(57)【要約】【課題】相同要素系統解析法で得られる解析結果を用いて、異なる分類区分間での相同要素の家系の関連性と当該家系の関連性に基づく分類区分間の関連性とを解析すること。【解決手段】本開示に係る情報処理装置は、一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する相同要素家系束分類部を備える。【選択図】図１
2019220092.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する相同要素家系束分類部を備える、情報処理装置。
【請求項２】
前記相同要素家系束分類部は、
それぞれの前記相同要素家系情報に含まれる前記文字列断片の内容について、着目する全ての前記相同要素家系情報との間で配列並置を行い、前記文字列断片の内容の類似度合いを算出する配列並置部と、
所定の閾値以上の前記類似度合いとなった文字列断片の内容の組み合わせが１つ以上存在した前記家系の組み合わせを、相同性を有する家系群として抽出する組み合わせ抽出部と、
抽出された前記相同性を有する家系群を構成する前記文字列断片の内容を、同一の前記相同要素家系束に属するものと判断する判断部と、
を有する、請求項１に記載の情報処理装置。
【請求項３】
分類された複数の前記相同要素家系束について、当該相同要素家系束の前記分類区分への帰属関係に基づき可視化する可視化部を更に備える、請求項１に記載の情報処理装置。
【請求項４】
前記可視化部は、分類された複数の前記相同要素家系束について、更に、前記分類区分に帰属される前記相同要素家系束の主成分解析、又は、多次元尺度解析の少なくとも何れかを実施して、前記分類区分の類似関係を可視化する、請求項３に記載の情報処理装置。
【請求項５】
前記文字列データは、生物の遺伝情報を表す文字列データであり、
前記分類区分は、前記文字列データを有する前記生物の株である、請求項１に記載の情報処理装置。
【請求項６】
一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類することを含む、情報処理方法。
【請求項７】
コンピュータに、
一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する相同要素家系束分類機能
を実現させるためのプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、情報処理装置、情報処理方法及びプログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
生物（細胞）の親子間で伝承される遺伝を垂直転移と呼ぶのに対して、同種あるいは異種の生物（細胞）間での遺伝のやり取りは水平転移と呼ばれる。水平転移は、後天的な遺伝情報獲得であり、環境適応、毒性、自己防衛等、種の存続等といった多様性に寄与すると考えられている。ここで、遺伝情報が細胞（ゲノム）間又は細胞内を移動する生物学的メカニズムには、裁断された遺伝情報が吸い上げられる移入、パッケージを有するファージやウイルス等を介する感染、細胞結合で移動する連結、等がある。
【０００３】
垂直転移に比べ、水平転移の中でも細胞（ゲノム）内での遺伝情報の変化（特に、遺伝情報の複製・移動・変異）が知られるようになったのは、Ｂａｒｂａｒａ  ＭｃＣｌｉｎｔｏｃｋによるトウモロコシでの移動因子の研究に端を発している。また、ショウジョウバエにおいても、トランスポゾンと呼ばれる移動因子の研究が盛んになり、移動因子が遺伝子の発現制御に深く関わっていることが明らかになってきている。
【０００４】
これまでの分子生物進化学では、全生物が共通に持つ１６Ｓ  ｒＲＮＡ等の遺伝子内におけるわずかな変異を基に、各生物がいつの時点で出現したかを示す系統樹が示されてきた。しかしながら、このような手法では、上記のような水平転移は全く反映されておらず、加えて、着目する遺伝子を変えると遺伝子の変異速度が異なるために系統樹も異なる結果となって、生物の進化関係をうまく説明できない状況にあった。
【０００５】
そこで、本発明者は、一つの生物の染色体及びプラスミドを含む全ゲノム配列から、他のゲノム配列との並置ではなく、自己並置（ｓｅｌｆ−ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）のみを通じてゲノム内の全相同要素を抽出し、抽出されたゲノム内の全相同要素の相同性と地理的近隣性に基づいて自律的に構造化及び系統化する手法（相同要素系統解析法）を提案している（以下の特許文献１を参照。）。この相同要素系統解析法は、上記のような遺伝子内の僅かな変異を基にした従来の系統解析法とは異なり、生物があまり共有することのない、複数回出現する遺伝情報に注目した系統解析法であり、水平転移で得られた遺伝情報の抽出に優れた手法である。また、かかる相同要素系統解析法は、ゲノム配列のみならず、音楽、ビデオ、経済動向等のような、あらゆる文字、符号、数値からなる系列データの構造解析に利用可能な、汎用性の高い手法である。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００６】
【特許文献１】特開２０１２−９００８号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
ここで、上記特許文献１で提案されている相同要素系統解析法は、生物学的な分類区分の一つである「株」に関して、同一の株内での相同要素に着目し、抽出した相同要素を構造化及び系統化する手法である。そのため、異なる株間における相同要素の関連性（例えば、ある株Ａにおける相同要素の家系と、株Ａとは異なる株Ｂにおける相同要素の家系との関連性）を十分に議論することが出来なかった。分類区分を超えて相同要素の家系の関連性を検討することは、生物進化の系統樹を構築する上で重要である。
【０００８】
そこで、本発明者は、上記事情に鑑みて、相同要素系統解析法で得られる解析結果を用いて、異なる分類区分間での相同要素の家系の関連性と当該家系の関連性に基づく分類区分間の関連性とを解析することが可能な、情報処理装置、情報処理方法及びプログラムを提案する。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本開示によれば、一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する家系束分類部を備える、情報処理装置が提供される。
【００１０】
また、本開示によれば、一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類することを含む、情報処理方法が提供される。
【００１１】
また、本開示によれば、コンピュータに、一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する家系束分類機能を実現させるためのプログラムが提供される。
【００１２】
本開示によれば、相同要素家系束分類部は、相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、分類区分を超えて家系に相同性が存在する家系の集合を、相同要素家系束として分類する。
【発明の効果】
【００１３】
以上説明したように本開示によれば、相同要素系統解析法で得られる解析結果を用いて、異なる分類区分間での相同要素の家系の関連性と当該家系の関連性に基づく分類区分間の関連性とを解析することが可能となる。
【００１４】
なお、上記の効果は必ずしも限定的なものではなく、上記の効果とともに、又は、上記の効果に代えて、本明細書に示されたいずれかの効果、又は、本明細書から把握され得る他の効果が奏されてもよい。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】本開示の実施形態に係る情報処理装置の構成の一例を示したブロック図である。
【図２】同実施形態に係る情報処理装置が有する相同要素家系束分類部の構成の一例を示したブロック図である。
【図３】同実施形態における相同要素家系情報の一例について説明するための説明図である。
【図４】同実施形態における相同要素家系情報の一例について説明するための説明図である。
【図５】同実施形態における相同要素家系情報の一例について説明するための説明図である。
【図６】同実施形態における配列並置処理について説明するための説明図である。
【図７】同実施形態における相同要素家系束について説明するための説明図である。
【図８】同実施形態に係る情報処理方法の流れの一例を示した流れ図である。
【図９】同実施形態に係る情報処理装置の変形例の一例を示したブロック図である。
【図１０】同実施形態に係る情報処理装置のハードウェア構成の一例を示したブロック図である。
【図１１】実施例について説明するための説明図である。
【図１２】実施例について説明するための説明図である。
【図１３】実施例について説明するための説明図である。
【図１４】実施例について説明するための説明図である。
【図１５】実施例について説明するための説明図である。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
以下に添付図面を参照しながら、本開示の好適な実施の形態について詳細に説明する。なお、本明細書及び図面において、実質的に同一の機能構成を有する構成要素については、同一の符号を付することにより重複説明を省略する。
【００１７】
なお、説明は以下の順序で行うものとする。
１．実施形態
１．１  情報処理装置の全体構成について
１．２  相同要素家系束分類部の構成について
１．３  情報処理装置の変形例について
１．４  情報処理方法の流れについて
１．５  情報処理装置のハードウェア構成について
２．実施例
【００１８】
（実施形態）
＜情報処理装置の全体構成について＞
まず、図１を参照しながら、本開示の実施形態に係る情報処理装置の全体構成について、詳細に説明する。図１は、本実施形態に係る情報処理装置の構成の一例を示したブロック図である。
【００１９】
本実施形態に係る情報処理装置１０は、相同要素系統解析法で得られる解析結果を用いて、異なる分類区分間での相同要素の家系の関連性を解析する装置である。相同要素系統解析法では、対象とする文字列をそれ自身に対して配列並置を行い、相同という関係（相同関係）で結ばれた区間（相同区間）の対の列を抽出する。その後、相同要素系統解析法では、一つ以上の相同関係の連鎖で繋がる相同区間の房（相同群）と、地域的に相同区間が隣接又は重複する領域（地域群）とを抽出し、相同群と地域群の併合物を家系と定義する。以下では、上述の相同区間と相同領域とを総称して、相同要素と呼ぶこととする。
【００２０】
本実施形態に係る情報処理装置１０は、図１に模式的に示したように、相同要素家系情報取得部１０１と、相同要素家系束分類部１０３と、可視化部１０５と、表示制御部１０７と、記憶部１０９と、を主に備える。
【００２１】
相同要素家系情報取得部１０１は、例えば、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）、ＲＯＭ（Ｒｅａｄ  Ｏｎｌｙ  Ｍｅｍｏｒｙ）、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ  Ａｃｃｅｓｓ  Ｍｅｍｏｒｙ）、通信装置等により実現される。相同要素家系情報取得部１０１は、本実施形態に係る情報処理装置１０において、異なる分類区分間での相同要素の家系の関連性を解析する際に用いる、相同要素家系情報のデータを取得する。ここで、相同要素家系情報は、一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析（相同要素系統解析）により得られる結果を利用することで得られるものである。かかる相同要素家系情報には、系統解析結果に含まれる、相同する文字列断片の相同要素家系（上記特許文献１における「大家系」に対応する。以下、「家系」と略記することがある。）と、当該家系に属する相同する文字列断片の内容と、が互いに関連付けられている。
【００２２】
相同要素家系情報取得部１０１は、上記のような相同要素家系情報を、例えば特許文献１に開示されているような相同要素系統解析法を実施しているコンピュータ（図示せず。）等から取得すると、取得した相同要素家系情報を、後段の相同要素家系束分類部１０３へと出力する。また、相同要素家系情報取得部１０１は、取得した相同要素家系情報を、当該相同要素家系情報を取得した日時等に関する時刻情報と関連付けて、後段の記憶部１０９等に格納してもよい。
【００２３】
ここで、上記のような相同要素家系情報は、ゲノム配列、音楽、ビデオ、経済動向等のような、各種の文字、符号、数値等からなる系列データを相同要素系統解析法により解析することで得られるものである。以下では、生物の遺伝情報を表す文字列データ（すなわち、ゲノム配列）と、生物の分類区分の一つである「株（ｓｔｒａｉｎ）」と、に着目し、異なる株間において、ゲノム配列に関する相同要素家系情報の関連性を解析する場合を例に挙げて、説明を行うこととする。
【００２４】
相同要素家系束分類部１０３は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、出力装置、通信装置等により実現される。相同要素家系束分類部１０３は、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報を解析し、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、「分類区分（例えば、生物（特に、細胞）の株）を超えて相同性が存在している」家系の集合を、「相同要素家系束（ｇｌｏｂａｌ  ｂｕｎｃｈ）」として分類する。かかる分類処理に際して、相同要素家系束分類部１０３は、後述する記憶部１０９等に格納されている各種のデータベース及びソフトウェア等や、情報処理装置１０の外部やネットワーク上に設けられた各種のデータベース及びソフトウェア等を適宜利用することができる。かかる相同要素家系束分類部１０３で実施される分類処理の詳細については、以下で改めて説明する。
【００２５】
相同要素家系束分類部１０３は、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報から、所定の分類処理により得られた相同要素家系束についての情報を、外部に設けられた各種サーバやコンピュータ等に電子データとして出力したり、各種の情報記録媒体にデータベースとして格納したり、紙媒体等として出力したりすることが可能である。また、相同要素家系束分類部１０３は、得られた相同要素家系束についての情報、又は、得られた相同要素家系束についての情報の集合体であるデータベースの少なくとも一部を、後述する可視化部１０５により可視化させて、情報処理装置１０に設けられたディスプレイ等の表示装置や、情報処理装置１０の外部に設けられたディスプレイ等の表示装置に表示させることも可能である。更に、相同要素家系束分類部１０３は、得られた相同要素家系束についての情報を、当該相同要素家系束についての情報を生成した日時等に関する時刻情報と関連付けて、後段の記憶部１０９等にデータベースとして格納することが好ましい。
【００２６】
可視化部１０５は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、出力装置、通信装置等により実現される。可視化部１０５は、相同要素家系束分類部１０３により分類された複数の相同要素家系束を、当該相同要素家系束の分類区分への帰属関係に基づき可視化する。分類区分への帰属関係に基づき相同要素家系束を可視化することで、複数の相同要素家系束の間の関連性を視覚的に認識できるようになり、情報処理装置１０のユーザは、複数の相同要素家系束の間の関連性を容易に把握することが可能となる。
【００２７】
また、可視化部１０５は、上記のような可視化とは別に、分類区分に帰属される相同要素家系束の主成分解析（Ｐｒｉｎｃｉｐａｌ  Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ：ＰＣＡ）、又は、多次元尺度解析（Ｍｕｌｔｉ−Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  Ｓｃａｌｉｎｇ：ＭＤＳ）の少なくとも何れかを実施して、分類区分の類似関係を情報幾何学的に可視化することができる。このような解析手法を用いることで、分類区分間の関連性を、より容易に可視化することが可能となる。可視化部１０５による複数の相同要素家系束の間の関連性の可視化の具体例については、以下に示す実施例において改めて説明する。また、可視化部１０５は、複数の相同要素家系束の間の関連性を可視化する際に、Ｇｒａｐｈｖｉｚ等の公知のアプリケーションを利用してもよい。
【００２８】
可視化部１０５は、複数の相同要素家系束の間の関連性に関する可視化情報を、外部に設けられた各種サーバやコンピュータ等に電子データとして出力したり、各種の情報記録媒体に格納したり、紙媒体等として出力したりすることが可能である。また、可視化部１０５は、得られた可視化情報を、表示制御部１０７を介して情報処理装置１０に設けられたディスプレイ等の表示装置や、情報処理装置１０の外部に設けられたディスプレイ等の表示装置に表示させることも可能である。更に、可視化部１０５は、得られた可視化情報を、当該可視化情報を生成した日時等に関する時刻情報と関連付けて、後段の記憶部１０９等にデータベースとして格納してもよい。
【００２９】
表示制御部１０７は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、出力装置、通信装置等により実現される。表示制御部１０７は、相同要素家系束分類部１０３により生成された相同要素家系束に関する情報そのものや、可視化部１０５により生成された相同要素家系束に関する可視化情報を、情報処理装置１０が備えるディスプレイ等の出力装置や情報処理装置１０の外部に設けられた出力装置等に表示する際の表示制御を行う。これにより、情報処理装置１０のユーザは、相同要素家系束に関する様々な情報を、その場で把握することが可能となる。
【００３０】
記憶部１０９は、例えば本実施形態に係る情報処理装置１０が備えるＲＡＭやストレージ装置等により実現される。記憶部１０９には、相同要素家系束分類部１０３が分類処理を実施する際に利用する各種のデータベースやソフトウェアプログラム等が格納されている。また、記憶部１０９には、相同要素家系束の分類処理や可視化処理等における各種の設定情報や、本実施形態に係る情報処理装置１０が何らかの処理を行う際に保存する必要が生じた様々なパラメータや処理の途中経過等が、適宜記録される。この記憶部１０９は、相同要素家系情報取得部１０１、相同要素家系束分類部１０３、可視化部１０５、表示制御部１０７等が、自由にデータのリード／ライト処理を行うことが可能である。
【００３１】
以上、図１を参照しながら、本実施形態に係る情報処理装置１０の全体構成について、詳細に説明した。
【００３２】
＜相同要素家系束分類部の構成について＞
次に、図２〜図７を参照しながら、本実施形態に係る情報処理装置１０が備える相同要素家系束分類部１０３の構成について、詳細に説明する。
図２は、本実施形態に係る情報処理装置が有する相同要素家系束分類部の構成の一例を示したブロック図である。図３〜図５は、本実施形態における相同要素家系情報の一例について説明するための説明図である。図６は、本実施形態における配列並置処理について説明するための説明図である。図７は、本実施形態における相同要素家系束について説明するための説明図である。
【００３３】
先だって言及したように、本実施形態に係る相同要素家系束分類部１０３は、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報を解析し、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、「分類区分（例えば、生物（特に、細胞）の株）を超えて相同性が存在している」家系の集合を、「相同要素家系束」として分類する。この相同要素家系束分類部１０３は、図２に模式的に示したように、例えば、前処理部１１１と、配列並置部１１３と、組み合わせ抽出部１１５と、判断部１１７と、を有している。
【００３４】
前処理部１１１は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ等により実現される。前処理部１１１は、相同要素家系情報取得部１０１から伝送された相同要素家系情報に対して、各種の前処理を実施する。このような前処理の一つとして、例えば、ある株内に存在する相同要素（配列）と家系とをグローバルに（すなわち、分類区分である株を超えて）取り扱うために、家系に対して固有の識別子（以下、「グローバルＩＤ」ともいう。）を付与する処理等を挙げることができる。前処理部１１１は、着目する相同要素家系情報に対して、上記のような識別子の付与処理を含む各種の前処理を実施すると、前処理実施後の相同要素家系情報を、配列並置部１１３に出力する。
【００３５】
配列並置部１１３は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ等により実現される。配列並置部１１３は、それぞれの相同要素家系情報（より詳細には、前処理後の相同要素家系情報）に含まれる文字列断片の内容について、着目する全ての相同要素家系情報との間で（換言すれば、総当たりで）配列並置を行い、文字列断片の内容の類似度合いを算出する。
【００３６】
ここで、文字列断片の内容の類似度合いを算出する方法については、特に限定されるものではなく、パターンマッチング系の技術を用いた各種の類似度（又は相違度）を算出してもよいし、機械学習系の技術を用いた各種の類似度（又は相違度）を算出してもよい。
【００３７】
配列並置部１１３は、パターンマッチング系の技術を用いた類似度合いを表す特徴量として、例えば、２つの文字列データ間の類似の程度を表す類似度やスコアを算出してもよい。また、配列並置部１１３は、相違の度合いを表す特徴量として、２つの文字列データ間の差異の程度を表す各種の距離尺度を算出してもよい。例えば、配列並置部１１３は、２つの文字列データ間の距離尺度を算出する場合、ハミング距離、マンハッタン距離、リーベンシュタイン距離、スミス・ウォーターマン距離といった各種の距離尺度や、これらの距離尺度にエントロピーやＮ−ｇｒａｍ法を組み合わせた距離尺度など、公知の距離尺度を算出することが可能である。
【００３８】
配列並置部１１３は、着目する全ての相同要素家系情報との間で総当たりで配列並置を行い、文字列断片の内容の類似度合いを算出すると、算出した類似度合いを表す特徴量と、その特徴量を与える文字列断片の内容の組み合わせを示した情報とを、組み合わせ抽出部１１５に出力する。
【００３９】
組み合わせ抽出部１１５は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ等により実現される。組み合わせ抽出部１１５は、所定の閾値以上の類似度合いとなった文字列断片の内容の組み合わせが１つ以上存在した家系の組み合わせを、相同性を有する家系群として抽出する。これにより、相同性を有していると考えられる家系の組み合わせが、着目している全ての相同要素家系情報の組み合わせの中から抽出されることとなる。組み合わせ抽出部１１５は、抽出した相同性を有する家系群に関する情報を、判断部１１７に出力する。
【００４０】
判断部１１７は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ等により実現される。判断部１１７は、抽出された相同性を有する家系群を構成する文字列断片の内容を、同一の相同要素家系束に属するものと判断する。これにより、着目している複数の相同要素家系情報が、相同性を有する家系群で構成される相同要素家系束（ｇｌｏｂａｌ  ｂｕｎｃｈ）に分類されていく。
【００４１】
ここで、相同性を有する家系群を相同要素家系束へと分類していく際に、ある相同要素家系束に既に帰属されている家系が、別の相同要素家系束にも帰属される場合が生じうる。かかる場合、判断部１１７は、共通して帰属されている家系が存在する相同要素家系束を併合することが好ましい。かかる併合処理により、着目している相同要素家系情報を、より正確に相同要素家系束へと分類することが可能となる。
【００４２】
以上、図２を参照しながら、本実施形態に係る相同要素家系束分類部１０３の構成について、詳細に説明した。
【００４３】
［相同要素家系束の分類処理の具体例］
続いて、図３〜図７を参照しながら、本実施形態に係る相同要素家系束の分類処理について、具体的に説明する。
【００４４】
以下の説明では、図３に模式的に示したように、株Ｓ１、株Ｓ２、株Ｓ３という３種類の株が属する生物グループ（例えば、細胞等）に対して特許文献１に開示されている相同要素系統解析法をそれぞれ適用することで得られた、３種類の相同要素家系情報を用いて、相同要素家系束の分類処理を行う場合に着目する。
【００４５】
図３に模式的に示したように、株Ｓ１は、Ｆ１〜Ｆ５の５個の家系（相同要素家系）を有しているものとし、株Ｓ２は、Ｆ１〜Ｆ１０の１０個の家系（相同要素家系）を有しているものとし、株Ｓ３は、Ｆ１〜Ｆ２０の２０個の家系（相同要素家系）を有しているものとする。
【００４６】
この場合、例えば株Ｓ１に関する相同要素家系情報には、図４に模式的に示したように、株に関する情報と、その株が有している家系（相同要素家系）に関する情報と、それぞれの家系に属する相同する文字列断片の内容に関する情報と、が互いに関連付けられている。
【００４７】
ここで、相同要素家系情報に含まれる、「家系に属する相同する文字列断片の内容」を表すものとして、相同要素家系に属する要素群を挙げることができ、要素群としては、例えば、上記特許文献１に開示されている「大領域（ｄｏｍａｉｎ）Ｄ」を挙げることができる。上記特許文献１に開示されている相同要素系統解析法では、相同区間とその両端に追加された所定の長さの余地区間とからなる領域を小領域（ｒｅｇｉｏｎ）とし、他のいずれの小領域にも内包されない小領域を中領域（ｃｅｉｌｉｎｇ）とし、重複する中領域の集合を大領域（ｄｏｍａｉｎ）としている。また、各種領域を総称して、地域群と称している。
【００４８】
また、上記特許文献１に開示されている相同要素系統解析法では、相同群Ｂ＝｛Ｂｉ｝と、地域群Ｘ＝｛Ｘｊ｝との併合物を、一つの家系としており、相同群Ｂ＝｛Ｂｉ｝と、大領域Ｄ＝｛Ｄｊ｝との併合物を、大家系としている。すなわち、本実施形態において、図３等に示した相同要素家系Ｆｉは、上記特許文献１における大家系に対応している。
【００４９】
図４に示した株Ｓ１の相同要素家系情報の場合、株Ｓ１には、Ｆ１〜Ｆ５という５個の相同要素家系が存在していることが示されており、家系Ｆ１には、「家系に属する相同する文字列断片の内容」の一例としての、Ｄ１１〜Ｄ１３という３種類の要素群（大領域）が示されている。このような情報の相互の関連付けが、家系Ｆ２〜Ｆ５についても、同様に示されている。また、株Ｓ２、及び、株Ｓ３についても、図４に示したものと同様の構成を有する情報が含まれている。
【００５０】
上記のような３種類の相同要素家系情報が、本実施形態に係る相同要素家系束分類部１０３に入力されると、相同要素家系束分類部１０３の前処理部１１１は、まず（ステップ１）として、相同要素家系束群｛Ｂｉ｝（ｉは、相同要素家系束群を識別するための整数）を定義する。ここで、相同要素家系束群の分類処理が初めて実施される場合、相同要素家系束群｛Ｂｉ｝は、空の集合として定義される。
【００５１】
次に、前処理部１１１は、（ステップ２）として、各株の相同要素家系情報に含まれる各家系に対して、グローバルＩＤを付与する。このようなグローバルＩＤは、特に限定されるものではないが、例えば、株に付与された識別子である「Ｓｉ」と、相同要素家系に付与された識別子である「Ｆｊ」とを繋げた「ＳｉＦｊ」を、グローバルＩＤとして取り扱うことができる。このようなグローバルＩＤの付与処理が実施されることで、例えば図５に模式的に示したように、相同要素家系情報に含まれる全ての家系に対して、グローバルＩＤが付与されることとなる。
【００５２】
続いて、前処理部１１１は、（ステップ３）として、着目している相同要素家系が、これまでに何れかの相同要素家系束｛Ｂｉ｝に属しているかを確認する。もし、属していなければ、着目している相同要素家系を要素とする相同要素家系束｛Ｂｉ｝を新たに定義する。
【００５３】
以下では、仮に、相同要素家系Ｓ１Ｆ１を要素とする相同要素家系束Ｂ１が新たに定義され、同様に、相同要素家系Ｓ１Ｆ２を要素とする相同要素家系束Ｂ２と、相同要素家系Ｓ２Ｆ１を要素とする相同要素家系束Ｂ６が定義されたとして、説明を続ける。
【００５４】
以上のような前処理が実施された後、配列並置部１１３、及び、組み合わせ抽出部１１５は、（ステップ４）として、以下のような一連の処理を実施する。すなわち、配列並置部１１３は、ある株のある相同要素家系の要素群（大領域Ｄ）と、別の株のある相同要素家系の要素群（大領域Ｄ）との間の総当たり並置を行って、類似度合いを表す特徴量の算出を行う。次に、組み合わせ抽出部１１５は、算出された類似度合いを表す特徴量に基づき、総当たり並置による全ての要素群の組み合わせから、相同性を有することを示す特徴量となったものが１つ以上存在した家系の組み合わせを、相同性を有する家系群として抽出する。
【００５５】
例えば、図６に模式的に示したように、相同要素家系Ｓ１Ｆ２の要素群｛Ｓ１Ｆ２Ｄｉ｝と、相同要素家系Ｓ２Ｆ１の要素群｛Ｓ２Ｆ１Ｄｊ｝との間の並置が行われる場合を考える。この際に、相同要素家系Ｓ１Ｆ２には、２つの大領域Ｄ２１、Ｄ２２が属しており、相同要素家系Ｓ２Ｆ１には、３つの大領域Ｄ１１、Ｄ１２、Ｄ１３が属しているものとする。この場合、配列並置部１１３は、総当たり並置を行って６種類の類似度合いを表す特徴量を算出する。ここで、｛Ｓ１Ｆ２Ｄ２１｝×｛Ｓ２Ｆ１Ｄ１１｝、｛Ｓ１Ｄ２Ｄ２２｝×｛Ｓ２Ｆ１Ｄ１１｝、｛Ｓ１Ｆ２Ｄ２１｝×｛Ｓ２Ｆ１Ｄ１２｝、｛Ｓ１Ｄ２Ｄ２２｝×｛Ｓ２Ｆ１Ｄ１２｝、｛Ｓ１Ｆ２Ｄ２１｝×｛Ｓ２Ｆ１Ｄ１３｝、｛Ｓ１Ｄ２Ｄ２２｝×｛Ｓ２Ｆ１Ｄ１３｝という６種類の組み合わせのうち、１つでも相同性が見出された組み合わせが存在したとすると、組み合わせ抽出部１１５は、これらの相同要素家系Ｓ１Ｆ２と相同要素家系Ｓ２Ｆ１には相同性があるとして、相同要素家系Ｓ１Ｆ２と相同要素家系Ｓ２Ｆ１との組み合わせを抽出する。
【００５６】
次に、判断部１１７は、（ステップ５）として、組み合わせ抽出部１１５により抽出された相同要素家系をそれぞれ構成する文字列断片の内容（すなわち、大領域Ｄ）を、同一の相同要素家系束に属するものと判断する。これにより、相同性が見つかった相同要素家系は、同一の相同要素家系束に属するものとなる。
【００５７】
なお、これまでに、それぞれの相同要素家系が別の相同要素家系束に属していた場合、判断部１１７は、これらの相同要素家系束を併合する。例えば上記の説明では、相同要素家系Ｓ１Ｆ１は、相同要素家系束Ｂ２に属しており、相同要素家系Ｓ２Ｆ１は、相同要素家系束Ｂ６に属しているものとしたが、この場合、相同要素家系束Ｂ６は相同要素家系束Ｂ２に併合され、相同要素家系束Ｂ２には、相同要素家系Ｓ１Ｆ２と相同要素家系Ｓ２Ｆ１が、要素群として属することになる。
【００５８】
以上説明したような処理により、３種類の相同要素家系情報に含まれる全ての家系が、例えば図７に模式的に示したように、複数の相同要素家系束に分類されて、相同要素家系束群のデータベースが更新される。
【００５９】
なお、図３に示した株Ｓ１〜株Ｓ３で構成される生物グループに、新たに別の株Ｓ４を追加して、相同要素家系束の分類処理を進める場合、相同要素家系束分類部１０３は、以上のような処理により更新された相同要素家系束群のデータベースを基に、上記の（ステップ２）から（ステップ５）までの処理を実施する。これにより、株Ｓ４に関する情報が新たに追加された相同要素家系束群のデータベースが構築されることとなる。
【００６０】
このように、本実施形態に係る相同要素家系束の分類処理は、相同要素家系を構成する要素群の同士の組み合わせのうち何れか１つ以上に相同性が見出された場合に、これら要素群が含まれる更に上位の概念である相同要素家系のそれぞれを、同一の相同要素家系束に分類する。言い進めれば、本実施形態に係る相同要素家系束の分類処理は、着目する複数の相同要素家系情報について、ゆるいフィルタリング処理を行っているとも考えられる。相同要素家系を構成する要素群の同士の組み合わせのうち何れか１つであっても相同性が見出されれば、これらの相同要素家系は同一の相同要素家系束に分類されるため、本実施形態に係る相同要素家系束の分類処理では、例えば図６に示したような要素群（大領域）の様々な要素を鍵として、相同性を有する組み合わせを抽出することができる。
【００６１】
以上、図３〜図７を参照しながら、本実施形態に係る相同要素家系束の分類処理について、具体的に説明した。
【００６２】
以上、本実施形態に係る情報処理装置１０の機能の一例を示した。上記の各構成要素は、汎用的な部材や回路を用いて構成されていてもよいし、各構成要素の機能に特化したハードウェアにより構成されていてもよい。また、各構成要素の機能を、ＣＰＵ等が全て行ってもよい。従って、本実施形態を実施する時々の技術レベルに応じて、適宜、利用する構成を変更することが可能である。
【００６３】
なお、上述のような本実施形態に係る情報処理装置の各機能を実現するためのコンピュータプログラムを作製し、パーソナルコンピュータ等に実装することが可能である。また、このようなコンピュータプログラムが格納された、コンピュータで読み取り可能な記録媒体も提供することができる。記録媒体は、例えば、磁気ディスク、光ディスク、光磁気ディスク、フラッシュメモリなどである。また、上記のコンピュータプログラムは、記録媒体を用いずに、例えばネットワークを介して配信してもよい。
【００６４】
＜情報処理方法の流れについて＞
次に、図８を参照しながら、上記のような本実施形態に係る情報処理装置１０で実施される情報処理方法の流れの一例について、簡単に説明する。図８は、本実施形態に係る情報処理方法の流れの一例を示した流れ図である。
【００６５】
本実施形態に係る情報処理方法では、まず、相同要素家系情報取得部１０１が、着目する相同要素家系情報を取得し（ステップＳ１０１）、取得した相同要素家系情報を相同要素家系束分類部１０３へと出力する。
【００６６】
相同要素家系情報を取得した相同要素家系束分類部１０３の前処理部１１１は、取得した相同要素家系情報に対して、例えばグローバルＩＤを付与する等の各種の前処理を実施する（ステップＳ１０３）。前処理が施された相同要素家系情報は、配列並置部１１３へと出力される。
【００６７】
配列並置部１１３は、前処理後の相同要素家系情報を用い、それぞれの相同要素家系情報に含まれる文字列断片の内容について、総当たりで配列並置を行い（ステップＳ１０５）、文字列断片の内容（例えば、家系を構成する要素群の一例としての、大領域Ｄ）の類似度合いを算出する。配列並置部１１３は、文字列断片の内容の類似度合いを算出すると、類似度合いの算出結果を、組み合わせ抽出部１１５へと出力する。
【００６８】
組み合わせ抽出部１１５は、所定の閾値以上の類似度合いとなった文字列断片の内容の組み合わせが１つ以上存在した家系の組み合わせを、相同性を有する家系群として抽出する（ステップＳ１０７）。これにより、相同性を有していると考えられる家系の組み合わせが、着目している全ての相同要素家系情報の組み合わせの中から抽出される。
【００６９】
続いて、判断部１１７は、抽出された相同性を有する家系群を構成する文字列断片の内容を、同一の相同要素家系束に属するものと判断する（ステップＳ１０９）。これにより、着目している複数の相同要素家系情報が、相同性を有する家系群で構成される相同要素家系束に分類されていく。
【００７０】
また、本実施形態に係る情報処理方法では、可視化部１０５により、得られた相同要素家系束を、相同要素家系束の帰属関係に基づいて可視化してもよい（ステップＳ１１１）。これにより、複数の分類区分（例えば、細胞等の「株」）間における相同要素家系束の共有関係を容易に把握することが可能となる。
【００７１】
以上、図８を参照しながら、本実施形態に係る情報処理装置１０において実施される情報処理方法の流れの一例について、簡単に説明した。
【００７２】
＜情報処理装置の変形例について＞
以上説明したような、本実施形態に係る情報処理装置１０では、相同要素系統解析法による解析結果である相同要素家系情報を外部から取得して、取得した相同要素家系情報に基づき相同要素家系束の分類処理を実施するものであった。しかしながら、情報処理装置１０自体が、着目する系列データ（文字、符号、数値からなる系列データ）に対して相同要素系統解析法を実施する、相同要素系統解析機能を有していてもよい。以下では、図９を参照しながら、本実施形態に係る情報処理装置１０の変形例について、簡単に説明する。図９は、本実施形態に係る情報処理装置の変形例の構成の一例を示したブロック図である。
【００７３】
本変形例に係る情報処理装置１０は、図９に模式的に示したように、図１に示した相同要素家系情報取得部１０１に換えて、データ取得部１５１及び相同要素系統解析部１５３を有している。本変形例における相同要素家系束分類部１０３、可視化部１０５、表示制御部１０７及び記憶部１０９については、図１に示したものと同様の機能を有し、同様の効果を奏するものであるため、以下では説明を省略する。
【００７４】
データ取得部１５１は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、入力装置、通信装置等により実現される。データ取得部１５１は、前述のような相同要素系統解析法の対象とする系列データ（例えば、文字列データ）を取得する。
【００７５】
データ取得部１５１は、上記系列データ（例えば、文字列データ）を、インターネットやホームネットワークなどのネットワークを介して接続されている各種の装置から取得してもよく、情報処理装置１０に有線又は無線を介して直接接続されている各種の装置から取得してもよい。また、データ取得部１５１は、ユーザがキーボードやタッチパネル等の各種の入力装置を介して情報処理装置１０に直接入力したデータを、系列データとしてもよい。
【００７６】
データ取得部１５１は、取得した系列データ（例えば、文字列データ）を、後述する相同要素系統解析部１５３に出力する。また、データ取得部１５１は、取得した系列データを、当該系列データを取得した日時等に関する時刻情報と関連付けて、記憶部１０９等に格納してもよい。
【００７７】
相同要素系統解析部１５３は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、通信装置等により実現される。相同要素系統解析部１５３は、本発明者が開発した相同要素系統解析法による解析を実施して、相同要素家系情報を生成する処理部である。より詳細には、相同要素系統解析部１５３は、データ取得部１５１から出力された系列データの一例である文字列データを解析して、文字列データが表す文字列内における相同する文字列断片を抽出し、抽出した相同する文字列断片の系統解析を行うことで、相同要素家系情報を生成する。
【００７８】
ここで、相同要素系統解析部１５３で実施される相同要素系統解析法の具体的な処理については、上記特許文献１における相同要素系統解析部と同様であるため、以下では詳細な説明は省略する。
【００７９】
なお、本変形例におけるデータ取得部１５１において、解析対象とする系列データを、ネットワークを介して接続されている各種のサーバ等から取得する場合、系列データの取得処理を自動化して、データ取得部１５１が所望の系列データのデータベースから、系列データを自動的に入手するようにしてもよい。これにより、取得する系列データに対してより効率良く相同要素系統解析を実施することが可能となる。
【００８０】
また、相同要素系統解析部１５３で実施される配列並置処理では、独自のアルゴリズムにより構築された独自のプログラムを利用してもよいし、Ｂｌａｓｔｎ等に代表される公知の配列並置ソフトウェアを利用してもよい。公知の配列並置ソフトウェアを利用する際には、可能であれば、配列並置ソフトウェアを、情報処理装置１０のシステムに組み込むようにし、一連の処理が同一の装置内で実施できるようにすることが好ましい。また、公知の配列並置ソフトウェアを利用する際には、配列並置ソフトウェアの各種パラメータに関して、並置においてギャップの挿入コストが最も高くなる（換言すれば、なるべくギャップを入れさせない）ように、各種パラメータの最適値を予め設定しておくことが好ましい。これにより、より効率良く相同要素系統解析を実施することが可能となる。
【００８１】
以上、本変形例に係る情報処理装置１０について、簡単に説明した。
【００８２】
＜情報処理装置１０のハードウェア構成について＞
次に、図１０を参照しながら、本開示の実施形態に係る情報処理装置１０のハードウェア構成について、詳細に説明する。図１０は、本開示の実施形態に係る情報処理装置１０のハードウェア構成を説明するためのブロック図である。
【００８３】
情報処理装置１０は、主に、ＣＰＵ９０１と、ＲＯＭ９０３と、ＲＡＭ９０５と、を備える。また、情報処理装置１０は、更に、ホストバス９０７と、ブリッジ９０９と、外部バス９１１と、インターフェース９１３と、入力装置９１５と、出力装置９１７と、ストレージ装置９１９と、ドライブ９２１と、接続ポート９２３と、通信装置９２５とを備える。
【００８４】
ＣＰＵ９０１は、演算処理装置及び制御装置として機能し、ＲＯＭ９０３、ＲＡＭ９０５、ストレージ装置９１９、又はリムーバブル記録媒体９２７に記録された各種プログラムに従って、情報処理装置１０内の動作全般又はその一部を制御する。ＲＯＭ９０３は、ＣＰＵ９０１が使用するプログラムや演算パラメータ等を記憶する。ＲＡＭ９０５は、ＣＰＵ９０１が使用するプログラムや、プログラムの実行において適宜変化するパラメータ等を一次記憶する。これらはＣＰＵバス等の内部バスにより構成されるホストバス９０７により相互に接続されている。
【００８５】
ホストバス９０７は、ブリッジ９０９を介して、ＰＣＩ（Ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  Ｉｎｔｅｒｃｏｎｎｅｃｔ／Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）バスなどの外部バス９１１に接続されている。
【００８６】
入力装置９１５は、例えば、マウス、キーボード、タッチパネル、ボタン、スイッチ及びレバーなどユーザが操作する操作手段である。また、入力装置９１５は、例えば、赤外線やその他の電波を利用したリモートコントロール手段（いわゆる、リモコン）であってもよいし、情報処理装置１０の操作に対応した携帯電話やＰＤＡ等の外部接続機器９２９であってもよい。更に、入力装置９１５は、例えば、上記の操作手段を用いてユーザにより入力された情報に基づいて入力信号を生成し、ＣＰＵ９０１に出力する入力制御回路などから構成されている。情報処理装置１０のユーザは、この入力装置９１５を操作することにより、情報処理装置１０に対して各種のデータを入力したり処理動作を指示したりすることができる。
【００８７】
出力装置９１７は、取得した情報をユーザに対して視覚的又は聴覚的に通知することが可能な装置で構成される。このような装置として、ＣＲＴディスプレイ装置、液晶ディスプレイ装置、プラズマディスプレイ装置、ＥＬディスプレイ装置及びランプなどの表示装置や、スピーカ及びヘッドホンなどの音声出力装置や、プリンタ装置、携帯電話、ファクシミリなどがある。出力装置９１７は、例えば、情報処理装置１０が行った各種処理により得られた結果を出力する。具体的には、表示装置は、情報処理装置１０が行った各種処理により得られた結果を、テキスト又はイメージで表示する。他方、音声出力装置は、再生された音声データや音響データ等からなるオーディオ信号をアナログ信号に変換して出力する。
【００８８】
ストレージ装置９１９は、情報処理装置１０の記憶部の一例として構成されたデータ格納用の装置である。ストレージ装置９１９は、例えば、ＨＤＤ（Ｈａｒｄ  Ｄｉｓｋ  Ｄｒｉｖｅ）等の磁気記憶デバイス、半導体記憶デバイス、光記憶デバイス、又は光磁気記憶デバイス等により構成される。このストレージ装置９１９は、ＣＰＵ９０１が実行するプログラムや各種データ、及び外部から取得した各種データなどを格納する。
【００８９】
ドライブ９２１は、記録媒体用リーダライタであり、情報処理装置１０に内蔵、あるいは外付けされる。ドライブ９２１は、装着されている磁気ディスク、光ディスク、光磁気ディスク、又は半導体メモリ等のリムーバブル記録媒体９２７に記録されている情報を読み出して、ＲＡＭ９０５に出力する。また、ドライブ９２１は、装着されている磁気ディスク、光ディスク、光磁気ディスク、又は半導体メモリ等のリムーバブル記録媒体９２７に記録を書き込むことも可能である。リムーバブル記録媒体９２７は、例えば、ＤＶＤメディア、ＨＤ−ＤＶＤメディア、Ｂｌｕ−ｒａｙ（登録商標）メディア等である。また、リムーバブル記録媒体９２７は、コンパクトフラッシュ（登録商標）（ＣｏｍｐａｃｔＦｌａｓｈ：ＣＦ）、フラッシュメモリ、又は、ＳＤメモリカード（Ｓｅｃｕｒｅ  Ｄｉｇｉｔａｌ  ｍｅｍｏｒｙ  ｃａｒｄ）等であってもよい。また、リムーバブル記録媒体９２７は、例えば、非接触型ＩＣチップを搭載したＩＣカード（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ｃｉｒｃｕｉｔ  ｃａｒｄ）又は電子機器等であってもよい。
【００９０】
接続ポート９２３は、機器を情報処理装置１０に直接接続するためのポートである。接続ポート９２３の一例として、ＵＳＢ（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｂｕｓ）ポート、ＩＥＥＥ１３９４ポート、ＳＣＳＩ（Ｓｍａｌｌ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）ポート等がある。接続ポート９２３の別の例として、ＲＳ−２３２Ｃポート、光オーディオ端子、ＨＤＭＩ（登録商標）（Ｈｉｇｈ−Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  Ｍｕｌｔｉｍｅｄｉａ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）ポート等がある。この接続ポート９２３に外部接続機器９２９を接続することで、情報処理装置１０は、外部接続機器９２９から直接各種データを取得したり、外部接続機器９２９に各種データを提供したりする。
【００９１】
通信装置９２５は、例えば、通信網９３１に接続するための通信デバイス等で構成された通信インターフェースである。通信装置９２５は、例えば、有線又は無線ＬＡＮ（Ｌｏｃａｌ  Ａｒｅａ  Ｎｅｔｗｏｒｋ）、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ（登録商標）、又はＷＵＳＢ（Ｗｉｒｅｌｅｓｓ  ＵＳＢ）用の通信カード等である。また、通信装置９２５は、光通信用のルータ、ＡＤＳＬ（Ａｓｙｍｍｅｔｒｉｃ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｕｂｓｃｒｉｂｅｒ  Ｌｉｎｅ）用のルータ、又は、各種通信用のモデム等であってもよい。この通信装置９２５は、例えば、インターネットや他の通信機器との間で、例えばＴＣＰ／ＩＰ等の所定のプロトコルに則して信号等を送受信することができる。また、通信装置９２５に接続される通信網９３１は、有線又は無線によって接続されたネットワーク等により構成され、例えば、インターネット、家庭内ＬＡＮ、赤外線通信、ラジオ波通信又は衛星通信等であってもよい。
【００９２】
以上、本開示の実施形態に係る情報処理装置１０の機能を実現可能なハードウェア構成の一例を示した。上記の各構成要素は、汎用的な部材を用いて構成されていてもよいし、各構成要素の機能に特化したハードウェアにより構成されていてもよい。従って、本実施形態を実施する時々の技術レベルに応じて、適宜、利用するハードウェア構成を変更することが可能である。
【実施例】
【００９３】
一般に、ゲノムという遺伝情報は、生物の誕生から死に至るまで固定されたものではない。例えば、ヒトがウイルスに感染した場合、ウイルスは、自身が有するＤＮＡ又はＲＮＡの遺伝情報を、宿主であるヒトの細胞に浸潤させ、その一部又は全部の遺伝情報を宿主のゲノムに挿入し、何十年も居続けるばかりか、後世にまで伝えさせることもある。異なる生物（及び寄生生物）は、出会いとともに遺伝情報をやり取りし、変わりゆく環境の変化に対応する術を得ているのである。病原性細菌（人体に悪影響を及ぼす細菌）の場合についても、その多くは、他の細菌が保有しない、病原性アイランド（Ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｓｌａｎｄ）と呼ばれる特異的なＤＮＡ領域又はＲＮＡ領域を保持しており、これらの領域が宿主に挿入されることが知られている。
【００９４】
本発明者が開発した相同要素系統解析法、及び、本開示で提案する相同要素家系束の分類方法で着目される相同要素の多くは、環境に応じた生存戦略の一部として、異生物間あるいは一生物内のゲノムを移動し、ゲノムに可塑性を与える移動要素（ｍｏｂｉｌｅ  ｅｌｅｍｅｎｔ）である。かかる相同要素の中には、一生物内の異なるゲノム分子（染色体とプラスミド）間を移動したものだけでなく、他の寄生生物、病原性生物、ウイルス、バクテリオ・ファージが宿主に残していったものも存在する。
【００９５】
１９９０年以降、ヒトに加えて、数多くの生物種のゲノム配列情報が解読されてきた。更に、近年、腸内細菌を含む体内常在菌の存在が明らかとなり、これら体内常在菌が防衛、免疫、感情、脳活動などにおいて様々な役割を有していることが推察され、ヒトは、体内常在菌との共生体をなして、生命を維持していることが認識されるようになってきた。健康維持、抗老化、生活習慣病・自己免疫疾患の予防、感染症の治癒等を目的に、人体、体内常在菌、外部からの病原性微生物（カビ、細菌、ウイルス等）の関係や、それぞれの感染・寄生の分子的メカニズムの解明が期待されている。
【００９６】
相同要素系統解析法を用いて、微生物種における相同要素系統の分類と関連性とを追跡することで、相同要素系統を介して、異生物間の遭遇や分化を把握することが可能となる。また、一生物に固有の相同要素系統が未知の病原性アイランドである可能性も存在する。微生物の網羅的な相同要素系統解析は、地球の誕生からの生物進化の解明に役立つだけでなく、ヒト、体内常在菌、病原性微生物、摂取する食物の共生細菌の関係を明らかにし、今日我々が直面している医療問題解決の一助になると期待される。
【００９７】
このような観点から、以下に示す実施例では、大腸菌Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉの５株に関して、相同要素系統解析法及び相同要素家系束の分類処理を実施し、相同要素家系束の共有関係及び株間の類似関係を可視化した。
【００９８】
着目した大腸菌５株は、以下の通りである。
１．Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ＩＡＩ３９
２．Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１０４：Ｈ４  ａｒｅ．２０１１Ｃ−３４９３
３．Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７  ＳａｋａｉＳａｋａｉ  ｓｕｂｓｔｒ．ＲＩＭＤ０５９９５２
４．Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ８３：Ｈ１  ｓｔｒ．ＮＲＧ８５７Ｃ
５．Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｓｔｒ．Ｋ１２ｓｕｂｓｔｒ．ＭＧ１６５５
【００９９】
５．に示した大腸菌Ｋ１２は、通常、研究室のクローニングなどに頻繁に使用される非病原性大腸菌である。その他の１．〜４．に示した４株は、病原性大腸菌である。
【０１００】
大腸菌ＩＡＩ３９は、Ｏ７：Ｋ１の別称である。Ｏ７：Ｋ１（ＩＡＩ３９）は、尿路感染症、髄膜炎、敗血症などを引き起こす腸管外病原性大腸菌（Ｅｘｔｒａｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉｎａ  ｃｏｌｉ：ＥＥｘＰＥＣ）に分類されており、１９８０年代にフランスで尿管感染症の患者の尿から分離されたものである。
【０１０１】
大腸菌Ｏ１０４：Ｈ４、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、大腸菌Ｏ８３：Ｈ１のそれぞれは、腸管出血性大腸菌（Ｅｎｔｅｒｏｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｉａ  ｃｏｌｉ：ＥＨＥＣ）に分類されており、ベロ毒素と呼ばれる強い毒素を産生する大腸菌である。ベロ毒素に対する抗血清Ｏ抗原で特徴づけられるが、Ｏ抗原があってもＨ抗原が異なる場合には、ベロ毒素を産生しないものも存在する。そのため、腸管出血性大腸菌は、Ｏ抗原とＨ抗原とを組み合わせ、Ｏ１５７：Ｈ７のように表記される。
【０１０２】
大腸菌Ｏ１０４：Ｈ４  ａｒｅ．２０１１Ｃ−３４９３は、２０１１年にフランスとドイツで起こった大規模集団食中毒の患者から分離されたものであり、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７  Ｓａｋａｉは、堺市で起こった集団食中毒の患者から分離されたものであり、大腸菌Ｏ８３：Ｈ１は、クローン病患者の回腸から分離されたものである。これらの大腸菌の中でも、特に、Ｏ１５７：Ｈ１は、死者を出すほど猛毒のベロ毒素を産出することで知られている。
【０１０３】
腸管出血性感染症の医療研究分野では、その病原性のメカニズムを理解するとともに、治療・予防対策法が求められており、病原性大腸菌と非病原性大腸菌のそれぞれの全ゲノム配列を比較して遺伝子を全て比較する方法で、病原性の有りかが探索されてきた。その結果、病原性大腸菌と非病原性大腸菌の染色体上の遺伝子情報は、ほとんど相違しておらず、大腸菌が示す病原性は、染色体ではなくプラスミド上の遺伝子に起因していることが既に報告されている。
【０１０４】
以下に示す実施例では、図９に示した構成を有する情報処理装置１０を用いて、上記５株の大腸菌の相同要素系統解析及び相同要素家系束の分類を行った。用いた情報処理装置１０では、米国の国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ：ＮＣＢＩ）から、５株の大腸菌のゲノムデータを自動的に入手するとともに、公知の配列並置ソフトウェアであるＢｌａｓｔｎを情報処理システムの一部として組み込んだものを利用した。この際、配列並置ソフトウェアＢｌａｓｔｎの各種パラメータについて、並置においてギャップの挿入コストが最も高くなる（換言すれば、なるべくギャップを入れさせない）ように、各種パラメータの最適値を予め設定した。また、相同要素家系束分類部１０３の配列並置部１１３では、文字列断片のパターンマッチングにより、着目している２つの文字列断片の類似度を数値化するように設定した。
【０１０５】
図９に示した構成の情報処理装置１０における可視化部１０５では、上記のような相同要素系統解析及び相同要素家系束の分類により得られた、相同要素家系束の各株への帰属関係を表す図を、公知のグラフ構造描画ソフトウェアであるＧｒａｐｈｖｉｚのｓｆｄｐコマンドを用いて作成した。得られた結果を、図１１に示した。図１１において、得られた相同要素家系束は、円形の点で表されており、株は、楕円形で表されており、相同要素家系束の株への帰属関係は、曲線で表されている。なお、図１１に示した分布図を作成するにあたっては、可視化部１０５に対して相同要素家系束が描画平面の全体に分布するように設定を行っており、図１１に示す分布図に、座標軸のような概念は存在しない。
【０１０６】
図１１において、曲線の太さが太いほど、多くの株で相同要素家系束が共有されていることを示している。図１１では、それぞれの株の外側に、その株だけと繋がれた相同要素家系束が、数多く存在していることがわかる。これらの相同要素家系束は、単一株にしか現れないローカルな相同要素家系束である。単一株にしか現れないローカルな相同要素家系束を表示せず、複数株に共有されている相同要素家系束のみを表示した図を、図１２に示した。
【０１０７】
大腸菌５株で見つかった相同要素家系束に関して、相同要素家系の数と帰属する株の数の関係（すなわち、それぞれの相同要素家系束が帰属する株の数に関するヒストグラム）を、図１３に示した。図１３において、横軸が、相同要素家系束が帰属している株の個数を表しており、縦軸が、個数である。上記の大腸菌５株について、見つかった相同要素家系束の個数は、全部で３０９個であった。図１３において、横軸の値＝１の位置でのプロットから明らかなように、大多数の相同要素家系束は、単一株にしか現れないローカルなものであることがわかる。一方、全５株で共通して現れる相同要素家系束は、図１３において、横軸の値＝５の位置でのプロットから明らかなように、２９個であった。
【０１０８】
全５株で共通して現れる２９個の相同要素家系束の一部を見てみると、相同要素家系束Ｂ６は、ｔｒａｎｓｐｏｓａｓｅ遺伝子を含んでいることから、トランスポゾン由来であることが明らかとなった。また、相同要素家系束Ｂ８は、１６ＳｒｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ、２３ＳｒｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ、ｔＲＮＡ−Ｉｌｅ、ｔＲＮＡ−Ａｓｐなどの遺伝子を含んでいることから、ＲＮＡ関連のものであることが明らかとなった。また、相同要素家系束Ｂ１３は、ｐｙｒｕｖａｔｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ遺伝子を含んでいることから、生化学経路の中心であるＴＣＡ回路の制御に関わるものであることが明らかとなった。また、相同要素家系束Ｂ２４は、ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ＨＵ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｂｅｔａ（ｈｕｐＢ）遺伝子を含み、ＨＵプロテインは、ヒストンと共通した性質を持ち、広い範囲の遺伝子発現制御に関わっていることが明らかとなった。
【０１０９】
一方、病原性大腸菌４株（ＩＡＩ３９、Ｏ１０４：Ｈ４、Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ８２：Ｈ１）あるいはその一部には帰属するが、非病原性大腸菌Ｋ１２には帰属しない相同要素家系束が、上記検証により、いくつか見つかった。
【０１１０】
（Ａ）Ｏ１０４：Ｈ４、Ｏ１５７：Ｈ７，Ｏ８２：Ｈ１の３株に帰属し、ＩＡＩ３９とＫ１２には帰属しない相同要素家系束として、Ｂ２とＢ１５の２つが見つかった。
【０１１１】
相同要素家系束Ｂ２には、猛毒株Ｏ１５７：Ｈ７の３つの相同要素家系（Ｆ２、Ｆ３、Ｆ４）が繋がれており、Ｆ２の２つの要素に、“ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ”でタグ付けされた機能未定遺伝子が含まれていた。
【０１１２】
相同要素家系束Ｂ１５に属する要素には、ＶｇｒＢ遺伝子が含まれていた。ＶｇｒＢ遺伝子は、Ｔｙｐｅ  ＶＩ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ｓｙｓｔｅｍ（タイプＶＩ分泌系）を構成する遺伝子であり、毒性や抗菌性に関わることが知られている。
【０１１３】
（Ｂ）ＩＡＩ３９、Ｏ１０４：Ｈ４、Ｏ１５７：Ｈ７の３株に帰属し、Ｏ８２：Ｈ１とＫ１２には帰属しない相同要素家系束として、Ｂ９２、Ｂ１１７、Ｂ１３５、Ｂ１３９の４つが見つかった。
【０１１４】
相同要素家系束Ｂ９２に属する全ての要素に、ｎｉｔｒａｔｅ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｆｏｒｍａｔｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ−Ｎｓｕｂｕｎｉｔ  ａｌｐｈａ遺伝子が含まれていた。
【０１１５】
相同要素家系束Ｂ１１７に属する全ての要素に、ｔｒａｎｓｐｏｓａｓｅＴｎＡ遺伝子と機能未定遺伝子が含まれていた。
【０１１６】
相同要素家系束Ｂ１３５に属する全ての要素に、ａｄｈｅｓｉｎ遺伝子又は機能未定遺伝子が含まれていた。
【０１１７】
相同要素家系束Ｂ１３９に属する全ての要素に、ｍａｇｎｅｓｉｕｍ／ｎｉｃｋｅｌ／ｃｏｂａｌｔ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒＣｏｒＡ遺伝子が含まれていた。
【０１１８】
（Ｃ）ＩＡＩ３９、Ｏ８３：Ｈ１、Ｋ１２には帰属するが、２つの猛毒な腸管出血性大腸菌（Ｏ１０４：Ｈ４、Ｏ１５７：Ｈ７）には帰属しない相同要素家系束として、Ｂ１６２、Ｂ１６３、Ｂ１６４、Ｂ１７３の４つが見つかった。
【０１１９】
相同要素家系束Ｂ１６２に属する全ての要素に、ｃｒｌ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｉｎｓＮ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＸ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＴ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｒｅｎＤ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｎｍｐＣ（ｍｉｓｓｉｎｇ）と表示された領域と、ｃｏｌｄ  ｓｈｏｃｋ  ｐｒｏｔｅｉｎを符号化するｃｓｐＨ遺伝子（ＣｓｐＡ  ｆａｍｉｌｙのメンバー）が含まれていた。前者の欠損された遺伝子群は、挿入因子（Ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ  Ｅｌｅｍｅｎｔ：ＩＳ）に由来し、発現機能を失った残骸領域であると思われる。
【０１２０】
相同要素家系束Ｂ１６３に属する全ての要素には、同じく、ｃｒｌ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｉｎｓＮ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＸ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＴ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｒｅｎＤ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｎｍｐＣ（ｍｉｓｓｉｎｇ）と表示された領域と、ｃｏｌｄ  ｓｈｏｃｋ  ｐｒｏｔｅｉｎを符号化するｃｓｐＧ遺伝子（ＣｓｐＡ  ｆａｍｉｌｙのメンバー）が含まれていた。
【０１２１】
相同要素家系束Ｂ１６４に属する全ての要素に、同じく、ｃｒｌ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｉｎｓＮ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＸ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＴ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｒｅｎＤ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｎｍｐＣ（ｍｉｓｓｉｎｇ）と表示された領域と、ｅ１４プロフェージ由来ｉｃｄ遺伝子（ｉｓｏｃｉｔｒａｔｅｄｅｇｙｄｒａｇｅｎａｓｅ）が含まれていた。
【０１２２】
相同要素家系束Ｂ１７３に属する全ての要素に、同じく、ｃｒｌ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｉｎｓＮ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＸ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙａｉＴ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｒｅｎＤ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｎｍｐＣ（ｍｉｓｓｉｎｇ）に加え、ｌｏｍＲ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙｄｂＡ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙｄｆＨ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙｏｅＡ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｗｂｂＬ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｇａｔＲ（ｍｉｓｓｉｎｇ）、ｙｅｊ０（ｍｉｓｓｉｎｇ）と表示された領域と、トランスポゾン由来の“ｔｒａｎｓｐｏｓａｓｅ  ３１  ｐｒｏｔｅｉｎ”遺伝子が含まれていた。
【０１２３】
このように、従来の染色体上の遺伝子情報に着目する解析法では見出すことが出来なかった、病原性大腸菌と非病原性大腸菌との遺伝子情報の相違点を、本開示に係る相同要素系統解析法及び相同要素家系束の分類処理により見出すことが出来た。すなわち、非病原性大腸菌と病原性大腸菌、あるいは、弱病原性の大腸菌又は強病原性の大腸菌へと差別化する部分として、トランスポゾンや挿入因子に由来する移動因子の存在を見出すことができた。
【０１２４】
また、相同要素系統解析法及び相同要素家系束の分類処理で見出された、大腸菌５株における３０９個の相同要素家系束について、多次元尺度解析法（ＭＤＳ）により解析を行った。多次元尺度解析は、公知の統計処理アプリケーションＲの関数ｃｍｄｓｃａｌｅを使用した。また、解析に際して、以下の式（１０１）で与えられる、株ｉと株ｊとの間のマンハッタン距離Ｄ（ｉ，ｊ）を算出し、多次元尺度解析法の入力値となるようにした。以下の式（１０１）では、相同要素家系束ｋに属する相同要素家系を、株ｉが保持している（＝１）か保持していない（＝０）かについて、ビット列Ｂ（ｋ，ｉ）で表現している。なお、以下の式（１０１）において、パラメータＮＳは株数を表しており、本実施例ではＮＳ＝５であり、パラメータＮＢは、相同要素家系束の個数を表しており、本実施例では、ＮＢ＝３０９である。
【０１２５】
【数１】
2019220092.tif 000003
【０１２６】
上記のような多次元尺度解析法による解析結果を、２次元で可視化したものを図１４に示し、３次元で可視化したものを図１５に示した。図１４では、各株の最近傍を線で結んでおり、図１５では、各株を他の全ての株と線で結んでいる。なお、図１４及び図１５における符号１〜５は、上記の大腸菌の各株に対応している。
【０１２７】
図１４を参照すると、大腸菌１（ＩＡＩ３９）、大腸菌４（Ｏ８３：Ｈ１）、大腸菌５（Ｋ１２）は、座標平面内の比較的近い位置に分布している一方で、猛毒型の病原性大腸菌である大腸菌２（Ｏ１０４：Ｈ４）、大腸菌３（Ｏ１５７：Ｈ７）は、大腸菌１、４，５から離れた位置に分布していることがわかる。また、図１５を参照すると、図１４では近傍に位置していると思われた大腸菌１、大腸菌４、大腸菌５について、大腸菌１が、大腸菌４、５よりも離れた位置に分布していることがわかる。
【０１２８】
このように、相同要素家系束の可視化に際して、多次元尺度解析法等の統計解析処理を施すことで、着目する株と他の株との類似性や特異性を、容易に把握することが可能となる。
【０１２９】
以上、具体例を示しながら説明したように、本実施例で示した相同要素家系束の分類処理は、生物があまり共有することのない、複数回出現する遺伝情報に注目した系統解析法として捉えることができ、水平転移で得られた遺伝情報の抽出に優れている。かかる手法は、あまり共有することのない物を共有している生物間には、これら生物それぞれの進化の歴史の中で何らかの交流があったのではないかと推定する手法であると言える。
【０１３０】
また、相同要素系統解析法で得られる要素の多くは、水平転移で得られた遺伝情報であり、上記のように、抽出される遺伝情報は、遺伝子の発現制御に深く関わっていた。そのため、本実施例で示したような、相同要素家系束の分類処理を含む広義の相同要素系統解析法は、例えば、腸内細菌や土壌細菌を含め、病原性微生物の毒性の獲得や伝搬メカニズムの解明に有用であると考えられる。
【０１３１】
以上、添付図面を参照しながら本開示の好適な実施形態について詳細に説明したが、本開示の技術的範囲はかかる例に限定されない。本開示の技術分野における通常の知識を有する者であれば、特許請求の範囲に記載された技術的思想の範疇内において、各種の変更例または修正例に想到し得ることは明らかであり、これらについても、当然に本開示の技術的範囲に属するものと了解される。
【０１３２】
また、本明細書に記載された効果は、あくまで説明的または例示的なものであって限定的ではない。つまり、本開示に係る技術は、上記の効果とともに、又は、上記の効果に代えて、本明細書の記載から当業者には明らかな他の効果を奏しうる。
【０１３３】
なお、以下のような構成も本開示の技術的範囲に属する。
（１）
一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する相同要素家系束分類部を備える、情報処理装置。
（２）
前記相同要素家系束分類部は、
それぞれの前記相同要素家系情報に含まれる前記文字列断片の内容について、着目する全ての前記相同要素家系情報との間で配列並置を行い、前記文字列断片の内容の類似度合いを算出する配列並置部と、
所定の閾値以上の前記類似度合いとなった文字列断片の内容の組み合わせが１つ以上存在した前記家系の組み合わせを、相同性を有する家系群として抽出する組み合わせ抽出部と、
抽出された前記相同性を有する家系群を構成する前記文字列断片の内容を、同一の前記相同要素家系束に属するものと判断する判断部と、
を有する、（１）に記載の情報処理装置。
（３）
分類された複数の前記相同要素家系束について、当該相同要素家系束の前記分類区分への帰属関係に基づき可視化する可視化部を更に備える、（１）又は（２）に記載の情報処理装置。
（４）
前記可視化部は、分類された複数の前記相同要素家系束について、更に、前記分類区分に帰属される前記相同要素家系束の主成分解析、又は、多次元尺度解析の少なくとも何れかを実施して、前記分類区分の類似関係を可視化する、（３）に記載の情報処理装置。
（５）
前記文字列データは、生物の遺伝情報を表す文字列データであり、
前記分類区分は、前記文字列データを有する前記生物の株である、（１）〜（４）の何れか１つに記載の情報処理装置。
（６）
一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類することを含む、情報処理方法。
（７）
コンピュータに、
一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データに対して、文字列内における相同する文字列断片に着目し、当該相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に基づき実施された系統解析の結果を利用し、当該系統解析の結果に含まれる、前記相同する文字列断片の家系と、当該家系に属する前記相同する文字列断片の内容と、に関する相同要素家系情報に基づき、複数の分類区分に属する複数の相同要素家系情報について、前記分類区分を超えて前記家系に相同性が存在する前記家系の集合を、相同要素家系束として分類する相同要素家系束分類機能
を実現させるためのプログラム。
【符号の説明】
【０１３４】
１０    情報処理装置
１０１    相同要素家系情報取得部
１０３    相同要素家系束分類部
１０５    可視化部
１０７    表示制御部
１０９    記憶部
１１１    前処理部
１１３    配列並置部
１１５    組み合わせ抽出部
１１７    判断部
１５１    データ取得部
１５３    相同要素系統解析部
【図１】
2019220092.tif 000004
【図２】
2019220092.tif 000005
【図３】
2019220092.tif 000006
【図４】
2019220092.tif 000007
【図５】
2019220092.tif 000008
【図６】
2019220092.tif 000009
【図７】
2019220092.tif 000010
【図８】
2019220092.tif 000011
【図９】
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【図１０】
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【図１１】
2019220092.tif 000014
【図１２】
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【図１３】
2019220092.tif 000016
【図１４】
2019220092.tif 000017
【図１５】
2019220092.tif 000018