(57)【要約】【課題】オリゴヌクレオチドアレイ及びその評価方法を提供する。【解決手段】基板と基板上に固定されたオリゴヌクレオチドとを含み、オリゴヌクレオチドの少なくとも一部は標識オリゴヌクレオチドであり、第１のオリゴヌクレオチド、第２及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせ、又は、第４及び第５のオチゴヌクレオチドの組み合わせ、を含み、第１のオリゴヌクレオチドは２つ以上の標識原子で標識されており、第２及び第３のオリゴヌクレオチドは、種類又は数が異なる少なくとも１つの標識原子で標識されており、第４及び第５のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの標識原子で標識されており、標識原子は、基板からのヌクレオチド数が同じであるヌクレオチドに結合しており、標識原子はイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により識別可能である、オリゴヌクレオチドアレイ。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
基板と、前記基板上に固定されたオリゴヌクレオチドとを含み、
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも一部は、標識原子で標識された標識オリゴヌクレオチドであり、
前記標識オリゴヌクレオチドは、第１のオリゴヌクレオチド、第２のオリゴヌクレオチド及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせ、又は、第４のオリゴヌクレオチド及び第５のオチゴヌクレオチドの組み合わせ、を含み、
前記第１のオリゴヌクレオチドは１分子あたり２つ以上の標識原子で標識されており、
前記第２のオリゴヌクレオチド及び前記第３のオリゴヌクレオチドは、それぞれ種類又は数が異なる少なくとも１つの標識原子で標識されており、
前記第４のオリゴヌクレオチド及び前記第５のオリゴヌクレオチドは、それぞれ少なくとも１つの標識原子で標識されており、前記少なくとも１つの標識原子は、前記第４のオリゴヌクレオチド及び前記第５のオリゴヌクレオチドにおいて前記基板からのヌクレオチド数が同じであるヌクレオチドに結合しており、
前記標識原子はイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により識別可能である、オリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２】
前記標識原子は、ハロゲン原子又は金属原子である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項３】
前記標識オリゴヌクレオチドが、検出対象分子の捕捉プローブとして用いられる、請求項１又は２に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項４】
前記標識オリゴヌクレオチド以外の前記オリゴヌクレオチドが、検出対象分子の捕捉プローブとして用いられる、請求項１〜３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項５】
前記標識オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドアレイの識別子として用いられる、請求項１〜４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項６】
前記標識オリゴヌクレオチドが、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析による分析結果が識別子として機能するパターンを示すように配置されている、請求項１〜５のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドアレイを評価する方法であって、前記オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析し、前記標識原子を検出する工程を含む方法。
【請求項８】
前記オリゴヌクレオチドアレイを評価する方法は、前記イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析のパターンに基づいて、前記基板表面で合成されたオリゴヌクレオチドの配列の正しさを評価する方法である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドアレイを識別する方法であって、前記オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析し、前記標識原子のパターンを検出する工程を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、オリゴヌクレオチドアレイ及びその評価方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ＤＮＡマイクロアレイの作製方法には、アフィメトリクス社によって開発されたアフィメトリクス型と、スタンフォード大学で開発されたスタンフォード型とがある。アフィメトリクス型は、感光性塩基を用いたフォトリソグラフィープロセスにより、基板上でオリゴヌクレオチドを合成する方法である。一方、スタンフォード型は、ロボットプリンティング技術により、基板上にオリゴヌクレオチドをスポットする方法である。
【０００３】
従来、基板上でオリゴヌクレオチドを合成した場合、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価する有効な方法がなかった。例えば、非特許文献１には、基板と強固に結合したＤＮＡ分子は、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ）では分析することができないことが記載されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Ibanez A. J., DNA detection using a triple readout optical/AFM/MALDI planar microwell plastic chip., Anal. Chem.,80 (15), 5892-5898, 2008.
【発明の概要】
【０００５】
本発明の１実施形態は、基板と、前記基板上に固定されたオリゴヌクレオチドとを含み、前記オリゴヌクレオチドの少なくとも一部は、標識原子で標識された標識オリゴヌクレオチドであり、前記標識オリゴヌクレオチドは、第１のオリゴヌクレオチド、第２のオリゴヌクレオチド及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせ、又は、第４のオリゴヌクレオチド及び第５のオチゴヌクレオチドの組み合わせ、を含み、前記第１のオリゴヌクレオチドは１分子あたり２つ以上の標識原子で標識されており、前記第２のオリゴヌクレオチド及び前記第３のオリゴヌクレオチドは、それぞれ種類又は数が異なる少なくとも１つの標識原子で標識されており、前記第４のオリゴヌクレオチド及び前記第５のオリゴヌクレオチドは、それぞれ少なくとも１つの標識原子で標識されており、前記少なくとも１つの標識原子は、前記第４のオリゴヌクレオチド及び前記第５のオリゴヌクレオチドにおいて前記基板からのヌクレオチド数が同じであるヌクレオチドに結合しており、前記標識原子はイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により識別可能である、オリゴヌクレオチドアレイである。
【０００６】
また、本発明の１実施形態は、上記のオリゴヌクレオチドアレイを評価する方法であって、前記オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析し、前記標識原子を検出する工程を含む方法である。
【０００７】
また、本発明の１実施形態は、上記のオリゴヌクレオチドアレイを識別する方法であって、前記オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析し、前記標識原子のパターンを検出する工程を含む方法である。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】（１）〜（１３）はオリゴヌクレオチドアレイの製造方法の一例を示す概略図である。
【図２】（１）〜（１２）はオリゴヌクレオチドアレイの製造方法の一例を示す概略図である。
【図３】（ａ）〜（ｆ）は、実施例１で製造したオリゴヌクレオチドアレイの製造過程を示す模式図である。
【図４】（ａ）〜（ｃ）は、イメージング質量分析により、実施例１で製造したオリゴヌクレオチドアレイを測定した結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
［オリゴヌクレオチドアレイ］
１実施形態において、本発明は、基板と、前記基板上に固定されたオリゴヌクレオチドとを含み、前記オリゴヌクレオチドの少なくとも一部は、標識原子で標識された標識オリゴヌクレオチドであり、前記標識オリゴヌクレオチドは、（ｉ）第１のオリゴヌクレオチド、（ｉｉ）第２のオリゴヌクレオチド及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせ、又は、（ｉｉｉ）第４のオリゴヌクレオチド及び第５のオチゴヌクレオチドの組み合わせ、を含み、前記第１のオリゴヌクレオチドは１分子あたり２つ以上の標識原子で標識されており、前記第２のオリゴヌクレオチド及び前記第３のオリゴヌクレオチドは、それぞれ種類又は数が異なる少なくとも１つの標識原子で標識されており、前記第４のオリゴヌクレオチド及び前記第５のオリゴヌクレオチドは、それぞれ少なくとも１つの標識原子で標識されており、前記少なくとも１つの標識原子は、前記第４のオリゴヌクレオチド及び前記第５のオリゴヌクレオチドにおいて前記基板からのヌクレオチド数が同じであるヌクレオチドに結合しており、前記標識原子はイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により識別可能である、オリゴヌクレオチドアレイを提供する。
【００１０】
オリゴヌクレオチドアレイとは、基板上に、同一の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド分子群が固定された領域（以下、「スポット」という場合がある。）が、複数、アレイ状に配列したものである。通常、スポットごとに、異なる塩基配列を有するオリゴヌクレオチド分子群が固定される。スポットの形状は特に限定されない。また、スポットとスポットは間隔を置いて配置されていてもよく、隣接して配置されていてもよい。
【００１１】
本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析するという簡単かつ迅速な方法により、基板表面の各オリゴヌクレオチドに結合した標識原子の種類及び数を検出することができる。したがって、例えば、オリゴヌクレオチドの合成において、標識原子が結合したヌクレオチドが所定の位置に導入されるよう設計すれば、合成後に、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析で分析することにより、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価することができる。
【００１２】
本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、例えば、基板上で、ヌクレオチドからの保護基の脱保護及び保護基を有するヌクレオチド誘導体の結合を繰り返し、オリゴヌクレオチドを合成する原理により製造することができるが、その具体的な製造方法は特に限定されない。
【００１３】
基板としては、例えば、シリコン、ガラス、石英、ソーダ石灰ガラス、ポリアミド樹脂、プラスチックフィルム、金属等を材質とするものが挙げられる。
【００１４】
標識原子は、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析で分析できるものであり、通常のオリゴヌクレオチドを構成する原子ではなく、基板を構成する原子でもないことが好ましい。標識原子としては、例えばハロゲン原子又は金属原子が挙げられる。
【００１５】
ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等が挙げられる。また、金属原子としてはケイ素原子、チタン原子、銀原子、パラジウム原子等が挙げられる。ハロゲン原子等の標識原子は、他の原子と結合した状態でオリゴヌクレオチドに結合していてもよい。例えば、ハロゲン原子Ｘは−ＣＸ３や−ＣＨＸ２、−ＣＨ２Ｘとしてオリゴヌクレオチドに結合させることができる。フッ素原子の場合、−ＣＦ３や−ＣＨＦ２、−ＣＨ２Ｆとしてオリゴヌクレオチドに結合させることができる。
【００１６】
上記の標識オリゴヌクレオチドは、後述する（ｉ）第１のオリゴヌクレオチド、（ｉｉ）第２のオリゴヌクレオチド及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせ、又は、（ｉｉｉ）第４のオリゴヌクレオチド及び第５のオチゴヌクレオチドの組み合わせ、を含む。  本実施態様のオリゴヌクレオチドアレイは、（ｉ）〜（ｉｉｉ）のいずれか１つのみを含んでいてもよく、いずれか２つの組み合わせを含んでいてもよく、３つとも含んでいてもよい。
【００１７】
（第１のオリゴヌクレオチド）
第１のオリゴヌクレオチドは１分子あたり２つ以上の標識原子で標識されたオリゴヌクレオチドである。第１のオリゴヌクレオチドの長さは２〜２００塩基程度、又は５〜５０塩基程度であることが好ましい。また、第１のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドアレイ上の複数のスポットに存在していてもよく、その場合、第１のオリゴヌクレオチドの塩基配列はスポットごとに異なっていてもよい。
【００１８】
第１のオリゴヌクレオチドは、基板上で、ヌクレオチド誘導体を結合させてオリゴヌクレオチドを合成するときに、標識原子で標識されたヌクレオチド誘導体を結合させることにより製造することができる。
【００１９】
標識原子で標識されたヌクレオチド誘導体としては、より具体的には、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ｂｅｎｚｏｙｌ−ｄｅｏｘｙＡｄｅｎｏｓｉｎｅ，２’−ｆｌｕｏｒｏ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ｂｅｎｚｏｙｌ−ｄｅｏｘｙＣｙｔｉｄｉｎｅ，２’−ｆｌｕｏｒｏ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ａｃｅｔｙｌ−ｄｅｏｘｙＣｙｔｉｄｉｎｅ，２’−ｆｌｕｏｒｏ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−  （Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ｉｓｏｂｕｔｙｒｙｌ−ｄｅｏｘｙＧｕａｎｏｓｉｎｅ，２’−ｆｌｕｏｒｏ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−ｄｅｏｘｙＵｒｉｄｉｎｅ，２’−ｆｌｕｏｒｏ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｉｏｄｏ−２’−Ｕｒｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｉｏｄｏ−２’−ｄｅｏｘｙＵｒｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｆｌｕｏｒｏ−２’−ｄｅｏｘｙＵｒｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−２−ｆｌｕｏｒｏ−Ｏ６−ｐ−ｎｉｔｒｏｐｈｅｎｙｌｅｔｈｙｌ−２’−ｄｅｏｘｙＩｎｏｓｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、Ｏ４−（２，４，６−Ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｐｈｅｎｙｌ）−５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｆｌｕｏｒｏ−２’−ｄｅｏｘｙＵｒｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ｂｅｎｚｏｙｌ−５−ｉｏｄｏ−２’−ｄｅｏｘｙＣｙｔｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｂｒｏｍｏ−Ｕｒｉｄｉｎｅ，２’−Ｏ−ＴＢＤＭＳ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｂｒｏｍｏ−Ｕｒｉｄｉｎｅ，２’−Ｏ−ｍｅｔｈｙｌ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（���，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ｂｅｎｚｏｙｌ−５−ｂｒｏｍｏ−２’−ｄｅｏｘｙＣｙｔｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ２−ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｉｎｏｍｅｔｈｙｌｉｄｅｎｅ−８−ｂｒｏｍｏ−２’−ｄｅｏｘｙＧｕａｎｏｓｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ６−ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｉｎｏｍｅｔｈｙｌｉｄｅｎｅ−８−ｂｒｏｍｏ−２’−ｄｅｏｘｙＡｄｅｎｏｓｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ，５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｂｒｏｍｏ−２’−ｄｅｏｘｙＵｒｉｄｉｎｅ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、６−（４’，５’−Ｄｉｃｈｌｏｒｏ−２’，７’−ｄｉｍｅｔｈｏｘｙ−３’，６’−ｄｉｐｉｖａｌｏｙｌｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ−６−ｃａｒｂｏｘａｍｉｄｏ）−ｈｅｘｙｌ−１−Ｏ−（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、６−（４，７，２’，７’−Ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｏ−３’，６’−ｄｉｐｉｖａｌｏｙｌｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎｙｌ−６−ｃａｒｂｏｘａｍｉｄｏ）−ｈｅｘｙｌ−１−Ｏ−（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ，６−（４，７，２’，４’，５’，７’−Ｈｅｘａｃｈｌｏｒｏ−３’，６’−ｄｉｐｉｖａｌｏｙｌｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎｙｌ−６−ｃａｒｂｏｘａｍｉｄｏ）−ｈｅｘｙｌ−１−Ｏ−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌｏｘｙ−５−［６−（（２’，７’−ｄｉｐｈｅｎｙｌ−４，７−ｄｉｃｈｌｏｒｏ−３’，６’−ｄｉｐｉｖａｌｙｌｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ−６−ｙｌ−ｃａｒｂｏｘａｍｉｄｏ）−ｈｅｘｙｌ）−３−ａｃｒｙｌｉｍｉｄｏ］−２’−ｄｅｏｘｙＵｒｉｄｉｎｅ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ、６−（４，７−Ｄｉｃｈｌｏｒｏ−２’，７’−ｄｉｐｈｅｎｙｌ−３’，６’−ｄｉｐｉｖａｌｏｙｌｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ−６−ｃａｒｂｏｘａｍｉｄｏ）−ｈｅｘｙｌ−１−Ｏ−（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ等が挙げられるがこれらに限定されない。
【００２０】
第１のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド１分子中に２つ以上の標識原子を有する。標識原子は、オリゴヌクレオチド中の隣接するヌクレオチド残基中に存在していてもよいし、離れたヌクレオチド残基中に存在していてもよい。オリゴヌクレオチド１分子に結合した標識原子は、すべて同じ種類の標識原子でもよく、異なる種類の標識原子でもよい。本実施態様によれば、標識原子の数及び種類を判別することができるので、例えば、１分子中にフッ素原子を２個含むオリゴヌクレオチドと、１分子中にフッ素原子１個と臭素原子１個を含むオリゴヌクレオチドを識別することが可能である。
【００２１】
例えば、第１のオリゴヌクレオチド１分子中に存在する標識原子の組み合わせは、フッ素１原子及び臭素１原子の組み合わせ、フッ素２原子及び臭素１原子の組み合わせ、フッ素１原子及び臭素２原子の組み合わせ、フッ素１原子、臭素１原子、塩素１原子の組み合わせ、フッ素２原子、臭素１原子、塩素１原子の組み合わせ等が挙げられ、これらに限定されない。
【００２２】
（第２のオリゴヌクレオチド）
第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの標識原子で標識されている。標識原子は上述したものと同様である。第２のオリゴヌクレオチドの長さは２〜２００塩基程度、又は５〜５０塩基程度であることが好ましい。また、第２のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドアレイ上の複数のスポットに存在していてもよく、その場合、第２のオリゴヌクレオチドの塩基配列はスポットごとに異なっていてもよい。
【００２３】
第２のオリゴヌクレオチドは１分子中に１つの標識原子を含んでいてもよく、２つ以上の標識原子を含んでいてもよい。第２のオリゴヌクレオチドが２つ以上の標識原子を含む場合、各標識原子は全て同じ種類の標識原子であってもよく、２種類以上の標識原子の組み合わせであってもよい。
【００２４】
第２のオリゴヌクレオチドが２つ以上の標識原子を含む場合、第２のオリゴヌクレオチド１分子中に存在する標識原子の組み合わせは、上述した第１のオリゴヌクレオチドが含む標識原子の組み合わせと同様である。
【００２５】
第２のオリゴヌクレオチドが１分子中に２つ以上の標識原子を含むものである場合、このようなオリゴヌクレオチドは第１のオリゴヌクレオチドであるということもできる。
【００２６】
第２のオリゴヌクレオチドは、後述する第３のオリゴヌクレオチドとの組み合わせで使用する点において、第１のオリゴヌクレオチドと主に異なる。
【００２７】
（第３のオリゴヌクレオチド）
第３のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの前記第２のオリゴヌクレオチドとは異なる種類の標識原子で標識されている。標識原子は上述したものと同様である。第３のオリゴヌクレオチドの長さは２〜２００塩基程度、又は５〜５０塩基程度であることが好ましい。
【００２８】
本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により互いに識別可能であれば、複数種類の第３のオリゴヌクレオチドを有していてもよい。ここで、複数種類とは、塩基配列又は標識原子が異なるオリゴヌクレオチドが複数存在することを意味する。
【００２９】
例えば、第３のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドアレイ上の複数のスポットに存在していてもよく、その場合、第３のオリゴヌクレオチドの塩基配列はスポットごとに異なっていてもよい。
【００３０】
第３のオリゴヌクレオチドは１分子中に１つの標識原子を含んでいてもよく、１分子中に２つ以上の標識原子を含んでいてもよい。第３のオリゴヌクレオチドが１分子中に２つ以上の標識原子を含むものである場合、各標識原子は全て同じ種類の標識原子であってもよく、２種類以上の標識原子の組み合わせであってもよいが、第２のオリゴヌクレオチドが１分子中に含む標識原子と種類又は数が異なる必要がある。第２のオリゴヌクレオチド１分子中に含む標識原子と異なる組み合わせにする必要がある。これにより、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により、第２のオリゴヌクレオチドと第３のオリゴヌクレオチドを区別することができ、また、各オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価することができる。
【００３１】
例えば、第２のオリゴヌクレオチドが１分子中に臭素原子１個とフッ素原子３個を持っており、第３のオリゴヌクレオチドが１分子中に臭素原子２個とフッ素原子２個を持っている場合、第２のオリゴヌクレオチド及び第３のオリゴヌクレオチドが１分子中に含む標識原子の数が異なっていることから、両者を区別することができる。
【００３２】
第３のオリゴヌクレオチドが１分子中に２つ以上の標識原子を含むものである場合、このようなオリゴヌクレオチドは第１のオリゴヌクレオチドであるということもできる。
【００３３】
第２のオリゴヌクレオチド及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせは、オリゴヌクレオチドが１分子中に含む標識原子と種類及び／又は数が異なることが特定されている点で第１のオリゴヌクレオチドとは異なっているということができる。
【００３４】
（第４のオリゴヌクレオチド及び第５のオリゴヌクレオチド）
第４のオリゴヌクレオチドと第５のオリゴヌクレオチドは、それぞれ少なくとも１つの標識原子を含んでおり、その標識原子が、第４及び第５のオリゴヌクレオチドにおいて、基板からのヌクレオチド数が同じであるヌクレオチドに結合している。第４及び第５のオリゴヌクレオチドの組み合わせは、例えば、第４のオリゴヌクレオチドの基板から５番目のヌクレオチドに標識原子が結合しており、第５のオリゴヌクレオチドの基板から５番目のヌクレオチドにも標識原子が結合している組合せである。このとき、第４のオリゴヌクレオチドに結合している標識原子と、第５のオリゴヌクレオチド結合している標識原子は同じでも異なっていてもよい。
【００３５】
第４及び第５のオリゴヌクレオチドに結合する標識原子は上述したものと同様である。第４及び第５のオリゴヌクレオチドの長さは２〜２００塩基程度、又は５〜５０塩基程度であることが好ましい。また、第４及び第５のオリゴヌクレオチドは、それぞれ、オリゴヌクレオチドアレイ上の複数のスポットに存在していてもよく、その場合、第４及び第５のオリゴヌクレオチドの塩基配列はスポットごとに異なっていてもよい。
【００３６】
第４及び第５のオリゴヌクレオチドには、それぞれ２つ以上の標識原子が結合していてもよい。その場合、２つめの標識原子は、第４及び第５のオリゴヌクレオチドにおいて、基板からのヌクレオチド数が同じであるヌクレオチドに結合していてもよいし、基板からのヌクレオチド数が異なるヌクレオチドに結合していてもよい。
【００３７】
第４及び第５のオリゴヌクレオチドの組み合わせは、第５のオリゴヌクレオチドに結合している標識原子の少なくとも１つが第４のオリゴヌクレオチドに結合している標識原子と異なる場合、第２及び第３のオリゴヌクレオチドの組み合わせであるということもできる。
【００３８】
本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、互いに区別可能であれば、複数種類の第５のオリゴヌクレオチドを有していてもよい。ここで、複数種類とは、塩基配列又は標識原子が異なるオリゴヌクレオチドが複数存在することを意味する。
【００３９】
（オリゴヌクレオチドアレイ）
本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、上述した第１〜第５のオリゴヌクレオチドのいずれかを、オリゴヌクレオチドアレイの全てのスポットに有していてもよいし、オリゴヌクレオチドアレイの一部（以下、「標識領域」という場合がある。）のスポットのみに有していてもよい。
【００４０】
標識領域の広さは特に限定されないが、例えば全スポットの面積の合計の１０％未満又は５％未満の面積とすることができる。標識領域の位置は、基板上のどこであってもよい。
【００４１】
第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドアレイの全てのスポットに存在する場合、オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析で分析し、オリゴヌクレオチドアレイの各スポットにおける標識原子の種類又は標識原子の数を検出することにより、全てのスポットについてオリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価することができる。この場合、第１〜第５のオリゴヌクレオチドは、検出対象であるポリヌクレオチドの捕捉プローブとして用いられる。捕捉プローブとは、検出対象であるポリヌクレオチドに相補的な配列を有するように設計されたオリゴヌクレオチドである。
【００４２】
また、第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドアレイの一部（標識領域）のスポットのみに存在する場合であっても、オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析で分析し、標識原子の種類及び／又は標識原子の数を検出することにより、標識領域について、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価することができる。そして、標識領域のオリゴヌクレオチドが設計通りに合成できていると確認された場合、オリゴヌクレオチドアレイの標識領域以外の領域についても、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成されていると推認することができる。すなわち、この場合は、主として標識領域以外の領域に固定されたオリゴヌクレオチドが、検出対象であるポリヌクレオチドの捕捉プローブとして用いられ、第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドは主として配列の評価やオリゴヌクレオチドアレイの識別子として用いられる。
【００４３】
第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成されているか否かを評価する、品質管理用の用途だけではなく、所定の情報の記録やマイクロアレイの識別子として利用することもできる。
【００４４】
例えば、標識領域における各スポットが、標識原子の種類及び／又は標識原子の数を所定のパターンで有するように形成し、オリゴヌクレオチドアレイのロット管理、仕様表示、偽造防止等に使用することもできる。あるいは、標識領域における各スポットに、標識原子で１次元又は２次元のバーコードのパターンを形成し、当該バーコードにオリゴヌクレオチドアレイのロット管理、使用表示、偽造防止等の情報を紐付けて使用することもできる。
【００４５】
［オリゴヌクレオチドアレイの製造方法］
以下、具体的なオリゴヌクレオチドアレイの製造方法の一例を説明する。本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイの製造方法は、以下の製造方法に限定されるものではない。
【００４６】
１実施形態において、オリゴヌクレオチドアレイの製造方法は、（ａ）酸分解性保護基で保護された官能基を有する分子が固定化された基板上に、露光により酸を発生する光酸発生剤（ＰＡＧ）を含有する層（ＰＡＧ層）を形成する工程と、（ｂ）ＰＡＧ層の所望の位置を露光する工程と、（ｃ）露光後のＰＡＧ層を除去する工程と、（ｄ）ＰＡＧ層を除去した基板を、酸分解性保護基を有するヌクレオチド誘導体と接触させる工程と、を含んでいてもよい。
【００４７】
ここで、ＰＡＧ層は、例えば、ＰＡＧを含有するポジ型レジスト組成物であってもよいし、ＰＡＧを含有する樹脂組成物、又はＰＡＧを含有する液状組成物であってもよい。
【００４８】
図１（１）〜（７）に基づいて、本実施形態の製造方法の一例を説明する。まず、図１（１）に示すように、酸分解性保護基で保護された官能基を有する分子が固定された基板１を準備する。図１（１）の例では、酸分解性保護基で保護されている官能基は、水酸基（−ＯＨ）である。また、図中、「ＰＧ」は、酸分解性保護基である。次に、図１（２）に示すように、光酸発生剤（Ｐｈｏｔｏ  Ａｃｉｄ  Ｇｅｎｅｒａｔｏｒ：ＰＡＧ）を含有する樹脂組成物を用いてＰＡＧ層２を形成する。その後、図１（３）に示すように、ＰＡＧ層２に対してパターン露光を行う。これにより、露光された部分のＰＡＧ層中のＰＡＧが酸を発生し、図１（４）に示すように、露光された部分３のＰＡＧ層２の下層の酸分解性保護基が脱保護される。図１（４）には脱保護された酸分解性保護基４を示す。
【００４９】
次に、露光後のＰＡＧ層２を、基板１上から除去する。図１（５）の例では、ＰＡＧ層２は、剥離により除去されている。ＰＡＧ層２を除去した後、図１（６）に示すように、酸分解性保護基を有するヌクレオチド誘導体５を作用させる。なお、図１（６）の例では、ヌクレオチド誘導体５は、アデニンヌクレオチド誘導体である。ヌクレオチド誘導体５は、脱保護された官能基と反応し、図１（７）に示すように、前記官能基を介して基板１上に保持される。以下、各工程の詳細を説明する。
【００５０】
（ＰＡＧ層形成工程）
工程（ａ）は、ＰＡＧ層を形成する工程である。工程（ａ）では、まず、図１（１）に示されるように、酸分解性保護基（ＰＧ）で保護された官能基を有する分子が固定化された基板１を準備する。基板１としては、オリゴヌクレオチドアレイの基板として上述したものと同様のものを使用することができる。
【００５１】
酸分解性保護基は、酸の作用により脱保護される基である。本実施形態において、酸分解性保護基は、特に限定されず、酸の作用により脱保護されるものであれば、特に制限なく使用することができる。酸分解性保護基としては、例えば、アセチル基（Ａｃ）；ベンゾイル基（Ｂｚ）；トリチル基（Ｔｒ）、モノメトキシトリチル基（ＭＭＴ）、ジメトキシトリチル基（ＤＭＴ）、トリメトキシトリチル基（ＴＭＴ）等のエーテル系保護基；β‐メトキシエトキシメチルエーテル（ＭＥＭ）、メトキシメチルエーテル基（ＭＯＭ）、テトラヒドロピラニル基（ＴＨＰ）等のアセタール系保護基；ｔ−ブチルジメチルシリル基（ＴＢＳ）等のシリルエーテル基等を挙げることができるが、これらに限定されない。これらの酸分解性保護基は、保護する官能基が水酸基である場合に用いられる。保護する官能基がアミノ基等である場合も、適宜好適な酸分解性保護基を選択して用いることができる。一例として、酸分解性保護基として、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基を挙げることができる。
【００５２】
本実施形態においては、基板上に固定化された分子の官能基が、酸分解性保護基で保護されている。官能基は、特に限定されず、後述するヌクレオチド誘導体と結合できるものであればよい。一例として、官能基として、水酸基を挙げることができる。
【００５３】
酸分解性保護基で保護された官能基を有する分子が固定化された基板を準備する方法は特に限定されず、例えば、基板表面に有機シラン化合物分子を固定し、該有機シラン化合物分子に酸分解性保護基を有する分子を結合させることによって行うことができる。基板表面に有機シラン化合物を固定する方法としては、例えば、酸素ガス等で基板表面のプラズマ処理を行った後、水又はエタノール中で有機シラン化合物を反応させることが挙げられる。有機シラン化合物としては、例えば、ヒドロキシアルキルシラン、ヒドロキシアルキルアミドシラン、ヒドロキシグリコールシラン等を挙げることができる。例えば、Ｎ−（３−トリエトキシシリルプロピル）−４−ヒドロキシブチルアミド）等を用いることができる。
【００５４】
例えば、基板をプラズマ処理した後、有機シラン化合物溶液に浸漬して、７０〜１２０℃程度で５〜４０分程度加熱した後、イソプロパノール等の有機溶媒に浸漬して洗浄するとよい。なお、洗浄の際には、超音波処理を行ってもよい。洗浄後、基板を乾燥し、１００〜１４０℃程度で１〜１０分程度加熱することにより、有機シラン化合物分子を基板に固定することができる。
【００５５】
続いて、基板に固定化された有機シラン化合物分子に、酸分解性保護基を有する分子を反応させる。酸分解性保護基を有する分子としては、例えば、酸分解性保護基を有するホスホロアミダイトヌクレオチド、５’又は３’の水酸基を酸分解性保護基で保護したヌクレオチド等、核酸人工合成法として知られるホスホロアミダイト法やリン酸エステル法に適用可能な核酸モノマー等を挙げることができる。そのような分子としては、一例として、ＤＭＴ−ホスホロアミダイトヌクレオチドを挙げることができる。例えば、有機シラン化合物を固定化した基板を、酸分解性保護基を有するホスホロアミダイトヌクレオチド溶液に浸漬し、１〜１５分程度揺動することにより、酸分解性保護基を有する分子を基板表面に固定化することができる。当該反応は、禁水条件下で行ってもよい。反応後、適宜アセトニトリル等の有機溶媒で洗浄してもよい。なお、上記の例では、有機シラン化合物分子に酸分解性保護基を有する分子を結合させたが、有機シラン化合物分子を直接酸分解性保護基で保護してもよい。
【００５６】
続いて、基板上に、ＰＡＧ層を形成する。図１（２）の例ではＰＡＧと、当該ＰＡＧに酸を発生させる波長の光を透過する樹脂と、を含有する樹脂組成物を用いてＰＡＧ層２を形成している。しかしながら、ＰＡＧ層の形成方法はこれに限られず、例えばＰＡＧを含有するポジ型レジスト組成物を用いてレジスト膜を形成してもよい。
【００５７】
ポジ型レジスト組成物は、露光により現像液に対する溶解性が増大するレジスト組成物である。本実施形態の方法において、使用可能なポジ型レジスト組成物は、特に限定されない。フォトリソグラフィーに一般的に使用されるものを、特に制限なく、使用することができる。
【００５８】
ポジ型レジスト組成物は、ｇ線、ｈ線、ｉ線等の紫外線用、ＡｒＦエキシマレーザー、ＫｒＦエキシマレーザー等のエキシマレーザー用、極紫外線（ＥＵＶ）用、真空紫外線（ＶＵＶ）用、電子線（ＥＢ）用、Ｘ線用等であってもよい。一例として、ポジ型レジスト組成物は、ｉ線用のものであることができる。ポジ型レジスト組成物の例としては、例えば、ノボラック樹脂を含むノボラック系レジスト組成物、アクリル樹脂を含むアクリル系レジスト組成物等を挙げることができる。
【００５９】
ポジ型レジスト組成物は、市販のものを用いてもよい。例えば、ｉ線用ノボラック系レジスト組成物の市販品の例としては、スミレジスト（登録商標）（住友化学社製）、ＰＦＲシリーズ（ＪＳＲ社製）、ＯＦＰＲシリーズ（東京応化社製）等を挙げることができる。
【００６０】
基板上に、ポジ型レジスト組成物を用いてレジスト膜を形成する方法は、特に限定されず、レジスト膜の形成に一般的に用いられる方法を使用すればよい。レジスト膜の形成方法としては、例えば、スピンコート法、ディップコート法、スリットダイコート法、スプレーコート法等を挙げることができる。固相上に形成するレジスト膜の膜厚は、特に限定されず、例えば、５０ｎｍ〜３０μｍ、８０ｎｍ〜２５μｍ、１００ｎｍ〜２０μｍ程度とすることができる。
【００６１】
なお、レジスト膜の形成後、露光前ベーク（プリベーク）は行ってもよく、行わなくてもよい。プリベークを行う場合、一例として、９０℃でプリベークを行ってもよい。また、レジスト膜をより低温に維持し、レジスト膜における熱的架橋反応を抑制するために、プリベークを行わないようにしてもよい。
【００６２】
ＰＡＧは、露光により酸を発生する分子である。本実施形態の製造方法において、ＰＡＧは、特に限定されず、レジスト組成物等に一般的に用いられるものを使用することができる。ＰＡＧとしては、スルホニウム塩、ヨードニウム塩等のオニウム塩、ジアゾメタン、スルホン酸エステル等が挙げられる。ジアゾメタンやスルホン酸エステル等のノニオン系よりも、オニウム塩等のイオン系の方が、強い酸を生成することができる。一例として、ＰＡＧは、オニウム塩である。オニウム塩としては、トリフルオロメタンスルホン酸トリフェニルスルホニウム等のスルホニウム塩、パーフルオロプロパンスルホン酸ジフェニルヨードニウム等のヨードニウム塩等が挙げられる。そのようなオニウム塩から生成される酸としては、フルオロアンチモネート（ＨｓｂＦ６）、ＦＡＰ（フルオロアルキルフォスフェート）、トリフルオロメタンスルホン酸（ＣＦ３ＳＯ３Ｈ：ＴｆＯＨ）、パーフルオロプロパンスルホン酸等が挙げられる。本実施形態の製造方法に用いるＰＡＧが生成する酸は、一例として、酸解離定数（ｐＫａ）が−３０〜５程度である。また、一例として、ｐＫａが−２５〜０である。さらに、ＰＡＧは、溶媒に対する溶解度が約１質量％以上のものを用いることができるが、溶解度がより高いものを用いてもよい。ＰＡＧとして、例えば、プロピレングリコールモノメチルエーテルアセテート（ＰＧＭＥＡ）に対する溶解度が、３０質量％以上、４０質量％以上、又は５０質量％以上のものを用いてもよい。ＰＡＧは、レジスト用等に市販されているものを使用することもできる。一例として、サンアプロ社のＣＰＩ（登録商標）シリーズのＰＡＧを使用することができ、ＣＰＩ−２１０Ｓを例示することができる。
【００６３】
ＰＡＧに酸を発生させる波長の光を透過する樹脂は特に限定されない。前記光を透過する樹脂を用いることにより、樹脂組成物を露光した場合に樹脂組成物中のＰＡＧに前記波長の光が到達し、ＰＡＧが酸を発生する。ＰＡＧに酸を発生させる波長の光を透過する樹脂（以下、「光透過性樹脂」という。）は、ＰＡＧの種類に応じて、適宜選択すればよい。光透過性の高い透明な樹脂であれば、一般的なＰＡＧに酸を発生させる波長の光を透過するため、光透過性樹脂には、透明な樹脂を使用することができる。そのような樹脂としては、例えば、ポリウレタン樹脂；ポリメタクリル酸メチル樹脂等のアクリレート樹脂；イミド樹脂；アミド樹脂；スルホン樹脂；ビニル樹脂；シリコーン樹脂；ポリエチレン、ポリプロピレン等のポリオレフィン樹脂；ポリスチレン；ポリカーボネート；ポリエステルテレフタラート等のポリエステル；エポキシ樹脂；多糖やポリオール等の親水性樹脂；パーフルオロエーテル等の撥水性樹脂等を挙げることができるが、これらに限定されない。成膜後の樹脂組成物中のＰＡＧが酸を生成するものであれば、ＰＡＧと光透過性樹脂とは相溶する組み合わせでも分散する組み合わせでもよい。
【００６４】
なお、光透過性樹脂として、剥離性の高い樹脂を用いれば、後の工程（ｃ）において、剥離によりＰＡＧ層を除去することができる。剥離性の高い樹脂としては、ポリウレタン樹脂、シリコーン樹脂、アクリレート樹脂等を例示することができるが、これらに限定されない。
【００６５】
光透過性樹脂は、市販のものを用いてもよい。例えば、ポリウレタン樹脂の市販品としては、ＲｕｓＰａｃｋ（株式会社オーデック）等を例示することができる。光透過性樹脂は、１種を単独で用いてもよいし、２種以上を併用してもよい。
【００６６】
樹脂組成物は、ＰＡＧ及び光透過性樹脂以外の、他の成分を含有していてもよい。他の成分としては、例えば、溶剤、樹脂製品の調製に一般的に使用される添加剤等を例示することができる。樹脂内を塩基性〜中性に保つための塩基性物質や界面活性剤等を添加することもできる。ＰＡＧから発生する酸の熱拡散を抑制する目的として、塩基性物質を添加することもできる。塩基性物質として、例えば、アルキルアミン等を添加してもよい。また、ＰＡＧから発生する酸の界面脱保護反応を抑制しなければ、樹脂組成物の離形性を高めるための添加剤を添加してもよい。例えば、シリコーン系離型剤を添加してもよい。
【００６７】
樹脂組成物は、例えば、ＰＡＧと光透過性樹脂とを溶剤に溶解し、適宜他の成分を添加して撹拌することにより調製することができる。溶剤は、ＰＡＧ及び光透過性樹脂の種類に応じて、適宜選択すればよい。溶剤は、一般的に使用される有機溶剤等を用いることができる。溶剤としては、例えば、エタノール、ブタノール、イソプロピルアルコール、イソブチルアルコール、ベンジルアルコール等のアルコール系溶剤；プロピレングリコールモノエチルエーテル（ＰＧＭＥ）、ＰＧＭＥＡ等のエーテル系溶剤；アセトン、シクロヘキサン等のケトン系溶剤；酢酸エチル、酢酸ブチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶剤；トルエン、キシレン、シクロヘキサン等の炭化水素系溶剤等が挙げられるが、これらに限定されない。なお、溶剤は、１種を単独で用いてもよいし、２種以上の混合溶剤であってもよい。
【００６８】
樹脂組成物において、ＰＡＧの含有量は特に限定されないが、例えば、光透過性樹脂１００質量部に対して、０．００５〜２０質量部、０．５〜１５質量部、１〜１０質量部等とすることができる。
【００６９】
また、樹脂組成物における光透過性樹脂の含有量は特に限定されず、例えば、樹脂組成物１００質量％に対して、０．１〜７０質量％、０．５〜６０質量％、１〜５０質量％等とすることができる。樹脂組成物中の光透過性樹脂の含有量を少なくすると、膜厚の薄いＰＡＧ層を形成することができる。
【００７０】
樹脂組成物を用いたＰＡＧ層の形成は、レジスト膜の形成等に一般的に用いられる方法で行えばよい。ＰＡＧ層の形成には、例えば、スピンコート法、ディップコート法、スリットダイコート法、スプレーコート法等を用いることができる。前記のような方法で成膜した後、加熱等を行って膜を乾燥してもよい。
【００７１】
ＰＡＧ層の膜厚は特に限定されず、例えば、１０〜２００００ｎｍ程度、３０〜１００００ｎｍ程度とすることができる。膜厚が薄くなるほど、より微細なオリゴヌクレオチドアレイを製造することができる。一方、膜厚が厚くなると、剥離によりＰＡＧ層を除去することができる。剥離可能な膜厚は、光透過性樹脂の種類により異なるが、例えば１０００ｎｍ以上を挙げることができる。したがって、オリゴヌクレオチドアレイの微細化の程度に応じて、適宜膜厚を選択すればよい。
【００７２】
（露光工程）
工程（ｂ）は、上記工程（ａ）で形成したＰＡＧ層２の所望の位置を露光する工程である。図１（３）に示すように、ＰＡＧ層２に対してパターン露光を行うと、露光部分のＰＡＧ層２に含まれるＰＡＧから酸（Ｈ＋）が生成する。この酸により、ＰＡＧ層２の下層に存在する酸分解性保護基（ＰＧ）が脱保護され、酸分解性保護基で保護されていた官能基が露出する。なお、図１（４）は、露光後のＰＡＧ層２を示している。図１（４）では、ＰＡＧ層２の露光部分３において酸が生成しており、その下層の酸分解性保護基が脱保護されて、官能基（−ＯＨ）が露出している。
【００７３】
工程（ｂ）における露光は、ＰＡＧの種類に応じて、ｇ線、ｈ線、ｉ線、ＡｒＦエキシマレーザー、ＫｒＦエキシマレーザー、ＥＵＶ、ＶＵＶ、ＥＢ、Ｘ線等を放射する適切な光源を用いて行うことができる。例えば、ＡｒＦ用ＰＡＧを用いた場合には、ＡｒＦエキシマレーザーを用いて露光することができる。また、ｉ線用ＰＡＧを用いた場合には、ｉ線を用いて露光することができる。
【００７４】
工程（ｂ）における露光において、露光量は特に限定されないが、例えば、１０〜６００ｍＪ／ｃｍ２、又は５０−２００ｍＪ／ｃｍ２とすることができる。アフィメトリクス型のＤＮＡマイクロアレイの作製方法では、感光性塩基の脱保護のために数Ｊ以上が必要であり、本実施形態の製造方法では、アフィメトリクス型の方法と比較して、少ない露光量で核酸アレイの製造を行うことができる。
【００７５】
露光は、後述する酸分解性保護基を有するヌクレオチド誘導体との接触工程において、当該ヌクレオチド誘導体を結合させたい位置のＰＡＧ層２に対してのみ行う。このようなパターン露光を行うことにより、露光した部分のＰＡＧ層２に位置する酸分解性保護基のみが脱保護され、未露光部分の酸分解性保護基は脱保護されずに維持される。このようなパターン露光には、例えば、フォトマスク等を用いて行う方法、レンズやミラー等の光学系を用いたプロジェクション露光、空間光変調素子、レーザービーム等を用いたマスクレス露光等の手段を用いることができる。
【００７６】
（ＰＡＧ層除去工程）
工程（ｃ）は、上記工程（ｂ）で露光した露光後のＰＡＧ層を除去する工程である。  図１（５）に示す例では、ＰＡＧ層２の除去は、ＰＡＧ層２を、固相１から剥離することによって行われている。
【００７７】
ＰＡＧ層の除去の方法は、特に限定されないが、ＰＡＧ層を固相から剥離する方法、ＰＡＧ層を溶剤を用いて溶解させる方法等を例示することができる。
【００７８】
ＰＡＧ層を固相から剥離する場合、剥離の方法は特に限定されない。例えば、ＰＡＧ層の一端を把持して剥離する方法や、粘着性基材をＰＡＧ層に接触させて剥離する方法等を挙げることができる。剥離方法の一例としては、ロールｔｏロール技術を用いた方法等が挙げられる。
【００７９】
ＰＡＧ層の剥離後は、固相上に残存するＰＡＧ層の残渣を除去するため、固相の洗浄を行ってもよい。洗浄は、有機溶剤等を用いて行えばよく、そのような溶剤としては、アセトン、イソプロピルアルコール等を例示することができる。また、洗浄効果を高めるために溶剤蒸気を用いたベーパー洗浄を行ってもよい。また、洗浄効果を高めるために、洗浄操作中に、固相に対して超音波照射を行ってもよい。
【００８０】
溶剤を用いてＰＡＧ層を溶解する場合、樹脂組成物に含有される光透過性樹脂の種類に応じて、当該光透過性樹脂を溶解可能な溶剤を適宜選択して、ＰＡＧ層を溶解すればよい。溶剤としては、アセトン、イソプロピルアルコール等を例示できるが、これらに限定されない。また、溶解効果を高めるために、溶解操作中に、基板に対して超音波照射を行ってもよい。
【００８１】
ＰＡＧ層の溶解後は、固相上に残存するＰＡＧ層の残渣を除去するため、固相の洗浄を行ってもよい。洗浄は、適切な有機溶剤等を用いて行えばよく、そのような溶剤としては、アセトン、イソプロピルアルコール等を例示することができる。また、洗浄効果を高めるために溶剤蒸気を用いたベーパー洗浄を行ってもよい。また、洗浄効果を高めるために、洗浄操作中に、基板に対して超音波照射を行ってもよい。
【００８２】
（ヌクレオチド誘導体反応工程）
工程（ｄ）は、上記工程（ｃ）でＰＡＧ層を除去した固相を、酸分解性保護基を有するヌクレオチド誘導体と接触させる工程である。図１（６）及び（７）に示されるように、酸分解性保護基（ＰＧ）を有するヌクレオチド誘導体５を、ＰＡＧ層２除去後の固相１に接触させると、脱保護により露出した官能基（−ＯＨ）とカップリングして結合する。これにより、固相１上の所望の位置において、所望の配列の核酸合成を行うことができる。ヌクレオチド誘導体としては、場合により、標識原子で標識されたものを使用する。標識原子で標識されたヌクレオチド誘導体としては、上述したものを用いることができる。
【００８３】
酸分解性保護基を有するヌクレオチド誘導体は、一般的な核酸合成法に使用されるものを用いることができる。核酸合成法としては、一例として、ホスホロアミダイト法を挙げることができ、ヌクレオチド誘導体として、ホスホロアミダイト化されたヌクレオチド誘導体を用いることができる。また、酸分解性保護基は、酸の作用により脱保護されるものであれば、特に制限なく使用することができる。酸分解性保護基としては、例えば、（ＰＡＧ層形成工程）において上述したもの等を例示することができる。一例として、酸分解性保護基には、ＤＭＴを用いることができる。
【００８４】
また、酸分解性保護基によって保護される官能基としては、リボース又はデオキシリボースの５位の炭素に結合する水酸基を挙げることができるが、これに限定されない。本工程で使用可能なヌクレオチド誘導体としては、例えば、ＤＭＴ−ｄＡホスホロアミダイト、ＤＭＴ−ｄＴホスホロアミダイト、ＤＭＴ−ｄＧホスホロアミダイト、ＤＭＴ−ｄＣホスホロアミダイト等を挙げることができるが、これらに限定されない。ヌクレオチド誘導体は、核酸合成用に市販されているものを用いてもよい。また、ヌクレオチド誘導体が由来するヌクレオチドは、ＲＮＡであってもよく、ＢＮＡ（ｂｒｉｄｇｅｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ）やＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ）等の人工核酸であってもよい。
【００８５】
ヌクレオチド誘導体として、ホスホロアミダイト化されたヌクレオチド誘導体を用いる場合、当該ヌクレオチド誘導体と固相上の官能基との反応は、一般的なホスホロアミダイト法で用いられる条件により行うことができる。例えば、ホスホロアミダイト法による核酸合成は、以下のような手順で行うことができる。
【００８６】
まず、ホスホロアミダイト化されたヌクレオチド誘導体をテトラゾール等により活性化し、当該ヌクレオチド誘導体を固相上の官能基とカップリングさせる。次に、未反応の官能基をアセチル化等によりキャッピングし、以降のサイクルに関与しないようにする。その後、固相上の官能基と前記ヌクレオチド誘導体との結合を、ヨードを用いて酸化し、３価のリンから５価のリン酸エステルに変換する。
【００８７】
これらの反応は公知であり、公知の条件で反応を行うことができる。また、これらの反応に用いる試薬は、市販のものを用いることができる。なお、上記の方法は、固相上の官能基とヌクレオチド誘導体との結合方法の一例であり、他の方法により結合反応を行ってもよい。
【００８８】
ヌクレオチド誘導体との反応を行う前に、固相は、乾燥させておいてもよい。乾燥には、例えば、乾燥アセトニトリルや窒素フロー等を使用することができる。また、固相上の官能基とヌクレオチド誘導体との結合反応は、禁水条件下で行ってもよい。
【００８９】
（オリゴヌクレオチドの伸長）
本実施形態の製造方法は、工程（ａ）〜工程（ｄ）を任意の回数繰り返すことにより、基板上でオリゴヌクレオチドの伸長を行い、所望の配列及び塩基長を有するオリゴヌクレオチドアレイを製造することができる。また、オリゴヌクレオチドの合成において、標識原子で標識されたヌクレオチド誘導体を反応させることにより、上述した第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドを合成する。
【００９０】
例えば、ＤＮＡアレイを製造する場合には、アデニン、チミン、シトシン、及びグアニンを塩基としてそれぞれ有する４種類のヌクレオチド誘導体を使用して、工程（ａ）〜工程（ｃ）を繰り返すことにより、任意の配列及び塩基長を有するＤＮＡを基板１上で合成し、ＤＮＡアレイを製造することができる。
【００９１】
以下、基板上でのＤＮＡの合成例について、図１（１）〜（１３）及び図２（１）〜（１２）を参照して説明する。
【００９２】
図１（１）〜（７）は、１巡目の工程（ａ）〜（ｄ）を示す。詳細は、上述した通りである。図１（１）〜（７）では、ヌクレオチド誘導体５として、アデニンヌクレオチド誘導体を固相１上の官能基（−ＯＨ）に結合している。アデニンヌクレオチド誘導体は、標識原子で標識されていてもよい。
【００９３】
図１（８）〜（１３）は、２巡目の工程（ａ）〜（ｄ）を示す。図１（８）では、１巡目の工程（ａ）〜（ｄ）でアデニンヌクレオチド誘導体が結合された固相１に対して、再度ＰＡＧ層２の形成を行っている（工程（ａ））。図１（９）では、ＰＡＧ層２に対して１巡目とは異なる位置に露光を行っており、これにより露光された部分のＰＡＧ層２中のＰＡＧが酸を発生し、図１（１０）に示すように、露光された部分のＰＡＧ層３の下層の酸分解性保護基（ＰＧ）が脱保護される（工程（ｂ））。図１（１０）には脱保護された酸分解性保護基４を示す。
【００９４】
次に、図１（１１）に示すように、露光後のＰＡＧ層２を除去する（工程（ｃ））。図１（１１）の例では、露光後のＰＡＧ層２が剥離により除去されている。そして、図１（１２）に示すように、ＰＡＧ層２を除去した基板１を酸分解性保護基（ＰＧ）を有するヌクレオチド誘導体５と接触させる（工程（ｄ））。図１（１２）の例では、ヌクレオチド誘導体５として、チミジンヌクレオチド誘導体を、基板１上の官能基（−ＯＨ）に作用させている。その結果、図１（１３）に示すように、基板１上の官能基（−ＯＨ）にチミジンヌクレオチド誘導体が結合する。チミジンヌクレオチド誘導体は、標識原子で標識されていてもよい。
【００９５】
図２（１）〜（６）は、３巡目の工程（ａ）〜（ｄ）を示す。図２（１）では、１巡目でアデニンヌクレオチド誘導体、２巡目でチミジンヌクレオチド誘導体が結合された基板１に対して、再度ＰＡＧ層２の形成を行っている（工程（ａ））。図２（１）では、ＰＡＧ層２に対して１巡目及び２巡目とは異なる位置に露光を行っており、これにより露光された部分のＰＡＧ層２中のＰＡＧが酸を発生し、図２（３）に示すように、露光された部分のＰＡＧ層３の下層の酸分解性保護基（ＰＧ）が脱保護される（工程（ｂ））。図２（３）には脱保護された酸分解性保護基４を示す。
【００９６】
次に、図２（４）に示すように、露光後のＰＡＧ層２を除去する（工程（ｃ））。図２（４）の例では、露光後のＰＡＧ層２が剥離により除去されている。そして、図２（５）に示すように、ＰＡＧ層２を除去した基板１を酸分解性保護基（ＰＧ）を有するヌクレオチド誘導体５と接触させる（工程（ｄ））。図２（５）の例では、ヌクレオチド誘導体５として、グアニンヌクレオチド誘導体を、固相１上の官能基（−ＯＨ）に作用させている。その結果、図２（６）に示すように、固相１上の官能基（−ＯＨ）にグアニンヌクレオチド誘導体が結合する。グアニンヌクレオチド誘導体は、標識原子で標識されていてもよい。
【００９７】
図２（７）〜（１２）は、４巡目の工程（ａ）〜（ｄ）を示す。図２（７）では、１巡目でアデニンヌクレオチド誘導体、２巡目でチミジンヌクレオチド誘導体、３巡目でグアニンヌクレオチド誘導体が結合された固相１に対して、再度ＰＡＧ層２の形成を行っている（工程（ａ））。図２（８）では、ＰＡＧ層２に対して１巡目乃至３巡目とは異なる位置に露光を行っており、これにより露光された部分のＰＡＧ層２中のＰＡＧが酸を発生し、図２（９）に示すように、露光された部分のＰＡＧ層２の下層の酸分解性保護基（ＰＧ）が脱保護される（工程（ｂ））。図２（９）には脱保護された酸分解性保護基４を示す。
【００９８】
次に、図２（１０）に示すように、露光後のＰＡＧ層２を除去する（工程（ｃ））。図２（１０）の例では、露光後のＰＡＧ層２が剥離により除去されている。そして、図２（１１）に示すように、ＰＡＧ層２を除去した固相１を酸分解性保護基（ＰＧ）を有するヌクレオチド誘導体５と接触させる（工程（ｄ））。図２（１１）の例では、ヌクレオチド誘導体５として、シトシンヌクレオチド誘導体を、固相１上の官能基（−ＯＨ）に作用させている。その結果、図２（１２）に示すように、固相１上の官能基（−ＯＨ）にシトシンヌクレオチド誘導体が結合する。シトシンヌクレオチド誘導体は、標識原子で標識されていてもよい。
【００９９】
上記のようにして、図１及び図２の例では、工程（ａ）〜（ｄ）を４回繰り返すことにより、１段目のヌクレオチドを固相１に結合させている。同様にして、工程（ａ）〜（ｄ）を更に４回繰り返すことにより、１段目のヌクレオチドに対して、２段目のヌクレオチドを結合させることができる。同様にして、工程（ａ）〜（ｄ）を更に４回繰り返すことにより、２段目のヌクレオチドに対して、３段目のヌクレオチドを結合させることができる。このように、アデニン、チミン、グアニン及びシトシンの各ヌクレオチド誘導体を各回で用いる４回の工程（ａ）〜（ｄ）を１セットとして、当該セットを所望の回数行うことにより、所望の塩基長の配列を基板１上に合成することができる。例えば、前記セットを１０回行うことにより、１０塩基のＤＮＡを基板１上に合成することができる。
【０１００】
このように、工程（ａ）〜（ｄ）を任意の回数繰り返すことにより、基板１上の所望の位置に、所望の配列を有する核酸を合成することができる。このようにして、基板１上に、任意の配列を有する２〜１００塩基のオリゴヌクレオチドを合成し、オリゴヌクレオチドアレイを製造することができる。
【０１０１】
なお、図１及び図２の例では、アデニン、チミン、グアニン、シトシンの順にヌクレオチド誘導体を反応させているが、ヌクレオチド誘導体を反応させる順序はこれに限定されず、これらのヌクレオチド誘導体を任意の順序で反応させることができる。また、ヌクレオチド誘導体を反応させる順序は、各セット間で同じである必要はなく、セット毎に異なる順序でヌクレオチド誘導体を反応させてもよい。
【０１０２】
また、上記説明した例では、基板上で１段ずつヌクレオチドを伸長させているが、必ずしも１段ずつヌクレオチドを伸長させる必要はない。例えば、１巡目でアデニンヌクレオチド誘導体を用い、２巡目でチアミンヌクレオチド誘導体を用いる場合、１巡目と２巡目で一部重複する位置を露光し、１巡目と２巡目の露光が重複する位置にアデニン−チミンの塩基配列を有するジヌクレオチド誘導体を結合させてもよい。
【０１０３】
なお、本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、上述した基板表面でオリゴヌクレオチドを伸長させる方法に限らず、その他の方法でも製造することができる。本実施形態のオリゴヌクレオチドアレイは、例えば、第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドを液相で合成し、合成されたオリゴヌクレオチドを基板表面にスポットするスタンフォード法で製造してもよい。
【０１０４】
［オリゴヌクレオチドアレイを評価する方法］
１実施形態において、本発明は、上述したオリゴヌクレオチドアレイを評価する方法であって、前記オリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析し、前記標識原子を検出する工程を含む方法を提供する。
【０１０５】
本実施形態の方法において、オリゴヌクレオチドアレイの評価とは、基板上の各オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価することを意味する。
【０１０６】
従来、基板上のオリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価する有効な方法がなかった。これに対し、実施例において後述するように、本実施形態の方法によれば、オリゴヌクレオチドが数塩基程度の短い場合においても、オリゴヌクレオチドアレイを評価することができる。
【０１０７】
本実施形態の方法では、オリゴヌクレオチドアレイの特定のスポットのオリゴヌクレオチドが有する標識原子の種類及び／又は標識原子の数を検出することにより、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できているか否かを評価することができる。
【０１０８】
本実施形態の方法について、特定のスポットのオリゴヌクレオチドの５塩基目及び１０塩基目に種類の異なる標識原子が導入されている場合を例に説明する。このようなオリゴヌクレオチドは上述した第１のオリゴヌクレオチドに相当するといえる。ここで、５塩基目の標識原子はフッ素原子であり、１０塩基目の標識原子は臭素原子であるとする。
【０１０９】
イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析した結果、上記スポットで臭素原子が検出された場合、上記スポットのオリゴヌクレオチドは１０塩基目まで正確に合成されたと判断することができる。なお、この例の場合、５塩基目の塩素原子も検出されているはずである。
【０１１０】
これに対し、上記スポットでフッ素原子が検出され、且つ臭素原子が検出されなかった場合、上記スポットのオリゴヌクレオチドは５塩基目までは正確に合成されたものの、６塩基目以降１０塩基目までのいずれかの段階でオリゴヌクレオチドの合成に不具合が生じ、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できていないと判断することができる。
【０１１１】
なお、第１のオリゴヌクレオチドには、同じ種類の標識原子が２以上導入されていてもよい。例えば、５塩基目と１０塩基目にフッ素原子を導入した場合、フッ素原子が１つも検出されないスポットでは、１塩基目から４塩基目までのいずれかの合成が失敗したと評価され、フッ素原子が１つ検出されたスポットでは、５塩基目まで正確に合成されたものの、６塩基目以降１０塩基目までのいずれかの段階で合成に失敗したと評価される。一方、フッ素原子が２つ検出されたスポットでは、１０塩基目まで正確に合成されたと評価することができる。
【０１１２】
また、例えば、特定の２つのスポットのオリゴヌクレオチドについて、一方はフッ素原子で標識されており（上述した第２のオリゴヌクレオチドに相当するといえる。）、他方は臭素原子で標識されている（上述した第３のオリゴヌクレオチドに相当するといえる。）場合を例に説明する。
【０１１３】
このようなオリゴヌクレオチドアレイをイメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により分析した結果、一方のスポットでフッ素原子が検出され、他方のスポットで臭素原子が検出された場合、オリゴヌクレオチドアレイは設計通りに合成できていると評価することができる。
【０１１４】
これに対し、いずれかのスポットで標識原子が検出されなかった場合、オリゴヌクレオチドの合成に不具合が生じ、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できていないと判断することができる。
【０１１５】
また、第２及び第３のオリゴヌクレオチドを用いれば、フォトリソグラフィー法等によってパターニングしながら基板上でオリゴヌクレオチドを合成するとき、パターニングが正確に行われたか否か評価することができる。例えば、あるスポットに配置される特定の配列を有するオリゴヌクレオチドの末端のヌクレオチドにフッ素原子を導入し、別のスポットに配置される別の配列を有するオリゴヌクレオチドの末端のヌクレオチドに臭素原子を導入し、それぞれの標識原子を検出する。フッ素原子と臭素原子がそれぞれ想定されたスポットで検出されれば、パターニングと合成が正確に行われたと評価される。フッ素原子と臭素原子が想定したスポット以外で検出された場合、合成は行われてもパターニングに失敗したと評価される。想定されたスポットで標識原子が検出されない場合には、パターニング及び／又は合成に失敗したと評価される。
【０１１６】
また、基準となる検出強度を参照し、相対定量あるいは絶対定量法により合成収率や合成したＤＮＡの配列純度を評価することができる。例えば、基準となる検出強度の５０％程度しか検出されなかった場合、そのスポットには設計通りの配列を持つＤＮＡが５０％程度しか存在しないと評価される。
【０１１７】
また、例えば、特定の２つのスポットのオリゴヌクレオチドについて、一方は基板から５番目のヌクレオチドがフッ素原子で標識されており（上述した第４のオリゴヌクレオチドに相当する。）、他方も基板から５番目のヌクレオチドがフッ素原子で標識されている（上述した第５のオリゴヌクレオチドに相当する。）場合を例に説明する。
【０１１８】
この場合、フッ素原子が検出されるスポットのオリゴヌクレオチドは、少なくとも５番目のヌクレオチドまで合成が成功したと評価され、検出されないスポットのオリゴヌクレオチドは、１番目から４番目のヌクレオチドのいずれかで合成が失敗しており、キャッピング済みとなったと評価される。第４及び第５のオリゴヌクレオチドのそれぞれにおいて、５番目、１０番目、１５番目のヌクレオチド等、周期的に標識原子を導入しておくことにより、それぞれのスポットにおけるオリゴヌクレオチド合成の成否を評価することができる。
【０１１９】
以上は、基板上でオリゴヌクレオチドを合成する場合について説明したが、液相でオリゴヌクレオチドを合成し、各スポットにスポッティングによってオリゴヌクレオチドを配置した場合も、同様に標識原子を検出して、正しい配列のオリゴヌクレオチドが各スポットに配置されたか否か評価することが可能である。またオンビーズでオリゴヌクレオチドを合成した場合も、同様に標識原子を検出して、正しい配列のオリゴヌクレオチドが各ビーズ状で合成できたか否かを評価することが可能である。
【０１２０】
本実施形態の方法において、イメージング質量分析装置の検出器としては、Ｔｉｍｅ−ｏｆ−Ｆｌｉｇｈｔ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｅｒ（ＴＯＦ−ＭＳ）、Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｅｒ（ＱＭＳ）等を用いることができる。また、イオン化方法としては、Ｍａｔｒｉｘ  Ａｓｓｉｓｔｅｄ  Ｌａｓｅｒ  Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ（ＭＡＬＤＩ）、Ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙ  Iｏｎｉｚａｔｉｏｎ（ＥＳＩ）、Ｆｉｅｌｄ  Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ（ＦＤ）、Ｄｉｒｅｃｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ（ＤＡＲＴ）、Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ（ＥＩ）、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ（ＣＩ）、Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ  Ｉｏｎ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ（ＳＩＭＳ）等が挙げられる。また、本実施形態の方法はイメージングＸ線光電子分光分析により実施することもできる。
【０１２１】
［オリゴヌクレオチドアレイを識別する方法］
第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドは、所定の情報の記録やマイクロアレイの識別子として利用することもできる。
【０１２２】
例えば、標識原子の種類及び／又は数の異なるオリゴヌクレオチドを組み合わせることにより、バーコードのような識別子として機能させることができる。標識原子の種類及び／又は数の異なるオリゴヌクレオチドは、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により識別できるので、マイクロアレイの種類に応じて異なるパターンで標識原子の種類及び／又は数の異なるオリゴヌクレオチドを配置しておけば１次元又は２次元のバーコードとして、マイクロアレイの識別子として機能し得る。かかる識別子は、オリゴヌクレオチドアレイのロット管理、仕様表示、偽造防止等に使用することができる。
【０１２３】
また、近年、ＤＮＡを高密度かつ大容量のストレージとして利用するＤＮＡストレージが提案されている。ＤＮＡストレージは、種々の情報を、ＤＮＡを構成する４つのヌクレオチドに割り当てて配列を設計することで人工的なＤＮＡ鎖にコード化する。ＤＮＡ鎖にコード化された情報は、次世代シーケンサー等で塩基配列を読み取ることで復号化される。この点、情報を記録するＤＮＡ鎖をＤＮＡマイクロアレイとし、第１〜第５のいずれかのオリゴヌクレオチドを用いれば、イメージング質量分析又はイメージングＸ線光電子分光分析により標識原子を検出することで必要な配列情報を簡易かつ迅速に読み取って、ＤＮＡ鎖にコード化された情報を復号化することができる。
【０１２４】
これまで提案されているＤＮＡストレージ技術は、一般的にＤＮＡ鎖が記録領域となっているものの、デコードするためにはＤＮＡ溶液とした後、検出感度に達するまでＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応、ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）で増幅させる等の必要があった。こうした技術は偽造防止のＤＮＡインクに適用され紙幣等の基材に適用されるものの、読み取りの際には溶解・ＰＣＲ等の前処理工程が必要となる。またＤＮＡを構成するＡ（アデニン）、Ｇ（グアニン）、Ｃ（シトシン）、Ｔ（チミン）を用いれば１塩基当たりの記録密度は２ｂｉｔｓ／ｎｔとなるが、実際にはＰＣＲによる複製エラーを鑑みた情報量に制限され、最近の報告（Erlich Y. and Zielinski1 D., DNA Fountain enables a robust and efficient storage architecture, Science, 355, 950-954, 2017）では１塩基当たり１．５７ｂｉｔｓ／ｎｔとなっている。
【０１２５】
さらに、人工合成法でＤＮＡを合成する場合、仮に１塩基当たりの合成収率が９９．９％であったとしても、２００塩基まで延伸した場合、目的の配列を合成できる確率は０．９９９の２００乗、すなわち８１．９％まで低下してしまうことも課題である。設計通りの配列を得るためには、合成後カラムクロマトグラフィー等による精製を適用するか、短鎖のＤＮＡを用いる必要があり、大容量データと格納・読み取りを実施するには複数短鎖ＤＮＡを組み合わせる処理を要する。
【０１２６】
これに対し、本実施形態により各種基板に固定化されたＤＮＡを用いれば、破壊・複製・増幅することなく配列の解析、情報の読み取りが可能である。またオリゴヌクレオチドの塩基種・塩基長・スポット形状に応じて最少情報単位を増減することができ、スポット数やその集積度に応じて情報量を増減させることができる。
【０１２７】
例えば、第１〜第５のいずれかのヌクレオチドのうちハロゲン原子（Ｆ，Ｃｌ，Ｂｒ）を各ヌクレオチドに１つずつ導入した塩基と非標識のヌクレオチドの４塩基を適用した場合、４塩基のうちいずれかの塩基を１つ固定化することで、１塩基当たり４種の情報を記録できる。したがって記録密度は２ｂｉｔｓ／ｓｐｏｔとなる。本実施形態により２塩基のオリゴヌクレオチドをスポットした領域は、４塩基から２塩基を選択し重複組み合わせした値、すなわち１０種の情報を記録できる。したがって記録密度は３．３ｂｉｔｓ／ｓｐｏｔとなる。同様に５又は１０塩基のオリゴヌクレオチドをスポットした領域は４塩基のうち５塩基又は１０塩基分を重複組み合わせした値、すなわち５６種又は２８５種の情報を記録でき記録密度は５．８又は８．２ｂｉｔｓ／ｓｐｏｔとなる。
【０１２８】
さらに、４塩基のうち一つをスポットする際に、スポット形状を英数文字Ａ〜Ｚ，ａ〜ｚ，０〜９、記号等の２５６種のいずれかの形状にすることにより、１０２４種の情報を記録でき、その記録密度は１０ｂｉｔｓ／ｓｐｏｔとなる。１スポットに１０塩基長さのオリゴヌクレオチドを用いれば、１０２４から２つを選択し重複組み合わせした値、すなわち３．６×１０２３種の情報を記録でき、このときの記録密度は７８．３ｂｉｔｓ／ｓｐｏｔとなる。これを１スポットあたり５μｍ×５μｍの面積に収めることで、１インチ角（２５．４ｍｍ角）に２５×１０６桁を記録できる。微細な加工にはフォトリソグラフィーを適用できる。
【０１２９】
本実施形態と上記の手法を用いれば、理論面記録密度は２３Ｔｂｉｔｓ／ｉｎｃｈ２（２．９ＴＢ／ｉｎｃｈ２）を実現でき、ＣＤサイズの直径５インチの円盤上に約２４０ＴＢの情報を記録する大容量ストレージとして利用することもできる。またこの基板をテンプレートとしてＰＣＲを行えば記録情報を複製することもできる。
【実施例】
【０１３０】
以下、実施例により本発明を説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【０１３１】
［実施例１］
（基板上でのリンカー層の形成、及び酸分解性保護基の導入）
ビーカーに、シランカップリング剤（Ｎ−（３−トリエトキシシリルプロピル）−４−ヒドロキシブチルアミド、Ｇｅｌｅｓｔ社製）を１．４ｇ秤量し、８７℃に加温した１．４Ｌのイオン交換水を加えた。９０℃で５分間撹拌した後、１４ｍＬの酢酸を添加し、更に３０分間加熱撹拌してシラン溶液を作成した。
【０１３２】
次に、基板となる１５０ｎｍ熱酸化膜付３インチシリコンウエハーを大気圧酸素プラズマ装置（ＹＡＰ５１０；ヤマト科学社製）で４００Ｗ×３回処理し活性化させた後、反応容器に入れ、上記シラン溶液を加えて内部温度９０℃で２０分間加熱した。
【０１３３】
加熱後、容器から基板を取り出し、イソプロパノール（ＩＰＡ）１．４Ｌに浸漬して、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った後、窒素フローで乾燥した。
【０１３４】
次に、酸素濃度０．０％、湿度３．３％以下の窒素雰囲気に制御したグローブボックス内にて、以下の作業を行った。
【０１３５】
ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）−ｄＴホスホロアミダイト（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）４ｇに、テトラゾールのアセトニトリル溶液（４５０ｍＭ、Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を８０ｍＬ、乾燥アセトニトリル（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を４０ｍＬ加えた。このようにしてＤＭＴ−ｄＴ溶液を１２０ｍＬ調製した。
【０１３６】
上記のようにリンカー層を形成した基板を乾燥アセトニトリルに浸漬し、窒素フローで乾燥した。乾燥後、反応容器に入れ、上記ＤＭＴ−ｄＴ溶液を加えて２分間揺動した。ＤＭＴ−ｄＴ溶液を容器から取り出し、乾燥アセトニトリル１００ｍＬを入れリンスした。アセトニトリルを容器から取り出し、再び乾燥アセトニトリル１００ｍＬを入れリンスしグローブボックスから取り出した。
【０１３７】
続いて、基板をアセトニトリル１．４Ｌが入った洗浄用ガラス容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリルを用意し、同様の洗浄を更に２回行い、合計３回洗浄した。この結果、図３（ａ）に示すように、基板上にチミン残基が導入された。続いて、窒素フローで乾燥後、基板をグローブボックス内で保管した。
【０１３８】
（キャッピング）
次に、無水酢酸／テトラヒドロフラン  ９．１／９０．９（ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ａ）７００ｍｌ、テトラヒドロフラン／Ｎ―メチルイミダゾール／ピリジン  ８／１／１（ｖ／ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ｂ）７００ｍＬを十分に混合してＣａｐ溶液とした。基板と、Ｃａｐ溶液とをガラス製反応容器に入れ、室温で２分間浸漬した後、ピリジンで２回リンスした。
【０１３９】
（酸化）
次に、ヨウ素を含有するテトラヒドロフラン／水／ピリジン／ヨウ素  ９０．５４／９．０５／０．４１／０．４３（ｖ／ｖ／ｖ／ｗ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液）を用いて、キャッピング後の基板の酸化を行った。
【０１４０】
上記のように施したキャッピング基板と、上記のＯｘｉｄｉｚｅｒ溶液６００ｍＬとをガラス製反応容器に入れた。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリルでリンスし、続いて、アセトニトリル１．４Ｌが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。続いて、別の容器にアセトニトリル１．４Ｌを用意し、同様の洗浄を更に２回行い、合計３回洗浄した。続いて、窒素フローで乾燥した。
【０１４１】
（樹脂組成物の調製）
ポリウレタン濃度２０質量％のアルコール溶液（ＲｕｓＰａｃｋ、オーデック社製）に、１質量％（ポリウレタンに対し５ｗｔ％）となるよう光酸発生剤（ＰＡＧ）（ＣＰＩ−２１０Ｓ、サンアプロ社製）を添加した。自公転式混練機を用いて撹拌し、更に２８ｋＨｚ超音波を５分間照射して、ＰＡＧを完溶させた。これをＩＰＡで２０倍希釈して自公転式混練機を用いて撹拌した。
【０１４２】
（ＰＡＧ層の形成１）
上記のように調製した基板に対し、上記樹脂組成物をスピン成膜し（１０００ｒｐｍ，３０秒）、ホットプレートを用いて９０℃で1分間加熱し乾燥した。ＰＡＧ層の膜厚は、５００ｎｍとなるようにした。
【０１４３】
（パターニング及びＰＡＧ層の除去１）
３６５ｎｍのＵＶ光でパターン露光を行った。図３（ｂ）は露光パターンを示す模式図である。パターン露光は、１００μｍ間隔毎に、未露光部分及び露光部分を交互に設けるようにして行った。図３（ｂ）では、露光部分を暗く示している。露光された部分は発生した酸により脱保護された。露光後、基板からＰＡＧ層を剥離して除去した。
【０１４４】
（オリゴヌクレオチドの合成１）
次に、酸素濃度０．０％、湿度３．３％以下の窒素雰囲気に制御したグローブボックス内にて、以下の作業を行った。
【０１４５】
５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−Ｎ−ａｃｅｔｙｌ−ｄｅｏｘｙＣｙｔｉｄｉｎｅ，２’−ｆｌｕｏｒｏ−３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ（ＤＭＴ−Ｆ−Ａｃ−Ｃ）（Ｇｒｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ社製）０．５ｇに、テトラゾールのアセトニトリル溶液（４５０ｍＭ、Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を１０ｍＬ、乾燥アセトニトリル（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を５ｍＬ加えた。このようにしてＤＭＴ−Ｆ−Ａｃ−ｄＣ溶液を１５ｍＬ調製した。
【０１４６】
図３（ｂ）に示すパターン状に脱保護した基板を乾燥アセトニトリルに浸漬し、窒素フローで乾燥した。乾燥後、反応容器に入れ、上記ＤＭＴ−Ｆ−Ａｃ−ｄＣ溶液を基板にのせた。２分間静置した後、基板を容器から取り出し、搬送用の別容器に乾燥アセトニトリルを基板と共に入れ、グローブボックスから取り出した。
【０１４７】
続いて、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄を更に２回行い、合計３回洗浄した。
【０１４８】
（キャッピング）
次に、無水酢酸／テトラヒドロフラン  ９．１／９０．９（ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ａ）３０ｍｌ、テトラヒドロフラン／Ｎ―メチルイミダゾール／ピリジン  ８／１／１（ｖ／ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ｂ）３０ｍＬを十分に混合してＣａｐ溶液とした。基板と、Ｃａｐ溶液とをガラス製反応容器に入れた。室温で２分間浸漬した後、ピリジンで２回リンスした。
【０１４９】
（酸化）
次に、ヨウ素を含有するテトラヒドロフラン／水／ピリジン／ヨウ素  ９０．５４／９．０５／０．４１／０．４３（ｖ／ｖ／ｖ／ｗ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液）を用いて、キャッピング後の基板の酸化を行った。
【０１５０】
上記のように施したキャッピング基板と、上記のＯｘｉｄｉｚｅｒ溶液８０ｍＬとをガラス製反応容器に入れた。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリルでリンスし、続いて、アセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。続いて、別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄を更に２回行い、合計３回洗浄した。続いて、窒素フローで乾燥した。
【０１５１】
この結果、図３（ｃ）に示すように、基板上にフッ素で標識化したシトシン残基が導入された。続いて、窒素フローで乾燥後、基板をグローブボックス内で保管した。図３（ｄ）は、ここまでの過程で形成されたオリゴヌクレオチドアレイの模式図である。図３（ｄ）で示すオリゴヌクレオチドアレイは、チミン残基１個を有するヌクレオチドと、チミン−シトシンの２残基からなるオリゴヌクレオチドがパターン状に配置されていた。また、シトシン残基はフッ素原子で標識されていた。
【０１５２】
（ＰＡＧ層の形成２）
続いて、上記のように調製した基板に対し、上記樹脂組成物を再度スピン成膜し（１０００ｒｐｍ，３０秒）、ホットプレートを用いて９０℃で1分間加熱し乾燥した。ＰＡＧ層の膜厚は、５００ｎｍとなるようにした。
【０１５３】
（パターニング及びＰＡＧ層の除去２）
３６５ｎｍのＵＶ光でパターン露光を行った。図３（ｅ）は露光パターンを示す模式図である。パターン露光は、１００μｍ間隔毎に、未露光部分及び露光部分を交互に設けるようにして行った。図３（ｅ）では、露光部分を暗く示している。露光された部分は発生した酸により脱保護された。露光後、基板からＰＡＧ層を剥離して除去した。
【０１５４】
（オリゴヌクレオチドの合成２）
次に、酸素濃度０．０％、湿度３．３％以下の窒素雰囲気に制御したグローブボックス内にて、以下の作業を行った。
【０１５５】
５’−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｔｙｌ−５−ｂｒｏｍｏ−Ｕｒｉｄｉｎｅ，２’−Ｏ−ｍｅｔｈｙｌ，３’−［（２−ｃｙａｎｏｅｔｈｙｌ）−（Ｎ，Ｎ−ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙｌ）］−ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ（ＤＭＴ−Ｂｒ−ｄＵ）（Ｇｒｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ社製）０．２５ｇに、テトラゾールのアセトニトリル溶液（４５０ｍＭ、Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を５ｍＬ、乾燥アセトニトリル（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）を２．５ｍＬ加えた。このようにしてＤＭＴ−Ｂｒ−ｄＵ溶液を７．５ｍＬ調製した。
【０１５６】
図３（ｅ）に示すパターン状に脱保護した基板を乾燥アセトニトリルに浸漬し、窒素フローで乾燥した。乾燥後、反応容器に入れ、上記ＤＭＴ−Ｂｒ−ｄＵ溶液を加えて２分間揺動した。基板を容器から取り出し、搬送用の別容器に乾燥アセトニトリルを基板と共に入れ、グローブボックスから取り出した。
【０１５７】
続いて、基板をアセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄を更に２回行い、合計３回洗浄した。
【０１５８】
（キャッピング）
次に無水酢酸／テトラヒドロフラン  ９．１／９０．９（ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ａ）３０ｍｌ、テトラヒドロフラン／Ｎ―メチルイミダゾール／ピリジン  ８／１／１（ｖ／ｖ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｃａｐ  Ｂ）３０ｍＬを十分に混合してＣａｐ溶液とした。基板と、Ｃａｐ溶液とをガラス製反応容器に入れ、室温で２分間浸漬した後、ピリジンで２回リンスした。
【０１５９】
（酸化）
次にヨウ素を含有するテトラヒドロフラン／水／ピリジン／ヨウ素  ９０．５４／９．０５／０．４１／０．４３（ｖ／ｖ／ｖ／ｗ）（Ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ社製）（Ｏｘｉｄｉｚｅｒ溶液）を用いて、キャッピング後の基板の酸化を行った。
【０１６０】
上記のように施したキャッピング基板と、上記のＯｘｉｄｉｚｅｒ溶液８０ｍＬとをガラス製反応容器に入れた。室温で５分間浸漬した後、基板をアセトニトリルでリンスし、続いて、アセトニトリル１００ｍＬが入った洗浄用容器に浸漬し、２８ｋＨｚ超音波洗浄を５分間行った。続いて、別の容器にアセトニトリル１００ｍＬを用意し、同様の洗浄を更に２回行い、合計３回洗浄した。続いて、窒素フローで乾燥した。
【０１６１】
この結果、図３（ｅ）に示すように、基板上に臭素で標識化したウラシル残基が導入された。続いて、窒素フローで乾燥後、基板をグローブボックス内で保管した。図３（ｆ）は、ここまでの過程で形成されたオリゴヌクレオチドアレイの模式図である。図３（ｆ）で示すオリゴヌクレオチドアレイは、チミン残基１個を有するヌクレオチドと、チミン−シトシンの２残基からなるオリゴヌクレオチドと、チミン−ウラシルの２残基からなるオリゴヌクレオチドと、チミン−シトシン−ウラシルの３残基からなるオリゴヌクレオチドがパターン状に配置されていた。また、シトシン残基はフッ素原子で標識されており、ウラシル残基は臭素原子で標識されていた。
【０１６２】
［オリゴヌクレオチドアレイの評価］
飛行時間型二次イオン質量分析計（Ｔｉｍｅ−ｏｆ−ｆｌｉｇｈｔ  ｓｅｃｏｎｄａｒｙ  ｉｏｎ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｅｒ：  ＴｏＦ−ＳＩＭＳ）（ＩＯＮ−ＴＯＦ社  ＴＯＦ−ＳＩＭＳ５）を用いたイメージング質量分析により、上記で作製したオリゴヌクレオチドアレイを評価した。一次イオン源にはＢｉを用い、基板最表面５００μｍ角を測定領域としてポジティブイオン、ネガティブイオンを同箇所で測定した。
【０１６３】
図４（ａ）〜（ｃ）は、イメージング質量分析によるオリゴヌクレオチドアレイの測定結果を示す図である。図４（ａ）〜（ｃ）中、破線の四角で囲んだ領域１、２、３、４は、それぞれチミン残基１個を有するヌクレオチドが固定された領域、チミン−シトシンの２残基からなるオリゴヌクレオチドが固定された領域、チミン−ウラシルの２残基からなるオリゴヌクレオチドが固定された領域、チミン−シトシン−ウラシルの３残基からなるオリゴヌクレオチドが固定された領域にそれぞれ相当する。
【０１６４】
図４（ａ）は、イメージング質量分析によりヌクレオチドを構成する糖の断片に相当するｍ／ｚ＝５９．１のピークを可視化した図である。また、図４（ｂ）は、イメージング質量分析によりフッ素イオンに相当するｍ／ｚ＝１９．０のピークを可視化した図である。また、図４（ｃ）は、イメージング質量分析により臭素イオンに相当するｍ／ｚ＝７８．９のピークを可視化した図である。
【０１６５】
図４（ｂ）、（ｃ）の結果から、標識原子を検出することにより、２塩基目及び３塩基目が設計通りに合成できていることを確認することが可能であることが明らかとなった。これに対し、図４（ａ）のように糖の断片を検出しても、塩基の識別はできないため、オリゴヌクレオチドが設計通りに合成できていることを確認することは困難であった。
【符号の説明】
【０１６６】
１…基板、２…ＰＡＧ層、３…露光された部分、４…脱保護された酸分解性保護基、５…保護基を有するヌクレオチド誘導体。
【図１】
2019132588.tif 000002
【図２】
2019132588.tif 000003
【図３】
2019132588.tif 000004
【図４】
2019132588.tif 000005