(57)【要約】【課題】血友病Ａを治療するための遺伝子治療法において有用な、機能的な第ＶＩＩＩ因子タンパク質をコードする新規のＡＡＶベクターを提供する。【解決手段】本発明は、機能的に活性なＦＶＩＩＩをコードするＡＡＶベクター（本明細書では「ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター」と称される）を提供する。機能的に活性なＦＶＩＩＩをコードするゲノムは、好ましくは７．０ｋｂ長以下、より好ましくは６．５ｋｂ長以下、さらにより好ましくは６．０ｋｂ長以下、さらにより好ましくは５．５ｋｂ長以下、さらにより好ましくは５．０ｋｂ長以下であり、増強されたプロモーター機能を有する。また、本発明は、本明細書に記載されるＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを作製する方法および関連するその治療的用途に関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、全体が参照によって本明細書に援用される、２０１３年９月１２日に出願された米国仮特許出願第６１／８７７，０４２号の優先権を主張する。
【０００２】
本発明は、高い発現活性を有するＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターおよび完全長または切断型の機能的ＦＶＩＩＩを発現するＡＡＶ  ＦＶＩＩＩ  ベクターを含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）ベクターに関する。また、本発明は、本明細書に記載されるＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを作製する方法および関連するその治療的用途に関する。
【背景技術】
【０００３】
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、ヒトおよびいくつかの他の霊長類種に感染する、小型の複製欠損の無エンベロープの動物ウイルスである。ＡＡＶのいくつかの特徴により、このウイルスは遺伝子治療による治療用タンパク質の送達のための魅力的な媒介物となっており、例えば、ＡＡＶが、ヒト疾患を引き起こすことが知られておらず、軽度の免疫応答を誘導すること、並びにＡＡＶベクターが、宿主細胞ゲノム内への組込みなしに分裂細胞および休止細胞の両方に感染可能であることが挙げられる。ＡＡＶを用いる遺伝子治療ベクターは、いくつかの臨床試験で、例えば、血友病Ｂの治療のためのヒト第ＩＸ因子（ＦＩＸ）の肝臓への送達への使用が成功している（Nathwani  et al., New  Engl. J. Med. 365:2357-2365, 2011）。
【０００４】
しかしながらＡＡＶ遺伝子治療ベクターにはいくつかの欠点がある。具体的には、ＡＡＶベクターのクローニング能力が、前記ウイルスのＤＮＡパッケージング容量の影響により、限定されている。野生型ＡＡＶの一本鎖ＤＮＡゲノムは約４．７キロ塩基（ｋｂ）である。実際には、約５．０ｋｂ以下のＡＡＶゲノムが、ＡＡＶウイルス粒子の中に、完全にパッケージングされている（すなわち、完全長）と思われる。ＡＡＶベクター内の核酸ゲノムは約１４５塩基のＡＡＶ逆方向末端反復（ＩＴＲ）を２つ有していなければならないという要件により、ＡＡＶベクターのＤＮＡパッケージング容量は、最大約４．４ｋｂのタンパク質コード配列がキャプシド形成され得る。
【０００５】
このサイズ制限により、巨大な治療用遺伝子、すなわち、約４．４ｋｂ長よりも長い遺伝子は、一般に、ＡＡＶベクターでの使用に適していない。そのような治療用遺伝子の１つは第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）遺伝子であり、この遺伝子は、Ｎ末端からＣ末端へ、１９アミノ酸のシグナルペプチド、および３つの巨大ドメイン（すなわち、重鎖またはＡドメイン、中央またはＢドメイン、および軽鎖またはＣドメイン）を含む、２３３２アミノ酸のポリペプチドをコードする約７．０ｋｂのｍＲＮＡを有する。ＦＶＩＩＩにおけるＡＡＶベクターのサイズ制限を克服するために使用された戦略の１つは、２つのＡＡＶベクター、重鎖またはＡドメインをコードする一方のＡＡＶベクター、および軽鎖またはＣドメインをコードするもう一方のＡＡＶベクターを使用することであった（例えば、Coutu  et al.、米国特許第６，２２１３４９号、同第６，２００，５６０号および同第７，３５１，５７７号を参照）。このサイズ制限を回避する別の戦略は、ＦＶＩＩＩの中央部分またはＢドメインが欠失しており、ＳＱ配列として知られる１４アミノ酸リンカーで置換されているＦＶＩＩＩをコードするＡＡＶベクターを作製することであった（Ward  et al., Blood, 117:798-807, 2011、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013）。
【０００６】
５．０ｋｂよりも長いＡＡＶゲノムを有するＡＡＶベクターが文献で報告されているが、これらの場合の多くで、コードされた遺伝子の５’末端または３’末端が切断されていると思われる（Hirsch  et al., Molec. Ther. 18-6-8, 2010、およびGhosh  et al., Biotech.Genet. Engin. Rev. 24:165-178, 2007参照）。しかし、ＡＡＶ感染細胞において、５’末端切断および３’末端切断を有する核酸の間で、重複した相同組換えが生じる結果、前記巨大タンパク質をコードする「完全な」核酸が作製され、それにより、機能的な完全長遺伝子が再構築されることが示されている。
【０００７】
血友病Ａを治療するための遺伝子治療法において有用な、機能的な第ＶＩＩＩ因子タンパク質をコードする新規のＡＡＶベクターが必要とされている。従って、本発明は、ＡＡＶウイルス粒子が治療用タンパク質をコードする核酸全体をキャプシド形成することにより（すなわち、完全にパッケージングされたＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター）、ゲノムのサイズ超過という上記の問題を回避するような、または、切断されていてもされていなくてもよい機能的に活性な第ＶＩＩＩ因子タンパク質を少なくとも生成するような、機能的に活性なＦＶＩＩＩをコードするＡＡＶベクターに関する。さらに、カプシドを対象とした免疫応答を回避するために、ＡＡＶベクターは、カプシド粒子当たりで、最高の標的タンパク質形質導入／発現活性を有しているべきである。本発明はまた、高い発現活性を有する完全ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの作製に関する。最後に、本発明は、本明細書に記載されるＡＡＶ第ＶＩＩＩ因子ベクターを作製するための方法、およびそれを使用するための関連方法に関する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００８】
【特許文献１】米国特許第６，２２１，３４９号明細書
【特許文献２】米国特許第６，２００，５６０号明細書
【特許文献３】米国特許第７，３５１，５７７号明細書
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明は、機能的に活性なＦＶＩＩＩをコードするＡＡＶベクター（本明細書では「ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター」と称される）を提供する。機能的に活性なＦＶＩＩＩをコードするゲノムは、好ましくは７．０ｋｂ長以下、より好ましくは６．５ｋｂ長以下、さらにより好ましくは６．０ｋｂ長以下、さらにより好ましくは５．５ｋｂ長以下、さらにより好ましくは５．０ｋｂ長以下であり、増強されたプロモーター機能を有する。
【００１０】
本明細書で使用される場合、「機能的に活性なＦＶＩＩＩ」は、培養細胞において発現される場合のインビトロにおいて、または細胞もしくは体組織において発現される場合のインビボにおいて、野生型ＦＶＩＩＩタンパク質の機能性を有するＦＶＩＩＩタンパク質である。これには、例えば、血液凝固が起こることを可能にすること、および血友病Ａを患う対象において血液が凝固するのにかかる時間を短縮することが含まれる。野生型ＦＶＩＩＩは、凝固カスケードを介した血液凝固に関与しており、活性化ＦＩＸ（ＦＩＸａ）の補助因子として働いて、カルシウムイオンおよびリン脂質の存在下で、第Ｘ因子（ＦＸ）を活性化ＦＸ（ＦＸａ）に変換する複合体を形成する。従って、機能的に活性なＦＶＩＩＩはＦＩＸａと複合体を形成し得、この複合体はＦＸをＦＸａに変換し得る。
【００１１】
本明細書で使用される場合、「ＡＡＶベクター」とは、転写調節エレメント、すなわち、一つまたは複数のプロモーターおよび／またはエンハンサーに機能的に連結したタンパク質コード配列、並びにポリアデニル化配列、並びに、所望により、前記タンパク質コード配列のエクソン間に挿入された一つまたは複数のイントロン、に隣接しているＡＡＶ５’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列およびＡＡＶ３’ＩＴＲを有する、一本鎖または二本鎖の核酸を指す。一本鎖ＡＡＶベクターは、ＡＡＶウイルス粒子のゲノム内に存在し、本明細書で開示される核酸配列のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかであり得る核酸を指す。このような一本鎖核酸のサイズは塩基単位で与えられる。二本鎖ＡＡＶベクターは、ＡＡＶベクター核酸を発現または遺伝子導入するために使用される、プラスミド（例えば、ｐＵＣ１９）のＤＮＡ内、または二本鎖ウイルス（例えば、バキュロウイルス）のゲノム内に存在する核酸を指す。このような二本鎖核酸のサイズは塩基対（ｂｐ）単位で与えられる。
【００１２】
用語「逆方向末端反復（ＩＴＲ）」とは、本明細書で使用される場合、ＤＮＡ複製の開始点として、およびウイルスゲノムのパッケージングシグナルとしてシスに機能する、ＡＡＶゲノムの５’末端および３’末端に存在する、当該技術分野において認知されている領域を指す。ＡＡＶ  ＩＴＲは、ＡＡＶ  ｒｅｐコード領域と一緒になって、宿主細胞ゲノムからの除去およびレスキュー、並びに宿主細胞ゲノムへの２つの隣接するＩＴＲ間に挿入されたヌクレオチド配列の組込みを効率的に提供する。ある特定のＡＡＶ関連ＩＴＲの配列は、Yan  et al., J. Virol. 79(1):364-379 (2005)（その全体が参照によって本明細書に援用される）により開示されている。
【００１３】
「転写調節エレメント」は、遺伝子転写の調節に関与する遺伝子のヌクレオチド配列を指し、例えば、転写因子が結合することで、ＲＮＡポリメラーゼの結合を助け、発現を促進する、プロモーター、並びに応答エレメント、アクチベーターおよびエンハンサー配列、並びに抑制タンパク質が結合することで、ＲＮＡポリメラーゼの結合を阻止し、発現を妨げる、オペレーターまたはサイレンサー配列が含まれる。用語「肝臓特異的転写調節エレメント」は、肝組織特異的に遺伝子発現を調節する調節エレメントを指す。肝臓特異的調節エレメントの例としては、限定はされないが、マウスサイレチン（thyretin）プロモーター（ｍＴＴＲ）、内在性ヒト第ＶＩＩＩ因子プロモーター（Ｆ８）、ヒトα１アンチトリプシンプロモーター（ｈＡＡＴ）およびその活性断片、ヒトアルブミン最小プロモーター、並びにマウスアルブミンプロモーターが挙げられる。Ｅｎｈ１と共に、ＥＢＰ、ＤＢＰ、ＨＮＦ１、ＨＮＦ３、ＨＮＦ４、ＨＮＦ６等の、肝臓特異的転写因子結合部位に由来するエンハンサーも考慮される。
【００１４】
一実施形態では、本発明のＡＡＶベクターは、１４アミノ酸ＳＱ配列によって置換されたＢドメインを有する機能的に活性なＦＶＩＩＩをコードする、すなわち、ＦＶＩＩＩ  ＳＱをコードする核酸を含む。ＳＱ配列は、Ward  et al., Blood, 117:798-807, 2011、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013において開示されている。ＦＶＩＩＩコード領域配列は、コドンを最適化した配列である（Nathwani  et al.、２０１３年１月２４日に公開された米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０Ａ１号（その全体が参照によって本明細書に援用される）、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013を参照）。この配列は「ＵＣＬ  ＳＱ  ＦＶＩＩＩ」と本明細書では称される。
【００１５】
第１の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図２Ａに模式的に示されるＰｒｏｔｏ１を含み、配列番号１に記載される核酸配列を含む。
【００１６】
第２の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図２Ｂに模式的に示されるＰｒｏｔｏ１Ｓを含み、配列番号２に記載される核酸配列を含む。
【００１７】
第３の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図２Ｃに模式的に示されるＰｒｏｔｏ２Ｓを含み、配列番号３に記載される核酸配列を含む。
【００１８】
第４の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図２Ｄに模式的に示されるＰｒｏｔｏ３Ｓを含み、配列番号４に記載される核酸配列を含む。
【００１９】
別の実施形態では、本発明のＡＡＶベクターは、ＳＱ配列を含むＢドメイン全体、および軽鎖またはＣドメインのすぐＮ末端側に位置するａ３ドメインを欠失しているＦＶＩＩＩをコードする核酸を含む。ＦＶＩＩＩコード領域配列はコドンを最適化した配列である（Nathwani  et al.、２０１３年１月２４日に公開された米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０Ａ１号（その全体が参照によって本明細書に援用される）、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013を参照）。
【００２０】
第１の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図３Ａに模式的に示されるＰｒｏｔｏ４を含み、配列番号５に記載される核酸配列を含む。
【００２１】
第２の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図３Ｂに模式的に示されるＰｒｏｔｏ５を含み、配列番号６に記載される核酸配列を含む。
【００２２】
第３の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図３Ｃに模式的に示されるＰｒｏｔｏ６を含み、配列番号７に記載される核酸配列を含む。
【００２３】
第４の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、図３Ｄに模式的に示されるＰｒｏｔｏ７を含み、配列番号８に記載される核酸配列を含む。
【００２４】
別の実施形態では、本発明のＡＡＶベクターは、ＡＡＶ２  ５’逆方向末端反復（ＩＴＲ）、肝臓特異的転写調節領域、コドンを最適化した機能的に活性なＦＶＩＩＩコード領域、所望により一つまたは複数のイントロン、ポリアデニル化配列、およびＡＡＶ２  ３’ＩＴＲを含む核酸を含む。好ましい実施形態では、肝臓特異的転写調節領域は、短縮型ＡｐｏＥエンハンサー配列、１８６塩基ヒトα抗トリプシン（ｈＡＡＴ）近位プロモーター（５’非翻訳領域（ＵＴＲ）の４２塩基を含む）、並びに（ｉ）３４塩基ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサー、（ｉｉ）３２塩基ヒトＡＡＴプロモーター  遠位Ｘ領域および（ｉｉｉ）ヒトＡＡＴ近位プロモーターの遠位エレメントの８０の追加塩基からなる群から選択される一つまたは複数のエンハンサーを含み；コドンを最適化した機能的に活性なＦＶＩＩＩコード領域はＦＶＩＩＩ  ＳＱバリアントをコードする。別の好ましい実施形態では、肝臓特異的転写調節領域は、ａ１ミクログロブリン・エンハンサー配列および１８６塩基ヒトα抗トリプシン（ＡＡＴ）近位プロモーターを含む。
【００２５】
第１の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号９に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴＧを含む。
【００２６】
第２の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１０に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡを含む。
【００２７】
第３の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１１に記載されるコンストラクト１００ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡ配列を含む。
【００２８】
第４の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１２に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３ＡＴＧを含む。
【００２９】
第５の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１３に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡを含む。
【００３０】
第６の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１４に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０５ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡを含む。
【００３１】
第７の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１５に記載される核酸配列を含むコンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩを含む。
【００３２】
第８の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１６に記載される核酸配列を含むコンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴを含む。
【００３３】
第９の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１７に記載される核酸配列を含むコンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩを含む。
【００３４】
第１０の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１８に記載される核酸配列を含むコンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴを含む。
【００３５】
第１１の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号１９に記載される核酸配列を含むコンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩを含む。
【００３６】
第１２の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２０に記載される核酸配列を含むコンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ２×μ−グロブリン・エンハンサーを含む。
【００３７】
第１３の態様では、本発明のＡＡＶベクター  配列番号２１に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴＧ  短ポリＡ  ２×μ−グロブリン・エンハンサー。
【００３８】
第１４の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２２に記載される核酸配列を含むコンストラクト第ＶＩＩＩ因子−ＢＭＮ００１を含む。
【００３９】
第１５の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２３に記載されるコンストラクト第ＶＩＩＩ因子−ＢＭＮ００２配列を含む。
【００４０】
第１６の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２４に記載される核酸配列を含むコンストラクト９９を含む。
【００４１】
第１７の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２５に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００を含む。
【００４２】
第１８の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２６に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００逆配向を含む。
【００４３】
第１９の態様では、本発明ＡＡＶベクター  配列番号２７に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴ。
【００４４】
第２０の態様では、本発明のＡＡＶベクター  配列番号２８に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ。
【００４５】
第２１の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号２９に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ  ｂＧＨポリＡを含む。
【００４６】
第２２の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３０に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ（逆）ｂＧＨポリＡを含む。
【００４７】
第２３の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３１に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００  ｂＧＨポリＡを含む。
【００４８】
第２４の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３２に記載される核酸配列を含むコンストラクト１００〜４００を含む。
【００４９】
第２５の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３３に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０１を含む。
【００５０】
第２６の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３４に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０２配列を含む。
【００５１】
第２７の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３５に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３を含む。
【００５２】
第２９の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３６に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３逆配向を含む。
【００５３】
第３０の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３７に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３ＡＴを含む。
【００５４】
第３１の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３８に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧを含む。
【００５５】
第３２の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号３９に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧ  ｂＧＨポリＡを含む。
【００５６】
第３３の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号４０に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０３  ｂＧＨポリＡを含む。
【００５７】
第３４の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号４１に記載される核酸配列を含む核酸を含むコンストラクト１０４を含む。
【００５８】
第３５の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号４２に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０５を含む。
【００５９】
第３６の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号４３に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０６を含む。
【００６０】
第３７の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号４４に記載される核酸配列を含むコンストラクト１０６ＡＴを含む。
【００６１】
第３８の態様では、本発明のＡＡＶベクターは、配列番号４５に記載される核酸配列を含むコンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴを含む。
【００６２】
さらに他の実施形態では、本発明は、機能的な第ＶＩＩＩ因子ポリペプチドをコードするベクターコンストラクトに関し、前記コンストラクトは、一つまたは複数の異なる配向の、上記コンストラクトおよびそれらの組合せの個々の成分のうちの一つまたは複数を含む。本発明は、逆配向の上記コンストラクトにも関する。
【００６３】
本発明の一本鎖ＡＡＶベクターは、約７．０ｋｂ長未満、または６．５ｋｂ長未満、または６．４ｋｂ長未満、または６．３ｋｂ長未満、または６．２ｋｂ長未満、または６．０ｋｂ長未満、または５．８ｋｂ長未満、または５．６ｋｂ長未満、または５．５ｋｂ長未満、または５．４ｋｂ長未満、または５．４ｋｂ長未満、または５．２ｋｂ長未満または５．０ｋｂ長未満である。本発明の一本鎖ＡＡＶベクターは、約５．０ｋｂ長〜約６．５ｋｂ長、約４．８ｋｂ長〜約５．２ｋ長、または４．８ｋｂ長〜５．３ｋｂ長、または約４．９ｋｂ長〜約５．５ｋｂ長、または約４．８ｋｂ長〜約６．０ｋｂ長、または約５．０ｋｂ長〜６．２ｋｂ長または約５．１ｋｂ長〜約６．３ｋｂ長、または約５．２ｋｂ長〜約６．４ｋｂ長、または約５．５ｋｂ長〜約６．５ｋｂ長の範囲である。
【００６４】
別の実施形態では、本発明は、本発明のＡＡＶベクターのいずれかを含む組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製する方法を提供する。前記方法は、本発明のＡＡＶベクターのいずれかを形質移入された細胞を培養する段階、および形質移入された細胞の上清から組換えＡＡＶを回収する段階を含む。
【００６５】
本発明の細胞は、バキュロウイルスに感染しやすいあらゆる細胞型であり、例えば、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ、Ｓｆ９、Ｓｅ３０１、ＳｅＩＺＤ２１０９、ＳｅＵＣＲ１、Ｓｆ９、Ｓｆ９００＋、Ｓｆ２１、ＢＴＩ−ＴＮ−５Ｂ１−４、ＭＧ−１、Ｔｎ３６８、ＨｚＡｍ１、ＢＭ−Ｎ、Ｈａ２３０２、Ｈｚ２Ｅ５およびＡｏ３８等の昆虫細胞が挙げられる。使用される好ましい哺乳類細胞は、ＨＥＫ２９３、ＨｅＬａ、ＣＨＯ、ＮＳ０、ＳＰ２／０、ＰＥＲ．Ｃ６、Ｖｅｒｏ、ＲＤ、ＢＨＫ、ＨＴ１０８０、Ａ５４９、Ｃｏｓ−７、ＡＲＰＥ−１９およびＭＲＣ−５細胞であり得、例えば、ＨＥＫ２９３、ＨｅＬａ、ＣＨＯ、ＮＳ０、ＳＰ２／０、ＰＥＲ．Ｃ６、Ｖｅｒｏ、ＲＤ、ＢＨＫ、ＨＴ１０８０、Ａ５４９、Ｃｏｓ−７、ＡＲＰＥ−１９およびＭＲＣ−５細胞等の哺乳類細胞が挙げられる。
【００６６】
また本発明は、本発明のＡＡＶベクターのいずれかまたは前述の本発明の方法によって作製されるあらゆるウイルス粒子を含むウイルス粒子を提供する。
【００６７】
「ＡＡＶウイルス粒子（AAV  virion）」または「ＡＡＶウイルス粒子（AAV  viral  particle）」または「ＡＡＶベクター粒子」とは、少なくとも１つのＡＡＶカプシドタンパク質およびキャプシド形成したポリヌクレオチドＡＡＶベクターから構成されるウイルス粒子を指す。前記粒子は、異種ポリヌクレオチド（すなわち、哺乳類細胞に送達される予定の導入遺伝子等の、野生型ＡＡＶゲノム以外のポリヌクレオチド）を含む場合、通常、「ＡＡＶベクター粒子」または単に「ＡＡＶベクター」と称される。従って、このようなベクターはＡＡＶベクター粒子内に含有されることから、ＡＡＶベクター粒子の作製には必然的にＡＡＶベクターの作製が含まれる。
【００６８】
また本発明は、本発明のＡＡＶベクターのいずれかを含む細胞、およびこれらの本発明の細胞によって産生されるウイルス粒子を提供する。
【００６９】
別の実施形態では、本発明は、血友病Ａを患う患者を治療する方法を提供し、前記方法は、前記患者に、有効量の本発明のＡＡＶベクターのいずれか、または本発明のウイルス粒子もしくは本発明の方法によって作製されるウイルス粒子を投与することを含む。
【００７０】
更なる実施形態では、本発明は、血友病Ａの治療用の薬剤を調製するための、本発明のＡＡＶベクターのいずれかの用途を提供する。一つの態様では、前記薬剤は、血友病Ａを治療するのに有効な量でヒトＦＶＩＩＩを発現する、ある量のＡＡＶベクターを含む。
【００７１】
別の実施形態では、本発明は、血友病Ａの治療のための、本発明のＡＡＶベクターのいずれかを含む組成物を提供する。一つの態様では、前記組成物は、血友病Ａを治療するのに有効な量でヒトＦＶＩＩＩを発現する、ある量のＡＡＶベクターを含む。
【００７２】
別の実施形態では、本発明のＡＡＶベクターは、血友病Ａを患う患者を治療するのに有用なＡＡＶウイルス粒子を作製するために使用される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ＡＡＶ２  ５’逆方向末端反復（ＩＴＲ）、肝臓特異的な転写調節領域、コドンを最適化した機能的に活性なＦＶＩＩＩコード領域、所望により一つまたは複数のイントロン、ポリアデニル化配列、およびＡＡＶ２  ３’ＩＴＲを含む核酸を含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）ベクター。
（項目２）
核酸が以下から成る群から選択されるヌクレオチド配列を含む、項目１に記載のＡＡＶ
ＦＶＩＩＩ  ベクター、
ｉ．  配列番号１に記載されるＰｒｏｔｏ１配列、
ｉｉ．  配列番号２に記載されるＰｒｏｔｏ１Ｓ配列、
ｉｉｉ．  配列番号３に記載されるＰｒｏｔｏ２Ｓ配列、
ｉｖ．  配列番号４に記載されるＰｒｏｔｏ３Ｓ配列、
ｖ．  配列番号５に記載されるＰｒｏｔｏ４配列、
ｖｉ．  配列番号６に記載されるＰｒｏｔｏ５配列、
ｖｉｉ．  配列番号７に記載されるＰｒｏｔｏ６配列、
ｖｉｉｉ．  配列番号８に記載されるＰｒｏｔｏ７配列、
ｉｘ．  配列番号９に記載されるコンストラクト１００ＡＴＧ配列、
ｘ．  配列番号１０に記載されるコンストラクト１００ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｉ．  配列番号１１に記載されるコンストラクト１００ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｉｉ．  配列番号１２に記載されるコンストラクト１０３ＡＴＧ配列、
ｘｉｉｉ．  配列番号１３に記載されるコンストラクト１０３ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｉｖ．  配列番号１４に記載されるコンストラクト１０５ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｖ．  配列番号１５に記載されるコンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ配列、
ｘｖｉ．  配列番号１６に記載されるコンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴ配列、
ｘｖｉｉ．  配列番号１７に記載されるコンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ
ＦＶＩＩＩ配列、
ｘｖｉｉｉ．  配列番号１８に記載されるコンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴ配列、
ｘｉｘ．  配列番号１９に記載されるコンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ
ＦＶＩＩＩ配列、
ｘｘ．  配列番号２０に記載されるコンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ２×μ−グロブリン・エンハンサー配列、
ｘｘｉ．  配列番号２１に記載されるコンストラクト１００ＡＴＧ  短ポリＡ  ２×μ−グロブリン・エンハンサー配列、
ｘｘｉｉ．  配列番号２２に記載されるコンストラクト第ＶＩＩＩ因子−ＢＭＮ００１配列、
ｘｘｉｉｉ．  配列番号２３に記載されるコンストラクト第ＶＩＩＩ因子−ＢＭＮ００２配列、
ｘｘｉｖ．  配列番号２４に記載されるコンストラクト９９配列、
ｘｘｖ．  配列番号２５に記載されるコンストラクト１００配列、
ｘｘｖｉ．  配列番号２６に記載されるコンストラクト１００逆配向配列、
ｘｘｖｉｉ．  配列番号２７に記載されるコンストラクト１００ＡＴ配列、
ｘｘｖｉｉｉ．  配列番号２８に記載されるコンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ配列、
ｘｘｉｘ．  配列番号２９に記載されるコンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ  ポリＡ配列、
ｘｘｘ．  配列番号３０に記載されるコンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ（逆）ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｘｘｉ．  配列番号３１に記載されるコンストラクト１００  ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｘｘｉｉ．  配列番号３２に記載されるコンストラクト１００〜４００配列、
ｘｘｘｉｉｉ．  配列番号３３に記載されるコンストラクト１０１配列、
ｘｘｘｉｖ．  配列番号３４に記載されるコンストラクト１０２配列、
ｘｘｘｖ．  配列番号３５に記載されるコンストラクト１０３配列、
ｘｘｘｖｉ．  配列番号３６に記載されるコンストラクト１０３逆配向配列、
ｘｘｘｖｉｉ．  配列番号３７に記載されるコンストラクト１０３ＡＴ配列、
ｘｘｘｖｉｉｉ．  配列番号３８に記載されるコンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧ配列、
ｘｘｘｉｘ．  配列番号３９に記載されるコンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧ  ポリＡ配列、
ｘｌ．  配列番号４０に記載されるコンストラクト１０３ｂＧＨポリＡ配列、
ｘｌｉ．  配列番号４１に記載されるコンストラクト１０４配列、
ｘｌｉｉ．  配列番号４２に記載されるコンストラクト１０５配列、
ｘｌｉｉｉ．  配列番号４３に記載されるコンストラクト１０６配列、
ｘｌｉｖ．  配列番号４４に記載されるコンストラクト１０６ＡＴ配列、および
ｘｌｖ．  配列番号４５に記載されるコンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ配列。
（項目３）
組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製する方法であって、
Ａ）項目１または２に記載のＡＡＶベクターを形質移入された細胞を培養し；
Ｂ）形質移入された細胞の上清から組換えＡＡＶ粒子を回収することを含む、
上記方法。
（項目４）
項目１または２に記載のウイルスベクターを含むウイルス粒子。
（項目５）
項目１または２に記載のウイルスベクターを含む細胞。
（項目６）
患者に有効量の項目１または２に記載のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを投与することを含む、血友病Ａを患う患者を治療する方法。
（項目７）
血友病Ａの治療用薬剤を調製するための、項目１または２に記載のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの用途。
（項目８）
血友病Ａの治療用の、項目１または２に記載のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを含む組成物。
【図面の簡単な説明】
【００７３】
【図１】図１はＵＣＬ  ＳＱベクターの模式図を示している。左から右に、ＵＣＬ  ＳＱベクターは、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲ、野生型ＡＡＶ２ウイルス配列、３４塩基ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサー、３２塩基ヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域、１８６塩基ヒトＡＡＴプロモーター（４２塩基の５’ＵＴＲ配列を含む）、コドンを最適化したヒトＦＶＩＩＩ  ＳＱ配列（Nathwani  et al.、２０１３年１月２４日に公開された米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０Ａ１号（その全体が参照によって本ん明細書に援用される）、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013を参照）、４９塩基合成ポリアデニル化配列、野生型ＡＡＶ２ウイルス配列、およびＡＡＶ２  ３’ＩＴＲを含む。ＵＣＬ  ＳＱベクターは５０８１塩基長である。  図２は、Ｐｒｏｔｏ１、Ｐｒｏｔｏ１Ｓ、Ｐｒｏｔｏ２ＳおよびＰｒｏｔｏ３Ｓベクターの模式図および配列を示している。
【図２Ａ】Ｐｒｏｔｏ１ベクターの模式図。  ＵＣＬ  ＳＱベクター（図１参照）から開始して、外来性野生型ＡＡＶ２ウイルス配列を除去し、ヒトＡＡＴ  ５’ＵＴＲとヒトＦＶＩＩＩコード領域との間の、およびヒトＦＶＩＩＩ終止コドンと合成ポリアデニル化配列との間の、制限酵素認識部位に対応する配列を除去した。
【図２Ｂ】Ｐｒｏｔｏ１Ｓ  ベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ１ベクターから開始して、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲの３’末端における１０塩基および３’ＩＴＲの５’末端における１０塩基を除去した。
【図２Ｃ】Ｐｒｏｔｏ２Ｓベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ１Ｓベクターから開始して、ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーおよびヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域を、ヒトＦＶＩＩＩ配列のエクソン１およびエクソン２の間に挿入された１００塩基  合成イントロン内に移動した。矢印で示されるように、ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーおよびヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域の配向は、Ｐｒｏｔｏ１Ｓでのそれらの配向と比較して反転している。
【図２Ｄ】Ｐｒｏｔｏ３Ｓ  ベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ２Ｓから開始して、ヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域を、逆配向のヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーで置換した。  図３は、Ｐｒｏｔｏ４、Ｐｒｏｔｏ５、Ｐｒｏｔｏ６およびＰｒｏｔｏ７ベクターの模式図を示している。
【図３Ａ】Ｐｒｏｔｏ４ベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ１ベクターから開始して、ＳＱ配列およびａ３ドメインを削除した。
【図３Ｂ】Ｐｒｏｔｏ５  ベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ４ベクターから開始して、１２９塩基ＦＶＩＩＩイントロンを、ヒト第ＶＩＩＩ因子配列のエクソン１およびエクソン２の間に挿入した。
【図３Ｃ】Ｐｒｏｔｏ６ベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ５ベクターから開始して、ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーを、ＦＶＩＩＩイントロン内に順配向で挿入した。
【図３Ｄ】（Ｄ）Ｐｒｏｔｏ７ベクターの模式図。Ｐｒｏｔｏ５ベクターから開始して、ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーを、ＦＶＩＩＩイントロン内に逆配向で挿入した。  図４Ａ〜図４ＫＫは、改善されたプロモーター／エンハンサー配列を有するＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの模式図を示している。
【図４Ａ】コンストラクト１００ＡＴＧの模式図。
【図４Ｂ】コンストラクト１００ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４Ｃ】コンストラクト１００ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４Ｄ】コンストラクト１０３ＡＴＧの模式図。
【図４Ｅ】コンストラクト１０３ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４Ｆ】コンストラクト１０５ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４Ｇ】コンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩの模式図。
【図４Ｈ】コンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴの模式図。
【図４Ｉ】コンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩの模式図。
【図４Ｊ】コンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴの模式図。
【図４Ｋ】コンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩの模式図。
【図４Ｌ】コンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ２×μグロブリン・エンハンサーの模式図。
【図４Ｍ】コンストラクト１００ＡＴＧ  短ｂＧＨポリＡ  ２×μグロブリン・エンハンサーの模式図。
【図４Ｎ】コンストラクト第ＶＩＩＩ因子−ＢＭＮ００１の模式図。
【図４Ｏ】コンストラクトＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００２の模式図。
【図４Ｐ】コンストラクト９９の模式図。
【図４Ｑ】コンストラクト１００の模式図。
【図４Ｒ】コンストラクト１００逆配向の模式図。
【図４Ｓ】コンストラクト１００ＡＴの模式図。
【図４Ｔ】コンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧの模式図。
【図４Ｕ】コンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ  ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４Ｖ】コンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ（逆）  ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４Ｗ】コンストラクト１００  ｂＧＨポリＡ。
【図４Ｘ】コンストラクト１００〜４００の模式図。
【図４Ｙ】コンストラクト１０１の模式図。
【図４Ｚ】コンストラクト１０２の模式図。
【図４ＡＡ】コンストラクト１０３の模式図。
【図４ＢＢ】コンストラクト１０３逆配向の模式図。
【図４ＣＣ】コンストラクト１０３ＡＴの模式図。
【図４ＤＤ】コンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧの模式図。
【図４ＥＥ】コンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧ  ｂＧＨポリＡの模式図。
【図４ＦＦ】１０３ｓｂＧＨポリＡの模式図。
【図４ＧＧ】コンストラクト１０４の模式図。
【図４ＨＨ】コンストラクト１０５の模式図。
【図４ＩＩ】コンストラクト１０６の模式図。
【図４ＪＪ】コンストラクト１０６ＡＴの模式図。
【図４ＫＫ】コンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴの模式図。
【図５】図５は、Ｒａｇ２マウスにおけるＰｒｏｔｏコンストラクトの評価の結果を示しており、Ｐｒｏｔｏ１が野生型と同様にＦＶＩＩＩを形質導入することを示している。
【図６】図６は、Ｐｒｏｔｏ１、Ｐｒｏｔｏ１Ｓ、Ｐｒｏｔｏ２ＳおよびＰｒｏｔｏ３Ｓが、ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３タンパク質（図５）並びにＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３  ＤＮＡ（図６）を発現することを示している。
【図７】同上。
【図８】図８は、プロモーターコンストラクトの改善がＦＶＩＩＩの発現を増加させることを示している。
【図９】同上。
【図１０】同上。
【発明を実施するための形態】
【００７４】
大容量ＡＡＶベクターは５’末端でランダムに切断されており、５’ＡＡＶ  ＩＴＲを欠いている。ＡＡＶは一本鎖ＤＮＡウイルスであり、センス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかをパッケージングしているため、大容量ＡＡＶベクター内のセンス鎖は５’ＡＡＶ  ＩＴＲを欠いており、標的タンパク質をコードする遺伝子の５’末端の一部を欠いている可能性があり、大容量ＡＡＶベクター内のアンチセンス鎖は３’ＩＴＲを欠いており、標的タンパク質をコードする遺伝子の３’末端の一部を欠いている可能性がある。標的細胞内でのセンスおよびアンチセンス切断型ゲノムのアニーリングによって、大容量ＡＡＶベクター感染細胞内で機能的な導入遺伝子が産生される。
【００７５】
本発明は、機能的に活性なＦＶＩＩＩ、すなわち、完全にパッケージングされたＡＡＶ
ＦＶＩＩＩベクターまたは高い発現活性を有するＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターをコードするＡＡＶベクターを提供する。本発明のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターは、発現／粒子が改善されており、ＡＡＶウイルス生産効率が改善され、精製が簡易化されている。一つまたは複数のイントロンをＦＶＩＩＩタンパク質コード領域に導入することで、発現が増強される。エンハンサーの数および位置付けを再設定することによっても発現が増強される。
【００７６】
ＵＣＬ  ＳＱベクター
ＵＣＬ  ＳＱベクターは、Nathwani  et al.、２０１３年１月２４日に公開された米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０Ａ１号（その全体が参照によって本明細書に援用される）、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013に詳細に記載されているが、このベクターは、大容量、すなわち５．０ｋｂ超の、ＡＡＶベクターである。図１に示すように、ＵＣＬ  ＳＱベクターは、左から右に、ＡＡＶ血清型２（ＡＡＶ２）５’ＩＴＲ、野生型ＡＡＶ２ウイルス配列、３４塩基ヒトアポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）／Ｃ１エンハンサー、３２塩基ヒトα抗トリプシン（ＡＡＴ）プロモーター遠位Ｘ領域、１８６塩基ヒトＡＡＴプロモーター（４２塩基の５’非翻訳領域（ＵＴＲ）配列を含む）、Ｂドメインが１４アミノ酸のＳＱ配列で置換されているコドンを最適化したヒトＦＶＩＩＩ配列、４９塩基合成ポリアデニル化配列、野生型ＡＡＶ２ウイルス配列、およびＡＡＶ２  ３’ＩＴＲを含む。ＵＣＬ  ＳＱベクターは５０８１塩基長である。
【００７７】
Nathwani  et al.、２０１３年１月２４日に公開された米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０Ａ１号、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013において示されているように、ＵＣＬ  ＳＱベクターは、機能的に活性なＦＶＩＩＩをインビトロおよびインビボで発現する。
【００７８】
Ｐｒｏｔｏ１ベクター、Ｐｒｏｔｏ１Ｓベクター、Ｐｒｏｔｏ２ＳベクターおよびＰｒｏｔｏ３Ｓベクター
大容量ＡＡＶベクターの問題を回避するため、および／またはＡＡＶベクターの発現を増加させるために、本発明は、ＦＶＩＩＩ  ＳＱバリアントをコードする、完全にパッケージングされた、より小型の、すなわち５．０ｋｂ未満の、ＡＡＶベクターを提供する。Ｐｒｏｔｏ１の配列の４９７０ｂｐヌクレオチド配列は配列番号１に記載される。
【００７９】
ＡＡＶベクターＰｒｏｔｏ１を作製するために、ＵＣＬ  ＳＱベクターと比較して、機能的に活性なＦＶＩＩＩの生産に不要と思われる配列を除去した。実施例１に示されるように、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲの３’側のＡＡＶ２ウイルス配列の５３塩基、ＡＡＶ２  ３’ＩＴＲの５’側のＡＡＶ２ウイルス配列の４６塩基、およびコドンを最適化したＦＶＩＩＩ  ＳＱコード領域に隣接した１１塩基を含む、１１０塩基の外来性ＤＮＡを除去した。得られるＰｒｏｔｏ１ベクターは４９７０塩基長である。設計した際、Ｐｒｏｔｏ１ベクターが機能的ＦＶＩＩＩポリペプチドをインビトロまたはインビボで発現可能であるかどうかは不明であった。
【００８０】
ＡＡＶベクターＰｒｏｔｏ１Ｓを作製するために、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲの３’末端における１０塩基、およびＡＡＶ３２  ３’ＩＴＲの５’末端における１０塩基を、Ｐｒｏｔｏ１ベクターから除去した。得られるＰｒｏｔｏ１Ｓベクターは４９５０塩基長である。Ｐｒｏｔｏ１Ｓの配列のヌクレオチド配列は配列番号２に記載される。
【００８１】
ＡＡＶベクターＰｒｏｔｏ２Ｓを作製するために、合成した１００塩基のイントロンを、Ｐｒｏｔｏ１Ｓベクター内のコドンを最適化したＦＶＩＩＩ  ＳＱ配列のエクソン１およびエクソン２の間に挿入した。３４塩基のＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーおよび３２塩基のヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域をヒトＡＡＴプロモーターの上流から除去し、合成イントロン内に逆配向（これらのエレメントがヒトＡＡＴプロモーターの上流に位置している場合の配向と比較して）に挿入した。得られるＰｒｏｔｏ２Ｓベクターは４９８３塩基長である。Ｐｒｏｔｏ２Ｓの配列のヌクレオチド配列は配列番号３に記載される。
【００８２】
ＡＡＶベクターＰｒｏｔｏ３Ｓを作製するために、ヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域をＰｒｏｔｏ２Ｓベクターから除去し、逆配向の３４塩基ＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーで置換した。得られるＰｒｏｔｏ３Ｓベクターは４９８４塩基長である。Ｐｒｏｔｏ３Ｓの配列のヌクレオチド配列は配列番号４に記載される。
【００８３】
Ｐｒｏｔｏ４ベクター、ＰｒｏｔｏＳベクター、Ｐｒｏｔｏ６ベクターおよびＰｒｏｔｏ７ベクター
ＡＡＶベクターのサイズを減少させるため、および／またはＡＡＶベクターの発現を増加させるために、本発明は、完全にパッケージングされた、小型の、すなわち５．０ｋｂ未満の、Ｂドメインおよびａ３ドメイン欠失ＦＶＩＩＩをコードするＡＡＶベクターも提供する。
【００８４】
ＡＡＶベクターＰｒｏｔｏ４を作製するために、１４アミノ酸ＳＱ配列およびＣドメインに隣接して位置するａ３ドメインを、Ｐｒｏｔｏ１ベクターから除去した。除去されたＦＶＩＩＩ配列の合計量は、５５アミノ酸または１６５塩基である。得られるＰｒｏｔｏ４ベクターは４８０５塩基長である。Ｐｒｏｔｏ４の配列のヌクレオチド配列は配列番号５に記載される。
【００８５】
ＡＡＶベクターＰｒｏｔｏ５を作製するために、１２９塩基の切断型ＦＶＩＩＩイントロンを、Ｐｒｏｔｏ４ベクター内のコドンを最適化したＦＶＩＩＩ配列のエクソン１およびエクソン２の間に挿入した。得られるＰｒｏｔｏ５ベクターは４９３４塩基長である。Ｐｒｏｔｏ５の配列のヌクレオチド配列は配列番号６に記載される。
【００８６】
ＡＡＶ  Ｐｒｏｔｏ６ベクターを作製するために、３４塩基のＦＶＩＩＩイントロンを、Ｐｒｏｔｏ５ベクター内の順配向の３４塩基  ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーで置換した。得られるＰｒｏｔｏ６ベクターは４９３４塩基長である。Ｐｒｏｔｏ６の配列のヌクレオチド配列は配列番号７に記載される。
【００８７】
ＡＡＶ  Ｐｒｏｔｏ７ベクターを作製するため、３４塩基のＦＶＩＩＩイントロンを、Ｐｒｏｔｏ５ベクター内の逆配向の３４塩基  ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーで置換した。得られるＰｒｏｔｏ７ベクターは４９３４塩基長である。Ｐｒｏｔｏ７の配列のヌクレオチド配列は配列番号８に記載される。
【００８８】
向上したプロモーター／エンハンサー配列を有する追加のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター
【００８９】
Ｂドメインおよびａ３ドメイン欠失ＦＶＩＩＩの発現を増加させるために、強力なプロモーターを有する大容量ＡＡＶベクターを作製し、これらのコンストラクトを、改変されたエンハンサー配列および／またはプロモーター配列を伴って作製した。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターは、切断型の機能的ＦＶＩＩＩを発現する。これらのコンストラクトは、ＡｐｏＥ  ＨＣＲもしくはその断片、μ−グロブリン・エンハンサーもしくはその断片、ヒトα１アンチトリプシン・プロモーター（ｈＡＡＴ）もしくはその断片、セルピンＡエンハンサーもしくはその断片、ＬＰ１プロモーターエンハンサーもしくはその断片、またはマクログロブリン・エンハンサーもしくはその断片等の、一つまたは複数のプロモーター配列およびエンハンサー配列を含む。これらのコンストラクトは、ｂＧＨポリＡ配列または合成ウサギβ−グロビンポリＡ配列等のポリアデニル化配列を含む。いくつかの実施形態では、前記コンストラクトは、ｈＡＡＴイントロンまたはヒトβ−グロビンイントロン等のイントロンまたはイントロンの断片を含む。
【００９０】
コンストラクト１００ＡＴＧは５５１１塩基長である。このコンストラクトは配列番号９に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜５０２はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２７〜９１０は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基９２３〜５２９６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３０５〜５３５２は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５３６７〜５５１１は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９１】
コンストラクト１００ＡＴＧ  ｂＧＨ  ポリＡは５６８８塩基長である。このコンストラクトは配列番号１０に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜５０２はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２７〜９１０は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基９２３〜５２９６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３０５〜５５２９はｂＧＨポリＡであり、塩基５５４４〜５６８８は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９２】
コンストラクト１００ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡは５６１３塩基長である。このコンストラクトは配列番号１１に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜５０２はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２７〜９１０は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基９２３〜５２９６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３０５〜５４５４は短ｂＧＨポリＡであり、塩基５４６９〜５６１３は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９３】
コンストラクト１０３ＡＴＧは５３６２塩基長である。このコンストラクトは配列番号１２に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピーの４４ｂｐ  ＡｐｏＥ反復であり、塩基３６０〜５７７はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５７８〜７６１は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基７７４〜５１４７はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１５６〜５２０３は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５２１８〜５３６２は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９４】
コンストラクト１０３ＡＴＧ短ｂＧＨポリＡは５４６４塩基長である。このコンストラクトは配列番号１３に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピーの４４ｂｐ  ＡｐｏＥ反復であり、塩基３６０〜５７７はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５７８〜７６１は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基７７４〜５１４７はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１５６〜５３０５はｂＧＨ短ポリＡであり、塩基５３２０〜５４６４は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９５】
コンストラクト１０５ＡＴＧ  ｂＧＨポリＡは６３５４塩基長である。このコンストラクトは配列番号１４に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１７３〜５１２は２コピー（２×）の１７０ｂｐミクログロブリン・エンハンサーであり、塩基５１９〜７３６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７３７〜９２０は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基９３３〜５３０６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３１５〜５５３９はｂＧＨポリＡであり、塩基５５４６〜６１９５は２コピー（２×）の３２５ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基６２１０〜６３５４は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９６】
コンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩは６３０８塩基長である。このコンストラクトは配列番号１５に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜４４９は２コピー（２×）の１４５ｂｐマクログロブリン・エンハンサーであり、塩基４５０〜１３４７は８９８ｂｐ  ｈＡＡＴプロモーターであり、塩基１３４８〜１５３１は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基１５４４〜５９１７はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５９２６〜６１４９はｂＧＨポリＡであり、塩基６１６４〜６３０８は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９７】
コンストラクトＤＣ１７２ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴは５６３５塩基長である。このコンストラクトは配列番号１６として記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２
ＩＴＲであり、塩基１６０〜４４９は２コピー（２×）の１４５ｂｐマクログロブリン・エンハンサーであり、塩基４５７〜６７４はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基６７５〜８５８は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基８７１〜５２４４はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５２５３〜５４７６はｂＧＨポリＡであり、塩基５４９０〜５６３５は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９８】
コンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩは６９６２塩基長である。このコンストラクトは配列番号１７に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２
ＩＴＲであり、塩基１６０〜８０７は２コピー（２×）の３２１ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基８１４〜１１０３は２コピー（２×）の１４５ｂｐマクログロブリン・エンハンサーであり、塩基１１０４〜２００１は８９８ｂｐ  ｈＡＡＴプロモーターであり、塩基２００２〜２１８５は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基２１９８〜６５７１はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基６５８０〜６８０３はｂＧＨポリＡであり、塩基６８１８〜６９６２は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【００９９】
コンストラクトＤＣ１７２  ２×ＨＣＲ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ｈＡＡＴは６２８９塩基長である。このコンストラクトは配列番号１８に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜８０７は２コピー（２×）の３２１ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基８１４〜１１０３は２コピー（２×）の１４５ｂｐマクログロブリン・エンハンサーであり、塩基１１１１〜１３２８はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基１３２９〜１５１２は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基１５２５〜５８９８はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５９０７〜６１３０はｂＧＨポリＡであり、塩基６２４５〜６２８９は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１００】
コンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩは５４３０塩基長である。このコンストラクトは配列番号１９に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６８〜３０９は２コピー（２×）の７１ｂｐセルピンＡエンハンサーであり、塩基３２６〜５４３はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５４４〜７２７は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基７４０〜５１１３はコドン最適化ＳＱ
ＦＶＩＩＩであり、塩基５１２２〜５２７１は短ｂＧＨポリＡであり、塩基５２８６〜５４３０は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０１】
コンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴ  ＡＴＧ  ＦＶＩＩＩ  ２×μ−グロブリン・エンハンサーは５７７９塩基長である。このコンストラクトは配列番号２０に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６８〜３０９は２コピー（２×）の７１ｂｐセルピンＡエンハンサーであり、塩基３２６〜５４３はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５４４〜７２７は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基７４０〜５１１３はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１２２〜５２７１は短ｂＧＨポリＡであり、塩基５２７９〜５６１８は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基５６３５〜５７７９は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０２】
コンストラクト１００ＡＴＧ  短ｂＧＨポリＡ  ２×μグロブリン・エンハンサーは５９６２塩基長である。このコンストラクトは配列番号２１に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜５０２はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２７〜９１０は改変ヒトβグロビン第２イントロンであり、塩基９２３〜５２９６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３０５〜５４５４は短ｂＧＨポリＡであり、塩基５４６２〜５８０１は２コピー（２×）の１７０ｂｐミクログロブリン・エンハンサーであり、塩基５８１８〜５９６２は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０３】
コンストラクト第ＶＩＩＩ因子−ＢＭＮ００１は５９１９塩基長である。このコンストラクトは配列番号２２に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜４８０はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基４８７〜８８４は３９８ｂｐ  ｈＡＡＴプロモーターであり、塩基８８５〜１１４５は切断型ｈＡＡＴイントロンであり、塩基１１５５〜５５２８はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５５３７〜５７６０はｂＧＨポリＡであり、塩基５７７５〜５９１９は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０４】
コンストラクトＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００２は５３０６塩基長である。このコンストラクトは配列番号２３に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１７５〜７０５はＬＰ１プロモーター／エンハンサーであり、塩基７１８〜５０９１はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１００〜５１４７は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５１６２〜５３０６は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０５】
コンストラクト９９は５４６１塩基長である。このコンストラクトは配列番号２４に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜６２７はＡｐｏＥ  ＨＣＲ／ＭＡＲであり、塩基６３４〜８６６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基８７３〜５２４６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５２５５〜５３０２は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５３１７〜５４６１は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０６】
コンストラクト１００は５３２７塩基長である。このコンストラクトは配列番号２５に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７３９〜５１１２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１２１〜５１６８は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５１８３〜５３２７は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０７】
コンストラクト１００逆配向は５３０９塩基長である。このコンストラクトは配列番号２６に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜４８４は逆配向のＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基４９１〜７０８はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２１〜５０９４はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１０３〜５１５０は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５１６５〜５３０９は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０８】
コンストラクト１００ＡＴは５５３２塩基長である。このコンストラクトは配列番号２７に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２７〜９３１はｈＡＡＴイントロンであり、塩基９４４〜５３１７はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３２６〜５３７３は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５３８８〜５５３２は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１０９】
コンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧは５８７７塩基長である。このコンストラクトは配列番号２８に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０８〜８４７は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基８５４〜１０７１はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基１０７２〜１２７６はｈＡＡＴイントロンであり、塩基１２８９〜５６６２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５６７１〜５７１８は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５７３３〜５８７７は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１０】
コンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ  ｂＧＨポリＡは６０５４塩基長である。このコンストラクトは配列番号２９に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０８〜８４７は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基８５４〜１０７１はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基１０７２〜１２７６はｈＡＡＴイントロンであり、塩基１２８９〜５６６２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５６７１〜５８９５はｂＧＨポリＡであり、塩基５９１０〜６０５４は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１１】
コンストラクト１００ＡＴ  ２×ＭＧ（逆）  ｂＧＨポリＡは６０５４塩基長である。このコンストラクトは配列番号３０に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０８〜８４７は２コピー（２×）の逆配向１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基８５４〜１０７１はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基１０７２〜１２７６はｈＡＡＴイントロンであり、塩基１２８９〜５６６２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５６７１〜５８９５はｂＧＨポリＡであり、塩基５９１０〜６０５４は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１２】
コンストラクト１００ｂＧＨポリＡは５５０４塩基長である。このコンストラクトは配列番号３１に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５０９〜７２６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７３９〜５１１２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基対５１２１〜５３４５はｂＧＨポリＡであり、塩基５３６０〜５５０４は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１３】
コンストラクト１００〜４００は５５０７塩基長である。このコンストラクトは配列番号３２に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜４９３はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５１２〜９０６は３９８ｂｐ  ｈＡＡＴプロモーターであり、塩基９１９〜５２９２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３０１〜５３４８は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５３６３〜５５０７は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１４】
コンストラクト１０１は５３１１塩基長である。このコンストラクトは配列番号３３に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１７０〜４７７は２コピー（２×）の１５４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基４９３〜７１０はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７２３〜５０９６はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１０５〜５１５２は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５１６７〜５３１１は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１５】
コンストラクト１０２は５１５６塩基長である。このコンストラクトは配列番号３４に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３２２は１５４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３３８〜５５５はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５６８〜４９４１はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基４９５０〜４９９７は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５０１２〜５１５６は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１６】
コンストラクト１０３は５１７８塩基長である。このコンストラクトは配列番号３５に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピー（４ｘ）の４４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３６０〜５７７はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５９０〜４９６３はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基４９７２〜５０１９は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５０３４〜５１７８は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１７】
コンストラクト１０３逆配向は５１６０塩基長である。このコンストラクトは配列番号３６に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜３３５は４コピー（４ｘ）の逆配向４４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３４２〜５５９はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５７２〜４９４５はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基４９５４〜５００１は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５０１６〜５１６０は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１８】
コンストラクト１０３ＡＴは５３８３塩基長である。このコンストラクトは配列番号３７に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピー（４ｘ）の４４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３６０〜５７７はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５７８〜７８２はｈＡＡＴイントロンであり、塩基７９５〜４３７４はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１７７〜５２２４は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５２３９〜５３８３は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１１９】
コンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧは５７２８塩基長である。このコンストラクトは配列番号３８に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピー（４ｘ）の４４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３５９〜６９８は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基７０５〜９２２はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基９２３〜１１２７はｈＡＡＴイントロンであり、塩基１１４０〜５５１３はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５５２２〜５５６９は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５５８４〜５７２８は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２０】
コンストラクト１０３ＡＴ  ２×ＭＧ  ｂＧＨポリＡは５９０５塩基長である。このコンストラクトは配列番号３９に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピー（４ｘ）の４４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３５９〜６９８は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基７０５〜９２２はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基９２３〜１１２７はｈＡＡＴイントロンであり、塩基１１４０〜５５１３はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５５２２〜５７４６は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５７６１〜５９０５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２１】
コンストラクト１０３  ｂＧＨポリＡは５３５５塩基長である。このコンストラクトは配列番号４０に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜３４４は４コピー（４ｘ）の４４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３６０〜５７７はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５９０〜４９６３はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基４９７２〜５１９６は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５２１１〜５３５５は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２２】
コンストラクト１０４は５６１８塩基長である。このコンストラクトは配列番号４１に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６９〜７８４は４コピー（４ｘ）の１５４ｂｐ  ＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基８００〜１０１７はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基１０３０〜５４０３はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５４１２〜５４５９は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５４７４〜５６１８は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２３】
コンストラクト１０５は５９９３塩基長である。このコンストラクトは配列番号４２に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１７３〜５１２は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基５１９〜７３６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７４９〜５１２２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１３１〜５１７８は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５１８５〜５８３４は２コピー（２×）のＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基５８４９〜５９９３は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２４】
コンストラクト１０６は５３３７塩基長である。このコンストラクトは配列番号４３に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１７３〜５１２は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基５１９〜７３６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７４９〜５１２２はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５１３１〜５１７８は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５１９３〜５３３７は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２５】
コンストラクト１０６ＡＴは５５４２塩基長である。このコンストラクトは配列番号４４に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１７３〜５１２は２コピー（２×）の１７０ｂｐ  μグロブリン・エンハンサーであり、塩基５１９〜７３６はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基７３７〜９４１はｈＡＡＴイントロンであり、塩基９５４〜５３２７はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基５３３６〜５３８３は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基５３９８〜５５４２は３’ＡＡＶ２  ＩＴＲである。
【０１２６】
コンストラクト２×セルピンＡ  ｈＡＡＴは５１２６塩基である。このコンストラクトは配列番号４５に記載されており、塩基１〜１４５は５’ＡＡＶ２  ＩＴＲであり、塩基１６０〜３０１はＡｐｏＥ  ＨＣＲであり、塩基３０８〜５２５はｈＡＡＴプロモーターであり、塩基５３８〜４９１１はコドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩであり、塩基４９２０〜４９６７は合成ウサギβグロビンポリＡであり、塩基４９８２〜５１２６は３’ＡＡＶ２
ＩＴＲである。
【０１２７】
ＡＡＶベクター
本明細書で使用される場合、用語「ＡＡＶ」は、アデノ随伴ウイルスの一般的な略語である。アデノ随伴ウイルスは、ある特定の機能が同時感染しているヘルパーウイルスによって与えられる、細胞内でのみ増殖する一本鎖ＤＮＡパルボウイルスである。現在、以下の表１に示される通り、特徴付けられているＡＡＶの血清型は１３種存在する。ＡＡＶの概説および総説は、例えば、Carter, 1989, Handbook  of  Parvoviruses, Vol. 1, pp. 169-228、およびBerns,1990, Virology, pp. 1743-1764, Raven  Press, (New York)に見出すことができる。しかし、種々の血清型は、遺伝子レベルにおいてでさえ、構造的に且つ機能的に、極めて密接に関連していることがよく知られているため、これらの同一の原理が追加のＡＡＶ血清型に適用可能であることは十分に予想できる。（例えば、Blacklowe,1988, pp. 165-174  of  Parvoviruses  and  Human  Disease, J. R. Pattison, ed.およびRose,Comprehensive  Virology  3:1-61 (1974)を参照）。例えば、全てのＡＡＶ血清型は、一見、相同ｒｅｐ遺伝子によってもたらされるとてもよく似た複製特性を示し、全て、ＡＡＶ６において発現されるもの等の３つの関連カプシドタンパク質を有している。関連性の度合いは、ゲノムの長さに沿った血清型間の広範なクロスハイブリダイゼーション；および「逆方向末端反復配列」（ＩＴＲ）に相当する終端における類似のセルフアニーリングセグメントの存在を明らかにする、ヘテロ二本鎖解析によってさらに示される。類似の感染性パターンは、それぞれの血清型における複製機能が同様の調節管理下にあることも示す。
【０１２８】
「ＡＡＶベクター」は、本明細書で使用される場合、ＡＡＶ末端反復配列（ＩＴＲ）に挟まれた一つまたは複数の目的のポリヌクレオチド（または導入遺伝子）を含むベクターを指す。このようなＡＡＶベクターは、ｒｅｐおよびｃａｐ遺伝子産物をコードおよび発現するベクターを形質移入された宿主細胞内に存在する場合に、複製および感染性ウイルス粒子内へのパッケージングが可能である。
【０１２９】
「ＡＡＶウイルス粒子（AAV  virion）」または「ＡＡＶウイルス粒子（AAV  viral  particle）」または「ＡＡＶベクター粒子」は、少なくとも１つのＡＡＶカプシドタンパク質およびキャプシド形成したポリヌクレオチドＡＡＶベクターから構成されるウイルス粒子を指す。前記粒子が異種ポリヌクレオチド（すなわち、哺乳類細胞に送達される予定の導入遺伝子等の、野生型ＡＡＶゲノム以外のポリヌクレオチド）を含む場合、通常、「ＡＡＶベクター粒子」または単に「ＡＡＶベクター」と称される。従って、このようなベクターはＡＡＶベクター粒子内に含有されることから、ＡＡＶベクター粒子の作製には必然的にＡＡＶベクターの作製が含まれる。
【０１３０】
ＡＡＶの「ｒｅｐ」遺伝子および「ｃａｐ」遺伝子は、それぞれ複製タンパク質およびキャプシド形成タンパク質をコードする遺伝子である。ＡＡＶのｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、現在までに調べられた全てのＡＡＶ血清型において見出されており、本明細書および引用した参考文献に記載されている。野生型ＡＡＶでは、ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は通常、ウイルスゲノム内で互いに隣接して見出され（すなわち、これらは隣接または重複する転写単位として共に「連結」している）、これらは通常、ＡＡＶ血清型の間で保存されている。また、ＡＡＶのｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、個々に、および集合的に、「ＡＡＶパッケージング遺伝子」とも称される。本明細書におけるＡＡＶ  ｃａｐ遺伝子は、ｒｅｐおよびａｄｅｎｏのヘルパー機能の存在下でＡＡＶベクターをパッケージングすることが可能であり、標的細胞受容体と結合することが可能な、Ｃａｐタンパク質をコードしている。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ  ｃａｐ遺伝子は、特定のＡＡＶ血清型（例えば表１に示される血清型）に由来するアミノ酸配列を有するカプシドタンパク質をコードしている。
【表１】
2019193675.tif 000002
【０１３１】
ＡＡＶの作製に使用されるＡＡＶ配列は、いかなるＡＡＶ血清型のゲノムに由来していてもよい。通常、ＡＡＶ血清型は、アミノ酸レベルおよび核酸レベルで有意に相同的なゲノム配列を有し、同様の一連の遺伝的機能を与え、本質的に物理的且つ機能的に等価なウイルス粒子を生成し、ほぼ同一の機構により複製および構築する。ＡＡＶ血清型のゲノム配列およびゲノム類似性の考察については、例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ８９７９０；ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｊ０１９０１；ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ０４３３０３；ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ０８５７１６；Chlorini  et al., J. Vir. 71: 6823-33(1997); Srivastava  et al., J.Vir. 45:555-64 (1983); Chlorini  et al., J. Vir. 73:1309-1319 (1999); Rutledge  et al., J. Vir. 72:309-319 (1998);およびWu  et al., J. Vir. 74: 8635-47 (2000)を参照されたい。
【０１３２】
知られている全てのＡＡＶ血清型のゲノム構築は非常に似ている。ＡＡＶのゲノムは、約５，０００ヌクレオチド（ｎｔ）長未満の直鎖状一本鎖ＤＮＡ分子である。逆方向末端反復（ＩＴＲ）は、構造に関係しない複製（Ｒｅｐ）タンパク質および構造（ＶＰ）タンパク質のユニークな翻訳領域クレオチド配列と隣接している。ＶＰタンパク質はカプシドを形成する。末端の１４５ｎｔは自己相補的であり、Ｔ字形ヘアピンを形成するエネルギー的に安定な分子内二本鎖が形成され得るように構築されている。これらのヘアピン構造は、ウイルスＤＮＡ複製の開始点として機能し、細胞性ＤＮＡポリメラーゼ複合体のプライマーとして働く。Ｒｅｐ遺伝子は、Ｒｅｐタンパク質、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０をコードしている。Ｒｅｐ７８およびＲｅｐ６８はｐ５プロモーターから転写され、Ｒｅｐ５２およびＲｅｐ４０はｐ１９プロモーターから転写される。ｃａｐ遺伝子は、ＶＰタンパク質、ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３をコードしている。ｃａｐ遺伝子はｐ４０プロモーターから転写される。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドタンパク質をコードする核酸配列は、Ｓｆ９細胞またはＨＥＫ細胞等の特定の細胞型における発現のための発現制御配列に機能的に連結している。昆虫宿主細胞または哺乳類宿主細胞において外来遺伝子を発現するための、当業者に公知の手法が、本発明を実施するために使用され得る。昆虫細胞においてのポリペプチドの分子エンジニアリングおよび発現のための方法論は、例えば、Summers  and  Smith. 1986. A  Manual  of  Methods  for  Baculovirus  Vectors  and  Insect  Culture  Procedures, Texas  Agricultural  Experimental  Station  Bull.No. 7555, College  Station, Tex.; Luckow. 1991. In  Prokop  et al., Cloning  and  Expression  of  Heterologous  Genes  in  Insect  Cells  with  Baculovirus  Vectors'Recombinant  DNA  Technology  and  Applications, 97-152; King, L. A. 及び R. D.Possee, 1992, The  baculovirus  expression  system, Chapman  and  Hall, UnitedKingdom; O'Reilly, D. R., L. K. Miller, V. A. Luckow, 1992, Baculovirus  Expression  Vectors: A  Laboratory  Manual, New York; W.H. Freeman 及び Richardson,C. D., 1995, Baculovirus  Expression  Protocols, Methods  in  Molecular  Biology,volume  39；米国特許第４，７４５，０５１号；米国特許出願公開第２００３１４８５０６号；および国際公開第０３／０７４７１４号、に記載されている。ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列の転写に特に適したプロモーターは、例えば、多角体（polyhedron）プロモーターである。しかし、昆虫細胞において活性な他のプロモーター、例えば、ｐ１０、ｐ３５またはＩＥ−１プロモーターが当該技術分野において知られており、上記の参考文献に記載されるさらなるプロモーターも考慮される。
【０１３４】
異種タンパク質の発現のための昆虫細胞の使用は文書により十分に裏付けられており、例えば、核酸、例えばベクター、例えば昆虫細胞適合ベクターをそのような細胞に導入する方法、およびそのような細胞を培養液中で維持する方法等である。例えば、METHODS  IN  MOLECULAR  BIOLOGY, ed. Richard, Humana  Press, NJ (1995);O'Reilly  et al., BACULOVIRUS  EXPRESSION  VECTORS, A  LABORATORY  MANUAL, OxfordUniv. Press (1994); Samulski  et al., J. Vir. 63:3822-8 (1989); Kajigaya  et al.,Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA  88: 4646-50 (1991); Ruffing  et al., J. Vir.66:6922-30 (1992); Kirnbauer  et al., Vir. 219:37-44 (1996); Zhao  et al., Vir.272:382-93 (2000);およびSamulski  et al.、米国特許第６，２０４，０５９号を参照されたい。いくつかの実施形態では、昆虫細胞におけるＡＡＶをコードする核酸構築体は、昆虫細胞適合ベクターである。「昆虫細胞適合ベクター」または「ベクター」は、本明細書で使用される場合、昆虫または昆虫細胞の増殖性形質転換またはトランスフェクションが可能である核酸分子を指す。例示的な生物学的ベクターには、プラスミド、直鎖状核酸分子、および組換えウイルスが含まれる。昆虫細胞適合性であればいかなるベクターも使用可能である。前記ベクターは昆虫細胞ゲノム内に組み込まれ得るが、前記ベクターの昆虫細胞内での存在は永続的である必要はなく、一過性のエピソーム性ベクターも含まれる。前記ベクターは、あらゆる既知の手段によって、例えば、細胞の化学的処理、エレクトロポレーション、または感染によって、導入され得る。いくつかの実施形態では、前記ベクターは、バキュロウイルス、ウイルスベクター、またはプラスミドである。より好ましい実施形態では、前記ベクターはバキュロウイルスであり、すなわち、コンストラクトがバキュロウイルスベクターである。バキュロウイルスベクターおよびそれらの使用法は、昆虫細胞の分子工学に関する上記の引用文献に記載されている。
【０１３５】
バキュロウイルスは、節足動物の、エンベロープを有するＤＮＡウイルスであり、そのうちの２つのメンバーは、細胞培養液中で組換えタンパク質を生産するための周知の発現ベクターである。バキュロウイルスは、巨大なゲノム内容物の特定の細胞への送達を可能にするように操作可能である、環状の二本鎖ゲノム（８０〜２００ｋｂｐ）を有している。ベクターとして使用されるウイルスは、通常、オートグラファ・カリフォルニカ多カプシド核多核体病ウイルス（Autographa  californica  multicapsid  nucleo  polyhedrovirus：ＡｃＭＮＰＶ）またはカイコ（Bombyxmori（Ｂｍ）ＮＰＶ）（Kato  et al., 2010）である。
【０１３６】
バキュロウイルスは通常、組換えタンパク質の発現のための、昆虫細胞の感染に使用される。具体的には、昆虫における異種遺伝子の発現は、例えば、米国特許第４，７４５，０５１号；Friesen  et al (1986)；欧州特許第１２７，８３９号；同第１５５，４７６号；Vlak  et al (1988);Miller  et al (1988); Carbonell  et al (1988); Maeda  et al (1985);Lebacq-Verheyden  et al (1988); Smith  et al (1985); Miyajima  et al (1987);およびMartin  et al (1988)に記載されるように達成することができる。タンパク質生産に使用することができる多数のバキュロウイルス株および変異体並びに対応する許容的昆虫宿主細胞が、Luckow  et al (1988), Miller  et al (1986); Maeda  et al (1985)およびMcKenna (1989)に記載されている。
【０１３７】
組換えＡＡＶの作製法
本開示は、昆虫細胞または哺乳類細胞において組換えＡＡＶを作製するための材料および方法を提供する。いくつかの実施形態では、前記ウイルスコンストラクトは、一つまたは複数の目的タンパク質をコードするポリヌクレオチドの挿入を可能にするための、プロモーターおよび前記プロモーターの下流の制限酵素認識部位をさらに含み、前記プロモーターおよび前記制限酵素認識部位は、５’ＡＡＶ  ＩＴＲの下流および３’ＡＡＶ  ＩＴＲの上流に位置する。いくつかの実施形態では、前記ウイルスコンストラクトは、制限酵素認識部位の下流および３’ＡＡＶ  ＩＴＲの上流の転写後調節エレメントをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記ウイルスコンストラクトは、制限酵素認識部位に挿入され、プロモーターと機能的に連結されたポリヌクレオチドをさらに含み、前記ポリヌクレオチドは目的タンパク質のコード領域を含む。当業者に理解されるように、本出願で開示されるＡＡＶベクターのいずれか１つが、組換えＡＡＶを作製するためのウイルスコンストラクトとして前記方法において使用可能である。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、前記ヘルパー機能は、アデノウイルスまたはバキュロウイルスのヘルパー遺伝子を含む一つまたは複数のヘルパープラスミドまたはヘルパーウイルスによって与えられる。アデノウイルスまたはバキュロウイルスのヘルパー遺伝子の非限定例としては、限定はされないが、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ４およびＶＡが挙げられ、これらは、ＡＡＶパッケージングにヘルパー機能を与え得る。
【０１３９】
ＡＡＶのヘルパーウイルスは、当該技術分野において公知であり、例えば、アデノウイルス科およびヘルペスウイルス科に由来するウイルスが含まれる。ＡＡＶのヘルパーウイルスの例としては、限定はされないが、米国特許出願公開第２０１１０２０１０８８号（この米国特許出願公開の開示は参照によって本明細書に援用される）に記載されるＳＡｄＶ−１３ヘルパーウイルスおよびＳＡｄＶ−１３様ヘルパーウイルス、ヘルパーベクターｐＨＥＬＰ（アプライド・ビロミクス社（Applied  Viromics））が挙げられる。適切なヘルパー機能をＡＡＶに与え得るＡＡＶのいかなるヘルパーウイルスまたはヘルパープラスミドも本明細書で使用可能であることは、当業者に理解される。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、ＡＡＶ  ｃａｐ遺伝子はプラスミド内に存在する。前記プラスミドはＡＡＶ  ｒｅｐ遺伝子をさらに含む。いかなるＡＡＶ血清型（例えば、限定はされないが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３およびそのあらゆるバリアント）に由来するｃａｐ遺伝子および／またはｒｅｐ遺伝子も、組換えＡＡＶを作製するために本明細書で使用することができる。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ  ｃａｐ遺伝子は、血清型１、血清型２、血清型４、血清型５、血清型６、血清型７、血清型８、血清型９、血清型１０、血清型１１、血清型１２、血清型１３またはそのバリアントに由来するカプシドをコードする。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、昆虫細胞または哺乳類細胞が、ヘルパープラスミドまたはヘルパーウイルス、ＡＡＶ  ｃａｐ遺伝子をコードするウイルスコンストラクトおよびプラスミドを形質移入され得；同時形質移入後に前記組換えＡＡＶウイルスが種々の時点において収集され得る。例えば、組換えＡＡＶウイルスは、同時形質移入の約１２時間後、約２４時間後、約３６時間後、約４８時間後、約７２時間後、約９６時間後、約１２０時間後、またはこれらいずれか２つの時点の間の時間後に、収集され得る。
【０１４２】
また組換えＡＡＶは、感染性組換えＡＡＶを作製するのに適切な、当該技術分野において公知のいかなる常法を用いても作製することができる。いくつかの例では、組換えＡＡＶは、ＡＡＶ粒子生産に必要な成分のいくつかを安定に発現する昆虫細胞または哺乳類細胞を用いることによって作製され得る。例えば、ＡＡＶ  ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶ  ｃａｐ遺伝子、並びにネオマイシン耐性遺伝子等の選択マーカーを含むプラスミド（または複数のプラスミド）が、前記細胞のゲノム内に組み込まれ得る。前記昆虫細胞または哺乳類細胞は次に、ヘルパーウイルス（例えば、ヘルパー機能を与えるアデノウイルスまたはバキュロウイルス）、並びに５’ＡＡＶ  ＩＴＲおよび３’ＡＡＶ  ＩＴＲ（および、所望であれば、異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列）を含むウイルスベクターに同時感染され得る。この方法の利点は、細胞が選択可能であること、および組換えＡＡＶの大量生産に適していることである。別の非限定例として、プラスミドではなく、アデノウイルスまたはバキュロウイルスが、ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子をパッケージング細胞に導入するために使用され得る。さらに別の非限定例として、５’および３’ＡＡＶ  ＬＴＲ並びにｒｅｐ−ｃａｐ遺伝子を含有するウイルスベクターの両方が産生細胞のＤＮＡに安定に組み込まれ得、組換えＡＡＶを生産するためにヘルパー機能が野生型アデノウイルスによって与えられ得る。
【０１４３】
ＡＡＶ生産で使用される細胞型
本発明のＡＡＶベクターを含むウイルス粒子は、ＡＡＶまたは生物学的生成物（biologic  product）の生産を可能にし、培養液中で維持することができる、いかなる無脊椎動物細胞型を用いてもレドキュー（redocued）することができる。例えば、使用される昆虫細胞株は、ヨトウガ（Spodopterafrugiperda）由来の細胞、例えば、ＳＦ９、ＳＦ２１、ＳＦ９００＋、ショウジョウバエ細胞株、蚊細胞株、例えば、ヒトスジシマカ（Aedesalbopictus）由来細胞株、家蚕細胞株、例えばカイコガ（Bombyxmori）細胞株、イラクサギンウワバ（Trichoplusia  ni）細胞株、例えば、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ細胞または鱗翅目細胞株、例えば、アスカラパ・オドラタ（Ascalaphaodorata）細胞株であり得る。好ましい昆虫細胞は、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ、Ｓｆ９、Ｓｅ３０１、ＳｅＩＺＤ２１０９、ＳｅＵＣＲ１、Ｓｆ９、Ｓｆ９００＋、Ｓｆ２１、ＢＴＩ−ＴＮ−５Ｂ１−４、ＭＧ−１、Ｔｎ３６８、ＨｚＡｍ１、ＢＭ−Ｎ、Ｈａ２３０２、Ｈｚ２Ｅ５およびＡｏ３８を含む、バキュロウイルスに感染し易い昆虫種由来の細胞である。
【０１４４】
バキュロウイルスは、節足動物の、エンベロープを有するＤＮＡウイルスであり、そのうちの２つのメンバーは細胞培養液中で組換えタンパク質を生産するための周知の発現ベクターである。バキュロウイルスは、特定の細胞への巨大なゲノム内容物の送達を可能にするように操作することができる、環状二本鎖ゲノム（８０〜２００ｋｂｐ）を有する。ベクターとして使用されるウイルスは、一般的には、オートグラファ・カリフォルニカ（Autographa  californica）多カプシド核多核体病ウイルス（ＡｃＭＮＰＶ）またはカイコ（Bombyx  mori）（Ｂｍ  ＮＰＶ）（Kato  et al., 2010）である。
【０１４５】
バキュロウイルスは、一般的に、組換えタンパク質の発現のための昆虫細胞の感染に使用される。具体的には、昆虫における異種遺伝子の発現は、例えば、米国特許第４，７４５，０５１号；Friesen  et al (1986)；欧州特許第１２７，８３９号；同第１５５，４７６号；Vlak  et al(1988);Miller  et al (1988);Carbonell  et al (1988);Maeda  et al(1985);Lebacq-Verheyden  et al (1988);Smith  et al (1985);Miyajima  et al (1987);およびMartin  et al (1988)に記載されるように達成され得る。タンパク質生産に使用することができる多数のバキュロウイルス株および変異体並びに対応する許容的昆虫宿主細胞が、Luckow  et al (1988), Miller  et al (1986); Maeda  et al (1985)およびMcKenna (1989)に記載されている。
【０１４６】
本発明の別の態様では、本発明の方法はまた、ＡＡＶの複製または生物学的産物の生産を可能にし、培養液中で維持可能な、あらゆる哺乳類細胞型を用いて実行される。使用される好ましい哺乳類細胞は、ＨＥＫ２９３、ＨｅＬａ、ＣＨＯ、ＮＳ０、ＳＰ２／０、ＰＥＲ．Ｃ６、Ｖｅｒｏ、ＲＤ、ＢＨＫ、ＨＴ１０８０、Ａ５４９、Ｃｏｓ−７、ＡＲＰＥ−１９およびＭＲＣ−５細胞であり得る。
【０１４７】
ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの試験
本発明の完全にパッケージングされたＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを試験するためのアッセイは、例えば、（１）ヒト肝臓由来の細胞株であるＨｅｐＧ２細胞におけるＡＡＶベクター核酸を含む二本鎖ＤＮＡプラスミドの一過性導入による、肝臓特異的なｍＲＮＡ発現およびスプライシング、並びにＦＶＩＩＩタンパク質の産生および分泌のインビトロにおけるチェック；（２）２９３細胞およびバキュロウイルス感染昆虫細胞におけるＡＡＶ
ＦＶＩＩＩベクターを含むＡＡＶウイルス粒子の生産；（３）アルカリ性ゲル解析および複製アッセイによるＡＡＶベクター核酸の評価；並びに（４）Ｒａｇ２マウスにおけるＦＶＩＩＩ発現、ＦＶＩＩＩ活性、およびＦＶＩＩＩ比活性の評価を含む。これらのアッセイは、実施例に詳細に記載される。
【０１４８】
本発明の完全にパッケージングされたＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターは、ＵＣＬ  ＳＱベクターと少なくとも同一の発現および／または活性を示し、ＵＣＬ  ＳＱベクターと比較して１．５倍、２倍、３倍、４倍、または５倍またはそれより多い発現および／または活性を示すことが好ましい。
【０１４９】
本発明の完全にパッケージングされたＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターは、断片ゲノムの混入がほとんどまたは全く無い高いベクター収率を有し、ＵＣＬ  ＳＱベクターと比較して１．５倍、２倍、３倍、４倍、または５倍より高いベクター収率を有することが好ましい。
【０１５０】
本発明の他の態様および利点は、以下の実例を考慮することにより理解される。
【実施例】
【０１５１】
実施例１
Ｐｒｏｔｏ１、Ｐｒｏｔｏ１Ｓ、Ｐｒｏｔｏ２ＳおよびＰｒｏｔｏ３Ｓベクターの作製
ＵＣＬ  ＳＱベクターは、Nathwani  et al.、２０１３年１月２４日に公開された米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０Ａ１号（その全体が参照によって本ん明細書に援用される）、およびMcIntosh  et al., Blood  121:3335-3344, 2013に詳細に記載されており、大容量、すなわち、５．０ｋｂ超のＡＡＶベクターである。図１に示すように、ＵＣＬ  ＳＱベクターは、左から右に、ＡＡＶ血清型２（ＡＡＶ２）５’ＩＴＲ、野生型ＡＡＶ２ウイルス配列、３４塩基ヒトアポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）／Ｃ１エンハンサー、３２塩基ヒトα抗トリプシン（ＡＡＴ）プロモーター遠位Ｘ領域、１８６塩基ヒトＡＡＴプロモーター（４２塩基の５’非翻訳領域（ＵＴＲ）配列を含む）、Ｂドメインが１４アミノ酸のＳＱ配列で置換されているコドンを最適化したヒトＦＶＩＩＩ配列、４９塩基合成ポリアデニル化配列、野生型ＡＡＶ２ウイルス配列、およびＡＡＶ２  ３’ＩＴＲを含む。ＵＣＬ  ＳＱベクターは５０８１塩基長である。
【０１５２】
ＵＣＬ  ＳＱベクターよりも小型のベクターを得るために、本発明者らがＦＶＩＩＩの発現および／もしくは活性、またはＡＡＶウイルス粒子生産に不要と考えるＤＮＡ配列を、ＵＣＬ  ＳＱベクター配列から除去した。ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲの３’側のＡＡＶ２ウイルス配列の５３塩基、ＡＡＶ２  ３’ＩＴＲの５’側のＡＡＶ２ウイルス配列の４６塩基、およびコドンを最適化したＦＶＩＩＩ  ＳＱコード領域に隣接した１１塩基を含む、外来性ＤＮＡ配列を除去した。４９７０塩基長の得られるＰｒｏｔｏ１ベクターは図２Ａに模式図で示され、この配列は配列番号１に記載される。Ｐｒｏｔｏ１は、感染性ウイルスを生産し、機能的な第ＶＩＩＩ因子ポリペプチドをコードする。
【０１５３】
ＡＡＶ２  ＩＴＲ内のヘアピンループに隣接する配列も、組換えＡＡＶベクターにおいて不要であり得る（Srivastava  et al.、米国特許第６，５２１，２２５号；Wang  et al., J. Virol.70:1668-1677, 1996;およびWang  et al., J. Virol. 71:3077-3082, 1997参照）。Ｐｒｏｔｏ１ベクターのサイズをさらに減少させるため、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲ内のヘアピンループの３’側に隣接したＡＡＶ２配列の１０塩基を除去し、ＡＡＶ２  ３’ＩＴＲ内のヘアピンループの５’側に隣接したＡＡＶ２配列の１０塩基を除去した。４９５０塩基長の得られるＰｒｏｔｏ１Ｓベクターは、図２Ｂに模式図で示され、この配列は配列番号２に記載される。
【０１５４】
Ｐｒｏｔｏ１Ｓベクター内のＦＶＩＩＩ  ＳＱバリアントの発現を増加させる試みにおいて、１００塩基の合成イントロンを、コドンを最適化したＦＶＩＩＩ配列内のエクソン１およびエクソン２の間に挿入した。イントロンの挿入は、例えばインターフェロン遺伝子等のイントロンを含まない遺伝子における、ｍＲＮＡ発現のレベルを増加させ得ることが知られている。
【０１５５】
エンハンサーは、距離および配向に非依存的に働くと定義される。３４塩基ＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーは、Gray  et al.、米国特許第８，０３０，０６５号（ＦＩＸ発現）およびNathwani  et al.、米国特許出願公開第２０１３／００２４９６０号（ＦＶＩＩＩ発現）（共に、それらの全体が参照によって本発明に援用される）における、その推定的なエンハンサー活性によって例証されるように、ＦＶＩＩＩ発現に関して距離および配向非依存的に働く。DiSimone  et al., EMBO J. 6:2759-2766, 1987に記載される３２塩基  ヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域は、異種プロモーターの発現を増強する制御ドメイン内に位置する。
【０１５６】
Ｐｒｏｔｏ１Ｓベクター内のＦＶＩＩＩ  ＳＱバリアントの発現をさらに増加させるための別の試みにおいて、合成イントロン配列は、３４塩基  ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーおよび３２塩基  ヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域を組み入れ、ヒトＡＡＴプロモーターの上流のその位置から移動された。これら２つの調節エレメントを、Ｐｒｏｔｏ１Ｓにおけるそれらの配向に対し逆配向に挿入した。４９８３塩基長の得られるＰｒｏｔｏ２Ｓベクターは、図２Ｃに模式図で示され、配列は配列番号３に記載される。
【０１５７】
ヒトＡＡＴプロモーター遠位Ｘ領域は、イントロン内の転写開始点から下流で機能することが以前に示されていなかったため、Ｐｒｏｔｏ２Ｓ  ベクター内のこの調節エレメントを、イントロン内のエンハンサーの第１コピーと同じ配向の、３４塩基  ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーと置換した。４９８５塩基長の得られるＰｒｏｔｏ３Ｓベクターは、図２Ｄに模式図で示され、この配列は配列番号４に記載される。
【０１５８】
Ｐｒｏｔｏ１、Ｐｒｏｔｏ１Ｓ、Ｐｒｏｔｏ２ＳおよびＰｒｏｔｏ３Ｓベクター核酸を、ｐＵＣ１９細菌発現プラスミド内にクローニングすることによって、二本鎖形態のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを作製した。
【０１５９】
実施例２
Ｐｒｏｔｏ４、Ｐｒｏｔｏ５、Ｐｒｏｔｏ６およびＰｒｏｔｏ７ベクターの作製
Ｐｒｏｔｏ１ベクターのサイズをさらに減少させるため、および／またはＰｒｏｔｏ１ベクターと比較したＦＶＩＩＩの発現を増加させるため、軽鎖またはＣドメインに隣接して位置するａ３ドメインを除去した。ａ３ドメインは、フォンウィルブランド因子（von  Willenbrand  Factor）への結合に関与するが、インビボにおける機能的に活性なＦＶＩＩＩには不要であり得る。
【０１６０】
Ｐｒｏｔｏ１ベクターから開始して、１４アミノ酸のＳＱ配列および４１アミノ酸のａ３ドメイン（野生型ＦＶＩＩＩのアミノ酸１６４９〜１６８９に対応）を除去した。４８０５塩基長の得られるＰｒｏｔｏ４ベクターは、図３Ａに模式図で示され、この配列は配列番号５に記載される。
【０１６１】
Ｂドメインおよびａ３ドメイン欠失ＦＶＩＩＩの発現を増加させる試みにおいて、１２９塩基の切断型ＦＶＩＩＩイントロンを、Ｐｒｏｔｏ４ベクター内のコドンを最適化したＦＶＩＩＩ配列内のエクソン１およびエクソン２の間に挿入した。４９３４塩基長の得られるＰｒｏｔｏ５ベクターは、図３Ｂに模式図で示され、この配列は配列番号６に記載される。
【０１６２】
Ｂドメインおよびａ３ドメイン欠失ＦＶＩＩＩの発現をさらに増加させる試みにおいて、３４塩基  ヒトＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーの第２コピーを、Ｐｒｏｔｏ５ベクター内に、順配向または逆配向に挿入した。４９３４塩基長であり、イントロンの順配向ＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーを有する得られるＰｒｏｔｏ６ベクターは、図３Ｃに模式図で示され、この配列は配列番号７に記載される。
【０１６３】
４９３４塩基長であり、イントロンの逆配向ＡｐｏＥ／Ｃ１エンハンサーを有する得られるＰｒｏｔｏ７ベクターは、図３Ｄに模式図で示され、この配列は配列番号８に記載される。
【０１６４】
Ｐｒｏｔｏ４、Ｐｒｏｔｏ５、Ｐｒｏｔｏ６およびＰｒｏｔｏ７ベクター核酸をｐＵＣ１９細菌発現プラスミド内にクローニングすることによって、二本鎖形態のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを作製した。
【０１６５】
実施例３
ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの発現および活性を試験するためのアッセイ
本発明のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを試験するためのアッセイは、例えば、（１）ヒト肝臓由来の細胞株であるＨｅｐＧ２細胞におけるＡＡＶベクター核酸を含む二本鎖ＤＮＡプラスミドの一過性導入による、肝臓特異的なｍＲＮＡ発現およびスプライシング、並びにＦＶＩＩＩタンパク質の産生および分泌のインビトロにおけるチェック；（２）２９３細胞およびバキュロウイルス感染昆虫細胞におけるＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを含むＡＡＶウイルス粒子の生産；（３）アルカリ性ゲル解析および複製アッセイによるＡＡＶベクター核酸の評価；並びに（４）Ｒａｇ２マウスにおけるＦＶＩＩＩ発現、ＦＶＩＩＩ活性、およびＦＶＩＩＩ比活性の評価を含む。
【０１６６】
一過性導入アッセイ
予備的なインビトロアッセイが行われ、本発明のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターからのＦＶＩＩＩの発現および活性が、ＵＣＬ  ＳＱベクターからのＦＶＩＩＩの発現および活性と比較される。本発明のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの二本鎖形態が、ヒト肝細胞株であるＨｅｐＧ２に一過性導入される。トランスフェクションの後、例えば、２４または４８時間後、培養上清中のＦＶＩＩＩの抗原および活性が測定される。
【０１６７】
このアッセイを用いた場合、Ｐｒｏｔｏ１、Ｐｒｏｔｏ１ＳおよびＰｒｏｔｏ２Ｓベクターを一過的導入されたＨｅｐＧ２細胞におけるＦＶＩＩＩ活性は、ＵＣＬ  ＳＱベクターを用いて得られたＦＶＩＩＩ活性と同様であり、このことは、Ｐｒｏｔｏ１、Ｐｒｏｔｏ１ＳおよびＰｒｏｔｏ２Ｓベクターが、機能的な第ＶＩＩＩ因子タンパク質を発現可能であることを示している。
【０１６８】
２９３細胞およびバキュロウイルス感染昆虫細胞におけるＡＡＶウイルス粒子の産生
本発明のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターがＦＶＩＩＩをコードする核酸を確かにパッケージングしていることを示すために、実施例１および２に記載されるように作製された二本鎖形態のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターを、ＡＡＶウイルス粒子を産生可能な細胞内に導入した。第一のＡＡＶウイルス産生系では、二本鎖形態のＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター核酸を含むプラスミドを、ＡＡＶ  ＣａｐおよびＲｅｐタンパク質を発現するプラスミド並びにＡＡＶウイルス粒子産生に必要なアデノウイルスヘルパー機能を発現するプラスミドと共に、２９３細胞に同時導入する。第二のＡＡＶウイルス産生系では、ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター核酸を発現するバキュロウイルスコンストラクト、並びにＡＡＶ  ＣａｐおよびＲｅｐタンパク質を発現するバキュロウイルスコンストラクトを作製し、その後、昆虫Ｓｆ９細胞に同時感染させる。一過性導入された２９３細胞またはバキュロウイルス感染Ｓｆ９細胞内で産生される、得られるＡＡＶウイルス粒子を、当該技術分野において公知の標準方法によって精製および解析する。
【０１６９】
アルカリ性ゲルアッセイおよび複製アッセイによる評価
アルカリ性ゲル電気泳動アッセイを用いて、パッケージングされた核酸のサイズを決定する。複製中心アッセイを用いて、ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターが両方のパッケージング法によってインタクトな形態でパッケージングされているかどうかを決定する。
【０１７０】
プライマー伸長アッセイを用いて、完全な末端を有する、すなわち、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲ（センス鎖）または３’ＩＴＲ（アンチセンス鎖）内のヘアピンループの５’末端において終結している、ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター核酸の量を定量化する。
【０１７１】
あるいは、ＰＣＲアッセイを用いて、ＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクター核酸が完全な末端を有しているかどうか、すなわち、ＡＡＶ２  ５’ＩＴＲ（センス鎖）または３’ＩＴＲ（アンチセンス鎖）内のヘアピンループの５‘末端において終結しているかどうかを決定する。
【０１７２】
Ｒａｇ２マウスにおける評価
一過性導入された２９３細胞またはバキュロウイルス感染Ｓｆ９細胞パッケージ化ベクターにおいて産生されるＡＡＶウイルス粒子を、静脈内に与えられる２ｅ１１、２ｅ１２、および２ｅ１３ウイルスゲノム（ｖｇ）／ｋｇで、Ｒａｇ２マウスにおいて、ＦＶＩＩＩの発現および活性について試験する。ＦＶＩＩＩの発現および／または活性はＡＡＶウイルスまたはヒトＦＶＩＩＩタンパク質に対する宿主免疫応答の存在によって複雑化されないため、Ｒａｇ２マウスを本アッセイで使用する。
【０１７３】
ＥＬＩＳＡに基づくアッセイを用いて、ＦＶＩＩＩ抗原を決定する。ＦＸａ活性化アッセイおよび／または凝固アッセイを用いて、ＦＶＩＩＩ活性を決定する。ＦＶＩＩＩ抗原アッセイおよびＦＶＩＩＩ活性アッセイを用いて、ＦＶＩＩＩ比活性を決定する。
【０１７４】
現在好ましいその実施形態を考慮することによって、本発明の実施における多数の変更形態および変形形態の発生が当業者に予期される。従って、本発明の範囲に係るべき唯一の限定は、添付の特許請求の範囲に現れるもののみである。
【０１７５】
実施例４
改善されたプロモーター／エンハンサー配列を有するコンストラクトの作製
機能的ＦＶＩＩＩの発現を増加させる強力なプロモーターを有するさらなるＡＡＶベクターを作製するため、改変されたエンハンサー配列および／またはプロモーター配列を有するコンストラクトを作製した。いくつかの実施形態では、前記コンストラクトは、短縮型のＡｐｏＥエンハンサーまたはμグロブリン・エンハンサーを含んだ。これらのコンストラクトを標準的なＤＮＡクローニング技術を用いて作製し、その配列を配列ＩＳ番号９〜４５に示す。
【０１７６】
実施例５
ＡＡＶウイルス粒子の作製
組換えバクミドの作製
ＤＨ１０  Ｂａｃコンピテント細胞を氷上で解凍した。組換えシャトルプラスミド（例えば、ｐＦＢ−ＧＦＰ）を添加し、コンピテント細胞と穏やかに混合し、氷上で３０分間インキュベートした。次に、コンピテント細胞をおよそ４２℃の温度で３０秒間加熱し、その後氷上で２分間冷却した。このコンピテント細胞を４２℃で３０秒間ヒートショックし、氷上で２分間冷却した。ＳＯＣを細胞に添加し、撹拌しながら３７℃で４時間インキュベートして、組換えを起こさせた。インキュベーション中、２枚のＬＢプレート（形質転換のための種々の抗生物質（例えば、カナマイシン、ゲンタマイシンおよびテトラサイクリン）を追加で含有する  上にＸ−ｇａｌを、続いてＩＰＴＧを塗布した。
【０１７７】
ある量のインキュベーション混合物が得られ、これを希釈した後、前記２枚のＬＢプレート上に塗布し、３７℃でおよそ３０〜４８時間インキュベートした。いくつかの白色コロニーを各プレートから選択し、ＬＢプレート中に与えられた同一の抗生物質の組合せを含有するＬＢ培地中で一晩培養した。次に、バクミドＤＮＡおよびグリセロールストックを調製し、−８０℃で保存した。
【０１７８】
組換えバクミドＤＮＡの精製
ある量のバクミド・グリセロール・ストックを取り出し、実施例１に記載のＬＢプレート中に与えられた同一の抗生物質の組合せを含有するＬＢ培地中でインキュベートする。培養物を３７℃で一晩、振盪させながら増殖させる。次に、ある量の前記培養物を微量遠心管内で最高速度でおよそ３０秒間スピンさせる。
【０１７９】
ピペットを用いてペレットを再懸濁緩衝液中で再懸濁し、次に溶解緩衝液を加え、管を数回反転させて緩衝液を混合し、次いで室温でおよそ５分間インキュベートした。例示的な再懸濁緩衝液は、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＣＬ（ｐＨ８．０）、１０ｍＭ  ＥＤＴＡおよび１００μｇ／ｍＬ  ＲＮａｓｅＡを含む。例示的な溶解緩衝液は、２００ｍＭ  ＮａＯＨおよび１％ＳＤＳを含む。ある量の沈殿緩衝液（precipitate  buffer）（例えば、３．０Ｍ酢酸カリウムを含有する緩衝液（ｐＨ５．５））をゆっくりと加え、管を数回反転させて緩衝液を混合し、次いで氷上でおよそ１０分間インキュベートした。管を最大速度でおよそ１０分間遠心し、上清を、イソプロパノールを含有する管内に注いだ。管を数回反転させて溶液を混合した。
【０１８０】
次に、前記溶液を室温でおよそ１５分間、最大速度で遠心し、ピペットを用いて遠心分離した直後に上清を取り除いた。
【０１８１】
ある量の７０％エタノールを加えてペレットをリンスし、再度最大速度で１分間スピンした。次にエタノールを除去し、溶液を再度スピンして微量のエタノールを取り除く。ある量のＴＥ／ＥＢ緩衝液を各管に加え、ペレットをピペットで注意深く溶解させる。すぐに使用しない場合はこの溶液を−２０℃で保存した。
【０１８２】
組換えバキュロウイルスのＰ０ストックの作製
Ｓｆ９細胞を６ウェルプレート内におよそ１×１０６細胞／ウェル（または１０ｃｍプレート内に６×１０６細胞もしくは１５ｃｍディッシュ内に１．７×１０７細胞）で播種し、トランスフェクションの前に少なくとも１時間細胞を付着させた。
【０１８３】
トランスフェクション溶液ＡおよびＢを以下の通りに調製する。溶液Ａ：ある量のバクミドを、１５ｍＬ管内の抗生物質を含有しないある量の無血清培地中に希釈した。溶液Ｂ：ある量のセルフェクチンを、１５ｍＬ管内の抗生物質を含有しないある量の無血清培地中に希釈した。溶液Ｂを溶液Ａに加え、ピペットでおよそ３回、ピペットで穏やかに混合し、室温で３０〜４５分間インキュベートした。次に、プレートからの培地を吸引し、ある量の抗生物質非含有無血清培地を加えて細胞を洗浄した。抗生物質を含有しないある量のＳＦ９００ＩＩを、脂質−ＤＮＡ混合物を含有する各管に加えた。
【０１８４】
細胞からの培地を吸引し、トランスフェクション溶液を細胞に加え、細胞を２８℃でおよそ５時間インキュベートした。トランスフェクション溶液を除去し、ある量の無血清培地および抗生物質を加え、２８℃でおよそ４日間インキュベートした。組換えバキュロウイルスを含有する培地を収集し、１０００ｒｐｍでおよそ５分間回転させて細胞片を除去した。バキュロウイルスを４℃暗下で保存した。
【０１８５】
バキュロウイルス（Ｐ１）の増幅
Ｓｆ９細胞をおよそ４×１０６細胞／ｍＬに増殖させ、振盪フラスコ内で新鮮な培地でおよそ２×１０６細胞／ｍＬに希釈した。ある量のＳｆ９細胞に、ある量のＰ０ストックバキュロウイルスを感染させた。感染効率（ＭＯＩ）はおよそ０．１である。
【０１８６】
Ｓｆ９細胞をおよそ３日間インキュベートし、バキュロウイルスを回収した。細胞を２，０００ｒｐｍで５分間スピンして細胞をペレット状にし、上清を収集し、４℃暗下で保存した。クロンテック社のＲａｐｉｄ  Ｔｉｔｅｒ  Ｋｉｔプロトコルに従ってバキュロウイルスの力価を決定した。
【０１８７】
Ｐ１組換えバキュロウイルスを用いたＡＡＶの生産
Ｓｆ９細胞を約１×１０７細胞／ｍＬに増殖させ、約５×１０６細胞／ｍＬに希釈した。希釈したある量のＳｆ９細胞に、Ｂａｃ−ベクター（５Ｍｏｉ）およびＢａｃ−ヘルパー（１５Ｍｏｉ）を３日間感染させた。３日目に細胞生存率を評価した（およそ５０％〜７０％の死細胞が観察される）。
【０１８８】
３０００ｒｐｍ、１０分間の遠心分離により細胞ペレットを回収した。培地を除去し、細胞を溶解させた（または、すぐに使用しない場合は細胞ペレットを−２０℃で保存した）。
【０１８９】
溶解およびバンド形成（banding）のプロトコル
ある量のＳｆ９溶解緩衝液およびベンゾナーゼ（Benzonase）を核細胞ペレットに加え、十分にボルテックスして細胞を再懸濁させる。再懸濁したＳｆ９細胞を氷上でおよそ１０分間インキュベートして、可溶化液を冷却した。可溶化液をおよそ２０秒間超音波処理して細胞を十分に溶解させ、次に３７℃でおよそ３０分間インキュベートした。
【０１９０】
ある量の５Ｍ  ＮａＣｌを添加し、混合物をボルテックスした後、３７℃でさらに３０分間インキュベートした。ある量のＮａＣｌを添加して塩濃度を約５００ｍＭにし、ボルテックスし、８，０００ｒｐｍ、１５℃で２０分間遠心して、清澄な可溶化液を作製した。
【０１９１】
清澄可溶化液を超遠心段階に進ませる。長い針を有する注射器を通じて、最初に清澄可溶化液、次にある量の１．３２ｇ／ｃｃ、およびある量の１．５５ｇ／ｃｃ  ＣｓＣｌ溶液を添加することにより、ＣｓＣｌ勾配を調製した。ＣｓＣｌ溶液間の接触面に印を付けた。ＰＢＳを遠心管の頂部まで加え、管を注意深く平衡させ、密封した。
【０１９２】
管を５５，０００ｒｐｍ、１５℃でおよそ２０時間遠心した。各管の頂部に穴をあけ、２つのＣｓＣｌ溶液の接触面マークの少し上に位置するＡＡＶバンドに印を付ける。
【０１９３】
ＡＡＶ溶液を７０．１  Ｔｉローター用遠心管に移して第二のＣｓＣｌ遠心分離を行い、管の頂部近くまである量のＣｓＣｌ溶液を加えた。管を平衡させ密封した。管を６５，０００ｒｐｍでおよそ２０時間遠心し、ＡＡＶバンド（より低いバンド、より高いバンドは空のカプシドである）を収集した。
【０１９４】
実施例５
Ｒａｇ２マウスにおけるコンストラクトの評価
コドン最適化ＳＱ  ＦＶＩＩＩコード遺伝子配列を含むＡＡＶゲノムを、ＵＣＬ  ＳＱ、Ｐｒｏｔｏ１、ＰｒｏｔｏＳ１、ＰｒｏｔｏＳ２およびＰｒｏｔｏＳ３コンストラクトを用い、バキュロウイルスおよび２９３細胞を用いて作製した。パッケージングの限界は、バキュロウイルスが４８００ｂｐ、２９３細胞が４９５０である。
【０１９５】
図５に示すように、切断型または非切断型のゲノムを有するＰｒｏｔｏ１は、ＵＣＬ  ＳＱコンストラクトと同様に、ＦＶＩＩＩを形質導入する。４〜１２％Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ  Ｇｅｌ上で測定される、バキュロウイルスおよび２９３Ｔ細胞可溶化物から生じるＡＡＶ５．２。図６に示すように、各試料はＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３タンパク質を発現した。図７に示すように、ＡＡＶ試料から得られたゲノムＤＮＡを０．８％アルカリ性アガロースゲル上で泳動した。
【０１９６】
これらのＡＡＶがバキュロウイルス系によって作られた場合、Ｐｒｏｔｏ１の形質導入はＵＣＬ  ＳＱコンストラクトと同様であった。イントロンを含有するＰｒｏｔｏ２Ｓおよび３Ｓの包含は、Ｐｒｏｔｏ１よりも良好に形質導入しなかった。２９３細胞内で作られたＡＡＶフランキング配列を含有するＵＣＬ  ＳＱベクターは、バキュロウイルス内でつくられたＡＡＶ配列を欠くＵＣＬ  ＳＱよりも強力であった。結果として、作用強度を増加させる試みにおいて、追加のエンハンサーをＰｒｏｔｏ１、例えばコンストラクト１０１、１０２、１０２および１０４に付加した。
【０１９７】
実施例６
改善されたプロモーター配列／エンハンサー配列を有するＡＡＶ  ＦＶＩＩＩベクターの発現および活性
コンストラクト９９〜コンストラクト１０６を含むＡＡＶベクターの発現および活性を、水圧注入プロトコルを用いて試験した。水圧による送達は、インビボで肝臓プロモーターをスクリーニングするための迅速な方法である。実施例５に記載の方法を用いてＡＡＶプラスミドＤＮＡを作製し、次にＴｒａｎｓＩＴ−ＱＲ  Ｈｙｄｒｏｄｙｎａｍｉｃ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ中で希釈した。プラスミドＤＮＡを、（マウス重量（ｇ）／１０）＝０．１ｍＬ送達溶液）によって決定される体積で、５〜６週齢Ｃ５７Ｂｌ／６マウス（１８〜２５ｇ）の尾静脈に注射した。注射時間は５秒間未満であった。各マウスからの血漿を注射の４８時間後に採取し、発現されたＦＶＩＩＩ抗原の量を、ＥＬＩＳＡアッセイを用いて測定した。
【０１９８】
漸増量のＰｒｏｔｏ１プラスミド（２．５、５、１２．５および５０μｇ）をマウスの尾静脈に注射した。注射されたマウスの血漿中のＦＶＩＩＩの量をＥＬＩＳＡ試験を用いて測定し、組換えＦＶＩＩＩ（Ｘｙｎｔｈａ  ＳＱ等価）を比較のための標準物質として用いた。
【０１９９】
発現を調べるため、コンストラクトｐ１００〜４００、コンストラクト１００（ｐ１００）、コンストラクトＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００１（ｐＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００１）、Ｐｒｏｔｏ１、コンストラクト１００ＡＴ（ｐ１００−ＡＴ）、コンストラクト１００  ｂＧＨポリＡ（ｐ１００−ｂＧＨＰＡ）、コンストラクト１０１（ｐ１０１）およびコンストラクト１０４（ｐ１０４）の改善されたプロモーター／エンハンサー・エレメント。図８に示すように、全てのコンストラクトが機能的なＦＶＩＩＩを種々の効率レベルで生産した。
【０２００】
図９および図１０は、種々のコンストラクトのプラスミド１μｇの注射についてのデータを示す。図８に示すように、コンストラクトＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００１、コンストラクトＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００２、コンストラクト１０２（ｐ１０２）、コンストラクト１０３（ｐ１０３）およびコンストラクト１０４（ｐ１０４）の注射は、１０匹中５匹のマウスにおいて少なくとも２０ｎｇのＦＶＩＩＩの発現をもたらした。図９に示すように、コンストラクトＦＶＩＩＩ−ＢＭＮ００１、コンストラクト１０３（ｐ１０３）、コンストラクト１０３−ＡＴ（ｐ１０３−ＡＴ；３９８ｂｐ  ｈＡＡＴプロモーター）、コンストラクト１００（ｐ１００）、コンストラクト１００ＡＴ（ｐ１００−ＡＴ；３９８ｂｐ  ｈＡＡＴプロモーター）の注射は、１０匹中５匹のマウスにおいて少なくとも１００ｎｇ／ｍｌのＦＶＩＩＩの発現をもたらした。
【図１】
2019193675.tif 000003
【図２Ａ】
2019193675.tif 000004
【図２Ｂ】
2019193675.tif 000005
【図２Ｃ】
2019193675.tif 000006
【図２Ｄ】
2019193675.tif 000007
【図３Ａ】
2019193675.tif 000008
【図３Ｂ】
2019193675.tif 000009
【図３Ｃ】
2019193675.tif 000010
【図３Ｄ】
2019193675.tif 000011
【図４Ａ】
2019193675.tif 000012
【図４Ｂ】
2019193675.tif 000013
【図４Ｃ】
2019193675.tif 000014
【図４Ｄ】
2019193675.tif 000015
【図４Ｅ】
2019193675.tif 000016
【図４Ｆ】
2019193675.tif 000017
【図４Ｇ】
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【図４Ｈ】
2019193675.tif 000019
【図４Ｉ】
2019193675.tif 000020
【図４Ｊ】
2019193675.tif 000021
【図４Ｋ】
2019193675.tif 000022
【図４Ｌ】
2019193675.tif 000023
【図４Ｍ】
2019193675.tif 000024
【図４Ｎ】
2019193675.tif 000025
【図４Ｏ】
2019193675.tif 000026
【図４Ｐ】
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【図４Ｑ】
2019193675.tif 000028
【図４Ｒ】
2019193675.tif 000029
【図４Ｓ】
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【図４Ｔ】
2019193675.tif 000031
【図４Ｕ】
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【図４Ｖ】
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【図４Ｗ】
2019193675.tif 000034
【図４Ｘ】
2019193675.tif 000035
【図４Ｙ】
2019193675.tif 000036
【図４Ｚ】
2019193675.tif 000037
【図４ＡＡ】
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【図４ＢＢ】
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【図４ＣＣ】
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【図４ＤＤ】
2019193675.tif 000041
【図４ＥＥ】
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【図４ＦＦ】
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【図４ＧＧ】
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【図４ＨＨ】
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【図４ＩＩ】
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【図４ＪＪ】
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【図４ＫＫ】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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