(57)【要約】【課題】新規のキャッピング剤を用いた、核酸製造方法を提供する。【解決手段】固相上で核酸合成を行う核酸製造方法であって、（１）前記固相に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護反応を行う工程と、（２）前記脱保護されたヌクレオチド残基に対する、保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程と、（３）前記結合反応において、前記ヌクレオチド誘導体が結合しなかった前記末端ヌクレオチド残基のキャッピングを行う工程と、を含み、前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、核酸の製造方法。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
固相上で核酸合成を行う核酸製造方法であって、
（１）前記固相に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護反応を行う工程と、
（２）前記脱保護されたヌクレオチド残基に対する、保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程と、
（３）前記結合反応において、前記ヌクレオチド誘導体が結合しなかった前記末端ヌクレオチド残基のキャッピングを行う工程と、を含み、
前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、
核酸の製造方法。
【請求項２】
前記シリル系保護基を有する化合物が、下記一般式（Ｉ）で表される化合物である、請求項１に記載の核酸の製造方法。
【化１】
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［式中、Ｒ１〜Ｒ３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。ＲＬは、ハロゲン原子、アルコキシ基、−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基（ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。）、又は下記一般式（Ａ）で表される基を表す。］
【化２】
2019131484.tif 000022
［式中、ＲＳ１及びＲＳ２は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルケニル基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、水素原子、又は下記一般式（Ｂ）で表される基を表す。ＲＳ１及びＲＳ２は、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成してもよい。＊は前記一般式（Ｉ）中のＳｉに結合する結合手を表す。］
【化３】
2019131484.tif 000023
［式中、ＲＳ３〜ＲＳ５は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。＊は前記一般式（Ａ）中のＮに結合する結合手を表す。］
【請求項３】
前記アミダイト系保護基を有する化合物が、下記一般式（ＩＩ）で表される化合物である、請求項１に記載の核酸の製造方法。
【化４】
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［式中、ＲＰは、有機基を表す。但し、前記有機基は、アミダイトと反応しうるアミノ基、チオール基、水酸基、及び酸分解性基を含まない。］
【請求項４】
前記固相が、核酸アレイ用基板である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の核酸の製造方法。
【請求項５】
前記キャッピングにおいて、前記シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物が、蒸気として前記固相に供給される、
請求項１〜４のいずれか一項に記載の核酸の製造方法。
【請求項６】
固相上に固定化された核酸における、保護基を有さない末端ヌクレオチド残基をキャッピングする方法であって、
前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、
キャッピング方法。
【請求項７】
前記シリル系保護基を有する化合物が、下記一般式（Ｉ）で表される化合物である、請求項６に記載のキャッピング方法。
【化５】
2019131484.tif 000025
［式中、Ｒ１〜Ｒ３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。ＲＬは、ハロゲン原子、アルコキシ基、−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基（ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。）、又は下記一般式（Ａ）で表される基を表す。］
【化６】
2019131484.tif 000026
［式中、ＲＳ１及びＲＳ２は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルケニル基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、水素原子、又は下記一般式（Ｂ）で表される基を表す。ＲＳ１及びＲＳ２は、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成してもよい。＊は前記一般式（Ｉ）中のＳｉに結合する結合手を表す。］
【化７】
2019131484.tif 000027
［式中、ＲＳ３〜ＲＳ５は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。＊は前記一般式（Ａ）中のＮに結合する結合手を表す。］
【請求項８】
前記アミダイト系保護基を有する化合物が、下記一般式（ＩＩ）で表される化合物である、請求項６に記載のキャッピング方法。
【化８】
2019131484.tif 000028
［式中、ＲＰは、有機基を表す。但し、前記有機基は、アミダイトと反応しうるアミノ基、チオール基、水酸基、及び酸分解性基を含まない。］
【請求項９】
前記固相が、核酸アレイ用基板である、請求項６〜８のいずれか一項に記載のキャッピング方法。
【請求項１０】
前記シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物が、蒸気として前記固相に供給される、
請求項６〜９のいずれか一項に記載のキャッピング方法。
【請求項１１】
末端ヌクレオチド残基が、シリル系保護基又はアミダイト系保護基でキャッピングされた核酸を含む、核酸アレイ。
【請求項１２】
シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を含有する、固相上に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基をキャッピングするための、キャッピング剤。
【請求項１３】
キャッピング剤を貯留するキャッピング剤貯留槽と、
固相上で核酸合成反応を行う反応槽と、
前記キャッピング剤貯留槽から排出される前記キャッピング剤の蒸気を前記反応槽に供給する蒸気供給路と、
を含む、核酸製造装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、核酸の製造方法、キャッピング方法、核酸アレイ、キャッピング剤、及び核酸製造装置に関する。
【背景技術】
【０００２】
ＤＮＡの固相合成では、通常、核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護、脱保護された水酸基に対する新たなヌクレオチドモノマーの結合、前記ヌクレオチドモノマーが結合しなかった未反応の水酸基のキャッピング、及びヌクレオチド間の結合の酸化、を繰り返し行うことにより、ＤＮＡ鎖を伸長させていく。
未反応の水酸基をキャッピングするためのキャッピング剤としては、従来、無水酢酸が用いられてきた（非特許文献１）。無水酢酸よりキャッピング効率の高いキャッピング剤が求められている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００３】
【非特許文献１】Glenn H. McGall, et al., The Efficiency of Light-Directed Synthesis of DNA Arrays on Glass Substrates. J. Am. Chem. Soc., 1997, 119 (22), 5081-5090
【発明の概要】
【０００４】
本発明の一実施態様は、固相上で核酸合成を行う核酸製造方法であって、（１）前記固相に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護反応を行う工程と、（２）前記脱保護されたヌクレオチド残基に対する、保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程と、（３）前記結合反応において、前記ヌクレオチド誘導体が結合しなかった前記末端ヌクレオチド残基のキャッピングを行う工程と、を含み、前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、核酸の製造方法である。
【０００５】
また、本発明の一実施態様は、末端ヌクレオチド残基が、シリル系保護基又はアミダイト系保護基でキャッピングされた核酸を含む、核酸アレイである。
【０００６】
また、本発明の一実施態様は、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を含有する、固相上に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基をキャッピングするための、キャッピング剤である。
【０００７】
また、本発明の一実施態様は、キャッピング剤を貯留するキャッピング剤貯留槽と、固相上で核酸合成反応を行う反応槽と、前記キャッピング剤貯留槽から排出される前記キャッピング剤の蒸気を前記反応槽に供給する蒸気供給路と、を含む、核酸製造装置である。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】本発明の１実施形態に係る核酸製造装置の一例を示す図である。
【図２】実施例における、対照基板、実施例１〜３、及び比較例の処理手順の概略を示す図である。
【図３】図２（ａ）及び（ｇ）の対照基板、並びに図２（ｇ）の実施例１〜３及び比較例の基板から抽出した、ＤＭＴの定量結果を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
本明細書及び本特許請求の範囲において、化学式で表される構造によっては不斉炭素が存在し、エナンチオ異性体（ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒ）やジアステレオ異性体（ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ）が存在し得るものがあるが、その場合は一つの式でそれら異性体を代表して表す。それらの異性体は単独で用いてもよいし、混合物として用いてもよい。
【００１０】
［核酸製造方法］
一実施形態において、本発明は、固相上で核酸合成を行う核酸製造方法であって、（１）前記固相に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護反応を行う工程と、（２）前記脱保護されたヌクレオチド残基に対する、保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程と、（３）前記結合反応において、前記ヌクレオチド誘導体が結合しなかった前記末端ヌクレオチド残基のキャッピングを行う工程と、を含み、前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、核酸の製造方法を提供する。
【００１１】
本実施形態の核酸製造方法は、核酸の固相合成において、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いることを特徴とする。前記化合物をキャッピング剤として用いることにより、従来のキャッピング剤である無水酢酸等のアセチル系保護基を有する化合物と比較して、キャッピング率を向上させることができる。本発明者の検討により、核酸アレイ製造に際して基板上で核酸合成を行う場合によくもちいられるアセチル系保護基を有する化合物は、キャッピング率が低いことが判明した。しかしながら、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いることにより、基板上で核酸合成を行う場合においても、効率よくキャッピングを行うことができる。
【００１２】
本実施形態の核酸製造方法は、固相上で核酸合成を行う核酸合成方法又は核酸製造方法に適用可能である。なお、本明細書において、「固相上で核酸合成を行う」とは、水酸基等の官能基を有する分子を固相に固定化し、当該分子を開始点として、順次ヌクレオチドモノマーを結合させて核酸合成を行い、当該固相に固定化された所望の核酸を得ることを意味する。
【００１３】
本実施形態の製造方法により製造される核酸は、ＤＮＡであってもよく、ＲＮＡであってもよく、それらの両方を含むものであってもよい。また、ＢＮＡ（ｂｒｉｄｇｅｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ）やＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ）等の人工核酸を含むものであってもよい。
【００１４】
本実施形態の製造方法において用いる固相は、特に限定されないが、例えば、基板、ビーズ等が挙げられる。基板を使用する場合、基板の材質としては、例えば、シリコン、ガラス、石英、ソーダ石灰ガラス、ポリアミド樹脂、プラスチックフィルム等を挙げることができるが、これらに限定されない。
一例として、固相は、核酸アレイ用基板である。核酸アレイ用基板上の各領域において、所望の配列を有する核酸をそれぞれ合成することにより、核酸アレイを製造することができる。そのため、本発明は、核酸アレイ用基板上で、核酸合成を行う、核酸アレイの製造方法であって、（１）前記核酸アレイ用基板に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護反応を行う工程と、（２）前記脱保護されたヌクレオチド残基に対する、保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程と、（３）前記結合反応において、前記ヌクレオチド誘導体が結合しなかった前記末端ヌクレオチド残基のキャッピングを行う工程と、を含み、前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、核酸アレイの製造方法、もまた提供する。
【００１５】
固相に、官能基を有する分子を固定化する方法は、特に限定されず、核酸固相合成に一般的に用いられる方法を用いることができる。官能基としては、水酸基、アミノ基等が挙げられるが、これに限定されない。官能基を有する分子としては、例えば、有機シラン化合物が挙げられるが、これに限定されない。
有機シラン化合物を用いる場合、固相表面に有機シラン化合物を固定する方法としては、例えば、酸素ガス等で固相表面のプラズマ処理を行った後、水又はエタノール中で有機シラン化合物を反応させる方法が挙げられる。前記方法で用いる有機シラン化合物としては、例えば、ヒドロキシアルキルシラン、ヒドロキシアルキルアミドシラン、ヒドロキシグリコールシラン等が挙げられる。例えば、Ｎ−（３−トリエトキシシリルプロピル）−４−ヒドロキシブチルアミド）等を用いることができる。
例えば、固相をプラズマ処理した後、有機シラン化合物溶液に浸漬して、７０〜１２０℃程度で５〜４０分程度加熱した後、イソプロパノール等の有機溶媒に浸漬して洗浄する。なお、洗浄の際には、超音波処理を行ってもよい。洗浄後、固相を乾燥し、１００〜１４０℃程度で１〜１０分程度加熱することにより、有機シラン化合物分子を固相に固定することができる。
【００１６】
固相に固定化した分子は、その官能基が、保護基により保護されていてもよい。保護基としては、例えば、酸分解性保護基、光分解性保護基等が挙げられる。酸分解性保護基は、酸の作用により脱保護される基である。また、光分解性保護基は、特定波長の光の照射により脱保護される基である。
酸分解性保護基としては、例えば、アセチル基（Ａｃ）；ベンゾイル基（Ｂｚ）；トリチル基（Ｔｒ）、モノメトキシトリチル基（ＭＭＴ）、ジメトキシトリチル基（ＤＭＴ）、トリメトキシトリチル基（ＴＭＴ）などのエーテル系保護基；β‐メトキシエトキシメチルエーテル（ＭＥＭ）、メトキシメチルエーテル基（ＭＯＭ）、テトラヒドロピラニル基（ＴＨＰ）などのアセタール系保護基；ｔ−ブチルジメチルシリル基（ＴＢＳ）などのシリルエーテル基等が挙げられるが、これらに限定されない。
光分解性保護基としては、例えば、ｏ−ニトロベンジル型の保護基（例、α−カルボキシ−２−ニトロベンジル基、１−（２−ニトロフェニル）エチル基、４，５−ジメトキシ-2-ニトロベンジル基、１−（４，５−ジメトキシ-２-ニトロフェニル）エチル基、５−カルボキシメトキシ−２−ニトロベンジル基等）の他、ベンゾイン型、ニトロインドリン型等が挙げられるが、これらに限定されない。
なお保護基は酸分解性であっても、光分解性であってもよい。
上記例示した酸分解性保護基及び光分解性保護基は、保護する官能基が水酸基である場合に好適に用いられる。保護する官能基がアミノ基等である場合も、適宜好適な保護基を選択して用いることができる。
【００１７】
固相に固定化した分子における官能基を保護基で保護する方法としては、例えば、固相に官能基を有する分子を固定化した後、保護基を有する分子を反応させる方法が挙げられる。保護基を有する分子としては、核酸合成法として知られるホスホロアミダイト法やリン酸エステル法に適用可能なヌクレオチドモノマー等が挙げられる。そのような分子としては、保護基を有するホスホロアミダイトヌクレオチド、５’又は３’の水酸基を保護基で保護したヌクレオチド等が例示される。保護基を有するホスホロアミダイトヌクレオチドの一例としては、ＤＭＴ−ホスホロアミダイトヌクレオチドが挙げられる。
例えば、有機シラン化合物を固定化した固相を、保護基を有するホスホロアミダイトヌクレオチド溶液に浸漬し、１〜１５分程度揺動することにより、保護基を有する分子を固相表面に固定化することができる。当該反応は、禁水条件下で行ってもよい。反応後、適宜アセトニトリル等の有機溶媒で洗浄してもよい。
なお、上記の例では、有機シラン化合物分子に保護基を有する分子を結合させたが、有機シラン化合物分子を直接保護基で保護してもよい。
【００１８】
上記のように準備した固相において、固相に固定化した前記官能基を有する分子を開始点として、核酸合成を行う。核酸合成は、（１）前記固相に固定化された核酸の末端ヌクレオチド残基の脱保護反応を行う工程と、（２）前記脱保護されたヌクレオチド残基に対する、保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程と、（３）前記結合反応において、前記ヌクレオチド誘導体が結合しなかった前記末端ヌクレオチド残基のキャッピングを行う工程と、を含む。
前記工程（１）及び工程（２）は、核酸固相合成において一般的に用いられる方法により行うことができる。また、前記工程（３）は、キャッピング剤として、無水酢酸等のアセチル系保護基を有する化合物に替えて、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いる以外は、公知の方法と同様に行うことができる。上記工程（１）〜工程（３）を繰り返すことにより、固相上で、所望の配列を有する核酸を合成することができる。なお、工程（３）の終了後、工程（１）を行う前に、工程（４）ヌクレオチド間の結合の酸化反応、を行ってもよい。
【００１９】
（１）脱保護反応を行う工程
脱保護反応は、固相上で合成途中の核酸における末端ヌクレオチド残基の脱保護を行う反応である。一般的な核酸合成法においては、糖（デオキシリボース、リボース、修飾デオキシリボース、修飾リボース等）の５’位の水酸基が保護基により保護されたヌクレオチド誘導体を用いて、核酸伸長反応が行われる。そのため、合成途中の核酸の末端ヌクレオチド残基は、糖の５’位の水酸基が保護基により保護されている。脱保護反応では、前記末端ヌクレオチド残基における糖の５’位の水酸基を脱保護する。
【００２０】
脱保護反応は、保護基の種類に応じて、適宜適切な方法を選択または併用して行うことができる。例えば、保護基が酸分解保護基である場合には、酸を作用させることにより脱保護を行う。また、保護基が光分解性保護基である場合には、当該光分解性保護基に対応する波長の光を照射して、脱保護を行う。なお、酸分解性保護基、及び光分解性保護基としては、上記で挙げたものと同様のものが挙げられる。
【００２１】
核酸アレイ製造のために、核酸アレイ基板上で核酸合成を行う場合、基板上の所定領域のみで脱保護を行う必要がある。すなわち、続く工程（２）の結合反応において用いるヌクレオチド誘導体の塩基の種類に応じて、当該ヌクレオチド誘導体を結合させたい領域のみで脱保護を行う。
この場合、保護基が光分解性保護基である場合には、基板上の特定領域のみに光を照射するために、例えば、フォトマスク等を利用することができる。
【００２２】
また、保護基が酸分解性保護基である場合には、光酸発生剤（ＰＡＧ）を利用する方法が挙げられる。ＰＡＧは、光を照射されることにより酸を発生する化合物である。例えば、核酸合成中の基板上にＰＡＧを含む層（ＰＡＧ層）を形成し、フォトマスク等を利用して、前記ＰＡＧ層の特定領域のみを露光することにより、前記特定の領域のみに酸を発生させることができる。この酸により、基板上の特定領域のみを脱保護することができる。
ＰＡＧ層は、特に限定されないが、例えば、ＰＡＧを含むポジ型レジスト組成物、ＰＡＧを含む樹脂組成物、ＰＡＧを含む液体等により形成することができる。露光後は、ＰＡＧ膜の種類に応じて、適宜、ＰＡＧ膜を除去すればよい。なお、ＰＡＧを利用して、基板上の特定領域を脱保護する方法については、後述の「＜ＰＡＧを利用した脱保護の例＞」において例示する。
【００２３】
（２）ヌクレオチド誘導体の結合反応を行う工程
ヌクレオチド誘導体の結合反応は、上記工程（１）で脱保護した末端ヌクレオチド残基の５’位の水酸基に対して、保護基を有するヌクレオチド誘導体を結合させる反応である。
保護基を有するヌクレオチド誘導体は、核酸固相合成に一般的に用いられる公知のものを使用すればよい。通常、糖の５’位の水酸基が保護基で保護されたヌクレオチド誘導体が用いられる。例えば、一般的な核酸合成法であるホスホロアミダイト法においては、ヌクレオチド誘導体として、５’位の水酸基が保護基で保護されたホスホロアミダイトヌクレオチド等が用いられる。ホスホロアミダイトヌクレオチドの具体例としては、ＤＭＴ−ｄＡホスホロアミダイト、ＤＭＴ−ｄＴホスホロアミダイト、ＤＭＴ−ｄＧホスホロアミダイト、ＤＭＴ−ｄＣホスホロアミダイト等が挙げられる。なお、前記ホスホロアミダイトにおいて、ＤＭＴは、別の保護基であってもよい。保護基としては、上記例示したものと同様のものが挙げられる。
【００２４】
ヌクレオチド誘導体の結合は、核酸固相合成に一般的に用いられる公知の方法により行うことができる。例えば、ヌクレオチド誘導体をテトラゾール等により活性化し、末端ヌクレオチド残基とカップリングさせることにより、末端ヌクレオチド残基に対して、ヌクレオチド誘導体を結合させることができる。反応溶媒は、特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、テトラヒドロフラン等が挙げられる。
【００２５】
（３）キャッピングを行う工程
キャッピングは、上記工程（２）で未反応であった末端ヌクレオチド残基における糖の５’水酸基に対して、保護基を結合する反応である。上記工程（２）の結合反応では、全ての末端ヌクレオチド残基にヌクレオチド誘導体が結合するとは限らず、ヌクレオチド誘導体が結合していない状態のものが残ることがある。本明細書においては、工程（２）の結合反応においてヌクレオチド誘導体が結合しなかった末端ヌクレオチド残基を「未反応」であるという。未反応な末端ヌクレオチド残基では、糖の５’位の水酸基が脱保護された状態であるため、次のサイクルの工程（２）において、新たなヌクレオチド誘導体と接触すると、当該ヌクレオチド誘導体が結合する可能性がある。この場合、意図する配列とは異なる配列の核酸が合成されてしまう。そのため、未反応の末端ヌクレオチド残基は、キャッピングにより、以降のサイクルにおいて、ヌクレオチド誘導体が結合できないようにする。
【００２６】
本実施形態の核酸製造方法において、キャッピングは、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う。キャッピングを前記のような化合物で行うことにより、基板上で核酸合成を行う場合であっても、効率よくキャッピングを行うことができる。
【００２７】
（シリル系保護基を有する化合物）
本明細書において、「シリル系保護基」とは、ケイ素原子を含む保護基であって、水酸基を保護し得る保護基を意味する。シリル系保護基を有する化合物としては、例えば、下記一般式（Ｉ）で表される化合物が挙げられる。
【００２８】
【化１】
2019131484.tif 000003
［式中、Ｒ１〜Ｒ３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。ＲＬは、ハロゲン原子、アルコキシ基、−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基（ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。）、又は下記一般式（Ａ）で表される基を表す。］
【００２９】
【化２】
2019131484.tif 000004
［式中、ＲＳ１及びＲＳ２は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルケニル基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、水素原子、又は下記一般式（Ｂ）で表される基を表す。ＲＳ１及びＲＳ２は、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成してもよい。＊は前記一般式（Ｉ）中のＳｉに結合する結合手を表す。］
【００３０】
【化３】
2019131484.tif 000005
［式中、ＲＳ３〜ＲＳ５は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。＊は前記一般式（Ａ）中のＮに結合する結合手を表す。］
【００３１】
上記一般式（Ｉ）中、Ｒ１〜Ｒ３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。
【００３２】
Ｒ１〜Ｒ３におけるアルキル基としては、炭素数１〜１０のアルキル基が挙げられる。該アルキル基は、直鎖状アルキル基であってもよく、分岐鎖状アルキル基であってもよく、シクロアルキル基であってもよい。
直鎖状アルキル基としては、メチル基、エチル基、ｎ−プロピル基、ｎ−ブチル基、ｎ−ペンチル基、ｎ−ヘキシル基、ｎ−ヘプチル基、ｎ−オクチル基、ｎ−ノニル基、ｎ−デシル基が挙げられる。
分岐鎖状アルキル基としては、イソプロピル基、イソブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、１，１−ジエチルプロピル基、２，２−ジメチルブチル基等が挙げられる。
直鎖状アルキル基又は分岐鎖状アルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、ハロゲン原子等が挙げられる。ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。一例として、直鎖状アルキル基又は分岐鎖状アルキル基は、水素原子の一部がフッ素原子で置換されていてもよい。
【００３３】
Ｒ１〜Ｒ３におけるシクロアルキル基は、単環式基であってもよく、多環式基であってもよい。単環式基としては、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基、シクロヘプチル基、シクロオクチル基等が挙げられる。多環式基としては、ピナニル基、アダマンチル基、ノルボルニル基等が挙げられる。
シクロアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、アルキル基、ハロゲン原子、ハロゲン化アルキル基等が挙げられる。前記置換基としてのアルキル基としては、炭素数１〜５のアルキル基が挙げられ、メチル基、エチル基、プロピル基、ｎ−ブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基等が例示される。前記ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。前記ハロゲン化アルキル基としては、前記アルキル基の水素原子の一部又は全部が前記ハロゲン原子で置換された基が挙げられる。      
【００３４】
Ｒ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基は、芳香環を少なくとも１つ有する炭化水素基である。該芳香環は、（４ｎ＋２）個のπ電子をもつ環状共役系であれば特に限定されず、単環式でもよいし、多環式でもよい。芳香環の炭素数としては、６〜１２が挙げられる。芳香環の具体例としては、ベンゼン環、ナフチル環等が挙げられる。芳香族炭化水素基としては、フェニル基、ベンジル基、フェネチル基、ナフチル基等が挙げられる。
芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、アルキル基、ハロゲン原子、ハロゲン化アルキル基等が挙げられる。前記置換基としてのアルキル基としては、炭素数１〜４のアルキル基が挙げられ、メチル基、エチル基、プロピル基、ｎ−ブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基等が例示される。前記ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。前記ハロゲン化アルキル基としては、前記アルキル基の水素原子の一部又は全部が前記ハロゲン原子で置換された基が挙げられる。
【００３５】
上記一般式（Ｉ）中、ＲＬは、ハロゲン原子、アルコキシ基、−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基（ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。）、又は上記一般式（Ａ）で表される基を表す。
【００３６】
ＲＬにおけるハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。一例として、ＲＬにおけるハロゲン原子は、塩素原子である。
【００３７】
ＲＬにおけるアルコキシ基としては、炭素数１〜１０のアルコキシ基が挙げられる。該アルコキシ基は、直鎖状アルコキシ基であってもよく、分岐鎖状アルコキシ基であってもよい。アルコキシ基としては、上記Ｒ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げた基において、ケイ素原子に隣接する炭素原子が、酸素原子に置換された基が挙げられる。具体例としては、メトキシ基、エトキシ基、ｎ−プロポキシ基、ｉｓｏ−プロポキシ基、ｎ−ブトキシ基、ｔｅｒｔ−ブトキシ基等が挙げられる。
−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基において、ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。
ＲＳ０１におけるアルキル基としては、炭素数１〜１０のアルキル基が挙げられる。該アルキル基は、直鎖状であってもよく、分岐鎖状であってもよい。アルキル基としては、上記Ｒ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げた基が例示される。ＲＳ０１におけるアルコキシ基としては、炭素数１〜１０のアルコキシ基が挙げられる。該アルコキシ基は、直鎖状アルコキシ基であってもよく、分岐鎖状アルコキシ基であってもよい。アルコキシ基としては、上記Ｒ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げた基において、ケイ素原子に隣接する炭素原子が、酸素原子に置換された基が挙げられる。ＲＳ０１における芳香族炭化水素基としては、芳香環の炭素数が６〜１２である芳香族炭化水素基が挙げられる。該芳香族炭化水素基は、単環式であってもよく、多環式であってもよい。芳香族炭化水素基としては、上記Ｒ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基として挙げた基が例示される。芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。置換基としては、上記Ｒ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたもののほか、ニトロ基等が挙げられる。ＲＳ０２における芳香族炭化水素基の具体例としては、メチルフェニル基、ニトロベンジル基等が挙げられる。
上記の中でも、ＲＳ０１は、炭素数１〜１０のフルオロアルキル基が好ましく、炭素数１〜５のフルオロアルキル基がより好ましく、炭素数１〜３のフルオロアルキル基がさらに好ましい。中でも、ＲＳ０１は、パーフルオロアルキル基が好ましく、ペンタフルオロエチル基、又はトリフルオロメチル基がより好ましく、トリフルオロメチル基がさらに好ましい。
【００３８】
一般式（Ａ）中、ＲＳ１及びＲＳ２は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルケニル基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、水素原子、又は下記一般式（Ｂ）で表される基を表す。ＲＳ１及びＲＳ２は環式構造により閉環していてもよく、脂肪族炭化水素、芳香族炭化水素、単環式、多環式、複素環式でもよい。
ＲＳ１及びＲＳ２におけるアルキル基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げたものと同様のものが挙げられる。ＲＳ１及びＲＳ２におけるアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
【００３９】
ＲＳ１及びＲＳ２におけるアルケニル基としては、炭素数２〜１０のアルケニル基が挙げられる。該アルケニル基は、直鎖状アルケニル基であってもよく、分岐鎖状アルケニル基であってもよく、シクロアルケニル基であってもよい。
直鎖状アルケニル基としては、ビニル基、１−プロペニル基、２−プロペニル基、−ブテニル基等が挙げられる。
分岐鎖状アルケニル基としては、−メチルビニル基、２−メチルビニル基、１−メチルプロペニル基、２−メチルプロペニル基等が挙げられる。
直鎖状アルキル基又は分岐鎖状アルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、ハロゲン原子等が挙げられる。ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。一例として、直鎖状アルキル基又は分岐鎖状アルキル基は、水素原子の一部がフッ素原子で置換されていてもよい。
【００４０】
ＲＳ１及びＲＳ２におけるシクロアルケニル基は、単環式基であってもよく、多環式基であってもよい。単環式基としては、シクロプロペニル基、シクロブテニル基、シクロペンチニル基等が挙げられる。
シクロアルケニル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、アルキル基、ハロゲン原子、ハロゲン化アルキル基等が挙げられる。前記置換基としてのアルキル基としては、炭素数１〜５のアルキル基が挙げられ、メチル基、エチル基、プロピル基、ｎ−ブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基等が例示される。前記ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。前記ハロゲン化アルキル基としては、前記アルキル基の水素原子の一部又は全部が前記ハロゲン原子で置換された基が挙げられる。
【００４１】
ＲＳ１及びＲＳ２における芳香族炭化水素基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基として挙げたものと同様のものが挙げられる。ＲＳ１及びＲＳ２における芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
【００４２】
ＲＳ１及びＲＳ２は、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成してもよい。ＲＳ１及びＲＳ２が、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成する場合、硫黄原子、酸素原子、窒素原子等のヘテロ原子を介して結合してもよい。形成される環としては、式中の窒素原子をその環骨格に含む１つの環が、窒素原子を含めて、３〜１０員環であることが好ましく、５〜７員環であることが特に好ましい。形成される環の具体例としては、たとえばイミダゾール環、モルホリン環、ピロリジン環、ピロール環、ピペリジン環、ピラゾール環、イミダゾリン環等が挙げられる。
【００４３】
上記一般式（Ｂ）中、ＲＳ３〜ＲＳ５は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。
ＲＳ３〜ＲＳ５におけるアルキル基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げたものと同様のものが挙げられる。ＲＳ３〜ＲＳ５におけるアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
ＲＳ３〜ＲＳ５における芳香族炭化水素基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基として挙げたものと同様のものが挙げられる。ＲＳ３〜ＲＳ５における芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
【００４４】
上記一般式（Ｉ）で表される化合物としては、下記一般式（Ｉ−１）又は（Ｉ−２）で表される化合物が挙げられる。
【００４５】
【化４】
2019131484.tif 000006
［式中、Ｒ１１〜Ｒ１３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。Ｒ１４は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルケニル基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水素原子を表す。ｍ及びｎは、それぞれ独立に、１又は２を表す。ただし、ｍ＋ｎ＝３である。ｍが２のとき、複数のＲ１４は、互いに同じでもよく、異なっていてもよく、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成してもよい。］
【００４６】
【化５】
2019131484.tif 000007
［Ｒ１５〜Ｒ１７は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。ＲＬ１は、ハロゲン原子、アルコキシ基、又は−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０２で表される基（ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。）を表す。］
【００４７】
上記一般式（Ｉ−１）中、Ｒ１１〜Ｒ１３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。
Ｒ１１〜Ｒ１３におけるアルキル基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１１及びＲ１２におけるアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
Ｒ１１〜Ｒ１３における芳香族炭化水素基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基として挙げたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１１及びＲ１２における芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
Ｒ１１〜Ｒ１３のうちの少なくとも１つは、炭素数１〜５のアルキル基であることが好ましく、炭素数１〜３のアルキル基であることがより好ましく、メチル基又はエチル基がさらに好ましい。
【００４８】
上記一般式（Ｉ−１）中、Ｒ１４は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルケニル基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水素原子を表す。ｍが２のとき、複数のＲ１４は、互いに同じでもよく、異なっていてもよく、相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成してもよい。
Ｒ１４におけるアルキル基としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及ＲＳ２におけるアルキル基としてあげたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１４におけるアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及びＲＳ２におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
Ｒ１４におけるアルケニル基としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及ＲＳ２におけるアルケニル基としてあげたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１４におけるアルケニル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及びＲＳ２におけるアルケニル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
Ｒ１４における芳香族炭化水素基としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及ＲＳ２における芳香族炭化水素基としてあげたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１４における芳香族炭化水素基は置換基を有していてもよく、有していなくてもよい、該置換基としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及びＲＳ２における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
ｍが２のとき、複数のＲ１４が相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成する場合、当該形成される環としては、上記一般式（Ａ）中のＲＳ１及びＲＳ２が形成する環として挙げたものと同様の者が挙げられる。
中でも、Ｒ１４は、水素原子が好ましい。Ｒ１４が複数であるときは、当該複数のＲ１４が相互に結合して式中の窒素原子とともに環を形成することも好ましい。
【００４９】
上記一般式（Ｉ−２）中、Ｒ１５〜Ｒ１７は、それぞれ独立に、アルキル基又は芳香族炭化水素基を表す。
Ｒ１５〜Ｒ１７におけるアルキル基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１５〜Ｒ１７におけるアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
Ｒ１５〜Ｒ１７における、芳香族炭化水素基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基として挙げたものと同様のものが挙げられる。Ｒ１３における芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
Ｒ１５〜Ｒ１７のうち少なくとも２つは、炭素数１〜５のアルキル基であることが好ましく、炭素数１〜３のアルキル基であることがより好ましい。
【００５０】
上記一般式（Ｉ−２）中、ｍ及びｎは、それぞれ独立に、１又は２を表す。ただし、ｍ＋ｎ＝３である。
【００５１】
上記一般式（Ｉ−２）中、ＲＬ１は、ハロゲン原子、アルコキシ基、又は−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基（ＲＳ０１は、置換基を有していてもよいアルキル基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基、又は水酸基を表す。）を表す。
ＲＬ１におけるハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。一例として、ＲＬ１におけるハロゲン原子は、塩素原子である。
【００５２】
ＲＬ１におけるアルコキシ基は、上記一般式（Ｉ）中のＲＬにおけるアルコキシ基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
ＲＬ１における−Ｏ−ＳＯ２−ＲＳ０１で表される基は、上記一般式（Ｉ）中のＲＬにおけるものと同様である。
【００５３】
上記一般式（Ｉ−１）で表される化合物の具体例を以下に示す。
【００５４】
【化６】
2019131484.tif 000008
【００５５】
【化７】
2019131484.tif 000009
【００５６】
上記一般式（Ｉ−２）で表される化合物の具体例を以下に示す。
【００５７】
【化８】
2019131484.tif 000010
【００５８】
【化９】
2019131484.tif 000011
【００５９】
（アミダイト系保護基を有する化合物）
本明細書において、「アミダイト系保護基」とは、アミダイト構造を含む保護基であって、水酸基を保護し得る保護基を意味する。アミダイト系保護基を有する化合物としては、例えば、下記一般式（ＩＩ）で表される化合物が挙げられる。
【００６０】
【化１０】
2019131484.tif 000012
［式中、ＲＰは、有機基を表す。但し、前記有機基は、アミダイトと反応しうるアミノ基、チオール基、水酸基、及び酸分解性基を含まない。］
【００６１】
上記一般式（ＩＩ）中、ＲＰは、有機基を表す。但し、前記有機基は、アミダイトと反応しうるアミノ基、チオール基、水酸基、及び酸分解性保護基を含まない。また、前記有機基は、上記工程（２）において用いられる保護基を有するヌクレオチド誘導体との反応性を有さないものが好適である。そのような有機基としては、酸素原子、窒素原子、ケイ素原子、リン原子、又はハロゲン原子を含んでいてもよい炭化水素基が挙げられる。前記ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。
【００６２】
ＲＰにおける有機基が、酸素原子、窒素原子、ケイ素原子、リン原子、又はハロゲン原子を含んでいてもよい炭化水素基である場合、該炭化水素基は、脂肪族炭化水素基であってもよく、芳香族炭化水素基であってもよい。
【００６３】
ＲＰにおける脂肪族炭化水素基としては、炭素数１〜１０のアルキル基が挙げられる。炭素数１〜１０のアルキル基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基として挙げたものと同様のものが挙げられる。ＲＰにおけるアルキル基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
また、ＲＰにおけるアルキル基は、炭素鎖中の１つ以上の炭素原子が、酸素原子、窒素原子、ケイ素原子、リン原子、及びハロゲン原子から選択される原子で置換されていてもよい。ＲＰにおけるアルキル基がシクロアルキル基である場合、該シクロアルキル基の環構造中の１つ以上の炭素原子が、酸素原子、窒素原子、ケイ素原子、リン原子、及びハロゲン原子から選択される原子で置換されていてもよい。
【００６４】
ＲＰにおける芳香族炭化水素基は、単環式でもよいし、多環式でもよい。芳香環の炭素数としては、６〜２０が挙げられる。芳香環の具体例としては、ベンゼン環、ナフチル環、アントラセン環、ピレン環等が挙げられる。芳香族炭化水素基としては、フェニル基、ベンジル基、フェネチル基、ナフチル基、前記芳香環から１つの水素原子を除いた基、前記芳香環の１つの水素原子がアルキレン基で置換された基等が挙げられる。該アルキレン基は、直鎖状アルキレン基であってもよく、分岐鎖状アルキレン基であってもよく、シクロアルカン環を含むアルキレン基であってもよい。該アルキレン基としては、炭素数１〜１０のアルキレン基が挙げられる。該アルキレン基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３におけるアルキル基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。また、該アルキレン基は、炭素鎖中又は環構造中の１つ以上の炭素原子が、酸素原子、窒素原子、ケイ素原子、リン原子、及びハロゲン原子から選択される原子で置換されていてもよい。
ＲＰにおける芳香族炭化水素基は、置換基を有していてもよく、有していなくてもよい。該置換基としては、上記一般式（Ｉ）中のＲ１〜Ｒ３における芳香族炭化水素基の置換基として挙げたものと同様のものが挙げられる。
【００６５】
上記一般式（ＩＩ）で表される化合物の具体例を以下に示す。
【００６６】
【化１１】
2019131484.tif 000013
【００６７】
上記のようなシリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物によるキャッピングは、従来の無水酢酸によるキャッピングと同様に行うことができる。例えば、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を、溶媒で希釈し、上記工程（２）の後の固相上に供給するようにしてもよい。反応溶媒は、キャッピング反応を阻害しない限り、特に限定されず、例えば、ピリジン、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラヒドロフラン、ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）又はこれらの混合溶媒等が挙げられる。また、必要に応じて、反応促進剤として、ピリジン、４−ジメチルアミノピリジン、イミダゾール、Ｎ−メチルイミダゾール、２，６−ルチジン、トリエチルアミン等の有機塩基や、チリウムジイソプロピルアミド、リチウムヘキサメチルジシラザジドなどの有機金属塩基を用いてもよい。用いる保護基等に応じて反応溶媒、反応剤、添加量、反応温度、反応時間など適切な条件を適用することができる。具体的にはＰｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ５ｔｈ  ｅｄ．Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  Ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｈｙｄｒｏｘｙｌ  Ｇｒｏｕｐ，  Ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  １，２―  ａｎｄ  １，３―Ｄｉｏｌｓ、Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ著、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．、２０１４記載のものが挙げられる。
【００６８】
また、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物は、蒸気として固相に供給してもよい。これらの化合物を蒸気として供給することにより、キャッピング率をより向上させることができる。蒸気として供給する方法は、特に限定されないが、例えば、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を収容した容器に、乾燥ガスを吹き込み、前記乾燥ガスとの接触により前記化合物の蒸気を生成させて、固相に供給する方法が挙げられる。乾燥ガスとしては、例えば、窒素、アルゴン、ヘリウム、空気等が挙げられる。また、乾燥ガスの温度としては、０〜１５０℃が挙げられる。乾燥ガスの流速としては、１ｍＬ／ｍｉｎ〜２０Ｌ／ｍｉｎが挙げられる。固相に蒸気が供給・曝露された状態で、乾燥ガスや固相の温度の変更、乾燥ガスの停止および流量を変更してもよい。
【００６９】
また、キャッピング剤として、上記シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物と、アセチル系保護基を有する化合物と、を併用してもよい。これにより、さらなるキャッピング率の向上が期待できる。なお、「アセチル系保護基」とは、アセチル基を含む保護基であって、水酸基をアセチル化し得る保護基を意味する。
アセチル系保護基を有する化合物は、核酸固相合成のキャッピングに従来使用されているものを、特に制限なく用いることができる。アセチル系保護基を有する化合物としては、例えば、無水酢酸、酢酸メチル、酢酸、塩化アセチル等が挙げられる。アセチル系保護基を有する化合物によるキャッピングは、例えば、上記と同様の反応溶媒、反応促進剤等を用いて、公知の方法により行うことができる。
キャッピングは、アセチル系保護基を有する化合物によるキャッピングと、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物によるキャッピングと、を同時に行ってもよく、別々に行ってもよい。各化合物によるキャッピングを別々に行う場合、その順番は特に限定されない。一例として、アセチル系保護基を有する化合物によるキャッピングを行った後、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物によるキャッピングを行うことが挙げられる。
シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物と、アセチル系保護基を有する化合物と、を併用する場合、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物は、蒸気として固相に供給してもよい。
【００７０】
（４）酸化反応を行う工程
上記工程（３）のキャッピングの後、再度、工程（１）の脱保護反応を行う前に、ヌクレオチド間の結合の酸化反応を行ってもよい。ホスホロアミダイト法による核酸固相合成では、通常、工程（１）の脱保護反応において脱保護された末端ヌクレオチド残基と、工程（２）の結合反応において前記ヌクレオチド残基に結合させたヌクレオチド誘導体との間の結合は、亜リン酸エステル結合（３価）になっている。これをリン酸エステル結合（５価）に変換するために、酸化反応を行う。
【００７１】
酸化反応は、ホスホロアミダイト法による核酸固相合成で一般的に用いられる方法で行うことができる。例えば、酸化反応は、固相上で合成中の核酸に、酸化剤を作用させることにより行うことができる。酸化剤は、特に限定されず、公知のものを用いることができる。酸化剤としては、例えば、ヨウ素、ｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキシド等が挙げられる。反応溶媒は、特に限定されないが、例えば、ピリジン、テトラヒドロフラン、水又はこれらの混合溶媒等が挙げられる。
【００７２】
上記工程（１）〜（３）（場合により、工程（１）〜（４））を繰り返すことにより、固相上で核酸合成を行い、所望の核酸を製造することができる。本実施形態の核酸製造方法により製造される核酸の長さは、特に限定されず、用途に応じて適宜選択すればよい。例えば、核酸が、核酸アレイ用プローブである場合、当該核酸の長さとしては、１０〜１００塩基が例示される。
製造された核酸は、公知の方法により、固相から切断してもよく、固相に固定化されたまま使用してもよい。固相が核酸アレイ用基板である場合には、当該酸アレイ用基板上で核酸合成を行った後、そのまま核酸アレイとして使用することができる。
【００７３】
本実施形態の核酸製造方法では、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いることにより、従来の方法よりも、キャッピング率が向上する。キャッピング率の向上により、誤った配列を有する核酸の合成が抑制されるため、製造された核酸において、誤った配列を有するものの割合を低減することができる。
【００７４】
＜ＰＡＧを利用した脱保護の例＞
基板上に固定化された合成途中の核酸のうち、特定領域の核酸の末端ヌクレオチド残基を、ＰＡＧを利用して脱保護する方法の例を以下に記載する。ただし、ＰＡＧを利用した脱保護方法は、以下の方法に限定されるものではない。
【００７５】
ＰＡＧを利用して脱保護を行う方法としては、ポジ型レジスト組成物を用いる方法、樹脂組成物を用いる方法、ＰＡＧを含む液体を用いる方法が例示される。前記各方法について、以下に具体例を例示する。
【００７６】
（ＰＡＧ）
上記例示したいずれの方法においても、脱保護に用いるＰＡＧは、特に限定されず、公知のものを用いることができる。ＰＡＧとしては、例えば、レジスト組成物などに一般的に用いられるものを使用可能である。ＰＡＧとしては、例えば、スルホニウム塩、ヨードニウム塩等のオニウム塩、ジアゾメタン、スルホン酸エステル等が挙げられる。ジアゾメタンやスルホン酸エステル等のノニオン系よりも、オニウム塩等のイオン系の方が、強い酸を生成することができる。一例として、ＰＡＧは、オニウム塩である。オニウム塩としては、トリフルオロメタンスルホン酸トリフェニルスルホニウムなどのスルホニウム塩、パーフルオロプロパンスルホン酸ジフェニルヨードニウムなどのヨードニウム塩等が挙げられる。そのようなオニウム塩から生成される酸としては、フルオロアンチモネート（ＨｓｂＦ６）、ＦＡＰ（フルオロアルキルフォスフェート）、トリフルオロメタンスルホン酸（ＣＦ３ＳＯ３Ｈ：ＴｆＯＨ）、パーフルオロプロパンスルホン酸等が挙げられる。ＰＡＧが生成する酸は、一例として、酸解離定数（ｐＫａ）が−３０〜５程度である。また、一例として、ｐＫａが−２５〜０である。さらに、ＰＡＧは、溶媒に対する溶解度が約１質量％以上のものを用いることができるが、溶解度がより高いものを用いてもよい。ＰＡＧとして、例えば、プロピレングリコールモノメチルエーテルアセテート（ＰＧＭＥＡ）に対する溶解度が、３０質量％以上、４０質量％以上、又は５０質量％以上のものを用いてもよい。ＰＡＧは、レジスト用などに市販されているものを使用することもできる。一例として、サンアプロ社のＣＰＩ（登録商標）シリーズのＰＡＧを使用することができ、ＣＰＩ−２１０Ｓを例示することができる。
【００７７】
（ポジ型レジスト組成物を用いる方法）
ポジ型レジスト組成物を用いる方法では、ＰＡＧを含有するポジ型レジスト組成物を用いて、核酸合成中の基板上にＰＡＧ層（レジスト膜）を形成する。その後、フォトマスク等を用いてレジスト膜の所望の箇所を露光する。露光により、レジスト膜内で酸が発生するため、露光位置のレジスト膜に接する核酸の末端ヌクレオチド残基が脱保護される。露光後にレジスト膜の現像を行うことにより、露光位置のレジスト組成物が溶解し、基板に固定された核酸が露出する。その後、上記工程（２）〜（３）（場合により、工程（２）〜（４））行う。これにより、所望の位置の末端ヌクレオチド残基に、所望のヌクレオチド誘導体を結合させることができる。その後は、レジスト膜を除去して新たなレジスト膜を形成してもよく、レジスト膜を除去せず、続けて前回の露光位置とは異なる位置の露光を行なってもよい。
【００７８】
ポジ型レジスト組成物は、露光により現像液に対する溶解性が増大するレジスト組成物であり、一般的に用いられるポジ型レジスト組成物を特に制限なく用いることができる。ポジ型レジスト組成物は、ｇ線、ｈ線、ｉ線などの紫外線用；ＡｒＦエキシマレーザー、ＫｒＦエキシマレーザーなどのエキシマレーザー用；極紫外線（ＥＵＶ）用、真空紫外線（ＶＵＶ）用、電子線（ＥＢ）用、Ｘ線用等であってもよい。一例として、ポジ型レジスト組成物は、ｉ専用のものを用いることができる。また、ポジ型レジスト組成物は、一例として、ノボラック樹脂を含むもの（ノボラック系レジスト）を用いてもよい。ポジ型レジスト組成物は、市販のものを用いてもよく、例えば、スミレジスト（登録商標）（住友化学社製）、ＰＦＲシリーズ（ＪＳＲ社製）、ＯＦＰＲシリーズ（東京応化社製）等を用いることができる。
【００７９】
ポジ型レジスト組成物に対するＰＡＧの含有量は、特に限定されないが、例えば、０．００５〜１０質量％、０．５〜５質量％、１．０〜３質量％等とすることができる。また、市販のポジ型レジスト組成物を用いる場合には、既にＰＡＧが添加されている場合がある。この場合には、追加でＰＡＧを添加してもよく、添加しなくてもよい。なお、市販のポジ型レジスト組成物を用いる場合であって、市販のポジ型レジスト組成物にＰＡＧが添加されていない場合には、適切なＰＡＧを添加する。例えば、上記の住友化学社製スミレジストには、ＰＡＧが添加されていないものがあるため、適切なＰＡＧ（例えば、サンアプロ社製のＣＰＩシリーズ等）を添加して使用する。
【００８０】
ポジ型レジスト組成物を用いたレジスト膜の形成は、レジスト膜の形成に一般的に用いられる方法で行えばよい。例えば、スピンコート法、ディップコート法、スリットダイコート法、スプレーコート法等を用いることができる。固相上に形成するレジスト膜の膜厚は特に限定されないが、例えば、５０ｎｍ〜３０μｍ、８０ｎｍ〜２５μｍ、１００ｎｍ〜２０μｍ程度とすることができる。
【００８１】
露光は、ＰＡＧ及びレジスト組成物の種類に応じて、ｇ線、ｈ線、ｉ線、ＡｒＦエキシマレーザー、ＫｒＦエキシマレーザー、ＥＵＶ、ＶＵＶ、ＥＢ、Ｘ線等を放射する適切な光源を用いて行うことができる。例えば、ＡｒＦ用光酸発生剤やＡｒＦ用ポジ型レジスト組成物を用いた場合には、ＡｒＦエキシマレーザーを用いて露光することができる。また、ｉ線用酸発生剤やｉ線用ポジ型レジスト組成物を用いた場合には、ｉ線を用いて露光することができる。露光量は特に限定されないが、例えば、１０〜６００ｍＪ／ｃｍ２、又は５０−２００ｍＪ／ｃｍ２とすることができる。
露光後ベーク（ＰＥＢ）は行ってもよく、行わなくてもよい。同じレジスト膜に対して、露光・現像を複数回繰り返して行う場合には、ＰＥＢを行わないこととしてもよい。
【００８２】
現像は、ポジ型レジスト膜の現像に一般的に使用される現像液を用いて行うことができる。例えば、現像液としては、テトラメチルアンモニウムヒドロキシド（ＴＭＡＨ）、トリエチルアミン、トリメチルアミンなどの有機塩基；水酸化ナトリウム；炭酸イオン、重炭酸イオン、ケイ酸イオン等と金属イオンとの金属塩；等の水溶液が挙げられる。金属塩の例としては、ナトリウム塩などのアルカリ金属塩、マグネシウム塩などのアルカリ土類金属塩等を挙げることができるが、これらに限定されない。
現像方法としては、浸漬法、パドル法、スプレー法等のポジ型レジスト膜の現像に一般的に使用される方法を用いることができる。
同じレジスト膜に対して、露光・現像を複数回繰り返して行う場合には、現像中に、レジスト膜に対して、超音波照射（１５〜４０ｋＨｚ程度、又は２０〜３５ｋＨｚ程度）を行ってもよい。超音波照射を行いながら現像を行う場合には、現像時間を２０秒〜５分程度、３０秒〜３分程度、４０〜８０秒程度とすることができる。
また、現像後、レジスト膜を洗浄してもよい。洗浄液は、現像後のレジスト膜の洗浄に一般的に使用されるものを用いることができ、水系溶媒であってもよく、有機溶媒であってもよい。例えば、水系溶媒としては水を使用することができ、有機溶媒としてはトルエンやアセトン等を使用することができる。
【００８３】
（樹脂組成物を用いる方法）
樹脂組成物を用いる方法では、ＰＡＧを含有する樹脂組成物を用いて、核酸合成中の基板上にＰＡＧ層（樹脂膜）を形成する。その後、フォトマスク等を用いて樹脂膜の所望の箇所を露光する。露光により、樹脂膜内で酸が発生するため、露光位置のレジスト膜に接する核酸の末端ヌクレオチド残基が脱保護される。露光後、剥離、溶解等によりＰＡＧ膜を除去する。その後、上記工程（２）〜（３）（場合により、工程（２）〜（４））行う。これにより、所望の位置の末端ヌクレオチド残基に、所望のヌクレオチド誘導体を結合させることができる。
【００８４】
樹脂組成物は、ＰＡＧと、当該ＰＡＧに酸を発生させる波長の光を透過する樹脂（光透過性樹脂）と、を含有する。光透過性樹脂は、特に限定されず、ＰＡＧの種類に応じて、適宜選択すればよい。光透過性の高い透明な樹脂であれば、一般的なＰＡＧに酸を発生させる波長の光を透過するため、光透過性樹脂には、透明な樹脂を使用することができる。そのような樹脂としては、例えば、ポリウレタン樹脂；ポリメタクリル酸メチル樹脂などのアクリレート樹脂；イミド樹脂；アミド樹脂；スルホン樹脂；ビニル樹脂；シリコーン樹脂；ポリエチレン、ポリプロピレンなどのポリオレフィン樹脂；ポリスチレン；ポリカーボネート；ポリエステルテレフタラートなどのポリエステル；エポキシ樹脂；多糖やポリオールなどの親水性樹脂；パーフルオロエーテルなどの撥水性樹脂等を挙げることができるが、これらに限定されない。成膜後の樹脂組成物中のＰＡＧが酸を生成するものであれば、ＰＡＧと光透過性樹脂とは相溶する組み合わせでも分散する組み合わせでもよい。
なお、光透過性樹脂として、剥離性の高い樹脂を用いれば、露光後、剥離によりＰＡＧ層を除去することができる。剥離性の高い樹脂としては、ポリウレタン樹脂、シリコーン樹脂、アクリレート樹脂等を例示することができるが、これらに限定されない。
光透過性樹脂は、市販のものを用いてもよい。例えば、ポリウレタン樹脂の市販品としては、ＲｕｓＰａｃｋ（株式会社オーデック）等を例示することができる。
光透過性樹脂は、１種を単独で用いてもよいし、２種以上を併用しもよい。
【００８５】
樹脂組成物は、ＰＡＧ及び光透過性樹脂以外の、他の成分を含有していてもよい。他の成分としては、例えば、溶剤や、樹脂製品の調製に一般的に使用される添加剤等を例示することができる。樹脂内を塩基性〜中性に保つための塩基性物質や界面活性剤などを添加することもできる。ＰＡＧから発生する酸の熱拡散を抑制する目的として、塩基性物質を添加することもできる。塩基性物質として、例えば、アルキルアミンなどを添加してもよい。また、ＰＡＧから発生する酸の界面脱保護反応を抑制しなければ、樹脂組成物の離形性を高めるための添加剤を添加してもよい。例えば、シリコーン系離型剤を添加してもよい。
【００８６】
樹脂組成物は、例えば、ＰＡＧと光透過性樹脂とを溶剤に溶解し、適宜他の成分を添加して撹拌することにより調製することができる。溶剤は、ＰＡＧ及び光透過性樹脂の種類に応じて、適宜選択すればよい。溶剤は、一般的に使用される有機溶剤等を用いることができる。溶剤としては、例えば、エタノール、ブタノール、イソプロピルアルコール、イソブチルアルコール、ベンジルアルコールなどのアルコール系溶剤；プロピレングリコールモノエチルエーテル（ＰＧＭＥ）、ＰＧＭＥＡ等のエーテル系溶剤；アセトン、シクロヘキサンなどのケトン系溶剤；酢酸エチル、酢酸ブチル、酢酸イソプロピルなどのエステル系溶剤；トルエン、キシレン、シクロヘキサンなどの炭化水素系溶剤等が挙げられるが、これらに限定されない。なお、溶剤は、１種を単独で用いてもよいし、２種以上の混合溶剤であってもよい。
【００８７】
樹脂組成物において、ＰＡＧの含有量は特に限定されないが、例えば、光透過性樹脂１００質量部に対して、０．００５〜２０質量部、０．５〜１５質量部、１〜１０質量部等とすることができる。
また、樹脂組成物における光透過性樹脂の含有量は特に限定されないが、例えば、樹脂組成物１００質量％に対して、０．１〜７０質量％、０．５〜６０質量％、１〜５０質量％等とすることができる。樹脂組成物中の光透過性樹脂の含有量を少なくすると、膜厚の薄いＰＡＧ層を形成することができる。
【００８８】
樹脂組成物を用いた樹脂膜の形成は、レジスト膜の形成等に一般的に用いられる方法で行えばよい。樹脂膜の形成には、例えば、スピンコート法、ディップコート法、スリットダイコート法、スプレーコート法等を用いることができる。前記のような方法で成膜した後、加熱等を行って膜を乾燥してもよい。
樹脂膜の膜厚は特に限定されないが、例えば、１０〜２００００ｎｍ程度、３０〜１００００ｎｍ程度とすることができる。
【００８９】
露光は、ＰＡＧの種類に応じて、ｇ線、ｈ線、ｉ線、ＡｒＦエキシマレーザー、ＫｒＦエキシマレーザー、ＥＵＶ、ＶＵＶ、ＥＢ、Ｘ線等を放射する適切な光源を用いて行うことができる。例えば、ＡｒＦ用ＰＡＧを用いた場合には、ＡｒＦエキシマレーザーを用いて露光することができる。また、ｉ線用ＰＡＧを用いた場合には、ｉ線を用いて露光することができる。露光量は特に限定されないが、例えば、１０〜６００ｍＪ／ｃｍ２、又は５０−２００ｍＪ／ｃｍ２とすることができる。
【００９０】
樹脂膜の除去の方法は、特に限定されないが、樹脂膜を固相から剥離する方法、樹脂膜を溶剤を用いて溶解させる方法等を例示することができる。
【００９１】
樹脂膜を固相から剥離する場合、剥離の方法は特に限定されない。例えば、樹脂膜の一端を把持して剥離する方法や、粘着性基材を樹脂膜に接触させて剥離する方法等を挙げることができる。剥離方法の一例としては、ロールｔｏロール技術を用いた方法等が挙げられる。
【００９２】
樹脂膜を溶剤を用いて溶解する場合、樹脂組成物に含有される光透過性樹脂の種類に応じて、当該光透過性樹脂を溶解可能な溶剤を適宜選択して、樹脂膜を溶解すればよい。溶剤としては、アセトン、イソプロピルアルコール等を例示できるが、これらに限定されない。また、溶解効果を高めるために、溶解操作中に、基板に対して超音波照射を行ってもよい。
【００９３】
樹脂膜の除去後は、固相上に残存する樹脂膜の残渣を除去するため、固相の洗浄を行ってもよい。洗浄は、適切な有機溶剤等を用いて行えばよく、そのような溶剤としては、アセトン、イソプロピルアルコール等を例示することができる。また、洗浄効果を高めるために溶剤蒸気を用いたベーパー洗浄を行ってもよい。また、洗浄効果を高めるために、洗浄操作中に、基板に対して超音波照射を行ってもよい。
【００９４】
（ＰＡＧを含む液体を用いる方法）
ＰＡＧを含む液体（ＰＡＧ液）を用いる方法では、ＰＡＧ液を用いて、核酸合成中の基板上にＰＡＧ層（ＰＡＧ液層）を形成する。その後、フォトマスク等を用いてＰＡＧ液層の所望の箇所を露光する。露光により、ＰＡＧ液層中で酸が発生するため、露光位置のレジスト膜に接する核酸の末端ヌクレオチド残基が脱保護される。露光後、洗浄液等を用いてＰＡＧ液層を除去する。その後、上記工程（２）〜（３）（場合により、工程（２）〜（４））行う。これにより、所望の位置の末端ヌクレオチド残基に、所望のヌクレオチド誘導体を結合させることができる。
【００９５】
ＰＡＧ液は、ＰＡＧを含む液体であり、ＰＡＧに加えて他の成分を含有していてもよい。他の成分としては、例えば、溶剤、光塩基発生剤（ＰＢＧ）、熱塩基発生剤（ＴＢＧ）、酸補足剤、界面活性剤、増感剤等が挙げられる。
【００９６】
溶剤は、ＰＡＧを溶解できるものであることが好ましく、ＰＡＧの種類に応じて、適宜選択することができる。溶剤としては、例えば、メタノール、エタノール、ブタノール、イソプロピルアルコール、イソブチルアルコール、ベンジルアルコールなどのアルコール系溶剤；プロピレングリコールモノエチルエーテル（ＰＧＭＥ）、ＰＧＭＥＡ等のエーテル系溶剤；アセトン、シクロヘキサンなどのケトン系溶剤；酢酸エチル、酢酸ブチル、酢酸イソプロピルなどのエステル系溶剤；トルエン、キシレン、シクロヘキサンなどの炭化水素系溶剤等が挙げられるが、これらに限定されない。溶剤は、ＰＡＧ液の除去効率や固相との接触面における摩擦抵抗を考慮し、例えば、２０℃における粘度が３．０ｍＰａ／ｓ程度以下ものを使用してもよい。そのような溶剤としては、メタノール（０．６ｍＰａ／ｓ）、イソプロパノール（１．８ｍＰａ／ｓ）等を例示することができる。酸発生時の酸の拡散を抑制する場合には１０４ｍＰａ／ｓ以下の流動可能な高粘度の溶剤を用いてもよい。そのような溶剤としては、エチレングリコール（１６ｍＰａ／ｓ）やポリマー溶液等が挙げられる。溶剤は、１種を単独で用いてもよいし、２種以上の混合溶剤であってもよい。
【００９７】
ＰＢＧは、露光により塩基を発生する分子であり、ＰＡＧと共存させることにより、ＰＡＧが発生した酸が、ＰＢＧが発生する塩基によって中和される。そのため、ＰＡＧが発生した酸の拡散を抑制することができる。
ＰＢＧとしては、ＰＡＧ液中に共存するＰＡＧが酸を発生する波長の光で、塩基を発生するものを例示することができるが、ＰＡＧとは異なる波長の光で塩基を発生するものであってもよい。ＰＢＧは、市販のものを用いることができ、使用するＰＡＧに応じて適宜選択することができる。
ＰＢＧは、ＰＡＧの酸発生速度よりも、僅かに遅い塩基発生速度を有するものを用いることができる。ＰＡＧとＰＢＧとの組合せとしては、酸としてＦＡＰを発生するＰＡＧと、塩基としてＴＢＤ（１，５，７−ビシクロ［４．４．０］デカー５−エン）を発生するＰＢＧとの組合せが例示される。酸としてＦＡＰを発生するＰＡＧとしては、サンアプロ社のＣＰＩ（登録商標）シリーズの光酸発生剤が例示される。また、塩基としてＴＢＤを発生するＰＢＧとしては、２−（９−オキソキサンテンー２−イル）プロピオン酸１，５，７−トリアザビシクロ［４．４．０］デカー５−エンが例示される。
ＰＢＧは、１種を単独で用いてもよいし、２種以上を併用してもよい。ＰＡＧとＰＢＧは必ずしも等量である必要はなく、ＰＡＧから発生した酸を中和できるものであればＰＢＧは少なくてもよく、多くてもよい。
【００９８】
ＴＢＧは、加熱により塩基を発生する分子であり、ＴＢＧを、ＰＡＧと共存させることにより、ＰＡＧが発生した酸が、ＴＢＧが発生する塩基によって中和される。そのため、ＰＡＧが発生した酸の拡散を抑制することができる。例えば、生成させたい塩基のギ酸塩やスルホン酸塩などを添加することができる。また、ＰＢＧは、市販のものを用いることができ、使用するＰＡＧに応じて適宜選択することができる。
ＴＢＧを用いる場合には、露光において、ＰＡＧ液層の露光を行なうとともに、ＴＢＧが酸を発生する温度にＰＡＧ液を加熱する。これにより、露光によってＰＡＧが発生する酸が、加熱によってＴＢＧが発生する塩基により中和され、露光部分以外への酸の拡散が抑制される。ＴＢＧは、上述したＰＢＧと同様に、ＰＡＧの酸発生速度よりも、僅かに遅い塩基発生速度を有するものを用いることができる。
なお、ＴＢＧは、１種を単独で用いてもよいし、２種以上を併用してもよい。また、1種以上のＰＢＧと１種以上ＴＢＧとを組み合わせて用いることもできる。
【００９９】
ＰＡＧ液は、例えば、ＰＡＧ、及び、必要に応じてＰＢＧ等の他の成分を、溶剤に溶解して撹拌することにより調製することができる。ＰＡＧ等を溶剤に溶解させる際には、超音波照射等を行ってもよい。
【０１００】
ＰＡＧ液において、ＰＡＧの含有量は特に限定されないが、例えば、ＰＡＧ液１００質量％に対して、０．００１〜２０質量％、０．１〜１５質量％、０．５〜１０質量部等とすることができる。また、ＰＢＧ等の他の成分をＰＡＧ液に含有させる場合には、他の成分のＰＡＧ液における濃度は、ＰＡＧの含有量に応じて、適宜選択すればよい。例えば、ＰＡＧと等モル濃度か、それ以上若しくはそれ以下の濃度とすることができる。
【０１０１】
ＰＡＧ液層の形成は、基板上にＰＡＧ液を供給することにより行う。基板上へのＰＡＧ液の供給方法は、特に限定されない。例えば、固相を配置した容器内に、送液ポンプ等を用いて、ＰＡＧ液を供給する方法、ＰＡＧ液を充たした容器内に、固相を浸漬する方法等を挙げることができる。一例として、フローセルを利用する方法が挙げられる。
【０１０２】
露光は、ＰＡＧの種類に応じて、ｇ線、ｈ線、ｉ線、ＡｒＦエキシマレーザー、ＫｒＦエキシマレーザー、ＥＵＶ、ＶＵＶ、ＥＢ、Ｘ線等を放射する適切な光源を用いて行うことができる。例えば、ＡｒＦ用ＰＡＧを用いた場合には、ＡｒＦエキシマレーザーを用いて露光することができる。また、ｉ線用ＰＡＧを用いた場合には、ｉ線を用いて露光することができる。露光量は特に限定されないが、例えば、１０〜６００ｍＪ／ｃｍ２、又は５０−２００ｍＪ／ｃｍ２とすることができる。
なお、ＰＡＧ液がＰＢＧを含有する場合であって、該ＰＢＧがＰＡＧと異なる波長で塩基を発生する場合、ＰＢＧが塩基を発生する波長の光を照射できる光源を用いてもよい。また、ＴＢＧを含む場合には、ＴＢＧが塩基を発生する温度に加熱可能な赤外線などの熱線を放射できるようにしてもよい。あるいは、ＴＢＧが塩基を発生する温度に加熱しながら露光を行なってもよい。
【０１０３】
ＰＡＧ液層の除去の方法は、特に限定されないが、ＰＡＧ液を洗浄液で置換する方法、固相を保持する容器からＰＡＧ液を排出する方法、ＰＡＧ液の入った容器から固相を取り出す方法等が挙げられる。
ＰＡＧ液の置換に用いる洗浄液は、特に限定されないが、ＰＡＧ液で用いたものと同じ溶剤を洗浄液として用いてもよい。例えば、メタノール、エタノール、ブタノール、イソプロピルアルコール、イソブチルアルコール、ベンジルアルコールなどのアルコール系溶剤；プロピレングリコールモノエチルエーテル（ＰＧＭＥ）、ＰＧＭＥＡ等のエーテル系溶剤；アセトン、シクロヘキサンなどのケトン系溶剤；酢酸エチル、酢酸ブチル、酢酸イソプロピルなどのエステル系溶剤；トルエン、キシレン、シクロヘキサンなどの炭化水素系溶剤等が挙げられるが、これらに限定されない。洗浄液は、基板との接触面における摩擦抵抗を考慮し、例えば、２０℃における粘度が３．０ｍＰａ／ｓ程度以下ものを使用してもよい。そのような溶剤としては、メタノール、イソプロパノール等を例示することができる。また、ＰＡＧ液から、ＰＡＧを除いたものを洗浄液として用いてもよい。
【０１０４】
［キャッピング方法］
１実施形態において、本発明は、固相上に固定化された核酸における、保護基を有さない末端ヌクレオチド残基をキャッピングする方法であって、前記キャッピングを、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて行う、キャッピング方法を提供する。
【０１０５】
本実施形態のキャッピング方法における「保護基を有さない末端ヌクレオチド残基」は、例えば、核酸固相合成において、ヌクレオチド誘導体の結合反応を行った後の固相上に存在する。上記「［核酸製造方法］」で記載したように、上記工程（２）のヌクレオチド誘導体の結合反応では、必ずしも、固相上の全ての核酸の末端ヌクレオチド残基に、保護基を有するヌクレオチド誘導体が結合するわけではない。工程（２）において、保護基を有するヌクレオチド誘導体が結合しなかった末端ヌクレオチド残基（未反応のヌクレオチド残基）では、糖の５’位の水酸基が、脱保護されたまま残る。本実施形態のキャッピング方法における「保護基を有さない末端ヌクレオチド残基」は、例えば、そのような未反応のヌクレオチド残基である。
上記核酸固相合成の方法は、特に限定されず、ホスホロアミダイト法、リン酸エステル法等の公知の核酸固相合成法であってよい。例えば、上記「［核酸製造方法］」で例示した方法が挙げられる。
【０１０６】
本実施形態のキャッピング方法は、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いること以外は、従来のキャッピング方法と同様に行うことができる。例えば、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で挙げた方法と同様の方法が挙げられる。
【０１０７】
シリル系保護基を有する化合物は、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示したものと同様のものが挙げられる。
アミダイト系保護基を有する化合物もまた、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示したものと同様のものが挙げられる。
【０１０８】
本実施形態のキャッピング方法では、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物は、蒸気として固相に供給してもよい。これらの化合物を蒸気として供給することにより、キャッピング率をより向上させることができる。
シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を蒸気として固相に供給する方法としては、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示した方法と同様の方法が挙げられる。
【０１０９】
また、本実施形態のキャッピング方法では、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物と、アセチル系保護基を有する化合物と、を併用してもよい。これにより、さらなるキャッピング率の向上が期待できる。
アセチル基を含む保護基を有する化合物としては、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示したものと同様のものが挙げられる。
また、両化合物を併用してキャッピングを行う方法も、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示した方法と同様の方法が挙げられる。
【０１１０】
本実施形態のキャッピング方法によれば、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いることにより、従来の方法と比較して、キャッピング率を向上させることができる。特に、本実施形態のキャッピング方法は、基板上で核酸合成を行う場合に、キャッピング率の向上が期待できる。
【０１１１】
［核酸アレイ］
１実施形態において、本発明は、末端ヌクレオチド残基が、シリル系保護基又はアミダイト系保護基でキャッピングされた核酸を含む、核酸アレイを提供する。
【０１１２】
本実施形態の核酸アレイは、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて、核酸アレイ用基板上で核酸合成を行うことにより、製造することができる。核酸合成の方法としては、例えば、上記「［核酸製造方法］」で挙げた方法が挙げられる。
【０１１３】
本実施形態の核酸アレイにおいて、「末端ヌクレオチド残基が、シリル系保護基又はアミダイト系保護基でキャッピングされた、核酸」（以下、「キャッピング核酸」という。）は、末端ヌクレオチド残基における糖の５’位の水酸基が、シリル系保護基又はアミダイト系保護基でキャッピングされた、核酸である。
【０１１４】
シリル系保護基でキャッピングされた末端ヌクレオチド残基としては、例えば、下記一般式（Ｃ−Ｉ）で表される構造を有するものが挙げられる。
【０１１５】
【化１２】
2019131484.tif 000014
［式中、Ｒ１〜Ｒ３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよい、アルキル基又は芳香族炭化水素基を表す。ＲＸは、水素原子、水酸基、又は置換基を表す。Ｂは、核酸塩基を表す。＊は、リン原子に結合する結合手を表す。］
【０１１６】
上記一般式（Ｃ−Ｉ）中、Ｒ１〜Ｒ３は、それぞれ独立に、置換基を有していてもよいアルキル基、又は置換基を有していてもよい芳香族炭化水素基を表す。Ｒ１〜Ｒ３は、上記一般式（Ｉ）におけるＲ１〜Ｒ３と同様である。
なお、保護基の選択に関しては保護する分子構造の安定性を考慮し選択してもよい。例えば耐酸性においてはＴｒｉｍｅｔｈｙｌｓｉｌｙｌ（ＴＭＳ）＜Ｔｒｉｅｔｈｙｌｓｉｌｙｌ（ＴＥＳ）＜ｔ―Ｂｕｔｙｌｄｉｍｅｔｈｙｌｓｉｌｙｌ （ＴＢＳ）＜Ｔｒｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌｓｉｌｙｌ （ＴＩＰＳ）＜ｔ―Ｂｕｔｙｌｄｉｐｈｅｎｙｌｓｉｌｙｌ （ ＴＢＤＰＳ）の順に優れることが知られている。また耐塩基性においてはトリメチルシリル（ＴＭＳ）＜トリエチルシリル（ＴＥＳ）＜ｔ―ブチルジメチルシリル（ＴＢＳ）＜ｔ―ブチルジフェニルシリル（ＴＢＤＰＳ）＜トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）の順に優れることが知られている。
後述する実施例では、蒸気成膜における高い蒸気濃度が期待できる事、分子サイズが小さく緻密な表面分子への高い接触効率が期待できる事、何らかの要因により一度保護した水酸基が生じても次の工程で十分に再保護されることが期待できる事を踏まえＴＭＳによる保護基を形成可能なＨＭＤＳを用い、その有効性を示しているが、適用可能な保護基はこれらに限定されず選択することができる。
一般式（Ｃ−Ｉ）中、ＲＸは、水素原子、水酸基、又は置換基を表す。
ＲＸにおける置換基は、リボース又はデオキシリボースの２’位の炭素原子に結合する水酸基又は水素原子を置換する基であり、水酸基及び水素原子以外の基である。該置換基は、特に限定されないが、人工核酸において公知の置換基が挙げられる。そのような置換基としては、例えば、−Ｏ−ＲＸ１（ＲＸ１はアルキル基、アルコキシ基、アシル基、カルバモイル基、又はアルキルカルバモイル基）、アミノ基、ハロゲン原子（例、フッ素原子）、ハロゲン化アルキル基（例、トリフルオロメチル基）等が挙げられるが、これらに限定されない。前記ＲＸ１におけるアルキル基、アルコキシ基、アシル基、又はアルキルカルバモイル基としては、炭素数１〜６のものが挙げられる。ＲＸにおける置換基の具体例としては、−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］（−Ｏ−［２−（Ｎ−ｍｅｔｈｙｌｃａｒｂａｍｏｙｌ）ｅｔｈｙｌ］：−Ｏ−ＭＣＥ）基（−Ｏ−Ｃ２Ｈ４Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ３））、フルオロ基（−Ｆ）、−Ｏ−メチル（−Ｏ−Ｍｅ）基（−Ｏ−ＣＨ３）、−Ｏ−アシル基（−Ｏ−ＣＨＯ）、アミノ基（−ＮＨ２）、−Ｏ−メトキシエチル（−Ｏ−ｍｅｔｈｏｘｙｅｔｈｙｌ：−Ｏ−ＭＯＥ）基（−Ｏ−Ｃ２Ｈ４ＯＣＨ３）等が挙げられるが、これらに限定されない。
一般式（Ｃ−Ｉ）中、Ｂは、核酸塩基を表す。核酸塩基としては、アデニン、チミン、グアニン、シトシン、及びウラシルが挙げられる。核酸塩基は、前記例示した塩基が修飾されたものであってもよい。
＊は、リン原子に結合する結合手を表す。該リン原子は、隣接するヌクレオチド残基とのリン酸エステル結合に係るリン原子である。
【０１１７】
上記一般式（Ｃ−Ｉ）で表される構造の具体例を以下に示す。下記式中、＊は、リン原子に結合する結合手を表す。
【０１１８】
【化１３】
2019131484.tif 000015
【０１１９】
【化１４】
2019131484.tif 000016
【０１２０】
アミダイト系保護基でキャッピングされた末端ヌクレオチド残基としては、例えば、下記一般式（Ｃ−ＩＩ）で表される構造を有するものが挙げられる。
【０１２１】
【化１５】
2019131484.tif 000017
［式中、ＲＰは、有機基を表す。但し、前記有機基は、アミダイトと反応しうるアミノ基、チオール基、水酸基、及び酸分解性基を含まない。Ｒｘは、水素原子又は水酸基を表す。Ｂは、核酸塩基を表す。＊は、リン原子に結合する結合手を表す。］
【０１２２】
上記一般式（Ｃ−ＩＩ）中、ＲＰは、有機基を表す。ＲＰは、上記一般式（ＩＩ）におけるＲＰと同様である。
一般式（Ｃ−ＩＩ）中、Ｒｘ、Ｂ、及び＊は、上記一般式（Ｃ−Ｉ）におけるＲｘ、Ｂ、及び＊と同様である。
【０１２３】
上記一般式（Ｃ−ＩＩ）で表される構造の具体例を以下に示す。下記式中、＊は、リン原子に結合する結合手を表す。
【０１２４】
【化１６】
2019131484.tif 000018
【０１２５】
本実施形態の核酸アレイは、キャッピング核酸に加えて、（ａ）核酸アレイ用基板と、（ｂ）末端ヌクレオチド残基が、シリル系保護基又はアミダイト系保護基でキャッピングされていない、核酸（以下、「非キャッピング核酸」という。）と、を含む。
【０１２６】
核酸アレイ用基板は、特に限定されず、核酸アレイ用基板として一般的に用いられているものを使用することができる。核酸アレイ用基板の材質としては、上記「［核酸製造方法］」において基板の材質として挙げたものと同様のものが挙げられる。
【０１２７】
非キャッピング核酸は、末端ヌクレオチド残基がキャッピングされていない核酸である。非キャッピング核酸は、核酸合成に使用したヌクレオチド誘導体が有する保護基が末端ヌクレオチド残基に残ったものであってもよく、該保護基が脱保護されたものであってもよい。
非キャッピング核酸は、その多くが、核酸合成におけるヌクレオチド誘導体の結合反応において、未反応の末端ヌクレオチド残基が生じなかった核酸であり、目的とする配列を有する核酸（以下、「正常配列プローブ」という。）である。なお、非キャッピング核酸は、核酸合成におけるヌクレオチド誘導体の結合反応において、未反応の末端ヌクレオチド残基が生じたが、続くキャッピング反応においてキャッピングされなかった核酸（以下、「エラー配列プローブ」という。）、を含んでいてもよい。
【０１２８】
また、本実施形態の核酸アレイは、シリル系保護基又はアミダイト系保護基以外の保護基で、末端ヌクレオチド残基がキャッピングされた、核酸を含んでいてもよい。例えば、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物と、他のキャッピング剤とを併用してキャッピングを行った場合には、核酸アレイは、末端ヌクレオチド残基が、当該他のキャッピング剤でキャッピングされた、核酸を含む。他のキャッピング剤は、特に限定されず、公知のキャッピング剤であってよい。他のキャッピング剤としては、例えば、アセチル系保護基を有する化合物が挙げられる。アセチル系保護基を有する化合物としては、無水酢酸、酢酸メチル、酢酸、塩化アセチル等が挙げられる。アセチル系保護基でキャッピングされた場合、末端ヌクレオチド残基の糖の５’位の水酸基は、アセチル化される。
【０１２９】
本実施形態の核酸アレイは、キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いて、核酸アレイ用基板上で核酸合成を行うことにより製造されたものであり得る。キャッピング剤として、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を用いることにより、未反応のヌクレオチド残基のキャッピング率を向上させることができるため、本実施形態の核酸アレイは、従来のキャッピング法により製造された核酸アレイよりも、エラー配列プローブの割合が低減されたものであり得る。そのため、本実施形態の核酸アレイによれば、目的とする核酸の高感度での検出を実現し得る。
【０１３０】
［キャッピング剤］
１実施形態において、本発明は、固相上に固定された核酸の末端ヌクレオチド残基をキャッピングするためのキャッピング剤であって、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を含有する、キャッピング剤を提供する。
【０１３１】
本実施形態のキャッピング剤は、核酸固相合成において、ヌクレオチド誘導体の結合反応を行った後の未反応の末端ヌクレオチド残基をキャッピングするために、用いることができる。上記核酸固相合成の方法は、特に限定されず、ホスホロアミダイト法、リン酸エステル法等の公知の核酸固相合成法であってよい。例えば、上記「［核酸製造方法］」で例示した方法が挙げられる。
【０１３２】
シリル系保護基を有する化合物は、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示したものと同様のものが挙げられる。
アミダイト系保護基を有する化合物もまた、上記「［核酸製造方法］」の工程（３）で例示したものと同様のものが挙げられる。
【０１３３】
本実施形態のキャッピング剤は、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物に加えて、溶媒等を含んでいてもよい。溶媒は、キャッピング反応を阻害しないものであれば、特に限定されない。溶媒としては、例えば、ピリジン、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラヒドロフラン又はこれらの混合溶媒等が挙げられる。また、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を蒸気として固相に供給する場合には、溶媒として、ピリジン、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラヒドロフラン、メタノール、エタノール、プロパノールなどのアルコール、脂肪族、芳香族、エステル類等の有機溶媒や水又はこれらの混合溶媒等を用いてもよい。
【０１３４】
本実施形態のキャッピング剤を用いてキャッピングを行うことにより、従来のキャッピング剤と比較して、キャッピング率を向上させることができる。
【０１３５】
［核酸製造装置］
１実施形態において、本発明は、核酸製造装置を提供する。本実施形態の核酸製造装置は、キャッピング剤を貯留するキャッピング剤貯留槽と、固相上で核酸合成反応を行う反応槽と、前記キャッピング剤貯留槽から排出される前記キャッピング剤の蒸気を前記反応槽に供給する蒸気供給路と、を含む。
以下に、本実施形態の核酸製造装置の構成の一例について説明する。
【０１３６】
図１は、本実施形態の核酸製造装置の構成の一例を示したものである。図１に示す装置の例では、核酸アレイ製造装置１００は、キャッピング剤貯留槽１０と、反応槽２０と、蒸気供給管３０と、供給管２１と、を備える。なお、図１の例では、蒸気供給路は、上記供給管３０と、供給管２１とにより構成される。
【０１３７】
キャッピング剤貯留槽１０は、キャッピング剤を貯留するためのものである。キャッピング剤貯留槽１０に貯留されるキャッピング剤は、シリル系保護基又はアミダイト系保護基を有する化合物を含む。例えば、前記化合物を、エタノール等のアルコールに溶解したものであってもよい。図１の例では、キャッピング剤貯留槽１０に、キャッピング剤５０が貯留された状態を示している。
【０１３８】
図１の例では、キャッピング剤貯留槽１０には、キャッピング剤貯留槽１０にガス供給管１１と、キャッピング剤５０を供給するキャッピング剤供給管１２と、が接続されている。
ガス供給管１１は、キャッピング剤貯留槽１０に乾燥ガスを供給する。キャッピング剤貯留槽１０に乾燥ガスが供給されることにより、キャッピング剤貯留槽１０内のキャッピング剤５０は気化し、乾燥ガス中にキャッピング剤の蒸気５１が含まれるようになる。ガス供給管１１は、キャッピング剤貯留槽１０内のキャッピング剤５０と触れていてもよく、乾燥ガスの供給によりバブリングされることでキャッピング剤５０を気化させ乾燥ガス中にキャッピング剤の蒸気５１が含まれるようにしてもよい。乾燥ガスとしては、例えば、窒素、アルゴン、ヘリウム、空気等が挙げられる。ガス供給管１１から供給される乾燥ガスの温度としては、例えば、０〜１５０℃が例示され、乾燥ガスの流速としては、例えば、１ｍＬ／ｍｉｎ〜２０Ｌ／ｍｉｎが例示される。
キャッピング剤供給管１２は、キャッピング剤貯留槽１０にキャッピング剤５０を供給する。ガス供給管１１から供給される乾燥ガスにより、キャッピング剤貯留槽１０内のキャッピング剤５０が気化し、キャッピング剤５０が減少した場合、キャッピング剤供給管１２からキャッピング剤５０が、キャッピング剤貯留槽１０に供給される。
【０１３９】
反応槽２０は、固相上で核酸合成を行うためのものである。反応槽２０内には、固相４０が保持され、固相４０上で核酸合成のための反応が行われる。核酸合成のための反応としては、上記「［核酸製造方法］」で記載した工程（１）〜（４）の反応が挙げられる。
図１の例では、反応槽２０には、供給管２１と、排出管２２と、が接続されている。
供給管２１は、蒸気供給管３０、乾燥ガス供給管３１、及び薬液供給管３２に接続しており、反応槽２０に、キャッピング剤の蒸気５１、乾燥ガス、及び核酸合成反応に必要な薬液を供給する。
蒸気供給管３０は、キャッピング剤貯留槽１０に接続しており、キャッピング剤貯留槽１０内で生じたキャッピング剤の蒸気５１を、供給管２１を介して、反応槽２０に供給する。蒸気供給管３０は、図示しないバルブ等を備えていてもよい。反応槽２０内でキャッピング反応以外の反応を行っている間は、該バルブ等により、キャッピング剤の蒸気５１の供給が止められる。
乾燥ガス供給管３１は、供給管２１を介して、反応槽２０に乾燥ガスを供給する。乾燥ガスは、反応槽２０での反応終了後に、該反応に用いた薬液を除去するために用いられる。乾燥ガスとしては、例えば、窒素、アルゴン、ヘリウム、空気等が挙げられる。ガス供給管１１から供給される乾燥ガスの温度としては、例えば、０〜１５０℃が例示され、乾燥ガスの流速としては、例えば、１ｍＬ／ｍｉｎ〜２０Ｌ／ｍｉｎが例示される。ガス供給管３１は、図示しないバルブ等を備えていてもよい。反応槽２０内で反応を行っている間は、該バルブ等により、ガスの供給が止められる。
薬液供給管３２は、供給管２１を介して、反応槽２０に、核酸合成のための反応に必要な薬剤を供給する。薬剤は、反応毎に異なっているため、図１の例では、薬液供給管３２は複数の分岐管を備えている。各分岐管は、図示しない薬液貯留槽に接続しており、必要に応じて適宜薬液を供給する。薬液供給管により供給される薬剤としては、核酸固相合成に一般的に用いられる薬液が挙げられる。例えば、上記「［核酸製造法］」の工程（１）〜（４）に記載した薬液等が例示される。薬液供給管３２は、図示しないバルブ等を備えていてもよい。反応槽２０内で行う反応に応じて、該バルブ等により、各薬液の供給が制御される。
排出管２２は、反応槽２０内での各反応の終了後、反応に用いられた薬液、キャッピングガスの蒸気５１等を排出するためのものである。反応槽２０内の薬液、又はキャッピングガスの蒸気５１は、ガス供給管３１から供給管２１を介して供給される乾燥ガスにより、排出管２２に排出される。
【０１４０】
反応槽２０は、上記構成のほか、固相としての基板を保持するための基板保持部、基板を蒸気や超音波により洗浄するための洗浄機、基板表面を改質するためのプラズマ発生装置、基板にＰＡＧ層を形成するためのスピンコーター、基板の任意の位置を露光するためのフォトマスク、露光のための光源等を備えていてもよい。また、反応に応じて、反応槽２０内の温度を調整する温度調整機構を備えていてもよい。
【０１４１】
核酸製造装置１００は、上記の構成のほか、任意に、反応槽２０内での核酸合成をモニターするモニター部６０を備えていてもよい。モニター部６０は、反応槽２０から排出される薬液の成分をモニターすることにより、各反応における反応率等を確認することができる。さらに、核酸製造装置１００は、上記各部の動作を制御する制御部、合成する核酸配列を記憶する配列記憶部等を備えていてもよい。
【０１４２】
上記のような構成を備える核酸製造装置１００の動作の一例について説明する。
まず、反応槽２０内に、適切な表面処理を施した固相４０を配置する。表面処理としては、プラズマ処理、シラン化等が挙げられる。表面処理により、固相４０上には、保護基で保護された水酸基を有する化合物が固定化されている。
【０１４３】
次に、反応槽２０内で、核酸合成に必要な反応を行う。反応としては、上記「［核酸製造方法］」で記載した工程（１）〜（４）等が挙げられる。
【０１４４】
工程（１）の脱保護反応では、固相４０上に固定化された化合物が有する保護基の種類に応じて、脱保護反応に必要な薬液が、薬液供給管３２から、供給管２１を介して、反応槽２０に供給される。なお、固相４０が、核酸アレイ用基板である場合には、該基板の所望の位置を脱保護するための操作が行われる。例えば、保護基が、酸分解性保護基である場合には、ＰＡＧ層の形成等を行ってもよい。また、フォトマスク等を介して、図示しない光源により、核酸アレイ用基板の所望の位置を露光してもよい。脱保護反応後は、薬液供給管３２から、適宜、洗浄液を供給し、反応槽２０内の固相４０を洗浄してもよい。その後は、ガス供給管３１から、供給管２１を介して供給される乾燥ガスにより、脱保護反応に用いた薬液、洗浄液等が、反応槽２０内から排出管２２に排出される。
【０１４５】
工程（２）のヌクレオチド誘導体の結合反応では、保護基を有するヌクレオチド誘導体等の薬液が、薬液供給管３２から、供給管２１を介して、反応槽２０に供給される。ヌクレオチド誘導体は、製造する核酸の配列に応じて、適切な塩基を有するものが供給される。結合反応後は、薬液供給管３２から、適宜、洗浄液を供給し、反応槽２０内の固相４０を洗浄してもよい。その後は、ガス供給管３１から、供給管２１を介して供給される乾燥ガスにより、結合反応に用いた薬液、洗浄液等が、反応槽２０内から排出管２２に排出される。
【０１４６】
工程（３）のキャッピング反応では、キャッピング剤貯留槽１０に、ガス供給管１１から、乾燥ガスが供給される。乾燥ガスにより、キャッピング剤貯留槽１０内のキャッピング剤５０が気化し、キャッピング剤の蒸気５１が生成する。キャッピング剤の蒸気５１は、乾燥ガスの流れにより、キャッピング剤貯留槽１０から、蒸気供給管３０に排出される。キャッピング剤の蒸気５１は、さらに、供給管２１を介して、反応槽２０内に供給される。この反応槽２０内に供給されたキャッピング剤の蒸気５１により、固相４０上の未反応のヌクレオチド残基がキャッピングされる。キャッピング反応後は、薬液供給管３２から、適宜、洗浄液を供給し、反応槽２０内の固相４０を洗浄してもよい。その後は、ガス供給管３１から、供給管２１を介して供給される乾燥ガスにより、キャッピング剤の蒸気５１、洗浄液等が、反応槽２０内から排出管２２に排出される。
【０１４７】
工程（４）の酸化反応では、酸化反応に必要な薬液が、薬液供給管３２から、供給管２１を介して、反応槽２０に供給される。酸化反応後は、薬液供給管３２から、適宜、洗浄液を供給し、反応槽２０内の固相４０を洗浄してもよい。その後は、ガス供給管３１から、供給管２１を介して供給される乾燥ガスにより、酸化反応に用いた薬液、洗浄液等が、反応槽２０内から排出管２２に排出される。
【０１４８】
上記工程（１）〜（４）を任意回数繰り返すことにより、固相４０上で、所望の配列を有する核酸を製造することができる。なお、工程（４）は、ホスホロアミダイト法により核酸合成を行う場合など、必要な場合にのみ行うようにしてもよい。
【０１４９】
以上、本発明の実施形態について図面を参照して詳述したが、具体的な構成はこの実施形態に限られるものではなく、この発明の要旨を逸脱しない範囲の設計等も含まれる。
【実施例】
【０１５０】
以下、実施例により本発明を説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【０１５１】
［方法等］
＜基板及び樹脂組成物の調製＞
（基板上でのリンカー層の形成）
ビーカーに、シランカップリング剤（Ｎ−（３−トリエトキシシリルプロピル）−４−ヒドロキシブチルアミド、Ｇｅｌｅｓｔ社製）を１．４ｇ秤量し、９０℃に加温した１．４Ｌのイオン交換水を加えた。９０℃で５分間撹拌した後、１４ｍＬの酢酸を添加し、さらに３０分間加熱撹拌してシラン溶液を作成した。
次に、基板となる１５０ｎｍ熱酸化膜付３インチシリコンウエハーを大気圧酸素プラズマ装置（ＹＡＰ５１０；ヤマト科学社製）で４００Ｗ×３回処理し活性化させた後、基板２４枚をガラス製反応容器に入れ、上記シラン溶液を加えて設定温度９０℃で２０分間加熱を行った。
加熱後、容器から基板を取り出し、イソプロパノール（ＩＰＡ）に浸漬して、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った後、窒素フローで乾燥した。その後、１２０℃で３分間加熱を行うことにより、シランを基板に定着させてリンカー層の形成を行った。
なお、必要に応じて、プラズマ処理前の基板片面にマスキングテープ（Ｎ３８０，日東電工社製）を貼り付け、ＩＰＡ洗浄する前にマスキングテープを剥離することで片面のみにリンカー層を形成した。
【０１５２】
（基板上での酸分解性保護基の導入）
次に、酸素濃度０．０％、湿度３．３％以下の窒素雰囲気に制御したグローブボックス内にて、以下の作業を行った。
ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）−ｄＴホスホロアミダイト（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（ＤＭＴ−ｄＴ）４ｇに、テトラゾールのアセトニトリル溶液（４５０ｍＭ，  Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を８０ｍＬ、乾燥アセトニトリル（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を４０ｍＬ加えた。このようにしてＤＭＴ−ｄＴ溶液を１２０ｍＬ調製した。
上記のようにリンカー層を形成した基板を乾燥アセトニトリルに浸漬し、窒素フローで乾燥した。乾燥後、一枚ずつ基板を反応容器に入れ、上記ＤＭＴ−ｄＴ溶液を加えて２分間揺動した。基板を容器から取り出し、搬送用の別容器に乾燥アセトニトリルを基板と共に入れ、グローブボックスから取り出した。
基板を一枚ずつ基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥後、基板をグローブボックス内で保管した。
【０１５３】
（キャッピング）
次に無水酢酸／テトラヒドロフラン  ９．１／９０．９（ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ａ）６００ｍｌ、テトラヒドロフラン／Ｎ―メチルイミダゾール／ピリジン  ８／１／１（ｖ／ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ｂ）６００ｍＬを十分に混合してＣａｐ溶液とした。上記のように得たＨＭＤＳ（蒸気）によるキャッピング基板と、Ｃａｐ溶液とをガラス製反応容器に入れた。Ｃａｐ溶液の量は、基板３インチあたり２５ｍＬとなるようした。室温で２分間浸漬した後、ピリジンでリンスした。
【０１５４】
（酸化）
次にヨウ素を含有するテトラヒドロフラン／水／ピリジン／ヨウ素  ９０．５４／９．０５／０．４１／０．４３（ｖ／ｖ／ｖ／ｗ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液）を用いて、キャッピング後の基板の酸化を行った。
上記のように施したキャッピング基板と、上記Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液とをガラス製反応容器に入れた。Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液の量は、基板３インチあたり６０ｍＬとなるようにした。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。
【０１５５】
（樹脂組成物の調製）
ポリウレタン濃度２０質量％のアルコール溶液（ＲｕｓＰａｃｋ、オーデック社製）に、１質量％（ポリウレタンに対し５ｗｔ％）となるようＰＡＧ（ＣＰＩ−２１０Ｓ、サンアプロ社製）を添加した。自公転式混練機を用いて撹拌し、さらに２８ｋＨｚ超音波を５分間照射して、ＰＡＧを完溶させた。これをＩＰＡで４倍希釈して自公転式混練機を用いて撹拌した。
【０１５６】
＜脱保護反応＞
（ＰＡＧ層の形成）
上記のように調製した基板に対し、上記樹脂組成物をスピン成膜し（１０００ｒｐｍ，３０秒）、ホットプレートを用いて９０℃で１分間加熱し乾燥した。ＰＡＧ層の膜厚は、５００ｎｍとなるようにした。
【０１５７】
（露光及びＰＡＧ層の除去）
３６５ｎｍのＵＶ光でパターン露光を行った。このとき露光面積は表２の（ｂ）に従い、実施例１，２，３及び比較例については基板の半分を遮光し露光面積を５０％とした。対照基板については全面露光し露光面積は１００％とした。
露光後、基板をＩＰＡ１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を１分間行った。別の容器にＩＰＡ１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。
【０１５８】
＜キャッピングおよび酸化反応＞
表１に示すキャッピング剤を用いて、脱保護されたｄＭＴ−ｄＴのキャッピングを行った。
【０１５９】
（ＨＭＤＳ（液）によるキャッピング）実施例１に対応
上記のように露光及びＰＡＧ層の除去を施した基板と、上記Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液とをガラス製反応容器に入れた。Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液の量は、基板３インチあたり６０ｍＬとなるようにした。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。
次にこの基板に対し、ＨＭＤＳ（関東化学社製）をスピン成膜し（１０００ｒｐｍ，３０秒）、ホットプレートを用いて９０℃で１分間加熱し乾燥した。これにより表１の実施例１に記載のＨＭＤＳ（液相）によるキャッピング基板を得た。
【０１６０】
（ＨＭＤＳ（蒸気）によるキャッピング）実施例２に対応
上記のように露光及びＰＡＧ層の除去を施した基板と、上記Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液とをガラス製反応容器に入れた。Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液の量は、基板３インチあたり６０ｍＬとなるようにした。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。
次に、基板３インチあたりＨＭＤＳ（関東化学社製）が２ｍＬとなるよう、基板とＨＭＤＳとをステンレス製反応容器に入れた。ステンレス製反応容器内では、基板とＨＭＤＳの液体が直接触れることのないようステンレス製メッシュで隔離し、ＨＭＤＳの蒸気のみが基板に接触するようにした。反応容器を室温で３０分間、密閉静置することで蒸気成膜し、基板を容器から取り出した後、ホットプレートを用いて９０℃で１分間加熱し乾燥した。これにより表１の実施例２に記載のＨＭＤＳ（蒸気）によるキャッピング基板を得た。
【０１６１】
（無水酢酸＋ＨＭＤＳ（蒸気）によるキャッピング）実施例３に対応
上記のように露光及びＰＡＧ層の除去を施した基板と、上記Ｃａｐ溶液を基板３インチとをガラス製反応容器に入れた。上記Ｃａｐ溶液の量は、基板３インチあたり２５ｍＬとなるようにした。室温で２分間浸漬した後、ピリジンでリンスした。これにより無水酢酸によるキャッピング基板を得た。
次に上記Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液が基板３インチあたり６０ｍｌとなるよう基板と共にガラス製反応容器に入れた。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。
次に、基板３インチあたりＨＭＤＳ（関東化学社製）が２ｍＬとなるよう、基板とＨＭＤＳとをステンレス製反応容器に入れた。ステンレス製反応容器内では、基板とＨＭＤＳの液体が直接触れることのないようステンレス製メッシュで隔離し、ＨＭＤＳの蒸気のみが基板に接触するようにした。反応容器を室温で３０分間、密閉静置することで蒸気成膜し、基板を容器から取り出した後、ホットプレートを用いて９０℃で１分間加熱し乾燥した。これにより表１の実施例３に記載の無水酢酸＋ＨＭＤＳ（蒸気）によるキャッピング基板を得た。
【０１６２】
（無水酢酸によるキャッピング）比較例に対応
上記のように露光及びＰＡＧ層の除去を施した基板と、上記Ｃａｐ溶液とをガラス製反応容器に入れた。上記Ｃａｐ溶液の量は、基板３インチあたり２５ｍＬとなるようにした。室温で２分間浸漬した後、ピリジンでリンスした。これにより表１の比較例に記載の無水酢酸によるキャッピング基板を得た。
次に上記Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液が基板３インチあたり６０ｍｌとなるよう基板と共にガラス製反応容器に入れた。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。これにより表１の比較例及び対象基板に記載の無水酢酸によるキャッピング基板を得た。
【０１６３】
【表１】
2019131484.tif 000019
【０１６４】
＜脱保護反応＞
（ＰＡＧ層の形成）
上記のように調製した基板に対し、上記樹脂組成物をスピン成膜し（１０００ｒｐｍ，３０秒）、ホットプレートを用いて９０℃で１分間加熱し乾燥した。ＰＡＧ層の膜厚は、５００ｎｍとなるようにした。
【０１６５】
（露光及びＰＡＧ層の除去）
３６５ｎｍのＵＶ光でパターン露光を行った。このとき露光面積は表２の（ｅ）に従い、全面露光し露光面積は１００％とした。
露光後、基板をＩＰＡ１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を１分間行った。別の容器にＩＰＡ１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥した。
【０１６６】
＜ＤＭＴ−ｄＴホスホロアミダイト結合反応＞
【０１６７】
次に、酸素濃度０．０％、湿度３．３％以下の窒素雰囲気に制御したグローブボックス内にて、以下の作業を行った。
ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）−ｄＴホスホロアミダイト（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（ＤＭＴ−ｄＴ）４ｇに、テトラゾールのアセトニトリル溶液（４５０ｍＭ、Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を８０ｍＬ、乾燥アセトニトリル（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を４０ｍＬ加えた。このようにしてＤＭＴ−ｄＴ溶液を１２０ｍＬ調製した。
上記のようにＰＡＧ層を除去した基板を乾燥アセトニトリルに浸漬し、窒素フローで乾燥した。乾燥後、一枚ずつ基板を反応容器に入れ、上記ＤＭＴ−ｄＴ溶液を加えて２分間揺動した。基板を容器から取り出し、搬送用の別容器に乾燥アセトニトリルを基板と共に入れ、グローブボックスから取り出した。
基板を一枚ずつアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄をさらに２回、全３回行った。窒素フローで乾燥後、基板をグローブボックス内で保管した。
【０１６８】
＜キャッピング率の評価＞
上記のように調製した基板から、３インチ基板あたり２０片程度に割断し、２０ｍＬのガラス製バイアル瓶に入れた。さらに金属棒を用いて撹拌して粉砕し、２ｗｔ％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を含有するアセトニトリル溶液を３インチ基板あたり３ｍＬ添加した。これを密閉し、ボルテックスミキサーを用いて撹拌した後、２８ｋＨｚ超音波処理を５分間行った。これを４５０ｎｍのメンブレンフィルタでろ過することで、基板からＤＭＴを抽出した。本評価は基板を割断して実施しているが、割断することなく平滑基板に２ｗｔ％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を含有するアセトニトリル溶液を接触させて抽出してもよい。また適宜濃縮・希釈を行い、適切な濃度域に調製してもよい。
抽出したＤＭＴ溶液を高速液体クロマトグラフィで定量し、キャッピング率を評価した。
高速液体クロマトグラフィにはＰＤＡ検出器及び質量分析装置を搭載したＮｅｘｅｒａ−ｉ３Ｄ  ＬＣ２０３０―ＬＣＭＳ２０２０（島津製作所製）を用いた。移動相にはアセトニトリル／５ｍＭギ酸アンモニウム水溶液（６０／４０）を用い、アイソクラティックモードで送液速度は０．３ｍｌ／ｍｉｎとした。カラムにはＸＲ−ＯＤＳ ２．２μｍ １５０ｘ２ｍｍをカラムオーブン温度４０度で用いた。オートサンプラーを用いて導入試料量は０．５μＬとした。
検量線は上記ＤＭＴ−ｄＴを、２ｗｔ％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を含有するアセトニトリル溶液に溶解させ標準試料とした。エレクトロスプレーイオン化法（ＥＳＩ；Ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙ  ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ）四重極型質量分析によりＤＭＴ（ｍ／ｚ＝３０３）を定性することで、同保持時間（５．５ｍｉｎ）の成分をＤＭＴと同定し、ＰＤＡを用いて波長２５４ｎｍにおける吸収面積百分率法で定量を行った。ＤＭＴ含有量は１．３μＭ〜１３４．３μＭの範囲で２０水準調製し、定量測定により得られた、濃度ｙ＝０．００３６×面積ｘ（相関係数Ｒ＝０．９９９４）の検量線を用いた。
基板から抽出したＤＭＴ溶液は高速液体クロマトグラフィを用いて３回の測定を行い、平均面積値を解析した。面積ｘからＤＭＴ溶液におけるＤＭＴ濃度、モル濃度を算出し、アボガドロ定数から分子濃度を得て、次いで基板におけるＤＭＴ処理面積ｎｍ２から単位面積当たりのＤＭＴ量を算出、これを表面分子密度（ｍｏｌｅｃｓ／ｎｍ２）とした。
【０１６９】
実施例１〜３、比較例、及び対照基板の処理手順の概要を図２（ａ）〜（ｇ）に示す。図２（ａ）〜（ｇ）の各処理内容を表２に示す。
【０１７０】
【表２】
2019131484.tif 000020
【０１７１】
［キャッピング率の評価結果］
実施例１〜３及び比較例の図２（ｇ）の基板、並びに対照基板の図２（ａ）及び図２（ｇ）の基板から、ＤＭＴを抽出し、抽出されたＤＭＴを定量した。実施例１〜３、及び比較例において、図２（ｄ）におけるキャッピング率が１００％である場合、図２（ｇ）の基板から抽出されるＤＭＴ量は、図２（ａ）又は図２（ｇ）の対照基板から抽出されるＤＭＴ量の５０％となる。
【０１７２】
結果を図３に示す。比較例の図２（ｇ）の基板から抽出されたＤＭＴ量は、対照基板の図２（ａ）又は図２（ｇ）から抽出されたＤＭＴ量とほぼ同じだった。この結果は、比較例では、図２（ｄ）のキャッピング反応において、ほとんどキャッピングが起こっていないことを示す。
一方、実施例１〜３の図２（ｇ）の基板から抽出されたＤＭＴ量は、対照基板の図２（ａ）又は図２（ｇ）から抽出されたＤＭＴ量よりも減少していた。ＤＭＴ量は、実施例３が最も少なく、図２（ｄ）におけるキャッピング率は４３％と算出された。ＤＭＴ量は、次いで、実施例２が少なく、次に実施例１の順となった。
以上の結果より、実施例１〜３のキャッピング剤を用いることにより、基板上で核酸合成を行う場合でも、キャッピングが可能であることが示された。特に、ＨＭＤＳの蒸気を用いた場合、及びＨＭＤＳの蒸気と無水酢酸とを併用した場合に、キャッピング率が高かった。
一方、比較例の結果から、無水酢酸を単独でキャッピング剤として用いた場合、基板上での核酸合成では、ほとんどキャッピングされないことが示された。
【符号の説明】
【０１７３】
１０…キャッピング剤貯留槽、１１、３１…ガス供給管、１２…キャッピング剤供給管、２０…反応槽、２１…供給管、２２…排出管、３０…蒸気供給管、３２…薬液供給管、４０…固相、５０…キャッピング剤、５１…キャッピング剤の蒸気、６０…モニター、１００…核酸製造装置、１０１…ＤＭＴ−ｄＴ、１０２…ＤＭＴが脱保護されたｄＴ、１０３…キャッピングされたｄＴ
【図１】
2019131484.tif 000029
【図２】
2019131484.tif 000030
【図３】
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