(57)【要約】【課題】ユーザーによる個別画像と連結画像とのいずれかの選択を受け付けた上で、画像処理設定と解析設定とを受け付けること。【解決手段】設定部は個別画像と連結画像とのいずれを解析対象とするかの選択を受け付ける。表示部は複数の蛍光画像の撮像位置を示唆するマップ画像を表示する。設定部は、個別画像が解析対象として選択されると、マップ画像を通じて画像処理と解析処理の設定を行うための蛍光画像の指定を受け付け、画像処理設定と画像処理設定を受け付ける。設定部は、連結画像が解析対象として選択されると、マップ画像を通じて、連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定を受け付け、画像処理設定と解析設定を受け付ける。【選択図】図４
2019159092.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
観察対象物を載置されるステージと、前記ステージに載置された前記観察対象物に励起光を照射する照射手段と、前記励起光を照射された観察対象物から放出された蛍光を受光し、前記観察対象物の蛍光画像を取得する撮像手段と、ＸＹ平面座標における所定の移動可能範囲内で前記ステージと前記撮像手段とを相対的に移動させる移動手段と、を有する蛍光顕微鏡と、
前記蛍光画像を表示する表示手段と、前記蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像に対して画像処理を適用し、当該画像処理を適用された蛍光画像の解析処理を実行する解析手段と、複数の蛍光画像を連結して連結画像を生成する連結手段と、を有する画像解析装置と、
を有する顕微鏡システムであって、
前記画像解析装置は、
前記撮像手段の単一の撮像視野で前記観察対象物を撮像することで取得された蛍光画像である個別画像と、前記撮像手段により取得されたそれぞれ撮像位置が隣接した複数の蛍光画像を連結処理により連結して生成された連結画像とのいずれを解析対象とするかの選択を受け付ける受付手段を有し、
前記表示手段は、複数の蛍光画像の撮像位置を示唆するマップ画像を表示するように構成されており、
前記受付手段を通じて前記個別画像が解析対象として選択されると、
前記受付手段は、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の設定を行うために前記表示手段に表示される蛍光画像の指定を受け付け、当該蛍光画像に対して適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された蛍光画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像の指定を受け付け、
前記解析手段は、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像について前記受付手段により受け付けられた前記画像処理の設定と前記解析処理の設定とに基づき前記画像処理と前記解析処理を適用し、
前記受付手段を通じて前記連結画像が解析対象として選択されると、
前記受付手段は、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定を受け付け、前記連結手段により生成された当該連結画像を前記表示手段に表示し、当該連結画像に適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された連結画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結処理と、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の観察位置の指定を受け付け、
前記解析手段は、前記観察位置ごとの蛍光画像に対して、前記受付手段により受け付けられた前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定と、前記画像処理の設定と、前記解析処理の設定とに基づき、前記連結画像を生成するための連結処理、前記画像処理および前記解析処理を適用することを特徴とする顕微鏡システム。
【請求項２】
前記マップ画像は、それぞれ異なる観察対象物を収容した複数のウェルの位置を示す画像を含み、
前記受付手段は、前記複数のウェルのうち解析対象となるウェルの指定を受け付けることを特徴とする請求項１に記載の顕微鏡システム。
【請求項３】
前記マップ画像は、単一のウェル内の複数の撮像位置を示す画像を含み、
前記受付手段は、前記複数の撮像位置のうち解析対象となる撮像位置の指定を受け付けることを特徴とする請求項２に記載の顕微鏡システム。
【請求項４】
前記撮像位置は一つの蛍光画像に対応する矩形により示されることを特徴とする請求項３に記載の顕微鏡システム。
【請求項５】
前記表示手段は、指定されたウェルごとに解析結果を表示することを特徴とする請求項２ないし４のいずれか一項に記載の顕微鏡システム。
【請求項６】
前記受付手段は、前記連結処理において画像の情報圧縮を行うかどうかの選択を受け付ける請求項１ないし５のいずれか一項に記載の顕微鏡システム。
【請求項７】
前記受付手段は、
前記個別画像が解析対象として選択されると、
前記画像処理の設定および前記解析処理の設定のために利用されるウェルの指定を受け付け、
前記ウェルにおける複数の撮像位置の指定を受け付け、
前記撮像位置に対応する蛍光画像を前記表示手段に表示させ、
前記表示手段に表示された蛍光画像を通じて画像処理の設定を受け付け、
前記表示手段に表示された、前記画像処理を適用された蛍光画像を通じて解析処理の設定を受け付け、
前記画像処理と前記解析処理の対象となるウェルの指定を受け付けることを特徴とする請求項１ないし６のいずれか一項に記載の顕微鏡システム。
【請求項８】
前記受付手段は、
前記連結画像が解析対象として選択されると、
前記連結処理の設定、前記画像処理の設定および前記解析処理の設定のために利用されるウェルの指定を受け付け、
前記連結処理により連結される複数の蛍光画像を特定するために前記ウェルにおける複数の撮像位置の指定を受け付け、
前記複数の撮像位置の指定にしたがって特定された複数の蛍光画像を連結処理して生成された連結画像を前記表示手段に表示させ、
前記表示手段に表示された連結画像を通じて画像処理の設定を受け付け、
前記表示手段に表示された、前記画像処理を適用された連結画像を通じて解析処理の設定を受け付け、
前記連結処理、前記画像処理および前記解析処理の対象となるウェルの指定を受け付けることを特徴とする請求項１ないし７のいずれか一項に記載の顕微鏡システム。
【請求項９】
観察対象物を載置されるステージと、前記ステージに載置された前記観察対象物に励起光を照射する照射手段と、前記励起光を照射された観察対象物から放出された蛍光を受光し、前記観察対象物の蛍光画像を取得する撮像手段と、ＸＹ平面座標における所定の移動可能範囲内で前記ステージと前記撮像手段とを相対的に移動させる移動手段と、を有する蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像を解析する画像解析装置であって、
前記蛍光画像を表示する表示手段と、
前記蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像に対して画像処理を適用し、当該画像処理を適用された蛍光画像の解析処理を実行する解析手段と、
前記撮像手段の単一の撮像視野で前記観察対象物を撮像することで取得された蛍光画像である個別画像と、前記撮像手段により取得されたそれぞれ撮像位置が隣接した複数の蛍光画像を連結処理により連結して生成された連結画像とのいずれを解析対象とするかの選択を受け付ける受付手段と、
前記複数の蛍光画像を連結して前記連結画像を生成する連結手段と、
を有し、
前記表示手段は、複数の蛍光画像の撮像位置を示唆するマップ画像を表示するように構成されており、
前記受付手段を通じて前記個別画像が解析対象として選択されると、
前記受付手段は、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の設定を行うために前記表示手段に表示される蛍光画像の指定を受け付け、当該蛍光画像に対して適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された蛍光画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像の指定を受け付け、
前記解析手段は、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像について前記受付手段により受け付けられた前記画像処理の設定と前記解析処理の設定とに基づき前記画像処理と前記解析処理を適用し、
前記受付手段を通じて前記連結画像が解析対象として選択されると、
前記受付手段は、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定を受け付け、前記連結手段により生成された当該連結画像を前記表示手段に表示し、当該連結画像に適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された連結画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結処理と、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の観察位置の指定を受け付け、
前記解析手段は、前記観察位置ごとの蛍光画像に対して、前記受付手段により受け付けられた前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定と、前記画像処理の設定と、前記解析処理の設定とに基づき、前記連結画像を生成するための連結処理、前記画像処理および前記解析処理を適用することを特徴とする画像解析装置。
【請求項１０】
観察対象物を載置されるステージと、前記ステージに載置された前記観察対象物に励起光を照射する照射手段と、前記励起光を照射された観察対象物から放出された蛍光を受光し、前記観察対象物の蛍光画像を取得する撮像手段と、ＸＹ平面座標における所定の移動可能範囲内で前記ステージと前記撮像手段とを相対的に移動させる移動手段と、を有する蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像を解析する画像解析方法であって、
前記撮像手段の単一の撮像視野で前記観察対象物を撮像することで取得された蛍光画像である個別画像と、前記撮像手段により取得されたそれぞれ撮像位置が隣接した複数の蛍光画像を連結処理により連結して生成された連結画像とのいずれを解析対象とするかの選択を受け付ける受付工程と、
複数の蛍光画像の撮像位置を示唆するマップ画像を表示手段に表示する工程と、
前記蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像に対して画像処理を適用し、当該画像処理を適用された蛍光画像の解析処理を実行する解析工程と、
を有し、
前記受付工程は、前記個別画像が解析対象として選択された場合に、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の設定を行うために前記表示手段に表示される蛍光画像の指定を受け付け、当該蛍光画像に対して適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された蛍光画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像の指定を受け付ける工程を有し、
前記解析工程は、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像について前記受付工程において受け付けられた前記画像処理の設定と前記解析処理の設定とに基づき前記画像処理と前記解析処理を適用する工程を有し、
前記受付工程は、前記連結画像が解析対象として選択されると、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定を受け付け、当該連結画像を前記表示手段に表示し、当該連結画像に適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された連結画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結処理と、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の観察位置の指定を受け付ける工程を有し、
前記解析工程は、前記観察位置ごとの蛍光画像に対して、前記受付工程において受け付けられた前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定と、前記画像処理の設定と、前記解析処理の設定とに基づき、前記連結画像を生成するための連結処理、前記画像処理および前記解析処理を適用する工程を有することを特徴とする画像解析方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、顕微鏡システム、画像解析装置および画像解析方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
顕微鏡を用いて取得された多数の画像を一括して解析するイメージサイトメータが普及している（特許文献１）。イメージサイトメータはハイコンテンツアナリシスと呼ばれることもある。
【０００３】
ユーザーはイメージサイトメータにおいて、画像処理条件を設定し、解析処理条件を設定し、解析対象を選択し、画像処理と解析処理とを実行し、解析結果を表示して確認する。ところで、低倍率の画像は広視野であるが、解像度が低く、詳細な解析処理に向いていない。一方で高倍率の画像は狭視野であるが、解像度が高く詳細な解析処理に向いている。そこで、特許文献２によれば、高倍率の複数の個別画像を連結することで広視野の連結画像が生成されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特表２００５−５２５５５０号公報
【特許文献２】特開２０１３−０８８５３０号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
イメージサイトメータで個別画像や連結画像を処理するにはいくつかのメリットとデメリットが存在する。隣接した複数の個別画像において同一の細胞が写りこんでいることがあり、個別画像を用いて細胞数をカウントすると、ダブルカウントが発生してしまう。また、個別画像の端部に位置していた細胞の面積や形状の計測値が実際の値から乖離してしまう。この課題を解決するために、隣接した画像間の重なりを考慮して解析を実行すると、解析処理が複雑になり解析時間が長くなる。一方で連結画像は細胞などが重複しないように複数の隣接した個別画像を合成することで生成される。よって、個別画像の端部に位置していた細胞の形状を正確に解析しやすくなる。隣接した複数の個別画像の明るさからシェーディングを調整しやすくなる。連結画像は広視野であるため、ユーザーにとって一部の解析領域を指定しやすい。一方で、連結画像は画像サイズが大きいため、画像処理の制限（ハードウエアの仕様）を満たさないことがある。制限を満たしていたとしても連結画像をそのまま使用すると、解析時間が長くなる。そのため、連結画像を縮小すると、小さな細胞が消失したり、二つの個別の物体が一つの物体につながったりしてしまう。個別画像で画像処理条件や解析処理条件を設定し、これらをそのまま連結画像に適用してしまうと、ユーザーの意図と異なる解析結果が得られてしまう。そこで、本発明は、ユーザーによる個別画像と連結画像とのいずれかの選択を受け付けた上で、画像処理設定と解析設定とを受け付けることを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明は、たとえば、
観察対象物を載置されるステージと、前記ステージに載置された前記観察対象物に励起光を照射する照射手段と、前記励起光を照射された観察対象物から放出された蛍光を受光し、前記観察対象物の蛍光画像を取得する撮像手段と、ＸＹ平面座標における所定の移動可能範囲内で前記ステージと前記撮像手段とを相対的に移動させる移動手段と、を有する蛍光顕微鏡と、
前記蛍光画像を表示する表示手段と、前記蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像に対して画像処理を適用し、当該画像処理を適用された蛍光画像の解析処理を実行する解析手段と、複数の蛍光画像を連結して連結画像を生成する連結手段と、を有する画像解析装置と、
を有する顕微鏡システムであって、
前記画像解析装置は、
前記撮像手段の単一の撮像視野で前記観察対象物を撮像することで取得された蛍光画像である個別画像と、前記撮像手段により取得されたそれぞれ撮像位置が隣接した複数の蛍光画像を連結処理により連結して生成された連結画像とのいずれを解析対象とするかの選択を受け付ける受付手段を有し、
前記表示手段は、複数の蛍光画像の撮像位置を示唆するマップ画像を表示するように構成されており、
前記受付手段を通じて前記個別画像が解析対象として選択されると、
前記受付手段は、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の設定を行うために前記表示手段に表示される蛍光画像の指定を受け付け、当該蛍光画像に対して適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された蛍光画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像の指定を受け付け、
前記解析手段は、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像について前記受付手段により受け付けられた前記画像処理の設定と前記解析処理の設定とに基づき前記画像処理と前記解析処理を適用し、
前記受付手段を通じて前記連結画像が解析対象として選択されると、
前記受付手段は、
前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定を受け付け、前記連結手段により生成された当該連結画像を前記表示手段に表示し、当該連結画像に適用される前記画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された連結画像に写っている前記観察対象物に対する解析処理の設定を受け付け、前記表示手段に表示された前記マップ画像を通じて、前記連結処理と、前記画像処理と前記解析処理の適用対象となる一つ以上の観察位置の指定を受け付け、
前記解析手段は、前記観察位置ごとの蛍光画像に対して、前記受付手段により受け付けられた前記連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定と、前記画像処理の設定と、前記解析処理の設定とに基づき、前記連結画像を生成するための連結処理、前記画像処理および前記解析処理を適用することを特徴とする顕微鏡システムを提供する。
【発明の効果】
【０００７】
本発明によれば、ユーザーによる個別画像と連結画像とのいずれかの選択を受け付けた上で、画像処理設定と解析設定とを受け付けることが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】図１（Ａ）および図１（Ｂ）は顕微鏡システムの中核をなす顕微鏡の斜視図である。
【図２】図２は顕微鏡システムを構成する主要部を示すブロック図である。
【図３】図３はＣＰＵが実現する各種機能を示すブロック図である。
【図４】図４は画像解析方法を示すフローチャートである。
【図５】図５は個別画像について設定および解析の詳細を示すフローチャートである。
【図６】図６は設定ＵＩを説明する図である。
【図７】図７は画像処理設定などを受け付けるためのＵＩを示す図である。
【図８】図８は解析設定などを受け付けるためのＵＩを示す図である。
【図９】図９は解析対象を指定するためのＵＩを示す図である。
【図１０】図１０は解析結果を表示するためのＵＩを示す図である。
【図１１】図１１は連結画像について設定および解析の詳細を示すフローチャートである。
【図１２】図１２は設定ＵＩを説明する図である。
【図１３】図１３は連結設定を受け付けるためのＵＩを説明する図である。
【図１４】図１４は連結画像についての画像処理設定を受け付けるためのＵＩを示す図である。
【図１５】図１５は連結画像についての解析設定などを受け付けるためのＵＩを示す図である。
【図１６】図１６は解析対象を指定するためのＵＩを示す図である。
【図１７】図１７は解析結果を表示するためのＵＩを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
以下に本発明の一実施形態が示される。以下で説明される個別の実施形態は、本発明の上位概念、中位概念および下位概念など種々の概念を理解するために役立つであろう。また、本発明の技術的範囲は、特許請求の範囲によって確定されるのであって、以下の個別の実施形態によって限定されるわけではない。
【００１０】
図１（Ａ）および図１（Ｂ）は顕微鏡システムの中核をなす顕微鏡１の斜視図である。図１（Ａ）が示すように顕微鏡１は、筐体自体を暗室として利用するため、ユーザーが暗室を用意する必要がない。ユーザー（操作者）は、上面カバー１９０を開けると、透過照明光学系５の下方に配置されたＸＹステージ６にアクセス可能となる。ＸＹステージ６は対物レンズの光軸方向に対して直交方向に移動するステージである。上面カバー１９０を閉じることで、暗室が形成される。ユーザーは前面カバー１９１を開けることでフィルタターレット１４に搭載されたフィルタキューブ（カラーフィルタなど）を交換できる。
【００１１】
図２は、顕微鏡システム１００を構成する主要部を示すブロック図である。顕微鏡１は図２に示された制御装置２によって制御される。制御装置２は、たとえば、制御プログラムをインストールされた情報処理装置（パーソナルコンピュータ：ＰＣ）である。つまりＰＣが顕微鏡１の制御装置２として機能してもよい。このように顕微鏡システム１００は、顕微鏡１と制御装置２とを有している。
【００１２】
顕微鏡１は、試料３のモノクロ画像、カラー画像および蛍光画像を取得することができる顕微鏡であるが、このうち１種類の画像のみを取得する顕微鏡であってもよい。ＸＹステージ６には試料３を保持するための容器ユニット７が固定される。試料３は標本、サンプル、検体またはワークと呼ばれることもある。容器ユニット７は、プレパラート、ディッシュまたはウェル等の容器とこの容器を支持する容器ホルダーとを有している。透過照明光源４から出力された照明光はコンデンサレンズなどを含む透過照明光学系５を介して試料３に照射される。透過照明光学系５には遮光用のメカシャッターが設けられていてもよい。透過照明光源４からの照明光は、試料３のモノクロ画像やカラー画像を取得する際に使用される。試料３について蛍光観察を実行する際は、蛍光落射照明光源８から励起光が出力される。励起光は、蛍光落射照明光学系９および励起フィルタ１０を通過する。蛍光落射照明光学系９には遮光用のメカシャッターが設けられていてもよい。励起フィルタ１０は、蛍光落射照明光源８から出力された光のうち励起光となる波長成分のみを透過させる波長選択性フィルタである。励起光はさらにダイクロイックミラー１１で反射され、対物レンズユニット１２の対物レンズを通過して試料３に照射される。ダイクロイックミラー１１も波長選択性のミラーであり、励起光を反射するが、試料３に添加された蛍光試薬（蛍光染料や蛍光色素とも呼ばれる）が発光する蛍光については透過する。対物レンズユニット１２は、モータ１３によって回転する電動レボルバと、電動レボルバに搭載された複数の対物レンズとを有している。フィルタターレット１４は、４つの開口を有し、そのうち３つの開口には励起フィルタ１０、ダイクロイックミラー１１、吸収フィルタ１６を有するそれぞれ異なるフィルタキューブが取り付けられているが、残りの１つの開口は何も取り付けられていない。フィルタの取り付けられていない開口は、明視野画像を取得する際に使用される。フィルタターレット１４は、モータ１５によって回転する。吸収フィルタ１６は、試料３からの光のうち必要な波長成分のみを透過させる波長選択性フィルタである。結像光学系１７は、試料３を撮像装置１８の撮像面に結像させるレンズである。カラーフィルタ２４は、たとえば、液晶チューナブルフィルタであり、透過波長を切り替えることにより順にＲ、Ｇ、Ｂの画像を取得、これらを画像処理部１９で合成することでカラー画像を作成する。なお、カラーフィルタとしては上述した液晶チューナブルフィルタに限られず、異なる透過波長のフィルタを機械的に切り替えるカラーフィルタターレットを配置してもよい。画像処理部１９は、撮像装置１８から出力される画像信号を増幅してＡ／Ｄ変換し、さらにシェーディング補正を行ったりするなど、様々な画像処理を行い、画像データを作成する。制御部２０は、制御装置２からの指示にしたがって顕微鏡１の各部を制御する。たとえば、制御部２０は、モータ群２１を制御してＸＹステージ６をＸ軸方向またはＹ軸方向へ移動させたり、モータ２２を制御してＺステージと呼ばれることもある対物レンズユニット１２をＺ軸方向に移動させたりする。試料３に対して対物レンズユニット１２をＺ軸方向に相対的に移動させることで合焦位置が変化し、オートフォーカスが実行される。ＸＹステージ６およびＺステージは手動調整機構を有していてもよい。ここで、Ｚ軸方向は対物レンズの光軸方向であり、Ｘ軸方向およびＹ軸方向はＺ軸方向に直交した方向である。また、制御部２０は、制御装置２からの指示にしたがってモータ１３を制御し、対物レンズを切り替える（倍率切替）。通信部２３は、制御装置２からの指示を受信したり、制御部２０からの情報や画像データを制御装置２へ送信したりするユニットである。制御部２０は、たとえば、マイクロプロセッサやＣＰＵ、ＬＳＩ、ＦＰＧＡ、ＡＳＩＣなどで構成される。つまり、制御部２０は、ソフトウエアとその実行手段で実現されてもよいし、ハードウエアのみで実現されてもよいし、前者と後者との混在によって実現されてもよい。
【００１３】
制御装置２においてＣＰＵ３０は、記憶装置３１に記憶された制御プログラムを実行して顕微鏡１を制御したり、通信インタフェース３２を通じて受信した画像データを表示部３４に表示させたりする。通信部２３および通信インタフェース３２は、ＵＳＢやＩＥＥＥ１３９４、ＬＡＮなどの一般的な通信プロトコルで接続されていてもよいし、専用の通信プロトコルで接続されていてもよい。記憶装置３１は、ＲＯＭ、ＲＡＭなどのメモリやハードディスク記憶装置などを含んでいる。記憶装置３１には、ＳＳＤなどの半導体記憶装置や光ディスク、磁気ディスクが含まれてもよい。またコンシューマ用のデジタルカメラで使用されているようなメモリカードであってもよい。操作部３３は、操作者により操作可能な操作手段の一例であり、キーボードやポインティングデバイスなどの入力装置である。表示部３４は、液晶表示装置などであり、顕微鏡１を制御するための制御パラメータを設定するためのユーザーインタフェース（ＵＩ）や解析結果（静止画または動画）を表示するＵＩを提供する。
【００１４】
顕微鏡システム１００はＺスタック画像の撮像やタイムラプス撮像を実行できる。Ｚスタックとは試料３と対物レンズとの間における光軸方向（Ｚ軸方向）の距離を変化させながら試料３を撮像して複数枚の画像（Ｚスタック画像）を取得する技術である。つまり、Ｚスタック画像とは、Ｚステージを少しずつ移動させることで合焦位置をずらしながら各合焦位置において取得された試料３の複数の画像（レイヤー画像／スライス画像）をいう。一般に試料３は厚みを持つものが多く、Ｚ軸方向に少量ずつ合焦位置をずらして複数の画像を取得することで、試料３に合焦した画像を取得しやすくなる。１回のＺスタックによって取得される画像の枚数はＺスタック数またはＺスタック枚数と呼ばれる。なお、Ｚスタックにより深度合成も可能となる。タイムラプス撮像とは、一定時間ごとに１枚または複数枚の画像を取得する撮像方法をいう。微生物などの試料３は観察中に成長したり変化したりする。そのため、その経過を知る上でタイムラプス撮像は有効である。
【００１５】
［各種設定］
一般に広視野の画像は低倍率のため低解像度である。そこで、制御装置２は高倍率で取得された複数の個別画像を連結することで、広視野かつ高解像度の連結画像を生成する。ただし、試料３や解析内容に応じて個別画像が好ましいケースもあれば、連結画像が好ましいケースもある。したがって、ＣＰＵ３０は、個別画像を用いて解析を実行するのか、それとも連結画像を用いて設定するのかの選択をユーザーから受け付ける。
【００１６】
図３はＣＰＵ３０が実現する各種機能を示すブロック図である。これらの機能の一部またはすべてはＦＰＧＡやＡＳＩＣなどのハードウエア回路により実現されてもよい。撮像制御部４０１は予めユーザーにより設定された制御パラメータを用いて顕微鏡１を制御し試料３を撮像する。制御パラメータは設定データ４３３に含まれている。撮像制御部４０１は顕微鏡１から受け取った画像データ４３１を記憶装置３１に記憶する。撮像制御部４０１はＸＹステージ６や対物レンズユニット１２（Ｚステージ）を移動させるための制御信号を顕微鏡１に送信する。撮像制御部４０１は、モータ１３を駆動して複数の対物レンズを搭載したレボルバを回転させることで、ユーザーによって指定された対物レンズを観察用の対物レンズとして設定する。表示制御部４４０はユーザーインタフェースの表示を制御する。
【００１７】
設定部４０２は操作部３３から入力された指示にしたがって顕微鏡１を制御するための制御パラメータを含む設定データ４３３を作成し、記憶装置３１に記憶させる。選択部４０３は、操作部３３から入力された指示にしたがって解析対象として個別画像と連結画像の何れかを選択する。ウェル受付部４０４は、ＸＹステージ６に載置された容器ユニット７における複数のウェルのうち解析対象となるウェルの指定を操作部３３から受け付ける。撮像位置受付部４０５は、ウェル内における複数の撮像位置のうち解析対象となる撮像位置を操作部３３から受け付ける。画像処理設定受付部４０６は個別画像に適用される画像処理設定や連結画像に適用される画像処理設定を操作部３３から受け付ける。解析設定受付部４０７は個別画像に適用される解析設定や連結画像に適用される解析設定を操作部３３から受け付ける。連結設定受付部４０８は連結画像を生成するために必要となる連結設定を操作部３３から受け付ける。
【００１８】
画像処理部４１０は、画像データ４３１に対して、試料３の解析を行うために必要となる画像処理を実行する。連結部４１１は、連結設定にしたがって複数の個別画像を連結して連結画像を作成する。Ｚスタック部４１２は、それぞれＺ座標の異なる複数の画像グループ（Ｚスタック画像）を生成する。Ｚスタック部４１２は、各個別画像について深度合成を実行してもよい。たとえば、Ｚスタック部４１２は、それぞれＺ座標の異なる複数の画像（Ｚスタック画像）を合成して全面に焦点の合った一つの画像（深度合成画像）を生成してもよい。連結部４１１は、深度合成された複数の個別画像を連結してもよい。
【００１９】
解析部４２０は画像処理部４１０により画像処理された解析対象の画像データ４３１を読み出し、解析処理を実行し、表示制御部４４０を通じて表示部３４に、解析結果を表示させる。たとえば、画像処理部４１０は連結画像を二値化することで観察対象物（例：細胞）の輪郭を強調し、カウント部４２１は二値化された画像から観察対象物の数をカウントする。
【００２０】
図１および図２に示した顕微鏡１のＸＹステージ６は対物レンズユニット１２の対物レンズの光軸に対して垂直方向（すなわちＸＹ方向）に移動可能である。制御部２０はＸＹステージ６の座標を検知して管理している。たとえば、制御部２０は撮像制御部４０１から撮像指示（トリガー信号）を受信すると、撮像装置１８を制御して試料３の撮像を実行し、画像処理部１９が出力する画像データにＸＹステージ６の座標を示す撮像座標データを付加してもよい。撮像座標データはメタデータとして、画像データ４３１から分離されて記憶装置３１に記憶されてもよい。
【００２１】
［設定処理を含む解析方法］
図４は画像解析方法を示すフローチャートである。
【００２２】
Ｓ１でＣＰＵ３０（設定部４０２）はユーザーインタフェースを表示部３４に表示する。
【００２３】
Ｓ２でＣＰＵ３０（選択部４０３）はユーザーインタフェースに対するユーザー操作に基づき、個別画像と連結画像とのうち個別画像が解析対象として選択されたかどうかを判定する。個別画像が選択された場合、ＣＰＵ３０はＳ３に進む。連結画像が選択された場合、ＣＰＵ３０はＳ４に進む。
【００２４】
Ｓ３でＣＰＵ３０（設定部４０２、画像処理部４１０および解析部４２０）は個別画像についての設定を受け付け、受け付けられた設定に基づき画像処理と解析処理とを実行する。その後、ＣＰＵ３０はＳ５に進む。
【００２５】
Ｓ４でＣＰＵ３０（設定部４０２、画像処理部４１０および解析部４２０）は連結画像についての設定を受け付け、受け付けられた設定に基づき画像処理と解析処理とを実行する。その後、ＣＰＵ３０はＳ５に進む。
【００２６】
Ｓ５でＣＰＵ３０（解析部４２０）は表示制御部４４０を通じて表示部３４に解析結果を表示する。
【００２７】
●個別画像解析
図５は個別画像について設定および解析の詳細を示すフローチャートである。この処理はＳ３に対応している。
【００２８】
Ｓ１１でＣＰＵ３０（設定部４０２）は個別画像解析のために必要となる設定を行うための設定ＵＩを表示部３４に表示する。
【００２９】
Ｓ１２でＣＰＵ３０（ウェル受付部４０４）はウェルの指定を受け付ける。
【００３０】
Ｓ１３でＣＰＵ３０（撮像位置受付部４０５）は指定されたウェル内での撮像位置の指定を受け付ける。
【００３１】
Ｓ１４でＣＰＵ３０（設定部４０２）は設定用の個別画像を表示部３４に表示する。
【００３２】
図６は設定ＵＩ７００を説明する図である。設定ＵＩ７００はＳ１１からＳ１４までの処理に対応している。設定ＵＩ７００は個別画像用の設定タブ７０１と連結画像用の設定タブ７０２とを有している。選択部４０３は設定タブ７０１、７０２のうちポインタ７０８によりクリックされたタブを認識することで、ユーザーにより個別画像が選択されたかどうかを判定する。設定タブ７０１は、ウェル指定部７０４、撮像位置指定部７０６および画像表示領域７０９を有している。ウェル指定部７０４および撮像位置指定部７０６はマップ画像７０３と呼ばれてもよい。ウェル指定部７０４は、容器ユニット７を模したオブジェクトである。ウェル指定部７０４は、６個のウェル部７０５を有している。ウェル受付部４０４は、６個のウェル部７０５のうちポインタ７０８によりクリックされたウェル部７０５を認識する。なお、６個のウェル部７０５は容器ユニット７における６個のウェルに対応している。撮像位置指定部７０６は、ウェル指定部７０４において指定されたウェル部７０５に対応しており、個別画像の撮像位置７０７の指定を受け付ける。この例で、撮像位置７０７を示す矩形は一つの個別画像（蛍光画像）に対応している。つまり、一つの矩形は高倍率の対物レンズについての単一の視野に対応している。ユーザーはポインタ７０８により撮像位置７０７をクリックすることで、画像処理設定と解析設定に利用する撮像位置を指定する。この例ではウェルの中央にある撮像位置が指定されている。撮像制御部４０１は、ウェル指定部７０４により指定されたウェル内でかつ、撮像位置指定部７０６により指定された撮像位置をＸＹステージ６の座標データに変換し、当該座標データにＸＹステージ６を移動させて撮像を実行するよう制御部２０に指示する。撮像制御部４０１は、撮像位置をＸＹ座標データに変換する変換テーブルを有していてもよい。制御部２０はこの指示にしたがってＸＹステージ６を移動させ、撮像装置１８に撮像を実行させ、取得した蛍光画像の画像データを制御装置２に出力する。撮像制御部４０１は受信した画像データを記憶装置３１に記憶する。なお、指定された撮像位置の画像データがすでに取得されている場合、このような画像データの取得処理は省略されてもよい。設定部４０２は、指定した撮像位置の画像データに基づく蛍光画像を画像表示領域７０９に表示する。ユーザーは蛍光画像を確認しながら、画像処理設定と解析設定に利用する撮像位置を決定する。
【００３３】
Ｓ１５でＣＰＵ３０（画像処理設定受付部４０６、解析設定受付部４０７）は個別画像について適用される画像処理設定と解析設定を受け付ける。
【００３４】
図７は画像処理設定などを受け付けるためのＵＩ８００を示している。ボタン８０１は画像処理設定を開始するためのボタンである。ボタン８０２は解析設定を開始するためのボタンである。ボタン８０３は解析処理を開始するためのボタンである。ボタン８０４は解析結果を表示するためのボタンである。画像表示領域８０５は画像処理が適用される前の画像を表示する領域である。画像表示領域８０６は画像処理が適用された後の画像を表示する領域である。ボタン８０７を画像処理の詳細設定を行うためのボタン８０７である。画像処理設定受付部４０６は、ボタン８０７が押されると起動し、様々な画像処理設定を受け付ける。たとえば、画像処理設定は、画像の明るさに関するパラメータ、ブラックバランス、エッジ強調フィルタの有無、デコンボリューションフィルタの有無などを含む。画像処理設定受付部４０６は画像処理設定を設定データ４３３に保存する。画像処理部４１０は画像処理設定にしたがって、指定された撮像位置の蛍光画像に対して画像処理を適用し、画像処理を適用された蛍光画像を画像表示領域８０６に表示する。なお、ボタン８０１〜８０４は現在の処理が画像処理設定、解析設定、解析実行または結果表示の何れかを示す表示オブジェクトに置換されてもよい。この場合、指定した撮像位置の画像データを切り替えるための切替ボタン（例：次の処理へ進むための「次へ」ボタンやひとつ前の処理に戻るための「戻る」ボタン）などが、ＵＩ８００に設けられてもよい。
【００３５】
図８は解析設定などを受け付けるためのＵＩ８００を示している。ボタン８０２がポインタ７０８により操作されると、設定部４０２は、図８に示されたＵＩ８００を表示する。解析設定受付部４０７は、解析設定が適用される前の蛍光画像を画像表示領域８１５に表示する。つまり、画像表示領域８１５に表示される画像は画像処理が適用された蛍光画像である。解析設定受付部４０７は、ボタン８０７が操作されると、解析設定を受け付ける。たとえば、試料３に含まれているセル（細胞）の数をカウントするセルカウントが解析処理として指定された場合、解析設定受付部４０７は蛍光画像を二値化するための閾値を受け付ける。解析処理として色分離が採用された場合、解析設定受付部４０７は色分離に必要な設定を受け付ける。色分離を実行することで蛍光画像が複数の色に分離され、色ごとの面積が算出される。解析処理の詳細設定が完了すると、解析設定受付部４０７は解析設定を設定データ４３３に保存する。解析部４２０は解析設定にしたがって解析処理を実行する。解析部４２０は解析設定を適用した蛍光画像を画像表示領域８１６に表示する。この例ではセルカウントのために二値化された蛍光画像が画像表示領域８１６に表示されている。
【００３６】
Ｓ１６でＣＰＵ３０（ウェル受付部４０４、撮像位置受付部４０５）は解析対象となるウェルの指定とそのウェル内の撮像位置の指定を受け付ける。Ｓ１２、Ｓ１３では設定用の画像を指定するためのウェルと撮像位置が受け付けられたが、Ｓ１６では実際に解析対象となる一つ以上のウェルと一つ以上の撮像位置とが指定される。
【００３７】
Ｓ１７でＣＰＵ３０（画像処理部４１０）は解析対象として指定されたウェル内の撮像位置の蛍光画像に対して、指定された画像処理設定に基づく画像処理を適用する。
【００３８】
Ｓ１８でＣＰＵ３０（解析部４２０）は解析対象として指定されたウェル内の撮像位置の蛍光画像に対して、指定された解析設定に基づく解析処理を適用する。
【００３９】
図９は解析対象を指定するためのＵＩ８００を示している。ボタン８０３がポインタ７０８により操作されると、設定部４０２は、図９に示されたＵＩ８００を表示する。ウェル受付部４０４は、ポインタ７０８によりクリックされた一つ以上のウェル部７０５に対応するウェルを解析対象として受け付ける。この例では、二つのウェルが指定されている。撮像位置受付部４０５は、指定されたウェルごとに解析対象となる撮像位置の指定を受け付ける。この例では、二つの撮像位置が解析対象として指定されている。画像処理部４１０は指定された撮像位置の撮像を撮像制御部４０１に指示する。撮像制御部４０１は、撮像位置指定部７０６により指定された撮像位置をＸＹステージ６の座標データに変換し、当該座標データにＸＹステージ６を移動させて撮像を実行するよう制御部２０に指示する。制御部２０はこの指示にしたがってＸＹステージ６を移動させ、撮像装置１８に撮像を実行させ、取得した蛍光画像の画像データを制御装置２に出力する。撮像制御部４０１は受信した画像データを記憶装置３１に記憶する。なお、指定された撮像位置の画像データが取得済みである場合、画像処理部４１０は記憶装置３１から、当該画像データを読み出すだけでもよい。画像処理部４１０はこの画像データに画像処理設定に対応した画像処理を適用する。さらに、解析部４２０は解析設定に対応した解析処理を実行する。解析部４２０は最後にクリックされた撮像位置の蛍光画像を表示領域８３６に表示する。この蛍光画像は、画像処理と解析処理とが適用されている。このように、複数の蛍光画像（個別画像）に対して共通の画像処理設定と共通の解析設定とが適用される。
【００４０】
図１０は解析結果を表示するためのＵＩ８００を示している。ボタン８０４がポインタ７０８により操作されると、解析部４２０は、図１０に示されたＵＩ８００を表示部３４に表示する。第一結果表示領域８３１は解析結果をグラフ形式で表示する領域である。グラフ形式としては、ヒストグラム、棒グラフなどがある。第二結果表示領域８３２は、ウェルごとの解析結果（例：セルのカウント値など）を表示する領域である。
【００４１】
●連結画像解析
図１１は連結画像について設定および解析の詳細を示すフローチャートである。この処理はＳ４に対応している。
【００４２】
Ｓ２１でＣＰＵ３０（設定部４０２）は個別画像解析のために必要となる設定を行うための設定ＵＩを表示部３４に表示する。
【００４３】
Ｓ２２でＣＰＵ３０（ウェル受付部４０４）はウェルの指定を受け付ける。
【００４４】
図１２は設定ＵＩ７００を説明する図である。なお、すでに説明された部分には同一の参照符号が付与されており、その説明が援用される。設定ＵＩ７００の設定タブ７０２は連結画像に関する設定を行うためのタブである。設定タブ７０２はＳ２１からＳ２２までの処理に対応している。設定タブ７０２がポインタ７０８によりクリックされると、選択部４０３は、ユーザーにより連結画像が選択されたと判定する。ウェル受付部４０４は、６個のウェル部７０５のうちポインタ７０８によりクリックされたウェル部７０５を認識する。撮像位置指定部７０６は、ウェル指定部７０４において指定されたウェル部７０５に対応しており、連結画像を形成するための複数の個別画像の撮像位置７０７の指定を受け付ける。この例では、ポインタ７０８により描画された矩形に含まれている９個の撮像位置（個別画像）が指定されている。連結設定受付部４０８は、指定された９個の撮像位置を撮像制御部４０１に指定し、９個の蛍光画像の撮像を指示する。なお、指定された撮像位置の画像データが取得済みである場合、連結設定受付部４０８は記憶装置３１から、当該画像データを読み出すだけでもよい。これにより、９個の蛍光画像の画像データが記憶装置３１に格納される。連結設定受付部４０８は９個の蛍光画像を連結して一つの連結画像を生成し、画像表示領域７０９に表示してもよい。
【００４５】
Ｓ２３でＣＰＵ３０（連結設定受付部４０８）は連結設定を受け付ける。
【００４６】
図１３は連結設定を受け付けるためのＵＩ９００を説明する図である。画像表示領域９０１は、撮像位置指定部７０６を通じて指定された複数の蛍光画像を表示する領域である。連結設定受付部４０８は、画像表示領域９０１に表示された複数の蛍光画像のうちポインタ７０８によりクリックされた蛍光画像を連結画像から除外してもよい。これにより、解析の精度を低下させるような蛍光画像が予め除外される。シェーディング補正設定部９０２は連結画像を生成する際に複数の蛍光画像に対するシェーディング補正を有効にするかどうかの指定を受け付ける。また、シェーディング補正が複数の補正モードを有している場合に、シェーディング補正設定部９０２は補正モードの選択を受け付けてもよい。画質選択部９０３は、情報圧縮処理を有効にするかどうかを選択するためのＵＩである。連結画像は複数の高倍率画像から形成されるため、連結画像の情報量は多くなりやすい。そこで、情報圧縮を適用することで、連結画像の情報量が少なくなる。ただし、情報圧縮は、連結画像に含まれる小さな観察対象物を消去してしまうことがある。非圧縮が選択されると、連結画像に含まれる小さな観察対象物が維持される。位置補正設定部９０４は、複数の蛍光画像を連結する際に各蛍光画像の位置を補正するかどうかを設定する。位置補正が有効に設定されると、連結部４１１は、隣接した複数の蛍光画像の各端部領域における類似性に着目し、複数の蛍光画像の位置を補正する。隣接した複数の蛍光画像には同一の細胞などが写っていることがある。そこで、連結部４１１は、同一の細胞が連結画像において複数の細胞とならないように、連結画像における複数の蛍光画像の位置を補正する。
【００４７】
連結設定受付部４０８はＵＩ９００を通じて指定された連結設定を設定データ４３３に保存する。連結開始ボタン９０５がポインタ７０８によってクリックされると、ＣＰＵ３０はＳ２４に進む。
【００４８】
Ｓ２４でＣＰＵ３０（連結部４１１）は、連結設定に基づいて複数の蛍光画像を連結して一つの連結画像を生成し、記憶装置３１に記憶させる。これにより、画像処理設定と解析設定のための連結画像が完成する。
【００４９】
Ｓ２５でＣＰＵ３０（画像処理設定受付部４０６）は連結画像についての画像処理設定を受け付ける。
【００５０】
図１４は連結画像についての画像処理設定を受け付けるためのＵＩ８００を示している。図１４において図７と異なる点は、画像表示領域８０５には画像処理前の連結画像が表示され、画像表示領域８０６には画像処理後の連結画像が表示される点である。ボタン８０１は連結画像についての画像処理設定を開始するためのボタンである。画像処理設定受付部４０６は、ボタン８０７が押されると起動し、連結画像についての様々な画像処理設定を受け付ける。たとえば、画像処理設定は、画像の明るさに関するパラメータ、ブラックバランス、エッジ強調フィルタの有無、デコンボリューションフィルタの有無などを含む。画像処理設定受付部４０６は画像処理設定を設定データ４３３に保存する。画像処理部４１０は画像処理設定にしたがって、連結画像に対して画像処理を適用し、画像処理を適用された連結画像を画像表示領域８０６に表示する。これにより、ユーザーは画像処理設定の内容が適切かどうかを確認できる。
【００５１】
Ｓ２６でＣＰＵ３０（解析設定受付部４０７）は連結画像についての解析設定を受け付ける。
【００５２】
図１５は連結画像についての解析設定などを受け付けるためのＵＩ８００を示している。ボタン８０２がポインタ７０８により操作されると、設定部４０２は、図１５に示されたＵＩ８００を表示する。図１５において図８と異なる点は、画像表示領域８１５には解析前の連結画像が表示され、画像表示領域８１６には解析後の連結画像が表示される点である。解析設定受付部４０７は、ボタン８０７が操作されると、連結画像についての解析設定を受け付ける。たとえば、試料３に含まれているセル（細胞）の数をカウントするセルカウントが解析処理として指定された場合、解析設定受付部４０７は連結画像を二値化するための閾値を受け付ける。解析処理の詳細設定が完了すると、解析設定受付部４０７は連結画像用の解析設定を設定データ４３３に保存する。解析部４２０は解析設定にしたがって解析処理を実行する。解析部４２０は解析設定を適用した連結画像を画像表示領域８１６に表示する。解析実行を指示するためのボタン８０３がクリックされると、ＣＰＵ３０はＳ２７に進む。
【００５３】
Ｓ２７でＣＰＵ３０（ウェル受付部４０４）は、解析対象となるウェルの指定を受け付ける。
【００５４】
図１６は解析対象を指定するためのＵＩ８００を示している。図１６において図９と異なる点は、撮像位置指定部７０６において指定された連結範囲に含まれる複数の蛍光画像を連結して形成された連結画像が画像表示領域８２６に表示される点である。ボタン８０３がポインタ７０８により操作されると、設定部４０２は、図１６に示されたＵＩ８００を表示部３４に表示する。ウェル受付部４０４は、ポインタ７０８によりクリックされた一つ以上のウェル部７０５に対応するウェルを解析対象として受け付ける。撮像位置指定部７０６は、ウェルごとに連結範囲の指定を受け付けてもよい。あるいは、連結範囲は、複数のウェル間で共通であってもよい。
【００５５】
Ｓ２８でＣＰＵ３０（連結部４１１）は、解析対象として指定されたウェルにおける複数の蛍光画像を連結して、各ウェルごとの連結画像を生成する。連結部４１１は、各ウェルの位置と連結設定における各蛍光画像の撮像位置とを撮像制御部４０１に渡す。撮像制御部４０１は、各ウェルの位置と連結設定における各蛍光画像の撮像位置とをＸＹステージ６の座標データに変換し、座標データを制御部２０に渡す。制御部２０は座標データにしたがってＸＹステージ６を移動させながら撮像装置１８に蛍光画像の撮像を実行させる。これにより、複数の蛍光画像の画像データが記憶装置３１に格納される。なお、指定された撮像位置の画像データが取得済みである場合、連結部４１１は記憶装置３１から、当該画像データを読み出すだけでもよい。連結部４１１はウェルごとの複数の蛍光画像の画像データを読み出し、連結設定に基づき複数の蛍光画像を連結し、連結画像を生成する。連結画像の画像データは記憶装置３１に格納される
Ｓ２９でＣＰＵ３０（画像処理部４１０）は共通の画像処理設定にしたがって各連結画像に対して画像処理を実行する。
【００５６】
Ｓ３０でＣＰＵ３０（解析部４２０）は共通の解析設定にしたがって各連結画像に対して解析処理を実行する。その後、ＣＰＵ３０はＳ５に進む。
【００５７】
図１７は解析結果を表示するためのＵＩ８００を示している。ボタン８０４がポインタ７０８により操作されると、解析部４２０は、図１７に示されたＵＩ８００を表示部３４に表示する。第一結果表示領域８３１は連結画像の解析結果をグラフ形式で表示する領域である。グラフ形式としては、ヒストグラム、棒グラフなどがある。第二結果表示領域８３２は、ウェルごとの連結画像の解析結果（例：セルのカウント値など）を表示する領域である。画像表示領域８１６には、連結画像が表示される。
【００５８】
＜まとめ＞
顕微鏡１は蛍光顕微鏡の一例である。試料３は観察対象物の一例である。ＸＹステージ６は観察対象物を載置されるステージの一例である。蛍光落射照明光源８はステージに載置された観察対象物に励起光を照射する照射手段の一例である。撮像装置１８は励起光を照射された観察対象物から放出された蛍光を受光し、観察対象物の蛍光画像を取得する撮像手段の一例である。モータ群２１はＸＹ平面座標における所定の移動可能範囲内でステージと撮像手段とを相対的に移動させる移動手段の一例である。
【００５９】
制御装置２は画像解析装置の一例である。表示部３４は蛍光画像を表示する表示手段の一例である。ＣＰＵ３０（画像処理部４１０、解析部４２０、は蛍光顕微鏡により取得された蛍光画像に対して画像処理を適用し、当該画像処理を適用された蛍光画像の解析処理を実行する解析手段の一例である。連結部４１１は複数の蛍光画像を連結して連結画像を生成する連結手段の一例である。
【００６０】
操作部３３や設定部４０２は個別画像と連結画像とのいずれを解析対象とするかの選択を受け付ける受付手段の一例である。個別画像とは、撮像手段の単一の撮像視野で観察対象物を撮像することで取得された画像である。連結画像とは、撮像手段により取得されたそれぞれ撮像位置が隣接した複数の蛍光画像を連結処理により連結して生成された画像である。表示部３４および表示制御部４４０は、複数の蛍光画像の撮像位置を示唆するマップ画像を表示するように構成されている。図６にはマップ画像の一例が示されている。
【００６１】
設定部４０２は、受付手段を通じて個別画像が解析対象として選択されると、表示手段に表示されたマップ画像を通じて、画像処理と解析処理の設定を行うために表示手段に表示される蛍光画像の指定を受け付ける。さらに、設定部４０２は、当該蛍光画像に対して適用される画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された蛍光画像に写っている観察対象物に対する解析処理の設定を受け付ける。さらに、設定部４０２は、表示手段に表示されたマップ画像を通じて、画像処理と解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像の指定を受け付ける。解析部４２０および画像処理部４１０は、画像処理と解析処理の適用対象となる一つ以上の蛍光画像について受付手段により受け付けられた画像処理の設定と解析処理の設定とに基づき画像処理と解析処理を適用する。
【００６２】
設定部４０２は、受付手段を通じて連結画像が解析対象として選択されると、表示手段に表示されたマップ画像を通じて、連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定を受け付ける。設定部４０２は、連結手段により生成された当該連結画像を表示手段に表示し、当該連結画像に適用される画像処理の設定と、当該画像処理の設定に基づく画像処理を適用された連結画像に写っている観察対象物に対する解析処理の設定を受け付ける。さらに、設定部４０２は、表示手段に表示されたマップ画像を通じて、連結処理と、画像処理と解析処理の適用対象となる一つ以上の観察位置の指定を受け付ける。解析部４２０および画像処理部４１０は、解析手段は、観察位置ごとの蛍光画像に対して、受付手段により受け付けられた連結画像の元となる複数の蛍光画像の指定と、画像処理の設定と、解析処理の設定とに基づき、連結画像を生成するための連結処理、画像処理および解析処理を適用する。
【００６３】
図６などが示すように、マップ画像７０３は、それぞれ異なる観察対象物を収容した複数のウェルの位置を示す画像（ウェル部７０５）を含む。設定部４０２のウェル受付部４０４は、複数のウェルのうち解析対象となるウェルの指定を受け付ける。このように容器ユニット７を模した画像が表示部３４に表示されるため、ユーザーは自分の意図したウェルを指定しやすくなるだろう。
【００６４】
図６などが示すように、マップ画像７０３は、単一のウェル内の複数の撮像位置を示す画像（撮像位置指定部７０６）を含んでもよい。設定部４０２は、複数の撮像位置のうち解析対象となる撮像位置の指定を受け付ける。このように、単一のウェル内の複数の撮像位置を模したが画像が表示されるため、ユーザーは自分の意図した撮像位置を指定しやすくなるだろう。
【００６５】
図６などが示すように、撮像位置７０７は一つの蛍光画像に対応する矩形により示されていてもよい。蛍光画像は矩形の画像であるため、ユーザーは矩形から撮像位置７０７と単一の視野範囲（個別画像の範囲）を理解しやすいだろう。
【００６６】
図１０や図１７には解析結果の一例が示されているが、表示部３４は、指定されたウェルごとに解析結果を表示してもよい。たとえば、ウェルごとに試料３の観察条件が異なる場合、ユーザーはウェルごとの解析結果を識別しやすくなろう。
【００６７】
図１３が示すように、連結設定受付部４０８は、連結処理において画像の情報圧縮を行うかどうかの選択を受け付けてもよい。これによりユーザーは、情報量の多さを優先するか、記憶装置３１の記憶容量に関する負担の小ささを優先するかを選択できるようになろう。
【００６８】
図５が示すように、設定部４０２は、個別画像が解析対象として選択されると、Ｓ１２で画像処理の設定および解析処理の設定のために利用されるウェルの指定を受け付け、Ｓ１３でウェルにおける複数の撮像位置の指定を受け付け、Ｓ１４で撮像位置に対応する蛍光画像を表示手段に表示させる。さらに、設定部４０２は、Ｓ１５で表示手段に表示された蛍光画像を通じて画像処理の設定を受け付け、表示手段に表示された、画像処理を適用された蛍光画像を通じて解析処理の設定を受け付け、Ｓ１６で画像処理と解析処理の対象となるウェルの指定を受け付ける。このように個別画像が選択されると、個別画像用に用意された設定ルートにしたがってユーザーは画像処理設定と解析設定とを決定できる。
【００６９】
図１１が示すように、設定部４０２は、連結画像が解析対象として選択されると、Ｓ２２で連結処理の設定、画像処理の設定および解析処理の設定のために利用されるウェルの指定を受け付け、Ｓ２３で連結処理により連結される複数の蛍光画像を特定するためにウェルにおける複数の撮像位置の指定を受け付けてもよい。設定部４０２は、Ｓ２４で複数の撮像位置の指定にしたがって特定された複数の蛍光画像を連結処理して生成された連結画像を表示手段に表示させる。設定部４０２は、Ｓ２５で表示手段に表示された連結画像を通じて画像処理の設定を受け付け、Ｓ２６で表示手段に表示された、画像処理を適用された連結画像を通じて解析処理の設定を受け付け、Ｓ２７で連結処理、画像処理および解析処理の対象となるウェルの指定を受け付けてもよい。このように連結画像が選択されると、連結画像用に用意された設定ルートにしたがってユーザーは画像処理設定と解析設定とを決定できる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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