(57)【要約】【課題】炎症状態及び／又はグラム陽性菌感染症を有するか若しくはその発症の危険がある対象についての予後を得るための方法及びキットを提供すること。【解決手段】１以上のＳＮＰｓについての対象のトール様受容体２（ＴＬＲ−２）の遺伝子型の判定、該判定された遺伝子型と炎症状態から回復する対象の能力に対応する多型についての既知の遺伝子型との比較、及び、それらの予後に基づく対象の同定、を含む方法及びキット。【選択図】図３
2007527718.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
炎症状態を有するかその発症の危険がある対象に関する予後を得るための方法であって、該対象のトール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列の多型部位における該対象の遺伝子型（但し、該遺伝子型は該対象が該炎症状態から回復する能力の指標をなす）を判定することを含む方法。
【請求項２】
前記多型部位が、配列番号１の位置２０１にあるか又はそれと連鎖不平衡にある多型部位にあることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記判定された遺伝子型と、（ｉ）前記対象の炎症状態の型；又は（ｉｉ）他の炎症状態、からの回復の予測指標として知られている既知遺伝子型とを比較することを、更に含む請求項１〜２の何れか一項に記載の方法。
【請求項４】
前記対象についての前記ＴＬＲ−２配列情報の決定を更に含むことを特徴とする請求項１〜３の何れか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子型判定が、前記対象からの核酸試料について行われることを特徴とする請求項１〜４の何れか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記患者からの核酸試料の獲得を更に含むことを特徴とする請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子型判定が、（ａ） 制限酵素断片長鎖多型分析； （ｂ） シークエンシング； （ｃ） ハイブリダイゼーション； （ｄ） オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ； （ｅ） ライゲーションローリングサークル増幅；（ｆ） ５’ヌクレアーゼアッセイ； （ｇ） ポリメラーゼプルーフリーディング法； （ｈ） アレル特異的ＰＣＲ；及び、（ｉ） 配列データの読み取り のうちの１以上を含むことを特徴とする請求項１〜６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記対象のリスク遺伝子型が、炎症状態から回復する可能性の減少又は芳しくない結果となるリスクの増加の指標であることを特徴とする請求項１〜７の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記対象が重症であり、且つ、前記リスク遺伝子型が重篤な心血管又は呼吸性の機能障害の予後の指標であることを特徴とする請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記リスク遺伝子型が、配列番号１の位置２０１に少なくとも一つのＴヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者のプロテクティブ遺伝子型が、炎症状態から回復する可能性の増加の指標であることを特徴とする請求項１〜７の何れか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象が重症であり、且つ、前記プロテクティブ遺伝子型が心血管又は呼吸性の機能障害の重篤性が弱まる予後の指標であることを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記プロテクティブ遺伝子型が、配列番号１の位置２０１においてＡヌクレオチドのホモ接合性であることを特徴とする請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記炎症状態が、腐敗症、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける患者、免疫無防備状態の患者、免疫抑制剤を投与された患者、ＨＩＶ／エイズの患者、疑わしい心内膜炎の患者、発熱した患者、未知の原因で発熱した患者、嚢胞性線維症の患者、糖尿病の患者、慢性腎不全の患者、気管支拡張の患者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の患者、熱性好中球減少の患者、髄膜炎の患者、敗血性関節炎の患者、尿路感染の患者、壊死性筋膜炎の患者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の患者、脾臓摘出を受けた患者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の患者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、ＥＢウイルス、脳炎、 関節リウマチ、汎発性強皮症、骨関節炎、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、硬変 から成る群より選択されることを特徴とする請求項１〜１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記炎症状態が、ＳＩＲＳであることを特徴とする請求項１〜１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
対象の炎症状態からの回復の予後と相関するＴＬＲ−２配列における多型を同定する方法であって、
（ａ） 炎症状態の対象（複数）グループからのＴＬＲ−２配列情報の獲得；
（ｂ） 前記対象（複数）中の前記ＴＬＲ−２配列中の少なくとも一つの多型性のヌクレオチド位置の同定；
（ｃ） 前記グループ中の個々の対象についての、前記多型部位における遺伝子型の判定；
（ｄ） 前記炎症状態からの、前記グループ中の個々の対象の回復能力の判定；及び、
（ｅ） ステップ（ｃ）で判定された遺伝子型と、ステップ（ｄ）で判定された前記回復能力との関連付け、
を含み、それにより、回復と関連する該ＴＬＲ−２多型を同定することを特徴とする方法。
【請求項１７】
前記炎症状態が、腐敗症、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける患者、免疫無防備状態の患者、免疫抑制剤を投与された患者、ＨＩＶ／エイズの患者、疑わしい心内膜炎の患者、発熱した患者、未知の原因で発熱した患者、嚢胞性線維症の患者、糖尿病の患者、慢性腎不全の患者、気管支拡張の患者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の患者、熱性好中球減少の患者、髄膜炎の患者、敗血性関節炎の患者、尿路感染の患者、壊死性筋膜炎の患者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の患者、脾臓摘出を受けた患者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の患者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、ＥＢウイルス、脳炎、 関節リウマチ、汎発性強皮症、骨関節炎、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、硬変 から成る群より選択されることを特徴とする請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
炎症状態から回復する対象の能力の予測を可能にするための、該対象のＴＬＲ‐２配列内における多型部位内の規定されたヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するためのキットであって、
（ａ） 該多型部位における変化したヌクレオチドを識別し得る制限酵素；又は、
（ｂ） 該多型部位における変化したヌクレオチドと十分な相補性（該変化したヌクレオチド配列と特異的にハイブリット形成が可能なような）を有し、それにより該多型部位の遺伝子型を判定し得る標識化オリゴヌクレオチド；及び、
（ｃ） 任意的には、該遺伝子型判定のためのキットの使用説明書、
を含むキット。
【請求項１９】
多型部位が配列番号１の位置２０１に該当することを特徴とする請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
前記多型部位を包含する領域の増幅に好適な１つのオリゴヌクレオチド若しくは複数オリゴヌクレオチドのセットを、更に含むことを特徴とする請求項１８又は１９に記載のキット。
【請求項２１】
重合剤を更に含むことを特徴とする請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
炎症状態の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために対象グループを選択するための方法であって、各対象についての該ＴＬＲ‐２配列中の１以上の多型部位の遺伝子型判定（但し、該遺伝子型は、該炎症状態から対象が回復する能力の指標である）及びその遺伝子型に基づいた対象の分類を含む方法。
【請求項２３】
前記対象（複数）又は対象（複数）の下位集合（subset）への前記候補薬剤の投与、及び、各対象が前記炎症状態から回復する能力の判定を、更に含むことを特徴とする請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記対象の遺伝子型に基づいて、前記候補薬剤に対する該対象の反応を比較することを、更に含むことを特徴とする請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
グラム陽性菌感染の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために対象グループを選択するための方法であって、各対象についての該ＴＬＲ‐２配列中の１以上の多型部位の遺伝子型判定（但し、該遺伝子型は、対象のグラム陽性菌感染発症の可能性の指標である）及びその遺伝子型に基づいた対象の分類を含む方法。
【請求項２６】
前記対象（複数）又は対象（複数）の下位集合への前記候補薬剤の投与、及び、各対象が前記グラム陽性菌感染から回復する能力の判定を、更に含むことを特徴とする請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記対象の遺伝子型に基づいて、前記候補薬剤に対する該対象の反応を比較することを、更に含むことを特徴とする請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
治療を必要としている対象におけるグラム陽性菌感染を治療するための方法であって、抗生物質の該対象への投与を含む方法（但し、該対象はＴＬＲ−２のリスク遺伝子型を有する）。
【請求項２９】
治療を必要としている対象におけるグラム陽性菌感染を治療するための方法であって、
（ａ） そのＴＬＲ−２配列中にリスク遺伝子型を有する対象の選択、及び、
（ｂ） 該対象への抗生物質の投与
を含む方法。
【請求項３０】
抗生物質でのグラム陽性菌感染の治療のために対象を選択する方法であって、ＴＬＲ‐２リスク遺伝子型を有する対象の同定を含む方法（但し、ＴＬＲ−２リスク遺伝子型を有する対象の同定は、グラム陽性菌感染の可能性増大を予測する）。
【請求項３１】
前記抗生物質がグラム陽性菌特異的抗生物質であることを特徴とする請求項２８〜３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記グラム陽性菌特異的抗生物質が、リネゾリド； クロキシシリン（cloxicillin）； メテシリン（methecillin）; ナフシリン； オキサシリン； バンコマイシン； タゾバカム（tazobacam）； イミペネム； カルベネム（carbenem）； メロペネム； クリンダマイシン； リファンピン; セファロスポリン； マクロライド； キノロン； トリメトプリム−スルファメタキサゾール（sulfamethaxazol）； リファンピン； アモキシシリン； ペニシリン； ゲンタマイシン； セフトリアキソン； アンピシリン； セフォタキシム； ドキシサイクリン； シプロフロキサシン； エリスロマイシン、及び、メトロニダゾールから選択されることを特徴とする請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
治療される前記対象がＴＬＲ−２のリスク遺伝子型を有することを特徴とするグラム陽性菌感染治療に対する医薬品の製造のための抗生物質の使用。
【請求項３４】
対象の下位集合におけるグラム陽性菌感染治療に対する医薬品の製造のための抗生物質の使用（但し、該対象の下位集団（集合）は、ＴＬＲ−２のリスク遺伝子型を有する）。
【請求項３５】
前記ＴＬＲ−２リスク遺伝子型が配列番号１の位置２０１に存在することを特徴とする請求項２８〜３４の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項３６】
前記ＴＬＲ−２リスク遺伝子型が配列番号１の位置２０１において少なくとも一つのＡヌクレオチドを有することを特徴とする請求項３５に記載の方法又は使用。
【請求項３７】
前記ＴＬＲ−２プロテクティブ遺伝子型が配列番号１の位置２０１においてＴヌクレオチドのホモ接合性であることを特徴とする請求項３５に記載の方法又は使用。
【請求項３８】
前記抗生物質がグラム陽性菌特異的抗生物質であることを特徴とする請求項３３又は３４に記載の使用。
【請求項３９】
前記グラム陽性菌特異的抗生物質が、リネゾリド； クロキシシリン（cloxicillin）； メテシリン（methecillin）; ナフシリン； オキサシリン； バンコマイシン； タゾバカム（tazobacam）； イミペネム； カルベネム（carbenem）； メロペネム； クリンダマイシン； リファンピン; セファロスポリン； マクロライド； キヌプリスチン−ダルホプリシン（dalfoprisin）； トリメトプリム−スルファメタキサゾール（sulfamethaxazol）； リファンピン； アモキシシリン； ペニシリン； ゲンタマイシン； セフトリアキソン； アンピシリン； セフォタキシム； ドキシサイクリン； シプロフロキサシン； エリスロマイシン、及び、メトロニダゾールから選択されることを特徴とする請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
対象におけるグラム陽性菌感染の発症リスクを判定する方法であって、該対象のトール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列内の多型部位における該対象の遺伝子型の判定を含む方法（但し、該遺伝子型は、該対象のグラム陽性菌感染リスクの指標である）。
【請求項４１】
前記多型部位が、配列番号１の位置２０１にあることを特徴とする請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記対象についての前記ＴＬＲ−２配列情報の同定を更に含むことを特徴とする請求項４０〜４１の何れか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記遺伝子型判定が、前記対象からの核酸試料についてなされることを特徴とする請求項４０〜４２の何れか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記患者から核酸試料を得ることを更に含む請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記遺伝子型判定が、（ａ） 制限酵素断片長鎖多型分析； （ｂ） シークエンシング； （ｃ） ハイブリダイゼーション； （ｄ） オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ； （ｅ） ライゲーションローリングサークル増幅；（ｆ） ５’ヌクレアーゼアッセイ； （ｇ） ポリメラーゼプルーフリーディング法； （ｈ） アレル特異的ＰＣＲ；及び、（ｉ） 配列データの読み取り のうちの１以上を含むことを特徴とする請求項４０〜４４の何れか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象の前記遺伝子型が、対象のグラム陽性菌感染発症リスクの指標であることを特徴とする請求項４０〜４５の何れか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記リスク遺伝子型が、配列番号１の位置２０１において少なくとも一つのＡヌクレオチドを有することを特徴とする請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記プロテクティブ遺伝子型が、配列番号１の位置２０１においてＴヌクレオチドのホモ接合性であることを特徴とする請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
配列番号１の配列から成るヒト標的配列、該標的配列の相補鎖、又は、該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列と特異的にハイブリダイズする凡そ１０から凡そ４００ヌクレオチドのオリゴヌクレオチド（但し、該オリゴヌクレオチドは、多型の遺伝子型判定において使用可能である）。
【請求項５０】
配列番号１の配列から成るヒト標的配列、該標的配列の相補鎖、又は、該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列と特異的にハイブリダイズする凡そ１０から凡そ４００ヌクレオチドのオリゴヌクレオチド（但し、該ハイブリダイゼーションは、多型の遺伝子型判定において実施可能である）。
【請求項５１】
（ａ）及び（ｂ）から成る群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ：
（ａ） 高ストリンジェントな条件（high stringency conditions）下で、位置２０１にＴを有する配列番号１を包含する核酸分子とはハイブリダイズせず、位置２０１にＡを有する配列番号１を包含する核酸分子とハイブリダイズするプローブ；及び、
（ｂ） 高ストリンジェントな条件（high stringency conditions）下で、位置２０１にＡを有する配列番号１を包含する核酸分子とはハイブリダイズせず、位置２０１にＴを有する配列番号１を包含する核酸分子とハイブリダイズするプローブ。
【請求項５２】
固体支持体に付着させられた核酸分子のアレイであって、位置２０１の前記ヌクレオチドがＡである配列番号１から成る核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（但し、該オリゴヌクレオチドが、位置２０１の前記ヌクレオチドがＴである配列番号１から成る核酸分子と実質的にハイブリダイズしない条件下において）を含むアレイ。
【請求項５３】
固体支持体に付着させられた核酸分子のアレイであって、位置２０１の前記ヌクレオチドがＴである配列番号１から成る核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（但し、該オリゴヌクレオチドが、位置２０１の前記ヌクレオチドがＡである配列番号１から成る核酸分子と実質的にハイブリダイズしない条件下において）を含むアレイ。
【請求項５４】
検出可能な標識、消光剤、移動度修飾因子、前記標的配列の５’又は３’側に位置する近接する非標的配列 のうち１以上のものを更に含むことを特徴とする請求項４９〜５３の何れか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
表１Ｂ中の前記ＴＬＲ−２遺伝子型関連より選択される複数の数値的に符号化された遺伝子型関連を含む、コンピューターで読み取り可能な媒体（但し、該複数の各関連は、炎症状態から回復する能力又はグラム陽性菌感染の発症リスクを表す値である）。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の分野は、炎症状態若しくはグラム陽性菌感染症にあるか又はそれらが発症するリスクがある対象の評価に関する。
【背景技術】
【０００２】
遺伝子型は、炎症性及び感染性疾患における対象結果の予測に役割を果たすことが示されている（MCGUIRE W. et al. Nature (1994) 371: 508-10； NADEL S. et al. Journal of Infectious Diseases (1996) 174: 878-80； MIRA JP. et al. JAMA (1999) 282: 561-8； MAJETSCHAK M. et al. Ann Surg (1999) 230: 207-14； STUBER F. et al. Crit Care Med (1996) 24: 381-4； STUBER F. et al. Journal of Inflammation (1996) 46: 42-50； 及び、WEITKAMP JH. et al. Infection (2000) 28: 92-6）。更に、細菌内毒素及び人工心肺（ＣＰＢ）のような、感染性及び非感染性刺激は、夫々、血液凝固システムを活性化し、そして、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を誘発する。
【０００３】
全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）は、（抗炎症過程に関して）亢進した炎症、（抗凝固過程に関して）亢進した凝固、及び、低下した線維素溶解によって特徴付けられる（Beutler B. (2001) Biochem Soc Trans 29: 853-9； Bochud PY. et al. (2003) J Immunol 170: 3451-4； Kang TJ. et al. (2002) Cytokine 20: 56-62； Knaus WA. et al. (1991) Chest 100: 1619-36； Lorenz E.et al. (2000) Infect Immun 68: 6398-401；及び、Sorensen TI. et al. (1988) N Engl J Med 318: 727-32）。トール様受容体２（ＴＬＲ‐２）は、ペプチドグリカンに対する生得的免疫におけるパターン認識受容体であり、そして、グラム陽性菌に対する宿主免疫反応の開始において重要な役割を有している（Beutler B. (2001) Biochem Soc Trans 29: 853-9）。グラム陽性菌細胞壁からのペプチドグリカンとＴＬＲ‐２の結合は、細胞内シグナル反応を開始させ、その結果、核因子κＢ（ＮＦκＢ）の活性化及び炎症促進性サイトカインの誘導をもたらす。ＴＬＲ‐２転写物におけるコドン６７７のトリプトファンがアルギニンに置換されている多型は、らい腫性ハンセン病に対する感受性、並びに、ライ菌への反応におけるＮＦκＢ活性化の減少及び血清中ＩＬ−１２濃度の減少と関連している（Bochud PY. etal. (2003) J Immunol 170 :3451-4 ; Kang TJ. et al. (2002) Cytokine 20: 56-62）。コドン７５３のアルギニンがグリシンに置換されている第二の多型は、ライム病菌及び梅毒トレポネーマからの細菌ペプチドに対するＴＬＲ‐２の反応性の減少、及び、感染性ショックの集団におけるブドウ球菌感染症への感受性と関連している（Lorenz E. etal. (2000) Infect Immun 68: 6398-401）。
【０００４】
細菌内毒素及び人工心肺（ＣＰＢ）のような感染性及び非感染性刺激は、血液凝固システムを活性化し、そして、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を誘発することが知られている。
【０００５】
ヒトＴＬＲ‐２配列は、第４番染色体に位置し、２．６ｋｂに及ぶ。代表的なヒトＴＬＲ‐２ ｍＲＮＡ配列は、受入番号ＮＭ＿００３２６４（２６２１ｂｐ）としてＧｅｎＢａｎｋに収載されている。更に、ＴＬＲ‐２転写開始点の上流に、ＴＬＲ‐２配列（配列番号１）が見出されており、ｄｂＳＮＰ受入番号ｒｓ４６９６４８０としてＧｅｎＢａｎｋに収載されている。ＳＮＰは、配列番号１によって表されるＴＬＲ‐２配列内の位置２０１に位置している（ＴＬＲ‐２転写開始点との関係では、‐１６９３４に相当する）。この同じ多型部位は、以前に、‐１６９３３として同定されたが（Sutherland AM. et al. Crit Care Med. (2005) 33 (3): 特定の頁は不明）、後に、番号が振り直された。ＳＮＰ‐１６９３４に対する別の参照番号はＩＩＰＧＡ‐ＴＬＲ２＿５４０である（www. innateimmunity. net/ IIPGA/ IIPGASNPs ； SNP information was retrieved from the Innate Immunity PGA, NHLBI Program in Genomic Applications. Riva A. and Kohane IS. A Web-Based Tool to Retrieve Human Genome Polymorphisms from Public Databases AMIA 2001 Annual conference, Washington DC, November 2001）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明は、ヒト トール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列中の特定の一塩基多型（ＳＮＰｓ）が、炎症状態からの対象結果の予測因子で有り得るという、驚くべき発見に部分的には基づいている。
【０００７】
本発明は、ＴＬＲ−２ ＳＮＰが、炎症状態の対象における改善された予後又は対象結果と関連するという、驚くべき発見に部分的には基づいている。更に、ＴＬＲ−２ ＳＮＰは、対象結果の指標として、対象スクリーニングのために、又は、炎症状態からの回復の予測のために有用である。
【０００８】
本発明は、炎症状態からの回復可能性減少と関連する所与のＳＮＰ部位における特定のヌクレオチド（すなわち、「リスク遺伝子型」）、又は、炎症状態からの回復可能性増加と関連する所与のＳＮＰ部位における特定のヌクレオチド（すなわち、「プロテクティブ遺伝子型」）の同定に、部分的には基づいている。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明の一態様によれば、炎症状態を有するかその発症の危険がある対象に関する予後又は回復能力の予測を得るための方法であって、該対象のＴＬＲ−２配列の１以上の多型部位を含む該対象における遺伝子型（但し、該遺伝子型は該対象が炎症状態から回復する能力の指標をなす）を判定することを含む方法が実現される。
【００１０】
本発明のもう一つの態様によれば、炎症状態を有するかその発症の危険がある対象に関する予後又は回復能力の予測を得るための方法であって、該対象のＴＬＲ−２配列の１以上の多型部位を含む該対象における遺伝子型（但し、該遺伝子型は該対象が炎症状態から回復する能力の指標をなす）の判定ステップを含む方法が実現される。前記方法は、前記遺伝子型を判定する前に、対象の遺伝子配列情報を獲得するステップを更に含んでもよく、そして、前記方法は、遺伝子配列情報を含む前記対象から生物学的試料を獲得するステップを更に含んでもよい。更に、前記方法は、炎症状態を有するかその発症の危険がある患者の同定を含んでもよい。
【００１１】
本発明のもう一つの態様によれば、炎症状態を有するかその発症の危険がある対象に関する予後又は回復能力の予測を得るための方法が実現され、該方法は、以下のステップのうち任意の１以上を含む：
（ａ） 炎症状態を有するかその発症の危険がある患者の同定；
（ｂ） 前記対象からの生物学的試料の獲得；
（ｃ） 前記対象の遺伝子配列情報の獲得；
（ｄ） 前記対象のＴＬＲ−２配列の１以上の多型部位を含む前記対象の遺伝子型の判定（但し、該遺伝子型は該対象が炎症状態から回復する能力の指標をなす）。
【００１２】
前記多型部位は、ＳＮＰ −１６９３４（配列番号１の位置２０１）又はそれと連鎖不平衡にある多型部位で有り得る。前記ＳＮＰ −１６９３４と連鎖不平衡にある多型部位は、Ｄ’値≧０．５（又はｒ２≧０．５）で有り得る。前記方法は、前記判定された遺伝子型と既知の遺伝子型との比較を更に含む（但し、該既知遺伝子型は、（ｉ） 前記対象型の炎症状態；又は、（ｉｉ） 別の炎症状態、からの回復についての予測指標として既知である）。前記方法は、前記対象についての前記ＴＬＲ−２配列情報の判定を更に含み、そして、前記方法は、前記対象から得られた核酸試料からの前記遺伝子型の判定を更に含んでもよい。遺伝子型の判定は、制限酵素断片長鎖多型分析；シークエンシング；ハイブリダイゼーション；オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ；ライゲーションローリングサークル増幅；５’ヌクレアーゼアッセイ；ポリメラーゼプルーフリーディング法；アレル特異的ＰＣＲ；及び、配列データの読み取り、の１以上を含み得る。
【００１３】
前記対象のリスク遺伝子型は、炎症状態から回復する可能性の減少又は芳しくない結果となるリスクの増加の指標と成り得る。前記対象が重症である場合、前記リスク遺伝子型は、重篤な心血管又は呼吸性の機能障害の予後の指標と成り得る。前記リスク遺伝子型は、配列番号１の位置２０１において少なくとも一つのＴヌクレオチドを含み得る。
【００１４】
前記対象のプロテクティブ遺伝子型は、炎症状態から回復する可能性の増加の指標と成り得る。前記対象が重症である場合、前記プロテクティブ遺伝子型は、心血管又は呼吸性の機能障害の重篤性が弱まる予後の指標と成り得る。前記プロテクティブ遺伝子型は、配列番号１の位置２０１においてホモ接合性のＡヌクレオチドを含み得る。
【００１５】
本発明のもう一つの態様によれば、対象の炎症状態からの回復の予後と相関するＴＬＲ−２配列における多型を同定する方法が実現され、該方法は、
（ａ） 炎症状態の対象（複数）グループからのＴＬＲ−２配列情報の獲得；
（ｂ） 前記対象の前記ＴＬＲ−２配列中の少なくとも一つの多型性のヌクレオチド位置の同定；
（ｃ） 前記グループ中の個々の対象についての、前記多型部位における遺伝子型の判定；
（ｄ） 前記炎症状態からの、前記グループ中の個々の対象の回復能力の判定；及び、
（ｅ） ステップ（ｃ）で判定された遺伝子型と、ステップ（ｄ）で判定された前記回復能力との関連付け、
とを含み、それにより、回復と関連する該ＴＬＲ−２多型を同定する。
【００１６】
前記炎症状態は、腐敗症、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける患者、免疫無防備状態の患者、免疫抑制剤を投与された患者、ＨＩＶ／エイズの患者、疑わしい心内膜炎の患者、発熱した患者、未知の原因で発熱した患者、嚢胞性線維症の患者、糖尿病の患者、慢性腎不全の患者、気管支拡張の患者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の患者、熱性好中球減少の患者、髄膜炎の患者、敗血性関節炎の患者、尿路感染の患者、壊死性筋膜炎の患者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の患者、脾臓摘出を受けた患者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の患者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、ＥＢウイルス、脳炎、 関節リウマチ、汎発性強皮症、骨関節炎、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、硬変 から成る群より選択され得る。
【００１７】
前記遺伝子型の判定は、当業者既知の任意の技術により達成され得る：制限酵素断片長鎖多型分析；シークエンシング；ハイブリダイゼーション；オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ；ライゲーションローリングサークル増幅；５’ヌクレアーゼアッセイ；ポリメラーゼプルーフリーディング法；アレル特異的ＰＣＲ； マトリックス支援レーザー脱離イオン化法−飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析計−マイクロシークエンス解析；ジーンチップハイブリダイゼーションアッセイ； 及び、配列データの読み取り、のうちの１以上を含み得るがこれらに限定されるものではない。
【００１８】
本発明のもう一つの態様によれば、炎症状態から回復する対象の能力の予測を可能にするための、該対象のＴＬＲ‐２配列内における多型部位内の規定されたヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するためのキットが提供され、該キットは、ＴＬＲ‐２多型部位における変化したヌクレオチドを識別し得る制限酵素、又は、該ＴＬＲ‐２多型部位と十分な相補性を有し且つ該変化したヌクレオチドを識別し得る標識化オリゴヌクレオチド、を含む。前記キットは、以下のうちの１以上を含んでもよい：パッケージ；遺伝子型判定のためのキットの使用説明書；バッファー、ヌクレオチド及び酵素のような試薬類。本書で使用されるキットには、以下のうちの任意の組み合わせを含んでよい：ＴＬＲ‐２多型部位における変化したヌクレオチドを識別し得る制限酵素；及び／又は、該ＴＬＲ‐２多型部位と十分な相補性を有し且つ該変化したヌクレオチドを識別し得る標識化オリゴヌクレオチド、及び／又は、該ＴＬＲ‐２多型部位を含む領域を増幅するのに適したオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチドのセット。前記キットはまた、以下のうちの１以上を含んでもよい：パッケージ；遺伝子型判定のためのキットの使用説明書；バッファー、ヌクレオチド及び酵素のような試薬類；及び／又は、容器。
【００１９】
前記制限酵素を有するキットは、多型部位を包含する領域の増幅に好適な１つのオリゴヌクレオチド若しくは複数オリゴヌクレオチドのセット、重合剤、及び、遺伝子型を決定するためのキットの使用説明書も含み得る。
【００２０】
本発明のもう一つの態様によれば、炎症状態からの対象の回復能力の予測を可能にするための、該対象のＴＬＲ‐２配列内における多型部位内の規定されたヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するためのキットが提供され、該キットは、該多型部位における変化したヌクレオチドを識別し得る制限酵素、又は、該多型部位と十分な相補性を有し且つ該変化したヌクレオチドを識別し得る標識化オリゴヌクレオチドをパッケージ内に含む。前記多型部位は配列番号１の位置２０１又は配列番号２の位置５４０に相当し得る。
【００２１】
本発明のもう一つの態様によれば、本書に記載された前記方法に従ったＴＬＲ‐２多型の同定に使用され得るオリゴヌクレオチドが提供され、該オリゴヌクレオチドは、配列番号１によって規定される配列の一つの領域又はその相補鎖と、通常のハイブリダイゼーション条件下で、ハイブリダイズする特徴を有するオリゴヌクレオチドである。
【００２２】
本発明のもう一つの態様によれば、配列番号１の一部又はその相補鎖を含むオリゴヌクレオチドプライマーが提供され、ここで、該プライマーは１０〜５４ヌクレオチド長であり且つ該プライマーは配列番号１の領域又はその相補鎖に特異的にハイブリダイズし本書に記載されたＴＬＲ‐２多型を特異的に同定し得る。或いは、前記プライマーは、１６〜２４ヌクレオチド長であってもよい。
【００２３】
本発明のもう一つの態様によれば、（ａ）対象からＴＬＲ−２配列情報を得るステップ、及び、（ｂ）該配列中の１以上の多型であって対象が炎症状態から回復する能力を示し得る１以上の多型の個性を決定するステップ、を含む対象スクリーニングのための方法が実現される。
【００２４】
本発明のもう一つの態様によれば、（ａ）炎症状態を発症する危険又は炎症状態を現に有していることに基づき対象を選択するステップ、（ｂ）該対象からＴＬＲ−２配列情報を得るステップ、及び、（ｃ）該配列中の１以上の多型であって対象が炎症状態から回復する能力を示す多型を検出するステップ、を含む対象スクリーニングのための方法が実現される。
【００２５】
本発明のもう一つの態様によれば、炎症状態の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために対象グループを選択するための方法が実現され、該方法は、各対象についてのＴＬＲ−２配列中の１以上の多型部位の遺伝子型判定（但し、該遺伝子型は、対象が炎症状態から回復する能力の指標である）及びその遺伝子型に基づいた対象の分類を含む。前記方法はまた、前記対象（複数）又は対象（複数）の下位集合（subset）への前記候補薬剤の投与、及び、各対象が炎症状態から回復する能力の判定を含んでもよい。前記方法はまた、対象の遺伝子型に基づいて、前記候補薬剤に対する該対象の反応を比較する更なるステップを含んでもよい。前記候補薬剤に対する反応は、前記炎症状態から各対象が回復する能力を判定することにより決定してもよい。
【００２６】
リスク遺伝子型は、配列番号１の位置２０１において少なくとも一つのＴヌクレオチドを有していてよく、そしてまた、配列番号１の位置２０１においてＴのホモ接合性であってもよい。
【００２７】
リスク遺伝子型は、炎症状態から回復しない危険性（リスク）が増大する指標であり得る。
【００２８】
非リスク遺伝子型又はプロテクティブ遺伝子型は、配列番号１の位置２０１においてＡのホモ接合性であってよい。
【００２９】
本発明のもう一つの態様によれば、グラム陽性菌感染の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために対象グループを選択するための方法が実現され、該方法は、各対象についてのＴＬＲ‐２配列中の１以上の多型部位の遺伝子型判定（但し、該遺伝子型は、対象のグラム陽性菌感染発症の可能性の指標である）及びその遺伝子型に基づいた対象の分類を含む。
【００３０】
前記方法はまた、前記対象（複数）又は対象（複数）の下位集合への前記候補薬剤の投与、及び、各対象がグラム陽性菌感染から回復する能力の判定を含んでもよい。前記方法は、前記対象の遺伝子型に基づいた、前記候補薬剤に対する対象の反応についての比較を更に含んでもよい。
【００３１】
本発明のもう一つの態様によれば、治療を必要としている対象におけるグラム陽性菌感染を治療するための方法が実現され、該方法は、抗生物質の該対象への投与を含む（但し、該対象はＴＬＲ−２のリスク遺伝子型を有する）。
【００３２】
本発明のもう一つの態様によれば、治療を必要とする対象におけるグラム陽性菌感染を治療するための方法が実現され、該方法は、そのＴＬＲ−２配列中にリスク遺伝子型を有する対象の選択、そして該対象への抗生物質の投与を含む。
【００３３】
本発明のもう一つの態様によれば、抗生物質でグラム陽性菌感染を治療するための方法が実現され、該方法は、ＴＬＲ−２リスク遺伝子型を有する対象の同定を含む（但し、ＴＬＲ−２のリスク遺伝子型の対象の同定は、グラム陽性菌感染の増大可能性を予測する）。
【００３４】
前記抗生物質は、グラム陽性菌特異的抗生物質であってもよく、そして更に、リネゾリド（ザイボックス（登録商標））； クロキシシリン（cloxicillin）； メテシリン（methecillin）; ナフシリン； オキサシリン； バンコマイシン； タゾバカム（tazobacam）； イミペネム； カルベネム（carbenem）； メロペネム； クリンダマイシン； リファンピン; セファロスポリン； マクロライド； キヌプリスチン−ダルホプリシン（dalfoprisin）； トリメトプリム−スルファメタキサゾール（sulfamethaxazol）； リファンピン； アモキシシリン； ペニシリン； ゲンタマイシン； セフトリアキソン； アンピシリン； セフォタキシム； ドキシサイクリン； シプロフロキサシン； エリスロマイシン、及び、メトロニダゾール、から選択されてもよい。
【００３５】
本発明のもう一つの態様によれば、グラム陽性菌感染治療に対する医薬品の製造のための抗生物質の使用が可能になる（但し、治療される前記対象は、ＴＬＲ−２のリスク遺伝子型を有する）。
【００３６】
本発明のもう一つの態様によれば、対象の下位集合におけるグラム陽性菌感染治療に対する医薬品の製造のための抗生物質の使用が可能になる（但し、該対象の下位グループは、ＴＬＲ−２のリスク遺伝子型を有する）。
【００３７】
本発明のもう一つの態様によれば、対象におけるグラム陽性菌感染の発症リスクを判定する方法が実現され、該方法は、対象のトール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列内の多型部位における該対象の遺伝子型の判定を含む（但し、該遺伝子型は、該対象のグラム陽性菌感染リスクの指標である）。
【００３８】
前記方法は、前記対象についての前記ＴＬＲ−２配列情報の判定を更に含んでもよく、そして、そのような遺伝子型判定は、前記対象からの核酸試料についてなされてよい。前記方法は、前記患者からの核酸試料の獲得を更に含んでもよい。前記対象の前記遺伝子型は、対象のグラム陽性菌感染発症リスクの指標であり、そして、該ＴＬＲ−２リスク遺伝子型は配列番号１の位置２０１に存在するものでよく、そして、該ＴＬＲ−２リスク遺伝子型は配列番号１の位置２０１において少なくとも一つのＡヌクレオチドを有してよい。逆に、前記ＴＬＲ−２プロテクティブ遺伝子型は、配列番号１の位置２０１においてＴヌクレオチドのホモ接合性であってよい。
【００３９】
本発明のもう一つの態様によれば、配列番号１及び配列番号２の配列を含むヒト標的配列、該標的配列の相補鎖、又は、該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列と特異的にハイブリダイズする凡そ１０から凡そ４００ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドが提供される（但し、該オリゴヌクレオチドは、該ＴＬＲ−２配列における多型の遺伝子型判定において、使用可能である）。前記遺伝子型は、リスク又はプロテクティブ遺伝子型であってよい。
【００４０】
本発明のもう一つの態様によれば、配列番号１及び配列番号２の配列を含むヒト標的配列、該標的配列の相補鎖、又は、該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列と特異的にハイブリダイズする凡そ１０から凡そ４００ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドが提供される（但し、該ハイブリダイゼーションは、該ＴＬＲ−２配列における多型の遺伝子型判定において、実施可能である）。前記遺伝子型は、リスク又はプロテクティブ遺伝子型であってよい。
【００４１】
本発明のもう一つの態様によれば、以下の（ａ）及び（ｂ）を含む群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブが提供される：
（ａ） 高ストリンジェントな条件（high stringency conditions）下で、位置２０１にＴを有する配列番号１を含む核酸分子とはハイブリダイズせず、位置２０１にＡを有する配列番号１を含む核酸分子とハイブリダイズするプローブ；及び、
（ｂ） 高ストリンジェントな条件（high stringency conditions）下で、位置２０１にＡを有する配列番号１を含む核酸分子とはハイブリダイズせず、位置２０１にＴを有する配列番号１を含む核酸分子とハイブリダイズするプローブ。
【００４２】
本発明のもう一つの態様によれば、固体支持体に付着させられた核酸分子のアレイが提供され、該アレイは、位置２０１の前記ヌクレオチドがＡである配列番号１から成る核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（但し、該オリゴヌクレオチドが、位置２０１の前記ヌクレオチドがＴである配列番号１から成る核酸分子と実質的にハイブリダイズしない条件下において）を含む。
【００４３】
本発明のもう一つの態様によれば、固体支持体に付着させられた核酸分子のアレイが提供され、該アレイは、位置２０１の前記ヌクレオチドがＴである配列番号１から成る核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（但し、該オリゴヌクレオチドが、位置２０１の前記ヌクレオチドがＡである配列番号１から成る核酸分子と実質的にハイブリダイズしない条件下において）を含む。
【００４４】
前記オリゴヌクレオチドは、以下の１以上のものを更に含んでもよい：検出可能な標識；消光剤（クエンチャー）；移動度修飾因子；前記標的配列の５’又は３’側に位置する近接する非標的配列。
【００４５】
本発明のもう一つの態様によれば、表１Ｂにおける、前記ＴＬＲ−２遺伝子型関連より選択される複数の数値的に符号化された遺伝子型関連を含む、コンピューターで読み取り可能な媒体が提供される（但し、該複数の各関連は、炎症状態から回復する能力又はグラム陽性菌感染感受性を表す値である）。
【００４６】
上記同定された配列位置は、示されているように、前記ＴＬＲ−２配列のセンス鎖を基準としている。対象結果を判定するためにアンチセンス鎖について解析を行い得ることは、当業者には明白であろう。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４７】
１． 定義
本明細書中において、広範に使用される多くの用語があるが、以下の定義は本発明の理解を促進する目的で提供されるものである。
【００４８】
「遺伝物質（Genetic material）」は、任意の核酸を含み、一本鎖又は２本鎖型のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドで有り得る。
【００４９】
「プリン」は、融合ピリミジン及びイミダゾール環を含む複素環の有機化合物であり、プリン塩基のアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）の親化合物として機能する。「ヌクレオチド」は、一般に、ペントース、通常、リボース又はデオキシリボースと共有結合したプリン（Ｒ）又はピリミジン（Ｙ）塩基である。なお、この糖は、１以上のリン酸基を保持する。核酸は、一般に、３’‐５’リン酸ジエステル結合により結合したヌクレオチドのポリマーである。本書で使用する場合、「プリン」は、プリン塩基、即ちＡ及びＧを指称するために使用するが、広義では、ポリヌクレオチド鎖の成分としての、ヌクレオチドモノマー、即ち、デオキシアデノシン−５’−リン酸及びデオキシグアノシン−５’−リン酸をも意味するものとする。
【００５０】
「ピリミジン」は、ヌクレオチド塩基、即ちシトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）及びウラシル（Ｕ）を構成する単環式有機塩基である。本書で使用する場合、「ピリミジン」は、ピリミジン塩基、即ちＣ、Ｔ及びＵを指称するために使用されるが、広義では、プリンヌクレオチドと共にポリヌクレオチド鎖の成分をなすピリミジンヌクレオチドモノマーをも意味するものとする。
【００５１】
記号Ｍによって表されるヌクレオチドは、Ａ又はＣの何れかであってよく、記号Ｗによって表されるヌクレオチドは、Ｔ又はＡの何れかであってよく、記号Ｙによって表されるヌクレオチドは、Ｃ又はＴの何れかであってよく、また、記号Ｒによって表されるヌクレオチドは、Ｇ又はＡの何れかであってよい。
【００５２】
「多型性部位（polymorphic site）」又は「多型部位（polymorphism site）」又は「多型（polymorphism）」又は「一塩基多型部位」（ＳＮＰ部位）は、本書で使用される場合、所定の配列内において相違が生じている遺伝子座（座位）ないし位置である。「多型」は、集団内において、２以上の遺伝子の型又は遺伝子内の位置の型（アレル）が、最も稀な型の存在が突然変異だけで説明できない程の頻度で、生じていることである。多型性アレルは、宿主において、いくらかの淘汰における利点を享受している可能性がある。好ましい多型性部位は、選択された母集団において１％以上の頻度、好ましくは１０％又は２０％以上の頻度でそれぞれ現れる少なくとも２つのアレルを有する。多型部位は、ある核酸配列内の既知の位置であってもよく、本書に記載した方法によって存在が特定されてもよい。多型は、コーディング領域及び非コーディング領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、及び、イントロン）の両者において、出現してよい。
【００５３】
通常、集団遺伝学において使用される用語「連鎖」とは、同一染色体においてその遺伝子座が近接していることによる、対立遺伝子でない（nonallelic）２以上の遺伝子の共遺伝を指し、それにより、減数分裂後も、それらの遺伝子は非連鎖遺伝子で期待される５０％より高い頻度で随伴したままになる。しかしながら、減数分裂の間の、個々の染色分体間の物理的交差により組み換えが生じてもよい。「組み換え」は一般にＤＮＡの大きな区域の間で生じ、そのため、近接した区域のＤＮＡと遺伝子が組み換えイベント（交差）において同時に移動させられることが見込まれる。逆に、所与の染色体において離れて存在するＤＮＡ領域は、互いに近接したＤＮＡ領域と比較して交差の過程で別々になる可能性が高い。一塩基多型（ＳＮＰｓ）のような多型性分子マーカーは、染色体における位置的マーカーとして減数分裂の組み換えイベントを追跡するのに有用である。
【００５４】
本書において使用される場合「リスク遺伝子型」とは、本書に記載されたＴＬＲ−２配列内の１以上の多型部位における対立遺伝子（アレル）変異体（遺伝子型）であって、炎症状態から回復する可能性の減少又は芳しくない結果となるリスクの増加の指標である。リスクアレルが少なくとも１コピー存在するならば、前記リスク遺伝子型は、一倍体遺伝子型又は二倍体遺伝子型の何れかについて判定されてもよい。そのような「リスクアレル」又は「リスク遺伝子型」は、ＳＮＰ−１６９３４（配列番号１の位置２０１）（トール様受容体２）におけるＴヌクレオチドであってよい。リスク遺伝子型は、炎症状態から回復しないリスクの増加の指標であってよい。リスクアレルを１コピー（ヘテロ接合体）又は２コピー（ホモ接合体）保有する対象は、対象が炎症状態から回復しないリスクの度合いがホモ接合体でヘテロ接合体を上回るかもしれないが、前記「リスク遺伝子型」を有するとみなされる。
【００５５】
「クレード（clade）」は、系統学的に近い関係にあるハプロタイプの群である。例えば、ハプロタイプが系統（進化的な）樹で表される場合、一つのクレードは同じ枝内に含まれる全てのハプロタイプを含む。
【００５６】
本書では、「ハプロタイプ」とは、染色体上の密接に連鎖する遺伝子座のアレルのセット又はマーカーセットのパターン（それらは一緒に遺伝する傾向にある）を言う。したがって、同一の小さい染色体区画上のアレル群は、一緒に伝達される傾向にある。所与の染色体区画上にあるハプロタイプは、一般的に、組み換えが生じない限り一緒に子孫に伝達される。組み換えが存在しない場合、ハプロタイプは、マッピングにおいて単一の高度に多型性な遺伝子座のアレルとして扱われ得る。「ハプロタイプ」は、図１で表された表（ハプロタイプマップ）中の列として示される。
【００５７】
一般に、試料及びそのサブタイプ中の核酸の検出は、特異的な核酸ハイブリッド形成法に依存する（ここで、前記オリゴヌクレオチドプローブは「高厳密性」条件下で該試料中の核酸にアニールし、該首尾よくアニールしたプローブは引き続いて検出される）（Spiegelman, S., Scientific American, Vol. 210, p. 48 (1964) ）。高厳密性条件下のハイブリッド形成は、第一に、ハイブリッド形成に使用される方法に依存する。高厳密性のハイブリッド形成はまた、高厳密性のＰＣＲ、ＤＮＡシークエンス、一本鎖高次構造多型解析、及び、in situハイブリッド形成法のような、分子生物学者により日常的に使用されている多数の技術の成功に頼っている。ノーザン及びサザンブロット法とは対照的に、これらの技術は、通常、相対的に短いプローブ（例えば、通常、ＰＣＲ及びシークエンスについては凡そ１６ヌクレオチド以上の長さ、並びに、in situハイブリッド形成法については凡そ４０ヌクレオチド以上の長さ）で実施される。これらの技術で使用される前記高厳密性条件は、分子生物学分野の当業者に周知されており、そして、それらの例は、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, N., 1998 中に見出され、これは参照に本書に組み込まれる。
【００５８】
本書において、「連鎖不平衡（linkage disequilibrium）」（ＬＤ）とは、遺伝子座におけるアレル頻度から予想されるよりも大きな割合で、連鎖したアレルの確実な結合が、集団内で生じていることを言う。例えば、ＳＮＰのような連鎖マーカーの特定のアレルと関連した又は連鎖マーカーの特定のアレル間における疾患遺伝子の優先的出現は、ＬＤにあるとみなされる。この不平衡の識別は、一般に、前記疾患染色体のほとんどが同じ変異を保有し、また、調べられるべき前記マーカーが前記疾患遺伝子に相対的に近接していることを意味する。したがって一つ目の遺伝子座の前記遺伝子型が二つ目の遺伝子座（又は３番目の遺伝子座など）とＬＤにあるのであれば、一つの遺伝子座についてだけアレルを判定すれば、必然的に、他の遺伝子座のアレルも判定可能である。ＬＤについて遺伝子座を評価する場合、高度に連鎖不平衡にある所与の集団内のそれらの部位（すなわち、Ｄ’の絶対値≧０．５又はｒ２≧０．５）は、目的の（すなわち、目的の前記状態と関連する）アレルの個性を予測するのに潜在的に有用である。或いは、高度の連鎖不平衡は、Ｄ’の絶対値≧０．７若しくはｒ２≧０．７によって、又は、Ｄ’の絶対値≧０．８又はｒ２≧０．８によって表されてもよい。したがって、高度にＬＤにある二つのＳＮＰｓは、目的のアレル又は疾患アレルの個性を判定するのに同等に有用で有り得る。それゆえ、一つのＳＮＰのアレルの個性を知ることは、ＬＤにあるもう一つのＳＮＰにおけるアレルの個性を代理しているものと想定してよい。したがって、この単一遺伝子座の前記遺伝子型の判定は、それとＬＤにある任意の遺伝子座の前記遺伝子型の個性を提供し、より高い連鎖不平衡にあるほど恐らく二つのＳＮＰｓは互換的に使用されてよい。
【００５９】
さらなる部位が前記ＴＬＲ−２配列内の多型部位として同定されてもよいが、それらの多型は、前記ＴＬＲ−２配列のＳＮＰ−１６９３４（配列番号１の位置２０１）位置の前記多型と連鎖しそれ故に対象の予後の指標と成り得てもよい。
【００６０】
更に連鎖したＳＮＰ部位が判定され得ることが当業者に認識されるであろう。ＴＬＲ−２についての前記ハプロタイプが、予想極大化アルゴリズムを有するプログラム（すなわちＰＨＡＳＥ）を用いて、正常対象における前記ＴＬＲ−２配列の前記ＳＮＰｓ又はＴＬＲ−２配列を調べることにより創出され得る。構築されたＴＬＲ−２ハプロタイプは、ＳＮＰ−１６９３４（配列番号１の位置２０１）と連鎖不平衡（ＬＤ）にあるＳＮＰｓの組み合わせを見出すために使用されてよい。そのため、個体の前記ハプロタイプは、ＳＮＰ−１６９３４（配列番号１の位置２０１）とＬＤにある他のＳＮＰｓを遺伝子型判定することにより判定され得る。
【００６１】
配列内の多型位置の数的命名は、下の表１Ａにおいて同じ多型が異なる番号付けで表されているように、番号の付け方や選ばれた配列に依存して異なる命名がなされてよいことは、当業者には認識されるであろう。更に、挿入又は欠失のような集団内の配列変異により、相対的位置が変化し得、そして、多型部位における及びその周囲の特定のヌクレオチドについての数的命名が変化し得る。
【００６２】
ヒト トール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列は、本書で配列番号１として規定され、ＧｅｎＢａｎｋ ｄｂＳＮＰ アクセッション番号ｒｓ４６９６４８０に収載された配列を含む。−１６９３４又は配列番号１の位置２０１の前記主要な（メジャー）及び主要でない（マイナー）アレルは以下の通りである：該最もよく見られるヌクレオチド（主要なアレル）はａであり、該主要でないアレルはｔである。
【００６３】
下の表１Ａは、配列番号１の位置２０１のＷによって表される配列内の且つＴＬＲ−２遺伝子の転写開始点からの相対的な遺伝子位置（−１６９３４）（配列番号２の位置５４０のＷにも相当する）内の、関連するＳＮＰ位置に加えて、ＴＬＲ−２のＳＮＰ Ｔ−１６９３４Ａ（ｒｓ４６９６４８０）の隣接配列を示している。
【００６４】
【表１−Ａ】
2007527718.tif 000003
【００６５】
上の表１Ａ内の及び配列番号２内の所与の配列は、当業者がプライマー及びプローブ又はＴＬＲ−２ ＳＮＰアレル及び／又は本書に記載されたような遺伝子型を同定するための他のオリゴヌクレオチドを設計するのに有用であろう。
【００６６】
下の表１Ｂは、ＴＬＲ−２ ＳＮＰｓと、炎症状態から回復する能力又は予測される患者結果を表す値との関連を示している（但し、前記アレルは、ヘテロ接合体についての中間的な値を加算して生成している）。しかし、前記炎症状態患者スコア又はグラム陽性菌感染感受性患者スコアが優性／劣性の関係にあるかもしれず、それによりヘテロ接合体はホモ接合体の者と同じスコアとなることも、当業者に認識されるであろう。前記関係は、テストされる集団に依存し得る。
【００６７】
【表１−Ｂ】
2007527718.tif 000004
【００６８】
「アレル（対立遺伝子）」は、染色体上の特定の遺伝子座における所与の遺伝子の１以上の変わり得る任意の型として定義される。異なるアレルは、髪の色又は血液型のような遺伝する形質における変異を形成する。二倍体細胞又は生物においては、アレル対のメンバー（即ち、所与の遺伝子の２つのアレル）は、一対の相同染色体において対応する位置（座位ないし遺伝子座）を占有する。特定の遺伝子に関し、これらアレルが遺伝的に同一であれば、当該（二倍体）細胞又は生物は「ホモ接合体」と指称され、遺伝的に異なる場合は、当該（二倍体）細胞又は生物は「ヘテロ接合体」と指称される。一個体において、アレルの一つの型（主要な）は、もう一つの型（主要でない）よりも、多く発現されてよい。「遺伝子」が単純にヌクレオチド配列の区域として見なされる場合、アレルとは、該配列の特定位置における変化し得るヌクレオチドの各々である。例えば、ＣＣＴ［Ｃ／Ｔ］ＣＣＡＴのようなＣＴ多型は、Ｃ及びＴの二つのアレルを有する。
【００６９】
「遺伝子」は、特定の機能的産物をコードする特定の染色体の特定の位置に位置するヌクレオチドの規則正しい配列であるが、当該コード領域に近接する非翻訳・非転写配列も含み得る。そのような非コード配列は、コード配列の転写・翻訳に必要な制御配列又はイントロン等を含み得る。
【００７０】
「遺伝子型」は、生物の遺伝的構成として定義されるが、通常特定の状態と関連する１つの遺伝子又は２〜３の遺伝子又は１つの遺伝子の１つの領域（例えば、特定の表現型の原因をなす遺伝子座）に関する。遺伝子領域は、一塩基多型の場合には、単一のヌクレオチドと同じ小部分で有り得る。
【００７１】
「表現型」は、生物の観察可能な性質として定義される。
【００７２】
「一塩基多型」（ＳＮＰ：スニップ）は、１つの塩基によって占有される多型性部位において生じるが、これは、複数のアレル配列間で相違する部位に相当する。この部位の前後には、通常、アレルの高保存配列（例えば、母集団の１／１００ないし１／１０００未満の構成員において変化する配列）が存在する。一塩基多型は、通常、多型性部位における１つの塩基の他の塩基による置換によって生じる。「トランジション」は、１つのプリンの他の１つのプリンによる置換又は１つのピリミジンの他の１つのピリミジンによる置換である。「トランスバージョン」は、１つのプリンの１つのピリミジンによる置換又は１つのピリミジンの１つのプリンによる置換である。また、一塩基多型は、基準アレル（reference allele）に関連する１つのヌクレオチドの削除（「−」又は「ｄｅｌ」によって表す）又は１つのヌクレオチドの挿入（「＋」又は「ｉｎｓ」によって表す）からも生じ得る。更に、所与の配列内における挿入又は削除により、相対的な位置関係が変化され、従って当該配列内における他の多型の位置番号も変化し得ることは、当業者であれば認識できるであろう。
【００７３】
「全身性炎症反応症候群」ないし（ＳＩＲＳ）は、敗血性全身性炎症反応（即ち、敗血症ないし腐敗症又は敗血性ショック）及び非敗血性全身性炎症反応（即ち、術後の反応）の両者を含むものとして定義される。「ＳＩＲＳ」は、更に、ＡＣＣＰ（アメリカ胸部内科学会）ガイドラインに応じ、（Ａ）温度＞３８℃又は＜３６℃、（Ｂ）心拍数＞９０拍／分、（Ｃ）呼吸数＞２０息／分、及び、（Ｄ）白血球数＞１２，０００／ｍｍ３又は＜４，０００／ｍｍ３の条件のうちの２又は３以上が存在するものとして定義される。以下の記載においては、「ＳＩＲＳ」基準のうちの２つ、３つ又は４つの存在が、２８日間の観察期間の間毎日記録された。
【００７４】
「敗血症ないし腐敗症（sepsis）」は、少なくとも２つの「ＳＩＲＳ」基準の存在として定義され、既知の又は疑いのある感染源である。敗血症ショックは、腐敗症と、ブリュッセル基準による１つの更なる臓器の機能不全と、昇圧剤投与の必要性との３つによって定義されている。
【００７５】
本書で使用する場合の患者の結果又は予後とは、炎症状態から回復する患者の能力ないし可能性をいうものとする。炎症状態は、腐敗症、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける患者、免疫無防備状態の患者、免疫抑制剤を投与された患者、ＨＩＶ／エイズの患者、疑わしい心内膜炎の患者、発熱した患者、未知の原因で発熱した患者、嚢胞性線維症の患者、糖尿病の患者、慢性腎不全の患者、気管支拡張の患者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の患者、熱性好中球減少の患者、髄膜炎の患者、敗血性関節炎の患者、尿路感染の患者、壊死性筋膜炎の患者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の患者、脾臓摘出を受けた患者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の患者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト−ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、ＥＢウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、硬変 からなる群から選択され得る。
【００７６】
対象結果又は予後の評価は、種々の方法により遂行することができる。例えば、“ＡＰＡＣＨＥ ＩＩ”スコアは、Ａｃｕｔｅ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ Ａｎｄ Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ（急性生理機能及び慢性健康評価）として定義され、本書においては、生の臨床及び実験変数（データ）から毎日計算した。ヴィンセント（Vincent JL. Ferreira F. Moreno R., systems for assessing organ dysfunction and survival. Critical Care Clinics. 16:353-366, 2000）は、ＡＰＡＣＨＥスコアについて以下のように要約している：「（ＡＰＡＣＨＥスコアは）１９８１年、クナウス（Knaus）et al.によって初めて開発された。ＡＰＡＣＨＥスコアは、世界中で最も一般的に使用されるＩＣＵ生存予測モデルとなった。ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアは、オリジナルのプロトタイプを修正・簡略化したバージョンであるが、１２の常用生理学的尺度の初期値、年齢及び以前の健康状態に基づいたポイントスコアを使用して、疾患の重症度の一般的尺度を提供する。記録される値（複数）は、ＩＣＵにおける対象の最初の２４時間の間に得られる最悪の値（複数）である。スコアは、疾患特異的死亡率（ＡＰＡＣＨＥ ＩＩ予測致死リスク）を評価するために、３４の入院診断の１つに適用される。ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアの可能な最大値は７１であり、大きなスコアは、死亡との関連性が大きかった。ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアは、臨床試験に入る際の疾患の重症度により、腐敗症の対象を含む重病対象の種々のグループ間での等級分類及び比較のために広く使用された」。
【００７７】
「ブリュッセルスコア」スコアは、ベースラインと比較した臓器の機能障害を評価するための方法である。ブリュッセルスコアが２以上の場合（即ち、中度、重度、又は極重度）、臓器不全が、その特定の日に存在するものとして記録された（後掲 表２Ａ参照）。以下の記載では、観察期間中の死亡を補正するために、生存しており且つ臓器不全から免れている日数（ＤＡＦ）が、以前に記載した方法で計算された。例えば、急性肺障害は、以下のようにして計算された。急性肺障害は、対象が以下の４つの基準を全て充足した場合に存在するものとして定義される。この４つの基準とは、１）機械による人工呼吸の必要、２）急性肺障害と一致する胸部Ｘ線写真における両側の肺の浸潤（の存在）、３）ＰａＯ２／ＦｉＯ２比が３００未満、４）鬱血性心不全の臨床的証拠の不存在か又は肺動脈カテーテルが臨床目的のために適用される場合は肺毛細管楔入圧が１８ｍｍＨｇ（１）未満、である。急性肺障害の重症度は、２８日間の観察期間にわたって生存しており且つ急性肺障害から免れている日数を測定することによって評価される。急性肺障害は、前記ヒトがブリュッセルスコアで定義されるような中度、重度又は極重度の機能障害を有する日毎に存在するものとして記録される。生存しており且つ急性肺障害から免れている日数は、所定の観察期間（２８日間）の間に急性肺障害が発症した後で対象が生存しており且つ急性肺障害を免れている日数として計算される。従って、生存しており且つ急性肺障害から免れている日数のより低いスコアは、急性肺障害がより深刻であることを示す。生存しており且つ急性肺障害から免れている日数が、急性肺障害の単なる存在又は不存在よりも好まれる理由は、急性肺障害は急性死亡率が大きく、（２８日以内の）早期の死亡は死亡した対象における急性肺障害の存在又は不存在の計算を妨げることである。心血管系、腎臓、神経系、肝臓及び凝固の機能障害は、前記ヒトがブリュッセルスコアによって定義されるような中度、重度又は極重度の機能障害を有する日毎に存在するものとして同様に定義された。生存しており且つステロイドから免れている日数は、ヒトが生存し且つ外因性副腎皮質ステロイド（例えば、ヒドロコルチゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン）で治療されていない日数である。生存しており且つ昇圧剤から免れている日数は、ヒトが生存し且つ静脈内昇圧剤（例えば、ドーパミン、ノルエピネフリン、エピネフリン、フェニレフリン）で治療されていない日数である。生存しており且つ国際標準化比（ＩＮＲ：International Normalized Ratio）＞１．５から免れている日数は、ヒトが生存し且つＩＮＲ＞１．５ではない日数である。
【００７８】
【表２−Ａ】
2007527718.tif 000005
【００７９】
分散分析（ＡＮＯＶＡ）は、測定のセット間の統計的有意差を試験するための標準的な統計的手法である。
【００８０】
フィッシャー正確（Fisher exact）検定は、異なるグループで測定された特徴の比率及び割合の間の統計的有意差を試験するための標準的な統計的手法である。
【００８１】
２． 一般的方法
本発明の一側面は、炎症状態の発症の危険を有するか又は既に炎症状態を有する対象の同定ないし対象の選択を含み得る。例えば、大手術を受けた又は大手術の予定ないし計画のある対象は、炎症状態の発症の危険があるとみなすことができる。更に、対象は、医療分野で既知の診断方法及び臨床評価を用いて炎症状態を有すると決定されてもよい。炎症状態は、腐敗症、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける患者、免疫無防備状態の患者、免疫抑制剤を投与された患者、ＨＩＶ／エイズの患者、疑わしい心内膜炎の患者、発熱した患者、未知の原因で発熱した患者、嚢胞性線維症の患者、糖尿病の患者、慢性腎不全の患者、気管支拡張の患者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の患者、熱性好中球減少の患者、髄膜炎の患者、敗血性関節炎の患者、尿路感染の患者、壊死性筋膜炎の患者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の患者、脾臓摘出を受けた患者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の患者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、ＥＢウイルス、脳炎、 関節リウマチ、汎発性強皮症、骨関節炎、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、硬変 から成る群より選択され得る。
【００８２】
対象が炎症状態を発症する危険を有するか又は既に有していると同定されると、遺伝子配列情報は、当該対象から得ることができる。或いは、遺伝子配列情報は、当該対象から既に（上記同定前に）得られたものであってもよい。例えば、対象は、他の目的のために生物学的試料を既に提供していてもよく、全部又は一部が決定され且つ将来の使用のために保存された遺伝子配列を有していてもよい。遺伝子配列情報は、種々の異なる方法で得ることができ、遺伝物質を含有する生物学的試料の採取を伴ってもよい。とりわけ、遺伝物質は、１以上の目的の配列を含み得る。身体試料を採取するための及び当該試料から遺伝物質を抽出するための多くの方法が当業者には知られている。遺伝物質は、血液、組織及び毛髪及びその他の試料から抽出することができる。生物物質からＤＮＡ及びＲＮＡを分離単離するための方法は多数知られている。典型的には、ＤＮＡは生物試料から単離され得る。この場合、まず生物試料が溶解され、次いで、時間の長さが変化可能な種々の多段階プロトコールの何れか１つに応じてライセートからＤＮＡが単離される。ＤＮＡ単離法は、フェノールの使用を伴い得る（サンブルック（Sambrook J.）et al., "Molecular Cloning", Vol.2, pp.9.14-9.23, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)及びAusubel, Frederick. et al., "Current Protocols in Molecular Biology", Vol.1, pp. 2.2.1-2.4.5, John Wiley & Sons, Inc. (1994)）。典型的には、生物試料を界面活性剤溶液で溶解し、ライセートのタンパク質成分を１２〜１８時間タンパク質分解酵素で消化する。次に、ライセートをフェノールで抽出して細胞成分の大部分を除去し、残余の水相を更に処理してＤＮＡを単離する。ヴァンネス（Van Ness）et al.（米国特許第5,130,423号）に記載されたような他の方法では、非腐食性フェノール誘導体を用いて核酸を単離する。得られた調製物は、ＲＮＡとＤＮＡの混合物である。
【００８３】
ＤＮＡ単離の他の方法では、非腐食性カオトロピック試薬を用いる。この方法は、グアニジン塩、尿素及びヨウ化ナトリウムの使用を基礎とするのであるが、カオトロピック水溶液中での生物試料の溶解及びそれに続く低級アルコールによる未精製ＤＮＡフラクションの沈殿を伴う。沈殿された未精製ＤＮＡフラクションの最終精製は、カラムクロマトグラフィー（アナレクツ（Analects）, (1994) Vol. 22, No.4, ファルマシア・バイオテック社）又はコーラー（Koller）（米国特許第5,128,247号）に記載されたような未精製ＤＮＡのポリアニオン含有タンパク質への曝露を含む幾つかある方法のうち何れか１つによって達成することができる。
【００８４】
ボットウェル（Botwell）, D.D.L.（Anal. Biochem. (1987) 162: 463-465）に記載されているＤＮＡ単離の更なる方法は、６Ｍ塩酸グアニジン中における細胞の溶解、２．５倍量のエタノールの添加による酸性ｐＨでのライセートからのＤＮＡの沈殿、及びエタノールでのＤＮＡの洗浄を伴う。
【００８５】
チョムジンスキー（Chomezynski）（米国特許第５，９４５，５１５号）によって記載された方法のような、ＲＮＡとＤＮＡの両方を単離するための他の方法も当業者には数多く知られている。チョムジンスキーの方法では、僅かに２０分程度で遺伝物質を効率的に抽出することができる。エバンズ（Evans）とヒュー（Hugh）（米国特許第５，９８９，４３１号）は、中空膜フィルターを用いたＤＮＡの単離方法を記載している。
【００８６】
対象の遺伝子配列情報が当該対象から得られたら、当該情報に対し、ＴＬＲ−２配列中の１以上の多型の個性又は遺伝子型を検出ないし決定するために更に評価を行うことができる。得られた遺伝物質が目的の配列を含有するとすれば、とりわけ、目的の対象の前記ＴＬＲ−２遺伝子型であって配列番号１の位置２０１に対応する（１つの）ヌクレオチドを含む遺伝子型の決定に関心がもたれるであろう。また、この目的の配列は、更に、他のＴＬＲ−２遺伝子多型を含み得、又は目的の多型を包囲する配列の幾つかを含み得る。ヌクレオチド個性の検出若しくは決定、又は１以上の一塩基多型の遺伝子型決定（ＳＮＰ遺伝子型決定）は、当業者には既知の多数の方法ないしアッセイの任意の１つによって達成することができる。多くのＤＮＡ遺伝子型判定の方法論は、アレルの識別及びＳＮＰｓの検出に有用である。更に、アレル識別の反応又はアッセイは、１以上の検出方法により検出されてもよい。前記の大部分のＳＮＰ遺伝子型判定の反応又はアッセイは、４つの広範なグループ（アレル特異的ハイブリッド形成法、プライマー伸長法、オリゴヌクレオチド連結、及び、侵入型切断）のうちの１つに該当し得る。さらに、各々の型の反応産物を分析／検出する多数の方法が存在する（例えば、蛍光、発光、質量測定、電気泳動法等）。更に、反応は、溶液中で、又は、スライドガラス、チップ、ビーズ等のような固形支持体上で生じ得る。
【００８７】
一般に、アレル特異的ハイブリッド形成法は、ハイブリッド形成法により、一つのヌクレオチド位置において相違する二つのＤＮＡ標的間の差異を識別し得るハイブリダイゼーションプローブを含む。通常、プローブは、該プローブ配列の中心位置に多型性塩基があるように設計され、それにより、最適化されたアッセイ条件下で、完全に対応するプローブ標的ハイブリッドは安定であり、１塩基のミスマッチがあるハイブリッドは不安定となる。結合の検出及びアレル識別の戦略は「分子標識（molecular beacon）」の使用であり、それにより、ハイブリダイゼーションプローブ（分子標識）は３’及び５’レポーター並びに消光剤分子を有し、介在配列に対する適切な結合標的を欠くような相補的な３’及び５’配列の該プローブは、ヘアピンループを形成するであろう。前記ヘアピンループは前記レポーターと消光剤とを近接させ、その結果フルオロフォア（レポーター）の消光がもたらされ蛍光の発光が減少する。しかしながら、前記分子標識が前記標的にハイブリッド形成した場合は前記フルオロフォアと消光剤が十分に分離され蛍光が前記フルオロフォアから発光される。
【００８８】
同様に、プライマー伸長反応法（すなわちミニ配列決定、アレル特異的伸長、又は、単純ＰＣＲ増幅）は、アレルの識別反応において有用である。例えば、ミニ配列決定において、プライマーは、ＳＮＰのすぐ上流にあるその標的ＤＮＡにアニールし、そして、多型性部位に相補的な単一ヌクレオチドへと伸長する。前記ヌクレオチドが相補的でない場合、伸長は起こらない。
【００８９】
オリゴヌクレオチド連結アッセイは、ＳＮＰごとに二つのアレル特異的プローブと一つの共通連結プローブを必要とする。前記共通連結プローブは、アレル特異的プローブに隣接してハイブリッド形成し、適切なアレル特異的プローブの完全対応がある場合には、連結酵素がアレル特異的プローブと前記共通プローブとを結合させる。完全対応でない場合には、前記連結酵素が前記アレル特異的プローブと前記共通プローブとを結合させることが出来ない。
【００９０】
或いは、侵襲性切断法は、インベーダープローブと呼ばれるオリゴヌクレオチドと、１ヌクレオチドの重複で前記標的ＤＮＡにアニールするアレル特異的プローブとを、必要とする。前記アレル特異的プローブが前記多型性部位に相補的である場合、前記インベーダーオリゴヌクレオチドの３’末端の重複は、前記アレル特異的プローブの５’腕を遊離するフラップ エンドヌクレアーゼによって認識及び切断される構造を形成する。
【００９１】
アレルの識別及び検出のための多数の他の方法が当業者既知であることが認識されることであろうし、また、それらのうち幾つかは以下に詳述する。配列プライマー伸長法ミニ配列決定、タグマイクロアレイ、及び、アレル特異的伸長法、のような反応が、マイクロアレイにおいて実行可能であることも認識されるであろう。
【００９２】
ＳＮＰ遺伝子型判定法は以下を含むがこれらに限定されるものではない：
【００９３】
制限フラグメント長多型（ＲＦＬＰ）ストラテジー ―ＲＦＬＰゲル解析は、１つの遺伝子の複数の多型部位における複数のアレル間の識別に使用することができる。要約すれば、ＤＮＡの短セグメント（典型的には数百塩基対）をＰＣＲで増幅する。可能であれば、一方の変異体アレルが存在すれば該短ＤＮＡセグメントを切断し、他方の変異体アレルが存在すれば該短ＤＮＡセグメントを切断しない特異的な制限酵素が選択される。この制限酵素で、ＰＣＲ増幅したＤＮＡをインキュベートした後、反応生成物をゲル電気泳動法を用いて分離する。そのため、このゲルを検査したとき現れる２つのより低分子量のバンド（電気泳動中、分子は、分子量がより小さいほど一層下方にゲル内を進行する。）は、元のＤＮＡ試料が選択された制限酵素によって切断可能なアレルを有していたことを示す。これに対し、（ＰＣＲ産物の分子量に関し）より大きい分子量のバンドが１つしか観察されない場合は、もとのＤＮＡ試料は、選択された制限酵素によっては切断不能なアレル変異体を有していたことを示す。最後に、より大きい分子量の１つのバンドとより小さい分子量の２つのバンドの両方が観察される場合は、元のＤＮＡ試料は、両方のアレルを含んでいた、従って、対象はこの一塩基多型に対しヘテロ接合体であったことを示す；
【００９４】
シークエンシング（塩基配列決定法） ― 例えばシークエンシングのためのマクサム−ギルバート法（マクサムAM及びギルバートW. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1977) 74(4): 560-564）は、末端で標識されたＤＮＡの特異的化学的切断を伴う。この方法では、標識された同じＤＮＡの４つの試料が、それぞれ異なる化学反応にかけられて、特異的な塩基個性の１以上のヌクレオチドにおいてＤＮＡ分子の優先的な切断が実行される。部分的切断のみが得られるように条件ないし状態が調節されるため、ＤＮＡフラグメントは各試料において生成されるが、その長さは、当該切断にかけられる（１又は複数の）ヌクレオチドのＤＮＡ塩基配列内での位置に依存する。部分的切断が行われた後、各試料は、異なる長さのＤＮＡフラグメントを含むが、各フラグメントは、４つのヌクレオチドのうちの同じ１又は２のフラグメントで終端する。とりわけ、第１の試料では、個々のフラグメントはＣで終端し、第２の試料では、個々のフラグメントはＣ又はＴで終端し、第３の試料では、それぞれＧで終端し、第４の試料では、それぞれＡ又はＧで終端する。これら４つの反応の産物が、ポリアクリルアミドゲルでの電気泳動によりサイズによって分離されるならば、ＤＮＡ配列は、放射性バンドのパターンから読み取ることができる。この方法により、標識部位から少なくとも１００塩基のシークエンシングが可能となる。他の方法としては、サンガー等によって刊行されたシークエンシングのジデオキシ法（Sanger et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1977) 74(12): 5463-5467）がある。サンガー法は、ＤＮＡポリメラーゼの酵素活性に基づいて種々の長さの配列依存性フラグメントを合成する。フラグメントの長さは、ジデオキシヌクレオチド塩基特異的ターミネーターのランダム導入によって決定される。次に、これらのフラグメントは、マクサム−ギルバート法の場合のようにゲルで分離され、視覚化され、配列が決定される。これらの方法を洗練しシークエンシング手順を自動化するために様々な改良が試みられた。また、ＲＮＡシークエンシング法も知られている。例えば、脳心筋炎ウイルスＲＮＡのシークエンシングのためにジデオキシヌクレオチドと共に逆転写酵素が使用された（ツィンメルン（Zimmern）D.及びケースベルク（kaesberg）P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1978) 75(9): 4257-4261）。ミルズ（Mills）DR.及びクラーマー（Kramer）FR.（Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1979) 76(5): 2232-2235）は、連鎖停止反応機構においてＲＮＡのシークエンシングを行うためのＱβレプリカーゼ及びヌクレオチドアナログイノシンの使用を記載している。ＲＮＡシークエンシングのための直接的化学的方法も知られている（ピアッティ（Peattie）DA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1979) 76(4): 1760-1764）。その他の方法としては、例えば、ドニス（Donis）−ケラー（Keller）et al.（1977, Nucl. Acids Res. 4: 2527-2538）、シモンクシッツ（Simoncsits）A. et al.（Nature (1977) 269(5631): 833-836）、アクセルロッド（Axelrod）VD. et al.（Nucl. Acids Res. (1978) 5(10): 3549-3563）、及びクラーマーFR.及びミルズDR.（Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1978) 75(11): 5334-5338）等がある。これらの文献は、引用を以って本書に繰り込み、ここに記載されているものとする。核酸配列は、レーザーによって切断されたヌクレオチドの自然蛍光の刺激によって読み取ることもできるが、このシングルヌクレオチドは蛍光増強マトリックスに含有されている（米国特許第5,674,743号）；
ミニ配列決定反応においては、ＳＮＰに隣接した標的ＤＮＡにアニールするプライマーが、ＤＮＡポリメラーゼによって、前記多型部位に相補的な単一ヌクレオチドに、伸長する。この方法は、ＤＮＡポリメラーゼによる、ヌクレオチド取り込みの高度な正確さに基づく。前記プライマー伸長産物を解析するための様々な技術が存在する。例えば、前記ミニ配列決定反応における標識された若しくは非標識のヌクレオチド、ｄＮＴＰと組み合わされたｄｄＮＴＰ、又は、ｄｄＮＴＰ単独の使用は、前記産物の検出のために選択される方法に依存する；
【００９５】
ＳＮＰｓ同定のためのハイブリダイゼーション法については、米国特許第6,270,961号及び同第6,025,136号に記載されている；
【００９６】
鋳型指向性色素ターミネーター取込蛍光分極検出（template-directed dye-terminator incorporation with fluorscent polarization-detection）（ＴＤＩ−ＦＰ）法は、（FREEMAN BD. et al. J Mol Diagnostics (2002) 4 (4): 209-215）によって、大規模スクリーニングについて記載されている；
【００９７】
オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）―は、ポリメラーゼ連鎖反応単位複製配列ストランドにアニールしたプローブと検出用オリゴヌクレオチドのライゲーションに基づき、酵素免疫法により検出される（ビヤエルモサ（Villahermosa）ML. J Hum Virol (2001) 4(5): 238-48; ロンパネン（Romppanen）EL. Scand J Clin Lab Invest (2001) 61(2): 123-9; イアノネ（Iannone）MA. et al. Cytometry (2000) 39(2): 131-40）；
【００９８】
ライゲーション−ローリングサークル増幅法（Ｌ−ＲＣＡ）もまた、チー（Qi）X. et al. Nucleic Acids Res (2001) 29(22): E116に記載されているように、一塩基多型の遺伝子型決定に首尾よく使用することができた；
【００９９】
５’ヌクレアーゼアッセイもまた、一塩基多型の遺伝子型決定に首尾よく使用することができた（アイディン（Aydin）A. et al. Biotechniques (2001) (4): 920-2, 924, 926-8）；
【０１００】
例えば、５’エキソヌクレアーゼ活性又はＴａｑＭａｎ（商標）アッセイ（Applied Biosystems）は、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性に基づいている（ここで、該ポリメラーゼは、前記標的ＤＮＡとハイブリッド形成し且つ蛍光シグナルを生成するオリゴヌクレオチドプローブを、置換及び切断する）。前記多型部位において異なる二つのプローブが必要となる（但し、一つのプローブは前記主要なアレルに相補的であり前記他のプローブは前記主要でないアレルに相補的である）。これらのプローブが、該プローブの蛍光を消光するために蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）により前記フルオロフォアと相互作用する無傷の前記消光剤である場合には、該プローブは、前記５’末端に付着する異なる蛍光色素と前記３’末端に付着する失活剤とを有している。前記ＰＣＲアニーリング過程の間に、前記ハイブリダイゼーションプローブは、標的ＤＮＡとハイブリッド形成する。前記伸長過程において、前記５’蛍光色素は、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により切断され、前記レポーター色素の蛍光の増大がもたらされる。ミスマッチなプローブは、断片無しに置換される。ミスマッチなプローブは、断片化無しに置換される。試料の前記遺伝子型は、二つの異なる色素の前記シグナル強度の測定により、判定される；
【０１０１】
ポリメラーゼプルーフリーディング法は、ＷＯ ０１８１６３１に記載されているように、ＳＮＰｓの個性の決定に使用される；
【０１０２】
酵素増幅‐電子的変換による一塩基対変異の検出（Detection of single base pair DNA mutations by enzyme-amplified electronic transduction）は、PATOLSKY F et al. Nat Biotech. (2001) 19 (3): 253-257に、記載されている；
【０１０３】
ジーンチップ技術もまた、一塩基多型識別において知られており、これにより多数の多型を単一アレイ上で同時に調べることが可能である（EP 1120646 and Gilles PN. etal.Nat. Biotechnology (1999) 17 (4): 365-70）。例えば、そのようなアレイに基づいた一つの遺伝子型判定プラットフォームが、微粒子ベースtag-itハイスループット遺伝子型判定アレイである（Bortolin S. et al. Clinical Chemistry (2004) 50 (11): 2028-36）。この方法は、ゲノムＤＮＡを、アレル特異的伸長プライマーとユニバーサルタグ付加遺伝子型判定プライマーのＰＣＲにより増幅する。そして、その産物を、tag-itアレイ上で仕分けし、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰシステムを用いて検出する。
【０１０４】
マトリックス支援レーザー脱離イオン化法−飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析計もまた、マイクロシークエンス産物の解析を介して一塩基多型の遺伝子型判定において有用である（Haff LA. and Smirnov IP. Nucleic Acids Res. (1997) 25 (18): 3749-50； Haff LA. and Smirnov IP. Genome Res. (1997) 7: 378-388； Sun X. et al. Nucleic Acids Res. (2000) 28 e68; Braun A. et al. Clin. Chem. (1997) 43: 1151-1158； Little DP. et al. Eur.J. Clin. Chem. Clin. Biochem. (1997) 35: 545-548； Fei Z. et al. Nucleic Acids Res. (2000) 26: 2827-2828； 及び、Blondal T. et al.Nucleic 
Acids Res. (2003) 31 (24):e155）；又は
【０１０５】
アレル特異的ＰＣＲ法もまた一塩基多型の遺伝子型決定に首尾よく使用することができた（ホーキンス（Hawkins）JR. et al. Hum Mutat (2002) 19(5): 543-553）。
【０１０６】
また、対象の配列データが既に分かっている場合は、（遺伝情報の）獲得は、当該対象の核酸配列データをデータベースから検索し、多型部位における当該対象の核酸配列を読み取ることにより当該多型部位における核酸又は遺伝子型の個性を決定ないし検出することを含んでもよい。
【０１０７】
１又は複数の多型の個性が決定ないし検出されると、当該目的多型の遺伝子型に基づき対象結果ないし予後に関する指標又は炎症状態から回復する対象の能力の指標が得られてよい。本出願では、トール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列における多型が、予後を得るために又は前記対象が炎症状態から回復する能力に関して判定するために使用される。対象の予後を判定するための方法又は対象スクリーニングのための方法は、炎症状態から回復する対象の能力（ないし可能性）を判定するために有用であり得る。また、単独の多型部位又は複数の多型部位の組み合わせは、それらが炎症状態から回復する対象の能力を示すものとして判定された多型と連鎖しているならば、炎症状態から回復する対象の能力の指標として使用することも可能である。前記方法は、更に、多型について判定された遺伝子型と既知遺伝子型との比較を含んでもよい（該比較は、対象について同じ炎症状態又は別の炎症状態から回復する予後を示す）。したがって、炎症状態から対象が回復する能力についての判定は、前記多型部位について判定された遺伝子型に基づいてなされてよい。
【０１０８】
対象結果ないし予後が決定されると、そのような情報は、可能な治療方針の選択を支援し、対象をモニターすべき程度及び当該モニターの頻度の決定に役立つので、内科医及び外科医によって関心が持たれ得る。究極的には、治療の決定は、特定の対象に特異的な要因及び対象の治療に携わる内科医又は外科医の経験に基づく要因の双方に応じて為され得る。
【０１０９】
改善された応答には、前記治療剤の投与に続く改善を含んでもよく、それにより、前記対象は、生存可能性の増加、臓器障害若しくは臓器不全（ブリュッセルスコア）の可能性の減少、ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアの改善、生存していて且つ昇圧剤、イノトロープから免れている日数（の改善）、及び、全身性機能障害（心血管の、呼吸性、人工呼吸の、中枢神経系の、凝固の［ＩＮＲ＞１．５］、腎臓の、及び／又は、肝臓の）の減少に至る。
【０１１０】
上述のように、遺伝子配列情報ないし遺伝子型情報は（一つの）対象から獲得可能であるが、該配列情報は、ＴＬＲ−２遺伝子中の１以上の一塩基多型部位を含む。同様に、上述したように、１以上の対象の、ＴＬＲ−２遺伝子における１以上の一塩基多型の配列個性も検出ないし決定することができる。更に、対象結果ないし予後は、上述のように、評価することができる。例えば、ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアリングシステム又はブリュッセルスコアを使用して、治療前後における対象のスコアを比較することにより、対象結果ないし予後を評価することができる。対象結果ないし予後が評価されたら、対象結果ないし予後は、１以上の一塩基多型配列の個性と関連付けることができる。対象結果ないし予後の関連付けは、更に、複数の対象の対象結果スコア及び１若しくは複数の多型の統計解析を含むことができる。
【０１１１】
同様に、対象のＴＬＲ−２遺伝子型が決定ないし検出されると、−１６９３４ ＴＬＲ−２ ＳＮＰの前記遺伝子型に基づいて、対象に関してグラム陽性菌感染の発症可能性の指標が獲得され得る。本発明では、トール様受容体２（ＴＬＲ−２）配列における多型が、予後を得るために又はグラム陽性菌感染の発症についての判定を行うために使用される。対象のグラム陽性菌感染の発症の可能性を判定する方法。前記方法は、更に、抗生剤とりわけグラム陽性菌特異的抗生剤の投与を含んでいてもよい。更に、そのような薬剤を投与するための決定は、感染のタイプ（例えば、グラム陽性又は陰性）を判定するための前記患者についての培養前になされてもよい。グラム陰性菌特異的抗生剤は、リネゾリド（ザイボックス（登録商標））；クロキシシリン；メチシリン；ナフシリン；オキサシリン；バンコマイシン；タゾバカム；イミペネム；カルベネム；メロペネム；クリンダマイシン；リファンピン；セファロスポリン；マクロライド；キヌプリスチン‐ダルホプリシン；トリメトプリム−スルファメタキサゾール；リファンピン；アモキシシリン；ペニシリン；ゲンタマイシン；セフトリアキソン；アンピシリン；セフォタキシム；ドキシサイクリン；シプロフロキサシン；エリスロマイシン；及び、メトロニダゾール から選択されてよい。これらの薬剤は、対象におけるリスク同定のためにＴＬＲ−２遺伝子型判定の後に、一般的方法又は製造業者の推奨するプロトコールに従って投与されてよい。
【０１１２】
臨床上の表現型
第一次結果（primary outcome）変数は、病院を退院するまでの生存（日数）であった。第二次結果（secondary outcome）変数は、生存していて且つ心血管（cardiovascular）、呼吸器（respiratory）、腎臓（renal）、肝臓（hepatic）、血液学的（hematologic）、及び、神経学的（neurologic） 器官系の障害から免れている日数、並びに、生存していて且つＳＩＲＳ、敗血症の発生、及び、敗血性ショックの発生から免れている日数であった。４つのＳＩＲＳ診断基準のうち少なくとも２つに対象が合致した場合、ＳＩＲＳであるとみなした。ＳＩＲＳ診断基準は、１）高熱（＞３８℃）又は低体温（＜３６℃）、２）頻脈（β遮断薬非存在下で心拍数＞１００拍／分）、３）頻呼吸（呼吸数＞２０呼吸／分）又は機械換気の必要、及び、４）白血球数＞１１，０００／μＬ （Anonymous. Critical Care Medicine (1992) 20 (6): 864-74）。ＳＩＲＳ診断基準に合致した暦上の日より、対象を、このコホートに含めた。
【０１１３】
記録された対象の基礎統計には、年齢、性別、入院のための内科若しくは外科的診断（ＡＰＡＣＨＥ ＩＩＩ診断コード(KNAUS WA et al. Chest(1991) 100 (6): 1619-36)に従った）、及び、入院時ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアが含まれた。以下の付加的データを、臓器不全、ＳＩＲＳ、敗血症、及び、敗血性ショックを評価するために、２８日間における各２４時間（午前８時から午前８時）について記録した。
【０１１４】
ブリュッセル（Ｂｒｕｓｓｅｌｓ）診断基準（表２Ａ）（RUSSELL JA et al. Critical Care Medicine (2000) 28 (10): 3405-11）を用いて少なくとも中等度の臓器不全の証拠がある場合に、各器官系における臨床的に重要な臓器不全が、２４時間の間に存在するものと規定した。各臓器不全変数について各２４時間の間、必ずしもデータが有効であるわけではないので、我々は、以前に定義した（Anonymous. New England Journal of Medicine (2000) 342 (18): 1301-8）ように、「進展（carry forward）」仮定を用いた。簡潔に述べると、変数の測定がなされなかった任意の２４時間について、我々は、その前の２４時間の「存在」又は「不存在」を、進展（carried forward）した。任意の変数が、決して測定できなかった場合は、正常であるものと仮定した。
【０１１５】
更に、心血管、呼吸器、及び、腎臓 の機能を評価するために、我々は各２４時間の、昇圧剤のサポート、機械換気、及び、腎臓のサポートの各々についても記録した。昇圧剤の使用は、ド−パミン＞５μｇ／ｋｇ／ｍｉｎ又は任意の用量のノルエピネフリン、エピネフリン、バソプレッシン、若しくはフェニレフリンとして規定した。機械換気は、挿管及び陽性気道内圧（すなわち、T-piece及びマスク 換気は、換気とはみなさない）の必要性として規定した。腎臓のサポートは、血液透析、腹膜透析、又は、任意の連続的な腎臓サポート様式（例えば、veno‐静脈血液透析）として規定した。さらに、呼吸機能障害の重症度を、包含診断基準を満たす時間における、急性肺障害の発生の測定により評価した。急性肺障害は、ＰａＯ２／ＦｉＯ２比＜３００、胸部Ｘ線写真における広汎性浸潤パターン、及び、ＣＶＰ＜１８ｍｍ Ｈｇを有するものとして定義した。
【０１１６】
以前に報告した（BERNARD GR et al. New England Journal of medicine (1997) 336 (13): 912-8）ように、２８日の観察期間における臓器不全の期間を評価し、及び、死亡に関わる臓器不全スコアを補正するため、生存していて且つ臓器不全から免れている日数（ＤＡＦ）が算出された。簡潔に説明すると、各変数について各２４時間の間、対象が生きていて臓器不全を免れている場合（正常か弱い臓器不全、表２Ａ）は、ＤＡＦを１としてスコアリングした。２４時間の間、対象が臓器不全（中程度、重度、又は、極度）を起こすか又は生存していない場合は、ＤＡＦが０であるとスコアリングした。ＩＣＵ入院した後の各２８日、各対象において、このようにスコアリングをおこなった。ゆえに、各変数について有り得る最も低いスコアは０であり、また、有り得る最も高いスコアは２８であった。より低いスコアは、生存していて且つ臓器不全から免れたのがより少ない日数であるために、より重い臓器不全を示している。
【０１１７】
同様に、生存していて且つＳＩＲＳから免れている日数（ＤＡＦ ＳＩＲＳ）を計算した。各２４時間の間、４つのＳＩＲＳ診断基準の各々についての存在又は非存在を記録した。各２４時間の期間のＳＩＲＳの存在は、４つのＳＩＲＳ診断基準のうち少なくとも２つを有することによって規定した。敗血症については、２４時間の間、４つのＳＩＲＳ診断基準のうち少なくとも２つを有すること、且つ、既知の若しくは疑わしい感染を有することによって、存在するものと規定した（Anonymous. Critical Care Medicine (1992) 20 (6): 864-74）。混入（コンタミネーション）又はコロニー形成のために陽性であると判断される培養物は、除外した。敗血性ショックは、同一の２４時間の間の、敗血症の存在と低血圧（収縮期血圧＜９０ｍｍＨｇ又は昇圧剤の必要性）の存在の併存として規定した。
【０１１８】
微生物学
感染していることが疑われる任意の患者について微生物学的培養を行った。これがＳＩＲＳの危篤状態の患者コホートの場合は、ほとんどの患者で培養を行った。混入又はコロニー形成が疑われる陽性培養菌は、除外した。臨床的に不適切であると見なされる陽性培養菌も、除外した。培養菌は、グラム陽性、グラム陰性、真菌、又は、その他として分類した。培養菌の採取源は、呼吸器、消化管、皮膚、軟部組織若しくは創傷、尿生殖器、又は、血管内であった。
【０１１９】
ハプロタイプ及びｈｔＳＮＰｓの選択
非位相（unphased）の白人遺伝子型データ（www. innateimmunity. net/ IIPGA/ IIPGASNPs (Riva A. and Kohane IS. A Web-Based Tool to Retrieve Human Genome Polymorphisms from Public Databases AMIA 2001 Annual conference, Washington DC, November 2001) ）を用いて、ＰＨＡＳＥソフトウエア（STEPHENS M. et al. Am J Hum Genet (2001) 68: 978-89）によりハプロタイプを推測した（図１）。そして、ＴＬＲ−２の主要なハプロタイプ クレードを同定するために、ＭＥＧＡ２（KUMAR S. et al. (2001) 17: 1244-5）を用いて系統樹を推測した（図２）。ハプロタイプは系統樹にしたがって分類し、そして、ハプロタイプ構造をハプロタイプタグＳＮＰｓ（ｈｔＳＮＰｓ）を選択するために調べた（JOHNSON GC. et al. Nat Genet (2001) 29: 233-7; and GABRIEL SB. et al. Science (2002) 296: 2225-9）。（複数の）ｈｔＳＮＰｓが、白人におけるＴＬＲ−２の主要ハプロタイプクレードを同定するものとして選択された。一つのｈｔＳＮＰが、白人におけるＴＬＲ２の二つの主要ハプロタイプクレードを同定するものとして選択された（ｒｓ４６９６４８０、−１６９３４；ＴＬＲ２遺伝子の転写開始点からの相対位置）。それから、主要なクレードを規定するために我々の患者コホートにおいて、このＳＮＰについて遺伝子型を決定した。「タグ」ＳＮＰｓ（ｔＳＮＰｓ）又は「ハプロタイプタグ」ＳＮＰｓ（ｈｔＳＮＰｓ）は、クレードを特異的に規定し、そして、該クレードのハプロタイプ内にある全てのＳＮＰｓのマーカーとして機能する。
【０１２０】
血液収集／遺伝子型判定過程
全血より、そのバフィーコートを抽出し、試料を１．５ ｍｌのクラリオチューブに移し、そして、−８０℃で貯蔵した。ＤＮＡは、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｂｌｏｏｄ Ｍａｘｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ商標）を用いて、末梢血試料のバフィーコートから抽出した。遺伝子型の解析は、臨床情報無しに、ブラインドで行われた。ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ７９００ＨＴシークエンス検出システム（Applied Biosystems,Inc.-Livak KJ. (1999) Genet Anal 14: 143-9）で特異的蛍光ラベル‐ハイブリダイジェーションプローブを用いたリアルタイム ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）により、多型の遺伝子型を同定した。簡潔に説明すると、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ７９００ＨＴは、５’ヌクレアーゼアッセイ（ここでのＰＣＲ反応は、蛍光発生レポーター色素及び蛍光発生消光剤で標識されたアレル特異的プローブを含む）を使用する。前記プローブの標的が増幅されているのであれば、前記プローブは、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により切断され、前記レポーター色素が遊離し、そして、特異的蛍光の強度が増加される。ミスマッチなプローブは、効率的に切断されず、よって、認識し得るような最終的な蛍光性シグナルには寄与しない。一つの特異的色素蛍光の増加は、該色素特異的なアレルについてホモ接合性であることを示している。両方のシグナルにおける増加は、ヘテロ接合性を表している。Coriell Cell Repository（細胞バンク）から得られたリンパ球株化細胞からのＤＮＡが、遺伝子型同定の正確さを確実にするために使用された。Ｇ５１１０Ａ、Ａ５２１８Ｃ及びＡ６２３５における、これらの株化細胞の遺伝子型は、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ７９００ＨＴシークエンス検出システムを用いて判定され、そして、www. innateimmunity. net/ IIPGA/ IIPGASNPs （Riva A. and Kohane IS. A. and Kohane IS. A Web-Based Tool to Retrieve Human Genome Polymorphisms from Public Databases AMIA 2001 Annual conference, Washington DC, November 2001）により提供されたダイレクトシークエンスで判定された同一の株化細胞の該遺伝子型と比較された。
【０１２１】
データ収集
データは、２８日間又は退院するまでの間、記録された。生の臨床的及び実験上の変数は、Glasgow Comaスコアの例外と共に、各２４時間の間の、最悪な又は最も異常な変数を用いて、記録された。入院日の欠落データは正常値を割り当て、そして、その日以降の欠落データはその前日の値を進展（carrying forward）することにより置換した。個体群統計学的及び微生物学的データを記録した。各対象についてデータ収集が完了した際に、全ての記録から全ての対象識別名を除去し、そして、該対象ファイルに独特の無作為の数字（該数字は血液試料と交差して関連付けられている）を割り当てた。前記完了した生データファイルは、標準的定義を用いた記述的な重症度の疾患スコア（すなわち、ＡＰＡＣＨＥ ＩＩ、及び、生存しており且つブリュッセル診断基準を用いて計算された臓器不全から免れた日数）を算出するために変換された。χ二乗検定を、２８日の死亡率とハプロタイプクレードとの関連をテストするために用いた。ベースラインの記述的特徴は、χ二乗検定及び適当な分散分析を用いて、比較した。
【０１２２】
統計解析
我々は、コホート研究デザインを用いた。２分の割合の結果（２８日の死亡率、ＳＩＲＳ発症時の敗血症及びショック）を、優性遺伝モデルを想定したχ二乗検定を用いて、ハプロタイプクレード間で比較した。ハプロタイプクレード間の連続的結果変数における差異を、分散分析を用いて試験した。Kaplan-Meier解析と共にコックス回帰モデルを用いて、他の混乱要因（年齢、性、及び、内科的 vs. 外科的診断）を調整して、２８日の死亡率をハプロタイプクレード間で更に比較した。ハプロタイプクレード相対的リスクを計算した。この解析は、全部のコホートにおいて行われ、そして次に、ＳＩＲＳ発症時に敗血症である対象及びＳＩＲＳ発症時に敗血症ショックである対象のサブグループにおいて行われた。遺伝子型の分布は、Hardy-Weinbergの平衡（GUO SW. and THOMPSON EA. (1992) 48: 361-72）について調べた。我々は、平均値、及び、９５％信頼区間について報告する。統計学的有意性は、ｐ＜０．０５と定めた。以下の実施例で算出したように、前記ｐ値は、３つの異なる統計学的方法（分散分析、又は、Kruskal-Wallisテスト*、又は、イェーツ連続性補正を伴うχ二乗検定）に由来している。例えば、ベースライン及び３時間の間のサイトカインのデータについてのＰ値は、Kruskal-Wallisテスト（ノンパラメトリック分析）に基づき、そして、対応するＩＬｌｒａについてのＰ値は、全ての遺伝子型を比較する分散分析法（パラメトリック分析）を用いて得られた。前記データは、Windows（登録商標）用ＳＰＳＳ １１．５及びＳｉｇｍａＳｔａｔ ３．０ソフトウェア（ＳＰＳＳ Ｉｎｃ、シカゴ、イリノイ州、２００３）を用いて解析された。
【実施例】
【０１２３】
実施例１： グラム陽性菌感染感受性についてのトール様受容体２（ＴＬＲ−２）ハプロタイプ
聖パウロ病院のＩＣＵに入院した２５２人の連続した重症患者を、治験組み入れのために、選別した。これらのうち、２２３人の白人患者が首尾よく遺伝子型判定され、本研究のためのコホートを形成した。
【０１２４】
ハプロタイプクレード推論
Coriell Cell Repository（細胞バンク）の２３人の白人についてＴＬＲ２の完全シークエンスによりハプロタイプをPHASEソフトウエアを用いて推論し、そして、二つの主要ハプロタイプクレードをMEGA2ソフトウエアを用いて同定した（図１及び２）。これらのハプロタイプクレードは、我々の重症患者コホートにおける前記「ハプロタイプタグ」ＳＮＰ（ｈｔＳＮＰ） Ｔ‐１６９３４Ａ（ｒｓ４６９６４８０）を遺伝子型判定することにより解析可能であった。この多型のマイナーＴアレルは、ＴＬＲ２遺伝子において見出されたハプロタイプの４７％を包含するクレードの目印となる（図１）。この多型の遺伝子型頻度は、その他の入手可能なwww. innateimmunity. net/IIPGA/IIPGASNPs（SNP information was retrieved from the Innate Immunity PGA, NHLBI Program in Genomic Applications. Riva A. and Kohane IS. A Web-Based Tool to Retrieve Human Genome Polymorphisms from Public Databases AMIA 2001 Annual conference, Washington DC, November 2001）からの白人のデータより推論される頻度に類似しており、また、Hardy-Weinberg平衡にあった（表３）。
【０１２５】
【表３】
2007527718.tif 000006
【０１２６】
異なるクレードからのハプロタイプ間よりも一つのクレード内のハプロタイプ間ではより小さい差異となるので、わずかな情報ロスで遺伝子型判定の潜在的量をほぼ３０倍にするため（１つの遺伝子型判定されたＳＮＰｓが２８に）、単一ハプロタイプクレードに基づいたアプローチを、結果と多型との関連を調べるのに選択した（Kareco TRJ. and Walley KR. (2003) American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 167: A427）。Ｔ‐１６９３４Ａ ＳＮＰは、ＴＬＲ２ハプロタイプ系統樹の主要な分枝点に位置し、それ故、ＴＬＲ２ハプロタイプは、凡そ同サイズの二つのクレードへと分割されている（図２）。ハプロタイプ６は、１６９３４Ａアレルによって規定されるクレード内の他のハプロタイプと密に関連しているようには見えないものの、‐１６９３４Ａアレルによって規定されるクレード内に属する。これは、歴史のある時点での、‐１６９３４Ｔアレルから‐１６９３４Ａアレルへの、このハプロタイプにおける復帰変異の結果かもしれない。
【０１２７】
ハプロタイプ患者結果
遺伝子型判定が成功した２２３人の白人患者コホートの個体は、少なくともＳＩＲＳ診断基準４のうち２を有していたが、ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａ遺伝子型は、年齢、性別、入院のための内科vs.外科診断、入院時の疾患重症度における差異との間で有意な関連は見られなかった（APACHE II スコアによって算出された）（表４）。
【０１２８】
【表４】
2007527718.tif 000007
【０１２９】
我々の重症患者コホートにおいて、ＴＬＲ２−１６９３４Ａ／Ａ遺伝子型は、本研究の入院時の敗血症の増加率と関連していた。−１６９３４Ａアレルがホモ接合性である患者の７９％が観察期間の第１日目に敗血症になったのに対し、−１６９３４Ｔアレルがヘテロ接合性かホモ接合性の患者では６０％のみであった（Fisher's exact、ｐ＜０．００７）。−１６９３４Ａ／Ａ遺伝子型の患者は、第１日目に敗血症になることにおいて１．３の相対危険度を有していた（９５％ ＣＩ＝１．１−１．６）。
【０１３０】
ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａ遺伝子型が、我々の重症患者コホートにおいて、グラム陽性培養菌の発生を予測するものであることが見出された。グラム陽性培養菌の患者の４０％がＴＬＲ２遺伝子の位置−１６９３４においてＡアレルのホモ接合性であったのに対し、グラム陽性培養菌を有しない患者では２２％のみが位置−１６９３４においてＡアレルのホモ接合性であった（Fisher's exact、ｐ＜０．０２）。−１６９３４Ａアレルがホモ接合性である患者は、グラム陽性培養菌を有する可能性が−１６９３４Ａアレルがホモ接合性でない患者の２倍であった（ＲＲ＝２．０、 ９５％ ＣＩ＝１．１−３．４）。さらに、陽性血液培養物と、Ａ／Ａ及びＡ／Ｔ遺伝子型との間に特異的な関連がみられた。陽性血管内培養物の患者の９９％は、位置−１６９３４においてＡ／Ａ又はＡ／Ｔ遺伝子型であるのに対し、その他の出所（呼吸器、消化管、皮膚若しくは軟部組織、又は、尿生殖器）に由来する陽性培養物を有する患者の７４％のみがＡ／Ａ又はＡ／Ｔ遺伝子型であった（Fisher's exact、ｐ＜０．０５）。
【０１３１】
実施例２： 炎症状態からの回復能力についてのトール様受容体２（ＴＬＲ‐２）ハプロタイプ解析
ＳＩＲＳである６３８人のＩＣＵ患者コホートにおいて、ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａを調べた。患者の２５％がＡＡホモ接合性であり、患者の４８％がＡＴヘテロ接合性であり、そして、患者の２７％がＴＴホモ接合性であった。Ａアレルの頻度は４９％でありＴアレルの頻度は５１％であり、そして、これらアレルはこの集団においてHardy-Weinberg平衡にあった（表５）。ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ、ＡＴ及びＴＴの間で、年齢、性別、APACHE II スコア、及び、入院における内科ｖｓ.外科の分布において、差異はなかった（表５）。
【０１３２】
【表５】
2007527718.tif 000008
【０１３３】
遺伝子型によるベースライン特性（年齢、性別、％外科、APACHE II スコア）の差異はなかった。
【０１３４】
ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ ｖｓ. ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ ｖｓ.ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴの患者で、有意な、生存の連続的減少が見られた（Ｐ値＝０．０３５９）。２８日目において、ＡＡ遺伝子型の患者は７１％の生存率で、ＡＴ遺伝子型の患者は６５％の生存率で、ＴＴ遺伝子型の患者は６０％の生存率であった（表６、図３）。そのため、ＴＬＲ２リスク遺伝子型を有するＳＩＲＳ患者（すなわちＴＬＲ２−１６９３４Ｔ含有リスクハプロタイプを１コピー以上保持する者）は、生存率が減少した。
【０１３５】
【表６】
2007527718.tif 000009
【０１３６】
ＩＣＵ入院時の敗血症罹患率が、ＴＬＲ−２ −１６９３４遺伝子型の ＴＴ（７６％）、ＡＴ（８１％）及びＡＡ（８５％）の患者において、統計学的に有意に（ｐ＝０．０２５）、連続して増加していた（表６、図４）。
【０１３７】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ心血管系障害から免れている日数（Ｐ＝０．０１９）、生存しており且つ昇圧剤（昇圧薬）の使用を免れている日数（ｐ＝０．０４１）、及び、生存しており且つ変力作用薬剤（イノトロープ）の使用を免れている日数（ｐ＝０７４）、との高い有意な関連が見られた（表６、図５）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ心血管系障害から免れている日数、生存しており且つ昇圧剤の使用を免れている日数、及び、生存しており且つ変力作用薬剤の使用を免れている日数が少なくなることから示されるように、より大きな心血管系障害を有していた。ゆえに、ＴＬＲ−２リスク遺伝子型のＳＩＲＳ患者（すなわち、１以上の、ＴＬＲ２−１６９３４Ｔ含有リスクハプロタイプを有する者）は、心血管系障害における統計学的に有意な増加、変力作用薬剤（イノトロープ）の必要性の増加、及び、昇圧剤の必要性の強い傾向を示した。
【０１３８】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と、生存しており且つ３／４ ＳＩＲＳ診断基準を免れている日数（ｐ＝０．０９５）、及び、生存しており且つステロイド使用を免れている日数（ｐ＝０．０６４）との間に、関連する傾向が存在した（表６、図６）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ３／４ ＳＩＲＳ診断基準を免れている日数がより少なく、そして、生存しており且つステロイド使用を免れている日数がより少ないことから示されるように、より大きい全身性炎症反応を示した。
【０１３９】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つ血液凝固を免れている日数との間に統計学的に有意な関連（ｐ＝０．０４８）、及び、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つＩＮＲ＞１．５を免れている日数との間に関連する傾向（ｐ＝０．０７２）が存在した（表６、図７）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ血液凝固障害を免れている日数がより少なく、そして、生存しており且つＩＮＲ＞１．５を免れている日数がより少ないことから示されるように、より大きい血液凝固障害を示した。
【０１４０】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つ腎臓のサポートを免れている日数との間に関連する傾向（ｐ＝０．０８２）が存在し、及び、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つ肝機能障害を免れている日数との間に有意な関連（ｐ＝０．０３５）が存在した（表６、図８）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ腎臓のサポートから免れている日数が少なくなることから示されるように、より大きな腎機能障害を有しており、また、生存しており且つ肝機能障害から免れている日数が少なくなることから示されるように、より大きな肝機能障害を有していた。
【０１４１】
敗血症下位集団（subgroup）
前記方法において規定したように全て敗血症である重症白人患者５１３人の下位集団における前記ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａ遺伝子多型を、我々は調べた。患者の２６％がＡＡホモ接合性で、４８％がＡＴヘテロ接合性で、そして、２６％がＴＴホモ接合性であった。前記Ａアレルの頻度は５０％であり、また、Ｔアレルの頻度も５０％であり、そして、これらのアレルはHardy-Weinberg平衡にあった（表７）。ＴＬＲ−２ −１６９３４ ＡＡ、ＡＴ又はＴＴ 遺伝子型群の間の、年齢、性別、APACHE IIスコア、内科ｖｓ.外科入院状態の分布、の差異はなかった（表７）。
【０１４２】
【表７】
2007527718.tif 000010
【０１４３】
遺伝子型によるベースライン特性（年齢、性別、％外科、APACHE II スコア）の差異はなかった。
【０１４４】
ＴＬＲ−２ −１６９３４ ＡＡ、ＡＴ及びＴＴ遺伝子型群間の２８日間の生存における連続的減少の傾向が存在した（Ｐ＝０．０８９）。前記ＡＡ遺伝子型の患者は７０％の生存率であり、前記ＡＴ遺伝子型の患者は６２％の生存率であり、そして、前記ＴＴ遺伝子型の患者は６０％の生存率であった（表８、図９）。
【０１４５】
【表８】
2007527718.tif 000011
【０１４６】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と、生存しており且つ昇圧剤の使用を免れている日数（ｐ＝０．０４９）、及び、生存しており且つ心血管系障害を免れている日数（ｐ＝０．０４１）との間に、有意な関連が存在した（表８、図１０）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ心血管系障害、昇圧剤（昇圧薬）の使用、及び、変力作用薬剤（イノトロープ）の使用 を免れている日数が少なくなることから示されるように、より大きな心血管系障害を有していた。
【０１４７】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ３／４ ＳＩＲＳ診断基準を免れている日数（ｐ＝０．０８２）、及び、生存しており且つステロイド使用を免れている日数（ｐ＝０．０９２）との間に、関連する傾向が存在した（表８、図１１）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ３／４ ＳＩＲＳ診断基準を免れている日数がより少なく、そして、生存しており且つステロイド使用を免れている日数がより少ないことから示されるように、より大きい全身性炎症反応を示した。
【０１４８】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と生存しており且つ血液凝固（ｐ＝０．０８４）、ＩＮＲ＞１．５（ｐ＝０．０６０）、及び、肝機能障害（ｐ＝０．０６６）、を免れている日数との間に、関連する傾向が存在した（表８、図１２）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ血液凝固障害を免れている日数がより少なく、そして、生存しており且つＩＮＲ＞１．５を免れている日数がより少ないことから示されるように、より大きい血液凝固障害を示した。
【０１４９】
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つ呼吸障害を免れている日数との間に関連する傾向（ｐ＝０．０７１）が存在し、及び、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つ機械的換気を免れている日数との間に関連する傾向（ｐ＝０．０９９）が存在した（表８、図１３）。前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ又はＴＴ）を保有する患者は、生存しており且つ呼吸障害から免れている日数が少なくなり、また、生存しており且つ機械的換気から免れている日数が少なくなることから示されるように、より大きな呼吸障害を有していた。
【０１５０】
実施例３：生物学的に真実味のあるコホート（Biological Plausibility Cohort）に関するトール様受容体２（ＴＬＲ−２）ハプロタイプ解析
本実施例では、人工心肺手術後の患者（生物学的に真実味のあるコホート）における非敗血症性の全身性炎症反応症候群において、前記Ｔ−１６９３４Ａ多型のアレルについて研究した。前記リスクハプロタイプ −１６９３４Ｔが、血清ＩＬ−８濃度（炎症促進性サイトカイン）、又は、血清ＩＬ−１０濃度若しくはインターロイキン１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ｒａ）濃度（ＩＬ−１０及びＩＬ−１ｒａは、抗炎症性サイトカインである）における差異と関連しているか否かについて、評価がなされた。
【０１５１】
生物学的に真実味のあるコホートの参入基準
人工心肺を必要とする待機的冠動脈バイパス術を最初から予定されていた白人患者が、含まれていた（ｎ＝９１）。緊急の又は緊急事態の人工心肺手術を受けた患者は、ショックのような他の引き金に対する炎症反応を示しているかもしれないので、含まれていない。弁手術又は反復心臓手術を受けた患者は、これらの患者が異なる手術前病態生理学的状態にあって且つしばしば手術及び人工心肺の合計時間がより長いため、我々は含めていない。前記ＡＢＩ ＴａｑＭａｎプロトコールを用いて、８８人の患者が、ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａについて首尾よく遺伝子型判定された（Applied Biosystems, Inc.-Livak KJ.(1999) Genet Anal 14: 143-9）。
【０１５２】
生物学的に真実味のあるコホートの臨床表現型
麻酔の誘導と全身性及び肺動脈カテーテル（我々の施設において臨床目的で日常的に挿入されるもの）の設置後に、血清ＩＬ−８、ＩＬ−１０及びＩＬ１ｒａのＬＵＭＩＮＥＸ（Oliver KG. et al. (1998) Clinical Chemistry 44 (9): 2057-60）を用いたベースライン測定のために、人工心肺前に血液を得た。
【０１５３】
前記生物学的に真実味のあるコホートにおけるベースライン特性は、年齢、性別、喫煙状態、糖尿病の存在、高血圧症の存在、手術前の駆出率、人工心肺の持続時間、及び、クロス‐クランプとアプロチニン使用の持続時間であった。
【０１５４】
前記生物学的に真実味のあるコホートにおける前記一次結果変数は、手術後のＩＬ‐８、ＩＬ‐１０及びインターロイキン１受容体拮抗薬（ＩＬ‐１ｒａ）濃度（手術前０時間から手術後３時間）において変化した。データにおける差異は、Kruskal Wallisテスト（Myles Hollander & Douglas A. Wolfe (1973). Nonparametric statistical inference. New York: John Wiley & Sons. Pages 115-120）を用いて調べた。差異がｐ＜０．０５であるとき有意であるとした。これら測定の前記一次分布は、高濃度において歪んでいた。したがって、我々は、これらのデータをログ変換した。ログ変換データにおける差異は、分散分析（ＡＮＯＶＡ）を用いて調べた。全ての統計学的テストは、ＳＰＳＳ統計ソフトウェアパッケージ、バージョン１１．５（ＳＰＳＳ、シカゴ、イリノイ州）を用いて行った。
【０１５５】
研究の理論的根拠
ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（該アレルは、より悪い全身性炎症反応症候群、より低い生存率、及び、ＳＩＲＳ及び敗血症である重症患者におけるより大きな臓器障害と関連する）についての前記臨床所見の確認のため及び該所見の生物学的な真実味性の証拠についての試験のために、我々は、（対象を）独立した人種に変えた。９０人の白人患者について、人工心肺手術の直前と後に、調べた。人工心肺は、前記全身性炎症反応症候群の定義を満たす炎症反応と関連しており、また、炎症性サイトカインの発現の増加とも相関する。この白人８８人の集団において、前記ＡＡ、ＡＴ及びＴＴ遺伝子型頻度が、各々、１７、５７及び１４であることが、判明した。この集団はまた、Hardy-Weinberg平衡にあった。年齢、性別分布、喫煙者、糖尿病者、高血圧症の存在、手術前駆出率、バイパス時間、クロス‐クランプ時間、及び、アプロチニンの使用において、遺伝子型による患者間での有意差は存在しなかった（表９）。
【０１５６】
【表９】
2007527718.tif 000012
【０１５７】
そして、ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａと血清ＩＬ‐８、ＩＬ‐１０及びＩＬ‐１ｒａ濃度との関連性は、人工心肺後に、評価した。
【０１５８】
ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａと、心血管系手術に対するＩＬ−８反応性
ＴＬＲ−２ −１６９３４の遺伝子型に従った、患者の血清ＩＬ‐８の有意な増加が認められた（ＡＡ、ＡＴ、及び、ＴＴ のＩＬ‐８： 各々、４１±８ｐｇ／ｍｌ、８９±１８ｐｇ／ｍｌ、及び、１０２±６１ｐｇ／ｍｌ、ｐ＝０．０４８ 、ＴＬＲ−２−１６９３４ＡＴとＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡの比較での手術後０〜３時間のｌｏｇ血清ＩＬ−８濃度の差についての直線モデル、表１０を参照）。
【０１５９】
【表１０】
2007527718.tif 000013
【０１６０】
前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルは、人工心肺後の炎症促進性サイトカイン（ＩＬ−８）の増加と関連していた。これらの所見は、高濃度のＩＬ−８とＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルが有意に関連するので、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔと生存率の減少及び臓器不全の増加との間の重症ＳＩＲＳ患者における相関についての我々の知見に対する生物学的な真実味性を支持及び提供する。これらの結果はまた、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａである患者における感染とりわけグラム陽性菌感染の増加という我々の知見を支持する（これらの患者は、心血管系手術後の血清ＩＬ−８濃度の低下をきたすためであり、また、ＩＬ−８は感染反応に重要なサイトカインである）。
【０１６１】
ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａと、心血管系手術に対するＩＬ−１０反応性
ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａ と血清ＩＬ−１０濃度の関係が、人工心肺の前と後とで評価された。ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡである患者と比較してＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルを保有する患者において、人工心肺後０から３時間の血清ＩＬ−１０濃度が統計学的に有意に増加していた（ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴ： 各々４±２、１３±６、１７±１０ ｐｇ／ｍｌ （平均±該平均の標準誤差）、ｐ＝０．０３４、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴと比較したＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡの手術後０から３時間のｌｏｇ血清ＩＬ−１０濃度における差異に関する直線モデル、表１１）。
【０１６２】
【表１１】
2007527718.tif 000014
【０１６３】
血清ＩＬ−１０濃度は、平均±該平均の標準誤差（ＳＥ）として示されている。ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡである患者と比較してＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルを保有する患者において、人工心肺後０から３時間の血清ＩＬ−１０濃度が統計学的に有意に増加していた（ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴ： 各々４±２、１３±６、１７±１０ ｐｇ／ｍｌ （平均±該平均の標準誤差）、ｐ＝０．０３４、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡと比較したＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴの手術後０から３時間のｌｏｇ血清ＩＬ−１０濃度における差異に関する直線モデル）。
【０１６４】
ＴＬＲ−２ Ｔ−１６９３４Ａと、心血管系手術に対するインターロイキン１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ｒａ）反応性
ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴである患者と比較してＴＬＲ−２ −１６９３４Ａアレルを保有する患者において、人工心肺後０から３時間の血清ＩＬ−１ｒａ濃度が統計学的に有意に増加していた（ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴ： 各々２８７８７±５２９８、３３３０５±２２１７、１７３５４±７２８９ ｐｇ／ｍｌ （平均±該平均の標準誤差）、ｐ＝０．０３、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴと比較したＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡの手術後０から３時間のｌｏｇ血清ＩＬ−１ｒａ濃度における差異に関する直線モデル、表１２）。
【０１６５】
【表１２】
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【０１６６】
血清ＩＬ−１ｒａ濃度は、平均±該平均の標準誤差（ＳＥ）として示されている。ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴである患者と比較してＴＬＲ−２ −１６９３４Ａアレルを保有する患者において、人工心肺後０から３時間の血清ＩＬ−１ｒａ濃度が統計学的に有意に増加していた（ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴ： 各々２８７８７±５２９８、３３３０５±２２１７、１７３５４±７２８９ ｐｇ／ｍｌ （平均±該平均の標準誤差）、ｐ＝０．０３、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴと比較したＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡの手術後０から３時間のｌｏｇ血清ＩＬ−１ｒａ濃度における差異に関する直線モデル）。
【０１６７】
ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴとＳＩＲＳの患者コホートにおける好ましくない患者結果との関連は、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔと非敗血症性の全身性炎症反応症候群であって類似しているが完全に独立したコホート（すなわち全身性炎症反応症候群が心血管系手術及び人工心肺によって誘発された患者）における血清ＩＬ−８濃度との有力な関連により更に妥当性が認められる。我々は、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルと、手術後の炎症促進性サイトカイン応答（血清ＩＬ−８により反映される）の増大との関連について、証拠を見出した。ＩＬ−８は主要な炎症促進性サイトカインであるので、前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルと患者における血清ＩＬ−８濃度の前記増加は、生物学的真実味を増すことになる。
【０１６８】
前記人工心肺後のサイトカイン（ＩＬ−８）濃度増加は、サイトカインの急速な増加及び／又は放出を、並びに、この反応がＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレルを有する患者で増幅される事を、示している。
【０１６９】
ＩＬ−１０は、手術後及び敗血症後に増加する抗炎症性サイトカインであり、また、敗血症での生存率の減少のような悪い患者結果のマーカーである。ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡの患者と比較したＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ／ＴＴ）（ＴＬＲ−２リスク遺伝子型とも呼ばれる）を保有する患者における心血管系手術後のＩＬ−１０の大幅な増加という知見はまた、前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔアレル（ＡＴ／ＴＴ）を保有するＳＩＲＳ患者の生存率の低下と臓器不全の増加という我々の知見に対して、生物学的真実味をもたらす。
【０１７０】
インターロイキン１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ｒａ）は、敗血症後に増加する抗炎症サイトカインである。インターロイキン１受容体アンタゴニストは、インターロイキン１受容体に結合し、インターロイキン１β（強力な炎症促進性サイトカイン）が結合しその炎症促進作用を及ぼすのを阻害する。そのため、ＩＬ−１ｒａの血清濃度の増加は、ＩＬ−１βの作用を減弱させる。そのため、ＴＬＲ−２ −１６９４３Ｔアレルを有する患者における減少した反応は、ＴＬＲ−２ １６９４３Ｔアレルを保有する患者において惹起された刺激（すなわち心血管系手術）に対する全般的な炎症反応が増大することの生物学的真実味を、更にもたらす。
【０１７１】
生存率及び臓器不全との前記関連が別個の（separate）コホートにおいて見られたのに対し、血清ＩＬ−１ｒａについての前記知見は、一つの独立した（independent）患者コホート（該患者は、心血管系手術を受けている）に由来する。
【０１７２】
ＳＩＲＳのような炎症状態にある対象、及び、リスク遺伝子型を保有する対象は、非リスク又はプロテクティブ遺伝子型のヒトよりも、より有意に治療の恩恵を受けることが見込まれる。
【０１７３】
臨床的な意味（Clinical Implications）
敗血症、重度の敗血症、又は、ＳＩＲＳの対象は、それらのＴＬＲ−２ −１６９３４（配列番号１の位置２０１）遺伝子型又はこのＳＮＰと連鎖不平衡にある多型部位の遺伝子型を判定するために、遺伝子型判定されてもよい。対象は、それから、彼らの死についての特有のリスク又は彼らのグラム陽性菌感染発症の感受性に関して、遺伝子型によりリスクカテゴリーに分類され得る。
【０１７４】
前述の発明は、理解を明瞭にする目的で図解や実施例により詳細に記載されているものであるが、本発明の教示する見地において本付加請求項の精神又は範囲から逸脱することなしに改変及び修飾がなされてもよいことは、当業者には明白であろう。本書で参照された全ての特許、特許出願、及び、刊行物は、参照により、本書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【０１７５】
【図１】トール様受容体（ＴＬＲ−２）についてのハプロタイプ及びハプロタイプクレードを示した図である。
【図２】ＴＬＲ−２ ハプロタイプクレードについての、非ルート式（unrooted）系統樹である。
【図３】ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＡ、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＡＴ、及び、ＴＬＲ−２ −１６９３４ＴＴの患者に関する２８日間に渡るKaplan‐Meier法の生存曲線である。
【図４】ＴＬＲ−２ −１６９３４遺伝子型と、ＩＣＵ入院時における敗血症の頻度との相関を示したグラフである。
【図５】ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ昇圧剤から免れている日数、生存しており且つ変力作用薬剤から免れている日数、及び、生存しており且つ心血管系障害から免れている日数との関連を示したグラフである。
【図６】前記ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ３／４ ＳＩＲＳ診断基準を免れている日数、及び、生存しており且つステロイド使用を免れている日数との関連を示したグラフである。
【図７】ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と、生存しており且つ血液凝固から免れている日数との関連、及び、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つＩＮＲ＞１．５を免れている日数との関連を示したグラフである。
【図８】ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と、生存しており且つ腎臓サポートから免れている日数との関連、及び、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ａ／Ｔ遺伝子型と生存しており且つ肝臓障害から免れている日数との関連を示したグラフである。
【図９】ＴＬＲ−２−１６９３４ＡＡ、ＴＬＲ−２−１６９３４ＡＴ、及び、ＴＬＲ−２−１６９３４ＴＴである患者の２８日間の間のKaplan‐Meier法の生存曲線である。
【図１０】敗血症を伴う重症患者における、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ昇圧剤から免れている日数、及び、生存しており且つ心血管系障害から免れている日数との関連を示したグラフである。
【図１１】敗血症を伴う重症患者における、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ３／４ ＳＩＲＳ診断基準を免れている日数、及び、生存しており且つステロイド使用を免れている日数との関連を示したグラフである。
【図１２】敗血症を伴う重症患者における、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ血液凝固から免れている日数、生存しており且つＩＮＲ＞１．５から免れている日数、及び、生存しており且つ肝臓障害から免れている日数との関連を示したグラフである。
【図１３】敗血症を伴う重症患者における、ＴＬＲ−２ −１６９３４Ｔ／Ａ遺伝子型と、生存しており且つ呼吸障害から免れている日数、及び、生存しており且つ機械換気から免れている日数との関連を示したグラフである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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