール−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキル−Ｃ６−１０アリール、Ｃ６−１０ハロアリール−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキル−Ｃ６−１０ハロアリール、（Ｃ１−３アルコキシ−Ｃ６アリール）−Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−９複素環基、Ｃ２−９複素環基−Ｃ１−６アルキル、Ｃ２−９ヘテロアリール、及びＣ２−９ヘテロアリール−Ｃ１−６アルキルから選択される。
【００５５】
Ｄ及びＤ’は各々独立してＲ３及びＯＲ３から選択され、前記式中、Ｒ３はＨ、Ｃ１−３アルキル又はＣ１−３ハロアルキルである。
【００５６】
ｎは０又は１である。
【００５７】
ＥはＲ５又はＯＲ５であり、前記式中、Ｒ５は独立してＨ、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６ハロアルキル、Ｃ１−６ヒドロキシアルキル及びＣ１−６アミノアルキルから選択される。
【００５８】
ＧはＯである。
【００５９】
Ｊ及びＪ’は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルコキシ又はＣ１−６アルキルであり、あるいはＪとＪ’は一緒になって＝ＣＨ２である。
【００６０】
ＱはＣ１−３アルキルである。
【００６１】
Ｔはエチレン又はエテニレンである。
【００６２】
Ｕ及びＵ’は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルコキシ又はＣ１−６アルキルであり、あるいはＵとＵ’は一緒になって＝ＣＨ２である。
【００６３】
ＸはＨ又はＣ１−６アルコキシである。
【００６４】
Ｙ及びＹ’は各々独立してＨ又はＣ１−６アルコキシであり、あるいはＹとＹ’は一緒になって＝Ｏである。
【００６５】
Ｚ及びＺ’は各々独立してＨ又はＣ１−６アルコキシであり、あるいはＺとＺ’は一緒になって＝Ｏである。
【００６６】
幾つかの実施形態において、前記エリブリン類似体としては、下式（ＩＩＩ）：
【００６７】
【化４】
2019150027.tif 000006
を有する化合物が挙げられ、
式中、ＡはＣ１−６飽和又はＣ２−６不飽和炭化水素骨格であり、前記骨格は置換されていないか、又はシアノ、ハロ、アジド、Ｑ１及びオキソから選択される１から１３個の置換基、例えば１から１０個の置換基をもち；
各Ｑ１は独立してＯＲ１、ＳＲ１、ＳＯ２Ｒ１、ＯＳＯ２Ｒ１、ＮＲ２Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）（ＣＯ）Ｒ１、ＮＲ４（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１、ＮＲ２（ＣＯ）ＯＲ１、（ＣＯ）ＯＲ１、Ｏ（ＣＯ）Ｒ１、（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１及びＯ（ＣＯ）ＮＲ２Ｒ１から選択され；
Ｒ１、Ｒ２及びＲ４は各々独立してＨ、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６ハロアルキル、Ｃ１−６ヒドロキシアルキル、Ｃ１−６アミノアルキル、Ｃ６−１０アリール、Ｃ６−１０ハロアリール、Ｃ６−１０ヒドロキシアリール、Ｃ１−４アルコキシ−Ｃ６アリール、Ｃ６−１０アリール−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキル−Ｃ６−１０アリール、Ｃ６−１０ハロアリール−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキル−Ｃ６−１０ハロアリール、（Ｃ１−３アルコキシ−Ｃ６アリール）−Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−９複素環基、Ｃ２−９複素環基−Ｃ１−６アルキル、Ｃ２−９ヘテロアリール及びＣ２−９ヘテロアリール−Ｃ１−６アルキルから選択される。
【００６８】
炭化水素骨格は炭素原子と水素原子を含み、直鎖でも分岐鎖でも環状でもよい。不飽和炭化水素は１個、２個、３個又はそれ以上のＣ−Ｃ二重結合（ｓｐ２）又はＣ−Ｃ三重結合（ｓｐ）を含む。不飽和炭化水素基の例としては、エチニル、２−プロピニル、１−プロペニル、２−ブテニル、１，３−ブタジエニル、２−ペンテニル、ビニル（エテニル）、アリル及びイソプロペニルが挙げられる。２価不飽和炭化水素基の例としては、アルケニレンとアルキリデン（例えばメチリジン、エチリデン、エチリジン、ビニリデン及びイソプロピリデン）が挙げられる。一般に、本発明の化合物は例えばヒドロキシ、アミノ、シアノ、アジド、ヘテロアリール、アリール及び本願に記載する他の部分で置換された炭化水素骨格（式（Ｉ）中の「Ａ」）をもつ。炭化水素骨格は２個のジェミナル水素原子がオキソ、２価カルボニル酸素原子（＝Ｏ）又は環形成置換基（例えばアセタール又はケタールを形成する−−Ｏ−（直鎖又は分岐鎖アルキレン又はアルキリデン）−Ｏ−−）で置換されていてもよい。
【００６９】
Ｃ１−６アルキルとしては、直鎖、分岐鎖及び環状炭化水素（例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ペンチル、イソペンチル、ｓｅｃ−ペンチル、ｎｅｏ−ペンチル、ｔｅｒｔ−ペンチル、シクロペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、ｓｅｃ−ヘキシル、シクロヘキシル、２−メチルペンチル、ｔｅｒｔ−ヘキシル、２，３−ジメチルブチル、３，３−ジメチルブチル、１，３−ジメチルブチル、及び２，３−ジメチルブタ−２−イル）が挙げられる。アルコキシ（−−ＯＲ）、アルキルチオ（−−ＳＲ）及び他のアルキル誘導部分（置換、不飽和又は２価）はアルキル基（Ｒ）と同様である。アルキル基及びアルキル誘導基（例えば代表的なアルコキシ基、ハロアルキル基、ヒドロキシアルキル基、アルケニル基、アルキリデン基及びアルキレン基）はＣ２−６、Ｃ３−６、Ｃ１−３又はＣ２−４とすることができる。
【００７０】
ハロ、ヒドロキシ、アミノ、シアノ、アジド等で置換されたアルキルは１個、２個、３個、４個、５個、又はそれ以上の置換基をもつことができ、前記置換基は独立して選択され（同一でもよいし、同一でなくてもよい）、同一炭素原子上に存在してもよいし、そうでなくてもよい。例えば、ハロアルキルはフルオロ、クロロ、ブロモ及びヨードから選択される少なくとも１個の置換基をもつアルキル基である。ハロアルキルは２個以上のハロ置換基をもつことができ、前記置換基は同一でも同一でなくてもよいハロゲンであり、同一炭素原子上に存在してもよいし、そうでなくてもよい。例としては、クロロメチル、ペルヨードメチル、３，３−ジクロロプロピル、１，３−ジフルオロブチル及び１−ブロモ−２−クロロプロピルが挙げられる。
【００７１】
複素環基及びヘテロアリールとしては、フリル、ピラニル、イソベンゾフラニル、クロメニル、キサンテニル、フェノキサチエニル、２Ｈ−ピロリル、ピロリル、イミダゾリル（例えば１−、２−又は４−イミダゾリル）、ピラゾラル、イソチアゾリル、イソオキサゾリル、ピリジル（例えば１−、２−又は３−ピリジル）、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、インドリジニル、イソインドリル、３Ｈ−インドリル、インドリル（例えば１−、２−又は３−インドリル）、インダゾリル、プリニル、４Ｈ−キノリジニル、イソキノリル、キノリル、フタラジニル、ナフチリジニル、キノキサリニル、キナゾリニル、シンノリニル、プテリジニル、ピロリニル、ピロリジニル、イミダゾリジニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピペリジル、ピペラジニル、インドリニル、イソインドリニル及びモルホリニルが挙げられる。複素環基及びヘテロアリールは環上の任意位置で分子の残余と連結することができる。複素環基及びヘテロアリールはＣ２−９以下、例えばＣ３−６、Ｃ２−５又はＣ３−７とすることができる。
【００７２】
アリール基としては、フェニル、ベンジル、ナフチル、トリル、メシチル、キシリル及びクメニルが挙げられる。
【００７３】
当然のことながら、「複素環基」、「アリール」及び「ヘテロアリール」は、独立して低級アルキル、低級アルコキシ、アミノ、ハロ、シアノ、ニトロ、アジド及びヒドロキシルから選択される１個、２個、３個、４個、又はそれ以上の置換基をもつものを含む。複素環基、ヘテロアリール及びアリールは式（Ｉ）中の炭化水素骨格「Ａ」の２価置換基でもよい。
【００７４】
「エリブリン類似体」なる用語はエリブリンプロドラッグを包含する。「エリブリンプロドラッグ」なる用語はエリブリンプロドラッグの化学修飾部分を開裂することにより活性形態のエリブリンを生じる酵素により生体内活性化（例えばインビボ代謝）されるまで不活性又は低活性となるように化学的に修飾されたエリブリンを包含する。
【００７５】
本願で使用する「エリブリン類似体」なる用語は式（Ｉ）のエリブリン及び他の化合物の全立体異性体を包含し、そのジアステレオ異性体とエナンチオマーを含む。「立体異性体」とは原子の空間的配置のみが相違する異性体を意味する。「ジアステレオ異性体」とは相互に鏡像ではない立体異性体を意味する。「エナンチオマー」とは相互に重なり合わない鏡像である立体異性体を意味する。例えば、式（ＩＶ）はエリブリンとこのような立体異性体を含む。
【００７６】
【化５】
2019150027.tif 000007
【００７７】
本願で使用する「医薬的に許容可能な塩」なる用語は酸とエリブリン又はエリブリン類似体の塩基性窒素基から形成される塩である。このような塩の例としては、無機酸塩又は有機酸塩（例えば塩酸塩、硫酸塩、クエン酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、硝酸塩、重硫酸塩、リン酸塩、スーパーリン酸塩、イソニコチン酸塩、酢酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、酒石酸塩、パントテン酸塩、アスコルビン酸塩、コハク酸塩、マレイン酸塩、フマル酸塩、グルコン酸塩、サッカリン酸塩、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、メタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、パモ酸塩（パモアート））並びにアルミニウム、カルシウム、リチウム、マグネシウム、カルシウム、ナトリウム、亜鉛及びジエタノールアミンの塩等の酸付加塩及び塩基付加塩が挙げられる。当然のことながら、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩という場合には、エリブリンの医薬的に許容可能な塩とその類似体の医薬的に許容可能な塩も含む。このような医薬的に許容可能な塩の例としては、限定されないが、式Ｉの医薬的に許容可能な塩、式ＩＩの医薬的に許容可能な塩、式ＩＩＩの医薬的に許容可能な塩又は式ＩＶの医薬的に許容可能な塩が挙げられる。
【００７８】
特定実施形態では、エリブリンの医薬的に許容可能な塩形態であるエリブリンメシラートを本発明の方法で利用する。エリブリンメシラートは商品名ＨＡＬＡＶＥＮ（登録商標）で販売されている。エリブリンメシラートの化学名は１１，１５：１８，２１：２４，２８−トリエポキシ−７，９−エタノ−１２，１５−メタノ−９Ｈ，１５Ｈ−フロ［３，２−ｉ］フロ［２’，３’：５，６］ピラノ［４，３−ｂ］［１，４］ジオキサシクロペンタコシン−５（４Ｈ）−オン，２−［（２Ｓ）−３−アミノ−２−ヒドロキシプロピル］ヘキサコサヒドロ−３−メトキシ−２６−メチル−２０，２７−ビス（メチレン）−，（２Ｒ，３Ｒ，３ａＳ，７Ｒ，８ａＳ，９Ｓ，１０ａＲ，１１Ｓ，１２Ｒ，１３ａＲ，１３ｂＳ，１５Ｓ，１８Ｓ，２１Ｓ，２４Ｓ，２６Ｒ，２８Ｒ，２９ａＳ）−メタンスルホナート（塩）である。エリブリンメシラートは以下の構造をもつ。
【００７９】
【化６】
2019150027.tif 000008
【００８０】
エリブリンメシラートは例えば術後補助療法又は転移状態でのアントラサイクリンとタキサンによる治療を含む転移性疾患治療用の少なくとも２種類の化学療法レジメンの前治療歴を有する転移性乳癌患者の治療を適応とする承認薬である。
【００８１】
本願で使用する「バイオマーカー」なる用語は生体状態の指標として使用される物質を包含するものであり、例えば遺伝子（又はその部分）、ｍＲＮＡ（又はその部分）、ｍｉＲＮＡ（マイクロＲＮＡ）及び蛋白質（又はその部分）が挙げられる。「バイオマーカー発現パターン」とは例えば標準又は対照と比較した場合の対象における１種以上のバイオマーカーの発現の定量的又は定性的解析概要を意味する。
【００８２】
本願に記載する方法で使用することができる各種バイオマーカーを表１にまとめる。表１はコードするヌクレオチド遺伝子配列を識別できるように転写産物の遺伝子略称、遺伝子ＩＤ番号及びアクセション番号を示す。例えば、遺伝子ＡＢＩ３はヒトＡＢＩファミリーメンバー３を意味する。ヒトＡＢＩ３転写産物変異体１のヌクレオチド配列はアクセション番号ＮＭ＿０１６４２８を参照することができる。遺伝子（例えばＡＢＩ３）という場合には、遺伝子の天然又は内在形態を含むものとし、対象及び／又は対象に由来する腫瘍に存在し得る遺伝子の野生型、多型又は対立遺伝子変異体又は突然変異体（例えば生殖細胞系列突然変異、体細胞突然変異）が挙げられる。幾つかの実施形態において、バイオマーカー遺伝子の配列はアクセション番号又は遺伝子ＩＤ番号により表１に示す配列と少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％一致する。例えば、配列一致度はＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴ（例えばデフォルトパラメータを設定したＭｅｇａｂｌａｓｔ）を使用して配列を比較することにより求めることができる。
【００８３】
本願で使用する「予測遺伝子シグネチャー」なる用語は対象における本発明の２種以上のバイオマーカーの発現レベルを意味し、エリブリン又はエリブリン類似体による治療に対する応答性の指標である。例えば、表１からの少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種又は少なくとも１０種のバイオマーカーの対象における低い発現レベルは前記対象がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して明白に応答することを示す遺伝子シグネチャーとなり得る。表１からの２種以上マーカーの任意部分組合せが本発明の予測遺伝子シグネチャーとなり得る。別の例において、表１からの少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種もしくは少なくとも１０種のバイオマーカー又はその任意の部分組合せの特定閾値レベル未満の発現は対象がエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して明白に応答することを示す遺伝子シグネチャーとなる。
【００８４】
バイオマーカー、例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの「低い発現レベル」とは、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）に対する感受性に相関する試験サンプル（例えば対象に由来するサンプル）における前記バイオマーカーの発現レベルを意味する。これは試験サンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルを適切な対照における発現レベルと比較することにより求めることができる。「低い発現レベル」は前記バイオマーカーの検出可能な発現の欠如も包含する。
【００８５】
幾つかの実施形態では、正常組織におけるバイオマーカーの発現レベル（例えば正常組織サンプルにおいて観察される前記バイオマーカーの発現レベルから求められる範囲）等の対照サンプルと比較してバイオマーカーの発現レベルを測定する。これらの実施形態において、低発現レベルはこの範囲の低レベル以下に該当する。幾つかの実施形態では、他の対象に由来するサンプル（例えば腫瘍サンプル、循環腫瘍細胞）におけるバイオマーカーの発現レベル等の対照サンプルと比較してバイオマーカーの発現レベルを測定する。例えば、他の対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルを測定し、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する感受性に相関する発現レベルを規定し、被験対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルをこれらの発現レベルと比較し、被験対象に由来するサンプルにおける発現レベルが同等以下であるならば、前記サンプルにおける前記バイオマーカーは「低い発現レベル」であると判断する。別の例では、他の対象に由来するサンプル（例えば腫瘍サンプル、循環腫瘍細胞）におけるバイオマーカーの発現レベルを測定し、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する耐性ないし非応答性に相関する発現レベルを規定し、被験対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルをこれらの発現レベルと比較し、被験対象に由来するサンプルにおける発現レベルのほうが低いならば、前記サンプルにおける前記バイオマーカーは「低い発現レベル」であると判断する。
【００８６】
「既知標準レベル」又は「対照レベル」なる用語は対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルを比較するために使用されるバイオマーカー、例えば表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの許容発現レベル又は規定発現レベルを意味する。１実施形態において、バイオマーカーの対照発現レベルは対象集団に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの平均発現レベルである。例えば、対照発現レベルは乳癌をもつ対象集団に由来する乳癌細胞におけるバイオマーカーの平均発現レベルとすることができる。前記集団はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して応答しなかった対象でもよいし、前記集団は各バイオマーカーを高レベル又は正常レベルで発現する対象群でもよい。幾つかの実施形態において、対照レベルは上記のように正常組織におけるバイオマーカーの発現範囲を構成し得る。例えば、対照レベルは上記のように乳癌をもつ各種対象に由来する腫瘍サンプルにおけるバイオマーカーの発現範囲を構成し得る。
【００８７】
本願に記載する方法の日常的な実施の結果としてより多くの情報が得られるようになるにつれて、本発明のバイオマーカーの「対照」発現レベルの集団平均値を使用できるようになる。他の実施形態では、保管された対象サンプル等から対象における乳癌の発症が疑われる前に対象から得られた対象サンプルにおける各バイオマーカーの発現レベルを測定することにより、バイオマーカーの「対照」発現レベルを求めることができる。
【００８８】
本発明のバイオマーカーの対照発現レベルは公共閲覧可能なデータベースから入手することもできる。更に、Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）やＵｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）等を対照として使用することもできる。例えば、ｑＰＣＲを使用してバイオマーカーの発現レベルを測定し、対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現を検出するために必要なサイクル数がこのような対照を使用する検出に必要なサイクル数よりも増加する場合には、前記バイオマーカーの発現レベルが低いと判断する。
【００８９】
本願で使用する「対象」又は「患者」なる用語はヒト及び非ヒト動物（例えば動物患者）を意味する。「非ヒト動物」なる用語は脊椎動物、例えば非ヒト霊長類、マウス、ウサギ、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ又は他の齧歯類、ヒツジ類、イヌ類、ネコ類、ウマ類もしくはウシ類等の哺乳動物を包含する。１実施形態において、前記対象はヒトである。
【００９０】
本願で使用する「サンプル」なる用語は対象から単離された細胞、組織又は体液と、対象の体内に存在する細胞、組織又は体液を意味する。「サンプル」なる用語は対象に由来する任意体液（例えば血液、リンパ液、嚢胞液、乳頭吸引分泌液、尿及び生検（例えば腫瘤生検）から採取した体液）、組織又は細胞もしくは細胞集団とその任意成分（例えば画分又は抽出液）を包含する。１実施形態において、組織又は細胞は対象から取出される。別の実施形態において、組織又は細胞は対象の体内に存在する。他のサンプルとしては、涙液、血漿、血清、脳脊髄液、糞便、唾液及び細胞抽出液が挙げられる。１実施形態において、サンプルは対象に由来する蛋白質（例えば蛋白質又はペプチド）を含有する。別の実施形態において、サンプルは対象に由来するＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ分子）又は対象に由来するＤＮＡ（例えばゲノムＤＮＡ分子）を含有する。
【００９１】
本願で使用する「乳癌」なる用語は一般に乳房組織の無制御な増殖を意味し、より具体的には、対象の一方又は両方の乳房における異常細胞の異常に迅速な増殖を特徴とする状態を意味する。異常細胞は悪性又は「新生細胞」と呼ばれることが多く、充実性腫瘍を形成することができる形質転換細胞である。「腫瘍」なる用語は悪性であるか良性であるかに関係なく、前癌性及び癌性細胞の過剰又は異常な細胞分裂に起因する異常な細胞塊又は集団（即ち２個以上の細胞）を意味する。悪性腫瘍は無制御な増殖に加え、周囲組織に浸潤して転移する可能性があるという点で良性増殖又は腫瘍から区別される。乳癌では、新生細胞が一方又は両方の乳房のみで検出され、別の組織又は臓器では検出されない場合と、一方又は両方の乳房と１種以上の隣接組織又は臓器（例えばリンパ節）で検出される場合と、一方の乳房と乳癌細胞が転移している１種以上の非隣接組織又は臓器で検出される場合がある。
【００９２】
エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩は乳癌を治療するために使用することができ、従って、本発明の方法は乳癌と乳癌をもつ対象で使用することができる。
【００９３】
１実施形態において、乳癌はエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性乳癌、プロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性乳癌及び／又はＨＥＲ−２陰性乳癌である。例えば、乳癌はエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性且つプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性乳癌、エストロゲン受容体（ＥＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性乳癌、プロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性乳癌、又はエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性且つプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性（トリプルネガティブ）乳癌であり得る。ＥＲ、ＰＲ及びＨＥＲ−２状態の評価は任意の適切な方法を使用して実施することができる。例えば、ＨＥＲ−２状態は例えば米国総合癌ネットワーク（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ［ＮＣＣＮ］）ガイドラインに従って、免疫組織化学法（ＩＨＣ）及び／又は蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）による遺伝子増幅により評価することができる。
【００９４】
乳癌としては、例えば腺癌、炎症性乳癌、再発性（例えば局所再発性）及び／又は転移性乳癌が挙げられる。幾つかの実施形態において、乳癌は内分泌療法抵抗性ないしホルモン療法抵抗性である。「内分泌療法抵抗性」及び「ホルモン療法抵抗性」なる用語はホルモン療法による乳癌治療、例えばアロマターゼ阻害剤又はタモキシフェンに対して抵抗性の癌を意味する。乳癌は乳房の乳管の内面（腺管癌）又は乳汁が産生される小葉（小葉癌）で発生することが最も多い。従って、本発明の各種実施形態において、乳癌は腺管癌又は小葉癌であり得る。乳房に由来する癌性細胞は生体の任意の他の臓器又は組織に浸潤又は転移する可能性がある。例えば、癌細胞はリンパ節細胞に浸潤及び／又は肝臓、脳及び／又は骨に転移することが多い。
【００９５】
本発明の各種実施形態において、対象はステージＩ、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ又はステージＩＶ乳癌に罹患しているものが挙げられる。乳癌のステージはその大きさと癌が広がっている程度に基づいてステージ０からステージＩＶまでの各ステージとして分類することができる。下表は臨床医に周知のステージを要約する。
【００９６】
【表１】
2019150027.tif 000009
【００９７】
以下のサブセクションでは本発明の各種態様を更に詳細に説明する。
【００９８】
Ｉ．乳癌をもつ対象におけるエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）に対する応答性の予測
１態様において、本発明は乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定するため、及び／又はエリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対する乳房腫瘍の感受性を判定するための方法を提供する。前記方法は例えば乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイすることにより、少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルを測定する。少なくとも１種のバイオマーカーの低い発現レベルが確認されたならば、エリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を乳癌の治療に使用できる及び／又は乳房腫瘍がエリブリン、その類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療に対して感受性であると判断する。
【００９９】
本発明の方法では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルを評価し、本願に説明するように、適切なサンプルにおける所定のＤＮＡ多型又はヌル突然変異の存在の判定、遺伝子から発現されるＲＮＡ（表１に例示するｍＲＮＡ及び／もしくは遺伝子の他の転写産物又はこれらのいずれかの蛋白質産物を含む）のレベルの測定等の各種アプローチを使用してこれらの遺伝子の１種以上（例えばＡＢＩ３、ＡＮＧ）の発現レベルを測定する段階を含むことができる。
【０１００】
【表２】
2019150027.tif 000010
2019150027.tif 000011
【０１０１】
表１に記載する各アクセション番号とその対応する配列を本願に援用する。
【０１０２】
各種実施形態では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種又は１０種のバイオマーカーの発現レベルを測定する。
【０１０３】
特定実施形態では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される２種以上のバイオマーカーの部分組合せを含む予測遺伝子シグネチャーを使用する。各種実施形態では、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種又は少なくとも５種のバイオマーカーの発現レベルを測定する。例えば、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも２種のバイオマーカー、例えばＤＹＳＦとＥＤＩＬ３、ＧＮＡＴ１とＥＲＧＩＣ３、ＫＲＴ２４とＰＡＰＬＮ、ＭＡＮＳＣ１とＰＤＧＦＢ、ＰＣＤＨ１とＰＤＧＦＢ、又はＰＨＯＳＰＨＯ２とＰＳＥＮＥＮを含むことができる。別の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも３種のバイオマーカー、例えばＣＯＬ７Ａ１とＹＴＨＤＦ１とＺＩＣ５、ＣＫＬＦとＩＬ１０とＴＵＢＢ６、ＣＤＣ２０とＣＦＬ１とＴＭＥＭ７９、ＨＹＡＬ２とＮＣＢＰ１とＳＮＸ１１、又はＣＥＰ１５２とＮＣＢＰ１とＳＡＴＢ１を含むことができる。別の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも４種のバイオマーカー、例えばＡＰＢＢ２とＣＣＬ２６とＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１、ＡＮＧとＪＡＭ３とＫＬＨＬ１７とＰＡＰＬＮ、ＩＴＦＧ３とＭＡＤ２Ｌ１ＢＰとＮＭＵとＰＤＧＦＢ、ＳＰＴＡ１とＴＹＲＯＢＰとＳＮＸ１１とＰＳＥＮＥＮ、ＧＲＡＭＤ４とＧＮＡＴ１とＴＭＩＧＤ２とＹＴＨＤＦ１、又はＧＲＡＭＤ４とＨＹＡＬ２とＰＨＯＳＰＨＯ２とＴＵＢＢ６を含むことができる。別の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも５種のバイオマーカー、例えばＣＣＬ２６とＣＤＣ２０とＥＲＧＩＣ３とＥＤＩＬ３とＰＣＤＨ１、ＤＹＳＦとＮＭＵとＰＨＯＳＰＨＯ２とＰＳＥＮＥＮとＳＮＸ１１、ＡＰＢＢ２とＣＫＬＦとＣＹＰ４Ｆ３とＴＵＢＢ６とＹＴＨＤＦ１、又はＣＥＰ１５２とＭＡＤ２Ｌ１ＢＰとＳＰＴＡ１とＴＭＥＭ７９とＺＩＣ５を含むことができる。
【０１０４】
特定実施形態において、予測遺伝子シグネチャーはバイオマーカーＡＢＩ３、ＡＮＧ、ＡＰＢＢ２、ＣＣＬ２６、ＣＤＣ２０、ＣＥＰ１５２、ＣＦＬ１、ＣＫＬＦ、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＹＰ４Ｆ３、ＤＹＳＦ、ＧＮＡＴ１、ＧＲＡＭＤ４、ＨＹＡＬ２、ＩＬ１０、ＩＴＦＧ３、ＪＡＭ３、ＫＬＨＬ１７、ＫＲＴ２４、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ、ＭＡＮＳＣ１、ＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＮＣＢＰ１、ＮＭＵ、ＰＣＤＨ１、ＰＨＯＳＰＨＯ２、ＳＰＴＡ１、ＴＭＩＧＤ２、ＴＹＲＯＢＰ、ＺＩＣ５、ＥＲＧＩＣ３、ＰＤＧＦＢ、ＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１、ＴＭＥＭ７９、ＹＴＨＤＦ１の２種以上、例えばＡＢＩ３とＡＮＧ、ＡＰＢＢ２とＣＣＬ２６、ＧＮＡＴ１とＧＲＡＭＤ４、ＩＬ１０とＩＴＦＧ３、ＭＡＣＳＣ１とＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＮＭＵとＰＣＤＨ１、又はＴＹＲＯＢＰとＺＩＣ５を含むことができる。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも３種、例えばＡＢＩ３とＡＮＧとＡＰＢＢ２、ＣＣＬ２６とＣＫＬＦとＣＯＬ７Ａ１、ＤＹＳＦとＧＮＡＴ１とＨＹＡＬ２、ＪＡＭ３とＫＬＨＬ１７とＫＲＴ２４、ＮＣＢＰ１とＮＭＵとＰＣＤＨ１、ＳＰＴＡ１とＴＭＩＧＤ２とＴＹＲＯＢＰ、又はＺＩＣ５とＭＡＤ２Ｌ１ＢＰとＣＤＣ２０を含む。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも４種、例えばＡＢＩ３とＡＮＧとＡＰＢＢ２とＣＣＬ２６、ＣＥＰ１５２とＣＦＬ１とＣＫＬＦとＣＯＬ７Ａ１、ＫＲＴ２４とＭＡＮＳＣ１とＭＯＢＫＬ１ＢとＳＰＴＡ１、ＴＹＲＯＢＰとＴＭＩＧＤ２とＰＨＯＳＰＨＯ２とＮＭＵ、ＡＢＩ３とＧＮＡＴＩとＫＬＨＬ１７とＳＰＴＡ１、又はＣＥＰ１５２とＨＹＡＬ２とＰＣＤＨ１とＴＭＩＧＤ２を含む。更に他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも５種、例えばＣＫＬＦとＣＯＬ７Ａ１とＧＲＡＭＤ４とＪＡＭ３とＰＣＤＨ１、ＡＰＢＢ２とＣＥＰ１５２とＤＹＳＦとＩＬ１０とＴＹＲＯＢＰ、ＣＹＰ４Ｆ３とＨＹＡＬ２とＩＴＦＧ３とＫＬＨＬ１７とＫＲＴ２４、ＮＣＢＰ１とＳＰＴＡ１とＴＭＩＧＤ２とＩＬ１０とＪＡＭ３、又はＣＣＬ２６とＰＨＯＳＰＨＯ２とＳＰＴＡ１とＴＭＩＧＤ２とＺＩＣ５を含む。
【０１０５】
他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーはバイオマーカーＥＲＧＩＣ３、ＰＤＧＦＢ、ＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１、ＴＭＥＭ７９もしくはＹＴＨＤＦ１の２種以上又はその任意部分組合せ、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢ、ＥＲＧＩＣ３とＰＳＥＮＥＮ、ＥＲＧＩＣ３とＳＡＴＢ１、ＥＲＧＩＣ３とＳＮＸ１１、ＥＲＧＩＣ３とＴＭＥＭ７９、ＥＲＧＩＣ３とＹＴＨＤＦ１、ＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮ、ＰＤＧＦＢとＳＡＴＢ１、ＰＤＧＦＢとＳＮＸ１１、ＰＤＧＦＢとＴＭＥＭ７９、ＰＤＧＦＢとＹＴＨＤＦ１、ＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１、ＰＳＥＮＥＮとＳＮＸ１１、ＰＳＥＮＥＮとＴＭＥＭ７９、ＰＳＥＮＥＮとＹＴＨＤＦ１、ＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１、ＳＡＴＢ１とＴＭＥＭ７９、ＳＡＴＢ１とＹＴＨＤＦ１、ＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９、ＳＮＸ１１とＹＴＨＤＦ１、又はＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含むことができる。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも３種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９、ＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１、又はＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＳＡＴＢ１を含む。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも４種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１とＥＲＧＩＣ３、又はＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＹＴＨＤＦ１を含む。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも５種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１、ＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＴＭＥＭ７９、又はＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含む。更に他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは少なくとも６種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９、ＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１、又はＥＲＧＩＣ３とＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含む。更に別の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは７種のバイオマーカー、例えばＥＲＧＩＣ３とＰＤＧＦＢとＰＳＥＮＥＮとＳＡＴＢ１とＳＮＸ１１とＴＭＥＭ７９とＹＴＨＤＦ１を含む。
【０１０６】
各種実施形態において、バイオマーカーはＳＰＴＡ１、ＰＡＰＬＮ、ＰＣＤＨ１、ＴＭＩＧＤ２及び／又はＫＲＴ２４の１種以上以外のものである。特定実施形態において、バイオマーカーはＳＰＴＡ１、ＰＡＰＬＮ、ＰＣＤＨ１、ＴＭＩＧＤ２及びＫＲＴ２４以外のものである。１実施形態において、バイオマーカーはＳＰＴＡ１以外のものである。別の実施形態において、バイオマーカーはＰＡＰＬＮ以外のものである。別の実施形態において、バイオマーカーはＰＣＤＨ１以外のものである。代替実施形態において、バイオマーカーはＴＭＩＧＤ２以外のものである。更に別の実施形態において、バイオマーカーはＫＲＴ２４以外のものである。
【０１０７】
特定実施形態において、予測遺伝子シグネチャーはバイオマーカーＡＢＩ３、ＡＮＧ、ＡＰＢＢ２、ＣＣＬ２６、ＣＤＣ２０、ＣＥＰ１５２、ＣＦＬ１、ＣＫＬＦ、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＹＰ４Ｆ３、ＤＹＳＦ、ＧＮＡＴ１、ＧＲＡＭＤ４、ＨＹＡＬ２、ＩＬ１０、ＩＴＦＧ３、ＪＡＭ３、ＫＬＨＬ１７、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ、ＭＡＮＳＣ１、ＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＮＣＢＰ１、ＮＭＵ、ＰＨＯＳＰＨＯ２、ＴＹＲＯＢＰ、ＺＩＣ５、ＥＲＧＩＣ３、ＰＤＧＦＢ、ＰＳＥＮＥＮ、ＳＡＴＢ１、ＳＮＸ１１、ＴＭＥＭ７９、ＹＴＨＤＦ１、ＥＤＩＬ３及びＴＵＢＢ６の２種以上、例えばＡＢＩ３とＡＮＧ、ＧＲＡＭＤ４とＨＹＡＬ２、ＮＭＵとＰＨＯＳＰＨＯ２、ＺＩＣ５とＰＳＥＮＥＮ、又はＳＮＸ１１とＭＯＢＫＬ１Ｂを含むことができる。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも３種、例えばＡＰＢＢ２とＣＤＣ２０とＣＫＬＦ、ＣＯＬ７Ａ１とＤＹＳＦとＧＮＡＴ１、ＮＣＢＰ１とＳＡＴＢ１とＥＤＩＬ３、ＰＳＥＮＥＮとＤＹＳＦとＧＮＡＴ１、ＭＡＮＳＣ１とＺＩＣ５とＣＦＬ１、又はＣＫＬＦとＧＲＡＭＤ４とＮＭＵを含む。他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも４種、例えばＡＮＧとＣＣＬ２６とＣＥＰ１５２とＪＡＭ３、ＡＰＢＢ２とＣＹＰ４Ｆ３とＩＴＦＧ３とＴＹＲＯＢＰ、ＣＹＰ４Ｆ３とＭＡＮＳＣ１とＰＤＧＦＢとＹＴＨＤＦ１、ＴＵＢＢ６とＤＹＳＦとＰＨＯＳＰＨＯ２とＣＤＣ２０、又はＣＫＬＦとＫＬＨＬ１７とＨＹＡＬ２とＺＩＣ５を含む。更に他の実施形態において、予測遺伝子シグネチャーは上記バイオマーカーの少なくとも５種、例えばＩＬ１０とＣＥＰ１５２とＣＯＬ７Ａ１とＴＹＲＯＢＰとＥＲＧＩＣ３、ＴＭＥＭ７９とＳＮＸ１１とＰＳＥＮＥＮとＧＮＡＴ１とＧＲＡＭＤ４、ＪＡＭ３とＳＮＸ１１とＫＬＨＬ１７とＭＯＢＫＬ１ＢとＥＲＧＩＣ３、又はＮＭＵとＰＨＯＳＰＨＯ２とＰＤＧＦＢとＣＦＬ１とＡＮＧを含む。
【０１０８】
本発明の各種方法及び／又はキットにおいて、バイオマーカーはＡＢＩ３以外のもの、ＡＮＧ以外のもの、ＡＰＢＢ２以外のもの、ＣＣＬ２６以外のもの、ＣＤＣ２０以外のもの、ＣＥＰ１５２以外のもの、ＣＦＬ１以外のもの、ＣＫＬＦ以外のもの、ＣＯＬ７Ａ１以外のもの、ＣＹＰ４Ｆ３以外のもの、ＤＹＳＦ以外のもの、ＧＮＡＴ１以外のもの、ＧＲＡＭＤ４以外のもの、ＨＹＡＬ２以外のもの、ＩＬ１０以外のもの、ＩＴＦＧ３以外のもの、ＪＡＭ３以外のもの、ＫＬＨＬ１７以外のもの、ＫＲＴ２４以外のもの、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ以外のもの、ＭＡＮＳＣ１以外のもの、ＭＯＢＫＬ１Ｂ以外のもの、ＮＣＢＰ１以外のもの、ＮＭＵ以外のもの、ＰＣＤＨ１以外のもの、ＰＨＯＳＰＨＯ２以外のもの、ＳＰＴＡ１以外のもの、ＴＭＩＧＤ２以外のもの、ＴＹＲＯＢＰ以外のもの、ＺＩＣ５以外のもの、ＥＲＧＩＣ３以外のもの、ＰＤＧＦＢ以外のもの、ＰＳＥＮＥＮ以外のもの、ＳＡＴＢ１以外のもの、ＳＮＸ１１以外のもの、ＴＭＥＭ７９以外のもの、ＥＤＩＬ３以外のもの、ＰＡＰＬＮ以外のもの、ＴＵＢＢ６以外のもの及び／又はＹＴＨＤＦ１以外のものである。
【０１０９】
本発明の方法では任意の適切な解析法を利用してサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルを（直接又は間接的に）評価することができる。幾つかの実施形態では、バイオマーカーの対照発現レベルと比較したバイオマーカーの発現レベルの差を観測する。１実施形態において、前記差はバイオマーカーの発現レベルの測定方法の検出限界よりも大きい。他の実施形態において、前記差は評価方法の標準誤差以上であり、前記差は評価方法の標準誤差の少なくとも約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約２５倍、約１００倍、約５００倍又は約１０００倍であることが好ましい。幾つかの実施形態では、パラメータ又は非パラメータ記述統計、比較、回帰分析等を使用してサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルを対照発現レベルと比較評価する。
【０１１０】
幾つかの実施形態では、対照に対して対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルの差を検出し、前記差は対照サンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルよりも約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％又は約９０％低い。
【０１１１】
対象から得られたサンプルにおける例えば表１に記載するバイオマーカーの発現レベルはサンプル内のバイオマーカーを検出及び／又は定量可能な部分に変換する多種多様な技術及び方法のいずれかによりアッセイすることができる。このような方法の非限定的な例としては、免疫学的蛋白質検出法、蛋白質精製法、蛋白質機能又は活性アッセイ、核酸ハイブリダイゼーション法、核酸逆転写法及び核酸増幅法、イムノブロッティング、ウェスタンブロッティング、ノーザンブロッティング、電子顕微鏡解析法、質量分析法（例えばＭＡＬＤＩ−ＴＯＦやＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）、免疫沈降法、免疫蛍光法、免疫組織化学法、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）（例えば増感型ＥＬＩＳＡ）、定量的血液アッセイ（例えば血清ＥＬＩＳＡ）、定量的尿アッセイ、フローサイトメトリー、サザンハイブリダイゼーション、アレイ解析法等、並びにその組合せ又は部分組合せを使用したサンプル解析が挙げられる。
【０１１２】
１実施形態では、バイオマーカー遺伝子の転写されたポリヌクレオチド又はその部分（例えばｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ）を検出することによりサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルを測定する。ＲＮＡ抽出技術を使用して細胞からＲＮＡを抽出すればよく、例えば酸性フェノール／イソチオシアン酸グアニジン抽出（ＲＮＡｚｏｌ  Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙ  ＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ，スイス）の使用が挙げられる。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する典型的なアッセイフォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、定量ＰＣＲ解析法、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１２：７０３５）、ノーザンブロッティング及びｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションが挙げられる。他の適切なｍＲＮＡサンプル解析システムとしては、（例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のマイクロアレイシステム又はＩｌｌｕｍｉｎａ社のＢｅａｄＡｒｒａｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙを使用した）マイクロアレイ解析法が挙げられる。
【０１１３】
１実施形態では、核酸プローブを使用してバイオマーカーの発現レベルを測定する。本願で使用する「プローブ」なる用語は特定のバイオマーカーと選択的に結合することが可能な任意分子を意味する。プローブは当業者が合成することもできるし、適切な生体標本から得ることもできる。プローブは特にラベルの付加又は導入により標識するように設計することができる。プローブとして利用することができる分子の例としては、限定されないが、ＲＮＡ、ＤＮＡ、蛋白質、抗体及び有機分子が挙げられる。
【０１１４】
上記のように、単離したｍＲＮＡを限定されないが、サザン又はノーザン解析法、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析法及びプローブアレイ等のハイブリダイゼーション又は増幅アッセイで使用することができる。ｍＲＮＡ濃度の測定方法の１例では、バイオマーカーｍＲＮＡとハイブリダイズすることが可能な核酸分子（プローブ）と単離したｍＲＮＡを接触させる。核酸プローブは例えば全長ｃＤＮＡ又は適切なハイブリダイゼーション条件下でバイオマーカーゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするために十分なその部分（例えば少なくとも約７、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、１００、２５０又は約５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチド）とすることができる。特定実施形態において、プローブはストリンジェント条件下でバイオマーカーゲノムＤＮＡと結合する。このようなストリンジェント条件、例えば６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中で約４５℃にてハイブリダイゼーション後に０．２×ＳＳＣ，０．１％ＳＤＳで５０〜６５℃にて１回以上洗浄する条件は当業者に公知であり、その教示内容を本願に援用するＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（１９９５），２、４及び６章に記載されている。その他のストリンジェント条件もその教示内容を本願に援用するＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），７、９及び１１章に記載されている。
【０１１５】
１実施形態では、例えば単離したｍＲＮＡをアガロースゲル上で泳動させ、前記ｍＲＮＡを前記ゲルからニトロセルロース等の膜に転写することにより、ｍＲＮＡを固相表面に固定化してプローブと接触させる、代替実施形態では、プローブを例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップアレイの固相表面に固定化し、プローブをｍＲＮＡと接触させる。当業者はｍＲＮＡ検出法をバイオマーカーｍＲＮＡの濃度の測定用に容易に応用することができる。
【０１１６】
例えばＲＴ−ＰＣＲ（Ｍｕｌｌｉｓ，１９８７，米国特許第４，６８３，２０２号に記載されている実験実施形態）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９−１９３）、自立配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−Ｂｅｔａ  Ｒｅｐｌｉｃａｓｅ（Ｌｉｚａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、ローリングサークル型複製（Ｌｉｚａｒｄｉら，米国特許第５，８５４，０３３号）又は任意の他の核酸増幅法によりサンプル中の例えばｍＲＮＡの核酸増幅及び／又は（ｃＤＮＡを調製するために）逆転写酵素を使用した後、増幅した分子を検出する方法を使用してサンプル中のバイオマーカーの発現レベルを測定することもできる。これらのアプローチは核酸分子が非常に少数しか存在しない場合にこのような分子の検出に特に有用である。本発明の特定態様では、定量蛍光ＲＴ−ＰＣＲ（例えばＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｓｙｓｔｅｍ）によりバイオマーカーの発現レベルを測定する。このような方法は典型的にはバイオマーカーに特異的なオリゴヌクレオチドプライマー対を利用する。既知配列に特異的なオリゴヌクレオチドプライマーの設計方法は当分野で周知である。
【０１１７】
バイオマーカーｍＲＮＡの発現レベルは（ノーザン、サザン、ドット等のハイブリダイゼーション解析法で使用されるような）メンブレンブロットや、マイクロウェル、サンプルチューブ、ジェル、ビーズ又は繊維（又は核酸を結合した任意の固相支持体）を使用してモニターすることができる。例えば、これらのアッセイに関する内容を本願に援用する米国特許第５，７７０，７２２号、５，８７４，２１９号、５，７４４，３０５号、５，６７７，１９５号及び５，４４５，９３４号参照。バイオマーカー発現レベルの測定は溶液中で核酸プローブを使用してもよい。
【０１１８】
本発明の１実施形態では、マイクロアレイを使用してバイオマーカーの発現レベルを検出する。この目的には異なる実験間の再現性の理由からマイクロアレイが特に好適である。ＤＮＡマイクロアレイは多数の遺伝子の発現レベルを同時に測定する方法の１例である。各アレイは固相支持体に結合した捕捉用プローブの再現可能なバターンから構成される。標識ＲＮＡ又はＤＮＡをアレイ上の相補的プローブとハイブリダイズさせた後、レーザー走査により検出する。アレイ上の各プローブのハイブリダイゼーションの強さを測定し、相対遺伝子発現レベルを表す定量値に変換する。例えば、これらのアッセイに関する内容を本願に援用する米国特許第６，０４０，１３８号、５，８００，９９２号、６，０２０，１３５号、６，０３３，８６０号及び６，３４４，３１６号参照。サンプル中の多数のＲＮＡの遺伝子発現プロファイルを求めるには高密度オリゴヌクレオチドアッセイが特に有用である。
【０１１９】
バイオマーカーのｍＲＮＡによりコードされる蛋白質産物を直接又は間接的に検出する検出試薬を使用してバイオマーカーの発現を蛋白質レベルで評価することもできる。例えば、検出しようとするバイオマーカー蛋白質産物と特異的に結合する抗体試薬を入手可能な場合には、免疫組織化学法、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ解析法等の技術を使用して、対象に由来するサンプル中のバイオマーカーの発現を検出するためにこのような抗体試薬を使用することができる。
【０１２０】
バイオマーカーを蛋白質レベルで検出するための他の公知方法としては、電気泳動法、キャピラリー電気泳動法、高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、ＨｙｐｅｒＤｉｆｆｕｓｉｏｎクロマトグラフィー等の方法、又は液体もしくはゲル沈降反応、免疫拡散法（一元又は二重）、免疫電気泳動法、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光アッセイ及びウェスタンブロッティング等の各種免疫学的方法が挙げられる。
【０１２１】
当業者に周知の技術等の各種技術を使用して蛋白質をサンプルから単離することができる。利用される蛋白質単離法としては、例えばＨａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ（Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）に記載されている方法が挙げられる。
【０１２２】
１実施形態では、ウェスタンブロットや免疫蛍光技術等の方法で抗体又は抗体フラグメントを使用し、発現された蛋白質を検出する。本発明のバイオマーカーの発現の測定用抗体は市販されている。例えば、ＥＲＧＩＣ−３特異抗体はＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（ＥＲＧＩＣ−３（Ｐ−１６）抗体及びＥＲＧＩＣ−３（Ｙ−２３）抗体）とＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ（ＨＰＡ０１５９６８、ＡＶ４７２０９、ＨＰＡ０１５２４２、ＳＡＢ４５０２１５１）から市販されている。ＰＤＧＦＢ特異抗体はＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（例えばＰＤＧＦ−Ｂ（Ｃ−５）抗体及びＰＤＧＦ−Ｂ（Ｈ−５５）抗体）とＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ（例えばＨＰＡ０１１９７２、ＳＡＢ２１０１７５５及びＳＡＢ２９００２２６）から市販されている。ＰＳＥＮＥＮ特異抗体はＯｒｉｇｅｎｅ（例えばカタログ番号ＴＡ３０６３６７）とＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ（例えばＰＲＳ３９８１、ＷＨ００５５８５１Ｍ１、ＰＲＳ３９７９及びＰ５６２２）から市販されている。更に、例えばＳＡＴＢ１抗体は例えばＡｂｃａｍ（カタログ番号ａｂ４９０６１、ａｂ９２３０７及びａｂ７０００４）、Ａｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（カタログ番号ＰＡＢ１３３７９）、及びＡｖｉｖａ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（カタログ番号ＡＲＰ３３３６２＿Ｐ０５０）から市販されている。ＳＮＸ１１抗体はＡｂｃａｍ（カタログ番号ａｂ４１２８、ａｂ６７５７８、ａｂ７６８１６及びａｂ７６７６２）とＡｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（カタログ番号ＰＡＢ６３６２及びＨ０００２９９１６−Ｂ０１）から市販されている。ＴＭＥＭ７９抗体は例えばＡｂｃａｍ（カタログ番号ａｂ８１５３９）とＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ（カタログ番号ＳＡＢ２１０２４７５）から市販されている。最後に、ＹＴＨＤＦ１抗体は例えばＡｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（カタログ番号ＰＡＢ１７４４６）、Ａｖｉｖａ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（カタログ番号ＡＲＰ５７０３２＿Ｐ０５０）及びＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（カタログ番号ｓｃ−８６０２６）から市販されている。
【０１２３】
抗体又は蛋白質をウェスタンブロット及び免疫蛍光技術用の固相支持体に固定化することが一般に好ましい。適切な固相支持体ないし担体としては、抗原又は抗体と結合することが可能な任意支持体が挙げられる。周知支持体ないし担体としては、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然及び改質セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩並びに磁鉄鉱が挙げられる。
【０１２４】
当業者は抗体又は抗原と結合するのに適した他の多くの担体にも想到し、このような担体を本発明で使用するように応用することができよう。例えば、細胞から単離した蛋白質をポリアクリルアミドゲル電気泳動で泳動させ、ニトロセルロース等の固相支持体に固定化する。その後、支持体を適切な緩衝液で洗浄後、検出可能に標識した抗体で処理する。次に緩衝液による固相支持体の２回目の洗浄を行い、未結合抗体を除去する。次に、固相支持体に結合したラベルの量を従来の手段により検出する。電気泳動技術を使用した蛋白質の検出手段は当業者に周知である（一般に、Ｒ．Ｓｃｏｐｅｓ（１９８２）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．；Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ，（１９９０）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  Ｖｏｌ．１８２：Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．参照）。
【０１２５】
他の標準方法としては、当業者に周知のイムノアッセイ技術が挙げられ、各々その開示内容全体を本願に援用するＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  Ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  Ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｒｉｃｅ  ａｎｄ  Ｎｅｗｍａｎ，ｅｄｓ．，ＭａｃＭｉｌｌａｎ（１９９７）及びＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，ｅｄｓ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，第９章（１９８８）を参照できる。
【０１２６】
バイオマーカーの発現レベルを測定するためにイムノアッセイで使用される抗体を検出可能なラベルで標識してもよい。プローブ又は抗体に関して「標識」なる用語はラベル（例えば放射性原子）の導入によるプローブ又は抗体の直接標識、プローブ又は抗体への検出可能な物質のカップリング（即ち物理的連結）、及び直接標識される別の試薬との反応性によるプローブ又は抗体の間接標識を包含するものとする。間接標識の例としては蛍光標識二次抗体を使用して一次抗体を検出する方法と、蛍光標識ストレプトアビジンで検出できるようにＤＮＡプローブをビオチンで末端標識する方法が挙げられる。
【０１２７】
１実施形態において、抗体は標識されており、例えば放射性標識抗体、発色団標識抗体、蛍光団標識抗体又は酵素標識抗体である。別の実施形態では、抗体誘導体（例えば基質又は蛋白質−リガンド対（例えばビオチン−ストレプトアビジン）の蛋白質もしくはリガンドとの抗体コンジュゲート）、又はバイオマーカーと特異的に結合する抗体フラグメント（例えば１本鎖抗体又は単離抗体超可変領域）を使用する。
【０１２８】
本発明の１実施形態では、プロテオーム法（例えば質量分析法）を使用する。質量分析法は化合物をイオン化して荷電分子（又はそのフラグメント）を生成し、その質量対電荷比を測定することからなる解析技術である。典型的な質量分析法では、対象からサンプルを取得し、質量分析計にロードし、その成分（例えばバイオマーカー）を各種方法により（例えば電子ビームを衝突させることにより）イオン化し、荷電粒子（イオン）を形成する。その後、イオンが電磁場を通過するにつれてイオンの運動から粒子の質量対電荷比を計算する。
【０１２９】
例えば、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析法（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ）や、血清等の生体サンプルを蛋白質結合性チップに添加する表面エンハンス型レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析法（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ）（Ｗｒｉｇｈｔ，Ｇ．Ｌ．，Ｊｒ．，ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ  Ｍｏｌ  Ｄｉａｇｎ  ２：５４９；Ｌｉ，Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ４８：１２９６；Ｌａｒｏｎｇａ，Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｄｉｓ  ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  １９：２２９；Ｐｅｔｒｉｃｏｉｎ，Ｅ．Ｆ．，ｅｔ  ａｌ．（２００２）３５９：５７２；Ａｄａｍ，Ｂ．Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６２：３６０９；Ｔｏｌｓｏｎ，Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ  ８４：８４５；Ｘｉａｏ，Ｚ．，ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６１：６０２９）を使用してバイオマーカーの発現レベルを蛋白質レベルで測定することができる。
【０１３０】
更に、バイオマーカーの発現レベルのインビボ測定技術としては、バイオマーカーに対する標識抗体を対象に導入し、バイオマーカーと結合させて検出可能な分子に変換させる方法が挙げられる。上記のように、対象における検出可能なバイオマーカーの存在、濃度又は位置は標準技術により検出することができる。
【０１３１】
一般に、バイオマーカーと対照の発現レベルの差を検出しようとする場合には、乳癌をもつ対象であって、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）で治療中の対象、あるいはエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療を検討中の対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルと対照サンプルにおけるバイオマーカーの量の差ができるだけ大きいことが好ましい。この差は発現レベルの測定方法の検出限界と同等でもよいが、この差は前記方法の検出限界よりも大きいこと、又は評価方法の標準誤差よりも大きいことが好ましく、評価方法の標準誤差の少なくとも約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約２５倍、約１００倍、約５００倍、１０００倍の差であることが好ましい。
【０１３２】
別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象がコードされる蛋白質の発現低下及び／又は機能低下の結果として表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子に多型（例えば突然変異）を含むか否かを判定及び／又は断定し、少なくとも１種の遺伝子に多型が存在する場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が対象の治療に有効になると判断することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否か判定するための方法を提供する。別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、前記対象がコードされる蛋白質の発現低下及び／又は機能低下の結果として表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子に多型（例えば突然変異）を含むか否かを判定し、前記サンプルにおける少なくとも１種の遺伝子に多型が存在する場合には、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できると判断することにより、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）が前記対象の治療に有効になるか否かを予測するための方法を提供する。別の態様では、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が乳癌をもつ対象の治療に有効になるか否かを予測するための方法を提供し、前記方法は前記対象に由来するサンプルにおいて表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーをコードする遺伝子に発現及び／又は機能低下をもたらす多型が存在するか否かを判定する段階と、前記多型の存在に基づいて、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できると予測する段階を含む。
【０１３３】
別の態様において、本発明は乳房腫瘍がコードされる蛋白質の発現及び／又は機能低下をもたらす多型を少なくとも１種の遺伝子に含むか否かを判定及び／又は断定することにより、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する前記腫瘍の感受性を判定するための方法を提供し、前記遺伝子は表１に記載するバイオマーカー群から選択される。前記腫瘍がこのような多型を含むと断定及び／又は判定される場合には、前記腫瘍はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対して感受性であると判断する。更に別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルが表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にコードされる蛋白質の発現及び／又は機能低下をもたらす多型を含むか否かを断定し、多型が断定される場合には、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与することにより、前記対象をエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩で治療する方法に関する。
【０１３４】
別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象が表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを判定及び／又は断定し、少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異が存在する場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が前記対象の治療に有効になると判断することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを判定するための方法を提供する。別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを判定し、前記サンプルにおいて少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異が存在する場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が対象の治療に有効になると判断することにより、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予測するための方法を提供する。別の態様では、乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否か予測するための方法を提供し、前記方法は前記対象に由来するサンプルにおいて表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーにヌル突然変異が存在するか否かを判定する段階と、前記ヌル突然変異の存在に基づいて、前記対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できると予測する段階を含む。
【０１３５】
別の態様において、本発明は乳房腫瘍が表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを判定及び／又は断定することにより、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する前記腫瘍の感受性を判定するための方法を提供する。腫瘍がヌル突然変異を含むことが断定及び／又は判定される場合には、前記腫瘍はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対して感受性であると判断する。更に別の態様において、本発明は乳癌をもつ対象に由来するサンプルが表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種の遺伝子にヌル突然変異を含むか否かを断定し、ヌル突然変異が断定される場合には治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与することにより、前記対象をエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩で治療するための方法に関する。
【０１３６】
本願で使用する「ヌル突然変異」なる用語は遺伝子の産物を非機能的又はほぼ不在とさせるようなゲノムＤＮＡ配列の突然変異を意味する。このような突然変異は遺伝子のコーディング領域及び／又は調節領域に発生する場合があり、個々の残基の変異や核酸の領域の挿入又は欠失であり得る。これらの突然変異は遺伝子産物が非機能的又はほぼ不在となるように遺伝子及び／又は遺伝子産物を調節又は制御することが可能な他の遺伝子のコーディング領域及び／又は調節領域に発生する場合もある。ヌル突然変異としては天然遺伝子又はその一部の欠失が挙げられる。これらの配列破壊又は改変としては、ＤＮＡ配列の挿入、ミスセンス、フレームシフト、欠失もしくは置換ないし交換又はその任意組合せが挙げられる。例えば、ヌル突然変異は早期停止コドンの挿入をもたらす場合がある。ヌル突然変異は例えば遺伝子産物の生成の部分的もしくは完全な阻害、蛋白質産物の翻訳の妨害、阻害もしくは短縮、又は非機能的蛋白質の誘導により、遺伝子産物の機能的不活性化をもたらす。ヌル突然変異は対象に元々存在する突然変異の場合もあるし、腫瘍に発生した突然変異の場合もある。バイオマーカーにおけるヌル突然変異の存在はバイオマーカーの検出可能な発現の欠如により確認することができる。他方、他の方法によりヌル突然変異の存在を判定することもできる。例えば、このような実施形態では、ヌル突然変異の存在を確認するために対象のＤＮＡのサンプルを配列決定してもよい。例えば米国特許第５，０７５，２１６号、Ｅｎｇｅｌｋｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５，５４４−５４８及びＷｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３３０，３８４−３８６；Ｍａｘｉｍ  ａｎｄ  Ｇｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７４：５６０；又はＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７４：５４６３に記載されている方法等のバイオマーカーの周知の配列決定方法のいずれも本発明の方法で使用できる。更に、各種自動配列決定法（例えばＮａｅｖｅ，Ｃ．Ｗ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８参照）のいずれも利用することができ、質量分析法による配列決定も含む（例えばＰＣＴ国際公開第ＷＯ９４／１６１０１号；Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．３６：１２７−１６２；及びＧｒｉｆｆｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９参照）。
【０１３７】
サンプルにおけるヌル突然変異の有無の判定もポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅反応、逆転写酵素ＰＣＲ解析法、１本鎖高次構造多型解析法（ＳＳＣＰ）、ミスマッチ開裂検出法、ヘテロデュプレックス解析法、サザンブロット解析法、ウェスタンブロット解析法、デオキシリボ核酸シーケンシング、制限酵素断片長多型解析法、ハプロタイプ解析法、血清型別法及びその組合せ又は部分組合せ等の各種技術を使用して実施することができる。
【０１３８】
バイオマーカー（例えば表１に記載するバイオマーカー）の発現の欠如を含めて発現レベルを評価するためには、乳癌をもつ対象から得られた任意の適切なサンプルをを使用することができる。例えば、前記サンプルは任意体液又はその成分（例えば画分又は抽出液）とすることができ、例えば血液、血漿、リンパ液、嚢胞液、尿、乳頭吸引分泌液、又は対象から得られた生検（例えば腫瘤生検）から採取した体液が挙げられる。典型的な状況において、前記体液は対象から得られた血液又はその成分とすることができ、全血又は血漿、血清及び血液細胞（例えば赤血球、白血球及び血小板）を含むその成分が挙げられる。前記サンプルは更に任意組織又はその断片もしくは成分でもよく、例えば対象から得られた乳房組織、結合組織、リンパ組織又は筋肉組織が挙げられる。
【０１３９】
対象からサンプルを取得するための技術ないし方法は当分野で周知であり、例えば口腔スワブもしくは洗口液によるサンプル取得、採血、又は生検取得が挙げられる。体液又は組織サンプルの成分（例えば細胞又はＲＮＡ又はＤＮＡ）の単離は各種技術を使用して実施することができる。
【０１４０】
癌に由来するサンプルは患者の癌の生検により取得することができる。所定実施形態では、後続試験に備えて細胞の代表的なサンプルを獲得するために患者の腫瘍に由来する２個以上のサンプルを取得する。例えば、癌細胞のサンプルを取得するために乳癌をもつ患者に針生検を行うことができる。癌細胞のサンプルを取得するために腫瘍の数個の生検を使用することができる。他の実施形態では、腫瘍の外科的切除からサンプルを取得することができる。この場合には、切除した腫瘍から本発明の方法を使用した解析用に１個以上のサンプルを取出せばよい。
【０１４１】
サンプルの取得後、更に処理してもよい。癌細胞を培養し、洗浄又は他の方法で選択し、正常組織を除去してもよい。細胞をトリプシン処理し、腫瘍サンプルから細胞を除去してもよい。蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）又は他のセルソーティング技術により細胞を分取してもよい。試験に備えてより多数の細胞を得るために細胞を培養してもよい。所定の場合には、細胞を不死化してもよい。用途によっては、細胞を凍結してもよいし、細胞をパラフィン包埋してもよい。
【０１４２】
ＩＩ．エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療
乳癌をもつ対象における所定のバイオマーカー（例えば表１に記載するバイオマーカー）の発現レベルはエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）に対する対象の応答性に影響を与えるという知見に鑑みると、当業者は対象におけるバイオマーカーの発現レベルに基づいて対象に適切な治療レジメンを選択することができる。従って、本発明は（ｉ）乳癌をもつ対象のうちで表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルの低い対象を同定し、（ｉｉ）治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与することにより、乳癌をもつ対象を治療するための方法を提供する。別の態様において、本発明は（ｉ）乳癌をもつ対象に由来するサンプルをアッセイし、表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルを測定し、（ｉｉ）前記少なくとも１種のバイオマーカーの低い発現レベルがサンプル中で検出される場合には、治療有効量のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を前記対象に投与することにより、前記対象を治療するための方法を提供する。
【０１４３】
各種実施形態において、対象はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）の前治療歴のあるものとすることができる。他の実施形態において、対象はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による初回治療を検討中でもよい。表１に記載する１種以上、例えば少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種又は１０種のバイオマーカーの発現レベルを測定する。少なくとも１種のバイオマーカー（例えば１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種又は１０種のバイオマーカー）の発現レベルが低い発現レベルであると判定される場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療は有効である可能性が高い。しかし、アッセイした全バイオマーカーが夫々の対照に比較して低い発現レベルである必要はない。例えば、所定のバイオマーカーは基準以上の発現レベルで存在していてもよいが、例えば少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種又は少なくとも１０種のバイオマーカーに低い発現レベルが存在する場合には、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）による治療を適応とすることができる。
【０１４４】
乳癌をもつ対象に由来するサンプルにおいて（例えばバイオマーカー遺伝子におけるヌル突然変異の存在により）本発明のバイオマーカーの１種以上の低い発現レベルが検出される場合には、以下の構造を有するエリブリン、エリブリンの医薬的に許容可能な塩又はエリブリン類似体もしくはその医薬的に許容可能な塩で対象を治療することができる。
【０１４５】
【化７】
2019150027.tif 000012
【０１４６】
幾つかの実施形態では、エリブリンメシラート等のエリブリンの医薬的に許容可能な塩を対象に投与する。
【０１４７】
典型的に選択されるエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）の治療レジメンとしては、以下のパラメータ、即ち投与量、処方、投与経路及び／又は投与頻度の少なくとも１種が挙げられ、より典型的にはこれらのパラメータの多く又は全部が挙げられる。治療レジメンの特定パラメータの選択はその開示内容全体を本願に援用するＨＡＬＡＶＥＮ（登録商標）のＦＤＡ承認ラベルに表示されている投与量及び投与プロトコールに記載のもの等の当分野で従来定着しているエリブリンの公知治療パラメータに基づいて行うことができる。例えば、エリブリンメシラートを２１日サイクルの１日目と８日目に例えば１．４ｍｇ／ｍ２の用量、あるいは（例えば肝又は腎機能障害により）用量低減が指定される場合には、０．７ｍｇ／ｍ２又は１．１ｍｇ／ｍ２の用量で静脈内投与することができる。例えば患者の疾患、年齢、性別及び体重、並びに癌の重篤度又はステージを含む各種因子に基づいて投与量、処方、投与経路及び／又は投与頻度を種々に変えることができる（例えば、各々その開示内容全体を本願に援用する米国特許第６，６５３，３４１号及び米国特許第６，４６９，１８２号参照）。
【０１４８】
本願で使用する「治療有効量」なる用語は乳癌を治療することが可能な本願に記載のエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）の量を意味する。本発明に従って投与する化合物の用量は当然のことながら、例えば投与する化合物、投与経路、患者の状態、及び治療する病態（例えば乳癌のステージ）等の患者を取巻く特定状況に鑑みて決定される。
【０１４９】
対象に投与するには、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩と、医薬的に許容可能な担体を含有する医薬組成物にエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を製剤化するのが一般的である。治療組成物は一般に製造及び保存条件下で無菌且つ十分に安定でなければならない。医薬組成物は併用療法で投与することもでき、即ち下記作用剤等の他の作用剤と併用することもできる（例えば、各々その開示内容全体を本願に援用する米国特許第６，２１４，８６５号及び米国特許第６，６５３，３４１号参照）。
【０１５０】
本願で使用する「医薬的に許容可能な担体」とは、生理的に適合可能な全溶媒、分散媒、コーティング、抗細菌剤、抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤等を包含する。担体は（例えば注射又は輸液による）非経口（例えば静脈内、筋肉内、皮下、髄腔内）投与に適することが好ましい。投与経路に応じて、酸の作用及び活性化合物を不活性化させる可能性のある他の自然条件から化合物を保護するための材料で化合物をコーティングしてもよい。
【０１５１】
医薬組成物は１種以上の上記に定義したような医薬的に許容可能な塩を含有するものでもよい。
【０１５２】
本発明に従ってエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）投与と併用できる抗癌アプローチには多くの種類のものがある。これらのアプローチとしては、その教示内容全体を本願に援用する米国特許第６，６５３，３４１Ｂ１号及び米国公開第２００６／０１０４９８４Ａ１号により詳細に記載されているように、例えば化学療法剤、生物学的製剤（例えばホルモン剤、サイトカイン（例えばインターロイキン、インターフェロン、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ））、ケモカイン、ワクチン抗原及び抗体）、抗血管新生薬（例えばアンギオスタチンやエンドスタチン）、放射線及び外科手術による治療が挙げられる。
【０１５３】
本発明の方法は当業者に自明の通り、その使用対象として当分野で知られているものと同一種の癌に加え、他の癌を治療するためにもこれらのアプローチを利用することができる。また、これらのアプローチはその用途に当分野で知られているものと同様のパラメータ（例えばレジメンや用量）に従って実施することができる。しかし、当分野で周知の通り、これらのアプローチによるエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）の他の用途により、これらのパラメータの一部を調整することが望ましい場合もある。例えば、ある薬剤を単独治療剤として通常通りに投与する場合に、本発明に従ってエリブリンと併用する時には、当業者に自明の通り、薬剤の用量を減らすことが望ましい場合がある。本発明の方法とこれらの方法で使用することができる組成物の例を以下に挙げる。
【０１５４】
例えば、特に抗代謝剤、抗生剤、アルキル化剤、植物アルカロイド、ホルモン剤、抗凝固剤、抗血栓剤及び他の天然物質を含む数種の異なる型の化学療法薬を本発明に従ってエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩と併用することができる。これらの類の薬剤と、その使用により治療することができる癌の特定の非限定的な例を以下に挙げる。
【０１５５】
抗癌剤の多数の投与アプローチが当分野で公知であり、本発明で使用するように容易に応用することができる。１種以上の薬剤を例えばエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）と併用投与する場合には、薬剤を単一組成物として一緒に投与することもできるし、包括的治療レジメンの一部として別々に投与することもできる。全身投与には、例えば静脈内輸液（連続又はボーラス）により薬剤を投与することができる。このような投与の適切なスケジューリングと投与は例えば動物における前臨床試験とヒトにおける臨床試験（例えばフェーズＩ試験）に基づいて当業者が容易に決定することができる。
【０１５６】
化学療法薬を投与するために使用される多くのレジメンは例えば１種（又は複数）の薬剤を静脈内投与した後に、患者が治療の副作用から回復する期間（例えば１〜４週間）後にこの治療を繰返す。投与毎に両方の薬剤を使用することが望ましい場合もあるし、治療の一部（又は全部）を一方の薬剤（又は両方の薬剤のサブセット）のみにすることが望ましい場合もある。
【０１５７】
本発明のキット
本発明は更に、乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予想するための組成物とキットを提供する。これらのキットは表１に記載するバイオマーカー群から選択される少なくとも１種、例えば１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種又は１０種のバイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬と、乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を使用できるか否かを予想する場合の前記キットの使用説明書を含む。
【０１５８】
本発明のキットは場合により本発明の方法を実施するために有用な他の成分を含んでいてもよい。例えば、前記キットは対象から生体サンプルを得るための試薬と、対照サンプルと、及び／又はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を含むことができる。
【０１５９】
１実施形態において、対象に由来する生体サンプルにおける少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルを測定するための試薬は前記バイオマーカーをコードする核酸（例えばｍＲＮＡ）の発現を検出するために十分な核酸標本を含む。この核酸標本は前記核酸標本が対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーをコードする核酸（例えばｍＲＮＡ）の発現を検出できるようにその配列を設計した少なくとも１個の核酸プローブ又はプライマーを含み、２個以上含んでいてもよい。好ましい核酸標本は当該バイオマーカーをコードするｍＲＮＡのセグメントのＰＣＲ増幅を可能にする２個以上のＰＣＲプライマーを含む。他の実施形態において、前記キットは表１に記載する少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種又は１０種のバイオマーカーの各々の核酸標本を含む。
【０１６０】
あるいは、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）に対する応答性を予測する１種以上のバイオマーカーの対象における発現レベルを検出するための試薬は当該バイオマーカーをコードする核酸の遺伝子産物を検出する試薬として、対象に由来するサンプルにおいて前記遺伝子産物を他の遺伝子産物から区別するために十分な試薬を含むことができる。このような試薬の非限定的な１例は対象に由来するサンプル（例えば末梢血単核細胞サンプル）における少なくとも１種のバイオマーカーの蛋白質発現を検出するために十分な（１種以上のモノクローナル抗体を含む）モノクローナル抗体標本である。
【０１６１】
表１のバイオマーカーの発現レベルの測定手段としては、例えば発現を（例えば核酸又は蛋白質レベルで）評価するためのアッセイ用の緩衝液又は他の試薬も挙げられる。
【０１６２】
別の実施形態において、前記キットは更に前記対象において本願に記載するように乳癌又は別の癌を治療するためのエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩（例えばエリブリンメシラート）を含むことができる。
【０１６３】
前記キットはヒト対象用に設計されることが好ましい。
【０１６４】
以下、実施例により本発明を更に例証するが、以下の実施例は限定的であると解釈すべきではない。本願の随所に引用する全文献、特許及び公開特許出願の内容と本願に添付する図面及び配列表はその全体を特に本願に援用する。
【実施例】
【０１６５】
実施例１：エリブリンによる治療に対する耐性バイオマーカーの同定
ｓｉＲＮＡ技術を利用して所定遺伝子の発現を「ノックダウン」させ、得られたノックダウン細胞のエリブリン感受性を評価した。これらの試験に基づき、表１に記載する遺伝子の発現はエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩による治療に対する乳癌細胞の感受性に相関すると断定した。
【０１６６】
ｓｉＲＮＡトランスフェクション最適化及びアッセイ展開
Ｄｈａｒｍａｃｏｎ製トランスフェクション試薬ＤｈａｒｍａＦｅｃｔ  １を使用してヒト乳癌細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＡＴＣＣカタログ番号ＨＴＢ２６（登録商標））及びＢＴ−５４９（ＡＴＣＣカタログ番号ＨＴＢ１２２（登録商標））のトランスフェクション条件を最適化した。ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞株とＢＴ−５４９細胞株はエストロゲン受容体（ＥＲ）陰性且つプロゲステロン受容体（ＰＲ）陰性且つＨＥＲ−２陰性（トリプルネガティブ）であると報告されている。非ターゲティング陰性対照としてＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製品Ｓｉｌｅｎｃｅｒ  Ｎｅｇａｔｉｖｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ＃１  ｓｉＲＮＡを使用した。細胞死を誘導するように設計された２本鎖ＲＮＡであるｓｉＧＥＮＯＭＥ  ＴＯＸ（ｓｉＴＯＸ）Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ  Ｃｏｎｔｒｏｌ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ）を細胞増幅アッセイの陽性対照として使用した。全実験で逆転写法を使用し、ｓｉＲＮＡを先ずトランスフェクション試薬と混合後に細胞をウェルに加えた。培地、陰性対照ｓｉＲＮＡ及びｓｉＴＯＸ試薬に種々の量のＤｈａｒｍａＦｅｃｔ  １を加えて処理した細胞における細胞生存率を比較した。選択した最終トランスフェクション条件はＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞にはウェル当たり０．０３５μｌのＤｈａｒｍａＦｅｃｔ  １を加え、ＢＴ−５４９細胞にはウェル当たり０．０５μｌのＤｈａｒｍａＦｅｃｔ  １を加えた。ｓｉＲＮＡ終濃度５０ｎＭでアッセイ及びライブラリースクリーニングを実施した。ＰＰＩＡ遺伝子とＧＡＰＤＨ遺伝子を標的とする対照ＳＭＡＲＴｐｏｏｌ  ｓｉＲＮＡ試薬（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ）を使用してｑＰＣＲによりトランスフェクション効果を更に確認した。
【０１６７】
高スループットｓｉＲＮＡスクリーニング
全長ヒトゲノムｓｉＲＮＡライブラリーをＤｈａｒｍａｃｏｎから購入した。このライブラリーを５μＭまで希釈した。各々特定遺伝子に対する４種類のＳＭＡＲＴｐｏｏｌ  ｓｉＲＮＡ試薬を各ウェルに加えた（１個のウェルで同一遺伝子を標的とする４種類のｓｉＲＮＡ）。このライブラリーで１８，５００種を上回るヒト遺伝子を標的とした。各ウェルに３６μｌのＯＰＴＩ−ＭＥＭ培地を加えた３８４穴マスタープレートにライブラリープレートからの各組のｓｉＲＮＡ４μｌを移した。希釈したＤｈａｒｍａＦｅｃｔ  １試薬４０μｌをマスタープレートの各ウェルに加え、混合した。ウェル当たり１０μｌのｓｉＲＮＡとトランスフェクション試薬の混合液をスクリーニングプレート５枚に分配した。１０分間インキュベーション後、増殖培地４０μｌ中の細胞を各ウェルに加えた。陰性対照ｓｉＲＮＡを加えたウェル、陽性対照ｓｉＴＯＸを加えたウェル及び培地とトランスフェクション試薬を加えたウェル（ｓｉＲＮＡ非添加）を各スクリーニングプレートに数個ずつ含むようにした。２４時間インキュベーション後に、増殖培地で希釈したＤＭＳＯ  １０μｌをスクリーニングプレート３枚に加え、増殖培地で希釈したエリブリンメシラート（Ｅ７３８９）１０μｌで２枚を処理し、試験した細胞株に対するＥ７３８９のＩＣ２０に対応する終濃度とした（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１では０．７５ｎＭ  Ｅ７３８９とし、エリブリンはＤＭＳＯのストック溶液として提供し、増殖培地で希釈した）（図１参照）。トランスフェクションから９６時間後にＰｒｏｍｅｇａ製品ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ発光アッセイにより細胞生存率を測定した。ウェル当たり１０μｌのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ溶液を使用した。プレートを水平型シェーカーで２分間混合し、１０分間インキュベートし、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ製品ＥｎＶｉｓｉｏｎ（登録商標）マルチラベルプレートリーダーで読み取った。
【０１６８】
一次ヒットの同定
パクリタキセルｓｉＲＮＡスクリーンについて記載されている方法（Ｗｈｉｔｅｈｕｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｎａｔｕｒｅ  ４４６：８１５−８１９）と同様の方法により、Ｅ７３８９に対する細胞感受性に有意効果のある遺伝子の同定を行った。要約すると、培地とトランスフェクション試薬を加えた参照ウェルのプレート１枚当たりの平均（プレート１枚当たり３２ウェル）により各ウェルの測定値を正規化した。ＤＭＳＯとＥ７３８９で処理したプレートについてバイオロジカルレプリケートを平均した。遺伝子毎に２サンプルｔ検定を実施し、２種類の異なる条件で処理したウェルには有意差値があることを確認した。ヒットリストを絞り込むために、全データを変化倍率比（平均Ｅ７３８９／平均ＤＭＳＯ）に従って昇順で並べることにより応答の強さを考慮に入れた。変化倍率が分布の下位５パーセント以内の遺伝子３６４個がカットオフレベルを超えた。その後、仮想オープンリーディングフレームと仮想蛋白質をコードする遺伝子を除外し、残りの２４０個の遺伝子に解析を絞り込んだ（図２参照）。
【０１６９】
確認アッセイ
選択した２４０個の遺伝子のｓｉＲＮＡ  ＳＭＡＲＴｐｏｏｌをＤｈａｒｍａｃｏｎ製品ＯＮ−ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓフォーマットで特注した。これらの試薬はＲＩＳＣとの相互作用を防ぎ、アンチセンス鎖取込みを優先するように改変センス鎖を含む。オフターゲット活性を減らし、ターゲット特異性を強化するようにアンチセンス鎖シード領域を改変している。これらの試薬を確認二次スクリーニングに使用した。Ｅ７３８９に対する癌細胞の感受性に影響を与える共通遺伝子を同定するために、２４０個の選択したｓｉＲＮＡプールでＢＴ−５４９乳癌細胞をスクリーニングした。各ウェルのエリブリンメシラート（Ｅ７３８９）の終濃度をＢＴ−５４９細胞のＩＣ２０（０．２５ｎＭ  Ｅ７３８９）に対応するようにした以外はＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞による一次スクリーンと同一プロトコールを使用してスクリーニングを実施した。
【０１７０】
データ解析の結果、２４０個のｓｉＲＮＡプールのうちの４０個で処理した場合には、Ｅ７３８９で処理したウェルを溶媒で処理したウェルと比較すると、どちらの細胞株でも有意差を生じることが分かった（表２）。
【０１７１】
ｓｉＲＮＡプールによる４０個の遺伝子の特異的ダウンレギュレーションを確認するために、標的ｍＲＮＡの定量ＰＣＲ解析を実施した。上記プロトコールに従って、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞とＢＴ−５４９細胞に４０個のＯＮ−ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ ｓｉＲＮＡ又は非ターゲティング陰性対照ｓｉＲＮＡをトランスフェクトした。４８時間後に細胞を溶解させ、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｃｅｌｌｓ−ｔｏ−ＣＴ（登録商標）Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の製造業者の使用説明書に従ってｃＤＮＡを合成した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔ  ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  ＰＣＲ  Ｋｉｔと遺伝子特異的なＱｕａｎｔｉＴｅｃｔ  Ｐｒｉｍｅｒ  Ａｓｓａｙｓ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、ｓｉＲＮＡで処理後の残りのｃＤＮＡの相対量を評価した。解析結果を図４に示す。以下の１８種の遺伝子、即ちＣＦＬ１、ＮＭＵ、ＭＯＢＫＬ１Ｂ、ＨＹＡＬ２、ＰＳＥＮＥＮ、ＣＹＰ４Ｆ３、ＩＴＦＧ３、ＥＤＩＬ３、ＹＴＨＤＦ１、ＣＤＣ２０、ＣＣＬ２６、ＴＭＥＭ７９、ＭＡＮＳＣ１、ＤＹＳＦ、ＥＲＧＩＣ３、ＧＲＡＭＤ４、ＮＣＢＰ１、ＳＮＸ１１は試験したどちらの細胞株でも５０パーセントを越えてダウンレギュレートされた。１４種の遺伝子（ＰＤＧＦＢ、ＡＰＢＢ２、ＳＡＴＢ１、ＭＡＤ２Ｌ１ＢＰ、ＴＵＢＢ６、ＣＥＰ１５２、ＫＬＨＬ１７、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＫＬＦ、ＰＨＯＳＰＨＯ２、ＧＮＡＴ１、ＡＢＩ３、ＴＹＲＯＢＰ、ＩＬ１０）は少なくとも一方の細胞株で５０パーセントを越えてダウンレギュレートされ、他の３種の遺伝子（ＡＮＧ、ＺＩＣ５、ＪＡＭ３）は少なくとも一方の細胞株で３５パーセントを越えてダウンレギュレートされた。ＳＰＴＡ１、ＰＡＰＬＮ、ＰＣＤＨ１、ＴＭＩＧＤ２及びＫＲＴ２４の発現はＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞ではこの方法により検出できず、ＢＴ−５４９細胞でｓｉＲＮＡ処理後も変化しなかった。以上の結果、これらの４０種の遺伝子のダウンレギュレーションはエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩に対する感受性亢進に繋がる可能性があると考えられる。
【０１７２】
【表３】
2019150027.tif 000013
【０１７３】
【表４】
2019150027.tif 000014
2019150027.tif 000015
2019150027.tif 000016
2019150027.tif 000017
2019150027.tif 000018
2019150027.tif 000019
2019150027.tif 000020
2019150027.tif 000021
2019150027.tif 000022
2019150027.tif 000023
2019150027.tif 000024
2019150027.tif 000025
2019150027.tif 000026
2019150027.tif 000027
2019150027.tif 000028
2019150027.tif 000029
2019150027.tif 000030
2019150027.tif 000031
2019150027.tif 000032
2019150027.tif 000033
2019150027.tif 000034
2019150027.tif 000035
2019150027.tif 000036
2019150027.tif 000037
2019150027.tif 000038
2019150027.tif 000039
2019150027.tif 000040
2019150027.tif 000041
2019150027.tif 000042
2019150027.tif 000043
2019150027.tif 000044
2019150027.tif 000045
2019150027.tif 000046
2019150027.tif 000047
2019150027.tif 000048
2019150027.tif 000049
2019150027.tif 000050
2019150027.tif 000051
2019150027.tif 000052
2019150027.tif 000053
2019150027.tif 000054
2019150027.tif 000055
2019150027.tif 000056
2019150027.tif 000057
2019150027.tif 000058
【図１】
2019150027.tif 000059
【図２】
2019150027.tif 000060
【図３】
2019150027.tif 000061
【図４】
2019150027.tif 000062
【配列表】
2019150027000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和1年5月7日(2019.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳癌をもつ対象を治療するためにエリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩を使用できるか否かを判定するための方法であって、
前記対象に由来するサンプルにおける表１に記載するバイオマーカー群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを測定することを含み、前記バイオマーカーの低い発現レベルが、エリブリン、その類似体又はその医薬的に許容可能な塩が前記対象の治療に有効なものとなることを示すものである、方法。
【外国語明細書】
2019150027000001.pdf