(57)【要約】  フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）関連タンパク質の核酸分子及びポリペプチド、並びにそれらの断片及び変種を本発明において開示する。加えて、ＦＯＳ関連融合タンパク質、抗原性ペプチド、並びに、抗ＦＯＳ関連抗体も包含される。本発明は、本発明の核酸分子を含有する組換え体発現ベクター、及びこれらの発現ベクターが導入された宿主細胞も提供する。本発明のポリペプチドを生成する方法、及びそれらの使用法もさらに開示する。【選択図】2007527702.tif 000010
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１又はその相補体のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１又はその相補体のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｆ）ａ）からｅ）のいずれかの相補体
からなる群から選択された単離された核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項３】
異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項２に記載のベクター。
【請求項４】
請求項２に記載のベクターを含有する宿主細胞。
【請求項５】
細菌宿主細胞である、請求項４に記載の宿主細胞。
【請求項６】
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；及び、
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸に少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択された単離されているポリペプチド。
【請求項７】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチド。
【請求項８】
請求項６に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項９】
ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項４に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を有するポリペプチドに少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１０】
試料中のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物に、前記試料を接触させること、及び前記化合物が前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定することを含み；前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１１】
前記ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
試料中における請求項１に記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、
（ａ）前記核酸分子に選択的にハイブリッド形成する核酸プローブ又はプライマーに、前記試料を接触させるステップと；
（ｂ）前記核酸プローブ又はプライマーが、前記試料中の核酸分子に結合するかどうか判定するステップと
を含む方法。
【請求項１３】
前記試料がｍＲＮＡ分子を含み、かつ核酸プローブと接触させられる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１５】
宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び、
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１６】
哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激する方法であって、
ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する少なくとも１つの細菌を、前記哺乳動物に導入することを含む方法。
【請求項１７】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、宿主の胃腸管でコロニー形成する改変された能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項１８】
１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの非存在下ではＦＯＳを利用しない、請求項１７に記載のラクトバシラス菌株。
【請求項１９】
請求項１７に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２０】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する強化されている能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記強化されている能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項２１】
請求項２０に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２２】
調節制御エレメントを含む単離された核酸であって、
（ａ）配列番号：１７３、１７４、１７５、３５３又は３５４のヌクレオチド配列；
（ｂ）本質的に、配列番号：１７３、３５３又は３５４のヌクレオチド配列における、連続した少なくとも５０ヌクレオチドの生物学的に活性な断片からなるヌクレオチド配列；
（ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列の相補鎖にハイブリッド形成するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列；及び、
（ｄ）（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列
からなる群より選択されたヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項２３】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を活性化する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２４】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を抑制する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２５】
糖の存在下で発現を誘導することによって転写を調節する、請求項２２に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２６】
糖がショ糖及びＦＯＳからなる群より選択される、請求項２５に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２７】
請求項２２に記載の単離された核酸を含む単離されたヌクレオチド配列であって、前記配列が、作用可能に結合している対象の異種ヌクレオチド配列の転写を調節するヌクレオチド配列。
【請求項２８】
請求項２７に記載の単離されたヌクレオチド配列を含む形質転換ベクター。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、乳酸菌、すなわちアシドフィルス菌から単離されたポリヌクレオチドと、それらによってコードされているポリペプチドとに関し、また、それらのポリペプチドと、それらを発現する微生物とを使用する方法にも関する。
【背景技術】
【０００２】
この出願は、２００３年６月２３日に出願された米国特許仮出願第６０／４８０７６４号に基づく権利を主張し、その内容を全体として参照により本明細書に組み込む。
【０００３】
アシドフィルス菌（Lactobacillus acidophilus）は、胃腸及び尿生殖路の正常な常住菌であって、グラム陽性、桿状、非胞子形成性、同種発酵性の細菌である。最初にMoro（1900年）が幼児の糞便から単離して以来、この「酸を好む」生物は、ヒト、母乳を与えられている乳児、及び乳、ラクトース、又はデキストリンの多い食物を摂取している人々の腸管で見出されている。歴史的に、アシドフィルス菌は、胃腸管微生物叢に有益な効果を引き起こすことのできる腸内プロバイオティックとして考えられることが最も多い乳酸桿菌（Lactobacillus）種である（Klaenhammer, T. R. and W. M. Russell, 2000, Species of the Lactobacillus acidophilus complex, Encyclopedia of Food Microbiology, Volume 2, pp. 1151-1157, Robinson, R. K., Batt, C., and Patel, P. D (eds).  Academic Press, San Diego)。アシドフィルス菌は、ラクトース及びさらに複雑な少糖を含めたヘキソースを発酵させることができ（Kaplan and Hutkins (2000) Appl. Environ. Microbiol. 66, 2682-2684）、それによって乳酸を生成し、また、この生物が培養されている環境のｐＨを低下させる。酸性化した環境（例えば、食物、膣、及び胃腸管内の領域）は、望ましくない細菌、病原体、及び酵母の成長を妨げることができる。この生物は、その酸耐性、培養乳製品中での生存、並びに、胃及び胃腸管の通過中における生存率によってよく知られている。乳酸杆菌及び他の片利共生細菌（それらの一部は、「生体に好ましい」プロバイオティック細菌であるとみなされる）は、ヒトの健康に対するそれらの影響に関して、とりわけ、腸内感染及び下痢性疾患の予防又は治療、癌の予防、並びに免疫系の刺激に関して詳細に研究されている。
【特許文献１】米国特許仮出願第６０／４８０７６４号
【非特許文献１】Klaenhammer, T. R. and W. M. Russell, 2000, Species of the Lactobacillus acidophilus complex, Encyclopedia of Food Microbiology, Volume 2, pp. 1151-1157, Robinson, R. K., Batt, C., and Patel, P. D (eds).  Academic Press, San Diego
【非特許文献２】Kaplan and Hutkins (2000) Appl. Environ. Microbiol. 66, 2682-2684
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
詳細には、本発明は、配列番号：１〜１７２（配列番号：１〜１７２のみに関して、核酸には奇数番号の配列番号を付しており、アミノ酸配列には、配列番号：１〜１７２における偶数番号を付していることが理解されよう）に示すヌクレオチド配列を含む、ＦＯＳ関連ポリペプチドをコードする単離された核酸分子と、配列番号：１〜１７２に示すアミノ酸配列をコードする単離された核酸分子とを提供する。さらに、配列番号：１７３、１７４、１７５、３５３、及び３５４に示すヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子も提供する。本明細書に記載の核酸分子によってコードされているアミノ酸配列を有する単離されているか、又は組換え体のポリペプチドも提供する。変種核酸分子、並びに、配列リストに記載するヌクレオチド配列及びアミノ酸配列に十分に同一なポリペプチドも本発明に包含される。さらに、これらのヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の断片と、それらに十分に同一な断片も包含される。本発明のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、又は本発明の配列にハイブリッド形成するヌクレオチド配列も包含される。
【０００５】
配列番号：１〜１７２のうちの奇数番号に示す、本発明のヌクレオチド配列は、開始部位上流の非コード領域を含む。したがって、配列番号：１〜１７２のうちの奇数番号におけるコード領域を含むヌクレオチド配列も提供する。配列表、より詳細には配列番号：１〜１７２のうちの奇数番号を調査することによってコード領域を同定することができるが、それらにおいては、ヌクレオチド配列の下に提供するアミノ酸翻訳によって、コード部分が示されている。
【０００６】
組成物には、本明細書に記載する核酸分子の組換え体発現用のベクター及び宿主細胞もさらに含まれ、また、これらのベクターを含むトランスジェニック微生物群も含まれる。本発明のポリペプチドの組換え体を産生する方法、及びそれらの使用方法も含まれる。試料中における、本発明の核酸配列又はポリペプチド配列の存在を検出する方法及びキット、並びに、本発明のポリペプチドに結合する抗体もさらに含まれる。
【０００７】
本発明の核酸は、他のラクトバチルス種、特に、さもなくばＦＯＳ（又は他のＦＯＳ関連化合物）を利用しないものを含めた他の乳酸菌などのプロバイオティック細菌に、より高いＦＯＳ利用能力を付与するのに有用である。そのようなプロバイオティック細菌におけるＦＯＳ利用能力の強化は、プロバイオティクスを摂取した対象、及びプロバイオティック細菌を投与された対象の胃腸管の中で、そのようなプロバイオティック細菌が他の細菌と競合する、或いはコロニー形成をする、或いは他の細菌に対する、個体数上のそれらの地位を維持する能力を強化するのに有用である。加えて、本発明の核酸は、ＦＯＳを利用する能力を有するものを得るために、他の細菌をスクリーニングする際のプローブとしても有用である。本発明のプローブによって同定され、本発明の配列のようなＦＯＳ関連配列を有することが判明している他の細菌（詳細には乳酸菌、そして最も詳細にはラクトバチルス属における他の種）は、ヒト対象又は動物対象に投与するためのプロバイオティック細菌として有用である。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００８】
本発明は、アシドフィルス菌のフラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）関連分子に関する。これらの分子のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列を提供する。これらの配列は、生物を改変して利点を促進するのに使用できる。
【０００９】
「ＦＯＳ関連分子」によって、「ＦＯＳ利用分子」と、「ＦＯＳによって誘導される分子」とを意図する。「ＦＯＳ利用分子」によって、何らかの方法で細胞によるフラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）の利用を促進するタンパク質を意図し、それらには、細胞によってエネルギー経路でさらに利用されるさらに小さい糖へのフラクトオリゴ糖又はその構成要素の分解を触媒する代謝経路分子又は異化経路分子；及び、代謝でさらに利用されるフラクトオリゴ糖の、細胞内への輸送を促進する輸送タンパク質が含まれるが、これらに限定されない。ＦＯＳ利用分子は、例えば、配列番号：１、３、５、７、９、及び１１に見出すことができる。「ＦＯＳによって誘導される分子」によって、ＦＯＳを利用している間に誘導される分子を意図する。本発明のＦＯＳ関連の分子には、一般に、アシドフィルス菌（L. acidophilus）由来のタンパク質分子、並びにそれらの変種及び断片が含まれる。ＦＯＳ関連分子は、表１に記載の核酸分子と、それらによってコードされているポリペプチドとが含まれる。
【００１０】
これらの新規のＦＯＳ関連タンパク質には、ＡＴＰ結合タンパク質、溶質結合タンパク質、及びＡＢＣ輸送体を含めた輸送系タンパク質；スクロースホスホリラーゼ；転写リプレッサー；ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼ（ＧＡＲＳ）；リボソームタンパク質；伸長因子タンパク質；キナーゼ；ＡＴＰアーゼ；トランスフェラーゼ；イソメラーゼ；脱水素酵素；アルドラーゼ；リガーゼ；ペプチダーゼ；シンターゼ；ホスファターゼ；及び、ＤＮＡ結合タンパク質が含まれる。
【００１１】
本明細書で使用する場合、「遺伝子」及び「組換え体遺伝子」という用語は、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、とりわけＦＯＳ関連タンパク質をコードするものを含む核酸分子を指す。本発明の単離された核酸分子は、ＦＯＳ関連タンパク質をコードする核酸配列と、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０及び１７２に記載のアミノ酸配列（以下、「配列番号：１〜１７２のうちの偶数」と呼ぶ）をコードする核酸配列と、配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９及び１７１に記載の核酸配列（以下、「配列番号：１〜１７２のうちの奇数」と呼ぶ）と、これらの変種及び断片とを含む。本発明の単離された核酸分子はまた、配列番号：１７３、１７４、１７５、３５３及び３５４に記載の核酸配列を含む。本発明は、以下に記載するアンチセンス核酸分子も包含する。
【００１２】
加えて、記載のヌクレオチド配列、並びにそれらの変種及び断片によってコードされている単離されたポリペプチド及びタンパク質も包含され、それらのポリペプチドを生成する方法も同様である。本発明に関しては、「タンパク質」と「ポリペプチド」とが互換性をもって使用される。本発明のポリペプチドはＦＯＳ利用活性を有する。ＦＯＳ利用活性は、標準的なアッセイ技法（例えば実施例１を参照）に従って、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定される生物活性又は機能活性を指す。一実施形態では、この活性は、さらに小さい糖へのフラクトオリゴ糖の分解を触媒する。別の実施形態では、この活性は、ＦＯＳ関連分子を有する細胞の中へのフラクトオリゴ糖の輸送である。
【００１３】
第３の実施形態では、プロモーター配列（配列番号：１７３）若しくはその断片（限定されるものではないが、例えば配列番号：３５３及び３５４）、又は、配列番号：１７４及び１７５に記載のカタボライト応答エレメント（ｃｒｅ）配列のうちの少なくとも１つを含む核酸配列を、異種遺伝子、及びそれらによってコードされているタンパク質の調節された発現に利用することができる。
【００１４】
本発明によって包含される核酸組成物及びタンパク質組成物は、単離されているか、又は実質的に精製されている。「単離されている」又は「実質的に精製されている」によって、核酸若しくはタンパク質分子、又は生物学的に活性な断片若しくは変種が、天然の状態にある、それらの核酸又はタンパク質に、通常、付随して見出される成分を、実質的又は本質的に含まないことを意図する。そのような成分には、他の細胞物質と、組換え体生成における培地と、タンパク質又は核酸の化学合成に使用される様々な化学物質とが含まれる。本発明の「単離されている」核酸は、その核酸が由来した生物のゲノムＤＮＡ中で、注目している核酸に隣接している核酸配列（５’又は３’末端に存在するコード配列など）を含まないことが好ましい。しかし、これらの分子は、その組成物の基本特性に有害な影響を与えない塩基又は部分をいくらか追加して含んでもよい。例えば、様々な実施形態において、単離された核酸は、それが由来した細胞のゲノムＤＮＡに、通常、付随している核酸配列を、５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、又は０．１ｋｂ未満含有している。同様に、実質的に精製されているタンパク質は、（乾燥重量で）約３０％、２０％、１０％、５％、又は１％の混入タンパク質、又は非ＦＯＳ関連タンパク質を有する。そのタンパク質が組換えによって生成されている場合には、培地が、そのタンパク質調製物の体積の３０％、２０％、１０％、又は５％未満であることが好ましく、そして、そのタンパク質が化学的に生成されている場合には、その調製物は、（乾燥重量で）約３０％、２０％、１０％、又は５％未満の化学前駆体、又は非ＦＯＳ関連化学物質を有する。
【００１５】
本発明の組成物及び方法は、アシドフィルス菌のＦＯＳ関連分子の機能を変調するのに使用することができる。「変調する」、「変化させる」、又は「改変する」によって、標的活性の上方制御、又は下方制御を意図する。本発明のタンパク質は、乳酸菌の能力を改変するのに有用であり、そのような細菌によって発酵された食物の栄養又は健康促進特性を改変するのにも有用である。本発明のヌクレオチド分子は、乳酸菌によって発現されるタンパク質の発現を変調するのに有用である。本発明のポリヌクレオチドからの発現の上方制御及び下方制御も包含される。上方制御は、多数の遺伝子コピーを提供することによって、或いは調節エレメントの改変によって発現を変調することによって、或いは転写又は翻訳の機構を促進することによって、或いは他の方法によって実現することができる。下方制御は、公知のアンチセンス技法及び遺伝子サイレンシング技法を用いることによって実現することができる。
【００１６】
「乳酸菌」によって、エロコッカス（Aerococcus）、カルノバクテリウム（Carnobacterium）、エンテロコッカス、ラクトコッカス、ラクトバチラス、ロイコノストック（Leuconostoc）、エノコッカス（Oenococcus）、ペディオコッカス（Pediococcus）、連鎖球菌、メリソコッカス（Melissococcus）、アロイオコッカス（Alloiococcus）、ドロシグラニュラム（Dolosigranulum）、ラクトスフェラ（Lactosphaera）、テトラジェノコッカス（Tetragenococcus）、バゴコッカス（Vagococcus）、及びワイセーラ（Weissella）から選択された属の細菌を意図する（Holzapfel et al. (2001) Am. J. Clin. Nutr. 73: 365S-373S; Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Vol 2. 1986. Williams and Wilkins, Baltimore. pp 1075-1079）。
【００１７】
「ラクトバチルス」によって、L.casei、L.rhamnosus、L.johnsonni、L.gasseri、L.acidophilus、L.plantarum、L.fermentum、L.salivarius、L.bulgaricus、及び、Woodら（Holzapfel, W.H.N. The Genera of Lactic Acid Bacteria, Vol. 2. 1995. Brian J.B. Wood, Ed. Aspen Publishers, Inc.）によって概説された他の多数の種を含めるが、これら限定されないラクトバチルス属に属する任意の細菌を意味する。
【００１８】
本発明のポリペプチド、又はそれらを発現する微生物は、栄養添加物又はサプリメントとして、また、乳製品及び発酵加工の添加物としても有用である。これらのポリヌクレオチドの配列、コードされているポリペプチド、及びそれらを発現する微生物は、チーズ、ヨーグルト、発酵乳製品、酸乳、及びバターミルクなどの乳から作られる製品の製造に有用である。本発明のポリペプチドを発現する微生物は、プロバイオティック生物でありうる。「プロバイオティック」によって、胃腸管を通過しても生き残っており、かつ、対象に対して有益な効果を有する、生きている微生物を意図する。「対象」によって、本発明のタンパク質を発現する微生物と接触する生物を意図する。対象は、ヒトを指す場合も、他の動物を指す場合もある。
【００１９】
本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、乳から作られる製品を改変するのに有用である。これらの使用には、限定されるものではないが、対象の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を促進すること、胃腸管に滞留する有益な片利共生細菌の成長を刺激すること、及び、ＦＯＳ化合物の発酵中に生成した産物を改変することが含まれる。
【００２０】
本発明の核酸分子は、配列番号：１〜１７２のうちの偶数番号に記載のアミノ酸配列を有するＦＯＳ関連タンパク質をコードする。
【００２１】
本発明の単離された核酸分子は、本明細書に開示されているＦＯＳ関連ヌクレオチド配列、並びにそれらの断片及び変種に加えて、本明細書に開示されているＦＯＳ関連ヌクレオチド配列又はそれらの変種及び断片から得られた配列の全体又は部分とのハイブリッド形成によって、他の生物又は細胞から同定及び単離された相同ＤＮＡ配列も包含する。
【００２２】
（断片及び変種）
本発明は、ＦＯＳ関連タンパク質又はその変種及び断片を制御及びコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子を含み、さらに、それによってコードされているＦＯＳ関連タンパク質も提供する。「ＦＯＳ関連タンパク質」によって、配列番号：１〜１７２のうちの偶数に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質、並びにその断片、生物学的に活性な部分及び変種を意図する。ヌクレオチド又はタンパク質の「断片」によって、そのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の部分を意図する。
【００２３】
核酸分子の断片は、ＦＯＳ関連タンパク質をコードする核酸を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして、又はＦＯＳ関連核酸分子のＰＣＲ増幅又は変異誘発におけるプライマーとして用いることができる。核酸の断片は、物理的な基質に結合して、マクロアレイ又はマイクロアレイとみなせるものを構成することができる（例えば、米国特許第５８３７８３２号；米国特許第５８６１２４２号；ＷＯ８９／１０９７７；ＷＯ８９／１１５４８；ＷＯ９３／１７１２６；米国特許第６３０９８２３号を参照）。核酸のそのようなアレイは、遺伝子発現を研究するのに、又は標的配列に十分な同一性を有する核酸分子を同定するのに用いることができる。「核酸分子」によって、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡ）及びＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）並びにヌクレオチド類似体を用いて生成されるＤＮＡ類似体又はＲＮＡ類似体を意図する。核酸分子は、一本鎖でも、二本鎖でもよいが、二本鎖ＤＮＡであることが好ましい。ＦＯＳ関連タンパク質のヌクレオチド断片は、生物学的に活性なタンパク質断片をコードするものでもよく、或いは、以下に記述するハイブリダイゼーションプローブ又はＰＣＲプライマーとして用いてもよい。生物学的に活性なヌクレオチド断片は、本発明のヌクレオチド配列のうちの一配列の部分を単離し、ＦＯＳ関連タンパク質がコードされている部分を発現し（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｏでの組換え体発現によって）、ＦＯＳ関連タンパク質がコードされている部分の活性を評価することによって調製することができる。ＦＯＳ関連核酸分子の断片は、少なくとも約１５、２０、５０、７５、１００、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００ヌクレオチド、或いは、最大で、本明細書に開示されている、ＦＯＳ関連完全長ヌクレオチド配列に存在するヌクレオチドの総数を含む（例えば、配列番号：１では１３１４、配列番号：３では９６０など）。
【００２４】
本発明のヌクレオチド配列の断片は、ＦＯＳ関連タンパク質の生物活性を保持するタンパク質断片をコードし、したがって、ＦＯＳ利用タンパク質活性を保持するであろう。「活性を保持する」によって、配列番号：１〜１７２のうちの偶数に開示する、ＦＯＳ関連タンパク質活性の少なくとも約３０％、好ましくは少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約７０％、さらにより好ましくは少なくとも約８０％を、その断片が有するであろうことを意図する。ＦＯＳ利用活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は「使用の方法」と題した項を参照のこと。
【００２５】
アミノ酸配列の断片には、抗ＦＯＳ関連抗体を産生する免疫原として使用するのに適したポリペプチド断片が含まれる。断片には、本発明の、ＦＯＳ関連タンパク質のアミノ酸配列、又はその部分長タンパク質に十分に同一であるか、又はそれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドであって、ＦＯＳ関連タンパク質の少なくとも１つの活性を示すペプチドが含まれるが、これらのペプチドは、本明細書に開示されている完全長のＦＯＳ関連タンパク質より少ないアミノ酸を含む。通常、生物学的に活性な部分は、ＦＯＳ関連タンパク質の活性の少なくとも１つを有するドメイン又はモチーフを含む。ＦＯＳ関連タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、連続した１０、２５、５０、１００、１５０、２００アミノ酸の長さのポリペプチド、或いは、最大で、本発明のＦＯＳ関連完全長タンパク質に存在するアミノ酸の総数（例えば、配列番号：２では４１５、配列番号：４では２９４など）を含む。そのような生物学的に活性な部分は、組換え技法によって調製され、天然のＦＯＳ関連タンパク質の機能活性の１つ又は複数に関して評価することができる。本明細書で使用する場合、断片は、配列番号：１〜１７２のうちの偶数における任意のものの、連続した少なくとも５アミノ酸を含む。しかし、本発明は、そのタンパク質における６、７、８、又は９アミノ酸より大きな断片の任意のものなど、他の断片も包含する。
【００２６】
ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の変種も本発明に包含される。「変種」によって、十分に同一な配列を意図する。したがって、本発明は、配列番号：１〜１７２のうちの偶数に示すＦＯＳ関連タンパク質をコードするヌクレオチド配列に十分に同一な単離された核酸分子、或いは、配列番号：１〜１７２のうちの奇数の核酸分子、又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸分子を包含する。変種には、本発明のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドも含まれる。さらに、本発明のポリペプチドは、配列番号：１〜１７２のうちの偶数に記載のアミノ酸配列に十分に同一なアミノ酸配列を有する。「十分に同一」によって、あるアミノ酸配列又はヌクレオチド配列が、第２のアミノ酸配列又はヌクレオチド配列と比較して、十分な、又は最小限の数の等価又は同一のアミノ酸残基を含有しており、それによって、共通の構造ドメインの提供、及び／又は共通の機能活性の提示がされる。保存変種は、遺伝子コードの縮重によって異なる配列を含む。
【００２７】
一般に、アミノ酸配列又はヌクレオチド配列は、標準的なパラメータを用いた、本明細書に記載のアラインメントプログラムの１つを用いて、それぞれ配列番号：１〜１７２のうちの偶数のアミノ酸配列のいずれか、又は配列番号：１〜１７２のうちの奇数のヌクレオチド配列のいずれかに対して、少なくとも約４５％、５５％、又は６５％の同一性、好ましくは約７０％又は７５％の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、又は９０％、最も好ましくは約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有する。当業者ならば、これらの値は、２つのヌクレオチド配列によってコードされているタンパク質の対応する同一性を判定するのに、コドン縮重、アミノ酸の類似性、リーディングフレームの位置付け、及び同様のものを考慮に入れることによって適切に調整できることを認識するであろう。
【００２８】
本発明によって包含される変種タンパク質は、生物学的に活性であって、すなわち、天然タンパク質における望ましい生物活性、すなわち、本明細書に記載する、ＦＯＳ利用活性を保持し続ける。「活性を保持する」によって、配列番号：１〜１７２のうちの偶数に開示する、ＦＯＳ関連タンパク質活性の少なくとも約３０％、好ましくは少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約７０％、さらにより好ましくは少なくとも約８０％を、その変種が有するであろうことを意図する。ＦＯＳ利用活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は「使用の方法」と題した項を参照のこと。本発明のタンパク質の生物学的に活性な変種は、前者のタンパク質との相違が１〜１５アミノ酸残基という小さいものでもよく、６〜１０アミノ酸残基のもの、５アミノ酸残基という小さいもの、４、３、２、又は最小で１アミノ酸残基という小さいものなど、１〜１０アミノ酸残基という小さいものでもよい。
【００２９】
自然発生の変種が集団（例えば、アシドフィルス菌集団）内に存在することもある。そのような変種は、以下に記述するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、及びハイブリダイゼーションなど、周知の分子生物学技法を用いることによって、同定することができる。合成によって得られたヌクレオチド配列、例えば、依然としてＦＯＳ関連タンパク質をコードしている、部位特異的変異誘発又はＰＣＲに媒介された変異誘発によって生成された配列も、変種に含まれる。本明細書に開示するヌクレオチド配列又はアミノ酸配列に、１つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換、付加、又は欠失を導入して、それによって、コードされているタンパク質に置換、付加、又は欠失を導入することができる。付加（挿入）又は欠失（トランケーション）は、天然タンパク質のＮ末端又はＣ末端に行っても、或いは、天然タンパク質中の１つ又は複数の部位に行ってもよい。同様に、天然タンパク質中の１つ又は複数の部位で、１つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換を行ってもよい。
【００３０】
例えば、保存的なアミノ酸置換を、予測されるアミノ酸残基、好ましくは非必須アミノ酸残基の１つ又は複数で行ってもよい。「非必須」アミノ酸残基は、あるタンパク質の野生型配列から、それの生物活性を変化させずに、変化させることができる残基であり、一方、「必須」アミノ酸は、生物活性に必要である。「保存的なアミノ酸置換」は、その際にそのアミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基に置換されるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で公知である。これらのファミリーには、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が含まれる。そのような置換は、保存されているアミノ酸残基、又は保存されているモチーフ中に常在するアミノ酸残基がタンパク質活性に必須である場合、そのような残基には作製されないだろう。
【００３１】
別法として、ＦＯＳ関連コード配列の全長にわたって、又はその部分に、飽和変異誘発など、無作為に変異を生成することもできる。変異体は、組換え体発現して、ＦＯＳ関連活性について、標準的なアッセイ技法を用いて検査することによって、生物活性を保有するものを求めて、スクリーニングすることができる。変異誘発及びヌクレオチド配列改変の方法は当技術分野で公知である例えば、Kunkel (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 488-492; Kunkel et al. (1987) Methods in Enzymol. Molecular Biology (MacMillan Publishing Company, New York)、及びそこに引用されている参考文献を参照のこと。自明のことであるが、変種をコードするＤＮＡ中に生成される変異は、リーディングフレームを破壊するものであってはならず、また、ｍＲＮＡの二次構造を生成するかもしれない相補領域を生成しないものが好ましいであろう。欧州特許出願公開第７５４４４号を参照のこと。注目しているタンパク質の生物活性に影響を与えない適切なアミノ酸置換に関する指導を、参照により本明細書に組み込まれている、Dayhoff et al. (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.)のモデルに見出すことができる。
【００３２】
本発明が包含するタンパク質配列の欠失、挿入、及び置換は、タンパク質の特性に根本的な変化を生成しないと予測されるものである。しかし、置換、欠失、又は挿入の正確な影響を、事前に予測するのが困難である場合には、その影響が通常のスクリーニングアッセイによって評価されるであろうことを当業者は理解するであろう。すなわち、活性は、改変された配列の活性を、元の配列の活性に比較することによって、評価されることができる。
【００３３】
本発明の変種ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、ＤＮＡシャッフルなど、変異誘発操作及び組換え体生成操作によって得られた配列も包含する。望ましい特性を有する新規のＦＯＳ関連タンパク質を生成するのに、そのような操作で、１つ又は複数の異なったＦＯＳ関連タンパク質のコード領域を用いることができる。この方法で、実質的な配列同一性を有し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏで相同組み換えしうる配列領域を含む、関連した配列のポリヌクレオチドの集団から、組換え体ポリヌクレオチドのライブラリーを生成する。例えば、酵素の場合におけるＫｍの増大など、注目している特性が改善されているタンパク質をコードする新規の遺伝子を得るために、このアプローチを用いて、本発明のＦＯＳ関連遺伝子と、既知の他のＦＯＳ関連遺伝子との間で、注目しているドメインをコードする配列モチーフをシャッフルすることができる。そのようなＤＮＡシャッフルのストラテジーは当技術分野で公知である。例えば、Stemmer (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 10747-10751；Stemmer (1994) Nature 370: 389-391；Crameri et al. (1997) Nature Biotech. 15: 436-438；Moore et al. (1997) J. Mol. Biol. 272: 336-347；Zhang et al. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94: 4504-4509；Crameri et al. (1998) Nature 391: 288-291；並びに、米国特許第５６０５７９３号及び第５８３７４５８号を参照のこと。
【００３４】
ＦＯＳ関連タンパク質の変種は、ＦＯＳ関連アゴニスト（ミメティック）、或いは、ＦＯＳ関連アンタゴニストとして機能しうる。ＦＯＳ関連タンパク質のアゴニストは、天然存在型のＦＯＳ関連タンパク質の生物活性に実質的に同一のもの、又はそれらのサブセットを保持しうる。ＦＯＳ関連タンパク質のアンタゴニストは、例えば、ＦＯＳ関連タンパク質を含む細胞シグナリングカスケードの下流又は上流のメンバーに競合的に結合することによって、天然存在型のＦＯＳ関連タンパク質の活性の１つ又は複数を阻害することができる。
【００３５】
アゴニスト又はアンタゴニストのいずれかとして機能するＦＯＳ関連タンパク質の変種は、ＦＯＳ関連タンパク質の変異体、例えばトランケーション変異体のコンビナトリアルライブラリーを、ＦＯＳ関連タンパク質のアゴニスト又はアンタゴニスト活性に関してスクリーニングすることによって同定することができる。一実施形態では、ＦＯＳ関連変種の多様化されたライブラリーが、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発で生成され、多様化された遺伝子ライブラリーによってコードされている。ＦＯＳ関連変種の多様化されたライブラリーは、例えば、遺伝子配列に合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結し、それによって、ＦＯＳ関連の潜在的な配列の縮重セットを、個々のポリペプチドとして、或いは、その中にＦＯＳ関連配列のセットを含有するさらに大きな融合タンパク質（例えば、ファージディスプレイ用）のセットとして発現することによって生成することができる。縮重オリゴヌクレオチド配列からＦＯＳ関連の潜在的な変種のライブラリーを生成するのに使用できる様々な方法がある。縮重遺伝子配列の化学合成は、ＤＮＡ自動合成機で行うことができ、その後、合成遺伝子を適切な発現ベクターに連結する。遺伝子の縮重セットを使用することによって、所望のセットの潜在的なＦＯＳ関連配列をコードする配列すべてを１つの混合物中に準備することが可能となる。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当技術分野で公知である（例えば、Narang (1983) Tetrahedron 39: 3；Itakura et al. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53: 323；Itakura et al. (1984) Science 198: 1056；Ike et al. (1983) Nucleic Acid Res. 11: 477）。
【００３６】
さらに、ＦＯＳ関連タンパク質コード配列の断片のライブラリーは、ＦＯＳ関連タンパク質の変種のスクリーニングと、その後の選別とを行うための、ＦＯＳ関連断片の多様化された集団を生成するのに用いることもできる。一実施形態では、ＦＯＳ関連コード配列の二本鎖のＰＣＲ断片を、ニッキングが１分子当たりおよそ一度だけ起こるような条件下に、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性させること、異なったニッキング産物のセンス／アンチセンス対を含むことができる二本鎖ＤＮＡが形成されるようにＤＮＡを再生させること、Ｓ１ヌクレアーゼ処理によって、再形成された二本鎖分子から一本鎖部分を除去すること、及びこの結果得られた断片ライブラリーを発現ベクターに連結することによって、コード配列断片のライブラリーを生成することができる。この方法によって、ＦＯＳ関連タンパク質の、様々な大きさのＮ末端断片及び内部断片をコードする発現ライブラリーを得ることができる。
【００３７】
点突然変異又はトランケーションによって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする技法、及び選択された特性を有する遺伝子産物を得るためにｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする技法が、いくつか当技術分野で知られている。そのような技法は、ＦＯＳ関連タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの急速スクリーニングに適合させることができる。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするのに最も広範に使用されている技法はハイスループット分析になじみやすいものであるが、それらは、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローニングすること、この結果得られたベクターのライブラリーで適当な細胞を形質転換すること、及び所望の活性の検出によって、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離が促進される条件下にコンビナトリアル遺伝子を発現することを通常含む。再帰的アンサンブル変異誘発（Recursive ensemble mutagenesis）（ＲＥＭ）は機能を有する変異体の、ライブラリー中における頻度を増大する技法であるが、ＦＯＳ関連変種を同定するのに、スクリーニングアッセイと組み合わせて、この技法を用いることができる（Arkin and Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 7811-7815；Delgrave et al. (1993) Protein Engineering 6(3): 327-331）。
【００３８】
（調節配列）
本発明の実施形態は、配列番号：１７３、３５３、及び３５４に記載のヌクレオチド配列を含む調節エレメントをコードする単離されたＤＮＡと、配列番号：１７４及び１７５に示すｃｒｅエレメントの一方又は両方を含む単離された核酸分子とを提供することが理解されよう。本明細書で使用する場合、「調節エレメント」又は「調節ヌクレオチド配列」は、核酸の発現を転写レベルで調節する（すなわち活性化及び／又は抑制する）任意のＤＮＡ配列であり、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び、翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする（例えば、シャイン−ダルガルノコンセンサス配列、開始コドン、及び終止コドン）。「プロモーター」によって、一般的にはＴＡＴＡボックスを含むＤＮＡの調節領域を意図するが、ＴＡＴＡボックスは、所与のコード配列に適した転写開始部位でＲＮＡ合成を開始するように、ＲＮＡポリメラーゼＩＩに指示できる。プロモーターは、通常はＴＡＴＡボックスの上流、すなわち５’に位置し、上流プロモーターエレメントと呼ばれる他の認識配列も含むことがある。本明細書に開示の調節領域又はプロモーター領域のヌクレオチド配列が同定されているので、５’非翻訳領域にある別の調節エレメントを、本明細書に同定されている特定の調節領域又はプロモーター領域から単離、同定することは、当業者の技能の範囲内にあることが理解されよう。「カタボライト応答エレメント」、「ｃｒｅ配列」、又は「ｃｒｅ様配列」によって、カタボライト抑制に関与するシス作用ＤＮＡ配列を意図する。核酸の転写を活性化する、本明細書に開示の調節エレメントは、核酸の転写を少なくとも５０％、より好ましくは、少なくとも１００％、１５０％、２００％、又は場合によっては３００％増大させ、核酸の転写を抑制する、本明細書に開示の調節エレメントは、少なくとも２５％、より好ましくは、少なくとも３５％、５０％、６０％、７５％、又は場合によっては８５％、若しくはそれより大きく核酸の転写を抑制する。
【００３９】
本発明の調節エレメント（配列番号：１７３、３５３、及び３５４）は、ｍｓｍＥ遺伝子（配列番号：１）の５’側約０．２ｋｂのＤＮＡの中に位置し、ｍｓｍＥ遺伝子の５’ＵＴＲの一部である。例えば、限定されるものではないが、配列番号：１７４及び１７５のｃｒｅ配列のうちの一方若しくは両方、配列番号：３５３及び３５４、又は、それらに小さな付加、欠失、若しくは置換が導入されているもの、例えば、部位特異的突然変異誘発の結果として得られるもの、及び合成によって派生した配列を含めた、上記の配列よりさらに長いか、若しくは短い、配列番号：１７３の他の配列断片であって、ＦＯＳ関連調節エレメントも有するであろう配列断片を調製できることが明らかであろう。それらのすべてが本発明に包含される。
【００４０】
本発明の好ましい一実施形態では、調節エレメントをコードする単離されたＤＮＡが、配列番号：１７３、３５３又は３５４として示す配列を有する。他の好ましい実施形態では、調節エレメントをコードする単離されたＤＮＡの配列は、限定されるものではないが、配列番号：１７３のヌクレオチド１から２４９、配列番号：３５３のヌクレオチド１から２０４、及び配列番号：３５４の１から１９８として示す連続したセグメントを含めた、配列番号：１７３、３５３又は３５４として示すＤＮＡの中にある連続したＤＮＡセグメントに対応している。プロモーター又は調節ヌクレオチド配列の断片である核酸分子は、少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、７５、１００、１５０、２００ヌクレオチド、又は、本明細書に開示する完全長調節ヌクレオチド配列に存在するヌクレオチド数までの（すなわち、配列番号：１７３では２４９、配列番号：３５３では２０４、そして、配列番号：３５４では１９８）ヌクレオチドを含む。プロモーター配列の調節活性を有する、それらの断片は、本明細書に開示する特定のプロモーター又は調節ヌクレオチド配列における、連続した少なくとも３０、３５、４０ヌクレオチド、好ましくは、連続した少なくとも５０ヌクレオチド、より好ましくは、連続した少なくとも７５ヌクレオチド、さらにより好ましくは、連続した少なくとも１００ヌクレオチドを含む。好ましい断片の長さは、目的に依存し、かつ、特定のプロモーター又は調節配列によっても異なるであろう。
【００４１】
そのような断片のヌクレオチドは、通常、特定のプロモーター配列のＴＡＴＡ認識配列を含むであろう。そのような断片は、制限酵素を使用して、本明細書に開示する天然存在のプロモーターヌクレオチド配列を切断することによって；天然に存在するプロモーターＤＮＡ配列からヌクレオチド配列を合成することによって；或いはＰＣＲ技法の使用を介して入手することができる。例えば、Mullis et al. (1987) Methods Enzymol. 155: 335-350, and Erlich, ed. (1989) PCR Technology (Stockton Press, New York)を参照されたい。部位特異的突然変異誘発によって得られるものなど、これらのプロモーター断片の変種も、本発明の組成物に包含される。
【００４２】
本発明の調節エレメントには、ＦＯＳ関連分子をコードする核酸の発現を調節して、かつ本明細書に開示の調節エレメントを含むＤＮＡ配列に実質的に相同な配列を有するＤＮＡ分子、詳細には、配列番号：１７３、３５３、及び３５４として本明細書に開示する調節エレメントが含まれる。本発明の調節エレメントには、ＦＯＳ関連分子をコードする核酸の発現を調節して、かつ、配列番号：１７３、３５３、及び３５４の中にあるＤＮＡ配列に実質的に相同な配列を有するＤＮＡ分子も包含する。この定義には、配列番号：１７３、３５３、及び３５４の中にある調節エレメント及び配列を含むＤＮＡ配列の天然の変種が含まれるものとする。本明細書で使用される場合、ヌクレオチド配列又はポリペプチドにおける２つの領域が「実質的に相同」であるとみなされるのは、それらの配列相同性が少なくとも約５０％、６０％、から７０％、通常は、少なくとも約７５％、好ましくは、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％である場合である。
【００４３】
調節エレメントには、本明細書に開示の調節エレメント、とりわけ、本明細書に配列番号：１７３、３５３、及び３５４として示す配列を有し、かつ、ＦＯＳ関連分子をコードする核酸の転写を調節できる調節エレメントに少なくとも約７５パーセント相同（より好ましくは、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は、場合によっては９９％相同）であるものが含まれる。他の種に由来する調節エレメントには、限定されるものではないが、本明細書において配列番号：１７３のヌクレオチド１から２４９、配列番号：３５３のヌクレオチド１から２０４、及び配列番号：３５４のヌクレオチド１から１９８として示す連続したセグメントを含めた、本明細書において配列番号：１７３、３５３、及び３５４として定義する調節エレメンの連続したセグメントに少なくとも約７５パーセント相同（より好ましくは、８０％、８５％、９０％、又は、場合によっては９５％相同）であり、かつ、ＦＯＳ関連分子をコードする核酸の転写を調節できるものも含まれる。
【００４４】
本発明は、異種ＤＮＡに作用可能に関連している調節エレメントを含む組み換え体ＤＮＡも提供する。調節エレメントは異種ＤＮＡに作用可能に関連し、そのため、調節エレメントは異種ＤＮＡに機能的に連結され、それによって、異種ＤＮＡの転写を変化させることができる。調節エレメントは、通常、異種ＤＮＡの５’に配置されるであろうが、それが異種ＤＮＡに作用可能に関連している限り、異種ＤＮＡの３’に配置することもできる。調節エレメントと異種ＤＮＡとの間の距離に関しては、それら２つのＤＮＡセグメントが相互に作用可能に関連している限り、いかなる特定の上限も、下限もない。
【００４５】
異種ＤＮＡセグメントは、宿主細胞によって発現されることが好ましいいかなるタンパク質又はペプチドをコードするものでもよい。通常、異種ＤＮＡは、宿主細胞内でのタンパク質又はペプチドの発現に必要な調節セグメント（すなわちプロモーターエレメント）を含む。適切な異種ＤＮＡは、原核細胞由来のものでも、真核細胞由来のものでもよい。本発明の異種ＤＮＡによってコードされる例示的なタンパク質及びペプチドには、酵素、ホルモン、成長因子、及びサイトカインが含まれる。異種ＤＮＡは、ＦＯＳ関連のタンパク質をコードするものが好ましい。
【００４６】
別法として、アンチセンスＲＮＡを発現するのに、異種ＤＮＡを用いることができる。通常、「アンチセンス」は、合成の小さいオリゴヌクレオチドを使用して、相補配列を含有する標的ｍＲＮＡの機能を阻害することによって、遺伝子発現を阻害することを指す。Milligan, J. F. et al., J. Med. Chem. 36(14), 1923-1937 (1993)。遺伝子発現は、ワトソン−クリックの塩基対形成の法則に従った水素結合による、特異的なｍＲＮＡ標的中にあるコード（センス）配列へのハイブリッド形成を介して阻害される。アンチセンス阻害の機構は、外因的に投与されたオリゴヌクレオチドが標的遺伝子のｍＲＮＡ及びタンパク質のレベルを低下させるというものである。Milligan, J. F. et al., J. Med. Chem. 36(14), 1923-1937 (1993)。Helene, C. and Toulme, J., Biochim. Biophys. Acta 1049, 99-125 (1990)；Cohen, J. S., Ed., OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE INHIBITORS OF GENE EXPRESSION, CRC Press: Boca Raton, Fla. (1987)も参照のこと。
【００４７】
ＦＯＳ関連配列に関して上述した通り、他の種における他の相同配列を単離するのに本発明の調節ヌクレオチド配列を用いることができる。これらの技法では、既知のプロモーターの全体又は一部をプローブとして使用し、これは、選択された生物に由来するクローニングされたゲノムＤＮＡ断片又はｃＤＮＡ断片の一群（すなわちゲノムライブラリー又はｃＤＮＡライブラリー）に存在する他のプロモーターと選択的にハイブリッド形成する。
【００４８】
（配列同一性）
ＦＯＳ関連配列は、保存されている機能的な特徴を有する、複数の分子ファミリーのメンバーである。「ファミリー」によって、十分なヌクレオチド同一性又はアミノ酸配列同一性を有する２つ以上のタンパク質又は核酸分子を意図する。極めて多岐にわたるグループを含有するファミリーは、サブファミリーに分割することができる。クランは、共通の先祖を有すると考えられるファミリーの一群である。クランのメンバーは、類似した三次構造を有することが多い。
【００４９】
「配列同一性」は、指定の比較ウィンドウにおいて一致が最大となるように２つの配列を整列させた際、同一となるヌクレオチド残基又はアミノ酸残基を意図するものである。「比較ウィンドウ」によって、２つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の最適アラインメントのための連続したセグメントを意図し、この際、第２の配列は、第１の配列と比較して、付加又は欠失（すなわちギャップ）を含有してもよい。通常、核酸アラインメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも２０ヌクレオチドの長さであり、任意選択で、３０、４０、５０、１００、又はさらに長くとることもできる。アミノ酸配列アラインメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも６アミノ酸の長さであり、任意選択で、１０、１５、２０、３０、又はさらに長くとることもできる。当業者ならば、ギャップの包含によって類似性が高くなるのを回避するために、通常、ギャップペナルティーが導入され、一致の数から減算されることを理解している。
【００５０】
ファミリーメンバーは、同一種のものでも、異なった種のものでもよく、相同なタンパク質を含むことができ、また、明確に異なったタンパク質を含むこともできる。ファミリーメンバーは、共通の機能特性を示すことが多い。相同体の単離は、本明細書に開示するアシドフィルス菌ＦＯＳ関連核酸配列に対するそれらの同一性に基づいて、ｃＤＮＡ又はその部分をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、以下に開示するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件における標準的なハイブリダイゼーション技法に従って行うことができる。
【００５１】
２つのアミノ酸配列又はヌクレオチド配列の同一性の比率を判定するためにアラインメントを実施する。２つの配列の同一性の比率は、比較ウィンドウ中の２つの配列によって共有されている同一残基数の関数である（すなわち、同一性の比率＝同一残基数／総残基数X１００）。一実施形態では、これらの配列が同じ長さである。２つの配列間における同一性の比率を判定するのに、以下に述べるものと同様の方法を用いることができる。これら方法は、ギャップを許容する場合にも、許容しない場合にも用いることができる。アラインメントは、手操作の点検によっても実施できる。
【００５２】
アミノ酸配列の相違が保存的な置換による場合、同一性の比率を上方調整して、置換の保存的性質に関する修正を行うこともできる。この調節を行う方法は当技術分野で公知である。通常、保存的な置換は、完全な不一致ではなく、部分的な不一致として計算され、それによって、配列同一性の比率が増大する。
【００５３】
２つの配列の同一性比率を判定するのに数学的アルゴリズムを用いることができる。数学的アルゴリズムの非限定的な例には、Karlin and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 5873-5877において修正されている、Karlin and Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 2264のアルゴリズム；Myers and Miller (1988) CABIOS 4: 11-17のアルゴリズム；Smith et al. (1981) Adv. Appl. Math. 2: 482の局所アラインメントアルゴリズム；Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48: 443-453の全体的なアラインメントアルゴリズム；及びPearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444-2448の局所アラインメント探索法（search-for-similarity-method）がある。
【００５４】
これらの数学的アルゴリズムに基づく様々なコンピューターインプリメンテーションが、配列同一性の判定を可能にするために設計されている。Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215: 403のＢＬＡＳＴプログラムは、上記のKarlin and Altschul (1990)のアルゴリズムに基づいている。本発明のヌクレオチド配列に相同なヌクレオチド配列を得るための検索は、スコア＝１００、語長＝１２で、ＢＬＡＳＴＮプログラムを用いて実施することができる。本発明のタンパク質又はポリペプチドをコードする配列に相同なアミノ酸配列を得るには、スコア＝５０、語長＝３で、ＢＬＡＳＴＸプログラムを用いることができる。Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25: 3389に記載されているように、ギャップつきＢＬＡＳＴを用いることによって、ギャップつきアラインメントを得ることもできる。分子間の疎遠な関連性を検出するのに、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴを用いることもできる。上記のAltschul et al. (1997)を参照のこと。すべてのＢＬＡＳＴプログラムに、各プログラムのデフォルトパラメータを用いることができる。www.ncbi.nlm.nih.govを参照のこと。
【００５５】
配列同一性の比率を判定するのに使用できる別のプログラムに、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）があるが、これは、上記のMyers and Miller (1988)の数学的アルゴリズムを用いたものである。アミノ酸配列の比較を行う場合、このプログラムで、ＰＡＭ１２０重み残基表を用い、ギャップ長ペナルティーを１２、そしてギャップペナルティーを４とすることができる。
【００５６】
ＡＬＩＧＮ及びＢＬＡＳＴプログラムに加えて、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡプログラムが、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ遺伝学ソフトウェアパッケージ（Accelrys Inc., 9685 Scranton Rd., San Diego, California, USAから入手可能）の一部であり、配列アラインメントを実施するのに使用できる。好ましいプログラムはＧＡＰバージョン１０であるが、このプログラムは上記Needleman and Wunsch (1970)のアルゴリズムを用いている。別段の記載がない限り、本明細書に提示する配列同一性値は、以下のパラメータでＧＡＰプログラム、又は任意のその同等のプログラムを用いて得られた値を指す。すなわち、ヌクレオチド配列の同一性％及び類似性％には、ギャップ重みを５０、ギャップ長重みを３として、ｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコアリングマトリツクスを用い；アミノ酸配列の同一性％及び類似性％には、ギャップ重みを８、ギャップ長重みを２として、ＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリツクスを用いる。「同等のプログラム」によって、ＧＡＰバージョン１０によって生成された対応するアラインメントと比較した際に、問題となるいかなる２つの配列に関しても、等しいヌクレオチド残基一致又はアミノ酸残基一致と、等しい同一性比率とを有するアラインメントを生成するいかなる配列比較プログラムも意図する。
【００５７】
（相同配列の同定及び単離）
本明細書に記載のＦＯＳ関連ヌクレオチド配列、又はそれらの断片及び変種に対する配列同一性に基づいて同定されたＦＯＳ関連ヌクレオチド配列も、本発明によって包含される。ｃＤＮＡ又はゲノムライブラリーから、例えば、本発明の配列に実質的に同一な配列を同定するのに、ＰＣＲ又はハイブリダイゼーションなどの方法を用いることができる。例えば、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, NY) and Innis, et al., (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, NY)を参照のこと。そのようなｃＤＮＡライブラリー及びゲノムライブラリーを構築するための方法は、当技術分野で一般に知られており、さらに、上記の参考文献にも開示されている。
【００５８】
ハイブリダイゼーション技法において、ハイブリダイゼーションプローブは、ゲノムＤＮＡ断片、ｃＤＮＡ断片、ＲＮＡ断片、又は他のオリゴヌクレオチドである場合があり、また、本明細書に開示する既知のヌクレオチド配列の全体からなる場合も、一部からなる場合もある。さらに、３２Ｐなどの検出可能な官能基、或いは、他の放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、又は酵素補助因子など、いかなる他の検出可能なマーカーで、それらを標識してもよい。ハイブリダイゼーション用のプローブは、本明細書に開示する既知のＦＯＳ関連ヌクレオチド配列に基づいた合成オリゴヌクレオチドを標識することによって生成することができる。さらに、既知のＦＯＳ関連ヌクレオチド配列又はコードされているアミノ酸配列中で保存されているヌクレオチド残基又はアミノ酸残基に基づいて設計された縮重プライマーも用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは、本発明のＦＯＳ関連ヌクレオチド配列、又はその断片若しくは変種における、連続した少なくとも約１０、好ましくは約２０、より好ましくは、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、又は４００ヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列の領域を通常含む。様々な状件下で特異的なハイブリッド形成を実現するために、そのようなプローブはＦＯＳ関連タンパク質配列の間で独特の配列を含む。ハイブリダイゼーション用のプローブ調製物は、当技術分野で一般に知られており、参照により本明細書に組み込まれているSambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)に開示されている。
【００５９】
一実施形態では、ＦＯＳ関連タンパク質をコードする全ヌクレオチド配列を、新規のＦＯＳ関連配列及びメッセンジャーＲＮＡを同定するプローブとして用いる。別の実施形態では、このプローブは、本明細書に開示するヌクレオチド配列の断片である。実施形態の一部では、ストリンジェントな条件下でこのプローブにハイブリッド形成するヌクレオチド配列の長さが、少なくとも約３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、８００、９００、１０００又はそれ以上のヌクレオチドでありうる。
【００６０】
実質的に同一な配列は、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリッド形成するであろう。「ストリンジェントな条件」によって、その条件下で、プローブがその標的配列にハイブリッド形成する程度が、他の配列に対してより、検出可能に大きい（例えば、少なくともバックグランドの２倍）ものとなる条件を意図する。通常、ストリンジェントな条件は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、好ましくは７５％の配列同一性を有するヌクレオチドが、通常、その条件下で相互にハイブリッド形成したまま残るような、ハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を包含する。ストリンジェントな条件は、当技術分野で公知であり、Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, New York (1989)), 6.3.1-6.3.6.に見出すことができる。ハイブリダイゼーションは、典型的には約２４時間以内、通常は約４から約１２時間の間に起こる。
【００６１】
ストリンジェントな条件は、配列に依存し、異なった状況では相違するであろう。本発明によって包含される相同体及びオーソログを得るのに、完全長の核酸配列を用いる場合も、部分的な核酸配列を用いる場合もある。「オーソログ」によって、共通の祖先遺伝子に由来する遺伝子であって、種分化の結果として異なった種に見出される遺伝子を意図する。異なった種に見出された遺伝子は、それらのヌクレオチド配列、及び／又はそれらにコードされているタンパク質配列が、本明細書の他の場所で定義する実質的な同一性を共有する場合にオーソログであるとみなされる。オーソログの機能は、種相互で強く保存されていることが多い。
【００６２】
プローブを用いる際、ストリンジェントな条件とは、塩濃度が約１．５Ｍ  Ｎａイオン未満、典型的には、ｐＨ７．０から８．３で、約０．０１から１．０Ｍ  Ｎａイオン濃度（又は他の塩）であり、かつ、温度が短いプローブ（例えば１０から５０ヌクレオチド）用には少なくとも約３０℃、そして、長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）用には少なくとも約６０℃である条件であろう。
【００６３】
ハイブリダイゼーション後の洗浄は、特異性を制御する手段となる。最終洗浄溶液のイオン強度及び温度が、２つの重要因子である。完全長か、又はほぼ完全長の標的配列にハイブリッド形成する配列の検出では、ストリンジェントな条件下にある温度は、所定のイオン強度及びｐＨにおける、特定の配列の融点温度（Ｔｍ）より約５℃低く選択する。しかし、ストリンジェントな条件は、本明細書において別の方法で認定する所望の程度のストリンジェンシーに応じて、Ｔｍより１℃から２０℃の範囲で低い温度を包含するであろう。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドでは、Meinkoth and Wahl (1984) Anal. Biochem. 138: 267-284の方程式：Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇＭ）＋０．４１（％ＧＣ）−（０．６１（％フォルム）−５００／Ｌを用いてＴｍを判定することができ；式中、Ｍは一価陽イオンのモル濃度であり、％ＧＣはＤＮＡ中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドの割合であり、％フォルムはハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドの割合であり、そして、Ｌはハイブリットの長さを塩基対で表したものである。Ｔｍは、相補的な標的配列の５０％が、完全に一致したプローブにハイブリッド形成する温度（特定のイオン強度及びｐＨの下で）である。
【００６４】
ハイブリダイゼーション条件及び／又は洗浄条件のストリンジェンシーを変えることによって、異なった程度の相同性を有する配列を検出する能力を得ることができる。１００％同一の配列を標的にする（相同プロービング）には、不一致を許容しないストリンジェンシー条件を得なければならない。ヌクレオチド残基の不一致が起こるのを許容することによって、より低い程度の類似性を有する配列を検出することができる（異種プロービング）。不一致が１％あるごとに、Ｔｍが約１℃低下し、したがって、標的とする同一性比率を有する配列のハイブリダイゼーションを許容するように、ハイブリダイゼーション条件及び／又は洗浄条件を操作することができる。例えば、＞９０％の配列同一性を有する配列が好ましい場合、Ｔｍが１０℃低下しているものとすることができる。２つのヌクレオチド配列は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一である場合には、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリッド形成しないにもかかわらず、実質的に同一であるかもしれない。このような状況は、例えば、遺伝コードにおける最大限のコドン縮重を用いて核酸のコピーを生成した場合に起こるかもしれない。
【００６５】
低ストリンジェンシー条件の例には、３０〜３５％ホルムアミド、１Ｍ  ＮａＣｌ、１％  ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）、３７℃の緩衝溶液を用いたハイブリダイゼーション、及び１×から２×ＳＳＣ（２０×ＳＳＣ＝３．０Ｍ  ＮａＣｌ／Ｏ．３Ｍクエン酸３ナトリウム）中、５０〜５５℃での洗浄が含まれる。中程度ストリンジェンシー条件の例には、４０から４５％ホルムアミド、１．０Ｍ  ＮａＣｌ、１％  ＳＤＳ中、３７℃でのハイブリダイゼーション、及び０．５×から１×ＳＳＣ中、５５から６０℃での洗浄が含まれる。高ストリンジェンシー条件の例には、５０％ホルムアミド、１Ｍ  ＮａＣｌ、１％  ＳＤＳ中、３７℃でのハイブリダイゼーション、及び０．１×ＳＳＣ中、６０から６５℃での洗浄が含まれる。任意選択で、洗浄緩衝液は、約０．１％から約１％のＳＤＳを含みうる。通常、ハイブリダイゼーションの時間は、一般的には２４時間未満、通常は約４から約１２時間である。核酸のハイブリダイゼーション行うための詳細なガイドが、Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology - Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part I, Chapter 2 (Elsevier, New York); Ausubel et al., eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 2 (Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York)に見出される。Sambrook et at (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)を参照のこと。
【００６６】
ＰＣＲアプローチでは、対応するＤＮＡ配列を、任意の注目している生物から抽出されたｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡから増幅するＰＣＲ反応で使用するために、オリゴヌクレオチドプライマーを設計することができる。ＰＣＲプライマーは、長さが少なくとも約１０ヌクレオチドであることが好ましく、また、長さが少なくとも約２０ヌクレオチドであることが最も好ましい。ＰＣＲプライマーを設計する方法、及びＰＣＲクローニングの方法は、当技術分野で一般的に知られており、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)に開示されている。Innis et al., eds. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, New York)；Innis and Gelfand, eds. (1995) PCR Strategies (Academic Press: New York)；及びInnis and Gelfand, eds. (1999) PCR Methods Manual (Academic Press, New York)も参照のこと。公知のＰＣＲ法には、対にされたプライマー、入れ子にされたプライマー、単一の特異的プライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマー、部分的な不一致を有するプライマー、及び同様のものを用いた方法が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００６７】
（アッセイ）
試料中における開示のポリペプチド及び／又は核酸分子の発現、並びにそれらにおける開示の活性を検出する診断アッセイを開示する。試料中における開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在又は不在を検出する方法の一例では、食物製品／乳製品／飼料産物、発端培養（母、種子、原体／セット、濃縮、乾燥、凍結乾燥、凍結）、培養された食物製品／乳製品／飼料産物、栄養補助食品、バイオプロセスを行っている発酵物、又はプロバイオティック物質を摂取した対象から試料を取得し、開示のポリペプチド又は核酸（例えば、開示の核酸、又はその断片を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡ）を検出できる化合物又は薬剤に上記試料を、開示の配列の存在が試料中に検出されるように接触させる。食物、サプリメント、培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果は、対照の培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果と比較することができる。
【００６８】
開示のヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを検出する薬剤の１つは、開示のヌクレオチド配列のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡにハイブリッド形成できる標識されている核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、長さが少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０、又は５００ヌクレオチドであって、かつ、開示の核酸配列を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリッド形成するのに十分である核酸分子など、配列番号：１〜１７２のうちの奇数の核酸又はその部分などの開示の核酸分子でありうる。本発明の診断アッセイで使用するための他の適当なプローブも本明細書に記述する。
【００６９】
開示のポリペプチド配列を含むタンパク質を検出する薬剤の１つは、開示のポリペプチドに結合できる抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を備えた抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよく、より好ましくはモノクローナルである。完全な抗体、又はその断片（例えば、Ｆａｂ又はＦ（ａｂ’）２）を用いることができる。プローブ又は抗体に関して、「標識されている」という用語は、検出可能な物質をプローブ又は抗体に結合する（すなわち、物理的に連結させる）ことによって、プローブ又は抗体を直接標識することを包含し、また、直接的に標識されている別の試薬との反応性によって、プローブ又は抗体を間接標識することも包含するものとする。間接標識の例には、蛍光によって標識されている二次抗体を用いた一次抗体の検出と、蛍光標識されているストレプトアビジンで検出できるような、ビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識とが含まれる。
【００７０】
「試料」という用語は、対象の中に存在するか、又は対象から単離された組織、細胞、及び生物体液を含み、さらに、発端培養からの細胞、又はそのような培養を随伴するか、或いはそのような培養の使用から得られる食物製品も含むものとする。すなわち、本発明の検出法は、試料中における、開示の配列を含むｍＲＮＡ、タンパク質、又はゲノムＤＮＡを、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及びｉｎ  ｖｉｖｏの両方で検出するのに用いることができる。開示の配列を含むｍＲＮＡを検出するｉｎ  ｖｉｔｒｏ技法には、ノーザンハイブリダイゼーション及びｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションが含まれる。開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ技法には、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降反応、及び免疫蛍光が含まれる。開示のヌクレオチド配列を含むゲノムＤＮＡを検出のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ技法には、サザンハイブリダイゼイションが含まれる。加えて、開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出するｉｎ  ｖｉｖｏ技法には、開示のポリペプチドに対する標識抗体を対象に導入することが含まれる。例えば、抗体を放射性マーカーで標識することができ、対象の中でのその存在及び位置を、標準的な映像化技法によって検出することができる。
【００７１】
一実施形態では、試料は、プロバイオティック物質を摂取した試験対象からのタンパク質分子を含有する。別法として、試料は、発端培養からのｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを含有するものでありうる。
【００７２】
本発明は、試料中における、開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在を検出するキットも包含する。そのようなキットは、本発明の特定のポリペプチドを発現する微生物が、食物製品若しくは発端培養、又はプロバイオティック物質を摂取した対象の中に存在しているかどうか判定するのに用いることができる。例えば、キットは、試料中における、開示のポリペプチド又はｍＲＮＡを検出できる標識された化合物又は薬剤と、試料中における、開示のポリペプチドの量を測定する手段とを含むことがある（例えば、開示のポリペプチドを認識する抗体、又は開示のポリペプチド、例えば、配列番号：１〜１７２のうちの偶数のものをコードするＤＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）。キットは、そのような化合物の使用に関して詳しく述べる説明書も含むことがある。
【００７３】
抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、（１）開示のポリペプチドに結合する第１の抗体（例えば、固形担体に結合している）と、任意選択で、（２）開示のポリペプチド、又は第１の抗体に結合し、かつ、検出可能な薬剤に結合している第２の異なった抗体とを含むものでありうる。オリゴヌクレオチドベースのキットでは、キットは、例えば、（１）開示の核酸配列にハイブリッド形成するオリゴヌクレオチド、例えば検出可能に標識されているオリゴヌクレオチド、又は（２）開示の核酸分子を増幅するのに有用な一対のプライマーを含むものでありうる。
【００７４】
キットは、例えば、緩衝薬、保存剤、又はタンパク質安定化剤も含むことがある。キットは、検出可能な薬剤（例えば酵素又は基質）を検出するのに必要な構成要素を含むことがある。キットは、アッセイして、含まれている試験試料と比較することができる対照試料又は一連の対照試料も含むことがある。キットの各構成要素は、通常、個々の容器に入れられ、これらの様々な容器のすべてが、使用に関する説明書を伴った単一のパッケージの中にある。
【００７５】
一実施形態では、キットは、例えば、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第５４１２０８７号、第５５４５５３１号、及びＷＯ９５／００５３０に記載のものなど、アレイフォーマットの複数のプローブを含む。アレイで使用するためのプローブは、ＷＯ９５／００５３０に開示されているように、アレイの表面で直接合成することもできるし、アレイの表面に固定する前に合成することもできる(Gait, ed., Oligonucleotide synthesis a practical approach IRL Press, Oxford, England, 1984)。プローブは、米国特許第５４１２０８７号に記載のものなど、当業者に周知の技法を用いて表面に固定することができる。プローブは、核酸配列若しくはペプチド配列、好ましくは精製されたもの、又は抗体でありうる。
【００７６】
アレイは、生物、試料、又は産物を、特定の配列又はタンパク質の存在又は不在を含めた、それらのゲノムｃＤＮＡ、ポリペプチド、又は抗体の内容の相違、そして、それらの物質の濃度の相違に関してスクリーニングするのに用いることができる。捕捉プローブに対する結合は、例えば、開示の核酸配列を含む核酸分子、開示のアミノ酸配列を含むポリペプチド、又は抗体に結合した標識から生成されるシグナルによって検出する。この方法は、開示の核酸、ポリペプチド、又は抗体を含む分子を、複数の捕捉プローブを有する第１のアレイ、及び異なった複数の捕捉プローブを有する第２のアレイと接触させることを含みうる。それぞれのハイブリダイゼーションの結果を比較して、第１の試料と、第２の試料との間の発現の相違を分析することができる。第１の複数の捕捉プローブは、対照試料、例えば、野生型の乳酸菌から得たもの、又は対照対象、例えば、食物、栄養補助食品、発端培養試料、又は生物体液から得たものでありうる。第２の複数の捕捉プローブは、実験試料、例えば変異体型乳酸菌から得たもの、或いはプロバイオティック物質、例えば、発端培養試料又は生物体液を摂取した対象から得たものでありうる。
【００７７】
これらのアッセイは、微生物の選択と、不要物の検出を必須とする品質管理操作とに特に有用でありうる。特定のヌクレオチド配列又はポリペプチドの検出は、食物、発酵産物、若しくは産業微生物の遺伝子組成、又はプロバイオティクスを摂取した動物若しくはヒトの消化系に存在する微生物を判定するのに有用でありうる。
【００７８】
（アンチセンスヌクレオチド配列）
本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、タンパク質をコードするセンス核酸に相補的な分子、例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコーディング鎖に相補的な分子、又はｍＲＮＡ配列に相補的な分子も包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合できる。アンチセンス核酸は、ＦＯＳ関連コード鎖全体又はその一部、例えば、タンパク質コード領域（又はオープンリーディングフレーム）の全体又は一部のみに相補的なものでありうる。アンチセンス核酸分子は、ＦＯＳ関連タンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非翻訳領域に対してアンチセンスである場合もある。非翻訳領域は、コード領域に隣接し、かつ、アミノ酸に翻訳されない５’及び３’の配列である。アンチセンスヌクレオチド配列は、標的遺伝子の発現を破壊するのに有用である。対応する配列に対して７０％、好ましくは８０％、より好ましくは８５％の配列同一性を有するアンチセンスコンストラクトを用いることができる。
【００７９】
本明細書に開示する、ＦＯＳ関連タンパク質をコードするコード鎖配列（例えば、配列番号：１〜１７２のうちの偶数）を考えて、本発明のアンチセンス核酸は、ワトソン及びクリックの塩基対合法則に従って設計することができる。アンチセンス核酸分子は、ＦＯＳ関連のｍＲＮＡのコード領域全体に相補的なものである場合もあるが、ＦＯＳ関連のｍＲＮＡのコード領域又は非翻訳領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドがより好ましい。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＦＯＳ関連のタンパク質のｍＲＮＡにおける翻訳開始部位の周辺領域に相補的なものでありうる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０ヌクレオチドのものである場合もあり、或いは、長さが１００、２００ヌクレオチド、又はさらに長い場合もある。本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で公知の化学合成操作、及び酵素連結操作を用いて構築することができる。
【００８０】
例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、又は限定されるものではないが、例えばホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチドを含めた、分子の生物学的安定性を増大させるため、若しくは、アンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成された二本鎖分子の物理的安定性を増大させるために様々に修飾されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成することができる。別法として、核酸がアンチセンスの方向にサブクローニングされている（すなわち、挿入されている核酸から転写されるＲＮＡが注目している標的核酸に対してアンチセンスの方向のものになるであろう）発現ベクターを用いて、アンチセンス核酸を生物学的に生成することもできる。
【００８１】
本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子でありうる。α−アノマー核酸分子は、相補的なＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリットを形成し、その中では、通常のβ−ユニットとは反対に、鎖がお互いに対して平行に走っている(Gaultier et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15: 6625-6641)。アンチセンス核酸分子は、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Inoue et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15: 6131-6148）、又はキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体（Inoue et al. (1987) FEBS Lett. 215: 327-330）を含む場合もある。
【００８２】
本発明はリボザイムも包含する。リボザイムは、ｍＲＮＡなどの一本鎖核酸に対してそれが相補的な領域を有する場合に、その一本鎖核酸を切断することができるリボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡ分子である。リボザイム（例えばハンマーヘッド型リボザイム（Haselhoff and Gerlach (1988) Nature 334: 585-591に記載））は、ＦＯＳ関連のｍＲＮＡ転写物を触媒作用によって切断して、それによって、ＦＯＳ関連のｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに用いることができる。ＦＯＳ関連コード核酸に対する特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示のＦＯＳ関連のｃＤＮＡのヌクレオチド配列（例えば配列番号：１〜１７２のうちの奇数）に基づいて設計することができる。例えば、Cech et al.の米国特許第４９８７０７１号、及びCech et al.の米国特許第５１１６７４２号を参照のこと。別法として、特定のリボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡをＲＮＡ分子のプールから選択するのに、ＦＯＳ関連のｍＲＮＡを用いることもできる。例えば、Bartel and Szostak (1993) Science 261: 1411-1418を参照のこと。
【００８３】
本発明は、三重ら旋構造を形成する核酸分子も包含する。例えば、ＦＯＳ関連遺伝子発現は、ＦＯＳ関連タンパク質の調節領域（例えば、ＦＯＳ関連プロモーター及び／又はエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的として、標的細胞内のＦＯＳ関連遺伝子の転写を阻止する三重ら旋構造を形成させることによって阻害できる。Helene (1991) Anticancer Drug Des. 6(6): 569: Helene (1992) Ann. NY. Acad Sci. 660: 27；及びMaher (1992) Bioassays 14(12): 807を一般に参照のこと。
【００８４】
一部の実施形態では、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーション、又は溶解性改善するために、本発明の核酸分子を塩基部分、糖部分、又はリン酸骨格で修飾することがある。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成することができる（Hyrup et al. (1996) Bioorganic & Medicinal Chemistry 4: 5を参照）。本明細書で使用する場合、「ペプチド核酸」又は「ＰＮＡ」という用語は、デオキシリボースリン酸骨格が疑似ペプチドバックボーンによって置換され、天然の４つの核酸塩基のみが保持されている核酸模倣体、例えばＤＮＡ模倣体を指す。ＰＮＡの中性バックボーンは、低イオン強度条件下でのＤＮＡ及びＲＮＡに対する特異的なハイブリッド形成を可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、例えば、上記のHyrup et al. (1996)； Perry-O'Keefe et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci: USA 93: 14670に記載の標準的な固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施できる。
【００８５】
ＰＮＡは、例えば転写又は翻訳の停止を誘導するか、或いは複製を阻害することによって、遺伝子発現の配列特異的な変調を行うためのアンチセンス薬剤又は抗原薬剤として用いることができる。本発明のＰＮＡは、例えば、ＰＮＡを標的としたＰＣＲクランプ法によって；他の酵素、例えばＳ１ヌクレアーゼと併用した際の人工制限酵素として（Hyrup (1996)、同上）；又はＤＮＡ配列及びハイブリダイゼーション用のプローブ又はプライマーとして（Hyrup (1996)、同上；Perry-O'Keefe et al. (1996)、同上）、例えば、遺伝子内の単一塩基対変異の分析に用いることができる。
【００８６】
別の実施形態では、例えば、それらの安定性、特異性、又は細胞内取込みを促進するために、親油基又は他の補助基（helper group）をＰＮＡに結合させることによって、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラを形成させることによって、或いは、リポソーム、又は当技術分野で公知の、薬物送達の他の技法を使用することによって、ＦＯＳ関連分子のＰＮＡを修飾することができる。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Hyrup (1996)、同上；Finn et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24(17): 3357-63；Mag et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17: 5973；及びPeterson et al. (1975) Bioorganic Med. Chem. Lett. 5: 1119に記載されている通りに実施できる。
【００８７】
（融合タンパク質）
本発明は、ＦＯＳ関連キメラタンパク質又は融合タンパク質も含む。ＦＯＳ関連の「キメラタンパク質」又は「融合タンパク質」は、非ＦＯＳ関連ポリペプチドに作用可能に連結したＦＯＳ関連ポリペプチドを含む。「ＦＯＳ関連ポリペプチド」は、ＦＯＳ関連タンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指し、一方、「非ＦＯＳ関連ポリペプチド」は、ＦＯＳ関連タンパク質に実質的に同一ではないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、同じ生物又は異なった生物に由来するポリペプチドを指す。ＦＯＳ関連融合タンパク質の内部で、ＦＯＳ関連ポリペプチドは、ＦＯＳ関連タンパク質の全体に対応することも、その部分に対応することもあるが、ＦＯＳ関連タンパク質における少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含むことが好ましい。この融合タンパク質の内部で、「作用可能に連結した」という用語は、ＦＯＳ関連ポリペプチドと、非ＦＯＳ関連ポリペプチドとが、インフレームで相互に融合していることを示すものとする。非ＦＯＳ関連ポリペプチドは、ＦＯＳ関連ポリペプチドのＮ末端に融合する場合も、Ｃ末端に融合する場合もある。
【００８８】
連結されているコード配列を発現することによって、融合タンパク質を形成する、連結されている２つの異種アミノ酸配列が結果として得られる。担体配列（非ＦＯＳ関連ポリペプチド）は、細菌宿主における融合タンパク質の発現を増強又は増大させる担体ポリペプチドをコードする。融合タンパク質における、担体配列によってコードされている部分（すなわち担体ポリペプチド）は、タンパク質断片、機能性部分の全体、又はタンパク質配列全体でありうる。加えて、担体領域すなわち担体ポリペプチドは、その担体ポリペプチドに特異的な抗体又はアフィニティー精製を用いた、融合タンパク質の精製に使用されるように設計することもできる。同様に、融合タンパク質の選択的な精製を可能にするために、担体ポリペプチドの物理学的特性を利用することもできる。
【００８９】
具体的な当該の担体ポリペプチドには、スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、Ｎ末端ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグ、及び同様のものが含まれる。このリストは、ＦＯＳ関連タンパク質の発現を増強するいかなる担体ポリペプチドとしても、本発明の方法において使用できる融合タンパク質としても、限定するものではない。
【００９０】
一実施形態では、融合タンパク質が、ＧＳＴ−ＦＯＳ関連の融合タンパク質であり、その中では、ＦＯＳ関連配列がＧＳＴ配列のＣ末端に融合している。別の実施形態では、融合タンパク質が、ＦＯＳ関連免疫グロブリンとの融合タンパク質であり、その中では、ＦＯＳ関連タンパク質の全体又は一部が免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合している。本発明のＦＯＳ関連免疫グロブリンとの融合タンパク質は、抗ＦＯＳ関連抗体を、対象で生成するための免疫原として用いたり、ＦＯＳ関連リガンドを精製するのに用いたり、ＦＯＳ関連タンパク質と、ＦＯＳ関連リガンドとの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイに用いたりすることができる。
【００９１】
本発明の一実施形態では、融合タンパク質は、細菌細胞の機能上の特性を改変する能力を有する。「機能上の特性」によって、付着、免疫刺激、又は溶菌に関連したものなど、本来存在しないある種の機能を実行する細菌の能力を意図する。非ＦＯＳ関連タンパク質には、抗体、酵素、ワクチン抗原、殺菌活性を有するタンパク質、又は受容体結合活性を有するタンパク質が含まれるが、これらに限定されない。「殺菌活性」によって、１つ又は複数の細菌を殺す能力を意図する。「受容体結合活性」によって、細胞膜上、細胞表面、又は溶液中の受容体に結合する能力を意図する。グラム陽性菌の表面に発現された融合タンパク質が有する、ワクチンとして使用されるための能力を評価する方法は当技術分野で公知である（例えば、Fischetti et al. (1996) Curr. Opin. Biotechnol. 7: 659-666；Pouwels et al. (1998) Int. J. Food Microbiol. 41: 155-167を参照されたい）。
【００９２】
当業者ならば、具体的な担体ポリペプチドは、精製スキームを考慮して選択されることを認めるであろう。例えば、Ｈｉｓタグ、ＧＳＴ、及びマルトース結合タンパク質は、容易に利用できるアフィニティーカラムであって、それにそれらのポリペプチドを結合させて、溶出することができるアフィニティーカラムが存在する担体ポリペプチドを代表するものである。したがって、担体ポリペプチドがヘキサヒスチジン（Ｈｉｓ６タグ）などのＮ末端Ｈｉｓタグである場合、ＦＯＳ関連融合タンパク質を、金属キレート樹脂、例えば、ニッケルニトリロ三酢酸（Ｎｉ−ＮＴＡ）、ニッケルイミノ二酢酸（Ｎｉ−ＩＤＡ）、及びコバルト含有樹脂（Ｃｏ樹脂）を含むマトリックスを用いて精製することができる。例えば、参照により本明細書に全体として組み込まれている、Steinert et al. (1997) QIAGEN News 4: 11-15を参照のこと。担体ポリペプチドがＧＳＴである場合には、ＦＯＳ関連融合タンパク質を、グルタチオンアガロースビーズ（Sigma社製又はPharmacia Biotech社製）を含むマトリックスを用いて精製することができ；担体ポリペプチドがマルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）である場合には、ＦＯＳ関連融合タンパク質を、アミロースによって誘導体化されたアガロース樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。
【００９３】
本発明のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技法で生成することが好ましい。例えば、異なったポリペプチド配列をコードするＤＮＡ断片を１つにインフレームに連結してもよく、或いは、ＤＮＡ自動合成機などで融合遺伝子を合成することもできる。別法として、遺伝子断片のＰＣＲ増幅は、後で、アニーリングして、さらに再増幅することでキメラ遺伝子配列を生成することができる、連続した２つの遺伝子断片の間に相補的なオーバーハングをもたらすアンカープライマーを用いて実行することもできる（例えば、Ausubel et al., eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology (Greene Publishing and Wiley-Interscience, NY)を参照）。さらに、ＦＯＳ関連タンパク質コード核酸を、市販されている発現ベクターに、既存の融合部分にインフレームに連結されるようにクローニングすることもできる。
【００９４】
融合タンパク質発現ベクターは、通常、担体ポリペプチドを除去するのが容易で、ＦＯＳ関連タンパク質が、それに付随する天然の生物活性を保持できるように設計する。融合タンパク質を切断する方法は当技術分野で公知である。例えば、Ausubel et al., eds. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.)を参照のこと。融合タンパク質の化学的切断は、臭化シアン、２−（２−ニトロフェニルスルフェニル）−３−メチル−３’−ブロモインドレニン、ヒドロキシルアミン、又は低ｐＨなどの試薬で実行できる。化学的切断は、そうしないと不溶性となる融合タンパク質を切断するために、変性条件下で実行することが多い。
【００９５】
ＦＯＳ関連ポリペプチドを担体ポリペプチドから分離することが望しく、かつ、これらの融合ポリペプチド間の接合部の切断部位が天然には存在しない場合、特異的なプロテアーゼ切断部位を含有して、担体ポリペプチドの酵素による切断及び除去が促進されるように融合コンストラクトを設計することができる。この様にして、所定の酵素に特異的な切断部位を有するペプチドのコード配列を含むリンカー配列を、担体ポリペプチド（例えば、ＭＢＰ、ＧＳＴ、ＳＯＤ、又はＮ末端Ｈｉｓタグ）のコード配列と、ＦＯＳ関連ポリペプチドのコード配列との間にインフレームに融合させることができる。切断部位に対する特異性を有する適当な酵素には、因子Ｘａ、トロンビン、エンテロキナーゼ、レミン（ｒｅｍｉｎ）、コラゲナーゼ、及びタバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼが含まれるが、これらに限定されない。これらの酵素の切断部位は当技術分野で周知である。したがって、例えば、担体ポリペプチドを、ＦＯＳ関連ポリペプチドから切断するのに、因子Ｘａを用いる場合には、因子Ｘａに感受性の切断部位、例えば、ＩＥＧＲという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる（例えば、参照により本明細書に組み込まれている、Nagai and Thogersen (1984) Nature 309: 810-812；Nagai and Thogersen (1987) Meth. Enzymol. 153: 461-481；及びPryor and Leiting (1997) Protein Expr. Purif. 10(3): 309-319を参照のこと）。担体ポリペプチドを、ＦＯＳ関連ポリペプチドから切断するのにトロンビンを用いる場合には、トロンビンに感受性の切断部位、例えば、ＬＶＰＲＧＳ又はＶＩＡＧＲという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる（例えば、それぞれ、Pryor and Leiting (1997) Protein Expr. Purif. 10(3): 309-319、及びHong et al. (1997) Chin. Med. Sci. J. 12(3): 143-147を参照のこと；これらの開示を参照により本明細書に組み込む）。ＴＥＶプロテアーゼの切断部位は当技術分野で公知である。例えば、参照により全体として本明細書に組み込まれている米国特許第５５３２１４２号に記載の切断部位を参照のこと。Ausubel et al., eds. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.), Chapter 16の考察も参照のこと。
【００９６】
（抗体）
ＦＯＳ関連タンパク質に特異的に結合する抗体を生成するか、又はｉｎ  ｖｉｖｏで抗体の産生を刺激するイムノゲンとして、本発明の単離されているポリペプチドを用いることができる。イムノゲンとして、完全長のＦＯＳ関連タンパク質を用いることもできるし、或いはその代わりに、本明細書に記載の、ＦＯＳ関連タンパク質の抗原性ペプチド断片を用いることもできる。ＦＯＳ関連タンパク質の抗原性ペプチドは、配列番号：１〜１７２のうちの偶数に示されているアミノ酸配列でも、そのうちの少なくとも８、好ましくは１０、１５、２０、又は３０アミノ酸残基を含み、かつ、ＦＯＳ関連タンパク質のエピトープを包含して、それによって、そのペプチドに対して産生された抗体が、ＦＯＳ関連タンパク質と特異的な免疫複合物を形成する。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、ＦＯＳ関連タンパク質の領域であって、そのタンパク質の表面に位置している領域、例えば、親水性の領域である。
【００９７】
（組換え体の発現ベクター）
本発明の核酸分子は、ベクター、好ましくは発現ベクターに含まれていてもよい。「ベクター」は、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。発現ベクターは、１つ又は複数の調節配列を含み、それらが操作可能に連結されている遺伝子の発現を指示する。「操作可能に連結されている」によって、注目しているヌクレオチド配列が、そのヌクレオチド配列の発現が可能になるように（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏの転写系／翻訳系で、或いは、ベクターが宿主細胞に導入される場合には、宿主細胞で）、調節配列に連結されていることを意図する。「調節配列」又は「調節エレメント」という用語には、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする（例えば、シャイン−ダルガルノコンセンサス配列、開始コドン、及び終止コドン）。これらの調節配列は、例えば使用される宿主細胞に応じて、異なるであろう。
【００９８】
ベクターは、宿主細胞内で自律的に複製されることもあるし（エピソームベクター）、或いは、宿主細胞のゲノムに組み込まれて、宿主ゲノムと共に複製されることもある（非エピソープ哺乳類ベクター）。組み込み型ベクターは、通常、細菌染色体に相同な配列を少なくとも１つ含有し、それによって、ベクターと、細菌染色体とにある相同なＤＮＡの間で組み換えが起こるのを可能にしている。組み込み型ベクターは、バクテリオファージ又はトランスポゾンの配列も含むことがある。エピソームベクター又はプラスミドは、その中にＤＮＡセグメントを追加して連結することができる環状の二本鎖ＤＮＡループである。組み換えＤＮＡ技法を用いる場合には、通常、宿主内での安定した維持が可能なプラスミドが、発現ベクターの好ましい形態である。
【００９９】
本発明に包含される発現コンストラクト又はベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適した形態にある本発明の核酸コンストラクトを含む。加えて、ＦＯＳオペロンの調節領域をコードする核酸配列を含み、これは、発現ベクター中のプロモーターエレメントとして用いることができる。原核細胞の宿主細胞における発現も、本発明に包含される。発現ベクターの設計が、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質発現レベルなどの因子に依存しうることを、当業者ならば理解するであろう。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それによって、融合タンパク質又はペプチドを含めた、本明細書に記載の核酸によってコードされているタンパク質又はペプチド（例えば、ＦＯＳ関連タンパク質、変異体型のＦＯＳ関連タンパク質；融合タンパク質など）を生成することができる。
【０１００】
調節配列には、ヌクレオチド配列の構成的な発現を指示するものと、ある特定の環境条件下でのみヌクレオチド配列の誘導性の発現を指示するものとが含まれる。細菌性ＲＮＡポリメラーゼに結合して、ｍＲＮＡへのコード配列（例えば構造遺伝子）の転写を下流（３’）で開始することができるいかなるＤＮＡ配列も、細菌性プロモーターである。プロモーターは転写開始領域を有するであろう。そして、転写開始領域は、通常、コード配列の５’末端近傍に配置される。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位と、転写開始部位とを含む。細菌性プロモーターは、オペレーターと呼ばれる第２のドメインも有することがある。オペレーターは、ＲＮＡ合成が始まる、隣接のＲＮＡポリメラーゼ結合部位と重複する場合もある。オペレーターは、負に調節された（誘導性）転写を可能にするが、それは、遺伝子リプレッサータンパク質がオペレーターに結合して、それによって特定の遺伝子の転写を阻害する可能性があるためである。構成的な発現は、オペレーターなどの負の調節エレメントの非存在下に起こりうる。さらに、遺伝子活性化タンパク質結合配列によって、正の調節が実現される場合もある。この配列は、存在する場合には、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合配列の近傍（５’）にある。
【０１０１】
遺伝子活性化タンパク質の一例に、カタボライト遺伝子活性化タンパク質（ＣＡＰ）があるが、これは、大腸菌（Escherichia coli）のｌａｃオペロンの転写開始を補助する(Raibaud et al. (1984) Annu. Rev. Genet. 18: 173)。したがって、調節性の発現は、正の場合も、負の場合もあり、それによって転写が促進されるか、又は抑制される。正及び負の調節エレメントの他の例は当技術分野で周知である。タンパク質発現系に含めることのできる様々なプロモーターには、Ｔ７／ＬａｃＯハイブリッドプロモーター、ｔｒｐプロモーター、Ｔ７プロモーター、ラクトースプロモーター、及びバクテリオファージλプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。在来のプロモーター又は異種プロモーターを含めた、いかなる適当なプロモーターも、本発明を実行するのに使用できる。異種プロモーターは、構成的に活性であることも、誘導性であることもある。異種プロモーターの非限定な例は、Kullen及びKlaenhammerの米国特許第６２４２１９４号に示されている。
【０１０２】
代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。それらの例には、ガラクトース、ラクトース（ｌａｃ）(Chang et al. (1987) Nature 198: 1056)、及びマルトースなど、糖を代謝する酵素に由来するプロモーター配列が含まれる。追加の例には、トリプトファンなどの生合成酵素（ｔｒｐ）に由来するプロモーター配列（Goeddel et al. (1980) Nucleic Acids Res. 8: 4057; Yelverton et al. (1981) Nucleic Acids Res. 9: 731；米国特許第４７３８９２１号；欧州特許公開第３６７７６号及び第１２１７７５号）が含まれる。ベータラクタマーゼ（ｂｌａ）プロモーターシステム（Weissmann, (1981) "The Cloning of Interferon and Other Mistakes," in Interferon 3 (ed. I. Gresser)）；バクテリオファージラムダＰＬ（Shimatake et al: (1981) Nature 292: 128）；アラビノース誘導性ａｒａＢプロモーター（米国特許第５０２８５３０号）；及びＴ５（米国特許第４６８９４０６号）プロモーターシステムも有用なプロモーター配列を提供する。大腸菌（E. coli）の発現系について論じている、Balbas (2001) Mal. Biotech. 19: 251-267も参照のこと。
【０１０３】
さらに、天然には存在しない合成プロモーターも細菌性プロモーターとして機能する。例えば、ある細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターの転写活性化配列を、別の細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターのオペロン配列に連結されて、合成のハイブリッドプロモーターを生成することもできる（米国特許第４５５１４３３号）。例えば、ｔａｃプロモーター（Amann et al. (1983) Gene 25: 167; de Boer et al. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. 80: 21）、及びｔｒｃプロモーター（Brosius et al. (1985) J. Biol. Chem. 260: 3539-3541）は、ｔｒｐプロモーターと、ラックリプレッサーによって調節されるｌａｃオペロン配列との両方で構成されるハイブリッドｔｒｐ−ｌａｃプロモーターである。ｔａｃプロモーターは、誘導性調節配列としての追加の機能も有する。したがって、ｔａｃプロモーターに作用可能に連結されているコード配列の発現は、細胞培養で、例えば、イソプロピル−１−チオ−β−Ｄ−ガラクトシド（ＩＰＴＧ）を添加することによって、誘導することができる。さらに、細菌性プロモーターは、細菌性ＲＮＡポリメラーゼに結合して、さらに転写を開始する能力を有する、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを含むこともある。原核生物の何らかの遺伝子の発現を高レベルに生成するために、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを、適合性のあるＲＮＡポリメラーゼと共役させることもできる。バクテリオファージＴ７  ＲＮＡポリメラーゼ／プロモーターシステムは、共役プロモーターシステムの例である（Stadier et al. (1986) J. Mol. Biol. 189: 113; Tabor et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. 82: 1074）。加えて、ハイブリッドプロモーターは、バクテリオファージプロモーターと、大腸菌（E. coli）オペレーター領域とで構成されることもある（欧州特許第２６７８５１号）。
【０１０４】
ベクターは、そのプロモーターのリプレッサー（又は誘導物質）をコードする遺伝子をさらに含有しうる。例えば、本発明の誘導性ベクターは、ＬａｃＩリプレッサータンパク質をコードする遺伝子を発現することによって、Ｌａｃオペレーター（ＬａｃＯ）からの転写を調節するものでありうる。他の例には、ｐＲｅｃＡの発現を調節するためのｌｅｘＡ遺伝子の使用、及びｐｔｒｐを調節するためのｔｒｐＯの使用が含まれる。抑制の程度を増強する（例えば、ｌａｃＩｑ）か、或いは誘導の様式を改変する（例えば、λｐＬに熱誘導性を与えるλＣＩ８５７、又はλｐＬに化学誘導性を与えるλＣＩ＋）そのような遺伝子のアレルを利用することもできる。
【０１０５】
機能的なプロモーター配列に加えて、効率的なリボソーム結合部位も、融合コンストラクトの発現に有用である。原核生物では、リボソーム結合部位は、シャイン−ダルガルノ（ＳＤ）配列と呼ばれ、開始コドン（ＡＴＧ）と、開始コドンの３〜１１ヌクレオチド上流にある長さ３〜９ヌクレオチドの配列とを含む（Shine et al. (1975) Nature 254: 34）。ＳＤ配列は、ＳＤ配列と細菌１６ＳリボソームＲＮＡの３’末端との間の塩基対合によって、リボソームに対するｍＲＮＡの結合を促進すると考えられている（Steitz et al. (1979) "Genetic Signals and Nucleotide Sequences in Messenger RNA," in Biological Regulation and Development: Gene Expression (ed. R. F. Goldberger, Plenum Press, NY）。
【０１０６】
ＦＯＳ関連タンパク質も、ＦＯＳ関連ポリペプチドの分泌を提供するシグナルペプチド配列断片を含むタンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を生成することによって、細胞から分泌されることがある（米国特許第４３３６３３６号）。シグナル配列断片は、通常、細胞からのタンパク質の分泌を指示する、疎水性アミノ酸で構成されるシグナルペプチドをコードする。タンパク質は、増殖培地（グラム陽性細菌）か、細胞の内膜と外膜との間に位置する細胞膜周辺腔（グラム陰性菌）のいずれかに分泌される。シグナルペプチド断片と、ＦＯＳ関連タンパク質との間にコードされたプロセシング部位が存在し、このプロセシング部位は、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｉｎ  ｖｉｔｒｏのいずれかで切断できるものであることが好ましい。
【０１０７】
適当なシグナル配列をコードするＤＮＡは、大腸菌（E. coli）の外膜タンパク質遺伝子（ｏｍｐＡ）（Masui et al. (1983) FEBS Lett. 151(1): 159-I64; Ghrayeb et al. (1984) EMBOJ 3: 2437-2442）、及び大腸菌（E. coli）アルカリホスファターゼシグナル配列（ｐｈｏＡ）（Oka et al. (1985) Proc. Natl. Acad Sci. 82: 7212）など、細菌の分泌タンパク質の遺伝子から得ることができる。他の原核細胞シグナルには、例えば、ペニシリン分解酵素Ｉｐｐからのシグナル配列；又は熱安定性エンテロトキシンＩＩのリーダー配列が含まれる。
【０１０８】
アシドフィルス菌（L. acidophilus）などの細菌は、通常、開始コドンＡＴＧを利用し、これはアミノ酸のメチオニン（これは、原核生物内でＮ−ホルミルメチオニンに修飾される）を指定する。細菌は、ＧＴＧ及びＴＴＧというコドンのなど、代替の開始コドンも認識するが、これらはそれぞれ、バリンと、ロイシンとをコードする。しかし、それらが開始コドンとして使用される場合、通常、これらのコドンは、それらがコードしているアミノ酸ではなくメチオニンの取込みを指示する。アシドフィルス菌ＮＣＦＭは、これらの代替のスタート部位を認識して、メチオニンを最初のアミノ酸として組み込む。
【０１０９】
通常、細菌によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’に位置する調節領域であり、したがって、プロモーターと共にコード配列を挟み込む。これらの配列は、ＤＮＡによってコードされている、ポリペプチドに翻訳可能なｍＲＮＡの転写を指示する。転写終結配列は、頻写の終了を補助するステムループ構造を形成できるＤＮＡ配列（約５０ヌクレオチドの）を含むことが多い。これらの例には、大腸菌（E. coli）のｔｒｐ遺伝子、そして、他の生合成遺伝子など、強いプロモーターを有する遺伝子に由来する転写終結配列が含まれる。
【０１１０】
発現ベクターは、ＦＯＳ関連タンパク質配列が調節領域の転写調節下となるように、その配列を挿入するための複数の制限部位を有する。ベクターを確実に細胞内に維持するための選択的マーカー遺伝子も、発現ベクターに含めることができる。好ましい選択的マーカーには、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシン（ネオマイシン）、及びテトラサイクリンなどの薬物に対する抵抗性を与えるものが含まれる(Davies et al. (1978) Annu. Rev. Microbial. 32: 469)。選択的マーカーは、最少培地上で、又は毒性代謝物質の存在下で細胞が増殖するのを可能にするものでもよく、これには、ヒスチジン、トリプトファン、及びロイシンの生合成経路の遺伝子など、生合成遺伝子が含まれる。
【０１１１】
調節領域は、本発明の宿主、細胞、及び／又はヌクレオチド配列にとって、在来（同種）のものであることも、或いは外来（異種）のものであることもある。調節領域は、天然のものであることも、合成であることもある。その領域が、宿主細胞にとって「外来」、すなわち「異種」である場合には、その領域が導入される、自然状態の細胞で、その領域が見出されないことが意図されている。その領域が本発明のＦＯＳ関連ヌクレオチド配列に「外来」、すなわち「異種」である場合、作用可能に連結している、本発明のＦＯＳ関連ヌクレオチド配列にとって、その領域は、在来のものでも、天然に存在する領域でもないことが意図されている。そのような領域は、例えば、ファージ由来のものでありうる。これらの配列は、異種の調節領域を用いて発現するのが望ましいが、在来の領域を用いることもできる。場合によっては、そのようなコンストラクトによって、宿主細胞におけるＦＯＳ関連タンパク質の発現レベルが変化を受けることも予測されよう。したがって、宿主細胞の表現型が変化を受けることもあろう。
【０１１２】
発現カセットを調製する際には、適切な配向性を有し、必要に応じて、適当なリーディングフレーム中にあるＤＮＡ配列を提供するために、様々なＤＮＡ断片が操作されることがある。このような目的で、ＤＮＡ断片を連結するのに、アダプター又はリンカーが利用されることがあり、或いは、好都合な制限部位、不必要なＤＮＡの除去、制限部位の除去、又は同様のもの提供するのに、他の操作が行われることもある。このために、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ変異誘発、プライマー修復、制限、アニーリング、再置換、例えば、転移及び転換が行われこともある。
【０１１３】
本発明は、その発現ベクターにアンチセンスの方向にクローニングされている本発明のＤＮＡ分子を含む組換え体発現ベクターも提供する。すなわち、このＤＮＡ分子は、ＦＯＳ関連ｍＲＮＡに対してアンチセンスのＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写による）が可能となる様式で、調節配列に作用可能に連結している。アンチセンスの方向にクローニングされた核酸に作用可能に連結している調節配列は、アンチセンスＲＮＡ分子の連続的又は誘導性の発現を指示するように選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、組換え体のプラスミド又はファージミドの形態をとりうるが、この形態において、アンチセンス核酸が高効率の調節領域の制御下に生成され、この調節領域の活性は、ベクターがその中に導入された細胞型によって決定されることがある。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節に関する考察には、Weintraub et al. (1986) Reviews Trends in Genetics, Vol. 1(1)を参照のこと。
【０１１４】
別法として、上記の構成要素のいくつかを、形質転換ベクターに併せて入れることもできる。形質転換ベクターは、通常、選択的マーカーで構成され、複製単位によって維持されるか、或いは、上述のように、組み込み型ベクターへと展開される。
【０１１５】
（微生物又は細菌宿主細胞）
指定の核酸配列又はタンパク質を含有する細菌の生成、そのような細菌の発端培養の調製、及び基質、特に乳などの食物基質を発酵させる方法は、公知の技法に従って実行することができる。（例えば、Gilliland, S.E. (ed) Bacterial Starter Cultures for Food, CRC press, 1985, 205pp.；Read, G. (Ed.). Prescott and Dunn's Industrial Microbiology, 4th Ed. AVI Publishing Company, Inc. 1982, 883pp.；Peppler, J.J. and Perlman, D. (Eds.). Microbial Technology: Volume II, Fermentation Technology. Academic Press, 1979, 536 pp.を参照）。
【０１１６】
「発酵」によって、微生物による有機化合物のエネルギー供給性代謝分解を意図し、これは通常、嫌気性条件下で進行し、気体の放出を伴う。
【０１１７】
核酸分子に関する場合、「導入」によって、従来の形質転換又は形質移入の技法、或いはファージを媒介にした感染によって、原核細胞に導入することを意図する。本明細書で使用する場合、「形質転換」、「形質導入」、「接合」、及び「原形質融合」は、リン酸カルシウム若しくは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストランを媒介にした形質移入、リポフェクション、又はエレクトロポレーションを含めた、宿主細胞に外来核酸（例えばＤＮＡ）を導入する、当技術分野技術で承認されている様々な技法を指すものとする。宿主細胞を形質転換又は形質移入するのに適した方法は、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, NY)、及び他の実験室マニュアルに見出すことができる。本発明のポリペプチド又は微生物に関する場合、「導入」によって、食物摂取、局所適用、鼻腔内、座薬、泌尿生殖器、又は経口適用によってポリペプチド又は微生物を宿主に導入することを意図する。
【０１１８】
本発明のＦＯＳ関連ポリペプチドを生成するのに使用される細菌細胞は、概ね、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, NY)に記載されている適当な培地中で培養する。
【０１１９】
（機能及びアッセイ）
細菌の高親和性輸送系は、細胞質膜を通した溶質の能動輸送に関与する。これらの輸送系のタンパク質構成成分には、１つ又は２つの膜貫通タンパク質構成成分、１つ又は２つの膜結合性ＡＴＰ結合タンパク質、及び高親和性周辺質溶質結合タンパク質が含まれる。グラム陽性菌は、単一の膜によって囲まれ、したがって周辺質領域をもたないが、これらの細菌では、対応するタンパク質がＮ末端脂質アンカーを介して膜に結合している。これらの相同タンパク質は、輸送過程における不可欠な役割をそれ自体で果たしているのではなく、おそらく受容体として働いて、流出系の内在性膜タンパク質の外部部位に結合することによって、膜を通した溶質の移行を刺激又は開始する。加えて、少なくとも一部の溶質結合タンパク質は、知覚の伝達経路の開始において機能している。
【０１２０】
これらの溶質結合タンパク質の大部分は、配列の類似性に基づいて８ファミリーのクラスターに分類することができ、これらのクラスターは、結合する溶質の性質と概ね相関している（Tam and Saier (1993) Microbiol. Rev. 57: 320-346)。ファミリー１（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１５４７）には、現在、腸内細菌科（Enterobacteriaceae）の周辺質タンパク質麦芽糖／マルトデキシトリン結合タンパク質（遺伝子ｍａｌＥ）（Sharff et al. (1995) J. Mol. Biol. 246: 8-13）及び肺炎連鎖球菌ｍａｌＸ；ストレプトコッカスミュータンス（Streptococcus mutans）（遺伝子ｍｓｍＥ）の多重オリゴ糖結合タンパク質；大腸菌（Escherichia coli）のグリセロール３リン酸結合タンパク質；セラチアマルセッセンス鉄結合タンパク質（遺伝子ｓｆｕＡ）並びに、インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae）及びナイセリア属の相同タンパク質（遺伝子ｆｂｐ）；並びに、大腸菌のチアミン結合タンパク質（遺伝子ｔｂｐＡ）が含まれる。本発明のファミリー１の溶質結合タンパク質には、配列番号：２、及び６０のものが含まれる。
【０１２１】
細菌の結合タンパク質依存性の輸送系は、通常、周辺質基質結合タンパク質と、１つ又は２つの相互的に相同的な内在性膜タンパク質と、エネルギーを活性の輸送系と共役させる１つ又は２つの表在性膜ＡＴＰ結合タンパク質とで構成される多成分システムである（Ames (1986) Annu. Rev. Biochem. 55: 397-425; Higgins et al. (1990) J. Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592）。内在性膜タンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５２８）は、膜を通して基質を移行させる。これらのタンパク質の大部分は、それらのＣ末端より８０から１００残基の辺りに位置する保存された領域を含有することが示されている（Dassa and Hofnung (1985) EMBO J. 4: 2287-2293; Saurin et al. (1994) Mol. Microbiol. 12: 993-1004）。この領域は、２つの膜貫通ドメインの間の細胞質ループで位置するようである（Pearce et al. (1992) Mol. Microbiol. 6: 47-57）。保存されている領域を別にすると、これらのタンパク質の配列は、かなり多岐にわたり、それらの膜貫通へリックスの数は可変的であるが、それらは、それぞれ、ａｒａＨ、ｃｙｓＴＷ、ｆｅｃＣＤ、ｈｉｓＭＱ、ｌｉｖＨＭ、ｍａｌＦＧ、及びｏｐｐＢＣと呼ばれる７つのファミリーに分類することができる。本発明の内在性膜タンパク質には、配列番号：４及び６のものが含まれる。
【０１２２】
輸送活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Hung et al. (1998) Nature 396: 703-707; Higgins et al. (1990) J Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592を参照）。
【０１２３】
Ｏ−グリコシル加水分解酵素などのグリコシル加水分解酵素（ＥＣ３．２．１．−）は、２つ以上の炭化水素の間、又は炭化水素と非炭化水素部分との間にあるグリコシド結合を加水分解する酵素の広範なグループである。グリコシル加水分解酵素ファミリー３２（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２５１）は、いくつかの既知の活性を有する酵素、すなわち、インベルターゼ（ＥＣ：３．２．１．２６）；イヌリナーゼ（ＥＣ：３．２．１．７）；レバナーゼ（ＥＣ：３．２．１．６５）；エキソイヌリナーゼ（ＥＣ：３．２．１．８０）；スクロース：スクロース１−フルクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．９９）；及びフルクタン：フルクタン１−フルクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．１００）を含む。本発明のグリコシル加水分解酵素ファミリー３２タンパク質には、配列番号：８のタンパク質が含まれる。
【０１２４】
加水分解酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Avigad and Bauer (1966) Methods Enzymol. 8: 621-628; Neumann and Lampen (1967) Biochemistry 6: 468-475; Henry and Darbyshire (1980) Phytochemistry 19: 1017-1020を参照）。
【０１２５】
ＡＢＣ輸送体（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）は、様々な化合物の、生体膜を通した移行の原因となるタンパク質の大ファミリーを形成している。それらは、異分泌物質（allocrite）の結合及び輸送の原因となる２つの膜貫通ドメイン（ＴＭＤ）と、ＡＴＰ加水分解エネルギーを、ＴＭＤにおける立体配座変化に共役させる原因となる２つのヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）とを備えた最少４ドメインで構成される。ＮＢＤは両方ともＡＴＰ加水分解を行うことができ、一方のＮＢＤにおける加水分解を阻害することによって、もう一方での加水分解が効果的に抑制される。このファミリーに属するタンパク質は、１コピー又は２コピーの「Ａ」コンセンサス配列（Walker et al. (1982) EMBO J. 1: 945-951）、又はＰループ（Saraste et al. (1990) Trends Biochem Sci. 15: 430-434）も含有する。ＡＴＰの結合及び輸送を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Hung et al. (1998) Nature 396: 703-707；Higgins et al. (1990) J Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592を参照）。本発明のＡＢＣ輸送体タンパク質には、配列番号：１０が含まれる。
【０１２６】
ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼ（ＧＡＲＳ）（ＥＣ：６．３．４．１３）（ホスホリボシルアミングリシンリガーゼ）は、プリンの新規生合成における第２ステップを触媒する（Aiba and Mizobuchi (1989) J Biol. Chem. 264: 21239-21246）。ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼによって触媒される反応は、グリシンに５−ホスホリボシルアミンをＡＴＰ依存的に付加して、５’−ホスホリボシルグリシンアミドを生成するものである。ＡＴＰ補足（ATP-grasp）（Ａ）ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１０７１）は、ビオチンカルボキシラーゼ／カルバモイルリン酸シンセターゼのＡＴＰ補足ドメインに関連している。Ｂドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８４２）は、ビオチンカルボキシラーゼ／カルバモイルリン酸シンセターゼに関連している。Ｃドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８４３）は、ビオチンカルボキシラーゼ／カルバモイルリン酸シンセターゼのＣ末端ドメインに関連している。Ｎドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８４４）は、ビオチンカルボキシラーゼ／カルバモイルリン酸シンセターゼのＮ末端ドメインに関連している。
【０１２７】
ＧＡＲＳは、細菌では一機能性酵素（ｐｕｒＤ遺伝子にコードされている）であり、酵母では、ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ（ＡＩＲＳ）を有する二機能性酵素（ＡＤＥ５、７遺伝子にコードされている）の部分であり、高等真核生物では、ＡＩＲＳ及びホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼ（ＧＡＲＴ）を有する三機能性酵素（ＧＡＲＳ−ＡＩＲＳ−ＧＡＲＴ）の部分である。ホスホリボシルアミングリシンリガーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Aiba and Mizobuchi (1989) J Biol. Chem. 264: 21239-21246を参照）。本発明のホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼタンパク質には、配列番号：１４のものが含まれる。
【０１２８】
メチルグリオキサールシンターゼ（ＥＣ：４．２．３．３）（ＭＧＳ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２１４２）は、ジオキシアセトンリン酸からメチルグリオキサール及びリン酸への変換を触媒する（Saadat and Harrison (1999) Structure Fold Des. 7: 309-317）。それは、トリオースリン酸イソメラーゼに代わる、ジオキシアセトンリン酸を代謝する代替手段を細菌に提供する。メチルグリオキサールシンターゼは、他の酵素にも共有されているドメインを含有している。このドメインを含有する他のタンパク質には、プリン生合成タンパク質ＰｕｒＨと、カルバモイルリン酸シンセターゼとが含まれる。触媒活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である（例えば、Ray and Ray (1981) J Biol. Chem. 256: 6230-6233を参照）。本発明のメチルグリオキサールシンターゼ様タンパク質には、配列番号：１６のものが含まれる。
【０１２９】
ＡＩＣＡＲＦＴ／ＩＭＰＣＨアーゼ二酵素ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１８０８）は、新規のプリン生合成における最後の２ステップを触媒する二機能性酵素のファミリーである。この二機能性酵素は、原核生物及び真核生物の両方で見出されている。最後から２番目のステップは、５−アミノイミダゾール−４−カルボキシアミドリボヌクレオチドホルミルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．１．２．３）（ＡＩＣＡＲＦＴ）によって触媒される。この酵素は、ＦＡＩＣＡＲ及びテトラヒドロ葉酸を生成する、ＡＩＣＡＲの、１０−ホルミルテトラヒドロ葉酸によるホルミル化を触媒する（Akira et al. (1997) Gene 197: 289-293）。最後のステップはＩＭＰ（イノシン一リン酸）シクロヒドロラーゼ（ＥＣ：３．５．４．１０）（ＩＭＰＣＨアーゼ）によって触媒され、ＦＡＩＣＡＲ（５−ホルミルアミノイミダゾール−４−カルボキシアミドリボヌクレオチド）環化して、ＩＭＰにする（Akira et al., supra）。ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である（例えば、Rayl et al. (1996) J. Biol. Chem. 271: 2225-2233を参照）。本発明のホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼタンパク質には、配列番号：１６のものが含まれる。
【０１３０】
ホルミルトランスフェラーゼ（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５５１）には、新規のプリン生合成における第３ステップである、５’−ホスホリボシルグリシンアミドへのホルミル基の転移を触媒するグリシンアミドリボヌクレオチドトランスホルミラーゼと；ホルミルテトラヒドロ葉酸からギ酸を生成するホルミルテトラヒドロ葉酸デホルミラーゼと；ホルミル基をメチオニルアミノアシル−ｔＲＮＡのアシル部分のアミノ末端に転移するメチオニルｔＲＮＡホルミルトランスフェラーゼとが含まれる。ホルミル基は、Ｎ−ホルミルメチオニルｔＲＮＡの発動因子アイデンティティに関して、ＩＦ２によるそれの認識の促進することによる役割と、ＥＦＴＵ−ＧＴＰに対する結合の障害となることによる役割との二役を果たしているようである。ホルミルテトラヒドロ葉酸からギ酸を生成するホルミルテトラヒドロ葉酸脱水素酵素も含まれる。このファミリーは、これらの酵素のＮ末端ドメインを包含し、Ｃ末端ドメインの上流に見出される。トランスフェラーゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である（例えば、Lee et al. (2003) Protein Sci. 12: 2206-2214を参照）。本発明のホルミルトランスフェラーゼには、配列番号：１８のものが含まれる。
【０１３１】
Ｎ末端ドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５８６）及びＣ末端ドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２７６９）を含めたＡＩＲシンターゼ関連タンパク質ファミリーのメンバーには、ＮｉｆＥヒドロゲナーゼの成熟過程に関与しているであろう水素発生／形成タンパク質HypEと；新規のプリン生合成に関与するＡＩＲシンターゼ（ＥＣ：６．３．３．１）及びＦＧＡＭシンターゼ（ＥＣ：６．３．５．３）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２７００）と；セレン化物及びＡＴＰからセレノリン酸を合成する酵素であるセレン化物、水ジキナーゼ（ＥＣ：２．７．９．３）とが含まれる。ＡＩＲシンターゼのＮ末端ドメインは、タンパク質の二量体界面を形成し、推定上のＡＴＰ結合領域であると提案されている（Li et al. (1999) Structure Fold Des. 7: 1155-1166）。シンターゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である（例えば、Saxild and Nygaard (2000) Microbiology 146: 807-814；及び、Peltonen and Mantsala (1999) Mol. Gen. Genet. 261: 31-41を参照）。本発明のＡＩＲシンターゼ関連タンパク質には、配列番号：２０、２４、２６、及び２８で示すものが含まれる。
【０１３２】
生合成酵素の１つの大きなグループは、グルタミンからのアンモニア基の除去と、このアンモニア基を基質に転移して新規の炭素窒素基を形成する反応とを触媒できる。この触媒能活性は、グルタミンアミドトランスフェラーゼ（ＧＡＴアーゼ）（ＥＣ：２．４．２）として知られている（Buchanan (1973) Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 39: 91-183）。ＧＡＴアーゼドメインは、別々のポリペプチドサブユニットとして、或いは、様々な方法でシンターゼドメインに融合している、より大きなポリペプチドの一部として存在している。配列類似性に基づいて、２つのクラスのＧＡＴアーゼドメイン、すなわちクラスＩ（ｔｒｐＧ型としても知られている）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３１０）及びクラスＩＩ（ｐｕｒＦ型としても知られている）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３１０）が同定されている（Weng and Zalkin (1987) J. Bacteriol. 169: 3023-3028; Nyunoya and Lusty (1984) J. Biol. Chem. 259: 9790-9798）。クラスＩＩのＧＡＴアーゼドメインを含有する酵素には、プリン生合成の第１ステップを触媒するアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（グルタミンホスホリボシルピロリン酸アミドトランスフェラーゼ）（ＥＣ：２．４．２．１４）（細菌では遺伝子ｐｕｒＦ、酵母ではＡＤＥ４）と；果糖−６−リン酸及びグルタミンからのグルコサミン−６−リン酸の生成を触媒するグルコサミン−果糖−６−リン酸アミノトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．６．１．１６）（大腸菌では遺伝子ｇｌｍＳ、リゾビウムではｎｏｄＭ、酵母ではＧＦＡ１）と；アスパラギン酸及びグルタミンからのアスパラギンの合成を行うアスパラギンシンテターゼ（グルタミン加水分解性）（ＥＣ：６．３．５．４）とが含まれる。これらすべての酵素の成熟型におけるＮ末端に、システインが存在する。トランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Bera et al. (2000) J. Bacteriol. 182: 3734-3739を参照）。本発明のホスホリボシルピロリン酸アミドトランスフェラーゼには、配列番号：２２のものが含まれる。
【０１３３】
ホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＰＲＴ）ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１５６）のメンバーは、ヌクレオチド合成及びサルベージに関与する触媒タンパク質及び調節タンパク質である。ホスホリボシルトランスフェラーゼ酵素は、リボース−５−リン酸の活性形態であるＰＲＰＰにおけるホスホリル連鎖転移反応を行う。すべてのＰＲＴタンパク質が酵素であるというわけではない。例えば、一部の細菌では、プリン及びピリミジン合成遺伝子の発現を、ＰＲＴタンパク質が調節する。このファミリーのメンバーは、タンパク質の折りたたみによって、正確にも、ＰＲＰＰ結合部位であると予測された短い配列モチーフによって定義される。ＰＲＴ配列モチーフは、ヌクレオチドの合成及びサルベージ経路のＰＲＴアーゼにおいてのみ見出されている。トリプトファン、ヒスチジン、及びニコチンアミドの合成及びサルベージ経路における、他のＰＲＴアーゼは、ＰＲＴ配列モチーフがなく、このファミリーのメンバーではない。トランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Bera et al. (2000) J. Bacteriol. 182: 3734-3739参照）。本発明のホスホリボシルトランスフェラーゼには、配列番号：２２のものが含まれる。
【０１３４】
ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ（ＥＣ：６．３．２．６）（ＳＡＩＣＡＲ合成酵素）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦＯ１２５９）は、新規のプリン生合成経路における第７のステップと；５’−ホスホリボシル−５−アミノイミダゾール−４−カルボン酸及びアスパラギン酸からＳＡＩＣＡＲへのＡＴＰ依存性の変換とを触媒する（Zalkin and Dixon (1992) Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 42: 259-287）。ＳＡＩＣＡＲ合成酵素は、細菌（遺伝子ｐｕｒＣ）、真菌（遺伝子ＡＤＥ１）、及び植物では、一機能性タンパク質であり；動物では、ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ（ＡＩＲＣ）活性も触媒する二機能性酵素のＮ末端ドメインである。ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Tyagi et al. (1980) J. Biochem. Biophys. Methods 2: 123-132を参照）。本発明のホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼには、配列番号：３０のものが含まれる。
【０１３５】
細菌性ホスホエノールピルビン酸：糖ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）は、様々な代謝過程及び転写過程の調節に関与する多タンパク質システムである。ホスホエノールピルビン酸依存性の糖ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）における糖特異性透過酵素は、構造が異なる少なくとも３つのドメイン（ＩＩＡ、ＩＩＢ、及びＩＩＣ）からなり、これらは、単一ペプチド鎖中に併せて融合されている場合も、相互作用する２又は３本の鎖として存在する場合もある（Saier and Reizer (1992) J. Bacteriol. 174: 1433-1438）。ＩＩＡドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３５９）は、第１の透過酵素特異的リン酸化部位、すなわちホスホ−ＨＰｒによってリン酸化されるヒスチジンを有する。第２のドメイン（ＩＩＢ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３６７）は、透過酵素に応じて、ホスホ−ＩＩＡによって、システイニル残基又はヒスチジル残基でリン酸化される。最後に、ＩＩＣドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２３７８）によって触媒される過程によって、このホスホリル基が、ＩＩＢドメインから糖基質に転移され、この過程は、糖の膜貫通輸送と共役している。本発明のホスホエノールピルビン酸ＰＴＳタンパク質には、配列番号：７２のものが含まれる。
【０１３６】
ＰＴＳは、細菌の主要炭水化物輸送系であって、糖基質のリン酸化を、それらが細胞膜を横切って流入してくるのと同時に触媒する（Meadow et al. (1990) Annu. Rev. Biochem. 59: 497-542；及び、Postma et al. (1993) Microbiol. Rev. 57: 543-594）。ＰＴＳの一般機構は次の通りである。すなわち、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）のホスホリル基がＰＴＳの酵素Ｉ（ＥＩ）に転移され、次にこの酵素Ｉが、それをホスホリル担体タンパク質（ＨＰｒ）に転移させる。その後、ホスホ−ＨＰｒが糖特異性透過酵素にホスホリル基を転移させる。ＰＴＳ系タンパク質の触媒活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である。本発明のＰＴＳ系タンパク質には、配列番号：３２、３４、５０、５６、及び５８のものが含まれる。
【０１３７】
ＭＩＰ（主要内在性タンパク質）ファミリータンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２３０）は、（１）アクアポリンによる特異的な水透過、及び（２）グリセロール促進物質によるグリセロール輸送などの、小さな中性溶質の輸送という、本質的には２つの異なったタイプのチャンネル特性を示す（Froger et al. (1998) Protein Sci. 7: 1458-1468）。細菌のグリセロール促進タンパク質（遺伝子ｇｌｐＦ）は、細胞質膜を横切るグリセロールの移動を促進するものであり、このファミリーのメンバーである。ＭＩＰファミリータンパク質は、６つのＴＭドメインを含有すると考えられている。輸送活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Lu et al. (2003) Biophys. J. 85: 2977-2987を参照）。本発明のＭＩＰ様タンパク質には、配列番号：３６のものが含まれる。
【０１３８】
ＡＢＣ輸送体（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）は、様々な化合物の、生体膜を通した移行の原因となるタンパク質の大ファミリーを形成している。それらは、異分泌物質（allocrite）の結合及び輸送の原因となる２つの膜貫通ドメイン（ＴＭＤ）と、ＡＴＰ加水分解エネルギーを、ＴＭＤにおける立体配座変化に共役させる原因となる２つのヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）とを備えた最少４ドメインで構成される。ＮＢＤは両方ともＡＴＰ加水分解を行うことができ、そして、一方のＮＢＤにおける加水分解を阻害することによって、もう一方での加水分解が効果的に抑制される。このファミリーに属するタンパク質は、１コピー又は２コピーの「Ａ」コンセンサス配列（Walker of al. (1982) EMBO J. 1: 945-951）、又はＰループ（Saraste et al. (1990) Trends Biochem Sci. 15: 430-434）を含有する。ＡＴＰの結合及び輸送を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Hung et al. (1998) Nature 396: 703-707；Higgins et al. (1990) J. Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592を参照）。本発明のＡＢＣ輸送体タンパク質には、配列番号：４０及び４２が含まれる。
【０１３９】
細菌の結合タンパク質依存性輸送系は、通常、周辺質基質結合タンパク質と、１つ又は２つの相互に相同な内在性膜タンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５２８）と、エネルギーを能動輸送系に共役させる、１つ又は２つの表在膜ＡＴＰ結合タンパク質とで構成される多成分系である（Ames (1986) Annu. Rev. Biochem. 55: 397-425; Higgins et al. (1990) J. Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592）。内在性膜タンパク質は、基質を、膜を横切って移行させる。これらのタンパク質の大部分は、それらのＣ末端から８０〜１００残基の辺りに位置する保存領域を含有することが示されている（Dassa and Hofnung (1985) EMBO J. 4: 2287-2293; Saurin et al. (1994) Mol. Microbiol. 2: 993-1004）。この領域は、２つの膜貫通ドメインの間の細胞質ループに位置するものと考えられる（Pearce et at. (1992) Mol. Microbiol. 6: 47-57）。輸送を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Hung et al. (1998) Nature 396: 703-707; Higgins et al. (1990) J. Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592を参照）。本発明のＡＢＣ輸送体タンパク質には、配列番号：４４及び４６のものが含まれる。
【０１４０】
透過酵素ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００８６０）のメンバーは、１０本の膜貫通ヘリックスを有すると予測されている。輸送を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Hung et al. (1998) Nature 396: 703-707; Higgins et al. (1990) J. Bioenerg. Biomembr. 22: 571-592を参照）。本発明の透過酵素タンパク質には、配列番号：４８のものが含まれる。
【０１４１】
「ヘリックスターンヘリックス」モチーフを介してＤＮＡに結合する多くの細菌性転写調節タンパク質は、配列類似性に基づいてサブファミリーに分類することができる。あるそのようなファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３９２）は、ｇｎｔＲ、ｈｕｔＣ、ｋｏｒＡ、ｎｔａＲ、大腸菌タンパク質Ａ、Ｐ３０、ｆａｄＲ、ｅｘｕＲ、ｆａｒＲ、ｄｇｏＲ、及びｐｈｎＦを含めた様々なタンパク質を１つに分類する（Haydon and Guest (1991) FEMS Microbiol. Lett. 63: 291-295; Buck and Guest (1989) Biochem. J. 260: 737-747; Weizer et al. (1991) Mol. Microbiol. 5: 1081-1089）。このファミリーでは、ＨＴＨモチーフがＮ末端側に位置している。転写因子の活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、参照）。本発明の転写調節タンパク質には、配列番号：５２のものが含まれる。
【０１４２】
アルファアミラーゼ（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）はグリコシル加水分解酵素のファミリー１３として分類される。アルファアミラーゼの構造は、活性部位を含有する８本のアルファ／ベータバレルと、これを中断し、ベータ鎖３及びアルファヘリックス３の間に突出する約７０アミノ酸のカルシウム結合ドメインと、Ｃ末端のギリシアキーベータバーレルドメインとからなる。アルファアミラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Das et al. (2004) Biotechnol. Appl. Biochem. Mar 25; Grzybowska et al. (2004) Mol. Biotechnol. 26: 101-110を参照）。本発明のα−アミラーゼタンパク質には、配列番号：５４のものが含まれる。
【０１４３】
リボソームは、すべての生物においてｍＲＮＡによって指示されたタンパク質合成を触媒する粒子である。ｍＲＮＡのコドンは、ｔＲＮＡ結合を可能とするようにリボソーム上で露出する。これが、遺伝情報に従って、成長中のポリペプチド鎖へのアミノ酸の取込みに至る。入ってくるアミノ酸単量体は、伸長因子Ｔｕ（ＥＦ−Ｔｕ）及びＧＴＰと複合体を形成したアミノアシルーｔＲＮＡの形態でリボソームＡ部位に入る。次に、ペプチジルｔＲＮＡとしてＰ部位に位置している成長中のポリペプチド鎖が、アミノアシルーｔＲＮＡに移行し、１残基伸長された新規のペプチジルｔＲＮＡが、延長因子Ｇ（ＥＦ−Ｇ）及びＧＴＰの補助を用いて、Ｐ部位に移行し、その際、脱アシル化されたｔＲＮＡは、リボソームから１つ又は複数の出口部位で遊離される（Ramakrishnan and Moore (2001) Curr. Opin. Struct. Biol. 11: 144-154; Maguire and Zimmermann (2001) Cell 104: 813-816）。リボソームの質量の約２／３がＲＮＡからなり、１／３がタンパク質からなる。タンパク質は、それらが属するリボソームのサブユニット、スモール（Ｓ１からＳ３１まで）及びラージ（Ｌ１からＬ４４まで）に応じて命名されている。通常それらは、サブユニットのｒＲＮＡコアを装飾する。本発明のリボソームＳ様、及びＬ様のタンパク質には、配列番号：１００、１０８、１１８、１２２、１３４、１５０、１５２、１５８、１６４、１６６、及び１６８のものが含まれる。
【０１４４】
多くのリボソームタンパク質、特にラージサブユニットのものは、ｒＲＮＡコアの構造を安定させるためにその中に伸長する長い指型の突出を有する、球形の、表面に露出したドメインで構成されている。タンパク質の大部分は、複数のＲＮＡエレメントと相互作用し、異なったドメインからのエレメントと相互作用することも多い。ラージサブユニットでは、２３ＳリボソームＲＮＡヌクレオチドのうち約１／３が、タンパク質と少なくともファンデルワール接触を有し、Ｌ２２は、２３ＳリボソームＲＮＡの６つのドメインすべてと相互作用する。タンパク質Ｓ４及びＳ７は、１６ＳリボソームＲＮＡの組み立てを開始するが、これらは、それぞれ、５本及び４本のＲＮＡヘリックスの接合部に位置する。このようにして、タンパク質はリボソームＲＮＡの三次構造を組織化して、安定化させる働きがある。解読及びペプチド転送における重要な活性はＲＮＡベースであるが、タンパク質は、タンパク質合成の過程を能率化するように進化してきたかもしれない機能において積極的な役割を果たしている。多くのリボソームタンパク質は、リボソーム中でのそれらの機能に加えて、リボソームの「外」での何らかの機能を有する（Maguire and Zimmermann, supra; Chandra and Liljas (2000) Curr. Opin. Struct. Biol. 10: 633-636）。本発明のリボソームＳ４様及びＳ７様のタンパク質には、配列番号：１１６及び１２０のものが含まれる。
【０１４５】
リボソームタンパク質Ｓ１２（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１６４）は、スモールリボソームサブユニットのタンパク質の１つである。大腸菌では、Ｓ１２が翻訳開始段階に関与していることが知られている。それは１２０〜１５０のアミノ酸残基の極めて塩基性のタンパク質である。Ｓ１２は、配列類似性に基づいて分類されたリボソームタンパク質ファミリーの１つに属する。このタンパク質は、通常、細菌ではＳ１２として、真核生物ではＳ２３として、古細菌ではＳ１２又はＳ２３のいずれかとして知られている。本発明のリボソームＳ１２様タンパク質には、配列番号：６２のものが含まれる。
【０１４６】
エノラーゼ（２−ホスホ−Ｄ−グリセラート加水分解酵素）は、２−ホスホグリセレートとホスホエノールピルビン酸との相互変換を触媒する、解糖系の必須酵素である（Lal et al. (1991) Plant Mol. Biol. 16: 787-795; Peshavaria and Day (1991) Biochem. J. 275: 427-433）。エノラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Whiting et al. (2002) J. Med. Microbiol. 51: 837-843を参照）。本発明のエノラーゼ様タンパク質には、配列番号：６６のものが含まれる。
【０１４７】
伸長因子は、タンパク質の生合成中においてリボソームＡ部位へのアミノアシルーｔＲＮＡのＧＴＰ依存性結合を促進するタンパク質の１ファミリーに属し、Ａ部位からＰ部位への合成したタンパク質鎖の移行を触媒する。これらのタンパク質は、それらのＣ末端近傍において、すべてのものが比較的に類似しており、リゾビウムメリロチ（Rhizobium meliloti）の根粒形成Ｑタンパク質、細菌のテトラサイクリン耐性タンパク質（LeBlanc et al. (1988) J. Bacteriol. 170: 3618-3626）、及び、酵母の全能抑制タンパク質２（omnipotent suppressor protein 2）を含めた一連のタンパク質にも強い類似性を示す。
【０１４８】
原核生物及び真核生物の両方で、３つの明確なタイプの伸長因子がある。すなわち、ＥＦ−１アルファ（ＥＦ−Ｔｕ）は、ＧＴＰ及びアミノアシルーｔＲＮＡに結合して、後者をリボソームのＡ部位に送達し；ＥＦ−１ベータ（ＥＦ−Ｔｓ）は、ＥＦ−１ａ／ＥＦ−Ｔｕと相互作用して、ＧＤＰを置換除去し、それによって、ＧＴＰ−ＥＦ−１ａの再生を可能にし；ＥＦ−２（ＥＦ−Ｇ）は、ＧＴＰ及びペプチジルｔＲＮＡに結合して、後者をＡ部位からＰ部位に移行させる。ＥＦ−１では、特定の領域が、ＧＴＰからＧＤＰへの加水分解によって媒介される立体配座変化に関与すること示されている（Moller et al. (1987) Biochimie 69: 983-989）。この領域は、ＥＦ−１アルファ／ＥＦ−Ｔｕの両方で、さらにＥＦ−２／ＥＦ−２Ｇでも保存されており、したがって、非開始性のｔＲＮＡをリボソームに結合させるＧＴＰ依存性タンパク質に典型的なものと考えられる。
【０１４９】
延長因子Ｔｕは３つの構造ドメインからなる。ＥＦ−Ｔｕタンパク質（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００９）のＧＴＰ結合ドメインはＰループモチーフを含有する。第２のドメイン（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１４４）は、バレル構造をとり、負荷されたｔＲＮＡ（Nissen et al., supra）への結合に関与する。このドメインは、延長因子Ｇや翻訳開始因子ＩＦ−２などの他のタンパク質でも見出されている。第３のドメイン（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１４３）は、ベータバレル構造をとり、負荷されたｔＲＮＡへの結合（Nissen et al. (1995) Science 270: 1464-1472）と、ＥＦ−Ｔｓへの結合（Wang et al. (1997) Nat. Struct. Biol. 4: 650-656）との両方に関与する。伸長因子活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Hunter and Spremulli (2004) Biochemistry 43: 6917-6927を参照）。本発明の伸長因子Ｔｕ様タンパク質には、配列番号：６８のものが含まれる。
【０１５０】
（使用の方法）
ＦＯＳ又は複合糖質を代謝できて、伝統的又は新規の代謝産物を生成して、それによって、より効率的又は経済的なバイオプロセスを可能にする菌株、或いは、その菌株をプロバイオティック細菌として投与する宿主動物の胃腸管での、生存、増殖、コロニー形成、又は常在をよりよくできる菌株を提供するために、発酵に用いられる微生物の特性を改変する方法が提供される。
【０１５１】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドの発現又は過剰発現によって、細菌の成長速度を変調することができる。「成長速度」は、生物又は培養物の成長速度における一尺度を意図する。微生物が連続的な液体培養中で指数関数的な増殖速度で成長する場合、細胞質量の増大は、特定の増殖速度定数（μ）：ｄＰ／ｄｔ＝μ×Ｐで表すことができ、式中、Ｐは細胞質量であり、ｔは時間である。「過剰発現」は、野生型の細菌で生産されたものとの比較において、改変された細菌で生成される、注目しているタンパク質の量が増大していることを意図する。細菌の成長速度を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Bruinenberg et al. (1992) Appl. Environ, Microbiol. 58: 78-84を参照）。
【０１５２】
別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドは、ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強するのに有用である（下記、実施例１を参照）。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドは、宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変するのに有用である。さらに別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドは、哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激するのに有用である。
【０１５３】
【表１】
2007527702.tif 000002
2007527702.tif 000003
2007527702.tif 000004
2007527702.tif 000005
【０１５４】
以下の実施例は、本発明をより完全に例示するために提供するものであって、本発明の限定として理解するべきではない。
【実施例１】
【０１５５】
（アシドフィルス菌によるフルクトオリゴ糖利用に関与するオペロンの機能及び比較ゲノム解析）
宿主によって消化されない基質を利用する、選択された腸微生物の能力は、哺乳動物の胃腸（ＧＩ）管で成功裏にコロニー形成する、それらの能力において重要な役割を果たしているであろう。様々な炭水化物の代謝可能性は、口腔におけるミュータンス連鎖球菌の齲食原性活性（１）、様々な環境適所へのラクトバシラスプランタルムの適応（２）、及び大腸におけるビフィオバクテリアムロンガムの常在（３）に関連しており、複合炭水化物を利用することの競合的な恩恵を例示するものである。プレバイオティクスは、宿主腸に常在する有益な微生物菌株の成長及び／又は活性を、選択的に刺激する消化されない食品成分である（４）。プレバイオティクスとして認定されている糖の中で、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）は、食品製品及び栄養補給剤で商業的に使用されているフルクトースポリマーの多様性のあるファミリーであり、それらは、長さが異なり、単純なフルクトースポリマーの誘導体である場合も、ショ糖分子に結合したフルクトース部分である場合もある。連結及び重合度は大きく変動しうる（通常は２から６０の部分）ものであって、イヌリン、レバン、オリゴフルクトース、及びネオシュガなど、いくつかの名前が、それに応じて使用される。主に小麦、タマネギ、アーティチョーク、バナナ、及びアスパラガスに由来するそのような化合物（４、５）の平均的な一日当たり摂取量は、かなり多く、平均的なアメリカ人の食事で、ほぼ２．６ｇのイヌリン、及び２．５ｇのオリゴフルクトースが消費される（５）。ＦＯＳは、上部胃腸管内では消化されず、ヒトの下部胃腸管に常在する（４、１０）様々な乳酸菌によって分解することができる（６〜９）。ＦＯＳ及び他のオリゴ糖は、腸の微生物相の組成を有益に変調すること、特にビフィズス菌及び乳酸菌を増加させることがｉｎ  ｖｉｖｏで示されている（４、１０、１１）。特に様々なアシドフィルス菌株が、アラビノガラクタン、アラビノキシラン、及びＦＯＳ（６、９）などのいくつかの多糖及びオリゴ糖を利用することが示されている。
【０１５６】
アシドフィルス菌ＮＣＦＭゲノムの中の特定の遺伝子座をｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ分析することによって、プレバイオティクスの輸送及び加水分解に関与している可能性のあるタンパク質をコードする遺伝子クラスターの存在が明らかになった。アシドフィルス菌ＮＣＦＭによる、ＦＯＳの輸送及び異化の遺伝学的基礎を明らかにするために、この特定のクラスターに関して、コンピューターによる分析と、機能的な分析とを行った。
【実施例２】
【０１５７】
（菌株及び培地）
この研究で用いられた菌株はアシドフィルス菌ＮＣＦＭである（１２）。培養は、ＭＲＳブロス（Difco社製）中、３７℃で、好気的に増殖させた。準合成培地は、１％バクトペプトン（ｗ／ｖ）（Difco社製）、０．５％の酵母抽出物（ｗ／ｖ）（Difco社製）、０．２％リン酸二カリウム（ｗ／ｖ）（Fisher社製）、０．５％酢酸ナトリウム（ｗ／ｖ）（Fisher社製）、０．２％アンモニウムクエン酸（ｗ／ｖ）（Sigma社製）、０．０２％硫酸マグネシウム（ｗ／ｖ）（Fisher社製）、０．００５％硫酸マンガン（ｗ／ｖ）（Fisher社製）、０．１％トゥイーン８０（ｖ／ｖ）（Sigma社製）、０．００３％ブロムクレゾールパープル（ｖ／ｖ）（Fisher社製）、及び１％の糖（ｗ／ｖ）からなるものであった。添加した炭水化物は、グルコース（ブドウ糖）（Sigma社製）、果糖（Sigma社製）、ショ糖（Sigma社製）、又はＦＯＳであった。２つのタイプの複合炭水化物をＦＯＳとして用いた。すなわち、β−２，１で連結された２、３、又は４つのフルクトシル部分にα−１，２で連結されたグルコース単量体からなり、それぞれ、ケストース（ＧＦ２）、ニストース（ＧＦ３）、及びフラクトフラノシル−ニストース（ＧＦ４）を形成するＧＦｎ混合物（R. Hutkins社製）；並びに、イヌリン加水分解に由来するラフティロース（raftilose）（Orafti社製）からなるＦｎ混合物である。炭水化物補足がない場合、準合成培地は、ＯＤ６００ｎｍ約０．２を超えるまで細菌増殖を維持することができなかった。
【実施例３】
【０１５８】
（推定上のｍｓｍオペロンのコンピューター分析）
推定上のｍｓｍ（多重糖代謝）オペロンを含有する、１０ｋｂｐのＤＮＡ遺伝子座が、アシドフィルス菌ＮＣＦＭゲノム配列から同定された。オープンリーディングフレームの予測は、４つのコンピュータプログラム、すなわち、Glimmer（１３、１４）、Clone Manager（Scientific and Educational Software社製）、NCBI ORF caller、及びGenoMax（InforMax Inc社製、ＭＤ）によって実行した。Glimmerは、公共のデータベースで利用可能なアシドフィルス菌の遺伝子１セットを用いて事前に訓練した。予測されたオープンリーディングフレームを推定タンパク質に翻訳して、ＢｌａｓｔＰ分析に提出した（１５）。
【実施例４】
【０１５９】
（ＲＮＡの単離及び分析）
全ＲＮＡは、販売会社の説明書に従って、TRIzol（GibcoBRL社製）を用いて単離した。細胞をログフェーズの中間で遠心（２分間、１４，０００ｒｐｍ）によって採取して、氷上で冷却した。ペレットをTRIZOLでボルテックスすることによって再懸濁し、１分のビーズ殴打（bead beating）と、氷上での１分とのサイクルを５回行った。次に、３回のクロロホルム抽出を用いて核酸を精製し、イソプロパノールを用いて沈殿させ、１２，０００ｒｐｍで１０分間、遠心を行った。ＲＮＡペレットを、７０％エタノールで洗浄し、ＤＥＰＣ処理水に再懸濁した。ＲＮＡ試料を販売会社（Boehringer Mannheim社）の説明書に従ってＤＮアーゼＩで処理した。第１鎖ｃＤＮＡは、販売会社の説明書に従って、Invitrogen社製ＲＴ−ＰＣＲキットを用いて合成した。次に、ｃＤＮＡ産物を、注目している遺伝子の内部にあるプライマーでＰＣＲを用いて増幅した。ＲＮＡスロットブロットには、スロットブロット装置（Bio-Dot SF、BioRad社製）を用いて、ＲＮＡ試料をニトロセルロース膜（BioRad社製）に転写して、このＲＮＡをＵＶで膜に架橋結合させた。ＰＣＲによって生成されて、アガロースゲルから精製（GeneClean IIIキット、Midwest Scientific社製）されたＤＮＡ断片を用いて、ブロットのプロービングを行った。プローブは、Amersham社製Multiprimeキットを用いてα−３２Ｐで標識したが、これらは、ｍｓｍＥ及びｂｆｒＡ遺伝子の内部の、それぞれ７００ｂｐ及び７５０ｂｐの断片からなるものであった。ハイブリダイゼーション及び洗浄は、販売会社（Bio-Dot精密濾過装置、BioRad社製）の説明書に従って行い、放射性シグナルはKodak社製Biomaxフィルムを用いて検出した。プライマーは、表３に記載する。
【実施例５】
【０１６０】
（比較ゲノム解析）
コンピューターによるアシドフィルス菌ＮＣＦＭゲノムのデータマイニングの後に、フルクトシダーゼ遺伝子を有する遺伝子クラスターを選択した。加えて、フルクトシダーゼＥＣ３．２．１．２６のオーソログを含有するか、或いは、α−ガラクトシダーゼＥＣ３．２．１．２２と関連したＡＢＣ輸送系を有する微生物クラスターも、公共データベース（ＮＣＢＩ、ＴＩＧＲ）から選択した。ショ糖オペロンは、３つ又は４つのエレメント、すなわち、調節因子、ショ糖ＰＴＳ輸送体、ショ糖加水分解酵素、場合によっては、フルクトキナーゼからなる広範に分布したクラスターである。２つの遺伝子クラスターアラインメントが生成した。すなわち、（ｉ）ショ糖加水分解酵素を伴うＰＴＳ輸送系を有するショ糖オペロンに類似性を示すＰＴＳアラインメント；及び、（ｉｉ）通常、ガラクトシダーゼに関連したＡＢＣ輸送系を有する多重糖代謝クラスターに類似性を示すＡＢＣアラインメントである。配列情報は表４で得ることができる。
【実施例６】
【０１６１】
（進化系統樹）
ヌクレオチド配列及びタンパク質配列のアラインメントは、ＣＬＵＳＴＡＬＷアルゴリズム（１６）を用いてコンピューターで行った。多重アラインメントの結果は、ＭＥＧＡ２（１７）を用いて、ルートなしの（unrooted）近隣結合進化系統樹を生成するのに用いた。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子から得られた進化系統樹に加えてＡＢＣ輸送体、ＰＴＳ輸送体、転写調節因子、フルクトシダーゼ、及びフルクトキナーゼの系統樹も生成させた。
【実施例７】
【０１６２】
（遺伝子不活性化）
遺伝子不活性化は、相同組換を介した、アシドフィルス菌染色体への部位特異的なプラスミド組込によって行った（１８）。ｍｓｍＥ及びｂｆｒＡ遺伝子の内部断片は、大腸菌を宿主として用いてpORI28にクローニングし（１９）、次に、コンストラクトを精製して、アシドフィルス菌ＮＣＦＭの形質転換に用いた。様々な炭水化物基質で成長する、突然変異株の能力は、成長曲線を用いて調査した。菌株は、０．５％  ｗ／ｖの炭水化物が補足された準合成培地で成長させた。
【実施例８】
【０１６３】
（ｍｓｍオペロンのコンピューター分析）
４つのＯＲＦ呼び出し（ORF calling）プログラムを用いたｍｓｍ遺伝子座の分析によって、７つの推定上のＯＲＦの存在が明らかになった。コードされているタンパク質の大部分は、ミュータンス連鎖球菌に存在しているｍｓｍオペロンのもの（２０）に相同であったので、同様の遺伝子命名法を用いた。予測されたＯＲＦの分析によって、ＬａｃＩリプレッサーファミリーの転写調節因子であるＭｓｍＲ（配列番号：１７２）；ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）ファミリーの４成分輸送系であるＭｓｍＥＦＧＫ（配列番号：２、４、６、１０）；並びに、糖質代謝に関与する２つの酵素、すなわち、フルクトシダーゼＥＣ３．２．１．２６、ＢｆｒＡ（配列番号：８）；及び、スクロースホスホリラーゼＥＣ２．４．１．７、ＧｔｆＡ（配列番号：１２）の存在を示した。推定上のシャインダルガーノ配列である、５’ＡＧＧＡＧＧ３’は、ｍｓｍＥ開始コドンの上流１０ｂｐ以内に見出された。２回対称解析（dyad symmetry analysis）によって、推定上のRho非依存性転写ターミネーターとして作用するかもしれない２つのステムループ構造の存在が明らかになった。これらのうちの１つは、ｍｓｍＫとｇｔｆＡとの間（ｂｐ６９８６と７０１４との間）にあり、自由エネルギーが１３．６ｋｃａｌ．ｍｏｌ−１であるが、もう１つは、推定上のオペロンにおける最後の遺伝子の２０ｂｐ下流（ｂｐ８，５００と８，５３８との間）にあり、自由エネルギーが１６．５ｋｃａｌ．ｍｏｌ−１である。オペロン構造は図１に示す。
【０１６４】
調節因子（配列番号：１７２）は、２つの異なるドメイン、すなわち、予測上のヘリックス回転ヘリックスモチーフ（ｐｆａｍ００３５４）を有する、アミノ末端のＤＮＡ結合ドメインと、カルボキシ末端（ｐｆａｍ００５３２）の糖結合性ドメインとを含有するものであった。輸送エレメントは、典型的なＡＢＣ輸送系の異なるサブユニットに特徴的である、周辺質溶質結合タンパク質（ｐｆａｍ０１５４７）、２回膜貫通型透過酵素（ｐｆａｍ００５２８）、及び細胞質ヌクレオチド結合タンパク質（ｐｆａｍ００００５）からなるものであった（２１）。推定上のアンカリングモチーフＬＳＬＴＧ（配列番号：２０１）は、基質結合タンパク質のアミノ末端に存在していた。各透過酵素は、計算によって予測される５箇所の膜貫通領域を含有してした（２２）。最近になって配列決定された微生物ゲノムにおけるＡＢＣ輸送体の分析によって、４つの特徴的な配列モチーフが定義された（２３、２４）。予測上のＭｓｍＫ（配列番号：１０）タンパク質は、ＡＢＣにおける４つの保存されているモチーフすべて、すなわち、ウォーカー（Walker）Ａ：ＧＰＳＧＣＧＫＳＴ（配列番号：２０２）（コンセンサスＧｘｘＧｘＧＫＳＴ、配列番号：２０３、又は［ＡＧ］ｘｘｘｘＧＫ［ＳＴ］、配列番号：２０４）；ウォーカーＢ：ＩＦＬＭＤＥＰＬＳＮＬＤ（配列番号：２０５）（コンセンサスｈｈｈｈＤＥＰＴ、配列番号：２０６、又はＤｅｘｘｘｘｘＤ、配列番号：２０７）；ＡＢＣシグニチャー配列（signature sequence）：ＬＳＧＧ（配列番号：２０８）；、リントンとヒギンズのモチーフ（Linton and Higgins motif）：ＩＡＫＬＨＱ（配列番号：２０９）（コンセンサスｈｈｈｈＨ＋／−、配列番号：２１０、ｈは疎水性、＋／−は荷電残基）を含んでいた。推定上のフルクトシダーゼ（配列番号：８）は、グリコシルヒドロラーゼ（ｐｆａｍ００２５１）に高い類似性を示した。推定上のスクロースホスホリラーゼ（配列番号：１２）は、ミュータンス連鎖球菌のものと６３％の残基同一性を共有していた。
【実施例９】
【０１６５】
（近接した遺伝子の糖誘導及び同時発現）
ＲＴ−ＰＣＲ及びＲＮＡスロットブロットを用いたｍｓｍオペロンの転写分析は、ショ糖、及び両方のタイプのオリゴフルクトース（ＧＦｎ及びＦｎ）が、ｍｓｍＥ（配列番号：２）及びｂｆｒＡ（配列番号：８）の発現を誘導できることを示した（図２Ａ）。対照的に、グルコース及び果糖は、それらの遺伝子の転写を誘導しなかった。これは、容易に発酵されない糖に対する特異性と、炭水化物利用性に基づく調節システムの存在を示すものである。ＦＯＳと、容易に発酵可能な糖との両方が存在する状態では、グルコースによって、ｍｓｍＥ（配列番号：２）の発現が、低濃度で存在する場合でさえ抑制されており、一方、果糖はそのようではなかった（図２Ｂ）。オリゴフルクトースによって誘導された転写産物の分析は、このオペロンにある全遺伝子がミュータンス連鎖球菌ｍｓｍオペロン（２５）と一致した方法で同時発現されることを示した（図６）。
【実施例１０】
【０１６６】
（変異体表現型分析）
様々な炭水化物で成長するｂｆｒＡ（フルクトシダーゼ）（配列番号：８）変異体株と、ｍｓｍＥ（ＡＢＣ輸送体）（配列番号：２）変異体株の能力を、６００ｎｍの光学濃度及びコロニー形成単位（ｃｆｕ）の両方によってモニターした。これら変異体は、グルコース、果糖、ショ糖、ガラクトース、ラクトース、及びＦＯＳ−ＧＦｎにおいて、対照株、すなわち、同様にプラスミド組込によって生成されたアシドフィルス菌親株であるｌａｃＺ変異体（図７）と同様の様態で増殖する能力を保持していた（１８）。この菌株は、同様に、遺伝子不活性化に用いられたプラスミドを１コピー、ゲノム中に組み込んで、有しているので選択した。対照的に、ｂｆｒＡ（配列番号：８）変異体、及びｍｓｍＥ（配列番号：２）変異体の両方が、おそらく準合成培地からの単炭水化物使い果たして、ＦＯＳ−Ｆｎでの成長を未熟な状態で停止した（図３）。ｍｓｍＥ（配列番号：２）変異体は、１回の継代の後で、ＦＯＳ−Ｆｎでの成長の遅延を示し、一方、ｂｆｒＡ（配列番号：８）変異体は成長することができなかった（図３）。さらに、ＦＯＳ−Ｆｎで育てられた終夜培養物の最終細胞数は、変異体が有意に低く、特に１回継代させた後に低かった（図７）。
【実施例１１】
【０１６７】
（比較ゲノム解析及び遺伝子座アラインメント）
アシドフィルス菌、ミュータンス連鎖球菌、肺炎連鎖球菌、枯草菌、及びバシラスハロデュランスの間における遺伝子構造の比較ゲノム解析は、中核の糖ヒドロラーゼを除いて、ｍｓｍクラスター中に高度のシンテニーがあることを明らかにした（図４Ａ）。対照的に、ショ糖オペロンでは、遺伝子含量は一貫していたが、遺伝子順序はあまり保存されていなかった（図４Ｂ）。乳酸菌は様々なショ糖オペロンを示し、調節因子及びヒドロラーゼは、輸送体及びフルクトキナーゼと反対方向に転写される。対照的に、プロテオバクテリアでは遺伝子構造が可変であった。
【実施例１２】
【０１６８】
（カタボライト応答エレメント（ｃｒｅ）分析）
ｍｓｍＥ（配列番号：２）遺伝子上流のプロモーター−オペレーター領域の分析は、３０ヌクレオチド離れた２つの１７ｂｐの回文構造の存在を明らかにしたが、これは、グラム陽性菌、特に枯草菌のカタボライト抑制を制御するシス作用部位のコンセンサス配列と高い類似性を示すものであった（２７〜２９）。枯草菌及びミュータンス連鎖球菌（２７−３０）で見出されているものによく類似したいくつかのｃｒｅ様配列も、アシドフィルス菌ＮＣＦＭショ糖オペロンのプロモーター−オペレーター領域から得られており、また、他のｍｓｍ遺伝子座でも同様であった（表２）。興味深いことに、アシドフィルス菌のｍｓｍオペロンで見出されたｃｒｅ様エレメントにほとんど同一の配列が、肺炎連鎖球菌におけるｍｓｍ遺伝子座のプロモーター−オペレーター領域で見出された（表２）。このプロモーターエレメントは、ＧＦｎ及びＦｎによって誘導可能であるが、グルコースによって抑制されることが判明した（図１）。調節タンパク質（ＯＲＦ５００）（配列番号：１７２）と、プロモーター領域及びｃｒｅ調節エレメント（配列番号：１７４及び１７５）をコードする、ＯＲＦ５００及び５０２の間の遺伝子間領域とを、異種配列（例えば、アンチセンスＲＮＡ、遺伝子、及びタンパク質）の制御された誘導性発現用の発現ベクターに使用できるかもしれない。
【０１６９】
（考察）
アシドフィルス菌ＮＣＦＭのｍｓｍオペロンは、フルクトシダーゼと随伴したＡＢＣ輸送体をコードしており、これらは両方とも、ＦＯＳの存在下で誘導される。ショ糖、及び両方のタイプのオリゴフルクトースは、このオペロンの発現を誘導したが、グルコース及びフルクトースは誘導しなかった。さらに、グルコースはオペロンの発現を抑制し、これは利用性に基づいて好まれる炭水化物の利用を調節する機構が存在することを示していた。ＦＯＳ及びショ糖による特異的誘導、並びにグルコースによる抑制は、転写制御の存在を示し、これは、枯草菌（２８）及びミュータンス連鎖球菌（３０）で見出されているものと同様に、おそらくオペレーター−プロモーター領域に存在するｃｒｅを介するものであった。カタボライト抑制は、グラム陽性菌において広範に分布しており、通常、カタボライト応答エレメントによってｃｉｓに、ＬａｃＩファミリーのリプレッサーによってｔｒａｎｓに媒介される機構であって、容易に発酵させることができる糖（２９、３１、３２）の存在下で分解酵素をコードする遺伝子の転写抑制の原因となる。
【０１７０】
微生物によるフラクトオリゴ糖の利用には、様々な酵素、すなわち、フルクトシダーゼＥＣ３．２．１．２６（３３、３４）、イヌリナーゼＥＣ３．２．１．７（３５〜３７）、レバナス（levanase）ＥＣ３．２．１．６５（３８）、フルクトフラノシダーゼＥＣ３．２．１．２６（３９、４０、４１）、フルクタナーゼＥＣ３．２．１．８０（７）、及びレバンビオヒドラーゼ（levan biohydrolase）ＥＣ３．２．１．６４（４２、４３）が関与している。意味論的に多様ではあるが、これらの酵素は、機能的に関係しており、グリコシルファミリー３２及び６８（４４）の両方のメンバーを組み込んだ、同じβ−フルクトシダーゼスーパーファミリーのメンバーであるとみなすべきである。それらの酵素はすべて、保存モチーフＨ−ｘ（２）−Ｐ−ｘ（４）−［ＬＩＶＭ］−Ｎ−Ｄ−Ｐ−Ｎ−Ｇ（配列番号：２１１）を共有しており、かつ、すべてが、フルクトースを遊離させる、β−Ｄ−フルクトシド連結の加水分解に関与している。一般的には、属の異なるフルクトシダーゼでは、約２５〜３０％の同一性、及び３５〜５０％の類似性（３０）を共有し、いくつかの領域は、グリコシルヒドロラーゼ３２ファミリー（４４）全体で広く保存されている。フルクタンヒドロラーゼの酵素活性に関与していることが示されている２つの残基、すなわちＡｓｐ４７及びＣｙｓ２３０（３３、４５）も、ＮＤＰＮＧ（配列番号：２１２）、ＦＲＤＰ（配列番号：２１３）、ＥＣＰモチーフ（３３、４４）などの、ベータフルクトシダーゼスーパーファミリーで強く保存されているモチーフと同様に、すべてのフルクトシダーゼ配列において極めてよく保存されていた（図８Ｂ）。
【０１７１】
アシドフィルス菌フルクトシダーゼが、サーモトガマリチマ（T. maritima）及びミュータンス連鎖球菌のＦｒｕＡという、オリゴフルクトース加水分解に実験的に関連づけられている二酵素（３３、３４）に類似していた（図５Ｂを参照）ので、発明者らは、ＢｆｒＡがＦＯＳ加水分解に関与しているものと仮定した。誘導及び遺伝子不活性化のデータは、ｍｓｍ遺伝子座とＦＯＳの関連物との相関関係を確認するものであった。アシドフィルス菌のＢｆｒＡフルクトシダーゼは、サーモトガマリチマのものに最も類似しているが、この酵素は、エキソ型の様式で、ショ糖、ラフィノース、レバン（β２，６）、及びイヌリン（β２，１）から果糖を遊離させる能力を有する（３３）。この酵素は、実験的に特徴付けられている他の酵素にもよく類似しており、ミュータンス連鎖球菌（３０）及びラエバニフォルマンス菌（M. laevaniformans）（４３）によるＦＯＳ化合物の加水分解にも関与していた。ミュータンス連鎖球菌によるＦＯＳ分解の分析は、ＦｒｕＡがレバン、イヌリン、ショ糖、及びラフィノース（７、２０、３０、３４）の加水分解に関与していることを示した。さらに、この遺伝子の発現がカタボライト応答エレメントによって調節されていること（３０、３２）、及びｆｒｕＡの転写は、レバン、イヌリン、及びショ糖によって誘導されるが、容易に代謝できるヘキソースによって抑制されることが示された（３０、３４）。
【０１７２】
ＦｒｕＡは、ミュータンス連鎖球菌では、ＬＰｘＴＧ（配列番号：２１４）モチーフ（４６）によって細胞壁に固着される細胞外酵素であって、細胞外で利用可能な複合炭水化物の分解を触媒することが示された。加えて、ラエバニフォルマンス菌のＬｅｖＭ（４３）や、ストレプトマイセスエクスフォリアタス（S. exfoliatus）のレバンビオヒドロラーゼ（levanbiohydrolase）（４２）などのＦＯＳ加水分解に関連している微生物フルクトシダーゼも、細胞外酵素として報告されている。対照的に、アシドフィルス菌のＮＣＦＭフルクトシダーゼは、アンカリングシグナルを含有しておらず、したがって、細胞膜を横切る基質の輸送を必要とする細胞質酵素のようである。アシドフィルス菌のゲノム配列では、さらなる分泌性のレバナーゼ（levanase）もイヌリナーゼも見出されてはいない。輸送体遺伝子は、輸送される化合物（４７）の代謝に関与する遺伝子と同時発現されることが多いので、ｍｓｍオペロンのインシリコ分析は、フルクトシダーゼの基質がＡＢＣ輸送系によって輸送されることを示す。これはかなり珍しいことであるが、それは、フルクトシダーゼ遺伝子は、フルクトシダーゼが細胞外にない時には、通常、ショ糖ＰＴＳ輸送体に付随しており（図４）、これはラクトコッカス、連鎖球菌、及び桿菌（４８、４９）で著しく、或いは、ビフィオバクテリアムロンガムのように主要促進物質ファミリーのショ糖透過酵素に付随しているからである。ＰＴＳ輸送体に付随しているそれらのフルクトシダーゼは、通常、ＦＯＳを同種基質（cognate substrate）として有さないショ糖−６−リン酸ヒドロラーゼである。したがって、アシドフィルス菌ＮＣＦＭでは、通常、α−ガラクトシダーゼを随伴しているＡＢＣ輸送系を、ｍｓｍ遺伝子座で、フルクトシダーゼと連結しているのかもしれない。ＮＣＦＭの遺伝子構造は、一見したところ特徴的なもので、もっぱら肺炎連鎖球菌のものに類似している。さらに、ラクトバシラスパラカゼイ（L. paracasei）における最近の証拠は、ＡＢＣ輸送系がＦＯＳ関連のものに関与しているかもしれないことを示唆した（５０）が、これは、アシドフィルス菌ではＦＯＳがＡＢＣ輸送体によって輸送されるという仮説を支持するものである。
【０１７３】
細菌ゲノムでは、横の遺伝子移行（ＬＧＴ）によってかなりの数の遺伝子が説明されることを示すものが日に日に増加しており（５１）、これは、ピロリ菌（H. pylori）（５２）、カンピロバクタージェジュニ（C. jejuni）（５３）、肺炎連鎖球菌（５４）、及びサーモトガマリチマ（５５）で示されているように、微生物で見出される株特異的な遺伝子の大部分を説明するものかもしれない。とりわけ、サーモトガマリチマでは、糖輸送及び多糖分解に関与する遺伝子がバリアブル遺伝子の大部分を表し、ＡＢＣ輸送体が最も高い遺伝子水平伝播頻度を有する（５５）。加えて、最近になって、ビフィオバクテリアムロンガムのオリゴ糖異化能は、ヒト胃腸管（３）への適応の一部として、水平移動によって拡大されること、及びラクトバシラスプランタルムにおける大きなセットの糖摂取及び糖利用の遺伝子は、ＬＧＴを介して取得される（２）ことが示唆された。
【０１７４】
複合的で消化されない糖の輸送及び異化に関連した遺伝子クラスターを取得すれば、腸の微生物は大きな恩恵を受けるであろうし、特に、それらが宿主の胃腸管で成功裏にコロニー形成するための競争力が与えられた場合にはことさらであろう。
【０１７５】
アシドフィルス菌は、ラフィノースオペロン由来のＡＢＣ輸送系を、β−フルクトシダーゼと併せて、ＦＯＳを含めたプレバイオティック化合物の輸送及び異化に関与する異なった遺伝子クラスターを形成した。これは、糖の異化システムを、他の複合糖質に向けて適応させることが可能であると示唆するものであった。このオペロンの異化特性は、ラフィノースオペロンやショ糖オペロン（図９）のものとは異なるかもしれない。バリアブル遺伝子に関しては、環境要因や生態が,系統学よりも優性かもしれないという理論（５５）の観点に照らせば、アシドフィルス菌は、横の遺伝子移行を介してＦＯＳ関連の能力を取得したか、或いは、ヒト胃腸管でのコロニー形成に向けて競争力を養うために、最終的には、より有益な微生物相に寄与するプレバイオティック化合物を用いることによって、遺伝子構造の再編成を行った可能性がある。この経路は、複合炭水化物が、個々の糖残基（例えばフルクトース）の細胞内加水分解の前に、細菌によって内在化される点で独特である。この過程は、他の競合微生物に利用可能な、細胞外の発酵性糖を最少にするものである。対照的に、ＦＯＳを利用する他の機構では、細胞外でのＦＯＳ加水分解を促進する。その結果、アシドフィルス菌のＦＯＳ関連の機構は、プレバイオティクスが利用可能である場合には、腸のプロバイオティック生物に、競合における明確な有利性を付加することができる。ＦＯＳオペロンを他の有益なプロバイオティック細菌又は乳酸菌に移行させることによって、発酵基質として複合糖質を有する様々な生態系で、ＦＯＳ様のプレバイオティック化合物を内在化して、その後利用しそれらの競争を改善する能力を与えることができる。
【実施例１３】
【０１７６】
（アミノ酸配列のギャップつきＢｌａｓｔＰ結果）
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：２（４１５アミノ酸）における、アミノ酸１〜４１５がアシドフィルス菌（Lactobacillus acidophilus）の基質結合タンパク質ＭｓｍＥであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８５６．１）と約９４％の同一性、アミノ酸３〜４１５が肺炎連鎖球菌（Streptococcus pneumoniae）のＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９２１２．１）と約４８％の同一性、アミノ酸２０〜４０７がアグロバクテリウムツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）の糖結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３９６１９８．１）と約２６％の同一性、アミノ酸７０〜３９１がネンジュモ属諸種（Nostoc sp.）の糖ＡＢＣ輸送体糖結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４８８３１７．１）と約２５％の同一性、アミノ酸７０〜３９１がノストックパンクチフォルム（Nostoc punctiforme）のＡＢＣ型糖輸送系、周辺質成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１１２２９６．１）と約２５％の同一性を有することを示した。
【０１７７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：４（２９４アミノ酸）における、アミノ酸１〜２９４がアシドフィルス菌の膜貫通透過酵素MsmFであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８５７．１）と約９０％の同一性、アミノ酸１０〜２６９が肺炎連鎖球菌のＡＢＣ輸送体膜貫通型透過酵素−糖輸送体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９２１１．１）と約５７％の同一性、アミノ酸１１〜２６８がサーモアナエロバクターテンコジェネシス（Thermoanaerobacter tengcongensis）のＡＢＣ型糖輸送系、透過酵素成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６２２４５３．１）と約４０％の同一性、アミノ酸３２〜２６８がリステリアモノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）の推定上の糖ＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４２９３．１）と約４０％の同一性、アミノ酸３２〜２６８がリステリアイノクア（Listeria innocua）の推定上の糖ＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０１０２．１）と約４０％の同一性を有することを示した。
【０１７８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：６（２８５アミノ酸）における、アミノ酸１〜２８５がアシドフィルス菌の膜貫通透過酵素ＭｓｍＧであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８５８．１）と約９６％の同一性、アミノ酸１２〜２８５が肺炎連鎖球菌のＡＢＣ輸送体膜貫通型透過酵素−糖輸送体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９２１０．１）と約５６％の同一性、アミノ酸１３〜２８１がリステリアモノサイトゲネスのＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４２９４．１）と約３１％の同一性、アミノ酸１３〜２８５がリステリアイノクアのＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０１０３．１）と約３１％の同一性、アミノ酸１０〜２８１がリステリアモノサイトゲネスの糖ＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６３７１１．１）と約３２％の同一性を有することを示した。
【０１７９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：８（４３０アミノ酸）における、アミノ酸１〜４３０がアシドフィルス菌のベータ−フルクトシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８５９．１）と約９６％の同一性、アミノ酸２〜４２９が肺炎連鎖球菌の推定上のショ糖−６−リン酸ヒドロラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４６２２８．１）と約３４％の同一性、アミノ酸２〜４２９が肺炎連鎖球菌のショ糖−６−リン酸ヒドロラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９２０９．１）と約３４％の同一性、アミノ酸１２〜４０６が巨大菌（Bacillus megaterium）のベータ−フルクトシダーゼＦｒｕＡに類似したタンパク質（アクセッション番号ＡＡＭ１９０７１．１）と約３１％の同一性、アミノ酸１８〜３７３がサーモトガマリチマ（Thermotoga maritima）のベータ−フルクトシダーゼに類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６３７１１．１）と約３４％の同一性を有することを示した。
【０１８０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１０（３６８アミノ酸）における、アミノ酸１〜３６８がアシドフィルス菌のＡＴＰ結合タンパク質ＭｓｍＫであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８６０．１）と１００％の同一性、アミノ酸１〜３６６がラクトバシラスジョンソニ（Lactobacillus johnsonii）の多重糖ＡＢＣ輸送体ＡＴＰアーゼ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２３１．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜３６６がラクトバシラスガセリ（Lactobacillus gasseri）のＡＢＣ型糖輸送系、ＡＴＰアーゼ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０８１．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜３６６がラクトバシラスプランタルム（Lactobacillus plantarum）の多重糖ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６８２９．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜３６８がアシドフィルス菌のＡＴＰ結合タンパク質ＭｓｍＫ２であるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８６６．１）と約７３％の同一性を有することを示した。
【０１８１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２（４９０アミノ酸）における、アミノ酸１１〜４９０がアシドフィルス菌のスクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８６１．１）と１００％の同一性、アミノ酸１１〜４９０がアシドフィルス菌のスクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８６８．１）と約６９％の同一性、アミノ酸１１〜４９０がラクトバシラスジョンソニのスクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２７９．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１１〜４９０がミュータンス連鎖球菌（Streptococcus mutans）のスクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＡ２６９３７．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１１〜４８９がミュータンス連鎖球菌のｇｔｆＡタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＢＷＳＯＧＭ）と約６３％の同一性を有することを示した。
【０１８２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１４（４２１アミノ酸）における、アミノ酸１１〜４２１がブタ連鎖球菌（Streptocossus suis）のホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＢＡＢ６３４３８．１）と４７％の同一性、アミノ酸１１〜４２１がホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｑ９ＺＦ４４）と約４６％の同一性、アミノ酸１１〜４２１がラクトコッカスラクチス（Lactococcus lactis）のホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７６６９．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１１〜４２１がブタ連鎖球菌のホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｑ９Ｆ１Ｓ９）と約４６％の同一性、アミノ酸１１〜４８９がラクトコッカスラクチスのｐｕｒＤであるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＡ０４３７４．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
【０１８３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１６（５１３アミノ酸）における、アミノ酸１〜５１３がエンテロコッカスファエシウム（Enterococcus faecium）のＡＩＣＡＲトランスホルミラーゼ／ＩＭＰシクロヒドラーゼＰｕｒＨであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５７３．１）と６４％の同一性、アミノ酸１〜５１３がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）のＡＩＣＡＲトランスホルミラーゼ／ＩＭＰシクロヒドラーゼＰｕｒＨであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９３１６．１）と約６４％の同一性、アミノ酸２〜５１３がラクトコッカスプランタルム（Lactococcus plantarum）の二機能性タンパク質：ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシアミドホルミルトランスフェラーゼ；ＩＭＰシクロヒドラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＤ６４９５７．１）と約４６％の同一性、アミノ酸２〜５１３がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシアミドホルミルトランスフェラーゼ／ＩＭＰシクロヒドラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５４７９．１）と約６３％の同一性、アミノ酸２〜５１３の二機能性プリン生合成タンパク質ｐｕｒＨであるタンパク質（アクセッション番号Ｑ８ＤＷＫ８）と約６１％の同一性を有することを示した。
【０１８４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１８（２００アミノ酸）における、アミノ酸１〜１９４がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５４８０．１）と４２％の同一性、アミノ酸１〜１８９がエンテロコッカスファエシウムの葉酸依存性ホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼＰｕｒＮであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５７４．１）と約４４％の同一性、アミノ酸２〜１８８がブタ連鎖球菌のホスホリボシルグリシンアミドトランスホルミラーゼ−Ｎであるタンパク質（アクセッション番号ＢＡＢ２０８２６．１）と約４５％の同一性、アミノ酸２〜１９１がバシラスハロデュランス（Bacillus halodurans）のホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２４１４９８．１）と約４３％の同一性、アミノ酸２〜１８９が枯草菌（Bacillus subtilis）のホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８５３３．１）と約３８％の同一性を有することを示した。
【０１８５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：２０（３４５アミノ酸）における、アミノ酸４〜３３８がビフィオバクテリアムロンガム（Bifidobacterium longum）のホスホリボシルアミノイミダゾール（ＡＩＲ）シンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１２０９６３．１）と６０％の同一性、アミノ酸２〜３３５がリステリアイノクアのホスホリボシルアミノイミダゾールシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１２１３．１）と約６０％の同一性、アミノ酸２〜３３５がリステリアモノサイトゲネスのホスホリボシルアミノイミダゾールシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５２９２．１）と約５９％の同一性、アミノ酸２〜３４５がストレプトコッカスアガラクティエ（Streptococcus agalactiae）の未知タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７３４４９６．１）と約５６％の同一性、アミノ酸２〜３３５が肺炎連鎖球菌のホスホリボシルホルミルグリシンアミドシクロリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４４５９６．１）と約５７％の同一性を有することを示した。
【０１８６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：２２（４８８アミノ酸）における、アミノ酸１０〜４８８がビフィオバクテリアムロンガムのアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９６２９２．１）と６４％の同一性、アミノ酸１０〜４８４がエンテロコッカスファエシウムのアミドホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５４８２．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１０〜４７８が化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）の推定上のホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８４４３．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１０〜４７８が化膿連鎖球菌の推定上のホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６０６３５７．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１０〜４７８が化膿連鎖球菌の推定上のホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６６３８２５．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
【０１８７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：２４（７４２アミノ酸）における、アミノ酸６〜７３２がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジン（ＦＧＡＭ）シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５０４．１）と５８％の同一性、アミノ酸１〜７４２がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼＩＩであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５４８３．１）と約５６％の同一性、アミノ酸６〜７３９がリステリアモノサイトゲネスのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼＩであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５２９４．１）と約５６％の同一性、アミノ酸８〜７４２が枯草菌のホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼＩであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８５３０．１）と約５６％の同一性、アミノ酸２〜７３９がラクトバシラスプランタルムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼＩＩであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６１１０．１）と約５４％の同一性を有することを示した。
【０１８８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：２６（２２３アミノ酸）における、アミノ酸１〜２１９がリステリアイノクアのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼＩＩに類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１２１６．１）と６３％の同一性、アミノ酸１〜２１９がリステリアモノサイトゲネスのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼＩＩに類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５２９５．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１〜２１８がリステリアモノサイトゲネスのＧＡＴａｓｅ、グルタミンアミドトランスフェラーゼ、クラスＩであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５４２２５．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１〜２１８がセレウス菌（Bacillus cereus）のホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８５３０．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１〜２１８が枯草菌のホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼＩＩであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８５２９．１）と約６１％の同一性を有することを示した。
【０１８９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：２８（８４アミノ酸）における、アミノ酸１〜８４がラクトコッカスラクチスの推定上のタンパク質Ｌ１７７０３１に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７６８８．１）と４１％の同一性、アミノ酸１〜８４がラクトコッカスラクチスの保存されている推定上のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号Ｔ５１６９９）と約４１％の同一性、アミノ酸１〜８１がエノコッカスエニのＣＯＧ１８２８：ホスホリボシルホルミルグリシンアミジン（ＦＧＡＭ）シンターゼ、ＰｕｒＳ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９３２３．１）と約３４％の同一性、アミノ酸１〜８２がエンテロコッカスファエシウムのＣＯＧ１８２８：ホスホリボシルホルミルグリシンアミジン（ＦＧＡＭ）シンターゼ、ＰｕｒＳ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５０２．１）と約３８％の同一性、アミノ酸１〜８０がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼ、ＰｕｒＳタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５４８５．１）と約３８％の同一性を有することを示した。
【０１９０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：３０（２３８アミノ酸）における、アミノ酸２〜２３３がリステリアイノクアのホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１２１８．１）と５２％の同一性、アミノ酸５〜２３６がビフィオバクテリアムロンガムの推定上のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１２０９４６．１）と約５０％の同一性、アミノ酸３〜２３４がフゾバクテリウムナクレタム（Fusobacterium nucleatum）のホスホリボシルアミドイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１４４３４６．１）と約４９％の同一性、アミノ酸３〜２３７がエンテロコッカスファエシウムのＣＯＧ０１５２：ホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミド（ＳＡＩＣＡＲ）シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５０１．１）と約５０％の同一性、アミノ酸１〜２３３がミュータンス連鎖球菌の推定上のホスホリボシルアミノイミダゾール−サクシノカルボキシアミドシンターゼＳＡＩＣＡＲシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２０５１２．１）と約５２％の同一性を有することを示した。
【０１９１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：３２（６４９アミノ酸）における、アミノ酸１〜６４９がアシドフィルス菌のショ糖ＰＴＳ輸送体であるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ３８８６６．１）と９３％の同一性、アミノ酸１〜６４６がラクトバシラスジョンソニのホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系ＥＩＩＡＢＣ、ショ糖特異的タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７３６．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜６４５がミュータンス連鎖球菌の推定上のＰＴＳ系、ショ糖特異的ＩＩＡＢＣ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２１５８．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜６４５がエンテロコッカスファエシウムのＰＴＳ系、ＩＩＡＢＣ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６９８９．１）と約５７％の同一性、アミノ酸１〜６４６がラクトバシラスプランタルムのショ糖ＰＴＳ、ＥＩＩＢＣＡタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４０１７．１）と約５４％の同一性を有することを示した。
【０１９２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：３４（１７５アミノ酸）における、アミノ酸１２６〜１７３が未知タンパク質［環境配列］（アクセッション番号ＥＡＢ８２９５１．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
【０１９３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：３６（２５０アミノ酸）における、アミノ酸１〜２５０がラクトバシラスジョンソニのグリセロール摂取促進タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５５２．１）と７２％の同一性、アミノ酸１〜２５０がラクトバシラスプランタルムのグリセロール摂取促進タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６６５６．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１〜２４８がエンテロコッカスファエシウムのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質（主要内在性タンパク質ファミリー、アクセッション番号ＺＰ＿０００３５８４８．１）と約５０％の同一性、アミノ酸７６〜２４９がラクトバシラスガセリのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質（主要内在性タンパク質ファミリー、アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２８０．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜６４６がビフィオバクテリアムロンガムのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質（主要内在性タンパク質ファミリー、アクセッション番号ＺＰ＿００１２０８８１．１）と約５４％の同一性を有することを示した。
【０１９４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：３８（３９３アミノ酸）における、アミノ酸１８〜３９２がラクトバシラスガセリの推定上の透過酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９９２．１）と７１％の同一性、アミノ酸１８〜１５１が大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７の推定上の受容体タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３１１２７９．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１８〜１５１が大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７の推定上の受容体タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２８８９４２．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１８〜１２４が大腸菌のＳｗｉｓｓＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ４５８６９に類似したタンパク質（アクセッション番号ＢＡＡ１６２４４．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１８〜２６６がストレプトミセスアベルミチリス（Streptomyces avermitilis）の推定上の輸送膜内在性タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８２２６９０．１）と約２３％の同一性を有することを示した。
【０１９５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：４０（３１３アミノ酸）における、アミノ酸４〜３１３がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０１２９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１４５．１）と７１％の同一性、アミノ酸７〜３１３がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型リン酸／ホスホン酸輸送系、周辺質成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８１５．１）と約６０％の同一性、アミノ酸７〜３１３がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８１５であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７９４．１）と約６０％の同一性、アミノ酸２８〜３１２が黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）の推定上のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７０６６７．１）と約６３％の同一性、アミノ酸２８〜３１２が黄色ブドウ球菌のアルカリホスホン酸ＡＢＣ輸送体に類似した推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６４４９３２．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
【０１９６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：４２（２５７アミノ酸）における、アミノ酸３〜２５７がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型リン酸／ホスホン酸輸送系、ＡＴＰアーゼ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９６０．１）と８６％の同一性、アミノ酸３〜２５７がラクトバシラスジョンソニのリン酸／ホスホン酸ＡＢＣ輸送体ＡＴＰアーゼ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１４６．１）と約８４％の同一性、アミノ酸７〜２４７が表皮ブドウ球菌（Staphylococcus epidermidis）の輸送系タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７６５８１０．１）と約６４％の同一性、アミノ酸６〜２４７が炭疽菌（Bacillus anthracis）のＡＢＣ輸送体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５７５８９．１）と約６３％の同一性、アミノ酸６〜２４７がセレウス菌のホスホン酸ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９８００１９．１）と約６２％の同一性を有することを示した。
【０１９７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：４４（２６５アミノ酸）における、アミノ酸３〜２６５がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型リン酸／ホスホン酸ＡＢＣ輸送体系、透過酵素成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９５９．１）と８０％の同一性、アミノ酸３〜２６５がラクトバシラスジョンソニのリン酸／ホスホン酸ＡＢＣ輸送体系、透過酵素成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１４７．１）と約７８％の同一性、アミノ酸１０〜２６３が炭疽菌のＧｅｎｅＭａｒｋにより予想される推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５７５８８．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１０〜２６３がセレウス菌のホスホン酸ＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９８００１８．１）と約４６％の同一性、アミノ酸２２〜２６３が表皮ブドウ球菌のホスホン酸輸送透過酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６４４９３２．１）と約４９％の同一性を有することを示した。
【０１９８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：４６（２７０アミノ酸）における、アミノ酸１〜２７０がラクトバシラスガセリの−型リン酸／ホスホン酸輸送系、透過酵素成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９５８．１）と７８％の同一性、アミノ酸１〜２７０がラクトバシラスジョンソニのリン酸／ホスホン酸ＡＢＣ輸送体透過酵素成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１４８．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１２〜２７０がセレウス菌のホスホン酸ＡＢＣ輸送体、透過酵素タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９８００１７．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１５〜２７０が炭疽菌のＧｅｎｅＭａｒｋにより予想される推定上のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５７５８７．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１２〜２７０がセレウス菌のホスホン酸輸送系透過酵素タンパク質phnEであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３３４１１．１）と約４６％の同一性を有することを示した。
【０１９９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：４８（４３５アミノ酸）における、アミノ酸１〜４１９がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８２７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８０６．１）と８５％の同一性、アミノ酸１〜４１９がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８２９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８０８．１）と約６９％の同一性、アミノ酸４〜４１９がエンテロコッカスフェカーリス（Enterococcus faecalis）のキサンチン／ウラシル透過酵素ファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６５５３．１）と約６６％の同一性、アミノ酸４〜４１９がエンテロコッカスファエシウムの透過酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７２１２．１）と約６５％の同一性、アミノ酸１〜４１９がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８３０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８０９．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
【０２００】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：５０（６６７アミノ酸）における、アミノ酸３３〜６６７がラクトバシラスジョンソニのホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系ＥＩＩＡＢＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６１２．１）と７２％の同一性、アミノ酸２４〜５７３がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系ＩＩＣ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９７９．１）と約７０％の同一性、アミノ酸２５〜６６３がラクトバシラスプランタルムのベータグルコシドＰＴＳ、ＥＩＩＡＢＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４０８２．１）と約４８％の同一性、アミノ酸３０〜６６５がラクトバシラスプランタルムのベータグルコシドＰＴＳ、ＥＩＩＡＢＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６５０９．１）と約４６％の同一性、アミノ酸２５〜６６１がラクトバシラスプランタルムのベータグルコシドＰＴＳ、ＥＩＩＡＢＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４０８３．１）と約４２％の同一性を有することを示した。
【０２０１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：５２（２４１アミノ酸）における、アミノ酸１９〜２４０がラクトバシラスジョンソニのトレハロースオペロンリプレッサーであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６１１．１）と６３％の同一性、アミノ酸１９〜２４０がラクトバシラスガセリの転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９８０．１）と約６２％の同一性、アミノ酸２１〜２３８が枯草菌のＧｎｔＲファミリーの転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８６６３．１）と約４７％の同一性、アミノ酸２２〜２３９がエンテロコッカスファエシウムのＧｎｔＲファミリーの転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６７６２．１）と約４３％の同一性、アミノ酸２２〜２３７がリステリアイノクアのＧｎｔＲファミリーの転写調節因子に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０５５８．１）と約４３％の同一性を有することを示した。
【０２０２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：５４（５７０アミノ酸）における、アミノ酸１７〜５６８がラクトバシラスガセリのグリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９８１．１）と７７％の同一性、アミノ酸１７〜５６８がラクトバシラスジョンソニのトレハロース−６−リン酸加水分解酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６１０．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１８〜５６６がラクトバシラスプランタルムのアルファ−ホスホトレハラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４０８１．１）と約６６％の同一性、アミノ酸２３〜５６８が肺炎連鎖球菌のデキストラナーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｈ９８０８３）と約５７％の同一性、アミノ酸２３〜５６８が肺炎連鎖球菌の推定上のデキストラングルコシダーゼＤｅｘＳであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４６３１５．１）と約５７％の同一性を有することを示した。
【０２０３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：５６（２６９アミノ酸）における、アミノ酸１〜２６９がラクトバシラスジョンソニのおそらくマンノース特異性のホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系ＥＩＩＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７５１．１）と６０％の同一性、アミノ酸１〜２６９がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系、マンノース／果糖／Ｎ−アセチルガラクトサミン特異性成分ＩＩＣであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８５３．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜２６９がエノコッカスエニのホスホトランスフェラーゼ系、マンノース／果糖／Ｎ−アセチルガラクトサミン特異性成分ＩＩＣであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９９４４．１）と約５７％の同一性、アミノ酸１〜２６９がエンテロコッカスフェカーリスのＰＴＳ系、マンノース特異性ＩＩＣ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１３８３２．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１〜２６９がリステリアイノクアのＰＴＳ系マンノース特異性因子ＩＩＣに類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６９４８９．１）と約５２％の同一性を有することを示した。
【０２０４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：５８（３０７アミノ酸）における、アミノ酸４〜２８４がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系、マンノース／果糖／Ｎ−アセチルガラクトサミン特異性成分ＩＩＤであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８５４．１）と７５％の同一性、アミノ酸４〜２８４がラクトバシラスジョンソニのおそらくマンノース特異性のホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系ＥＩＩＤであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７５０．１）と約７４％の同一性、アミノ酸５〜２８４がエンテロコッカスフェカーリスのＰＴＳ系、マンノース特異性ＩＩＤ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１３８３３．１）と約７２％の同一性、アミノ酸５〜２８４がリステリアイノクアのマンノース特異性ＰＴＳ系因子ＩＩＤに類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６９４９０．１）と約６８％の同一性、アミノ酸５〜２８４がリステリアモノサイトゲネスのマンノース特異性ＰＴＳ系因子ＩＩＤに類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６３６３１．１）と約６８％の同一性を有することを示した。
【０２０５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：６０（４３２アミノ酸）における、アミノ酸１〜４３２がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０４５３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４４７８．１）と６４％の同一性、アミノ酸１〜４３２がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０６５９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５９６．１）と約５５％の同一性、アミノ酸１〜４３２がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型糖輸送系、周辺質成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３３４．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１〜４３２がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型糖輸送系、周辺質成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８１６．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１〜４３２がエンテロコッカスフェカーリスのＡＢＣ輸送体、基質結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６５２１．１）と約４７％の同一性を有することを示した。
【０２０６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：６２（１３５アミノ酸）における、アミノ酸１〜１３４がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５５．１）と９１％の同一性、アミノ酸１〜１３４がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ１２であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７２０．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜１３４がストレプトコッカスゴルドニー（Streptococcus gordonii）の３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２であるタンパク質（アクセッション番号Ｑ９Ｆ０Ｒ４）と約８５％の同一性、アミノ酸１〜１３４がオセアノバシラスイヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）の３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９１０３５．１）と約８４％の同一性、アミノ酸１〜１３４がストレプトコッカスゴルドニーのリボソームタンパク質Ｓ１２であるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＧ３５７０８．１）と約８４％の同一性を有することを示した。
【０２０７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：６４（４４４アミノ酸）における、アミノ酸４９〜４４４がアシドフィルス菌のＳ−層タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ３５８２９）と９０％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシラスヘルベティカス（Lactobacillus helveticus）の表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ３８０５９）と約６７％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＢ４６９８４．１）と約６７％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＢ４６９８５．１）と約６６％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＢ４６９８６．１）と約６６％の同一性を有することを示した。
【０２０８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：６６（４４３アミノ酸）における、アミノ酸６〜４３３がラクトバシラスジョンソニのエノラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５２１６．１）と８８％の同一性、アミノ酸６〜４３３がラクトバシラスガセリのエノラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５５７．１）と約８８％の同一性、アミノ酸６〜４０８がラクトバシラスプランタルムのホスホピルビン酸ヒドラターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５４６０．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１１〜４３３がラクトバシラスジョンソニのエノラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５１０１．１）と約６７％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＢ４６９８６．１）と約６６％の同一性を有することを示した。
【０２０９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：６８（４０５アミノ酸）における、アミノ酸１０〜４０５がラクトバシラスジョンソニの伸長因子Ｔｕ（EF-Tu）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８６５．１）と８８％の同一性、アミノ酸１３〜４０５がラクトバシラスプランタルムの伸長因子Ｔｕであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６３２．１）と約８２％の同一性、アミノ酸１０〜４０５がエノコッカスエニのＧＴＰアーゼ−翻訳伸長因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９６０９．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１３〜４０５がジェオバシラスステアロサーモフィラス（Geobacillus stearothermophilus）の伸長因子Ｔｕであるタンパク質（アクセッション番号０５０３０６）と約７３％の同一性、アミノ酸１３〜４０３がラクトコッカスラクチスの伸長因子Ｔｕであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８０１８．１）と約７３％の同一性を有することを示した。
【０２１０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：７０（５８９アミノ酸）における、アミノ酸１〜５８９がラクトバシラスガセリのホスホヒスチジン回転ドメインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５１４．１）と８５％の同一性、アミノ酸１〜５８９がラクトバシラスジョンソニのピルビン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９３６．１）と約８５％の同一性、アミノ酸１〜５８９がデルブリュック菌（Lactobacillus delbrueckii）のラクチス亜種（subsp. Lactis）のピルビン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＤ５６４９７．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜５８９がデルブリュック菌のピルビン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｐ３４０３８）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜５８９がカセイ菌（Lactobacillus casei）のピルビン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＰ７２０３９．１）と約６５％の同一性を有することを示した。
【０２１１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：７２（６６５アミノ酸）における、アミノ酸１〜６６５がラクトバシラスジョンソニのおそらく果糖特異性のホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系ＥＩＩＡＢＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６８３．１）と７５％の同一性、アミノ酸１〜６６５がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系、果糖特異性ＩＩＣ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４４．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜６５６がラクトバシラスプランタルムの果糖ＰＴＳ、ＥＩＩＡＢＣであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６１１．１）と約５６％の同一性、アミノ酸１〜６５９がオセアノバシラスイヘエンシスのＰＴＳ系果糖特異性酵素ＩＩＢＣ成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９１７５９．１）と約４８％の同一性、アミノ酸１〜６５７がミュータンス連鎖球菌のＩＩＡＢＣ果糖／キシリトール−ＰＴＳであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＭ７３７２７．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
【０２１２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：７４（３０４アミノ酸）における、アミノ酸１〜３０３がラクトバシラスジョンソニの果糖−１−リン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６８４．１）と７９％の同一性、アミノ酸１〜３０３がラクトバシラスガセリの果糖−１−リン酸キナーゼと関連した果糖−６−リン酸キナーゼ（ＰｆｋＢ）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４３．１）と約７８％の同一性、アミノ酸１〜３０４がラクトバシラスプランタルムの１−ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６１０．１）と約５５％の同一性、アミノ酸１〜３０４がリステリアモノサイトゲネスの果糖−１−リン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５８５９．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜３０４がリステリアイノクアの果糖−１−リン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１７６０．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
【０２１３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：７６（３７１アミノ酸）における、アミノ酸１〜３２３がラクトバシラスヘルベティカスのＬ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｏ３２７６５）と８７％の同一性、アミノ酸５〜３２３がラクトバシラスガセリのリンゴ酸／乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０１２．１）と約８４％の同一性、アミノ酸５〜３２３がラクトバシラスジョンソニのＬ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２９１．１）と約８４％の同一性、アミノ酸１〜３２３がラクトバシラスサケイ（Lactobacillus sakei）のＬ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ５０９３４）と約６４％の同一性、アミノ酸８〜３２３がカセイ菌のＬ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ００３４３）と約６４％の同一性を有することを示した。
【０２１４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：７８（２３８アミノ酸）における、アミノ酸３〜２３３がリステリアイノクアのホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１２１８．１）と５２％の同一性、アミノ酸５〜２３６がビフィオバクテリアムロンガムの推定上のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１２０９４６．１）と約５０％の同一性、アミノ酸３〜２３４がフゾバクテリウムナクレタムのホスホリボシルアミドイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１４４３４６．１）と約４９％の同一性、アミノ酸３〜２３７がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミド（ＳＡＩＣＡＲ）シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５０１．１）と約５０％の同一性、アミノ酸１〜２３３がミュータンス連鎖球菌の推定上のホスホリボシルアミノイミダゾール−サクシノカルボキシアミドシンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２０５１２．１）と約５２％の同一性を有することを示した。
【０２１５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：８０（２５１アミノ酸）における、アミノ酸１〜２５１がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０５７０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６８５．１）と５１％の同一性、アミノ酸１〜２５１がラクトバシラスガセリの糖代謝の転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４２．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１〜２３０が枯草菌の転写調節因子（ＤｅｏＲファミリー）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８９３２１．１）と約４０％の同一性、アミノ酸１〜２３０がバシラスハロデュランスの転写リプレッサーであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２４１６９２．１）と約３８％の同一性、アミノ酸１〜２３２がウェルシュ菌（Clostridium perfringens）のおそらく転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５６１５０２．１）と約３７％の同一性を有することを示した。
【０２１６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：８２（２４８アミノ酸）における、アミノ酸１９〜２４８がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｌ１であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７１４４．１）と８４％の同一性、アミノ酸１９〜２４８がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４４３６．１）と約８２％の同一性、アミノ酸１９〜２４３がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｌ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６３５０．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１９〜２４７がリステリアモノサイトゲネスのリボソームタンパク質Ｌ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６３７８０．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１９〜２４７がリステリアイノクアのリボソームタンパク質Ｌ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６９６２６．１）と約６２％の同一性を有することを示した。
【０２１７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：８４（３４９アミノ酸）における、アミノ酸１３〜３４９がラクトバシラスガセリの乳酸脱水素酵素と関連した脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７７８．１）と９３％の同一性、アミノ酸１３〜３４９がラクトバシラスジョンソニのＬ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６１．１）と約９３％の同一性、アミノ酸１３〜３４９がラクトバシラスヘルベティカスのＤ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ３０９０１）と約９１％の同一性、アミノ酸１３〜３４２がラクトバシラスブルガリカス（Lactobacillus Bugaricus）のＤ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ２６２９７）と約８３％の同一性、アミノ酸１３〜３４２がデルブリュック菌のＤ−乳酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＡ４２７８１．１）と約８３％の同一性を有することを示した。
【０２１８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：８６（４５７アミノ酸）における、アミノ酸１〜４５７がアシドフィルス菌のＳＢタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＡ６１５６１．１）と８８％の同一性、アミノ酸１〜４５７がアシドフィルス菌のＳ−層タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ３５８２９）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜４５６がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＢ４６９８５．１）と約４４％の同一性、アミノ酸１〜４５６がラクトバシラスヘルベティカスのＳ−層タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ３８０５９）と約４４％の同一性、アミノ酸１〜４５６がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＡ６３４０９．１）と約４４％の同一性を有することを示した。
【０２１９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：８８（５７７アミノ酸）における、アミノ酸１〜５７６がラクトバシラスガセリのホスホエノールピルビン酸プロテインキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９０３．１）と８３％の同一性、アミノ酸１〜５７６がラクトバシラスジョンソニのホスホエノールピルビン酸タンパク質ホスホトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６７２．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜５７３がラクトバシラスサケイのホスホエノールピルビン酸タンパク質ホスホトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｏ０７１２６）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜５６８がカセイ菌の酵素Ｉであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ７４３４７．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜５７５が好熱乳酸杆菌（Streptococcus thermophilus）の酵素Ｉであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＰ０５９９０．１）と約６７％の同一性を有することを示した。
【０２２０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：９０（２３０アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３０がラクトバシラスジョンソニのホスホグリセリン酸転位酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１８０．１）と９７％の同一性、アミノ酸１〜２３０がラクトバシラスガセリのホスホグリセリン酸転位酵素１であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２４３．１）と約９７％の同一性、アミノ酸１〜２２８がラクトバシラスプランタルムのホスホグリセリン酸転位酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６４５２．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜２２８がエノコッカスエニのホスホグリセリン酸転位酵素１であるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ７４３４７．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜２２５がエンテロコッカスフェカーリスのホスホグリセリン酸転位酵素１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１３９９４．１）と約６７％の同一性を有することを示した。
【０２２１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：９２（３２０アミノ酸）における、アミノ酸１〜３１９がラクトバシラスジョンソニの６−ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９３５．１）と７５％の同一性、アミノ酸１〜３１９がデルブリュック菌の６−ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｐ８００１９）と約７２％の同一性、アミノ酸１〜２８８がラクトバシラスガセリの６−ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５１５．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１〜３１８がカセイ菌のホスホフルクトキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＰ７２０３８．１）と約５９％の同一性、アミノ酸１〜３１８がラクトバシラスプランタルムのホスホフルクトキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５４４１．１）と約６１％の同一性を有することを示した。
【０２２２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：９４（２９６アミノ酸）における、アミノ酸１〜２９６がラクトバシラスガセリの細菌で保存されている未特定のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５１３．１）と７５％の同一性、アミノ酸１〜２９６がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１０８１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９３７．１）と約６９％の同一性、アミノ酸１〜２９５がラクトバシラスプランタルムの未知タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５４３８．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１〜２８５がエンテロコッカスフェカーリスの保存されている推定上のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５２４３．１）と約４９％の同一性、アミノ酸２〜２７９がロイコノストックメセンテロイデス（Leuconostoc mesenteroides）の細菌で保存されている未特定のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４２９６．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
【０２２３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：９６（６９７アミノ酸）における、アミノ酸１〜６９７がラクトバシラスジョンソニの伸長因子Ｇであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５７．１）と９６％の同一性、アミノ酸１〜６９４がラクトバシラスプランタルムの伸長因子Ｇであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７２２．１）と約７８％の同一性、アミノ酸５〜６９３がエノコッカスエニの翻訳伸長因子（ＧＴＰアーゼ）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９４７３．１）と約７１％の同一性、アミノ酸５〜６９６がエンテロコッカスフェカーリスの翻訳伸長因子Ｇであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１３９９９．１）と約７０％の同一性、アミノ酸５〜６９６がミュータンス連鎖球菌の翻訳伸長因子Ｇ（ＥＦ−Ｇ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２０８１１．１）と約７１％の同一性を有することを示した。
【０２２４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：９８（５９８アミノ酸）における、アミノ酸１〜５９８がラクトバシラスヘルベティカスのエンドペプチダーゼＦであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＱ７２４３０．１）と８６％の同一性、アミノ酸１〜５９８がラクトバシラスガセリのオリゴエンドペプチダーゼＦであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５４．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１〜５９８がラクトバシラスジョンソニのオリゴエンドペプチダーゼＦであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６７４．１）と約７１％の同一性、アミノ酸３〜５９８がエンテロコッカスフェカーリスのオリゴエンドペプチダーゼＦ、プラスミドであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１３９９９．１）と約４９％の同一性、アミノ酸３〜５９６がラクトバシラスプランタルムのオリゴエンドペプチダーゼＦであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２０８１１．１）と約５０％の同一性を有することを示した。
【０２２５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１００（１３１アミノ酸）における、アミノ酸１〜１３１がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３９２．１）と８９％の同一性、アミノ酸２２〜１３１がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ９であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４７２．１）と約８６％の同一性、アミノ酸４〜１３１がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７６４．１）と約７５％の同一性、アミノ酸４〜１３１が表皮ブドウ球菌の３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７６５３４５．１）と約７１％の同一性、アミノ酸４〜１３１が黄色ブドウ球菌の３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７２７４１．１）と約７０％の同一性を有することを示した。
【０２２６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１０２（３３８アミノ酸）における、アミノ酸１〜３３８がラクトバシラスジョンソニのグリセロアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ／エリトロース−４−リン酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４１２．１）と９１％の同一性、アミノ酸１〜３３８がデルブリュック菌のグリセルアルデヒド３−リン酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号Ｏ３２７５５）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜３３８がラクトバシラスプランタルムのグリセルアルデヒド３−リン酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４５３４．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１〜３３８がエンテロコッカスフェカーリスのグリセルアルデヒド３−リン酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５２４５．１）と約７３％の同一性、アミノ酸１〜３３８がロイコノストックメセンテロイデスのグリセロアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ／エリトロース−４−リン酸脱水素酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３９０６．１）と約６９％の同一性を有することを示した。
【０２２７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１０４（３０９アミノ酸）における、アミノ酸５〜３０８がラクトバシラスガセリの推定上のＮ−アセチルグルコサミンキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３３９．１）と７６％の同一性、アミノ酸５〜３０８がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０６６４であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５９１．１）と約７５％の同一性、アミノ酸２〜２９２がラクトバシラスガセリの推定上のＮ−アセチルグルコサミンキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８１０．１）と約３５％の同一性、アミノ酸５〜２９４がラクトバシラスプランタルムの推定上のＮ−アセチルグルコサミンキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６７１７．１）と約３５％の同一性、アミノ酸５〜２５８がセレウス菌のＡＴＰアーゼファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３２１５９．１）と約３２％の同一性を有することを示した。
【０２２８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１０６（４７９アミノ酸）における、アミノ酸１〜４７９がアシドフィルス菌のＦ１Ｆ０−ＡＴＰアーゼサブユニットベータであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ２２４９８．１）と９４％の同一性、アミノ酸１〜４７８がラクトバシラスジョンソニのＡＴＰシンターゼベータ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７９５．１）と約８６％の同一性、アミノ酸２〜４６８がカセイ菌のＡＴＰシンターゼベータ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｑ０３２３４）と約７８％の同一性、アミノ酸１〜４６４がラクトバシラスプランタルムのＨ（＋）輸送体２セクターＡＴＰアーゼ、ベータサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８３０．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１〜４６５がＡＴＰシンターゼベータ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ４３４５１）と約７７％の同一性を有することを示した。
【０２２９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１０８（２２４アミノ酸）における、アミノ酸１〜２２３がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３６５．１）と８０％の同一性、アミノ酸１〜２２３がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３７１．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１〜２１２がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４０１０．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜２２３がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７３０．１）と約６７％の同一性、アミノ酸１〜２１２がエンテロコッカスファエシウムリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５５４１．１）と約６９％の同一性を有することを示した。
【０２３０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１０８（２２４アミノ酸）における、アミノ酸１〜２２３がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３６５．１）と８０％の同一性、アミノ酸１〜２２３がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３７１．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１〜２１２がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４０１０．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜２２３がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７３０．１）と約６７％の同一性、アミノ酸１〜２１２がエンテロコッカスファエシウムリボソームタンパク質Ｓ３であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５５４１．１）と約６９％の同一性を有することを示した。
【０２３１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１１０（４３０アミノ酸）における、アミノ酸１３〜４２５がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８２９であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８０８．１）と８６％の同一性、アミノ酸１３〜３８３がラクトバシラスガセリの透過酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４６０．１）と約８７％の同一性、アミノ酸１３〜４２３がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８２７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８０６．１）と約６６％の同一性、アミノ酸１３〜４２８がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ１８３０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８０９．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１３〜４２８がラクトバシラスガセリの透過酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４５７．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
【０２３２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１１２（４０３アミノ酸）における、アミノ酸１〜４０２がラクトバシラスジョンソニのリボソームタンパク質Ｓ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９４６．１）と７７％の同一性、アミノ酸１〜２４１がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ１であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５０４．１）と約７９％の同一性、アミノ酸２〜４０１がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５４２７．１）と約４４％の同一性、アミノ酸４〜４０３がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｓｌであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５２６５．１）と約４４％の同一性、アミノ酸１〜３９９がリボソームタンパク質Ｓ１相同体であるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＡ７７６６９．１）と約４４％の同一性を有することを示した。
【０２３３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１１４（４０８アミノ酸）における、アミノ酸６〜４０８がラクトバシラスジョンソニのホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７２８．１）と９３％の同一性、アミノ酸６〜４０８がラクトバシラスガセリの３−ホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４１１．１）と約９２％の同一性、アミノ酸６〜４０８がデルブリュック菌のホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｏ３２７５６）と約８７％の同一性、アミノ酸６〜４０８がデルブリュック菌のラクチス亜種のホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｑ８ＧＩＺ５）と約８６％の同一性、アミノ酸６〜４０８がラクトバシラスプランタルムのホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４５３５．１）と約７１％の同一性を有することを示した。
【０２３４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１１６（２３５アミノ酸）における、アミノ酸２１〜２３５がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ１と関連したタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２５５．１）と８１％の同一性、アミノ酸３３〜２３５がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ４であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８０６．１）と約８２％の同一性、アミノ酸７６〜３２５がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｓ４であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６６８２．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１３〜２３４がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ４であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８０３．１）と約７６％の同一性、アミノ酸３３〜２３５が化膿連鎖球菌のリボソームタンパク質Ｓ４であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２７００８８．１）と約７１％の同一性を有することを示した。
【０２３５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１１８（８１アミノ酸）における、アミノ酸１〜７９がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２８５．１）と８８％の同一性、アミノ酸１〜７９がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７００５．１）と約８８％の同一性、アミノ酸１〜８０がストレプトコッカスアルガラクティエ（Streptococcus algalactiae）のリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７５６５．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜８０が肺炎連鎖球菌のリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８０３．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜８０がミュータンス連鎖球菌の５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１６６９．１）と約６８％の同一性を有することを示した。
【０２３６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２０（１５６アミノ酸）における、アミノ酸１〜１５６がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５６．１）と９２％の同一性、アミノ酸１〜１５６がセレウス菌のＳＳＵリボソームタンパク質Ｓ７Ｐであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３０００７．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜１５６が炭疽菌のリボソームタンパク質Ｓ７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４２６７４．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜１５６がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７２１．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜１５６がミュータンス連鎖球菌のリボソームタンパク質Ｓ７であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ２２７４４）と約７４％の同一性を有することを示した。
【０２３７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２０（１５６アミノ酸）における、アミノ酸１〜１５６がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５６．１）と９２％の同一性、アミノ酸１〜１５６がセレウス菌のＳＳＵリボソームタンパク質Ｓ７Ｐであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３０００７．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜１５６が炭疽菌のリボソームタンパク質Ｓ７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４２６７４．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜１５６がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｌ３１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７２１．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜１５６がミュータンス連鎖球菌のリボソームタンパク質Ｓ７であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ２２７４４）と約７４％の同一性を有することを示した。
【０２３８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２２（１０３アミノ酸）における、アミノ酸１〜１０３がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５３５８．１）と５７％の同一性、アミノ酸１〜１０３がバシラスハロデュランスの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２４３８７７．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜１０３がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｌ２１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５１８５．１）と約５０％の同一性、アミノ酸１〜１０３がアゾトバクタービネランジー（Azotobacter vinelandii）のリボソームタンパク質Ｌ２１であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００９２０２３．１）と約４８％の同一性、アミノ酸１〜１０３が枯草菌のリボソームタンパク質Ｌ２１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３９０６７４．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
【０２３９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２４（３２４アミノ酸）における、アミノ酸１〜３１９がラクトバシラスガセリのホスホリボシルピロホスフェートシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０８７．１）と８５％の同一性、アミノ酸１〜３１９がラクトバシラスジョンソニのリボースリン酸ピロホスホキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２２５．１）と約８５％の同一性、アミノ酸９〜３２３がラクトバシラスプランタルムのリボースリン酸ピロホスホキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４２５９．１）と約７７％の同一性、アミノ酸９〜３１７がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルピロホスフェートシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６３３７．１）と約７３％の同一性、アミノ酸９〜３１７がエンテロコッカスフェカーリスのリボースリン酸ピロホスホキナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６７６７．１）と約７０％の同一性を有することを示した。
【０２４０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２６（１７６アミノ酸）における、アミノ酸５〜１１６がラクトバシラスジョンソニの一本鎖結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０２２．１）と９０％の同一性、アミノ酸５〜１１６がラクトバシラスガセリの一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７４６．１）と約８９％の同一性、アミノ酸５〜１１４がラクトバシラスプランタルムの一本鎖結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８３８７４．１）と約７９％の同一性、アミノ酸５〜１１６がエノコッカスエニの一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９２０１．１）と約７４％の同一性、アミノ酸５〜１１６がロイコノストックメセンテロイデス（Leuconostoc mesenteroides）の一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３８７９．１）と約７４％の同一性を有することを示した。
【０２４１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１２８（４４５アミノ酸）における、アミノ酸３〜４４５がラクトバシラスガセリのグルコース−６−リン酸イソメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２２９．１）と８１％の同一性、アミノ酸３〜４４５がラクトバシラスジョンソニのグルコース−６−リン酸イソメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７７９．１）と約８１％の同一性、アミノ酸１〜４４５がラクトバシラスプランタルムのグルコース−６−リン酸イソメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５９４１．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜４４５が発酵乳酸杆菌（Lactobacillus fementum）のグルコース−６−リン酸イソメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号Ｑ８３ＸＭ３）と約６５％の同一性、アミノ酸１〜４４５が肺炎連鎖球菌のグルコース−６−リン酸イソメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９４７３．１）と約６６％の同一性を有することを示した。
【０２４２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１３０（６０１アミノ酸）における、アミノ酸１〜６０１がラクトバシラスガセリのチアミンピロリン酸要求性酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７１９８．１）と７２％の同一性、アミノ酸１〜６０１がラクトバシラスジョンソニのピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８３１．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜５６８がラクトバシラスプランタルムのピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４５８４．１）と約５９％の同一性、アミノ酸１〜５６３がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種のピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８２０１．１）と約４８％の同一性、アミノ酸２〜５７２がラクトバシラスプランタルムのピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６７８８．１）と約３９％の同一性を有することを示した。
【０２４３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１３２（５８５アミノ酸）における、アミノ酸１〜５８５がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型ジペプチド輸送系、周辺質成分であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３０９．１）と７６％の同一性、アミノ酸１〜５８５がラクトバシラスジョンソニのオリゴペプチドＡＢＣ輸送体溶質結合成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５３２４．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜５８５がラクトバシラスジョンソニのオリゴペプチドＡＢＣ輸送体溶質結合成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５３２５．１）と約７０％の同一性、アミノ酸８２〜５８５がラクトバシラスガセリのＡＢＣ型ジペプチド輸送系、周辺質成分であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿ＺＰ＿０００４７３１０．１）と約７３％の同一性、アミノ酸１〜５８５がデルブリュック菌のオリゴペプチド結合タンパク質ＯｐｐＡ１であるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＫ７２１１６．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
【０２４４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１３４（９０アミノ酸）における、アミノ酸６〜８８がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８６１．１）と７３％の同一性、アミノ酸６〜８８がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ２０であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２９７．１）と約７３％の同一性、アミノ酸６〜８８がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｓ２０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６０９１．１）と約５７％の同一性、アミノ酸６〜８４がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｓ２０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６３８．１）と約５９％の同一性、アミノ酸６〜８８がリステリアイノクアのリボソームタンパク質Ｓ２０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０８５１．１）と約５９％の同一性を有することを示した。
【０２４５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１３６（３４３アミノ酸）における、アミノ酸１〜３４２がデルブリュック菌のYgaPタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号Ｔ０９６３２）と６３％の同一性、アミノ酸１〜３４３がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０８７１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７２６．１）と約５６％の同一性、アミノ酸１〜３４３がラクトバシラスガセリのσ因子に関連したＮ末端ドメインを含有する転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４１３．１）と約５６％の同一性、アミノ酸１〜３４２がエンテロコッカスフェカーリスの転写調節因子、ＳｏｒＣファミリーであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５６４１．１）と約４０％の同一性、アミノ酸６〜８８がリステリアモノサイトゲネスにおける枯草菌ＣｇｇＲの推定上の転写調節因子に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５９８３．１）と約５９％の同一性を有することを示した。
【０２４６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１３８（１２１３アミノ酸）における、アミノ酸２〜１２１２がラクトバシラスガセリのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ベータサブユニット／１４０ｋＤサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４１５．１）と８５％の同一性、アミノ酸４〜１２１２がラクトバシラスジョンソニのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼベータ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５２．１）と約５６％の同一性、アミノ酸２〜１１７０がラクトバシラスプランタルムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ベータサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７１７．１）と約７７％の同一性、アミノ酸２〜１１７０がエンテロコッカスファエシウムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼベータ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｑ８ＧＣＲ４）と約７５％の同一性、アミノ酸２〜１１７０がエンテロコッカスファエシウムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼベータ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｑ８ＧＣＲ６）と約７５％の同一性を有することを示した。
【０２４７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１４０（２３５アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３１がラクトバシラスプランタルムのグリセロール摂取促進タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４００３．１）と７３％の同一性、アミノ酸１〜２３０がリステリアモノサイトゲネスのグリセロール摂取促進タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４６９２．１）と約５６％の同一性、アミノ酸１〜２３０がリステリアイノクアのグリセロール摂取促進タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０４６８．１）と約５５％の同一性、アミノ酸４〜２２８がリステリアイノクアのグリセロール摂取促進物質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０９１０．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜２２５がオセアノバシラスイヘエンシスのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９３３９７．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
【０２４８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１４２（５０６アミノ酸）における、アミノ酸４〜５０６がアシドフィルス菌のＦ１Ｆ０−ＡＴＰアーゼサブユニットアルファであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ２２４９６．１）と９９％の同一性、アミノ酸１〜５０６がラクトバシラスガセリのＦ０Ｆ１型ＡＴＰシンターゼ、アルファサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２４３．１）と約８５％の同一性、アミノ酸４〜５０６がラクトバシラスジョンソニのＡＴＰシンターゼアルファ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７９３．１）と約８５％の同一性、アミノ酸４〜５０１がエンテロコッカスフェカーリスのＡＴＰシンターゼＦｌ、アルファサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６２４９．１）と約８０％の同一性、アミノ酸４〜５０１のＡＴＰシンターゼアルファ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ２６６７９）と約７８％の同一性を有することを示した。
【０２４９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１４４（２８８アミノ酸）における、アミノ酸２〜２８８がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０１７０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１８６．１）と約６０％の同一性、アミノ酸２〜２８８がラクトバシラスガセリの推定上のブドウ糖摂取透過酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２３９．１）と約６０％の同一性、アミノ酸２〜２８４がラクトバシラスヘルベティカスの膜貫通タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＣＡＡ０５４９０．１）と約３９％の同一性、アミノ酸２〜２８７がラクトバシラスプランタルムの糖運搬体タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６０１３．１）と約３７％の同一性、アミノ酸２〜２８７がリステリアモノサイトゲネスのブドウ糖摂取タンパク質に類似したタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６３７０２．１）と約３６％の同一性を有することを示した。
【０２５０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１４６（３２０アミノ酸）における、アミノ酸１〜３２０がアシドフィルス菌のＦ１Ｆ０−ＡＴＰアーゼサブユニットガンマであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ２２４９７．１）と約９７％の同一性、アミノ酸１〜３２０がラクトバシラスジョンソニのＡＴＰシンターゼガンマ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７９４．１）と約６５％の同一性、アミノ酸２５〜３２０がラクトバシラスガセリのＦ１Ｆ０型ＡＴＰシンターゼ、ガンマサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２４４．１）と約６２％の同一性、アミノ酸２〜３２０がラクトバシラスプランタルムのＡＴＰシンターゼＦ１、ガンマサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６２４８．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１〜３２０がエンテロコッカスファエシウムのＦ０Ｆ１型ＡＴＰシンターゼ、ガンマサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６４７８．１）と約４６％の同一性を有することを示した。
【０２５１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１４８（２３７アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３７がアシドフィルス菌のＦ１Ｆ０−ＡＴＰアーゼサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ２２４９２．１）と約９７％の同一性、アミノ酸２〜２３７がラクトバシラスジョンソニのＡＴＰシンターゼＡ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７８９．１）と約７０％の同一性、アミノ酸８４〜２３７がラクトバシラスガセリのＦ１Ｆ０型ＡＴＰシンターゼ、サブユニットａであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２３９．１）と約７２％の同一性、アミノ酸８〜２３７がラクトバシラスプランタルムのＨ（＋）輸送２セクターＡＴＰアーゼ、Ａサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８３６．１）と約４９％の同一性、アミノ酸７〜２３２がロイコノストックメセンテロイデスのＦ０Ｆ１型ＡＴＰシンターゼ、サブユニットａであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３０８０．１）と約５２％の同一性を有することを示した。
【０２５２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１５０（１２１７アミノ酸）における、アミノ酸１〜１２１７がラクトバシラスジョンソニのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼベータ’鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５３．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１０〜１２１７がラクトバシラスガセリのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ベータ’サブユニット／１６０ｋＤサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４１６．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１〜１２１７がラクトバシラスプランタルムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ベータ’サブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７１８．１）と約６７％の同一性、アミノ酸１〜１２１４がエンテロコッカスファエシウムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ベータ’サブユニット／１６０ｋＤサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７９０３．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１〜１２１７がエンテロコッカスファエシウムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ベータプライムサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６８３５．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
【０２５３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１５２（２１２アミノ酸）における、アミノ酸１〜２０９がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３５９．１）と約８７％の同一性、アミノ酸１〜２０９がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｌ３であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３７７．１）と約８７％の同一性、アミノ酸１〜２０７がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｌ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４００４．１）と約６９％の同一性、アミノ酸１〜２０７がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８２５６．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜２０７がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｌ３であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７２４．１）と約６８％の同一性を有することを示した。
【０２５４】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１５４（１８２アミノ酸）における、アミノ酸１〜１８２がアシドフィルス菌のＦ１Ｆ０−ＡＴＰアーゼサブユニットデルタであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＦ２２４９５．１）と約１００％の同一性、アミノ酸１〜１８０がラクトバシラスジョンソニのＡＴＰシンターゼデルタ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７９２．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜１８０がラクトバシラスガセリのＦ１Ｆ０型ＡＴＰシンターゼ、デルタサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２４２．１）と約５０％の同一性、アミノ酸３〜１７９がジェオバシラスステアロサーモフィラスのＡＴＰシンターゼデルタ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ４２００８）と約３７％の同一性、アミノ酸１〜１７８がＡＴＰシンターゼデルタ鎖であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ２６６８０）と約３５％の同一性を有することを示した。
【０２５５】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１５６（４３１アミノ酸）における、アミノ酸１〜４３１がラクトバシラスジョンソニのプレタンパク質転位酵素ＳｅｃＹであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３７９．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜４３１がラクトバシラスガセリのプレタンパク質転位酵素サブユニットＳｅｃＹであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３５８．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜４３１がラクトバシラスプランタルムのプレタンパク質転位酵素、ＳｅｃＹサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７４４．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１〜４３０がエンテロコッカスフェカーリスのプレタンパク質転位酵素、ＳｅｃＹサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４０２４．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜４３０がロイコノストックメセンテロイデスのプレタンパク質転位酵素サブユニットＳｅｃＹであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３５２４．１）と約５６％の同一性を有することを示した。
【０２５６】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１５８（１７０アミノ酸）における、アミノ酸１〜１６６がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ１０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４４４０．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜１６９がミュータンス連鎖球菌の５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ１０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１３５５．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜１６６がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｌ１０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６３４９．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜１６９がストレプトコッカスアルガラクティエのリボソームタンパク質Ｌ１０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８８３００．１）と約５５％の同一性、アミノ酸１〜１６６が肺炎連鎖球菌のリボソームタンパク質Ｌ１０であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４５８１３．１）と約５５％の同一性を有することを示した。
【０２５７】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１６０（９８アミノ酸）における、アミノ酸１〜９８がラクトバシラスジョンソニの３０Ｓリボソームタンパク質Ｌ７であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０２１．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１〜９８がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ６であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７４５．１）と約７６％の同一性、アミノ酸４〜９７がロイコノストックメセンテロイデスのリボソームタンパク質Ｓ６であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３８７８．１）と約５９％の同一性、アミノ酸５〜９７がミュータンス連鎖球菌の３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ６であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２１７５．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜９５がリステリアモノサイトゲネスのリボソームタンパク質Ｓ６であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６３５７７．１）と約５６％の同一性を有することを示した。
【０２５８】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１６２（３１２アミノ酸）における、アミノ酸１〜３１２がラクトバシラスガセリのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、アルファサブユニット／４０ｋＤサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７１１３．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜３１２がラクトバシラスジョンソニのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼアルファ鎖であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３８５．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜３１２がラクトバシラスプランタルムのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、アルファサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７５０．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１〜３１２がエンテロコッカスフェカーリスのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、アルファサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４０３０．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜３１２がロイコノストックメセンテロイデスのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、アルファサブユニット／４０ｋＤサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３５１９．１）と約５７％の同一性を有することを示した。
【０２５９】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１６４（１８０アミノ酸）における、アミノ酸１〜１８０がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ５であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３７１．１）と約８７％の同一性、アミノ酸１〜１８０がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｌ５であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３６５．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜１８０がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質Ｌ５であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７３６．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１〜１８０がロイコノストックメセンテロイデスのリボソームタンパク質Ｌ５であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３５３１．１）と約８１％の同一性、アミノ酸１〜１８０がミュータンス連鎖球菌のリボソームタンパク質Ｌ５であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２３１２．１）と約７７％の同一性を有することを示した。
【０２６０】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１６６（１７６アミノ酸）における、アミノ酸１〜１７６がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｌ６Ｐ／Ｌ９Ｅであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３６３．１）と約８２％の同一性、アミノ酸１〜１７６がラクトバシラスガセリのレクチン様タンパク質ＬＡ２−２０であるタンパク質（アクセッション番号ＢＡＡ９７１２５．１）と約８２％の同一性、アミノ酸１〜１７６がラクトバシラスジョンソニの５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ６であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４３７４．１）と約８１％の同一性、アミノ酸１〜１７６がエンテロコッカスファエシウムのリボソームタンパク質Ｌ６Ｐ／Ｌ６Ｅであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５５４９．１）と約５９％の同一性、アミノ酸１〜１７６がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｌ６であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４０１９．１）と約６０％の同一性を有することを示した。
【０２６１】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１６８（１６８アミノ酸）における、アミノ酸１７〜１６８がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質Ｓ５であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３６１．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１７〜１６３が好熱乳酸杆菌の３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ５であるタンパク質（アクセッション番号Ｐ０２３５７）と約６８％の同一性、アミノ酸１７〜１６３がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Ｓ５であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４０２１．１）と約６７％の同一性、アミノ酸１７〜１６３がエンテロコッカスファエシウムのリボソームタンパク質Ｌ６Ｐ／Ｌ６Ｅであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６０６７．１）と約６６％の同一性、アミノ酸１７〜１６３が枯草菌のリボソームタンパク質Ｓ５であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８０１４．１）と約６６％の同一性を有することを示した。
【０２６２】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１７０（１８１アミノ酸）における、アミノ酸７〜１８１がラクトバシラスガセリのアデニン／グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼと関連したＰＲＰＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５６７．１）と約８７％の同一性、アミノ酸７〜１８１がラクトバシラスジョンソニのアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５２７６．１）と約８６％の同一性、アミノ酸９〜１７８がエンテロコッカスフェカーリスのアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５３９５．１）と約６０％の同一性、アミノ酸７〜１７８がラクトバシラスプランタルムのアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６０２．１）と約５６％の同一性、アミノ酸９〜１７８が黄色ブドウ球菌のアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＰ１５４４６．１）と約５８％の同一性を有することを示した。
【０２６３】
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号：１７２（３３４アミノ酸）における、アミノ酸１〜３３４がアシドフィルス菌の転写リプレッサーＭｓｍＲであるタンパク質（アクセッション番号ＡＡＯ２１８５５．１）と約１００％の同一性、アミノ酸４〜３３４が肺炎連鎖球菌のショ糖オペロンリプレッサーであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９２１３．１）と約４８％の同一性、アミノ酸４〜３３４が肺炎連鎖球菌のＬａｃＩファミリーの糖結合性転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４６２３２．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１０〜３３３がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質ＬＪ０７４４であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５９６．１）と約３７％の同一性、アミノ酸１０〜３３４がラクトバシラスガセリの転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４３１．１）と約３６％の同一性を有することを示した。
【実施例１４】
【０２６４】
（アミノ酸配列のＰＦＡＭ結果）
配列番号：２は、およそアミノ酸２８から４０３に位置する推定のＳＢＰ＿ｂａｃ＿１ドメインを含有し、細菌の細胞外溶質結合タンパク質ファミリー（ＳＢＰ＿ｂａｃ＿１）（ＳＢＰ＿ｂａｃｔｅｒｉａｌ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１５４７）のメンバーである。
【０２６５】
配列番号：４は、およそアミノ酸１７９から２５６に位置する推定のＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ＿１ドメインを含有し、結合タンパク質依存性輸送系内膜成分ファミリー（ＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ＿１）（ＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５２８）のメンバーである。
【０２６６】
配列番号：６は、およそアミノ酸１６８から２４４に位置する推定のＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ＿１ドメインを含有し、結合タンパク質依存性輸送系内膜成分ファミリー（ＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ＿１）（ＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５２８）のメンバーである。
【０２６７】
配列番号：８は、およそアミノ酸２４から４０９に位置する推定のＧｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３２ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー３２ファミリー（Ｇｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２５１）のメンバーである。
【０２６８】
配列番号：１０は、およそアミノ酸３１から２１２に位置する推定のＡＢＣ＿ｔｒａｎドメインを含有し、ＡＢＣ輸送体ファミリー（ＡＢＣ＿ｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）のメンバーである。
【０２６９】
配列番号：１４は、およそアミノ酸９から１０９に位置する推定のＧＡＲＳ＿Ｎドメイン、およそアミノ酸１１１から１８６に位置する推定のＧＡＲＳ＿Ｂドメイン、およそアミノ酸１８９から３２８に位置する推定のＧＡＲＳドメイン、およそアミノ酸３３０から４２２に位置する推定のＧＡＲＳ＿Ｃドメインを含有し、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼＡＴＰ把握（Ａ）ドメインファミリー（ＧＡＲＳ＿Ａ）（ＧＡＲＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０７１）のメンバー、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼＮドメインファミリー（ＧＡＲＳ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８４４）のメンバー、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼＢドメインファミリー（ＧＡＲＳ＿Ｂ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８４２）のメンバー、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼＣドメインファミリー（ＧＡＲＳ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８４３）のメンバーである。
【０２７０】
配列番号：１６は、およそアミノ酸４から１２８に位置する推定のＭＧＳドメイン、およそアミノ酸１３３から４４７に位置する推定のＡＩＣＡＲＦＴ＿ＩＭＰＣＨａｓドメインを含有し、ＡＩＣＡＲＦＴ／ＩＭＰＣＨアーゼ二酵素ファミリー（ＡＩＣＡＲＦＴ＿ＩＭＰＣＨａｓ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１８０８）のメンバー、及びＭＧＳ様ドメインファミリー（ＭＧＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２１４２）のメンバーである。
【０２７１】
配列番号：１８は、およそアミノ酸１から１８５に位置する推定のｆｏｒｍｙｌ＿ｔｒａｎｓｆ＿Ｎドメインを含有し、ホルミルトランスフェラーゼファミリー（ｆｏｒｍｙｌ＿ｔｒａｎｓｆ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５５１）のメンバーである。
【０２７２】
配列番号：２０は、およそアミノ酸１から１６１に位置する推定のＡＩＲＳドメイン、およそアミノ酸１７１から３４３に位置する推定のＡＩＲＳ＿Ｃドメインを含有し、ＡＩＲシンターゼ関連タンパク質、Ｎ末端ドメインファミリー（ＡＩＲＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５８６）のメンバー、及びＡＩＲシンターゼ関連タンパク質、Ｃ末端ドメインファミリー（ＡＩＲＳ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７６９）のメンバーである。
【０２７３】
配列番号：２２は、およそアミノ酸１８から２００に位置する推定のＧＡＴａｓｅ＿２ドメイン、およそアミノ酸２５８から４１５に位置する推定のＰｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎドメインを含有し、グルタミンアミドトランスフェラーゼクラスＩＩファミリー（ＧＡＴａｓｅ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３１０）のメンバー、及びホスホリボシル転移酵素ドメインファミリー（Ｐｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１５６）のメンバーである。
【０２７４】
配列番号：２４は、およそアミノ酸４５から１９５及び４０８から５６５に位置する推定のＡＩＲＳドメイン、およそアミノ酸２０６から３６４及びアミノ酸５７６から７１５に位置する推定のＡＩＲＳ＿Ｃドメインを含有し、ＡＩＲシンターゼ関連タンパク質、Ｎ末端ドメインファミリー（ＡＩＲＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５８６）のメンバー、及びＡＩＲシンターゼ関連タンパク質、Ｃ末端ドメインファミリー（ＡＩＲＳ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７６９）のメンバーである。
【０２７５】
配列番号：２８は、およそアミノ酸３から８１に位置する推定のＰｕｒＣドメインを含有し、ホスホリボシルホルミルグリシンアミド（ＦＧＡＭ）シンターゼファミリー（PurC）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７００）のメンバーである。
【０２７６】
配列番号：３０は、およそアミノ酸１から２３５に位置する推定のＳＡＩＣＡＲ＿ｓｙｎｔドメインを含有し、ＳＡＩＣＡＲ合成酵素ファミリー（ＳＡＩＣＡＲ＿ｓｙｎｔ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２５９）のメンバーである。
【０２７７】
配列番号：３２は、およそアミノ酸７から４０に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＢドメイン、およそアミノ酸１１０から４０４に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＣドメイン、およそアミノ酸５１７から６２１に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＡ＿１ドメインを含有し、ホスホトランスフェラーゼ系、ＥＩＩＣファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＣ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３７８）のメンバー、ホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系のＥＩＩＡ１ファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＡ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３５８）のメンバー、ホスホトランスフェラーゼ系、ＥＩＩＢファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＢ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３６７）のメンバーである。
【０２７８】
配列番号：３６は、およそアミノ酸１から２４４に位置する推定のＭＩＰドメインを含有し、主要内在性タンパク質ファミリー（ＭＩＰ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２３０）のメンバーである。
【０２７９】
配列番号：４２は、およそアミノ酸３３から２２７に位置する推定のＡＢＣ＿ｔｒａｎドメインを含有し、ＡＢＣ輸送体ファミリー（ＡＢＣ＿ｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）のメンバーである。
【０２８０】
配列番号：４４は、およそアミノ酸１６１から２３７に位置する推定のＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ＿１ドメインを含有し、結合タンパク質依存性輸送系内膜成分ファミリー（ＢＰＤ＿ｔｒａｎｓｐ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５２８）のメンバーである。
【０２８１】
配列番号：４８は、およそアミノ酸１８から３９７に位置する推定のｘａｎ＿ｕｒ＿透過酵素ドメインを含有し、透過酵素ファミリー（ｘａｎ＿ｕｒ＿透過酵素）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８６０）のメンバーである。
【０２８２】
配列番号：５０は、およそアミノ酸４９から１５３に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＡ＿１ドメイン、およそアミノ酸１９７から２３１に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＢドメイン、およそアミノ酸３０１から５８７に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＣドメインを含有し、ホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系、ＥＩＩＡ１ファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＡ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３５８）のメンバー、ホスホトランスフェラーゼ系、ＥＩＩＣファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＣ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３７８）のメンバー、ホスホトランスフェラーゼ系、ＥＩＩＢファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＢ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３６７）のメンバーである。
【０２８３】
配列番号：５２は、およそアミノ酸９から６８に位置する推定のｇｎｔＲドメインを含有し、細菌性調節タンパク質、ｇｎｔＲファミリー（ＧｎｔＲ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３９２）のメンバーである。
【０２８４】
配列番号：５４は、およそアミノ酸２８から４２９に位置する推定のα−アミラーゼドメインを含有し、α−アミラーゼ、触媒ドメインファミリー（ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
【０２８５】
配列番号：６０は、およそアミノ酸５１から４２０に位置する推定のＳＢＰ＿ｂａｃ＿１ドメインを含有し、細菌性細胞外溶質結合タンパク質ファミリー（ＳＢＰ＿ｂａｃ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１５４７）のメンバーである。
【０２８６】
配列番号：６２は、およそアミノ酸１から１３５に位置する推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ１２ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ１２ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ１２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１６４）のメンバーである。
【０２８７】
配列番号：６６は、およそアミノ酸１０から４２７に位置する推定のＥｎｏｌａｓｅ＿Ｃドメインを含有し、エノラーゼ、Ｃ末端ＴＩＭバーレルドメインファミリー（Ｅｎｏｌａｓｅ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１１３）のメンバーである。
【０２８８】
配列番号：６８は、およそアミノ酸２０から２１４に位置する推定のＧＴＰ＿ＥＦＴＵドメイン、およそアミノ酸２２６から３０５に位置する推定のＧＴＰ＿ＥＦＴＵ＿Ｄ２ドメイン、およそアミノ酸３０９から４０４に位置する推定のＧＴＰ＿ＥＦＴＵ＿Ｄ３ドメインを含有し、伸長因子Ｔｕ  ＧＴＰ結合ドメインファミリー（ＧＴＰ＿ＥＦＴＵ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００９）のメンバー、伸長因子ＴｕのＣ末端ドメインファミリー（ＧＴＰ＿ＥＦＴＵ＿Ｄ３）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１４３）のメンバー、及び伸長因子Ｔｕドメイン２ファミリー（ＧＴＰ＿ＥＦＴＵ＿Ｄ２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１４４）のメンバーである。
【０２８９】
配列番号：７０は、およそアミノ酸１から３４６に位置する推定のＰＫドメイン、およそアミノ酸３６０から４７５に位置する推定のＰＫ＿Ｃドメイン、およそアミノ酸４９０から５７９に位置する推定のＰＥＰ−ｕｔｉｌｉｚｅｒｓドメインを含有し、ピルビン酸キナーゼバーレルドメインファミリー（ＰＫ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２２４）のメンバー、ピルビン酸キナーゼアルファ／ベータドメインファミリー（ＰＫ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８８７）のメンバー、ＰＥＰ利用酵素可動ドメインファミリー（ＰＥＰ−ｕｔｉｌｉｚｅｒｓ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３９１）のメンバーである。
【０２９０】
配列番号：７２は、およそアミノ酸５から１４９に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＡ＿２ドメイン、およそアミノ酸１８３から２８５に位置する推定のＰＴＳ＿ＩＩＢ＿ｆｒｕｃドメイン、およそアミノ酸３１５から５９７に位置する推定のＰＴＳ＿ＥＩＩＣドメインを含有し、ホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系、ＥＩＩＡ２ファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＡ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３５９）のメンバー、ＰＴＳ系フルクトース特異性ＩＩＢサブユニットファミリー（ＰＴＳ＿ＩＩＢ＿ｆｒｕｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３７９）のメンバー、及びホスホトランスフェラーゼ系ＥＩＩＣファミリー（ＰＴＳ＿ＥＩＩＣ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３７８）のメンバーである。
【０２９１】
配列番号：７４は、およそアミノ酸５から２９２に位置する推定のＰｆｋＢドメインを含有し、ＰｆｋＢファミリー炭水化物キナーゼファミリー（ＰｆｋＢ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２９４）のメンバーである。
【０２９２】
配列番号：７６は、およそアミノ酸５から１４７に推定のＬｄｈドメイン、およそアミノ酸１４９から３１７に推定のＬｄｈ＿Ｃドメインを含有し、乳酸／リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ＮＡＤ結合ドメインファミリー（Ｌｄｈ＿１＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０００５６）のメンバー、乳酸／リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、アルファ／ベータＣ末端ドメインファミリー（Ｌｄｈ＿１＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッション０２８６６）のメンバーである。
【０２９３】
配列番号：７８は、およそアミノ酸１から２３５にＳＡＩＣＡＲ＿ｓｙｎｔドメインを含有し、ＳＡＩＣＡＲシンターゼファミリー（ＳＡＩＣＡＲ＿ｓｙｎｔ）（ＰＦＡＭアクセッション０１２５９）のメンバーである。
【０２９４】
配列番号：８０は、およそアミノ酸６から２３１に推定のＤｅｏＲドメインを含有し、細菌性調節タンパク質、ｄｅｏＲファミリー（ＤｅｏＲ）（ＰＦＡＭアクセッション００４５５）のメンバーである。
【０２９５】
配列番号：８２は、およそアミノ酸３３から２３９に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ１ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｌ１ｐ／Ｌ１０ｅファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００６８７）のメンバーである。
【０２９６】
配列番号：８４は、およそアミノ酸１５から１１３に推定の２−Ｈａｃｉｄ＿ＤＨドメイン、及びおよそアミノ酸１１５から３０９に推定の２−Ｈａｃｉｄ＿ＤＨ＿Ｃドメインを含有し、Ｄ−アイソマー特異性２−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、触媒ドメインファミリー（２−Ｈａｃｉｄ＿ＤＨ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３８９）のメンバー、Ｄ−アイソマー特異性２−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、ＮＡＤ結合ドメインファミリー（２−Ｈａｃｉｄ＿ＤＨ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８２６）のメンバーである。
【０２９７】
配列番号：８６は、およそアミノ酸１から４５６に推定のＳＬＡＰドメインを含有し、細菌性表層タンパク質ファミリー（ＳＬＡＰ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３２１７）のメンバーである。
【０２９８】
配列番号：８８は、およそアミノ酸１４６から２２７に推定のＰＥＰ−ｕｔｉｌｉｚｅｒｓドメイン、およそアミノ酸２５２から５４６に推定のＰＥＰ−ｕｔｉｌｉｚｅｒｓ＿Ｃドメインを含有し、ＰＥＰ利用酵素、可動ドメインファミリー（ＰＥＰ−ｕｔｉｌｉｚｅｒｓ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３９１）のメンバー、ＰＥＰ利用酵素、ＴＩＭバーレルドメインファミリー（ＰＥＰ＿ｕｔｉｌｉｚｅｒｓ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８９６）のメンバーである。
【０２９９】
配列番号：９０は、およそアミノ酸２から２２６に推定のＰＧＡＭドメインを含有し、ホスホグリセリン酸ムターゼファミリー（ＰＧＡＭ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３００）のメンバーである。
【０３００】
配列番号：９２は、およそアミノ酸１から２３４に推定のＰＦＫドメインを含有し、ホスホフルクトキナーゼファミリー（ＰＦＫ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３６５）のメンバーである。
【０３０１】
配列番号：９６は、およそアミノ酸１０から２１８に推定のＧＴＰ＿ＥＦＴＵドメイン、およそアミノ酸３１３から３９２に推定のＧＴＰ＿ＥＦＴＵ＿Ｄ２ドメイン、およそアミノ酸５１３から６８４に推定のＥＦＧ＿Ｃドメインを含有し、伸長因子Ｔｕ  ＧＴＰ結合ドメインファミリー（ＧＴＰ＿ＥＦＴＵ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００９）のメンバー、伸長因子Ｔｕドメイン２ファミリー（ＧＴＰ＿ＥＦＴＵ＿Ｄ２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１４４）のメンバー、伸長因子Ｇ＿Ｃ末端ファミリー（ＥＦＧ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００６７９）のメンバーである。
【０３０２】
配列番号：９８は、およそアミノ酸９から２７８に推定のＰｅｐｔｉｄａｓｅ＿Ｍ３ドメインを含有し、ペプチダーゼファミリーＭ３（Ｐｅｐｔｉｄａｓｅ＿Ｍ３）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１４３２）のメンバーである。
【０３０３】
配列番号：１００は、およそアミノ酸１１から１３１に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ９ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ９／Ｓ１６ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ９）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３８０）のメンバーである。
【０３０４】
配列番号：１０２は、およそアミノ酸に２から２５６に推定のＧｐ＿ｄｈ＿Ｎドメイン、およそアミノ酸１５７から３１８に推定のＧｐ＿ｄｈ＿Ｃドメインを含有し、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、ＮＡＤ結合ドメインファミリー（Ｇｐ＿ｄｈ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０００４４）のメンバー、及びグリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｃ末端ドメインファミリー（Ｇｐ＿ｄｈ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８００）のメンバーである。
【０３０５】
配列番号：１０６は、およそアミノ酸６から７５に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｎドメイン、およそアミノ酸７８から３５２に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂドメイン、およそアミノ酸３５５から４６６にＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｃドメインを含有し、ＡＴＰシンターゼアルファ／ベータ、ベータバーレルドメインファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッション＿ＰＦ０２８７４）のメンバー、ＡＴＰシンターゼアルファ／ベータ、ヌクレオチド結合ドメインファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０００６）のメンバー、ＡＴＰシンターゼアルファ／ベータ、Ｃ末端ドメインファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３０６）のメンバーである。
【０３０６】
配列番号：１０８は、およそアミノ酸１から６１に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ３＿Ｎドメイン、およそアミノ酸６４から１１１に推定のＫＨ＿１ドメイン、およそアミノ酸１１８から２０１に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ３Ｃドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ３Ｃ末端領域ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ３）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００４１７）のメンバー、ＫＨドメインファミリー（ＫＨ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０００１３）のメンバー、リボソームタンパク質Ｓ３、及びＮ末端ドメインファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ３＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１８９）のメンバーである。
【０３０７】
配列番号：１１０は、アミノ酸３０から４０９に推定のＸａｎ＿ｕｒ＿透過酵素ドメインを含有し、透過酵素ファミリー（Ｘａｎ＿ｕｒ＿ｐｅｒｍｅａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８６０）のメンバーである。
【０３０８】
配列番号：１１２は、およそアミノ酸１０８から１７７に推定のＳ１ＲＮＡ結合ドメインを含有し、Ｓ１ＲＮＡ結合ドメインファミリー（Ｓ１）（ＰＦＡＭ  ＰＦ００５７５）のメンバーである。
【０３０９】
配列番号：１１４は、およそアミノ酸４からから４０８に推定のＰＧＫドメインを含有し、ホスホグリセリン酸キナーゼファミリー（ＰＧＫ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１６２）のメンバーである。
【０３１０】
配列番号：１１６は、およそアミノ酸３３から１２４に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ４ドメイン、およそアミノ酸１２５から１７２に推定のＳ４ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ４／Ｓ９Ｎ末端ドメインファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ４）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１６３）のメンバー、及びＳ４ドメインファミリー（Ｓ４）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１４７９）のメンバーである。
【０３１１】
配列番号：１１８は、およそアミノ酸１から８０に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ３１ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｌ３１ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ３１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１１９７）のメンバーである。
【０３１２】
配列番号：１２０は、およそアミノ酸１から１５６に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ７ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ７ｐ／Ｓ７ｅファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ７）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１７７）のメンバーである。
【０３１３】
配列番号：１２２は、およそアミノ酸１から９６に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ２１ｐドメインを含有し、原核細胞リボソームＬ２１タンパク質ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ２１ｐ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８２９）のメンバーである。
【０３１４】
配列番号：１２４は、およそアミノ酸１３８から２７５に推定のＰｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎドメインを含有し、ホスホリボシル転移酵素ドメインファミリー（Ｐｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１５６）のメンバーである。
【０３１５】
配列番号：１２６は、およそアミノ酸６から１０８に推定のＳＳＢドメインを含有し、一本鎖結合タンパク質ファミリー（ＳＳＢ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００４３６）のメンバーである。
【０３１６】
配列番号：１２８は、およそアミノ酸７から４４２に推定のＰＧＩドメインを含有し、ホスホグルコースイソメラーゼファミリー（ＰＧＩ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３４２）のメンバーである。
【０３１７】
配列番号：１３０は、およそアミノ酸２から１７４に推定のＴＰＰ＿ｅｎｚｙｍｅ＿Ｎドメイン、およそアミノ酸１９０から３４０に推定のＴＰＰ＿ｅｎｚｙｍｅ＿Ｍドメイン、およそアミノ酸３５７から５３０に推定のＴＰＰ＿ｅｎｚｙｍｅ＿Ｃドメインを含有し、チアミンピロリン酸酵素、Ｎ末端ＴＰＰ結合ドメインファミリー（ＴＰＰ＿ｅｎｚｙｍｅ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７７６）のメンバー、チアミンピロリン酸酵素、中枢ドメインファミリー（ＴＰＰ＿ｅｎｚｙｍｅ＿Ｍ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２０５）のメンバー、及びチアミンピロリン酸酵素、Ｃ末端ＴＰＰ結合ドメインファミリー（ＴＰＰ＿ｅｎｚｙｍｅ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７７５）のメンバーである。
【０３１８】
配列番号：１３２は、およそアミノ酸１２から５８３に推定のＳＢＰ＿ｂａｃ＿５ドメインを含有し、細菌性細胞外溶質結合タンパク質、ファミリー５中央ファミリー（ＳＢＰ＿ｂａｃ＿５）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００４９６）のメンバーである。
【０３１９】
配列番号：１３４は、およそアミノ酸７から９０に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ２０ｐドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ２０ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ２０ｐ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１６４９）のメンバーである。
【０３２０】
配列番号：１４０は、およそアミノ酸１から２３１に推定のＭＩＰドメインを含有し、主要内在性タンパク質ファミリー（ＭＩＰ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２３０）のメンバーである。
【０３２１】
配列番号：１４２は、アミノ酸２７から９５に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｎドメイン、アミノ酸９８から３７３に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂドメイン、アミノ酸３７５から４７３に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｃドメインを含有し、ＡＴＰシンターゼアルファ／ベータ、ベータバーレルドメインファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８７４）のメンバー、ＡＴＰシンターゼアルファ／ベータ、ヌクレオチド結合ドメインファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０００６）のメンバー、ＡＴＰシンターゼアルファ／ベータ、Ｃ末端ドメインファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿ａｂ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３０６）のメンバーである。
【０３２２】
配列番号：１４６は、およそアミノ酸３から３１９に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔドメインを含有し、ＡＴＰシンターゼファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２３１）のメンバーである。
【０３２３】
配列番号：１４８は、およそアミノ酸７２から２３２に推定のＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿Ａドメインを含有し、ＡＴＰシンターゼＡ鎖ファミリー（ＡＴＰ−ｓｙｎｔ＿Ａ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１１９）のメンバーである。
【０３２４】
配列番号：１５０は、およそアミノ酸２２４から８３８に推定のＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａドメイン、およそアミノ酸８９３から１１８４に推定のＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａ２ドメインを含有し、ＲＮＡポリメラーゼアルファサブユニットファミリー（ＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａ）のメンバー、ＲＮＡポリメラーゼＡ／ベータ’／Ａ”サブユニットファミリーのメンバーである。
【０３２５】
配列番号：１５２は、およそアミノ酸９から２０２に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ３ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｌ３ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ３）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２９７）のメンバーである。
【０３２６】
配列番号：１５４は、およそアミノ酸８から１７８に推定のＯＳＣＰドメインを含有し、ＡＴＰシンターゼデルタ（ＯＳＣＰ）サブユニットファミリー（ＯＳＣＰ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２１３）のメンバーである。
【０３２７】
配列番号：１５６は、およそアミノ酸６８から４１６に推定のＳｅｃＹドメインを含有し、真正細菌ｓｅｃＹタンパク質ファミリー（ＳｅｃＹ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３４４）のメンバーである。
【０３２８】
配列番号：１５８は、およそアミノ酸４から１０４に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ１０ドメインを含有し、Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ１０タンパク質ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ１０）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００４６６）のメンバーである。
【０３２９】
配列番号：１６０は、およそアミノ酸４から９６に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ６ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ６ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２５０）のメンバーである。
【０３３０】
配列番号：１６２は、およそアミノ酸１８から２１９に推定のＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａ＿ｂａｃドメイン、およそアミノ酸２３６から３０３に推定のＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａ＿ＣＴＤドメインを含有し、ＲＮＡポリメラーゼＲｂｐ３／ＲｐｏＡ挿入ドメイン（ＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａ＿ｂａｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０００）のメンバー、及び細菌性ＲＮＡポリメラーゼ、α鎖Ｃ末端ドメインファミリー（ＲＮＡ＿ｐｏｌ＿Ａ＿ＣＴＤ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１１８）のメンバーである。
【０３３１】
配列番号：１６４は、およそアミノ酸２５から８１に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ５ドメイン、およそアミノ酸８５から１７９に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ５＿Ｃドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｌ５ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ５）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２８１）のメンバー、及びリボソームＬ５ＰファミリーＣ末端ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ５＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００６７３）のメンバーである。
【０３３２】
配列番号：１６６は、およそアミノ酸１１から１７６に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ６ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｌ６ファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｌ６）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３４７）のメンバーである。
【０３３３】
配列番号：１６８は、およそアミノ酸２１から１４９に推定のＲｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ５ドメインを含有し、リボソームタンパク質Ｓ５、Ｎ末端ドメインファミリー（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿Ｓ５）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３３３）のメンバーである。
【０３３４】
配列番号：１７０は、およそアミノ酸２６から１７９に推定のＰｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎドメインを含有し、ホスホリボシル転移酵素ドメインファミリー（Ｐｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１５６）のメンバーである。
【０３３５】
配列番号：１７２は、およそアミノ酸９から３６に推定のＬａｃＩドメイン、およそアミノ酸６８から３３１に推定のＰｅｒｉｐｌａ＿ＢＰ＿１ドメインを含有し、細菌性調節タンパク質、ｌａｃＩファミリー（ＬａｃＩ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００３５６）のメンバー、及びＬａｃＩファミリーの周辺質結合タンパク質及び糖結合ドメイン（Ｐｅｒｉｐｌａ＿ＢＰ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３２）のメンバーである。
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【表２】
2007527702.tif 000006
【０３３７】
【表３】
2007527702.tif 000007
【０３３８】
【表４】
2007527702.tif 000008
2007527702.tif 000009
【０３３９】
以上の説明と付随の図面とに提示した教示の恩恵により、これらの発明に関係する分野の当業者ならば、本明細書に示した本発明の、多くの変更形態及び他の実施形態が想起されよう。したがって、本発明は、開示された特定の実施形態に限定されないこと、変更形態及び他の実施形態は、付随の実施形態の範囲に含まれると意図されていることが理解されよう。本明細書では特定の用語を用いたが、それらは包括的及び説明的な意味でのみで用いられており、限定を目的としたものではない。
【０３４０】
本明細書中に言及されたすべての出版物及び特許出願は、本発明が関係する当業者の技術水準を示すものである。すべての出版物及び特許出願は、それぞれ個々の出版物又は特許出願が、具体的かつ個別に参照により本明細書に組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【０３４１】
理解を明快にすることを目的として、例示による方法と、実例とによって、上記の発明をある程度詳細に記述したが、添付されている特許請求の範囲内において、ある程度の変更及び修正を行うことができるのは明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【０３４２】
【図１】オペロンレイアウトを示す図である。開始コドン及び終止コドンを太字にし、推定上のリボソーム結合部位を四角で囲み、ｃｒｅ様のエレメントには下線を引いた。ターミネーターはヘアピン構造で示す。
【図２Ａ−２Ｂ】糖の誘導及び抑制を示す図である。図２Ａ、ＲＴ−ＰＣＲ（上）及びＲＮＡスロットブロット（下）によってモニターしたｍｓｍＥ及びｂｆｒＡ遺伝子の転写誘導。細胞はグルコース（Ｇｌｃ）、果糖（Ｆｒｕ）、ショ糖（Ｓｕｅ）、ＦＯＳ  ＧＦｎ、及びＦＯＳ  Ｆｎで成長させた。プローブの陽性対照として染色体ＤＮＡを用いた。  図２Ｂ、グルコース（Ｇｌｃ）及び果糖（Ｆｒｕ）レベルを変化させることによるｍｓｍＥ及びｂｆｒＡの転写抑制分析：１％  Ｆｎの存在下で、０．１％（５．５ｍＭ）、０．５％（２８ｍＭ）、及び１．０％（５５ｍＭ）。細胞は、ＯＤ６００ｎｍが０．５〜０．６に近づくまで、Ｆｎの存在下で成長させ、グルコースを添加し、さらに３０分間、細胞を増殖させた。
【図３】成長曲線を示す図である。２つの変異体、すなわちｂｆｒＡ（上）及びｍｓｍＥ（下）を０．５％  ｗ／ｖの炭水化物、すなわち、果糖（黒丸）、ＧＦｎ（白丸）、Ｆｎ（黒三角）、又は１継代の間Ｆｎ（黒四角）で補足した準合成培地で成長させた。Ｆｎで成長させたｌａｃＺ変異体を対照（白三角）として用いた。
【図４】オペロン構造分析を示す図である。Ａ．選択された細菌のｍｓｍ遺伝子座アラインメント。調節因子、白；α−ガラクトシダーゼ、青；ＡＢＣ輸送体、灰色；フルクトシダーゼ、黄；ショ糖ホスホリラーゼ、赤。Ｂ．選択された微生物のショ糖遺伝子座アラインメント。調節因子、白；フルクトシダーゼ、黄；ＰＴＳ輸送体、緑色；フルクトキナーゼ、紫色；推定上のタンパク質、黒。
【図５】近隣結合進化系統樹を示す図である。ラクトバシラス、黒；バシラス、緑；クロストリジウム、青；サーモトーガ、黄；プロテオバクテリア、赤。Ａ、１６Ｓ；Ｂ、フルクトシダーゼ；Ｃ、ＡＢＣ；Ｄ、ＰＴＳ；Ｅ、調節因子；Ｆ、フルクトキナーゼ。アシドフィルス菌タンパク質は四角で囲み、ｍｓｍ遺伝子座によってコードされている場合には網掛けにした。棒は、計算された一対一の距離の縮尺を示す。
【図６】近接した遺伝子の同時発現を示す図である。近接した遺伝子の同時転写は、パネルの下部に示すプライマーを使用したＲＴ−ＰＣＲによってモニターした。３つのバンドからなる各セットで、陰性対照は逆転写過程を行っておらず（左）、陽性対照は、ＰＣＲのテンプレートとして用いられた染色体ＤＮＡから得た（右）。
【図７】選択された炭水化物における変異体の成長を示す図である。菌株は、０．５％  ｗ／ｖの炭水化物、すなわちグルコース（Ｇｌｃ）、果糖（Ｆｒｕ）、ショ糖（Ｓｕｃ）、ＦＯＳ−ＧＦｎ（ＧＦｎ）、Orafti社製のＦＯＳ−Ｆｎ（Ｆｎ）、Rhone-Poulenc社製のＦＯＳ−Ｆｎ（ＦｎＲＰ）、ラクトース（Ｌａｃ）、又はガラクトース（Ｇａｌ）で補足された準合成培地で終夜（１８時間）成長させた。ＦＯＳ−Ｆｎにおいて、１継代の後に得られたｂｆｒＡ変異体の細胞数を、下のグラフに示す。
【図８Ａ−Ｂ】リプレッサー及びフルクトシダーゼ中で強く保存されているモチーフを示す図である。図８Ａ、調節因子で保存されているヘリックスターンヘリックスモチーフ。コンセンサス配列は＊Nguyen et al., 1995 (26)から得た。図８Ｂ、β−フルクトシダーゼの保存モチーフ。
【図９】生化学経路を示す図である。ラフィノース、ｍｓｍ、及びショ糖遺伝子クラスター中にコードされている酵素によって実行されていると思われる反応の記載をする生化学経路を示す図である。これらの経路に示された各酵素反応は、同じ色の遺伝子によってコードされたタンパク質によって実行される。ラフィノースオペロンでは、ＡＢＣ輸送体によってラフィノースが膜を横切って輸送され、α−ガラクトシダーゼがガラクトース部分を加水分解し、スクロースホスホリラーゼがショ糖をグルコース−１−リン酸とフルクトースとに加水分解する。ｍｓｍオペロンでは、ＡＢＣ輸送体によってＦＯＳが膜を横切って輸送され、フルクトシダーゼがフルクトース部分を加水分解し、スクロースホスホリラーゼがショ糖をグルコース−１−リン酸とフルクトースとに加水分解する。ショ糖オペロンでは、ＰＴＳ輸送体によってショ糖が膜を横切って輸送及びリン酸化され、リン酸化されたショ糖分子をショ糖リン酸加水分解酵素によってフルクトースとグルコース−６−リン酸とに加水分解し、フルクトキナーゼによってフルクトースをリン酸化する。
【図１】
2007527702.tif 000011
【図２Ａ−２Ｂ】
2007527702.tif 000012
【図３】
2007527702.tif 000013
【図４】
2007527702.tif 000014
【図５】
2007527702.tif 000015
【図６】
2007527702.tif 000016
【図７】
2007527702.tif 000017
【図８Ａ】
2007527702.tif 000018
【図８Ｂ】
2007527702.tif 000019
【図９】
2007527702.tif 000020
【配列表】
2007527702000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成19年4月24日(2007.4.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１７１、又はその相補体のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１７１、又はその相補体のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｆ）ａ）からｅ）のいずれかの相補体
からなる群から選択された単離された核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項３】
異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項２に記載のベクター。
【請求項４】
請求項２に記載のベクターを含有する宿主細胞。
【請求項５】
細菌宿主細胞である、請求項４に記載の宿主細胞。
【請求項６】
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；及び、
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸に少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択された単離されているポリペプチド。
【請求項７】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチド。
【請求項８】
請求項６に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項９】
ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項４に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を有するポリペプチドに少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１の核酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１０】
試料中のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物に、前記試料を接触させること、及び前記化合物が前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定することを含み；前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１１】
前記ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
試料中における請求項１に記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、
（ａ）前記核酸分子に選択的にハイブリッド形成する核酸プローブ又はプライマーに、前記試料を接触させるステップと；
（ｂ）前記核酸プローブ又はプライマーが、前記試料中の核酸分子に結合するかどうか判定するステップと
を含む方法。
【請求項１３】
前記試料がｍＲＮＡ分子を含み、かつ核酸プローブと接触させられる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１５】
宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び、
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１６】
哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激する方法であって、
ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する少なくとも１つの細菌を、前記哺乳動物に導入することを含む方法。
【請求項１７】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、宿主の胃腸管でコロニー形成する改変された能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項１８】
１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの非存在下ではＦＯＳを利用しない、請求項１７に記載のラクトバシラス菌株。
【請求項１９】
請求項１７に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２０】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する強化されている能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記強化されている能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項２１】
請求項２０に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２２】
調節制御エレメントを含む単離された核酸であって、
（ａ）配列番号：１７３、１７４、１７５、３５３又は３５４のヌクレオチド配列；
（ｂ）本質的に、配列番号：１７３、３５３又は３５４のヌクレオチド配列における、連続した少なくとも５０ヌクレオチドの生物学的に活性な断片からなるヌクレオチド配列；
（ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列の相補鎖にハイブリッド形成するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列；及び、
（ｄ）（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列
からなる群より選択されたヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項２３】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を活性化する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２４】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を抑制する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２５】
糖の存在下で発現を誘導することによって転写を調節する、請求項２２に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２６】
糖がショ糖及びＦＯＳからなる群より選択される、請求項２５に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２７】
請求項２２に記載の単離された核酸を含む単離されたヌクレオチド配列であって、前記配列が、作用可能に結合している対象の異種ヌクレオチド配列の転写を調節するヌクレオチド配列。
【請求項２８】
請求項２７に記載の単離されたヌクレオチド配列を含む形質転換ベクター。
【国際調査報告】
2007527702.tif 000351
2007527702.tif 000352
2007527702.tif 000353
2007527702.tif 000354
2007527702.tif 000355