(57)【要約】【課題】世界の人口の大部分に使用することができるＷＴ１由来ペプチドが必要とされている。【解決手段】本発明は、ＷＴ−１タンパク質に由来するヘテロクリティックペプチドを含む、ペプチド、免疫原性組成物およびワクチン、並びにＷＴ１を発現するがんを治療する方法、その発生率を減少させる方法、およびそれに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。【選択図】図２Ｂ
2019122377.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号６のアミノ酸配列（ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ）から成ることを特徴とする単離ペプチド。
【請求項２】
配列番号１４、１５、１６、１７、および２２から選択されたアミノ酸配列から成ることを特徴とする単離ペプチド。
【請求項３】
前記単離ペプチドがＨＬＡクラスＩ分子、ＨＬＡクラスＩＩ分子、またはそれらの組み合わせに結合することを特徴とする請求項１または２に記載の単離ペプチド。
【請求項４】
配列番号６の配列からなることを特徴とする単離されたクラスＩ結合ペプチド。
【請求項５】
配列番号１４、１５、１６、１７、および２２から選択されることを特徴とする単離されたクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドをコードする核酸分子。
【請求項７】
請求項６の核酸分子を含む、弱毒ウイルスベクターまたはチフス菌ベクターなどのベクター。
【請求項８】
免疫調節性化合物をさらにコードしている、請求項７に記載のベクター。
【請求項９】
前記免疫調節性化合物は、（ｉ）サイトカイン、サイトカイン受容体、ケモカイン、補体成分、インターロイキン１〜１５、インターフェロンα、βもしくはγ、腫瘍壊死因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、好中球活性化タンパク質（ＮＡＰ）、マクロファージ化学誘引物質および活性化因子（ＭＣＡＦ）、ランテス（ＲＡＮＴＥＳ）、またはマクロファージ炎症性ペプチドＭＩＰ−１ａおよびＭＩＰ−１ｂであるか、若しくは（ｉｉ）ＯＸ４０、ＯＸ４０Ｌ（ｇｐ３４）、リンホタクチン、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、Ｂ７．１、Ｂ７．２、トラップ（ＴＲＡＰ）、ＩＣＡＭ−１、２もしくは３、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、熱安定性抗原（ＨＳＡ）、またはコンドロイチン硫酸修飾ＭＨＣ不変鎖（Ｉｉ−ＣＳ）の発現を刺激または増強することを特徴とする請求項８に記載のベクター。
【請求項１０】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項６に記載の核酸分子または請求項７〜９のいずれか一項に記載のベクター、および薬剤的に許容できる担体、ビヒクルまたは賦形剤を含むことを特徴とする医薬組成物。
【請求項１１】
ワクチンであって、
（ａ）請求項１〜５のいずれか一項に記載の１若しくは複数の単離ペプチドを含み、
任意選択で（ｂ）抗原提示細胞、アジュバントおよび／または担体を更に含み、かつ
任意選択で（ｃ）マルチエピトープワクチンとして機能するように構成されることを特徴とするワクチン。
【請求項１２】
前記アジュバントがＱＳ２１、フロイント不完全アジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、ＢＣＧ、ミョウバン、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、インターロイキン、モンタナイドＩＳＡ５１、またはＧＭ−ＣＳＦであることを特徴とする請求項１１に記載のワクチン。
【請求項１３】
ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するか、もしくはＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる医薬を製造するための請求項１０に記載の医薬組成物、または請求項１１または１２に記載のワクチンの使用。
【請求項１４】
前記ＷＴ１を発現するがんが、白血病、線維形成性小円形細胞腫瘍、胃がん、結腸がん、肺がん、乳がん、胚細胞性腫瘍、卵巣がん、子宮がん、甲状腺がん、肝臓がん、腎がん、カポジ肉腫、肉腫、肝細胞がん、ウィルムス腫瘍、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、中皮腫、または非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることを特徴とする請求項１３に記載の使用。
【請求項１５】
ＷＴ１を発現するがんの細胞に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導する医薬を製造するための請求項１０に記載の医薬組成物または請求項１１または１２に記載のワクチンの使用。
【請求項１６】
前記ＷＴ１を発現するがんが、白血病、線維形成性小円形細胞腫瘍、胃がん、結腸がん、肺がん、乳がん、胚細胞性腫瘍、卵巣がん、子宮がん、甲状腺がん、肝臓がん、腎がん、カポジ肉腫、肉腫、肝細胞がん、ウィルムス腫瘍、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、中皮腫、または非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることを特徴とする請求項１５に記載の使用。
【請求項１７】
ＷＴ１を発現するがんの細胞に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導する医薬組成物であって、
（ａ）抗原提示細胞と、
（ｂ）請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項６に記載の核酸分子または請求項７〜９のいずれか一項に記載のベクターとを含むことを特徴とする医薬組成物。
【請求項１８】
ＷＴ１を発現するがんの細胞に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導するための医薬組成物であって、
ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなるペプチドを含み、
前記ペプチドは、１０〜３０個のアミノ酸からなる長さを有することを特徴とする医薬組成物。
【請求項１９】
ＷＴ１を発現するがんの細胞に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導するための医薬組成物であって、
ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなるペプチドを含み、
前記ペプチドは、５０〜１００個のアミノ酸からなる長さを有し、９〜１１個のアミノ酸からなる長さにプロセシングされるように適合されていることを特徴とする医薬組成物。
【請求項２０】
ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するか、もしくはＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる薬剤を製造するための請求項１８または１９に記載の医薬組成物の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
政府支援
本願は、アメリカ国立衛生研究所からのグラント（研究助成金）Ｐ０１  ２３７６６によって支援を受けた。アメリカ合衆国政府は、本発明に権利を有する。
【０００２】
本発明は、ペプチド、ペプチドを含む組成物およびワクチンを提供し、かつ、それらを投与するステップを含む、ＷＴ１を発現するがんを治療する方法、当該がんの発生率を減少させる方法、および当該がんに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。
【背景技術】
【０００３】
ウィルムス腫瘍（ＷＴ）は、出生１万回に１人の頻度で発生する小児腎芽細胞腫であり、ここ数年の精力的な臨床研究および基礎研究の対象となっている。前記腫瘍は、胎生期起源であり、通常は生後５年間に小児において検出され、一側性または両側性に発生し得る。ＷＴは、発生中の腎臓の濃縮された後腎間葉系細胞が適切に分化できなかった際に生じる。ウィルムス腫瘍１（ＷＴ１）腫瘍抑制遺伝子をＷＴの病因に関連付けることで、遺伝子変化が発生および腫瘍形成の両方に与え得る影響が明らかにされた。
【０００４】
ウィルムス腫瘍タンパク質Ｉ（ＷＴ１）は、胎児の腎臓、精巣および卵巣等における正常な個体発生の間に発現されるＺｎフィンガー転写因子である。成人においては、ＷＴＩ発現は、造血幹細胞、筋上皮前駆細胞、腎有足細胞並びに精巣および卵巣内のいくつかの細胞上で、低レベルにまで制限されている。ＷＴＩが数種類の白血病において過剰発現されるという最近の実証により、ＷＴＩが種々のがんに対する免疫療法の格好の標的になるであろうことが示唆されている。
【０００５】
ウィルムス腫瘍癌遺伝子タンパク質（ＷＴ１）は、白血病および広範ながんに対する免疫療法の格好の標的である。腫瘍細胞を殺傷することが可能な、ＨＬＡ−Ａ０２０１制限細胞傷害性ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する、ＷＴ１タンパク質由来ペプチドが特定されている。ＨＬＡ−Ａ０２０１（ＲＭＦＰＮＡＰＹＬ；配列番号５６）またはＨＬＡ−Ａ２４０２（ＣＭＴＷＮＱＭＮＬ；配列番号５７）に結合する２つのペプチドが、世界中で広く研究されており、白血病および他の固形腫瘍を有する患者において臨床試験されている（Oka et al., Scientific World Journal 2007; 7: 649-665; Mundlos et al. Development 1993;119:1329-41; Keilholz et al. Leukemia 2005; 19: 1318-1323）。これらの結果は、ＷＴ１由来Ｔ細胞エピトープを白血病および広範なヒトがんの治療標的とすることを奨励し、それに対する有力な証拠および理論的根拠を与えるものである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
上記２つのＷＴ１由来ペプチドの治療への応用は、ＨＬＡ−Ａ０２０１タイプ（コーカサス人種の約４０％にみられるＨＬＡハプロタイプ）およびＨＬＡ−Ａ２４０２タイプ（日本人および他のアジア人の約４０％にみられるハプロタイプ）の人々に限定される。そのため、世界の人口の大部分に使用することができるＷＴ１由来ペプチドが必要とされているが、未だにかなえられていない。治療適応をより多様な集団に拡大するために、複数のＨＬＡハプロタイプに結合する、ＷＴ１タンパク質由来の新規ペプチドが求められている。従って、そのようなペプチドは、より高い割合の標的集団に由来するＴ細胞を刺激することが可能であり、永続性のある細胞傷害性免疫記憶細胞によって大部分の集団に対処するワクチン戦略を可能にするものである。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明は、免疫原性ペプチドを含む、ペプチド、組成物、およびワクチン等の免疫原性組成物を提供し、かつ、免疫原性ペプチドを投与するステップ、または治療のために患者に後に注入することができるＴ細胞をヒト患者の外部で刺激するステップを含む、ＷＴ１を発現するがんを治療する方法、それの発生率を減少させる方法、およびそれに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。
【０００８】
一実施形態では、本発明は、以下の配列：配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離ペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、以下の配列：配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩ結合ペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、以下の配列：配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩＩ結合ＷＴ１ペプチドを提供する。
【０００９】
一実施形態では、本発明は、以下の配列：配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離ペプチド、または上記のうちのいずれか１つの断片を提供する。一実施形態では、本発明は、以下の配列：配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩ結合ペプチド、または上記のうちのいずれか１つの断片を提供する。一実施形態では、本発明は、以下の配列：配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩＩ結合ＷＴ１ペプチド、または上記のうちのいずれか１つの断片を提供する。
【００１０】
別の実施形態では、本発明は、（ａ）抗原提示細胞並びに（ｂ）配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択されるペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、（ａ）抗原提示細胞並びに（ｂ）配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から選択されるＨＬＡクラスＩ結合ペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、（ａ）抗原提示細胞並びに（ｂ）配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から選択されるＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む組成物を提供する。
【００１１】
別の実施形態では、本発明は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中の１若しくは複数のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチド、並びに配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むワクチンを提供する。
【００１２】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、対象に本発明のペプチドまたはワクチンを投与することにより、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【００１３】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に本発明のペプチドまたはワクチンを投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【００１４】
別の実施形態では、本発明は、対象において抗がん免疫応答を誘導する方法であって、対象を、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の改変断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の改変断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物と接触させることにより、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の改変断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中の１つのペプチドから成るか、またはそれを含む。
【００１５】
別の実施形態では、本発明は、がんを有する対象を治療する方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の改変断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の改変断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、中皮腫を有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の改変断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中の１つのペプチドである。
【００１６】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の改変断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の改変断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中の１つのペプチドである。
【００１７】
別の実施形態では、がんはＷＴ１を発現するがんである。一実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と関連している。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、ＭＤＳである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、ウィルムス腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、白血病である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、血液がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、リンパ腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、線維形成性小円形細胞腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、中皮腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、悪性中皮腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、胃がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、結腸がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、乳がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、胚細胞性腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、卵巣がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、子宮がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、甲状腺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肝細胞癌である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、甲状腺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肝臓がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、腎がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、カポジ肉腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肉腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、他の癌腫または肉腫である。
【００１８】
別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、固形腫瘍である。別の実施形態では、固形腫瘍は、ＷＴ１を発現するがんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、肺がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、乳がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、結腸直腸がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、前立腺がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、卵巣がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、腎がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、膵がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、脳がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、胃腸がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、皮膚がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、メラノーマと関連している。
【００１９】
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離ペプチドを少なくとも１つの追加のペプチドと一緒に含む、組成物を提供する。ある実施形態では、少なくとも２つの異なる本発明の単離ペプチドを含む組成物が提供される。ある実施形態では、少なくとも３つまたは少なくとも４つの異なる本発明の単離ペプチドを含む組成物が提供される。各可能な形態は本発明の別々の実施形態を表す。ある実施形態では、本発明の組成物はワクチンである。
【００２０】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、対象に本発明のペプチドまたは組成物を投与することにより、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【００２１】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に本発明のペプチドまたは組成物を投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【００２２】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導する方法であって、リンパ球集団を本発明のペプチドまたは組成物と接触させることにより、ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導するステップを含む方法を提供する。この方法は、インビトロ、エキソビボまたはインビボで実行することが可能である。インビトロまたはエキソビボで実行される場合、これらのＣＴＬはその後に治療効果を求めて患者に注入され得る。
【００２３】
別の実施形態では、本発明は、（ａ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ８＋リンパ球；もしくは（ｂ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ４＋リンパ球、またはそれらの組み合わせの形成および増殖を誘導する方法であって、リンパ球集団を本発明のペプチドまたは組成物と接触させることにより、（ａ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ８＋リンパ球；もしくは（ｂ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ４＋リンパ球；またはそれらの組み合わせの形成および増殖を誘導するステップを含む方法を提供する。この方法は、インビトロ、エキソビボまたはインビボで実行することが可能である。インビトロまたはエキソビボで実行される場合、これらのＣＴＬはその後に治療効果を求めて患者に注入され得る。
【００２４】
本発明の上記の特徴、利点および目的、並びに以下で明らかとなる他のものを、実現し、詳細に理解できるように、本発明のより具体的な説明を簡潔にまとめる。上記の詳細は、添付の図面に図示される、それのある特定の実施形態を参照することにより得ることができる。これらの図面は明細書の一部となる。しかしながら、添付の図面が、本発明の好ましい実施形態を図示するものであり、これらの範囲の限定とみなされるべきではないことは留意すべきである。本明細書の図面では、各ペプチドについてのグラフ中の一連のデータバーは、図の説明文の全体にわたって示されるように、左から右に同じ順で示されている。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドのＨＬＡ−Ａ２分子への結合がＮＱＭＮＬＧＡＴＬペプチドおよびＮＹＭＮＬＧＡＴＬペプチドよりも強いことを示すＴ２安定化アッセイの結果を示す。天然ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ、ヘテロクリティックＮＬＭＮＬＧＡＴＬまたはＮＹＭＮＬＧＡＴＬを、材料および方法に記載される通りに、表示の濃度でＴ２細胞上にパルスした。前記ペプチドによるＨＬＡ−Ａ２分子の安定化をＨＬＡ−Ａ２分子の発現によって測定した。
【図２Ａ】ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドが、その天然配列ＮＱＭＮＬＧＡＴＬに交差反応する強いペプチド特異的Ｔ細胞応答を誘導することを示す。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、天然ペプチド、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬおよびＰＳＭＡをそれぞれ表している。健常なＨＬＡ−Ａ０２０１ホモ接合性ドナー由来のＣＤ３Ｔ細胞を、ＮＱＭペプチドまたはＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドのいずれかで３回（Ａ）または５回（Ｂ）刺激した。個々のペプチドに暴露した後のＩＦＮ−ｇ分泌によって、ペプチド特異的応答を測定した。各データポイントは、３連の培養物から得られた平均値±ＳＤを表している。
【図２Ｂ】ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドが、その天然配列ＮＱＭＮＬＧＡＴＬに交差反応する強いペプチド特異的Ｔ細胞応答を誘導することを示す。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、天然ペプチド、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬおよびＰＳＭＡをそれぞれ表している。健常なＨＬＡ−Ａ０２０１ホモ接合性ドナー由来のＣＤ３Ｔ細胞を、ＮＱＭペプチドまたはＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドのいずれかで３回（Ａ）または５回（Ｂ）刺激した。個々のペプチドに暴露した後のＩＦＮ−ｇ分泌によって、ペプチド特異的応答を測定した。各データポイントは、３連の培養物から得られた平均値±ＳＤを表している。
【図３】ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドがＷＴ１＋ＨＬＡ−Ａ０２０１＋白血病細胞に対するＴ細胞の細胞毒性を誘導することを示す。ＨＬＡ−Ａ０２０１陽性ドナー由来のＴ細胞をＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドで５回刺激した。細胞の細胞毒性を、ＡＭＬ細胞株ＳＥＴ−２（ＷＴ１＋、ＨＬＡ−Ａ０２０１＋）、ＨＬ−６０（ＷＴ１＋、ＨＬＡ−Ａ０２０１−）またはＨＬＡ−Ａ２陽性患者由来の初代白血病芽球（primary leukemia blast）に対する５時間の５１Ｃｒ放出アッセイによって測定した。各データポイントは、３連の培養物から得られた平均値±ＳＤを表している。
【図４Ａ】ＨＬＡ−Ａ２４０２ドナーにおけるペプチド特異的Ｔ細胞応答を示す。健常なＨＬＡ−Ａ２４０２ホモ接合性ドナー由来のＣＤ３Ｔ細胞を、ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬまたはＮＹＭＮＬＧＡＴＬペプチドで３回刺激した。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、天然ペプチド、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ、ＮＹＭＮＬＧＡＴＬおよび無関係なペプチドをそれぞれ表している。個々のペプチドに暴露した後のＩＦＮ−ｇ分泌によって、ペプチド特異的応答を測定した。各データポイントは、３連の培養物から得られた平均値±を表している。
【図４Ｂ】ＨＬＡ−Ａ２４０２ドナーにおけるペプチド特異的Ｔ細胞応答を示す。健常なＨＬＡ−Ａ２４０２ホモ接合性ドナー由来のＣＤ３Ｔ細胞を、ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬまたはＮＹＭＮＬＧＡＴＬペプチドで５回刺激した。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、天然ペプチド、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ、ＮＹＭＮＬＧＡＴＬおよび無関係なペプチドをそれぞれ表している。個々のペプチドに暴露した後のＩＦＮ−ｇ分泌によって、ペプチド特異的応答を測定した。各データポイントは、３連の培養物から得られた平均値±を表している。
【図５Ａ】ＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１ペプチド特異的Ｔ細胞応答を示す。ＣＤ３Ｔ細胞をＤＲ−ヘテロクリティック−１ペプチド（DR-het-1 peptide）またはＤＲ−ヘテロクリティック−２ペプチド(DR-het-2 peptide)で５回刺激し、ＩＦＮ−ｇ  Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイによってエピトープ特異的応答を測定した。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、天然ペプチド、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ、ＷＴ１−ＣＭＴ、ＰＳＭＡ、ＤＲ−天然−１／天然−２（DR-Nat-1/Nat-2）、ＤＲ−ヘテロクリティック−１／ヘテロクリティック−２（DR-het-1/het-2）、Ｂ２Ａ２Ｌ、ＢＡ２５およびＨＬ−６０をそれぞれ表している。
【図５Ｂ】ＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１ペプチド特異的Ｔ細胞応答を示す。ＣＤ３Ｔ細胞を短ペプチドのＮＱＭＮＬＧＡＴＬ、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬおよび長ペプチドのＤＲ−天然−１、ＤＲ−天然−２、ＤＲ−ヘテロクリティック−１またはＤＲ−ヘテロクリティック−２ペプチドで５回刺激し、白血病細胞株ＢＡ−２５（ＨＬＡ−Ａ２＋／Ａ２４＋、ＷＴ１＋）および対照ＨＬ−６０細胞に対する５１Ｃｒ放出アッセイによって細胞毒性を測定した。各データポイントは、３連の培養物から得られた平均値±ＳＤを表している。
【図６】ＨＬＡ−Ｂ０７０２陽性ドナー由来のＣＤ３Ｔ細胞を、インビトロにおいて、２セットのペプチド（合計５）で５回刺激したことを示す。個々のペプチドに対するＩＦＮ−γＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって、ペプチド特異的応答を測定した。試験されたペプチドは、左から右に、配列番号：３４、３７、３８、３０および３１である。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、天然−１ペプチド（Native-1 peptide）、ヘテロクリティック−１対天然−１（Het-1 to Native-1）、ヘテロクリティック−２対天然−１（Het-2 to Native-1）、天然−２（Native-2）、ヘテロクリティック−１対天然−２（Het-1 to Native-2）および対照に対する応答をそれぞれ表している。
【図７】天然配列（配列番号５）との比較における、Ｈｅｔ−１（配列番号６）およびＨｅｔ−２（配列番号７）Ａ２４ペプチドについての、ドナーＳＡ（５回刺激）を用いたＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果を示す。各ペプチドについて、バーは、左から右に、ＣＤ１４、Ａ２４−天然ペプチド、Ａ２４−ヘテロクリティック−１、Ａ２４−ヘテロクリティック−２、Ａ２４−２３５、およびＰＳＭＡをそれぞれ表している。ヘテロクリティックペプチドは交差反応を起こす。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
本発明は、免疫原性ペプチド、並びに免疫原性ペプチドを含む組成物およびワクチン、並びに１若しくは複数の免疫原性ペプチドを投与するステップを含む、ＷＴ１を発現するがんを治療する方法、その発生率を減少させる方法、およびそれに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。
【００２７】
本発明は、免疫原性ペプチドを含む、合成ペプチド並びにＷＴ１を発現するがんを治療する方法、その発生率を減少させる方法、およびそれに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。
【００２８】
本発明のペプチドが由来するＷＴ１分子は、別の実施形態では、以下の配列を有する：
１  ＳＲＱＲＰＨＰＧＡＬ  ＲＮＰＴＡＣＰＬＰＨ  ＦＰＰＳＬＰＰＴＨＳ  ＰＴＨＰＰＲＡＧＴＡ  ＡＱＡＰＧＰＲＲＬＬ
５１  ＡＡＩＬＤＦＬＬＬＱ  ＤＰＡＳＴＣＶＰＥＰ  ＡＳＱＨＴＬＲＳＧＰ  ＧＣＬＱＱＰＥＱＱＧ  ＶＲＤＰＧＧＩＷＡＫ
１０１  ＬＧＡＡＥＡＳＡＥＲ  ＬＱＧＲＲＳＲＧＡＳ  ＧＳＥＰＱＱＭＧＳＤ  ＶＲＤＬＮＡＬＬＰＡ  ＶＰＳＬＧＧＧＧＧＣ
１５１  ＡＬＰＶＳＧＡＡＱＷ  ＡＰＶＬＤＦＡＰＰＧ  ＡＳＡＹＧＳＬＧＧＰ  ＡＰＰＰＡＰＰＰＰＰ  ＰＰＰＰＨＳＦＩＫＱ
２０１  ＥＰＳＷＧＧＡＥＰＨ  ＥＥＱＣＬＳＡＦＴＶ  ＨＦＳＧＱＦＴＧＴＡ  ＧＡＣＲＹＧＰＦＧＰ  ＰＰＰＳＱＡＳＳＧＱ
２５１  ＡＲＭＦＰＮＡＰＹＬ  ＰＳＣＬＥＳＱＰＡＩ  ＲＮＱＧＹＳＴＶＴＦ  ＤＧＴＰＳＹＧＨＴＰ  ＳＨＨＡＡＱＦＰＮＨ
３０１  ＳＦＫＨＥＤＰＭＧＱ  ＱＧＳＬＧＥＱＱＹＳ  ＶＰＰＰＶＹＧＣＨＴ  ＰＴＤＳＣＴＧＳＱＡ  ＬＬＬＲＴＰＹＳＳＤ
３５１  ＮＬＹＱＭＴＳＱＬＥ  ＣＭＴＷＮＱＭＮＬＧ  ＡＴＬＫＧＶＡＡＧＳ  ＳＳＳＶＫＷＴＥＧＱ  ＳＮＨＳＴＧＹＥＳＤ
４０１  ＮＨＴＴＰＩＬＣＧＡ  ＱＹＲＩＨＴＨＧＶＦ  ＲＧＩＱＤＶＲＲＶＰ  ＧＶＡＰＴＬＶＲＳＡ  ＳＥＴＳＥＫＲＰＦＭ
４５１  ＣＡＹＰＧＣＮＫＲＹ  ＦＫＬＳＨＬＱＭＨＳ  ＲＫＨＴＧＥＫＰＹＱ  ＣＤＦＫＤＣＥＲＲＦ  ＳＲＳＤＱＬＫＲＨＱ
５０１  ＲＲＨＴＧＶＫＰＦＱ  ＣＫＴＣＱＲＫＦＳＲ  ＳＤＨＬＫＴＨＴＲＴ  ＨＴＧＫＴＳＥＫＰＦ  ＳＣＲＷＰＳＣＱＫＫ
５５１  ＦＡＲＳＤＥＬＶＲＨ  ＨＮＭＨＱＲＮＭＴＫ  ＬＱＬＡＬ（配列番号５１）。
【００２９】
ＷＴ−１タンパク質の上記配列は、Gessler et al.(Gessler M, Poustka A, Cavenee W, Neve RL, Orkin SH, Bruns GA. Homozygous deletion in Wilms tumours of a zinc-finger gene identified by chromosome jumping. Nature. 1990;343(6260):774-778、1990/02/22にDOI 10.1038/343774a0.として発表）によって公開されたものであり、５７５個のアミノ酸を含んでなり、ＷＴ−１１６の（Ｅｘｏｎ５＋、ＫＴＳ＋）アイソフォームでは欠損しているＮ末端の最初の１２６個のアミノ酸を含む。
【００３０】
別の実施形態では、ＷＴ１配列は、ＭＧＳＤＶＲＤＬＮＡＬＬＰＡ  ＶＰＳＬＧＧＧＧＧＣＡＬＰＶＳＧＡＡＱＷＡＰＶＬＤＦＡＰＰＧＡＳＡＹＧＳＬＧＧＰＡＰＰＰＡＰＰ  ＰＰＰＰＰＰＰＨＳＦＩＫＱＥＰＳＷＧＧＡＥＰＨＥＥＱＣＬＳＡＦＴＶＨＦＳＧＱＦＴＧＴＡＧＡＣＲＹＧＰＦＧＰＰＰＰＳＱＡＳＳＧＱＡ  ＲＭＦＰＮＡＰＹＬＰＳＣＬＥＳＱＰＡＩＲＮＱＧＹＳＴＶＴＦＤＧＴＰＳＹＧＨＴＰＳＨＨＡＡＱＦＰＮＨＳＦＫＨＥＤＰＭＧＱＱＧＳ  ＬＧＥＱＱＹＳＶＰＰＰＶＹＧＣＨＴＰＴＤＳＣＴＧＳＱＡＬＬＬＲＴＰＹＳＳＤＮＬＹＱＭＴＳＱＬＥＣＭＴＷＮＱＭＮＬＧＡＴＬＫ  ＧＶＡＡＧＳＳＳＳＶＫＷＴＥＧＱＳＮＨＳＴＧＹＥＳＤＮＨＴＴＰＩＬＣＧＡＱＹＲＩＨＴＨＧＶＦＲＧＩＱＤＶＲＲＶＰＧＶＡＰＴＬ  ＶＲＳＡＳＥＴＳＥＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＮＫＲＹＦＫＬＳＨＬＱＭＨＳＲＫＨＴＧＥＫＰＹＱＣＤＦＫＤＣＥＲＲＦＳＲＳＤＱＬＫ  ＲＨＱＲＲＨＴＧＶＫＰＦＱＣＫＴＣＱＲＫＦＳＲＳＤＨＬＫＴＨＴＲＴＨＴＧＫＴＳＥＫＰＦＳＣＲＷＰＳＣＱＫＫＦＡＲＳＤＥＬＶＲ  ＨＨＮＭＨＱＲＮＭＴＫＬＱＬＡＬ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＹ２４５１０５；配列番号５２）である。
【００３１】
別の実施形態では、ＷＴ１分子は以下の配列を有する：ＡＡＥＡＳＡＥＲＬＱＧＲＲＳＲＧＡＳＧＳＥＰＱＱＭＧＳＤＶＲＤＬＮＡＬＬＰＡＶＰＳＬＧＧＧＧＧＣＡＬＰＶＳＧＡＡＱＷＡＰ  ＶＬＤＦＡＰＰＧＡＳＡＹＧＳＬＧＧＰＡＰＰＰＡＰＰＰＰＰＰＰＰＰＨＳＦＩＫＱＥＰＳＷＧＧＡＥＰＨＥＥＱＣＬＳＡＦＴＶＨＦＳＧＱＦ  ＴＧＴＡＧＡＣＲＹＧＰＦＧＰＰＰＰＳＱＡＳＳＧＱＡＲＭＦＰＮＡＰＹＬＰＳＣＬＥＳＱＰＡＩＲＮＱＧＹＳＴＶＴＦＤＧＴＰＳＹＧＨＴ  ＰＳＨＨＡＡＱＦＰＮＨＳＦＫＨＥＤＰＭＧＱＱＧＳＬＧＥＱＱＹＳＶＰＰＰＶＹＧＣＨＴＰＴＤＳＣＴＧＳＱＡＬＬＬＲＴＰＹＳＳＤＮ  ＬＹＱＭＴＳＱＬＥＣＭＴＷＮＱＭＮＬＧＡＴＬＫＧＨＳＴＧＹＥＳＤＮＨＴＴＰＩＬＣＧＡＱＹＲＩＨＴＨＧＶＦＲＧＩＱＤＶＲＲＶ  ＰＧＶＡＰＴＬＶＲＳＡＳＥＴＳＥＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＮＫＲＹＦＫＬＳＨＬＱＭＨＳＲＫＨＴＧＥＫＰＹＱＣＤＦＫＤＣＥＲＲＦ  ＳＲＳＤＱＬＫＲＨＱＲＲＨＴＧＶＫＰＦＱＣＫＴＣＱＲＫＦＳＲＳＤＨＬＫＴＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＳＣＲＷＰＳＣＱＫＫＦＡＲＳ  ＤＥＬＶＲＨＨＮＭＨＱＲＮＭＴＫＬＱＬＡＬ  （ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０００３７８；配列番号５３）。
【００３２】
別の実施形態では、ＷＴ１分子は以下の配列を有する：ＭＱＤＰＡＳＴＣＶＰＥＰＡＳＱＨＴＬＲＳＧＰＧＣＬＱＱＰＥＱＱＧＶＲＤＰＧＧＩＷＡＫＬＧＡＡＥＡＳＡＥＲＬＱＧＲＲＳＲＧＡ  ＳＧＳＥＰＱＱＭＧＳＤＶＲＤＬＮＡＬＬＰＡＶＰＳＬＧＧＧＧＧＣＡＬＰＶＳＧＡＡＱＷＡＰＶＬＤＦＡＰＰＧＡＳＡＹＧＳＬＧＧＰ  ＡＰＰＰＡＰＰＰＰＰＰＰＰＰＨＳＦＩＫＱＥＰＳＷＧＧＡＥＰＨＥＥＱＣＬＳＡＦＴＶＨＦＳＧＱＦＴＧＴＡＧＡＣＲＹＧＰＦＧＰＰＰＰＳＱ  ＡＳＳＧＱＡＲＭＦＰＮＡＰＹＬＰＳＣＬＥＳＱＰＡＩＲＮＱＧＹＳＴＶＴＦＤＧＴＰＳＹＧＨＴＰＳＨＨＡＡＱＦＰＮＨＳＦＫＨＥＤＰ  ＭＧＱＱＧＳＬＧＥＱＱＹＳＶＰＰＰＶＹＧＣＨＴＰＴＤＳＣＴＧＳＱＡＬＬＬＲＴＰＹＳＳＤＮＬＹＱＭＴＳＱＬＥＣＭＴＷＮＱＭ  ＮＬＧＡＴＬＫＧＶＡＡＧＳＳＳＳＶＫＷＴＥＧＱＳＮＨＳＴＧＹＥＳＤＮＨＴＴＰＩＬＣＧＡＱＹＲＩＨＴＨＧＶＦＲＧＩＱＤＶＲＲＶ  ＰＧＶＡＰＴＬＶＲＳＡＳＥＴＳＥＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＮＫＲＹＦＫＬＳＨＬＱＭＨＳＲＫＨＴＧＥＫＰＹＱＣＤＦＫＤＣＥＲＲＦ  ＳＲＳＤＱＬＫＲＨＱＲＲＨＴＧＶＫＰＦＱＣＫＴＣＱＲＫＦＳＲＳＤＨＬＫＴＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＳＣＲＷＰＳＣＱＫＫＦＡＲＳ  ＤＥＬＶＲＨＨＮＭＨＱＲＮＭＴＫＬＱＬＡＬ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿０７７７４２；配列番号５４）。
【００３３】
別の実施形態では、ＷＴ１タンパク質は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０２４４２６に記載の配列を有する。他の実施形態では、ＷＴ１タンパク質は、以下の配列エントリーの１つに記載される配列の１つを有するかまたは含む：ＮＭ＿０２４４２５、ＮＭ＿０２４４２４、ＮＭ＿０００３７８、Ｓ９５５３０、Ｄ１３６２４、Ｄ１２４９６、Ｄ１２４９７、またはＸ７７５４９。別の実施形態では、ＷＴ１タンパク質は、当技術分野において公知の他のＷＴ１配列を有する。本発明は、免疫原性ペプチドを含む、ペプチド、組成物、およびワクチン等の免疫原性組成物、並びに免疫原性ペプチドを投与するステップを含む、ＷＴ１を発現するがんを治療する方法、それの発生率を減少させる方法、およびそれに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。場合によっては、本明細書に記載のペプチドは、ＷＴ１の天然配列であるペプチドから得られ、ＷＴ１由来ペプチドまたはＷＴ１ペプチドと称され得る。
【００３４】
一実施形態では、本発明は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の配列のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離ＷＴ１ペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８の配列のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩ結合ＷＴ１ペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５の配列のいずれか１つから成るアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩＩ結合ＷＴ１ペプチドを提供する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００３５】
一実施形態では、本発明は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の配列のいずれか１つを含むアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離ＷＴ１ペプチド、またはその断片を提供する。一実施形態では、本発明は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８の配列のいずれか１つを含むアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩ結合ＷＴ１由来ペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５の配列のいずれか１つを含むアミノ酸（ＡＡ）配列を有する単離されたＨＬＡクラスＩＩ結合ＷＴ１ペプチドを提供する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００３６】
別の実施形態では、本発明は、（ａ）抗原提示細胞、並びに（ｂ）配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択されるペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、（ａ）抗原提示細胞、並びに（ｂ）配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から選択されるＨＬＡクラスＩ結合ペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、（ａ）抗原提示細胞、並びに（ｂ）配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から選択されるＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００３７】
別の実施形態では、本発明は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中の１若しくは複数のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチド、並びに配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から選択される１若しくは複数のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００３８】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、対象に、本発明のＷＴ１ペプチドまたはワクチンを投与することにより、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【００３９】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に本発明のＷＴ１ペプチドまたはワクチンを投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【００４０】
別の実施形態では、本発明は、対象において抗がん免疫応答を誘導する方法であって、対象を、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物と接触させることにより、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中のペプチドから成るか、またはそれを含む。別の実施形態では、前記断片は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８、または配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５の中のペプチドから成るか、またはそれを含む。
【００４１】
別の実施形態では、本発明は、がんを有する対象を治療する方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、中皮腫を有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中のペプチドである。別の実施形態では、前記断片は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８、または配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５の中のペプチドから成るか、またはそれを含む。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００４２】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中のペプチドである。別の実施形態では、前記断片は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８、または配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５の中のペプチドから成るか、またはそれを含む。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００４３】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、対象に、本発明のＷＴ１ペプチドまたはワクチンを投与することにより、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【００４４】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に、本発明のＷＴ１ペプチドまたはワクチンを投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【００４５】
別の実施形態では、本発明は、対象において抗がん免疫応答を誘導する方法であって、対象を、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物と接触させることにより、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中のペプチドである。別の実施形態では、前記断片は、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８、または配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５の中のペプチドから成るか、またはそれを含む。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含む。
【００４６】
別の実施形態では、本発明は、がんを有する対象を治療する方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、中皮腫を有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中のペプチドである。
【００４７】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質；（ｂ）ＷＴタンパク質の断片；（ｃ）ＷＴ１タンパク質をコードするヌクレオチド分子；または（ｄ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＷＴ１タンパク質の断片は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５の中のペプチドである。
【００４８】
別の実施形態では、がんは、ＷＴ１を発現するがんである。一実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と関連している。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんはＭＤＳである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、ウィルムス腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、白血病である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、血液がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、リンパ腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、線維形成性小円形細胞腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、中皮腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、悪性中皮腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、胃がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、結腸がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、乳がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、胚細胞性腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、卵巣がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、子宮がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、甲状腺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肝細胞癌である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、甲状腺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肝臓がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、腎がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、カポジ肉腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肉腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、他の癌腫または肉腫である。
【００４９】
別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、固形腫瘍である。別の実施形態では、固形腫瘍は、ＷＴ１を発現するがんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、肺がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、乳がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、結腸直腸がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、前立腺がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、卵巣がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、腎がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、膵がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、脳がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、胃腸がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、皮膚がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、メラノーマと関連している。
【００５０】
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離ペプチドを、少なくとも１つの追加のＷＴ１由来ペプチドと一緒に含む組成物を提供する。ある実施形態では、少なくとも２つの異なる本発明の単離ペプチドを含む組成物が提供される。ある実施形態では、少なくとも３つまたは少なくとも４つの異なる本発明の単離ペプチドを含む組成物が提供される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。ある実施形態では、本発明の組成物はワクチンである。
【００５１】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、対象に本発明のペプチドまたは組成物を投与することにより、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【００５２】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に本発明のペプチドまたは組成物を投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【００５３】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導する方法であって、リンパ球集団を本発明のペプチドまたは組成物と接触させることにより、ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導するステップを含む方法を提供する。この方法は、インビトロ、エキソビボまたはインビボで実行することが可能である。インビトロまたはエキソビボで実行される場合、これらのＣＴＬはその後に治療効果を求めて患者に注入され得る。
【００５４】
別の実施形態では、本発明は、（ａ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ８＋リンパ球；もしくは（ｂ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ４＋リンパ球、またはそれらの組み合わせの形成および増殖を誘導する方法であって、リンパ球集団を本発明のペプチドまたは組成物と接触させることにより、（ａ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ８＋リンパ球；もしくは（ｂ）ＷＴ１タンパク質に特異的なＣＤ４＋リンパ球；またはそれらの組み合わせの形成および増殖を誘導するステップを含む方法を提供する。この方法は、インビトロ、エキソビボまたはインビボで実行することが可能である。インビトロまたはエキソビボで実行される場合、これらのＣＴＬはその後に治療効果を求めて患者に注入され得る。
【００５５】
「ペプチド」は、本発明の方法および組成物の別の実施形態では、ペプチド結合によって連結されたサブユニットＡＡという化合物を指す。別の実施形態では、ペプチドは、ＡＡ類似体を含む。別の実施形態では、ペプチドは、ペプチド模倣薬を含む。本発明の方法および組成物のペプチドに含まれ得る様々なＡＡ類似体およびペプチド模倣薬が、以下に列挙される。サブユニットは、別の実施形態では、ペプチド結合によって連結されている。別の実施形態では、サブユニットは、別の種類の結合（例えばエステル、エーテル等）によって連結されている。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００５６】
本発明の未変化ペプチド（上記および下記の両方に記載）は、本明細書ではまとめて「ＷＴ１ペプチド」と呼ぶ。「ＷＴ１ペプチド」について以下に列挙される実施形態のそれぞれは、本発明の未変化ＷＴ１ペプチド並びにＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩヘテロクリティックペプチドに当てはまる。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００５７】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、クラスＩ分子およびクラスＩＩ分子の両方に結合する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ−ＤＲＡ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＱＡ１分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＱＢ１分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＰＡ１分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＰＢ１分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＭＡ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＭＢ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＯＡ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、ＨＬＡ−ＤＯＢ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、当技術分野において公知の他のＨＬＡクラスＩＩ分子である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００５８】
別の実施形態では、その結合モチーフが本発明のペプチドに含有される、または本発明のペプチドを構成するＨＬＡクラスＩ分子は、別の実施形態では、ＨＬＡ−Ａ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｃ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ０２０１分子である。別の実施形態では、前記分子は、ＨＬＡ  Ａ１である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ａ２である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ａ２．１である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ａ３である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ａ３．２である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ａ１１である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ａ２４である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ｂ７である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ｂ２７である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ  Ｂ８である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００５９】
別の実施形態では、本発明の方法および組成物のＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１由来ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のスーパーファミリーに結合する。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ａ２スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ａ３スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ａ２４スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ｂ７スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ｂ２７スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ｂ４４スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ｃ１スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、Ｃ４スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、当技術分野において公知の他のあらゆるスーパーファミリーである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００６０】
別の実施形態では、ＨＬＡ分子は、Ａ０１０１分子、Ａ０２０１分子、Ａ０２０３分子、Ａ２４０２分子、Ａ６９０１分子、Ｂ０７０２分子、Ａ３１０１分子、Ｂ３５０１分子、Ｂ３５０３分子、Ｂ３５０８分子、Ｂ３８０２分子、Ｂ３８０１分子、Ｂ３９０１分子、Ｂ４００１分子、Ｂ４４０２分子、Ｂ４７０１分子、Ｂ５７０１分子、Ｃ０４０１分子、Ｃ１７０１分子、ＤＲＢ１０１０１分子、ＤＲＢ１０４０２分子、ＤＲＢ１０４０２分子、ＤＲＢ１０４０１分子またはＤＲＢ１１１０４分子である。別の実施形態では、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８のペプチド、並びに配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５のペプチドは、下記の表において各ペプチドについて記載されるＨＬＡクラスＩ分子またはクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩペプチドは、配列番号６、７、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、４１、４２、４７および４８から成るか、またはそれを含み、ＨＬＡクラスＩＩペプチドは、配列番号８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３９、４３、４４、４６、４９、５０および５５から成るか、またはそれを含み、対応するＨＬＡ分子または下記の表において各ペプチドについて示される分子に結合する。一実施形態では、ある特定のペプチドは２つ以上のＨＬＡ対立遺伝子に結合し得る。
【００６１】
別の実施形態では、本発明のペプチドの変更形態が提供される。一実施形態では、前記変更形態は、少なくとも１つのヘテロクリティックな（heteroclitic）アミノ酸変化を含み、変異体もしくは変異型、またはアンカー残基変異体とも称される（下記参照）。本発明の改変ペプチドのＨＬＡクラスＩ分子結合性モチーフは、前記ペプチドの未変異対応物と比較して、ＨＬＡクラスＩ分子に対する親和性の増加を示す。別の実施形態では、前記点変異は、ＨＬＡクラスＩ分子に対する単離された変異型ＷＴ１由来ペプチドの親和性を増加させる。別の実施形態では、親和性の増加は、単離された変異型ＷＴ１由来ペプチドが由来する単離された未変異ＷＴ１由来ペプチドの（同一のＨＬＡクラスＩ分子に対する）親和性に関連がある。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００６２】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドの方法および組成物は、ＨＬＡ分子に対して親和性を示すようにデザインされる。別の実施形態では、親和性は、本明細書に記載のように、高親和性である。
【００６３】
ＨＬＡ分子は、別の実施形態では主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子とも呼ばれるが、これは、ペプチドと結合してそれらを免疫細胞に提示する。従って、別の実施形態では、ペプチドの免疫原性は、ＨＬＡ分子に対するその親和性によって部分的に決定される。ＨＬＡクラスＩ分子は、一般に細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）上に存在するＣＤ８分子と相互作用する。ＨＬＡクラスＩＩ分子は、一般にヘルパーＴリンパ球上に存在するＣＤ４分子と相互作用する。
【００６４】
別の実施形態では、本発明のペプチドは免疫原性である。別の実施形態では、「免疫原性」とは、免疫応答を刺激する、それを誘発するかまたはそれに関与する能力を指す。別の実施形態では、誘発された免疫応答は細胞性免疫応答である。別の実施形態では、免疫応答は、細胞性応答および体液性応答を組み合わせたものである。
【００６５】
別の実施形態では、ＭＨＣ分子−ペプチド複合体に結合するＴ細胞は、活性化および誘導されることで、増殖し、前記ペプチドを含むタンパク質を発現する細胞を溶解する。Ｔ細胞は通常、アネルギーまたはアポトーシスの対語としてのＴ細胞活性化を促進する副刺激分子を提示している、「プロフェッショナルな」抗原提示細胞（「ＡＰＣ」；例えば樹状細胞、単球、およびマクロファージ）によって最初に活性化される。別の実施形態では、前記応答は、ＣＴＬが本発明のペプチドまたは最初のＴ細胞刺激に用いられたものと異なるペプチドと相同なＡＡ配列を有するタンパク質を発現している新生細胞を溶解する程、本明細書に記載されるように、ヘテロクリティックである。
【００６６】
別の実施形態では、Ｔ細胞が本発明のペプチドと遭遇すると、Ｔ細胞の、エフェクターＴ細胞および／またはメモリーＴ細胞への分化が誘導される。エフェクターＴ細胞またはメモリーＴ細胞が後に、同一ペプチドと、または、別の実施形態では、本発明の関連ペプチドと遭遇すると、より速くより強い免疫応答がもたらされる。別の実施形態では、このような応答は、前記ペプチドに暴露されたＴ細胞集団の増殖の程度を測定することによって評価される。別の実施形態では、このような応答は、以下に列挙される方法のいずれかによって評価される。
【００６７】
別の実施形態では、本発明の方法および組成物のペプチドは、高い親和性でＨＬＡクラスＩＩ分子と結合する。他の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、本明細書において列挙されるあらゆるＨＬＡクラスＩＩ分子である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００６８】
別の実施形態では、本発明の方法および組成物のペプチドの誘導体は、高い親和性でＨＬＡクラスＩ分子と結合する。他の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、本明細書において列挙されるあらゆるＭＨＣクラスＩ分子である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００６９】
別の実施形態では、本発明のペプチドの方法および組成物はかなりの親和性でＨＬＡクラスＩＩ分子と結合し、一方、その元のペプチドに由来するペプチドはかなりの親和性でＨＬＡクラスＩ分子と結合する。
【００７０】
別の実施形態では、「親和性」とは、標準ペプチドの示されたＭＨＣ分子への結合を５０％阻害するのに必要なペプチドの濃度を指す。別の実施形態では、「高親和性」とは、標準ペプチドの結合の５０％阻害のために約５００ナノモル（ｎＭ）以下のペプチド濃度が必要とされるような、親和性を指す。別の実施形態では、約４００ｎＭ以下のペプチド濃度が必要とされる。別の実施形態では、結合親和性は３００ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は２００ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は１５０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は１００ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は８０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は６０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は４０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は３０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は２０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は１５ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は１０ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は８ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は６ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は４ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は３ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は２ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は１．５ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は１ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は０．８ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は０．６ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は０．５ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は０．４ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は０．３ｎＭである。別の実施形態では、結合親和性は０．３ｎＭ未満である。
【００７１】
別の実施形態では、「親和性」とは、ＭＨＣ分子に対する結合強度の測定値を指す。別の実施形態では、親和性は、競合的な結合親和性を測定するための当技術分野において公知の方法を用いて測定される。別の実施形態では、親和性は、相対的な結合親和性を測定するための当技術分野において公知の方法を用いて測定される。別の実施形態では、前記方法は競合的結合アッセイである。別の実施形態では、前記方法はラジオイムノアッセイまたはＲＩＡである。別の実施形態では、前記方法はＢｉａＣｏｒｅ解析である。別の実施形態では、前記方法は当技術分野において公知の他のあらゆる方法である。別の実施形態では、前記方法は、親和性が既知である基準ペプチドのＩＣ５０との関連において、ＩＣ５０を得る。
【００７２】
各種の親和性および親和性測定法は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７３】
別の実施形態では、「高親和性」は、０．５〜５００ｎＭのＩＣ５０を指す。別の実施形態では、ＩＣ５０は１〜３００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は１．５〜２００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は２〜１００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は３〜１００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は４〜１００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は６〜１００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は１０〜１００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は３０〜１００ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は３〜８０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は４〜６０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は５〜５０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は６〜５０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は８〜５０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は１０〜５０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は２０〜５０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は６〜４０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は８〜３０ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は１０〜２５ｎＭである。別の実施形態では、ＩＣ５０は１５〜２５ｎＭである。それぞれの親和性および親和性の範囲は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７４】
別の実施形態では、本発明のペプチドの方法および組成物は、ＨＬＡ分子のスーパーファミリーに結合する。ＨＬＡ分子のスーパーファミリーは、非常に類似した、または同一の結合モチーフを共有している。別の実施形態では、前記スーパーファミリーはＨＬＡクラスＩスーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーはＨＬＡクラスＩＩスーパーファミリーである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７５】
用語「ＨＬＡ結合ペプチド」、「ＨＬＡクラスＩ分子結合性ペプチド」、および「ＨＬＡクラスＩＩ分子結合性ペプチド」とは、別の実施形態では、測定可能な親和性でＨＬＡ分子と結合するペプチドを指す。別の実施形態では、前記用語は、高い親和性でＨＬＡ分子と結合するペプチドを指す。別の実施形態では、前記用語は、かなりの親和性でＨＬＡ分子と結合してＴ細胞前駆体を活性化するペプチドを指す。別の実施形態では、前記用語は、かなりの親和性でＨＬＡ分子と結合してＴ細胞による認識を媒介するペプチドを指す。ＨＬＡ分子は、他の実施形態では、本明細書において列挙されるＨＬＡ分子のいずれかである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７６】
別の実施形態では、「ヘテロクリティック」とは、ヘテロクリティックペプチドが由来する元のペプチド（例えば、アンカー残基または他の残基の変異を含有しないペプチド）を認識する免疫応答を起こすペプチドを指す。別の実施形態では、「元のペプチド」とは、本発明のペプチドを指す。別の実施形態では、「ヘテロクリティック」とは、ヘテロクリティックペプチドによるワクチン接種によって生じた免疫応答が、元のペプチドによるワクチン接種によって生じた免疫応答よりも大きい、ヘテロクリティックペプチドが由来する元のペプチドを認識する免疫応答を起こすペプチドを指す。別の実施形態では、「ヘテロクリティックな」免疫応答とは、改良されたペプチドが由来する元のペプチド（例えば、アンカー残基変異を含有しないペプチド）を認識する免疫応答を指す。別の実施形態では、「ヘテロクリティックな」免疫応答とは、ヘテロクリティックペプチドによるワクチン接種によって生じた免疫応答の規模が元のペプチドによるワクチン接種によって生じた免疫応答よりも大きい、ヘテロクリティックペプチドが由来する元のペプチドを認識する免疫応答を指す。別の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドによるワクチン接種によって生じた免疫応答の規模は、元のペプチドによるワクチン接種に対する応答と実質的に同程度の免疫応答よりも大きい。別の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドによるワクチン接種によって生じた免疫応答の規模は、元のペプチドによるワクチン接種に対する応答よりも小さな免疫応答よりも大きい。別の実施形態では、本発明のヘテロクリティックペプチドは、ＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドである。ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ残基を特定するための方法、並びに前記残基を変異させることによりＨＬＡ結合性を向上させるための方法は、以下に記載されるように、当技術分野において周知である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７７】
別の実施形態では、本発明のヘテロクリティックペプチドは、ヘテロクリティックペプチドが由来するＷＴ１ペプチド（「天然ペプチド」）と比較して少なくとも２倍に増加された免疫応答を誘導する。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して３倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して５倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して７倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して１０倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して１５倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して２０倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して３０倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して５０倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して１００倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して１５０倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して２００倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して３００倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して５００倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して１０００倍である。別の実施形態では、前記増加は天然ペプチドと比較して１０００倍以上大きい。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７８】
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離ＷＴ１ペプチドに由来するＨＬＡクラスＩＩヘテロクリティックペプチドを提供する。別の実施形態では、その誘導プロセスは、前記ペプチドのＨＬＡクラスＩＩ分子への結合を増強する変異の導入を含む。別の実施形態では、その誘導プロセスは、前記ペプチドのＨＬＡクラスＩ分子への結合を増強する変異の導入から成る。別の実施形態では、変異はＨＬＡクラスＩＩアンカー残基内である。別の実施形態では、本発明のヘテロクリティッククラスＩＩペプチドは、本明細書で例示されるように、ＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドの同定および試験と同様に同定および試験される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００７９】
別の実施形態では、本発明のペプチド内のＨＬＡクラスＩＩ結合部位は、ＨＬＡクラスＩＩモチーフアンカー残基の変異によって作製または改善される。別の実施形態では、改変されるアンカー残基はＰ１位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ２位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ６位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ９位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ１、Ｐ２、Ｐ６、およびＰ９位から選択される。別の実施形態では、アンカー残基はＰ３位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ４位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ５位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ６位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ８位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ１０位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ１１位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ１２位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ１３位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基は、当技術分野において公知のＨＬＡクラスＩＩ分子の他のあらゆるアンカー残基に存在する。別の実施形態では、Ｐ１、Ｐ２、Ｐ６、およびＰ９以外の残基は第二のアンカー残基として機能し；そのため、それらを変異させることでＨＬＡクラスＩＩ結合を向上させることができる。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００８０】
別の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドは、アンカーモチーフを生み出す変異の導入によって作製される。別の実施形態では、「アンカーモチーフ」または「アンカー残基」とは、ＨＬＡ結合配列内の特定の位置にある１個または一連の好適な残基を指す。
【００８１】
別の実施形態では、ＨＬＡ結合配列はＨＬＡクラスＩＩ結合配列である。別の実施形態では、ＨＬＡ結合配列はＨＬＡクラスＩ結合配列である。別の実施形態では、アンカーモチーフに対応する位置は、ＨＬＡ分子との結合において重要な役割を果たす位置である。別の実施形態では、アンカー残基は第一のアンカーモチーフである。別の実施形態では、アンカー残基は第二のアンカーモチーフである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００８２】
ＭＨＣクラスＩおよびＩＩエピトープを予測するための方法は、当技術分野において周知である。一実施形態では、http://bimas.dcrt.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken parker comboformで利用可能な、アメリカ国立衛生研究所（ワシントンＤＣ）のバイオインフォマティクス・分子解析部門（Bioinformatics & Molecular Analysis Section）のソフトウェアが有用である。このソフトウェアは、ＨＬＡクラスＩ分子からの予測された半減期解離定数（half-time dissociation coefficient）に基づいて、９塩基長または１０塩基長のペプチドを順位付けする（Pinilla, et al. Curr Opin Immunol, 11 (2): p.193-202 (1999)）。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩエピトープは、ＴＥＰＩＴＯＰＥを用いて予測される（Meister GE, Roberts CG et al, Vaccine 1995 13: 581-91）。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩエピトープは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘを用いて予測される（De Groot AS, Jesdale BM et al, AIDS Res Hum Retroviruses 1997 13: 529-31）。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩエピトープは、予測法（Predict Method）を用いて予測される（Yu K, Petrovsky N et al, Mol Med. 2002 8: 137- 48）。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩエピトープは、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩエピトープ予測アルゴリズムを用いて予測される（実施例）。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩエピトープは、Ｒａｎｋｐｅｐを用いて予測される。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩエピトープは、当技術分野において公知の他のあらゆる方法を用いて予測される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００８３】
別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド（例えば、ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチド）の場合、改変されるアンカー残基はＰ１位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ２位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ６位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基はＰ９位に存在する。他の実施形態では、アンカー残基はＰ３、Ｐ４、Ｐ５、Ｐ６、Ｐ８、Ｐ１０、Ｐ１１、Ｐ１２、またはＰ１３位である。別の実施形態では、アンカー残基は、当技術分野において公知の、ＨＬＡクラスＩＩ分子の他のあらゆるアンカー残基である。別の実施形態では、Ｐ１、Ｐ２、Ｐ６、およびＰ９以外の残基は第二のアンカー残基として機能し；そのため、それらを変異させることでＨＬＡクラスＩＩ結合を向上させることができる。別の実施形態では、上記残基のあらゆる組み合わせが変異される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００８４】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドは、２つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、３つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、４つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、５つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、６つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、７つ以上の別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。
【００８５】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドが結合するＨＬＡクラスＩＩ分子は、所与のＨＬＡクラスＩＩ遺伝子座における２つ以上の別個の対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、１つの遺伝子座における３つの別個の対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、１つの遺伝子座における４つの別個の対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、１つの遺伝子座における５つの別個の対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、１つの遺伝子座における６つの別個の対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、１つの遺伝子座における７つ以上の別個の対立遺伝子にコードされる。
【００８６】
別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドが結合するＨＬＡクラスＩＩ分子は、２つの別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡ分子は、２以上の別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡ分子は、３つの別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡ分子は、３以上の別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡ分子は、４つの別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡ分子は、４以上の別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡ分子は、４より多い別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。他の実施形態では、遺伝子座はＨＬＡ−ＤＲＢ遺伝子座から選択される。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡ−ＤＲＡ結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＱＡ１結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＱＢ１結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＰＡ１結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＰＢ１結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＭＡ結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＭＢ結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＯＡ結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドはＨＬＡ−ＤＯＢ結合ペプチドである。別の実施形態では、前記ペプチドは、当技術分野において公知の他のあらゆるＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００８７】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドは、２つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、３つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、４つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、５つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、６つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、７つ以上の別個のＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。
【００８８】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドは、２つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされるＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、３つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、４つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、５つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、６つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、７つ以上の別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされる。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００８９】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドは、ＤＲＢ１０１、ＤＲＢ３０１、ＤＲＢ４０１、ＤＲＢ７０１、ＤＲＢ１１０１、およびＤＲＢ１５０１から選択される２つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされるＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドは、ＤＲＢ１０１、ＤＲＢ３０１、ＤＲＢ４０１、ＤＲＢ７０１、ＤＲＢ１１０１、およびＤＲＢ１５０１から選択される３つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされるＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドは、ＤＲＢ１０１、ＤＲＢ３０１、ＤＲＢ４０１、ＤＲＢ７０１、ＤＲＢ１１０１、およびＤＲＢ１５０１から選択される４つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされるＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドは、ＤＲＢ１０１、ＤＲＢ３０１、ＤＲＢ４０１、ＤＲＢ７０１、ＤＲＢ１１０１、ＤＲＢ１１０４およびＤＲＢ１５０１から選択される５つの別個のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされるＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドは、以下のＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子のそれぞれにコードされるＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する：ＤＲＢ１０１、ＤＲＢ３０１、ＤＲＢ４０１、ＤＲＢ７０１、ＤＲＢ１１０１、およびＤＲＢ１５０１。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００９０】
別の実施形態では、本発明は、２つの別個の本発明のＷＴ１ペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、２つの別個のＷＴ１ペプチドは共に、未変化のものである。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドの一方は未変化のものであり、もう一方はヘテロクリティックなものである。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドの両方がヘテロクリティックなものである。
【００９１】
別の実施形態では、前記組成物は、３つの別個の本発明のＷＴ１ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、４つの別個の本発明のＷＴ１ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、５つの別個の本発明のＷＴ１ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、５より多い別個の本発明の単離ＷＴ１ペプチドを含む。
【００９２】
別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドのうち２つが未変化のものである。別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドのうち２つがヘテロクリティックなものである。別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドのうち２つが未変化なものであり、２つがヘテロクリティックなものである。別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドのうち３つ以上が未変化なものである。別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドのうち３つ以上がヘテロクリティックなものである。別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドのうち３つ以上が未変化なものであり、３つ以上がヘテロクリティックなものである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００９３】
別の実施形態では、本発明の組成物中の追加のＷＴ１ペプチドのうちの１つは、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５に記載の配列から選択された配列を有する。別の実施形態では、追加のＷＴ１ペプチドのうちの２つは、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５に記載の配列から選択された配列を有する。別の実施形態では、追加のＷＴ１ペプチドのうちの３つは、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５に記載の配列から選択された配列を有する。
【００９４】
別の実施形態では、当技術分野において公知の他のあらゆる免疫原性ＷＴ１ペプチドが追加のＷＴ１ペプチドとして利用される。別の実施形態では、当技術分野において公知の免疫原性ＷＴ１ペプチドのあらゆる組み合わせが利用される。他のＷＴ１ペプチドの非限定的な情報源としては、国際公開第２００５０５３６１８号、国際公開第２００７０４７７６４号および国際公開第２００７１２０６７３号が挙げられる。
【００９５】
追加のＷＴ１ペプチドのそれぞれ、およびそれらの組み合わせのそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【００９６】
別の実施形態では、本発明の組成物は、同一の本発明の単離ＷＴ１ペプチドに由来する２つのＨＬＡクラスＩＩヘテロクリティックペプチドを含有する。別の実施形態では、２つのＨＬＡクラスＩＩヘテロクリティックペプチドは、異なるＨＬＡクラスＩＩ分子アンカー残基に変異を含有する。別の実施形態では、２つのＨＬＡクラスＩＩヘテロクリティックペプチドは、同一のアンカー残基に異なる変異を含有する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩヘテロクリティックペプチドのうちの２つは、異なる本発明の単離ＷＴ１ペプチドに由来する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００９７】
別の実施形態では、２つの本発明のＷＴ１ペプチド、または本発明の２つのＨＬＡクラスＩＩヘテロクリティックペプチドに対応するＷＴ１ペプチドは、互いに重複している。別の実施形態では、前記ペプチド間の重複は少なくとも７個のアミノ酸（ＡＡ）である。別の実施形態では、重複は少なくとも８個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも９個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも７個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも８個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも９個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１０個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１１個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１２個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１３個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１４個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１５個のＡＡである。別の実施形態では、重複は少なくとも１６個のＡＡである。別の実施形態では、重複は１７ＡＡ以上である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【００９８】
別の実施形態では、本発明の組成物中の前記ペプチドは、２つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、３つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、４つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、５つの別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、６つ以上の別個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、組成物中のペプチドは同一のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。
【００９９】
別の実施形態では、本発明の組成物中のＷＴ１ペプチドのそれぞれは、一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドのそれぞれは、別個の一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、組成物中のＷＴ１ペプチドは、同一の一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドのうちの２つは、別個であるが重複している一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドのうちの２つ以上は、同一の一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合し、ＷＴ１ペプチドのその他は、別個の一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドのうちの２つ以上は、重複した一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合し、ＷＴ１ペプチドのその他は、別個の一連のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。
【０１００】
別の実施形態では、本発明の組成物中のＷＴ１ペプチドのうち２つ以上は、それぞれ、１より多いＨＬＡ−ＤＲＢ分子に結合する。別の実施形態では、組成物中のペプチドが結合する４つ以上のＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、互いに異なる形態である。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ分子は、異なるＨＬＡ−ＤＲＢ対立遺伝子にコードされる。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１０１】
別の実施形態では、本発明の組成物中のＷＴ１ペプチドが結合するＨＬＡクラスＩＩ分子のうち２つ以上はＨＬＡ−ＤＲＢ分子である。別の実施形態では、結合されるＨＬＡクラスＩＩ分子のうち３つ以上はＨＬＡ−ＤＲＢ分子である。他の実施形態では、結合されるＨＬＡクラスＩＩ分子は、本明細書において列挙されるＨＬＡクラスＩＩ分子のうちのいずれかであり得る。別の実施形態では、結合されるＨＬＡクラスＩＩ分子は、所与の遺伝子座における２つ以上の別個のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子にコードされる。別の実施形態では、結合されるＨＬＡクラスＩＩ分子は、２つ以上の別個の遺伝子座におけるＨＬＡクラスＩＩ遺伝子にコードされる。
【０１０２】
上記組成物のそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１０３】
別の実施形態では、「一連のＨＬＡクラスＩＩ分子」とは、特定の遺伝子座における異なる対立遺伝子にコードされるＨＬＡクラスＩＩ分子を指す。別の実施形態では、前記用語は、特定の結合特異性を有するＨＬＡクラスＩＩ分子を指す。別の実施形態では、前記用語は、特定のペプチドコンセンサス配列を有するＨＬＡクラスＩＩ分子を指す。別の実施形態では、前記用語は、ＨＬＡクラスＩＩ分子のスーパーファミリーを指す。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１０４】
別の実施形態では、本発明は、本発明の未変化のＨＬＡクラスＩＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドおよび第二のＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、前記組成物は、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドに加えて、２つ以上の本発明のＨＬＡクラスＩＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、ＨＬＡクラスＩＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドに加えて、２つ以上のＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドを含む。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１０５】
別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドのＡＡ配列は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択された配列を含む。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドのＡＡ配列は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５に記載される配列から選択される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１０６】
別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドは、ＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドである。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドは、本明細書においてさらに説明されるように、そのＨＬＡクラスＩ分子アンカー残基に変異を含有する。本明細書で示されるように、ＷＴ１由来ペプチドをＨＬＡアンカー残基において改変することで、ＨＬＡ−Ａ０２０１およびＨＬＡ−Ａ０３０１に対する予測結合性が増加したヘテロクリティックペプチドを作製した。予測結合性が増加したペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子との結合能の増強および免疫原性の増加も示した。
【０１０７】
別の実施形態では、ＭＨＣ結合を増強する変異は、ＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドの１位の残基に存在する。別の実施形態では、前記残基はチロシンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はグリシンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はスレオニンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はフェニルアラニンに変化されている。別の実施形態では、前記残基は当技術分野において公知の他のあらゆる残基に変化されている。別の実施形態では、１位における（例えばチロシンへの）置換は、２位のアンカー残基の結合を安定化する。
【０１０８】
別の実施形態では、変異はＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドの２位に存在する。別の実施形態では、前記残基はロイシンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はバリンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はイソロイシンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はメチオニンに変化されている。別の実施形態では、前記残基は当技術分野において公知の他のあらゆる残基に変化されている。
【０１０９】
別の実施形態では、変異はＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドの６位に存在する。別の実施形態では、前記残基はバリンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はシステインに変化されている。別の実施形態では、前記残基はグルタミンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はヒスチジンに変化されている。別の実施形態では、前記残基は当技術分野において公知の他のあらゆる残基に変化されている。
【０１１０】
別の実施形態では、変異はＨＬＡクラスＩヘテロクリティックペプチドの９位に存在する。別の実施形態では、前記変異は、そのＣ末端位の残基を変化させる。別の実施形態では、前記残基はバリンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はスレオニンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はイソロイシンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はロイシンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はアラニンに変化されている。別の実施形態では、前記残基はシステインに変化されている。別の実施形態では、前記残基は当技術分野において公知の他のあらゆる残基に変化されている。
【０１１１】
別の実施形態では、点変異が第一のアンカー残基に存在する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩの第一のアンカー残基は２位および９位である。別の実施形態では、点変異が第二のアンカー残基に存在する。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩの第二のアンカー残基は１位および８位である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩの第二のアンカー残基は１位、３位、６位、７位、および８位である。別の実施形態では、点変異が４位、５位、および８位から選択される位置に存在する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１１２】
別の実施形態では、点変異が、ＨＬＡクラスＩ結合モチーフの１、２、８、および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、１、３、６、および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、１、２、６、および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、１、６、および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、１、２、および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、１、３、および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、２および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。別の実施形態では、点変異が、６および９位から選択される位置における１つ以上の残基に存在する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１１３】
上記アンカー残基および置換体のそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１１４】
別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴペプチドは９ＡＡの長さを有する。別の実施形態では、前記ペプチドは１０ＡＡの長さを有する。本明細書で示されるように、９〜１０ＡＡの天然ペプチドおよびヘテロクリティックペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子へのかなりの結合性、並びにＣＴＬによるサイトカイン分泌および細胞溶解を誘発する能力を示した。
【０１１５】
別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子結合性ＷＴ１ペプチドが結合するＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子はＨＬＡ−Ａ２分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子はＨＬＡ−Ａ３分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子はＨＬＡ−Ａ１  １分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子はＨＬＡ−Ｂ８分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子はＨＬＡ−０２０１分子である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子は、当技術分野において公知の他のあらゆるＨＬＡクラスＩ分子と結合する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１１６】
別の実施形態では、本発明のＷＴ１ペプチドの方法および組成物は、８〜３０アミノ酸（ＡＡ）の長さを有する。別の実施形態では、前記ペプチドは、９〜１１ＡＡの長さを有する。別の実施形態では、前記ペプチドは、サイズが７〜２５ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが８〜１１ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが８〜１５ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが９〜２０ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが９〜１８ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが９〜１５ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが８〜１２ＡＡの範囲にあり、あるいは別の実施形態では、サイズが９〜１１ＡＡの範囲にある。別の実施形態では、前記ペプチドは、長さが８ＡＡであり、あるいは別の実施形態では９ＡＡであり、あるいは別の実施形態では１０ＡＡであり、あるいは別の実施形態では１２ＡＡであり、あるいは別の実施形態では２５ＡＡであり、あるいは別の実施形態では、それらの間の任意の長さである。別の実施形態では、前記ペプチドは、より大きな長さ（例えば５０または１００、もしくはそれ以上）を有する。本実施形態では、細胞は、ペプチドを７ＡＡおよび２５ＡＡの長さにプロセシングする。本実施形態では、細胞は、ペプチドを９〜１１ＡＡの長さにプロセシングする。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１１７】
別の実施形態では、前記ペプチドは長さが１５〜２３ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１５〜２４ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１５〜２５ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１５〜２６ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１５〜２７ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１５〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜３０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜２９ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜２６ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜２４ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜２２ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１４〜２０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１６〜３０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１６〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１６〜２６ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１６〜２４ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１６〜２２ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１８〜３０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１８〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１８〜２６ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１８〜２４ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１８〜２２ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは１８〜２０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２０〜３０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２０〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２０〜２６ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２０〜２４ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２２〜３０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２２〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２２〜２６ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２４〜３０ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２４〜２８ＡＡである。別の実施形態では、前記長さは２４〜２６ＡＡである。
【０１１８】
上記のペプチド、ペプチドの長さ、およびペプチドの種類のそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１１９】
別の実施形態では、当技術分野において周知の原理を利用して、ＨＬＡ分子に対するそれらの親和性を減少させることもそれらのＴＣＲ特異性を変化させることもなく、小さな変更が本発明のペプチドになされている。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドの場合、「小さな変更」は、例えば、１つのＡＡの挿入、欠失、または置換を包括的に指すか、または、２および９の間の残基の外側の１〜３個のＡＡの欠失もしくは付加を包括的に指す。本明細書に記載のコンピューターアルゴリズムはペプチドのＭＨＣクラスＩ結合能を予測するのに有用であるが、それらが有するのは６０〜８０％の予測精度であるため；ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ結合親和性の最終決定がなされるに先立ち、経験的に評価されるべきである。従って、本発明のペプチドは、強いＭＨＣクラスＩ結合親和性を示すことがアルゴリズムによって予測されたペプチドに限定されない。なされ得る変更の種類は以下に列挙される。それぞれの変更形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１２０】
別の実施形態では、本発明の実施例で列挙されるペプチドは、アンカー残基をＭＨＣクラスＩに好適なアンカー残基（これは、他の実施形態では、本明細書において列挙されるアンカー残基のうちの任意のものであってよい）に変異させることによって、さらに変更されている。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩに好適なアンカー残基を含有する本発明のペプチドは、アンカー残基をその位置が異なるＭＨＣクラスＩに好適な残基に変異させることによって、さらに変更されている。他の実施形態では、異なる好適な残基は、本明細書において列挙される好適な残基の任意のものであってよい。
【０１２１】
別の実施形態では、さらに変更されたアンカー残基は１位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は２位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は３位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は４位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は５位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は６位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は７位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は８位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は９位に存在する。ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドの場合、２および９以外の残基は第二のアンカー残基として機能し得ることから；それらを変異させることによって、ＭＨＣクラスＩ結合性は向上され得る。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１２２】
別の実施形態では、本発明のペプチドの方法および組成物は、実施例に列挙されるペプチドの長さ改変体（length variant）である。別の実施形態では、長さ改変体は、実施例のペプチドよりも１アミノ酸（ＡＡ）短い。別の実施形態では、長さ改変体は、実施例のペプチドよりも２アミノ酸（ＡＡ）短い。別の実施形態では、長さ改変体は、実施例のペプチドよりも３アミノ酸（ＡＡ）以上短い。別の実施形態では、より短いペプチドは、Ｎ末端で切断されている。別の実施形態では、より短いペプチドは、Ｃ末端で切断されている。別の実施形態では、切断されたペプチドは、Ｎ末端およびＣ末端の両方で切断されている。別の実施形態では、ペプチドは、当技術分野において周知の、ＨＬＡ分子に対する親和性を変化させない切断に適したものである。
【０１２３】
上記切断ペプチドのそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１２４】
別の実施形態では、長さ改変体は、本発明の実施例で列挙されるペプチドよりも長い。別の実施形態では、より長いペプチドは、周囲のＷＴ１配列に応じて、Ｎ末端において延長されている。別の実施形態では、ペプチドは、当技術分野において周知の、ＨＬＡ分子に対する親和性を変化させなることのないＮ末端における延長に適したものである。従って、このようなペプチドは、実施例で列挙されるペプチドの等価物である。別の実施形態では、Ｎ末端において延長されたペプチドは、１残基だけ延長されている。別の実施形態では、Ｎ末端延長ペプチドは、２残基だけ延長されている。別の実施形態では、Ｎ末端延長ペプチドは、３残基だけ延長されている。別の実施形態では、Ｎ末端延長ペプチドは、４残基以上延長されている。
【０１２５】
別の実施形態では、より長いペプチドは、周囲のＷＴ１配列に応じて、Ｃ末端において延長されている。別の実施形態では、ペプチドは、当技術分野において周知の、ＨＬＡ分子に対する親和性を変化させなることのないＣ末端における延長に適したものである。従って、このようなペプチドは、本発明の実施例で列挙されるペプチドの等価物である。別の実施形態では、Ｃ末端において延長されたペプチドは、１残基だけ延長されている。別の実施形態では、Ｃ末端延長ペプチドは、２残基だけ延長されている。別の実施形態では、Ｃ末端延長ペプチドは、３残基だけ延長されている。別の実施形態では、Ｃ末端延長ペプチドは、４残基以上延長されている。
【０１２６】
別の実施形態では、延長ペプチドは、周囲のＷＴ１配列に応じて、Ｎ末端およびＣ末端の両方において延長されている。
【０１２７】
上記の延長ペプチドのそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１２８】
別の実施形態では、本発明の切断ペプチドは、ＨＬＡアンカー残基（例えば、ＨＬＡクラスＩアンカー残基）を、第２の残基およびＣ末端残基に接して、本発明の実施例で列挙されるペプチドよりもよりも少ない介在残基（例えば、５個）を伴って保持している。別の実施形態では、ペプチドは、ＨＬＡ分子に対する親和性を変化させることのないこのような変異に適したものである。
【０１２９】
別の実施形態では、このような切断ペプチドは、上記配列のうちの１つの介在残基のうちの１つを除去することによってデザインされる。別の実施形態では、ＨＬＡアンカー残基が第２および第８残基に接して保持されている。別の実施形態では、ＨＬＡアンカー残基が第１および第８残基に接して保持されている。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１３０】
別の実施形態では、本発明の延長ペプチドは、ＨＬＡアンカー残基（例えば、ＨＬＡクラスＩアンカー残基）を、第２残基およびＣ末端残基に接して、本発明の実施例で列挙されるペプチドよりもよりも多い介在残基（例えば、７または８個）を伴って保持している。別の実施形態では、このような延長ペプチドは、上記配列のうちの１つの介在残基のうちの２つの間に１若しくは複数の残基を付加することによってデザインされる。ＨＬＡに対する親和性を変化させることなく、ＨＬＡ結合ペプチドの介在配列の間から残基を除去することができること、あるいは前記介在配列の間に残基を付加できることは、当技術分野において周知である。従って、このようなペプチドは、本発明の実施例で列挙されるペプチドの等価物である。別の実施形態では、ＨＬＡアンカー残基が第２および第９残基に接して保持されている。別の実施形態では、ＨＬＡアンカー残基が第１および第９残基に接して保持されている。別の実施形態では、ＨＬＡアンカー残基が、６個の介在残基によって隔てられた２つの残基に接して保持されている。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１３１】
別の実施形態では、「断片」は、長さが１１ＡＡ以上のペプチドを指す。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は長さが１６ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は長さが１２ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は１３ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は１４ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は１５ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は１７ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は１８ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は１９ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は２２ＡＡ以上である。別の実施形態では、前記断片は８〜１２ＡＡである。別の実施形態では、前記断片は約８〜１２ＡＡである。別の実施形態では、前記断片は１６〜１９ＡＡである。別の実施形態では、前記断片は約１６〜１９ＡＡである。別の実施形態では、前記断片は１０〜２５ＡＡである。別の実施形態では、前記断片は約１０〜２５ＡＡである。別の実施形態では、前記断片は他のあらゆる長さを有する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１３２】
別の実施形態では、「ＷＴ１タンパク質の断片」は、本明細書に存在する「断片」の定義のいずれかを指す。それぞれの定義は本発明の別々の実施形態を表す。
【０１３３】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、実施例で列挙されるペプチドと相同である。別の実施形態では、「相同性」、「相同な」等の用語は、いかなるタンパク質またはペプチドに関する場合でも、配列をアラインメントし必要であればギャップを導入することで最大相同％を達成した後の、且つ、いかなる保存的置換も配列同一性の一部と見なさない、対応する天然ポリペプチドの残基と同一である候補配列内のアミノ酸残基の割合を指す。アラインメントのための方法およびコンピュータプログラムは当技術分野において周知である。
【０１３４】
別の実施形態では、用語「相同性」は、いかなる核酸配列に関する場合でも、同様に、対応する天然核酸配列のヌクレオチドと同一である候補配列内のヌクレオチドの割合を表す。
【０１３５】
別の実施形態では、相同性は、当技術分野において十分に記載がなされている方法によって、配列アラインメント用コンピューターアルゴリズムにより決定される。他の実施形態では、核酸配列相同性のコンピューターアルゴリズム解析には、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＤＯＭＡＩＮ、ＢＥＡＵＴＹ（BLAST Enhanced Alignment Utility）、ＧＥＮＰＥＰＴおよびＴＲＥＭＢＬパッケージ等の、任意の数の利用可能なソフトウェアパッケージの利用が含まれる。
【０１３６】
別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との７０％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との７２％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの７５％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との７８％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの８０％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの８２％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との８３％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの８５％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの８７％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との８８％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの９０％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの９２％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との９３％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの９５％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５から選択される配列との９６％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの９７％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの９８％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの９９％以上の同一性を指す。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、３０、３１、３２、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４４、４６、４７、４８、４９、５０および５５のうちの１つとの１００％の同一性を指す。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。別の実施形態では、相同性は、候補配列ハイブリダイゼーション法（candidate sequence hybridization）という定量によって決定され、この方法は当技術分野において十分に記載がなされている（例えば、"Nucleic Acid Hybridization" Hames, B. D., and Higgins S. J., Eds. (1985); Sambrook et al., 2001, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, N. Y.;およびAusubel et al., 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N. Yを参照）。別の実施形態では、ハイブリダイゼーションの方法は、天然カスパーゼペプチドをコードするＤＮＡの相補体に対して、適度〜ストリンジェントな条件下で実行される。ハイブリダイゼーション条件は、例えば、１０〜２０％のホルムアミド、５倍濃度のＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５倍濃度のデンハート液、１０％のデキストラン硫酸、および２０μｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中での４２℃での一晩のインキュベーションである。
【０１３７】
実施例で列挙されるペプチドの上記の相同体および変更形態のそれぞれは、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１３８】
別の実施形態では、本発明は、本発明のペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、前記組成物は、薬剤的に許容できる担体をさらに含んでいる。別の実施形態では、前記組成物はアジュバントをさらに含んでいる。別の実施形態では、前記組成物は２以上の本発明のペプチドを含んでいる。別の実施形態では、前記組成物は、以下に記載される添加物、化合物、または賦形剤のいずれかをさらに含んでいる。別の実施形態では、アジュバントはＫＬＨ、ＱＳ２１、フロイント完全または不完全アジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、ＢＣＧまたはミョウバンである。他の実施形態では、担体は本明細書において列挙される任意の担体である。他の実施形態では、アジュバントは本明細書において列挙される任意のアジュバントである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１３９】
別の実施形態では、本発明は、本発明のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および本発明のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、ワクチンは担体をさらに含んでいる。別の実施形態では、ワクチンはアジュバントをさらに含んでいる。別の実施形態では、ワクチンはＡＰＣをさらに含んでいる。別の実施形態では、ワクチンは、抗原、担体、および／またはＡＰＣのうちの２つ以上の組み合わせをさらに含んでいる。別の実施形態では、ワクチンは細胞ベースの組成物である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１４０】
別の実施形態では、用語「ワクチン」は、対象に導入された際に、対象の特定の疾患、状態、または症状に対して予防的または治療的な反応を与える物質または組成物を指す。別の実施形態では、本発明は、ペプチドベースのワクチンを含んでおり、ここで、前記ペプチドは、サイトカイン、アジュバント等の免疫調節性化合物を包含する、本明細書に列挙される任意の実施形態を含む。
【０１４１】
別の実施形態では、本発明の方法および組成物のワクチンは、アジュバントをさらに含んでいる。別の実施形態では、アジュバントはモンタナイドＩＳＡ５１である。モンタナイドＩＳＡ５１は、代謝可能な天然油および精製された乳化剤を含有している。別の実施形態では、アジュバントはＧＭ−ＣＳＦである。別の実施形態では、組換えＧＭ−ＣＳＦは、酵母（サッカロマイセス・セレビシエ）ベクター内に生じさせたヒトタンパク質である。ＧＭ−ＣＳＦは、造血前駆細胞、ＡＰＣ、および樹状細胞およびＴ細胞のクローン増殖および分化を促進する。
【０１４２】
別の実施形態では、アジュバントはサイトカインである。別の実施形態では、アジュバントは増殖因子である。別の実施形態では、アジュバントは細胞集団である。別の実施形態では、アジュバントはＱＳ２１である。別の実施形態では、アジュバントはフロイント不完全アジュバントである。別の実施形態では、アジュバントはリン酸アルミニウムである。別の実施形態では、アジュバントは水酸化アルミニウムである。別の実施形態では、アジュバントはＢＣＧである。別の実施形態では、アジュバントはミョウバンである。
【０１４３】
別の実施形態では、アジュバントはインターロイキンである。別の実施形態では、アジュバントはケモカインである。別の実施形態では、アジュバントは、当技術分野において公知の他の種類のアジュバントである。別の実施形態では、ＷＴ１ワクチンは２つの上記アジュバントを含む。別の実施形態では、ＷＴ１ワクチンは３つ以上の上記アジュバントを含む。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１４４】
他の実施形態では、本発明のワクチンまたは組成物は、本発明のＷＴ１ペプチドの実施形態のいずれかおよびそれらの組み合わせを含んでいることがある。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１４５】
本発明のペプチド、ワクチンおよび組成物に関して、本明細書に記載されるいかなる実施形態も、本発明の方法のいずれにおいても使用可能であることを理解されたい。ペプチド、ワクチン、または組成物のある方法との組み合わせは、それぞれ、その一実施形態を表す。
【０１４６】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【０１４７】
別の実施形態では、本発明は、ＭＤＳを有する対象を治療する方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、ＭＤＳを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【０１４８】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの進行を抑制するかまたは停止させる方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、ＷＴ１を発現するがんの進行を抑制するかまたは停止させるステップを含む方法を提供する。
【０１４９】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率を減少させる方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの発生率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【０１５０】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＡＭＬの発生率を減少させる方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、ＡＭＬの発生率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【０１５１】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＷＴ１を発現するがんの再発率を減少させる方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、対象におけるＷＴ１を発現するがんの再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【０１５２】
別の実施形態では、本発明は、対象におけるＡＭＬの再発率を減少させる方法であって、対象に、本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、対象におけるＡＭＬの再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。
【０１５３】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんに対する対象のＴ細胞寛容を破壊する方法であって、対象に本発明のＷＴ１ワクチンを投与することにより、ＷＴ１を発現するがんに対するＴ細胞寛容を破壊するステップを含む方法を提供する。
【０１５４】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、（ａ）本発明の方法によって、がんの悪性細胞を認識するヒト細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の形成および増殖をドナーにおいて誘導するステップと、（ｂ）前記ヒトＣＴＬを対象に注入することにより、がんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【０１５５】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんを有する対象を治療する方法であって、（ａ）本発明の方法によって、ドナーから得られたがんの悪性細胞を認識するヒトＣＴＬの形成および増殖をエキソビボで誘導するステップと、（ｂ）前記ヒトＣＴＬ対象に注入することにより、がんを有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。
【０１５６】
エキソビボ免疫療法の方法は当技術分野において周知であり、例えば、米国特許出願第２００６／００５７１３０号、同第２００５／０２２１４８１号、同第２００５／０２１４２６８号、同第２００３／０１７５２７２号、同第２００２／０１２７７１８号、および米国特許第５，２２９，１１５号明細書（参照によって本明細書に組み込まれる）に記載されている。さらなる方法が当技術分野において周知であり、例えば、Davis ID et al (Blood dendritic cells generated with Flt3 ligand and CD40 ligand prime CD8+ T cells efficiently in cancer patients. J Immunother. 2006 Sep-Oct;29(5):499-511)およびMitchell MS et al (The cytotoxic T cell response to peptide analogs of the HLA-A*0201 -restricted MUCl signal sequence epitope, Ml.2. Cancer Immunol Immunother. 2006 JuI 28)に記載されている。それぞれの方法は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１５７】
別の実施形態では、本発明は、ＷＴ１を発現するがんの細胞に特異的なＣＴＬの形成および増殖を誘導する方法であって、リンパ球集団を本発明のワクチンと接触させるステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、ワクチンは、本発明のペプチドと関連付けられたＡＰＣである。別の実施形態では、ワクチンは、本発明のペプチドの混合物と関連付けられたＡＰＣである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１５８】
別の実施形態では、本発明は、対象においてヘテロクリティックな免疫応答を起こす方法であって、ヘテロクリティックな免疫応答がＷＴ１を発現するがんに対するものであり、対象に本発明のワクチンを投与することにより、ヘテロクリティックな免疫応答を起こすステップを含む方法を提供する。
【０１５９】
別の実施形態では、本発明は、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導する方法であって、対象を、（ａ）ＷＴ１タンパク質または（ｂ）ＷＴタンパク質の断片を含む免疫原性組成物と接触させることにより、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導するステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６０】
別の実施形態では、本発明は、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導する方法であって、対象を、（ａ）ＷＴ１タンパク質または（ｂ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物と接触させることにより、対象において抗中皮腫免疫応答を誘導するステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６１】
別の実施形態では、本発明は、中皮腫を有する対象を治療する方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質または（ｂ）ＷＴタンパク質の断片を含む免疫原性組成物を投与することにより、中皮腫を有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６２】
別の実施形態では、本発明は、中皮腫を有する対象を治療する方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質または（ｂ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、中皮腫を有する対象を治療するステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６３】
別の実施形態では、本発明は、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質または（ｂ）ＷＴタンパク質の断片を含む免疫原性組成物を投与することにより、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６４】
別の実施形態では、本発明は、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させる方法であって、対象に、（ａ）ＷＴ１タンパク質または（ｂ）ＷＴ１タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を投与することにより、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６５】
別の実施形態では、本発明の方法によって誘起される免疫応答の標的細胞は、ＨＬＡ分子上に、本発明のＷＴ１ペプチド、または対応するＷＴ１断片を提示している。別の実施形態では、ＨＬＡ分子はＨＬＡクラスＩ分子である。他の実施形態では、ＨＬＡ分子は当技術分野において公知のＨＬＡクラスＩサブタイプまたはＨＬＡクラスＩ分子である。別の実施形態では、ＷＴ１ペプチドまたは断片に対する免疫応答は、ヘテロクリティックな免疫応答である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１６６】
別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と関連している。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、ＭＤＳである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、ウィルムス腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、白血病である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、血液がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、リンパ腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、線維形成性小円形細胞腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、中皮腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、悪性中皮腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、胃がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、結腸がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、乳がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、胚細胞性腫瘍である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、卵巣がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、子宮がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、甲状腺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肝細胞癌である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、甲状腺がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肝臓がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、腎がんである。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、カポジ肉腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、肉腫である。別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、他の癌腫または肉腫である。
【０１６７】
別の実施形態では、ＷＴ１を発現するがんは、固形腫瘍である。別の実施形態では、固形腫瘍は、ＷＴ１を発現するがんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、肺がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、乳がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、結腸直腸がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、前立腺がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、卵巣がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、腎がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、膵がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、脳がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、胃腸がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、皮膚がんと関連している。別の実施形態では、固形腫瘍は、メラノーマと関連している。
【０１６８】
別の実施形態では、本発明の方法によって治療されるがんまたは腫瘍は、ＷＴ１を発現する疑いがあるものである。別の実施形態では、ＷＴ１発現は、実際の腫瘍試料の試験によって確認されていない。別の実施形態では、がんまたは腫瘍は、多くの症例でＷＴ１を発現することが知られている種類のものである。別の実施形態では、前記種類は、症例の大多数でＷＴ１を発現するものである。
【０１６９】
ＷＴ１を発現するがんまたは腫瘍、およびＷＴ１を発現する疑いがあるがんまたは腫瘍のそれぞれの種類は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１７０】
本発明のペプチド、ワクチンおよび組成物に関して本明細書において列挙されるいかなる実施形態も、本発明のいずれの方法においても使用可能であり、それぞれはその一実施形態を表す。
【０１７１】
別の実施形態では、複数の本発明のペプチドが、本発明の方法において免疫応答を刺激するために使用されている。
【０１７２】
本明細書で開示される方法は、他のＷＴ１由来ペプチドのデザインを可能にすると当業者に理解される。前記方法はさらに、他のＨＬＡ分子に結合するペプチドのデザインを可能にする。前記方法はさらに、本発明のＷＴ１由来ペプチドを併有するワクチンのデザインを可能にする。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１７３】
別の実施形態では、本発明のワクチンは、種々の異なるＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子を含有するＷＴ１特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化または誘起するという利点を有する。別の実施形態では、前記ワクチンは、人口の相当な割合（例えば、異なる実施形態では、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％．８５％、９０％、９５％、または９５％超）において、ＷＴ１特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化または誘起するという利点を有する。別の実施形態では、前記ワクチンは、特定の人種（例えば、アメリカのコーカサス人種）の相当な割合において、ＷＴ１特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化または誘起する。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１７４】
別の実施形態では、本発明の方法は、対象によって既に開始されている免疫応答の向上をもたらす。別の実施形態では、本発明の方法は、ペプチド、組成物、またはワクチンを２回以上投与するステップを含む。別の実施形態では、前記ペプチドは、それらの組成、濃度、またはその組み合わせが多様である。別の実施形態では、前記ペプチドは、目的抗原に対する免疫応答をまだ開始していない対象内の前記抗原に対する免疫応答の開始をもたらす。別の実施形態では、誘導されたＣＴＬは、ＡＰＣまたはがん細胞に対する前記ペプチドの提示に応答して増殖する。他の実施形態では、免疫応答の改変への言及には、それぞれＴｈ２ヘルパーＴ細胞およびＴｈ１ヘルパーＴ細胞の存在を伴う体液性免疫および細胞性免疫の一方または両方が含まれ、あるいは、別の実施形態では、各免疫が個々に含まれる。
【０１７５】
他の実施形態では、腫瘍の成長に影響を及ぼす方法は、（１）腫瘍細胞の分裂の直接的な阻害、もしくは（２）免疫細胞によって媒介される腫瘍細胞の溶解、または両方をもたらし、これにより、腫瘍細胞の正味の増殖が抑制される。
【０１７６】
これら２つの機構のいずれかによる腫瘍成長の阻害は、いくつかの周知の方法に基づき、当業者によって容易に決定され得る。別の実施形態では、腫瘍阻害は、一定期間にわたり実際の腫瘍サイズを測定することによって決定される。別の実施形態では、腫瘍阻害は、当業者に周知の方法を利用して、（一定期間にわたって）腫瘍のサイズを推定することによって、決定され得る。より具体的には、種々の放射線学的イメージング法（例えば、単一光子放射断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）；一般的には、"Nuclear Medicine in Clinical Oncology," Winkler, C. (ed.) Springer- Verlag, New York, 1986を参照）を利用して、腫瘍サイズを推定することができる。また、このような方法は、例えば、従来のイメージング剤（例えば、クエン酸ガリウム−６７）、並びに代謝産物イメージング、受容体イメージング、または免疫イメージングに特化した試薬（例えば、放射性標識されたモノクローナル抗体に特異的な腫瘍マーカー）を含む、種々のイメージング剤を利用することができる。さらに、超音波等の非放射性方法（"Ultrasonic Differential Diagnosis of Tumors", Kossoff and Fukuda, (eds.), Igaku-Shoin, New York, 1984を参照）も、腫瘍サイズの評価に利用することができる。
【０１７７】
上記の腫瘍阻害を決定するためのインビボ法の他に、種々のインビトロ法をインビボにおける腫瘍阻害を予測するために利用することができる。代表的な例としては、例えば５１Ｃｒ放出アッセイ（実施例）によって決定される、リンパ球によって媒介される抗腫瘍の細胞溶解活性、腫瘍依存性リンパ球増殖（Ioannides, et al., J. Immunol. 146(5):1700-1707, 1991）、腫瘍特異的抗体のインビトロ生産（Herlyn, et al., J. Immunol. Meth. 73:157-167, 1984）、細胞性（例えば、ＣＴＬ、ヘルパーＴ細胞）または体液性（例えば、抗体）のインビトロ細胞成長阻害（Gazit, et al., Cancer Immunol Immunother 35:135-144, 1992）、および、これらのアッセイのいずれかについての、細胞前駆体の頻度の決定（Vose, Int. J. Cancer 30:135-142 (1982)）等が挙げられる。
【０１７８】
別の実施形態では、腫瘍成長を抑制する方法によって、本発明のペプチドとの接触または本発明のペプチドへの暴露無しでの増殖と比較して、短縮された増殖期が示されている。腫瘍細胞増殖は、当技術分野において公知のいかなる手段、例えば、限定はされないが、腫瘍サイズ測定、３Ｈ−チミジン取り込みアッセイを用いた腫瘍細胞が増殖中であるかどうかの決定、または腫瘍細胞計数によってアッセイすることができる。他の実施形態では、腫瘍細胞増殖の「抑制」は、腫瘍成長を遅くすること、遅延させること、もしくは停止させること、または腫瘍の縮小を指す。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１７９】
本発明の方法および組成物の別の実施形態では、ＷＴ１発現が測定される。別の実施形態では、ＷＴ１転写物の発現が測定される。別の実施形態では、腫瘍内のＷＴ１タンパク質レベルが測定される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１８０】
免疫応答の存在および規模を決定する方法は当技術分野において周知である。別の実施形態における、放射性物質（例えば３Ｈ−チミジン）のＴ細胞による取り込みが細胞増殖の関数として測定される、リンパ球増殖アッセイ。他の実施形態では、Ｔ細胞増殖の検出は、インターロイキン−２（ＩＬ−２）産生、Ｃａ２＋流出、または３−（４，５−ジメチルチアゾール−２−イル）−２，５−ジフェニル−テトラゾリウム等の色素取り込みの増加を測定することによって達成される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１８１】
別の実施形態では、ＣＴＬ刺激は、細胞増殖およびサイトカイン産生等の検出を含む当業者に公知の手段によって決定される。リガンドをパルスした標的に接触させた後にＴ細胞によって分泌されるサイトカインの種類および量の分析が、機能活性の測定になり得る。サイトカインをＥＬＩＳＡアッセイまたはＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定することで、サイトカイン産生の速度および総量を決定することができる（Fujihashi K. et al. (1993) J. Immunol. Meth. 160: 181 ; Tanguay S. and Killion J. J. (1994) Lymphokine Cytokine Res. 13:259）。
【０１８２】
別の実施形態では、ＣＴＬ活性は、５１Ｃｒ放出溶解アッセイによって決定される。ペプチドによってパルスされた５１Ｃｒ標識標的の抗原特異的Ｔ細胞による溶解が、標的ペプチドでパルスされた標的細胞と比較され得る。別の実施形態では、Ｔ細胞が本発明のペプチドで刺激され、ＭＨＣとの関連における天然ペプチドを発現する標的細胞の溶解が決定され得る。別の実施形態では、固定時点（例えば、４時間）における溶解並びに標的溶解全体の速度論が、リガンド性能の評価に用いられる（Ware C. F. et al. (1983) J Immunol 131: 1312）。
【０１８３】
ＨＬＡ分子に対するペプチドの親和性を決定する方法は、当技術分野において周知である。別の実施形態では、親和性はＴＡＰ安定化アッセイによって決定される。
【０１８４】
別の実施形態では、親和性は競合ラジオイムノアッセイによって決定される。別の実施形態では、以下のプロトコルが利用される：標的細胞を１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ；フィッシャー・ケミカルズ社（Fisher Chemicals）、ニュージャージー州フェアローン）を含有するＰＢＳ中で２回洗浄する。細胞を氷上で１０７／ｍｌに再懸濁し、元からある細胞表面に結合したペプチドを、３ｍｇ／ｍｌのβ２ミクログロブリンの存在下、クエン酸−リン酸緩衝液を用い、０℃で２分間剥がす。ペレットを、３ｍｇ／ｍｌのβ２ミクログロブリンおよび３０ｍｇ／ｍｌのデオキシリボヌクレアーゼの存在下、ＰＢＳ／１％ＢＳＡ中で５×１０６細胞／ｍｌに再懸濁し、２００ｍｌの分割量をＨＬＡ特異的ペプチドの存在下または非存在下で２０℃で１０分間インキュベートし、その後、１２５Ｉ標識ペプチドと一緒に２０℃で３０分間インキュベートする。ＰＢＳ／２％ＢＳＡで２回洗浄し、ＰＢＳで１回洗浄した後、結合した総１２５Ｉを決定する。段階的に濃度を増加させる試験ペプチドと既知の結合ペプチドとの比較によって、相対親和性を決定する。
【０１８５】
別の実施形態では、生細胞（例えばＳＫＬＹ−１６細胞）表面上のＨＬＡに対するペプチド結合の特異性解析が行われ、前記結合が適切なＨＬＡ分子に対してのものであることが確認され、その制限が特徴付けられている。別の実施形態では、これには、同じまたは異なるＨＬＡ分子に結合することが知られている過剰な非標識ペプチドとの競合、および同じまたは異なるＨＬＡ型を発現する標的細胞の使用が含まれる。別の実施形態では、このアッセイは、生きている新鮮な、または０．２５％のパラホルムアルデヒドで固定した、特定のＨＬＡ型の、ヒトＰＢＭＣ、白血病細胞株およびＥＢＶ形質転換Ｔ細胞株に対して行われている。これらの特定の細胞上のＭＨＣ分子と結合することが判明しているこれらのペプチドの相対的な結合活性が、関連ＨＬＡ分子、例えば、チロシナーゼまたはＨＢＶペプチド配列に対し高親和性であることが知られている１２５Ｉ標識ペプチドに対する上記のような競合アッセイによってアッセイされる。別の実施形態では、本発明の方法および組成物のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するための最低限の長さよりも長く、別の実施形態では、これは約１２ＡＡである。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの長さを延長させることにより、２つ以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に対する結合を可能にしている。別の実施形態では、長さを延長させることにより、その結合モチーフが不明であるＨＬＡクラスＩＩ分子に対する結合を可能にしている。別の実施形態では、長さを延長させることにより、ＨＬＡクラスＩ分子に対する結合を可能にしている。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子の結合モチーフは既知である。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子の結合モチーフは不明である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１８６】
別の実施形態では、本発明の方法および組成物で利用されるペプチドは、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボキシレート（Kazmierski et al. (1991) J. Am Chem. Soc. 113:2275-2283）；（２Ｓ，３Ｓ）−メチル−フェニルアラニン、（２Ｓ，３Ｒ）−メチル−フェニルアラニン、（２Ｒ，３Ｓ）−メチル−フェニルアラニンおよび（２Ｒ，３Ｒ）−メチル−フェニルアラニン（Kazmierski and Hruby (1991) Tetrahedron Lett. 32(41): 5769-5772）；２−アミノテトラヒドロナフタレン−２−カルボン酸（Landis (1989)博士論文、アリゾナ大学）；ヒドロキシ−１，２，３、４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボキシレート（Miyake et al. (1984) J. Takeda Res. Labs.43:53-76）ヒスチジンイソキノリンカルボン酸（Zechel et al. (1991) Int. J. Pep. Protein Res. 38(2):131-138）；並びにＨＩＣ（ヒスチジン環式尿素（histidine cyclic urea)）、（Dharanipragada et al.(1993) Int. J. Pep. Protein Res.42(l):68-77）および（(1992) Acta. Crst., Crystal Struc. Comm. 48(IV): 1239-124）等の非古典アミノ酸（non-classical amino acid）を含む。
【０１８７】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、ＡＡ類似体またはペプチド模倣体を含み、これは、他の実施形態では、特定の二次構造を誘導するかまたは選択する。他の実施形態では、このようなペプチドは、以下を含む：ＬＬ−Ａｃｐ（ＬＬ−３−アミノ−２−プロペニドン（propenidone）−６−カルボン酸）、βターン誘導性ジペプチド類似体（Kemp et al. (1985) J. Org. Chem. 50:5834-5838）；βシート誘導性類似体（Kemp et al. (1988) Tetrahedron Lett. 29:5081-5082）；βターン誘導性類似体（Kemp et al. (1988) Tetrahedron Lett. 29:5057-5060）；αヘリックス誘導性類似体（Kemp et al. (1988) Tetrahedron Lett. 29:4935-4938）；γターン誘導性類似体（Kemp et al. (1989) J. Org. Chem. 54:109:115）；以下の参考文献において提供される類似体：Nagai and Sato (1985) Tetrahedron Lett.26:647-650；およびDiMaio et al. (1989) J. Chem. Soc. Perkin Trans, p. 1687；ＧＩｙ−Ａｌａターン類似体（Kahn et al. (1989) Tetrahedron Lett. 30:2317）；アミド結合同配体（Jones et al. (1988) Tetrahedron Lett. 29(31):3853-3856）；トレトラゾール（tretrazol）（Zabrocki et al. (1988) J. Am. Chem. Soc. 110:5875-5880）；ＤＴＣ（Samanen et al. (1990) Int. J. Protein Pep. Res. 35:501:509）；およびOlson et al. (1990) J. Am. Chem. Sci. 112:323-333およびGarveyet al. (1990) J. Org. Chem. 55(3):936-940において教示される類似体。立体構造的に制限されたβターン模倣体およびβバルジ模倣体、並びにそれらを含有するペプチドは、１９９５年８月にＫａｈｎに発行された米国特許第５，４４０，０１３号に記載されている。
【０１８８】
他の実施形態では、本発明のペプチドは、下記に記載されるような種々の他の分子のうちの１つと結合しており、その結合は共有結合または非共有結合（複合型）を介してであり得、別の実施形態では、その性質は特定の目的に応じて変化する。別の実施形態では、前記ペプチドは、天然高分子および合成高分子、タンパク質、多糖類、ポリペプチド（アミノ酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、および脂質を含むがこれらに限定はされない、高分子担体（例えば、免疫原性担体）と共有結合的または非共有結合的に複合体化されている。別の実施形態では、本発明のペプチドは基質に連結されている。別の実施形態では、前記ペプチドはリポソーム中への導入のために、脂肪酸と結合されている（米国特許第５，８３７，２４９号）。別の実施形態では、本発明のペプチドは、固相と共有結合的または非共有結合的に複合体化されており、種々の固相が当技術分野において公知である。別の実施形態では、前記ペプチドの担体、基質、脂肪酸、または固相への連結は、免疫応答の誘起を増大させる働きをする。
【０１８９】
他の実施形態では、担体は、チログロブリン、アルブミン（例えば、ヒト血清アルブミン）、破傷風トキソイド、ポリ（リジン：グルタミン酸）等のポリアミノ酸、インフルエンザタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルスコアタンパク質、キーホールリンペットヘモシアニン、アルブミン、または別の担体タンパク質もしくは担体ペプチド；Ｂ型肝炎ウイルス組換えワクチン、またはＡＰＣである。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０１９０】
別の実施形態では、用語「アミノ酸」（ＡＡ）は、天然ＡＡまたは、別の実施形態では、非天然ＡＡもしくは合成ＡＡを指し、他の実施形態では、グリシン、Ｄ−光学異性体もしくはＬ光学異性体、ＡＡ類似体、ペプチド模倣体、またはそれらの組み合わせが含まれ得る。
【０１９１】
別の実施形態では、用語「がん」、「新生物」、「新生物の」または「腫瘍」は同義的用いられており、細胞を宿主生物にとって病理的なものにする悪性転換を経た細胞を指している。原発性がん細胞（すなわち、悪性転換部位付近から得られた細胞）は、確立した技術、特に組織学的検討によって、非がん性細胞と容易に区別することができる。本明細書で使用される場合、がん細胞の定義には、原発性がん細胞だけでなく、がん細胞祖先に由来するいかなる細胞も含まれる。これには、転移がん細胞、並びにがん細胞由来のインビトロ培養物および細胞株が含まれる。別の実施形態では、腫瘍は、腫瘍体積に基づいて；例えば、ＣＡＴスキャン、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、Ｘ線、超音波または触診等の方法によって検出可能であり、別の実施形態では、生化学的知見または免疫学的知見によって特定され、他の実施形態では、免疫学的知見はがん性細胞の特定にも用いられている。
【０１９２】
ペプチド合成法は当技術分野において周知である。別の実施形態では、本発明のペプチドは、適切な固体合成法を用いて合成される（例えば、Steward and Young, Solid Phase Peptide Synthesis, Freemantle, San Francisco, Calif. (1968); Merrifield (1967) Recent Progress in Hormone Res 23: 451を参照）。他の実施形態では、これらのペプチドの活性は、本明細書に記載されているようなアッセイを用いて試験される。
【０１９３】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、クロマトグラフィ（例えば、イオン交換クロマトグラフィ、アフィニティクロマトグラフィ、およびサイジング（sizing）カラムクロマトグラフィ）、遠心分離、溶解度差（differential solubility）を含む標準方法によって、またはタンパク質精製のための他の標準的な技術によって、精製される。別の実施形態では、イムノアフィニティクロマトグラフィが用いられ、イムノアフィニティクロマトグラフィでは、エピトープが、そのペプチド、または本発明の関連ペプチドに対して産生され不動支持体に固定された抗体を含むアフィニティカラムに結合されることによって、単離される。
【０１９４】
別の実施形態では、ヘキサ−Ｈｉｓ（インビトロジェン社）、マルトース結合性ドメイン（ニュー・イングランド・バイオラボ社（New England Biolabs）、インフルエンザ外被配列（Kolodziej et al. (1991) Meth. Enzymol. 194:508-509）、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ等の親和性タグを本発明のペプチドに付着することで、適切なアフィニティカラム上の通過による容易な精製を可能にしている。他の実施形態では、単離ペプチドは、タンパク質分解、核磁気共鳴、およびＸ線結晶解析等の技術を用いた物理的な特徴付けもされ得る。
【０１９５】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、当業者には明らかなように、公知の技法を通じて、インビトロにおける翻訳によって生成される。別の実施形態では、前記ペプチドは、翻訳中または翻訳後に、例えば、リン酸化、グリコシル化、架橋結合、アシル化、タンパク質切断、抗体分子、膜分子または他のリガンドへの連結（Ferguson et al. (1988) Ann. Rev. Biochem. 57:285-320）によって、別様に改変される。
【０１９６】
別の実施形態では、本発明のペプチドは検出可能な標識をさらに含んでおり、この検出可能な標識は、別の実施形態では、蛍光標識であり、あるいは別の実施形態では、発光標識であり、あるいは別の実施形態では、放射性標識であり、あるいは別の実施形態では、高電子密度標識である。他の実施形態では、検出可能な標識は、例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＤＳ−Ｒｅｄ（赤色蛍光タンパク質）、分泌アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、３２Ｐ、１２５Ｉ、３Ｈおよび１４Ｃ、フルオレセインおよびその誘導体、ローダミンおよびその誘導体、ダンシルおよびウンベリフェロン、ルシフェリンまたは当業者に公知の多くの他の標識を含んでいる。使用される具体的な標識は、使用される免疫学的検定の種類に依存する。
【０１９７】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、基質に連結されており、別の実施形態では、基質は担体として働く。別の実施形態では、前記ペプチドの基質への連結は、免疫応答の誘起を増大させる働きをする。
【０１９８】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、カルボジイミド等の従来の架橋剤を用いて、本明細書に記載されるような他の分子に連結されている。カルボジイミドの例は、１−シクロヘキシル−３−（２−モルホリニル−（４−エチル）カルボジイミド（ＣＭＣ）、１−エチル−３−（３−ジメチアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）および１−エチル−３−（４−アゾニア−４４−ジメチルペンチル）カルボジイミドである。
【０１９９】
他の実施形態では、架橋剤は臭化シアン、グルタルアルデヒドおよび無水コハク酸を含んでいる。一般的に、ホモ二機能性アルデヒド、ホモ二機能性エポキシド、ホモ二機能性イミド−エステル、ホモ二機能性Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、ホモ二機能性マレイミド、ホモ二機能性ハロゲン化アルキル、ホモ二機能性ピリジルジスルフィド、ホモ二機能性アリールハロゲン化物、ホモ二機能性ヒドラジド、ホモ二機能性ジアゾニウム誘導体およびホモ二機能性光反応性化合物を含む、多くのホモ二官能性物質のいずれをも用いることができる。他の実施形態では、ヘテロ−二機能性化合物、例えば、アミン反応性基およびスルフヒドリル反応性基を有する化合物、アミン反応性基および光反応基を有する化合物、並びにカルボニル反応性基およびスルフヒドリル反応性基を有する化合物も想定される。
【０２００】
他の実施形態では、ホモ二機能性架橋剤には、二機能性Ｎ−ヒドロキシサクシンイミドエステルのジチオビス（サクシニミジルプロピオネート）、スベリン酸ジサクシニミジル、および酒石酸ジサクシニミジル；二機能性イミド−エステルのアジプイミド酸ジメチル、ピメルイミド酸ジメチル、およびスベルイミド酸ジメチル；二機能性スルフヒドリル反応性架橋剤の１，４−ジ−［３'−（２'−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ブタン、ビスマレイミドヘキサン、およびビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタン；二機能性ハロゲン化アリールの１，５−ジフルオロ−２，４−ジベンゼンおよび４，４'−ジフルオロ−３，３'−ジニトロフェニルスルホン；ビス−［ｂ−（４−アジドサリチルアミド）エチル］ジスルフィド等の二機能性光反応性作用剤；二機能性アルデヒドのホルムアルデヒド、マロンジアルデヒド、スクシンアルデヒド、グルタルアルデヒド、およびアジポアルデヒド；１，４−ブタンジオール（butaneodiol）ジグリシジルエーテル等の二機能性エポキシド；二機能性ヒドラジドのアジピン酸ジヒドラジド、カルボヒドラジド、およびコハク酸ジヒドラジド；二機能性ジアゾニウムのｏ−トリジン、ジアゾ化ベンジジンおよびビス−ジアゾ化ベンジジン；二機能性アルキルハロゲン化物のＮｌＮ'−エチレン−ビス（ヨードアセトアミド）、ＮｌＮ'−ヘキサメチレン−ビス（ヨードアセトアミド）、ＮｌＮ'−ウンデカメチレン−ビス（ヨードアセトアミド）、並びにそれぞれａｌａ'−ジヨード−ｐ−キシレンスルホン酸およびトリ（２−クロロエチル）アミン等のハロゲン化ベンジルおよびハロマスタード（halomustard）が含まれる。
【０２０１】
他の実施形態では、前記ペプチドを本明細書に記載されるような他の分子に連結するのに使用されるヘテロ二機能性架橋剤には、限定はされないが、ＳＭＣＣ（サクシニミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート）、ＭＢＳ  （ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）、ＳＩＡＢ（Ｎ−サクシニミジル（４−ヨードアセチル（iodoacteyl））アミノベンゾエート）、ＳＭＰＢ（サクシニミジル−４−（ｐ−マレイミドフェニル）ブチレート）、ＧＭＢＳ（Ｎ−（．γ．−マレイミドブチリルオキシ）スクシンイミドエステル）、ＭＰＢＨ（４−（４−Ｎ−マレイミドフェニル（maleimidopohenyl））酪酸ヒドラジド）、Ｍ２Ｃ２Ｈ（４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシル−ヒドラジド）、ＳＭＰＴ（サクシニミジルオキシカルボニル−ａ−メチル−ａ−（２−ピリジルジチオ）トルエン）、およびＳＰＤＰ  （Ｎ−サクシニミジル３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート）が含まれる。
【０２０２】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、イオン性、吸着性、または生体分子特異的な相互作用を介して単量体の非共有結合物として製剤化される。別の実施形態では、ペプチドと高度に正または負に帯電している分子との複合体が、脱イオン水中等の低イオン強度環境下での塩橋形成を通じて、得られ得る。別の実施形態では、巨大複合体が、多数の負電荷および正電荷をそれぞれ含有するポリ−（Ｌ−グルタミン酸）またはポリ−（Ｌ−リジン）等の荷電重合体を用いて作製され得る。別の実施形態では、ペプチドが微小粒子ラテックスビーズ等の表面または他の疎水性重合体に吸着され、架橋結合型タンパク質または他の実施形態では化学重合型タンパク質を効率的に模倣する非共有結合型ペプチド−スーパー抗原複合体が形成される。別の実施形態では、ペプチドは、他の分子間の生体分子特異的な相互作用の利用によって、非共有結合的に連結されている。例えば、アビジンもしくはストレプトアビジン等のタンパク質またはそれらの誘導体に対するビオチンの強い親和性の利用が、ペプチド複合体の形成に用いられ得る。この態様における、および別の実施形態におけるペプチドは、利用可能なアミン基と反応するＤ−ビオチン（ＮＨＳ−ビオチン）のＮ−ヒドロキシサクシニミジルエステル等の通常のビオチン化試薬を用いて、ビオチン基を有するように改変され得る。
【０２０３】
別の実施形態では、本発明のペプチドは、担体に連結されている。別の実施形態では、担体はＫＬＨである。他の実施形態では、担体は、当技術分野において公知の他の担体であり、例えば、チログロブリン、ヒト血清アルブミン等のアルブミン、破傷風トキソイド、ポリ（リジン：グルタミン酸）等のポリアミノ酸、インフルエンザ、Ｂ型肝炎ウイルスコアタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルス組換えワクチン等が挙げられる。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２０４】
別の実施形態では、本発明のペプチドはＰ３ＣＳＳ等の脂質に結合されている。別の実施形態では、本発明のペプチドはビーズに結合されている。
【０２０５】
別の実施形態では、本発明の組成物は免疫調節性化合物をさらに含んでいる。他の実施形態では、免疫調節性化合物は、サイトカイン、ケモカイン、または免疫系のアクセサリー分子もしくは接着分子の発現を増強する補体成分、それらの受容体、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、免疫調節性化合物には、インターロイキン、例えば、インターロイキン１〜１５、インターフェロンα、βもしくはγ、腫瘍壊死因子（tumour necrosis factor）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、ケモカイン、例えば、好中球活性化タンパク質（ＮＡＰ）、マクロファージ化学誘引活性化因子（macrophage chemoattractant and activating factor）（ＭＣＡＦ）、ランテス、マクロファージ炎症性ペプチド（macrophage inflammatory peptide）のＭＩＰ−ＩａおよびＭＩＰ−Ｉｂ、補体成分、またはこれらの組み合わせが含まれる。他の実施形態では、免疫調節性化合物は、ＯＸ４０、ＯＸ４０Ｌ（ｇｐ３４）、リンホタクチン、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＴＲＡＰ、ＩＣＡＭ−１、２もしくは３、サイトカイン受容体、またはこれらの組み合わせの発現を刺激または増強する。
【０２０６】
別の実施形態では、免疫調節性化合物は、免疫応答に関与する共起刺激分子の発現を誘導または増強し、いくつかの実施形態では、ＣＤ４０もしくはそのリガンド、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４またはＢ７分子が含まれる。別の実施形態では、免疫調節性化合物は、熱安定性抗原（ＨＳＡ）（Liu Y. et al. (1992) J. Exp. Med. 175:437-445）、コンドロイチン硫酸修飾ＭＨＣインバリアント鎖（Ｉｉ−ＣＳ）（Naujokas M. F. et al (1993) Cell 74:257-268）、または細胞内接着分子１（ＩＣＡＭ−Ｉ）（Van R. H. (1992) Cell 71 : 1065-1068）の発現を誘導または増強するものであり、別の実施形態では、Ｔ細胞上のそれらの同族リガンドと相互作用することで同時刺激を補助する。
【０２０７】
別の実施形態では、前記組成物は、溶媒（例えば、水）、分散媒、細胞培地、等張剤等を含んでいる。別の実施形態では、溶媒は、ｐＨが約７．０である等張性緩衝水溶液である。別の実施形態では、前記組成物は、水、リン酸緩衝食塩水、または食塩水等の希釈剤を含んでいる。別の実施形態では、前記組成物は、プロピルエチレングリコール、ポリエチレングリコールおよび植物油等の非水系の溶媒を含んでいる。
【０２０８】
別の実施形態では、前記組成物は、当業者に公知の多くの技術によって、投与用に製剤化されている。例えば、本発明は、非経口的、静脈内、皮下、皮内、粘膜内、局所的、経口的な、または吸入による、医薬組成物の投与を提供する。
【０２０９】
別の実施形態では、本発明のペプチドを含むワクチンは細胞集団をさらに含んでおり、別の実施形態では、前記細胞集団はリンパ球、単球、マクロファージ、樹状細胞、上皮細胞、幹細胞またはこれらの組み合わせを含んでおり、別の実施形態では、これらの細胞は互いに関して自家性、同系間または同種間である。別の実施形態では、前記細胞集団は本発明のペプチドを含んでいる。別の実施形態では、前記細胞集団は前記ペプチドを取り込む。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２１０】
別の実施形態では、本発明の細胞集団は、インビボの供給源、例えば、末梢血、白血球フェレーシス血液製剤、アフェレーシス血液製剤、末梢リンパ節、消化管関連リンパ系組織、脾臓、胸腺、臍帯血、腸間膜リンパ節、肝臓、免疫性病変部、例えば、滑液、膵臓、脳脊髄液、腫瘍の試料、肉芽腫組織、またはこのような細胞を得ることが可能な他の供給源から得られる。別の実施形態では、前記細胞集団はヒト供給源から得られ、他の実施形態では、このヒト供給源は、ヒトの胎児、新生児、小児、または成人供給源から得られる。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、動物供給源、例えば、ブタもしくはサル、または他の目的動物から得られる。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、正常な対象から、あるいは別の実施形態では、疾患を有する対象から、あるいは別の実施形態では、目的の疾患に罹患し易い対象から得られる。
【０２１１】
別の実施形態では、本発明の細胞集団は、親和性に基づく分離法によって分離される。他の実施形態では、アフィニティ分離のための技術には、抗体で被覆した磁気ビーズを用いる磁気分離、アフィニティクロマトグラフィ、モノクローナル抗体に結合された、またはモノクローナル抗体と併せて使用される細胞傷害性薬物（例えば、補体および細胞毒）、並びにプレート等の固体マトリクスに付着した抗体を用いる「パニング」、または他の好都合な技術が含まれる。他の実施形態では、分離技術には、多色チャネル、低角および鈍角の光散乱を検出するチャネル、インピーダンスチャネル等の、様々な程度の精巧さを有し得る蛍光標示式細胞分取器の使用が含まれる。他の実施形態では、本発明の細胞集団の分離を可能にするいかなる技術も使用可能であり、本発明の一部とみなされるべきである。
【０２１２】
別の実施形態では、樹状細胞は、そのようなものに適した、種々のリンパ系組織および非リンパ系組織に存在する、形態学的に類似した細胞型の多種多様な集団から得られる（Steinman (1991) Ann. Rev. Immunol.9:271-296）。別の実施形態では、本発明で使用される樹状細胞は骨髄から単離され、あるいは別の実施形態では、骨髄前駆細胞に由来し、あるいは別の実施形態では、末梢血からの単離／由来によるものであり、あるいは別の実施形態では、ある細胞株であるかまたは該細胞株に由来する。
【０２１３】
別の実施形態では、本明細書に記載される細胞集団は、マウス、サルまたはヒト等の哺乳動物の白血球画分から単離される（例えば、国際公開第９６／２３０６０号を参照されたい）。別の実施形態では、白血球画分は哺乳動物の末梢血から単離され得る。
【０２１４】
樹状細胞（ＤＣ）を単離する方法は当技術分野において周知である。別の実施形態では、以下のステップ、すなわち、
（ａ）白血球分離等の当技術分野において公知の方法によって、哺乳類供給源から得られる白血球画分を提供するステップと、
（ｂ）向流遠心分離法によって、（ａ）のステップの白血球画分を４つ以上の細画分に分離するステップと、
（ｃ）（ｂ）のステップから得られた１若しくは複数の画分内の単球の、樹状細胞への転換を、前記細胞をカルシウムイオノホア、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−１３またはＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−４と接触させることで、刺激するステップと、
（ｄ）（ｃ）のステップから得られた、樹状細胞が濃縮された画分を特定するステップと、
（ｅ）（ｄ）のステップの濃縮画分を、好ましくは約４℃で収集するステップとを含む方法によって、ＤＣが単離される。
【０２１５】
別の実施形態では、樹状細胞が濃縮された画分は、蛍光標識細胞分取によって特定され、この蛍光標識細胞分取は、以下のマーカー：ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＢ７．２のうちの少なくとも１つ、並びに以下のマーカー：ＣＤ３、ＣＤ１４、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ５７、およびＣＤ１９、ＣＤ２０の同時の非存在を特定する。
【０２１６】
別の実施形態では、前記細胞集団はリンパ球を含んでおり、このリンパ球は、別の実施形態ではＴ細胞であり、あるいは別の実施形態では、Ｂ細胞である。他の実施形態では、前記Ｔ細胞は、ＮＫ細胞、ヘルパーＴ細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、ＴＢＬ、ナイーブＴ細胞、またはこれらの組み合わせとして特徴付けられる。初代、または細胞株、クローン等であるＴ細胞が本発明の一部とみなされるべきであることを理解されたい。別の実施形態では、前記Ｔ細胞は、ＣＴＬ、またはＣＴＬ株、ＣＴＬクローン、または腫瘍、炎症性浸潤、もしくは他の浸潤から単離されたＣＴＬである。
【０２１７】
別の実施形態では、造血性の幹細胞または初期前駆細胞は、本発明で用いられる細胞集団を含む。別の実施形態では、このような集団は白血球分離によって、単離または派生される。別の実施形態では、白血球分離は、骨髄、末梢血（ＰＢ）または新生児臍帯血から、サイトカイン投与の後に行われる。別の実施形態では、幹細胞または前駆細胞は、ＣＤ３４＋として知られる表面抗原マーカーの細胞表面発現、および表面系譜抗原マーカー（surface lineage antigen marker）Ｌｉｎ−の発現除外によって特徴づけられる。
【０２１８】
別の実施形態では、前記対象は、本発明のペプチド、組成物またはワクチンを、骨髄細胞と共に投与される。別の実施形態では、骨髄細胞実施形態と併せた投与は、対象におけるがんを抑制、阻害または治療するために、治療過程の一部として、対象の事前の照射の後に行われる。
【０２１９】
別の実施形態では、句「細胞を接触させる」または「集団を接触させる」は、暴露の１つの方法を指しており、他の実施形態では、直接的または間接的なものであり得る。別の実施形態では、このような接触は、マイクロインジェクション等の、当技術分野において周知の手段による細胞の直接注射を含む。別の実施形態では、細胞への供給は、細胞を取り囲む培地中の供給、または当技術分野において周知の、および本明細書に記載されるような、任意の経路を介した対象への投与等、間接的なものであることも企図される。
【０２２０】
別の実施形態では、本発明の方法のＣＴＬの発生は、インビボで達成され、対象に、インビトロで本発明のペプチドと接触された抗原提示細胞を投与することによって達成される（例えば、Paglia et al. (1996) J. Exp. Med. 183:317-322を参照）。
【０２２１】
別の実施形態では、本発明の方法および組成物のペプチドは、ＡＰＣに送達される。別の実施形態では、ペプチドでパルスされたＡＰＣが対象に投与されて、免疫応答が誘起される、または腫瘍の成長もしくは再発が阻害される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２２２】
別の実施形態では、前記ペプチドは、該ペプチドをコードするｃＤＮＡの形態でＡＰＣに送達される。別の実施形態では、用語「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）は、必要なＭＨＣ／共起刺激分子を発現する、樹状細胞（ＤＣ）、単球／マクロファージ、Ｂリンパ球または他の細胞型を指しており、このＭＨＣ／共起刺激分子は、提示されたペプチドのＴ細胞認識を効率的に可能にする。別の実施形態では、ＡＰＣはがん細胞である。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２２３】
別の実施形態では、ＣＴＬは２以上のＡＰＣ集団と接触される。別の実施形態では、２以上のＡＰＣ集団は異なるペプチドを提示している。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２２４】
別の実施形態では、ＡＰＣ（例えばＤＣ）の細胞質ゾル内での抗原の発現をもたらす手法が用いられ、ペプチドがＡＰＣに送達される。ＡＰＣ上で抗原を発現させるための方法は、当技術分野において周知である。別の実施形態では、前記手法には、（１）本発明のペプチドをコードする裸のＤＮＡの、ＡＰＣ内への導入、（２）本発明のペプチドを発現する組換えベクターによるＡＰＣの感染、および（３）リポソームを用いる、ＡＰＣの細胞質ゾル内への本発明のペプチドの導入が含まれる（Boczkowski D. et al. (1996) J. Exp. Med. 184:465-472; Rouse et al. (1994) J. Virol. 68:5685-5689;およびNair et al. (1992) J. Exp. Med. 175:609-612を参照）。
【０２２５】
別の実施形態では、その抗原プロセシング経路内に内在ペプチドと細胞表面ＭＨＣクラスＩ分子との結合（association）を制限する変異を含有する、ヒト細胞株の１７４ｘＣＥＭ．Ｔ２（Ｔ２と称される）に由来するもの等のフォスターＡＰＣ（foster APC）（Zweerink et al. (1993) J. Immunol. 150:1763-1771）が、本明細書に例示されるように、使用される。
【０２２６】
別の実施形態では、本明細書に記載されるように、対象が、発現された未変性タンパク質と異なる本発明のペプチド、または本発明のペプチドを含む組成物／細胞集団に暴露され、その後、未変性タンパク質／抗原と交差反応性の宿主免疫が発達する。
【０２２７】
別の実施形態では、本発明の方法または実施形態において述べられる対象は、ヒトである。他の実施形態では、対象は哺乳動物であり、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、モルモット、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、ネコ、イヌ、サル、または類人猿であり得る。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２２８】
別の実施形態では、本発明のペプチド、ワクチン、および組成物は、腫瘍細胞の溶解を結果として生じる免疫応答を刺激する。
【０２２９】
別の実施形態では、本明細書に記載される方法のいずれかが用いられてＣＴＬが誘起され、これは、インビトロにおいて誘起される。別の実施形態では、ＣＴＬはエキソビボで誘起される。別の実施形態では、ＣＴＬはインビトロで誘起される。別の実施形態では、結果として生じたＣＴＬが対象に投与されることで、前記ペプチド、該ペプチドを含む発現産物、またはその相同体と関連する状態が治療される。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２３０】
別の実施形態では、前記方法は、例えば、１若しくは複数の核酸送達法を用いる、本発明のペプチドをコードする遺伝子配列の導入を必要とする。別の実施形態では、本発明の核酸には、ＮＡ、ＲＮＡ並びにＤＮＡおよびＲＮＡの混合物が、単独で、または非核酸成分と共に含まれる。別の実施形態では、前記方法は、対象に、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクターを投与するステップを含む（Tindle, R. W. et al. Virology (1994) 200:54）。別の実施形態では、前記方法は、対象に、ペプチドをコードする、あるいは別の実施形態では、２つ以上の本発明のペプチドをコードする裸のＤＮＡを投与するステップを含む（Nabel, et al. PNAS-USA (1990) 90: 11307）。別の実施形態では、マルチエピトープ（multi-epitope）、類似体をベースにしたがんワクチンが利用される（Fikes et al, Design of multi-epitope, analogue-based cancer vaccines. Expert Opin Biol Ther.2003 Sep;3(6):985-93）。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【０２３１】
核酸は、非経口投与もしくは静脈内投与を含む当技術分野で知られている手段によって、あるいは別の実施形態では、遺伝子銃によって、対象に投与され得る。別の実施形態では、核酸は組成物の形態で投与され、他の実施形態では、この形態は本明細書に列挙される任意の実施形態に一致する。
【０２３２】
本発明の方法に従った使用のためのベクターは、本発明のペプチドの発現を促進するかまたは可能にする任意のベクターを含み得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているような、牛痘や鶏痘等の弱毒ウイルスを含む。別の実施形態では、ベクターは、Stover et al. (Nature 351:456-460 (1991))に記載されているようなＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。本発明のペプチドの治療的投与または免疫処置に有用な種々様々な他のベクター（例えば、チフス菌（Salmonella typhi）ベクター等）は、本明細書中の記述から当業者には明らかである。
【０２３３】
別の実施形態では、ベクターは、本明細書に記載されるような免疫調節性化合物をさらにコードしている。別の実施形態では、対象は、本発明のペプチドをコードするベクターの対象への投与と同時に、投与前に、または投与後に、前記免疫調節性化合物をコードするさらなるベクターを投与される。
【０２３４】
別の実施形態では、本発明のペプチド、組成物およびワクチンは、他の抗がん性の化合物および化学療法剤（例えば、がんの代替抗原（alternate cancer antigen）を標的にするモノクローナル抗体、あるいは別の実施形態では、本発明のペプチドが由来するＡＡ配列に相当するかまたは部分的に相当するＡＡ配列からなるエピトープを標的にするモノクローナル抗体）と共に、対象に投与される、または本発明の方法で利用される。
【０２３５】
用量域の種々の実施形態は本発明によって企図されるものである。μは、マイクロを指し；μｇはマイクログラムを指す。別の実施形態では、投与量は２０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は３０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は４０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は６０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は８０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１５０μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は２００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は３００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は４００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は６００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は８００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１０００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１５００μｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は２０００μｇ／ペプチド／日である。
【０２３６】
別の実施形態では、投与量は１０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は６０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は８０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１５０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は６００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は８００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１０００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１５００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２０００μｇ／ペプチド／用量である。
【０２３７】
別の実施形態では、投与量は１０〜２０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２０〜３０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２０〜４０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３０〜６０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４０〜８０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は５０〜１００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は５０〜１５０μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１００〜２００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２００〜３００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３００〜４００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４００〜６００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は５００〜８００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は８００〜１０００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１０００〜１５００μｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１５００〜２０００μｇ／ペプチド／用量である。
【０２３８】
別の実施形態では、ペプチド／用量またはペプチド／日の合計量は上記の量のうちの１つである。別の実施形態では、総ペプチド用量／用量は上記の量のうちの１つである。
【０２３９】
上記用量のそれぞれは本発明の別々の実施形態を表す。
【０２４０】
用量域の種々の実施形態は本発明によって企図されるものである。別の実施形態では、投与量は20mg／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１０ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は３０ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は４０ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は６０ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は８０ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１００ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１５０ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は２００ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は３００ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は４００ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は６００ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は８００ｍｇ／ペプチド／日である。別の実施形態では、投与量は１０００ｍｇ／ペプチド／日である。
【０２４１】
別の実施形態では、投与量は１０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は６０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は８０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１５０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は６００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は８００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１０００ｍｇ／ペプチド／用量である。
【０２４２】
別の実施形態では、投与量は１０〜２０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２０〜３０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２０〜４０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３０〜６０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４０〜８０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は５０〜１００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は５０〜１５０ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は１００〜２００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は２００〜３００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は３００〜４００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は４００〜６００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は５００〜８００ｍｇ／ペプチド／用量である。別の実施形態では、投与量は８００〜１０００ｍｇ／ペプチド／用量である。
【０２４３】
別の実施形態では、ペプチド／用量またはペプチド／日の合計量は上記の量のうちの１つである。別の実施形態では、総ペプチド用量／用量は上記の量のうちの１つである。
【０２４４】
上記用量のそれぞれは本発明の別々の実施形態を表す。
【０２４５】
別の実施形態では、本発明は本発明のペプチド、組成物またはワクチンを含むキットを提供する。別の実施形態では、前記キットは、ラベルまたは添付文書をさらに含んでいる。別の実施形態では、前記キットは、遅延型過敏性試験を用いたＷＴ１特異的ＣＤ４応答の検出に用いられる。別の実施形態では、前記キットは本明細書において列挙される他のいかなる方法にも使用される。別の実施形態では、前記キットは当技術分野において公知の他のいかなる方法にも用いられる。各可能な形態は、本発明の別々の実施形態を表す。
【実施例】
【０２４６】
実施例１
材料および方法
ペプチドデザイン
３つのコンピュータ支援予測アルゴリズムのＢＩＭＡＳ（http://www-bimas.cit.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform）、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ（http://www.syfpeithi.de/）およびＲＡＮＫＰＥＰ（http://bio.dfci.harvard.edu/Tools/rankpep.html）を用い、健常ドナーにおいて免疫応答を誘導することが可能な天然ＷＴ１タンパク質配列から始めることで、ＣＤ８Ｔ細胞およびＣＤ４Ｔ細胞の両方に対するエピトープを選択した。その天然配列よりも高い予測結合性をもたらす、クラスＩの天然ペプチドのアンカー残基内の１個のアミノ酸の改変よって、ヘテロクリティックペプチドをデザインした。ＣＤ４Ｔ細胞およびＣＤ８Ｔ細胞の両方を同時に刺激するため、クラスＩペプチドに隣接残基を付加することによって、クラスＩＩペプチドをデザインした。前記アルゴリズムにより多くの配列を予測することができるが、これらのモデルでは、生細胞に対し試験する場合、３０％の場合においてＭＨＣに対する結合性は予測されず（Gomez-Nunez et al. Leuk Res. 2006;30(10): 1293-8）、そのためインビトロ試験が必要とされる。さらに、結合性が示された場合でも、細胞傷害性Ｔ細胞応答が起こらない場合があり、これにはさらなるインビトロ研究が必要とされる。
【０２４７】
ペプチド合成
全てのペプチドは、ジーンメッド・シンセシス株式会社（Genemed Synthesis, Inc.）（テキサス州サンアントニオ）により合成されたものを購入した。ペプチドは、７０％〜９０％の純度を有して無菌であった。ペプチドをＤＭＳＯに溶解し、食塩水で５ｍｇ／ｍＬに希釈し、−８０℃で保存した。使用される対照ペプチドは、ＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１については、ＪＡＫ−２由来ＤＲ．Ｂ１結合ペプチドＪＡＫ２−ＤＲ（ＧＶＣＶＣＧＤＥＮＩＬＶＱＥＦ；配列番号５９）またはＢＣＲ．ＡＢＬ由来ペプチド（ＩＶＨＳＡＴＧＦＫＱＳＳＫＡＬＱＲＰＶＡＳＤＦＥＰ；配列番号６０）であり；ＨＬＡ−Ａ０２０１については：ユーイング肉腫由来ペプチドＥＷ（ＱＬＱＮＰＳＹＤＫ；配列番号６１）であり、ＨＬＡ−Ａ２４０２については、前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）由来ペプチド６２４〜６３２（ＴＹＳＶＳＦＤＳＬ；配列番号６２）である。
【０２４８】
細胞株、サイトカインおよび抗体
ヒト白血病細胞株のＢＡ２５およびＨＬ−６０を、Ｔ細胞の細胞毒性を測定するための標的として使用した。ヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、インターロイキン（ＩＬ）−１β、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−１５、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）−αおよびプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）は、Ｒ＆Ｄシステムズ社（ミネソタ州ミネアポリス）から購入した。β２−ミクログロブリン（ｂ２−ｍ）は、シグマ社（ミズーリ州セントルイス）から購入した。免疫蛍光法アッセイに用いた抗体、例えば、ヒトＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＨＬＡ−Ａ２（クローンＢＢ７．２）およびアイソタイプ対照に対するｍＡｂは、ＢＤバイオサイエンス社（カリフォルニア州サンディエゴ）から購入した。ＣＤ１４およびＣＤ３用の細胞単離キットは、ミルテニーバイオテク社（ドイツ、ベルギッシュグラートバハ）から購入した。
【０２４９】
ペプチド結合についてのＴ２アッセイ
Ｔ２細胞（ＴＡＰ−、ＨＬＡ−Ａ０２０１＋）を、種々の最終濃度（５０、１０および２μｇ／ｍｌ）のペプチドの非存在下（負の対照）または存在下の、１０μｇ／ｍｌのヒトβ−２ｍ（シグマ社、米国ミズーリ州セントルイス）を添加したＦＣＳ非含有ＲＰＭＩ培地中で、１×１０６細胞／ｍｌで、３７℃で一晩インキュベートした。ブレフェルジンＡ（シグマ社）を５μｇ／ｍｌで培地に添加し、２時間インキュベーションした。次に、Ｔ２細胞を洗浄し、ＦＩＴＣ結合型抗ＨＬＡ−Ａ２．１（ＢＢ７．２）ｍＡｂを用いて４℃で３０分間染色し、その後、染色緩衝液（ＰＢＳ＋１％ＦＢＳおよび０．０２％アジド）で洗浄した。細胞表面上のＨＬＡ−Ａ２の発現を、ＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒ（ベクトン・ディッキンソン社）によるフローサイトメトリーで測定し、ＦｌｏｗＪｏ９．６．３ソフトウェアで解析した。
【０２５０】
インビトロ刺激およびヒトＴ細胞培養
ＨＬＡ型が決定された健常ドナー由来の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）をフィコール密度遠心分離によって得た。ＣＤ１４＋単球を、磁気ビーズ結合型ヒトＣＤ１４抗ｍＡｂ（ミルテニーバイオテク社）を用いるポジティブ選択で単離し、Ｔ細胞の第一刺激に使用した。ＰＢＭＣのＣＤ１４−分画を、ｐａｎ  Ｔ  ｃｅｌｌアイソレーションキット（ミルテニーバイオテク社）を用いる負の免疫磁気細胞分離（negative immunomagnetic cell separation）による、ＣＤ３の単離に用いた。細胞の純度は、常に９８％超であった。Ｔ細胞を、５％の自己血漿（ＡＰ）、２０μｇ／ｍＬの合成ペプチド、１μｇ／ｍＬのＢ２−ｍ、および１０ｎｇ／ｍＬのＩＬ−１５を添加したＲＰＭＩ１６４０の存在下で７日間刺激した。１％のＡＰ、５００ユニット／ｍＬの組換えＩＬ−４、および１，０００ユニット／ｍＬのＧＭ−ＣＳＦを添加したＲＰＭＩ１６４０培地中で細胞を培養することにより、単球由来樹状細胞（ＤＣ）をＣＤ１４＋細胞から得た。インキュベーションの２日目および４日目に、ＩＬ−４およびＧＭ−ＣＳＦを含有する新鮮な培地を追加、または培地の半分と交換した。５日目に、２０μｇ／ｍＬクラスＩＩペプチドを、プロセシングのために、未成熟ＤＣに添加した。６日目に、成熟サイトカイン混合物を添加した（Dao et al. Plos One 2009; 4(8):e6730）。７日目または８日目に、Ｔ細胞をＩＬ−１５を有する成熟ＤＣで再刺激した。ほとんどの場合、Ｔ細胞を、ＤＣまたはＣＤ１４＋細胞を抗原提示細胞（ＡＰＣ）として用いて３回同様に刺激した。最終刺激の１週間後、ＩＦＮ−ｇ  ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ（酵素免疫スポットアッセイ）によりペプチド特異的Ｔ細胞応答を調べ、細胞毒性を５１クロム（Ｃｒ）放出アッセイによって試験した。
【０２５１】
ＩＦＮ−ｇ  ＥＬＩＳＰＯＴ
ＨＡ−Ｍｕｌｔｉｓｃｒｅｅｎプレート（ミリポア社）を、１００μＬのＰＢＳ中マウス抗ヒトＩＦＮ−ｇ抗体（１０Ａｇ／ｍＬ；クローン１−Ｄ１Ｋ；マブテック社（Mabtech））でコートし、４Ｃで一晩インキュベートし、ＰＢＳで洗浄して未結合抗体を除去し、ＲＰＭＩ１６４０／１０％自己血漿（ＡＰ）で３７℃で２時間ブロッキングした。精製したＣＤ３＋Ｔ細胞（９８％超の純度）を、自己ＣＤ１４＋（Ｅ：ＡＰＣ比１０：１）または自己ＤＣ（Ｅ：ＡＰＣ比３０：１）と一緒に播種した。種々の試験ペプチドを２０μｇ／ｍＬでウェルに添加した。負の対照のウェルには、ペプチド無しまたは無関係ペプチド有りで、ＡＰＣおよびＴ細胞を含ませた。正の対照のウェルには、Ｔ細胞およびＡＰＣおよび２０μｇ／ｍＬのフィトヘマグルチニン（ＰＨＡ、シグマ社）を含ませた。全ての条件を３連で行った。マイクロタイタープレートを３７℃で２０時間インキュベートし、その後ＰＢＳ／０．０５％トウィーンで十分に洗浄し、１００μｌ／ウェルのビオチン化抗ヒトＩＦＮ−ｇ検出抗体（２μｇ／ｍＬ；クローン７−Ｂ６〜１；マブテック社）を添加した。プレートを３７℃でさらに２時間インキュベートし、記述（Dao et al.、前掲）の通りにスポットを発生させた。スポット数を、ＫＳ  ＥＬＩＳＰＯＴ４．０ソフトウェア（カールツァイスビジョン社）を備えたコンピュータ支援ビデオ画像分析機器を用いて自動決定した。
【０２５２】
５１クロム放出アッセイ
特異的ＣＴＬの存在を、記述（Dao et al.、前掲）の通りの標準的なクロム放出アッセイにて測定した。簡潔に説明すると、単独の、または５０μｇ／ｍＬの合成ペプチドで３７℃で２時間（場合によっては一晩）パルスした標的細胞を、５０μＣｉ／１０６細胞のＮａ２５１ＣｒＯ４（ＮＥＮライフ・サイエンス・プロダクツ社（NEN Life Science Products, Inc.））で標識する。十分に洗浄した後、標的細胞を１００：１〜１０：１の範囲のＥ：Ｔ比のＴ細胞と一緒にインキュベートする。全ての条件を３連で行った。プレートを３７℃、５％ＣＯ２で４〜５時間インキュベートした。上澄み液を回収し、ガンマカウンタで放射活性を測定した。特異的溶解％を次式から決定した：
［（実験による放出−自発性放出）／（最大放出−自発性放出）］×１００％。
最大放出は、放射性標識された標的の１％ＳＤＳ中の溶解によって決定した。
【０２５３】
実施例２
天然ペプチドおよびその類似ペプチドのＨＬＡ−Ａ０２０１およびＨＬＡ−Ａ２４０２に対する結合
ヒトＷＴ１タンパク質にまたがる１５塩基長の重複ペプチドのプールを用いてインビトロでヒトＴ細胞を感作させることで、配列２３９〜２４８（ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ；配列番号５；本明細書ではＮＱＭと省略、または）が、ＨＬＡ−Ａ２４０２との関連において、免疫原性ＣＤ８  Ｔ細胞エピトープであることが最近特定された（Doubrovina et al., Blood 2012; 123(8):1633-46）。より強い免疫原性を有する類似ペプチドを得るために、３つのオンラインで利用可能なデータベース（ＢＩＭＡＳ、ＲＡＮＫＰＥＰおよびＳＹＦＰＥＩＴＨＩ）を用いて、天然ペプチドおよび２位および９位（クラスＩアンカー残基）に種々のアミノ酸置換を有する可能な類似体の予測スコアを選別した。３つデータベース全てから得られた予測結合性スコアは、ＨＬＡ−Ａ２４０２分子に対してよりも、ＨＬＡ−Ａ０２０１分子に対しての、天然ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号５）ペプチドのより良好な結合性を示した（表Ｉ）。２位のグルタミンがロイシンで置換された場合、３つ全ての予測プログラムによるＨＬＡ−Ａ２４０２に対する結合性スコアは、依然として同様のレベルであった。しかし、ＨＬＡ−Ａ０２０１に対して、有意により強い結合性スコアが予測された。一方、２位のグルタミンがチロシンで置換された場合、ＨＬＡ−Ａ２４０２に対する結合性スコアは劇的に向上し、約９０倍に増加した結合性がＢＩＭＡＳ予測によって示された。ＲＡＮＫＰＥＰアルゴリズムによって３つ全てのペプチドがＣ末端において切断されていることが予測されたが、これは、ペプチド断片のプロセシングを示唆するものである。９位における種々のアミノ酸との置換により、結合性スコアを調べたが、それらのいずれも、２位における置換と比較して有意に向上された結合性を示さなかった。そのため、２つの類似ペプチド、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号６；本明細書では略してＮＬＭ、あるいはＡ２４−ヘテロクリティック−１と呼ぶ）およびＮＹＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号７；本明細書では略してＮＹＭ、あるいはＡ２４−ヘテロクリティック−２と呼ぶ）をさらなる研究のために選択した。
【０２５４】
【表１】
2019122377.tif 000003
【０２５５】
実施例３
ＨＬＡ−Ａ０２０１分子およびＨＬＡ−Ａ２４０２分子に対するペプチドの結合
ＭＨＣクラスＩ制限ペプチドの免疫原性は、生細胞表面のＭＨＣクラスＩ分子と結合しそれを安定化させる能力を必要とする。さらに、コンピュータ予測は最大で７０％の精度しかなく；そのため、抗原運搬能を欠く（ＴＡＰ２陰性）ＨＬＡ−Ａ０２０１ヒトＴ２細胞を用いる従来の結合および安定化アッセイを用いた、ペプチドおよびＨＬＡ−Ａ０２０１分子の間の相互作用の強度の、直接的な測定が求められた。Ｔ２細胞はＴＡＰ機能を欠いているため、クラスＩ分子に細胞質ゾルで生成された抗原ペプチドを適切に積むことに欠陥がある。外因的に加えられたペプチドと熱不安定性の空のＨＬＡ−Ａ０２０１分子との結合は、それらを安定化することで、ＢＢ７．２等の特異的な抗ＨＬＡ−Ａ０２０１ｍＡｂによって認識される表面ＨＬＡ−Ａ０２０１のレベルの上昇をもたらす。
【０２５６】
Ｔ２結合アッセイによって、天然ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号５）ペプチドがＴ２細胞上のＨＬＡ−Ａ２発現を増加させないことが示された（図１、上段パネル）。しかし、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号６）類似ペプチドは、ペプチドパルス無しのＴ２細胞との比較においてＨＬＡ−Ａ２発現の用量依存的な増加を示すことによって、ＨＬＡ−Ａ２分子を安定化させた（図１、中段パネル）。天然ペプチドＮＱＭＮＬＧＡＴＬと同様に、ＮＹＭＮＬＧＡＴＬ（配列番号７）ペプチドは、ＨＬＡ−Ａ２発現を増加させなかった（図１、下段パネル）。これらのデータによって、コンピュータ支援アルゴリズムによって予測されたＨＬＡ−Ａ２結合性スコアが確認された。
【０２５７】
実施例４
ＨＬＡ−Ａ０２０１分子およびＡ２４０２分子との関連における、ペプチド特異的ＣＤ８  Ｔ細胞応答の誘導
ＭＨＣ分子に対する親和性はペプチド提示に必要であるが、もう１つ、ＨＬＡ分子によって提示されたペプチドのＴ細胞認識も、ペプチド特異的応答を誘発するのに重要な必要条件である。そのため、インビトロ刺激プロトコルを用いて、新規の合成ＷＴ１ペプチド類似体を、ＨＬＡ−Ａ０２０１ドナーおよびＨＬＡ−Ａ２４０２ドナーの両方においてペプチド特異的Ｔ細胞応答を刺激するそれらの能力について評価した。
【０２５８】
ペプチド特異的Ｔ細胞前駆体を増殖させるため、３回〜５回のインビトロ刺激を行い、個々のペプチドに暴露された場合のＩＦＮ−ｇ産生によって、特異的なＴ細胞応答を測定した。ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドは、天然ＮＱＭＮＬＧＡＴＬペプチドと交差反応した、強いＩＦＮ−ｇ分泌を誘導した。Ｔ細胞の５回の刺激は、３回の刺激（図２Ａ）よりも多いＩＦＮ−ｇスポット（図２Ｂ）によって示される、応答を強化した。ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドで５回刺激した後のＴ細胞を、５１Ｃｒ放出アッセイを用いて、細胞毒性についても試験した。ＷＴ１陽性であるがＨＬＡ−Ａ２陰性であったＨＬ−６０細胞に対して、殺傷は観察されなかった。しかし、Ｔ細胞は、ＷＴ１＋且つＨＬＡ−Ａ０２０１＋であるＡＭＬ細胞株ＳＥＴ−２およびＨＬＡ−Ａ０２０１陽性患者由来の初代白血病芽球を殺傷しなかった（図３）。ＮＬＭＮＬＧＡＴＬおよびＮＹＭＮＬＧＡＴＬヘテロクリティックペプチドの両方が、ＨＬＡ−Ａ２４０２ドナーにおいてより良好なＣＤ８  Ｔ細胞応答を誘導し得るかどうかを決定した。ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドは、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬペプチドおよび天然ＮＱＭＮＬＧＡＴＬペプチドの両方に対するＴ細胞応答を誘導することができたが、天然ＮＱＭＮＬＧＡＴＬペプチドによって誘導されたＴ細胞応答と比較して、有意な増強はなかった。対照的に、ＮＹＭＮＬＧＡＴＬペプチドは、３回刺激の後にそれ自体および天然ペプチドに対する強いＴ細胞応答を誘導したが（図４Ａ）、その応答は５回刺激後に消失し（図４Ｂ）、また、天然配列との弱い交差反応性も示した。これらのデータにより、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬヘテロクリティックペプチドが、ＨＬＡ−Ａ０２０１分子との関連において、ＣＤ８  Ｔ細胞にとっての強力なエピトープであることが示された。一方、ＮＹＭＮＬＧＡＴＬペプチドは、ＨＬＡ−Ａ０２０１陽性ドナーにおいてＣＤ８  Ｔ細胞応答を誘導したが、その応答はＮＱＭＮＬＧＡＴＬペプチドよりも有意に良好ではなかった。
【０２５９】
実施例５
ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ  ＣＤ８  Ｔ細胞エピトープを認識するＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１ペプチドによるＴ細胞応答の誘導
ＣＤ４  Ｔ細胞が、ＣＤ４０／ＣＤ４０Ｌシグナル伝達を介してＤＣを完全に活性化させることによって、およびＩＬ−２およびＩＦＮ−ｇを産生することによって、ＣＤ８  ＣＴＬを援助し得ることから、ＣＤ４エピトープおよびＣＤ８エピトープの両方を併有しているペプチドは、ワクチンデザインに有効な免疫応答を誘起する際に、単一のクラスＩエピトープよりも有効であることが示されている。さらに、ＣＤ８  Ｔ細胞エピトープが組み込まれているより長いペプチドで刺激されたＴ細胞が短ペプチドを認識できたならば、それによって、ＣＤ８  Ｔ細胞エピトープのプロセシングが確かめられるだろう。そのため、それぞれＮＱＭＮＬＧＡＴＬエピトープおよびＮＬＭＮＬＧＡＴＬエピトープにまたがる４つのＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１結合ペプチドをデザインした。
ＤＲ−天然−１：ｃｍｔｗＮＱＭＮＬＧＡＴＬｋｇ（配列番号８）
ＤＲ−天然−２：ｗＮＱＭＮＬＧＡＴＬｋｇｖａａ（配列番号９）
ＤＲ−ヘテロクリティック−１：ｃｍｔｗＮＬＭＮＬＧＡＴＬｋｇ（配列番号１０）
ＤＲ−ヘテロクリティック−２：ｗＮＬＭＮＬＧＡＴＬｋｇｖａａ（配列番号１１）
【０２６０】
クラスＩＩペプチド切断を予測するための決定的な方法が存在しないため、ＢＩＭＡＳ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩおよびＲＡＮＫＰＥＰアルゴリズムを用いてクラスＩＩペプチドの２つの異なる改変体をデザインした（表２）。
【０２６１】
【表２】
2019122377.tif 000004
【０２６２】
Ｔ細胞をＮＬＭＮＬＧＡＴＬエピトープにまたがる２つの「ヘテロクリティックな」ＤＲ．Ｂ１ペプチドで刺激した場合、それらは、ＩＦＮ−ｇ分泌を示す、短ペプチドおよび長ペプチドの両方に特異的なＴ細胞応答を誘導した。ＣＤ４ペプチドはそれらのサイトカイン大量産生によってより強力な応答を誘導するため、バックグラウンドは通常、ＣＤ８  Ｔ細胞ペプチド刺激よりも高い。そのため、ＤＲ−ヘテロクリティックペプチドの両方が特異的な応答を誘導するが、ＤＲ−ヘテロクリティック−２ペプチドは、ドナーにおいてＤＲ−ヘテロクリティック−１ペプチドよりも明瞭な応答を示した（図５Ａに示される）。ＤＲ−ヘテロクリティック−２ペプチドによって誘導された応答が、短ペプチドであるＮＱＭＮＧＡＴＬおよびＮＬＭＮＧＡＴＬの両方、並びにＤＲ−天然２ペプチドおよびＤＲ−ヘテロクリティック−２ペプチドに特異的であることは明らかであった。さらに重要なことに、前記応答は、照射を受けた癌化細胞株ＢＡ−２５（ＷＴ１＋Ａ２＋）を対象にするものであり、ＷＴ１＋であるがＡ０２０１陰性であるＨＬ−６０細胞を対象としたものではなかった。同様に、図５Ｂに示されるように、Ｔ細胞が短いペプチド（ＮＱＭＮＬＧＡＴＬまたはＮＬＭＮＧＡＴＬ）またはより長いペプチドで刺激された場合、ＢＡ−２５細胞のみが殺傷され、ＨＬ−６０細胞は殺傷されなかった。
【０２６３】
実施例６
ＮＱＭＮＬＧＡＴＬ  ＣＤ８  Ｔ細胞エピトープを認識する他のＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１結合ペプチド
上記のＤＲペプチドに加え、ＮＱＭＮＬＧＡＴＬエピトープ、ＮＬＭＮＬＧＡＴＬエピトープおよびＮＬＭＮＬＧＡＴＬエピトープにまたがるさらなるＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１結合ペプチドをデザインし、評価した（表３）。
【０２６４】
【表３−１】
2019122377.tif 000005
【表３−２】
2019122377.tif 000006
【０２６５】
実施例７
ヒトＨＬＡ−Ｂ７クラスＩおよびＨＬＡ−ＤｒクラスＩＩ分子に結合するＷＴ１腫瘍性タンパク質に由来するペプチドの作製
また、ＨＬＡ−Ｂ０７０２に結合するペプチドをデザインした（表４）。以下のペプチド配列をデザインした：ＲＱＲＰＨＰＧＡＬ（Ｂ７−天然１；配列番号３４）、ＲＬＲＰＨＰＧＡＬ（Ｂ７−ヘテロクリティック−１；配列番号３７）、ＲＩＲＰＨＰＧＡＬ（Ｂ７−ヘテロクリティック−２；配列番号３８）、ＧＡＬＲＮＰＴＡＣ（天然２；配列番号２９）、およびＧＡＬＲＮＰＴＡＬ（Ｂ７−ヘテロクリティック−３；配列番号３１）。これらおよび他の改変体の予測結合性スコアを表４に示す。これらのペプチドをインビトロで試験し、ヘテロクリティックなＴ細胞応答を刺激した（図６）。ＨＬＡ−Ｂ０７０２陽性ドナー由来のＣＤ３  Ｔ細胞を、インビトロで、２セットのペプチド（合計５）で５回刺激した。ペプチド特異的応答を、個々のペプチドに対し、ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定した。
【０２６６】
第一の一連のペプチドについて、ヘテロクリティック−１およびヘテロクリティック−２の両方がペプチド特異的応答を示したが、天然１（Ｎ１）ペプチドに対する交差反応性は、ヘテロクリティック−１ペプチドよりもヘテロクリティック−２ペプチドにおいてより強かった。第二の一連のペプチドについて、ヘテロクリティックペプチドは、刺激ペプチドに暴露された際に強いＩＦＮ−ｇ産生を誘導したが、天然配列に対する交差反応性は見られなかった。
【０２６７】
【表４】
2019122377.tif 000007
【０２６８】
ＨＬＡ結合性予測アルゴリズムを用いた、天然ペプチドＲＱＲＰＨＰＧＡＬ（ｐ−１２５〜ｐ−１１７；配列番号３４）およびＧＡＬＲＮＰＴＡＣ（ｐ−１１８〜ｐ−１１０；配列番号２９）が、ＨＬＡ−Ｂ７分子との関連において、Ｔ細胞応答を誘導するという発見に基づき、ＧＡＬＲＮＰＴＡＣペプチドについて、１つのヘテロクリティックペプチドをデザインし（配列番号３１）、ＲＱＲＰＨＰＧＡＬについて、２つのヘテロクリティックペプチドをデザインした（配列番号３７および３８）。結合性予測によれば、これらのペプチドも、Ａ０２０１、Ａ０３０１、Ｂ８、Ｂ１５０１、Ｂ３７およびＢ５１０１等の他のＨＬＡハプロタイプとの関連において、Ｔ細胞を刺激することができ得る（表４）。
【０２６９】
実施例８
ヒトＨＬＡ−Ｂ３５、Ａ０１０１、Ａ０３０１、Ａ１１０１クラスＩおよびＨＬＡ−ＤＲクラスＩＩ分子に結合するＷＴ１腫瘍性タンパク質由来ペプチドの作製
ペプチドＱＦＰＮＨＳＦＫＨＥＤＰＭＧＱ（ｐ１７０〜１８２）（配列番号３９）は、ＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１  ０３０１および０４０１との関連においてＴ細胞応答を誘導する。長ペプチド内に組み込まれている短配列ＨＳＦＫＨＥＤＰＭは、Ｂ３５０１との関連においてＴ細胞応答を誘導する。ＨＬＡ結合性予測アルゴリズムによる予測に基づいて、ヘテロクリティック−Ｂ３５−１短ペプチドの伸長物である、１つのヘテロクリティック長ペプチドをデザインした。
【０２７０】
前記ペプチドの配列は、クラスＩＩペプチド：ＤＲ．Ｂ１−０３／０４−天然：ＱＦＰＮＨＳＦＫＨＥＤＰＭ（配列番号４２）、ＤＲ．Ｂ１−０３／０４−ヘテロクリティック：ＱＦＰＮＨＳＦＫＨＥＤＰＹ（配列番号４３；クラスＩペプチド：１．天然：ＨＳＦＫＨＥＤＰＭ（配列番号４０）、２．ヘテロクリティック−０１／０３−１：ＨＳＦＫＨＥＤＰＹ（Ａ０１０１およびＡ０３０１に対する）（配列番号４１）、および３．ヘテロクリティック−０３／１１−１  ＨＳＦＫＨＥＤＰＫ（Ａ０３０１およびＡ１１０１に対する）（配列番号４２）である。ＨＬＡ−Ｂ３５０１ハプロタイプに対するヘテロクリティックペプチドはコンピュータで試験した（表５）。
【０２７１】
【表５】
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【０２７２】
実施例９
ヒトＨＬＡ−Ａ１、Ａ３、Ａ１１クラスＩおよびＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１−０４０１クラスＩＩ分子に結合するＷＴ１腫瘍性タンパク質由来ペプチドの作製
ペプチドＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＮＫ（３２０〜３３２）（配列番号４４）は、ＨＬＡ−ＤＲ．Ｂ１  ０４０１との関連においてＴ細胞応答を誘導することが示された。長ペプチド内に組み込まれている短配列ＦＭＣＡＹＰＧＣＮ（配列番号４５）は、Ｂ３５、Ｂ７およびＡ０１０１との関連においてＴ細胞応答を誘導する（表６）。予測アルゴリズムを用いて、複数のＨＬＡハプロタイプに対する前記ペプチドの結合性スコアを調べた。ヘテロクリティック−１短ペプチドの伸長物である、１つのヘテロクリティック長ペプチドをデザインした。ＨＬＡ−Ａ０１０１、０３０１および１１０１により良好に結合する２つの短ヘテロクリティックペプチドをデザインした。前記ペプチドの配列は、クラスＩＩペプチド：ＤＲ．Ｂ１−０４天然：ＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＮＫ（配列番号４４）、ＤＲ．Ｂ１−０４ヘテロクリティック：ＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＹＫ（配列番号４６）；クラスＩペプチド：１．天然：ＦＭＣＡＹＰＧＣＮ（配列番号４５）、２．ＤＲ．Ｂ１−０４−ヘテロクリティック−１短：ＦＭＣＡＹＰＧＣＹ（Ａ０１０１に対する）（配列番号４７）、３．ＤＲ．Ｂ１−０４−ヘテロクリティック−２−短：ＦＭＣＡＹＰＧＣＫ（Ａ０３０１およびＡ１１０１に対する）（配列番号４８）である。ＫＲＰＦＭＣＡＹＰＧＣＹＫ（配列番号４６）は、ＤＲ．Ｂ１−０４−ヘテロクリティック１短、ＦＭＣＡＹＰＧＣＮ（配列番号４５）の伸長物であり、配列の末端ＣＮがＣＹになっている。
【０２７３】
【表６】
2019122377.tif 000009
【０２７４】
実施例１０
さらなる交差反応性研究
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを、天然配列（配列番号５）との比較において、ヘテロクリティック２４−１（配列番号６）およびヘテロクリティック２４−２（配列番号７）Ａ２４ペプチドについて、５回刺激後のドナーＳＡを用いて行った。図７に示すように、ヘテロクリティックペプチドは交差反応を起こす。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図６】
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【図７】
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【配列表】
2019122377000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成31年2月19日(2019.2.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本明細書に記載の発明。