(57)【要約】本発明は、自己トランスポーター抗原として使用するためのポリペプチドに関する。本発明はさらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の予防もしくは処置のための医薬の調製における自己トランスポーター機能のため、個体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の診断のためのアッセイの調製のための、ポリペプチドの方法および使用に関する。また、自己トランスポーター抗原として使用するためのポリペプチドを個体に投与することによって、この個体において免疫応答を惹起させるための方法も提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
自己トランスポーター抗原として使用するためのポリペプチドであって、該ポリペプチドは、以下：
（ａ）配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８および配列番号７９からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または
（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列からの少なくとも７個の連続したアミノ酸の１以上のフラグメントまたはこれらの組み合わせを含む、アミノ酸配列
を含む、ポリペプチド。
【請求項２】
前記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的な免疫応答を惹起させるための抗原としての使用である、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した個体において全身性の免疫応答を惹起させるための使用である、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
Ｖ型の自己トランスポーター分泌系の機構を通して、宿主細胞の細胞質内へと分泌される、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８および配列番号７９からなる群より選択され、そして、Ｇ、ＤＧ、ＶＧ、Ｇ、ＡＶ、Ｇ、ＩＶＧ、ＧＴＬＧＧ、Ｓ、ＩＶＧ、およびＭからなる群より選択される、１以上の一般的なＮ末端配列モチーフを共有する、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
前記一般的なＮ末端配列モチーフが、ＧＴＬＧＧ、Ｓ、ＩＶＧおよびＭからなる群より選択される、請求項５に記載のポリペプチド。
【請求項７】
診断において使用するための、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項８】
個体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の予防または処置のための医薬の調製における、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチドの使用。
【請求項９】
前記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した個体のセロポジティブな血清と免疫反応する、自己トランスポータータンパク質を使用する、請求項８に記載の使用。
【請求項１０】
個体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の診断のためのアッセイの調製における、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチドの使用。
【請求項１１】
個体において免疫応答を惹起させる方法であって、該方法は、該個体に、以下：
（ａ）配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８および配列番号７９からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または
（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列からの少なくとも１、２、３、４、５、６もしくは７個のアミノ酸の１以上のフラグメントまたはこれらの混合物を含む、アミノ酸配列
を含むポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項１２】
個体における免疫応答を診断する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体から得られた生物学的サンプルを、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該生物学的サンプルにおいて、該結合因子に結合するポリペプチドの量を決定する工程；および
（ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較して、それにより該個体における免疫応答の存在を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項１３】
前記ポリペプチドが、請求項１〜３のいずれか１項に記載される、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ポリペプチドが、請求項２〜６のいずれか１項に記載される、請求項１１に記載の方法、または請求項８〜９のいずれか１項に記載の使用。
【請求項１５】
１以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質またはその免疫原性フラグメント、および、１以上の免疫賦活薬を含有する、免疫応答を惹起させるための組成物。
【請求項１６】
請求項１５に記載の組成物であって、前記Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質もしくはその免疫原性フラグメントが、以下：
（ａ）配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８、配列番号８６および配列番号７９からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または
（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列からの少なくとも１、２、３、４、５、６もしくは７個のアミノ酸の１以上のフラグメントまたはこれらの組み合わせを含む、アミノ酸配列
を含む、組成物。
【請求項１７】
前記タンパク質またはその免疫原性フラグメントが、請求項１〜３のいずれか１項に記載される、請求項１５または１６に記載の組成物。
【請求項１８】
２以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質またはその免疫原性フラグメントを含む、被験体において免疫応答を惹起させるための組成物。
【請求項１９】
請求項１８に記載の組成物であって、前記Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質またはその免疫原性フラグメントが、以下：
（ａ）配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８、配列番号８６および配列番号７９からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または
（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列からの少なくとも１、２、３、４、５、６もしくは７個のアミノ酸の１以上のフラグメントまたはこれらの組み合わせを含む、アミノ酸配列
を含む、組成物。
【請求項２０】
請求項１８または１９に記載の組成物であって、該組成物は、さらに、１以上の免疫賦活薬を含む、組成物。
【請求項２１】
請求項１５または１６のいずれか１項に記載の組成物を作製する方法であって、該方法は、１以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質またはその免疫原性フラグメントを、１以上の免疫賦活薬と混合する工程を包含する、方法。
【請求項２２】
請求項１８または１９に記載の組成物を作製する方法であって、該方法は、２以上のＣｈｌｙａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質またはその免疫原性フラグメントを混合する工程を包含する、方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法であって、該方法は、前記Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質または免疫原性フラグメントに、１以上の免疫賦活薬を加える工程を包含する、方法。
【請求項２４】
Ｃｐｎ０７９４、Ｃｐｎ０７９５、Ｃｐｎ０７９６、Ｃｐｎ０７９７、ＣＰｎ０７９８およびＣｐｎ０７９９からなる群より選択されるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質、またはその免疫原性フラグメントであって、該自己トランスポータータンパク質のアミノ酸モチーフは、ＩＶＧ、Ａ、ＬＧＧおよびＳを含む、タンパク質。
【請求項２５】
前記繰返しアミノ酸モチーフが、ＩＶＧ、Ａ、ＬＧＧおよびＳを含む、請求項２４に記載の自己トランスポータータンパク質。
【請求項２６】
自己トランスポーター抗原として使用するためのポリペプチドであって、該ポリペプチドは、配列番号８６に対応するアミノ酸配列、配列番号８６に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、配列番号８６の少なくとも７個の連続するアミノ酸の１以上のフラグメントを含むアミノ酸配列、を含む、ポリペプチド。
【請求項２７】
前記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的な免疫応答を惹起させるための抗原としての使用である、請求項２６に記載のポリペプチド。
【請求項２８】
前記使用が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した個体における全身性の免疫応答を惹起させるための使用である、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項２９】
個体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の予防または処置のための医薬の調製における、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載のポリペプチドの使用。
【請求項３０】
個体において免疫応答を惹起させる方法であって、該方法は、該個体に、配列番号８６に対応するアミノ酸配列、配列番号８６に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、配列番号８６の少なくとも７個の連続するアミノ酸の１以上のフラグメントを含むアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項３１】
個体における免疫応答を診断する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体から得られた生物学的サンプルを、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該生物学的サンプルにおいて、該結合因子に結合するポリペプチドの量を決定する工程；および
（ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較して、それにより該個体における免疫応答の存在を決定する工程
を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
この出願は、米国仮特許出願第６０／５４２，８３２号（２００４年３月２日出願）、同第６０／６４３，１１０号（２００５年１月１２日出願）および同第６０／６４４，５５２号（２００５年１月１９日出願）の利益を主張する。これらは、その全体について、本明細書において参考として援用される。
【０００２】
本明細書中で引用される全ての文献は、その全体について、参考として援用される。
【０００３】
（分野）
本発明は、免疫学およびワクチン学の分野に属する。特に、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の免疫原性分子の組み合わせを含む免疫原性組成物に関する。
【背景技術】
【０００４】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属（およびＣｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ（最近提唱されたが、依然として議論されているＣｈｌａｍｙｄｉａｃｅａｅの再分類（非特許文献１、非特許文献２、非特許文献３）によるもの）の細菌は、真核生物細胞の偏性細胞内寄生生物であり、２つの多形性（ｐｌｅｉｏｍｏｒｐｈｉｃ）の発生形態（細胞外における代謝不活性な、胞子様の感染形態（基本小体、ＥＢ）および細胞内における非感染性の複製形態（網様体、ＲＢ）（この形態は、特化した細胞質コンパートメント（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａｌ封入体）に含まれたままである））を含む、固有の二相性の生活環を有する。ＥＢは、宿主細胞表面への最初の付着、およびＥＢがＲＢに分化し得る細胞質封入体の確立を担い、それにより、複製段階を開始する。最終的に、ＲＢは、感染性のＥＢ形態に戻り、隣接する宿主細胞において、新規の複製サイクルを開始し得る。
【０００５】
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染は細胞内感染であるので、現在受け入れられている概念は、有効な抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａの免疫化が、適切なＴ細胞応答と中和抗体の高い血清レベルとの両方を必要とすること、そして「理想的なワクチンが、長く持続する（中和する）抗体とＣｈｌａｍｙｄｉａへの曝露に対し迅速に応答し得る細胞媒介性の免疫とを誘導するはずである」ことである。数例の時折矛盾した研究は、ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８陽性Ｔ細胞の両方が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａの浄化において役割を有することを示唆した（非特許文献４）。実際に、現在、特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｂ細胞が、細胞内Ｃｈｌａｍｙｄｉａの完全な浄化に必須であり、そしてＣｈｌａｍｙｄｉａ感染に対する免疫の回復を媒介するというコンセンサスが一般的であるようである（非特許文献５および非特許文献６を参照のこと）。
【０００６】
現在、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの全ゲノムの探索を実行することは可能であるが、並行するプロテオームの特徴付けにおいて、依然として利用可能な情報が不足している。例として、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の多くについて、配列データが利用可能であるが、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原の免疫学的機能および／または生物学的機能の点からは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原の特徴付けが不十分である。例として、特許文献１および特許文献２のような出願は、配列情報を開示するが、これらの免疫学的機能および／または生物学的機能の点からは、これらの配列は特徴付けされていない。対照的に、特許文献３は、特定のＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質の免疫原性および免疫接近可能性（ｉｍｍｕｎｏａｃｃｅｓｓｉｂｉｌｉｔｙ）についての情報を提供し、以下を強調する：（ｉ）現在のゲノムの注釈ならびに／あるいは（ｉｉ）コンピュータ分析に基づく細胞位置および／または細胞機能に基づく予測、は常に正確にはなり得ないこと。
【０００７】
出願人は、最近、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの外膜に潜在的に関連するタンパク質の中で、可能性のあるワクチン候補について、全ゲノム探索に取り組んだ（非特許文献７）。この研究のために、マウス抗血清を、インシリコでの分析によりＣｈｌａｍｙｄｉａ細胞の周辺に局在すると予測された遺伝子にコードされる、１００種より多い、組み換えＨｉｓタグ化タンパク質または組み換えグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）融合タンパク質に対して調製した。このスクリーニング研究から、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＣＰｎ））のゲノムに由来する５３種の組み換えタンパク質が、ＦＡＣＳアッセイにおいて、精製ＣＰｎ細胞の表面に結合し得るマウス抗体を誘導することが説明された。
【０００８】
Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉの研究（非特許文献７）の範囲は、ＣＰｎ抗原に対して組換え発現された抗体に対する、マウスで産生されたポリクローナル抗血清が、ＣＰｎ細胞の表面に結合し得るか否かを、確認することに限定された。ＦＡＣＳ陽性の組換え抗原に対する抗血清が、宿主細胞のＥＢのインビトロ感染性を妨害し得るか否か（つまり、組換え発現された抗原に対して生じたマウス抗体が、ＣＰｎのインビトロでの感染性を、５０％を超える程度で阻害し得る（一般的な慣習が、このような抗原を「中和する」抗原と認定する特性）か否か）を、試験する研究はなされていなかった。
【０００９】
実際には、これまでに「中和する」特性を有するほんのわずかのＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原が、文献に記載されてきた：特に、７６ｋＤａのホモログタンパク質として同定されたタンパク質（非特許文献８）、表面露出外膜タンパク質ＭＯＭＰ（非特許文献９）、ＰｏｒＢ（非特許文献１０および非特許文献１１）、そしてごく最近では外膜タンパク質のＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的多型ファミリーのＰｍｐ２１のメンバー（Ａ．Ｓｚｃｚｅｐｅｋ、個人的な通信）も。これらの全てのタンパク質は、初期のＦＡＧＳに基づくスクリーニング研究（非特許文献７）において、実際に選択された。しかしながら、外膜抗原がＭＯＭＰおよびＰｏｒＢの場合、それが、組換えワクチン開発計画について、おそらく数種類の実施上の問題を提示し得ることが留意され得る。例えば、ＭＯＭＰおよびＰｏｒＢの両方が、不連続的かつ高次構造依存的な中和エピトープを維持するために天然の高次構造を必要とするような膜内在性タンパク質である。このようなタンパク質の生成は、仮想ワクチンの調製において望まれ得ない特殊なプロセシング工程（再折りたたみ）を必要とし得る。他の一般的な問題は、対立遺伝子のバリエーションの程度、および、必ずしも、全てのＣｈｌａｍｙｄｉａ細胞または全てのＣｈｌａｍｙｄｉａ単離株において発現されない調節タンパク質から生じ得る。
【特許文献１】国際公開第９９／２８４７５号パンフレット
【特許文献２】国際公開第９９／２７１０５号パンフレット
【特許文献３】国際公開第０２／０２４０４号パンフレット
【非特許文献１】Ｂｕｓｈら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｓｙｓｔ  Ｅｖｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００１）５１：ｐ．２０３〜２０
【非特許文献２】Ｅｖｅｒｅｔｔら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｓｙｓｔ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ（１９９９）４９：Ｐｔ２４１５−４０
【非特許文献３】Ｓｃｈａｃｈｔｅｒら、Ｉｎｔ  Ｊ  Ｓｙｓｔ  Ｅｖｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００１）５１：２４９、ｐ．２５１〜３
【非特許文献４】ＬｏｏｍｉｓおよびＳｔａｒｎｂａｃｋ、Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００２）５：ｐ．８７〜９１
【非特許文献５】Ｉｇｉｅｔｓｅｍｅ、ＢｌａｃｋおよびＣａｌｄｗｅｌｌ、Ｂｉｏｄｒｕｇｓ（２００２）１６：ｐ．１９〜３５
【非特許文献６】Ｉｇｉｅｔｓｅｍｅら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（１９９９）９８：ｐ．５１０〜５１９
【非特許文献７】Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０：ｐ．３６８〜３７９
【非特許文献８】Ｐｅｒｅｚ−Ｍｅｌｇｏｓａら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９４）６２：ｐ．８８０〜６
【非特許文献９】Ｗｏｌｆら、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ（２００１）６９：ｐ．３０８２〜９１
【非特許文献１０】Ｋａｗａら、Ｊ  Ｉｎｉｍｕｎｏｌ（２００２）１６８：ｐ．５１８４〜９１
【非特許文献１１】Ｋｕｂｏら、Ｍｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２０００）３８：ｐ．７７２〜８０
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
したがって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質への曝露に対して、免疫応答を惹起させ得る、改善された組成物を提供することが望ましい。補完的な免疫学的プロフィールおよび／または生物学的プロフィールを有する、選択される２つ以上のＣＰｎタンパク質の１つ以上の組み合わせを含む、改善された組成物を提供することもまた望ましく、この組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ誘発性の疾患および／または感染に対する免疫を提供し得る（例えば、予防用のワクチン接種）か、または（ｂ）確立された慢性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の根絶（例えば、治療用のワクチン接種）のためのものである。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
（発明の要旨）
本発明は、自己トランスポーター抗原（ａｕｔｏｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  ａｎｔｉｇｅｎ）として使用するためのポリペプチドに関し、このポリペプチドは、以下：（ａ）配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８および配列番号７９からなる群より選択されるアミノ酸配列；（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列からの少なくとも７個の連続したアミノ酸の１以上のフラグメントを含む、アミノ酸配列、またはこれらの組み合わせを含む、ポリペプチドを含む。
【００１２】
本発明はまた、個体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を予防もしくは処置するための医薬の調製における、ポリペプチドの使用にも関する。例えば、ポリペプチドの使用は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した個体のセロポジティブな血清と免疫反応する自己トランスポータータンパク質としての使用であり得る。
【００１３】
本発明はさらに、個体において免疫応答を惹起させるための方法に関し、この方法は、個体に、（ａ）配列番号５４、配列番号６、配列番号５５、配列番号５６、配列番号７８および配列番号７９からなる群より選択されるアミノ酸配列；（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列からの少なくとも１、２、３、４、５、６もしくは７個のアミノ酸の１以上のフラグメントまたはこれらの組み合わせを含む、アミノ酸配列、を含むポリペプチドを投与する工程を包含する。
【００１４】
また、個体における免疫応答を診断するための方法が提供され、この方法は、（ａ）個体から得られた生物学的サンプルを、自己トランスポーター機能を有するポリペプチドに結合する結合因子と接触させる工程；（ｂ）生物学的サンプルにおいて、結合因子に結合するポリペプチドの量を決定する工程；および（ｃ）ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較して、それにより個体における免疫応答の存在を決定する工程、を包含する。
【００１５】
被験体において免疫応答を惹起させるための組成物がまた、提供され、この組成物は、２以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ自己トランスポータータンパク質もしくはその免疫原性フラグメントを含む。この組成物は、さらに、１以上の免疫賦活薬を含み得る。
【００１６】
また、配列番号８６に対応するアミノ酸配列、配列番号８６に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、配列番号８６の少なくとも７個の連続するアミノ酸の１以上のフラグメントを含むアミノ酸配列、を含むポリペプチドの、自己トランスポーター抗原としての使用も提供される。
【００１７】
本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌由来の第１の生物学的分子と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌由来の第２の生物学的分子とを含有する組成物に関する。第１の生物学的分子は、配列番号１〜配列番号８６からなる群、または、配列番号１〜配列番号４１からなる群より選択される。
【００１８】
組成物はまた、配列番号１〜配列番号８６、もしくは、配列番号１〜配列番号４１からなる群より選択される、第２の生物学的分子を含有し得る。
【００１９】
組成物はまた、配列番号１〜４１からなる群より選択される、２以上の生物学的分子を含有し得る。
【００２０】
組成物はまた、配列番号１〜４１からなる群より選択される１以上の生物学的分子を、配列番号４２〜８６からなる群より選択される１以上の生物学的分子と組み合せて含有し得る。
【００２１】
添付の特許請求の範囲のいずれかに記載される組成物は、さらに、ＡＤＰ−リボシル化外毒素（ｅｘｏｔｏｘｉｎ）もしくはその誘導体のようなアジュバントを含有するか、または、アジュバントは、コレラ毒素（ＣＴ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ熱不安定性腸内毒素（ｅｘｔｅｒｏｔｏｘｉｎ）（ＬＴ）、およびアジュバント活性を有するこれらの変異体からなる群より選択される。
【００２２】
本発明の組成物を含有するワクチン、およびこのワクチンの使用がまた提供される。ワクチンは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の予防もしくは処置のための医薬の調製において使用され得、そして、例えば、経粘膜、鼻腔内、もしくは膣内に投与され得る。
【００２３】
さらに、宿主被験体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を処置するための方法が提供され、この方法は、安全有効量のワクチンの投与を包含する。
【００２４】
本発明の別の局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する免疫原性組成物が提供され、この組み合わせは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの基本小体と結合した少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの網様体と結合した少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とを含む。
【００２５】
本発明の別の局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する免疫原性組成物が提供され、この組み合わせは、第１抗原群の少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、第２抗原群の少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とを含み、上記第１抗原群は、ＩＩＩ型分泌系（Ｔｙｐｅ  ＩＩＩ  Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ）（ＴＴＳＳ）タンパク質を含み、そして、上記第２抗原群は、ＩＩＩ型分泌系（ＴＴＳＳ）エフェクタータンパク質を含む。
【００２６】
本発明のなお別の局面において、少なくとも２つの血液型亜型にわたり保存されている、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を含む、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する、免疫原性組成物が提供される。
【００２７】
本発明のなお別の局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する組成物が提供され、上記組み合わせは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的ＴＨ１免疫応答、およびＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的ＴＨ２免疫応答を惹起させる。
【００２８】
本発明は、さらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した患者の処置の効果をモニタリングする方法を提供し、この方法は、本発明の免疫原性組成物を患者に投与した後に、患者におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的抗体のレベルを決定する工程を包含する。
【００２９】
（発明の説明）
本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌由来の第１の生物学的分子と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌由来の第２の生物学的分子とを含有する組成物を提供する。用語「生物学的分子」としては、タンパク質、抗原および核酸が挙げられる。この組成物はまた、好ましくは、さらなる生物学的分子（これもまたＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する）を含有し得る。すなわち、組成物は、２以上（例えば、３、４、５、６、７、８など）の生物学的分子を含有し得、これらのうちの少なくとも２つ（例えば、３、４、５、６、７、８など）が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する。このような組成物としては、（ｉ）２以上の異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質；（ｉｉ）２以上の異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ核酸、または（ｉｉｉ）１以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質および１以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ核酸の混合物を含有する組成物が挙げられる。
【００３０】
本発明の１つの局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的なＴＨ１免疫応答（例えば、細胞媒介性もしくは細胞性の免疫応答）を惹起させる少なくとも１つの抗原と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的なＴＨ２応答（例えば、体液性もしくは抗体の応答）を惹起させる少なくとも１つの抗原との組み合わせを含有する免疫原性組成物が提供される。この免疫原性組成物は、さらに、ＴＨ１アジュバントおよびＴＨ２アジュバントを含有し得る。
【００３１】
本発明の別の局面において、少なくとも２つの血液型亜型にわたって保存される、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を含有する、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する免疫原性組成物が提供される。
【００３２】
本発明のなお別の局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的なＴＨ１免疫応答を惹起させる少なくとも１つの抗原と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的なＴＨ２免疫応答を惹起させる少なくとも１つの抗原とを含有する免疫原性組成物が提供され、この組み合わせは、少なくとも２つの血液型亜型にわたって保存される、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を含む。
【００３３】
本発明の別の局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的なＴＨ１免疫応答を惹起させる少なくとも１つの抗原と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的なＴＨ２免疫応答を惹起させる少なくとも１つの抗原とを含有する免疫原性組成物は、好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＥＢに結合した少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＲＢに結合した少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とを含む、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する。なおさらなるこのような組み合わせは、少なくとも１つの他の血液型亜型に由来するＲＢおよび／またはＥＢ抗原と結合する、１つの血液型亜型に由来するＥＢおよび／またはＲＢ抗原を含み得る。
【００３４】
本発明のさらなる局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有するキットが提供され、このキットにおいて、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＥＢと結合しており、そして、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＲＢと結合している。このキットは、さらに、ＴＨ１アジュバント、ＴＨ２アジュバント、および指示書を備え得る。
【００３５】
本発明は、さらに、本発明の免疫原性組成物を投与することによって、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を惹起させる方法を提供する。
【００３６】
本発明は、さらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した被験体の処置の効果をモニタリングする方法を提供し、この方法は、本発明の免疫原性組成物を投与した後に、被験体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的抗体またはＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的エフェクター分子のレベルを決定する工程を包含する。
【００３７】
１つの好ましい実施形態において、第１および第２の生物学的分子は、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ種に由来する（例えば、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血液型亜型に由来する）が、これらは、同じ種に由来していてもよい。組成物中の生物学的分子は、異なる血清群に由来しても、同じ種の系統に由来してもよい。第１の生物学的分子は、好ましくは、配列番号１〜８６からなる群より選択される。より好ましくは、第１の生物学的分子は、配列番号１〜４１および／または配列番号４２〜８６からなる群より選択される。好ましくは、第１の生物学的分子は、精製されたか、もしくは、単離された生物学的分子である。第２の生物学的分子は、好ましくは、配列番号１〜８６からなる群より選択される。より好ましくは、第２の生物学的分子は、配列番号１〜４１および／または配列番号４２〜８６からなる群より選択される。好ましくは、第２の生物学的分子は、精製されたか、もしくは、単離された生物学的分子である。従って、本発明に従う特定の組成物としては、以下を含む組成物が挙げられる：配列番号１〜４１からなる群より選択される、２以上の生物学的分子；配列番号１〜４１からなる群より選択される１以上の生物学的分子、および配列番号４２〜８６からなる群より選択される、１以上の生物学的分子の組み合わせ。第１および第２の生物学的分子の一方もしくは両方が、本明細書中に具体的には開示されておらず、そして、本特許出願が出願される前に、同定、発見、もしくは、公的に利用可能に作製、または、精製されていない可能性のある、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの生物学的分子であり得る。
【００３８】
別の実施形態において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせが提供され、この組み合わせは、少なくとも１つのＩＩＩ型分泌系（ＴＴＳＳ）タンパク質および、少なくとも１つのＩＩＩ型分泌系（ＴＴＳＳ）分泌、もしくはエフェクタータンパク質、またはそれらのフラグメントを含む。ＴＴＳＳタンパク質（すなわち、ＣｈｌａｍｙｄｉａのＴＴＳＳ機構に関連するＴＴＳＳタンパク質）を同定するための多数の方法が存在する。ＴＴＳＳは、複雑なタンパク質の分泌および送達の機構もしくは装置であり、全体的もしくは部分的に基本小体上に位置し得、Ｃｈｌａｍｙｄｉａのような生物が、細菌感染を確立するため、そして、宿主の細胞機能を調節するために、（抗宿主ビルレンス決定基として機能し得る）細菌エフェクタータンパク質のようなタンパク質を、真核生物細胞の細胞質内に投入することによって、その細胞内の場所を確保することを可能にする。ＥＢ表面に露出されるＴＴＳＳタンパク質は、宿主細胞内への接着および／または取り込みにおいて役割を果たし得る。
【００３９】
背景的な情報として、ＴＴＳＳは、複雑なタンパク質の分泌および送達の機構もしくは装置であり、基本小体（ＥＢ）上に位置し得、Ｃｈｌａｍｙｄｉａのような生物が、細菌感染を確立するため、そして、宿主の細胞機能を調節するために、（抗宿主ビルレンス決定基として機能し得る）細菌エフェクタータンパク質のようなタンパク質を、真核生物細胞の細胞質内に投入することによって、その細胞内の場所を確保することを可能にする。これらの投入されたタンパク質（ＴＴＳＳエフェクタータンパク質）は、宿主細胞に種々の効果を発揮し得る。この効果としては、アクチンおよび他の構造タンパク質の操作、ならびに、宿主細胞のシグナル伝達系の変調が挙げられるがこれらに限定されない。ＴＴＳＳ系の投入された（もしくは転位した）タンパク質もしくは物質はまた、ＭＨＣ−クラスＩ分子によってプロセシングおよび提示され得る。
【００４０】
ＩＩＩ型分泌系によって分泌されるタンパク質の全てが、宿主細胞内に送達されるか、もしくは、エフェクター機能を有するわけではない。基本小体（ＥＢ）は、「代謝的には不活性である」ものと解釈されるが、（ＥＢ）上に位置するＣｈｌａｍｙｄｉａのＴＴＳＳ系は、膜の接触によって誘発されず、そして、予め形成されえた「ペイロード（ｐａｙｌｏａｄ）」タンパク質を放出し得ると想定されている。現在の仮説は、ＩＩＩ型分泌系（ＴＴＳＳ）は、宿主細胞の細胞質へとタンパク質を分泌するため、そして、封入体膜へとＣｈｌａｍｙｄｉａのタンパク質（Ｉｎｃセットなど）を挿入するためのＣｈｌａｍｙｄｉａの複製周期の細胞内期の間に活性になり、宿主細胞の細胞質から成長したＣｈｌａｍｙｄｉａの微小コロニーを分離する、というものである（Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉら（２００２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０（１）；３８６−３７９を参照のこと）。
【００４１】
タンパク質は、感染後２時間（初期周期（ｅａｒｌｙ  ｃｙｃｌｅ））で発現および分泌され得、一方で、他の初期周期および中期周期のＩＩＩ型特異的な遺伝子の発現は、６〜１２時間（中期周期（ｍｉｄ  ｃｙｃｌｅ））まで検出できない。１６〜２０時間後、ＲＢは、ＥＢへと分化し始め、そして、４８〜７２時間までに、ＥＢは、封入体内で優勢となる。宿主細胞が溶解すると、ＥＢの細胞外空間への放出が生じ、細胞外空間で、より多くの細胞に感染し得る。本明細書の目的のために、初期遺伝子とは、（ｍＲＮＡ発現の観点で）感染の初期に発現されるものであり、中期遺伝子とは、感染後の中期周期において発現されるものであり、そして、後期遺伝子とは、ＲＢのＥＢへの最終的な移行の間に発現されるものである。初期、中期および後期の段階のタンパク質と、これらの転写および翻訳のプロフィールと間には、タイムラグが存在し得る。なぜならば、ｍＲＮＡが豊富であることは、タンパク質が豊富であることと常には相関し得ないからである。
【００４２】
１つの例において、本発明は、ＴＴＳＳフェクタータンパク質を含み得る。記載されるＴＴＳＳフェクタータンパク質は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＲＢと結合しており、そして、例えば、免疫蛍光顕微鏡法を用いて同定され得る（Ｂａｎｎａｎｔｉｎｅら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６６（１２）；６０１７−６０２１を参照のこと）。
【００４３】
ＴＴＳＳ機構により分泌された推定のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ＴＴＳＳエフェクタータンパク質に対するエフェクター抗体は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染（例えば、早期、中期または後期の周期）の間の、特定の時点に、宿主細胞内にマイクロインジェクションされ得る。次いで、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの宿主細胞内への侵入に関連する、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する宿主細胞の反応（例えば、アクチン再構築、エンドソームの成熟化の阻害、宿主の脂質獲得、ならびにＭＨＣクラスＩ分子およびＭＨＣクラスＩＩ分子のダウンレギュレーション）が観察される。これらの一次的な観察に基づいて、ＴＴＳＳエフェクタータンパク質（ＲＢに結合したＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質）が検出され得る。
【００４４】
本発明の特定の組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有し得、上記組み合わせは、２、３、４、５、もしくは６つ全ての第１の抗原群のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなり、上記第１の抗原群は、（１）ｐｍｐ２；（２）ｐｍｐ１０；（３）エノラーゼ；（４）ＯｍｐＨ様タンパク質；ならびに（５）ＣＰｎ特異的な遺伝子であるＣＰｎ０７５９およびＣＰｎ００４２の生成物からなる。これらの抗原は、本明細書中で、「第１の抗原群」と呼ばれる。
【００４５】
好ましくは、本発明の組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有し、上記組み合わせは、以下からなる群より選択される:（１）ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０；（２）ｐｍｐ２およびエノラーゼ；（３）ｐｍｐ２およびＯｍｐＨ様タンパク質；（４）ｐｍｐ２およびＣＰｎ０７５９；（５）ｐｍｐ２およびＣＰｎ００４２；（６）ｐｍｐ１０およびエノラーゼ；（７）ｐｍｐ１０およびＯｍｐＨ様タンパク質；（８）ｐｍｐ１０およびＣＰｎ０７５９；（９）ｐｍｐ１０およびＣＰｎ００４２；（１０）エノラーゼおよびＯｍｐＨ様タンパク質；（１１）エノラーゼおよびＣＰｎ０７５９；（１２）エノラーゼおよびＣＰｎ００４２；（１３）ＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ０７５９；（１４）ＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ００４２；（１５）ＣＰｎ０７５９およびＣＰｎ００４２；（１６）ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０およびエノラーゼ；（１７）ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０およびＯｍｐＨ様タンパク質；（１８）ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０およびＣＰｎ０７５９；（１９）ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０およびＣＰｎ００４２；（２０）ｐｍｐ２およびエノラーゼおよびＯｍｐＨ様タンパク質；（２１）ｐｍｐ２およびエノラーゼおよびＣｐｎ０７５９；（２２）ｐｍｐ２およびエノラーゼおよびＣＰｎ００４２；（２３）ｐｍｐ２およびＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ０７５９；（２４）ｐｍｐ２およびＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ００４２；（２５）ｐｍｐ２およびＣｐｎ０７５９およびＣＰｎ００４２；ならびに（２６）ｐｍｐ１０およびエノラーゼおよびＯｍｐＨ様タンパク質；（２７）ｐｍｐ１０およびエノラーゼおよびＣＰｎ０７５９；（２８）ｐｍｐ１０およびエノラーゼおよびＣＰｎ００４２；（２９）エノラーゼおよびＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ０７５９；（３０）エノラーゼおよびＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ００４２；（３１）ＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ０７５９およびＣＰｎ００４２。
【００４６】
好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組成物は、ｐｍｐ２、ｐｍｐ１０、エノラーゼ、ＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ０７５９からなる。
【００４７】
好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組成物は、ｐｍｐ２、ｐｍｐ１０、エノラーゼ、ＯｍｐＨ様タンパク質およびＣＰｎ００４２からなる。
【００４８】
好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組成物は、ｐｍｐ２、ｐｍｐｌＯ、エノラーゼ、ＯｍｐＨ様タンパク質、ならびにＣＰｎ０７５９およびＣＰｎ００４２からなる。
【００４９】
本発明はまた、特に組み合せて使用する場合に、免疫化の目的に特に適した、１２のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原のわずかにより大きい群を提供する。（この第２の抗原群は、第１の抗原群の６つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を含む）。これらの１２のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、以下の第２の抗原群を形成する：（１）ｐｍｐ２；（２）ｐｍｐ１０；（３）エノラーゼ；（４）ＯｍｐＨ様タンパク質；（５）ＣＰｎ０７５９；（６）ＣＰｎ００４２；（７）ＡｒｔＪ；（８）ＨｔｒＡ；（９）ＡｔｏＳ；（１０）ＯｍｃＡ；（１１）ＣＰｎ０４９８；および（１２）ＣＰｎ０５２５。これらの抗原は、本明細書中で、「第２の抗原群」と呼ばれる。
【００５０】
従って、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含有する組成物を提供し、上記組み合わせは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは１２の第２の抗原群のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。好ましくは、上記組み合わせは、２、３、４もしくは５の第２の抗原群のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。なおより好ましくは、上記組み合わせは、第２の抗原群の６つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる。第１および第２の抗原群のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下でより詳細に記載される。
【００５１】
（１）Ｐｍｐ１０（ＣＰｎ０４４９）
ｐｍｐ１０タンパク質の１例は、以下に配列番号１（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＧＩ：  １４１９５０１６）として示される。本発明と共に使用するために好ましいｐｍｐ１０タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのｐｍｐ１０（ｐｍｐ２）タンパク質としては、配列番号１の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号１）
【００５２】
【数１】
2007526318.tif 000002
（２）Ｐｍｐ２＝多形外膜（Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ  Ｏｕｔｅｒ  Ｍｅｍｂｒａｎｅ）プロテインＧファミリー（ＣＰｎ  ００１３）
ｐｍｐ２タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１３９および１４０として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６２７０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８１７２．１’ＣＰｎＯ０１３’；以下の配列番号２｝。本発明と共に使用するために好ましいｐｍｐ２タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号２に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号２（Ｓｅｑ  ＩＤ  ＮＯ：１）の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのｐｍｐ２タンパク質としては、配列番号２の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号２（Ｓｅｑ  ＩＤ  ＮＯ：１）からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号２）
【００５３】
【数２】
2007526318.tif 000003
（３）エノラーゼ（Ｃｐｎ０８００）
「Ｅｎｏ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号９３および９４として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７７１１１｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８９３８．１｜’Ｃｐｎ０８００’；以下の配列番号３｝。本発明と共に使用するために好ましいＥｎｏタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号３（Ｓｅｑ  ＩＤ  Ｎｏ：２）に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号３（Ｓｅｑ  ＩＤ  Ｎｏ：２）の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＥｎｏタンパク質としては、配列番号３の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号３からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号３）
【００５４】
【数３】
2007526318.tif 000004
（４）ＯｍｐＨ様外膜タンパク質（ＣＰｎ０３０１）
ＯｍｐＨ様タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号７７および７８として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６５７７｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８４５０．１｜’ＣＰｎ０３０１’；以下の配列番号４｝。本発明と共に使用するために好ましいＯｍｐＨ様タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号４に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号４（Ｓｅｑ  ＩＤ  Ｎｏ：３）の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＯｍｐＨ様タンパク質としては、配列番号４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１９、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号４）
【００５５】
【数４】
2007526318.tif 000005
（５）ＣＰｎ００４２（仮想（ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ））
仮想タンパク質の１例は、以下に配列番号５として示される。ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６２９６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８１９５．１。本発明と共に使用するために好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号５に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号５の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらの仮想タンパク質としては、配列番号５の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１９、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号５）
【００５６】
【数５】
2007526318.tif 000006
（６）ＣＰｎ０７９５（仮想）
仮想タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号６３および６４として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７７１０６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８９３３．１｜’ＣＰｎ０７９５７’；以下の配列番号６｝。実施例が実証するように、本発明者らは、ＣＰｎ０７９５およびＣｐｎ０７９４〜Ｃｐｎ０７９９の群における関連のタンパク質が、分泌型の自己トランスポーター機能を有することを初めて示した。自己トランスポーター分泌機構により分泌されるタンパク質は、全体的に求心力のある（ｕｎｉｆｙｉｎｇ）構造（（内側の膜を横切る分泌のための）アミノ末端のリーダーペプチド、分泌された成熟タンパク質（またはパッセンジャー（passenger）ドメイン）、および、外膜の孔（この孔を通ってパッセンジャードメインが細胞表面へと通過する）を形成する、専用のＣ末端ドメインを含む）を有することが示されている。外膜を横切る分泌のために必要とされるものは、単一の分子内に含まれ、そして、分泌は、エネルギーに依存しないプロセスであるようである。タンパク質の構造上の特性は、分泌に課され得る生物物理学的な制約を考慮すると、孔のサイズにより制限され得る。
【００５７】
自己トランスポーター、すなわち、Ｖ型の分泌系は、生物が、細菌の表面に、そして、細菌の表面を越えてタンパク質を分泌することを可能にする、専用のタンパク質転位機構である。分泌機構、および、単に単回の認識事象によって新しい自己トランスポータータンパク質を発生させるその能力は、細菌が、周辺質、または輸出された（ｅｘｐｏｒｔｅｄ）ビルレンス因子として発生される、タンパク質の分泌効率を増加させる、豊富な機会を与えている。
【００５８】
自己トランスポーター（Ｖ型）分泌機構の１つのモデルにおいて、タンパク質は、自己トランスポーター分泌機構によって輸出され、そして、ポリタンパク質プロセシングドメインとして翻訳される。自己トランスポーターは、全体的に求心力のある（ｕｎｉｆｙｉｎｇ）構造を有し、これらは、３つの機能ドメイン：アミノ末端のリーダーペプチド、分泌された成熟タンパク質（パッセンジャードメイン）、および、パッセンジャードメインの分泌を可能にするためのβ−バレル孔を形成するＣ末端（β）ドメインを含む。リーダー配列は、ｓｅｃ装置を介して分泌を命令し、そして、シグナルペプチだーゼによって、内側の膜で切断され、そして、分子の残りの部分を周辺質へと放出する。一旦、周辺質に入ると、βドメインが、β−バレル形状の構造により特徴付けられる、生物物理学的に好ましい状態を確実なものにし、それ自体を、外膜へと挿入して、孔を形成する。外膜に挿入した後、パッセンジャードメインが、細菌の細胞表面に転位され、そして、細菌の細胞表面において、パッセンジャードメインは、インタクトなままであっても、プロセシングを受けてもよい。プロセシングを受けたタンパク質は、細胞外環境へと放出されても、細菌の細胞表面と結合したままであってもよい（ＨｅｎｄｅｒｓｏｎおよびＮａｔａｒｏ，「Ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ａｕｔｏｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ」，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，Ｖｏｌ．６９，Ｎｏ．３，２００１年３月，１２３１−１２４３頁）。
【００５９】
本発明と共に使用するために好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号６に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号６の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらの仮想タンパク質としては、配列番号６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１９、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。実施例が実証するように、本発明者らは、ＣＰｎ０７９５が、感染性ＥＢ形状の表面上にある抗体に対して提示され、そしてアクセス可能であるようであり、そして、このタンパク質が、免疫原性の組成物もしくはワクチンの良好な成分になることを初めて示した。
【００６０】
本願の表１は、Ｃｐｎ特異的な仮想タンパク質であるＣｐｎ０７９５（配列番号６）が、ＦＡＣＳ陽性なタンパク質であり、そして、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染のハムスター脾臓モデルにおいて、有意な免疫保護活性を示すことを実証する。本発明者らは、Ｃｐｎ特異的な仮想タンパク質のこの群における他のＣｐｎタンパク質が、分泌型の自己トランスポーター機能を有することがここで見出された、ということを実証する証拠を見出した。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓには存在しない、これらのタンパク質としては、以下が挙げられる：ｇｉ／４３７７１０５（Ｃｐｎ０７９４）、ｇｉ／４３７７１０６（Ｃｐｎ０７９５）、ｇｉ／４３７７１０７（Ｃｐｎ０７９６）、ｇｉ／４３７７１０８（Ｃｐｎ０７９７）、ｇｉ／４３７７１０９（ＣＰｎ０７９８）、ｇｉ／４３７７１１０（Ｃｐｎ０７９９）。
（配列番号６）
【００６１】
【数６】
2007526318.tif 000007
（７）ＡｒｔＪアルギニン周辺質結合タンパク質（ＣＰｎ０４８２）
「ＡｒｔＪ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号７３および７４として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６７６７｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６２２．１｜’ＣＰｎ０４８２’；以下の配列番号７｝。本発明と共に使用するために好ましいＡｒｔＪタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号７に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号７の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＡｒｔＪタンパク質としては、配列番号７の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。ＡｒｔＪタンパク質は、低分子様アルギニンもしくは別のアミノ酸に結合し得る。
（配列番号７）
【００６２】
【数７】
2007526318.tif 000008
（８）ＨｒｔＡ（ＨｔｒＡ）  ＤＯセリンプロテアーゼ（ＣＰｎ０９７９）
「ＨｒｔＡ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１１１および１１２として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７７３０６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１９１１６．１｜’ＣＰｎ０９７９’；以下の配列番号８｝。本発明と共に使用するために好ましいＨｒｔＡタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号８に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号８の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＨｒｔＡタンパク質としては、配列番号８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号８からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１６、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。配列番号８に関連して、区別可能なドメインは、以下の残基である：１−１６；１７−４９７；１２８−２８９；２９０−３８１；３９４−  ４８５；および３９４−４９７。
（配列番号８）
【００６３】
【数８】
2007526318.tif 000009
（９）ＡｔｏＳ２成分調節系センサーヒスチジンキナーゼタンパク質（ＣＰｎ０５８４）
「ＡｔｏＳ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１０５および１０６として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６８７８｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８７２３．１｜’ＣＰｎ０５８４’；以下の配列番号９｝。本発明と共に使用するために好ましいＡｔｏＳタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号９に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号９の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＡｔｏＳタンパク質としては、配列番号９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号９からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号９）
【００６４】
【数９】
2007526318.tif 000010
（１０）ＯｍｃＡ  ９ｋＤａ−システインリッチリポタンパク質（ＣＰｎ０５５８）
「ＯｍｃＡ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号９および１０として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６８５０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６９８．１｜’ＣＰｎ０５５８’，’ＯｍｃＡ’，’Ｏｍｐ３’；以下の配列番号１０｝。本発明と共に使用するために好ましいＯｍｃＡタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１０に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１０の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＯｍｃＡタンパク質としては、配列番号１０の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１０からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１８、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。このタンパク質は、（例えば、Ｎ−アシルジグリセリドによって）脂質化され得、従って、Ｎ−末端システインを有し得る。
（配列番号１０）
【００６５】
【数１０】
2007526318.tif 000011
（１１）ＣＰｎ０４９８（仮想）
仮想タンパク質の１例は、以下に配列番号１１（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＧＩ：４３７６７８４；ＡＡＤ１８６３８．１）として示される。本発明と共に使用するために好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１１に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１１の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらの仮想タンパク質としては、配列番号１１の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１１からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１８、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。このタンパク質は、（例えば、Ｎ−アシルジグリセリドによって）脂質化され得、従って、Ｎ−末端システインを有し得る。
（配列番号１１）
【００６６】
【数１１】
2007526318.tif 000012
（１２）ＣＰｎ０５２５（仮想）
「ＣＰｎ０５２５」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１１７および１１８として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６８１４｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６６５．１｜’ＣＰｎ０５２５’，以下の配列番号１２｝。本発明と共に使用するために好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１２に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１２の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＯｍｃＡタンパク質としては、配列番号１２の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１２からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く；シグナルペプチドを除去するためには、好ましくは、１８、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、上記のシグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号１２）
【００６７】
【数１２】
2007526318.tif 000013
（第３の抗原群）
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原群または第２の抗原群のいずれかからの、２以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合せることによって向上され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原としては、以下からなる、第３の抗原群が挙げられる：（１）ＬｃｒＥ、（２）ＤｎａＫ、（３）Ｏｍｐ８５ホモログ、（４）Ｍｉｐ−様；（５）ＯｍｃＢ、（６）ＭｕｒＧ、（７）Ｃｐｎ０１８６および（８）ｆｌｉＹ。これらの抗原は、本明細書中で、「第３の抗原群」と呼ばれる。
【００６８】
（１３）ＬｃｒＥ低カルシウム応答性Ｅタンパク質（ＣＰｎ０３２４）
「ＬｃｒＥ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号２９および３０として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６６０２｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８４７３．１｜’ＣＰｎ０３２４’；以下の配列番号１３｝。本発明と共に使用するために好ましいＬｃｒＥタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１３に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１３の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＬｃｒＥタンパク質としては、配列番号１３の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１３からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号１３）
【００６９】
【数１３】
2007526318.tif 000014
（１４）ＤｎａＫ熱ショックタンパク質７０（シャペロン）（ＣＰｎ０５０３）
「ＤｎａＫ」タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１０３および１０４として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６７９０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６４３．１｜’ＣＰｎ０５０３’；以下の配列番号１４｝。本発明と共に使用するために好ましいＤｎａＫタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１４に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１４の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＤｎａＫタンパク質としては、配列番号１４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１４からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多くを欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号１４）
【００７０】
【数１４】
2007526318.tif 000015
（１５）Ｏｍｐ８５ホモログ（Ｃｐｎ０３００）
Ｏｍｐ８５ホモログタンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１４７および１４８として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ４３７６５７６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８４４９．１｜’ＣＰｎ０３００’；以下の配列番号１５｝。本発明と共に使用するために好ましいＯｍｐ８５タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１５に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１５の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのＯｍｐ８５ホモログタンパク質（ＤｎａＫ  ｐｒｏｔｅｉｎ）としては、配列番号１５の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１５からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号１５）
【００７１】
【数１５】
2007526318.tif 000016
（１６）Ｍｉｐ様ＦＫＢＰ型ペプチジル−プロリル  シス−トランス（ＣＰｎ０６６１）
Ｍｉｐ様タンパク質の１例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号５５および５６として開示される｛ＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ｇｉ｜４３７６９６０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８８００．１｜’ＣＰｎ０６６１’；以下の配列番号１６｝。本発明と共に使用するために好ましいＭｉｐ様タンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１６に対して、５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれより高い）の同一性を有し；そして／または（ｂ）配列番号１６の少なくともｎ個連続したアミノ酸のフラグメントであり、ここで、ｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれより多く）である。これらのｍｉｐ様タンパク質としては、配列番号１６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１６からのエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６のＣ末端から、１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）、および／または、Ｎ末端からの１以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれより多く）を欠く。他のフラグメントは、タンパク質の１以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
（配列番号１６）
【００７２】
【数１６】
2007526318.tif 000017
（１７）ＯｍｃＢ  ６０ｋＤａ  システインリッチＯＭＰ（ＣＰｎ０５５７）
ＯｍｃＢタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号４７および配列番号４８として開示される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６８４９｜ｇｂ｜８６９７．１｜’ＣＰｎ０５５７’；以下の配列番号１７｝。本発明で使用するための好ましいＯｍｃＢタンパク質は、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号１７の少なくともｎ個の連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０，７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらのＯｍｃＢタンパク質は、配列番号１７の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１７に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号１７のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【００７３】
（配列番号１７）
【００７４】
【数１７】
2007526318.tif 000018
（１８）ＭｕｒＧペプチドグリカントランスフェラーゼタンパク質（ＣＰｎ０９０４）
「ＭｕｒＧ」タンパク質の一例は、ＷＯ０２／０２６０６において配列番号１０７および配列番号１０８として開示される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７７２２４｜ｇｂ｜ＡＡＤ１９０４２．１｜’ＣＰｎ０９０４’；以下の配列番号１８｝。本発明で使用するための好ましいＭｕｒＧタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号１８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号１８の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７個以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらのＭｕｒＧタンパク質は、配列番号１８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１８に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１８のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号１８のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、細胞質ドメインの上記のシグナルペプチド、膜貫通ドメインの上記のシグナルペプチド、または細胞外ドメインの上記のシグナルペプチドの省略）。そのＭｕｒＧは、例えば、ウンデカプレニルで脂質化されていてもよい。
【００７５】
（配列番号１８）
【００７６】
【数１８】
2007526318.tif 000019
（１９）ＣＰｎ０１８６（仮想）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号１９として示される。（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＧＩ：４３７６４５６；ＡＡＤ１８３３９．１）。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号１９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号１９の少なくともｎ個の連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらの仮想タンパク質は、配列番号１９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号１９に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１９のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号１９のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【００７７】
（配列番号１９）
【００７８】
【数１９】
2007526318.tif 000020
（２０）ＦｌｉＹグルタミン結合タンパク質（ＣＰｎ０６０４）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１１および配列番号１２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６９００｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８７４３．１｜’ＣＰｎ０６０４’；以下の配列番号２０｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号２０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号２０の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらの仮想タンパク質としては、配列番号２０の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）が挙げられる。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号２０に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２０のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号２０のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【００７９】
（配列番号２０）
【００８０】
【数２０】
2007526318.tif 000021
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第３の抗原グループのいずれかに由来する２個以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｆｎｏｎｉａｅ抗原としては、ＰＭＰファミリーの１個以上のメンバーからなる第４の抗原グループが挙げられる。これらの抗原は、「第４の抗原グループ」として本明細書で言及される。第４の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下で詳細に記載される。
【００８１】
（第４の抗原グループ）
（２１）多型膜タンパク質（ＰＭＰ）
推定多型膜タンパク質（ＰＭＰ）をコードする２１個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ遺伝子のファミリーが、同定された（ｐｍｐ１〜ｐｍｐ２１）。
【００８２】
Ｐｍｐ  １（ＣＰｎ０００５）
Ｐｍｐ  １タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号４１および配列番号４２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６２６０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８１６３．１  ’ＣＰｎ０００５’；以下の配列番号２１｝。
【００８３】
（配列番号２１）
【００８４】
【数２１】
2007526318.tif 000022
Ｐｍｐ  ４（ＣＰｎ００１７）
Ｐｍｐ  ４タンパク質の一例は、配列番号２２と指定される。ｐｍｐ４タンパク質の配列は、ＡＥ００１５８７．１  ＧＩ：４３７６２７１で見出され得る。
【００８５】
Ｐｍｐ  ６（ＣＰｎ０４４４）
Ｐｍｐ  ６タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号３１および配列番号３２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７２７｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５８８．１｜’ＣＰｎ０４４４’；以下の配列番号２３｝。
【００８６】
（配列番号２３）
【００８７】
【数２２】
2007526318.tif 000023
Ｐｍｐ  ７（ＣＰｎ０４４５）
Ｐｍｐ  ７タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１５３および配列番号１５４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７２８｜ｇｂ｜ＡＡＤｌ８５８９．１｜’ＣＰｎ０４４５’；以下の配列番号２４｝。
【００８８】
（配列番号２４）
【００８９】
【数２３】
2007526318.tif 000024
Ｐｍｐ  ８タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号４５および配列番号４６として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７２９｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５９０．１｜’ＣＰｎ０４４６’；以下の配列番号２５｝。
【００９０】
（配列番号２５）
【００９１】
【数２４】
2007526318.tif 000025
Ｐｍｐ  ９（ＣＰｎ０４４７）
Ｐｍｐ  ９タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号３３および配列番号３４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７３１｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５９１．１｜’ＣＰｎ０４４７’；以下の配列番号２６｝。
【００９２】
（配列番号２６）
【００９３】
【数２５】
2007526318.tif 000026
Ｐｍｐ  １１（ＣＰｎ０４５１）
Ｐｍｐ  １１タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１１５および配列番号１１６として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７３３｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５９３．１｜’ＣＰｎ０４５１’；以下の配列番号２７）。
【００９４】
（配列番号２７）
【００９５】
【数２６】
2007526318.tif 000027
Ｐｍｐ  １２（ＣＰｎ０４５２）
Ｐｍｐ  １２タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号５１および配列番号５２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７３５｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５９４．１  ’ＣＰｎ０４５２’；以下の配列番号２８）。
【００９６】
（配列番号２８）
【００９７】
【数２７】
2007526318.tif 000028
Ｐｍｐ  １３  （ＣＰｎ０４５３）
Ｐｍｐ  １３タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号３および配列番号４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７３６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５９５．１  ’ＣＰｎ０４５３’；以下の配列番号２９｝。
【００９８】
（配列番号２９）
【００９９】
【数２８】
2007526318.tif 000029
Ｐｍｐ  １４（ＣＰｎ０４５４）
Ｐｍｐ  １４タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号３５および３６として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７３７｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５９６．１  ’ＣＰｎ０４５４’；以下の配列番号３０｝。
【０１００】
（配列番号３０）
【０１０１】
【数２９】
2007526318.tif 000030
Ｐｍｐ  １５（ＣＰｎ０４６６）
Ｐｍｐ  １５  タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号５および６として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７５１｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６０８．１  ’ＣＰｎ０４６６’；以下の配列番号３１｝。
【０１０２】
（配列番号３１）
【０１０３】
【数３０】
2007526318.tif 000031
Ｐｍｐ  １６（ＣＰｎ０４６７）
Ｐｍｐ  １６タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号７および８として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７５２｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６０９．１｜’ＣＰｎ０４６７’；以下の配列番号３２｝。
【０１０４】
（配列番号３２）
【０１０５】
【数３１】
2007526318.tif 000032
Ｐｍｐ  １８（ＣＰｎ０４７１）
Ｐｍｐ  １８タンパク質の一例は、以下に配列番号３３として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６７５３｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６１０．１｜’ＣＰｎ０４７１’。
【０１０６】
（配列番号３３）
【０１０７】
【数３２】
2007526318.tif 000033
Ｐｍｐ  １９（ＣＰｎ０５３９）
Ｐｍｐ  １９タンパク質の一例は、以下に配列番号３４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６８２９｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６７９．１  ’ＣＰｎ０５３９’；以下の配列番号３４｝。
【０１０８】
（配列番号３４）
【数３３】
2007526318.tif 000034
実施例で実証されるように、本発明者らは、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）分析およびウェスタンブロット分析を用いて、ＰＭＰ１９が表面に露出されていないようであるということを実証した（Ｇｒｉｍｗｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ  （２００１），Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６９  （４），２３８３−２３８９）。しかし、高レベルのｍＲＮＡ発現が、やはりｐｍｐ１９（ＣＰｎ０５３９）の遺伝子マイクロアレイ分析において観察される。
【０１０９】
Ｐｍｐ  ２０（ＣＰｎ０５４０）
Ｐｍｐ  ２０タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１１９および配列番号１２０として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６８３０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６８０．１  ’ＣＰｎ０５４０’；以下の配列番号３５｝。
【０１１０】
（配列番号３５）
【０１１１】
【数３４】
2007526318.tif 000035
Ｐｍｐ２１（ＣＰｎ０９６３）
Ｐｍｐ  ２１タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号８３および配列番号８４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７７２８７｜ｇｂ｜ＡＡＤ１９０９９．１｜’ＣＰｎ０９６３’；以下の配列番号３６｝。
【０１１２】
（配列番号３６）
【数３５】
2007526318.tif 000036
本発明で使用するための好ましいＰＭＰタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）上記のｐｍｐタンパク質について記載されるポリペプチド配列のうちの１つに対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上の）を有する、および／または（ｂ）上記に記載されるポリペプチド配列のうちの１つの少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＰＭＰタンパク質は、上記に記載されるポリペプチド配列の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、上記に記載されるポリペプチド配列のうちの１つに由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、上記に記載されるポリペプチド配列のうちの１つのＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または上記に記載されるポリペプチド配列のうちの１つのＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１１３】
（第１５の抗原グループ）
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第３の抗原グループまたは第４の抗原グループのいずれかに由来する２つ以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原としては、１つ以上の細胞表面露出タンパク質からなる第５の抗原グループが上げられる。これらの抗原は、「第５の抗原グループ」と本明細書でいわれる。第５の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下に詳細に記載される。
【０１１４】
（３７）ＰｏｒＢ外膜タンパク質Ｂ（ＣＰｎ０８５４）
ＰｏｒＢタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号６７および配列番号６８として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７７１７０｜ｇｂ｜ＡＡＤｌ８９９２．１｜’ＣＰｎ０８５４’；以下の配列番号３７｝。本発明で使用するための好ましいＰｏｒＢタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号３７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上の）を有する；および／または（ｂ）配列番号３７の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＰｏｒＢタンパク質は、配列番号３７の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号３７に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３７のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号３７のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１１５】
（配列番号３７）
【０１１６】
【数３６】
2007526318.tif 000037
（３８）７６ｋＤａタンパク質ホモログ（ＣＰｎ０７２８）
７６ｋＤａタンパク質のホモログタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１３および１４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７７０３３｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８８６７．１｜’ＣＰｎ０７２８’；以下の配列番号３８｝。本発明で使用するための好ましい７６ｋＤａタンパク質のホモログは、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号３８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号２１の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら７６ｋＤａタンパク質のホモログは、配列番号３８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号３８に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３８のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号３８のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）
（配列番号３８）
【０１１７】
【数３７】
2007526318.tif 000038
（３９）ＯｍｐＡ保存外膜タンパク質（ＣＰｎ０６９５）
ＯｍｐＡ保存外膜タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号５９および配列番号６０として記載されるタンパク質である。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６９９８｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８８３４．１｜’ＣＰｎ１０６９５’；以下の配列番号３９｝。本発明で使用するための好ましいｏｍｐＡタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号３９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号３９の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号３９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号３９に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３９のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号３９のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１１８】
（配列番号３９）
【０１１９】
【数３８】
2007526318.tif 000039
（４０）ＰｅｐＡ（ＣＰｎ０３８５）
ＰｅｐＡタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号９９および配列番号１００として記載されるタンパク質である。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６６６４｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５２９．１’ＣＰｎ０３８５’；以下の配列番号４０｝。本発明で使用するための好ましいＰｅｐＡタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４０の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＰｅｐＡタンパク質は、配列番号４０の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４０に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４０のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４０のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失する。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１２０】
（配列番号４０）
【０１２１】
【数３９】
2007526318.tif 000040
（４１）保存外膜タンパク質（ＣＰｎ０２７８）
保存外膜タンパク質の一例は、以下に配列番号４１として記載されるタンパク質である。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＧＩ：４３７６５５２；ＡＡＤ１８４２７．１。本発明で使用するための好ましい保存外膜タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４１の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら保存外膜タンパク質は、配列番号４１の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４１に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４１のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４１のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１２２】
（配列番号４１）
【０１２３】
【数４０】
2007526318.tif 000041
（第６の抗原グループ）
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第３の抗原グループまたは第４の抗原グループまたは第５の抗原グループのいずれかに由来する２つ以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、１種以上のＦＡＣＳ陽性ＣＰｎ抗原からなる第６の抗原グループを包含する。これらの抗原は、本明細書で「第６の抗原グループ」といわれる。第６の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下に詳細に記載される。
【０１２４】
（４２）推定Ｏｍｐ（ＣＰｎ００２０）
推定Ｏｍｐタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号９１および配列番号９２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ｇｉ｜４３７６２７２｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８１７３．１：’ＣＰｎ００２０’；以下の配列番号４２）。本発明で使用するための好ましいＯｍｐタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４２の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＯｍｐタンパク質は、配列番号４２の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４２に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４２のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４２のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１２５】
（配列番号４２）
【数４１】
2007526318.tif 000042
【０１２６】
（４３）推定Ｏｍｐ（ＣＰｎ００２１）
推定Ｏｍｐタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号４９および配列番号５０として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ｇｉ｜４３７６２７３｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８１７４．１：’ＣＰｎ００２１’；以下の配列番号４３｝。本発明で使用するための好ましいＯｍｐタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４３の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号４３の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４３に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４３Ｃ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４３のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１２７】
（配列番号４３）
【０１２８】
【数４２】
2007526318.tif 000043
（４４）オリゴヌクレオチド結合タンパク質Ｏｐｐａ−１リポタンパク質（ＣＰｎ０１９５）
オリゴヌクレオチド結合タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号２３および配列番号２４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７６４６６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８３４８．１：’ＣＰｎ０１９５’；以下の配列番号４４｝。本発明で使用するための好ましいオリゴヌクレオチド結合タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４４の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号４４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４４に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４４のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）および／または配列番号４４のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１２９】
（配列番号４４）
【０１３０】
【数４３】
2007526318.tif 000044
（４５）ＣＨＬＰＳ  ４３ｋＤａタンパク質ホモログ−１（ＣＰｎ０５６２）
ＣＨＬＰＳタンパク質の一例は、以下に配列番号４５として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＧＩ：４３７６８５４；ＡＡＤ１８７０２．１。本発明で使用するための好ましいＣＨＬＰＳタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４５の５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４５の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＣＨＬＰＳタンパク質は、配列番号４５の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４５に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４５のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４５のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１３１】
（配列番号４５）
【０１３２】
【数４４】
2007526318.tif 000045
（４６）ＹｓｃＪ（ＹｏｐトランスロケーションＪタンパク質）（ＣＰｎ０８２８）
ＹｓｃＪタンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１０９および配列番号１１０として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７７１４０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８９６５．１｜’ＣＰｎ０８２８’；以下の配列番号４６。本発明で使用するための好ましいＹｓｃＪタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４６の５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４６の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＹｓｃＪタンパク質は、配列番号４６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４６に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４６のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４６のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１３３】
（配列番号４６）
【０１３４】
【数４５】
2007526318.tif 000046
（４７）仮想（ＣＰｎ０４１５）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１０１および配列番号１０２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７６９６｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８５５９．１｜’ＣＰｎ０４１５’；以下の配列番号４７｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４７の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号４７の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４７に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４７のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４７のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１３５】
（配列番号４７）
【０１３６】
【数４６】
2007526318.tif 000047
（４８）仮想（ＣＰｎ０５１４）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号８７および配列番号８８として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７６８０２｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６５４．１｜’ＣPｎ０５１４’；以下の配列番号４８｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４８の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号４８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４８に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４８のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４８のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１３７】
（配列番号４８）
【０１３８】
【数４７】
2007526318.tif 000048
（４９）仮想（ＣＰｎ０６６８）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号５７および配列番号５８として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７６９６８｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８８０７．１’ＣPｎ０６６８’；以下の配列番号４９｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号４９の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号４９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４９に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４９のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４９のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１３９】
（配列番号４９）
【数４８】
2007526318.tif 000049
（５０）仮想（ＣＰｎ０７９１）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１２３および配列番号１２４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７７１０１｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８９２９．１｜’ＣＰｎ０７９１’；以下の配列番号５０｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５０の５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９
９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５０の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５０の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５０に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５０のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５０のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１４０】
（配列番号５０）
【０１４１】
【数４９】
2007526318.tif 000050
（５１）仮想（ＣＰｎ０７９２）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号６１および配列番号６２として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７７１０２｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８９３０．１｜’ＣＰｎ０７９２’；以下の配列番号５１｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５１の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５１の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５１に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５１のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５１のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１４２】
（配列番号５１）
【０１４３】
【数５０】
2007526318.tif 000051
（５２）仮想（ＣＰｎ０８２０）
仮想タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１１３および配列番号１１４として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７７１３２｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８９５８．１｜’ＣＰｎ０８２０’；以下の配列番号５２｝。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５２の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５２の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５２に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５２のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５２のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１４４】
（配列番号５２）
【０１４５】
【数５１】
2007526318.tif 000052
（５３）仮想（ＣＰｎ０１２６）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号５３として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６３９０；ＡＡＤ１８２７９．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５３の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８，１０、１２，１４、１６，１８、２０、２５、３０，３５、４０，５０、６０，７０、８０，９０、１００，１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５３の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５３に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５３のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５３のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１４６】
（配列番号５３）
【０１４７】
【数５２】
2007526318.tif 000053
（５４）仮想（ＣＰｎ０７９４）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号５４として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１０５；ＡＡＤ１８９３２．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５４の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５４に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５４のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５４のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１４８】
（配列番号５４）
【０１４９】
【数５３】
2007526318.tif 000054
（５５）仮想（ＣＰｎ０７９６）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号５５として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１０７；ＡＡＤ１８９３４．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５５の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５５の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５５に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５５のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５５のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。Ｃｐｎ０７９６は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから分泌され得、若い封入体のＣｈｌａｍｙｄｉａの膜に位置するのに対して、Ｃｐｎ０７９６のＮ末端部分は、その後で、宿主細胞細胞質に分泌される。Ｃｐｎ０７９６は、自己トランスポーター（ａｕｔｏｔｒａｓｐｏｒｔｅｒ）であると提唱された。そしてＣｐｎ０７９６は、提唱されたＣｈｌａｍｙｄｉａ自己トランスポーターの宿主細胞細胞質への分泌の最初の例である。Ｃｐｎ０７９６が宿主細胞細胞質において見出されたことは、未知の輸送機構が、封入体膜を超えるトランスロケーションのために存在することを示唆する（Ｖａｎｄａｈｌ，「Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｔ  ｔｈｅ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ−  ｈｏｓｔ  ｃｅｌｌ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ」，Ａｂｓｔｒａｃｔ  ｏｆ  ＰｈＤ  Ｄｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎ，Ｄａｎ  Ｍｅｄ  Ｂｕｌｌ  ２００４：５１：３０６）。
【０１５０】
（配列番号５５）
【０１５１】
【数５４】
2007526318.tif 000055
本発明で使用するための１つの好ましいタンパク質は、細菌の細胞表面に露出されるように分泌され得るＣｐｎ０７９６のＮ末端ペプチドを含み、タンパク質分解事象を介して分離され得る。一実施形態において、Ｃｐｎ０７９６のＮ末端ペプチドは、β−プロペラ構造の配座を形成し得る。Ｃｐｎ０７９６のＮ末端ペプチドの一例は、以下に配列番号８６として記載される。本発明で使用するためのＣｐｎ０７９６のＮ末端ペプチドは、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号８６の５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号８６の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号８６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号８６に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８６のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号８６のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。
【０１５２】
（配列番号８６）
【０１５３】
【数５５】
2007526318.tif 000056
（５６）仮想（ＣＰｎ０７９７）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号５６として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１０８；ＡＡＤ１８９３５．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上の）を有する；および／または（ｂ）配列番号５６の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５６に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５６のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５６のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１５４】
（配列番号５６）
【０１５５】
【数５６】
2007526318.tif 000057
（７６）オリゴペプチド結合タンパク質Ｏｐｐａ−２リポタンパク質（ＣＰｎ０１９６）
オリゴペプチド結合タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１２７および配列番号１２８として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６４６７；ＡＡＤ１８３４９．１  ’ＣＰｎ０１９６’；以下の配列番号７６｝。本発明で使用するための好ましいオリゴペプチド結合タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７６の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号７６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７６に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７６のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）および／または配列番号７６のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１５６】
（配列番号７６）
【０１５７】
【数５７】
2007526318.tif 000058
（第６の抗原グループ）
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第３の抗原グループまたは第４の抗原グループまたは第５の抗原グループまたは第６の抗原グループのいずれかに由来する２種以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、１種以上の仮想タンパク質（すなわち、例えば、細胞位置および／または機能が分かっていないタンパク質）からなる第７の群を包含する。これら抗原は、本明細書で「第７の抗原グループ」といわれる。第７の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下に詳細に記載される。
【０１５８】
（５７）仮想（ＣＰｎ０３３１）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号５７として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６６０９；ＡＡＤ１８４８０．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５７の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５７の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５７に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５７のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５７のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１５９】
（配列番号５７）
【０１６０】
【数５８】
2007526318.tif 000059
（５８）仮想（ＣＰｎ０２３４）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号５８として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７６５０８｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８３８７．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５８の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５８に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５８のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５８のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１６１】
（配列番号５８）
【０１６２】
【数５９】
2007526318.tif 000060
（５９）仮想（ＣＰｎ０５７２）
仮想タンパク質一例は、以下に配列番号５９として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ｇｉ｜４３７６８６６｜ｇｂ｜；ＡＡＤ１８７１２．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号５９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号５９の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号５９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号５９に由来するエピトープを含む。他のの好ましいフラグメントは、配列番号５９Ｃ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号５９Ｎ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１６３】
（配列番号５９）
【０１６４】
【数６０】
2007526318.tif 000061
（第８の抗原グループ）
他のＣｌｉｌａｉｎｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第４の抗原グループまたは第４の抗原グループまたは第５の抗原グループまたは第６の抗原グループまたは第７の抗原グループのいずれかに由来する２種以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、１種以上のＦＡＣＳ陽性ＣＰｎ抗原からなる第８の抗原グループを包含する。これら抗原は、本明細書で「第８の抗原グループ」といわれる。第８の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下に詳細に記載される。
【０１６５】
（６０）低カルシウム応答タンパク質Ｈ（ＣＰｎ０８１１）
低カルシウム応答タンパク質Ｈの一例は、以下に配列番号６０として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１２３；ＡＡＤ１８９４９．１。本発明で使用するための好ましい低カルシウム応答タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６０の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら低カルシウム応答タンパク質は、配列番号６０の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６０に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６０のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６０のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１６６】
（配列番号６０）
【０１６７】
【数６１】
2007526318.tif 000062
（６１）Ｙｏｐタンパク質トランスロケーションタンパク質Ｔ（ＣＰｎ０８２３）
Ｙｏｐタンパク質トランスロケーションタンパク質Ｔの一例は、以下に配列番号６１として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１３５；ＡＡＤ１８９６０．１。本発明で使用するための好ましいＹｏｐタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６１の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＹｏｐタンパク質は、配列番号６１の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６１に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６１のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６１のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１６８】
（配列番号６１）
【０１６９】
【数６２】
2007526318.tif 000063
（６２）Ｙｏｐタンパク質トランスロケーションタンパク質Ｊ
Ｙｏｐタンパク質トランスロケーションタンパク質Ｊの一例は、以下に配列番号６２として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１４０；ＡＡＤ１８９６５．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６２の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、  ８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号６２の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６２に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６２のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６２のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１７０】
（配列番号６２）
【０１７１】
【数６３】
2007526318.tif 000064
（６３）ＯｍｐＡ（ＣＰｎ０６９５）
ＯｍＰＡコード（ＭＯＭＰ）タンパク質の一例は、以下に配列番号６３として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６９９８；ＡＡＤ１８８３４．１。本発明で使用するための好ましいＯｍｐＡタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６３の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８，１０、１２，１４、１６，１８、２０、２５、３０，３５、４０，５０、６０，７０、８０，９０、１００，１５０、２００、２５０以上）である）。これらＯｍｐＡタンパク質は、配列番号６３の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６３に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６３ののＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６３のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１７２】
（配列番号６３）
【０１７３】
【数６４】
2007526318.tif 000065
（６４）仮想（ＣＰｎ０２１０）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号６４として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６４８２；ＡＡＤ１８３６３．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６４の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号６４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６４に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６４のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６４のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１７４】
（配列番号６４）
【０１７５】
【数６５】
2007526318.tif 000066
（６５）低カルシウム応答タンパク質遺伝子座タンパク質Ｈ（ＣＰｎ１０２１）
低カルシウム応答タンパク質Ｈの一例は、以下に配列番号６５として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７３５２；ＡＡＤ１９１５８．１。本発明で使用するための好ましい低カルシウム応答タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６５に対する５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６５の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８，１０、１２，１４、１６，１８、２０、２５、３０，３５、４０，５０、６０，７０、８０，９０、１００、１５０，２００、２５０以上）である。これら低カルシウム応答タンパク質は、配列番号６５の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６５に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６５のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６５のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１７６】
（配列番号６５）
【０１７７】
【数６６】
2007526318.tif 000067
（第９の抗原グループ）
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第３の抗原グループまたは第４の抗原グループまたは第５の抗原グループまたは第６の抗原グループまたは第７の抗原グループまたは第８の抗原グループのいずれかに由来する２種以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、第９の抗原グループを包含する。これら抗原は、本明細書で「第９の抗原グループ」といわれる。第９の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下に詳細に記載される。
【０１７８】
（６６）低カルシウム応答タンパク質Ｄ（ＣＰｎ０３２３）
低カルシウム応答タンパク質Ｄの一例は、以下に配列番号６６として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６６０１；ＡＡＤ１８４７２．１。本発明で使用するための好ましい低カルシウム応答タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６６の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら低カルシウム応答タンパク質は、配列番号６６配列番号６６の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６６に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６６のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６６のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１７９】
（配列番号６６）
【０１８０】
【数６７】
2007526318.tif 000068
（６７）ＣＨＬＰＳ  ４３ｋＤａタンパク質ホモログ−１（ＣＰｎ００６２）
ＣＨＬＰＳ  ４３ｋＤａタンパク質ホモログ−１の一例は、以下に配列番号６７として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６３１８；ＡＡＤ１８２１５．１。本発明で使用するための好ましいＣＨＬＰＳタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６７の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＣＨＬＰＳタンパク質は、配列番号６７の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６７に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６７のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６７のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１８１】
（配列番号６７）
【０１８２】
【数６８】
2007526318.tif 000069
（６８）仮想（ＣＰｎ０１６９）
ＣＨＬＰＳ  ４３ｋＤａタンパク質ホモログ−１の一例は、以下に配列番号６８として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６４３７；ＡＡＤ１８３２２．１。本発明で使用するための好ましいＣＨＬＰＳタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６８の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８，１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０，７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＣＨＬＰＳタンパク質は、配列番号６８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６８に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６８のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６８のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１８３】
（配列番号６８）
【０１８４】
【数６９】
2007526318.tif 000070
（６９）ＰｍｐＤファミリー（ＣＰｎ０９６３）
ＰｍｐＤタンパク質の一例は、以下に配列番号６９として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７２８７；ＡＡＤ１９０９９．１。本発明で使用するための好ましいＰｍｐＤタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号６９に対して５０％以上の同一性  （例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号６９の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＰｍｐＤタンパク質は、配列番号６９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号６９に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６９のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号６９のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１８５】
（配列番号６９）
【０１８６】
【数７０】
2007526318.tif 000071
（第１０の抗原グループ）
他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の免疫原性は、第１の抗原グループまたは第２の抗原グループまたは第３の抗原グループまたは第４の抗原グループまたは第５の抗原グループまたは第６の抗原グループまたは第７の抗原グループまたは第８の抗原グループまたは第９の抗原グループのいずれかに由来する２種以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と組み合わせることによって改善され得る。このような他のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、第１０の抗原グループを包含する。第１０の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の各々は、以下に詳細に記載される。
【０１８７】
（７０）ＯｍｐＨ様外膜タンパク質（ＣＰｎ０３０１）
「ＯｍｐＨ様」タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号７７および配列番号７８として開示される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６５７７｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８４５０．１｜’ＣＰｎ０３０１’；以下の配列番号７０および上記の配列番号４｝。本発明で使用するための好ましいＯｍｐＨ様タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号３の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＯｍｐＨ様タンパク質は、配列番号４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号４に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号４のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上；好ましくは、シグナルペプチドを除去するために１９個以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、細胞質ドメインの上記のシグナルペプチド、膜貫通ドメインの上記のシグナルペプチド、または細胞外ドメインの上記のシグナルペプチドの省略）。
【０１８８】
（配列番号７０）
【０１８９】
【数７１】
2007526318.tif 000072
（７１）Ｌ７／Ｌ１２リボソームタンパク質（ＣＰｎ００８０）
Ｌ７／Ｌ１２リボソームタンパク質の一例は、以下に配列番号７１として記載される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＧＩ：４３７６３３８；ＡＡＤ１８２３３．１｝。’ＣＰｎ００８０’；以下の配列番号７１。本発明で使用するための好ましいＬ７／Ｌ１２タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７１の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＬ７／Ｌ１２リボソームタンパク質は、配列番号７１の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７１に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７１のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７１のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上；好ましくは、シグナルペプチドを除去するために１９個以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインを欠失している（例えば、細胞質ドメインの上記のシグナルペプチド、膜貫通ドメインの上記のシグナルペプチド、または細胞外ドメインの上記のシグナルペプチドの省略）。
【０１９０】
（配列番号７１）
【０１９１】
【数７２】
2007526318.tif 000073
（７２）ＡｔｏＳ  ２成分調節系センサヒスチジンキナーゼタンパク質（ＣＰｎ０５８４）
「ＡｔｏＳ」タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号１０５および配列番号１０６として開示される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６８７８｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８７２３．１｜’ＣＰｎ０５８４’；以下の配列番号７２および上記の配列番号９｝。本発明で使用するための好ましいＡｔｏＳタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７２の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＡｔｏＳタンパク質は、配列番号７２の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７２に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７２ののＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７２のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１９２】
（配列番号７２）
【０１９３】
【数７３】
2007526318.tif 000074
（７３）ＯｍｃＡ  ９ｋＤａシステインリッチリポタンパク質（ＣＰｎ０５５８）
「ＯｍｃＡ」タンパク質の一例は、ＷＯ  ０２／０２６０６において配列番号９および配列番号１０として開示される。｛ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ｇｉ｜４３７６８５０｜ｇｂ｜ＡＡＤ１８６９８．１｜’ＣＰｎ０５５８’、’ＯｍｃＡ’、’Ｏｍｐ３’；以下の配列番号７３および上記の配列番号１０｝。本発明で使用するための好ましいＯｍｃＡタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７３の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これらＯｍｃＡタンパク質は、配列番号７３の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７３に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７３のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７３のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上；好ましくは、シグナルペプチドを除去するために１８個以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、細胞質ドメインの上記のシグナルペプチド、膜貫通ドメインの上記のシグナルペプチド、または細胞外ドメインの上記のシグナルペプチドの省略）。このタンパク質は、（例えば、Ｎ−アシルジグリセリドによって）脂質化され得るので、Ｎ末端システインを有し得る。
【０１９４】
（配列番号７３）
【０１９５】
【数７４】
2007526318.tif 000075
（７４）仮想（ＣＰｎ０３３１）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号７４および上記に配列番号５７として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７６６０９；ＡＡＤ１８４８０．１。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７４の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号７４の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７４に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７４のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７４のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１９６】
（配列番号７４）
【０１９７】
【数７５】
2007526318.tif 000076
（７５）ＰｍｐＤファミリー（ＣＰｎ０９６３）
ＰｍｐＤタンパク質の一例は、以下に配列番号７５として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７２８７；ＡＡＤ１９０９９．１。本発明で使用するための好ましいＰｍｐＤタンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７５の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号７５の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７５に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７５のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７５のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０１９８】
（配列番号７５）
【０１９９】
【数７６】
2007526318.tif 000077
（７６）仮想（ＣＰｎ０７９８）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号７８として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：４３７７１０９；ＡＡＤ１８９３６。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７８の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号７８の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７８に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７８のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７８のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０２００】
（配列番号７８）
【０２０１】
【数７７】
2007526318.tif 000078
（７７）仮想（ＣＰｎ０７９９）
仮想タンパク質の一例は、以下に配列番号７９として記載される。ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号  ＧＩ：１５６１８７０８；ＡＡＤ１８９３７。本発明で使用するための好ましい仮想タンパク質は、以下のアミノ酸配列を包含する：（ａ）配列番号７９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％以上）を有する；および／または（ｂ）配列番号７９の少なくともｎ個連続するアミノ酸のフラグメントである（ここでｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０以上）である）。これら仮想タンパク質は、配列番号７９の改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）を包含する。（ｂ）の好ましいフラグメントは、配列番号７９に由来するエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７９のＣ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を、および／または配列番号７９のＮ末端から１個以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５以上）を欠失している。他のフラグメントは、そのタンパク質の１個以上のドメインが抜けている（例えば、シグナルペプチドの抜け、細胞質ドメインの省略、膜貫通ドメインの省略、または細胞外ドメインの省略）。
【０２０２】
（配列番号７９）
【０２０３】
【数７８】
2007526318.tif 000079
好ましくは、本発明の組成物は、（１）ＣＰｎ０３０１とＣＰｎ００８０；（２）ＣＰｎ０５８４とＣＰｎ０５５８；および（３）ＣＰｎ０３３１とＣＰＮ０９６３、からなる群より選択されるＣＰｎ抗原の組み合わせを含む。好ましくは、この組成物は、群（１）、群（２）および群（３）のうちのいずれか１つ以上の組み合わせを含む。なおより好ましくは、本発明の組成物は、（１）ＣＰｎ０３８５、ＣＰｎ０３２４、ＣＰｎ０５０３、ＣＰｎ０５２５およびＣＰｎ０４８２からなる群より選択されるＣＰｎ抗原の組み合わせを含む。好ましくは、この組成物は、ミョウバンおよび／またはｃＰＧの存在下で投与される。
【０２０４】
従って、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む組成物を包含し、この組み合わせは、第１の抗原グループのうちの２種、３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および第２に抗原グループのうちの２種、３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。好ましくは、この組み合わせは、第１の抗原グループから３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および第２の抗原グループから３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。さらにより好ましくは、この組み合わせは、第１の抗原グループから６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および第２の抗原グループから３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる。
【０２０５】
本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む組成物をさらに包含し、この組み合わせは、第２の抗原グループのうちの２種、３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および第３の抗原グループのうちの２種、３種、４種、５種、６種、７種または８種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。好ましくは、この組み合わせは、第２の抗原グループから３種、４種、５種または６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および第３の抗原グループから３種、４種、５種、６種、７種または８種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。なおより好ましくは、この組み合わせは、第２の抗原グループから６種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および第３の抗原グループのうちの３種、４種、５種、６種、７種または８種のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる。
【０２０６】
本発明の組成物中に存在するＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の総数には上限がある。好ましくは、本発明の組成物中のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の総数は、２０未満、１９未満、１８未満、１７未満、１６未満、１５未満、１４未満、１３未満、１２未満、１１未満、１０未満、９未満、８未満、７未満、６未満、５未満、４未満、または３未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物中のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の総数は、６未満、５未満、または４未満である。本発明において使用されるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、好ましくは単離されている（すなわち、この分子が天然に見出される生物全体から切り離されかつ分離されているか、またはこのポリヌクレオチドもしくはポリペプチドが天然において見出されない場合、そのポリヌクレオチドまたはポリペプチドが意図される目的で使用され得るように、他の生物学的高分子を含まない）。
【０２０７】
上記の組み合わせのいずれにおいても、好ましくは、この組成物は、第４の抗原グループ（ｐｏｒＢを含む）から１種以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を含む。または、代わりに、上記の組み合わせのいずれにおいても、好ましくは、第４の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、ｐｍｐ３ファミリーのうちの１種以上のメンバーを含む。
【０２０８】
本発明の他の局面は、添付の特許請求の範囲、および以下の説明および図面に示される。これらの局面は、別個のセクションの見出しで示される。しかし、各セクションの下での教示は、その特定のセクションの見出しに必ずしも限定されないことが理解されるべきである。
【０２０９】
本発明を詳細に記載する前に、本発明は、具体的に例示された分子またはプロセスのパラメーターに限定されず、よって当然のことながら、変動し得ることが理解されるべきである。本明細書で使用される用語は、本発明の特定の実施形態を記載することが目的であるにすぎず、限定を意図しないことを理解するべきである。さらに、本発明の実施は、別段示されない限り、ウイルス学、微生物学、分子生物学、組換えＤＮＡ技術および免疫学の従来の方法を用いており、これらの方法の全ては、当業者の技術範囲内である。このような技術は、文献中に十分に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版、１９８９）；ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ、ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｄ．Ｇｌｏｖｅｒら）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ．Ｇａｉｔ編、１９８４）；Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ（１９８４）；ならびにＦｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、第２半、ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（Ｂ．Ｎ．ＦｉｅｌｄｓおよびＤ．Ｍ．Ｋｎｉｐｅ編）を参照のこと。
【０２１０】
本明細書で引用される全ての刊行物、特許および特許出願は、前出、後出に拘わらず、それらの全体が本明細書に参考として援用される。本願および添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「１つの、ある（ａ、ａｎ）」および「その、この（ｔｈｅ）」は、文脈上明らかに別のものを示さない限り、複数形への言及を包含することに注意しなければならない。本願で使用される全ての科学用語および技術用語は、別段特定されない限り、当該分野で一般的に使用されている意味を有する。本願で使用される場合、以下の語または語句は、特定された意味を有する。
【０２１１】
用語「〜を含む、〜を包含する、〜を含有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」とは、「〜を含む、〜を包含する（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」ならびに「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、Ｘを「含む」組成物は、もっぱらＸからなっていてもよいし、何か他のものを含んでいてもよい（例えば、Ｘ＋Ｙ）。
【０２１２】
数値ｘに関して、用語「約」とは、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【０２１３】
２つ以上のアミノ酸配列間の配列同一性％への言及は、整列された場合、そのアミノ酸のパーセンテージが、２つの配列を比較したときに同じであることを意味する。この整列および相同性％または配列同一性％は、当該分野で公知のソフトウェアプログラム（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７）補遺３０の第７．７．１８節に記載されるもの）を用いて決定され得る。好ましい整列は、ギャップオープンペナルティー１２およびギャップエクステンションペナルティー２、ＢＬＯＳＵＭマトリックス６２とともにアフィンギャップ検索を用いるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定される。このＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９８１）  Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２−４８９に開示されている。
【０２１４】
（免疫応答）
免疫系が疾患を制御する機構としては、体液性免疫を介する中和抗体の誘導および細胞性免疫を介するＴ細胞応答の生成が挙げられる。本明細書で使用される場合、用語、抗原に対する「免疫応答」とは、その抗原に対する体液性免疫応答および／または細胞性免疫応答が宿主哺乳動物被験体において発生することをいう。
【０２１５】
本明細書で使用される場合、用語「体液性免疫応答」とは、抗体分子によって媒介される免疫応答をいう。体液性免疫によって生成される抗体は、主に、細胞外の感染性因子に対して有効である。
【０２１６】
本発明の組成物中の配列番号１〜８６には、タンパク質に結合する抗体が補充されるかまたはこの抗体で弛緩される。この抗体は、モノクローナル抗体であってもよいし、ポリクローナル抗体であってもよい。
【０２１７】
本明細書で使用される場合、用語「細胞媒介性免疫（ＣＭＩ）応答」とは、Ｔリンパ球および／または他の白血球によって媒介される応答である。このＣＭＩ免疫機構は、一般に、細胞内の感染および疾患に対してより有効である。なぜなら、このＣＭＩ機構は、抗原が後に出現した場合に、記憶Ｔ細胞が活性化されて、標的細胞（その細胞表面上に対応する抗原またはその一部を有する）を、よって感染している病原体を破壊するＣＭＩ応答を生じる様式で、Ｔ細胞を刺激するからである。このＣＭＩ応答は、直接的な細胞間接触によって、および／または抗ウイルス活性を有する分子（例えば、サイトカイン）の放出によって、宿主の感染した細胞を破壊するいずれかのエフェクター細胞によって媒介される、感染源の破壊に焦点を当てる。従って、このＣＭＩ応答は、特異的Ｔリンパ球細胞応答によって特徴づけられ、癌、ウイルス、病原性微生物および他の細胞内微生物によって引き起こされる疾患に対する耐性を引き起こすために重要である。
【０２１８】
本発明の一局面において、免疫原性組成物が提供され、この免疫原性組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的Ｔｈ１免疫応答（例えば、細胞媒介性免疫応答または細胞性免疫応答）を誘発する少なくとも１種の抗原と、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的Ｔｈ２応答（例えば、体液性応答または抗体応答）を誘発する少なくとも１種の抗原との組み合わせを含む。この免疫原性組成物は、Ｔｈ１アジュバントおよびＴｈ２アジュバントをさらに含み得る。
【０２１９】
一実施形態において、本発明は、少なくともＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的Ｔｈ１免疫応答を誘発するＣｌａｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む組成物を提供する。例として、このＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの網様体（ＲＢ）と関連した少なくとも１つの抗原を含み得る。これらの抗原としては、封入体膜（ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ  ｍｅｍｂｒａｎｅ）で発現される抗原、その膜上で曝される抗原またはその中に移動される（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｅｄ）抗原またはその膜を貫通もしくは横切る抗原、宿主細胞のサイトゾルで発現される抗原、分泌される抗原、放出される抗原、もしくはその中に移動される抗原、あるいは宿主細胞のサイトゾル中でプロセシングされるかもしくは分解される抗原、および／または宿主細胞の表面で発現される抗原、露出される抗原または提示される抗原が挙げられるが、これらに限定されない。本発明の組成物は、好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ細胞内感染に効率的に対処するために、細胞媒介性免疫応答および体液性免疫応答の両方を誘発する。この免疫応答は、好ましくは、長期間持続する（例えば、中和）抗体、およびＣｈｌａｍｙｄｉａに曝露されたら迅速に応答し得る細胞媒介性免疫を含む。
【０２２０】
本発明はまた、１種以上の免疫調節因子を含む免疫原性組成物を包含する。好ましくは、免疫調節因子のうちの１種以上がアジュバントを包含する。このアジュバントは、以下でさらに議論される、Ｔｈ１アジュバントおよびＴｈ２アジュバントからなる群のうちの１種以上より選択され得る。このアジュバントは、鉱物塩（例えば、アルミニウム塩）およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドからなる群より選択され得る。最も好ましくは、この免疫原性組成物は、アルミニウム塩およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドの両方を含む。鉱物塩（例えば、アルミニウム塩）とＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドと組み合わせて使用すると、増強された免疫応答が提供される。この改善された免疫応答は、完全に予測外であり、いずれかの因子単独の使用からは推定することはできない。従って、本発明は、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド、鉱物塩（例えば、アルミニウム塩）、および抗原（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原）を含む。
【０２２１】
（ＣＭＩ応答に影響を与えるＴ細胞）
少なくとも２種の特定の型のＴ細胞が、ＣＭＩ応答および体液性応答を開始するために、および／または増強するために必要とされる。ＣＤ４補助受容体を発現するＴ細胞の特定のサブセット上のこの抗原レセプターは、Ｔヘルパー（Ｔｈ）細胞またはＣＤ４  Ｔ細胞（本明細書以降、Ｔヘルパー細胞といわれる）であり得、これら細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合した抗原性ペプチドを認識する。対照的に、ＣＤ８補助受容体を発現するＴ細胞の特定のサブセット上の抗原レセプターは、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）またはＣＤ８＋  Ｔ細胞（本明細書以降、ＣＤ８＋  Ｔ細胞といわれる）であり、これら細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子上で提示される抗原と反応する。
【０２２２】
（ヘルパーＴ細胞）
ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞は、２つの機能的に異なるサブセットにさらに分けられ得る：Ｔｈ１およびＴｈ２は、それらのサイトカインおよびエフェクター機能が異なる。Ｔｈ１応答およびＴｈ２応答は、Ｔｈ１細胞応答が、Ｔｈ１サイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−１２およびＩＦＮ−γによって増強され、Ｔｈ２サイトカイン（例えば、ＩＬ−４およびＩＬ−１０）によって低下されるように、ポジティブな様式にもネガティブな様式にも調節され得ることが示された。対照的に、抗体応答は、Ｔｈ２サイトカイン（例えば、ＩＬ−４およびＩＬ−１０）によって増強されるが、Ｔｈ１サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ）およびＩＦＮ−γを増強し、単球によって生成される別のサイトカインＩＬ−１２）によってダウンレギュレートされる。従って、古典的なＴｈ１サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−２およびＩＬ−１２）は、有効な炎症応答を誘導する免疫補因子として調節され得る。対照的に、この古典的なＴｈ２サイトカイン（例えば、ＩＬ−４およびＩＬ−１０）は、重篤な炎症応答を抑制するサイトカインとして調節され得る。
【０２２３】
（ＣＤ８＋  Ｔ細胞）
ＣＤ８＋  Ｔ細胞は、１つより多くの様式で機能し得る。ＣＤ８＋  Ｔ細胞の最もよく知られている機能は、ＭＨＣクラスＩ分子の状況においてペプチド抗原を有する標的細胞の殺傷または溶解である。従って、これが、これらの細胞がしばしば細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）といわれる理由である。しかし、別の機能（おそらく、特定の感染において保護により関連する）は、ＣＤ８＋  Ｔ細胞がインターフェロンγ（ＩＦＮ−γ）を分泌する能力である。従って、溶解活性のアッセイおよびＩＦＮ−γ放出のアッセイはともに、ＣＤ８＋  Ｔ細胞免疫応答を測定するにあたって価値がある（例えば、以下に示されるＥＬＩＳＰＯＴアッセイ）。感染性疾患において、ＣＤ８＋  Ｔ細胞が、疾患の任意の症状が引き起こされる前に、疾患のより初期段階において感染性抗原を含む感染性因子を殺傷することによって防御し得ることを示唆する証拠がある。
【０２２４】
（増強されたＣＭＩ応答）
本発明は、宿主被験体における、標的抗原に対するＣＭＩ応答を増強および／または調節し得る方法、プロセスおよび組成物に関する。本明細書で使用される得場合、用語「増強する」とは、ＣＭＩ応答の全ての局面における改善を包含する。この改善としては、抗原または目的の抗原をコードするヌクレオチド配列に対するＣＭＩ応答の刺激および／または増大、ならびに／あるいはその程度および／または持続時間、および／または質の強化および／またはアップレギュレーションが挙げられるが、これらに限定されない。例示すると、このＣＭＩ応答は、（ｉ）標的抗原を認識するＣＤ８＋  Ｔ細胞の活性化および／または生成および／または増殖を増強すること、ならびに／あるいは（ｉｉ）ＣＭＩ応答を、Ｔｈ２型の応答からＴｈ１型の応答へとシフトすること、を誘発することによって増強され得る。このＴｈ１関連応答の増強は、細胞内感染に応答するにあたって特に価値がある。なぜなら、上記で説明したように、このＣＭＩ応答は、活性化Ｔｈ１（例えば、ＩＦＮ−γ誘導）細胞によって増強されるからである。
【０２２５】
このような増強された免疫応答は、一般に、Ｔヘルパー２様免疫応答（Ｔｈ２）の代わりに、インターフェロン生成ＣＤ４＋  Ｔリンパ球および／または  ＣＤ８＋  Ｔリンパ球の増大した力価、増大した抗原特異的ＣＤ８＋  Ｔ細胞活性、ならびに目的の抗原に対するＴヘルパー１様免疫応答（Ｔｈ１）（体液性免疫と代表的には関連しているサブクラス（例えば、ＩｇＧＩ）の抗体力価の減少と同時に、細胞性免疫と代表的には関連しているサブクラス（例えばＩｇＧ２ａ）の増大した抗原特異的抗体力価によって特徴づけられる）によって特徴づけられ得る。
【０２２６】
ＣＭＩ応答の増強は、多くの周知のアッセイによって、例えば、リンパ球増殖（リンパ球活性化）アッセイ、ＣＤ８＋  Ｔ細胞アッセイによって、または感作した被験体におけるエピトープに特異的なＴリンパ球についてアッセイすること（例えば、Ｅｒｉｃｋｓｏｎら．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：４１８９−４１９９；およびＤｏｅら．（１９９４）  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２３６９−２３７６を参照のこと）によって、またはインターフェロンγ生成を測定するためのＣＤ８＋  Ｔ細胞ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ（Ｍｉｙａｈａｒａら  ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）（１９９８）９５：３９５４−３９５９）によって、決定され得る。
【０２２７】
（増強されたＴ細胞応答）
本明細書で使用される場合、用語「Ｔ細胞応答を増強する」とは、Ｔ細胞応答の全ての局面における改善を包含する。その改善としては、抗原（これは反復して投与され得る）もしくは抗原をコードするヌクレオチド配列に対するＴ細胞応答の刺激および／もしくは増加、ならびに／またはその応答の程度および／または持続時間および／または質の強化および／またはアップレギュレーションが挙げられるが、これらに限定されない。この抗原は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原、好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原であり得る。例示すると、そのＴ細胞応答は、その誘導されたＴ細胞の活性化および／または生成および／または分配および／または増殖を高めるか、ならびに／あるいはＴ細胞誘導／調節抗原もしくは抗原をコードするヌクレオチド配列に対するＴ細胞応答の寿命を高めることによって、増強され得る。宿主被験体におけるＴ細胞応答の増強は、宿主被験体におけるＴｈ１免疫応答の増強および／または調節と関連し得る。
【０２２８】
Ｔ細胞応答の増強は、多くの周知のアッセイによって、例えば、リンパ球増殖（リンパ球活性化）アッセイ、ＣＤ８＋  Ｔ細胞アッセイによって、または感作した被験体におけるエピトープに特異的なＴリンパ球についてアッセイすること（例えば、Ｅｒｉｃｋｓｏｎら．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：４１８９−４１９９；およびＤｏｅら．（１９９４）  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２３６９−２３７６を参照のこと）によって、またはインターフェロンγ生成を測定するためのＣＤ８＋  Ｔ細胞ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ（Ｍｉｙａｈａｒａら  ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）（１９９８）９５：３９５４−３９５９）によって、決定され得る。
【０２２９】
活性化したＴｈ１細胞は、細胞性免疫（抗原特異的ＣＴＬ生成の増大を含む）を増強し、従って、細胞内感染に対する応答において特に価値がある。活性化したＴｈ１細胞は、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βのうちの１種以上を分泌し得る。Ｔｈ１免疫応答は、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞、およびＣＤ８  細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を活性化することによって、局所的炎症反応を生じ得る。Ｔｈ１免疫応答はまた、ＩＬ−１２でＢ細胞およびＴ細胞の増殖を刺激することによって、免疫応答を拡大するように作用し得る。Ｔｈ１刺激Ｂ細胞は、ＩｇＧ２ａを分泌し得る。
【０２３０】
活性化したＴｈ２細胞は、抗体生成を増強し、従って、細胞外感染に対する応答において特に価値がある。活性化したＴｈ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０のうちの１種以上を分泌し得る。Ｔｈ２免疫応答は、将来的な防御のために、ＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよび記憶Ｂ細胞の生成を生じ得る。
【０２３１】
（抗原）
各疾患を引き起こす因子または疾患状態は、抗原またはその抗原上の免疫優性（ｉｍｍｕｎｏｄｏｍｉｎａｎｔ）エピトープ（免疫認識および宿主における疾患を引き起こす因子または疾患状態の最終的な除去または制御に重要である）と関連づけた。特定の疾患に対する体液性免疫応答および／または細胞性免疫応答を上昇させるために、その宿主免疫系は、その疾患状態と関連する抗原またはその抗原上の免疫優性エピトープと接触させなければならない。
【０２３２】
本明細書で使用される場合、用語「抗原」とは、個体において免疫学的応答を誘発し得る任意の因子（一般に、高分子）をいう。用語「抗原」は、用語「免疫原」と交換可能に使用される。この免疫学的応答は、Ｂリンパ球および／またはＴリンパ球の応答であり得る。この用語は、個々の高分子、または抗原性高分子の均質な集団もしくは不均質な集団をいうために使用され得る。本明細書で使用される場合、「抗原」は、１種以上の抗原決定基またはエピトープを含むタンパク質分子またはその一部をいうために使用される。本明細書で使用される場合、用語「抗原」とは、感染性Ｃｈｌａｍｙｄｉａ病原体に対するＣＭＩ応答を誘導し得る１種以上のエピトープを含む、目的の免疫原性ペプチドまたはタンパク質を意味する。この抗原は、自己抗原（ａｕｔｏ−ａｎｔｉｇｅｎ）、自己抗原（ｓｅｌｆ−ａｎｔｉｇｅｎ）、交叉反応抗原、同種抗原、寛容原、アレルゲン、ハプテン、免疫原またはそれらの一部、ならびにこれらの任意の組み合わせが挙げられ得るが、これらに限定されない。
【０２３３】
（エピトープ）
本明細書で使用される場合、用語「エピトープ」とは、一般に、Ｔ細胞レセプターおよび／または抗体によって認識される抗原上の部位をいう。好ましくは、エピトープは、タンパク質抗原に由来する短いペプチドまたはタンパク質抗原の一部である。しかし、この用語はまた、糖ペプチドおよび炭水化物エピトープを有するペプチドを包含することが意図される。いくつかの異なるエピトープは、単一の抗原性分子によって保持され得る。用語「エピトープ」はまた、アミノ酸または炭水化物の改変された配列を包含する。これらの配列は、生物全体を認識する応答を刺激する。選択されたエピトープが、感染性疾患を引き起こす感染性因子（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ細菌）のエピトープである場合には有利である。
【０２３４】
配列番号１〜８６は、本発明の組成物において、配列番号１〜８６のフラグメントを含む分子が補充され得るか、またはこれらの分子で置換され得る。このようなフラグメントは、その分子に由来し、特定の配列に依存して、少なくともｎ個連続するモノマーを含み得る。ｎは、次のいずれかである：（ｉ）タンパク質分子に関しては、好ましくは、そのフラグメントがその配列に由来するエピトープを含むように、７以上（例えば、８、１８、２０以上）、（ｉｉ）核酸分子に関しては１０以上（例えば、１５、１８、２０、２５、３０、３５、４０以上）。
【０２３５】
（エピトープ源）
このエピトープは、過度の実験なくして、アミノ酸およびそのペプチドまたはポリペプチドの対応するＤＮＡ配列に関する理解、ならびに特定のアミノ酸の性質（例えば、大きさ、電荷など）、およびコドン辞書から作製され得る。例えば、Ｉｖａｎ  Ｒｏｉｔｔ、Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｑｙ、１９８８；Ｋｅｎｄｒｅｗ、前出；Ｊａｎｉｓ  Ｋｕｂｙ、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、１９９２  例えば、ｐｐ．７９−８１を参照のこと。タンパク質が応答を刺激するか否かを決定するにあたってのいくつかのガイドラインとしては、以下が挙げられる：ペプチドの長さ−好ましくは、そのペプチドは、ＭＨＣクラスＩ複合体にフィットするように、約８アミノ酸または９アミノ酸の長さであり、クラスＩＩのＭＨＣ複合体にフィットするように、約１３〜２５アミノ酸の長さである。この長さは、そのペプチドがＭＨＣ複合体に結合するための最小限である。そのペプチドが、これらの長さより長いことは、好ましい。なぜなら細胞は、ペプチドを切断し得るからである。そのペプチドは、免疫応答を生成するに十分高い特異性を有する、種々のクラスＩ分子またはクラスＩＩ分子に結合することができるように、適切なアンカーモチーフを含み得る（Ｂｏｃｃｈｉａ，Ｍ．ら、Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  ｏｆ  Ｌｅｕｋｅｍｉａ  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  Ｆｕｓｉｏｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｅｎｔｉｄｅｓ  ｔｏ  ＨＬＡ  Ｃｌａｓｓ  Ｉ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、Ｂｌｏｏｄ  ８５：２６８０−２６８４；Ｅｎｇｌｅｈａｒｄ，ＶＨ，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｎｄ  ｃｌａｓｓ  ＩＩ  ＭＨＣ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２：１８１（１９９４）を参照のこと）。これは、過度の実験なくして、目的のタンパク質の配列を、ＭＨＣ分子と関連したペプチドの公にされた構造と比較することによって、行われ得る。従って、当業者は、そのタンパク質配列と、タンパク質データベースに載せられた配列とを比較することによって、目的のエピトープを確認し得る。
【０２３６】
（Ｔ細胞エピトープ）
好ましくは、本発明の１種以上の抗原は、１種以上のＴ細胞エピトープを含む。本明細書に記載される場合、用語「Ｔ細胞エピトープ」とは、一般に、Ｔ細胞応答を誘導し得るペプチド構造を特徴とするものをいう。この点に関して、Ｔ細胞エピトープが直線的なペプチド決定基を含むことは受け入れられており、この決定基は、ＭＨＣ分子のそのペプチド結合溝内の拡大したコンホメーションをとる（Ｕｎａｎｕｅら．（１９８７）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３６：５５１−５５７）。本明細書で使用される場合、Ｔ細胞エピトープは、一般に、少なくとも約３〜５アミノ酸残基、および好ましくは、少なくとも５〜１０以上のアミノ酸残基を有するペプチドである。しかし、本明細書で使用される場合、用語「Ｔ細胞エピトープ」は、任意のＭＨＣクラスＩ拘束ペプチドまたはＭＨＣクラスＩＩ拘束ペプチドを包含する。特定のＴ細胞エピトープがＣＭＩ応答を刺激／増強する能力は、多くの周知のアッセイによって、例えば、リンパ球増殖（リンパ球活性化）アッセイ、ＣＤ８＋  Ｔ細胞アッセイによって、または感作した被験体におけるエピトープに特異的なＴリンパ球についてアッセイすること（例えば、Ｅｒｉｃｋｓｏｎら．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：４１８９−４１９９；およびＤｏｅら．（１９９４）  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２３６９−２３７６を参照のこと）によって、またはインターフェロンγ生成を測定するためのＣＤ８＋  Ｔ細胞ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ（Ｍｉｙａｈａｒａら  ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）（１９９８）９５：３９５４−３９５９）によって、決定され得る。
【０２３７】
（ＣＤ８＋  Ｔ細胞エピトープ）
好ましくは、本発明の抗原は、ＣＤ８＋  Ｔ細胞誘導エピトープを含む。Ａ  ＣＤ８＋  Ｔ細胞誘導エピトープは、宿主被験体への投与後に、特異的ＣＤ８＋  Ｔ細胞の形成を刺激し得るかまたはそのＴ細胞の活性を増大させ得るエピトープである。このＣＤ８＋  Ｔ細胞エピトープは、種々の異なる形態（例えば、１種または２種以上のエピトープの組換え文字列）で提供され得る。ＣＤ８＋  Ｔ細胞エピトープが同定されており、多くの異なる疾患に関して、文献中に見出され得る。このようなＣＤ８＋  Ｔ細胞エピトープを含む任意の選択された抗原に対してＣＤ８＋  Ｔ細胞応答を発生させるように、エピトープ文字列を設計することが可能である。有利には、ＣＤ８＋  Ｔ細胞誘導エピトープは、複数のエピトープの文字列中で提供され得る。このエピトープは、不要な核酸物質が避けられるように、介在する配列なしで一緒に連結される。
【０２３８】
（Ｔヘルパーエピトープ）
好ましくは、本発明の抗原は、ヘルパーＴリンパ球エピトープを含む。種々の方法が、本明細書に従う使用に適したＴヘルパー細胞エピトープを同定するために利用可能である。例えば、ペプチド配列の両親媒性は、Ｔヘルパー細胞誘導因子として機能する能力をもたらすことが公知である。Ｔヘルパー細胞誘導エピトープの完全な議論は、米国特許第５，１２８，３１９号（本明細書に参考として援用される）に示される。
【０２３９】
（Ｂ細胞エピトープ）
好ましくは、本発明の抗原は、ＣＤ８＋  Ｔ細胞エピトープとＢ細胞エピトープとの混合物を含む。本明細書で使用される場合、用語「Ｂ細胞エピトープ」とは、一般に、特異的抗体分子が結合する抗原上の部位をいう。好太王糖を誘発し得るエピトープの同定は、当該分野で周知の技術を用いて容易に達成される。例えば、Ｇｅｙｓｅｎら  （１９８４）  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：３９９８−４００２（所定の抗原中の免疫原性エピトープの位置を決定するための、迅速にペプチドを合成する一般的方法）；米国特許第４，７０８，８７１号（抗原のエピトープを同定し、化学的に合成するための手順）；ならびにＧｅｙｓｅｎら．（１９８６）  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ２３：７０９−７１５（所定の抗体に対して高い親和性を有するペプチドを同定するための技術）を参照のこと。
【０２４０】
（エピトープの組み合わせ）
本発明の好ましい実施形態において、抗原または抗原の組み合わせは、ＣＤ８＋  Ｔ細胞誘導エピトープとＴヘルパー細胞誘導エピトープとの混合物を含む。
【０２４１】
当該分野で周知であるように、Ｔ細胞誘導エピトープおよびＢ細胞誘導エピトープは、頻繁には、互いに異なり、異なるペプチド配列を含み得る。従って、タンパク質のペプチド鎖の特定の領域は、Ｔ細胞エピトープまたはＢ細胞エピトープのいずれかを有し得る。従って、そのＣＤ８＋  Ｔ細胞エピトープに加えて、CＤ８＋  Ｔ細胞エピトープによって生成される免疫応答を増大するために、Ｔヘルパー細胞によって認識される１種以上のエピトープを含めることが好ましいと思われる。
【０２４２】
Ｔヘルパー細胞誘導因子による、インビボでのＣＤ８＋  Ｔ細胞誘導性応答を増強する機構は、完全に明らかではない。しかし、理論に束縛されることなく、その増強因子は、Ｔヘルパー細胞を誘導する園の雨緑によって、特定のＣＤ８＋  Ｔ細胞のクローン性増殖および普及を補助する、必要なサイトカインのレベルの増大をもたらすようである。根底にある機構に拘わらず、ヘルパーＴ細胞と、本発明のＣＤ８＋  Ｔ細胞誘導抗原の組み合わせとの混合物を使用することによって、ＣＭＩ応答の増強が補助されることが想定される。特に適したＴヘルパー細胞エピトープは、異なるＨＬＡ型の個体において活性であるもの（例えば、破傷風由来のＴヘルパーエピトープ（このエピトープに対して、大部分の個体は既に感作されている））である。Ｂ細胞応答および抗体生成を刺激するためにＢ細胞エピトープを含めることが有用であり得る。合成ヌクレオチド配列はまた、免疫応答の２つの型：Ｔ細胞のみと、Ｂ細胞応答と組み合わされたＴ細胞を引き起こすために構築され得る。
【０２４３】
（免疫優性エピトープ）
個体が抗原もしくは抗原の組み合わせ、またはヌクレオチド配列もしくは標的抗原の複数のエピトープをコードするヌクレオチド配列の組み合わせで免疫される場合、多くの場合、応答するＴリンパ球の大部分が、その標的抗原に由来する１種以上の直線状エピトープに対して特異的であり、そして／または応答するＢリンパ球の大部分は、その抗原もしくは抗原の組み合わせに対する、１種以上の直線状エピトープもしくはコンホメーションエピトープに対して特異的である。本発明の目的のために、次いで、このようなエピトープは、「免疫優性エピトープ」といわれる。いくつかの免疫優性エピトープを有する抗原において、１つのエピトープが、特異的Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答を命令する点で最も優性であり得る。
【０２４４】
実施例で示されるように、本発明の少なくとも１６個のペプチドが、細菌感染の結果として実際に増殖したＩＦＮ−γ陽性ＣＤ８＋  Ｔ細胞集団によって認識された。
【０２４５】
（アジュバント）
本発明の組成物は、他の免疫調節因子とともに投与され得る。特に、本発明の組成物は、アジュバントとともに投与され得る。
【０２４６】
アジュバント（特に、遺伝子アジュバント（ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｄｊｕｖａｎｔ））を含めることは、ＣＭＩ応答をさらに増強または調節することにおいて有用であり得る。アジュバントは、免疫した被験体において同時投与される抗原の免疫原性を増強することによって、およびワクチン製品において有益な同時投与される抗原に対するＴｈ１様免疫応答を誘導することによって、ＣＭＩ応答を増強し得る。
【０２４７】
免疫応答および特にＣＭＩ応答は、抗原の組み合わせまたは抗原の組み合わせをコードするヌクレオチド配列（これらは、長期の持続した、増強されたＣＭＩ応答を誘発するために特に有効な組成物をもたらす）にアジュバントを添加することによって、洗練され得る。
【０２４８】
本明細書で使用される場合、用語「アジュバント」とは、抗原特異的免疫応答を、特異的にまたは非特異的に、変化し得るか、増強し得るか、指向し得るか、再指向し得るか、強化し得るかまたは開始し得る全ての物質または組成物をいう。
【０２４９】
用語「アジュバント」は、細菌性ＡＤＰリボシル化外毒素、生物学的に活性な因子、免疫調節分子、生物学的応答改変因子または免疫賦活分子（例えば、サイトカイン、インターロイキン、ケモカインまたはリガンドもしくはエピトープ（例えば、ヘルパーＴ細胞エピトープ））、および最適には、これらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。アジュバントは、抗原とともに投与される場合、抗原組成物またはこのような抗原をコードするヌクレオチド配列は、その抗原または抗原の組み合わせ単独を投与する際に生成されるＣＭＩ応答と比較して、そのＣＭＩ応答を強化または調節する。アジュバントは、ヒトまたは動物での使用に適した、当該分野で公知の任意のアジュバントであり得る。
【０２５０】
免疫調節分子（例えば、サイトカイン（ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、ＧＭ−ＣＳＦ、およびＩＬ−２）、ならびに同時刺激分子およびアクセサリ分子（Ｂ７−１、Ｂ７−２））は、種々の組み合わせにおいてアジュバントととして使用され得る。一実施形態において、ＧＭ−ＣＳＦは、投与レジメンの前にも、その最中にも、その後にも、被験体に投与されない。目的の抗原の発現部位における、免疫調節分子および目的の抗原の同時の生成は、ＣＭＩ応答を増強する一助となり得る特異的エフェクターの生成を増強し得る。ＣＭＩ応答の増強の程度は、使用される特定の面系刺激分子および／またはアジュバントに依存し得る。なぜなら、異なる免疫賦活分子は、ＣＭＩ応答を増強および／または調節するための異なる機構を誘発し得るからである。例示すると、その異なるエフェクター機構／免疫調節分子としては、ヘルプシグナルの増大（ＩＬ−２）、プロフェッショナルＡＰＣの増員（ＧＭ−ＣＳＦ）、Ｔ細胞出現の増大（ＩＬ−２）、抗原プロセシング経路およびＮＨＣ発現に対する効果（ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−α）ならびに免疫応答を、Ｔｈ１応答からＴｈ２応答に向かうとうに変更すること（ＬＴＢ）（ＷＯ  ９７／０２０４５を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。非メチル化ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ＷＯ９６／０２５５５を参照のこと）は、Ｔｈ１応答の優先的な誘導因子であり、本発明における使用に適している。
【０２５１】
理論に束縛されることなく、アジュバントを含めることは、有利である。なぜならアジュバントは、Ｔｈ２応答をＴｈ１応答に変更することによる、発現される抗原に対するＣＭＩ応答ならびに／または増強したＣＭＩ応答の結果的な生成および維持を伴う、発現されるエピトープに対する特異的エフェクター関連機構を増強する一助となり得る（例えば、ＷＯ  ９７／０２０４５の教示を参照のこと）。
【０２５２】
抗原またはその抗原をコードするヌクレオチド配列と一緒にアジュバントを含めることも有利である。なぜなら、アジュバントは、その抗原またはその抗原をコードするヌクレオチド配列が投与される被験体において望ましいＣＭＩ応答を達成するために必要な抗原／抗原組み合わせのより低下した量またはより少ない量を生じ得るか、あるいはアジュバントは、定量的にかつ／もしくは定性的に異なる免疫応答を生じ得るからである。アジュバントの有効性は、抗原単独と平行して、アジュバントと抗原とを動物に投与し、その２つの群における抗体および／または細胞媒介性免疫を標準的なアッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＣＤ８＋  Ｔ細胞アッセイなど（全て当該分野で周知））を用いて比較することによって、決定され得る。代表的には、このアジュバントは、抗原とは別個の部分であるが、単一の分子（例えば、ＣＴＢ）は、アジュバント特性および抗原特性の両方を有し得る。
【０２５３】
本明細書で使用される場合、用語「遺伝子アジュバント（ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｄｊｕｖａｎｔ）」とは、ヌクレオチド配列によってコードされかつ、抗原と共に投与された場合に、抗原単独で投与した際に生成されるＣＭＩ応答と比較して、ＣＭＩ応答を増強させる、アジュバントをいう。
【０２５４】
細菌性ＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体は、本発明において、アジュバントとして使用され得る。好ましくは、そのタンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ（すなわち、Ｅ．ｃｏｌｉ非耐熱性腸毒素「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または百日咳（「ＰＴ」）に由来する。一実施形態において、この遺伝子アジュバントは、細菌性ＡＤＰリボシル化毒素である。
【０２５５】
ＡＤＰリボシル化細菌毒素は、関連する細菌性外毒素のファミリーであり、これらの毒素としては、ジフテリア毒素（ＤＴ）、百日咳毒素（ＰＴ）、コレラ毒素（ＣＴ）、Ｅ．ｃｏｌｉ非耐熱性毒素（ＬＴ１およびＬＴ２）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ内毒素Ａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素Ｓ、Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ細胞外酵素、Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ毒素、Ｃ．ｂｏｔｕｌｉｎｕｎａ  Ｃ２およびＣ３毒素、Ｃ．ｌｉｍｏｓｕｍ細胞外酵素、ならびにＣ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃ．ｓｐｉｒｉｆｏｒｍａおよびＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ＥＤＩＮ、およびＡＤＰリボシル化細菌性毒素変異体（例えば、ＣＲＭ１９７、非毒性ジフテリア毒素変異体（例えば、Ｂｉｘｌｅｒら（１９８９）  Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．２５１：１７５；およびＣｏｎｓｔａｎｔｉｎｏら（１９９２）  Ｖａｃｃｉｎｅを参照のこと）に由来する毒素が挙げられる。大部分のＡＤＰリボシル化細菌性毒素は、Ａ：Ｂマルチマーとして組織化され、このマルチマーにおいて、Ａサブユニットは、ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼ活性を含み、そのＢサブユニットは、結合部分として作用する。本発明における組成物に使用するための好ましいＡＤＰ−リボシル化細菌性毒素としては、コレラ速度およびＥ．ｃｏｌｉ非耐熱性毒素が挙げられる。
【０２５６】
コレラ毒素（ＣＴ）および関連したＥ．ｃｏｌｉ非耐熱性腸毒素（ＬＴ）は、強力な免疫原であり、かつ全身に、経口的にまたは粘膜に投与されたとき強い毒性を示すそれらそれぞれの腸毒素の細菌株の分泌生成物である。
【０２５７】
ＣＴおよびＬＴの両方が、筋肉内経路もしくは経口経路を介して投与したときに、抗原に対するアジュバント効果を提供することが公知である。これらのアジュバント効果は、毒性に必要とされる用量未満の用量で観察された。これら２つの毒素は、分子が非常に似ており、アミノ酸レベルで少なくとも約７０〜８０％相同である。
【０２５８】
好ましくは、遺伝子アジュバントは、コレラ毒素（ＣＴ）、腸毒素産生性Ｅ．ｃｏｌｉ非耐熱性毒素（ＬＴ）、あるいはアジュバント性を保持している、ＣＴまたはＬＴの誘導体、サブユニット、またはフラグメントである。さらにより好ましい実施形態において、その遺伝子アジュバントは、ＬＴである。別の好ましい実施形態において、その遺伝子アジュバントは、ＣＴＢまたはＬＴＢであり得る。
【０２５９】
好ましくは、腸毒素は、非毒性腸毒素である。
【０２６０】
粘膜用アジュバントとしての解毒化ＡＤＰリボシル化毒素の使用は、参考文献１０３において記載され、非経口用アジュバントとしての解毒化ＡＤＰリボシル化毒素の使用は、ＷＯ９５／１７２１１において記載され、非経口アジュバントとしてＷＯ９８／４２３７５において記載されている。毒素または類毒素は、好ましくは、ＡサブユニットおよびＢサブユニットの両方を含む完全毒素の形態である。好ましくは、Ａサブユニットは、解毒化変異体を含み；好ましくは、Ｂサブユニットは、変異していない。好ましくは、このアジュバントは、解毒化ＬＴ変異体（例えば、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴ−Ｇ１９２）である。ＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒化誘導体、特にＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２のアジュバントとしての使用は、以下の参考文献（その各々は、本明細書にその全体が参考として援用される）において見出され得る：Ｂｅｉｇｎｏｎら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０（６）：３０１２−３０１９；Ｐｉｚｚａら，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００１）１９：２５３４−２５４１；Ｐｉｚｚａら，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２０００）２９０（４−５）：４５５−４６１；Ｓｃｈａｒｔｏｎ−Ｋｅｒｓｔｅｎら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２０００）６８（９）：５３０６−５３１３；Ｒｙａｎら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９９）６７（１２）：６２７０−６２８０；Ｐａｒｔｉｄｏｓら，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｌｅｔｔ．（１９９９）６７（３）：２０９−２１６；Ｐｅｐｐｏｌｏｎｉら，Ｖａｃｃｉｎｅｓ（２００３）２（２）：２８５−２９３；およびＰｉｎｅら，Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅｌｅａｓｅ（２００２）８５（１−３）：２６３−２７０。アミノ酸置換についての多くの参考文献が、好ましくは、Ｄｏｍｅｎｉｇｈｉｎｉら，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（１９９５）１５（６）：１１６５−１１６７（具体的に、その全体が本明細書に参考として援用される）に示される、ＡＤＰリボシル化毒素のＡサブユニットおよびＢサブユニットのアラインメントに基づいている。
【０２６１】
さらに例示すると、その腸毒素サブユニットコード領域のうちの少なくとも１つは、この領域にによってコードされるサブユニットペプチドを解毒するように遺伝的に改変され得る。例えば、ここで短縮されたＡサブユニットコード領域は、そのサブユニットペプチド発現生成物においてＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼ活性を破壊または不活性化するように、遺伝的に改変されている（例えば、ＷＯ  ０３／００４０５５を参照のこと）。
【０２６２】
従って、これらの結果は、この遺伝子アジュバントが、さらにいっそう増強されたＣＭＩ応答が望ましい場合に特に適切であることを実証している。他の望ましい遺伝子アジュバントとしては、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、インターフェロン類（ＩＦＮ類）（例えば、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、およびＩＦＮ−γ）、およびこれらの好ましい組み合わせをコードするヌクレオチド配列が挙げられるが、これらに限定されない。ＣＭＩ応答を増強するなお他の生物学的に活性な因子は、当業者によって容易に選択され得る。そして同じものを含む適したプラスミドベクターも公知の技術によって構築され得る。
【０２６３】
好ましいさらなるアジュバントとしては、以下に記載されるもののうちの１種以上が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２６４】
（鉱物含有組成物）
本発明におけるアジュバントとしての使用に適した鉱物含有組成物としては、鉱物塩（例えば、アルミニウム塩およびカルシウム塩）が挙げられる。本発明は、鉱物塩（例えば、水酸化物（例えば、オキシヒドロキシド）、リン酸塩（例えば、水酸化リン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩など（例えば、参考文献Ｂｕｓｈ  ａｎｄ  Ｅｖｅｒｅｔｔ（２００１）  Ｉｎｔ  Ｊ  Ｓｙｓｔ  Ｅｖｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ５１：２０３−２２０の第８章および第９章を参照のこと）、または異なる鉱物化合物の混合物を含み、これらの化合物は、任意の適切な形態（例えば、ゲル、結晶、非晶質など）をとり、そして吸着されることが好ましい。ＷＯ  ００／２３１０５を参照のこと。
【０２６５】
アルミニウム塩は、Ａｌ３＋の用量が０．２〜１．０ｍｇ／用量の間であるように、本発明の免疫原性組成物／ワクチン中に含められ得る。
【０２６６】
好ましくは、アジュバントは、ミョウバンであり、好ましくは、アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウム（ＡｌＯＨ）またはリン酸アルミニウムもしくは硫酸アルミニウム）である。なおより好ましくは、このアジュバントは、水酸化アルミニウム（ＡｌＯＨ）である。
【０２６７】
好ましくは、鉱物塩（例えば、アルミニウム塩）は、別のアジュバント（例えば、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド、またはＡＤＰリボシル化毒素）と組み合わされる。なおより好ましくは、この鉱物塩は、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドと組み合わされる。
【０２６８】
（油のエマルジョン）
本発明においてアジュバントとしての使用に適した油のエマルジョン組成物は、スクアラン−水エマルジョン（例えば、微量流動装置（ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｚｅｒ）を用いてミクロン未満の粒子に処方された、ＭＦ５９（５％  スクアラン、０．５％  Ｔｗｅｅｎ  ８０、および０．５％  Ｓｐａｎ  ８５）を含む。ＷＯ９０／１４８３７を参照のこと。Ｆｒｅｙら，「Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓａｆｅｔｙ，ｔｏｌｅｒａｂｉｌｉｔｙ，ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ａ  ＭＦ５９−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｎｄ  ａ  ｎｏｎ−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｉｎ  ｎｏｎ−ｅｌｄｅｒｌｙ  ａｄｕｌｔｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）２１：４２３４−４２３７。ＭＦ５９は、ＦＬＵＡＤＴＭインフルエンザウイルス三価サブユニットワクチン中で、アジュバントとして使用されている。
【０２６９】
この組成物において使用するために特に好ましいアジュバントは、ミクロン未満の水中油型エマルジョンである。本明細書で使用するための好ましいミクロン未満の水中油型エマルジョンは、必要に応じて、種々の量のＭＴＰ−ＰＥを含むスクアラン／水エマルジョン（例えば、４〜５％  ｗ／ｖ  スクアラン、０．２５〜１．０％  ｗ／ｖ  Ｔｗｅｅｎ８０ＴＭ（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）、および／もしくは０．２５〜１．０％  Ｓｐａｎ８５ＴＭ（ソルビタントリオレエート）を含むミクロン未満の水中油型エマルジョン、ならびに必要に応じてＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル（ｉｓｏｇｌｕａｔｍｉｎｙｌ）−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ（ｈｕｙｄｒｏｘｙｐｈｓｐｈｏｐｈｏｒｙｌｏｘｙ））−エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）を含むスクアラン／水エマルジョン（例えば、「ＭＦ５９」として公知のミクロン未満の水中油型エマルジョン（（国際公開番号ＷＯ９０／１４８３７；米国特許第６，２９９，８８４号および同第６，４５１，３２５号（本明細書にそれらの全体が参考として援用される）；ならびにＯｔｔら「ＭＦ５９−Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｓａｆｅ  ａｎｄ  Ｐｏｔｅｎｔ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ：Ｔｈｅ  Ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐｏｗｅｌｌ，Ｍ．Ｆ．およびＮｅｗｍａｎ，Ｍ．Ｊ．編）  Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９５，ｐｐ．２７７−２９６））である。ＭＦ５９は、４〜５％  ｗ／ｖ  スクアラン（例えば、４．３％）、０．２５〜０．５％  ｗ／ｖ  Ｔｗｅｅｎ８０ＴＭ、および０．５％  ｗ／ｖ  Ｓｐａｎ８５ＴＭを含み、必要に応じて、種々の量のＭＴＰ−ＰＥを含み、Ｍｏｄｅｌ  １１０Ｙ微量流動装置（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ，Ｎｅｗｔｏｎ，ＭＡ）のような微量流動装置を用いて、ミクロン未満の粒子に処方される。例えば、ＭＴＰ−ＰＥは、約０〜５００μｇ／用量、より好ましくは、０〜２５０μｇ／用量、および最もより好ましくは、０〜１００μｇ／用量の量で存在し得る。本明細書で使用される場合、用語「ＭＦ５９−０」とは、ＭＴＰ−ＰＥを欠く、上記のミクロン未満の水中油型エマルジョンをいう一方で、用語ＭＦ５９−ＭＴＰは、ＭＴＰ−ＰＥを含む処方物を意味する。例えば、「ＭＦ５９−１００」は、１００μｇ  ＭＴＰ−ＰＥ／用量を含むなどである。ＭＦ６９（すなわち、本明細書で使用するための別のミクロン未満の水中油型エマルジョン）は、４．３％  ｗ／ｖ  スクアラン、０．２５％  ｗ／ｖ  Ｔｗｅｅｎ８０ＴＭ、および０．７５％  ｗ／ｖ  Ｓｐａｎ８５ＴＭ、ならびに必要に応じてＭＴＰ−ＰＥを含む。なお別のミクロン未満の水中油型エマルジョンはまた、ＭＦ７５（ＳＡＦとしても公知であり、１０％  スクアラン、０．４％  Ｔｗｅｅｎ８０ＴＭ、５％  プルロニック−ブロックコポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含む）であり、これもまた、ミクロン未満のエマルジョンへと流動化される。ＭＦ７５−ＭＴＰは、ＭＴＰ（例えば、１００〜４００μｇ  ＭＴＰ−ＰＥ／用量）を含むＭＦ７５処方物を意味する。
【０２７０】
この組成物において使用するためのミクロン未満の水中油型エマルジョン、これを作製する方法、および免疫賦活因子（例えば、ムラミルペプチド）は、国際公開番号ＷＯ９０／１４８３７および米国特許第６，２９９，８８４号および米国特許第６，４５１，３２５号（それらの全体が本明細書に参考として援用される）に詳細に記載される。
【０２７１】
完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）もまた、本発明において、アジュバントとして使用され得る。
【０２７２】
（サポニン処方物）
サポニン処方物はまた、本発明においてアジュバントとして使用され得る。サポニンは、広い範囲の植物種の樹皮、葉、茎、根およびさらに花において見出される、ステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの不均一の（ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ）グループである。Ｑｕｉｌｌａｉａ  ｓａｐｏｎａｒｉａ  Ｍｏｌｉｎａの樹の樹皮に由来するサポニンは、アジュバントとして広く研究されてきた。サポニンはまた、Ｓｍｉｌａｘ  ｏｒｎａｔａ（サルサパリラ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ  ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（かすみ草（ｂｒｉｄｅｓ  ｖｅｉｌ））、およびＳａｐｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（かすみ草（ｓｏａｐ  ｒｏｏｔ）から、商業的に得られ得る。サポニンアジュバント処方物としては、精製処方物（例えば、ＱＳ２１）、および脂質処方物（例えば、ＩＳＣＯＭ）が挙げられる。サポニン組成物は、高性能薄層クロマトグラフィー（ＨＰ−ＬＣ）および逆相高速液体クロマトグラフィー（ＲＰ−ＨＰＬＣ）を用いて精製された。これらの技術を用いて精製される特定の画分が同定されており、これらの画分としては、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−ＢおよびＱＨ−Ｃが挙げられる。好ましくは、そのサポニンは、ＱＳ２１である。ＱＳ２１の生成方法は、米国特許第５，０５７，５４０号に開示される。サポニン処方物はまた、ステロール（例えば、コレステロール）を含み得る（ＷＯ９６／３３７３９を参照のこと）。
【０２７３】
サポニンとコレステロールとの組み合わせは、免疫賦活複合体（ＩＳＣＯＭ）とよばれる独特の粒子を形成するために使用され得る。ＩＳＣＯＭはまた、代表的には、リン脂質（例えば、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリン）を含む。任意の公知のサポニンは、ＩＳＣＯＭ中で使用され得る。好ましくは、そのＩＳＣＯＭは、Ｑｕｉｌ  Ａ、ＱＨＡおよびＱＨＣのうちの１種以上を含む。ＩＳＣＯＭは、ＥＰ０１０９９４２、ＷＯ９６／１１７１１およびＷＯ９６／３３７３９にさらに記載される。必要に応じて、そのＩＳＣＯＭは、さらなる界面活性剤を全く含まない可能性がある。ＷＯ００／０７６２１を参照のこと。
【０２７４】
サポニンベースのアジュバントの開発の総説は、Ｂａｒｒら，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９８）３２：２４７−２７１およびＳｊｏｌａｎｄｅｒら，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９８）３２：３２１−３３８に見出され得る。
【０２７５】
（ビロゾームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ））
ビロゾームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）はまた、本発明においてアジュバントとして使用され得る。これらの構造は、一般には、リン脂質と必要に応じて組み合わされるかまたは処方される、ウイルス由来の１種以上のタンパク質を含む。これらの構造は、一般には、非病原性で、複製せず、そして一般に、いかなる天然のウイルスゲノムも含まない。このウイルスタンパク質は、組換え生成されてもよいし、完全ウイルスから単離されてもよい。ビロゾームまたはＶＬＰにおける使用に適したこれらのウイルスタンパク質としては、インフルエンザウイルス由来のタンパク質（例えば、ＨＡまたはＮＡ）、Ｂ型肝炎ウイルス由来のタンパク質（例えば、コアタンパク質またはキャプシドタンパク質）、Ｅ型肝炎ウイルス由来のタンパク質、麻疹ウイルス由来のタンパク質、シンドビスウイルス由来のタンパク質、ロタウイルス由来のタンパク質、口蹄疫ウイルス由来のタンパク質、レトロウイルス由来のタンパク質、ノーウォークウイルス由来のタンパク質、ヒトパピローマウイルス由来のタンパク質、ＨＩＶ由来のタンパク質、ＲＮＡファージ由来のタンパク質、Ｑβファージ由来のタンパク質（例えば、コートタンパク質）、ＧＡファージ由来のタンパク質、ｆｒファージ由来のタンパク質、ＡＰ２０５ファージ由来のタンパク質、およびＴｙ由来のタンパク質（例えば、レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐｌ）が挙げられる。ＶＬＰは、さらにＷＯ０３／０２４４８０、ＷＯ０３／０２４４８１、およびＮｉｉｋｕｒａら，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００２）２９３：２７３−２８０；Ｌｅｎｚら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００１）５２４６−５３５５；Ｐｉｎｔｏら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ（２００３）１８８：３２７−３３８；およびＧｅｒｂｅｒら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００１）７５（１０）：４７５２−４７６０において議論される；ビロゾームは、例えば、Ｇｌｕｃｋら，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）２０：Ｂ１０−Ｂ１６においてさらに議論される。
【０２７６】
（細菌誘導体または微生物誘導体）
本発明における使用に適したアジュバントとしては、以下のような細菌誘導体または微生物誘導体が挙げられる。
【０２７７】
（腸内細菌リポポリサッカリド（ＬＰＳ）の非毒性誘導体）
このような誘導体としては、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−デアシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が挙げられる。３ｄＭＰＬは、４アシル化鎖，５アシル化鎖または６アシル化鎖を有する３  Ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリル脂質Ａの混合物である。３  Ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリル脂質Ａの好ましい「小粒子」形態は、ＥＰ  ０  ６８９  ４５４に開示される。このような３ｄＭＰＬの「小粒子」は、０．２２ミクロン膜を通して滅菌濾過するために十分小さい（ＥＰ  ０  ６８９  ４５４を参照のこと）。他の非毒性ＬＰＳ誘導体としては、モノホスホリル脂質Ａ模倣物（例えば、アミノアルキルグルコサミニドホスフェート誘導体（例えば、ＲＣ−５２９））が挙げられる。Ｊｏｈｎｓｏｎら．（１９９９）Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ  ９：２２７３−２２７８を参照のこと。
【０２７８】
（脂質Ａ誘導体）
脂質Ａ誘導体としては、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ由来の脂質Ａの誘導体（例えば、ＯＭ−１７４）が挙げられる。ＯＭ−１７４は、例えば、Ｍｅｒａｌｄｉら，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）２１：２４８５−２４９１；Ｐａｊａｋら，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）２１：８３６−８４２において記載される。
【０２７９】
免疫賦活性オリゴヌクレオチド
本発明においてアジュバントとして使用するために適した免疫賦活性オリゴヌクレオチドとしては、ＣｐＧモチーフ（非メチル化シトシン、次に、リン酸結合によって連結されるグアノシンを含む配列）を含むヌクレオチド配列が挙げられる。パリンドローム配列またはポリ（ｄＧ）配列を含む細菌の二本鎖ＲＮＡまたはオリゴヌクレオチドもまた、免疫賦活性であることが示された。
【０２８０】
このＣｐＧは、ヌクレオチド改変／アナログ（例えば、ホスホロチオエート改変）を含み得、二本鎖または一本鎖であり得る。必要に応じて、そのグアノシンは、２’−デオキシ−７−デアザグアノシンのようなアナログで置換され得る。例えば、考えられるアナログ置換についてＫａｎｄｉｍａｌｌａら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２００３）３１（９）：２３９３−２４００；ＷＯ０２／２６７５７およびＷＯ９９／６２９２３を参照のこと。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、Ｋｒｉｅｇ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２００３）９（７）：８３１−８３５；ＭｃＣｌｕｓｋｉｅら，ＦＥＭＳ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（２００２）３２：１７９−１８５；ＷＯ９８／４０１００；米国特許第６，２０７，６４６号；米国特許第６，２３９，１１６号および米国特許第６，４２９，１９９号においてさらに議論される。
【０２８１】
このＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９（例えば、モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴ）に指向され得る。Ｋａｌｍａｎら（１９９９）（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２１：３８５−３８９）を参照のこと。このＣｐＧ配列は、Ｔｈ１免疫応答の誘導に対して特異的であってもよいし（例えば、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ）、Ｂ細胞応答の誘導により特異的であってもよい（例えば、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ）。ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮおよびＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２００３）１７０（８）：４０６１−４０６８；Ｋｒｉｅｇ  ＢＢＲＣ（２００３）３０６：９４８−９５３；およびＷＯ０１／９５９３５を参照のこと。好ましくは、このＣｐＧは、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮである。
【０２８２】
好ましくは、このＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端がレセプター認識に利用しやすいように構築される。必要に応じて、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列が、「イムノマー（ｉｍｍｕｎｏｍｅｒ）」を形成するために、それらの３’末端に結合され得る。例えば、Ｋａｎｄｉｍａｌｌａら，（２００３）３１（ｐａｒｔ  ３）：６６４−６５８；Ｂｈａｇａｔら，ＢＢＲＣ（２００３）３００：８５３−８６１およびＷＯ０３／０３５８３６を参照のこと。
【０２８３】
好ましくは、このアジュバントは、ＣｐＧである。なおより好ましくは、そのアジュバントは、ミョウバンとＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドアジュバント、またはＡｌＯＨとＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドである。
【０２８４】
（ヒト免疫調節因子）
本発明においてアジュバントとして使用するために適したヒト免疫調節因子としては、サイトカイン（例えば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２など））、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子が挙げられる。
【０２８５】
（ＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体）
細菌性ＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体は、本発明において、アジュバントとして使用され得る。好ましくは、そのタンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ（すなわち、Ｅ．ｃｏｌｉ非耐熱性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または百日咳（「ＰＴ」）に由来し得る。粘膜アジュバントとしての解毒ＡＤＰリボシル化毒素の使用は、ＷＯ９５／１７２１１において記載され、非経口アジュバントとしてＷＯ９８／４２３７５において記載されている。好ましくは、このアジュバントは、解毒ＬＴ変異体（例えば、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴＲ１９２Ｇ）である。アジュバントとしての、ＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体（特に、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２）の使用は、以下の参考文献（その各々は、本明細書にその全体が参考として援用される）において見出され得る：Ｂｅｉｇｎｏｎら，「Ｔｈｅ  ＬＴＲ７２  Ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｅｎａｈｎｃｅｓ  ｔｈｅ  Ａｂｉｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｔｏ  Ｅｌｉｃｉｔ  ＣＤ４＋  Ｔ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｓｅｃｒｅｔｅ  Ｇａｍｍａ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ａｆｔｅｒ  Ｃｏａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｎｔｏ  Ｂａｒｅ  Ｓｋｉｎ」，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０（６）：３０１２−３０１９；Ｐｉｚｚａら，「Ｍｕｃｏｓａｌ  ｖａｃｃｉｎｅｓ：  ｎｏｎ  ｔｏｘｉｃ  ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ  ｏｆ  ＬＴ  ａｎｄ  ＣＴ  ａｓ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ」，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００１）１９：２５３４−２５４１；Ｐｉｚｚａら，「ＬＴＫ６３  ａｎｄ  ＬＴＲ７２，ｔｗｏ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｒｅａｄｙ  ｆｏｒ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌｓ」Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２０００）２９０（４−５）：４５５−４６１；Ｓｃｈａｒｔｏｎ−Ｋｅｒｓｔｅｎら，「Ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ  Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ＡＤＰ−Ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｎｇ  Ｅｘｏｔｏｘｉｎｓ，Ｓｕｂｕｎｉｔｓ  ａｎｄ  Ｕｎｒｅｌａｔｅｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ」，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２０００）６８（９）：５３０６−５３１３；Ｒｙａｎら，「Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｔｏｘｉｎ  Ａｃｔ  ａｓ  Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ  Ｍｕｃｏｓａｌ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｎａｓａｌ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ａｎ  Ａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ  Ｖａｃｃｉｎｅ：Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｏｎｔｏｘｉｃ  ＡＢ  Ｃｏｍｐｌｅｘ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｎ  Ｔｈ１  ａｎｄ  Ｔｈ２  Ｃｅｌｌｓ」Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９９）６７（１２）：６２７０−６２８０；Ｐａｒｔｉｄｏｓら，「Ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｓｉｔｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｍｕｔａｎｔ  ＬＴＫ６３  ｅｎｈａｎｃｅ  ｔｈｅ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ａｎ���  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  ｉｎｔｒａｎａｓａｌｌｙ  ｃｏ−ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ」，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｌｅｔｔ．（１９９９）６７（３）：２０９−２１６；Ｐｅｐｐｏｌｏｎｉら，「Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ａｓ  ｓａｆｅ  ａｎｄ  ｓｔｒｏｎｇ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｆｏｒ  ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｖａｃｃｉｎｅｓ」，Ｖａｃｃｉｎｅｓ（２００３）２（２）：２８５−２９３；Ｐｉｎｅら，（２００２）「Ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｎｄ  ａ  ｄｅｔｏｘｉｆｉｅｄ  ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  ｈｅａｔ  ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｆｒｏｍ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（ＬＴＫ６３）」Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅｌｅａｓｅ（２００２）８５（１−３）：２６３−２７０。アミノ酸置換についての多くの参考文献が、好ましくは、Ｄｏｍｅｎｉｇｈｉｎｉら，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（１９９５）１５（６）：１１６５−１１６７（具体的に、その全体が本明細書に参考として援用される）に示される、ＡＤＰリボシル化毒素のＡサブユニットおよびＢサブユニットのアラインメントに基づいている。
【０２８６】
好ましくは、アジュバントは、ＡＤＰリボシル化毒素およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドであり（例えば、ＷＯ  ０１／３４１８５を参照のこと）、好ましくは、このアジュバントは、解毒ＡＤＰリボシル化毒素およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドである。
【０２８７】
好ましくは、解毒ＡＤＰリボシル化毒素は、ＬＴＫ６３またはＬＴＫ７２である。
【０２８８】
好ましくは、このアジュバントは、ＬＴＫ６３である。好ましくは、このアジュバントは、ＬＴＫ７２である。
【０２８９】
好ましくは、このアジュバントは、ＬＴＫ６３およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドである。
【０２９０】
好ましくは、このアジュバントは、ＬＴＫ７２およびＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドである。
【０２９１】
（生体接着剤および粘膜接着剤）
生体接着剤および粘膜接着剤はまた、本発明においてアジュバントとして使用され得る。適切な生体接着剤としては、エステル化ヒアルロン酸マイクロスフェア（Ｓｉｎｇｈら．（２００１）Ｊ．Ｃｏｎｔ．Ｒｅｌｅ．７０：２６７−２７６）、または粘膜接着剤（例えば、ポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリサッカリドおよびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体）が挙げられる。キトサンおよびその誘導体はまた、本発明においてアジュバントとして使用され得る。例えば、ＷＯ９９／２７９６０を参照のこと。
【０２９２】
（Ｇ．微粒子）
微粒子もまた、本発明においてアジュバントとして使用され得る。生分解性かつ非毒性である材料（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）からポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコリド）とともに形成される微粒子（すなわち、約１００ｎｍ〜約１５０μｍ直径、より好ましくは、約２００ｎｍ〜約３０μｍ直径、および最も好ましくは約５００ｎｍ〜約１０μｍ直径の粒子）が好ましく、必要に応じて、負に荷電した表面を有するように（例えば、ＳＤＳで）処理されるか、または正に荷電した表面を有するように（例えば、陽イオン性界面活性剤（例えば、ＣＴＡＢ）で）処理される。
【０２９３】
（リポソーム）
アジュバントとしての使用のために適したリポソーム処方物の例は、米国特許第６，０９０，４０６号、米国特許第５，９１６，５８８号、およびＥＰ  ０  ６２６  １６９に記載される。
【０２９４】
（Ｉ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルの処方物）
本発明における使用に適したアジュバントとしては、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルが挙げられる（ＷＯ９９／５２５４９）。このような処方物としては、オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（ＷＯ０１／２１２０７）、ならびに少なくとも１種のさらなる非イオン性界面活性剤（例えば、オクトキシノール）と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはポリオキシエチレンアルキルエステル界面活性剤（ＷＯ０１／２１１５２）が挙げられる。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ｌａｕｒｅｔｈ  ９）、ポリオキシエチレン−９−ステアリル（ｓｔｅｏｒｙｌ）エーテル、ポリオキシエチレン（ｐｏｌｙｏｘｙｔｈｅｙｌｅｎｅ）−８−ステアリル（ｓｔｅｏｒｙｌ）エーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテルから選択される。
【０２９５】
（ポリホスファゼン（ＰＣＰＰ））
ＰＣＰＰ処方物は、例えば、Ａｎｄｒｉａｎｏｖら，Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ（１９９８）１９（１−３）：１０９−１１５およびＰａｙｎｅら，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗ（１９９８）３１（３）：１８５−１９６に記載される。
【０２９６】
（ムラミルペプチド）
本発明においてアジュバントとして使用するために適したムラミルペプチドの例としては、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ノル−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン  ＭＴＰ−ＰＥ）が挙げられる。
【０２９７】
（Ｌ．イミダゾキノロン化合物）
本発明においてアジュバントとして使用するために適したイミダゾキノロン化合物の例としては、Ｉｍｉｑｕａｍｏｄおよびそのホモログ（Ｓｔａｎｌｅｙ，「Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｉｍｉｄａｚｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅｓ：ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ａｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ」Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ（２００２）２７（７）：５７１−５７７およびＪｏｎｅｓ，「Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ  ３Ｍ」，Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ（２００３）４（２）：２１４−２１８にさらに記載される）が挙げられる。本発明はまた、上記で同定されるアジュバントのうちの１つ以上の局面の組み合わせを包含し得る。例えば、以下のアジュバント組成物が、本発明において使用され得る：
（１）サポニンと水中油型エマルジョン（ＷＯ９９／１１２４１）；
（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）  ＋  非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）（ＷＯ９４／００１５３を参照のこと）；
（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）  ＋  非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）  ＋  コレステロール；
（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）  ＋  ３ｄＭＰＬ  ＋  ＩＬ−１２（必要に応じて＋ステロール）（ＷＯ９８／５７６５９）；３ｄＭＰＬと、例えば、ＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンとの組み合わせ（欧州特許出願第０８３５３１８号、同第０７３５８９８号および同第０７６１２３１号を参照のこと）
（５）１０％  スクアラン、０．４％  Ｔｗｅｅｎ  ８０、５％  プルロニック−ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含む、ＳＡＦ（ミクロン未満のエマルジョンに微量流体化されるか、またはボルテックスされてより大きな粒子サイズのエマルジョンが生成されるかのいずれかである）；
（６）２％  スクアラン、０．２％  Ｔｗｅｅｎ  ８０、ならびにモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）、好ましくは、ＭＰＬ  ＋  ＣＷＳ（ＤｅｔｏｘＴＭ）からなる群からの１種以上の細菌細胞壁成分を含む、ＲｉｂｉＴＭアジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；
（７）３ｄＭＰＬと、例えば、ＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンとの組み合わせ（欧州特許出願第０８３５３１８号、同第０７３５８９８号および同第０７６１２３１号を参照のこと）
（８）１種以上の鉱物塩（例えば、アルミニウム塩）  ＋  ＬＰＳの非毒性誘導体（例えば、３ｄＰＭＬ）；ならびに
（９）１種以上の鉱物塩（例えば、アルミニウム塩）  ＋  免疫賦活性オリゴヌクレオチド（例えば、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド）。
【０２９８】
アルミニウム塩およびＭＦ５９は、非経口免疫に適した好ましいアジュバントである。変異細菌性毒素は、好ましい粘膜用アジュバントである。細菌性毒素および生体接着剤は、粘膜から送達されるワクチン（例えば、鼻用ワクチン）とともに使用するための好ましいアジュバントとである。
【０２９９】
この組成物は、抗生物質を含み得る。
【０３００】
好ましくは、本発明の組成物は、ミョウバンおよび／またはＣｐＧ配列とともに投与される。
【０３０１】
（核酸）
本発明の抗原またはエピトープは、その抗原またはエピトープをコードする核酸として投与され得る。本明細書で使用される場合、用語、ヌクレオチド配列とは、本発明の組成物または組み合わせにおいて使用される１種以上のエピトープをコードする１種以上のヌクレオチド配列をいう。用語「ヌクレオチド配列（ＮＯＩ）」とは、用語「ポリヌクレオチド」または「核酸」と同義である。このＮＯＩは、ゲノムまたは合成のまたは組換え起源のＤＮＡであってもよいし、ゲノムまたは合成のまたは組換え起源のＲＮＡであってもよい。このＮＯＩは、センス鎖もしくはアンチセンス鎖またはこれらの組み合わせを表すかどうかに拘わらず、二本鎖であってもよいし、一本鎖であってもよい。いくつかの適用について、好ましくは、そのＮＯＩは、ＤＮＡである。いくつかの適用について、好ましくは、そのＮＯＩは、組換えＤＮＡ技術の使用によって調製される（例えば、組換えＤＮＡ）。いくつかに適用について、好ましくは、そのＮＯＩは、ｃＤＮＡである。いくつかの適用について、好ましくは、そのＮＯＩは、天然に存在する形態と同じであり得る。
【０３０２】
用語「核酸」は、ＤＮＡおよびＲＮＡを包含し、そしてまた、それらのアナログ（例えば、改変骨格（例えば、ホスホロチオエートなど）を含むもの）、そしてまたペプチド核酸（ＰＮＡ）なども包含する。本発明は、上記のものに相補的な配列を含む核酸を包含する（例えば、アンチセンスまたはプローブする目的で）。
【０３０３】
本発明に従う核酸は、多くの様式で（例えば、化学合成によって、ゲノムライブラリーもしくはｃＤＮＡライブラリーから、生物自体から、など）調製され得、種々の形態（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プローブなど）をとり得る。それらは、好ましくは、実質的に純粋な形態（すなわち、他のＣｈｌａｍｙｄｉａ細胞の核酸も宿主細胞の核酸も実質的に含まない）で調製される。
【０３０４】
本発明は、本発明の核酸を生成するためのプロセスを提供し、このプロセスは、プライマーベースの増幅法（例えば、ＰＣＲ）を使用して、核酸を臓腑ｋする工程を包含する。
【０３０５】
本発明は、本発明の核酸を生成するためのプロセスを提供し、化学的手段によって核酸の少なくとも一部分を合成する工程を包含する。
【０３０６】
（ベクター）
本発明の一実施形態において、抗原または抗原の組み合わせ、またはそれらをコードするＮＯＩが、宿主被験体に直接投与される。本発明の別の実施形態において、ＮＯＩを含むベクターが、宿主被験体に投与される。好ましくは、そのＮＯＩは、遺伝子ベクターを使用して調製および／または投与される。当該分野で周知であるように、ベクターは、ある環境から別の環境への実体の転移を可能にするかまたは促進するツールである。本発明に従って、例として、組換えＤＮＡ技術において使用されるいくつかのベクターは、実体（例えば、ＤＮＡセグメント（例えば、異種ＤＮＡセグメント（例えば、異種ｃＤＮＡセグメント）））が、宿主中および／または標的細胞中へと、本発明のＮＯＩを含むベクターを複製するため、および／またはそのＮＯＩによりコードされる本発明の抗原もしくはエピトープを発現するために転移されることを可能にする。組換えＤＮＡ技術において使用されるベクターの例としては、プラスミド、染色体、人工染色体、またはウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。用語「ベクター」とは、発現ベクターおよび／または形質転換ベクターを包含する。用語「発現ベクター」とは、インビボまたはインビトロ／エキソビボでの発現が可能な構築物を意味する。用語「形質転換ベクター」とは、ある種から別の種へと転移可能な構築物を意味する。
【０３０７】
（裸のＤＮＡ）
本発明のＮＯＩを含むベクターは、「裸の核酸構築物」（好ましくは、宿主細胞のゲノムに対して相同性である隣接配列をさらに含む）として、直接投与され得る。本明細書中で使用される場合、用語「裸のＤＮＡ」とは、本発明のＮＯＩを、その生成を制御するための短いプロモーター領域とともに含む、プラスミドを指す。これは、「裸」のＤＮＡと呼ばれる。なぜなら、このプラスミドは、いかなる送達ビヒクル中にも保有されていないからである。そのようなＤＮＡプラスミドが宿主細胞（例えば、真核生物細胞）中に入る場合、そのＤＮＡプラスミドがコードするタンパク質が、その細胞中で転写され翻訳される。
【０３０８】
（ウイルスベクター）
あるいは、本発明のＮＯＩを含むベクターは、当該分野で公知である種々のウイルス技術（例えば、組換えウイルスベクター（例えば、レトロウイルスベクター、単純ヘルペスベクター、およびアデノウイルスベクター）による感染）を使用して、適切な宿主細胞中に導入され得る。このベクターは、組換えウイルスベクターであり得る。適切な組換えウイルスベクターとしては、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、ヘルペスウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、またはパルボウイルスベクター（Ｋｅｓｔｌｅｒら、１９９９、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  １０（１０）：１６１９〜３２を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。ウイルスベクターの場合、上記ＮＯＩの投与は、標的細胞のウイルス感染によって媒介される。
【０３０９】
（標的化ベクター）
用語「標的化ベクター」とは、細胞に感染する能力もしくは細胞をトランスフェクトもしくは形質導入する能力または宿主および／もしくは標的細胞中で発現される能力が、その宿主被験体中の特定の細胞型（通常は、共通する表現型もしくは類似する表現型を有する細胞）に制限される、ベクターを指す。
【０３１０】
（発現ベクター）
好ましくは、ベクター中に挿入される本発明のＮＯＩは、宿主細胞による上記抗原またはエピトープの発現を提供可能な制御配列に対して作動可能に連結される。すなわち、そのベクターは、発現ベクターである。宿主細胞によって生成される因子は、そのＮＯＩおよび／または使用されるベクターに依存して、分泌されても細胞内に含まれてもよい。当業者によって理解されるように、上記ＮＯＩを含む発現ベクターは、特定の原核生物細胞膜または真核生物細胞膜を通して、そのＮＯＩの直接分泌するように、シグナル配列を用いて設計され得る。
【０３１１】
（融合タンパク質）
本発明において使用されるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、個別のポリペプチドとして上記組成物中に存在し得るが、それらの抗原のうちの少なくとも２つ（すなわち、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個）が１つのポリペプチド鎖（「ハイブリッド」ポリペプチド）として発現されることが、好ましい。ハイブリッドポリペプチドは、２つの原理的利点を提供する：第一に、そのままでは不安定であり得るかまたはほとんど発現されないものであり得るポリペプチドは、その問題を克服する適切なハイブリッドパートナーを付加することによって補助され得る；第二に、商業的製造が、単純化される。なぜなら、両方とも抗原的に有用な２つのポリペプチドを生成するためには、たった１回の発現および精製しか使用される必要がないからである。
【０３１２】
上記ハイブリッドポリペプチドは、第一の抗原グループに由来する２つ以上のポリペプチド配列を含み得る。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列と第二のアミノ酸配列とを含む組成物を包含し、その第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、第一の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ細菌（好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の抗原またはそのフラグメントから選択される。好ましくは、上記ハイブリッドポリペプチド中の第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、異なるエピトープを含む。
【０３１３】
上記ハイブリッドポリペプチドは、上記第二の抗原グループに由来する２つ以上のポリペプチド配列を含み得る。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列と第二のアミノ酸配列とを含む組成物を包含し、その第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、第二の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの抗原またはそのフラグメントから選択される。好ましくは、上記ハイブリッドポリペプチド中の第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、異なるエピトープを含む。
【０３１４】
上記ハイブリッドポリペプチドは、第一の抗原グループに由来する１つ以上のポリペプチド配列と、第二の抗原グループに由来する１つ以上のポリペプチド配列とを含み得る。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列と第二のアミノ酸配列とを含む組成物を包含し、その第一のアミノ酸配列は、第一の抗原グループのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの抗原またはそのフラグメントから選択され、その第二のアミノ酸配列は、第二の抗原グループに由来するＣｈｌａｍｙｄｉａ細菌（好ましくはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の抗原またはそのフラグメントから選択される。好ましくは、上記ハイブリッドポリペプチド中の第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、異なるエピトープを含む。
【０３１５】
上記ハイブリッドポリペプチドは、第一の抗原グループに由来する１つ以上のポリペプチド配列と、第三の抗原グループもしくは第四の抗原グループもしくは第五の抗原グループもしくは第六の抗原グループもしくは第七の抗原グループもしくは第八の抗原グループもしくは第九の抗原グループもしくは第十の抗原グループに由来する１つ以上のポリペプチド配列とを含み得る。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列と第二のアミノ酸配列とを含む組成物を包含し、その第一のアミノ酸配列は、上記第一の抗原グループに由来するＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原もしくはそのフラグメントから選択され、その第二のアミノ酸配列は、第三の抗原グループもしくは第四の抗原グループもしくは第五の抗原グループもしくは第六の抗原グループもしくは第七の抗原グループもしくは第八の抗原グループもしくは第九の抗原グループもしくは第十の抗原グループに由来するＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原もしくはそのフラグメントから選択される。好ましくは、上記ハイブリッドポリペプチド中の第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、異なるエピトープを含む。
【０３１６】
上記ハイブリッドポリペプチドは、上記第二の抗原グループに由来する１つ以上のポリペプチド配列と、上記第三の抗原グループもしくは第四の抗原グループもしくは第五の抗原グループもしくは第六の抗原グループもしくは第七の抗原グループもしくは第八の抗原グループもしくは第九の抗原グループもしくは第十の抗原グループに由来する１つ以上のポリペプチド配列とを含み得る。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列と第二のアミノ酸配列とを含む組成物を包含し、その第一のアミノ酸配列は、上記第二の抗原グループに由来するＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原もしくはそのフラグメントから選択され、その第二のアミノ酸配列は、第三の抗原グループもしくは第四の抗原グループもしくは第五の抗原グループもしくは第六の抗原グループもしくは第七の抗原グループもしくは第八の抗原グループもしくは第九の抗原グループもしくは第十の抗原グループに由来するＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原もしくはそのフラグメントから選択される。好ましくは、上記ハイブリッドポリペプチド中の第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列は、異なるエピトープを含む。
【０３１７】
２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に由来するアミノ酸配列からなるハイブリッドが、好ましい。特に、２個、３個、４個、もしくは５個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に由来するアミノ酸配列からなるハイブリッドが、好ましい。種々のハイブリッドポリペプチドが、１つの処方物中で一緒に混合され得る。そのような組み合わせにおいて、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、１つよりも多いハイブリッドポリペプチド中に、および／または非ハイブリッドポリペプチドとして、存在し得る。しかし、抗原は、ハイブリッドまたは非ハイブリッドのいずれかとして存在するが、両方としては存在しないことが、好ましい。
【０３１８】
本発明における使用のための二抗原ハイブリッドは、上記に開示される組み合わせのうちのいずれか１つを含み得る。
【０３１９】
ハイブリッドポリペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって示され得、Ｘは、第一の抗原グループ、第二の抗原グループもしくは第三の抗原グループもしくは第四の抗原グループもしくは第五の抗原グループもしくは第六の抗原グループもしくは第七の抗原グループもしくは第八の抗原グループもしくは第九の抗原グループもしくは第十の抗原グループに由来する、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原もしくはそのフラグメントのアミノ酸配列である；Ｌは、必要に応じたリンカーアミノ酸配列である；Ａは、必要に応じたＮ末端アミノ酸配列である；Ｂは、必要に応じたＣ末端アミノ酸配列である；ｎは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５である。
【０３２０】
−Ｘ−部分が、その野生型形態においてリーダーペプチド配列を有する場合、これは、上記のハイブリッドタンパク質において含まれても省略されてもよい。いくつかの実施形態において、そのリーダーペプチドは、そのハイブリッドタンパク質のＮ末端に位置するこの−Ｘ−部分のリーダーペプチド以外は欠失される。すなわち、Ｘ１のリーダーペプチドは保持されるが、Ｘ２．．．Ｘｎのリーダーペプチドは、省略される。これは、すべてのリーダーペプチドを欠失させてＸ１のリーダーペプチドを部分−Ａ−として使用することと、等しい。
【０３２１】
各ｎの場合の｛−Ｘ−Ｌ−｝について、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、存在しても存在しなくてもよい。例えば、ｎ＝２である場合、そのハイブリッドは、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、代表的には、短い（例えば、２０アミノ酸以下（すなわち、１９アミノ酸、１８アミノ酸、１７アミノ酸、１６アミノ酸、１５アミノ酸、１４アミノ酸、１３アミノ酸、１２アミノ酸、１１アミノ酸、１０アミノ酸、９アミノ酸、８アミノ酸、７アミノ酸、６アミノ酸、５アミノ酸、４アミノ酸、３アミノ酸、２アミノ酸、１アミノ酸）である）。例としては、クローニングを容易にする短いペプチド配列、ポリグリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎを含み、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上である）、およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎであり、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０以上である）が挙げられる。他の適切なリンカーアミノ酸配列は、当業者にとって明らかである。有用なリンカーは、ＧＳＧＧＧＧ（配列番号７７）であり、そのＧｌｙ−Ｓｅｒジペプチドは、ＢａｍＨＩ制限部位から形成され、それによって、クローニングおよび操作を補助し、その（Ｇｌｙ）４テトラペプチドは、代表的なポリグリシンリンカーである。
【０３２２】
−Ａ−は、必要に応じたＮ末端アミノ酸配列である。これは、代表的には、短い（例えば、４０アミノ酸以下（すなわち、３９アミノ酸、３８アミノ酸、３７アミノ酸、３６アミノ酸、３５アミノ酸、３４アミノ酸、３３アミノ酸、３２アミノ酸、３１アミノ酸、３０アミノ酸、２９アミノ酸、２８アミノ酸、２７アミノ酸、２６アミノ酸、２５アミノ酸、２４アミノ酸、２３アミノ酸、２２アミノ酸、２１アミノ酸、２０アミノ酸、１９アミノ酸、１８アミノ酸、１７アミノ酸、１６アミノ酸、１５アミノ酸、１４アミノ酸、１３アミノ酸、１２アミノ酸、１１アミノ酸、１０アミノ酸、９アミノ酸、８アミノ酸、７アミノ酸、６アミノ酸、５アミノ酸、４アミノ酸、３アミノ酸、２アミノ酸、１アミノ酸）である）。例としては、タンパク質輸送を指向するリーダー配列、またはクローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎであり、ｎは、３、４、５、６、７，８、９、１０以上である））が挙げられる。他の適切なＮ末端アミノ酸配列は、当業者にとって明らかである。Ｘ１がそれ自体のＮ末端メチオニンを欠く場合、−Ａ−は、好ましくは、Ｎ末端メチオニンを提供するオリゴペプチド（例えば、１アミノ酸、２アミノ酸、３アミノ酸、４アミノ酸、５アミノ酸、６アミノ酸、７アミノ酸、もしくは８アミノ酸を含む）である。
【０３２３】
−Ｂ−は、必要に応じたＣ末端アミノ酸配列である。これは、代表的には、短い（例えば、４０アミノ酸以下（すなわち、３９アミノ酸、３８アミノ酸、３７アミノ酸、３６アミノ酸、３５アミノ酸、３４アミノ酸、３３アミノ酸、３２アミノ酸、３１アミノ酸、３０アミノ酸、２９アミノ酸、２８アミノ酸、２７アミノ酸、２６アミノ酸、２５アミノ酸、２４アミノ酸、２３アミノ酸、２２アミノ酸、２１アミノ酸、２０アミノ酸、１９アミノ酸、１８アミノ酸、１７アミノ酸、１６アミノ酸、１５アミノ酸、１４アミノ酸、１３アミノ酸、１２アミノ酸、１１アミノ酸、１０アミノ酸、９アミノ酸、８アミノ酸、７アミノ酸、６アミノ酸、５アミノ酸、４アミノ酸、３アミノ酸、２アミノ酸、１アミノ酸）である）。例としては、タンパク質輸送を指向する配列、クローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎであり、ｎは、３、４、５、６、７，８、９、１０以上である）を含む）、またはタンパク質の安定性を増強する配列が挙げられる。他の適切なＣ末端アミノ酸配列は、当業者にとって明らかである。最も好ましくは、ｎは、２または３である。
【０３２４】
本発明はまた、本発明のハイブリッドポリペプチドをコードする核酸を提供する。さらに、本発明は、この核酸に対して、好ましくは「高ストリンジェンシー」条件（例えば、０．１×ＳＳＣ、０．５％  ＳＤＳの溶液中で６５℃）の下でハイブリダイズし得る、核酸を提供する。
【０３２５】
本発明のＮＯＩは、本発明の抗原もしくはエピトープと融合された、アジュバントおよび／または生物学的応答改変因子および／または免疫調節因子を含んで、得られるＣＭＩ応答をさらに増大および／または増強する、融合タンパク質として発現され得る。上記生物学的応答改変因子は、上記ＣＭＩ応答の一般化された刺激を提供するという意味で、アジュバントとして作用し得る。上記抗原またはエピトープは、上記生物学的応答改変因子のアミノ酸末端またはカルボキシ末端のいずれかに結合され得る。
【０３２６】
（生成方法）
本発明のポリペプチドは、種々の手段（例えば、組換え発現、細胞培養物からの精製、化学合成など）によって、種々の形態（例えば、ネイティブ形態、融合物形態、非グリコシル化形態、脂質化形態など）にて、調製され得る。それらのポリペプチドは、好ましくは、実質的に純粋な形態で（すなわち、他のＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質も他の宿主細胞タンパク質も実質的には含まずに）調製される。
【０３２７】
本発明はまた、本発明のポリペプチドを生成するためのプロセスを提供し、このプロセスは、本発明の核酸で形質転換された宿主細胞を、ポリペプチド発現を誘導する条件下で培養する工程を包含する。本発明は、本発明のポリペプチドを生成するためのプロセスを提供し、このプロセスは、そのポリペプチドのうちの少なくとも一部を、化学的手段によって合成する工程を包含する。本発明は、本発明に従う組成物を生成するためのプロセスをさらに提供し、このプロセスは、配列番号１〜８６のうちの１つ以上を、配列番号１〜８６のうちの他の１つ以上と組み合わせる工程を包含する。
【０３２８】
（株）
本発明の好ましいポリペプチドは、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血液型亜型においてかまたは疫学的に優勢な血清型のうちの１つ以上において見出される、アミノ酸配列を含む。ハイブリッドポリペプチドが使用される場合、そのハイブリッド中の個々の抗原（すなわち、個々の−Ｘ−部分）は、１種以上の株に由来し得る。例えば、ｎ＝２である場合、Ｘ２は、Ｘ１と同じ株に由来しても、異なる株に由来してもよい。ｎ＝３である場合、その株は、（ｉ）Ｘ１＝Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｉ）Ｘ１＝Ｘ２≠Ｘ３、（ｉｉｉ）Ｘ１≠Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｖ）Ｘ１≠Ｘ２≠Ｘ３、または（ｖ）Ｘ１＝Ｘ３≠Ｘ２などであり得る。
【０３２９】
（異種宿主）
本発明のポリペプチドの発現はＣｌａｍｙｄｉａにおいて生じ得るが、本発明は、好ましくは、異種宿主を利用する。その異種宿主は、原核生物宿主（例えば、細菌）であっても、真核生物宿主であってもよい。その異種宿主は、好ましくはＥ．ｃｏｌｉであるが、他の適切な宿主としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などが挙げられる。
【０３３０】
配列番号１〜８６を構成する分子が生成され使用され得る方法に関する詳細は、関連する国際出願（例えば、ＷＯ００／３７４９４、ＷＯ０２／０２６０６、およびＷＯ０３／０４９７６２、およびＷＯ０３／０６８８１１）から見出され得、これらの詳細は、本明細書中で反復される必要がない。上記組成物が、種々の新生（ｎａｓｃｅｎｔ）形態および成熟形態で存在するタンパク質を含む場合、そのタンパク質の成熟形態が、好ましくは使用される。例えば、シグナルペプチドを欠くＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質の成熟形態が、使用され得る。
【０３３１】
（投与）
本発明の組成物は、一般的には、患者に直接投与される。直接送達は、非経口注射（例えば、皮下注射、腹腔内注射、静脈内注射、筋肉内注射、もしくは組織の間隙空間へ）によって、または直腸投与、経口投与（例えば、錠剤、スプレー）、経膣投与、局所投与、経皮投与（例えば、ＷＯ９９／２７９６１を参照のこと）投与もしくは経皮的投与（例えば、ＷＯ０２／０７４２４４およびＷＯ０２／０６４１６２｝、鼻内投与｛例えば、ＷＯ０３／０２８７６０を参照のこと｝、眼内投与、耳投与、肺投与、または他の粘膜投与によって、達成され得る。本発明は、全身免疫および／または粘膜免疫を惹起するために使用され得る。
【０３３２】
本発明の組成物は、単独でかまたは組成物の一部としてのいずれかで、種々の経路を介して投与され得る。特定の経路が、特定の組成物のために好ましいものであり得る。なぜなら、より有効な免疫応答（好ましくはＣＭＩ応答）の生成をもたらすから、または副作用を誘導する可能性が低いから、または投与がより容易であるからである。
【０３３３】
例として、本発明の組成物は、全身経路もしくは粘膜経路もしくは経皮経路を介して投与されても、特定の組織中に直接投与されてもよい。本明細書中で使用される場合、用語「全身投与」とは、任意の非経口投与経路を包含するがこれに限定はされない。具体的には、非経口投与としては、皮下注射、腹腔内注射、静脈内注射、動脈内注射、筋肉内注射、もしくは胸骨内注射、静脈内注入技術、動脈内注入技術、もしくは腎臓透析注入技術が挙げられるが、これらに限定はされない。好ましくは、この全身非経口投与は、筋肉内注射である。
【０３３４】
上記方法の１つの好ましい実施形態において、本発明の組成物は、経皮経路を介して投与される。受容される任意の免疫様式および免疫経路が使用され得、それにも関わらず、本明細書に従ういくつかの利点を達成し得ると考えられるが、下記の例は、経皮ＮＯＩ投与に関する特定の利点を示す。これに関して、理論によって拘束はされないが、組成物の経皮投与は、免疫系の細胞媒介性免疫（ＣＭＩ）部門をより効率的に活性化させるので、好ましいものであり得ると考えられる。
【０３３５】
用語「経皮」送達は、（例えば、真皮または表皮中への）皮内投与、経皮的（例えば、「経皮」）投与、および経粘膜投与（すなわち、皮膚もしくは粘膜組織中へまたは皮膚もしくは粘膜組織を通る、因子の通過による送達）を意図する。例えば、Ｔｒａｎｓｄｅｍａｌ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ：Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ  Ｉｓｓｕｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅｓ．ＨａｄｇｒａｆｔおよびＧｕｙ編，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．（１９８９）；Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ：Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＲｏｂｉｎｓｏｎおよびＬｅｅ編，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ  Ｉｎｃ．（１９８７）；ならびにＴｒａｎｓｄｅｒｍａｌ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｄｒｕｇｓ，Ｖｏｌｓ．１〜３，ＫｙｄｏｎｉｅｕｓおよびＢｅｒｎｅｒ編，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ（１９８７）を参照のこと。従って、この用語は、粒子送達デバイス（例えば、針なしシリンジ）（例えば、米国特許第５，６３０，７９６号に記載されるもの）を使用する因子送達、ならびに粒子媒介性送達デバイス（例えば、米国特許第５，８６５，７９６号に記載されるもの）を使用する送達を包含する。
【０３３６】
本明細書中で使用される場合、用語「粘膜投与」とは、経口投与、鼻内投与、膣内投与、直腸内投与、気管内投与、腸内投与、および眼内投与を包含するが、これらに限定はされない。
【０３３７】
粘膜経路（特に、鼻内経路、気管内経路、および眼内経路）が、環境病原体（例えば、ＲＳＶ、インフルエンザウイルス、および感冒ウイルス）またはアレルゲン（例えば、草花粉およびブタクサ花粉およびイエダニ）に対する自然暴露に対する防御のために好ましい。上記免疫応答（好ましくは、ＣＭＩ応答）の増強は、後に遭遇する標的抗原（例えば、アレルゲンまたは微生物因子）に対する防御効果を増強する。
【０３３８】
本発明の別の好ましい実施形態において、本発明の組成物は、宿主被験体から単離された細胞に投与され得る。この好ましい実施形態において、好ましくは、上記組成物は、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞）に投与される。ＡＰＣは、宿主被験体に由来し得、そして目的とする抗原を発現するようにエキソビボで改変され得、その後、増強されたＣＭＩ応答を誘導するようにその宿主被験体中に移入して戻され得る。樹状細胞は、増強されたＣＭＩ応答を刺激するための最も強力なＡＰＣであると考えられる。なぜなら、目的とする抗原の発現されたエピトープは、プロフェッショナルＡＰＣによって捕捉され、プロセシングされ、そしてＴ細胞（Ｔｈ１ヘルパー細胞およびＴｈ２ヘルパー細胞ならびにＣＤ８＋Ｔ細胞の両方）に提示されて、増強されたＣＭＩ応答を誘導するに違いないからである。
【０３３９】
（粒子投与）
本発明の組成物を送達するための粒子媒介性方法は、当該分野で公知である。従って、一旦、調製されて適切に精製された後は、上記の抗原またはその抗原をコードするＮＯＩは、当該分野で公知の種々の技術を使用して、コアキャリア粒子上にコーティングされ得る。キャリア粒子は、遺伝子銃デバイスからの細胞内送達のために代表的に使用される粒径の範囲内にある適切な密度を有する物質から選択される。最適なキャリア粒径は、当然、標的細胞の直径に依存する。
【０３４０】
「コアキャリア」によって、規定された粒径および／または細胞膜貫入のために必要な運動量を達成するために十分に大きな密度を付与するためにゲスト（ｇｕｅｓｔ）抗原またはゲスト（ｇｕｅｓｔ）核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ）がコーティングされ、そのゲスト（ｇｕｅｓｔ）分子が粒子媒介性技術を使用して送達され得るようになる、キャリアを意味する（例えば、米国特許第５，１００，７９２号を参照のこと）。コアキャリアとしては、代表的には、タングステン、金、プラチナ、フェライト、ポリスチレン、およびラテックスなどの物質が挙げられる。例えば、Ｐａｒｔｉｃｌｅ  Ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ（１９９４）Ｙａｎｇ，Ｎ．編，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，ｐ．１０〜１１を参照のこと。タングステン粒子および金粒子が、好ましい。タングステン粒子は、直径０．５ミクロン〜２．０ミクロンの平均サイズにて、容易に入手可能である。金粒子または微結晶性金（例えば、金粉Ａ１５７０（Ｅｎｇｅｌｈａｒｄ  Ｃｏｒｐ．，Ｅａｓｔ  Ｎｅｗａｒｋ，ＮＪから入手可能））はまた、本発明との使用が見出される。金粒子は、サイズの均一性を提供する（１ミクロン〜３ミクロンの粒径にてＡｌｐｈａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓから入手可能。または一定範囲の粒径（０．９５ミクロンが挙げられる）にてＤｅｇｕｓｓａ，Ｓｏｕｔｈ  Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ，ＮＪから入手可能）。微結晶性金は、多岐にわたる粒径分布（代表的には、０．５ミクロン〜５ミクロンの範囲内にある）を提供する。しかし、微結晶性金の不規則な表面積は、核酸による非常に効率的なコーティングを提供する。ＮＯＩを金粒子またはタングステン粒子上にコーティングもしくは沈殿するための、多数の方法が、公知であり、そして記載されている。ほとんどのそのような方法は、一般的には、所定の量の金またはタングステンを、プラスミドＤＮＡ、ＣａＣｌ２、およびスペルミジンと合わせる。生じる溶液は、そのコーティング手順の間に継続的にボルテックスされて、その反応混合物の均一性が確保される。そのＮＯＩの沈殿の後に、コーティングされた粒子は、適切な膜に移され得、そして使用前に乾燥され得、サンプルモジュール表面もしくはカセット表面上にコーティングされ得るか、または特定の遺伝子銃機器における使用のための送達カセット中に充填され得る。
【０３４１】
上記粒子組成物またはコーティングされた粒子は、上記投与処方物と適合する様式で、本発明の目的のために有効な量で、個体に投与される。送達されるべき組成物の量（例えば、約０．１ｍｇ〜１ｍｇ、より好ましくは１μｇ〜５０μｇの上記抗原もしくはアレルゲン）は、試験されるべき個体に依存する。必要とされる正確な量は、処置されるべき個体の年齢および全身状態に依存して変化し、適切な有効量は、本明細書を読めば当業者によって容易に決定され得る。
【０３４２】
（宿主哺乳動物被験体）
本明細書中で使用される場合、用語「宿主哺乳動物被験体」は、脊椎動物亜門の任意のメンバーを意味し、このメンバーとしては、ヒトおよび他の霊長類（非ヒト霊長類（例えば、チンパンジーおよび他の類人猿およびサル種）が挙げられる）；家畜（ｆａｒｍ  ａｎｉｍａｌ）（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、およびウマ）；家畜（ｄｏｍｅｓｔｉｃ  ａｎｉｍａｌ）（例えば、イヌおよびウシ）；実験室動物（齧歯類（例えば、マウス、ラット、およびモルモット）が挙げられる）；鳥類（飼われた鳥（ｄｏｍｅｓｔｉｃ  ｂｉｒｄ）、野生の鳥、狩猟鳥（例えば、ニワトリ、七面鳥、および他の家禽、アヒル、ガチョウなどが挙げられる）が挙げられるが、これらに限定されない。この用語は、特定の年齢は意味しない。従って、成体個体および新生児個体が、網羅されることが意図される。本明細書中に記載される方法は、上記の脊椎動物種のうちのいずれかにおける使用について意図される。なぜなら、これらの脊椎動物のうちのすべての免疫系は、同様に作動するからである。哺乳動物の場合、その被験体は、好ましくは、ヒトであるが、家畜、実験室被験体、または愛玩動物でもあり得る。上記哺乳動物は、好ましくはヒトである。上記ワクチンが予防用途のためのものである場合、そのヒトは、好ましくは、小児（例えば、幼児もしくは乳児）またはティーンエイジャーである。上記ワクチンが治療用途のためのものである場合、そのヒトは、好ましくは、ティーンエイジャーまたは成人である。小児のために意図されるワクチンはまた、成人に対しても、例えば、安全性、投与量、免疫原性などを評価するために投与され得る。
【０３４３】
（予防および／または処置）
本発明はまた、哺乳動物における免疫応答を惹起するための医薬の製造における、本発明の組成物の使用を提供する。その医薬は、好ましくは、ワクチンであり、Ｃｌａｍｙｄｉａ細菌に関連する障害を予防および／または処置するためのワクチンの調製のためである。処置に対する本明細書中の言及すべては、治癒的処置、待機療法、および予防的処置を包含することが、認識されるべきである。
【０３４４】
本発明の抗原の組み合わせの投与、またはその抗原の組み合わせをコードするＮＯＩを含む組成物の投与は、「予防」目的または「治療」目的のうちのいずれかのためであり得る。本明細書中で使用される場合、用語「治療的」または「処置（治療）」とは、感染もしくは再感染の予防；症状の低減もしくは排除；および病原体の低減または完全排除のうちのいずれかを包含する。処置は、予防的に（感染前に）行われても、治療的に（感染後に）行われてもよい。
【０３４５】
予防または治療としては、有効な免疫応答（好ましくは、ＣＭＩ免疫応答）を惹起すること、ならびに／あるいはＴ細胞媒介性免疫障害から生じる症状および／または合併症を軽減、低減、治癒、もしくは少なくとも部分的に停止することが挙げられるが、これらに限定はされない。予防的に提供される場合、本発明の組成物は、代表的には、あらゆる症状の前に提供される。本発明の組成物の予防的投与は、その後のあらゆる感染または疾患を予防もしくは軽減することである。治療的に提供される場合、本発明の組成物は、代表的には、感染もしくは疾患の症状開始時（または直後）に提供される。従って、本発明の組成物は、疾患を引き起こす因子に対する予期された暴露もしくは疾患状態の前、または感染もしくは疾患の開始後のいずれかに、提供され得る。
【０３４６】
予防的投与または治療的投与（単独、または組成物の一部として、のいずれか）がより適切であるかは、通常は、その疾患の性質に依存する。例として、本発明の免疫治療組成物は、ワクチン接種によって免疫を能動的に誘導するために、免疫治療プロトコルにおいて使用され得る。後者の治療形態は、有利である。なぜなら、その免疫は長期にわたるからである。一方、ワクチン組成物は、好ましくは（しかし、必ずしもその必要はないが）、標的抗原に関連する後に遭遇する抗原またはその部分（例えば、エピトープ）に対する有効なＣＭＩ応答を誘導するために、予防的に使用される。
【０３４７】
これらの使用および方法は、好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａにより引き起こされる疾患（例えば、トラコーマ、骨盤炎症疾患、精巣上体炎、乳児肺炎、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患など）の予防および／または処置ためのものである。この組成物はまた、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対して有効であり得る。
【０３４８】
（予防的に有効な量、または治療的に有効な量、または免疫学的に有効な量）
宿主被験体に対して投与される組成物の用量は、本発明に状況においては、有益な予防免疫応答または治療免疫応答（好ましくはＣＭＩ応答）を被験体において経時的にもたらすために十分であるべきである。
【０３４９】
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための方法を提供し、この方法は、有効量の本発明の組成物を投与する工程を包含する。この免疫応答は、好ましくは、予防的であり、好ましくは、抗体媒介性免疫および／または細胞媒介性免疫を包含する。この方法は、ブースター応答を惹起し得る。
【０３５０】
本明細書中で使用される場合、用語「予防的に有効な用量または治療的に有効な用量」とは、１つ以上の抗原もしくはエピトープに対する増強された免疫応答（好ましくはＣＭＩ応答）を惹起するため、そして／あるいはＴ細胞媒介性免疫障害に由来する症状および／または合併症を軽減、低減、治癒、もしくは少なくとも部分的に停止するために、十分な量の用量を意味する。
【０３５１】
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的に有効な量の抗原と、必要な場合には、他の任意成分とを、含む。「免疫学的に有効な量」によって、個体に対して単回投与または一連の投与の一部としてのいずれかでその量を投与することが処置または予防のために有効であることが、意味される。この量は、処置されるべき個体の健康および身体状態、年齢、処置されるべき個体の分類学的グループ（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、その個体の免疫系が抗体を合成する能力、望ましい防御の程度、そのワクチンの処方、その医学的状態についての主治医の評価、および他の関連する要因に依存して変化する。その量は、慣用的試行を通して決定され得る比較的広い範囲内にあることが、予期される。
【０３５２】
上記哺乳動物は、好ましくはヒトである。上記ワクチンが予防的使用のためのものである場合、上記ヒトは、小児（幼児もしくは乳児）またはティーンエイジャーまたは成人である。そのワクチンが治療的使用のためのものである場合、そのヒトは、好ましくはティーンエイジャーまたは成人である。小児のために意図されるワクチンはまた、成人に対して、例えば、安全性、投与量、免疫原性などを評価するために投与され得る。好ましくは、そのヒトは、ティーンエイジャーである。より好ましくは、その人は、思春期直前のティーンエイジャーである。なおより好ましくは、そのヒトは、思春期直前の女性または男性である。好ましくは、その思春期直前の男性または女性は、約９歳〜約１２歳である。
【０３５３】
本発明の免疫原性組成物の成分タンパク質の免疫原性を評価するための一方法は、そのタンパク質を組換え発現し、免疫ブロットまたはタンパク質マイクロアレイまたはＤＮＡマイクロアレイによって患者の血清分泌物もしくは粘膜分泌物をスクリーニングすることである。そのタンパク質と患者血清との間の陽性反応は、その患者が、問題のタンパク質に対する免疫応答を以前に生じたこと、すなわち、そのタンパク質が免疫原であることを示す。この方法はまた、免疫優性タンパク質を同定するために使用され得る。
【０３５４】
治療的処置の効力を検討するための一方法は、本発明の組成物の投与後にＣｈｌａｍｙｄｉａ感染をモニターすることである。予防的処置の効力を検討するための一例は、本発明の組成物中のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原）に対する免疫応答を、この組成物の投与後にモニターする工程を包含する。例えば、予防的処置の効力を検討することは、本発明の組成物中のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｅｎｕｍｏｎｉａｅ抗原に対する免疫応答を、この組成物の投与後に、全身的にモニターすること（例えば、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２の生成レベルをモニターすること）および粘膜的にモニターすること（例えば、ＩｇＡの生成レベルをモニターすること）の両方を包含し得る。代表的には、血清Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的抗体応答が、免疫後であるがチャレンジ前に測定され、一方、粘膜Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的抗体応答が、免疫後かつチャレンジ後に測定される。
【０３５５】
これらの使用および方法は、好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによって引き起こされる疾患（例えば、肺炎、気管支炎、咽頭炎、静脈洞炎、結節性紅斑、喘息、アテローム性動脈硬化症、脳卒中、心筋梗塞、冠状動脈疾患など）の予防および／または処置のためのものである。
【０３５６】
本発明のワクチン組成物は、宿主（例えば、ヒト）への投与の前に、インビトロ動物モデルおよびインビボ動物モデルにおいて評価され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｏｎら（１９８８）によるインビトロ中和が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（好ましくは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するワクチン組成物を試験するために適切である。
【０３５７】
そのようなインビトロ試験の一例は、以下のように記載される。超免疫抗血清が、５％モルモット血清を補体原として含むＰＢＳ中に、希釈される。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（１０４  ＩＦＵ；封入体形成単位）が、この抗血清希釈物に添加される。その抗原−抗体混合物は、３７℃にて４５分間インキュベートされ、ガラスバイアル（１５ｍｍ×４５ｍｍ）中に含まれた二連のコンフルエントなＨｅｐ−２細胞単層またはＨｅＬａ細胞単層（これは、接種前にＰＢＳで二回洗浄済みである）中に接種される。その単層細胞を、１０００×ｇにて１時間の遠心分離と、その後の３７℃にて１時間の静置インキュベーションとによって、感染させる。感染した単層は、４８時間または７２時間インキュベートされ、固定され、そしてＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的抗体（例えば、抗ＭＯＭＰ）により染色される。封入体を保有する細胞が、倍率２００×にて１０個の視野でカウントされる。中和力価が、コントロール単層／ＩＦＵと比較して５０％の阻害を生じる希釈物に対して割り当てられる。
【０３５８】
免疫原性組成物の効力はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の動物モデル（例えば、モルモットまたはマウス）を、その免疫原性組成物でチャレンジすることによって、インビボで決定され得る。この免疫原性組成物は、そのチャレンジ血液型亜型と同じ血液型亜型に由来してもよいし、由来しなくてもよい。好ましくは、その免疫原性組成物は、チャレンジ血液型亜型と同じ血液型亜型に由来可能である。より好ましくは、本発明の血液型亜型は、臨床単離株からまたは培養物コレクション（例えば、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ））から入手可能である。
【０３５９】
インビボ効力モデルとしては、（ｉ）ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型を使用するマウス感染モデル；（ｉｉ）マウス適合型Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅマウス肺炎（ＭｏＰｎ）株（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｍｕｒｉｄａｒｕｍとしても公知である））を使用するマウスモデルであるマウス疾患モデル；および（ｉｉｉ）ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ単離株を使用する霊長類モデルが挙げられるが、これらに限定されない。上記ＭｏＰｎ株は、マウス病原体であり、一方、ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型は、ヒト病原体である（例えば、Ｂｒｕｎｈａｍら（２０００）Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  １８１（Ｓｕｐｐｌ  ３）Ｓ５３８〜Ｓ５４３；Ｍｕｒｄｉｎら（２０００）Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  １８１（Ｓｕｐｐ  ３）Ｓ５４４〜Ｓ５５１およびＲｅａｄら（２０００）ＮＡＲ  ２８（６）１３９７〜１４０６を参照のこと）。実施例が示すように、ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型が、マウスモデルにおいて使用され得るが、これらは、通常は、大量の接種物または事前プロゲステロン処理を必要とする。プロゲステロンが、一般的に使用される。なぜなら、プロゲステロンは、クラミジア感染に対して上皮をより感受性にするようであるからである（Ｐａｌら、２００３，Ｖａｃｃｉｎｅ  ２１：１４５５〜１４６５を参照のこと）。一方、ＭｏＰｎ（これは、元々、マウス組織から単離された）は、天然のマウス病原体であると考えられ、従って、宿主−病原体相互作用の分析のために、進化的に適合した病原体を提供する。このＭｏＰｎ血液型亜型は、ヒトＣｈｌａｍｙｄｉａ血液型亜型と高い程度のＤＮＡ相同性を有すると考えられるが、このＭｏＰＮ血液型亜型はまた、いくつかの独特の特性を有し得る（例えば、Ｐａｌら（２００２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０（９）４８１２〜４８１７を参照のこと）。
【０３６０】
例として、インビボワクチン組成物チャレンジ研究は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのマウスモデルにおいて実施され得る（Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、１９９５）。この型のアプローチの一例の説明は、以下の通りである。７週齢〜１２週齢の雌マウスに、２．５ｍｇのデポプロベラが、膣感染前１０日目および３日目に皮下投与される。ワクチン接種後、マウスは、５ｍｌのスクロース−リン酸−グルタミン酸緩衝液（ｐＨ７．４）中に含まれる１，５０００封入体形成単位のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅで、生殖管において感染させられる。感染の経過が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的抗血清を用いる間接的免疫蛍光によってか、または感染マウスの生殖管からの擦過標本からのギムザ染色塗抹標本によって、封入体を保有する細胞の割合を決定することによってモニターされる。マウスの血清における抗体力価の存在は、酵素結合イムノソルベントアッセイによって決定される。本発明の免疫原性組成物は、多数の種々の免疫経路（例えば、筋肉内（ｉ．ｍ．）経路、腹腔内（ｉ．ｐ．）経路、鼻内（ｉ．ｎ．）経路、皮下（ｓ．ｃ．）経路、または経皮（ｔ．ｃ．）経路であるが、これらに限定されない）を使用して、投与され得る。一般的に、必要とされる粘膜表面または表面において望ましい免疫応答が達成される限り、任意の投与経路が使用され得る。同様に、そのチャレンジ血液型亜型は、多数の種々の経路によって投与され得る。代表的には、そのチャレンジ血液型亜型は、粘膜投与（例えば、鼻内（ｉ．ｎ．）チャレンジであるが、これに限定されない）される。
【０３６１】
代替的インビボ効力モデルとしては、モルモットモデルが挙げられる。例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染のモルモットモデルにおけるインビボワクチン組成物チャレンジ研究が、実施され得る。この型のアプローチの一例の説明が、以下に続く。体重が４５０ｇ〜５００ｇである雌モルモットが、１２時間の明−暗サイクルにて環境を制御された部屋に収容され、種々の免疫経路を介してワクチン組成物で免疫される。ワクチン接種の後、モルモットは、生殖管において、モルモット封入体性結膜炎（ＧＰＩＣ）の感染因子（これは、Ｈｅｌａ細胞中またはＭｃＣｏｙ細胞中で増殖済みである）を感染させられる（Ｒａｎｋら（１９８８）。各動物に、０．０５ｍｌのスクロース−リン酸−グルタミン酸緩衝液（ｐＨ７．４）中に含まれる約１．４×１０７封入体形成単位（ＩＦＵ）が与えられる（Ｓｃｈａｃｔｅｒ，１９８０）。感染の経過が、ＧＰＩＣ特異的抗血清を用いる間接的免疫蛍光によってか、または生殖管からの擦過標本からのギムザ染色塗抹標本によって、封入体を保有する細胞の割合を決定することによってモニターされる。血清における抗体力価が、酵素結合イムノソルベントアッセイによって決定される。
【０３６２】
本発明の組成物は、一般的には、患者に対して直接投与される。直接送達は、非経口注射（例えば、皮下注射、腹腔内注射、静脈内注射、筋肉内注射、または組織間隙空間への注射）によって、または粘膜的に（例えば、直腸投与、経口（錠剤、スプレー）投与、経膣投与、局所投与、経皮投与（例えば、ＷＯ９９／２７９６１を参照のこと）、または経皮（例えば、ＷＯ０２／０７４２４４およびＷＯ０２／０６４１６２を参照のこと）、鼻内投与（例えば、ＷＯ０３／０２８７６０を参照のこと）、眼内投与、耳投与、肺投与、または他の粘膜投与）によって、達成され得る。
【０３６３】
（投与量）
予防または治療は、単一の時点または複数の時点における、単回直接投与によって達成され得る。投与はまた、単一の部位または複数の部位へと送達され得る。いくつかの投与経路（例えば、点眼を介する粘膜投与）は、より高用量を必要とし得る。当業者は、その投与量および濃度を、特定の送達経路に適合するように調節し得る。
【０３６４】
投与処置は、単回投与スケジュールであってもよいし、または複数回投与スケジュールであってもよい。複数回投与は、一次免疫スケジュールおよび／またはブースター免疫スケジュールにおいて使用され得る。複数回投与スケジュールにおいて、種々の投与が、同じ経路または異なる経路（例えば、非経口的プライミングおよび粘膜ブースト、粘膜プライミングおよび非経口ブーストなど）によって与えられ得る。
【０３６５】
（ホモログ）
本発明の組成物における配列番号１〜８６は、配列番号１〜８６に対して相同な（すなわち、配列同一性を共有する）配列を含む分子を補充され得るか、またはその分子で置換され得る。
【０３６６】
本発明において使用される（上記ＮＯＩによってコードされる）ようなタンパク質（タンパク質抗原を含む）は、天然に存在する形態と相同性および／または配列同一性を有し得る。同様に、そのようなタンパク質を発現可能なコード配列は、一般的には、天然に存在する配列と相同性および／または配列同一性を有する。核酸「配列同一性」およびアミノ酸「配列同一性」を決定するための技術はまた、当該分野で公知である。代表的には、そのような技術は、遺伝子のｍＲＮＡのヌクレオチド配列を決定すること、および／またはそのヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を決定すること、そしてこれらの配列を、第二のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列と比較することを包含する。
【０３６７】
一般的には、「同一性」とは、２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列の、正確なヌクレオチド対ヌクレオチドの一致またはアミノ酸対アミノ酸の一致をそれぞれ指す。２つ以上の配列（ポリヌクレオチドまたはアミノ酸）は、それらの「同一性パーセント」を決定することによって比較され得る。２つの配列の同一性パーセントは、核酸配列であろうと、アミノ酸配列であろうと、整列された２つの配列の間での正確な一致の数を、短い方の配列の長さによって除算し、１００を乗じたものである。
【０３６８】
核酸配列についての適切なアライメントは、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ，  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃｓ  ２：４８２〜４８９（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって提供される。このアルゴリズムは、Ｄａｙｈｏｆｆ，  Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，  Ｍ．  Ｏ．  Ｄａｙｈｏｆｆ編、５  ｓｕｐｐｌ．３：３５３〜３５８，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，ＵＳＡによって開発され、そしてＧｒｉｂｓｋｏｖ，  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１４（６）：６７４５〜６７６３（１９８６）によって標準化されたスコアリングマトリックスを使用することによって、アミノ酸配列に対して適用され得る。配列同一性パーセントを決定するためのこのアルゴリズムの例示的実施が、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ（Ｍａｄｉｓｏｎ，  ＷＩ）によって、「ＢｅｓｔＦｉｔ」の出願において提供されている。この方法についてのデフォルトパラメーターは、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｐｒｏｇｒａｍ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８（１９９５）（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  ＷＩから入手可能である）によって記載されている。本発明の状況において同一性パーセントを確立するための好ましい方法は、Ｊｏｈｎ  Ｆ．  ＣｏｌｌｉｎｓおよびＳｈａｎｅ  Ｓ．  Ｓｔｕｒｒｏｋによって開発され、ＩｎｔｅｒｌｌｉＧｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，  ＣＡ）によって流通される、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｅｄｉｎｂｕｒｇｈによって著作権を有されるＭＰＳＲＣＨパッケージのプログラムを使用することである。このパッケージ一式から、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムが使用され得、デフォルトパラメーターは、スコアリングテープルについて使用される（例えば、ｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ  １２、ｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ  １、およびｇａｐ  ６）。生成されたデータから、「一致（Ｍａｔｃｈ）」値は、「配列同一性」を反映する。配列間の同一性パーセントまたは類似性パーセントを算出するための他の適切なプログラムは、当該分野で一般的に公知であり、例えば、別のアライメントプログラムは、デフォルトパラメーターとともに使用されるＢＬＡＳＴである。例えば、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＰが、以下のデフォルトパラメーターを使用して使用され得る：ｇｅｎｅｔｉｃ  ｃｏｄｅ＝ｓｔａｎｄａｒｄ；ｆｉｌｅｔｅｒ＝ｎｏｎｅ；ｓｔｒａｎｄ＝ｂｏｔｈ；ｃｕｔｏｆｆ＝６０；ｅｘｐｅｃｔ＝１０；Ｍａｔｒｉｘ＝ＢＬＯＳＵＭ６２；Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎｓ＝５０  ｓｅｑｕｅｎｃｓ；ｓｏｒｔ  ｂｙ＝ＨＩＧＨ  ＳＣＯＲＥ；Ｄａｔａｂａｓｅｓ＝ｎｏｎ−ｒｅｄｕｎｄａｎｔ，ＧｅｎＢａｎｌ＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＪ＋ＰＤＢ＋ＧｅｎＢａｎｋ  ＣＤＳ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎｓ＋Ｓｗｉｓｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ＋Ｓｐｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲ。これらのプログラムの詳細は、インターネットアドレスｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｇｏｖ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＢＬＡＳＴにおいて見出され得る。
【０３６９】
あるいは、相同性は、相同性領域間で安定な二重鎖を形成する条件下でのポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションと、その後の、一本鎖特異的ヌクレアーゼによる消化、および消化されたフラグメントのサイズ決定とによって、決定され得る。２つのＤＮＡ配列または２つのポリペプチド配列は、それらの配列が、上記の方法を使用して決定した場合に、少なくとも約８０％〜約８５％、好ましくは少なくとも約９０％、最も好ましくは少なくとも約９５％〜約９８％の配列同一性をそれらの分子の規定された長さにわたって示す場合に、互いに対して「実質的に相同」である。
【０３７０】
本明細書中で使用される場合、「実質的に相同」または「相同」とはまた、特定のＤＮＡ配列またはポリペプチド配列に対して完全な同一性を示す配列を指す。実質的に相同であるかまたは相同であるＤＮＡ配列は、例えば、その特定の系について規定される、ストリンジェントな条件下で、サザンハイブリダイゼーション実験において同定され得る。例えば、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、５０％ホルムアミド、５×デンハート溶液、５×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ、および１００ｐｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含み得、洗浄条件は、２×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ（３７℃）と、その後の１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ（６８℃）とを含み得る。適切なハイブリダイゼーション条件を規定することは、当業者の範囲内にある。
【０３７１】
好ましくは、同一性の程度は、好ましくは、５０％よりも大きい（例えば、６５％、８０％、９０％、またはそれ以上）。この同一性の程度は、変異体および対立遺伝子改変体を包含する。それらのタンパク質の間での配列同一性は、好ましくは、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実施されるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって、ｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ＝１２およびｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ＝１のパラメーターを用いるアフィンギャップ検索を使用して決定される。
【０３７２】
本発明の組成物における配列番号１〜８６は、好ましくは「高ストリンジェンシー条件」（０．１×ＳＳＣ、０．５％  ＳＤＳ溶液中で６５℃）下でＣｈｌａｍｙｄｉａ核酸に対してハイブリダイズし得る核酸を補充され得るか、またはその核酸で置換され得る。
【０３７３】
（仮想タンパク質）
本明細書中で使用される場合、用語「仮想タンパク質」とは、既知の細胞位置も既知の細胞機能も欠くタンパク質を指す。代表的には、仮想タンパク質は、既知の十分に特徴付けられたタンパク質との有意な相同性を欠く。
【０３７４】
（組成物）
本発明はまた、宿主被験体におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の医薬として（例えば、免疫原性組成物またはワクチンとして）またはその感染を検出するための診断試薬として使用するための、本発明の組成物を提供する。本発明はまた、（ｉ）Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌に起因する感染を処置もしくは予防するための医薬；（ｉｉ）Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌の存在またはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌に対して惹起された抗体の存在を検出するための検出試薬；および／あるいは（ｉｉｉ）Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌に対する抗体を惹起し得る試薬；の製造における上記組成物の使用を提供する。
【０３７５】
本発明はまた、患者を処置するための方法を提供し、この方法は、治療的に有効な量の本発明の組成物をその患者に投与する工程を包含する
本発明は、Ｔ細胞媒介性免疫障害を予防および／または処置するために有用な組成物を提供する。一実施形態において、その組成物は、薬学的組成物である。別の好ましい実施形態において、その組成物は、免疫治療組成物である。なおより好ましい実施形態において、その組成物は、ワクチン組成物である。その組成物はまた、キャリア（例えば、薬学的に受容可能なキャリアまたは免疫学的に受容可能なキャリア）を含み得る。薬学的に受容可能なキャリアまたは免疫学的に受容可能なキャリアは、部分的には、投与される特定の組成物によって、およびその組成物を投与するために使用される特定の方法によって、決定される。従って、本発明の薬学的組成物またはワクチン組成物または免疫治療組成物の広範な種々の適切な処方物が、存在する。
【０３７６】
（免疫原性組成物および医薬）
本発明の組成物は、好ましくは、免疫原性組成物であり、より好ましくは、ワクチン組成物である。その組成物のｐＨは、好ましくは６〜８であり、好ましくは約７である。そのｐＨは、緩衝剤の使用によって維持され得る。この組成物は、滅菌され得、かつ／または発熱物質を含まないものであり得る。その組成物は、ヒトに対して等張性であり得る。
【０３７７】
本発明に従うワクチンは、予防的（すなわち、感染を予防するため）または治療的（すなわち、感染を処置するため）のいずれかであり得るが、代表的には、予防的である。従って、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染に対して感受性である動物におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の治療的処置または予防的処置のための方法を包含し、この方法は、その動物に対して、治療量または予防量の本発明の免疫原性組成物を投与する工程を包含する。好ましくは、その免疫原性組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含み、その組み合わせは、第一の抗原グループのうちの２つ、３つ、４つ、５つ、または６つすべてのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。なおより好ましくは、その組み合わせは、上記の第一の抗原グループうちの６つすべてのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる。
【０３７８】
あるいは、上記免疫原性組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含み、その組み合わせは、第一の抗原グループおよび第二の抗原グループから選択される２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、もしくは１２個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。好ましくは、その組み合わせは、上記第二の抗原グループから選択される、３つ、４つ、または５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる群より選択される。なおより好ましくは、その組み合わせは、上記第二の抗原グループから選択される５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原からなる。
【０３７９】
あるいは、その免疫原性組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含み、その組み合わせは、第一の抗原グループのうちの２つ、３つ、４つ、もしくは５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、第三の抗原グループのうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とからなる。好ましくは、その組み合わせは、上記第一の抗原グループのうちの３つ、４つ、もしくは５つのいＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、上記第三の抗原グループのうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とからなる。
【０３８０】
あるいは、その免疫原性組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含み、その組み合わせは、第一の抗原グループおよび第二の抗原グループのうちの２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９個、１０個、１１個、もしくは１２個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、第三の抗原グループのうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とからなる。好ましくは、その組み合わせは、上記第二の抗原グループに由来する３つ、４つ、もしくは５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、第三の抗原グループに由来する３つ、４つ、もしくは５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅとからなる群より選択される。なおより好ましくは、その組み合わせは、上記第二の抗原グループに由来する５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原と、上記第三の抗原グループに由来する３つ、４つ、もしくは５つのＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原とからなる。
【０３８１】
特定の実施形態において、その組成物は、種々のＣｈｌａｍｙｄｉａ種に由来する分子を含む。いくつかの実施形態において、その組成物は、同じＣｈｌａｍｙｄｉａ種の異なる血清群および／または株に由来する分子を含み得る。さらなる実施形態は、種々の株に由来する１つ以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ分子の混合物を含む。
【０３８２】
多くのタンパク質は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの異なる種の血清群および株の間で比較的保存されている。最大の種交差認識および種交差反応性を確保するために、種々のＣｈｌａｍｙｄｉａの種、血清群および株の間で保存されるタンパク質領域が、本発明の組成物において使用され得る。従って、本発明は、大多数のＣｈｌａｍｙｄｉａ株の間で共有される一連のアミノ酸配列を含むタンパク質を提供する。従って、好ましくは、その組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質（好ましくは、配列番号１〜８６のタンパク質、より好ましくは、配列番号１〜４１のタンパク質）のフラグメントを含むタンパク質を含み、そのフラグメントは、連続的な保存アミノ酸からなる。
【０３８３】
（さらなる抗原）
本発明の組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに加えて、１つ以上の性感染症に由来する抗原をさらに含み得る。好ましくは、その抗原は、以下の性感染症：Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（例えば、ｉ、ｉｉ、ｉｉｉ、ｉｖ）；ヒトパピローマウイルス；Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ；単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１もしくはＨＳＶ−２）；ＨＩＶ（ＨＩＶ−１もしくはＨＩＶ−２）；およびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉのうちの１つ以上に由来する。
【０３８４】
好ましい組成物は、（１）第一の抗原グループもしくは第二の抗原グループのうちのいずれかに由来する少なくともｔ個のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原（ｔは、２、３、４、５，６、７、８、９、１０、１１、１２、もしくは１３であり、好ましくはｔは５である）；（２）別の性感染症に由来する１つ以上の抗原を含む。好ましくは、その性感染症は、単純ヘルペスウイルス（好ましくは、ＨＳＶ−１および／もしくはＨＳＶ−２）；ヒトパピローマウイルス；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ；Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ；およびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉからなる群より選択される。従って、これらの組成物は、以下の性感染症：クラミジア、陰部ヘルペス、性器いぼ、淋病、梅毒、および軟性下疳（Ｓｔｅｐｈｅｎｓら（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８２：７５４〜７５９を参照のこと）に対する防御を提供し得る。
【０３８５】
糖抗原または糖質抗原が使用される場合、免疫原性を増強するために、これらは、好ましくは、キャリアタンパク質に結合される（例えば、Ｒａｍｓａｙら（２００１）Ｌａｎｃｅｔ  ３５７（９２５１）：１９５〜１９６；Ｌｉｎｄｂｅｒｇ（１９９９）Ｖａｃｃｉｎｅ  １７  Ｓｕｐｐｌ  ２：Ｓ２８〜３６；ＢｕｔｔｅｒｙおよびＭｏｘｏｎ（２０００）Ｊ  Ｒ  Ｃｏｌｌ  Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ  Ｌｏｎｄ  ３４：１６３〜１６８；ＡｈｍａｄおよびＣｈａｐｎｉｃｋ（１９９９）Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  Ｃｌｉｎ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ  １３：１１３〜１３３；Ｇｏｌｄｂｌａｔｔ（１９９８）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４７：５６３〜５６７；欧州特許第０  ４７７  ５０８号；米国特許第５，３０６，４９２号；国際特許出願公開ＷＯ９８／４２７２１；Ｃｏｊｕｇａｔｅ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ（Ｃｒｕｓｅら編）ＩＳＢＮ  ３８０５５４９３２６（特に、ｖｏｌ．１０：４８〜１１４；およびＨｅｒｍａｎｓｏｎ（１９９６）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ＩＳＢＮ：０１２３４２３３６８もしくは０１２３４２３３５）。
【０３８６】
好ましいキャリアタンパク質は、細菌毒素もしくは細菌トキソイド（例えば、ジフテリアトキソイドもしくは破傷風トキソイド）である。ＣＲＭ１９７ジフテリアトキソイドが、特に好ましい（Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｄｉｓｃｌｏｓｕｒｅ，４５３０７７（Ｊａｎ  ２００２））。他のキャリアポリペプチドとしては、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜タンパク質（ＥＰ−Ａ−０３７２５０１）、合成ペプチド（ＥＰ−Ａ−０３７８８１、ＥＰ−Ａ−０４２７３４７）、熱ショックタンパク質（ＷＯ９３／１７７１２、ＷＯ９４／０３２０８）、百日咳タンパク質（ＷＯ９８／５８６６８、ＥＰ−Ａ−０４７１７７）、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のプロテインＤ（ＷＯ００／５６３６０）、サイトカイン（ＷＯ９１／０１１４６）、リンホカイン、ホルモン、増殖因子、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ由来の毒素Ａもしくは毒素Ｂ（ＷＯ００／６１７６１）、鉄取込みタンパク質（ＷＯ０１／７２３３７）などが挙げられる。混合物が、血清群Ａおよび血清群Ｃの両方に由来する夾膜糖を含む場合、ＭｅｎＡ糖：ＭｅｎＣ糖の比（重量／重量）が１よりも大きい（例えば、２：１、３：１、４：１、５：１、１０：１、またはそれ以上である）ことが、好ましいものであり得る。種々の糖が、同じ型または異なる型のキャリアタンパク質に結合体化され得る。適切な任意の結合体化反応が、必要な場合には適切な任意のリンカーを用いて使用され得る。
【０３８７】
毒性タンパク質抗原は、必要な場合には、無毒化され得る（例えば、化学的手段および／または遺伝的手段による百日咳毒素の無毒化）。ジフテリア抗原が上記組成物中に含まされる場合、破傷風抗原および百日咳抗原もまた含むことが好ましい。同様に、破傷風抗原が含まれる場合には、ジフテリア抗原および百日咳抗原もまた含むことが好ましい。同様に、百日咳抗原が含まれる場合には、ジフテリア抗原および破傷風抗原もまた含むことが好ましい。
【０３８８】
上記組成物中の抗原は、代表的には、各々少なくとも１μｇ／ｍｌの濃度にて存在する。一般的に、所定の任意の抗原の濃度は、その抗原に対する免疫応答を惹起するために十分である。本発明の組成物中でタンパク質抗原を使用することに対する代替法として、その抗原をコードする核酸が、使用され得る。ＲｏｂｉｎｓｏｎおよびＴｏｒｒｅｓ（１９９７）Ｓｅｍｉｎａｒｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ９：２７１〜２８３；Ｄｏｎｎｅｌｌｙら（１９９７）Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５：６１７〜６４８；Ｓｃｏｔｔ−ＴａｙｌｏｒおよびＤａｌｇｌｅｉｓｈ（２０００）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ  ９：４７１〜４８０；ＡｐｏｓｔｏｌｏｐｏｕｌｏｓおよびＰｌｅｂａｎｓｋｉ（２０００）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ  ２：４４１〜４４７；Ｉｌａｎ（１９９９）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ  １：１１６〜１２０；Ｄｕｂｅｎｓｋｙら（２０００）Ｍｏｌ  Ｍｅｄ  ６：７２３〜７３２；ＲｏｂｉｎｓｏｎおよびＰｅｒｔｍｅｒ（２０００）Ａｄｖ  Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓ  ５５：１〜７４；Ｄｏｎｎｅｌｌｙら（２０００）Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｒｉｔ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ  １６２（４  Ｐｔ  ２）：Ｓ１９０〜１９３、ならびにＤａｖｉｓ（１９９９）Ｍｔ．Ｓｉｎａｌ  Ｊ．Ｍｅｄ．６６：８４〜９０を参照のこと。従って、本発明の組成物のタンパク質成分は、そのタンパク質をコードする核酸（好ましくは、ＤＮＡ（例えば、プラスミド形態である））によって置換され得る。
【０３８９】
（疾患状態）
本発明の組成物は、障害を予防および／または処置するために使用され得る。その障害は、例えば、肺炎、心血管疾患、アテローム性動脈硬化症、気管支炎、咽頭炎、喉頭炎、静脈洞炎、閉塞性肺疾患、喘息、慢性閉塞性肺疾患、反応性関節炎、中耳炎、腹大動脈瘤、結節性紅斑、ライター症候群、サルコイドーシス、アルツハイマー病、多発性硬化症、性病性リンパ肉芽腫、眼トラコーマ、骨盤炎症疾患、封入体性結膜炎、性器トラコーマ、乳児肺炎、初期（ｉｎｃｉｐｉｅｎｔ）トラコーマ、角膜炎、乳頭状肥大、角膜浸潤、外陰部膣炎、粘液膿性鼻炎、卵管炎、子宮頚管炎、子宮頚部卵胞（ｃｅｒｖｉｃａｌ  ｆｏｌｌｉｃｌｅ）、前立腺炎、直腸炎、尿道炎、鼡径リンパ肉芽腫、気候性横痃、熱帯性横痃、および／または慢性陰門潰瘍（ｅｓｔｈｉｏｍｅｎｅ）であるが、これらに限定はされない。
【０３９０】
（処方物）
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染は、身体の種々の領域を冒す。従って、本発明の組成物は、種々の形態で調製され得る。例えば、この組成物は、注射可能物質として、液体溶液または液体懸濁物のいずれかとして、調製され得る。注射前に液体ビヒクル中の溶液または懸濁物のために適切な固体形態もまた、調製され得る（例えば、凍結乾燥組成物）。この組成物は、局所投与のために（例えば、軟膏、クリーム、または粉末として）調製され得る。この組成物は、経口投与のために（例えば、錠剤もしくはカプセル剤として、スプレーとして、またはシロップ剤（必要に応じて矯味矯臭される）として）調製され得る。上記組成物は、肺投与のために（例えば、微細粉末またはスプレーを使用する、吸入器として）調製され得る。上記組成物は、坐剤またはペッサリーとして調製され得る。上記組成物は、鼻内投与、耳内投与、または眼内投与のために（例えば、点滴剤として）調製され得る。上記組成物は、キット形態（組み合わせた組成物が、患者への投与直前に再構成されるように設計される）であり得る。そのようなキットは、液体形態である１つ以上の抗原と、１つ以上の凍結乾燥抗原とを含み得る。
【０３９１】
（上記組成物のさらなる成分）
本発明の組成物は、代表的には、上記の成分に加えて、１つ以上の「薬学的に受容可能なキャリア」を含み、この「薬学的に受容可能なキャリア」とは、その組成物を受ける個体にとって有害な抗体の生成をそれ自体は誘導しない任意のキャリアを含む。適切なキャリアは、代表的には、大きくゆっくり代謝される高分子（例えば、タンパク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマーアミノ酸、アミノ酸コポリマー、および脂質凝集物（例えば、油滴もしくはリポソーム））である。そのようなキャリアは、当業者にとって周知である。上記ワクチンはまた、希釈剤（例えば、水、生理食塩水、グリセロールなど）を含み得る。さらに、補助物質（例えば、湿潤剤もしくは乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）が、存在し得る。薬学的に受容可能な賦形剤の完全な考察は、Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００）Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ  ｅｄ，ＩＳＢＮ：０６８３３０６４７２において利用可能である。
【０３９２】
本発明の生物学的分子は、薬学的組成物または免疫治療組成物またはワクチン組成物へと処方され得る。そのような処方物は、薬学的に受容可能なキャリア（例えば、滅菌水または滅菌等張性生理食塩水）と組み合わせた生物学的分子を含む。そのような処方物は、ボーラス投与のためまたは連続投与のためのために適切な形態にて、調製、パッケージ、または販売され得る。注射可能処方物が、単位投与形態（例えば、アンプル中または防腐剤を含む多用量容器中）にて、調製、パッケージ、または販売され得る。処方物としては、油状ビヒクル中もしくは水性ビヒクル中の懸濁物、油状ビヒクル中もしくは水性ビヒクル中の溶液、油状ビヒクル中もしくは水性ビヒクル中のエマルジョン、ペースト、および移植可能な徐放性処方物もしくは移植可能な生分解性処方物が挙げられるが、これらに限定されない。そのような処方物は、１つ以上のさらなる成分（懸濁剤、安定化剤、または分散剤が挙げられるが、これらに限定されない）をさらに含み得る。非経口投与のための処方物の一実施形態において、その活性成分は、再構成された組成物の非経口投与前に適切なビヒクル（例えば、発熱物質を含まない滅菌水）で再構成するための乾燥（例えば、粉末または顆粒）形態で提供される。上記薬学的組成物は、滅菌した注射可能な、水性懸濁物もしくは水溶液または油性懸濁物もしくは油性溶液の形態で、調製、パッケージ、または販売され得る。この懸濁物もしくは溶液は、公知技術に従って処方され得、その活性成分に加えて、さらなる成分（例えば、本明細書中に記載される分散剤、湿潤剤、もしくは懸濁剤）を含み得る。そのような滅菌した注射可能な処方物は、非経口的に受容可能な非毒性の希釈剤もしくは溶媒（例えば、水もしくは１，３−ブタンジオール）を使用して調製され得る。他の受容可能な希釈剤および溶媒としては、リンガー溶液、等張性塩化ナトリウム溶液、および不揮発性油（例えば、合成モノグリセリドもしくは合成ジグリセリド）が挙げられるが、これらに限定されない。有用な他の非経口投与可能な処方物としては、微結晶形態で活性成分を含む処方物、リポソーム調製物中に活性成分を含む処方物、または生分解性ポリマー系の成分として活性成分を含む処方物が、挙げられる。徐放のための組成物または移植のための組成物は、薬学的に受容可能なポリマー物質または疎水性物質（例えば、エマルジョン、イオン交換樹脂、難溶性ポリマー、または難溶性塩）を含み得る。
【０３９３】
（キット）
また、本発明中に含まれるのは、本発明の生物学的分子に対するＣＭＩ応答を増強するためのキットである。そのようなキットは、抗原性組成物またはそれをコードするヌクレオチド配列を含み得る。そのキットはまた、上記生物学的分子ととともに投与されるかまたは上記生物学的分子の一部として投与されるアジュバント（好ましくは、遺伝子アジュバント）と、その生物学的分子を投与することに関する指示とを含み得る。そのキットの他の好ましい成分としては、その生物学的分子を投与するためのアプリケーターが挙げられる。本明細書中で使用される場合、用語「アプリケーター（ａｐｐｌｉｃａｔｏｒ）」とは、上記ＮＯＩを宿主被験体に対して全身にかまたは粘膜にかまたは経皮的に適用するための任意のデバイス（皮下注射器、遺伝子銃、粒子加速デバイス、噴霧器、点滴注入器、気管支鏡、坐剤、膣挿入可能な含浸もしくはコーティングされた物質（例えば、タンポン）、圧注調製物、膣洗浄用溶液、貯留（ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ）浣腸調製物、坐剤、または直腸洗浄用溶液もしくは結腸洗浄用溶液が挙げられるが、これらに限定されない）を指す。
【０３９４】
本発明はまた、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含むキットを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせは、本発明の免疫原性組成物のうちの１つ以上であり得る。上記キットは、第二の成分（指示書、シリンジもしくは他の送達デバイス、アジュバント、または薬学的に受容可能な処方溶液のうちの１つ以上が挙げられる）をさらに含み得る。本発明はまた、本発明の免疫原性組成物を予め充填した送達デバイスを提供する。
【実施例】
【０３９５】
以下の発明は、例としてのみここでさらに記載され、添付の図面が参照される。以下の実施例は、本発明を例示するためおよび当業者が本発明を作製して使用するのを助けるためだけに、提示される。これらの実施例は、本発明の範囲をいかなるようにも限定することは意図されない。使用される数字（例えば、量、温度など）に関する精度を確保するための努力は行ったが、いくらかの実験誤差および偏差は、当然許容されるべきである。
【０３９６】
図１Ａ。組換えＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質に対するポリクローナルマウス抗血清による、ＬＬＣ−ＭＫ２細胞に関するＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染性のインビトロ中和アッセイ。結果は、抗血清処理された感染性ＥＢに単層が感染した場合に得られた封入体の数を、未処理ＥＢにより得られる封入体数と比較した減少として示される。減少値のパーセントが、対応する血清希釈の逆数に対してプロットされる。各希釈物について、封入体数は、免疫前血清の対応する希釈物を用いて得られた感染性のバックグラウンド阻害について補正された。この図は、「中和」抗原に対して惹起された抗体（黒塗りハート印）、「非中和」ＦＡＣＳ陽性抗原に対して惹起された抗体（ν）、および融合構築物中で使用されたＧＳＴポリペプチド単独に対して惹起された抗体（σ）の、連続希釈物を用いて得られた結果を示す。
【０３９７】
図１Ｂは、本文中に記載される１０個のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ組換え抗原について、感染性の５０％中和を与える血清力価を示す。各々の力価は、３つの個別の実験において評価された（平均値標準誤差（ＳＥＭ）の値を示す）。
【０３９８】
図２は、本文中に記載される免疫血清を使用する、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢの二次元電気泳動マップの免疫ブロット分析を示す。免疫ブロットは、種々のｐＨ区間を網羅する２つのＥＢゲル（上部のパネルＡおよびパネルＢ）のうちのいずれかから得られた。この２つのどちらかに従って、所定の抗原の最良の検出が可能になった。ＨｔｒＡ免疫ブロット中の矢印は、シグナルのうちのどれが、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ同定に供されたゲル中の対応する染色スポット（パネルＡ中の矢印）を有したかを示す。ＨｔｒＡブロットにおける２つのパターンは、両方とも、同じタンパク質の一変化改変体から構成される代表的な電気泳動「結果（ｔｒａｉｎ）」を示唆する。
【０３９９】
図３は、全身チャレンジ後の免疫化ハムスターおよび偽免疫化ハムスターに由来する対応する脾臓サンプルから回収されたＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＩＦＵの平均数を示す。標準偏差値が、バーの上に示される。有意な防御を誘導した抗原が、対応するバーの上のアスタリスクにより強調される。すべての抗原は、フロイントアジュバント中にて送達される。ｎ．ｉ．＝非免疫コントロール。
【０４００】
図４は、ＤＮＡ免疫化ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスに由来する脾細胞のフローサイトメトリー分析を示す。４匹ずつのマウスからなるグループが、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ低カルシウム応答タンパク質Ｈを発現する５０μｇのプラスミドＤＮＡで３回筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫された。脾細胞からのＩＦＮ−γ生成が、ペプチドＣＨ−６（１０μｇ／ｍｌ）による６時間のパルス（エキソビボ）または６日間のパルス（再刺激された）のいずれかの後に、モニターされた。同数のゲート通過した生存リンパ球細胞が、ＬＳＲＩＩ  ＦＡＣＳ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いて取得され、ＩＮＦ−γ生成ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、ＤＩＶＡ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して算出された。
【０４０１】
図５は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢを感染させたトランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスに由来する脾細胞のフローサイトメトリー分析を示す。（Ａ）ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスが、５×１０５個のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＦＢ／９６  ＥＢで２回鼻内感染され、脾細胞が、関連するペプチドの存在下で６日間刺激され、その後、図４の説明文において記載されるように、ＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮ−γ生成を測定された。（Ｂ）ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスが、同じＥＢ調製物で一緒に感染され、ＣＤ８＋Ｔ細胞が、（Ａ）において報告されるようにＦＡＣＳ分析に供された。
【０４０２】
表１は、本文中に記載されるＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原のデータおよび特性の要約を示す。中和力価が、インビトロ感染性アッセイにおける封入体数の５０％減少を引き起こす抗血清希釈の逆数として報告される。ハムスターモデルデータについて、結果の統計学的有意性が、両側スチューデントｔ検定によって評価された。有意なデータ（ｐ≦０．０５）が、アスタリスクで強調されている。ＮＤ＝検出せず。
【０４０３】
表２は、仮想タンパク質についてのハムスターマウス研究からの結果を示す。
【０４０４】
表３は、マイクロアレイにより選択されたＣＰｎ  ＥＢの発現遺伝子を示す。
【０４０５】
表４は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの選択されたペプチド：タンパク質供給源およびＨＬＡ−Ａ２安定化アッセイを示す。
【０４０６】
表５は、ＤＮＡ免疫化ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウス由来のＣＤ８＋Ｔ細胞を用いるＥＬＩＳＰＯＴアッセイを示す。
【０４０７】
表６は、ＤＮＡ免疫化ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスの脾細胞からのＩＦＮ−γ生成を示す。
【０４０８】
（方法および材料）（実施例１〜４）（参考文献の節１を参照のこと）
（Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢ精製）
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＦＢ／９６（Ｓａｎｔ’Ｏｒｓｏｌａ  Ｐｏｌｙｃｌｉｎｉｃ（Ｂｏｌｏｇｎａ，Ｉｔａｌｙ）において肺炎患者から得られた臨床単離株）を、６ウェルプラスチックプレートの個々のウェル中に播種したＬＬＣ−ＭＫ２細胞において増殖させた（７）。細胞を、感染７２時間後に滅菌ゴムを用いて採集し、超音波により破壊し、基本小体（ＥＢ）を、記載される（２６）ように勾配遠心分離によって精製した。精製したＣｈｌａｍｙｄｉａｅを、スクロース−リン酸−グルタミン酸（ＳＰＧ）輸送緩衝液中に再懸濁し、使用するまで０．５ｍｌアリコート中において−８０℃で保存した。必要な場合には、保存前に、ＥＢ感染性を、６５℃で３時間のインキュベーションによって熱不活化した。
【０４０９】
（組換えタンパク質の発現および精製）
オープンリーティングフレーム（ＯＲＦ）（Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＣＷＬ０２９ゲノム配列（１６）から選択した）を、基本的に以前に記載された（２５）ようにして、プラスミド発現ベクター中にＰＣＲクローン化し、Ｅ．ｃｏｌｉ培養物から精製した。組換えＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質を、ｐＧＥＸ−ＫＧ誘導体ベクター（１２）をＥ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１（Ｎｏｖａｇｅｎ）において使用することによって、ＧＳＴ融合タンパク質として得た。ＰＣＲプライマーを、Ｎ末端シグナルペプチドコード配列を含まない遺伝子を増幅するように設計した。シグナルペプチドまたは処理部位が明確には予測不能な場合、ＯＲＦ配列を、Ｋａｌｍａｎおよび共同研究者（１６）によって注釈されたようにクローン化した。組換えＥ．ｃｏｌｉ細胞を、ＬＢ培地（５００ｍｌ）（１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含む）中で増殖させ、ＯＤ６００＝０．５になるまで３７℃で増殖させ、その後、１ｍＭ  ＩＰＴＧを用いて誘導した。細胞を、誘導の３時間後に遠心分離によって収集し、フレンチプレス（ＳＬＭ  Ａｍｉｎｃｏ，Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，ＮＹ）において破壊した。３０，０００ｇにおいて遠心分離した後に、上清を、Ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ４Ｂカラム（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）にローティングし、カラムに結合したタンパク質を、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１０ｍＭ還元型グルタチオン（ｐＨ８．０）を用いて溶出した。サンプル中のタンパク質濃度を、Ｂｒａｄｆｏｒｄ法を使用して決定した。
【０４１０】
（マウス抗血清の調製）
４匹の５週齢／６週齢のＣＤ１雌マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ，Ｃｏｍｏ，Ｉｔａｌｙ）からなるグループを、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）中の２０μｇのタンパク質で１日目に腹腔内免疫し、不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）中の２０μｇの組換えタンパク質で１５日目および２８日目にブーストした。免疫前血清および免疫血清を、０日目、２７日目、および４２日目に収集した血液サンプルから調製した。混入しているＥ．ｃｏｌｉ抗原によって惹起される可能性がある抗体の量を減少するために、その免疫血清を、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１からの全タンパク質抽出物を吸着させたニトロセルロースストリップとともに４℃で一晩インキュベートした。
【０４１１】
（フローサイトメトリーアッセイ）
分析を、基本的に以前に記載される（２５）ようにして実施した。リン酸−生理食塩水緩衝液（ＰＢＳ）＋０．１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）中に再懸濁した、勾配精製し熱不活化したＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＦＢ／９由来のＥＢ（２×１０５個の細胞）を、特異的マウス抗血清（標準希釈１：４００）とともに４℃にて３０分間インキュベートした。遠心分離し２００μｌのＰＢＳ−０．１％  ＢＳＡで洗浄した後に、サンプルを、Ｒ−フィコエリトリン（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．）と結合体化したＦ（ａｂ）’２特異的ヤギ抗マウスＩｇＧとともに、４℃にて３０分間インキュベートした。そのサンプルを、ＰＢＳ−０．１％  ＢＳＡで洗浄し、１５０μｌのＰＢＳ−０．１％  ＢＳＡ中に再懸濁し、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ装置（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）を使用するフローサイトメトリーによって分析した。コントロールサンプルを、同様に調製した。陽性コントロール抗体は、ｉ）市販の抗Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的モノクローナル抗体（Ａｒｇｅｎｅ  Ｂｉｏｓｏｆｔ，Ｖａｒｉｌｈｅｓ，Ｆｒａｎｃｅ）；およびｉｉ）勾配精製したＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢでマウスを免疫することによって調製したマウスポリクローナル血清であった。バックグラウンドコントロール血清を、上記融合構築物において使用される精製ＧＳＴペプチドで免疫したマウスから得た（ＧＳＴ融合物コントロール）。ＦＡＣＳデータを、Ｃｅｌｌ  Ｑｕｅｓｔ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）を使用して分析した。バックグラウンドコントロールヒストグラムと、免疫血清試験ヒストグラムとの間のシフトを、ＥＢ細胞表面に対する抗体結合の尺度として得た。Ｋｏｌｍｏｒｏｖ−Ｓｍｉｒｎｏｖ（Ｋ−Ｓ）２サンプル試験（４４）を、重なり合った２つのヒストグラムに対して実施した。Ｄ／ｓ（ｎ）値（この２つの曲線間の相違点の指標）が、表１において「Ｋ−Ｓスコア」として報告される。
【０４１２】
（免疫血清の二次元ウェスタンブロット分析および質量分析）
勾配精製したＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢを、５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）＋０．１ｍＭ  ＥＤＴＡ＋１０％グリセロールで洗浄し、１３０００×ｇにて１５分間遠心分離し、ペレットを、再膨張（ｒｅｓｗｅｌｌｉｎｇ）溶液（７Ｍ尿素、２Ｍチオ尿素、２％（ｗ／ｖ）ＣＨＡＰＳ、２％（ｗ／ｖ）ＡＳＢ１４、２％（ｖ／ｖ）ＩＰＧ緩衝液（ｐＨ３〜１０  ＮＬまたはｐＨ４〜７、２ｍＭ  ＴＢＰ、６５ｍＭ  ＤＴＴ）中に再懸濁した。タンパク質（２００μｇのクマシーブルー染色基準ゲル用タンパク質、または２０μｇの免疫ブロッティングのために処理されるゲル用のタンパク質）を、Ｉｍｍｏｂｉｌｉｎｅ  ＤｒｙＳｔｒｉｐｓ（７ｃｍ，ｐＨ３〜１０ＮＬ、またはｐＨ４〜７）上に一晩吸着させた。エレクトロフォーカシングを、ＩＰＧｐｈｏｒ  Ｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃ  Ｆｏｃｕｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）において実施した。収束したストリップを、記載される（１５）ように平衡化し、Ｍｉｎｉ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ＩＩＩ  Ｃｅｌｌ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）におけるＳＤＳ−ＰＡＧＥ分離のために直線９％〜１６．５％アクリルアミド勾配（７×４ｃｍ、１．５ｍｍ厚）上にローディングした。ゲルを、コロイド状クマシーブルー（Ｎｏｖｅｘ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）（４）で染色し、そのようにして得られたタンパク質マップを、１２ビットおよび５０ｍｍ／ピクセルにてＰｅｒｓｏｎａｌ  Ｄｅｎｓｉｔｏｍｅｔｅｒ  ＳＩ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を用いてスキャンした。
【０４１３】
ウェスタンブロット分析のために、上記の二次元マップにおいて分離したタンパク質を、Ｐｒｏｔｅａｎ  ＩＩＩ装置（ＢｉｏＲａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）を使用して３０Ｖで一晩ニトロセルロース膜に移した。膜を、１２ｍＭ  ＨＣｌ中の０．０５％（ｗ／ｖ）ＣＰＴＳ（銅（ＩＩ）フタロシアニン−３，４’，４’’，４’’’−テトラスルホン酸四ナトリウム塩）で染色し、後の画像重複およびマッチングのためのアンカーを提供するために８個のＩｎｄｉａ−ｉｎｋドットで周辺にマークを付けた。スキャンおよび画像獲得の後、膜を、０．５Ｍ  ＮａＨＣＯ３で脱染し、分析されるべきマウス血清（１：１０００希釈した、免疫前血清または特異的免疫血清）とともにインキュベートし、その後、ペルオキシダーゼ結合体化抗マウス抗体（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）とともにインキュベートした。ＰＢＳ＋０．１％  Ｔｗｅｅｎ−２０で洗浄した後、ブロットを、Ｏｐｔｉ−４ＣＮ  Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ  Ｋｉｔ（Ｂｉｏｒａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）を使用して発色させ、免疫染色したブロットの画像を、上記のようにして再度取得した。画像を、コンピュータープログラムＩｍａｇｅ  Ｍａｓｔｅｒ  ２Ｄ  Ｅｌｉｔｅ，ｖｅｒｓｉｏｎ  ４．０１（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）を用いて分析した。ウェスタンブロット膜とクマシー染色したゲルとの間での画像重複およびマッチングを、以下のように実施した。まず、ＣＰＴＳ染色した膜画像と、免疫染色したブロット画像とを、周辺ドットマークを使用して重複した。その後、そのようにして得た合計画像を、ＣＰＴＳ染色したＣｐｎタンパク質をアンカーとして使用して、クマシーブルー染色したタンパク質マップに重複した。そのブロット上の免疫染色したスポットに対応するクマシー染色したマップ上の領域を、タンパク質同定のために調製用ゲルから切り出した。タンパク質サンプルを、真空遠心機において乾燥させ、過剰なブタトリプシン（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を用いて、１００ｍＭ重炭酸アンモニア中で３７℃にて２時間ゲル内（ｉｎ−ｇｅｌ）消化した。トリプシン消化ペプチドを脱塩し、Ｚｉｐ−Ｔｉｐ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｅｄｆｏｒｄ，ＭＡ）を使用して濃縮した。ペプチドを、直接溶出し、５０％アセトニトリル＋０．１％トリフルオロ酢酸中の２，５−ジヒドロキシ安息香酸（５ｇ／ｌ）溶液を含むＳＣＯＵＴ  ３８４  Ａｎｃｈｏｒ  Ｃｈｉｐマルチプローブプレート（４００μｍ，Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｃｓ，Ｂｒｅｍｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）上にローディングした。Ｂｒｕｋｅｒ  Ｂｉｆｌｅｘ  ＩＩＩマトリックス支援型レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）装置にて、スペクトルを得た。一同位体ピークについて得られる値を、Ｍａｓｃｏｔソフトウェア（３２）（ウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍａｔｒｉｘｓｃｉｅｎｃｅ．ｃｏｍ／．にて得られる）を使用するデータベース検索のために使用した。
【０４１４】
（インビトロ中和アッセイ）
ＬＬＣ−ＭＫ２（アカゲザル腎臓）上皮細胞培養物において、インビトロ中和アッセイを行った。ショ糖−リン酸−グルタミン酸緩衝液（ＳＰＧ）中において、マウス免疫血清および対応する免疫前血清の連続４倍希釈を調製した。全ＥＢに対するマウスポリクローナル血清を、中和の陽性コントロールとして使用し、一方でＳＰＧ緩衝液を、中和の陰性コントロールとして使用した（感染のコントロール）。Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＦＢ／９６由来の精製した感染性ＥＢをＳＰＧ緩衝液中で希釈して２．５×１０７ＩＦＵ／ｍｌを含むようにし、そして１０μｌのＥＢ懸濁液を、最終容量１００μｌの各血清希釈物に添加した。３０分間、３７℃、ゆっくりと揺れるプラットホーム上で、抗体−ＥＢ相互作用を進行させた。１００μｌの各サンプルの反応混合物を使用して、２４ウェル組織培養プレートにおいて、ＰＢＳ洗浄されたＬＬＣ−ＭＫ２のコンフルエントな単層に接種し（各血清希釈物について、３つ）、そして８０５×ｇで１時間、３７℃で遠心分離した。遠心分離後、イーグル最小必須培地（アール塩、２０％ウシ胎仔血清、および１μｇ／ｍｌシクロヘキシミド含有）を添加した。感染させた培養物を、３７℃、５％ＣＯ２中で７２時間インキュベートした。単層をメタノールで固定し、クラミジア封入体を、マウス抗クラミジアフルオレセイン結合体化モノクローナル抗体（Ｍｅｒｉｆｌｕｏｒ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ、Ｍｅｒｉｄｉａｎ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．）染色によって検出し、そして倍率４０倍で１０視野／ウェルを計数することによって定量化した。免疫血清とのＥＢの相互作用に起因する感染性の阻害を、ＳＰＧ（緩衝液のみ）／ＥＢコントロールに対する平均ＩＦＵ数の低下の百分率として計算した。この計算において、免疫血清から得られたＩＦＵ計数を、対応する前免疫マウス血清に起因する感染のバックグラウンド阻害に対して補正した。慣行に従って、この血清が５０％以上の感染性の低下を生じる場合、この血清を「中和性」とみなした。対応する中和滴定を、感染性の５０％低下が観察された血清希釈物として規定した。図１Ｂに示すように、実験の変動性を、各組換え抗原についての３つの滴定実験から測定の標準誤差（ＳＥＭ）を計算することによって評価した。
【０４１５】
（インビボスクリーニング）
最近記載されたように（３４）、全身感染のハムスターモデルを使用して、インビボ評価を行った。本質的には、組換えワクチン候補物で予め免疫した成体（１０〜１１週齢）Ｓｙｒｉａｎハムスター（Ｍｏｒｉｎｉ、Ｓ．Ｐｏｌｏ  Ｄ’Ｅｎｚａ、Ｉｔａｌｙ）を、感染性Ｃｐｎ基本小体（ＥＢ）で全身性にチャレンジした。脾臓から回収された生存ＥＢのレベルを、非免疫動物と比較して決定することによって、防御を評価した。結果の統計学的有意性を、両側スチューデントｔ検定によって評価した。
【０４１６】
８匹のハムスターの群を、０日、７日および２１日において、組換え抗原によって皮下的に免疫したか、またはコントロール群については緩衝液のみを注射した。各免疫については、フロイント完全アジュバントで１：１希釈した２０μｇのタンパク質（初回投与）、およびフロイント不完全アジュバントで１：１希釈した２０μｇのタンパク質（追加投与）を注射した。感染後３５日において、ハムスターをケタミンで麻酔し、腹腔内および鼻腔内に接種した（各部位に、０．１ｍｌのＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢ懸濁液（１．０×１０８）を使用）。感染の７日後、動物を屠殺した。脾臓を秤量し、乳鉢でホモジェナイズして、冷ＳＰＧ緩衝液中１０％（重量／体積）の懸濁液を得た。組織懸濁液を、３００×ｇ、４℃で１０分間遠心分離し、粗細片を除去した。清浄化されたホモジネート（０．２ｍｌ）を、２４ウェルプレートのプラスチック製の個別のウェルに播種されたＬＬＣ−ＭＫ２細胞に対して、２つのウェルに接種し、３７℃で７２時間インキュベートして、免疫蛍光顕微鏡検査によるウェルあたりのクラミジア封入体の数の検出および計数の前にアセトンで固定した。このプロトコールは、ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｂｏｌｏｇｎａの倫理委員会で承認された。
【０４１７】
（実施例１（インビトロ研究））
（インビトロ中和特性についての抗血清のスクリーニング）
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの細胞表面上に局在する可能性のあるタンパク質についての全ゲノム（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ）スクリーニングに従って、本発明者らは、ＦＡＣＳアッセイにおいて、５３個の組換えクラミジア抗原に対する抗血清がクラミジア細胞の表面に結合し得たことを最近報告した（２５）。ＦＡＣＳ陽性抗原のいくつかがＥＢインビトロ感染性に干渉し得たか否かを調べるために、本発明者らは、マウス抗血清を組換えＦＡＣＳ陽性抗原に対して惹起し、ＬＬＣ−ＭＫ２細胞の単層に関して、精製ＥＢの感染性に対する各抗血清の効果を評価した。感染性ＥＢを、抗血清とともに最初にインキュベートし、次いで２４ウェルマルチタイタープレート中の細胞単層を感染させるために使用した。並行して、コントロールサンプルを同様に処理した。コントロールサンプルにおいては、ＥＢを：ｉ）緩衝液のみで処理したか、またはｉｉ）対応する前免疫マウス血清の同じ希釈物で処理したかのいずれかであった。
【０４１８】
（結果Ｉ）
このアッセイを使用して、これまで１０種の血清が、５０％を超える程度でインビトロ感染性を効果的に中和することを示した（慣行では、このような抗原を「中和性」とみなす特性である（図１））。以下のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ遺伝子に由来する組換えタンパク質によるマウス免疫によって、これら１０種の血清を得た：
・ｐｍｐ１０およびｐｍｐ２、異種クラミジアＰＭＰファミリーの多型膜タンパク質の２つのメンバーをコードする；
・ａｒｔＪ、アミノ酸輸送系のタンパク質に結合する推定細胞外溶質（おそらくアルギニン）をコードする；
・ｅｎｏ、細菌エノラーゼに対するタンパク質ホモログ（細菌表面にもまた見出され得る糖分解酵素）をコードする；
・ｈｔｒＡ、熱ショック誘導性プロテアーゼ活性を有する推定シャペロンをコードする；
・Ｃｐｎ０３０１「仮想的」遺伝子、細菌タンパク質のｏｍｐＨファミリーに対するタンパク質ホモログをコードする、これらのメンバーのいくつかは、外膜生合成に関与するシャペロンであることが示された；
・２つのＣｐｎ特異的「仮想的」遺伝子、Ｃｐｎ０７９５およびＣｐｎ００４２；
・ｏｍｃＡ、外膜タンパク質としてアノテーション付けされる７〜９ｋＤａタンパク質をコードする；ならびに
・ａｔｏＳ、輸送系の推定センサーメンバー。
【０４１９】
図１に示され、そして表Ｉにまとめられるように、ＯｍｐＨ、エノラーゼおよびＣｐｎ０７９５は、約４００の力価を有する最も高い中和性の血清を誘導するように見えた。対照的に、Ｐｍｐ２、ＡｒｔＪおよびＣｐｎ００４２は、１００以下の力価を誘導した。一方残りの４つの抗原（Ｐｍｐ１０、ＨｔｒＡ、ＡｔｏＳおよびＯｍｃＡは、中間的な力価を示した。
【０４２０】
（実施例２（インビボ研究））
（Ｃｐｎタンパク質抽出物の２Ｄ免疫ブロット分析による抗血清特異性の評価）
ＬＬＣ−ＭＫ２単層のインビトロ感染において観察される中和活性が、考えられる他の抗原との交差反応に起因するのではなく、選択されたＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質への抗体の結合に実際に起因するのか否かを調べるため、本発明者らは、ＥＢタンパク質の２次元電気泳動マップの免疫ブロット分析によって、抗血清の特異性を評価した。
【０４２１】
詳細には、この分析を、ＥＢ全タンパク質の２Ｄマップにおいて可視であることが知られている６種の抗原（Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ１０、Ｅｎｏ、ＡｒｔＪ、ＨｔｒＡおよびＯｍｐＨ様）において実施した（Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉら、２００２  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０：３６８−３７９）。全ＥＢタンパク質を、２つの異なるｐＨ間隔（それぞれ、ｐＨ３〜１０（非線形）、およびｐＨ４〜７）を使用して２Ｄ電気泳動によって分解した。なぜなら、研究のもとで、タンパク質のいくつかは、上記ｐＨ間隔の一方よりも他方を使用してよりよく検出されたことが示されているからである。各々のｐＨ間隔について、４つのゲルを並行して泳動した。１つのゲルを、クマシーブルーで染色してタンパク質のスポットを可視化し、一方他のゲルを、ニトロセルロースフィルターでブロッティングし、１０００倍希釈の選択された血清のうちの１つを用いて染色した。その後、免疫染色ブロットの画像（図２、パネルｃ〜ｈ）を、対応するクマシーブルー染色ゲルに重ね、所与の抗血清と反応したスポットを同定した。適合するタンパク質スポットを切り出し、そしてＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ分析によるペプチド同定のために処理した。
【０４２２】
（結果２）
６つのマップ全てにおいて、切り出したゲル領域中の免疫反応性タンパク質種が予測されるクラミジアタンパク質に由来するペプチドを含むことを見出した。血清が１つ以上の電気泳動タンパク質種と反応した場合でさえ、クマシーブルー染色２ＤＥマップにおいて検出され得る全てのスポットの質量スペクトルは、複数の電気泳動種として存在する同じポリペプチドと常に一致した。
【０４２３】
興味深いことに、ＨｔｒＡ抗血清によって得られる免疫ブロットは、２つの異なる分子量において、２つの代表的な電気泳動の「列（ｔｒａｉｎ）」として整列する、２つの、４スポットのセットを示した。クマシーブルー染色ゲルにおいて、４つの対応するスポット（より大きな分子量セットの列に３つ、より小さな分子量セットに１つ）を同定することが可能であった。ＭＳ分析は、これら全てを、Ｃｐｎ  ＨｔｒＡ遺伝子の産物として同定した。興味深いことに、より小さな分子量の種は、３個のＮ末端トリプシンペプチドを失っている。このペプチドは、より大きな分子量スポットのシリーズにおいては検出され、そしてＯＲＦの最初の１００ａａのうちに位置する。これらの結果は、ＨｔｒＡが、全血清産物として、およびおそらく何らかの翻訳後プロセシングの結果として短いＮ末端ペプチドを欠く分離した種としての両方で、ＥＢタンパク質サンプル中に存在したことを示唆する。
【０４２４】
（結果２の考察）
ポリクローナル抗体反応性に基づくデータ分析においては、エピトープ擬態に起因する交差反応を排除することは常に困難であると考えるべきである。この研究においては、抗血清特異性の問題を、２Ｄ免疫ブロット法、および質量分析による反応性電気泳動種の同定によって解決した。このアプローチは、１０種の抗血清のうちの６つについて可能であった（すなわち、タンパク質に対応するものを、予め、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｉｚｉａｅ  ＥＢタンパク質の２Ｄ電気泳動マップ上で、質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）によって同定した（２５、４２）（表１および図２））。未処理クラミジアタンパク質種間の偶然の交差反応の確率を、免疫ブロット分析の結果によって最小限にした。この分析は、マップにおける約３００を超えるタンパク質スポット（これら全ては、試験された抗血清と反応する）が、予測された抗血清特異性と一致したことを示した。明らかに、２Ｄ電気泳動の間に、高次構造エピトープはほぼ失われるので、構造依存性交差反応は、この型の分析においては除外され得ない。
【０４２５】
（実施例３）
（ハムスター全身感染モデルにおけるインビトロ中和性抗原のインビボ評価）
本発明者らは最近、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ全身感染の新規のハムスターモデルを記載した。このモデルにおいて、複製したクラミジアはマクロファージを介して広がり、脾臓に蓄積する（３４）。よって、本発明者らは、本発明者らが同定したインビトロ中和性抗原がインビボにおいてやはり防御活性を有していたか否かを、このモデルを用いて問うた。この目的のため、１０種のインビトロ中和性組換え抗原を使用して、８匹のハムスターを、３週間にわたる３回の皮下注射によって免疫し、そして２週間後に、２×１０８Ｃｐｎ  ＥＢでチャレンジした。脾臓感染を、チャレンジの７日後に評価した。コントロール動物から回収された感染性クラミジアの平均数と組換えクラミジア抗原で免疫された動物から回収されたクラミジアの平均数との差異を、推定ワクチン候補物によって特異的に誘発された防御の測定値として得た。
【０４２６】
（結果３）
繰り返しの実験において、種々の抗原について観察された脾臓防御の結果を、図３に示し、そして表１において百分率の値として報告する。１０種の抗原のうち６つ（Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ１０、エノラーゼ、ＯｍｐＨ様タンパク質）、ならびにＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的遺伝子Ｃｐｎ０７５９およびＣｐｎ００４２の産物は、統計学的に有意な防御活性を示し、免疫動物の脾臓から回収されたＩＦＵを、偽免疫コントロールに対して８０％より大きく減少させた。
【０４２７】
ハムスターモデルの限界は、免疫学的試薬がないために、体液性免疫および細胞媒介性免疫の相対的な寄与が評価できないことである。しかし、本発明者らは、組換え抗原がまた、ハムスター中和抗体において十分高い力価で誘発し得るか否かを問うた。したがって、本発明者らは、Ｐｍｐ２およびエノラーゼ（２つの最も防御性の抗原）で免疫したハムスターからの血清を、インビトロ中和アッセイにおいて試験した。両抗原とも、約１００の中和力価を有した（データ示さず）。
【０４２８】
（結果３のまとめ）
結論として、かなりの割合（６０％）のインビトロ中和性抗原が、ハムスターインビボモデルにおいても防御性であり、そして本発明者らのデータは、抗体媒介性中和が、少なくともこの全身感染モデルにおいて役割を果たし得ることを示唆する。
【０４２９】
（結果３の考察）
１０種のＦＡＣＳ陽性抗原の選択されたサブセットのインビトロ中和特性をアッセイすることのほかに、本発明者らはまた、最近ハムスターにおいて記載された全身感染後動物モデル（３４）における、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に対する防御においての、これらの抗原の性能を評価した。この評価は、組換え抗原が有する、（人工的条件で増殖したインビトロ培養物から精製されたＥＢではなく）天然に複製するクラミジアに対する、全身感染の状況における防御反応を誘発する能力に取り組む。実際、本発明者らが使用したハムスターモデルは、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅがヒトに感染する主要な経路であると考えられる代表的な呼吸器感染をモデルするものではないが、それにもかかわらず、数人の著者によって心血管疾患および他の慢性変性疾患の発症もしくは進行に関連するとみなされる、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ慢性感染の確立に先立ち得る全身侵襲の状況を模倣した。明らかに、あらゆるハムスターモデルの限界は、細胞媒介性免疫応答の分析を可能にするハムスター特異的免疫学的試薬が、現在ないことである。しかし全身感染の場合、一般的知識によると、中和抗体は、防御作用を有する可能性がある。１０種の「インビトロ中和性」抗原のうち６つが、＞８０％のインビボ防御作用もまた有していたという知見、および免疫ハムスターの血清中に測定可能な中和活性がまた見出されたという知見は、特異的抗体媒介性免疫が、本明細書において記載された動物の防御に、少なくとも部分的に寄与し得ることを示唆する。
【０４３０】
（実施例４）
２つの「仮想的」タンパク質６７８４および６８１４（ＯＲＦのＣｐｎ０４９８およびＣｐｎ０５２５によってコードされる）は、ＦＡＣＳ陽性血清を生じた。これらはしかし、インビトロにおける宿主細胞感染を中和できなかった。しかし、これらの抗原は、ハムスター脾臓試験において、非常に良好に機能した。
【０４３１】
【表１】
2007526318.tif 000080
（結果４の考察）
興味深いことに、ＣＰｎ０５２５に対する抗血清は、インビトロでの結果では陰性であった（すなわち、中和活性がなかった）が、このＣＰｎ０５２５タンパク質は、インビボハムスター免疫アッセイにおいて、脾臓感染からの９７％防御（すなわち、陽性インビボ結果）を生じた。同様に、Ｃｐｎ０４９８に対する抗血清は、インビトロでの結果では陰性であった（すなわち、中和活性がなかった）が、このＣＰｎ０４９８タンパク質は、インビボハムスター免疫アッセイにおいて、脾臓感染からの９４％防御を生じた。したがって、ＦＡＣＳアッセイにおいて得られた陽性シグナルは、対応する陽性インビトロ中和活性を保証せず、逆に陰性中和活性は、陽性インビボ結果を除外できることを意味しない。
【０４３２】
（結果１〜４の全体的考察）
（目的のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の同定のためのストラテジー）
本発明者らのストラテジーは、以下の実験工程に基づいた：１）推定膜結合抗原を選択するための、クラミジアゲノム配列の分析、２）選択された抗原のクローニング、発現および精製、３）この精製抗原を用いたマウス免疫による抗原特異的血清の調製、４）表面露出抗原を同定するための、マウス血清を用いたクラミジアＥＢのＦＡＣＳ分析、５）所与の抗原によって誘導された抗体が真核生物細胞感染を干渉し得るか否かを試験するための、「インビトロ中和」アッセイ、ならびに６）選択された抗原がクラミジアチャレンジに対する防御を与える能力を試験するための、適切な動物モデルの使用。
【０４３３】
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムの最初のスクリーニングから、Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉら（（２００２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０：３６８−３７９）によって最近記載されたように、クラミジア細胞において末梢性に局在すると何れにしてか予測される、遺伝子または「オープンリーディングフレーム」によってコードされる、１７０種を超える組換えＨｉｓタグ化タンパク質またはＧＳＴ融合タンパク質全体に対して、マウス血清のパネルを調製した。これらの抗体を、精製Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢの表面に結合するその能力についてＦＡＣＳアッセイにおいて試験した場合、５３種の「ＦＡＣＳ陽性」血清の一覧を得た。次いで、対応する推定表面抗原を、それらの中和抗体を誘導する能力について評価した。この研究のこの部分は、どの血清が上皮細胞培養物のインビトロ感染のプロセスを干渉し得る抗体を含有するかを試験することを包含する。インビトロ「中和」アッセイにおいて、精製された感染性ＥＢを、免疫血清の段階希釈液とともにインキュベートし、並行して、対応する前免疫血清および非クラミジアコントロール血清に対する血清の希釈液とともにインキュベートした。
【０４３４】
細胞培養物を、シクロヘキシミドの存在下で感染させる。このことは、宿主細胞タンパク質合成を阻害し、クラミジア細胞内増殖を助け、結果として、クラミジア特異的経口標識モノクローナル抗体で染色し得そしてＵＶ光顕微鏡で計数し得る、典型的な細胞質封入体の形成をもたらす。適切な病原  対  宿主細胞比で行う場合、検出される細胞質封入体の数は元のサンプル中の感染性クラミジアの数に比例することが、合理的に想定され得る。したがって、コントロール血清によって得られる封入体数に対する、抗原特異的抗血清の存在によって引き起こされる封入体数の減少は、所与の抗原の、クラミジア感染プロセスのある段階を阻害し得る抗体を誘起する能力の測定値を与える。通例に従って、感染性の低下が５０％以上である場合、抗血清を「中和性」といい、そして感染性の５０％低下を生じる血清希釈物を、５０％終点中和力価と呼ぶ。
【０４３５】
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅインビトロ中和アッセイにより組換え抗原のパネルをスクリーニングすることによって得られる結果の一部は、列挙された抗原の一部が、文献データに基づく異種多型膜タンパク質（ＰＭＰ）のファミリーのメンバーと同様に、表面露出されており、そしておそらく中和抗体を誘導すると予測され得ることを確証する。しかし、現在のところ仮想的にのみ考えられ得るタンパク質、およびそれらの現在の機能的アノテーションにのみ基づくと、細菌表面に見出されるとは全く予測することができないタンパク質がまた存在する。インビトロ中和アッセイを使用して、１０種のＣＰｎ抗原に対する血清が、現在のところ、５０％を超える程度（慣行では、このような抗原が「中和性」であるとみなされる特性）で、有効にインビトロ感染性を中和することを示したことが見出された（図１）。以下に列挙するＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ遺伝子由来の組換えタンパク質によるマウス免疫によって、これらの１０種の血清を得た。
【０４３６】
最近記載された全身感染のインビボモデル（ハムスターモデル）を使用して、６種のインビトロ中和性抗原で免疫されたハムスターは、ＣＰｎ  ＥＢでチャレンジされる場合、非免疫コントロールと比較して、脾臓感染の８０％を超える低下を示した。
【０４３７】
（１０種のＣＰｈタンパク質の特徴付け）
本研究によって同定されるタンパク質は、３つの群に分けられ得る：
・クラミジア細胞表面上での予測的／予期的露出部と、そのタンパク質に結合する抗体が、実際に宿主細胞への結合および侵入を干渉し得る可能性とに適合するアノテーションを有する（有すると合理的に予測され得る）、タンパク質（すなわち、中和抗体を誘導し得る可能性のあるタンパク質）
・他のグラム陰性細菌との相同性により、ペリプラズム露出部を有することが予測され得る（すなわち、細菌細胞表面に見出されると全く予測されない）、タンパク質；ならびに
・未だに「仮想的」といわれる（すなわち、細胞局在および／もしくは細胞機能が未知である）、タンパク質。
【０４３８】
（群１）
（Ｐｍｐタンパク質（ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０）、ＯｍｃＡならびにＯｍｐＨ）
第１の群は、以下を含む：２つの多型外膜タンパク質タンパク質（Ｐｍｐ）、Ｐｍｐ２およびＰｍｐ１０（１０、１１、１４、３０）、外膜タンパク質ＯｍｐＨ様、ならびにＯｍｃＡ（これは、「予測的９ｋＤシステインリッチな外膜タンパク質、リポタンパク」としてアノテーション付けされている（クラミジアゲノム計画、ｈｔｔｐ：／／Ｃｈｌａｍｙｄｉａ−ｗｗｗ．ｂｅｒｋｅｌｅｙ．ｅｄｕ：４２３１／））。クラミジア特異的タンパク質のＰｍｐファミリーは、一般的に、推定的病原性因子を含むと考えられ、自立性分泌能（自己トランスポーター）を有し、宿主細胞への接着に重要であり、そして有望なワクチン候補と考えられている。しかし、Ｐｍｐ２１におけるごく最近の未公開の結果を除いて、組換えＰｍｐに対する抗血清が中和特性を有することが報告されるのは、これが初めてである。
【０４３９】
（ＯｍｃＡ）
ＯｍｃＡは、６０ｋＤａのＯｍｃＢシステインリッチタンパク質（これは、クラミジア外膜の主要な構造成分であり、そしてヒトＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染における主要な免疫原である）と同じオペロンにおける遺伝子同時転写産物である。ＯｍｃＢおよびＯｍｃＡは、まだ知られていない外膜構造として、一部相互作用する可能性があり、したがって、ＯｍｃＡに対する抗体は、ＥＢ感染性に干渉し得る可能性がある。
【０４４０】
（ＯｍｐＨ）
最後に、クラミジアＯｍｐＨは、おそらく、他の細菌において外膜の正しい生合成のために重要なシャペロン活性を有することが報告されている、タンパク質のＯｍｐＨ（Ｓｋｐ）ファミリーのメンバーである。これらのタンパク質は、この仕事において、ＨｔｒＡと協働するようにみえる（以下参照）。実際、Ｅ．ｃｏｌｉの、ＯｍｐＨ（Ｓｋｐ）またはＨｔｒＡ（ＤｅｇＰ）のいずれかの単一ＫＯ変異体は、なお生存可能であるが、二重変異体は成長しない（３７）。たとえ、クラミジア（Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ改変体およびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ改変体またはＣ．ｃａｖｉａｅ改変体の全て）のｏｍｐＨ様タンパク質のアミノ酸配列が、残りの細菌ＯｍｐＨタンパク質によって良好にラインナップされたとしても、それらは、酸性のもののみであり、一方ファミリーの残りは、ほとんどが非常に塩基性のタンパク質を含む（いくつかの、少なくともインビトロでヒストン様挙動を有するものを含む）ことが、指摘されるべきである。シャペロン活性がｏｍｐＨ様クラミジアタンパク質でもまた維持される場合、これがいくつかのクラミジア特性に関連し得ることが推測できる。
【０４４１】
（選択されたタンパク質の第２の群）
（ＡｒｔＪ、ＡｔｏＳ、ＨｔｒＡおよびエノラーゼ）
第２の群（何らかの驚くべき知見を示すもの）としては、ＡｒｔＪ、ＡｔｏＳ、ＨｔｒＡおよびエノラーゼが挙げられる。現行のアノテーション（他の細菌における相同遺伝子との類似性によって証明された）が正しいならば、これらタンパク質の全ては、グラム陰性細菌において、ペリプラズム局在を有し、そしてグラム陽性細菌においてのみ、表面に露出されていると予測される。休止した胞子様状態（ＥＢ）から侵襲に対する宿主細胞の応答に迅速に適応することを必要とする活性形態への、効率的な経過を要求する、それらの非定型的なライフサイクルに起因して、クラミジアは、実際、それらの感染性形態の外側表面に直接的に、いくつかのセンサーを示す可能性がある。
【０４４２】
（ＡｒｔＪ）
ＡｒｔＪの場合（これに関しては、本発明者らは、抗原発現および血清特異性の両方を支持するデータを有する）、クラミジアに特有の非定型的状況についての仮説は、クラミジアゲノムの現在の分析から得られる異常な遺伝子設定によって支持される。そしてＡｒｔＪは、２つのオペロンに構成された５つの遺伝子を有するＥ．ｃｏｌｉのＡＲＴ輸送系との類似によってアノテーション付けされている（２４）：ａｒｔＰＩＱＭおよびａｒｔＪ（これらは、アルギニン輸送に関与する）。しかしＣｐｎにおいては、ａｒｔＰＩＱＭ遺伝子は存在せず、したがって、クラミジアＡｒｔＪは、そのＥ．ｃｏｌｉモデルとは異なる分子的状況において働き、この種に特有でなければならないようにみえる。
【０４４３】
（ＨｔｒＡ）
ＨｔｒＡ（ＤｅｇＰ）（これは、他の細菌においては、複合６量体構造を有する）は、複数の機能を有すると記載されている（３、５、１８、１９、２７、３８）：正しい外膜生合成を補助するシャペロニン、誤って折り畳まれた膜タンパク質を除去するための誘導性プロテアーゼ、そしてまた、「ストレス」状態のセンサー。クラミジアにおいて、これらの特性の何れもまだ示されていないが、本発明者らは、精製ＥＢ  ＨｔｒＡが、２つの形態で存在し、その１つはＮ末端フラグメントを奪われることによってプロセシングされるようにみえることを見出す。このフラグメントは、Ｔｈｅｒｍｏｌｏｇａ  ｍａｒｉｔｉｍａ由来の相同なＨｔｒＡ配列とアラインメントされる場合（１８）、プロテアーゼ活性の利用を制御する構造上の蓋として作用する予測的なループを含む。したがって、このことは、ＨｔｒＡが同様のプロテアーゼ活性を有し得、そして２Ｄマップ上で同定される２つの形態が、活性種と不活性種とを表現することを推測するよう導くようにみえる。興味深いことに、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ  ＨｔｒＡオルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）は、クラミジア性器感染を有する患者由来のヒト血清によって認識され（３５）、そして同様に、ＨｔｒＡは、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉの免疫プロテオーム（ｉｍｍｕｎｏｐｒｏｔｅｏｍｅ）における抗原の１つである（１３）。さらに、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅにおけるホモログタンパク質は、菌血症の受動的幼生ラットモデルと中耳炎の能動的チンチラモデルとの両方における、防御抗原である（２３）。
【０４４４】
（エノラーゼ）
やはりタンパク質の第２の群において、細胞表面以外のいずれかの場所に局在すると予測されるものは、Ｃｐｎエノラーゼである。このタンパク質は、保存的グリコシラーゼの周知のファミリーと協調する、本質的に細胞質酵素であるが、連鎖球菌エノラーゼは、細胞表面局在および細胞外マトリックス結合特性もまた有することが示されている（１、２８、２９）。興味深いことに、Ｇａｓｔｏｎおよび同僚（８）は、また、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓによって誘発された反応性関節炎を有する患者において、エノラーゼが特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘導することを示した。さらに、エノラーゼＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓオルソログに反応するクローンは、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢにもまた反応し、そして増殖性反応は、真菌エノラーゼまたは哺乳動物エノラーゼを使用する場合に観察することができなかったので、この研究の著者らは、ＣＤ４  Ｔ細胞刺激性エピトープがクラミジア特異的であるはずだと結論付けた。
【０４４５】
（タンパク質の第３の群）
（細胞局在および／または細胞機能が未知、Ｃｐｎ０７９５、ＣＰｎ００４２）
本発明者らが、考察の目的のみのために上記１０種の中和抗原を分類することを提唱している３つの群の３番目は、２つのタンパク質を含み、これらは、公的なクラミジアデータベースにおいて、２つのＣＰｎ特異的遺伝子：Ｃｐｎ０７５９およびＣｐｎ００４２の仮想的産物として、さらにアノテーション付けされる。Ｃｐｎ０７５９遺伝子は、エノラーゼ遺伝子のすぐ上流にある６つのＣｐｎ特異的仮想的遺伝子（Ｃｐｎ０７９４〜Ｃｐｎ０７９９）のクラスタの２番目の遺伝子である。Ｃｐｎ０７５９を除いて、クラスタ中の他の遺伝子全ての産物は、アミノ酸の長い広がりにわたって３０％〜４０％の類似性を共有する。Ｃｐｎ００４２遺伝子は、４つのコイルドコイル領域を有する、超可変外膜タンパク質の新規のファミリーのメンバーとして記載されている仮想的タンパク質をコードする（３３）。興味深いことに、これらのタンパク質の可変性は、対応する遺伝子のコード領域内部のポリ（Ｃ）伸展の存在によって誘導される鎖滑り機構（ｓｔｒａｎｄ−ｓｌｉｐｐａｇｅ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ）（Ｐｍｐファミリーにおいてｐｍｐｌ０遺伝子に関して記載されている機構）に起因し得る（３０）。しかし、これらのアノテーションによって示されるように、これらのタンパク質の機能は未だ知られておらず、本発明者らの観察は、クラミジア感染プロセスに関する考えられる機能の最初の実験的指標を提供する。
【０４４６】
本出願の表１は、Ｃｐｎ０７９５（配列番号６）（Ｃｐｎ特異的仮想的タンパク質）が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染のハムスター脾臓モデルにおいて顕著な免疫防御活性を示す、ＦＡＣＳ陽性タンパク質であることを示す。本発明者らは、Ｃｐｎ特異的仮想的タンパク質のこの群における他のＣｐｎタンパク質が、分泌性自己トランスポーター機能を有することがここで見出されたことを示す、証拠を見出した。これらのタンパク質はＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓには存在せず、これらのタンパク質としては以下が挙げられる：ｇｉ／４３７７１０５（Ｃｐｎ０７９４）、ｇｉ／４３７７１０６（Ｃｐｎ０７９５）、ｇｉ／４３７７１０７（Ｃｐｎ０７９６）、ｇｉ／４３７７１０８（Ｃｐｎ０７９７）、ｇｉ／４３７７１０９（ＣＰｎ０７９８）、ｇｉ／４３７７１１０（Ｃｐｎ０７９９）。
【０４４７】
図６は、７１０５〜７１１０タンパク質ファミリーにおけるタンパク質の、アラインメントを示す。このアラインメントは、おそらくＣｐｎ表面上に送達されるか、またはＶ型（自己トランスポーター）分泌機構によって分泌される抗原の系を構成すると予測される、新規のタンパク質ファミリーを示す。このアラインメントは、以下のように作製された：
不完全な反復を同定し、遺伝子のアラインメントを可能にした。分子モデリングはまた、７１０６および７１０７のＣ末端端部が、β−バレル構造に折り畳まれて、外膜を横切る分泌のためのトランスロケーション孔を形成し得ると予測され得ることを示した。
Ｃｐｎ０７９４＝７１０５＝ＦＡＣＳ陽性
Ｃｐｎ０７９５＝７１０６＝ＦＡＣＳ陽性
Ｃｐｎ０７９６＝７１０７＝ＦＡＣＳ陽性
Ｃｐｎ０７９７＝７１０８＝ＦＡＣＳ陽性
Ｃｐｎ０７９８＝７１０９＝データなし
Ｃｐｎ０７９９＝７１１０＝データなし
（ＦＡＣＳ陽性データのための参照＝Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉら（２００２）Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  ７０（１）３６８−７９）
Ｏｐｅｒｏｎ１＝０７９４、０７９５、０７９６  Ｏｐｅｒｏｎ２＝０７９７、０７９８
Ｃｐｎ０７９５およびＣｐｎ０７９６は、膜貫通孔を形成し得るＣ末端端部を有する（アラインメントを参照のこと、図９）。ＣＰｎ０７９４、Ｃｐｎ０７９７、Ｃｐｎ０７９８、およびＣｐｎ０７９９は、Ｎ末端端部を有する。このことは、全てのタンパク質は、Ｎ末端端部およびＣ末端端部を有することを示す。
【０４４８】
図７は、Ｃｐｎ０７９４〜Ｃｐｎ０７９９のアラインメントを示す。遺伝子Ｃｐｎ０７９４、Ｃｐｎ０７９５、Ｃｐｎ０７９６、およびＣｐｎ０７９７によってコードされるタンパク質は、クラミジア細胞の表面に露出されている可能性があり、可能性のあるワクチン候補として示されている。これらのタンパク質は、インビボでＣｐｎによって実際に発現されることが示されている（ＷＢデータおよびＦＡＣＳデータ）。Ｃｐｎ０７９７の場合、本発明者らはまた、ＣＰｎ  ＥＢの発現レベルが、タンパク質抽出物の２ＥＤマップにおける質量分析によって検出するのに十分高いことを示した（Ｍｏｎｔｉｇｉａｎｉらを参照のこと）。
【０４４９】
これらの観察に従って、Ｃｐｎ０７９４、Ｃｐｎ０７９６およびＣｐｎ０７９７タンパク質によってコードされるタンパク質は、それらのアミノ酸配列内に存在する不完全な反復のセットに従ってアラインメントされ得（図７を参照のこと）、一方ＣＰｎ０７９５の推定産物は、Ｃｐｎ０７９６タンパク質のＣ末端部分に対してほぼアラインメントされ得ることがわかる。
【０４５０】
さらに、遺伝子Ｃｐｎ０７９８またはＣｐｎ０７９９によってコードされるタンパク質は、上述の反復配列モチーフに従って、上記のタンパク質とアラインメントされ得る（図７を参照のこと）。
【０４５１】
６つの遺伝子の全体的なアラインメントは、これらの遺伝子が、機能的に関連するタンパク質のファミリーをコードすることを示す。
【０４５２】
さらに、Ｃｐｎ０７９６によってコードされるタンパク質のインシリコ分析（これは、このファミリーのタンパク質全ての全体的アラインメントを含む）は、以下に報告されるアミノ酸配列を有する機能的前駆体を示す：
（配列番号８０）
【０４５３】
【数７９】
2007526318.tif 000081
細胞質からのポリペプチドの分泌およびペリプラズムへのその放出を補助するプロセシング部位は、アミノ酸３１の後に位置する（ＰＳＯＲＴ予測に基づく）、および／または他の細菌自己トランスポーター分子（例えば、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ由来のＢｒｋＡ）において実験的に決定されたプロセシング部位と同様に、アミノ酸４７の後に位置する。したがってＣｐｎ０７９６産物の成熟形態は、以下のとおりである：
（配列番号８１）
【０４５４】
【数８０】
2007526318.tif 000082
または
（配列番号８２）
【０４５５】
【数８１】
2007526318.tif 000083
。
【０４５６】
Ｃｐｎ０７９６によってコードされるタンパク質のインシリコ分析において、およそ１〜６４８の残基を含むＣ末端ドメインがまた示される。図８に示すように、Ｃｐｎ０７９６は、β−バレル構造を形成し、そして細菌の外膜（ＯＭ）を横切る孔を形成し得る。「自己トランスポーター」分子の典型として、Ｎ末端シグナルペプチド機構を介して、細菌内膜を横切ってペリプラズムに分泌された後、この分子は、ＯＭに孔を形成し得、これを通って、細菌細胞の外部へとＮ末端ドメインが通過し得る（「パッセンジャー（ｐａｓｓｅｎｇｅｒ）」ドメイン）。また、これらの分子は、細菌の表面に固定されて残され得るか、またはタンパク質分解性切断を受けて、「通過」ドメインもしくはその一部を細菌細胞周辺の培地中に放出し得るかのいずれかである。この分子の例を、以下の配列に表す：
（配列番号８３）
【０４５７】
【数８２】
2007526318.tif 000084
図８に示すように、アミノ酸残基３６５〜３８５は、β−バレル孔にまたがるα−ヘリックス立体配置を表す。
【０４５８】
Ｎ末端パッセンジャードメインは、膜に固定された孔構造から特異的タンパク質分解作用を介して切断され得る。以下の配列において太字で示されるペプチド配列ＰＳＰＡＰＶ（配列番号８４）を含むリンカードメインは、Ｎ末端パッセンジャードメインの切断が起こる部位を示す：
（配列番号８５）
【０４５９】
【数８３】
2007526318.tif 000085
Ｎ末端ペプチドは、分泌されて細菌細胞表面に露出し得、そしてまた上記のタンパク質分解事象を解して脱離され得る。ペプチドは、以下の配列において示される、β−プロペラとして公知の、構造の立体配置を形成し得る：
（配列番号８６）
【０４６０】
【数８４】
2007526318.tif 000086
さらに、Ｎ末端パッセンジャードメインはまた、特異的プロテアーゼ活性（例えば、セリンプロテアーゼ様活性）を有する。種々の基質上での作用に加えて、プロテアーゼ活性は、膜に固定された形態の分子において、Ｎ末端パッセンジャードメインがクラミジア細胞の表面から切り離されるように作用し得る。セリンプロテアーゼ様活性は、適切に間隔を空けたアミノ酸残基のコンセンサスセリンプロテアーゼ三つ組（ｔｒｉａｄ）（すなわち、Ｈ、ＤおよびＳ）の存在によって支持される。これらは、実験的に決定された鋳型のセット上に成形される、「通過」ドメインの仮想的構造上に位置し得る。（例えば、ＩｎｒＯ（ＰＤＢ識別コード））。
【０４６１】
上記分析に基づいて、遺伝子Ｃｐｎ０７９６遺伝子は、ＥＢ表面におけるそれ自身の分泌を促進し、そしてまた周辺培地へのそれ自身の放出を媒介もしくは促進し得るタンパク質をコードする。分泌される通過ペプチドは、以下に挙げられる数種の活性を有する：
１．アクチン結合ペプチド、これは、クラミジア表面層の一部であり、宿主細胞感染を確立するプロセスに役立つ
２．宿主細胞の細胞質内での特異的プロテアーゼ活性、これは、感染クラミジアの細胞内生存に役立つ
３．宿主細胞の細胞質内での特異的活性、これは、選択された遺伝子の発現を、それらの転写を阻止することによってか、および／またはそれらの翻訳を阻止すること（ｍＲＮＡ分解）によってかのいずれかで、ダウンレギュレートする
４．遺伝子Ｃｐｎ０７９４、０７９５，０７９７、０７９８、０７９９の産物の協働
５．上記Ｎ末端βプロペラドメインの別の機能は、宿主細胞特性を、クラミジアの発生、生存もしくは存続に都合よく変化させるための、宿主細胞の細胞質プロテアーゼの活性の調節（ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）／調節（ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ）である。Ｆｕｌｏｐ  Ｖ，Ｂｏｃｓｋｅｉ  Ｚ，Ｐｏｌｇａｒ  Ｌ．「Ｐｒｏｌｙｌ  ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ：ａｎ  ｕｎｕｓｕａｌ  ｂｅｔａ−ｐｒｏｐｅｌｌｅｒ  ｄｏｍａｉｎ  ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ」，Ｃｅｌｌ．１９９８年７月２４日；９４（２）：１６１−７０を参照のこと。
【０４６２】
Ｃｐｎ０７９４、Ｃｐｎ０７９７、Ｃｐｎ０７９８、Ｃｐｎ０７９９によってコードされるタンパク質、これら全ては、上記に記載されたＣｐｎ０７９６構造の改変体を含み、上記と類似のおよび／または相補的な活性を有するβプロペラ構造をやはり提供する。
【０４６３】
したがって、タンパク質のファミリーは、上記Ｃｐｎ０７９６産物に類似する構造および活性を有する新たな分子を（部位特異的組換えの事象を介して）生成することによってか、または数種の関連する構成要素の協調的作用に必要な複数のタンパク質構造に独立に寄与することによってかのいずれかで、共通の機能に対して協働する。
【０４６４】
図９は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ遺伝子Ｃｐｎ０７９５およびＣｐｎ０７９６によってコードされるタンパク質のＣ末端ドメインのアラインメントを示す。図９に示すように、Ｃｐｎ０７９５またはＣｐｎ０７９６のβバレルドメインは、ＭＫＤＬＧＴＬＧＧ（配列番号８７）、ＳＸＤＧＫ（配列番号８８）ＶＩＶＧ（配列番号８９）、ＶＩＸＧ（配列番号９０）またはＨＡＦ（配列番号９１）を含む。
【０４６５】
（タンパク質の第４の群）
（Ｃｐｎ０４９８）
そしてこの場合、３重並行スクリーニング評価（２つの陽性結果および１つの陰性結果）は、現在の見解に従う、ワクチン候補の抗原性機能に関して所望される基本特性を有する、これまで未知の抗原（すなわち、未知の生物機能を有する抗原）を同定させた。Ｃｐｎ抗原データのさらなる特徴付けは、Ｆｉｎｃｏら，「Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｅｗ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｃａｎｄｉｄａｔｅｓ  Ａｇａｉｎｓｔ  Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ｂｙ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ、２３（２００５）１１７８−１１８８（その全体が本明細書において援用される）に含まれる。
【０４６６】
（実施例５）
（背景）
クラミジアライフサイクルにおける主な段階は、以下である：
（ｉ）宿主細胞表面への結合、および基本小体（ＥＢ）と呼ばれる、感染形態のような細胞外胞子による、特別な小胞（クラミジア封入体）を介した細胞質への侵入；ならびに
（ｉｉ）ＥＢの、網様体（ｒｅｔｉｃｕｌａｔｅ  ｂｏｄｙ）（ＲＢ）と呼ばれる非感染性複製可能形態への変換（これは、封入体内部で多くの回数の二分裂によって複製し、マイクロコロニーを形成する）
クラミジアライフサイクルの種々の段階で発現される遺伝子のセット、および１つの段階から次への通過を誘起するシグナルは、あまり知られておらず、未だに調査を必要とする。
【０４６７】
タンパク質マイクロアレイは、タンパク質を検出してそれらの発現レベルをモニタリングすることによる、ハイスループットタンパク質分析のために使用される。タンパク質マイクロアレイの使用を介して、数千のたんぱく質の複雑なスクリーニングおよびタンパク質の相互作用が、並行して行われ得る。タンパク質アレイは、代表的に、リガンド、タンパク質、もしくは抗体を結合するための表面（例えば、ガラス、膜、マイクロタイターウェル、質量分析プレート、ビーズ、または他の粒子を備える。例えば、抗体は、マイクロアレイに結合して、捕獲アレイを形成し得る。この捕獲アレイは、生物学的サンプルと接触して、この生物学的サンプル中のタンパク質を定量化し得る。また、タンパク質がマイクロアレイと結合して、生物学的サンプルと接触し、タンパク質−タンパク質相互作用もしくはタンパク質−リガンド相互作用を定量化し得る。したがって、タンパク質マイクロアレイは診断も使用され得、ここでは、複数の免疫アッセイが並行して行われ得、これによって、種々のサンプルのタンパク質のレベルが定量化されて、疾患の処置もしくは診断における適用に関して比較され得る。
【０４６８】
例えば、捕獲アレイにおいて、抗体は、マイクロアレイに結合されて、生物学的サンプルに暴露される。抗体アレイに結合するタンパク質およびリガンドは、結合タンパク質の直接的標識によって検出され得る。より高い感度または特異性が所望される場合、サンドイッチ技術が利用され得る。この技術においては、抗体の対が同じタンパク質リガンドに指向する。この技術は、検出されるべきタンパク質の量が低い場合、またはタンパク質への修飾がある場合、特に有用である。さらに、サンドイッチアッセイの使用は、二重レベル（すなわち、アレイにおける各位置に対する２つのレベルの特異性）の標的認識を提供することによって、高度に多重化されたアッセイにおける交差反応の危険を最小限にさせる。あるいは、結合タンパク質は、標識なしの検出法（例えば、質量分析法、表面プラズモン共鳴および原子間力顕微鏡法が挙げられる）を介して検出され得る。この技術は、タンパク質の改変または変更が回避されるべき場合に有用である。
【０４６９】
また、多数の固定化精製タンパク質を含む大規模機能的チップが、広範な生化学機能（例えば、他のタンパク質とのタンパク質相互作用、薬物標的相互作用、酵素−基質など）をアッセイするために使用され得る。このようなタンパク質は、例えば、発現ライブラリから精製され得、そしてタンパク質アレイは、ライブラリをスクリーニングして特異的結合パートナー（抗体、合成骨格、ペプチドおよびアプタマーが挙げられる）を選択するために使用され得る。このように、「ライブラリ  対  ライブラリ」スクリーニングが行われ得る（例えば、ゲノム計画から同定されたタンパク質標的のアレイに対する、コンビナトリアル化学ライブラリにおける薬物候補のスクリーニング）。
【０４７０】
タンパク質マイクロアレイ技術は、タンパク質の機能、相互作用、およびｍＲＮＡ発現を介した特徴の推測よりもむしろ、タンパク質自体の分析を可能にする。多くの場合、ｍＲＮＡ発現は、タンパク質量とは正確には相関しない。さらに、ｍＲＮＡ発現分析は、タンパク質−タンパク質相互作用または翻訳後修飾に関する十分な情報を提供しない。したがって、タンパク質マイクロアレイを介したタンパク質の直接分析は、ｍＲＮＡ発現の測定を通じては容易に利用可能でない可能性のあるタンパク質およびタンパク質−タンパク質相互作用の、より正確な情報を提供することによって、利点を提供する。
【０４７１】
現行のＤＮＡマイクロアレイ技術は、細胞の状態の関数としてのｍＲＮＡレベルにおける遺伝子発現のプロファイリングを可能にする。これは、そのアップレギュレートまたはダウンレギュレートが細胞の特定の状態に伴う遺伝子または遺伝子のクラスタの同定および治療に関連する標的の同定をさせ得る。この技術を使用して、所与の生物に属する全ての遺伝子の特定の部分を表現するＤＮＡフラグメント（ｃＤＮＡライブラリに由来し得るフラグメント、またはＰＣＲ増幅および化学合成によって得ることができるフラグメント）が、固体支持体（チップ）の表面に、高密度かつ秩序ある様式で化学的に結合される。現在、１０，０００個までのＤＮＡフラグメントまたは２５０，０００個までのオリゴヌクレオチドが、１平方センチメートルのチップ表面上にスポットされ得る。次いで、ＤＮＡチップは、どのスポットされた遺伝子が特定の細胞集団において転写的に活性であるかを規定するために、利用される。これを行うために、ＲＮＡは、調製され、蛍光色素で標識され、最後にチップの表面に固定されたＤＮＡフラグメントにハイブリダイズされる。適切なコンピュータ支援蛍光検出器を使用することによって、レーザービームでの励起において、各スポットによって放射される蛍光シグナルが慎重に定量化されて、全てのアレイ化された遺伝子の転写活性を規定する。
【０４７２】
ＣＰｎ  ＤＮＡマイクロアレイは、インビボおよびインビトロ両方の設定において、所与のＣＰｎ病原が宿主細胞と接触する場合に生じる転写事象をみるために開発された。特定の細菌（例えば、ＣＰｎ細菌）の全ゲノムを有するＤＮＡチップは、非常に短時間で調製され得るので、全ゲノム発現分析が決定され得る。
【０４７３】
（実験方法）
具体的には、ＣＰｎ細菌における遺伝子発現のためのゲノムＤＮＡ（オープンリーディングフレームプローブ）マイクロアレイアプローチを採用した。これに関して、完全なゲノムの公開されたアノテーションに基づいて、ＣＰｎライフサイクルの分析のためにアレイを調製した。クラミジアＤＮＡチップは、約１０００個のＰＣＲ由来のＤＮＡフラグメントを有する。これらは、４００〜７００ｂｐの平均サイズを有し、全てのＣＰｎのアノテーション付けされた遺伝子の内部部分に対応する。
【０４７４】
（結果５）
表３（ｉ）〜（ｘｉ）は、マイクロアレイによって選択されたＣＰｎ  ＥＢに関する発現遺伝子の転写活性を示す。表３（ｉ）〜（ｉｖ）のデータは、それらの感染性の「胞子様」（ＥＢ）形態にある細胞からの量の順で、種々のｍＲＮＡを示す。表３（ｖ）〜（ｘｉ）のデータは、ＣＰｎについての遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルに相関し、そしてそれをまとめる。細胞を、遺伝子発現がその最高の状態にある可能性がある、その細胞のサイクルの終わりに使用した。約１００００未満の値はバックグラウンドである可能性があるので、より強いシグナルを有する上位のセットのタンパク質（およそ上位３０）が、最も関心のあるタンパク質である可能性がある。
【０４７５】
発現された遺伝子に関する値の精査は、３つのＦＡＣＳ陽性ＣＰｎ抗原（ＣＰｎ０３３１（仮想的ｌ），ＣＰｎ０２３４（仮想的）およびＣＰｎ０５７２（仮想的））が、全て高度に発現された遺伝子であることを示す。
【０４７６】
表３（ｖ）〜（ｘｉ）は、マイクロアレイによって選択されたＣＰｎ  ＥＢに関する発現遺伝子についての転写活性を示す。表は、それらの感染性の「胞子様」（ＥＢ）形態にある細胞からの量の順で、種々のｍＲＮＡを示す。細胞を、遺伝子発現がその最高の状態にある可能性がある、サイクルの終わりに使用した。表３（ｉ）〜（ｉｖ）および（ｖ）〜（ｘｉ）の精査は、ＣＰｎ抗原のＣＰｎ０５５８（ＯｍｃＡ）、ＣＰｎ０３３１（仮想的）、ＣＰｎ０５３９（Ｐｍｐｌ９）、ＣＰｎ０２３４（仮想的）およびＣＰｎ０５７２（仮想的）が、全て比較的高度に発現された遺伝子であることを示す。
【０４７７】
可能な場合、表３（ｖ）〜（ｘｉ）に開示される転写活性を、クラミジア発生サイクルに関連して位置付ける試みがなされた。これに関して、クラミジア後期遺伝子産物は、初期遺伝子産物よりも頻繁に記載されている。これは第１に、ＥＢにおいては後期遺伝子産物が存在するが、ＲＢにおいては存在しないこと、および、ＲＢよりもＥＢを研究することがより容易であることに起因する。
【０４７８】
加えて、後期遺伝子機能は、ＥＢに戻るＲＢの最終の分化に主に関与するものであるようにみえる（Ｓｈａｗら，Ｍｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ３７（４），２０００，９１３−９２５）。後期遺伝子産物は、細菌の細胞分裂の終止において機能し、そして新しい宿主細胞の結合および侵襲において機能する架橋性外膜複合体の形成に関与する、構造的構成要素および再構成活性を構成するようにみえる。例として、第二の分化プロセス（ＲＢから感染性ＥＢへ）の重要な局面は、高度にジスルフィド架橋された細菌外膜（ＯＭ）複合体を形成するタンパク質をコードする遺伝子の発現である。数種の後期サイクル遺伝子は、感染性ＥＢの発生における重要な工程であるＯＭ複合体の形成および成熟に、潜在的な役割を有するタンパク質をコードすると考えられる（Ｂｅｌｌａｎｄら，ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）１００（１４），２００３，８４７８−８３を参照のこと）。後期遺伝子ｏｍｃＡおよびｏｍｃＢは、主要なＯＭタンパク質（ＯｍｐＡ）と相互作用してこの複合体を形成する、２つのシステインリッチＯＭタンパク質をコードする。重要なタンパク質構成要素であるＯＭ複合体、ＯｍｃＢタンパク質は、翻訳後修飾のタンパク質分解性プロセシングを受けることが見出された。本発明者らは、ＯｍｃＢおよびＯｍｃＡが、高レベルの転写活性を示すことを見出した（表３（ｉｉ）の一番上を参照のこと）。Ｃｐｎ０３８４（このＣＴ等価物はＣＴ０４６（ｈｃｔＢ）である）は、ＲＢからＥＢへの分化に関与することが示されている（Ｂｅｌｌａｎｄら，ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）１００（１４），２００３，８４７８−８３を参照のこと）。本発明者らはまた、Ｃｐｎ０３８４が比較的高レベルの転写活性を有することを見出した（再び、表３（ｖ）〜（ｘｉ）の一番上を参照のこと）。ＩＩＩ型分泌系に関与すると考えられる他のＣｐｎ抗原は、転写活性から見て中程度の発現レベルを有することが見出された。これらの知見は、公開されたアノテーションに沿っているようにみえる。このアノテーションでは、ＩＩＩ型分泌系の２つの推定的構造構成要素（ｙｓｃＪおよびｙｓｃＮ（Ｃｐｎ６６９））の転写が、サイクル中期に始まる一方で、エフェクター分子の輸送は、発生サイクルの異なる段階にあり得ると考えられている。
【０４７９】
表３（ｖ）〜（ｘｉ）は、ＰｍｐＡもしくはＰｍｐ１９としても公知である、９８Ｋｄａタンパク質に対応するＣｐｎ０５３９（ＣＴ４１２）について、高転写活性が観察されたことを示す。たとえＰｍｐｌ９タンパク質が比較的「高い」レベルの転写活性を示したとしても、この結果は興味深い。なぜなら、ｐｍｐｌ９についてのｍＲＮＡ量は、タンパク質量と相関するように見えないからである。これに関して、本発明者らの研究室からの結果は、以下のことを示した：（ｉ）Ｐｍｐｌ９は、２Ｄマップ研究でも、ウェスタンブロット研究でも、ＦＡＣＳ分析研究でも検出されなかった。このことは、ｐｍｐｌ９タンパク質はどれも、高レベルのｍＲＮＡが発現されたとしても表面露出されないことを示唆する；または、（ｉｉ）Ｐｍｐｌ９タンパク質は、発現されるが、タンパク質分解性消化によってプロセシングされるか分解されて、免疫ブロット分析によって検出不可能にされる。本発明者らの研究室におけるこれらの結果は、他者によって確認される。これに関して、Ｇｒｉｍｗｏｏｄら（（２００１）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６９（４）２３８３−２３８９）は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの２１個のＰｍｐ遺伝子の各々について、転写プロフィールが検出されたことを示した。このことは、全てのｐｍｐ遺伝子は、感染の間に転写されることを示す。Ｐｍｐ遺伝子の各々が転写されたことから、Ｇｒｉｍｗｏｏｄら（２００１）は、ペプチド特異的抗血清を用いたＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＣＷＬ０２９  ＥＢ溶解物の免疫ブロットによって、タンパク質発現を評価した。興味深いことに、ＰｍｐＡ（Ｐｍｐｌ９）またはＰｍｐＢ／ＣおよびＰｍｐＤ遺伝子のいずれからの血清に関しても、高い抗ペプチド反応性に関わらず、免疫ブロットによってＰｍｐ特異的反応性は、検出されなかった。この結果は、これらのタンパク質のどれも、安定でないかまたは翻訳されないことを示唆した。これらの知見は、細菌外膜に局在することが予測されるＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの２１種の多型膜タンパク質（Ｐｍｐ）のファミリーに関して、Ｐｍｐ発現において変動が存在することを示す。クラミジアＰｍｐの機能は未知のままであるが、配列予測および実験的試験に基づいて、これらのＰｍｐは、表面膜タンパク質としてみなされ、したがって、クラミジアビルレンスにとって重要である可能性がある。封入体（Ｉｎｃ）膜タンパク質と同様、Ｐｍｐタンパク質は、現在のところ、クラミジアファミリーに固有とみなされる（Ｒｏｃｋｅｙら（２０００）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６９（１０）５４７３−５４７９を参照のこと）。本明細書において開示される知見および他者（例えば、Ｇｒｉｍｗｏｏｄら）によって開示される知見は、クラミジア生物体が、機能的Ｐｍｐタンパク質（例えば、Ｐｍｐ１９タンパク質）の産生の欠如の可能性にもかかわらず、Ｐｍｐ転写（例えば、Ｐｍｐ１９転写）にかなりの代謝コストを費やしているようみえることを示す。
【０４８０】
（材料および方法）
（実施例６〜８）（参照セクションＩＩ）
（Ｔ細胞エピトープ予測およびペプチド合成）
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＣＷＬ０２９菌株（登録番号ＮＣ  ０００９２２またはＡＥ００１３６３）のゲノム配列において、ＢＩＭＡＳアルゴリズム［２４］を使用して、Ｔ細胞エピトープ予測を行った。合成ペプチド（純度＞８０％）を、Ｐｒｉｍｍ  Ｓｒｌ（Ｍｉｌａｎ，Ｉｔａｌｙ）によって合成し、１００％ＤＭＳＯに懸濁し、そして使用前に−２０℃に保った。
【０４８１】
（ＲＭＡ−Ｓ／Ａ２細胞株ならびにＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウス）
ＨＬＡ−Ａ２（ＲＭＡ−Ｓ／Ａ２、Ｈ−２ｂ、ＴＡＰ２−）で安定にトランスフェクトされたＴ細胞リンパ腫マウス細胞であるＲＭＡ−Ｓは、Ｂａｒｎａｂａ博士（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔａ  ｄｅｇｌｉ  Ｓｔｕｄｉ「Ｌａ  Ｓａｐｉｅｎｚａ」、Ｒｏｍｅ、Ｉｔａｌｙ）から提供いただき、これを、熱不活性化１０％ＦＣＳ、１００ＩＵ／ｍｌペニシリン／ストレプトマイシン、２ｍＭのＬグルタミン（ＧＩＢＣＯ）および５×１０−５Ｍの２−ＭＥ（Ｓｉｇｍａ）を補充したＲＰＭＩ−１６４０（ＧＩＢＣＯ）中で、３７℃で培養した。Ｈ２−ｂ  ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウス［３５］を病原の存在しない環境に収容し、ＢＢ７．２抗−Ａ２  ｍＡｂ［４８］を使用して、全血サンプルにおいて、ＦＣＭによってＨＬＡ−Ａ２発現についてスクリーニングした。７０〜８０％より高いＡ２発現細胞のパーセンテージを有するマウスのみを、ＤＮＡ免疫実験およびＣ．ｐｎｅｕｆｎｏｙａｉａｅ感染実験のために使用した。ＨＬＡ−Ａ２発現を示さなかった動物を交配して、ＨＬＡ−Ａ２非トランスジェニックマウスの集団を得、これを実験のコントロールとして使用した。
【０４８２】
（エピトープ安定化アッセイ）
ＲＭＡ−Ｓ／Ａ２細胞（３〜５×１０５／ウェル）を、試験ペプチド（１０μＭ）を含むかもしくは含まない、ヒトβ２ミクログロブリン（３μｇ／ｍｌ、Ｓｉｇｍａ）を補充した無血清ＲＰＭＩ培地に播種した。２６℃、加湿した５％ＣＯ２雰囲気中で一晩インキュベーションした後、ＢＢ７．２抗Ａ２  ｍＡｂおよびＰＥ結合体化抗マウスＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して細胞表面におけるＨＬＡ−Ａ２発現レベルを決定する前に、細胞を３７℃へと２時間シフトさせた。ヨウ化プロピジウムを取り込まなかった生細胞での蛍光強度を、ＦＣＭによって分析した。コントロールとして、ペプチドを含まない対応するサンプル、およびペプチドを含むが抗マウス二次抗体のみで処理されたサンプルを使用した。
【０４８３】
（ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスの感染およびＤＮＡ免疫）
トランスジェニックマウスを、５０μｌのＰＢＳ中で希釈した５×１０５個のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＦＢ／９６  ＥＢ［４］を使用して、１ヶ月間隔で２回鼻腔内感染させた。Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原をコードする遺伝子を、ＦＢ／９６ゲノムＤＮＡ使用してＰＣＲで増幅し、プラスミドｐｃｍｖＫａＳＦ２１２０［４９］にクローニングし、そしてＤＮＡ配列分析によって確認した。５０μｇの内毒素を含まない組換えプラスミドＤＮＡ（ダルベッコリン酸緩衝液（ＧＩＢＣＯ）中に希釈）を、０日、２１日および３５日において、マウスの脛骨筋に注射した。
【０４８４】
（ＣＤ８＋Ｔ細胞単離およびＥＬＩＳｐｏｔアッセイによるＩＦＮ−γ決定）
ＤＮＡ免疫マウスからの脾細胞を、３回目の免疫の後にＣｅｌｌ  Ｓｔｒａｉｎｅｒ（Ｆａｌｃｏｎ）フィルターを使用して調製した。赤血球溶解の後、脾臓細胞懸濁液からのＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＣＤ８ａ（Ｌｙ−２）マイクロビーズを用いた磁気活性細胞分類法（ＭＡＣＳ−Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用した陽性選択によって、濃縮した。ＦＭＣによって決定されたように、ＣＤ８＋Ｔ細胞純度は、９０％より高かった。Ｍｕｌｔｉｓｃｒｅｅｎ  ９６ウェルニトロセルロースプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を、１００μｌの炭酸塩緩衝液（ｐＨ９．２）中、５μｇ／ｍｌの抗マウスＩＦＮ−γ抗体（Ｒ４−６Ａ２、ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ）によってコーティングした。４℃で一晩インキュベートした後、プレートを、２００μｌのＰＢＳ中のＢＳＡ（１％）で、３７℃で飽和させた。抗原提示細胞の供給源としての非免疫ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスからの、照射された（３，０００ｒａｄ）脾臓細胞（２×１０５／ウェル）、１０μｇ／ｍｌのペプチドおよび１０Ｕ／ｍｌのヒトｒ−ＩＬ−２（Ｃｈｉｒｏｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）の存在下で、精製ＣＤ８＋（５×１０４）を２００μｌ／ウェルの総量で添加した。３７℃、５％ＣＯ２で２０時間インキュベーションした後、プレートを洗浄し、そしてビオチン化抗マウスＩＦＮ−γ（ＸＭＢ１．２、ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ）、ＥｘｔｒＡｖｉｄｉｎアルカリホスファターゼおよび水に溶解した基質ＢＣＩＰ／ＮＢＴ（Ｓｉｇｍａ）との連続的インキュベーションを使用して、結合ＩＦＮ−γについて発色させた。解剖顕微鏡を使用して、スポットを各ウェルにおいて数えた。無関係のペプチドを含む培地またはペプチドを含まない培地を、陰性コントロールとして使用し、一方陽性コントロールを、ＣｏｎＡ（５μｇ／ｍｌ）で処理されたＣＤ８＋Ｔ細胞によって表した。
【０４８５】
（Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染したトランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスからの脾細胞の、インビトロ培養およびフローサイトメトリー分析）
感染マウスからの脾細胞を、２回目のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｅｂによる感染の１週間後に単離した。ＩＦＮ−γ産物のエキソビボ分析のため、試験ペプチド（１０μｇ／ｍｌ）および同時刺激として抗マウスＣＤ２８抗体（１μｇ／ｍｌ、ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ）の存在下で２×１０６脾細胞を播種した。３７℃、５％ＣＯ２で２時間インキュベーションした後、Ｂｒｅｆｅｌｄｉｎ  Ａ（１０μｇ／ｍｌ、Ｓｉｇｍａ）を添加し、そしてインキュベーションをさらに４時間延長した。ＰＢＳで２回洗浄した後、細胞を透過性にし、固定し、そして抗マウス−ＩＦＮ−γ−（ＰＥ）、抗マウスＣＤ８（ＡＰＣ）および抗マウスＣＤ６９（ＦＩＴＣ）と対応するアイソタイプとの両方で染色した。サイトカイン産生についての陽性コントロールを、抗マウスＣＤ３および抗マウスＣＤ２８抗体（１μｇ／ｍｌ、ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ）で刺激した細胞上で行った。ペプチドの非存在下においてか、またはＨｅｐＢ陰性コントロールペプチドをパルスしたかのいずれかで培養した細胞を、陰性コントロールとして用いた。ＦＡＣＳ  ＬＳＲＩＩフローサイトメトリー（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して全てのサンプルを分析した。短期Ｔ細胞株によるＩＦＮ−γ産物の分析のために、感染マウスからの５〜１０×１０６脾細胞を試験ペプチド（２０μｇ／ｍｌ）の存在下で、最初の２日間の後にｒＩＬ−２（１０μｇ／ｍｌ）を添加して、６日間培養した。インキュベーション期間の終わりに、細胞をＲＰＭＩで２回洗浄し、試験ペプチド（１０μｇ／ｍｌ）、１×１０５の新たに調製したＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウス（３０００ｒａｄで照射）由来のＣＤ８枯渇（ｄｅｐｌｅｔｅｄ）抗原提示細胞、および同時刺激として抗マウスＣＤ２８抗体（１μｇ／ｍｌ、ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ）の存在下で６時間再度パルスした。３７℃、５％ＣＯ２で２時間インキュベーションした後、Ｂｒｅｆｅｌｄｉｎ  Ａ（１０μｇ／ｍｌ、Ｓｉｇｍａ）を添加し、そしてインキュベーションをさらに４時間延長し、そしてＩＦＮ−γ産生をＦＣＭで分析した。
【０４８６】
（実施例６）
（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムのインシリコ分析およびＨＬＡ−Ａ２  Ｔ細胞エピトープの予測）
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＣＷＬ０２９株のゲノムを、高確率でクラスＩ  ＨＬＡ−Ａ２分子に結合する９ｍｅｒのペプチド配列を予測するために使用した。この分析を、ＮＩＨ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ＆  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｅｃｔｉｏｎウェブサーバー（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｍａｓ．ｃｉｔ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）において利用可能な予測アルゴリズムを使用して行った。このアルゴリズムは、ペプチド／ＭＨＣ複合体［２４］の予測的半減解離時間（ｈａｌｆ−ｔｉｍｅ  ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）にしたがって、潜在的ＭＨＣ結合体を順位付ける。いくつかのクラミジアタンパク質が、自己免疫応答を誘導することを報告されているので［２５−２８］、本発明者らは、ＩＩＩ型分泌システムのメンバーとして同定される１３個のタンパク質、１７個の多型膜タンパク質（ＰＭＰ）および１９個のさらなるタンパク質（それらのうち５つは、ＥＢ表面抗原として既に同定されている［４］）から構成される、クラミジア属に特有のタンパク質のサブセットに検索を限定した。予測結合スコア１５７．２２が、十分に特徴付けられたＨＩＶ−１  ｐｌ７ｇａｇエピトープ７７ＳＬＹＮＴＶＡＴＬ８５について得られており［２９］、これを、ペプチド選択についての任意のカットオフとして利用した。全部で５５個の、潜在的Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来Ｔ細胞エピトープ（３１種の異なるタンパク質に属する）が同定された（表Ｉ）。これは、１５６．７７〜４２，４８５．２６３の範囲の予測結合スコアを有した。
【０４８７】
（ＨＬＡ−Ａ２へのペプチドのインビトロ結合）
選択されたペプチドのＨＬＡ−Ａ２に結合する能力を、インビトロＭＨＣクラスＩ安定化アッセイを使用して評価した。このアッセイは、ヒトクラスＩ  Ａ２遺伝子で安定にトランスフェクトされた抗原プロセシング（ＴＡＰ）欠損細胞株ＲＭＡ−Ｓ／Ａ２に結合したマウストランスポーターを用いて行った。ＭＨＣクラスＩ分子（３７℃で培養された）は、ＴＡＰ欠損細胞の細胞表面上に不安定に発現された［３０〜３２］。結合ペプチドの存在下で３７℃で細胞を培養することによって、フローサイトメトリー分析によってモニタリングされ得るより安定なＭＨＣ／ペプチド複合体が形成された。したがって、ＲＭＡ−Ｓ／Ａ２細胞を、試験ペプチドの存在下で２６℃で一晩培養し、３７℃に２時間シフトし、そして安定化されたＡ２分子の表面レベルを、抗ＨＬＡ−Ａ２特異的ｍＡｂによる直接的染色によって定量化した。２つの公知のＨＬＡ−Ａ２拘束（ｒｅｓｔｒｉｃｔ）ＣＴＬエピトープを、Ａ２に対する結合についての陽性コントロールとして使用し（ＨＩＶ−１  ｐｌ７ｇａｇペプチド［２９］およびインフルエンザマトリックスＭ１タンパク質ペプチドＦｌｕＭＰ５８［３３］）、一方Ｂ型肝炎ウイルスエンベロープ抗原ペプチドＨｂｅｎｖＡｇ１２５（ＨｅｐＢ）［３４］を、陰性コントロールとして使用した。
【０４８８】
（結果６）
得られた結合結果を、表４に示す。これは、９２．３より大きい正味の平均蛍光強度（Ｎｅｔ  ＭＦＩ）（ＨＩＶ−１ｐ  １７ｇａｇ陽性コントロールペプチドによって得られた値に対応する）を有する１５個のペプチド、値９２．３と６３．１との間の中間にあるＮｅｔ  ＭＦＩ（２つの陽性コントロールペプチドによって得られる）を有する８個のペプチド、および、２９．６と６３との間の範囲のＮｅｔ  ＭＦＩを有する１２個のペプチドを同定する。１５個のインシリコにおける予測的ペプチド（２７．２％）は、Ａ２分子に安定化を与えず、ＨｅｐＢ陰性コントロールペプチドで得られた１４よりも低いＮｅｔ  ＭＦＩを示した。
【０４８９】
（実施例７）
（いくつかのＨＬＡ−Ａ２結合体は、ＤＮＡ免疫トランスジェニックマウス由来のＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される）
ＲＭＡ−Ｓ／Ａ２細胞によるインビトロアッセイは、細胞表面のＨＬＡ−Ａ２分子に結合してそれを安定化し得る、ペプチドのセットの定義を可能にする。予測的エピトープが、それらが由来する抗原のインビボプロセシングによって実際に生成され得る確率についての情報をふやすため、ＣＤ８＋Ｔ細胞によるペプチド認識を、関連する完全抗原が細胞内で発現されてインビボで存在する条件下で研究した。１３個のクラミジアタンパク質についてコードする全長ＯＲＦ配列（全部で２４個の予測的ペプチドを含む）を、安定なＤＮＡ発現ベクター中にクローニングし、各組換えプラスミドを使用して、ＨＬＡ−０２０１のα１ドメインおよびα２ドメインならびにＨ−２Ｋｂのα３ドメイン（膜貫通性および細胞質性）［３５］から構成されるキメラクラスＩ分子を発現するトランスジェニックマウスの、別個の群を免疫した。
【０４９０】
インビトロアッセイにおいて１つ以上のエピトープ陽性を含むか、または陽性エピトープと陰性エピトープとの組み合わせを含むかのいずれかである、ＯＲＦ配列を選択した。外膜タンパク質Ａ（ＯＭＰＡ、ＣＰｎ０６９５）に対応するＯＲＦ配列を、この分析に含めた。なぜなら、ヒトＭＨＣ−Ｉ拘束エピトープは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓにおいてこのタンパク質について既に報告されているからである［１８；３６］。遺伝子ＣＰｎ  ０１３１に関する１つのコード配列を決定した。これは、４つのエピトープを含み、これら全ては、インビトロ安定化アッセイにおいて陰性であった。３回の免疫サイクル後、トランスジェニックマウスを屠殺し、脾臓ＣＤ８＋Ｔ細胞を単離し、対応するペプチドで２０時間刺激して、酵素連結免疫スポット（ＥＬＩＳｐｏｔ）アッセイを使用して、エキソビボＩＦＮ−γ産生を評価した。
【０４９１】
（結果７）
ペプチドＣＨ−６（ＣＰｎ０８１１）、ＣＨ−７（ＣＰｎ０６２３）、ＣＨ−１０（ＣＰｎ０８２８）、ＣＨ−１３（ＣＰｎ０６９５、ＯＭＰＡ）およびＣＨ−３７（ＣＰｎ０２１０）を含むＯＲＦのＤＮＡ媒介性発現は、ＨｅｐＢ非関連ペプチドによって得られる数よりも顕著に高いスポット形成細胞（ＳＦＣ）の数を伴った。一方、遺伝子ＣＰｎ０１３１、ＣＰｎ０３２３およびＣＰｎ００６２によってコードされる抗原に関連するいくつかのペプチドは、ＨｅｐＢコントロールペプチド（表５）よりも２〜３倍だけ高いＳＦＣ値を誘導した。ＣＰｎ０１３２、ＣＰｎ０３２２、ＣＰｎ０３２５、ＣＰｎ０４１５およびＣＰｎ０７２８によってコードされる抗原に関連するペプチドは、いずれのＩＦＮ−γ産物も誘導しなかった（データ示さず）。
【０４９２】
（実施例８）
ペプチドの、インビトロで特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団を増幅させる能力を試験するため、これらのプラスミドのいくつかを使用して、ＤＮＡ免疫実験を繰り返し、エキソビボおよび６日間の刺激後の両方における、関連するペプチドの存在下での、ＣＤ８＋Ｔ細胞による細胞内ＩＦＮ−γ産生を、フローサイトメトリーによって決定した。ＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮ−γ産生とＨＬＡ−Ａ２特異的拘束との間の直接的な相関の確立を試みるため、トランスジェニック同系マウスとトランスジェニック同系マウスとの両方で実験を行った。使用されたプラスミドは遺伝子ＣＰｎ０６９５、ＣＰｎ０８１１およびＣＰｎ０８２３（これらの遺伝子は、ペプチドＣＨ−１３、ＣＨ−６およびＣＨ−７をそれぞれ包含し、これらのペプチドは、インビトロ結合アッセイおよびＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、高度に陽性であった）。および遺伝子ＣＰｎ０３２３（この遺伝子は、６つの異なるペプチドを包含し、これらのペプチド全ては、バックグラウンドよりもわずかに高いＥＬＩＳｐｏｔ値を有した）を含んだ。
【０４９３】
（結果８）
この実験の結果を表６にまとめる。一方で、ペプチドＣＨ−６で刺激された脾細胞のフローサイトメトリー分析からの代表的ドットプロットを、図４に示す。ＤＮＡ免疫トランスジェニックマウスの新鮮な脾臓細胞を、試験されたペプチドでパルスした。ＣＨ−６またはＣＨ−７のみが、ＨｅｐＢ陰性コントロールペプチドによって同じ細胞をパルスして得られた値よりも約５倍高い相対倍増（ｒｅｌａｔｉｖｅ  ｆｏｌｄ  ｉｎｃｒｅａｓｅ；ＲＦＩ）値を誘導した（表６、それぞれ、４．５８ＲＦＩおよび５．２ＲＦＩ）。
【０４９４】
新鮮な非細胞の代わりに、短期Ｔ細胞株（ＴＣＬ）を使用した場合、より大きなペプチドのパネルが、有意に高いＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮ−γ産生を誘発することができた（表６）。実際、ペプチドＣＨ−６およびＣＨ−７に加えて、ペプチドＣＨ−１３、ＣＨ−４４、ＣＨ−４５およびＣＨ−４６もまた、ＨｅｐＢペプチドによって同じ細胞をパルスすることによって誘導されたよりも有意に大きいＣＤ８＋Ｔ細胞集団によって認識された（ＲＦＩ＞５）。重要なことに、ペプチド誘導ＩＦＮ−γ集団は、ほとんどＨＬＡ−Ａ２依存性であったようにみえた。なぜなら、同じ実験を非トランスジェニックマウスで行った場合、得られたＲＦＩ値は、確実により低かった（表６）。非トランスジェニック脾臓細胞およびトランスジェニック脾臓細胞が両方ともポリクローナル刺激（抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８）を使用して有効に活性化されたという事実は、非トランスジェニックマウスにおけるより低いＣＤ８＋Ｔ細胞誘導が、上記ペプチドとヒトＨＬＡ−Ａ２分子との間の特異的相互作用の欠如に起因したという仮説を強化した。
【０４９５】
（Ｃ．ｐｎｅｕｎａｏｎｉａｅに感染したトランスジェニックマウスのＣＤ８＋Ｔ細胞は、インビボにおいてＨＬＡ−Ａ２結合体を認識する）
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによるマウスの感染が、病原特異的マウスクラスＩ拘束免疫応答を誘起することが最近示された［２２］。したがって、本発明者らは、任意のＡ２インビトロ結合体が、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染細胞中の対応するネイティブ抗原に対応して惹起された免疫応答の間にクローン的に選択された特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識され得たか否かを問うた。
【０４９６】
この問題を解決するために、ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスを非致死的用量のＣ．ｐｒａｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢで鼻腔内感染させ、そして一ヵ月後、屠殺してＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮ−γ産生を測定するために使用した脾細胞を得る前に、等用量の細菌でチャレンジした。感染マウスからの脾細胞が直接的にエキソビボで試験された場合、感知できるＩＦＮ−γ産生が観察できなかったため（データ示さず）、各々の個別のペプチドまたはＨｅｐＢに関連性のないペプチドとともに、６日間脾臓細胞を培養した。次いで、得られた短期ＴＣＬを、同じペプチドで再度パルスし、そしてＣＤ８＋Ｔ細胞による細胞内ＩＦＮ−γ産生を評価した。４０種の試験ペプチドによって得られた結果を図５Ａに示す。１６種のペプチド（ＣＨ−２、ＣＨ−７、ＣＨ−８、ＣＨ−１０、ＣＨ−１３、ＣＨ−１５、ＣＨ−２０、ＣＨ−２１、ＣＨ−２８、ＣＨ−３５、ＣＨ−３７、ＣＨ−４５、ＣＨ−４６、ＣＨ−４７、ＣＨ−５０およびＣＨ−５５）が、最も強いＣＤ８＋応答を誘発し（ＩＦＮ−γ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞の１〜７．１％）、一方１９種のペプチドが、低いが一貫した応答を誘発した（ＣＤ８＋／ＩＦＮ−γ＋Ｔ細胞のパーセンテージで０．３と０．９との間）。５種のペプチドは、ＨｅｐＢコントロールペプチドの応答において観察されたよりも有意に高いＩＦＮ−γ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを誘導しなかった。
【０４９７】
最も反応性のペプチドのうちの８種を再度使用して、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染させたトランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウス両方の脾細胞をパルスした場合、それらのうち７種が、トランスジェニックマウスにおいてのみ存在する特異的ＣＤ８＋／ＩＦＮ−γ＋Ｔ細胞集団によって認識された。一方ペプチドＣＨ−７は、両マウス群に存在するＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識された（図５Ｂ）。
【０４９８】
（実施例６〜８における結果の全体的考察）
本研究において、本発明者らは、共通ヒトクラスＩ  ＭＨＣ  Ａ２ハプロタイプによって認識される推定Ｔ細胞エピトープとして同定された、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に由来するペプチドを記載した。
【０４９９】
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞媒介性免疫応答を理解すること、および防御ワクチンを設計することは、ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される細菌の抗原またはエピトープを同定する確率に依存する。ＣＴＬ依存性免疫応答の誘導が、細胞の細胞質ゾルで複製する病原に応じて予測可能である一方で、細胞のＭＨＣ−Ｉ提示経路に侵入し得る抗原を提供しても、クラミジアの場合、どの抗原がプロテアソームに対して利用可能となるか、そしてどのようにそれらが細胞質ゾルに達するのかは、すぐには分からない。なぜなら、これらの細菌は、感染細胞内部で厳密な空胞内局在を有するからである。
【０５００】
本発明者らは、ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスに基づいて、インビボ系を選択し、個々の抗原をコードする遺伝子によるＤＮＡ免疫またはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染のいずれかの後、予測ペプチドのいずれが特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識され得るかを試験した。本発明者らのマウスモデルの選択は、以前に公開されたデータによって支持される。Ｗｉｚｅｌら［２２］は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原にとって特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞が、感染マウスにおいて誘導され、そして感染細胞の溶解または病原細胞内増殖のインビトロ阻害のいずれかを誘発し得る細菌由来マウスＭＨＣ−Ｉ拘束Ｔ細胞エピトープを同定したという第１の証拠を最近報告した。これらの知見は、一部のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原が、実際に感染細胞の細胞質ゾルに達し得、そしてＭＨＣ−Ｉ提示経路（すなわち、クラミジア複製中に起こる再構成の間か、またはその後の発生した細菌粒子の自己溶解の間）に侵入し得ることを確認するようにみえる［２２］。
【０５０１】
さらにＫｕｏｎら［４２］は、１１種のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来ＨＬＡ−Ｂ２７拘束ペプチド（ＣＤ８＋Ｔ細胞を刺激し得る）の同定が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ誘導性反応性関節炎を有する患者から得られたことを最近報告した。重要なことに、これらのうち８種は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに感染したＨＬＡ−Ｂ２７トランスジェニックマウスの脾細胞を分析することによって選択されたものと重複した。このことは、抗原プロセシングは、マウス抗原とヒトとの間の抗原プロセシングおよびＴ細胞レパートリーの差異が仮定されるが、マウス動物モデルを使用してそっくりに再現され得ることを示す［４３］。
【０５０２】
本発明者らがＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染Ａ２トランスジェニックマウスを用いて行った実験は、少なくとも１６種のペプチドが、事実上細菌感染の結果として増殖されたＩＦＮ−γ陽性ＣＤ８＋Ｔ細胞集団によって認識されたことを明らかにした。なぜなら、本発明者らは、同じペプチドによって非感染トランスジェニックマウスからの脾臓細胞をパルスすることで、ＩＦＮ−γ産生を検出し得なかったからである（データ示さず）。これらの結果は、対応するクラミジア抗原が、ＭＨＣ−Ｉ提示経路に侵入でき得ることを示唆する。これらのペプチドの多くがまた特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識され得るという知見は、対応するタンパク質がＤＮＡ免疫によって別個に発現される場合、感染マウスで観察された応答は、インシリコで予測されたペプチドエピトープおよびそれらの対応する抗原にとって事実上特異的であるという仮説を強力に強化する。重要なことに、Ａ２トランスジェニックおよび非トランスジェニックマウス（ＤＮＡで免疫されるか、またはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染するかのいずれか）におけるペプチド誘導ＩＦＮ−γ陽性ＣＤ８＋Ｔ細胞の比較は、この認識事象がかなりＡ２特異的であることを示す。
【０５０３】
しかし、本発明者らは、感染非トランスジェニックマウスにおいてＣＨ−７によって得られた結果（図５）、ならびにＤＮＡ免疫非トランスジェニックマウス（表６）においてＣＨ−７、ＣＨ−８およびＣＨ−１３を用いて得られるＲＦＩ値によって示唆されるように、試験ペプチドの一部がマウスクラス−Ｉ  ＭＨＣ分子とも相互作用し得る確率を除外し得ない。
【０５０４】
ＤＮＡ免疫によっても細菌感染によっても、本発明者らは、ＯＭＰＡ由来ＣＨ−１３ペプチドが、Ａ２トランスジェニックマウスにおいて、特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導することを示すことができた。これらの結果は、この動物モデルの選択の有効性を確認するようにみえる。なぜなら、ＯＭＰＡがＭＨＣ−Ｉ提示経路に侵入し得るという本発明者らの観察は、それぞれ、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ［１８］およびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ［２３］のＯＭＰＡタンパク質において、以前のＨＬＡ−Ａ２拘束エピトープの同定およびマウスＭＨＣ−Ｉ拘束エピトープの同定と相関するからである。ＣＨ−１３およびＣＨ−１７を除いて、感染マウスのＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される他の全てのペプチドは、それに対してヒトＴ細胞エピトープもマウスＴ細胞エピトープも同定されなかったＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に属する［２２；２３］。興味深いことに、一組の陽性に反応するペプチド（ＣＨ−５０およびＣＨ−５５）は、多型外膜タンパク質の群に属し［４４；４５］、一方他のほとんどは、ＩＩＩ型分泌系−関連タンパク質の群の一部である［４５；４６］。ペプチドＣＨ−７およびＣＨ−８は（両方ともエルジニア外部タンパク質（ｏｕｔｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ）（Ｙｏｐ）系のタンパク質Ｔに含まれる［４７］）、およびＣＨ−１０（トランスロケーション系の一部であるタンパク質Ｊに含まれる）は、感染マウスを用いたアッセイにおいて、特に反応性であるようにみえる（図５Ａ）。
【０５０５】
このことはまた、ＩＩＩ型分泌系にやはり関連する抗原に含まれる他のペプチド（例えば、ＣＨ−４５、ＣＨ−４６、およびＣＨ−４７）にとっても真実である。これら全ては、低カルシウム応答タンパク質Ｄに存在する。興味あることに、ＣＨ−８（感染マウスを用いたアッセイにおいて最も反応性のペプチド）は、対応する抗原がＤＮＡ免疫によって発現される場合（表５および６）、特異的Ｔ細胞集団によって認識されるようにみえない。このことは、種々の要因（すなわち、注射されたＤＮＡの低いインビボ発現レベルまたは変化したタンパク質高次構造）に起因し得る。
【０５０６】
一方で、本発明者らはまた、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによるマウスの感染に続いて、このペプチドが、代わりに、密接に関連した配列を有する未同定Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に由来するエピトープにとって特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞集団によって認識される確率を考慮しなければならない。ＣＨ−８と対照的に、ペプチドＣＨ−６に感染したトランスジェニックマウスからの脾臓細胞の刺激は、ＩＦＮ−γ＋／ＣＤ８＋Ｔ細胞の検出を可能にしなかったが（図５Ａ）、同じペプチドは、ＤＮＡ免疫実験において明らかに反応性であった（表５および６）。このことは、低カルシウム応答タンパク質Ｈが、細胞プロテアソームに利用可能でないことを示唆し得る。しかし、本発明者らは、ＭＨＣ提示機構に利用可能なペプチドの量が、本発明者らのアッセイで検出可能な細胞応答を誘導するのに十分でないこと、または反応性ＣＤ８＋Ｔ細胞集団が、本発明者らのアッセイの検出限界を超えて増殖しなかったことのいずれかもまた想定し得る。
【０５０７】
全体として、本明細書において提示される結果は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の過程でプロテアソーム媒介性プロセシングにとって利用可能であり得る、多くの抗原の同定を可能にした。このことは、ＨＬＡ−Ａ２依存性細胞免疫応答に対する考えられる標的として、それらを提唱する。特異的に誘導されたＣＤ８＋Ｔ細胞がパルスされたペプチドまたはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染哺乳動物細胞を認識し、そしてそれらの溶解を誘導できるか否かを検証するために（おそらく、同定されたＴ細胞エピトープとＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染患者において天然に誘導されるＣＤ８＋Ｔ細胞集団とを相関させるために）、さらなる分析が必要とされる。重要なことに、個々の抗原のＤＮＡ媒介性発現によって得られた結果は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＨＬＡ−Ａ２拘束エピトープの重要なセット（これらは、最終的に、ＣＴＬ依存性抗クラミジア防御免疫応答を誘導しようとして、ＤＮＡミニ遺伝子中で組み合わせられ得る）の定義に向けた初期の段階を表し得る。
【０５０８】
（実施例９）
（第１の抗原群の組み合わせによる免疫）
第１の抗原群のうちの５種の抗原（ＯｍｐＨ様タンパク質、ｐｍｐ１０、ｐｍｐ２、エノラーゼ、ＯｍｐＨ様、ＣＰｎ００４２およびＣＰｎ００７９５）を、実施例１〜４に関する上記の材料および方法のセクションにおいて記載されるように調製した。抗原を、発現し、精製する。次いで、抗原組み合わせの組成物を調製する。これは、組成物あたり５種の抗原を含有する（そして、組成物あたり１５ｇの各抗原を含有する）。ＣＤ１マウスを、７つの群に分け（群１〜４については、１群あたり５〜６匹のマウス；群５、６および７については、１群あたり３〜４匹のマウス）、そして以下のように免疫した：
【０５０９】
【表２】
2007526318.tif 000087
マウスを２週間間隔で免疫する。最後の免疫の２週間後、全てのマウスを、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血液型亜型による膣内（ｉｎｔｒａｖａｇｉｎａｌ）感染によってチャレンジする。
【０５１０】
ＣＰｎ抗原の別の群を使用して、実施例９を繰り返した。これの抗原は、以下である：
ＣＰｎ０３８５（ＰｅｐＡ）、ＣＰｎ０３２４（ＬｃｒＥ）、ＣＰｎ０５０３（ＤｎａＫ）、ＣＰｎ０５２５（仮想的）およびＣＰｎ０４８２（ＡｒｔＪ）。これらの抗原を合わせ、実施例９に記載されるように、ミョウバンおよびＣｐＧとともに、ならびにミョウバンおよびＣｐＧなしで、投与する。
【０５１１】
（要旨）
出願人は、所望の免疫学的および／または生物学的特性を有する多くのＣＰｎタンパク質を同定した。具体的には、インビトロ細胞培養物中のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染性を、用量依存的様式で中和し得る抗体の産生を誘導し得る少なくとも１２のＣＰｎタンパク質が同定された。中和性抗体の誘導は重要である。なぜなら、それは感染性ＥＢがヒト組織を侵襲することを防止するからである。さらに、これらのＣＰｎタンパク質の少なくとも６つはまた、インビボハムスターモデルにおいて、クラミジア（Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染を弱毒化し得た。加えて、これらのＣＰｎタンパク質の一部はまた、適切なＴ細胞応答のみならず、中和抗体の高い血清レベルを誘導し得る。
【０５１２】
ｐｍｐ２１に関するごく最近の非公開の結果を除いて、これは、組換えｐｍｐ（ｐｍｐ２およびｐｍｐ１０）に対する抗血清が中和特性を有することの初めて報告である。興味深いことに、ＣＰｎ０５２５に対する抗血清が、陰性インビトロ結果を生じた（すなわち、中和活性がなかった）一方で、ＣＰｎ０５２５タンパク質は、インビボハムスター免疫アッセイにおける脾臓感染から、９７％防御を生じた（表２を参照のこと）（すなわち、陽性インビボ結果）。同様に、Ｃｐｎ０４９８に対する抗血清が、陰性インビトロ結果を生じた（すなわち、中和活性がなかった）一方で、ＣＰｎ０４９８タンパク質は、インビボハムスター免疫アッセイにおける脾臓感染から、９４％防御を生じた（すなわち、陽性インビボ結果）。したがって、ＦＡＣＳアッセイにおいて得られる陽性シグナルは、対応する陽性インビトロ中和活性を保証せず、逆に陰性中和活性は、陽性インビボ結果を排除することを意味しない。
【０５１３】
Ｃ．ｐｎｅｕｒｎｏｎｉａｅインビトロ中和アッセイで、組換え抗原のパネルをスクリーニングすることによって得られる結果の一部を、表２に示す。「ｃｕｒｒｅｎｔ  ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」列を一瞥するだけで、表１および表２の両方において抗原が列挙され（これらは、公開された文献データに基づくと、異種多型膜タンパク質（ＰＭＰ）のファミリーのメンバーと類似する）、これらの抗原は、表面露出されていること、そしておそらく中和抗体を誘導することが合理的に予測され得るが、現在のところ仮想的と考えられ得るタンパク質、およびそれらの現在の機能的アノテーションのみに基づいて細菌表面に見出されることを全く予測できないタンパク質もまた存在することが、理解され得る。
【０５１４】
これらのＣＰｎタンパク質の一部の最初の特徴付けは、中和特性に関してだけでなく、スクリーニング試験のパネルにおける種々のスコアプロフィールに関してもまた、当該分野に大きく貢献するものである。なぜなら、これは、特定の免疫学的および生物学的特性を有するＣＰｎ抗原の選択的な組合せを容易にするからである。
【０５１５】
結論として、本明細書は、インビトロにおけるＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの感染性を阻害する抗体を誘導し得、そしてインビボにおける防御効果を有し得る、一群の組換え抗原を記載する。
【０５１６】
上記の明細書に記述された全ての刊行物は、本明細書において参考として援用される。記載された方法および本発明の系の種々の改変および変更は、本発明の範囲および精神から逸脱することなく、当業者に明らかである。本発明は、特定の好ましい実施形態に関連して記載されたが、特許請求される本発明がこのような特定の実施形態に過度に制限されるべきではないことが、理解されるべきである。実際、記載される本発明を実施するための様式の種々の改変は、分子生物学分野または関連分野の当業者に明らかであり、本発明によって網羅されることが意図される。
【０５１７】
【数８５】
2007526318.tif 000088
【０５１８】
【数８６】
2007526318.tif 000089
【０５１９】
【数８７】
2007526318.tif 000090
【０５２０】
【数８８】
2007526318.tif 000091
【０５２１】
【数８９】
2007526318.tif 000092
【０５２２】
【数９０】
2007526318.tif 000093
【０５２３】
【数９１】
2007526318.tif 000094
【０５２４】
【数９２】
2007526318.tif 000095
【０５２５】
【数９３】
2007526318.tif 000096
【０５２６】
【表３】
2007526318.tif 000097
【０５２７】
【表４−１】
2007526318.tif 000098
【０５２８】
【表４−２】
2007526318.tif 000099
【０５２９】
【表４−３】
2007526318.tif 000100
【０５３０】
【表４−４】
2007526318.tif 000101
【０５３１】
【表５−１】
2007526318.tif 000102
【０５３２】
【表５−２】
2007526318.tif 000103
【０５３３】
【表５−３】
2007526318.tif 000104
【０５３４】
【表５−４】
2007526318.tif 000105
【０５３５】
【表５−５】
2007526318.tif 000106
【０５３６】
【表５−６】
2007526318.tif 000107
【０５３７】
【表５−７】
2007526318.tif 000108
【０５３８】
【表６】
2007526318.tif 000109
【０５３９】
【表７】
2007526318.tif 000110
【０５４０】
【表８】
2007526318.tif 000111
（表の説明）
（表１）  本明細書中に記載されるＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原のデータおよび特性のまとめを示す。
（表２）  仮想タンパク質のためのハムスターマウスモデル研究からの結果を示す。
（表３）  マイクロアレイにより選択されたＣＰｎ  ＥＢの発現遺伝子を示す。
（表４）  Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの選択されたペプチド：タンパク質供給源およびＨＬＡ−Ａ２安定化アッセイを示す。
（表５）  ＤＮＡ免疫化ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウス由来のＣＤ８＋Ｔ細胞を用いたＥＬＩＳＰＯＴアッセイを示す。
（表６）  ＤＮＡ免疫化ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウスの脾細胞からのＩＦＮ−γ産生を示す。
【図面の簡単な説明】
【０５４１】
【図１Ａ】組換えＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質に対するポリクローナルマウス抗血清による、ＬＬＣ−ＭＫ２細胞へのＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染性のインビトロ中和アッセイ。
【図１Ｂ】１０個のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ組換え抗原について、感染性の５０％の中和を与える、血清力価を示す。各々の力価を、３つの個別の実験において評価した（ＳＥＭを示した）。
【図２】本明細書中に記載される免疫血清を使用した、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢの２次元電気泳動マップの免疫ブロット分析を示す。
【図３】全身性チャレンジ後の、免疫化ハムスターおよび偽免疫化ハムスター由来の対応する脾臓サンプルから回収されたＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＩＦＵの平均個数を示す。
【図４】ＤＮＡ免疫化ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウス由来の脾細胞のフローサイトメトリー分析を示す。
【図５】Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＥＢで感染させたトランスジェニックマウスおよび非トランスジェニックマウス由来の脾細胞のフローサイトメトリー分析を示す。
【図６】７１０５−７１１０タンパク質ファミリー内のタンパク質のアラインメントを示す。
【図７】Ｃｐｎ０７９４−Ｃｐｎ０７９９のＮ末端アラインメントを示す。
【図８】Ｃｐｎ０７９６にコードされるタンパク質を示し、Ｃ末端ドメインが、おおよそ１〜６４８の残基を含むことを示す。
【図９】Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ遺伝子Ｃｐｎ０７９５およびＣｐｎ０７９６にコードされるタンパク質のＣ末端（βバレル）ドメインのアラインメントを示す。
【図１Ａ】
2007526318.tif 000112
【図１Ｂ】
2007526318.tif 000113
【図２】
2007526318.tif 000114
【図３】
2007526318.tif 000115
【図４】
2007526318.tif 000116
【図５】
2007526318.tif 000117
【図６】
2007526318.tif 000118
【図７】
2007526318.tif 000119
【図８】
2007526318.tif 000120
【図９】
2007526318.tif 000121
【国際調査報告】
2007526318.tif 000122
2007526318.tif 000123
2007526318.tif 000124